I løpet av de påfølgende 85 år mislyktes ikke mindre enn 20 spanske generalguvernører, fra Gaspar de la Torre (1739–45) til Juan Antonio Martínez (1822–25), å få bukt med opprøret. Men i 1845 ble general Mariano Ricafort generalguvernør for Filippinene (1825–30). Han sendte en stor spansk-filippinsk styrke som gikk til angrep den 7. mai 1827. Men det skulle ta mer enn ett års harde kamper før det selvstendige Bohol var erobret og opprøret slått ned. De fleste av Dagohoy-opprørets styrker ble benådet, og ble bosatt i nye landsbyer i lavlandet. Disse landsbyene heter idag Batuanan, Cabulao, Catigbian og Vilar (Bilar).