Bayer har fusjonert med en rekke andre selskaper gjennom sin historie. I 1925 fusjonerte Bayer med en rekke andre kjemiske og farmasøytiske selskaper og dannet IG Farben, verdens største kjemiske konsern. I 1952 ble Bayer gjenopprettet som eget selskap; de andre selskapene som ble skilt ut fra det tidligere IG Farben ble til dagens Sanofi, BASF og Agfa-Gevaert. Etter 1952 har Bayer kjøpt opp flere selskaper; Bayer fusjonerte med Schering i 2006 og annonserte i 2016 at det vil fusjoneres med Monsanto. Bayer har tidligere også kjøpt opp de amerikanske selskapene Miles Laboratories og Cutter Laboratories, divisjonene for reseptfrie legemidler i det sveitsiske selskapet La Roche og det amerikanske selskapet MSD, og den kjemiske og bioteknologiske landbruksvirksomheten i Aventis, blant mange andre.