Habibies demokratiske reformer øket ikke hans popularitet i befolkningen, og han slet også med problemer vis-à-vis de væpnede styrker. Hærsjefen Wiranto truet to dager før Habibies beslytning om FN-styrker om at han med dette ville miste makten ved det statskupp. Dette førte til at Habibie ikke lenger ville stille til gjenvalg som president. Den 20. oktober ble han etterfulgt av Abdurrahman Wahidvsom president, og han fortsatte og videreutviklet demokratiprosessen.