Han har vært innvalgt på Lagtinget siden 1998, men møtte første gang som varamann i 1989. Han ledet kulturkomiteen 1998–2002 og justiskomiteen 2002–2004. Han var formann i presidentskapet i Vestnordisk råd 2002–2003. I 2004 ble han utnevnt til kulturminister (med kirke- og undervisningssaker) i ABC-regjeringen. Fólkakirkjan motsatte seg utnevnelsen, fordi Jógvan á Lakjuni var med i Brøðrasamkoman, men loven forhindret ham ikke i å ha ansvaret for kirkesaker. Han gikk av sammen med resten av regjeringen i 2008.