Museet inneholder 6881 indianske objekter av jade, stein og keramikk, 40 etnografiske samleobjekter 388 kunstobjekter som hovedsakelig stammer fra 500 f.Kr. til 1500 e.Kr. I tillegg forteller museet historien til folkegruppene som levde i det som i dag er Costa Rica før spanjolenes ankomst.