Med sitt stadig mer intime forhold til dronning Caroline Mathilde og utmanøvreringen av de daværende mest innflytelsesrike i kongens stab, grev Holck og utenriksminister J.H.E. Bernstorff, oppnådde Struensee en posisjon som den reelle makthaver. Han innledet deretter en strøm av reformer i opplysningstidens ånd, reformer som gjorde vesentlige inngrep i en lang rekke forhold i det danske samfunn. Etter knapt 2 år ved makten ble han avsatt ved et kupp den 17. januar 1772 og deretter dømt til døden og henrettet.