Fra 1972 jobbet Gomez som pastor i San Salvador, og i 1986 ble han den første biskopen for den lutherske kirken i El Salvador, og da fredsprosessen begynte i landet i 1989, ble han en sentral person i arbeidet. Dette arbeidet førte til at han ble truet på livet, og havnet på de såkalte lister over folk som skulle likvideres. Han ble torturert av høyreekstreme grupper, og måtte en periode rømme landet.