Selinunte ga likevel kam mot kartagerne og fortsatte å svare sine individuelle hjem selv etter kartagerne hadde brutt gjennom forsvarsmurene. Etter en beleiring på ti dager veltet karategerne inn og de fleste av byens forsvarere ble drept. I henhold til kildene skal opp til 16 000 av innbyggerne ha blitt drept, 5 000 ble tatt til fange og rundt 2 600 under ledelse av Empedion klarte å slippe unna til Akragas. Senere ble et betydelig antall overlevende og flyktninger Selinunte samlet av Hermokrates, en hærfører fra Siracusa, og lot dem bli etablert innenfor byens murer. Kort tid etter lot Hannibal murene til Selinunte bli ødelagt, men tillot byens innbyggere som hadde overlevd å komme tilbake og bosatte seg på nytt. En betydelig del av byens innbyggere tok imot dette tilbudet, som ble bekreftet av en avtale som ble inngått i 405 f.Kr. mellom Kartago og Dionysios, tyrannen i Siracusa.