Kjelleren består av trapperommet samt et større kjellerrom. Kjellerrommet er dekket av et tønnehvelv av stein. Tre mindre vindusåpninger finnes i rommets nordlige del. En av disse har blitt gjort om til et røykhull for ildstedet som trolig ble plassert her på 1500-1600-tallet. Ved utgravningen av gulvet ble det klargjort at det opprinnelige gulvmaterialet var av tre. Under utgravningen fant man også en forklaring på en gammel legende om en hemmelig gang mellom Steinhuset og de nærliggende Søsterkirkene. En åpning med et hvelv på ble funnet under gulvnivået i gavelmuren. Denne viste seg å være en opprinnelig muråpning for drenering av kjelleren.