Juin hadde en enkel bakgrunn fra en fransk pied-noir-familie i Algerie. Han var sønn av Victor Pierre Juin (fra Vendée) og hans hustru Précieuse Salini (som stammet fra Cuttoli Corticchiato og Ucciani på Korsika). Han fikk sin utdannelse ved Grand lycée d'Alger. Juin tok så militær utdannelse. Han gikk ut fra militærakademiet École Spéciale Militaire de Saint-Cyr i 1912 (i samme kull som Charles de Gaulle) med utmerkede resultater, og ble sendt til Fransk Marokko og kolonialkrigen der.