Gysi var ferdig utdannet jurist i DDR i 1970, og forsvarte som selvstendig advokat blant annet flere kjente systemkritikere som var tiltalt av DDR-regimet (Rudolf Bahro, Robert Havemann, Bärbel Bohley, Rainer Eppelmann). Senere ble det hevdet at Gysi arbeidet som angiver for Stasi. Med stemmene til CDU/CSU, SPD og Bündnis 90/Die Grünen slo Forbundsdagens immunitetsutvalg fast at Gysi var Stasi-angiver under dekknavnet «IM Notar», at han gav viktig informasjon videre til SED-myndighetene og var involvert i undertrykkelsen av den demokratiske opposisjonen i DDR. Til tross for votumet fra de politiske konkurrentene sine fikk Gregor Gysi medhold av domstolene. I 2009 dømte den øvre domstolen i Hamburg (Hanseatisches Oberlandesgericht Hamburg) at den tyske TV-Kanalen ZDF ikke får fremstille Gregor Gysi som angiver for Stasi og bøtela denne påstanden for fremtida med opp til 250 000 Euro.