Den 19. november 1996 ble Warfel utnevnt til biskop av bispedømmet Juneau av pave Johannes Paul II. Han ble bispeviet den 17. desember 1996 av erkebiskop Francis Hurley, med biskopene Michael Kaniecki og William Skylstad som medkonsekratorer. Som biskop fungerte Warfel som leder av komiteen for evangelisering i USAs konferanse for katolske biskoper (USCCB) fra 1999 til 2002.