Før filmingen var ferdig begynte etterproduksjonsavdelingen å lage de endelige effektene, som inkluderte både modeller, CGI og praktiske effekter. Animasjonsavdelingen, ledet av Rob Coleman, hadde ansvaret for de animerte rollefigurene. Hver eneste klonesoldat i filmen var laget av slik animasjon (bortsett fra kommandør Cody). Det samme gjaldt jedimesteren Yoda, og Anakin og Obi-Wan i små klipp under duellen.