Ambroise Thomas ble senere i 1871 utnevnt til konservatoriets nye direktør, og innførte en nykonservativ stil ved institusjonen. Han ble sittende i direktørstolen frem til sin død i 1896. I sin direktørperiode søkte han å demme opp for den germanske musikkstilen, og forsøkte dessuten å forhindre at Gabriel Fauré ble ansatt ved konservatoriet.