I begynnelsen gjorde ikke Teodoros noe krav på keisertittelen, sannsynsligvis fordi hans svigerfar og hans bror ennå levde. Kanskje avventet hanogså den videre utviklingen i krigen mot latinerne, eller det var fordi det ikke var noen patriark som kunne krone ham. I tillegg ble hans rike utfordret av David Komnenos i Paflagonia og Manuel Maurozomes i Frygia. Det var først etter at han hadde beseiret disse to i 1205 at han lot seg utrope til keiser og inviterte patriark Johannes X Kamateros til Nikea. Men patriark Johannes døde i 1206 før kroningen. Teodoros utnevnte Mikael IV Konstantin til ny patriark og ble kronet av ham i mars 1208.