Høyden ved midten av byen kan ha fungert som et akropolis. Det kongelige palasset var lokalisert på en annen høyde i den nordvestlige hjørnet i den øvre delen av byen. Det er en av de største bygningene av denne typen som er kjent så langt i bronsealderens Syria. Beklageligvis ble tallrike murvegger oversett i løpet av utgravningene på 1920-tallet og bare gravd vekk som uinteressant. Kun murene som står rett imot de store steinplatene eller avgrenset av det harde gulvoverflaten står igjen. Formgivningen av palasset i Qatna er ganske lik den som er Mari. Tallrike søyler av basalt er lik de i palasset i Yarim-Lim i Alalakh VII. De store dimensjoner for en del rom, det såkalte tronerommet måler 20 meter på tvers, kan indikere at takbjelker av seder ble benyttet for å bygge takene. Palasset er datert til gammelsyrisk tid og kan også ha vært selve boligen for kong Ishi-Addu. På den såkalte lille akropolis i nord for den sentrale jordhaugen ble det oppdaget et andre palass i 2002 som kan ha vært bolig for et annet medlem av den kongelige familien.