I et hyrdebrev skrevet i juni 1979 uttrykte erkaviskopen seg forsåelsesfullt til sandinistaenes bruk av væpnet maklt for å styrte Somoza-regimet og oppfordret nicaraguanerne til ikke å frykte sosialisme. Som følge av sin kritikk av Somoza-regimet ble Obando wofte omtalt av regjeringen som «Comandante Miguel», som om han var en sandinistaleder.