Byen er et trafikknutepunkt i regionen. Den er det nordlige endepunktet for jernbanen i Canada, og er utgangspunktet for båttransporten på Mackenzie-elva. Byen var på slutten av 1940-tallet den første i Nordvestterritoriene som fikk veiforbindelse til resten av Canada, da den nåværende Mackenzie Highway ble bygget fra Grimshaw i Alberta. Hay River lufthavn har faste flyruter til Yellowknife.