I 1506 ble han kansler for universitetet i Oxford, et embede han hadde inntil sin død. Fra Henrik VIII besteg tronen i 1509 og giftet seg med sin brors enke, Katarina av Aragón (juni 1509), begynte Warhams politiske innflytelse å dale. Paven hadde gitt kongen dispens fra affinitetsimpedimentet («slektskapet» gjennom broren), noe Warham hadde forsøkt å forhindre.