Ekstremt dårlig vannutskifting gir mange innestengte fjorder en naturtilstand på randen av økologisk kollaps. De tåler svært lite gjødsling / organisk belastning. De mest innestengte pollene kan geologisk være på vei til å bli innsjøer, og flere lavtliggende ferskvannssjøer har startet som innestengte fjorder og beholdt en arv av saltholdig og råttent bunnvann (meromiktisk innsjø), for eksempel Kvernhusvannet i Søgne.