Etter at James Vincent Casey ble utnevnt til erkebiskop av Denver i februar 1967, ble Flavin utnevnt av pave Paul VI den 29. mai samme år til å bli den neste biskopen av Lincoln i Nebraska. Under biskop Flavin økte antallet presteordinasjoner betydelig. Han representerte for samtiden svært konservative synspunkter. I 1981 forbød han for eksempel kvinner å tjene som Lektor i nattverdsgudstjenester.