IKA sin økonomi er i hovedsak bygget opp rundt årlige bidrag fra samtlige eiere, ofte beregnet ut fra innbyggertall i kommunene. Representantskapet er etter lov om interkommunale selskaper IKAs høyeste myndighet. Her deltar alle eierkommunene. Representantskapet velger et styre som har ansvaret for den daglige driften i selskapet.