Selskapet ble stiftet i 1997 som Eurowings Flug GmbH, og ble omdøpt om til Germanwings GmbH 27. oktober 2002. Selskapet er heleid av Lufthansa etter oppkjøpet 1. januar 2009. Selskapet var det første lavprisflyselskapet i Tyskland som startet å tilby gjennomgående billetter.