Ved presidentvalget i 1976 ble han støttet av de tre største partiene og gikk inn for en moderat lov-og-orden politikk. Ved presidentvalgene stilte Eanes som uavhengig. Han var knyttet til de militære kuppmakerne fra 1975 og sto som forsvarer av de sosialistiske målsettingene disse hadde fått innført i Portugals konstitusjon. Eanes sto også som forsvarer av de militæres rolle i portugisisk politikk, også institusjonelt gjennom Revolusjonsrådets konstitusjonelle vokterrolle, men måtte her etter hvert gi tapt for mer demokratiske krefter. Da han gikk av som president i 1986 ble han leder av Partido Renovador Democrático. Han gikk av som partileder i 1987.