Under de søramerikanske uavhengighetskriger stod pater Marieluz på rojalistenes side. Etter de chilensk-argentinske ekspedisjonsstyrker under José de San Martín rykket frem mot Lima i juli 1821 sluttet han seg til den spanske visekonge José de la Serna styrker, som hadde sitt hovedkvarter i Cuzco. Også en onkel av pater Pedro var der, som premierløytnant for en av visekongens gardeenheter.