Samtidig gikk diskusjonen om etableringen av et universitet i Norge på nytt. Selskabet ser ikke ut til å ha deltatt i den i det hele tatt. Diskusjonen ble ledet av det nylig grunnlagte Selskabet for Norges Vel i Christiania. Selskabet i Trondheim ble diskutert som en økonomisk ressurs, og en samlokalisering av Selskabet og universitetet ble ansett som en fordelaktig mulighet. Denne gangen førte diskusjonen frem, og i 1811 innvilget kongen at et universitet kunne etableres i Norge. Lokaliseringsdebatten endte med at universitetet ble lagt til Christiania. Ingen tok til orde for å lokalisere det til Trondheim. Universitetet var på den tiden først og fremst et utdanningssted, mens vitenskapelige selskap ofte var de som kunne gi penger til forskning, et slags «forskningsråd». Denne oppgaven falt i stor grad på DKNVS, som hadde betydelige økonomiske midler.