Fra rundt 1960 ble det gjort nye anstrengelser for å rettsforfølge forbrytere fra nazitiden, samtidig vedvarte en til dels effektiv motstand og forsøk på å få slutt på rettsoppgjøret. Bauers anstrengelser for å rettsforfølge nazister ble kjølig mottatt av politikere og dommere. Han fikk på grunn av sitt arbeid mange fiender og han mottok antisemittiske fornærmelser og enkelte trusler mot sin person.