I år 7 120 før Kristus blir Nord-Amerika truffet av en komet, og ødelegger flere avanserte sivilisasjoner. I år 1858 etter Kristus oppdager et hvalfangst-fartøy et handelsskip fra 1770-tallet som er frosset fast til isen i Antarktis; inkludert på dette skipet var en polert hodeskalle. I nåtiden oppdager en gruppe amerikanske forskere et mystisk underjordisk kammer i Colorado, inkludert en polert hodeskalle. Men de blir angrepet og etterlatt for å drukne. Men direktør Dirk Pitt fra U. S. National Underwater and Marine Agency (NUMA) Special Projects klarer å redde dem.