Ingen kongelige palasser er funnet nord for Meroë, og det er mulig at Napata alltid hadde vært det religiøse senteret i Kusjriket ettersom det aldri var befestet. Napata forble av stor betydning da konger i flere århundrer ble gravlagt her. Rundt 300 f.Kr. begynte monarkene å bli gravlagt i Meroë framfor Napata. En teori er at dette representerte et brudd med prestemakten i Napata. Den greske historikeren Diodorus Siculus har fortalt en historie om en meroittisk hersker ved navn Ergamenes som ble beorderet av prestene om drepe seg selv, men han brøt tradisjonen og fikk prestene henrettet. Ergamenes kan referere til Arrakkamani, den første hersker som ble gravlagt i Meroë, eller et tilsvarende navn som Arqamani, som hersket i mange år etter at den kongelige gravlunden ble grunnlagt i Meroë. En annen teori er at hovedstaden alltid hadde vært basert i Meroë. I løpet av denne perioden kan Kusjs autoritet ha strukket seg rundt 1 500 km langs Nildalen fra grensen mot Egypt i nord og til områder så langt sør som moderne Khartoum og antagelig også betydelige områder i både øst og vest.