I 1998 beordret han den baskiske avisen Egin stengt på grunn av påståtte bånd til ETA. Anført av Garzón stormet 300 bevæpnede politimenn avisens redaksjonslokaler og gjennomførte et raid som varte i fem timer. Anklagen viste seg grunnløs, og august 1999 godtok Garzón gjenåpning av avisen, men på dette tidspunktet var avisens produksjonsutstyr ødelagt etter raidet og avisens kapital var gått med til å betale kausjon og bøter for de tiltalte. Avisen forble nedlagt.