Epigenetikk spiller en avgjørende rolle i tidlig utvikling, og morens epigenetiske bidrag anses ofte for å være særlig viktig. Eggcellen, som inneholder næringsstoffer, organeller og omfattende epigenetisk informasjon, fungerer som det primære miljøet for utviklingen av zygoten. Når sædcellen befrukter eggcellen, assimileres sædcellens kromosomer i eggcellens miljø, og mye av den epigenetiske informasjonen fra sædcellen fjernes gjennom en mekanisme kalt demetylering. Dette skjer for å "tilbakestille" genetisk informasjon og tilpasse den til eggcellens miljø. Samtidig beholder eggcellen en del av sine egne metyleringer og histonmodifikasjoner, som danner grunnlaget for videre utvikling.