På denne tiden begynte klosteret å spille en større rolle også i forsvaret av Nord-Russland. I 1582–1594 reiste munkene en festning etter ordre fra tsaren. Den ble bygget av svære kampesteiner, og ble en av de største og mektigste festningene i Russland. I mange århundre voktet festningen og dens garnison den russiske grensen. (tittel som tilsvarer ) i klosteret ble utpekt av patriarken og tsaren selv. I 1765 ble Solovkiklosteret (fra gresk: : «kors» og : «å stadfeste»), det vil si at det ble direkte underlagt kirkesynoden.