Ju 88 ble utviklet for å imøtekomme en spesifikasjon fra det tyske luftfartsministerium for en ny «Schnellbomber» som skulle kunne fly i en hastighet på 500 km/t med en bombelast på opptil 800 kg. Den første prototypen Ju 88 V1 fløy første gang 21. desember 1936, utstyrt med to Daimler-Benz DB 600Aa motorer. Den andre prototypen V2 introduserte de ringformede radiatorene, og V3 byttet ut DB 600-motorene med to Junkers Jumo 211A.