Etter at kong Peter II kom på tronen fikk pater Vieira anledning til å bli rehabilitert i Roma av pave Klemens X. Denne paven hadde stor aktelse for ham. Mens han var i Roma fikk han foretrede for kardinalkollegiet og tale der. Han ble skriftefar for den svenske eksdronning Christina I som hadde konvertert til katolisismen. Han forfattet også en analyse av den portugisiske inkvisisjon, med det resultat at pave Klemens XI grep inn mot den og surpenderte dens virke mellom 1676 og 1681. Til slutt vendte han tilbake til Portugal, utstyrt med en pavelig bulle som beskyttet ham mot inkvisisjonen.