Nasjonalistiske kolleger ved universitetet la imidlertid ikke skjul på sin antityske og antijødiske holdning, og Philippson opplevde utfrysning og mobbing. Dette førte til at han i 1890 sa opp stillingen og la ned sine verv i Brussel for å vende tilbake til Tyskland. Der slo han seg ned i Berlin som selvstendig vitenskapelig forfatter.