Smenkhkares foreldre er ukjente — de ledende teorier er at han var sønn av Akhnaton eller Amenhotep III. I motsetning til de fleste andre faraoer hevdet han kun å være «elsket» av Akhnaton, men aldri at sistnevnte var hans far. Akhnatons døtre er alltid kalt «faraos datter, av hans lender, [datterens navn].» At der ikke henvises til en annen sønn i et patriarkalsk samfunn, virker usannsynlig.