Gutiérrez ble gjenstand for kritikk av forskjellig slag. Det kom blant annet innvendinger eller beskyldninger om marxisme og avvik fra rett katolsk lære. Både pave Benedikt XVI og pave Frans har imidlertid tatt ham imot i audiender Roma, og sistnevnte skrev innledning til den boken han utga i 2015 sammen med kardinal Gerhard Ludwig Müller.