Til tross for denne religiøse tvist stod han med prestestanden på Sigismunds side da Karl IX erklærte krig (krigen mot Sigismund). Dette skyldtes blant annet at Karl IX hadde hindret ham i å visitere landets gudstjenester for å kontrollere at en rent evangelisk linje ble holdt ute i landet, men fremfor alt en prinsipiell kongetroskap (avstandstagen mot opprør). Denne lojalitet overfor Sigismund fikk som følge at Angermannus ble satt i fengsel på Gripsholms slott etter en dom ved riksdagen i Jönköping i 1599, og da han ble erstattet som erkebiskop av sin motstander Nicolaus Olai Bothniensis.