I 2001 samlet Metheny gruppen igjen, etter fire år fra hverandre. Denne gangen så gruppen svært annerledes ut. Med Antonio Sanchez, Cuong Vu og Richard Bona som nye medlemmer hadde Metheny byttet ut sin nære trommeslager Paul Wertico med Sanchez. Etter nesten tyve år sammen fikk gruppen nå en helt ny lyd. Med gruppens tiende studioalbum fikk gruppen ny gnist og de vant igjen en Grammy. I 2005 gav gruppen ut enda et studioalbum, nå med deres nye plateselskap Nonesuch Records. Deres hittil siste (per 2009) album er deres ellevte studioutgivelse og heter . Med sammensetningen på de nåværende medlemmene er det bare Pat Metheny, Lyle Mays og Steve Rodby som har vært med fra de første årene til gruppen. I dag har gruppen syv medlemmer og de fikk sammen for en Grammy for «Best Contemporary Jazz Recording». Gruppen består fremdeles, men Pat Metheny selv jobber med soloprosjekter for tiden og det er usikkert når neste utgivelse fra Pat Metheny Group kommer, eller om den vil komme. Det er per 2010 ikke meldt om bandets opphør.