Til og med før kongressen hadde begynt sitt møte i november 1810, hadde det brutt ut borgerkrig mellom de som støttet juntaene og ønsket selvstendighet og rojalistene som ville opprettholde unionen med Spania. To provinser, Maracaibo og Guayana, samt ett distrikt, Coro, anerkjente aldri Caracas-juntaen, og forble heller lojale mot regjeringa i Spania. Republikken forsøkte å få disse regionene under sin kontroll ved å sende militære ekspedisjoner mot dem, men dette mislyktes, mens i Valencia klarte republikken å slå ned et anti-republikansk opprør i 1811.