Mellom november 1866 og juli 1867, organiserte Caxias et sanitetskorps (for å hjelpe det endeløse antallet sårede soldater og for å bekjempe koleraepidemier) og en forsyningstjeneste til troppene. I denne perioden var de militære operasjonene begrenset til trefninger med paraguayanerne og bombing av Curupaity. López utnyttet desorganiseringen av hæren til å forsterke sin befestning i Humaitá.