I intermitterende perioder mellom 1957, da delstaten godkjente sin egen grunnlov, og Sheikh Abdullahs død i 1982 hadde delstaten vekslende perioder med stabilitet og misnøye. På slutten av 1980-tallet utløste derimot stor misnøye med den storsnutete politikken til den føderale regjeringen og påstander om juksing under forsamlingsvalget i 1987 et voldelig opprør, som var støttet av Pakistan. Siden den gang har det pågått en langvarig og blodig konflikt mellom opprørere og den indiske hæren i regionen. Militante muslimer, særlig den forbudte Jammu Kashmir Liberation Front (JKLF), gjorde seg sterkere gjeldende og gjennomførte en effektiv boikott av det indiske valget i november 1989. Et væpnet opprør tvang Abdullah-regjeringen til avgang i januar 1990; senere på året ble Kashmir satt under presidentstyre. I 1990-årene deltok et økende antall geriljagrupper i kampen mot indiske sikkerhetsstyrker; det antas at i perioden 1990–97 ble over 20 000 mennesker drept. Under sterk militær kontroll ble det i mai 1996 holdt valg til India-parlamentet, og høsten samme år lokalvalg for første gang siden 1987. National Conference seiret klart og Farooq Abdullah kom tilbake som regjeringssjef. I midten av 1990-årene hadde India, gjennom massiv militær innsats, nesten knust oppstanden av lokale kashmirere. JKLF og de fleste kashmirske motstandsgruppene la i 1995 ned sine våpen, og har siden ført kampen med politiske og hovedsakelig ikke-voldelige midler. Hurriyet-alliansen har vært et samlingspunkt for de til dels svært ulike fraksjonene. Både opprørerne og hæren har blitt anklaget for omfattende brudd på menneskerettigheter, blant annet bortføringer, massakrer, voldtekter og plyndring. Opprøret i delstaten har imidlertid vært i tilbakegang siden 1996, og spesielt i 2004 med fredsprosessen mellom India og Pakistan. Videre har situasjonen blitt roligere de siste årene.