Barrieren er tenkt å løpe rundt grensen mellom Vestbredden og Israel, men store deler av barrieren går nå også inne på selve Vestbredden, der den omringer blant annet israelske byer og veier, og sperrer palestinske byer og områder ute. Ifølge israelske kilder vil seks prosent av Vestbredden havne på israelsk side når barrieren er ferdigstilt. Mange kritikere ser på dette som en ren anneksjon fra Israels side, og Israel får kraftig kritikk fra det internasjonale samfunnet.