Etter å ha blitt erobret av den osmanske hæren i løpet av den første halvdelen av 1400-tallet forble regionen en del av Det osmanske riket for bortimot 500 år. I løpet av denne tiden fikk regionen en betydelig tyrkisk minoritet, særlig i form av muslimer, skjønt en del ble også muslimer ved konvertering. Skopje og Monastir (Bitola) ble hovedsteder i adskilte osmanske provinser (). Dalen til elven Vardar, som senere ble det sentrale området for Nord-Makedonia, ble styrt av Det osmanske riket fram til den første Balkankrigen i 1912, med unntak av en kort periode i 1878 da området ble frigjort fra den osmanske undertrykkelsen etter den russisk-tyrkiske krigen i 1877–1878, og ble en del av Bulgaria. I 1903 ble den kortvarige Kruševo-republikken proklamert i den sørvestlige delen av dagens Nord-Makedonia av rebellene i Ilinden-Preobrazhenie-opprøret.