Man antar at Gibbon led av vannbrokk (), en tilstand som får pungen til å samle vann og svulme opp. I en tid hvor trange klær var siste mote gikk hans tilstand over til en kronisk betennelse som gjorde Gibbon til en ensom sjel. Etter hvert som hans tilstand ble stadig verre gjennomgikk han tallrike operasjoner for å lette på tilstanden, men uten større suksess. Tidlig i januar gikk han igjennom de siste tre operasjoner som fikk betennelsen til å spre seg til bukhinnen. «Opplysningstidens engelske kjempe» døde til slutt klokken 12.45 den 16. januar 1794 i en alder av 56 år og ble begravd ved Sheffield-familiens gravsted ved sognekirken i Fletching i Sussex.