Den 15. august 1908 ble to av Hains tre sønner, Peter C. Hains II og Thornton Jenkins Hains, en kjent forfatter, mistenkt for drapet på Wiliam E. Annis i Bayside Yacht Club, Long Island. Rettssakene til brødrene ble en nasjonal nyhetssak. Mens Thorton ble frifunnet i januar 1909, ble Peter dømt for drapet i mai, samme år og sendt til fengselet «Sing Sing». Etter General Hains' appell ble Peter benådet av John Alden Dix, guvernøren av New York i 1911. Peter Hains brukte mye av sparepengene sine på å finansiere forsvaret til sønnene sine.