Fullt bestemt på å slå ned på enhver unnfallenhetspolitikk, krevde og oppnådde Clemenceau i 1917 opphevelsen av Caillaux' politiske immunitet. Den 4. januar 1918 ble Caillaux arrestert og anklaget for samforstand med fienden. Etter lange og opphetede debatter ble Caillaux den 23. april 1920 dømt til tre års fengsel og ti års tap av politiske rettigheter. Ettersom han allerede lenge hadde sittet i forvaringsfengsel, ble han løslatt. Han vendte tilbake til Mamers, der han skrev sine to bøker, (1921) og (1922).