Like etter at han la opp som spiller gikk Balăkov inn i trenerrollen hos VfB Stuttgart, hvor han fungerte som assistenttrener fra 2003 til 2005. Etter dette var han spillende trener for den tyske klubben VFC Plauen (én kamp som spiller i 2005) før han dro videre til sveitsisk fotball og ble ansatt som hovedtrener for Grasshopper Club Zürich (2006–2007) og FC St. Gallen (2007–2008). I perioden 2008 til 2010 var han hovedtrener for PSFC Chernomorets Burgas i hjemlandet før han i 2011 ble ansatt som trener for den kroatiske klubben HNK Hajduk Split.