Gauss fikk seks barn, tre med hver kone. Med sin første kone Johanna fikk han barna Joseph (1806–1873), Wilhelmina (1808–1840) og Louis (1809–1810). Med sin andre kone fikk han også tre barn: Eugene (1811–1896), Wilhelm (1813–1879) og Therese (1816–1864). Eugene emigrerte til USA omkring 1832 og slo seg til slutt ned i St. Charles i Missouri. Wilhelm reiste også til Missouri. Han startet som bonde, men slo seg etterhvert frem som skoselger i St. Louis. Therese tok seg av sin far frem til hans død, og etterpå ble hun gift.