Den første omtale av Fili er datert 1627. Fra 1689 var Fili, Kuntsevo, og de tilstøtende bosetninger eid av Lev Naryshkin, bror av Tsarina Natalia Naryshkina. I 1694 fullførte han byggingen av Forbønnskirken med donasjoner fra Peter I av Russland. Stilen er nå kjent som Naryshkin barokk. Naryshkin etablerte også en ny Fili landsby, nærmere dagens - Prospekt., den gamle Fili ble pusset opp som hans personlige eiendom. Etter slaget ved Borodino (7. september 1812) trakk den russiske hæren seg tilbake østover og slo leir i nærheten Fili 12. september. Et militært råd ledet av general Kutuzov samlet seg i en trehytte i Fili. Til tross for protester fra unge generaler insisterte Kutuzov på sin plan om å forlate Moskva for å redde restene av den russiske hæren. De marsjerte gjennom Moskva 14. september etterfulgt av Murats vanguard.