Jeffs ble internasjonalt kjent i mai 2006 da han ble plassert på FBIs Ten Most Wanted List fordi han stakk av for å unngå tiltale knyttet til hans påståtte arrangement av flere ulovlige ekteskap mellom hans voksne mannlige tilhengere og mindreårige jenter. Jeffs ble arrestert i august 2006 i Nevada, og samtykket i å bli tatt med til Utah der han skulle stilles for retten. I mai og juli 2007 ble han anklaget av delstaten Arizona for seksuell atferd med mindreårige og for incest.