I 2015 tok Bonny til orde for kirkelig velsignelse av par av samme kjønn; det var i et skriv til Vatikanet i forbindelse med forberedelsene til en bispesynode. Han mente at kirkem måtte knytte ann til det moderne samfunn ved å vise større respekt for homoseksualitet, skilte mennesker og moderne former for samliv. I januar 2015 mottok han en pris fra , en sammenslutning av flamske LGBT-organisasjoner, for dette. Bonny svarte at prisen var unødvendig.