Den største forskjellen på de to flyene var motorene. Mens Me 210 var drevet av to Daimler-Benz DB 605 motorer på 1 500 hp, hadde Me 410 to Daimler-Benz DB 603 på 1 750 hp. Dette økte makshastigheten på flyet til 625 km/t, marsjfarten til 579 km/t, samtidig som det økte stigningshastigheten og makshøyden. Flyet kunne også bære flere våpen enn forgjengeren.