Sommeren 1944 ble tyskerne svekket, og de trakk ut styrkene fra Litauen for å konsentrere seg om forsvaret av Fedrelandet. Da ble det åpenbart at Sovjetunionen aktet å annektere Litauen på nytt. Biskop Matulionis utstedte retningslinjer som erklærte at prester skulle bli værende hos sine sognebarn. Bare de som var i umiddelbar fare, ville få tillatelse til å dra, og bare med hans tillatelse. Han formante alle sogneprester om å holde bønnedager. Biskopen selv hadde muligheten til å flykte, men det sies at han erklærte: .