I eldre botaniske systemer som Cronquist- og Takhtajan-systemene var hinnebegerfamilien den eneste familien i ordenen Plumbaginales. Enkelte bygningstrekk minner om nøkleblomfamilien (Primulaceae), og noen botanikere antok at det kunne være et slektskap. Molekylærgenetiske studier viser at hinnebegerfamilien hører til i nellikordenen som søstergruppe til slireknefamilien, og det er ikke noe nært slektskap på nøkleblomfamilien, som nå tilhører lyngordenen.