Et tun fra Valdres ble reist på takterrassen til varemagasinet i Paris i desember 1991. Arbeidet med en ny generalplan for museet ble innledet i 1991 og fullført for friluftsmuseets del i 1992. I 1992 avholdt museet en arkitektkonkurranse om nytt publikumsmottak og fikk tilsagn om betydelige statstilskudd til dette og til et nytt sentralmagasin. Saga Petroleum finansierte i 1993-1994 reisningen av «Sagastua», en autentisk kopi av en 1600-talls årestue fra Setesdal. Bygging av nytt publikumsmottak ble igangsatt i 1993, under navnet «Stortingets Hus». De gamle stortingssalene fra 1814 ble innspasset i nybygget og ble til et nasjonalt jubileumsprosjekt. Samme år fikk friluftsmuseet en Esso bensinstasjon fra 1928. I jubileumsåret 1994 ble en rekke utstillinger åpnet, påskeutstillingen "1001 egg" satte publikumsrekord åpningsdagen, Stortingets Hus ble fullført, ble oppgradert med ny fontene og nyrestaurert Narvesen-kiosk, og Norges minste postkontor fra Svartdal ble gjenreist og tatt i bruk for stempling av jubileumsfrimerker. I 1995 utarbeidet museet sin fram mot år 2000og flere store prosjekter ble igangsatt. Satsningen i 1996 var den biografiske utstillingen om Fridtjof Nansen hundre år etter hans hjemkomst fra skituren over Grønland. I 1997 ble et nytt dokumentasjonssenter tatt i bruk og museet ble vertskap for Museumsnett Norge. I 1998 ble utstillingen «Tyskland og Skandinavia – Impulser og brytninger» laget i samarbeid med i Berlin og i Stockholm. I 1999 laget museet en utstilling som oppfølger til Jostein Gaarders bok «Sofies verden» og NRKs filmatisering. Samme år begynte gjenreisningen av Kristiania-leiegården fra 1865, et prosjekt med formål å presentere urban boligkultur fra etter 1850. Rett før rivning fikk museet gården i gave fra OBOS og midler til flytting og rekonstruksjon og innredning av den første historiske leiligheten. I 2000 ble det lagt ned grunnstein for leiegården fra Wessels gate 15 og gjenreisning av en stor kombinert driftsbygning fra 1899 i friluftsmuseets tun fra Trøndelag.