Hans grandonkel Talbot Pepys var registrator og kortvarig medlem av parlamentet for Cambridge i 1625. Hans fars fetter, sir Richard Pepys, ble valgt til parlamentet for Sudbury i 1640, og utpekt som baron av skattkammeret (datidens finansdepartementet), underlagt riksskattmesteren, den 30. mai 1654, og ble høyesterettsdommer av Irland den 25. september 1655.