I 1960 dro han tilbake til Frankrike og en stilling som filosof ved . I 1961 tok fikk han doktorgraden på grunnlag av avhandlingen (på norsk utgitt som ), en sterkt omarbeidet versjon av , samt en mindre avhandling om Kant. Dette ble starten på en produktiv periode for Foucault. I 1963 gav han ut , (engelsk utgave: , 1973), og i 1966 (norsk utgave: , 1966). I 1965 fikk han en stilling ved universitetet i Tunis.