Den 15. januar 2009 ble Best operert for å stremme et leddbånd han skadet da han slo sin venstre albue ut av ledd mot Colorado State 27. september 2008. Han ble deretter operert i foten 23. januar for problemer som oppstod da Best skadet foten sin halvveis gjennom 2008-sesongen. Dette resulterte i at han gikk glipp av vårtreningen. Best ble beskrevet som den mest eksplosive spilleren i college football av Rivals.com i februar 2009. Tidlig i juni kunne BEst delta i sommertreningen uten problemer med smerte. Etter sine gode prestasjoner i sin første sesong var Best tidlig sett på som en mulig konkurrent for Heisman-troféet.