Eckhel var medlem av jesuittordenen, fra 1774 sjef for antikk avdelingen til det keiserlige myntverket i Wien. Eckhels fremste verk er (8 bind, 1792-98), der et virkelige grunnlag ble lagt for studiet av antikk numismatikk. Eckhel kan ved dette betegnes som en av den vitenskapelige numismatikkens grunnleggere.