Først etter at Galicja fikk tildelt autonomi i det østerriksk-ungarske monarki bedret universitetets situasjon seg. I mellomtiden ble dets navn forandret til . Under dets andre storhetstid var mange prominente forelesere og forskere virksomme ved universitetet, som med sitt verdensnivå igjen kunne kalle seg for Polens viktigste universitet, ved siden av universitetet i Lviv (Uniwersytet Lwowski).