I Chozo-helligdommen i Ferenia blir Samus tatt til fange av en annen EMMI, men blir reddet av en Chozo ved navn Quiet Robe. Quiet Robe forklarer at for lenge siden gikk to Chozo-stammer, den vitenskapelige Thoha og krigeren Mawkin, sammen for å fange metroidene på en planet kalt SR388. Thoha hadde til hensikt å ødelegge SR388 for å eliminere hele trusselen fra Metroids og X. Men Raven Beak, Mawkin-lederen og Chozo som angrep Samus, ønsket å benytte Metroids som et biologisk våpen for å erobre hele galaksen.