I 1885 møtte han Antoinette Carter, som var datter av en seniorpartner i advokatselskapet Hughes arbeidet for, og paret giftet seg i 1888. De fikk 3 barn sammen, blant andre Charles Evans Hughes jr. og Elizabeth Hughes Gossett. I 1891 forlot Hughes advokatpraksisen til fordel for en professorstilling ved Cornell Law School, men allerede i 1893 gikk han tilbake til sin advokatpraksis i New York. På denne tiden underviste han også ved New York Law School sammen med blant andre Woodrow Wilson. Fra 1905 satt han i ulike undersøkelseskommisjoner for staten New York.