Selv om kolonistene i begynnelsen hadde et anstendig forhold til den lokale indianerbefolkningen, Nord-Amerikas urbefolkning, oppsto det friksjoner over kulturelle forskjeller, noe som ble ytterligere forverret ved den nederlandske koloniekspansjonen. Det førte først til Pequotkrigen (1636–1638), og deretter til Kong Philips krig (1675–1678), hvilket endte med at de fleste innfødte i sørlige New England ble pasifisert, drept eller fordrevet.