Det var der han ble forfremmet til stillingen som sjefsetterforsker i Ramallah og visesjefsetterforsker i Judea. Mellom 1995 og 1997 ledet Ilan Gaza-desken, og var da den overordnede etterretnings- og operasjonssjef for Gaza-regionen. Det var i denne egenskap at Ilan spilte en sentral og avgjørende rolle ved elimineringen av den ledende terroristen kjent som «ingeniøren», Yahya Ayyash, som var Hamas' fremste bombemaker og leder for Vestbredden-bataljonen av Izz ad-Din al-Qassam-brigadene.