Etter at elva har forlatt Andesfjellene, renner den gjennom et svært lavtliggende landskap, som utgjør kjerneområdene i Amazonasregnskogen. Amazonas og sideelvene kjennetegnes av disse vidstrakte skogsområdene, som oversvømmes hvert år i regntiden. Amazonas' oversvømte skoger (på portugisisk kalt ) er det det mest omfattende eksempelet på denne typen natur og habitat i hele verden. Elva forgreiner seg ofte ut i mange vannløp, som er sammenvevd til et komplisert nettverk av naturlige kanaler som kutter over de lave, flate -landområdene, som aldri er mer enn 5 meter over laveste vannstand, og danner en mengde øyer.