Amerikanske myndigheter beskyldte Ansar al-Islam for å være bindeledd mellom Al-Qaida og Saddam Husseins regime, til tross for gruppens skarpe fordømmelse av de sekulære makthaverne i Bagdad. Lederen for Al-Qaeda i Irak, Abu Musab al-Zarqawi later til å ha kommet fra Afghanistan til Irak ved Ansar al-Islams hjelp.