Yates ble profesjonell i 1982 for sykkellaget Peugeot. I 1988 syklet han for laget , før han i 1989 signerte for 7-Eleven (senere Motorola). I 1996 la han opp som aktiv syklist. Han ble sportsdirektør for Discovery Channel Pro Cycling Team i 2005, og var i 2008 i Astana. I 2009 ble han sportsdirektør for britiske Team Sky, men sluttet etter 2012-sesongen.