Flint utførte også forskningsarbeid i staten Washington for å avdekke den siste istidens betydning for formingen av landskapet i Nordvest-USA, og ble beryktet for sin motstand mot Missoulaflom-hypotesen, som ble fremmet av J. Harlen Bretz. Flint presenterte en detaljert og grundig gjennomtenkt argumentasjon mot tanken om at det kan komme en serie med katastrofale flommer; et synspunkt som har kommet i disfavør på grunn av en bred samling bevis.