Etter den tyske okkupasjonen av Ungarn 19. mars 1944 ble nazisympatisøren Döme Sztójay innsatt som statsminister og Endre satt straks i en anitjødisk kampanje på eget initiativ. Endre ble 24. mars statssekretær i innenriksdepartementet under Andor Jaross. SS-toppen Ernst Kaltenbrunner forlot Budapest 26. mars 1944 etter at han hadde sørget for at de to radikale antisemittene László Baky og Endre ble utnevnt som ansvarlige for jødesaker i innenriksdepartementet. Endre hadde ansvar for deportasjon av jøder fra Ungarn til drapsleiren Auschwitz sommeren 1944. Sammen med Adolf Eichmann, som ble hans gode venn, planla Endre i mars 1944 internering landets jødiske befolkning.