Root ble utenriksminister i 1905 og sørget for at USAs konsulatvesen ble langt mindre preget av vennetjenester enn før. Han arbeidet for et godt forhold til de latinamerikanske landene og klarte å få Japan til å forhindre noe av sin store utvandring av ufaglært arbeidskraft til USAs vestkyst. Han forhandlet frem 24 bilaterale avtaler om å løse internasjonale konflikter med voldgift, noe som førte til etableringen av Den faste domstol for mellomfolkelig rettspleie i Haag. For dette arbeidet ble han tildelt Nobels fredspris for 1912.