Thomas Kennedy ble født i Conshohocken ved Plymouth Meeting i Pennsylvania. Hans far Patrick var arbeider. Han ble utdannet ved en lokal offentlig skole, og . Kennedy ble lærer ved i en alder av 17 år og ble senere rektor. Han begynte på St. Charles Borromeo Seminary for prestedtudiert, og fortsatte i Roma ved Pontifical North American College.