Spillet blir fortalt som en selvbiografi etter en ukjent og navnløs klonesoldat som forteller om de mange slagene som medlem av 501. legion. Opprinnelig en del av republikkens store hær, blir 501. Legion først utplassert under Slaget ved Geonosis i begynnelsen av klon-krigen, hvor de skal slå til mot en separatist-utpost okkupert av kamp-droider. I løpet av de neste tre årene viser legionen seg som en av de aller mest effektive legionene i hele klone-hæren, og får tildelt viktige oppdrag i løpet av hele konflikten. Etterpå blir legion en del av den keiserlige hæren som Darth Vaders personlige legion, og de får raskt kallenavnet "Vader's Fist" på grunn av deres effektivitet.