Det fins måter å klassifisere instrumenter i dette systemet selv om de innehar elementer fra mer enn en gruppe. Slike instrumenter kan ha særlig lange klassifiseringsnumre med koloner og bindestreker i tillegg til numrene. Hornbostel og Sachs nevner selv eksemplet med sekkepiper der enkelte av pipene har enkeltrør (som en klarinett) og andre har dobbeltrør (som oboen). En rekke liknende sammensatte instrumenter finnes.