Hans Paus var gift med Andrea Jaspara Nissen (1725–1772) fra Danmark, datter av infanterikaptein Nicolai von Nissen og Christence Jansdatter Groll. Ektefellen var barnebarn av krigskommissær i Jylland Nicolai Nissen og tippoldebarn av den danske krigshelten Jørgen Kaas. Svigerfaren var bl.a. bror til guvernør på St. Croix Gregers Høeg Nissen og fetter til guvernør i Trankebar og høyesterettsdommer i Danmark Christian Ulrich von Nissen-Benzon. Blant Hans Paus' etterkommere er bl.a. skolemannen B.C. Pauss, Røde Kors-president Nikolai Nissen Paus, fabrikkeier Nicolay Nissen Paus og kirurgen Bernhard Paus.