Wii U leveres med en ny håndkontroller, som kalles Wii U GamePad. Denne innehar en 6,2 tommer berøringsskjerm og bevegelsessensorer. Wii U GamePad kan fungere som supplement til spill eller la en spille uavhengig av TV-skjermen. Wii U har tillegg til den nye kontrollen muligheter for å bruke en spillkontroll av mer tradisjonell type, som er kalt Wii U Pro Controller. Den har fellestrekk med en Xbox-kontroll og batterilevetiden er på rundt 80 timer.