Klubben ble opprettet i 2002 som en protest mot at man flyttet klubben Wimbledon FC (som senere skiftet navn til Milton Keynes Dons FC) fra bydelen Wimbledon til Milton Keynes til tross for sterke protester fra klubbens supportere. Klubben og fansen ser på AFC Wimbledon som en naturlig fortsettelse på Wimbledon FC, og at Milton Keynes Dons FC verken representerer folket eller klubbens minne.