Napoleon gjorde sitt ytterste for å hemmeligholde at paven hadde ekskommunisert ham og at han nå var i keiserlig fangenskap - avisene fikk forbud mot å nevne det. Men bannbullen ble smuglet til Lyon og sirkulert i Frankrike av medlemmer av en ny presteorden, lazaristene. At noe var galt, ble videre åpenbart fordi paven nektet å utnevne nye biskoper til 20 bispestoler som etterhvert var blitt vakante. Pius VII meddelte gjennom kardinalene Fesch, Caprara og Maury at så lenge han var i fangenskap kunne han ikke foreta meningsfylte konsultasjoner om hvem som burde utnevnes. Dermed begynte bildet av normale kirke-stat-relasjoner å rakne. Napoleon utnevnte derfor et kirkelig råd (ledet av kardinal Fesch) som skulle foreta de nødvendige disposisjoner, ikke bare i Frankrike, men etterhvert også i Tyskland og Italia.