Munkeordnene var en viktig del av koloniseringen, fordi de arbeidet for å omvende urfolket til katolisismen, og dermed passiviserte dem. De eldste finnes i og rundt Mexico by. Etterhvert ble også mer fjerntliggende områder nådd av munkenes misjonsiver. De første områdene i nord var gruvebyer som Zacatecas og San Luis Potosí. Nye kolonier kom også til i fjerntliggende områder i nord som Monterrey og Saltillo i 1577 og Santa Fe i dagens New Mexico i 1608, og på begynnelsen av 1700-tallet nådde også misjonærene langt inn i Texas. Fransiskanernes misjonsstasjoner nordover langs stillehavskysten inkluderte slike som senere ble storbyer i den amerikanske delstaten California. ble til San Francisco, ble til San Diego. Storbyen Los Angeles vokste opp rundt en kirke som var påtenkt som kjernen i en fransiskanermisjon, (misjonen ble til slutt anlagt like i nærheten, med et annet navn). De nordligste misjonene ble anlagt på slutten av 1700-tallet nord for San Francisco, hvor de etterhvert støtte sammen med russisk fremrykking.