Yngvar Nielsen var sønn av telegrafdirektør Carsten Tank Nielsen, student fra Christiania katedralskole i 1860 og cand.mag. i 1865 En stund arbeidet han som lærer ved Nissens skole, men fikk kongens reisestipendium og besøkte dermed arkiver i Lund og København i 1866/67. Han fikk anledning til å fortsette sine arkivstudier i Linkøping, Stockholm og København i 1868/69, med særskilt fokus på materiale fra tiden rundt 1814 og Christian 4.s regjeringstid.