Den 11. juli 2006 begynte selskapet flyvninger med sitt første fly, et Let L-410, registrert HA-YFG, malt i de nye fargene til selskapet. Flyet ble innledningsvis operert av 'BASe Air Kft' (Budapest Air Services) under kalletegnet 'Base' og flykoden 'BPS'. De første tre rutene som ble annonsert av Manx2 var fra Man til Belfast lufthavn den 15. juli, fulgt av ruter til Leeds Bradford den 12. august.