Indre strid spisset seg i mai også til på republikansk side. Det Moskva-tro kommunistpartiet var svært lite, men hadde fått stor politisk innflytelse som følge av sovjetiske våpenleveranser. Kommunistene krevde at deres politiske motstandere på venstrefløyen måtte nøytraliseres. Det ble satt igang forfølgelser av det uavhengige marxistiske partiet POUM så vel som av de mektige anarkistene (FAI) og syndikalistene (CNT). I Barcelona kom det til blodige kamper mellom kommuniststyrte regjeringsstyrker og militsgrupper fra CNT/FAI og POUM. Sosialistpartiet valgte å støtte kommunistene, ikke minst av hensyn til fortsatte våpenleveranser fra Sovjet, og resultatet ble at militsene tapte. POUMs leder ble fengslet og torturert,, mens FAI og CNT mistet mye av sin innflytelse. Kampmoralen på republikansk side ble også sterkt skadelidende. Situasjonen er skildret av George Orwell i boka .