I 1938 innledet han sin filmkarrière i UFA og hans teateropptredener i Berlin gjorde ham til en av hovedstadens mest populære skuespillere. Etter krigsutbruddet økte propagandaministerens press for å få ham til å skille seg fra sin kone, men Gottschalk nektet. I 1941 kom beskjeden om at hans kone og sønn ville bli deportert til ghettoen i Theresienstadt. Joachim Gottschalks søknad om også å bli deportert sammen med sin familie ble avvist. Da de ikke så noen annen utvei begikk han, hans kone og sønn selvmord.