Den metafysiske kosmologien skiller seg fra den religiøse ved at den nærmer seg spørsmålene gjennom filosofiske metoder, for eksempel gjennom dialektikken. Moderne metafysisk kosmologi stiller spørsmål som: Hva er universets opphav? Hva er den første årsak? (Se monisme, panteisme, emanasjonisme og kreasjonisme.) Hva er det grunnleggende stoffet i universet? (Se mekanisme, dynamisme, hylomorfisme og atomisme.) Har universet en hensikt?