Som medlem av forsvarskomiteen støttet hun sterkt et militært engasjement i Afghanistan fordi hun mente at det ville bidra til å bedre levekårene for afghanske kvinner som hadde lidd under Talibans styre. Clinton stemte i oktober 2002 for , som bemyndiget president George W. Bush til å ta i bruk militærmakt mot Irak dersom dette skulle bli nødvendig for å gjennomtvinge en FN-resolusjon etter at diplomatiske virkemidler var blitt ytterligere forsøkt.