Den 1. juni 2012 ble Aloneftis og Omonia enige om å avslutte kontraktforholdet, og kun en uke etterpå skrev han under på en treårskontrakt med serierivalen APOEL. I sin første sesong var han med på å hjelpe klubben til å vinne seriemesterskapet for 2012/2013-sesongen.