Fjorden har innløp i nord mellom Sildvolnes på Freiøya i øst og Leitet i vest og er en fortsettelse av Bremsnesfjorden som går nordover til Kristiansund. Sør for Frei ligger Flatsetøya der Freifjorden går østover. Tvers over fjorden for Flatsetøya ligger Kvernes, som har gitt navn til fjorden, i det sørøstligste hjørnet av Averøya. Fra her svinger fjorden sørvestover. På Averøysida ligger grendene Strand, Rokset, Mek, Mork, Å og Rånes. Like sørvest for Rånes ligger Rånestangen, som markerer den sørlige grensa til Kornstadfjorden som går nordvestover på vestsida av Averøya.