Bygget ble antagelig oppført eller påbegynt før 1250, trolig siste halvdel av 1100-tallet samtidig med Giske kirke. De opprinnelig romanske rundbuene tyder på at den eldste delen er fra 1100-tallet. I et testamente fra 1308 er kirkene i Borgund og på Giske tilgodesett. Det er funnet rester etter fire kirker (tre ifølge Ekroll i Borgundkaupangen: Peterskirken, Kristkirken («Christkirken på Sunnmøre»), Matteskirken og Margretekirken (eller Maritekirken). Kristkirkens og Matteskirkens gods nevnes i Aslak Bolts jordebok fra 1430, der omtales også Peterskirken som sognekirke. Det er uklart om Matteskirken og Kristkirken var samme bygning.