I sin første presidentperiode (1999-2002) klarte Assoumani å samle de tre komoriske øyene til en nasjon igjen etter at øyene Anjouan og Mohéli i 1997 hadde erklært sin uavhengighet fra den største øya Grande Comore. Assoumanis samlingsprosess innebar en ny forfatning for Komorene som ble vedtatt i 2001 og som innebar presidentvalg i 2002. Fram til 2018 har presidentvervet rullert mellom de tre øyene. Et vedtak i 2018 gjorde det mulig for Assoumani å stille til valg på nytt i 2019, et valg hvor han fikk over 60/ av stemmene i første valgomgang.