Det hevdes av og til at «livets tre» bør erstattes med en annen metafor, slik som «livets busk» eller «livets nettverk». Bakgrunnen for det første er at mange deler av livets tre ser ut til å være så tette med grener at de ligner mer på en busk enn på et tre. Ikke alle forgreninger trenger m.a.o. å være tvegreninger. Bakgrunnen for den andre kritikken er at det er en forenkling å bare snakke om at grener deler seg. Det forekommer også sammensmeltninger av to grener til én gren og utveksling av gener på tvers av grenene. Det førstnevnte er vanligst blant planter, og er oftest koblet til fordoblingen av kromosomsettet (se polyploidi). Det sistnevnte gjelder for det første enkelte av eukaryotenes celleorganeller, som mitokondrier og kloroplaster (se endosymbiontteorien). Videre har det oppstått enkelte former for symbiose som økologisk sett utgjør selvstendige individer, selv om de dannes av nokså ulike grupper, f.eks. lav som er «samarbeidsprodukter» av sopp og alger. Til slutt opptrer noen typer virus som såkalte vektorer, som overfører DNA fra en art til en annen.