Byen ble grunnlagt på 1570-tallet under navnet Cubujuquí. Det ble seinere endra til Villavieja, før den fikk dagens navn i 1763. Heredia var hovedstad i Costa Rica i perioden 1835–1838. Byen blir ofte omtalt som «Ciudad de las Flores» (bokstavelig «Blomsterbyen»); ikke på grunn av blomstene, men på grunn av den mektige familien Flores, som dominerte byen økonomisk og politisk på begynnelsen av 1800-tallet.