Flatabø har tilkjennegitt en rekke hypoteser om hvordan kosthold påvirker helsen, herunder at det kan ha betydning for sengevæting. Han har også hevdet at et kosthold uten gluten og melkeprodukter kan gi bedring hos pasienter med autisme, ADHD, schizofreni m.m. Denne teorien var det den norske legen Karl Ludvig Reichelt som lanserte i Norge. I likhet med Reichelt har Flatabø gitt uttrykk for vaksineskepsis. I 2015 var han oppnevnt som sakkyndig for en pasient som i Høyesterett fikk tilkjent erstatning for å ha utviklet sykdommen multippel sklerose etter å ha tatt MMR-vaksinen. Han har også tilbudt behandling til pasienter som angivelig skal ha blitt skadet av vaksiner.