Føyn overtok i 1938 professoratet i zoologi ved Universitetet i Oslo etter Kristine Bonnevie som hadde hatt det siden 1912. Han satt i dette til 1968, samtidig som han bestyrte nevnte zoolab 1938–64. Føyn utførte mye av sin forskning ved Biologisk Stasjon i Drøbak som han var bestyrer for 1945–67, og som i 1977 sjøsatte det 40 fot store forskningsfartøyet «F/F Bjørn Føyn». Han bestyrte også Institutt for genetikk 1952–60.