Etter oppløsningen av The Libertines i 2004 dannet Doherty bandet Babyshambles. De ga ut tre album og var aktive frem til 2014. Debutalbumet Down in Albion ble produsert av Mick Jones, som også hadde produsert Thef Libertines' to første album. Albumet nådde topp 10 på Storbritannias hitliste. Kate Moss, Dohertys kjæreste på tiden er med som vokalist på albumets første sang.