Dårlig helse tvang ham til å forlate Canterbury og han dro da til Malmesbury Abbey hvor han var munk under Maildulf for 14 år, sannsynlig fra 616, og inkluderte en periode med studier under Adrian. Da Maildulf ble Aldhelm utpekt i 675, i henhold til et charter av tvilsom ekthet (sitert av William av Malmesbury) av Leuthere, biskop av Winchester (671-676), til være etterfølger ved klosteret, og han ble da dets første abbed.