Yukio Hatoyama vendte tilbake til toppen av partiledelsen og var fra 1999 til 2002 partiets leder. Selv om velgerne ga partiet en viss framgang i valget til underhuset i juni 2000, levnet velgerne Yukio Hatoyama liten sjanse til å innta noen ledende posisjon. Etter avbruddet i 1993–1994 var Det liberaldemokratiske parti tilbake i stillingen som landets dominerende parti, uten reelle regjeringsalternativer blant opposisjonspartiene. Det demokratiske parti strevde med å definere sin profil og vekslet mellom å framstå som et samarbeidsparti og et opposisjonsparti i forhold til liberaldemokratene. Yukio Hatoyama hellet til at partiet burde definere seg som et reelt opposisjonsparti og regjeringsalternativ. I meningsmålinger gjennomført i august og november 2000 anså likevel bare 1,3 og 2,2 prosent at Yukio Hatoyama burde være Japans leder i det 21. århundre. Også Yukio Hatoyamas bror Kunio anså på denne tiden at Det demokratiske parti aldri ville bli et regjeringsparti, men var henvist til evig opposisjon, slik sosialistpartiet hadde vært.