På samme måte som en rekke andre internasjonale fond, oppbevares midlene i GEFs fond i verdensbanken (IBRD), men i denne sammenhengen opptrer IBRD som investeringsforvalter og har ingen innflytelse på styringen av fondet. Alle som mottar midler fra GEF må imidlertid følge strenge regler for konsekvensutredning, regnskap og revisjon.