Den ligger ved nordenden av Øvregaten som er like gammel som byen og var byens i middelalderen. I middelalderen var Mariakirken skilt fra kongsgården på Holmen av det fuktige området Veisan som senere ble gjenfylt. De første kirkebyggene i Norge, trolig også i Bergen, var av tre. Bergens første steinkirke var Kristkirken på Holmen. I alt ble 18 steinkirker reist i middelalderen i Bergen (hovedsakelig i perioden 1120-1180) og bare 3 av disse eksisterer (Mariakirken, Korskirken og Domkirken). I tillegg er tårnfoten fra Nonneseter klosterkirke bevart, klosteret lå utenfor byen. Mariakirkegården var i byens første tingsted (frem til 1300-tallet) og Maria gildeskåle (forsamlingslokale) lå like ved. Byloven av 1276 nevner Maria gildeskåle som sete for lagretten.