Han spilte særlig for FC Köln i Vest-Tyskland mellom 1973 og 1981. I 1978 1977 og 1978 vant han cupen med Köln, og i 1978 vant han også serien. I 1977 satte han rekorden for flest mål av én spiller i en kamp med seks den 17. august 1977. Kameramennene var imidlertid satt ut i streik, så det finnes ingen opptak av dette. Müller ble toppscorer i Bundesliga både i 1977 og 1978, Etter Köln dro Müller til VfB Stuttgart, og ble der en sesong. Videre dro han til Frankrike og Girondins Bordeaux. Der ble han i tre sesonger fra 1982 til 1985 og ble seriemester de to siste sesongene. Et kort opphold i Sveits og Grasshoppers ble fulgt av retur til hjemlandet i 1985. Der ble det 1. FC Saarbrücken i en sesong, før han avsluttet i Kickers Offenbach.