Kristoffer Haugen debuterte for Norges U17-landslag i en kamp mot Hellas 3. mars 2011. Spilleren har senere også representert Norge på U18- og U19-nivå. Debuten på U21-landslaget kom i en kamp mot Spania på Estadio Cartagonova arena 26. mars 2015. Haugen ble byttet inn for Fredrik Aursnes etter 78 minutter i en kamp som endte 2 - 0 til hjemmelaget.