Suphanburi kan muligens være det stedet for legendariske Suvannabhumi som nevnes i svært gamle buddhistiske tekster. Men den første bosetting som er historisk belagt, er fra Dvaravati-perioden, da byen var kjent under navnet . Den ble grunnlagt mellom 877 og 882. Senere ble den kalt , og var hjembyen til prins U Thong, grunnlegger av Ayutthayariket. Det var kong Khun Luang Pha Ngua som til slutt gav byen det navn den har i dag. Suphanburi var en viktig grenseby, og også åsted for flere slag mellom thailenderne og burmeserne.