Franklin fikk ledelsen over et korps i Department of the Gulf og deltok i det skjebnesvangre Red River-felttoget i 1864. Han ble såret i foten i slaget ved Mansfield i Louisiana. Han ble tatt til fange av major Harry Gilmors konfødererte partisaner i et tog i nærheten av Washington, DC, i juli 1864, mens han såret var på vei tilbake fra slagmarken. Resten av hans krigskarriere var preget av hemningen av skaden og forfulgt av hans uhell i politikk og som kommandant. Han fikk ikke flere kommandoer, selv med hjelp fra sin klassekamerat fra West Point, venn og fremtidige president, Ulysses S. Grant.