Hun giftet seg 8. juni 1904 i København med en studiekamerat fra Kunstakademiet, landskapsmaleren Einar Wegener, senere kjent som Lili Elbe, som hun brukte som modell for sine kvinnefigurer. I årene 1904–1909 stilte hun ut blant annet på Kunstnernes Efterårsudstilling, Charlottenborg Forårsudstilling og Journalistforbundets . miniatyr|venstre|Akvarell av Gerda Wegener med ektefellen Lili Elbe som modell, ca. 1928.