Da Frederik V døde 14. januar 1766 var Moltkes periode ved makten forbi. Christian VII kunne ikke fordra han og omtalte han som en stork. (Moltke var høy og tynn). Allerede utpå sommeren samme år fikk han avskjed fra sine viktigste embeter og trakk seg tilbake til Bregentved. Senere var han i en kort periode med i landvesenkommisjonen som senere ble omdannet til General-Landvæsenskollegiet. Her fikk han mulighet til å virke for landboreformene. Han ble senere med i Overskattedirektionen og i Konseillet. Imidlertid varte ikke virksomheten her lenge. Da han avslo å ville ha noe med Schack Carl Rantzau og Struensee å gjøre, ble han avskjediget den 10. desember 1770.