Etter et kort opphold på Sandhurst utdannet han seg til lærer. Han arbeidet i ti år i skolen før han sammen med kona, Clare, startet veldedighetsorganisasjonen . Han er svigersønn av Penguin Books-grunnleggeren Allan Lane. Både Michael og Clare Morpurgo ble utnevnt til MBE i 1999. De har to sønner, Sebastian og Horatio, og en adoptert datter, Rosalind. I 1975 flyttet familien til Devon, der de opprettet veldedighetsorganisasjonen Farms for City Children, som har som formål å gi bybarn muligheten til å tilbringe en uke på en gård.