I 1699 giftet han seg med Else Rosenmeyer (ca. 1669–1745), datter av kjøpmann og godseier Carl Rosenmeyer († 1670) og hans hustru Anna Pedersdatter († 1679). Ekteparet fikk seks barn; tre sønner og tre døtre. Datteren Margareta var gift med kanselliråd Herman Løvenskiold, som eide Borgestad gård på grensen mellom Porsgrunn og Skien. Som enke bodde Else Deichman hos datteren og svigersønnen på Borgestad gård der en spisestue fortsatt er kalt . Bartholomæus Deichman sørget ellers for å hjelpe sine sønner opp og frem, og etter en rask karriere i København slo sønnene Carl og Vilhelm seg opp som forretningsmenn i Norge. De etablerte seg i Porsgrunn, og forble ugifte livet ut.