Magnus Heinason var forlovet tre ganger og gift to ganger. Magnus fikk en sønn med den færøyske kvinnen Kollfina omkring 1560. Rasmus Magnussen ble 110 år gammel, og ble far til en sønn i en alder av 103 år. I 1580 traff Magnus en norsk adelskvinne ved navn Margrethe Axeldatter Gyntersberg (eller von Güntersberg). De hadde et barn som døde tidlig. De giftet seg ikke fordi hun beskyldte ham for voldtekt. Hennes adelige familie krevde at han giftet seg med Margrethes yngre søster, Sophie Axeldatter Gyntersberg (1566–1607). De giftet seg i 1582 i Bergenhus og fikk en datter, Elsebeth Magnusdatter (1584–1645).