Den største omorganiseringen fra å fokusere på mobiliseringsforsvaret til fullt ut å fokusere på innsatsforsvarets behov for etterretningskompetanse, kom imidlertid først midt på 2000-tallet. Som en konsekvens av dette ble skolen underlagt sjefen for Etterretningstjenesten i 2009 og ble dermed tjenestens egen skole. Dernest startet arbeidet med å bygge opp en akademisk pilar i tillegg til den solide fagutdanningen som skolen allerede leverte. Skolen ble så akkreditert som en høyskole i 2013. Skolen tok samtidig over et påbygg til eksisterende bygningsmasse som skulle huse høyskoleaktiviteten. Påbygget fikk navnet «Bletchley-fløyen» for å hedre Bletchley Park og aktiviteten som ble drevet der under andre verdenskrig. Skolens fagutdanning foregår i «XU-fløyen» som er oppkalt etter etterretningsorganisasjonen XU.