Collioure ble erobret fra Spania i 1642 av franske styrker under Maréchal (marskalk) de la Meilleraye. Byen ble offisielt overført Frankrike under Pyreneene-traktaten i 1659. Grunnet byens strategiske beliggenhet ble dens befestninger Château Royal de Collioure og Fort Saint-Elme forbedret av den kjente militæringeniøren Vauban under Ludvig XIVs styre. På tross av det ble Collioure beleiret og erobret av spanske styrker i 1793, den siste gangen som Spania forsøkte å ta byen tilbake. Den spanske okkupasjonen ble avbrutt ett år etter av general Jacques François Dugommier.