Historikere går ut fra at byen på 700-tallet (da den het ) var sentrum for Srivijayariket. Ennå på 1200-tallet var den en viktig handelsby for handelen med Ceylon og Sørindia. I 1292 erobret kong Ramkhamhaeng området og innlemmet det i sitt kongedømme Sukothai. Da det riket gikk under i 1350, ble Nakhon Si Thammarat del av Ayutthayariket. I 1516 tillot kong Rama Thibodi II at portugiserne etablerte et handelskontor her.