Hos Lyn ankom Ronny Johnsen et lag som hadde endt sesongen i forveien på fjerdeplass, og med ytterligere forsterkninger på plass hadde klubben store forhåpninger om videre framgang i 1992. Laget ble svekket av skader på Johnsen og andre nøkkelspillere, og endte opp med en litt skuffende femteplass. Johnsen fikk med seg 12 kamper og ett mål på et lag der han ble flyttet litt rundt på banen mellom midtstopper og angrep. Før sesongen 1993 hadde Lyn mistet flere nøkkelspillere. Ikke minst var tapet av midtbanestrateg Tom Sundby merkbart. Johnsen spilte nitten kamper og scoret fire mål for et Lyn som skuffet stort og endte sesongen med nedrykk. Han fortsatte å bli flyttet rundt i forskjellige posisjoner, både på klubblag og på landslag. Til VM-kvalifiseringskampen borte mot Tyrkia 10. november 1993, som endte med tap 1-2, stilte Norge med Ronny Johnsen som enslig spiss.