På grunn av påståtte seksuelle trakasserier mot en kvinnelig bokhandler ble det åpnet en disiplinærsak mot Hartl. Sjefen for RSHAs personalavdeling, Bruno Streckenbach, kommanderte ham i 1942 til Einsatzgruppe C, en mobil innsatsgruppe som myrdet jøder, politiske kommissærer og andre for Det tredje rikets uønskede personer. Hartl ble stabssjef under Max Thomas. Etter eget utsagn var Hartl til stede ved to massehenrettelser.