Martin John Spalding gikk raskt og med utmerkelse gjennom de akademiske stadier. I en alder av 16 år begynte han på seminaret ved det daværende bispesetet Bardstown. Fra 1830 til 1834 arbeidet han ved i Roma og ble ordinert til prest der den 13. august 1834. Han tok også doktorgraden i Roma.