Medjaiene får i oppdrag å forhindre Imhoteps retur. I 1926 etter Kristus viser Jonathan Carnahan sin søster Evelyn – en bibliotekar og aspirerende egyptolog – en intrikat boks og et kart som fører til Hamunaptra. Jonathan avslører at han stjal denne esken fra en amerikansk eventyrer, Rick O'Connell, som oppdaget byen når han var medlem av den franske fremmedlegionen. Evelyn og Jonathan finner igjen Rick, og gjør en avtale med ham om å lede dem til byen. Rick guider dem til byen, hvor de møter en gruppe amerikanske skattejegere ledet av Ricks feige bekjentskap Beni Gabor. Til tross for at de ble advart fra å reise av Ardeth Bay, leder for Medjai, fortsetter de sine ekspedisjoner til utgravningene.