Skjestorkene ble som pelikanfugler regnet til underfamilien Plataleinae, men nyere forskning har nå avdekket at dette var feil. Riktignok er slekten monofyletisk, men skjestorkene er nærmere beslektet med andre ibiser enn tidligere antatt. Slekten ble derfor flyttet til underfamilien Threskiornithinae (som omfatter alle ibiser som ikke er endemiske for den nye verden), som imidlertid trolig er parafyletisk.