Etter dette ble Fassbender tilbudt rollen som The Lizard i , men han avslo for å i stedet spille rollen som Magneto i (2011). Dette viste seg å være lurt, for filmen fikk strålende anmeldelser, ble en kjempesuksess hos publikum, og samspillet mellom Fassbender og James McAvoy (som spilte Charles Xavier / Professor X) ble lovpriset.