Fra 1852 til 1857 var Stoney professor i fysikk ved Queen's College Galway. Videre var han fra 1857 til 1882 ansatt som sekretær i Queen's University of Ireland, en administrativ jobb med base i Dublin. På begynnelsen av 1880 flyttet han til stillingen som leder av Civil Service Examinations i Irland, en stilling han hadde til han gikk av i 1893. Det året bosatte han seg i London. Stoney døde i 1911 i sitt hjem i Notting Hill, London. I løpet av sine tiår med ikke-vitenskapelig administrativt arbeid i Dublin, fortsatte Stoney å gjøre forskning på egen hånd. Han var også i flere tiår æres-sekretær og deretter vicepresident i Royal Dublin Society, en vitenskapsforening etter samme modell som Royal Society i London. Etter at han flyttet til London var Stoney medlem rådet for både Royal Society i London og Dublin. I tillegg deltok han også i vitenskapelige komiteer for gjennomgang i British Association for Advancement of Science fra tidlig i 1860-årene.