Som erkebiskop konsentrerte Bauer seg om det kirkelige. Han ansporte til opprettelsen av Den kroatiske bispekonferanse i 1918. I 1925 organiserte han erkebispedømmet Zagrebs første synode siden 1690. I 1922 deltok han i kommisjonen som forberedte konkordatet. Hans innsats gjorde St. Hieronimus-instituttet til en nasjonal institusjon. Sammen med Đokovos biskop Antun Akšamović bygde han seminar og høyskole i Zagreb. Han etablerte også Caritas i Kroatia.