I februar 2012 frasa han seg statsministervervet for å kunne stille som kandidat til presidentposten for (PAIGC) i det kommende valget. I valget som ble avholdt den 18. mars 2012 fikk han 49 prosent av stemmene. Innen en andre valgomgang ble avviklet, ble Gomes Júnior tatt til fange i et kupp. Han ble imidlertid løslatt i slutten av april og sammen med den likeså styrtede interimspresident Raimundo Pereira fløyet ut av landet, til Elfenbenskysten.