ESAs myndighet tilsvarer den kompetansen Europakommisjonen har til gjennomførings- og håndhevelseskontroll overfor EUs medlemsland. ESA og Kommisjonen har et nært samarbeid ettersom de to institusjonene overvåker gjennomføringen av de samme EØS-reglene i henholdsvis EFTA-landene og EU.