Spinalonga, sammen med Gramvousa og Souda, forble på venetianske hender selv etter at resten av Kreta falt til osmanene i kretakrigen (1645–1669) (eller den femte osmansk-venetianske krigen) og varte fram til 1715 da de ble erobret av osmanene i den siste osmansk-venetianske krigen. De tre festningene forsvarte venetianske handelsruter og var også nyttige baser i tilfelle en ny krig om Kreta mellom Venezia og Det osmanske rike. Mange kristne søkte tilflukt i disse festningene for å unnslippe forfølgelse fra muslimske osmaner.