To dager etter at REMHI-rapporten ble presentert, ble biskop Gerardi drept den 26. april 1998 i garasjen til hjemmet sitt i Guatemala by. Drapsmennene brukte en betongplate for å knuse hodet hans. Han ble så vansiret av skadene at ansiktet hans ikke lenger var gjenkjennelig. og liket kunne bare kunne identifiseres ved hans bispering.