Konstruksjonen av de tre kuplene over Bibi-Khanym-moskéen var utført på en ny måte hvor den indre og den ytre kuppelen var uavhengig av hverandre. Dette tillot at den indre kuppelen kunne tilpasses arkitektonisk til rommet, mens den ytre kuppelen kunne bygges større for maksimal synlighet og for å gi et mer imponerende inntrykk utenfra.