Flaaten var medlem av Heddal herredsstyre i flere år før og etter okkupasjonen, valgt på borgerlige felleslister, og fra 1959 valgt på Høyres liste. Han var ordfører i Heddal 1960–1961. I 1961 ble han innvalgt på Stortinget fra Telemark og tok sete i Stortingets finans- og tollkomité. Han var sykepermittert fra 21. april 1962 og døde på Rikshospitalet den 11. juni. I sin minnetale beskrev stortingspresident Nils Langhelle ham som «en elskverdig og stillfarende medarbeider». Han ble begravet fra Lisleherad kirke.