Etter henrettelsen ble Marias skotske støttespillere svekket. Jakob klarte i betydelig grad å begrense de romersk-katolske adelsmennenes innflytelse i Skottland. Han innyndet seg enda mer hos protestantene da han i 1589 giftet seg med Anna, en prinsesse fra et protestantisk land og datteren til Fredrik II av Danmark. Selve bryllupet fant sted i Oslo, da det på grunn av uvær hadde vist seg vanskelig å få Anna over sjøen til Edinburgh.