Hvert 15–17 år har Jupiter spesielt kraftige stormer. De opptrer spesielt ved breddegraden 23° N, hvor de sterkeste østlige jetstrømmene er, og kan nå hastigheter på 150 m/s. I mars–juni 2007 oppstod to kraftige stormer i 55° N i det nordlige tempererte belte (NTB), og forstyrret beltet betydelig. Det mørke materiale som oppstod som en skur fra stormene blandet seg med skyene og endret beltets farge. Stormene beveget seg i hastigheter opptil 170 m/s, litt raskere enn selve jetstrømmen, noe som tyder på sterke vinder dypt i atmosfæren. Den 25. august 2020 registrerte Hubble-teleskopet en storm som farte rundt planeten i 560 km/t.