Før 2018-sesongen ble han hentet til Fredrikstad FK, som assistenttrener under Per-Mathias Høgmo. Før 2019-sesongen tok han over som hovedtrener for klubben. I 2020 ledet han FFK til opprykk til OBOS-Ligaen, etter tre år i 2. divisjon. 12. september 2022 kunngjorde Fredrikstad at de hadde avsluttet samarbeidet med Johansen, da laget lå på en tolvteplass etter 24 kamper.