Fra 1907 til 1917 var han medlem av Representantenes hus for Minnesotas 6. distrikt, som blant annet omfattet hjemtraktene i Stearns County. Lindbergh ble snart blant de ledende progressive og isolasjonistiske republikanerne i Kongressen. Han var en skarp kritiker av president Woodrow Wilsons forsøk på å bistå ententemaktene under den første verdenskrig. I 1917 skrev han en pamflett i protest mot USAs krigføring, men denne ble inndratt.