Jokneam ble grunnlagt som en utviklingsby i 1950-årene over ruinene av antikke Yokneam, samt over den senere palestinske byen Qira, der innbyggerne ble fordrevet i forspillet til den arabisk-israelske krig i 1948. Den ble erklært som et lokalstyre i 1967, og oppnådde bystatus 18. desember 2006.