I Slovakia ble en stor del av landets jøder i 1942 deportert til Generalguvernmentet eller Auschwitz av landets regjering. En del jøder i Republikken Slovakia flyktet over grensen til Ungarn. I Riksprotektoratet opprettet okkupasjonsmakten konsentrasjonsleiren Theresienstadt i 1940, og fra denne ble etter hvert jøder fraktet over til drapsanlegget i Auschwitz.