Etter krigen gikk Schlageter tidlig inn i frikorpset, en høyreorientert, paramilitær enhet som søkte å slå ned kommunistiske opprør og separatisme, og kjempet blant annet i Baltikum. Dessuten var han offiser i Ruhrområdet under den franske okkupasjonen. Her arbeidet han mot det som frikorpset anså som okkupantenes utplyndring av Tyskland. Han ble arrestert, dømt til døden for sabotasje og så henrettet 26. mai 1923 utenfor Düsseldorf.