Kowalczyk vant verdenscupen sammenlagt for tredje gang på rad sesongen 2010/11 etter ni andreplasser, alle på plassen bak Marit Bjørgen. I Tour de Ski, der Bjørgen ikke deltok, vant Kowalczyk klart sammenlagt etter å ha vunnet fire av de åtte etappene. Dette sikret også nok poeng til å vinne både verdenscupen sammenlagt og distansecupen. I VM 2011 ble det to sølv- og to bronsemedaljer.