I bybrannen i 1702 brant Martinskirken og ble stående som ruin. I 1738 ble fundamentet/tomten brukt til å bygge Christi Krybbe skoler på samme sted. Kirkegården ble i 1735 overdratt til Korskirken og i 1750 utvidet mot sør. I 1839 ble den nedlagt, og ryddet i 1872. I 1873 ble en ny skolebygning oppført mot nord og den gamle ombygget, i forbindelse med dette arbeidet ble kirkens grunnmurer (40–45 alen lange) avdekket. Peterskirken gikk ut av bruk rundt år 1500 i forbindelse med reformasjonen eller etter branner på 1400-tallet.