Espírito Santo var opprinnelig bosatt av indianere, som hadde en halv-nomadisk levemåte. Området ble opprettet som et eget distrikt (portugisisk ) i 1535. Den første hovedstaden i distriktet var Vila Velha. På grunn av regelmessige angrep fra indianerne, ble denne flyttet til en øy i nærheten, dette skjedde i 1551. Denne bosettingen ble permanent og dannet grunnlaget for det som i dag er delstatshovedstaden Vitória. I 1556 ankom det misjonærer til området, de anla bosetninger som Serra, Nova Almeida og Santa Cruz.