Et høydepunkt i karrieren skjedde under det svenske presidentskapet i EU i begynnelsen av 2001. Lindh fungerte som formann for EU-rådet, ansvarlig for å representere EUs offisielle utenrikspolitiske standpunkter. På reise med Den europeiske unions utenriks- og sikkerhetspolitiske talsperson Javier Solana i Makedonia, under den kosovo-makedonske krisen, forhandlet hun frem en avtale som avverget borgerkrig i landet.