To år senere reiste han igjen til Venezia og ble her i 4½ år. Karrieren som instrumentalist fortsatte fram til Kalmarkrigens utbrudd i 1611, da han sammen med kollegene Jacob Ørn og Hans Brachrogge ble sendt til et studieopphold ved Jakob I av Englands hoff i London i tre år. Pedersøns karriere kulminerte med utnevnelsen til visekapellmester i 1618, en stilling han beholdt til sin død. Han var den første danske musiker som fikk denne posten.