I mars 1525 allierte Norby seg med bøndene og kunne etter en mindre krig la seg hylle i Christian IIs navn på landstinget i Lund. Imidlertid ankom Johan Rantzau til Skåne og sammen med Tyge Krabbe slo han bøndene og Søren Norby måtte søke ly i Landskrona. Redningen hans kom da lybekkerne hadde angrepet Gotland mens Norby var i Skåne. Av frykt for å miste Gotland inngikk den danske regjeringen en avtale med Norby: han fikk Blekinge og Lister som len mot å gi fra seg Visborg til Danmark. Lybekkerne fremsatte krav om erstatning for utgiftene i krigen mot Christian II. Den fikk de etter langvarige forhandlinger med å få overlatt Bornholm som pant i 50 år og inntektene fra Gotland i fire år. Resten av Frederik Is regjeringstid var preget av uro blant bøndene over adelen og de geistliges utnyttelse av sin rett over bøndene.