I januar 1944 ble han tildelt Krigsfortjenestekorset av andre klasse med sverd, og fra 20. april samme orden av første klasse. Under en studiepermisjon i perioden 25. februar til 16. april 1944 hadde han fullført sin avhandling ved Universitetet i Wien. Avhandlingens tittel var ) og han fikk med dette doktorgraden i juss. 19. august 1944 giftet Waldheim seg i Wiener Karlskirche med Elisabeth Ritschel, og de fikk tre barn sammen.