Presten Josef Tiso ble leder for selvstyremyndighetene. Hlinka døde sommeren 1938. I forbindelse med München-avtalen hadde Ungarn i utgangspunktet krevd å få overført hele Slovakia. Polen (støttet av Italia) forlangte at Karpato-Ruthenia skulle overføres til Ungarn slik at landene fikk felles grense. Ved forhandlingene i Wien 2. november 1938 ble Ungarn tildelt en liten del av Karpato-Ruthenia, inkludert hovedbyene Uzjhorod og Mukatsjeve, resten ble okkupert av Ungarn etter Tsjekkoslovakias oppløsning i mars 1939. Ifølge Nürnbergdommen ble oppdelingen av Tsjekkoslovakia planlagt i detalj i Berlin i god tid før Münchenavtalen.