Da Dostum innså at Najibullahs styre var i ferd med å falle, endret han side og allierte seg med Ahmed Shah Massoud. Sammen beseiret de Najibullah og inntok Kabul i aprill 1992. Dostum etablerte sin egne usbekisk-dominerte anti-fundamentalistiske gruppe med støtte fra Usbekistan. Denne gruppen fikk navnet , eller Nasjonal Islamsk Bevegelse. Dostums allianse med mujahedin ble imidlertid kortvarig og i 1994 forsøkte han å frata Massoud og President Burhanuddin Rabbani makten i Kabul. Forsøket mislykkes, men under kamphandlingene de to påfølgende månedene ble sivile drept, ble skadet og ble gjort hjemløse.