Forholdet til amerikanerne ble anstrengt da de ikke tilkjennegav noen vilje til å hjelpe frem noen filippinsk uavhengighet, men i stedet begynte å besette landet etter at Spania var slått. Da erklærte Aguinaldo Filippinenes uavhengighet fra et vindu i hjemmet i Cavite el Viejo den 12. juni 1898. For første gang ble nasjonens første flagg heist og nasjonalsangen avsunget – begge var blitt til under Aguinaldos ledelse.