Jødene var i byens tidlige historie avhengige av herskerens gunst, og fikk bare lov å utøve noen bestemte yrker, f.eks. som pengeutlånere og visse handelsyrker. I krisetider kom det noen ganger til forfølgelser og fordrivelser. I forbindelse med Svartedauen ble jødene fordrevet i 1348, da man trodde de hadde skylden. Det tok likevel ikke lang tid før jøder igjen slo seg ned i byen. Fredrik II av Brandenburg utviste jødene fra Mark Brandenburg i 1446, og i 1510 kom det til en antijødisk prosess i Berlin som kostet 50 jøder livet og endte med fordrivelsen av alle jøder fra Brandenburg.