Kirken fikk navnet . kan være et passende navn på en militær kirke, men den menige mann forsto ikke noe særlig av det. Da kirken fikk en tysk sogneprest som het Seeboth i 1767 begynte man å kalle han «Hr. Zebaoth» og navnet på kirken ble dermed noe tvetydig. Det ble derfor vanlig å referere til den som Garnisonskirken, noe man også hadde gjort under planleggingen av den og da den holdt til i slottskapellet. Først i 1921 gjorde menighetsrådet navnet offisielt. Formen brukes også.