De andre professorene angrep til stadighet tiggermunkene som var tilknyttet universitetet. Et av de krasseste angrepene kom i Wilhelm av Saint-Amours bok . Bonaventura måtte selv slutte å undervise en periode, og skrev et svar til angrepet i avhandlingen . På samme tid skrev også dominikaneren Thomas Aquinas et lignende forvarsskrift. Pave Alexander IV utnevnte en kardinalkommisjon for å studere saken, og de kom frem til at Wilhelms bok skulle brennes, mye på grunn av det Bonaventura hadde skrevet i sin avhandling. Motstanderne av tiggermunkene ble beordret til å slutte med sine angrep. Bonaventura kunne dermed fortsette å undervise, og tok doktorgraden i teologi i 1256, samtidig som Thomas Aquinas.