Byen ligger langs elven Seinen, som renner inn fra Paris i sørøst og deler byen i to. Den historiske bykjernen ligger på nordsiden av elven (). I dag består byen også av den nyere bebyggelsen på sørsiden av elven (), samt øya île Lacroix. Rouen er en viktig havneby og elvebreddene preges av havnelagre og industri.