Undervisningen på Menighedsfakultetet har tradisjonelt fungert som et supplement til undervisningen ved Aarhus Universitet for teologi- og religionsstuderende ved universitetet, da Menighedsfakultetet ikke har hatt eksamensrett, men 1. september 2005 begynte det en bachelorutdannelse i teologi ved Menighedsfakultetet. Denne bachelorutdannelsen er akkreditert gjennom University of South Africa i Pretoria. Tidligere var det gjennom University of Wales.