Schlageter ble født i Schönau i Wiesental i Baden, som ett av elleve barn i en katolsk bondefamilie. I Schönau gikk han på , deretter fikk han i Freiburg im Breisgau på det humanistiske Berthold-Gymnasium og så på det humanistiske gymnasium i Konstanz. Han ønsket å bli katolsk prest, og i gymnastiden bodde han i de erkebiskopelige konvikter i Freiburg henholdsvis Konstanz.