Den 21. november 1954 dannet Lee sammen med en gruppe andre engelskutdannede middelklassemenn, som han selv beskrev som «ølsupende borgere», det sosialistiske partiet People's Action Party (PAP) i en opportun allianse med den prokommunistiske fagforeningsbevegelsen. Denne alliansen ble beskrevet som et arrangert ekteskap, ettersom den engelskutdennede gruppen trengte prokommunistenes støtte blant massene, mens kommunistene trengte en ikke-kommunistisk partiledelse som røykteppe ettersom Malayan Communist Party var forbudt. Deres felles mål var å agitere for selvstyre og få slutt på britisk kolonistyre. Stiftelseskonferansen fant sted i Victoria Memorial Hall med over 1 500 tilstede. Lee ble generalsekretær, et verv han beholdt til 1992, med unntak av en kort periode i 1957. UMNOs Tunku Abdul Rahman og MCAs Tan Cheng Lock var innbudt som gjester for å skjenke det nye partiet troverdighet.