Universitetet ble grunnlagt på slutten av den dansk–norske unionstiden i 1811 på grunnlag av universitetstradisjonen fra helstatens eneste universitet, Københavns Universitet, og i praksis som en norsk delvis videreføring av dette. Dets opprinnelige navn var , oppkalt etter den siste dansk-norske unionskongen Frederik VI. Navnet ble endret til i 1939. Universitetet ble frem til 1939 ofte kalt «Det Kgl. Frederiks», og ofte også bare kalt «Universitetet», ettersom det var det eneste universitetet i Norge frem til 1946.