Den 13. november hadde tropper fra Al-Qaida og Taliban i følgeskap med Osama bin Laden, regruppert, og konsentrerte sine styrker i hulekomplekset Tora Bora ved den pakistanske grensen, 50 km sørvest for Jalalabad. Her forberedte de seg for en kamp mot Nordalliansen og NATO-troppene. Nesten Al-Qaida- og Taliban-tropper befestet sine stillinger i bunkere og fjellhuler. Den 16. november begynte amerikanske bombefly å bombe forsvarsstillingene i Tora Bora. Samtidig begynte personell fra CIA og spesialstyrkene å arbeide i området. De betalte lokale krigsherrer for å delta i kampene, og planla angrepet på Tora Bora-komplekset.