Den 30. august 2016 signerte Zinckernagel en kontrakt på tre og et halvt år med den danske Superliga-klubben SønderjyskE. Han fikk sin debut i Superligaen den 18. september 2016, da han ble byttet inn i en kamp mot hans tidligere klubb FC Nordsjælland. Totalt spilte han 44 kamper og scoret fire mål for SønderjyskE i Superligaen.