Dette var et av de mest nyskapende eventyrspillene fra LucasArts. Det bygde videre på den tradisjonelle eventyrspillstrukturen ved å inkludere et poengsystem (IQ, eller «Indy Quotient») og man kunne gå gjennom spillet på flere forskjellige måter. Poengsystemet var likt det i Sierras eventyrspill, men det totale antall poeng ble bevart for hver gang du startet spillet på nytt. Den eneste måten å få alle 800 poengene på er å finne alternative løsninger til problemene man møter på spillet. For eksempel å slåss med en vakt istedenfor å lure seg rundt ham. Dette parerte en vanlig kritikk av eventyrspill; siden det er bare en måte å løse et problem på, så er det ikke noe vits i å spille spillet på nytt. Noen av de alternative måtene å kommer seg videre på var nesten umulige, slik som slåsskampen mot kontrolløren i zeppelineren.