Jonathan Spence studerte først historie ved University of Cambridge. Sinologien kom han i berøring med under et utvekslingsår ved Yale University, der forelesninger av historieprofessor Mary Wright om kinesisk historie vekket hans interesse. Han tok doktorgraden med en avhandling om den tidlige Qing-tiden, og avhandlingen ble fulgt opp med verket . Etter dette fikk han i 1971 en lærestol i historie ved Yale. Flere publikasjoner fulgte.