I det Nazi-okkuperte Polen i 1944 blir den unge Erik Lehnsherr skilt fra foreldrene hans ved inngangen til Auschwitz konsentrasjonsleir. Når gutten forsøker å komme seg frem til dem, får han et sett metall-porter til å bøye seg. Dette er et resultat av en mutasjon som gjør at han kan kontrollere magnetisme, men han blir snart slått ut av vaktene. I fremtiden forsøker en amerikansk senator Robert Kelly å få innført en ny lov i kongressen som gjelder registering av mutanter, som skal tvinge alle mutanter til å avsløre deres identitet og evner. Til stede er også Erik Lehnsherr, som nå kaller seg «Magneto», og hans kollega professor Charles Xavier.