Etter å ha forlatt Konoha sluttet han seg til forbrytersyndikatet . Hva han drev med her er ukjent, men det vites at han forsøkte å overta kroppen til Itachi Uchiha for slik å få , en mystisk tilstand ved en persons øyepupiller som er knyttet til Uchiha-klanen . Han mislyktes med sitt forsett og Itachi hogde av ham den ene hånden hans, den han bar sin «Akatsuki-ring» på. Etter dette forlot Orochimaru organisasjonen, men ringen tok han seg med, og det er muligens derfor Akatsuki stadig har forsøkt å fange ham siden da. Orochimaru grunnla senere sin egen ninjalandsby, , som er fylt med ninjaer lojale til ham. Orochimaru har også bygd flere hemmelige baser i -verdenen som han veksler mellom hver uke. Han bærer alltid med seg den avhogde hånden sin, og Akatsuki-ringen sitter fremdeles på den ene fingeren.