I løpet av sin tid som stormester gav han Żabbar, Żejtun og Siġġiewi på Malta byrettigheter. Det var en vanskelig tid for ordenen. Ferdinand von Hompesch zu Bolheim måtte overgi Malta, som ordenen hadde styrt siden 1530, til general Napoléon Bonaparte da denne gikk i land med en stor styrke i juli 1798 mens han var på vei til Egypt. Ordenens lover forbød krigføring mot kristne, og mange riddere ville ikke kjempe mot franskmennene. Ferdinand von Hompesch zu Bolheim forlot Malta sammen med mange riddere uten kamp. Ordenen hadde senere midlertidig hovedkvarter i St. Petersburg, Trieste og Laibach.