Etter innsats av Georg von Hertling ble han utnevnt til professor i filosofi ved Universitetet i Breslau i 1883, der han forble til 1900. Baeumker ble så professor ved universitetet i Bonn i 1900, senere ved universitetet i Strassburg (1903) der han overtok lærestolen etter Wilhelm Windelband, og etter 1912 i universitetet i München der han overtok etter von Hertling.