Frontiers Media var oppført på Jeffrey Bealls liste over røverforlag; Beall beskrev opprinnelig forlaget i 2013 som et grensetilfelle, men førte i 2015 opp forlaget som et røverforlag, noe som ble møtt med blandede reaksjoner. Frontiers Media stod i fokus for sin rolle da Bealls liste senere ble stengt ned; Beall skal ha slettet nettstedet etter at Frontiers hadde kontaktet hans arbeidsgiver og krevd disiplinære tiltak mot ham. Forlaget har blitt kritisert for bruk av epostspam, sin redaksjonspraksis og publisering av mindre gode artikler. En artikkel i SciELO fra 2013 rapporterte at Frontiers' tidsskrifter publiserte 80% av alle innsendte arbeider, sammenlignet med 10% for tidsskriftet . Frontiers har publisert flere artikler som har vært omtridt, herunder en artikkel som knyttet vaksiner til autisme. Forlaget har også fjernet redaktører som avviste for mange artikler. Allison B. Kaufman og James C. Kaufman skrev i boken (2018) at «Frontiers bruker et hjemmelaget publiseringssystem som gjør det umulig for fagfellevurdererne å anbefale å avvise et manuskript» og at «systemet er laget for å gjøre det nesten umulig å avvise artikler».