Ngawang Namgyal (født 1594) flyktet fra Tibet til Bhutan ca. 1616 og klarte etter hvert å samle de bhutanske klanene under sin ledelse. Han etablerte et styre basert på en verdslig og en religiøs leder for landet. Utover i det 18. og 19. århundre var Bhutan sterkt preget av indre uro mellom ulike klanledere, en strid som også involverte Det britiske imperiet, senere også Britisk India som hadde store interesser i området.