Etter at Karl I tiltrådte ble Essex medlem av parlamentsfraksjonen, og han ledet parlamentshæren i begynnelsen av den engelske borgerkrig i 1642. Han var lite egnet som kommandant, og hans avgjørelser da han forfulgte rojaliststyrker i Cornwall resulterte i nederlag i slaget ved Lostwithiel. Oliver Cromwell ble rasende over dette. Etter at ble vedtatt i 1646 frasa Essex seg sin posisjon. Han døde samme år, og ettersom han ikke etterlot seg noen arving døde jarletittelen ut.