Gustav Vasas eldste sønn Erik XIV utvidet orkesteret, men på begynnelsen av 1600-tallet under Karl IX, begynte en tid med forfall. Gustav II Adolf besteg tronen i 1611 og orkesteret fikk dermed nytt liv. Hans bryllup i 1620 med Maria Eleonora av Brandenburg foregikk med stor festivitas og med orkesteret som sentral medvirkende. Gustav II Adolf ga orkesteret en organisasjon og ansatte Anders Düben som sjef. Gjennom fire generasjoner avløste medlemmer av familien Düben hverandre som ledere for Hovkapellet og den siste var i virksomhet til 1726. En stor musikksamling, den såkalte Dübensamlingen ved Uppsala universitetsbibliotek er resultatet av familiens virksomhet i Stockholm.