Selv om Joffe hadde undertegnet en våpenhvile med sentralmaktene den 2. desember 1917, støttet han Trotskij i hans nektelse av å undertegne en permanent fredsavtale i februar. Etter at bolsjevikenes sentralkomite bestemte seg for å undertegne Brest-Litovsk-traktaten den 23. februar 1918, forble Joffe medlem av den sovjetiske delegasjon bare under protest, og bare i rådgivende egenskap.