I museets tredje bygning, Schøninghuset, ligger museets administrasjon, Institutt for naturhistorie og konserveringslaboratoriet, samt magasiner. Denne bygningen blir ikke brukt til utstillinger. Schøninghuset består av flere bygninger som tidligere var produksjonslokaler for E. C. Dahls bryggeri. Museet kjøpte bygningene etter at bryggeriet flyttet sin virksomhet, og på 1970-tallet ble lokalene bygget om til kontorlokaler for museets ansatte og til laboratorier og magasiner. I 2005 ble deler av bygningen oppgradert og også tatt i bruk av museets administrasjon.