Innenfor norsk koralhistorie har Alnæs satt varige spor etter seg, ikke minst som hovedansvarlig for harmoniseringene av samtlige melodier i «Koralbok for Den norske Kirke», som utkom i 1926. Han komponerte også samme år en forspillsamling til samme verk. Hans fortjener en nyutgivelse. Bearbeidelsen av folketonen «Den store, hvite flokk» for orgel er også et betydelig arbeid. Mens Edvard Grieg foresto utgivelsen av bind I av , er bind 2 – 4 Eyvind Alnæs' redaksjonelle bragd. Han har foretatt såvel utvelgelse som harmonisering.