Eppendorf var en kommune i Kreis Flöha fra 1952 til 1990. Fra 1990 frem til 1. august 1994 var den innlemmet i Landkreis Flöha, og fra 1. august 1994 i den utvidede Landkreis Freiberg. Den 1. august 2008 ble kommunen en del av Landkreis Mittelsachsen.