En vitenskapelig genetisk studie, publisert i det velrenomerte tidsskriftet den 13. juli 2005, viser at kintamanihunden er nærmere beslektet med den australske dingoen og asiatiske hunderaser enn med europeiske. Studien sluttet derfor at kintamanihunden har oppstått fra en balinesisk (indonesisk) villhundetype og er svært nært beslektet med balihund.