Cecil fortsatte å legge press mot Essex, og den 5. juni 1600 ble han stilt for retten. Domstolen bestod av en kommisjon med atten medlemmer. Han måtte knele mens han hørte anklagene og fremleggelsen av bevisene. Resultatet ble at han mistet sine embeter og ble deretter ført tilbake til husarrest. I august samme år fikk han friheten tilbake, men mistet sin hovedinntektskilde, monopolet på søte viner. Situasjonen ble desperat, og han begynte å tenke seriøst på å gjøre opprør.