Duruflé skrev fremfor alt kirkemusikk for kor og orgel. Selv om han komponerte hele livet, offentliggjorde han kun en brøkdel av sin produksjon. Hans verker fra senromantikken, impresjonismen og vokalmusikk inspirert av gregoriansk sangtradisjon talte bare 14 opusnumre. Blant orgelverkene rager høyest hans op. 5 fra 1932 samt op. 7 fra 1942. Særlig berømt ble hans fra 1941 for soli, kor, orgel og orkester.