I 1980 måtte Maliki rømme fra Irak sammen med resten av partiledelsen. Etterhvert bosatte han seg i Syria frem til Saddam-regimets fall i 2003. I Syria arbeidet han for partiet imot regimet i Irak, men hadde ingen betydelig rolle. I denne perioden tok han pseudonymet «Jawad» som han brukte frem til han ble statsminister.