I likhet med andre -spill kontrollerer spilleren dusørjegeren Samus Aran, som drar til planeten Zebes etter å ha funnet ut at rompirater utfører eksperimenter med metroider, fiendtlige parasittiske skapninger. Spillmekanikkene fokuserer på utforsking, hvor spilleren leter etter oppgraderinger som brukes for å komme til tidligere utilgjengelige områder. Remaken legger til ekstra hjelpemidler, nye områder, minibosser, vanskelighetsgrader og en omskrevet historie som utforsker fortiden til Samus.