Den tsjekkoslovakiske regjering i eksil mente at det tyske folk hadde et kollektivt ansvar for den andre verdenskrigen. I september 1941 tok Beneš for første gang forsiktig til orde for å «overføre» hele den tyske befolkning ut av Tsjekkoslovakia som et ledd i nyordningen av Europa etter krigen. I en artikkel i argumenterte Beneš for at minoritetene, særlig de etnisk tyske, var problematiske for landene de bor i, og han viste til at Hitler selv tidlig i krigen hadde forflyttet etnisk tyske minoriteter fra Baltikum og Bessarabia til tyskokkuperte områder. Eksilregjeringen gikk med dette offentlig inn for å fjerne etnisk tyske fra Tsjekkoslovakia. Beneš var villig til å avstå mindre landområder som bare var befolket av sudettyskere mot å bli kompensert med tilsvarende arealer andre steder. Han ville ikke la mer enn etnisk tyske bli værende i landet. Beneš tok tidlig i 1942 opp saken med Storbritannias utenriksminister Anthony Eden som ikke ville forplikte seg til noe. I møte med Sovjetunionens leder Joseph Stalin i desember 1941 ble Eden kjent med at Stalin vurderte å forflytte den tyske befolkningen fra områder som skulle tildeles Polen etter krigen. Stalin tok etter hvert tsjekkernes standpunkt, og det ble siden tiltrådt av både Storbritannia og USA. Eksilregjeringen tok allerede i 1941 til orde for å fordrive hele den etnisk tyske befolkningen i Tsjekkoslovakia etter krigen, og fikk etter hvert tilslutning for sitt synspunkt av Sovjetunionen, Storbritannia og USA.