Når kong Harold, prinsesse Fionas far, dør, skal Shrek overta som konge – et ansvar Shrek ikke ønsker. Harold forteller Shrek at det finnes en annen arving, en tenåringsgutt kalt Arthur fra Worcestershire High School. Shrek reiser så ut sammen med Esel og Pus for å finne Arthur og ta han med tilbake som tronarving. Rett før de skal seile ut, avslører Fiona for Shrek at hun er gravid. Shrek reagerer med skrekk og gru, fordi han mener at han ikke er i stand til å oppdra barn. De reiser til Worcestershire Academy, en magisk internatskole, hvor de møter den 16 år gammel Arthur. Shrek forteller Arthur at han må bli dem for å bli utnevnt til konge av nasjonen Far Far Away. Men Esel og Pus med støvler skremmer ham ved ett uhell, når de diskuterer alt ansvaret som ligger i å være konge. Umiddelbart mister Arthur selvtilliten til at han klarer alt ansvaret dette medfører. Arthur forsøker å ta kontroll over skipet, for å reise tilbake til Worcestershire-akademiet. Arthur og Shrek kjemper om kontrollen over skipet, men hele skipet krasjer på en avsidesliggende liten øy. Der møter de tilfeldigvis Arthurs pensjonerte trollmannslærer, Merlin.