Under andre verdenskrig lå det et treningssenter for ubåter i Pillau, og byen var sterkt militært befestet. I 1945, da Den røde armé gikk inn i Østpreussen i provinshovedstaden Königsberg. Det er anslått at over 450 000 personer ble ferget fra Pillau mot sikrere områder lenger vest i Tyskland i løpet av de siste krigsmånedene. Byen var også utgangspunkt for flyktninger som valgte landeveien vestover. Ruten gikk over isen på det smale sundet mot Frische Nehrung. Etter voldsomme kamper kapitulerte Pillau 25. april 1945 som den siste østprøyssiske byen. Byen ble annektert av Sovjetunionen og russifisert under navnet Baltijsk. I 1947 var alle tyske innbyggere enten forvist, deportert eller drept. Befolkningen ble erstattet av russere.