Bruk av bioteknologi i matproduksjon går langt tilbake. Sumererne og babylonerne benyttet seg av gjær og malt til å lage fermenterte drikkevarer som øl men bruken går sannsynligvis enda lengre tilbake. Oppfinnelsen av mikroskopet tillot menneskeheten å oppdage mikroorganismer som ville bli brukt i matproduksjon. I 1871 oppdaget Louis Pasteur at å varme opp plantesaft til visse temperaturer tok livet av skadelige bakterier, som hadde innvirkning på vin og fermentering. Pasteurisering ble også senere brukt i produksjon av melk, for å gjøre den tryggere.