I tiden som fulgte etter Noriega var preget av ustabilt forhold mellom regjering og folket. Noriega ble dømt til 40 års fengsel i USA etter at han overgav seg til amerikanske tropper i 1990, dette førte også til at Panama's militære ble aviklet og satt under amerikansk kontroll i 1990. Den nye presidenten i landet Guillermo Endara ble styrt av amerikanske interesser og vant aldri støtte hos folket sitt. Han gikk av i 1994 etter å ha blitt anklaget for korrupsjon og ble sett på som en mislykket nikkedukke for USA.