Bioconductor Et programvareprosjekt med åpen kildekode som har som mål å bidra med verktøy for å analysere genomiske data. Bioconductor byggerhovedsakelig på R, men inneholder også kode fra andre språk. J-Express Et brukervennlig verktøy for å analysere mikromatrisedata Genetools En samling vevsbaserte metoder for annotering gener og for å utføre analyse basert på genontologi Gene Ontology Prosjekt for å beskrive gener på bakgrunn av biologisk prosess, molekylær funksjon og cellulær lokasjon.