Helt frem til 1800-tallet var det landets ledende skipsverft og produserte bl.a. torpedobåter, panserskip og undervannsbåter. Verftsdriften ble skilt ut i 1924 og samlet på Frederiksholm og Dokøen som en sivil virksomhet under Marineministeriet. I 1970 leverte Orlogsværftet sin siste nybygging, undervannsbåten Nordkaperen. Frem til nedleggelsen i 1992 fungerte verftet som reperasjonsverft. Søværnet fikk etter dette bygget sine nye skip ved sivile verft.