Ved Engels død i 1840 var kirken såpass ferdig at den kunne brukes ved feiringen av universitetets 200-årsjubileum. Byggearbeidene ble etter Engels død overvåket av hans assistent E.B. Lohrman, som gjorde flere endringer i utseendet. Kirken ble offisielt innviet i 1852 og fikk navnet Nikolaikirken etter tsar Nikolai I av Russland og Sankt Nikolas. Ved Finlands selvstendighet i 1917 ble det russiskmotiverte navnet endret til Storkirken, og da Helsingfors bispedømme ble etablert i 1959 skiftet kirken navn til Helsingfors domkirke.