I januar 2020 fikk hun korsbåndskade under trening, som satte henne ut av spill i en lengre periode. Hun kjempet seg tilbake og etter 625 dagers skadeavbrekk, var hun tilbake på banen 5. oktober 2021 i Champions League-kamp mot svenske Häcken. Hegerberg kom raskt tilbake som den målscoreren hun var før skaden. Fra comebacket i oktober til sesongen ble avsluttet i juni 2022 leverte hun solide 17 mål på 28 kamper i serie, cup og Champions League.