I 1986 dro han tilbake til sitt hjemland etter å ha hørt at han skulle bli mottatt som Napoléon da han kom tilbake fra Elba. Dette viste seg å ikke stemme, og Bokassa ble stilt for retten og dømt til døden for mord, tortur og kannibalisme. Dommen ble senere omgjort til fengsel på livstid, men med tiden skjenket president André Kolingba samtlige fanger amnesti.