Nordfugløya var antakelig ubebodd til 1500-tallet, men mye tyder på at øya da var et samisk bruksområde. Den samiske befolkningen i området hadde eksklusive rettigheter til øya frem til 1609, da inndro staten øya som krongods, og begynte å legge avgifter på samenes utnytting. Det er funnet tufter etter rorbuer på øya, sannsynligvis har det vært utrorsvær basert på tilreisende fiskere her, for vår- og sommerfiske. Nordfugløya kom i privat eie rundt 1660 etter at danskekongen solgte krongodset.