Da Nikita Khrusjtsjov ble generalsekretær for Sovjetunionen i 1957, ble Mzjavanadze utnevnt til kandidat uten stemmerett av det sovjetiske Politbyrået. Mzjavanadze ble fullverdig medlem med stemmerett i 1966. Mzjavanadze ble etter hvert selve symbolet på et korrupt, ineffektiv styresett. Han ble anklaget for senke statlige midler og drive ulovlig fabrikker for hans egen vinnings skyld. Blant annet organiserte han en fabrikk som produserte våpen på oppdrag fra tsjetsjenske separatist-grupperinger og andre kriminelle og mafia-medlemmer.