Allerede i august 1939 ble 2 000 polakker arrestert og skutt i Tyskland. Den 1. september 1939, ved invasjonen av Polen, ble den andre fasen påbegynt, da etter hvert 20 000 polakker ble myrdet i 760 massehenrettelser, der blant andre Gerhard Flesch deltok. Den paramilitære 82 000 mann sterke tyske organisasjonen (= «Folketysk selvbeskyttelse») spilte en viktig rolle da operasjonen ble iverksatt. Operasjonen kom virkelig i sving månedene etter krigsutbruddet den 1. september 1939, og de kartlagte man fikk tak i, ble internert eller skutt. Konsentrasjonsleiren Stutthof øst for Danzig ble tatt i bruk i bruk i denne forbindelse.