Pikmin vises i fem forskjellige farger, som indikerer deres styrke eller immunitet mot forskjellige farer. Rød, blå og gul Pikmin, er motstandsdyktige mot henholdsvis brann, drukning eller elektroniske farer. To nye farger, lilla og hvit, er unike for Pikmin 2. Hvite Pikmin er raskere enn de andre Pimkin, kan motstå giftige gasser og vil forgifte motstandere hvis de blir slukt. De kan også oppdage skjulte skatter, begravet i jorden. Lilla Pikmin er treigere enn andre Pimkin, men langt sterkere enn de andre - og kan løfte så mye som 10 vanlige Pikmin. De er også tyngre, og kan overvelde motstandere når de kastes mot fiendene. På grunn av alle de forskjellige egenskapene, må spilleren hele tiden velge den riktige Pikmin som passer best til de forskjellige oppgavene de møter underveis.