Selve Borkeneset ligger på det som har vært gården Nedre Husby, og ble kalt Husbynesset før det ble et handelssted. Navnet kan komme av handelsmannen Sivert Borch, som drev handel her i tidsrommet 1620–1658. En annen mulighet er at navnet kommer av ordet , ettersom Borkenes var et borgerleie. Denne teorien styrkes av at stedet har blitt omtalt som og .