Johnston er utdannet ved Queen's University i Kingston i Canada, University of Cambridge i Storbritannia og Harvard University i USA. Han har en lang karriere som universitetsprofessor i rettsvitenskap og som universitetsleder ved canadiske universiteter. Karriere begynte i 1966 ved Queen's University. To år etter flyttet han til University of Toronto. I 1974 ble han dekan ved det juridiske fakultet ved University of Western Ontario, der han var til 1979. Johnston ble da og visekansler ved McGill University. I 1994 vendte han tilbake til stillingen som professor i juss samme sted, før han i 1999 overtok stillingen som president ved University of Waterloo. Han har også sittet i ved Harvard-universitetet og var den første utlending som ble styreleder i dette.