Forholdene hun ble holdt fanget under ble stadig strengere. Hun ble plassert hos sir Amyas Paulet i Chartley Hall i Staffordshire, for å isolere henne fra intrigemakere. Paulet var en puritaner, og hadde derfor en del fordommer mot Maria. Han gjorde hennes liv verre, blant annet ved å sørge for å stoppe all korrespondanse.