Andre fase ble innrettet mot å sette frem spesielle temaer til debatt i offentligheten. Samtidig med dette sørget man for aktiv oppfølging av de langsiktige prosessene som var satt i gang. I denne fasen laget kommisjonen også, i tråd med Regjeringens mandat, en rapport fra arbeidet midtveis i prosessen. Rapporten fikk navnet «Fellesskap og mangfold – Verdikommisjonens midtveisrapport».