Engebretsens faglige interesseområde er forholdet mellom kunnskap, makt og beslutningsprosesser på helsefeltet. Særlig er han opptatt av hvordan språk, tekst og tolkning innvirker på helse- og sosialfaglig beslutningspraksis og tjenesteutøvelse. Hans forskning på disse områdene har skapt internasjonal debatt.