Hölderlins familie tilhørte embedsstanden i det tyske hertugdømmet Württemberg; faren var jurist og forvalter av statlige eiendommer, mens moren var prestedatter. Han gikk på latinskolen i Nürtingen, og da han ble fjorten ble han sendt til skolen i Denkendorf, to år senere til Maulbronn. Skolegangen hadde til formål å forberede til teologistudiet, som han påbegynte i Tübingen i 1788 og fullførte fem år senere. Studiet ble valgt under påtrykk fra moren, selv hadde han heller villet studere jus, men diktningen var hans hovedinteresse allerede i skoletiden: For å slippe prestegjerningen valgte han i stedet å arbeide som huslærer, en stilling som også ga ham tid og anledning til litterær virksomhet. Hans første dikt kom på trykk i 1791.