Saale strømmer 25 km lang gjennom Halle og Weiße Elster går 6,3 km gjennom byen. Store innsjøer er Hufeisensee (73 ha), Osendorfer See (21 ha) og Heidesee (12,5 ha). Høyeste hevingen er Großer Galgenberg (136 moh.), laveste punkt er 71 moh. på Forstwerder-bredden, en Saaleøy ved Halle-Trotha. Händelminnesmerket på torget ligger 87 moh.