Påsken 1609 reiste han via Leipzig og Jena til Strasbourg hvor han skrev seg inn på byens universitet. Han studerte teologi og møtte professorer i retorikk og jus. Året etter fikk han en infeksjon på øyet, etter at han hadde gitt ut en bok om epigrammer, og dro hjem slik legen rådet ham til. Reisen hjem ble et mareritt, og han kom hjem i dårligere form enn han hadde dratt i. Snart etter at han kom hjem, ble han ordinert og utnevnt til diakon i den lutherske menigheten i Chobienia, hvor den daværende presten var gammel og hadde dårlig helse. Han begynte å jobbe Kristi himmelfartsdag 1611, og noen få dager senere døde presten. Heermann tok midlertidig over hans arbeid, til tross for at han selv bare hadde vært der en uke. Han fikk permanent ansvar den samme høsten. Samme høst giftet han seg også med ordføreren i Rundas datter, Dorothea Feige.