Neumanns plutselige død i 1954 førte til at Hilberg fikk William Fox som sin nye veileder. Han tok doktorgraden i 1955 med en avhandling som noen år senere ble den første fjerdedelen av hans hovedverk; han mottok en utmerkelse for avhandlingen ved Columbia. Han hadde problemer med å få publisert verket, og da han ble bedt om å forkorte manus trakk han det tilbake.