Han var 1. nestformann i Kristelig Folkepartis Ungdom 1978–1979 og formann 1979–1982. Han satt i Kristelig Folkepartis sentralstyre sammenhengende 1979–1997. Erfaring fra Stortinget fikk han som personlig sekretær for parlamentarisk leder Lars Korvald 1978–1981. Da Kristelig Folkeparti og Senterpartiet gikk inn i Kåre Willochs regjering i 1983, ble Høybråten politisk rådgiver for statsråd Kjell Magne Bondevik i Kirke- og undervisningsdepartementet frem til 1986. I Jan P. Syses regjering 1989–1990 var han statssekretær i Finansdepartementet.