I 1762 flyttet Herder til Königsberg, der han begynte sitt teologiske studium. For å finansiere studiene ble han inspisient på gymnaset i byen, og snart underviste han her i en rekke fag. I Königsberg fulgte han forelesningene til Immanuel Kant, som også introduserte Herder for verkene til Rousseau. På denne tiden møtte han også Johann Georg Hamann, som var en del av Sturm und Drang-bevegelsen. Hamann representerte et opprør mot opplysningstidens fornuftsbaserte tenkning, gjennom ham ble Herder innført i diktningen og engelsk litteratur.