Floridamanat lever i yttergrensen for manatens naturlige miljø og den migrerer når temperaturen i vannet synker til under 20 °C. På helårsbasis lever den i Florida, opp til Georgia, men den streifer opp til Virginia på varme somre. Vestover finnes dyret i Everglades nasjonalpark nasjonalpark, sporadisk helt til Louisiana. Om vinteren samler manatene seg ofte nær kraftverk og naturlige varmekilder som holder vannet varmt. Flere kraftverk er i ferd med å bli stengt, og den amerikanske staten ved U.S. Fish and Wildlife Service prøver nå å finne andre måter å varme vannet på for manatene. Når floridamanaten er truet er det særlig fordi naturlige leveområder forsvinner, og fordi de blir skadd i kontakt med båter og lignende.