Keiser Konrad IV pantsatte Rothenburg i 1251, men byen klarte å kjøpe seg fri. I 1274 ble byen en riksby. St. Jakobs-kirken ble påbegynt i året 1311, men ble først innviet i 1484. Byen ble ødelagt av et jordskjelv i 1356, mesteparten av bymurene raste sammen. Østre del av rådhuset ble ødelagt av brann i år 1501. Jødene ble jaget ut av byen i 1520, og synagogen og kirkegården ble ødelagt. Disse hadde allerede blitt flyttet i 1350.