Fagan debuterte for Derby 13. januar 2007 i en ligakamp mot Sheffield Wednesday, mens hans første mål for kom 6. april 2007 i en ligakamp mot Leicester City. Totalt scoret han ett ligamål på 17 kamper for Derby i 2006/07-sesongen, og i tillegg spilte han 4 andre obligatoriske kamper for klubben i denne sesongen.