Under dotcom-boomen seint på 1990-tallet kom det mange nye gründerbedrifter til San Francisco. Et stort antall gründere og informatikere flyttet til byen, etterfulgt av markedsførere, designere og salgspersoner, noe som endret den sosiale oppbygningen til byen, og gjorde at tidligere fattige strøk ble gentrifisert. Økt behov for nye boliger og kontorer førte til en andre runde med bygging av høyblokker, denne gangen primært i South of Market. I 2000 nådde byen en ny befolkningstopp, høyere enn den tidligere rekorden fra 1950. Da bobla brast i 2001 ble mange av disse selskapene lagt ned, og de ansatte mistet jobbene sine. Likevel er høyteknologi og gründerbedrifter fortsatt bærebjelker i San Franciscos økonomi, og sosiale medier-boomen på 2000 og 2010-tallet har ført til fortsatt vekst i industrien. Veksten for nasjonale hypermarkeder og forretningskjeder i byen har med vilje blitt forvansket ved politisk og kommunal konsensus. For å bevare små private bedrifter i byen støtter Small Business Commission en PR-kampanje for å beholde en større andel av pengebruken i den lokale økonomien, og bystyret har brukt byplanleggingen for begrense hvilke strøk de store kjeden kan få etablere seg; dette er tiltak som har fått støtte blant befolkningen.