Øygruppen ble befolket av ainofolket og ble utforsket og befolket av russere og japanere i det attende og nittende århundre. Grensen mellom de to landene ble etablert i 1875 da Japan overtok øyene i bytte for å avstå Sakhalin til Russland. Russland krevde øyene tilbake etter andre verdenskrig, men Japan fastholder et krav på de fire sørligste øyene, Kunashiri, Etorofu, Shikotan, og Habomaiklippene; sammen kalles de av Japan for de «nordlige territoriene».