I første del av 1999/00-sesongen spilte han bare 1 kamp for , og januar 2000 signerte han på et 1-måneds låneopphold i den skotske klubben Greenock Morton. Earnshaw debuterte for Greenock Morton den 22. januar 2000 da klubben vant 4–0 over Airdrie, og han scoret det fjerde målet i denne kampen. I februar returnerte han til Cardiff etter å ha scoret 2 mål på 4 kamper for den skotske klubben. I siste del av 1999/00-sesongen scoret han 1 mål på 5 kamper for den walisiske klubben.