GiveWell ble grunnlagt i 2007 av to tidligere investeringsanalytikere hos Bridgewater Associates: Holden Karnofsky og Elie Hassenfeld. I 2008 fikk de oppstartsstøtte fra William and Flora Hewlett Foundations Nonprofit Marketplace Initiative, med målsetning om å sørge for at «innen 2015 vil ti prosent av personlige filantropiske bidrag i USA (eller $20 milliarder)være påvirket av meningsfull, høykvalitets informasjon om ideelle organisasjoners ytelse.» The Hewlett Foundation fortsatte å være en viktig bidragsyter til GiveWell i flere år. I mars 2014 kunngjorde de imidlertid at de avsluttet The Nonprofit Marketplace Initiative, og med den støtten GiveWell fikk. GiveWell publiserte en bloggpost i august 2014 om sine perspektiver på avlutningen av initiativet.