Navnet Mahendraparvata betyr "Fjellet til den Store Indra". Det er avledet fra Sanskrit ordene महेन्द्र (, en tittel til Hindu gud Indra) og पर्वत og er en henvisning til den hellige fjelltoppen vanligvis kjent som "Phnom Kulen" i dag hvor Jayavarman II ble den første første kongen av Khmerriket i 802. Navnet er bekreftet på inskripsjoner i Angkor-området Ak Yum-tempelet.