De tidligste arkivene er ikke bevart, men det er kjent at universitetet vokste frem fra en sammenslutning av forskere i Cambridge, England i 1209. De skal ha flyktet fra Oxford etter et sammenstøt med byens borgere. Den offisielle grunnleggelsen av universitetet spores tilbake til et forfatningsdokument utstedt av Henrik III av England i 1231, samt en bulle utstedt av Pave Johannes XXII i 1318, som gav uteksaminerte fra universitetet rett til å undervise i hele den kristelige verden.