Under den annen engelsk-nederlandske krig i 1665 førte dette til at han ble plassert som tredje høyeste offiser under slaget ved Lowestoft, under Jacob van Wassenaer Obdam og Egbert Bartolomeusz Kortenaer. Etter at både Obdam og Kortenaer falt tok Evertsen over kommandoen, dermed fikk han alene skylden for tapet. Han ble stilt for krigsrett og frikjent, men ble avskjediget med alderen som begrunnelse. Da han kom til Den Briel ble han bundet på hender og føtter og kastet i kanalen av en gruppe rasende sjømannskoner. Han overlevde, såvidt. Hans bror, løytnant-admiral Cornelis Evertsen ble satt som øverstkommanderende for Zeelands flåte.