I begynnelsen hadde instituttet ansvar for å forsyne befolkningen med vaksiner og sera, og utførte også kjemiske analyser av vann og mat. Noen år senere satte instituttet i gang immuniseringsprogrammer, men i mange tiår var smittevern det primære virksomhetsområdet. På 1970-tallet opprettet SIFF avdelinger for toksikologi og epidemiologi, og utvidet virksomheten til også å omfatte ikke-smittsomme sykdommer. Helsetjenesteforskning ble innlemmet på 1980-tallet.