Ebert ble utnevnt til Tysklands første rikspresident fra 11. februar 1919 og satt i dette embetet frem til sin død i 1925. Da den tyske regjeringen i 1920 skulle iverksette styrkereduksjonene som var bestemt i Versaillestraktaten, ble han utsatt for det høyreorienterte og nasjonalistiske Kappkuppet med basis i frikorpset Marinebrigade Ehrhardt. Regjeringen greide å kvele Kappkuppet gjennom generalstreik og kuppmakernes manglende støtte i andre Frikorps.