AEK Athens fotballag er det mest kjente av de forskjellige idrettene, og laget har vært ett av de bedre i Hellas, sammen med Olympiakos og Panathinaikos. AEK hadde fem spillere med på som vant EM i fotball 2004. Det var Mikhalis Kapsis, Kostas Katsouranis, Thodoris Zagorakis, Vasilis Lakis og Vasilis Tsiartas.