Da den danske krigen brøt ut i 1644 ble han kalt hjem for å forsvare Värmland. I 1645 giftet han seg med Brita Horn. Den tyske krigen endte med freden i Westfalen i 1648, og da var Stenbock blitt general, kun 34 år gammel. I 1651 ble han valgt til riksråd og ble forfremmet til greve, og året etter ble han riksråd og dommer over Ingermanland. Fra 1654 hadde han kommando over den største delen av den svenske hæren i Polen, og i 1655 slo han de overlegne fiendene ved slaget ved Nowy Dwór.