Universitet fungerte som et senter for teologer og jusseksperter under det tysk-romerske rike. Antallet studenter sank under tredveårskrigen, og lærestedet kom siden ikke over sine skattemessige og intellektuelle kriser før på tidlig på 1800-tallet. Institusjonen ble således igjen et sentralt lærested for uavhengige tenkere og utviklet seg til «humanismens fremste bastioner», og et senter for demokratisk tenkning. Imidlertid mistet universitet mange av sine dissentere og uavhengige professorer og ble et underlagt NSDAP i nazitiden (1933–1945). Etter krigen gjennomgikk lærestedet en omfattende avnazifisering og var et av de fremste stedene under de venstreorienterte protestene i Tyskland på 1970-tallet.