Federico Borromeo sammenstilte selv 71 trykte bøker og 46 manuskriptbøker fot det meste på Latin som tat for seg forskjellige ekklesiale vitenskaper. Hans mer kjente verker er (1619), (1625), (1627), (1616), , , (1617), (1618), (1620-3), (1624) og (1628).