Kleutgen fikk en dominerende innflytelse over utformingen pave Leo XIIIs encyklika (1879), hvorved Thomas Aquinas' teologiske tilnærming ble gjort til hovedobjekt for innrammingen av alle studier i katolske skoler og seminarer. Kleutgen gikk med ettertrykk inn for en revitalisering av den hl. Thomas lærer, nythomismen, men og også av skolastikken i sin alminnelighet, nyskolastikken.