I løpet av vinteren gjorde Hooker også noen endringer i den øverste kommandoen, inkludert sine korpskommandanter. Kommandantene over «Left Grand Division», generalmajor William B. Franklin som sverget på at han ikke ville tjene under Hooker, og II Corps, generalmajor Edwin Vose Sumner, ble fratatt sin kommando på anbefaling fra Burnside i den samme ordren som utnevnte Hooker som kommandant. IX Corps var en potensiell friksjonskilde i hæren fordi det var Burnsides gamle korps, derfor ble det utløst som en separat organisasjon og sendt til Virginiahalvøya under ledelsen til brigadegeneral William Farrar Smith, tidligere kommandant av VI Corps. Både Franklin og Smith var tvilsomme for Hooker på grunn av deres tidligere politiske manøvrer mot Burnside og på vegne av McClellan .