Til tross for at Namibia ble selvstendig, beholdt Sør-Afrika kontrollen over den viktige havnebyen Walvis Bay, som tidligere var blitt grunnlagt av britene i deres forsøk på å komme tyskerne i forkjøpet i regionen. Sør-Afrika fortsatte også å kontrollere flere småøyer langs kysten av Namibia, de såkalte «Pingvinøyene». Dette innebar at farvannene utenfor store deler av Namibias kyst forble under sørafrikansk suverenitet. Først i 1994 ble suvereniteten overført til Namibia.