Da elitelaget gikk konkurs i 2010, ble gjelden knyttet til deres andrelag gjort opp. Laget ble deretter overført innad i SFK Lyn til breddeavdelingen, slik at Lyn i 2011 spilte i 4. divisjon. Lyn spilte i 3. divisjon i sesongen 2012; laget vant sin avdeling i 2012 og rykket opp til Oddsenligaen fra 2013. I 2015 rykket laget ned fra Oddsenligaen. Lyn spilte i 3. divisjon i 2018. Hovedtrener ut sesongen 2021 var Bent Inge Johnsen, som etter tre år forlot klubben i november 2021. Fra 2022 var Jan Halvor Halvorsen klubbens nye hovedtrener. I 2022-sesongen kvalifiserte Lyn seg for opprykk til 2. divisjon fotball for menn, hvor de endte med opprykk (2. plass) og spiller dermed 2024-sesongen i OBOS-ligaen.