I 1961 fikk han Karlsprisen i Aachen for sitt arbeid for europeisk integrasjon, i 1968 Europaprisen og i 1969 Robert Schuman-prisen. Han ble utnevnt til æresdoktor ved ni europeiske og amerikanske universiteter, inkludert universitetene i Hamburg, Padova, Columbia, Georgetown og Harvard. Walter Hallstein Institut für Europäisches Verfassungsrecht ved Humboldt-universitetet bærer siden 1997 hans navn, og det akademiske året 1995-1996 ved Europa-colleget ble oppkalt etter ham. EU regner ham som en av sine grunnleggere.