Etter den sovjetiske okkupasjonen av Litauen begynte han å arbeide for det sovjetiske hemmelige politi i 1940, et arbeid som han skal ha fortsatt med over en periode på omkring 30 år. Tiltalen mot Dushanski inneholder blant annet navn på ni personer som Dushanski enten bidro til å deportere eller sørget for å deportere selv. Ofrene var anti-sovjetiske motstandsfolk som hadde søkt tilflukt i forskjellige skogsområder for å unnslippe forfølgelse fra de kommunistiske myndighetene.