Hovedstaden, som har samme navn som prefekturet, er byen Zakynthos. Den ligger på den østlige delen av nordkysten. I tillegg til det offisielle navnet er den også kalt for Kora, det vil si «Byen», en vanlig benevnelse i Hellas når navnet på øya i seg selv er også navnet på den fremste byen. Havnen på Zakynthos har fergeforbindelse til havnen på Kyllini på fastlandet. En annen ferge knytter landsbyen Agios Nikolaos til Pesada på Kefallinia.