En forskningstudie fra 1999 ved Lucotte og Smets som studerte DNA av 38 mannlige etiopiske jøder som ikke var i slekt i Israel og 104 etiopiere som levde i regioner lokalisert nord for Addis Abeba konkluderte med at «særpreget til spredningen av Y-kromosom haplotype av Beta Israel fra den konvensjonelle jødiske befolkningen og deres relative større likhet i haplotype-profil til ikkejødiske etiopiere er konsistent med det syn at Beta Israel nedstammer fra oldtidens innbyggere i Etiopia og ikke fra Levanten». Denne forskningen bekreftet funn fra en studie i 1991 av Zoossmann-Disken et al. En forskning fra 2000 av Hammer et al. av Y-kromosom bialleliske haplotyper av jødisk og ikkejødisk grupper antyder at «genpol fra farssiden av jødiske samfunn fra Europa, Nord-Afrika, og Midtøsten nedstammer fra en felles forfedre fra Midtøsten», med unntak av Beta Israel som var «nærmere tilsluttet med ikkejødiske etiopiere (ikke-Beta Israel) og andre østafrikanere».