Pinega er 779 km lang, og har et nedbørfelt på . Ved munningen er den gjennomsnittlige vannføringen på (minimum i mars, maksimum i mai med over ). Rundt 120 kilometer over munningen, ved bosetningen Pinega, passerer elva kun få kilometer unna elva Kuloj som munner ut i Mezenbukta. De to elvene er knyttet sammen via Kulojkanalen. I det nedre løpet er Pinega rundt 400 meter bred og to meter dyp, og beveger seg med en hastighet av . På de siste ti kilometerne før munningen blir dalen trangere, og bredden på elva er her kun 200 meter og dybden øker til opptil ti meter. De viktigste sideelvene er fra venstre Vyja, Jula og Poksjenga, fra høyre Ilesja og Jezjuga.