Ivan besøkte byen Novgorod flere ganger i løpet av de neste årene, og arresterte flere pro-litauiske bojarer og konfiskerte eiendommene deres. I 1477 kom det to utsendinger fra Novgorod, som hevdet å være sendt av erkebiskopen og hele byen, og tiltalte Ivan i en offentlig audiens som (hersker eller monark) i stedet for det vanlige (herre). Ivan grep straks tak i dette som en anerkjennelse av hans overhøyhet. Da Novgorod avviste utsendingene (en av dem ble drept på vetsjen sammen med flere andre av pro-Moskva fraksjonen) og åpent sverget foran Moskvas ambassadører at de ville vende seg mot Litauen igjen, marsjerte han mot dem igjen. Novgorod innså at de var forlatt av Kasimir IV og omringet på alle sider av Moskvas armeer, som okkuperte de største klostrene rundt byen, og anerkjente Ivans direkte styre over byen og dens enorme oppland i et dokument undertegnet og beseglet av erkebiskop Feofil av Novgorod (1470–1480) den 15. januar 1478.