Yang hadde anklaget Schall for bevisst å ha anvist en uheldig dato i 1658 for begravelsen av en prins som døde som småbarn, for på denne måte å lyse forbannelser over hans foreldre slik at også de døde kort tid etter. Den 15. april 1665 ble Schall og syv kinesiske astronomer dømt til døden av straffestyret, fem andre kinesere ble også dømt til døden, og andre som var «involvert», blant dem tre andre misjonærer som da var i Beijing, skulle piskes og forvises. Men den påfølgende dag var det et jordskjelv, og det ble tolket som himmelens motstand mot de urettmessige dommene. Det fortelles også at enkekeiserinne Xiaozhuang, som var blitt pleiet og kurert for en sykdom av Schall, hadde talt hans sak. Den 17. mai ble Schall løslatt likesom alle kineserne, med unntak av fem av dem – alle kinesiske konvertitter til katolisismen – som ble henrettet for valget av en uheldig begravelsesdag for den unge prinsen.