Sesong 2 følger også Elizabeth Keens videre etterforskning av ektemannen Toms hemmelige dobbeltliv, som etter hvert ender med at ekteskapet deres havarerer. Elisabeth ender opp på tiltalebenken, anklaget for å ha medvirket til i et drap som ektemannen har begått, og deretter å ha forsøkt å dekke over drapet. Til sist forsones Elisabeth og Tom, men Elisabeth dreper Tom Connolly – statsadvokaten som er medlem av den lyssky organisasjonen «The Cabal» – og sesong 2 slutter med at Elizabeth er på flukt fra FBI og sine gamle kolleger i Coopers arbeidsgruppe.