Nynetjer identifiseres vanligvis med kartusj-navnet i Abydos-kongelisten, i Sakkaratabletten og i Turinpapyrusen. En innskrift på Palermosteinen presenterer det uvanlige navnet som betyr «det gylne avkom» eller «den gylne kalv». Dette navnet finnes også på artefakter fra Nynetjers tid, og enkelte egyptologer som Wolfgang Helck og Toby Wilkinson mener det kan være en forløper for faraoenes «gylne Horus-navn» som dukket opp som kongelig tittel under kong Djoser i det tredje dynasti.<ref>{{kilde bok|forfatter=Wolfgang Helck|tittel=Untersuchungen zur Thinitenzeit - Ägyptologische Abhandlungenphrr HpHorus, himmelens stjerneSolen har kommetpḥrr ḤpBinôthrís'' og hevdet at det var under denne kongen at «kvinner hadde rett til kongelig verdighet» i den forstand at de kunne regjere som konger. Egyptologen Walter Bryan Emery mener dette er en referanse til dronningene Meritneith og Neithhotep fra tidlig i Det første dynasti. Begge disse antas å ha regjert i flere år mens deres sønner var for unge til å kunne styre. Under Nynetjers regjeringstid ble den årlige begivenheten «Horus-eskorten» etterfulgt av en krøttertelling (husdyrtelling) som var av stor økonomisk betydning for riket fordi det ga grunnlag for den årlige skatteinnkrevingen. Denne tellingen fortsatte, mens «Horus-eskorten» ble avviklet og forlatt i begynnelsen av Det tredje dynasti.