I 1806 deltok Christophe i en sammensvergelse for å myrde Dessalines, som hadde gjort seg til keiser mindre enn ett år etter uavhengigheten, og selv gripe makten. Sammensvergelsen skal også ha inkludert Alexandre Pétion, en rivaliserende , men siden Pétion var halvt hvit, hadde han liten støtte fra den svarte majoritetsbefolkningen og deres ledere, og regnet muligens mord som den sikreste måten å kvitte seg med Dessalines på. Dette kan riktignok ikke bevises, og andre kilder hevder av Pétion ikke tok del i sammensvergelsen, og at han bare har blitt knyttet til det på grunn av disse misforståelsene. Uansett ble Dessalines myrdet i 1806, og Christophe ble valgt til provisorisk regjeringssjef, men uten å ha reell makt.