Etter regler satt opp av den indiske regjeringen i 1961, er Innenriksdepartementet delt inn i følgende seks avdelinger: Avdelingen har ansvar for forvaltning av grenser, inkludert kystgrenser. Avdelingen er ansvarlig for politisystemet, lov og ordre samt rehabilitering. Avdelingen sørger for konstitusjonelle bestemmelser med hensyn til delstaten Jammu og Kashmir, og alle andre saker knyttet til delstaten unntatt de sakene som det indiske utenriksdepartementet er ansvarlig for. Avdelingen gir beskjed når poster overtas av presidenten og visepresidenten, samt når statsministeren og andre ministre skal holde møter. Avdelingen tar hånd om gjennomføringen av bestemmelsene i konstitusjonen som omhandler offisielle språk, i tillegg til å følge bestemmelsene i loven om offisielle språk av 1963 (). Avdelingen er ansvarlig for forhold mellom sentralregjeringen og delstatsregjeringene og forhold mellom de ulike delstatsregjeringene, samt unionsterritorier og beregning/utbetaling av pensjon til frihetskjempere.