Harris kom tilbake for 2009-sesongen, som ble den første sesongen hvor hun var alene om målvaktposisjonen. Hun begynte i alle 25 kampene for laget og spilte i totalt 2163 minutter i mål. Hun slapp inn 10 mål på 25 kamper og hadde 45 redninger, som ga henne en redningsprosent på 0,818 og 0,42 mål i gjennomsnittet som hun ikke reddet per kamp. UNC vant 2009 NCAA Women's Soccer Tournament etter en 1-0 seier over Stanford i finalen.