Johannes ble kronet til keiser høsten 1231, men da var rikets territorium redusert til et lite område rundt Konstantinopel. Venetianerne oppfordret ham til å gå til krig mor Johannes III Vatatzes i Nikea etter at de hadde støttet et opprør mot latinerne på Kreta . Da Johannes vegret seg mot å invadere Nikea, reiste de fleste venetianske ridderne hjem igjen. Johannes oppnådde imidlertid å få finansiell støtte fra Geoffrey II av Fyrstedømmet Arkhaia.