Ved denne tid tok Khek Ieu seg sitt og ble kommandant for et fengsel. I skogområdet omkring staden Amleang i Thpong-distriktet grunnla Duch sitt første fengsel under kodenavnet . To år senere åpnet han fengselet . Sammen med kamerat Chan og kamerat Pon utviklet han sine forhørsmetoder og lot rense Røde khmerene for mistenkte fiender. I disse fengsler ble de internerte utsatt for utsulting og tortur.