Vinstrups ble i 1578 valgt til sogneprest ved Helliggejstes Kirke i København, nåværende Helligåndskirken. Det ser ut til at han har vært vel ansett, siden universitetet i 1580 fikk en kongelig oppfordring om å gjøre ham til dr. theol., siden han var «en god, skikkelig, lærd mand, så han samme Grad og Lærdoms Vidnesbyrd værdelig skal kunne antage». Men oppfordringen ble ikke tatt til følge på dette tidspunktet.