I den første fasen, fra 1996 til 1999, hadde enhetene en organisatorisk tilknytning gjennom en felles administrerende direktør, Osmund Ueland, og ved at de samme personene satt i styret for henholdsvis NSB BA og Jernbaneverket. Jernbanedirektøren var i denne perioden daglig leder for Jernbaneverket. Et fullstendig organisatorisk skille ble gjennomført med virkning fra 1. juli 1999. I henhold til instruksen skulle Jernbanetilsynet i en etableringsfase ha kontorfellesskap og administrativt fellesskap med Jernbaneverket. Dette fellesskapet opphørte senere i 1999, og etatene er nå atskilt både lokaliseringsmessig og organisatorisk.