Nikkyo Niwano døde 4. oktober 1999. Han ble kremert, og noe av asken hans ble plassert i en stupa i Rissho Kosei Kais hovedkvarter. Han blir husket for sin innsats for religionsdialog og sitt arbeid for fred og nedrustning. Han fikk beundrere over hele verden, men etter hans død ble det reist kritikk mot formuen hans, som enkelte hevdet var ubuddhistisk.