Lokale jegere blant karitianafolket har i lang tid snakket om en tapir som de kalte liten svart tapir på sitt språk, men forskerne har antatt at det var snakk om småvokste eksemplarer av amazonastapiren (). Dette fordi området det var snakk om ligger sentralt i denne artens utbredelsesområde. Det har imidlertid lenge vært kjent at denne arten har stor genetisk spredning, men underarter har ikke i særlig grad vært kartlagt. Et funn i 2009 gjorde imidlertid sitt til at det ble igangsatt vitenskapelige undersøkelser i området. Da viste det seg at det man trodde var en variant av nevnte amazonastapir i virkeligheten var en hittil uoppdaget selvstendig art. Etter flere år med studier ble oppdagelsen publisert i det vitenskapelige tidsskriftet Journal of Mammalogy 94(6):1331-1345 i desember 2013. Oppdagelsen karakteriseres som en av de mest betydningsfulle i dette århundret. Det var omkring 150 år siden sist man oppdaget en ny tapirart.