Når smeltevannet fra Himalaya i tillegg til monsunregnet øker vannmengden i Mekong slik at elven ikke klarer å frakte alt vannet ut i Sørkinahavet, snur Tonlé Sap retning og fyller opp innsjøen. Innsjøens areal varierer derfor mellom 2 700 og 16 000 km². På våren snur elven tilbake og renner igjen ut i Mekong ved Phnom Penh. Den etterlater seg silt i store områder og gjør landskapet svært godt egnet til risproduksjon.