Sommeren 1828 reiste Munch inn til Christiania for å ta eksamen, hvor han fikk karakteren med utmerkelse i alle muntlige fag. Året etter tok han anneneksamen med . Ved universitetet i Christiania begynte Munch å studere rettsvitenskap. Han hadde slett ikke tenkt å legge bort historiefaget, men rettsvitenskapen var et tryggere levebrødsstudium, og kunne dessuten være til nytte for de historiske studiene hans. Ved siden av jusstudiet studerte han dessuten norrønt privat med professor Rudolf Keyser, som nettopp var vendt tilbake fra Island. Han studerte også moderne europeiske språk og de utdødde germanske språkene angelsaksisk og gotisk.