Huang Zongxi tok embedsmannseksamen fjorten år gammel i 1623, og fulgte samme år med sin far til Beijing, der faren innehadde sensorembede. Motsetningene mellom Donglinfraksjonen og evnukkene nådde et høydepunkt i denne perioden, og førte til at faren ble avsatt fra sitt embede i 1625. De to vendrte så hjem. Kort tid etter ble Huang Zongxi gift med Ye Baolin. Da Huang Zunsu ble tatt i varetekt og ført til Beijing i 1626, introduserte han først sønnen til Liu Zongzhou, en kjent filosof og tilhenger Wang Yangmings skoleretning. Huang Zongxi ble en tro disippel av Liu og talsmann for Wang Yangmings neokonfucianisme.