Elva fortsetter videre nordover, og danner grensen mellom Vestprovinsen og Sørprovinsen. Ved samløpet med elva Mukungwa endrer elven kurs og renner østover og deretter sørøstover. Elva utgjør her grensen mellom Nordprovinsen og Sørprovinsen, deretter mellom Kigali og Sørprovinssen, og til slutt mellom Kigali og Østprovinsen. Nyabarongo fortsetter gjennom Østprovinsen og munner omsider ut i Rwerusjøen og Kageraelva på grensen mot Burundi, hvor den danner et delta. Kagera munner omsider ut i Victoriasjøen, og danner Nilen.