Stockfleths mente at såvel samer som kvener hadde en «hellig rett» til sitt språk og sin nasjonalitet. Derfor måtte de prester som skulle arbeide blant samer og kvener beherske deres språk. Takket være Stockfleth ble det innført undervisning i samisk og finsk ved universitetet i Kristiania. Nils Stockfleth underviste selv teologistudenter i disse språk fram til 1851, da han overlot oppgaven til sin elev Jens Andreas Friis.