Scholarioi-militsen ble ikke populær i befolkningen. Misnøyen førte til et folkelig opprør, og i november 1345 ble Niketas arrestert og fengslet sammen med Gregorios og andre schloarioi-ledere. Imidlertid fikk keiser Mikael som nå var en gammel og syk mann, løslatt Niketas fra fengslet og innsatte ham i sin gamle stilling 13. desember 1349. Niketas styrket også sin stilling gjennom giftermål med datteren til palassintendanten Mikael Sampson. Nå hadde Niketas fått tilbake all sin makt, og han kunne 22. desember 1349 gjennomføre et kupp hvor keiser Mikael ble avsatt og Basileios’ sønn Alexios III Megas Komnenos ble innsatt som ny keiser.