Manning startet 2007-sesongen med en formidabel kamp mot Dallas Cowboys, hvor han fullførte 28 av 41 pasninger for 312 yards, fire touchdowns og en interception, men pådro seg også en strekk i skulderen og ble tatt ut av kampen sent i andre halvdel. Selv om han spilte i kampen mot Green Bay Packers i uke 2, og sanket 211 pasningsyards og én touchdown, spilte ikke Giants' forsvarsrekke bra nok, og Giants falt til 0–2 i sesongen etter at Green Bay vant 35–13. I uke 3 ledet Manning Giants til en comebackseier, hvor forsvarsrekken ikke slapp inn noen poeng i andre halvdel mot Washington Redskins for en 24–17 seier. Mot Philadelphia Eagles briljerte Giants' forsvarsrekke, da de tangerte en NFL-rekord med 12 sacks, og slapp kun inn poeng på et field goal. Giants vant kampen 16–3. Uken etter scoret Manning to touchdowns i andre halvdel etter en skuffende første halvdel da Giants vant 35–24 mot rivalene New York Jets.