Carter tjenestegjorde i Clinton-administrasjonen i forsvarsdepartementet (Pentagon) som (undersekretær for internasjonalle sikkkerhetsspørsmål, under William Perry) fra 1993 til 1996. Han hadde tilsynet med sikkerhetspolitiske spørsmål i de tidligere sambandsrepublikker utgårr fra den nylig oppløste Sovjeunionen. Ved løsningen av den første kjernevåpenkrisen i Nord-Korea i 1994 spilte Carter en viktig rolle.