I 2003 ble han mistenkt for å ha vært involvert i et militærmytteri, da yngre offiserer med hundrevis av soldater den 27. juli tok over boligkomplekset Oakwood i forretningsdistriktet i Makati under det som ble alment oppfattet som et kuppforsøk mot landets president Gloria Macapagal-Arroyo. Militære etterforskere offentliggjorde at de var kommet til at soldatene aktet å innsette en junta med noen med kodenavnet «Kuya» (storebror) som statsoverhode, og at denne «Kuya» var ingen annen enn Gregorio B. Honasan. Honasan gikk deretter i dekning for en tid.