Williams var mot statskirken i Massachussetts (kirken der var den puritanske som han selv tilhørte). Han ville skille kirke og stat primært for å verne kirkens integritet, han mente at økonomiske og politiske privilegier knyttet til kirken ville korrumpere de religiøse livet. Han regnes den første som gjennomførte religionsfrihet og skille mellom stat og kirke.