De militære fløyene til de grunnleggende partiorganisasjonene – det vil si Folkets frigjøringsgeriljahær (den militære fløyen til MCCI) og Folkets geriljahær (den militære fløyen til PWG) – har også gjennomgått sammenslåing. Navnet på den felles militære organisasjon er Folkets frigjøringsgeriljahær (PLGA), og er delt inn i tre enheter – basistroppene, reservetroppene og hovedtroppene. Alle PLGA-medlemmene er frivillige, og mottar ingen lønn. Under hans opphold i geriljasonene bemerket Jan Myrdal at kvinnelige kadre i IKP (maoistene) utgjorde om lag 40 prosent av PLGA, og at de besatt en rekke toppstillinger. Per 2014 ble det anslått at 60 prosent av de maoistiske kadrene er kvinner, og at kvinnelige kommandører leder 20 av 27 divisjoner i geriljasonene.