F50s motor var fra løpsbilen F333SP i den amerikanske racingserien IMSA (1994). F50 GT var tre prototyper for racingbruk med fast tak, stor hekkspoiler, en ny frontspoiler og en rekke andre justeringer. Motoren ble bygget om til å levere omkring 750 hestekrefter og var raskere enn 333SP, men Ferrari kansellerte prosjektet og solgte prototypene.