Margaret levde de neste seks årene i Frankrike som en fattig slektning av kongen på ulike steder i Bar og Anjou. Hun var avhengig av sin knappe pensjon fra den franske kongen som fikk henne til å avgi sitt krav på sin fars arv. Hun bodde hos Francis de Vignolles da hun døde i hans château i Dampierre-sur-Loire, i nærheten av Saumur (Anjou) den 25. august 1482, 52 år gammel. Hun ble gravlagt i katedralen i Angers ved siden av sine foreldre. Hennes far, René I av Napoli, så henne antagelig ikke etter 1470, hadde dødd året før. Hennes levninger ble fjernet og spredt av revolusjonære som herjet katedralen under den franske revolusjon. I løpet av hennes siste år skrev kronikøren Georges Chastellain fra Burgund trøst for henne Temple de Bocace som handlet om ulykkene til samtidens fyrster.