Årene 1838 og 1839 støttet De Smet oppbyggingen av «St. Joseph's Mission» i det som senere ble Council Bluffs. Han overtok det forlatte Fort Council Bluffs, et større blokkhus, og misjonerte fremfor blant stammen potawatomi under Sauganash (1780-1841). Han hadde lite fremgang der, men døpte i dølgsmål noen barn. Ved siden av hjalp han Joseph Nicollet med kartleggingsarbeid i regionen. Han lærte så meget av dette at han skulle bli den første som fikk utarbeidet et nøyaktig kart over Missouriflodens elvesystem mellom Platte River og Big Sioux River. Det er et særdeles viktig kart, ikke minst fordi det også markere indianske landsbyer og innretninger.