Wilhelm Wagner var sønn av Artur Wagner og hans hustru Nanny (født Rode). Hans far var rektor ved den høyere skolen i Altenkirchen. I 1929 tok han eksamen ved gymnaset i Betzdorf (Lieg). Deretter flyttet han sammen med familien til Bad Godesberg. Fra samme år studerte han teologi og filosofiske fag ved universitetet i Bonn. Han tok eksamen ved Universitetet i Koblenz i 1934. Fra 1934 var han lærer ved en evangelisk skole i Bad Godesberg. Wagner giftet seg med Anneliese Dahlhausen i 1936 etter tillatelse fra Rasse- und Siedlungshauptamt (RuSHA).