Sommeren 2006 ble han solgt til Stoke City for £225 000. Hans første kamp for Stoke var mot Southend United 5. august 2006, mens hans første mål for kom 14. oktober 2006 i en ligakamp mot Leeds United. Etter at Michael Duberry hadde forlatt Stoke til fordel for Reading ble Danny Higginbotham utnevnt til kaptein for Stoke i februar 2007.