Flyplassen var opprinnelig av beskjeden størrelse. Etter at Somalia ble selvstendig vokste den mye. Den har hatt flere renovasjonsprosjekter etter dette. Da den somaliske borgerkrigen brøt ut på 1990-tallet ble det store forstyrrelser i driften av flyplassen. Etter at situasjonen i Mogadishu ble forbedret i årene 2010–2011 har det blitt mye rehabilitering av flyplassen.