Kristoff ble topp 10 i tre av de største klassikerne på vårparten 2013, med 8.-plass i Milano–Sanremo, fjerdeplass i Flandern rundt og niendeplass i Paris–Roubaix. Under Tour of Norway fulgte han opp med to etappeseire. Kristoff tok sin første WorldTour-seier da han vant den femte etappen av Sveits rundt den 12. juni 2013. Han vant 2. etappe i Tour des Fjords 2013.