FFK er kjennetegnet av stadige lederbytter, særlig siden klubbdriften ble flyttet over i et ASA-selskap i 1997. Siden årtusenskiftet har følgende sittet på toppen som daglig leder: 2000-2001: Knut Rudshaug 2001-2005: Robert Nilsson 2005-2007: Arve Mokkelbost 2007-2008: Morgan Andersen 2008: Morten Huth 2008-2010: Runar Henriksen 2010-2012: Per Erik Jacobsen 2012-2013: Lars-Thomas Stene 2013-2014: Per Erik Jacobsen 2014-2016: Geir Bakken 2016-2017: Christian Berg 2017-d.d.: Joacim Heier Styreledere gjennom tiden: 1903 Halvdan S. Christiansen 1904 Leif Eriksen 1905, 1906 og 1907 Reidar Othar Bergh 1908 Thodor Hansen 1909 Odd Henriksen 1909 1910 og 1912 William Reholt 1911 Philip Resberg 1913 og 1914 Adler Nilsen 1915,1918 og 1919 Peter Wichstrøm Nielsen 1916 Otto Halvorsen 1917 Johannes Pedersen 1920 Sigurd Gullichsen 1921 Gustav Eden 1922 og 1923 Sigurd Jensen 1924 Harald Johannessen 1925, 1926 og 1927 Erling Brynhildsen 1927, 1928, 1929 1930 og 1933 Harald Kilde 1931 og 1932 Eilif Eriksen 1934 og 1939 Einar Wilhelms 1935, 1937 og 1938 Holger Norman Hansen 1936 Reidar Kristiansen 1940 og 1945 Juhl Holmen 1946 og 1947 Arthur Hemstad 1948 og 1949 Sten Moe 1950, 1951, 1952, 1953, 1960, 1961 og 1962 Rolf Johannessen 1954, 1955 og 1956 Birger Madsen 1957 og 1958 Folke Anderson 1959 Gunnar Nilsen 1963, 1964, 1965, 1979 og 1983 Odd Aas 1966, 1967 og 1970 Hans L Dahl 1968, 1969, 1971 og 1972 Hans Jørgen Johannessen 1973 Fritz P. Karlsen 1974, 1975, 1978, 1980 og 1981 Yngvar Wernersen 1976 og 1977 Rolf Syvertsen 1982, 1987 og 1988 Geir Kristoffersen 1984 og 1985 Svein Johannessen 1986 Leiv Bunes 1989, 1990 og 1991 Asle Arntsen 1992 Helge Svensson 1992, 1993 og 1994 Fridtjof Gjermundsen 1995 og 1996 Øystein Ogre 1997 Henning Forsberg 1998 Odd Hasselgård 1999 og 2000 Finn Mikaelsen 2001 Roar Johansen 2002, 2003, 2004, 2005 og 2006 Bjørn Jensen 2007, 2008 og deler av 2009 Carl Morten Gjeldnes 2009, 2010 og 2011 Svein Johannessen 2012 Gunnar Umbach Hansen 2013, 2014, 2015, 2016 og deler av 2017 Arne-Erik Olsen 2017-d.d.: Jostein Lunde Første kvinnelige medlem av Fredrikstad Fotball Klubb er Lisbeth Antonsen i 1978.