Etter at New Orleans falt til Unionsflåten under Farragut den 29. april 1862, var Mobile det eneste alvorlige problemet for blokaden. Det forble den, i likhet med Wilmington, helt frem til sent i krigen. Farragut fikk i august 1864 tillatelse fra marinedepartementet og styrker fra krigsdepartementet til å ta fortene i inngangen til Mobile Bay. Etter hans berømte «Damn the torpedoes»-ferd i full fart forbi fortene, falt de og ble okkupert av føderale soldater. Selve Mobile forble i Konføderasjonens kontroll, men den var ikke lenger brukbar som havn.