Før Amarnaperioden hadde den folkelige religionen gått mot stadig mer personlig forhold med gudene. Akhnatons endringer snudde denne trenden, men straks den tradisjonelle religion ble gjeninnført, kom det en tilbakegang. Folket begynte å tro at gudene var langt mer direkte involvert i deres daglige liv. Amon, den øverste gud, ble i økende grad oppfattet som den endelige mellomledd for menneskers skjebne og den sanne hersker av Egypt. Farao ble tilsvarende oppfattet som mer menneskelig og mindre guddommelig. Oraklenes betydning som et virkemiddel for å ta rett beslutning vokste, og det samme gjorde rikdommen og innflytelsen til de som tolket oraklene, presteskapet. Disse utviklingstrendene underminerte den tradisjonelle strukturen i samfunnet og bidro til å bryte ned det nye rike.