En alvorlig intern trussel mot seldsjukkene, derimot, kom fra ismailittene, en hemmelig sekt med hovedkvarter i Alamut mellom Rasht og Teheran. De kontrollerte det umiddelbare område i mer enn 150 år og sendte sporadisk ut støttespillere for å styrke sitt styre ved å myrde viktige embetsmenn.