En sentral forskjell i forhold til den opprinnelige serien er vektleggelsen av Hoveddirektivet (Prime Directive), som sier at den teknologisk avanserte Føderasjonen ikke skal blande seg inn i den teknologiske og moralske utviklingen av andre kulturer. I handlingen skaper dette ofte moralske konflikter mellom figurene, og besetningen må jevnlig bevitne vesener i nød som de er juridisk forhindret fra å hjelpe.