Pike og hans menn ble ført til Santa Fe, og derfra til hovedstaden Chihuahua i delstaten av samme navn hvor han ble ført fram for kommandant general Salcedo, som også var guvernør for delstaten. Salcedo huset Pike sammen med Juan Pedro Walker, en kartograf som også fungerte som tolk. Walker transkriberte og oversatte Pikes konfiskerte dokumenter, blant annet hans reisedagbok.