I 1948 hevdet den tidligere sovjetiske spionen Whittaker Chambers at et hemmelig spionnettverk hadde operert innenfor de føderale myndighetene siden 1930-årene. Blant de navngitte medlemmene var den tidligere utenrikstjenestemannen Alger Hiss, som nektet for å være involvert, men ble dømt for mened. Avsløringen av kjernefysiker Klaus Fuchs som spion gjorde at Truman ble beskyldt for unnfallenhet overfor kommunister. Blant de mest høylytte kritikerne var kongressmann Richard Nixon og senatorene Karl E. Mundt og Joseph McCarthy. Truman var bekymret for rettssikkerheten, men imøtekom mccarthyistene ved å innføre et lojalitetskrav. Senator Pat McCarrans lovforslag av 1950 ble derimot vedtatt, til tross for Trumans vetoforsøk.