Ganondorf fikk sitt originale navn i spillet I var han som et menneske med det navnet, inntil han ble transformert til monsteret kalt Ganon på slutten av spillet. I noen tilfeller blir derfor Ganon brukt om hans form som et griseliknende vesen, mens Ganondorf blir brukt for hans menneskelige form. I tillegg blir han også i noen spill gitt ekstra titler, slik som «Great King of Evil» (ondskapens store konge) eller «King of Darkness» (mørkets konge). I er han i dyreform kjent som «Dark Beast Ganon» (Ganon, det mørke beistet) og i menneskeform blir han kalt for «Dark Lord Ganondorf» (Ganondorf, mørkets herre). I sin første opptreden i var navnet hans stavet .