Panafrican News rapporterte 9. desember 2000 at Mungiki-medlemmer hadde brent ned 11 hus i slummen i Thika. I 2001 var de også involvert i en rekke blodige slag med politiet, samt gruppen var involvert i konflikter i Nairobi der minst 12 mennesker ble drept. Søndag 3. mars 2002 ble 20 mennesker drept og 31 mennesker hardt skadet da 2-300 Mungiki-medlemmer gikk til angrep i bydelen Kariobangi i Nairobi. Flere av de drepte ble halshugget. Senere på året, forteller East African Standard og The Nation, at minst 5 mennesker ble hakket til døde med macheter, også de angivelig av Mungiki-medlemmer.