Utbruddet ble først oppdaget i Wuhan, en millionby i provinsen Hubei i Kina. Viruset ble påvist hos personer i Wuhan som hadde pådratt seg en lungebetennelse med uklar opprinnelse. Flere av dem jobbet i og rundt bodene på Huanan sjømatmarked, der det blant annet ble solgt levende dyr. Personer som blir smittet kan få sykdommen covid-19, som er en form for luftveisinfeksjon. Mange av personene som ble smittet, hadde vært på dette markedet som drev engroshandel med levende og døde dyr og fisk – . Varene var blant annet kyllinger og fasaner. Det ble ikke solgt flaggermus på dette markedet. Én hypotese er at viruset oppstod i flaggermus fra slekten som er naturlig reservoar for et virus (SARSr-CoV RaTG13) svært likt SARS-CoV-2. Skjelldyr er også naturlig reservoar for koronavirus, og fylogenetiske analyser indikerer at pangolinen er en potensiell reservoar-vert snarere enn en mellomvert for SARS-CoV-2. Flaggermusviruset ligner mest på SARS-CoV-2 men det smitter neppe mennesker, mens skjelldyrviruset vil lettere smitte mennesker. Det spekuleres derfor om de to virusene på et tidspunkt kan ha rekombinert, da begge dyrene er insektspisende nattdyr og finnes i samme områder. Alternativet er at kilden til viruset hos mennesker ser ut til å være skjelldyr.