Flyulykken skyldtes sannsynligvis menneskelige feil fra flygernes side. Vær- og siktforholdene under innflyvningen til Kuala Lumpur var av typen IMC (engelsk forkortelse for ), som ber piloter om å forholde seg til instrumentflygeregler og ikke følge visuelle flygeregler, men pilotene på Flight 684 fulgte ikke med på flyets nedstigningshastighet (vertikal hastighet) og fortsatte nedstigningen i lavere enn fastlagt minstehøyde uten å oppnå visuell kontakt med rullebanen.