Jebel Musa ligger på motsatt side av Gibraltarklippen ved inngangen til Middelhavet fra Atlanterhavet. Det er et viktig landemerke i regionen Tanger-Tétouan på nordkysten av Marokko. Kystlinjen rundt fjellet viser geologiske bevis på å ha hatt varierende vannstand i århundrenes løp. Disse er ved 120-130 meter; 80 til 90 meter; 40 til 60 meter, og fra 0 til 25 meter over dagens vannstand.