Reiljan kom tilbake som miljøvernminister i Juhan Parts’ og Andrus Ansips regjeringer fra 2003 til 2006. Han måtte trekke seg fra politikken da han ble tiltalt og senere dømt for å ha mottatt bestikkelser og returprovisjon fra eiendomsutviklere, som gjorde lukrative eiendomshandler med ministeriet og underliggende etater.