Oppføringen av Havnelageret var meget komplisert fordi bygget på grunn av sin størrelse måtte fundamenteres på fjell og det fantes først på 20 meters dybde. De vanskelige grunnforholdene forsinket arbeidet, men til slutt, i 1920, var Havnelageret fundamentert på 130 pilarer på til sammen 1550 pæler. Og solid ble det, så solid at fjerde etasje ble brukt som tilfluktsrom under andre verdenskrig.