En måkekoloni har vært tilstede siden 1988, selv om måker ble observert på breddene av den nye øya bare uker etter at den først dukket opp. Måkekolonien har vært av spesiell betydning for utviklingen av plantelivet på Surtsey, og måkene har på grunn av sitt høye antall hatt en mye større innvirkning på plantekoloniseringen enn noen andre hekkende fugler. En ekspedisjon fant i 2004 de første bevis på at lundefugl hekker på øya. Lundefugler er svært vanlige på resten av øygruppen.