Hrísey har vært bebodd helt siden landnåmstiden. Norske fiskere begynte å bruke øya som base for fiske fra midten av 1800-tallet, og på slutten av 1800-tallet ble det etablert fabrikk der for salting av sild. Fra begynnelsen av 1900-tallet var Hrísey et av Islands viktigste senter for sildefiske. Overfiske førte til at fiskeindustrien på Island gikk kraftig tilbake fra 1960-tallet, og det siste fryseriet på Hrísey stengte dørene i 1999. I dag er det omkring 200 fastboende på øya, og fiske er fortsatt den primære inntektskilden. I tillegg huser øya blant annet også en karantenestasjon for kveg, griser og husdyr.