I 1966 ble det gjennomført to militækupp i Nigeria. Her ble landets lederskap, inkludert president Nnamdi Azikiwe og Balewa, erstattet. General Johnson Aguiyi-Ironsi overtok makten, men ble drept etter et halvt års styre. Året etter brøt en borgerkrig ut mellom delstaten Biafra og resten av landet. Det var ikke før i 1970 at dette opprøret ble knust.