FitzGerald ble utdannet blant annet ved jesuittenes Belvedere College og University College Dublin (UCD), hvor han ble ferdig uteksaminert med en BA-grad i 1946. Senere kom han tilbake igjen for å fullføre sin doktorgrad, som han ble tildelt i 1968. Han ble særlig interessert i politikk under den spanske borgerkrigen og den andre verdenskrigen.