Doktrinen er ikke eksplisitt nevnt i Det nye testamente. Tanken om Gud som en treenighet oppsto allikevel tidlig, som en følge av det nære bånd mellom Faderen, Sønnen og Den hellige ånd som beskrives i evangeliene. Etterhvert oppsto det strid omkring spørsmålet, og det ble særlig strid mellom arianerne og de som bekjente troen på treenigheten. Arius hevder at «det var en gang sønnen ikke var»: Derfor er der tre væsener (hypostaser), Faderen, Sønnen og Helligånden. Og Gud, der er alle tings årsag, er den eneste uden begyndelse, men Sønnen, der blev født uden for tiden af Faderen og skapt og grundlagt forud for tidsaldrene, var ikke, førend han blev født, men, født uden for tiden forut alle, fikk han alene eksistens af den ene Fader. (Arius sitert etter Epiphanius). Dette ble et hovedtema på konsilet i Nikea i 325, og den nikenske trosbekjennelse er i hovedsak skrevet som en definisjon av treenigheten.