I de lange knivers natt, den blodige utrensningen av SA-ledelsen i 1934, var han en sentral person. Det var Lutze som først informerte Adolf Hitler om at fløyen rundt Ernst Röhm og deres venstreorienterte syn kunne føre til en andre revolusjon. Etter utrensningen ble han utnevnt til SA-Stabschef. Da Hitler personlig var Oberste SA-Führer var det stabssjefen som var den faktiske kommandant.