Pedersen var utdannet cand. jur. (1962), og jobbet med Grønlandske anliggender det meste av sitt liv. Han arbeidet først som politi i Nakskov i tre år, før han i 1966 begynte å jobbe i det danske . Året etter ble han fullmektig ved Landshøvdingen, som var Landsrådets leder. Han jobbet for både Grønlandsministeriet og De Grønlandske Kommuners Landsforening (KANUKOKA), før han ble riksombudsmann.