Etter at han vant begge rennene i Almaty 27. og 28. februar 2016, vant Prevc verdenscupen sammenlagt, og ble første slovenske verdenscupvinner siden Primož Peterka i 1997/98-sesongen, og tangerte Gregor Schlierenzauer med flest seire i en sesong, med 13 seire. Han passerte Schlierenzauer med sin 14. verdenscupseier i sesongen i Planica 18. mars 2016, og vant også sin 20. verdenscupseier totalt. Under verdenscupfinalen 20. mars 2016 vant Prevc sin 21. verdenscupseier, og fikk flest poeng i en sesong med 2303 poeng.