Lord Morton lyktes til slutt med å knuse familiene som fortsatt støttet Maria. Hans fall ble ikke påført av Marias tilhengere, men av kongens nærmeste hoffmenn som var imponert av den unge monarken og utvidet den kongelige makten og dermed oppmuntret ham til å ta kontrollen selv. Hoffmennene anklaget Lord Morton for å ha deltatt i mordet på Jakobs far. Lord Morton ble dermed stilt for retten, dømt og henrettet i 1581. Makten (i hvert fall i teorien) ble så holdt av kongen selv, fremfor av en regent.