Han studerte i Göttingen, Zürich og Bonn, og tok doktorgrad i Bonn i 1954 med et arbeid over Schelling. Den unge Habermas ble rasende da Martin Heidegger i 1953 utga sitt foredrag fra 1935, «Innføring i Metafysikken», på nytt. Her snakket Heidegger blant annet om «bevegelsens indre sannet og storhet». Og «bevegelsen» det her dreide seg om, var åpenbart nasjonalsosialismen. Habermas skriver følgelig en refsende artikkel i hvor han kritiserer at Heideggers anerkjennelse av nasjonalsosialismen synes å være like stor 20 år etter Hitlers maktovertakelse. Fra denne dag ble Heidegger en av Habermas' viktigste motstandere.