I det 5. århundre ble det reist en basilika over hans grav. Han hadde da blitt regnet som helgen i mange år. Kirken raste sammen i et jordskjelv i 529, men keiser Justinian beordret at en ny skulle reises. Det ble også anlagt et kloster der for å ta seg av de mange pilegrimene som kom til hans grav. Kulten spredde seg sterkt omkring 200 år etter hans død, og en St Nikolasbasilika ble bygget i Konstantinopel i det 6. århundre. Den første kirken viet til ham i Roma ble bygget i det 9. århundre. Den fikk navnet San Nicola in Carcere, St Nikolas ved fengselet, noe som ikke var tilfeldig: kirken lå ved et fengsel og prestene skulle gi sjelesorg til fangene, og mange av dem regnet St. Nikolas som sin fremste vernehelgen. Siden den gang har mer enn 2000 kirker i Europa blitt viet til ham, og han er en av de mest populære helgenene ved siden av jomfru Maria, apostlene og St Laurentius.