Berengar lot seg imidlertid ikke skremme, heller ikke da man beskyldte ham for å nære kjetterske meninger om barnedåpen og ekteskapet. I 1059 ble han stevnet til Roma, hvor en synode tvang ham til å tilbakekalle sin nattverdslære, men etter sin hjemkomst fremsatte han den på ny og kalte paven (Nikolas II) for et null og sine motstandere dumrianer. Striden ble mer og mer heftig, inntil han på påskesynoden i Roma 1079 atter lot seg tvinge til å tilbakekalle sin oppfatning.