Aflaq var kristen gresk-ortodoks men uttrykte høye tanker om islam og ble trolig muslim ikke lenge før sin bortgang. Dette er imidlertid ikke helt klart - det ble benektet av noen av hans slektninger. Sikkert er i alle fall at han ble begravet som muslim og fikk en staselig grav - som ble delvis ødelagt i og med at amerikanske soldater benyttet den som forlegning under Irak-krigen 2003.