Vegard Sannes vokste opp i Kirkenes og spilte både for Kirkenes IF og Alta IF. Han dukket opp på radaren til Bodø/Glimt trener Øystein Gåre i 2001 etter at han som 2. divisjonsspiller for Alta IF hadde vært på prøvespill i Chelsea. Sannes signerte for Glimt og spilte der i perioden 2001 til 2008. Han var imidlertid skadet hele 2008-sesongen etter en kneskade som oppsto på slutten av 2007-sesongen.