Horthy og familien tilbrakte resten av krigen i husarrest i Bayern der han ble behandlet godt. I mai 1945 ble han tatt i amerikansk forvaring. Horthy selv ble ansett som krigsfange hos de allierte, og sluppet fri i desember 1945. Han vitnet i saken mot Veesenmayer i 1948. Horthy ble ikke tiltalt, og slo seg ned i Portugal. Den Jugoslavske statslederen Josip Broz Tito argumenterte for å tiltale Horthy for det uprovoserte angrepet på Jugoslavia i 1941, og for massakrene ved Novisad i 1942. Horthy mente han ikke hadde noe personlig ansvar for samarbeidet med Hitler og for overgrepene begått av regjeringen i Ungarn.