I 1236 eller 1237, rundt 50 år gammel, gikk Alexander inn i fransiskanerordenen, etter å ha vurdert både cistercienserne og dominikanerne. Han ble dermed den første fransiskaneren som hadde en universitetsstol. Hans doktrinære posisjoner ble utgangspunktet for den fransiskanske teologiskolen. Han fortsatte å undervise og representere universitetet, og deltok på det første rådet i Lyon vinteren 1245.