Etter den såkalte Machtergreifung i mars 1933, ble Heuss på ny valgt som medlem av Riksdagen for Staatspartei, slik Deutsche Demokratische Partei da het. Partiet hadde hatt listesamarbeid med SPD. Under gruppemøtet gikk Heuss sammen med Hermann Dietrich, inn for å stemme mot fullmaktslovene, men ble nedstemt. I plenum stemte han derfor 24. mars 1933, for vedtakelse av fullmaktslovene. I 1933 ble han avskjediget av nasjonalsosialistene fra sin stilling som dosent ved Deutsche Hochschule für Politik, og mistet også sin plass i Riksdagen.