Molekylære metoder har derfor revolusjonert bakterie-systematikken, men gir sprikende resultater. Grunnene er at bakterier kan utveksle gener mellom ulike bakteriearter, til og med mellom nokså fjernt beslektede. Blant kandidatene til den mest basale grenen i bakterienes stamtre er for eksempel både Planctomycetes, og Aquificae. Delgruppene som er nevnt i boksen øverst til høyre, er basert på den nyeste kunnskapen (per 2004). Man vil likevel måtte forvente en del endringer i fremtiden, både grunnet bedre fylogenetiske analysemetoder og fordi nye arter vil bli beskrevet.