Dannhauer begynte sin utdannelse ved gymnasiumet og presteseminaret i Strasbourg og fortsatte studiene i Marburg, ved universitetene i Altorf og Jena. I Jena vant han anerkjennelse for sin eksegese av Paulus' brev til efeserne. Han returnerte til Strasbourg i 1628 og startet en aktiv karriere som administrator, lærer og teolog. I 1628 ble han utnevnt til inspektør ved presteseminaret, han ble følgende år professor i retorikk, i 1633 professor i teologi, prest ved Straßburger Münster (katedralen Notre Dame i Strasbourg), formann for kirkekonventet og domprost i Thomaskirken i Strasbourg.