I 1929 tapte den konservative regjeringen til daværende statsminister Stanley Bruce valget og Scullin vant en overveldende seier. Han ble innsatt som Australias første, katolske statsminister. Få dager etter at Scullin overtok som statsminister kollapset New York-børsen og Australia ble fanget opp i den verdensomspennende økonomiske depresjonen som skulle komme til å vare langt inn på 1930-tallet. Den økonomiske depresjonen rammet Australia meget hardt på begynnelsen av 1930-tallet. På grunn av et sammenbrudd i eksportmarkedene for Australias landbruksvarer forårsaket det en omfattende massearbeidsløshet. Scullins regjering var ute av stand til å mestre den økonomiske depresjonen, og Labor Party led kraftig på grunn av en intern konflikt om hvordan de skulle reagere.