Fabricius klassifiserte mange organismer og videreførte dermed arbeidet til Linné. Han forsket mye på sopper, noe Linné hadde gjort svært lite med. Han forsket også mye på insekter, der hans verk fra 1775 utmerker seg som den første «moderne» insektklassifikasjonen og la grunnlaget for mange senere klassifikasjoner. Han beskrev svært mange insektarter, både fra Europa og fra resten av verden.