Den 9. august 2013 bekreftet klubben at Agger ble Liverpools nye visekaptein, som etterfølger for pensjonerte Jamie Carragher. Dette kom like etter media-rapporter om at Barcelona hadde ønsket å signere dansken, men Brendan Rodgers uttalte at Agger hadde informert klubben om at så lenge han var på Anfield, ville han ikke ønske seg bort.