Andre gang Marie Fredriksson giftet seg var i 1994 med musikeren Mikael Bolyos (født 1957). Hun fikk to barn med ham, en datter (født 1993) og en sønn (født 1996). Familien var bosatt i et hus på Djursholm. Hun var gift med Mikael Bolyos til sin død i 2019, forårsaket av en hjernesvulst, diagnostisert 2002.