Utover i 1941 omorganiserte han det norske politiet etter modell av det tyske politiets organisering. Samtidig fikk uniformene en feltgrå farge og et mer militært uttrykk. Høsten 1941 var Lie på studietur. I Berlin observerte han en fengslingsaksjon rettet mot jøder, deretter fulgte han aksjonene til i Ukraina, blant annet i Nikolajev, og overvar deretter de store massakrene i Odessa 22.–24. okober etter at byen falt 16. oktober etter to måneders beleiring. Jøder var hengt i alle trær og stolper og friområdene fylt med likhauger. Lie omtalte denne tiden i Odessa som «livlig», og kom hjem som en større antisemitt enn tidligere. Jonas Lie besøkte fra midten av oktober 1941 Einsatzgruppe D ledet av Otto Ohlendorf. Detaljene fra Lies besøk hos Ohlendorf er ikke kjent.