Glücks ble medlem i Det nasjonalsosialistiske tyske arbeiderparti (NSDAP) i 1930 og ble medlem i Schutzstaffel (SS) i 1932. I 1939 etterfulgte han Theodor Eicke som ansvarlig for myndigheten Inspektoratet for konsentrasjonsleirene som drev konsentrasjonsleirene. Hans nestkommanderende var Gerhard Maurer, hans adjutant August Harbaum. På Glücks' anvisning ble blant annet i januar 1940 en delegasjon sendt til småbyen Auschwitz for å sondere om området rundt velegnet til en ny konsentrasjonsleir, til det som skulle bli KZ og Vernichtungslager Auschwitz.