I 1869 fikk Müller et kall som sogneprest i Sunndal, og i 1878 ble han sogneprest i Børsa. Ved siden av prestegjerningen var han ordfører i Børsa herred fra 1880 til 1881. På grunn av sykdom måtte han la varaordføreren fungere i vervet før ordførerperioden var over.