Williams spilte fire turneringer resten av 1998. Hun vant sin tredje tittel for året på Grand Slam Cup i München i september, slo nr. 9 Patty Schnyder i finalen. Hun tapte i andre runde av Porsche Tennis Grand Prix i Filderstadt før hun tapte i finalen i Tier Swisscom Challenge i Zürich for nr. 1 Davenport, og semifinalen i Tier i Kremlin Cup i Moskva for Pierce. Hun hadde tjent nok poeng i løpet av året til å delta i årets sluttspill (Chase Championship), men trakk seg fra turneringen på grunn av senebetennelse i kneet. Hun avsluttet året rangert som nr. 5.