Den 11. november 1996 utnevnte pave Johannes Paul II Varkey Vithayathil til titulærerkebiskop av og i 1997 til titulærerkebiskop av . Han ble bispeviet av paven personlig den 6. januar 1997; medkonsekratorer var Giovanni Battista Re, substitut for Statssekreteriatet, og Miroslav Stefan Marusyn, sekretær for Kongregasjonen for Østkirkene.