Etter at tyskerne tok kontrollen i Tsjekkoslovakia i 1939, ble han arrestert av det tyske Gestapo. Men etter en kort stund ble han sluttet fri etter å ha avlagt lojalitetsløfte. I 1942, etter at Riksprotektoratets ministerpresident (statsminister) Alois Eliáš ble arrestert av Reinhard Heydrich som var kommet på sporet av hans hemmelige kontakter og samarbeide med antinazistiske krefter, ble Bienert utnevnt til innenriksminister av den påfølgende ministerpresident Jaroslav Krejčí.