På et personlig plan var han den eneste i The Beatles som i mesteparten av sin karriere ikke var gift. Han hadde et forhold til skuespilleren Jane Asher, men de to gled fra hverandre, og i 1969 giftet han seg istedet med Linda Eastman og adopterte hennes datter fra et tidligere ekteskap, Heather. Familien, som ble utvidet med Mary i 1969, Stella i 1971 og James (1977), flyttet til Skottland til en liten gård, og etter noen år ble begge overbeviste vegetarianere. Linda døde i 1998, og fire år senere ble Paul McCartney gift med Heather Mills. Dette ekteskapet varte i under seks år, før de skilte seg i 2008. I 2011 giftet McCartney seg for tredje gang, da med Nancy Shivell.