Storfloduglen hekker under tørketid, når det er lavere og klarere vann, som gjør at det er enklere å finne og fange fisk. Storflodugler er territorielle, og gjør krav på områder langs kyst og elv i starten av hekketiden. Uglene lager reir i hule trær, og legger som regel 1-2 egg.