Han ble født i en tyskspråklig jødisk familie i den daværende østerrikske provinsen Mähren (i dag en del av Tsjekkia). Etter å ha fullført gymnasiet i Olmütz, begynte han å studere astronomi, matematikk, fysikk og filosofi i Leipzig (1876–1878). Der møtte han Thomas Masaryk, senere president av Tsjekkoslovakia, som overtalte Husserl til å satse på filosofi. Dermed begynte den unge Husserl å lese Descartes, britisk empirisme, Leibnitz og Berkeley.