Jaguars fikk sin første general manager i 2009, Gene Smith. Han tmerket seg tidlig under NFLs draft i 2009, da Jaguars plukket opp Eugene Monroe, Terrance Knighton, Derek Cox, Eben Britton og Mike Thomas, som alle presterte bra i sine første sesonger. Jaguars avsluttet sesongen 7-9 og nådde ikke sluttspillet, og mistet så John Henderson og Reggie Hayward i årets off-season.