Utviklingen av HCoV-NL63 ser ut til å ha involvert rekombinasjon mellom et tidligere NL63-lignende virus som sirkulerer i afrikanske -flaggermus og et CoV 229E-lignende virus som sirkulerer i -flaggermus. Rekombinerte virus kan oppstå når arvemassen for to virus − viralgenomet − er til stede i samme vertscelle.