I Kapittel 517 skjer det et såkalt "timeskip" hvor serien hopper to år frem i tid. Schibukaien Bartholomew Kuma møter stråhattene på Saboady Archepolageu og sender dem til hver sin isolerte øy, i denne perioden får vi ikke vite noe særlig om noen andre enn Luffy som ender opp på Amazon Lily, en øy bebodd av kun kvinner. Etter en stund der får han vite at broren Ace er i fangenskap i den uutbrytelige undervanns-fengselet Impel Down og skal henrettes, han får hjelp til å skynde seg dit og sloss seg gjennom fem forskjellige nivåer til dit Ace sin celle er, men får vite at han blir ført til Marineford (hoved basen til marinen) og får med seg mange av dem som er fanget i Impel Down til Marineford. Ved Marineford har yonkoen Edward Newgate bedere kjent som "Whitebeard" startet en krig med marinen for å ha fanget en av "sønnene" hans. Etter krigen bestemmer Luffy seg for å utsette oppmøtet fra tre dager til to år og i den tiden får alle i mannskapet beskjed om å trene intenst. Etter to år skifter de fleste utseende og de som regnes som de svakere i mannskapet blir omtrent like sterk som Sanji og Zoro var før timeskipet og Sanji, Luffy og Zoro er selvsagt enda sterkere enn det igjen. I Norge, hvor fra og med 26. februar 2007 ikke lenger gis ut, blir serien kun gitt ut i slike tegneseriebøker. Disse gis ut av Schibsted Forlagene en gang i måneden. Så langt er 45 bøker gitt ut i Norge. Hver bok inneholder i snitt ti kapitler.