Samtidig som at det er enighet om at CFS er en genuin trussel mot helse, velvære og produktivitet, hersker det også strid om mange aspekter ved lidelsen; legegrupper, forskere og talspersoner for pasienter fremmer ulike diagnostiske kriterier, etiologiske hypoteser og behandlinger. Betegnelsen kronisk utmattelsessyndrom er i seg selv kontroversiell, da mange pasienter og interessegrupper, samt enkelte eksperter, ønsker å forandre betegnelsen fordi de mener den ikke formidler alvoret i sykdommen og dermed virker stigmatiserende.