De kristne gjorde til å begynne med motstand: Folket i Shimabara-enklaven i Nagasaki gjorde opprør i 1637. Et flertall av opprørerne var kristne. De var til slutt 40 000 mann og klarte å erobre Shimabaraborgen og ydmyket den stedlige . Men shogunen sendte 120 000 soldater for å slå ned oppstanden, og slik kom Japans korte «kristne århundre» til sin avslutning. Det var fremdeles mange kristne i befolkningen, men de gikk i dekning og holdt sin tro hemmelig. De ble av og til ofre for forfølgelser.