Selv , det opprinnelige navnet på den lille byen, betyr «Nahums landsby» på hebraisk, er det tilsynelatende ingen forbindelse til profeten med samme navn. I skriftene til den romersk-jødiske historikeren Josefus er stedsnavnet gjengitt på gresk som Kαφαρναούμ og i Det nye testamente som Kαπερναούμ i en del manuskripter og som Kαπερναούμ i andre. På arabisk har stedet fått navnet og det er antatt at dette viser til ruinen (Tell) av Hum, kanskje en forvansket form av Nahum.