Ordningen med at kanslerembedet ble innehatt av prosten ved Mariakirken holdt seg med noen avbrudd frem til reformasjonen. I 1545 ble Mariakirkens domkapitel oppløst, gudstjenestene opphørte og Mariakirkens prestekollegium smeltet sammen med Oslo domkapitel, og prestene gjorde siden tjeneste ved Domkirken (Hallvardskatedralen). Kannikene beholdt likevel sine prebender og Mariakirkens prostigods fortsatte å bestå, selv om selve kirkebygningen hadde blitt revet. Prostestillingen ved Mariakirken forsvant da domkapittelet ble nedlagt, og kanslerembedet ble deretter innehatt av representanter for den verdslige adelen. Ved den norske adels privilegiebrev i 1591 ble det fastsatt at kansleren skulle velges av og blant adelen i Norge. De norske kanslerne etter 1547 ble likevel i lang tid etter reformasjonen ofte forlenet med det gamle prostigodset. Således var Jens Bjelke «befalingsmann over Mariakirkens prostigods» drøyt hundre år etter at Mariakirken ble revet.