I juni 1610 kom Thomas West, 3. baron De La Warr, til Jamestown med oppdrag om å fungere som koloniens guvernør. Da la Warr utpekte Percy til rådet og gjorde ham til kaptein for Jamestowns fort. I august 1610 sendte Da la Warr Percy og sytti menn ut for å angripe paspahegh- og chickahominyindianere. Styrken herjet indianernes bosetninger, brente deres bygninger, ødela deres avlinger og drepte menn, kvinner og barn. Percy ledet også forsvaret av fortet ved Jamestown mot indianernes angrep og fikk ros fra De La Warr. Da guvernøren reiste tilbake til England i mars 1611 utpekte han Percy til å lede kolonien i hans fravær. «Men vindene favoriserte dem ikke, de ble tvunget til sette deres kurs direkte mot England, min herre har dratt og utpekt meg som viseguvernør i hans fravær for å utøve krigsrett eller annen makt og myndighet så eneveldig som ham selv.» Percy tid som guvernør varte fram til april 1612 hvorpå han reiste til England.