Handlingen i inkluderer i stor grad Tidus, som er en blitzballspiller fra Zanarkand. Etter at et mystisk vesen kalt «Sin» angrep hjembyen hans, ble Tidus transportert til verdenen Spira. Tidus møter etter hvert en tilkaller kalt Yuna og hennes voktere. Yuna begynner en pilegrimsreise for å ende kaoset skapt av Sin, og ved å slutte seg til dem, håper Tidus på å returnere hjem.