Den 16. juli 2007 ble Mariano Crociata utnevnt av pave Benedikt XVI til biskop av Noto. Bispevielsen fant sted den 6. oktober 2007 i katedralen i Noto av erkebiskopen av Palermo, Paolo Romeo; medkonsekratorer var erkebiskop Nikola Eterović, generalsekretær for biskopssynoden, og Domenico Mogavero, biskop av Mazara del Vallo. I den sicilianske bispekonferanse var Mariano Crociata delegat for troslæren og katekesen. Den 25. september 2008 utnevnte pave Benedikt XVI ham til generalsekretær for den italienske biskopskonferanse (CEI), hvorpå Mariano Crociata trakk seg som biskop av Noto.