Som alle NSAIDs virker naproksen ved å hemme prostaglandinsyntesen. Naproksen er svært nært beslektet med ibuprofen. Hovedforskjellen er en betydelig lengre halveringstid, over et halvt døgn mot ca. 2 timer for ibuprofen. Dette bidrar til at det er tilstrekkelig å dosere naproksen to ganger i døgnet.