I år 20X5 blir en ensom dusørjeger ved navn Samus Aran sendt av Galactic Federation for å infiltrere en Space Pirate-base på planeten Zebes, hvor hun forvirrer piratenes planer om å bruke de parasittiske organismer som kalles Metroids, og må også beseire pirat-lederen. Føderasjonen sender deretter en spesiell skvadron av elitesoldater til Metroidene sin hjemplanet SR388 for å undersøke saken videre, men hele skvadronen forsvinner kort tid senere.