Kirchers standpunkt til fossilet var ikke enhetlig. Han skjønte at enkelte var forsteninger av rester av dyr, men andre tilskrev han den menneskelige skapertrang eller jordens spontane regenerative krefter. Ikke alle de objekter han forsøkte å beskrive var fossiler – dermed ble også tolkningene innfløkte skjønt av og til meget treffsikre.