Den 2. januar 1960 utnevnte pave Johannes XXIII til titulærbiskop av og hjelpebiskop av Youngstown. Biskopen av Youngstown, Emmet Michael Walsh, bispeviet ham den 24. mars samme år; medkonsekratorer var biskopen av Columbus, Clarence George Issenmann, og hjelpebiskop i Cleveland, John Joseph Krol. James William Malone deltok på alle fire sesjoner av Andre Vatikankonsil. Den 29. januar 1966 ble Malone apostolisk administrator av Youngstown.