Ford-stiftelsen har opp gjennom årene støttet mange liberale saker og har blitt sterkt kritisert for mange av de programmer som det har støttet av ulike årsaker. Eksempelvis har James Petras, tidligere professor i sosiologi ved Binghamton University, og andre kritisert stiftelsen for å være en frontorganisasjon for CIA, en amerikansk føderal etterretningsetat som har ansvar for innsamling og analyse av etterretning om utenlandske styresmakter, selskaper og personer. Petras har navngitt utveksling mellom høytstående personer mellom CIA og stiftelsen, for stiftelsens store donasjoner til den CIA-styrte organisasjonen , tidligere president for stiftelsen, Richard Bissells forhold til DCI (direktør for CIA) Allen Dulles og stiftelsens engasjement i Marshallplanen på 1950-tallet, blant flere saker. I henhold til Petras har stiftelsen støttet «anti-venstre menneskerettighetsgrupper som fokuserer på å angripe overgrep på menneskerettigheter til USAs motspillere».