Beklageligvis har intet fullstendig verk av Hekataios blitt bevart til vår tid, og vår kunnskap av hans skrifter eksisterer kun i fragmenter funnet i ulike greske og latinske forfatteres verker, hovedsakelig hos Diodorus Siculus hvis egyptiske etnografi (, Bok I) representerer helt og holdent den største andelen. Diodorus parafraserer Hekataios slik at det er vanskelig trekke ut Hekataios’ egentlige skrift.