Etter at Kubiak ble ansatt ble det gjort store endringer i trenerleiren for laget. De ansatte blant annet defensive coordinator Wade Phillips, som ledet Broncos sitt forsvar til å bli det høyest rangerte i hele NFL under -sesongen. Broncos avsluttet sesongen 12-4 og kapret første seed i AFC, til tross for at Manning hadde sin statistisk dårligste sesong siden han var en nykommer med Indianapolis Colts i , og reservequarterbacken Brock Osweiler startet de seks siste kampene mens Manning var ute med en skadet fot. Manning ledet Broncos gjennom sluttspillet, med seier mot Pittsburgh Steeler (23-16) i divisjonsrunden, og New England Patriots (20-18) i AFC Championship, før de møtte Carolina Panthers i Super Bowl 50, og vant der 24-10, lagets tredje Super Bowl-seier.