Samme natt flyktet Becket til hest i strømmende høstregn. 2. november 1164 tok han et skip til Frankrike og slo seg ned ved Sens, der begge parter fremla saken sin for Pave Alexander 3. Våren 1166 kom Beckets første trusler mot kong Henrik om ekskommunikasjon hvis det ikke kom til et forlik. Til pinse 1166 ekskommuniserte han en rekke av Henriks rådgivere, deriblant biskop Gilbert av London og biskop Josceline de Bohon av Salisbury. Becket og kongen inngikk forlik 22. juli 1170, men Becket vendte først tilbake til England i desember samme år.