Alle de fire store øygruppene har endemiske fuglearter, men Makaronesia har ikke så spektakulære radiasjoner av fugler som De små Antiller, øyene i Guineabukta, Galápagosøyene og Hawaii. Det er ingen endemiske slekter, og 23 nålevende arter er endemiske for Makaronesia. Azorene har to endemiske arter, Madeira har fire, Kanariøyene har sju, Kapp Verde har sju, og tre arter finnes i flere øygrupper. Endemismegraden blir større hvis man også betrakter endemiske underarter og nylig utdødde arter.