I de påfølgende årene opererte Macchiarini inn kunstig luftrør i en rekke pasienter, og ifølge hans egne forskningsartikler var dette en suksess. Etter hvert begynte en helt annen virkelighet å komme til syne, for pasientene døde en etter en. Ved obduksjon av den første pasienten viste det seg at det kunstige luftrøret hadde forårsaket massive komplikasjoner som han til slutt døde av. Dette fikk noen av Macchiarinis forskerkolleger til å se nærmere på hans forskning, og det viste seg at han hadde unnlatt å nevne de store komplikasjonene pasientene hadde opplevd. Dette ble rapportert inn til ledelsen ved Karolinska Institutet som mistanke om forskningsjuks, men ledelsen valgte å forsvare Macchiarini og ga heller varslerne en kraftig reprimande. Det ble likevel iverksatt en uavhengig granskning av Machiarinis forskningsprosjekt. Denne bekreftet varslernes mistanke, men konklusjonen ble avfeid av ledelsen som annonserte at de hadde renvasket Macchiarini for anklagene om forskningsjuks.