Han ble i 1895 direktør for (den franske historiske institusjon) i Roma. Duchesne var en betydelig forsker, særlig hva gjaldt eldre og middelaldersk kirkehistorie, og ettersom han ofte tilempet moderne kritisk-historiske metode og avfeide en mengde legendarisk stoff fra den kirkelige tradisjonen, kom han snart i konflikt med indekskongregasjonen. Hans posisjon som vitenskapsmann var imidlertid så uomtvistet til at dette førte til noen mottiltak av styrke. På noe hold ble han imidlertid ansett som en «tradisjonens ødelegger», og hans verk ble i 1911 forbudt brukt ved katolske læresteder og satt på index i 1912.