Allerede i barndommen ble Captain Beefheart regnet som et vidunderbarn som skulptør. I tenårene, da han bodde i Lancaster, California, utviklet han en eklektisk musikalsk smak og innledet et samarbeid med Frank Zappa, som han sporadisk konkurrerte og samarbeidet med. Han begynte å opptre som Captain Beefheart i 1964 og slo seg sammen med det originale Magic Band, opprettet av Alex St. Clair (født Alexis Clair Snouffer). Don Van Vliet begynte å opptre som Captain Beefheart med det originale Magic Band i 1964. Det første albumet til Captain Beefheart and His Magic Band, ble utgitt i 1967 av Buddah Records. Etter å ha blitt droppet av to plateselskap rett etter hverandre, inngikk de i en avtale med Frank Zappas Straight Records, der de utga albumet i 1969, et album som senere ble rangert som nr. 58 i magasinet Rolling Stone's liste fra 2003 over de 500 Greatest albums of all time.