Det uavklarte nasjonale tilhørsforholdet i hertugdømmene Slesvig, Holsten og Lauenborg, der tysksinnede fikk støtte fra Det tyske forbund, førte til at den første slesvigske krig brøt ut i mars 1848. Samtidig var det gamle admiralitetskollegiet i ferd med å omdannes til et marineministerium. Marineminister C.C. Zahrtmann, som var en gammel venn av Dahlerup, ønsket at Dahlerup skulle ta oppgaven med å sette marinen i stridsdyktig stand. Dahlerup var i dårlig form og sa seg for opptatt med andre oppgaver. Ved våpenstillstanden i august 1848 var danskene på vikende front. Dahlerup utgav et skrift som kritiserte Zahrtmanns sjømilitære strategi. Regjeringen mislikte frittalenheten, men så seg best tjent med å la saken ligge. Dahlerup og Zahrtmann ble uvenner.