Bonanni fulgte Aristoteles i hans teorier om spontan generasjon av liv. I en kritikk av Francesco Redis eksperimentelle arbeide forsvarte Bonanni det aristoteliske syn. Selv om han stilte viktige spørsmål, som hvorvidt folk som observerte gjennom mikroskopet hadde en tendens til å se det de forventet å se, snarere enn det som virkelig var der, var det i ettertiden en tendens å neglisjere Bonannis poenger i takt med at Aristoteles'stjerne bleknet.