Samme dag, 9. august 1965, vedtok Malaysias parlament resolusjonen som skar over Singapores bånd til Malaysia, og dermed skapte republikken Singapore. Singapores mangel på naturressurser, vanntilførsel som i stor grad var avhengig av Malaysia og en svært begrenset forsvarsevne var de fremste utfordringer som Lee og Singapores regjering stod overfor.