Kauksi ble første gang nevnt i 1543 i et gammelt historisk dokument. I 1732 tilhørte landsbyen landgodset Maidla. På 1700-tallet ble et eget gods etablert rett ved Peipus og i selve Kauksi. Det var eid av den russiske adelsmann . Godset hadde en egen havn med fergeforbindelse til Tartu.