Konflikten ble først stoppet da Tyskland overtok øya 16. april 1888, og den 2. oktober samme år, ble øya annektert til det tyske protektoratet Marshalløyene. Tyskland overtok øya, stort sett av strategiske grunner, for å styrke sin koloniale besittelse i Stillehavet. Den tyske kommisjonæren brukte høvdingen Auweyida og hans kone Eigamoiya som keiserens representanter på øya. Inntil 1920 tilhørte Nauru det tidligere Tysk Ny-Guinea.