Michael Flynn gikk av som sjef for DIA i 2014 som følge av aldersgrensen. Han begynte å arbeide for Trumps valgkamp i februar 2016 og FBI startet etterforskningen av ham 16. august. Trump ansatte Flynn i november 2016 som påtroppende sikkerhetsrådgiver. Obama advarte Trump mot å ansette Flynn da Trump overtok i januar 2017. Daværende sikkerhetsrådgiver Susan Rice skrev 10. januar 2017 i en e-post til seg selv at Obama vektla at etterforskning i forbindelse med russisk innblanding i valget måtte skje "by the book", og at man måtte være ekstra påpasselige med å sjekke forhold som gjorde at de eventuelt ikke kunne dele all informasjon med den nye regjeringen.