I juni 2005 skrev Andersson under for gamleklubben Malmö FF, hvor han spilte de fire siste sesongene av fotballkarrieren. De siste sesongene hos Malmö spilte han mye midtstopper. En skade han pådro seg i mars 2008 førte til at han mistet hele vårsesongen. Han endte bare opp med én kamp som innbytter i 2008, og etter sesongslutt valgte klubben å avstå fra å forlenge kontrakten hans. Han spilte til sammen 304 kamper for Malmö.