Etter hans død den 7. september 2004, lovprise Nelson Mandela ham som «en sann humanitær og en sann sønn av Afrika. Naudé fikk en offisiell statsbegravelse som ble avholdt lørdag 18. september 2004 og ble fulgt av president Thabo Mbeki, andre prominente og høytstående sørafrikanske tjenestemenn. Naudés aske ble spredt i bydelen Alexandra, like utenfor Johannesburg. Han mottok flere æresbevisninger fra flere forskjellige land mens han levde og etterlot seg sin kone, fire barn og to oldebarn.