Han begynte på Krigsskolen, ble løytnant i 1936 og fullførte Den militære høyskole i 1938. Han kom så tilbake til Befalsskolen for Hærens artilleri som inspeksjonsoffiser og nestkommanderende. Elevenes eksamen startet 9. april 1940, men luftvernsirenenes varsling satte en brå stopp på eksamen. Skolens luftvernlinje ble fordelt til Oslo Luftvern og beskjøt tyske fly, mens offiserene og skolens øvrige elever ble underlagt Artilleriregiment nr. 2 (AR 2) der de tilhørte artilleribataljon Hegstad, hvor Zeiner-Gundersen inngikk i staben som adjutant. Bataljonen deltok aktivt i kamphandlingene i Sør-Norge våren 1940. Sammen med flere fra krigsskolekullet drog Zeiner-Gundersen 1941 via Sverige, Sovjetunionen og Kina til Canada. Etter et opphold der kom han til den norske militærmisjonen i New York og april 1942 til Storbritannia, hvor artilleribatteriet i den norske brigaden i Skottland ble hans virkefelt.