Per Knudsen er utdannet arkitekt ved Norges Tekniske Høgskole i 1967. Etter å ha undervist på NTH (NTNU), vært i praksis hos Brantenberg, Brantenberg & Hiorthøy og Aall & Løkeland, ble Knudsen i 1973 leder for Henning Larsens Tegnestues avdelingskontor i Trondheim som var opprettet for planleggingen av Universitetssenteret på Dragvoll. Etter at 1. byggetrinn var fullført i 1978, ble han tilbudt av Henning Larsen og Statens Bygge- og Eiendomsdirektorat å videreføre planleggingen i egen regi. Knudsen etablerte dermed sin egen praksis i 1980, Per Knudsen Arkitektkontor (PKA).