Øya var ubebodd fram til rundt 1876 da granskogen som på den tid dekket hele øya ble brent ned, for at øya skulle kunne videre bli ryddet og opparbeidet til gårdsdrift. På denne tid ble Bognøy delt opp i sju eiendommer, hvorav det ble anlagt gårdsbruk på seks av eiendommene. Senere kom det et ekstra gårdsbruk til, etter at den ene gården ble delt opp. Gårdsbrukene på Bognøy er forholdsvis små, hvor fiske utgjorde deler av inntekten. På det meste levde det folk i ti husstander på Bognøy, men idag er det ikke fastboende igjen, etter at den siste fastboende flyttet i 2007 grunnet høy alder. På sommerstid kan Bognøy fremstå som en idyllisk ferieperle, men arealene som tidligere var opparbeidet for gårdsdrift er nå i stor grad gjengrodd av vegetasjon.