Lzja springer ut i Latvia fra den lille innsjøen Lielays-Ludzas, som ligger ved Madonas. Elven renner nordover gjennom et myrlendt landskap, og etter 25 kilometer krysser den grensen og går inn i Russland. Elven renner relativt raskt gjennom skogkledde og myrlendte bredder. Lzja munner ut i Utroja ved en jernbanestasjon langs jernbanen mellom Ostrov og Rēzekne.