Höfer ble født i Eberswalde, men vokste opp i Köln. Fra 1963 til 1964 fullførte hun arbeidet i det anerkjente fotostudioet Schmölz-Huth i Köln som frivillig assistent, og studerte deretter frem til 1968 kunstfotografi med Arno Jansen på Kölner Werkschulen. Etter en kort fotografisk praksis i Hamburg og som medarbeider i fotostudioet til Werner Bokelberg, fortsatte Höfer i 1973 studiene med Ole John i filmklassen ved kunstakademiet i Düsseldorf. Fra 1976 var hun elev av Bernd Becher og ble uteksaminert i 1982. Fra 1997 til 2000 hadde hun et professorat for fotografi ved Hochschule für Gestaltung i Karlsruhe. Hun er medlem av Freie Akademie der Künste i Hamburg.