Helt fra starten av hadde Fedora støtte for det journalførende filsystemet ext3; støtten var eksperimentell i de syv første versjonene, og ble standard i versjon 8. Filsystemet ble lansert i versjon 2.4.5 av Linuxkjernen den 23. november 2001, og støttet harddisker på inntil 32 tebibyte (TiB) og filstørrelser på inntil 2 tebibyte (TiB). Ext3 ble fjernet fra Linuxkjernen i versjon 4.3 den 1. november 2015, men Fedora støttet ext3 frem til og med versjon 32 (lansert 28. april 2020).