Opptakene til filmen fant sted i tyske Studio Babelsberg. Store deler av filmen ble også tatt opp i København og Praha. Flammen og Citronen er en av de dyreste danskspråklige filmsatsinger noensinne med et budsjett på mer enn 46 millioner danske kroner. Den er produsert av Lars Bredo Rahbek med Morten Kaufmann for Nimbus Film.