Joakimsen representerte Lofoten krets av Nordland amt på Stortinget i fire valgperioder fra 1910 til 1921. I den første perioden, 1910–12, var han sekretær i næringskomiteen, deretter i 1913 formann i samme komite. I 1914-sesjonen var han permittert. Fra 1915 var han i vegkomiteen, der han var nestformann 1917–18 og formann 1919–21. Joakimsen var vararepresentant til Stortinget fra 1906 til 1909.