Harvin var forventet å være klar til kamp for sesongåpningen mot Hawaii, men lagets leger og trenere bestemte seg for å holde ham på benken. Han fikk sin sesongdebut i en kamp mot Miami, men fikk ikke videre mye spilletid og hadde totalt 39 yards på én mottakelse og fem løp, med en touchdown på løp. Etter kampen fikk Harvin grønt lys for å spille uten å bekymre seg for den opererte hælen. Senere i sesongen pådro Harvin seg igjen en ankelskade i en kamp mot FSU 20. november, hvor han hinket av banen etter en takling og ikke kom tilbake. Skaden hindret ham fra å spille i SEC Championship-kampen 6. desember hvor Gators slo Alabama 31–20. Før BCS National Championship Game 2009 mot Oklahoma hadde Harvin 35 mottakelser for 395 yards og syv touchdowns, samt 61 løp for 538 yards og ni touchdowns. I kampen hadde han ni løp for 122 yards og en touchdown, samt fem mottakelser for 49 yards, til tross for at han spilte med en skadet ankel. Dagen etter kampen sa Meyer at Harvin hadde pådratt seg et tretthetsbrudd i høyre legg i tillegg til ankelskaden.