Bortles aksepterte tilbudet fra UCF, som var det første til å tilby ham stipend og som også lå i nærheten av hans hjemby. Som en "redshirt" freshamn i 2011 spilte han i ti kamper, hvor han fullførte 75 av 110 pasninger for 958 yards med seks touchdowns og tre interceptions. Som sophomore i 2012 stilte han til start i alle 14 kampene. Han fullførte 251 av 399 pasninger for 3 059 yards og 25 touchdowns samt syv interceptions. Han hadde også 285 yards på løp, og åtte touchdowns. Han var MVP for Beef O'Brady's Bowl i 2012 etter å ha fullført 22 av 32 pasninger for 271 yards med tre touchdowns og 79 yards på løp mot Ball State Cardinals.