Dareios utpekte Mardonios som en av sine generaler og etter det joniske opprøret ble han i år 492 f.Kr. sendt for å straffe den greske bystaten Athen for å ha støttet jonerne. På vegen mot Athen benyttet sin hær på de joniske byene for å avsette persiske tyranner og innsatte demokratiske styrer, en handling som overrasket grekerne. Historikerne betrakter dette som hensiktsmessig for at jonerne ikke skulle gjøre opprør på nytt etter at den persiske hæren hadde forlatt stedet. Hans flåte og hær passerte deretter over Hellespont. Det første offeret for den persiske aggresjon på det greske fastlandet var Thasos, en gresk øy som hadde betydningsfulle gruver. Øya ble underlagt Akamenide-riket. Flåten og hæren fortsatte videre inn i Makedonia som også ble underlagt Perserriket.