I 1990 startet klubben både herre- og damelag i Innebandy. Fotballen døde mer eller mindre ut noen år senere. Herrelaget kom til 5 divisjon som høyest. (i det gamle seriesystemet) Innebandy var den nye sporten og IK Akerselva var et meget sentralt navn. Klubbens damelag tok idretten med storm og har i årenes løp hentet hjem 5 offisielle NM og et uoffisielt NM-gull. 2 tredjeplasser i europacupen og 3 seriemesterskap. Jentene fra IK Akerselva var «landslaget» i mange år. Herrelaget fikk en litt treigere start på sin vei opp mot eliten og var i mange år et av de beste lagene i 1.divisjon østland. Etter et nedrykk i begynnelsen av 2000-tallet har avdelingen vokst seg stor og har tatt steget fra 2.div oslo og rykket endelig opp til eliteserien 2010/2011.