Farrelly reiste først til Egypt og Det hellige land før han returnerte til hjemlandet i 1882. Der virket han som kapellan og senere som sogneprest for i Nashville. I 1883 ble John Patrick Farrelly også kansler for bispedømmet Nashville. Fra september 1887 var han sekretær for de amerikanske biskopene i Roma og fra 1893 var han også spiritual ved North American College.