I 1308 ble den gamle ordningen med lendmann fra kongens hird avskaffet, og fylkesinndelingen ble erstattet av en sysselinndeling. I senmiddelalderen og i unionstiden med Danmark frem til 1660 ble sysselordningen gradvis avløst av et system med len. Bergenhus len var en administrativ enhet (len) som omfattet Vestlandet og Nord-Norge, med Bergen som administrasjonsby og eksporthavn. I 1662 falt lensordningen bort og Bergenhus hovedlen ble til Bergenhus stiftamt. Bergenhus stiftamt , senere Bergen stiftamt, fungerte som en administrativ enhet (stiftamt) i tiden 1669-1918. Bergenhus geografisk utbredelse tilsvarte dagens Hordaland, Sogn og Fjordane og Sunnmøre. Administrasjonen i Bergen fungerte også som hovedamt for Nordlandenes amt (Nordland og Troms) frem til 1685, da dette ble overført til Trondhjems stiftamt. I 1763 ble Nordre Bergenhus amt skilt ut som eget underamt. Resterende Bergenhus amt fikk navnet Søndre Bergenhus amt i 1766. I 1831 ble Bergen amt skilt ut fra Søndre Bergenhus amt. Begrepene og ble erstattet med og 1. januar 1919. I 1972 ble Bergen fylke innlemmet i Hordaland fylke.