De viktigste havnene i Mannarbukta er Thoothukudi (også kjent som Tuticorin) i India og Colombo på Sri Lanka. Mens disse havnene har plass til dypgående fartøyer, kan kun små fartøyer passere det grunne Palkstredet. I juli 2005 tok den indiske regjeringen foreløpige skritt for å gå videre med skipskanalprosjektet Sethusamudram, som ville skape en dyp kanal som forbinder Mannarbukta med Bengalbukta. De som fremmer prosjektet understreker fordelene med en direkte fraktrute som forbinder Indias øst- og vestkyst uten den lange turen rundt Sri Lanka. Miljøvernere har derimot advart mot den alvorlige skaden et slikt prosjekt kan forårsake på sjølivet og fiskeriene i Palkstredet og i bukten.