Mark 2-versjonen ble lansert i mai 2016, og var den første hobbyskriveren med såkalt maskeutjevning (engelsk ), hvilket vil si at skriveren tar hensyn til kast i høyden på skriveflaten, samt automatisk skjevhetskorreksjon (engelsk ) for alle tre aksene. Mark 2 økte også skrivevolumet fra 200 × 200 × 200 mm til 250 × 210 × 200 mm. Det ble brukt nye stegmotorer spesialbygd etter Prusa sine spesifikasjoner som hadde egne integrerte ledeskruer. MK2 hadde også en induktanssensor for å automatisk få skriveflaten i vater, og en oppdatert versjon av "Marlin"-fastvaren. Andre nye funksjoner inkluderte en polyeterimid-belegg på skriveflaten, et "Rambo"-styrekretskort og "E3D V6 Full"-skriveelement. Prusa MK2 ble den første RepRap-skriveren støttet av Windows 10 sitt system for plug-and-play USB ID.