Pave Pius var som person et livsglad renessansemenneske, men visste imidlertid å innrette seg etter motreformasjonens ånd. For å skaffe Kirkestaten ro begynte han med å utslette den napolitanske familien Carafas maktstilling ved avrettelse av deres begge brorsønner og deres anhang. Han utropte et generalamnesti for alle som hadde vært med på en oppstand under sin forgjenger som pave (som kom fra familien Cafara). Den tidsligere paves to nevøer ble henrettet: Kardinal Carlo Carafa ble hengt, og hertugen av Paliano halshugget.