Han fikk sin tidlige utdannelse ved i Ballaghaderreen i County Roscommon før han dro til Maynooth i Leinster. Den brilliante studenten ble uteksaminert i filosofi og teologi fra i Maynooth. O'Doherty studerte senere ved i Dublin, og ved Irish College i Salamanca i kongeriket Spania. I 1896 mottok O'Doherty doktorgragen i teologi fra Det pavelige universitet i Salamanca.