Flesteparten av øyboerne er medlemmer av Fólkakirkjan. Fugloy sorterer under prestegjeldet Norðoya eystara prestagjald, som har rundt 560 medlemmer fordelt på fem kirker i ni bygder. På Fugloy har man kirker i begge bygdene. Med én ansatt prest i hele prestegjeldet er det ikke mulig å avholde gudstjenester med prest til stede i alle kirkene hver søndag. Allikevel har alle kirkene søndagsgudstjeneste, men da som en lekmannsgudstjeneste: Gudstjenesten ledes av en person fra menigheten, som leser en trykt preken. Det holdes ikke dåp eller nattverd.