Ras il-Wardija ble muligens befolket i bronsealderen, om lag 1500 f.Kr.. I det 3. århundre f.Kr., under fønikerne ble det bygget et religiøst kompleks (muligens et nymfeum). Siden stedet er godt synlig fra sjøen kan det muligens ha stått et fyr her som ble brukt av skip som seilte mellom de maltesiske øyer og Nord-Afrika.