Folkemengden visste at Lavoisier var mannen bak muren, og han skyndte seg å forsikre dem om at han stod på de revolusjonæres side. Han ledet fabrikkene som forsynte de revolusjonære med krutt, og fikk Vitenskapsakademiet til å fjerne de dyre gobelinene i Louvre. Som medlem av akademiet hadde han lagt seg ut med en lege fra Sveits, Jean-Paul Marat, som hadde ønsket hans vurdering av et apparat legen hadde konstruert til å påvise varmen over toppen av en flamme eller fra issen på et menneske (testet ut over Benjamin Franklins skallede hode). Lavoisier avviste imidlertid oppfinnelsen, fordi den ikke kunne gi presise måleresultater.