Tyske myndigheter gjentok stadig at de ønsket at deportasjonene skulle fortsette. På forsommeren 1943 tok det tyske regimet et nytt initiativ (på bakgrunn av radikaliseringen etter opprøret i Warszawagettoen i 1943) til nye deportasjoner, uten at Tisos regjering ga etter. Tuka ønsket å fortsette «forflytningen» av jøder og ba om støtte fra tyske utenriksdepartementet. Den tyske politikeren og diplomaten Ernst von Weizsäcker ba Tuka informere Tiso om at Berlin fant stansen i deportasjonene som overraskende. Edmund Veesenmeyer fra det tyske utenriksdepartementet fortalte Tiso i juli 1943 at Tyskland fortsatt ønsket å rydde opp i jødespørsmålet i Slovakia. I desember 1943 gikk Tiso med på at de gjenværende til jødene i Slovakia skulle interneres senest 1. april 1944. Den slovakiske regjeringen holdt ikke sin del av avtalen. Veesenmeyer forsøkte sommeren 1944 (etter deportasjonene av jødene i Ungarn) å gjenoppta deportasjonene, noe Tiso igjen avslo.