Katzer ble rekruttert av fader Francis Pierz for misjonsarbeid i USA, og hjulpet av stipend fra Leopoldinenstiftung ankom han New York 19. mai 1864. Da han kom til Minnesota, informerte bispedømmet ham imidlertid om at han ikke trengtes der. Katzer vurderte da å bli jesuitt, men fader Joseph Salzmann overbeviste ham i stedet om å komme til Milwaukee. Katzer fullførte sine teologiske studier ved i Milwaukee.