Sammensetningen av Tunguska-meteroritten er fortsatt gjenstand for diskusjon. I 1930 foreslo den britiske astronomen F.J.W. Whipple at himmellegemet som traff Tunguska var en liten komet. En komet-meteoritt, som hovedsakelig består av is og støv, kunne ha blitt fullstendig fordampet av sammenstøtet med Jordens atmosfære, uten å etterlate seg noen spor. Komethypotesen ble også understøttet av de glødende himlene (eller «himmelglød» og «opplyste netter») som ble observert over hele Europa i dagevis etter sammenstøtet, som muligens kunne forklares med støv og is som hadde blitt spredt fra kometens hale over den øvre atmosfæren. Komethypotesen oppnådde innen 1960-tallet generell aksept blant sovjetiske Tunguska-forskere.