Den andre vulkanske perioden, Hverfjallperioden, begynte 2 500 år siden med et enormt, men kort utbrudd, som dannet eksplosjonskrateret Hverfjall (også kalt Hverfell). Dette ble fulgt av et utbrudd fra Jardbadshólar, som dannet lavafeltet mellom Reykjahlíð og Vogar. Rundt 200 år senere brøt nok en svær lavastrøm ut, «den yngre Laxálavaen» (se ovenfor). Denne lavaen demmet opp dagens Mývatn og i tillegg innsjøene Sandvatn, Grænvatn og Arnarvatn.