Graf Löwenberg satte borgkapellet istand i 1709. I 1784 ga Josef II tillatelse til å opprette tobakksindustri i byen, en virksomhet som fortsatt vedvarer. Dermed fikk byen ny innflytting. I løpet av 1800-tallet ble Hainburg garnisonsby med utdannelse av kadetter. Etter den første verdenskrigen ble Hainburg den østligste byen i Østerrike.