I 1945 kom Körner igjen inn i nasjonalforsamlingen, nå kalt Nationalrat, der han representerte SPÖ. I 1945 ble han også borgermester i Wien. Körner var medlem av nasjonalforsamlingen og borgermester til 1951, da han ble president. Han var den første folkevalgte president i den andre østerrikske republikk. Forgjengeren Karl Renner var valgt av Forbundsforsamlingen.