Han var med på å etablere Universitetet i Tromsøs medisinstudium i perioden 1968–1971. Han ble Universitetet i Tromsøs første rektor i 1972, og satt i denne stillingen til 1973, da han ble etterfulgt av Olav Holt etter en disputt med studentene. Hjort fortsatte imidlertid i sitt professorat i Tromsø frem til 2001.