Lyngen kirke har tidligere hatt to orgel. Det første kom i 1914 og var levert av Olsen & Jørgensen. Orgelet hadde 6 stemmer, 1 manual og anhangspedal. Det andre orgelet kom i 1969 og var levert av Vestlandske orgelverksted. Orgelet hadde 16 stemmer, 2 manual og pedal. Dagens orgel kom i 2021 og er levert av Ryde & Berg.