Som en følge av fusjonen mellom NTNU, Høgskolen i Sør-Trøndelag (HiST), Høgskolen i Gjøvik (nå: NTNU i Gjøvik) og Høgskolen i Ålesund (nå: NTNU i Ålesund), ble det til dels store endringer i institutt- og fakultetsstrukturen ved NTNU fra 1. januar 2017. Dette berørte også Institutt for matematiske fag. Virksomheten videreføres, men i instituttet inngår fra 2017 både IMF og fagseksjonen Matematikk ved NTNU i Gjøvik. Fagseksjonen har stedlig ledelse i Gjøvik.