I 1778 døde Eliya XII, men Yukhannan kunne ennå ikke utøve sin arverett til etterfølgelse ettersom han fortsatt var for ung. Da ble hans fetter Ishoyahb valgt, og han tok navnet Eliya XIII Ishoyahb (1778-1804). Han støttet først unionen med Roma, men trakk seg snart tilbake fra den. Dette resulterte i eb deling av Alqosh-patriarkatet mellom tilhengerne av Eliya XIII på den ene side, og tilhengerne av unionen med Roma, ledet av Yukhannan Hormizd, som også hadde flertallet av biskopene med seg.