Laffitte fortsatte studiene ved Han tok doktorgraden i moralteologi. I 1994 ble Jean Laffitte foreleser i ekteskapelig etikk, antropologi og spiritualitet ved . Fra 1999 til 2001 var han også viserektor ved dette instituttet. I 2003 ble Laffitte rådgiver for Troskongregasjonen. Den 28. januar 2005 utnevnte Johannes Paul II ham til undersekretær for Det pavelige råd for familien. Den 24. januar 2006 ble Jean Laffitte utnevnt til visepresident for Det pavelige akademi for livet.