Henrik døde av malaria i byen Messina i 1197. Året etter lot Constance den 3 år gamle Fredrik krone som konge av Sicilia, og i hans navn oppløste hun de bånd som hennes avdøde ektemann hadde knyttet mellom Sicilia og det tysk-romerske riket. Hun utviklet en helt annen politikk enn hennes ektemann hadde stått for. Hun omga seg med lokale rådgivere, og utlot den ambisiøse Markward von Anweiler fra innflytelse ved å holde ham til hans len i Molise.