Mutesa døde av alkoholforgiftning i sin egen leilighet i London i 1969. Dødsfallet ble identifisert av det britiske politiet som selvmord, men det er blitt hevdet at Mutesa kan ha blitt tvangsforet vodka av agenter fra regimet til Milton Obote. Mutesas levninger ble returnert til Uganda i 1971 og han ble gitt en statsbegravelse ved Bugandakongenes Nabulagala. Den nye presidenten som beordret hans statsbegravelse, diktator Idi Amin, var samme kommandant som hadde ledet angrepet på Mutesas palass i 1966.