Snake fortsetter på hans oppdrag, og ødelegger fasilitetene og Shagohod, og kjemper mot Volgin, som blir drept av et lynnedslag midt i kampen. Snake og EVA reiser til en innsjø hvor en WIG-ekranoplan er gjemt. Før de bruker den til å forlate regionen, konfronterer Snake hans gamle mentor, The Boss, som han må drepe for å kunne fullføre oppdraget. Etter en emosjonell kamp, overvinner Snake sine følelser og dreper henne. Snake og EVA rømmer til Alaska, og de tilbringer natten sammen. I løpet av natten forsvinner EVA, og legger igjen et båndopptak hvor hun avslører at hun faktisk er en kinesisk spion sendt for å stjele «the Philosopher's Legacy» for Kina. Båndopptaket fortsetter, og EVA avslører at The Boss faktisk ikke var en avhopper, men hun var under ordre om å late som at hun hoppet av til Sovjetunionen så hun kunne infiltrere Volgins indre rekker og finne ut hvor Legacy-fondet var, så det kunne bli gitt til USA. Den siste delen av oppdraget hennes gikk ut på å ofre seg selv ved å la seg bli drept av Snake under dekke av å være en forræder for å bevise USAs uskyld i saken om Volgins atomangrep i begynnelsen av spillet.