Haakon Haakensen var sønn av artillerist Haagen Gundersen og Haagine Pedersdatter. Han giftet seg med Julie Andersen i Trefoldighetskirken 21. juni 1884. De hadde barna Helge Amandus, Borghild Eugenie, Ingri Mathilde, Signe, Ragnhild og Aagot Helene Haakonsen . Familien holdt til i Munkegata 1.