Byen San Marino ligger noenlunde midt i landet, på siden av fjellet Monte Titano, som er 749 m høyt og dermed landets høyeste punkt. Byen og landet ligger i den nordligste delen av det området som har subtropisk klima, og middeltemperaturen ligger mellem 1°C (januar) og 27°C (juli). November er den mest nedbørsrike måneden med 140 mm i gjennomsnitt, mens juli er minst nedbørsrik med gjennomsnittlig 66 mm.