Patriarkatet misjonerte i store deler av dagens Nord-Italia, Østerrike og Slovenia. 568 angrep langobardene Friuli, og patriarken flyktet fra Aquileia til Grado. Fra 567 til 699 skilte patriarkatet seg på grunn av trosmessige uoverensstemmelser fra paven i Roma. Dette førte også i 607 til delingen av patriarkatet. Patriarken av det «nye Aquileia» forsonte seg med Roma og beholdt først sin residens i Grado. 1156 flyttet han residensen til Venezia. Der ble patriarkatet opphevet i 1451. Istedenfor ble biskopen av Venezia innsatt som patriark av Venezia.