Wismar skal ha hatt byrettigheter helt siden 1229 og kom under kontroll av Mecklenburg i 1301. I 1259 inngikk byen en avtale med Lübeck og Rostock, som hadde til hensikt å beskytte byen mot pirater i Østersjøen, og denne avtalen gjorde at byen ble med i Hansaforbundet. I de kommende århundrene utviklet byen seg som en blomstrende hansastad, blant annet på grunn av sine ullfabrikker. Til tross for at en pest i 1376 drepte rundt 10 000 av byens innbyggere, framsto byen som ganske framgangsrik helt fram til utpå 1500-tallet.