I 1990-årene hadde NTA fortsatt 100 aktive lokallag, spredt over hele Norge. Motstand mot atomkraft kom på denne tiden inn som en del av NTAs hovedparoler. Dette ble begrunnet ved sammenhengen mellom atomkraft og atomvåpen, og den helsefaren som atomindustrien medfører. På et senere tidspunkt sluttet NTA seg også til motstanden mot granater med utarmet uran. Likevel hadde fortsatt kampen mot atomvåpen hovedprioritet for NTA.