Mersey kan geografisk deles i to klart adskilte deler: Ferskvannselva fra Stockport ned til tidevannsgrensa i Warrington, og tidevannssonen og estuaret mellom Warrington og Liverpool. Foruten de nevnte to tilløpselvene Tame og Goyt så er de største sideelvene Gowy, Weaver, Sankey Brook, Bollin, Glaze Brook og Irwell.