Da Roma begynte å ekspandere som en militær likeverdig motpart til Kartago ble Malta en base mot romerne. I den første punerkrigen, som begynte i år 264 f.Kr., ble øyas dype, naturlige havner betydningsfulle for puniske krigsskip. På begynnelsen av den andre puniske krigen i 218 f.Kr. ble punerne forvist fra Malta av romerne.