Voldelig konflikt var uunngåelig, og franskmennene allierte seg med micmac-stammen på fastlandet for å holde beothukene unna. Etterhvert ble beothukene tvunget inn i det karrige innlandet, hvor de raskt sank i antall på grunn av dårlig mattilgang. Tyveriene fortsatte imidlertid, og straffeekspedisjoner ble sendt for å utrydde beothukene. I 1768 var det færre enn 400 igjen, og i 1810 ble de "fredet". Det var altfor sent, og de siste beothukene rømte antagelig til fastlandet. Bare én var igjen i 1827, den siste kjente beothuk. Hun het Nancy Shanawhdit og døde i 1829.