Som Manchester United-spiller vant Charlton tre ligamesterskap, og i 1968 var han med på å vinne Serievinnercupen. Manchester United var det første engelske laget som gikk til topps i denne turneringen. Totalt spilte Charlton 758 kamper, hvorav 606 ligakamper for Manchester United. Ryan Giggs tok over hans rekord med å spille sin kamp nummer 759 for klubben i Champions League-finalen på Luzhniki Stadion Moskva i mai 2008. Charlton scoret også 199 ligamål, noe som per november 2023 fremdeles er klubbrekord for Manchester United.