Hun ble statsråd i Samferdselsdepartementet i Jens Stoltenbergs andre regjering 17. oktober 2005. Da Dagsavisen trillet terning over statsrådene til jul det året fikk Navarsete terningkast seks for å "levere mest håndfaste resultater av alle statsråder". Senere la Navarsete fram en svært ekspansiv Nasjonal Transportplan. Nå skulle det endelig storsatses på jernbaneutbygging i Norge, men Navarsete klarte likevel å redusere andelen av investeringene som går til jernbane. Senere ble Senterpartiets forhandlingskrav om at investeringer i storbyenes kollektivtransport fullt ut skulle matches med veiinvesteringer i distriktene omtalt som "klausulen fra helvete".