Anslagsvis 90 % av Malis befolkning er muslimer, hvorav de fleste er sunnimuslimer, 9 % tilhører urbefolknings- eller tradisjonelle, animistiske trosretninger]], mens 1 % er kristne (omtrent to tredeler katolske, og en tredel protestanter. Ateisme og agnostisisme er antatt å være uvanlig i Mali, da de fleste praktiserer sin tro på en daglig basis. Den formen for islam som praktiseres i Mali, er moderat, tolerant, og tilpasset de lokale forholdene. Forholdene mellom muslimene og de religiøse minoritetene, er på et minnelig nivå. Grunnloven har lagt grunnlaget for etablering som sekulær stat, og sikrer landets innbyggere religionsfrihet, og styresmaktene i landet respekterer i all hovedsak denne rettigheten.