Etter parlamentsvalget i 1995 gikk de gjenværende kreftene i «Isamaa» sammen med Det estiske nasjonale uavhengighetspartiet (ERSP), som hadde mer nasjonalkonservative elementer, som Tunne Kelam, og dannet Fedrelandsunionen. Mart Laar kom tilbake som statsminister etter parlamentsvalget i 1999. Etter at regjeringen gikk i oppløsning i 2002 ble Fedrelandsunionen nærmest marginalisert.