I 1999 ble hun fast ansatt ved Universitetet i Tromsø. I perioden 1997–98 var hun medarbeider på FUTURE-prosjektet på UNIKOM ved UiT, med ansvar for fagdidaktikk i norsk. Fra 2005 var hun førsteamanuensis ved Institutt for pedagogikk og lærerutdanning ved UiT, og ble samtidig koordinator for det universitetspedagogiske tilbudet samme sted. Fra januar 2017 har Allern ledet pilotprosjektet «Pedagogisk merittering» ved UiT.