Gustaf Retzius ble dessuten konfrontert med den rasehygieniske bevegelse da den ene av den tyske bevegelses to hovedmenn, Ernst Rüdin, sommeren 1907 besøkte Sverige i den hensikt å rekruttere Gustaf Retzius og Carl Magnus Fürst. På Fürsts initiativ valgte de to svenske anatomer imidlertid å avvise invitten. Retzius' yngre kollega oppfattet dens misjonerende samfunnsengasjement for den nordiske rases forsvar som uforenlig med deres stilling som vitenskapsmenn. Da Svenska sällskapet för rashygien så ble opprettet i 1909 var både Retzius og Fürst fraværende.