Blant Clermont-Ganneaus bokutgivelser kan nevne fra 1897, og i 1888 startet han å gi ut , der han dekket de nyeste oppdagelser, særlig de østerlandske innskrifter. Siden 1900 var han formann og leder for utgivelsen av . I det franske institutt fortsatte Clermont-Ganneau å (utgitte i ); blant annet behandlet han papyrusene fra Elefantine.