Fisket etter sild og torsk vokste også i betydning i løpet av 1800-tallet. Sildefisket ekspanderte generelt i Skottland på den tiden, med fiskestasjoner som ble satt opp i avsidesliggende områder. Sildefisket begynte i 1814 på Stronsay og spredte seg snart over hele Orknøyene. Ved midten av århundret hadde Shapinsay 50 sildebåter. Torsk ble viktig i stor grad ettersom Napoleonskrigene tvang engelske fiskebåter til å fiske lengre nord. Lokale fiskere, som hadde fanget fisk med liner fra småbåter i århundrer, begynte også å tråle etter torsk. Dette var imidlertid i stor grad en deltidssatsing, i motsetning til på Shetland, hvor mange av innbyggerne livnærte seg av fiske. Med slutten av napoleonskrigene, som førte til at billigere kilder til soda ble tilgjengelig fra det kontinentale Europa, kollapset tareindustrien i 1830. Denne kollapsen bidro til å drive landbruksreformen, ettersom gårdbrukere som var vant til å tjene en ekstra inntekt nå måtte skaffe større inntekter fra jordbruk.