Han kom til University of Wyoming i 1887. I 1901 ble han gjort til medlem av American Association for the Advancement of Science. I 1904 ga University of Denver ham graden Doctor of Philosophy. I 1917 ble Nelson utnevnt til fungerende president, deretter i 1918 president av University of Wyoming, en stilling han hadde frem til 1922. I 1934 ble han valgt til president for Botanical Society of America. I 1927 var han med å grunnlegge Colorado-Wyoming Academy of Science. I 1935 ble han president i American Society of Plant Taxonomists.