Fløtten representerte Arbeiderpartiet i Finnmark fylkesting i flere år. Han var fylkesordfører fra 1987 til 1995 og i perioden fra 1983 til 1987 var han leder av fylkeskommunens helse- og sosialstyre. Etter fylkestinget var han regiondirektør i NHO. Denne stillingen hadde han frem til han pensjonerte seg i 2007. Han hadde også flere tillitsverv, som blant annet styremedlem og senere styreleder i Finnmarkseiendommen (Fefo) og medlem av styret for Høgskolen i Finnmark. Fløtten meldte seg ut av partiet i 2009 i protest mot at han ble kastet som styreleder fra Finnmarkseiendommen av sitt eget parti. Han var også president i Norges Sjakkforbund fra 1997 til 1998.