Ekteskapet ble oppløst etter at hun var blitt tatt i tyveri og straffet mens Eckersberg var på studiereisen. Det praktiske ble tatt hånd om i København av kobberstikkeren Oluf Olufsen Bagge på Eckersbergs vegne. Bagge leverte inn anmodning om skilsmisse i 1812. To år etter ble Christine Rebecca satt inn på Tugt- og Børnehuset på Christianshavn. Ekteskapet ble oppløst i 1816. Sønnen Erling ble satt i pleie hos Bagge.