I oktober 2000 ble det avholdt presidentvalg. Det er litt usikkert hvem som egentlig vant, men Guéïs forsøk på å kreve seieren førte til opprør i landets viktigste by Abidjan, og han måtte flykte fra landet. Hans motstander Laurent Gbagbo ble president. Den etniske konflikten der landets elite i sør forsøkte å marginalisere befolkningen i den nordlige delen hadde bygget seg opp siden 1993. I september 2002 kulminerte den i en borgerkrig som delte landet i to. I nord erobret opprørerne makten, i sør hersket regjeringstroppene. En våpenhvile og en deling av landet kontrollert av FN og franske tropper ble forhandlet frem, og en nasjonal enhetsregjering under ledelse av Gbagbo tok makten.