I 1994 ble de første frie valgene avholdt og Vieira ble valgt til president. I 1998 avskjediget han sin øverstkommanderende og utløste dermed militær mytteri og en ødeleggende borgerkrig. Etter internasjonale formidlinger og Vieiras avgang i mai 1999 ble det inngått våpenhvile mellom partene, og et fredsstyrke bestående av soldater fra vestafrikanske land sikret freden. Nye valg ble avholdt i februar 2000, og Kumba Yalá ble innsatt som president. I 2003 ble han avsatt etter et kupp, og Henrique Rosa ble interimpresident etter at de militære mente at den økonomiske og politiske situasjonen utviklet seg negativt.