Det voksende parlamentariske kaoset utløste nyvalg i 1999. I dette valget led NKP (ML) knusende nederlag. Det fikk 6,4%, men ingen representanter innvalgt i motsetning til tre mindre kommunistpartier som kom inn. UML gikk også tilbake, men gjenvant sin posisjon som nasjonalforsamlingas nest største parti. Mainali hadde heller ikke i det nye NKP (ML) klart å få flertall for sin politikk – dette partiet fortsatte også å bygge på teorier, som blei stemt igjennom som partiprogram mot Mainalis forslag. Etter nederlaget i 1999 så heller ikke flertallet noen hensikt i å opprettholde partiet. Leda av gikk de fleste av de kjente partilederne og mesteparten av medlemmene tilbake til UML i januar 2002.