De ødeleggende følgene av krigen, både økonomisk og for samfunnet, har ført til alvorlige konsekvenser for naturen i regionen. I september 2005, rapporterte WWF at flodhestbestanden i Lake Edward i Virunga National Park hadde gått ned til rundt 900 individer fra anslagsvis 29 000 tretti år tidligere. Nedgangen kommer sannsynligvis av krypskyting for å få kjøtt og tenner. Tennene er brukt til å produsere ulovlig elfenbein. I tillegg til dette holder rundt halvparten av verdens 700 fjellgorillaer til i den samme nasjonalparken.