Med innføringen av det lokale selvstyret i 1872 var Funningur en del av Eysturoyar prestagjalds kommuna. Funningur ble i 1906 utskilt som en egen kommune – Funnings kommuna – som også omfattet Gjógv. Gjógv ble utskilt som en egen kommune i 1948. Funnings kommuna med 75 innbyggere ble innlemmet i Runavíkar kommuna i 2009, mens Gjógv gikk til Sunda kommuna.