I 1998 fulgte han med Gerhard Schröder til den føderale regjeringen som statssekretær, og fikk ansvar for etterretningstjenesten i kanslerkontoret. Etter Bodo Hombachs avskjed som sjef for kanslerkontoret, etterfulgte Steinmeier ham den 7. juli 1999, men etter eget ønske ikke med tittelen minister.