Kongregasjonen for troens utbredelse utnevnte ham til erkebiskop av Armagh den 14. desember 1683. Denne eleverte utnevnelse (hans forgjenger var Oliver Plunkett) skyldtes sannsynligvis innflytelse fra James, hertugen av York. Ved en pavelig skrivelse datert 12. januar 1684, fikk han fullmakt til å utføre erkebiskoppeige funksjoner uten pallium. Ved tiltredelsen av kong James II i 1685, reiste Maguire til London sammen med biskop Patrick Tyrrell av Clogher for å sverge troskap til den nye kongen.