Den 28. november 2012, fikk han sin 2. kamp på førstelaget, igjen i Copa del Rey, i en 3-0 seier over Real Jaén. Den 6. desember var han også i laget i et 0–1 tap borte mot FC Viktoria Plzeň i UEFA Europa League 2012/13. Manquillos første kamp i La Liga kom tre dager senere, når han kom inn som innbytter for Filipe Luís sent i 2. omgang i 6–0 seieren hjemme over Deportivo de La Coruña.