Første gang Dipolog nevnes i skriftlige kilder var da den spanske provinsregjering av Misamis i 1834 innsatte en sivilregjering i området der byen nå ligger. I 1896 fikk den sin første katolske menighet, opprettet av fader Esteban Yepes. Stedet vokste ikke minst fra 1912 da den amerikanske kolonimakt styrt av general John J. Pershing, daværende guvernør av Mindanao og Sulu ( eleverte den til og så den 1. juli 1913 gjorde Dipolog til en offisiell administrasjonenhet i provinsen Zamboanga.