Napoleonskrigene og Norges overdragelse fra Danmark til Sverige utsatte bygrunleggelsen. I 1814 tok biskop Mathias Bonsach Krogh opp: «Forslag til en Kjøpstæds Anlæggelse paa Bodøe i Nordlandene». Forslaget skapte store protester fra Bergen. Stortinget opprettet en kommisjon for å utrede saken. Protestene fra Bergen førte ikke fram og Stortinget stemte over saken i 1816. 50 representanter stemte for ny by og 6 imot. Forslaget om opprettelsen av Bodø ble sanksjonert av kongen 20. mai 1816.