Da Herman var fjorten år gammel døde hans far uventet og etterlot den nye konen og hennes ni barn med meget lite midler. Boerhaave studerte filosofi, teologi og matematikk ved Universitetet i Leiden, delvis finansiert gjennom gaver fra meséner. I 1689 tok han doktorgraden med avhandlingen , i denne angrep han Epikurs, Thomas Hobbes' og Spinozas teser. Deretter begynte han å studere medisin. Han tok nok en doktorgrad i 1693, denne gang i medisin ved Universitetet i Harderwijk. Det antas at han valgte dette universitetet da det var rimeligere økonomisk sett enn Univerisitetet i Leiden; disse årene var finansielt sett meget magre for ham. Etter dette slo han seg ned i Leiden, og begynte å arbeide som lege der. Boerhaave var meget hjemmekjær – hans reise til Harderwijk var den lengste han kom til å foreta i løpet av livet.