Elizabeth Ann Seton døde langsomt og smertefullt av den tuberkulosen som hadde rammet hele hennes familie. På slutten inntok hun ikke noe annet enn litt portvin. Hun hadde skrevet til sin beste venn ikke lenge før: . Hun døde den 4. januar 1821 i The White House i nær Emmitsburg i Maryland, bare 46 år gammel. Før hun døde, begynte hun selv på bønnene for de døende, og en av søstrene som visste at hun elsket fransk, ba og på fransk med henne.