Cromwells konservative fiender, spesielt Thomas Howard, 3. hertug av Norfolk, grep sjansen og krevde at Cromwell skulle arresteres. Under et møte i Det kongelige råd den 10. juni 1540 ble han pågrepet og ført til Tower of London. Han ble rammet av en , dvs. at parlamentet kunne domfelle ham uten å gå veien om rettsvesenets domstoler. Han fikk leve lenge nok til å sørge for en annullering av kongens ekteskap med Anna.