Han ble i 1912 von Aehrenthals etterfølger som utenriksminister. Under de to Balkankrigene 1912-13 og frem til første verdenskrig gikk hans anstrengelser ut på å styrke Østerrike-Ungarns innflytelse på Balkanhalvøya. Allerede sommeren 1913 hadde han resignert angående utsiktene til en fredelig løsning av Balkanproblemet, og tok også med i beregningen faren for en eventuell krig med Russland og Frankrike. Det var fremfor alt den såkalte storserbiske bevegelse og dennes fremste mål - fremtrengen til Adriahavet – som von Brechtold fryktet og bekjempet.