Duncan ble raskt leder for en gruppe konservative, evangeliske biskoper innenfor . Han kritiserte ordinasjonen av den homoseksuelle samboende biskopen Gene Robinson. Etter at Robinsons valg som biskop ble bekreftet i 2003, uttrykte Duncan, som talsmann for en gruppe konservative biskoper og lekfolk, sin beklagelse på en pressekonferanse.