England og Skottland dannet en personalunion i 1603, da Jakob I ble konge av begge land. 12. april 1606 innførte han det nye unionsflagget. Det er ikke bevart noen flagg fra denne tiden, og det er tvilsomt om det noen gang ble brukt på land i det 1600-tallet. Utover at det var en sammensetning av det engelske og det skotske flagget er det ikke beskrevet noen detaljer i det kongelige dekretet. Det walisiske flagg var det ikke aktuelt å ta med, fordi Wales hadde blitt innlemmet i England under Edvard I og ikke førte noe eget flagg på denne tiden.