Frykten for sabotasje var alltid til stede, og når utstyr sviktet var det ofte en mistanke om at det var blitt sabotert. Mens det var noen problemer som antas å være forårsaket av skjødesløse eller utilfredse ansatte, var det ingen episoder hvor man med sikkerhet visste at det var snakk om sabotasje igangsatt av aksemaktene. En japansk ballong traff imidlertid en høyspentledning 10. mars 1945, og det følgende strømbruddet betydde at de tre reaktorene ved Hanford måtte stenges ned midlertidig.