Lee overga sin Army of Northern Virginia den 9. april 1865 ved McLean House i landsbyen til Appomattox Court House. I en utradisjonell gest og som tegn på Grants respekt og forventning om en fredelig tilbakeføring av Sørstatene inn i Unionen, fikk Lee beholde sin offiserssabel og sin hest, Traveller. 14. april 1865 ble president Lincoln skutt i hodet. Han døde morgenen etterpå, og Andrew Johnson ble president.