Selve byen Katmandu ble grunnlagt i 723 av Gunakamadeva, en nepalsk konge. Malladynastiet har spilt en stor rolle i landets historie. Det styrte Katmandu mellom 1200-tallet till 1769. Da erobret herskerdynastiet Shah byen og slo den sammen med de to andre bykongedømmene i Katmandu-dalen. Disse to byene var Patan, rett sør for Bagmati-elven, og Bhaktapur 12 km sørøst for Katmandu.