Wilhelm Wagner ble arrestert i mai 1945. Saken mot ham kom opp for Eidsivating lagmannsrett i august 1946, der han ble idømt dødsstraff. Dommen ble anket til Høyesterett, som i dom av 30. april 1947 satte straffen til 20 års tvangsarbeid. Han sonet straffen i Bjørkelangen tvangsarbeidsleir. Han ble benådet etter noen få år og utvist fra Norge i 1951. Han bosatte seg i hjembyen Bad Godesberg, der han ble ansatt som funksjonær eller direktør i en bank.