Erwin Josef Ender tilbrakte barndommen i Schlesien. Etter andre verdenskrig ble familien Ender rammet av utvisningen av tyskerne fra Schlesien - området ble polsk etter andre verdenskrig, og fra 1945 bodde den i Lüdinghausen i Münsterland. Etter endt gymnasieutdanning studerte Erwin Josef Ender filosofi og katolsk teologi som prestekandidat for bispedømmet Münster, først ved Westfälische Wilhelms-Universität Münster og senere ved Det pavelige gregorianske universitet i Roma, hvor han var alumnus ved Collegium Germanicum.