Etter å ha blitt nominert av det konservative Østerrikske Folkepartiet (ÖVP), etterfulgte han Kurt Waldheim som president den 8. juli 1992. Imidlertid økte motsetningene mellom Klestil og hans eget parti, særlig senere kansler Wolfgang Schüssel. Klestil hadde under valgkampen lovet å være en aktiv president, og kritiserte stadig den konservative regjeringen som var utgått fra hans eget parti og Jörg Haiders Østerrikske Frihetsparti (FPÖ).