Han var representant til det første overordentlige Storting i 1814 hvor han representerte Stavanger amt. Nansen var også valgt inn på Stortinget i 1815–1817 og 1821–1823, begge ganger fra Stavanger amt. I 1815-16 var Hans Nansen en sentral aktør i den nasjonalsinnede opposisjonen som fremdeles markerte en viss motstand mot unionen med Sverige. Blant annet var Nansen en sterkt motstander av at kongen i Stockholm utdelte svenske medaljer til nordmenn. Han ønsket en egen norsk ordensmedalje.