Bisjkek ligger i overgangssonen mellom et varmt og tørt innlandsklima og middelhavsklima på Köppens klimaklassifisering. Det faller i gjennomsnitt 440 millimeter nedbør per år og gjennomsnittstemperaturen varierer fra 3 °C i januar til ca 31 °C i juli. Sommermånedene består stort sett av tørre perioder, avbrutt av enkelte perioder med tordenvær, noe som gir sterke vindkast og enkelte sandstormer. Fjellene i sør gir en naturlig grense og beskyttelse mot mye uvær, noe også den mindre fjellkjeden som går nordvest til sørøst gjør. I vintermånedene er hyppig med tåke og enkelte snøbyger.