I 1998 framsto han sammen med flere maskerte personer der de kritiserte FSBs ledelse som på dette tidspunkt var Vladimir Putin. Han kalte FSB en «bandittorganisasjon» som strebet etter å gagne sine sjefers interesser og ikke Russlands interesser. Litvinenko ble kort etter dette fengslet, og ble etterpå ilagt reiseforbud. Han klarte imidlertid, selv om han ikke hadde noe pass, å ta seg ut av Russland til Tyrkia i 1999.