I januar 1792 seilte Flaget fra Bordeaux sammen med sulpicianeren John Baptist Mary David, og den daværende sekulære diakon Stephen Badin hvis studier for prestedømmet var blitt avbrutt av revolusjonen. De nådde Philadelphia den 26. mars og fortsatte til Baltimore, og ankom der den 29. mars. Etter bare to måneder i Amerika sendte biskopen av Baltimore, John Carroll, ham til Fort Vincennes i Indianaterritoriet for å bemanne , grunnlagt av jesuittmisjonærer i 1748, før deres undertrykkelse og utvisning av britiske styrker i 1763. Det var et betydelig antall franske nybyggere, og misjonen som hadde gått uten bosatt prest i flere tiår.