Det ble annonsert i juli 2006 at Shenzhou 6 ville inneholde et eksperiment som inkludert sperm fra griser i Chongqing, men 11. oktober ble det kjent at det ikke skulle gjøres noen eksperimenter på dyr eller plantefrø under ferden. En kinesisk uttalelse sa at hovedfokus for Shenzhou 6 var de fysiske reaksjonene til mannskapet på turen i verdensrommet.