Rigborg ble sittende fengselet til farens død i 1604. Sammen med en tjenestepike, var hun blitt muret inne på et værelse på Egeskov slott. Maten fikk de servert gjennom en lem. I 1608 ble forholdene mildnet, da hun fikk tillatelse til å besøke sognekirken i Kværndrup. Moren fikk i 1616 arrangert således at Rigborg etter hennes død, skulle få lov til å oppholde seg i Odense eller i Nybølle. Rigborg bodde hos moren til dennes død i 1625. I 1627 fikk hun lov til å selge gods for å løskjøpe sin sønn Holger Rosenkrantz (død 1643) fra krigsfangenskap.