I 1881 reiste Loret til Egypt, der han virket ved det mot slutten av 1885 grunnlagte Mission archéologique française i Kairo. Han arbeidet en tid for egyptologen Eugène Lefébure med innskrifter oppdagert i Kongenes dal og andre thebanske graver. Fra 1886 til 1897 underviste han i egyptologi ved Universitetet i Lyon. Fra 1897 til 1899 var han generaldirektør ved den egyptiske oldsaksmyndighet. Årene 1898 og 1899 oppdaget han gravene til faraoene Thutmosis I (KV38), Thutmosis III (KV34) og Amenophis II (KV35), tre av de eldste og viktigste av gravene i Kongenes dal.