Den følgende dagen ble byen Santa Clara tatt under stor forvirring av Che Guevara, Cienfuegos og RDs, ledet av Rolando Cubela, Juan "El Mejicano" Abrahantes og William Alexander Morgan, kombinerte styrker. Dette gjorde Batista desperat, og han flykta til Den dominikanske republikk få timer senere, 1. januar 1959. William Alexander Morgan fortsatte å slåss, og 1. og 2. januar tok han byen Cienfuegos i kjølvannet av Batistas avreise. Castro fikk greie på Batistas flukt på morgenen, og startet umiddelbart forhandlinger for å ta over Santiago. 2. januar beordret byens militære kommandant, oberst Rubido, at soldatene hans ikke skulle gjøre motstand, og Castros styrker tok over byen. Omtrent samtidig gikk Guevara og Cienfuegos' styrker inn i Habana. De møtte ingen motstand på veien fra Santa Clara til hovedstaden. Castro selv kom fram til Havanna 8. januar, etter en lang seiersmarsj, og hans utvalgte president, Manuel Urrutia Lleó, inntok stillingen 3. januar.