SognefjordenEn eventuell kryssing av den 4 kilometer brede Sognefjorden er sammen med Hordfast den mest kompliserte ferjeavløsningen på E39. Fjorden er omkring 1200 meter dyp, noe som utelukker bygging av en undersjøisk tunnel. Det går også cruiseskip på opp til 70 meters høyde. Statens vegvesen har vurdert alternativer som hengebru, flytebru og rørbru. En eventuell bru vil gi en reisetid over fjorden på 4 minutter mot 47 minutter med dagens ferjetilbud (ferja bruker 20 minutter over fjorden). NordfjordenFerjesambandet Lote–Anda er foreslått avløst av tunnel under Utvikfjellet, bru over indre del av Nordfjorden og tunnel/ny vei nordover til Grodås. Ved Grodås vil en eventuell ny vei knytte seg til Kvivsvegen videre mot Volda. Arbeid med kommunedelplan pågår i 2017, med mål om å få den godkjent i 2018. Dersom finansieringen kommer i orden, kan byggingen starte i 2024–2025. Reisetiden Byrkjelo–Grodås kan bli redusert fra 70 minutter (79 km) til 27 minutter (35 km) avhengig av hvilket alternativt som eventuelt blir bygget ut. Statens vegvesen foreslo i 2017 at broen mellom Svarstad og Frøholm i indre Nordfjord skal bli 1,8 km lang (med hovedspenn på 1,55 km) og ha fire kjørefelt. En bredere brobane (med plass til fire felt) vil gjøre en så lang bro mer stabil. Veien vil ifølge forslaget gå rett fra tunnel ut på broen. Ifølge forslaget skal brotårnet på sørsiden stå på dagens fylkesvei 60 mellom Olden og Innvik. En tofelts bro ble i 2014 anslått å koste 2,7 milliarder kroner. Vegvesenets forslag innebærer tunnel mellom Byrkjelo og Utvik og tunnel mellom Innvik og Frøholmen på sørsiden av fjorden. Den foreslått broen vil få en seilingshøyde 75 meter og brotårn på 240 meter. Fra Markane i Stryn til Grodås i Hornindal planlegger vegvesenet 5,4 km tunnel. Til sammen ventes disse tiltakene å redusere kjøretiden Byrkjelo-Grodås fra 90 til 30 minutter når veibanen er dimensjonert for 80 til 90 km/t fartsgrense. Veien blir da 45 kilometer kortere sammenlignet med vei rundt fjorden. Vartdalsfjorden og SulafjordenStrekningen ligger mellom Volda og Ålesund i Møre og Romsdal. Flere alternativer og veilinjer har vært vurdert, blant annet bru over Storfjord. I 2014 vedtok regjeringen at strekningen Hareid–Sula (Hafast-linja) skal legges til grunn for videre planlegging av ny E39. Traseen omfatter kryssing av både Sulafjorden og Vartdalsfjorden og kryssingsløsninger utredes videre. Strekningen er ikke konkret omtalt i Nasjonal transportplan 2022–2033. Reisetiden kan bli redusert fra 35 til 5 minutter avhengig av hvilken trase som eventuelt blir valgt. Sulafjorden er 440 meter dyp. Det er allerede en kryssing av Vartdalsfjorden, kalt Eiksundtunnelen. RomsdalsfjordenOmtalt som E39 Romsdalsfjorden av Statens vegvesen. Strekningen ligger mellom Ålesund og Molde. Forslaget innebærer kryssing av Romsdalsfjorden med en 16 kilometer lang undersjøisk tunnel fra Vik i Vestnes kommune til Nautneset i Molde kommune. Mellom Nautneset og Julbøen (over Julsundet) er det foreslått en rundt 2 kilometer lang hengebru. Prosjektet er omtalt i Nasjonal transportplan. Byggestart er planlagt til perioden 2024–2029. Kostnad for selve fjordkryssingen er anslått til 14,5 milliarder kroner. I 2020 gikk Vegvesenet inn for å utsette «Møreaksen» til 2028.