I 1848 ble Eisenstein fengslet under en dag av den prøyssiske armeen for revolusjonære aktiviter. Eisensteins skjøre helse tok skade av den harde behandlingen og hans bidrag fra staten ble inndratt, under sterke protester fra Humboldt. Eisenstein fortsatte allikevel å publisere avhandliger om primtall og om resiprositet. I 1851 ble han valgt inn i Göttingens akademi, på oppfordring av Gauss.