Robotens filming avslører Liquids planer om å ødelegge Patriotenes AI-kjerne med et atomangrep med Metal Gear REX, en enorm Metal Gear som er pansret, før han skal bytte den ut mot sin egen for å få kontroll over systemet. For å gjøre dette, trenger han et kjernefysisk stridshode som han finner i Shadow Moses-fasilitetene. Snake infiltrerer Shadow Moses-øya og kommer frem til REXs hangar hvor han blir overfalt av Vamp med Naomi ved sin side. Raiden hjelper Snake og dreper Vamp, og Naomi avslører at har kreft og at nanomaskinen hennes er det eneste som stopper kreften fra å ta livet av henne. Hun sier også at hun er så tynget av sine feil, og tar livet av seg ved å ødelegge nanomaskinen slik at kreften dreper henne. Snake og Raiden bruker REX for å komme seg ut av hangaren, og når de nærmer seg havnen ankommer Liquid med , en kolossal ubåt som er klar til å oppfylle hans planer om utskytning. Før utskytningen starter ankommer USS Missouri og starter med å beskyte og tvinger ubåten i retrett. Ombord i gir kaptein Mei Ling ordre om å avskjære , og i det ubåten bryter med overflaten for å skyte ut atombomben, blir Snake, Meryl og Johnny skutt over til ubåtens dekk av katapulter. Fiender stormer mot dem, men Meryl, Johnny og Raiden holder dem tilbake. Når Snake når kjernen, bruker han Otacons robot til å slå ut AI-kjernen med et datavirus. Viruset gjør mer enn det egentlig ble programmert til å gjøre takket være Naomi og Sunnys deltakelse i utviklingen: ikke bare slår det ut Liquids AI, men også Patriotenes system som kontrollerer hele verden. Ødeleggelsen av Patriotenes system stagnerer den økende krigsøkonomien, motvirker deres system for kontroll av sivile, og forårsaker mentalt sammenbrudd for de fiendtlige soldatene. Snake besvimer i rommet, og våkner på toppen av , og en episk kamp mellom ham og Liquid begynner. Etter at kampen er over, forsoner Meryl seg med sin fraskilte far, Campbell, og gifter seg med Johnny. I bryllupet avslører Drebin hans fortid som barnesoldat og hans rolle i Patriotenes ordning, og han avslører også at Meryl og troppen hennes har vært uvitende om at de har blitt brukt av Patriotene, men at de og Drebin nå endelig er frie. Otacon bestemmer seg for å la Sunny leve et normalt liv som normale barn etter å ha sett henne være så glad for å være utenfor flyet de vanligvis bor i, og Raiden forener seg med Rose når han hører at hennes forhold til Campbell bare var et dekke for å beskytte Raidens familie mot Patriotene.