Etter å ha studert ved Nottingham High School og senere Winchester College flyttet han i 1571 til London, der han arbeidet som korrekturleser. Henry Garnet var interessert i å studere juss, men valgte istedet å reise ut i Det kontinentale Europa for å tre inn i jesuittordenen. Han ble presteviet rundt 1582 i Roma og forble der i byen for å undervise i hebraisk, metafysikk og matematikk.