I begynnelsen av 2007 ble det rettet anklager om forskningsfusk og plagiat mot Rekkedal. Försvarshögskolans viserektor Gerry Larsson bad Vetenskapsrådet (VR) utrede anklagene og VR oppnevnte Kristian Gerner og Marie Demker som sakkyndige. Vetenskapsrådet fant at Rekkedal har «har avvikit från god vetenskaplig sed», men eftersom plagiatet lå mer enn to år tilbake i tid, fikk det ingen disiplinære konsekvenser. Høyskolens ledelse har latt Rekkedal fortsette i stillingen som professor. Rekkedal selv mener seg utsatt for systematisk trakassering.