Etter slutten av Andre verdenskrig begynte biskop Willekens å tilpasse den katolske kirke i Nederlandsk Ostindien til de skiftende omstendighetene. Han opprettholdt gode kontakter med indonesiske myndigheter og strebet etter å utnevne til sentrale oppgaver så mange fra det lokalt utdannede indonesiske presteskap som mulig.