Han studerte til en doktorgrad ved University of Chicago, samtidig som han skrev flere artikler som ble publisert i University of Chicago Press i 1943. Han tilbrakte ett år med undervisning ved Universitetet i Oklahoma, men han utviklet polio under den andre verdenskrig og tilbrakte derfor de neste to årene med mye fysioterapi ved Warm Springs Foundation. Rehabiliteringen hans var bare delvis vellykket; Whyte måtte gå ved hjelp av en stokk resten av livet, og i sine siste år måtte han bruke krykker.