Etter et par korte opphold i Orlamünde og Jüterbog i 1519 reiste Müntzer muligvis til Leipzig for å overvære de berømte debatter mellom Johann Eck og Andreas Karlstadt og mellom Luther og Eck. Müntzer flyttet mye omkring, og fikk i 1519 et embede i et nonnekloster i Beuditz, før han tok til Zwickau i Thüringen i 1520.