Da klosteret på Lindisfarne ble nedlagt på 1500-tallet ble bygningene brukt som depot for den engelske marinen. I 1542 ga Henrik VIII jarlen av Rutland i oppdrag å befeste anlegget i tilfelle angrep fra Skottland. Det ble imidlertid ikke bygget noen anlegg på Beblowe Crag før i 1549. I 1570-71 ble det bygget et lite fort her oppe. I og med personalunionen mellom England og Skottland i 1603 forsvant betydningen av å ha en militærbase på Lindisfarne, og anleggene forfalt.