Etter sin pensjonering fra IDF ble Gur ansatt som daglig leder for . I 1981 ble han valgt inn til nasjonalforsamlingen (Knesset) som medlem av det politiske partiet Alliansen. Han forble i nasjonalforsamlingen til hans død i 1995. I 1984 ble han utnevnt som helseminister og var også medlem av Knessets sikkerhets-og utenrikskomité. I april 1988 ble han utnevnt til minister uten portefølje, en stilling han beholdt etter 1988 valget frem til 1990 da Alliansen trakk seg ut av koalisjonen. Alliansen ble en del av det israelske Arbeiderpartiet, og da de vant valget i 1992 ble Gur utnevnt til forsvarsminister, ansvarlig for å utarbeide den israelske økonomien for tider i krig og krise og i samspill med de jødiske nybyggerne på Vestbredden og Gazastripen.