I 2004 bekjentgjorde Maharathy at han var under etterforskning for 27 beskyldninger som var blitt rettet mot ham for mord, mishandling, opptøyer, tyveri, kriminelle trusler og «dacoity». I forkant av delstatsvalgene til Odishas parlament (lovgivende forsamling) i 2019 bekjentgjort Maharathy at det da var fem anklager rettet mot ham vedrørende ulovlig møte, skadeverk og tyveri. Den 22. april 2019 ble han arrestert vedrørende et angrep mot personell fra Election Commission of India på hans bosted. Han ble løslatt mot kausjon 29. april.