Han ble en av de mest betrodde av Shunzhi-keiserens rådgivere. Denne keiseren var den første av Qing-dynastiets keisere. Hans nøkkelstilling var med på å sikre jesuittenes landsomfattende misjoner gode arbeidsvilkår. Da keiseren døde endret dette seg: Schall ble stilt for retten og dømt til døden. Dommen ble imidlertid ikke eksekvert, og han døde kort tid etter sin løslatelse. Kangxi-keiseren, som var umyndig da kampanjen mot Schall pågikk, sørget for at han ble rehabilitert og gitt posthume æresbevisninger.