Det meste av inventaret er siden forsvunnet, men ikke alt. Blant annet et sett alterstaker fra 1670, et nattverdssett, et maleri og klokkene som ble overført til den nye kirken. Prekestolen og et sett alterstaker fra 1640 ble overtatt av Kærby Kirke, og Abel Cathrines Stiftelse overtok noe av altersølvet, som senere er gått videre til pleiehjemmet Gammel Kloster og Københavns Bymuseum.