Allerede som 25-åring dømte Milton Nielsen i den danske Superligaen og tre år senere ble han FIFA-dommer. Da han la opp som dommer hadde han dømt 154 internsjonale kamper og 53 kamper i Mesterligaen, hvilket er rekord. Milton Nielsen ble en av de mest rutinerte dommerne i verden med tre EM-sluttspill, to VM-sluttspill, finale i Mesterligaen, finale i UEFA-cupen og finale i UEFA Supercup.