På begynnelsen av den tredje sesongen hang trusselen om et angrep fra Dominion via markhullet over stasjonen. I den første episoden, , ankommer Sisko stasjonen med USS «Defiant», en prototype som ble bygget for å bekjempe borgene, men som ble vurdert å være «overgunned and overpowered». Skipet forble ved stasjonen resten av serien og ga både mulighet for forsvar og historier hvor de kunne dra fra stasjonen.