Historien er stort sett lik i alle spillene, men med stor variasjon i de ulike oppdragene. Terrorister planlegger et angrep med masseødeleggelsesvåpen og det er hovedpersonen Sam Fisher sin jobb å stanse dette. Sam er en topptrent agent som jobber for NSA og har et bredt utvalg av våpen og hjelpemidler til disposisjon. Alt fra nattkikkert, radiokommunikasjon, pistol og kniv til sniper-rifle, forskjellige typer granater og utskytbare minikameraer og elektrosjokk-patroner. Oppdragenes omfang varierer, men stort sett skal Sam innfiltrere ulike organisasjoner på forskjellige plan. Informasjonssamling, deaktivere bomber, ødelegge fiendens utstyr og kidnappe eller drepe terroristledere er noe av det Sam må gjøre for å fullføre oppdragene.