Museet ble opprettet i 1964, fikk sin første ansatte i 1980 og flyttet inn i nye lokaler i 2022. Ved siden av den museale virksomheten arbeider Saemien Sijte også for å styrke den sørsamiske identiteten og fellesskapsfølelsen. Blant de viktigste gjenstandene i museets samlinger er Bindalstromma – ei sørsamisk runebomme, og to (sørsamiske drakter) som har tilhørt den samiske aktivisten og politikeren Elsa Laula Renberg. Museets historie kan regnes i fire faser: etableringen i 1964; det første bygget og den første bemanningen i 1980; overgangen fra forening til stiftelse i 2006; og det nye museumsbygget i 2022.