Etter det japanske nederlag i andre verdenskrig, fortsatte den kinesiske borgerkrigen. I 1949 måtte Chiang og nasjonalistene flykte til Taiwan, men lovet å erobre Fastlands-Kina så snart som det lot seg gjøres. Hans styrker tapte i løpet av noen måneder dominansen over de gjenværende oppråder på fastlandet som kommunistene så langt ikke var trengt frem til, skjønt geriljamotstand pågikk i noen tid. Den store øya Hainan forble under Republikkens styre til et stykke ut i 1950.