Hertug Frederiks svenskvennlige politikk nådde høydepunktet med giftermålet mellom hans datter Hedvig Eleonora og kong Karl X Gustav av Sverige i 1654. Men prisen var høy. Frederik III døde under danskenes beleiring av Tønning i 1659, og hans gottorpske deler av hertugdømmene lå i ruiner etter krigene.