Baptistsamfunnet er organisert slik at hver menighet har stor grad av indre selvstyre. Hver menighet kan ta egne avgjørelser på mange områder. Det personlige medlemskapet er i de lokale menighetene. Hver menighet velger på selvstendig grunnlag sitt eget lederskap. Samtidig inngår alle menigheter i et intimt samarbeid. Baptistsamfunnet kan utelukke menigheter i sin helhet dersom det skulle være en grunn til det.