Etter drapet på Theoktistos og forvisningen av Theodora fikk Bardas tittelen og var de facto regent. Han rettferdiggjorde sin posisjon med behovet for reformer. Under påvirkning av både Bardas og patriark Fotios I av Konstantinopel ledet Mikael gjenoppbyggingen av ødelagte bygninger og byer, gjenåpning av lukkede klostre og omorganiseringen av det keiserlige filosofiske universitetet i Maganaurapalasset under Leo matematikeren. Fotios som opprinnelig var lekmann, hadde gått inn i kirkesamfunnet og ble utnevnt til patriark etter avskjedigelsen av den brysomme patriark Ignatius I av Konstantinopel i 858. Dette skapte et skisma innen kirken, og selv om et kirkemøte i Konstantinopel i 861 bekreftet Fotios som patriark, så påklaget Ignatios utnevnelsen til pave Nikolas I, som erklærte Fotios illegitim i 863. Mikael presiderte over et kirkemøte i 867 der Fotios og de tre andre østlige patriarkene bannlyste pave Nikolas I og fordømte det latinske -klausulen om prosesjonen av Den hellige ånd . Konflikten om den patriarkalske trone og øverste myndighet i kirken ble forsterket etter en fremgangsrik misjonærinnsats lansert av Fotios.