Det har vært menneskelig bosetning i det som nå er Sør-Dakota i flere tusen år. De første innvånerne var paleo-indianere som levde som jegere og sankere. De forsvant fra området rundt 5000 år før Kristus. Mellom 500 og 800 år etter Kristus levde et nomadefolk i sentrale og østlige deler av Sør-Dakota. De regnes til de førkolumbiske kulturene som kalles «haugbyggere», etter de mange gravhaugene som de har etterlatt seg i det amerikanske landskapet. Midt på 1300-tallet ble hundrevis av menn, kvinner og barn massakrert i Crow Creek ved elven Missouri, noe som senere er avdekket ved arkeologiske utgravninger.