I Doncasters første sesong i den nyetablerte divisjonen Football League One noterte Green for seg 7 mål på 42 ligakamper, mens han i 2005/06-sesongen stoppet på 3 ligamål på 34 kamper. Deretter ble 2 mål på 41 ligakamper i 2006/07-sesongen før han i sin siste sesong, 2007/08-sesongen, for scoret 3 ligamål på 39 kamper. Selv om Doncaster Rovers rykket opp til Football League Championship etter 2007/08-sesongen valgte Paul Green å forlate Doncaster til fordel for Derby County sommeren 2008.