Den etniske volden mellom hutuer og tutsier har vært drivkraften i mye av konflikten, da folk på begge sider har fryktet en utryddelse av hele gruppen. Gruppene knyttet til Kishasa eller hutuer fikk tette bånd gjennom felles interesser i å kaste ut troppene fra Rwanda og Uganda. Gruppene som var knyttet til Rwanda og Uganda, derimot, kjempet om et felles mål i å ta land som var kontrollert fra Kinshasa, samtidig som tilgangen til ressurser splittet dem. Det kom rapporter om at Uganda lot Kinshasa sende våpen til det hutuske FDLR gjennom områder under kontroll av ugandiskstøttede grupper, siden Uganda, Kinshasa og hutuene alle vil utligne den rwandiske påvirkningen i området.