Som prost var han selvskrevent medlem av det færøyske Lagtinget. Fra 1853 til 1855 var han også medlem av det danske Landstinget, enstemmig utnevnt av Lagtinget, etter å ha tapt valget til Folketinget mot Niels Winther med et hundretall stemmer noen måneder tidligere. Både i Lagtinget og Landstinget ble Jørgensen en pådriver for å oppheve det kongelige handelsmonopolet på Færøyene. Han satt også i de lovforberedende utvalgene, og i 1856 trådde frihandelen i kraft.