Under andre verdenskrig ble Hunters Point Shipyard et viktig knutepunkt, og Fort Mason ble det primære utskipingsstedet for tjenestemenn som skulle delta i Stillehavskrigen. Den store økningen i arbeidsplasser førte med seg mange innflyttere, spesielt afroamerikanere fra Sørstatene. Etter at krigen var over kom mange tjenestemenn tilbake til byen, og sivile som opprinnelig hadde kommet som arbeidskraft bestemte seg for å bli. FN-pakten som opprettet De forente nasjoner ble utformet og signert i San Francisco i 1945, og i 1951 avsluttet San Francisco-traktaten offisielt krigen mot Japan.