Etter å ha blitt arrestert ble Ajitha utsatt for tortur på politistasjonen og ble blant annet paradert offentlig rundt i gatene. Ajitha ble dømt til 9 år fengsel med mest mulig tvungen isolering, hun ble ansett som farlig av fengselsadministrasjonen og andre fanger fikk ikke snakke med henne. Under soningen brukte hun mye tid på å lære seg om forholdene til kvinner i Kerala. Hun ble sterkt påvirket av hvordan kvinner ble behandlet i fengselet.