I 1306 ble øya overtatt av hospitallerordenen eller sanktjohannesridderne fra Jerusalem, et korsfarerorden som siden ble kjent som malteserordenen. De bygde en ny festning på ruinene av den gamle, . Av det som en gang var en av de sterkeste festningene i Egeerhavet, gjenstår det i dag deler av vollgravene, forsvarsmurene og deler av tårnene. Det er også et lite museum i festningen. Det synes som under denne tiden var Kastellorizo også et egnet sted for landsforviste og som fengsel for ulydige riddere. Innbyggerne drev i stor grad som sjøfolk.