Svært lite er kjent om Bourgeois' tidlige liv. Hans første utgivelse var noen verdslige sanger fra 1539 i Lyon. I 1545 hadde han reist til Genève (ifølge verdslige arkiv) og hadde blitt musikklærer der. I 1547 ble han borger av Genève og samme år utga han sine første firstemte salmer.