Under oppdrag kan spilleren kommandere Patapons til å bevege seg fremover, angripe motstandere, forsvare sitt eget område, eller gjennomføre forskjellige handlinger. Når et oppdrag er fullført, kan spilleren gå tilbake til et tidligere oppdrag for å skaffe seg ekstra ressurser og utstyr, for å bygge opp troppene sine før en større konflikt. Forskjellige materialer, våpen, rustninger eller en valuta kjent som «Ka-ching» kan plukkes opp etter falne motstandere. Hvis en Patapon blir beseiret i kamp, ​​vil de slippe en hette som kan brukes til å gjenopplive Patapon når oppdraget er gjennomført. Men hvis denne hetten ikke blir plukket opp, går Patapon permanent tapt. Nye Patapons kan produseres i Patapon-landsbyen ved å bruke «livets tre» og krever Ka-ching og materialer som pinner, steiner eller grener. Å bruke sjeldnere versjoner av disse materialene kan skape sterkere varianter av Patapons.