Under krigen begynte Robinson å arbeide med det juridiske grunnlaget for rettsoppgjør mot nazistene og erstatning for skadene de hadde påført. Han arbeidet med disse nye ideene sammen med sin yngre bror Nehemiah og det ga viktig bidrag til Claims Conference samt til Nürnbergprosessen. Jacob Robinson argumenterte i lang tid blant annet overfor amerikanske myndigheter om at definisjonen av krigsforbrytelse måtte utvides til å omfatte nazistenes forfølgelse av jøder som helhet. Han mente at det jødiske folket måtte betraktes som et kollektivt offer for nazistene uten hensyn til jødenes statstilhørighet.