I 1967, etter nesten 20 år i sovjetisk tjeneste, ble det offentlig kjent at Selmer Nilsen var avslørt, etter at og andre medier hadde fattet interesse for saken. Det var først og fremst funnet av rullen med kodepapir som ble vanskelig å forklare. Selmer ble arrestert i Havøysund i Finnmark den 7. april 1967. Han ble tatt inn til forhør, og der tilstod han alt, men ble ikke trodd av politimesteren og sorenskriveren. Etter dette trakk Nilsen forklaringen sin tilbake. Senere ble han tatt med til steder i Nord-Norge der han sa at han hadde vært, blant annet der lyttekabelen for ubåter på Nordkyn lå. Etter hvert begynte politiet også å tro på det Selmer hadde fortalt. Senere samme år falt dommen. For dette ble Nilsen den 19. desember 1967 dømt til syv og et halvt års fengsel og inndragning av kroner.