Statens helsetilsyn mente at behandlingen Luneng ga sine pasienter ikke hadde effekt mot borreliose, og at den i tillegg var farlig, både for den enkelte pasient og i et folkehelseperspektiv relatert til antibiotikaresistens. I 2013 vedtok de å delvis tilbakekalle Lunengs legelisens, med den konsekvens at han bare kunne arbeide under tilsyn av en annen lege. Vedtaket var begrunnet i at tidligere utstedt advarsel om å endre behandlingspraksis ikke var blitt tatt til følge, dette relaterte seg til blant annet utskriving av medikamenter etter konsultasjoner per telefon. Avgjørelsen høstet applaus i fagmiljøet, men ble mottatt med fortvilelse hos Lunengs pasienter.