Pave Johannes Paul II utnevnte Thissen til titulærbiskop av og hjelpebiskop i Münster den 16. april 1999. Han ble ordinert til biskop frm 24. mai 1999 av biskopen av Münster, Reinhard Lettmann; medkonsekratorene var hjelpebiskopene i Münster, Alfons Demming og Heinrich Janssen. I bispedømmet Münster var Thissen regionalbiskop med ansvar for Borken-Steinfurt-regionen.