Innenfor kirken motsatte han seg liberaliseringene som bante seg frem etter Det andre Vatikankonsil (1962-1965). Blant det han motarbeidet var innføringen av fremføring av messen på andre språk enn latin . Ifølge hans biograf John Cooney så kardinal Spellman latin som et «ekte katolsk språk» som var «uforanderlig». Spellman satt i koordineringskommisjonen under Vatikankonsilet.