Naim Qassem ble født i Kfar Kila i guvernementet Nabatiye i sørlige Libanon. I 1970 begynte han på studier i kjemi og fransk ble det pedagogiske fakultet ved Université Libanaise, og avasluttet med lisensiatsgrad. Deretter begynte han på religiøse studier, under den opprinnelig irakiske professoren og ayatollahen Mohammad Hussein Fadlallah. Innen området sjiittiske studier (Hausa-studier) oppnådde han høyeste nivå. Etter studiene underviste han i kjemi i flere år.