Keiser Paul I, i egenskap av stormester av Malteserordenen, beordret Usjakov å fortsette til Malta, som hadde vært beleiret av britene uten effekt. Admiral Nelson tålte ikke tanken om at han måtte følge Usjakovs ordret, da den russiske kommandanten egentlig sto under ham i rang, og han foreslo at den russiske skvadronen skulle bli sendt til Egypt i stedet. En konflikt mellom de to kommandantene ble forhindret ved at Usjakov ble tilbakekalt til Russland i 1800, hvor den nye keiser Alexander I ikke klarte å sette særlig pris på hans mange seire. Usjakov trakk seg fra kommandoen i 1807 og trakk seg tilbake til klosteret i Sanaksar, som ligger i dagens Mordovia. Han ble bedt om å lede den lokale militsen under den patriotiske krigen i 1812, men ble senere avvist. Han døde fem år senere, i en alder av 43 år.