Bioingeniørfaglig institutt (BFI) er en selvstendig faglig enhet NITO, og ledes av et fagstyre som er valgt av medlemmene ved direkte valg. BFI ivaretar bioingeniørenes fag- og profesjonsinteresser, og instituttets prioriterte arbeidsområder vil til enhver tid gjenspeile utviklingen innen bioingeniørfaget. BFI har som ambisjon å være med på å forme samfunnets helse- og omsorgspolitikk og arbeider aktivt med å synliggjøre bioingeniørens kompetanse og rolle i norsk helsevesen. Instituttet eier og gir ut det vitenskapelige tidsskriftet Bioingeniøren.