Han var drivkraften bak grunnleggelsen av klosteret i Sevilla, som noen nonner ble brakt dit for: de kapusinske klarasøstrene fra Zaragoza, blant dem hans egen søster, Josefa de Palafox y Cardona, som var den første abbedissen, og hennes niese søster Andrea Serafina Moncayo Palafox. Bygningen begynte å bygges i oktober 1701, men erkebiskopen kunne ikke se det ferdige arbeidet fordi han døde to måneder senere, den 2. desember samme år.