Utenrikspolitisk markerte Mursi seg tidlig ved å kritisere Syria for håndteringen av borgerkrigen i Syria under et møte i Organisasjonen av alliansefrie nasjoner i Teheran. I talen beskrev Mursi syriske myndigheter som undertrykkende og sammenlignet det syriske folkets kamp for å oppnå frihet, verdighet og menneskerettigheter med palestinernes kamp, hvorpå den syriske delegasjonen forlot møtet. Talen ble godt mottatt i Egypt og internasjonalt. På et møte i Den arabiske liga en uke senere gjorde Mursi det klart at han mente tiden var kommet for et regimeskifte i Syria og innkalte samtidig utenriksministre fra Tyrkia, Saudi-Arabia og Iran for å drøfte situasjonen i landet.