Sclater ble født i Tangier Park, Hampshire, der hans far William Lutley Sclater hadde et hus på landet. Han vokste opp på Haddington House, og her fikk han en interesse for fugler. Han ble utdannet på Twyford og gikk senere til Winchester College og senere Christ Church ved University of Oxford, der han studerte vitenskapelig ornitologi under .