Mange skoler og menigheter er oppkalt etter ham, og Xavier/Javier/Javiera, Frans Xavier osv. er blitt et svært vanlig fornavn i mange katolske land. I Vietnam er det et av de aller vanligste dåpsnavn for katolske gutter. I Norge er en katolsk kvinneorden, St. Franciskus Xaveriussøstrene, og den katolske menighet i Arendal, oppkalt etter ham.