Bantustanene ble oppløst i Namibia ved landets selvstendighet fra Sør-Afrika i 1991 og i Sør-Afrika ved det første demokratiske valget i 1994. Oppløsningen i Sør-Afrika skjedde ikke uten problemer, da flere bantustan-ledere ikke ønsket å gi slipp på makten. Vanskeligst var det i KwaZulu hvor borgerkrigslignende tilstander mellom ANC og zuluenes parti, Inkatha, oppsto. Også kjent er en situasjon hvor lederen for Bophuthatswana, Lukas Mangope, inviterte inn høyreekstreme hvite afrikandere for å beskytte staten hans. Det endte med at hans egne soldater gjorde opprør, og mange mennesker ble drept, både svarte og hvite.