Guggenheims interesse for flyvning førte til at han overtalt sin far til i 1925 å stille med midler til dannelsen av Guggenheim School of Aeronautics ved New York University. I 1926 ble han ordførende i som arbeidet med dannelsen av de første meteorologiske rapportsystemer for trafikkfly, dessuten ble det gitt mulighet for flyselskapene å låne midler fra stiftelsen til nye regulære flyruter.