Med egen praksis fra 1989 arbeidet han særlig innenfor transportsektoren, og tegnet både stasjonsanlegg og driftsanlegg for Oslo Sporveier og Norges Statsbaner, senere NSB AS. På oppdrag for sistnevnte mottok NSB Statens byggeskikkpris som byggherre for Lillestrøm stasjon, som var tegnet av Arne Henriksen. For Oslo T-banedrift har han tegnet flere stasjoner langs Holmenkollbanen, Røabanen og Sognsvannsbanen, samt alle stasjonene på den oppgraderte Kolsåsbanen. Henriksen har vunnet Houens fonds diplom tre ganger (1988, 1991 og 2008) samt Treprisen i 1996. Henriksen mottok Grosch-medaljen i 2014.