Kreml blir flankert av to store klostere, som begge er vendt mot Nerosjøen. Til høyre for kreml ligger Abraham-klosteret, grunnlagt på 1000-tallet, og et av Russlands eldste. Klosterets katedral, bestilt av Ivan den grusomme i 1553 til minne om erobringen av Kazan inspirerte tallrike kirker i regionen, spesielt i Jaroslavl. Jakovlevskijklosteret, som ligger til venstre for kreml i utkanten av byen, holdes i ære som et minne til Dmitrij av Rostov. De fleste av klosterets bygninger ble oppført på slutten av 1700-tallet og tidlig på 1800-tallet i en vakker nyklassisistisk stil. Det finnes også to 1600-tallskirker. Til forskjell fra byens øvrige kirker tilhører klosteret det russiske ortodoksi og huser et teologisk seminar.