I 1998 fikk Doherty igjen kontrakt med Spelling, denne gangen i serien som handlet om tre søstre som var hekser. Doherty forlot serien i 2001 for å satse på en filmkarriere siden hun følte hun kastet bort talentet sitt på «en serie for tolvåringer». Tabloidryktene påsto imidlertid at medskuespiller Alyssa Milano hadde presset henne ut.