Disse territoriene var på 94 000 kvadratkilometer og hadde en befolkning på rundt 10 millioner. 26. oktober 1939 ble det gjenværende territorium satt under en administrasjon kalt Generalguvernementet (Generalgouvernement für die besetzten polnischen Gebiete), med hovedstad Kraków. Nazisten Hans Frank ble utnevnt til generalguvernør. Han flyttet inn på slottet Wawel i Kraków. Generalguvernementet ble administrativt delt i fire provinser, disse var Warszawa, Lublin, Radom, og Kraków. Etter det tyske angrepet på Sovjetunionen sommeren 1941 ble også ukrainsk Galicia innlemmet i Generalguvernementet.