Javon renner ut ifra innsjøen Veljo i Valdajhøydene. Kilden er for øvrig regulert av en demning. Den øverste delen av elven er turbulent med sterk strøm og mange stryk. Den totale høydeforskjellen fra kilden til munningen er på 148 meter. Etter hvert som Javon nærmer seg munningen renner den saktere.