I løpet av våren 1844 hadde et skille oppstått mellom Smith og flere av hans nærmeste medarbeidere. Et kjent tilfelle var Smiths betrodde rådgiver, William Law, og Robert Foster, en general i Nauvoo-legionen, som begge var uenige i hvordan Smith administrerte Nauvoos økonomi. Både Law og Foster påsto dessuten at Smith skal ha fridd til deres ektefeller. Smith utstøtte dem fra kirken 18. april 1844, dissidentene dannet sin egen konkurrerende kirke,, og den påfølgende måneden ble Smith, i fylkeshovedstaden Carthage, gransket av en storjury for polygami og andre kriminelle handlinger.