Avdelingen bidrar med sanitetspersonell til fartøyer i Marinen og Kystvakten, støtter avdelinger med sanitetspersonell, drifter bedriftshelsetjenesten, drifter allmennhelsetjenesten ved sykestuene, driver utdanning og mønstring av Sjøforsvarets mannskaper innenfor sanitet, og fungerer som rådgivere for Sjøforsvarets ledelse og avdelinger.