Mannings andre fulle sesong var på mange måter lik 2005-sesongen. Han startet sterkt og fullførte over 65% av sine pasningsforsøk i sesongens fire første kamper. I andre halvdel av sesongen møtte han derimot problemer, og hadde dalende statistikker mot slutten av seriespillet. Etter å ha tapt en hard kamp mot broren Peyton og Indianapolis Colts i åpningskampen, kom Manning og Giants tilbake fra å ligge under 24–7 i fjerde kvarter til en 30–24 seier på overtid mot divisjonsrivalene Philadelphia Eagles i uke 2. Manning satte en personlig rekord med 371 pasningsyards i kampen, og hadde tre touchdownpasninger, inkludert en kampvinnende pasning til Plaxico Burress på overtid, som sikret ham tittelen som NFC Offensive Player of the Week. Etter en svak prestasjon mot Seattle uken etter gikk Manning og Giants på en fem-kampers seierrekke som inkluderte seiere over Washington Redskins, Dallas Cowboys og Atlanta Falcons, for et sesongresultat på 6–2.