Presidenten velges av medlemmer av nasjonalforsamlingen, underhuset i parlamentet, og er vanligvis lederen i det største partiet, som har vært African National Congress (ANC) siden valget 27. april 1994. Den første presidenten som ble valgt i henhold til den nye konstitusjonen var Nelson Mandela, som ble etterfulgt av Thabo Mbeki i 1999. Mbeki ble etterfulgt av Kgalema Motlanthe i september 2008 og var president frem til mai 2009, da Jacob Zuma overtok. I §5, seksjon 88, i konstitusjonen begrenses en presidents maksimale funksjonstid til to perioder. Presidenten blir valgt etter hvert parlamentariske valg, noe som gir enhver president en periode på mellom fem og ti år.