For å slippe unna Ludvig XIVs religiøse undertrykkelse flyktet Bayle til den kalvinistiske bastionen Genève. Han livnærte seg av å drive privatundervisning, men hadde høyere mål, og klarte etterhvert å snike seg tilbake til Frankrike. Under pseudonym fikk han en post ved det protestantiske . I 1681, rett før myndigheten stengte lærestedet, kom han seg til Nederlandene der han fikk en undervisningspost i filosofi og historie ved , Rotterdams skole for hugenottflyktninger.