De fleste bakteriene har bare ett kromosom, som er sirkulært, dvs at DNAet ligger i en lukket sløyfe istedenfor en åpen «lineær» streng som hos mennesket. Dette varierer i størrelse fra 160 000 basepar i bakterien , til 12 200 000 basepar i . Noen bakterier, som bakterien , som er årsaken til (lyme sykdom), inneholder ett lineært kromosom. Bakterier kan også inneholde plasmider, dette er små ekstra-kromosome DNA som kan replikere seg uavhengig av resten av DNAet i cellen. Det er kjent at disse kan overføres mellom bakterier i såkalt horisontal genoverføring. Hvis plasmidene inneholder gener for for eksempel antibiotikaresistens, er det en fare for at disse genene kan spres til andre arter av bakterier. Andre typer av bakteriell DNA er integrerte virus (bakteriefager). Mange typer av bakteriefager finnes, noen enkle smitter og ødelegger bakterien, mens andre infiserer bakteriens kromosom. En bakteriefag kan inneholde gener som kan tilføres til en bakteries fenotype. Et eksempel er evolusjonen til og . Giftgenene hos disse stammer fra en integrert bakteriefage som gjorde en ufarlig forfader-bakterie til en dødelig en.