Henson ble født som Elden Ryan Ratliff i Rockville i Maryland som sønn av en profesjonell fotograf. Hans søsken er skuespillerne Garette Ratliff Henson (som dukket opp i The Mighty Ducks) og Erick Ratliff (som i likhet med Elden, dukket opp i Elvis & Me ). Eldens far George Ratliffe var også en skuespiller og hans mor tok de unge guttene på flere kommersielle skuespiller-audition. De bodde flere år i Weehawken, New Jersey. Henson ble utdannet ved Emerson College, før han begynte som profesjonell skuespiller.