Johnson var fra mars 2006 til juni 2007 engasjert av presidentskapet i Afrikabanken til å utvikle en ny strategi for bankens virksomhet ansvar for land som kommer ut av krise og konflikt. I 2007 ble hun utnevnt til visedirektør (Deputy Executive Director) i UNICEF. Johnson ble dermed den høyest plasserte nordmann i FN-systemet. I juni 2011 ble hun utnevnt som spesialrepresentant for FNs generalsekretær i Sør-Sudan og som leder for UNMISS med ansvar for FNs operasjoner og FNs fredsbevarende styrke i det nye landet.