Ved presidentvalget i november 1995 ble Zeroual gjenvalgt mot to motkandidater, med 64,5 % av stemmene. Et år senere ble en ny grunnlov vedtatt gjennom folkeavstemning; islam ble statsreligion, men ingen partier fikk bygge på en religiøs plattform. Til parlamentsvalget i juni 1997 stilte kandidater fra til sammen 39 partier opp, i tillegg til noen uavhengige. President Zerouals nye parti (RND) fikk 38,1 % av stemmene, mens det islamistiske (MSP) og det tidligere regjeringspartiet FLN fikk henholdsvis 16,7 % og 16,1 %. De tre, som til sammen fikk 287 av 380 direkte valgte medlemmer av parlamentet, dannet sammen regjering. FIS var ifølge loven forbudt og kunne ikke delta i valget. Etter at Zeroual gikk av i september 1998 og de øvrige seks kandidatene boikottet presidentvalget i april 1999, ble den tidligere utenriksministeren Abdelaziz Bouteflika valgt med 73,8 % av stemmene. Bouteflika holdt i september 1999 en folkeavstemning der 98,6 % støttet presidentens freds- og forsoningsplan blant annet gjennom amnesti. Algerie holdt i 2002 valg til en ny nasjonalforsamling, med et resultat som sikret FLN majoritet alene. 23 partier deltok i valget, og 129 uavhengige lister stilte også opp.