Krigen ble beryktet for den sultkatastrofen som oppsto i enkelte av de krigsrammede områdene, og påstander om folkemord begått mot ibostammene som hadde tilholdssted i disse områdene. I løpet av krigens varighet på to og et halvt år var det rundt 100 000 militære døde, mens det var mellom 500 000 og 2 millioner sivile i Biafra som døde av sult. I tillegg var de fryktelige erfaringene som Biafras minoriteter ble utsatt for og som i stor grad blitt oversett av biafrakrigens historiografi. De ble utsatt for en høy grad av forfølgelse, lemlestelse, urettferdighet, drap, psykologisk tortur og andre former for lidelser som ikke har blitt til det fulle undersøkt i den eksisterende litteraturen.