I løpet av den doriske tid, og antagelig også inn i historisk tid, var det en rekke kriger og stridigheter, noe som fikk De joniske øyer til å bygge befestninger. Det synes som Ithaka, Odyssevs' hovedsenter, opphørte å være det fremste maktsenteret og den større øya Kefallinia overtok denne rollen. Kefallinia deltok både i Perserkrigene (mellom 500 f.Kr. og 448 f.Kr.) mellom de greske bystatene og Perserriket, og Peloponneskrigen (mellom 431 f.Kr. og 404 f.Kr.) mellom Athen og Sparta og deres respektive greske allierte. Kefallinia støttet Athen og Sparta veksevis. Filip II av Makedonia forsøkte å angripe øya i 218 f.Kr., men ble beseiret ved hjelp av Athen.