Under hans styre, ble menneskerettigheter ekstremt dårlig behandlet og den georgiske befolkningen i Abkhasia ble fratatt retten til å vende tilbake til Abkhasia, og de som ble igjen i landet ble systematisk utsatt for etnisk rensing. Ardzinba vekket ytterligere kritikk fra det internasjonale samfunnet etter å ha utstedt et dekret som forbyr Jehovas vitner i landet fra og med 1995. I løpet av de siste årene av hans presidentperiode møtte han hard kritikk både for ikke å klare å bringe stabilitet til Abkhasia og hans stadig lavere offentlige profil. Han hadde latt være å vise seg offentlig siden 2002. Som et resultat, hadde rollen som statsoverhode, ble stadig mer overlatt til statsministeren Raul Khajimba.