Indianerterritoriet tilsvarte det meste av dagens Oklahoma og fungerte som en uorganisert region som var satt til side for innfødte amerikanske stammer fra det sørøstlige USA etter å ha blitt fjernet fra sine land mer enn tretti år før krigen. Området var åstedet for tallrike trefninger og syv offisielt anerkjent slag som involverte innfødte amerikanske enheter som var alliert med Amerikas konfødererte stater, innfødte amerikanere som var lojale ovenfor USAs regjering og Unionens og Konføderasjonens styrker. Et felttog ledet av unionsgeneralen James G. Blunt for å sikre Indianerterritoriet kulminerte i slaget ved Honey Springs den 17. juli 1863. Selv om styrken hans inkluderte innfødte amerikanere, innledet ikke Unionen innfødte amerikanske soldater i sine regulære arméer. Landområdene til de innfødte amerikanerne forsynte Konføderasjonen med 7860 offiserer og soldater. De kom hovedsakelig fra folkeslagene cherokee, chickasaw, choctaw, creek og seminole. Blant disse var brigadegeneral Stand Watie som raidet Unionens stillinger i Indianerterritoriet med sitt regiment lenge etter at Konføderasjonen hadde oppgitt området. Han ble den siste konfødererte generalen som overgav seg den 25. juni 1865.