President Aristide mistet makten ved et statskupp i 2004, og etter suksesjonsreglene ble Alexandre, i egenskap av sitt verv som leder for høyesterett, fungerende president. Hans presidentsperiode ble ikke kronet med den samme suksess og beundring som hans dommergjerning. Amnesty International hevdet at landet i hans periode var preget av politibrutalitet, ekstrajudisielle henrettelser og stadig mer rettsløse tilstander.