Fram til midten av 1600-tallet hadde Marokko et helt hvitt flagg, men under Alaouitedynastiet ble fargen endret til dyp rød, som er symbolet på profeten Muhammeds etterkommere. Det ensfargede flagget forble uforandret til begynnelsen av det franske protektoratet. I denne perioden skapte rødfargede flagg en del forvirring, ettersom de nye kommuniststatene også valgte rødt som hovedfarge på sine flagg. Det ble dermed bestemt at nasjonalflagget skulle bære en grønn sekstakket stjerne i midten. Denne stjernen ble i 1915 endret til en femtakket stjerne. Det er noe usikkert hvorfor denne endringen fant sted, men den gjengse oppfatning er at de fem takkene på stjernen representerer de fem pilarene som islam bygger på.