I forbindelse med at Władysław Gomułka ble styrtet på grunn av «høyrenasjonalistisk avvik», mistet også Spychalski sine posisjoner og ble fengslet i 1950. Den planlagt skueprosessen mot ham kom likevel ikke istand, og da Gomułka kom tilbake til makten i 1956 ble også Spychalski rehabilitert. Han fikk tilbake sine tidligere posisjoner, og i november samme år ble han forsvarsminister i Folkerepublikken Polen. I 1963 ble han utnevnt til marskalk.