Ved reformasjonen hadde klosteret – foruten klosterbygningene – haver, mølle, tegleverk, ladegård samt flere gårder. Klostergodset ble forlent til flere personer – derblant til kansler Andreas von Barby (1508–1559) – og i 1561 ble en stor del av godset makeskiftet til Universitetet, og resten til kronen. I forbindelse med nedrivning av bygningene, solgtes i 1572 store mengder sten til Jakob Ulfeldts byggeri i Bavelse, og senere til herregården Selsø i Horns Herred.