De første to tredjedelene av filmen følger i meget grove trekk hovedtemaene i H.C. Andersens historie: Havfruen forelsker seg i en menneskeprins og går til "havheksen" for å få ben og kunne gå på land, men heksen forlanger stemmen hennes i betaling. Siste tredjedel av filmen avviker fullstendig fra den opprinnelige historien, der havfruen slett ikke får prinsen og isteden blir til skum på havet, selv om hun også gjenfødes som en "luftens datter" og etter hvert kan komme til himmelen. Disney-filmen har isteden en langt mer likefram "lykkelig slutt", der havfruen riktignok mister sine menneskeben etter at hun mislyktes i å få prinsen til å kysse henne innen tre dager, men etter ett dramatisk oppgjør med havheksen innser havkongen at han ikke bør stå i veien for datterens kjærlighet til prinsen. Han bruker derfor sin egen magi til å gi henne menneskebein igjen, og tillater henne å forlate havet for å gifte seg med sin prins.