Organisasjonen har vært aktiv for å sørge for destruksjon av lagre av kjemiske våpen. Arbeidet har foregått i flere land. I Albania startet organisasjonens innsats med et lager av sennepsgass og arsenikkholdige kjemikalier. Hele arsenalet av kjemiske våpen i India og Sør-Korea er destruert under oppsyn av Organisasjonen for forbud mot kjemiske våpen.