Da Ludvig var død tok hans yngre bror Henrik over regentskapet mens Elisabeths eldste sønn Hermann var mindreårig. Etter bitre motsetninger vedrørende hennes arv forlot Elisabeth hoffet i Wartburg. Den folkelige tradisjon sier at hun ble utkastet av Henrik, men dette er lite troverdig. Etter mislykkede forsøk på å tvinge henne til å gifte seg på nytt gikk Elisabeth i stedet med i en fransiskansk legmannsgruppe og bygde et herberge i Marburg for de fattige og de syke.