Han er kjent for sitt brennende engasjement i diverse veldedige stiftelser, blant annet «Make A Wish»-foundation og «Boys & Girls Clubs of America». Dessuten etablerte han, i 1991, et college-fond for barna til en fan som ble truffet og drept av lynet. Dette skjedde under turneringen på Crooked Stick Golf Club, Indiana, hvor han vant sin første seier som profesjonell. Daly kalte til seg kona og de to døtrene til den drepte etter turneringen, og sa at han ville hjelpe dem økonomisk ved å opprette et college-fond for barna. Kona takket, men har senere innrømmet at hun ikke trodde så mye på lovnadene. Men en uke senere trodde hun på dem. Da fikk hun tilsendt en sjekk på $30 000, med hilsen; John Daly.