Men ved Spitsbergen kom skipene fra hverandre. Barents' skip, ført av Heemskerk, ble fast i isen etter å ha rundet nordspissen av Novaja Semlja. Mannskapet ble nødt til å overvintre på Novaja Semlja og måtte rive ned overbygningen på skipet for å få tilstrekkelig tømmer til en hytte. Ettersom skipet ikke kom løs fra isen tidlig i 1597 måtte de legge avsted i to åpne båter den 13. juni. De fleste klarte seg, og ble ved Kolahalvøya nær Murmansk tatt opp av et nederlandsk handelsskip ført av deres tidligere medreisende Jan Corneliszoon Rijp.