Allen kom til Chicago Bulls da 2004 – 2005-sesongen var ferdig. Har spilte han i to sesonger der han spilte totalt 60 kamper. Malik var skadet deler av disse to sesongene, og mistet totalt fire kamper på grunn av influensa, nakkeproblemer og ryggproblemer. Da sluttspillet kom var Allen frisk og spilte alle de 6 kampene.