Under den første britiske annekteringen av Transvaal, fikk Joubert et rykte på seg for å være uforsonlig, etter at han gjentatte ganger nektet å sitte i en ledende stilling under styresmaktene som da var, i motsetning til Paul Kruger og andre fremtredende boere. Istedenfor å ta den lukrative stillingen han ble tilbudt, tok han heller en ledende rolle i motstandsbevegelsen som senere førte til krigen i 1880-1881. Han ble deretter general i boerstyrkene, og et medlem i triumviratet som ledet og administrerte den provisoriske regjeringen som kom på plass i desember 1880 i Heidelberg.