Et klart flertall av de ledende fysikerne i prosjektet hadde jødisk familiebakgrunn (og mange var flyktninger fra Europa) blant andre Leo Szilard, Edward Teller, Eugene Wigner og Victor Weisskopf. Blant avdelingslederne var minst åtte jøder samt øverste leder Oppenheimer. Albert Einstein hadde bidratt til Einstein–Szilárds brev som medvirket til at prosjektet ble igangsatt. Disse fysikerne hadde tysk, ungarsk, polsk og østerriksk så vel som italiensk bakgrunn. På grunn av tiltagende antisemittisme i Tyskland, særlig etter nazistenes maktovertakelse i 1933, mistet mange akademikere av jødisk bakgrunn sin stillinger. Mange flyktet til andre europeisk land eller til USA. Land under tysk okkupasjon (som Østerrike) eller innflytelse (som Ungarn) gjennomgikk en tilsvarende utvikling.