Bassam Sabas far, Antoine Saba, arbeidet for et oljeselskap, moren Delena Saba var hjemmeværende. Familien var musikalsk og hans eldre søsken lærete ham å spille nay. Saba studerte senere nay, oud og fiolin ved det libanesiske nasjonalkonservatorium i Beirut. Fra 1976 studerte han klassisk vestlig musikk og fløyte ved Conservatoire Municipal des Gobelins. Ved Gnessininstituttet i Moskva fullførte han fra 1979 til 1985 mastergradsstudier i fagene fløyte og musikkpedagogikk.