Schjelderup arbeidet med en psykoanalytisk tilnærmelse til religion, og oversatte også Sigmund Freud til norsk. I 1927 var han med på å stifte . Året etter, i 1928, var han eneste søker på stillingen som sogneprest i Værøy og Røst. Kirkeminister Sigvald Mathias Hasund nektet å utnevne ham «fordi hans stilling til den lutherske religion er slik at han ikke på lovlig måte kan ansettes i et geistlig embete». Dette utløste sterk debatt i samtiden. Mange år senere erklærte Schjelderup selv at dette nok var en riktig vurdering av statsråden, men at det hadde vært sårt og vondt den gang det skjedde.