Sovjetunionen hadde også flere av verdens største innsjøer. Verdens største innsjø, Kaspihavet, lå hovedsakelig i Sovjetunionen (sydkysten grenset mot Iran). Andre store innsjøer var Bajkalsjøen, som også er verdens dypeste, og Aralsjøen, som var verdens fjerde største innsjø i 1960, men som siden nesten har forsvunnet.