Historien begynner med at Heather har et mareritt og blir fanget i en nedlagt fornøyelsespark og dør i en berg-og-dal-banen. Hun våkner igjen ved et kjøpesenter, og ønsker å reise hjem til faren sin Harry Mason. Men før hun rekker å gjøre dette blir hun konfrontert av privatdetektiv Douglas Cartland, men Heather unngår ham og oppdager at kjøpesenteret er full av monster. Heather befinner seg snart i en annen overnaturlig versjon av kjøpesenteret, som er full av monster, er blodflekket og er en forfallen alternativ verden. Heather må komme seg tilbake til det opprinnelige kjøpesenteret, hvor hun finner Douglas Cartland igjen. Heather forlater kjøpesenteret, og bestemmer seg for å reise hjem med t-banen. Men når hun kommer hjem oppdager hun at faren hennes har blitt myrdet. Hun er derfor nødt til å vende tilbake til Silent Hill.