Petkovic startet sin aktive karriere som ung målvakt for Spearwood Dalmatinac, en amatørklubb fra Spearwood, en sydlig forstad til Perth (Klubben het tidligere . Hans proffkarriere startet i 1994 hos Perth Kangaroos, som dette året deltok i Singapore Premier League. Et år senere vendte han tilbake til sin ungdomsklubb og spilte noen kamper der. Fra 1995 til 2002 var Petkovic i troppen til South Melbourne, hvor han spilte 105 kamper i den australske toppserien. I 1999 dro han på utlån til Frankrike hvor han var reservekeeper i Strasbourg. Han fikk imidlertid ingen ligakamper og kun ett år senere ble han hentet tilbake til South Melbourne. I årene 2000-2002 spilte han 56 ligakamper for klubben fra Melbourne. I denne perioden ble han også leid ut til Lillestrøm. Der hadde han imidlertid ingen suksess og reiste tilbake til Australia uten å ha spilt en eneste kamp.