De eldste funn av beinfisker er kjent fra slutten av silur (ca. 400 mill. f. kr.). Fossile funn av beinfisk er funnet fra gruppene kvastfinnefisker (Crossopterygii) , lungefisker (Dipnoi), piggfinnefisker (Acanthodii) og strålefinnefisker (Actinopterygii).