Det første orglet i Viker kirke var et skapformet orgel bygget av E. F. Walcker & Cie. i Ludwigsburg i Baden-Württemberg, Tyskland, i 1876. Det hadde fasade med spissbuet felt, flankert av fyllingsfelter med arkade- og masverkmotiv. Etter at Viker kirke fikk nytt orgel ble det gamle etter hvert overført til Fiskum gamle kirke, men hva foranledningen var for å flytte det dit vites ikke. Det nye orgelet i Viker kirke er et sløyfeladeorgel med 11 stemmer fordelt på 2 manualer. Det ble bygget ved Norsk Orgel- og Harmoniumfabrikk i Snertingdal i 1985 og står montert på vestgalleriet.