I 1521 nevnes Håja i regnskapsbøkene for første gang. Allerede da skal det ha bodd rundt 20 personer på øya. Så har det bodd 3-4 familier på øya hele tiden. 1533 hadde Olav Engelbrektsson en avgift til alle som drev med fiske fra Håja. Dette kan tyde på at Håja var underlagt bispestolen. Øya tilhørte kongen 1666.