Spilleren får etter hvert flere allierte når de går videre til forskjellige områder i spillet. Bare en enkelt partner kan følge Mario i over-verdenen, selv om spilleren når som helst kan bytte på dem. Disse karakterene kan også hjelpe Mario i løpet av spillets kamper. Men skadene som blir påført dem resulterer i midlertidig lammelse fordi de ikke har noen individuell HP-statistikk. Spilleren kan også oppdage skjulte oppgraderinger i spillets over-verden, som kan fremme en av karakterene til en ny rang.