De siste dagene av hans presidentskap var preget av Dreyfus-saken, som Faure var fast bestemt på skulle anses «chose jugée» (rettskraftig). Under høringene døde han imidlertid, av apopleksi, visstnok i armene på sin elskerinne, Marguerite Steinheld, som måtte geleides ut en bakdør i presidentpalasset, før legene ankom.