I 1668 startet en strid med kirkemyndighetene som mente han hadde gått til anskaffelse av «kjetterske bøker». Han ble beordret til Brixen, sete for fyrstbiskopen, og da han ikke dukket opp, ble det foretatt husransakelse. Året etter måtte Stainer i fengsel for besittelse av luthersk litteratur. Likevel fikk han i årene 1670 til 1679 oppdrag fra kirkelige institusjoner i Meran, Salzburg, Schwaz, München og Nürnberg. Kjetterianklagene og forfølgelsen fra kirka kan ha bidratt til at Stainer fra 1680 i tiltakende grad av led av depresjon og var psykisk syk da han døde.