I den sene bronsealderen (andre halvdel av 2. årtusen f.Kr.) ble en ny forsvarsmur, fire meter tykk, bygget. I det 14. århundre f.Kr. ble det bygget et palass på den vestre delen av høyden. Mot slutten av bronsealderen hadde gikk byen i en nedgangsperiode og befolkningen ble mindre. Gezer er nevnt på seiersstelen til Merneptah, datert til slutten av det 13. århundre f.Kr.