Parallelt med krigen mot Iran gjennomførte Hussein en nådeløs undertrykkelse av mulig intern opposisjon. Store områder langs grensen mot Iran ble ryddet for sivile. Sjiittiske religiøse ledere som nektet å underkaste seg ble myrdet, mange tusen ble arrestert og torturert. Massegraver fra denne perioden oppdages fortsatt.