FAS omfatter både fysiske og mentale skader på praktisk talt alle funksjoner i kroppen og hjernen. Barn med FAS blir ofte født for tidlig, har lav fødselsvekt og et lite, ujevnt hode med flatt ansikt, øyne som sitter langt fra hverandre, nese som står opp og tynn overleppe. De spiser og sover unormalt. Fysiske defekter på ytre og indre organer er vanlig. De kan dessuten ha dårlig motorikk og balansesans, svekket syn og hørsel. Barn med FAS er ofte hyperaktive og har konsentrasjonsproblemer, og får dermed ikke sjelden diagnosen ADHD. FAS kan i tillegg omfatte lærevansker, dårlig korttidshukommelse og manglende evne til å tenke logisk. Personer med FAS kan også ha dårlige sosiale og empatiske evner, og dermed få problemer når de er sammen med andre mennesker. Barn med FAS kan også ofte ha autisme, Aspergers syndrom eller ADHD med autistiske trekk.