I oldtidens Egypt henviste navnet Faiyum til 21. (distrikt) i Øvre Egypt og ble kalt for (Nordlige Sykamore) med det administrative sentrum i Shedyt. Senere, i antikkens ptolemeiske Egypt ble det kalt for og deretter av Ptolemaios II Filadelfos. Byens moderne navn fra koptisk: (derav egennavnet ) som har betydningen «Sjøen» eller «Innsjøen». Det koptiske navnet er avledet fra sen gammelegyptisk , og har samme betydning ved at det viser til den nærliggende saltsjøen Birkat al-Qarun (gresk: Μοἵρις, ). Det greske navnet er avledet fra gammelegyptiske («den store sjøen»). Stedet har også blitt kalt for sjøen, den rene sjøen og mer høytidlig Osiris' sjø. I mellomrike ble ofte hele området henvist til som sjøen Mer-Wer.