Den 17. oktober 2020 spilte Saba fløyte i et kammermusikkstykke av Georg Philipp Telemann i en kirke i byen Bsharri; dette var del av hans innsats for å samle inn penger for reparasjoner på konservatoriet etter den enorme havneeksplosjonen i Beirut den 4. august 2020 som kostet 200 mennesker livet og påførte betydelige skader. Tre dager etter ble han smittet med covid-19 på et styremøte for konservatoriet. Han ble innlagt på sykehus, og senere overført til på American University of Beirut Medical Center etter at han ikke lenger ble betraktet som en smittefare. Noen få dager etter fikk han septisk sjokk, ble intubert, men døde senere av covid-komplikasjoner den 4. desember 2020 i en alder av 62 år.