Han ble en av de viktigste representanter for de polske kommunistene under krigen, og overbeviste i 1943 Stalin om at et polsk kommunistparti måtte gjenopprettes. I tiden etter deltok han i grunnleggelsen av Polska Partia Robotnicza, og ble etter to andre partifunksjonærers død valgt til generalsekretær. Gomułka var visestatsminister i den midlertidige regjeringen for Republikken Polen fra januar til juni 1945, og i den midlertidige nasjonale enhetsregjeringen fra juni 1945 til 1947. Han deltok i manipulasjonen av folkeavstemningen i 1946 og parlamentsvalget i 1947, og ble, som han selv sa det, «Polens hegemon».