Leto ble født den 26. desember 1971 i Bossier City i Louisiana i USA. Han har en eldre bror, med navnet Shannon, og to yngre halvbrødre fra hans fars andre ekteskap. Hans mor, Constance, hadde ansvaret for å oppdra Jared og Shannon etter skilsmissen. Shannon Leto er forøvrig trommeslageren i 30 Seconds to Mars.