Samtidig pågikk det prosesser for å samle Malaya i en union. Den malayiske union skulle tre i kraft 1. april 1946. Unionen ble møtt med motstand fra de tradisjonelle herskerne og den malayiske delen av befolkningen. Malayenes motstand ble ledet av førsteministeren i Johor, Onn Jaffar. Unionen tilfredsstilte heller ikke kineserne og inderne, gruppene britiske myndigheter ønsket å imøtekomme I disse gruppene fantes det ønske om statsborgerskapsrettigheter, men også politiske rettigheter, demokratisk representasjon og selvstyre for Malaya. Unionen ble i praksis oppgitt i juni 1946. Formelt ble den skrinlagt i februar 1948, da Malayaføderasjonen ble opprettet. Føderasjonsavtalen ble undertegnet 1. februar 1948 og fikk umiddelbar virkning.