Czerniaków førte dagbøker fra september 1939, og frem til sin dødsdag i juli 1942. Dagbøkene var ikke personlige refleksjoner men konkrete notater av alt som skjedde med navn på personer, møter han hadde, pris på varer og været. Disse dagbøkene ble offentliggjort i 1979 av Raul Hilberg, og de ble oversatt til engelsk. Hans kone overlevde krigen og tok vare på alle dagbøkene hans. Ekteparets eneste sønn kom seg unna til sovjetisk territorium, men han skal ikke ha overlevd verdenskrigen. Czerniaków ble gravlagt ved en jødisk kirkegård i Warszawa.