Etter at Joe Biden vant presidentvalget i 2020 og Trump nektet å godta nederlaget annonserte Kennedy at han, sammen med 11 andre republikanske senatorer, skulle protestere tellingen av enkelte delstaters valgmannsstemmer den 6. januar med mindre det ble foretatt en gjennomgang av stemmene. Han deltok i godkjennelsesprosessen da Trump-supportere stormet kongressen. Han beskrev angrepet som «despicable and shameful» og mente at opprørerne burde «go to jail and pay for the destruction they caused.» Da kongressen var sikret og de folkevalgte var tilbake for å fullføre godkjennelsen protesterte Kennedy mot godkjennelsen av valgmannsstemmene fra Arizona. Som et resultat av dette ba om at Kennedy ble utvist fra kongressen.