Heinrich Dumoulin underviste ved Sofiauniversitetet (上智大学, ) i Tokyo, som er et jesuittisk universitets- og forskningssenter. Han grunnla dette universitetets Institutt for Orientalske Religioner. Fra 1975 til 1976 var han dessuten den første direktøren for «Naznan Institute for Religion and Culture», som i dag (2017) er en del av Nanzan-universitetet (南山大学, ). Naznan-universitetet er et privat universitet i Nagoya i Japan. Alle universitetets ulike institutter og enheter ble i sin tid opprettet av katolske ordener.