Prinsippet om at kun monofyletiske grupper skulle ha formelle navn ble mer populær på andre halvdel av 1900-tallet. Den spredte seg sammen med kladistikk, som er et bærende element i fylogenetisk nomenklatur. Samtidig ble det klart at de obligatoriske kategoriene kunne skape problemer. Det kom flere forslag til drastiske endringer av kategorisystemet, og enkelte forskere gikk inn for å fjerne kategoriene helt, slik som kladistikkens far Willi Hennig, som gikk bort fra et forslag om å basere kategoriene på geologisk alder og til et kategoriløst system.