Først i 1858 tok Jacoby opp igjen sin politiske virksomhet. Han hevdet da at dersom Preussen skulle bli en rettsstat, måtte de militære og adelige strukturene (junkerstaten) først bli oppløst. For dette ble han dømt til seks måneders fengsel. I fengselet skrev han en ny bok, der han bekjente seg til Spinozas filosofi.