Wotquenne studerte ved konservatoriet i Brussel. Mellom 1894 og 1918 arbeidet han som bibliotekar og gjorde et stort arbeid med å samle og katalogisere musikkverk. Eksempelvis deltok han i utgivelsen av en komplett fortegnelse over André Grétrys verk og etterlot seg flere tematiske kataloger på manuskriptform, for eksempel over Giuseppe Tartinis sonater.