McGuinness forhandlet sammen med blant andre Gerry Adams i en IRA-delegasjon med ministeren for Nord-Irland, Willie Whitelaw, i 1972. Han ble dømt av den irske domstolen i 1973, etter at han var blitt tatt ved en bil som inneholdt 113 kg sprengstoff og nesten 5000 patroner. Han nektet å anerkjenne domstolen, og ble dømt til seks måneders fengsel. I retten sa han at han var medlem av IRA og sa at han var meget stolt av det.