Mange menneskerettighetsorganisasjoner har kritisert krigen mot terror, fordi de mener den fører til at statene som fører krigen støtter udemokratiske regimer som er deres taktiske allierte. Det mener også at det skjer menneskerettighetsbrudd i fengslene der angivelige terrorister holdes uten lov, dom eller tilgang til forsvarer.Den amerikanske kongressen vedtok i 2001 , en lov som ga myndighetene utvidede fullmakter til overvåking, detensjon og avlytting. Loven ble kritisert for å undergrave rettighetene til amerikanske borgere.