Alodia var den av de nubiske statene som var lengst unna Egypts og dermed mottok mist innflytelse derfra, og den var den siste av de nubiske statene som konverterte til islam. Det var i begynnelsen av det sekstende århundre at Alodia ble endelig ødelagt av funjene, som konverterte området til islam. Arkeologiske funn tyder på at riket hadde gått inn i en nedgangstid så tidlig som det trettende århundre. På slutten av dette århundre skrev al-Harrani at hovedstaden hadde blitt flyttet til Wayula, og senere mamelukkutsendinger skrev at regionen var delt mellom ni herskere.