Boodberg ble født i Vladivostok der hans far var general og kommandant over de russiske styrker. Ved utbruddet av Første verdenskrig ble han selv kadett ved en militærskole i St. Petersburg. I 1915 ble han og hans bror sendt i sikkerhet til Harbin i Mandsjuria, en by i Kina med en særdeles dominerende russisk koloni. Der begynte han å studerer filologi. Senere kom han til det orientalske institutt i Vladivostok og studerte kinesisk.