Den parlamentariske erobringen av Irland trakk ut for bortimot tre år etter Cromwell selv hadde forlatt Irland. Krigføringen under Cromwells etterfølgere Henry Ireton og Edmund Ludlow besto hovedsakelig av lange beleiringer av befestede byer og geriljakrig på landet. Den siste byen holdt av katolikker, Galway, overga seg i april 1652 og de siste irske tropper kapitulerte i april året etter.