Historien er satt til året 1191, under tredje korstoget. To hærstyrker utkjemper en krig, de europeiske korsfarerne assistert av Tempelridderne i kampen mot de de arabiske Sarasenere. Det hellige land faller fra hverandre. Broderskappet av assassiner forsøker å stoppe det tredje korstoget, uten å ha valgt en bestemt side i konflikten. Hovedpersonen (Altaïr/Spilleren), vil ha makten til å påvirke historien som vi kjenner den.