Holger Vind var sønn av skipssjef og senere riksadmiral og riksråd Jørgen Vind (1593–1644) og Ingeborg Holgersdatter Ulfstand (1598–1652). Han var bror av Joachim Frederik Vind (1634–1687), som var stiftamtmann i Trondhjems stiftamt fra 1673 til sin død i 1687.