Luján ble valgt til New Mexico Public Regulation Commission i november 2004. Han representerte tredje distrikt, som dekket nordøstlige, sentrale og nord-sentrale New Mexico. Han var leder for PRC i 2005, 2006 og 2007, og var medlem ut 2008. Han assisterte i å heve New Mexicos Renewable Portfolio Standard, som krever at 20 % av energien brukt av samfunnstjenester skulle komme fra fornybar energi innen 2020. Luján krevde også at slike tjenester måtte sørge for å bruke forskjellige typer fornybar energi, inkludert solkraft, vindkraft og biomasse.