Da pave Klemens VI døde, ble Aubert valgt til pave 18. desember 1352 etter at hver enkelt av kardinalene hadde bundet seg til en politisk linje dersom han skulle bli valgt. Aubert tok navnet Innocens VI – og en av hans første embetshandlinger var å erklære pakten mellom kardinalene som ulovlig og dermed ugyldig.