Aleksej Navalny ble født 4. juni 1976 i Butyn (en landsby vest for Moskva) og vokste opp i Obninsk. Han var sønn av en ukrainsk offiser og moren Ljudmila var laboratoriearbeider. Han lærte det ukrainske språket på ferie hos bestemoren utenfor Kyiv. Han var utdannet jurist fra Moskva i 1998.