Eggen var medtrener for KFUMs juniorlag menn i 2007 og 2008, før han tok over Kolbotn Idrettslags kvinnelag i 2009. Laget tok bronse i serien etter å ha ledet etter halvspilt serie, noe lokalavisen betegnet som svært overraskende. Kolbotn tok bronse også i 2010 og 2011. Før sesongen 2012 tok han over treneransvaret for KFUM, sammen med Esten O. Sæther. Eggen var seksjonsleder for topptrenerutdanning i Norges Fotballforbund fra 2013 til 2020.