Pepe ble tatt ut til følgende lag: s EM-tropp til EM i Frankrike 2016 der Portugal vant. s tropp til FIFA Confederations Cup 2017 i Russland. s tropp til VM i fotball 2018 i Russland. s EM-tropp til EM i fotball 2021. s tropp til VM i fotball 2022 i Qatar.