I og med den danske reformasjonen i 1536 ble de fleste av knutsgildene oppløst på grunn av deres kobling til helgenkult. Noen ble omvandlet til sekulære skyttergilder, men i Skåne overlevde tre i sin opprinnelige form, nemlig de i Malmö, Lund og Ystad. Også gildet i Reval (nåværende Tallinn) overlevde reformasjonen men ble oppløst i 1920. Gildet i Flensborg (Flensburg) ble i og for seg nedlagt i 1526, men ble gjenopprettet allerede i 1578. I Flensborg hadde knudsgildet et eget alter i byens Mariekirke. Hansaen hadde også en innflytelse som svekket gildene.