Under østerriksk herredømme og som en del av kongeriket Dalmatia ble Šibenik igjen områdets sentrum, og innbyggertallet vokste. I året 1879 åpnet vannforsyningen, i 1883 åpnet sykehuset, i 1895 ble vannkraftverket ved elven Krka bygget. I 1900 var byens befolkning oppe i 10.000 innbyggere. Da første verdenskrig brøt ut, innførte de østerriksk-ungarske myndigheter straks et strengt militær/politi-regime, som varte til nederlaget i 1918, da byrådet proklamerte avslutningen av det østerriksk-ungarske styre og byens forening med Kongeriket av serbere, kroater og slovenere.