Det er teologisk uenighet om treenighetslæren, spesielt hvordan relasjonene mellom de tre personer skal forstås. Denne uenigheten har eksistert fra den første kristne tid og er fortsatt anfektet av enkelte kirkesamfunn samt av kritikere av kristendommen, som i treenighetslæren ser en skjult form for polyteisme – flerguderi. Poenget i treenighetslæren er imidlertid å fastholde enheten i flerheten. Gjennom trosbekjennelsens avvisning av både å sammenblande og atskille personene i treenigheten, fastholdes en forståelse av Gud som et stort og uutgrunnelig mysterium som den menneskelige tanke ikke kan fatte.