I 1805 kom en kongelig forordning som forbød begravelser inne i kirken. Det var ikke sømmelig at bygninger innviet til «det Høieste Væsens Dyrkelse» samtidig skulle brukes som «Gjemmesteder for Legemer der overgives til Forrodnelse». Det var også regnet som helsefarlig. Gravkjellerne under domen ble fylt med grus og sjøsand. Mot slutten av århundret var gravstedene i veien for restaureringen av kirken. Alle de etterreformatoriske gravene ble gravd opp, og de kistene som kunne flyttes, ble tatt opp og gravd ned ute på kirkegården.