Under den spanske borgerkrigen tillot den andre spanske republikken opprettelsen av en autonom regjering i de områdene av Baskerland som ikke var kontrollert av fascistene. 7. oktober 1936 dannet EAJ-PNV sin første regjering med José Antonio Aguirre som og Telesforo Monzón som innenriksminister. Han ledet blant annet arbeidet med opprettelsen av en egen baskisk politistyrke, Ertzaintza. Han organiserte også den baskiske hæren, Euzko Gudarostea, som kjempet på republikkens side i den spanske borgerkrigen.