Werner Lueben kom fra en protestantisk embedsmannsfamilie. Faren var proviantmester i den prøyssiske hær og i militærforvaltningen. Etter studerte Lueben jura i Halle, et studium som ble avbrutt av frivilligetjeneste ved utbruddet av første verdenskrig. Han ble der etterhvert løytnant, og ble tildelt Jernkorset av II. og av I. klasse. Etter dimittering i februar 1919 sluttet han seg til et frikorps og var med på kampen mot arbeideropprørene. Deretter gjenopptok han studiene og avla den første statseksamen i mai 1920.