Filmen tar for seg Zira og Cornelius’ sønn Caesar (Roddy McDowall) som etter de tragiske hendelsene i 1971 har blitt oppdratt av sirkusdirektøren Armando. Året er 1991, og mye har skjedd. I 1983 ble verden utsatt for en mystisk epidemi som drepte alle verdens hunder og katter og menneskene følte derfor et behov for et nytt husdyr og valgte apen. USA har kollapset som nasjon og består nå av en rekke bystater som er sterkt influert av fascistiske krefter. Bystatene baserer mye av sin eksistens på å holde apene som slaver. Cæsar får i 1991 sitt første besøk med denne nye virkeligheten, og klarer ikke å tie veldig lenge før hans taleevne kommer for en dag. Cæsar ender opp med å bli solgt som slave til guvernør Breck, sjefen for Central City, og blir satt til å jobbe under Mr. MacDonalds (en etterkommer fra slavene fra 1800-tallets USA). Mr. MacDoanlds sympatiserer med apenes situasjon i samfunnet og er samtidig forferdet over sin sjef, guvernør Breck.