Ordensstatens «hovedstad», dvs. setet for høymesteren, lå først utenfor selve ordensstaten (frem til 1291 i Akko, frem til 1309 i Venezia), men ble så flyttet til ordensborgen i Marienburg. 1457 ble den på nytt forflyttet til Königsberg. Andre viktige byer i ordensstaten, som enten ble grunnlagt eller overtatt av ordenen, omfattet Danzig (900-tallet, i dag ), Riga (1201, ), Dorpat (1224, ), Kulm (1231, ), Thorn (1231, ), Elbing (1237, ), Pernau (1241, ), Memel (1252, ), Braunsberg (1254, ), og Dünaburg (1278, ). Flere av disse var hansabyer og viktige handelsknutepunkter.