Fra 1946 forsøkte Tenrikyo-tilhengere å fjerne påvirkningene fra Shinto fra sin kult, og ba om at deres religion ble fjernett fra regjeringens definisjon av den som «shinto-sekt» og vli overført til kategorien «annen religion». At denne innsats nådde sitt mål og gjenopprettet Tenrikyo til sin verdighet som en kult i seg selv er et allment akseptert faktum, men det er ikke nøyaktig å hevde at shinto-innflytelsen har blitt fullstendig fjernet fra tenrikyo-religionen på et organisatorisk nivå. For eksempel stammer mange av gjenstandene som ble brukt under tenrikyos gudstjenester, blant dem og , direkte fra shinto, det samme gjør metodikken som brukes for tempeloffer. Det er like sant at Miki Nakayamas sønn, Shuji, ba om og oppnådde beskyttelse fra den mektige Yoshida-grenen av Shinto, på et relativt tidlig stadium i utviklingen av den tenrikistiske religion. Men uansett var dette mot grunnleggerens ønske.