Etter utbruddet av Covid-19, suspenderte Premier League alle kamper, først til 13. mars før det ble utsatt til 3. april. Etter situasjonen ikke bedret seg ble suspensjonen gjort ubestemt 5. april. United startet sesongen på nytt med uavgjort mot Tottenham, på et tomt stadion. United vant neste kamp mot Sheffield United 3-0, etter at Martial scoret sitt første hat-trick. Det var også det første hat-tricket i Premier League scoret av en United-spiller siden Robin van Persie gjorde det i 2013. Etter dette vant United tre kamper på rad, mot Brighton & Hove Albion, Bournemouth, og Aston Villa. Rekken ble brutt etter 2-2 mot Southampton, før de avsluttet sesongen med 2-0 seier mot Crystal Palace, 1-1 mot West Ham, og 2-0 seier mot Leicester City. United hadde dermed vært ubeseiret på sine siste 14 kamper i Premier League, og tatt 32 poeng i denne perioden. Dette gjorde at United kom på tredjeplass i Premier League, med 66 poeng, 15 bak City, og 33 bak seriemesteren Liverpool. Tredjeplassen betydde at United kvalifiserte seg til Mesterligaen 2020/2021. Solskjær ledet også laget til semifinalen i FA-cupen, Carabao Cup, og Europaligaen. Her røk de etter tap mot henholdsvis Chelsea, Manchester City, og Sevilla.