Queen's House fortsatte å være en offentlig bygning. Det ble blant annet brukt da admiral Robert Blake ble lagt på lit-de-parade i 1657. Det eldre palasset ble gradvis revet fra 1660-årene til 1690-årene, og ble erstattet av Greenwich Hospital, nå Old Royal Naval College. Maria II beordret at Queen's House skulle beholde den utsikten mot Themsen som man fikk etter riving av Palace of Placentia, og dette la rammer for Christopher Wrens design av sykehuset. Det komplekset av bygninger som strekker seg fra Themsen til Greenwich Park var en viktig årsak til at UNESCO i 1997 satte opp det maritime Greenwich på verdensarvlisten.