Axel Aubert var sønn av Otto Benjamin Andreas Aubert (1841–98) og Hilda Thaulow (1846–1923). Faren var amtmann i Bratsberg men døde i 1898 i Skien som følge av å bli rent ned av en løpsk hest, bare ett år etter at Axel selv hadde giftet seg med Gudrun Holter (1873–1951). Aubert avla eksamen ved Kristiania tekniske skole i 1893, før han studerte ved den tekniske høyskolen og ved universitetet i Berlin. Han tok doktorgraden i kjemi ved universitetet i Basel i 1895.