Ved innføringen av det kommunale selvstyret i 1872 var hele området en del av Norðoya prestagjalds kommuna, som ble delt i 1908. Klaksvík ble utskilt som egen kommune dette året. Etter grenseendringer i de øvrige kommunene ble Mikladals kommuna, Svínoyar kommuna og Húsa kommuna innlemmet i Klaksvík i henholdsvis 2005, 2009 og 2017.