Fra 1993 til 1999 spilte han i Sheffield United. I 2000 vendte han tilbake til Norge, og i 2003 trappet han ned til tredjedivisjons-spill i Stavanger IF. I 2006-sesongen trente han Stavanger IF til opprykk fra tredje til andre divisjon. I perioden 2006 til 2010 var Nilsen assistenttrener og siden spillerutvikler i Viking.