Neste store offer for flammene ble Trinitatis kirke hvor Københavns Universitetsbibliotek holdt til på loftet. Arne Magnusson hadde her lagret samlingen sin av dokumenter fra de foregående 40 årene. Til alt hell hadde han nylig fått ordnet hjulene på sin hestekjerre, som jevnlig ble ødelagt av brosteinene. Den kvelden ble i løpet av seks timer hele den samlingen som ennå i dag finnes bevart av tekster fra middelalderens Island, berget fra brannen i denne hestekjerren. Det meste av Magnussons samling ble like fullt flammenes rov, omkring 5.000 kopier av brev og diplomer som det heller ikke finnes originaler av. Ilden fikk fatt rundt klokken 17, og etter at den i flere timer hadde fortært kirkens indre, slo flammene omkring klokken 22 opp gjennom taket. Loftet brast og avleverte det gjenværende universitetsbiblioteket til ildhavet, hvor det forsvant. Begge originalene av - både A- og B-versjonen - gikk tapt. I dag finnes kun bevart i de avskriftene som Tormod Torfæus hadde sørget for å få utført.