Pompeius bidro deretter til å slå ned Spartacus' slaveopprør. For å styrke sin stilling ytterligere allierte Pompeius seg med Julius Cæsar og Marcus Crassus i det første triumvirat. Avtalen ble forseglet da Pompeius giftet seg med Cæsars eneste datter, Julia. Triumviratet ble imidlertid kortvarig; etter at Crassus ble drept i slag i 53 f.Kr., prøvde Pompeius å utmanøvrere Cæsar for å få kontroll over republikken. Dette utløste en borgerkrig mellom Cæsar og Pompeius. Krigen endte i slaget ved Farsalos der Pompeius ble slått og måtte flykte til Egypt. Der ble Pompeius forrådt og drept av Ptolemaios XIII av Egypt.