I Paris tok Dreyfus og ble i 1878 opptatt på det tradisjonsrike École polytechnique, som den gang utdannet for det meste tekniske offiserer, f. eks. til artilleriet. Han ble yrkesoffiser som artillerist og ble på grunn av sine akademiske prestasjoner opptatt på École supérieure de guerre. var blitt grunnlagt først mot slutten av 1870-årene. Absolventer fra École polytechnique og militærskolen Saint-Cyr mottok her en avsluttende utdannelse før de ble utnevnt til stabsoffiserer. Blant nyordningene innført av krigsminister Charles de Freycinet og general Marie François Joseph de Miribel var opptaket av de tolv beste fra denne skolen i den franske generalstab, hvor de ble gitt allsidige erfaringer. Tidligere var generalstaben mer eller mindre selvrekrutterende, noe som fremmet en dominans av adelige katolikker.