Adams fire år som president (1797–1801) ble markert av gjennomføringen av loven om fremmede og oppvigleri som gjorde føderalistpartiet upopulært og førte til fraksjoner innenfor selve partiet. Adams og Hamilton ble fremmedgjort for hverandre og medlemmer i Adams regjering begynte å se til Hamilton fremfor presidenten som deres politiske sjef. På den tiden var USA trukket inn i europeiske militære affærer som XYZ-affæren. Adams forpliktet seg på å utsette krig med Frankrike i stedet for å bøye seg for den militante ånden som ble ført frem av disse hendelsene, mot viljen til Hamilton og hans tilhørere, som til slutt ble utspilt i kvasikrigen.