Elizabeth giftet seg med sin andre ektemann, Thomas Howard, den 30. april 1472. Hans far John Howard, 1. hertug av Norfolk ble drept i slaget ved Bosworth mens han kjempet for sin konge Rikard III som også var hans nære venn og ridder. Thomas, som hadde ble kreert jarl av Surrey den 28. juni 1483, ble såret i slaget og satt fengslet i flere år, og hans rett til hertugdømmet Norfolk ble tatt fra ham. Han fikk ikke tittelen igjen før i 1514. Etter at hans jarldømme og eiendommer ble gitt tilbake til ham fortsatt han i tjeneste for Tudorkongen Henrik VII.