Hushovd begynte å sykle som 10-åring, og vant sitt første ritt på tempoetappen over 5 kilometer i Vårtråkken i 1988. Han syklet også terrengsykkelritt som junior. På det norske juniorlandslaget vant han i 1995 en etappe i Tour of Frankfurt, og i 1996 ble han juniornorgesmester i både tempo- og landeveisritt. Han kom også på tiendeplass på temporittet i juniorverdensmesterskapet dette året.