Ayub Khan, en av Shir Ali Khans sønner, marsjerte mot nettopp Kandahar fra Herat, nedkjempet troppene til Abdur Rahman og okkuperte byen i juli. Denne alvorlige hendelsen opprørte emiren som til å begynne med ikke hadde foretatt seg noe særlig. Han ledet en styrke fra Kabul, møtte Ayubs hær i nærheten av Kandahar, og den totale seieren han vant der tvang Ayub Khan til å flykte til Persia. Fra den tiden hadde Abdur Rahman et nokså godt grep om tronen og i løpet av de neste årene konsoliderte han sin dominans over hele Afghanistan og nedkjempet opprør med en hard og kontant bruk av sin despotiske autoritet. Den mektige Ghilzai-stammen gjorde motstand mot hans maktbruk, men de ble knust i slutten av 1887. I samme år prøvde Ayub Khan forgjeves å komme tilbake fra Persia. I 1888 gjorde emirens fetter, Ishak Khan, et opprør mot ham i nord, men det endte i ingenting.