De hyppige besøk til palasset av lederen for den fariseisk fraksjonen, Simeon ben Shetach, som det ble sagt var dronningens bror, må ha skjedd i de tidlige årene av Alexanders styre, før Alexander åpent hadde brutt med fariseerne. Salome Alexandra synes ikke å ha forsøkt å forhindre hennes ektemanns harde forfølgelsen av sekten. Ekteskapet synes uansett til å ha blitt avsluttet hjertelig da Alexander på sitt dødsleie overga regjeringen ikke til sine sønner, men til sin hustru.