Med finansiering fra Deutsche Forschungsgemeinschaft fortsatte Verschuer den humangenetiske forskning han hadde innledet i Frankfurt. I dette fikk han støtte fra Karl Brandt og rikshelselederen Leonardo Conti. I Berlin hadde han medarbeidere som fikk mulighet til å bedrive medisinsk og genetisk forskning i konsentrasjons- og tilintetgjørelsesleiren Auschwitz. Forskningen innbegrep blant annet hvordan blodet reagerer på forskjellige infeksjonssykdommer. I Auschwitz infiserte Mengele internerte med patogener og sendte prøvene til Verschuer i Berlin. En annen av Verschuers medarbeidere var Karin Magnussen, som i sine studier i heterokromi av Mengele fikk øyne fra myrdede internerte i Auschwitz. I februar 1945 ble Kaiser-Wilhelm-Institut flyttet til Solz i Bebra, og senere til Frankfurt am Main.