John Neville framsto snart, sammen med Warwick, som representanter av kongens makt i nord, som var fortsatt politisk urolig da det var fortsatt et stort antall lancastere som forsøkte å samle et opprør mot det nye regimet. Da hans bror Warwick ble mer involvert i regjeringen og den nasjonale politikken var det John som til sist beseiret de siste levningene huset Lancaster i 1464. Som følge av disse seirene ble Montagu, som han nå ble tiltalt som, gitt tittelen jarl av Northumberland. På omtrent samme tid ble hans bror Warwick i økende grad misfornøyd med sitt forhold til kongen, og begynte å planlegge opprør mot Edvard IV i nord, til sist tok han til fange i 1469, og forsøkte deretter å styre gjennom kongen, noe som ble vanskelig. Montagu var den som oppmuntret Warwick å slippe kongen fri. Til sist ble Warwick tvunget til flykte fra landet og dro til Frankrike i mars 1470 sammen med kongens misfornøyde bror, George, hertug av Clarence.