Michelle Pfeiffer ble født i Santa Ana, California. Hun er datter av Richard Pfeiffer og Donna Taverna. Hun vokste opp i Midway City i Orange County, California (rundt 45 kilometer sørøst for Los Angeles). Hun er nummer to av fire søsken, med en eldre bror, Rick Pfeiffer, og to yngre søstre, Dedee Pfeiffer (født 1964, også skuespillerinne) og Lori Pfeiffer (født 1965). Hennes farfar, William, var av tysk herkomst, mens hennes morfar, Jacob Bernhard Taverna, var av tysk-sveitsisk avstamning, og hennes mormor, Delma Lillian Hill, var av svensk slekt.