I 850-årene utløste mozarabiske kristne i Córdoba og Toledo en religiøs konflikt med de muslimske makthavere. Noen av dem ble henrettet for å ha krenket Islam og profeten Muhammed; de minnes som Córdobamartyrene. De to hovedskikkelser Eulogius av Córdoba og Paulus Álvarus dokumenterte hendelser som tidsvitner, noen samtidig arabisk parallelloverlevering finnes ikke. Etter alt å dømme var islamiseringstrykket sterkt tiltagende i emiratet, og mange kristne grupper hegnet sterkere om seg selv. Disse religiøse uroligheter vedvarte inn i regjeringstiden til Abd ar-Rahmans sønn og etterfølger Muhammad I.