Kardinal van Roey intervenerte hos myndighetene for å redde jøder fra nazistene, og oppfordret forskjellige institusjoner om å hjelpe jødiske barn. Ett av de grepene han tok var å åpne et geriatrisk senter der man kunne huse jøder, og der det var nødvendig med jødiske kokker og som derfor ble gitt spesielle passedler for å beskytte dem mot deportasjon. Den 24. september 1942 intervenerte kardinal Van Roey og dronning Elisabeth med de tyske myndigheter i Brussel etter at seks ledende medlemmer av det jødiske samfunn var blitt arrestert. Som følge av dette ble fem av dem løslatt. Den sjette, Edward Rotbel, sekretær for det belgiske jødiske samfunn, var ungarsk borger, og tyskerne deporterte ham til Auschwitz-Birkenau.