Amin ble født i Kairo av en egyptisk far og en fransk mor, begge leger. Han vokste opp i Port Said der han gikk på det franske gymnaset, som han forlot i 1947 med artium. Mellom 1947 og 1957 studerte han i Paris og tilegnet seg en diplomgrad i statsvitenskap (1952) før han tok eksamener i statistikk (1956) og økonomi (1957). I selvbiografien (1990) skrev han at han for å kunne drive med tilstrekkelig «militant virksomhet» bare kunne avse et minimum av arbeid til forberedelse til universitetseksamener.