Under og etter erobringen av byen ble 500 muslimske sivile og opprørere drept og 750 ble tvangsrekruttert av egyptiske soldater. I tre timer begikk troppene grusomheter mot befolkningen i byen. Mens mange muslimer klarte å rømme, fortsatte jøder som ikke var underlagt Ibrahim Pashas vernepliktspolitikk å tro at de ikke ville bli skadet av egypterne, ettersom jødene i Jerusalem hadde mottatt Pashas forsikring om at jødene i Hebron ville bli beskyttet. Jødene i byen, selv om de ikke hadde deltatt i opprøret, ble rammet av troppenes vrede; egypterne plyndret det jødiske kvarter med skremmende grusomhet. Egyptiske soldater kuttet strupen på europeiske jøder og voldtok offentlig deres koner, synagogene deres ble vanhelliget. Disse overgrepene etterlot seg 12 døde, blant dem fem unge jenter som ble myrdet etter å ha blitt voldtatt. Samfunnet som helhet var hjelpeløst. Tjuefire år senere, i 1858, kom dette samfunnet seg fullstendig3,4,5,6,7.