Skipet med den frustrerte kapteinen satt fortsatt fast i Mosambik i februar 1507, omtrent ett år etter hun forlot India i den utgående 8. India-armada, som var under kommando av Tristão da Cunha. Cunha og hans menn hjalp til med å gjøre skipet sjødyktig. Krydderlasten ble losset over på et annet skip, som var på vei til Portugal under kommando av António de Saldanha. «Flor do Mar», som dermed var uten last, ble annektert av armadaen som var på vei til India. Hun kom aldri tilbake til Portugal. «Flor do Mar» og kaptein João da Nova deltok i Cunhas erobring av Sokotra. Til Novas overraskelse beordret Cunha at skipet skulle forbli i vestlig del av Det arabiske hav, og delta i en patruljetjeneste ledet av Afonso de Albuquerque. Skipet ble satt inn under Albuquerques erobringer av byene Curiati (Kuryat), Muscat i juli 1507, Khor Fakkan, Kalhat, Sohar og Hormuz samme år. To år senere, i 1509, var hun flaggskipet til Francisco de Almeida under Slaget ved Diu i India. João da Nova døde samme år i Cochin, og Almeida avsluttet sin periode som visekonge. Han planla å vende hjem til Portugal med «Flor do Mar» og sørget for reparasjoner. Men hans etterfølger, Afonso de Albuquerque, forbød det og beholdt skipet i India. Han ga i stedet Almeida et annet skip til hjemreisen. Under Afonso de Albuquerques kommando deltok «Flor Do Mar» i erobringen av Goa i 1510 samt erobringen av Melaka i 1511.