Under Søren Norbys bondeopprør i 1525, sluttet han seg til Christian II. Etter danskenes forlik med Søren Norby, flyktet Niels i tide og tok først opphold hos Norby i Blekinge, siden i Mecklenburg og andre steder hvor han flakket omkring i nød. I en periode utrustet han, med hjelp fra hertug Albrecht, en liten skute som han bekjempet Christian IIs fiender med.