Den religiøse toleransen betydde også at jøder for en tid fant et fristed på Malta i de neste tre hundre årene, hvor den jødiske befolkningen vokste til et antall den siden ikke har nådd. På begynnelsen av middelalderen bodde rundt 500 jøder på Malta, hvorav en tredjedel i Mdina. På Gozo levde rundt 350 jøder. De fleste var involvert i handel, men mange var også bønder og levde side om side med sine kristne naboer og ikke i ghettoer. Normannerne ga de maltesiske jødene en egen oppgave med å framstille bannere og faner for galeiene og lamper for palassene. Uten restriksjoner var jødene dog ikke, og måtte betale rike gaver hvert år. Den mest berømte maltesiske jøden var nok den spanskfødte mystikeren Abraham Abulafia, som skapte seg et hjem i Comino hvor han døde en gang etter 1291.