Otto III gjorde Roma til den administrative hovedstaden i imperiet og gjenopplivet romerske skikker og bysantinske domstolseremonier. I løpet av sin tid i Italia forsøkte keiseren og paven å reformere kirken, og konfiskerte kirkelige eiendommer ble returnert til de respektive religiøse institusjoner. Etter at biskopen av Halberstadt døde i november 996 begynte Otto og pave Gregor V prosessen med å reetablere bispesetet i Merseburg som Halberstadt-biskopen hadde lagt ned. Otto I hadde etablert bispedømmet i 968 etter seieren over ungarerne for å kristna de polabiske slaverne, men dette hadde blitt stanset i 983 under det slaviske opprøret etter Otto IIs dødsfall i 983.