Etter opprøret måtte kristne japanere utøve sin religion i hemmelighet, så kalte («skjulte kristne»), frem til 1850-årene. Katolske portugisere ble utvist fra landet, noe som førte til at nederlenderne, som takk for at de hjalp myndighetene med å slå ned opprøret, ble det eneste vesterlendingene som fikk tillatelse til å drive handel med Japan.