Som humanist og fritenker engasjerte Wyller seg likevel i striden som foregikk mellom konservativ og liberal teologi i Norge, både før og etter andre verdenskrig. I to artikler i Arbeiderbladet i februar 1950 polemiserer han sterkt mot professorene Karl Vold og Ole Hallesby ved Menighetsfakultetet, og også biskop Eivind Berggrav. Under tittelen «Oppgjør bak fromhetens murer» angriper han framgangsmåten alle tre har brukt i strid om åndelige spørsmål. Han avslutter med å appellere til arbeiderklassen om å kaste det teologiske åket av seg. «Fra borgerskapet er det ingen aktivitet å vente i denne sak». Religionsundervisningen må gis et omfang og innhold som ikke gir elevene «steiner for brød». Artiklene skapte naturligvis debatt, for eksempel skrev presten Georg Stousland Møller om «Trygve Wyller, Kirken og Arbeiderklassen».