Stratigrafien inndeler proterozoikum i tre æraer: , og . De respektive skillene går ved hhv. 1,6 og 1,0 milliarder år før nåtiden. Man kan foreta en enda finere inndeling i perioder (sortert fra eldst til yngst): Paleoproterozoikum består av , , og . Mesoproterozoikum består av , , . Neoproterozoikum består av , og .