I løpet av andre halvdel av 1900-tallet var forurensningsnivåene i elven svært høy, men siden 1995 har vannkvaliteten blitt dramatisk forbedret og Mole kan nå skryte av å ha det største mangfoldet av fiskearter enn noen annen elv i England. Tolv steder av særlig vitenskapelig interesse har konkludert at habitatene i våtlandsområdene er lokalisert innenfor Moles catchmentområde og elvens strekning gjennom Leatherhead har blitt utsett som lokalt naturfredet område. Mole Gap utgjør et særskilt område for bevarelse og er gitt europeisk vitenskapelig betydning.