Gene Wilder var gift fire ganger: Mary Mercier (gift i 1960; skilt i 1965) Mary Joan Schutz (gift i 1967; skilt i 1974) Gilda Radner (gift i 1984; ekteskapet varte til hennes bortgang i 1989) Karen Boyer (gift i 1991; ekteskapet varte til Gene Wilders bortgang i 2016) Hans ekteskap med skuespillerinnen Gilda Radner, som døde av eggstokkreft, førte til hans aktive engasjement med å fremme bevissthet rundt forskjellige former for kreft og rett behandling for dette.