Høien tok i 1967 hovedfag i pedagogikk ved Universitetet i Oslo. I 1980 avla han dr.philos.-graden ved Universitetet i Bergen på et arbeid om dysleksi. I 1983 avla han på nytt doktorgraden, denne gang fil.dr.-graden ved Linköpings universitet. Han arbeidet som lærer i grunnskolen og som forsker og lærer ved Lærerhøgskolen i Stavanger, senere Høgskolen i Stavanger og Universitetet i Stavanger. Høien var sentral i etableringen av Senter for leseforskning, opprettet i 1989 ved Høgskolen i Stavanger. I ti år var han senterets leder.