Området rundt Anapa har vært bosatt siden antikken. Den var først en betydelig havn og senere hovedstad i Sindica. Kolonien ble bygget på samme sted som Sinda på 600-tallet f.kr. av grekere som oppkalte byen etter en konge av Bosporos. På 200- og 100-tallet f.kr. blomstret Gorgippia, i likhet med dens skipseiere, som kontrollerte sjøtrafikken i den østlige delen av Svartehavet. Gorgippia var befolket til 300-tallet, da den ble herjet av nomadiske stammer. Disse stammene ga Anapa sitt nåværende navn. Byen ble senere erobret av Det osmanske riket, som bygget en festning her i 1791. Festningen ble gjentatte ganger angrepet av Russland, og ble nesten fullstendig ødelagt under den siste beleiringen i 1829.