Det ble bygd i 1816 som , og var det andre delstatsfengselet i New York (etter Newgate i New York City, 1797-1828), og det var her den elektriske stol første gang ble benyttet i 1890. Fengselet har gitt navn til Auburnsystemet, et program som ble tillempet på 1800-tallet for rehabilitering av fanger. Fengselet byttet navn till på 1970-tallet.