Hans-Emil Lidén antar at Korskirken og Mariakirken var byens opprinnelige hovedkirker. Begge ble etter normen orientert øst-vest, de ble bygget på et frittliggende, fremskutt og flatt område ved Vågen. De hadde store kirkegårder og øvrig bebyggelse og ferdsel innrettet seg etter kirkebyggene. Til sammenligning var Peterskirken liten, med liten kirkegård, tilpasset bebyggelse, eiendomsgrenser og gaten, og ikke orientert øst-vest. Bernt Lorentzen antok at byens kjerneområde var ved Mariakirken og at byen ekspanderte mot Vågsbunnen med Korskirken, mens forskning av Narve Bjørgo og Knut Helle tyder på byen vokste frem på disse to stedene samtidig. Øystein Ekroll skriver at Mariakirken og Korskirken er jevngamle. Nikolaikirken nevnes første gang i Heimskringla (Snorres kongesagaer) i forbindelse omkring 1160 og er den første Bergens-kirken som nevnes i sagaene. Byloven tyder på at Nikolaikirken hadde et offisielt preg og den kan ha vært en hovedkirke i Bergens tidlig historie. Like vest for Mariakirken var den lille Lavranskirken (10 x 8,4 meter, en av byens minste) og 60 meter sør for Mariakirken var Peterskirken (rester utgravd ved Schøtstuene). De fleste middelalderkirkene i Bergen hadde enkelt rektangulært grunnplan uten særskilt utbygg for koret. Mariakirken og trolig Kristkirken var de eneste med basilikaform. I middelalderen var trolig korskirken størst (40 meter lang etter utvidelsen av kore), mens Korskirken var 39 meter lang. Mikaelskirken kan vært omkring 35 meter. Domkirken (Olavskirken i Vågsbunnen, da en fransiskanerkirke) er over 60 meter etter utvidelse.