For kampsystemet tok utviklerne som grunnlagt og la til deler fra andre spill PlatinumGames hadde utviklet. Tauras hovedmål var å forbedre kampsystemet sammenlignet med det forrige spillet og samtidig veve det sammen med handlingen. I tillegg ville de ta i bruk spillfunksjonalitet som gjorde det mulig for både nye og erfarne spillere å nyte spillet. Det var også første gang de hadde utviklet et spill med en åpen verden. De tidligere spillene de hadde utviklet tok i bruk en handlingsdreven lineær struktur, mens tar i bruk store åpne områder som en kan sømløst reise gjennom. Ifølge Negishi medførte spillets åpne natur at det måtte ha færre fiender, noe som også kom til fordel for Yokos visjon for spillet; med færre fiender fikk spilleren flere muligheter til å nyte spillverdenens skjønnhet. Noen ting som måtte være med var skytesekvenser, noe utviklerne sammenlignet med bullet hell-spill, og kamp som byttet kameraperspektiv. «Words»-oppdraderingene i ble oppdatert og implementert i spillet med navnet «plug-in chips» og gitt bakgrunn i spillets androidefigurer. Det ble vurdert å legge til en co-op-modus og 1v1-modus, men dette ble aldri noe av etter konseptstadiet. Spillet tar i bruk spilltrekk fra hack and slash, shoot ’em up og rollespill. Kameravinklingen kan også bytte fra tredjepersonsperspektiv til 2D.