Dette ble imidlertid småtterier, sett i forhold til det som kom. Da tyskerne inntok landet innebar det full omveltning i Knudsens NTB. Han selv og mye av staben fulgte den norske regjeringen på en kaotisk flukt nordover, og forsøkte underveis å opprettholde en slags nyhetstjeneste. Til slutt endte Knudsen opp i Bodø, dernest i Tromsø, før han fulgte Kongen og regjeringen på krysseren «Devonshire» til eksil i England.