Klaksvíkstriden førte til at en rekke innbyggere i området ble trukket for retten. Rettsforhandlingene begynte den 24. oktober. Den 15. november ble dommene avsagt: Det var 31 anklagede, som alle unntatt én ble dømt. 18 av dommene ble anket, og herav ble 14 dommer stadfestet og 4 omgjort. Havnefogd Fischer Heinesen ble dømt som opprørernes leder, og fikk 18 måneders fengsel. Han skulle sone sin straff på Tinganes. Folket i Klaksvík syntes imidlertid dette var for galt og ville sende en flåte av fiskebåter til hovedstaden for å befri Heinesen. Det ble dårlig vær underveis, og bare 200 mennesker ankom Tórshavn. De holdt et møte på kaien og ble enige om at de heller ville gå i demonstrasjonstog til riksombudsmannen og Færøyenes regjering. Dommen ble anket og senere nedsatt til 12 måneder.