Han gikk i konføderert tjeneste våren 1861 som kaptein i det 10. Mississippi Infanteri. Etter at hadde gjort tjeneste i Pensacolaområdet i Florida kom han til president Davis' stab som oberst og adjutant for sin onkel. Han ble utnevnt av president Davis til brigadegeneral i 1862. Bekreftelsen på utnevnelsen trakk imidlertid ut på grunn av kritikk fra presidentens kritikere. Han fikk endelig sin grad den 15. september 1862.