Skolen har vært truet av nedleggelse flere ganger i løpet av de siste drøyt 20 årene. Lokalsamfunnet har hver gang mobilisert for å redde skolen sin. Siste gang var i 2003. I byrådets forslag til Skolebruksplanen 2010-24, er igjen nedleggelse av Seljedalen skole ett av tiltakene byrådet vurderer i Fyllingsdalen. Arkivet etter Seljedalen skole oppbevares ved Bergen Byarkiv.