I sine unge år var Luzzaschi elev av den flamske komponisten Cipriano de Rore. I 1564 ble han førsteorganist og i 1571 ved hoffet til hertugen av Ferrara, Alfonso II d'Este. Han må ha vært en formidabel klaviaturspiller, for ferdighetene ved Nicola Vicentinos mikrotonale er dokumentert gjennom hele karrieren. Etter at Alfonso døde og hertugfamilien flyttet til Mantova, ble Ferrara innlemmet i Kirkestaten, men Luzzaschi ble værende i byen hele livet. Han fungerte også som kapellmester ved byens domkirke, uten at det er kjent om han fikk denne posten før eller etter hertugfamilien flyttet.