I 1552 ledsaget han og noen andre pater Frans Xavier østover, men de skilte lag i Malakka. Frans Xavier dro da videre mot Kina, der han døde. Gago ble så engasjert i Japan-misjonen, dit han ankom i 1555. Han fikk arbeidet i området til en av Bungo, Otomo Yoshishige. I Hirado utviklet han et katolsk fellesskap som kom opp i 500 medlemmer. Blant de konverterte var også ledende medlemmer av daimyoens hoff.