Enkelte har hevdet at khazarenes har bidratt til det genetiske materialet som moderne askenasiske jøder har til felles; den mest kjent av dem som hevder dette er ikke-historikeren og forfatteren Arthur Koestler (i ), men dette synspunktet er ikke alminnelig anerkjent av historikerne. Genetiske studier viser at ashkenazienes Y-kromosom ser ut til å ha sin opprinnelse i midtøstlige populasjoner, ettersom de har mitokondrielt DNA (mtDNA) i minst 40 % av den nåværende ashkenazi-befolkningen. En liten andel av ashkenazier har tre haplogrupper assosiert med Nord-Kaukasus og tyrkiske folk: N9a3a1b1 (mtDNA), A-a1b3a (mtDNA) og G2a-FGC1093 (Y-kromosom DNA). Så selv om khazarene kan ha blitt absorbert i den jødiske populasjonen, er det lite trolig at de utgjorde en betydelig prosentandel av forfedrene til de moderne ashkenazier.