I Kautokeino finnes det spor etter menneskelig aktivitet som strekker seg 7000-9000 år tilbake i tid. Ved Kautokeino kirke er det funnet pilspisser hvor dateringen strekker seg over et stort tidsrom. De eldste pilspissene dateres til 5000-7000 år f.kr, mens de yngste dateres til 1000-2000 år f.kr. I 2020 gjorde Universitetet i Tromsø arkeologiske utgravninger ved Gáidnomanjávri I Kautokeino, omtrent 300 meter nordøst av kirken. Der ble det gjort funn av blant annet brente beinrester, hvor de eldste ble datert til 4846-5009 f.kr.