Fra 1986 til 2009 var Hovik ansatt som forsker ved Norsk institutt for by- og regionforskning (NIBR). I 2009 ble hun ansatt som førsteamanuensis i organisasjon og ledelse ved Høgskolen i Oslo (nå Oslomet – storbyuniversitetet), og i 2015 fikk hun stillingen som professor i organisasjon og ledelse ved samme sted. Ved Oslomet underviser hun i offentlig politikk og administrasjon, samfunnsvitenskapelig metode, og samhandlingsledelse.