Scharner debuterte for Wigan 10. januar 2006. Som innbytter i den første av to semifinaler i ligacupen mot sin egen favorittklubb Arsenal, ble østerrikeren matchvinner. Etter at kontrakten hans gikk ut med Wigan sommeren 2010 gikk han vederlagsfritt til West Bromwich Albion i slutten av august.