På vei ned fra Montserrat stoppet han i den lille byen Manresa, der han ville meditere og be i stillhet i noen dager. På grunn av overdreven askese ble han igjen alvorlig syk, og holdt på å dø. Fromme kvinner i byen stelte ham, men først etter et år kunne han reise videre. I sin selvbiografi kaller han seg for «den syke pilegrimen» når han omtaler denne perioden. Det var under oppholdet i Manresa at han tenkte gjennom sine åndelige erfaringer og begynte å sette sammen det som etterhvert ble de , en instruksjon til veiledere for meditative retretter.