I september 1550 reiste broder Juan sammen med den store asiamisjonæren Frans Xavier til Firando (Hirado), så til Amanguchi (Yamaguchi), og så til Miako (Saikyo). De vendte tilbake til Amanguchi, der han ble etterlatt sammen med pater Cosmo Torres for å ta seg av de kristne, mens Frans Xavier forlot landet i håp om å kunne starte en misjon også i Kina.