Fra 1825 var han leder for kunstakademiet i München. Von Cornelius' fremste arbeide i byen ble freskene i Ludvigskirken. Av disse malte kunstneren selv korveggens store komposisjon, . Kunstverket ble ikke slik Ludvig II hadde ønsket seg, og i protest forlot von Cornelius München. I 1841 ble han kalt til Berlin av Fredrik Vilhelm IV av Preussen. Her arbeidet han fra 1843 med utkast til fresker til Campo Santo-byggverket.