I 1990 gikk selvstendighetskreftene sammen om å velge et grasrotparlament, Den estiske kongressen, som et alternativ til de sovjetiske statsorganene. Tarto ble medlem av kongressen og nestleder i kongressens utøvende organ, Den estiske komiteen. Tarto var siden medlem av det uavhengige Estlands grunnlovsgivende forsamling.