Fra 1855 - 1857 var van Dockum Folketingsmann for Århus, deretter var han i 1857 gesandt i England. I 1859 fikk han igjen tilbudt stillingen som marineminister, men avslo, og i 1860 gikk han atter inn i marinen som kontreadmiral. Ved krigutbruddet i 1864 var han øverstkommanderende for flåten i den østlige del av Østersjøen.