Klonazepam er mer potent enn diazepam. Bruksområdet er i utgangspunktet det samme som for andre benzodiazepiner, men det brukes mest i behandling av epilepsi, og i motsetning til de andre benzodiazepinene mer i langtidsbehandling. Langvarig bruk frarådes likevel i utgangspunktet på grunn av stor fare for tilvenning og avhengighet. Antakelig er det best egnet som tilleggsmedikasjon i noen uker dersom en pasient har behov for å bytte antiepileptikum. Det er likevel aldri blitt dokumentert misbruk eller tilvenning av klonazepam hos epilepsipasienter. Klonazepam har trolig også effekt på nevrotransmitteren serotonin, og det er derfor postulert at medikamentet kan ha en særlig rolle i behandlingen av angst, men dette er ikke tilstrekkelig dokumentert.