Pave Johannes Paul II utnevnte Bergoglio til titulærbiskop av Auca og hjelpebiskop i Buenos Aires den 20. mai 1992. Erkebiskopen av Buenos Aires, Antonio Quarracino, bispeviet ham 27. juni samme år. 3. juni 1997 ble han koadjutor-erkebiskop, og 28. februar 1998 overtok han som erkebiskop.