Når en person oppsøker et legekontor med hodepinesymptomer som tyder på kronisk daglig hodepine, vil legen foreta en grundig klinisk historievurdering, med sikte på å skille kronisk daglig hodepine fra andre mulige hodepinediagnoser. Siden noen årsaker til hodepine kan være livstruende og krever akutt behandling, er det er viktig først å utelukke disse tilstandene (røde flagg). Først når diagnosen kronisk daglig hodepine er stilt, vil legen avgjøre om diagnosen er én av de tre tilstandene uten medisinoverforbruk eller medisinoverforbrukshodepine.