Jacob Stockfleth var bror til biskop i Christiania Henning Stockfleth og til trelasthandler og borgermester i Christiania Hans Stockfleth. Han var gift med Anna Bentsdatter og var far til sogneprest i Stange Christopher Stockfleth (1639–79) og lagmann i Christiania Hannibal de Stockfleth (1649–1721), som begge ble stamfedre for adelige grener av slekten, samt til rådmann i Christiania Eggert Stockfleth (død 1698), som ble stamfar for en borgerlig gren, og til Hans Jacobsen Gullerud, som har etterkommere i bondestand som brukte andre navn. Det fremgår av ministerialboken for Norderhov ved Hans Jacobsens begravelse 3. august 1722 at han var sønn av Jacob Eggertsen (Stockfleth), og i klokkerboken fremgår det også at han var født på gården i Frons prestegjeld, dvs. Isum i Sør-Fron. Det er ukjent om Hans Jacobsen var sønn av Anna Bentsdatter, av en annen (ukjent) ektefelle, eller utenfor ekteskap. De nærmeste etterkommerne av Hans Jacobsen i mannslinjen har hatt gårds- eller slektsnavnene Gullerud, Sætrang, Bølgen, Walders, Finnebråten, Lindboe, Trollerud, Nakkjem, Berg. Jacob Stockfleth har også etterkommere gjennom kvinneledd som tok navnet Stockfleth, herunder samemisjonæren Nils Joachim Christian Vibe Stockfleth. Han var videre onkel til stiftamtmann Christian Stockfleth (1639/40–1704), en av hovedmennene bak Christian Vs Norske Lov.