Willaert var en anerkjent lærer, og til hans elever hørte blant annet komponistene Cipriano de Rore (Willaerts etterfølger i Markuskirken), Constanzo Porta, Francesco della Viola, Gioseffo Guami, Gioseffo Zarlino og Andrea Gabrieli. Disse komponistene dannet kjernen i det som skulle bli den venetianske skolen, musikkretningen som blomstret i 150 år og som med tiden fikk en avgjørende betydning for de stilistiske endringene som førte til starten på barokken. En betydningsfull flamsk komponist som Willaert påvirket var Orlando di Lasso.