Schmidt ble født på Kongsvinger som sønn av presten Hans Jacob Schmidt og Alethe S. Lemmich. Han begynte å studere i 1745 og gikk ut som cand.theol. i mai 1748. Etter noen år som privatlærer og prest på sjøen, ble han utnevnt til sogneprest i Nebbelunde i Danmark i juli 1759. I september 1769 ble han sogneprest i Asminderød og Fredensborg slott. Han ble tilknyttet hoffet i juli 1772, etter å ha vært i opposisjon til Johann Friedrich Struensees styre. I desember 1773 ble han biskop i Oslo bispedømme hvor han ble kjent for sin ortodoksi. Han støttet dødsstraff i 1777.