Etter en overenskomst med den polske konge og hans representanter (særlig Mikołaj 'Czarny' Radziwiłł) sekulariserte deres siste stormester Gotthard Kettler hele Sverdbroderordenen og konverterte til den lutherske tro. I den sørlige delen av ordenslandene opprettet han hertugdømmet Kurland og Semgallen. Det meste av de øvrige ordensområdene ble annektert av Polen-Litauen. Det nordlige Estland ble delvis overtatt av Danmark og delvis av Sverige. De sverdbrødrene som fremdeles fantes, gikk etter tre års motstand mot russerne, som presset på fra Narva og Dorpat (1558–1561), helt over til Den tyske orden.