Bornus historie går tilbake til 900-tallet. Riket ble muslimsk på 1100-tallet og spilte en rolle som formidler av den muslimske kultur til andre deler av Vestafrika. I 1894 ble Bornu erobret av den arabiske slavehandleren Rabah Zubayr, som i 1900 falt i et slag mot franskmennene. I 1902 ble Bornu delt mellom Frankrike, Tyskland og Storbritannia. Sistnevnte kolomakt fikk den største delen og overtok i 1919 også den tyske delen, som en del av Kamerun-mandatet. Emiren av Bornu residerer fortsatt i Yerwa, og er offisielt anerkjent som Nigerias nest viktigste muslimske leder etter sultanen av Sokoto.