Justinian styrket også imperiets grenser fra Afrika til Østgrensen gjennom å reise en rekke festningsverker, og sikret Konstantinopel vannforsyninger gjennom konstruksjoner av underjordiske vannreservoar. For å forhindre oversvømmelser fra å ødelegge den strategisk viktige grensebyen Dara, ble en avansert buet demning bygget. I løpet av hans styre ble også den store Sangariusbroen (også kalt for Justinianbroen) bygget i Bitynia for sikre en viktig militær forsyningsvei mot øst. I tillegg gjenoppbygget Justinian byer som var blitt ødelagt av jordskjelv eller krig, og bygget en helt ny by i nærheten av sitt fødested kalt for Justiniana Prima i sørlige Serbia, navngitt til sin egen ære, med den hensikt å erstatte Thessaloniki (i dagens Hellas) som det politiske og religiøse sentrum i Illyricum.