Byen ble først nevnt i 1399 som Jagodna. Navnet betyr «Jordbærby». Fra 1946 til 1992 ble byen kalt «Svetozarevo» (Светозарево) etter en serbisk sosialist fra 1800-tallet ved navn Svetozar Marković. Da serberne gjorde opprør mot den osmanske undertrykkelsen gjennom flere århundrer ble Jagodina åsted for flere harde kamper gitt byens strategiske betydning sentralt i Serbia. Etter osmanenes nederlag og ny etablering av Kongedømmet Serbia fikk Jagodina en periode av industriell og sivil blomstring. Etter den andre verdenskrig ble byen tungt industrialisert og gikk gjennom en periode av planlagt utvidelse og vekst innenfor det kommunistiske Jugoslavia.