Den medfødte LQTS kan skyldes mutasjoner i ett eller flere gener som koder for ionekanaler eller proteiner nødvendig for ionekanalenes funksjon. Mutasjonene gir defekter i ionestrømningene gjennom kanalene, og fører til forlengelse av aksjonspotensialet. Det er dette man ser på EKG som en forlengelse av QT-tiden.