Allern ble valgt til formann i Sosialistisk Folkepartis ungdomsorganisasjon, Sosialistisk Ungdomsforbund (SUF), i 1967. Senere ble han første formann i AKP(m-l) i 1973. Han var partiets leder fra 1973 til 1975 og var også leder av Rød Valgallianse som på den tiden fungerte som AKP(m-l)s valgfront. I 1975 ble han avløst som AKPs partiformann av Pål Steigan som sto for en mer radikal linje. Han var ansvarlig redaktør i avisen i 1969–1972 og 1979–1995. I 1991 fjernet Allern bilde av de "fem store" - Marx, Engels, Lenin, Stalin og Mao - fra avisens lederspalte. Han fremsto som strategen for at fra 1991 ikke lenger var et organ for AKP, men en selvstendig avis med egen formålsparagraf.