Temperaturer og nedbør i fjellene varierer mye. Yungas, der de fuktige nordøstlige passatvindene treffer på fjellene er det mest overskyede, fuktigste og regntette området med en årsnedbør på 152 centimeter. Skyete daler og nedbørfeltet i hele Cordillera Oriental har milde temperaturer og en nedbør på mellom 64 og 76 centimeter per år. Snø kan falle på høyder over 2 000 meter over havet. Området over 5 500 meter har polarklima.