Nikolaikirkens kraftige tårn mener fagfolk at kirken fikk allerede på slutten av 1200-tallet, denne utbyggingen endret kirkens kor fra apsidalt (halvsirkelformet) til rett, samme form som i Mariakirken, den andre av Søsterkirkene. Nikolaikirkens tårn har hatt et høyt spir, men dette ble ødelagt under brannen i 1799.