Ibarretxe er født i Lloido, Araba, og er utdannet økonom ved Universitetet i Baskerland. I 1983 ble han valgt til Baskerlands parlament for Det baskiske nasjonalistparti. 4. januar 1995 ble han utpekt til vise-lehendakari av daværende lehendakari José Antonio Ardanza.