Han ble født på Kwong Wah-sykehuset i Kowloon i den daværende britiske kronkolonien Hongkong. Han er dermed en såkalt . Han er hakkakineser, og nedstammer således fra krigsherrene Ma Yuan og Ma Chao fra Han-dynastiet og de tre rikers tid i provinsen Hunan. Ma Ying-jeou var eneste sønn i en søskenflokk på fem. Han er gift med sin søsters tidligere klassevenninne, Christine Chow, som han har to døtre med.