Kisterne har sitt opphav fra tsjetsjenske og ingusjiske stammer som fra 1830 til rundt 1870 innvandret til den da ubebodde Pankisidalen samt enkelte andre nærliggende områder i provinsene Kakheti og Tusheti. Bosetterne fra nord kom delvis som følge av økonomisk nød, delvis for å unnslippe blodhevn og delvis som religionsflyktninger fra en bølge av islamisering som skylte fra Dagestan mot Tsjetsjenia. Den første kistiske bosetningen var landsbyen Khorbalo. I 1873 var det 865 kistere i Pankisidalen, i 1901 var det 1 352, og i 1979 rundt 6 000.