Han var sønn av overtollbetjent Joseph Frantz Oscar Michelet (1832–1913) og Caroline Julie Laache (1833–1915). Simon giftet seg i 1888 med forfatter og kvinnesaksforkjemper Marie Michelet (1866–1951). Ekteparet fikk en sønn som døde tidlig, samt de tre døtrene Bolette (Bodhild) Christine, Nanna (1894-1967) og Julie (Caroline Julie Magdalene).