I 1745 ble Maximilian Joseph (1727–1777) ny rektor. Som kurator utnevnte han baron Johann Adam von Ickstatt (1702–1766), som reorganiserte universitetet med en mer liberal undervisning. Ickstatt opphevet straks enhver bannlysing og sensur av protestantisk og naturvitenskapelig litteratur, og opprettet nye fakulteter for jus og politisk økonomi. Blant studentene var Johann George Weishaupt (1717–1753), som ble jusprofessor ved universitetet.