På dagen for Katarinas gravferd, den 29. januar 1536, spontanaborterte Anne en sønn. For de fleste observatører var dette personlige tapet begynnelsen på slutten for ekteskapet. Hva som skjedde etterpå er blant de mest kontroversielle periodene av engelsk historie, både som en personlig tragedie og som en indikasjon på de store politiske omveltninger som regjerte Tudor-monarkiet. Mens Anne hvilte ut fra aborten, erklærte kongen selv at hans ekteskap var forbannet av Gud. Jane Seymour ble flyttet inn i nye leiligheter og Annes bror ble nektet en høyt ansett ære, Hosebåndsordenen, og som betegnende ble isteden gitt til Jane Seymours bror. Ved flere anledninger i de påfølgende månedene uttrykte Anne frykt for at hun ville bli skilt.