Cena gikk senere i en duell med hhv Brock Lesnar og JBL for den mest prestisjetunge tittelen WWE Championship. Cena tapte mot Lesnar, men skulle senere vinne beltet på Wrestlemania 21, da han slo JBL. Tre måneder senere, sommeren 2005, ble han draftet til WWEs hoveddivisjon, RAW, hvor han har vært siden. Han tok med seg tittelen og beltet dit, og har senere tapt (og vunnet den tilbake igjen) to ganger.