Clausewitz var med under slaget ved Jena-Auerstedt den 14. oktober 1806, da Napoleon invaderte Preussen og skulle beseire den prøyssiske-saksiske armeen som var ledet av Karl Wilhelm Ferdinand, hertug av Braunschweig. Clausewitz ble tatt til fange i en alder av 26 år, og han ble holdt fanget i Frankrike frem til 1808.