Kubalas trenerkarriere var preget av mange korte opphold forskjellige steder i verden, men det er som trener for Spanias seniorlandslag han huskes. Han trente laget fra 1969 til 1980. Det ble en innsats på det jevne, der Kubala først ikke greide å få laget kvalifisert til stort, før han fikk Spania til VM i 1978 og EM i 1980. Ingen av gangene kom Spania forbi gruppespillet.