Stettiner Haff får tilført store mengder forurensning via elven Oder og eutrofiering er en av konsekvensene. Store konsentrasjoner av aluminium og jernsediment er funnet i elven, noe som fører til brå algevekst i lagunen. Næringsstoffene i strandsjøen varierer riktignok mye gjennom året, og har minket de siste årene.