Etter uenighet med professoren og hertugen reiste Sabinus i 1555 tilbake til Frankfurt/Oder, og ble her . Den brandenburgiske kurfyrste Joachim II sendte ham på en rekke diplomatiske oppdrag i utlandet. I Året 1560 ble han syk under en reise for kurfyrsten til Italia, reiste vinteren tilbake til Frankfurt/Oder og døde kort etter.