I 1964 overtalte en annen kollega, økologen George Woodwell (1930-), Whittaker til å ta et år fri fra Brooklyn College for å arbeide med ham i Brookhaven National Laboratory i New York State. De to fikk etterhvert et meget fruktbart samarbeid, også vennskapelig. I løpet av 1960-årene produserte de åtte vitenskapelige artikler om temaer som overflateegenskaper, biomasse, produksjon og næringsstrømmer, samt effekten av gammastråling på strukturer og biodiversitet i økosystemer i skog.