Teresa av Avila døde i 1582, og Johannes fortsatte deretter reformarbeidet alene. Han bl samme år prior i ved Granada. I klosteret valgte han det verste rommen, og sov på planker. Det eneste positive med rommet var et vindu mot hagen, som han ofte kikket ut av, på blomstene i hagen eller stjernene på nattehimmelen, mens han bad. Han elsket naturen, og tok ofte med munkene ut på landet.