Han nektet sin å be om fratreden fra pave Pius VII i 1801, og bidro med denne avvisningen til å fremkalle skismaet til . Fast i sin opposisjon sivilkonstitusjonen ble han også motstander mot konkordatet. En betydelig del av hans presteskap fulgte ham og ble motstandere mot de nye ordninger. Brev fra hans eksil, falske eller autentiske, opprettholdet denne motstandsbevegelsen i sognene. Uenige sogneprester blir enten fordrevet eller tolerert. I 1803, etter inntrykk fra fra Dupin, prefekt for Deux-Sèvres, ba Bonaparte kongen av Spania om å arrestere Coucy. Han ble deretter fengslet og kom seg ikke ut før i 1807, etter foranledning fra Abbé Émery og erkebiskop Fesch. Han frasa seg imidlertid ikke bispedømmet La Rochelle.