Fredriksvern Verft var marinenes hovedstasjon frem til 1864 da Sjøkadettinstituttet ble overført til Karljohansvern i Horten. Fredriksvern Verft ble nedlagt i 1896 som en følge av Stortingets beslutning om å gjøre verftet om til øvingsplass for Krigsskolen. Verftet har senere huset Luftvernregimentet (senere Luftforsvarets skolesenter Stavern). Den siste militæravdelingen flyttet fra Fredriksvern i 2002.