Gierke engasjerte seg deretter i Bekjennelseskirken og hjalp gjennom denne, forfulgte jøder. Kirken ble stiftet i 1934 som et alternativ til det nasjonalsosialistiske De tyske kristne. Hun levde av inntektene fra feriestedet for ungdommer i Finkenkrug, som hun drev sammen med sin kollega og livsledsager Isa Gruner. Der drev hun en barnehage og dessuten dagsenter for kirkelige sammenkomster. I ett av husene på Finkenkrug var et barnehjem, der foreldreløse barn, herunder jødiske, ble vernet mot og overlevde det nasjonalsosialistiske regimet. I hennes hus i Carmerstrasse 12 i Berlin-Charlottenberg, vanket det blant andre politisk forfulgte og opposisjonelle som Martin Niemöller, Hermann Maas, Marie Baum, og ekteparet Elly Heuss-Knapp og Theodor Heuss. Det var da også i sitt hus hun døde, i april 1943.