Gilligan har vunnet fire Primetime Emmy-priser, seks Writers Guild of America-priser, to Critics’ Choice Television-priser, to Producers Guild of America-priser, en Directors Guild of America-priser, og én BAFTA Television-pris. Utenfor fjernsyn var han medforfatter av manuset til 2008-filmen og skrev, produserte og regisserte -oppfølgerfilmen, , utgitt den 11. oktober 2019.