Niebel var først medlem i Junge Union og Christlich Demokratische Union, men gikk ut i 1981. I 1990 meldte han seg inn i Freie Demokratische Partei. Han har vært kommunalpolitiker i Heidelberg. Han var medlem av Forbundsdagen fra 1998 til 2013, da FDP falt ut av parlamentet. Niebel ble i 2005 generalsekretær for FDP, en post han hadde til 2009.