Nygaards Bataljon har alltid hatt et nært forhold til Marinen, da hovedbasen i Bergen tidligere lå på Marineholmen på Møhlenpris. Nygaards Bataljon har tradisjon for å besøke Marinens base samt og bli inspisert av dens øverste leder, flaggkommandøren (tidligere admiral). Selv etter at basen ble flyttet til Haakonsvern har denne tradisjonen fortsatt, og korpset pleier nå å besøke Haakonsvern to ganger i sesongen.