Landets hovedstad i denne perioden ble flyttet flere ganger. I 1524 ble Villa de Santiago de Guatemala hovedstad. Etter et angrep ble den flyttet til Ciudad Vieja i 1527. I 1541 ble Antigua hovedstad etter at et voldsomt vulkanutbrudd og påfølgende stormflod som utslettet Ciudad Vieja. Antigua er i dag et UNESCO verdensarvsted. Antigua ble ødelagt av jordskjelv i 1773–1774, og kongen av Spania flyttet så hovedstaden i 1776 til dagens Guatemala by.