Da Moyes døde i 1807, fortsatte Nicol dette arbeidet. Dette gjorde han så godt, at da han slo seg ned i Edinburgh, begynte han også å undervise ved universitetet der i byen. Han ble tilbudt en fast stilling, men avslo da han kun trengte pengene han fikk for forelesningene til å forske i sitt eget laboratorium han hadde hjemme. Der levde han et meget avsondret liv opptatt med å studere krystaller og andre gjenstander under mikroskopet.