På slutten av 1980-tallet kjøpte han seg inn i sjukehusbransjen, og startet selskapet Columbia Hospital Corporation. I 1995 hadde selskapet mer enn 285 000 ansatte, og omsatte for 20 milliarder dollar. Scott måtte gå av som administrerende direktør i 1997 etter at selskapet ble etterforsket av FBI. Etterforskningen førte til at selskapet måtte betale til sammen 1,7 milliarder dollar i bøter.