Byen er et viktig handelssentrum. Her er kaffehandel, næringsmiddel- og kjemisk industri, stålverk, aluminiumsvalseverk, oljeraffineri, sementfabrikk. Turismen spiller en viktig rolle. Gamlebyen ligger på en øy (Mombasaøya). Mombasa er Øst-Afrikas viktigste havneby. Den har også internasjonal flyplass.