Innsjøen er 597 m dyp, noe som gjør den til den dypeste innsjøen i USA, den nest dypeste innsjøen i Amerika og nummer syv på listen over verdens dypeste innsjøer. Kanten på calderaen varierer i fra 2100 til 2400 moh. Den gjennomsnittlige høyden på selve innsjøen er 1883 moh. Crater Lake har ingen inn- eller utløp. Vannet i sjøen har oftest en skarp blåfarge. Den imponerende gjennomsnittlige dybden på denne vulkanske innsjøen skyldes det relativt fuktige klimaet som er typisk for toppen av Cascade Mountains.