Gjerningsmennene ble oppdaget, fordi Popiełuszkos sjåfør klarte å flykte, og merket seg bilnummeret. Saken førte til en oppbragt offentlighet, og general Wojciech Jaruzelskis regjering valgte å stille de tre offiserene for retten. Retten slo imidlertid fast at de tre hadde handlet på eget initiativ og uten ordrer fra høyere hold. I 2004 ble det funnet dokumenter som viste at Jaruzelski i 1984 mistenkte sin innenriksminister Mirosław Milewski for å ha gitt ordre til drapet. Milewski hadde imidlertid sterk støtte i den russiske etterretningstjenesten KGB.