Marie Fredriksson giftet seg første gang 1983 med Gert Claesson (født 1957), trommeslager i bandet "Leather Nun" (kjent i Sverige som "Lädernunnan"), men skilte seg samme år. Hun het da Fredriksson Claesson i noen år. På midten av 1980-tallet var hun samboer med musikeren Lasse Lindbom (født 1949).