De første menneskene som kom til San Juan Basin var jegere. Disse menneskene nedstammet fra nomadiske jegere som kom til området i sørvest cirka rundt 10 000 år før Kristus. Disse ble senere drevet ut med makt av oppagelsesreisende som kom til dette området på et mye senere tidspunkt. Den 11. mars 1907, proklamerte daværende president Theodore Roosevelt at området Chaco Canyon var et nasjonalt monument og verneområde.