Etter Moldovas gjenvunne uavhengighet i 1991 gjenoppretta hjelpebiskop Petru Păduraru av Bălți kontakten med den rumensk-ortodokse kirke, og ble i 1992 innsatt som dennes av patriarken av București. Skrittet ble fordømt av patriarken av Moskva, som samme år innrømma delvis selvstyre til det russisk-ortodokse bispedømmet Chișinău og opphøya det til metropolitansete.