Lyn hentet inn hele 9 spillere for å være rustet til spill i 2. divisjon i 2013. 7 av de 9 nye hadde tidligere spilt for Lyn. De tre største navnene var Andreas Moen, Gøran van den Burgt og Tom Kristoffersen. I årets første kamp slo Lyn Bossekop 2-1 samt sin egen tilskuerrekord på Frogner Stadion da 2384 fotballfrelste tok turen. I cupen røk Lyn etter ekstraomganger i 2. runde, da Adeccoliga-laget Mjøndalen ble et nummer for store på bortebane. Debutsesongen i Toppfotballen endte med en respektabel 4.-plass.