I 2008 gikk det 15 844 fly til og fra Sir Seretse Khama internasjonale lufthavn, kun slått av Maun lufthavn (IATA: MUB, ICAO: FBMN). Gaborone har opplevd en nedgang i lufttrafikken siden 2006. Likevel stod Gaborone for 51,6 % av all passasjertransport med fly i Botswana i 2008, den høyeste andelen i landet. Totalt 244 073 passasjerer var internasjonalt reisende, mens totalt 333 390 var innenlandsreisende.