En annen gruppe kolonister etablerte Massachusetts Bay-kolonien i 1629. Denne gruppen var puritanere som hadde som mål å reformere den anglikanske kirke ved å skape en ny, ren kirke i den nye verdenen. Denne ekspedisjonen bestod av 400 puritanere organisert av Massachusetts Bay-kompaniet. Innen to år hadde ytterlige 2000 ankommet Amerika i emigrasjonsbølger kjent som den «store migrasjonen». I den nye verdenen skapte puritanerne en dypt religiøs, sosialt sammenbundet og politisk original kultur som det fremdeles fins rester av i dagens USA.