Pachelbel ble født inn en luthersk middelklassefamilie hvor faren Johann (Hans) Pachelbel (født 1613 i Wunsiedel) var vinhandler. Selve fødselsdagen er ikke kjent, men siden han ble døpt 1. september, må det ha vært i de siste dagene i august. Han fikk tidlig musikalsk opplæring av musikeren Heinrich Schwemmer, som senere ble kantor St. Sebalduskirken (). Det er antatt at han også fikk undervisning av Georg Caspar Wecker, komponist og organist ved den samme kirken, men dette er ikke helt klart i kildene. Uansett var begge viktige inspirasjonskilder, begge hadde sin utdannelse fra Johann Erasmus Kindermann, en av grunnleggerne av musikktradisjonen i Nürnberg og som selv hadde vært elev av Johann Staden.