Selv om Artaxerxes hadde suksess i politikken mot grekerne, hadde han langt større vanskeligheter med egypterne. De hadde med hell gjort opprør mot ham i begynnelsen av hans styre. I et forsøk på å gjenerobre Egypt i 373 f.Kr. ble fullstendig fiasko, men i hans siste år greide perserne å beseire en felles egyptisk-spartansk forsøk på å erobre Fønikia. Han knuste også et opprør fra en del satraper i Anatolia tiden 372–362 f.Kr. Satrapene i Kappadokia, Frygia, Armenia som hver for seg gikk til opprør.