Guilford sluttet å drive Pan Am 1. november 2004 men driften ble overført til Boston-Maine Airways som gjenopprettet flyruter med 727-fly med Pan Ams «Clipper Connection» merke fra 17. februar 2005. I august 2005 ble det satt igang føderal etterforskning omkring falske regnskapstall fra Boston-Maine Airways og dette stanset Pan Ams planer om videre utvidelse av flyflåten og rutenettverket. Samtidig hadde flygerforeningen erklært selskapet som uskikket for drift og ba det amerikanske samferdselsdepartement om å nekte selskapet tillatelse for videre utvidelse. Selskapet erklærte senere at den ville innstille alle avganger fra 6. september til 6. november på grunn av høyere drivstoffpriser og lavere bestilling. Midt i oktober stanset selskapet alle 727 flygninger på ubestemt tid fra flere av flyplassene den betjente, inkludert hjemmebasen i Portsmouth, New Hampshire.