Hans andre oppgave var å lede de militære styrkene for å nedkjempe et opprør som protesterte mot dronningens kommende ekteskap med en spansk prins og planla å sette prinsesse Elisabeth, Anne Boleyns datter, på tronen. Opprøret ble ledet av Thomas Wyatt den yngre, som kuriøst nok var sønn av Henry Howards litterære partner Thomas Wyatt. Resultatet av Howards nedkjemping av Wyatt-opprøret var at prinsesse Elisabeth ble arrestert og forvart i Tower of London, men det var ingen planer om å tiltale henne for forræderi.