Han ble født i Lismore Castle i Munster som barn nr. 14 av Richard Boyle, jarl av Cork. Allerede som barn lærte han å snakke latin og fransk, og åtte år gammel ble han sendt til Eton. Etter tre år der ble han sendt på en utenlandsreise med en fransk privatlærer. Han tilbrakte to år i Genova; seinere kom han til Firenze. Her ble han kjent med verkene til den store Galileo Galilei, som døde mens Boyle oppholdt seg i byen.