Han giftet seg med Rose Mayoral i 1963, som han fikk to barn, Henri og Irène, sammen med. Dausset mottok Nobelprisen i fysiologi eller medisin i 1980 i samarbeid med forskerne Baruj Benacerraf og George Davis Snell for deres forskning rundt og oppdagelser angående «genetisk bestemte strukturer på celleoverflaten som regulerer immunologiske reaksjoner i menneskekroppen».