Initiativet til denne kirke ble tatt av pave Leo XIII. Han ville oppføre en kirke i bydelen Prati i samband med sitt 50-årsjubileum som biskop i 1893; kirken skulle helliges Joakim (italiensk - det navnet var også ett av pavens egne dåpsnavn. Byggingen tok til 1. oktober 1891. I samband med dette innbød paven fjorten nasjoner til å dekorere hvert sitt kapell der.