Siden biologiske filtere er laget av en mengde levende vesen, så er de avhengig av å få tilført nok næring. Næringsgrunnlaget er dermed med på å bestemme hvor mye bakterier som har livsgrunnlag i filtermaterialet. Andre ting å passe på er riktig temperatur og tilgang til oksygen, ellers er det fare for at bakteriekolonien blir svekket.