Vegetasjonen domineres av gresshei som i høyden går over i fjellvegetasjon. En utbredt karplante på øya som regnes for hjemmehørende på Færøyene, er kysttjønnaks. Det er også registrert perlevintergrønn. Av mer nylig innførte arter som har etablert seg på Færøyene, er blant andre hundegress, tunbalderbrå og strandbalderbrå registret på Vágar. Det finnes noen krattvekster, men ingen naturlige skoger på øya. I 1980 ble 11,7 dekar ved kirken i Miðvágur utlagt til skogplantasje.