Lederen for Den estiske grønne bevegelsen, skogforskeren Toomas Frey, var fra 1990 til 1991 miljøvernminister i Edgar Savisaars overgangsregjering. To grønne partier sprang ut av den grønne bevegelsen, og de slo seg sammen til Det estiske grønne partiet (estisk: ) i desember 1991, da Estland hadde gjenvunnet sin uavhengighet fra Sovjetunionen. Flere grønne partier og organisasjoner inngikk en valgallianse ved det første frie parlamentsvalget i 1992. De kom ikke over sperregrensen, men Rein Järlik fikk nok personstemmer til at han likevel ble valgt.