Mot slutten av finskekrigen fikk af Puke i juli 1809 kommando over Västerbottenekspedisjonen, i 1812 ble han utnevnt til generaladmiral og statsråd og i 1813 generaladjutant for flottorna. Samme år ble han beordret til å sørge for vestkystens sjøforsvar og lede flottans operasjoner, hvilket han gjorde hvor han i 1814 deltok i felttoget mot Norge.