Etter hertugen av Sachsen-Jenas død 1692 kom byen under Sachsen-Eisenach og 1741 under hertugdømmet Sachsen-Weimar som på 1800-tallet ble opphøyet til storhertugdømmet Sachsen som fantes fram til 1918. I de teologiske lærestridighetene i den siste delen av 1500-tallet var universitet sentrum for den lutherske ortodoksi (Matthias Flacius) og etter trettiårskrigen var det en blomstringsperiode for universitetet. Universitetet var med sina 1 800 studenter mellom 1706 og 1720 det største av de tyske universitet. Barokken viste seg gjennom storslagne bygninger og fra hoffet kom impulser til kunst- og musikklivet, 1570 begynte Collegium musicum å virka som, via en omorganisering 1769, hadde akademiske konserter fram til 1900-tallet.