Den 15. oktober 1945 var Jenas universitet det første universitet i Tyskland som begynte sin virksomhet igjen etter krigen. I 1946 ble Zeiss- og Schott-verkene demontert, de ble demontert til 94 prosent og 300 spesialister fra verkene ble ført til Sovjetunionen for der å bygge opp verkene på nytt. I 1950 ble Jenapharm grunnlagt. Jena hørte i DDR-tiden til Bezirk Gera (1952–1990).