Holmens sydligste øy er Arsenaløen. På samme tid som man begynte å anlegge Nyholm ble det kjøpt en liten øy som var helt uten forbindelse med både Nyholm og Christianshavn. Øya het opprinnelig Motzmanns Plads og lå rett nord for Christianshavn. Senere ble den døpt om til Christiansholm. En ny øy ble skapt ved oppfylling øst for Christiansholm og på denne øya begynte man i 1742 å bygge et stort arsenal, som først ble ferdigstilt rundt 1770. Den nye øya fikk navnet Arsenaløen. Senere ble øya utvidet mot øst og rundt 1860 hadde den fått den størrelsen som Arsenaløen har nå.