Ganon har i dette spillet fått en helt ny livshistorie og er sistebossen i spillet. Som den unge gerudoen Ganondorf, stjeler han et gyllent relikvie som gir ham enorme krefter. Med dette våpenet begynner han så å ta kontroll over stadig større deler av Hyrule. Som i må Link og Prinsesse Zelda samarbeide for å beseire ham.