I sesongåpningen i , på hjemmebane mot New England Patriots og quarterback Drew Bledsoe, hadde de to quarterbackene sammenlagt 894 yards (Marino, 473 yards; Bledsoe, 421 yards) og ni touchdownpasninger (Marino, 5; Bledsoe, 4) og Miami vant 39–35. Senere i sesongen ledet Marino Dolphins til en comebackseier på bortebane mot New York Jets (28–24), en kamp som er kjent for Marinos fake spike som ledet til en kampvinnende touchdownpasning, senere kjent som "The Clock Play". Dolphins avsluttet seriespillet 10–6, og Marino hadde 4 453 pasningsyards og ble utpekt til NFLs Comeback Player of the Year av Pro Football Writers Association. Etter å ha gått glipp av sluttspillet i 1993 var Dolphins tilbake i 1994. Miami, som var #3 i AFC, møtte Kansas City Chiefs i det som skulle bli Joe Montanas siste NFL-kamp. Marino kastet for 257 yards og 2 touchdownpasninger i Miamis 27–17 seier. Dolphins nådde divisjonsrunden hvor de møtte San Diego Chargers. Med tre touchdownpasninger fra Marino i første halvdel tok Dolphins ledelsen 21–6, før Chargers ledet et comeback til å holde ledelsen mot slutten av kampens fjerde kvarter. Med få sekunder igjen prøvde Marino å få ballen i en god posisjon for et field goal, men Pete Stoyanovich ble nødt til å sparke fra 48 yards og bommet, som resulterte i et 22–21 tap for Miami.