I november 1941 gav Schöngarth «Schießbefehl» (skyteordre), hvorved jøder som ble påtruffet utenfor ghettoene, skulle stilles for standrett og skytes. I juni 1943 deltok Schöngarth på en ekshumeringsaksjon («Enterdungsaktion») hvor målet var å tilintetgjøre alle spor etter sikkerhetspolitiet og SDs virksomhet. Massegraver ble åpnet og likene brent. Det direkte ansvaret for dette ble gitt under ledelse av SS-Standartenführer Paul Blobel.