Pasteur begynte deretter arbeid med hundegalskap, rabies. Denne sykdommen blir forårsaket av et virus, som er mye mindre enn bakterier, og som ingen til da hadde sett. En visste dermed ikke engang hvor smittestoffet satt. Pasteurs forskning slo fast at mikroorganismene som forårsaket sykdommen hovedsakelig satt i sentralnervesystemet. I 1885 fikk han utviklet en svak form av viruset ved å infisere kaniner og deretter tørke det rammede nervevevet deres med Émile Roux. Samme år utførte han de første forsøkene på mennesker som var blitt bragt til sykehus med mistanke om rabies. Pasteur publiserte ingenting om de to første forsøkene, der han vaksinerte en mann ved navn Girard, som ikke utviklet rabies, men som kanskje heller aldri var smittet, og ei jente, Julie-Antoinette Poughon, som døde dagen etter, trolig på grunn av tidligere utviklet rabies. En måned senere, i juli, kom niårige Joseph Meister til sykehuset etter å ha blitt skambitt av en hund. Etter overveielse valgte Pasteur å prøve vaksinen på ham. Meister ble frisk, og Pasteur ble hyllet som redningsmannen fra den fryktede sykdommen.