I 1999 gjennomgikk modellserien en mild ansiktsløftning, mens andre generasjon Mégane ble introdusert i 2002. Denne fikk langt mer oppmerksomhet enn forgjengeren grunnet sitt annerledes design, og var fra introduksjonen tilgjengelig som kombibil med tre eller fem dører, og senere som sedan, stasjonsvogn og cabriolet med ståltak. I 2005 fikk Mégane II en lett ansiktsløftning, som for det meste berørte interiør samt front.