Etter å ha innsett at hans tidligere kolleger ikke ville ha med ham å gjøre, og at amerikanerne jaktet på ham, vandret han i flere dager rundt i Flensburg nær grensen til Danmark. Han forkledde seg som et medlem av gendarmeriet, fjernet barten og utstyrte seg med en øyelapp. Under navnet «Heinrich Hitzinger» forsøkte han å reise hjem til Bayern. Himmlers assistent og hans privatlege ble arrestert av britiske soldater da de 21. mai ville krysse en bro over Oste mellom Bremen og Hamburg; de hadde uniformer fra det tyske hemmelige feltpolitiet og falske dokumenter. Himmler og resten av følget skjulte seg på en gård i nærheten og ble arrestert kort etter. Himmler ble gjenkjent (av en annen nazist) etter 2 dager da han tok av seg øyelappen. I møte med kommandanten for fangeleiren Barnstedt ved Lüneburg identifiserte han seg med «Heinrich Himmler». Han ble ført til Lüneburg, til en arrest for viktige fanger. Han måtte nå kle av seg og ble kroppsvisitert. Da militærlegen C. J. Wells ville inspisere Himmlers munn, bet han over en cyankaliumkapsel. Legen forsøkte å hindre at gifte skulle virke, men Himmler døde etter få minutter. Hans kone hevdet han hadde hatt på seg giftkapselen siden krigen brøt ut Britene grov ham ned på ukjent sted på heiene rundt Lüneburg.