Lansettfiskenes øvrige indre anatomi likner den vi finner hos virveldyr. Sirkulasjonssystem er lukket og pumper blod med en pumpende aorta som pumper blod framover på buksiden, på samme måte som hjertet gjør hos virveldyr. Aortaen greines opp og fører blod opp langs gjellene. Lansettfiskene har også en portåre og hulvene. De representerer derimot godt anatomien slik den må ha vært i de første virveldyrene.