Etter at Troughton var blitt introdusert i serien fremstod det i begynnelsen som uklart hva som var forholdet mellom Den andre Doktoren og hans forgjenger. I den første historien der Den andre Doktoren opptrer, refererer han til forgjengeren i tredjeperson, som om han var en helt annen person. Hans følgesvenner Ben og Polly er først usikre på hvordan de skal behandle ham, og det er kun når en Dalek gjenkjenner han som Doktoren at de også gjør det.