Kratochwil er født i Lundenburg i Mähren i 1944. Kratochwil studerte filosofi og statsvitenskap i München og tok mastergraden i statsvitenskap ved Georgetown University i 1969. Dernest tok han doktorgraden ved Princeton University i 1976. Han har undervist ved blant annet Maryland, Princeton, Columbia. I 1995 returnerte Kratochwil til Tyskland. Siden 2002 har han innehatt stilling ved internasjonal politikk seksjonen ved European University Institute i Firenze i Italia.