Under sjøfareren og lensmannen Ove Gjedde som hadde Tommerup fra 1614 til 1658 ble borgen ombygget til renessansestil. Utseendet kjennes fra det Burman-Fischerske prospektverk omkring 1680. Hovedbygningen lå på en nesten kvadratisk borgholme beskyttet av kanonbastioner i alle fire verdenshjørner. Det fantes også en ekstra beskyttende mur mot nord og porttårn og vindebro over voldgraven i det sydvestlige hjørne. Bygningen var dekorert med svungne gavler, tårnspir og sandstensinnfattede vinduer, som man kjenner det fra det samtidige Danmark og ikke minst fra nederlandsk renessansearkitektur.