Slaven rykket opp til Prva HNL for første gang i 1997, og har holdt seg i den divisjonen siden da. I 2000 spilte de seg til en overraskende femteplass i serien, og kvalifiserte seg dermed for spill i UEFA Intertoto Cup. Der greide laget å komme seg til tredje runde, før de ble slått ut av det tsjekkiske laget Sigma Olomouc med 1–2 sammenlagt. Året etter greide de nok en gang å komme til tredje runde i UEFA Intertoto Cup, men de ble igjen slått ut, denne gangen av det kjente engelske laget Aston Villa med 2–3 sammenlagt. I klubbens neste to sesonger gikk det enda bedre i Europa, og i begge årene kom de til semifinalen i Intertoto Cup.