Mikrobølger er skadelige, og derfor blir strømmen brutt når ovnsdøren åpnes. Selve boksen rundt mikrobølgeovnen er alltid av metall, slik at stråling ikke slipper ut i rommet. Faren ved bruk av mikrobølgeovner har lenge vært diskutert, men man har ikke funnet konkrete skader som stammer fra strålingen ved normal bruk. Likevel er det mulig å få brannskader hvis man bevisst deaktiverer funksjonen som stanser ovnen ved åpning av døren.