I 1996 brøt Den norske legeforening ut, året etter flere medlemsforbund med Norske Sivilingeniørers Forening i spissen. Det tyngste slaget for AF var likevel da de to største forbundene, Lærerforbundet og Norsk Sykepleierforbund, bestemte seg for å forlate organisasjonen. Flere av utbryterne var med på å etablere den nye og konkurrerende hovedorganisasjonen Akademikerne.