Til tross for en tilsynelatende nedeskalering, fortsatte konflikten i form av at begge land anklaget hverandre for å støtte opprørere mot de respektive regjeringene. Konflikten mellom sudanesiske styrker og en opprørergruppe ved navn SPLA-N blusset opp igjen den 30. mars, og kamper brøt ut i nærheten av grensen mellom de to landene. Den 31. mars ble sørsudanesiske stillinger langs grensen bombet av det sudanesiske flyvåpenet, selv om sudanesiske talsmenn hevdet det var artilleri, og ikke bombefly, som stod bak anslaget.