John Mair (eller ‘Major’) ble født en gang rundt 1467 i Gleghornie, i nærheten av North Berwick, hvor han fikk sin tidligste utdannelse. Det var ved Haddington i East Lothian at han gikk på gymnaset og han ble sannsynligvis undervist av byens skolemester George Litsar, som var, i henhold til Mair «skjønt en forsiktig mann på mange vis, mer streng enn kun å piske gutter». Om det ikke hadde vært for innflytelsen til hans mor ville han ha forlatt skolen, forteller han, men han og hans bror ble værende og ble suksessfulle. I henhold til Mair var Haddington «byen som fostret begynnelsen av mine studier, og i dens vennlige omfavnelse ble jeg næret som en novise med den søteste melk av grammatikkens kunst». Han fortalte at han ble i Haddington «til en ganske fremskreden alder» og han husket lyden av kong Jakob IIIs bombardement av den nærliggende festningen i Dunbar, noe som skjedde i 1478. Han husket også den komet som etter sigende skal ha spådd kongens nederlag ved Sauchieburn, noe som skjedde i 1488. Imidlertid, det var 1490, forteller han, at han «for første gang forlot foreldrenes arne». Antagelig under innflytelse av Robert Cockburn, en annen fra Haddington, utsett til å bli en betydningsfull biskop av Ross og senere av Dunkeld, besluttet Mair å reise til Paris for å studere under de mange skotter der på denne tiden.