Den første fastboende presten var svenske Amund Isaksen Curtelius. Han overvintret i Masi fra 1674 til 1675. Han ble etterfulgt av Johan Tornberg. I 1682 ble han igjen etterfulgt av sin bror, Anders Nicolai Tornensis. Tornensis fikk bygget prestegård i Kautokeino og startet bygging av Kautokeino gamle kirke i 1701. Kirken ble innviet 11. februar 1703 og fikk navnet «Hellig Karls kirke». Frem til slutten av 1600-tallet, før prestene slo seg ned, besto befolkningen i Kautokeino området av flyttsamer. Gamle Kautokeino kirke var innviet som kirke i 241 år og 296 dager før den ble brent ned av den tyske okkupasjonsmakten 3. desember 1944, og var da Finnmarks eldste protestantiske kirke.