Generalsekretær Johan Martin Wisløff (generalsekretær i perioden 1912-1944) ønsket at indremisjonsfolket tok aktivt del i kirkens liv, og da menighetsrådene ble etablert på begynnelsen av 1920-tallet, oppfordret han indremisjonsfolk over hele landet om å gå inn å "fylle institusjonene". Sammen med Ole Hallesby kom Wisløff til å prege norsk kirkeliv og norsk kirkedebatt hele første halvdel av 1900-tallet. Den offensive satsing på utdannelse gav resultater i form av en rekke ungdomsskoler (senere folkehøgskoler) og fagskoler som Gjennestad Gartnerskole og Tomb Jordbruksskole. Indremisjonsselskapet har også hatt en sentral plass i forbindelse med etableringen av blant annet Det teologiske menighetsfakultet og Kristelig Gymnasium i Oslo. Ikke minst Bibelskolen i Oslo, fra 2003: Høgskolen i Staffeldtsgate), kom til å bli et viktig utdannelsessted for predikanter og arbeidere både i og utenfor Indremisjonsselskapet. I 1982 reiste Indremisjonsselskapet en ny bibelskole – Bibelskolen i Grimstad.