I januar 1582 inngikk han ekteskap i St. Hallvardskirken i Oslo med Margrethe (d. 1602), datter av Ingeborg Nilsdatter Gyldenløve og lensherre Peder Hanssøn Litle. Ekteskapet ble inngått i nærvær av tre riksråder, kansler Niels Kaas, stattholder Ludvig Munk og en mengde representanter for norsk adel. Deretter skrev han seg også til gården Thronstad, som han fikk råderett over gjennom hustruen. Huitfeldt hadde også forskjellige forleninger, deriblant gården Hof på Hurum, hvor han også bodde.