Etter at par år å ha virket i Göttingen som ekstraordinær professor ble Nernst ordinær professor i 1894. Her innrettet han det nye fysikalsk-kjemiske instituttet. Fra mange land strømmet studenter, og med dem utførte Nernst et tett samarbeid med rike frukter. I sine første år her utarbeidet han sin (1893), som kom til å innta en dominerende stilling og utkom i flere opplag. I Göttingen-tiden skrev han også sammen med Arthur Moritz Schoenflies . De viktigste undersøkelsene fra disse år vedrører fordelingssatsen, dielektrisititetskonstanten og elektrostrisjonen. I 1897 løste han et teknisk problem idet han konstruerte den såkalte . I en rekke år redigerte han det av Wilhelm Borchers utgitte .