Noen mener at ninjaene var snikmordere fra en sosial kaste som lå under samuraiene. Andre mener at ninja var en eliteenhet av samuraier som var trent i snikmord og spionasje. Den siste versjonen er sannsynligvis korrekt, fordi der finnes kilder om samuraier som kjente ninjutsu (ninjaenes kampform). Kampformen strider på visse punkter mot samuraienes æresbegrep; slike samuraier var sannsynligvis rōnin, eller herreløse samuraier, som ikke var i stand til at oppnå sin tidligere status.