Han var president i Guatemala i perioden 14. januar 1986 til januar 1991 etter det satt han i den guatemalanske Kongressen. I presidentvalget den 3. november 1985 fikk Cerezo først 38,6% av de samlede stemmene, og i den andre runde 8. desember vant han over motkandidaten Jorge Carpio, da han fikk 68,4% av stemmene.