Konkordatet var epokegjørende i flere henseender. Men ved Napoleons egenmektige tilføyelse av de 77 såkalte organiske artikler ble det imidlertid i vesentlig grad modifisert i Kirkens disfavør, blant annet ved at de forbød enhver pavelig rettsakt i Frankrike som ikke var blitt godkjent av landets styre. Pavens protest mot dette var uten resultat.