I midten av november 1943 kom det en falsk agent til Storbritannia som var blitt plantet der av tyskerne. Den tyske dobbeltagenten rapporterte til tyskerne om britiske hemmeligheter. Kort tid senere ble Rowden og hennes medsammensvorne agent Young arrestert som følge av dobbeltagentens informasjon til tyskerne. Hun ble brakt til Lons-le-Saunier og avhørt før hun senere ble fengslet.