Palasset ble reist rundt en firkant, vest for klosteret. Det hadde kapell, galleri, kongelige leiligheter og en storsal. Kapellet lå der nordfløyen av Great Quadrangle nå ligger, mens dronningens leilighet lå i sørfløyen. I vest lå kongens leilighet og inngangen. Det ble også reist et porthus i to etasjer, som delvis er bevart i Abbey Courthouse. Jakob V bygde på mellom 1528 og 1536, med blant annet det nordvestlige tårnet hvor man finner rommene som ble brukt av Maria I av Skottland.