I det påfølgende året arbeidet Perutz sannsynligvis i firmaet til sin far. Til vintersemesteret 1905/1906 skrev han seg inn ved det filosofiske fakultetet ved Universitetet i Wien, som gjestestudent siden han ikke hadde eksamen artium. Han gikk på forelesninger i matematikk og samfunnsøkonomi. Året etter skiftet han til Technische Hochschule Wien, der han studerte sannsynlighetsteori, statistikk, forsikringsmatematikk og samfunnsøkonomi. Selv om det formelt sett ikke kan ha vært mulig, ser det ut til at Perutz tok en avsluttende eksamen i forsikringsmatematikk, i alle fall viser dokumenter dette.