En av de største katastrofene Europa har sett var svartedauden. Det fantes flere utbrudd, men det mest alvorlige skjedde rundt midten av 1300-tallet og det blir regnet med at den tok livet av ca. en tredjedel av Europas befolkning. Siden mange jøder arbeidet som bankere (det var forbudt for kristne å ta betalt for å låne bort penger) og generelt sett var immune mot sykdommen (på grunn av deres kosherlover om hygiene), ble jødene ofte mislikt av europeere. Det ble populært å beskylde jødene for pesten, og dette førte til en økning i forfølgelsen av jødene i noen områder. Tusenvis av jøder flyktet til Polen som hadde unngått epidemien.