Ørkenområdene i Sahara dekker to tredjedeler av Niger. Klimaet er varmt og for det meste tørt, men det varierer mye, både etter årstid og landsdel. Hele den nordlige delen av landet består av et tørt høylandsområde, som er en del av en fjellkjede som strekker seg fra Algerie til Tsjad. Mot øst ligger ørkenen, men sanddyner og enorme områder av stein. Bare i sørvest, der elva Niger krysser landet, finnes det fruktbar jord, som oversvømmes i den korte regntiden.