I 1998 gikk Paulsen over fra Sosialdemokratene til Folkpartiet liberalerna og var frem til 2007 partiets andre viseordfører og talsperson i eldrespørsmål. Paulsen representerte partiet i Europaparlamentet i perioden 1999-2004. Ved valget til Europaparlamentet i 2009 ble Marit Paulsen igjen innvalgt og fikk 51,5 % av personstemmene for Folkpartiet.