Navnet Gjemnes kommer fra gårsnavnet Gjemnes (gårdsnr. 9), tidligere skrevet , fra neset som stikker ut i Gjemnessundet mellom Batnfjorden og Kvernesfjorden. Førsteleddet kan ha sammenheng med norrøne som betyr åpning eller munning. Ettersom det ikke munner ut noen elver på stedet, har navnet trolig sammenheng med Gjemnessundet hvor et indre fjordsystem (Sunndalsfjorden, Tingvollfjorden, Bergsøyfjorden og Batnfjorden) munner ut i et ytre fjordsystem (Kvernesfjorden og Freifjorden).