Botniabanan har som første bane i Sverige blitt utstyrt med ERTMS/ETCS Nivå 2. De motorvogner og lokomotiver som skal trafikkere banen må utstyres med dette systemet. ERTMS/ETCS er en ny EU-standard. Ulike nivåer av ERTMS skal innføres overalt på alle jernbanestrekninger i hele Europa på lang sikt og vil gjøre det mulig for tog å kjøre over grensene. ERTMS er billigere for Trafikverket å nyinstallere sammenlignet med ATC blant annet fordi ingen optiske signaler finnes i nivå 2. Uansett ville ERTMS blitt installert innen noen år, og da måtte en eventuell ATC-installasjon fjernes igjen.