Handlingen finner sted på den fiktive Rook Islands, en tropisk skjærgård kontrollert av pirater og leiesoldater. Spilleren får rollen som Jason Brody, og kan drepe fiender ved å bruke forskjellige skytevåpen som for eksempel gevær, skarpskytter-rifle, granatkaster, rakettkaster eller ulike eksplosiver som landminer eller granater. Eventuelt kan spilleren forsøke å skjule seg for å unngå fiendens oppmerksomhet, eller kaste steiner for å distrahere fiendene. Ved å unngå oppmerksomhet fra fienden, kan man forhindre at fiendene utløser en alarm eller får tak i forsterkninger.