Roger vendte da sammen med sin mor raskt tilbake til Italia, og med støtte fra sin onkel Roger I av Sicilia, ble han anerkjent som hertug i september. Hans lombardiske røtter gjorde ham mer attraktiv på hertugtronen for sin onkel enn halvbroren. Bohemond gjorde imidlertid opprør, og inntok byene Oria, Otranto og Taranto. Men brødrene sluttet fred i 1086, og regjerte sammen et år før Bohemond igjen gjorde opprør og tok blant annet byene Benevento, Canosa di Puglia, Capua og Lucera etter beleiringer. Etter megling fra pave Urban II ble det igjen sluttet fred mellom brødrene.