Knagenhjelm var sentral i prosessen med å dele Bergenhus amt opp i Søndre- og Nordre Bergenhus amt i 1763. Han ble selv amtmann i Nordre Bergenhus amt, noe som også var en del av hans argumentasjon for at amtet skulle oppstå. En annen betingelse var at han selv skulle ha residens i amtet. Imidlertid var han amtmann i Nordre Bergenhuus Amt i bare åtte år før han forlot Vestlandet og ble amtmann i Nordlandenes amt (Nordland og Troms). Han fikk da sin residens i Bodøgård litt utenfor dagens sentrum av Bodø.