Etter denne delen av oppdraget brukte de Venus' gravitasjon for å gi romsondene ny fart for å begi seg mot Halleys komet. Den 6. mars 1986 gjorde Vega 1 sin nærmeste passering av kometen, ca.  km fra kometkjernen, og 9. mars var Vega 2 på sitt nærmeste,  km fra kometkjernen. Hensikten var å finne ut hva kometens kjerne bestod av, dimensjoner, form, temperatur og hva overflaten var utgjort av. Prosjektet ble avsluttet med dette.