Folckersam var gift to ganger: Edel Marie Sybille Marschalck (1663-1694), datter av Norges kansler, gehejmeråd Johan Frederik von Marschalck og Margrethe Bielke Else Kaas (d. 1729), datter af Erik Kaas til Bremersvold og Beate Reedtz. Med henne fikk han datteren Ulrikke Eleonore, som giftet seg med greve Christian Frederik Brockdorf (d. 1750) i Holsten.