Akvariet ble finansiert ved en innsamlingsaksjon i Bergen, og det ble bygget sammen med Havforskningsinstituttet. Det ble tegnet av Hans Chr. Gaserud og Helge Simers og ble åpnet 27. august 1960. Det var da Nord-Europas største og mest moderne akvarium. Aslak Sverdrup er administrerende direktør siden 1. mars 2019.