Kort tid etter at prosjektet ble annonsert i april 2005 utga Rådet for innfødte folks råd for biokolonisering (IPCB) en uttalelse hvor de protesterte mot prosjektet, dets tilknytning til Prosjektet for menneskelig mangfoldet av genon (, HGDP) og krevde en boikott av IBM, Gateway Computers, og National Geographic. En gang i mai 2006 anbefalte De forente nasjoners faste forum for urbefolkningsspørsmål (, UNPFII) å stoppe prosjektet.