I 1991 kom Yebio tilbake til Eritrea og var sogneprest i en kirke i Haddish Addi. I 1992 ble han direktør for presteseminaret i Asmara og underviste samtidig i bibelvitenskap og kanonisk rett ved Asmaras teologiske institutt. Fra 1993 til 1995 var han generalvikar for de vestlige områder av eparkiet Keren, siden 1993 ledet han også menighetene i Shinara, Jengeren, Halhal og Afabet.