I 1913, under Painwillt Creek-Cabin Creek-streiken i Vest-Virginia, ble Mother Jones sammen med andre fagforeningsfolk anklaget for å være med i en sammensvergelse som inkluderte drap. Hun ble satt i husarrest i Pratt, Vest-Virginia. Hennes arrestasjon reiste et ramaskrik og hun ble snart løslatt da angriperne ble identifisert som assosiert med en prominent lokal forretningsmann. Efter hennes løslatelse beordret Senatet en undersøkelse av forholdene i de lokale kullgruver. Hun var også sentral under slaget ved Blair Mountain i 1921.