I 2004 Filipović satte sin K-1 karriere på vent, og rekruttert Fabricio Werdum (en tidligere verdensmester i brasiliansk jiu-jitsu) som sin trener. Han fortsatte med å vinne sine to neste kamper med KO og TKO på et kombinert på bare 3:49, mot Yoshihisa Yamamoto og Ron Waterman.