Den 24. november 2008 ble Rodgers utnevnt til manager for Championship-klubben Watford. Dette var hans første jobb som klubbmanager, etter perioder med ansvar for ungdomslagene til Reading og Chelseas reservelag. Watford hadde vunnet bare to av sine første ti ligakamper og lå i januar under nedrykksstreken. Men under Rodgers forbedret Watfords form seg gradvis, og klubben avsluttet sesongen på 13.-plass.