Politkovskaja fikk anerkjennelse for arbeid for menneskerettighetene, og hun er blant annet blitt tildelt Den norske forfatterforeningens ytringsfrihetspris (2003) og Olof Palme-prisen i Sverige (2004). Det akademiske året 2007-2008 ved Europa-colleget var oppkalt etter henne og Hrant Dink.