Hansakjøpmennene tilegnet seg Mariakirken med makt i 1408, mens Bergens biskop hadde rett til å utpeke og avsette prester. Etter reformasjonen begynte tyskerne å velge prester selv, men underlagt norsk kirkelig og verdslig jurisdiksjon. Flere av de tyske prestene anerkjente hverken lensherre eller biskop som styresmakt. Lojaliteten deres lå hos det hanseatiske kontoret. Presten Wolfgang Siegfried ved Mariakirken ble avsatt av kongen i 1587 på grunn av «slet Levned med Æden, Drikken, Skjænden og anden Letfærdighed», mens presten Johan Nyehoff til sist måtte bøye seg for biskop Schjelderup. Mariakirken eide i 1350 13 gårder på til sammen 72 månedsmatbol og senere kom inntekter fra gårder på Bryggen og jordeiendom ved Øvregaten. I 1767 oppgis at Mariakirken eide 6 gårder eller gårdparer i Osterfjorden og i Sunnfjord samt grunn i Bergen.