Ved valget den 19. juni 2005 kom han på tredjeplass med 25% , etter eks-presidentene Vieira og Sanhá. Dermed falt han ut av løpet. Igjen utfordret han resultatet uten å lykkes. Flere døde under demonstrasjoner med hans støttespillere. Til slutt aksepterte han sitt nederlag og stemte på Vieira, som vant valget den 24. juli og igjen var president fra den 1. oktober 2005 til han ble utsatt attentat den 2. mars 2009 og ble drept.