Da angrepet på Pearl Harbor ble gjennomført, hadde Mikawa kommandoen over 3. slagskipsdivisjon. Han kommanderte personlig den første seksjonen av divisjonen som en del av en avskjermingsstyrke som tok del i angrepet, mens de resterende slagskipene ble sendt i retning sør for å dekke japanske landgangstropper i Malaya. Mikawa ledet likeledes fra fronten i angrepet i Indiahavet og i slaget ved Midway.