Japansk encefalitt er den vanligste encefalittsykdommen i Asia, med opp til 70 000 årlige rapporterte smittede. Viruset har også brutt ut i USA og i stillehavsområder. Sykdommen finnes vanligvis i rurale områder, mens urbane områder er påfallende lite plaget, hovedsakelig fordi dyrehold er mindre vanlig i disse områdene. Letaliteten blant dem som utvikler encefalitt ligger på 35 %.