Den 7. september 1986, 8 dager før sin 25. bursdag, kastet Marino sin 100. touchdownpasning i et 50–28 nederlag i San Diego. Marino oppnådde det etter bare 44. kamper, kjappest i NFLs historie. I 1986-sesongen hadde Marino 4 746 pasningsyards og 44 touchdowns. Marino ble den første quarterbacken i NFLs historie til å ha tre sesonger på rad med 30+ touchdownpasninger; 48 i 1984, 30 i 1985 og 44 i 1986. Han ledet igjen ligaen i yards og touchdownpasninger, og ble utpekt til All-Pros førstelag for 1986.