Poseidon (Linear B: ) ser ut til å hatt en særskilt posisjon. Han var en ktoniske guddom, forbundet med jordskjelv (: «Jord-ryster»), men det ser ut til at han også representerte elveånden til underverdenen. Paian er sannsynligvis forløperen til den greske gudenes lege i Homers . Han var personifiseringen av den magiske sangen som skulle «helbrede» pasienten. En rekke guddommer har blitt identifisert i de mykenske skriftene bare ved deres tilnavn som ble brukt senere i antikken. For eksempel er («kuøyde») et standard homerisk epitet for Hera. Ares dukket opp under navnet (forutsatt at ikke er en separat gud). Ytterligere guddommer som også kan finnes i senere perioder er blant annet Hefaistos, Erinya, Artemis ( og ) og Dionysos (). Zevs dukker også opp i det mykenske gudeverden, men han var absolutt ikke hovedguden.