Hovedelva har utspring fra et tjern nordøst på Falkfjellet. Den renner først i nordlig retning ned til Uhca Guovdavággi (nordsamisk – «lille grasslettedal»), hvor den løper sammen med mange andre småbekker fra fjellsidene rundt. Elva snur så mot sørøst og passerer gjennom Skallelvskardet. Den tar opp flere mindre sideelver før løper sammen med Ridelva, som ved samløpet er større enn hovedelva. Fem kilometer senere munner elva ut i Varangerfjorden ved bygda Skallelv.