I 1999 trente Maturana det costaricanske landslaget i en kortere periode før han i 2000 ble ansatt som trener for det peruanske landslaget. Maturana kom senere tilbake for å trene det colombianske landslaget forut for turneringen Copa América som ble avholdt i 2001, som Colombia vant. Francisco Maturana blir ansett som en av de største søramerikanske trenerne gjennom alle tider og er fremdeles en legende innenfor colombiansk fotball.