En blodprøve i mai 2006 påviste at Skarpsno hadde kreft, og han ble lagt inn på Akershus universitetssykehus i november samme år, hvor han opererte bort en nyre og en svulst. Etter operasjonen fortsatte han sitt arbeid for de hjemløse, men døde 81 år gammel påskeaften, 22. mars 2008, på Akershus universitetssykehus.