Honecker ble med ungdomsavdelingen av KPD, Kommunistischer Jugendverband Deutschlands, i 1926. Honecker ble i 1930, 18 år gammel, medlem av det tyske kommunistiske parti KPD. I 1930/31 gikk han på den internasjonale Lenin-skolen i Moskva. Fra 1933 ble KPD forbudt, og partiarbeidet måtte gå under jorda. Fra 1934 arbeidet Honecker i Saar-området mot tilslutningen til Tyskland. Han dro senere til Berlin og drev motstand mot det nazistiske styret. Han ble arrestert av Gestapo i 1935 og satt to år i varetekt før han i 1937 ble dømt til ti års tukthus. Honecker satt fengslet til 1945.