Senhøsten 1998 var Foé tilbake på fotballbanen, og ble kjøpt av en annen engelsk klubb, West Ham. Her spilte han i to sesonger før han returnerte til fransk fotball og Lyon. Han var to sesonger i Lyon, hvor han ble fransk seriemester i 2002. Samme år spilte han i sitt andre VM-sluttspill, og ble høsten 2002 leid ut til engelske Manchester City, hvor han ble en publikumsfavoritt.