Monte Albán ble oppført over en periode på 2 000 år, påbegynt omkring år 900 f. Kr. av det zapotetiske folk. Tidlig kunst påviser olmeker-påvirkning. Den mest imponerende bygningsperioden var den mesoamerikanske klassiske periode, fra omkring 550 til 1000. Omkring år 1300 ble zapotekerne fordrevet fra stedet og området i nærheten, da det ble erobret av mixteker-folket. Mixtekerne bygde videre på Monte Albán inntil spanske conquistadorer erobret området i 1521, etter det ble Monte Albán forlatt.