SKM ble opprettet etter at Stortinget i 2016 vedtok en endring i sikkerhetsloven om reduksjon i antall klarerings­myndigheter. Dette medførte at 25 tidligere klarerings­myndigheter ble avviklet og samlet i den nye sivile klarerings­myndigheten. Opprettelsen av en slik myndighet var i tråd med sikkerhets­utvalgets ønske om å i hovedsak ha én klarerings­myndighet i sivil sektor og én klarerings­myndighet i forsvars­sektoren.