I år 46 f.Kr. var han pretor og fulgte Cæsar på hans hærtokt til Afrika som ble avsluttet med nederlaget ved Thapsus. For sine fortjenester ble han utnevnt til guvernør over provinsen Africa Nova. I dette embetet gjorde han seg skyldig i slik undertrykkelse og utsuging av midler at det bare var Cæsars hånd som gjorde det mulig å slippe unna uten å bli stilt til rette. På hjemreisen til Roma gjorde han innkjøp og vel hjemme etablerte han Horti Sallustiani, Sallustius tregård, på Quirinalhøyden, med et fabelaktig og senere berømt hageanlegg. Sallustius trakk seg deretter tilbake fra offentlig liv og egnet sin tid til historieskrivning og til å kultivere sin hage som han brukte mye av sin oppsamlede formue på.