Šešelj ble i 2003 tiltalt for krigsforbrytelser av ICTY, I motsetning til andre tiltalte ved tribunalet, for eksempel Radovan Karadžić og general Ratko Mladić, valgte ikke Šešelj å gå under jorden da tiltalen ble kjent. Tvert i mot reiste han få dager senere til Haag for der å forsvare serbiske interesser, slik han selv uttrykte det. Han ble deretter satt i varetekt i FNs krigsforbryterfengsel i Haag. Prosessen mot ham startet 27. november 2006. Den 6. november 2014 ble han løslatt fra varetekt, begrunnet i hans langt fremskredne kreftsykdom.