Familien flyktet til kongedømmet Sardinia fra fremrykkende militære styrker forut for den franske revolusjon. Etter kort tid i Nizza bodde Eugène de Mazenod i Torino. Familien hadde en svært hard tid som flyktninger. Faren var tvunget til å forsøke seg som forretningsmann, men der var han en fiasko, og etter hvert nærmet familien seg virkelig fattigdom. For å sikre sønnen en utdannelse, brakte faren Eugène i september 1791 til adelskollegiet i Torino, som ble drevet av patre fra ordenen barnabittene. Der lærte Eugène seg tysk og italiensk. I Torino mottok han sin første kommunion og ble fermet (konfirmert). Men der skulle han få være i bare tre år, for den franske revolusjonshæren trengte også inn i Nord-Italia. Ytterligere midlertidige oppholdssteder var Venezia (der de bodde fra 1794 til 1797) og så til Napoli.