Våren 1900 ble paret gjenforent i København og flyttet til Østerbro. Obstfelder klaget over sår hals, og hostet seg gjennom nettene. Ingeborg var langt på vei med barn. I mai flyttet de til en nedlagt gård utenfor Randers, der de ventet besøk av hans bror Herman på vei hjem fra USA etter å ha flyttet fra Norge. Han bodde i Tucson. Men Herman kom ikke, og i juli flyttet de tilbake til Rælingen. Obstfelder var nå alvorlig syk. Han ble innlagt på Kommunehospitalet der han døde av tuberkulose, og ble gravlagt på Frederiksberg Ældre Kirkegård i København 1. august 1900, samme dag som hans eneste barn, Lili, ble født. Tre måneder senere utkom .