Fénelons oppdrager- og sjelesørgerbegavelse gjorde Jacques Bénigne Bossuet oppmerksom på ham, og på hans anbefaling ble han etter opphevelsen av Nantes-ediktet i1685 oppdraget å lede omvendelsearbeidet blanr hugenottene i vestre Frankrike. Han frabad seg militær støtte til dette, men avviste prinsipielt all toleranse mot protestantene.