På grunn av valget av Joseph Clemens til erkebiskop av Köln kom det til den pfalziske arvefølgekrig med Frankrike (1688–1697), som forhindret erkebiskopen fra å slå seg ned i sitt nye domisil ved Bonn. I 1689 ble vannslottet i Brühl ødelagt av franskmennene, og kort etter erkebiskopens tilbakevendelse begynte han med gjenoppbygningen. I 1694 ble han også biskop av Liège. Imidlertid krevet paven at han skulle gi fra seg bispedømmene Regensburg og Freising. Samme år ble han koadjutor til bispedømmet Hildesheim og la ned bispeembedet i Regensburg og Freising. Dog ble han allerede i 1695 gjenvalgt av domkapitlet i Regensburg.