Den politisk liberale Scholl var avvisende til NSDAP, men klarte ikke i begynnelsen å formidle dette til barna i særlig grad. I 1942 ble han dømt til fire måneders fengsel på grunn av en kritisk ytring om Hitler, og fikk samtidig yrkesforbud. Etter henrettelsen av barna Hans og Sophie ble situasjonen for familien vanskeligere. I mai 1943 ble Scholl dømt til 18 måneders fengsel for å ha lyttet til utenlandsk radio.