Vitenskapelig skeptisisme er ikke det samme som filosofisk skeptisisme. Sistnevnte stiller spørsmål til vår mulighet til å hevde å ha noen som helst kunnskap om verdens vesen og hvordan vi oppfatter den. Metodologisk skeptisisme er også lik, men også forskjellig. Den er særlig knyttet til metodene, filosofien og forfatterskapet til René Descartes (1596–1650) og handler den systematiske prosessen å være skeptisk (eller betvile) sannheten i ens tro. Den beskrevet av livssynshumanisten og skeptikeren Paul Kurtz (1925–2012) er derimot vitenskapelig skeptisisme.