Det har også vært rettet kritikk mot teoriene til Kohlberg. Carol Gilligan hevdet blant annet at Kohlberg feilaktig ignorerer kjønnsmessige forskjeller på hvordan man resonnerer. Og hun hevder videre at menn er mest rettferdighetsorienterte, mens kvinner er mer omsorgsorienterte. Det er også enkelte som mener Kohlberg har oversett kulturelle aspekter ved den moralske resonneringen og at stadiene ikke kan kalles universelle. Videre hevder flere at situasjon og kontekst spiller en langt større rolle for vår moralske resonnering enn det Kohlberg antok. Dessuten er det stilt spørsmål om hvorvidt de moralske dilemmaene (i MJI) blir for hypotetiske.