I 1904, ble Kodama forfremmet til general og han ble gjort til sjef for Generalstaben i den japanske hæren under den russisk-japanske krig i 1904-05. Dette var egentlig et steg ned for ham i form av rang, men han valgte likevel å ta imot denne stillingen, det var et offer som vakte mye offentlig oppmerksomhet og applaus. Etter denne krigen ble han kåret til sjef for den samlede keiserlige japanske hær sin generalstab, men han døde kort tid etterpå.