Helsingfors universitet består av elleve fakulteter (teologi, jus, medisin, humaniora, matematikk-naturvitenskap, atferdsvitenskap, statsvitenskap, agrikultur-forstvitenskap, veterinærmedisin, farmasi og biovitenskap) og en frittstående enhet, Svenska social- och kommunalhögskolan. Universitetets bibliotek er Finlands nasjonalbibliotek.