I mai 2001 ble Keegan utnevnt til manager i . Han klarte å få laget opp til Premier League. Han ble erstattet i 2005 av Stuart Pearce. Keegan har siden den gang bodd i utkanten av Glasgow, og han uttalte i mars 2007 at han var ferdig med fotball for godt. 16. januar 2008 ble han likevel ansatt av sin tidligere klubb , men han sluttet senere på året.