Spillet begynner med «Slaget ved Geonosis» fra Star Wars Episode II: Klonene angriper. Jedi-mestrene Mace Windu og Luminara Unduli leder en angrepsstyrke for å svekke separatist-forsvaret, og redde Anakin Skywalker og Obi-Wan Kenobi. En måned etter «Slaget ved Geonosis» oppdager republikken uvanlig aktivitet på Raxus Prime, og sender en styrke ledet av Anakin Skywalker og Obi-Wan Kenobi for å etterforske situasjonen. Ved ankomst oppdager de separatistene ved et utgravningssted. Jediene forsøker å skaffe forsterkninger, for å ta kontroll over resten av planeten. Republikken kidnapper Raxus Prime, men under slaget blir Anakin tatt til fange av Sith-lederen Grev Dooku og hans dusørjeger Cydon Prax.