I 1530 ble klosteret nedlagt som følge av reformasjonen og Helligåndshuset gikk tilbake til å være et verdslig hospital. Peder Plog, som hadde overtatt som prior etter Torkildsen rundt år 1500, fortsatte som hospitalets leder og innehadde ennå sin tittel av prior. I denne perioden fantes også en mindre bygning langs den daværende Lille Helliggejst Stræde (nu Niels Hemmingsensgade) parallelt med klosterets østfløy. Den ble brukt til syke som ikke fant plass i Helligåndshuset. Det ble kalt Lille Helliggejsthus, men når det ble oppført vites ikke heller ikke om det var før eller etter reformasjonen.