Både jakobittene og de som støttet det kongelige Huset Hannover benyttet Dunnottar vekselvis etter hvert som historiens gang svingte. I 1699, i løpet av grev Dundees kampanje, ble fjorten mistenkte jakobitter fra Aberdeen holdt fanget i festningen i over et år, blant dem var George Liddel, professor i matematikk. I 1715 ble kanonene på Dunnotar brukt av jakobitter og følgene av dette opprøret var at alle eiendommene til jarl Mariscal ble pantsatt og festningen ble avviklet tre år senere.