Nabonid var sønn av guvernøren i Harran. Hans mor, som ble 104 år gammel, hadde vært hoffdame hos Assurbanipal. Hun var prestinne for måneguden Sin i Harran, hvis tempel var blitt ødelagt av babylonere og medere i 609 f.Kr. Allerede i begynnelsen av regjeringstiden beordret Nabonid morens tempel gjenoppbygget. Dette forble lenge et viktig senter for måneguden; frem til det 3. århundre kunne gudens halvmåne ses på romerske mynter preget i Harran. Nabonid innsatte også sin datter som yppersteprestinne for Sin i Ur, på samme måte som Sargon den store hadde innsatt datteren Enheduanna 2000 år tidligere. Sargons datter skrev en rekke vakre hymner til gudene og er verdenshistoriens første kjente forfatter. Nabonid forsøkte å reformere religionen ved å opphøye Sin til den øverste guden, og utfordret dermed statsguden Marduks presteskap. Da det brøt ut pest og hungersnød i Babylonia, med en inflasjon på opp til 50 %, skyldte Nabonid på deres forræderi overfor Sin. Han innsatte sin sønn Belsassar som regent i Babylon og ledet et felttog gjennom Syria og Libanon og videre frem til den viktige karavanebyen Taima i det som nå er det nordvestlige Saudi-Arabia, hvor han ble i 10 år. Årsaken til det frivillige eksilet er ukjent, men det betød at Marduk-prestene ikke kunne holde store nyttårsfester hvor kongen skulle avgi sin kongeverdighet foran Marduk, bli slått i ansiktet og bekjenne hva han ikke hadde gjort før han kunne gjenoppta kongedømmet.