Men mens fjellkjededannelsen foregikk, skjedde det selvsagt geologiske prosesser langt nede i fjellet. Alt av pre-eksisterende fjell ble utsatt for enorme krefter, og ble omdannet til det som kalles metamorfe bergarter eller omdannede bergarter. De ble til ulike typer gneis. Samtidig trengte store mengder smeltet stein (magma) seg inn i disse gneisene, og ga blant annet opphav til den store nikkelforekomsten på Mykleåsen på Evje: Flåt nikkelgruve.