Ong stilte ikke opp i valget til en andre presidentperiode i 1999, delvis av helsemessige årsaker. Ongs kone, Ling Siew mai, døde i august 1999 etter en kreftsykdom. Ong døde av lymfekreft 8. februar 2002, 66 år gammel. Ong var den første presidenten som etter sin død ikke fikk en statsbegravelse. Han fikk en statlig assistert begravelse.