EFSA har som mål å gi uavhengige, vitenskapelige råd og informasjon om nåværende og kommende risikoer i matkjeden. EFSA jobber med alle aspekter som har innflytelse på tryggheten til mat eller for, som dyrenes velferd og helse, plantehelse og vern, samt ernæring. Organisasjonens mål er å hjelpe Europakommisjonen, Europaparlamentet og EUs medlemsland med å ta effektive og riktige beslutninger i spørsmål som berører helsen til den europeiske befolkningen og sikkerhet i mat- og fôrkjeden. EFSA er pålagt å kommunisere resultatet av sitt arbeid på en åpen måte.