I 1895 ble patriarkatet opprettet på ny av Leo XIII, som i 1899 utnevnte biskop Kyrillos Makarios til patriark. Det oppsto raskt problemer, spesielt økonomisk. Patriarkatet var helt avhengig av hjelp fra Roma, og patriarken ble etter mye problemer suspendert i 1908. Deretter fulgte en sedisvakans frem til 30. desember 1927, da Markos Khuzam ble utnevnt til administrator. Etter en prøvetid på tjue år ble han den 9. august 1947 endelig utnevnt til patriark Markos II Khouzam. Den nåværende koptisk-katolske patriarken av Alexandria, Antonios Naguib, er den femte innehaveren av tittelen.