Den midlertidige kirkeledelse besørget blant annet at protester mot deportasjonen av jødene og arbeidstjenesten ble lest opp fra kirkens talerstoler. Det siste ble imidlertid for mye for Quislings «norske regjering». Daværende leder av Den midlertidige kirkeledelsen Ole Hallesby ble arrestert. I tiden som kom, ble prester utestengt fra utførelsen av sine embeder og tildels sendt indre eksil. Et hundretall ble også arrestert. Den midlertidige kirkeledelse ble erstattet med Den hemmelige kirkeledelse som opererte i det skjulte med hemmelig medlemskap.