I San Francisco følte han seg uønsket og rømte sin vei flere ganger. Carlos følte at han ikke trengte å gå på skole og han likte å være alene, og være «konge i sin egen verden» tilbake i Tijuana. Han likte ikke den populære musikken til The Beach Boys og Jan & Dean som mange barn på skolen hans i USA gjorde på den tiden. Etter endelig å ha blitt overtalt av familien til å bli værende i San Francisco ble han uteksaminert fra Mission ungdomsskole i 1965. Carlos bidro til familiens økonomi ved å ta seg en jobb (oppvask i storkjøkken).