Knut Helle skriver at Nikolaikirken kan være den første i Bergen by og at det var tettbebyggelse i området (Nikolaikirkeallmenningen) i en tidlig fase av Bergens fremvekst. Presten i Nikolaikirken ble omtalt som (sogneprest) og byloven tyder på at den hadde et offisielt preg, og den kan ha vært en hovedkirke i Bergens tidlig historie. Senere i middelalderen er det uklart om inngikk Nikolaikirken i sogneinndelingen i byen.