Mens Ahlefeldt i begynnelsen hadde støttet Griffenfeld, gikk han senere over til dennes motstandere og var en av de mest aktive for å styrte ham, da han mente, at Griffenfelds politikk var skjebnesvanger for landet. Han var fra 1676 til sin død storkansler, men konsentrerte seg egentlig kun med utenrikspolitikken. Han var utvilsomt en meget betydelig mann, og når man senere i beundringen for Griffenfeld har fremstilt Ahlefeldt som en udugelig tysker, savner dette all begrunnelse i de samtidiges vurdering av ham.