I sin første start for Jets 13. september mot Cleveland Browns kastet Fitzpatrick for 179 yards, to touchdowns og en interception i en 31–10 seier. I uke 8 pådro Fitzpatrick seg en seneskade i venstre tommel i en kamp mot Oakland Raiders, og ble tatt ut av kampen. Geno Smith tok over for ham, og Jets tapte eventuelt 20–34. To dager senere ble Fitzpatrick operert, og erklærte at han fremdeles kom til å stille til start uken etter.