I 1809 ble Illinois et amerikansk territorium, og Kaskaskia ble dets hovedstad. Men i 1820 ble denne rolle ovtetatt av det mer sentralt beliggende Vandalia. Kaskaskia tapte betydning og den stadige innvandring gjorte at flere rivaliserende nabobyer vokste frem. Det størte problemet var Mississippi, hvis store oversvømmelse i 1844 nesten ødela byen. Atter i 1881 ble mye ødelagt i en storflom i april. Den måneden skar Mississippielven som da var statens vestlige grense, over et nes og grov ut en nytt elveløp gjennom store deler av den tidligere byen. Befolkningen i Kaskasia som var overrasket over å plutselig befinne seg på Missouris side av elven, krevde at statsgrensen skulle følge det gamle elveleiet. Kaskaskia er derfor en av svært få områder av Illinois som ligger vest for Mississippis hovedløp, på Kasskaskia Island i en meander og klart på vestre bredd.