Klæbo slo alle konkurrentene i sprinten i nasjonal åpning på Beitostølen i november 2016. Han markerte seg internasjonalt uken etter, da han vant prologen og kom på tredjeplass i det første rennet i Verdenscupen i langrenn 2016/17, i Kuusamo. I desember 2016 fikk han representere Norge i mini-touren på Lillehammer, der ble han nummer 2 sammenlagt, bare slått av Martin Johnsrud Sundby.