Biskop Eijo Garay spilte en viktig rolle i de første årene av Opus Dei, grunnlagt av Josemaría Escrivá de Balaguer i 1928. Han forsvarte den mot alle angrep og ordinerte 25. juni 1944 tre av dens medlemmer til prester, hvorav en var Álvaro del Portillo, den første etterfølgeren til grunnleggeren.