Byen ble grunnlagt som , den 13. juni 1562, av guvernør Juan Jufré. Byen lå først ved bredden av elva San Juan, men etter flom og oversvømmelser i 1593 ble byen flyttet dit den liggere i dag, 2,5 km lengre sør. I kolonitiden (1562–1810) var San Juan en søvnig provinsby, og var også svært lite innblandet i de interne krigene som herjet Argentina i perioden 1820-1860.