Moren, Hanna Ayscough, giftet seg på nytt da Isaac var tre år gammel. Hun forlot hjembyen for å bo hos sin nye mann, mens Isaac flyttet inn hos bestemoren, Margery Ayscough. Han begynte først på landsbyskolen der han bodde, men ble senere sendt til skole i nabobyen Grantham. Mens han gikk på skole der, bodde han hos byens apoteker, William Clarke. Han ble etter hvert forlovet med Clarkes datter Anne, før han reiste til universitetet i Cambridge som 20-åring. Ifølge andre kilder het jenta Katherine og ikke Anne, og det er mye som tyder på at de to aldri ble forlovet.