Han ble født den 5. september 1840 i foreldrenes bolig på Gammeltorv i København, og gitt navnet Troels Frederik Lund. Faren var fullmektig i Nationalbanken, senere justisråd, Henrik Ferdinand Lund. Hans mor var Anna Cathrine Lund. Troels Lund var den yngste i en barneflokk på syv. Han hadde to brødre og fire halvsøsken fra farens tidligere ekteskap med Søren Kierkegaards søster Petrea Lund (død 1834).