Brennpunktet var Djeser-Djeseru, eller «det helligste av det hellige», en søylestruktur av perfekt harmoni som ble reist bortimot tusen år før greske Parthenon ble bygget. Djeser-Djeseru står på toppen av en rekke terrasser som en gang ble prydet av frodige hageanlegg. Djeser-Djeseru er bygget inn i en bratt klippe som stiger bratt over den. Djeser-Djeseru og andre av Hatshepsuts bygninger ved Dayr al-Bahri er betraktet som betydelige arkitektoniske nyskapninger. En annen av hennes store byggeprestasjoner er Hatshepsuts nål, en obelisk i granitt.