Bauer deltok i debatten om Daniel Goldhagens bok . Han var svært negativ til boken og stilte spørsmål om doktogradsavhandlingen, som boken er basert på, burde ha vært godkjent av Harvard. Bauer hadde en annen tolkning enn Goldhagen: Ifølge Bauer kunne folkemord gjennomføres når en elite med et folkemordprogram tar makten i et samfunn i krise og samtidig vinner de intellektuelle. Antisemittismen i samfunnet dehumaniserte jødene og gjorde at det var lite motstand. Ifølge Bauer var gjennomføring av holocaust avhengig av å gjøre vanlige mennesker til del av det byråkratiske maskineriet.