Den neste større ombygningen av Alcázar ble utført av kong Filip II av Spania etter at han hadde giftet seg med Anna av Østerrike. Han la til den skarpe skiferspirene som en etterligning av borgene i sentrale Europa. I 1587 fullførte arkitekt Francisco de Morar hovedhagen og området som kalles for «Ærens skole».