Hohenlohe var som ministerpresident opptatt av å styrke båndene mellom Bayern og Det nordtyske forbund. Han reorganiserte den bayerske hær etter prøyssisk forbilde, fikk istand et militært forbund mellom Det nordtyske forbund og de tyske statene i sør. Han inntok en ledende rolle i etableringen av tollparlamentet, hvor han i 1868 ble valgt til visepresident. En kombinasjon av ultrakonservative katolikker og antiprøyssiske nasjonalister, tvang ham imidlertid til å gå av i begynnelsen av 1870. En særlig foranledning var hans avvisning av dogmet om pavelig ufeilbarlighet.