Imens bygget den nye generalguvernøren for Sør-Afrika, lord Gladstone, sin regjering. Opinionen på den tiden dikterte at Gladstone hadde to muligheter for statsminister, Louis Botha og John X. Merriman, statsminister i Kappkolonien. Smuts stolte på at hans gamle allierte, Botha, kunne danne en fornuftig regjering, men noen gjorde ikke dette. De gamle fiendene fra Bloemfontein, Steyn, Hertzog og de Wet, støttet alle Merriman i frykt for at en usympatisk afrikander ville bli verre enn en usympatisk brite. Til slutt var det Smuts' støtte som sikret seieren, og Gladstone utnevnte Botha til statsminister.