Giuseppe Betori studerte til prest først ved Pontificio seminario regionale umbro og så ved Gregoriana i Roma,, der han var student under Carlo Maria Martini, og avla lisensiatseksamen i teologi. Han ble presteviet i 1970 av biskop Siro Silvestri av oligno. Betori disputerte i bibelvitenskap ved Det pavelige bibelinstitutt i Roma i 1981.