Danes fikk sitt første kyss på lerretet før hun fikk et i det virkelige liv. Dette skjedde i en episode av . Etter et kort forhold til Andrew Dorff, møtte hun den australske sangeren Ben Lee i sin egen bursdagsfest. De holdt sammen i nesten seks år, og avsluttet forholdet i 2003. Etter dette datet hun en kort stund Billy Crudup som hun hadde møtt på teaterscenen. Forholdet endte i 2006.