En av Cromwells generaler, Hardress Waller, ble tildelt land i Castletown nær Kilcornan i grevskapet Limerick. Under Vilhelmskrigen i Irland (1689–1691) skulle byen tåle ytterligere to beleiringer, en i 1690 og en annen i 1691. Det var under beleiringen i 1690 at den beryktede ødeleggelsen av kanonene ved Ballyneety, nær Pallasgreen, ble utført av general Patrick Sarsfield. De katolske irene, som utgjorde det store flertallet av befolkningen, hadde ivrig støttet jakobittenes sak, men den andre beleiringen av Limerick resulterte i et nederlag for tilhengerne av protestantiske engelske monarken, Vilhelm III. Sarsfield klarte å tvinge vilhelmittene til å signere Limerick-traktaten, hvis vilkår var tilfredsstillende for irene. Imidlertid ble traktaten senere vanæret av engelskmennene, og Limerick ble deretter kjent som («Byen av den brutte avtale»).