Foran 2013-sesongen returnerte Magnussen til klubben hvor han fikk sitt gjennombrudd. Han spilte ytterligere tre sesonger for de blåhvite og var i perioden med på to play-off tap i kvalifiseringen til Tippeligaen og spilte også i kvalifiseringen til Europa Ligaen. Magnussens karriere endte etter 2016 sesongen da spissen var en del av Hødd laget som rykket ned i siste serierunde etter en tung sesong.