Spillet starter med en reintroduksjon av Nero fra Devil May Cry 4 på jakt etter en demon ved navn Urizen 16. mai, etter en døende mann river av hans demoniske arm og stjeler sverdet Yamato. Han reiser til Red Grave City og kommer i møte med et demonisk tre med navnet Qliphoth som har forplantet seg over byen, og dreper folk for deres blod. Dantes gruppe konfronterer Urizen, men blir fort overveldet av Qliphoth og de blir satt ut av spill, samt overvelder Nero når han griper inn. Dante stopper Nero fra å bli fanget av Urizen, men blir da bekjempet og kastet ut av Qliphoth sammen med hans sverd, Rebellion nå knust. Både Trish og Lady som fulgte med han blir fanget og brukt som føde, samt en klient av Dante, ved navn V overtaler Nero til å flykte. Nero returnerer dermed til Red Grave City 15. juni, nå utrustet med en prostetisk arm ved navn "Devil Breaker", laget av hans gode venn og børsemaker, Nico. Han møter igjen V, som søker etter Qliphoth for frukten dens, som sies å gjøre enhver som spiser den til kongen av underverdenen. Med Qliphoth røttene destruert mens Nero søker etter Dante, støter han på Lady og V splitter seg fra han i søk om Devil Sword Sparda.