Imidlertid oppsto det etter hvert alvorlige bygningsmessige problemer med -bygningen med vedvarende vanngjennomtrengning. Mer alvorlig var det at færre oppsøkte katedralen, noe som viste seg å være vedvarende. I september 2001 kom biskop Maurice Taylor til den konklusjon at ikke lenger var anvendelig som katedral, og anmodet Den hellige stol om å flytte katedralen til Church of Saint Margaret i Ayr, slik at denne ble det nye bispesete. Siden biskop Taylor på dette tidspunktet snart skulle gå av med pensjon, blle det bestemt at saken skulle utstå slik at den nye biskopen skulle kunne forholde seg til saken. Biskop John Cunningham kom til samme konklusjon som sin forgjenger og anmodet da pave Benedikt XVI om å flytte fra til . Biskopen fikk et positivt svar på dette og dagens katedral har hatt denne funksjonen siden 2007.