Vernadskij fortsatte som sjef for forskningslaboratoriet han hadde bygget opp, og han holdt frem med sitt arbeid med geokjemi. I 1930-årene var det vanlig i Sovjetunionen å se på Vernadskij som en briljant vitenskapsmann, men en som manglet nødvendig kunnskap om politikk og filosofi. Spesielt hadde han i begynnelsen av 1930-årene diskusjoner med den marxistiske filosofen Abram Deborin (1881–1963), der Vernadskij ikke ville godta at dialektisk materialisme var den eneste gangbare filosofi. Han hevdet at religion og filosofi er subjektive anskuelser som han var skeptisk til å blande inn i vitenskapen.