Vi vet lite om de megalittiske monumentene. Lokal tradisjon hevder at byggerne av Lelu på Kosrae, som også er store steinbyggverk, migrerte til Pohnpei der de brukte sin kunnskap og ekspertise til å bygge Nan Madol. Som for Lelu, var et viktig aspekt ved byggingen, å skille overklassen fra resten av samfunnet. Største delen av befolkningen levde på den andre siden av øyen. Den type stein som ble brukt under byggingen finnes ikke i nærheten av ruinene, og steinen må ha blitt fraktet til byggeplassen.