Hughes ble født 8. januar 1853 ved Solina i nærheten av Bowmanville i det som da var provinsen Canada West. Han fikk utdanning i Durham County og gikk senere på Toronto Normal School og Universitetet i Toronto. I 1866 sluttet han seg til 45th (West Durham) Battalion of Infantry i det canadiske heimevernet og var med på å bekjempe Fenianraidene i 1860- og 1870-årene.