Større mutasjoner defineres gjerne som sletting eller anskaffelse av større deler i et kromosom. Genomisk amplifisering skjer gjerne når en celle erverver seg mange kopier (ofte 20 eller mer) av en liten seksjon av et kromosom, som da vanligvis inneholder ett eller flere onkogener eller relatert genetisk materiell. Translokering foregår når to separate kromosomregioner blir abnormt sammensveiset, ofte ved en karakteristisk region på kromosomet. Et velkjent eksempel på dette er Philadelphia-kromsomet som er forårsaket av translokering av kromosom 9 og 22, noe som videre fører til kronisk myelogen leukemi.