I 1859 fikk Peters et professorat i astronomi ved Hamilton College i Clinton, New York. Instituttet hadde et av de største teleskoper i Amerika. Astronomifaget hadde imidlertid ikke noen veldig høy anseelse i USA på dette tidspunktet, og også professoratet var dårlig betalt, så Peters lenge levet på et eksistensminimum. Hans observasjoner av solflekkene fra denne tiden ble først offentliggjort etter hans død.