Prognosen er best når syndromet identifiseres tidlig og behandles aggressivt. I disse tilfellene er malignt nevroleptikasyndrom vanligvis ikke dødelig. I tidligere studier har dødelighetsratene fra malignt nevroleptikasyndrom variert fra 20 % til 38 %, men i de to siste tiårene har dødelighet har falt til under 10 % på grunn av tidlig oppdagelse og forbedret behandling. Re-introduksjon til stoffet som opprinnelig forårsaket malignt nevroleptikasyndrom å utvikle seg kan også utløse et tilbakefall, men i de fleste tilfeller gjør det ikke det.