Etter sprengningen av tunneltaket som lå på høyde med Landwehrkanal i mai 1945 ble nord-syd-tunnelen oversvømmet og S-Bahn-trafikken ble innstilt frem til 2. juni 1946. S-Bahn-togene endte i denne perioden på Potsdamer Ringbahnhof. Etter reparasjonene gikk atter togene til Anhalter Bahnhof. Stasjonen havnet i den delen av byen som skulle utvikle seg til å bli Vest-Berlin. Etter byggingen av Berlinmuren i 1961 lå Anhalter Bahnhofs portal svært nær muren.