Greenes brev i oktober 1775 og januar 1776 til Samuel Ward som da var en delegat fra Rhode Island i kongressen, talte for en uavhengighetserklæring. 9. august 1776 ble han forfremmet til en av de fire nye generalmajorene og fikk kommandoen over den kontinentale armés styrker på Long Island. Han pekte ut stedene som skulle befestes og bygde fortene og festningsverkene til Fort Putnam (stedet til dagens Fort Greene) øst for Brooklyn Heights. Alvorlig sykdom forhindret ham fra å delta i slaget ved Long Island.