I april 1940 var «Sanct Svithun» på sitt årlige verkstedopphold, og DS «Kong Haakon» gikk som avløserskip for henne. Ved angrepet på Norge 9. april 1940 var DS «Kong Haakon» på nordgående fra Hammerfest til Havøysund. Alle hurtigruteavganger ble innstilt, og skipet ble rekvirert av de norske myndighetene. Hun fraktet avdelinger fra Alta bataljon sørover til Narvik 19. til 20. april. Etter den norske kapitulasjonen ble skipet returnert til rederiet. I 1942 fikk Det Stavangerske Dampskibsselskab pålegg fra Quislings regjering om å døpe om skipet til «Kong Sverre». 30. september 1943 ble «Sanct Svithun» senket av britiske bombefly ved Stad, og DS «Kong Sverre» tok hennes plass i hurtigruten. I mars 1944 på nordgående ble skipet angrepet av en uidentifisert ubåt ved Stad. 3 torpedoer ble avfyrt, men ingen av dem traff. I Bergen den 20. april 1944 ble DS «Kong Sverre» sterkt skadet av en kraftig eksplosjon i det nederlandske ammunisjons­skipet «Voorbode» som lå ved Festningskaien. DS «Kong Sverre» ble tatt ut av hurtigruten og lå i opplag i Bergen til krigen var over. I mellomtiden ble hun erstattet av Det Stavangerske Dampskibsselskabs DS «Christiania» i hurtigruten.