Som justisminister står han blant annet ansvarlig for å holde oppsyn med Robert Muellers etterforskning av en mulig russisk innblanding i Presidentvalget i USA 2016, et ansvar som visejustisminister Rod Rosenstein hadde tidligere. Whitaker regnes som lojal mot Trump, og publiserte i 2017 en meningsartikkel i CNN der han skrev at han mener ettforskningen har gått for langt.