Etter at organisten Giulio Cesare Arresti kritiserte Cazzati for musikalske feil i kyrien til fra op. 17, kom det til en åpen strid som gikk så vidt at de andre musikerne tok avstand fra Cazzati. Selv forleggeren ville ikke ha noe med ham å gjøre, så han skaffet seg i 1666 sin egen trykkepresse. Da stridighetene ikke ville gi seg, sa han fra seg stillingen i 1671 og reiste til Gonzagaene i Mantova der han fikk ærestittelen hos hertuginnen. I 1672 ble han kapellmester ved Mantovas domkirke og beholdt denne posten til sin død i 1678.