Kisten ble brakt til kapellet (der St. Pauls-kirken ligger i dag) den 22. mars 1553, hvor en grav som var preparert ved høyalteret viste seg å være for kort. Frans' legeme ble da tatt ut av kisten og presset ned i graven på en slik måte at hodet ble presset mot brystet og nakken brakk. En åpen grav i St. Pauls-kirken markerer i dag dette gravstedet.