Landområdene som i dag utgjør Sabah var under britisk administrasjon mellom 1882 og 1963. Britisk Nord-Borneo fikk selvstyre den 31. august 1963. Representanter for muslimene, ikke-muslimske innfødte og kineserne støttet å gå inn i en union, noe som til slutt resulterte i Malaysia-avtalen og 20-punktsavtalen. Dette førte til en sammenslutning mellom Sabah, Sarawak, Malaya og Singapore og opprettelsen av den uavhengige føderalstaten Malaysia den 16. september 1963. Den 16. april 1984 ble øya Labuan utskilt fra Sabah som et eget føderalt territorium.