Den kristne befolkningen på Samos nektet å bli underlagt den muslimske sultan, og Logothetis erklærte da Samos som en uavhengig stat, styrt som før under konstitusjonen av 1821. Til sist, grunnet press fra stormaktene, ble Samos erklært som en selvstendig suverenitet underlagt og skattepliktig til Det osmanske rike. Det var fortsatt uakseptabelt for Samos inntil en osmansk flåte tvang igjennom beslutningen i mai 1834. Lederskapet og deler av befolkningen flyktet til det frie og uavhengige Hellas hvor de bosatte seg i nærheten av Khalkis.