Gruvedrift ved Panguna førte til direkte utslipp av avgangsmasser til sideelver til Jaba-elven. Gruven forårsaket miljøødeleggelser på øya, og selskapet var ansvarlig for å forgifte hele lengden av Jaba-elven, forårsake fødselsskader, samt utryddelse av flygehunder på øya. Bougainville Copper hadde innført et system for raseadskillelse på øya, med ett sett med fasiliteter for hvite arbeidere og ett sett for lokalbefolkningen. Dette førte til et opprør i 1988, ledet av Francis Ona, en Panguna grunneier og sjef for Bougainville Revolutionary Army (BRA). Utfallet av opprøret var Bougainville-konflikten, mellom BRA, som søkte løsrivelse fra Papua Ny-Guinea, og de papuanske forsvarsstyrkene. Den ti år lange konflikten resulterte i over 20 000 dødsfall, den eventuelle stengingen av gruven 15. mai 1989, og fullstendig tilbaketrekking av BCL-personell innen 24. mars 1990. Pr. er gruven fortsatt stengt.