Den 30. januar 2017 kritiserte Daly Donald Trump-administrasjonens innreiseforbud mot flykninger fra den syriske borgerkrig til USA. Han forbød i 2017 en pensjonert prest sine prestelige rettigheter på grunn av en historisk overgrepssak fra 1980-tallet.Den 4. februar 2019 uttalte Daly at katolske politikere som støttet provosert abort ikke måtte motta den hellige kommunion inntil de har forsonet seg med Kristus og Kirken.