I april 1996, etter at Radovan Karadžić ble tvunget til avgå etter fredsavtalen 1995 (Daytonavtalen), ble hun valgt som Det demokratiske partiets kandidat til president i Republika Srpska. I november samme år ble hun ekskludert fra dette partiet etter en maktkamp med sin forgjenger, og dannet et nytt parti, (Den serbiske folkealliansen). Som president forsøkte hun å åpne veien for en ny ordning etter borgerkrigen, og hjalp fram sosialdemokraten Milorad Dodik til statsministerposten. Hun avgikk som president etter tapet i presidentvalget 1998, og etterfulgtes av Nikola Poplašen, som agiterte for en hardere serbisk-nasjonalistisk politikk.