Han studerte ved Freie Universität Berlin og kom tidlig med i studentpolitisk arbeid, blant annet gjennom å arrangere demonstrasjoner mot Vietnamkrigen. I 1966 ble han gift med amerikanske Gretchen Dutschke-Klotz som han fikk tre barn med. Hans yngste sønn, Rudi-Marek Dutschke, ble født fire måneder etter farens død.