Den sjette suiten er skrevet for et instrument med en høy e-streng som femte streng. Det er ikke sikkert om dette instrumentet ble holdt mellom beina som en cello eller på armen som en bratsj. Det er også et åpent spørsmål om instrumentet var en violoncello piccolo, som Bach oppga i noen kantater fra Leipzig-tiden, eller om det var en viola pomposa – en modifikasjon av barokktidens violoncello piccolo som samtidige kilder hevdet Bach spesifiserte for instrumentmakeren Johann Christian Hoffmann. Suite VI er med stor margin den mest krevende når det gjelder akkordspill. I vår tid blir stykket vanligvis framført på helt vanlige, firestrengers celli. Akkordene krever til dels uvanlige grepteknikker man ellers ikke finner i cellolitteraturen.