De mest berømte skurkene er autonene, cybermennene, sontarerne, iskrigerne, yetiene, silurianerne og Master (en annen tidsherre som tørster etter makt over universet). Av alle de som Doktoren har møtt opp gjennom årene er det dalekene som er de meste berømte. Dalekene er dødelige mutanter som beveger seg rundt ved hjelp av maskiner, og de kommer fra planeten Skaro. Davros, skaperen av dalekene, ble også en gjenganger i serien etter at han ble introdusert i historien .