Denne kontroversen forsuret forholdet mellom de to foreningene og fortsatte etter ekspedisjonens avslutning, noe man kan avlese av kritikken som ble rettet mot en del av de publiserte resultatenes omfang og kvalitet. Markham hevdet at årsaken til at han sto så hardt på en marinekommando først og fremst var et spørsmål om tradisjon og stil, og ikke et uttrykk for manglende respekt for vitenskapene. Han gjorde det også klart at han anså at målet om å nå så langt sør som mulig i seg selv ikke fortjente støtte.