Ytterligere utgravninger og arkeologiske undersøkelser ble utført i tidsrommet 1990 og 1993 av Anthony Pace, Nathaniel Cutajar og Reuben Grima. Hypogeum ble deretter stengt for besøkende mellom 1991 og 2000 for restaurering, og siden det ble gjenåpnet, har Heritage Malta (de myndigheter som administrerer historiser steder) kun sluppet inn 80 mennesker om dagen siden stedet har en strengt regulert mikroklima. Vitenskapelig forskning på Hypogeum foregår løpende, og i 2014 undersøkte en internasjonalt gruppe forskere akustikken.