Grunnstenen ble lagt i Fredrik I av Preussens levetid (død 25. februar 1713) og den skulle oppkalles etter hans tredje hustru Sophie Luise av Mecklenburg-Schwerin. Under innvielsen 18. juni 1713 var imidlertid Sophie Luise høyst uønsket og kirken ble kalt . Først under Fredrik II av Preussens regjeringstid ble kirken kalt Sophienkirche, et navn den også har hatt siden.