Litauens jødiske innbyggere var holocausts første ofre. Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen. Først ble voksne menn drept, senere på sommeren ble massedrapene utvidet til å omfatte jødiske kvinner og barn. Før juni 1941 var jødene i tyskkontrollerte områder utsatt for brutal forfølgelse, og i det okkuperte Polen også for enkeltstående massakrer. I juni 1941 så den tyske ledelsen fortsatt for seg at «jødespørsmålet» hovedsakelig skulle løses ved tvangsflytting. Det er uklart om massemordet i Litauen ble igangsatt etter direkte ordre fra Berlin, eller om det begynte som et initiativ av tyske ledere på stedet.