Den søndre Skjælholmen er den største av de to; 500 meter lang og 100 meter bred. Høyeste punkt er 10,4 meter over havet. Øya kan ved første øyekast virke ganske karrig, men det er registrert 138 plantearter der, og sjøfuglfaunaen er også svært artsrik. Den sørlige delen av øya er sammen med sjøområdet rundt, vernet som . Formålet med vernet er å ta vare på tørrengvegetasjon, sjøfugl samt den geologiske Skjærholmenformasjonen. Det er kun motorisert ferdsel som er forbudt i naturreservatet, på land hele året, på sjøen fra 15. april til 15. juli.