I Windows Vista inkluderer Diskdefragmentering et alternativ for å automatisk kjøre til planlagte tider ved hjelp av Oppgaveplanlegging og bruker liten CPU-prioritet samt lavprioritets-I/U-algoritmer for å fortsette å defragmentere med mindre ressursbruk (mindre CPU og diskaktivitet) når datamaskinen er i bruk. Brukergrensesnittet har blitt forenklet og fargegrafen og prosessindikatoren har forsvunnet helt. Opprinnelig ble også muligheten til å velge hvilke stasjoner som skulle defragmenteres fjernet, men denne ble gjeninnført i Service Pack 1.