Ved de alliertes frigjøring av nazistenes konsentrasjonsleire forsøkte Barkmann å flykte fra de allierte styrkene under falskt navn, men ble arrestert i Gdańsk. I 1946 ble hun en av flere tiltalte i den såkalte Stutthofprosessen som ble ført mot personer som hadde arbeidet i Stutthof. Under rettsaken reagerte hun på vitnesbyrd om grusomheter med latter og viste ingen tegn til anger. Sammen med ti andre tiltalte ble hun dømt til døden for forbrytelser mot menneskeheten, og tidligere fanger fra konsentrasjonsleiren fullbyrdet dødsdommen ved offentlig henging.