Etter at hans tidligere jesuittkollega Jos Vrijburg giftet seg, inngikk Huub Oosterhuis også et borgerlig ekteskap, den 25. april 1970, med den unge sykepleiersken og altfiolinisten Josefien Melief. De fikk to musikanske barn, komponisten og musikkprodusenten Tjeerd Oosterhuis og sangeren Trijntje Oosterhuis.