Waagstein ble i 1947 utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden for sine fortjenester for Norges sak under krigen, i hjelpearbeidet for den norske marinen og handelsflåten. Han ble senere forfremmet til kommandør. I 1959 ble han utnevnt til norsk generalkonsul på Færøyene.