IUCrs høyeste organ er generalforsamlingen, som er sammensatt av representanter oppnevnt av de 50 medlemsorganisasjonene ("adhering bodies"). Av disse er 48 ulike enkeltland, inkludert alle nordiske land unntatt Island, og to regionale grupperinger som representerer henholdsvis Latvia, Ukraina og Tunis (under European Crystallographic Association) og Bangladesh, Indonesia, Malaysia, Singapore, Thailand og Vietnam (under Asian Crystallographic Association).