Etableringen av kommandoenheten skjedde 1. juni 1941 i Stavanger-Forus i det tysk-okkuperte Norge, basert på den tidligere stab fra Zerstörergeschwader 76. Primæroppgaven til Jagdfliegerführer var den operative ledelsen av jagerflyavdelingene stasjonert i Norge. Opprinnelig var Jagdfliegerführer underlagt Fliegerführer Nord, senere Luftflotte 5 eller den kommanderende generalen for det tyske Luftwaffe i Norge. Den 16. mars 1945 ble tjenestestillingen forent med staben til Jagdgeschwader 5. Etter Wehrmachts betingelsesløse kapitulasjon 8. mai 1945 ble kommandoenheten til Jagdfliegerführer Norwegen oppløst.