I Bergen ble Foss trukket inn i enda verre konflikter enn i Stege, spesielt mens Peder Thott til Boltinggård (død 1604) satt som lensherre og høvedsmann på Bergenhus. I 1590 ble det rettet trolldomsanklager mot både biskop Foss' kone Marine og mot biskop Absalon Beyers enke Anne Pedersdatter. Marine ble anklaget for utøvelse av værtrolldom, og anklagen var fremmet av Oluf Gausdal som selv alt var dømt for trolldom og dermed «uærlig». Etter loven stod ikke en uærligs ord til troende, så biskop Foss påpekte at hans kone ikke trenge å møte i retten for slik anklage. Peder Thott opprettholdt den like fullt, og Gausdal fikk dermed utsatt sin egen henrettelse. Så alvorlig stod saken for Marine at bispeparet reiste til København og la saken frem for Christian 4., som påla Thott å frafalle anklagen mot Marine. Oluf Gausdals sak fikk gå sin gang. Men flere ganger måtte biskop Foss og hans kone dra til København, og saken pågikk i flere år.