Den 9. mars 2020 trådte Saunders frivillig til side fra ledelselsesoppgave i bispedømmet etter ay Vatikanet hadde forordnet en gjennomgang av bispedømmet. Kirkelige myndigheter gav ingen begrunnelse for dette eller indikerte noen forbindelse med Vest-Australias politi som 18 måneder tidligere hadde etterforsket en beskyldning mot ham om om seksuelt overgrep. Peter Ingham, Den emeriterte biskop av Wollongong, var blitt i oppdrag å forestå den kirkelige undersøkelse av Saunders' lederskap, blant annet finansielle anliggender og håndtering av berskyldninger om presters seksuelle overgrep. Kirken hadde også mottatt klager om Saunders så tidlig som i april 2019 og forsøkte å evaluere dem sammridig som å forthindre gjentagelser, og uten at biskop Saunders ble klar over det. Den 27. november 2020 gikk Saunders med på å ta en seksmåneders permisjon «utenfor bispedømmet», der hans fortsatte offentlige virke som prest fremkalte klager.