I 1884 gav Rockefeller store midler til et college i Atlanta for afrikansk-amerikanske kvinner, som ble kalt Spelman College (oppkalt etter Rockefellers svigerfamilie som arbeidet aktivt for å avskaffe slaveriet før borgerkrigen). Det eldste bygningen på Spelman campus, Rockefeller Hall, er oppkalt etter ham. Rockefeller ga også betydelige summer til Denison University og andre baptisthøgskoler.