Moskva-patriarkatets synode bestemte i 1989 å gjøre metropolitten av Minsk til eksark av Kviterussland, og å utstyre eksarkatet med begrensa selvstyre. Samtidig ble eparkiene Mogiljov, Pinsk og Polotsk gjenoppretta. Året etter ble to nye bispeseter grunnlagt (Brest og Gomel), fulgt av gjenopprettelsen av ytterligere to tidligere eparkier i 1992: Novogrudok og Turov. Den siste endringen skjedde i 2004, da Bobrujsk ble skilt ut fra Mogiljov eparki.