På grunn av den portugisiske patronatsretten var det den portugisiske kongens rett å bl.a. utnevne biskoper. På 1600-tallet begynte imidlertid Portugals makt å minke, noe som også gikk utover misjonen i de oversjøiske koloniene. Den hellige stol begynte derfor å opprette jurisdiksjoner (apostoliske vikariater, prefekturer og misjoner) i India som ikke var underlagt erkbiskopen av Goa. Det første var det apostoliske vikariatet Idalcan (Mumbai) som ble utskilt fra Goa erkebispedømme og omfattet Det indiske subkontinentets indre (dagens India, Nepal og Pakistan). Også fra Goas suffraganer ble det utskilt ulike jurisdiksjoner: bl.a. de apostoliske vikariatene Fort Saint George (Madras), Ava og Pegu (Burma) og Bengal (Kolkata) fra Mylapore i 1642, 1741 resp. 1834 og Malabar (Verapoly) fra Cochin i 1659. Noen steder oppstod territorielle konflikter mellom Goas jurisdiksjon og de apostoliske vikarene. Konfliktene eskalerte i sammenheng med Mumbai bispedømme på slutten av 1700-tallet. Etter flere tiår med uenighet reagerte pave Gregor XVI i 1838 ved å begrense erkebispedømmets utstrekning til de portugisiske koloniene og oppheve Goas suffraganbispedømmer Cochin, Cranganore, Malakka og Mylapore og slå territoriene deres til de nærmeste apostoliske vikariatene. Det samme skjedde noen år senere med Beijing og Nanjing.