I den argentinske bispekonferanse har Mestre også ledet Kommisjonen for katekese og bibelsk pastoral omsorg siden 2021, som han har vært medlem av siden 2017. Han tok til orde for større representasjon av lekfolk, spesielt kvinner, i kirkens lederstillinger. Som biskop av Mar del Plata utnevnte han et flertall av lekfolk til å være bispelige delegater. Han tok også til orde for å gi nattverd til gjengifte fraskilte og en aktiv rolle i kirkelivet for mennesker som lever i samkjønnede forhold, for eksempel som lektorer i gudstjenester, og i kirkelige verv.