Etter press fra det militære gikk Necmettin Erbakan av som statsminister i juni 1997 (Erbakan var Erdoğans mentor). Hendelsen i 1997 innebar ikke voldshandlinger og kalles et postmoderne kupp. Etter statskuppet i 1997 uttalte daværende president Suleyman Demirel at militæret er Tyrkias dype stat. Generalene ønsket å kvitte seg med Erdoğan som da var ordfører i Istanbul. I desember 1997 i byen Siirt fremførte Erdoğan et islamsk-klingende dikt skrevet av Ziya Gökalp hvorpå Erdoğan ble dømt til 10 måneder i fengsel for å skape religiøst hat og utestengt fra politikk. Kuppet og arrestasjonen var avgjørende for Erdoğan: Han og hans støttespillere konkluderte med at en tradisjonell islamistisk bevegelse ville være fåfengt. De ville tale for flertallet av tyrkere uten å insistere på at religionen skulle ha en spesiell plass i samfunnet; landets nye ledere kunne være fromme muslimer samtidig som landets sekulære system ble opprettholdt. De mest ytterliggående islamister ble utestengt fra AKPs ledelse.