Pedersen ble født i Sør-Varanger i 1973, som datter av bonden Terje Pedersen (1941–) og sykepleieren Hjørdis Langholm (1942–). Hun vokste opp i Vestertana i Tana kommune, og gikk ved Vestertana skole 1979–1988. Hun gikk deretter allmennfag ved Vadsø videregående skoles avdeling i Tana 1988–1989 og ved Lycée Alain Chartier i Bayeux i Frankrike 1989–1992. Pedersen er utdannet cand.mag. med mellomfag i russisk fra Universitetet i Bergen 1993–1996 og grunnfag og mellomfag i historie ved Universitetet i Tromsø 1996–1998.