Evolusjonær systematikk skiller seg fra Carl von Linnés før-darwinistiske systematikken, som kjennetegnes ved sirlige lister, ved at den baserer seg på stamtrær. Mens hver gruppe i fylogenetisk nomenklatur må bestå av en enkelt node med alle sine etterkommere, tillaters det i evolusjonær systematikk at enkelte høyt spesialiserte grupper blir tatt ut fra modergruppen. Det mest siterte eksemplet er dinosaurer som ikke fugler, men har til dem, slik at dinosaurer blir en parafyletisk gruppe.