Martínez Somalo fratrådte som prefekt i februar 2004, da han var 76 år gammel. Han søkte også avskjed om camerlengo, men fortsatte i dette embetet. Ved Johannes Paul IIs død 2. april 2005 var han en av de få kardinaler som fortsatte i sitt embete, ettersom camerlengoen har en rekke plikter i forbindelse med pavens dødsfall.