Einsatzgruppenes drap på godt over 1 million jøder i de erobrede områdene på østfronten var trolig ikke mulig uten aksept eller medvirkning fra Wehrmacht. Walther von Brauchitsch, øverstkommanderende for den tyske hæren, mottok rapporter fra hæravdelingene om at det pågikk forferdelige overgrep; han nøyde seg da med å holde i sjakk soldatenes sinne over det de var vitne til. Ved invasjonen av Frankrike hadde hærledelsen insisterte på at Einsatzgrupper ikke skulle brukes (slik de til en viss grad hadde vært brukt i Polen året før). Hitler overbeviste tidlig i 1941 hærledelsen om at krigen mot Sovjetunionen ville kreve de mest brutale metodene og at en ren militær kampanje som i Frankrike ikke ville være tilstrekkelig. Einsatzgruppenes oppdrag var i utgangspunktet å bekjempe tyskfiendtlig virksomhet i de erobrede områdene bak fronten. Disse «sikkerhetstiltakene» ble stadig utvidet og forvrengt langt ut over grensen for en okkupasjonshærs myndighet.