Storparten av de gjenværende deler av Kirkestaten innlemmet i selve Keiserdømmet Frankrike, og ble organisert som to : og . Andre deler av Kirkestaten ble innlemmet i det napoleonske kongedømmet Italia (provinsene Urbino, Ancona og Macerata). Paven havnet etter en stund i Fontainebleau i Frankrike.