Etter valget i 2002 takket Tiefensee nei til et tilbud fra Gerhard Schröder om å bli transport, bygnings- og boligminister i den føderale regjeringen. Han begrunnet det med sin sterke tilknytning til Leipzig og sitt arbeide med Leipzigs kandidatur til å få olympiaden i 2012. Han lot seg heller ikke overtale til å stille som toppkandidat ved landdagsvalget i Sachsen i 2004, men deltok likevel i oktober det året i SPDs forhandlingsgruppe ved dannelsen av en ny koalisjonsregjering i Fristaten Sachsen.