Nysa Kłodzka springer ut nær landsbyen Jodłów i Śnieżnikfjellene, en del av Sudetene på den polsk-tsjekkiske grensen. Den renner gjennom byene Międzylesie, Bystrzyca Kłodzka og Kłodzko, og fortsetter deretter østover. Andre byer langs elven er Paczków, Otmuchów, Nysa, Lewin Brzeski og Skorogoszcz. Elva munner ut i Oder ved landsbyen Rybna sørøst for Brzeg.