Noreika skal «entusiastisk» ha ledet drap på jøder. Under Noreikas ledelse ble drept i Plungė, 5500 i Šiauliai og 7000 i Telšiai ifølge barnebarnet. Noreika signerte for eksempel 22. august 1941 ordre om å samle jødene i Šiauliai-området i en getto, flere hundre ble drept med en gang. Noreikas rolle i massedrapene i Plunge ble avdekket av i 1984. Trolig drepte han ingen jøder egenhendig.