I middelalderen og fram til 1800-tallet var øya kjent som (Λιαδρόμια). Den ble omdøpt til «Alonnisos» i 1838 etter at London-traktaten hadde sikret Hellas uavhengighet fra Det osmanske rike. Navnet ble valgt da øya ble identifisert med antikkens Alonnisos. Denne identifiseringen var feil, viste senere undersøkelser. Referansene til antikkens «Alonissos» var antagelig til naboøya «Kira-Panagia».