I 1939 gjorde Waaler sin kjente oppdagelse i blodet til revmatikere. Dette klarte han ut fra arbeidet han gjorde med antistoff. Etter andre verdenskrig var Waaler aktivt med i forberedelsene til å opprette medisinsk studium ved universitetet i Bergen. I 1947 ble han professor i patologisk anatomi og rettsmedisin og var i to år dekanus for det nye medisinske fakultetet. Fra 1954 til 1959, det vil si i to perioder, var han rektor ved universitet. Broren Rolf Waaler var på samme tid (1957–1963) rektor ved Norges Handelshøyskole som før 1963 holdt til på Nygårdshøyden i samme strøk som Universitetet.