Anthony Theodore Lobo, sønn av en familie fra den portugisiske kolonien Goa, flyttet til Karachi innen Pakistans separasjon fra India da Britisk India ble delt. Han gikk på St. Lawrence's Boys School i Karachi, og deretter den prestisjetunge og eldste skolen i Karachi, St. Patrick's High School. Han begynte deretter på Christ the King Seminary i Karachi.