Området som utgjorde Skagway-Hoonah-Angoon var en del av folketellingsområdet Skagway-Yakutat-Angoon frem til Yakutat-området ble organisert i 1992. I 2007 ble området rundt byen Skagway organisert i en egen bykommune, og det gjenværende uorganiserte området fikk sitt nåværende navn.