Da pater Kareu døde den 30. juli 1802, valgte generalforsamlingen i Polatsk den 10. oktober samme år Gruber til sin nye general. Det skjedde bare noen få måneder etter at pave Pius VII i skrivet (1801) hadde approbert de russiske jesuitters eksistens og utnevnt den midlertidige vikar (Franciszek Kareu) til . Gruber ekspanderte ordenens virksomhet ved å åpne en rekke stasjoner blant volgatyskere (Saratov, 1803), Odessa (1804) og Astrakhan (1805) der det ble utviklet skoler og landsbruksvirksomhet. På det politiske område utviklet det seg imidlertid problemer både med tsar Paul I så vel som den lokale biskop av Polatsk.