Etter å ha beseiret skottene i slaget ved Pinkie Cleugh var hans posisjon tilsynelatende urokkelig. Men Seymour-brødrene hadde samlet seg en del fiender, og da broren falt fra nåde gikk det bare en kort tid før også Edvard falt. John Dudley, 1. jarl av Warwick tok over hans posisjoner, dog ikke som Lord Protector. Eiendommene ble konfiskert av kronen, og Seymour ble henrettet for høyforræderi på Tower Hill den 22. januar 1552.