I 1885 førte Kordačs interesse for spørsmålet om presteutdanning ham til Litoměřice og bispedømmeseminaret der, først som professor, snart prorektor (1887) og til slutt ble han rektor (1889–1905). Han satte et betydelig preg på undervisningen og gjennomførte en studiereform med styrking av undervisningen i filosofiske disipliner. For å styrke utdanningen til prester fra tsjekkiske familier, grunnla han en internatskole for gutter i Mladá Boleslav i 1899. I det tyske miljøet forsøkte han å lette den nasjonale spenningen mellom tsjekkerne og tyskerne, men til tross for sin forsonende oppførsel og toleranse lyktes det ham ikke. Det kom til sammenstøt med og polemikk mot den tyske presten og publisisten Ambros Opitz, 1846–1907). Han ble dermedå i 1905 overført til det teologiske fakultet i Praha, det tsjekkiske universitetet. Dette var for ham en vei ut av en vanskelig posisjon.