Agardh offentliggjorde også bredere, generelle botaniske oversikter med (1825) og (1826), hvor han på en ny måte klassifiserte plantearter og -grupper, med en bedre taksonomi enn i tidligere verker. Han behandlet også plantenes anatomi og fysiologi, et arbeid som hadde vært neglisjert innenfor den taksonomisk orienterte Linné-tradisjonen. Han utga en lærebok i botanikk som ble oversatt til tysk, og befattet seg med praktiske avlings- og landbruksspørsmål.