Den 24. mai 2008 utnevnte pave Benedikt XVI ham til biskop av bispedømmet Warszawa-Praga, som dekker den østlige del av den polske hovedstaden. Han var medlem av presidiet for den polske bispekonferanse og ledet ekspertteamet for bioetikk. Biskop Hoser var en sterk motstander av -befruktning.