Til den østre delen vil tilløpet fra Amu-Darja og årsnedbøren i området på rundt 100 mm garantere en kontinuerlig, om enn liten, tilførsel av vann. Det er nylig også oppdaget et tilsig av grunnvann til Aralsjøen, som utgjør rundt 4 milliarder kubikkmeter pr år. Dette grunnvannet har sin opprinnelse i fjellene i Pamir og Tian Shan og siger gjennom geologiske lag til en sprekkesone på bunnen av Aralsjøen. Selv om dette tilsiget er større enn tidligere antatt, så vil det ikke i seg selv være nok til å stoppe inntørkingen. Det er imidlertid antatt at disse tilsigene i sum er tilstrekkelige til at Sør-Aralsjøen aldri vil tørke helt inn.