Da krigen begynte i september 1939 åpnet det seg mulighet til å deportere landets jødiske innbyggere til det okkuperte Polen. Hitler ba straks om at jøder skulle deporteres fra Tyskland og Østerrike. Gestapo-sjef Heinrich Müller ga i oktober 1939 Adolf Eichmann (på det tidspunktet leder for utvandringskontoret i Praha) i oppdrag å deportere i første omgang 70 000-80 000 fra Katowice og Ostrava. Eichmann reiste til Wien for å drøfte muligheten for å omplassere Wiens jødiske innbyggere til Polen. Eichmann ga inntrykk av at forflytning til Nisko i nærheten av Lublin ga mulighet til gode jobber. To transporter med til sammen 1584 personer forlot Wien i slutten av oktober 1939 før Himmler satte planen på vent. Denne såkalte Niskoplanen (også kalt Lublinplanen) har av noen forskere i ettertid blitt tolket som at Hitlers regime opprinnelig planla en territoriell løsning på «jødespørsmålet», mens andre har tolket Niskoplanen som begynnelsen på massedrapet senere kjent som holocaust. Dette har vært et viktig tema i ettertidens diskusjon om ansvar for holocaust.