I 1558 var Jens Nilssøn tilbake i fødebyen der han ble ansatt som hører ved skolen under rektor Rasmus Hjort (). Mellom disse to utviklet det seg et mangeårig vennskap. Jens Nilssøn vendte imidlertid allerede året etter tilbake til København for å fortsette studiene ved universitetet. I denne perioden sluttet han vennskap med Tycho Brahe, som også var student der i byen. Han tok graden i 1562 og ble året etter utnevnt til Rasmus Hjorts etterfølger som rektor i Oslo.