Den 9. desember 2008 signerte han en treårskontrakt med Lyn. 2009-sesongen for Lyn ble delvis ødelagt av skader og var kun på banen i åtte Tippeligakamper. Jacobsen har vært fast inventar på Lyn sin høyrebeck i starten av 2010-sesongen. Den 4. mai 2010 mot Sogndal kom hans første scoring i Lyn-drakten. Etter at Lyn gikk konkurs sommeren 2010 trente Jacobsen med Bodø/Glimt, men ble ikke tilbudt kontrakt i første omgang. Den 31. august 2010 ble det klart at han returnerte til Bodø/Glimt.