Ved begynnelsen av middelalderen i Sørøst-Asia falt kongedømmet Funan for et annet kongedømme, Chenla, som fikk makten over det som i dag er Kambodsja, Thailand og sørlige Vietnam. Chenlariket ble senere erstattet av Khmerriket. Hovedstaden Angkor i Khmerriket var den største byen i verden fram til den industrielle tidsalder og hadde over et tusen templer, det mest berømte er Angkor Vat. Sukhothairiket og Ayutthayariket ble betydelig statsmakter for thailandske folket, men var påvirket av Khmerrikets innflytelse. Paganriket vokste fram i den regionen som i dag er Burma. Det var i løpet av denne perioden at islam spredte seg til Indonesia.