Klubben ble opprinnelig grunnlagt i 1960 under navnet . Etter at Litauen løsrev seg fra Sovjetunionen og ble en egen stat har klubben blitt omstrukturert. I 1993 skiftet den navn til FBK Kaunas og det ble også dannet en egen baseballseksjon (som senere skilte seg ut og ble BK Lituanica Kaunas). Etter store finansielle problemer gikk klubben konkurs og ble oppløst i 2012.