I 2005 erklærte Kasianov at han aktet å stille som presidentkandidat ved valget i 2008 i opposisjon til Putins utvalgte kandidat, Dmitrij Medvedev. Kasianov sa også at han kunne komme til å trekke sitt kandidatur dersom den demokratiske opposisjonen samlet seg bak en annen kandidat. Etter dette startet påtalemyndigheten etterforskning av korrupsjonsanklager mot Kasjanov fra tiden da han var statsminister. 27. januar 2008 ble det klart at valgkommisjonen forkastet presidentkandidaturet hans, på grunn av påstander om forfalskede underskrifter i forbindelse med registreringen som kandidat.