I 1993 ble Akslen dr.med. på en avhandling der han viste at kreft i skjoldbruskkjertelen er dobbelt så vanlig i Nord-Norge, og mente prøvesprengninger i nord på 60-tallet var en mulig årsak. Akslen er professor i patologi ved Klinisk institutt 1 ved Universitetet i Bergen med bistilling ved Haukeland Universitetssjukehus, og leder kreftbiologigruppen som ble etablert i 1995 (Tumor Biology Research Group). Han har også gjesteforsket i USA, sist ved Harvard Medical School i Boston. Akslen var leder av Den Norske Patologiforening 2008-2012. Han er innvalgt som medlem i Det Norske Videnskaps-Akademi fra 2013.