Peder Krog gikk på latinskolen i hjembyen Århus, og ble immatrikulert i København som 16-åring den 20. juli 1670. Han studerte først i Rostock og seinere ved Københavns Universitet, men dro så utenlands igjen og studerte i flere år. Den 27. april 1675 ble han magister artium ved Universitetet i Wittenberg.