Den 11. desember 1553 ble Xaviers levninger skipet til Goa. Kroppen hadde ikke gjennomgått vesentlig forråtnelse, og ble stedt til hvile der det nå ligger, i basilikaen i Gamle Goa. Der ble den senere anbragt i en glasskontainer i en sølvskrin den 2. desember 1637.