Bowens kone Diamantina døde i London i 1893 da hun var rundt 60 år gammel. Hun fikk en elv i Queensland i Australia oppkalt etter seg. Bowen giftet seg med sin andre kone, Letitia Florence White, sent i 1896 ved Chelsea i London. Hun var datter av Thomas Luby, en matematiker, og var enke etter Henry White, som hun hadde giftet seg med i 1878.