Hjertsson spilte flere kamper i 1943-sesongen, men spilte kun sporadiske i 1944. Han tilhørte troppen som tok Malmö FFs første svenske mesterskapsgull i 1944. Hans spilte siste kamp for Malmö FF 29. mai 1944 mot AIK på Råsunda. Dette var eneste kamp han spilte sammen med brødrene Kjell Hjertsson og Sven Hjertsson. Arne Hjertsson avsluttet fotballkarrieren i IFK Malmö. Totalt spilte Hjertsson 19 kamper i Allsvenskan, og scoret sju mål.