Han var generalsekretær i Kristendemokratisk Ungdom i Norden 1986–1989 og formann i Kristeligt Folkepartis Ungdom 1987–1989, deretter formann i Kristeligt Folkeparti (nå Kristendemokraterne) 1990–2002. Sjursen satte seg fore å gi partiet en mer ungdommelig fremtoning, og dreide partiet mot sentrum med vekt på familiepolitikk, etiske og moralske verdier, sysselsetting og miljøvern. I 1992 tok han også klar stilling imot Maastricht-traktaten, som flertallet valgte å avvise i en folkeavstemning det året. Han var energiminister i Poul Nyrup Rasmussens sentrum–venstreregjering 1993–1994. Etter at partiet ikke nådde sperregrensen på 2 % ved valget i 1994, orienterte Sjursen partiet mot høyre og gikk inn for borgerlige regjeringer ved valgene i 1998 og 2001.