Küçük Kaynarca-traktaten som avsluttet den russisk-tyrkiske krig inneholdt betingelser som tillot stor ekspansjon av de kommersielle aktivitetene til den gresk-ortodokse befolkningen innenfor Det osmanske rike. Handelsmenn fra Samos dro fordel av dette, og en urban handelsklasse basert på handel og sjøfart begynte å vokse på øya. Handel fra Samos ble drevet over Middelhavet, foruten også bosetning av grekere fra De joniske øyer (som i 1797 hadde gått fra republikken Venezia til den franske republikk) introduserte til Samos de progressive tankene til opplysningstiden og den franske revolusjon. Det førte til opprettelsen av to rivaliserende politiske partier; det progressivt-radikale Karmanioloi (oppkalt etter den franske revolusjonssangen «Carmagnole»), og det reaksjonære, landeierpartiet Kallikantzaroi. Under lederskapet til Lykourgos Logothetis fikk Karmanioloi i 1807 makten på øya. De innførte liberale og demokratiske prinsipper og ga myndighet til folkelige, lokale råd framfor utelukkende makt til de som eide jord. Dette styret varte fram til 1812 da de ble veltet og deres ledere ble forvist fra øya.