McClellan flyttet Army of the Potomac til Centreville som en «testmarsj» før avgangen til halvøya. Han oppdaget der hvor svak Johnstons styrke og stilling faktisk hadde vært, og han stod ovenfor økende kritikk. 11. mars avløste Lincoln McClellan som øverstkommanderende for Unionens arméer slik at han kunne konsentrere seg fullt og helt om det vanskelige felttoget som lå foran ham. Lincoln selv, med hjelp fra krigsminister Stanton og et krigsstyre av offiserer, overtok kommandoen av arméene de neste fire månedene. Army of the Potomac begynte å dra mot Fort Monroe den 17. mars. Avgangen ble fulgt av en bekymret følelse. De første kampene mellom panserskip skjedde den 8. og 9. mars da CSS «Virginia» og USS «Monitor» utkjempet det uavgjorte slaget ved Hampton Roads. Bekymringen til hæren var at deres transportskip skulle bli angrepet av disse nye våpnene. US Navy klarte ikke å forsikre McClellan at de kunne beskytte operasjoner ved hverken James eller York, derfor ble hans idé om å gå i land på begge sider av Yorktown forkastet, og han beordret at fremrykningen på halvøya skulle starte 4. april. 5. april ble McClellan informert om at Lincoln hadde kansellert bevegelsen til generalmajor Irvin McDowells sitt korps mot Fort Monroe. Dette gjorde han fordi McClellan ikke hadde klart å etterlate det avtalte antallet styrker i Washington, og fordi Jacksons Shenandoah-felttog skapte bekymringer. McClellan protesterte voldsomt mot at han ble tvunget å lede et betydelig felttog uten de lovede ressursene, men han fortsatte likevel.