Effekten av El Niño er mer direkte og kraftigere i Sør-Amerika enn i Nord-Amerika. El Niño fører til varme og svært våte somre (desember–februar) langs kysten av det nordlige Peru og Ecuador, noe som kan føre til store flommer når ENSO er kraftig eller ekstrem. Effektene i månedene fra februar til april kan også bli alvorlige. Sørlige områder av Brasil og nordlige områder av Argentina får også våtere vær enn vanlig, men hovedsakelig om våren og tidlig på sommeren. Sentrale områder av Chile får en mild vinter med mye nedbør, mens Altiplano i Peru og Bolivia av og til får uvanlige snøfall. Området rundt Amazonas, Colombia og Sentral-Amerika får tørrere og varmere vær.