Pernot studerte ved og universitetet i Paris, hvor han studerte fonetikk under Abbé Rousselot, filologi under Emile Legrand og gresk under Jean Psichari. Han underviste i nygresk ved fra 1895 til 1912 og ved universitetet i Paris fra 1912. I 1919 ble han direktør for instituttet for nygresk. Han ble utnevnt til professor i nygresk i 1930.