På grunn av kirkens verdslige makt ble de første sekter dannet i høymiddelalderen, særlig fra ca. 1150, disse bestred kirkens rett til makt og eiendom og krevde apostolisk fattigdom, derfor kan straff for kjetteri et godt stykke på vei sees på som politiske oppgjør. Også deler av kirkens egne reformbevegelser kom i klammeri med paven på grunn av strid om eiendomsrett. Det var ikke bare politiske oppgjør, på 1200-tallet ble kjetterbegrepet utvidet i møte med katarer og også jødiske grupper. 1184 ble inkvisisjonen innført, der straffene for øvrig ofte var mildere enn i verdslig rettspraksis, siden formålet ikke var å straffe men å få synderen til å omvende seg.