Karlsøy kommune har tre barne- og ungdomsskoler, to kommunale og en privat. Vannøy oppvekstsenter i Vannvåg (39 elever 2015), Hansnes skole på Ringvassøy (126 elever 2015), og Vanna montessoriskole på Vannareid (27 elever 2020). Denne skolen ble opprettet i 2016, etter at Vannøy oppvekstsenter avd. Vannareid ble lagt ned av kommunen. Vanna montessoriskole er en privatskole tilknyttet Norsk montessoriforening og har elever fra 1. til 10. trinn.