I det påfølgende verdensmesterskapet i Sveits i 2003 bestemte Rostrup seg å ikke stille opp på langdistansen hvor han var tittelforsvarer, men ønsket å satse fullt på kortdistansen (som da var blitt omdøpt til mellomdistanse). Til tross for gode forberedelser ble resultatet kun 5.-plass på yndlingsdistansen.