Christen Andersen var sønn av borgermesteren Anders Christensen og Dorthe Giertsdatter, og var etterkommer av Jørgen von Ansbach. Hans datter Anne Christensdatter var gift med lagmannen Claus Andersen, som også var Christen Andersens nevø. Christen Andersen var dermed morfar til Anne Clausdatter. Han var også morfar til Susanne Morland, som var gift med Hans Paus, som skrev visen om ektefellens kusine.