Fylket ble grunnlagt 18. januar 1877 av land som ble skilt ut for det meste fra San Juan og med en mindre del av Hinsdale County. Det har fått sitt navn etter ute-indianerhøvdingen Ouray. Gullgraverbyen Ouray, grunnlagt 2. oktober 1876, ble den 8. mars 1877 definert som administrasjonssete. Den 19. februar 1881 ble sørlige del av Ouray County utskilt og fikk navnet Dolores County. Den 27. februar 1883 ble også vestre del utskilt, og ble San Miguel County.