Teknisk sett varte det indiske mugalstyret inntil det 19.århundret, men dets maktdager varte fra 1526 til Baburs tipp-tipp-oldebarn, Aurangzeb, døde i 1707. Mugalene kom opprinnelig fra Sentral-Asia, men etter at de tok India, ble området som nå er Afghanistan nedgradert til en utpost av imperiet. I løpet av det 16. og 17.århundret ble mesteparten av Hindu Kush-området konkurrert om av mugalene i India og de mektige safavidene i Iran. Akkurat som Kabul dominerer den høye veien fra Sentral-Asia inn i India, kontrollerer Kandahar den eneste inngangen til India som går utenom Hindu Kush. Den strategisk viktige Kabul-Kandahar aksen var den primære grunnen for konkurransen mellom mugalene og safavidene, og Kandahar skiftet eier flere ganger i løpet av disse to århundrene. Safavidene og mugalene var ikke de eneste konkurrentene. Mindre mektige men nærmere i geografi var usbekene i Sentral-Asia som kjempet om kontrollen i Herat i det vestlige Afghanistan og om de nordlige regionene hvor hverken mugalene eller safavidene var sterke.