Den 21. mars 1960 fant Sharpeville-massakren sted, der ble flere titalls fredelige afrikanske demonstranter skutt og drept i byen Sharpeville og den sørafrikanske regjeringen forbød samlinger på ti eller flere afrikanske personer. Som følge av denne massakren forlot Masekela landet nesten umiddelbart. Han ble hjulpet ut av landet av venner og jazzmusikere som Trevor Huddleston, Yehudi Menuhin og John Dankworth, som også fikk ham inn på Guildhall School of Music som ligger i London. I løpet av sin tid ved denne skolen besøkte han USA opp til flere ganger og han ble god venn med blant andre Harry Belafonte. Han fikk også gå på Manhattan School of Music i New York mellom 1960 og 1964 der han studerte klassisk trompet.