Siden endringen i kontrast ved aktivering og ikke-aktivering er liten, vil man ofte kombinere data for mange personer og fremstille gruppedata for å oppnå høyest mulig statistisk styrke i et eksperiment. fMRI-teknikk er avhengig av komplisert matematisk beregning for å korrigere for at forsøkspersonen eller pasienten beveger hodet under opptaket og man vil bruke ulike teknikker for å filtrere støykilder. Når man beregner gruppeforskjeller, må det også gjøres korrigering for at hjernens form varierer fra person til person, slik at man "normaliserer" hvert opptak i forhold til en standard referansemodell.