Marissa flytter ut en liten stund for å bo sammen med ALex, men flytter inn igjen så snart forholdet tar slutt. Forholdet til moren bedrer seg en smule gjennom sesongen. Forholdet hennes til Ryan blir nærmere og nærmere ut i sesongen, før det til slutt blir romantikk, mye på grunn av at hun hjalp ham med broren, Trey Atwood, da han kom ut fra fengsel. Denne hjelpen leder imidlertid Trey til å tro at Marissa i hemmelighet liker ham, og han prøvde å voldta henne under påvirkning av narkotika, mens Ryan er i Miami. Dette skaper spenning mellom dem, og Ryan mistolker det som at Marissa har "rotet" med Trey. Ryan finner til slutt ut om voldtektsforsøket, noe som leder til at Ryan drar til Trey, der de blir voldelige. Trey får overtaket, og kveler Ryan. Da kommer Marissa, som ble varslet av Seth og Summer. Hun prøver å få Trey til å slippe. Når han ikke hører på henne, tar hun opp en pistol og skyter Trey for å redde Ryans liv.