I sine historiske verk er Alnæs ser han historien nedenifra og skriver om folks hverdagsliv. Han er dessuten berømmet for sine skjønnlitterære grep og sin evne til å gjøre historien levende og nær. Han mottok Sverre Steen-prisen for sin evne til historisk popularisering i 2002, da med utgangspunkt i i fem bind (1996-2000). Disse bøkene ble også bearbeidet for filma og sendt i 16 fjernsynsepisoder på NRK i 2003. For disse verkene fikk Alnæs og Gyldendal forlag kritikk for å ha brutt mot god sitatskikk, ved å unngå å oppgi mange av referansene. Senere kom i fire bind, som enkelte regner som hans hovedverk. Høsten 2013 utkom , som tar for seg begivenhetene i 1814, med vekt på drivkreftene som førte til uavhengigheten og bildet av det sosiale Norge i dette året. Alnæs har arbeidet som lektor i videregående skole og undervist på Journalisthøgskolen i åtte år. Fra 1985 til 1987, og fra 1999 til 2001, var han formann i Den norske forfatterforening. Han var dessuten kulturredaktør i fra 1987 til 1991. Han har arbeidet som fast filmmedarbeider i fagtidsskriftet (1972-1985) og i ulike perioder vært bokanmelder i , , og og dels som spaltist i og . Fra 1973 til 1976 satt han i styret for Norsk filminstitutt, og var fra 2005 til 2010 styreleder for journalistutdanningen og utdanningen av bibliotekarer ved Høgskolen i Oslo. I 1960-årene arbeidet han politisk for Venstre, representerte Venstre i kommunestyret i Nord-Aurdal og var formann i det lokale partilaget.