Der kom det nå snart til en strid mellom Wigand og dennes gamle venn Flacius, hvis kjente lære om arvesynden som utgjørende menneskets vesen ble bekjempet på det heftigste av Wigand. Flacius hadde gått så langt at han i 1560 erklærte at arvesynden ikke var noe i menneskets natur tilfeldig (aksidentelt), men tvert i mot noe for mennesket vesentlig (substansielt). For disse meningers skyld ble han anklaget for manikeisme og ble fordrevet fra Jena i 1562. Andre som ble fordrevet av samme grunner var Simon Musaeus, Johannes Wigand og Matthäus Judex.