Han ble hentet til Newcastle i 1993, fra hans lokale klubb Seaham Red Star. Han har vært reservekeeper for Pavel Srníček, deretter Shaka Hislop og til slutt Shay Given. Han har vært innom Bradford City, Gateshead, Stockport County, Hartlepool United og Huddersfield Town på lån. Det tok 15 1/2 år før Harper etablerte seg som førstekeeper, etter at Shay Given ble solgt til Manchester City.