Joseph Desflèches var fetter til fader Gaspard Deguerry, sogneprest for , som ble skutt under Pariserkommunen. Desflèches studerte ved Maîtrise Saint-Pierre de Lyon, og ved forberedelsesseminaret i Verrières og ved presteseminaret i Aix-en-Provence, og til slutt ved presteseminaret i Grenoble.