Perdikkas overlot krigen i Anatolia til Eumenes, og marsjerte selv for å angripe Ptolemaios i Egypt. Han nådde fram til havnebyen Pelusium (egentlig Pelousion), men kunne ikke krysse Nilen da det brøt ut mytteri blant hans soldater, motløse av forsømmelser og forbitret av hans strenghet. Perdikkas ble deretter myrdet av sine egne offiserer, Peithon, Antigenes og Selevkos en gang i enten 321 eller 320 f.Kr. Den problematiske kronologien til historikeren Diodorus Siculus har ført til usikkerhet til hvilket år som Perdikkas ble drept.