Etter å ha endt 1987-seosngen 5–10 gikk Flores over til en administrativ stilling med Raiders, men forlot etter ett år for å bli president og general manager for Seattle Seahawks. Han var tilbake som hovedtrener i 1992, da for Seahawks, men fikk sparken i 1994 etter tre skuffende sesongresultater.