I Missouri stemte et stort flertall i en valgt konvensjon for å bli værende i Unionen. Da den pro-konfødererte guvernøren Claiborne F. Jackson kalte inn statsmilitsen, ble den angrepet av føderale styrker under general Nathaniel Lyon. Etter Camp Jackson-affæren, jaget Lyon guvernøren og restene av statsstyrkene til det sørvestlige hjørnet av staten. Vakuumet i etterkant førte til at utbryterkonvensjonen samlet seg igjen og tok makten som Unionens fungerende regjering i Missouri.