Kodama begynte på sin militære karriere mens han kjempet i Boshinkrigen i 1868 og 1869. Han kjempet til fordel for Meijirestaurasjonen mot styrkene til det føydale regimet til Tokugawa-shogunatet. Koduma ble senere innrullert i Osaka Heigakuryo som er en militær treningsskole i Japan. Kodama ble utnevnt til sjef for den japanske Hærens stabsskole, hvor han blant annet arbeidet sammen med tyske majoren Jakob Meckels angående reorganiseringen i det moderne japanske militæret. Denne reorganiseringen skjedde etter det prøyssiske systemet.