Før den første verdenskrig omfattet katolikatet Aghtamar to bispedømmer med ca. 270 menigheter og 95 000 medlemmer. Under første verdenskrig, i 1915, ble munkene på øya drept og katedralen ble påført betydelige skader, og i 1916 ble katolikatet opphevet offisielt av den osmanske regjeringen. Katedralen fortsatte å forfalle gradvis fram til andre verdenskrig, men ble senere fullstendig restaurert av tyrkiske myndigheter og åpnet som et museum i 2007. Armenere har siden da fått tillatelse til å bruke museet til religiøse seremonier ved spesielle anledninger.