Den sovjetiske okkupanten innsatte en marionettregjering ledet av kommunisten Justas Paleckis. Etter valg kontrollert av regjeringen ba Litauen om å slutte seg til Sovjetunionen som en sosialistisk sovjetrepublikk. Myndighetene gikk straks igang med å legge om Litauen til sovjetisk system blant annet nasjonalisering av all jord, banker, store bedrifter og fast eiendom. Denne raske omleggingen førte til kaos og matmangel. Alle religiøse, kulturelle og politiske organisasjoner (unntatt kommunispartiet) ble forbudt. I juni-juli 1940 ble omkring 20.000 deportert til Sibir, det var for det meste ledere i statsadministrasjonen og militære samt intellektuelle og deres familier.