Mens mange jøder håpet at drapsraidene var over, ante dikteren Abba Kovner i den sionistiske ungdomsbevegelsen at drapene i nærområdet var del av et større, systematisk utryddelsesprogram. Det lokale mente det tryggeste var å gjøre jødene i Vilnius til verdifull arbeidskraft, mens Kovner og en del andre ungdommer rømte til skogs og dannet partisangrupper. I slutten av 1941 var omkring jøder igjen i gettoene: Vilnius (), Kaunas og Šiauliai (5500).