Som kunstner er Witkin tiltrukket av det absurde i likhet med andre fotografer som Lee Krims og Diane Arbus, og han blir regnet som en av fotografikunstens mest kontroversielle aktører, med sine bilder av lik, kvinnelig kentaur, nakne dverger og mennesker med amputerte lemmer. Witkin finner sine fotoobjekter og samarbeidspartnere ved medisinske fakulteter, likhus og psykiatriske institusjoner verden over. Han refererer stadig i sine bilder til verker av kjente kunstnere som Picasso, Balthus, Goya, Velásquez og Miro. Witkin starter sine ideer med å skissere på papir og perfeksjonerer hver eneste detalj før han går i studio. Etter fotograferingen bruker han forskjellige teknikker for å oppnå sin unike stil, slik som rissing og skraping i negativet og dagevis i mørkerom med forskjellige kjemikalier.