Det etterfølgende Qing-dynastiet fra 1644 utviklet seg etterhvert til en periode med opprør også blant kinesiske muslimer. Selv om myndighetene til tider var tolerante og beskyttende, så vokste problemer mellom han-kinesere og muslimer i flere deler av Kina, spesielt i sørvest (Yunnan) og i Vest-Kina. Dette førte til opprør, pogromer og forfølgelse hvor hundre tusener av muslimer ble drept. I Beijing, som var en strengt kontrollert hovedstad, slapp muslimene unna disse opprørene og forfølgelsene. Tvert imot økte tilflyttingen til byen med handelen langs keiserkanalen sørfra og tilflytting fra provinsene av muslimer som var med på store byggeprosjekter som f.eks. Sommerpalasset. Ellers hadde muslimene generelt blitt integrert i det kinesiske samfunn, de var språklig og kulturelt sett veldig like sine han-kinesiske naboer, og det er ingen tvil om at de i løpet av Qing fikk en forståelse av seg som kinesiske og ikke som utenlandske.