Norges naturvernforbund er kritisk til utbyggingen av Godfarfossen og nevner at denne har vært foreslått vernet av NVE og Direktoratet for naturforvaltning i 2002. De mener at de tekniske inngrepene vil redusere områdets verdi for friluftsliv. Det mektige inntrykket av vannmassene nedover Godfarfossen vil tapes med redusert vannføring, og slipp av minstevannsføring vil bare delvis avbøte dette. Naturvernforbundet mener at rapporten vedlagt konsesjonssøknaden som omhandler eventuell stor-øret som vandrer opp elven ikke er god nok undersøkt. De mener at at nye og grundigere undersøkelser bør gjøres i oktober, og ikke på sensommeren som i undersøkelsen vedlagt konsesjonssøknaden. En gjør også oppmerksom på at huldretorvmose som er funnet i området er meget utsatt for inngrep, og at svekkelsen av dens leveområder ikke kan aksepteres.