Balkanfjellene er kjent for sin flora og fauna. Det vokser edelweiss i regionen . En del av de mest påfallende landskapene er inkludert i Den sentralbalkanske nasjonalpark med bratte klipper, de høyeste fossene på den balkanske halvøya, og frodig vegetasjon. De fleste av Europas største pattedyr finnes her, blant annet brunbjørn, ulv, villsvin, gemse og hjort.