I Sveits fortsatte Károly Kerényi å skrive og publisere mellom 1945 og 1968 hovedtyngden av hans vitenskapelige arbeid. Til tross for det faktum at han ble betraktet som en akademisk fremmed, var det i løpet av denne tiden at han utviklet sin største innflytelse som en av de siste representanter for den store tradisjonen av de humanistiske lærde på antikken. I løpet av to tiår, fra 1934 til 1955 opprettholdt Kerényi en aktiv brevutveksling med den tyske forfatteren Thomas Mann over mange emner, inkludert mytologi, religion, humanisme og psykologi. Siden hans emigrasjon holdt Kerényi i tillegg posisjoner som besøkende professor ved flere universiteter, inkludert i Bonn (1955-1956), Oslo og Roma (1960), Zürich (1961) og Genova (1964). Mellom 1960 og 1971 holdt han årlige forelesninger i konferanser ved instituttet for filosofi til Universitetet i Roma. Fra 1948 til 1966 var Kerényi medgrunnlegger og forskningsdirektør ved C. G. Jung-instituttet i Zürich hvor han foreleste i mytologi fram til 1962. I løpet av disse årene bodde han i nærheten av Monte Verità i Ascona. 1962 mottok han sveitsisk statsborgerskap.