På grunn av de franske styrkene som nærmet seg landets grenser, besluttet Danmark å stille en hærkontingent i Holstein for å signalisere at Danmark ikke ville dras inn i noen av de nordtyske krigshandlingene. Fra oktober 1805 tok kronprinsen og utenriksministeren fast opphold i Kiel og statsrådsstyret var dermed reelt oppløst. I de kommende år ble alle beslutninger tatt av kronprinsen, enten alene eller i samråd især med utenriksministeren. Etter Frankrikes seier over Preussen høsten 1806 erklærte Napoleon 21. november samme år kontinentalblokaden mot Storbritannia, som 7. januar året etter svarte med en erklæring som forbød nøytral skipsfart på Frankrike, franske allierte og havner, som britene ikke hadde adgang til.