Flores' diktatur ble avsluttet etter hans avgang fra presidentembetet den 15. februar 1868, men ikke før han hadde slått ned et militæropprør av hans sønner Fortunato og Eduardo Flores, de hadde innledet et opprør ettersom de ville at faren skulle fortsette som president. Flores overtalte sønnene sine til å gi seg uten at skudd var løsnet, men militæropprøret var sett som et svakhetstegn av de konservative (hvite) som mente tiden var kommet for et opprør for å ta tilbake makten i landet.