Eridu var forlatt i lange perioder før den ble endelig oppgitt og forfalt i ruiner på 500-tallet f.Kr. Inntrengingen av sanddyner fra omgivelsene og stigning av saltholdig vann ga tidlige begrensninger til dens jordbruk slik at ved dens senere nybabylonske utvikling ble Eridu ombygd til å være et rent tempelsted i ære til stedet tidligste historie.