Bautain ble positivt mottatt i vide kretser, han fikk mange disipler som tildels knyttet seg tett an til hans filosofiske prinsipper. Ved sin student Alphonse Gratry hadde han innflytelse også i reformkatolske (fri-)kirker (Hyacinthe Loyson, gammelkatolisisme). Hans verk fant naturlig plass i samtiden med dens tidsegne problemstillinger, og representerte dermed en «katolsk opplysning» dom ikke lenger bare var episkopalistisk fra oven (Johann Nikolaus von Hontheim, Johann Michael Sailer), men tokk fatt i republikansk tankegods (Félicité de Lamennais, Charles de Montalembert). Bautain konstituerte en katolsk liberal teologi.