I perioden 2000-2007 arbeidet Sejersted som advokat ved regjeringsadvokatembetet, og fikk møterett for Høyesterett i 2003. Ved siden av å representere staten for norske domstoler var han også Norges advokat i en rekke saker for EFTA-domstolen. Herunder var han sentral i arbeidet med å avskaffe kommersielle spilleautomater, og med å bevare norske regler for offentlig eierskap til vannkraften (hjemfallsrett).