Flood er en parasittisk livsform som tar kontrollen på større livsformer. Så godt som alle soldatene på området er blitt til Flood. I det Master Chief prøver å flykte kommer en svevende, mekanisk robot kalt 343 Guilty Spark, som ber han om hjelp til å aktivere våpenet, som skal utslette Flood. Chief tar tilbudet.