Gallardo kan leveres med to forskjellige girkasser, en tradisjonell sekstrinns, manuell girkasse, og en avansert sekstrinns, elektro-hydraulisk kontrollert, auto-clutch, manuell girkasse. som Lamborghini kaller "E-gear". Den siste lar sjåføren skifte gir adskillig raskere enn en automatisk girkasse klarer, med samme kontroll som en manuell girkasse gir. Sjåføren skifter gir ved hjelp av hendler bak rattet, og trenger ikke trykke inn clutchen.