I sesong 3 får vi se Chloe for første gang, og hun er nylig blitt ansatt hos CTU Los Angeles. Hun blir skjelt ut av Jack Bauer, som er hennes sjef, for bagateller. Senere fikk Michelle Dessler henne til å ransake Jacks kontor, etter at han hadde gjort noe ulovlig. Her fant hun sprøyter med rester av heroin. Midt i sesongen klarer hun å stoppe en orm, som spiste seg gjennom nettverket til CTU. Ormen ville gjort at utenforstående terrorister kunne ta seg inn i CTUs sikre systemer.