Denne grunne terskelen i fjordmunningen gjør at fjordene er roligere enn det åpne havet, og fjordene er dermed ofte naturlige havner. Ulempen med fjordterskelen er den hindrer utskiftningen av vann, noe som gjør at for eksempel forurensning ofte blir værende i fjorden i lang tid. Det er derfor viktig at kloakk og annen forurensning ikke slippes ut i fjorder. Sidefjorder og fjorder med ekstra trangt og grunt innløp (poller) er ekstra sårbare og kan få bunnvannsforgiftning selv uten menneskelig påvirkning.