Et annet aspekt ved utdanning som er i rask endring i Afghanistan er høyere utdanningsinstitusjoner. Etter Talibans fall, ble Universitetet i Kabul gjenåpnet for både mannlige og kvinnelige studenter. I 2006 åpnet også American University of Afghanistan dørene med hensikt å tilby et engelskspråklig, pedagogisk læringsmiljø i verdensklasse. Universitetet tar i mot studenter fra Afghanistan og nabolandene. Universitetet i Balkh utvides kraftig med hjelp fra USA og Tyskland. En ny militærskole har også blitt satt opp for å trene og utdanne afghanske soldater.