Fra 1700-tallet f.Kr. var regionen en del av det hettittiske riket med det mulige navnet Arzawa, som ble ødelagt av inntrengere i tidsrommet 1700-1100 f.Kr. sammen med hettittrikets sammenbrudd. Jonia ble bosatt av mykenske grekerne sannsynligvis i løpet av 1000-tallet f.Kr. Den viktigste byen var Miletos (hittittenes ). Miletos og noen andre bosetninger eksisterte tidligere av ikke-grekere som deretter fikk innflyttende befolkninger av mykenske grekere.