Vannstrømmen inn i Tonle Sap er sesongbetont. I september eller oktober øker vannføringen i Mekong, på grunn av monsunregn og smeltevann fra Himalaya, til et punkt hvor utløpet gjennom deltaet ikke kan håndtere den enorme vannmengden. For å ta unna vannet endrer vannføringen i Tonle Sapelva retning, den flyter nordover og tømmes i innsjøen Tonle Sap. Dette øker størrelsen på innsjøen fra ca. 2590 kvadratkilometer til ca. 24 605 kvadratkilometer på høyden av flomperioden. Når så vannmengden i Mekong avtar og elveløpet nedenfor Phnom Penh kan håndtere vannmengden reverseres retningen og vannet renner ut av innsjøen igjen. Silten som etterlates i store områder gjør landskapet svært godt egnet til risproduksjon.