Sommeren 1793 måtte familien flykte til Fastlands-Frankrike fordi broren Lucien Bonaparte hadde støttet revolusjonære ideer i den lokale Jakobinerklubben i Ajaccio. Han hadde vendt tilbake til Korsika etter å ha blitt ferdig med utdannelsen på fastlandet, og ble raskt en av de mest radikale blant jakobinerne. Etter flukten la familien om talespråket så godt de kunne, og trettenåringen ble fra da av kalt "Paulette". Bonaparte-familiens eide vinmarker og andre verdier på Korsika, men inntektene derfra falt bort da britene okkuperte øya i 1794. Etter sigende var de så fattige at kvinnene i familien begynte å ta i mot vasketøy for å spe på inntektene. Men på linje med andre som hadde flyktet fra Korsika, mottok de pengestøtte som en engangsutbetaling fra franske myndigheter Bonaparte-familien bosatte seg først i Toulon, men flyttet snart videre til Marseille, der general Napoleon Bonaparte, Pauline/Paulettes eldre bror, introduserte henne for Louis-Marie Stanislas Fréron, som var prokonsul i Marseille. Napoleons plan var å arrangere et ekteskap mellom de to, men moren Letizia satte en stopper for planen. Pauline hadde forelsket seg i Stanislas, men for å tekkes moren sørget Napoleon i stedet for å gifte henne bort til general Charles Leclerc. Bryllupet fant sted i det fransk-okkuperte Milano den 14. juni 1797. Napoleon dro deretter tilbake til Paris, og delegerte stillingen som øverstkommanderende for de franske styrkene i Italia til sin nye svoger. Den 20. april 1798 fødte Pauline en sønn, som fikk navnet Dermide Louis Napoleon. For å feire at han hadde fått en arving kjøpte general Leclerc en eiendom utenfor Novellara til en verdi av 160,000 franske francs. Leclerc led imidlertid av dårlig helse, og han ble tvunget til å si fra seg sin militære stilling i oktober 1798; han ble overflyttet til Paris. Straks han var ankommet Paris fikk Leclerc en ny postering; denne gangen ble han stasjonert i Bretagne. Pauline ble igjen i Paris med sønnen Dermide. Laure de Permond – den fremtidige hertuginnen av Abrantès – og hennes mor tok Pauline under sine vinger i sin salong i rue Saint-Croix. I november 1799 tok Napoleon makten i 18 brumaire-kuppet. Etter å ha avsatt Direktoratet utropte han seg selv til Førstekonsul.