I 1989 ble Francisco César García Magán sendt til Roma for videre studier, hvor han oppnådde lisensiater i dogmatikk (1990) og kanonisk rett (1992) ved Det pavelige gregorianske universitet. I 1998 fikk han doktorgrad med avhandlingen ved Lateran universitetet. Han fullførte også studier ved Det pavelige diplomatakademi fra 1995 til 1998. Parallelt med studiene arbeidet García Magán i seksjonen for generelle anliggender i Statssekretariatet fra 1991 til 1995 og som kapellan for i Roma fra 1989 til 1998.