Etter krigen ble organisasjonen flyttet hjem til Norge, der arbeidet fortsatte. Etterretningstjenesten tilpasset seg det nye trusselbildet mot Norge og senere NATO. Som en følge av flyttingen, fikk sikkerhetstjenesten nye oppgaver. Trusselbildet var det samme under hele den kalde krigen. I 1965 ble E- og S-staben delt, og de var deretter hvert sitt stabsledd - fortsatt under Forsvarets overkommando - med Forsvarssjefen som øverste sjef.