I 2009 ble Brees innlemmet i Purdue's Intercollegiate Athletics Hall of Fame. I 2011 etablerte Big Ten Conference Griese–Brees Quarterback of the Year-prisen, oppkalt etter Brees og Bob Griese. Han ble utpekt til Big Tens beste quarterback for 1990-årene og rangert som #48 på dokumentaren fra 2010, som dokumenterte conferencens 50 beste idrettsutøvere.