Malbranque debuterte for Tottenham nesten ti uker etter å ha signert for klubben i en kamp 8. november 2006 på White Hart Lane der han spilte 63 minutter i en 3-1 seier i Ligacupen over Port Vale. Han skåret sitt første mål for Spurs i en stor 5-1 seier over Charlton Athletic på White Hart Lane den 9. desember 2006. Han skåret Tottenhams 150. mål i en europeisk turnering med sitt mål i 2. omgang den 14. mars 2007 mot Sporting Braga på White Hart Lane. Han spilte 62 seriekamper og skåret seks mål på sine to sesonger hos klubben.