Hans ungdom var preget av en dyster periode etter at Perikles hadde dødd, en framstående athensk leder og statsmann, det var en periode der rikdom – både offentlig og privat – forsvant, og politiske beslutninger var dårlig gjennomtenkt og voldelige. Isokrates ville ha vært 14 år gammel da demokratiet stemte for å drepe alle de mannlige innbyggerne i den lille trakiske byen Skione i Khalkidiki. Det er beretninger, blant annet av Isokrates selv, som sier at Peloponneskrigen utslettet farens eiendom, og Isokrates ble tvunget til å tjene til livets opphold på annen måte.