Böhmen og Mähren er skilt av lave åser (Det böhmisk-mähriske høylandet) som danner vannskillet mellom Elbens og Donaus nedbørsfelt. Tsjekkia er omgitt av Sudetene i nord, Erzgebirge (Krušné hory) i nordvest og Böhmerwald (Šumava) i sørvest. Slovakia og Tsjekkia er adskilt av deler av Vest-Karpatene. Disse fjellene eller åsene er naturlige grenser, men har mange pass og elvefar som skaper forbindelse til nabolandene. Elben renner mot nordvest gjennom en trang kløft i Elbsandsteinsgebirge til Sachsen. Elven Morava renner sørover gjennom Mähren og munner ut i Donau nær Bratislava. De beste jordbruksområdene ligger nord i Böhmen og i Moravabekkenet. Tsjekkia har viktige mineralforekomster og bergverk har siden middelalderen vært en viktig næringsvei med forekomster av blant annet sølv, gull, kobber, tinn, jernmalm, grafitt og bly samt viktige forekomster av steinkull (særlig ved Ostrava og Plzen) og brunkull. Kutná Horas store sølvforekomster ble utnyttet fra middelalderen og inngikk i mynten som ble akseptert over hele Europa (verket ble stengt i 1726).