Neidenvassdraget er på norsk side vernet mot vannkraftutbygging i Verneplan I for vassdrag etter stortingsvedtak i 1973. Tre områder i nedbørsfeltet på norsk side er vernet etter naturvernloven: Garsjøen landskapsvernområde, Færdesmyra naturreservat og Neiden- og Munkefjord naturreservat. På finsk side ligger storparten av nedbørfeltet til tilløpselva Vaijoki innenfor ramsarområdet Sammuttijänkä-Vaijoenjänkä, mens resten av de sentrale og vestlige delene av vassdraget i all hovedsak ligger innenfor Kaldoaivi ødemarksområde.