Bille fortsatte å patruljere i Middelhavet frem til 1801 med en styrke som etterhvert besto av 3 fregatter og 2 brigger og handelsskipene ble beskyttet, dels ved konvoiering og dels ved forhandlinger med de ulike parter. For sin glimrende innsats ble han etterhvert utnevnt til kommandørkaptein og kammerherre. Bille var i tjeneste i Middelhavet til begynnelsen av 1801, da han ble kalt tilbake til Danmark.