Under sitt opphold i Roma ble Pelagius kjent med den irske munken Celestius, sin største tilhenger. Rundt 409 dro de sammen til Sicilia på flukt fra Alariks invasjon av Roma. I Kartago møtte de Augustin som var opptatt av striden med donatistene. Pelagius seilte derfra til Palestina og møtte Hieronymus i Bethlehem. Celestius som var blitt i Afrika og oppførte seg mer åpenlyst kjettersk, ble i 412 dømt for syv tilfeller av falsk lære. Orosius ble sendt til Palestina for å holde øye med Pelagius, og anklaget ham for kjetteri i synoden i Jerusalem 28. juli 415. Det var tvilsomt om den afrikanske kirke hadde noen reell myndighet i en slik sak, men Pelagius rettferdiggjorde seg og ble frikjent av den lokale biskop. Avgjørelsen ble anket av Pelagius' motstandere med påstand om at tolken hadde vært inkompetent. Både Orosius og Hieronymus beskrev Pelagius som en høy og kraftig, eldre mann på denne tid. Hieronymus var spesielt rasende over at Pelagius var uenig i hans ekstreme pålegg om et liv i sølibat. «Et liv i jomfruelighet er unødvendig,» skal Pelagius ha sagt, noe som førte til beskyldninger om et liv i verdslighet, i sterk strid med Pelagius' fordypning i lærde studier; han tenkte og skrev, og overlot den offentlige samtalen til Celestius og andre. Han var den keltiske kirkes første virkelig intellektuelle. Etter at han ble bannlyst i 418, er lite kjent om livet hans, men han skal ha vært over 70 år gammel da han døde i en liten syrisk by.