I borgerkrigen i Syria som startet i mars 2011, tilskriver observatører ham en sentral militær rolle. Da EU-rådet innførte sanksjoner mot Syria i mai 2011, var Mahir al-Assad den første av tretten individer hvis eiendom i EU var frosset. I den aktuelle forordningen blir han referert til som "hovedmanne bak undertrykkelsen av demonstranter".