Justinian forsøkte å pålegge religiøs forening av sine undersåtter ved å tvinge dem til akseptere religiøse kompromisser som kunne være spiselig for begge parter, men politikken viste seg å ikke tilfredsstille noen av dem. Mot slutten av hans liv ble Justinian selv trukket mer mot den monofysittiske læren, særlig i form av aftartodoketisme, men han døde før han var i stand til utgi noen lovgivning som kunne ha løftet denne læren opp til status av dogme. Keiserinne Teodora sympatiserte med monofysittene, og det er sagt at hun var en konstant kilde til religiøse intriger ved hoffet i Konstantinopel i de første årene. I løpet av sitt styre utga Justinian, som hadde en ekte interesse i teologiske spørsmål, flere mindre teologiske avhandlinger.