I de siste år av sitt liv ble Aristoteles uenig med Aleksander om forholdet til persere og Persia. Da Aleksander døde i 323 f.Kr. begynte anti-makedonske holdninger å gjøre seg gjeldende i Aten igjen. I år 322 f.Kr. skal Demofilos og Eurymedon ha angitt ham som kjetter, slik at han forlot byen til fordel for morens eiendom i Khalkis, hvor han døde samme år. Han utnevnte sin elev Antipatros som litterær testamentator.