I 1810 begynte han sine medisinske studier i Edinburgh. Han ble tidlig interessert i transcendentalisme og arbeidet med Xavier Bichat. Han var to ganger president i Royal Physical Society, en klubb for studenter hvor han presenterte en skriftlig oppgave om hydrofobi og nosologi. Det siste året på universitetet ble han bare dårligere i anatomi. Knox ble med i en ekstra anatomiklasse ledet av den berømte John Barclay. Barclay var en anatom med de høyeste utmerkelser og kanskje den største anatomiske lærer i Storbritannia på den tiden. Ved å doble sin innsats fikk Knox en meget god eksamen.