Krigen gikk særlig ut over bengalske sivile. Den pakistanske hæren støttet av politiske og religiøse militser var skyldig i mangfoldige menneskerettighetsbrudd i Øst-Pakistan. Mellom 300 000 og tre millioner (ifølge den bangladeshiske regjering) sivile ble drept under krigen, mens åtte til ti millioner flyktet til India. Pakistans krigføring i Øst-Pakistan har blitt kalt et av de verste folkemord i det tjuende århundre, mens både Pakistan og landets allierte Amerikas forente stater nekter for at dette er tilfellet. Ifølge offisielle pakistanske kilder døde bare 26 000 sivile.