I 2003 laget han kortfilmen "Two Cars, One Night" som han ble Oscar-nominert for i 2005. Hans første langfilm, den romantiske komedien "Eagle vs Shark" kom i 2007. I 2010 ble hans neste film "Boy" spilte han selv en av hovedrollene. Videre arbeidet han mer en satirisk vampyr-dokumentaren "What we do in the shadows" kom i 2014 og ble TV-serie i 2018, og han bidro til scriptet på Disneys film Moana i 2016. I 2017 regisserte Waititi sin første store film: Thor: Ragnarok som ble en suksess. I 2019 skrev og regisserte han Jojo Rabbit basert på Christine Leunens bok "Caging Skies", som handler om en Hitlerjugend med en mor som gjemmer en jødisk jente i huset. Waititi spilte selv rollen som hovedpersonens fantasivenn, Adolf Hitler. Filmen fikk to Oscar-nominasjoner, og vant prisen for beste filmatisering . I 2021 vant han en Grammy-pris for musikken til filmen.