Imidlertid, etter at Bayer reiste fra Gozo ble templene ikke vedlikeholdt og holdt i forsvarlig stand. Etter kort tid ble de fylt med søppel og forfalt. Det var kun etter at Ġgantija-tempelene kom på UNESCOs liste over Verdensarven i 1980 at behørig restaurering og gjenreisning kom i stand.