Bruckner fikk fra 1892 svært dårlig helse, og måtte i 1895 forlate sin leilighet i Hessgasse. Keiseren tildelte ham da en æresleilighet i Belvedereslottet, i den såkalte Kustodenstöckl i Øvre Belvedere, for å spare ham for trappene. Bruckner døde i Wien i 1896 i en alder av 72. Han er gravlagt i krypten til klosterkirken i Sankt Florian, rett under favorittorgelet hans. Han hadde alltid hatt en grotesk fascinasjon for døden og døde kropper, og etterlot seg eksplisitte instruksjoner angående balsamering av liket hans.