Navnet har hatt mange ulike skrivemåter, blant annet «Maurø», «Maagerø», «Måkerøy» og nå sist «Mågerø». Opprinnelsen til navnet er usikker. Uttalen, som er , tyder på at navnet opprinnelig var , sammensatt av , «måkers», og , «reir». Med g i avlydsforhold til v, som «stoga» av «stova», kan ha blitt til Mågarei, og deretter Mågere. En annen mulighet er at navnet kommer av , med et ukjent hunkjønnsord som førsteledd og ordet «øy» som andreledd. Både uttalen og de gamle skriftformene viser at navnet ikke er en dansk skrivemåte for Måkerøya, som det kan se ut til ved første øyekast. I 1993 ble skrivemåten av navnet endret fra «Måkerøy» til «Mågerø».