Med sitt mislykkede forsøk befant Aristagoras seg i en vanskelig situasjon. Han var ute av stand til å tilbakebetale Artafernes, han hadde fremmedgjort den persiske styresmakten og plassert seg i umiddelbar fare. I et desperat forsøk på å redde seg selv, valgte han å få sine egne undersåtter, de joniske grekerne, til å gjøre opprør mot sine persiske herrer. Han fikk også hjelp av sin svigerfar, Histiaeos, den tidligere tyrannen i Miletos som nå var en av Dareios' rådgivere.