Ferdinand III likte musikk og var selv komponist. Han studerte musikk under Giovanni Valentini og hadde nære forbindelser med Johann Jakob Froberger, en av de mest kjente orgelkomponistene i det 17. århundre. Froberger sørget over keiserens død og komponerte musikk tilegnet keiseren ved hans bortgang. Noen av Ferdinands egne komposisjoner har overlevd, særlig messer, motetter, hymner og annen religiøs musikk, i tillegg til noen verdslige stykker.