Under krigen forsket han på en pille til SS-soldatene hvis de ønsket en rask og smertefri død, hvis de for eksempel hadde blitt tatt til fange og ikke ville røpe noe. Dette klarte han ikke med en gang, men han prøvde ut ulike steriliseringsmetoder på jødiske kvinner og menn. For kvinnene førte dette til smerter i eggstokkene og i magesekken, disse ble da tatt ut og sendt til Berlin for nærmere undersøkelse. For menn var det testiklene som ble fjernet. De som ble gitt dødspillen, led en langsom og smertefull død. Han lot også pasienter stå ved et røntgenapparat i flere minutter i strekk med strålen mot kjønnsorganene. Disse ble gasset etterpå fordi stråleskadene hemmet videre arbeid. Clauberg ble røpet da han sendte rapport om pillen til Berlin.