Den 27. august 1963 døde Du Bois under en reise sammen med sin kone i Accra i Ghana i en alder av 95 år, bare én dag før Martin Luther King, Jr's skulle holde sin berømte "Jeg har en drøm»-tale. Du Bois ble gravlagt på det som sener ble kalt Du Bois Memorial Centre og som ligger i Accra i Ghana.