Samme år rammet en dysenteriepidemi. En gruppe på 64 tokelauere som hadde kommet ut av kurs og havnet på Samoa ble i januar 1863 brakt tilbake av LMS-skipet «John Williams». En del av de hjemvendte hadde fått dysenteri i Apia. Sykdommen spredte seg raskt på Fakaofo og 64 mennesker døde. Dette skjedde like før de peruanske slaveskipene ankom og smitten spredte seg også til skipets passasjerer.