Han ble ført til Brandenburg-Görden-fengselet 9. august. Sogneprest Albert Jochmann i Brandenburg tilbrakte lengre tid med ham den morgenen, og den dødsdømtes ro og fattethet skal ha hjort sterkt inntrykk på ham. Han bragte ham Den hellige kommunion og hørte hans skriftemål. Han tilbød Franz en Bibel. Til hans overraskelse svarte Franz: «Jeg er helt forenet med Gud, og enhver lesning ville bare forstyrre min forening med Gud». Klokken 16 ble Franz Jägerstätter halshogd, 36 år gammel, med giljotin som den første av den dagens 16 ofre, og hans legeme kremert. Om kvelden sa fader Jochmann til østerrikske ordenssøstre at han i Franz Jägerstätter hadde møtt den eneste helgenen i sitt liv.