Altona blir nevnt i skriftlige kilder første gang i 1537, da den tilhørte greven von Holstein-Pinneberg. I 1640 gikk stedet til Danmark som en del av Schleswig-Holstein. I 1644 fikk Altona byrettigheter. I 1710 hadde byen 12 000 innbyggere og var dermed den nest største byen i Danmark etter København.