Både før og etter at han tok over som president, har folket i Bolivia protestert kraftig mot ledelsens disponering av landets naturgass- og oljeressurser, og har blant annet krevd lavere bensinpriser og høyere skatter for utenlandske oljefirma. Protestene ble etter hvert for mange, og Mesa leverte sin avskjedssøknad til kongressen 7. mars 2005. Kongressen stemte imidlertid nesten enstemmig for å forkaste avskjedssøknaden. En ny avskjedssøknad ble godkjent av kongressen den 10. juni 2005. Eduardo Rodríguez ble deretter satt inn som ny president. Under valget samme år vant sosialisten Evo Morales fra partiet Movimiento al Socialismo (MAS) og ble president, og gass- og oljeressursene ble nasjonalisert.