Etter at hun var ferdig med studiene har Synne Skouen arbeidet som komponist, musikkanmelder og redaktør og som leder for Norsk komponistforening 2002-2006. Hun startet i sin tid musikktidsskriftet og ble kulturkanalen NRK P2s første musikksjef i 1993; en stilling hun hadde til hun ble kultursjef samme sted 1999-2001.