Fram til den annen verdenskrig var universitetet både tysk- og tsjekkiskspråklig, med to separate seksjoner. Selv om universitetet hadde vært overveiende tyskspråklig tidligere, ble tsjekkisk tatt i bruk i økende grad fra slutten av 1800-tallet. Universitetet har i dag omkring 50 000 studenter og er delt i 17 fakulteter (tre ligger utenfor Praha).