Hellmesberger ble i 1851 professor i fiolin ved konservatoriet i Wien, kunstnerisk leder av konsertene til Gesellschaft der Musikfreunde og rektor ved konservatoriet. Da de to rollene ble atskilt i 1859, forble han konservatoriets rektor, mens Johann Herbeck overtok ledelsen av konsertene. Professoratet beholdt han til 1877, men var rektor resten av livet.