De viltre og oppfinnsomme fortellingene handler om fjerdeklassingene «Thomas B.» («Georg» i den første norske oversettelsen; på engelsk) og «Harald H.» ( på engelsk). Tittelfiguren «Kaptein Supertruse» er opprinnelig en superhelt i en humoristisk tegneserie som guttene lager. Alle på skolen elsker tegneseriene deres, unntatt den grinete rektor Krupp (). Han avslører stadig Thomas' og Haralds rampestreker, tvinger guttene til å være slavene sine og truer med å få fotballaget på skolen til å banke dem opp hvis de ikke gjør som han sier. De to kameratene hypnotiserer derfor rektor med «3D-hypnose» ved hjelp av en billig plastring den ene har fått i en pakke med frokostblanding. De får dermed Krupp til å tro at han selv er Kaptein Supertruse, noe som fører rektoren, og guttene, opp i trøbbel og skaper morsomme, spennende og sprø eventyr.