Cerradoens klima er typisk for de fuktigere savanneregionene i verden. Det er et relativt fuktig tropisk klima. Året har to dominerende årstider, den tørre og den fuktige. Gjennomsnittstemperaturen varierer mellom 22 og 27 °C og nedbørsmengden mellom 800– mm over 90 % av området. Regionen har også en veldig sterk tørkesesong under den sørlige vinteren (omtrent april-september).