Han var sønn av amtmann i Nordre Bergenhus Emil Aubert. Otto Aubert tok juridisk embetseksamen i 1863 og ble ansatt i Indredepartementet, fra 1872 som byråsjef. Fra 1875 var han administrerende direktør i Storebrand og Idun. I 1878 ble han utnevnt til amtmann i Nordland. I 1889 ble han amtmann i Bratsberg amt.