Det finner sted flere ulike typer autofagocytose i kroppen, men felles for alle prosessene er at nedbrytningen av intracellulære bestanddeler skjer via lysosomet. Den mest kjente mekanismen for autofagi innebærer dannelsen av en membran rundt en bestemt del av cellen. I denne prosessen skilles innholdet fra resten av cytoplasmaet. Vesikkelen som dannes i prosessen tas deretter opp av et lysosom, som til slutt bryter ned innholdet. Autofagocytose kan dermed ses på som en søppelbil som er minst like viktig for cellen, som det er viktig for oss mennesker å få fjernet søppelet i våre omgivelser.