Som følge av konvensjonens og domstolens suksess har det oppstått kapasitetsproblemer ved EMD. Ved begynnelsen av 2009 lå 80000–100000 saker i kø for behandling, og det tar vanligvis flere år fra en sak blir klaget inn til den blir avgjort. For å bedre effektiviteten har domstolen fra 2007 begynt å avsi såkalte pilotdommer, hvor domstolen uttaler seg mer generelt om det som er årsaken til menneskerettsbruddet – ofte en konsekvent gjennomført praksis eller systemfeil – slik at den innklagede stat får en oppfordring til å utbedre problemet, og dermed avverge nye saker. I tillegg er tilleggsprotokoll 14 ventet å øke domstolens effektivitet betydelig.