Rivaliseringen mellom grupperingene til Hadjerai, Zaghawa og Gorane innenfor regjeringen vokste mot slutten av 1980-tallet. I april 1989 avhoppet Idriss Déby, en av Habrés fremste generaler og en Zaghawa, og flyktet til Darfur i Sudan. Derfra ledet han en rekke Zaghawa-støttede angrep på Habré. I desember 1990 marsjerte Débys styrker, med støtte fra Libya og motstand fra de franske troppene stasjonert i Tjsad, mot N’Djamena. Etter 3 måneder med midlertidig regjering, overtok Débys Patriotiske frelsebevegelse (MPS), og vedtok den 28. februar 1991 Déby som president.