Til tross for tilbakeslag fikk Cargolux i 1990-årene god økonomi. Det kom to Boeing 747 i 1990, da det feiret sitt 20-årsjubileum, og i 1993 kom ytterligre tre Boeing 747-400F til Luxembourg. I 1995 feiret Cargolux sitt 25-årsjubileum, og Heiner Wilkens ble utnevnt til administrerende direktør og president.