Mens den eritreiske frigjøringskrigen fortsatte på den nordlige regionen av Eritrea, begynte flere væpnede motstandsbevegelser, deriblant TPLF fra Tigrayregionen i nord, å organisere seg mot det etiopiske militæret. I 1989 var paraplysorganisasjonen «Ethiopian People's Revolutionary Democratic Front» (EPRDF) dannet av samtidige motstandsbevegelser. I mai 1991 avanserte EPRDF styrker mot den etiopiske hovedstaden Addis Abeba, og Sovjetunionen som året før hadde stoppet den militære bistanden, kunne ikke intervenere for å redde regimet. Mengistu rømte landet og søkte asyl i Zimbabwe.