Gordon Freeman kommer opprinnelig fra Seattle, og viste tidlig interesse for teoretisk fysikk - spesielt for kvantemekanikk og relativitetsteorien. Hans viktigste barndomshelter var Albert Einstein, Stephen Hawking og Richard Feynman. Etter å ha vært vitne til en rekke eksperimenter rundt teleportasjon, gjennomført av Institute for Experimental Physics som var en del av Universitetet i Innsbruck, ble overføring av materie Gordons besettelse. Gordon ble uteksaminert fra Massachusetts Institute of Technology med en doktorgrad i teoretisk fysikk.