Med Peñarol vant Alcides Ghiggia den uruguayanske serien i 1950, 1951 og 1953. Etter det siste seriemesterskapet i 1953 flyttet han til Italia. Der spilte han for klubbene AC Milan og AS Roma og dessuten fem kamper for det italienske landslaget før han returnerte til hjemlandet, der han avsluttet fotballkarrièren.