I 1946 flyttet Roy Innis med sin mor fra De amerikanske Jomfruøyer til New York City, der han tok eksamen ved Stuyvesant High School i 1952. Ved 16 års alder gikk han inn i den amerikanske armé, og ved 18 års alder ble han dimittert med heder. Han begynte da på utdannelse i kjemi ved City College i New York, som førte til en plass som forskningskjemiker ved Vick Chemical Company og Montefiore Hospital.