Mohamed Muizzu ble født 15. juni 1978 i Maafannu, Malé, Maldivene. Han ble født av Hussain Abdul Rahman og Huna Adam Ismail Manik. Muizzus far (1940–2015) var en advokat, advokat og en islamsk lærd, fra Haa Alif Atoll Vashafaru. Rahman mottok National Award of Honor fra daværende president Waheed for "bidrag innen religiøs bevissthet og religiøs utdanning" i 2013. Muizzus foreldre skilte seg kort tid etter fødselen hans, og han ble oppdratt av sin bestemor til han flyttet for å bo hos moren for å gå på barneskolen. Han kom senere tilbake for å bo hos faren. Hans søster, Fathimath Saudha, stilte som kandidat til People's National Congress i det maldiviske parlamentsvalget i 2024 for Nilandhoo- valgkretsen og vant valget som ble holdt 21. april 2024.