De bukhariske jødene stammer fra Israelittene, som aldri kom tilbake fra det babylonske fangenskap etter eksil i 7. århundre f.Kr.. I Sentral-Asia overlevde de i århundrer, som en følge av flere seirende hendelser. Miljøet ble effektivt fjernet fra resten av den den jødiske verden for mer enn 2 000 år, og klarte å overleve mot alle odds. De blir ansett som en av de eldste etno-religiøse gruppene i Sentral-Asia, og de har utviklet en egen, distinkt kultur opp gjennom årene. De bukhariske jødene mener selv at de opprinnelig nedstammer fra stammer i Issahchar og Nephtalli.