Da Mamadou Tandja i 2009 ved hjelp av en forfatningsendring tilstrebet en tredje embedsperiode som statspresident, var Mohamed Ben Omar blant dem som støttet dette. Under dennes begynnende tredje periode innehadde Ben Omar også posten som visepresident for nasjonalforsamlingen. Tandja ble styrtet i februar 2010. I den påfølgende regjering var ikke Ben Omar med.