Det finnes også teorier om at barna har gjort en pilegrimsferd eller reist østover i barnekorstog tidlig på 1200-tallet for å kolonisere. I disse tilfellene ville rottefangeren vært en voksen leder, kanskje en geistlig som tok barna med seg. Koloniseringsteorien holdes i dag som den mest sannsynlige, fordi det gikk barnekorstog fra Sentral-Europa mot Palestina i året 1212, som antakelig endte i dyp tragedie ved at barna omkom under kryssingen av Balkan og Anatolia til lands. Ingen av barna kom noen gang frem til Jerusalem men ble tatt til fange i Anatolia og solgt som slaver, bl.a. til Sultanen av Egypt.