I 1599 mottok byen et nytt charter fra dronning Elisabeth I. Handelslauget ble gjort til en korporasjon og antallet årlige markedsfestivaler ble økt fra en til tre. Som andre byer ble også Andover rammet av pestutbrudd; i 1603-1605, 1625-1626 og 1636. Gjennomsnittlig døde en tredjedel av pesten.