Systemet med fagfellevurdering har også blitt kritisert fordi det i mange tilfeller fører til at det tar svært lang tid før vitenskapelige artikler trykkes, noen ganger flere år. Det har hendt at funnene i artikler har gått ut på dato før de har blitt publisert. En annen vanlig kritikk som særlig er aktuell i vitenskaper som humaniora og samfunnsvitenskap er at refereene favoriserer syn de selv er enige med, og lettere avviser artikler som hevder syn de er uenige i.