Byen ble grunnlagt i 1920-årene av den belgiske kolonimakten, og ble døpt etter Astrid, dronning av Belgia. Den var hovedstad i det belgisk-styrte territoriet Ruanda-Urundi. Byen ble omdøpt til etter at Rwanda ble selvstendig i 1962. Butare var hjem til Université nationale du Rwanda, som ble grunnlagt i 1963 og slått sammen med flere andre institusjoner for høyere utdanning i landet til Universitetet i Rwanda i 2013.