I Livingston var han spillende assistenttrener under manager Allan Preston, og fikk fire seriekamper for klubben, før både Preston og Kernaghan ble sparket som følge av dårlige resultater. I januar 2005 skrev han under en kontrakt med Falkirk FC, hvor han også hadde en trenerrolle, men forlot klubben i september 2005 til fordel for en rolle som spillende manager for Dundee FC. Han fikk for øvrig sparken fra Dundee i april 2006 som følge av dårlige resultater. Kernaghan er i dag ungdomstrener for den skotske protestantiske storklubben Rangers, hvor han ble dens første trener fra katolske Irland.