Museets historie har røtter tilbake til 1887 ved etableringen av Maribo Museum (i dag Museum Lolland-Falster), etter initiativ av blant andre brygger Carl Jacobsen (1842-1914). Fuglsang Kunstmuseum ble grunnlagt i 1890, og dagens institusjon ble utskilt som eget museum i 1966. Bygningen i Fuglsang ble ferdig i 2008.