Midt i disse forberedelsene ble Henrik syk av frysninger mens han var på jakt i nærheten av Fiumedinisi øst på Sicilia og døde den 28. september, sannsynligvis av malaria (smittet siden beleiringen av Napoli i 1191 og hadde aldri blitt fullstendig helbredet), i Messina, selv om noen umiddelbart anklaget Constance for å forgifte ham. Hans enke Constance lot ham bli begravet i Messina; i 1198 ble hans jordiske levninger overført til katedralen i Palermo. Ulike gjenstander ble fjernet fra Henrik VIs grav på slutten av 1700-tallet, hvorav noen er nå i British Museum i London. Blant disse er restene av en sko, et pannebånd og et utsmykket silketekstil som opprinnelig var benyttet for svøpe inn legemet.