I likhet med sine samtidige foretrakk Guerrero en homofon sats med én førende stemme. Musikken hans har en stor emosjonell spennvidde, fra ekstase, fortvilelse, lengsel, glede til stille andektighet. Han ble holdt særlig høyt i Søramerikas katedraler, der musikken hans ble holdt i hevd i lang tid. Guerreros musikk inneholder elementer som peker framover mot funksjonell harmonikk, og en av hans Magnificats som ble funnet i Lima, ble lenge antatt å være et verk fra 1700-tallet.