Sør for øya ligger Hudsonstredet med Ungavabukten og provinsen Quebec på fastlandet, men øya ligger hovedsakelig i Atlanterhavet. I øst ligger Davisstredet og Baffinbukten og bortenfor der igjen ligger Grønland. I vest og i nord, Foxe Basin, Boothiagulfen og Lancastersundet som skiller Baffinøya fra resten av arkipelet. Iqaluit, tidligere Frobisher Bay, Nunavuts hovedstad, ligger på sørkysten av øya.