Han returnerte til USA, hvor hans første oppdrag var som assisterende prest ved i O'Neill i Nebraska. Han ble deretter overført til i Omaha og var til stede under Tornado-utbruddet i mars 1913 og tok utfordringen med de mange døde og skadde. I 1916 etablerte Flanagan et tilfluktssted for hjemløse for omreisende arbeidere.