Pujol ble innkalt til militærtjeneste på den republikanske siden, men var motstander av den republikanske regjeringen med bakgrunn i behandlingen av hans familie. Han gjemte seg i hjemmet til kjæresten inntil han ble arrestert under en razzia. Han slapp fri etter en uke med hjelp fra en monarkistisk motstandsgruppe, . De skjulte ham til de kunne produsere falske identitetspapirer som viste at han var for gammel til militærtjeneste.