Omkring 1997/98 fikk menighetens daværende pastor, Kjell Aasmundrud, kontakt med mennesker innenfor alternative miljøer, særlig tilknyttet en gruppe som kalte seg Lysbærerne. Denne kontakten viste seg å splitte menigheten, og endte med at Aasmundrud høsten 1998 gikk av som pastorer. Forut for dette hadde nordiske og internasjonale Vineyard-ledere, i første rekke Hans Sundberg som daværende leder av Vineyard Norden, forsøkt å utøve tilsyn og veiledning i konflikten, uten at dette førte fram. Saken fikk et mediemessig etterspill gjennom en serie artikler i avisen Vårt Land våren 1999. Dette i tillegg til noen år på flyttefot rundt i Oslo førte til tilbakegang i antall medlemmer. Etter en periode med endring i ledelse, struktur og profil fikk menigheten den struktur og medlemsmasse den har i dag.