Siden ferdigstillingen av Skoltegrunnskaien i 1917 omfatter havneområdet i Vågen ca 241 dekar. Vågen er dypest i midtre del og ved utløpet, med en dybde på opptil henholdsvis 16 og 18 meter. Mellom disse områdene finnes en naturlig terskel på omtrent 9 meters dyp.