Ulike Y-kromosomstudier viser at San bærer noen av de tidligste forgreningene i menneskelige Y-kromosomhaplogruppene. Dette DNA arves kun fra ens far. I en studie publisert i mars 2011 fant Brenna Henn og kollegene at gruppene Khomani San, Sandawe- og Hadza-folkene i Tanzania, var de mest genetisk mangfoldige av alle mennesker som var med i studien. Denne høye graden av genetisk mangfold antyder opprinnelsen til det moderne mennesket.