Etter at alle hvite prester ble internert på Java i september 1943, falt kirkeledelsen nesten bokstavelig talt på Willekens skuldre alene. For å opprettholde menighetsliv og sjelesorg så mye som mulig, fremskyndte biskop Willekens den indonesering av kirken som allerede hadde pågått endel år Allerede før den japanske okkupasjonen hadde han aksjonert for flere stedegne geistlige – helt i samsvar med Vatikanets politikk – og hadde grunnlagt seminarer med mål om å javanisere kirken. Takket være ham hadde også en javansk kongregasjon av søstre og brødre sett lyset, og i august 1940, etter konsultasjon i Roma, gjennom hans sterke anbefaliger, var jesuitten Albertus Soegijapranata - som han allerede hadde tatt under sine vinger i 'Mariëndaal', blitt den første innfødte biskop. Han ble tildelt Semarang, som ble utskilt fra det apostoliske vikariat Batavia. Under okkupasjonen ble rundt ti indiske munker ordinert til prester, og Willekens holdt kirken flytende, til stor irritasjon for japanerne.