Vitenskapskomiteen har som mal å harmonisere metodologien brukt av EFSA i sine risikovurderinger innen feltene i organisasjonens ansvarsområde hvor en felles tilnærming i EU ikke finnes, samt koordinere panelene samt gi rad for EFSAs generelle strategiske mal. Vitenskapskomiteen består av seniorforskere fra hele Europa, med erfaring fra arbeid innen vitenskapelige organer, som dekker alle disipliner på EFSAs ansvarsområder .