Sentralt i innsjøen ligger flere øyer, den største av dem er Helgö. Herfra strekker sjøen seg ut i fire store viker: mot Åby i nord, mot nordvest, mot sør og mot Sandsbro i sørøst. I Sandsbro er sjøen forbundet med Toftasjön gjennom en 300 meter lang kanal. Det er også en kanal i nordenden, som via sluse ved Åby forbinder Helgasjön med Tolgasjön og Asasjön i nord.