Manning taklet ikke nederlaget bra. Mot San Diego Charger satte han en ny lagrekord med seks interceptions, hans verste kamp i sin karriere. Colts klarte allikevel å klatre fra å ligge 23 poeng under til en stilling på 23–21, og gav Adam Vinatieri sjansen til å ta ledelsen med et field goal. Vinatieri bommet fra 29 yards, og Colts fikk sitt andre nederlag for et sesongresultat på 7–2. Manning imponerte heller ikke mot Kansas City Chiefs hvor han ikke kastet noen touchowns. Han ledet Colts på et drive for et kampvinnende field goal hvor han blant annet løp for to yards på en 4th & 1. Han avsluttet kampen med 163 pasningsyards, og brakte sin karrieretotal til over 40 000. Det var Mannings 100. seier.