McCain samarbeidet også med demokratiske senatorer. Han var fra 1991 til medlem av «Senate Select Committee on POW/MIA Affairs», ledet av demokraten og vietnamkrigsveteranen John Kerry, som skulle granske hva som var skjedd med de soldater som var savnet (engelsk MIA, ) fra Vietnamkrigen. Komiteens arbeid innebar flere reiser til Vietnam og fikk Forsvarsdepartementet til å nedgradere og frigi over en million sider med relevante dokumenter. Komiteens sluttrapport, som fikk bred støtte fra begge partier, sa at man ikke hadde noen sterke grunner til å tro at det lenger var noen amerikanere i fangenskap i Sørøst-Asia.