Etter invasjonen i april 1940 og Quislings statskupp reiste han nordover. På et hotell i Gudbrandsdalen møtte han Johan Nygaardsvold (som hadde flyktet med konge og regjering tidlig 9. april), og Scheflo oppmuntret statsministeren. Nygaardsvold ga Scheflo en håndskrevet rekvisisjon på bensin slik at Scheflo fikk nødvendig drivstoff så lenge krigen varte. På denne måten kom Scheflo seg til Ålesund (til dels med drosje over lange strekninger) mens krigen pågikk. Fra Molde og nordover kysten reiste han med en fiskeskøyten «Krysseren» (ført av Knut Huse) med kurs for Tromsø. «Krysseren» var rekvirert av den frie norske marine til å frakte proviant, soldater og krigsfanger. Båten var full av våpen, proviant og soldater. Blant sivile ombord var forfatteren Sigrid Undset, Fredrik Paasche med familie og Dagmar Loe samt tyske flyktninger, inkludert fem jødiske. Ifølge Undset var det 36 personer ombord og køyeplass til 6. Undset hadde tenkt å gå i land i Bodø, men der ble ingen sivile sluppet i land, og de reiste sørover igjen til Mo i Rana der det er kort vei til Sverige. Fra Rana reiste Scheflo inn i Sverige 8. mai via Umbukta. Scheflo var invalidisert av leddgikt, og med hjelp av lokale norske menn ble han trukket på slede de siste 6 kilometer over grensen. Undset var tungfør og ikke kledd for fjelltur og satt sammen med Scheflo i sleden. (De andre flyktningene gikk på ski). Etter 14 timer i snøen kom de til bebyggelse på svensk side. Scheflo og Undset reiste samme vei til Stockholm. I Stockholm traff han blant andre Martin Tranmæl, Erling Falk, Einar Gerhardsen og Halvard Lange. Scheflo returnerte med tog til Norge i august 1940 (sammen med Gerhardsen og Lange) etter et sykehusopphold i Stockholm.