Earl Kenneth Fernandes' foreldre var født i henholdsvis Goa og Mangalore; de vokste opp i og emigrerte til USA fra Mumbai i 1971. Faren var lege, og fikk green card delvis grunnet behovet for leger i USA under Vietnamkrigen; moren var lærerinne. En av Fernandes fire brødre ble diakon i Den ukrainske gresk-katolske kirke.