Regjeringens første periode begynte 20. januar 2001 etter presidentvalget i 2000 og tok slutt 20. januar 2005 etter presidentvalget i 2004. På den første dagen i embetet tok Bush initiativ til å blokkere føderal finansiering av utenlandske grupper som tilbød rådgivning og annen assistanse til kvinner som vurderte abort.