En av grunnene for vernet av Femundsmarka er det særpregede dødislandskapet. Dette er kvartære geologiske formasjoner som er tydelige spor etter siste istid. Landskapet består av blokkmark, morenerygger, sjøer og vannsystemer. Vann og elver utgjør over ti prosent av verneområdets areal. Terrenget er i hovedsak småkupert, og landskapslinjene er lange og slake. Man finner fjelltopper både nord og sør, og flere strekker seg over 1000 moh. I nord finner man Storvigelen (1561 moh.) og i sør Elgåhogna (1460 moh.), Store Svuku (1415 moh.), Grøthogna (1401 moh.).