I 1998 skal Bagdhadi ha påbegynt studier ved Saddam-universitet for islamske studier i Baghdad. Her skal han ha fullført en bachelorgrad og senere mastergrad. I 2006 skal han ha fullført en doktorgrad med tema tajwid, som omhandler de regler som gjelder ved høytlesning av koranen. Under sine studier skal Baghdadi ha finpusset sin uttale og offentlige fremføring.