Aiskhylos var en av mange grekere som var blitt innviet i de eleusinske mysterier, en kult for fruktbarhetsgudinnen Demeter som hadde sin opprinnelse i hans hjemby Eleusis. Som navnet indikerer, var kultens medlemmer antatt å bli innviet i en del hemmelig kunnskap. Sikker kunnskap om de særskilte ritualene er sparsommelige, da de som ble innviet måtte sverge en ed beskyttet av dødsstraff om de avslørte noe av innholdet av mysteriene til andre. Ifølge Aristoteles fantes det noen som mente at Aiskhylos avslørte en del av kultens hemmeligheter på teaterscenen. Andre kilder hevder at en rasende folkemengde forsøkte å drepe Aiskhylos på stedet, men at han flyktet fra scenen. Den greske filosofen Herakleides fra Pontos (død 315 f.Kr.) har forsikret at publikum forsøkte å steine dikteren. Han tok da tilflukt ved alteret i i Dionysos’ teater. Da han møtte i retten for sin krenkelse, forfektet han uvitenhet. Han ble frikjent av en jury som var vennlig innstilt grunnet de sår som han og hans avdøde bror Kynegeiros hadde fått ved Marathon. I henhold til den gresktalende romerske forfatteren Claudius Aelianus (død ca. 235 e.Kr.) bidro Aiskhylos' yngre bror Ameinias til frifinnelsen ved å vise juryen stumpen av den avdøde brorens hånd som hadde gått tapt ved Salamis og ved å hevde at broren var blitt valgt som den tapreste krigeren i slaget. I virkeligheten hadde prisen for tapperhet ved Salamis hadde gått til Ameinias fra Pallene, ikke Kynegeiros.