Sulpiz Boisserée var sønn av den velstående forretningsmannen Nicolas Boisserée og hans hustru Maria Magdalena, en datter av forretningsmannen Anton Brentano fra Köln. Forfedrene til familien immigrerte fra Huy i det som senere ble Belgia på 1700-tallet. Han vokste opp under katolsk omsorg fra sin bestemor etter at moren hadde dødd i 1790 og faren i 1792.