Pires var apoteker for prins Afonso, sønn av kong João II. Han dro til India i 1511 som «drogemaker». Med dette var han en viktig person innen krydderhandelen. I Malacca og Cochin innsamlet han ivrig krydder og informasjoner om planters medisinske egenskaper fra den lokale mayaliske befolkningen, og han besøkte også personlig Java, Sumatra og Maluku.