Han var en av de sentrale personer under Aksjon Reinhardt (tysk: ) der godt over 1 million mennesker ble myrdet, og var ansvarlig for «jødiske forhold» og massemord på jøder i generalguvernementet (). Lerch hadde blant annet ansvar for å avvikle togtransporten med jøder til drapsanleggene. Etter at massakrene under Aksjon Reinhardt var fullført flyttet en god del av SS-personalet i 1943, blant andre Odilo Globocnik, Hermann Höfle og Lerch, til Nord-Italia, med base i Risiera di San Sabba rett utenfor Trieste. Der drev Globocnik jakt på partisaner og gjenværende jøder. Lerchs rolle i San Sabba er uklar. Han var noen uker midlertidig politisjef i Rijeka. Han beskrives som en vennlig, grundig og velorganisert mann.