Bai hadde et nytt brudd med Chiang da han støttet Li Zongren i visepresidentvalget i 1948 som Li vant mot Chiangs håndplukkete kandidat, Sun Ke. Chinag fjernet Bai fra embetet som forsvarsminister, og ga ham ansvaret for Sentral- og Sør-Kina. Bais styrker var de siste som dro til Hainan, og senere Taiwan fra fastlandet.