Etter å ha tilbragt flere år hos sin morfar, prosten J. F. Boesen, startet han på Nyborg skole, hvor han gikk ut i 1835. På vei over Storebælt, møtte han Ludvig Nicolaus Helveg, og de stiftet et vennskap som resulterte i et langt og fruktbart samarbeid. Joakim Brandt valgte å studere teologi, og som student var han i noen år huslærer. I 1841 ble han uteksaminert som teologisk kandidat.