Økosystemet i Aralsjøen og elvedeltaene som munner ut i den er nesten fullstendig ødelagt, både på grunn av inntørkingen i seg selv, men ikke minst på grunn av det sterkt økte saltinnholdet i sjøen. Det opprinnelige saltinnholdet lå på rundt 9 g/l (gram per liter = 0,9 % = 9 ‰; 1960). Innen 1980 hadde det allerede nådd 16,5 g/l og på midten av nittitallet var det økt til 30 g/l. I 2003 ble det i det vestlige bekkenet av Sør-Aral målt et gjennomsnittlig saltinnhold på over 75 g/l, og i det østlige bekkenet over 150 g/l. I Nord-Aral var saltinnholdet imidlertid bare 20 g/l. Til sammenligning er saltinnholdet i Østersjøen ca. 9 g/l, i vanlig sjøvann typisk rundt 35 g/l, og Dødehavets saltinnhold varierer mellom 300 og 350 g/l.