Munkekjelleren er innvendig omtrent like lang og bred som de andre kjellerrommene, men veggen strekker seg 2,5 m lenger mot Breiavatnet enn de øvrige. Østmuren er da tilsynelatende 3,5m bred. Det er imidlertid to murer, der rommet mellom den indre veggen og gavlveggen er fylt med grus og stein. Kapellet er rimeligvis yngre enn kjelleren, siden grunnmuren i ettertid er forlenget mot øst. Johan Meyer mente at kjelleren var fra kapellets byggeperiode. Andreas Emil Erichsen mente at Munkekjelleren var samtidig med Domkirkens eldste deler (). Hartvig Sverdrup Eckhoff mente at utførelsen av Munkekirken og kjelleren var så forskjellige at kapellet må ha vært yngre enn kjelleren. Cato Enger mente at ytterveggene mot Rektorhagen var laget slik det var vanlig fra 1250-årene og utover. Jan Hendrich Lexow mente at murverket i kjelleren var fra 1260-tallet. Øystein Ekroll mente det var tenkelig at overetasjen var yngre, men uten å ta stilling til alderen. Kirker ble normalt lagt i øst-vest-retning med koret i øst. Kapellet er i retning nordvest-sørøst. Årsaken er nok at kapellet er orientert i forhold til den eldre kjelleren. Det er uvisst om det var et kapell over kjelleren før brannen i 1271-1272.