Intracellulær fordøyelse er fordøyelse som foregår inne i enkeltceller, eksempelvis hos blåskjell i tillegg til den ekstracellulær fordøyelsen som skjer i magsekken og har en sentral fordøyelseskjertel der hovedsakelig proteinfordøyelsen skjer. Avfall returneres til magesekken, der ekstracellulær fordøyelse skjer.