Da livegenskapet ble opphevet i Russland 1861, mistet familien grunnlaget for sin velstand, noe som satte Musorgskij under et større press. Han frigjorde seg fra Balakirev og konsentrerte seg om selvstudier. I 1863 begynte han på den ufullførte operaen , basert på en roman fra 1862 av Gustave Flaubert, men gav opp dette prosjektet i 1866. Han var nå bosatt i St. Petersburg der han livnærte seg som offentlig tjenestemann. Han bodde i et kollektiv hvor også den politiske diskusjonen var sentral. Han ble kjent med skriftene til den revolusjonære Nikolai Černyševskij. Musorgskij ble mer og mer tiltrukket av idealet om «artistisk realisme» og fikk et større fokus på de svakere gruppene i samfunnet.