På slutten av krigen flyktet han til Sveits men ble arrestert i Innsbruck og internert i en amerikansk fangeleir. Han ble dømt til døden, men dommen ble omgjort til livsvarig straffearbeid. Han fikk amnesti i 1954. Cousteau forsvarte sener sin kollaborasjon med tyskerne med at «Jeg ønsket tysk seier fordi den ville være siste sjanse for den hvite mann, mens demokratiene representerte den hvite manns endelikt».