I 1850-årene gjennomførte han og sønnene en rekke opprør og væpnede aksjoner mot slaveeiere i Midtvesten og i Appalachene – ikke minst et blodig angrep hvor fem hvite slaveeiere ble drept i Kansas i 1856. Brown selv hevdet han ikke deltok i denne massakren, men han støttet den offentlig.