Etter å ha blitt utnevnt til kontreadmiral i 1937 ble han beordret som sjef for syvende krysserdivisjon, etter et tokt til Sør-Amerika ble han så i 1939 sjef for krysserne i slagstyrken. I februar 1941 ble han sjef for US Navys stillehavsflåte, med midlertidig rang som admiral. Kimmel førte kommando fra den fremskutte basen på Pearl Harbor og ledet flåten i omfattende øvelser før utbruddet av stillehavskrigen.