I 1926 søkte han om en lektorat ved Universitetet i Witwatersrand i Johannesburg. Han foreleste i to år, men han fortsatte å studere vannorganismer i Sør-Afrika. Da han begynte sin forskning var det fjorten kjente arter av (en gruppe blant ) og i løpet av sin forskning oppdaget han 36 nye. Det var her at Hutchinson fikk interesse for limnologi, eller studiet av ferskvann. Sammen med sin kone, Grace Pickford, studerte han kjemi og biologi i kystnære innsjøer. Faget interesserte ham sterkt fordi det kombinerte flere av hans interesser, som naturhistorie, virvelløse dyr og kjemi. Han sammenlignet og så på forskjeller i kjemi, flora og fauna i ulike vannkilder.