Det satte Dafydd ap Llywelyn fri til å gjøre som han ville da kong Henrik ikke lenger kunne benytte Gruffudd imot ham, og det brøt ut krig mellom ham og kong Henrik i 1245. Llywelyn støttet sin onkel i de heftige kampene som fulgte. Owain ble imellomtiden satt fri av Henrik etter hans fars død i håp om han ville starte en innbyrdeskrig i Gwynedd, men han ble værende i Chester, og da Dafydd døde februar 1246 uten å etterlate seg en arving, var Llywelyn den nærmeste til å overta ledelsen.