Årsaken til Harald Harefots død er usikker. Katherine Holman tilskrev dødsfallet «en mystisk sykdom». Et angelsaksisk charter tilskrev sykdommen guddommelige dom. Harald skal ha krevd havnebyen Sandwich, derav forvist munkene i Christchurch i Dorset. Det er beskrevet at Harald lå syk og fortvilet i Oxford, og da munkene kom for å avgjøre striden om Sandwich, lå han og «ble svart mens de snakket». Bakgrunnen for denne referansen er en strid mellom Christchurch og St. Augustine's Abbey i Canterbury over lokal toll i navnet på kongen. Harriet O'Brien mener det er nok antydninger i kildene til å hevde at Harald døde av naturlige årsaker, men ikke nok til å bedømme sykdommens vesen. Angelsakserne selv ville ha beskrevet ham som alveskott, en generell henvisning til enhver uforklarlig dødsfall ved sykdom. Harald Hardefot var bare en av flere unge konger i det førnormanniske England som døde etter korte styre. Alle sønnene til Knut den mektige døde påfallende unge. Hardeknut døde den 8. juni 1042, kun 24 år gammel.