Zamboangueño utviklet seg separat. Et fort ble bygd av spanjolene i Zamboanga i 1635. Språket har trolig oppstått fra midten av 1700-tallet, som et pidginspråk som ble brukt av arbeidere fra fortskjellige filippinske stammer, meksikanske soldater og rømte slaver fra omliggende muslimske områder. Språket har senere inntatt nye lån fra spansk og, etter 1898, fra engelsk.