Alteret er et verk av Veslemøy Nystedt Stoltenberg fra 1994. Alterinstallasjonen er en glassmosaikk med metall og gullbelagte felter. Motivet er «Den gode hyrde», «Guds Lam» og »Hvilens vann». Den ble avduket første pinsedag 1995. Bygdøy kirke ligger på grunnen til Bygdøy kongsgård og fungerer som lokalkirke for kongeparet når de er bosatt på kongsgården. Dette er det tatt hensyn til i arkitekturen. Kirken har egen kongeinngang på vestmuren med utvendig baldakin med kongekrone over. I kirken er det laget et sett med stoler i moderne tilnærmet dragestil. Disse er trukket med karminrødt skinn. En av disse stolene er beregnet på kongen og bærer avtrykk av en kongekrone. Det er også en stol beregnet for biskopen. Denne har avtrykk av en mitra, og fargen på stolens skinn er purpur. Purpurfargen er tradisjonelt biskopens farge og sees i biskopens skjorte. Bygdøy menighet ville helst hatt kirken nede på et jorde, men dette godtok ikke Hans Majestet kong Olav V, som bestemte at kirken skulle ligge på en topp inn mot Norsk folkemuseum. Kirkens votivskip er av ukjent kunstner og årstall.