Umar Shaikhs mor er ikke navngitt i de historiske kildene, inkludert , selvbiografien som ble skrevet av Umar Shaikhs sønn Babur Mirza. Dette er bemerkelsesverdig fordi Babur ellers var nøye med å beskrive også avstamning på morssiden for mange av sine prominente slektninger. Han refererte imidlertid flere ganger til en kvinne ved navn Shah Sultan Begum (død 1501) på en måte som kunne tyde på at hun var Umar Shaikhs mor. Hennes bakgrunn er ikke stadfestet, men av den samtidige visiren Khwand Amir ble Umar Shaikh referert til som bror til Sultan Mahmud Mirza og Sultan Ahmed Mirza, tidligere herskere i Timuridriket. Shah Sultan Begum måtte dermed være mor til alle tre og derfor datter av Aurdu-Bugha Tarkhan fra Argun-dynastiet ettersom han er oppgitt som Mahmud og Ahmeds morfar.