Da regjeringen Sverdrup ble dannet 26. juni 1884, ble Daae utnevnt til sjef for Armédepartementet. Denne stillingen fratrådte han 30. april 1885, hvorpå han igjen bosatte seg på Solnør. Etter grunnlovsbestemmelsen av 1. juli 1884 ble han deretter kåret til representant på Stortinget 1886–88 for bykretsen Ålesund og Molde.