Gjøglerørnen er lett gjenkjennelig med sitt røde ansikt, nebb, og ben, som gir kontrast til den mørke fjærdrakten. Hodet og undersiden er svart, baksiden og halen brun, og skuldrene er grå. Hunnen skiller seg fra hannen med å ha brune sekundære vingefjær. Halen er meget kort, og sammen med den hvite og svarte undersiden av vingene er den lett å identifisere i luften. Hunner kan også skilles fra hanner i luften ved at de har et smalt bånd av svart langs kanten på vingene, mens den svarte kanten hos hannene er mye bredere. Ungfugler er brune i fargen, har grønnaktig ansiktshud, og har lengre halefjær enn voksne. Det tar sju til åtte år å nå voksen fjærdrakt og farge. Voksne når en lengde på gjennomsnittlig 55-70 cm, og vingespennet kan nå opp til 186 cm.