Som underviser utmerket Luis de Léon seg som en dyktig og sympatisk professor. Forelesningene hans skal ha vært «stimulerende, personlige, levende og ekstremt skarpsinnede». i 1578 ble han utnevnt til professor i moralfilosofi, som var et steg i retting av det han virkelig ønsket: å oppnå lærestolen i bibelstudier. Kampen om denne posisjonen skulle vise seg å bli mellom Dominikanerordenen og Augustinerordenen, og Luis de Leóns motstander var ingen ringere enn Domingo de Guzmán. Etter anklager om stemmejuks, ble tittelen til slutt tildelt Luís de León i 1579.