Hans første gjerning som pave var å beordre kong Filip August av Frankrike til å ta tilbake sin dronning, den danske prinsesse Ingeborg, som han hadde giftet seg med i 1193, men sendt av gårde til et fjerntliggende slott morgenen etter. I de tyve årene som gikk før han faktisk bøyde av og tok henne tilbake, ble han neddynget av brev fra Innocens med formaninger om kvinners rettigheter i ekteskapet – enda Innocens selv visste at han var avhengig av Filip Augusts støtte hvis han skulle lykkes i å befri Jerusalem fra muslimene. Men Ingeborg var søster til Valdemar Seier, som forberedte seg på korstog mot Øsel (våre dagers Estland) straks han var kronet til Danmarks konge første juledag 1202. Valdemar dro derfor ikke til Øsel bare for å sette en stopper for estiske plyndringstokter, men først og fremst i håp om å skaffe sin søster et bedre liv – Innocens lønnet Valdemars korstogsiver med å legge press på franskekongen om å ta Ingeborg til nåde.