Kort tid etter Edvard Bekjennerens kroning den 3. april 1043, ble Stigand utpekt som bispesetet Elmham, antagelig på råd fra dronning Emma. Dette var den første biskoppelig utnevnelsen i Edvards regime. Setet Elmham dekket East Anglia i østlige England, og var et av de fattigste bispeseter på den tiden. Stigand ble innviet som biskop i 1043, men senere det samme året avsatte Edvard ham og tok fra ham den rikdom han hadde. I løpet av det neste året ble Stigand gitt sin geistlige posisjon tilbake. Grunnen til at kongen avsatte ham er ikke kjent, men antagelig var det knyttet til at enkedronning Emma mistet sin makt. Ryktene som ble nedtegnet et århundre senere indikerte at Emma og Stigand skulle ha hatt et upassende forhold og at denne påståtte affæren var grunn til at begge mistet makt. Andre kilder hevdet at Emma hadde invitert kong Magnus den gode av Norge, en rivaliserende fordringshaver til den engelske trone, til å invadere England og at hun hadde tilbudt sin personlige rikdom som den norske kongens støtte. Noen mistenkte at det var Stigand som hadde anmodet Emma å støtte Magnus, og hevdet at hans avsettelse hadde sin årsak i dette. Medvirkende faktorer til deres fall fra makten var også Emmas rikdom, og misnøye med hennes politiske innflytelse som var knyttet til regimet til den upopulære Hardeknut.