Kildene er uklare om denne perioden av Jones sitt liv, særlig med tanke på hans familiesituasjon som gjør det vanskelig å finne hans historisk nøyaktige motivasjon. Om hans planer for plantasjen ikke utviklet seg eller om han var inspirert av den revolusjonære ånden i Amerika, er usikkert. Men det som er sikkert, er at han dro til Philadelphia kort tid etter at han bosatte seg i Amerika for å melde seg frivillig i tjenestene til den nylig grunnlagt kontinentale marine som senere ble US Navy. I løpet av denne tiden, rundt 1775, ble marinen og marinestyrken formelt etablert, og det var stort behov for passende kommandanter. Hadde det ikke vært for Richard Henry Lee som visste om hans evner, ville potensialet til Jones antagelig ikke blitt anerkjent. Med hjelp fra innflytelsesrike medlemmer i den kontinentale kongressen, ble Jones derimot den første som ble gitt graden førsteløytnant i den kontinentale marine den 22. desember 1775 på skipet «Alfred».