Spanjolene hadde ingen respekt for den kulturen de møtte. For den spanske kirke var de innfødte hedninger. Kirken og representantene for de spanske myndighetene ødela det de kom over av mayatekster og annet som ble definert som hedensk. Med ødeleggelsene forsvant også kunnskapen om mayaenes skriftsystem. Ved en tilfeldighet har likevel tre førkolumbiske bøker datert til den postklassiske perioden blitt bevart. De siste mayastatene, itzafolket i Tayasal og byen Ko'woj i Zacpeten klarte å holde spanjolene fra livet en lang tid før de til sist ble nedkjempet av spanjolene så sent som 1697.