Arna-Bjørnars opphold i den nest øverste divisjonen ble kort. Laget kom rett tilbake til Toppserien i fotball for kvinner etter å ha satt rekord for antall poeng i 1. divisjon, med 52 poeng og bare ett uavgjort. Bare Fart greide å spille uavgjort mot dem. Den påfølgende perioden markerte et taktomslag. Med ny trener i Morten Kalvenes fikk laget inn en stabilitet. Det ble også et generasjonsskifte. 2006-sesongen var siste sesong for viktige spillere som Ingrid Camilla Fosse Sæthre, Linda Netland, Henriette Lund og Anne Bugge-Paulsen, i tillegg til keeper Linda Merethe Viken. Det kom inn nye spillere også. Tre markante spillere debuterte for laget; Elise Thorsnes, Madeleine Giske og Erika Skarbø. I tillegg hadde noen andre kommet i 2005, inkludert Maren Mjelde. Disse hjalp hverandre med å få den nyopprykkede laget på 5.-plass, og Thorsnes ble toppscorer i Toppserien. Det var derfor usikkerheter rundt 2007-sesongen, og Aftenposten tippet dem på sjetteplass. På tross av generasjonsskiftet, greide Arna-Bjørnar å ta en fjerdeplass. Madeleine Giske ble lagets toppscorer. Foran 2008-sesongen hadde Arna-Bjørnar også mistet Randi Skår, som stort sett var skadet hele 2007-sesongen uansett. også Siv Skard trakk seg etter 2007-sesongen. Med Aimee Edris som ny spiller foran 2008-sesongen trodde Kalvenes på medalje for Arna-Bjørnar. Arna-Bjørnar lyktes ikke, men de var bare fire poeng unna bronsemedaljen på en femteplass. Med skader på toppspillerne, ble det Aimee Edris som ble toppscorer med 11 mål. Samtidig ble Erika Skarbø førstekeeper på landslaget. Toppserien hadde blitt så stabil at Arna-Bjørnar hadde konsekvent vært bak Asker, Røa og Kolbotn, mens de var foran Team Strømmen i 2007, men bak dem i 2006 og 2008. Arna-Bjørnar hadde ikke oppnådd det siste skrittet opp i toppsjiktet.