Evenepoel startet sin idrettskarriere som fotballspiller, og var blant annet innom ungdomslagene til R.S.C. Anderlecht og PSV Eindhoven. Han står også med ni kamper på aldersbestemt nivå for det belgiske fotballandslaget. Etter et hoftebrudd begynte han som 15-åring å trene alternativt på sykkel, og som 17-åring gikk han over til å satse på en karriere som landeveissyklist.