Som apoteker var han først på Lørenskog fra 1981 til 1990. Han overtok apoteket i Levanger i 1990, og drev det til 2005. Flatberg var styreleder i arbeidstakerforeningen Norges Farmaceutiske Forening i perioden 1974–1978, og president i arbeidsgiverforeningen Norges Apotekerforening i perioden 1995–1999. Han ble også utnevnt til æresmedlem i Norges Apotekerforening. I 1998 mottok han ordenen fra Norges Farmaceutiske Forening; ordenen er den høyeste utmerkelse innen norsk farmasi.