I 2013 ledet Bortles Knights til den første mesterskapstittelen i American Athletic Conference, og sikret laget en tur til Tostitos Fiesta Bowl. Med 301 pasningsyards, 93 yards på løp og fire touchdowns ledet Bortles UCF til en seier over Baylor, 52–42. Bortles ble utpekt til kampens Offensive MVP. Det var den første gangen noensinne at UCF hadde vunnet en av de store Bowl-kampene. I sin siste college-sesong fullførte han 259 av 382 pasninger for 3 581 yards, 25 touchdowns og ni interceptions. Han hadde også 87 løp for 272 yards totalt, med seks touchdowns.