Bevegelsen bak universitetet deltok i en muslimsk motstand mot britisk styre, men da Mahatma Gandhi oppfordret til boikott av læresteder under britisk styre, brøt en gruppe akademikere ved Aligarh muslimske universitet ut og dannet det uregistrerte og ikke-akkrediterte i Aligarh. Det flyttet til Delhi i 1925, under ledelse av Zakir Hussain.