Fra 1999 ledet han sin egen Hallgeir Pedersen Trio med Trond Sverre Hansen (trommer) og Konrad Kaspersen (bass) og deltok blant annet på Trondheim Jazzfestival. Trioen spilte inn sin første plate , (Pedersens debut) på klubben Blå i Oslo. Utgivelsen høstet god kritikk i blant annet jazztidsskriftet: (nr.1, 2003) og det amerikanske magasinet Just jazz Guitar (nr.5, 2003). Her tolkes egne komposisjoner, samt låter av Wes Montgomery og Kenny Burrell. Pedersen var også i 2002 første mottaker av Randi Hultins minnepris. På trioens andre plate, (2004) tolkes bl.a hans ballade, Theme for Thorgeir, dedikert til, Thorgeir Stubø. Bluero (2006), innspilt i Rainbow Studio med Jan Erik Kongshaug bak spakene, var trioens tredje utgivelse.