SARS-CoV-2 ser ut til å mutere hyppig. En studie fra Island fant 40 forskjellige varianter av viruset, der de fleste mutasjonene var uten noen effekt. En person hadde både et virus fra Italia/Østerrike og en egen islandsk mutasjon, og bare den islandske mutasjonen smittet videre til andre. Tidlig viste en kinesisk studie at det fantes minst to varianter av SARS-CoV-2. Den mest smittsomme av de to kom til Europa, men selv om viruset endrer seg hver 14. dag, så er det små mutasjoner som ikke gjør at virusets egenskaper endrer seg. Det var sommeren 2020 oppdaget egne mutasjoner av SARS-CoV-2 i Italia, Østerrike, Danmark, Storbritannia, USA og Island og i USA var minst 14 mutasjoner oppdaget. En artikkel fra 21. februar 2020 viste at viruset hadde mutert 93 forskjellige steder på genomet. 4. mai 2020 var det klart at mutasjoner har skjedd på minst 198 plasser i genomet. Per oktober 2020 var to muterte varianter av viruset funnet i Norge. En variant (S477N) smittet flere på busstur og en variant fra Trondheim (N439K) antas å smitte mer og gi symptomer raskere. Metoden helgenomsekvensering brukes for å avdekke hvilken variant av viruset prøvene er fra. I Danmark ble en variant som smittet mellom mink og mellom mink og mennesker (Y453F) funnet i november 2020.