Overgangen ble anlagt av den israelske og den egyptiske regjering etter den israelsk-egyptiske fredsavtalen av 1979, og kom til alminnelig anvendelse etter den israelske tilbaketrekningen fra Sinaihalvøya i 1982. Etter Israels tilbaketrekning i 1982 ble Rafah delt i to og bebyggelsen langs delelinjen ble revet slik at Israel og Egypt kunne anlegge brede buffersoner på begge sider. Overgangen går gjennom den gamle byen Rafah nesten i sentrum, og deler den inn i en palestinsk og en egyptisk Rafah. Grensen ble administert av Israel Airports Authority frem til 11. september 2005, som fastsatt i den israelske ensidige tilbaktrekningsplanen fra Gazastripen.