Senere var Miller ansatt i noen år ved University of Chicago Booth School of Business, inntil han i 1981 skiftet over til Stanford University, hvor han forble resten av sin aktive universitetskarriere, inntil han stoppet med å undervise i 1996. Siden da har han hatt tittel som ved Stanford. Mens han var på Stanford, dreide hans forskning seg særlig om strategi for investeringsbanker samt skatteplanlegging innenfor finansieringsteori.