Øst for Tilya-Kori-madrasaen ligger Shaibanid-dynastiets mausoleum fra det 16. århundre (Se bilde). Grunnleggeren av dette dynastiet var Muhammad Shaybani, barnebarn av Abu'l-Khayr Khan og leder for de nomadiske . I 1500 erobret Shaybani Samarkand og Bukhara fra de siste Timurid-herskerne med støtte fra Tsjagataikhanatet som da hadde sitt hovedsete i Tasjkent. Etter dette vendte Shaybani seg mot sine tidligere allierte og inntok også Tasjkent før han vendte seg sørover og inntok Khiva.