Hylland er styreleder i ARENA - Senter for europaforskning fra 2008 og nestleder ved Institutt for samfunnsforskning ved UiO fra 1992. Han var også styreleder for Senter for grunnforskning ved Det Norske Videnskaps-Akademi i perioden 2000–2009. Hylland har siden 2007 vært leder for Klageutvalget ved Norges forskningsråd.