Tyske styrker inntok byen 30. juni 1941 etter angrepet på Sovjetunionen. Samme dag begynte lokalbefolkningen å hevne seg på jødiske innbyggere for overgrep og massakrer utført av NKVD. Jødene ble beskyldt for å ha samarbeidet med bolsjevikene. Tirsdag 1. juli utartet dette til et omfattende pogrom. Omkring 4000 jøder ble drept de to første dagene i juli. Byens jødiske innbyggere ble banket opp og ydmyket blant ved at de måtte krype på kne og vaske gatene med tannbørste. Noen av overgrepene ble filmet av tyske fotografer med sikte på publisering i (det ble ikke noe av). Ukrainske nasjonalister tvang jøder til å grave opp likene av NKVDs ofre i Lviv og det østlige Galicia ellers. I tillegg til milits av etniske ukrainere deltok sivile innbyggere i overgrepene mot jødene. Tyske styrker hadde kontroll i byen og kunne stanset overgrepene om de ønsket. Tyske styrker, trolig fra Einsatzgruppe C, deltok også i drap på jøder, særlig fra 2. juli. Einsatzkommando 4b ankom Lviv ettermiddagen 30. juni. På dette tidspunktet var ikke utryddelsen av jødene trappet trappet opp til full skala og Einsatzgruppen fokuserte på å henrette stridsdyktige menn og menn fra intelligentsiaen. I løpet av tre dager i slutten av juli henrettet ukrainsk milits rundt 2000 jøder på den jødiske gravlunden og i Lunecki-fengselet. I gettoen i Stanisławów (senere kjent som Ivano-Frankivsk) det østlige Galicja ble omkring 10 000 jøder (halvparten av beboerne) drept i oktober 1941 fordi gettoen var for trang.