Sommeren 1945 kom jøder deportert av nazi-regimet tilbake til landet. Omkring 20.000 jøder kom tilbake, litt over 10 % av den jødiske befolkningen fra før krigen. Deres eiendom var beslaglagt av nazistene. Jøder innvandret også fra Karpato-Ruthenia som Sovjetunionen hadde annektert. Jøder ble ikke tatt godt i mot Tsjekkoslovakia og andre østeuropeiske land etter krigen. I rapport fra hjemlandet til eksilregjeringen i London het det at «etter krigen vil ikke jødene kunne returnere til stillingene som de hadde tidligere». Noen jøder ble utvist fordi de ble kategorisert som tyske. De få overlevende jødene som ble værende tok en tsjekkoslovakisk (og anti-tysk) ikke-religiøs identitet etter krigen.