MacFarlane begynte sin managerkarriere med East of Scotland League-klubben Hawick Royal Albert. Han sluttet seg til Stirling Albion i mars 1968, før han tok den tilsvarende jobben for Hibernian i 1969. Styreformann William Harrower utnevnte MacFarlane til å erstatte Bob Shankly, som hadde trukket seg fra stillingen. Selv om Hibs ble slått ut tidlig fra de to cupturneringene, kvalifiserte klubben seg for Inter-Cities Fairs Cup, ved å avslutte som nummer tre i den skotske eliteserien. I løpet av denne første sesongen satte MacFarlanes lag klubbrekord med antall seirer på rad. Hibs slo Malmö og Vitória de Guimarães slik at laget kom seg videre til tredje runde av UEFA-cupen, der de tapte mot Bill Shanklys Liverpool-lag. Den kampen mot Liverpool førte til MacFarlanes avskjed med Hibs. Styreformann Tom Hart, som akkurat hadde kjøpt klubben fra Harrower, overstyrte MacFarlane i laguttaket og sparket MacFarlane rett før kampstart.