Sušice oppsto som en bosetning nær den gullførende Otava-elven. Bosetningen ble trolig grunnlagt rundt 790, men den første skriftlige omtale er fra 1233. På 1100-tallet var Sušice eid av de bayerske grevene av Bogen. Den ble på nytt tilknyttet Böhmen av kong Ottokar II på 1200-tallet og etter 1260 ble den en kongelig befestet by.