Nilus ble gradvis fryst ut av adelen i St. Petersburg, og flyttet derfor i 1906 med sin nye kone, Yelena Ozerova, først til klosteret Optina utenfor byen Koselsk, og i 1912 til Krutsets. Her levde han et stille liv som forfatter, sannsynligvis uten å vite at det var utgaven av Protokollene fra hans egen bok som var basis for den antisemittiske, anti-bolsjevikiske propagandaen de Hvite utga under den russiske borgerkrigen fra 1917. På tross av flere arrestasjoner ved de nye kommunistiske myndighetene i årene etter Revolusjonen, levde Nilus relativt uforstyrret til han døde av hjertesykdom i 1929.