Et nytt parlament ble sammenkalt senere det samme året, og det ble siden kjent som det lange parlamentet. Cromwell kom atter tilbake som parlamentsmedlem for Cambridge. Som med parlamentet for 1628–29, er det sannsynlig at Cromwell skyldte sin posisjon ved innflytelse fra andre, noe som kan forklare hvorfor han den første uken i parlamentet hadde ansvaret for å presentere ansøkninger for løslatelse av John Libourne, som hadde blitt en puritansk martyr etter at han var blitt arrestert for å ha importert ulike religiøse avhandlinger og bøker fra Nederlandene. I de første to årene av det lange parlamentet var Cromwell knyttet til denne religiøse gruppen av aristokrater i overhuset og underhuset som han hadde etablert familiære og religiøse forbindelser med på 1630-tallet. Blant disse var jarlene av Essex, Warwick og Bedford, Oliver St John, og vicomte Saye and Sele. Ved dette tidspunktet hadde gruppen en religiøs agenda for reformasjon: de som utøvet regjeringsmakt skulle bli kontrollert av regulære parlamenter og dessuten ville de ha en moderat utvidelse av samvittighetsmessige rettigheter. Cromwell synes å ha hatt en rolle i en del av denne gruppens politiske manøvreringer. Eksempelvis i mai 1641 var det Cromwell som fremmet den andre lesningen av de årlige parlamentslovene og senere var han med på å ta initiativet til og gjennomføringen av det puritanske lovforslaget som fremmet et forbud mot bispestyret.