Erkebiskopen av Utrecht, kardinal Adrianus Johannes Simonis, presteviet ham den 25. september 1999. Etter at han kom tilbake fra Roma i 2001, ble Hoogenboom viserektor for Ariënskonvikt og dommer ved den kirkelige domstol i erkebispedømmet Utrecht. I 2008 ble han generalvikar i Utrecht og deretter prost for metropolitankapittelet.