I 1994 ble et privat lærested for regnskap, administrasjon og informasjonsvitenskap, Instituto Universitário de Contabilidade, Administração e Informática (IUCAI), etablert. Det offentlige Instituto Superior Politécnico (ISP) ble grunnlagt i 1996 og åpnet dørene for studenter året etter. Her ble det tilbudt laveregradsstudier i blant annet matematikk, biologi, historie, portugisisk og fransk. I 2014 ble ISP slått sammen med institusjoner for landbruk, lærerutdanning og helsevitenskap til Universidade de São Tomé e Príncipe (USTP), landets første offentlige universitet.