Den 10. desember 2012 ble Thodesen presentert som ny hovedtrener i . Han fikk dermed i oppgave å gjenreise hjembyens fotballsatsing etter to magre år og store økonomiske utfordringer. Kun to måneder etter at han han signerte for Tønsberg, fikk han tilbudet om å reise til De forente arabiske emirater for å være assistenttrener for Baniyas SC. Han takket ja til jobben, og forlot .