Stuart fikk ledende kinesiske og vestlige akademikere til å undervise ved universitetet. Det ble ikke stilt kongfesjonelle krav. Men det ble satset sterkt på det teologiske fakultet. I 1928 ble Harvard-Yenching Institute grunnlagt i samarbeid mellom Yenching-universitetet og Harvard University for utdannelse i humanistiske fag og sosialvitenskapene med særlig vekt på Øst-Asia og Sørøst-Asia.