Instituttsektoren stod ved begynnelsen av 2000-tallet for rundt en fjerdedel av all forskning i Norge, nesten like mye som universitets- og høgskolesektoren. Institutter med basisfinansiering fra Norges forskningsråd har organisert seg i Forskningsinstituttenes fellesarena, en bransjeforening i Abelia, men denne foreningen omfatter ikke alle instituttene (f.eks. er ikke FHI eller FFI medlemmer). Instituttsektoren bruker forskerstigen som akademisk stillingsstruktur, der hvert trinn tilsvarer stillinger i universitets- og høgskolesektoren. Professor II-ordningen ved universiteter og høgskoler har primært som formål å fremme samarbeid mellom universitets- og høgskolesektoren på den ene siden og instituttsektoren og helseforetakene på den andre. Etter årtusenskiftet har noen institutter, som AFI, NOVA, NIBR og SIFO, blitt innlemmet i universiteter; disse fungerer i praksis som en del av instituttsektoren, kjennetegnet av at hovedoppgaven er forskning.