I 1944 oppholdt Aanjesen seg i NKPs sentralforlegning i Øystre Slidre i Valdres-fjellene da tyskerne slo til mot basen. De gjennomførte en storaksjon mot kommunistene, med fire tusen soldater og fly i operasjonen «Almenrausch». Eli Aanjesen og Bergliot Løiten (senere Egge) var ute for å lete etter en kamerat som ikke hadde kommet tilbake etter å ha gått ut for å hente mat. De oppdaget brått at stedet krydde av tyskere, og ble begge arrestert.