Eilif Dahl som på den tida var professor ved Norges landbrukshøgskole, fikk opprettet en stilling som amanuensis for Lye i 1973. Lye var sentral i utviklingen av undervisningen i botanikk ved landbrukshøgskolen. I denne perioden ble studielengden utvidet, antall studenter vokste sterkt, og studieretningen økologi og naturforvaltning ble opprettet. I 1994 ble Lye professor, og etter at han gikk av 2010 forsatte han som professor emeritus.