Da han vendte tilbake til sitt tsjekkiske hjemland, ble han utnevnt til hjelpebiskop i Brno og titulærbiskop av av pave Johannes Paul II den 5. juli 1999. Han ble bispeviet av biskop Vojtěch Cikrle, biskop av Brno. Medkonsekratorer var den apostoliske nuntius erkebiskop Giovanni Coppa, og erkebiskopen av Olomouc, Jan Graubner. Han beholdt tilsynet med sjelesorgen blant tsjekkiske katolikker i utlandet.