Benayoun var med på det israelske U16-landslaget som kom på 3.-plass i 1996 «UEFA European Under-16 Championship». Han ble i sesongen 1998/99 innkalt til landslaget, og ble dermed den første spilleren som har spilt både for ungdomslandslag, U21- og A-landslaget, samt skåra fire mål på sine to første kamper. Han debuterte for mot i november 1998. Han ble også kaptein for laget i 2005.