Da Sudans president innførte Shari'a-lovgivning i Sør-Sudan, brøt den andre sudanesiske borgerkrig ut i 1983. Fredskonferanser i 2005 gjorde slutt på den 21-årige borgerkrigen, og det ble inngått en avtale om fordelingen av statsinntektene – særlig oljepenger, mellom regjeringen og de ikke-muslimske opprørerne i sør.