I 1963 grunnla Naudé organisasjonen Christian Institute of Southern Africa (CI), en økumenisk organisasjon med sikte på å fremme forsoning gjennom dialog, forskning og publikasjoner. Kort tid senere fratrådte han sin kirkelige posisjon og forlot sin menighet i Northcliff i Johannesburg. Som et resultat, mistet han sin status som minister i den nederlandske reformerte kirke.