Amenhotep IIs kartusj viser senere skader og en variasjon av hans navn fra Karnak. Amenhoteps kroning kan bli datert uten større vanskeligheter grunnet et antall av månedatoer til styret til hans far Thutmose III. Disse observasjoner begrenser dato for Thutmoses tiltredelse til enten 1504 eller 1479 f.Kr. Thutmose døde etter å ha styrt i hele 54 år, og hvor Amenhotep ville ha kommet på tronen. Om Amenhotep styrte sammen med sin far en kort tid, ville det ha flyttet hans tiltredelse til to år og fire måneder tidligere, daterte hans tiltredelse til enten 1427 f.Kr. ved lav kronologi, eller i 1454 f.Kr. ved høy kronologi. Lengden på hans styre er indikert ved en vinkrukke som hadde inskripsjon med kongens personlige navn funnet i gravtempelet til Amenhotep II i Teben; den er datert til kongens høyeste kjente dato — hans 26. regjeringsår — og lister navnet på kongens vinhandler, Panehsy. Dødstempler ble generelt ikke fylt før farao var død eller var nær død; derfor kunne ikke Amenhotep ha levd lengre enn sitt 26. regjeringsår. Det er alternativ teorier som forsøker å gi ham et styre på opp til 35 år, noe som er den absolutt maksimumlengden han kan ha styrt. I denne kronologien styrte han fra 1454 til 1419 f.Kr. En alternativ datering er fra 1428 til 1397 f.Kr. Det er imidlertid problemer med disse teoriene som ikke kan bli løst med tilgjengelig informasjon. Særskilt ville dette bety at Amenhotep døde da han var 52 år, men røntgenanalyser av hans mumie har vist han må ha vært rundt 40 år da han døde. Vanligvis har Amenhotep II blitt gitt et styre på 26 år og styrt fra 1427 til 1401 f.Kr. men en alternativ datering strekker seg fra 1428 til 1397 f.Kr.