Emilio Aguinaldo, av halvt filippinsk og halvt kinesisk etnisk opphav, ble født i Cavite el Viejo i provinsen Cavite på Luzon i den spanske kolonien Filippinene. Han var det syvende barn av Carlos Aguinaldo (stedets borgermester) og hans hustru Trinidad Famy. Da han var 15 år kunne han begynne på medisinstudiet ved Santo Tomas-universitetet i Manila, støttet av en jesuittpater som hadde lagt merke til hans evner.