Storkyrkan har blitt bygget om og utvidet mange ganger og restene etter den første 1200-talls-kirken finner man spor etter i tårnets nordmur. Brannspor tyder på at denne tidlige kirken har blitt herjet av brann før en ny treskipet kirke ble innviet i 1306. Rester av denne finnes i de nåværende fire vestligste travéene.