Akkurat som i det originale spillet skal det antropomorfe pinnsvinet Soni redde de andre dyrene å Sørøya fra den ondskapsfulle Doctor Robotnik, som planlegger å gjøre alle dyrene om til roboter. Spilleren kan hoppe mellom plattformer, unngår motstandere og andre hindringer. I likhet med det originale spillet skal Sonic samle ringer, som kan beskytte spilleren mot å bli truffet av motstandere eller andre hindringer.