Mot slutten av 500-tallet slo slaverne (dagens kroater) seg ned i byen. Ilok lå kortvarig under det midlertidige bulgarske riket til ungarerne fikk kontroll over byen. 1365 ble byen forlent til Nikola Kont. 1526-1688 lå byen under osmanene. Fra 1566-1569 hadde Ilok 238 muslimske og 27 kristne hjem. I 1572 fantes det 386 muslimske og 18 kristne familier. I 1699 besto byen av 1160 hus og i byen fantes to moskeer.