I årene som fulgte markerte Bonhoeffer seg som en kraftig og uredd kritiker av den tyske nasjonalsosialismen og den voksende makt Det nasjonalsosialistiske tyske arbeiderparti fikk i samfunnet. I april 1933 offentliggjorde han et skrift, , der han på teologisk grunn gikk i rette med det økende jødehatet som vokste frem rundt ham. Som en av de aller første talte han sterkt imot den antisemittisme Hitler og hans maktfeller i økende grad gjorde til politisk virkelighet. Han var hovedforfatter sammen med Hermann Sasse på den lutherske Bethelbekjennelsen i 1933 som klart tok avstand fra nazistenes jødehat.