VM i fotball 2006 startet med skade for Gattuso og han måtte stå over Italias første kamp i gruppespillet. Men til den andre kampen hadde Gattuso ristet av seg skaden, og fikk et innhopp. Fra den siste gruppespillskampen spilte Gattuso fast på Italias midtbane med klubbkamerat Pirlo ved sin side. I kvartfinalen mot der vant 3-0, ble Gattuso av den offisielle juryen kåret til banens beste spiller. Han leverte et godt mesterskap, og spilte både semifinalen mot og i finalen mot . Etter en dramatisk kamp endte det med seier for Italia etter straffespark, og dermed kunne Gattuso og lagkameratene juble for Italias fjerde VM-tittel.