Detaljene rundt Isins fall som et kongedømme er i liten grad kjente, men en del bevis kan bli satt sammen. Dokumenter indikerer at tilgang til vannkilder representerte et stor problem for byen. Isin opplevde også en form for internt statskupp da Gungunum, den kongelig utpekte guvernøren for provinsene Larsa og Lagasj erobret byen Ur. Denne byen hadde vært hovedsenteret for handelen med Persiabukten, og dette betydde at Isin ble økonomisk forkrøplet. I tillegg forsøkte begge etterkommerne til Gungunum, Abisare og Sumuel (ca. 1905 f.Kr. og 1894 f.Kr.), å kutte Isin fra sin kanaler ved å lede disse om til Larsa. Ved et tidspunkt gikk også Nippur tapt. Og Isin kom seg aldri ovenpå igjen. En gang rundt 1860 f.Kr. erobret en utfordrer ved navn Enlil-bani tronen i Isin, noe som avsluttet det gamle arvelige dynastiet som ble etablert av Ishbi-Erra rundt 150 år tidligere.