Toje har vært medlem av Det europeiske vitenskapsakademiets utvalg for unge forskere. I 2010 ble han oppnevnt i statsråd som medlem av Inkluderingsutvalget, hvor han var leder for dialogarbeidet. I 2014 var han medlem av Forsvarsdepartementets uavhengige ekspertgruppe om Forsvarets forutsetninger for å kunne løse utfordringer knyttet til sikkerhetspolitisk krise og krig.