AFI var organisert som statsetat direkte underlagt Arbeids- og administrasjonsdepartementet frem til 2002. I 2002 ble instituttet organisert som heleid statlig aksjeselskap administrert av Arbeids- og administrasjonsdepartementet. Det var diskusjoner om å omdanne det til en stiftelse før Victor Norman bestemte at det skulle bli aksjeselskap. Selskapet ble senere overført til Kunnskapsdepartementet. 20. september 2013 vedtok regjeringen at Arbeidsforskningsinstituttet og Norsk institutt for forskning om oppvekst, velferd og aldring skulle fusjoneres med Høgskolen i Oslo og Akershus fra 1. januar 2014. En forutsetning for fusjonen var at AFI og NOVA fortsetter å operere under sine egne navn og ha full autonomi og samme arbeidsoppgaver som tidligere. Instituttene ble senere samlokalisert i Forskningsrådets tidligere lokaler i Stensberggata 26.