Elva begynner ved samløpet mellom elvene Rio Canoas og Pelotas på , rundt 200 meter over havet. De to kildeelvene har begge sitt utspring i fjellkjeden Serra Geral i Brasil, nordøst for byen Porto Alegre. Fra samløpet mellom Canoas og Pelotas renner elva vestover og danner her grensa mellom de brasilianske delstatene Santa Catarina og Rio Grande do Sul. Elva går her gjennom et ujevnt landskap og danner flere fosser og strykpartier, hvorav de største og mest kjente er de tre kilometer brede Moconáfallene, som ligger på stedet hvor elva møter grensa til Argentina.