Shinya debuterte i verdenscupen i Salt Lake City i desember i 2001 og fikk en 9.-plass på 500m 2. dag som beste plassering. Sin første verdenscupseier skulle hun få 1 år senere på hjemmebane i Nagano på 500m da hun i et tidligere par slo Catriona Le May Doan med 0,01 sekund. Shinya fikk med seg 1 distanseseier på 100m og 3 distanseseire på 500m i verdenscupen. Sesongen 2003/04 ble 100m en egen distanse i verdenscupen på skøyter, og Shinya ble den første til å vinne verdenscupen på 100m for damer sammenlagt. Hun fikk også 2 stk 3.-plasser sammenlagt i verdenscupen, 500m i sesongen 2003/04 og på 100m i sesongen 2007/08.