I forbindelse med kong Frederik IVs ombygging av Københavns slott i perioden 1720-29 ble slottskirken bygget helt om. Til den nye kirken ble det anskaffet nytt orgel, ny døpefont og en stor barokk altertavle av marmor. Christian IIs gamle altertavle ble i 1728 gitt til Sortebrødre kirke i Viborg, hvor den fremdeles befinner seg. Maleren Hendrik Krock utførte alterbildet som forestilte Kristi Himmelfart og takmaleriet, som forestilte Dommedag.