Rothstein var i 1941–1943 redaktør ved Office of War Information, og i 1943–1946 for Army Signal Corps. Som fotograf for hæren var han blant annet i Kina, Burma og India under andre verdenskrig. Etter andre verdenskrig fotograferte han for United Nations Relief and Rehabilitation Administration (UNRRA) blant annet Shanghaighettoen og nødhjelpen under sulten i Kina. I Shanghaigettoen overlevde jøder i kummerlige forhold etter å ha flyktet fra jødeforfølgelsene i Europa. Rothstein dokumenterte forholdene i gettoen på oppdrag av UNRRA.