I tiden etter kom det flere sterke etterskjelv, men det som la hele byen i ruiner, bokstavelig talt, var alle brannene som oppsto i forbindelse med at gassledninger under skjelvet ble ødelagt og antent. Det aller meste av vannforsyningssystemet i byen hadde naturlig nok også brutt sammen og brannvesenet sto maktesløs. Flere branner slo seg raskt sammen og ble til store flammeinferno. En journalist poengterte at hele San Francisco sto i flammer. Brannen ødela mesteparten av bebyggelsen i sentrum, ca. 500 kvartaler.