El Salvador sendte inn bakkestyrkene sine, som var mye mer organisert enn Honduras'. Honduras svarte med å sende inn luftstyrkene sine, som i gjengjeld var mye sterkere enn El Salvadors. Dette var den siste krigen i verdenshistorien hvor det har blitt brukt propellfly. Krigen varte i 100 timer før den ble avsluttet. Derfor kalles den også 100-timerskrigen. Det var OAS (Organisasjonen av amerikanske stater) som klarte å forhandle frem en våpenhvile etter fire dager.