Elva har utspring fra et lite tjern på fjellvidda Bealddoduottar, helt sør i Anárjohka nasjonalpark. Den renner først mot øst og inn i Finland. Elva snur senere mot nord og ved riksgrensen møter den sideelvene Rádjajohka og Njuolasjohka, som kommer inn fra vest. Skiehččanjohka fortsetter mot nord, senere nordøst, til den løper sammen med Anárjohka rundt 10 kilometer vest-sørvest for Basevuovdi fjellstue.