I løpet av denne tiden hadde Pike tilgang til ulike kart over sørvesten og lærte mer fra meksikanske dokumenter. Spanjolene protesterte offisielt til USA angående Pikes ekspedisjon, men de to nasjonene var ikke i krig med hverandre, og guvernøren løslot til sist amerikanerne. En spansk eskorte fulgte Pike og de fleste av mennene hans nordover, og løslot dem ved grensen til Louisiana den 1. juli 1807. En del av hans soldater ble holdt tilbake i Mexico i flere år.