Winther meldte seg som frivillig sersjant den 10. april 1940. Han ble internert sammen med Infanteriregiment nr. 1 i Sverige frem til 22. juli samme år. Fra høsten 1940 var han gruppeleder i Hjemmefronten og virket i hjemmefronten nesten hele krigen. På grunn av opprullinger i distriktet mot slutten av krigen ble han beordret til Sverige den 29. januar 1945.