Fux komponerte 18 operaer, 50 messer, tre requiemer, 57 vespere og salmer, 10 oratorier og 29 partitas. Musikken til Fux gikk snart i glemmeboken, men på slutten av 1800-tallet «gjenoppdaget» Ludwig von Köchel ham, og gav ut en biografi og en verkfortegnelse.