Warwick spilte en nøkkelrolle i yorkistenes seier, og fra den dagen hadde Salisbury en langt mindre framtredende rolle Yorks råd enn hans mer energiske og populære sønn. Etter seieren forsøkte York å styre gjennom det kongelige råd før han begynte et andre protektorat om høsten, men denne politikken feilet. Foreningen av militære styrker kom fra kun York og Warwick. I de neste årene tilbrakte Salisbury det meste av tiden i nord mens hans sønn Warwick hadde en mer framtredende politisk rolle. I februar 1456 ble protektoratet avsluttet. Dronning Margaret av Anjou fikk kontroll over kongen i oktober 1456. Salisbury skal ha trukket seg tilbake til Middleham. Den bevæpnete konflikten mellom hans yngre sønner og familien Percy i Yorkshire blusset opp igjen i 1457, og Thomas Percy, baron Egremont, ble fraktet til Middleham som fange. Salisbury var tilstede i London den 24. mars 1458 hvor kong Henrik forsøkte å forsone de stridende adelsfamiliene, men ved høsten falt dette sammen og dronning Margaret tok en økende aktiv rolle i kongens regjering, fast bestemt på å beskytte sin sønn Edwards interesser. Høsten 1458 innkalte hun Warwick til Londoon for at han skulle svare for sine handlinger som kaptein av Calais, men besøket eskalerte til vold og han klarte såvidt å slippe unna i sitt skip og seile til Calais.