På 2000-tallet var Ginzburg politisk aktiv, og støttet den politiske liberale bevegelsen og menneskerettighetsbevegelsen. Han forsvarte Igor Sutjagin og Valentin Danilov mot anklager om spionasje fra staten. 2. april 2009 sa Ginzburg at FSB var en farlig institusjon og drev med tilnærmet stalinisme.