Til tross for en god målrate, ble Fowler aldri noen stor suksess i Leeds, og etter bare halvannet år ble han solgt videre til Manchester City FC. Heller ikke her klarte han å reprodusere formen som gjorde ham til en av ligaens mest målfarlige spillere på 1990-tallet. Det må forøvrig legges til at han i denne perioden slet med flere langvarige skadeavbrekk. Bla en ankelskade som ble påført av Sogndals Jarle Flo i en treningskamp mellom Norge og Liverpool på Ullevaal noen år tidligere.