I tillegg har Windows 2000-versjonen følgende begrensninger som ble fjernes i Windows XP: Defragmentering av NTFS-volumer med klyngestørrelse større enn 4 kB er ikke mulig. Det er ikke mulig å utføre finkornede flyttinger av ukomprimert NTFS-fildata. Å flytte en enkelt filklynge flytter også 4 kB-delen av filen som inneholder klyngen. NTFS-metadata, slik som Master File Table (MTF), eller metadata som beskriver en mappes innhold blir ikke defragmentert. EFS-krypterte filer defragmenteres ikke.