Selve navnet Gaubek stammer fra bekkefaret som rant fra det myrlendte området Vaterland bak Stiftsgården (Stiftsgårdsparken) og nordover til Trondheimsfjorden. Bekkefaret var mye plaget av oversvømmelser, og fikk derav navnet som betyr flom/oversvømmelse. Navnet er nevnt første gang i Adresseavisen i 1768, men flere varianter av navnet har blitt brukt tidlig på 1700-tallet.