I september 1811 hadde kongen bestemt at det skulle opprettes et universitet i Norge. I de første planene var Flor en selvsagt kandidat til et professorat i botanikk eller økonomi. Da midlene ikke strakk til, ble i stedet den noen år yngre botanikeren Christen Smith i 1814 ansatt som professor i botanikk og statsøkonomiske vitenskaper. Smith begynte ikke sin lærervirksomhet umiddelbart; han la ut på en flerårig reise, og i mellomtiden vikarierte Flor, som dermed ble universitetets første foreleser i botanikk. Da Smith døde under en ekspedisjon på Kongoelven i 1816, ble Flor ansatt i hans sted som . Dermed fikk Flor sammen med den botaniske gartneren Johan Siebke ansvar for oppbyggingen av botanisk hage på Tøyen samt universitetets botaniske museum. I tillegg holdt han de botaniske forelesningene for medisin- og farmasistudentene, samtidig som han beholdt overlærerstillingen ved katedralskolen.