Stiftelsen begynte fra 2008 å bruke navnet på den utadrettede virksomheten, noe som ble begrunnet med at stiftelsen ikke lenger drev med undervisning. Stiftelsen Kvinneuniversitetet søkte om å formelt skifte navn til Likestillingssenteret og om å få godkjent nye vedtekter, men dette ble avslått av Stiftelsestilsynet i 2009 etter klage fra stifterne. Uenigheten om utviklingen av Kvinneuniversitetet førte til etableringen av et nytt kvinneuniversitet, Kvinneuniversitetet i Norden.