Thomsson var trener for Linköpings FF i 2004 og 2005. Fra 2006 til 2010 var han assistentrener for Åtvidabergs FF. Han var hovedtrener for laget fra 2010 til 2012, og vant Superettan med laget i 2011. I 2012 trente han følgelig laget i Allsvenskan. I 2013 trente han Allsvenskan-konkurrent Östers IF. Klubben rykket ned etter kun en sesong i Allsvenskan, og Thomsson fortsatte trenerkarrieren for FC Linköping City i svensk Division 2 i 2014. Thomsson ble 30. november 2014 presentert som Åtvidabergs FF nye assistenttrener, etter å ha vært fraværende fra klubben siden 2012.