På midten av 1960-tallet begynte planleggingen av byen i det nylig selvstendige Protektoratet Bechuanaland med mål om å bygge en hovedstad, da stedet ikke var knyttet til noen stammer og hadde tilgang til ferskvann. I sentrum av byen ligger et kompleks av kommersielle foretak kalt , med det halvsirkelformede regjeringskvartalet vest for dette. Gaborone er en av de raskest voksende byene i verden, noe som har skapt boligmangel og problemer med ulovlige bosetninger. På 1980-tallet utspilte det seg flere konflikter her som også gikk over landegrensene til Zimbabwe og Sør-Afrika.