Cortes tjente som hjelpebiskop av Cebu samt sogneprest i («Quiapo of Cebu») fra januar 2002 til november 2013, i nesten tolv år, noe som ga ham rike pastorale erfaringer og muligheter under veiledning av to erkebiskoper av Cebu, kardinal Ricardo J. Vidal og hans etterfølger Jose S. Palma. Bortsett fra ansvar i erkebispedømmet i Cebu, fungerte Cortes også som leder av fra 2007 til 2013, i tillegg til å være medlem av to andre kommisjoner ( og ).