Islamistenes tilstedeværelse i Pakistan økte også dramatisk i løpet av 2007. I mars-april klarte pakistans militære å nedkjempe Usbekistans Islamistiske Bevegelses tilstedeværelse i det sørlige Waziristan. Den økende tilstedeværelsen av al-Qaida og Taliban i grensetraktene mellom Afghanistan og Pakistan (Waziristan i særdeleshet) har resultert i flere kamphandlinger mellom islamister og pakistanske militærenheter og terrorangrep mot sivile, militære og regjeringsmål, blant annet attentatforsøket på innenriksminister Aftab Ahmad Khan Sherpao, terrorangrepet i Karachi og attentatet mot Benazir Bhutto.