Allerede fra årsskiftet 1940/1941 ble Kyllingmark engasjert i arbeidet med å bygge opp en organisert motstandsbevegelse i Nord-Norge. I 1943 måtte han flykte til Sverige og var derfra med i organiseringen og ledelsen av de militære hjemmestyrkene i Nordland og Troms. Blant de operasjoner han ledet er den relativt ukjente Sepals-operasjonen som innebar planlegging og opprettelse av etterretningsbaser på svensk jord. Han spilte en aktiv rolle i maidagene 1945 for å sikre en mest mulig ordnet overgang fra okkupasjon til fred. Etter frigjøringen gjenopptok han sin agentur- og engrosforretning i Svolvær, samtidig som han fra 1947 til 1953 var distriktssjef i Heimevernet.