Relatert til størrelse/populasjon er Fredrikstad/Sarpsborg det største byområdet i Norge uten universitet. Riktignok har heller ikke Grenland eller Drammen universitet, men der har fylket lokalisert høgskoleutdanning til byene. I Østfold prioriterte man å bygge opp høgskolen primært i Halden. De siste årene har det likevel vokst frem en del høgskoletilbud på Kråkerøy i Fredrikstad, blant annet ingeniørutdanning. Østfold sykepleierhøgskole holder også til der. Institutt for journalistikk er også lokalisert i Fredrikstad.