Huancayo har veiforbindelse via hovedveien PE-3S som i går til La Oroya og Cerro de Pasco i nord, og Ayacucho og Cusco i sør. Via Huancavelica har Huancayo forbindelse til stillehavskysten og Chincha Alta over hovedveien PE-26. Det er også flere bussforbindelser både langs de nevnte hovedveiene og til hovedstaden Lima og mer fjerntliggende byer. To jernbanelinjer betjener Huancayo - i tillegg til byens bybane Metro Wanka som åpnet i 2014. Den offentlige drevne 128 kilometer lange jernbanelinjen Ferrocarril Huancayo - Huancavelica (FHH) har daglige passasjertog mellom de to byene, mens Ferrocarril Central kun har sporadiske turisttog mellom Lima og Huancayo i sommerhalvåret. Det er lagt frem planer om en fremtidig utvidelse av Huancayos bybane til å også omfatte lokaltog til Jauja og den regionale flyplassen Aeropuerto Francisco Carlé - en strekning på 42 kilometer.