Flintholm er idag mest kjent som et av Danmarks største trafikknutepunkt, og målt i antall passasjerer er Flintholm st. Danmarks tredjestørste stasjon. S-togs-linjene C, H, og F samt Metro-linjene M1 og M2 stopper på Flintholm st., som idag er kjennetegnet ved et 5 000 m² stort glasstak. Ringbanen (linje F) løper nord-syd i gateplan, mens Frederikssundsbanen (linje C og H) mot Ballerup / Frederikssund og København H og Frederiksbergbanen (linje M1 og M2) mot Nørreport løper øst-vest i første nivå. Det er også en større holdeplass for Movias busser samt taxier på Flintholm st.