Det antas at Akhundzada ble født i 1961 og vokste opp i Kandahar-provinsen i Afghanistan. Han tilhører pasjtunenes noorzai-klan eller stamme. Hans første navn, Hibatullah, betyr «Guds gave» på arabisk. Hans far, Muhammad Akhund, var en religiøs lærd og var imam i deres hjemlandsbys moské. Familien eide verken land eller frukttrelunder, og levde av hva menigheten gav faren enten i kontanter eller andeler av deres egen innhøstning. Akhundzada studerte under sin far.