Kaprálová var datter av sangeren Vitezslava Uhlirova og komponisten Václav Kaprál. Fra 1930 til 1935 studerte hun i Brno: komposisjon med og direksjon med . Hun fortsatte utdannelsen ved konservatoriet i Praha med Vítězslav Novák som komposisjonslærer og i direksjon. I 1937 reiste hun til Paris for å studere ved og var elev av Bohuslav Martinů, og Nadia Boulanger. Martinů ble dypt betatt av henne og skrev noen av sine fineste verker i en emosjonelt opprørt tilstand i spenningsfeltet mellom Kaprálová og sin kone.