Som et av de opprinnelige medlemmene av IRBs militærkomité var Plunkett sentral i planleggingen av opprøret, og den endelige planen var for en stor del hans verk. Dermed kan man i ettertid også si at han hadde betydelig skyld for den militære katastrofen som fulgte, selv om det til hans forsvar må nevnes at også omstendigheter utenfor hans kontroll spilte inn. Kort tid før opprøret ble Plunkett lagt inn på sykehus. Han hadde en operasjon på kjertler i halsen bare noen dager før påske, og måtte karre seg ut av sengen for å være med på det han hadde lagt så mye arbeid i å planlegge. Iført bandasjer tok han opp sin post i General Post Office sammen med ledere som Pádraig Pearse og Tom Clarke. Operasjonssårene førte til at han ikke kunne være blant de mest aktive. Den unge Michael Collins var hans adjutant.