Kanskje det viktigste skiftet var en religiøs: Teben ble effektiv også det religiøse som det ble politiske sentrum i landet. Tebens lokale gud Amon ble gitt æren for å ha inspirert Ahmose i å beseire Hyksos. Viktigheten av tempelkomplekset ved Karnak på østbredden av Nilen nord for Teben vokste og dens betydning som religiøs kult over den tidligere kulten til Ra i Heliopolis som ble mindre betydningsfull.