Som kardinal spilte han en viktig rolle i fremdriften av den gregorianske reform. Han var også svært energisk i arbeidet mot de forskjellige motpavene, og han gikk sterk imot leginvestitur. Allerede fire måneder etter at Peter ble kardinal døde Stefan. Det ble i 1058 valgt to paver, motpave Benedikt (X) og Nikolas II. Peter nektet å delta i innsettelsen av Benedikt, og sørget i stedet for å få valgt Nikolas som rettmessig pave. Nikolas var ikke en sterk person, og Peter var en av hans nærmeste rådgivere. Peter deltok, sammen med 112 andre biskoper, på en synode i Lateranet i 1059, hvor nye regler for pavevalg ble vedtatt. Det er grunn til å se ham som en av arkitektene bak dette, fordi det er helt i tråd med hans standpunkter at retten til å velge pave nå ble lagt kun til kardinalene.