En gradvis forhøyning førte til et nivå på rundt 1,75 meter nedenfor dagens for rundt 5 500 år siden, og skapte flere karstblokkøyer av kalkstein, noe som ble lokaliseringen til de aller første bosetningene ved Miletos. For rundt 1500 år siden skiftet karst-topografien grunnet mindre skorpebevegelser og øynene dannet en fast enhet i form av en halvøy. Deretter hevet havet seg rundt 1,75 meter, men halvøya har blitt omgitt av sedimenter fra Mendereselven og er i dag landfast. Sedimenteringen av havnen begynte en gang rundt 1000 f.Kr. og ved år 300 e.Kr. hadde innsjøen Bafa blitt skapt.