Småflaggermus orienterer seg med ekkolokalisering og er helst nattaktive, flygehunder har imidlertid godt syn. Bare unntaksvis kan man se flaggermus fly på dagtid. Om dagen gjemmer de seg vekk i sprekker, grotter samt huler, selv om noen arter også er dagaktive. Dette er helst tropiske arter. Flaggermus hviler hengende etter bakbeina, med hodet vendt nedover. Dette gjør at de kjapt kan komme på vingene.