Serien handler om noen barn som er på sommerleir, og som havner i en digital verden hvor det finnes noen merkelige skapninger: noen digitale monstre, også kalt Digimon. I den digitale verdenen blir barna «digibestemte» og må redde både den digitale verden og den virkelige verden som de kom fra. Hvert barn får en «digidings». Barna får også hjelp fra en digimon ved navn Genai. Digidingsene hjelper deres digimon-partnere blant annet til å utvikle seg, også kalt digimering.