To dager etter at tyske styrker krysset grensen til Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før), begynte massakrene på landets over jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført i regi av Schutzstaffel (SS) og politi i Østpreussen og Memelland. Massakrene i Litauen var i hovedsak metodiske og i skjul for offentligheten ved at ofrene ble skutt og dumpet i massegraver i litt utenfor bebodde områder. Denne fremgangsmåten ble senere brukt over det meste av sovjetisk område, inkludert Baltikum.