Harris ble for første gang president 27. april 1999, og forble det til 20. april 2000, da han ble erstattet av Bernard Dowiyogo, men ble igjen president 29. mars 2001 etter et mistillitsforslag mot Dowiyogo. Situasjon toppet seg i januar 2003, da begge var president to ganger hver. Dowiyogo vant til slutt «kampen», men hans død i mars 2003 begynte en ny runde med usikkerhet.