Gunnar Berg ble tatt i skole av den senere presten Henrik Eiler Støren, sønn av prost Johan Johansen Støren, og hjulpet frem til latinskolen i Trondhjem av biskop Marcus Fredrik Bang, som også hjalp flere andre skoleelever fra trange kår. Berg tok artium i 1782, philosophicum i 1783 og teologisk eksamen i København i 1786. Han fikk laud for sin dimispreken i 1790.