Byen Crown City eksisterte en gang i perfekt harmoni med skogen. Men for 20 år siden absorberte en mann ved navn Grings Kodai en merkelig kraft kalt Time Ripple, skapt av en tidsreisende Pokémon som besøkte byen, Celebi. Denne kraften gav Kodai muligheten til å se inn i fremtiden. Men dette førte også til at nesten alt av byens grønt-områder etter hvert døde. Med sin nye makt ble Kodai en suksessfull forretningsmann, og kontrollerte snart mainstream media. Over tid jobbet innbyggerne og Pokémon sammen, for å bringe byen tilbake til livet.