Han oppholdt seg de følgende årene i Øst-Asia under delvis svært urolige forhold. Fra 1896 til 1900 arbeidet han som jernbaneingeniør for de keiserlige kinesiske jernbaner. Da bokseropprøret brøt ut ble han angrepet og såret, og hans hus ble jevnet med jorden av opprørerne. I 1900 ble han utnevnt av de allierte til arbeidsminister i den provisoriske militærregjering i Tientsin (), en stilling han hadde fra 1900 til 1902. Regjeringen styrte storbyen og provinsen Tientsin, Qinghai, Ningbo og noen andre regioner med åtte underliggende myndighetsorganisasjoner. Nørregaard var også arkitekt for det monumentale regjeringsbygget som ble hastig oppført i Tientsin av militærregjeringen, men som senere viste seg å ha strukturelle svakheter.