Gjenreisningen av obelisken fikk også Michelangelo til å vegre seg, men pave Sixtus V var fast bestemt på å reise den foran St. Peterskirken, selv om kirkeskipet ennå ikke var bygget og fikk en replika i tre reist på stedet bare måneder etter at han ble valgt. Det ble gitt flere forslag på hvordan obelisken kunne reises, men Domenico Fontana, Giacomo Della Portas assistent ved konstruksjonen av basilikaen, presenterte for paven en liten modellkran i tre og en liten modellobelisk i bly som paven selv var i stand til å reise ved å skru på et lite hjul med en finger. Fontana fikk derfor prosjektet som følge av sin anskuelige demonstrasjon. Obelisken, som hadde vært delvis nedgravd de siste århundrer, ble utgravd og mellom den 30. april og 17. mai 1586 flyttet på tromler til Piazza, noe som krevde bortimot 1000 arbeidere, 150 trekkhester og 47 kraner. Selve reisningen ble satt til 14. september, på festen for korsets opphøyelse, noe som samlet en stor menneskemengde. Det var en ingeniørprestasjon som gjorde Fontana berømt, og som han utdypet i en bok, (1590), illustrert med graveringer.