Under Polen-kampanjen opererte Stab./KG 26 fra Gabbert under 1. Fliegerdivision (1. Luftdivisjon), Luftflotte 1 (Luftflåte 1). Den 7. september ble enheten satt under kommandoen til 2. Fliegerdivision, Luftflotte 4. Stab./KG 26 fikk ordre om å dra til Lübeck-Blankensee i Nordvest-Tyskland den 12. september for å begynne operasjoner i Nordsjøen. II. Gruppe hadde 35 Heinkel He 111s med 31 operative den 1. september 1939. Basert på Gabbert-Pommern under 1. Fliegerdivision, Luftflotte 1. Den angrep mål rundt Poznań gjennom kampanjen, angrep jernbanemål og polske hærstyrker i veien for den tyske fjerde armés fremrykning mellom 2. og 4. september. Operasjonene ble flyttet til flyplasser den 4.-5. september i Łódź- og Warszawa-området. Den 7. september angrep enhetene jernbanemål i Lvov-området til støtte for den tyske fjortende arméen. I./KG 26 ble trukket tilbake fra operasjoner over Polen den 12. september.