Han ble professor i bibelsk filologi sammesteds i 1766, fra hvilken stilling han i 1768 ble avsatt på grunn av anklager om samvær med en prostituert. Han hadde i samme periode langsomt beveget seg vekk fra pietismen og over til heterodoksien. Han ble deretter med støtte fra sin mentor Johann Salomo Semler, professor i bibelske antikviteter ved det filosofiske fakultet ved Universitetet i Erfurt, og i 1771 teologisk professor og prest i Giessen, hvor han «for menneskets moralske forbedrings skyld» utgav en mønsteroversettelse av Bibelen.