I den nederlandske mesterklubben erstattet Kuyt Pierre van Hooijdonk som forlot klubben. Kuyt ble raskt en publikumsfavoritt. Hans første sesong endte med 20 mål igjen. Sesongen 2004-05 startet med hans første hattrick mot De Graafschap. Han fortsatte så med å score 3 mål i 6-3 seieren over ADO Den Haag og avsluttet sesongen som toppscorer med hele 29 mål, det høyeste han har scoret på en sesong.