Den portugisiske kontrollen vedvarte til den 13. desember 1698 da arabere fra Oman fordrev dem. I 1728 gjorde Portugal et siste desperat forsøk på å gjenerobre byen; nederlaget markere det endelige punktum for deres gamle hegemoni på østafrikakysten. I 1741, da Said-dynastiet (Bû Sa‘îd) kom til makt i Oman, erklærte Mombasa seg uavhengig under det lokale Mazrui-dynastiet. Først i 1837 lyktes det Said-dynastiet å gjenvinne overherredømmet.