Kaepernick avsluttet seniorsesongen sin med 3 022 pasningsyards, 21 touchdownpasninger, åtte interceptions og 1 206 yards og 20 touchdowns på løp. Han ble den andre quarterbacken i FBS' historie, med Tim Tebow til å ha 20 touchdownpasninger og 20 touchdowns på løp i samme sesong. Nevada fikk en del av WAV-tittelen etter å ha slått Louisiana Tech. Kaepernick ble utpekt til WAC Co-Offensive Player of the Year med Kellen Moore, som vant prisen i 2009.