Willkie talte ofte om nødvendigheten av å få slutt på rasisme i USA, og talte på landmøtet til National Association for the Advancement of Colored People (NAACP) i 1942, og var dermed en av de mest kjente hvite til å gjøre det på den tiden. Da voldelige raseopptøyer brøt ut i Detroit den 20. juni 1943, var Willkie på radio og kritiserte både republikanere og demokrater for å ignorere «» («negerspørsmålet»). For å illustrere likheten mellom rasisme og fascisme, sa han at «trangen til å frarøve noen av våre borgeres rettigheter – økonomiske, menneskelige eller politiske – har den samme grunnleggende motivasjonen som regjerer i fascistens sinn når fascismen ønsker å dominere hele folkegrupper og nasjoner. Det er avgjørende at vi bekjemper rasisme i inn- som utland.» På den samme tiden jobbet Willkie sammen med Walter White (fra NAACP) om å prøve å overbevise Hollywood om å forandre måten å fremstille svarte i filmer.