Windisch-Graetz markerte seg også særlig under revolusjonene i 1848. Hans første ordre var å angripe Praha da det var opprør mellom tsjekkisk- og tysktalende medlemmer av byen. Byen overga seg, og den pågående panslaviske konferansen ble opphevet. Kort tid etterpå var det opprør i Wien, der mange opprørere støttet Ungarns sak. Da grev Theodor Baillet von Latour prøvde å sende soldater til Budapest for å hjelpe til med å ta byen, ble det skuddvekslinger med opprørerne, og de fikk tak i og lynsjet Latour og brukte kroppen hans til skytetrening. Keiseren flyktet, men kort tid etterpå beordret han Windisch-Graetz å bekjempe opprørerne. Windisch-Graetz' styrker og de lojale kroatiske styrkene gikk inn i Wien, plyndret og torturerte innbyggere og fikk kontroll over byen.