KLM-flyet hadde nå svingt rundt og ventet på avgangstillatelse. De fikk tillatelse til å følge oppsatt rute etter avgang, men hadde ikke fått avgangstillatelse ennå. Imidlertid ble dette tolket feil, og co-piloten ga beskjed om at de skulle ta av. Flygelederen ba da KLM-flyet om å vente, men meldingen til KLM-flyet ble forpurret av en melding som Pan Am-flyet sendte samtidig. Flygelederen ba Pan Am-flyet om å vike fra rullebanen, og flymaskinisten i førerkabinen på KLM-flyet ble bekymret for at rullebanen ikke var klar. Imidlertid ble denne advarselen satt til side av kaptein van Zanten som iverksatte avgang.