Syv år senere våkner en eldre Link i et eterisk rom, og han blir møtt av en gammel vismann kalt Rauru. Han informerer Link om at sjelen hans ble forseglet i syv år til han ble gammel nok til å håndtere Master Sword og bekjempe Ganondorf. Rauru er den eldgamle Sage of Light, en av de syv vismennene som beskytter tilholdsstedet til Triforcen. De syv vismennene er i stand til å fengsle Ganondorf i Sacred Realm. De seks andre vismennene er imidlertid uvitende om sine identiteter siden Ganondorf har transformert Hyrule til et mørkt land fullt av gjenferd. Link returnerer til Hyrule og blir møtt av den mystiske Sheik som veileder ham i å fjerne Ganons monstre fra fem templer, slik at kraften fra templene kan vekke vismennene.