I juni 1899 gikk Millerand inn som handelsminister i Pierre Waldeck-Rousseaus ministerium. Dette ble sterkt misbilliget av de revolusjonære sosialistene. Særlig fordi Millerand, selv om han var sosialist, dermed ble kollega med den hatede krigsminister general Gaston de Galliffet på grunn av sin hardhet mot kommunardene i 1871. Som minister viet Millerand seg energisk til praktiske reformer på handelsmarinens og den tekniske undervisningens områder, drev gjennom opprettelsen av arbeidsråd bestående av representanter både for arbeidere og arbeidsgivere, for fredelige løsninger av arbeidskonflikter, og han fikk i stand regelmessig kontakt mellom statens fabrikkinspektører og arbeidernes fagforeningsstyrer.