De fleste akvariefiltre baserer seg på aerobe bakterier. Først bryter bakterier fra gruppen ammoniakk/ammonium ned til nitritt. Nitritten blir brutt videre ned til nitrat av bakterier fra -slekten. Man trodde tidligere at bakterier fra gruppen sto for dette, og mange kommersielle produkter for hurtig oppstart av akvarier inneholder fortsatt . Disse bakteriene bryter også ned nitritt til nitrat, men i etablerte akvarier finnes de i veldig små mengder. En ofte anbefalt metode for oppstart av akvariefiltre er derfor å unngå kommersielle produkter og heller overføre detritus fra et filter hvor stabile og livskraftige bakteriekulturer allerede er etablert, og bruke dette som startkultur i det nye filteret.