Lott trakk seg som majoritetsleder som følge av en uttalelse han kom med under feiringen av senatoren Strom Thurmonds hundreårsdag 5. desember 2002: «Jeg vil si dette om min delstat: Da Storm Thurmond ville bli president, støttet vi ham. Vi er stolte av det. Og hvis resten av landet hadde gjort som oss, ville vi ikke hatt alle de problemene vi har slitt med gjennom alle disse årene.» Thurmond stilte som presidentkandidat i 1948 på en uavhengig plattform som hadde et formål: Fortsatt raseskille. Lotts delstat, Mississippi, var en av fire delstater Thurmond vant i presidentvalget. Etter uttalelsen til Lott ble han beskyldt for rasisme, og president Bush var en av de som fordømte uttalelsen hans. Lott kom noen dager senere med en beklagelse: «Et dårlig ordvalg kan gi inntrykk av at jeg omfavnet en politikk som ble forlatt for mange år siden. Det var ikke slik ment, og jeg beklager hvis mine uttalelser har virket støtende på noen.» Han trakk seg som majoritetsleder i Senatet 20. desember 2002.