Farmakognosien fokuserer på naturstoffenes dannelse i levende organismer, foredling av organismer som danner medisinske naturstoffer, ytre og indre oppbygging av drogene (morfologi og anatomi), kvalitativ og kvantitativ analyse for å finne innhold av naturstoffer, isolering av disse og studie av disse med fysikalske og kjemiske metoder for å kartlegge deres kjemiske struktur, egenskaper og medisinske bruksområder.