Reformen av den nye kalenderen ble imidlertid ikke gjennomført før etter hans død, da hans bror Antonio introduserte manuskriptet for pave Gregor XIII. Manuskriptet ble deretter gitt til reformkommisjonen, og antatt i 1582, etter visse modifikasjoner av Christophorus Clavius. Pavens bulle om innføringen av den nye kalenderen nevner uttrykkelig Lilius som opphavsmann.