Boone døde den 26. september 1820, i Nathan Boones hjem i Femme Osage. Han ble gravlagt ved siden av Rebecca, som døde 18. mars 1813. Gravene var umerkede frem til midten av 1830-tallet, og lå like ved Jemima (Boone) Callaways hjem i Tuque, omtrent 3 km fra nåtidens Marthasville, Missouri. I 1845 ble Boones levninger gravd opp og gravlagt på en ny gravlund i Frankfort, Kentucky. Oppgravingen skapte store fornærmelser i Missouri i ettertid, og et sagn ble også til om at Boones rester aldri fotlot Missouri. Sagnet forteller videre at Boones gravstein i Missouri hadde blitt feilaktig plassert i en annen grav, men at ingen hadde rettet opp i feilen. Boones slektninger i Missouri var misfornøyde med at Kentucky-folket ønsket å grave opp Boone, og lot feilen passere i stillhet slik at de gravde opp feil lik. Det finnes ikke noe samtidsbevis for at dette faktisk skjedde, men en rettsantropolog studerte i 1983 en gipsavstøpning av Boones hodeskalle som ble laget før gravleggelsen i Kentucky, og uttalte at det kunne være skallen fra en afroamerikaner. Sorte slaver ble også gravlagt ved Tuque, så det er mulig at feil levninger kan ha blitt tatt fra den tettfylte gravlunden ved en feiltakelse. Både gravlunden i Frankfort i Kentucky og Old Bryan Farm kirkegård i Missouri hevder å være i besittelse av Boones levninger.