Gjennom middelalderen var Büsum en øy med tre landsbyer; Süderdorp, Middeldorp og Norddorp. Storflommer i henholdsvis 1362, 1436 og 1570 oversvømte det meste av øya og ødela Süderdorp og Middeldorp. Det tidligere Norddorp med St. Clemenskirken danner det som i dag er Büsums gamleby. I 1585 ble øya knyttet til fastlandet via en demning. Gjentatte oppdemninger gjore sitt til at det ble skapt nytt land, som igjen ble sikret av diker. Storflommer fortsatte å kreve sitt i blant andre Burchardi-flommen (1634) som krevde 168 menneskeliv og ødela 102 hjem. Senere, i 1717, da Juleflommen herjet på sitt verste, ble landsbyen Werven totalskadd. Den siste store flommen som rammet Büsum kom i februar 1825. I den senere tid har gjentatte forsterkninger og utvidelser av dikene gjort sitt til at Büsum har vært skånet mot slike storflommer.