I Salonika var en sveitsisk representant for Røde Kors, Rene Burckhardt, tilstede og blandet seg inn i Wislicenys arbeid. Burckhardt foreslo i mars 1943 å sende jødene til Palestina i stedet blant annet ved å bruke skip som kom til Salonika med nødhjelp i regi av Sverige og Sveits. Wisliceny forhindret Burckhardt i å sende telegram om saken til det internasjonale røde kors. Burckhardt var brysom for Wisliceny som sørget for å få ham bort fra Salonika. «Spesialkommandoens» hovedkvarter ble fylt av gjenstander stjålet fra jødene i byen. Wisliceny hevdet at han bare var tilskuer til den omfattende plyndringen. Deportasjonene fra Salonika pågikk fra 15. mars 1943 til 10. august. I slutten av september 1943 kom Wisliceny til Athen for å få fart på deportasjonene der.