I 1273 ble erkebispesetet offisielt flyttet til dagens Uppsala der Uppsala domkirke hadde blitt påbegynt før den tid. Dit flyttet også navnet Uppsala som tidligere hadde blitt kalt . Kirken, som da var en katedral med tre skip med korsarmer ble degradert ned til en sognekirke. I løpet av 1400-tallet fikk kirken sitt nåværende utsende da langhuset med og korsarmene ble revet etter ytterligere en brann.