Holmes skrev deretter Jon Pertwees debuthistorie som den tredje Doktoren, , i 1970. Frem til 1974 skrev han fire historier til for Pertwees første fem sesongen. Han introduserte autonerne og sontarerne, to raser som ble berømte og som ble sett igjen flere ganger i . I begynnelsen av 1970-årene skrev han også for , en annen science fiction-serie produsert av BBC og for ATVs .