Pydna er lokalisert på fruktbart jordområde nord for sletten i Pieria. Åser og fjell dominerer i vest mens strender og Thermaikosbukta dominerer i øst. Pydna er forbundet med motorvegen GR-1/E75 gjennom dens trafikkmaskin til vest og i landsbyen Kitros 6 km sørvest for dagens Pydna. Den gamle romerske hovedvegen Via Egnatia gikk gjennom Pydna.