Trond Kotte gjennomførte Luftkrigsskolen 1987-1991. Han har MBA fra Norges handelshøyskole i økonomisk kontroll og styring fra 1999. Han gjennomførte stabsskoleutdanning ved Joint Services Command and Staff College i 2003–2004 og tok da en Master of Arts in Defence Studies ved King's College London. Trond Kotte var elev ved Royal College of Defence Studies, London 2017–2018.