Margarets aktiv andel i politikken begynte etter Suffolks fall og død i 1450. Ikke bare støttet hun Edmond Beaufort, hertugen av Somerset, i hans opposisjon til Richard av York, men deltok også aktiv i regjeringens detaljer hvor hun uklokt fremmet fordeler for seg selv og sine venner. Som barnløs var hennes innflytelse begrenset, men etter at hun hadde født kronprinsen og kongen ble sinnssyk, ble hun en iherdig forkjemper for sin ektemann og sønns rettigheter. Hennes energi ga utholdenhet til huset Lancasters sak, men hennes uforsonlighet bidro også til sakens nederlag.