Harald zur Hausen, fra adelsslekten , ble født i Gelsenkirchen i en katolsk familie. Han tok sin Abitur ved det gammelspråklige gymnasiet Antonianum i Vechta i 1955. Han studerte medisin ved Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität i Bonn, Universität Hamburg og Heinrich-Heine-Universität i Düsseldorf. I 1960 ble han dr.med. ved universitetet i Düsseldorf.