Iranske kulturer, skyterne, Aleksander den stores hær, det arabiske kalifatet, samanidene, Russland og Sovjetunionen har alle hersket over hele eller deler av området som i dag utgjøres av Kuhistoni Badakhshon. Den autonome provinsen Gorno-Badakhshan ble offisielt opprettet i 1925, og i 1929 ble den en del av Den tadsjikiske sosialistiske sovjetrepublikk. Etter Tadsjikistans selvstendighet i 1991 brøt borgerkrigen i Tadsjikistan ut og varte fra 1992 til 1997, og i denne perioden erklærte provinsen seg for selvstendig. Istedenfor selvstendighet fikk Gorno-Badakshan full autonomi i et forsøk på å hindre oppsplitting av Tadsjikistan. Dette betyr at provinsen i dag blant annet har eget politi, forsvar og skattesystem.