Blackley begynte sin managerkarriere med Hamilton i oktober 1981, mens han fortsatt var spiller. Han forlot Hamilton i 1983 og ble spillende trener i Hibs, hans første seniorklubb, og rykket deretter opp til managerstillingen på Easter Road i 1984. Hans siste managerjobb var med Cowdenbeath, som han forlot for å bli assistent for Gordon Wallace i Dundee.