Kirkens interiør ligner ellers mye på det man finner i andre danske kirker. Den har en prekestol, alter, døpefont, orgel og benker som nå er olivengrønne. Utover disse ting har Hover Kirke to spesielle ting, som den er berømt for. Den er berømt for dels den moderne altertavlen fra 1968, og dels et abstrakt malt breddeloft fra omkring 1960. Disse to maleriene er laget av kunstneren Mogens Jørgensen.