Vanlige feil når man tilbereder mat i mikro er å varme maten for lenge eller på for sterk varme. For eksempel kan en tidsforskjell på 20 sekunder kan ha mye å si i mikro. Frossent kjøtt bør ikke tines i mikro da det ødelegger kjøttet. Plastikkemballasje av typen brukt for yoghurt og smør bør ikke brukes siden det kan smelte og avgi farlige gasser. Plastfolie bør også tas av maten før oppvarming, da det kan avgi farlige gasser til maten. Gamle tallerker kan dessuten inneholde bly som kan komme over i maten ved oppvarming i mikrobølgeovnen. Det er brannfarlig å kjøre mikrobølgeovn uten noe inni. Papir og papp, som for eksempel kjøkkenruller og servietter, bør som hovedregel ikke brukes i mikrobølgeovn da de kan inneholde farlige stoffer som avgis i kontakt med varm mat. Metalldeler må ikke bli med inn i mikroen, ellers kan det slå gnister.