Breton tjenestegjorde på nytt i det medisinske korps i den franske hæren ved utbruddet av den andre verdenskrigen. Det fascistiske Vichy-regimet forbød hans skrifter som «den fullstendige negasjonen av den nasjonale revolusjon» og Breton ble tvunget til å rømme for livet. Han fikk hjelp av amerikanerne Varian Fry og Harry Bingham til å komme seg til Karibia og USA i løpet av 1941. Breton ble kjent med forfatteren Aimé Césaire fra Martinique, og skrev senere innledningen til utgivelsen av (1947). I løpet av sin landsforvisning i New York City møtte han Elisa, en kvinne fra Chile, som senere ble hans tredje hustru.