Ngawang Namgyal var også initiativtaker til å bygge dzong, befestede borger som rommer både religiøse og siviladministrative autoriteter, i hvert fylke og ved viktige ferdselsveier. Det første var Simthokha dzong ved den nordvestre inngangen til Thimpudalen i 1629. Punakha dzong ble bygd i 1637, Wangdue Phodrang i 1638. Dzong i Paro og Tashichoedzong i hovedstaden Thimpu ble begge bygd i 1641, og med dette hadde han kontroll over hele Vest-Bhutan. I tiden fram til 1650 ble det også bygget dzong i Gasa, Lingshi og i Daga. Etter Namgyals død ble Trongsa i 1655 lagt under sentralmaktens kontroll og en dzong bygget i Trongsa by. Kort tid etter ble det også anlagt dzong i Lhuntse, Jakar, Shongar, Trashigang, Trashiyangste og Zhemgang.