D.F. Knudsen ble student i 1855 og i 1861. Deretter var han lærer ved latinskolen i Fredrikshald, før han i 1873 ble overført til Kristiania katedralskole, hvor han ble overlærer i 1880. I 1882 ble han ekspedisjonssjef i Kirkedepartementet, og hadde som sådan stor innflytelse på både forberedelsen og gjennomføringen av skolereformene i Norge i årene 1884–1896, særlig de nye folkeskolelovene av 1887 og loven av 1896 om høyere skoler. Han var formann i kommisjonen som skulle utarbeide utkastet til den sistnevnte loven. Fra 1894 til 1905 var han rektor ved Fredrikshalds latin- og realskole.