På de paraguayanske elvene, inkludert den viktige Paraguay-elven, hadde en marineorganisasjon oppstått med to nyere og to eldre kanonbåter, to mindre væpnede farkoster og flere småbåter samt et passasjerskip, åtte lasteskip, 22 mindre fraktskip, 8 større og 22 (lektere). Etter hvert som konflikten raste, ble marinen med sin transportkapasitet meget viktig for Paraguays krigsinnsats. De to nyere kanonbåtene «Paraguay» og «Humaita», som var bygget i Italia og var meget godt bestykket, kunne frakte over to tusen soldater per tur.