Fra 1947 til 1957 ble overflødige slagskip og hangarskip tildelt Home Fleets Treningsskvadron med hovedkvarter i Portland for å gi grunnleggende opplæring. Hangarskipene som var stasjonert her ble mobilisert som helikopterskip for Suez-operasjonen i 1956. I desember 1951 godkjente Admiralitetet opprettelsen av en ny , «tungskvadron», som skulle tildeles hjemmeflåten, bestående av slagskipet «Vanguard», hangarskip og kryssere. Dens kommandant var kjent som flaggoffiser (), og som hadde administrativt ansvar for alle de operative hangarskip; skvadronen ble oppløst i oktober 1954. Etter andre verdenskrig ble Royal Navys geografiske kommandoer gradvis slått sammen til færre, men større formasjoner (1954 til 1971). Etter 1951 gjaldt begrepet flotilje den høyere kommandoorganisasjonen av skvadroner i hjemme- og middelhavsflåtene. Skvadronene til hjemmeflåten ble gruppert under en flaggoffiser for hjemmeflåtens flotiljer, som ble den viktigste sjøgående flaggoffiseren. I økende grad ble begrepet «Ubåtflotilje» brukt for å beskrive skvadronene under kommando av flaggoffiser for undervannsbåter.