Selve kirken stammer fra 1100-tallet. I 1510 ble klosteret nedbrendt av lybekkerne, men senere bygget opp igjen. Etter reformasjonen ble Halsted krongods for forskjellige enkedronninger og kronprinsers pensjon. Fra 1718 har hovedgården tilhørt slekten Juel-Vind/Krag-Juel-Vind-Frijs, i årene 1721-1921 som hovedsete for baroniet Juellinge. I 1919 fikk klosteret sitt opprinnelige navn tilbake.