Bosetningen Mtsensk ble første gang nevnt i Ipatievo-krønikene i 1147 som (russisk: Мьченск) i Fyrstedømmet Tsjernigov. I 1320 ble Mtsensk annektert av Storhertugdømmet Litauen. Tidlig på 1500-tallet ble den en del av den russiske staten. Den fikk innvilget byrettigheter i 1778.