Hall ble født i Bournemouth, Hampshire (nå Dorset). Foreldrene var Radclyffe («Rat») Radclyffe-Hall (1846–1898) og Mary Jane Sager (født Diehl). Halls far var velstående og er omtalt som en notorisk flørt og skjørtejeger. Han hadde studert ved Eton og Oxford, men arbeidet sjelden, ettersom han hadde arvet en stor sum penger fra sin far, en lege som var leder av British Medical Association. Halls mor var en amerikansk enke fra Philadelphia. Hun var ustadig og hadde et ujevnt humør. Radclyffe foraktet sin mor, som gjennom hele barndommen fortalte Radclyffe at hun var et uønsket barn, som var født fordi moren ikke fikk abort da hun gikk gravid med henne. Radclyffes far forlot toåringen Marguerite og hennes mor i 1882. Han etterlot datteren en betydelig sum penger, som moren ofte forsynte seg av til eget bruk.