Neste plan for den prosjekterte kirken ble klar først i 1668. Nå var det Frederik III som sto bak og planen brøt med forgjengerne ved å plassere kirken ved Strømmen (det nåværende Havneløbet) rett ved den første Knippelsbroen. Det ble kjørt mengdevis av stein til den nye plassen, men mer skjedde ikke. I 1672 fikk Christian V området avgrenset med en kampesteinsmur og bygningens grunnplan avmerket med fundamentstein, men så gikk arbeidet i stå igjen og til sist ble prosjektet gitt opp til fordel for Lambert van Havens plan.