Fra 1641 til 1648 var Aleni viseprovinsial med ansvar for jesuittermisjonene i Sør-Kina. I 1644 ble Ming-dynastiet styrtet i hovedstaden, men Ming-pretendenter hadde fremdeles et fotfeste i sør. Først i oktober 1646 inntok mandsjuene Fuzhou, og pater Aleni tok tilflukt i Yanping, som var den siste Ming-hovedstaden. Kort etter ble Yanping nedbrent, og de følgende år var kaotiske. Aleni fortsatte sitt arbeide med å besøke kristne smågrupper, til tross for at han led under underernæring og sykdom. Den 9. juni 1649 følte han at enden var nær, og foretok en slags rekapitulasjon av sitt liv, fra den tid han fikk prestekallet i Italia. Noen timer inn i den nye dag, den 10. juni, bad han om et lys, satte seg ned, påkalte Jesu og Marias navn og døde.