I pliocen var Iberá-regionen ei enorm flomslette, formet av ei elv som var karakterisert av meandere og kanaler som var separerte av naturlige diker. Endringer i jordskorpen førte til endringer i overflatestrukturen, som med tiden skapte dagens Esteros del Iberá, da elva Paraná gradvis fant sitt nye løp vest for den tidligere flomsletten. Den forlatte flomsletten forble imidlertid dekket av tallrike innsjøer og laguner, som fortsetter å eksistere takket være regntiden og det enorme reguleringsmagasinet som dannes av Yaciretá-demningen. Under Esteros del Iberá finnes dessuten et av verdens største grunnvannsreservoarer.