Da Alcalá-Zamora ble avsatt som president 10. mai 1936 og erstattet med den mer radikale Manuel Azaña begynte Queipo de Llano sammen med generalene Emilio Mola, Francisco Franco og José Sanjurjo å planlegge å avsette regjeringen. Han var et av de ledende medlemmene av gruppen av konspiratorer som startet et militært opprør 17. juli 1936 som førte til den spanske borgerkrigen.