Riquelme debuterte som profesjonell spiller i 1996 for Boca Juniors. Uken etter scoret han sitt første mål. I 2002, etter en meget god sesong hos Boca Juniors, ble europeiske toppklubber oppmerksomme på Riquelmes talent. Den sentrale midtbanespilleren ble kjøpt av den spanske klubben FC Barcelona for 9 millioner euro. Her greide han imidlertid aldri å spille seg til fast plass på laget, og gikk derfor i 2003 til Villarreal. I sesongen 2004/2005 overbeviste han stort, med 15 mål og 11 målgivende pasninger hjalp han laget til tredjeplass i den spanske ligaen. Året etter førte han Villareal frem til semifinalen i Mesterligaen.