Kort tid etter ble biskop Lane valgt til generalsuperior for Maryknollfedrene den 7. august samme år. Hans funksjonstid - som ble til to valgperioder - sammenfalt med den største ekspansjonen i inn- og utland for Maryknoll. Til tross for et svært aktivt liv i administrasjonen av misjonsordenen, fant biskopen likevel tid til å nedtegne sine minner fra sine første dager i ordenen i flere svært lesbare bind. Hans samtalestil ble overført til hans forfatterskap og gjorde Maryknoll-misjonene bedre kjente. Som generalsuperior ble han verdsatt av sine medbrødre for sin farderlige interesse og omsorg.