NTNUI har hatt lag i seriesystemet til NFF Trøndelag helt tilbake til 2008 for herrer og 2014 for kvinner. NTNUIs damelag har alltid kjempet i toppen av 1. divisjon. Herrelaget har de siste årene etablert seg som et av Trondheims beste lag og rykket i 2023 opp til Eliteserien i futsal. I 2024 vant NTNUIs herrelag historiens første kongepokal i futsal etter en 5-0 seier over Sandefjord Futsal i NM-finalen 2024. Damelaget tok sølv i samme mesterskap, etter tap mot Tiller IL i finalen.