Bohr mottok nobelprisen i fysikk i 1922. Bohr ble 17. oktober 1947 utnevnt til ridder av Elefantordenen, en hedersbevisning som ellers i hovedsak blir tildelt kongelige og statsoverhoder. Bohr fikk Copleymedaljen i 1938 og ble i 1937 tildelt Fortjenstmedaljen i gull med krone. I 1955 mottok han storkors av Dannebrogordenen og fikk ordensstjernen tildelt i diamanter. Bohr ble i 1954 utnevnt til den tyske ordenen Pour le Mérite für Wissenschaften und Künste. Han var også æresdoktor ved Universitetet i Oslo.