Siden 1995 har Godzimirski vært ansatt som seniorforsker på Avdeling for Russland og Eurasia (tidligere Senter for Russlandsstudier ved Norsk utenrikspolitisk institutt, hvor han leder energiprogrammet. Forskningen hans fokuserer på russisk utenriks-, forsvars- og sikkerhetspolitikk, europeisk integrasjon, Sentral- og Øst-Europa og energipolitikk.