I 1995 ga MacGowan ut singelen "Woman's got me drinking" i duett med Sinnead O'Connor og Johnny Depp på gitar. På 1990-tallet etablerte han bandet Shane MacGowand & The Popes som han turnerte med. Sammen med dette bandet ga han ut (1994). (1997) med The Popes var hans siste album. Disse to albumene har et visst -preg. Da han fikk kontroll å rusmiddelbruken turnerte han igjen med The Pogues før samarbeidet surnet igjen på 2000-tallet. Etter dette opptrådte han lite på større scener og var en sjelden gang gjest hos Nick Cave eller The Pretenders.