Elven Mazarus, som på denne tiden synes å ha utgjort en grense med Segesta, var kun rundt 25 km vest for Selinunte, og det er klart at ved en senere periode ble Selinuntes territorium utvidet til dens bredder, og at byen hadde en festning og et emporium (sted hvor handelsfolk reserverte for deres forretninger innenfor et land) ved dets munning. På den andre siden strakte Selinuntes område seg så langt som til Halykos (dagens navn Platani). Ved munningen av denne elven ble byen Minoa, eller Heraclea Minoa som den senere ble kalt. Det er klart at Selinunte allerede hadde oppnådd stor framgang og blitt mektig, men likevel er det lite som er kjent av dens historie. Som de fleste greske byer på Sicilia gikk dens styresett fra oligarki og til et tyranni, og rundt 510 f.Kr. var det en despot ved navn Peithagoras som ble veltet ved hjelp av Euryleon fra Sparta, en av følget til Dorieus. Euryleon styrte byen i en kort tid, men ble raskt veltet og drept av innbyggerne i Selinunte. Byen støttet ikke-greske Kartago under den store militære ekspedisjonen til Hamilkar i 480 f.Kr. De lovte faktisk å sende en kontingent til den kartagiske hæren, men den nådde ikke fram før etter Hamilcars nederlag og død i slaget ved Himera.