I alt ble Junkers F 13 produsert i rundt 332 stykker. Flyet fløy blant annet i Norge, Sverige, Finland, Island, Danmark, Estland, Latvia, Polen, Sovjetunionen, Tsjekkoslovakia, Østerrike, Tyskland, Belgia, Frankrike, Storbritannia, Spania, Portugal, Italia, Bulgaria, Romania, Ungarn, Sveits, Afghanistan, Persia (i dag Iran), Libya, Brasil, Japan, Bolivia, Peru, Canada (som Junkers-Larsen JL-6) og USA (som Junkers-Larsen JL-6). I 1949 ble det siste flyet tatt ut av tjeneste.