Fra 1965 til 1976 tilhørte øya Det britiske territoriet i Indiahavet. På begynnelsen av 1960-tallet var USA i samarbeid med Storbritannia på leting etter «strategiske øyer», steder egnet for flåtebaser og flere av øyene i Seychellene ble undersøkt med tanke på en base i Indiahavet. Farquhar ble kjøpt av britiske myndigheter. I 1965 ble Farquhar, sammen med Aldabra og Desroches, skilt ut fra kolonien Seychellene og slått sammen med Chagosøyene, som ble utskilt fra Mauritius, til den nye kolonien Det britiske territoriet i Indiahavet. Diego Garcia i Chagosøyene ble valgt som sted for militærbasen, da de andre øyene ble ansett som uegnet til formålet. Farquhar, sammen med Aldabra og Desroches, ble tilbakeført til Seychellene før landets uavhengighet i 1976.