Flores hadde sin mest produktive sesong i 1966, da han kastet for 2 638 yards og 24 touchdowns i løpet av 14 kamper. I 1967 ble han byttet til Buffalo Bills. Etter å ha vært reserve for Jack Kemp det året fikk han muligheten til å stille fra start etter at Kemp pådro seg en sesongavsluttende skade under treningsleiren før sesongstart. Flores skadet derimot skulderen sin før den første kampen, og han fikk kun kastet fem pasninger i uke 6 i løpet av sesongen. Etter fem pasninger i sesongåpningen i 1969 ble Flores kuttet, før han signerte med Kansas City Chiefs. Han var der tredjevalg som quarterback etter Len Dawson og Mike Livingston da Chiefs vant Super Bowl. Han la opp etter å ikke ha spilt en eneste kamp i løpet av 1970-sesongen. Han var en av kun tyve spillere som spilte i alle AFLs ti sesonger, og hadde femt flest pasningsyard i ligaens historie.