Jokkmokk har store uberørte naturområder, og nasjonalparkene Stora Sjöfallets nasjonalpark, Padjelanta, Sarek og Muddus ligger helt eller delvis innenfor kommunegrensene. I Sarek ligger fjellmassivet Sarektjåkkå med Sveriges nest høyeste fjell, Stortoppen på 2089 moh. Det er flere store innsjøer i kommunen, som Virihaure, Vastenjaure, Akkajaure, Stora Lulevatten, Sakkat og Skalkká som dreneres av Luleälven eller sideelva Lilla Luleälven. Fjellbyen Kvikkjokk ved innsjøen Sakkat et ofte brukt utgangspunkt for turer inn i nasjonalparkene Sarek og Padjelanta.