Straks Kongeriket Jugoslavia ble erobret av styrkene fra Tyskland ble hele Bosnia gitt til den fascistiske marionettstaten Kroatia. Den nasjonalsosialistiske kontrollen over Bosnia førte til omfattende forfølgelse. Den jødiske befolkningen ble nærmest utslettet, og over en million serbere døde i kroatiske konsentrasjonsleirer. Mange serbere i området bevæpnet seg og slo seg sammen med tsjetniker; en serbisk nasjonalistisk og rojalistisk motstandsbevegelse som bedrev geriljavirksomhet mot tyskerne, men som også utførte tallrike grusomheter mot sivile, hovedsakelig bosniske muslimske i regionene de kontrollerte. Som en konsekvens var det mange bosniske muslimske paramilitære enheter som arbeidet sammen med nasjonalsosialistene for å utføre deres egne forfølgelser på serbere i Bosnia.