Øya ligger i en bukt mellom Kapp Lithino og Kapp Kefalas ved Kommos, og ligger i nærheten av Gortyn som var den antikke hovedstaden på Kreta i romersk tid. Mikronisi er administrert innenfor den regionale enheten Heraklion. Øya må ikke forveksles med en annen kretisk øy med samme navn som ligger ved Kretas nordlige østkyst og administrativt ligger innenfor kommunen Agios Nikolaos i Lasithi.