Bebyggelsen ble opprinnelig anlagt på to høyder i marsklandskapet. Bystrukturen med hovedveiene som strekker seg ut fra Sankt Bartholomeus-kirken, som ligger på byens høyeste punkt, er dokumentert på 1100-tallet. Siden 1625 har det blitt holdt markeder på stedet. I 1736 brant nesten hele bebyggelsen til grunnen, og måtte derfor gjenoppbygges. I 1865 ble det grunnlagt en lokalavis, og fra 1868 til 1970 var Wesselburen sete for en førsteinstansdomstol. I siste halvdel av 1800-tallet ble det også fremstilt sukker av roer her. Fabrikken ble senere omlagt til produksjon av surkål, nedlagt i 1995. Jernbaneforbindelsen mellom Wesselburen og Heide åpnet i 1878, og i 1883 ble linjen forlenget til havnebyen Büsum.