Megybyzos gjorde selv opprør en tid etterpå. Ktesias forteller oss at grunnen var at Amestris henrettet fangene fra det egyptiske opprøret, selv om Megabyzos hadde fått hans løfte om at de ikke skulle skades. Arméer under Usiris fra Egypt og så Menostanes fra Babylon ble sendt mot ham, i begge tilfeller ble det utkjempet (ikke–dødelige) dueller mellom generalene før slagene, og i begge tilfeller seiret Megabyzos. Etter at hans ære var gjenopprettet gikk Megabyzos med på å overgi seg og ble benådet og fikk sin posisjon tilbake. En stund senere reddet Megabyzos Artaxerxes fra en løve under en jakt og ble etterpå sendt i eksil til Kyrtai for å ha forgrepet seg på den kongelige retten til å drepe det første dyret. Han returnerte til Susa ved å late som han var spedalsk og ble benådet.