Målet med «Super Mario Land 2» er å nå slutten av hvert nivå, samtidig som man unngår eller beseirer forskjellige fiender. Spillet beholder flere fiender fra Mario-serien, for eksempel Goomba eller Koopa Troopa. Men den introduserer også flere nye fiender. Fiender kan vanligvis beseires ved å hoppe på hodet deres, eller kaste ildkuler på dem. Ved hjelp av «Warp Pipes» kan spilleren gå inn i skjulte områder, eller oppdage snarveier, mynter eller blokker som skjuler blant annet mynter eller andre gjenstander.