Stor var både kongens og andre forbauselse da Thomas Becket sa fra seg posisjonen som kansler og gikk fra å være kongens fremste mann til å bli kirkens. I 1163 ble en kannik anklaget for mord frikjent ved en kirkerett, og folkets skrek ut og krevde rettferdighet til kanniken ble ført fram for en kongelig domstol. Beckets protest hindret ikke bare denne saken, men forhindret også kongens forsøk på å få øke den verdslige rettens myndighet til også å gjelde kirken. Becket nektet å gå med på endringene i loven og da kongen tilkalte Becket for å stå til rette for det kongelige råd den 8. oktober 1164 flyktet han til Frankrike og stilte seg under beskyttelse av Henriks rival, Ludvig VII av Frankrike.