Den midlertidige kirkens utgifter til inventar ble også holdt på det jevne. Alteret besto av eikeplanker på et murt fundament. Altertavlen og prekestolen ble kjøpt fra Sankt Petri kirke i København. Christian IV skjenket altersølvet, og messehagler ble overført fra Slotskirkens beholdning. Døpefonten beskrives som et lite åttekantet furubord. Kirkens orgel ble levert av Johan Lorentz og omtales kun som et positiv, noe som antakelig innebærer et instrument med bare et manual og ingen pedal.