Informasjonene om Johan von Cappelen i tiden før han kom til Norge, er fra en håndskrevet beretning som skal stamme fra ham selv. Hans forbindelse med Wildeshausen er for tiden ikke kjent fra andre kilder, men farens stilling, foreldrenes navn og slekten i Wildeshausen er godt dokumentert. Johan von Cappelen mistet i 1632 faren, borgermester Dietrich von Cappelen i Wildeshausen. Faren døde mens han var tatt som gissel av svenske tropper under tredveårskrigen. Moren, Margaretha Poppe, mistet han som 7 år gammel. Han hadde imidlertid en del familie i Wildeshausen og en søster gift i Bremen.