Sommeren 1798 ledet den franske generalen Napoléon Bonaparte en ekspedisjon til Egypt. I mellomtiden, mens Napoléon var borte fra Europa, førte et voldelig opprør i Sveits til at franskmennene valgte å støtte opprørerne mot den gamle sveitsiske konføderasjonen. Da de revolusjonære styrtet kantonregjeringen i Bern rykket en fransk hær inn i Sveits for å støtte de sveitsiske revolusjonære. I det nordlige Italia vant den russiske general Aleksandr Suvorov en rekke seire, som førte til at franskmennene under Jean Victor Marie Moreau ble drevet ut av Podalen og tilbake til de franske Alpene og kysten rundt Genova. De russiske hærene i Den helvetiske republikk ble så beseiret av den franske kommandanten André Masséna, og Suvorov trakk seg tilbake. Russland trakk seg til slutt ut av alliansen da britene insisterte på at de hadde rett til å gjennomsøke alle skip de stoppet på havet. I Tyskland drev erkehertug Karl av Østerrike-Teschen franskmennene under Jean-Baptiste Jourdan tilbake over Rhinen og vant flere seire i Sveits. Jourdan ble deretter erstattet av Masséna, som da slo sammen Donau- og Helvetia-arméene.