I har en ung Link blitt oppdratt som en Kokiri, «skogens barn». Ulikt andre Kokirier, har ikke Link en fekompanjong, og blir dermed ignorert av deres leder, Mido. Links liv forandres en dag når Great Deku Tree, skogens beskytter, sender feen Navi til Link med en beskjed om å hente ham umiddelbart. Great Deku Tree har blitt forhekset med en forbannelse, og han ber Link om å bryte den. Mens Link er suksessfull i å bekjempe monstrene inni treet, var Great Deku Tree fortapt før Link begynte. Deku Tree forteller, døende, Link om trekraften, og ber ham dra til Hyule Castle, hvor han møter Prinsesse Zelda. Hun sender ham på et oppdrag om å samle tre åndelige steiner (): Skog, ild og vann, og å redde Hyrule. Med en gang Link samler steinene, drar han til tidstempelet og åpner tidsdøren med steinene og tidsokarinaen (). Han trekker deretter mestersverdet fra tidssokkelen (). Denne handlingen fanger Link i lystempelet i Sacred Realm i syv år, mens Ganondorf tar kontroll over Hyrule og overtar makttrekraften. Syv år etter å ha trukket sverdet fra sokkelen, blir Link vekket som tidshelten av lysvisdomsmannen Rauru. Link finner ut at mange år har passert, og at han har vokst opp. Han drar ut på en søken for å rense Hyrule fra Ganondorfs ondskap ved å vekke de syv visdomsmennene, som kan forsegle Ganondorf i det som ble kalt Sacred Realm. Når han returnerer til Kokiri Forest, finner han ut at ingen av vennene hans har vokst opp, og at mange av dem ikke kjenner ham igjen. Etter Link fullfører den første katakomben i denne fasen av spillet, avslører Great Deku Trees etterkommer, Deku Sprout, en gjemt historie om Links fortid til ham. Kokiriene vokser aldri opp; grunnen til at Link har vokst, er på grunn av at han egentlig er en Hylian. Han ble foreldreløs under krigene som ble utkjempet før Hyrule ble forent. Da Link var en baby, flyktet moren hans dødssåret med ham til Kokiri Forest, og etterlot ham til Deku Tree som forsvarte ham. Han ble oppdratt som en av Kokiriene, uten å vite om sin fortid. Gjennom resten av spillet, reiser Link frem og tilbake i tid ved å bruke mestersverdet. Man finner ut at de gjenværende trekraftene tilhører Link (mot) og Zelda (visdom). På slutten av spillet blir han returnert til sin barndom av Prinsesse Zelda, og Navi forlater ham.