Magnus tilbrakte mer tid i Danmark enn i Norge i årene 1042–1045. Styringen av Norge ble stort sett håndtert av fosterfaren Einar Tambarskjelve i kongens navn. Einar hadde aldri åpent sveket Olav Haraldsson, og med forræderianklagene mot hans rivaler unnagjort var hans posisjon styrket, spesielt i Trøndelag. Det var først etter Magnus' død at hans posisjon ble endret, selv om han i Trøndelag opprettholdt en stor personlig hær som gjorde ham tilnærmet uslålig, om ikke han og sønnen senere hadde blitt drept ved hjelp av svik.