Jona Henriksen kom tidlig med i den sosialdemokratiske velgerforeningen i Tórshavn. I 1968 ble hun medlem av kommunestyret i Tórshavn og formann i skole- og sosialutvalget. Med tiden ble hun også medlem av finans- og byplanutvalget og formann i teknisk utvalg. I 1970 var hun Tórshavns viseborgermester.