Som ung mente han at kristenlivet betyr å ta avstand fra denne verden. Senere utviklet han en teologi som bygget bro mellom Gud og verden, og mente at kunnskapen om det guddommelige er medfødt og naturlig for oss. Spesielle øvelser vil «gjenkalle» den. Han lånte en del fra gnostisismen, slik som forestillingen om at alle vesener opprinnelig, i den åndelige verden, hadde skuet Gud som viste seg for dem i skikkelse av , «Ordet». Men de gikk lei og «falt» ned i fysiske legemer. Bare Kristus var fornøyd med å forbli i den guddommelige verden og beskue Guds ord. Optimisten Origenes mente likevel at de «falne» sjelene kunne stige opp igjen til Gud, kaste av seg kropp og kjønn som ren ånd, og til sist bli guddommelige igjen. Origenes mente at menneskers frelse ikke skyldes Kristi død, men at vi av egne krefter stiger opp til Gud; han og Clemens var heller ikke enige i at Gud skapte verden ut av intet, noe som senere ble ortodoks lære. På 800-tallet ble noen av Origenes' tanker fordømt som kjetterske; men i hans samtid forelå det ennå ingen offisiell lære.