Ganondorf opptrer ikke i Skyward Sword. men det blir hintet til hans bakgrunn. Etter at link vant over Demis i den siste kampen, kastet Demise en forbannelse over Link og Zelda, som gjorde at de ble gjenfødt i en evig sirkel. Helt til Demise sitt hat viste seg i fysisk form som ingen andre en Ganondorf.