Da Whittaker var ferdig med sitt doktorgradsarbeid i 1948 tilbrakte han de neste 20 årene ved forskjellige universiteter og forskningsinstitusjoner: Hanford National Laboratories, Brookhaven National Laboratory (BNL) Washington State College i Pullman, Brooklyn College tilhørende City University of New York og University of California, Irvine. I 1968 tok han fatt på sin fjerde akademiske stilling som professor ved Section of Ecology and Systematics ved Cornell University, hvor han arbeidet frem til sin død.