Mange av Europas største tenkere gjennom de siste to århundrer har virket ved universitetet, blant andre filosofer som den subjektive idealisten Johann Gottlieb Fichte (universitetets første rektor), den absolutte idealisten G. W. F. Hegel, teologen Friedrich Schleiermacher, den romantiske rettsteoretikeren Friedrich Karl von Savigny, den pessimistiske filosofen Arthur Schopenhauer, den objektive idealisten Friedrich Schelling, og berømte fysikere som Albert Einstein og Max Planck, foruten betydelige klassiske filologer som Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff. Marxismens grunnleggere Karl Marx og Friedrich Engels studerte ved universitetet; det samme gjorde dikteren Heinrich Heine, Tysklands samler Otto von Bismarck og Europas samler Robert Schuman.