Etter andre verdenskrig ble Seyss-Inquart stilt for retten i nürnbergprosessen. Ifølge Telford Taylor påtok Seyss-Inquart seg ansvar for de fleste forbrytelsene begått under hans ledelse i Nederland. Forsvareren anstrengte seg lite for å få klienten til å motbevise anklagene. Seyss-Inquart leverte ikke et særlig sterkt forsvar. Mange av de avgjørende bevisene kom fra den tiltaltes egen forklaring som ble stadfestet av andre vitner. Vitnene bekreftet også at Seyss-Inquart hadde forsøkt å lette byrden ved okkupasjonen for nederlenderne, særlig i de siste månedene av krigen. Seyss-Inquart innrømte at han var antisemitt og forble lojal mot Hitler. Angående Anschluss fremstilte den tiltalte dette som et politisk og ikke strafferettslig spørsmål. Han ble funnet skyldig, dømt til døden og henrettet ved henging.