Styret anbefalte at Fernandina i Florida skulle tas som det sørlige ankeret i blokaden, men to andre stillinger ble tatt før Fernandina. Et par mindre fort i Nord-Carolina nær Cape Hatteras ble tatt av Unionens styrker 28.-29. august 1861. Den 7. november resulterte en betydelig flåteoperasjon ved Port Royal i Sør-Carolina til at en dypvannshavn halvveis mellom Savannah og Charleston ble tatt. Hatteras-ekspedisjonen ble planlagt som et raid. Planen var at det kun skulle holdes lenge nok til å blokkere Hatteras Inlet. Men den endret seg til en okkupasjon og førte tidlig neste år til en full invasjon (den såkalte Burnside-ekspedisjonen som inkluderte erobringen av Roanoke Island) som etablerte hæren permanent i det østlige Nord-Carolina. Port Royal ble raskt brukt som base for å gjøre blokaden av Savannah nesten fullstendig, men det var ikke like enkelt å avskjære Charleston. Blokadebryterers bruk av havnen ble begrenset, men for å stenge den fullstendig, krevdes noe av de bitreste og mest standhaftige kampene i krigen.