Ordenens prester skulle etterleve apostolisk etterfølgelse; de stiller seg til rådighet for paven og underordner seg ikke lokale biskoper eller fyrster. Ignatius var utdannet militær og militærets strenge orden ble gjenspeilt i jesuittordenens disiplin og indre organisering. Undervisning og vitenskap står sentralt for ordenen, og mange skoler og en rekke universiteter verden over ble grunnlagt av jesuitter. Ordenen har ingen ordensdrakt eller klostre i tradisjonell forstand, men det er vanlig at flere medlemmer bor sammen i en kommunitet.