Bodø kommune bruker formannskapsmodellen hvor elleve av de totalt 39 medlemmene sitter i formannskapet. Fire av opposisjonsmedlemmene sitter i kontrollutvalget. De to bystyrekomiteene har tretten medlemmer hver, og er komité for levekår og komité for plan, næring og miljø. Bodø kommune er i tillegg delt inn i de fire kommunedelene Kjerringøy, Tverlandet, Saltstraumen og Skjerstad, som alle har egne lokale folkevalgte styrer. Ellers er det en rekke andre kommunale råd og utvalg i Bodø og kommunale foretak som Bodø Spektrum og Bodø havn.