Da han var 14 år, ble Zabaleta tatt ut til Argentinas U15-lag av Hugo Tocalli. Han tok senere del i mange ungdomsturneringer, bl.a FIFA U-20 VM i 2003 og 2005. Han spilte over 75 ganger på ungdomslandslagene, og fra og med 2005 representerte han Argentinas A-landslag. Han spilte samtlige kamper i Beijing-OL i 2008 som høyreback, en turnering Argentina vant etter å ha slått Nigeria i finalen.