Fra øst innkommer til Waverley Station fjerntrafikk fra England langs East Coast Main Line og regiontrafikk fra Newcraighall og North Berwick. Til 1969 og etter gjenåpningen i 2015 gjelder det også tog på Waverley Line. Fra vest mottar stasjonen tog på en sidegren fra West Coast Main Line – som direkte tog fra Aberdeen til Bournemouth eller Manchester – og dessuten ell annen trafikk fra Skottland, som fra Glasgow Central og Glasgow Queen Street.