I disse stillinger koordinerte han internasjonalt vitenakapelig samarbeide mellom historiker- og vitenskapsakademier som beskjeftiget seg med kirkehistoriske emner. Det dreide seg da ikke mindst om viktige forhold som tilfellet Galileo Galilei og om Konsilet i Konstanz og om Første Vatikankonsil. Brandmüller holdt foredrag ved instituttet for universalhistorie ved det russiske vitenskapsakademi i Moskva, ved Accademia Nazionale dei Lincei i Roma og ved Deutsches Historisches Institut Paris i Paris.