I 1996, da saken som senere skulle få navnet zaak-Dutroux (rettssak mot Marc Dutroux, hvor Dutroux var tiltalt for blant annet kidnapping, gisseltaking og mord) fikk et større omfang, ble Di Rupo beskyldt for pedofili av Olivier Trusgnach. Denne beskyldningen kunne ha betydd slutten på Elios politiske karriere. Di Rupo benektet dette og nærmere undersøkelse viste at han var uskyldig. Siden dette har han stått åpent fram som homofil.