Selektiviteten er også en ulempe hvis direkte ionisering av et analytmolekyl ikke er mulig med APLI. I dette tilfellet kan analytmolekylet være kjemisk koblet med et merkemolekyl som er følsomt for APLI. Hvis en slik derivatiseringsreaksjon er tilgjengelig, kan selektiviteten til APLI utvides til andre molekylklasser.