Dr. Peder Alvson førte saken for kona og menigheten og lyktes i å få Herr Jon fradømt sitt embete, og kona fikk rett til å ta ut skilsmisse. Presten påkjærte avgjørelsen til Christian IV, og lensherre Knut Urne ved Bergenhus fikk i oppdrag å etterforske saken. Undersøkelsen førte til en enda mer alvorlig anklage mot presten, og den endelige dom lød på halshugging. Dødsdommen over magister Jon Mogenssøn Skanke ble fullbyrdet på Nordnes ved Bergen i 1618.