Våren 1644 ble han stilt for retten, men saken endte uten at retten klarte å komme frem til en dom. Parlamentet tok saken, og vedtok til slutt en særlov som førte til at Laud ble halshugget på Tower Hill den 10. januar 1645. Han ble benådet av kongen, men dette ble ikke tatt til følge.