Omkring 1860 gjennomdaget de britiske forskere James Augustus Grant og John Hanning Speke kilden til Nilen. På samme tid begynte den europeiske kolonialisering av Øst-Afrika. Samuel Baker avviste de tidligere legender om at det indre Afrika var et sted med utbredt kannibalisme. De første europeerne som slo seg ned i området, var katolske og protestantiske misjonærer. De håpet på å omvende/døpe store befolkningsgrupper til kristendom på kort tid, mens islam fortsatt ikke hadde ordentlig fotfeste.