På grunn av sårene fra krigsdagene slet O'Malley mye med helsen. Han var allikevel svært aktiv, og var blant annet venn av regissøren John Ford og skuespilleren John Wayne, som han veiledet under innspillingen av . Han involverte seg i liten grad i politikk etter borgerkrigen. Hans standpunkt var noe vagt, utover at han var fast bestemt på at Irland måtte bli en selvstendig stat.