I 2003 ble han utnevnt til visepresident for Den pavelige kommisjon for Latin-Amerika, som etterfølger etter den spanske biskop Cipriano Calderón Polo. Han var dermed den første visepresident for denne kommisjon som selv kom fra Latin-Amerika, og som den nærmeste samarbeidspartner til president kardinal Giovanni Battista Re, var han i stor grad ansvarlig for koordineringen av Vatikanets aktiviteter i Latin-Amerika.