Ludvig Harboe var sønn av Johannes Harboe og Marie (født Petersen). Han fikk undervisning hjemme av sin far og begynte 18 år gammel på gymnasiet i Hamburg, hvor han oppholdt seg i to år. Deretter studerte han ved universitetene i Rostock, Wittenberg og Jena og kom til Broager i 1732. Her fortsatte han sine teologiske studier, til han i 1735 reiste over til København.