Hovedankepunktet mot Pasquier Quesnels teologi ble imidlertid rettet mot Quesnels fremste verk, hans oppbyggelige utlegning av Det nye testamente (, første fullstendige opplag 1687). De franske biskopene, særlig erkebiskopen av Paris, kardinal Louis-Antoine de Noailles, anbefalte først varmt dette arbeide, men fra jesuittenes og av dem påvirkede kirkelige myndigheters side ble det gjenstand for uavlatelig kritikk. For i sine fromme kommentarer hadde Quesnel innvendt mangt og mye av jansenistisk tankegods. I 1703 utstedte den spanske kong Filip V arrestordre mot Quesnel. Den ble iverksatt ved erkebiskopen av Mechelen, Humbertus Guilielmus de Precipiano, som hadde kirkelig jurisdiksjon over Brüssel. Imidlertid klarte Quesnel å flykte fra erkebiskopens residens i Brüssel der han satt i forvaring. Han klarte å ta seg til Holland, der han forble til sin død.