Etter to nederlag til i Super Bowl opplevde Broncos en nedgangsperiode; det lysnet igjen for laget i 1997 da Elway og Denver sikret sin første Super Bowl-tittel etter å ha slått Green Bay Packers 31–24 i Super Bowl XXXII. Broncos vant igjen året etter i Super Bowl XXXIII med en 34–19 seier over Atlanta Falcons. Elway ble utpekt til MVP i sistnevnte, som også var hans siste kamp som spiller, og satte en NFL-rekord med sin femte kampstart i Super Bowl som først ble slått i februar 2015 da New England Patriots' Tom Brady startet i Super Bowl XLIX. Som Denvers quarterback ledet Elway laget til seks AFC Championship Games og fem Super Bowls, med seier i to. Etter å ha pensjonert seg som spiller tok han en stilling som general manager og Executive Vice President of Football Operations for Broncos, og vant fire divisjonstitler, to AFC Championships og Super Bowl 50. Elway har vært med Broncos gjennom alle deres tre Super Bowl-seiere, to som spiller og én i administrasjonen. Elway ble innlemmet i Pro Football Hall of Fame i 2004, det første året han var kvalifisert, og ble innlemmet i College Football Hall of Fame i 2000.