Systemet består av et stort antall små plasmaproteiner dannet i leveren som til vanlig er inaktiv. Når det blir aktivert vil proteaser i systemet spalte spesifikke proteiner med nye spaltende egenskaper, samt frigjøre anafylatoksiner som er kjemotaktiske. Resultatet av kaskaden blir et stort antall proteiner som går sammen og danner membranangrepskomplekset MAC som lager hull i cellemembranen på patogenet, og som består av proteinene C5, C6, C7, C8 og C9. Det er over 25 proteiner som utgjør komplementsystemet, blant annet plasmaproteiner, slimhinneproteiner og membranproteiner. De utgjør omtrent 5 % av globulinproteinene i blodplasma.