Totti er gift med Ilary Blasi, en tidligere modell som i dag jobber for TV-kanalen RAI. Paret giftet seg i Roma 19. juni 2005 etter å ha vært sammen i tre år. 6. november 2005 fødte Blasi sønnen Cristian. Knappe to år senere kom datteren Chanel til verden. I mars 2016 fikk han sitt tredje barn, Isabel. Totti er romersk-katolsk.