Parlamentet mente at Warwick var for forsiktig i sin krig mot rojalistene, og de tvilte på hans lojalitet. Denne tvilen fikk næring da hans bror, jarlen av Holland, ble dømt til døden for å ha kjempet mot parlamentet i borgerkrigen. Warwick appellerte på sin brors vegne, men parlamentet opprettholdt dødsdommen med knappest mulig margin, 31 stemmer mot 30. I februar 1649 ble Warwick avsatt som admiral, og han trakk seg tilbake fra det offentlige styre og stell inntil Oliver Cromwells protektorat ble etablert. Protektoratet forfektet en sterkt anti-spansk utenrikspolitikk, noe Warwick var tilhenger av. Da Cromwell for andre gang ble tatt i ed som Lord Protector, var det Warwick som bar statens sverd.