Ved seksten års alder ble han innskrevet ved universitetet i Milano og bedrev humanistiske studier, men ble tvunget til å avslutte dem fa faren døde fem år senere. Baldassere ble dermed slekten Castigliones hovedmann, noe som blant annet innebar att han skulle representere dem ved hoffet. Alt i alt fikk han slik en omfattende utdanning under humanister ved universitetet som Giorgio Merula og Demetrius Chalcondyles, og ved Ludovico Sforzas hoff i Milano.