Også generalens familie fikk unngjelde. Under den nazistiske praksisen , der slekten heftet for den enkeltes forseelser, ble Hoepners kone, datter, sønn (som var major i hæren), bror og søster arrestert. Kvinnene ble sendt til Ravensbrück konsentrasjonsleir. Hans søster ble snart løslatt, men fru Hoepner og datteren hennes satt i den beryktede i fire uker. Hoepners sønn satt først fengslet ved Küstrin og deretter i Buchenwald konsentrasjonsleir. Hoepners deltakelse i 20. juli-attentatet medførte at hans gamle gymnas i Berlin-bydelen Charlottenburg-Wilmersdorf ble oppkalt etter ham i 1956; men i 2008 besluttet å skifte navn med tanke på Hoepners deltakelse i Hitlers krig.