Taksonomien til muslingkrepsene er omstridt og baserer seg på studier av morfologi snarere enn genetikk. Det er generelt omstridt å fin-inndele organismer taksonomisk. En vanlig oppdeling anerkjenner muslingkreps som en av seks ulike klasser av krepsdyr. En moderne oppdatering av systematikken gis av Martin and Davis, som følgende oversikt følger ned til nivået orden, mens lavere nivåer i enkelte tilfeller følger : - og i hovedregel -databasen.