Den formskiftende Mystique får informasjon om Magneto, og hjelper ham med å rømme fra fengsel. Logan, Rogue, Iceman og Pyro besøker Icemans foreldre i Boston, og møter Storm, Jean og Nightcrawler. X-Jet blir angrepet av jagerfly, og blir skutt ned. Men Magneto klarer å redde dem fra å krasje. Magneto forklarer at Stryker har bygget en ny Cerebro for å drepe alle mutanter over hele planeten. Strykers sønn, Jason, er en mutant med tankekontrollerende krefter, som Stryker ønsker å bruke til planene deres. Stryker hadde tidligere brukt Jasons krefter for å orkestrere Nightcrawlers angrep mot presidenten for å få godkjenning til å invadere Xaviers herregård. Jean leser Nightcrawlers tanker, og oppdager at Strykers hovedkvarter ligger under bakken i en demning i nærheten av Alkali Lake.