Belgiske styrker tok kontroll over Rwanda og Burundi i 1916, under den første verdenskrig, og startet en periode med mer direkte kolonistyre. Belgia styrte både Rwanda og Burundi som et mandatområde under Folkeforbundet kalt Ruanda-Urundi. Belgierne forenklet og sentraliserte også maktstrukturen, og introduserte store prosjekter innen utdanning, helse, offentlig arbeid og landbruk, deriblant nye avlinger og forbedrede landbruksmetoder for å forsøke å redusere forekomsten av sult. Belgierne fortsatte å favorisere tutsiene ovenfor hutuene, slik tyskerne hadde gjort. I 1935 innførte Belgia identifikasjonskort som viste etnisk tilhørighet. Tidligere hadde det vært mulig for spesielt velstående hutuer å bli «æres-tutsier», men disse identifikasjonskortene hindret dette.