Fra januar til oktober 1992 var Vähi statsminister i en overgangsregjering, som for det meste var bemannet med teknokrater som ham selv. Han gjeninnførte en egen estisk valuta, som ble bundet til tyske mark, og påbegynte privatiseringen av sovjetiske statsbedrifter. Etter parlamentsvalget i september 1992 kunne han overlate posten til en parlamentarisk regjering. Vähi var ordstyrer i bystyret i Tallinn fra 1993 til 1995.