Gruppen oppdager at Mist har returnert og dekker hele Gaia. Med assistanse fra de kombinerte kreftene til Burmecia, Lindblum og Alexandria, drar de til Iifa Tree, hvor de blir teleportert til et mystisk sted kalt Memoria. Garlands ånd leder gruppen til Kuja. Etter at de bekjemper Kuja, bruker han sine Trance-ferdigheter for å ødelegge livets kilde, krystallen, og Necron, det «uendelige mørke» som ødelegger liv, viser seg. Etter at Necron er bekjempet, faller Memoria of Iifa Tree sammen. Selv om gruppen rømmer, blir Zidane igjen for å redde Kuja og blir senere antatt for å ha dødd sammen med i Kuja i sammenbruddet.