Det er svært få sikre kilder som kan fortelle oss om oppveksten til McCarty. Da sheriff Pat Garrett, sammen med Ash Upson, skrev en biografi om McCarty, fortalte de at McCarty var født i New York, 23. november 1859. I mange år var dette akseptert som fakta, men i de senere år har historikere bestemt at denne datoen er høyst tvilsom. Man finner nemlig ikke noen spor etter McCartys familie i New York. Videre er datoen for McCartys fødsel tvilsom, ettersom Ash Upsons fødselsdag også er 23. november. Det virker også som om Garrett kan ha satt fødselsåret til McCarty til 1859, for at Garrett ikke skulle ha på seg at han hadde tatt livet av en tenåring istedenfor en voksen mann på 21 år. Barndomsvenner av McCarty, fra Silver City, påstår at han var tolv år i 1873, mens Frank og George Coe påstår at han var sytten i 1878, noe flere av McCartys bekjente støtter. Dette gjør det mer sannsynlig at han var født mellom 1860 og 1861, og det gjør at han var rundt nitten-tjue da han ble drept av Pat Garrett. Videre er det virkelige navnet til McCarty et mysterium. Det debatteres om farens navn var Patrick, Michael, William eller Edward McCarty, men det er sikre bevis for at moren het Cathrine og var en irsk immigrant som kom til New York på 1800-tallet. Noen foreslår at McCarty var født William Henry McCarty Jr. men at moren kalte ham «Henry» fordi hun ikke ville at han skulle bli kjent som «junior». Den biologiske faren til McCarty døde antagelig da McCarty var ung, rundt 1860–1865.