En langvarig diskusjon mellom arkeologer handler om hovedfunksjonene til palasset, om det primært fungerte som et administrativt senter, et religiøst senter eller begge deler. Andre viktige diskusjoner tar for seg Knossos' rolle i administrasjonen av bronsealderens Kreta, og om Knossos var det primære senteret eller på like fot med andre samtidige palasser som har blitt oppdaget på Kreta. Mange av disse palassene ble ødelagt og forlatt i første del av 15. århundre f.Kr., muligens av mykenerne, selv om Knossos forble i bruk til det ble ødelagt av brann rundt hundre år senere. Det er verdt å merke seg at Knossos ikke viser tegn til å være et militært sted. Ingen befestninger eller våpenlagre er blitt funnet. Minoisk kultur var et bemerkelsesverdig ikkemilitaristisk samfunn. På samme måte var posisjonen til minoiske kvinner uvanlig sammenlignet med andre samtidige samfunn.