Det kinesiske rikes tilsynelatende velvære maskerte dype problemer, og det hjalp ikke at keiseren levde sitt eget liv i sitt enorme palass med sine konkubiner og evnukker. Dyktige patrioter mistet motivasjonen. Politisk selvtekt og korrupsjon tok overhånd, hungersnøder og opprør brøt ut. Imens rykket de halvnomadiske mandsjuene langsomt, men sikkert nærmere hovedstaden. Lærde kristne så med fortvilelse på Ming-dynastiets gradvise sammenbrudd. Midt i det hele arbeidet et tyvetalls misjonærer spredt rundt i landet og tok seg tålmodig av de små kristne grupper i landets indre, rundt Chang Jiangs nedre løp, i Shanghai, i Hangzhou og så videre, i alt bare noen få tusen. Overalt var det Matteo Riccis eksempel de fulgte, men etterhvert slik den ble videreutviklet av pater Giulio Aleni i Fujianprovinsen. Sammenlignet med de tall spanjolene kunne vise til fra Latin-Amerika eller Filippinene var det ikke meget. Men Kina var en høykultur; det stiller andre krav til misjonen. Og jesuittenes metode bar rike frukter i andre høykulturland. Pater Alexandre de Rhodes vant mange tusener til kristendommen i Annam og Tonkin, og rett før utbruddet av forfølgelsene i Japan var antallet katolikker der vokst til rundt 300 000.