Johannes Scotus Erigena er også nevnt som , , og . «Eriugena» er kanskje det mest dekkende etternavnet hans ettersom han selv benyttet det i et manuskript. «Scottus» var en middelaldersk tilegnelse og betyr (dvs ), og i dette tilfellet irsk (eller skotsk i andre). Skrivemåten «Scottus» har autoritet fra tidlige manuskripter som strekker seg tilbake til det 1000-tallet. Stundom blir han også kalt for «Scottigena» («Gaelicborn» = Gallerfødt) i noen manuskripter.