Den militære aktiviteten i Horten er beskjeden. Forsvarets forskningsinstitutt har avdelingen for undervannskrigføring i Horten og forskningsskipet «Marjata» er registrert i Horten. Den administrative delen av Befalsskolen for Sjøforsvaret og Marinemuseet ligger i Horten i tillegg til Kongelige Norske Marines Musikkorps, et av forsvarets fem profesjonelle korps.