Armenia kom også under Kara Koyunlus kontroll i 1410. Samtidige kilder i Armenia, først og fremst T'ovma Metsobets'i's: sier at Kara Koyunlu la tunge skatter på armenerne, men at det ellers var fredelige forhold og det ble foretatt gjenoppbygging av flere armenske byer. Freden ble brutt da Qara Iskander overtok makten etter Qara Yosufs død i 1420, og det ble rapportert om store ødeleggelser, drap og henrettelser. Iskanders krig mot timuridene førte til ytterligere ødeleggelser i Armenia. Mange armenere ble tatt som slaver og landet ble utsatt for plyndring som førte til masseflukt fra landet. Iskander prøvde senere å få et bedre forhold til Armenia, blant annet ved å ansette en av de ledende armenerne, Rustum, som sin rådgiver.