President Václav Havel hedret han i 2001 ved å gjøre ham til ridder av Tomáš-Garrigue-Masaryk-ordenen for «sine fremragende fortjenster for utvikling av demokrati og menneskerettigheter» Året før var han blitt medlemm av den tsjekkiske regjerings menneskerettighetsråd. I 2003 fikk han sammen med en annen fengselsprest, Tomáš Vlasák, utmerkelse František Kriegl-prisen for arbeidet for de innsatte. I 2017 fulgte utmerlkelsen fra den almennyttige organisasjon ; prisen hedrer den aktive motstand mot den kommunistiske totalitarianisme.