Zakros er noen ganger delt inn i («Øvre Zakros»), delen høyere oppe på høydedraget, og («Nedre Zakros»), delen nær havet. En ravine kjent som «de dødes ravine» går gjennom både de øvre og nedre delene av det antikke stedet, oppkalt etter tallrike gravene som er funnet i hulene langs murene.