Daniel Ortegas far var læreren Daniel Simeón Ortega Cerda (født i 1905 i Los Rincones i Masatepe, død 21. april 1975), moren var grafikeren Lidia Albertina Saavedra Rivas (født 8. august 1908 i La Libertad). Hans farfar var læreren Marco Antononio Ortega, som på 1920-tallet var medlem av Det konservative parti og underviste ved Instituto Nacional de Oriente i Granada.