I november 1202 brøt en av mange kriger ut mellom Assisi og Perugia, og Frans var blant de mange unge menn som dro i krigen. Slaget endte med nederlag for Assisi, og Frans ble sittende i en kummerlig fengselscelle i Perugia i et år før faren fikk kjøpt ham fri. Frans slet lenge med sykdom etter dette fengselsoppholdet. Cellen han satt i, hadde nesten tatt knekken på ham.