Da Katarina Jagellonica døde i 1583 var slottsbygget ennå ikke ferdig. Johan III besøkte etter hustruens død bare ved enkelte tilfeller Drottningholm, siste gangen var sommeren 1592. Slottet var fra 1603 eid av dronning Katarina (Stenbock) og etter hennes død kom flere eiere som dronningene Christina og Maria Eleonora.