I 1858 ble Alcock Storbritanniaa første residerende minister og generalkonsul i Japan. Han ankom Edo (nå Tokyo) i 1859 og residerte der med noen avbrudd frem til 1865. Alcocks hovedbestrebelse var å få åpnet Japan for britisk handel. og ble i 1861 utsatt for et fremmedfiendtlig angrep ved den britiske legasjonen i Edo. Han var også delaktig i hendelser som i 1864 førte til bombarderingen av Shimonoseki-sundet og handelsavtalene endelige bekreftelse.