Omkring 1080 var Knin hovedsete for den kroatiske kongen Dmitar Zvonimir, men etter kong Petar Svačić' død i 1097 fulgte en personalunion med Kongeriket Ungarn som svekket noe av Knins reelle betydning. Byen ble erobret av osmanene den 29. mai 1522, og en god del kroater forlot da byen. Etter lengre osmansk styre som del av osmansk Bosnia, ble Knin erobret av Venezia den 11. september 1688, og etter Freden i Karlovic i 1699 forble byen en del av Republikken Venezia. Først i 1797 kom byen og det øvrige Dalmatia inn under Keiserriket Østerrike.