Den 1. juli 1973 søkte han avskjed fra hæren og trakk seg tilbake til storgården sin (kjent som Morbærfikengården), i Negev-ørkenen, og overlot kommandoen over den israelske sydkommandoen til generalmajor Shmuel Gonen. Den 6. oktober samme år, på jødenes mest hellige dag Yom Kippur, gikk Egypt og Syria til angrep på Israel og tok deler av Golanhøyden og krysset Suezkanalen med store styrker. Sharon, som var sjef for en panserdivisjon, ble lagt i reserve om lag 20 km fra Suezkanalen, på den østlige siden. Israelske styrker gikk i dagene som fulgte, til flere motangrep, men disse var resultatløse. Den 9. oktober angrep Sharons divisjon i et forsøk på å gjenvinne områder israelerne hadde tapt dagen i forveien. Generalmajor Gonen beordret Sharon til å stanse fremrykningen, men Sharon nektet å adlyde ordre og forsterket sitt angrep, noe som fikk Gonen til å kreve at Sharon skulle bli fratatt sin kommando.