Selv om PNI har vokst i anerkjennelse, finnes det fortsatt faglig debatt om hvor store de kliniske effektene av psykologiske intervensjoner på immunforsvaret egentlig er. Kritikere påpeker at: Mange studier har små utvalg og utfordringer med reproduserbarhet. Det er vanskelig å skille korrelasjon fra kausalitet i komplekse, tverrfaglige settinger. Placeborespons og andre uspesifikke faktorer kan forsterke eller forveksles med faktiske effekter av PNI-tilnærminger.