Blackfish forteller historien om Tillikum, en aggressiv spekkhogger som lever i fangenskap i SeaWorld, Orlando. Spekkhoggeren har vært i fangenskap siden 1983, og var bare to år gammel da han ble fanget like utenfor Island. Tillikum er den største spekkhoggeren som lever i fangenskap, og har vært involvert i drapet på hele tre personer. To av de drepte var trenerne til Tillikum. Filmen er fylt med sterke historier, emosjonelle intervjuer og forferdelige hendelser.