I 2013 ble Waqa valgt til president av parlamentet. Han vant valget med 13 stemmer mot 5 for Roland Kun. I januar 2014 overlevde han et mistillitsforslag som ble fremmet etter at regjeringen hans utviste den eneste dommeren som bodde på øya og nektet å gi visum til høyesterettsjustitiarius. De to dommerne var australske. Waqa ble gjenvalgt til parlamentet i 2016 og ble innsatt som president for en ny treårsperiode.