Villa var født 5. juni 1878 som José Doroteo Arango Arámbula, som sønn av to fattige bønder ved navn Agustín Arango og Micaela Arambula i nærheten av San Juan del Rio. Han var eldst av fem søsken og hjalp mye til i hjemmet, særlig etter at faren Agustín døde.