På 1500-tallet var Ieper et midtpunkt for motstanden mot Spania og måtte i 1584 utstå en ny tung beleiring av Alexander Farnese. Etter denne beleiringen ble det oppgitt at befolkningen var nede i 5 000 personer. På 1600-tallet var Ieper som viktig strategisk punkt et etterstrebet mål for flere krigsoperasjoner. Byen ble inntatt i 1648 av Condé, i 1649 av spanjolene, i 1658 av Turenne og i 1678 av Ludvig XIV, som beholdt byen helt til freden i Utrecht (1713). Festningsverkene ble lagt ned i 1781, ble gjenopprettet i 1815, men ble deretter revet nok en gang.