Enningdalselva utgjør nederste del av Enningdalsvassdraget (den øverste delen, til og med Kynne älv, blir også kalt ), som begynner som en rekke skogsbekker som samles i Nordre Boksjø i Halden kommune. Derfra renner den via en kort elv ned til Søndre Boksjø, på grensa til Sverige. Vassdraget fortsetter langs grensa gjennom Hallerødelva og Nordre Kornsjø, hvorpå det renner videre sørover inn i Sverige og gjennom Midtre- og Søndre Kornsjø. Søndre Kornsjø har utløp mot vest til Kynne älv, som renner ned til den lange og smale Södra Bullaresjön i Tanum kommune. Herfra snur vassdraget mot nord og fortsetter gjennom Långevallsälven til Norra Bullaresjön. Ved utløpet fra sjøen er vassdraget tilbake i Norge, og fortsetter som Enningdalselva til den når Iddefjorden ved Berby.