I 1861 ble han gift med Marie Mjøen (1839–1868) fra Kongsberg, som døde allerede året etter at sønnen, den senere museumsbestyreren og lokalhistorikeren Kristian Martin ble født. De hadde også fått to døtre, Ellen Johanne (f. 1863) og Hanna Marie (f. 1865). Familien bodde på den tiden i Ekermogt. mt. 381 på Kongsberg. Martin Johannes Bugge giftet på nytt i 1873 med sin kollega Christine Margrethe Pavels Støren. Fra juni 1875 fungerte Bugge som overlærer ved «Aalesunds Latinskole». Han ble dessuten etter hvert et ivrig lagsmedlem og styreleder i «Foreningen til Dyrenes Beskyttelse i Kristiania».