Hetherington ble drept mens han dekket den anspente situasjonen i den beleirede byen Misrata i Libya, i løpet av den libyske borgerkrigen i 2011. Under det samme angrepet ble også fotografen Chris Hondros drept og fotograf Guy Martin ble alvorlig såret. En kilde sier at de reiste sammen med opprørere på tidspunktet for deres død, og flere libyske opprørere skal også ha blitt drept i samme eksplosjon. Hetherington ble overlevd av sine foreldre, en søster og bror, samt tre nieser og nevøer. Noen få dager etter Hetheringtons død i Misrata, ble det det største torget i den libyske byen Ajdabiya navngitt etter ham.