Etter fullført videregående skole ønsket Fischer å studere mikrobiologi; han ble imidlertid rådet til å studere kjemi. Han studerte ved Universitetet i Genève under andre verdenskrig: han likte organisk kjemi og studerte også biologi. Han fullførte doktorgraden i organisk kjemi under veiledning av Kurt Heinrich Meyer, som arbeidet med strukturen til polysakkarider, og enzymene som trengs for syntese og nedbrytning. Fischer arbeidet med alfa-amylase.