I 1861 deltok han på fredskonferansen i Washington, D.C., hvor det ble gjort forsøk på å forhindre den fremtidige amerikanske borgerkrigen. Året etter skiftet han partitilhørighet til Det republikanske partiet og tjenestegjorde i en militær kommisjon under United States Department of War før han ble utnevnt til den første kommisjonæren i Commissioner of Internal Revenue av president Abraham Lincoln samme år. Han tjenestegjorde som kommisjonær frem til han ble valgt inn representantenes hus i 1863, hvor han satt til 1869. Som kongressmann tjenestegjorde han blant annet som aktor i riksrettssaken mot president Andrew Johnson.