Hanssen høstet sterk kritikk da han grep til tvungen lønnsnemnd 7. juni 2006 i konflikten der Akademikerne streiket for sine krav. En lovlig arbeidskonflikt ble avsluttet uten forvarsel grunnet dyrehelsehensyn. Spørsmålet om begrunnelsen for lønnsnemnden var innenfor regelverket ble vurdert prøvd i Arbeidsretten.