Mot slutten av 1717 måtte han forlate Lhasa grunnet den uro som fulgte med de dzungarske mongolers invasjon. Han trakk seg tilbake til kapuchinernes hospits i provinsen Dakpo i det sørlige sentrale Tibet, skjønt han var tilbake i Lhasa i flee perioder i tidsrommet 1719-1720. Mellom 1718 og 1721 sammenstilte han fem verker på litterær tibetansk, og i dem fremla han kristen lære og forsøkte å tilbakevise de buddhistiske tanker om gjenfødelse (som han kalte ) and (Wylie: ; sanskrit: ). I fissde bøker gjorde pater Desideri bruk av tibetanskbuddhistiske metoder for skolastisk argumentasjon, og aksepterte deler av buddhismen som han ikke fant å være i motstrid til katolsk lære, særlig buddhistisk moralfhilosofi.