Misjonsstasjonen San Miguel de Velasco er den femte på UNESCOs liste, og ble grunnlagt i 1721 av jesuittene Fr. Suarez og Fr. Hervás. San Miguel var en utskudd fra misjonsstasjonen San Rafel som en følge av den kraftige befolkningsveksten der. Kirken ble bygget mellom 1750 og 1757 av en arkitekt man tror har vært samarbeidspartner eller elev av Martin Schmid. Kirken ble restaurert i perioden 1979 til 1983 som en del av Hans Roths prosjekt.