I 1989 ble Pietro Parolin flyttet til den apostoliske delegasjon i Mexico. Der bidro han i sluttfasen av arbeidet som var startet under den apostoliske delegat erkebiskop Girolamo Prigione og som førte til den juridiske anerkjennelse av den katolske kirke i 1992, og til etableringen av diplomatiske forbindelser mellom Den hellige stol og Mexico etter 130 år. Disse forhandlingene førte til at Mexico i offisielt henseende mistet sitt sekulære og anti-geistlige preg, som hadde vært forankret i grunnloven, og som tidligere på 1900-tallet hadde manifestert seg i alvorlige katolikkforfølgelser og Cristerokrigen.