Škrtel debuterte i seriekampen på Anfield mot Aston Villa 21. januar 2008, som endte 2-2, og hans første kamp fra start kom i FA-cupkampen mot cup-askeladden Havant and Waterlooville 26. januar 2008. Hvor han ikke spilte opp mot sitt beste, men i ettertid var han meget god i samtlige kamper, og hadde Zlatan Ibrahimovic i sin hule hånd i bortemøte mot Inter.