Han ble leder for Samlingspartiet i Egentliga Finland i 1993 og leder for partiet på landsplan året etter. Sauli Niinistö var justisminister 1995–1996, finansminister 1996–2003 og statsministerens faste stedfortreder 1995–2001 i Paavo Lipponens regjeringer. Niinistö ledet Den europeiske demokratiske union (EDU), en paraplyorganisasjon for konservative og kristendemokratiske partier, 1998–2002. Deretter gikk EDU inn i Det europeiske folkeparti. Han avslo å stille som Samlingspartiets presidentkandidat i 2000, og fratrådte som partileder året etter.