I dette lå en latent konflikt med kirkens menneskesyn, likevel var de fleste humanister overbeviste troende som ikke ønsket å bryte med kirken. Renessansens humanisme revurderte eller erstattet Thomas Aquinas’ filosofi fra middelalderen, men samtidig ble det gjort forsøk på å skape en synkretisme ved å gi antikken kristne verdier, slik som hos Marsilio Ficino og Pico della Mirandola. Etikk ble lært uavhengig av teologi, og i stedet for kirkens autoritet ble rasjonell logikk benyttet, noe som satte humanistene i stadig fare for å bli stemplet som kjettere.