Styret har, som sine retningslinjer for tildeling av midler, presisert at det er allmennyttige formål, med hovedvekt på kulturelle og humanitære prosjekter i Norge som skal prioriteres. Bergesenstiftelsen støtter også prosjekter som bidrar med ny kunnskap til samfunnet, med vekt på forsknings- og formidlingsprosjekter innen klima, miljø og bærekraft, samt pasientnær medisinsk forskning.