Den 20. juli 2004 ble han utnevnt til apostolisk visitator til bispedømmet Sankt Pölten, på grunn av bispedømmets situasjon i og forhold ved presteseminaret, der tusenvis av homoseksuelt og pedofiliorienterte fotografier ble funnet på datamaskinene til noen seminarister, og andre problemeri bispedømmet. Den 7. oktober 2004 ble han innsatt som ny biskop av Sankt Pölten, og ble dermed etterfølger etter biskop Kurt Krenn. Han ble innført i embedet den 28. november samme år.