Som følge av en donasjon ble Krigsskolen i 1802 satt istand til å ansette en naturhistorielærer. Valget falt på Flor, som også ble ansatt som bibliotekar for skolens 6000 bind store offentlige boksamling (biblioteket, som omfattet Bernt Ankers store samlinger, gikk tapt i en brann i 1942). Også her bygde han opp et betydelig naturhistorisk museum, hvorav svært lite er bevart ved skolen. Flor beholdt begge stillingene ved Krigsskolen frem til 1817.