Som motytelse etter presidentvalget ble Johnson i 1949 utnevnt til forsvarsminister av Truman etter at James Forrestal hadde søkt avskjed. Forsvarskomiteen i Representantenes hus innledet etterhvert en undersøkelse av forsvarsministerens og luftforsvarsminister Stuart Symingtons embetsutøvelse. United States Navy hadde vært spesielt misfornøyd med bombeflyet Convair B-36 Peacemaker og satte spørsmålstegn ved det muligheter til å penetrere Sovjetunionens luftrom. Til tross for at denne misnøyen hadde vært rettet mot bombeflyet og ministerne var en dypere grunn til admiralenes uro på grunn av at Johnson ønsket å minske flåtens ressurser. Undersøkelsene igangsatt av Representantenes hus ble forkastet som grunnløse.