Systemd er likevel omstridt, og har ført til en polarisering av Linux-samfunnet. Kritikken går i hovedsak ut på at det krenker Unix-filosofien om å sammenføye programvare med en enkel funksjonalitet. Kritikere hevder også at det har potensial til å bli tregt, tunggrodd og kreve mer minne. Det er også blitt sammenlignet med svchost.exe som ble innført i Windows 2000, og som er en annen omdiskutert form for oppstart.