Manuskriptet fikk første gang spesiell oppmerksomhet av lærde etter 1651. Da fikk biskop Brynjólfur Sveinsson av Skálholt tillatelse fra kong Fredrik III av Danmark å kreve at alle folk på Island som eide gamle manuskripter skulle utlevere dem til den danske kronen. De kunne overlevere originalen eller en kopi, enten som en gave eller for en symbolsk pris. Jon Torfason, sønn av presten Torfi Finsson, som bodde på Flatey i det nordvestlige Island, eide den boken som allerede var kjent som Flateyboka etter øya. Jon nektet å utlevere sitt verdifulle arvestykke, den største og vakreste boken på hele Island, og Jon fortsatte å nekte selv da biskop Brynjólfur besøkte ham og tilbød fem hundre ‘land’. Til slutt måtte Jon gi etter for presset og overlot boken til biskopen da han var i ferd med å forlate øya, og for dette ble Jon fritatt for all framtidig kirkeskatt.