Prefekturets ansvarsområde ble etter hvert redusert ved at deler av området ble skilt ut som egne jurisdiksjoner: 1826 ble således Indonesia skilt ut som det apostoliske prefekturet Batavia (i dag 45 jurisdiksjoner i Brunei, Indonesia og deler av Malaysia). 1830 ble stillehavsøyene skilt ut som det apostoliske prefekturet Oseania (i dag 44 jurisdiksjoner i 21 land og territorier). 1841 ble Komorene, Madagaskar og Mayotte skilt ut som det apostoliske prefekturet Madagaskar (i dag 22 jurisdiksjoner i tre land). 1860 ble Zanzibar, Somalia og kyststrøkene i Kenya og Tanzania skilt ut som det apostoliske prefekturet Zanzibar (i dag ca. 37 jurisdiksjoner i tre land).