NSM har fått kritikk fra EOS-utvalget for å ha krenket personers rettssikkerhet og for manglende oppfølging av oppgaver NSM har ansvar for. I 2019 så EOS-utvalget det som nødvendig å sende en særskilt melding til Stortinget for å varsle om flere kritikkverdige forhold hos NSM, og oppgaver som NSM bærer ansvar for. Slik særskilt melding til Stortinget er kun gitt 8 ganger i EOS-utvalgets historie, og avgis etter EOS-loven i situasjoner der det er avdekket forhold som Stortinget straks bør kjenne til.