Året etter, den 2. august 2003, ble Padilla utnevnt til titulærbiskop av . Pave Johannes Paul II ønsket selv å bispevie sin biskop under et statsbesøk, men måtte gi avkall på reisen til Mongolia av helsemessige årsaker. I hans sted, den 29. august 2003, ble Padilla bispeviet av kardinal Crescenzio Sepe, prefekt for Kongregasjonen for folkenes evangelisering; medkonsekratorer var erkebiskop Giovanni Battista Morandini, apostolisk nuntius til Mongolia, og biskop Antonio Realubin Tobias, apostolisk administrator av Novaliches (Quezon City) på Filippinene. Bispefielsen fant sted i den katolske katedralen i den mongolske hovedstad.