Under Hannibalsfeiden ble han 17. januar 1644 utnevnt til riksadmiral og sjef for den norske forsvarsflåten. Han ble utnevnt til dansk riksråd, men i 1648 ble han alvorlig syk, og ble derfor satt til lendsmann av Helsingborg slott. Men da Hannibal Sehested og Ulfeldt falt i 1651 ble Gjeddes politiske posisjon i København svekket.