Han ble ansatt som hovedtrener for 8. august 2005, med kontrakt frem til 1. januar 2008, men trakk seg fra jobben 31. oktober 2006 med bakgrunn i at han ville «gjøre noe annet». Dette kom i en tid hvor Høgmo ikke hadde trent klubben i en periode, etter at han sommeren 2006 ble sykmeldt. Han hadde derfor permisjon fra jobben da Rosenborg sikret seriemesterskapet høsten 2006.