Alva spilte store deler av karrieren for den peruanske klubben Sporting Cristal i Primera División Peruana. Alva begynte som professjonel fotballspiller i Universitario de Deportes allerede som ungdom. Alva fikk sitt store gjennombrudd i 1998, da Oswaldo Piazza besluttet å fremme flere tenåringer i klubben sin. Alva hadde en kontroversiell spillestil; han viste stor dyktighet, men ofte ville han ikke slippe ballen. I 2001 var Alva blant en hærskare av stjernespillere i Universitario de Deportes som krevde mye høyere lønn.