Etter å ha drept Zant og Midna hadde lært seg å beherske Fused Shadows brøt hun og Link seg inn i slottet. Etter å ha kommet seg til toppen og tronsalen møtte de endelig Ganondorf, som satt på tronen. Han brukte da kreftene sine til å ta bolig i Zelda, og brukte henne til å angripe Link. Han angrep på samme måte som i Ocarina of Time der Link måtte slå magien hans tilbake på ham selv. Etter å ha blitt svekket bruker Midna Fused Shadows til å fjerne Ganondorf fra Zeldas kropp. Etter dette gjør han seg om til Ganon, med en mye mer dyrisk form enn før. Når han blir slått nok en gang gjør han seg om til en stor flammekule igjen, og Midna teleporterer Link og Zelda bort før hun prøver å slåss mot ham selv. Men Ganondorf var altfor sterk, og Hyrule Castle endte opp sprengt i filler.