Jan P. Syse møtte Else (1936-2021), datter av disponent Kristoffer Walstad og Esther Nærby i Sarpsborg, mens de var studenter ved Universitetet i Oslo i 1955, og de giftet seg i 1959. De fikk to sønner, utenrikstjenestemann Christian Syse (født 1962) og filosof Henrik Syse (født 1966). Else Syse arbeidet som lektor ved Oslo handelsgymnasium.