Da den spanske borgerkrig brøt ut i 1936, var Pujol leder for en fjørfegård nord for Barcelona. Hans søster Elanas forlovede ble tatt til fange av republikanske styrker, og senere ble hun og moren arrestert og anklaget for å være kontrarevolusjonære. En slektning som var fagforeningsmann fikk dem omsider løslatt.