Muotka var medlem av Sametingsrådet fra 2013 til 2021. Da Muotka første gang tok plass i Sametingsrådet med ansvar for blant annet næring og utdanningssaker, overtok Inger Elin Utsi hennes plass på Sametinget, som hennes vararepresentant. I sametingsvalget i 2017 ble Muotka valgt inn igjen, og NSR fikk inn to representanter i Nordre valgkrets da også advokat Nils Mikkelsen Utsi kom inn. Muotka ble valgt til sametingsrådet for flertallsposisjonen i Muohtačálmmit-samarbeidet. Ansvarsområder er næring, areal, miljøsaker og regionalpolitikk.