Anlegget inkluderer en egen klinikk for ambulatorisk behandling av pasienter med psoriasis og andre hudlidelser. Behandling ved klinikken inkluderer undersøkelse og kontroll av hudleger, sykepleie, bading i et eget basseng for pasienter, UVB-lysterapi og bruk av egne hudpleieprodukter som er utviklet på grunnlag av vannet i lagunen. Vitenskapelige studier viser at regelmessig bading i Den blå lagune er en effektiv behandling av psoriasis. De islandske helsemyndighetene anerkjenner behandlingen som et regulært behandlingstilbud for pasienter med psoriasis.