Jakobs mor var en usikker hersker, da både hun og hennes mann var katolikker som stod overfor et opprør av protestantiske adelsmenn. Deres ekteskap var i tillegg særdeles vanskelig. Mens Maria var gravid med Jakob, allierte hertugen av Albany seg i hemmelighet med opprørerne og myrdet dronningens sekretær, David Rizzio.