Hovedstaden og den tidligere hovedhavnen på øya er Astypalaia, eller som de lokale kaller den, Kora. En ny havn har blitt bygd i Agios Andreas på midten av øya hvor det fergeforbindelse vest og øst med Athens havneby Pireus og de andre øyene i Dodekanesene. Det er også flyforbindelse med Athen fra flyplassen nær Maltezana.