Andimilos er en del av EU-prosjektet Natura 2000, område GR 4220007, Andimilos (Νήσος Αντίμηλος), samt også prosjektet Viktig fugleområde, , GR 152, som utgjør vestlige Milos, Antimilos og Polyegos (Δυτική Μήλος, Αντίμηλος και Πολύαιγος).