Bymuseet var inntil utgangen av 2005 fortsatt organisert som en privat forening, men ble i hovedsak finansiert ved offentlige tilskudd fra Oslo kommune og staten. Foreningen ble oppløst ved vedtak i generalforsamlingen på hundreårsdagen 22. desember 2005. Samtidig ble det besluttet å opprette en stiftelse til å forvalte eiendomsretten til samlingene og en venneforening til å ivareta medlemmenes interesser.