Nevrotoksiner kan også være medisinsk fordelaktige. I så måte brukes for eksempel botulinumtoksin til en rekke formål innen medisinen, inkludert som profylakse mot lidelser som migrene (PREEMPT-regimet) og klasehodepine, samt til behandling av vedvarende muskelspasmer i føtter, ankler, håndledd, hender, øyelokk, ansikt, nakke og skuldre hos voksne (for barn kun føtter og ankler). Det brukes dessuten til å behandle overaktiv blære med urinlekkasje (injiseres i blæreveggen) og kraftig svetting i armhulene med mer.