Ved slutten av krigen i juni 1999 returnerte størstedelen av den albanske befolkningen til Prizren. Serbiske og romani-minoriteter flyktet, og ifølge OSSE forlot 97 % av serberne og 60 % av romanifolket Prizren innen oktober. Samfunnet er nå hovedsakelig etnisk albansk, men det er også andre minoriteter som tyrkisk, ashkali (en minoritet som erklærer seg som albanske roma) og bosniakker (inkludert torbesh-samfunnet) som bor der, enten i selve byen eller i landsbyer omkring.