I 1928 ble Kennan medlem av utenriksdepartementets divisjon for østeuropeiske anliggender, og i 1929 begynte han på et program med historie, politikk og russisk språk hos det orientalske instituttet ved Universitetet i Berlin. Fra denne perioden fulgte han i fotsporene til utforskeren George F. Kennan, som var hans bestefars yngre fetter, og som han i tillegg var oppkalt etter. Han hadde vært en ledene ekspert på det russiske keiserdømmet og forfatter av fra 1891. Samtidig som den yngre Kennan var i Berlin lærte han seg å mestre en rekke språk, som inkluderte både russisk, tysk, fransk, polsk, tsjekkisk, portugisisk og norsk. I Berlin traff han også norske Annelise Sørensen som han giftet seg med og siden fikk tilsammen fire barn med.