Møller startet fotballkarrieren sin hos Helgerød Idrettslag i Sandefjord, før han spilte for SK Brann i årene 1979 til 1988 mens han var fysioterapeut i det sivile. Han vant Norgesmesterskapet i fotball for menn 1982 og var tapende finalist i 1987 og 1988. Senere spilte han utenlands i greske Aris Thessaloniki fra 1988 til 1990, og Minde Idrettslag før han la opp. Møller anslås å ha spilt totalt 477 kamper for Brann, og 75 for Aris Thessaloniki. Han spilte også fire kamper for det i årene 1986 og 1987.