Rundt 500 f.Kr. ble Hekatompedon revet for å gjøre plass til en ny og enda større bygning, «Eldre-Parthenon». Av denne årsak besluttet athenerne å stoppe byggingen av tempelet Olympieion som var assosiert med tyrannen Peisistratos og hans sønner, og isteden brukte kalkstein fra Pireus som var utsett for Olympieion til det «Eldre-Parthenon». For å gjøre plass for det nye tempelet ble sørlige delen av toppen ryddet og gjort flatt ved legge på 8 000 kalksteiner på to tonn, et fundament på 11 meter dyp en del steder, og resten ble fylt med jord holdt på plass av en støttemur. Imidlertid etter seieren ved Marathon i 490 f.Kr. ble planen revidert og det ble benyttet marmor isteden. Fasen med kalkstein er referert til Før-Parthenon I og fasen med marmor som Før-Parthenon II. I 485 f.Kr. ble konstruksjonen stoppet for spare ressurser da Xerxes ble konge av Persia og det synes klart at krig med perserne var nært forstående. Eldre-Parthenon var fortsatt under bygging da perserne invaderte og herjet byen i 480 f.Kr. Bygningen ble brent og plyndret, sammen med det gamle tempel og praktisk talt annet på Akropolis. Etter krisen med perserne var over ble oppbyggingen av Akropolis gjenopptatt. Athenerne inkorporerte mange arkitektoniske deler av det uferdige tempelet (riflete søyler, triglyfer, metope etc) i det nybygde nordlige ytre muren til Akropolis, hvor de fungerte som et framstående «krigsminne» og kan fortsatt bli sett i dag. Det ble fjernet skrot og bruddstykker på det ødelagte stedet. Statuer, kultobjekter, religiøse ofringer og andre rester ble gravlagt seremonielt i flere dype groper på høyden, og tjente som fyll for et kunstig platå som ble skapt på stedet for det klassiske Parthenon. Disse restene etter perserkrigen er i dag blitt det rikeste arkeologiske funnstedet på Akropolis.