Gabriel Khabajan studerte i Jerusalem og Konstantinopel og virket etterpå som prest både i Jerusalem og Kilikia (dagens sydøstlige Tyrkia). 1903 ble han valgt til katolikos av Kilikia. Katolikatet hadde vært vakant siden 1894. Dets sete hadde helt fra 1293 ligget i byen Sis (dagens ).