Hekketiden starter med tørketiden og avsluttes når regntiden starter i tropiske strøk, men eller er den mer variabel. Det samme gjelder rundt ekvator, der tørketiden enten er svært kort eller ikke-eksisterende. Arten er kolonihekker og hekker gjerne i kolonier på 20–60 par, men kolonier på flere tusen par har blitt registrert. Redet bygges som oftest i et tre, cirka over bakkeplanet, men klipper, bygninger og piper kan også utgjøre bra reirplasser for marabustorken, som ikke bygger de største redene. Redet består rom regel av kvist og leire utgjør typisk omkring 100 x 30 cm. Hunnen legger normalt egg, og inkubasjonstiden tar cirka dager. Avkommet har blekgrå dun, som skifter til hvit. Voksen fjærdrakt opptrer etter cirka dager, men avkommet regnes ikke som produktive før de er omkring fire år gamle.