Han forfektet den politiske linje å støtte den tidligere sjahen av Afghanistan Shuja mot Dost Mohammed. Han var i 1839 med på den militære ekspedisjonen som satte sjah Shuja på tronen i Kandahar og Kabul. Som den indiske regjerings representant hos denne forsøkte Macnaghten forgjeves å innføre en ordnet forvaltning i Afghanistan.