Ved hyppige infeksjoner, ved tale/puste-problemer eller av kosmetiske hensyn, kan mediale halscyster fjernes kirurgisk. Man opererer da vekk hele området der ductus thyreoglossus ligger, for å hindre nye cyster i å oppstå. Dette involverer å fjerne midtre deler av tungebeinet. Tilbakefall er sjelden etter slike operasjoner.