Handlingen finner sted flere hundre år etter og begynner med en ung Link boende ved en stor sjø hvor flere øyer ligger spredt omkring. Link bor med sin yngre søster Aryll og sin bestemor på Outset Island, en av de få bebodde øyene i Great Sea. Folket som bor ved Great Sea har gjennom flere generasjoner overlevert en legende om et blomstrende kongerike som huset en gyllen kraft. Legenden forteller at en ond mann fant og stjal denne kraften og brukte den til å spre mørke gjennom kongedømmet. Men så steg en ung gutt kledd i grønt fram bevæpnet med det legendariske . Med det forseglet han det onde og brakte fred til riket. Denne gutten ble kjent som «The Hero of Time» og ble en legende. Men så en dag vendte denne ondskapen tilbake, og selv om folket trodde at the Hero of Time ville vende tilbake, gjorde han ikke det. Hva som ble av dette kongedømmet, vet ingen.