I er tidligere Jedimester, Count Dooku, Palpatine sin nye lærling, og får et nytt navn, Darth Tyranus. Dooku starter separatistbevegelsen Confederacy of Independent Systems, som truer den ustabile Republikken. Senator Padme Amidala sender representanten Jar Jar Binks, som får igjennom en lov som gir kansleren ekstra makt. Når Jediene oppdager trusselen begynner Klonekrigene med en kamp for å redde en fanget Jedi på Geonosis.