I for det meste dette livsavsnitt utfoldet Pontoppidan i det hele en betydelig forfattervirksomhet, både på prosa og i vers, så vel på latin som på dansk, og etter hans død fantes dessuten en stor del utrykte verker. Hans religiøse dikt, der især inneholdes i (1653) og (1672), hever seg ikke synderlig over de alminnelige gudelige rimerier. Skjønt Pontoppidan levde i den lutherske ortodoksiens tid, er det i hans forfatterskap meget som bringer tanken hen på det følgende århundre, da pietismen og især herrnhutismen hadde utpreget tilbøyelighet til både i tide og i utide å fortape seg i betraktninger av og uttalelser om Frelserens «blod», variert på så mange måter at man ikke uten grunn har talt om . Pontoppidan er en forløper for dette; allerede titlene på noen av hans skrifter tyder hen til det: (1653) og (1653). Av hans etterlatte og utrykte skrifter omtales med særlig ros hans temmelig utførlige som et i det hele interessant arbeide, som røper megen lærdom. Men som teologisk forfatter har han etterladt mindre spor enn som språkmann.