Kallimakhos var av libysk-gresk opprinnelse. Han ble født en gang mellom 310 og 305 f.Kr. i Kyrene i Kyrenaika hvor han vokste opp i en framstående familie. Hans foreldre var Mesatme (eller Mesatma) og Battos, påståtte etterkommere av den greske kongen av Kyrene, Battos I, som Kallimakhos hevdet var en etterkommer av det battiadiske dynasti, de libysk-gresk monarkene som styrte Kyrenaika i åtte generasjoner. Han var selv navngitt etter sin bestefar, en eldre Kallimakhos, som var høyt verdsatt av folket i Kyrene, og hadde tjenestegjort som hærfører.