Pythagoras døde rundt tjue år før Filolaos ble født og det er ikke kjent hvem som var Filolaos' lærere. De mest innflytelsesrike filosofene fra generasjonen før ham er Anaxagoras og Empedokles, og det kan gjenfinnes trekk av Anaxagoras' tanker i Filolaos' filosofi. Filolaos kan også ha vært i kontakt med pytagoreeren Hippasos (ca. 530–450?), da Filolaos i likhet med Hippasos beskjeftiget seg mye med hvordan de harmoniske intervallene kan uttrykkes matematisk.