Etter flere år i San Diego ble Carl professor ved Indiana. Rosa fortsatte å samarbeide med ham gjennom disse årene, men i mindre grad. Av deres fem barn var en datter funksjonshemmet, og Rosa tok mesteparten av arbeidet som dette medførte. Av barne tilbragte Lucretia Margaretha Eigenmann (1889- ) det siste av livet nær Butlerville i Indiana; Charlotte Elizabeth Eigenmann (1891-1959) studerte ved Stanford og fikk en karrere med redaksjonelt arbeid; Theodore Smith Eigenmann (1893-1970) ble etter militærtjeneste frem til 1918 pasient ved veteranhospitaler; Adele Rosa (Eigenmann) Eiler (1896-1978), som ledsaget faren på Irwin-ekspedisjonen til Sør-Amerika 1918-1919, fullførte sin medisinske utdannelse ved Indiana University i 1921; Thora Marie Eigenmann (1901-1968) tok utdannelse ved University of Missouri og ble skrivende.