Den 29. juni 1865 ble Mudd funnet medskyldig i attentatet mot president Abraham Lincoln sammen med flere andre påståtte medkonspiratører. Flere av de andre påståtte medkonspiratørene ble drept ved bruk av dødsstraff, mens Mudd ble sittende i fengsel. Den 8. februar 1869 ble Mudd benådet av president Andrew Johnson. Han ble løslatt fra fengselet den 8. mars 1869 og dro deretter tilbake til Maryland to uker senere.