Det finnes enkelte linjer som ikke er del av National Rail, fordi de ikke har utgått fra British Rail, eller av andre grunner. For eksempel ble Waterloo & City-linjen i det sentrale London overført til London Underground. Alle linjer under National Rail-paraplyen har samme billettstruktur og dermed muligheter for overgang eller for valgfri rute uansett selskap, mens andre selskaper ikke nødvendigvis har overførbare billetter.