Manuel tok over for en skadet Christian Ponder mens Seminoles, som lå 4–5 i sesongen, var på vei til sitt første negative sesongresultat siden Bobby Bowden tok over. Hans første start var i en bortekamp mot Wake Forest, hvor han fullførte 15 av 20 pasninger for 220 yards og én touchdowns i en 41–28 seier over Wake Forest, som da hadde vunnet tre kamper på rad mot Florida State. I sin andre kamp, mot Maryland, klarte en strevende Manuel å sikre en seier som gjorde det mulig for FSU å nå et bowl. Manuels problemer fortsatte mot et dominant Florida Gators, og quarterbacken klarte ikke å finne en rytme i en kamp som endte i et 37–10 nederlag.