Det har i mange år vært påstått at Vesalius’ pilegrimsferd var et resultat av et press fra inkvisisjonen. Det anses i dag for å være usannsynlig. Noe tyder på at denne historie stammer fra Hubert Languet, der virket som diplomat under Karl V og siden hos prinsen av Oranien. Han påstod i 1565 at Vesalius hadde utført en obduksjon på en spansk aristokrat, og at han under den hadde oppdaget at hjertet stadig slo. Det skulle ha fått inkvisisjonen til å dømme ham til døden. Filip V skulle angivelig ha omstøtt dommen og påbudt Vesalius å foreta en pilegrimsreise.