Etter Temmu-tennōs død overtok hun Tennōs keiserembete og videreførte ektemannens reformer. Hun residerte også fortsatt ektemannens palass, Kiyomiharapalasset, frem til hun i 694 flyttet hovedstaden fra Asuka-kyō til Fujiwara-kyō (i dag: Kashihara i prefekturet Nara).