Ponojs kilder ligger midt inne på Kolahalvøya, i den vestre delen av Kejvyhøydene, rundt 50 km øst for Lovozero. Elva bukter seg deretter østover gjennom et landskap preget av åser og myrlendte sletter mesteparten av sitt løp. Det kommer flere sideelver inn fra nord, hvorav den største er Atsjerjok. I likhet med hovedelva så har også disse sine kilder i Keivyhøydene, som danner hovedvannskillet på halvøya.