Jørgen Berner utdannet seg til bygningsingeniør ved Bergen tekniske skole i 1889-91. I 1891-93 studerte han ved Den kongelige Kunst- og Håndverksskole under Herman Major Schirmer og fikk i den forbindelse innblikk i norsk byggeskikk fra 1600- og 1700-tallet. Han oppholdt seg i 1894-96 i London, der han var assistent for bl.a. arkitekt Thomas E. Collcutt og studerte ved South Kensington Museum (senere Victoria and Albert Museum).