Alle lagringsenheter må ha et filsystem for å kunne lagre filer. Disse enhetene kan være svært enkle eller veldig komplekse, alt etter hvor store mengder datamengder de kan lagre, hvilken type data og hva slags bruksmønster man forventer på dataene som er lagret. Å klargjøre en lagringsenhet for et filsystem kalles å formatere. Hvilket filsystem som ligger på en lagringsenhet avgjør i stor grad hvilke operativsystemer som er i stand til å bruke den og hvilke funksjoner som må fungere med filsystemet.