Den naturlige havnen i Klaksvík er ytterligere beskyttet av Kunoys mektige forberg. Nord for byen ligger den tidligere bygden Strond, som har fast veiforbindelse til Haraldssund på Kunoy via en demning. Mellom Klaksvík og Strond ligger Ánir, hvorfra det er veitunnel til Árnafjørður og videre til bygdene i nabokommunene Hvannasund og Viðareiði. Siden 2006 har Klaksvík vært forbundet med det færøyske , «hovedlandet», gjennom den undersjøiske tunnelen Norðoyatunnilin (6,3 km) til Leirvík på Eysturoy.