Brian Mulroneys foreldre var irsk-kanadiske katolikker. Siden det ikke var noen engelskspråklig skole for katolikker i fødebyen og hjembyen Baie-Comeau på grunn av det strengt religiøst segregerte skolesystemet på den tiden, fikk Mulroney sin ungdomsskoleutdanning i Chatham i provinsen New Brunswick, og han bodde på en katolsk internatskole tilknyttet St. Thomas University.