Madhava Panikkar var sønn av Puthillathu Parameswaran Namboodiri og Chalayil Kunjikutti Kunjamma i fytrstestaten Travancore. Han fullførte sin grunnskolegang ved i Kottayam og i Vepery i Madras. Senere gikk han på Madras Christian College. Ved MCC var han samtidig med studentene Puthezhath Raman Menon, Nandyelath Padmanabha Menon og Sadasiva Reddy.