Etter Hitlers død var altså den partiløse Dönitz 30. april 1945 Tysklands president, med grev Lutz Schwerin von Krosigk som rikskansler, fra 1. mai 1945 til 23. mai 1945, da de overga seg til britiske tropper på i Flensburg-Mürwik. Hitler hadde utpekt Joseph Goebbels til ny rikskansler, men dagen etter Hitlers selvmord tok også Goebbels sitt eget liv. Dönitz og Schwerin von Krosigk gikk inn for å slutte fred med de allierte og prøvde å forhale overgivelsen enda noen dager, slik at skulle rekke å få evakuert flest mulig flyktninger fra Østpreussen og Pommern («Operation Hannibal», historiens største evakuering til sjøs). Den 7. mai gav han general Alfred Jodl tillatelse til å kapitulere betingelsesløst.