I 1555 ble kirkens kalkmalerier, bortsett fra noen få våpenskjold, overkalket. På midten av 1800-tallet ble kirkens kalkpuss banket ned som ledd i et beskjeftigelsesprosjekt for arbeidsløse, som trengte fysisk arbeide for å holde varmen i den kalde vinteren. De mange gravplatene som dekket kirkens gulv, ble samtidig gravd opp og knust. I mellomtiden var Kremmerkapellet blitt oppbevaringsrom for byens brannsprøyte, og døren mellom kirken og kapellet var blendet. Kalkmaleriene her ble derfor reddet. De er fra 1460- og 1520-årene, og er blant de best bevarte kalkmalerier i Norden fra senmiddelalderen.