I magnettomografen blir kroppen utsatt for et kraftig eksternt magnetfelt, B. (B kan for eksempel være 1, 1½, 2 eller 3 Tesla og mer). Dette ytre magnetfeltet påvirker alle de små protonmagnetene i kroppen, og får dem til å gjøre presesjonsbevegelser (i tillegg til opprinnelig spinn).