Fredriksen har vært assistenttrener i Start, og var i en periode fungerende trener etter at Knut Tørum trakk seg 22. juni 2011. Debuten kom samme dag med seier mot Strømsgodset i cupen. Han var også trener for Starts juniorlag som ble norgesmestere i 2006 og 2007. Fredriksen gikk fra stillingen som assistenttrener 19. august 2011 da klubbens nye trener Mons Ivar Mjelde hentet inn sin tidligere assistent fra Brann Robert Hauge. Etter å ha lagt opp som trener i Start trente han Randesund Idrettslag i 4 år før han deretter ga fra seg jobben.