Dee gikk på den katolske skolen i Chelmsford fra 1535 (i dag ). Gutten var betatt av de katolske ritualene, og det i et strengt protestantisk England. Men det snevre pensumet kjedet ham. Datidens engelske læresteder var opptatt av fag som latin, logikk og retorikk, på bekostning av fag som matematikk og geografi. Fra november 1542 til 1546 gikk Dee på St John's College ved Cambridge-universitetet.