Six gikk inn i SS i 1935 (medlemsnummer 107480) og begynte etter kort tid i pressekontoret i (SD). Six sørget for at alt trykt og publisert materiale ble registrert av SD. Six sørget for at det ble bygget opp arkiver over grupper som var grupper som var mot nazismen, til hjelp blant annet for gestapos arrestasjoner og deportasjoner. På denne tiden støttet han arbeidet med nazifisering av universitetene.