Link og Midna klarer å finne de tre delene, men før Midna rekker å bruke dem, blir de overrasket av Zant selv, som tar de tre delene og gjennomborer en mørk krystall inn i Links hode, som medfører at han blir fanget i sin ulveform permanent. Han prøver så å få Midna over på sin side, men da hun nekter, bestråler han henne med det sterke lyset fra en av lysåndene og Midna blir dødelig såret (siden hun ikke tåler lyset i lysets verden og kun kan vise seg utenfor Links skygge når han ferdes i sløret av skumring). Link oppsøker Zelda i Hyrule Castle, som forteller ham at den eneste måten å bryte forbannelsen over Link på, er å finne det legendariske , et sverd som intet ondt kan røre ved. Zelda ofrer seg selv for å redde Midnas liv, og hun og Link drar ut for å finne sverdet. Det avsløres samtidig at både Midna og Zant er medlem av et folkeslag som nedstammer fra en gruppe trollmenn som forsøkte å ta kontroll over ved hjelp av mektig mørk magi. Disse personene ble forvist til av Hyrules lysånder og den mørke kraften ble splittet opp i flere deler og skjulet rundt omkring i verden. Denne kraften viser seg å være som Midna lette etter.