Det tok lang tid før geografimiljøene i Storbritannia og ellers i verden ga ekspedisjonen formell anerkjennelse. Borchgrevink fikk medlemskap i Royal Geographical Society, senere fulgte andre æresbevisninger og medaljer fra Norge, Danmark og USA, men ekspedisjonens meritter fikk ingen utbredt anerkjennelse. Markham holdt fram med sine angrep på Borchgrevink og beskrev ham som utspekulert og prinsippløs. Amundsens varme hyllest var en enslig anerkjennende røst. Scotts biograf David Crane formodet at dersom Borchgrevink hadde vært en britisk marineoffiser, ville hans ekspedisjon ha blitt mottatt annerledes i Storbritannia, men «en norsk sjømann/skolemester ville aldri bli tatt seriøst». En forsinket anerkjennelse kom i 1930, lenge etter Markhams død, da Royal Geographical Society tildelte Borchgrevink selskapets æresmedalje «Patron's Medal». RGS innrømmet at Southern Cross-ekspedisjonen i sin tid ikke fikk den anerkjennelsen pionerarbeidet fortjente, og at størrelsen på problemene ekspedisjonen overvant var blitt undervurdert.