Beneš-dekretene og fordrivelsen av etniske tyskere fra Tsjekkoslovakia etter andre verdenskrig var et vanskelig tema i relasjonen mellom Tyskland og Tsjekkia. I 1997 undertegnet den tyske og den tsjekkiske regjeringen en erklæring, der det blant annet het at «The Czech side regrets that, by the forcible expulsion and forced resettlement of Sudeten Germans from the former Czechoslovakia after the war as well as by the expropriation and deprivation of citizenship, much suffering and injustice was inflicted upon innocent people, also in view of the fact that guilt was attributed collectively.» I erklæringen beklaget ikke Tsjekkia selve fordrivelsene, bare den lidelsen det medførte og de overgrepene som skjedde. Tsjekkia mener landet har avsluttet saken med denne erklæringen. I erklæringen sto det også: "The German side is conscious of the fact that the National Socialist policy of violence towards the Czech people helped to prepare the ground for post-war flight, forcible expulsion and forced resettlement." I forbindelse med EUs østutvidelse forlangte blant annet regjeringene i Ungarn, Østerrike og Bayern at opphevelsen av dekretene måtte være en forutsetning for å ta opp Tsjekkia og Slovakia som medlemmer. På slutten av 1990-årene var det anstrengte diplomatiske forhold mellom Tsjekkia og Østerrike på bakgrunn av fordrivelsene og dekretene. Etter at Østerrike ble medlem av EU kunne landet blokkere Tsjekkias inntreden, men unnlot bruke misnøye med Tsjekkias håndtering av saken som grunn til blokkere medlemskap. Tyskland ønsket ikke å blokkere Tsjekkias medlemskap på dette grunnlaget.