Da Pompeius kom til Syria i 63 f.Kr. sendte begge brødrene (pluss en tredje gruppe som var motstandere av dem begge) sine utsendinger til ham. Pompeius lot sin beslutning vente på seg. Han synes å ha favorisert Hyrkanos ved at han bedømte den eldste broren som den svakeste av dem, og således en mer underdanig og lojal alliert av Roma. Aristobulos mistrodde Pompeius og forskanset seg i borgen Alexandreion, men da romerne fulgte etter med hæren, overga han seg og ga løfter om også å overgi Jerusalem. Hans tilhengere var derimot lite villige til å åpne Jerusalems porter for romerne. Romerne beleiret og erobret Jerusalem med store skader på byen og tempelet i 63 f.Kr. Aristobulos II ble ført til Roma som fange og Hyrkanos ble gjeninnsatt.