Han var sønn av superintendent i Freiburg Ernst August Dankegott Hoppe. Foreldrene døde tidlig og han vokste opp dels hos søsteren og svogeren, presten Georg Seyler, dels på barnehjem. Han ble i 1864 formelt adoptert av sin 25 år eldre svoger, og tok da navnet Hoppe-Seyler. Adoptivfaren/svogeren var barnebarn av teaterlederen Abel Seyler.