Da Norge i 1940 ble involvert i andre verdenskrig ble losstasjonen på Viksøy satt under kontroll av den tyske okkupasjonsmakten, men losene nektet å ta oppdrag for tyske krigsskip. I 1941 ble også losbåtene «Korsfjord I» og «Johan Orlin» konfiskert av tyskerne, og virksomheten lå brakk frem til frigjøringen i 1945. «Korsfjord I» var da forsvunnet i løpet av krigen, antagelig havarert i Hustadvika, mens «Johan Orlin» ble tilbakeført med betydelige skader. Båten ble derfor sendt til reparasjon hos på Kleppevik og satt tilbake i losdrift i 1946. I mellomtiden hadde man bygget ny kai og vakthytte på Viksøy. I 1967 ble fasilitetene forbedret ved at det ble bygget et eget losvakthus hvor loser og losgutter kunne bo mens de var på vakt.