Juba ankom Scipio med 3 legioner, rundt 15 000 letteinfanterister, 1 000 kavalerister og de samme 30 krigselefantene for slaget ved Thapsus (i dagens Tunisia) som ble utkjempet den 6. april 46 f.Kr. Imidlertid slo han leir et stykke fra Scipios hovedlinje. Cæsars bueskyttere angrep Scipios elefanter som fikk panikk og trampet ned sine egne menn. Etter at elefantene var tapt begynte Scipio å tape terreng. Juba, som ennå ikke hadde deltatt i slaget, observerte at Scipio holdt på å tape, og flyktet fra slagmarken med sine menn. Med seg hadde han den romerske generalen Marcus Petreius. De forsøkte å komme til byen Zama, som var forberedt på beleiring, men innbyggerne ville ikke åpne portene, og da nyheten kom om Saburra var blitt beseiret og drept, og at Cato hadde begått selvmord ved Utica, inngikk Petreius og Juba en selvmordspakt. Scipio unnslapp slaget, men begikk selvmord noen få måneder senere i nærheten av Hippo Regius.