GIMP bruker en fargepalett med RGB, HSV, CMYK, fargehjul, mikset modus og et verktøy for å plukke farge fra bildet (pipette) med varierende gjennomsnittsmåling. Programmet har også heksadesimale fargekoder for bruk i HTML. CMYK-farger blir umiddelbart oversatt til RGB-farger når de brukes. GIMP har ingen innebygd støtte for CMYK for farger som ikke kan representeres i RGB, men kan til en viss grad simuleres via tredjepartstillegget Separate+.