Fra 1966 ble kirken helt undertrykt. Under kulturrevolusjonen ble alle gudshus stengt eller omgjort til fabrikker, kinoer, barer, svømmehaller og lignende. Mange ble brent og revet. De kristne i Kina ble forfulgt og særlig hardt rammet ble lederne. De tusener av kristne i fengslene hadde små fellesskap der det var mulig. I hjemmene sine begynte kristne å samles i hemmelighet. De sang, bad og leste fra Bibelen. Dette ble begynneslen på husmenighetene. Under kulturrevolusjonen vitnet de kristne forsiktig til sine nærmeste og undergrunnskirken vokste. Etter kulturrevolusjonen kunne de kristne igjen samles i egne gudshus (Tre-selv-kirken). Da var etter alt å dømme antallet kristne vokst. Den gjenetablerte Tre-selv-kirken var fortsatt underlagt kontroll fra myndighetene, mens husmenighetene forble et stort nettverk av undergrunnsmenigheter i Kina.