Klosterkirken som ble oppført mot slutten av 1200-tallet, var en av Oslos tidligste bygninger oppført i tegl. Teglsteinen kom fra Hertug Håkons teglverk anlagt ved Alnas elvebredder. Omrisset av klosterkirken, det vil si den delen som lå nordøst for det nåværende bygget, er markert med brostein i Ekebergveien foran kirken.