Spillet har forskjellige avslutninger, avhengig av Olimars fremgang med å samle skipsdeler. Innsamling av alle tretti delene gir den beste avslutningen. Men innsamling av 25 obligatoriske deler innen 30 dager kan også gi normal avslutning. Men hvis spilleren ikke klarer dette i tide, kommer Olimar til å dø av oksygen-forgiftning. Bortsett fra hovedspillet, inneholder Pikmin også en ekstra utfordringsmodus som kan låses opp når Olimar får tak i alle tre typene Pikmin. Målet med «Challenge Mode» er å øke så mange Pikmin som mulig, i løpet av én dag.