I 2002 ble han assistenttrener i Brøndby sammen med Michael Laudrup som ble ansatt som hovedtrener. Trenerparet gav seg etter 2006 sesongen da de ikke som ventet vant seriemesterskapet. I 2007 ble han trener sammen Michael Laudrup i den spanske klubben Getafe CF. De hadde i utgangspunktet en kontrakt på tre år, men de gav seg etter en sesong.