Rangeringen har helt fra begynnelsen fått kritikk for ikke å være representativ og favorisere britiske universiteter. En av kritikerne, Andrew Oswald, påpeker for eksempel at Stanford University i USA ifølge rangeringen er det 19. beste universitetet i verden, men i løpet av de siste to årtiene har vunnet tre ganger så mange nobelpriser som Cambridge University (nr. 2 på listen) og Oxford University (nr. 3 på listen) gjorde til sammen. Rangeringen behandler universitetene som én enhet, slik at hvis universiteter har fremragende eller svake fagmiljø kan en ikke lese dette ut av rangeringen. Dessuten er rangeringen også til en viss grad mer en omdømmemåling enn kvalitetsmåling, siden forskere kvalitetsbedømmer undervisning de ikke har deltatt på og studentenes egne vurderinger er utelatt.