Hun var datter av pakkhusforvalter, senere tollinspektør Ferdinand August Charisius (1738–1806) og Elisabeth Cooper. Faren arbeidet som fullmektig på St. Croix i Dansk Vestindien, hvor han møtte han den vestindiske kvinne Elisabeth, som han giftet seg med. Charisisus nye sjef kunne ikke akseptere ekteskapet, så Charisius fikk en frist på 5 år til at å forlate Vestindien. På overfarten fra St. Croix til Norge fødtes Ferdinanda Augusta, hun ble hjemmedøpt først i februar.