Basenji er også en utsatt rase med hensyn til persisterende pupillmembran (PPM). Man regner med at omkring 50 % av hundene nedarver denne tilstanden, som anses som arvelig belastet, men den fører normalt ikke med seg lidelser. Svært alvorlige tilfeller kan imidlertid gi katarakt (grå stær). Årlig øyelysning av avlsdyr er derfor svært viktig, for ikke å spre arvestoffet.