Byggingen av Fylkeshuset på Fløyheia var omstridt og skapte lokal debatt. Blant åtte aktuelle tomtevalg, ble Fløyheia ansett som det beste alternativet. Arendal kommune tilbød gratis tomt med vei, vann og kloakk, samt et byggetilskudd. Men det var imidlertid omstridt å legge bygget utenfor sentrumskjernen, samt at plasseringen også ville berøre Naturparken, noe som skapte engasjement fra natur- og miljøvernbevegelsen.