Modellen har ingen beregning av partiklenes masser og av koplingskonstantene for kreftene som baseres på grunnprinsipper. Den er heller ikke noen fullstendig forklaring på hvilke partikkeltyper som opptrer og det antallet generasjoner man observerer (f.eks. leptoner og kvarker i tre generasjoner). Den opererer med 29 konstanter som må bestemmes ved eksperimenter. Flere foreslåtte teorier gir masser for partiklene som er svært mye høyere en det som observeres, og krever derfor korreksjoner eller elimineringer basert på forskjellige vekselvirkninger. Dette er ikke beskrevet i dagens teori, selv om det forventes at observasjoner av higgspartikkelen kan lede til nye beskrivelser. Standardmodellen inneholder ikke beskrivelser av strukturer (partikler og krefter) over 10 eV og opp til planckskalaen ved 2,4·10 eV der kvantumgravitasjonseffekter gjør seg gjeldende. Det er trolig at det både finnes ytterligere struktur, og at gravitasjon må finne plass i en fremtidig . Gravitonet som formidler kvantegravitasjon, er ikke påvist. Gravitasjon er ulik de andre vekselvirkningene ved at den påvirker tidrommets krumning (og trolig også dets størrelse: universets ekspansjon), og den effekten vi observerer som tiltrekning ved gravitasjon er en følge av denne krumningen. Man forventer at elektrosvak vekselvirkning og fargekraften vil arte seg som en felles kraftvikning ved høye energinivåer (, GUT) og at også gravitasjon inngår i en eller på enda høyre nivåer. Man vet nå at universet inneholder 96–98 % masse og energi som ikke er beskrevet av standardmodellen. Dette kalles mørk materie og deles i mørk masse (30 %) og mørk energi (70 %; der «mørk» har betydningen «ukjent», ikke «svart»). Mørk masse vekselvirker ikke med elektromagnetisme, men kopler med gravitasjon. Mørk energi er ukjent, men kopler trolig både til mørk masse og mørk energi og regnes som årsaken til universets ekspansjon. En av forklaringene er svært massive supersymmetriske partikler. Fordi standardmodellen er fullstendig symmetrisk, med unntak av svak vekselvirkning, ville man forvente at det observerbare universet besto av like deler materie og antimaterie. Antimaterie og materie ville da ha annihilert ettersom de kom i kontakt med hverandre om de var blandet. Om materien var fordelt i forskjellige regioner ville man forvente intens gammastråling der disse regionene var i kontakt. At man ikke har observert dette tyder på at universet stort sett består av vanlige partikler. Men svært kort etter Big Bang besto universet trolig av like deler materie og antimaterie (men med mange flere eksotiske og massive baryoner og mesoner enn i dag). De aller fleste annihilerte med hverandre, mens en svak ubalanse skapte de fermioner (f.eks. elektroner, protoner og nøytroner) vi ser i universet i dag. Men standardmodellens beregninger gir langt færre partikler (faktor 10) enn vi beregner i det observerbare universet.