Det var nitten flykaprere, fem på hvert av flyene, unntatt det som styrtet i Pennsylvania som hadde fire. Blant kaprerne var det en i hver gruppe som hadde lært seg å fly nok til å styre flyet inn i en bygning. Femten av kaprerne var fra Saudi-Arabia, to fra Emiratene, en fra Egypt og en fra Libanon. I ettertid har det blitt hevdet at noen av kaprerne har blitt feilidentifisert, men så langt har disse påstandene blitt tilbakevist.