I 2019 ble en spillet gjenutgitt i oppusset versjon på Nintendo 3DS under navnet Mario & Luigi: Bowser's Inside Story DX + Bowser Jrs Journey. Nyutgaven forbedrer på originalen ved å blant annet gjøre grafikken bedre, opplæringene valgfrie å gå igjennom og legger til bossene Bowser slåss som i giga form som valgfrie, vanskeligere versjoner av seg selv. Nyutgivelsen byr også på et sidespill kalt Bowser Jrs Journey, som går ut på at man får se Bowser Jr og Koopalingene sitt perspektiv og rolle under historien, handlingen foregår parallelt med hovedhistorien der Mario, Luigi og Bowser er opptatt med å stoppe Fawful. Modusen har samme kampsystem som forgjengeren Minion Quest: The Search For Bowser som var inkludert i Mario & Luigi: Superstar Saga DX + Bowser's Minions.