Fra 1939 da andre verdenskrig startet og et par år fremover, hadde han ansvaret for å forsyne britiske styrker i England og Singapore med fly. I september 1941 ble Bernt Balchen utnevnt til offiser i det amerikanske flyvåpen. Han ble sjef for Task Force 8. Han etablerte og ledet den militære flybasen Bluie West 8 på sørvestkysten av Grønland. Herfra organiserte han flere allierte operasjoner mot Norge og Skandinavia. Han fløy også selv flere spektakulære tokt for å redde havarerte flymannskap fra den visse død i isødet. Balchen var stasjonert på Grønland i to år.