Kort tid etter kroningen erklærte de militære lederne Cai E og Tang Jiyao i Yunnan seg uavhengige 25. desember i provinshovedstaden Kunming. De organiserte (護國軍; ) og startet en ekspedisjon mot Yuán. Yuán sendte 80.000 soldater for å angripe Yunnan, men ble beseiret av beskyttelseshæren i Sichuan i en rekke alvorlige slag i begynnelsen av 1916. Før dette hadde Guizhou og Guangxi erklært seg uavhengige mellom februar og mars samme år. Kort tid senere erklærte også Guangdong, Shandong, Hunan, Shanxi, Jiangxi og Jiangsu seg uavhengige, og selv innad i regjeringen i hovedstaden Beijing begynte indre stridigheter å gjøre seg gjeldende. I februar 1916 beseiret Guomindang-styrker under Yang Hu og Jiang Jieshi monarkiststyrker i et mindre slag i Jiangyin i Jiangsu. Dette var Jiangs første slag. Yuán måtte gi etter for det enorme presset, og ble 22. mars tvunget til å abdisere, og 6. juni samme år døde han ydmyket av uremi. Den nasjonale beskyttelseskrigen ble erklært en suksess, og de ulike provinsene trakk tilbake sine uavhengighetserklæringer.