I 1271 var Sigerius igjen involvert i striden mellom partene og fakultetene på universitet. Minoriteten valgte ham som rektor i opposisjon til den valgte kandidaten, Aubri de Rheims. I de neste tre årene fortsatte striden og var sannsynligvis basert på en opposisjonen mellom averroistene, Sigerius og Pierre Dubois, og de mer ortodokse akademikerne. Saken ble avgjort med et pavelig legat, Simon de Brion, den senere pave Martin IV. Sigerius trakk seg tilbake fra Paris til Liège.