Teorier: Jacob Bjerknes foreslo i 1969 at et særlig varmt punkt i det østlige Stillehavet kan svekke temperaturforskjellen mellom øst og vest, og dermed svekke Walkersirkulasjonen og passatvindene som følger. Dette fører til at det varme vannet strømmer østover. Wyrtki foreslo i 1975 at en økning i passatvinden kan presse mer varmt vann opp i vest, som så strømmer tilbake igjen når vinden blir svakere igjen. Det var derimot ingen slike oppbygginger før 1982-83-hendelsen. Flere mekanismer har vært foreslått der varme bygger seg opp i ekvatorområdet, og som så blir spredt til høyere bredder under en El Niño. Det kjøligere området må så varmes opp igjen i løpet av de neste årene før en ny hendelse kan oppstå. Svingning i det vestlige Stillehavet. I det vestlige Stillehavet kan flere værforhold føre til anomalier i østavinden. For eksempel kan et lavtrykk i nord og et høytrykk i sør føre til økt østlig vind mellom seg. Dette kan være en avgjørende faktor. Det ekvatoriale Stillehavet kan av og til være nær El Niño-forhold på grunn av tilfeldige variasjoner. Værmønstre utenfor området eller vulkansk aktivitet kan være slike faktorer. Madden-Julian-oscillasjonen (MJO) er en viktig kilde til variasjoner som kan føre til en rask utvikling mot El Niño forhold gjennom svingninger i vind og nedbør i lave nivåer over de vestlige og sentrale delene av det ekvatoriale Stillehavet. Kelvinbølger som forplanter seg østover i havet kan produsere MJO-aktivitet. Adams, Mann og Ammann viste i 2003 ved å bruke statistisk analyse av paleoklimatiske data at vulkanutbudd i tropene kan utlyse treårige El Niño-hendelser etterfulgt av treårige La Niña-hendelser.