Thukydid var sønn av Melesias og født i den antikke demen Alopecê (Αλωπεκή) i Athen. Årstallet for hans fødsel er ukjent, men hans familie var medlemmer av adelen. Han var slektning av Kimon, den karismatiske generalen og lederen for det konservative partiet. Etter Kimons død, etterfulgte Thukydid ham som leder av de konservative og bestemte seg for å utøve opposisjon mot Perikles som ledet Athen på den tiden.