Med , som trådte i kraft 25. januar 1999, fikk Falklandsøyene eget skipsregister. Skip registrert i dette fører som handelsflagg en med Falklandsøyenes våpen i den frie enden av flaggduken. I loven illustreres flagget med våpenet på hvit skive. Dette er endret etter samme mønster som for andre britiske kolonier i og med 1999-utgaven av den offisielle britiske flaggboken .