Ordenstegnet for Den nasjonale fortjenstorden for vitenskap består av et rødemaljert kors. Midtmedaljongen har et portrett av José Bonifácio de Andrada e Silva. Medaljongen har en lys blå bord med innskriften ORDEM MÉRITO CIENTÍFICO og tre stjerner nederst. Ordenstegnene er opphengt i rødt bånd med lyseblå kantstriper.