Schönbohm ble medlem av CDU i 1994. Han ble først innvalgt i Berlins parlament i 1995, og fra 1996 til 1998 var han innenrikssenator i Berlin i Eberhard Diepgens senat. Han gikk av som senator i 1998, og ble samme år valgt til leder for CDU Brandenburg. I 1998 dannet CDU regjering sammen med SPD i delstaten, og Schönbohm ble utnevnt til innenriksminister og visestatsminister i Brandenburg. Han beholdt disse vervene også etter landdagsvalget i 2004.