I hver sone vil en bestemt kombinasjon av gener styrer når videre utvikling skal begynne å virke. Disse genene koder for som styrer hvor ofte de øvrige genene i genomet blir avlest og oversatt til proteiner. En av funksjonene til transkripsjonsfaktorene er å fremme eller undertrykke gener som gir proteiner som binder celler sammen, eller gjør cellene mer mobile i de celler hvor de er aktive. Disse proteinene gir vevet i regionene forskjellige egenskaper.