Den 28. august 2006 gjorde Gudjohnsen sin debut La Liga, i en kamp mot . Med tre minutter igjen av kampen, scoret han vinnermålet, og klubben vant til slutt 3-2. En Celta Vigo-forsvarer blokkerte først Gudjohnsens forsøk på klubb. Da ballen kom i retur, vippet han ballen opp og på hel volley scoret han et fantastisk mål. Han scoret også mot gammelklubben Chelsea i Mesterligaen i oktober 2006, og scoret et av målene mot i sekstendelsfinalen i turneringen. Gudjohnsen ble også berømt i USA da han scoret et imponerene mål i mot foran nesten 100 000 tilskuere i Los Angeles.