I 1993 ble Jacobsen medlem av Marita Petersens regjering med ansvar for kirke-, kultur- og undervisningssaker samt nordisk samarbeid. At Sjálvstýrisflokkurin valgte den politisk uerfarne Jacobsen til å representere partiet, berodde på de ansvarsområdene han fikk. Jacobsen gikk av sammen med resten av regjeringen etter lagtingsvalget i juli 1994.