Boetto ble utnevnt til erkebiskop av Genova den 18. mars 1938. Han ble bispeviet 24. april 1938 i kirken Sant'Ignazio i Roma av kardinal Gennaro Pignatelli di Belmonte, med erkebiskopene Giuseppe Migone og Giovanni Vallega som medkonsekrerende. Ved utnevnelsen av den som antifascistisk gjeldende Boetto var det også meningen å styrke hans moralske autoritet. Kort etter hans utnevnelse besøkte nemlig Adolf Hitler for første gang Italia, og da nettopp Genova. Der skulle Hitler og Mussolini møtes for å styrke de tysk-italienske forbindelser. Dette var også første gang Mussolini som statsleder besøkte Genova.