Spilleren og Penny får hjelp av akademi-direktøren Clavell, som skal oppdage Team Stars opprinnelse mens han er forkledd som en student ved navn Clive. De oppdager at Team Star opprinnelig ble grunnlagt for å motvirke mobbing, i stedet for å forårsake dette selv. Spilleren skal også besøke professorens laboratorium i Area Zero. Men der avslører professoren seg for å være en AI-erstatning for den virkelige professoren, som skal ha blitt drept i et eksperiment i laboratoriumet. Det kommer frem at den opprinnelige professoren hadde funnet opp en tidsmaskin for å hente Paradox Pokémon fra fortiden eller fremtiden.