Dvergpingvinen legger typisk 2 egg (1–3) og begge foreldrene ruger. Eggene er svært runde i formen, sammenlignet med andre pingvinegg. Eggleggingen skjer i juli–september og rugetiden tar cirka 35 døgn. Når kyllingene klekkes mater (i 8 uker) og beskytter (i 3 uker) foreldrene dem ungene til de er fullt utvokste etter cirka 8 uker. De siste fem ukene i reiret er begge foreldrene på sjøen, men de returnerer daglig for å mate ungene. Etter ytterligere cirka 2 uker på sjøen forlater foreldrene ungene for godt. Ungene tilbringer da de neste 6–12 månedene på sjøen.