Margrete greide også å få gjennomslag for at arverekkefølgen til de skandinaviske kongerikene nå skulle regnes fra henne. Siden hennes eneste sønn var død, valgte hun sin grandnevø, søsteren Ingeborgs dattersønn Erik av Pommern, som sin etterfølger. Da Kalmarunionen ble inngått i 1397 var det med Erik som konge, men Margrete var den reelle regenten frem til hun døde i 1412.