I november 2004 ble Nils Arne Eggen ansatt som rådgiver i Rosenborg, men valgte midtveis i klubbens dårlige 2005-sesong å forlate stillingen, da det ifølge ham selv «ikke hadde fungert tilfredsstillende». Eggen fortsatte som ressursperson for Rosenborg, men på en langt mer beskjeden og tilbaketrukket måte. Den 29. mars 2006 annonserte han imidlertid at han avviklet det formelle samarbeidet med klubben.