Den 19. januar 1842 seilte han ut med kurs for Kina for å slutte seg til presbyteranernes misjon der. Etter to års virke i Macao ble han stasjonert i Ningbo i 1845. I august 1847 deltok han på en misjonærkonferanse i Shanghai, og på veien tilbake til Ningbo ble den lille båten han seilte med angrepet av et piratskip. Piratene, bevæpnet med sverd og spyd, bordet og plyndret alt av verdi. Bekymret for at Lowrie skulle kunne vitne mot dem kastet de ham overbord.