Pater Boym ble da satt i husarrest. Men det lyktes ham å flykte, og han fortsatte sin reise til fots. Veien gikk om Hyderabad, Surat, Bandar Abbas, Isfahan, Erzurum, Trapesunt, Smyrna og så til Venezia, dit han ankom i desember 1652. Da han fikk vite at det venetianske hoff lå i strid med jesuittene, la han av seg sin prestedrakt og iførte seg kinesisk mandarin-drakt.