Amazonasmanatene er sosiale og lever normalt i grupper på 4–8 dyr. Tidligere ble de også observert i større flokker. Arten kan være neddykket i opp til fjorten minutter av gangen. I motsetning til andre manater tyder mye på at amazonasmanater kan ha årstidsvariasjoner i ernæringen. I fangenskap spiser de 9–13 kg planteføde om dagen. I naturen ser det ut til at de faster i tørkesesongen, da vannstanden kan minske med opp til 10–15 meter, og dyrene kan bli isolert i områder uten grønne vekster. Trolig kan de leve på fettreservene i opp til 200 dager. De har ett lavt stoffskifte året rundt, men dette gjelder også til en viss grad de andre manater. I tillegg skjer det meste av kalvingen i perioden februar – mai, da vannet stiger tilbake etter tørketiden. I fangenskap er kalvene om lag 80 cm lange når de kommer til verden, og øker vekten med om lag en kilo i uka. Lengden øker med 1,4 cm i uka. De får i seg seks liter melk i uka og dier i ett år.