Antoinette de Bourbon ble født 25. desember 1494 i Chateau de Ham, i Somme-avdelingen, Picardy, Frankrike. Hun var datter av greven Francis av Vendôme og Marie de Luxembourg. Besteforeldrene hennes fra farsiden var John VIII, greve av Vendôme og Isabelle de Beauveau, og besteforeldrene fra morsiden var Peter II, greve av Saint-Pol og Margret av Savoy.