Körner var fra 1924 medlem av Bundesrat for sosialdemokratene. Han satt som medlem til 1934, det siste året som nasjonalforsamlingens formann. Etter den væpnede oppstanden mot styret til Engelbert Dollfuß i februar 1934 ble Körner arrestert og anklaget for forræderi. Han slapp ut fra fengselet senere samme år og arbeidet som forsker i krigsarkivet fra 1935 til 1943. I 1944 ble han på nytt arrestert.