Nesten tyve år senere, starter med at G-Man bringer Freeman ut av stasen, og sender han til en dystopisk jord under kontroll av Combine, en gruppe som består delvis av mennesker og delvis av livsformene som kom gjennom portalen i Black Mesa, som tok over jorden mens Freeman var i stase, i en krig kalt syvtimerskrigen. I City 17, en østeuropeisk bosetting, møter Freeman flere overlevende fra Black Mesa, blant annet Isaac Kleiner, Barney Calhoun, Eli Vance og datteren Alyx Vance. Freeman hjelper motstandsgruppen mot Combine. Xen-livsformene, Vortigaunter, som også har blitt tatt over av Combine, hjelper også motsandsgruppen. Når det blir kjent at for Coimbine-administrator Wallace Breen at Freeman er i live, blir han et viktig mål for Combine-styrkene. Etter hvert blir Freeman årsaken til en fullstendig revolusjon blant menneskeheten etter at de ødelegger Nova Prospekt, en stor Combine-base. Eli Vance og datteren sin Alyx blir tatt til fange av Combine, men Freeman hjelper motstandsgruppen for å redde dem. Freeman sloss seg gjennom Citadel, forsvaret rundt Nova Prospekt, og finner veien til Breen og kontoet hans. Han blir tatt til fange, men blir frigjort av Dr. Mossman, sammen med Eli og Alyx. Breen prøver å flykte, men blir antatt å være død etter at Freeman ødelegger reaktoren på toppen av Citadel.