Etter bybrannen i 1561 fikk han i 1562 reist Muren i Bergen, delvis med stein fra det forfalne Munkeliv kloster. Bygget var angivelig kjent som «Den Rosenkrantzke Muur», men verken Edvard Edvardsen som skrev sin i 1694, eller Bernt Lorentzen som har skrevet (1952), bruker dette navnet om Muren som i dag huser Buekorpsmuseet. Byrådet i Bergen ba kong Frederik II om å sikre at gater og allmenninger ble gjort bredere for å hindre flere storbranner, og at grunneierne fikk gjenreise husene sine på vilkår som nevnt i de gamle grunnbrevene. Erik Rosenkrantz støttet dem i dette og ledet nyreguleringen, der en ny allmenning ble anlagt midt på Strandsiden (senere kalt Murallmenningen). Murallmenningen ble anlagt delvis på tomter tilhørende Trond Benkestok, delvis på Rosenkrantz' eiendom. I første omgang ble den kalt Rosenkrantzallmenningen. Det var lysthagen sin han mistet ved anleggelsen av denne branngaten, men til gjengjeld fikk han området mellom Mulelven og Hellen, et område Bergen kommune først fikk tilbake i 1877.