Kauffmann inngikk på eget initiativ og uten mandat fra København (men i «kongens navn») 9. april 1941 (på ettårs dagen for okkupasjonen av hovedlandet) en avtale med USA om forsvar av Grønland mot tysk aggresjon og bruk av baser på Grønland for å beskytte det amerikanske kontinentet. Avtalen ga USA kontroll over Grønlands sikkerhet inntil trusselen mot kontinentets sikkerhet var over. Regjeringen i København protesterte mot at USA inngikk avtale med en utsendingen uten fullmakter. Regjeringen avsatte Kauffmann og erklærte ham som forræder. Etter krigen ble Kauffmann statsråd i samlingsregjeringen under Vilhelm Buhl. Danske diplomater i USA fortsatte sitt virke og samarbeidet med USA og Storbritannia samt den norske eksilregjeringen i strid med instruksen fra København. De norske værobseratørene på Jan Mayen ble trukket ut, mens den norske værstasjonen på Øst-Grønland ble opprettholdt og sendte meldinger i kode til Storbritannia via Island. Senere opprettet USA baser i henhold til avtalen med Kauffmann og meteorologisk stasjon på Grønland noe som fikk stor betydning for krigføringen. Ved slutten av krigen hadde USA fire flybaser, to marinebaser, tre radiofyr og fire værstasjoner på Grønland.