Den 8. august 1991 meldte Parker overgang fra QPR til Manchester United for to millioner pund, og som ren høyreback debuterte Parker for United mot Notts County senere den samme måneden. Uheldigvis for Parker ble han rammet av flere skader under sitt fem år lange opphold i klubben, og mens Alex Ferguson og United begynte å dominere engelsk fotball på midten av 1990-tallet fikk Parker mindre spilletid. Han var for øvrig med på å vinne ligacupen i 1992 og tittelmedaljen i serien året etter. I 1994 var han også med på å vinne «The Double» med seriemesterskap og seier i FA–cupen. I 1995 og 1996 ble Parker etterhvert forbigått av Gary Neville, som siden tok fra ham plassen for godt både i United og for England.