Fra 1940 til 1944 underviste Elliott Carter ved St. John's College i Annapolis, Maryland. Under den andre verdenskrig arbeidet han for United States Office of War Information. Etter krigen underviste han ved Peabody Conservatory (1946 – 1948), ved Columbia University, Queens College, New York (1955–56) og Yale University (1960–62). Fra 1967 var han virksom ved Cornell University, og siden 1972 også ved Juilliard School. Han holdt årlige mesterklasser i komposisjon for Tanglewood Music Center.