Martín de Azpilcueta stammet fra en agramontesansk adelsfamilie med sitt opphav i valle de Baztán. Faren var Martín de Azpilcueta og moren María de Jaureguízar; de kom fra borgene av disse (etter)navn i Baztándalen. Azpilcueta var en slektning av den store asiamisjonæren Frans Xavier.