I 1885 hadde legene advart ham om at hans hvileløse aktiviteter kom til å slite ham ut, men å hvile var i strid med hans natur. Han ble stadig svakere i løpet av 1887. Den 31. januar 1888 døde Bosco. 40 000 mennesker viste ham den siste ære da han lå på lit de parade. Praktisk talt hele befolkningen i Torino var på gaten under hans begravelse. Han ble gravlagt i byens Salesianerkirke Maria Auxiliatrix.