Holbergprisen i skolen ble opprettet av Stortingen i 2003, som en del av Holbergprisens aktiviter. Formålet med Holbergprisen i skolen er å stimulere barn og unge til å bli interessert i humaniora, samfunnsfag, juss og teologi og å rette søkelyset på forskning innenfor disse fagfeltene. Hvert år inviteres derfor elever ved landets videregående skoler til å gjennomføre et forskningsarbeid med hjelp fra etablerte forskere. Skoleåret 2018/2019 fikk Holbergprisen i skolen økte bevilninger fra Kunnskapdepartementet, og muligheten til å utvide antall deltakerskoler fra 12 til 20, og følgelig antall elever fra rundt 500 til 700. Deltakerskolene blir valgt ut av en fagjury basert på søknaden som skolen sender inn. Søknadsfristen er 1. oktober hvert år. Fagjuryen er også ansvarlig for sluttvurderingen av alle bidragene som kommer inn, og kårer vinnerbidragene for Holbergprisen i skolen. I tillegg bestemmer fagjuryen hvem som skal motta årest lærerpris.