Samarbeidet med Mansteins 11. armé var tettere enn på andre deler av østfronten, og Wehrmacht brukte sin makt til å dirigere Einsatzgruppe D; drapskommandoene ble stadig tilkalt nærmere fronten. Oberst Otto Wöhler, stabssjef for Manstein, protesterte aldri mot massedrapene under Ohlendorfs ledelse. Wöhler mente at han i henhold til ordre fra av 28. april 1941 hadde rett til å dirigere Einsatzgruppe D, mens Ohlendorf mente hæren ikke hadde myndighet over SD. Ohlendorf mente han utførte sitt oppdrag mest effektivt om han kunne operere uten innblanding. Tautrekkingen mellom 11. armé og Ohlendorf avtok da Mansteins stab konkluderte med at hæren dro nytte av Einsatzgruppens virksomhet.