Shoenfeld deltok i 2011 i filmen som blant annet fremmer myten om at MMR-vaksinen fører til autisme. Han har også deltatt som foredragsholder på en rekke vaksinekritiske konferanse sammen med blant andre Andrew Wakefield, og sitter i det vitenskapelige rådet hos den vaksinekritiske organisasjonen Children’s Medical Safety Research Institute.