Han ble gift i 1626, og fikk 12 barn, hvorav kun to sønner. Den ene, Jens Samuelsen Bugge, ble gift med Christine Dorothea Skjelderup Bugge, datter av Jens Pedersen Skjelderup, biskop i Bergen. Jens Bugge ble sogneprest i Leikanger i 1658, 27 år gammel, og frem til han druknet i Sognefjorden på tjenestereise til Fresvik. Etter hans død tok sønnen Samuel Bugge over som sogneprest i Leikanger.