Konsekvensen av at mange EU-land ga opp Schengenområdets ytre grensekontroll og satte tilside forpliktelsene etter Dublinavtalen, ble at en rekke land gjeninnførte grensekontroll mellom EU-stater. Kroatia (som ikke var Schengen-medlem) og Ungarn innskjerpet grensekontrollen mot Serbia, og det oppstod i oktober økte kontrollbehov langs ruten Kroatia-Slovenia-Østerrike, ikke minst på grunn av Slovenias utfordringer med å innkvartere og håndtere migrantene. Ungarn har gjeninnførte i realiteten full grensekontroll i oktober, også mot EU-staten Kroatia. Samtidig fullførte Ungarn sitt grensegjerde mot Serbia og utvidet det i retning Kroatia. Bulgaria hadde allerede før 2014 grensegjerde mot Tyrkia, og landet hadde selv høsten 2015 ikke mottatt mer enn om lag 20 000 flyktninger og migranter.