Sofia er en av de eldste hovedstedene i Europa, og har en historie som strekker seg tilbake til 700-tallet f.Kr., da trakerne bosatte seg her. Byen har også vært romersk bosetning. Navnet på byen kommer fra gresk og betyr «visdom». Byen har hatt mange forskjellige navn gjennom tidene, og man kan fortsatt se spor etter byens lange historie.