Christopher Knudsen ble student i 1861 fra Drammens skole, hvor han siden var lærer. Han avla eksamen for cand. theol. i 1867. Fra 1868 virket han som kateket i Mandal og i 1876 ble han sekretær i Det norske misjonsselskap. Fra 1879 var han sogneprest i Nedre Eiker, der han også ble ordfører. Deretter var han residerende kapellan i Bragernes fra 1886, der han også deltok i lokalpolitikken. I 1898 ble han utnevnt til sogneprest i Tønsberg. I 1902 ble han konstituert prost i Søndre Jarlsberg, og utnevnt i samme stilling i 1904. I 1905 var han ordfører i Tønsberg før han fikk ministerposten. Etter sin kortvarige statsrådstilværelse ble han utnevnt til sogneprest i Bragernes der han ble innvilget avskjed i 1913.