Kim Jong-nams mor var Song Hye-rim, en av tre kvinner som fikk barn med Kim Jong-il. Ettersom Kim Jong-il ville hemmeligholde sitt forhold til Song for ikke å pådra seg sin far Kim Il-sungs misbilligelse, holdt han til å begynne med Jong-nam bort fra skolen, og sendte ham i stedet til Songs storesøster Song Hye-rang, som ga han hjemmeundervisning.