Tønder giftet seg med Maren Jørgensdatter Schjelderup (1640-1701). Hun var av slekten Schjelderup, og var barnebarnet av biskop Peder Jensen Schjelderup. Gjennom farsleddet var hun også etterkommer av lagmann og borgermester Nils Lauritsen Fra morssiden var hun barnebarnet av borgermester Hans Gjertsen Busch (1588-1649) av den dansk-norske slekten Busch.