McDonald debuterte på Australias herrelandslag i fotball i kamp mot 22. februar 2006 i en kvalifiseringskamp i Asiamesterskapet. Han hadde tidligere spilt på både U17, U19 og U23- landslagene, og deltok i undomsverdensmesterskapet i 2003. Inntil dette tidspunktet var han også berettiget til å spille på , da begge foreldrene er av skotsk herkomst. Han har deltatt for Australia i kvalifiseringskampene til VM i fotball 2010.