Med utviklingen av Mitanniriket i nordlige Mesopotamia, ble Qatna underlagt dette, men byen lå i et omstridt område i grensetraktene mellom Mitanni og Egypt. Inskripsjonen på det såkalte Nin-Egal-tampelet (en del av det kongelige palass, rom C) viser at Mittanni var tilstede i Qatna. Krigstoktene til faraoene Amenhotep I (1515–1494 f.Kr.) og Thutmosis I (1494–1482 f.Kr.) i Syria ha nådd fram til Qatna, men det er ingen utvetydige bevis på det. På det syvende pylon Amontempelet i Karnak nevner Thutmosis III (1479–1425 f.Kr.) at han oppholdt seg i landet til Qatna i det 33. år av sitt kongedømme. Amenhotep II (1427–1401 f.Kr.) ble angrepet av Qatna mens han krysset elven Orontes, men han var seierrik og fikk krigsbytte, blant annet hvor utstyret til en stridsvogn fra Mitanniriket er nevnt i de egyptiske lister fra tiden av Ramses III (1180 f.Kr.). Tavler i kileskrift er avdekket under det kongelige palasset i Qatna og her nevnes en tidligere ukjent konge ved navn Idanda som styrte en gang rundt 1400 f.Kr.