I 1996 ble Valerij Serdjukov viseguvernør i Leningrad oblast (Leningrad fylke), med ansvar for industri, energi, skog og naturressurser. I desember 1997 ble han utnevnt til første viseguvernør i Leningrad oblast. I ett år, fra 1998 til 1999, var han fungerende guvernør i Leningrad oblast på grunn av at daværende guvernør Vadim Gustov ble medlem i regjeringen Primakov.