Etter Münchenavtalen og den tyske innlemmelsen av Sudetenland i Det stortyske rike i 1938, var han med på å danne en tsjekkisk motstandsgruppe med navn Obrana národa («Nasjonens forsvar»). Det er blitt antatt at han på samme tid etablerte kontakt med den sovjetiske etterretningen. Etter den tyske okkupasjonen av hele Tsjekkoslovakia, flyktet han i juni 1939 til Polen og dannet en første tsjekkisk militær enhet i Kraków, men ble tatt i sovjetisk forvaring da Sovjetunionen etter Hitler-Stalin-pakten okkuperte det østlige Polen. Han skal ha reddet livet da han ba sive sovjetiske fangevoktere om å ringe et spesielt nummer i Moskva for å få fastslått hvem han var.