I senantikken da det mystiske studiet av alkymi utviklet seg, ble Merkur forstått som beskytter av disse kunnskapene også og av den mystiske eller okkulte hermetisme generelt. Kjemi og medisin knyttet Hermes' stav til helbrederen Asklepios' stav. Sistnevnte stav som var omkrøllet av en enkeltslange ble således symbolet for moderne medisin. En annen versjon som ble benyttet i alkymi var en korsfestet slange, kjent som Nicolas Flamels caduceus. Kunsthistorikeren Walter J. Friedlander har i sin bok (1992) samlet hundrevis av eksempler på Merkurstaver og Asklepiosstaver, og funnet ut at profesjonelle (yrkesrettede) assosiasjoner var mer sannsynlig å benytte Asklepiosstaven mens kommersielle organisasjoner i det medisinske feltet var mer sannsynlig å benytte Merkurstaven.