I 1815 hadde San José 11 000 innbyggere. Da Costa Rica ble selvstendig fra Spania i 1821, hadde byen gått forbi Cartago i innbyggertall og ressurser. Denne utviklinga skøyt ytterligere fart da det ble åpna kaffeplantasjer i områdene rundt byen på 1820- og 1830-tallet.