Etter en tiårs periode med fred var England på nytt i krig, og denne gangen med Frankrike. Nelson fikk kommandoen over «Agamemnon», og ble sendt til Korsika for å angripe to franske fort der. Under ett av angrepene ble han truffet av en splint i det høyre øyet. Han ble blind på dette øyet for alltid.