Han meldte seg inn i den sudanske hæren i 1960. Al-Bashir studerte ved det egyptiske Military Academy i Kairo og ble uteksaminert fra Sudan Krigsskolen i Khartoum i 1966. Han steg fort i gradene før han ble utnevnt til fallskjermjeger. Senere var al-Bashir med i den egyptiske hæren under Jom kippur-krigen i 1973 mot Israel. Da han returnerte til Sudan som oberst i den sudanske hæren, ledet al-Bashir en gruppe offiserer i å fortrenge den ustabile koalisjonsregjeringen til daværende statsminister Sadiq al-Mahdi i et ublodig militærkupp den 30. juni 1989.