Da Maria døde var det Heath, i egenskap av rikskansler, som proklamerte Elizabeth I som dronning. I likhet med Thomas More mente han at det var nasjonalstaten, representert av parlamentet, som skulle bestemme i spørsmål om tronfølgen. Dronningen fornyet ikke hans tillit som rikskansler, men han fortsatte å sitte i Det kongelige råd i to måneder, inntil det endelige bruddet med Den katolske kirke ble bestemt. Så sent som i april 1559 tok han del i å organisere Westminsterkonferansen, og skjente da på sine mer standhaftige trosfeller. Han nektet å krone Elizabeth I idet hun nektet å ha en kroningsmesse med elevasjon av hostien. Heath mente at kirkelige seremonier og doktriner ikke kunne endres av en sekulær myndighet.