Selv om han var en dypt engasjert katolikk samarbeidet han utenrikspolitisk med de protestantiske landene England og Nederland. Innenrikspolitisk var hans regjeringstid kjennetegnet av voksende sentralisme, noe som førte til uroligheter særlig i Ungarn, og av en motreformatorisk preget katolisisme. Leopolds politikk var innrettet mot undertrykkelse av den særlig i Ungarn sterke protestantisme. Til denne kontekst må også fordrivelsen av jødene i 1670/71.