Ifølge sønnen Carl Philipp Emanuel døde hun brått og uventet mens Johann Sebastians arbeidsgiver, Hertugen av Köthen, var på spaferie i Karlsbad. Til å sørge for underholdningen hadde han med seg sine musikere, inklusive Johann Sebastian. Da han reiste var Maria Barbara frisk og rask, men da han kom tilbake fra Karlsbad var hun allerede gravlagt.