Karzai vant valget og ble afghansk president, med Ahmed Zia som sin visepresident. Til tross for tilsynelatende få nasjonale tilhengere vant Karzai 21 av de 34 provinsene, og slo dermed sine 22 motstandere og ble den første demokratisk valgte leder av Afghanistan. Mangel på fast blekk som skulle hindre valgfusk førte til at valget ble kontroversielt. Etter undersøkelser gjort av FN, erklærte den nasjonale valgkommisjonen Karzai som vinner 3. november, med 55,4% av stemmene. Dette tilsvarer 4,3 millioner av de totalt 8,1 millioner stemmene.