Helt siden han har vært liten har Milo hatt en drøm om å finne Atlantis, som på mystisk vis skal ha forsvunnet i havet. En dag blir han kontaktet av professor Preston Whitmore. Han overrekker ham «vokterens bok», i bytte mot å hjelpe dem på deres ferd mot å finne Atlantis, ettersom Milo er den eneste som kan det utdødde Atlantiske språket.