Neptuns vær er preget av ekstremt dynamiske stormsystemer med vinder som når hastigheter på nesten 600 m/s – nesten supersonisk strømning. Ved å følge bevegelsene til langvarige skyer har man funnet mer typiske vindmønstre, der vindhastighetene varierer fra 20 m/s i østlig retning til 325 m/s vestover. I skytoppene varierer hastighetene fra 400 m/s langs ekvator til 250 m/s ved polene. De fleste vindene på Neptun beveger seg i motsatt retning av planetens rotasjon. Det generelle mønsteret i vindene viser en prograd rotasjon ved høyere breddegrader og retrograd rotasjon ved lavere breddegrader. Forskjellen i strømningsretningen antas å være en «lag-effekt» og ikke et resultat av dypere atmosfæriske prosesser. Ved 70. sørlige breddegrad er det en høyhastighets-jet som beveger seg i 300 m/s.