I 1693 oppførte Keiser sin antatt første opera i Braunschweig, og ble året etter utnevnt som ved byens nye operahus. I 1697 slo han seg ned i Hamburg og oppførte operaene og på . Han ledet operahuset fra 1703 til 1709, og komponerte i denne tiden de fleste av sine sceneverk. Keiser fikk store økonomiske problemer, antakelig var hans egen livsstil medvirkende. Johann Mattheson kommenterte at Keiser opptrådte «mer som en spradebasse enn en musiker».