Han studerte ved Musikkonservatoriet i Oslo i 1942–45, samt med Bjarne Brustad (komposisjon) og Odd Grüner-Hegge (dirigering). Bræin avla organisteksamen i 1943, og debuterte som dirigent i Bergen 1947. Videre fulgte komposisjonsstudier ved MK i Paris med Jean Rivier 1950–51 med stipendium fra Norsk Komponistforening. Bræin virket som kor- og orkesterdirigent i Kristiansund og Oslo. Han debuterte som organist i Nordlandet kirke 17 år gammel.