Noen språkforskere har hevdet at det er et slektskap mellom aymara og det andre store urspråket i regionen, quechua. Dette er imidlertid omstridt – selv om det er likheter mellom dem, mener de fleste språkforskere at disse likhetene bedre kan forklares som et resultat av en språkbunt heller enn en genetisk forbindelse.