I Roma bodde han i Campo Santo Teutonico inne i Vatikanstaten og var dermed under pave Pius XIIs vern under den tyske okkupasjon. Han arbeidet på et historieverk om Tridentinerkonsilet, som han utgav suksessivt i perioden 1951-1976. Jedins verk ble det mest omfattende og helhetlige om dette konsilet og var på om lag 2400 sider fordelt på fire bind.