I 2006 vant Freire 5. og 9. etappe i Tour de France. I 2007 vant han igjen Milano–Sanremo, fikk ingen etappeseier i Tour de France, men i Vuelta a España tok han tre etappeseire. I Tour de France 2008 vant han den grønne trøya, men fikk bare en etappeseier, på 14. etappe.