Den andre borgerkrigen ble utløst av at Sudans president Ǧa‘far an-Numayrī erklærte i 1983 at hele Sudan skulle bli en šarīʿah-stat. Dette gjaldt også den ikkeislamske sørlige delen av landet, som mistet sitt selvstyre, og slik opphørte Addis Abeba-avtalen. I 1989 brakte en statskupp `Umar Ḥasan al-Bašīr til makten i al-Ḫarṭūm. Siden 1993 har al-Bašīr styrt Sudan som president, og han har siden blitt beskyldt for forbrytelser mot menneskeheten.