I november 1976 fikk Mackay sparken som manager i Derby og den 25. november 1976 ble Murphy ny sjef i klubben. Han ledet laget til september 1977 da han fikk sparken, kun seks ligakamper ut i 1977/78-sesongen, og Tommy Docherty overtok. Året etter ble Colin Murphy manager i Lincoln City FC og denne jobben hadde han fram til mai 1985. Deretter ble hans neste arbeidssted Stockport County FC, og han var i denne klubben i to perioder i årene 1985 til 1987.