Donaukommisjonen har 11 medlemsstater: Bulgaria, Tyskland, Kroatia, Moldova, Østerrike, Romania, Russland, Serbia, Slovakia, Ukraina og Ungarn. Kommisjonen består av en representant fra hvert medlemsland. Den velger blant sine egne en president, en visepresident og en sekretær for en valgperiode på tre år av gangen. Kommisjonen har til disposisjon et sekretariat med spesialister innenfor forskjellige fagområder. Sekretariatet ledes av en generaldirektør. Embetsspråket i Donaukommisjonen er tysk, fransk og russisk.