Spektraloppdagelser av gass fanget i isen på overflaten, er tilleggsbeviser for oksygenatmosfæren. Ozon ble oppdaget i 1996. I 1997 avslørte spektroskopiske analyser diatomiske absorpsjonslinjer av molekylært oksygen – en slik absorpsjon oppstår hvis oksygen er i en tett fase. Den beste kandidaten er molekylært oksygen fanget i is. Dybden av absorpsjonlinjene avhenger av breddegrad og lengdegrad snarere enn overflaterefleksjon – de avtar med økende breddegrader på Ganymedes, mens viser en motsatt trend. Laboratorieundersøkelser har vist at ikke vil samles eller boble, men løses i isen på overflaten ved relativt varme temperaturer på 100 K.