Sine siste år viet Jacobi helt og holdent til utgivelsen av sine samlede skrifter (6 bind, 1812-15, de 2 siste redigert av Fr. v. Koppen), og derfor frasa han seg i 1813 presidentskapet i Münchenakademien. Jacobis brevveksling gjenfinnes i hans samlede skrifter, i hans (utgitt av F. v. Roth 1825-27), i hans av M. Jacobi utgitte brevveksling med Goethe (1846), med flere verk.