I årene 1957 og 1958 ble KgU rammet av voldsom intern splittelse som førte til at organisasjonen ble oppløst 12. mars 1959. Ifølge fremstillingen til DDR-forfattere og andre skribenter som ukritisk godtok deres oppfatninger, var det en kontinuitet mellom KgU og tilsvarende organisasjoner, som «Untersuchungsausschuss freiheitlicher Juristen» og andre antikommunistiske grupper fra denne perioden og Bundeswehrs avdeling for psykologisk krigføring som skulle komme til å anvende KgUs metoder framover i den kalde krigen. Allerede i 1952 hadde KgU hatt en lederkrise der KgU-stifteren Rainer Hildebrandt ble fortrengt fra organisasjonen av Ernst Tillich. Denne konflikten har trolig bunnet i en uenighet om valg av arbeidsmetoder i kampen mot kommunistene, der Tillich vel representerte mer militante metoder mens Hildebrandt hadde foretrukket ikkevoldelige strategier.