I krypten står to helgenskrin som formodentlig tilhører Knud og broren Benedict. Skrinet med arkader som bæres av snodde søyler, formodes å inneholde Knuds ben. Knoklene har vært innsvøpt i det kledestykke som nå ligger i et monter ved siden av helgenskrinet. Tøyet er trolig fremstillet i det bysantinske område og er av silke dekorert med ørner som bærer halvmåneformede ringer med vedheng i nebbet. Knud den Helliges hustru Adele av Flandern flyktet til utlandet etter kongemordet og ble gift med hertug Roger av Puglia i det sydlige Italia. Herfra skal hun ha sendt ørneteppet samt et kledeteppe med duer til puten under kraniet.