Ved et ukjent tidspunkt i sitt styre beseiret Seti I stammer fra Libya som hadde invadert Egypts vestlige grense. Selv om libyerne ble beseiret kom de til å være en økende trussel mot Egypt under tiden til faraoene Merenptah og Ramses III. Den egyptiske hæren slo også ned et mindre «opprør» i Nubia i hans åttende år som farao. Seti I selv deltok ikke i bekjempelsen av libyerne, men det er mulig at kronprinsen, den framtidige Ramses II gjorde det.