I 1409 hadde Iskandar forsonet seg med Pir Muhammad og akseptert brorens ledelse. Han deltok i brorens felttog mot Kirman, men under dette felttoget ble Pir Muhammad drept i et kuppforsøk. For å unnslippe samme skjebne flyktet Iskandar tilbake til Shiraz bare iført hodeplagg, skjorte og en enkelt støvel. Han ble av lederne i Shiraz utropt til Pir Muhammads etterfølger og fikk brorens drapsmenn henrettet. Iskandar sendte så styrkene sine til Yazd som han inntok etter flere måneders beleiring. Isfahan tok enda lenger tid å innta, men de kapitulerte i 1411/1412. Han gjorde denne byen til sin hovedstad og året etter tok han tittelen sultan. Han tok på denne tiden også kontroll over byene Qom og Saveh. Selv om Iskandar i navnet var underordnet Shah Rukh oppførte han seg som en uavhengig hersker og spesielt sultantittelen brakte ham i direkte konflikt med herskeren i Herat. Shah Rukh var usikker på Iskandars lojalitet og han ba ham delta i et felttog mot det fiendtlige Kara Koyunlu-regimet for å få ham til å anerkjenne sin egen autoritet. Sendebudet kom tilbake til Shah Rukh med opplysning om at Iskandar var i ferd med å slå mynter i sitt eget navn. Han forsøkte også å alliere seg med andre lokale ledere i tilfelle en konflikt med Shah Rukh. For å møte dette samlet Shah Rukh sine styrker og sammen med Iskandars brødre Rustam og Bayqara Mirza. Den 21. juli 1414 ble Iskandar beseiret av Shah Rukh i Isfahan etter en kort beleiring. Shah Rukh delegerte makten i Iskandars territorium til brødrene, Bayqara fikk Hamadan og Rustam ble gjeninnsatt i Isfahan. Rustam fikk også Iskandar i sin varetekt, og han beordret at broren ble blindet.