I 1540 erklærte keiser Karl V krig mot den muslimske sjørøverbyen Alger. Han inviterte alle gode menn til å delta i den forestående kampanjen, og Cortés investerte store deler av sin formue i et eget skip, mannskap og utrustning, med forventning om store fortjenester i rikdommene i byen. En stor hærstyrke ble satt i land på Nordafrikakysten,men et uvær presset den keiserlige flåte til havs, og gjorde samtidig den keiserlige hæren midlertidig kampudyktig . Cortés hadde erfaring med at det lot seg gjøre å vinne bare man var modig nok, og argumenterte for å fortsette mot målet. Men flertallet av offiserene stemte for å avbryte aksjonen, og hæren ble tatt ombord igjen i skipene straks de var tilbake. Men uværet førte til at skipet til Cortés gikk ned med mange menn og all utrustningen. Cortés klarte seg, men han tapte størsteparten av sin formue.