I april 1791 separerte hun endelig fra ektemannen og flyttet til sin far i slottet Château de Bizy i Normandie. I 1792 ble henmnes tidligere svigerinne prinsessen de Lamballe drept under septembermordene i Paris. Samme år sendte hennes make deres datter og Félicité de Genlis til Sveits. I mars 1793 emigrerte hennes eldste sønn og søkte asyl hos Frankrikes fiende Østerrike. Dette resulterte i at regjeringen i april utstedte arrestordre for samtlige medlemmer av familien Orléans, noe som førte til att hennes make og hennes to yngre sønner ble arrestert og fengslet. Marie Adelaide selv ble av helsemessige grunner satt i husarrest hos sin far, som så snart døde en naturlig død etter at han hadde avstått halve sin formue til staten. Også Marie Adelaides formue ble konfiskert.