I midten av juni 1708 var Bach i Weimar i forbindelse med at stedets orgel var ferdig restaurert. Her spilte han for hertug Wilhelm Ernst av Sachsen-Weimar, som ble så henrykt at han tilbød Bach stillingen som hofforganist og kammermusiker med en lønn på 150 Gulden pluss frynsegoder. Etter en stor bybrann var levekostnadene blitt langt høyere i Mühlhausen, og utsikten til en vesentlig forbedret finansiell situasjon var åpenbart utslagsgivende for at Bach søkte avskjed allerede 25. juni 1708 – knapt ett år etter at han tiltrådte stillingen. Hoffet i Weimar kunne tilby et orkester med nesten utelukkende profesjonelle musikere, noe som for en ambisiøs musiker som Bach utgjorde et hav av forskjell sammenlignet med Mühlhausens blanding av skolekor, amatørmusikere og bymusikanter. Etterfølgeren var Johann Friedrich Bach (1682–1730).