Det høyeste fjellet er Großer Arber på 1 456 meter over havet. Fjellene blir delt i to hovedområder av dalsenkningen Regensenke, der den største elven Regen dannes der elvene Hvite Regen og Svarte Regen løper sammen, og renner ned fra fjellene mot byen Regensburg. Mot nordvest er Bayerischer Wald skilt fra Oberpfälzer Wald av forsenkningen Cham–Furth–Domažlice.