I 1980-årene var Mommsen blant de sterkeste motstandere av Ernst Noltes tese om en sammenheng mellom forbrytelsene til henholdsvis kommunismen og nasjonalsosialistene. Han var også blant de ledende kritikere av Daniel Goldhagens bok «Hitlers Willing Executioners – Ordinary Germans and the Holocaust» (Hitlers villige eksekutører – alminnelige tyskere og holocaust). Mommsen mente at antisemittismen var en nødvendig, men langt fra tilstrekkelig årsak til holocaust. Han kritiserte det han kalte «det voyeuristiske element» i Goldhagens framstlling, og understreket behovet for avstand til objektet ved en vitenskapelig vurdering.