Dronningen ga opp slottet mot fritt leide for seg og sitt følge. Sten Sture den eldre brøt leidet og tok henne til fange. Dette ble regnet som æreløst. Dronning Christine satt som fange i halvannet år, først i Stockholms svartebrødrekloster, senere i gråbrødrenes kloster og til sist i Vadstena kloster. Fangenskapet var så hardt at hun knapt fikk spise seg mett. Den behandlingen hans mor hadde fått, forklarer nok noe av den brutaliteten hennes sønn, Christian 2., senere viste mod svenskene. Det danske riksråden klaget over behandlingen Christine fikk i sitt fangenskap, mens svenskene krevde slott og festninger tilbake fra kong Hans før de ville frigi henne. Kardinal Raymund Pérault, som drev avlatshandel i Norden, fikk med hjelp fra Lübeck satt dronningen fri. I desember 1503 ble hun høytidelig mottatt av sin eldste sønn og den danske adelen, etter tre års fravær.