Fjorden har innløp mellom Marstein fyr i sør og holmen Tekslo i nord. På sydsiden ligger øyene Storakalsøy, Hundvåko, Store Skorpo og Varden. Øst for Varden ligger det nordlige innløpet til Bjørnafjorden. På nordsiden ligger Tofterøy og øya Sotra. Mellom Tofterøy og Sotra går Austefjorden 8 kilometer nordover. Øst for Sotra fortsetter Raunefjorden nordover. Krokenes vest for Krokeide skiller Lysefjorden i sør fra Fanafjorden på nordsida.