Opprørets nederlag førte til store mengder av dunganer flyktet til Det russiske keiserdømmet, dagens Kasakhstan og Kirgisistan. Før krigen hadde Shaanxi hatt en befolkning på omtrent 13 millioner, hvorav minst 1 750 000 dunganer. Etter krigen var befolkningen falt til sju millioner, og 150 000 hadde flyktet. Xi'an, Shaanxis hovedstad, var dunganenes hellige by før opprøret. I Shaanxi falt den muslimske befolkningen med over 90%. Mellom 1648 og 1878 ble rundt tolv millioner hui- og hankinesere drept i mislykkede opprør.