I flere år kom han i skyggen av landsmannen og konkurrenten Hermann Maier. Men med 10 verdenscupseire og totalseier i verdenscupen 2002, fremstod han som verdens beste alpinist. Nye høydepunkt i karrieren var gullmedaljer under OL 2002 og VM 2003. 17. september 2004 fortalte Eberharter at han la opp som aktiv utøver. Da hadde han 29 verdenscupseire, to sammenlagtseire, én OL-tittel og tre VM-titler. Han vant europacupen i alpint sammenlagt i sesongene 1988/89 og 1996/97.