I 1923 ble han manager for Liverpool som han hadde vært direktør for en stund. McQueen tok over jobben etter David Ashworth som overraskende dro til Oldham Athletic etter og ha tatt to seriegull på rad. Han styrte klubben inn til seriegull etter at Ashworth hadde gjort mesteparten av jobben, og ble der som manager i hele 5 år enda han allerede var over 60 år gammel. McQueen ble den første tidligere spilleren i klubben til å være manager der. Før han sa opp i klubben signerte han Gordon Hodgson, den sørafrikanske toppscoreren med over 250 mål for klubben på under 400 kamper. Mens han var avgårde og speidet etter spillere for klubben, mistet han det ene beinet i en bilulykke, og det førte til hans oppsigelse. Han bosatte seg etter det i et hus et steinkast fra stadion i Kemlyn Road. Centenary Stand står nå faktisk over der huset til McQueen stod før. Han var en populær besøkende hos klubben resten av livet sitt, og i 1944 døde han i en alder av 81 år.