I 1941 ble Nilsson aktiv som agent for det tyske sikkerhetspolitiet i Bergen, hvor han infiltrerte flere motstandsgrupper. En av hans mest kjente handlinger var hans rolle i opprullingen av den såkalte Stein-organisasjonen i Bergen. I tillegg infiltrerte han Nielsen-gruppen, som drev med organisering av Englandsfarten. Dette resulterte blant annet i arrestasjonen av gruppens leder, Sverre Nielsen, og seks andre den 2. juli 1941. De arresterte ble sendt til konsentrasjonsleirer, hvor de satt resten av krigen.