Holmboeprisen for matematikklærere i grunnskole og videregående skole ble opprettet i 2005, og deles ut årlig. Prispengene, 100 000 norske kroner, dekkes av Abelfondet, som også finansierer Abelprisen. Prisen deles ut av Norsk matematikkråd, og utdelingen finner sted ved Oslo katedralskole, hvor Holmboe i sin tid var lærer.