En rekke øyer danner den sørlige grensen av fjorden. Fra øst mot vest er disse blant annet Odden, Holmen, Steinsøya og Askerøya (alle fire bebodd), Bukkeholmene, østre Lyktene, store Bastholmen og Gjesøya. Sør for den vestlige delen av Lyngørfjorden ligger Sandøyfjorden.