Etter Krystallnatten ble jøder satt i leiren, omkring to tredjedeler ble sluppet fri under forutsetning av at de skulle forlate Tyskland. Før 1938 var alle fangene tyske, og det ble da gradvis flere utlendinger ved tysk ekspansjon og utbruddet av krigen. I 1938 kom det i alt nye fanger, mange fra Østerrike etter at de hadde motsatt seg annekteringen. Innen sommeren 1939 var fangetallet nede i . På Himmlers ordre av 5. oktober 1942 om å gjøre alle konsentrasjonsleirer i Tyskland «jødefrie», ble jødene i Dachau deportert til utryddelsesleiren Auschwitz.