Ruiz Mora var kapellan i San Jerónimo Gualco og San Esteban fra 1998 til 1999. Fra 2000 til 2005 var han kapellan ved campus ved Universidad Católica de Honduras i Juticalpa og fra 2002 til 2012 var han sogneprest ved -katedralen i Juticalpa, før han ble sogneprest for i Salamá i 2012. Fra 2016 til 2022 var han sogneprest i menigheten i La Unión. Fra og med 2022 var Ruiz Mora sogneprest i menigheten i Esquipulas.