Nasjonalparken domineres av en enorm saltslette (ca. 4 850 km²) som i lengde strekker seg over 130 km. Etosha betyr faktisk «» og refererer altså til nettopp denne saltsletten, som er en del av Ovambo-bassenget og ligger omkring 1 200 moh. Denne ørkenlignende saltsletten kan på sitt bredeste være nærmere 50 km på tvers. Dette området er normalt svært tørt, men det fylles med vann i regntiden om sommeren (november-april), selv om det kanskje ikke faller så mye regn direkte på saltsletten. Saltsletten utgjør imidlertid en panne og ligger lavere enn de mer fruktbare områdene rundt. Regnvannet vil derfor trekke ned på saltsletten gjennom uttørrende elveleier. På denne tiden tiltrekkes også store mengder fugler og dyr til dette området, som blant annet er kjent for sine horder av flamingoer og pelikaner.