Axel Munthe bosatte seg deretter på Capri der han i 1890-årene bygde en villa, «Villa San Michele», ved ruinene av en av keiser Tiberius' villaer på øya. I 1895 tegnet han selv de arkitektoniske skissene til sitt nye hjem. Byggingen ble påbegynt i 1896. Ideen var at bygningsmassen skulle åpne seg mot havet, og at lyset skulle ledes inn. I første omgang bodde han her frem til i 1910.