Prestbakmo ble 29. oktober 2019 valgt til fylkesordfører i Troms og Finnmark og tiltrådte 1. januar 2020. Fra 14. oktober 2021 til 23. januar 2024 var han fast møtende vararepresentant på Stortinget for statsråd Sandra Borch. Da Borch gikk tilbake til Stortinget, ble Prestbakmo utnevnt til statssekretær i Kunnskapsdepartementet.