I Nelson Mandelas regjering ble Botha tvunget til å fratre utenriksministerposten og ble istedet utnevnt til mineral- og energiminister, en post han beholdt til 1996 da han trakk seg tilbake fra politikken etter at Frederik Willem de Klerk trakk Nasjonalistpartiet ut av den nasjonale samlingsregjeringen.