En ny splittelse oppsto i 1662, da en gruppe under patriark Mar Shimun XIII Denha brøt med paven og flyttet kirken til Qochanis i de tyrkiske fjellene, noe som førte til at paven utnevnte en ny patriark i Diyarbakir. I 1804 ble det katolske patriarkatet i Diyarbakir forent med katolikatet i Alqosh, mens de ikke-katolske medlemmene aksepterte katolikos-patriarken i Qochanis som overhode.