Da Korskirken ble revet, ble Nidarosdomen redusert til sognekirke. Sogneinndelingen ble noe kunstig, idet bysentrum lå nord for både Vår Frue kirke og Nidarosdomen. Vår Frue kirke ble dermed liggende inne i sognet til Nidarosdomen, og nordsiden av Vår Frue kirke ble nå hovedsiden av kirken. Knivingen om ressurser med Nidarosdomen har siden preget Vår Frue kirkes historie.