Kratzenstein ble døpt den 2. februar 1723 i Wernigerode i dagens Sachsen-Anhalt, Tyskland og vokste der opp i en borgerlig familie sammen med tre brødre. Faren sørget for at de ble gitt en god utdannelse og godt oppdratt. I årene 1733-42 var han elev ved latinskolen der i byen. Han hadde allerede da gjort seg bemerket ved sin vitebegjærlighet og store leselyst. Spesielt interesserte han seg for de siste oppdagelser innen naturvitenskap og mekanikk.