Hapkido har sine opprinnelige røtter i Japan, og stilarten daito-ryu aiki ju-jutsu, som hapkido har mye til felles med både teknisk og filosofisk. Hapkido som stilart ble først systematisert i det 20. århundret av Choi Yong-Sul. Choi hevdet selv at han hadde blitt opplært direkte av Takeda Sensei. Dette er bekreftet av Kondo Katsuyuki, nåværende overhode for Daito Ryu Aiki-Ju-Jutsu.