Under annen verdenskrig spilte Groth en sentral rolle i den kulturelle motstandskampen, blant annet som medlem av Hjemmefrontens kulturutvalg. Som følge av denne virksomheten ble Groth også hovedmannen bak det såkalte Kulturbrevet, som ble utslagsgivende for den umiddelbare efterkrigstidens kulturpolitikk. På grunn av sin illegale virksomhet ble Henrik Groth arrestert i 1944, og var internert på Grini frem til mars 1945.