Klubben ble stiftet etter at klubben Wigan Borough gikk konkurs. Wigan Athletic ble dermed det femte forsøket på å få i gang en fotballklubb i byen. Klubben spilte sine hjemmekamper på Springfield Park til 1999/2000-sesongen, da JJB Stadium ble bygget. Springfield Park brukes nå til blant annet reservelagskamper.