Schelle var thomaskantor i Leipzig fra 31. januar 1677 til sin død. Forgjengeren var Sebastian Knüpfer og etterfølgeren Johann Kuhnau, som i sin tur ble etterfulgt av Johann Sebastian Bach. Schelle var samtidig for Leipzig by. Han innførte en sammenstilling av tonesatte evangelietekster med åndelige sanger og koralkantater i Leipzig, og komponerte framfor alt instrumental kirkemusikk.