Fra nå av begynte Reksten å konsentrere seg om Svalbard-spørsmål, ikke minst fordi han siden 1941 hadde vært formann i Store Norske Spitsbergen Kulkompanis London-styre. Han dro til Svalbard i juni 1943 på vegne av selskapet og som hærens representant; Reksten hadde nå graden major. På Svalbard fikk Reksten, siden han behersket tysk, være med på en ekspedisjon hvor målet var å erobre en hytte som fungerte som tysk værstasjon. Stasjonen ble erobret, men de fem tyskerne der hadde flyktet på forhånd. Da Reksten deretter var på vakttjeneste utenfor hytten, dukket det opp en tysk ubåt i bukten. Ubåten åpnet ild mot den norske vaktstyrken, men Reksten slapp etter mye dramatikk uskadet fra trefningen. Etter dette dro han tilbake til Storbritannia. Der planla han i 1944 gjenoppbyggingen av Svalbard sammen med britiske og norske myndigheter.