Obasanjo gikk inn i militæret som 18-åring, og fikk sin militære opplæring i Aldershot i Storbritannia. Etter kuppet i Nigeria i 1975 ble han utpekt til kuppmakeren Murtala Ramat Mohammeds nestkommanderende. Etter at Mohammed ble drept i 1976 overtok Obasanjo som statssjef. Obasanjo sørget for å avvikle militæstyret, og overlot makten til den sivile valgvinneren Shehu Shagari i 1979. Med dette ble han den første lederen i Nigerias historie som gikk av frivillig.