En del er kjent om rollen til de ptolemeiske soldatene i byen fra inskripsjoner. Det var opprinnelig kun tre offiserer og rundt 300 soldater stasjonert i Thera, men senere ble ytterligere offiserer og pensjonerte offiserer stasjonert og bosatt der og åpenbart endret byens vesen. Det er ikke kjent om hele den opprinnelige befolkningen ble plassert under militær administrasjon eller om den beholdt en viss form for politisk uavhengighet. I begynnelsen var soldatene grekere fra det greske fastlandet, men andelen av egyptiske leiesoldater økte raskt, og med deres egne guder påvirket de i stor grad byens religiøse kulter.