Busby ble hardt skadet i flyulykken i München den 6. februar 1958, der 23 mennesker – deriblant åtte United-spillere – ble drept. Etter ulykken måtte assistentmanager Jimmy Murphy ta over ledelsen av laget i en periode. Fra september 1958 til desember 1958 var Busby midlertidig landslagssjef for i seks kamper. Da han kom tilbake til Manchester United, måtte han begynne gjenoppbyggingen av laget etter tragedien. Laget ble bygget rundt spillere som George Best, Denis Law og Bobby Charlton, som alle vant Gullballen på 1960-tallet.