Fra 2012 til 2017 drev Nystuen det private aksjeselskapet International Law and Policy Institute (ILPI) sammen med Njål Høstmælingen (født 1965) og Kjetil Tronvoll (født 1966), et konsulentfirma som ga råd i utenrikssaker. Avisen VG viste hvordan ILPI fikk store kontrakter uten anbudsprosess fra UD (hvor Nystuen hadde jobbet), til dels fra saksbehandlere som siden fikk jobb i ILPI: De tre entreprenørene hentet ut millioner i utbytte. Firmaet var under sterkt press høsten 2016 på grunn av en artikkelserie i VG med fokus på bruk av konsulenter og bistandsmidler, og ble som følge av skandalen nedlagt i 2017.