Valgresultatene blei med tida mindre imponerende. I 1960 fikk han 69,2 prosent av stemmene. I 1962 var det bare så vidt han blei guvernørkandidat, etter at høyregrupper som White Citizens' Councils valgte å støtte en annen. Bakgrunnen for dette var sannsynligvis at Faubus' motstand mot integrasjon var mer pragmatisk enn ideologisk begrunna. I hans guvernørtid blei det da også tatt noen viktige tiltak for å bedre forholda for svarte innbyggere, for eksempel når det gjaldt mulighetene for å få offentlige jobber og for støtte til svarte skoler. Ikke minst viktig var det at systemet for velgerregistrering blei reformert. Dette førte til at Faubus – noe paradoksalt – tidvis hadde sterk støtte fra svarte velgere. Ved guvernørvalget i 1964 fikk han for eksempel 81 prosent av stemmene avgitt av svarte.