Brøndby IF hadde fra begynnelsen flere idrettsgrener i foreningen, men omkring 1970 ble klubben oppdelt etter de enkelte idrettsgrenene. Fotballklubben beholdt navnet, og borgermester Kjeld Rasmussen ble den første formann i klubben. I januar 1973 ble han avløst av Per Bjerregaard, som siden den gang har vært klubbens formann. En ny utskiftning kom i 2008, da Per Bjerregaard trakk seg fra posten som administrerende direktør for å bli formann. Islendingen Herman Haraldsson tok over styringen av klubben, og kom fra en stilling i mediene.