Spillets handling foregår rundt samme tid som Star Wars Episode III: Sithene tar hevn. Gjennom kampanjen får spilleren rollen som X2, en elitesoldat opprettet fra DNA etter en Jedi Master. Sammen med sin bror X1 skal han tjene under Jedi-general Ferroda. Under Ferrodas kommando tildeles X2 og X1 forskjellige oppdrag i løpet av hele konflikten.