Terminal 3 var tidligere kjent som Terminal 1 Innenriks og ble åpnet av Prinsesse Diana Før den ble ombygd og omdøpt på 90-tallet når BA Connect bestemte av Manchester skulle være en av selskapets baser. Terminalen blir hovedsakelig brukt av British Airways, Oneworld, bmibaby og innenriks trafikk. Terminalen har 18 utganger, 14 er tilkoblet en bro. Terminal 3 planlegger fortiden en utvidelse for å kunne utvide kapasiteten fra dagens 5.0 millioner passasjerer per år.