I 1992 forlot Moreno-Ocampo sin posisjon som aktor for å starte et advokatfirma som spesialiserte seg på korrupsjonskontroll, strafferett og menneskerettigheter. På samme tid ble han en førsteamanuensis i strafferett ved Universitetet i Buenos Aires. Han har også vært gjesteprofessor ved Stanford University og Harvard Law School. I tillegg til sine faglige oppgaver, har han vært svært aktiv i anti-korrupsjonsorganisasjonen Transparency International, han er den tidligere presidenten i styret for deres kontor for Latin-Amerika og Karibia og er nåværende medlem av det internasjonale styret i organisasjonen.