Utenrikspolitisk fulgte han sine forgjengere myke, eller endog ettergivende, linje overfor naboen i øst. I tråd med dette var Finland relativt sene med å anerkjenne det frie Estlands regjering, selv om det ble gitt noe uoffisiell støtte. Ved Tysklands gjenforening i 1990 erklærte Koivisto ensidig Paristraktatene som foreldet og ikke lenger gjeldende, og etter Sovjetunionens sammenbrudd i 1991 ble det Koivistos oppgave samme år å si opp den dominerende VSB-avtalen fra 1948, og fremforhandle en ny avtale mellom Russland og Finland. Året etter leverte han Finlands søknad om EU-medlemskap.