Gyldenstjerne fratrådte etter eget ønske i 1601, og mottok to len i Blekinge. Han deltok på en reise til Russland 1602–03, som ledsager for den danske kongens bror, prins Hans, som skulle giftes med tsar Boris Godunovs datter. Prinsen døde før bryllupet, og Gyldenstjerne døde selv under hjemreisen.