Hovedstaden var byen Tsjyhyryn. Etter Andrusovo-traktaten ble hovedstaden i 1669 flyttet til Baturyn da Tsjyhyryn ble en del av Polen-Litauen. Etter Baturyn-massakren i 1708, utført av den russiske hæren til Aleksandr Mensjikov, ble området innlemmet i guvernementet Kiev. Dette avsluttet i all hovedsak selvstyret til hetmanatet, og en rekke episoder med undertrykking fulgte, slik som i byen Lebedyn. Senere i 1709 fungerte byen Hlukhiv nominelt som residens for hetmanen.