Jönsson ledet Stabæk Fotball fra 1. divisjon i 2005 til seriemesterskap i Tippeligaen i 2008. Han gikk senere til Rosenborg, hvor han vant to bronsemedaljer, før han satte kursen mot Aalesund for å ta over etter Kjetil Rekdal. Han ga seg i klubben etter 2014-sesongen.