Når slusen er i bruk, er det alltid mulig at saltvann sluses til ferskvann og omvendt. Dette var ikke ønskelig, vannet i Zoommeer måtte ikke bli (for) salt. I første omgang ble ikke et system for å skille salt- og ferskvann anlagt, det ble fjernet fra prosjektet av økonomiske årsaker. Senere forandret man mening, og 26. september 1994 ble systemet tatt i bruk.