Under tredveårskrigen ble byen residensby for kurfyrste Maximilian I av Bayern i 1623, men ble okkupert av Gustav II Adolf av Sverige i 1632. To byllepest-epidemier i 1634 og 1635 tok livet av en tredel av byens befolkning. Under de bayerske kurfyrstene ble München et viktig senter for barokken, men led under to habsburgske okkupasjoner i 1704 og 1742.