Mangerud har vært ansatt ved Universitetet i Bergen siden 1963 og var 1977–2004 professor ved det daværende Institutt for geologi. Han er nå professor emeritus og har i tillegg en deltidsstilling ved Bjerknessenteret. Mangerud har vært gjesteforsker ved Universitetet i Stockholm, University of Colorado og University of Minnesota. Han har gjort mye feltarbeid i arktiske deler av Russland.