Uten verken kommunaleid stadion eller tung hjørnesteinsbedrift i lokalsamfunnet manglet Ljungskile grunnstenene som har ligget til grunn for de fleste suksessrike fotballklubber fra mindre steder. Før debuten i Allsvenskan fikk derfor den såkalte badedraktkongen Panos Papadopoulos døpe om klubben til Panos Ljungskile, i bytte mot en seksårig sponsoravtale som promorterte klesmerket Panos Emporio. Bo Wålemark gjorde Ljungskiles historiske første mål i Allsvenskan, i 2-1-seieren mot Norrköping. Året i Allsvenskan endte med nedrykk, selv om det var spenning til siste serierunde. Ledet av den senere Stabæk-gulltreneren Jan Jönsson holdt Ljungskile seg i den sørlige 1.divisjonsavdelingen de neste årene, og kvalifiserte seg for den nye nasjonale andreligaen kalt Superettan. Det ble imidlertid med ett år der, og Jönsson forlot klubben. Først i 2004 klarte Ljungskile å rykke opp fra Västra Götalands-avdelingen på nivå 3 igjen, etter å ta tapt kvalifiseringen mot Ängelholm i 2001 og endt helt nede på 6. plass i 2002. Da kunne det se ut som eventyret gikk mot slutten, men så kom Jörgen Wålemark hjem fra proffeventyret sitt på Kypros. Det ble 2. plass i hans første sesong etter comebacket, og deretter opprykk. Vel tilbake i Superettan ble Ljungskile umiddelbart et topplag, og igjen ble Lars-Olof Mattsson hentet inn som trener da det ikke ble opprykk på første forsøk. Også denne gang kom Mattsson fra en fiasko i Norge, han hadde rykket ned fra 1. divisjon med FK Tønsberg i 2005. Men det lyktes ikke å rykke opp med Ljungskile denne gang. Historien skulle likevel på sett og vis gjenta seg, for også denne gang ble det opprykk til Allsvenskan på tredje forsøk. Trener var Alex Fergusons gamle kjenning David Wilson, og Ljungskile kom på 2. plass i den litt spesielle 2007-utgaven av Superettan da tre lag rykket direkte opp fordi Allsvenskan skulle utvides til 16 lag.