Dette førte til at Epirus mistet all støtte fra sin nærmest eneste allierte, kongeriket Napoli. Napoli krevde at Filip og Thamar var de rettmessige herskere, men Anna nektet fordi hun mente avtalen var brutt ved at Thamar var blitt tvunget til å oppgi sin ortodokse tro. Anna sørget i stedet for en allianse med det bysantinske riket i Konstantinopel som innebar giftermål mellom Thomas I og Anna Palaiologina, datter til keiser Mikael IX Palaiologos. Dette ekteskapet ble inngått i 1307 eller 1313. I mellomtiden prøvde Karl II å erobre Epirus militært, men ble slått tilbake. Det kom etter hvert til et kompromiss (i 1307) der Filip overtok noen av de angevinske befestningene i det vestlige Balkan som var blitt erobret av styrker fra Epirus.