I 2016 tok Hagen en 6.-plass i det individuelle temporittet i NM, og en sterk 2.-plass i NM gateritt. I fellesstarten samme år kjørte han som lagkamerat for Alexander Kristoff som tok 2.-plass. Året etter kom Hagen på 11.-plass på den individuelle tempoen, 4.-plass i gaterittet, og en sterk 4.-plass på fellesstarten. I 2018-sesongen har Krister Hagen fortsatt den gode utviklingen. Under NM i landeveissykling i Sandefjord tok Hagen 2.-plass i lagtempo sammen med to ryttere fra Stavanger SK, mens han tok en 8.-plass i individuell tempo. Under fellesstarten kom Hagen med i et avgjørende brudd og prøvde å rykke fra mot slutten. Dessverre holdt ikke forsøket helt inn og Hagens brudd ble hentet. Han endte til slutt på 5.-plass.