Størstedelen av 1943 tilbragte «Yamato» i havn på øya Truk frem til 25. desember 1943 da det ble skadd av en torpedo fra USS «Skate» og ble ikke reparert før i april 1944. Det deltok så blant annet i slaget ved Leyte Gulf og Samargulfen, som var første gangen skipet avfyrte sin hovedbestykkning i strid.