Regjeringskoalisjonen fikk i stigende omfang problemer med å oppnå enighet i en rekke saker. Blant annet strandet en stor reform av Østerrikes helsevesen på grunn av manglende enighet mellom de to partiene. Den 7. juli 2008 meddelte ÖVP at det ikke lenger ønsket å samarbeide med SPÖ i koalisjonsregjeringen, hvorpå Gusenbauer utskrev valg til Nasjonalrådet den 28. september 2008. Samtidig meddelte Gusenbauer at han ikke lenger var toppkandidat for SPÖ. Gusenbauer ble dermed den forbundskansler som så langt hadde regjert i kortest tid i den andre østerrikske republikks tid. Werner Faymann avløste Gusenbauer som forbundskansler den 2. desember 2008.