I november 1964 grep general René Barrientos makten ved et kupp. Barbie tilbød sine tjenester i kampen mot politiske motstandere. Han ble dermed en rik mann ved å overtale myndighetene til å gi ham og en gruppe investorer 49 % andel i rederiet . Han presenterte seg som skipsingeniør og ble daglig leder. Dermed kunne han sikre seg et pass og reise fritt til Europa. Men rederiet ble en fiasko, for Barbie gjorde ikke stort annet enn å lese noen få skip og få dem malt i de bolivianske fargene. Frem til selskapet gikk konkurs i 1972, tjente han en formue ved å smugle våpen. I mars 1968 fraktet antisemitten Barbie attpåtil en våpenlast til Israel. Efter Barrientos' død i 1969 flyttet Barbie til Lima, der han fant en partner i Friedrich Schwend, hjernen bak Operasjon Bernhard, regnet som verdens største falskmyntneroperasjon. I Lima levde Schwend av utpressing, våpenhandel, svindel og salg av statshemmeligheter. Sammen lokket Barbie og Schwend en ung tysk journalist Herbert John til Lima med løfte om å arrangere et møte med Martin Bormann. Etter å ha loppet John for flere tusen dollars, løy de til politiet om at han solgte kokain, og fikk ham dermed arrestert.