I 1992 begynte hans helse å skrante. I 1995 medvirket han i sin siste film. Samme år ble han diagnostisert med sykdommen bukspyttkjertelkreft. Etter dette begynte hans fysiske og psykiske helse for alvor å avta. Han døde 1997 i Tokyo, etter svikt i flere organer. Mifune ble 77 år.