Strukturen er svært skjematisk. Evangeliet forteller om syv «tegn», som kulminerer i oppvekkelsen av Lasarus (et frampek på Jesu oppstandelse), og syv «jeg er»-utsagn og -taler, som kulminerer i Tomas' proklamasjon av Jesus som «min herre og min Gud» – den samme tittelen som den romerske keiser Domitian tok.