Makarios ble 13. desember 1959 valgt til president for det selvstendige Kypros, og kunne tiltre da Kypros ble selvstendig 16. august 1960. Han fikk en tyrkisk-kypriotisk visepresident. Konflikten mellom de to folkegruppene på Kypros vedvarte imidlertid og Makarios' situasjon var vanskelig, også fordi han aldri helt ga opp håpet om tilslutning til Hellas. Han vant gjenvalg til presidentembetet i 1968 og 1973.