Intern motstand mot Kowalskis «diktatur» utkrystalliserte seg på begynnelsen av 1930-tallet. I oktober 1934 krevde de andre biskopene og prestene endringer i kirkens lære og administrasjonsregler, men Kowalski nektet å gå med på dette. I januar 1935 bestemte generalkapittelet (synoden) å fjerne Kowalski fra sin stilling. Han og støttespillerne hans nektet å godta avgjørelsen. Kirken sprakk, som Kozłowska tidligere hadde profetert. I løpet av denne turbulente tiden forlot nesten 30 prosent av tilhengerne mariavittene og vendte tilbake til den romersk-katolske kirke.