I 1716 kom pater Kögler til Macao i Kina. Der fikk han sin avsluttende forberedelse på sitt virke i Kina ved jesuittenes universitetskollegium São Paulo. Så dro han til Beijing, og ble etter kort tid utnevnt til direktør for det keiserlige astronomisk-matematiske byrå. Han regnes likesom sin etterfølger pater Augustin von Hallerstein S.J. som en av de fremste av lederne for det keiserlige stjerneobservatorium. Kögler forfattet mange matematisk-astronomiske verk på latinsk og kinesisk. Da det under keiser Kangxis etterfølger, Yongzheng-keiseren (1723–1736), utbrøt allmenn kristenforfølgelse, kunne pater Kögler takket være sin stilling i stand til å støtte den katolske kirkes sak i landet. Han ble gravlagt på jesuittenes gravsted Zhalan i Beijing.