Det er registrert 24 ulike reptilarter på øyene, hvorav 18 er endemiske – man regner med at de siste 6 har kommet seg til øyene via skipstrafikk. Videre finnes en rekke endemiske sommerfuglarter. Tretten sommerfuglarter er endemiske til São Tomé, og seks til Príncipe. Av snegler som lever på land regnes det med at omtrent 75 % av alle artene er endemiske.