Elvas øverste kilder er noen små fjellbekker som samles i Sennedalvatnan, innerst på nordsida av Sennedalen, i fjellområdene mellom Sørfjorden i øst og Lavangsdalen i vest. Sennedalselva renner mot øst gjennom Sennedalen, som er en U-dal med flat bunn og bratte sider, og den får også et tilløp fra sør, fra breen innerst i Sennedalen. Øst for Sennedalen løper den først sammen med Rieppeelva, som faller bratt ned fra Store Rieppevatnet i høyfjellsområdene i nord, og deretter elva fra Stordalvatnet på sørsida for dalen. Heretter kalles elva Skogneselva, og renner videre mot nordøst gjennom den skogkledte Skognesdalen. Skognesdalen er en bred U-dal med Skogneselva som en dyp V-formet nedskjæring i løsmassene. Elva munner ut i Sørfjorden ved bygda Skognes.