Aarskog forsket særlig på perinatal endokrinologi, kalsiumomsetning, vekstforstyrrelser og cellegenetikk, og utga over 250 artikler om disse emnene. Han beskrev i 1970 tilstanden kjent som Aarskogs syndrom, som er et familiært syndrom (sammensatt tilstand). Aarskog innehadde en rekke internasjonale tillitsverv, og ble i 1992 utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden for sin innsats for barnemedisinen.