Noen dyrearter som er avhengig av kaldt vann, vandret inn i Mjøsa i perioden med store bredemte innsjøer rett etter istidens slutt. Det gjelder for de såkalte istidskrepsene: , firetornet istidskreps, trollistidskreps og hoppekrepsen . Til Mjøsa-Storsjø-fiskene som innvandret fra øst hører mort, krøkle, steinsmett, lagesild, vederbuk, brasme, gullbust, laue, hork, karuss, hornulke. Dypvannsfisken hornulke ble ikke oppdaget før i 1978. Røye finnes ikke i Mjøsa, selv om den forekommer i sammenlignbare innsjøer som Randsfjorden og Tyrifjorden. Det kan tenkes at den blir utkonkurrert av andre planktonetere som krøkle, sik og lagesild. Det ble satt ut ål omkring 1900, men det er ikke registrert fangst utenom ål som har blitt tatt i Gausa. Noen av tilløpselvene har kreps.