Sett i ettertidens perspektiv er ikke alle Meldahls tanker i høyeste kurs. Hans boligbygninger virker ofte sammenpresset uten særlig mye lys og luft, og hans til tider hardhendte restaureringer av historiske bygninger ville blitt gjort annerledes i dag. det er også allmenn tilfredshet med at hans planer om å rive Nyboder og omdanne Prinsens Palæ til hovedbanegård ikke ble til noe. På den andre side kjempet han, da vollene falt, f.eks. mot militærets byggespekulasjon og for utlegging av Københavns vollanlegg til parkområder, og mange av hans byggverk har betydelige arkitektoniske kvaliteter.