Etter disse seirene ble Mardonios’ flåte ødelagt av en storm utenfor kysten av fjellet Athos. I henhold til Herodot mistet perserne 300 skip og 20 000 menn. På omtrentlig samme tid kommanderte Mardonios hæren i et slag i Trakia. Til tross for at Mardonios ble skadet i slaget var han også seirende, men tapet av flåten betydde at han ble tvunget til å trekke seg tilbake til Lilleasia. Han ble avløst fra sin kommando av Dareios som isteden utpekte Datis og Artafernes (bror av Dareios I) til å lede invasjonen av Hellas i 490 f.Kr. og selv om de innledningsvis var suksessfulle i å erobre Naxos og ødelegge Eretria, ble den persiske hæren senere beseiret i slaget ved Marathon.