Den menneskelige påvirkningen på biologisk mangfold er en av de viktigste kjennetegnene med antropocen. Mennesket står bak det som i flere sammenhenger kalles jordens sjette store utryddelse. Naturens evolusjon sørger for at nye arter utvikles, mens andre dør ut. De fleste eksperter er enige om at menneskelige aktiviteter gjør at artsutryddelsen skjer raskere. Den nøyaktige hastigheten er usikker, men kanskje er den 100 til 1000 ganger større enn den normale utryddelsesgraden. Flere av de tidligere geologiske epokene karakteriseres av omfattende artsutryddelser, men også at nye utviklet seg. Om antropocen virkelig vil utvikle seg til samme omfang som tidligere masseutryddelser er usikkert. Noen forskere mener at jordens biodiversitet ville ha fortsatt med eksponentiell vekst om menneskelig påvirkning ikke fantes.