Da de allierte i juni 1944 rykket inn i Roma var 6.425 av de skjulte rømlinger fortsatt i live. O'Flaherty krevde at de tyske fanger nå også skulle behandles vel. Han tok en flytur til Sør-Afrika for å treffe italienske krigsfanger, og til Jerusalem for å besøke jødiske flyktninger. Av de 9.700 jødene i Roma var 1.007 blitt deportert til Auschwitz. Resten var i skjul, over 5.000 av dem skjult av den katolske kirke − 300 i Castel Gandolfo, 200 eller 400 (overslagene spriker) som «medlemmer» av palatinergarden om rundt 1.500 i klostre, konventer og prestekollegier. De resterende 3.700 lå i skjul i private hjem.