MKS-viruset kan overleve i materiale fra blærene i flere uker. Fôr og omgivelser er smittefarlige i en måned, lengre i kalde miljø og i frossen mat kan viruset overleve i flere år. Derimot ødelegges det av koking og høy eller lav pH. Desinfeksjonsmidler som blant annet sitronsyre, lut, krystallsoda og Vircon S er virksomme.