I løpet av krigen blei Fanfani mer orientert mot den politiske retninga som i 1943 skulle etablere seg som Det kristeligdemokratiske partiet. Her blei han sentral i en fløy som var sterkt katolsk i verdispørsmål, men reformistisk i økonomisk politikk. De siste krigsåra var han i eksil i Sveits, men da han vendte tilbake, fikk han raskt sentrale verv i partiet.