De neste årene ble svært turbulente, og i 60 f.Kr. tok Julius Cæsar, Pompeius og Crassus (også kjent som det første triumviratet) kontroll over romersk politikk. Triumviratet prøvde gjentatte ganger å få Cicero på sin side på grunn av hans popularitet og personlige egenskaper, men Cicero forble lojal til senatet og republikken. I 58 f.Kr. innførte derfor domstolen Clodius (en av Cæsars tilhengere) en retroaktiv lov som fratok det romerske statsborgerskapet fra enhver som drepte en romersk innbygger uten lov og dom. I forbindelse med den catilinske sammensvergelsen hadde Cicero fått henrettet fem av de medsammensvorne uten lov og dom. Den nye loven førte derfor til opptøyer og fysiske angrep på Cicero, som måtte gå i eksil samt at alt han eide ble konfiskert. I eksilperioden kunne ikke Cicero lenger ta del i romersk politikk, og dette var derfor første gang han som voksen kunne studere filosofi over tid.