Etter nedleggelsen av klosteret overtok bystyret kirken. Den ble tildelt et sogn og har fungert som sognekirke siden da. I vindusnisjen i korets nordside er årstallet 1538 satt inn i form av murankre og det henviser sannsynligvis til datoen for overgang til sognekirke. Kirkens nye funksjon medførte blant annet endringer i inventaret og i de nesten 200 år før brannen i 1728, ble det foretatt forskjellige endringer med bygningen.