Han og hans familie var 1. februar 1908 tilbake i Lisboa etter å ha vært på Vila Viçosa Palace. Alfredo Costa og Manuel Buiça, to medlemmer av en revolusjonær gruppe kalt Carbonária, skjøt på kongefamilien og traff Ludvig Filip, hans far, kong Karl, og hans yngre bror Manuel, hertug av Beja. Kongen døde umiddelbart, mens Ludvig Filip levde i ytterligere tjue minutter. Manuel overlevde angrepet, og hadde bare blitt skutt i armen, mens hans mor Amelia var uskadd. Manuel besteg så tronen som Manuel II. Noen omtaler Ludvig Filip som kong Ludvig II av Portugal. I så fall var han i teorien konge i tjue minutter. Imidlertid var det slik i Portugal at arvingen måtte hylles av parlamentet før han lovlig kunne anses for å være konge.