Ekspedisjonen bygget og seilte to balsaflåter: «Rahiti Tane» og «Tupac Yupanqui». Flåtene lignet Kon-Tiki-flåten som Thor Heyerdahl bygget i 1947. Liksom Kon-Tiki ble Rahiti Tane og Tupac Yupanqui bygget med balsatømmer fra Ecuador på den peruanske marinens verft i Callao ved Lima. Men Kon-Tiki2-flåtene var annerledes på flere måter: mens Kon-Tiki hadde ror, ble Kon-Tiki2-flåtene styrt med guara-bord som gjorde at flåtene kunne seile på tverrvind. Kon-Tiki2-flåtene hadde også moderne satellittutstyr ombord, i tillegg til solcellepanel og forskningsutstyr.