I 1646 startet Zheng Sen (den senere Koxinga) sin motstand, som kom til å vare i seksten år. Han imponerte Zhu Yujian (Longwu-keiseren) etter å ha beseiret mandsjuiske styrker det året, og ble belønnet med navnet og tittelen av keiseren, som kort tid senere døde etter at mandsjuene inntok Fuzhou. I løpet av de første månedene etter hans fars overgivelse etablerte Koxinga seg på Xiamen og bygde opp sin styrke. Takket være hans overlegne marinestyrker kunne han angripe de mandsjuiske styrkene i Fujian fra havet, og i begynnelsen av 1646 inntok han Tong'an og Quanzhou, men han hadde ikke styrke til å forsvare de besatte områdene. Deretter gikk mandsjuene til motangrep, og inntok Zheng-familiens hjemby Anping, hvor Koxingas mor Tagawa begikk selvmord etter å ha nektet å overgi seg.