Franckes fortjenester som pedagog var den vekt han la på barnas moralske dannelse, hans velvilje for alle de barn som stod under hans beskyttelse, hans tese om at hvert barn burde behandles etter sin individualitet, den betydning han tilla de såkalte realfagene og hans omsorg for lærerutdanningen. Feilen (?)i hans pedagogiske system var en ensidig religiøs innretning som førte til at barna ble oppfostret mer til kristne i pietistisk mening enn till mennesker. Denne ensidighet, som i Franckes levetid ble motvirket av hans harmoniske personlighet, ble mer framtredende etter Franckes død, da ledelsen av hans stiftelser for en tid ble utøvet av hans sønn, Gotthilf August Francke (1696–1769), men forsvant med tiden mer og mer. Bønnestundene ved skolene ble kortere og den klosteraktige tukten forsvant. Varm menneskekjærlighet og utrettelig iver for sine medmenneskers opplysning og forbedring har ikke engang Franckes motstandere kunnet frakjenne ham. Et eksempel på hans iver i denne retning er at han i 1711 og følgende år sendte oppbyggelsesskrifter til de svenske krigsfangene i Sibir.