Slesvig-Holsten-Sønderborg var ikke et egentlig territorialhertugdømme, men snarere et titulært hertugdømme underlagt den danske kongen. Det ble grunnlagt av kong Christian IIIs sønn, den første , Hans den yngre med hovedsete i Sønderborg. Hertugdømmet innbefattet blant annet de danske øyene Als og Ærø og områder omkring Glücksborg, mens andre deler befant seg i selve Holsten. Etter flere år med arvedelinger endte hertugdømmet opp i mindre territorier, som i det 18. århundre ble innlemmet i den danske helstaten.