Han fikk jarltittelen etter faren døde i 1558. Da han arvet Argyll ble han den mest mektige adelsmannen i kongedømmet Skottland. Som en gudfryktig protestant ble han snart en av lederne av Herrene av den skotske kongregasjonen sammen med svogeren James Stewart, 1. jarl av Moray, utenomekteskapelig sønn av Jakob V av Skottland. Disse to mennene forhandlet med William Cecil, dronning Elisabeth I av Englands fremste rådgiver, for å sikre engelsk hjelp mot Skottlands herskende regent, franske Maria av Guise, i Maria Stuarts fravær i Frankrike. De var delaktig og ansvarlige for forhandlingene som førte til Edinburgh-traktaten i 1560. En konsekvens var at engelske og franske tropper i Skottland ble trukket ut.