Ifølge Geoffrey av Villehardouin som deltok i Det fjerde korstog som inntok Konstantinopel i 1204, var Mikael tilbake i byen på det tidspunktet. Sannsynligvis kom han tilbake fra eksil da Isak II ble gjeninnsatt som keiser i 1203. Mikael gikk i tjeneste hos Bonifatius av Montferrat som var leder for det fjerde korstog og av latinerne utnevnt til konge av Kongeriket Thessaloniki. Han fulgte med Bonifatius til Thessaloniki i september 1204 som en betrodd medarbeider til Bonifatius, men han forlot raskt Thessaloniki og etablerte seg i Epirus som leder for den greske motstanden mot de latinske korsfarerne.