Hermann Oberth giftet seg med Mathilde (født Hummel). Paret fikk to døtre og to sønner. Sønnen Julius Oberth (født 1919) ble meldt savnet i 1943, og datteren Ilse Oberth (1924-1944) var rakettekniker. Hun døde den 28. august 1944 på rakettestplassen "Schlier" i konsentrasjonsleiren Redl-Zipf i en eksplosjon umiddelbart etter en A4-motortest. 27 personer døde som følge av eksplosjonen. Sønnen Adolf Oberth (1928-2007) var kjemiker og oppfinner, og han støttet sin far i 1950-årene i utviklingen av drivstoffblandinger for fastbrenselraketter, og jobbet senere i Aerojet i Sacramento, California. Datteren Erna Roth-Oberth (1922-2012) var den som tok seg mest av farens etterlatenskaper.