Han forente i 1820 Haïti, som siden Jean-Jacques Dessalines' død i 1806 hadde vært delt i en republikk i sør og et kongedømme i nord. I februar 1822 invaderte han Den dominikanske republikk, som hadde blitt uavhengig fra Spania bare to måneder tidligere, og forente slik hele Hispaniola under en regjering. Boyer ønsket å hindre et mulig fransk eller spansk angrep eller gjenerobring av de to landene på Hispaniola, og å sikre de dominikanske slavene deres frihet, og han forhindret av Santo Domingo ble forent med den søramerikanske nasjonen Gran Colombia, som var den dominikanske elitens plan.