Byen er oppkalt etter grunnleggeren Eugene Franklin Skinner som bygget et handelssenter i 1850 og grunnla byen i 1862. I 1872 ble byggingen av University of Oregon vedtatt i håp om å gjøre Eugene til et sentrum for læring. Universitet ble åpnet i 1876 og har i dag omtrent studenter og er blant Eugenes største arbeidsgivere.