Mange av den tyske legens behandlingsmetoder blir sett på som kontroversielle, herunder injeksjon av et stoff kalt hyalart som utvinnes fra hanekam og som hevdes å bidra til å restituere og lindre kneskader. Han har også injisert Myo-Melcain, som er det smertestillende middelet Procaine blandet med honning, samt Actovegin i pasientenes muskler. Også Müller-Wohlfahrts bruk av homøopati i behandling av idrettsutøvere har fått kritikk.