Selv om målet for sesongen 2008/09 var å være i toppform i VM i Liberec, ble sesongen lik den forrige, hun var i toppform i starten av sesongen og så gikk det nedover etter jul. Hun fikk fire pallplasseringer i verdenscupen før jul, to i Tour de Ski, men ingen etter nyttår. De beste verdenscupplasseringene var to andreplasser, bak Charlotte Kalla på 10 km fristil i åpningen i Gällivare og bak Virpi Kuitunen på 10 km klassisk i Oberhof i Tour de Ski. Like før VM ble hun syk, og for første gang siden VM i Lahtis i 2001 endte hun uten medaljer. Fjerdeplass på stafetten ble beste resultat. I VM i Liberec innså hun at hun måtte kutte ut den harde bolktreninga fordi det ble for tungt å ta seg igjen etter de harde periodene. Hun ble nummer ti i verdenscupen sammenlagt denne sesongen.