Den første konflikten var med Sudan, en viktig støttespiller for den eritreiske frigjøringsbevegelsen under uavhengighetskrigen. Forholdet mellom Sudan og det selvstendige Eritrea ble anstrengt etter gjensidige beskyldninger om å ha trent og utstyrt opprørere. Eritrean Islamic Jihad (EIJ) allerede i 1993 hadde startet de første angrepene, og Eritrea beskyldte Sudan for å ha støttet opprørere fra EIJ. Som svar på dette anklaget den sudanske regjering Eritrea for å trene sudanske opprørere. Konflikten ble ytterligere tilspisset i 1996 da Eritreas regjering overdro den sudanske ambassadebygning i Asmara til den sundanesiske motstandsbevegelsen National Democratic Allianse (NDA). Som svar på dette styrket Sudan forbindelsen med Etiopia og lot eritreisk opposisjon operere i Sudan etter krigsutbruddet mellom Eritrea og Etiopia. De diplomatiske forbindelser ble gjenopprettet, men gjensidig mistro mellom regjeringer i Sudan og Eritrea vedvarte i mange år.