I 1977 begynte han ved Massachusetts Institute of Technology, men han kom tilbake til Berkeley igjen for godt i 1991. Etter han kom tilbake, grunnla McFadden et Econometrics Laboratory, som ble viet til den statistiske beregningen for økonomi applikasjoner. Han er fortsatt denne gruppens leder. Han jobbet som professor i økonomi ved University of California, Berkeley frem til 2011. Da ble han utnevnt til ved University of Southern California (USC), en utnevnelse som ble offentliggjort 10. januar 2011.