Sabayon er basert på Gentoo. Det benytter Gentoos Portage-pakkesystem og Gentoos pakkekilder. Det betyr at alle oppdateringer leveres av Gentoo. Det betyr også at såkalt globale oppgraderinger (oppdatering av systemet for eksempel fra versjon 3.3 til versjon 3.4a) anbefales å gjøres ved å laste ned et nytt DVD-installasjonsmedium og installere hele systemet på nytt. Ettersom Linux-hjemmemapper inneholder all brukerens konfigurasjon og tilpasning av programmer, samt dokumenter og gjerne ligger på en egen partisjon på Linux-systemer, er dette en langt mindre omstendig prosess enn det kan høres ut for brukere som ikke er kjent med slike systemer.