De største urbefolkningsgruppene i det som i dag er Yukon var gwich'in, hän, kaska, tagish, tutchone og tlingit (teslin). Med unntak av tlingitfolket (som taler et na-dené-språk) var alle gruppene athabaskiske. Tlingitfolket var hovedsakelig bosatt ved innsjøene i sør, inuittene bodde i nord, mens de athabaskiske gruppene bodde over store deler av Yukon. Indianerne i området hadde kulturelle og språklige likheter. De var jegere og samlere, som i stor grad livnærte seg av fisk, spesielt laks, i tillegg til større vilt, som karibu, og mindre vilt, i tillegg til bær og røtter når det var nødvendig. Inuittene i regionens nordlige del var kulturelt og språklig forskjellig fra resten av Yukons befolkning, og har tradisjonelt livnært seg av fisk og sjøpattedyr.