Den tradisjonelle religionen til Nganasanerne er animisme og sjamanisme. Den er et velbevart eksempel på sjamanisme i Sibir, og er relativt fri for utenlandsk innflytelse grunnet Nganasanenes geografiske isolasjon før moderne tid. Isolasjonen gjorde sjamanismen til et levende fenomen frem til begynnelsen av 1900-tallet. På 1940-tallet bestemte Sovjetunionen å utrydde sjamanismen. Sjamaner ble fengslet og de hellige sjamanistiske symboler ble konfiskert. Den siste notable sjamanistiske seance ble opptatt på film av sosialantropologer på 1970-tallet.