Han var fylkestingsrepresentant i Troms fylkesting fra 1991 til 1995 og fra 1995 til 1999. I Troms fylkeskulturutvalg var han nestleder i årene 1991 til 1995, deretter leder fram til 1999. Fra 1999 til 2003 satt han i Troms fylkeslandbruksstyre. Pedersen har også vært styreleder i Fylkeskultursenteret AS og styremedlem i Troms Symfoniorkester.