Han var i perioden 2005–2007 medlem av Folketinget for Ringkjøbing amtskrets, valgt for Det Konservative Folkeparti. Etter strukturreformen i 2007 var han valgt fra Vestjyllands storkrets. Jørgensen var de konservatives klima- og energipolitiske talsmann. I februar 2010 ble han tatt for promillekjøring og søkte permisjon fra Folketinget. Han brøt så med de konservative og viste til lokalisering av sykehus i Vestjylland og partiets reformvegring. Samtidig ble det kjent at partiet ikke ønsket å renominere ham. I juni meldte han seg inn i Kristendemokraterne og ble partiets eneste folketingsmann. Ved folketingsvalget i 2011 falt han ut. I oktober 2011 ble Jørgensen formann i partiet. I august 2012 ble Jørgensen presset til å trekke seg, og han forlot partiet.