Byggverket er i tre og har 650 plasser. Kirkerommet er preget av empirestil, med gallerier i to etasjer langs fem av veggene. Altertavlen er et gullkors i en bue, flankert av søyler som bærer en gavl. Både den og prekestolen er fra 1938 og tegnet av Linstow. Dagens orgel er bygget spesielt for Flekkefjord kirke ved Marcussen & Sønners orgelbyggeri i Aabenraa i Danmark, og sto klart i 1983. Orgelet har 24 stemmer og fasaden er i empirestil tilpasset kirkens interiør. Linstow laget særskilte tegninger til Flekkefjord og omtales som mer interessante enn de øvrige Linstow-kirkene i landsdelen.