Elva har sine øverste kilder på fjellplatået mellom Sandnesdalen og Langfjorden, hvor flere små bekker samles i Skálvejávri. Elva, som her kalles Čievanjohka, renner sørover og passerer gjennom en rekke mindre innsjøer før den munner ut i Store Sameti. En kort elvestubb fører videre til Lille Sameti, utspring for selve Sametielva, som renner ut fra nordøst i innsjøen. I sørenden av Lille Sameti ligger også munningen til Okselva, Sametielvas andre hovedtilløp. Sametielva renner ganske raskt på den første kilometeren eller så, men roer seg deretter ned og snur gradvis mot sør. Den munner ut i Skogvatn i Pasvikelva ved Samettiniemi, et par kilometer sørvest for Melkefoss.