Lingson Belekanyama døde av covid-19 12. januar 2021 etter to ukers intensiv behandling på Kamuzu Central Hospital i hovedstaden Lilongwe i Malawi. Dødsfallet kom en knapp dag etter at en annen regjeringspolitiker døde av samme sykdom, Ernest Kantcheche, førstesekretær i informasjonsministeriet.