I 2000 hadde Harpers Ferry 153 husholdninger og 307 innbyggere, hvorav 9,1 % afroamerikanere. Ved utbruddet av den amerikanske borgerkrigen i 1861 var folketallet om lag 3 000, herav 10 % afroamerikanere, hvor halvparten av disse var slaver. Demografisk er 17,3 % under 18 år gamle, mens 21,8 % er over 65 år gamle. Kjønnsfordelingen er skjev, med bare 90,7 menn per 100 kvinner.