Med tanke på disse holdningene er det ikke overraskende at Jan tilbrakte sine fem år i Stellenbosch stort sett adskilt fra det «barnslige element», dvs fra hans jevnaldrende. Uten sosialt utløp begravde han seg i sitt arbeid. Han lærte seg høynederlandsk. Han nedsenket seg i tysk og i verkene til de tyske romantikerne, mens han lærte seg gammelgresk slik at han kunne studere klassisk. På søndagene deltok han både på gudstjenestene om morgenen og kvelden og ledet bibelstudier for fargede gutter. I løpet av uka fant han også tid til jevnlige bønnemøter. Fysisk fortsatte han å ta lange, ensomme fotturer.