Den 3. desember 1988 gjorde pave Johannes Paul II ham til titulærbiskop av og utnevnte ham til visepresident for Den pavelige kommisjon for Latin-Amerika. I denne funksjon, som han innehadde til han gikk av i 2003, koordinerte han Vatikanets aktiviteter i Latin-Amerika sammen med den overordnede Bispekongregasjonen. Johannes Paul II bispeviet ham den 6. januar 1989 i Peterskirken; medkonsekratorer var kurieerkebiskopene Edward Idris Cassidy, substitutt i Vatikanets utenrikssekretariat, og Jose T. Sanchez, sekretær for Kongregasjonen for folkenes evangelisering.