Invasjonen mislyktes og Khodzjajev flyktet til Tasjkent. I september 1920 vendte han tilbake til Bukhara etter at emiren av Bukhara hadde flyktet. Der ble han utnevnt til formann av Bukharas SSR, og unngikk såvidt å bli henrettet av den osmanske hærføreren İsmail Enver under .