Hennes far var en stammehøvding og militær kommandant i den sørsudanske frigjøringshæren som ble drept i 1989. Etter farens død tilbragte Boyoi og hennes familie mange år i forskjellige flyktningleirer i Sudan og Etiopia for å unngå borgerkrigen i hjemlandet. Boyoi gjennomførte sin høyere utdannelse i Kenya.