Flowcytometri benyttes til å måle og analysere en suspensjon av celler som føres i en væskestrøm. Denne væskestrømmen har større hastighet enn prøven og danner på denne måten et drag kjent som hydrodynamisk fokusering. Dette sørger for at veggene i tunellen som cellene flyter gjennom blir bygget opp av en væskestrøm som holder prøven av celler og væskestrømmen adskilt. I tillegg kan en strømning av enkeltceller flyte gjennom apparatet slik at resirkulasjon og gjentelling av samme celle elimineres. Cellene flyter gjennom flowcytometeret én etter én, forbi en lysstråle med en bestemt bølgelengde. Det benyttes vanligvis en argon laser, fordi lyset med en bølgelengde på 488 nm har nok energi til å eksitere de aller fleste fluorkromene (et fargestoff som avgir fluorescens etter at det er blitt belyst). Når hver celle passerer forbi lysstrålen så vil den deflektere lyset, og dermed danne frem-spredt lys (forward scatter, FSC) og side-spredt lys (side scatter, SSC). Det deflekterte lyset blir registrert av flere optiske detektorer som konverterer lyset til elektriske signaler for videre dataanalyser. Hvor mye lyset deflekteres er avhengig av størrelsen til cellen, og cellens kompleksitet eller granularitet.