The Galactic Federation mottar video-bevis på at X, en farlig parasitt-art som kan etterligne enhver skapning den infiserer, overlever på den avsidesliggende planeten ZDR. Parasittene ble antatt å være utryddet siden hendelsene i Metroid Fusion. Føderasjonen sender derfor syv EMMI-roboter (Extraplanetary Multiform Mobile Identifiers) til ZDR for å undersøke saken videre, men de mister kontakten med dem kort tid senere. Føderasjonen sender Samus Aran til ZDR for å undersøke sitasjonen.