Lite er kjent om Goudimels tidlige liv. Han var sannsynligvis elev av Josquin Desprez og startet i 1540 en musikkskole i Roma. Giovanni Animuccia og Giovanni Maria Nanino var blant elevene. Lenge ble det antatt at også Giovanni Pierluigi da Palestrina var elev ved skolen, men det blir nå regnet som tvilsomt.