I tillegg til de autokefale kirkene kommer en gruppe autonome kirker, som eksempelvis den estiske ortodokse kirke og den finske ortodokse kirke. Autonome kirker er som de autokefale selvstyrte, men de står i forbindelse med en moderkirke som deres biskoper må godkjennes av. Autonome kirker forekommer som oftest i land der kirken er minoritetskirke og hvor medlemmene har annen etnisk opprinnelse. Dette er eksempelvis tilfelle i Estland, der medlemmene av den ortodokse kirke tilhører landets russiske minoritet.