Han var sønn av den irskættede politimannen John Patrick Hannegan og Anna Holden, og ble oppdratt som katolikk. Han giftet seg i 1929 med Irma Protzmann, som han fikk fire barn med. Etter juridisk eksamen ved St. Louis University i 1925 praktiserte Hannegan som advokat 1925–1942. I slutten av 1940-årene var han medeier i baseballklubben St. Louis Cardinals.