Museet har som hovedmål å være en landsdekkende institusjon som skal skape kunnskap om norsk sjøfart og virksomhet knyttet til kyst, sjø og vassdrag i historiske og samtidige perspektiver. Det er videre et mål å belyse hvordan dette har hatt og har betydning for kulturell, sosial og økonomisk utvikling i Norge. Museet har forvaltningsansvar for kulturminner under vann på strekningen fra Svenskegrensen til Åna-Sira.