Før Dansk Vestindia (1754–1917) ble oppretta, kalte danskene byen for («kro») på grunn av de mange ølstuene. I 1691 fikk byen det mer respektable navnet , til ære for kong Christian Vs kone Charlotte Amalie (1650–1714). Dagens offisielle navn, , ble brukt av engelsktalende istedenfor . I perioden 1921–1936 het byen . I 1936 fikk den igjen navnet .