Etter 2005-sesongen kom klubbens andre store generasjonsskifte. En del spillere ga seg, og den påfølgende sesongen ble en trist affære med en rekke store tap, både i den norske serien og i Europa-cupen. I 2007 valgte klubben å stille i andredivisjon for å bygge opp laget igjen, og endte til slutt som nummer tre i denne serien. I 2008 fortsatte gjenoppbyggingen som på sikt ønsket få Trolls tilbake i toppen igjen. I 2009 stilte Trolls i 1. Divisjon, gruppe B, og ble nummer 5 i serien.