Etter at Estland ble okkupert av Sovjetunionen i 1940, ble Päts-familien deportert. Matti Päts og lillebroren ble plassert på barnehjem i Basjkortostan. Både farfaren og faren døde i sovjetisk fangenskap, og lillebroren døde av sult. Da Josef Stalin døde i 1953, var moren blant de mange fangene som fikk amnesti, og hun og sønnen kunne vende tilbake til Estland.