Innløpsområdet til Sagelvvatnet er vernet som Sagelvvatn naturreservat, mens hele Sagelvvassdraget i 1973 ble vernet mot kraftutbygging i Verneplan I for vassdrag. Vernet ble hovedsakelig begrunnet med de naturvitenskapelige interessene knyttet til Sagelvvatnet, som av zoologer anses som meget interessant ornitologisk og en av de rikeste fuglebiotopene i indre deler av Troms. Vatnet er meget næringsrikt, og det har ført til et tallrikt bunndyrsamfunn med et stort antall grupper bunndyr representert. Bunnfaunaen danner igjen næringsgrunnlag for det rike fuglelivet, med mange fuglearter og tett bestand av ender.