Karakteren til Lincoln Burrows blir først sett i avis-artikler i Michael Scofields leilighet. Han gjør sin første virkelige opptreden senere i pilot-episoden når han blir sett i en fengselsgård. Det blir slått fast at Michael er broren hans, så vel som Michaels intensjon om å bryte Lincoln ut av fengsel. I de første par episodene blir mer fra Lincolns karakter og bakgrunn etablert, i likhet med hans kompliserte og anstrengte forhold til tenåringssønnen L.J. og hans tidligere kjæreste Veronica Donovan.