Med okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom flere millioner jøder under tysk herredømme. De jødiske polakkene fikk forbud mot å skifte bosted, måtte ha hvitt armbånd med David-stjernen på armen og eiendom ble beslaglagt. Fra høsten 1939 begynte tyske myndigheter å deportere jøder fra Danzig, Vest-Preussen, Poznan og Schlesien til Generalguvernementet. Mellom oktober 1939 og mars 1940 ble jøder (blant annet deporterte fra Wien) samlet i en leir ved Nisko nær Lublin som et ledd i planen om et «reservat» for jøder. Nisko-planen ble skrotet og arbeidet stanset trolig på grunn av krangel om ansvar innad i den tyske administrasjonen. Polske jøder i alderen 14 til 60 år ble satt i tvangsarbeid. Jøder ble også fordrevet fra Tyskland og Tsjekkoslovakia til Polen. Samtidig arbeidet Hitlers regime med planer for å deportere jødene til Madagaskar. Etter at Tyskland tok kontroll over det meste av Frankrike i juni 1940 foreslo tyske tjenestemenn å samle 4 millioner europeiske jøder på Madagascar under tysk kontroll. Etter britisk okkupasjon av Madagascar ble ideen lagt bort.