Prostiet er inndelt i seks sogn/menigheter. Sognet er grunnenheten i Den norske kirke. Prostiet omfatter kommunene Kautokeino, Karasjok, Porsanger, Tana og Nesseby. Følgelig er det fem kirkelig fellesråd i prostiet. Prestetjenesten ledes av prosten som har sete i Karasjok. Prosten i Indre Finnmark prosti er Egil Lønmo (2014).