Mot Michaels innvendinger forlater Lincoln ham, for å finne igjen L.J. så Michael og Lincoln har separate handlingslinjer i flere episoder. Men begge brødrene blir etter hvert identifisert, og arrestert, av politiet. Lincolns far Aldo forsøker å komme sønnen sin til unnsetning, men blir senere myrdet av FBI-agent Alexander Mahone (spilt av William Fichtner) Michael og Lincoln blir senere tatt i varetekt av en grensepatrulje. På vei tilbake til fengselet i Fox River får de hjelp fra Paul Kellerman, som har snudd seg mot «The Company» og mot slutten av finalen har ikke brødrene noe annet valg enn å slå seg sammen med sin nye allierte. I denne sesongen står Lincoln ansikt til ansikt med Terrence Steadman, mannen som Lincoln ble dømt for å ha myrdet. Men Steadman begår selvmord, noe som tvinger Lincoln og Michael til å lete etter en alternativ måte for å bevise Lincolns uskyld på.