Tromsø Seminarium (senere lærerskole, og Høgskolen i Tromsø) ble flyttet hit fra Trondenes i 1848. Fra 1850 var Tromsø Norges førende ishavsby, tidligere var det Hammerfest. Rundt 1860 går imidlertid byen inn i en nedgangstid. 1861 innvies Tromsø domkirke, som er en langkirke i nygotisk stil, tegnet av Christian Heinrich Grosch. I 1867 ble det etablert faste lokalbåtruter mellom Tromsø og bygdene omkring, og byen fikk en sterkere posisjon som sentrum i de midtre deler av Troms.