Karbon kan også tilføres via elver som oppløst organisk karbon og omdannes av fotosyntetiske organismer til organisk karbon. Dette kan enten utveksles gjennom næringskjedene eller utfelles i de dypere, mer karbonrike lagene som dødt bløtvev eller i skjell og bein som kalsiumkarbonat. Karbonet sirkulerer i disse lagene i lange perioder før det enten avsettes som sediment eller returneres til overflatevann via den termohalin sirkulasjonen.