Fra 1800 til 1809 var han sogneprest i Eidanger og Brevik i Telemark. Dette var den gangen et felles prestedømme, og Rein hadde egentlig søkt en prestestilling i Statsbygd i Trøndelag. Stillingen han fikk i stedet ble ansett for et bedre embete. Han bosatte seg på Eidanger prestegård, like ved Eidanger kirke. Han skal ha vært svært fornøyd med utnevnelsen til prest i Eidanger og Brevik, men mistrivdes de første par årene, fordi han lengtet til hovedstaden og strevde med sin diktergjerning. Etter hvert skulle imidlertid Grenlandsperioden bli en svært harmonisk tid for Jonas Rein, og danne grunnlaget for hans ry som predikant og taler. Imidlertid viste det seg at prestekallet i Eidanger og Brevik ga ham en anstrengt økonomi, og han søkte seg etter hvert til stillingen som prest i Nykirken i Bergen.