I 2001 flyttet han til Norge igjen for å trene Molde Fotballklubb. I sin første sesong misset laget i siste serierunde og ble nummer fem. Dermed rotet laget bort en sikker UEFA-cupplassering. Året etter fulgte laget Rosenborg til døren i serien, men endte til slutt på andreplass seks poeng bak Rosenborg. Molde hadde dårlig uttelling i cupen under Bengtsson. I 2001 hadde laget tapt mot Bryne Fotballklubb i tredje runde, og i 2002 tapte de mot 2.-divisjonslaget Hødd i en tidlig runde.