Kirkelyden i Nesseby sognet fra gammelt av til Vadsø kirke og sognekall. Det første kirkehus i indre Varanger var et lite kapell oppført på Angsnes, syd for Meskefjorden i 1719. Dette var først benevnt Varanger kirke, fra 1726 Angsnes kirke og fra 1740 Angsnes kapell. Dette ble revet ned i 1746 og brukt, sammen med russisk tømmer til det nye, større kirkebygget. Det lå på dagens kirkested i Nesseby, nord for fjorden, og i 1747 ble den nye kirken vigslet der.