Aksnes har forsket på musikalske gester og hvordan sammenhengen mellom det lydlige, det kroppslige og det visuelle påvirker vår opplevelse av musikk. Hun har gjennom hele sin karriere vært interessert i musikkens helsebringende virkning, og flere av prosjektene hun har deltatt i og ledet har hatt elementer av denne koblingen mellom musikk, kognisjon, emosjoner, identitet og helse. Hennes særskilte tverrfaglige bakgrunn fra både medisin, musikkvitenskap og cognitive science danner grunnlaget for hennes forskning som viser hvordan musikk erfares ikke bare auditivt, men i og gjennom hele kroppen gjennom svært heterogene kognitive prosesser hvor også emosjoner spiller en vesentlig rolle. Hun ledet i 2008–2013 forskningsprosjektet «Music, Motion, and Emotion. Theoretical and Psychological Implications of Musical Embodiment», støttet av Norges forskningsråds FRIHUM-program. Prosjektet hadde fokus på måten musikkens positive krefter kan hjelpe oss i hverdagslivet og i krisesituasjoner, og hvordan musikk innehar både en estetisk og terapeutisk dimensjon.