Koptere av egyptisk avstamming har opprettholdt en særskilt etnisk identitet fra muslimske egyptere: de avviser en arabisk identitet. Generelt er koptere en særskilt del av befolkningen, men likevel mer beslektet med den muslimske befolkningen i Egypt enn noen annen befolkning. Som andre egyptere er koptere også en mangfoldig befolkning med betydelige genetisk, etnisk og kulturelle forskjeller mellom koptere fra Nedre og Øvre Egypt.