I 2001 erstattet Benítez Héctor Cúper som manager i . Klubben hadde vært i kontakt med Javier Irureta, Mané og Luis Aragonés, men fått avslag fra alle tre. Klubbdirektør Javier Subirats så imidlertid potensialet i Benítez og tilbød ham stillingen. Til tross for at Gaizka Mendieta forlot Valencia, overtok Benítes et lag med potensial. Santiago Cañizares, Roberto Ayala, Rubén Baraja, David Albelda, Vicente Rodríguez og Pablo Aimar var kjernen i laget han overtok.