Det finnes mange huler, hellere og fjellformasjoner i kommunen, for eksempel Hanshelleren, som blir anvendt til klatresport. Den ytterste skjærgården har lite vegetasjon, men store deler av Flatanger er dekket av løv-, gran- eller furuskog. Jordsmonnet er forholdsvis karrig. Her finnes også en rekke små og større vann og vassdrag, størst er Lauvsnesvatnet (2,7 km²) med den 700–800 m lange Lauvsneselva. Til tross for sin begrensede lengde, regnes den som en god lakseelv, målt i antall laks tatt per lakseførende meter. Plantelivet i kommunen er ikke spesielt rikt, men noen sjeldne arter finnes. Kommuneblomsten er østersurt. Det finnes betydelige bestander av elg, hjort og rådyr. I skjærgården er det mye sjøfugl, i tillegg til havørn.