I 2003 hadde Rottenberg byttet til FCR 2001 Duisburg, og hun var dermed med på et lag som holdt et høyt nivå igjen. I 2004/05- og 2005/06-sesongen vant hun sølv i Bundesliga. Innimellom spilte Rottenberg også på landslaget under EM i England i 2005, da hun for tredje gang ble europamester. I 2007 skadet Rottenberg korsbåndet under en treningsleir i Kina i februar, og landslagstrender Silvia Neid valgte derfor i stedet å satse på Nadie Angerer i mål i VM. Hun ble likevel tatt ut til laget, og ble passiv verdensmester. På tross av dette ble sesongen innbringende også som aktiv for Rottenberg, som vant Bundesliga og cupen med sitt nye lag 1. FFC Frankfurt. Hun fortsatte noe på landslaget, og på klubblaget. For klubblaget ble neste sesong mer innbringende, med cup- serie- og mesterligaseier. Imidlertid slo Rottenberg opp korsbåndskaden igjen, og hun bestemte seg i november 2008 for å gi seg etter å ha spilt fotball i 32 av hennes 36 år.