Det lå flere klostre i området. Benediktinersøstre holdt til der St James's sognekirke nå ligger. Johanitterne hadde sitt engelske hovedkvarter i Clerkenwell; St. John's Gate som ble reist i 1504 av Thomas Docwra er bevart i ombygget form som Priory Gate. På begynnelsen av 1900-tallet ble bygningen hovedkvarter for organisasjonen St. John Ambulance. Under kirken St. John ligger en tidlig krypt, hvor et berømt spøkelse, , ble avslørt som en bløff. Samuel Johnson, som arbeidet i området, var svært opptatt av denne saken. En bygning kjent som var opprinnelig et karteuserkloster, og ble senere brukt som skole og almissehus. Etter reformasjonen hadde jesuittene et novisiat i Clerkenwell, hvor blant annet Edmund Arrowsmith bodde.