Hanssen ble kjøpt fra Skjervøy IK til Bodø/Glimt i 1998. Han slo igjennom allerede i 1999 da han etablerte seg på midtbanen sammen med Arild og Ørjan Berg, mens Tom Kåre Staurvik måtte spille midtstopper. Han var med på å vinne sølv i serie og cup i 2003-sesongen. Etter 2003-sesongen var mange norske og utenlandske klubber interessert i ham. Under cupfinalen ble han fulgt av speidere fra de franske klubbene Bordeaux og Bastia. Hanssen var i sitt siste kontraktår og Bodø/Glimt var villig til å selge til rett pris. Han ble i klubben ut kontraktstiden og gikk gratis til SC Heerenveen i Nederland.