Under det tyske angrepet på Norge i 1940 deltok Haanes i en skipatrulje i Valdres. Senere under krigen tok han del i idrettsfronten som nektet å delta i idrettsstevner i NS-regi. Haanes satt i to perioder fengslet i Grini fangeleir. Hans bok , utgitt i 1942, ble forbudt av okkupasjonsmakten.