Han ble skutt to ganger i brystet av en fanatisk republikaner og døde av skuddskadene den 14. desember 1918. Pais ble oppmerksom på attentatmannen og forsøkte forgjeves å trekke sin egen pistol. Attentatmannen var José Júlio da Costa og han ble ikke henrettet slik han ønsket. Dette ble etterfulgt av en kaotisk situasjon på grensen til borgerkrig. Til Estado Novo tok kontroll i 1926 ble Portugal styrt av en serie på 30 regjeringer.