Etter å ha gått tom for alle strategier, finner Forerunners opp Halo Array - ring-formede megastrukturer som kan ødelegge alt levende liv i galaksen, for å stoppe flommen. Forløperne aktiverte ringene, og forsvant. Nesten hundre tusen år senere, på 2500-tallet, koloniserer menneskeheten i regi av FNs rom-kommando, eller UNSC, mange verdener takket være utviklingen. Spenninger mellom regjeringen og koloniene som ønsker uavhengighet utløser også voldelige sammenstøt.