Dannelsen av Jólnir er nært knyttet til naboøya, Surtsey, som ble dannet fra et lignende vulkanutbrudd i 1963. Vulkansk aktivitet foregikk i mye av området rundt, men nydannede landområder var sterkt utsatt for erosjon og mange små øyer forsvant raskt igjen. Jólnir brøt havoverflaten i 1966. Vulkankjeglen nådde på det høyeste 70 meter over havet, mens selv med den størrelsen måtte øya til slutt gi tapt for erosjonskreftene.