Før han ble valgt til Stortinget fra Vestfold i 1989, var Brunæs medlem av Sandefjord bystyre 1980–1983, formann i Sandefjord Høyre 1980–1986 og formann i N.A.F. og NHOs avdelinger i Vestfold og Telemark 1984–1989. Han hadde også vært formann i Norske sivilingeniørers forening. På Stortinget var Brunæs medlem av Stortingets sosialkomité 1989–1993 og Stortingets samferdselskomité 1993–2001. I sin siste stortingsperiode var han sykmeldt i tre år frem til desember 2000, og Ellen Gjerpe Hansen møtte i hans sted. Brunæs søkte ikke renominasjon til Stortinget foran valget i 2001.