Etter den sovjetiske annekteringen av Litauen i 1940 som følge av Molotov–Ribbentrop-pakten ble universitetet administrert av Den litauiske sosialistiske sovjetrepublikk, bortsett fra den perioden byen var under tysk kontroll under andre verdenskrig. Etter at Litauen ble uavhengig i 1990 under oppløsningen av Sovjetunionen har universitetet vært landets fremste universitet.