Den andre typen totaktsmotor er svært annerledes enn den man finner på mopeder og motorsykler. Denne benyttes stort sett utelukkende på store dieselmotorer. Tidligere ble det produsert slike lastebilmotorer, men i dag er det utelukkende store skipsdiesler som benytter dette prinsippet. Den suger ikke inn luft gjennom veivhuset, som er fylt med olje som på en firetakter, i stedet blir luften presset inn i sylindrene med kompressor(supercharger). Den har som oftest ventiler i topplokket og kanaler nederst i sylinderen, og luften kan gå begge veier gjennom disse avhengig av motortype.