Weigel utviklet en spiritualistisk tenkning, inspirert av Johannes Tauler, Mester Eckhart og Paracelsus. Hans teologi ble utviklet i en tid da lutherdommen var i ferd med å stivne, eller institusjonalisere seg. For Weigel var ikke nåden noe som kom til menneskene utenfra; han la vekt på gjenfødelsen av det indre menneske. Hans lære om himmel og helvete som en mental tilstand hos hver enkelt representerer en nesten panteistisk forståelse. Et utdrag fra hans er utgitt i antologien , 2005. I dialogen representerer «Predikanten» den offisielle lutherdommen, mens «Tilhøreren» uttrykker Weigels ideer om den indre gjenfødelse.