Etter dronningens død i 1603 ble Dee avvist av hennes etterfølger, Jakob 1. I sine siste år måtte han selge biblioteket sitt i Mortlake, bok for bok, for å ha til livsopphold for seg og sin familie. Han forlot Manchester i 1605 for å kunne reise til London, men forble bestyrer i Manchester, om enn i navnet, fram til sin død. Datteren Katherine sørget for Dee til hans død i Mortlake i slutten av 1608 eller tidlig 1609, i en alder av 82 år. Nedtegnelser i sognekirken om nøyaktig dødsdato har gått tapt.