Noen måneder senere utnevnte pave Johannes Paul II Cortes til hjelpebiskop i Cebu og titulærbiskop av Severiana. Hans bispeordinasjon ble holdt i katedralen i Dumaguete den 8. januar 2002. Hovedkonswekrator var kardinal Ricardo J. Vidal; medkonsekrerende var erkebiskop Onesimo Cadiz Gordoncillo av Capiz og biskop John Forrosuelo Du av Dumaguete.