Synet var blitt så dårlig at Bach la seg under kniven for øyelegen John Taylor, som var i Leipzig fra 4. til 7. april 1750. Komplikasjoner etter den allerede den gang omstridte kirurgen gjorde det nødvendig med en oppfølgende operasjon. For en kort tid kunne Bach se igjen, men fikk et slaganfall 20. juli, og døde bare få dager etter, litt etter kl. 20:15 den 28. juli 1750. Han ble gravlagt tre dager senere. Den eksakte dødsårsaken er det ifølge musikk musikkviteren Christoph Wolff ikke mulig å fastslå grunnet mangel på eksakte beskrivelser av tilstanden, men han hevder at den mest overbevisende hypotesen er at Bach døde av komplikasjoner på grunn av ubehandlet diabetes.