Link får deretter beskjed av den snakkende båten om å dra til tre øyer kalt Triangle Islands og plassere en perle i hver av de tre statuene som står på hver av øyene. Når dette er gjort dannes det et glødende bilde av the Triforce midt i vannet mellom øyene, og et gigantisk tårn stiger opp av havet, det såkalte Tower of the Gods. Link entrer tårnet og etter mange hindringer møter han på vesenet Gohdan, som han må beseire for å bevise at han er verdig for det som venter ham. Etter å ha slått Gohdan åpnes en portal i form av en lysring på vannflaten. Portalen fører Link og båten ned under havoverflaten, hvor de finner Hyrule Castle liggende intakt på havbunnen, beskyttet fra de enorme vannmassene av et kraftfelt. Hele slottet og alle fiendene i det har blitt frosset i tiden. I slottet finner Link en hemmelig trapp ned til et kammer, og her finner han Mestersverdet, det legendariske «blade of evil's bane». Idet Link tar sverdet vekkes slottet og alt i det. Link ødelegger alle fiendene i slottet og vender så tilbake til overflaten.