På grunn av kanalenes ikke løp ligger kapellet vinkelrett på kirken og sydgavlen er også skåret skrått av slik at kapellets grunnplan er trapesformet med den lange siden (59 m) mot Slotsholmen. Kapellet er bygget som én stor sal hvor det er anlagt 36 krypter – 34 med samme størrelse i to rekker, pluss én større i hver ende med uregelmessig grunnplan. Adgangen til kryptene foregikk opprinnelig via lemmer i gulvet i salen og det var ikke planen at det skulle stå kister i salen. Det forandret seg imidlertid snart og allerede rundt 1710 kom gravkapeller til Niels Juel og Niels Benzon.