Thubten Gyatso gjennomførte en rekke reformer i sin regjeringstid. Blant annet gjeninnførte han en strengere disiplin i klosterlivet og øket antallet lekmenn i klostrene, i den hensikt å redusere munkenes makt. Thubten Gyatso innførte også et nasjonalt skattesystem og etablerte også en tibetansk politistyrke. Hans forsøk på å skattlegge Panchen Lamas eiendommer for å finansiere reformpolitikken førte til at Panchen Lama flyktet til Indre Mongolia i 1923. Dessuten ble det innført lover som skulle motvirke korrupsjon blant statlige tjenestemenn.