Som offiser er Fleischer blitt beskrevet som en faglig dyktig tradisjonalist med lite sans for politisk styring i militære saker. Han ønsket ikke at kongen og regjeringen skulle forlate landet, men ville heller ha en kapitulasjonsordning med tyskerne. Fleischer sendte en henvendelse om dette til kong Haakon, utenom tjenestevei. Mot sin vilje ble imidlertid Fleischer beordret til å følge med Kongen og regjeringen over til Storbritannia. Sammen med utenriksminister Halvdan Koht og kommanderende admiral Henry Diesen forlot Fleischer og hans kone Norge om bord på oppsynsskipet «Fridtjof Nansen» den 8. juni 1940.