I 1985 stiftet Jacobsen Bergen Kristne Senter sammen med Kåre Kristing, som hadde bakgrunn fra Kristent fellesskap i Bergen. Menigheten gikk i 1999 inn i Levende Ord. I 1989-94 var han ansatt som medpastor i Oslo Kristne Senter med ansvar for menighetens bibelskole. I 1994-02 var han ansatt i Sørlandet Bibel- og Misjonssenter som forkynner med administrativt ansvar. Han flyttet så tilbake til Bergen hvor han sammen med menigheten Bergen Kristne Senter gikk inn i Levende Ord hvor han jobbet som medpastor og som lærer på menighetens bibelskole. Han fikk en sentral rolle som styreleder under krisen som oppsto i menigheten i 2005/2006.