Han tok etter hvert over en gammel piratbase, Forsaken Fortress, og bosatte seg der. Han begynte da å lete etter de to andre delene av Triforce, visdom og mot, som han visste var hos Link og Zeldas etterkommere. Som første skritt i planen sendte han en monsteraktig fugl, Helmaroc King, for å kidnappe alle jenter med alveører i håp om å finne Zelda. En av jentene han kidnapper er Aryll, Links søster, og dette fører til at Link sniker seg inn i fortet for å redde henne. Etter å ha klatret opp mot det høyeste tårnet der jentene blir holdt fanget kommer Helmaroc King overraskende på Link og fanger ham med klørne sine. Den tar Link til Ganondorf, som bare får fuglen til å kaste ham til sjøs.