I 1993 ble Fafo skilt ut av LO som en selvstendig stiftelse under navnet Forskningsstiftelsen Fafo, med økonomiske bidrag fra LO, Orkla ASA, Umoe As, Elkem ASA, Coop Norge SA, Sparebank 1 Gruppen, Norsk Kommuneforbund og Televerket. I dag skjer det meste av virksomheten i regi av Fafo Institutt for arbeidslivs- og velferdsforskning AS, mens stiftelsen kun forvalter eierskapet i datterselskapet. Stiftelsen eier også datterselskapet Fafo Technology Consulting (Beijing) Co. Ltd. med kontor i Beijing. Frem til 2015 omfattet Fafo også datterselskapet Fafo Institutt for anvendte internasjonale studier AS, men virksomheten i dette selskapet ble overført til Fafo Institutt for arbeidslivs- og velferdsforskning AS.