Til tross for at ekteskapet var et resultat av en politisk arrangement, viste det seg å være vellykket og begge parter synes å vokst inn i det og elsket hverandre. Elizabeth av York utøvde liten politisk makt og innflytelse som dronning, blant annet grunnet hennes sterke og dominerende svigermor, lady Margaret Beaufort. Hun ble rost for å være vennlig og sjenerøs mot sine slektninger, tjenere og velgjørere. Om hun ikke deltok ved offentlige sammenkomster, levde hun et stille liv ganske langt fra politikken sammen med tre av sine barn ved Eltham Palace. Elizabeth av York likte musikk og dans, foruten å spille med terninger. Hun holdt også hunder av typen greyhound (tidligere kalt for engelsk mynde).