Sentralregjeringen i Brussel ble ledet av en statssekretær oppdelt i tre departementer: utenrigs-, finans- og innenriksdepartementet (hvert under en generalsekretær) hvortil kom en generalskattmester og fra 1896 en kontrolldirektør. I Brussel residerte også Det høy råd med 17 medlemmer som på en gang var konsultativ myndighet samt kassasjonsdomstol og appelldomstol i spørsmål vedrørende minst 25.000 franc.