Under første verdenskrig var Beneš leder for en revolusjonær, anti-østerriksk bevegelse. Han medvirket til å organisere bevegelsen for et uavhengig Tsjekkoslovakia i utlandet. Han organiserte også en tsjekkisk undergrunnsbevegelse under navnet Mafiaen, hvis mål var tsjekkoslovakisk selvstendighet og bekjempelse av det østerrikske styret. I september 1915 gikk han i eksil i Paris (på oppdrag fra sin venn Masaryk) og ble leder for det tsjekkiske nasjonalrådet der og innen- og utenriksminister i den provisoriske tsjekkoslovakiske regjeringen. I Paris gjorde han en intrikat diplomatisk innsats for å få anerkjennelse fra Frankrike og Storbritannia for Tsjekkoslovakias uavhengighetsbevegelse.