Fredrik gjorde en siste innsats for å bli forsonet med pave Gregor IX, og sendte Albrekt I av Käfernburg, tysk teolog, kirkefyrste og erkebiskop av Magdeburg, og to sicilianske (dommere) for å snakke med paven. Det hadde ingen effekt og Fredrik seilte fra Brindisi den 28. juni 1228. Flåten var under kommando av admiral Henrik av Malta, og prestene Berardus de Castacca, Nicolò dei Maltraversi, Marino Filangieri og Giacomo av Patti, nå erkebiskop av Capua, fulgte med ham. Han hadde bare en liten styrke med seg, ettersom hovedstyrken hadde seilt i august 1227 og forsterkninger i april 1228. Guérin de Montaigu, stormester for johanitterordenen som hadde bidratt til å overbevise paven om å bryte våpenhvilen med muslimene, nektet å følge Fredrik som følge av ekskommunikasjoneb. Han ble erstattet av Bertrand de Thessy, også en johanitterridder, som gikk om bord med keiseren.