Biskop Sträter betraktet krigsutbruddet i 1939 som en og unngikk å tale om seier eller til og med å be for det, slik Aachener Kirchenzeitung gjorde. Han tok bevisst heller aldri hendelser i krigens gang. En konsekvens av krigen for ham var at han etter annekteringen av de tysktalende belgiske områdene, som tidligere hadde tilhørt bispedømmet Liège, også ble utnevnt til apostolisk administrator for Eupen-Malmedy av Roma den 25. juni 1940. Sträter protesterte uten hell skriftlig mot den såkalte i 1941, da åtte klostre i Aachen, blant dem fransiskanerklosteret, ble stengt og medlemmene av ordenene forvist. Han så i tiltakene som krenket . Han må ha visst at nazistaten alltid hadde vært en urettferdig stat. Han holdt sin siste preken i Aachen domkirke nyttårsaften 1942. I den ba han folket i bispedømmet om å være og forbli .