Etter krigen foregikk det en intens dragkamp mellom delstatene Virginia og Vest-Virginia om herredømmet over Berkeley County og Jefferson County – hvor Harpers Ferry og nabobyen Charles Town ligger. Under borgerkrigen – i 1863 – ble det holdt en folkeavstemning i begge fylkene, som ga flertall for Vest-Virginia. Etter krigen klaget derimot Verginia dette inn for høyesterett, fordi mange stemmeberettigede i fylkene var fraværende og i tjeneste for Sørstatshæren da avstemningen ble gjort. Derimot vedtok kongressen 19. mars 1866 at fylkene skulle tilhøre Vest-Virginia, og USAs Høyesterett bekreftet dette i 1871.