Den 1. mai 1229 seilte Fredrik ut fra havnen i Akko, og gikk i land på Kypros for å delta i bryllupet ved stedsfortreder mellom Henrik I av Kypros og Alice av Montferrat. Bruden ble senere fraktet til Kypros av keiserens støttespillere. Han ankom Brindisi den 10. juni 1229, og det var en måned før paven var klar over at han hadde forlatt Det hellige land. Utpå høsten hadde han gjenvunnet full besittelse av sitt keiserdømme. Fredrik skaffet seg lettelser fra paven fra sin ekskommunikasjon den 28. august 1230 med en ny avtale, traktaten i San Germano, og han returnerte varene som ble konfiskert på Sicilia til tempelherrene og johanitterridderne.