I 1563 seilte Drake først vest mot de spanske fastlandskoloniene, trukket dit av den enorme rikdommen Spanias sølvmonopol førte med seg. Han mislikte spanjolene fra første stund, dels på grunn av deres mistro mot alle ikke-spanjoler, og dels på grunn av deres katolske tro. Hans fiendtlige innstilling skal ha blitt forsterket etter en hendelse ved San Juan de Ulloa i 1568, da spanske styrker utførte et overraskelsesangrep til tross for at våpenhvile var inngått noen dager tidligere. Drake mistet nesten livet ved dette sammenstøtet. Fra da av viet han seg til å kjempe mot det spanske riket. På sin andre reise utkjempet han et slag mot spanske styrker, hvor han vant en dyrekjøpt seier; mange engelske sjømenn falt, men Drake vant dronning Elizabeths gunst.