Han skrev også bøker om den kalde krigen og hvordan den virket inn på enkeltmennesker og familier i Nord-Norge. Dette gjelder særlig for boken fra 1986 som skildret historien om spiondømte Selmer Nilsen og familien i Bakfjord. Denne boka ble hans største suksess og gikk i et opplag på 40 000. Fjørtofts historieskrivning lå litt på siden av det etablerte fortellingen om Norge under og etter krigen. Han var opptatt av den dårlige behandlingen som partisanene fikk i Norge etter krigen. Hans sterke ønske om å fremheve dette, samt andre hendelser som hadde fått lite oppmerksomhet i norsk krigshistorie, førte til at han ble liggende i strid med flere faghistorikere. I 1997 utgav han , en de mest omstridte bøkene i hans forfatterskap og den som ifølge ham selv holdt på å ta knekken på ham.