Den politiske statusen til territoriene har vært gjenstand for en rekke forhandlinger mellom Israel og PLO - og for en rekke uttalelser og resolusjoner fra FN. Helt siden 1994 har den autonome palestinske nasjonale myndigheten utøvd ulike grader av kontroll i store deler av territoriene. Hamas vant et flertall av setene til det palestinske parlamentet i 2006. De grunnla en regjering i Ramallah. Imidlertid fortsatte Fatah-bevegelsen å dominere sikkerhetsstyrkene på både Vestbredden og Gazastripen. Siden Slaget på Gazastripen i 2007 har administrasjonen av territoriene blitt bestridt av to rivaliserende fraksjoner av de palestinske nasjonale myndighetene: Hamas kontrollerer Gazastripen, og Fatah administrerer Vestbredden. Begge grupper hevder legitimitet over ledelse av begge de palestinske områdene.