Knudtzon var opprinnelig fra Bredsted i Slesvig, dagens Nordfriesland. Som ung utvandret han og slo seg ned i Trondhjem hvor han først arbeidet som agent for forretningsmannen Broder Lysholm. Etter Lysholms død i 1772 ledet han forretningene videre- inntil han overtok det hele i 1797. Firmaet ble senere hetende Hans Knudtzon & Co og drev omfattende handel på utlandet med egne skip. På det meste hadde det en flåte på mer enn 20 skip. Etter hans død ble firmaet videreført av sønnene Christian Knudtzon og Broder Lysholm Knudtzon og svigersønnen Lorentz Johannsen.