Den neste listen fra 1540 viste en annerledes sammensetning av skipsartilleriet med et større antall forskjellige støpte bronsekanoner av type , , og samt de tyngre i smijern, også med lavetter. Bestykningen for «Mary Rose» i 1540 var mer slagkraftig enn i 1514, med lengre skuddvidde og større skadeeffekt på andre skip. En analyse av bevæpningen i 1514 kombinert med hint om andre strukturelle endringer, tyder på at kanonporter på batteridekket ble lagt til senere.