Han forlot tjenesten ved hoffet, og ble i 1614 lensmann på Rugård, i 1616 på Sæbygård og i 1617 på Hagenskov. Ved arv og kjøp skaffet han seg ni herregårder, av hvilke Knudstrup lå i Skåne og Engelsholm i Jylland, de andre på Fyn. Han oppførte hovedgården på Brahesborg, og førte i 1645 med kongelige tillatelse en del sten med innskrifter og uthogde figurer fra restene av sin farbror Tycho Brahes bygninger på Hven. Disse ble bragt til Hvedholm til oppføringen av en ladegård.