Etter Bosnia-krigen ble Abdić tiltalt i Kroatia der han søkte tilflukt etter krigen og fikk statsborgerskap. Tiltalen mot ham gikk ut på medvirkning til drap på 121 sivile og tre militære. Ofrene døde i leirer som var etablert for de som opponerte mot Abdićs utbryterrepublikk. Senere ble han i Kroatia dømt til 15 års fengsel, etter at landets høyesterett hadde redusert straffen med fem år. Han slapp ut i 2012 etter å ha sonet to tredeler av sin dom. Soningen foregikk i Pula i Kroatia. Ved løslatelsen møtte 3 000 mennesker frem for å feire løslatelsen.