I Nederlandene var forholdene etterhvert blitt roligere og den franske aggresjonen kom også mer på avstand, da hertuginnen døde ved et fall fra hesten den 27. mars 1482. Ludvig benyttet anledningen, og tvang Maximilian ved traktaten i Arras i 1483 til å avstå Franche Comté og Artois, men ved traktaten i Senlis 1493 ble de byttet mot Burgund og Picardie. Denne traktaten etablerte igjen freden i Nederlandene. I sitt ekteskap med Maximilian fikk hun to barn, Filip og Margarete. I 1482 døde hun i en rideulykke. Sønnen etterfulgte henne under farens formynderskap. Maria er begravet i Vår Frues kirke i Brugge hvor også hennes far er begravet.