Alt den første sesongen, 1959, vant fotballaget til IL Vega sin avdeling i daværende 3. divisjon. De vant kvalifiseringen om opprykk mot IK Grand, og møtte blant andre SFK Bodø/Glimt i 2. divisjon året etter. Men det ble med bare én sesong i den divisjonen, IL Vega greide ikke å hevde seg, og rykket rett ned igjen.