Perioden var politisk ustabil med voksende konflikter mellom de nederlandske stater, kongemakten og de kongelige ombud. Da Filip forlot Nederlandene i 1559 påbød han at Margareta ikke fikk fatte beslutninger uten godkjennelse fra erkebiskopen av Mechelen, Antoon Perrenot av Granvelle. Granvelle var avskydd av adelen, særlig Egmont og Oranien, som anklaget ham for politisk manipulasjon. Margareta og Granvelle ble ikke enige, men da han ble avsatt i 1564, hadde hun vansker med å fylle hans plass. Hennes myndighet ble underminert av at Filip krevde at alle hennes handlinger først skulle godkjennes av ham, selv om det kunne ta måneder å få frem meldinger mellom Nederlandene og Spania.