Thomas Howard kunne på grunn av sin høye adelsgrad ikke bli dømt av menn som ikke var hans like, og denne utsettelsen reddet livet hans. Han satt fengslet, sannsynligvis i Beauchamp Tower, under resten av Henrik VIIIs regime, men i kongens siste dager ble anmodingen om henrettelsen presset fram. Alle bekvemmeligheter ble fjernet fra ham, inkludert bøker og sengeteppe, og retten til mosjon. Den samme dagen som han skulle henrettes døde kong Henrik VIII uten at hans signatur forelå, og Thomas Howard berget livet ved en tilfeldighet. Hans sønn Henry Howard ble således den siste som ble henrettet i løpet av kong Henrik VIIIs omstridte kongedømme.