Fargene er hentet fra Brandenburgs våpen, som siden 1170 har vist en rød ørn på sølv felt, og som ble gjort rettslig offisielt i 1824. Våpenet, tilbakeført til sin opprinnelige og først kjente form, ble vedtatt som våpen for den nyopprettede delstaten Brandenburg 30. januar 1991. Fargene rødt over hvitt ble da også fastsatt som delstatens flagg. Ettersom de sammen fargene, men som hvitt over rødt, er nabolandet Polens flagg (Polen fører som våpen en hvit ørn i rødt), ble det bestemt å ta med våpenskjoldet i delstatens flagg for lettere å skille flagget fra andre flagg i samme farger. Flagget har størrelsesforholdet 3:5.