Den hellige stol har siden middelalderen hatt et eget diplomatisk korps, og Johannes Paul har utvidet dette. I 1984 ble det opprettet fulle diplomatiske forbindelser med USA, og i 1989 ble forbindelsen med Polen gjenopprettet. I 1990 utvekslet Sovjetunionen og Den hellige stol utsendinger. Forbindelser med Jordan og Sør-Afrika ble opprettet i 1994; samme år begynte man også samtaler om gjensidig anerkjennelse med Israel. Den 4. juni 2004 ble han av president George W. Bush tildelt Presidentens frihetsmedalje. Han ble i 2004 også ekstraordinært tildelt Karlsprisen.