I motsetning til Ricci avviste han de kinesiske tradisjonelle navn på gud som anvendbare for den kristne Gud, fordi han holdt de kinesiske lærde ikke tilbad noen spirituell substans, men var en slags ateister. Han gikk inn for at man på kinesisk benyttet et ord for Gud som var nesten lydlikt med det latinske «Deus». Fra han ble misjonsprefekt fikk man dermed begynnelsen på den mangeårige kinesiske ritestrid. Da jesuittenes misjon brøt sammen i Japan kom flere jesuittmisjonærer som var utvist derfra til Kina, og delte gjennomgående Langobardos standpunkt i ritestriden. Kontroversen innen jesuittordenen om dette spørsmålet ble målbåret for det meste av Longobardo, Sabbatino de Ursis og João Rodriguez på den ene side, og Alfonso Vagnone og Nicolas Trigault på den annen.