Året 1800 døde Haydns kone, og fra 1802 merket Haydn at en sykdom han hadde lidd av tidligere, var blitt så mye verre at han ikke lenger var i stand til å komponere eller opptre offentlig. Dette var uten tvil vanskelig for ham, for han fortalte at ideene bare fortsatte å strømme på uten at han fikk realisert dem. Haydn fikk i sine siste år god pleie av tjenerstaben, og han fikk mye besøk og offentlige æresbevisninger, men det var nok ikke lykkelige år for ham. Under sin sykdom fant han ofte trøst i å spille den østerrikske keiserhymnen som han hadde komponert som en patriotisk gest i 1797.