Wuzhou ble elevert til bispedømme av pave Pius XII den 11. april 1946, og da ble biskop Donaghy den første ordinarie biskop der. kommunistene inntok styret i Wuzhou tre år etter. Da ble biskopen internert under strenge kår for seks måneder og så satt i husarrst uten mulighet til noe prestevirke, før han ble utvist fra Folkerepublikken Kina i 1955. Han forble i navnet den rettmessige biskop av Wuzhou, men ble innen sin misjonsorden gitt kopgave som dekan av Miaoli og gruppesuperior for Maryknoll i Taiwan, Hongkong og Filippinene. Han var regionalsuperior for i to embedsperioder.