Master Chief har nettopp kommet tilbake fra det som skjedde i Halo, og blir belønnet med en utmerkelse. The Covenant har funnet jorden, og Master Chief må forsvare stasjonen han er på. Etter at han forlater Cairo Station sloss han på jorden til han får i oppdrag å forfølge skipet til Profeten Regret. De finner en Halo nummer to som er et supervåpen som kan utrydde alt liv i galaksen. MC må hindre Regret i å aktivere Halo. Han blir fanget av Gravemind og her treffer han The Arbiter. Han blir fortalt at Truth (sjefprofeten) har the Index (nøkkelen til å avfyre Halo) og han og Arbiter drar til forskjellige steder for å finne indexen. Master Chief drar inn til High Carity (en romstasjon/by som er hovedkvarteret til the Covenant) for å stoppe ham. Dette klarer han ikke siden Prophet of Truth drar til jorden før MC klarer å stoppe ham. Han kommer seg inn i skipet til Truth og følger ham til jorden for å forsvare den.