Han tjenstgjorde i Essex Cavalry som militærlege rundt 1796, men trolig ikke utenlands, bare i Irland og Skottland. Regimentet flyttet til vest i Skottland for å håndtere et problem med den lokale militsen og ble derfra sendt til Irland for å kvele det irske opprøret i 1798. Regimentet ble oppløst på sin retur til England og Ellis returnerte til Skottland i 1801 for å studere videre, delvis under professor James Jeffray. Han be utdannet lege ved Glasgow University i 1804.