Akhnaton er kjent for sitt forsøk på å forkaste tradisjonell egyptisk polyteisme til fordel for monoteisme. I sitt sjette år som medregent innførte han Aton som den eneste gud. En tidlig inskripsjon sammenligner Aton med solens forhold til stjernene, og senere offisielle nedtegnelser unngår å kalle Aton en gud, men tildeler solguden en status hevet over gudene. Inntil da hadde religionen vært sentrert rundt mange guder med skaperguden Amon øverst, og et omfattende presteskap sentrert rundt ham. Ved å endre navn fra Amenhotep IV til Akhnaton, var han Atons talerør eller representant. Han og hans førstehustru Nefertiti var de eneste som tilba Aton direkte, slik som i triaden Aton, Shu og Tefnut.