Doria fikk støtte fra paven, slik at det i 1588 ble en klarere splittelse mellom de reformerte og de ureformerte. Hieronymus Gacián, som støttet Johannes, ble fratatt all autoritet. Striden roet seg etterhvert, men i pinsen 1591 forsvarte Johannes både Gracián og ordenssøstre som også tilhørte de moderate. Doria benyttet muligheten til å frata Johannes alle embeter, og sendte ham til en avsidesliggende kommunitet i Andalucía, . Der tilbrakte han noen måneder i meditasjon og bønn.