Pilatus gjorde kjent sine planer om utviklingen av PC-12 i October 1989. Første flyvning med de to prototypene fant sted 31. mai 1991. Typegodkjenning var planlagt til sommeren 1993; De ble imidlertid nødvendig å modifisere vngene og etter denne modifisering ble typegodkjenning gitt av seitsiske myndigheter 30. mars 1994. Amerikanske luftfartsmyndigheters godkjennelse ble gitt av FAA den 15. juli 1994.