I 1826 ble Hermann Schlegel vagt til medlem av Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina. Da ble grunnlagt i 1838, var han en av selskapets 140 grunnleggende medlemmer. I desember 1857 ble han assosiert medlem av Académie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique. Det russiske vitenskapsakademi i Sankt Petersburg opptok han i 1871 som korresponderende medlem.