Wergeland giftet seg i 1903 med Wilhelmine Cathrine Kielland (1873–1962) fra Skedsmo, som var storesøster til lyriker og forlagskonsulent Eugenia Kielland og datterdatter av misjonspresten Gabriel Kirsebom Kielland av slekten Kielland. Sønnene Hjalmar Kielland Wergeland (1909–97) ble barnelege, og Harald Wergeland ble idrettslærer. Datteren Lilli Wergeland var gift med Kai Knudsen.