Tong ble også utnevnt til den andre statsministeren i Republikken Singapore og satt i dette embetet mellom 28. november 1990 og frem til den 12. august 2004, da han etterfulgte Lee Kuan Yew, som var den tidligere statsministeren i Republikken Singapore. I 1976 ble Goh valgt som medlem av parlamentet i en alder av 35 år. I 1981 ble han forfremmet til minister for handel og industri. Han satt senere som minister for helse og forsvarsminister. I 1985 ble Goh første visestatsminister og begynte å påta seg ansvaret for regjeringen i en overgang av det administrerte lederskapet.