Sent i 1940 fikk Heydrich i oppdrag av Hitler (formidlet av Göring) å forberede den endelige løsningen av jødespørsmålet etter krigen. Forslaget Heydrich la frem for Göring 24. januar 1941 er ikke kjent i sin helhet. Et forberedende notat fra Eichmann skisserte forflytning av 5,8 millioner jøder fra tyskkontrollert del av Europa til et territorium som skulle utpekes senere (noe som trolig siktet til områder i Sovjetunionen). Økningen fra det tidligere tallet 4 millioner skyldes at Balkan og franske kolonier var medregnet. Et notat fra Theodor Dannecker, Heydrichs jødeekspert utstasjonert i Paris, beskrev på samme måte fordrivelse av jødene.