Privat har det tidvis gått mindre bra. I 1993 holdt Cornwell på å bli drept i en trafikkulykke etter å ha drukket en karaffel med , og ble innlagt for å kureres for alkoholisme. Avisene hevdet at hun var bipolar, men Cornwell forklarte at hun lider av cyklotymi som medfører raske humørsvingninger, en tilstand såpass plagsom at den hos noen behandles med «lykkepiller». I 1996 kom Cornwell brått i medias søkelys, da en tidligere FBI-agent beskyldte henne for å ha forført hans kone, en gisselforhandler ved Quantico, til å bli lesbisk. Han tok sin kones prest som gissel og plasserte rørbomber rundt på gymnaset hvor konen underviste. Han ble idømt 23 års fengsel for blant annet drapsforsøk. Cornwell har lært å omgi seg med sikkerhetsvakter og forsøker å sikre seg ved å ha skytevåpen i hjemmet.