Fougner ble ved Menighetsfakultetet i 1957, og ordinert til prest i 1959. Han arbeidet som sekretær i Norges Kristelige Student- og Skoleungdomslag (NKSS) fra 1957, feltprest i 1958, og studentprest tilknyttet NKSS i Trondheim fra 1959 og Oslo fra 1962. I 1966 ble han seminarleder ved Indremisjonsselskapets bibelskole, fra 1972 var han rektor samme sted.