Begge foreldrene var professorer ved Universitetet i Chicago. Flint tok en Ph.D. i geologi ved Universitetet i Chicago i 1925. Han ble senere medlem av fakultetet ved Yale University der han ble professor i 1945, og var direktør for hovedfagsstudenter fra 1951 til 1957, og ble leder for geologi og geofysikk ved Yale i 1957 der han utmerket seg i de syv årene han var der.