Fotyga ble første gang valgt inn i Europaparlamentet i 2004. Hun sa fra seg plassen i 2005 for å bli statssekretær for Polens utenriksminister Stefan Meller. I 2006 ble Fotyga utnevnt til utenriksminister, men måtte gå av etter Lov og rettferdighets valgnederlag i 2007.