Jan van Santen ble ordinert til prest den 23. juli 1797 av erkebiskop Johannes Jacobus van Rhijn. Han utøvde prestetjeneste i Schiedam fra 1797 til 1825. I 1806 ble han medlem av metropolitankapittelet, i 1814 sekretær for kapittelet og etter Willibrord van Os død i 1825 biskoppelig vikar, sammen med Wilhelmus Vet, biskop av Deventer.