Skuffet over at kommandoen over den store kontingenten av nizamene ble gitt til daværende oberst Arthur Wellesley, og at samme offiser fikk embetet som guvernør etter erobringen av festningen, følte Baird ar han ble behandlet urettferdig og uten respekt. Han fikk senere takk fra parlamentet for sin ledelse den viktige dagen, og han ble tilbudt en pensjon fra kompaniet som han takket nei til, tydeligvis i håp om å få Bath-ordenen fra regjeringen. General Baird ledet den indiske hæren som ble sendt i 1801 for å samarbeide med Ralph Abercrompy i å kaste ut franskmennene fra Egypt. Wellesley ble utnevnt som nestkommanderende, men på grunn av dårlig helse deltok han ikke på felttoget. Baird gikk i land ved Kosseir, førte hæren sin gjennom ørkenen til Kena ved Nilen og videre til Kairo. Han ankom tidsnok til Alexandria til de siste operasjonene.