Under oppdraget blir Leon gjenforent med Ada Wong (en spion Leon møtte i Resident Evil 2) og Jack Krauser, en av Leons tidligere kolleger som ble trodd var død. Han møter også Luis Sera, en tidligere Los Illuminados-forsker, som hjelper Leon på sitt oppdrag før han blir drept. Med å eksaminere Seras notater, oppdager Leon at Los Illuminados fikk kontroll over deres forsøksklienter ved å infisere dem med en hjernekontrollerende parasitt kjent som «Las Plaga».