Etter Det russiske angrepet på Ukraina reiste Borrell med tog til Kiev med EU-kommisjonens president Ursula von der Leyen, Slovakias statsminister Eduard Heger og andre EU-parlamentarikere i begynnelsen av april 2022 for samtaler med Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj. Han var den første europeiske politiker som da snakket om at denne krigen måtte «avgjøres på slagmarken». I debatten i august 2022 om EU-innreisebegrensninger for russiske borgere utløst av krav fra Zelenskyj og Estlands statsminister Kaja Kallas, uttalte Borrell seg mot et fullstendig forbud mot russeres innreise i EU og kalte denne ideen «ikke et godt forslag». Han advarte mot å kutte kontakten med den russiske sivilbefolkningen på grunn av krigen.