I dag brukes trepanasjon ved nevrokirurgiske inngrep. Kirurgene borer da en rekke hull i hodeskallen som til sammen danner en sirkelformet skallebit på størrelse med en håndflate, som man deretter sager løs for å kunne utføre kompliserte hjerneoperasjoner. Etter operasjonen settes biten tilbake i kraniet og gror fast igjen.