Schleswig-Holsteins flagg ble til som et opprørsmerke mot Danmarks politikk for å skille de to hertugdømmene fra hverandre og trekke Schleswig, som var et dansk len og der en del av befolkningen var dansktalende, tettere under dansk kontroll. I 1843 ble det laget en fane til en folkefest i Aabenraa. Denne viste de to hertugdømmenes våpen på rød duk. I 1845 ble flagget i fargene blått, hvitt og rødt til. Det skjedde i Schleswig by av kvinner tilknyttet sangforeningen . Flagget ble framvist ved sangerfesten i Schleswig by i juni 1844 og i 1845 ble en fane i fargene blått, hvitt og rødt og med Schleswigs våpen benyttet under sangerfesten i Würzburg. Dermed ble fargene ikke bare et samlingsmerke for tysksinnede i Schleswig-Holstein, men også et merke kjent utenlands. På denne bakgrunn ble flagget derfor forbudt av danske myndigheter 31. juli 1845. Dette bidro likevel bare til å befeste fargene i den schleswig-holsteinske befolkning, da særlig hos de tysktalende.