Etter Meijirestaurasjonen kom Shimoda under kontroll av det kortlivede Kikuma-domenet i 1868, og den også kortlivede prefekturen Ashigara fra 1871. Mikomotoshima-fyrtårnet ble ferdigbygd i 1870 av den britiske ingeniøren Richard Henry Brunton. Det var per 2016 det eldste virkende fyrtårnet i Japan og var utnevnt som nasjonalhistorisk monument. Prefekturen Ashigara ble fordelt mellom prefekturene Kanagawa og Shizuoka i 1876. Som følge av jordebokreformen av 1889 ble byen Shimoda innlemmet i Kamo-distriktet. Byen ble bombet flere ganger i 1945, på slutten av Andre verdenskrig.