Flere varianter av Shōbōgenzō har eksistert i tidens løp. Dōgen Zenji selv skapte to versjoner på henholdsvis 60 og 75 bokruller. En tredje versjon på 12 bokruller som er bevart i to kopier fra 1420 og 1446, inneholder 5 bokruller som ikke er bevart i de tidligere versjonene. En versjon på 28 bokruller fra omkring 1350, består av innhold fra utgavene på 75 og 12 bokruller. Moderne utgaver av teksten inneholder 95 bokruller. Disse er basert på en utgave fra 1600-tallet, og finnes gjengitt i Taishō Shinshū Daizōkyō, som er en moderne utgave av den kinesiske buddhistiske kanon.