Under rettsoppgjøret hevdet han å ha motsatt seg utnevnelsen to ganger og at han straks ville ha blitt henrettet om han nektet å følge Hitlers ordre. Ohlendorf hadde da rang av . Utnevnelsen kan ha vært en slags straff for at han ikke ville innordne seg. Han utførte massedrapet pliktoppfyllende og beskrev resultatene i rapporter slik han var vant med. Denne drapsskvadronen opererte i det sørlige Ukraina, og på Krimhalvøya. Enheten var tilknyttet 11. arme i Wehrmacht, under general Erich von Manstein, og besto i utgangspunktet av omkring 500 mann.