I 1999/00-sesongen fikk Johnson bokført 34 ligakamper, 2 play-off kamper mot Barnsley og 2 ligamål. Også i 2000/01-sesongen fikk med seg 2 play-off kamper for Birmingham da klubben for tredje gang på rad ble slått ut av play-off sluttspillet. I tillegg noterte han seg for 39 ligakamper og 4 mål denne sesongen. Han fikk også med seg 8 kamper i den engelske ligacupen der Birmingham City nådde helt fram til finalen. I finalen, som ble spilt på Millennium Stadium i Wales, var motstanderen Liverpool, og Michael Johnson spilte hele denne kampen. Kampen ble til slutt avgjort ved at Liverpool vant 5-4 på straffer etter at stillingen var 1-1 både ved full tid og etter ekstraomganger.