Kaprál studerte komposisjon hos Leoš Janáček fra 1907 til 1910 og hos Vítězslav Novák fra 1919 til 1920. Han studerte klaver hos , , og til slutt i Paris. Kaprál stiftet en privat musikkskole i 1911. Mellom 1919 og 1928 var han korleder og musikkritiker for flere tidsskrift og i 1920-årene opptrådte han dessuten i en klaverduo med . Fra 1927 underviste han ved Masaryk-universitetet i Brno og ble i 1935 professor ved konservatoriet og medlem av det tsjekkiske vitenskapsakademiet. Han ble arrestert av Gestapo i 1942 og satt i konsentrasjonsleiren i Swatoborschitz til frigjøringen. Fra 1946 underviste han ved musikkakademiet i Brno. Også datteren Vítězslava Kaprálová ble en kjent komponist.