Sartène ble grunnlagt en gang tidlig på 1600-tall, da de eldste gatene stammer fra. Likevel har det vært bosetninger her i mye lengre tid. Byen ble angrepet av pirater fra Algerie i 1583 da over 400 av byen innbyggere ble bortført. Disse piratangrepene fortsatte helt ut til starten av 1800-tallet, da et forbedret borgervern ble opprettet.