IRIX benyttet opprinnelig vindussystemet MEX, men gikk i 1986 over til 4Sight og i 1991 til vindussystemet X. Skrivebordsmiljøet var opprinnelig IRIS Workspace; den 12. juli 1993 ble IRIX 5.1 lansert sammen med arbeidsstasjonen SGI Indy og det nye skrivebordsmiljøet IRIX Interactive Desktop (opprinnelig kalt ). IRIX benyttet først filsystemet Extent File System (EFS), men fra og med versjon 5.3 tok det som første operativsystem i bruk det journalførende filsystemet XFS.