Fra 1895 til 1907 var han organist i Drammen, så organist i Uranienborg kirke i Oslo, deretter organist og kantor ved Vår Frelsers kirke (senere Oslo domkirke) fra 1916 til sin død julaften 1932, og var dirigent for blant annet Oslo Håndverkersangforening og Holters korforening. Han var medlem av Koralbokkomiteen 1922–1926, og harmoniserte svært mange koraler til koralboken. Han bidro også til å grunnlegge Norsk Komponistforening i 1917. Alnæs grunnla i 1930 guttekoret Oslo domkor, som var i virksomhet frem til 1940.