I 1539 ble Alesius tvunget til å flykte for andre gang til Tyskland da Thomas Cromwell ble rammet av sine motstandere og mistet kongens gunst, men også over spørsmålet om vedtakene om . I Tyskland ble han gitt en teologisk posisjon ved universitetet i Frankfurt an der Oder hvor han som professor i teologi foreleste om de reformerte doktriner. For kort tid var han tilbake i England igjen under kong Edvard VI av Englands regime og fikk i oppdrag av Cranmer på å skrive en latinsk utgave av (1549) for å informere Martin Bucer, en tysk protestantisk reformator, ved at man ønsket dennes mening om dette.