Moustaki sang sine sanger hovedsakelig på fransk, men også i italiensk, gresk, portugisisk, spansk, engelsk og arabisk. Blant hans mest kjente sanger er «Ma liberté», «Le Temps de Vivre», «Il est Trop Tard», «Le métèque», «Ma solitude», «En Mediterranée», «Hiroshima» og «Nadjejda».