Prosesser som gir indirekte kobling mellom menneskeskapt reaktivt nitrogen og klimaendringer er: Endringer i jordsmonnets nedbryting av organisk materiale der nitrogen inngår og der CO-utslipp påvirkes. En annen endring er biosfærens evne til å oppta CO. Halvparten av all CO som slippes ut i atmosfæren tas opp av biosfæren, og reaktivt nitrogen har påvirkning på opptaket av CO i organismer på landjorden, elver og sjø. Dette skjer ved at det gir økt biologisk produksjon og reduserer hastigheten av biologisk nedbrytning, som øker CO-opptaket. Men det finnes også tilfeller der nitrogen akselerer organisk nedbryting, slik at det hemmer nettoopptaket av CO. Dessuten påvirker det opptaket av CO i havet, noe som i sin tur forsurer havet og har en reduserende effekt på CO-opptaket. En tredje indirekte påvirkning er en generell økning av havets primærproduksjon som øker opptaket av CO. En fjerde effekt er dannelse av O i troposfæren som igjen gir dannelse av flyktige organiske forbindelser som reduserer plantevekst og dermed har en reduserende effekt på CO-opptaket. Totalt er alle disse prosessene estimert til å gi en nedkjølende effekt, beregnet til å redusere strålingspådrivet med 0,24 W/m.