LocoRoco og deres venner, Mui Mui, bor på en fredelig planet, og hjelper til med å ta vare på naturen. De forsøker å gjøre planeten til et hyggelig sted å være. Men når Moja-troppen kommer til planeten for å overta den, vet ikke LocoRoco hvordan de skal kjempe mot disse inntrengerne fra verdensrommet. Planeten er delt inn i fem verdener, som hver består av åtte nivåer. Spilleren kan miste LocoRoco hvis den blir berørt av skadelige gjenstander, eller de løper inn i Moja.