I tolv dager fra 5. til 16. mars 1869 fungerte han som landets utenriksminister under president Ulysses S. Grant, som selv i dag er den korteste embetsperioden for en amerikansk utenriksminister. Grunnen til den korte perioden var på grunn av Senatets etterforskninger mot Grant-administrasjonen på grunnlag av Grants forsøk på å utnevne kjøpmannen A.T. Stewart som finansminister, noe som gjorde at Grant så seg nødt til å rokere om på kabinettet. Washburne ble derfor hentet inn som en midlertidig løsning med felles enighet om at han ikke skulle gjøre omfattende endringer mens han satt i vervet.