Eric O'Neill (spilt av Ryan Phillippe) er en nylig ansatt i FBI, og får i oppdrag å arbeide undercover for Robert Hanssen (spilt av Chris Cooper), som er en mer erfaren agent. O`Neill blir fortalt at Hanssen er mistenkt for å være en seksuell avviker. Hanssen har nylig blitt tilbakekalt fra sin jobb i det amerikanske utenriksdepartementet for å begynne i en ny stilling i selve hovedkvarteret til FBI. Hanssen klager flere ganger over det tungvinne byråkratiet i FBI, at byråets informasjonsteknologi er kraftig foreldet, og han klager over mangelen på informasjonsutveksling og samordning med andre etterretningsorganisasjoner. Etter hvert blir Hanssen en nær venn og mentor for O'Neill, og han tar en personlig interesse i O'Neill og hans kone Juliana (Caroline Dhavernas), som er skeptisk til Hanssen og misliker det hun kaller inntrenging i deres familieliv. Hanssen som er en troende katolikk og medlem av Opus Dei, oppfordrer O'Neill, som er en frafallen katolikk, og hans sekulære østtysk-fødte kone å bli mer aktive kirkegjengere.