Den 21. september 1995 ble Bosnia-krigen offisielt avsluttet, etter langvarig internasjonal mekling. Milo Đukanović slo to år senere pro-Milosevic-kandidaten i det montenegrinske presidentvalget, og fra 1997 begynte de montenegrinske lederne stadig sterkere å angripe Milošević og Serbia. Spesielt vanskelig var det å fortsette i union med en større nabostat som drev en fullstendig mislykket økonomisk politikk, og skapte hyperinflasjon. For å komme unna inflasjonen innførte Montenegro tyske mark som sideordnet valuta i 1998. Etter et år ble den jugoslaviske dinaren helt forlatt.