I 1946 ble han som sivilist hentet tilbake til Tyskland for å bistå general Telford Taylor, USAs anklager i Nürnbergprosessene og leder for Subsequent Proceedings Division (SPD), med krigsforbrytersakene. SPD hadde til oppdrag å straffeforfølge forbrytere på lavere nivå i hierarkiet ved USAs Nuremberg Military Tribunel (NMT). Da hovedprosessen ved det internasjonale tribunalet i Nürnberg ble avrundet i 1946 ble SPD omdøpt til Office of Chief Counsel for War Crimes (OCCWC). Fra sommeren 1946 til våren 1947 ledet Ferencz Berlin-kontoret av SPD/OCCWC.