Jubas triumf varte i tre år da Julius Cæsar i 46 f.Kr. kom til Afrika i egen person med den hensikt å overvinne den siste hæren tilhørende Pompeius’ parti, ledet av Metellus Scipio og Cato den yngre. Juba samlet sin hær og var på vei til å slå seg sammen med Scipio og Cato. På denne tiden ledet han en hær og flåte av betydelig størrelse. Isteden ble han overrasket over at hans kongerike ble angrepet i vest fra Cæsars allierte Bocchus II av Mauretania og en italiensk leiesoldat, Publius Sittius, som ledet en stor hær. Han besluttet å slutte seg til Cæsar, invaderte Numidia og erobret hovedstaden Cirta. Juba ble tvunget til å bryte av for å redde sitt rike. Han etterlot seg 30 krigselefanter som ble sendt til Scipio. Etter en kort tid i krig mot Sittius, ble Juba overtalt til å komme Scipio til hjelp. Scipio visste at han var underlegen Cæsars hær uten støtte og sendte en desperat beskjed til Juba om hjelp. Juba overlot til sin hærfører Saburra til å ta seg av Sittius og Bocchus. Det endte i fullstendig nederlag hvor Saburra ble beseiret og drept av i et slag mot Sittius.