Hamilton ligger ved den gamle militærveien i Marion County og ble først kalt Toll Gate etter en bomstasjon på denne veien, som ble etablert tidlig på 1800-tallet. Men i 1883 tilbød kaptein Hamilton 40 acres for å etablere administrasjonen av Marion County like utenfor Toll Gate, og etter en folkeavstemning ble tilbudet mottatt. Byen fikk siden navnet Hamilton etter kapteinen. Byen vokste raskt, skole ble etablert i 1884 og få år etter kom high school.