Sist på 1250-tallet inngikk Mikael II en allianse med kong Manfred av Sicilia ved å gifte bort sin datter til ham, og han allierte seg også med prins Vilhelm av Villehardouin i Fyrstedømmet Akhaia. De allierte gikk i 1259 til angrep på Nikea, men interne splittelser og uenigheter førte til at den nikeiske keiser Mikael VIII Palaiologos kunne slå tilbake. Prins Vilhelm ble tatt til fange, og Mikael II rømte til De joniske øyer. Nikeiske styrker okkuperte Epirus, men lokal motstand førte til at de måtte trekke seg ut igjen. Mikael gjenvant etter hvert kontrollen over området. Da Mikael døde ca. 1268 ble riket delt mellom hans sønner. Nikeforos I Komnenos overtok som despot i Epirus, mens Johannes I Dukas styrte Thessalia.