Etter hvert kom han også med i etterretningsarbeidet det britiske Secret Intelligence Service organiserte i Norge. Den 9. april 1942 ble han, sammen med blant andre Hugo Munthe-Kaas, fraktet over til Storbritannia om bord på MK «Siglaos», ført av skipper Leif Larsen. Han gjennomgikk opplæring i radiotelegrafi og returnerte 7. mai til Brattvær og deretter med buss til Trondheim i det okkuperte Norge. Oppdraget var å drive etterretningsarbeid mot det tyske slagskipet «Tirpitz», som da befant seg i Trondheimsfjorden. Fougner etablerte radiostasjonen LEPORIS, som rapporterte tilbake til Storbritannia med opplysninger som ble ansett som svært betydningsfulle.