I fredstid er Bundeswehr underlagt forsvarsministeren, mens i krigstid blir forbundskansleren øverstkommanderende. Tysk lov lar det imidlertid være opp til regjeringen å ensidig definere om noe er krigstid etter nasjonal tysk rett selv om Tyskland i folkerettslig forstand er involvert i en krig; kriger Tyskland har deltatt i i nyere tid i Afghanistan og Kosovo har ikke vært definert som krig og krigstid etter nasjonal tysk rett, selv om de regnes som dette etter folkeretten. Bundeswehr ledes av en generalinspektør (forsvarssjef). Forbundsrepublikken Tyskland hadde verneplikt for menn fra 1956 til den ble suspendert i 2011, og Bundeswehr er i dag et rent profesjonelt forsvar. Kvinner fikk adgang til å tjenestegjøre som vervede soldater i Bundeswehr etter en dom i EF-domstolen i 2000, men har aldri hatt verneplikt. Grunnloven har fortsatt bestemmelser om verneplikt for menn, slik at verneplikten kan gjeninnføres ved et eventuelt behov.