Han var født i Frankrike og nedstammet fra en lothringsk slekt som ble adlet i 1612. Han hadde vært lærer ved artillerihøyskolene i Metz og Strasbourg, men ble i 1751 nødt til å emigrere på grunn av en duell. Året etter kom han i dansk tjeneste som surnumerær løytnant med kapteins karakter, mens han i 1755 ble full løytnant. På en permisjonsreise i utlandet, hadde han det uhell å stikke en postillon ned, noe som gjorde at han ikke våget å vende tilbake til Danmark. I stedet gikk han i østerriksk krigstjeneste i Syvårskrigen. Han vendte likevel senere tilbake, og etter et kortere opphold i arresten, ble han benådet og sendt til arméen. I den påfølgende perioden steg han i gradene, i 1777 var han oberst og kommandør for Artillerikorpset. I 1765 var Aubert ansvarlig for anleggelsen av det Faste Batteri på Amager utenfor København.