I 1530 ble øyene gitt av Spania (Aragón og Kastilla ble forent til Spania i 1469) til Johanitterordenen som evig leie. Denne kristne, militære ridderordenen hadde blitt kastet ut av Det hellige land på 1200-tallet, og så fra Rhodos i 1522. I 1565 motsto de en full beleiring av den tyrkiske armeen, og beleiringen av Malta var et av vendepunktene i tyrkernes forsøk på å erobre Europa. Som følge av erfaringene fra denne beleiringen ble de store befestningene i og rundt den nye hovedstaden Valletta bygd. miniatyr|Valletta er Maltas hovedstad.