En av gjestene i Thomas Egertons hjem var den fjorten år gamle Anne More – en fjern slektning av John Donne på morssiden. De ble dypt forelsket, men de sosiale forskjellene gjorde at de ikke kunne regne med at hennes far ville samtykke i ekteskapsinngåelse. I desember 1601 giftet de seg i all hemmelighet, og da det ble kjent, mistet Donne jobben og ble for en kort tid sperret inne. Ekteskapet ble likevel bekreftet gyldig, men Donnes rykte var ødelagt, og til tross for den grundige utdannelsen og poetiske begavelsen, levde han og den voksende familien flere år i fattigdom. Verkene hans fikk på denne tiden en alvorlig undertone. I to , (1611) og (1612), kommer det klart fram at han var blitt rystet i troen på middelalderens livsanskuelse – dette var en tid med voksende tvil rundt tradisjonell politikk, vitenskap og filosofi. Satiren (1611) var sannsynligvis det første engelskspråklige verket der Galileo Galileis navn ble nevnt.