Passasjertrafikken ble vedtatt nedlagt på Numedalsbanen ved årsskiftet 1988/1989, og Flesberg fikk dermed ny status som et ubetjent tidligere ekspedisjonssted for gods. Stasjonen fikk senere funksjon som tømmerterminal. Flesberg stasjon ligger 129,49 kilometer fra Oslo S og om lag 20,1 kilometer fra Kongsberg stasjon.