Johnsen har samisk grunnfag fra Universitetet i Tromsø (1992). Han er utdannet teolog (cand.theol.) med praktisk-teologisk eksamen fra Det teologiske menighetsfakultet (1997/1998). Johnsen hadde et studieopphold ved det teologiske urfolkssenteret Dr. Jessie Saulteaux Resource Centre, United Church of Canada i 1997 og har siden studietiden arbeidet teologisk med samiske og urfolksrelaterte temaer.