Klimaet er tropisk og subtropisk i høylandet. Regntiden varer fra mai til november, og den forårsaker flom i lavlandet. Tørketiden varer fra september til oktober i lavlandet, og fra desember til april andre steder. Klimaet påvirkes av nordøstpassaten, og den gjør at lavlandet ved kysten til Det karibiske hav får mer nedbør enn lavlandet ved Stillehavet. Den årlige nedbørsmengden varierer fra sted til sted. Byen Limón, ved kysten til Det karibiske hav, har en årlig nedbørsmengde på omtrent 3100 mm. Langs stillehavskysten regner det 1000–2000 mm i året, og i San José er nedbørsmengden omtrent 1900 mm hvert år.