Hans opprør bygde på to forutsetninger som begge viste seg å være gale: Thomas antok at hans far var blitt henrettet og at det irske folket ville støtte hans opprør mot den engelske kongen og for katolisismens sak. Det viste seg at faren var blitt henrettet, men faktisk fortsatt levde som fange i Tower of London, skjønt hans posisjon var blitt drastisk forverret grunnet sønnens opprør. I begynnelsen av september det samme året dør faren av naturlige årsaker, sannsynligvis av en sykdom forverret av de generelle dårlige vilkårene i fengselet.