Da det gikk mer og mer tilbake med pelshandelen solgte American Fur Company fortet til US Army i 1865, og det var da det ble oppkalt etter senator Thomas Hart Benton fra Missouri. Den by som vokste frem ble av større betydning enn det militære nærvær. Ved siden av å være en av de viktigste havner i elvesystemet Missouri-Mississippi, var Fort Benton en gang «vestens innerste havn» - fjernest fra et elveutløp i havet. Hit kom også såkalte (dampbåter med særlig grunne bunner, og påler for av sandbanker man måtte ha kommet opp mot, spesialbygd for Missouri River), som for eksempel båten med sin berømte kaptein Grant Marsh.