Etter å ha fullført sin teologiske utdannelse ved St. Francis College i Brooklyn og ved Immaculate Conception Seminary i Huntington, ble Emil Wcela ordinert til prest for bispedømmet Brooklyn den 19. mars 1960. Han virket først ved Church of Mary Regina i Seaford og var fra 1959 latinlærer ved St. Pius X. forberedende seminar. Samtidig var Wcela kapellan for Newman Club ved Hofstra University i Hempstead på Long Island. Etter å ha studert klassisk filologi ved Fordham University i New York, fortsatte han ved Catholic University of America i Washington, D.C. for semittiske studier og teologi i 1961. Deretter ble han sendt til Det pavelige bibelinstitutt i Roma og École biblique et archéologique française de Jérusalem for studier av De hellige skrifter.