Etter møte med Reinhard Heydrich i Bratislava 10. april begynte den slovakiske regjeringen å deportere hele familier, til Auschwitz, Belzec og Sobibor. De minst nyttig og minst arbeidsdyktige ble sendt rett i gasskammeret. I slutten av juni 1942 var omkring 50 000 deportert. Eichmann var flere ganger i Bratislava for å følge opp deportasjonsarbeidet. Tiso-regjeringen stanset deportasjonene i oktober 1942.