Da dynastiet Habsburg befestet stillingen som innehavere av keiserverdigheten i Det tysk-romerske riket, ble deres arveland Böhmen og dermed også hovedstaden Praha fastere integrert i keiserriket, som fra 1806 ble kalt Østerrike . Landet besto i navnet som et separat kongedømme, men ble i realiteten styrt fra rikshovedstaden Wien. De fire uavhengige kommunene som tidligere utgjorde Praha, ble slått sammen til én by i 1784. Disse fire var Hradčany, (slottsdistriktet, vest og nord for slottet), Malá Strana (den mindre byen, sør for slottet), Staré Město (gamlebyen, på østsiden av elva) og Nové Město (den nye byen, lenger sør og øst). Byen vokste videre med annekteringen av Josefov i 1850 og Vyšehrad i 1883, og i begynnelsen av 1922 ble ytterligere 37 kommuner innlemmet i byen, som dermed økte sitt innbyggertall til . Byen hadde også etter at den i 1918 ble hovedstad i den nye staten Tsjekkoslovakia en stor tyskspråklig befolkning, særlig jødisk (bl.a. Franz Kafka), og et rikt tysk kulturliv. Mesteparten av byens 50 000 jøder ble drept under holocaust under andre verdenskrig, noe som også i stor grad førte til slutten på byens tyske preg.