Oppdraget ble i hovedsak videreført på 1990-tallet, etter Den kalde krigens slutt, med unntak av vakthold og sikring knyttet til minefelt. I 1994 førte tilleggsoppgaver til bemanning og kystposter og kystmeldestasjoner. Som følge av terrorangrepet 11. september 2001 styrket Forsvaret sin evne til å kontrollere skipstrafikken, blant annet ved hjelp av bordingslag fra SHV, som kunne kontrollere sivile fartøyer i territorialfarvannet. I tillegg ble det lagt økt vekt på evnen til å kontrollere havne- og kaianlegg, ikke minst for å sikre mottak av allierte styrker, og kontrolldykking. Som for Heimevernet for øvrig ble objektsikring og eskortering en prioritert oppgave, der SHV utførte sikring også fra sjøfronten.