Det eneste stridsspørsmålet mellom Ebert og kongressen bestod i kontrollen over militæret. Kongressen forlangte blant annet medbestemmelsesrett for sitt nyvalgte i ledelsen av de væpnede styrker, frie valg av offiserer og disiplinære myndigheter for soldatrådene. Men dette var i strid med den hemmelige avtalen mellom Ebert og Groener. Begge satte alt inn på å omgjøre denne beslutningen. Overkommandoen, som i mellomtiden hadde flyttet til Kassel, begynte å etablere lojale frikorps, som var ment å brukes mot den antatte bolsjevikiske trusselen. Disse troppene var monarkistiske offiserer og mannskap, som fryktet veien tilbake til det sivile liv og republikken.