I 1939 ble biskop Lakota sendt av Przemysls ordinære biskop til byen Jarosław, den gang okkupert av den tyske hær. Han fikk ansvaret for hele den vestlige delen av dette ukrainsk-katolske bispedømme, frem til Krakow. I 1941 vendte biskop Lakota tilbake til Przemyśl. Den 21. september 1945 arresterte polske myndigheter bispedømmebiskop Josaphat Kocylovskyj, hjelpebiskop Lakota og lektoren Vasilij Grinik. De ble tvunget til å flytte til sovjetisk område. Etter to måneders fengsel ble de tre mennene overlevert til NKVD (, forløper til KGB), som den 16. januar 1946 fikk dem til å krysse grensen. En uke senere ble de to biskoper løslatt og fikk komme vende til sitt eget bispedømme. Den 26. juni 1946, etter feiringen av den hellige liturgi i katedralkirken, ble kirken omringet av polske kommunistiske tropper, assistert av sovjetiske offiserer, og sjefen for byadministrasjonen foreslo at alle representanter for det ukrainske presteskap skulle få reise «fritt»inn i Sovjetunionen. Presteskapet nektet enstemmig. En dag for refleksjon ble gitt dem av myndighetene, og dagen etter ble hele presteskapet ført til stasjonen og deportert.