I 1999 forårsaket Faulkner kontrovers da han trosset Vatikanets press for å slutte å praktisere generalabsolusjon (den såkalte «tredje rite» for botens sakrament), der en prest kan gi absolusjon uten å høre individuelle skriftemål. Etter et møte med australske biskoper på slutten av 1998, sendte pave Johannes Paul II et brev til alle australske biskoper som beskrev bekymringer australsk katolisismes avslappede karakter. Spesielt ba han formelt om at biskopene skulle eliminere bruken av generalabsolusjon. Mens bispedømmene i de fleste andre hovedbispedømmer i landet oppgav denne praksisen, nektet erkebiskop Faulkner å gjøre så. Han tillot botsgudstjebester med generalabsolusjon under fasttiden i 1999.