Havre er en selvbefrukter og sorter er rene (homozygote) linjer. Havreslekta danner en såkalt polyploid serie med arter med 14, 28 og 42 kromosomer. Selv om alle i slekta har ett grunn-genom med 7 kromosom, så har dette utviklet seg ulikt i ulike arter. Vanlig havre er heksaploid med 42 kromosomer, (formel 2n=6x=42). Det samme har ugraset floghavre (). Begge har opphav i den ville arten , men det er usikkert om floghavre er en forvillet form av dyrket havre eller ei særskilt gren. Kunnskapen om havrens genetikk og genom ligg langt tilbake for de andre kornartene. Bare et fåtall gen er identifiserte.