Den viktigste sideelven er Thaya, som renner på grensen mellom Nedre Østerrike og Mähren. Denne har igjen tilsig fra Jihlava (via Svratka) som renner gjennom byen Jihlava og som er utbygd med Dalešice vannkraftverk nedenfor byen Třebíč, og Svratka som renner gjennom storbyen Brno. En annen sideelv er Myjava som renner ut i Morava-elva ved Kúty.