Bhutto regnes som grunnleggeren av Pakistan atomvåpenprogram. Bhutto sørget for at et kjernefysisk energiprogram ble etablert, og åpnet 28. november 1972 den første pakistanske atomreaktoren, bygd i samarbeid med Canada i Karachi. Militariseringen startet allerede i januar 1972, og ble de første årene ledet av General Tikka Khan. Under hans lederskap, utviklet Pakistan seg til å bli den første muslimske staten med atomvåpen.