Markham hadde lenge hatt for vane å notere seg unge lovende sjøoffiserer som kunne ha de kvalitetene som trengtes for å ta ansvar under eventuelle polarekspedisjoner. Han hadde først observert kadetten Robert Falcon Scott i 1887 da han tjenestegjorde på HMS «Rover» i Saint Kitts, og hadde lagt ham på minnet. Tretten år senere var Scott, som nå var torpedoløytnant på HMS «Majestic», på utkikk etter muligheter for karrieremessig avansement, og etter et møte med Markham i London, søkte han på posten som ekspedisjonens leder. Scott hadde lenge vært i Markhams tanker, og selv om han ikke alltid hadde vært førstevalget for denne oppgaven, hadde flere av de andre favorittkandidatene nå etter Markhams syn blitt for gamle, eller var opptatt på annet hold. Med Markhams avgjørende støtte i ryggen ble Scott den 25. mai 1900 utnevnt, og kort tid etter forfremmet til kommandørkaptein.