Universitetets historie går helt tilbake til 1640, da det ble grunnlagt i Åbo med navnet Kungliga Akademien i Åbo. Etter at Finland kom inn under Russland fikk universitetet i 1809 det nye navnet . Universitetet ble flyttet etter keiserlig påbud til Helsingfors i 1828 etter Åbos brann og fikk da navnet . Etter at Finland hadde blitt selvstendig, fikk universitetet sitt nåværende navn, Helsingfors universitet, i 1919.