Siden kjempet den iherdig for å beholde sin frie status i kamp mot Det hellige romerske rike av den tyske nasjon. På 1200-tallet etter Kristus ble det anlagt tre kunstige sjøer rundt byen ved hjelp av vannet fra Mincio, som kommer fra Gardasjøen i Alpene. Siden var det flere fyrstefamilier som hadde herredømmet over byen, blant andre Bonacolsi, som bygget opp rikdom og kunst i byen, og Gonzaga, som bygget nye murer med fem porter og fornyet arkitekturen. Dette var en turbulent periode, som ikke sluttet før den tredje i Gonzaga, Ludovico I av Gonzaga, eliminerte sine slektninger, som også kjempet om makten.