Hans sjelesørgeriske tjeneste skulle ikke vare lenger enn et knapt år. I 1614 ble Ogilvie angitt og arrestert i Glasgow og erkebiskop John Spottiswoode sørget for og kastet i fengsel i Paisley. Han ble utsatt for grusom tortur, blant annet ved å bli holdt våken i åtte fager og ni netter, et forsøk på å få ham til å avsverge sin katolske tro og troskap mot paven og til å røpe navnene til andre katolikker. Men han gav ikke etter.