Den 4. april 2019 møtte Báez pave Frans i privataudiens. Den 10. april kunngjorde Báez at pave Frans hadde bedt ham flytte til Roma på ubestemt tid. Biskop Báez bekreftet også at USAs ambassadør i Nicaragua, Laura Farnsworth Dogu, i 2018 fortalte ham at han var målet for et attentat. Han beholdt sin tittelen sin og avstår, etter instruks fra pave Frans, fra å diskutere situasjonen i Nicaragua.