Fredrik Wachtmeister var sønn av oberstløytnant (Överstelöjtnant] Claës Wachtmeister og dennes hustru Amalia Regina Wrangel af Sauss. Han vokste opp på Tistad slott utenfor Nyköping i Södermanland. Han giftet seg den 27. november 1884 med friherrinnan, hovfröken Louise Ulrika Sofia af Ugglas. De fikk barnene Maud Viktoria, Evelyn Margareta (Daisy), Nils Claes Ludvig, Erik Melker Schering og Louise Violett Gunilla. Fredrik Wachtmeister var sønnesønn av Gustaf Wachtmeister og ble farfar til Tom Wachtmeister samt til Ian Wachtmeister.