Han var sønn av farao Ptolemaios XII av Egypt og etterfulgte ham våren 51 f.Kr. som medhersker med sin eldre søster Kleopatra VII. I oktober 50 f.Kr., ble han forfremmet til likestilt med sin søster, selv om Pothinus fungerte som regent for ham. Våren 48 f.Kr. forsøkte Ptolemaios og Pothinus å kaste Kleopatra for å gjøre Ptolemaios til enehersker. Pothinus ønsket å være makten bak tronen. De klarte å få henne til å flykte fra Alexandria, men hun organiserte snart sin egen hær og en borgerkrig startet i Egypt. Snart begynte en annen søster, Arsinoe IV, av dem å kreve tronen, noe som kompliserte situasjonen.