Under andre verdenskrig tjenestegjorde McIlroy om bord på SS «Oronsay» da den ble torpedert utenfor kysten av Vest-Afrika, og han tilbrakte fem dager i en åpen livbåt før han ble reddet av det franske skipet «Dumont d’Urville». Etter krigen fortsatte han som skipslege til han var oppi 70-årene.