I 1551 virket pater Barreto som misjonær i Goa, som var en portugisisk koloni. Under sin tid som misjonær ble han utnevnt til rektor jor jesuittenes kollegium i Baçaim (Vasai) av pater Frans Xavier. Mens han var rektor la han inn en klage mot lutheske misjonærer ankommet Goa fra Tyskland, og de ble så arrestert..