Loven gjør «kjønn» til et subjektivt fenomen i stedet for et objektivt faktum. Loven kan skape uklarhet rundt regler om kjønnskvotering og kjønnsbalanse. Loven kan skape uklarhet rundt regler om kjønnsdelte rom (toaletter, garderober) og institusjoner (fengsler, krisesentre). Loven viderefører tradisjonelle kjønnsroller. Spesialbestemmelsen om at «fødselskjønn» skal gjelde i visse tilfeller (barneloven), undergraver formålet bak loven. Det er uheldig å tillate endring av juridisk kjønn hos barn (eventuelt umyndig ungdom), Aldersgrensene i loven er for strenge. Loven åpner ikke for registrering som «tredje kjønn» el.l. Generelt er det kommet kritikk av at lovens forarbeider er knappe og uten nærmere analyse av konsekvensene av at folkeregistrert kjønn skal legges til grunn ved forståelsen av andre lover og forskrifter.