I 1967 lagde Husain sin første film. Det ble vist under Berlin Film Festival og vant en Golden Bear. Husain ble tildelt utmerkelsen Padma Vibhushan i 1991. Husain var den best betalte maleren fra India. I en alder av 92 år ble Husain tildelt den prestisjefylte Raja Ravi Varma-prisen av regjeringen i Kerala. Kunngjøringen av denne tildelingen førte til kontrovers i Kerala og enkelte kulturelle organisasjoner kjempet innbitt mot tildelingen av denne prisen til Husain. Husain ble inkludert i listen over de 500 mest innflytelsesrike muslimer i verden. I de siste årene av hans liv var Husain bosatt i Dubai og London. Han besøkte sjelden India, men uttrykkte et sterkt ønske om å returnere til hjemlandet, til tross for hans frykt for arrestasjon hvis han kom tilbake.