Langs sitt løp danner elva grensa mellom delstatene Goiás, Mato Grosso, Tocantins og Pará. Omtrent midtveis i løpet deler Araguaia seg i to grener, en vestlig som beholder navnet Araguaia og en østlig gren kalt . Elvegrenene løper senere sammen, og danner dermed Bananaløya, verdens største elveøy.