John Charles Carter var sønn av Lilla Charlton og Russel Whitford Carter. han var ti år da foreldrene skilt, og snart etter giftet moren seg på nytt med Chester Heston, hvorpå gutten fikk nytt etternavn. Den nye familien flyttet til det velbergede Wilmette i Illinois, en forstad nord for Chicago, der den unge Heston studerte ved New Trier High School i Winnetka i Illinois. Hans dyktige innsats i skolens dramaproduksjoner førte til et studiestipend for Northwestern University i fødebyen Evanston.