Japanerne satte i gang store reformprosjekter i Korea, bl.a. modernisering av skolevesenet, men støtte på sterk motstand i befolkningen. Utad vakte det japanske hegemoniet reaksjoner, særlig i Russland, som hadde inngått en leieavtale med Kina om Port Arthur og Dairen på Liaodong–halvøya, og som nå så sin fortsatte ekspansjon sørover truet av japanerne. Konflikten utløste den russisk-japanske krig i perioden 1904–1905. Korea erklærte seg først nøytralt, men lot japanerne benytte landet til gjennommarsj. Ved krigens slutt ble Japans overhøyhet over Korea internasjonalt anerkjent gjennom Portsmouth–avtalen, som kom i stand ved amerikansk mellomkomst. Samme år tvang Japan Korea til å undertegne en traktat som gjorde landet til et japansk protektorat, og i 1910 ble Korea offisielt annektert av Japan. En motstandsbevegelse ble organisert, og foretok aksjoner mot japanerne, men etter hvert ble den tvunget til å trekke seg vestover inn i Mandsjuria. Syngman Rhee opprettet og ledet en eksilregjering i Shanghai, og koreanere deltok på kinesisk side i krigen mot Japan.