Hans far var kirurg. Bonnevie hadde gode evner, ble student da han var 15 år og tok teologisk embedseksamen da han var 22 år gammel, i 1804. Han begynte på en militær karriere, og var med som løytnant i den danske hær, med deltakelse i kriger (1813–1814). Her arbeidet han også som lærer (1804) og senere sogneprest i Kalundborg i Danmark (mars 1814). Her ble han involvert med ektefellen til kammerherre von Juel og han dro videre til Kongsberg (1815), der han ble sogneprest. Fra 1824 var han sogneprest i Øyestad.