Hun var eldste datter av hertug Frederik av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksborg og Henriette Augusta av Lippe-Detmold. Hennes yngre søstre ble gift med fyrster i tyske småstater mens Sophie Magdalene ble forsørget ved å bli innsatt som abbedisse for det adelige frøkenkloster på Vallø slott på Sjælland. Hun overtok stillingen i 1782 etter sin faster Louise Sophie Frederikke. Sophie Magdalene døde på Vallø i 1810 hvoretter stillingen som abbedisse på Vallø ble nedlagt.