Etter valget i 1995 ble Savisaar innenriksminister og stedfortredende statsminister i Tiit Vähis regjering, som for en stor del bestod av gamle kommunister. Regjeringen modererte den økonomiske politikken, men fortsatte vestligorienteringen av utenriks- og sikkerhetspolitikken. I oktober 1995 ble det kjent at Savisaar hadde brukt privatetterforskere til å avlytte president Lennart Meri og flere andre politikere, og han måtte gå av som innenriksminister. Savisaar klarte å beholde kontrollen over partiet. Han ble også valgt til formann i byrådet i Tallinn.