Amy Irving hadde et forhold med den amerikanske filmregissøren Steven Spielberg fra 1976 til 1980. Hun hadde et kort forhold til Willie Nelson, hennes medskuespiller i filmen . Bruddet med Spielberg kostet henne rollen som Marion Ravenwood i , som han hadde tilbudt henne på den tiden, men de fant sammen igjen og var gift i perioden 1985 til 1989, hvorpå hun ved skilsmissen mottok et beløp estimert til USD 100 millioner etter at en dommer satte til side en ektepakt som hadde blitt skrevet på en serviett. I 1990 ble hun romantisk og profesjonelt involvert med den brasilianske filmregissøren Bruno Barreto; de ble gift i 1996 og skilt i 2005. Hun har to sønner, Max Samuel (med Spielberg) (født 13. juni 1985) og Gabriel Davis (med Barreto) (født 4. mai 1990). Hun er gift med Kenneth Bowser, Jr., en dokumentarfilmprodusent, som er mest kjent for å ha laget , en filmatisering av en bok av Peter Biskind.