I 1984 mottok Gene Shoemaker Barringer-medaljen, og i 1992 fikk han National Medal of Science. I 1993 var han en av medoppdagerne av kometen Shoemaker-Levy 9 ved hjelp av det 18-tommers Schmidt-kameraet ved Palomarobservatoriet. Denne kometen var unik ved at den skapte den første muligheten for forskerne til å observere en komet som treffer en planet. Shoemaker-Levy 9 kolliderte med Jupiter i 1994. Resultatet av sammenstøtet var et «kjempearr» på Jupiters overflate. De fleste forskerne på den tiden tvilte på at det ville bli noen synlige merker på planeten.