Innen 12.08 hadde begge skyterne tatt livet av seg. I et seinere intervju fortalte Kreutz at hun husket å ha hørt en kommentar som «Du er på biblioteket» («You in the library») rundt denne tiden. Harris satte seg ned med ryggen til en bokhylle og fyrte av hagla mot ganen, Klebold gikk ned på kne og skjøt seg selv i venstre tinning med sin TEC-9. Ifølge en artikkel i hørte Patti Nielson skyterne rope i kor «En! To! Tre!» like før det kom et høyt smell. Nielson sa at hun aldri hadde snakket med noen av dem som hadde skrevet artikkelen, selv om bevismaterale kan tyde på noe annet. Like før han skjøt seg selv, tente Klebold en molotovcocktail på et bord i nærheten, der hvor Patrick Ireland lå under, og dette fikk bordplaten til å ta fyr umiddelbart. Under det svidde laget av materiale var en bit av Harris’ hjernemasse, noe som tyder på at Harris allerede hadde skutt seg på dette tidspunktet.