Berekvam er det eneste stedet på Flåmsbana der tog kan krysse hverandre. Kryssningssporet har manuelle sporveksler og ingen automatisk signalisering. Kryssing kan derfor bare skje når stasjonen er bemannet, typisk i sommersesongen. Berekvam er siste stasjon i Norge med rutetog som er manuelt betjent.