Under første verdenskrig var han generalsekretær den franske hæren og krigsminister i Tsjekkoslovakia. Han var en av de ledende medlemmene av den tsjekkoslovakiske motstandsregjeringen, og hans bidrag var avgjørende for den tsjekkoslovakiske suverenitet under den første verdenskrigen. Štefánik personlige motto var: (verit, milovať, pracovať).