Etter han sluttet å lage jobbet Eisner mange år med å lage illustrerte instruksjonsbøker for det amerikanske militæret. Siden tilbakevendelsen til det sivile liv på slutten av 1970-tallet har han laget en serie med tegneserieromaner om New Yorks innvandrergrupper, spesielt det jødiske. Denne serien inneholder titler som (1978), (1987), (1995) og (1991), Invisible People (1993), A Family Matter (1998) Minor Miracles (2000) og The Name of the Game (2003).