Etter den suksessfulle 2004-05-sesongen ble Agger med på og debuterte 2. juni 2005 i en vennskapskamp mot . Agger satt på benken i neste landskamp, men kom inn i en vennskapskamp mot der danskene vant 4-1, og Agger gjorde seg sterkt bemerket ved å skape store problemer for England sine spisser, deriblant Wayne Rooney. Han spilte begge de to neste kampene før en skade satte ham utenfor landslagsspill resten av året 2005.