Han ble utnevnt til professor ved akademiet i 1818 etter Nicolai Abraham Abildgaards død i 1809. Akademiet hadde ventet med å besette stillingen til Eckersberg var vendt tilbake til Danmark fra sine studiereiser selv om det var kommet inn søknader fra Abildgaards elev Christian Fædder Høyer, Christian Gotlieb Kratzenstein-Stub og J.L. Lund. Akademiet utnevnte både Eckersberg og Lund.