Etter at han var avsatt ble Milošević værende i Serbia. Han ble arrestert for krigsforbrytelser under Kosovokrigen i april 2001 og etterhvert utlevert til den internasjonale straffedomstolen for Jugoslavia. Opposisjonen i landet hadde blant annet i 1996 forsøkt å skifte ut Milošević. Med Milošević' fall var den siste ledende personen fra de sosialistiske Jugoslavia skiftet ut.