Vestromerriket var meget ustabilt og gikk i oppløsning i løpet av et par tiår under de store folkevandringene. Folkeslagene vandalenes og alanernes konge Geiserik (død 477) dannet et betydelig kongedømme i Afrika med hovedstad i Saldae (dagens Béjaïa). Herfra dominerte de øyene i det vestlige Middelhavet, og etter at de hadde herjet Roma, overfalt de også Malta i år 445. Den greske historikeren Procopius rapporterte at i år 533 gikk den østromerske generalen Belisarius i land på Malta og gjenerobret øyene for keiser Justinian I den store. Østromerne var i stand til å forsvare øyene mot angrep fra barbarene på grunn av sin mektige flåte.