VKM er administrativt underlagt Folkehelseinstituttet. Vitenskapskomiteen oppnevnes av Helse- og omsorgsdepartementet for fire år av gangen. Rundt 100 eksperter fra vitenskapelige institusjoner i Norden er medlemmer av komiteen. De oppnevnes i kraft av sin faglige ekspertise, og ikke på bakgrunn av hvor de er ansatt. VKM består av en hovedkomité og elleve faggrupper. Hovedkomiteen arbeider med overordnede og prinsipielle saker, tverrfaglige problemstillinger og spørsmål som faller utenfor de enkelte faggruppenes områder. Arbeidet med risikovurderinger utføres av VKMs faggrupper. Ved behov hentes også eksterne eksperter inn. Et vitenskapelig sekretariat står for den daglige driften.