Pave Pius XII utnevnte ham 2. september 1944 til titulærbiskop av og hjelpebiskop i Trier. Bernhard Stein ble ordinert til biskop 5. november 1944 – under et alliert luftangrep – av biskopen av Trier, Franz Rudolf Bornewasser. Medkonsekratorer var biskopen av Speyer, Joseph Wendel, og hjelpebiskopen av Trier Heinrich Metzroth.