Tre underarter blir midlertidig anerkjent, men toppskarvens taksonomi har trolig behov for ytterligere revisjon. Underarten kan være uatskillelig fra , og ytterligere undersøkelser av forholdet er nødvendig. På den annen side kan fugler fra Galicia representere en hittil ubeskrevet underart, og genetiske bevis kan tyde på at fuglene er nærmere beslektet med vestlige middelhavsfugler enn med de atlantiske fuglene underarten har blitt tilordnet. Det er også avslørt at nominatformen består av to haplotyper; en vestlig som omfatter fugler i Bretagne i Frankrike og det meste av De britiske øyer, og en nordlig som omfatter fugler i Nord-Skottland, Island og Skandinavia/Kolahalvøya.