Joravassdraget ligger på overgangen mellom tre ulike bergartskomplekser: Prekambriske gneiser i vest, eokambrisk sparagmitt (se arkose) i de høyereliggende delene, sedimentære og vulkanske bergarter i sør og øst. Overflaten er stort sett dekket av løsmasseavsetninger. Flere bresjønivåer har satt spor i avsetningene. Israndavsetninger danner viktige materialkilder for nåtidens elvetransport. Der hvor hovedelven skjærer gjennom løsavsetningene, er det gravet vekk betydelige materialmengder. Løsmassene og den aktive breerosjonen i de øvre deler av vassdraget gir stor materialetransport for deltautvikling. Det foregår stadig masseavleiringer i deltaet og endringer i elveløpene.