Han var sønn av den kurmainzske tjenestemannen Philipp Erwein von Schönborn (1607–1668), den eneste broren av Mainz kurfyrste-erkebiskop Johann Philipp von Schönborn og Maria Greiffenclau von Vollrads (1610–1682), en niese av kurfyrste-erkebiskop Georg Friedrich von Greiffenklau.