Ifølge den israelske menneskerettighetsorganisasjonen B'Tselem har 3377 palestinere blitt drept av israelske sikkerhetsstyrker i perioden 2000–2006. Av disse var 692 mindreårige. Forholdet mellom drepte palestinere og israelere er således på tre til én. Kampene mellom israelske styrker og palestinske grupper har ofte blitt ført i tettbebygde områder; spesielt gjelder dette Gazastripen. Fra israelsk hold har det vært hevdet at palestinske militante blander seg med sivilbefolkningen for at israelske angrep lettere skal ramme sivilbefolkningen, og Israel dermed lettere skal bli utsatt for kritikk av vestlig media. Derimot har både FN og menneskerettighetsorganisasjoner som Amnesty International flere ganger anklaget Israel for «overdrevne maktbruk mot sivile palestinere». De har også fordømt Israels likvidasjoner av ettersøkte palestinske militante som «utenomrettslige henrettelser». Samtidig er det på det rene at de israelske aksjonene de siste årene har ført til en kraftig reduksjon i vellykkede palestinske væpnede aksjoner. Ifølge israelske kilder blir 90 % av de palestinske kjempende stanset før de når sine mål.