I 1629 henrettet han Mao Wenlong, en ganske brutal men dyktig Míng-kommandant. Forskjellige tekster har sett denne saken fra forskjellige sider. Mange har hevdet at dette var et feiltrinn, siden Máo fremdelen kunne hjelpe til i kampen mot mandsjuene. Riktignok hadde Yuán tatt med i beregningen hvordan Máo styrte sine slag: han brukte ofte sivile bosetninger som skjold for sine soldater, og de sivile led mye under okkupasjonen. Máo brukte også Joseon-Korea – Míngs allierte – som en base for å angripe Mandsjuria, og da mandsjuene invaderte Korea, trakk han sine styrker ut. Dette irriterte mange handelsmenn i Beijing-området, siden Máo aldri hadde turt å dra større byer inn i krigen, ikke engang der det ville vært en strategisk fordel. I tillegg hadde Máo bestukket mange korrupte evnukker og embedsmenn. Dermed ble Yuán fienden til mange av de mektigste og korrupte menneskene i Kina.