Kjemisk ionisering krever en lavere mengde energi sammenlignet med elektronionisering (EI), men dette avhenger av det anvendte reaktantmaterialet. Denne ioniseringsmekanismen med lav energi gir mindre eller noen ganger ingen fragmentering, og vanligvis et enklere spektrum. Mangelen på fragmentering begrenser mengden strukturell informasjon som kan bestemmes om det ioniserte speciet. Imidlertid har et typisk CI-spektrum en lett identifiserbar protonert molekylær ionetopp [M+1], som tillater enkel bestemmelse av molekylær masse. Denne teknikken krever overføring av specier med høy masse fra reagensgassen til analytten, og derfor regulerer ikke Franck-Condon-prinsippet ioniseringsprosessen. CI er således ganske nyttig i tilfeller der energien til de bombarderende elektronene i EI er høy, noe som utelukkende resulterer i fragmentering av analytten, noe som får molekylion-toppen til å være mindre påviselig eller helt fraværende.