Ingen medikamenter virker direkte inn på de sentrale symptomene på Aspergers syndrom. Selv om forskningen om effekten av medisiner ved Aspergers syndrom er sparsom, er det viktig å diagnostisere og behandle komorbide tilstander. Redusert evne til å observere egne følelser eller til å se hvordan egen atferd virker på andre kan gjøre det vanskelig for personer med Aspergers syndrom å forstå hvorfor medisinering kan være hensiktsmessig. Medisinering kan være effektivt i kombinasjon med atferdsterapi og miljømessige tilpasninger i behandlingen av samsykdommer som angst, depresjon, uoppmerksomhet og aggresjon. Atypiske nevroleptika som risperidon og olanzapin har vist seg å redusere følgesymptomer ved Aspergers syndrom. Risperidon kan redusere stereotyp og selvskadende atferd, aggressive utbrudd og impulsivitet. Selektive serotoninreopptakshemmere (SSRI) som fluoksetin, fluvoksamin og sertralin har vært effektive i behandlingen av stereotype interesser og repetitiv atferd.