Fra september 1989 til juni 2003 bodde Abdallahi i Niger, hvor han arbeidet som rådgiver. Abdallahi annonserte sitt kandidatur til president den 4. juli 2006. I den første valgrunden, som ble avholdt den 11. mars 2007, fikk Abdallahi 24,80% av stemmene og han havnet dermed på førsteplass i denne valgrunden. Under den andre valgrunden fikk han totalt 52.85% av stemmene. Abdallahi vant dermed 10 av landets 13 regioner, og han tiltrådte som president for Mauritania den 19. april 2007.