I 1864 døde John Ellis og overlot styringen til sønnen John C. Ellis. Schenectady Locomotive Works var nærmest blitt en familiebedrift der Ellis-familien satt med aksjemajoriteten og presidentskapet. Sommeren 1866 ble hovedbygningen ødelagt av brann, og på vårparten i 1869 ble fabrikken oversvømt da elven Mohawk gikk over sine bredder. Det hindret ikke at lokomotivet «Jupiter» ble overlevert Central Pacific Railroad i mai samme år. Dette lokomotivet skulle få stjernestatus ved Promontory Summit i Utah da det deltok i «golden spike»-seremonien som markerte fullførelsen av den første transkontinentale jernbanen. I 1872 hadde fabrikken omtrent 800 ansatte, og årsproduksjonen var på 98 lokomotiver. Året etter ble det bygd 108 stykker, men så kom det nedgangstider igjen, og antall lokomotiver bygd i 1874 var bare ni. 1875 var ikke stort bedre, og i 1876 holdt fabrikken stengt i deler av året. I 1878 trakk John C. Ellis seg som president, og broren Charles G. Ellis tok over. Aktiviteten tok seg opp igjen, og i 1880 var arbeidsstokken passert 1000 og årsproduksjonen var på 175 lokomotiver. I 1882 ble Albert J. Pitkin ansatt som sjefstegner. Han hadde erfaring fra Baldwin Locomotive Works i Philadelphia, og bidro til at Schenectadys lokomotiver ble større og tyngre. Han introduserte tosylidrede compound-lokomotiver som var mer økonomiske i drift enn vanlige ett-trinns ekspanderende maskiner. I 1891 døde Charles G. Ellis, og broren Edward tok over presidentstolen. Etter sølvkrakket i 1893 var produksjonen i 1894 nede i 56 lokomotiver, men tok seg snart opp igjen, og årsproduksjonen i 1900 var 417.