Han var sønn av Christian de Seue (1810–43) fra Rakkestad og Dorothea Benedicte Ulrikke von Schlanbusch (1809–1897) fra Skien. Faren var i 1840 blitt sogneprest i Rødenes, men døde da Christen var kun tre år. Christen var forøvrig storebror til topografen Christian Martini de Seue (1841–95).