I Helsingborg, ledet av Åge Hareide, deltok han for første gang i Mesterligaen 2012/2013, hvor han under tredje kvalifiseringsrunde scoret ett av målene i sammenlagtseieren over Śląsk Wrocław (6–1). Mot slutten av utlånsperioden var Finnbogason klubbens toppscorer med 12 mål på 17 kamper.