Monroe er kanskje best kjent for Monroe-doktrinen som han overleverte i sin tale til kongressen den 2. desember 1823. I den proklamerte han at Amerika skulle være fri for fremtidig europeisk kolonisering og fri fra europeisk innblanding i suverene lands affærer. Den fastslo videre at USA ønsket å forbli nøytral i europeiske kriger og kriger mellom europeiske makter og deres kolonier, men ville regne alle nye kolonier eller innblanding i uavhengige land i Amerika som en fiendtlig handling mot USA. Monroe begynte ikke formelt med å anerkjenne de unge søsterrepublikkene før i 1822, etter å ha sikret seg at kongressen ville stemme for å finansiere diplomatiske utsendinger. Han og utenriksminister Adams ønsket å unngå problemer med Spania før landet hadde gitt fra seg Floridaene, noe som ble gjort i 1821.