Lite er ellers kjent om Fletcher Christians ungdomsår, bortsett fra at han gikk på St Bees School i St Bees. I 1783, da han var atten år gammel, mønstret han på HMS «Eurydice» på en 21 måneder lang reise til India. Skipets dokumenter viser at han oppførte seg «mer enn tilfredsstillende» ombord, for omkring syv måneder etter avreise ble han forfremmet til førstestyrmann.