Etter Carlo Buonapartes død havnet familien i økonomiske vanskeligheter. I 1793 måtte hun og familie flykte til Marseille, siden sønnene hadde sluttet seg til Korsikas frihetsparti, som begynte å ligge under i borgerkrigen. I Marseille bodde familien i et nødtørftig hjem i byens fattigste kvarter.