Etter sin prestevielse i 1917 ble Jos Baeten kapellan i Sas van Gent i provinsen Zeeland, direkte ved den belgiske grense. Etter at han i 1921 ble utnevnt til sekretær for Breda bispedømme, hadde han forskjellige apostolater der. Årene 1933-1934 car han sogneprest og dekan i Ginneken, og i 1945 ble han generalvikar, dekan i byen Breda og pastor for byens .