Kirken er inndelt i ni stift, som igjen er inndelt i prostier. Åtte av stiftene er finskspråklige, og er inndelt etter geografien i landet. Borgå stift skiller seg fra resten, gjennom at det omfatter alle landets svenskspråklige menigheter, samt de tospråklige som har svensk majoritet. Stiftet dekker derfor et stort geografisk område langs kysten, i tillegg til Tammerfors i innlandet. Innunder stiftet ligger også de riksdekkende tyske evangelisk-lutherske menighetene og .