Men ved ankomst til VSA-hovedkvarteret ødelegger en massiv eksplosjon bygningen, noe som dreper flere sivile og soldater. I all denne forvirringen møter Kellan også Sinclair, som akkurat har kommet fra Vladko Tyran, leder for den paramilitære terrorgruppen «The Black Hand», som tar på seg ansvaret for angrepet mot VSA-hovedkvarteret. Som et resultat av dette terror-anslaget blir alle Helghast-borgere som bor på Vektan-siden av The Wall snart deportert til New Helghan. Men det blir oppdaget at Jorhan Stahl skal ha overlevd hendelsene i Killzone 3, og nå planlegger han å bruke bio-teknologiske våpen mot Vektans.