På 1800-tallet ble keiserriket Kina rammet av en rekke indre kriger og uroligheter, slik også Yunnan. I Yunnan fant det sted muslimske opprør i 1818 og 1834–40. Samtidig som Taipingopprøret herjet lenger øst i riket, brøt dei 1853 ut et særlig omfattende kinesermuslimsk opprør, Panthayopprøret. Blant opprørerne vokste en viss Du Wenxiu seg sterk; han regjerte som sultan i Dali, og sendte også en diplomatisk representant til Storbritannia. Men opprørerne klarte ikke å holde på Kunming, og i 1872 ble Yunnan atter innlemmet i Kina av de keiserlige styrker. Én million mennesker omkom i dette opprøret. Men provinsen forble urolig i flere tiår etter det.