I 2000 skrev den burundiske presidenten under på avtalen sammen med 13 av 19 stridende hutu- og tutsifraksjoner. Til tross for dette var det uenigheter langs hele linjen av organisasjoner om den nyfødte regjeringen og når våpenhvilen skulle intre. Det som ødela fredssamtalene var de gruppene som nektet å gi kompromisser, både hutuer og tutsier. Som et resultat av disse gruppene fortsatte, og økte, volden. Tre år senere skrev den burundiske presidenten og den største opposisjonsgruppen blant hutuene under på en avtale som skulle avslutte konflikten og de som skrev under fikk ministerposter i regjeringen. Til tross for dette fortsatte små, militante hutugrupperinger som før.