Vann utgjør viktige elementer i Sibirs geografi, som inneholder 53 000 elver og mer enn én million innsjøer. Bajkalsjøen er verdens dypeste innsjø og inneholder nær en femtedel av verdens ferskvann, og elvene er blant verdens største. Fra vest til øst er de største elvene i Sibir Ob, Jenisej og Lena som flyter nordover til Nordishavet og Amur som flyter østover mot Stillehavet. Disse fire elvene drenerer omkring ⅔ av Sibir.