Ettersom det er liten og ikke fast menneskelig bosetning, bortsett fra besøkende, foruten også moderat press fra husdyr på beite er en del naturlig habitater som er typisk for sentrale Kykladene godt bevart. Av den grunn er Despotiko, Strongyli og den sørligste delen av Antiparos som det omliggende havområdene blitt utvalgt som et område for prosjektet NATURA 2000. Det er økologisk nettverk av beskyttede områder innenfor Europaunionen. Store områder er dekket av buskvekster som . Munkesel er fast tilstede i de grunne områdene. På havbunnen er det sjøgress av typen som gir habitat for et mangfold av fauna og flora.