Det var opprinnelig meningen å sprenge og forsegle fjellanleggene, noe som utløste kraftig lokal motstand. Foreningen for Høytorp fort ble stiftet i 1996, og de klarte å arbeide fram en løsning der fortet ble liggende intakt. Det ble videre inngått forhandlinger med Eidsberg kommune, og hele anlegget ble overdratt kommunen høsten 2003. Heimevernet disponerte fortsatt lokaler ved fortet fram til 2005.