I 1959 avsluttet Ahtisaari lærerutdanningen etter å ha fullført militærtjeneste. Året etter flyttet han til Karachi for å lede et YMCA-program der, finansiert av den svenske u-hjelpsorganisasjonen SIDA. Etter tre år flyttet han hjem til Finland, og slo seg ned i Helsingfors for videre utdannelse, samtidig som han var aktiv i internasjonalt bistandsarbeid. I 1965 ble han ansatt i Utenriksdepartementets bistandskontor.