Som leder for landets militære styrker grep Musharraf makten i et militærkupp i 1999, hvor han avsatte den demokratisk valgte statsministeren. Han utnevnte seg selv til president i 2001, og holdt en folkeavstemning i 2002 for å legitimere sitt styre. Etter en rekke politiske grep høsten 2007, som innebar utskiftning av dommerne i høyesterett, fratreden fra det militære og en seksukers unntakstilstand, sikret han sitt fortsatte lederskap, men måtte gå av året etter, da opposisjonen truet han med riksrett for maktmisbruk gjennom flere år.