Etter at toppsatsingen til Lyn gikk konkurs sommeren 2010 tegnet Knudsen kontrakt ut sesongen med Lyn Fotball som da befant seg i 6. divisjon. Med 10 mål på 6 kamper var han svært sentral da Lyn sikret opprykket på målforskjell i siste serierunde. I begynnelsen av 2011 forsøkte han å finne seg en klubb i de øverste divisjonene, men endte med å fortsette å spille for Lyn.