I 1994 ble Radikal Ungdom, i likhet med en rekke andre politiske ungdomsorganisasjoner, felt i den såkalte tippemiddelsaken, hvor det ble oppdaget at organisasjonene hadde hatt kunstige høye medlemstall og dermed fått et uberettiget høyt tilskudd. Radikal Ungdom ble formelt nedlagt for så å gjenoppstå. I 1993 kom partiet igjen med i en regjering ledet av Socialdemokratiet, og denne ble sittende frem til 2001, hvoretter Radikale Venstre ble sittende ti år i opposisjon.