Året etter ble han sendt til Praha for å arbeide hos keiser Ferdinand II. Etter et apopletisk anfall ble han assistert der av jesuitten Theodorus Moretus. Da svenskene angrep og herjet Praha i 1631, dro Gregoire, og noen av hans manuskripter gikk tapt i kaoset. Andre ble ettersendt til ham i 1641 med pater Rodericus de Arriaga.