Bombeflyets opprinnelige mål var byen Kokura, men denne lå skjult av røyk fra branner i nabobyen Yawata, som var blitt bombet. Kokura ble derfor oppgitt. De to alternative bombemålene var Niigata, som lå for langt borte da drivstoffet begynte å bli knapt, og Nagasaki, som allerede var bombet – man foretrakk et uberørt mål for å kunne bedømme hvor massive ødeleggelsene fra en atombombe er. Mannskapet hadde likevel ikke noe annet valg enn Nagasaki, som imidlertid viste seg å være dekket av et skylag. Flyet sirklet en stund før det oppstod et hull i skydekket, og bomben ble sluppet.