Politisk var Franz Ferdinand en som ønsket å gi større selvstyre til alle etniske grupper i riket, og for adressere deres klagemål, særlig til tsjekkere i Böhmen og de jugoslaviske folkene i Kroatia og Bosnia som hadde blitt utelatt fra det østerriksk-ungarske kompromiss i 1867. Han fremmet også en forsiktig tilnærming til Serbia, og gjentatt ganger bremset Franz Conrad von Hötzendorf, sjefen for generalstaben i Wien som sto for den harde linje, og advarte at brutal behandling av Serbia ville føre Østerrike-Ungarn inn i en åpen konflikt med Russland, noe som ville være ødeleggende for begge riker. Franz Ferdinand var framstående og innflytelsesrik støtte for den østerriksk-ungarske marine i en tid da sjømakt ikke var en prioritet for den østerrikske utenlandspolitikk og marinen var lite kjent og støttet av folket. Franz Ferdinand hadde en ivrig privat interesse i flåten og var en ivrig kampanjeleder for saker som angikk marinen. Etter at han ble myrdet i 1914 beæret marinen ham og hans hustru ved å la dem (paradeseng) ombord på slagskipet SMS «Viribus Unitis».