Det var ventet at han kom til å legge opp på grunn av denne kneskaden, men han kom tilbake på fotballbanen i 2001 – først for 4.-divisjonsklubben Trosvik, og returnerte sesongen etter til FFK, som han hjalp til to strake opprykk og en etterlengtet retur til Tippeligaen. Pedersen spilte etter dette 1 sesong i sin moderklubb Selbak. Spiller nå for Oslo Diamantene.