I Genève planla Giannone en fransk oversettelse av . Men alt i 1736 ble han lokket over grensen til landsbyen Vésenaz i hertugdømmet Savoia, hvor han ble arrestert og overført til festningen Miolans. Pave Klemens XII takket hertug Karl Emanuel III for å ha fengslet Giannone 5. mai 1736. Under fengselsoppholdet skrev Giannone på en selvbiografi (). I 1737 ble han overført til festningen i Torino, hvor han i mars 1738 måtte avsverge villfarelsene sine for inkvisisjonen. Samme år ble han overført til festningen Ceva i Piemonte, hvor han tilbragte sju år og skrev flere verker, blant andre .