Studentene fra de jesuittiske skolene, som senere hadde fått prestekall i Norge, ble mistenkt av regjeringen i København for å være «papister» eller hemmelige tilhengere av katolisismen. Høsten 1612 ga regjeringen stattholderen i Norge ordre om å foreta undersøkelser. Sammen med tre andre prester, nemlig brødrene Kristoffer, Evert og Jakob Hjort, ble Herman Hanssøn innstevnt for herredagen i Skien, som foregikk i august 1613. På herredagen ble biskop Niels Clausen Senning i Oslo utnevnt til dommer i prestenes sak. Lenge var denne saken bare kjent fra Niels Slanges og Ludvig Holbergs historiske skrifter, men på 1900-tallet ble domsakten gjenoppdaget. Denne inneholder referat av Herman Hanssøns forhør og inneholder interessante opplysninger om de norske studentene i Braunsberg. Saken endte med at tre av prestene ble dømt fra prestestillingene og måtte dra i landsforvisning (dom av 18–19. august 1613). Blant disse var Herman Hanssøn. Han var på dette tidspunktet gift og hadde flere barn.