Brenselceller har lave klimagassutslipp: Dersom brenselet inneholder karbon vil avgassen inneholde CO2, men i betydelig lavere mengder enn fra tradisjonelle forbrenningsmotorer. Er drivstoffet rent hydrogen, vil sluttproduktet kun være vann. Men for å vurdere effektiviteten og miljøvennligheten til en brenselcelle, må hele verdikjeden tas med i betraktningen for det aktuelle drivstoffet. I dag produseres hydrogen fra naturgass, noe som fører til CO-utslipp i produksjonen. I framtida ser man for seg hydrogen produsert fra fornybare kilder, samt fra naturgass med CO kombinert med brenselceller som en forurensningsfri energiteknologi.