I løpet av 1400-tallet utvandret funjfolket nord til Alodia og okkuperte landet. Mellom 1504 og 1505 ekspanderte kongeriket og nådde sitt høydepunkt ved etableringen av hovedstaden ved Sennar i dagens Sudan under Badi II Abu Daqn (ca. 1644–1680). Ved slutten av århundret hadde også funjene konvertert til islam. De presset sitt rike vestover mot Kordofan. De ekspanderte østover, men ble bremset opp av Etiopia. De kontrollerte Nubia ned til tredje katarakt. Økonomien var avhengig av beseirede fiender til fylle opp hæren og på handelsmenn som reiste gjennom Sennar. Under Badi IV (1724–1762) vendte hæren seg mot kongen, og reduserte ham til ingenting annet et gallionsfigur. I 1821 ble funjene erobret av Muhammad Ali (1805–1849), pasha av Egypt.