Ett år etter at han fikk jobb i CIA, er agent Cody Banks (Frankie Muniz) på farten igjen. Denne gangen må han på oppdrag til London, hvor han og teamet må stoppe en forskergruppe, ledet av Victor Diaz (Keith Allen). De har stjålet et tankestyringsinstrument, som de planlegger å ta over verden med. Som sjef har han denne gang den noe irriterende og bedrevitende Derek (Anthony Anderson). Han tar inn på en orkesterskole som cover for oppdraget. Det viser seg dessuten at en av medelevene der, Emily Sommers (Hannah Spearitt), er litt mer enn hun gir seg ut for å være.