Knossos har vært bebodd siden steinalderen. De eldste funnene fra bosetninger der er datert til år 7000 f.Kr. Senere oppstod den minoiske sivilisasjonen på Kreta. Det var Europas første høykultur med en blomstringstid mellom år 2000 og 1450 f.Kr. Denne fredelige bronsealdersivilisasjonen bygde flere palasser en rekke steder på øya, blant annet i Knossos.