På den tiden var det stor konflikt innen bispedømmet mellom ortodokse og arianismen. Biskop Auxentius døde i 374 og det var fare for uro. Som prefekt ville Ambrosius formane befolkningen til ro, men ble avbrutt av folkelige rop om at han skulle bli den nye biskopen. Selv om han var en lærd mann med visse teologiske kunnskaper, var han ingen fullbefaren teolog, og avviste ønsket om å gjøre ham til biskop. Men til slutt grep keiseren inn, og Ambrosius ble innsatt som biskop og gitt nødvendig opplæring.