I starten av den nye ligaen skuffet Bayern. TSV 1860 hadde nettopp vunnet den sydtyske ligaen, en av få ganger TSV hadde vært foran Bayern i denne perioden, og ble en del av den nye eliten av tysk fotball. Bayerns nyvalgte statsminister, Wilhelm Neudecker, det moderne FC Bayerns far, ansatte Zlatko «Czik» Čajkovski, en tidligere landslagsspiller for Jugoslavia, som hadde ledet 1. FC Köln til ligaseier i 1962. Dette «kuppet» ga resultater, ettersom han formet et fremadstormende, talentfullt, ungt lag, som senere skulle bli kjent som «aksen»: keeper Sepp Maier, Franz Beckenbauer og Gerd Müller. Etter å ha unngått å rykke opp i 1964, da de kom på andreplass i den sydtyske ligaen, etter Hessen Kassel, vant Bayern den sydtyske ligaen, i 1965, og rykket opp sammen med sine kommende rivaler: Borussia Mönchengladbach.