Stavanger len ble opprettet som en følge av den nordiske syvårskrig da det ble klart for det dansk-norske riksstyret at riksdelen Norge hadde behov for et mer enhetlig styre. Etter reformasjonen var Norge blitt en provins i det dansk-norske riket, langt fra Kongens by og syvårskrigen viste med all tydelighet Norges sårbarhet for arvefienden Sverige. Fra 1568 har nordmennene fred for svenskenes krigstokter, og allerede i februar 1568 kom en tremannskommisjon til landet. Den suppleres med Norges kansler Johan Venstermand og hadde vide fullmakter. Et ledd i den administrative nyordning som nå fant sted, var delingen av det store Bergenhus len. De 32 skipreidene som fra Magnus Lagabøters tid hadde utgjort Rygjafylket, ble utskilt som eget len, . Betegnelsen Ryfylke var forøvrig fra 1520-årene gått over til bare å omfatte de 18 nordligste skipreidene, som utgjorde Ryfylke fogderi, mens de 14 skipreider i syd utgjorde Jæren og Dalane fogderi.