Vegetasjonen varierer på grunn av varierende klima og jordsmonn. I høyden i nord er bjørk, kastanje, eik og lønn vanlig, med bregner og lyng på bakken - en vegetasjon som ligner på den som finnes i Nord-Europa. En god del av planteveksten er typisk for Middelhavs-området samt en del nordafrikans. I sør er eukalyptus, korkeik og oliventre vanlig. I Alentejo er store sletter dekket med korkeik og Portugal har 30 % av verdens forekomst av dette treslaget og er verdens største produsent av kork. I sør vokser typiske middelhavsurter som rosmarin, timian og lavendel. I sør trives også tropiske og subtropiske vekster som fiken, mandel, sitron, appelsin og granateple. I det nordlige og sentrale Portugal er det store skogsområder.