Sephiroth, ansett som det sterkeste medlemmet av SOLDIER, blir sendt for å undersøke en Mako-reaktor som ligger i den bortgjemte landsbyen Nibelheim. Han blir ledsaget av en annen «soldier» kalt Zack. I området bruker Sephiroth mesteparten av tiden sin på å lese i Shinra Mansion, som tidligere hadde blitt brukt av en Shinra-forsker Hojo til å gjennomføre forskjellige eksperimenter. Gjennom Hojos loggbøker oppdager Sephiroth mer om fortiden hans, hvor han ble injisert med Jenovas celler.