Jakob Stainer var sønn av en gruvefunksjonær. Han fikk sin grunnutdanning mellom 1626 og 1630, og av korrespondansen hans kan man slutte at den var god, blant annet behersket han italiensk. Kanskje var han i det kongelige i Hall og ved hoffet i Innsbruck. Ytterligere musikkundervisning kan han ha fått ved å synge med gruvearbeiderne i Hall, en vanlig praksis på den tiden. Sannsynligvis gikk han i snekkerlære, da de som ikke var sønner av instrumentmakermestre måtte ha fagbrev som tømmermenn for å bli tatt inn som instrumentmakerlærlinger.