Likevel ble det ingen framgang når det gjaldt universitetsstatus. Høyskolen, under ledelse av daværende rektor Ingela Josefsson, leverte en søknad til regjeringen om å få universitetsstatus i 2002. I 2006 leverte høyskolen en oppdatert søknad sammen med en uavhengig evaluering som konkluderte med at høyskolen oppfylte alle krav til å få universitetsstatus. Høyskolen søkte dessuten i 2004 om å få danne et nettverksuniversitet sammen med Karolinska Institutet og Kungliga Tekniska högskolan. Regjeringen har ennå ikke tatt stilling til noen av søknadene. I mellomtiden har høyskolen begynt å bruke navnet på engelsk. I mars 2009 kunngjorde forskningsminister Lars Leijonborg en plan for å øke statusen til høyskolene, bl.a. gjennom å gi dem samme økonomiske rammebetingelser som universitetene og større rett til å tildele doktorgrader. Samtidig sa han at det for tiden ikke er aktuelt å gi universitetsstatus til flere høyskoler. Politikere i Stockholmsområdet har de siste årene ved en rekke anledninger tatt til orde for at Södertörns högskola blir universitet, og vist til at Södertörn med sine 400 000 innbyggere ennå ikke har noe eget universitet. De åtte kommunene på Södertörn sendte etter Leijonborgs avgjørelse ut en pressemelding der de krevde at Södertörns högskola fikk universitetsstatus.