Fader Koliqi ble arrestert av de kommunistiske myndigheter 3. februar 1945 og dømt til to års fengsel. Etter løslatelsen ble han raskt arrestert på nytt, og i 1946 dømt til fem års fengsel. I 1951 gjentok det samme seg, om denne gangen ble han dømt til tvangsarbeid. I alt måtte han utstå 21 års tvangsarbeid og 21 år i vanlig fengsel for forbrytelser som å ha organisert katolsk ungdomsarbeid eller lyttet til utenlandsk radio. I 1986 ble han benådet på grunn av høy alder.