Han ble 1. nestleder i Sannfinnene i 2013 og Finlands forsvarsminister i 2015. I 2017 var han blant de som forlot Sannfinnenes riksdagsgruppe og dannet en ny, Nytt alternativ (NA). Den nye gruppen ga støtte til Juha Sipiläs regjering og Niinistö fortsatte som statsråd. Han stilte som kandidat for Blå framtid i riksdagsvalget i 2019, men partiet ble stående utenfor Riksdagen.