Gjennom en merknad på Codex Gigas første ark vet man at et böhmisk benediktinsk kloster i nær var manuskriptets første kjente eier. Benediktinerne i Podlažice pantsatte manuskriptet hos cistercienserne i på grunn av stor fattigdom i sitt eget kloster. Merknaden forteller videre at skriptet ble kjøpt tilbake til benedikterordenen i 1295 av , Břevnoklosterets forstander (1289–1332), etter initiativ fra biskopen i Praha, Gregorius (1296–1301). Manuskriptet ble den gang ansett som et av verdens underverker. Det er dog usikkert om tilbakekjøpet av manuskriptet foregikk i 1295, ettersom Gregorius ikke ble valgt til biskop før i 1296. En mulig forklaring er at 1295 er en feilskriving for 1296.