Han skrev sin første 2009 kortfilm, , i 2009. I 2012 fikk han sin regissør-debut med <ref>{{Cite web|url=http://film.britishcouncil.org/the-farmers-wife|title='’The Farmer’s Wife - British CouncilBradford-Halifax-LondonThe Last SmallholderGod’s Own Country'' er Francis Lees første spillefilm. Den er spilt inn i Yorkshire, og hadde premiere i Norge i november 2017. Filmen er en kjærlighetshistorie med det mektige landskapet i Yorkshire som bakteppe, og har vunnet en rekke priser.