Den opprinnelige versjonen, Merlin 1A, brukte en billig, brukbar, ablativt avkjølt karbonfiberforsterket polymerkomposittdyse, og produserte 340 kN (76.000 lb) skyvekraft. Merlin 1A fløy bare to ganger: Først 24. mars 2006, da den tok fyr og sviktet på grunn av en drivstofflekkasje kort tid etter lanseringen, og den andre gangen 21. mars 2007, da den fungerte vellykket. Begge gangene ble Merlin 1A montert på en første etappe av Falcon 1.