Mekanisk filtrering fjerner partikler fra vannet. Dette kan være rester av fôr, avføring eller plantemateriale. Ved å bruke et porøst eller finmasket materiale som vannet passerer igjennom får man fjernet partikler som ligger i vannet. Det er mulig å fange ulike partikkelstørrelser ved å ha ulike mekaniske filter, og det er mulig å sette dette opp i lag, f.eks. fange store partikler før et finmasket filter tar små partikler. Dette øker kapasiteten og gjør at det tar lengre tid før filteret går tett.