Israel innledet seksdagerskrigen med et luftangrep mot Egypts luftforsvar den 5. juni 1967. Krigen endte med tap for araberne, og Israel okkuperte flere arabiske territorier, inkludert Vestbredden og Gazastripen. Selv om Nasser og hans allierte tapte kampen, bidro krigen og utviklingen etter den til å styrke Arafat og Fatah. Majoriteten av palestinerne, som før dette hadde rettet seg etter og sympatisert med enkelte arabiske myndigheter, begynte nå å innse at en egen, palestinsk løsning knyttet til deres situasjon var nødvendig. Mange palestinske politiske partier gikk i oppløsning etter at de mistet sin økonomiske støtte fra myndighetene. Dette inkluderte Habashs arabiske nasjonalistbevegelse, al-Husseinis, høyere arabiske komité og den islamske frigjøringsfront samt flere grupper som var støttet av Syria. Bare én uke etter nederlaget krysset en forkledd Arafat elven Jordan og beveget seg inn på Vestbredden. Han satte opp rekrutteringssentre i Hebron, Jerusalem-området og Nablus og begynte å verve geriljakrigere og bidragsytere.