Tidlig i oktober 1816 forlot Fanny Imlay Godwins hus i London og begikk selvmord i et vertshus i Swansea. Detaljene rundt hennes død og hennes motiver er omdiskuterte, men imidlertid hevder William St Clair i sin biografi over familiene Shelley og Godwin at Fanny var på veg for å besøke sin tanter i Irland. Han mener at det var et besøk med den hensikt for å se om hun kunne bli en lærer ved deres skole. Forskeren Todd har derimot spekulert i om hun reiste for besøke Mary Godwin og Shelley. I henhold til henne hadde Fanny ikke noe ønske om å leve sammen med tantene, men ville flykte fra Godwins hus. Todd argumenterer at Fanny hadde en hengivenhet for Shelley og følte at hans hjem var hennes eneste redning. Ved å tolke utklipp fra den poesi som Shelley kan han skrevet etter hennes død konkluderer Todd at Shelley så henne i Bath og avviste henne ettersom han hadde behov for å beskytte Claires rykte og sitt eget på denne tiden. Etter at Shelley avviste henne, konkluderer Todd, besluttet Fanny ta sitt eget liv.