Cort Aslaksen var sønn av borger i Bergen Aslak Magnussen og Christine Jacobsdatter, han ble tidlig foreldreløs. Fordi han utmerket seg som begavet fikk han støtte til skolegang av blant annet biskopen, Jens Pederssøn Schjelderup. Han gikk på Bergen katedralskole, så ved Malmø skole, før han i 1584 ble student ved Københavns Universitet. Her studerte han ved alle fakultetene, også det medisinske og det juridiske, og ble lærd innen hele feltet av samtidens vitenskap.