Inkaen, som hadde sitt sete i hovedstaden Cuzco, var uinnskrenket hersker. Hovedstaden var et kulturelt og religiøst sentrum i riket. Det var strengt kvadratisk regulert og ble dominert av en mektig festning. Cuzco var delt inn i fire bydeler, som tilsvarte de fire distriktene i riket. Besøkende fra landsbygda fikk bare lov til å oppholde seg i den fjerdedel av byen som tilsvarte det distriktet de kom fra. De solide murene i inkabyene var oppført i steinblokker av forskjellig størrelse og form og uten mørtelbruk. Det er ikke mulig å få stukket et knivblad inn mellom steinene. Byen hadde også soltemplet Coricancha, som var byggverket med størst politisk og religiøs betydning. Tempelet var møtepunktet for de fire områdene av Tawantinsuyu. Inkaene så på Cuzco som verdens navle.