Flosse var motstander av å gjenoppta atomprøvesprengninger i Fransk Polynesia, med bøyde av for president Jacques Chirac da han i 1995 bestemte seg for å foreta en serie prøvesprengninger. Tahoeraa huiraatira og Flosse ga pragmatisk støtte til prøvesprengningene som middel til å få mer ut av Paris. Dette medførte også at Flosse fikk en regional diplomatisk rolle på vegne av Frankrike, der han reiste rundt i regionen for å forsvare prøvene og med tilbud om fransk bistand. Da Frankrikes atomprøvesprengninger i Fransk Polynesia opphørte i 1996, kjempet Flosse for økte overføringer fra Frankrike som kompensasjon for redusert aktivitet. Fransk Polynesia og Frankrike inngikk en framskrittspakt. Fransk Polynesia fikk også mer omfattende selvstyre.