I 1985 fikk Boff tale- og læreforbud av Den romerske kurie. Bakgrunnen var spesielt en bok han hadde skrevet hvor han forfektet frigjøringsteologiske synspunkter som av Den katolske kirke ble fordømt som kirkefiendtlig. Hans tidligere veileder Kloppenburg anklaget ham offentlig for heresi. Han benyttet denne tiden til å skrive flere bøker som sammenfattet hans synspunkter innen kristologi, ekklesiologi og sakramentslære.