Reformasjonen satte en stopper for Hamar bispestol, men det ble bestemt at skolen skulle opprettholdes. Elevene ble satt til å formidle kirkas budskap til almuen. Ettersom tida gikk forfalt domkirka, og i 1567 ble den ødelagt av svenskene. Mens svenskene nøt seieren skal det ha dukket opp en «heimevernstropp» med katedralskoleelever, som overfalt en gruppe svensker som feiret. I juli 1584 ble skolen flytta til Vang, fordi det ikke lenger var noen kirke i Hamar. Man antar at den lå på Dystingbo gård, like ved Vang kirke. I 1584 gikk det 26 elever på skolen. I 1602 ble den flytta til Oslo og slått sammen med katedralskolen der. Se Oslo katedralskole.