Filipe Neri Ferrão studerte filosofi og teologi på presteseminarer i Saligao og i Pune. Den 28. oktober 1979 ble han presteviet. Etter noen tid i menighetssjelesorg tok han et pastoralkurs ved i Goa. Så var han kapellan i Chinchinim (1981–1984), studieprefekt og lærer ved forberedelsesseminaret i Saligao (1984–1986) og leder av bispedømmets kommisjon for geistlige kall (1984–1986).