Covid-19-pandemien i 2020 fikk biskop Libanori til å ta sterk avstand fra stengingen av alle kirker i Roma. Kardinal De Donatis utstedte et dekret som stengte alle romerske kirker; dette var omstridt og at noen av kirkens folk, som kardinal Konrad Krajewski, ignorerte direktivet offentlig ved straks å sørge for åpning av kirkedørene i en kirke han var tilknyttet. Pave Frans avviste selv beslutningen, og ba om at dekretet ble opphevet. Biskop Libanori var enig i at kirker måtte forbli åpne og stilte seg derfor på pavens side i saken. Han utstedte et brev den 19. mars til prestene i den sentrale del av bispedømmet der han ga uttrykk for hans meninger. Brevet ble publisert i med tittelen «Tro under covid-19s tid». Libanori bemerket at «mange klager over at stenging av kirkene er en del av restriksjonene», men bekreftet at «det er staten, ikke kirken, som må lovfeste når det gjelder folkehelse». Biskopen utdypet videre at «en åpen kirke også kan være et tegn på trøst» for folket under pandemien.