I 1770 ble kan novise i jesuittordenen. Ordenen ble oppløst av paven i 1773, og Sailer fortsatte sine teologiske og filosofiske studier i Ingolstadt. I 1775 ble han presteviet; årene 1777-80 underviste han selv i filosofi og teologi, og fra 1780 var han annenprofessor i dogmatikk ved universitetet i Ingolstadt. Likesom mange andre mistet han sin stilling i 1781 da elektoren Karl Theodor overførte den teologiske instruksjonsmyndighet til klostrene.