Under annen verdenskrig ble haven sterkt skadet — av 3 715 dyr overlevet kun 91. Fra 1945 til 1956 ledet dr. Katharina Heinroth, Oskar Heinroths hustru, den zoologiske haven. Hun organiserte gjenoppbyggelsen. Den ble etter hvert bygget opp til en av verdens største, og man begynte med avl av sjeldne eller truede dyrearter.