Den største trusselen mot Natronsjøen som habitat for hekkende fugler er planer om å åpne opp for gruvedrift etter de rike mineralforekomstene der. I så måte ledet BirdLife International i 2007–2009, med støtte fra Lake Natron Consultative Group (en koalisjon av 56 institusjoner), en kampanje mot storskala gruvedrift der etter mineraler, som endte med suksess. De viktige hekkeområdene regnes imidlertid ikke som sikret for framtiden, så det er fortsatt stort fokus på hva lokale myndigheter gjør framover.