Encellede organismer var de første levende vesner på jorda. Det finnes kjemiske spor av dem i 4 milliarder år gammel stein. De første organismene vi kjenner som mikrofossiler liknet dagens cyanobakterier. I løpet av de neste 3 milliarder årene gikk utviklingen langsomt, og alle organismer var mikroskopiske. Først for omkring 665 millioner år siden oppsto virkelige flercellede organismer. Derved har livet vært dominert av encellede organismer i mesteparten av jordas historie.