Han ble valgt til pave i januar 236 etter Anterus' død. Eusebius av Cæsarea forteller ( VI, 29) at mens de kristne i Roma var samlet for å velge ny pave landet en due på Fabians hode. Han var fremmed for de fleste, men da et symbol for Den hellige ånd viste seg på denne måten anså man at han var spesielt merket, og han ble valgt.