I mai 1814 overtok Krieger det ansvarsfulle embetet som Holmens overmateriellforvalter (sjef), etter at admiral Kjerulff var gått av. Det viste seg snart at hans administrative evner var like så utmerket som hans kriger- og sjømannsevner. Med utrettelig iver arbeidet han etter hvert den nye flåten frem, avskaffet mange misbruk, forbedret de meniges forhold og ble av disse særdeles avholdt. Med sin faste karakter, sin takt og tjenstiver lykkedes det ham virkelig å fremkalle en ny og bedre ånd på orlogsverftene, slik at både over- og underordnede ga seg i kast med oppgaven å gjenreise den falne marinen. I 1821 mistet han sin sønn, Hilmar Krieger, i Vestindia; dette ga hans helbred en knekk som aldri rettet seg opp. Han døde 9. juli 1824.