Kizljar blir første gang nevnt i historiske kilder i 1609. Enkelte historikere assosierer dog stedet med Samandar, hovedstaden i Khazaria på 700-tallet. I 1735 bygde den russiske regjeringen en festning i Kizljar, og dannet fundamentet for den befestede grenselinjen i Kaukasus. På 1700- og 1800-tallet var Kizljar en av handelsstedene mellom Russland og Midtøsten og Sentral-Asia.