Etter avsluttet gymnasium fortsatte Jordan i 1921 videregående studier samme sted, men lot seg året etter innrullere ved Universitetet i Göttingen. Her valgte han først matematikk, men ble snart mer tiltrukket av fysikk. Det skjedde etter at han hadde kommet i nærmere kontakt med Max Born som ledet forskningen i atomfysikk. En grunn for dette gryende samarbeidet var at Jordan led av stamming og opplevde at Born ikke brydde seg om det.