Under okkupasjonen av Norge ble han i 1941 fratatt sine kommunale verv. Han ble arrestert i februar 1945 og satt fengslet i Hamar fengsel frem til 14. februar da han ble flyttet til Grini fangeleir, hvor han satt frem til krigens slutt. Fonstad døde i juli 1970 og ble begravet i hjembygda Ringsaker.