Da Koločep var en del av Republikken Dubrovnik var øya et viktig skipsbyggings sted. To sjømenn på Christopher Columbus sitt skip «Santa Maria» var fra Koločep. Arkeologiske utgravinger har funnet spor som går tilbake til grekerne og romerne i antikken og fram til Napoleon sin tid. Den vesle øya på bare 2,3 km² har rester etter sju førromanske kirker .