Landet hadde ikke inntektsskatt, og den offentlige sektorens andel av BNP var den laveste i Latin-Amerika. Stroessner finansierte statens utbygging av infrastruktur med eksportinntekter fra vannkraft. Stor økonomisk vekst i 1960- og 1970-årene tillot en middelklasse å vokse frem. Middelklassen vendte seg imot Stroessner i 1980-årene, da Paraguay opplevde stigende statsgjeld, arbeidsledighet og inflasjon. Stroessners sviktende helse borget for en maktkamp mellom de som ville innfri kravene fra blant andre den katolske kirken om å etterleve menneskerettighetene, og de som ville fortsette hans undertrykkende linje. I 1989 ble Stroessner avsatt i et militærkupp, og levde i landflyktighet i Brasil frem til sin død.