Faraos familie bodde i sine palasser ved Karnak, men den militære utdanningen for prinsene skjedde i nærheten av Memfis. Haremet som ble bygget ved Abu Gurab ved inngangen til Faiyum synes å ha vært preget av maktkamper for etterfølgelsen av tronen. Da Thutmose II døde var tronarvingen Thutmose III i svak posisjon da han var et barn. Med støtte hos orakelet til Amon i Teben klarte Hatshepsut å plassere seg på tronen som medregent. Hun hadde allerede posisjonen som Amons gudehustru (egyptisk: ) i Teben, og for å legitimere sin posisjon på tronen politisk og religiøst lot hun oppføre det storslåtte dødstempelet i Dayr al-Bahri på Tebens vestbredd. Dens utsmykning forteller i bilder og tekst om faraos guddommelige fødsel. Selv om samtidige nedtegnelser av hennes styre er dokumentert i ulike oldtidskilder, er det antatt av moderne forskere at Hatshepsut kun fungerte som medregent fra rundt 1479 til 1458 f.Kr., i løpet av årene 7 til 21 av styret som tidligere ble identifisert som det til Thutmose III. Dagens egyptologer er generelt samstemte at Hatshepsut selv tok posisjonen som farao.