MacNeill var sterkt mot væpnet opprør mot det britiske styret, og så på Volunteers som en forsvarsorganisasjon som kunne beskytte , et begrenset irsk selvstyre, mot Ulster Volunteer Force som hadde blitt dannet for å kjempe mot slikt selvstyre. Men Irish Republican Brotherhood (IRB) infiltrerte Volunteers, og planla å bruke organisasjonen til å gjennomføre påskeopprøret i 1916. MacNeill ble overtalt til å være med da han fikk vite at Roger Casement var på vei med våpen fra Tyskland, men da Casement ble arrestert og våpenlasten senket gav han kontraordre. Dette førte til en dags utsettelse av opprøret, og til at svært mange ikke møtte opp.