Naturlige enheter er basert på fysiske konstanter i naturen. For eksempel er elektronets masse en naturlig enhet for å angi størrelsen av masse. Det er ofte et nyttig valg i atomfysikken, men ville vært lite praktisk i dagliglivet. Likedan kan man for kvantemekaniske beregninger benytte enheter der Plancks konstant . Når problemet som studeres også skal være i overensstemmelse med relativitetsteorien, velges vanligvis enheter der både og . Slike enheter benyttes i elementærpartikkelfysikken og gir matematiske resultat ved formler som ser enklere ut.