I de neste 13 år levde Frederik Christian Rosenkrantz som privatmann på sine gods. Han kom leilighetsvis ved hoffet, men hadde intet embete. I 1784 gjennomførte kronprins Frederik sitt statskupp og avsatte Høegh-Guldbergs regjering. Kretsen omkring kronprinsen valgte å ta noen erfarne menn med i regjeringen, blant de Frederik Christian Rosenkrantz. Han ble på ny ansatt som statsminister samt president for Admiralitets- og Kommissariats-Kollegiet. Han ble regnet for en erfaren administrator og kunne tilføre regjeringen en kontinuitet til tiden før Struensee. I dette embete forble han inntil juni 1788.