Den første koblingen av gasskromatografi til et massespektrometer ble rapportert i 1959. Utviklingen av rimelige og miniatyriserte datamaskiner har bidratt til forenkling av bruken av dette instrumentet, samt tillatt store forbedringer i hvor lang tid det tar å analysere en prøve. I 1964 begynte Electronic Associates, Inc. (EAI), en ledende amerikansk leverandør av analoge datamaskiner, utviklingen av et datamaskinstyrt kvadrupol-massespektrometer under ledelse av Robert E. Finnigan. I 1966 hadde Finnigan og samarbeidspartner Mike Uthes EAI-divisjon solgt over 500 kvadrupol restgassanalysatorinstrumenter. I 1967 forlot Finnigan EAI for å danne Finnigan Instrument Corporation sammen med Roger Sant, T. Z. Chou, Michael Story, Lloyd Friedman og William Fies. Tidlig i 1968 leverte de den første prototypen kvadrupol GC/MS-instrumentet til Stanford og Purdue University. Da Finnigan Instrument Corporation ble kjøpt opp av Thermo Instrument Systems (senere Thermo Fisher Scientific) i 1990, ble det ansett som «verdens ledende produsent av massespektrometre».