På Anfield ble Henchoz en fast spiller i startelleveren under hans fem og et halvt år lange opphold på Merseyside. Han viste seg å være en veldig god signering og var populær blant Liverpool-fansen. Han dannet et effektivt og godt midtstopperpar sammen med Sami Hyypiä. Dette partnerskapet spilte en viktig rolle i Liverpools historiske i 2001.