I 1946–1947 ble krigsforbryterdomstolen gjennomført i Nanjing. «Bare en håndfull japanske krigsforbrytelser ble prøvd i Nanking, men de gav de lokale kinesiske borgerne muligheten til å lufte sine klager og få oppreisning». Tani Hisao, en kommandant for 6. divisjon, som hadde begått mange grusomheter i Nanjing, ble dømt til døden i mars 1947 og henrettet den påfølgende måneden. Den internasjonale militærdomstolen for Østen prøvde nesten 30 saker, inkludert Matsui Iwane, sjef for den sentrale styrken. Iwane, imidlertid «kan ha tjent som syndebukk for voldtekten av Nanking da han var en sykelig og skrøpelig mann som led av tuberkulose, Matsui var ikke en gang i Nanking da byen falt». Han ble likevel henrettet sammen med seks andre «klasse A» krigsforbrytere i dette japanske alternativet til Nürnberg-domstolen.