Området rundt prefekturet bestod av flere kongedømmer, inkludert Eordaia, og ble styrt av Kongedømmet Makedonia og etter den tredje makedonske krigen ble det en del av Romerriket. Senere kom det inn under Østromerriket. Tidlig på 1300-tallet erobret Det osmanske riket området og styret deres varte fram til balkankrigene i 1913. Det moderne prefekturet ble dannet seinere og inkluderte det som i dag er prefekturene Florina, Grevena og Kastoria. Flyktninger fra Lilleasia og Pontus kom til området under den gresk-tyrkiske krigen 1919-1922.