NPA sine røtter kan føres tilbake til Hukbalahap, det tidligere prosovjetiske kommunistpartiet på Filippinene (FPK). Hukbalahap kjempet i begynnelsen mot den japanske okkupasjonen av Filippinene under den andre verdenskrigen. Etter krigen fortsatte kampen mot amerikansk tilstedeværelse på Filippinene og landets myndigheter inntil man i hovedsak gav opp mot president Ramón F. Magsaysay.