Joaquín Balaguer kom fra en velsituert familie. Han ble født i Den dominikanske republikk med en puertoricansk far, Joaquín Jesús Balaguer Lespier, av katalansk og fransk avstamning, og en dominikansk mor, Carmen Celia Ricardo Heureaux, datter av Manuel de Jesus Ricardo og Rosa Amelia Heureaux (av fransk avstamning), som også var halvkusine til president Ulises Heureaux.[7][a] Balaguer var eneste sønn i en familie med flere døtre.