Universitetet ble dannet i 1957 ved en sammenslåing av to presbyterianske kristne institusjoner med røtter tilbake til henholdsvis 1915 og 1885. Institusjonene hadde begynt å samarbeide i 1920-årene. Siden oppstarten har universitetet vært regnet til Sør-Koreas tre beste universiteter, sammen med Seoul nasjonale universitet og Korea-universitetet. Yonsei-universitetet og Korea-universitetet har en velkjent kappestrid om å være det fremste private universitetet.