Bosetningen på stedet hvor den nåværende byen Severodvinsk ligger ble først nevnt i 1419, da svenskene seilte inn i bukta og brente ned klosteret som lå ved bredden. Dette klosteret antas å ha blitt grunnlagt av St. Euphemius, en ortodoks misjonær i de karelske land. Klosteret lå i ruiner til 1471, da to sønner av Marfa Boretskaja ble drept under en forrykende storm, og likene deres ble funnet på stranden nær klosteret tolv dager senere. Etter overtalelser fra Boretskaya ble klosteret gjenoppbygd og hennes sønner gravlagt der.