I den såkalte fløyelsrevolusjonen i 1989 ble det kommunistiske styret tvunget til å gå av etter fredelige massedemonstrasjoner, og Václav Havel ble valgt til president. I 1992 inngikk Tsjekkoslovakia og det gjenforente Tyskland en vennskaps- og naboskapsavtale. Relasjonen mellom tsjekkere og slovaker forble et tema fra gjenoppretting av republikken etter andre verdenskrigs til den fredelige oppløsningen. De demokratiske valgene fra 1990 viste en splittelse mellom den tsjekkiske og den slovakiske delen av landet. Tsjekkoslovakia oppløste seg selv 1. januar 1993 ble oppløst og delt i de nye statene Tsjekkia og Slovakia.