I 1945, som følge av Josef Stalins midlertidige toleranse overfor kirken under andre verdenskrig, ble lavraen returnert til den russisk-ortodokse kirke. Den 16. april 1946 ble det igjen holdt gudstjenester i Maria himmelopptagelses katedral. Lavraen fortsatte som sete for patriarkatet Moskva til 1983, da patriarken fikk tillatelse til å bosette seg i Danilovklosteret i Moskva. Etter dette fortsatte klosteret som det fremste senteret for religiøs utdannelse. Viktige restaureringsarbeider ble utført på 1960- og 1970-tallet. I 1993 ble Troitse-Sergijeva Lavra oppført på FNs verdensarvliste.