På 1990-tallet utviklet Assmann og kona Aleida Assmann en teori om kulturelt og kommunikativt minne som fikk internasjonal oppmerksomhet. Han er også kjent utenfor egyptologikretsene for sin tolkning av monoteismens opprinnelse, som han anså som et brudd fra tidligere kosmoteisme, først med atonisme (troen på solguden Aton) og senere med israelittenes flukt fra Egypt.