Han var deretter ambassadør ved Pavestolen (Vatikanet) 1988-93. Han var sendebud til Pavestolen i det som viste seg å være den kalde krigens siste fase, da pave Johannes Paul II spilte en stor rolle. Pavens besøk i Sverige i juni 1989 var det første i Norden noensinne, og Bergquist gjorde fra sin side en innsats for å tilrettelegge. To år senere avla det svenska kongeparet et gjenbesøk i Vatikanet. Under de fem beginenhetsrike årene i Rome kom Lars Bergquists språkkunskaper, interesse for fremmende kulturer og evne til knytte verdifulle kontakter til sin fulle rett. I den romerske kurie var han en velkommen og skattet samtalepartner. Lars Bergquist og hans hustru skapte i sitt hjem i Roma en skattet møteplass for journalister, forfattere, diplomater, kunstnere og politikerw. Hans bok forble i lang tid etter sin utgivelse en viktig kilde for svenske spesialinteresertes kunnskap om paven, kurian og den katolske kirke.