Den 2. september begynte uroligheter, et massakerhysteri, som så pågikk dag og natt i fem døgn. Flere mord ble utført av opprørte fattige. Mange av drapsofrene var katolske prester som hadde nektet å avlegge ed på den republikanske forfatning. Faktisk var det slike mord som ble startskuddet på massakren: Det var da en transport med en gruppe på 24 edsnektende prester skulle føres til fengselet innrettet i abbediet Saint-Germain-des-Prés ble overfalt. Deres lik ble så lemlestet «under barbariske omstendigheter som er for sjokkerende til å beskrives», ifølge en britisk diplomatisk rapport.