Etter å ha studert filosofi og teologi ved St. Edwards seminar i Kenmore i delstaten Washington, ble han ordinert til prest 1. juni 1946 av biskop Joseph Michael Gilmore. I 1953 fullførte han en mastergrad ved det katolske University of Notre Dame i delstaten Indiana. Hunthausen underviste deretter i kjemi fra 1946 til 1957 ved i Helena og var trener for fotball- og basketballaget der fra 1953 til 1957. Fra 1957 til 1962 var han rektor for .