Under den andre verdenskrig kom flere nyvinninger og en tanke utviklet seg om en egen avdeling for fiske og sjøbruk diskutert. I 1948 begynte arbeidet med å bygge opp en egen fiskeriavdeling på Hjertøya. Det var den første utenfor museumsområdet i Molde, og åpent for publikum i 1952. På murene fra en tysk bygning ble et administrasjonshus med lgerplass reist. Dette var en stor begivenhet dengang. Etterhvert kom Gildehallen, bygd opp av materialer fra en løe på Flå i Sunndalsfjorden. Det lille Kapellet, Romsdalsmuseets kapell, i 1952. Museet var også viktig i finansieringen av de første utgravningene på Veøya i 1953 .