Thorne ble gift for første gang den 18. mars 1827 med Henriette Dorothea Schive (født 28. september 1800 på Kongsberg, død 15. juni 1841), etter hennes død giftet han seg på ny med Gurine Johanne Paasche (født 30. mars 1817 i Bergen, død 8. juli 1897 i Kristiania) i Bergen 21. september 1842.