Skilpaddene sliter med å ta hånd om et utbrudd av mutasjoner som oppstår på grunn av det resterende mutagenet fra Kraang -invasjonen. Kirby er blant ofrene etter utbruddet. En misforståelse får April O'Neil til å bli veldig opprørt og skamfull over skilpaddene, og hun avbryter vennskapet deres. Men skilpaddene forsøker likevel å redde henne fra Karai - som har tatt midlertidig kommando over klanen deres, samtidig som Shredder befinner seg i Japan.