Den 1. november 1959 ble hutuaktivisten Dominique Mbonyumutwa angrepet i nærheten av sitt hjem i Byimana, av tilhengere av partiet som støttet tutsiene. Mbonyumutwa overlevde, men rykter begynte å spre seg om at han hadde blitt drept. Hutuaktivister svarte med å drepe tutsier, både de som tilhørte eliten og vanlige sivile, noe som markerte begynnelsen på «huturevolusjonen». Tutsiene utførte også angrep, men på dette stadiet hadde hutuene fått full støtte fra den belgiske administrasjonen som ønsket å velte tutsidominasjonen i landet. Tidlig i 1960 erstattet belgierne de fleste tutsilederne med hutuer og organiserte kommunevalg som ga et overveldende hutu-flertall. Disse endringene var grunnlaget for valgseirene til Parmehutu (), en hutu-bevegelse som kjempet for avskaffelse av monarkiet, innføring av republikk, uavhengighet fra Belgia og fremfor alt for en avslutningen av landets tutsistyre. I 1961 ble kongen avsatt, en hutu-dominert republikk ble opprettet, og landet ble omsider selvstendig i 1962. Etter hvert som revolusjonen utviklet seg begynte tutsier å forlate landet, og bosatte seg i de fire nabolandene: Burundi, Uganda, Tanzania og Zaire. De dannet væpnede grupper, kjent som («kakerlakker»), som utførte angrep mot Rwanda; disse var stort sett mislykkede, og førte til drap på ytterligere tutsier og flere tutsier i eksil. I 1964 hadde mer enn tutsier flyktet, og ble tvunget til å forbli i eksil de neste tre tiårene. Grégoire Kayibanda var president av den nye hutu-republikken det neste tiåret og innførte et autokratisk styre som lignet på monarkiet før revolusjonen. Han ble styrtet etter et kupp i 1973, som førte general Juvénal Habyarimana til makten. Diskriminering mot tutsiene fortsatte i Rwanda, selv om volden mot dem minket noe. Habyarimana grunnla partiet Mouvement révolutionnaire national pour le développement (MRND) i 1975, og kunngjorde en ny grunnlov etter en folkeavstemning i 1978, som gjorde landet til ettpartistat der alle innbyggere måtte tilhøre MRND.