På slutten av krigen ble Franz Stangl internert av amerikanerne, som ikke visste noe om hans bakgrunn som kommandant i konsentrasjonsleirene. Etter 2½ år ble han overlevert til østerrikerne som satte ham i varetekt i Linz mens de utredet hans medvirkning i T4-programmet. I 1948 begynte Hartheim-prosessen. Da Stangl fikk vite av sin kone at en tidligere sjåfør ved Hartheim var blitt dømt til fire års fengsel, flyktet han den 30. mai fra det mer eller mindre åpne varetektsfengselet.