I september 2004 signerte Barton en ny kontrakt som bandt ham til Manchester City til 2007. Den 30. januar 2006 leverte han imidlertid inn en forespørsel om å bli satt på overgangslisten. Dagen etter avslo Manchester City et verbalt bud på Barton fra Middlesbrough, Stuart Pearce påsto at det ennå var mulig å komme til enighet med Barton. I løpet av den neste uken innrømte Barton at en slik forespørsel var overilt og feil, og beklagde til klubben. Selv om det gikk rykter om at Barton ville gå til Middlesbrough sommeren 2006 grunnet brudd i kontraktsforhandlingene, signerte han den 25. juli en ny fireårsavtale som satte en stopper for spekuleringen om framtiden hans.