Den siste store deportasjonen skjedde 24. februar 1943 da MS «Gotenland» gikk ut med 143 jøder. Trolig var det Rød som organiserte denne aksjonen. På denne tiden hadde han overtatt det nasjonale ansvaret for jødesaker, og utarbeidet 14. januar 1943 nye retningslinjer for arrestasjon av jøder som hadde sluppet unna. Blant annet bestemte han at jødiske kvinner skulle pågripes selv om de var gift med en «arier». Han konfererte med Hans Eng som han ba undersøke om navngitte jøder spilte syke. Rød ga for eksempel 11. mars 1943 ordre om arrestasjon av seks navngitte jøder i Trondheim.