Huhnhaüser tok doktorgraden på en avhandling om Rostocks sjøhandel (, 1913), og arbeidet deretter som lærer. I slutten av 1920-årene var han studiedirektør og skoleråd i Koblenz. Etter nazistenes maktovertakelse meldte han seg inn i NSDAP og ble ministerråd i undervisningsdepartementet (). Under 2. verdenskrig ble han sendt til Norge som sjef for skoleavdelingen i det tyske rikskommissariatet. I 1944 utga han på oppdrag av rikskommissariatet en bok om den tyske innvandringen til Kongsberg, som skulle innlede en skriftserie kalt («Bidrag til tyskhetens historie i Norge»). Den inneholder biografiske opplysninger om mange tyskfødte bergmenn. Samme år utga han en samling tyske anekdoter (). I stillingen i rikskommissariatet planla han å samle alle norske forskningsinstitusjoner under en sentral ledelse, men denne planen ble aldri ført ut i livet.