I september 2009 ble Flosse idømt ett års betinget fengsel, en bot 1 millioner stillehavsfranc og tap av valgbarhet til politisk verv. Dommen ble anket. Det kom anklager om bestikkelse av et forsamlingsmedlem fra UDLP for å skifte side slik at Flosse kunne gjenvinne flertall for seg selv. Frankrikes senat opphevde Flosses parlamentariske immunitet og han ble 9. november 2009 varetektsfengslet, før han 25. november samme år ble løslatt mot kausjon. Flosse har særlig vært opptatt av å få omgjort dommen om tap av valgbarhet til politisk verv. I 2010 anla han, sammen med andre, sak for det franske grunnlovstribunalet for å få kjent automatisk tap av valgbarhet i strid med grunnloven.