I 1936 flyttet Graham hjemmefra for å studere, og i 1939 ble han ordinert til pastor i Southern Baptist Convention. Under studiet ved Wheaton College, møtte han medstudenten Ruth McCue Bell, som han senere giftet seg med 13. august 1943. Ruth døde 14. juni 2007. De fikk to sønner og tre døtre. Franklin Graham, har overtatt sin fars lederplass i . Datteren Anne Graham Lotz, har etablert og leder , i Norge kjent som «jesuskvinner».