Garrincha har etnisk svært mangfoldig opphav, moren var afro-brasiliansk og kom fra Recife , faren var fulniôsindianer, og hans oldefar ble tvangsflyttet fra Barriga, i staten Alagoas, i Palmeiras dos Indios på begynnelsen av 1800-tallet . Der fikk bestefaren navnet Francisco dos Santos, etter en slaveholder som eide en sukkerrørplantasje og indianerne som arbeidet der. Farsslekten hadde også afrikanske røtter. Den andre bestefaren Shiz var gift med mulattslaven Antonia.