Stedet som utgjør Halikarnassos har lang historie. Arkeologiske utgravninger viser menneskelig bosetning tilbake til minst rundt 1200 f.Kr. Mange sivilisasjoner har hatt sitt hjem her. Opprettelsen av byen hviler på flere tradisjoner, den fremste er at den ble opprettet som en dorisk koloni, og figurer på mynter med avbildninger av Medusa, Athene, Poseidon eller treforken, støtter uttalelsen at moderbyene var Troizen og Argos på Peloponnesos. Historikeren Herodot, som selv var født i Halikarnassos i 484 f.Kr., uttalte at dorerne grunnla byen. Likevel har det nok vært flere folkeslag involvert, blant annet de stedegne folkene kariere og lelegere som allerede var i sørvestlige Anatolia da de gresktalende innvandrerne kom dit. Disse folkene blandet seg med den gresktalende.