Etter dette gjorde han comeback på landslaget etter å ha blitt tatt ut til den danske troppen for fotball-VM 1998, hvor Danmark som sitt hittil beste resultat noensinne, nådde kvartfinalen hvor de tapte 3–2 mot . Brasil tok senere sølvmedalje etter å ha tapt finalen mot Frankrike. Wieghorst ble byttet innpå i det 82. minutt i den uavgjorte puljekampen mot (1–1), men hvor han pådro seg en utvisning kun tre minutter senere. Wieghorst fikk dermed tre kamper under VM.