Mot slutten av 1949 krysset Folkets frigjøringshær Yangtzeelven og avskar dermed Kuomintangstyret i det sørlige Xinjiang fra resten av Kuomintang-områdene i landet. Noen KMT-folk flyktet til India, Afghanistan og Pakistan, men de fleste overgav seg til Det kinesiske kommunistparti. Denne «fredelige frigjøring» av Xinjiang var fullført ved utgangen av oktober 1949, skjønt Osman Batur og hans kasakher fortsatte motstanden til 1954. I juli 1949 sendte partiet Deng Lichun for å forhandle med Den østturkestanske republikks lederskap i Ghulja (Yining på kinesisk). Mao Zedong inviterte lederne av Den østturkestanske republikk til å delta under Folkets nasjonale konsultative konferanse senere samme år. Lederne av Den østturkestanske republikk dro til Sovjetunionen, der de fikk beskjed om å samarbeide med Det kinesiske kommunistiske parti. I august steg Exmetjan Qasimi, Abdulkerim Abbas, Delilhan Sugurbayev, Ishaq Beg og Luo Zhi ombord et fly i Alma-Ata som satte kurs for Beijing. Den 3. september informerte Sovjetunionen den kinesiske regjering om at flyet hadde styrtet og at alle ombord var omkommet.