Ryktene om grusomhetene hans nådde helt fram til Mexico by, og i stedet ble presten Vasco de Quiroga sendt til området. Først holdt han til i Tzintzuntzan, men flyttet hovedkvarteret til Pátzcuaro i 1540. Vasco de Quiroga forsøkt blant annet å gjøre purépechaene mindre avhengig av spanjolene ved å lære dem opp i ulike håndverk som kunne gi inntekter, og han etablerte skoler og sykehus. Han igangsatte også byggingen av den store basilikaen i sentrum.