I 1921 motsatte hun seg den anglo-irske traktat og forsvarte den republikanske siden. Komiteen som organiserte Det hvite kors i Irland ba Gonne delta i januar 1921 til å distribuere midler til ofre administrert av Cumann na mBan. Hun bosatte seg i Dublin i 1922. I løpet av gatekampene ledet hun en delegasjon kalt Kvinnenes fredskomité som henvendte seg til Dáil Éireann, underhuset i Oireachtas, Irlands parlament, og til hennes gamle venn Arthur Griffith, men de klarte ikke å stoppe den tilfeldige skytingen av sivile da lov og orden ble prioritert. I august etablerte hun en lignende organisasjon, Women's Prisoner's Defence League. Forholdene i fengslene var brutale og mange kvinner var innesperret i menns fengsler. Organisasjonen støttet familiene med nyheter om de fengslete, arbeidet for fangers rettigheter, og fikk publisert fortellinger om tragiske dødsfall. Gjennom hennes vennskap med Despard og opposisjonen mot regjeringen ble de betegnet som «Mad and Madame Desperate». Historikerne har satt fiendskapen mot dem i sammenheng med ødeleggelsene av deres hjem da soldater fra Den irske fristaten ransaket stedet. Maud Gonne ble arrestert og tatt med til fengselet Mountjoy Jail. Den 9. november 1922 ble kontoret til Sinn Féin angrepet. Fristatens soldater raste over hovedstaden, samlet opp opposisjonen og lot dem fengsles for internering. Den 10. april 1923 ble Gonne arrestert på nytt. Anklagen var følgende: malte bannere for opprørske demonstrasjoner og forberede litteratur som var imot regjeringens politikk.