Ennå i lang tid holdt Bysants stand mot de muslimske tyrkerne. I Anatolia skjedde imidlertid en gradvis innvandring og islamisering, og den bysantinske sentralmakta sto svakt i de østlige områdene. På 1200-tallet slo seldsjukkene og bysantinerne hærene sine sammen i et forsøk på å stoppe den mongolske invasjonen fra øst, men kunne likevel ikke hindre at mongolene trengte langt inn i Lilleasia.