På grunn av den varierte vegetasjonen er forholdsvis mange fuglearter funnet hekkende på øya. Til nå er 92 arter funnet hekkende, hvorav ca. 40-50 trolig hekker årlig. Faste innslag er blant annet hauksanger (eneste faste hekkeplass i Norge per i dag?), nattergal, rosenfink og tornskate. Enkelte funn er gjort av østsanger (1992, eneste hekkefunn i Norge), skogdue, skjeand og hvitkinngås (de siste to på nærliggende øyer). Et stort antall sjøfugler hekker på holmer og skjær rundt Jomfruland. Blant disse kan nevnes teist.