Latakia har en liten sunnimuslimsk majoritet og en stor alawittisk minoritet. På landsbygden er det en alawittisk majoritet på rundt 70 %, mens kristne utgjør opp til 14 %, sunnimuslimer 12 %, og ismailitter de siste 2 %. Byen fungerer som hovedstad for alawittene og er et stort kultursenter i området for religionen. Gjennom 1980- og 1990-årene flyttet mange alawitter til byen Damaskus i sør. Det finnes mange gresk-ortodokse i Latakia, som er et bispedømme og den største kirkelyden i gresk-ortodokse kirken i Antiokia. I 1825 ble det registrert 6 000-8 000 muslimer, 1 000 gresk-ortodokse kristne, 30 armensk kristne, 30 maronitt-katolikker, og 30 jøder.