Den 24. februar 1990 ble det valgt 499 representanter blant borgerne og 43 observatører blant de som ville søke statsborgerskap. Kongressen ble kalt sammen i alt ti ganger mellom 1990 og 1992. Det ble valgt et utøvende organ, Den estiske komiteen, med 78 medlemmer og følgende styre: leder Tunne Kelam, nestledere Sirje Endre og Kaido Kama, sekretær Eve Pärnaste, Jüri Adams, Edgar Savisaar, Endel Lippmaa, Mart Laar, Kalle Jürgenson, Jüri Rätsep, Trivimi Velliste og Paul-Eerik Rummo.