Den 1. august 1996 kjøpte Celtic Alan Stubbs for £3 500 000. Han debuterte for Celtic den 10. august 1996 da de spilte 2-2 borte mot Aberdeen i en ligakamp, og totalt spilte Stubbs 20 ligakamper for i 1996/97-sesongen. Hans første mål for Celtic kom 19. november 1997 i et Old Firm oppgjør som endte 1-1. Rangers tok først ledelsen i denne kampen, men Stubbs utligning i det 90. spilleminutt sørget for poengdeling. Dette ble hans eneste ligamål på 29 kamper i 1997/98-sesongen, og i 1998/99-sesongen scoret han også ett mål, men i denne sesongen spilte han bare 23 ligakamper. I de neste sesongene ble det 0 mål på 23 ligakamper og ett mål på 11 ligakamper. Hovedårsaken til at det ble relativt få kamper på slutten av hans tid i Celtic var at han to ganger var under behandlig for testikkelkreft.