Fotballen rullet videre selv om krigen rammet Norge. Norgesserien ble avlyst, men både cupen og kretsserien ble gjennomført i 1940. I semifinalen vant FFK over Sarpsborg med 1-0. Cupfinalen mot Skeid på Ullevaal ble spesiell. Det ble budt både hele og halve gjøkalver for kampbillett, og de fleste forsto nok at dette var alt annet enn en vanlig cupfinale. Kongefamilien hadde rømt, og nasjonalsangen var forbudt av regjeringen. Likevel reiste publikum seg til spontan sang av "Ja, vi elsker" før kampen. Denne cupfinalen godtas ikke av NFF, men FFK regner den med til sine titler. Deretter fulgte fire år uten toppfotball. Idrettsminister Axel Stang oppnevnte en «sportsführer» som skulle lede klubbene, noe som førte til at NFF protesterte. Den tidligere FFK-spilleren Fridtjof Resberg ble «fotballfører» og NFF følte seg kuppet. Idrettsfolk over hele landet gikk til streik. Illegale idrettslag blomstret opp, og formen ble holdt ved like gjennom smugtrening og ditto kamper mellom blant annet Fredrikstad, Sarpsborg og Sparta. Nazistene gjorde alt for å få i gang den organiserte idretten igjen, og truet med både bøter og fengselsstraffer for dem som motarbeidet regimet. Høsten 1941 talte generalsekretæren i det nazistiske idrettsforbundet på et møte i Fredrikstad og slo fast at norsk konkurranseidrett hadde gått nedenom og hjem. - Vil ikke Fredriksstad Fotballklubb spille fotball før England vinner krigen? spurte generalsekretæren. Ingen svarte. Idrettsstreiken varer krigen ut.