Hans lingvistiske interesser ble bredere enn det germanske. Etter to år begynte han med feltstudier av språkene wishram og takelma. Mens han var ved Columbia møtte han sin mentor, antropologen Franz Boas, som trolig var den som inspirerte Sapir til å studere de amerikanske indianerspråkene. Boas hjalp Sapir med å gjennomføre en studie av det på den tiden nærmest utdødde språket yana i nordre California 1907–1908. Sapir vendte tilbake i 1911 for en kort periode å arbeide med Ishi, den siste overlevende enspråklige som talte yahi (sørlig yana).