De første jernbaneferjene i Japan var «Kanmon Maru No. 1» og «Kanmon Maru No. 2» levert til ruten over Kyushustredet i 1919. Bare tre jernbaneferjeruter var åpent; mellom Shimonoseki i Honshu og Komorie i Kyushu frem til 1942, mellom Uno i Honshu og Takamatsu i Shikoku fra 1921 frem til 1988 og fra Aomori i Honshu til Hakodate i Hokkaido. Den første havgående jernbaneferjen i Japan, «Shoho Maru» som det første av fire ferjer for Seikanruten i 1924 var basert på den svenske togferjen «Drottning Victoria» (Trelleborg-Sassnitz) med lukket overbygning omkring togdekket og en tredelt åpning akterut. I slutten på den andre verdenskrigen var det en flåte på fire ferjer av den eldre generasjonen og tolv skip som nummeres fra nr. 1 til nr. 2 etter navnet «Seikan Maru»; bare to overlevd etter krigens slutt i 1945. De ble erstattet med «H-klassen» etter krigen som beholdt varemerket fra eldre ferjer, et par skorsteiner på begge sider. Men forliset av «Toya Maru» med tap av liv under tyfonen i september 1954 etter vannet hadde tvunget seg inn i togdekket fulgt til nye ferjer med større sjødyktighet og vanntett akterport samt en enslig skorstein. De største av Seikanferjene var en klasse på syv skip med «Tsugaru Maru» (III) som den første, med fire spor og plass for passasjerer fra 1964. Etter åpningen av Seikantunnelen i 1988 ble ferjeruten oppgitt.