Hoth ledet SD-kommandoer i Østerrike etter Anschluss og etter Münchenavtalen i Sudetenland. Ved Einsatzgruppen av sikkerhetspolitiet i Polen ledet han SD-kommandoen ved staben til Einsatzgruppe I etter starten av andre verdenskrig. Mellom september 1939 og våren 1940 ble 60 000 til 80 000 mennesker likvidert av Einsatzgruppen av sikkerhetspolitiet i Polen. Fra mars 1940 ledet Hoth SD-avsnittet i Bremen.