Jan Inge Hovig var i perioden 1944-74 gift med Målfrid Bruem. De fikk to barn, kunstneren Arve Hovig og lektor Gudlaug Hovig. Han giftet seg med Ingrid Espelid Hovig i juni 1977, men bare en uke etter bryllupet døde han av hjerteinfarkt. Skuespilleren Andrea Bræin Hovig er hans barnebarn.