JEF jobber for et forent Europa med en føderal struktur. Nærliggende i føderalismen er nærhetsprinsippet som tilsier at beslutninger skal tas på et så lavt effektivt nivå som mulig. Et annet sentral mål er å gjøre EUs struktur mer demokratisk ved å forandre dagens Europaparlament og Ministerråd til et tokammersystem, hvorpå Europaparlamentet omgjøres til et underkammer som er direkte valgt av EUs velgermasse, imens Rådet omgjøres til et overkammer sammensatt av dagens medlemsland i EU.