Etter Carl Zeiss' død i 1888 overtok Abbe Zeiss-familiens aksjer i selskapet og ble selskapets øverste leder. Roderich Zeiss trådte ut av selskapet i 1889 - det hadde vært gnisninger mellom ham og Abbe om hvilke mål selskapet skulle ha. Abbe var derfor i 1889 eneeier av selskapet som da hadde 500 ansatte.