Ulan Bator har sju større universiteter: (mongolsk: , ) ble grunnlagt 5. oktober 1949 med tre fakulteter: pedagogisk, medisinsk og veterinærfaglig. Universitetet fikk senere flere fakulteter, blant andre Det tekniske fakultet i 1959. Universitetet spilte en stor rolle i utdanningen på denne tiden, og etter hvert brøt fakultetene ut av universitetet og dannet egne skoler. Veterinærfaglig brøt ut i 1958 og dannet Instituttet for landbruk. Medisinsk fakultet brøt ut i 1961 og dannet Det medisinske instituttet. Det polytekniske universitetet og Universitetet for humaniora ble begge selvstendige universiteter i 1982. I dag tilbyr universitetet et bredt utvalg av linjeemner: matematikk og informatikk, fysikk og elektronikk, IKT, biologi, geovitenskap, kjemi, samfunnsøkonomi, rettsvitenskap, samfunnsvitenskap, diplomati, fremmedspråk og -kultur, og mongolske studier. Universiteter beskriver seg selv som et ledende senter for vitenskap, utdanning og kultur.