Jusjtsjenko er økonom av utdannelse. Han jobbet tidligere ved de ukrainske kontorene til Sovjetunionens statsbank. I 1993 begynte han å jobbe i den nye ukrainske statsbanken, hvor han ble øverste sjef i 1997. Han var dermed en sentral person i dannelsen av Ukrainas nye nasjonalvaluta, Hryvnia, samt i etableringen av et reguleringssystem for kommersiell bankvirksomhet. Han har blitt beskyldt for å stjele betydelige beløp fra banken.