Maurice Bavaud var den førstefødte sønn av postfunksjonæren Alfred Bavaud og forretningskvinnen Hélène Bavaud-Steiner. Sammen med sine fem yngre søstre vokste han opp i Neuchâtel. Etter utdannelse ved en katolsk privatskole fullførte den følsomme og musisk begavede Maurice, etter påtrykk fra faren, en lære som teknisk tegner. Deretter gikk han på et katolsk gymnasium i internatet ved det katolske seminar Saint-Ilan ved Saint-Brieuc i Bretagne, for å utdanne seg til misjonær for ordenen og senere kanskje virke i Afrika.