Da Estland ble invadert av russerne i 1940, flyktet hans foreldre Alexander og Alma Van der Bellen til Tyskland, der de havnet i en flyktningleir. De slo seg etter hvert ned i Wien. Da Den røde armé nærmet seg mot slutten av annen verdenskrig, flyktet familien til Kaunertal i Tirol, der Alexander vokste opp.