Under andre verdenskrig distanserte Epp seg stadig mer fra nasjonalsosialismen, men hans kritikk gikk ikke så mye mot nasjonalsosialismens mål, men snarere mot enkelte partifunksjonærer som han mislikte og hvordan de styrte. Da krigen gikk mot slutten, utstedte Paul Giesler, som siden 1942 hadde overtatt som ministerpresident, arrestordre på ham, da Epp gjennom sin adjutant, major Günther Caracciola-Delbrück hadde innledet en dialog med under ledelse av Rupprecht Gerngroß, den tyske motstandsbevegelsen mot nasjonalsosialistene i Sør-Bayern. Planen var at Epp skulle erklære nødstilstand i Bayern og innenfor denne unntakstilstanden kapitulere overfor amerikanerne og overlevere alle stridskreftene til dem. Med hjelp av SS-enheter slo Gieseler ned dette forsøket på blodig vis og mer enn 40 personer ble henrettet, deriblant major Caracciola-Delbrück. Epp ble arrestert og fraktet til Salzburg, hvor han etter en stund ble satt i amerikansk krigsfangenskap.