Formosus tilhørte imidlertid den gruppe som av redsel for paven flyktet fra Roma etter kroningen av Karl den skallede. Hvorfor Formosus tilhørte denne gruppe er uvisst, ettersom han hadde vært den som la frem innbydelsen til keiseren. Da paven fikk høre om flukten, kalte han til en synode der han oppfordret flyktingene til å returnere til Roma. Ved synoden ble det fremlagt flere anklagepunkter som kraftig anfektet Formosus' moral. Ved en annen synode ble han fratatt presteverdigheten. Ved en senere anledning opptrådte Formosus selv fremfor sine anklagere, og fikk da avlegge ed på å ikke returnere til Roma og å ikke virke som prest.