Sirkulasjon i Jupiters atmosfære har blitt forsøkt forklart av matematiske modeller. «Grunne modeller» hevder at sirkulasjonene er begrenset til et tynt ytre værlag som ligger over et stabilt indre. «Dype modeller» postulerer at strømmene er overflatemanifestasjoner av sirkulasjoner fra dybden av atmosfæren. Begge teoriene har mangler, og mange forskere tror at sannheten inneholder elementer fra begge modellene.