Museets samlinger er utstilt på tre nivåer mens et fjerde midtre nivå huser plass for butikklokaler, kafé og kontorer. På det første nivået er det funn fra skråningene av Akropolis. Den lange og rektangulære hallen har et gulv som er skråstilt og minner om ankomsten til Akropolis. Deretter kommer den besøkende til en stor trapesformet hall som oppbevarer funn fra arkaisk tid. På samme gulv er det også kulturgjenstander og skulpturer fra andre bygninger på Akropolis som tempelet Erekhtheion, tempelet for Athene Nike, og den seremonielle portalbygningen Propyleene, og andre funn fra romersk og tidlig kristen tid i Athen. Imidlertid for å beholde den kronologiske orden vil den besøkende først bli dirigert til det øverste nivå som stiller ut Parthenonskulpturene.