I 1994 ble han politisk rådgiver i Nærings- og energidepartementet, før han i 1996 ble rådgiver for daværende finansminister Jens Stoltenberg etter en kort periode som IT-sjef ved Universitetet i Bergen. Fra mai til oktober 1997 var Therkildsen statssekretær i Finans- og tolldepartementet, før han gikk tilbake til stillingen som IT-sjef ved UiB.