Torsken i fjorden antas å utgjøre en lokal stamme (den lever hele livet der) og den gyter særlig i Verrasundet og Vettabotnen. Andre torskefisker som hyse, hvitting og lyr antas å være tilsvarende lokal stamme. Genetiske analyser viser at silda i Trondheimsfjorden (også kalt Betstadfjordsild) er en lokal bestand som er genetisk adskilt (blander seg ikke med) atlantisk sild. Silda i fjorden gyter ikke bestemte steder. Om sommeren trekker av og til atlantisk sild inn til midre deler av hovedfjorden. Den lokale silda i fjorden vokser senere og er ikke så fet som atlantisk sild. Det har årlig vært fisket 2500 til 25.000 tonn sild i fjorden, avhengig av bestand. Det er tallrik bestand av torsk, hyse, sei, sild og hvitting, og disse har relativt stor betydning både kommersielt og for fritidsfiske.