Stedet ble først bosatt av ulsterskotske nybyggere i 1736 og kalt Graham's Crossroads, senere Graham, etter landeieren Aaron Graham. Jernbanen som ble åpnet mellom Florence og Charleston i 1856, ble lagt gjennom landsbyen og medførte økonomisk vekst. I 1874 fikk landsbyen lokalt selvstyre, og i 1883 skiftet den navn til Lake City. På slutten av 1800-tallet hadde Lake City blitt Sør-Carolinas ledende produksjonsområde for jordbær.