Etter fullført mastergrad var Hristijan Mickoski førsteamanuensis ved Fakultet for maskinteknikk i Skopje fra 2014 til 2019, hvor han til slutt ble professor i desember 2019. Mellom 2015 og 2017 var han energirådgiver for de makedonske statsministrene Nikola Gruevski og Emil Dimitriev. I 2016 ble han utnevnt til styreleder og generaldirektør for "Makedonias kraftverk".