Mye av Shelford arbeid var på terrestrisk økologi (liv på land), men han gjorde også mye forskning på livet i vann. Noen av hans artikler i fagjournalen omhandlet studier av økologiske samfunn i elver (i 1929), samfunn på bunnen av vestlige deler av Lake Erie (i 1942), analyse av samfunn på tundra (i 1935) og av Mississippiflodens delta (i 1954). Han publiserte boken i 1939, i samarbeid med Frederic E. Clements, som forsøkte å integrere en omforent økologi for dyr, planter og vann, som en del av et ideelt samfunn. Han forlot Universitetet i Illinois i 1946. Samme år ble han med i organisasjonen Ecologist's Union, som fremmet tanken om å bevare hele økologiske samfunn som en del av naturvern. Unionen ble grunnlagt som svar på ESAs beslutning om at det vil være upassende for et vitenskapelige samfunn å ta et politisk standpunkt, noe som de mente at denne typen virksomhet ville være. Ecologist's Union er i dag kjent som The Nature Conservancy.