Scheidt mistet denne stillingen i 1630, sannsynligvis på grunn av en truende rekatolisering av Halle. Før har man antatt at det skyldes en konflikt med gymnasrektor Christian Gueintz. Deretter livnærte Scheidt seg som privat næringsdrivende («bloßer Privatus») takket være en lang rekke elever og musikalske leilighetsoppdrag. Til slutt mistet han hele sin formue, sannsynligvis på grunn av den pågående krigen.