Til tross for de rent romanske stilformene kan denne storslåtte kirken neppe ha blitt påbegynt før rundt 1220 ettersom man ikke kan tenke seg at kirken har stått da en børglummunk ble sendt til paven for å få tillatelse til å flytte klosteret i 1215. Det kan imidlertid ikke sees bort fra at en del av de kvadrene og løse ornamentstenene som er funnet i området kan stamme fra en eldre kirke. En liten søylebase (nå i Nationalmuseet) har stenmesteren signert med sitt navn «Tove» dvs. tilsvarende moderne «Tue». Under de urolige forholdene i midten av 1200-tallet var arbeidet på kirken gått i stå og først mot århundrets slutt fikk man ferdigstilt skipets to fag og de fire fagene i hvert av sideskipene. Fra denne byggeperioden stammer sideskipenes yttermurer og de spissbuede arkadene mellom hovedskipet og sideskip samt søndre sideskips østre og vestre hvelv. Videre virker det som at man har oppført høye spissbuede arkader mellom korsarmene og korsskjæringen for å kunne dekke denne med et hvelv, som rundt 1500 er bygget om da en brann eller en annen katastrofe har nødvendiggjort en fullstendig ombygging av høykirkemurene. Samtidig ble hele kirken overhvelvet, i hovedskipet med store stjernehvelv og kanskje har man først nå oppført vestgavlen og avfunnet seg med tanken om at skipet aldri skulle få den prosjekterte lengde tilsvarende klostergårdens utstrekning.