Tidlig på 1200-tallet ble det satt opp et bygg i den delen av dagens hovedbygg på Kongsgård som er nærmest Kiellandshagen. Dette huset var trolig i to etasjer. Hvilken funksjon bygningen kan ha hatt, vet vi ikke. Senere på 1200-tallet bygde de kjelleren videre i retning mot Domkirken, der Munkekjelleren ble den nyeste delen av kjelleren. Kongsgård er da bygd ut i flere etapper.