President Bill Clinton utnevnte Peña til transportminister fra 21. januar 1993, og deretter til energiminister fra 12. mars 1997. Der gjennomførte han USAs til da største privatisering ved salg av oljefeltene «Elk Hills» i California. Han forlot posten 30. juni 1998, og fikk jobb i investeringsfirmaet «Vestar».