Ribbentrop reiste videre til Flensburg der siste rest av den tyske sentralregjeringen holdt til. Hitler hadde i sitt testamente utnevnt Arthur Seyss-Inquart til ny utenriksminister (som Dönitz to dager senere erstattet med Lutz Graf Schwerin von Krosigk). I Flensburg oppsøkte Ribbentrop den nye rikspresidenten, Dönitz, som avviste ham. Ribbentrop gikk i dekning og ble oppsporet og arrestert av britiske okkupasjonsmyndigheter i Hamburg 14. juni 1945. Ribbentrop hadde holdt seg skjult i Hamburg fra 2. mai og var i juni en av få ledende nazister på frifot.