Under den andre koalisjonskrigen ledet han den 19. september 1799 fortroppen i Herman Willem Daendels' divisjon i slaget om Bergen i Noord-Holland. For sin innsats på slagmarken ble han den 26. september 1799 utnevnt til brigadegeneral. Han kjempet også under general Guillaume Marie Anne Brune i slaget om Castricum den 6. oktober. På ny underlagt general Moreau deltok han i slaget ved Messkirch den 5. mai 1800 og i slaget om Biberach fire dager etter. I det avgjørende slaget om Hohenlinden 3. desember 1800 ledet Durutte en brigade i general Charles Mathieu Isidore Decaens divisjon. Ledet av Durutte ankom Decaens tropper slagfeltet sent om morgenen. De ble raskt kastet inn i kampen og presset tilbake østerrikske styrker tilhørende general Johann Sigismund Rieschs venstre kolonne. Etter fredsslutningen ble han gitt kommando over departementet Lys (i dag i hovedsak provinsen Vest-Flandern i Belgia).