Etter at hans vennskap med Hobson falt i grus var Clarke og MacDermott nesten uatskillelige. De var henholdsvis økonomiansvarlig og sekretær i IRB, og drev i praksis organisasjonen, selv om det var andre som nominelt var ledere. I 1915 opprettet de to IRBs militærkomité for å planlegge et opprør. Medlemmene av rådet var først Pádraig Pearse, Éamonn Ceannt og Joseph Mary Plunkett, mens Clarke og MacDermott ble medlemmer kort tid etter. I 1915 døde O'Donovan Rossa, og Clarke brukte sammen med Pearse begravelsen til å mobilisere Volunteers og oppildne dem. I januar 1916 ble James Connollys Irish Citizen Army innviet i planene, og Connolly selv ble tatt med i komitéen. Den siste som kom inn var Thomas MacDonagh, i april. Det var disse syv som signerte påskeproklamasjonjen, med Clarkes navn øverst.