I mai 1987 returnerte Murphy til Lincoln City der han var manager til mai 1990. Så fulgte en periode som ungdomstrener i Leicester City FC og assistentmanager i Luton Town FC før han i 1992 igjen ble manager, denne gang for Southend United FC. Hans siste managerjobb var i Notts County FC som han ledet fra juni 1995 til desember 1996.