Bare ni dager etter den første oppsetningen av hans sjette symfoni, , i 1893, døde Tsjajkovskij. Det er generelt akseptert at han begikk selvmord, selv om eksakt dødsårsak og omstendighetene er ukjente. Det har vært hevdet at det var kolera, som også hans mor døde av, etter at han med vilje skal ha drukket infisert vann, selv om arsenikkforgiftning er mer sannsynlig. En påstand er at en gruppe av hans tidligere klassekamerater to dager før hans død hadde møttes og krevd at han skulle begå selvmord for å unngå en skandale rundt hans påståtte forhold til en nevø av et medlem av det russiske aristokratiet. Tsjajkovskij ble gravlagt i Tikhvin-gravstedet i St. Petersburg.