Fram til 1820-tallet og anleggingen av Södertälje kanal var Slussen i Stockholm eneste forbindelse mellom Mälaren og Østersjøen. Hovedmengden av sjøtrafikk går fortsatt via Södertälje kanal, men Hammarbyleden, som ble åpnet 1930 for å avlaste Slussen, er et viktig knutepunkt mellom Mälaren og Østersjøen. I mellomkrigstiden ble sjøtrafikken tilknyttet Mälaren rammet av krise i forbindelse med biltrafikkens gjennombrudd. Andre verdenskrig innebar en siste blomstringstid for sjøtrafikken her. I de senere tiår har imidlertid den gamle passasjer- og godstrafikken blitt erstattet av turisttrafikk. Allerede i 1903 begynte dampskipet S/S Mariefred å gå uavbrutt i rute mellom Stockholm og Mariefred. Ruten Stockholms stadshus - Drottningholm slott trafikkeres av S/S Drottningholm sammen med søsterfartøyet M/S Angantyr. Foruten i Stockholm er det havner i blant annet Västerås og Köping.