Det var ingen politisk enighet innenfor føderasjonen om hvor mye man skulle bruke hæren. Etter ti dager ble en våpenhvile underskrevet. I månedene som fulgte trakk hæren seg ut, men i Kroatia brøt det ut en blodig krig høsten 1991. Etniske serbere som hadde opprettet Den Serbiske Republikken Krajina i serbiskbebodde områder, bekjempet kroatiske styrke som forsøkte å få denne utbryterregionen tilbake under Kroatias kontroll. I noen områder fungerte JNA som buffer og beskyttet serbere fra den kroatiske hæren.