Han var sønn av den jødiske presten Sakarja og hans hustru Elisabet. Hun var jomfru Marias slektning, ifølge noen tradisjoner var de kusiner. Det fortelles i Bibelen at Maria besøkte Elisabet mens de begge var svangre, og at barnet da «hoppet av fryd» i hennes mage. I Den katolske kirke mener man at Johannes da ble løst fra arvesynden, og dermed født uten skyld (dog ikke unnfanget uten skyld som Maria).