Selv om han ikke hadde sikret seg annen ansettelse, forlot han posten i Halle juni 1764. Resten av livet var han uten fast stilling og forsøkte å tjene til livets opphold ved å gi konserter, undervise og komponere. I 1770 flyttet han til Braunschweig og våren 1774 til Berlin. Mellom 1764 og 1774 foretok han en rekke reiser, blant annet til organist og musikkforsker Johann Nikolaus Forkel i Göttingen, men uten at det førte til fast ansettelse. Det gjorde heller ikke søknader på organiststillinger i Braunschweig og Wolfenbüttel. I Berlin gav han flere vellykkede orgelkonserter som sikret ham støtte fra prinsesse Anna Amalie av Preussen, søster til kong Fredrik den store. I 1778 eller 1779 trakk hun støtten tilbake etter at det ble framsatt uverifiserte påstander om at Bach skulle ha intrigert mot Anna Amalias komposisjonslærer, den prøyssiske kapellmesteren Johann Philipp Kirnberger.