Under nasjonalsosialismen var utenriksdepartementet en del av regimet. Enkelte diplomater, som for eksempel Ulrich von Hassell og Adam von Trott zu Solz, gjorde imidlertid opprør mot diktaturet, og måtte bøte med livet for dette. Departementets deltakelse i Det tredje rikes forbrytelser og senere omgang med denne del av historien, ble undersøkt av en uavhengig historikerkommisjon som offentliggjorde sitt arbeid i oktober 2010.