De fleste stridsvognutgavene av Panzer II var bevæpnet med en 20 mm KwK 30 L/55 kanon. Noen senere utgaver hadde 20 mm KwK 38 L/55 som var ganske lik. Denne var basert på 20 mm FlaK 30 luftvernkanon, og hadde en skuddtakt på 280 skudd i minuttet, noe som er veldig høyt for en stridsvogn. Panzer II hadde også en 7,92 mm mitraljøse montert koaksialt med hovedskytset.