Skavhaugen var flyelev ved Marinens flyskole i Horten fra 1937 til 1938, da han fikk flygervingen. Ved utbruddet av andre verdenskrig var han løytnant i Marinens flyvåpen. Etter en periode ved Little Norway i Canada, kom Skavhaugen til 333 skvadron i Skottland, der han ble sjef for skvadronens B-flight som var oppsatt med Mosquito-fly. 25. mars 1945 deltok han i et angrep på tyske skip i nærheten av Florø. Flyet ble trolig skutt ned av tyske fly ved Alderen, og kapteinløytnant Skavhaugen og hans britiske navigatør Pilot Officer Bobbett omkom.