Karl Richard Lepsius som tredje sønn til det naumburgske landrådet Carl Peter Lepsius (1775–1853) og dennes hustru Friederike (1778–1819), født Gläser (datter avl komponisten Carl Ludwig Traugott Glaeser). Han var det sjette barnet av totalt ni. Hans farfar Johann August Lepsius (1745–1801) var overborgermester i Naumburg.