Etter en sterk 2005-sesong var det forventet at Jaguars skulle nå sluttspillet i 2006, men ble igjen hindret av en rekke skader. Reggie Hayward, Greg Jones, Donovin Darius, Byron Leftwich og Mike Peterson ble alle plassert på benken for resten av sesongen med skader. Marcus Stroud, Matt Jones, Paul Spicer og Fred Taylor ble også skadet i løpet av sesongen. Jaguars avsluttet eventuelt sesongen 8-8, men hadde i det minste en imponerende nykommersesong for running back Maurice Jones-Drew, som ble plukket opp i andre runde av NFL Draft.