Unitas ble byttet til San Diego Chargers i 1973 etter at Baltimore avsluttet 1972 5–9, men var da langt forbi sin storhetstid. Han erstattet tidligere quarterback for Chargers John Hadl. Unitas startet sesongen med et 38–0 nederlag mot Washington Redskins hvor han kastet for kun 55 yards og tre interceptions, og ble sacked 8 ganger. Hans siste seier som kampstarter kom mot Buffalo Bills i uke 2, hvor han fullførte 10 av 18 pasninger for 175 yards og to touchdowns uten interceptions da Chargers vant 34–7. Det var åpenbart at Unitas ikke var den samme spilleren han hadde vært i sine yngre år, og mange stilte spørsmål ved om han burde være kampstarter mot Bengals i uke 3. To uker senere kastet han to interceptions i først halvdel og hadde kun 19 yards på 2 av 19 pasninger mot Pittsburgh Steelers før han ble erstattet av nykommeren Dan Fouts, fremtidig Pro Football Hall of Famer. Etter å ha gått 1–3 som starter pensjonerte Unitas seg i sesongoppkjøringen i 1974.