Jeremie og Aelita har ved hjelp av datamaskinene Franz Hopper sendte til dem i slutten av tredje sesong rekonstruert sektor 5 og alle de andre sektorene. Jeremie har også laget nytt utstyr og nye "klær" til Odd, Aelita, Ulrich og Yumi. I tillegg har Jeremie og Aelita laget et kjøretøy (Skidbladnir) som lar gruppen reise på Internett, og der finner de kopier av Lyoko som XANA har laget. For å kunne overvinne XANA må gruppen ødelegge alle disse kopiene. Jeremie utvikler en metode for å materialisere gruppen til Jorden fra en kopi i nærheten av superdatamaskinen som kontrollerer kopien. Men de innser etter en stund at kopiene er for mange til at de kan ødelegge alle sammen. Derfor begynner Jeremie å lage et program for å utrydde XANA for godt, og samtidig lager han enda et program for å befri William. I den nestsiste episode får de hjelp av Franz Hopper til å fullføre programmet, men på grunn av programmets store energiforbruk, må Franz Hopper ofre seg selv for at det skal starte. Programmet greier til slutt å ødelegge XANA, og i den siste episoden slår gruppen av superdatamaskinen for godt.