Langs Sabahs kyst ligger en rekke øyer og korallrev. I Balabac-stredet, på nordkysten, ligger landets største øy, Banggi. På nordsiden av Bruneibukta ligger Labuan, som utgjør et eget føderalt territorium. Noen av de mindre øyene, som Sipadan og Penyu-øyene, er kjente turistmål.