Det viste seg imidlertid at kanalen hadde en dybde på minde enn en meter, betydelig mindre enn Peter I hadde sett for seg. Dette var en stor skuffelse for regjeringen. Selv om kanalen var et av de største vannbyggingsanleggene i 1700-tallets Europa, så var den likevel for grunn til å kunne opprettholde trafikk av betydning. Katarina den store vedtok å utvide kanalen ved å bygge en ny seksjon mellom elvene Volkhov og Sias. Dette prosjektet (også kalt Sias-kanalen) ble gjennomført mellom 1765 og 1802. Den tredje delen av Ladogakanalen, som knyttet sammen elvene Sias og Svir (og kalt Svir-kanalen), ble bygget mellom 1802 og 1810.