To generaler som hadde base i Aegyptus, Probus og Domitius Domitianus ledet vellykte opprør og gjorde seg selv til keisere. Diokletian gjenerobret Alexandria fra Domitianus i 298 og deretter omorganiserte han hele den egyptiske provinsen. Hans forordning av 303 mot kristendommen startet en ny tid med forfølgelser av de kristne. Det var imidlertid det siste alvorlige forsøket på å bremse på den jevne veksten til kristendommen i Egypt før i muslimsk tid.