Mellom 563 og 567 klarte Det tyrkiske khaganatet å slå heftalittene («de hvite hunerne») i et slag nær Bukhara, og byen ble avhengig av tyrkerne. Før den arabiske invasjonen var Bukhara et tilholdssted for to av de forfulgte kristne religiøse minoritetene i Sasanideriket; manikeerne og nestorianerne. I og rundt Bukhara er det funnet mange mynter med kristne symboler, som kors, som dateres til siste del av det 7. og fra det 8. århundre. Det er hevdet at det store antallet mynter med kristne symboler kan bety at kristendom var den ledende klassens religion.