Pahor gikk inn i politikken i 1990 og ble delegat til republikkforsamlingen i Slovenia. Han ble gjenvalgt til nasjonalforsamlingen i 1992, og året etter ble han nestleder for sosialdemokratene. Pahor ble gjenvalgt til nasjonalforsamlingen i 1996, og i 1997 ble han sosialdemokratenes partileder. Etter valget i 2000 ble han parlamentspresident. Da Slovenia gikk med i EU ble Pahor i 2004 valgt til Europaparlamentet.