I 1991 ble Lunde assisterende riksantikvar og han ble utnevnt til riksantikvar senere samme år. Lundes mest krevende oppgave var etableringen av Norsk institutt for kulturminneforskning (NIKU (1994)). Dette medførte at en stor del av riksantikvarens ressurser ble overført til det nye instituttet. Dessuten hadde Lunde ansvaret for samarbeidet med Forsvaret om å verne etatens antikvariske og historiske anlegg. I tillegg ble det i hans periode utformet verneplaner for kystdirektoratets verneverdige fyr og andre anlegg. Lunde var sentral i arbeidet med å få etablert en sektorovergripende kulturminneforvaltning.