I 1996 opprettet den amerikanske Kongressen Presidio Trust til å overvåke og administrere 80% av parkens landområde. National Park Service administrerer resten. kystområdene som utgjør 20%. Som en første-av-sitt-slag organisasjon, ga Congressen Presidio Trust manat til å gjøre Presidio økonomisk selvforsynt innen 2013, noe den oppnådde åtte år forut for den fastsatte fristen.