I sin første sesong i Manchester United scoret Van Nistelrooy 23 ligamål på 32 kamper, og satte ny rekord ved å score i åtte Premier League-kamper på rad. Dette var tangering av Liam Whelans klubbrekord fra 1956. Han scoret 10 mål i Mesterligaen, og ble kåret til årets spiller av PFA (Professional Footballers Association).