I 1933 måtte han avtjene militærtjeneste. Han hadde da fått en sterk lengsel etter klosterlivet. Han skrev til abbeden i San Isidro de Dueñas-klosteret, og i januar 1934 dro han sammen med faren for å gå inn i klosteret. 16. januar begynte han som postulant, og 18. februar ble han novise, ble ikledd ordensdrakten og fikk ordensnavnet Maria Rafael. Han gjorde seg bemerket for ydmykhet og oppofrelse i klosteret, men helsen hans tålte ikke det harde klosterlivet. Han ble svært syk og måtte bli hentet av faren 26. mai. Senere viste det seg at han hadde diabetes.