Gjennom årene ble Borromini stadig mer bitter og deprimert av den kjølige mottagelse hans arkitekturen fikk. De viktigste arkitektoppgavene i pave Alexander VIIs Roma gikk utenom ham, og han hadde ofte heftige utvekslinger med sine medhjelpere. I de siste årene viet Borromini seg til mer beskjedne oppgaver som bygging av gravkapeller og restaurering av bygninger. I et angrep av fortvilelse på sensommeren 1667 ødela han de fleste av sine tegninger og begikk selvmord; men en sabel tilførte han seg selv banesåret.