Pinnock ble født i Canterbury hvor han gikk på Cathedral Choir School og studerte orgel og cembalo ved Royal College of Music. Han fikk sin debut i London ved Royal Festival Hall med Galliard Enemble i 1966. I 1973 grunnla han English Concert, et ensemble som spesialiserte seg på framføringer av barokkmusikk med historiske instrumenter. Han dirigerte selv ensemblet fram til 2003 hvor lederskapet gikk videre til fiolinist Andrew Manze.