Karsten Isachsen vokste opp i Oslo som sønn av Knut Isachsen (1906–1993) og Margit Lilloe f. Gjertsen (1907–1988). Han tok artium ved Kristelig Gymnasium i 1962, ble cand.theol. i 1969 ved Menighetsfakultetet og tok praktikum ved Universitetet i Oslo i 1970.