Under den tyske okkupasjonen under andre verdenskrig ble palasset omgjort til et tysk rettshus. Under Warszawaoppstanden i 1944 ble palasset overtatt av oppstanderne og gjort om til et sykehus. Etter Gamlebyens kapitulasjon kom tyskerne seg inn i sykehuset og skjøt ned de fleste sårede som befant seg der (rundt 430 personer).