Det har de siste skjedd en endring i plantelivet i Kysulkum, i likhet med i den nærliggende ørkenen Karakum, noe som antas å ha sin årsak i et redusert beitepress, saltstormer fra den inntørkede Aralsjøen og endringer i nedbørsmønster forårsaket av den reduserte overflaten av Aralsjøen.