I 1938 skilte han seg fra sin hustru Elizabeth og giftet seg seg med Charlotte Rüffer. Det nye ekteskapet kunne inngås etter at Hitler hadde forstrukket ham med midler slik at han kunne sikre sin tidligere hustru økonomisk. Brauchitsch ble samme år utnevnt til øverstkommanderende for hæren etter general Werner von Fritsch, som var blitt avskjediget etter falske anklager om homofili.