En stor del av forskningen hans dreide seg om holocaust i Ungarn med hovedverket (først utgitt 1981, to bind på til sammen 1600 sider). Dette er også et hovedverk i holocaustforskningen generelt. Han overlevde selv holocaust i Ungarn der nesten alle familiemedlemmer ble drept. Braham kalte holocaust i Ungarn for den most forvirrende delen av historien om holocaust: Hvordan kunne en stor del av det jødiske samfunnet ble utslettet på kort tid samtidig som det var klart at Tyskland ville bli nedkjempet og samtidig som holocaust var godt kjent hos de allierte og hos nøytrale aktører?