Fra 1917 til 1919 var Tõnisson medlem av den estiske provinsforsamlingen, . I 1919 ble han også medlem av den grunnlovgivende forsamling og var med på utformingen av det frie Estlands grunnlov, vedtatt i 1920. I 1919 grunnlag han også partiet (), et liberal-konservativt part som han var leder for inntil 1932. Ved uavhengigheten i 1918 fikk Tõnisson også ledende posisjoner i Estlands midlertidige regjering. Han spilte deretter en sentral rolle i estisk politikk, både i regjeringsposisjon og i riksdagen (), der han var innvalgt som medlem i hele Estlands uavhengighetsperiode fram til 1940. Fra 1918 til 1919 var han minister uten portefølje med ansvar for Estlands utenriksinteresser. Han var statsminister fra november 1919 til juli 1920 og igjen, med en ny regjering, fra juli til oktober 1920. Fra 1923 til 1925 var han riksdagspresident, en posisjon han også innehadde fra 1932 til 1933. Tõnisson var utenriksminister 1931 til 1932. Fra 1927 til 1928 og igjen i 1933 var Tõnisson , Estlands statsoverhode.