I 1964 vendte Al-Faruqi tilbake til USA og fungerte som gjesteprofessor ved University of Chicagos teologiske fakultet og som førsteamanuensis ved Syracuse University. I 1968 begynte han ved Temple University som professor i religion, hvor han grunnla programmet for islamske studier og hadde stillingen frem til han døde i 1986. Under sin tid ved Temple University veiledet al-Faruqi mange studenter, inkludert sin første doktorgradsstudent, John Esposito.