Under andre verdenskrig stilte Fransk Polynesia seg i løpet av 1941 på Charles de Gaulle og De frie franske styrkers side. Fler enn 300 franskpolynesiere meldte seg frivillig til De frie franske styrker og 76 av dem ble drept. USA etablerte i 1942 en militærbase på Bora Bora, der soldater ble stasjonert. Basen ble benyttet som forsyningsstasjon for ruten mellom USA og Australia. Få lokale ble sysselsatt på basen, men den fikk likevel stor økonomisk betydning. Havnen ble utbygd, det ble anlagt kystartilleri og luftforsvarsanlegg, samt flyplass på land og anlegg for å ta imot sjøfly. Det var ikke kamper i Fransk Polynesia under andre verdenskrig og betydningen av basen avtok etter hvert som amerikanerne rykket fram over Stillehavet. Den ble avviklet 2. juni 1946.