På midten av 1400-tallet tilhørte byen Moldavia, men i 1484 kom den under osmansk tyrkisk herredømme. I 1770, etter å ha blitt angrepet av Russland, ble byen forskanset så sterkt at sultanen uttalte den var en by som ikke kunne inntas av noen hær. Men russerne greide å innta byen i 1790 (under den russisk-tyrkiske krig (1787–1792)). Denne seieren ble temaet for Russlands første nasjonalsang, ром побе́ды, раздава́йся! Ved krigens slutt ble Izmail gitt tilbake til Det osmanske riket. Men russerne inntok byen en gang til, i 1809. Ved Bukaresttraktaten ble hele Bessarabia som Izmajil var en del av, overtatt av Russland. Da Russland tapte Krimkrigen, ble området gitt til Moldavia. Senere ble byen en del av Donaufyrstedømmene (Valakia og Moldavia). Da Donaufyrstedømmene ble forent med Transilvania i 1918, ble Izmajil en del av Romania. Byen var rumensk til 1940 da Sovjetunionen overtok. I 1941 ble Bessarabia igjen en del av Romania. Da den andre verdenskrigen sluttet, ble Izmajil igjen en del av Sovjetuniunen. Siden august 1991 er Izmajil en del av den uavhengige republikken Ukraina.