Opprinnelig var området befolket av maorier fra Te Arawa-stammen. Mange skjærmysler fant sted i nærheten av sjøen under New Zealand-krigene i perioden 1845-1872. I 1880-årene ble det opprettet et spesielt bydistrikt for å støtte Rotoruas potensial som kursted. I 1894 ble den såkalte Rotorua Branch-jernbane og begynnelsen til Rotorua Express-togene opprettet, og byen var nå forbundet med Auckland. Dette bevirket at befolkningstallet og turismen steg kraftig i løpet av de neste årene. I 1922 ble Rotorua etablert som kjøpstad.