Hun ble gift med kronprins Karl av Portugal 22. mai 1886. Hun ble dronning ved hans tronbestigelse i 1889. Amelie dempet den voksaede kritikk mot monarkiet noe ved sin personlige popularitet. Hun ble beskrevet om uformell og mild, og viet seg til sosiale prosjekter: hun bekjempet tuberkulosen, grunnla apoteker og sanatorier og veldedighetsorganisasjoner. Hun mottok i 1892 den gyldne rose av pave Leo XIII.