Atisha forflyttet seg rundt i det sentrale Tibet i ytterligere fem år før han døde i 1052, 72 år gammel. Han hadde da vært i Tibet i 13 år. Stedet hvor han døde i landsbyen Lethan, nær Lhasa ble omgjort til en helligdom. Han ble gravlagt nær sitt siste permanente hjem i byen Nyetang. Hans aske ble bragt til Dhaka i Bangladesh den 28. juni 1978 og plassert i Dharmarajika Buddha Vihara.