Da andre verdenskrig brøt ut i 1939 tok han igjen tjeneste i den britiske armé. Han fikk tilbake sin gamle tjenestegrad, men før krigsslutt var han blitt forfremmet til Lieutenant Colonel (oberstløytnant). Niven kom etter eget ønske inn i British Commandos. I denne spesialenheten var han til å begynne med trener av styrkene, men han deltok også i invasjonen i Normandie i 1944. Etter krigen snakket han lite om sine krigsår.