Ved inngangen til kolonitiden under Frankrike hadde raid og tilfangetagelse av befolkningen til slaver redusert folketallet sterkt. I 1843 beregnet franskmennene befolkningen på Mayotte til 3000, hvorav halvdelen var slaver. Både slaver og kontraktsarbeidere ble hentet fra det østafrikanske fastlandet, deriblant fra Mosambik. Den 9. desember 1848 ble det utstedt et dekret om avskaffelse av slaveriet på Mayotte, noe som ble gjennomført i 1848. Det ble fra 1846 gjort forsøk på å starte sukkerplantasjedrift og det var fortsatt behov for import av arbeidskraft. Selv om slaveriet var avskaffet var forholdene vanskelige og afrikanskættede landarbeidere gjorde i 1856 opprør mot franskmennene. Folketellingen i 1866 viste et folketall på 11 713, hvorav 31,7% var afrikanere, de fleste landarbeidende menn.