I mellomtiden ble han anklaget for kjetteri i Skottland og dømt uten høring. I 1533 kom det et påbud fra de skotske geistlige som forbød å lese Det nye testamente av lekfolk, utledet fra et brev til kong Jakob V av Skottland (1513–1542) hvor Alesius forsvarte folkets rettigheter.