I 1647 gikk derimot forbundet på en rekke nederlag ved Dungan's Hill, Cashel og Knocknanuss. Det fikk dem til å inngå en avtale med rojalistene, noe som førte til interne splittelser som hemmet deres evne til å motstå en parlamentarisk invasjon. I august 1649 ble Irland invadert av en stor engelsk parlamentarisk hær, ledet av Oliver Cromwell. I mai 1652 hadde den beseiret alliansen av rojalistene og forbundet, selv om forbundets soldater fortsatte en geriljakrig i ytterligere et år.