Nilsen var opprinnelig Venstremann, og var på begynnelsen av 1880-årene en av de mest fremtredende i Venstre-miljøet i Kristiania. Senere i livet fjernet han seg mer og mer fra Venstre, mye på grunn av uenighet om partiets økonomiske politikk. Han ble tilbudt en plass i Hagerups koallisjonsregjering, men måtte takke nei på grunn av helsemessige årsaker.