Fra 1952 var pater Baltakis tilknyttet nasjonalsjelesorgen for litauiske immigranter og flyktninger i USA og Canada. Han organiserte byggingen av et trykkeri og forlag i St. Kasimir-klosteret, det litauiske kultursenter «Kultūros židinys», og underviste ved en litauisk skole i Brooklyn i New York City. I 1979 ble han valgt til provinsialsuperior for den litauiske fransiskanerprovins og stod i dette vervet til 1984.