Hun ble etter juridisk eksamen ansatt i Williams and Glyn's Bank, Ltd. i London i 1974. Fra 1975 var hun sju år i Norsk Garantiinstitutt for Skip og Borefortøyer, først som assisterende direktør og fra 1981 som administrerende direktør. Hun ble i 1983 administrerende direktør i Studentsamskipnaden i Oslo. Siden var hun administrerende direktør i Kjøbmandsbanken før hun i 1986 ble administrerende direktør i Norges Postsparebank. Da denne siden ble omorganisert, ble Olav Fjell administrerende direktør og Inger Prebensen viseadministrerende direktør. Fra januar 1996 arbeidet Inger Prebensen for Det internasjonale valutafondet (IMF) i Washington D.C. og hadde flere toppstillinger der, men hun er nå pensjonist. I 2014 ble hun president i Nordmanns-Forbundet som i 2020 fusjonerte med Norge-Amerika Foreningen.