Elva har utspring på Mefossheia i Namdalseid, som en rekke små bekker som samles og renner mot nord og danner den rundt 150 meter høye Mefossen, som ligger på kommunegrensa. Etter Mefossen snur elva mot vest og renner i et meanderende løp gjennom den flate og myrlendte dalbunnen. Nederst i dalen renner den sammen med Eidbygdskarelva som kommer inn fra sør. Mefosselva munner ut i østenden av Beingårdsvatnet. På sørsida av elva, fra samløpet med Eidbygdskarelva til munningen, ligger Beingårdsmyra naturreservat.