Saunes startet sin karriere i Marinen i 1980 og ble uteksaminert fra Sjøkrigsskolen i 1984. Han er utdannet i ubåttjenesten og ble kvalifisert som ubåtsjef i 1989. Han har gjennomført Sjøforsvarets stabsskole i 1990 og Forsvarets stabsskole i 2000, US Naval Command College i Newport, Rhode Island, i 2004 og Forsvarets Høyskoles informasjonskurs i 2005 og 2014.