Gudmund Hernes tok artium ved Trondheim katedralskole i 1960, historie mellomfag ved Norges lærerhøgskole i 1961, siden sosialøkonomi støttefag (1963) og sosiologi grunnfag (1964) ved Universitetet i Oslo. I 1966 dro han til Johns Hopkins University i USA, der han studerte under Arthur L. Stinchcombe og James S. Coleman, med sosiologisk teori og matematisk sosiologi som spesialemner. Han fikk sin Ph. D. i 1970 med en avhandling om maktforhold i det norske Stortinget: .