Flere ganger ble det stilt spørsmål om Psellos’ religiøse tro. Ifølge historikeren og bysantsforskeren Anthony Kaldellis ble han anklaget av den senere patriarken Johannes Xiphilinos for å ha «forlatt Kristus for å følge Platon». Enda sterkere var tvilen rundt hans elev Johannes Italos som etterfulgte Psellos som «Hypatos ton Philosophon», øverste leder for universitetet i Konstantinopel. Italos ble offentlig anklaget for å undervise i antireligiøs ånd om sjelevandringer og evigheten. Italos måtte to ganger offentlig dementere dette.