HW Knudsen var gift med Nanna, og de fikk to barn. Utover et hus i Sisimiut hadde de også et hus i Næstved, og han og Nanna flyttet dit da de ble pensjonister. Han ble i 2018 diagnostisert med lungefibrose, og hans død to år senere var forårsaket av dette i samspill med COVID-19.