De fleste programmeringsspråk kan koble til MySQL-databaser, bl.a. C, C++, Eiffel, Smalltalk, Java, Lisp, Perl, PHP, Python, Ruby, og Tcl; hver av dem bruker et spesifikt API. Et ODBC-grensesnitt (MyODBC) gjør det mulig for alle programmeringsspråk som støtter ODBC-grensesnittet å kommunisere med en MySQL-database. MySQL bruker ANSI C som sitt hovedspråk.