Han var gift en rekke ganger. Hans fjerde kone er Eva Bergman, regissør og Ingmar Bergmans datter. Mankell hadde en sønn fra et tidligere ekteskap, samt stebarn. De siste tiårene av livet bodde han både i Sverige og i Maputo i Mosambik hvor han arbeidet som teaterregissør og dramaturg. De seneste årene bodde han i hovedsak i Sverige, men med enkelte kortere oppdrag i Mosambik. Han var med om bord på et av skipene i konvoien med skip til Gaza som ble bordet av Israel 31. mai 2010.