Høsten 1939 var det stadig tautrekking mellom SS og hæren om myndighetsforhold. Heydrich var frustrert over hærens manglende forståelse for sikkerhetstiltak i regi av SS bak fronten og han mente at Wehrmachts militære domstoler ikke var ivrig nok med ilegging av dødsstraff. I september 1939 klaget han over at 200 henrettelser daglig var for lite. I forbindelse med sin kritikk av militærdomstolene konkluderte Heydrich: Vi vil spare småfolkene, men aristokratiet, prester og jødene må drepes.