Foruten legevitenskapelig arbeid og undervisning har Høiby deltatt aktivt i den helsepolitiske debatten. Han har spesielt kritisert byråkratisering av helsevesenet. Høiby var vararepresentant til Folketinget fra Nordsjællands storkrets 2007–2011 for Ny Alliance, senere kalt Liberal Alliance. I 2011 ble representanten Malou Aamund, som hadde meldt overgang til Venstre, fritatt fra folketingsvervet. Høiby møtte i Folketinget frem til valget samme år, men ble ikke gjenvalgt.