I 1157 brant kirken og kort etter ble korets østparti omdannet til det som antagelig har vært gravkapell for kong Knut. I 1247 brant bygningen igjen, hvilket trolig førte til at biskop Gisico påbegynte radikale ombygginger som kom til å fortrenge kildekalkskirken. Først den 30. april 1499, nesten 200 år senere, ble den fullførte domkirken innviet.