Om lag 300 verk er bevart etter Bonis. Blant disse finnes kammermusikk, 60 klaververk, 30 orgelverk, 25 kirkelige vokalverk og 11 orkesterverk. Komposisjonene fra tidlig i skaperperioden er holdt i den seinromantiske stilen etter César Franck, men med tida tok hun i økende grad i bruk impresjonistiske virkemidler. De viktigste verkene skrev hun i en knapt 20 år lang periode fra rundt 1900.