Syrovýs første regjerings fall den 4. oktober 1938 var et resultat av at den slovakiske ministeren Matúš Černák hadde søkt avskjed etter at hans ultimatum om slovakisk selvstyre ikke hadde blitt oppfylt. Som følge av dette utnevnte Syrový en ny regjering hvor han fortsatte som forsvarsminister og statsminister. Da president Edvard Beneš søkte sin avskjed den 5. oktober overtok Syrový noen av presidentskapets plikter (i samsvar med den tsjekkoslovakiske grunnloven) inntil Emil Hácha ble valgt til president den 30. november 1938.