I 1999 vant han den spanske serien på nytt, og igjen scoret han nest mest i ligaen. I 1999 vant Rivaldo både «FIFA World Player of the Year» og «European Footballer of the Year». I sin tredje sesong med Barcelona ble Rivaldo uvenner med manager Louis van Gaal da han insisterte på å spille «playmaker» i stedet for venstreving. Likevel scoret han hele 10 mål i UEFA Champions League, da klubben nådde semifinalen. Van Gaal fikk sparken i juni 2000. Den påfølgende sesongen (2000–01), ble Rivaldo nok en gang andremann på toppscorerlisten i ligaen. I sin siste kamp den sesongen, mot scoret Rivaldo hat-trick, som gjorde at Barcelona vant 3-2. Det siste målet var et brassespark fra hjørnet av 16-meteren i det 90. spilleminuttet, og er regnet som et av hans beste mål noensinne, både når det gjelder dyktighet og viktighet. Seieren sikret nemlig Barcelona plass i UEFA Champions League påfølgende sesong.