X-45 er utstyrt med vektorstyrt jetstråle som eliminerer behovet for vertikale finner med sideror, noe som reduserer luftmotstanden og synligheten på radar. Flyet er elektrisk styrt, med unntak av nesehjulstyringen. Det har to våpenrom, men det ene er benyttet til instrumenter. Det andre våpenrommet har dører, og kan frakte presisjonsvåpen. Styresystemet kan på egen hånd velge den mest hensiktsmessige ruten til målet, og gjennomfører bombeslipp-sekvensen automatisk etter at bekreftelse fra bakkekontrollen er mottatt.