Iver von Ahnen ble 9. oktober 1700 utnevnt til stiftamtmann i Trondhjems stiftamt, hvor han virket frem til sin død. I nødsårene rundt 1701 undertegnet han: «Den 6. april tillot jeg Romsdalens borgere å fare på Bergen med sild», en uttalelse som muliggjorde de nødvendige forsyninger som hadde uteblitt etter strid mot trondhjemskjøpmenn.