Skjærgårdshavet har svært mange øyer. Det nøyaktige antallet avhenger av hvordan man definerer «øy», siden størrelsen på tørt land varierer fra små steiner som stikker opp av havet, til store øyer med flere landsbyer. Vanligvis blir antallet estimert til mellom 20 000 og 50 000 (til sammenligning har Indonesia mellom 13 000 og 18 000 øyer). Området er generelt delt inn i en ytre og en indre øygruppe, der den ytre delen består av mange småøyer som ikke er bosatte. Skjærgården er grovt sett formet som en trekant, hvor byene Mariehamn, Nystad og Hangö ligger i hvert sitt hjørne.