Takis Lemonis, en tidligere spiller og trener i klubben, tok igjen over. Lemonis førte Olympiakos til seriegull, men klarte ikke å tangere rekorden på tre strake "The Double". I sommeren av 2007 gjorde Olympiakos flere viktige overganger, som på hver sin måte forsterket klubben. I tillegg ble Nery Castillo solgt til Shakhtar Donetsk for 20 millioner euro, noe som står som den dyreste overgangen noensinne i gresk fotball. Dette førte til at klubben kunne hente Fernando Belluschi vinteren 2008.