Det opprinnelige HEPA-filteret ble tegnet på 1940-tallet og ble benyttet av Manhattan Project for å forhindre spredning av luftbårne radioaktive partikler. Det ble kommersialisert på 1950-tallet, og det opprinnelige uttrykket ble et registrert varemerke og en allmen betegnelse for høyeffektive filter.