Otto studerte i Leipzig til 1548. I 1553/54–1564 var han kantor ved i Naumburg. I 1564 ble han thomaskantor, en post han beholdt livet ut. Med 30 års tjenestetid er han den lengstsittende thomaskantor. betydelige organist, Elias Nikolaus Ammerbach, var Ottos samtidige.