Agrippa hadde den uvanen at han ble uvenner med feil folk. Spesielt med munker. De hadde lite til overs for Agrippas interesse for den hebraiske kabbala. Og siden en selvbevisst mann stod for sine meninger, fikk Agrippas pågående krangel med kirkens folk stor innvirkning på hans yrkesmessige utøvelse. Han måtte rett som det var i all hast rømme en by, og en stilling, for å unngå å bli møtt med trusler om inkvisisjonen. Men i de periodene han fikk litt tid på seg; underviste han i teologi ved universitetet i Köln og i okkultisme ved universitetet i Pavia, var hofflege for dronningmoren i Frankrike, grevinnen av Angoulême: Louise av Savoia. Han var offentlig anklager i Metz og drev utstrakte studier i alkymi og astrologi. Før en ny krangel med kirkens menn førte til en ny hastig avreise. Og slik ble et liv levd; på kryss og tvers gjennom Europa.