En viktig ny funksjon i spillet er muligheten til å ri Yoshi. Mario kan finne Yoshi i egg rundt om i de forskjellige galaksene. Når man rir Yoshi vil man bevege seg fortere, man kan legge til litt sveving i slutten av hopp ved at Yoshi «flakser» med bena, og man kan også bruke Yoshis tunge til å spise fiender med. Noen fiender kan spyttes ut igjen etter at man har spist dem, og kan derfor brukes som våpen. Yoshi har også flere oppgraderinger: Blimp Fruit (Gjør at Yoshi blir full av luft og begynner å sveve oppover), Dash Pepper (Gjør Yoshi veldig rask og lar ham løpe opp vegger) og Bulb Berry (Gjør Yoshi lysende i et kort tidsrom og lar ham lyse opp usynlige deler av banen).