I 1936 ble han utnevnt til byråsjef i departementet. Under NS-regjeringen ble han ekspedisjonssjef i kulturavdelingen, og deltok i arbeidet med den nye rettskrivningen som skulle utarbeides under kulturminister Gulbrand Lunde (kjent som rettskrivningen av 1941). Broren Leiv var også involvert i dette arbeidet. I de følgende par årene forsvarte Heggstad rettskrivningen mot kritikk i pressen, blant annet i en artikkel i 15. oktober 1941, «Norsk – nordisk – germansk», som var et svar til Johannes Norvik.