I 1996 ble det offentlig kjent at Hildebrandt hadde bryskreft. Hun fortsatte i sitt verv i delstatsregjeringen og vant stor respekt for dette. Etter delstatsvalget i 1999 mistet SPD sin absolutte majoritet, og Hildebrandt talte for å samarbeide med PDS. Da regjeringssjef Stolpe valgte CDU gikk Hildebrandt ut av regjeringen. Hun fortsatte imidlertid i SPDs ledelse og arbeidet videre i Forum Ostdeutschland (Forum for Øst-Tyskland) for integrasjon og likestilling av de nye forbundsstatene i det samlede Tyskland. Hildebrandt opplevde å bli en av Øst-Tysklands mest populære politikere.