I den nye statsforvaltningen ble alle føydale trekk fjernet for å sikre den nye keisermakten, Daimyōene (lensherrene) måtte overgi sine len til Tennō (keiseren) og fikk til gjengjeld store økonomiske erstatninger. Japan ble oppdelt i prefekturer. Keiseren flyttet fra Kyōto og tok nytt bosted i Edo som i juli 1868 ble omdøpt til Tokyo (den østlige hovedstad). Den tradisjonelle japanske stenderordningen ble avskaffet, og erstattet med en ny som var europeisk preget. Adelen ble ikke avskaffet, men den fikk titler som hadde de europeiske adelstitler som forbilde. Det dannet seg et såkalt av samuraiene fra de gamle provinsene Satsuma og Chōshū. Disse hadde vært bærekreftene i meijirestaurasjonen og de kom til å bestemme mye av retningen i japansk politikk frem til 1912.