Sesong 2 starter med at vi får vite at i løpet av sommeren har Veronica og hennes gamle kjæreste Duncan Kane (broren til Lilly Kane) funnet tilbake til hverandre. Klassen drar på skoletur, og på veien hjem bestemmer 09-erne seg for å leie en limousin. Veronica takker nei fordi hun vil bli med resten av klassen på bussen. Men fordi hun blir stående å snakke med en gammel venn, Eli "Weevil" Navarro (Francis Capra), kjører bussen fra henne. Det viser seg å være flaks, for bussen kjører utenfor et stup og alle passasjerene dør, bortsett fra Meg Manning (Alona Tal), Veronicas tidligere venninne som nå er iskald mot Veronica fordi hun er sammen med Duncan igjen. Det viser seg etter hvert at bussen var blitt utsatt for sabotasje. Veronica og faren hennes tar saken, samtidig som Veronica må håndtere både et kjærlighetsliv med komplikasjoner og et skoleår som er vanskeligere enn noen sinne. Alt topper seg da det viser seg at Meg er gravid med Duncans barn. Hele livet til Veronica blir med ett snudd på hodet.