Núñez og hans lille styrke forlot San Miguel (i nærheten av Quito) rett i forkant av Pizarros soldater. Håpet var å slå seg sammen med den lojale kommandøren ved Popayan oppe i høylandet ved Benalcazar. Langs ruten kom det til små trefninger mellom de to styrkene. Núñez mistenkte flere offiserer for forræderi og fikk tre av disse henrettet. Núñez ankom Popayan, og Pizarro okkuperte på samme tid Quito som var tidligere vennligsinnet territorium for visekongen. Med krigslist lurte Pizarro Núñez ut av Popayan. De to hærstyrkene møttes 18. januar 1546 ved Añaquito.