Etter å ha blitt munk i 1959 ble Filaret ordinert til prest i 1961 og til epark (biskop) i 1965, med funksjon som en av de hjelpende biskoper i Moskva. Han overtok samtidig embedet som rektor for Moskvas geistlige akademi. Med tiden virket han dessuten i det kirkelige vitenskapelige forlagsvesen og i dets embede for utenriksanliggender.