Mot slutten av sesongen ble Will muligens drept, og Sydney myrdet Allison og deretter falt hun bevisstløs. Sydney våkner deretter to år senere i Hongkong, uten å huske de to årene som har gått. Hun oppdager snart at alle vennene hennes og CIA trodde at hun var død, og Vaughn har funnet en ny kjærlighet og er nå gift med en annen kvinne. Den tredje sesongen finner sted to år etter hendelsene i sesong 2. DNA fra en hardt forbrent kropp blir brukt for å bevise hennes død ovenfor familie og venner. Sannheten er imidlertid at Sydney ble kidnappet av en terror-organisasjon kalt The Covenant, som forsøkte å hjernevaske henne til å tro at hun var en leiemorder ved navn Julia Thorne. Til slutt fikk Sydney frivillig slettet hukommelsen sin fra de to siste årene, i et forsøk på å glemme noen av gjerningene hun ble tvunget til å utføre som Julia Thorne.