Kasernen ble oppført sammen med mange andre sjællandske kaserner etter hærloven av 1909 i tiden 1909–1912 ved arkitekt Viggo A. Thalbitzer og senere utvidet. I 1945 ble tvangsevakuerte tyske flyktninger holdt i leiren, under tilsyn og bevoktning, inntil bortsendelse kunne finne sted. Fra 1945–1985 huset Sandholmlejren Den Kongelige Livgarde. 1. oktober 1989 overtok Kriminalforsorgen bruksretten til de første bygningene i Sandholmlejren til bruk for asylsøkere.