Boëthius' nøyaktige fødselsdato er ikke kjent. Den settes imidlertid omkring 480 e.Kr., samme år som St. Benedikt ble født. Boëthius fødtes inn i en patrisierfamilie som hadde vært kristen i om lag et århundre. På fedresiden var han i slekt med to paver, og begge foreldrene regnet romerske keisere blant sine slektninger.