Etter at Akropolis i Athen ble overgitt til grekerne fra osmanene i juni 1822, ble Makrygiannis utnevnt som leder for den offentlige ro og orden i Athen. Der satte han i gang flere alvorlig tiltak for å stanse den vilkårlige undertrykkingen av den greske befolkningen samt å sette en stopper for tyveri og annen kriminalitet.