Han var sønn av den lærde Rudolph Snel van Royen (1546–1613), professor i matematikk ved universitetet i Leiden og som også drev en privatskole, og av Machteld Cornelisdochter fra Oudewater. Han studerte rettsvitenskaper ved universitetet Leiden, men interesserte seg mest dor matematikk. Han fikk privatundervisning i matematikk av Ludolph van Ceulen og vikarierte for sin far som foreleser i faget.