Tilbake ved MIB-hovedkvarteret sender Zed spilleren til Amazonas-området, hvor det har kommet rapporter om bisarre hendelser og gruve-arbeidere i området påstår at de har blitt angrepet av ikke-humanoide vesener. Ved ankomst finner spilleren en informant som bekrefter at rapporten er sann, og at flere arbeidere har mistet fornuften på grunn av sjokket de har opplevd. Spilleren går deretter inn i gruven og oppdager flere romvesener og deres leder. Etter å ha eliminert denne trusselen, går spilleren tilbake til basen. I en ny briefing får spilleren vite at gruve-selskapet i Amazonas er koblet til Skip Frales, en data-mogul som bor på en avsidesliggende øy. Agent H ble sendt dit for å undersøke situasjonen, men han har ikke blitt hørt fra siden. På øya oppdager spilleren snart en underjordisk base med hemmelige romvesen - hvor Skip Frales gjemmer seg.