Familien Benakis donasjon ved opprettelsen av museet i 1931 bestod av huset og en kunstsamling på mer enn 37000 (kunst)objekter fra islam og Bysants. I 1970-årene ble samlingen økt med mer enn 9000 arkeologiske objekter, noe som oppmuntret andre til å bidra til museets samlinger. Benakis fortsatte å delta aktivt i museets drift frem til han døde i 1954.