Mazzini var født i Genova, som den gang var del av den fransk-kontrollerte republikken Liguria. Faren, Giacomo Mazzini, var universitetsprofessor i medisin og sterkt påvirket av idealene fra den franske revolusjonen. Moren Maria Drago var kjent for sin skjønnhet og sin religiøse iver. Maria og Giacomo hadde sammen barna Rosa (f.1797), Antoinetta (f.1803), Giuseppe, også kalt Pippo, (f.1805) og Francesca (f.1808).