Etter den tyske okkupasjonen av Budapest i mars 1944 var Karpato-Rutenia det første ungarsk-kontrollerte området hvor jødene ble deportert til Auschwitz. I Karpato-Ruthenia, det nordøstlige Ungarn og det nordlige Transilvania begynte deportasjonene 15. mai og omfattet fire tog daglig. Hvert tog tok omkring 3000 personer presset sammen i godsvogner eller kuvogner (vogner beregnet på frakt av storfe). Košice var en av de første gettoene som ble tømt. Košice var et jernbaneknutepunkt der nesten alle tog til Auschwitz passerte, og der ungarske vakter ble erstattet med tyske. Frem til Košice ble internering og transport utført av ungarske myndigheter. Deportasjonene ville ikke vært mulig å gjennomføre uten de ungarske gendarmenes innsats: I hele Košice politidistrikt var det bare en håndfull SS-offiserer og førti tyske soldater. Innen utgangen av mai var personer deportert. Transporten 7. juni var den siste fra sone I og II (Karpato-Ruthenia, nordøstlige Ungarn og det nordlige Transilvania). Innen 7. juni var deportert og Karpato-Ruthenia og Transilvania var tømt.