Juan Luis Cipriani Thorne sluttet seg til personalprelaturet Opus Dei i Lima i 1962. Han studerte ved Universidad Nacional de Ingenierma (UNI) i Lima og tok doktorgraden i produksjonsteknikk i 1966. Samtidig var han en av Perus fremste basketballspillere. Han deltok på det peruanske laget i basketball som vant under Boliviar-lekene i Barranquilla i Colombia, ble nummer to i den søramerikanske turneringen i Lima og vant den søramerikanske turneringen i Montevideo i Uruguay. Han deltok også i de pan-amerikanske lekene i Winnipeg i Canada.