Hos pasienter hvor blir påvist, blir målet for behandlingen å fjerne (eradikere) bakterien. Dette skjer ofte ved hjelp av en såkalt trippelkur, som består av en protonpumpehemmer i kombinasjon av to ulike antibiotika. Noen får behandling med vismut i tillegg (såkalt kvadruppelkur). Av protonpumpehemmere er omeprazol og lanzoprazol ofte brukt, og blant antibiotika finner man amoxicillin, clarithromycin, metronidazol og tetracyklin. Det finnes mange ulike kombinasjonsregimer av disse medikamentene, med varighet fra 1 til 14 dager, og en eradikasjonsrate på 81–95 %. Denne formen for behandling har revolusjonert behandlingen av magesår, hvor symptomkontroll, ved hjelp av syrehemmere som H-antagonister eller protonpumpehemmere var den eneste medisinske behandlingsmuligheten. Selv om førstelinjebehandling (dvs. behandling av fastlege) vil fjerne bakterien hos de fleste infiserte pasienter, så er antibiotikaresistens hos en økende bekymring. Resistent er dokumentert ved mislykket eradikasjonsbehandling. Inntil nylig var den anbefalte varigheten av anti-Hp-terapi 10–14 dager, men en nyere metaanalyse fant at 7 dager gir like bra resultater som 10- og 14 dagers kurer. Selv om regimer med kortere varighet ikke har samme tunge dokumentasjon, innebærer de bedre etterlevelse, færre bivirkninger og reduserte kostnader for pasienten.