Boksmodeller er mye brukt til å modellere biogeokjemiske systemer. Boksmodeller er forenklede versjoner av komplekse systemer og reduserer dem til bokser (eller reservoarer) for kjemiske stoffer. Disse er koblet sammen av materialstrømmer (flyt). Enkle boksmodeller har et vist antall bokser med spesielle egenskaper, for eksempel volum, som ikke endres med tiden. Disse modellene brukes ofte til å utlede analytiske formler som beskriver dynamikken og tilstand til de involverte biogeokjemiske stoffene.