Den 17. februar 2013 skadet Borini seg igjen, denne gang fikk han skulderen ut av ledd etter en kollisjon med Swansea Citys Kyle Bartley bare åtte minutter etter han kom inn som en innbytter for Luis Suarez. Brendan Rodgers sa etter kampen at Borini ville være ute for resten av 2012–13-sesongen. Han kom dog tilbake 27. april 2013, som innbytter i det 72. minutt og skåret sitt første mål i Premier League og Liverpools femte mål i 6–0 seieren borte, mot Newcastle United. I sin første sesong hos «the Reds», spilte han totalt 20 kamper og skåret to mål.