Hun var datter av stattholder i Norge Iver Krabbe (1602–1666) og hustru Karen Ottesdatter Marsvin (1610–1680). Karen hadde to eldre brødre: Tage og Jørgen, samt seks søstre. De vokste opp i vanskelige tider i Skåne og Norge. Da Skåne ble erobret av Sverige i 1658, ble familiens eiendommer delt mellom dansk og svensk side.