Samme år var han også med i det romantiske dramaet i rollen som legen Niels, som innleder et forhold med kjæresten til en pasient, som Niels' kone på tragisk måte har kjørt ned. Filmen er regissert av Susanne Bier, og har også Sonja Richter, Nikolaj Lie Kaas og Paprika Steen på rollelisten. Rollen ga Mikkelsen hans første Bodil- og Robertpris-nomineringer, begge i kategorien beste mannlige hovedrolle. I 2002 var han også med i det dansk-skotske dramaet , som er skrevet av Lone Scherfig og Anders Thomas Jensen, og regissert av Scherfig. Mikkelsen spiller rollen som den danske psykologen Horst.