McCoy fikk sin første kampstarte i uke 3 mot Kansas City Chiefs 27. september 2009 etter at Eagles måtte deaktivere starteren Brian Westbrook etter en ankelskade. Han scoret sin første touchdown i kampens første kvarter med et 5-yard løp. McCoy var kampstarter igjen mot New York Giants 1. november. Han hadde elleve løp for 82 yards og en touchdown, og tok også imot to pasninger for ti yards. McCoys tredje start kom under en -kamp mot Dallas Cowboys, hvor McCoy hadde 13 løp for 54 yards og fem mottakelser for 61 yards mens Eagles tapte 20–16. Westbrook pådro seg en hjernerystelse i en kamp mot San Diego og McCoy ble igjen utpekt til kampstarter i en bortekamp mot Chicago Bears under . Han hadde 20 løp for 99 yards og en touchdown, og Eagles vant kampen 24–20.