Hovedtyngden av Marit Skivenes forskning har rettet seg mot skjønnsutøvelse og beslutningsfatting i organisasjoner. Hun har særlig vært opptatt av statlig makt, legitimitet, offentlig innsyn, barns interesser og rettigheter, barnevernsystemer, utvikling av offentlig politikk, ytringsfrihet og varsling.