Historien utspiller seg i år 2064 over hele verden, i et alternativt Front Mission-univers. På begynnelsen av det 21. århundre slåss nasjoner over hele verden rundt kontrollen av naturressurser. Verdens nasjoner kommer til slutt sammen, i forsøk på å finne en varig løsning på den voksende konflikten. De realiserer etter hvert potensial i rom-basert energi. Men det dukker opp problemer, og verden går tilbake til konflikter. Spilleren får rolle som en soldat utstasjonert i Bergen, Norge som heter Albert Grabner, hvis foreldre bor i Eningen, Tyskland. I januar 2064 arrangerer Ark Hellbrand fra Bergen et statskupp i et forsøk på å styrte regjeringen ledet av president Moss Orwen. Når disse styrkene begynner å ta over landet, ber president Orwen om assistanse fra NORAD og en fraksjon fra Bergen hær som var lojal mot presidenten.