I 2018 kom Waters med uttalelser til russisk media hvor han forsvarte Russlands annektering av Krim som «framprovosert av Washington», og at det var «mange avtaler og dokumenter» som ga Russland full rett» på Sevastopol. Dette førte til at den ukrainske Myrotvorets-databasen svartelistet Waters som «fiende av Ukraina» for «anti-ukrainsk propaganda, angrep på Ukrainas territorielle integritet og deltakelse i forsøk på å legalisere den russiske annekteringen av Krim». Waters fordømte derimot Russlands invasjon av Ukraina i 2022 som han omtalte som «handlingen til en gangster», men kritiserte samtidig også vestlige land for å sende våpen til Ukraina i stedet for å jobbe for en diplomatisk løsning på konflikten. I et åpent brev til Ukrainas førstedame, Olena Zelenska, gjentok Waters sin kritikk av vestlige våpenleveranser til Ukraina, og oppfordret Zelenskas ektemann, president Volodymyr Zelenskyj, til å erklære Ukraina nøytralt, implementere Minsk-avtalene og søke en fredsavtale med Russland. Waters' innlegg om Ukraina-krigen førte til at byrådet i Krakow avlyste Waters' planlagte konsert i byen. Waters skrev også, på oppfordring fra Zelenska, senere også et brev til Russlands president Vladimir Putin, hvor han omtalte invasjonen av Ukraina som en «avskyelig aggresjonskrig, provosert eller ikke», og oppfordret Putin til å søke en diplomatisk løsning.