Til tross for et taktisk uavgjort er Antietam regnet som et vendepunkt i krigen og en seier for Unionen fordi den gjorde slutt på Lees strategiske felttog, hans første invasjon av Nord, og det gjorde det mulig for president Lincoln å utstede Emansipasjons-erklæringen den 22. september som trådte i kraft den 1. januar 1863. Lincoln hadde tenkt å utstede erklæringen tidligere, men han ble rådet av sin regjering til å vente på en seier for å unngå at den ble oppfattet som en desperat handling. Unionens seier og Lincolns erklæring spilte en betydelig rolle i å fraråde regjeringene til Frankrike og Storbritannia fra å anerkjenne Konføderasjonen. Noen mistenkte at de planla å gjøre dette i etterspillet av enda et nederlag for Unionen. McClellan kjente ikke til planene om at erklæringens skjebne hvilte på hans innsats på slagmarken.