Skolen ble etablert under navnet etter andre verdenskrig i noen gamle tyskerbrakker og var da Skandinavias første folkehøgskole for funksjonshemmede. I 1952 flyttet skolen inn i nye lokaler i det nyinnkjøpte Moi turisthotell samtidig som skolen fikk dagens navn. På 1970-tallet startet man også å ta inn funksjonsfriske elever. Skolen tar fremdeles inn mange elever som har behov for særlig oppfølging og tilrettelegging, men flertallet av elevene har ingen funksjonsnedsettinger. På Lundheim velger elevene to linjer med unntak av de som går på Global-linjen, som bare har ett valg. Skolen tilbyr et variert utvalg av linjer og valgfag. Lundheim har eget LAN og arrangerer i samarbeid med Lions et eget sykkelritt, Lundheimrittet.