Til slutt stormer John og hans allierte Fort Mercer for å gå etter Williamsons håndlangere, men får vite at Williamson har flyktet til Mexico for å få hjelp fra Javier Escuella - et annet tidligere medlem av Johns gjeng. John reiser uten sine nye allierte, og reiser til Mexico. Ved ankomst til Nuevo Paraíso blir John involvert i en lokal borgerkrig mellom oberst Agustín Allende og Abraham Reyes, lederen for et opprør mot Allendes regjering. John begynner å samarbeide med begge sider i bytte for hjelp til å spore opp hans egne mål. Når Allende bestemmer seg for å gå etter ham, blir John reddet av Reyes. Escuella avslører at Williamson står under Allendes beskyttelse. John må deretter gå etter Allende og Williamson, før han kan returnere til USA.