I sin ungdom drev han med humanistiske studier, og var da venn med Sjællands biskop, Poul Madsen. I 1550-årene ble Hjort ansatt på Oslo katedralskole, hvor han senere var rektor. Fra 1562 var han dekan i Tønsberg prosti, som hans svigerfar, biskop Frants Berg i Oslo hadde avstått til ham. Til dette len var den forpliktelse knyttet, at besitteren skulle opprettholde skolen i Tønsberg og forsørge de fattige i hospitalet. Hjort var biskop Jens Nilssøns lærer, og ble hans svoger. Det eneste skriftet som er bevart etter Hjort, er et trøstebrev som han skrev til Jens Nilssøn ved hans første kones død.