Den 12. september 1900 ble han statsminister i spissen for kongens råd. I denne egenskap klarte han i 1901 å gjennomdrive den nye hærordningen, som med avskaffelsen av inndelingsverket innførte åtte måneders øving for infanteriet og tolv måneders for spesialvåpwngrenene. Derimot vant det i 1902 fremlagte stemmerettsforslaget lite eller ingen sympati fra noen hold og ble avvist av riksdagen. Otter forlot også den 5. juli samme år sitt embede. Han ble etterfulgt av Erik Gustaf Boström og trakk seg med pensjon tilbake til privatlivet.