Senere blir Watson tilsynelatende drept i en eksplosjon, om bord på et fly. Hun dukker kort tid senere opp i beste velgående, men hun og Peter blir separert i påfølgende nummer. Parker blir ansatt som lærer ved hans tidligere videregående skole, og møter den gåtefulle Ezekiel som besitter lignende edderkopp-superkrefter. Parker blir deretter med i superhelt-teamet The New Avengers. Etter at deres respektive hjem blir ødelagt av en forvirret, superkraftig tidligere klassekamerat fra videregående skole, flytter Parker, Watson og tante May til Stark Tower. Parker begynner å arbeide som Tony Starks assistent, samtidig som han er frilanser for avisen The Daily Bugle. I en tegneserie-utgave fra 2005 gjennomgår Parker en transformasjon, som utvikler superkreftene hans. Men senere innfører amerikanske myndigheter en ny lov kalt «Superhuman Registration Act» som gjør at Spider-Man må avsløre sin hemmelige identitet som Spider-Man for offentligheten.