Haľko jobbet også som historiker i hjembyen. I 2009 og 2010 var han koordinator for en kommisjon som undersøkte grunnen under i Bratislava. Da han undersøkte de enkelte biskopenes graver, klarte han tydelig å identifisere graven til erkebiskop Péter Pázmany, som døde i 1637. (Presten Ferdinand Knauz formodet allerede ved regotifiseringsarbeidene i katedralen at den grav som ble oppdaget den 12. september 1859 var Peter Pázmanys grav. Men det endelige bevis ble var det Jozef Haľko som kunne frembringe.) Basert på resultatene av disse undersøkelsene, utnevnte presidenten i Slovakia, Ivan Gašparovič, ham til professor i katolsk teologi ved Comeniusuniversitetet den 16. november 2013.