Kongen utnevnte i 2010 Møgedal til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden «for hennes innsats for internasjonalt helsearbeid.» I 2008 ble hun utnevnt til offiser i Den nasjonale fortjenstorden i Frankrike for innsats for å fremme samarbeid mellom Frankrike og Norge om arbeid i utviklingsland.