Forsvarsdepartementet hadde ansvaret for den daglige oppfølgingen av forsvaret. I tillegg til en politisk utpekt forsvarsminister (se liste over Sovjetunionens forsvarsministre) bestod departementsledelsen av tre førsteviseministre (hvorav én var øverstkommanderende for Warszawapakten), og elleve viseministre fra forskjellige deler av forsvarsapparatet (både fra den operative biten og fra avdelinger med støttefunksjoner). Generalstaben var inndelt i fem hoveddirektorater og fire direktorater, og stod for strategisk og operativ forskning og planlegging, etterretning og analyse. De hadde også ansvaret for kommunikasjon med pressen og for militærattachéer i utlandet. I krigstid fikk Generalstaben overansvaret for utføringen av militære planer og koordineringen av forsvarsgrenene.