Husnesfjorden har innløp mellom Hysstadøyane ved Leirvik på Stord i vest og Halsnøy kloster i øst. Herifra følger den kommunegrensen mellom Stord og Kvinnherad nordøstover på sørsiden av Huglo. På vestsida går Langenuen nordover til Selbjørnsfjorden mellom Stord og Tysnes. Nord for Halsnøya ligger tettstedet Sunde på fastlandet. Her går det ferje over til Ranavik på Halsnøy og videre til Skjersholmane på Stord. Nord for Sunde ligger tettstedet Husnes, som fjorden har fått navnet sitt etter. Fjorden fortsetter nordover til Herøysund der Kvinnheradsfjorden starter.