Det er to typer klimatiske forhold i Berbera, et varmt ørkenklima og et steppeklima. Byen har lange og varme sommersesonger og korte og varme vintersesonger, samtidig har byen lite nedbør. Februar er tørreste meneden med 0 mm nedbør og september faller mest nedbør i Berbera med et gjennomsnitt på rundt 3 mm. Juli er den varmeste måneden i året med en gjennomsnittstemperatur på 36,7 grader celsius og den kaldeste måneden er januar med en gjennomsnitt på 25,1 grader .