På begynnelsen av 1980-tallet ble han ansatt i den nystartede nyhetskanalen CNN. Det var her hans navn ble verdenskjent, etter at han var stasjonert i Badgad under Gulfkrigen i 1991. Han var en av få pressefolk som fikk tillatelse til å oppholde seg i Bagdad under bombingen av byen. Arnett og CNN fikk mye ros for sin kritiske dekning, men ikke alle var like glade for hans forsøk på å skildre andre sider ved krigen enn det som var strengt regulert av USAs militære. Blant annet så kalte general Norman Schwarzkopf ham for landsforræder og mente videre at CNN hjalp fienden. Hans mest kontroversielle rapport under denne krigen var bombingen av en fabrikk som produserte barnemat. Amerikanske militære reagerte sterkt på rapporten og påsto at den var et skalkeskjul for produksjon av biologiske våpen. Det ble aldri funnet noe bevis for at den produserte slike våpen.