Fontenehuset har en flat maktstruktur, hvor medlemmene driver huset på lik linje med de ansatte. Når en oppgave skal gjøres skal medarbeidere ikke prioriteres over medlemmer, og det skal ikke foregå møter eller andre aktiviteter hvor medlemmer ekskluderes. Fontenehus opererer etter avdelinger, for eksempel kjøkkenavdeling og kontoravdeling. Avdelingene varierer fra hus til hus. Det skal i hovedsak være minst to medarbeidere per enhet.