Som utenriksminister nedsatte Fischer 11. juli 2005 en uavhengig historiekommisjon som avla sin innstilling 21. oktober 2010. Kommisjonen har vist at det tyske utenriksdepartementet var systematisk delaktig i jødeforfølgelsene under den andre verdenskrigen og at diplomatenes karriere fortsatte uavbrutt etter 1945.