Johannes kom fra en familie av ledende militære og hadde selv en god militær utdannelse. Han ble i 1216 utpekt til å gifte seg med keiser Teodoros I Laskaris’ datter Irene Laskaris og ble dermed tronpretendent, etter at Irenes første ektemann Andronikos Palaiologos var død. Dette ekskluderte andre medlemmer av Laskaris-familien fra tronfølgen, og Johannes ble keiser i desember 1221 etter at Teodoros I døde i november. Han måtte straks forsvare keisermakten mot opponentene og vant over dem i et slag ved Poimanenos i 1224 på tross av at de hadde støtte fra det latinske styret i Konstantinopel. Johannes III’s seier førte til territoriale innrømmelser fra det latinske rike i 1225 og Johannes lyktes også i å innta Adrianopolis.