Feyling meldte seg inn i Nasjonal Samling i november 1940. Som ekspedisjonssjef under NS fra februar 1941 kom han raskt i konflikt med kirken. Han mente at prestene skulle være lydige mot makthaverne og ikke blande seg i politikk, men konsentrere seg om evangeliet. Feyling forsvarte en autoritær og anti-liberal linje, og mente Vidkun Quisling var Guds gave til Norge. Han var Den midlertidige kirkeledelses hovedmotstander. Ragnar Skancke var Feylings sjef i departementet, og Feyling hadde ansvar for utredninger og lovutkast som berørte blant annet jødene.