Huset ble oppført i perioden 1578–84 av kong Frederik II under overoppsyn av Diiriik Byggmester og kongens lensmann Bjørn Kaas. Her ble innrettet rom til såvel kongen som hans lensmann. I 1655 skjenket den senere Frederik III Lundagård og Kungshuset til historikeren Vitus Bering (sjøfarerens grandonkel) som i 1660 solgte det til biskop Peder Winstrup. Samme år avsto Danmark Skåne, men vendte tilbake i en kort periode i 1710, hvor danskene hadde sitt hovedkvarter i Lund. Kungshuset ble da anvendt som magasin og led en del skade.