Whittaker ble innvalgt til National Academy of Sciences i 1974, og mottok Ecological Society of America's utmerkelse Eminent Ecologist Award i 1981. Han samarbeidet med mange andre økologer, blant annet George Woodwell (Dartmouth College), William Niering, F. Herbert Bormann (begge Yale University) og Gene Likens (Cornell University), og var særlig aktiv i å fremme internasjonalt samarbeid.