Kleopatras kongelige kvarter ble oversvømmet av jordskjelv og tsunami, noe som førte til gradvis synking på 300-tallet. Denne seksjonen, som nå er under vann, inneholder mange av de mest interessante delene av den greske byen, inkludert kvartalet med palasset. Det ble utforsket i 1992 og er fortsatt omfattende undersøkt av den franske undervannsarkeologen Franck Goddio og hans gruppe. Et skulpturhode av Cæsarion (sønn av Julius Cæsar og Kleopatra) ble funnet, og vist fram til turister til tross for en del kontroverser.