Også i dette tiåret greide laget å spille seg fram til en cupfinale. Den 18. april 1903 møtte de Bury, og tapte 6-0. Dette er fortsatt det største tapet i denne cupens historie. Derby havnet stort sett på nedre halvdel i serien fram til 1906/07-sesongen da klubben for første gang opplevde nedrykk etter å ha blitt nummer 19. Klubben ble værende i 2. divisjon de neste 5 årene. En av grunnene til de svake resultatene i siste halvdel av tiåret var at Bloomer forsvant til Middlesbrough i 1906.