Hammerschmidt skrev sanger, kantater, motetter og instrumentalmusikk. Hovedvekten ligger på vokal kirkemusikk i en typisk barokk . Mange av komposisjonene er en form av , en tilpasning av den tidlige italienske barokkstilen monodi som hadde som mål å oppfylle en kirkelig, og spesielt protestantisk, funksjon. Hammerschmidt var en representant for den andre komponistgenerasjonen som plukket stilmidler fra italiensk musikk for å skape dem om til en tysk barokktradisjon, og han hører til i samme tradisjon evangelisk-lutherske kirkekomponister som Heinrich Schütz og Johann Sebastian Bach.