Han giftet seg med Junko Okada i 1953, og i 1956 ble deres sønn Ryūnosuke født. Fra april 1956 til mars 1957 arbeidet Endō som timelærer ved Sophia-universitetets Fakultet for litteratur. Endō foretok flere reiser til Europa og Israel. I 1968 grunnla han et amatørteater. I 1982 ble han innvalgt til Japans Kunstakademi. Fra 1985 til 1989 var han president for P.E.N.-klubben i Japan.