Flere mindre grupper, hvis plassering tidligere hadde vært omstridt, har man imidlertid kunnet plassere i stamtreet: Armfotinger og foronider er hverandres søstergrupper, og hører ikke, som man tidligere trodde, til deuterostomiene. Echiurider og de tidligere så gåtefulle skjeggbærerne er delgrupper av leddormene. kinorhyncher, korsettdyr og priapulider utgjør en felles slektskapsgruppe (Scalidophora eller Cephalorhyncha). Gnathostomulider, hjuldyr, krassere, , og muligens også myzostomider kan sammenfattes som Gnathifera («kjevebærere»). Kamptozoer og snabelormer er sannsynligvis nokså nær beslektet med bløtdyr. Pilormer er fortsatt en gåtefull gruppe, men kan være nær beslektet med rundormer og taglormer.