Om Garborg påvirket Mortensson-Egnund i anarkistisk retning, smittet Garborgs fritenkerideer aldri over på ham. En skulle tro at med Mortensson-Egnunds livssyn ville de formelle kravene til en statskirkeprest være avskrekkende. Selv skriver han i 1909 at han ikke finner kirka så trang som før: . Cand.theol. ble han allerede i 1883, men ikke før i januar 1909, 52 år gammel, reiste han til Kristiania for å ta practicum, pedagogikk og homiletikk. 9. juli samme år ble han ordinert til prest i den norske kirke. Allerede 25. juni hadde han fått stillingen som stiftskapellan i Hamar stift. Etter noen korte perioder som sogneprest var han i perioden 1910–1914 sokneprest i Fyresdal, deretter noen sommermåneder i 1914 stiftskapellan med ansvar for nynorskgudstenester i Kristiania, og endelig sokneprest i Løten fra september 1914 til han søkte avskjed i 1919.