I 1449 hadde Sultan Muhammad makten i provinsene Jibal og Fars, og han gikk nå til krig mot Abul-Qasim i Khorasan. Han erobret den viktige byen Herat og tvang Abul-Qasim på flukt. I 1450 beseiret han Abul-Qasim i et slag ved Mashhad og han erobret ytterligere en del av brorens rike. Abul Qasim fikk imidlertid samlet sine tropper og slo tilbake mot Sultan Muhammad senere samme år. Sultan Muhammad ble tatt til fange og henrettet. Liket ble av Abul-Qasim sendt til Herat for at han kunne bli begravet sammen deres far Baysunghur.