I 1500 ble han overtalt til å forlate Paris til fordel for Aberdeen, gjennom et sjenerøst finansiert tilbud om å bli den første rektor ved det nylig etablerte Universitetet i Aberdeen, grunnlagt på befaling av kong Jakob IV av Skottland av William Elphinstone, biskop av Aberdeen, under autoritet av en pavelig bulle utstedt av pave Alexander IV.