I 1943 sluttet Beneš seg til den populære idéen om at alle eller de fleste etniske tyskere måtte utvises. Beneš selv og politiske ledere på alle nivåer ga uttrykk for ønsket om å «likvidere» det tyske «problemet» i landet. I løpet av okkupasjonen festet det seg et nasjonalt konsensus at de etniske minoritetene måtte fjernes for å sikre den tsjekkoslovakiske republikken langsiktige stabilitet. Beneš oppmuntret tsjekkoslovaker til å ta igjen mot etniske tyskere på tsjekkisk territorium, dette var ifølge Benjamin Frommer første trinn for å gjenetablere Tsjekkoslovakia som en uavhengig stat. Fordrivelse av etniske tyskere hadde høyeste prioritet hos Beneš og hans regjering. Ved planlegging av fordrivelsen henviste eksilregjeringen ofte til erfaringene med befolkningsutvekslingen mellom Hellas og Tyrkia etter Lausanne-traktaten av 1923.