Under den tyske okkupasjonen av Danmark gikk Ninn-Hansen inn i motstandsbevegelsen, og han dannet Studenternes Efterretningstjeneste sammen med blant andre Arne Sejr. Ninn-Hansen var formann i den konservative studenterforeningen i København fra 1942 til 1945, formann i Konservative Studerende på landsplan fra 1944 til 1948 og formann i Konservativ Ungdom fra 1948 til 1950.