Hans meninger og politiske holdning ble stadig mer anti-semittisk etter at Adolf Hitler kom til makten i Tyskland i 1933. Etter den tyske okkupasjonen av Belgia under andre verdenskrig meldte Lagrou seg sammen med en kamerat seg som frivillige til en flamsk brigade som var en del av Waffen-SS. Lagrou var utstasjonert sammen med Waffen-SS på østfronten, og enkelte rapporter har feilaktig antydet at han hadde dødd i kamphandlinger. Men Lagrou overlevde kampene, og han ble tatt til fange av de allierte styrkene i Frankrike, men han klarte å stikke av fra det allierte fangenskapet til Spania.