I 2005-06 sesongen oppsto nye økonomiske problemer og nye signeringer mislyktes. Til slutt måtte de ut i kvalifisering for å beholde plassen i Eliteserien. I løpet av sommeren nektet Norges Ishockeyforbund klubben lisens til å spille i ligaen på grunn av den økonomiske situasjonen. Først etter intervensjon fra andre klubber fikk TIK muligheten til å fortsette, og til slutt var de i stand til å ordne opp og forbli i ligaen. Etter tre sesonger med bunn-notering i eliteserien ble Trondheim Ishockeyklubb på ekstraordinært årsmøte 3. mars 2008 lagt ned grunnet dårlig økonomi. En rekke av spillerne skrev kontrakt med Rosenborg IHK.