Den 28. mai 1945 ble Werner Heyde tatt til fange av britiske soldater og plassert i interneringsleiren Frøslev i Danmark. Senere samme år ble han ført til Frankfurt am Main. I 1947 ble han innkalt som forsvarsvitne ved Legeprosessen i Nürnberg. Ved transporten fra Nürnberg tilbake til Frankfurt rømte Heyde og gikk under jorden. Han tok det fingerte navnet og ble i 1949 ansatt som idrettslege i Flensburg.