Hun var prodekan for utdanning ved Fakultet for naturvitenskap og teknologi i perioden 2005–2013, og dekan ved samme fakultet fra 2013. NTNUs fusjon med høyskolene i Sør-Trøndelag, Gjøvik og Ålesund trådte i kraft 1. januar 2016. Da ble fakultetsstrukturen endret, og Borg fortsatte som dekan ved Fakultet for naturvitenskap til hun tiltrådte som prorektor for utdanning 1. august 2017. Hun ble ansatt som rektor ved NTNU 13. desember 2019, etter å ha vært konstituert rektor siden 21. august 2019.