Aserbajdsjan var del av safavide-staten de 15.–18. århundrene. Derfor er Aserbajdsjan et av landene i verden med flest sjia-muslimer i befolkningen. Det gjennomgikk også en kort periode med føydal fragmentering i midten av 18.århundre til tidlige 19. århundre og bestod av uavhengige khanater. Etter to kriger mellom Qajar-dynastiet av Persia og Russland, ble Aserbajdsjan innlemmet i Russland gjennom Gulistan-traktaten i 1813 og Turkmanchay-traktaten i 1828.