Representantskapet i Fortidsminneforeningen er foreningens øverste myndighet. Mellom representantskapets møter ledes foreningen av et valgt hovedstyre bestående av styreleder, fire styremedlemmer og fire varamedlemmer. Fra 2022 har arkeolog Trude Knutzen Knagenhjelm vært foreningens styreleder. Den daglige driften av foreningen ledes av en ansatt generalsekretær. Hovedstyret ansetter og har arbeidsgiveransvar for generalsekretæren samt for redaktøren av tidsskriftet .