Carl Johan Bjerkelund var sønn av Carl Johan Bjerkelund (1884–1930) og Edel Ambrosia Juel Braarud (1888–1972). Han ble fra Universitetet i Oslo i 1943 og tok norsk praktisk teologisk eksamen i Uppsala i 1944, før han dro til England, hvor han var feltprest for det norske luftforsvaret.