EFS har cirka 17 000 medlemmer. Den er en demokratisk organisasjon i folkebevegelsetradisjonen og har sin basis i cirka 500 tilsluttede lokalforeninger (misjonsforeninger og EFS-grupper) organisert i sju distrikter og med en felles riksorganisasjon med sete i Uppsala. De fleste lokalforeningene fungerer som autonome enheter, ikke helt uliktmenigheter, men det finnes også et flertal samarbeids- og samvirkeskirker hvor en misjonsforening eller EFS-gruppe driver en lokal kirke i samarbeid med en menighet innenfor Svenska kyrkan.