Lee Carsley debuterte for Everton 10. februar 2002 i en ligakamp mot , og han scoret sitt første mål for klubben den 11. mai 2002, også det i en kamp mot Arsenal. Da 2001/02-sesongen var over hadde han fått med seg 8 ligakamper og 1 ligamål for . De neste sesongene ble det 24 ligakamper og 3 ligamål, 21 ligakamper og 2 ligamål, 36 ligakamper og 4 ligamål før skader gjorde at han bare spilte 5 ligakamper i 2005/06-sesongen for klubben fra Liverpool.