Heinrich Johannpötter sluttet seg til fransiskanerordenen i 1955 og avla sine løfter den 20. april 1959. Etter å ha blitt ordinert til prest 26. juli 1961 av erkebiskop Lorenz Jaeger i katedralen i Paderborn, arbeidet han i misjonen i Maranhão. I tillegg til forskjellige oppgaver i provinskapittelet, var han aktiv i menighetspastoralt virke i São Luís, Vitorino Freire, Lago da Pedra, Teresina og Piripiri. Fra 1978 til 1984 var han generalvikar for bispedømmet Bacabal.