Den 30. desember 2009, skadet Johnson sitt høyre kne i en kamp mot Aston Villa, hvorpå Benitez sa at skaden ville holde han utenfor minst en måned. Da han returnerte etter skaden i mars 2010, fortsatte han i god gammel form, og skåret sitt tredje mål for klubben mot Sunderland på Anfield. Johnson gjorde 8 flere kamper resten av sesongen, inklusivt en semifinale i Europaligaen. Johnson spilte 35 kamper med 3 mål i sin første sesong for de røde.