Den 1. januar 2012 ble Clotet ny trener for Viking Fotballklubb under Åge Hareide, men forlot klubben samtidig med sistnevnte samme år. Etter dette jobbet han med talentutvikling i Málaga før han dro til Swansea for å utvikle ungdomsakademiet der fra november 2013. I mai 2014 fikk han stillingen som assistenttrener under Garry Monk i samme klubb. I desember 2015 fikk Monk sparken i Swansea, og Clotet sluttet der. Sommeren 2016 fulgte han Monk til Leeds.