Rundt 1400 fant flere oversvømmelser sted, og Biervliet ble liggende på en øy. Frem til 1573 falt Biervliet under Grevskapet Flandern, men i 1573 ble byen befridd fra det spanske herredømmet av vanngeusene, og ble dermed en del av grevskapet Holland. Stattholder Maurits av Nassau lot en festning bli bygget på øyen, slik at skipstrafikken til og fra Gent kunne kontrolleres.