I 1999 startet 16 klubber i Sarpsborgdistriktet et samarbeid der målet var å skaffe et best mulig fotballag for distriktet. Den første sesongen for den nye samarbeidsklubben Sarpsborg Fotball, hvis utgangspunkt var Sarpsborg Fotballklubb, ble en nedtur med nedrykk fra andre til tredje divisjon. Dette resulterte i at flere klubber, deriblant SFK og Sparta, trakk seg fra samarbeidet. De gjenværende klubbene dannet en ny klubb kalt Fotballforeningen Sarpsborg, senere Borg Fotball, og rykket opp til andre divisjon i 2002. Klubben rykket riktignok ned igjen året etter, og da Sparta, som nå på ny blei en del av fotballsamarbeidet igjen, gikk motsatt vei. Fk Sparta Sarpsborg betalte ut Borg fotballs gjeld slik at de unngikk konkurs, de kunne da brukes som et B-lag i 3 divisjon under navnet til FK Sparta Sarpsborg. I 2004 ble de nummer to, bak FK Tønsberg, i 2. divisjon, mens de i 2005 i norsk fotball. | 2005 rykket opp etter å ha vunnet 15-0 mot Fram Larvik i siste serierunde. På tross av at de ble trukket 2 poeng på grunn av rot med spillergodkjennelse, berget Sparta plassen i Adeccoligaen med en 10.-plass i 2006.