Pernice ble profesjonell i 1983, etter å ha spilt universitetsgolf ved UCLA. Han fikk sin første seier på PGA-touren i 1999, da han vant Buick Open. I 2009 fylte han 50 år og kunne dermed debutere på Champions Tour, og i sin første sesong der vant han SAS Championship. Etter debuten på senior-touren spilte han kun sporadisk på den ordinære PGA-touren, men var i 2012 også kvalifisert til spill der.