Sokotra i Det arabiske havet ble okkupert i 1506, og i det samme året besøkte Lourenço d'Almeida Ceylon. I Det indiske hav ble Madagaskar oppdaget i 1507 av et av Pedro Álvares Cabrals skip, og landet ble delvis utforsket av Tristão da Cunha. Mauritius ble oppdaget i det samme året. I 1509 vant portugiserne sjøslaget ved Diu mot en koalisjon sammensatt av Ottoman-sultanen Beyazid II, sultanen av Gujarat, mamelukksultanen av Kairo, raja Samoothiri av Kozhikode, Den venetianske republikken og Ragusan-republikken (Dubrovnik). Det andre slaget om Diu i 1538 gjorde ende på de ottomanske framstøtene i India og bekreftet det portugisiske eneveldet i Det indiske hav.