Kollapsen i økonomien 1980-tallet ble preget av mangelfull økonomisk styring, politisk og sosial ustabilitet, konflikter og ødeleggelse av den økonomiske infrastrukturen. Dette gjorde mange banker og andre finansinstitusjoner insolvente. El Salvadors økonomi var teknisk sett konkurs. Det ble igangsatt et reformprogram, der bl.a. sentralbanken fikk en ny rolle, som bl.a. innbefattet overvåking av finansnæringen, forvaltning av lisenser for bankdrift og integrasjon av hele det finansielle systemet. Man fikk omdefinert penge-, kreditt- og valutapolitikken, og sentralbanken ble igjen privatisert. Den nye loven for overvåkning av finansnæringen ble godkjent i 1990, og etablerte sentralbanken som en selvstendig institusjon.