Han startet Rockefeller Foundation i 1913 for å videreføre og utvide arbeidsområdet til Sanitary Commission, som ble lagt ned i 1915. Han ga nesten 250 millioner dollar til stiftelsen, som fokuserte på folkehelse, medisinsk utdanning og kunst. Stiftelsen startet Johns Hopkins School of Hygiene and Public Health, den første av sitt slag. Den bygget også opp Peking Union Medical College i Kina til å bli en betydelig institusjon. Stiftelsen bidro under første verdenskrig og ansatte William Lyon Mackenzie King fra Canada for å studere industrielle relasjoner.