Christian Johnsen var født i Slesvig, nærmere bestemt i byen Nordborg, som sønn av skipsfører Jørgen Johnsen og Anna Laehne. Han hadde tre brødre og en pleiesøster. Som ung gutt reiste han til sjøs med sin far, men i 1850 fikk han seg jobb hos importfirmaet Gurtubay i Bilbao i Spania. Arbeidsgiveren importerte klippfisk fra Shetland, Island og Norge, og Christian Johnsen fikk dermed solid innsikt i hvordan denne handelen foregikk. Som Gurtubays utsending besøkte han både Ålesund og Kristiansund flere ganger i årene frem til 1854.