Mens han oppholdt seg i Syria besøkte Burckhardt Palmyra, Damaskus, Libanon og foretok en rekke oppdagelsesreiser i regionen. En av disse reisene førte til oppdagelsen av Petra, en oldtidsby som hadde vært glemt i nesten tusen år. I 1812 reiste Burckhardt til Kairo for å slutte seg til en karavane til Fezzan i Libya. Han valgte imidlertid å gi opp disse planene for i stedet å reise opp Nilen til Dar Mahass. Han reiste videre gjennom den nubiske ørken forkledd som en fattig syrisk kjøpmann, og deretter som pilegrim til Mekka. Kort etter besøkte han Medina.