Alle medlemmer av jesuittordenen ble kastet ut fra portugisiske territorier i 1759, og fra franske territorier i 1764. I 1766 ble jesuittene beskyldt for å ha forårsaket opptøyer i Madrid, og som en konsekvens undertegnet Karl III av Spania 27. februar 1767 en kongelig resolusjon med fullmakt om å utvise alle medlemmer av jesuittordenen på spansk territorium. Utvisningsordren nådde Chiquitanía i august 1767. Fra da av måtte åndelig og sekulær administrasjon være strengt atskilt. På tidspunktet for utvisningen administrerte 25 jesuitter en kristnet befolkning på minst 24 000 på de ti misjonsstasjonene i Chiquitanía. Chiquitosmisjonens gods inkluderte da 25 farmer med 31 700 kveg og 850 hester. Bibliotekene på misjonsstasjonene inneholdt tilsammen 2 094 bøker.