Jedi Knight finner sted ett år etter handlingen i Star Wars Episode VI: Jediridderen vender tilbake. I spillets prolog kidnapper en mørk Jedi, Jerec og hans tilhengere, Jedi-mesteren Qu Rahn - som de avhører i håp om å oppdage plasseringen av Jedienes hellige dal. Ved å bruke Kraften til å se inn i Rahns sinn, oppdager Jerec at hans tidligere kamerat Morgan Katarn også visste hvor Jedi-dalen ligger.