Flagstad ble ryddet i Merovingertida, dette ser en ut i fra den sentrale beliggenheten i bygda og bosetningsmønster i de omkringliggende områder. Gården ble tidlig delt i to, antakelig har dette skjedd en gang i vikingtida. Flagstad-navnet er først nevnt i skriftlige kilder fra 1500-tallet. Navnets opprinnelige form kan ha vært Flagarstadir. Førsteleddet Flagar kan stamme fra Flagstadelva som renner forbi gården. Flagar betyr vann som bruser og strømmer nedover, med hvite skumtopper på hvirvlene.