Han var et av 3-4 barn av prominente høvdinger som overlevde massakren i Jaragua, der nesten alle av Jaraguas høvdinger ble myrdet av øyas spanske guvernør Ovando i 1503. Enriquillo ble oppfostret av munker i et fransiskanerkloster. Han ble opplært i kristendom og spansk, og lærte både å lese og skrive. Han var i realiteten historiens første kjente kreol.