Akademiet har sitt opphav i Accademia Pontificia dei Nuovi Lincei som ble grunnlagt i 1847, og som i sin tur har en forgjenger i Accademia dei Lincei som ble grunnlagt i 1603 i Roma av den lærde romerske fyrste Federico Cesi (1585–1630), en ung botaniker og naturviter som utnevnte Galileo Galilei til dets president. Accademia dei Lincei finnes fortsatt, men som en fullstendig selvstendig institusjon.