I 2007 ble det oppdaget at den øvre troposfæren ved sørpolen var omtrent 10 °C varmere enn resten av Neptun, som i gjennomsnitt er ca. –200 °C (70 K). Varmeforskjellen er nok til at metan som ellers ligger frosset i Neptuns øvre atmosfære, kan lekke som gass ut i verdensrommet gjennom sørpolen. Dette relative «varmepunktet» kommer av planetens aksehelning, som har eksponert sørpolen for solen den siste fjerdedelen av Neptuns år, omtrent 40 jordår. Etter hvert som Neptun sakte beveger seg mot den andre siden av solen, vil sørpolen bli mørklagt og nordpolen opplyst. Frigjøringen av metan vil da skje ved nordpolen.