Afghanistan har kontinentalklima med varme somre og kalde vintre. Det er svært kalde vintre i de sentrale strøkene, fjellene i nordøst (rundt Nuristan) og Wakhan-korridoren. I disse områdene ligger den gjennomsnittlige temperaturen i januar under ÷15 °C. I motsatt tilfelle er det varme somre i de lavtliggende områdene Sistan-bekkenet i sørvest, Jalalabad-bekkenet i øst og Turkestanslettene langs Amu Darja-elven i nord, der temperaturen i gjennomsnitt ligger over 35 °C i juli.