Alvarado ledet et spansk forsøk på å utvide det erobrede området inn i det vi idag kjenner som El Salvador i juni 1524. Det spanske framstøtet møttes med kraftig motstand fra pipil-indianerne og deres maya-talende naboer. De ble ledet av en heroisk krigsherre som i folketradisjonen kalles Atlacatl. Pipil-folket og deres allierte vant over spanjolene og tvang dem til å trekke seg tilbake til Guatemala. To påfølgende ekspedisjoner måtte til – den første i 1525 og en i 1528 – for å få pipil-indianerne under spansk kontroll. Alvarado ble utnevnt til guvernør av Guatemala av Karl den V av Spania (på spansk Carlos I) og var guvernør i Guatemala fram til sin død i 1541.