Fordi Taipingopprøret utgjorde den større fare, kunne ikke Qing-dynastiet til å begynne med sette inn nok styrker til å hamle opp med Nianopprørerne. Men i slutten av 1867 hadde Li Hongzhangs og Zuo Zongtangs keiserlige styrker gjenerobret det meste av de områder som Nian-opprørerne hadde behersket, og tidlig 1868 ble restene av opprørshæren knust av koordinerte angrep fra regjeringshæren og Den alltid seierrike hær.