Populistene og de mer innvandringsfiendtlige delene av partiet hadde rykket inn i mange av liberalistenes gamle posisjoner, og Hagen hadde store problemer med å håndtere dem da han frem mot årtusenskiftet ville gjøre Fremskrittspartiet mer ansvarlig. I Oslo Fremskrittsparti var Einar Lonstad og hans allierte kommet i maktposisjon, og i nominasjonsstriden før kommunestyrevalget 1999 var Lonstad og Oslo-nestformann Dag Danielsen klare for å kaste gruppeleder Svenn Kristiansen. Hagen advarte partifellene i Oslo mot en ensidig innvandringsmotstand og støttet Kristiansen, men maktet ikke å hindre Lonstad i å ta førsteplassen. På Fremskrittspartiets landsstyremøte i februar 1999 advarte Hagen mot at FrP måtte bli et «én-saks-parti» og formanet medlemmene om å gå etter innvandrings, ikke menneskene.