Danmarks høyeste naturlige punkt Møllehøj (170,86 moh), samt Ejer Bavnehøj (170,35 moh), ligger i den sørligste delen av kommunen, sørvest for Skanderborg by, med fjellet Yding Skovhøj mot vest inne i Horsens kommune. Det vel så kjente fjellet Himmelbjerget ligger i Skanderborg kommunes vestlige del.