Yndesdalsvatnet ble, sammen med resten av vassdraget, vernet mot kraftutbygging gjennom Verneplan III for vassdrag. Yndesdalsvatnet er utsatt for sur nedbør. Det har vært fullkalket hver høst siden 1991, men innsjøen og den nedenforliggende delen av vassdraget gjenforsures gradvis i løpet av den påfølgende vinter og vår.