Johanne ble anklaget for å ha forgjort flere med døden til følge. I retten møtte lensherre Henrik Bille og fogden, rådmennene Velom Jonsen og Svend Hansen, og en lagrett bestående av 16 av byens aktede menn. Hovedvitne var den påstått synske Karen Nilsdatter. Dødsdommen tyder på at Johanne etter flere runder med tortur har erkjent skyld. Da dommen ble avsagt, ble Henrik Bille spurt om ikke han ville la henne leve. Det ville han ikke, og det ville vært problematisk med Christian 4.s forordning av 12. oktober 1617 om trolldom. Karen Nilsdatter forklarte at da hun fikk vite at prestekonen var blitt syk, gikk hun til prestegården og tilbød å hjelpe. I forstuen mente hun å se en hvit skikkelse, men satte seg på sengekanten hos den syke. Utenfor hørtes det bråk fra katter eller ulver - eller var det noe verre? Først nå skjønte hun at kvinnen i forstuen hadde vært Johanne, enda hun senere hevdet hun ikke kjente henne - men dette vitnemål «ville hun leve og dø på», et uttrykk som går igjen i trolldomsprosesser. Karen fikk dele seng med en annen kvinne, og plutselig tok den fyr. Da mente hun Johanne stod over henne og spyttet på henne tre ganger. Johanne-skikkelsen forlot så rommet, men i døren snudde den seg og spyttet tre ganger til. Spytte kunne man for å verne seg mot det onde; men også for styrke en magisk handling.