Heterokromi er klassifisert etter enten gener eller ervervet. Selv om det er en forskjell mellom heterokromi som påvirker hele øyet og heterokromi som påvirker deler av øyet, er det som oftest klassifisert som enten genetikk, eller ervervet, som også nevner om irisen eller deler av irisen er mørkere eller lysere. De fleste saker med heterokromi går på arv, forårsaket av en sykdom eller et syndrom, eller grunnet en skade. Noen ganger forandrer et øye farge etter sykdommer eller skader.