I 2005 medvirket Mikkelsen igjen i en film regissert av Anders Thomas Jensen; , hvor han spiller presten Ivan med Ulrich Thomsen, Nicolas Bro, Paprika Steen, Ali Kazim og Ole Thestrup. Mikkelsen ble nominert til Robertprisen for årets mannlige birolle for rollen i 2006. Samme år var han også med i ungdomsserien , hvor han spilte Julies far, Harald.