Zachariassen har skrevet om nordnorsk regionalisering og regionalisme, nordnorsk økonomisk historie og samisk historie. I 2021 var han en av bidragsyterne til , et verk redigert av Astri Andresen, Bjørg Evjen og Teemu Ryymin, der Zachariassen bidro med kapittel 5 «Fornorskingspolitikk og samepolitisk mobilisering 1852–1917» (med Teemu Ryymin) og kapittel 10 «I Sametingets tid 1990–2010».