Det har vært menneskelig bosetning på øya fra ca. 3000 f.Kr., og det er rester av flere neolittiske gravkamre kjent som «hælformede graver». Lite er kjent om epokene før den norrøne bosetningen, men det er sannsynlig at de fant en religiøs bosetning ettersom navnet på øya er avledet fra dominus de PapayThe Sword Dance, Papa Stour, Shetland, and Four Shetland AirsMonumental Inscriptions: Parish of Sandness (Including Island of Papa Stour)Hairst Blinks Ower Papa''. Shetland Times. A book of verse.