Alunskifer inneholder også en rekke giftige tungmetaller som kadmium, kobber, nikkel og sink, men også arsen, uran og kvikksølv. Det høye innholdet av svovel fører til at det kan dannes svovelsyre, som fører til at tungmetallene i alunskiferen løses ut og havner i avrenningsvannet. Dette kan ødelegge lokale grunnvannsforekomster eller drepe både fisk, bunndyr og planter hvis vannet kommer ut i et vassdrag.