Posisjonen ved utløpene av elvene Stour og Orwell og det at Harwich er den eneste sikre havnen mellom Themsen og Humber betyr at den lenge har vært et viktig sted for sjøfarende, både sivile og militære. Byen ble sterkt befestet etter at den ble en marinebase i 1657, med festninger og kanonbatterier. I dag har derimot den britiske marine ikke lenger noen base i Harwich.