Koopa planlegger å bruke en meteoritt-fragment for å slå sammen deres verden, med den menneskelige verden - og deretter utnevnte seg selv til diktator for begge verdener. Det avsløres at Daisy egentlig er en tapt prinsesse fra den andre dimensjonen. Hennes mor var en dronning som tok Daisy med til Brooklyn kort tid før portalen ble stengt. Men Scapellis menn åpnet ved ett uhell portalen ved ett uhell. Daisy blir ført til Koopa-Tower, hvor hun møter Yoshi. Etter hvert redder Mario Bros. henne ved hjelp av Toad, en godmodig gitarist som ble forvandlet til en Goomba som straff. Etter hvert smelter de to dimensjonene sammen, og Koopa forvandler Scapelli til en sjimpanse før de går etter Mario. Men Luigi og Daisy klarer å fjerne fragmentet fra meteoritten, og de to verdenene skilles fra hverandre igjen.