Fordi fytansyre er en forgrenet fettsyre (med en metyl-gruppe i 3-posisjon) kan den ikke omdannes via beta-oksidasjon, som de fleste andre fettsyrer. Det første trinnet må skje ved hjelp av såkalt alfa-oksidering. Denne prosessen foregår i en subcellulær organelle kalt peroxisomet. For å brytes ned må fytansyre først bindes til coenzym A (CoA), og transporteres inn i peroxisomet. Inne i peroxisomet omdannes fytansyre til pristansyre, ved hjelp av enzymet phytanoyl-CoA-hydroxylase (phyh) som spalter av det første carbon-atomet. Pristansyre kan deretter brytes ned på vanlige måte gjennom beta-oksidasjon.