Abolhassan Bani-Sadr var sønn av ayatollah Nasrollah Bani-Sadr. Faren var en kjent motstander av Reza Shah. Familien stod i nær forbindelse med den sjia-muslimske geistlige Ruhollah Khomeini. Khomeini kom ofte om somrene til Hamadan og slik ble Abolhassan kjent med ham allerede i sin barndom. Abolhassan og Khomeinis sønner Ahmad og Mostafa ble lekekamerater.