Thune har mottatt flere utmerkelser for sitt arbeid. Blant annet ble han av VG-leserne kåret til «Årets Navn» i 1992 og fikk samme år Røde Kors' pris som «Årets Medmenneske». Bakgrunnen var arbeide som han på fritiden hadde nedlagt i Anne Kristin-saken.