Christopher Prowse er sønn av Frank Prowse og hans hustru Marian, Atkinson. Han hadde to eldre søsken og tre yngre søsken. Han begynte på skolen på St. Francis Xavier Primary School i Box Hill, og gikk senere på St. Leo's College i samme by. Da han var ferdig med den videregående skolegangen, begynte han som student ved presteseminaret Corpus Christi College Major Seminary, og studerte katolsk teologi og filosofi ved campusene Werribee (1972) og Clayton (1973–1980). Han tok en bachelor of arts-grad ved Monash University i 1978, og en bachelor-grad i teologi ved Melbourne College of Divinity i 1979.