Pilecki hadde i oppdrag av eksilregjeringen i London å gjenopprette dens etterretningsnettverk i Polen. Regjeringen i London mente den var landets lovlige myndighet. Da eksilregjeringen kom til at det hele var fåfengt, ble Pilecki og andre motstandsfolk bedt om å rømme til vesten eller å gå tilbake til sivilt liv. Pilecki begynte i 1947 å samle informasjon om NKVDs og den røde armés overgrep mot polske motstandsfolk. Han ble arrestert 5 mai 1947 og torturert før rettssaken som begynte 3. mars 1948. Blant vitnene mot Pilecki var Józef Cyrankiewicz, senere statsminister. Pilecki ble anklaget for å ha planlagt attentat, noe han benektet. Cyrankiewicz hadde vært i Auschwitz sammen med Pilecki og kjente til hans innsats under okkupasjonen.