Da han ble valgt til ny partileder i 2004, ble han medlem av Riksdagens utenriksnemnd. Hägglund var sosialminister i Fredrik Reinfeldts borgerlige koalisjonsregjering 2006–2014, og gjennomførte flere endringer i folketrygden, liberaliserte alkohollovgivningen, og avskaffet monopolrettighetene til Apoteket AB. I 2012 ble Hägglund utfordret om partiledervervet av gruppeleder Mats Odell, men ble gjenvalgt med stor margin. Ved valget i 2014 tapte regjeringen sitt parlamentariske grunnlag, og Hägglund gikk tilbake til Riksdagen. Den 29. januar 2015 avgikk Hägglund som partileder etter eget ønske.