Han ble general allerede i 1960, da han var 33 år og ble stabssjef for Sør-Vietnams hær. I november samme år hjalp han president Diệm å slå ned et kuppforsøk fra fallskjermstyrkenes side, men ble beskyldt for å være litt for passiv til det ble klart at Diệm hadde fått overtaket. I 1963, etter at Diệm var avsatt og drept i et kupp ledet av Dương Văn Minh, ble Khánh forflyttet til det nordlige Sør-Vietnam da han ikke ble vurdert for å være helt pålitelig av det styrende generalene.