Atheist blev gjendannett for at spille live i sommeren og etteråret 2006. Bandet bestod da av Shaefer, Burkey, Choy og Flynn. Shaefer spilte ikke lenger gitar på grunn av senesmerter. Gnostic guitarist Sonny Carson spilte Shaefers gitardeler i stedet. Nylig har Chris Baker fra Gnostic avløst Burkey i bandet.