Dokumentene ble fremskaffet. De viste navnene på alle som hadde deltatt i avsettelsen av biskopen og dermed opprøret; på grunn av amnestiet trodde man at dette nå var klart og saken oppgjort. Men det fantes et moment som hverken Kristina eller noen av de andre svenskene ser ut til å ha tenkt på. Saken var at avsettelsen av en biskop ble regnet som en forbrytelse mot kirken, som kjetteri, noe kongen ikke kunne gi amnesti for og dette gjorde han klart for dem. Det innebar at kongen fant en måte å straffe dem for opprøret tross amnestiet, under dekke av å straffe dem for kjetteri.