Sebastian Francis nedstammer fra indiske emigranter som kom til Straits Settlements fra Ollur i Kerala på 1890-tallet. Han gikk på i seks år og deretter i Singapore i fire år og deretter ungdomsskole hos fra 1964 til 1966. Så gikk han på i Singapore, og studerte filosofi og katolsk teologi ved presteseminaret i Tanjung Bungah fra 1972 til 1976. Han underviste også ved i Sungai Petani fra 1972 til 1973 og fullførte pastoralpraksis ved menighet der.