Han var nest eldste sønn av kong Frederik I og Sophie av Pommern, og ble oppdratt på Gottorp, hvor Frederik for det meste holdt hoff. Han fikk en pommersk magister, Peter Svave, som lærer. Denne hadde studert i Wittenberg og var en ivrig lutheraner. Kongen oppdaget imidlertid at Svave hadde mange talenter, og begynte å bruke ham som sendebud til fremmede fyrster. Han ble derfor erstattet av magister Hermann Bonne, som også var en venn av reformasjonen.