Karnak dekker mer enn 100 hektar, en område som er større enn en del antikke byer. Den sentrale sektoren av Karnak, og som utgjør det største området, er dedikert Amon-Ra. Kun denne delen er i dag åpen for offentligheten som et utendørsmuseum. Stedet består egentlig av fire deler. De tre andre delene, som er stengt for publikum, er Muts område, Montus område og det demonterte tempelet til Amenhotep IV. Det er også noen mindre templer og helligdommer knyttet til Muts område, Amon-Ras område, og Luxortemplet.