Havnen i Aarhus eies og drives av Århus kommune, som et økonomisk uavhengig selskap. Ordføreren og to av bystyrets medlemmer har automatisk plass i styret; ordføreren er styrets leder. Styret består av syv medlemmer; tre fra bystyret, tre fra næringslivet og en tillitsvalgt for havnearbeiderne.