Han var med i organisasjonen Res Publica i 1990-årene. De fleste medlemmene stilte til valg for Fedrelandsunionen eller Reformpartiet. Juhan Parts var en pådriver for at Res Publica ble omdannet og registrert som et politisk parti i 2001. Ved valget i 2003 fikk Res Publica 24,6 % av stemmene, og ble det største av høyrepartiene i Riigikogu. Parts dannet en koalisjonsregjering utgått fra Res Publica, Det estiske reformpartiet og Estlands folkeunion. Regjeringen arbeidet for estisk medlemskap i EU og NATO, noe som ble en realitet i 2004. I 2005 ble justisminister Ken-Marti Vaher felt ved mistillitsvotum for sine tiltak mot korrupsjon. Parts anså dette som en mistillit til hele regjeringen og gikk av.