Engqvist hadde vært trener i mindre idrettslag da han i 2002 ble en del av Malmö FFs trenerstab. Engqvist har hatt ulike rolle i denne perioden, og vært både A-lagstrener og U21-lagstrener. Trenerjobben ble mer og mer marginalisert etter at Rikard Norling hadde sluttet seg til klubben, og 2012-sesongen var Engqvist lagleder.