Den siste 314 som ble pensjonert i 1946, NC18602, hadde akumulert mer enn en million miles. Av de tolv Boeing 314 Clippers som ble bygget gikk tre tapt i havarier, dog bare et av disse med tap av menneskeliv. "Yankee Clipper" havarerte under landing i Lisboa, Portugal den 22. februar 1943. Alle 314 ble tatt ut av rutegående trafikk i 1946 og de siste syv som ennå var driftsklare ble kjøpt av et nytt selskap, New World Airways. Selskapet kom aldri i drift og alle flyene ble solgt som skrap og hugget opp i 1951. Ingen av et dusin Boeing 314 som ble bygget mellom 1939 og 1941 finnes i dag. Alle 12 er blitt skrotet, kannibalisert eller gått tapt på annen måte. Det finnes en replika i full størrelse på flymuseet i Foynes (Flying Boat Museum), Limerick, Irland. Museet ligger der hvor den opprinnelige transatlantiske sjøflyhavnen lå.