Den Hellige Ånds orden ble innstiftet som et supplement til den eldre Sankt Mikaels orden, innstiftet i 1469. Under religionskrigene i Frankrike ble Sankt Mikaels orden benyttet som et middel for kongen til å knytte viktige menn nærmere til seg og antallet ordensmedlemmer steg betraktelig. Dermed var ordenen ikke lenger så eksklusiv som tidligere og dens anseelse avtok. Det ble bestemt at Den Hellige Ånds orden skulle rangere foran Sankt Mikaels orden og ha et begrenset medlemskap på maksimalt 100 ordinære riddere.