Den unge hertugens lovende karriere ble brått avbrutt i 1536. For en tid hadde han sett meget dårlig ut og mange historikere mener det er sannsynlig at han led av sykdommen tuberkulose. I mai da Anne Boleyn ble anklaget for forræderi tillot kongen dommerne for å anklage henne for å forsøke å forgifte den unge hertugen. Som med alle de andre anklagene som ble fabrikkert mot dronningen var også denne uten bevis. Anne Boleyn ble henrettet den 19. mai 1536. Til tross for at kongen trøstende fortalte sin sønn at han var heldig som hadde unnsluppet «heksens planer» døde gutten av sykdommen ved St. James's Palace.