I 1989 ble Gullholmen fyr formelt overdratt fra kystverket til direktoratet for naturforvaltning, og i oktober samme år ble leiekontrakt mellom direktoratet for naturforvaltningen og stiftelsen Gamle Guldholmen Fyr undertegnet. Stiftelsen hadde da allerede en tid arbeidet med bygningene. I leiekontrakten står det at leieforholdet er etablert ut fra et langvarig siktemål.