I april 1565 lyktes det Miguel López de Legazpi og Fray Andres de Urdaneta å kolonisere øyene for Spania. Legazpi bombarderte Rajah Tupas' palisader rundt Zebu og ødela landsbyen. Da den ble gjenreist på samme sted, kalte han den Villa San Miguel. Den ble den første spanske by på Filippinene etablert av det spanske Cortes i 1571. Allerede den 14. august 1575 var Cebu / Santisimo Nombre de Jesus blitt utskilt fra det katolske bispedømmet Manila og blitt etablert som et eget bispedømme – som omfattet hele det midtre og sørlige Filippinene, og øst i Stillehavet dessuten Guam og Marianene.