I 1991 mistet han vervet som partileder til Davíð Oddsson, som den gang var partiets nestleder og ordfører i Reykjavík. Da Oddsson dannet sin første regjering samme år, ble imidlertid Pálsson utnevnt til både fiskeri- og landbruksminister og justis- og kirkeminister. Han skjøttet begge verv inntil 1999, da han gikk ut av politikken.