På den politiske arenaen var Francisco Morazán anerkjent som en visjonær og en stor tenker, og han forsøkte å forvandle Mellom-Amerika til en stor og progressiv nasjon. Han vedtok flere liberale reformer i den nye føderale republikken i Mellom-Amerika, herunder presse-, tale- og religionsfrihet. Morazán begrenset også kirkens makt ved å gjøre ekteskapet sekulært.