Det er funnet over 1000 fornminner i Gamle Uppsala. En større mengde har også blitt fjernet ved jordbruk. Det finnes branngraver og spredte steinsettinger, noe som tyder på bosetning fra bronsealderen. De fleste fornminnene ligger på et gravfelt fra eldre og yngre jernalder. Særskilt bør tre av gravfeltene framheves. Det fremste feltet er kongehaugene. Dette gravfeltet ligger på åsen sør for kirken. Det andre gravfeltet ligger øst for kirkebyen. Der finnes et gravfelt fra eldre jernalder. Det har rundt 200 graver. Det tredje er Valsgärde. Dette gravfeltet ligger rundt 3 km nord for kirken, inntil Fyrisån. Det har skipsgraver fra yngre jernalder. Dessuten finnes det rester av flere gravfelt rundt kirkebyen. Det finnes også oppbygde terrasser etter kongsgården som fortsatt kan bli sett.