I 1097 dro Anselm i eksil og førte sin sak til Den hellige stol. Den nye paven var den diplomatiske og politisk fleksible franske Urban II som ikke var i en posisjon hvor han ønsket flere kongelige fiender. Herskeren i Tyskland støttet en motpave, og Urban kom til en overenskomst med Vilhelm Rufus: Den engelske kongen anerkjente Urban som pave og denne ga sin godkjennelse til å holde de geistlige spørsmål i England i status quo. Vilhelm kunne dessuten kreve inntektene av erkebispedømmet Canterbury så lenge Anselm forble i eksil, noe denne gjorde så lenge Vilhelm levde.