Dee var en venn av Tycho Brahe, den dansk vitenskapsmann som grunnla den moderne observerende astronomien, og han var enig i Kopernikus' lære. Mange av hans astronomiske kalkulasjoner var basert på Kopernikus' antagelser, men han forfektet aldri åpent heliosentriske teori. Dee benyttet den kopernikanske teori til problemet med kalenderreformen, men hans anbefalinger ble dog ikke akseptert av politiske grunner.