Scheen var stortingsmann for Nordre Trondhjems amt i to perioder fra 1845 til 1850. Han satt i Stortingets justiskomité, hvor han skal ha forfattet komitéinnstillingen om opprettelsen av Botsfengselet og avskaffelsen av omstreifervesenet. Scheens samtidige prester og stortingsmenn Ole Løberg og Nils Nilssen Dahl skildret ham som kunnskapsrik, talefør og arbeidsom. Han deltok ofte i debattene, «og hans skarpsindige bemerkninger gjør at han alltid høres med oppmerksomhet». Han bandt seg ikke til noen bestemt gruppering på Stortinget, men måtte kanskje regnes til «de ministerielle», en konservativ gruppering som fulgte det kongevalgte statsrådet.