Ezeta klarte å opprettholde politisk stabilitet i landet mens naborepublikkene Honduras og Guatemala var i krig, men han mistet etterhvert støtten fra de store jordeierne og ble avsatt 9. juni 1894 i et kupp («De 44s revolusjon») iverksatt av en allianse mellom de militære og jordeierne med støtte fra Nicaragua, Guatemala og Honduras, og ledet av Rafael Antonio Gutiérrez.