Biskop Granier døde allerede 17. september 1602, og Frans ble da biskop av Genève. Han var ennå ikke bispeviet; det var først 8. desember 1603 at Viennes emeriterte erkebiskop Vespasien Gribaldi konsekrerte ham; medkonsekrerende var Thomas Pobel, emeritert biskop av Saint-Paul-Trois-Châteaux, og titulærbiskop Jacques Maistret O. Carm., hjelpebiskop i Lyon.