Byens økonomi fikk en tilbakegang da vindyrkingen, antall studenter og boktrykkervirksomheten ble på 1700-tallet. 1788 kom byens finanser under tvangsforvaltning. I hertugen Carl Augusts regjeringstid 1775–1828 og hans minister Johann Wolfgang Goethe kom en ny blomstringstid under Weimars innflytelse til universitetet i Jena. Goethe hadde interesse for Jena og her startet hans vennskap med Friedrich Schiller som fra 1794 virket i Jena som professor og levde i byen til 1799. I Georg Wilhelm Friedrich Hegels tid som lærer ved universitetet (1801–1807) utviklet Jena seg til den tyske idealistiske filosofiens sentrum. Jena ble et viktig sted for den tidlige romantiske litteraturen. Byens renommé steg gjennom utgivelsen av tidsskriftet 1785–1803 og Jena ble sett som en liberalt orientert by. Jenas rykte sank raskt fra år 1800 da de berømte lærerne forlot byen.