Rekombinasjon har imidlertid både fordeler og ulemper for artene som gjennomfører den. Ulempen er fremfor alt at bare halvparten av en organismes gener føres videre til neste generasjon. Videre er rekombinasjon (og andre, tilhørende prosesser som partnervalg og paring) kostbare for individet målt i både tid og energi.