Havs- och vattenmyndigheten tok ved etableringen over et antall oppdrag fra Naturvårdsverket som berører hav- og ferskvannspørsmål og mange av det tidligere Fiskeriverkets oppdrag. Myndigheten skal innenfor sitt ansvarområde være pådrivende, støttende og samlende ved gjennomføringen av miljøpolitikken og jobbe for en bærekraftig forvaltning av fiskeressursene. Myndigheten har ansvar for rapportering om badevannkvaliteten på EU-badene.