Han stammet fra Hugenottene og studerte tysk filosofi i Berlin. Ved universitetet i Genève ble Amiel professor i estetikk (1853) og moralfilosofi (1854), men mistet samtidig sine kontakter i aristokratiet, da utnevnelsene i stor grad var støttet av byens demokratiske politiske parti. En tiltagende isolasjon fra byens kulturelite (aristokratiet) og utilfredshet med sitt eget virke gjorde at han i 1847 startet arbeidet med egen dagbok, som han i dag er mest kjent for. Den ble utgitt posthumt som (1883). Dagboken er oversatt og kommentert i Aasmund Brynildsen (Dreyer forlag, 1953). Han skrev samtidig flere dikt, og var en habil musiker med stor sans for Beethoven.