Byen var for en tid del av Pyrrhus' herrevelde. Siden da, 229 f.Kr., stod den under romersk styre. I 148 f.Kr. ble Apollonia en del av den romerske provins Makedonia, og senere ble den del av provinsen Epirus. I 48 f.Kr. brøt det ut krig i Apollonia mellom Pompeius og Julius Caesar. Caesar brukte stedet som militærbase, og Octavianus ble underrettet om Caesars død mens haqn var plassert i Apollonia.