Han var sønn av gårdbruker John Nilsen Borten og hustru Sigrid Andersdatter Kirkflaa på Borten (Oppstu) i Flå. Morbroren Erik Andersen Kirkflaa, som dessuten var gift med farens søster, Marit, var den første ordføreren i Flå. En annen av farens søstre, Kari, var gift på Reitan i Flå og mor til ordfører Henrik Larsen Reitan. Nils Borten giftet seg i Nidarosdomen i 1899 med Caroline Margrete Milde, datter av pottemaker Karl Johan Milde i Trondheim. De var barnløse.