WTOs øverste organ er Ministerkonferansen som avholdes hvert annet år. Den første fant sted i Singapore i 1996, den neste ble kombinert med feiringen av 50-årsjubileet for GATT/WTO i 1998 og fant sted i Genève. Tredje ministerkonferanse ble avviklet i Seattle i 1999, den fjerde fant sted i Doha i Qatar i slutten av 2001 og den femte i Cancún i Mexico i september 2003. Deretter var det ministerkonferanse Hongkong i desember 2005. Den siste konferansen ble holdt i juli 2008 i Genève.