Hovedmaskineriet på «Estonia» besto av fire MAN 8 LV 40/45 dieselmotorer, hver med ytelse på 4 400 kW (totalt 17 652 kW) som ga ferga en toppfart på 21 knop (39 km/t). Hjelpemaskineriet besto av fire Burmeister & Wain 6S 28LH-4 dieselgeneratorer, hver med ytelse på 1 104 kW (totalt 4 416 kW).