Kongregasjonen ble grunnlagt av pave Sixtus V den 27. mai 1586, og het da (religiøs i betydningen «underlagt en ordensregel»). I 1601 ble den slått sammen med Kongregasjonen for konsultasjoner omkring biskoper og andre prelater. Pius X delte de to igjen i kuriereformen av 1908, slik at tilsyn med biskopene ble flyttet til Kongregasjonen for biskopene.