Bach skrev Matteuspasjonen for to «kor» som hver består av sangstemmer (sopran, alt, tenor, bass) og instrumenter (to tverrfløyter, to oboer, to fiolinstemmer, bratsjer, basso continuo). I dag blir vanligvis begge ensemblene satt opp ved siden av hverandre som dobbeltkor og -orkester, og solistene synger i begge ensemblene – for å holde kostnadene nede. Bach så nok for seg en romlig atskilt oppstilling slik at dialogstrukturen kom mer tydelig fram. Dagens oppførings- og oppstillingspraksis kan være svært forskjellig fra dirigent til dirigent. Iblant oppføres det forkortede versjoner, for eksempel fordi man ikke finner en tilgjengelig gambist og dirigenten ikke anerkjenner cello som erstatning, eller verket oppføres i Felix Mendelssohn Bartholdys versjon for «moderne» instrumenter.