Hans Andersen Bernhoft ble gift ca. 1589 med Anna Pedersdatter (f. ca. 1558 – d. 16.05.1627 Trondheim). De hadde fire sønner, som alle ble prester. Det var Christen Hansen Bernhoft, Hans Hanssen Bernhoft, Peder Hansen Bernhoft og Anders Hansen Bernhoft. De hadde fem døtre; Anne, Birgitte, Margareta, Benedikte og Elisabeth. De tre første døtrene ble gift henholdsvis med prestene Anders Eriksen Kvernes, Laurits Holgersen Arctander og Christopher von Aphelen.