Den første visekongen, Francisco de Almeida, etablerte sitt hovedkvarter i Cochin. De etterfølgende portugisiske guvernørene hadde ikke alltid rang av visekonge. Etter 1510 ble det portugisiske visekongedømmets hovedkvarter overført til Goa. Inntil 1700-tallet hadde guvernøren i Goa myndighet over all portugisiske besittelser ved Indiahavet, fra det sørlige Afrika til sydøstlige Asia. I 1752 fikk Mozambique sitt eget kolonistyre, og i 1844 sluttet det portugisiske styret i India å administrere Macao og Timor.