Vanimo ligger på en halvøy atskilt fra fastlandet New Guinea med en smal landtange. Halvøya skiller Vanimo Harbour i vest (tidligere tyske ) og i øst (tidligere ) og er, inkludert landtangen, omtrent tre kilometer lang og omtrent to kilometer bred på sitt bredeste punkt. Det nordligste punktet er . Inne i Vanimos havneomtåde ligger , byens naturlige havn.