I hans regjeringstid pågikk «den lange tyrkerkrig» fra 1593 til 1606, der Mehmed som første sultan siden Suleiman Is tid personlig overtok den militære kommandoen. I 1596 erobret den osmanske hær det nordungarske Eger og beseiret habsburgerne i slaget ved Mezőkeresztes nær ved Mezőkeresztes (nå i komitat Borsod-Abaúj-Zemplén i Ungarn), hvor Mehmed i det pågående slaget måtte overtales til ikke å rømme fra slagfeltet.