I øst er Sandhornøya skilt fra fastlandet med Beiarkjeften, Nordfjorden, Tverrsundet og Holmsundfjorden. I vest er den skilt av Morsdalsfjorden. Utenfor Sandhornøya er det flere store øyer; fra sør mot nord har en Fugeløya, Fleina, Sør- og Nord-Arnøya, samt Bliksvær et stykke ut i havet.