Området rundt byen har vært befolket siden urtiden. Allerede på 200-tallet f.kr tror man at saketene har bodd i de mange grottene som er i nærheten av byen. Junagadh ble hovedstad for den muslimske staten Saurashtra og for rajputriket Chauda allerede på 800-tallet. Byen ble erobret i 1472 av Mahmud Bighara, som tok kontroll over byen og byttet navnet til Mustafabad". Fyrstedømmet Junagadh var i kolonitiden en forholdsvis stor fyrstestat, med et areal på hele 8 643 kvadratkilometer. Det grenset da til fyrstedømmene Porbandar, Navanagar, Gondal, Bhavnagar samt den portugisiske kolonien Diu.