Etter at republikanerne vant flertallet, forsøkte McKinley i 1889 å bli valgt til ordfører i Representantenes hus. Han tapte mot Thomas Brackett Reed fra Maine, som til gjengjeld oppnevnte McKinley til formann i oppebørselskomiteen. Fra denne plassen loset han McKinley-tollen av 1890 gjennom Kongressen. Lovforslaget ble påvirket av ulike særinteresser i Senatet underveis, men innførte mange tollrestriksjoner på utenlandske varer.