I 1965 fikk Berra kontrakt med New York Mets som spillende trener. Han spilte bare i syv kamper i 1965-sesongen, men fortsatte som trener til 1972, da han ble manager. I 1976 var han tilbake i Yankees som trener, og fra 1984 til 1985 var han igjen manager der. Fra 1986 til 1989 var Berra trener i Houston Astros.