Han døde natten mellom den 1. og 2. oktober 1580 på Hansborg. Liket hans ble værende på slottet til hen i februar 1581, hvor det ble fraktet til Slesvig domkirke. Et stort opptog med blant annet 75 prester, fulgte ham til det siste hvilested. Likkisten ble båret av 18 adelsmenn, og omgitt av 32 medlemmer av ridderskapet, som bar store vokslys med våpenskjold. Etter liktalen, som ble holdt av superintendenten Paul von Pitzen, ble liket nedsatt i en nyinnrettet begravelse, ved siden av farens, kong Frederik Is kiste.