Skolen ble bygget som barneskole i 1963/1964, tatt i bruk i august 1964 og innviet i mai 1965. Fra skoleåret 1978/1979 ble Lønborg skole ungdomsskole for distriktene Hellen/Lønborg. I forbindelse med overgangen fra barneskole til ungdomsskole ble det gjort en del endringer på bygningen. Sløydsal, naturfagsal og administrasjonsavdeling ble ombygd og skolen fikk avdeling for keramikk, foto og metallsløyd. Bergen Byarkiv oppbevarer arkivet etter Lønborg skole. Fra 1991 ble bygget benyttet til Lønborg videregående skole.