Under uroppførelsen av måtte Dvořák forlate teateret på grunn av et plutselig illebefinnende. Han led av en smertefull leversykdom i tillegg til at han hadde cerebral parese. Omgitt av sine nærmeste døde Dvořák av hjerneslag 1. mai 1904. Mange tusen fulgte sørgetoget under begravelsen 5. mai. Han er gravlagt på Vyšehrad gravlund i Praha, under en byste av den tsjekkiske billedhoggeren Ladislav Šaloun.