Øya var bebodd av fiskere allerede før spanjolene fikk herredømmet over Filippinene. I den spanske tiden var det en signalstasjon på øya, og fra her ble det tent et bål for at man i Manila skulle kunne se at det kom hjemvendende skip. I 1795 ble det bygget en flåtehavn på øya, senere fulgt av et marinesykehus og i 1836 ble det bygget et fyrtårn. Den lille byen San Jose på Corregidor utgjorde regjeringssetet på Corregidor.