Andonov spilte i årene mellom 1991 og 1997 totalt fem landskamper for . Han var med i den bulgarske troppen under VM i 1994, en tropp som var med helt frem til semifinalen. Andonov var for øvrig satt i skyggen av angrepsspillerne Emil Kostadinov og Hristo Stoitsjkov, noe som gjorde at han ikke fikk spilletid i mesterskapet.