Ved invasjonen av Sovjetunionen inntok tyske styrker på nytt byen 26-27. juni 1941. Byen og distriktet ble administrert av den tyske okkupanten som Bezirk Bialystok. Planen var å integrere området i det tyske riket, dette ble ikke noe av og det var grensekontroll mellom Bezirk Bialystok og resten av det okkuperte Polen. Erich Kochble utnevnt til sivil administrator og han styrte fra sitt kontor i Østpreussen. Ved grensejustering etter andre verdenskrig ble deler av Bezirk Bialystok innlemmet i Sovjetunionen.