I 1953 dro han hjemmefra og levde som omstreifer i to år til han ble arrestert for å ha kastet en stein på en politistasjon. I stedet for å bli fengslet ble han sendt til Oregon State Hospital, der han ble gitt diagnosen schizofren og behandlet med elektrokonvulsiv terapi. I 1956 dro han til San Francisco, California, der han skulle bo resten av livet. Der forsøkte han å etablere seg som forfatter, og delte ut diktene sine på gata. Hans første utgivelse var diktet (1957), som ble fulgt opp av to diktsamlinger: (1958), og . (1959). På 1960-tallet ble Brautigan involvert i motkulturen som oppsto i byen, og opptrådte ofte med diktlesninger. Hans første roman, fikk ingen særlig oppmerksomhet, men da kom i 1967 ble han berømmet som motkulturens fremste forfatter og oppnådde internasjonal anerkjennelse. På 1970-tallet forsøkte han seg i flere sjangre, men interessen for ham tapte seg, særlig i Amerika. Lawrence Ferlighetti var Brautigans forlegger i mange år. I 1968 og 1969 spilte Brautigan inn et album med diktlesninger på The Beatles' kortlivede plateselskap Zapple, som ble lagt ned før albumet ble utgitt. Det ble derimot utgitt i 1970 på et annet selskap.