Regjeringen foreslo i 1992 å dele Helsedirektoratet i tre kompetansesentre (Ot. prp. nr. 43 (1991–92)). Dette ville tatt vekk den tradisjonelle direktoratsfunksjonen. Tilsynsoppgavene, som ikke var særlig godt utviklet i Helsedirektoratet, ble foreslått lagt til departementet. Stortinget fant sin egen løsning, med et nytt og noe mindre Statens helsetilsyn. Stortinget la særlig vekt på tilsynsoppgavene og arbeidet med rettssikkerhet i helsetjenesten.