Fougner forlot Norge om bord på MK «Traust» som gikk ut fra Utvær i Solund i juli 1940. Sammen med ham var også Ruben Langmo, som returnerte til Shetland etter sabotasjeoppdrag i Norge. I Storbritannia ble Fougner rekruttert til en norsk gruppe med spesialsoldater. Da Kompani Linge ble startet, ble han med der. Fram til 1942 utførte Fougner flere turer til Norge på oppdrag for SOE, blant annet til Nord-Norge.