Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen 22. juni 1941. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen der drapskommandoene var bemannet av vanlige tyske politifolk, lokalt politi og lokal milits, til dels også av vanlige -soldater og rumenske styrker. Denne fasen av omtales også som «geværkulenes » (engelsk: , tysk: ). Drapsmetoden var først masseskyting som fulgte et relativt fast mønster: Jødene ble samlet og skutt gruppevis i store, klargjorte groper. Det var ofte de dødsdømte selv som måtte grave massegravene før de til dels ble skutt på kanten av graven, dels måtte de selv legge seg ned blant likene. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke gikk fort nok eller var lett å holde hemmelig, så de tok i stedet i bruk gassvogner til avliving fra sent i 1941. Skyting var den vanligste metoden på sovjetisk territorium (inkludert området Sovjetunionen erobret fra Polen i 1939) også etter at gasskamrene i Generalguvernementet var tatt i bruk. Omkring 1,4 millioner jøder ble drept ved skyting, hovedsakelig på sovjetisk territorium inkludert Baltikum.