I juni 2002 ble Pell beskyldt for å ha forgrepet seg på en tolv år gammel gutt under en ungdomsleir i 1961. Pell benektet påstanden, og en komité nedsatt av erkebispedømmet i Melbourne undersøkte den, men uten å finne forholdet bevist. Komiteen fulgte imidlertid ikke de nasjonale retningslinjene for behandling av slike spørsmål, men en prosess som Pell selv hadde etablert i sin tid som erkebiskop.