Byens klima er påvirket av Middelhavet som moderer dens temperaturer, og fører til variabel til regnfylte vintre og moderat varme somrer som til tider kan bli meget fuktige. Januar og februar er de kjøligste månedene med daglig maksimumstemperaturer som typisk kan strekke seg fra 12° til 18° C og minimumstemperaturer som kan nå 5° C. Alexandria kan få voldsomme stormer, regn og tidvis også snø, sludd og hagl i de kalde månedene. Disse hendelsene i kombinasjon med dårlig avløpssystem har ført til tidvise oversvømmelser i byen. Juli og august er de varmeste og tørreste månedene i året med en gjennomsnittlig maksimumstemperatur på 30° C. Den gjennomsnittlige årlige nedbøren er på rundt 200 mm, men har også vært så mye som 417 mm.