Det er den ekstra biten med arvemateriale som skaper alle misdannelsene og problemene som er spesifikke for personer med Klinefelters syndrom. Hos menn med 47,XXY er disse misdannelsene av mindre grad, og de aller fleste er velfungerende individer med kun små fysiske og ingen psykisk utviklingshemming. Det mest alvorlige symptomet til Klinefelters syndrom er sterilitet, dårlig eller ingen testikkelfunksjon og lave testosteronverdier. Andre fysiske trekk kan være utvikling av brystvev og et barnlig, ungt utseende. Menn som er rammet er også disponert for brystkreft, åreknuter og diabetes mellitus. Den eneste metoden for å påvist Klinefelters syndrom, er ved genetisk testing.