Etter at beleiringen var opphevet, skulle «Arca Noa» fortsatte som vaktfartøy fram til 1665, deretter ble det tatt ut av tjeneste. Flere år senere ble det besluttet at prammen skulle senkes ved Toldboden for å beskytte Flådens Leje i havneområdet. Dette hendte i 1684, allerede i 1678 var en ny stykkpram sjøsatt med det samme navnet som forgjengeren fra 1641.