Kanem-Bornu hadde sitt høydepunkt under den framstående statsmannen Idris Aluma (ca. 1571–1603). Aluma er husket for sin militære dyktighet, administrative reformer og islamske tro. De administrative reformene og militære dyktighet opprettholdt riket fram til midten av 1600-tallet da dets makt igjen begynte å forvitre. Ved slutten av 1800-tallet var Kanem-Bornu åpenbart et rike i nedgang og i 1808 erobret muslimske fulanikrigere fra Sokotokalifatet hovedstaden Ngazargamu. Bornufolket overlevde, men Sayfawadynastiet endte i 1846 og riket selv falt i 1893.