Qualls ble diagnostisert med Hodgkins lymfom i en alder av fjorten år, og etter to års behandling, var sykdommen på tilbakegang. Etter eksamen i 1996 fra Coffee County Central High School, i Manchester, Tennessee, begynte Qualls ved University of London i England hvor han studerte engelsk språk og litteratur. Qualls returnerte til Tennessee i 1997 og begynte ved Belmont University i hjembyen Nashville. På denne tiden begynte han også å opptre i flere teater-produksjoner. Qualls fikk den lille rollen som Jason i TV-miniserien Mama Flora's Family i 1998.