Som følge av den ekspansive politikken til Erik XIV av Sverige i Østersjøområdet, kom øya fra 1600 igjen under svensk kontroll etter at den svenske kongen sendte en hær til Estland etter oppfordring fra bymyndighetene i Reval. Øya forble under svensk styre i hele den svenske stormaktstiden, sammen med resten av Estland og Livland. Under det svenske styret ble den lutherske religion innført på øya til fortrengsel av Den katolske kirke.