I 1774 ble han fransklærer for kronprinsen, den senere Frederik 6. Han var justisråd ved sin død. Da bodde han i Vimmelskaftet i Københavns indre by. Han ble gravlagt 7. august i koret på Trinitatis kirke under navnet Johs. v. Aphelen, en forkortelse for Johannes. Han etterlot seg kone og en uforsørget sønn og datter. Gravverset på minnetavlen i Trinitatis kirke lyder: Men dig, du Unge som tvivle om Guds forsyn sit lærerige Excempel paa en dydig Vandel, hvori han, som en anden Jacob med Stav i Haand. Efter 30 Udlændigheds Aar han omsider med intet svinget sig op i sit Fædreneland til de Studerendes offentlige Lærer og til en saa Agtværdig Mand i Staten, at hans Navn vil altid blive i en velsignet Erindring hos en Skiönsom Efterslægt. Minnetavlen er en af de tre som er satt opp på østveggen i Mikkelborgs krypt.