Museet ble grunnlagt i 1805 og ligger ved Krafts torg. Opprinnelsen til museet var en donasjon til Lunds universitet i 1735 fra den svenske naturforskeren, legen og historikeren Kilian Stobæus (den eldre; 1690 – 1742) av hans raritetskabinett. Etter hans død ble den omfattende myntsamlingen hans innkjøpt til universitetet. I annen halvdel av 1700-tallet hadde samlingen blitt så stor at museet i 1802 så seg nødsaget til å flytte til en annen bygning. I 1805 ble samlingen delt, slik at naturalia ble samlet i Zoologiska museet og Botaniska museet, mens arkeologiske og etnografiske gjenstander dannet grunnlaget for det som nå ble Historiska museet, hvor deler av Kilian Stobæus samling nå inngår i museets kuriosakabinett. I 2008 tok Historiska museet over Lunds universitets Antikmuseums samling i forbindelse med at Antikmuseet ble lagt ned som egen institusjon.