Luften er kraftig forurenset med svoveldioksid på grunn av kraftverk som brenner oljeskifer i nordøst. Jordsmonnet og grunnvannet er forurenset med petroleumsprodukter og kjemikalier fra tidligere sovjetiske militærbaser. Estland har mer enn 1 400 naturlige og kunstige innsjøer, og de minste av disse som ligger i jordbruksområdene er kraftig forurenset av organisk avfall. Sjøområdene nær kysten er forurenset mange steder.