Guerrero fortsatte sitt liv blant mayaene i 17 år til. I denne tiden oppildnet han mayaene til et heftig forsvar mot spanjolene, som i lengre tid unnlot å forsøke å erobre Yucatán pga. den harde motstanden de hadde møtt. De lyktes imidlertid med å opprette en koloni i det nordlige Honduras, dagens Belize. Herfra satte spanjolene i gang en kampanje fra 1527 i et forsøk på å erobre Yucatán. Mayaene brukte den brente jords taktikk, forgiftet sine brønner og drev med effektiv geriljakrig mot de fremrykkende spanjolene.