På grunn av Bajkalsjøens alder og relative isolasjon har det utviklet seg en unik flora og fauna, med 1 550 dyrearter, hvorav 60% er stedegne, og 1 085 plantearter (150 stedegne). Den mest kjente av de stedegne dyreartene er bajkalselen, den eneste selarten som kun lever i ferskvann.