Mubarak ble født i regionen Al Minufiyah i 1928. Etter skolegangen ble han kadett ved den egyptiske krigsskolen, hvor han fikk en bachelorgrad i militære fag i 1949. Den 2. februar 1949 begynte Mubarak pilottreningen på Egypts luftkrigsskole. Han tjenestegjorde i flere avdelinger i flyvåpenet, blant annet en Spitfire-skvadron. I årene frem til 1959 tjenestegjorde Mubarak som instruktør i treningen av nye piloter. Fra 1959 til 1961 fikk han videreutdanning i Sovjetunionen på Kant-basen i Kirgisistan og i Moskva. Under oppholdet i Sovjetunionen fløy Mubarak Iljusjin Il-28 og Tupolev Tu-16. I 1964 ble han tatt opp i Frunze-militærakademiet i Sovjetunionen. Etter hjemkomsten til Egypt i hadde Mubarak en rekke høyere offisersstillinger i flyvåpenet, og ble i 1972 viseforsvarsminister. Høydepunktet i hans militære karriere var å bli utnevnt til luftmarskalk som belønning for innsatsen i Jom Kippur-krigen mot Israel i oktober 1973.