Vanlige bivirkninger av atomoksetin inkluderer magesmerter, tap av matlyst, kvalme, tretthetsfølelse, og svimmelhet. Alvorlige bivirkninger kan inkludere angioødem, leverproblemer, hjerneslag, psykose, hjerteproblemer, selvmord, og aggresjon. Det er mangel på data angående trygghet under svangerskap; per 2019, er trygghet under svangerskap og for bruk under amming er ikke sikkert.