Masaryk var gift med Charlotte Garrigue, en amerikansk protestant. Han tok sitt mellomnavn etter henne. Hun døde i Praha av en uspesifisert sykdom. Deres barn var Herbert, Alice, Anna, Olga, kunstneren Herbert Masaryk og diplomaten og politikeren Jan Masaryk, som tjenestegjorde som utenriksminister i den tsjekkoslovakiske eksilregjeringen mellom 1940 og 1945 og i den tsjekkoslovakiske regjeringen mellom 1945 og 1948.