Flagget ble etter hvert utsatt for kritikk, både fordi det var innført av militærregimet og fordi det ikke viste stråhatten, et av de fremste identifikasjonsmerker for Lesotho. Særlig partiet Lesotho Congress for Democracy (LCD), som har sittet med regjeringsmakten etter valgseire siden 2002, kjempet for å innføre et nytt flagg der stråhatten er med.