Seinere framstilte Scheele grunnstoffene klor (1774), mangan (1774), molybden (1778), wolfram (1781) og barium. Av sammensatte stoff identifiserte han blant annet glyserol, blåsyre, sitronsyre, hydrogensulfid og hydrogenfluorid. Dessuten fant han opp en metode som likner pasteurisering. mini|200px|Statue av Carl Wilhelm Scheele, laga av Johan Börjeso og avduka i 1892. Liksom mange andre kjemikere arbeidde Scheele under ganske vanskelige og utrygge forhold. Kanskje er dette en årsak til hans tidlige død – i sine beskrivelser av stoffene nevner han fagtradisjonen tro stoffets smak. Mot slutten av livet viste han symptomer på kvikksølvforgiftning. På sjukeleiet inngikk han ekteskap med sin vertinne og enke etter gamleapotekeren, fru Pohl, for å sikre henne eiendomsrett til apoteket. Her døde han så tre dager senere, 43 år gammel.