I 2004, tre år siden Giants sist nådde Super Bowl, ble Fasel erstattet med Tom Coughlin. Selv I byttet Giants til seg quarterbacken Eli Manning, som samme år ble draftet fra University of Mississippi. I midten av 2004—sesongen tok Manning over som startende quarterback etter Kurt Warner. I løpet av tre år fra 2004 til 2006 gikk Giants 25-23 i seriespillet, og nådde Wild Card-runden to ganger, hvor de tapte mot Carolina Panthers i og Philadelphia Eagles i , som førte til spørsmål om Coughlin kom til å beholde stillingen som hovedtrener.