Navnet kommer av Jules-Maurice Quesnel, som reiste sammen med Simon Fraser på ferden mot Stillehavet. Stedet var tidligere kjent som for å skille det fra Quesnel Forks som ligger 97 kilometer oppstrøms. I 1870 var navnet forkortet til Quesnelle, og innen 1900 var stedsnavnet skrevet slik det er i dag. Quesnel ligger langs gullgraverstien kjent som Cariboo Wagon Road, og forsynte Bakerville som var handelssenteret for gullrushet langs Fraser-elva.