Hilberg er kjent for sitt harde faglige angrep på Daniel Goldhagen og for en overraskende støtte til Norman Finkelstein. Goldhagen la vekt på ideologi og følelser i kontrast til Hilberg som la vekt på institusjoner og byråkrater; Hilberg var dessuten irritert over Goldhagens feil. Hilbergs angrep på Goldhagen sprang særlig ut av grunnleggende ulikt syn på årsaken til holocaust.