Ettersom også Heyerdahl hadde tilbrakt læreår i München ble det, i sommerferien i Haugesund i 1880, bestemt at den sekstenårige Eivind nå skulle dra til München for videre utdanning. Kolstø var hjemme på ferie, og Eivind ble med ham tilbake til München. Der ble han værende i tre år, mens han studerte ved Akademie der Bildenden Künste München. Ved akademiet fikk han Alexander Strauber, Julius von Benczur og Ludwig von Löfftz som lærere. Han arbeidet der mye med historiemaleri. Lite er ellers kjent fra Nielsens opphold i München, og det til tross for de mange kildene som beskriver det norske miljøet i München på denne tiden.