Senja består av høge spisse fjell og mange fjorder. Istindan er høyeste topp 957 moh. På fastlandet er det også høge fjell. Høyeste topp var Vassbruntinden, 1203 moh. Fastlandsdelen var nesten delt i to av Rossfjorden–Rossfjordvatnet, som løper parallelt med Gisundet. Rossfjordvassdraget er varig vernet. Flere våtmarksområder på Senja er foreslått fredet pga. fuglelivet.