Chapman ble født i landsbyen Nagórna, (nå en del av Koło), i guvernementet Warszawa av Kongress-Polen. i henhold til en dåpsattest som ble funnet i hans personlige effekter etter at han ble arrestert var han lærling i en alder av 14 år hos en ledende kirurg, Moshko (Mosze) Rappaport, i Zwoleń, som han assisterte, som for eksempel ved bruk av igler under årelating. Han tok deretter et kurs i praktisk kirurgi i Warszawa, i Praga Hospital. Dette kurset var veldig kort, fra oktober 1885 til januar 1886 (attestert av et annet sertifikatet som ble funnet blant hans eiendeler), men han fortsatte å arbeide som sykepleier, eller legens assistent i Warszawa til desember 1886. Han forlot senere Polen for London, men da han ankom til London, (om han var der er aldri blitt pålitelig konstatert). Vitnemål i rettssaken synes å tyde på at han reiste til London i 1888. Under sitt opphold i East End giftet seg med en ung polsk jente, Lucie Badewski i 1889 og fikk to barn og kort tid etterpå konfrontert av hans opprinnelige polske kone.