Han har vært profesjonell spiller siden 1990. Han ble verdensmester i 1997 etter at han slo Stephen Hendry 18–12. Doherty kom til finalen både i 1998 og 2003, men tapte henholdsvis mot John Higgins og Mark Williams. Han er den eneste spilleren som har vunnet VM både som amatør og profesjonell. Doherty er i tillegg u–21 verdensmester fra 1989.