Madeira ble bosatt rundt 1420. De kristne på øya sognet først til Marrakech bispedømme, men fikk sin egen biskop i 1514, noen år etter at Funchal hadde fått bystatus. De tre første (erke)biskopene oppholdt seg imidlertid aldri på Madeira. Bispesetet var i tillegg til selve Madeira ansvarlig for alle oversjøiske områder i portugisisk besittelse – som ifølge Tordesillastraktaten omfattet samtlige nyoppdagete landområder øst for 46,5° vestlig bredde (dvs. Brasil, Afrika, Asia og Oseania).