Den 10. juni 1967, siste dag av seksdagerskrigen, kom Quneitra under israelsk kontroll. Den ble en kort stund gjenerobret av Syria under Jom kippur-krigen i 1973, men Israel tok tilbake kontrollen i en motoffensiv. Byen ble nesten helt ødelagt før israelerne trakk seg tilbake i juni 1974. Den ligger nå i den demilitariserte United Nations Disengagement Observer Force Zone mellom Syria og Israel, like ved den grensen mellom de to land, og er befolket av bare noen få familier. Syria nektet å bygge opp byen igjen og har aktivt gått i mot nyinnflytting i området.