Fra 1864 til 1868, redigerte Norton det svært innflytelsesrike magasinet , i samarbeid med James Russell Lowell. I 1862 giftet Norton seg med Susan Sedgwick. I 1875 ble Norton utnevnt til professor i kunsthistorie ved Harvard, en posisjon han holdt frem til han gikk av med pensjon i 1898. Det arkeologiske Institute of America valgte Norton som sin første president (1879–1890). I de første årene av det tjuende århundret holdt Norton taler i favør av legalisert aktiv dødshjelp.