Etter at Tagovailoa gikk til NFL i NFLs draft i 2020 tok Jones over som Alabamas startende quarterback. I en kamp mot #3 Georgia kastet han for 417 yards og fire touchdowns, og hjalp Alabama til en 41–24 seier. På allehelgensaften ledet an Tide til en 41–0 seier over Mississippi State. Han kastet for 291 yards og fire touchdowns, hvorav alle gikk til Devonta Smith. Etter en seier over LSU hvor Jones kastet for 385 yards og fire touchdowns hadde Tide sikret en tur til SEC Championship Game mot Florida. Der kastet Jones for 418 yards og fem touchdowns, og Alabama vant kampen 52–46. De ble deretter valgt til å møte Notre Dame i Rose Bowl hvor han kastet for fire touchdowns på vei til en 31–14 seier.