Det er uklart hvor og når kodeksen ble skrevet, men den ble ført fra Mexico til Europa allerede i 1521. Sannsynligvis har den før dette tilhørt den siste før-spanske mixteker-herskeren Iya Quicuaa. I Europa ble den gitt som gave til keiser Karl V av Det tysk-romerske rike sammen med Codex Zouche-Nuttall. Dens videre proveniens er ikke fullt ut kjent, men skal ha omfattet Portugal, Roma, Weimar og til sist Wien. Dens navn har skiftet med adressene, men har fulgt den lengst.