I oldtiden var dagens Moldova befolket av dakere. Strategisk plassert på ruten mellom Europa og Asia, ble Moldova rammet av en rekke invasjoner. Både russere, mongoler og diverse stammefolk herjet området. I middelalderen var dagens Moldova sammen med rumensk Moldova samlet i fyrstedømmet Moldova. Fyrstedømmet ble et lydrike under Det osmanske riket (Tyrkia), men i 1812 ble den østlige halvdelen (dagens Moldova) avstått til Russland. Den vestlige delen ble til Romania sammen med fyrstedømmet Valakia.