Utviklingen så langt har i all hovedsak gått på fosterets form, men ved dette trinnet begynner også celledifferensieringen til de forskjellige kimlagene som gir opphav til forskjellige celletyper. Det indre cellelaget i gastrulaen blir (slimhinner). Hos grupper der eggene har mye plomme vil de mest plommerike cellene bli til endodermen under gastrulasjonen. Det ytre cellelaget tilsvarer (først og fremst hud, men også nerveceller) hos det ferdige dyret. Hos nesledyr og kammaneter skjer gastrulasjonen etter klekking. Disse gruppene har bare en enkel åpning inn til tarmen som fungerer som både munn og anus, og hos disse er det voksne dyrets grunnleggende anatomi i prinsippet ferdig når gastrulasjonen har funnet sted.