Bortsett fra å vinne Uruguays mesterskap i 1992, så de fleste 90-årene Nacional-spill uregelmessige sesonger, og lider av deres rivaler Peñarol vinner fem år på rad fra 1993 til 1997. For å berge tilbake, snakket medlemmer igjen til Dante Iocco for å presidere klubben, og han brakte Hugo de León til å trene et nytt lag i 1998. Nacional vant det uruguayanske mesterskapet fra begynnelse til slutt. Grunnlaget for det 1998-laget vant også 2000 og 2001-mesterskap, samt 2002-en, denne gangen trent av en annen 1988 veteran, Daniel Carreño. Med sine oppturer og nedturer Nacional har vist seg å være den aller mest solide klubben i Uruguays i det 21. århundre, etter å ha vunnet 9 mesterskap mot 4 vunnet av Peñarol, 3 av Danubio og 1 av Defensor Sporting.