Mbaye var den første afrikaner fra sub-Sahara som begynte ved fakultetet for matematikk og fysikk ved det franske Centre national de la recherche scientifique (CNRS) i 1983. Han studerte ved Université Paris-Sud, Université libre de Bruxelles, og ved Université catholique de Louvain. Som karrierediplomat var vitenskapelig tjenestemann for Europakommisjonens European Strategic Program on Research in Information Technology. I 1996 ble han utnevnt til rådgiver for Europakommisjonen for Sør-Afrika og leder av Den europeiske union delegasjon til Stillehavsområdet, basert i Fiji.