Iguanene tilhører gruppen Iguania sammen med agamer og kameleoner. Iguania er en godt definert naturlig gruppe, men slektskapet innenfor gruppen er mer usikkert. Agamer og kameleoner har akrodonte tenner, det vil si at tennene er festet til toppen av kjevebeinet uten at de sitter i en fordypning. Iguaner, og de fleste andre øgler, har pleurodonte tenner, altså tenner som er festet på innsiden av kjevebeinet. Dette bygningstrekket gjør at agamene og kameleonene plasseres i gruppen Acrodonta, som antas å være søstergruppen til iguanene. Det har vært vanlig å regne alle iguaner til én familie kalt Iguanidae. Frost et al. har i 1989 og 2001 publisert arbeider der iguanene fordeles på mange familier. En har her valgt å følge Frost & Etheridges systematikk fra 1989 der iguanene omfatter åtte familier. Denne inndelingen brukes også i The Reptile Database, og wikipedia på andre språk.