Partiet var forbudt på slutten av 1930-tallet, og det ble derfor etablert et eget slovakisk kommunistpart (KSS) i en periode. Under krigen ble kommunister i hele Tsjekkoslovakia etter hvert en ledende kraft i motstandskampen mot nazistene. Rundt 30 000 tsjekkoslovakiske kommunister mistet livet i motstandskampen.