Den 8. mars 1657 giftet han seg med Karine Iversdatter Vind (1626–1705) i Odense, datter til Iver Vind (1590–1658) og Helvig Skinkel (1602–77). En av sønnene fra det andre ekteskapet var Iver von Ahnen (1659–1722), som også ble embetsmann. Ahnen døde den 15. november 1675. Han var da amtmann i Bratsberg amt.