Den store sjø – estisk eller , russisk (Чудское озеро) – på i nord, og i noen kartverk fremstilles den som den egentlige Peipussjøen, Den varme sjø – estisk , russisk (Тёплое озеро) – på 235 km² i midten, Pskovsjøen – estisk , russisk (Псковское озеро) – på 710 km² i sør, og ligger i sin helhet i Russland. Før fredsavtalen i Tartu av 1920 var imidlertid hele vestbredden en del av Estland (da del av Russland).