Vestager har økonomisk utdannelse som cand.polit. fra Københavns Universitet fra 1993. Etter to år som fullmektig i finansdepartementet ble hun ansatt i det nyopprettede direktoratet Økonomistyrelsen, som hadde ansvar for finans- og resultatstyring i statsforvaltningen. Her var hun spesialrådgiver 1995–1997 og sekretariatsleder 1997–1998.