Conte vokste opp i småbyen Volturara Appula ved Foggia og gikk på skolen i San Giovanni Rotondo. Han fikk sin høyere utdannelse ved La Sapienza i Roma, University of Cambridge i Storbritannia og New York University. Det ble på et tidspunkt reist tvil om hvorvidt CV-en han har lagt frem er helt korrekt med hensyn til utdannelse, men han klargjorde at han i New York arbeidet selvstendig ved hjelp av universitetets biblioteksressurser. Université Panthéon-Sorbonne kunne ikke bekrefte at han har studert der, men at han likevel kan ha hatt kontakt med ansatte der uten at det har blitt formelt registrert.