I september 1517 kom Karl til provinsen Asturia, og Cisneros skyndet seg for å møte ham. Men på veien ble han syk (ikke uten mistanke om forgiftning). I denne svekkende tilstand fikk han et brev fra Karl som kjølig takket ham for hans tjenester, og entlediget ham slik at han skulle kunne vende tilbake til sitt erkebispedømme. Noen få timer etter dette, som i praksis innebar en oppsigelse (som imidlertid noen sier at kardinalen ikke fikk kjennskap til) døde kardinal Cisneros i Roa den 8. november 1517.