Under Karl XIs formynderregjering ble han på tross av denne innstilling sterkt mistenkt for å være en «dårlig svensker». En av årsakene var hans protester mot den svenske okkupasjonsmakts kamp mot det danske språk i Skåne. Winstrup var også mistenkt for å stå i hemmelig forbindelse med danskene og i 1666 var det ikke langt fra at en plan for å avsette Winstrup ble gjennomført.