Da spillnettsiden GameFAQs i forbindelse med sitt tiårsjubileum inviterte sine brukere til å kåre verdens ti beste videospill, havnet på en trettendeplass. Nettsiden IGN ga spillet en femteplass på sin liste over 100 beste spill, med begrunnelsen at spillet hadde revolusjonert måten 3D-spill ble spilt på og «oppgraderte Nintendos maskotspillserie for en ny generasjon spillere». Da nettsiden GameSpy gjorde en kåring av «tidenes 50 beste spill» havnet på en ellevteplass. Spillet ble i begrunnelsen rost for grafikken og spillbarheten og konkluderte med at spillet «forblir en av de beste grunnene til å eie en Nintendo 64». Nettsiden GameSpot kåret til et av tidenes 15 mest innflytelsesrike spill. Her fikk spillet blant annet ros for å «gjøre bruken av kameraet til en morsom opplevelse». At Mario kunne utføre bevegelser som ikke hadde vært mulig i 2D-spill, som å liste seg forbi fiender eller krabbe på alle fire ble kalt «en stor innovasjon» for et spill som ble sluppet i 1996. Spillet ble feiret for å være et av de første spillene som gjorde bruk av flere grafiske nyvinninger som i dag er vanlig å se i videospill. Partikkeleffekter ble brukt til å simulere støv og røyk, væsker virket flytende og speilbilder ble brukt til å illustrere speil, trapper og vann. Ifølge anmeldelsen ville mange av 3D-spillene som fulgte i årene som kom, ikke ha eksistert, hadde det ikke vært for .