Ljunggren arbeidet ved en rekke sykehus i Skandinavia og var tilknyttet Ullevål universitetssykehus. Fra 1995 var hun professor ved Universitetet i Bergen, der hun har ledet etableringen av fysioterapi som forskningsfelt. I tillegg til igangsettelsen av et mastergradsstudium i fysioterapi bidro hun også til opprettelsen av doktorgradsutdanning i faget. Som forsker er hun særlig kjent for sine bidrag til utvikling av metoder for smertevurdering og kroppsundersøkelser.