Hun regjerte mellom 1598 og 1621 som monark, deretter som guvernør. Ifølge ekteskapsavtale av 1598 skulle området bli en selvstendig stat med arverett etter henne, men da ekteskapet ble barnløst ble det tilbakeført til Spania ved hennes makes død. Hun var 1589-1594 også utropt til titulardronning av Frankrike.