Da den russiske revolusjonen brøt ut, og den russiske hæren ble oppløst, vendte Govorov hjem, men ble senere utskrevet inn i Det hvite hæren av Aleksandr Koltsjak. Han deserterte i slutten av 1919 og ble med i Den røde armé tidlig i 1920. I den russiske borgerkrigen tjenestegjorde han i den 51. rifledivisjon, der han kommanderte et artilleribatteri. Han ble tildelt Den røde fanes orden i 1921.