I 2009 fikk Banderas fjernet en godartet svulst fra ryggen. Han fikk i 2017 et hjerteinfarkt, noe han hevdet «ikke var alvorlig» og «ikke førte til noen skader». I 2020 ble han diagnostisert med COVID-19 i forbindelse med Koronaviruspandemien i 2019–2020.