Mellom 1991 og 1993 vedtok Riigikogu statsborgerskapslover som gjorde det vanskelig for etniske minoriteter som ikke hadde tilknytning til landet før 1940 eller behersket estisk, å oppnå statsborgerskap. President Meri grep inn og sørget for visse tillempinger, så saken ikke ble stående i veien for Estlands inntreden i Europarådet. Det var også uro for at Russland kunne bruke grensetvister og gjenværende militære styrker i Estland som pressmidler, om ikke minoritetsspørsmålet ble minnelig løst.