Japan okkuperte Indonesia fra 1942 til 1945, og allerede i 1945 lagde Indonesia et utkast til ny grunnlov, med forslag til egen sentralbank under navnet Bank Indonesia. Nederland forsøkte imidlertid å gjenerobre Indonesia, med den konsekvensen at landet fikk to regjeringer, og to sentralbanker. Nederland etablerte Nederlandsche Indische Civil Administrative (NICA). Indonesias egen regjering etablerte Jajasan Poesat Bank Indonesia (Bank Indonesia Foundation) som sentralbank, mens NICA ga De Javasche Bank rollen som utsteder i de områdene de kontrollerte. Denne maktkampen ble løst ved Rundebordskonferansen i 1949, der De Javasche Bank ble besluttet å være sentralbank for Indoniesia.