Malalai Joya ble født 25. april 1978 i den vesle landsbyen Ziken i det fjellrike distriktet Anar Dara i det vestlige Afghanistan. Malalai er et populært navn i Afghanistan etter en av de store frihetskjemperne i Afghansk historie: Malalai fra Maiwand. Hun er nummer to i rekken av ti barn og den eldste av syv døtre. Tre dager etter hennes fødsel kom den Sovjetiske invasjonen, og de flyttet til Fatah som er hovedbyen i provinsen. Hennes far var medisinerstudent og mistet et bein mens han kjempet i den afghansk-sovjetiske krig. Malalai Joya var fire år da hennes familie flyktet fra Afghanistan til flyktningleirer i Iran og deretter Pakistan. Hun fullførte sin utdannelse i Pakistan og begynte å holde litterære kurs for kvinner på 19. Etter at de sovjetiske troppene forsvant fra Afghanistan, dro Malalai Joya tilbake i 1998 under Talibans regime. Under Talibans styre etablerte hun et barnehjem og helseklinikk og ble snart et talerør mot Taliban. Under Talibans styre begynte hun som undergrunnsaktivist å kalle seg «Joya» – et navn som har en viktig betydning i Afghanistan etter forfatteren og demokraten Sarwar Joya.Malalai Joya er gift.