Viktor Frankl var den mellomste av tre barn av Gabriel Frankl, en mährisk tjenestemann i sosialministeriet, og hans hustru Elsa ( Lion). Han vokste opp i Wien. Han sies å ha vært en meget dyktig student og akademiker, og ble tidlig intressert i psykiatri og psykologi. Som 16-åring begynte han å korrespondere med Sigmund Freud og ved en anledning sendte han ham et av sine verker.