I 1950 ble Harald Andersen hentet av P.V. Glob til Forhistorisk Museum i Århus – som seinere flyttet til herregården Moesgård og i dag heter Moesgård Museum – hvor han skulle være museumsinspektør. I tiden her gjennomførte han blant annet de første utgravinger i Illerup Ådal. I 1957 begynte han fra lokalene i Forhistorisk Museum for Jysk Arkæologisk Selskab utgivelsen av tidsskriftet , som raskt oppnådde store opplagstall. Da i 1966 gikk fra 36 000 abonnenter til 48.000 (en økning på 33%), forlot Harald Andersen Forhistorisk Museum og fikk en lønnet fulltidsstilling som redaktør for , som samtidig ble løsrevet fra Jysk Arkæologisk Selskab og nå ble utgitt Wormianum, en selveiende institusjon stiftet av selv. Da Forhistorisk Museum flyttet til Moesgård, bygget Wormianum et eget hus i Højbjerg, hvor Harald Andersen innredet en leilighet til seg selv. I 1978 ble det også innredet et dendrokronologisk laboratorium i huset.