En hemmelig etterforskning beordret av den nyutnevnte formann for ministerrådet, Piotr Stolypin, kom i 1905 raskt til at «protokollene» var skrevet av Okhranka-agenter i Paris. Når ikke dette ble gjort alminnelig kjent, var det for å skjerme ledelsen for de hemmelige tjenester og deres agenter, deriblant Golovinski. Da Nikolaj II ble informert om resultatet av granskningen, ba han om at protokollene måtte konfiskeres, for «en god sak kan ikke bli forsvart med skitne metoder». Men til tross for dette, kanskje på grunn av «den gode sak», ble det stadig utgitt nye opptrykk.