Han har lenge vært politisk aktiv og kjempet for politiske reformer og demokrati i Jugoslavia. Ivanov har vært rådgiver for partiet VMRO-DPMNE, men er selv ikke medlem. I presidentvalget i mai 2009 stilte Ivanov som VMRO-DPMNEs kandidat. Han vant med 63 % av stemmene og kunne 12. mai 2009 etterfølge Branko Tsrvenkovski som president. Han ble i 2019 etterfulgt i presidentembetet av Stevo Pendarovski.