Republikken Slovakia var formelt et uavhengig land. Regjeringen stanset høsten 1942 videre deportasjoner fra Slovakia, og den ga ikke etter for tysk press om å gjenoppta deportasjonene til leirene i det okkuperte Polen. Etter den slovakiske oppstanden fra august 1944 ble jøder deportert eller henrettet i tysk regi.