Ved iverksetting av sin etnisk baserte politikk møtte den tyske okkupasjonsmakten utfordringer med definisjon av nasjonalitet eller etnisitet. Særlig forvirrende var «amfibiene», tyske antropologers betegnelse på personer som lett kunne bytte offisiell etnisk tilhørighet eller hadde uklar tilhørighet. Før krigen ble disse kalt «germaniserte tsjekkere» eller «tsjekkifiserte tyskere». Etter krigen ble det anslått at omkring etniske tsjekkere hadde registrert seg som tyske borgere under okkupasjonen. I Budweis, en av de etniske mest sammensatte byene i protektoratet, hadde 11 % av de etniske tsjekkerne tatt tysk borgerskap. Vel av innbyggerne i protektoratet var jøder i henhold til Nürnberglovene.