En uke etter å ha blitt reddet ut av området, må Snake reise tilbake for å delta i «Operasjon: Snake Eater», for å oppfylle USAs løfter. Under oppdraget får han hjelp av en annen amerikansk avhopper, eks-NSA-agent EVA, som hoppet av noen få år før. Etter flere møter med Ocelot Unit (ledet av en ung Revolver Ocelot), og å ha drept nesten alle medlemmene i Cobra Unit, lykkes Snake i å finne Sokolov og Shagohod, men blir også fanget i Volgins militære festning, Groznyj Grad. Etter å ha hørt Volgin brutalt slå Sokolov til døde, blir Snake torturert, og hans øye blir alvorlig skadet av Ocelot mens han beskytter EVA fra Ocelot, som forsøker å drepe henne. Snake rømmer til slutt, med hjelp fra EVA.