Også blant de uighurer, naimaner, merkiter og oyirater som bosatte seg i Kina var det syro-orientalske kristne. Uighurene, der flertallet var buddhister, holdt til rundt dagens Turfan i Xinjiang. Hovedtyngden av naimanene, som alle var kristne, bodde vest for Orkhon-elven. Det var blant dem at den reisende fransiskaneren Willem av Rubruck fant en kristen leder som han (naturligvis feilaktig) identifiserte som den legendariske «Prestekongen Johannes».