Erkebiskop Manrique anså den unge presten som en god misjonær for å få opp den kristne troen i Andalucía, og etter en betydelig overtalelse gikk Johannes med på å avlyse sin planlagte misjonstur til Amerika. Han leste sin første messe i Andalucía 22. juli 1529, og rykte om hans intensitet og styrke ble umiddelbart slått fast. I Løpet av sine ni år som prest i regionen, ble kirkene fylt av folk da han leste messer. Imidlertid førte hans strenge krav, også til de rike, at han ble rapportert inn til myndighetene i Sevilla. Han ble anklaget for å overdriver lastene med rikdom som ikke ble delt, og at dette stengte adgangen til himmelen for de rike det angikk.