Hunter ble stipendiat i Royal Society i 1767. Han ble valgt til medlem av American Philosophical Society i 1787. Hunterian Society of London ble kåret til hans ære, og Hunterian Museum ved Royal College of Surgeonshar fått hans navn og holder hans samlingen av anatomiske eksempler. Den inneholder fremdeles den ulovlig anskaffede kroppen til Charles Byrne, til tross for pågående protester.