Etter grunnleggelsen av Yopal bispedømme i 1999 ble Parra Mora dens første generalvikar. Han fungerte også som pastor i San José-katedralen i Yopal fra 1999 til 2001. I tillegg var han ansvarlig for ny evangeliseringen i Yopal bispedømme fra 2000 til 2003 og for sosialpastoralt arbeid fra 2002 til 2003.