I ettertid har det fremkommet bevis for at Einsatzgruppene ble støttet av Wehrmacht, blant annet ved at de fikk mesteparten av utstyret fra hæren. Hitler instruerte Wilhelm Keitel, øverskommanderende for Wehrmacht, om at Einsatzgruppene var under Himmlers kommando og at de opptrådte uavhengig på Himmlers ansvar. For ettertiden har det på bakgrunn av dette vært et spørsmål om Himmlers myndighet fritar Wehrmacht for ansvar eller medvirkning. Den amerikanske historikeren Richard Rhodes fremholder at Walter Schellenberg, Heydrich og generalkvartermester Eduard Wagner møttes og avtalte at Einsatzgruppene skulle opptre under Wehrmachts kontroll ved fronten mens lenger bak i erobrede områder skulle de opptr helt selvstendig. Wehrmacht skulle forsyne Einsatzgruppene med blant annet mat og drivstoff.