Den nye keiseren tok raskt med sine to sønner Mikael og Konstantin Dukas med i styringen av imperiet og utnevnte dem til medleisere. Mikael etterfulgte ham for øvrig som keiser Mikael VII Dukas. Han utnevnte også sin bror Johannes Dukas til caesar og la opp til en politikk hvor han favoriserte kirken og det statlige byråkratiet. Han nedprioriterte dermed også støtten til de væpnede styrkene og svekket forsvaret ved at han oppløste den lokale armenske militsen på 50.000 mann på et kritisk tidspunkt da seldsjukkene og deres tyrkiske allierte rykket vestover mot Armenia under ledelse av seldjukklederen Toghrül. Han reverserte mange av forgjengeren Isaks reformer og prioriterte det militære byråkratiet, og han sørget samtidig for å fylle Senatet med sine tilhengere.