Svelgede fiender kan spyttes ut igjen som prosjektiler umiddelbart, eller lagres for senere bruk som et egg. Spilleren kan sikte og skyter eggene mot forskjellige hindringer. Eggene kan også sprette mot ulike overflater i miljøet. Opptil seks egg kan lagres på denne måten. Yoshi kan også spise enkelte gjenstander, for eksempel en vannmelon som lar Yoshi skyte frø fra munnen som et maskingevær. Andre "power-ups" kan forvandle Yoshi til en bil, helikopter eller en ubåt. Yoshi kan også miste et liv umiddelbart, hvis den kommer i kontakt med forskjellige hindringer. Hvis spilleren perfeksjonerer alle de åtte nivåene i hver enkelt verden ved å få tak i samtlige blomster, røde mynter og med 30 sekunder eller mer igjen på tidtakeren, skal to skjulte nivåer låses opp i spillet.