Samme år ble hun valgt til det første skolestyret i London, et kontor nylig åpnet for kvinner. Garrett Anderson fikk flest stemmer blant alle kandidatene. Også i dette året ble hun en av de tilreisende legene i East London Hospital for Children, og ble den første kvinnen i Storbritannia til å bli utnevnt til en medisinsk post. Samme tid ble hun gift, og hun fant at oppgavene i disse to stillingene var uforenlig med sitt hovedverk i sin private praksis, samt hennes rolle som nybakt mor, så hun trakk seg fra disse innleggene av 1873. I 1872 ble poliklinikken til sykehuset the New Hospital for Women and Children, behandling av kvinner fra hele London for gynekologiske tilstander, og de flyttet til nye lokaler i Marleybone Street i 1874. Rundt denne tiden gikk Anderson også i diskusjon med mannlige medisinske synspunkter angående kvinner. I 1874 dukket Henry Maudsleys artikkel om «Sex and Mind in Education», som hevdet at utdanning for kvinner forårsaket overanstrengelse og dermed reduserte deres reproduksjonsevne, noen ganger forårsaker «nervøse og til og med psykiske lidelser». Garrett Andersons motargument var at den reelle faren for kvinner ikke var utdannelse, men kjedsomhet og at frisk luft og mosjon skulle foretrekkes fremfor å sitte ved peisen med en roman. Samme år grunnla hun London School of Medicine for Women sammen med Sophia Jex-Blake og ble foreleser ved det som var det eneste undervisningssykehuset i Storbritannia som tilbød kurs for kvinner. Hun fortsatte å jobbe der resten av karrieren sin, og var dekan ved skolen i 1883–1902. Denne skolen ble senere kalt Royal Free Hospital of Medicine, som senere ble en del av det som nå er den medisinske skole UCL (University College London).