I den tredje sesongen har X.A.N.A. vært veldig stille i både den virkelige verden og Lyoko, og har ikke gjort noe mens gruppen hadde to uker sommer ferie. X.A.N.A. trenger fremdeles en datamaskin for å eksistere, men nå er han ikke avhengig av en bestemt data, og kan i stedet leve i Internettet hvis han ønsker det. Jeremie har laget et nytt skanneprogram som kan finne X.A.N.A., som avslører at X.A.N.A. gjemmer seg i USA, noe som gjør at Jeremies mål blir og finne en måte for å overføre gruppen til Internett. Siden Aelita fikk minnet sitt tilbake fra Franz Hopper, kan hun nå demateraliseres på vanlig måte. Hun har til og med en kraft og beskytte seg med i Lyoko (energikuler). Mens Yumi har bestemt seg for å ikke ha et forhold til Ulrich, og foretrekker og bare være venner. I Carthage (sektor 5), finner gruppen Lyokos kjerne, som X.A.N.A. ønsker knust, og siden X.A.N.A. er fri fra superdataen er angrepene fra X.A.N.A. mye kraftigere en før. X.A.N.A. må fremdeles aktivere tårn, men kan utføre mye krafigere angrep en hva han kunne da han var fanget i superdataen. X.A.N.A. kan ta over mange mennesker samtidig, noe som gjør det mye vanskeligere for gruppen å komme seg fra skolen til fabrikken. I et forsøk i å isolere gruppen fra Carthage (sektor 5) håper X.A.N.A. at han kan fjerne tilgangen til Carthage (sektor 5) ved å slette sektorene de må bruke for å komme dit så kan de ikke stoppe han. Ved å bruke Scyphozoaen sin for å ta over Aelita kan X.A.N.A. bruke henne til og skrive in "Code XANA" i et av tårnene noe som gir han full tilgang til sektoren tårnet er i, noe han kan bruke for å slette sektoren. Til tross for at gruppen gjør sitt beste, greier X.A.N.A. til slutt å slette alle 4 sektorene. Heldigvis så finner Jeremie en måte å komme direkte til Carthage (sektor 5) på. Når de etter hvert finner ut at de er for få mot X.A.N.A.s voksende krefter, bestemer gruppen seg for å la William Dunbar bli med i gruppen deres for å få litt mer styrke. Dette viser seg å være en stor tabbe, siden under Williams første tur til Lyoko, så bruker X.A.N.A. Schyphozoaen sin for å ta over William. Med kontroll over William greier X.A.N.A. uten problemer og knuse Lyokos kjerne, noe som gjør at superdataen er nesten ubrukelig. Inne i den tomme superdataen, blir William transformert til en mørk utgave av seg selv, og nå som han har vært under kontroll av X.A.N.A. en stund har han blitt enda sterkere. Samtidig får Jeremie en kodet melding på Internett fra ingen andre enn Franz Hopper, som på en eller annen måte overlevde ødelegelsen av Lyoko.