Han kom som praktiserende lege til Slesvig, hvor han ble kjent med etatsråd Ericius. Oeder ble i 1755 gift med Ericius' datter Marie Dorothea. Etter anbefaling av general Schmettau og med en uttalelse fra von Haller ble Oeder kalt til et professorat ved Københavns Universitet av J.H.E. Bernstorff. Det gikk dog uheldig med disputasen om den hallerske lære om irritabiliteten, som var en forutsetning for ansettelsen. Især med forsvaret av den hvor Christian Friis Rottbøll var opponent.