Marokko begynte etter hvert å miste kontrollen over området, etter de hadde kuttet sine forbindelser med leiesoldatene, og på 1700-tallet ble Tombouctou vekselvis okkupert av tuareger, bambaraer og kountaer, men den marokkanske innflytelsen ble aldri helt borte. Massinariket hersket over byen fra 1826 til 1865, da den ble overtatt av El Hadj Umar Tall og Toucouleurriket.