Han var sønn av Bredo Henrik von Munthe af Morgenstierne den eldre (1774–1835) og Cathrine Elisabeth Fries (1781–1840). Faren ble i 1816 den første høyesteretts- og regjeringsadvokat i Norge, men var omkring 1805 i Tyskland og Holland der han jobbet som fiolinist etter å ha blitt midlertidig fradømt sine embeter. Begge foreldrene var forøvrig født i Danmark. Selv giftet Christian Fr. seg i 1836 med den russiske prinsesse Anastasia Sergiewna Soltikoff (1810–1853), hvis oldefar Piotr var bror til kammerherre Sergej Saltykov (1726–65) Kona hadde tidligere vært æresdame hos keiserinnen av Russland og ble etter flyttingen statsfrue hos enkedronning Desideria av Sverige og Norge (1777–1860).