Et spesielt problem med avløpsvann er farmasøytiske stoffer som rensesystemer ikke er konstruert for å skille ut. Farmasøytiske stoffer består av høyaktive stoffer som kan ha forskjellige virkninger på organismer selv ved lav konsentrasjon. De kan derfor ha innvirkninger på mange biologiske systemer og negativ betydning for økosystemer. Måledata fra mange forskjellige land har avdekket 631 forskjellige farmasøytiske stoffer i marine miljøer, blant annet antibiotika, ikke-steroide antiinflammatoriske midler (NSAIDs), smertestillende medisiner, lipidsenkende medisiner, østrogener og medisiner fra andre terapeutiske grupper.