Fra 1955 til 1960 var ledet han som direktør for den sudanesiske oldsaksmyndighet i Khartoum landets arkeologiske forskning. Fra 1958 var Vercoutter fultr medlem av Deutsches Archäologisches Institut. I 1960 begynte han som professor ved Universitetet i Lille; dessuten ledet han utgravningene i det sudanesiske Mirgissa. Fra 1977 til 1981 ledet han Institut Français d’Archéologie Orientale.