I januar måned 1961 beordret Monsignor Héctor Enrique Santos Hernández, autorisert av Bispekonferansen i Honduras, grunnleggelsen av et interdiocesane hovedseminar for studenter i filosofi og teologi. I tillegg undertegnet han kontrakt med «Canadian Bishops' Conference» som hadde tilbudt å bygge et seminar og drive det. Dette for å svare på en oppfordring fra pave Johannes XXIII til fordel for støtte av Latin-Amerika. Ved samme avtale ble gutteseminaret og hovedseminaret fysisk atskilt. De første timene i de nye bygningene begynte i juli 1962.