I slutten av april begynte så rettssaken, hvor de tyske myndighetene hevdet at besetningsmedlemmene fra kvarstadbåtene var å anse som tyske borgere og anklaget dem for å være landsforrædere, en anklage som i henhold til gjeldende tysk lov kunne medføre dødsstraff. Dommene lød på fire og ni års tukthus. Av de 161 mann som ble dømt, var det kun elleve som av ulike personlige grunner fikk kortere straff, da på ett års fengsel. De elleve mann ble i ett år behandlet som fengselsfanger, deretter ble de som NN-fanger plassert i forskjellige konsentrasjonsleire.