En EEPROM er oppbygget og fungerer på samme måte som en EPROM, men bruker ikke ultrafiolett lys for sletting. I stedet brukes en høyere spenning, som enten suppleres eksternt eller genereres internt, til sletting. På grunn av at denne metoden sliter på kretsen så har EEPROM begrenset antall skriveoperasjoner - selv om vi snakker om opp til millioner av operasjoner i moderne kretser.