Fra 1. oktober 1903 tilbrakte han sin militærtjeneste i Praha, som såkalt «ettårsfrivillig». Etter tjenestetiden kunne disse frivillige bli reserveoffiserer, forutsatt at de besto den avsluttende prøven. Dette ser ikke ut til å ha skjedd med Perutz, siden han forpliktet seg til nok et år som frivillig. I desember 1904 ble han av helsemessige årsaker dimittert fra tjenesten.