Litauen hadde en god del jødiske innbyggere siden middelalderen. Bakgrunnen for den jødiske tilflyttingen er bare delvis kjent. Trolig skjedde den vesentlig migrasjonen østover til Polen-Litauen etter etnisk tysk migrasjon til slaviske områder ( var hovedsakelig før svartedauden). Det er ikke noe belegg for hypotesen om at jødene innvandret østfra eller var konverterte khazarer. Jødene utvandret trolig fra blant annet Böhmen, Mähren, Bayern og Østerrike og migrasjonen skjedde over relativt korte avstander. En del jøder kan også flyttet over større avstander fra blant annet Rhinland. Forflyttingen kan ha vært motivert av pogromer, befolkningspress og økonomiske forhold. Genetiske studier tyder på lite migrasjon innenfor det østlige området og studiene tyder på at den jødiske befolkningen i øst i stor grad hadde opphav i en relativt liten gruppe. Polen-Litauen hadde i 1660 anslagsvis 150.000 jødiske innbyggere. Brest var den største jødiske byen i storfyrstedømmet Litauen før den ble forbigått av Grodno og deretter av Vilnius. På 1600-tallet hadde Polen-Litauen blitt sentralt i jødisk intellektuelt liv og mange jøder fikk viktige økonomiske roller. Jødene ble den mest fremtredende religiøse-etniske minoriteten.