James Moynagh trakk seg som biskop den 5. februar 1970. Under borgerkrigen i Nigeria, Biafra-krigen, var Calabar i den landsdel som forsøkte å selvstendiggjøre seg fra resten av Nigeria. Biskop Moynagh hadde han i 1969 reist ut fra landet på et fredsoppdrag. Han var i utlandet ved krigens slutt, og fikk da ikke lov til å vende tilbake til sitt bispesete.