I 1986, på grunn av dødstrusler fra islamister, returnerte han til Storbritannia, der erkebiskopen av Canterbury, Robert Runcie, tilrettela en tjeneste for ham. Nazir-Ali sa «årsaken bak noen av vanskelighetene jeg sto overfor ble fjernet da general Zia ble drept - dessverre for ham, og jeg gjør nå ikke det arbeidet jeg gjorde på den tiden med de svært fattige». Han ble assistent for erkebiskopen av Canterbury i Lambeth og hjalp til med planleggingen av Lambeth-konferansen i 1988; han var generalsekretær i i perioden 1989–1994 og samtidig assisterende biskop i bispedømmet Southwark.