På grunn av sitt engasjement i Illuminati fikk Weishaupt sparken fra universitetet i januar 1785. Han flyktet da fra München, først til Regensburg, og så til Gotha i 1787. Hertugen der, Ernst Ludwig, var positiv til ham, og gav ham full beskyttelse. I Gotha skrev Weishaupt forsvarsskrifter for Illuminati, men til tross for flere oppfordringer fra tidligere medlemmer, gjorde han ingen forsøk på å gjenopplive organisasjonen. Mot slutten av livet skal Weishaupt ha vendt seg til kirken igjen.