Kristoffersen har også skrevet musikk for det kirkelige rom. I 2006 skrev han kantaten «Den første julekvelden», et bestillingsverk til sopranen Mona Julsrud. Samme år spilte fiolinisten Arve Tellefsen inn hans klassiskinspirerte verk «Julefløyten» sammen med TrondheimSolistene og Nidarosdomens Guttekor. Trompetisten Kai Robert Johansen fikk et spesialskrevet verk, «Juletrompeten», i 2013. Det ble arrangert av Henning Sommerro, og spilt inn av Johansen på trompet, med Nidarosdomens guttekor under ledelse av Bjørn Moe, og med domorganisten i Nidarosdomen. Da Råholt kirke fylte 125 år i desember 2013, skrev han , et verk for orgel, blandet kor, trompet og obo.