Invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 kalt «Operasjon Barbarossa», var trolig en hovedgrunn til beslutningen om å tilintetgjøre jødene. Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør, skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen. Drapsmetoden var først masseskyting, noe som var det vanlige på erobret sovjetisk territorium. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke var en rask og hemmelig nok metode, og de tok i bruk såkalte gassvogner til å drepe jøder fra sent i 1941. Innen utgangen av 1941 var mellom og jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie».