Nordfra gikk Vestfoldbanen tidligere i en stor sløyfe sørøstover rundt byen for å komme inn på stasjonen. Tønsberg kommune vedtok sommeren 2002 å fjerne denne sløyfen og omgjøre stasjonen til en sekkestasjon som Kristiansand stasjon, det vil si at togene kjører inn og så ut igjen i motsatt retning, i stedet for å kjøre rett gjennom stasjonen som ved de fleste stasjoner. Jernbaneverket protesterte mot dette vedtaket og påpekte at å vende tog tar tid som vil legge på omtrent ti minutter i reisetid. Lokalpolitikere ønsket imidlertid ny debatt om saken.