På grunn av en FBI-etterforskning velger Charlie å sende en del informasjon til en gruppe forskere i Pakistan. Han blir deretter arrestert av amerikanske myndigheter, og mister sikkerhetsklareringen. Dermed kan han heller ikke hjelpe Don i etterforskninger lenger. Flere figurer fra tidligere sesonger dukket ikke opp i sesong fire, deriblant Mildred Finch og Ian Edgerton.