Som antatt selvmorderske ble hun begravet i uinnviet jord på Ølsemagle Strand ved Køge Bugt (Sjælland). Snart het det seg at det ble sett lys over graven, og Absalon begynte å interessere seg for saken. Han fikk Herlog til å tilstå ugjerningen, og Margrethes lik ble ført til Roskilde der det ble skrinlagt i Vor Frue kirke. Etter dette ble hun ansett som en lokal helgen, og folk valfartet til det lille strandkapellet som ble reist over den opprinnelige graven ved Køge. Selv om hun ikke oppnådde å bli pavelig kanonisert omtales hun i flere pavebrev som .