Seksjon for fornybar energi har ansvaret for forvaltning og tilsyn med elsertifikatordningen som trådte i kraft 01.01.2012. Dette er et felles støttesystem i Norge og Sverige for kraftproduksjon av fornybar energi. Seksjonen godkjenner anlegg som har rett til sertifikater, og følger opp utviklingen i sertifikatmarkedet. Videre har seksjonen ansvar for forvaltning av ordningen med opprinnelsesgarantier og EUs fornybardirektiv.