Ptolemaios Apion var høyst sannsynlig født i Kyrene, hovedstaden i Kyrenaika, men ble oppfostret og utdannet ved sitt fars hoff i Egypt. Fram til 116 f.Kr. levde han antagelig i Egypt. Han fikk aldri noen kongelig egyptisk tittel. I 116 f.Kr. døde hans far Fyskon, og i farens testamente arvet Ptolemaios Apion sitt fødeland Kyrenaika, og i det samme året ble han konge i Kyrenaika. Da han ble konge kom han på tronen uten at det synes å ha vært noen form for politisk opposisjon mot ham.