Klubben har vunnet det polske seriemesterskapet to ganger og det polske cupmesterskapet to ganger. Polonia Warszawa har også vunnet den polske supercupen og den polske ligacupen ved årtusenskiftet. Den har også deltatt i ulike europacuper ved flere anledninger, og deres største meritter i Europa kom i 1999 da de spilte semifinale i UEFA Intertoto Cup.