Etter at spilleren fullfører Yunas pilegrimsreise, forteller Lady Yunalesca—Yevons datter og den første tilkalleren som bekjempet Sin—gruppen at Final Aeon blir laget av ånden til en som står tilkalleren nær. Etter at Sin er blitt bekjempet, besetter Yu Yevons ånd aeonen og transformerer den om til en ny Sin. Laget bestemmer seg for å ikke bruke Final Aeon og de slår Yunalesca. De prøver å finne en ny måte å ødelegge Sin på for godt som ikke involverer at noen blir drept. Dette fører til at gruppen går inn i kroppen til Sin og kjemper mot Seymour, Jechts fengslede ånd og Yu Yevon. Sins gjenfødelsessyklus stopper og åndene til Spiras fayth blir frigjort fra sitt fangenskap og får aeonene, Dream Zanarkand og Tidus gradvis til å forsvinne i prosessen. Etterpå taler Yuna til befolkningen i Spira og beretter at hun vil hjelpe til med å gjenoppbygge verdenen nå som den er blitt kvitt Sin. Etter rulleteksten vises en kort scene med Tidus undervann. Han åpner øynene og begynner å svømme opp mot skjermen som falmer til hvit. Denne scenen blir forklart i oppfølgeren hvis spilleren oppnår visse kriterier.