Han var sønn av kammerherre Harald Christian Fernando Knudtzon (1814–1905) og Anna Knudtzon (1862–1932) og tilhørte Knudtzon-slekten som innvandret til Norge fra Danmark i siste halvdel av 1700-tallet. Han giftet seg i 1929 med Elizabeth Krohn Dybwad (1889–1966).