Et vanlig oppsett for å høste prøver er; i hvile, etter oppvarming, ved regelmessige intervaller under arbeidet (for eksempel hvert minutt) og etter nedtrapping. Prøvene bør analyseres fortløpende. Prøver som kan være aktuelle under CPET er laktat/melkesyre, og blodgassanalyse med undersøkelse av syre-base nivået i blodet (bikarbonat (HCO3-) baseoverskudd (BE), PCO, PO og pH).