I august 2007 ble han ansatt som Boltons assisterende manager for Sammy Lee, men da Lee forlot klubben ble Knox midlertidig manager i to kamper (mot Arsenal og i UEFA-cupen mot Braga), før Gary Megson overtok. Archie Knox ble værende i klubben under Megson, men to dager etter klubben sikret fornyet plass i FA Premier League ble han og seks andre trenere sparket av Megson. Dette skjedde fordi Megson ønsket å ansette sine egne trenere.