Den 23. november 2002 ble Alois Kothgasser valgt til ny erkebiskop av Salzburg, etter Georg Eder. Han ble innsatt i embetet den 10. januar 2003. Alois Kothgasser var dermed den 90. biskopen av Salzburg, den 89. etterfølger av St. Rupert og den 78. erkebiskopen samt metropolitt for kirkeprovinsen Salzburg, som omfattet bispedømmene Gurk, Graz-Seckau, Innsbruck og Feldkirch. Han fikk også ærestitlene og .