Amur har en rik fiskefauna med minst 123 naturlige arter fordelt på 23 familier. Elven er en overgangssone der de palearktiske og sinoindiske faunaene møtes. Fiskeartene kan deles i sju grupper: 10 arter er tilfeldige gjester fra havet, 15 er endemiske for Amur, 3 er anadrome og gyter kun i Amur, 5 er nesten endemiske, 25 er endemiske for Mandsjuria, 16 er nordlige og finnes også lenger nord, og 34 er sørlige og finnes også lenger sør. Fullstendig utbredelse er ikke kjent for alle arter, så de lar seg ikke sikkert plassere i en av gruppene. 24 fremmede fiskearter er oppdaget i vassdraget, og 16 av dem har etablert levedyktige bestander.