Byens navn kommer fra ordet κολοφών, «høyde», «topp», «slutt», hvilket også er opprinnelsen til det bibliografiske betegnelsen i den metaforiske betydning at det er en kort tekst i en avis, et tidsskrift eller en bok som angir detaljer omkring produksjon og utgivelse. Betegnelsen kolofonium, fra , er en gulbrun, sprø harpiks fra furutrær i byen Kolofon som blant annet brukes til å smøre fiolinbuer med.