Byen ble grunnlagt av Andres Lopez de Galarza den 4. oktober 1550 under navnet «Villa de San Bonifacio de Ibagué.» Byen ble provinshovedstad i Huila i 1887. I forbindelse med opprettelsen av provinsen Tolima i 1908, ble Ibagué utnevnt til provinshovedstad. Byen fikk eget universitet i 1954.