Bernd Uhl studerte filosofi og teologi fra 1966 ved Ruprecht-Karls-universitetet i Heidelberg, Ludwig-Maximilians-universitetet i München og Albert-Ludwigs-universitetet i Freiburg. I 1974 tok han doktorgraden i Freiburg med en avhandling om kristen sosialisme. Doktorgraden ble støttet av et stipend fra Konrad Adenauer-Stiftung.