Benjamin Linus kom til øya som liten (rundt 10 år), sammen med sin far Roger Linus. Roger fikk jobb som vaktmester for DHARMA Initiative. DHARMA Initiative hadde invitert med Roger til øya for å få en «viktig forskningsjobb», men ble skuffet da han fikk vite at han bare ville jobbe som vaktmester. Rogers tidligere kone omkom da hun fødte Benjamin, noe Roger ga sønnen skylden for i alle år. Benjamins hat mot faren økte, og en dag allierte han seg med daværende «The Hostiles» (De fiendtlige» på norsk). The Hostiles var DHARMA Initiatives «fiender» på øya. De hadde bodd på øya før DHARMA Initiative kom dit som hadde vært der før dem. Benjamin Linus planla et angrep sammen med The Hostiles og sammen gasset de ihjel medlemmene av DHARMA Initiative og tok kontroll over øya.