Flyplassen fungerer som knutepunkt for Volaris, som for tiden er det nest ledende flyselskap på stedet og det eneste som bruker begge terminalene. Den pleide å være hovedbase for Aero-California, Aerolíneas Internacionales, Líneas Aéreas Azteca. Tijuana lufthavn var det største og viktigste knutepunktet for Avolar, et nytt lavkostkostflyselskap etablert i august 2005, og flyplassens andre ledende flyselskap. Det var et av de første lavkostflyfelskapene i Mexico som ble etterfulgt av blant annet SARO og TAESA.