På Kefallinia førte våpenhvilen til forvirring da italienerne håpet på å kunne reise hjem, men de tyske troppene ville ikke risikere at italiensk krigsmateriell kunne bli benyttet imot dem. Av samme grunn var de italienske styrkene motvillig til å gi fra seg utstyret. Da tyske forsterkninger kom mot øya, gravde italienerne seg ned og til sist etter en avstemning blant soldatene om å kjempe eller overgi seg, valgte å bekjempe den nye tyske invasjonen. Krigføringen sto til sist opp ved beleiringen av Argostoli hvor italienerne sto imot. Til sist tok den tyske hæren full kontroll over øya, og fem tusen av de ni tusen overlevende italienske soldatene ble henrettet som straffereaksjon. Mens krigen var over i Sentral-Europa i 1945, forble Kefallinia i konflikt grunnet borgerkrigen i Hellas 1946–49. Freden kom tilbake til Hellas og De joniske øyer i 1949.