Sent i livet gikk han tilbake til det akademiske liv og ble visekansler for University of Mysore. Panikkar hadde en særlig interesse for europeisk innflytelse på Asia, og studerte særlig portugiserne og nederlenderne på Malabarkysten) reflektert i hans , 1953), og hadde sympati med det kommunistiske Kina (, 1955). Han forfattet også skuespill og romaner.