Han ble nominert av president George H.W. Bush da Thurgood Marshall trakk seg i 1991. Under nominasjonsprosessen ble han beskyldt for seksuell trakassering av Anita Hill mens de begge jobbet i utdanningsdepartementet. Thomas nektet for dette, og ble godkjent av USAs senat med 52 stemmer mot 48 - den minste marginen på over hundre år. Høringen i senatet ble ledet av Joe Biden.