Gaborone ligger 1014 moh., mellom åsene Kgale og Oodi, ved elva Notwane i den sørøstre enden av Botswana, 15 km fra grensa til Sør-Afrika. Byen ligger med tettstedene Ramotswa i sørøstlig retning, Mogoditshane i nordvestlig, og Mochudi i østlig, samt Tlokweng over elva. De fleste av disse er sovekommuner. Det er knyttet flere forsteder til Gaborone, herunder Broadhurst, Gaborone West, The Village, Naledi, og New Canada. Den velstående forstaden Phakalane ligger ved den nordre bygrensa.