Den andre sesongen følger J.D. sitt andre år med å praktisere medisin ved Sacred Heart Hospital, hvor Elliot, Turk, og han nå er bosatt. Etter hvert som sesongen utvikler seg, påvirker økonomi dem - spesielt for Elliot, etter at faren hennes nektet å betale hennes utgifter lenger. J.D. har en eldre bror Dan (spilt av Tom Cavanagh) som kommer på besøk i løpet av sesongen. Det samme gjør Turks bror Kevin. Sesong to fokuserer på de romantiske forholdene mellom hovedpersonene: Turk ønsker å gifte seg med en ubesluttsom Carla, som er i tvil og lurer på om Turk er moden nok. Elliot er i et forhold med en sykepleier Paul Flowers (spilt av Rick Schroder) og Dr. Cox går ut med Julie (spilt av Heather Locklear) før han igjen begynte et forhold med sin gravide tidligere kone Jordan.