Eck ville tilbød seg (23. august 1524) å disputere mot Zwinglis lære. Men da den offentlige disputasen gikk av stabelen i Baden (like ved Zürich) var ikke Zwingli selv tilstede. Det var derimot innbitte tilhengere fra begge sider. Disputasen varte fra 21. mai til 18. juni 1526. Utfallet gikk klart i Ecks favør, som fulgte opp med å oppfordre de verdslige myndigheter til en aktiv undertrykkelse av zwinglianismen (konferansen i Baden).