Hun vendte tilbake til Italia og bosatte seg i L'Aquila, ble utnevnt til guvernør i Abruzzi og ble rådgiver til sin sønn og Johan av Østerrike, og fosterforelder til Johans datter. I 1577 foreslo Filip at Margareta og Granville skulle gjeninnta sine tidligere stillinger i Nederlandene: Margareta takket ja, men Granville avslo. I 1578 døde Nederlandenes guvernør Johan av Østerrike og utpekte på dødsleiet Margaretas sønn til regent. Filip utså i 1580 Margareta og hennes sønn til samregenter med tanken at de skulle balansere hverandre. Hun skal ha takket ja ettersom hun ville få Filip til å rømme den spanske garnison i Piacenza. De kunne imidlertid ikke samarbeide og Margareta måtte i 1582 trekke seg tilbake til Namur. Hun fikk i 1583 av Filip tillatelse til å vende tilbake til Italia.