Fjorden har innløp mellom øya Fluksa i nord og Helnes i sør. Sundet Andholmfjorden fortsetter videre vestover som en forfjord som gir forbindelse til Vestfjorden. Fra Leinesfjorden går de to fjordarmene Saursfjorden i nordøstlig retning og Botnfjorden i østlig retning. Landskapet på nordsiden er åslendt. På sørsiden stiger de opp mot 1 045 meter høye Kråktindan opp fra fjorden. I selve fjorden ligger en rekke små holmer, skjær og grunner.