Lee renner fra innsjøen Gougane Barra som en fartsfylt strøm, men ved byen Ballingeary letter den og renner ut i innsjøen Lough Allua. Når den forlater fjellet, renner østover, blir det igjen en rask strøm før den løper inn i Naturreservatet The Gearagh og vannreservatet Carrigadrohid, og deretter inn i det store innsjøen og vannreservatet Inniscarra som ble skapt av Inniscarrademningen. Videre renner den ned fra demningen, under normale forhold en mild elv til den kommer til Ballincollig Weir i Ballincollig Park; her er det farlig for svømmere når det er høyvann. Lee renner deretter inn i byen under Inniscarrabroen og renner parallelt med Carrigrohane-veien.