Jakovlev var den første sovjetiske politiker som i 1989 anerkjente eksistensen av de hemmelige protokollene som ble nedtegnet under Ribbentrop-Molotov-pakten med det nasjonalsosialistiske Tyskland i 1939. Da Gorbatsjov ble sovjetisk leder i 1985, ble Jakovlev utnevnt til seniorrådgiver, og han bidro til å forme sovjetisk utenrikspolitikk ved å oppfordre sovjetisk ikke-intervensjon i Øst-Europa.