Som aktiv syklist var Godefroot spesialist på endagsklassikerne, og vant tre av de såkalte Monumentene; Liège-Bastogne-Liège (1967), Paris-Roubaix (1969) og Flandern rundt (1968 og 1978). I Tour de France tok Godefroot 10 etappeseire, blant annet vant han sisteetappen i 1975, da rittet for første gang hadde målgang på Champs-Élysées. Han vant også den grønne trøya sammenlagt i 1970.