Utviklingen innenfor molekylærgenetikk er en annen årsak til at mange av dagens biologer går bort fra å bruke begrepet underart. Det viser seg ofte at tidligere definerte underarter var basert på variasjoner i farge og kroppsbygning, som ikke har samsvar med genetiske særtrekk. Samtidig avslører molekylærgenetikken såkalte kryptiske arter. Dette innebærer at populasjoner som ikke kan adskilles ved hjelp av morfologi, kan ha vært forplantningsmessig isolert i lang tid. Selv om de tidligere ikke en gang har vært regnet som underarter, kan det være riktig å betrakte dem som adskilte arter.