Bakken vokste opp i Fåvang i Gudbrandsdalen. Han ble utdannet veterinær i 1965 og tok doktorgraden i 1982. Fra 1974 til 1989 hadde han ulike stillinger ved Veterinærinstituttet som avdelingsveterinær, overveterinær og nestleder. Fra 1990 til 1998 var han veterinærdirektør, deretter ekspedisjonssjef i Landbruks- og matdepartementet inntil han gikk av med pensjon i 2006. Bakken var sentral i arbeidet med å omorganisere matforvaltningen i Norge tidlig på 2000-tallet og spilte en viktig rolle ved etableringen av Mattilsynet og Vitenskapskomiteen for mattrygghet i 2004. I 2017 var han redaktør og medforfatter av boken (Pax Forlag).