Den 11. mars 1990 erklærte Litauen seg selvstendig og flagget ble dermed igjen Litauens nasjonalflagg. 26. juni 1991 ble flagget regulert ved lov. Flaggloven ble endret i 2004. Dette innebar at fra 1. september 2004 ble Litauens flagg endret i forhold fra 1:2 til 3:5. Samtidig ble det historiske flagget, rødt med den væpnede rytteren, offisielt anerkjent som historisk nasjonalflagg. Det rangerer etter nasjonalflagget, men skal benyttes bestemte steder og på bestemte flaggdager. Samme flagg benyttes av Litauens marine som gjøs. Litauens orlogsflagg består av et liggende blått kors med den litauiske trikoloren i øverste venstre hjørne.