Biskop Eisenbach fratråde embetet som hjelpebiskop i Mainz den 16. april 2002, og ledet menighet i Bad Wimpfen fra desember 2002 til november 2011. Han arbeidet der som sokneprest til mai 2013. Siden fortsatte Franziskus Eisenbach å bor i Bad Wimpfen som pensjonert prest, hvor han tjente som ved den lokale kollegialkirken til sin død.