I nyere tid har han blitt kjent for tvilsom forskning hvor han hevder å koble aluminiumsadjuvanter i vaksiner til autisme. Universitet han er ansatt ved har erklært at de ikke stiller seg bak Exleys påstander. Noen av hans studier har blitt trukket tilbake,, og det har ført til at han har mistet pengestøtte til sin forskning. Exley sitter også i det faglige rådet hos den vaksinekritiske lobbyorganisasjonen Children’s Medical Safety Research Institute.