I en beretning fra 1600-tallet heter det at Christian IV hadde sendt Cunningham til Vardøhus for at han skulle bekjempe hekseplagen i regionen. Av rettsprotokollene fremgår det at han var til stede under behandlingen av enkelte av de mange og brutale hekseprosessene i Finnmark. 1638 falt Cunningham og brakk benet, etter sigende som følge av heksekunst. Begge kvinnene som hadde stått bak forbannelsen måtte på bålet. Under hans virke som lensherre kom 52 personer for retten anklaget for hekseri. De fleste av disse fikk dødsdom og ble brent.