Sovjetunionen tvang Estland til å tillate opprettelsen av militærbaser i oktober 1939 som følge av de hemmelige tilleggene til Molotov–Ribbentrop-pakten med Tyskland. I juni 1940 ble landet fullstendig okkupert, og Sovjetunionen tok full kontroll over styret. Ved «valget» samme år fikk kommunistene flertall i Riksdagen, som anmodet om at landet måtte bli opptatt i Sovjetunionen som Estiske SSR. Det skjedde formelt i august 1940, men anneksjonen ble ikke anerkjent av andre stater enn Tyskland og dets allierte. Mange politikere, militære og intellektuelle ble henrettet eller deportert (se Sovjetunionens deportasjoner fra Estland).