Et stykke ute i spillet får Praxis tak i Precursorsteinen, en gjenstand med utrolig kraft. Praxis har til hensikt å knuse steinen inne i Metal Headenes reir, men vet ikke at å ødelegge Steinen vil sette i gang en kjedereaksjon som vil legge planeten i ruiner. Baronen gir Krew, gjenglederen i Haven City, i oppgave å ødelegge Precursorsteinen. Jak finner Krew og ødelegger maskinen han har bygget for å knuse Steinen: Eksplosjonen som følger tar livet av Krew.