I 1941 ble byen og arbeidsleirsystemet rundt den knyttet til resten av landet via en fangebygget jernbane fra Konosja og Kotlas til leirene ved Inta. Vorkuta fikk bystatus 26. november 1943. Byen var det største senteret for Gulag-leire i europeisk Russland og var administrativt senter for et stort antall mindre leire og underleire, blant dem Kotlas, Petsjora og Izjma (dagens Sosnogorsk). I 1953 var byen åsted for et større opprør blant fangene i leirene, i det såkalte Vorkutaopprøret. Som ved andre fangeleir-opprør (som Kengiropprøret) ble det blodig slått ned av Den røde hær og NKVD. Senere, på 1950-tallet, ble mange av Gulag-leirene lagt ned. Det er imidlertid blitt rapportert at enkelte leire i Vorkutaområdet fortsatte i drift helt inn på 1980-tallet.