Van Zyl Slabbert studerte teologi og sosiologi ved det da svært konservative Universitetet i Stellenbosch. Under sine studier utviklet van Zyl Slabbert en aktiv interesse for politikk. Han ble apartheid-motstander og stilte til valg til universitetets studentråd. Han tapte dette valget fordi han ble ansett å være for liberal.