Opprinnelig ble det servert to måltider for dagen, hver gang 3-4 retter servert kl 10 og kl 17. Til maten ble det drukket tynt øl, bortsett fra fire ganger i året da det ble servert «sterktøl». Under måltidene var det bare lov å snakke latin eller gresk. Det var høytlesning og obligatoriske øvelser i akademisk diskusjon. Bare i drapssaker var lærere og studenter underlagt byens jurisdiksjon. I andre saker var domfellelse overlatt til universitetets høyeste organ som disponerte sin egen fengselskjeller, selv om den strengeste straffen de rådet over, var utvisning og tap av akademisk borgerskap. Da studenten Amphion nordbagge ( = nordmann) som kom fra latinskolen i Trondheim, la seg i sengen til en københavnsk krovertinne i fylla så hun måtte slåss med ham, ble ikke universitetets straff for dette voldtektsforsøket annet enn bortvisning inntil videre (ikke permanent utvisning). Noen gjenopptakelse av studiene ble det likevel ikke på Amphion.