Krystallkutlingen lever pelagisk i stimer. Hannfisken lever som bunnfisk i gytetiden. Føden består av dyreplankton. Gytingen foregår om sommeren og hunnen legger opptil 3000 egg i tomme flerbørstemarkrør. Hannen passer på eggene til de klekkes. Hunnen dør etter gyting, mens hannen dør etter klekking, omtrent 1 år gammel.