Den franske seieren i slaget ved Marengo førte til at Soult ble satt fri fra krigsfangenskap og han fikk kommando over den sørlige delen av Kongedømmet Napoli. I 1802 ble han utnevnt til en av de fire generalene med kommando over konsulgarden (fransk: Garde des consuls), eliteenheten som ble omdøpt til keisergarden (fransk: Garde impériale) i 1804. Til tross for at han var en av generalene som hadde tjenestegjort under Moreau, hvor de fleste mislikte Napoléon Bonaparte valgte Soult å støtte Napoléons regime. Som følge av sin lojalitet ble han i august 1803 utnevnt til kommandant for leiren ved Boulogne-sur-Mer hvor Napoléons La Grande Armée forberedte invasjon av Storbritannia og i mai 1804 var han en av de 14 som ble utnevnt til marskalk av keiserdømmet. Han hadde kommando over et korps under Ulm-felttoget og under slaget ved Austerlitz ledet han det avgjørende angrepet mot koalisjonens senter.