Fra 2003 arbeidet Pflüger i tre år for Jesuiten-Flüchtlingsdienst som prosjektleder i Adjumani i Uganda, dit det da kom 90.000 sudanske flyktninger, og 30.000 barn gikk på flyktningskoler. Fra 2006 til 2008 utnevnte den tyske jesuittprovinsens provinsial, pater Stefan Dartmann, til delegat for ignatiansk pedagogikk. Fra 2008 var han regionalleder for jesuittenes flyktningtjeneste i Øst-Afrika, som tok hånd om i alt ca 110.000 flyktninger.