Krokodillen er større i størrelse og har en mer V-formet snute, mens alligatorer er mindre og har en bredere og U-formet snute. I tillegg til dette kan man se både noen tenner oppe og nede når munnen til krokodillen er fullt lukket, mens på alligatoren ser man kun de øvre tennene. Fargen på reptilene er også forskjellig; krokodillen er olivengrønn eller brunfarget, mens alligatoren er mørkegrå eller tilnærmet sort. Krokodiller er på generell basis mer aggressive overfor mennesker enn det alligatorer er, men dette kommer helt an på typen krokodille. Den amerikanske krokodillen er et eksempel på en mindre aggressiv art.