Han vant 3000 meter hinder ved Panafrikanske leker 2003, foran Paul Kipsiele Koech og Tewodros Shiferaw, og satte der ny mesterskapsrekord med tiden 8:12,27. Under VM 2003, hadde Kemboi en knallhard duell med sin tidligere landsmann Saif Saaeed Shaheen, som nå løp for sitt nye land Qatar. Til slutt vant Shaheen med mindre enn ett sekunds margin. I september deltok han også ved IAAF World Athletics Final, der han løp inn til 3.-plass.