Anguissola tilbragte de følgende årene ved hovedsakelig kun å male offisielle portretter for hoffet, innbefattet dronningen og andre medlemmer av den kongelige familie, Filip IIs søster Juana og sønnen Don Carlos. Hennes malerier av Elisabeth av Valois og av Anna av Østerrike (Filip IIs fjerde kone) er fulle av liv. Det tok svært lang tid og energi å gjengi de intrikate utformingene av kjolene, og de detaljerte smykkene vesentlig for de kongelige motiver. Mens hun arbeidet i husholdningen til Elisabeth av Valois, arbeidet Anguissola også tett med Alonso Sanchez Coello, og det berømte maleriet av den middelaldrende kong Filip II ble på grunn av dette tilskrevet ham helt til nylig, da det ble oppdaget at Anguissola var maleriets sanne skaper.