Foucault ble født i Poitiers, i en borgerlig familie. Faren Paul var lege. Michel gikk etter hvert bort fra å bruke navnet , i et ønske om å distansere seg fra faren. Oppveksten var preget av depresjoner og selvmordsforsøk. Etter skoleår med varierende suksess begynte han i 1946 på École Normale Supérieure. Her studerte han psykologi og filosofi, blant annet under Louis Althusser. I noen år tidlig på 1950-tallet var Foucault medlem av det franske kommunistpartiet. Hans første akademiske stilling var som undervisningsassistent ved Universitetet i Lille, hvor han underviste i psykologi (1953–1954). I 1954 utga han sin første bok (dansk utgave: , 1971), en bok han senere kom til å ta en viss avstand fra. Samme år fikk han en stilling som kulturattaché i Uppsala, hvor han ble til 1958 da han fikk en tilsvarende stilling i Warszawa. I disse årene arbeidet han på det som skulle bli hans avhandling for den franske doktorgraden.