Den islamistiske gruppen Ançar Dine hadde opprinnelig støttet MNLA, men etter at de maliske styrkene hadde blitt drevet ut fra Azawad begynte den og en rekke mindre islamistiske grupper å innføre en streng sharia-lovgivning i områdene de kontrollerte. Også Verdensarv-stedene i Tombouctou ble delvis ødelagt av islamistene da de stred med deres oppfatning av islam. MNLA og islamistene kunne da ikke lett forenes om deres visjoner for den uavhengige staten. Etterpå begynte tuaregene å bekjempe Ançar Dine og de andre islamistgruppene, som inkluderte Bevegelsen for enhet og jihad i Vest-Afrika, som er knyttet til al Qaida i det islamske Maghreb. Fram til 17. juli 2012 hadde MNLA mistet kontrollen over det meste av sitt område, inkludert alle de større byene, til islamistene, men klarte fremdeles å beholde kontrollen over en rekke mindre byer, særlig langs Azawads grenser.