Lejeunes første studier gjaldt det gammelgreske språket. Han utga en gresk historisk fonetikk, (1947) og . Etter 1945 konsentrerte han seg om de gamle språkene i Italia, latin, etruskisk, oskisk, venetisk, messapisk, elymisk og lepontisk. Men først og fremst arbeidet han med mykensk gresk, etter at linear B-skriften var blitt tydet av Michael Ventris. Mot slutten av livet interesserte han seg for gallisk.