I 1861 ble Woodlock utnevnt til rektor ved det katolske universitetet i Irland, etterfølgende etter kardinal John Henry Newman Han hadde stillingen til han ble utnevnt til biskop. I tråd med Newmans pedagogiske filosofi opprettet Woodlock den katolske universitetsskolen i 1867 som en forberedende skole for det katolske universitetet i Irland.