I 1771 var han blitt fullstendig blind. Likevel fortsatte han sin forskergjerning med stor styrke. Han fikk hjelp fra sønnene Johann Albrecht, Karl og Christoph og fra sekretæren Nikolaus Fuß. Til tross for sin vitenskapelige produktivitet ble han aldri universitetets president. Dette embetet gikk for det meste til en av keiserinnens favoritter, men Eulers stilling ved universitetet var likevel nokså sentral.