Bakgrunnen for ordren var blant annet svekket tysk stilling ved Leningrad og behov for arbeidskraft til anlegg av festninger i Estland. Gettoen i Vilnius ble «likvidert» (oppløst) og av nær 19 000 beboere ble 11 000 i september overført til Latvia og Estland, mens 3500 kvinner, barn og eldre ble drept (hvorav noen i Sobibór). Omkring tusen personer fra Vilnius flyktet til skogs og sluttet seg til partisanene. Gettoene i Kaunas og i Šiauliai ble gjort om til konsentrasjonsleirer.