Med sin del av Trekraften erobrer Ganondorf Hyrule og Link forblir frosset i tid i syv år. Link må da vekke de syv vismennene, siden de har makt til å fordrive Ganondorf fra Hyrule. Link må derfor finne de syv templene de representerer og vekke dem. Men Ganondorf kidnapper den siste vismannen, Prinsesse Zelda selv, og tvinger Link til å konfrontere ham direkte. Med de kraftige lyspilene og det legendariske Mestersverdet beseirer Link Ganondorf, og tårnet hans raser sammen. Men Triforce of Power holdt ham i live, og han bryter seg ut av ruinene. Gal av raseri bruker han kreftene sine til å transformere seg til et gigantisk griseaktig monster, Ganon. Etter å ha blitt svekket etter en lang kamp greier de syv vismennene under ledelse av Zelda å forsegle Ganon i Sacred Realm, men han beholder eierskapet over sitt og sverger hevn.