Han ble utpekt som opphavsmann til rapporten om atomvåpen som Storbritannia og USA støttet seg til for å rettferdiggjøre et angrep på Irak. Kelly begikk angivelig selvmord sommeren 2003, etter et offentlig forhør der han nektet å være innblandet i saken. I sammenheng med Kellys dødsfall ble det stilt spørsmål om massemediene presset Kelly for hardt, og kritikere krevet den britiske statsministeren Tony Blairs avgang. Den 20. juli 2003 forklarte TV-kanalen BBC at Kelly var opphavsmannen til rapporten. Det hersker usikkerhet rundt hans død og i 2010 hevdet flere medisinske eksperter at det var usannsynlig av Kelly hadde begått selvmord.