I forkant av 2020-sesongen kom det i stand en samarbeidsavtale mellom Aalesunds Fotballklubb og FK Fortuna. Avtalen, som i første omgang hadde en varighet på tre år, innebærer en videreutvikling av det som i mange år har vært FK Fortuna. Navnet ble endret til AaFK Fortuna, og laget skulle heretter spille i AaFK-drakter. Den nye satsingen ville ligge i Fortuna med adskilt organisasjon, økonomi og inntekter, men med nært samarbeid for å utvikle klubbene.