Bergen er også utgangspunkt for Hurtigruten og for ferjer til Hirtshals i Danmark med Fjordline. Fra byen er det hurtigbåt-forbindelse til Askøy, Sunnhordland, Nordhordland, Sogn, Sunnfjord og Nordfjord. Den tradisjonsrike englandsbåten til vennskapsbyen Newcastle ble nedlagt i 2008, etter 130 års drift. Det arbeides stadig med å gjenopprette denne forbindelsen.