I løpet av krigen hadde Isabella merket seg dyktigheten og energien til Gonzalo Fernández de Córdoba og gjorde ham til den ene av to kommisjoner som hadde ansvaret for forhandlingene. Under hennes beskyttelse fortsatte de Córdoba på en ekstraordinær militær karriere som revolusjonerte organiseringen og taktikken til det tidlig moderne spanske militæret, endret krigføringens vesen og endret maktbalansen i Europa.