Mugaas ble arrestert av Gestapo to ganger. Første arrestasjonen skjedde trolig i forbindelse med at NKP ble forbudt i august 1940. Mugaas slapp ut igjen, og gikk i dekning sammen med Furubotn på gården Mugaas på Voss. Han ble tatt for annen gang 25. november 1940, fire dager etter et illegalt møte kommunistene hadde holdt i Bergen Svenneforening. Det hadde vært angivere på møtet. Om lag 20 personer fra NKPs apparat i Bergen ble arrestert under denne opprullingen.