Denne anerkjennelse bidro til at han samme år ble kallet til et professorat ved «Gewerbeakademie» i Berlin, det som idag er Technische Universität. Men Christoffel hadde vanskeligheter i sin nye stilling i konkurranse med det mer anerkjente universitetet i byen. Så da universitetet i Strassbourg skulle reorganiseres etter den fransk-prøyssiske krigen 1870-1871, aksepterte Christoffel oppgaven med å bygge opp i nytt og moderne institutt for matematikk der i byen. Han lyktes med dette på samme måte som tidligere i Zürich samtidig som han selv bidro aktivt til forskningsaktiviteten.