Filmen foregår tre år etter hendelsene i Digimon Adventure 02 og fokuserer på de opprinnelige åtte DigiDestined og deres partner Digimon. En mystisk anomali forårsaker forvrengninger i den virkelige verden, og Digimon blir plaget av et virus som gjør dem fiendtlige. Disse forholdene fører til at DigiDestined blir gjenforenet med sin partner Digimon. Forbundet av en annen DigiDestined kalt Meiko Mochizuki og hennes partner Meicoomon, må DigiDestined ikke bare håndtere den infiserte Digimon og mysteriet bak dem, men også med ansvar og byrder for å vokse opp.