Karl Hermann Frank ble dømt for massakren i Lidice og andre forbrytelser under okkupasjonen, og hengt offentlig. Vojtech Tuka og Jozef Tiso ble etter krigen dømt til døden for landsforræderi og henrettet. Mange slovaker, også hans politiske motstander, opplevde henrettelsen av Tiso som en urimelig straff. Sett fra Böhmen og Mähren var Tiso en quisling. Edvard Beneš nektet å benåde Tiso ved å omgjøre straffen til livsvarig fengsel. Rettssakene ble ansett som et internt anliggende i Tsjekkoslovakia og ikke som en del av det internasjonale rettsoppgjøret. Saken mot Tiso inngikk i et en intens maktkamp i Tsjekkoslovakia etter krigen. Dommen mot Tiso ble av en del betraktet som en tsjekkisk eller kommunistisk hevn.