Rokkan ga politisk sosiologi en historisk dimensjon. Fra midten av 1960-tallet studerte han de europeiske partisystemenes historiske røtter, der han pekte på at dagens partisystemer i stor grad er etter tidligere tiders konflikter og at og de derfor må forklares med de konfliktlinjer og alliansemuligheter som har preget samfunnsutviklingen. Han pekte på at tidligere konfliktlinjer hadde «frosset» og levde videre i det politiske system, selv om konflikten som skapte den hadde tapt sin aktualitet. Delvis i samarbeid med den amerikanske sosiologen Seymour Martin Lipset sto Rokkan bak store sammenlignende undersøkelser for å analysere forskjell mellom de vesteuropeiske landenes partistruktur.