Klubben ble til da Rensvik Fotballklubb og fotballgruppa i Frei IL slo seg sammen til en klubb fra 1. januar 1997. Selv om Frei FK er en forholdsvis ung klubb, har klubben lange tradisjoner å se tilbake på. Frei IL ble stiftet så langt tilbake som i 1918 og Rensvik Fotballklubb ble stiftet i 1931.