Flere diakonale organisasjoner gjør i dag (2020) en stor innsats. Kirkens bymisjon i Tromsø var den første bymisjonen som ble etablert utenfor Oslo (1989). Blå kors, Kirkens SOS Nord-Hålogaland og Crux huset Oppfølgingssenter (Kirkens sosialtjeneste) er godt etablert i byen. Kirkens Nødhjelp har en person med kontor i Tromsø for å bistå menighetene i Nord-Norge med internasjonal diakoni.