Izetbegović annonserte en nasjonal folkeavstemning om et uavhengig Bosnia i februar 1992, til tross for serbiske politikeres advarsler om at det ville resulterer i konflikter i serbisk dominerte områder som ville bli i Jugoslavia. Avstemningen ble boikottet av serbere, men oppnådde 99,4% som var for uavhengighet med et oppmøte på 67 % (som stort sett var kun bosnjaker og kroater). Det bosniske parlamentet, allerede forlatt av bosniaserberne, erklærte formelt uavhengighet fra Jugoslavia 29. februar og Izetbegović annonserte landets uavhengighet 3. mars. Det tok ikke effekt før 7. april 1992, da EU og USA anerkjente det nye landet. Sporadiske kamper mellom serbere og regjeringsstyrkene begynte da den internasjonale anerkjennelsen kom. Det kan virke som Izetbegović gamblet på at det internasjonale samfunnet ville sende en fredsbevarende styrke til landet da det ble anerkjent for å unngå en borgerkrig, men dette skjedde ikke. Isteden brøt det ut krig nesten umiddelbart over hele landet da bosniaserber og den jugoslaviske hæren tok kontroll over store områder i Bosnia i kamper mot dårlig utstyrt regjeringsstyrker. de massakrerte lokalbefolkninger i byer som de overtokk.