Instrumentalverkene er bevart på manuskriptform, blant dem er noen triosonater og tilegnet keiser Leopold I av Det tysk-romerske rike, blant annet med en 600 takters Ciacona. Seks av disse verkene er notert i skordatur. Via Johann Georg Pisendel kom denne sonatesamlingen til Dresden, der originalene forsvant i 1945. Lonati var lite interessert i å trykke sine verker, og Veracini siterer ham på at grunnen var at han ikke ville de skulle falle i hendene på personer som «knapt nok kunne klokka».