Fra 1999 hadde Johansen flere stillinger i SBBN. Han var kompanisjef fra 1999 til 2001 før han ble operasjonsoffiser fra 2001 frem til han tjenestegjorde som nestkommanderende i 2002. I 2003 tjenestegjorde han som operasjonsoffiser for FSK i Afghanistan før han senere det samme året begynte som stabsoffiser i Forsvarsstaben.