Etter nedleggelsen ble bygningene tatt i bruk av Statens vernehjem Bastøy, som åpnet i 1971. Vernehjemmet var et tilbud til arbeidsuføre og bostedsløse alkoholikere. Vernehjemmet ble nedlagt i juni 1983, og ett år senere åpnet Bastøy kretsfengsel som en underavdeling av Oslo kretsfengsel. Fengslet var opprinnelig et midlertidig tiltak som skulle bidra til å redusere soningskøene. I 1988 fikk fengselet status som et selvstendig, permanent landsfengsel under navnet Bastøy fengsel. Bastøy var det første landsfengselet som var en åpen anstalt.