I 1802 ble kisten åpnet, og det ble konstatert flere runde hull i kongens kranium og et brudd i venstre tinning. Dette førte til spekulasjoner om at han var blitt myrdet. Noe slikt er imidlertid aldri blitt nevnt i tidligere kilder. Anatomen Frederik Schmidt mente etter detaljerte undersøkelser i 1874 at det dreide seg om nagler som har blitt slått gjennom kisten kort tid etter at døden inntraff, eller under transport av kisten fra Ålborg til begravelsen i Odense. Dette stemmer ikke helt med plasseringen av hullene. En annen mulighet er at kraniebruddet skjedde i forbindelse med fallet fra hesten, og at de andre hullene er fra trepanasjon, men det er også merkelig med flere trepanasjonshull. Kong Hans ble, sammen med resten av familien, gjenbegravd i Odense domkirke.