Raffael ble født i Fortaleza,Ceará, men flyttet allerede i tenårene til Sveits for å representere FC Chiasso og deretter FC Zürich. Han var en nøkkelspiller for FC Zürich, og ledet assist-tabellen begge sine år i klubben, som også vant den Sveitsiske ligaen både i 05/06 og 06/07.