Det finnes trolig 25 fiskearter innenfor Nordre Øyeren naturreservat. Noen av artene er riktignok bare påvist sporadisk. Artene er: bekkeniøye, ørret, sik, lagesild, harr, krøkle, gjedde, mort, gullbust, stam, vederbuk, asp, laue, flire, brasme, ørekyt, karuss, ål, trepigget stingsild, nipigget stingsild, lake, hork, abbor, gjørs og steinulke. Øyeren er det eneste stedet i Norge hvor asp gyter.