Fukuyama var oppnevnt som medlem av USAs delegasjon til de egyptisk-israelske samtalene om palestinsk selvstyre under president Ronald Reagan 1981–1982 og medlem av The President's Council on Bioethics under president George W. Bush 2001–2004. Fra oppstarten i 1997 var han tilknyttet den nykonservative tankesmien Project for the New American Century. I årene 2006–2008 fungerte han som rådgiver for Muammar al-Gaddafi gjennom selskapet Monitor Group. I 2005 var han med på å grunnlegge kvartalstidsskriftet , hvor han er formann i redaksjonsrådet. Han er også styremedlem i tankesmiene Global Financial Integrity og Inter-American Dialogue samt tilknyttet Carnegie Endowment for International Peace og Center for Global Development.