Han tok da sin tilflukt hos keiser Fredrik II, ble bannlyst av kirken og utstøtt av ordenen. Ved sin død gjorde han avbikt og mottok kirkens sakrament. Elias av Cortona lot oppføre den praktfulle gravkirken, Basilica di San Francesco, over Frans i Assisi, og det er fra ham som det eldste vitnesbyrd om Frans' stigmatisering stammer.