Omkring i verden blir flere unge gutter fedreløse. De er alle like gamle, har tilnærmet identisk utseende og fedrene har samme type yrke. Journalisten Bennet, assistert av den erfarne nazi-jegeren Liebermann, begynner å etterforske saken og kommer omsider på sporet av den beryktede nazilegen Josef Mengele, krigsforbryteren som har holdt seg skjult i en søramerikansk stat siden krigens slutt. Etterhvert innser han at han har snublet over en djevelsk plan igangsatt av Mengele. Han finner ut at 94 tilsynelatende tilfeldig utvalgte menn verden over myrdes på bestemte datoer. Drapene har tilknytning til et prosjekt som går under navnet "Guttene fra Brasil" og som innbefatter kloning av mennesker.