Efter tiden i AGF tok Johnny Mølby DBUs elitetrenerutannelse og ble spillende trener i barndomsklubben Kolding FC i 2000 og senere hovedtrener. Sommeren 2008 skiftet Mølby til AGF hvor han var assistentrener. Den 6. juli 2009, presenterte AC Horsens Johnny Mølby som den treneren, som skulle få «den gule fare»' opp i Superligaen igen.