Noboa var representant i nasjonalforsamlingen fra 2021 til 2023 da president Guillermo Lasso oppløste nasjonalforsamlingen. Før han startet sin politiske karriere arbeidet Noboa i Noboa Corporations, et eksportfirma grunnlagt av hans far, milliardæren Álvaro Noboa, som stilte som kandidat i presidentvalget fem ganger uten suksess. Daniel Noboa beskrives ofte som en arvtaker etter sin far.