Etter Anschluss begynte han å arbeide for Reinhard Heydrichs SD og drev blant annet med anti-jødiske tiltak og politikk overfor frimurere. I 1940 ble han leder for (avdeling) VI (etterretning) i Wien og han ble på den tiden kjent for sin korrupte virksomhet, noe som var til stor irritasjon for hans sjefer i SS. Betydelige pengesummer forsvant fra SDs bankkonto i Wien mens Höttl arbeidet der.