Karrieren på St. James' Park startet bra og ble blant annet tatt ut på årets lag i Premier League 2002-03, men etter hvert ble Dyer oftere og oftere satt ut av spill på grunn av skader. Dette var også tilfelle rett før 2005-06-sesongen startet, og da manager Graeme Souness hentet inn flere midtbanespillere, deriblant Emre Belözoğlu og Scott Parker så veien til førstelaget lang ut for Dyer. Skaden hans satte ham ut av spill til utpå nyåret, og var klar for spill igjen omtrent samtidig som at Souness fikk sparken. Han returnerte til førstelaget i den første kampen etter at Souness hadde mistet jobben, mot Portsmouth 4. februar 2006.