Ettersom hans mor nylig hadde dødd av kreft, forble Scholes i Hamilton for lavere grads studier, og fikk en Bachelor i økonomi fra McMaster University i 1962. En av hans professorer ved McMaster introduserte ham for arbeidene til George Stigler og Milton Friedman, to økonomer ved University of Chicago som begge skulle vinne Nobelprisen i økonomi senere.