Klaksvík har aktivt idrettsliv. KÍ Klaksvík har fotballag for menn og kvinner. Kvinnene har færøysk og europeisk rekord sammen med Skonto Riga for å ha vunnet flest nasjonale mesterskap på rad: KÍ har vunnet 14 år på rad fra 2000 til 2013. Det er det eneste færøyske kvinnefotballaget som har deltatt i Mesterligaen i fotball for kvinner. Kvinnene i Klaksvík har håndballklubben Stjørnan, mens mennene har klubben Team Klaksvík. Klaksvík har en 25 meter lang svømmehall, som også er et badeland med rutsjebane. Klubben Ægir er byens og Norðoyars svømmeklubb, og trener i Klaksvíkar Svimjihøll.