Prinsesse Peach holdes fanget i et slott av Bowser og Bowser Jr. og dere håndlangere Koopalings. De har invadert slottet hennes, og bruker en gigantisk mekanisk arm for å kaste Mario, Luigi og to Toads langt unna. Mario og hans venner må derfor reise over hele landet, for å komme tilbake til prinsessens slott for å redde henne. På vei møter de syv Koopalings som kontrollerer hvert deres område.