I 1954 tilkom Guggenheims initiativ og ledelse Guggenheim Institute of Flight Structures ved Columbia University. For mangeåri arbeidet innen flyvning ble han i 1956 uildelt General H.H. Arnold Award. I 1957 fikk han Laura Taba Barbour Award fra Automotive Engineers, i 1964 Wright Memorial Trophy og i 1965 Frank Hawks Memorial Trophy.