I krigsårene var S.66 flyene benyttet av flyvåpenet som redningsfly og ambulansefly, stort sett omkring den italienske halvøya, med base i Elmas og Olbia sjøflybasene på øya Sardinia. Flere ganger var S.66 flyene angrepet, blant annet ved feil av et CR.42 jagerfly 2. august 1940. Ved flere anledninger var S.66 sendt ut for transportformål til Nord-Afrika, Korsika og Spania, som da I-MARE forulykket ved motorsvikt 29. april 1941 i Roma Lido uten tap av menneskeliv. I 8. januar 1943 forulykket I-PRUA utenfor havnebyen Ajaccio på Korsika, med tap av menneskeliv.