Han ble fengslet av britene sammen med mange andre frihetskjempere i 1907, etter et antall bombeangrep som ble knyttet til hans organisasjon. Men Sri Aurobindo kunne bare domfelles for å ha skrevet artikler mot britisk styre i India. Han ble løslatt da det viste seg umulig å fremlegge beviser for noe mer graverende, etter at ett av aktoratets vitner, Narendranath Goswami, var blitt myrdet før han fikk vitnet.