Så ofte han kunne tok Darwin seg fri fra teologien for å gå på jakt, og oppdrette duer og hunder. Han var interessert i natur og friluftsliv, og ved siden av studiene leste han det som den gang het naturfilosofi (dvs biologi og geologi) på egen hånd, fulgte forelesninger og deltok på ekskursjoner. Biologi og geologi var det som opptok ham mest i disse studieårene. Han ble begeistret for vitenskapsmenn som William Whewell, Adam Sedgwick og John Stevens Henslow.