Inverness spilte en rolle i det jakobittiske opprøret i 1689. I begynnelsen av mai ble byen beleiret av en gruppe av jakobitter ledet av MacDonell fra Keppoch. Byen ble faktisk reddet av John Graham, 1. vicomte Dundee, den overordnede jakobittiske kommandanten, da han ankom med den viktigste jakobittiske hæren, selv om han krevde at Inverness bekjente lojalitet til kong Jakob VII.