Øygruppen er plassert mellom de tre tektonisk plater: eurasiaplaten, den nordamerikanske platen og den filippinske platen. Denne plassering har gitt Japan mange fjell, 160 vulkaner og cirka 3 000 varme kilder. Det gjør Japan også hyppig utsatt for jordskjelv, vulkanutbrudd og tsunamier. Dette forsaker også større naturkatastrofer som jordskjelvet ved Tōhoku den 11. mars 2011, som forårsaket store ødeleggelser i Tōhoku-regionen.