Egilsay er også kjent for Sankt Magnus-kirken, som i dag er en ruin, dedikert eller gjenviet til den hellige Magnus Erlendsson, som ble drept på øya i 1117 av et økseslag i hodet. I hundrevis av år ble historien om sankt Magnus, en del av , betraktet som bare en legende inntil det ble funnet en hodeskalle med en stor sprekk i, som den var truffet av en øks, i veggene til St. Magnuskatedralen i Kirkwall.