Hernar er en gammel utehavn ved den sentrale leia mot øyene i vest: Orknøyene, Shetland, Island og Grønland. Her ventet langskip og senere seilskuter på godt vær før de la av gårde over havet, og her kom de ofte inn som første havn i Norge. Øya er nevnt både i Olav den helliges saga, Håkon Håkonssons saga, og Snorre skriver også om Hernar. Det finnes to drageid på Hernar til vedlikehold/reparasjon av langskip. Årsaken til at Hernar var en sentral utfartshavn mot norske besittelser i vest var navigasjonsmessige. Navigasjon i middelalderen skjedde beregning av bestikk ut fra breddegrad, enten ved å måle solen på sitt høyeste med tidlig sekstant eller etter nordstjernen som fast breddepunkt. Beregning av lengdegrad var vanskelig, selv om bruk av magnetstein var kjent. Det var kjent at utfart fra Hernar sannsynliggjorde riktig bredde ved ankomst f.eks. Færøyene og Island, særlig ved dårlig vær, da risikoen for å "seile forbi" var stor. I tidlig middelalder var det etter sagnet en kirke over Granshamarsundet fra dagens hovedhavn. På 1800-tallet ble det funnet bl.a. en bispering som ble overlevert museet i Bergen. En svært unik, i Vestlandssammenheng, bauta-ring finnes sentralt og høyt på øyen. Den betår av 7 reiste bautasteiner (den ene i kjelleren på nåværende gårdshus). Steinringen dokumenter at det har vært lov-utøvende myndighet på Hernar i Vikingtiden. Enkelte eldgamle navigasjonsmerker finnes også. Hernar har vært handels og gjestgiversted fra 1600-tallet. På 1700-tallet fant et tragisk seilskuteforlis sted. En kvinne overlevde, etter overlevering ved å flyte på "stakken" til det som nå heter Stakksøyene og ble reddet fra en grotte i vann-nivå, nå kalt stakksholet. Inntil tidlig 1800-tall var Hernar skogkledd. Imidlertid, under Napoleonskrigene, der Danmark-Norge var på fransk side, ble skogen brent ned av engelske styrker. En lokal norsk stridsgruppe tok tilflukt i "Otterhola" på øyens nordvestspiss. Under krigen var stedet en sentral utskipningshavn for flyktninger som skulle til Shetland. Leveranser av våpen og utstyr samt utskiping av motstandsfolk ble foretatt ved en naturlig, gjemt klippebrygge på øyens vestside som kalles Englandskaien. Da Kristian-Stein motstandsorganisasjonen på Vestlandet, ble rullet opp av tyske og norske nazister i 1942, ble hovedmannen for Hernar-området, Ole Olsen fra Hernar, varslet og lykkedes i all hast å stjele et fartøy, MK Nora I, og flyktet til Shetland med familie og motstandsmenn. Ole Olsen (1898–1984)og hans sønner (Norvald Martin Hernar (1926–2011) og Olav Nils Olsen 1922-1944)fortsatte kampen gjennom krigen, bl.a. i invasjonen av Sicilia, Nord-Afrika, invasjonen i Normandie. Norvald Hernar deltok videre frivillig i Stillehavskrigen mot Japan og er i dag en av de høyest dekorerte norske marineoffiserer. Øyen tjente gjennom krigen som "drop og pick up-point" for væpnede aksjoner mot okkupasjonsmakten gjennom krigen, bl.a Shetlandsgjengen. Et av Shetlandsgjengens fartøyer "KNM Hitra" er nå fullt restaurert og operativt. Flere eldre bygninger er på vernelisten men står i fare for forfall på grunn av manglende framdrift av restaurering. Hernar og omliggende øyer har en rik flora og fauna. Flere havørnpar hekker fast, det er en bærekraftig sel og oterbestand. Flere sjeldne blomsterarter finnes. Øyen innbyr til fotturer.