Choe startet sin politiske karriere som politisk instruktør for Nord-Koreas Arbeiderparti ved Kim Il-sung-universitetet i 1970. Han steg i gradene innenfor Kim Il-sungs sosialistiske ungdomsforbund hvor han ble viseformann i 1981 og formann i 1986. Fra 1986 var han også representant i Den øverste folkeforsamlingen, medlem av presidiet og medlem av sentralkomiteen. I 1990-årene ledet han også det nasjonale fotballforbundet og det nasjonale taekwandoforbundet. Han mistet sin posisjon i januar 1998 etter beskyldninger om salgsvirksomhet mot utlandet uten tillatelse. Han skal ha blitt tatt til nåde etter at Kim Jung-ils søster grep inn til hans fordel og etter å ha gjennomgått omskolering. Choe gjorde seg ikke bemerket innen landets lederskap før Kim Jong-ils død i desember 2011. Han ble da sett på som en nøkkelperson og støttespiller i Kim Jong-uns maktovertakelse. I april 2012 fikk han en rekke høye lederverv; han ble utnevnt til (Nord-Koreas nest høyeste militære offisersgrad, tilsvarende en posisjon mellom marskalk og general), medlem av politbyrået i partiet, viseformann i militærkommisjonen, sjef for det politiske byrået for Den koreanske folkearmé (som utgjør den politiske kontroll med de militære styrker, underlagt forsvarsdepartementet) og medlem av den nasjonale forsvarskommisjonen.