Han delte ikke krigsministeriets holdning til hvordan krigen skulle føres og hadde flere sammenstøt med ministeriet. Han var imot å forsvare Dybbøl Banke, men ble beordret fra ministeriet til å holde skansen. Etter tapet av Dybbøl-stillingen, forberedte Gerlach seg på å føre forsvaret videre fra Fredericia, men ble av krigsminister C.C. Lundbye beordret til å evakuere Fredericia. Gerlach forsøkte å få endret denne beslutningen, men han ble fratatt kommandoen, som i stedet gikk til general P.F. Steinmann.