Innen den franske revolusjonen førte revolusjonært mistro og sterk motvilje mot den katolske kirken til at ordenen ble undertrykt i Frankrike i 1790, og klosteret i Cluny ble nesten fullstendig revet i 1810. Senere ble det solgt og brukt som steinbrudd frem til 1823. I dag er det litt mer enn ett av de opprinnelige åtte tårnene igjen av hele klosteret. Moderne utgravninger av klosteret begynte i 1927 under ledelse av Kenneth John Conant, amerikansk arkitekturhistoriker ved Harvard University, og fortsatte (men ikke kontinuerlig) til 1950.