Charlotte Kalla ble juniorverdensmester i skiatlon (fellesstart med skibytte) i 2006. Ett år senere vant hun både skiatlon og 5 km fri under junior-VM. I tillegg fikk hun sølv i sprint og stafett. Under ski-VM 2007 i Sapporo endte hun på 7.-plass på fellesstart med skibytte, og på 5.-plass på 10 km fristil.