I sin egen menighet engasjerte Weigel seg i kristen fredsoppdragelse (). I 1973 var han ledende initiator av grunnleggelsen av Friedensseminar Königswalde. I dets regi ble det frem til DDRs oppløsning gjennomført seminarforanstaltninger, først i menighetshuset og så i landsbykirken i Königswalde. De fant sted to ganger i året og tok opp fredsoppdragelse og politiske temaer. Dette utløste en intensiv observasjon av Weigel fra Ministerium für Staatssicherheits side. Denne Stasi-saken fikk sitt eget operative navn: (Operativer Vorgang «Spaten II»). På grunn av angivelig staatsfeindlicher Hetze ble han arrestert i 1980, satt i tre måneders varetektsfengsling, og til sist dømt til 18 måneders fengsel. Etter protester fra kirkeledelsen, og kritikk i vestlige massemedier, ble straffen nedsatt etter en og en halv måned til betinget straff, og han ble tilbudt utreise til Vest-Tyskland. Men dette tilbudet takket han nei til. Han forble i Königswalde og fortsatte å engasjere seg i kirkemenigheten og fredsseminaret.