Fra tidlig alder ble Peters unike utdanning (bestilt av tsar Aleksej I) lagt i hendene på flere lærere, blant andre Nikita Zotov, Patrick Gordon og Paul Menesius. I den sykelige Fjodor IIIs regjeringsperiode ble Russland i stor grad styrt av Artamon Matvejev, en venn av Aleksej, politisk overhode for Narysjkin-familien og en av Peters fremste velgjørere i barndommen. Dette endret seg da Fjodor døde seks år senere i 1682. Da Fjodor ikke etterlot seg noen barn oppstod en feide mellom familiene Narysjkin og Miloslavskij om hvem som skulle arve tronen. Peters andre halvbror, Ivan V, stod for tur til å ta over tronen, men han var kronisk syk og tilbakestående. Følgelig valgte bojar-dumaen Peter til tronarving, og hans mor til regent fram til Peter ble gammel nok. Denne beslutningen ble lagt fram for folket i Moskvas, som tradisjonen krevde, og folket godkjente den. Men en av Aleksejs døtre fra hans første ekteskap, Sofia Aleksejevna, ledet et opprør blant Russlands elitesoldater, streltserne. I den påfølgende konflikten ble et antall av Peters slektninger og venner drept, deriblant Matvejev, og Peter ble øyenvitne til disse politiske voldsomhetene.