I november 1417 ble hun løslatt og utlevert til Burgund, trolig for at han ville få kontroll over hennes fullmakter. Isabella erklærte seg nå som aleneregent, men i januar 1418 overlot hun denne post til Burgund. Sammen med Burgund oppløste hun siden parlamentet og tok kontroll over hovedstaden og monarken. Den 28. mai 1418 slaktet Burgund Armagnacpartiets tilhengere i Paris og tronfølgeren flyktet fra byen og avslo Isabellas innbydelse til å forene seg med dem. I 1419 sluttet tronfølgeren Karl fred med Burgund, men myrdet ham under fredsforhandlingene.