Kimry ble første gang nevnt i dokumenter i 1546, som en travel skomaker- og handelslandsby på Volgas venstre bredd. Den delen av Kimry som ligger på høyre bredd, kjent som Savjolovo begynte først å vokse i 1901, da en jernbane knyttet den til Moskva. Kimry fikk innvilget bystatus i 1917. Mange gamle trebygninger og kirker finnes fremdeles i Kimry.