Carlos Aguiar Retes gikk på gutteseminaret i Tepic (1961-1969) og studerte teologi ved Pontifical Seminary of Montezuma i Montezuma i New Mexico i USA (1969-1972) og ved seminaret i Tula i Hidalgo i Mexico (1972-1973). Han ble presteviet den 22. april 1973 og studerte bibelteologi fra 1974 til 1977 ved den pavelige latinamerikanske kollegium og ved Biblicum i Roma. Han var rektor for semnaret i Tepic fra 1978 til 1991. I 1991 fullførte han en doktorgraden i bibelteologi ved Det pavelige gregorianske universitet. I 1996 ble han professor i Den hellige Skrift ved Det pavelige universitet i Mexico.