Han ankom ikke Sevilla før i oktober 1505, ett år etter utnevnelsen, og begynte å forberede samme slags konversjoner som han hadde bevirket fem år tidligere i Palencia. Med hjelp fra Martín de Ullate ble mange sevillanske muslimer og jøder konvertert før året var omme. Han foretok også inkvisitoriske undersøkelse i det nye erkebispedømme Granada, som var blitt erobret i 1492. Det var den gang lovet at muslimene i byen skelle kunne holde på sin private tro, men dette ble nå tilsidesatt.