Et annet karbonlager er i havet. To hovedkonsepter finnes. 'Oppløsning' type injiserer CO med skip eller rørledning til vannsøylen på dybder 1000 m eller mer, og CO oppløses. 'Innsjø' type dumper CO på havbunnen på dybder større enn 3000 m, hvor CO har større tetthet enn vann og vil danne en 'innsjø' som vil utsette utslippet av CO til miljøet. Et tredje konsept er å omdanne CO til bikarbonater (med kalkstein) eller hydrater.