I 1938 ble Schuster markant annerledes og tydelig fordømmende i sin holdning, etter at det nazistiske Tyskland annekterte Østerrike og den nazistiske rasepolitikk var blitt introdusert i italiensk lovgivning. Etter Krystallnatten i november 1938 offentliggjorde kardinalen et felles brev med kardinalene Jozef-Ernest Van Roey (erkebiskop av Mechelen) og Jean Verdier (erkebiskop av Paris) som kritiserte drapene og beklaget «det dødelige utfall av Tysklands raselære: .».