I den opprørte striden om universaliene (se Universaliestrid), inntok han et standpunkt mellom den panteistisk fargede realismen som Duns Scotus representerte, og Wilhelm av Ockhams ekstreme nominalisme. Suárez betraktes som en "moderat nominalist". Han mener at de eneste veritable og reelle enhetene i den eksisterende verden er individer; å påstå at universalier har en uavhengig eksistens (), var å redusere individer til accidenser i en ikke-delbar form. Suárez fremholdt at Sokrates' menneskelighet ikke var annerledes enn Platons, men samtidig utgjøres den ikke av en og samme menneskelighet; det finnes like mange formelle enheter (humaniora) som det finnes individer; disse individer har ingen faktisk enhet, men en essensiell eller konseptuell (). Den formelle enheten er allikevel ingen vilkårlig intellektuell konstruksjon, men eksisterer .