Werckmeister gikk på skole i Nordhausen og i Quedlinburg. Den musikalske utdannelsen fikk han av sine onkler, Heinrich Christian Werckmeister og Heinrich Victor Werckmeister. I 1664 ble Andreas organist i Hasselfelde, ti år senere i Elbingerode og i 1696 i Martinikirche i Halberstadt.