Da kommunen og Fylkesmannens miljøvernavdeling ikke ble enige om reguleringsspørsmålet ble saken oversendt til regjeringen ved Kommunal- og moderniseringsdepartementet for avgjørelse. I juni 2016 traff regjeringen vedtak om at sjøflyplassen kunne driftes videre, og at dette kunne løses ved en endring av enkelte punkter i gjeldende reguleringsplan. Daværende statsråd i Kommunal- og moderniseringsdepartementet Jan Tore Sanner (H) uttalte at regjeringen lot det veie tungt at et nesten enstemmig kommunestyre i Bærum godkjente fortsatt drift av sjøflyhavnen. På denne bakgrunn vedtok Bærum kommune i mars 2017 en endring av reguleringsplanen for område 14 og 15 på Fornebu, i tråd med Kommunal- og moderniseringsdepartementets vedtak.