Han åpnet 1976-sesongen med sin rekordsyvende seier i Milano – San Remo. Han fulgte opp med en seier i den katalanske uken, men fikk en krasj på siste etappe da en tilskuerpose tok tak i styret og skadet albuen hans. Denne skaden plaget prestasjonen hans gjennom vårens klassiske sesong. Han deltok i Giro d'Italia, men klarte ikke å vinne en etappe for første gang i karrieren. Han avsluttet et på åttende sammenlagt mens han kjempet mot en salbyll gjennom et. Etter Giroens konklusjon kunngjorde Merckx at han og teamet hans Molteni ikke ville delta i Tour de France. Han deltok i landeveiset for menn ved UCI Road World Championships og endte på femte plassering. Han avsluttet sesongen i oktober etter å ha kjørt mesteparten av august. Han klarte ikke å vinne Super Prestige Pernod International, en konkurranse der ryttere ble tildelt poeng for sine plasseringer i visse profesjonelle , for første gang siden 1968. I de to første månedene av lavsesongen tilbrakte Merckx mesteparten av tiden sin på å ligge. Molteni avsluttet sponsingen på slutten av sesongen.