I mellomtiden hadde et anti-osmansk korstog under ledelse av den ungarske kong Sigismund blitt slått av osmanene i slaget ved Nikopolis den 25. september 1396. Senere, i 1402, ble osmanene selv grundig slått av mongolene under ledelse av Timur Lenk i slaget ved Ankara. Bayezid I ble tatt til fange, og førte til et alvorlig tilbakeslag for Det osmanske rike. Fire av Bayezids gjenlevende sønner sloss innbyrdes om makten, og dette svekket riket vesentlig i forholdet til Bysants. En fordelaktig avtale mellom Bayezids sønn Suleyman Çelebi og Johannes VII ga Bysants herredømme over kysten av Marmarahavet på europeisk side og Thessaloniki. Da Manuel II kom tilbake fra sin Europa-ferd i 1402 overtok han kontrollen over Konstantinopel, mens Johannes VII trakk seg tilbake som guvernør i Thessaloniki. Manuel II gjenvant også andre områder for imperiet i denne tiden (1403), blant annet Nesebăr i Bulgaria, som var blitt erobret av korsfarere i 1366 og Varna som var under osmansk styre.