Kong Ludvig XVIII av Frankrike som døde i 1824 ble gravlagt i kryptens sentrum, nær gravene av Ludvig XVI og Marie Antoinette. Kistene til de kongelige familiemedlemmer som døde mellom 1815 og 1830 ble også plassert i velvet. Under ledelse av arkitekt Eugène Viollet-le-Duc, berømt for hans arbeid på Notre-Dame i Paris, ble kirkemonumenter som var blitt flyttet til Museum av franske monumenter levert tilbake til kirken. Liket til kong Ludvig VII, som hadde blitt gravlagt i klosteret Saint-Pont og hans grav således ikke ødelagt av de revolusjonære, ble ført til Saint-Denis og gravlagt i krypten. I 2004 ble det mumifiserte hjertet til , gutten som ville ha blitt Ludvig XVII, forseglet i kryptens vegg.