Perioden til desember 1941 var den blodigste i Litauen. I denne perioden planla og organiserte Einsaztgruppen et massemord på landets jødiske befolkning. Drapene ble fra slutten av juli eller tidlig august utvidet fra voksne jødiske menn til også å omfatte kvinner, barn og eldre, noe som signaliserte at et fullstendig folkemord var i gang. Et stort antall litauisk politi og frivillige deltok som bødler. Innen utgangen av året var 80 prosent av jødene i landet drept. Fra den tyske invasjonen i juni til desember 1941 ble – litauiske jøder drept. Einsatzkommando 3 under ledelse av Karl Jäger sto for av disse drapene. I tillegg ble 5000 tyske jøder drept i Kaunas i oktober. I løpet av denne perioden drepte Einsatzkommando 3 også jøder i Daugavpils (Latvia) og i Minsk. Einsatzkommando 2 forsterket med litauisk politi og tysk politibataljon nummer 65 drepte opp til jødet i Šiauliai og nord i landet. Einsatzkommando opererte i Vilnius-området og senere i Hviterussland. I slutten av desember var det gjenlevende som ble holdt i gettoene.