Det fulgte en periode hvor Kasparov og Karpov totalt dominerte sjakkverdenen, og regelmessig møtte hverandre i spill om verdensmestertittelen. Karpov klarte imidlertid aldri å vinne den tilbake. Han ble offisielt FIDE mester på ny i 1993, da Kasparov trakk seg fra organisasjonen og spilte tittelkamp mot Nigel Short under deres nystartede føderasjon PCA. Karpov klarte å forsvare tittelen sin flere ganger på 90-tallet, men det var under forhold hvor han som mester fikk klare fordeler mot utfordrerne Viktor Kamsky (1996) og Viswanathan Anand (1998).