Etter okkupasjonen av Tsjekkoslovakia i 1939 bestemte Kaprálová seg for å bli i Paris. Hun giftet seg med forfatteren Jiří Mucha i 1940. Tre måneder senere ble hun evakuert til Montpellier der hun snart døde av ukjent årsak. Hun ble først bisatt på gravlunden , i 1949 flyttet og bisatt i Brno.