Etter Andronikos Komnenos' maktovertakelse gjorde Johannes Batatzes opprør. Formodentlig var det etter at han først var blitt fratatt sine embeder. Han ledet oppstanden mot den nye regenten fra Philadelphia i Lydia, som - akkurat som han hadde trodd - viste seg å være en brutal vilkårlighetshersker. Andronikos Komnenos sendte avsted en stridsmakt under kommando av Andronikos Lampardas, men han led nederlag mot opprørsstyrkene. Men imens var Johannes Batatzes blitt hardt sykdomsrammet. Han døde den 16. mai, bare få dager etter det seierrike slaget.