Flagget ble innført av parlamentet i Montenegro 12. juli 2004. En ny lov om nasjonalsymbolene, der flagget fastsettes i paragraf fem, ble da vedtatt som et ledd i forberedelsene til full selvstendighet. Motivet i riksvåpen og flagg ble i denne sammenheng forklart med at en gull dobbelthodet ørn var Montenegros riksvåpen under Danilo II (1851–1860), som regnes som grunnleggeren av den montenegrinske staten. Flagget ble første gang offisielt heist 15. juli 2004. Det fortsatte å være Montenegros nasjonalflagg etter at landet brøt ut av unionen med Serbia og erklærte selvstendighet 3. juni 2006.