Sent på 1500-tallet ble restaureringsarbeidene ved moskeen stanset av Abdullah Khan II, den siste khanen av Shaibanid-dynastiet (regjerte 1583-1598). Etter dette forfalt bygningen og ble ødelagt av vær og vind. Til sist kollapset inngangspartiet i et jordskjelv i 1897. Gjennom århundrene har innbyggerne i Samarkand forsynt seg med byggematerialer fra ruinen, spesielt har murstein fra galleriene og marmorsøylene vært populære.