I og i alle de etterfølgende spillene, unntatt PSP-spillet , er hovedpersonen , en stum karakter på 15 år. Hans beste venn er , en breikjeftet fyr som blir transformert til en Ottsel, en blanding av en oter og en røyskatt, i begynnelsen av spillet. De to guttene bor i landsbyen Sandover sammen med Samos, Mesteren av Grønn Eco, og datteren hans Keira. Keira bygger Zoomeren som Jak og Daxter benytter seg av flere ganger i spillet til å forflytte seg fra sted til sted.