Derimot støtte han sin svingersønn, den yngre Tigranes, som startet et opprør mot den eldre Tigranes etter å ha flyktet og søkt hjelp i Partia. Den yngre Tigranes invaderte Armenia med støtte fra Fraates III for å styrte sin far. Tigranes den store valgte å ikke møte den partiske hæren på slagmarken, og befestet seg heller i sin hovedstad Artaxata, vanskelig å innta ved sin beliggenhet på en høyde. Fraates III innså at byen ikke ville falle uten en lengre beleiring, noe han ikke tok sjansen i fare for sammensvergelser hjemme i Partia. Straks han forlot området kom Tigranes den store ut av Artaxata og fordrev sin sønn fra Armenia. Sønnen flyktet da til Pompeius.