I Irland hadde det vært kontinuerlig krig siden opprøret i 1641. I 1648 var det meste av øya kontrollert av Irish Confederates, og de inngikk en allianse med rojalistene fordi de fryktet at parlamentshæren skulle erobre øya. Under James Butler, 1. hertug av Ormonde forsøkte de kombinerte rojalistiske og konfødererte styrkene å knuse parlamentsstyrkene som kontrollerte Dublin, men de led nederlag i slaget ved Rathmines. Det tidligere parlamentsmedlemmet Robert Blake blokkerte prins Ruperts flåte ved Kinsale, og Cromwell kunne dermed stige i land i Dublin den 15. august 1649 med en styrke som var stor nok til å slå ned alliansen.