I årene 1963–1974 var Gösta Ekman gift med Karl Gerhards adoptivdatter, tekstilkunstneren Fatima Svendsen, som han fikk sønnen Måns med. Deretter var han i årene 1979–1987 gift med Pia Harahap. De adopterte to barn sammen. Fra 1989 til sin død var han gift med kunstner og filmarbeider Marie-Louise Ekman.