Ekvatorial-Guinea har kort erfaring med kvinnefotball. Landslaget debuterte mot Gabon i 2000 med 0-3-tap. Ekvatorial-Guineas første kvalifisering til Afrikamesterskapet endte med at de ble utslått ved første hinder av Angola med 1–6 sammenlagt. I kvalifiseringen til Afrikamesterskapet i 2004 ble de slått ut av Republikken Kongo(-Brazzaville). Neste Afrikamesterskap hadde Ekvatorial-Guinea flaks. De hadde nettopp slått ut Angola knepent, og skulle møte Afrikas overlegent beste lag, Nigeria, da Nigeria ble utpekt til nye arrangører av Afrikamesterskapet etter at Gabon hadde trukket seg som arrangør, og også trukket laget sitt. Dermed kom Ekvatorial-Guinea seg videre til sluttspillet uten å ha spilt i den andre kvalifiseringesrunden. De fikk likevel møte Nigeria, og også pretendenten Sør-Afrika i gruppespillet, samt Algerie. Ekvatoreial-Guinea greide en uavgjort mot sistnevnte, men tapte de to andre kampene med to mål mot hver, et akseptabelt resultat gitt Ekvatorial-Guineas begrensede erfaring og de to landenes dominans i verdensdelen.