Etter at Holkeri i 1991 gikk av som statsminister ble han involvert i internasjonalt diplomati. Han deltok fra 1995 som fredsmegler i Nord-Irland, en prosess som ledet fram til Langfredagsavtalen i 1998. Holkeri var fra 2000 til 2001 president i FNs 55. generalforsamling. Fra 2003 til 2004 var han sjef for FNs midlertidige administrasjon i Kosovo, UNMIK.