Flere av Paus' verker er påvirket av folkemusikk og ikke-vestlig klassisk musikk, blant dem (2004) for fiolin og klaver (bulgarsk folkemusikk), fløyteconcertinoen (2012) (kinesisk musikk), og fra (2007) for strykeorkester (norsk folkemusikk). Som tenåring var Marcus Paus aktiv som prog-rock-gitarist, og denne erfaringen speiles i noe av Paus' mest energiske musikk, som fra hans (2009) og tredjesatsen, , fra hans . Paus er også inspirert av filmmusikk, og har beskrevet John Williams som et viktig forbilde, særlig i integrasjonen av dissonans- og avantgardeteknikker i en større tonal ramme. Paus er også inspirert av Ravel og Sjostakovitsj. Paus har skrevet flere operaer i samarbeid med sin far Ole Paus og har tonesatt dikt av André Bjerke og Jens Bjørneboe, som begge var faren Ole Paus' venner og mentorer. Som ung komponist i 2007 beskrev Paus seg som en «kulturkonservativ ikke-modernist» og han ble tidlig i sin karriere til dels assosiert med retningen retrogardisme; Egil Baumann skrev i 2013 at Paus står «fram som en komponist som har vendt mange av modernismens teknikker ryggen. Han har orientert seg henimot tonalitet, profilerte melodier og en klar musikantisk schwung». I et intervju i 2013 nyanserte Paus sitt syn på modernismen og sa at han ikke er motstander av modernismen, men tilhenger av mangfold i musikalske uttrykk, og at også modernismen har verdifulle bidrag. Over tid har Paus nærmet seg modernistiske uttrykk i noe større grad, samtidig som han har bevart en tonalitet i bunnen og en interesse for tradisjon; det kulturkonservative tidsskriftet beskrev ham f.eks. i 2020 som en komponist med «modernistiske tendenser». Musikkritiker i NRK Trond Erikson skrev i 2015 at «om det i det hele tatt er noe som kan defineres som en lyrisk modernist, så kan det kanskje passe på Marcus Paus» og at «Marcus Paus har vist at å skape noe nytt, spennende og vakkert ikke var forbeholdt de gamle mestere». I 2020 beskrev Paus seg som «anarkotradisjonalist» og sa at han som ung komponist følte at han måtte gjøre opprør mot fordommer mot tradisjonelle musikalske verdier innen kunstmusikk. Han har sagt at det musikalske klimaet er mer generøst og tolerant i 2010- og 2020-årene, og at han ikke lenger er opptatt av å opponere mot modernismen. Guy Rickards har også omtalt Paus i som «en vellykket postmoderne komponist».