Selskapet ble stiftet i 1987 under navnet McAfee Associates, oppkalt dens grunnlegger John McAfee, som trakk seg som selskapets direktør i 1994. Selskapet Network Associates ble grunnlagt i 1997 som en sammenslåing mellom McAfee Associates og Network General. I 2004 skjedde en stor restrukturering innad i selskapet. Den 19. november 2007 vedtok McAfee å kjøpe programmet SafeBoot for 350 millioner dollar. SafeBoot var på denne tiden en av de ledende leverandørene av krypteringsprogramvare for å beskytte informasjon som blir lagret på bærbare datamaskiner. På grunn av økt bruk av internett av barn og tenåringer produserte McAfee en programvare for foreldrekontroll kalt McAfee Family Protection slik at foreldrene kan holde styr på hva barna deres driver med på internett. Denne programvaren ble offentliggjort den 22. juni 2011. Siden februar 2011 har selskapet vært en del av Intels sikkerhetsprogramvaremerke.