Joseph Lillies far ble mester i Københavns snekkerlaug i 1776. Han selv studerte ved Kunstakademiet og vant i 1774-75 sølvmedaljer, i 1777 den lille guldmedaljen og i 1779 den store. Han ble informator i Akademiets bygningsklasse i 1783. Dette var trolig med på å hjelpe ham da snekkerlauget ville hindre ham i å drive snekkerverkstedet han overtok da faren døde. Det ble vedtatt av Kancelliet at han hadde alle laugsrettigheter uten å gjøre mesterstykket.