Organisasjonen har flere ganger blitt beskyldt for å være antisemitter, blant annet da de oppfordret til boikott av Eurovision Song Contest i Tel-Aviv i 2019. Komiteens medlemmer har avvist beskyldningene, og fremhevet at det er politikk og ikke minst behandlingen av palestinere som Palestinakomiteen protesterer mot. De har også fått kritikk fra den israelske ambassaden i Norge, fordi de har en logo med et kart over Palestina, uten israelsk markering. Ambassaden har hevdet at komiteens ideologi ikke støtter fred, men er en oppfordring til tillintetgjøring av den jødiske staten.