Nylén spilte nesten ett tiår for Malmö, hvor han var med på å vinne Allsvenskan tre ganger, samt Svenska cupen én gang. Han spilte hovedsakelig på høyreback, men hadde også perioder der han spilte på venstreback og i alle posisjoner på midtbanen. Etter 1994-sesongen var avsluttet, tilbragte han i vinteroppholdet en periode i skotske Ayr United.