Den daglige virksomheten ivaretas av et sekretariat som er organisert i en screeningenhet og fire saksbehandlende kontorer omhandlende planområdet, miljøområdet, naturområdet og vannområdet; samt et utviklings- og sekretariatskontor. Utover klagesaksbehandling formidler Natur- og Miljøklagenævnet informasjon om deres avgjørelser.