Ett sterkt preg fikk Innocens' pontifikat ved kampen med Ludvig XIV av Frankrike. Fra først av gjaldt striden regalieretten, det vil sia kongens rett til inntektene fra ubesatte bispedømmer og til å under sedisvakansen forføye over de prebender som hørdt under bispestolen, en rett som kongen ville utvide over hele Frankrike. Ved de fire såkalt gallikanske proposisjoner som ble antatt på Parissynoden 1681-1682 kom i spill hele spørsmålet om den franske kirkes forhold til Roma og hevdet en selvstendig stilling for det franske presteskapet. Paven svarte med å nekte å vie gallikanske biskoper. Til disse spørsmål kom senere det om opphevelse av asylretten av fremmede sendebud som ble akkreditert ved den romerske kirke. Alle de fortjenester som Ludvig XIV innla om katolisismen, blant annet ved å oppheve Nantesediktet i 1685, kunne ikke formå Innocens til å gi etter i regaliespørsmålet og å anerkjenne Parissynodens beslutninger, og striden vedvarte hele hans regjeringstid.