Baggara i Darfur og Kordofan var kjernestyrkene i Mahdioppstanden i 1880-årene mot det tyrko-egyptiske styre. Mahdiens, Muhammad Ahmad, nestkommanderende Khalifa Abdallahi ibn Muhammad var selv av baggara-avstamning og tilhørte ta'aisha-stammen. I Mahdi-perioden (1883-98) emigrerte titusenvis av baggara til Omdurman og det sentrale Sudan, hvor de supplerte Mahdi-hæren med mange soldater. Etter nederlaget mot britiske kolonistyrker ved Karari i 1898 vendte mange tilbake til Darfur og Kordofan. Under sitt styre i Sudan benyttet britene indirekte kontrol av lokalbefolkningen, og hver av de større baggarastammer ble derfor regjert av dens egne leder, kalt . Størstedelen av dem var lojale støtter av Sudans dominerende Umma-parti; fra 1960-årene ble ledet av Sadiq el Mahdi.