Mason giftet seg i juli 1640 i Hingham i Massachusetts til Anne Peck. Hun ble født den 16. november 1619 i Hingham i Norfolk i England og døde den 30. januar 1671/72 i Norwich, New London County, Connecticut. Hun var datter av prost Robert Peck som var født i Beccles, Suffolk, England, i 1580. Han var innflytelsesrik puritansk prest som flyktet fra Nordfolk i England etter at hans kirke ble underlagt restriksjoner av erkebiskop William Laud.