Bioenergi i flytende form forventes å kunne være et velegnet drivstoff i transportsektoren. Typisk blir det mange steder i verden blandet inn 5–25 % etanol i bensinen, dessuten blandes biodiesel inn i diesel. Det er flere utfordringer med en overgang til drivstoff kun bestående av flytende bioenergi. En må utvide infrastrukturen med større tanker og rør, samt med større drivstofftanker i bilene, for å overføre samme energimengde. Årsaken er at for eksempel etanol bare har 2/3 så høyt energiinnhold som bensin.