Sollyset vil imidlertid ikke nå særlig langt ned i vannet, og svevende partikler i vannet har stor betydning for absorpsjonen. Dermed vil et klart fjellvann gjerne ha lys langt ned, mens et vann med mye humus demper lyset mest. Organisk liv er mest intenst i de øverste vannmassene, og når organismer dør faller de mot bunnen av innsjøene. De blir med andre ord til sedimenter, men på grunn av sjiktene i innsjøen er det ikke slik at alt når bunnen. På bunnen er det spesialiserte dyr som har tilpasset seg et liv med lite lys og stadig tilførsel av organisk materielle. I noen innsjøer er det så stor felling av sedimenter og tilsvarende stor nedbryting av dette organiske materialet, at dette fører til oksygenmangel. I forurensede innsjøer kan stor bioproduksjon føre til at bunnen blir oksygenløs i perioder.