Vulkanen hadde noen ganske kraftige utbrudd på 1700- og 1800-tallet. Det siste virkelige utbruddet var i 1904. Mindre vulkansk aktivitet fant sted på 1940- og 1970-tallet. Det har vært mer enn 50 utbrudd på Cotopaxi siden 1738. Mange daler rundt vulkanen er dannet ved kraftige gjørmestrømmer og pyroklastiske strømmer. Dette utgjør en høy risiko for den lokale befolkningen, for deres bosetninger ligger i desse dalene. Under krigen mellom inkaene og spanjolene i 1534, fikk vulkanen utbrudd og satte en slutt på bekjempelsene da soldatene fra begge sider flyktet fra slagmarken. Cotopaxis voldsomste utbrudd i historisk tid skjedde i årene 1744, 1768 og 1877.