Den 29. april 2024 utnevnte pave Frans ham til ordinarus av . Siden Waller, i motsetning til sin forgjenger, er ugift, leder han ordinariatet som biskop. Prefekten for Dikasteriet for troslæren, kardinal Víctor Manuel Fernández, ordinerte ham til biskop den 22. juni samme år i Westminster Cathedral; medkonsekratorer var erkebiskopen av Westminster, kardinal Vincent Nichols, og ordinarien av den personlige ordinariat , biskop Steven Joseph Lopes, samt biskopen av Broken Bay og apostolisk administrator av det personlige ordinariat til , Anthony Randazzo. Innsettelsen ved fant sted den 23. juni 2024.