Brees er personlig kristen. Han ble oppdratt som kristen, men har selv sagt at han ikke var en hengiven kristen før han ble 17, da han hadde et revnet korsbånd og lurte på hvem han var og hva hans hensikt i livet var. Brees hadde også andre prøvelser senere i livet som da han skadet skulderen i 2005; han mener selv at slike skader og probleme bare har styrket hans forhold til gud.