I begynnelsen av den tredje sesongen dukker Nova Group, en terror-gruppe opp og de gjennomfører en rekke angrep mot amerikanske myndigheter og NTAC. Dette inkluderer attentatet på alle som var involvert i promicin-hemmerne, et attentat-forsøk på Ryland; anklager Baldwin for drap, og å drive en annen person til galskap. I løpet av tredje og fjerde sesong avsløres det at bare en viss fraksjon av de 4 400 ønsker å forandre historien. En annen fraksjon, som foretrekker status quo, motsetter seg resten av 4 400. Men de eksakte motivene til disse fraksjonene blir aldri avslørt.