Av kong Ludvig Bonaparte ble han utnevnt til kammerherre og samtidig til Ridder i unionens orden, men Temminck kunne aldri bli medlem av «Det generelle instituttet for kunst og vitenskap», som kongen hadde opprettet i mai 1808. Medlemmene ville ikke oppta Temminck fordi han ikke var en lærd mann. Han kunne hverken latin eller gresk. Etter at Nederlandene hadde blitt okkupert av Frankrike, og innlemmet i det franske keiserriket trakk Temminck seg tilbake fra offentlige aktiviteter. Fra perioden under keiser Napoléon Bonaparte er det ikke kjent at han hadde noen offisielle verv.