I 1553 slo han seg ned i Novellara ved Mantova der han ble hos Gonzagaene. Fra 1561 var han medlem av hoffkapellet i Parma, som på den tiden ble ledet av læreren Cipriano de Rore. de Wert slo seg ned i Mantova for godt i 1565, først var han kapellmester ved S. Barbara, deretter som hertug Guglielmo Gonzagas komponist og kapellmester. I årene etter 1570 var de Wert nært knyttet til Estefamiliens hoff i Ferrara som på den tiden var et aktivt kultursenter, spesielt kjent for sitt progressive musikkmiljø.