Johannitterne ble først militaristert under stormesteren Raymond du Puys, som ble leder for ordenen i 1120. I løpet av 1130-årene begynte de å besitte landområder og borger for å forsvare kongeriket Jerusalem. Da Jerusalem falt i år 1187 ble også johannitterne tvunget ut, og i 1229 ble hovedkvartere flyttet til St Jean D'Acre (Nå Akko eller Acre) som falt i 1291 til muslimene. Dette tvang johannitterne til å flytte til Kongedømmet Kypros. Der planla stormesteren Guillaume de Villaret å okkupere øyen Rhodos, som ble underlagt Johannitteren 15. august 1309 etter to års krigføring. Havnebyene Kastellorizo og Bodrum kom også under johannitternes overherredømme.