I 1207 fikk det store venetianske samfunnet handelskonsesjon fra den muslimske guvernøren. Avtalen varte derimot ikke lenge, og i desember 1223 ødela en arme fra Aleppo, i frykt for det femte korstoget, alle forsvarsverkene og tok festningen fra hverandre. Den arabiske geografen Yaqut al-Hamawi skrev at Latakia under Ajjubide-dynastiet var «en gammelgresk by, med mange antikke bygninger, og har fine områder, og en glimrende havn.» Han nevnte også at byen var tidligere en del av Jund Hims, men at den i 1225 hørte til Aleppo-distriktet. Med den første mongolinvasjonen og da mamelukkene tok over makten, tok Bohemond VI byen og ga halve byen til Johanitterordenen som takk for å ha hjulpet til under erobringen. Genuesarerne ble så gjenopprettet i byen på kostnad av venetianerne.