Museet lå tidligere i underetasjen i fakultetsbygget på Misjonshøgskolen. I 2011 vedtok høgskolestyret å la Misjonsarkivet overta ansvaret for driften av museet. Ved fusjon med tre andre høgskoler ble Misjonshøgskolen (MHS) en del av VID vitenskapelige høgskole i januar 2016, og Misjonsarkivet gikk samtidig inn i VID historiske arkiv. I 2017 endret VID historiske arkiv navn til Misjons- og diakoniarkivet, VID (forkortet MDA). MDA forvalter Misjonsmuseet i henhold til en deponeringsavtale med Det Norske Misjonsselskap (NMS), inngått mellom NMS og MHS i september 2015. Avtalen innebærer at NMS eier Misjonsmuseets gjenstander.