Agonglo ga flere nye guder og kulter innpass i Dahomeys åndelige liv. Flere av de tidligere kongene hadde tillatt voodoo-guder (vodun) fra naboland, men det er ikke funnet bevis for at noen før Agonglo hadde gitt kristendommens Gud innpass. Han skal ha bedt Sophie, en av hans mange hustruer, om å installere den kristne guden i palasset. Sophie var den første kongelige hustruen i Dahomey som hadde europeisk bakgrunn. Hun var av afrikansk-nederlandsk herkomst. Hun fikk bygget opp en helligdom i palasset, og den romersk-katolske kirken, som i vesten kun har mannlige prester, ble representert i den dahomeiske kongens palass med palassets kvinner som prester og beskyttere. Agonglo var opptatt av å øke handelen gjennom havnen i Whydah, og så for seg at han kunne skaffe seg våpen og støtte fra portugiserne hvis han lot seg omvende til kristendommen. To prester ble sendt fra Portugal for å døpe kongen. De hadde ventet at han skulle erklære at hele befolkningen skulle kristnes, men hadde ikke sett for seg hvor stor opposisjonen mot dette, og mot kongen, var. Motstanden førte blant annet til to kuppforsøk.