Spillet åpner med at arkeolog Hershel Layton, og hans unge assistent Luke, kjører til byen St. Mystere, etter å ha mottatt ett brev fra Lady Dahlia, enke etter den nå avdøde baron Augustus Reinhold. Baronen uttalte i hans siste testamente at den personen som løser mysteriet med skal arve hele formuen hans, og flere mennesker har forsøkt dette men mislyktes. Layton og Luke kommer til området, og oppdager at de fleste av befolkningen er veldig interesserte i gåter og annen hjerne-trim, som både Layton og Luke er veldig dyktige til å løse. De legger snart merke til et gigantisk tårn ved den ene siden av byen som ingen kan komme frem til. Men folk hører en rekke merkelige lyder som kommer fra tårnet om natten.