Ukrzaliznytsia ble opprettet 24. september 1991, etter at landet ble selvstendig fra Sovjetunionen. Vedtaket ble utarbeidet av Ukrainas Verhovna Rada. Ifølge vedtaket skulle alle eiendeler (jernbaneinfrastruktur) innenfor Ukrainas grenser tilhøre landet. Følgelig er mesteparten av dagens jernbaneinfrastruktur i Ukraina arvet fra Sovjetunionen.