Warner forlot laget etter 2004-sesongen, og Manning ble utpekt til starter for 2005-sesongen. Han ledet Giants til to seiere på rad mot Arizona Cardinals og New Orleans Saints, før de skulle møte San Diego Chargers på vestkysten. Chargers' tilhengere hadde ikke glemt at Manning hadde nektet å signere for laget, og den 25. september 2005, da Manning møtte Chargers for første gang siden draftet ble han møtt med buing hver gang han hadde ballen. San Diego slo Giants 45–23, men Manning hadde allikevel trolig sin beste kamp til det punktet i sin karriere, med 24 av 41 pasninger for 352 yards og to touchdowns.