Bilić startet karrieren sin i i 1987. I 1993 dro han til den tyske klubben Karlsruhe SC, før han i 1996 dro videre til England, og West Ham United. Der var han til 1997 da han ble hentet av den engelske storklubben . Der var han i tre år før han dro hjem til Kroatia og , hvor han var spillende trener. Han avsluttet sin karriere som fotballspiller i 2001.