Whoopi Goldberg ble født Caryn Elaine Johnson i New York, som datter av Emma Harris, en sykepleier og lærer, og Robert James Johnson, en prest. Goldbergs mor var en «streng, sterk og vis kvinne» som oppdro henne som enslig mor, etter at Goldbergs far forlot familien. Hennes artistnavn stammer fra det amerikanske uttrykket «whoopee cushion», som hun innledningsvis brukte som artistnavn. Goldberg uttalte at «Hvis du får gass, så må du slippe det ut. Folk pleide å si til meg, 'Du er som en whoopee cushion', og det er der navnet kommer fra.» Hun valgte etternavnet Goldberg etter jødiske familiemedlemmer, og har sagt at «Goldberg er en del av familien min et eller annet sted». I et intervju i 1991 fortalte Goldberg at hun ser på seg selv som en «Jødisk-katolsk jente fra New York». I en reportasje i 1993 i , sa hun at hennes mor er jødisk. I et intervju med refererte Goldberg til seg selv om en «jødisk-amerikansk prinsesse». En DNA-test, kringkastet i en PBS-dokumentar i 2006, kalt , sporet mesteparten av hennes familiebakgrunn til Papel- og Bayote-folket i det nåværende Guinea-Bissau. Hennes test avslørte at hennes genetiske blanding er 92% sub-Sahara afrikansk og 8% europeisk.