Mens San Martín jobbet for å sikre indre sikkerhet prøvde O'Higgins også å finne måter å forsvare nasjonen fra ytre trusseler, da spesielt spanjolene, og å forsette å motsette seg imperialistisk kontroll over Chile. Han opprettet en chilensk marine med skotten Lord Thomac Cochrane som admiral som et forsvar mot angrep fra sjøen. I 1820 var Cochrane ansvarlig for et overveldende nederlag for rojalistene da han angrep og inntok festningskomplekset i Valdivia. Senere satte Cochrane soldater under general William Miller i land nord på Chiloé for å erobre spanjolenes siste befestning i Chile, området rundt Chiloe. Dette mislykkede forsøket endte i den lille men bemerkelsesverdige kampen ved Agüi. Senere ledet franskmannen Jorge Beauchef en ekspedisjon fra Valdivia for å sikre Osorno, slik at spanjolene ikke kunne gjenokkupere Valdivia ved å ga landeveien. Beauchef var ansvarlig for den avgjørende seieren over rojalistene i slaget ved El Toro.