Neuköllns våpen ble overtatt fra den tidligere selvstendige by Neukölln. Det hvite Johanitterkorset på rød bunn viser til at stedet ble grunnlagt av Johanitterordenen, den røde ørnen henviser til Markgrevskapet Brandenburg og den hvite husittiske alterkalken er en henvisning til de bøhmiske innflytterne. Øverst i våpenet finnes en tretannet murkrone og på den mellomste fortanning ses Berlins våpen. Murkronen ble tilføyet samtlige av våpenskjoldene til Berlins bydeler i forbindelse med bydelsreformen i 2001.