For 20 millioner år siden (i begynnelsen av neogen) økte trykket ytterligere, og fjellene ble hevet ved at de ulike sedimentdekkene ble skjøvet over hverandre: helvetikum havnet nederst, penninikum i midten og østalpin øverst. Den totale overskyvningen mot nord var på utrolige 120 km. I tillegg ble noen av dekkene «forkortet» ytterligere gjennom folding og gjennom mindre overskyvninger av deldekker. De ulike dekkene var utsatt for ulik grad av trykk og temperatur, slik at penninikum opplevde mest metamorfose (stor andel av bl.a. gneis og skifer) og helvetikum minst metamorfose (stor andel av sedimentære bergarter er bevart, slik som flysch og kalkstein). Gjennom en dreiebevegelse av Den adriatiske platen oppstod Den periadriatiske sømmen, en forkastning som avgrenser sydalpin fra resten av Alpene.