Senere i slaget gikk de kristne styrkene inn for å borde det muslimske flaggskipet. Etter harde kamper med de tyrkiske janitsjarene måtte de spanske troppene avbryte angrepet to ganger, men tredje gang var angrepet vellykket. Ali Pasja ble drept, og hodet hans ble satt på en stake på det spanske flaggskipet. Dette bidro til å svekke de resterende muslimske styrkenes moral.