Geologisk ligger Malta (og de øvrige maltesiske øyene) på en undervannsrygg som strekker seg fra Nord-Afrika til Sicilia. En gang i fjern fortid var Malta nedsunket, noe som vises av sjøfossiler i fjellet på øyas høyeste punkt. Etter hvert som ryggen ble presset oppover og Gibraltarstredet ennå var lukket, var vannstanden i Middelhavet lavere. Malta utgjorde da en bro av tørt land som strakte seg mellom de to kontinentene Europa og Afrika, omgitt av store innsjøer. Noen grotter på Malta har avslørt bein fra elefanter, flodhester og andre store dyr som nå kun finnes i Afrika, mens andre har vist bein fra dyr som kun finnes i Europa. Etter hvert som havet steg, ble Malta til en øy, og i likhet med så mange andre isolerte øysamfunn ble da elefantene – i fravær av rovdyr – mindre og mer beiteeffektive før de til slutt døde ut.