Flere religionsbevegelser har også integrert ayahuasca i sin praksis, som den brasilianske Santo Daime-kirken og União do Vegetal. Disse gruppene kombinerer kristne elementer med tradisjonell ayahuasca-bruk. På 1980- og 1990-tallet ble Santo Daime etterforsket av brasilianske myndigheter på grunn av kirkens bruk av DMT-holdige stoffer. Myndighetene vurderte lovligheten av denne praksisen og gjennomførte en grundig undersøkelse for å avdekke potensielle helsemessige og sosiale skadevirkninger. De konkluderte imidlertid med at det ikke fantes bevis for at ayahuasca-bruken hadde negative effekter, og dermed ble Santo Daime anerkjent som lovlig og beskyttet av religionsfriheten i Brasil.