Gryende spenning mellom de nepalske og bhutanske folkegruppene skjøt ny fart i slutten av 80-årene etter at regjeringen begynte å iverksette av 1985. Ifølge denne måtte nepalere dokumentere bosetning i landet fra før 1958 for å ha rett til statsborgerskap i landet. Flere organisasjoner ble etablert for å protestere mot de de så som urett mot nepalere. Konflikten toppet seg i 1991, da protestene fikk voldelig utløp. 300 personer døde og 2 000 ble fengslet. Bhutan løslot likevel de fleste av de fengslede etter protester fra regjeringen i Nepal. Problemet med statsløse nepalere er fremdeles utløst, og omkring 100 000 mennesker lever i flyktningleirer i Sikkim og Nepal.