Ved unionsoppløsningen i 1905 måtte bruken av KNS-flagget opphøre, siden kong Oscar II var avsatt og unionsmerket var fjernet fra orlogsflagget. Inntil videre måtte medlemmene føre det norske handelsflagget på sine båter. Problemet ble løst da kong Haakon VII i 1906 ga samtykke til å gjenoppta tradisjonen fra forgjengeren og la foreningens medlemmer føre orlogsflagget med kongens navnesiffer. KNS-flagget har fremdeles den regjerende konges navnesiffer.