Amenhoteps mumie ble oppdaget i mars 1898 av Victor Loret i faraos grav KV35 i Kongenes dal innenfor hans opprinnelige sarkofag. Han hadde bygget et dødstempel ved utkanten av Teben nekropolis, rett ved det stedet hvor Ramesseum senere ble bygget, men det ble ødelagt i antikken. Graven til Amenhotep II viste seg også til å være et forråd hvor flere mumier av faraoer fra det nye riket, inkludert Thutmose IV, Seti II, Ramses III, Ramses IV, og Ramses VI. De hadde blitt gravlagt på nytt i graven til Amenhotep av Amons yppersteprest Pinedjem II under Siamuns styre i 21. dynasti for å beskytte mumiene fra gravplyndrere. De mest detaljerte og balanserte diskusjoner om kronologi, hendelser og virkninger av Amenhotep IIs styre ble utgitt av Peter Der Manuelian, professor i egyptologi ved Universitetet i Harvard i USA, i hans bok fra 1987 om denne farao.