I løpet av de neste århundrene ble makten til keiseren og det keiserlige hoff gradvis redusert og overtatt av militære klaner og deres hærer av samuraikrigere. Minamoto-klanen under Minamoto no Yoritomo sto igjen som seierherre etter Genpei-krigen i 1180–85. Etter å ha tatt makten satte Yoritomo opp sin hovedstad i Kamakura og tok tittelen som . I 1274 og 1281 sto riket imot forsøk på invasjoner fra mongoler, men i 1333 ble det veltet av en rival som ble begynnelsen på Muromachi-perioden. I løpet av denne epoken begynte regionale krigsherrer kjent som å få økt makt på bekostning av shogunen. Til sist havnet Japan i en periode med innbyrdeskrig. I siste del av 1500-tallet ble Japan på nytt gjenforent under lederskapet til daimyō Oda Nobunaga og hans etterfølger Toyotomi Hideyoshi. Etter Hideyoshis død i 1598, kom Tokugawa Ieyasu til makten og ble utnevnt til shogun. Hans , som ble styrt fra byen Edo (dagens Tokyo), var en fredfylt og framgangsrik periode kjent som edo-perioden (1600–1868), eller Tokugawa-shōgunatet. Denne tidsepoken påførte et trengt klassesystem på det japanske samfunnet og isolerte seg fra all kontakt med verden utenfor Japan.