Kolbe havnet i nasjonalsosialistenes konsentrasjonsleir Auschwitz i 1941, blant annet for å ha gjemt jøder. Sommeren 1941 lyktes det angivelig en fange å flykte (det viste seg imidlertid senere at vedkommende ikke hadde rømt, men druknet i leirens latrine). Uansett beordret kommandanten at ti andre fanger skulle lide sultedøden som straff.