I 2004 utnevnte han et historisk panel med oppgave å regne ut hvor store materielle tap byen led under den tyske okkupasjonen under den annen verdenskrig. Omtrent 85 prosent av byen ble tilintetgjort under krigen hovedsakelig av tyske styrker i forbindelse med Warszawaoppstanden. Grunnen til å gjøre slike beregninger skyldtes krav fra tyske flyktninger som hadde forlatt Polen etter krigen. Panel beregnet tapene til å være minst 45,3 milliarder euro. Kaczyński fremmet også byggingen av et jødisk museum polske jøder i Warszawa ønsket å reise ved å gi land til prosjektet.