Ouattara er muslim og kommer fra den nordlige delen av Elfenbenskysten. Derfor ble han hindret i å stille som kandidat i presidentvalgene i 1995 og 2000. Påskuddet var angivelig tvil om hans foreldres ivorianske nasjonalitet. Ouattaras parti ble det sterkeste parti i kommunalvalgene i 2001, og det kan godt tenkes at han kunne ha vunnet presidentvalget i 2000.