Filberts enhet nådde Vitebsk sommeren 1941 og likviderte gettoen der. Offisielt henrettet de partisaner. I denne fasen gikk Einsatzgruppene over fra å drepe bare menn til også å drepe kvinner og barn, noe som innebar overgang til rent folkemord. Filbert og hans Einsatzkommando medvirket ved massedrapene i Vilnius. Filbert var kjent som en streng og energisk leder av drapskommandoen. Han kompenserte for den fallende moralen blant mannskapet med økende rasjoner vodka.