Etter at Syngman Rhee ble styrtet av et pro-demokratisk studentopprør, ble Yun den 13. august 1960 valgt til landets president. Som en reaksjon mot de autoritære eksesser under Rhees styre gikk Sør-Korea over til et parlamentarisk system. Yun Bo-seon var dermed egentlig en gallionsfigur, uten vesentlig myndighetskraft. Og hans regjering slet med konflikter internt i Det demokratiske parti.