En annen analysemetode måler toppene i forhold til hverandre. I denne metoden tildeles den høyeste toppen 100% av verdien, og de andre toppene tildeles proporsjonale verdier. Alle verdier over 3% er tildelt. Den totale massen av den ukjente forbindelsen er normalt angitt av foreldretoppen. Verdien av denne foreldretoppen kan brukes til å passe med en kjemisk formel som inneholder de forskjellige elementene som antas å være i forbindelsen. Isotopmønsteret i spekteret, som er unikt for grunnstoffer som har mange naturlige isotoper, kan også brukes til å identifisere de forskjellige elementene som er tilstede. Når en kjemisk formel er blitt matchet med spekteret, kan molekylær struktur og binding identifiseres, og må være i samsvar med karakteristikkene registrert av GC-MS. Vanligvis gjøres denne identifiseringen automatisk av programmer som følger med instrumentet, gitt en liste over elementene som kan være til stede i prøven.