Kirken ble noe ødelagt under den tyske bombingen av Warszawa i 1939. Tårnene og taket brant ned, men ble rekonstruert av arkitekten Beata Trylińska. Kirken ble senere alvorlig skadet av tyskerne etter Warszawaoppstanden i 1944, og renovert etter krigen i 1946–1962.