Da Huset Habsburg var på kanten til å dø ut, så Frankrike seg om etter allierte i kampen mot det østerrikske hegemoniet. De tok derfor kontakt med Rákóczi og lovet ham støtte om han tok opp saken om ungarsk selvstendighet. En østerriksk spion fikk tak i denne informasjonen og informerte keiseren. Som direkte resultat av dette ble Rákóczi arrestert den 18. april 1700, og satt i fengsel i festningen i Wiener Neustadt (sør for Wien). Det ble tydelig under de forberedende høringene at, som med bestefaren Péter Zrínyene, var den eneste mulige dommen for Frans døden. Med støtte fra den gravide konen hans Amelia og fengselkommandanten, klarte Rákóczi å rømme og flykte til Polen. Her møtte han Bercsényi igjen, og sammem tok de kontakt med det franske hoffet.