Historikerne William Miller og George Finlay beskriver Johannes III som en svak hersker med hang til underholdning, luksus og utsvevelser. Han viste ingen interesse for skjebnen til sin egen far som ble holdt som fange av «megas doux» Johannes evnukken av Limnia. Da Johannes evnukken lå for døden marsjerte Niketas Scholares til Limnia og fikk satt Mikael Megas Komnenos fri. Sammen dro de tilbake til Trapezunt hvor de avsatte Johannes III og gjeninnsatte Mikael som keiser. Den 3. mai 1344 ble Johannes III forvist til Mar Saba-klosteret på Vestbredden i nåværende palestinsk område, bevoktet av bysantinske vakter.