Tunnelen ble bygd som privat vei og var bompengefinansiert, men ble i 2000 overtatt av Tromsø kommune og åpnet for fri ferdsel. 5. mai 2006 ble Langnestunnelen stengt i forbindelse med ombygningsarbeid. Tunnelen ble utvidet i bredden og høyden, og det ble sprengt ut havarilommer og en snunisje for vogntog. Den moderniserte og utvidete tunnelen ble åpnet igjen 26. oktober 2007. Etter utvidelsen har tunnelen 2 kjørefelt, 1 snunisje og 7 havarilommer. Fri høyde i tunnelen er 4,6 meter.