Carlos Trujillo døde 26. januar 2021, etter at han den 11. januar 2021 ble innlagt sykehus for covid-19 i Barranquilla og to dager etter overført til et militærsykehus i Bogotá. Hans død ble bekjentgjort av president Iván Duque som samtidig utropte en tre dagers landesorg for ham og for andre ofre av koronaviruset. Trujillo ble 69 år gammel.