I 1530 ble Bagge utplyndret av Christian II's kapere og igjen i 1532 under Christian IIs opphold i Norge. Bagge ble fanget av kongens menn, men trolig befridd av en ekspedisjon utsendt fra Bergenhus av Eske Bille. Bille beordret til gjengjeld Stig Bagge å få tak i hovedmannen for Christian IIs parti i Agder, Mikkel Jude på Landvik i Grimstad, død eller levende. Ordren ble utført, selv om Mikkel Jude hadde kongelig beskyttelsesbrev; han ble overfalt og plyndret, men ikke drept. Ettersom Eske Bille påtok seg ansvaret, slapp Stig Bagge fra denne og lignende voldshandlinger uten videre følger. I 1534, da Bille dro til Danmark, fikk Bagge ta del i befalingen over Bergenhus og viste under Billes fangenskap stor fasthet og åndsnærværelse, særlig under Christoffer Trondsens angrep på Bergenhus i 1536. Da Eske Bille forlot Norge i 1537, ble Stig Bagge selv forlenet med Lister len som belønning for de tjenestene han hadde gjort kong Christian III, og fra 1538 brukte han selv tittelen «væpner», men det er usikkert når han ble adlet. Bagge var en hard lensherre, og i årene 1540-41 slo han ned et bondeopprør bestående av bønder fra Setesdalen som kom ned til Lister «for å slå ihjel alle fogder og lensmenn».