På begynnelsen av 1970-tallet var han med på en rekke aksjoner i regi av Greenpeace både som mannskap og kaptein. I 1977 ble han utestengt fra Greenpeace grunnet voldelige aksjoner, og dannet sin egen organisasjon, Sea Shepherd. Watson ble dømt i norsk rett i 1997 for forsøket på å senke skipet «Nybrænna» på Steine i Lofoten i 1992, han ble pågrepet i Nederland og satt 80 dager i nederlandsk varetekt mens utleveringsbegjæringen ble behandlet.