Han ble ordinert til prest av biskop Emiliano Manacorda den 30. juli 1901. Etter fullførte teologistudier i 1902 ble han professor og rektor ved Genovas Istituto Arecco frem til 1904. Han var rektor ved kollegiet Sto. Tommaso i Cuneo fra 1905 til 1907. Fra 1907 til 1916 var han prokurator for jesuittresidensen i Torino. Boetto var provinsial for jesuittenes ordensprovins Torino før han reiste til Spania som visitator av jesuittenes provinser i Aragón (1919–1920) og deretter i Castilla (1920–1921). Han var også ordenens generalprokurator (1921–1928), provinsial for den romerske ordensprovins (1928–1930), og assistent for Italia (1930–1935).