Edu Moya startet karrieren i Extremadura og har spilt for flere ulike klubber i Spania. Blant annet Mallorca, Recreativo og Hércules i La Liga. Blant annet som følge av økonomiske problemer i flere spanske klubber valgte Moya å gå til norsk fotball og Fyllingsdalen før 2012-sesongen. Han signerte en ettårig leieavtale med klubben. I august 2012 ble overgangen gjort permanent og Moya signerte en toårskontrakt med klubben. Moya forlot imidlertid Fyllingsdalen året etter til fordel for bolivianske Club Bolívar.