Jordsmonnet i ørkener er ofte så fattig på organisk materiale at det kun består av mineraler. Der det vokser ørkenbusker er imidlertid jordsmonnet rikt på organisk materiale som er fruktbart. Dyrene som holder til i ørkener kan også påvirke jordsmonnet. Et annet karakteristika med jordsmonnet i ørkener er stedvis høye saltkonsentrasjoner, spesielt i daler som er dårlig drenert. På slike steder blir det stadig mer salt ettersom vann fordamper fra jordoverflaten, mens saltet blir værende. Dermed blir vekstmulighetene dårlige på slike steder.