I 1880 grunnla han Otto Anderssens Skole i Kristiania (fra 1884 i Uranienborgveien 7, bygningen nedbrent 1909), hvor han selv var bestyrer. Etter at professor i nordisk litteratur Cathrinus Bang døde i 1898, holdt Anderssen en tid forelesninger ved Universitetet om nordisk litteratur, inntil stillingen etter Berg ble besatt av Gerhard Gran. Fra 1907 var Anderssen bestyrer av det nyopprettede Pedagogisk seminar for lærere ved de høyere allmennskolene. I 1909 ble han utnevnt til professor ved Universitetet i Oslo.