Frem til 22. april 2020 er det begrensede holdepunkter for å støtte bruken av hydroksyklorokin mot koronavirus-sykdommen (covid-19). Det pågår studier, men fordelene med behandlingen er uklare. Selv om bruken ikke er godkjent av FDA for covid-19 er det fra 7. april 2020 lov å teste medisinen via en «Emergency Use Authorization» i USA. Noen benytter den off-label for sykdommen. Den 24. april 2020 med henvisning til risikoen for «alvorlige hjerterytmeproblemer», la FDA ut en advarsel mot å bruke stoffet mot covid-19 «utenfor sykehus eller kliniske studier».