Han var president i Brasil fra 15. mars 1985 til 15. mars 1990. Sarney var opprinnelig valgt som visepresident. Da den valgte presidenten Tancredo Neves døde rett før innsettelsen, overtok Sarney presidentvervet. Han ble dermed den første presidenten etter avviklingen av militærdiktaturet i landet. I hans presidentperiode fikk Brasil en ny grunnlov. Sarney lanserte også «Plano Cruzado» som skulle bekjempe inflasjonen i landet.