Hovedkilden til Panaro er Rio delle Tagliole ved Foce a Giovo i Monte Rondinaio, om lag 12 km sørvest for den høyeste toppen i Toscana og Emilia-Romagna, Monte Cimone (2 165 m). Ved Pievepelago (i provinsen Modena) endrer elven navn til . Nær Modena møter den og blir framkommelig fram til munningen i Po, like vest for Ferrara. Den renner gjennom Vignola, Finale Emilia og Bondeno.