Han ble henrettet ved skyting i Tower of London kl. 07.00 lokalt tid den 15. august 1941, som den siste personen som ble henrettet i Tower. Henrettelsen ble utført av en pelotong av åtte soldater fra Scots Guards på miniatyrskytebanen som den gang stod i vollgraven, mellom Broad Arrow Tower og Constable Tower. Jakobs måtte sitte i en stol da han ble skutt på grunn av den brukne ankelen. Fem av de åtte skuddene traff målet, en hvit tøybit som var festet over hjertet hans. Kl. 07.12 ble hans legeme ført til det gamle bårerommet under veien til Tower Bridge, som nå er et fyrrom. Han ble så gravlagt på St. Marys katolske kirkegård i Kensal Green, i et område som nå er dekket med ytterligere seks fot jord for å gi plass til nye graver.