Wallis ble i Oxford resten av sitt liv. Etter restaurasjonen i 1660 av Charles II som ny konge, gikk Wallis inn i rollen som dennes hoffprest. I årene som fulgte bidro han til oversettelse av vitenskapelige verk fra antikkens Hellas samt nye tanker om teologi og logikk. I tillegg skrev han en engelsk grammatikk hvor han også tok opp flere filosofiske spørsmål.