Han ble biskop av London i 1530 og i september 1533 døpte han den framtidige dronning Elizabeth. Hans senere var plaget av strider med erkebiskop Thomas Cranmer. Stokesley motsatte seg alle endringer av kirkens doktriner, forble fiendtlig til en engelskspråklig Bibel og at prester skulle kunne gifte. Han var også svært aktiv i å forfølge og brenne kjettere.