Den eksakte dato for når kirken ble bygget er fremdeles ukjent, men den er en av de eldste på øya. Noen historikere tror at dens opprinnelse kan dateres til det fjerde århundre e. Kr. da den synes å ha blitt bygget på ruinene av en romansk bygning fra Den sene romerske republikks periode. Den består av åtte søyler og to apsider. Andre mener at den kan ha blitt bygget mellom det åttende og ellevte århundre. Likevel, det er sikkert at en tidlig kirke eksisterte da Capris diakoni ble opprettet i 987. På den tiden ble dens tidligere kristne arkitektur totalt forandret, da en bysantinsk kirke er formet som et gresk kors. Opprinnelig var den tilegnet San Severino og først etter San Costanzos død i det sjette århundre, fikk den nytt navn. Det ble utført betydelige renoveringer i 1330 da grev Giacomo Arcucci føyde til et sidealter etter typisk Gotisk arkitektur-stil . I 1560 mistet kirken sin status som Santo Stefanos katedral.