Flyplassen ble innviet 4. april 1971. Det Danske Luftfartsselskab (DDL) – det senere SAS – startet samtidig med to daglige avganger til København. I 1979 overtok Mærsk Air (Nå Sterling Airlines) flyvningen på ruten, og i 1999 forsøkte Cimber Air seg, men de måtte innstille ruten allerede året etter. Der er i dag ingen innenriksflyvninger fra Esbjerg lufthavn, bl.a. som følge av Storebæltsforbindelsens åpning for hhv. tog og biler i 1997 og 1998 samt en ny lov om passasjeravgift. Til gjengjeld er det avganger til Stavanger med Danish Air Transport, bmi flyr til Aberdeen og Ryanair flyr til London.