Tobias Fornell, spilt av Joe Spano (sesong 1–), er en senior FBI-spesialagent. Han har en datter med sin eks-kone, som tidligere var gift med Gibbs. Gibbs og Fornell har et krydret vennskap, og møtes ofte i heisen for å ha private samtaler om både etterforskningen og annet som måtte passe. Trent Kort, spilt av David Dayan Fisher (sesong 4–13), er en hemmelig CIA-agent som alltid synes å ha sin egen agenda. Gibbs anser ham som svært farlig og stoler ikke på han. Mens Kort prøvde å rydde opp i CIAs rot i forbindelse med «Port-to-Port Killer», Lt Jonas Cobb, mistet han sitt venstre øye i en kamp med Cobb, som senere legges i en drink til DiNozzo. Eli David, spilt av Michael Nouri (sesong 6–10), er direktør for Israels agentbyrå, kjent som Mossad. Han er også far til både NCIS (og eks-Mossad) agent Ziva David og terrorist- og Mossad agenten Ari Haswari. Selv om han ikke støtter hans datter å jobbe ved NCIS, hevder han at han fremdeles elsker henne. Han er en nær venn med direktør Vance. Han ble skutt og drept i episode 11, sesong 10. Erica Jane «EJ» Barrett, spilt av Sarah Jane Morris (sesong 8–), er en NCIS-spesialagent midlertidig tilstede i Washington i forbindelse med å løse «Port-to-Port Killer»-saken. Hennes jobb ble først tilbudt Tony DiNozzo i sesong 4. Mike Franks, spilt av Muse Watson (sesong 3–8), er en pensjonert spesialagent til NIS (senere omdøpt til NCIS) og mangeårige mentor til Gibbs. Han er også nær venn med DiNozzo og Jenny Shepard. Han mister sin høyre pekefinger i «Rule Fifty-One», men hevder at han «fortsatt kan trekke i avtrekkeren med tommelen.» I sesong 8 episode «Swan Song» ble han myrdet med en skalpell av Lt Jonas Cobb, kjent som «Port to Port Killer». M. Allison Hart, spilt av Rena Sofer (sesong 7), er en forsvarsadvokat og potensielle kjærlighetsinteresse for Gibbs. Michelle Lee, spilt av Liza Lapira (sesong 4–6), er en NCIS-spesialagent som ble tildelt DiNozzos lag ved starten av sesong 4, selv om hun først og fremst er advokat. Ved Gibbs tilbakekomst ble hun tilbakeført til juridisk avdeling. I sesong 6 blir hun anklaget som muldvarp, og ender med å bli skutt av Gibbs. Hollis Mann, spilt av Susanna Thompson (sesong 4–5), er en oberst i den amerikanske marinen. Hun er en potensiell partner for Gibbs i hele sesong 4 og 5. Ved flere anledninger havner de to på etterforskning i lag, som er med på å utvikle deres kjennskap til hverandre. Jeanne Benoit, spilt av Scottie Thompson (sesong 4–5), er en lege ved Monroe universitetssykehus og datter av våpenhandler René Benoit (også kjent som La Grenouille). Hun ble brukt som del av en hemmelig operasjon ledet av direktør Shepard og spesialagent DiNozzo. Hun blir sammen med DiNozzo som en del av planen med å nå fram til hennes far. Paula Cassidy, spilt av Jessica Steen (sesong 1–4), er en spesialagent ved NCIS og midlertidig tildelt Gibbs lag etter dødsfallet til Kate Todd, før hun får sitt eget lag med base i Pentagon. Hun ble drept av en selvmordsbomber i «Grace Period». Hun hadde et godt forhold til Tony DiNozzo, i motsetning til Gibbs. Thomas Morrow, spilt av Alan Dale (sesong 1–3), er den første direktøren for NCIS sett i serien. Han går av som direktør for NCIS i «Kill Ari, Part 1» etter å ha blitt tilbudt en jobb ved Homeland Security og etterfølges av Jenny Shepard. Gerald Jackson, spilt av Pancho Demmings (sesong 1 og 3), var assistenten til Dr. Mallard løpet av sesong 1 før han ble skutt av Ari Haswari i «Bete Noire». Han ble assistent to år før dette og gikk inn på rehabilitering etter hendelsen og ble erstattet av Jimmy Palmer.