Mennesket kom først til Malta en gang rundt år 5200 f.Kr. Disse første neolittiske folkene innvandret sannsynligvis fra Sicilia som ligger omtrent 100 km lenger nord. Dette var et folk som hovedsakelig livnærte seg ved jordbruk og fiske, men det er også en del bevis for jakt. De levde tilsynelatende i huler og utendørs. I løpet av århundrene som fulgte, er det bevis på kontakter med andre kulturer som påvirket disse samfunnene, blant annet på formgivingen av keramikk og bruk av farger.