Millias ble valgt som assosiert medlem av det engelske kunstakademiet i 1853 og ble snart valgt som fast medlem av akademiet og han var en prominent og aktiv deltaker. Han ble gitt den adelige tittelen baronett i 1885, den første kunstner som ble æret med arvelig tittel. Etter at Frederic Leighton døde i 1896 ble Millais valgt til president av akademiet, men han døde senere det samme året fra strupekreft. Han ble begravd i St. Pauls katedral.