De aller fleste scenene foregår i Det hvite hus og handler om beslutningsprosessen når president John F. Kennedy og hans bror Robert kommer i konfrontasjon med militæret. De militære lederne ønsker en invasjon på Cuba som en reaksjon på at Sovjetunionen har installert missiler på Cuba. Filmen handler ikke så mye om den kalde krigen mellom supermaktene som om konflikten mellom sivile og militære myndigheter over hvilken strategi som skal velges. Filmen er lagt opp slik at mye av handlingen ses gjennom Kenneth O'Donnells øyne, en rådgiver i Det hvite hus. O'Donnell fremstilles av Kevin Costner.