Fra 1792 var Süßmayr dirigent ved Nationaltheateret i Wien og fra 1794 Joseph Weigls kapellmesteradjunkt ved Kärntnertortheateret. Han komponerte syngespill og ca. 30 sceniske verk. Til hans hovedverk hører operaene (1792), (1794), (1795) og (1799). Dessuten komponerte han instrumentalmusikk, kantater og messer. Han led av tuberkulose, og etter århundreskiftet førte dårlig helse til karrieremessige problemer.