Påtalemakten i Berlin etterforsket mellom 1963 og 1968 Six for medvirkning til folkemord. Etterforskningen ledet ikke til noe fordi hans advokat overbeviste rettsvesenet om at Six hadde for svak helse til rettssak. Six slo seg sent i livet ned i komfortable omgivelser i Kaltern, Syd-Tirol der han ifølge Hachmeisters biografi døde 9. juli 1975 i Bozen (Bolzano, Italia). Six' aktiviteter etter Eichmann-saken er for det meste ukjent.