Han var sønn av skipsreder Johan Henrik Tordenskjold Ihlen (1835–1916) i Holmestrand. Etter examen artium 1886 ved Drammen latinskole ble han cand.theol. 1892. Han gikk inn i Høyre og ble innsatt som politisk folketaler 1893–1894. Året efter var han redaktør Drammens Tidende. Fra 1895 var han stipendiat ved Det teologiske fakultet (UiO) der han i 1903 var en av søkerne som tapte for Johannes Ording i den såkalte «professorstriden» om å overta professoratet etter avdøde Fredrik Petersen. Ihlen fikk ble dr.theol. i 1906, og tilsettelse som professor i systematisk teologi ved Det Kongelige Frederiks Universitet en stlling han hadde 1948.