Ekeberg var fylkesstyremedlem i Elevorganisasjonen i Oppland i 2002-2003. Hun begynte sin partipolitiske karriere da hun ble fylkesleder i Oppland KrFU i 2003-2004, et verv hun også hadde i 2005-2006. Hun var samtidig medlem av fylkesstyret i Oppland KrF. Hun ble valgt til medlem av sentralstyret i KrFs ungdomsorganisasjon KrFU i 2006 og deretter til første nestleder i samme organisasjon i 2007. Fra 2007 var hun også varamedlem til KrFs sentralstyre, og fra november 2008 møtte hun fast her. Hun gikk av som nestleder i KrFU i 2009, og ble etterfulgt av Elisabeth Løland.