Welhaven hadde også trofaste venner som tidligere medredaktør for tidsskriftet , Schweigaard, og brødrene Kjerulf. Welhaven gråt da Schweigaard dro utenlands, og da Hjalmar Kjerulf reiste ut i 1844 forteller broren Halfdan Kjerulf: «Welhaven var, som altid ved sådanne Anledninger, lidenskabelig bevæget, og det er klart at han holder inderlig af Hjalmar og os Alle.» Tidvis i ungdomsårene var det søsteren Maren og hennes ektemann Michael Sars, Welhavens skolekamerat, som sto Johan Sebastian nærmest. Ekteparet Sars, foreldre til historikeren Johan Ernst Sars og zoologen Ossian Sars, kom til å bosette seg i Christiania med sine barn; og slik ble de Welhavens omgangsvenner seinere i livet også.