Ved opprettelsen av Euratom og EEC i 1957, fikk hver av disse en egen kommisjon. Da fusjonstraktaten trådte i kraft i 1967, ble Den Høye Myndighet og Euroatom-kommisjonen slått sammen med EEC-kommisjonen til Europakommisjonen. Europakommisjonen regnes som en fortsettelse av EEC-kommisjonen.