Stefan Ålander startet karrieren for IFK Timrå, og gikk til GIF Sundsvall i 2001. Han fikk et gjennombrudd i klubben i 2007, da han også ble lagkaptein. Det ble 3. juli 2009 kjent at Ålander hadde gått til regjerende svenske mestre Kalmar FF. Han spilte to sesonger for klubben, før han 28. mars 2011 igjen var klar for GIF Sundsvall, som i mellomtiden hadde rykket ned til Superettan. Med GIF Sundsvall har Ålander vært med på to opprykk til Allsvenskan, siste gang etter 2014-sesongen.