Naerebout ble født i en fattig fiskerfamilie i Veere i den nederlandske provinsen Zeeland. Han reiste tidlig med sine brødre på fiske ved kysten av Zeeland. Frans Naerebout, fiskerbåten hans og de fire medlemmene av besetningen ble ansatt som los av staten i 1781. Det var naturlig å kombinere fiske og losarbeid, som fisker hadde han lært hvor alle sandbankene langs den zeelandske kysten lå. To år senere, i 1783, ansatte VOCs kammer i Zeeland ham også som los for deres skip.