D'Amboise har mottatt mange æresbevisninger og priser. I 1978 ble han kreert æresdoktor ved Bates College. Senere har han blant annet blitt tildelt et MacArthur Fellowship (1990), en Kennedy Center Honors Award, en National Medal of the Arts, en New York Governor's Award og en æresdoktorgrad fra Boston College. Han har også mottatt mange andre priser og utmerkelser for sine bidrag til utdanning innenfor kunst og dans, blant annet en Heinz Award innen kunst og humaniora som han mottok som anerkjennelse for opprettelsen av National Dance Institute.