I 1964 ble han dømt til 15 års fengsel for bestikkelser. Han ble benådet av president Richard Nixon i 1971 på betingelse av han ikke deltok i fagforeningsaktiviteter i ti år og ble løslatt etter sju år i fengsel. Hoffa planla å gå til sak for å få opphevet denne betingelsen da han forsvant i 1975. Han skulle møte to medlemmer av mafiaen da han forsvant og det antas at han ble bortført og myrdet av mafiaen.