På profesjontl nivå spilte han først for Winnipeg Blue Bombers i Canadian Football League (CFL) i 1959 før han spilte ni år som tight end i American Football League (AFL), fra 1960 til 1965 for Los Angeles/San Diego Chargers, for Miami Dolphins i 1966 og for Oakland Raiders i 1967 og 1968. I 1961 tok han imot 55 pasninger for 1 055 yards for 19,2 yards per mottakelse i en sesong hvor Chargers vant divisjonstittelen i AFL West for andre år på rad. Han var en AFL All-Star fir år på rad mellom 1961 og 1964 og spilte for Chargers da de slo Boston Patriots i American Football League Championship Game 1963. Han var den eneste som spilte i syv tittelkamper i AFL; med Chargetrs i 1960, 1961, 1963, 1964 og 1965 og med Oakland Raiders i 1967 og 1968, med én seier med hvert lag. Han ble seneret valgt som tight end på the American Football League All-Time Teams andrelag. Kocourek deltok i ni sluttspillkamper i løpet av syv sesonger og tok imot 15 pasninger for 257 yards og to touchdowns.