Kirchschläger tjenestegjorde som vernepliktig soldat fra begynnelsen av andre verdenskrig. Han deltok i invasjonen av Polen i 1939, senere tjenestegjorde han på vestfronten og etter 1941 tjenestegjorde han på østfronten. På østfronten ble han såret i 1942. Han oppnådde graden kaptein og var lærer i taktikk ved Krigsskolen i Wiener Neustadt. I begynnelsen av april 1945 ledet han et kompani med kadetter i kampene mot de sovjetiske troppene som begynte å komme faretruende nær grensene til det tyske riket. Under en av disse kampene ble han alvorlig skadet i det ene beinet. Denne skaden ble han aldri helt frisk fra.