Muhammads posisjon ble regulert ved at sultan Abdülmecid ble tvunget til å signere et dekret den 13. februar 1841 som gjorde Muhammad Ali til pasja over Egypt og hersker i sultanens navn over Nubia, Sennaar, Kordofan og Darfur. Muhammad Ali ble i sine siste år svakelig. Han var en diplomatisk dyktig og samtidig hensynsløs og grusom hersker, og til tross for at han i Europa ble framstilt som en opplyst hersker som fremmet sivilisasjon, kunne han verken lese eller skrive.