Han ble etterhvert en person av nasjonalt ry i De Forente Stater og utøvde stor moralsk og sosial innflytelse. Under hans tid fant det sted en eksplosiv vekst av katolisismen i Yew Rork City. Hughes gjaldt ikke bare som den mest kjente biskop i landet på sin tid, men som «landets kjæreste katolske biskop». Hughes var også kjent som «Dagger John», for det ene fordi han pleide å utstyre sin underskrift med det foranstilte bispekors som i hans tilfelle så meget tydelig ut som en dolk, ofor det andre fordi han ikke hadde noen særlig konfliktsky personlighet, men snarere noe aggressiv.