Etter den tyske invasjonen i 1940 måtte familien emigrere for tredje gang, denne gangen flyktet de til Sverige og Stockholm hvor Dobrowen ble ansatt ved Kungliga Teatern. Under krigen arbeidet han utelukkende med svenske orkestre og satte opp en rekke operaer. Ingmar Bergman fortalte at Dobrowens iscenesettelser gjorde dypt inntrykk på ham.