Etter studier i Uppsala ble han utpekt til i 1642, og i 1643 oberst i et kavaleriregiment. Han foretok to års studiereiser utenlands inntil han 1645 kom tilbake til Stockholm, og året etter ble guvernør over kolonien Estland, underlagt guvernøren i Livland – Gabriel Oxenstierna. Erik Oxenstierna ble i samtiden regnet for en meget betydelig initiator for Estlands utvikling.