De eldste tegn på menneskelig bosetning er fra sen neolittisk tid (3000-tallet f.Kr. eller tidligere), men det var først i tiden 2000–1650 f.Kr. at Akrotiri utviklet seg til en av bronsealderens fremste havner i Egeerhavet. De gjenstander som er avdekket er ikke bare fra Kreta, men også fra Anatolia, Kypros, Syria og Egypt, foruten Dodekanesene og det greske fastlandet.