Med reformasjonen i 1536 kom et forbud mot tiggerordener, og Jacob ble derfor nødt til å gå i landflyktighet. Først reiste han til Mecklenburg og senere til Spania, hvor han ble autorisert av keiser Karl V til å virke i Spansk Amerika. I 1542 seilte han med et par medbrødre fra Sevilla til Vera Cruz i Mexico.