Mange runebommer gikk ut av samisk eie i løpet av 1600- og 1700-tallet. En del ble beslaglagt av prester og andre øvrighetspersoner, som ledd i en intensivert misjonsinnsats overfor samene. Andre ble kjøpt av samlere. Korstoget mot runebomma førte til at den handlingsbårne kunnskapen rundt håndteringen av instrumentet døde ut. De mange skildringene av runebomma og bruken av instrumentet nedtegnet fra 1100-tallet og et stykke inn på 1900-tallet, gir like fullt et bredt bilde av bruk og funksjon.