Inntil 1940 drev han firmaet A/S Akustik, derpå var han forsker i Skottland (ASDIC) under krigen. Som medlem i den eksil-ledete Forsvarets Overkommandos Tekniske Utvalg (FOTU, 1942-45), sammen med professorene Leif Tronstad, Helmer Dahl, Sverre Petterssen og Svein Rosseland, foranlediget han etableringen av det statlige Forsvarets forskningsinstitutt der han først ledet en avdeling som blant annet utviklet transducere for ekkolodd, tenkt for norsk produksjon og endelig kommersialisert av Willy Simonsen i Simrad (1949). Møller var direktør for forskningsinstituttet (1946–57). Den atomteknologi som der ble utviklet ble senere kommersialisert gjennom selskapet Noratom som han også ledet (1957–).