Donadoni started karrieren hos Atalanta BC i 1982. Han gikk til Milan i 1986, der han vanligvis spilte på høyre side av midtbanen. Han var blant annet med på å vinne fem Serie A-titler og tre serievinnercuper. Han spilte for Italias landslag under VM 1990 og 1994, der Italia kom på henholdsvis tredje og andreplass. Han var så uheldig å bomme under straffesparkkonkurransen i semifinalen mot under VM 1990.