Donaus sideelver langs høyre bredd er Iller (Neu-Ulm), Lech ved Marxheim (øst for Donauwörth), Isar ved Deggendorf og Inn i Passau. Langs venstre bredd er de største elvene Wörnitz i Donauwörth, Altmühl ved Kelheim, Naab og Regen ved Regensburg. Også en rekke mindre elver renner ut i Donau, som for eksempel Riss, Roth, Grosse Lauter, Blau, Günz, Brenz, Mindel, Zusam, Schmutter, Paar, Abens, Grosse Laber, Vils og Erlau. Ranna har sitt utspring i Tyskland, men munner ut i Østerrike.