På veien renner Salzach først østover gjennom landskapene Pinzgau og Pongau, bryter så ved juvet Pass Lueg nordover gjennom De nordlige kalkalper, passerer byen Salzburg, og danner herfra grensen mellom Østerrike (Salzburg samt Oberösterreich) og Tyskland (Bayern). De viktigste bielvene er Königsseeache og Saalach på venstre side, og Habach, Gasteiner Ache og Lammer på høyre side. Tilsigsfeltet er på 6700 km². Avløpet ved munningen er i årsgjennomsnitt 250 m³ per sekund.