I 1992 gjorde Fischer comeback da han vant en revansjematch mot Spasskij i Beograd. Matchen var et brudd på USAs sanksjoner mot Jugoslavia og medførte at amerikanske myndigheter utstedte en arrestordre på Fischer. Etter terrorangrepet 11. september 2001 uttalte Fischer til filippinsk radio at «Dette er virkelig strålende nyheter, det er på tide at jødene får sparket inn hodene. Det er på tide å gjøre seg ferdig med USA en gang for alle.» Det amerikanske sjakkforbundet inndro medlemskapet hans etter dette.