Den 22. august 1296 utnevnte kongen ham til «bestyrer av kongedømmet og land i Skottland», men da han reiste tilbake til England noen få måneder senere skyldte han på at det skotske klimaet ikke var bra for helsen. Den samme våren gjorde William Wallace opprør, og etter mange forsinkelser ledet Warenne en hærstyrke nordover der de gikk tapte slaget ved Stirling Bridge.