Misjonsstasjonene hadde som viktigste mål å bringe den katolske tro til den amerikanske urbefolkningen i området. I tillegg skulle de bidra med å integrere de omvendte til det spanske samfunnet og sette dem i stand til å ta eierskap og ivaretakelse av deres egne områder. Som leder av fransiskanerordenen i California måtte Serra forholde seg også til de verdslige myndighetene i Mexico by og lokale militære kommandanter, i tillegg til de kirkelige myndighetene.