Alex døde 6. september 2007, 31 år gammel. Dødsfallet kom som en overraskelse, siden gjennomsnittsalderen til jakopapegøyer når de dør er 60 år. Han virket frisk dagen før, men ble funnet død om morgenen. Ifølge en pressemelding gitt ut av Alex Foundation var Alex i god form under sin forrige årlige medisinske undersøkelse, som var cirka to uker før han døde. Ifølge veterinæren som utførte obduksjonen, var det ingen åpenbar grunn til at han døde. I ettertid har det blitt kjent at dødsfallet skyldtes åreforkalkning. Ifølge Pepperberg, vil ikke Alex' dødsfall sette en stopper for forskningen hennes, men vil bremse den ned. Laboratoriet hun arbeider i har to andre fugler, men de kan ikke sammenlignes med Alex. Alex' siste ord til Pepperberg var «You be good, see you tomorrow. I love you.» (norsk: «Du være bra, sees i morgen. Jeg elsker deg»). Dette var de samme ordene som han sa hver natt før Pepperberg forlot laboratoriet.