Lennart-Georg Meri ble født 29. mars 1929 i Estlands hovedstad, Tallinn. Foreldrene var Georg Meri, estisk diplomat og senere oversetter av Shakespeare, og Alice-Birgitta, født Engmann, som tilhørte den estlandssvenske minoriteten. Han hadde en lillebror, Hindrek, som senere ble riksrevisor i Estland.