Jernbanen mellom Praha og Wien på midten av 1800-tallet gjorde Třeboň til en spa og ferieby. Ekspresstog mellom Praha og Wien passerte tidligere gjennom byen Třeboň, men går i dag en østligere rute via Tsjekkias nest største by Brno. Fra 2023 vil det igjen gå direkte tog daglig fra Praha til Wien via Třeboň.