Uighurene proklamerte i 1944 en egen stat etter sammenbruddet av Chang Kai-chek's nasjonalistregime, og kalte staten Republikken Øst-Turkestan. Da kommunistene kom til makten i 1949 bodde bare 300.000 kinesere i Xinjiang, av en total befolkning på om lag 5 millioner. Xinjiang ble «selvstyrt region» i 1955, men fikk liten frihet. Kommunistpartiet arresterte tusenvis av uighurer og andre muslimer under anklage av å være «godseiere», spioner eller undergravere, og jord og buskap ble kollektivisert. I 1966 startet kulturrevolusjonen og alle moskeer ble stengt av rødegardistene. Først i 1979, under Deng Xiaoping, ble noen moskeer gjenåpnet.