Christian Moltzau Winsnes var sønn av sogneprest i Lardal Andreas Hofgaard Winsnes og Christiane Margrethe Moltzau. Han var bl.a. etterkommer av brukseier Jens Andreassen Hofgaard og ektefelle Margrethe von Cappelen, datter av Gabriel von Cappelen. Han var gift med Caroline Amalie Paus, datter av skipsreder Christopher Blom Paus, og de har en rekke etterkommere.