Tor vil ikke kunne beskytte mot sårbarheter i annen programvare. I 2013 tok uvedkommende kontroll over en eller flere servere som ble brukt som et webhotell for en rekke såkalte Tor hidden services, som kun er tilgjengelig ved bruk av Tor. De som besøkte nettsidene fikk i en kort periode opp en feilmelding, men kildekoden til nettsidene avslørte et forsøk på å utnytte en sårbarhet i Firefox. Sikkerhetseksperter verden over analyserte koden, og kunne melde at et vellykket angrep ville føre til at en melding ble sendt utenfor Tor til en server i USA. Fordi det ikke ble gjort forsøk på å ta kontroll over maskinene, mente mange at det trolig var en politiaksjon.