Neuquén ble offisielt grunnlagt 12. september 1904. Ennå i 1930 hadde byen bare innbyggere. I 1960-årene fant det statlige selskapet YPF oljeforekomster i provinsen, og byen opplevde i 1970- og 1980-årene en kraftig vekst i befolkningen, og den er i dag et senter for petrokjemisk industri, basert på olje som utvinnes på forskjellige steder i provinsen.