Han sluttet på high school da han var 16 år. Med godkjennelse fra sine foreldre dro han til Los Angeles for å jobbe med karrieren sin som musiker. Det var der han oppdaget og ble fan av Red Hot Chili Peppers, som han ble introdusert for av sin gitarlærer. I 1986 begynte han på Guitar Institute of Technology som var en høyt respektert skole, men han sluttet også der nokså fort. Under denne perioden begynte Frusciante å bruke marihuana og kokain, som senere utviklet seg til et stort helseproblem.