Da han kom tilbake til Frankrike, ble Bokassa stasjonert i Fréjus, hvor han underviste i radiosendinger til afrikanske rekrutter. I 1956 ble han forfremmet til annenløytnant, og to år senere til løytnant. Bokassa ble deretter stasjonert som militær teknisk assistent i desember 1958 i Brazzaville, og i 1959 ble han etter tjue års fravær sendt tilbake til hjemlandet i Bangui. Han ble forfremmet til rang som kaptein den 1. juli 1961. Den franske kolonien Ubangi-Chari, en del av Det franske Ekvatorial-Afrika, hadde blitt et semi-autonomt territorium innen det franske fellesskap i 1958, og deretter en uavhengig nasjon som Den sentralafrikanske republikk den 13. august 1960.