Francisco Javier Clavijeros var spansk, more var kreol. Fraren arbeidet for sen spanske krone, og ble forflyttet med sin familie fra sted til sted. De fleste av farens posteringer var til steder med dominerende indiansk befolkning. Dette gjorte at sønnen lærte seg språket nahuatl under oppveksten. Famiien bodde blant annet i Teziutlán, Puebla og senere i Jamiltepec, i mixtec-regionen i Oaxaca. Clavijero ble i ung alder også godt fortrolig med indianske kulturer og levemåter, og interesserte seg for å lære om deres jordbruk, husdyrhold, om mineraler.pålanter og dyreliv. Indianernse satte stor pris på hans interesse og tok ham med til de steder han ønsket å utforske - høye fjell, mørke hiler, daler, kilder og bekker.