Stub stammet fra Danmark og var trolig en slektning av Peder Stub, borgermesteren i Viborg som fulgte Christian 2. i eksil på 1520-tallet. Niels Stub nevnes første gang i et brev i 1536 som tjener for lensherren på Akershus, Mogens Gyldenstierne, og omtales neste gang som rådmann i Oslo i 1544.