Elven Nemunas drenerer en stor del av landet. Litauen fremstår som ganske flatt lavland, med unntak av noen mindre høyder i vest. Landet ligger for det meste under 100 meter over havet og bare noen steder når det over 200 meter Terrenget preges av mange små innsjøer, blandet skog dekker 30 % av arealet og jordbruksland over halvparten av arealet. Kalkstein, leire, sand og grus er landets viktigste naturressurser. Ifølge noen beregninger ligger Europas geografiske sentrum 26 km nord for Litauens hovedstad Vilnius.