Spilleren kan til slutt ødelegge oljeriggen, finne en GECK og gjenoopbygge Arroyo. Hver by har sin egen slutt, avhengig av hvilke valg spilleren har gjort. Byen Gecko kan for eksempel bli ødelagt av spilleren eller av Vault City, beboerne kan bli slaver, inngå våpenhvile med Vault City, eller de to byene kan bli allierte. Hva som skjer med karakterer som Harold eller Marcus omtales også til slutt - dersom de lever.