Delt i krigførende klaner var albanerne ikke i stand til å hindre at deres land ble okkupert av fremmede. Serberne okkuperte deler av nordlige og østlige Albania mot slutten av 1100-tallet og erobret Shkodër på 1180-tallet. I 1204, etter at vestlige korsfarere hadde herjet Konstantinopel vant Venezia delvis kontroll over sentrale og sørlige Albania og Epirus-området i nordlige Hellas og tok Durras i besittelse. En prins fra det styrtede bysantinske keiserfamilien, Mikael I Komnenos Doukas, fikk en allianse med de albanske høvdingene og drev venetianerne fra sørlige Albania og nordlige Hellas, og i 1204 grunnla han et uavhengig bysantinsk rike, Despotatet Epirus, med Janina (i dag Ioannina) som hovedstad. Hans etterfølger, halvbroren Teodor Komnenos Doukas, fikk et forlik med de albanske høvdingene i 1216, slo tilbake et angrep på Durras i 1217 av vestlige korsfare og venetianske skip, og vendte sine soldater østover før han ble beseiret i 1230 av det revitaliserte bulgarske riket ved Ivan Asen II.