Han blir satt til å være livvakt for Padmé Amidala, som nå er senator. Hans facinasjon for henne startet da han først møtte henne på Tatooine som ung. Etterhvert utvikles det et tett vennskap mellom de to, et vennskap som igjen utvikles til en forelskelse. Anakin vet at dette er galt, ettersom jeditradisjonen krever at en jediridder ikke kan binde seg til en annen person på denne måten. Mens han følger henne som livvakt har han stadige mareritt som indikerer at hans mor, Shmi Skywalker, er i fare. De drar derfor til Tatooine hvor de får vite at Shmi har blitt satt fri fra slaveriet og har giftet seg med Cliegg Lars – en gårdbruker som sørget for at hun ble satt fri. Anakin drar til Lars' gård, og Lars forteller at Shmi har blitt kidnappet av en flokk med Tusken Raiders. Anakin finner moren i en Tusken-leir, men hun dør i armene hans. Dette får ham til å miste besinnelsen fullstendig, og i sinne massakrerer han alle i leiren. Dette er et av de første store tegnene på den forvandlingen som Anakin kommer til å gjennomgå. Anakin tar morens lik med seg tilbake til Cliegg Lars og sørger for at hun blir begravet der. Så drar han til Geonosis sammen med Padmé, for å redde Obi-Wan, som har blitt tatt til fange av sithenes overhode grev Dooku, men Anakin og Padmé blir også tatt til fange. Alle tre blir dømt til døden, men en gruppe jediriddere som har med seg en hær av klonesoldater klarer å forhindre at dødsdommene blir fullbyrdet. Deretter kjemper Anakin sammen med de andre jediene mot droidene i slaget på Geonosis, og Anakin og Obi-Wan forsøker å sette en stopper for den onde grev Dooku, men Dooku er både bedre med lyssabel og sterkere med kraften enn de hadde trodd. Han klarer å kutte hånden av Anakin. Jedimesteren Yoda kommer til unnsetning og tar opp kampen med Dooku. Dooku flykter. På slutten av denne filmen gifter Anakin seg med Padmé.