Mūsā har prioritert å jobbe med å finne løsninger på Midtøstenkonflikten, fordi han mener den skaper grobunn for regional ekstremisme, og som utenriksminister var Mūsā populær både i Egypt og andre arabiske land for sin klare kritikk av Israels okkupasjon av Gaza og Vestbredden. En populær sang i Egypt i 2001 av den egyptiske croonsangeren Shaaban Abdel Rahim inkluderte tekstlinjen «Jeg hater Israel, men jeg elsker ʿAmr_Mūsā». Da Mūsā gikk av i 2001 etter ti års tjeneste, til fordel for en jobb som generalsekretær for den Den arabiske liga, ble det spekulert i om overgangen var et grep fra president Hosni Mubarak for å gjøre en potensiell politisk rival mindre synlig i den egyptiske offentligheten.