Morse var en leder for den antikatolske og antiimmigrasjonsbevegelsen på midten av 1800-tallet. I 1836 stilte han forgjeves som kandidat til ordfører i New York under fanene til det anti-immigrant Nativist Party, og fikk bare 1496 stemmer. Da Morse besøkte Roma, skal han ha nektet å ta av hatten i pavens nærvær.