Han har tidligere spilt for Yven IF, Sarpsborg Fotballklubb, FK Sparta Sarpsborg, Fredrikstad og Vålerenga. Joachim ble i tidlig alder sammen med sin bror sett på som et fotballtalent, og har etablert seg som fotballspiller. Den 21. februar 2012 skrev han under en fireårskontrakt med Vålerenga. Joachim Thomassen er sønn av Morten Thomassen som spilte fotball for Greåker IF, Sarpsborg FK og Fredrikstad FK.