Mongolene invaderte Georgia i 1236, noe som fikk mange av jødene i østlige og sørlige Georgia til flytte til den vestlige region som hadde forblitt uavhengig. Der dannet de små samfunn langs kysten av Svartehavet inntil fattigdom tvang dem inn i livegenskap. På 1400- og 1500-tallet forverret deres situasjon seg grunnet stadige militære konflikter og invasjoner fra Timur Lenk, Det osmanske rike og muslimske Persia. Ved slutten av 1400-tallet hadde Georgia fragmentert til 3 adskilte kongedømmer og fem føydale områder. Jødenes status var bestemt av deres plass i det føydale system i Georgia i middelalderen og fram til midten av 1800-tallet. Generelt tilhørte jødene en klasse livegne, , de som hadde en herre. Disse var bønder, håndverkere og småkjøpmenn. Jødiske livegne, som alle andre, var inndelt i ulike typer, hver med særskilt økonomisk status, rettigheter, plikter og grader av avhengighet til sin herre. Systemet var ikke diskriminerende i den forstand at også noen jøder var herrer, også over kristne livegne. Jødiske leilendinger var eiendom som ble solgt fra den herre til andre, både enkeltvis som individer og hele familier. De jødiske samfunnene ble slitt i stykker og jødisk levevis ble bortimot umulig å opprettholde. Isolasjon og mangel på et religiøst sentrum førte til en nedgang og forvitring av jødisk kunnskap.