Taksonomien til muslingkrepsene er omstridt og inneholder vanskelig systamiserte grupper. Det er generelt omstridt å fin-inndele organismer taksonomisk. En vanlig oppdeling anerkjenner muslingkreps som en av seks ulike klasser av krepsdyr. Skillene mellom de ulike gruppene av muslingkreps er usikre, og stort sett basert på morfologi snarere enn molekylær analyse. En moderne oppdatering av systematikken gis av Martin and Davis, som følgende oversikt følger ned til nivået orden, mens lavere nivåer i enkelte tilfeller følger : Detaljene baserer seg derimot på -databasen.