Selskapet har siden starten hatt et sterkt samarbeid med SAS, som frem til januar 2009 eide 47,2 % av aksjene i airBaltic. Selskapet har flere daglige flygninger fra Riga til SAS' baser i København, Oslo og Stockholm. Selskapet deler også lounge med SAS, og opererer med slagordet "Well connected with SAS". Sitt samarbeid til tross, airBaltic er ikke medlem av den globale flyalliansen Star Alliance, men har enkelte codeshare-flygninger med medlemmene.