Kleopatras kanskje mest kjente verk er , om forvandlingen av materie til gull. Kleopatra arbeidet ut fra alkymistenes hypotese om at all materie er av samme natur og kan transformeres mellom ulike former. De tidlige egyptiske alkymistene er kjent for å ha lagt de første grunnsteinene for det som mange århundrer senere skulle bli til den moderne kjemien, og blant Kleoptras arbeider finner vi arbeider om mål og vekt, og beskrivelser av smelteovner og destillasjon. Det er ikke klart hvem som oppfant destillasjonskolben, men det kan ha vært Kleopatra.