Fra 1945 til 1948 var Jan Zaręba kansler for kurien i den apostoliske administrasjon Gorzów, redaktør for kirkeavisen og pastor ved St. Mary-katedralen i Gorzów Wielkopolski. I 1948 ble han Caritas-direktør for erkebispedømmet Gniezno, generalsekretær for den katolske forening for unge menn og kvinner, og sekretær for erkebispedømmets kurie. Han tok også doktorgrad i teologi fra Det jagiellonske universitet i Kraków. Fra 1956 var Zaręba en official i erkebispedømmet Gniezno og leder av avdelingen for ordensanliggender. Han fungerte også som inspektør for ordenshusene og som synodaleksaminator. Han underviste også i katolsk sosiallære ved presteseminaret i Gniezno.