I midten av det 11. århundret konsentrerte de mektige tyrkerne av Seldsjukk-riket sine krefter i territoriet til Turkmenistan i et forsøk på å ekspandere inn i Afghanistan. Riket brøt sammen i andre halvdel av det 12. århundre og turkmenerne mistet sin uavhengighet da Djengis Khan tok kontroll over den østlige Kaspihavs-regionen på sin vei vestover. I de neste syv århundrene levde turkmenerne under forskjellige imperier og utkjempet konstant interne stammekriger.