I religiøse spørsmål var Konstans tolerant overfor jøder og jødedommen, men kunngjorde et edikt som bannlyste hedenske ofringer. Han undertrykket donatistene i Nord-Afrika, en sosial kristen sekt som andre kristne mislikte. Han støttet også den nikenske trosbekjennelse mot arianismen. Hans bror Konstantius II i øst var derimot tilhenger av Arius og arianismen. Konstans betraktet seg som kirkens overhode, slik hans far også hadde oppfattet seg, og innkalte til kirkemøtet i Sardica (Sofia) i 343 for å få avgjort denne konflikten mellom kristne en gang for alle. og på nytt i 346. De to brødrene gikk når i krig over spørsmålet mellom nikensk ortodoksi og arianismen. Konflikten ble kun løst ved en midlertidig avtale som tillot hver av keiserne til å støtte deres foretrukne presteskap innenfor deres egne riker.