Den første kjente omtalen i litteraturen er datert til rundt 400 e.Kr. hvor de omtales som «det hårete folket» i kinesiske nedtegnelser. Noen emishistammer motsatte seg den japanske keiserens autoritet i sen nara- og tidlig Heian-perioden (700-1000-tallet). Det synes som de var stedegne til nordlige delen av den japanske hovedøya Honshu og etterkommere av det folket som utviklet oldtidens jōmonkulturen i denne regionen. De er også antatt å være beslektet med ainofolket. Den adskilte etniske statusen til emishiene ved at de hadde et eget språk adskilt fra japansk.