Dagens andalusiere stammer rett fra de modige krigshestene. I 1567 grunnla kong Felipe II den kongelige stall og stutteri, der han håpet og forbedre andalusieren og dermed folkets interesse for rasen ved og tilføre andre blodslinjer. Han kalte andalusierenvfor «den spanske hest». Ikke før i 1572 ble andalusieren betegnet som en egen rase, og fra da av har Kong Felipe brennmerket alle sine hester med en kronet R. Senere ble det åpnet en stambok for å bevare rasens renhet. Denne boken heter «Registro de Caballos Españoles y Hacas».