Det nasjonale passasjerselskapet Amtrak kjører passasjertog to ganger daglig, og det regionale Maryland Rail Commuter Service (MARC) kjører godstog for CSX Transportation en gang daglig, gjennom Harpers Ferry. Amtrak-linjen «Capitol Limited» trafikkerer strekningen mellom Washington, DC og Chicago, Illinois - en gang daglig i hver retning. Jernbanestasjonen fra 1934 står fortsatt, den ble i sin tid bygd av Baltimore & Ohio Railroad.