Ely er bygd på Kimmeridge Clay, en øy på 60 km² som med 26 meter er det høyeste området i det myrlendte Fenland (). De fremste elvene er Witham, Welland, Nene og Great Ouse som gir vann til Fenland og inntil området ble drenert på 1600-tallet, utgjorde ferskvannsmyrer. Det er to steder av særskilt vitenskapelig interesse i byen: et tidligere steinbrudd på Kimmeridge Clay, og en av Storbritannias best gjenværende eksempler på middelalderlandbrukets plogføringer (på engelsk kalt ).