Den 21. januar 1985 vendte Salonga tilbake til Filippinene og ble ved Marcos-diktaturets fall etter og da den nye president Corazon Aquino overtok i februar 1986 leder for presidentialkommisjonen for god regjeringsskikk , som blant annet beskjeftiget seg med å etterforske og finne illegalt ervervede formuer kontrollert av Marcos og hans folk.