Joseph Lortz var den nest yngste av syv barn. Etter å ha fullført gymnasium i benediktinerklosteret i Echternach, studerte han filosofi og teologi ved Det gregorianske universitet i Roma fra 1907 til 1910, og ved Universitetet i Fribourg fra 1911 til 1913. Her ble han påvirket av professoren og patristikkforsker Johann Peter Kirsch, som rådet ham til å studere den patristiske apologeten Tertullian, og av kirkehistorikeren Pierre Mandonnet.