Leopold foretrakk tyske administratorer og forsøkte også å fortrenge det ungarske språket. Ungarske opprørsforsøk ble slått ned og habsburgske styrker ble utplassert i Ungarn. Samtidig ble det innført straffeskatt i landet. Dette stimulerte en mer omfattende motstand mot Wien i 1670-årene. Opprørerne under ledelse av Thököly tok kontroll over en stor del av det «kongelige» Ungarn, bygget opp sin egen administrasjon, og opprettet egne diplomatiske forbindelser med Ludvig 14. og med sultanen i Istanbul. Leopold lyktes i 1681 å vinne deler av den ungarske adelen over på sin side. Thököly inngikk da en avtale med osmanene om et felles angrep på keiserens styrker.