Houston ble uteksaminert fra College of South Carolina i 1887 og fortsatte med videre studier innenfor statsvitenskap ved Harvard University. Han underviste siden statsvitenskap ved University of Texas, hvor han avanserte til å bli fakultetens dekanus. I perioden mellom 1902 til 1905 var han rektor for (som nå heter Texas A&M University). I perioden 1905 til 1908 var han rektor for University of Texas i Austin og deretter kansler for Washington University in St. Louis i perioden 1908 til 1913.