Klubben ble grunnlagt ved sammenslåing av to eksisterende klubbene, og . Klubbens grunnleggere var en gruppe av universitetsstudenter som handlet som en reaksjon på engelsk dominans av idrettsmiljøets. Derfor anses Nacional å være den første kreolske klubben, ikke bare i Uruguay, men også i Sør-Amerika. Bestemte Nacionals grunnleggere fra begynnelsenat klubbens farger ville være de som ble tatt fra den nasjonalhelten José Gervasio Artigas flagg: rød, hvit og blå. Mottok Nacional medlemmer av to andre klubber, og i 1900, blant annet brødrene Céspedes. Ble det året nektet medlemskap i den nylig skapte av de kontrollerende utenlandske klubber. Det neste året ble de akseptert i League, og i 1902 og 1903 vant Nacional sine to første mesterskap.