Kirkene ved misjonsstasjonene skiller seg ut som de fremste arkitektoniske særegenhetene i området. Hans Roth tok initiativ til et avgjørende prosjekt for å restaurere disse kirkene i 1972. I San Javier, San Rafael, San José de Chiquitos, Concepción, San Miguel og Santa Ana har kirkene gjennomgått omfattende restaurering. På 60-tallet ble kirken i San Rafael erstattet av et nytt og mer moderne kirkebygg, men dette ble på 90-tallet også ombygget for å ligne mer på originalen. I tillegg til å restaurere kirkene rekonstruerte også Roth mer enn hundre nye bygninger, deriblant skoler og boliger. Han opprettet også flere museer og arkiver.