Ett av de store hindrene ved behandlingen av hiv er virusets store genetiske variasjon. Det finnes to hovedtyper av hiv – hiv-1 og hiv-2. Hiv-1 er i slekt med virus funnet i gorillaer og sjimpanser i Vest-Afrika, mens hiv-2 er beslektet med virus funnet i apearten , som finnes i skogene fra Senegal til Ghana. Det er -viruset som er det dominerende og som forårsaker aids. Gruppe M kan så igjen deles inn i en rekke subtyper basert på deres genetiske data. Hiv-2 anses for å være mindre virulent og mindre smittsomt enn Hiv-1.