Wilhelmina, som i de første ukene av livet ble kalt (lille Pauline), hadde tre eldre halvbrødre fra farens første ekteskap med Sophie av Württemberg: Willem (1840–1879), Maurits (1843–1850) og Alexander (1851–1884). Den eneste som fremdeles levde da hun ble født var Alexander, som var så opprørt over sin fars andre ekteskap at han nektet å møte sin søster. Han døde da hun var fire år gammel.