Andersen har som diplomat hatt oppgaver som knyttet til Norges rolle i fredsforhandlinger i Midtøsten. Han overtok i 1994 ansvaret som Utenriksdepartementets koordinator for fredsprosessen etter Terje Rød-Larsen og satt med dette til 1997. I sitt virke i Utenriksdepartementet har Andersen også vært spesialrådgiver for spørsmål knyttet til Antarktis. Han spilte en sentral rolle i arbeidet med utarbeidelsen av miljøprotokoll for kontinentet.