For å kunne registrere seg som bruker må man bruke BankID. I tillegg kreves det at man oppretter en valgfri pin-kode som brukes når man logger inn og utfører betalinger. Denne kan erstattes med fingeravtrykkgjenkjenning dersom brukerens mobiltelefon støtter dette. I tillegg har tjenesten egne sikkerhetskontroller og rutiner ved registrering og bruk. Payr har konsesjon fra Finanstilsynet som betalingsforetak, slik at tjenesten har mange av de samme kravene til styring og kontroll som banker har.