Etter pave Leo XIIIs encyklika (1893) med en inspirasjonslære som avgrenset seg mot Loisys oppfatning men istedet hevdet Bibelens fullstendige feilfrihet, tapte han sitt læreoppdrag der. Han virket i noen år som sjelesørger i et utdannelsesinstitutt for dominikanerinner, til han ble alvorlig syk i 1899. Som bredt utdannet vitenskapsmann og produktiv forfatter fikk han en sterk virkning i teologiske kretser. I (grunnlagt 1896) skrev han sammen med Joseph Turmel under mange pseudonymer, og med dette fikk de seg til å fremstå som en bred vitenskapelige bevegelse, og klarte å skjære klar av den kirkelige sensur.