For det første forutsetter en rekonstruksjon av organismenes stamtre at denne i det hele tatt fins. Det må med andre ord ha funnet sted og finne sted evolusjon. Den allmenne innsikten av at evolusjon finner sted, ble imidlertid ikke allment akseptert før på 1800-tallet (se evolusjonsteori). Systematikken som vitenskap er derimot mye eldre enn dette.