Han studerte jus og var mellom 1919 og 1933 virksom som statsadvokat og dommer. Han ble medlem av SPD i 1919. Mellom 1924 og 1930 var han medlem av den bayerske landdagen (delstatsparlamentet) og mellom 1930 og 1933 medlem av den tyske Riksdagen. Han var kjent som en stor motstander av nasjonalsosialistene, og holdt kraftige taler mot dem i Riksdagen. I 1933 dro han i eksil i Sveits. Da han kom tilbake til Bayern i 1945 ble han innsatt som kommissarisk ministerpresident, men ble ikke valgt ved valgene i 1946. Derimot ble han justisminister i Hans Ehards kabinett frem til 1947. Mellom 1948 og 1950 var han riksadvokat i Bayern. Etter landdagsvalget i 1950 ble han bayersk innenriksminister i en koalisjon bestående av CSU og SPD, og i 1954 ble han bayersk ministerpresident i en regjering bestående av alle partier unntatt CSU. En sentral person i forhandlingene var daværende formann i bayersk SPD Waldemar von Knoeringen. Etter landdagsvalgene i 1957 brøt denne koalisjonen av fire partier sammen, og Hoegner måtte gå av. Han var medlem av Forbundsdagen mellom 1961 og 1962.