Den nederlandske overgivelsen i 1795 banet vei for den hovedsakelig fredelige etableringen av Den bataviske republikk, en satellittstat under Napoléon Bonapartes voksende imperium. Oberst Janssens tjente for det meste som administrator innenfor den nye bataviske hæren fra 1795 til 1802. Han ble utnevnt til generalguvernør i Kappkolonien da den ble returnert til nederlenderne av britene under betingelsene i Amiensavtalen i 1802. Han ankom tidlig i 1803 og forsøkte å styrke koloniens forsvar, men ressursene manglet. Han hadde for få trente soldater til rådighet og den politiske situasjonen var spent. I løpet av denne tiden ble han forfremmet til generalløytnant.