Genomseleksjon er en ny variant av markør-assistert seleksjon hvor man i stedet for å bruke noen få enkelt-markører for spesifikke egenskaper tar i bruk markører som dekker hele genomet til plantene når man gjør utvalg. Det er først og fremst nye metoder innen genomsekvensering og tilgangen på SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markører som har gjort denne utviklingen mulig. Her benytter man seg av en såkalt treningspopulasjon hvor markørene genotypes på et sett med representative linjer med tilgjengelig data for alle viktige egenskaper man skal gjøre utvalg for. Ved hjelp av statistisk modellering lager man en seleksjonsmodell som beregner avlsverdien til en linje basert på markørdataene. Denne modellen blir så brukt til å gjøre utvalg i foredlingsmaterialet. Potensialet med denne metoden er stort siden man kan gjøre mer presist utvalg i tidlige generasjoner og dermed sparer tid og ressurser på å dyrke fram planter som senere viser seg å ikke holde mål. Genomseleksjon er allerede i bruk i norsk husdyravl, og det forskes mye på å utvikle effektive metoder for å tilpasse denne teknikken også til planteforedling.