Aghtamar hadde allerede fra 927 til 947 vært sete for katolikos av hele Armenia. Opprettelsen av et eget katolikat på Aghtamar skjedde i 1113 ved at David Thornikian ble ordinert som motkatolikos til Grigor III Pahlavuni, den nyvalgte katolikos av hele Armenia (den gang med sete i Dzamendav i Kilikia). Grunnleggelsen var altså skismatisk, og David ble ekskommunisert. På 1400-tallet ble konflikten mellom katolikatene bilagt. Katolikos av Aghtamar ble anerkjent av de andre katolikoiene (av Edzjmiatsin, Kilikia og Aghvank), samtidig som han aksepterte katolikos av Edzjmiatsin som den armenske kirkens overhode.