Dyer er for ettertiden aller mest for de ordrene han ga den 13. april 1919 i Amritsar. Det var ved hans kommando at 90 britiske soldatene, inkludert 25 gurkha-soldater åpnet ild mot en forsamling av ubevæpnede sivile indere, inkludert mange kvinner og barn, som hadde samlet seg ved Jallianwalla Bagh i det som senere kom til å bli husket som Amritsar-massakren. Dyer fikk en rekke alvorlige slag og drypp i løpet av de siste årene av hans liv, og han ble stadig mer isolert på grunn av gjentatte lammelser og perioder der han ikke klarte snakke og hadde store problemer med å bevege seg. Han døde av omfattende hjerneblødning og arteriosklerose i 1927.