Etter at forsøkene på en forsonlig linje mot franskmennene mislykkes, dro Abbas i eksil i Kairo. Mot slutten av 1958 gikk Abbas og UDMA med i den nasjonalistiske fellesfronten (FLN), som kjempet en samlet væpnet kamp for frigjøring av Algerie fra fransk herredømme. Abbas ble medlem av den algeriske revolusjonens nasjonalråd (, CNRA) og ble deretter president i den provisoriske algeriske eksil regjering (, GPRA). Abbas ledet den algeriske eksilregjering fram til august 1961. FLN var preget av indre splid og maktkamp og Abbas ble av motstandere anklaget for å være for moderat og franskvennlig. Han ble derfor byttet ut som regjeringssjef og spilte dermed ikke noen sentral rolle i siste fase av forhandlingene med Frankrike om Algeries selvstendighet, prosessen som ledet fram til Évian-avtalen i mars 1962. Abbas ble satt på sidelinjen av en yngre generasjon nasjonalister, med Ahmed Ben Bella og Houari Boumédiènne i spissen.