Da europeerne nådde øya i 1515, var den bebodd av amerikanske urfolk. Den spanske erobreren Vasco Núñez de Balboa kalte øya for Isla San Pedro (St. Peters øy). Dagens navn er avledet av et urspråksord, «aboga», som betyr «mange fisker». De første bosetterne var urfolksslaver fra Venezuela og Nicaragua. Landsbyen Taboga ble grunnlagt i 1524 av Fader Hernando de Luque, kannik i domkirken i Panama. Sankta Rosa av Lima (1586-1617], den første katolske helgenen fra det amerikanske kontinentet, kan ha blitt født på øya. Den franske maleren Paul Gauguin besøkte øya i 1887. Under byggingen av Panama-kanalen ble øya benyttet som sanatorium for syke arbeidere. Under 2. verdenskrig var det en amerikansk base på toppen av øya, noe som ga øya et økonomisk oppsving. I 1998 ble det funnet en nedgravet skatt på øya med mer enn 1000 sølvmynter fra 1600-tallet. Disse kan stamme fra piratene som ofte hjemsøkte øya på denne tida. Det er 901 innbyggere i Taboga.