Da hun var 14 år trådte hun inn i det abbesi som hennes mor hadde stiftet i Nivelles. På midten av 600-tallet grunnla Gertrud av Nivelles så benediktinerinnenabeddiet i Karlburg i Unterfranken. Abbediet var ett av de første klosteret i det mainfrankiske område, og der tok mamnn seg særlig av de fattige, syke og gebrekkelige. Etter morens død ledet Gertrud som abbedisse fra 652 abeddiet Nivelles til sin døs.