Ved starten av sesongen er Graham institusjonalisert ved et sykehus i Baltimore for psyiske syke kriminelle, og blir tatt hånd om av Frederick Chilton (spilt av Raúl Esparza) og venter på rettssak for flere av drapene begått av Lecter. Lecters belysning av saken, og bevisene som ble brukt til å anklage Graham, har gjort ham usikker på om hans mistanker om Lecter faktisk er korrekte - eller om han projiserer sin egen skyld over på Lecter, på grunn av sin egen psykose. Grahams tvil blir noe dempet etter å ha gjenfunnet undertrykte minner om Lecters manipulasjoner og andre overgrep. I tillegg får han besøk av Lecters egen psykiater og tidligere offer, Dr. Bedelia Du Maurier (spilt av Gillian Anderson) som forsikrer Graham om at hun tror på ham.