Da Christian IV rundt 1617 bestemte seg for å anlegge Christianshavn, var den tenkt som en selvstendig kjøpstad på Amager. Den skulle derfor ha både en kirke og et rådhus. Rådhuset ble aldri bygget, men kirken var med allerede på Johan Semps første utkast til en byplan for området i september 1617. Her var kirken plassert tett ved det sentrale torget, men allerede desember samme år ble planen endret og kirken flyttet til en posisjon vest for den nåværende kirkens. Rundt 1620 ble det lagt et fundament på dette stedet, men det skjedde ikke noe mer.