Men den andre karakteristiske linjen i Kaplans skrifter viser at han i alle fall til tider trodde at Gud har ontologisk eksistens — en faktisk og absolutt eksistens uavhengig av menneskelig tro. I denne andre teologiske linjen avviser Kaplan stadig de klassiske formene av teisme og all tro på underverk, men holder seg til et ståsted som på noen måter er nyplatonsk.