Høyer stammet fra en tysk borgerlig familie, studerte medisin ved Universitetet i Rostock, og slo seg deretter ned i Bergen som lege. Her kom han i strid med en lege som bodde der fra før, men fikk i 1594 kongelig tillatelse til å praktisere. I 1596 var han i Danmark sammen med biskop Anders Foss, som ble hans svigerfar. Under reisen besøkte de Tycho Brahe på Hven. I 1599 fikk han et prebende i Bergen.