Under den engelske borgerkrig i 1648 var Colchester stort sett på parlamentarianernes side. En stor styrke fra rojalisthæren, under Charles Lucas og George Lyle, marsjerte inn i byen, forfulgt av en parlamentarianerhær ledet av Sir Thomas Fairfax. Byen ble beleiret i elleve måneder, og innbyggerne måtte til slutt spise vokslys og støvler for å overleve. Da rojalistene overga seg sommeren 1649 ble Lucas og Lisle skutt på slottet. Et monument er reist på stedet, og legenden sier at det aldri vil vokse gress der; praktisk nok er stedet nå lagt under asfalt.