I 1999 presenterte fredsprisvinner Rigoberta Menchú anklager om tortur, folkemord, ulovlig fengsling og statsstøttet terrorisme mot Rios Montt og fire andre pensjonerte guatemalanske politikere og tidligere generaler. Flere andre embetsmenn i viktige stillinger ble også anklaget for flere alvorlige lovbrudd som hovedsakelig hadde foregått mellom 1978 og 1982. Blant anklagene var Montts voldelige kampanje i det guatemalanske høylandet der det bodde flere urfolk og indianerstammer som ble drept av militærjuntaen.