For å forberede seg til konservatoriet studerte han hos Moskvas mest velrenommerte private musikklærer, den strikte Nikolaj Zverev. Fra 1888 til 1892 studerte Skrjabin ved Moskvakonservatoriet: komposisjon hos Anton Arenskij og Sergej Tanejev, klavér hos Vassilij Safonov, men avbrøt komposisjonstudiet på grunn av problemer med å forholde seg til Arenskij og en utstrakt uvilje mot å skrive verk i former han ikke interesserte seg for. Ved konservatoriet ble han venn med medstudenten Sergej Rakhmaninov. Skrjabin ble uteksaminert fra konservatoriet i 1892. Han ble tildelt , mens Rakhmaninov fikk den store.