Hver gang et kongelig frø blir samlet inn, ødelegger dette en av de seks Cloud Piranhaene som beskytter Castle Bowser mot angrep. Etter å ha frigjort de forskjellige regionene i Flower Kingdom som blir kontrollert av Bowser jr. og fjernet Bowsers forsvarsverk, kan Mario og vennene hans endelig konfrontere Bowser på hans flygende slott. Der avslører Bowser endelig den virkelige planen sin om å bruke kraften han kan få fra Wonder Flowers for å slavebinde hele universet. Det blir opp til Mario og gjengen å beseire Bowser og omsider returnere hele kongeriket til det normale, og hvis de lykkes kommer Bowser, Bowser Jr. og Kamek til å flykte.