Haggard gjennomgikk angioplastikk i 1995 for å åpne tette arterier. 9. November 2008 ble det kunngjort at han hadde blitt diagnostisert lungekreft i mai og hadde gjennomgått kirurgi 3. November, der en del av lungen hans var blitt fjernet. Haggard vendte hjem 8. november. Mindre enn to måneder etter kreftoperasjonen, spilte han på to show, 2. og 3. januar 2009, i Bakersfield ved "Buck Owens Crystal Palace", og fortsatte å turnere til like før han døde.