Wang Yangming (Wang Shouren), trolig den nest mest innflytelsesrike Neo-konfucianske, kom til en annen konklusjon, nemlig at hvis er i alle ting, og er i ens hjerte- tankene, er det ingen bedre sted å søke enn i seg selv. Hans foretrukne metoden for å gjøre dette var (), en praksis som sterkt ligner zazen eller Chan (Zen) meditasjon. Wang Yangming utviklet ideen om, og hevder at hver person vet fra fødselen forskjellen mellom god og evil. Slik kunnskap er intuitive og ikke rasjonell. Disse revolusjonerende ideer Wang Yangming senere skulle inspirere fremtredende japanske tenkere som Motoori Norinaga, som hevdet at på grunn av Shinto guddommer, japanske folk alene hadde den intuitive evne til å skille godt og ondt uten komplekse rasjonalisering. Wang Yangming skole tanke ( på japansk) også gitt til dels en ideologisk grunnlag for noen samurai som forsøkte å forfølge handlinger basert på intuisjon enn scholasticism. Som sådan, det ga også en intellektuell grunnlag for de radikale politiske handlinger med lav ranking samurai i tiårene før Meiji Ishin (1868), der Tokugawa myndighet (1600-1868) ble styrtet.