Samtidig hadde Hojer, for å leve, praktisert som lege. Han hadde også, om enn uten å navngi seg for offentligheten, kommet i forbindelse med boktrykker Jochum Wielandt om redaksjonen av nyhets- og litteraturbladet ( og ), hvorved Hojer, som alltid, viste talent, men også ved uforbeholdne ytringer vakte såpass motstand at han måtte stanse. Hans gjentatte forsøk på å bli professor i medisin forble mislykket. Han fikk heller ikke oppfylt ønsket sitt om å bli ansatt ved Det Kongelige Bibliotek på denne tiden. Derimot ble han, støttet av den Hans Nobel i 1721 sekretær i den av regjeringsnedsatte norske matrikkelkommisjonen og året etter kongelig historiograf.