I 1919 forlot Sebottendorf Thuleselskapet, fordi man beskyldte ham for å ha vært medskyldig i syv av dets medlemmers død. Fordi den kortvarige bayerske sovjetregjeringen hadde beslaglagt medlemslister hjemme hos ham, var flere medlemmer av selskapet tatt som gisler, og blitt myrdet av rødegardister den 30. april 1919.