Estland har et temperert klima som ligner på klimaet i Skandinavia, middeltemperaturen er 16 °C i juli og -5 °C i januar. Østersjøen medvirker i stor grad til dette, og fører til kjølig og fuktig vær året rundt, og vintertemperaturene er relativt høye sammenlignet med andre områder på samme breddegraden. De nordlige kystområdene kan derimot få kraftig vind innimellom som gir ganske sure forhold, i tillegg til den kalde østavinden fra Russland. Lett snøfall er vanlig over hele landet om vinteren, men smelteperioder som kommer med jevne mellomrom hindrer snødekket i å bli for dypt. Om sommeren har man regn og regnbyger omtrent hver andre eller tredje dag. Mai og juni er de tørreste månedene på året. Tallinn har en normal årsnedbør på 585 mm.