Fra 1936 var han sjef for artilleriavdelingen i Kiev militærdistrikt. I 1938 ble han ansatt som foreleser i taktikk ved Militærakademiet Dzierżyński. I 1939 avsluttet han sin første forskningspublisering. Govorov var nær ved å bli arrestert under Josef Stalins utrenskninger. Men han klarte seg og fortsatte å stige i militær rang. I 1939 brøt den sovjet-finske krigen ut, og Govorov ble utnevnt til sjef for artilleriet i den 7. armé.