Borgerkrigen pågikk i rykk og napp frem til den tilstundende andre kinesisk-japanske krig avbrøt den. Da fulgte en periode med motstand mot japanerne. Det japanske angrepet hadde på sin side vært en utnyttelse av den indre uro i Kina. De allierte brakte japanerne til kapitulasjon i august 1945, og det markerte slutten av annen verdenskrig. Den kinesiske borgerkrig blusset da opp igjen for fullt i 1946. Kamphandlingene kom til sin avslutning etter 23 år i 1950, da et uoffisielt ild opphør fulgte, i alle fall hva gjaldt de større kamphandlinger. Kommunistene kontrollerte da Fastlands-Kina (og Hainan), og nasjonalistene holdt Taiwan, Pescadoresøyene og en rekke øyer utenfor kysten av Fujian. Frem til dags dato (2007) er det ikke blitt undertegnet noen fredsavtale, selv om de to parter har tette økonomiske bånd med hverandre.