Flere skipsbyggere, Hugo Beda fra England som hadde vært i Frederik IIs tjeneste i 1570 til 1592, Hans Madsen og Hans Katlin fikk æren for å ha bygget «Gideon», men det ble avslørt i fra Frederik IVs regjeringstid at skipsbyggeren kan ha vært Frederik II. Kongen overvåket personlig byggingen av skipet på det kongelige verftet på Bremerholmen, og sendte ut strenge forskrifter om hvordan det skulle bygges til byggemesteren som måtte følge disse. Hugo Beda ble først antatt å være skipsbyggemesteren, men hans byggeteknikk var «den engelske manéren» med en med spanter som formgivende element, og undersøkelsene av vraket i 1990 viser at «Gideon» kan være bygget med «den hollandske manéren» som byggeteknikk. Et skip bygget med den hollandske byggeteknikken begynte som en ved at et skall av planker var reist opp til slaget (mellom bunnen og skipssiden) før spantene ble reist.