Slutten blei at kong Mahendra la seg på en åpent antidemokratisk linje. Den 15. desember 1960 oppløste han parlamentet, avsatte regjeringa og innførte direkte kongestyre. Det kongelige diktaturet kom til å vare helt fram til 1990. Koirala og hans nærmeste medarbeidere i regjeringa blei fengsla. Mange slapp ut etter noen måneder, men BP blei sittende i fengsel uten dom fram til 1968, til tross for at han led av strupekreft.