Flere av de høyeste offiserene i NVA ble straffeforfulgt for forbrytelser begått under den kalde krigen. NVAs leder, Heinz Keßler ble fengslet i 1991 og i 1993 ble han dømt til syv og et halvt års fengsel for anstiftelse til drap. I høyesterett ble Kessler i 1994 dømt som medskyldig i drap, og straffen på syv og et halvt års fengsel ble bekreftet. Kessler ble løslatt på prøve av helsegrunner i 1998 etter å ha sonet i fengselet Justizvollzugsanstalt Hakenfelde i Berlin. NVAs nestleder, Fritz Streletz, ble dømt til fem år og seks måneders fengsel.