Cluny skaffet seg lån og endte opp med å havne i gjeld til sine kreditorer som var handlende av Cluny eller jøder i Mâcon. Konfliktene med prioriene økte og pavens autoritet ble tyngre. Fram til 1300-tallet var det pavene som utnevnte abbedene. Krisene ved middelalderens slutt og religionskrigene på 1300-tallet svekket klosteret ytterligere. Munkene levde i luksus og det var ikke mer enn rundt 60 munker igjen på midten av 1400-tallet. Med overenskomsten i Bologna i 1516, overvåket av Antoine du Prat, fikk den franske kongen myndigheten til å utpeke abbeden ved Cluny.