Siden Magnus hadde støttet Otto II av Bayerns opprør mot Henrik IV ble han tatt til fange i 1070, og satt fanget i tre år. Han ble på nytt tatt til fange av Henrik IV i 1075, og denne gangen ble han frigitt året etter. Etterhvert kom en forsoning i stand mellom Henrik IV og Magnus, og stod Magnus på Henriks side under kampene mot liutieserne. Huset Billungs herredømme over Sachsen endte i 1106 da Magnus døde uten å etterlate seg mannlige arvinger.