Til forskjellige tider kjempet forbundets hærer mot rojalister, parlamentarikere, Ulsters protestantiske militser og skotske covenantere; disse kontrollerte The Pale (det engelske området rundt Dublin), deler av østlige og nordlige Ulster og regionen rundt Cork. Kong Karl I autoriserte hemmelige forhandlinger som i september 1643 resulterte i en våpenhvile mellom rojalistene og forbundet og førte til ytterligere samtaler, hvorav de fleste viste seg å være mislykket. I 1644 gikk en militærekspedisjon fra det irske forbundet i land i Skottland for å hjelpe rojalistene der. Forbundet fortsatte å kjempe mot parlamentarikerne i Irland, og beseiret covenanter-hæren avgjørende i slaget ved Benburb den 5. juni 1646, noe som fjernet alle skotske håp om å erobre Irland og innføre sin egen religiøse bosetting der.