Johannes Kantakouzenos hadde fra starten ikke selv ambisjoner om keisermakt og nektet flere ganger å bli kronet til medkeiser av Andronikos III. Etter keiserens død nektet igjen Johannes å overta tronen, men insisterte på Johannes V’s legitimitet og påtok seg å føre tilsyn med rikets administrasjon fram til han ble myndig. På tross av sin påståtte lojalitet til den unge keiseren og hans mor kom moren Anna av Savoia til å mistenke ham for forræderi. Hans nære vennskap med den avdøde keiseren hadde forårsaket misunnelse hos andre ledende maktpersoner, deriblant patriark Johannes XIV Konstantin Kalekas og kommandør i marinen, Alexios Apokaukos. Etter flere forsøk lyktes opposisjonen i å styrte regenten i september 1341 mens han var ute på reise. Han forsøkte å forhandle med tronranerne, men han ble avvist å hans militæravdeling ble krevd oppløst. Hans slektninger i Konstantinopel ble drevet i eksil eller arrestert og deres eiendommer ble konfiskert. Hans mor Theodora døde av mishandling i husarrest. Johannes VI’s hæravdeling nektet å følge ordre fra de nye makthaverne og proklamerte Johannes VI som sin keiser. Johannes selv aksepterte dette, men fortsatte å se på seg selv som regent for den unge Johannes V.