Konflikten mellom Heisenberg og den nasjonalistiske bevegelse er best symbolisert ved hva man kjenner som Den startet 1. april 1935, da man skulle finne en avløser for Arnold Sommerfeld som instituttleder ved universitetet i München. Fakultetet i München fremla i 1935 en liste på i alt tre kandidater som man ville støtte hvis de overtok den ledige stilling etter Sommerfeld. Heisenberg var en av kandidatene som dessuten også talte to andre tidligere elever av Sommerfeld. Fakultetet gav videre uttrykk for at Heisenberg var deres favorittkandidat. Da Johannes og Philipp (og resten av bevegelsen ) hørte at Heisenberg var favorittkandidaten, begynte de å motarbeide Heisenbergs kandidatur. Johannes og Philipp hadde på dette tidspunkt stor administrativ og politisk makt, og begynte å utgi artikler som beskyldte Heisenberg for å ha den såkalte «jødiske attityde». Disse angrepene på Heisenberg resultert i at SS, med Heinrich Himmler i spissen, ble engasjert i stridighetene. Heisenberg forlangte å bli renvasket, og etter en grundig undersøkelse dikterte Heinrich Himmler i 1938 at Heisenberg ikke lenger måtte angripes politisk. Dette kom i stand etter at Heisenberg hadde inngått et kompromiss som blant annet gikk ut på at han ikke lenge måtte nevne noen jødiske fysikere ved navn når han underviste, og dessuten skulle han også være klar til at inngå i den tyske hær i tilfelle krig.