Nedgangstiden begynte i 1368, da Ming-dynastiets første keiser utviste de kristne fra Kina. Under mongolherskeren Timur Lenk ble de utsatt for blodige forfølgelser. De gjenværende kristne assyrerne trakk seg tilbake til et lite område mellom Amid (dagens i Tyrkia), Urmiasjøen (i dagens Iran) og Kirkuk (i dagens Irak), med tyngdepunkt i Hakkâri-fjellene og rundt Mosul. Katolikos-patriarken ble nå også assyrernes politiske overhode, og tittelen ble i løpet av 1400-tallet arvelig, dvs. gikk fra onkel til nevø. Motstand mot arvefølgen og skiftende allianser med den katolske kirke førte til splittelsen av kirken i opptil tre konkurrerende linjer: lavlandets patriarkat (1552–1804), fjellenes patriarkat (1552–nå) og det kaldeiske patriarkatet av Babylon (1681–nå).