Tinbergen ble universitetslektor i Leiden i 1940, og tilbragte to år under andre verdenskrig i tyst fangeleir for å ha nektet å samarbide i nazifiseringen av Leidens universitet og for å ha protestert mot avsettelsen av jødiske professorer. Han avslo et tilbud fra Lorenz om å virke for hans løslatels, fremført i et brev.