I sin stilte Lindley opp et naturlig system, hvilket han i 1833, 1839 og 1845 modifiserte og forbedret. Han var vesentlig virksom som deskriptiv systematiker og utga et antall fortjenstfulle encyklopediske verk, foruten ovenfor omtalte (1829), (1830-40), (1831-37, 3 bind med 230 illustrasjoner, sammen med William Hutton), (1840), (1840, 3 bind med 152 illustrasjoner) samt en detaljert håndbok i systematisk botanikk, (1846). Lindley var en av grunnleggerne av (1841).