De første spanjolene viste seg i 1523, men i 1529 kom den blodtørstige erobreren Nuño de Guzmán til vestre Mexico og drepte, plyndret og torturerte urfolket i sin tørst etter rikdommer. Han erklærte også området for å være en egen koloni, Nueva Galicia, som fikk en fristilt stilling i forhold til Mexico by. I 1538 ble han imidlertid hjemkalt til Spania på grunn av sine grusomheter. I 1542 ble Guadalajara grunnlagt på sitt nåværende sted, noe som førte til en umiddelbar oppblomstring av området, og byen var en av de største i Mexico allerede da. Landsbygda blomstret på grunn av jordbruk og kveghandel, og kirken oppmuntret til håndverk og småindustri for å sysselsette fattige.