Han meldte deretter overgang til Dundee, men han opplevde der i en alder av 28 år at karrieren hans ble truet av skader. Etter et kort opphold som manager for Falkirk gjorde han comeback som spiller for Dundee, før han sluttet seg til Partick Thistle. Duffy returnerte deretter til Dundee for et tredje opphold der i 1992 som spiller og assistentmanager for Simon Stainrod. Duffy tok deretter over for Stainrod og ble spillende manager høsten 1993.