Han står per 21. juni 2014 notert med 29 kamper og én scoring for USAs landslag, som han debuterte for 23. januar 2010 i en vennskapskamp mot Honduras. Han ble 11. mai 2010 tatt ut til den opprinnelige 30-mannstroppen til VM i 2010 i Sør-Afrika; troppen ble etter hvert kuttet ned til 23 mann og Bedoya fikk ikke være med. Bedoya ble tatt ut i den amerikanske troppen til VM i 2014 i Brasil.