Kisten ble så båret gjennom «Dødsdøren» på venstre side av alteret, og det ble slått ett slag med en klokke. Kisten ble båret videre ned i krypten. Etter pavens eget ønske ble han ikke lagt i en sarkofag, slik hans forgjengere ble. I stedet ble kisten senket ned i gulvet, og dekket med en enkelt steinplate med hans navn og fødsels- og dødsdatoer.