Juryen var ikke overbevist og den 21. desember 1954 fant de Sheppard skyld i mord. Han ble til fengsel på livstid. Etter dommen fikk Sheppard to ganger fryktelige nyheter: den 7. januar 1955 hadde hans mor begått selvmord og 11 dager senere hadde hans far dødd av bløende magesår.