Under den andre verdenskrig ble hjemmet overtatt av Nasjonal Samling, som anbrakte barn av NS-foreldre der. Frimurerne drev en kort tid igjen etter krigen, men fra 1947 og fram til 1958 ble barnehjemmet drevet av Oslo kommune, da som og . Som ved en rekke andre barnehjem har det vært reist kritikk mot forholdene på Orkerød. Et granskingsutvalg konkluderer med at omsorgen var mangelfull, standarden på klærne var kritikkverdig, og flere av barna ble utsatt for fysiske og seksuelle overgrep både av ansatte og av eldre gutter ved institusjonen.