Brækken arbeidet som generalsekretær for Redd Barna i Norge fra 1999 til 2009. I denne perioden lyktes hun med å doble organisasjonens inntekter og spilte en nøkkelrolle i å legge til rette for en omfattende internasjonal fusjon mellom alle de 28 internasjonale Save the Children-organisasjonene. I 2010 ble hun administrerende direktør for Norsk olje og gass, en stilling hun hadde til 2015.