Flere større elver munner ut i Sørfjorden. De to vestligste, Ábojohka og Njemenjáikojohka, er utbygd i Kvænangsbotn kraftverk som har utløp i Sørfjorden. Lenger øst munner de uregulerte og vernede elvene Kvænangselva og Nordbotnelva ut i fjorden.