Ferdinand beholdt Stambolov som statsminister. Han slo hardt ned på opprørsforsøk og oppnådde en politisk seier da Det osmanske rike overførte bispedømmene Skopje, Ohrid og Bitolja fra den greske til den bulgarske ortodokse kirke. Dette bedret forholdet mellom stat og kirke, selv om Ferdinand unnlot å konvertere, i strid med Bulgarias grunnlov. Ferdinand giftet seg i 1893 med den katolske prinsesse Marie-Louise av Bourbon-Parma. Etter at tsar Alexander III døde, ble også forholdet til Russland bedre. Russlands vilkår for å anerkjenne Ferdinand var at han konverterte, og den 14. februar 1896 lot han seg døpe med den nye tsaren Nikolai II som fadder. To uker senere anerkjente sultanen Ferdinand som sin generalguvernør i Øst-Rumelia.