For Suárez handler metafysikk om reell essens og eksistens, i stedet for begripelig essens og eksistens. Han var enig med andre skolastikere om at Guds essens og eksistens er det samme (se det ontologiske gudsbevis), men mente til forskjell fra disse at essensen og eksistensen hos avgrensede skapelser ikke er distinkte. Han hevdet at distinksjonen mellom essens og eksistens er begripelig; de kan ikke separat, de separat. Forskjellen mellom essens og eksistens anså Suárez med andre ord ikke å være av logisk, men epistemologisk art.