Massespektrometri er en svært viktig analysemetode ved de fleste kjemiske laboratorier. Tidligere kunne bare mindre molekyler identifiseres, men Fenn og Tanaka utviklet metoder som gjorde det mulig å analysere biologiske makromolekyler også. Metoden som Fenn publiserte i 1988, , går ut på å produsere små ladde dråper av protein som krymper med en gang vannet fordamper. Etter hvert gjenstår fritt svevende proteinioner, hvis masser kan bestemmes. Dette kan gjøres ved å sette fart på dem og måle flytiden over en kjent strekning. Samtidig introduserte Tanaka en annen teknikk for å få proteinene til å sveve fritt med myk laserdesorpsjon, . En laserpuls får treffe prøven, som «sprenges» i småbiter slik at molekylene frigjøres.