Motorene i Zafira B er delvis hentet fra den foregående Astra/Zafira-generasjoen. Opel erstattet den gamle 2.0 og 2.2 turbodiesel-motoren med en 1.9 L common-rail turbodiesel-utgave utviklet av FIAT (Multijet). Opel Performance Center utviklet en turbodrevet 240 hk 2.0L versjon av Zafira B. En CNG-versjon av Zafira B med 1.6L-motor er også tilgjengelig.