I uke 10 mot San Francisco 49ers måtte Brees forlate kampen etter første halvdel med en brystskade etter en sack fra Kentavious Street. Brees fullførte 8 av 13 pasninger for 76 yards og en touchdown før han ble tatt ut av kampen. Dagen etter ble det forklart at Brees hadde flere brukne ribben og en kollapset lunge etter taklingene mot ham i løpet av kampen. Den 20. november ble Brees plassert på injured reserve, som betyr at han går glipp av minst tre uker.