Den 23. mai 2007 spilte Inzaghi for Milan mot Liverpool i Champions League-finalen, hvor han scoret to mål og ble matchvinner for Milan. Den 3. november 2010 mot Real Madrid i CL-gruppespill på San Siro ble Inzaghi historisk da han nettet sine 69. og 70. scoringer i europeisk sammenheng og er den mestscorende spilleren i Europa noensinne. Han slo rekorden til Gerd Müller og Raul som begge har 68 mål hver.