Takket være nye donasjoner fra Sultana Mara Branković, den russisk-ortodokse kirke og det greske klosteret Rossikon i fjellet Athos, ble Rilaklosteret gjenoppbygget mot slutten av 1400-tallet av tre brødre fra den bulgarske regionen Kjustendil. Med Branković' innflytelse ble relikviene av Ivan Rilski flyttet fra Trnovo og til det nye komplekset i 1469.