Massimiliano Neri stammet fra en musikerfamilie med røtter i Verona. Det framgår av testamentet at han var uekte sønn av Giacomo Negri (1592–etter 1646), som var hoffkapellmester i Bonn. Massimiliano Neri fikk sin utdanning bekostet av den rike venetianske adelsmannen Giacomo Soranzo. Fra 1644 til 1664 var Neri stedfortredende vikar ved San Marco og kapellmester ved i Venezia, fra 1664 organist og kapellmester ved kurfyrsten av Kölns residens i Bonn.