Berlin er sete for et protestantisk bispedømme, som tilhører Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz. Videre er byen sete for et katolsk erkebispedømme, Berlin erkebispedømme. Som reaksjon på tvangsforeningen av den lutherske kirken og den reformerte (kalvinistiske) tradisjonen oppstod på 1800-tallet Selbständige Evangelisch-Lutherische Kirche, også kalt «den gammellutherske kirke». Fra 1800-tallet har også baptister vært representert i Berlin, og er med sine 36 menigheter den største frikirken i hovedstaden. De driver også flere diakonale institusjoner.