Manninen bestemte seg i juni 2011 for å legge opp. Han hadde da tatt utdannelse som pilot og fikk etter hvert jobb i Finnair. I 2016 gjorde han imidlertid comeback med mål om å kunne representere Finland i VM på ski 2017 på hjemmebane i Lahtis. Finsk kombinertsport var på dette tidspunktet nede i en bølgedal etter at man ikke hadde klart å erstatte de store profilene som herjet i verdenscupen og mesterskapene på 2000-tallet. Konkurransen om plassene på VM-laget var derfor ikke verre enn at Manninen klarte å komme med i Finlands tropp.