Spilleren må påta seg rollen som hovedpersonen Link, en ung mann som bor sammen med sin onkel sør for Hyrule Castle. Prinsesse Zelda, en etterkommer av de syv vise menn, blir holdt fanget i et fangehull av Agahnim, en forrædersk trollmann som planlegger å løslate hans mørke herre. Sahasrahla, en etterkommer av dem som smidde mesterens sverd, veileder Link på hans søken. Spillets antagonist Ganon forblir forseglet i den mørke verdenen, det tidligere hellige riket ødelagt av hans onde magi. Det avsløres senere i spillet at Agahnim egentlig var en avatar av Ganon, brukt av King of Evil for å infiltrere den lyse verden.