Svartedauden herjet også i Eksingedalen og det skal bare ha vært fire jenter som overlevde pesten. Alle gårdene ble liggende øde og de ble ikke tatt i bruk på lang tid. Skattelistene fra 1520 nevner ikke gårder oppe i Eksingedalen. Lavik og Flatekvål lå trolig øde til slutten av 1500-tallet. I 1590 dukker de to opp i jordebok for bispegodset der det står at gårdsbruken var tatt opp igjen. Landskattlistene fra 1612 viser at gårdene Vetlejord, Nese, Flatekvål, Lavik, Fjellanger og Yksendalen betalte skatt. Eksingedalen lå øde i over to hundre år, men de samme gårdsgrensene fra før Svartedauden ble fulgt da gårdene ble ryddet på nytt. Gårdene Eide og Myster ved fjorden ble trolig ikke lagt øde.