Den lengste sideelven til Donau er Tisza. Ytterligere seks sideelver har en lengde på mer enn 500 kilometer: Prut, Sava, Drava, Olt, Siret og Inn. Tisza, Sava og Drava munner ut i det sørlige pannoniske bekkenet (Serbia og Kroatia). Prut og Siret munner ut i Romania like før Donaudeltaet ved Galați. Nord for Alpene er Inn den eneste av Donaus sideelver som er lengre enn 500 km.