Under andre verdenskrig massakrerte kroatiske nasjonalister, ustasja som samarbeidet med den tyske okkupasjonsmakten, serbiske sivile. Ustasja betraktet etniske serbere som en trussel mot nasjonal integritet og i juni 1941 uttalte en leder i en tale «vi skal drepe en tredjedel av serberne, en tredjedel skal deporteres og resten skal vi omvende til katolisismen og gjøre til kroater». Viktor Gutić, guvernør i Banja Luka, oppfordret i en tale til å rense byen og hele Kroatia for «serbisk dritt». Da den kroatiske hæren overga seg til britiske styrker i mai 1945 ble krigsfangene overlatt til Titos partisaner som drev fangene sørover hvorpå flere titusen eller ble drept eller døde av utmattelse. Internt i Sovjetunionen sørget Stalin for å fordrive befolkning fra områder som hadde vist seg «upålitelige» under andre verdenskrig, i alt omkring fra blant Kalmykia og Tsjetsjenia-Ingusjetia. Flere hundre tusen krimtatarer ble deportert til Usbekistan i 1944.