Fennek er av kromosommessige årsaker vanskelig å plassere i systematikken. Den ble tidligere klassifisert under det vitenskapelige navnet , men klassifiseres nå som en art. Fennek har imidlertid et betydelig større antall (64) diploide kromosomer enn de andre artene i denne slekten. Til sammenligning har rødrev (som har færrest) kun 36 kromosomer (Wayne, 1997).