Marcilie Holmboe ga flere konserter i Vardø i 1880-årene. Hun var i perioden 1890-1899 lærer i øverste klaveravdeling ved Lindemans konservatorium i Kristiania, en skole som konsentrerte seg om utdannelse av pianister og organister. I 1899 etablerte hun sin egen utdannelsesinstitusjon, M. Holmboes Musikinstitut.