Mellom 1939 og 1941 ble det gjort forsøk på å løse disse problemene mellom kroatene og serberne. En av løsningene var endringer av fylkesgrensene, noe som gjorde at Krajina-området ble innlemmet i det nye fylket kalt Fyrstedømmet Kroatia. I 1941 invaderte Tyskland Jugoslavia og skapte en ny stat kalt Den uavhengige kroatiske stat, hvor de innlemmet hele Krajina-området, mesteparten av Bosnia og nordlige deler av Serbia. Den kroatiske organisasjonen Ustasja, anført av Ante Pavelic, støttet Tyskland og skapte et av de mest brutale diktaturer i Sørøst-Europa. Ustasja hersket med støtte fra Hitler-Tyskland over hele det okkuperte området, og startet umiddelbart med etnisk rensing av den serbiske og jødiske befolkningen. Bare i en av regimets konsentrasjonleirer Jasenovac ble det drept mer enn 600 000 mennesker under Ustasja-perioden inntil frigjøringen i 1944.