I 1996 hadde Elwes sin første TV-opptreden som David Lookner i TV-serien Seinfeld. I 1998 spilte han astronauten Michael Collins i den Golden Globe Award-vinnende HBO-miniserien From Earth to Moon. I 1999 hadde han en gjesterolle i en episode av TV-serien The Outer Limits. Elwes hadde en tilbakevendende rolle i den siste sesongen (2001–2002) av The X-Files som assisterende direktør for FBI, Brad Follmer.