Spillet brukes fremdeles bruker en delmekanikk og konsepter fra det originale spillet, men introduserer også enkelte nye elementer og innovasjoner. Alle fangehullene finnes nå på forskjellige nivåer, og krever at spilleren går mellom etasjer, og noen ganger faller gjennom hull for å lande på lavere nivåer. Links kan reise fra en mørk verden til en lysere verden ved hjelp av et Magic Mirror.