Banjo-Kazooie adopterte mange av elementene som gjorde Super Mario 64 til en stor suksess. Spilleren må utforske store 3-dimensjonale baner i søken etter puslespillbiter, . På hvert brett skal man også forsøke å finne de 5 , små skapninger som kommer i 5 forskjellige farger. Når man har funnet alle blir Banjo belønnet med en Jiggy. Spillet hadde også sine egne ideer slik som trollmannen Mumbo-Jumbo (Hokus Pokus). Hos Mumbo kan Banjo og Kazooie bli forvandlet til en annen skapning, for eksempel en hvalross, en krokodille eller et gresskar. Slik kan de få tak i puslespillbiter som ellers ville vært utilgjengelige. Etter hvert som de to vennene kommer dypere og dypere inn i Gruntildas hule vil de også få mulighet til å lære nye og mer avanserte evner fra Bottles.