Den 8. januar 1966 ble Atkins ansatt som hovedtrener for Troy State Trojans. I 1968 ledet han laget til et NAIA National Championship og ble utnevnt NAIA Coach of the Year. Da Atkins forlot Troy State i 1971 hadde han et sammenlagtresultat på 44–16–2, nest flest seiere i universitets historie bak Larry Blakeney.