Jóannes ble født på Kirkjubøargarður, kongsgården i Kirkjubøur, i 1866. Han var sønn av Poul Peder Pedersen (Páll Patursson) og Ellen Cathrine Djonesen (Elin Dalsgarð). På morssiden av slekten var han oldebarn av nasjonalhelten Nólsoyar Páll. Jóannes Patursson ble døpt , men brukte, og ble utelukkende omtalt med, den færøyske navneformen. Han ble også kalt , «Bonden». Kirkjubøargarður var Færøyenes bispesete under katolisismen, og har helt siden reformasjonen vært den største kongsgården i øyriket. Patursson-slekten har vært kongsbønder der siden 1537.