Duncan giftet seg i 1306/-07 med Mary de Monthermer, som da var 9 år gammel, og datterdatter av kong Edvard I av England. De levde adskilt fra 1314 – da han vendte tilbake til Skottland, og til 1320. De fikk én datter: Isabella Macduff (ca. 1320 – 12. august 1389), som arvet jarldømmet etter faren og døde barnløs etter fire ekteskap.