Sommeren 2006 skrev Gaarder en kronikk med tittelen «Guds utvalgte folk» som kom på trykk i . I teksten kom han med sterk kritikk av staten Israels krigføring mot palestinere, og gjorde det klart at han ikke anerkjente statens rett til å eksistere i sin nåværende form. Den førte til kraftige reaksjoner. Gaarder understreket senere i et intervju med samme avis at han er en venn av det jødiske folket. Kronikken fikk ny oppmerksomhet i forbindelse med Israels militæraksjoner på Gazastripen sommeren 2014.