Da tredveårskrigen brøt ut i 1618, ble byen et inkvarteringssted for tropper og ble plyndret. Kong Gustav II Adolf av Sverige oppholdt seg i Rothenburg i 1631. Byen ble beleiret og inntatt av franske tropper under ledelse av general Turenne i 1645. Ved freden i 1648 måtte byen igjen betale krigserstatning og måtte låne til dette. De siste soldatene forlot byen først i 1650, byen hadde mistet halve befolkningen, og byutviklingen stoppet opp. Med stagnasjonen befant den seg i en slags tornerosesøvn frem til tyske romantikere på 1800-tallet gjenoppdaget dens unike arkitektur og historie. Romantikerne anså byen som et levende symbol på det middelalderske Tyskland.