I utgangspunktet var begge landene gjensidig avhengig av hverandre økonomisk, men utstedelsen av den nye valutaen og det etiopiske mottiltaket gjorde slutt på ethvert håp om økonomisk samarbeid. Den økonomiske tilstanden i Etiopia var ikke bedre enn i Eritrea, slik at enhver forstyrrelse på den internasjonale handelen mellom Etiopia og resten av verden førte til politiske konsekvenser. I januar 1998 utstedte Etiopia nye handelsrestriksjoner som skulle gjøre forholdene vanskeligere for Eritrea. De sviktende økonomiske relasjonene mellom Eritrea og Etiopia skyldes interne anliggender i begge land, deriblant en rivalisering mellom investorer i et økonomisk landskap som i utgangspunktet var oppbygget i ett land før separasjonen av Eritrea. Statlig innblanding fra de respektive regjeringer i hver deres hovedstad forverret de økonomiske motsetninger.