Washington County ble vedtatt opprettet av Republikken Texas i 1836 og organisert i 1837, og Washington-on-the-Brazos ble . Selv om det ble flyttet til Brenham i 1844 forble Washington et viktig sentrum for handelen med bomull, frem til jernbanen kom 1850-årene og transport elveveien ikke var aktuelt mer. Jernbanen ble lagt utenom byen. Den amerikanske borgerkrig krevde også sitt, og ved århundreskiftet mellom det 19. og 20. århundret var byen på det nærmeste øde og forlatt.