Frederik Christians bror Christian August var blitt valgt til svensk tronfølger i 1809. Han døde imidlertid allerede året etter og det svenske monarkiet var uten tronfølger igjen ettersom Karl II var 61 år og barnløs. Det fantes flere kandidater; Christian Augusts eldre bror Frederik Christian og Gustav IV Adolfs sønn prins Gustaf. Også kong Frederik VI hadde ambisjoner om å bli konge av Sverige i et forsøk på å gjenskape et forenet Skandinavia. På Riksdagen i Ørebro sommeren 1810 ble det nærmest avgjort at man skulle tilby Frederik Christian å bli tronfølger inntil alt ble snudd på hodet og Jean Baptiste Bernadotte ble valgt. Frederik Christian hadde hatt et godt forhold til svogeren Frederik VI. Dette endret seg radikalt etter dette og Frederik Christian trakk seg fra sine embeder. Forholdet til ektefellen ble også dårlig fordi Louise Augusta aktivt stilte seg på halvbrorens side og nærmest fungerte som hans spion.