Da andre verdenskrig brøt ut i september 1939 brukte Bader sine forbindelser ved RAF Cranwell for å bli tatt inn i RAF som Flying Officer (løytnant), samme grad som han hadde hatt ved dimittering i 1933. På tross av motstand mot at han igjen skulle få fly var fikk han gjennomslag, og han ble klarert for operasjonell flyging i november 1939, og han ble stasjonert ved Central Flying School, Upavon for et oppfriskningskurs på moderne fly. Den 27. november 1939, åtte år etter ulykken fløy Bader igjen solo med en Avro Tutor. Så snart han var i luften klarte han imidlertid ikke å motstå fristelsen til å fly todekkeren opp-ned. Bader fortsatte trening med Fairey Battle og Miles Master (det siste trinnet i trening før Spitfire og Hurricane).