Den 20. desember 1927 giftet Hess seg med den 27-årige Ilse Pröhl (22. juni 1900 – 7. september 1995) fra Hannover, og blant vitnene var også Hitler. Rudolf og Ilse fikk senere en sønn, Wolf Rüdiger Hess (18. november 1937 – 24. oktober 2001).