Nye molekylære beviser antyder nå at den tidligere inndelingen trolig er feil. Megachiroptera (Pteropodidae) og fem andre familier (Rhinopomatidae, Rhinolophidae, Hipposideridae, Craseonycteridae, og Megadermatidae), som tidligere ble definert til Microchiroptera, har blitt forslått inkludert i en ny underorden kalt Yinpterochiroptera. Resterende familier i Microchiroptera plasseres i en ny underorden kalt Yangochiroptera. Lei & Dong (2016) hevder videre at de to underordenene trolig separerte for omkring 63 millioner år siden.