Inntil utbruddet av krigen var Neuraths regime lite hårdhendt. I 1939 ble styringen av protektoratet strammet kraftig til sammenlignet med den milde styringen året før. De tre ikke-kommunistiske motstandsgruppene slo seg i 1940 sammen under en felles ledelse, ÚVOD. Motstandsarbeidet hadde ikke særlig omfang før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 og kommunistene var tidligere paralysert av Molotov–Ribbentrop-pakten.