June Horne (1944–1949) (som han hadde en sønn, John "Jack" Cooper III, født 1946). Hans andre ekteskap var med Hildy Parks (1950–1951), og senere med Barbara Kraus fra 1954 frem til hennes død i 2009. Cooper og Barbara fikk tre barn: Russell (født 1956), Julie (1957–1997) og Cristina (1959–2009).