Regenereringen ble alltid skrevet inn i historien før 2005. Da serien begynte igjen i 2005, ble det ikke vist at den åttende Doktoren regenererte og ble til den niende Doktoren. Russel T. Davies sa i en episode av at å vise regenereringen etter en så lang pause ville ha forvirret mange av seerne og siden man ikke visste hvem den åttende Doktoren var så hadde man også mistet dramatikken. Den niende Doktoren kommenterer utseendet sitt i episoden , noe som indikerer at regenerasjonen har skjedd nylig. Dette ble også plukket opp senere, ved 50-årsjubileet i 2013, da det ble skrevet inn en ekstra Doktor (Krigs-Doktoren) mellom den åttende og den niende Doktoren.