I løpet av annen verdenskrig ble det på begge sider av landegrensen forberedt for en eventuell sprengning av tunnelrørene, dersom militære hensyn skulle tilsi det. På sveitsisk side ble det lagt sprenglegemer under sporene, og disse ble ikke fjernet før i 2001. I Italia planla det tyske Wehrmacht en sprengning i forbindelse med dens retrett i 1945, men planene ble forpurret av et samarbeid mellom italienske partisaner og to sveitsiske tjenestemenn og østerrikske desertører. De 64 tonn TNT som tyskerne hadde ført frem, ble brent ved siden av banelegemet.