Ordningen der sakene ble avgjort i kollegium ble i 1864 erstattet av personlig instruksjonsrett, der hvert enkelte medlem av magistraten ved sin signatur tok beslutninger på sitt saksområde. Den sterkt økende saksmengden gjorde reformen nødvendig. I regjeringen hadde statsrådene allerede fra 1814 hatt personlig instruksjonsrett. Sakskategorier som fortsatt skulle behandles i kollegiet, var blant annet saker som skulle til representantskapet, saker som angikk flere avdelinger eller bykassens budsjett, saker av inngripende viktighet og saker som etter lov eller overøvrighets begjæring skulle behandles i samlet magistrat.