Det var to lukkede byer i Estland: Sillamäe og Paldiski. Som i alle de andre industrielle byene var befolkningen i dem hovedsakelig russisktalende. Sillamäe var hjemsted for en kjemisk fabrikk som produserte brenselstaver og kjernefysiske materialer for de sovjetiske kjernekraftverkene og atomvåpen-fabrikkene. Sillamäe var lukket til Estland ble uavhengig i 1991. I Paldiski var det et treningssenter for den sovjetiske marinens atomubåter, og byen var lukket til 1994, da det siste russiske krigsskipet forlot stedet.