Helligåndshuset utgjorde deretter vestfløyen i et firkantet klosterkompleks hvor kirken var sydfløyen. Huset og kirken er muligens begge blitt både om- og utbygget ved oppføringen av de øvrige klosterbygningene. Den store søylesalen i første etasje kom kanskje til først på dette tidspunkt. Husets funksjon som hospital var imidlertid uendret og nå bare under geistlig ledelse i stedet for verdslig. Helligåndsordenen la særlig vekt på at man tok seg av hittebarn og andre etasje i huset har sannsynligvis vært avsatt til å ivareta disse barna. Første etasje var sykesal.