Mens dette foregår blir det avslørt at YoRHa var alltid ment til å tape krigen, slik at løgnen om at menneskeheten fortsatt finnes kunne leve videre. The Red Girls i maskinnnettverket bruker androidene som en motkraft for å fremme sin egen evolusjon, med hver side fanget i en evig krig. Det blir også avslørt at 2B fulgte med 9S på oppdrag spesifikt så hun kun drepe han idet han oppdaget hva som hadde skjedd med menneskeheten, og at 9S allerede viste dette. Sekundært i handlingen blir bakgrunnen til Emil, Devola og Popola gjort klar. Emil mistet minnene sine etter hvert som han lagde kopier av seg selv i krigen mot maskinene. En gruppe med disse kopiene som har blitt gale etter å ha mistet selvbesvisstheten sin treffer man på i spillet som en hemmelig boss. Emil dør etter det. Devola og Popola ble utstøtt og programmert til å evig føle skyld etter at et par androidemodeller like som dem gjorde at menneskeheten døde ut i . De holdt seg sammen med motstandsgruppen, men siden de alltid er utstøtt, fikk de alltid de farligste og minst attraktive jobbene.