Som vrak var «Vasa» eksponert for både naturlige og menneskerelaterte påkjenninger ved å ligge i innløpet til Stockholm. Blant annet var flere tonn slagg og grus fra byggingen av tørrdokken ved Beckholmen på 1800-tallet dumpet ovenpå vrakstedet. Det meste av skansen og værdekket ble presset nedover som et resultat. Spor etter ankre som hadde festet seg på vraket, ble også oppdaget. Men de største skadene kom av naturlig nedbrytning i vannet og mudderet. De mange tusen nagler og bolter av jern i skroget, overbyggene og gallionen var de første som i tidens løp forsvant.