Etter at Philbys tidligere studiekamerater og medspioner Guy Burgess og Donald Maclean i 1951 flyktet til Sovjetunionen var det en mistanke om at han hadde advart dem innen de skulle ha blitt avhørt om deres spionforbindelser. I første omgang ble han klarert i 1955, men mistanken ble igjen styrket i 1961 da Anatolij Golitsyn, en russisk KGB-offiser, hoppet av til Vesten.