Boudiaf var på denne tiden en viktig figur også innenfor denne bevegelsen. I 1956 ble Boudiaf tatt til fange sammen med opprørslederen Ahmed Ben Bella og flere andre høytstående FLN-ledere i en kontroversiell aksjon gjennomført av de franske militærstyrkene, og Boudiaf og hans sammensvorne ble satt i fengsel i Frankrike.