Instrumentalstykker for bruk utenfor kirken var en nyskapning i barokken. Det var en stor variasjon mellom disse, fra toccataer, fuger, preludier, ricercarer og capriccioer til canzonaer, suiter, sonater og concertoer. Orkesteret utviklet seg markant i barokken, og ettersom instrumentene ble stadig bedre, ble flere tatt i bruk. Instrumenter som slo gjennom i barokken er fiolin, cello, tverrfløyte, klarinett, fagott, obo, engelsk horn og tidlige versjoner av horn, trompet og trombone. Nytt både i vokal- og instrumentalmusikk var utviklingen av generalbassen, et av de første tilfellene av å overlate rytmeholdingen til et instrument. Der vokalmusikken var homofon, forble instrumentalmusikken polyfon, og kontrapunkt ble ofte brukt.