Stanisław Nowak ble presteviet for erkebispedømmet Kraków av erkebiskop Eugeniusz Baziak den 22. juni 1958 i den kongelige basilika og erkekatedral til de hellige Stanislaus og Wenceslaus på Wawelhøyden i Kraków. Deretter var han kapellan først i Chocznia, og senere i Ludźmierz og Rogoźnik. Fra 1963 til 1979 var han spiritualis ved Kraków-seminaret, med et avbrudd for å studere ved Institut Catholique de Paris fra 1967 til 1971, hvorfra han fullførte sin teologiske doktorgrad. Fra 1971 ledet han Institutt for teologi ved det pavelige teologiske fakultet i Kraków og fra 1981 det teologiske fakultet ved det pavelige teologiske akademi. I 1982 ble han utnevnt til kannik for erkekatedralkapittelet i Kraków, og ble medlem av Presterådet.