Akademiet fører sine røtter tilbake til det teologiske seminar ved universitetet i Vilnius fra 1803 til 1808 i augustinernes kloster. Etter novemberopprøret i 1831 ble universitetet stengt - på nær som to fakulteter, det medisinske-kirurgiske og det teologiske. Begge ble understilt det russiske innenriksministerium (og verken undervisningsministeriet eller biskopen av Vilnius).