Stolypin hadde også mer vidtgående planer om å forvandle statsskikket fra autokrati till et mer effektivt regjeringssystem. Han utferdiget planer for egne ministerier for folkehelsen og for etniske anliggender. Før hans politiske karriere var forbi hadde han også utarbeidet planer som ville ha emansipert jødene i Tsarriket, for dermed å kunne vinne denne minoriteten for den tsaristiske stat. Likeså gikk han, til tross for sine nasjonalistiske og monarkistiske overbevisninger, inn for en gradvis prosess som skulle legge grunnen for en uavhengig polsk stat.