Flagget ble utformet i 1863 etter ønske fra borgerkrigsregimenter som ønsket å føre et offisielt flagg på slagmarkene. I 1887 ble det utilsiktet avskaffet, men det ble gjeninnført 29. april 1913. Navnet "Wisconsin" og årstallet for opprettelse av delstaten ble tilføyd i 1979, ettersom mange mente flagget tidligere ble forvekslet med New Yorks flagg. Også flere andre delstaters flagg har blå flaggduk, også disse med militære faner som forbilde. Det gjelder delstatene Connecticut, Pennsylvania, Sør-Carolina, New Hampshire, Virginia, New York, Vermont, Kentucky, Indiana, Maine, Michigan, Minnesota, Oregon, Kansas, Nevada, Nebraska, Nord-Dakota, Montana, Idaho, Utah og Alaska har delstatsflagg med blå flaggduk. Louisiana, Oklahoma og Sør-Dakota benytter en noe lysere blåfarge i sine delstatsflagg, mens Delawares delstatsflagg har en lysere, gråblå fargetone.