Søren Bruun Bugge var sønnesønn av presten Søren Bugge, sønn av biskop Peter Olivarius Bugge og bror til pedagogen Frederik Moltke Bugge. Som Norges eneste filologiske kandidat ble han i 1820 utnevnt til lektor i latin ved universitetet i Christiania, hvor han alt tidligere hadde holdt forelesninger. Fra 1825 til 1833 var han professor, og fra 1833 til 1847 rektor ved Christiania katedralskole. I 1847 tok han teologisk embetseksamen og ble samme år utnevnt til sogneprest. Fra 1851 til 1878 var han prost i Hadeland, Ringerike og Hallingdal prosti.