Hillesøy ble skilt ut fra Lenvik som egen kommune i 1855 eller 1871. (Statistisk sentralbyrås historiske oversikt over endringer i kommune- og fylkesinndelingen påpeker denne uklarheten.) I 1855 hadde Hillesøy 811 innbyggere. I 1866 ble Troms eget amt. I 1894 opphørte fogdenhetene, og Hillesøy kom under Troms politimesterembete. I 1898 var det i Hillesøy herred 373 skatteytere med en gjennomsnittlig inntekt på 465 kr.