Lik alle andre tyske leirer var Auschwitz styrt av SS. Kommandantene i leiren var: SS-Obersturmbannführer Rudolf Höß frem til sommeren 1943, og senere SS-Obersturmbannführer Arthur Liebehenschel og SS-Obersturmbannführer Richard Baer. Höß gav en detaljert beskrivelse av leiren i løpet av forhørene som ble foretatt av ham etter krigen, og i sin selvbiografi. Han ble hengt i 1947 rett foran inngangen til krematoriene i Auschwitz I.