På grunn av denne enkle første seieren, regnet han ikke med at hovedstyrken som ble ledet av forskjellige adelsmenn fra Vest-Europa, var en alvorlig trussel. Han gjenopptok sin krig med danishmendene og var borte fra Nikea da disse nye korsfarerne beleiret Nikea i mai 1097. Han skyndte seg tilbake til sin hovedstad og fant den omringet av korsfarerne. Han ble beseiret i et slag mot dem den 21. mai. Byen overgav seg så til Østromerriket, og hans kone og barn ble tatt til fange. Korsfarerne sendte Sultana til Konstantinopel, men til deres misnøye ble hun senere returnert uten løsepenger på grunn av forholdet mellom Kilij Arslan og Alexios Komnenos.