Ved bruk av Rifampicin kan man oppleve en misfarging i urin. Denne misfargingen vil være rød-oransje, men vil være helt ufarlig. I tillegg vil andre kroppsvæsker som spytt oppleve samme effekt. Noen opplever også mer farlige bivirkninger som muskelsmerter, kvalme, oppkast, diaré, gulsott, symptomer som ligner på influensa, utslett og kløe. Når brukt kan Rifampicin svekke virkningen til P-piller og gjøre sjansen for graviditet høyere.