Darwen spilte sin siste sesong i The Football League sesongen 1898–99 etter 18 tap på rad, noe som fremdeles er rekord i engelsk fotball. De satte også rekord i antall mål mot i en sesong, med 141 mål innsluppet. Klubben flyttet fra Barley Bank til den nye hjemmebanen Anchor Ground og ble med i den lokale ligaen Lancashire League i 1899. I 1902 vant Darwen Lancashire League uten å tape. To år senere ble Darwen med i Lancashire Combination, en liga de var medlem av de neste 70 årene og vant ligaen fire ganger. Etter at de vant Lancashire Combination for fjerde gang i 1976, forlot de ligaen til fordel for Cheshire County League og seks år senere var de med på å stifte North West Counties League.