Magistraten fikk fra 1665 åtte medlemmer, men allerede i 1686 ble antallet redusert til fire: president, borgermester og to rådmenn. Lederen hadde fra 1665 tittelen magistratspresident (den første var tyskeren Peter Dreyer), nestlederen borgermester og de øvrige rådmann. Magistraten kunne henvende seg direkte til de sentrale statlige organene i København.