I 1690 begynte Saccheri å studere filosofi og teologi ved en jesuittisk skole i Milano. Der fulgte han også forelesninger i matematikk under matematikereren og jesuitten Tommaso Ceva. Denne var bror til den mer kjente Giovanni Ceva. Her publiserte han i 1693 sitt første større, matematiske verk som var en lærebok i geometri. Fra 1694 underviste han i filosofi ved Universitetet i Torino og publiserte i 1697 verket . Her innførte han en mer stringent fremgangsmåte ved logiske utledninger. Denne metoden brukte han senere i sine matematiske arbeid. Samme år begynte han å undervise filosofi og teologi ved universitetet i Pavia hvor han i 1699 også fikk lærestolen for matematikk. Denne beholdt han til sin død.