Medlemmer av utviklingsgruppen har avslørt at de hadde til hensikt å la noen aspekter av handlingen være åpen for tolkning. Forfatter Kazushige Nojima har sagt at han ville at spillerne skulle spekulere i hva Cloud tenkte i forskjellige situasjoner istedenfor at det ble eksplisitt sagt. Spillets slutt viste ikke hva som skjedde med hovedfigurene frem til utgivelsen av i 2005. Selv etter filmen er menneskehetens skjebne uklar. Etter utgivelsen av filmen foreslo Kitase at spillets epilog kan indikere at menneskeheten er utdødd. Nomura har dog senere sagt at spillets epilog symboliserer at menneskene lever i harmoni med naturen og Square har kommet med forklaringer på andre detaljer i handlingen i boken .