Etter sommerferien er Winx Club tilbake i Alfea, klare til å begynne sitt andre år. De møter en ny fe, Layla, som ber om deres hjelp til å redde hennes småalve-venner (pixies) som blir holdt som gisler av Lord Darkar. Lord Darkar ønsker å finne ut hvor Småalvebyen er for å stjele de fire Codex-delene (en del i Småalvebyen, en i Røde Fontene, en i Skytårnet og en i Alfea), som åpner porten til riket Realix, hvor den Ultimate Kraften kan bli funnet. Lord Darkar er faktisk Skyggeføniksen som ønsker å ta kontrollen over den Magiske Dimensjonen. Da han dukker opp i det magiske rekreasjonsfengselet hvor Trix blir holdt fanget i håp om at de kan endre seg, blir heksene med ham. I mellomtiden lærer Winx om transformasjonen Charmix og i løpet av serie møter vi Helia som Flora utvikler følelser for. En ny lærer, Avalon, har dukket opp på Alfea, som etterhvert planter et skyggevirus i Bloom's rene hjerte, forvandler henne til Mørke Bloom og sender henne etterhvert til herren sin, Lord Darkar. I løpet av episode 24 gjør Lord Darkar Bloom til en av sine tjenere, og bruker henne til å åpne portalen til dimensjonen Realix. Småalvene holder porten åpnet med fire ekstra Codex-deler, og lar Winx og Spesialistene passere gjennom den for å redde Bloom. Da det ser ut til at det ikke er noe håp igjen, forteller Sky, Bloom hva han føler for henne, og det bringer den sanne Bloom tilbake. Hun bruker sin helbredende kraft til å helbrede seg selv og sine skadde venner og sammen drar de tilbake til Alfea for å feste.