På grunn av sin brede sammensetning fikk Norske Kvinners Nasjonalråd en mer konservativ profil enn sin moderorganisasjon NKF, og flere av de andre medlemsorganisasjonene i NKN var motstandere av den likestillingspolitikken som NKF stod for. Sentralstyret i NKF vedtok å melde seg ut av NKN i 1940-årene, men fikk ikke tilslutning fra lokallagene. I 1972 meldte NKF seg omsider ut av NKN, etter flere års motstrebende medlemskap. Da Norske Kvinners Sanitetsforening og Norges Husmorforbund meldte seg ut i 1980-årene mistet NKN sine to klart største medlemsorganisasjoner. Som følge av at organisasjonen hadde mistet sine eldste, politiske viktigste og største medlemsorganisasjoner ble Norske Kvinners Nasjonalråd nedlagt i 1989. En viktig årsak til at Norsk Kvinnesaksforening, Norske Kvinners Sanitetsforening og Husmorforbundet meldte seg ut var de landsdekkende og mer sentralstyrte organisasjonenes misnøye med at lokale kvinneråd hadde en uforholdsmessig innflytelse i nasjonalrådet etter deres oppfatning.