John Donne ble født inn i en katolsk familie på en tid da åpen praktisering av katolsk tro var forbudt i England. Faren, John Donne, var jernvarehandler av walisisk opphav, mens moren, Elizabeth Heywood, var datter av dramatikeren John Heywood. Den katolske martyren Thomas More var hennes grandonkel. Ti år gammel ble Donne sendt til Oxford og senere til Cambridge. For å få en akademisk grad måtte man sverge troskapseden til dronningen og hennes overhøyhet over kirken, og som katolikk nektet Donne å gjøre dette og fikk derfor ingen grad.