Flere regner gruppen som en væpnet fraksjon av Fatah-partiet. De har imidlertid aldri blitt offisielt godkjent eller støttet av Arafat og Fatah, selv om brigadens medlemmer er eller har vært medlemmer av ungdomsbevegelsen i Fatah, Shabiba. Israelske styrker har ofte rettet aksjoner mot gruppens ledere, og i januar 2002 ble Al-Aqsas tidligere leder på Vestbredden, Raed al-Karmi, drept i en eksplosjon. Al-Aqsa-brigadene er ingen strukturert organisasjon, men består av løse celler og mangfoldige ledere i de okkuperte områdene. Dette har gjort det vanskelig for de palestinske myndighetene å kontrollere gruppa. De har også vært i voldelige konfrontasjoner med palestinske sikkerhetsstyrker, og sommeren 2004 forsøkte medlemmer av gruppen å storme hovedkvarteret til den militære etterretningens kontorer i byen Rafah. I 2003 skal medlemmer av gruppen ha banket opp den palestinske guvernøren i Jenin på Vestbredden. Bakgrunnen skal ha vært misnøye med at statsminister Mahmoud Abbas hadde vært for ettergivende overfor Israel, samt at de beskyldte guvernøren for å ha ha samarbeidet med israelerne om et drapsforsøk mot et av deres medlemmer og for å ha underslått offentlige penger fra et utviklingsprosjekt. Gruppens bånd til Fatah førte i 2007 til at de havnet i voldelige konfrontasjoner med Hamas på Gazastripen.