Samus møter en Chozo-kriger dypt under jorden, som ødelegger utgangen, beseirer henne i kamp og ødelegger det meste av drakten hennes. Samus blir instruert av skipets datamaskin, Adam, om å finne en annen vei til overflaten, og komme seg tilbake til romskipet hennes. Samus blir angrepet av EMMI-roboter, som nå har blitt om-programmert til å betrakte Samus som fiendtlig. Hun kommer seg unna, og absorberer en mystisk energi. Energien aktiverer midlertidig Omega Blaster, som ødelegger EMMI med og gjenvinner noen av sine evner.