I januar 2010 fikk Pell hjerteproblemer under et besøk i Vatikanet, og i februar fikk han satt inn en pacemaker på et sykehus i Roma. I 2015 vurderte Pells leger at hjertets tilstand var såpass dårlig at hen ikke burde ta flyturen fra Italia til Australia for å møte . Han ble formodet i god nok form for å kunne reise i februar 2016. Men kommisjonens formann Justice Peter McClellan fritok ham fra å møte personlig, på grunnlag av tilsendt tosiders medisinsk uttalelse. Han vitnet så fra et hotellrom i Roma via video-link-up. I desember 2018 hadde han en kneoperasjon. Han kom seg såpass at han sluttet å gå med stokk i juni 2019. I februar 2019, da han ble tatt i forvaring etter å ha blitt dømt, ble hans mentale og fysiske helse vurdert som god nok til å bli innsatt på HM Melbourne Assessment Prison.