Det er kjent at cirka 30 % av maine coon kattene er arvelig disponert for en mutasjon (A31P) i et gen (MYBPC3), en dominant gen-defekt, som fører til at kattene kan utvikle hypertrofisk kardiomyopati (HCM, en overutvikling eller fortykkelse av hjertemuskelen). Lidelsen kan med tiden føre til hjertefeil eller komplikasjoner med økt risiko for blodpropp. Tilstanden lar seg avdekke gjennom en gentest og ultralyd. Katter som har én eller to kopier av det muterte genet MYBPC3 bør utelukkes fra avl. Avlsdyr bør ha status N/N.