I en høyde av 842 meter over havet nyter Córdoba et godt klima. Den varmeste årsida er våren, når temperaturen tidvis når opp i 36ºC. Det meste av nedbøren faller i regntida om sommeren. Om sommeren kan også orkanene fra Mexicogulfen slå inn mot Córdoba, men fordi orkanene taper kraft når de slår inn over land og fordi byen har god avrenning, gjør disse vanligvis liten skade. Høsten er roligere, selv om orkanene også nå er merkbar. Vinteren er kjøligere, men temperaturen faller sjelden under 13º C. Årsmiddelnedbøren ligger på ca. 1800mm.