Favallis karriere i hovedstadsklubben skulle vise seg å bli både langvarig og innholdsrik. I tillegg til at han fikk med seg seks landskamper for , rasket Lazio med seg en rekke pokaler i løpet av Favallis tid i klubben. Det første trofeet Favalli vant medLazio var Coppa Italia-trofeet i 1998, klubbens andre cup-gull noensinne, 40 år etter det første. Den påfølgende sesongen endte først med seier i den italienske supercupen og deretter med seier i cupvinnercupen, etter 2-1-seier mot RCD Mallorca.