I mai 1894 ble Dupuy utnevnt til statsminister og innenriksminister, og han sto ved President Carnots side da Carnot ble knivstukket til døde i Lyon i juni dette året. Han sto til valg for formannskapet, men ble beseiret, og hans regjering satt frem til januar 1895. Under denne regjeringen, den 23. desember 1894, ble Alfred Dreyfus arrestert og dømt for spionasje for Tyskland. Fremdriften i Dreyfus-saken kastet sine mørke skygger over Dupuy, sammen med flere andre franske ministre.