Både og kan bestemmes for å håndtere ulike korrelasjonsstrukturer i data. Dette vil si at det er en struktur i korrelasjonen mellom observasjonene i en klynge, for eksempel at observasjoner som ligger nært hverandre i tid eller rom er mer korrelerte enn observasjoner som er fjernt fra hverandre. En ustrukturert korrelasjonsmatrise legger ingen begrensninger på parametrene, men øker dermed antallet parametre som må estimeres. Spesielt for brukes derfor ofte en av følgende mer avgrensede korrelasjonsmatriser: Diagonal: Impliserer at det ikke er noen korrelasjon mellom residualene i samme klynge.