Saddam Hussein styrte Irak fra 1979 til 2003, og under hans styre ble Fallujah et område som ga viktig støtte til regimet. Mange av innbyggerne i den hovedsakelig sunnimuslimske byen var ansatt i den irakiske staten og mange av de fremtredende medlemmene av Ba'athpartiet var opprinnelig oppvokst i byen. Byen ble sterkt industrialisert i perioden ved byggingen av flere store fabrikker.