Bohinjsjøen er om lag 4 km lang og 1 km bred, og er en bresjø som er blitt oppdemmet av en morene. Den største tilførselen, bekken Savica («Lille Sava»), kommer fra Črno jezero («Sortsjøen»), den mest lavtliggende innsjøen i Triglavdalen. Utløpet i den østre enden av innsjøen heter Jezernica, som løper sammen med Mostnica og danner Sava Bohinjka, som senere danner Sava ved samløpet med Sava Dolinka. Som vitenskapsmannen Belsazar Hacquet påviste på 1700-tallet, så renner det ut mye mer vann fra Bohinjsjøen enn det som kommer inn; noe som er blitt forklart med at innsjøen fôres med vann fra undersjøiske kilder.