Nielsen kom snart under mistanke fra det svenske sikkerhetspolitiet (Säpo) for å drive etterretningsvirksomhet, spesielt i samarbeid med nordmenn knyttet til den norske legasjonen i Stockholm og norske flyktninger. Han ble også identifisert som en tidligere agent i den britiske etterretningstjenesten under første verdenskrig. En del av SOEs operasjoner i Stockholm ble utført fra dekkfirmaet Berg & Co. Den britiske majoren Andrew Croft ble nevnt av Säpo som sjef og ansvarlig for operasjoner i Norge. Imidlertid ble også Tom Nielsen observert som en ansatt i firmaet i 1942. Gunnar Sønsteby uttalte seg at samarbeidet mellom britiske og norske styrker i Stockholm gikk utmerket, mye takket være Ellingsens ledelse.