I den påfølgende sesongen vant han fem av de første ni verdenscuprennene i 2005–06-sesongen, inkludert nyttårshopprennet i Garmisch-Partenkirchen. Han vant den tysk-østerrikske hoppuka 2005/2006, men måtte dele sammenlagtseieren med finske Janne Ahonen. Janda vant verdenscupen sammenlagt i 2005/06, og ble med det den første tsjekker som vant verdenscupen sammenlagt.