Han tok utdannelse i litteraturstudier ved Columbia University der han medvirket i studentopprøret og ble arrestert sammen med flere hundre andre. Ved Columbian fordypet han seg blant annet i franske dikt som han oversatte. Han hadde småjobber som sjømann og lærer. Han flyttet i 1971 til Paris hvor han arbeidet som oversetter av fransk litteratur. Auster ga ut sin første bok i Paris i 1972, . Etter at han returnerte til USA i 1974, publiserte han egne dikt, essays og romaner, samt oversettelser av franske forfattere som Stéphane Mallarmé og Joseph Joubert. I 1981 giftet Auster seg med den norskættede forfatteren Siri Hustvedt. Tidligere var han gift med forfatteren Lydia Davis. Paul Auster hadde to barn, Daniel (med Lydia Davis) og Sophie (med Siri Hustvedt). Daniel døde av overdose heroin i 2022.