Sør-Dakota innførte eget delstatsflagg første gang 1. juli 1909. Dette hadde lys blå flaggduk, slik dagens flagg har, men hadde en sol i midten. Solen var omgitt av inskripsjonen «SOUTH DAKOTA» og «THE SUNSHINE STATE». Flagget ble endret 11. mars 1963. Da ble delstatens segl satt inn i midten av flagget, likevel slik at det var omgitt av gule solstråler. Delstatsseglet viser en scene med motiver fra jordbruk, elvefart og industri. Teksten forble uforandret fram til 1992, da mottoet «Sunshine State» ble byttet ut til fordel for «South Dakota – The Mount Rushmore State». Bakgrunnen for dette var at Florida hadde tatt i bruk tilnavnet solskinnsstaten og at de fleste etterhvert forbinder betegnelsen med denne staten.