Geologisk er Jomfruland en del av den store endemorenen ratrinnet. Jomfruland er et stykke der ryggen på morenen (raet) stikker opp over vannet. Østover går moreneryggen under vann fra Jomfruland til Mølen i Brunlanes, og mot vest dukker den igjen opp på Tromøy. Når raet er landfast danner det rullesteinsstrender. Mellom Jomfruland og Tromøy er det farlige grunner på steder der moreneryggen nesten når opp til havoverflaten.