Etter det greske nederlaget for perserne i slaget ved Thermopylene i 480 f.Kr., invaderte de persiske troppene Fokis, Lokris, Doris og Boiotia. Da Amfissa hadde et godt befestet akropolis, kunne byen ta imot andre fokier som søkte beskyttelse. I løpet av peloponneskrigen kjempet Amfissa på Spartas side, og førte andre nabobyer samme veg. Byens styreform var oligarisk, tilsvarende som i Sparta, men under Perikles' i Athen ble det gjort noen forsøk på å etablere demokrati, men det feilet. Ti av arkontene ("herskere", tittel på den høyeste embetsstillingen) er kjent med navn fra inskripsjoner som er funnet i Delfi: Theagenes fra Menandros, Voriadas, Karixenos, Aristodamos fra Damon, Dorotheos, Euarkos, Arkedamos, Aristodamos fra Epinikos, Karixenos og Aristarkos.