Lotus-varianten Siden, etter at Atum var blitt assimilert i Ra som , ble forestillingen om at Atum oppsto fra en (blå) lotusknopp, i enneade-kosmogonien, adoptert og knyttet til Ra. Lotusen ble sagt å ha kommet opp fra vannene etter den eksplosive samhandlingen, som en knopp, som fløt på overflaten og sakte åpnet sine kronblader slik at billen Khepri inni ble avdekket. Khepri som er et aspekt av Ra som representerer den sola, forvandler seg umiddelbart til en gråtende gutt – Nefertum – hvis tårer danner jordas skapninger. I senere egyptisk mytologi, etter hvert som guden Khepri ble fullstendig innlemmet i Ra, sies lotusen å ha avdekket Ra, gutten, med den gang, heller enn at Ra midlertidig var Khepri. Noen ganger blir gutten identifisert som Horus, selv om dette skyldes sammensmeltningen av mytene om Horus og Ra til én gud, , senere i egyptisk historie.