Fauske er preget av fjord og fjell. Kommunen ligger på nord- og østsiden av Skjerstadfjorden, som går inn i landet ved Saltstraumen sør for Bodø og ender i Saltdalsfjorden i Saltdal. Langs fjorden er terrenget preget av lave åser og skog. I vest går dalførene Jordbrudalen og Fauskeeidet fra fjorden og nordover. I den østlige delen av kommunen går Sulitjelma-dalføret fra fjorden og østover mot Sverige. Dalførene er omgitt av fjell, og i øst stiger fjellene mot svenskegrensen. Høyeste topp er Suliskongen, 1907 moh. Her ligger også isbreene Blåmannsisen nord for Sulitjelma-dalføret og Sulitjelmabreen helt i øst. 14 % av kommunens areal er dekket av is og snø hele året, og 8 % er ferskvann. Våtmarksområdet Kvitblikkvatn i Fauskeeidet er fredet på grunn av sitt rike fugleliv.