Meagher var av katolsk familie. Fra han var elleve år, sendte familien ham til jesuittenes Clongowes Wood College i County Kildare. Det vat her han begynte å utvikle sine oratoriske gaver, og som 15-årig ble han medaljist i . Disse talegaver skulle senere utmerke Meagher blant lederne av den irske nasjonalbevegelse.