Som justisminister fikk han den 9. juli 1788 gjennomslag for det såkalte «Wöllnerske religionsedikt». Gjennom denne forordningen ble den lutherske kirke utsatt for undertrykkelse og utbredelsen av opplysningstidens idéer forsøkt stanset. Ediktene ble ikke opphevet før etter mer enn fem år, den 27. desember 1793. Blant sensurforordningene innførte Wöllner forbud mot forelesninger i Immanuel Kants filosofi ved den kongelige eksamenskommisjonen. Wöllner angrep de tre største lokale retningene innenfor kristendommen, og truet dens representanter med rettsforfølgelse og avskjedigelse fra sine verv.