Zanzibar har også ført flagg i tidligere perioder i sin historie. I tiden da Zanzibar var et uavhengig sultanat førte landet et rødt flagg, noe som viser innflytelsen fra Oman der røde flagg var vanlige. Da sultanatet Zanzibar ble selvstendig 10. desember 1963 ble det innført et flagg med rød duk og en grønn runding i midten der det var plassert to kryddernellik i gul farge. Dette flagget ble benyttet til 1964 da sultanen ble styrtet og et nytt flagg basert på partiflagget til de nye makthaverne ble innført. Dette var blått over svart over grønt og ble Folkerepublikken Zanzibars flagg. Også dette flagget ble bare benyttet i kort tid. I slutten av april 1964 gikk Zanzibar inn i union med Tanganyika og Tanzania ble til. Det ble innført et felles flagg for Tanzania der den blå trekanten skal representere øya Zanzibar.