I 1945 etablerte Aguirre seg i Frankrike. Baskiske partier og organisasjoner undertegnet Bayonnepakten og ble enige om å føre en samlet kamp mot Franco-styret under den baskiske regjering, som nå hadde hovedkvarter i Paris. Aguirre møtte republikanske politikere i Mexico for å forhandle om opprettelsen av en spansk eksilregjering og gjorde framstøt overfor FNs generalsekretær Trygve Lie angående undertrykkelsen av baskerne. I 1948 deltok han i Europabevegelsens første kongress i Haag. Han fortsatte sitt internasjonale virke for Baskerland ved besøk i Italia, Chile, Argentina, Uruguay, Venezuela og USA.