Hun ledet Sosialistisk Ungdom mellom 1990 og 1992. Fra 1994 til 1995 var hun byrådssekretær for byråd Terje Kalheim i Oslo kommune. Rugtvedt møtte fast på Stortinget som vararepresentant for Erik Solheim fra han ble utnevnt til fredsmegler på Sri Lanka i 2000 og fram til stortingsvalget i 2001. Rugtvedt satt i Stortingets utenrikskomité. Fra 2005 til 2011 var hun statssekretær for statsrådene Øystein Djupedal, Bård Vegar Solhjell og Kristin Halvorsen i Kunnskapsdepartementet.