Øverste organ i forumet er representantskapet, der alle medlemsorganisasjonene utpeker én representant. Representantskapet velger den politiske ledelsen i FOKUS, dvs. styret, som består av fem medlemmer. Fra 2017 er Sylvi Graham leder for forumet. Forumet har et ansatt sekretariat i Oslo som bistår styret i dets arbeid.