Tross en fortsatt drepende undervisningsaktivitet, startet Bayle nå for alvor sin karriere som forfatter, og i perioden som fulgte gav han i rask rekkefølge ut (1682), (1682), (1685) og (1686). Opphevelsen av ediktet i Nantes i 1685 var en skjellsettende hendelse i Bayles liv, for ham et eksempel på en intolerant, og i både moralsk og logisk forstand absurd avgjørelse. Det filosofiske grunnlaget for motstanden mot den katolske forfølgelsen la han fram i (1688), en klassiker i litteraturen om toleranse.