I løpet av våren 1802 ble Witt, etter premieren av sitt oratorium utnevnt til hoffkapellmester i Würzburg. Der giftet han seg i 1803 med datteren til en av de rikeste borgerne i byen og ble der hele resten av sitt liv. Fra 1814 var Witt kapellmester på teateret i Würzburg. Sommeren 1824 ble han sagt opp, antagelig på grunn av sykdom. I sine siste år jobbet han blant annet som hoffkomponist for Prins Carl Friedrich zu Löwenstein-Wertheim-Freudenberg.