Museet ble oppretta i 1887 i installasjonene til Universidad de Santo Tomás. Siden 1950 har det holdt til i Bellavsita-festninga ved Plaza de la Democracia i hovedstaden San José. Bygninga ble opprinnelig oppført som en militær festning i 1917, og ytterveggene har flere kulehull fra borgerkrigen i 1948.