Geddes studerte ved Royal College of Mines i London fra 1874 til 1878 under Thomas Henry Huxley. Fra 1880 til 1888 foreleste han i zoologi ved University of Edinburgh. Deretter var han professor i botanikk ved University College Dundee fra 1888 til 1919 og professor i sosiologi ved University of Bombay 1919–24. Han ble adlet i 1932, kort tid før sin død.