Geologisk hadde Nidelva sitt andre elveløp over Målsjøen, fra sin opprinnelse i Selbusjøen. Det er tre ulike bunndyp i Målsjøen, adskilt av grunne terskler. Trolig er disse rester av dødisgroper fra siste istid. Den største har et dyp på 13 meter. Det finnes flere spor i området fra Nidelvas tre elveleier, og andre spor etter siste istid. Graver en tomter er det ikke uvanlig å finne rester av inntakte, store trær som er gamle, og stammer fra tidligere tider. Godt bevart i det sure miljøet.