Internasjonale samarbeid ved MRU er ønskelig for å styrke internasjonalisering og forskning. I samarbeid med andre institusjoner opprettes det samarbeidsavtaler. Studenter, akademiske- og administrative ansatte deltar i utvekslingsprogrammer, internasjonale konferanser og andre arragementer. Universitetet har internasjonale samarbeid over hele verden og har kontakt med over 400 internasjonale akademiske institusjoner. Fra 2006 tilbyr universitetet mastergrader i samarbeid med andre internasjonale institusjoner og de oppmuntrer studenter til å ta doble eller triple diplomer. Universitetets jobb mot internasjonalisering har bidratt til at antall internasjonale studenter har økt jevnlig. Dette gjør at både Litauiske studenter og internasjonale studenter kan dele opplevelser og idéer, samt samarbeide og utvikle seg kulturelt.