Studier fra nordvestlige Europa viser at trollflaggermus er en av de tre flaggermusartene som hyppigst blir drept i vindturbiner; de to andre er storflaggermus og tusseflaggermus. Disse artene flyr ganske høyt i de frie luftmasser, mens andre flaggermus flyr lavere og derfor sjelden kolliderer med rotorbladene. Det er helst uerfarne ungdyr som mister livet. Isotopundersøkelser av individer drept ved tyske vindkraftverk tyder på at de drepte trollflaggermusene kommer fra de nordlige baltiske land og Russland. Tap av hule trær er en annen trussel. Arten er regnet som sårbar og er beskyttet i Habitatdirektivet.