Hjemme i København ble han i 1560 ansatt i kanselliet, hvor han utmerket seg med sine solide kunnskaper. I 1573 ble han utnevnt til kansler. Han fikk stor innflytelse på kulturlivet, og var en ivrig støttespiller for Københavns Universitet og vitenskapen. Utenrikspolitisk arbeidet han for et fredelig forhold til Sverige.