Senegalmanaten kan vandre fritt mellom ferskvann og saltvann. De ser ut til å foretrekke elvemunningsområder, hvor det er lite forstyrrelser og vannet er grunt og rolig. De kan finnes i marine habitater der det er relativt rolig vann og en kilde til ferskvann innen rekkevidde. For eksempel, i Senegal, Gambia og Guinea-Bissau, tiltrekkes senegalmanater av et stort nettverk av ferskvannssiv eller andre kilder til ernæring som finnes i marine habitater nær kysten.