Hans første seier på slagmarken var slaget på Re utenfor Tønsberg i 1177, der birkebeinerkongen Øystein Møyla ble drept. Senere samme året kom Sverre Sigurdsson fra Færøyene, tok over ledelsen av birkebeinerne og førte kampen videre. Trønderne støttet Sverre, og Magnus' far Erling Skakke falt i det avgjørende slaget på Kalvskinnet i Nidaros i 1179. Erling Skakke ble drept, og Magnus måtte flykte – til slutt helt til Danmark. Men han kom tilbake, og det kom til en rekke slag og trefninger, der Sverre og Magnus vekselvis vant og tapte. I 1181 overvintret Sverre i Oslo, hvor han opptrådte som konge og innsatte sysselmenn. Selv falt Magnus Erlingsson i slaget ved Fimreite i Sognefjorden i 1184, og sammen med ham av hans menn.