På grunn av den politiske situasjonen i Tsjekkoslovakia kunne Škarvada ikke reise hjem, og underviste først i dogmatikk ved seminaret i Chieti i Italia. I 1965 ble han sekretær for kardinal Josef Beran, som var blitt utvist fra Tsjekkoslovakia fra sin post som erkebiskop av Praha. Kardinal Beran døde i Roma i 1969.