Rodolfo Quezada Toruño studerte til prest blant annet i Innsbruck i Østerrike og i Roma, og ble presteviet i 1956 av erkebiskop Mariano Rossell y Arellano av Esquipulas. Han tok doktorgrad i kirkerett. Deretter arbeidet han som kapellan i katedralen i Guatemala by, som visekansellist i samme erkebispedømme, som studentprest og som professor ved en rekke universiteter.