Windows 1.0 er ofte blitt mistenkt for kun å være et vindusmiljø for operativsystemet MS-DOS, en beskrivelse som også ble rettet mot senere utgaver av Windows. Windows 1.0 ble faktisk startet fra MS-DOS, Windows 1.0-programmer kunne kalle på MS-DOS-funksjoner, og Windows-programmer ble kjørt fra exe-filer, akkurat som MS-DOS-programmer. Men Windows’ exe-programmer hadde sitt eget, nye filformat kalt «new executable (NE)» som kun Windows 1.0 kunne prosessere og som tillot eksempelvis å laste inn kode og data etter behov. Programmer kunne også håndtere systemhukommelse gjennom Windows’ eget system for minnehåndtering («memory management system») og som tillot programbasert skjema for virtuelt minne for programmer som var større enn den tilgjengelige systemminnet (RAM).