Bekkenesholmen ble vernet ved kongelig resolusjon den 24. februar 1928. Denne resolusjonen sa ikke noe om verneform, men det har tidligere vært brukt betegnelsen . Fredningsforskriften av 2000 fastlår verneformen til naturreservat. Bekkenesholmen har også av noen blitt regnet som Norges første naturreservat, men Stange naturreservat ble vernet fem år tidligere. Heller ikke der var verneform angitt fra starten.