Den opprinnelige sarkofagen til Thutmose I ble overtatt og brukt på nytt av en senere farao fra 21. dynasti. Mumien til Thutmose I ble antatt å være gått tapt, men egyptologen Gaston Maspero, i stor grad bygget på familielikheten til mumiene til Thutmose II og Thutmose III, mente at han hadde funnet hans mumie i den ellers umerkede mumie nummer 5283. Denne identifikasjonen har blitt støttet av senere undersøkelser som avslørte at balsameringsteknikkene som ble benyttet kom fra den samme tidsepoken, borti mot sikkert etter den til Ahmose I og gjort i løpet av 18. dynasti.