Fassie ble besøkt på sykehuset av kjente personligheter som Nelson Mandela, Winnie Mandela og Thabo Mbeki, og hennes tilstand av på førstesiden av flere sørafrikanske aviser. Brenda døde i en alder av 39 år den 9. mai 2004 på sykehuset uten å returnere til bevissthet etter at hennes livsopprettholdende maskiner var blitt slått av. Ifølge flere sørafrikanske aviser var Fassie HIV-positiv på tidspunktet for hennes død. Hennes manager, Peter Snyman, benektet dette aspektet av rapporten. Hun ble kåret til 17.-plass på Topp 100 Great Sothafricans. Hennes sønn Bongani Fassie utførte soundtracket til den Academy Award-vinnende filmen Tsotsi fra 2005.