Gregor VI førte som fungerende pave forsete under synoden, men pådro seg så meget kritikk at han etter påtrykket fra forsamlingen erklærte seg beredt til fratreden for å gjøre veien fri for en ny og ubelastet pave. Den 24. desember 1046, altså noen dager etter, ble det avholdt en ny synode i Roma, som fortsatte med det reformverk som var påbegynt i Surti, som formelt avsatte Benedikt IX, og valgte en ny pave. Henriks ønskekandidat erkebiskop Adalbert av Hamburg-Bremen (hvis tilsynsområde også omfattet Norge og resten av Skandinavia) avslo, men foreslo en venn av seg, biskop Suidger av Bamberg. Derpå ble Suidger valgt til pave den 25. desember 1046 og tok navnet Klemens II.