Warwick ble utpekt til kongens råd i april 1641. Han var blant de fremste kritikerne av Thomas Wentworth, 1. jarl av Strafford, som var kongens ledende rådgiver. Strafford førte en politikk som skulle styrke kongens autoritet i parlamentet, særlig med sikte på å håndtere den engelske kronens store økonomiske problemer. Men da parlamentet dømte Strafford til døden for forræderi, signerte kongen dødsdommen. Warwick var en aktiv pådriver for å få dødsdommen undertegnet. Da kong Karl I flyktet fra London tidlig i 1642, utpekte parlamentet Warwick til lordløytnant av Essex. I mars 1642 utpekte parlamentet Warwick til storadmiral av flåten, noe som både var populært i flåten og samtidig sikret parlamentet kontroll over marinen. Da den engelske borgerkrigen brøt ut, ble Warwick akseptert av de fleste i marinen som deres admiral, og marinen erklærte sin lojalitet til parlamentet i juli 1642. Under Warwicks kommando angrep flåten styrkene som fraktet forsyninger til rojalistene og understøttet militære operasjoner på land, blant annet ved beleiringen av Hull i 1643 og Lyme i 1644.