Sjöfartsverket ledes av et styre som består av styreleder samt elleve ordinære representanter, hvorav tre personalrepresentanter. Sjöfartsverket har sin sentrale administrasjon i Norrköping. Den regionale organisasjonen er konsentrert til den svenske kysten og de store innsjøene. Virksomheten er inndelt i seks ulike områder (affärsområden). Langs kysten finns ni losområder: Luleå, Gävle, Stockholm, Södertälje, Kalmar, Malmö, Göteborg, Marstrand og Vänern/kanalen. I Göteborg finns sjø- og flyredningssentralen.