Etter Dyvekes død fattet kong Christian endelig interesse for sin unge dronning, og ekteskapet utviklet seg til et av de mest harmoniske i kongehusets historie. Den karakterfaste og hengivne Elisabeth støttet kongen i ett og alt, og etter hans fall fra tronen reiste hun med ham i landflyktighet, og fungerte som hans representant overfor utenlandske statsoverhoder da han forsøkte å vinne kongemakten tilbake. Hun konverterte til protestantismen i 1523, og måtte se sine tre barn bli sendt til katolske slektninger for at de skulle vokse opp i «den rette tro».