Den genetiske historien til urfolket i Amerika fokuserer hovedsakelig på menneskelig Y-kromosom DNA haplogrupper og menneskelig mitokondrielt DNA haplogrupper. «Y-DNA» er et kjønnskromosom som kun arves langs farssiden, fra far til sønn, mens «mtDNA» arves kun langs morssiden, fra mor til avkom av begge kjønn. Ingen rekombinerer, og således endres Y-DNA og mtDNA kun ved tilfeldig mutasjon ved hver generasjon uten blanding mellom foreldrenes genetiske materiale. Autosomale markører av «atDNA» er også benyttet, men skiller seg fra mtDNA eller Y-DNA ved at de overlapper betydelig. AtDNA er generelt benyttet for å måle gjennomsnittlig kontinent-av-arv i den genetiske blandingen eller tilsetningen i hele den menneskelige genom og beslektede, isolerte befolkninger («genetiske flaskehalser»).