I 2007 dømte han Merseysidederbyet mellom Everton FC og Liverpool. Clattenburg idømte Liverpool to straffespark, et soleklart og et mer diskutabelt. Everton fikk to spillere utvist og burde fått minst ett straffespark. I tillegg mener flere, blant andre tidligere toppdommer Graham Poll, at Liverpools tomålsscorer Dirk Kuyt skulle hatt rødt kort etter en tofotstakling i knehøyde, men Clattenburg gav gult kort. Clattenburg ble suspendert for å dømme kamper helga etter.