Den 13. desember 1898 ankom prins Georg av Hellas og Danmark som høykommissær for en treårig periode. Den 27. april 1899 ble det opprettet en eksekutivkomité, der en ung, advokat utdannet i Athen fra Chania, Eleftherios Venizelos, deltok som justisminister. I 1900 hadde Venizelos og prins Georg utviklet forskjeller over innenrikspolitikk, så vel som spørsmålet om (gresk: Ένωσις; «enhet»), unionen med Hellas. De liberale prinsippene til Eleftherios Venizelos kom etter hvert til i konflikt med den kongelige prins Georg i spørsmål knyttet til øyas framtidige internasjonale status. Konfrontasjonen med den totalitære prinsen fikk ham avskjedige Venizelos i mars 1901. Etter å ha blitt fratatt et alternativt institusjonelt middel for å uttrykke sin avvikende mening, vendte Venizelos seg i mars 1905 til å delta i et opprør ved Therisso, en liten landsby i et utilgjengelig område på vest på Kreta.