Etter gjenopprettelsen av uavhengighet har estiske politikere sett på medlemskap i NATO som løsningen på de sikkerhetsutfordringer Estland har som naboland til Russland. Medlemskap i EU ble vurdert som en ytterligere styrking, på det sivile og politiske område, av den militære sikkerhet deltakelse i NATO, ville gi. Estland har, sammen med Latvia og Litauen, valgt å stå utenfor Samveldet av uavhengige stater.