Som president reduserte Bendjedid statens rolle i økonomien og lettet regjeringens overvåkning av borgerne. Men sent i 1980-årene, da økonomien slo feil på grunn av raskt fallende oljepriser, ble det spenning mellom de som støttet Bendjedids økonomiske liberaliseringspolitikk og de som ville vende tilbake til en mer statisk modell. I oktober 1988 kom det til mellom demonstrerende ungdommer som ropte slagord mot presidenten og militære styrker. Disse spredte seg til Oran, Annaba og andre byer og førte til flere hundre døde. Bendjediid ønsket da å innføre et flerpartisystem i landet. Men i 1992 intervenerte de militære og stoppet valget for å hindre at den islamistiske Front Islamique du Salut (FIS) fikk makt. De tvang Bendjedid fra makten. Dermed ble den lange og blodige borgerkrigen i Algerie innledet.