Forandring i klimaet har ført til ørkenspredning siden antikken, da regionen var svært fruktbar. Befolkningen er bevisst byens antikke historie og storhet, og byen blir kalt og hevder at Zoroaster talte i Balkh og er begravd der. Grunnleggelsen blir mytisk tilskrevet Kaiomurs, den persiske Romulus. Det er sikkert at på et tidlig tidspunkt, var byen en rival av Ecbatana, Ninive og Babylonia. Bactra ble erobret av Aleksander den store i 328 f.Kr.