Etter Talibanregimets fall rømte talibanledere og -medlemmer inn i FATA, trolig gjaldt det også al-Qaeda medlemmer, og det gikk rykter om at Osama bin Laden og andre al-Qaeda ledere ble og blir skjult hos vennligsinnede stammer der. I 2002 fikk pakistanske og amerikanske tropper tillatelse fra stammelederne (maliks) til å gå inn i området for å finne terrorister. I 2004 var det 70 000 soldater i området, og etter diverse hendelser utviklet det seg et opprør blant en del av stammene, særlig i Waziristan distriktet. Denne foregår ennå.