Etter dette returnerte Michalsen til Kristiania og stod blant annet for utvidelsen av Oslo børs før han fra 1912 arbeidet i kompaniskap med Ove Ekman og Einar Smith under firmanavnet Ekman, Smith & Michalsen. Dette firmaet oppførte blant annet en rekke villaer på Bygdøy og andre steder i det som da var Aker kommune, deriblant de to staselige villaene i Bygdøynesveien 13 og 15. Bygningene kunne være i jugendstil eller nasjonalromantiske varianter av nybarokk og nyklassisisme. Etter at Ekman døde i 1921, ble Michalsens sønn Eystein kompanjong i firmaet, som ble drevet videre som Michalsen, Smith, Michalsen. Denne inkarnasjonen av firmaet tegnet blant annet Den norske Creditbanks bygning i Kirkegata 21 og Kongens gate 18 (1923–26) sammen med Kristian Biong, som fikk Houens fonds diplom for bygget.