Afroamerikanerne var forventningsfulle til McKinley som president. McKinley hadde fordømt lynsjing som guvernør, og de fleste afroamerikanere som kunne stemme i 1896, stemte på ham. McKinley ble imidlertid mer opptatt av å dempe motsetningene mellom nord- og sørstatene. Han utnevnte afroamerikanere til noen lavere føderale stillinger, men det var færre slike utnevnelser enn under de foregående republikanske presidentene. Tidligere senator Blanche Bruce fra Mississippi ble registrator i Finansdepartementet, en stilling som republikanske presidenter hadde pleid å tildele en afroamerikaner. McKinley utnevnte flere svarte postmestre; han bad imidlertid Justin W. Lyons i Augusta i Georgia om å fratre etter innsigelser fra hvite. Da Bruce døde i 1898, ble Lyons utnevnt til ny registrator. Presidenten utnevnte en tidligere slave, George B. Jackson, til tollinspektør i Presidio i Texas. Mange svarte i nordstatene følte seg imidlertid oversett.