En datastruktur er en abstrakt konstruksjon som holder på data på en veldefinert måte. En effisient datastruktur tillater manipulering av dataene på effisiente måter. Datamanipulasjonen kan omfatte datainnsetting, sletting, oppdatering og uthenting i ulike moduser. En gitt datastrukturtype kan være svært effektiv i visse operasjoner, og svært ineffektiv i andre. En datastrukturtype velges ved utvikling av DBMS for best å møte operasjonene som trengs for datatypene den inneholder. Typen datastruktur valgt for en bestemt oppgave tar vanligvis også i betraktning hvilken type lagring den ligger i (for eksempel tilgangshastighet, minimal størrelse på lagringsstykkene man får tilgang til, og så videre). I noen DBMS-er har databaseadministratorer fleksibilitet til å velge mellom ulike datastrukturer for å lagre brukerdata av ytelsesgrunner. Noen ganger har datastrukturene velgbare parametere for å justere databaseytelsen.