Isaachsen giftet seg i 1799 med Hedevig Elisabeth Hansen, datter av biskop Peder Hansen. De fikk fire barn: Christiane Hedvig Isaachsen, 1800-1849, gift med Christen von Steven, Russisk Hofraad. Flyttet til Russland. Daniel Peter Christian Isaachsen (1802–1881) som ble sorenskriver i Mandal. Han giftet seg med Cecilie Marie Watne og de fikk sønnen Olaf, som siden er blitt kjent som maleren Olaf Isaachsen. Abel Marie Isaachsen (1803–1883), gift med Ole Wilhelm Erichsen, admiral og statsråd. Isaach Isaachsen, 1807-1827. Døde ugift.