Han hadde kommandoen på den vestlige krigsskueplassen, og deltok blant annet i slaget ved Shiloh sammen med Albert Sidney Johnston. Etter dette fikk han igjen oppgaven med å forsvare Charleston, som han var ansvarlig for i perioden 1862 til 1864. I denne perioden slo han tilbake en rekke angrep fra både sjø- og landsiden i 1863. Han største bedrift kom da han forsvarte den viktige industribyen Petersburg i Virginia. mini|Beauregards hus i New Orleans Deretter assisterte han Robert E. Lee med å forsvare den konfødererte hovedstaden Richmond i juni 1864. Da han senere var ansvarlig for forsvaret Petersburg, klarte han dette med mann mot Unionens . Dette slaget er kjent som det andre slaget ved Petersburg.