I 1567 ble han biskop av Kujawy med sete i Włocławek. Ett år senere sammenkalte han en reformsynode med sikte på å introdusere prinsippene fra Tridentinerkonsilet. Som den første biskop i Polen grunnla han et geistlig seminar i landet, i 1569 i Włocławek. Det samme året var han en av undertegnene av unionstraktaten i Lublin, forente kongedømmet Polen med Storhertugdømmet Litauen, og dannet Det polsk-litauiske samvelde (også kalt «Tonasjonsrepublikken»).