NSM ble opprettet som direktorat underlagt Forsvarsdepartementet 1. januar 2003 som en følge av omorganiseringen av Forsvarets overkommando. I forbindelse med omorganiseringen av Forsvarets overkommando var et av Lund-kommisjonens forslag at organet FO/S (Forsvarets overkommando sikkerhetsstaben) skulle splittes i to. Lund-kommisjonen mente det var behov for en virksomhet med ansvar for sivil sektor, og en for militær sektor av samfunnet. Den 1. januar 2003 ble så FO/S nedlagt og Nasjonal sikkerhetsmyndighet ble opprettet med ansvar for sivil sektor og totalforsvaret, mens Forsvarets sikkerhetsavdeling (FSA) fikk ansvar for militær sektor.