Trollflaggermus ble første gang registrert i Norge ved Bergen på 1990-tallet . Siden er den påvist på en rekke lokaliteter hovedsakelig langs kysten nord til Trøndelag . Funn utenom artens trekkperioder er så godt som utelukkende kjent fra Rogaland og Hordaland . De fleste av disse funnene gjelder sommerfunn (andre halvdel av mai-midten av juli).