I en søskenflokk på åtte, ble Fatima Meer det andre barnet til Moosa Ismail Meer og Rachel Farrel. Faren Moosa Ismail arbeidet som journalist og redaktør i , Sør-Afrikas eldste indiske avis. Durban, Fatima Meers fødested, er et sentrum for den indiske diasporaen på det afrikanske kontinentet, det blant annet Mahatma Gandhi levde en periode. Etter fullført skolegang ved Durban Indian Girls High School studerte hun til en mastergrad i sosiologi ved University of KwaZulu-Natal.