Sakimotos profesjonelle karriere begynte i 1988 da han startet å komponere musikk som frilanser. Han ble kjent med medkomponisten Masaharu Iwata og spillregissøren Yasumi Matsuno; han har senere jobbet med begge på mange prosjekter. Han kom til Square (nå Square Enix) i 1998 og jobbet der i to år før han sluttet. I 2006 returnerte han til selskapet for å komponere musikken til det suksessrike spillet . Sakimoto har også jobbet med andre prosjekter utenfor spillindustrien, som for eksempel animer og vokalalbumer.