Også som dirigent er Tom Ottar Andreassen aktiv i mindre utstrekning. Fra 2006 til 2010 var han musikalsk leder for Moelv Musikkforening. Han har ledet Det Norske Blåseensemble i Halden og Forsvarets Musikkorps i Harstad ved flere anledninger med verk av Mozart og Richard Strauss på programmet.