Med unntak av to sesonger ble St. Johnstone værende i øverste divisjon fram til 2. verdenskrig brøt ut, med 5.-plass (av 20 lag) som beste plassering i 1933 og 1935. Da ligaen kom i gang igjen etter krigen, ble klubben plassert på nivå 2, og de ble værende på det nivået til 1960. Fra 1963 fulgte en ny stabil periode i øverste divisjon, med 3.-plass (av 18 lag) i 1971 og finale i ligacupen høsten 1969 (0-1 mot Celtic) som høydepunkter.