Etter Moldovas uavhengighet i 1991 gjenoppretta hjelpebiskop Petru Păduraru av Bălți kontakten med den rumensk-ortodokse kirke, og ble i 1992 innsatt som dennes av patriarken av București. Kirka ble i begynnelsen nekta anerkjennelse av den moldovske regjeringen og måtte gå rettens vei via Den europeiske menneskerettsdomstolen før den ble registrert som trossamfunn i 2004. Bălți bispedømme ble også oppretta i 2004, bispedømmene Dubăsari og Sør-Bessarabia i 2006.