Asle Toje ble født 16. februar 1974. Han slekter fra Utsira og vokste opp på Byremo og i Drøbak. Toje tok sin utdannelse ved Universitetet i Oslo og Universitetet i Tromsø før han tok doktorgrad i internasjonale relasjoner ved Pembroke College ved University of Cambridge i 2006. Han studerte under Kenneth Waltz da han oppholdt seg som Fulbright-stipendiat ved Columbia University 2004–2005, og var forskningsmedarbeider ved Institutt for forsvarsstudier 2007–2008. I 2008 var Toje gjesteforsker ved European Union Institute for Security Studies (EUISS). På den tiden ble han regnet blant landets mest lovende unge statsvitere av .