Etter at han var blitt løslatt var han bannlyst fra utgivelser, men forfattet sannsynligvis mange av de anonyme pamflettene som sirkulerte på denne tiden. I 1647 synes det som om kongen, overraskende nok, hadde tilgitt ham, og Needham begynte å utgi , et rojalistisk nyhetshefte. Etter at rojalistene tapte og kongen henrettet ble Needham arrestert og sendt til Newgate fengsel. Hans tid i fangenskap tillot ham å skissere opp politikken til det nye samveldet med klassiske ideer om republikken og han begynte å skrive pamfletter som støttet det nye styret. De begynte med hans unnskyldninger for hans tidligere handlinger og formaninger om samarbeid for alle partier med den nye regjeringen, og siterte autoriteter fra begge sider.