Meksikansk nakenhund har tilstedeværelse av glucose-fosfat-isomerase allel B (GPI), noe som antyder en urgammel differensiering fra andre hunder. GPI er ellers kjent blant noen afrikanske pariahunder og mynderasene azawakh og sloughi, samt en håndfull sjeldne asiatiske hunderaser (for det meste japanske). Ellers opptrer GPI bare hos afrikanske rever, sjakaler og italienske ulver. Tilstedeværelsen av GPI- antyder en urgammel differensiering av meksikansk nakenhund fra andre populasjoner av hunder nær opprinnelsen av hundens familietre (der ulv og hund skiller lag). Oppdagelsen støtter dermed et ikke-europeisk opphav.