Mens broren Frank kjempet i den amerikanske borgerkrigen, drev Rockefeller virksomheten videre og leide inn soldater fra reserven. Han ga penger til Unionen, slik mange andre rike i nord gjorde for å unngå å bli innkalt til militærtjeneste. I februar 1865 gjorde Rockefeller det som senere ble beskrevet av oljeindustriens historiker Daniel Yergin som en «avgjørende» handling, da Rockefeller kjøpte ut brødrene Clark for 72 500 dollar på auksjon og etablerte selskapet Rockefeller & Andrews.