Grunnleggelsen av et muslimsk politisk parti på nasjonalt nivå, ble sett på som viktig i 1901. Den første fasen av grunnleggelsen var et møte som ble avholdt i Lucknow i september 1906, og representanter fra hele India var til stede. Sultan Muhammad Shah (også kjent som Aga Khan III) ble utnevnt til den første ærespresidenten, for den muslimske ligaen. Det var også seks visepresidenter, en sekretær og to felles-sekretærer som opprinnelig ble utnevnt for en tre-års-periode, fra forskjellige provinser. Ligaens grunnlov ble utformet i 1907.