De to vanligste mt-DNA-testene er å analysere HVR1 eller både HVR1 og HVR2. Noen mtDNA-tester analyserer bare deler av disse. Mange velger nå å få analysert hele mtDNAet for å få høyest mulig utbytte av testen. En analyse av hele sekvensen kan være noe kontroversiell fordi den i enkelte tilfeller avslører medisinsk informasjon.