Sado ligger 45 kilometer vest for byen Niigata i den nordlige delen av Chūburegionen. Øya består hovedsakelig av to parallelle fjellkjeder delt av et eid, , der og brakkvanns-innsjøen ligger. Den nordlige fjellkjeden, og den sørlige, , utgjør brorparten av øya. Sado er blitt dannet av tektoniske prosesser de siste tre millioner år. På grunn av bevegelsene i jordskorpa er landskapet og kysten på øya svært variert. Her kan man finne nesten alle landskapsformer som finnes i Japan.