Han ble i 1944 leder for den vitenskapelige delen av Alsos-prosjektet, en hemmelig undersøkelsesaksjon som skulle etterforske tyskernes arbeid med utvikling av kjernevåpen. De søkte etter personell, registreringer, materiell og steder for å vurdere det tyske kjernefysiske prosjektet, styrke den amerikanske forskningen og hindre at de tyske forskningsresultatene falt i hendene på Sovjetunionen.