Etter hustruens død i 1510 ble han i 1513 gift med Sophie Rud, som var datter av Jørgen Mikkelsen Rud til Vedby og Kirstine Eriksdatter Rosenkrantz. Blant hans barn med Sophie Rud, (som senere ble gift med riksråd Erik Madsen Bølle), er Jørgen Thygesen Brahe til Tostrup og Otte Brahe til Knudstrup.