Når 1987-versjonen av Shredder får vite om de to forskjellige skilpadde-lagene, tror han det muliges kan eksistere av en annen Shredder i denne nye dimensjonen. Kjeltringene Shredder og Krang Ch'rell ble forvist til en avsidesliggende asteroide etter den tidligere konflikten. Men hans adopterte datter Karai forsøker å frigjøre ham og gjenopprette det kriminelle syndikatet Foot Clan. Etter en kort periode i 1987-universet, er Ninja Turtles i stand til å komme seg tilbake til 2003-universet. Men de oppdager snart at de ikke er de eneste versjonene av seg selv i dette multiverset.