Paulding steg i gradene inntil han i 1844 ble kommandør. I 1855 ble han sjef for Home Squadron, en beordring han hadde til 1858. I denne perioden ledet Paulding i 1857 et tokt til Nicaragua, der William Walker forsøkte å erobre makten. Walker ble arrestert og ført tilbake til USA. Handlingen var kontroversiell og Paulding tapte sin kommando på grunn av dette.