Stoltenberg ledet også i 2009 og 2010 Stoltenberg-utvalget, som var nedsatt av daværende helseminister Bjarne Håkon Hanssen for å vurdere tiltak for å bedre rusomsorgen for de mest hjelpetrengende narkotikaavhengige i Norge. Heroinassistert behandling var blant tiltakene som ble vurdert, og dette var et tiltak Stoltenberg støttet.