Helsetilsynet i fylket ble dannet 1. januar 2003 ved at tidligere Fylkeslegen ble innlemmet i fylkesmannsembetet. Tilsynet opptrådte som selvstendig tilsynsmyndighet kalt Helsetilsynet i fylket, faglig underlagt Statens helsetilsyn. Helsetilsynet i Oslo og Akershus dekket begge fylker.