Hokkaido er den nordligste, nest største og tynnest befolkede av de fire japanske hovedøyene. Av verdens øyer rangerer Hokkaido som den 21. største (77 983,90 km² ), og kan i størrelse sammenlignes med Tsjekkia. Øyas kyster grenser i vest mot Japanhavet, i nord mot Okhotskhavet og i øst mot Stillehavet. I nord ligger øya Sakhalin på andre siden av La Pérouse-stredet. Mot sør skilles Hokkaido fra Honshu av Tsugarustredet. En undersjøisk jernbaneforbindelse, Seikantunnelen, går under dette stredet der det er på det smaleste.