Han gikk i dekning i 2002, men i oktober 2002 ble han funnet. Han ble arrestert i et samfunnshus sør i London og brakt til Belmarsh-fengselet. Han ble imidlertid løslatt mot kausjon for en kortere periode fra mars 2005, men ble igjen arrestert i august samme år, i påvente av utlevering til Jordan. Abu Dahdah, en av de hovedmistenkte for terrorangrepene i Madrid, hadde besøkt Qatada over 25 ganger med penger og åndsfrender. Han nyter fremdeles (2019) betydelig respekt blant mange islamister. I juni 2007 forsøkte islamister fra terrororganisasjonen Islams armé forgjeves å få i stand en utveksling av Qatada mot jornalisten Alan Johnston som var blitt bortført på Gazastripen.