Yale er organisert i 14 skoler: den originale Yale College, skolen som konfererer universitetets bachelorgrader og er i det filosofiske og fysiske sentrum av universitetet; Yale Graduate School of Arts and Sciences; og 12 profesjonelle skoler (inkludert Yale Law School og Yale School of Medicine). Yale College har 6000 studenter, mens universitetets øvrige 7000 studenter er fordelt på de 13 andre skolene.