Denne formen er sjeldent rapportert. Likevel, har med suksess dyrket frem denne formen på "soft agar". har gjort en detaljert studie av den amøbeoide formen av Blastocystis. Cellene blir beskrevet som 2,6-7,8 μm i størrelse ofte med "pseudopods"(en bevegelsesmekanisme). Lysosom-liknende strukturer som inneholdt konsumerte bakterier ble også funnet inne i cytoplasma. Dermed er det mulig denne formen har en næringsfunksjon for parasitten.