Morgenen 26. september 1981 ble Shankly innlagt på Broadgreen sykehus etter et hjerteinfarkt. Han insisterte på å bli stelt i et vanlig sykehus, ikke i et privat. En talsmann for sykehuset uttalte til avisen Liverpool Echo at «det var der han ønsket å være». Hans tilstand var stabil og det ble antatt at han skulle bli helt frisk, det var ingen antydning om at hans liv var i fare. Sentralbordet ble sprengt av bekymrede fans og på søndag morgen ble det bedt for ham både i anglikanske og katolske gudstjenester. Men sent den 28. september forverret Shanklys tilstand seg til det verre og den 29. september 1981 sovnet han inn, 68 år gammel.