Spilleren skal kontrollere en karakter kalt Links, og området er delt inn i en over-verden (som Links må krysse ved hjelp av Spirit Tracks) og forskjellige byer og fangehull som han skal reise gjennom til fots. Spilleren veksler mellom å utforske over-verdenen, og utforske byer og fangehull for å gjennomføre spillets hovedhistorie. Men spilleren kan også velge å være med på en rekke frivillige side-oppdrag for å få tak i ytterligere belønninger. I både over-verdenen og fangehullene kan spilleren skrive notater på et kart som hjelpemiddel for å løse forskjellige problemer, og fortsette historien.