Syria hadde hatt flere militærkupp i begynnelsen av 1960-tallet. Den 23. februar gjennomførte en gruppe yngre offiserer tilhørende Baathpartiet et kupp. Det nye regimet foreslo et militært angrep på Israel for å spre sin egen arabiske sosialisme samt for å støtte PLO, blant annet med treningsleirer i Syria. På grensen mellom Syria, Jordan og Israel var forholdene urolige. FN hadde sendt en overvåkningsgruppe dit, United Nations Truce Supervision Organization, for å overvåke den demilitariserte sonen. I 1965 kom et angrep utført av den palestinske Al Fatah mot en israelsk pumpestasjon. Egypts president, Nasser, forsøkte å holde seg på talefot med USA for å få økonomisk støtte, men militærkuppet i Syria kom bare en uke etter at USA hadde offentliggjort at de skulle selge jagerfly og luftvernraketter til Israel. Nasser distanserte seg fra Jordan og Saudi-Arabia som han mente var reaksjonære og gjorde tilnærminger mot Syria.