Det er uklart hvor lenge Kleopatra V Tryfaena levde, og i hvilken omtaler av en «Kleopatra Tryfaena» i de historiske nedtegnelsene som burde bli identifisert med da nummereringen som ble benyttet for å skille ptolemeerne er en moderne oppfinnelse. Kleopatra V Tryfaena forsvinner (i form av manglende omtale) på rundt den tiden da Kleopatra VII ble født, det vil si rundt 69 f.Kr. Hennes navn begynner å forsvinner fra monumenter og papyruser, og det er en inskripsjon av Ptolemaios XII fra 68 f.Kr. som ikke nevner henne, noe som er forventet om hun fortsatt levde. Det er en del indikasjoner at hun kan ha dødd i 69 eller 68 f.Kr. — hun kan ha død i barsel eller blitt myrdet. Om virkelig hadde død så tidlig, da er den «Kleopatra Tryfaena» som er nevnt siden — etter at Ptolemaios XII ble forvist — som medregent av Egypt sammen med Berenike IV i 58 og 57 f.Kr. og døde en gang rundt 57 f.Kr. ha vært hennes datter, nummerert av en del historikere som Kleopatra VI Tryfaena. Dette er også støttet av Porfyrios.