Filmen er satt til år 1508. Kaptein Phoebus og Esmeralda har giftet seg, og blitt foreldre til en seks år gammel sønn som de har gitt navnet Zephyr. Quasimodo er nå en akseptert del av samfunnet i Paris, men han bor fremdeles i Notre Dame de Paris sammen med sine tre Gargoyle-venner Victor, Hugo og Laverne. En sirkus-tropp ledet av Sarousch kommer til byen som en del av "Le Jour d'Amour" en dag dedikert til feiringen av sterk romantisk kjærlighet. Men Sarousch er i all hemmelighet en kriminell som planlegger å stjele en ekstremt verdifull klokke fra Notre Dame som kalles for "La Fidèle" som er dekorert med gull og enorme juveler. Han sender Madellaine for å undersøke hvor klokken befinner seg i kirken.