Under andre verdenskrig okkuperte tyskerne fyret og bygde store bunkere, batterier og utallige rom og ganger i fjellet under fyret. Det var viktig for tyskere å ha kontroll over fyrene for å kunne sikre navigasjonen for tyske fartøy og for å villede fienden. En stor del av fjellanlegget er siden 1992 restaurert og tilgjengelig for publikum. Noe av det brukes til utstillingsrom. Fortet på Lindesnes fyr ble kalt HKB 17./979 Lindesnes og var etablert og operativt fra 1941 til 1943. Fortet ble utstyrt med fire franske 10,5 cm kanoner, men i november 1943 ble det flyttet til Ime, da batteriet var svært utsatt på Lindesnes. I tillegg ble forsvarsanlegget på Njerveåsen i Spangereid samt Nyresnes forsterket i 1943. Spangereid ble ansett som et potensielt landgangsmål i et alliert angrep. Der var det gode strender, samt god veiforbindelse for videre fremrykning. Videre ble fortet på Lindesnes utstyrt med radar. I en av stillingene ble det montert en Würzburg Riese FuMO 214 radar.