Da han var åtte år, flyttet familien til Oslo fordi faren, Kjell Bondevik, ble innvalgt på Stortinget som representant for Kristelig Folkeparti. Han studerte teologi ved Det teologiske menighetsfakultet fra 1960 og tok den teologiske embetseksamen og ble cand. theol. i 1965. I 1967 avtjente han verneplikt som feltprest. Tidlig i 1969 reiste han til Japan som misjonær for Det Norske Misjonsselskap (NMS). I 1978 kom han hjem for å ta over stillingen som misjonssekretær ved NMS' hovedkontor. Fra 1980 til 1991 var han generalsekretær og øverste leder for NMS.