Šeško debuterte for Slovenia U-15 i 2017 og spilte på ulike aldersbestemte landslag frem til Slovenia U-19 i 2020. Han fikk sin a-landslagsdebut for i vennskapskamp borte mot den 1. juni 2021 (1–1). Hans første landslagsmål kom i en VM-kvalifiseringskamp borte mot den 8. oktober 2021 (0–4).