Under den mongolske beleiringen av Bagdad i 1258 ble både Visdommens hus og resten av byen Baghdad fullstendig ødelagt. Ødeleggelsen skjedde på ordre fra Hülegü khan, og ingenting av læresetet er igjen i dag. Matematikeren og filosofen Nasir al-Din al-Tusi rakk imidlertid å berge over 400 000 tekster fra lærestedets bibliotek; disse skriftene tok han med seg til Persia, der de dannet grunnstammen i Maragha-observatoriet; et astronomisk observatorium som Nasir grunnla i 1259.