Wanchope debuterte på Costa Ricas fotballandslag den 2. oktober 1996 i en landskamp mot , og hans første mål på landslaget kom i en landskamp mot 1. desember 1996. Flest mål i en landskamp for sitt hjemland lagde han mot den 4. februar 1998 der Wanchope scoret fire mål i kampen som Costa Rica vant 7-2. Den 8. oktober 2005 ble Wanchope tidenes toppscorer for , da han satte inn det første målet i en hjemmeseier over USA i kvalifiseringen til VM 2006.