VM ble neste turnering for Argentina. Landet kom i gruppe med , og . Argentina begynte med 1-0 over Japan med Batistuta som matchvinner. Deretter vant de 5-0 over Jamaica med Batistuta som tremåls- og Ortega som tomålsscorer. Argentina vant også gruppefinalen mot Kroatia, den med 1-0. I åttendedelsfinalen møtte Argentina England. Kampen sto 2-2 etter første omgang, etter at først Arentina fikk en straffe i det 5. minutt som Batistuta satte i mål, og så England fikk en i det 9. minutt som Alan Shearer satte i mål. Michael Owen løp forbi samtlige argentinere i det 16. minutt og satte inn 2-1 til England, ikke ulikt Maradonas andremål tolv år før, mens Javier Zanetti utliknet på overtid i førsteomgang. Andre omgang ble preget av at David Beckham ble utvist etter at han sparket til Diego Simeone fra liggende stilling etter at Simeone hadde felt ham. Med mye hjelp fra Simeone fikk Beckham rødt kort for hendelsen. Denne hendelsen styrket ikke de slitte båndene mellom de to landslagene. Kampen gikk til straffesparkkonkurranse, som Argentina vant. Neste motstander var Nederland. Nederland tok ledelsen raskt med Patrick Kluivert etter 12 minutters spill, men Argentina utliknet ved Claudio López seks minutter senere. Vinnermålet til Nederland kom i det 89. minutt, da Bergkamp mesterlig dempet en lang pasning på høyresiden av sekstenmeteren, kom seg på innersiden av den argentinske forsvarsspilleren og skjøt et vrient skudd i mål. Dermed var Argentina igjen ute, og Passarella gikk av.