Makoni ble utnevnt til visejordbruksminister etter uavhengigheten i 1980, 30 år gammel. Senere var han energiminister, direktør for (SADC) og returnerte til regjeringen da Mugabe utnevnte ham til finansminister 15. juli 2000, etter det zimbabwiske parlamentsvalget i juni 2000. Som finansminister gikk han inn for devaluering av den zimbabwiske dollaren, en politikk som Mugabe ikke støttet. Han ble derfor erstattet med Herbert Murerwa i regjeringen som ble utnevnt 25. august 2002. I 2003 ble det sagt at Makoni ble foretrukket som erstatning for Mugabe både av enkelte partifeller i ZANU-PF og deler av opposisjonen Bevegelse for demokratisk endring (, MDC), samt av afrikanske forhandlere.