Kleefstras syndrom karakteriseres ved utviklingshemning av varierende grad, muskelslapphet, forsinket språkutvikling, medfødt hjertefeil, tilbakevendende infeksjoner, spisevansker, gastroøsofageal refluks, epilepsi og overvekt. I tillegg kjennetegnes ofte kleefstras med atferdsvansker, autismespektervansker og søvnproblemer.