Hans behandlingspraksis med bruk av antibiotika er også omstridt. I 2016 innledet Helsetilsynet en granskning av de Meirleir etter en lang rekke bekymringsmeldinger om at han hadde gitt store og kostbare doser med antibiotika over lange tidsperioder til pasienter han mente led av kronisk utmattelsessyndrom og kronisk borreliose. Behandlingen foregikk på hoteller og i pasientenes hjem. Da avisen Sunnmørsposten satte fokus på dette svarte de Meirleir at han hadde avsluttet sin behandlervirksomhet i Norge.