Paulos ble innsatt som patriark i 1992, dvs. etter Derg-juntaens fall, patriark Merkorios' abdikasjon og Tewophilos' forsinkede begravelse. Paulos' innsettelse ble også anerkjent av de andre orientalsk-ortodokse kirkelederne. Spesielt den koptisk-ortodokse patriarken av Alexandria hadde betraktet patriarkene Tekle Haimanot (1976–1988) og Merkorios (1988–1992) som ikke-kanoniske, siden begge ble utpekt av Derg-juntaen og innsatt før Tewophilos var begravd.