Flygbasjägarnas viktigste oppgave på 1980- og 1990-tallet var å forhindre fienden å ta seg frem til forsvarets flybaser og ødelegge viktig materiell eller eliminere nøkkelpersonell. Avdelingen patruljerte 10–20 km utenfor flybasen (Bas 90) med hund for å tidlig lokalisere og slå ut fienden. Flygbasjägarna inngikk i en basbataljon (Basbat 85) organisert i 1-2 flygbasjägarplutoner og plutonen bestod i sin tur av fire jegergrupper (8 soldater pr. gruppe) samt en stabsgruppe. Frem til 1994 var utdannelsen 7,5 måneder, deretter ble utdannelsen forlenget til 11,5 måneder. I begynnelsen av 2000-tallet overgikk flygbasjägarnas oppgaver mer til spaning. Dette var en utvikling av den gamle stridsteknikken med stridsspaning. Avdelingen gikk fra åttemannsgrupper og ble istedet fem soldater i patruljer. På andre halvdelen av 1990-tallet overgikk oppgavene mer til å lokalisere nødstedte personer. Behovet av kvalifiserte unnsetningsressurser i forsvaret ble mer aktuelt på 2000-tallet og unnsetning er idag en av flygbasjägarnas fremste oppgaver.