Alcántara-broen har tålt tidens gang og naturlig erosjon, men har flere ganger fått skader etter krig. En av de minste buene ble ødelagt av Maurerne i 1214. Den ble ikke gjenoppbygd før i 1543, da benyttet man stein hentet fra de opprinnelige bruddene. Den andre buen på nordvestsiden ble ødelagt i 1760 av spanjolene for å stoppe portugiserne sin fremrykkning og ble reparert i 1762 av Karl III, bare for å bli sprengt igjen i 1809 av Wellingtons styrker som forsøkte å stoppe franskmennene. En midlertidige reparasjoner ble utført i 1819, men mye av broen ble ødelagt igjen i 1836 av karlistene. Broen ble gjenoppbygd i 1860 med murstein og mørtel. Etter byggingen av Alcantara-demningen, som muliggjorde drenering av elveleiet til Tajo, ble hovedsøylene fullstendig reparert i 1969.