Han forfattet politisk-juristiske tekster, og skrev en rettergangskomedie på latin. Men hans mest kjente verk var traktaten (kjent som , «den lille hekseboken»), fra tidlig 1489. Antagelig ble det til etter bestilling fra hertug Siegmund. Molitoris grep tilbake til erfaringer fra noen hekseprosesser som ble ført mot 48 kvinner mellom 1481 og 1485 i bispedømmet Konstanz. Teksten er utformet som en akademisk disputasjon. Han satte ikke spørsmålstegn ved heksers eksistens og satte hekseriet inn i en teologisk ramme der heksene ble å forstå som en særlig alvorlig art av kjettere, idet det ikke kunne være snakk om subjektiv villfarelse. Boken gikk inn for dødsstraff for hekser.