Lincoln planlegger blant annet å skaffe en bombe, for å planlegge et eksplosivt flukt-forsøk for Susan. Men flukt-forsøkene mislykkes, til slutt. Senere forsøker Susan å bruke Whistlers kjæreste Sofia som gissel. Den natten stjeler Lincoln en buss, for å slå ut kraftledningene til Sona-fengselet. Flukten blir til slutt vellykket. I løpet av sesong-finalen blir Lincoln, L.J. og Sofia sist sett ved et sykehus, hvor L.J. håndterer Sofias skader.