Concordia Seminary ble kjent gjennom nasjonale amerikanske medier i 1974 når 45 av fakultetets 50 lærere, sammen med hoveddelen av studentene, sluttet for å starte en rivaliserende institusjon kjent som Seminex, eller «Concordia Seminary i eksil». Seminex-kontroversen ble forårsaket av at fakultetets rektor, John Tietjen, ble anklaget av den mer konservative synodepresidenten, Jacob Preus, for å tillate falsk lære. Mer spesifikt gikk anklagen på at Tietjen hadde tillatt undervisning i den historisk-kritisk metode i bibelfortolkningen, og at det ble lagt for sterk vekt på evangeliet på bekostning av hele Bibelens lære. Seminex ble aldri noen stor suksess, mest fordi de hadde problemer med å få prestestillinger til studentene sine. Seminex opplevd en stor nedgang på nye studenter gjennom 1970-årene. Den siste eksamensfesten i Saint Louis ble holdt i mai 1983. Seminex fortsatte å eksistere som en utdannelsesinstitusjon på LSTC campus i Chicago frem til 1987.