Punaflamingoenes hekkeområder ble først oppdaget i 1957. Arten hekker i kolonier og eggleggingen skjer i tidsrommet desember–februar, ofte i en miks sammen med andesflamingoer og chileflamingoer (). Som alle flamingoer legger den som regel kun ett, kritthvitt egg. Inkubasjonstiden er cirka 28 dager. Avkommet har grå dun og får først full voksen fjærdrakt etter de har fylt 3–4 år.