Misjustin tok eksamen som maskiningeniør i 1989 ved Moskvas høyskole for maskinteknikk, der han spesialiserte seg innen dataassistert konstruksjon. Årene 1992–1998 var han sjef for et testlaboratorium. I perioden 1998–1999 var han stedfortredende sjef for det russiske skattevesenet, og 1999–2004 stedfortredende minister for skatter og avgifter. I 2004–2006 var han sjef for den føderale myndigheten for boliger, 2006–2008 sjef for den føderale myndigheten for ledelse av spesielle økonomiske soner, og 2008–2010 president for fondsselskapet UFG Asset Management. Den 6. april 2010 ble han sjef for det russiske skattevesenet.