Maria innrømte å ha hatt med Ridolfi å gjøre, men nektet for enhver kjennskap til komplottet. Bevisene viste at hun var involvert, men Elizabeth nektet å henrette henne. Dronningen la ned veto mot et parlamentsvedtak som dømte Maria og fjernet henne fra arvefølgen. Grunnen til hennes avgjørelse var at hun fryktet at hun ved å henrette en monark av Guds nåde ville svekke sin egen posisjon. Den 2. juni 1572 ble Norfolk henrettet for høyforræderi. Marias status ble endret fra en æret, om enn ufrivillig gjest, til en forrædersk paria, og eliten i samfunnet fordømte henne. Hennes fortsatte deltagelse i konspirasjoner, og spesielt i Babingtonkomplottet, førte til at hun ble henrettet 8. februar 1587.