Enkel frekvensanalyse beror på at en gitt bokstav alltid erstatter en annen i koden; hvis dette ikke er tilfelle blir situasjonen mer innviklet. I mange år forsøkte kryptografene å skjule frekvensene ved å bruke flere forskjellige substitutter for de alminnelige bokstavene, men denne metoden er ikke i stand til helt å skjule mønsteret i substituttene for alminnelige bokstaver. Slike koder ble brukt allerede på 1500-tallet.