I 1999 ble det presentert enda en variant kalt som var tenkt som en erstatter til Audi/Porsche RS2. Denne modellen utviklet Audi selv, i motsetning til forgjengeren som ble utviklet i samarbeid med Porsche. Motoren var den samme som i Audi S4, det vil si en 30v V6-motor med dobbel turbo. Denne motoren hadde blitt trimmet ytterligere av Cosworth og ga nå hele 380 hk. Akkurat som hos forgjengeren RS2 fantes også denne modellen bare som kombi, men det finnes sedaner som er ombygde fra A4/S4. Denne modellen ble produsert stort sett uforandret frem til 2001. Audi RS4 ble produsert i 6030 eksemplarer fra 1999 til 2001 hos quattro GmbH (kjent som Audi Sport GmbH siden 2016), ett datterselskap av Audi AG som kun produserer R8 og RS-modeller.