Wagner ble opptatt i SS 1. mai 1933 med SS-nummer 112.836. 10. oktober 1935 ble Wagner tilsatt som medarbeider i SS med arbeidsplass Sicherheitshauptamt Berlin. I 1936 ble han overført til SD-Unterabschnitt Groß-Berlin, der han senere ble innsatt som leder av referat II B. Under arbeidet i Berlin hadde han mye ansvar for spørsmål knyttet til jøder. Wagner steg ikke raskt i gradene, men ble i 1940 forfremmet til grad SS-Hauptsturmführer, en rang han beholdt til krigens slutt.