I striden mellom pave Eugenius IV og motpaven Amadeus av Savoia («Felix V»), stilte erkebiskopen seg forsiktig på Felix V's og konsilets side. Ytterligere to provinssynoder i Salzburg, i 1439 og 1440, befattet seg likeså med tvisten mellom de to partier. Erkebiskop Johann II fikk ikke selv oppleve utgangen av skismaet.