Rut Jónsdóttir spilte opprinnelig for den islandske klubben HK, i øverste nivå i den islandske håndballigaen. Hun gikk til den danske klubben Team Tvis Holstebro i 2008, hvor hun sammen med laget tok seg til finalen i EHF Cup, hvor de tapte mot FC Midtjylland Håndbold.