Etter det påfølgende folketingsvalget begynte en lang sosialdemokratisk-radikal regjeringsperiode. Landbrukets dominerende posisjon i dansk næringsliv nærmet seg slutten, og Madsen-Mygdal oppnådde ikke en like stor politisk innflytelse senere. Under 2. verdenskrig ble Madsen-Mygdal mer og mer bekymret for situasjonen. Han fryktet Sovjetunionen og kommunistiske tilstander i Danmark. Derfor gikk han av under Venstres landsmøte i 1941, der han ga uttrykk for en velvillig innstilling til Tyskland.