I år 1933 inntrådte Werner Heyde i Det nasjonalsosialistiske tyske arbeiderparti (NSDAP) og Det nasjonalsosialistiske tyske legeforbund (Nationalsozialistischer Deutscher Ärztebund, NSDÄB). Det påfølgende år, 1934, ble han overlege ved den psykiatriske universitetsklinikk i Würzburg. Etter å ha blitt medlem i Schutzstaffel (SS) i 1936 ble Heyde utsett til sjef for den medisinske avdelning innen SS-Totenkopfverbände, hvis personal overvåket og administrerte Nazitysklands konsentrasjonsleirer.