Parallelt med USAs flyvåpen USAF og DARPAs (efense dvanced esearch rojects gency) utviklingsprogram for et ubemannet kampfly, samarbeidet USAs marine og DARPA om et hangarskip-basert ubemannet kampfly. 2 kontrakter ble inngått i juni 2000, den ene med Boeing for X-46, og den andre med Northrop Grumman for X-47. I stedet for å utvikle 2 identiske eksperimentfly ble det i 2003 besluttet å slå sammen marinens og flyvåpenets UCAV-programmer til J-UCAS (oint nmanned ombat ir ystems). Dette medførte at X-46-programmet ble kansellert før flyet var ferdigbygd.