Den 18. oktober 2002 avla Jean-Claude Hollerich sine evige løfter i St Ignatius-kirken i Tokyo. Han er medlem av den japanske jesuittprovins, var professor i tysk og fransk og var viserektor for generelle anliggender og studentsaker ved Sophiauniversitetet i Tokyo mellom 2008 og 2011. I løpet av denne tiden var han også rektor for jesuittkommuniteten ved Sophiauniversitet, hvor 65 jesuitter fra forskjellige land bodde.