Kirkens hovedkvarter ble opprinnelig plassert i Short Creek, Arizona i nærheten av grensen til Utah. Hovedkvarteret ble i 2004 flyttet til Eldorado, Texas, hvor et tempel har blitt bygget av kirkens medlemmer. Kirken ble leder av Rulon Jeffs frem til 2002. I hans senere år, ledet hans dårlige helse til at sønnen Warren fungerte som leder av kirken i hans sted, og ved farens død i september 2002, ble Warren Jeffs ny leder av kirkesamfunnet. I nesten to år, var Warren Jeffs etterlyst for sex-forbrytelser. Fra mai 2006 til han ble arrestert i august 2006, sto han oppført på FBIs liste over ti mest ettersøkte. Den 25. september 2007 ble Jeffs funnet skyldig i to tilfeller av å være medskyldig i voldtekt. Han ble dømt til ti år til livstid i fengsel. Denne straffen ble senere opphevet, og Jeffs sluppet fri. 28. januar 2011 satt Jeffs igjen som leder av kirkesamfunnet. Warren Jeffs har siden den gang blitt dømt til livsvarig fengsel for flere grove seksuelle overgrep, flere av dem mot mindreårige.