Klubben har rykket ned fra Premier League to ganger (1991/1992 og 2000/2001), og unngikk nedrykk i 1991 etter omorganisering av ligaen. I 2001 kom St. Mirren sist i Premier League selv om de bare tapte en av de siste syv kampene. «The Saints» kom opp i Premier League igjen etter å ha vunnet 1. divisjon i 2005/06, en sesong hvor St. Mirren også vant Challenge Cup, hvor de slo Hamilton Academical i finalen. Resultatet ble 2–1 i Airdrie, og målscorerne var Simon Lappin og John Sutton.