I juni 2015 anklaget en ekspertgruppe i Forente Nasjoner Isaias for å lede en totalitær regjering som var ansvarlig for systematiske brudd på menneskerettigheter i Eritrea. Anklagene omfattet forbrytelser mot menneskeheten. Amnesty International mener at president Isaias Afwerkis regjering har fengslet minst politiske fanger. Amnesty hevder også at bruk av tortur er omfattende.