Den første testoppskytningen av Agni-III ble gjennomført fra Wheeler Island utenfor kysten ved Bhadrak 9. juli 2006. Testen viste seg å være mislykket ettersom missilet falt i sjøen utenfor kysten av Odisha før det klarte å nå det på forhånd utvalgte målet. Ifølge DRDO skyldtes svikten en anomalie i første trinn forårsaket av resirkulerte varme gasser som trengte inn i selve missilet og gjorde skade på de elektroniske komponentene. Den daværende indiske forsvarsministeren Pranab Mukherjee kalte oppskytningen «delvis suksess» ettersom missilet var bare i lufta i fem minutter i motsetning til de forventede 15 minuttene.