Jaan Manitski ble blant de eskilestlenderne som «reformkommunisten» Indrek Toome og etterfølgende nasjonale regjeringer benyttet som økonomiske rådgivere under løsrivelsesprosessen fra Sovjetunionen. I 1990 var han blant eksilestlenderne som ble valgt inn i Den estiske kongressen, som utfordret legitimiteten til de sovjetiske statsorganene. Fra april til oktober 1992 var Manitski utenriksminister i Tiit Vähis overgangsregjering. Manitski stod, som Lennart Meri før ham og Trivimi Velliste etter ham, for en tydelig vestligorientering.