I 1668 fikk Charpentier en av de fremste musikkstillingene i Frankrike. Han ble maître de musique ved Sainte-Chapelle i Paris. Han hadde denne jobben fram til han døde i 1704. Etter hans død ble nesten alle verkene han hadde skrevet for kapellet ødelagt. Dette var en vanlig prosedyre når en «maître de musique» døde. Messen overlevde imidlertid.