I tillegg til standardinstrueringen før hvert oppdrag, har man en sekundær instruering for noen oppdrag gitt av en mystisk figur som tilhører keiserens indre sirkel. Denne personen forteller deg om sekundære og valgfrie mål man kan prøve å nå i oppdraget. Hvis man fullfører de forandrer man ikke scenariet i spillet, men man blir medlem av et hemmelig forbund innen Imperiet. Disse sekundære instrueringene kan også gi deg viktig informasjon om historien, slik som bevis for admiral Harkovs forræderi.