Han forlot Kyōto og flyttet til Edo (senere Tokyo). Riktignok hadde keiseren personlig begrenset politisk makt, men han var et guddommelig symbol på statens enhet. I Mutsuhitos regjeringstid foregikk også to alvorlige militære konflikter: Den første kinesisk-japanske krig og (1894–1895) og den japansk-russiske krig (1904–1905).