Menno Witter er medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab og Det Norske Vitensskaps-Akademi. Han mottok i 2016 Olav Thon Foundation International Research Award. Witter er Visiting Professor ved Tohoku University, Graduate School for Life Sciences og President i styret for the FENS (Federation of European Neuroscience Societies) Trust Foundation, Nederland.