I 1809 angrep Franz igjen Frankrike, og håpet å dra fordel av den konflikten Napoleon var inne i Spania. Han ble igjen slått, og ble tvunget til å alliere seg med Napoleon, avstå territorium, slutte seg til det kontinentale systemet og gifte bort sin datter Maria Luise til ham. I realiteten ble han gjort til en vasall under keiseren av Frankrike. Napoleonskrigene svekket Østerrike drastisk og reduserte landets prestisje, noe som senere ville hjelpe Preussen å komme seirende ut i kampen om å dominere Tyskland.