I forholdet til EU var en sentral sak et vedtak i ESA om at den differensierte arbeidsgiveravgiften i Norge delvis var i strid med EØS-avtalen, noe Stoltenberg var uenig i. Saken endte med at ordningen bortfalt, men at Norge fikk beholde en kompensasjonsordning for kommunene som mistet differensiert arbeidsgiveravgift.