Gaborone styres av et bystyre (engelsk: Gaborone City Council), det mest velstående i Botswana. Bystyret har 35 medlemmer som representerer valgdistriktene i Gaborone. Strukturen i lokale myndigheter i Botswana er bestemt i vedtekten under navnet . Ettersom Botswana er en enhetsstat, er makten til lokale styresmakter bestemt på nasjonalt nivå. Departementet for lokale myndigheter, land og boligutbygging (engelsk: The Ministry of Local Government, Land and Housing) har stor innflytelse på ansettelse og opplæring av personell, budsjettet og byplanlegging.