Han ble nærmeste rådgiver til sin farbror, Venstre-leder Johan Sverdrup. Politiske motstandere mente at han etter hvert dominerte og villedet sin aldrende farbror. Jakob presset sin farbror Johan og hele stortingsgruppen i pietistisk retning i avgjørende spørsmål, som da Jakob ville forby prevensjonsmidler, og stod sentralt i beslagleggelsen av bøkene til Hans Jæger og Christian Krohg. Ikke minst nedla Jakob veto mot dikterlønn til Kielland.