I 2017 ble Skjeie tildelt den europeiske prisen «ECPG Gender and Politics Career Achievement Award». Prisen blir annet hvert år tildelt en akademiker som i særlig grad har bidratt til utviklingen av fagfeltet kjønn og politikk. Skjeie ble tildelt prisen for sin banebrytende teoriutvikling når det gjelder likestilling, juss og politikk. Tildelerne vektla særlig hennes bidrag til utviklingen av interseksjonell teori og politikk.