Favres trenerkarriere startet i 1991, som assistenttrener for U14-laget til FC Echallens. Året etter tok han over U17-laget før han ble forfremmet til trener for førstelaget i 1993. Under hans lederskap rykket klubben overraskende opp til "Nationalliga B" (1. Divisjon i sveitsisk fotball, nå kalt Challenge League). Dette opprykket er fremdeles ansett som en av klubbens største bragder gjennom tidene.