I 1623 ble kong Gwanghaegun avsatt av den vestlige fraksjonen og sendt i indre eksil, først på Ganghwa, deretter på Jeju der han døde i 1641. Kong Injo (regjerte 1623–1649) besteg trona og forviste Gwanghaeguns støttespillere. Han gjorde om på den tidligere kongens utenrikspolitikk, og den nye kongen nektet støtte Ming åpent, men et opprør ledet av general Yi Gwal i 1624 ødela Joseon-Koreas forsvar mot nord. Selv etter at opprøret var slått ned, måtte kong Injo avse soldater til hovedstaden for å sikre stabilitet, med den følge av færre soldater ble tilbake i nord for å beskytte grensa.