I tillegg til å utforske innlandet av Sør-Australia og New South Wales, var Eyre medvirkende til å opprettholde freden mellom de hvite nybyggerne og de innfødte aboriginerne langs Murray River. Fra 1848 til 1853 var han viseguvernør i New Munster-provinsen (dagens Sørøya) på New Zealand under ledelse av George Grey. Han giftet seg med Miss Adelaide Ormond i 1850. Hun var datter av kaptein James Ormond.