Den sørlige delen av kongedømmet ble erobret av kongedømmet Castilla i 1512, permanent i 1524, og kom på denne måten inn i det samlede kongedømmet kongedømmet Spania. Den nordlige delen av kongedømmet fortsatte å være selvstendig, men ble en del av Frankrike gjennom en personalunion i 1589, da kong Henrik III av Navarra arvet den franske tronen som Henrik IV av Frankrike og i 1620 ble kongedømmet slått sammen med kongedømmet Frankrike. Monarkene av denne forente staten tok tittelen «konge av Frankrike og Navarra» fram til dets fall i 1792, og på nytt under Bourbon-restaurasjonen fra 1814 og fram til 1830 (med et kort avbrudd i 1815).