Aristobulos var en yngre sønn av Alexander Jannaios, konge og yppersteprest, og Salome Alexandra. Etter Alexanders død i 76 f.Kr. etterfulgte hans enke som regent av Judea og innsatte sin eldre sønn Johannes Hyrkanos II som yppersteprest. Da Salome døde i 67 f.Kr. overtok Hyrkanos også kongedømmet, men Aristobulos var av den overbevisning at han burde overta kongsrollen da han var en bedre leder og kriger.