Etter parlamentsvalget 4. oktober 2020 samlet flertallskoalisjonen seg om å foreslå Maripov som statsministerkandidat. Hans regjering ble tatt i ed 3. februar 2021. Antall regjeringsmedlemmer ble redusert fra 22 til 16. Umiddelbart etter innsettelsen dro Maripov til møte i Det eurasiske mellomstatlige rådet (EIC) i Almaty hvor han hadde samtaler med den russiske statsministeren Mikhail Misjustin, den belarussiske statsministeren Raman Halowtsjanka og den armenske statsministeren Nikol Pasjinjan. Etter konflikten med Tadsjikistan i 2021 kunngjorde han at Batken-regionen, hvor konflikten fant sted, skulle få en spesiell status.