Johannes III mistet etter hvert støtten han hadde i aristokratiet, og Niketas benyttet misnøyen med Johannes til å befri Mikael Megas Komnenos fra sitt fangenskap i Limnia. Niketas førte Mikael til Trapezunt og fikk ham innsatt som keiser i mai 1344. Sønnen Johannes ble nå forvist til klosteret St. Sabas. Til gjengjeld for støtten ble Niketas innsatt som «megas doux», noe tilsvarende en admiralstittel. Gregorios Meitzomates fikk tittelen «stratopedarches» (øverstkommanderende for hæren) og de andre lederne for scholarioi-militsen fikk også høye embeter i staten og ga militsen full kontroll over statsstyret.