På 1800-tallet ble Iona gitt til Den skotske kirke som da tok på seg omfattende gjenoppbygging av stedet. I 1938 ledet pastor George MacLeod en gruppe dedikerte som gjenoppbygde klosteret og dannet Ionasamfunnet. Denne økumeniske kristne samfunnet fortsatte å benytte stedet fram til den dag i dag.