Masséna vant i 1799 med 30 000 mann det andre slaget ved Zürich, der han stoppet russiske og østerrikske angrep i Sveits, noe som effektivt reddet Frankrike fra invasjon. Året etter kjempet han for å forsvare Genova fra østerriksk beleiring. En avtale ble inngått som gjorde at franskmennene kom pent fra det, og dessuten gjorde det ting lettere for Frankrike som samtidig angrep Østerrike.