Arthur Liebehenschels styre i Auschwitz varte bare noen få måneder, til den 8. mai 1944, da han han ble utnevnt til kommandant for konsentrasjonsleiren Majdanek. Det har blitt spekulert i om hans kommandering bort fra Auschwitz skyldes de endringer han hadde iverksatt i stamleiren. Rudolf Höß, som kom tilbake til sin gamle post etter forflytningen, betraktet Liebehenschel som uegnet. Liebehenschel selv så grunnen i en langvarig konflikt med Pohl vedrørende hans skilsmisse, og avslag på hans søknad om ny ekteskapsinngåelse.