Med sin advokatbakgrunn støttet han de opprinnelige ønskene til Roosevelt og Winston Churchill om å føre en rettferdig domstolsbehandling mot de ledende tyske krigsforbryterne, og Stimson stod sammen med krigdepartementet bak de første forslagene til en internasjonal rettsdomstol som president Harry S. Truman siden gav sin støtte til. Stimsons forslag kom siden til uttrykk i Nürnbergprosessen. I september 1945 gikk Stimson av som krigsminister og pensjonerte seg fra offentlige verv, mye på grunn av at han ikke kom overens med Truman. Henry Lewis Stimson døde av naturlig alderdom den 20. oktober 1950 i Long Island. Stimson ble av senere sikkerhetsrådgiver og utenriksminister Henry Kissinger kalt «den mest utmerkede og sofistikerte offentlige tjenestemannen som Amerika hadde produsert i hele mellomkrigstiden». Han fikk den amerikanske missilballistiske ubåten USS Henry L. Stimson oppkalt etter seg i 1965.