Etter finalen måtte han ta et seks måneders avbrekk fra fotballen pga. ryggproblemer. Han kom tilbake på banen, men stadige skadeproblemer de neste to årene gjorde at han spilte sin siste kamp for Liverpool i februar 1998. Han ble frigitt av Liverpool etter sesongen 1998/1999. Totalt spilte Jones 243 kamper for Liverpool uten å score et eneste mål.