I 1869 mottok Gunnerusbiblioteket som testamentarisk gave boksamlingen etter Broder Lysholm Knudtzon (1788–1864). Han hadde stilt som vilkår i sitt testament at boksamlingen skulle holdes samlet. Samlingen består av rundt 2000 bøker av svært høy kvalitet; Knudtzon var svært litteraturinteressert og bereist, og skaffet seg bøker både ved kjøp og bytte fra sitt store kontaktnett utenlands. Gunnerusbiblioteket har innredet et eget rom inne i den moderne bygningen der besøkende etter avtale kan få tilgang. Biblioteket har bestrebet seg på at Knudtzonsalens interiør i størst mulig grad skal se ut slik Broder Lysholm Knudtzons eget bibliotek så ut.