I den regnvåte kvalifiseringen for Malaysias Grand Prix tok han igjen pole, med nesten ett sekunds margin til Felipe Massa på andre, etter at han først var bare 0,25 sekunder fra å bli slått ut i Q1. Den påfølgende seieren i løpet ble imidlertid svært kontroversiell, etter at Vettel ignorerte en teamordre om å ikke passere teamkollega Mark Webber. Webber kom ut fra sitt siste depotstopp under ett sekund foran Vettel. Med tretten runder igjen å kjøre instruerte Red Bull begge førerne at de skulle fullføre løpet i samme rekkefølge, med Webber som vinner, men Vettel gikk til angrep og to runder senere kjørte han forbi Webber og tok over ledelsen i løpet. Etter løpet var Webber rasende. Teamsjef Christian Horner var ikke fornøyd med Vettels handlinger, og erkjente at det allerede skjøre forholdet mellom de to førerne var blitt ytterligere forverret som følge av hendelsen. Vettel ba om unnskyldning, og hevdet at han ikke hadde ignorert ordren med overlegg, til tross for at teamet insisterte på at instruksjonen om å holde posisjonene var blitt gjort klinkende klar for han. Vettel trakk senere tilbake unnskyldningen, og sa at han ikke var lei seg for å vinne og hvis en lignende situasjon skulle oppstå igjen ville han ha kjørt forbi Webber til tross for ordren, og la til at han ikke følte at Webber fortjente å vinne løpet.