Mens Otto III fremdeles var bare et barn og hans regent og mor keiserinne Theophania var fraværende tok Crescentius II tittelen og ble den reelle hersker i byen, selv om han ikke handlet helt uavhengig av den keiserlige autoritet og presenterte seg selv som keiserens løytnant. Da Bonifacius VII døde i 985 ble Johannes XV valgt til hans etterfølger. Selv om detaljene i valget er ukjente, er det sannsynlig at Crescentius II spilte en sentral rolle i prosessen. I de følgende år hersket Crescentius II over Roma og han sørget for å begrense pavens makt. Da keiserinne Theophania var i Roma mellom 989 og 991 underordnet Crescentius II seg nominelt henne, selv om han opprettholdt sin posisjon som hersker i byen.