Da krigen sluttet gikk Bach-Zelewski i dekning og prøvde også å flykte fra landet. Han ble imidlertid oppsporet og arrestert av amerikansk militærpoliti 1. august 1945. Mot å vitne for anklagersiden i Nürnbergprosessen, unnslapp han tiltale for krigsforbrytelser og unngikk også utlevering til Polen eller Sovjetunionen. Han satt i husarrest til 1949 etter å ha blitt dømt av en denazifiseringsdomstol i München. Han donerte krigsdagboken sin til Bundesarchiv i Koblenz. Senere avdekket Richard Breitman at dagboken i Koblenz ikke var original, men en versjon som var pyntet på eller skrevet helt om i ettertid for å beskytte forfatteren. Etter krigen hevdet han at han som sjef for anti-partisan-tiltakene på østfronten fra 1943 beskyttet jøder mot Einsatzgruppene.