Kommunalreform har blitt gjennomført ved sammenslåing av småkommuner i flere etapper i tiden etter selvstendigheten. Det ble gjennomført fylkesreform med opprettelse av dagens fylkesstruktur allerede helt på slutten av sovjetperioden, i 1990, på basis av datidens rajon-struktur. I 1991 ble den viktigste lokalreformen i Estland gjennomført: Kommunene ble styrket og fikk flere oppgaver, mens det regionale regjeringsleddet ble opphevet for å svekke innflytelsen til den eks-kommunistiske byråkratiske eliten der. Grunnloven av 1992 etablerte betydelig lokalt selvstyre, og kommunalloven året etter fjernet regionale, horisontale virksomheter og erstattet disse med statlige virksomheter organisert vertikalt. Kommunal skatt ble begrenset til bare ca. 1 % av skatteinntektene, og det ble i stedet innført inntektsutjevnende overføringsordninger fra sentralt hold. I 1999 ble det en viss reversering med sentralisering av politisk makt, men 2003 ble dette forsøket på sentralisering delvis reversert ved at fylkesnivåets mandat ble styrket.