Julen 1785 ble Wessel sengeliggende med nervefeber, og døde svekket av mange års fattigdom og sykdomsplager. Samtlige medlemmer av møtte da han ble gravlagt på Trinitatis kirkegård 6. januar 1786. De betalte begravelsen, men gravstedet forfalt etter at de gamle svirebrødrene flyttet hjem til Norge. Ved omleggingen av kirkeplassen i 1929 ble en gravstein satt opp, enda det allerede fantes et gravminne over ham som stadig er å se i anlegget, oppsatt av i 1863. Den originale gravsteinen ble lenge stående hos stenhuggeren, deretter i en privat hage på Frederiksberg, og er nå utstilt i hus i Akersgata.