Morales tilhører aymarafolket. Han var sønn av en småbonde og vokste opp i fattige kår. Fire av de seks søsknene hans døde som småbarn. Familien flyttet fra stedet der Morales ble født på jakt etter bedre levekår, og etter en periode i departementet La Paz endte familien i 1980 opp i Bolivias tropiske lavland.