Den Pakistanske hæren var fullstendig dominert av Vest-Pakistan, og gikk inn for å stoppe opprøret. Den 25. mars 1971 begynte blodbadet, i løpet av tre dager ble 50 000 sivile bengalere drept av hæren. Ti millioner mennesker måtte flykte til India, og Rahman ble arrestert. Før han ble arrestert kom han med en formell uavhengighetserklæring den 26. mars.