Per Lønning ble student i 1946, og tok teologisk embedseksamen allerede som 21-åring med innstilling til Kongen. Senere fulgte stipendieopphold i Danmark, Frankrike, Vest-Tyskland, USA og Sveits. Han tok doktorgraden i teologi ved Universitetet i Oslo i 1955 om Søren Kierkegaard og doktorgraden i idéhistorie samme sted i 1959 om Blaise Pascal.