Williams fikk et idrettsstipend til University of Texas, hvor han spilte for Texas Longhorns fra 1995 til 1998. Williams holder eller deler 20 NCAA-rekorder, og tok rekorden for yards på løp i NCAA Division I-A i 1998 med 6 279 yards (slått året derpå av University of Wisconsins Ron Dayne). Williams hadde en solid senior-sesong, hvor han blant annet løp for ni touchdowns og 385 yards i de to første kampene i sesongen; løp for 318 yards og seks touchdowns mot Rice; løp for 350 yards og fem touchdowns mot Iowa State; og løp for 150 yards mot Nebraska. Han hjalp Texas til seier over rivalene Oklahoma med 166 yards på løp og to scoringer.