Vannveiene spiller en viktig rolle for godstransporten – unntatt i sørøst, hvor vassdragene egner seg bedre til vannkraftproduksjon enn til transport. Rhinen er seilbar for mindre skip gjennom hele Tyskland til Basel. Donau har offentlig skipstrafikk med større fartøyer opp til Kelheim (like ovenfor Regensburg). Fra Kelheim går Main-Donau-kanalen via Main til Rhinen, så kanalen muliggjør en gjennomgående vannvei fra Nordsjøen til Svartehavet (og, via Kalatsj-na-Donu–Volgograd-kanalen, til Kaspihavet). Svært viktig er Kielkanalen, som forbinder Nordsjøen og Østersjøen.