I 1672 flyttet Sheldon hjem til England. Han var svært misfornøyd med at han ikke fikk utbetalt det han hadde til gode. Han avslo et tilbud om å arbeide for den engelske flåten i Tanger. I 1677 ble han hyret av Karl XI til å anlegge et verft i Riga, og frem til 1683 bygde han tre linjeskip. Igjen engasjerte han seg i privat virksomhet, fikk ikke utbetalt det han skulle ha, og han kom i krangel med verftsjefen Frans Lou. Denne gangen gjorde flåtens ledelse krav på lydighet og Sheldon ble først satt i arrest på Kalmar slott og fikk deretter avskjed. Han oppholdt seg likevel i Sverige til 1685.