Forsvarsadvokater og menneskerettighetsgrupper har kritisert måten rettssaken ble gjort i en spesialdomstol hvor verken tv eller kamera var tillatt. Deres tilhengere tror dette var for at det skulle være lettere å få alle dømt. Mange av de tiltalte, og da spesielt Alexandros Giotopoulos, nektet å ha noe med saken å gjøre før sluttfasen av rettssaken. Ifølge Giotopoulos ble han presentert som den sterke lederen for terrororganisasjonen. Dimitris Koufodinas tilsto derimot og tok fullt politisk ansvar for gruppens handlinger. Han fortalte om en løst organisert organisasjon med en flat struktur. Alle avgjørelser ble gjort etter diskusjon og gjort med enstemmighet.