I juni 1800 dro Hölderlin til Stuttgart, der han ble i et halvt år, med en pro forma stilling som huslærer hos sin venn kjøpmannen Christian Landauer. Deretter følger et tre måneders opphold som huslærer i Hauptwyl i Sveits, med påfølgende retur til moren i Nürtingen. I desember 1801 dro Hölderlin til Bordeaux og en stilling som huslærer for Hamburgs konsul i byen. I juni vendte han tilbake til Tyskland, og viste da tydelige tegn på sinnssykdom. Samme måned døde Susette etter et kort sykeleie. De to neste årene tilbrakte Hölderlin hos moren i Nürtingen, deretter tok Sinclair ham med seg til Homburg, før han i september 1806 ble innlagt på universitetsklinikken i Tübingen. Året etter ble han utskrevet som uhelbredelig og satt i pleie hos en litterært interessert snekker, Ernst Zimmer (som hadde lest Hyperion), der han ble boende til sin død.