SSH er i utgangspunktet en kryptert tunnel for datatrafikk, som i motsetning til VPN fungerer på applikasjonslaget. I stedet for å påvirke rutingen av nettverket kan man logge inn på en konto på en annen maskin og kjøre programmer. SSH-tjeneren oppfører seg som et hvilket som helst annet program og er bundet av rettighetene til den brukeren man logger inn som. Standard er å koble til kommandoskallet for brukeren en logger inn som, men en kan også overføre filer, opprette nettverksforbindelser (over TCP-porter) mellom klienten og tjeneren, og ellers gjøre det en vil innenfor brukerens rettigheter.