I 1957 ble Zulfikar Ali Bhutto det yngste medlemmet i Pakistans delegasjon til FN. Han holdt et innlegg i forbindelse med «United Nations Sixth Committee on Aggression» den 25. oktober 1957 og ledet den pakistanske delegasjonen til «United Nations Conference on the Law of the Seas» i 1958. Det samme året ble Bhutto landets yngste statsråd, da han ble utnevnt til energiminister av president Muhammad Ayub Khan, som tok makten og erklærte unntakstilstand. Han ble etterhvert også utnevnt til å lede finans-, informasjons- og industridepartementet. Bhutto ble en nær rådgiver til Ayub, hans påvirkningskraft og makt økte, trass i hans unge alder og uerfarenhet i politikk. Bhutto rådet Ayub til å forhandle fram Indus Water Treaty med India i 1960. I 1961 forhandlet Bhutto en oljeleteavtale med Sovjetunionen, som også inneholdt avtaler om økonomisk og teknisk hjelp til Pakistan.