Bønes har vært fylkesleder i MDG Hordaland i 2011 og fylkessekretær i 2012 og 2013. Siden 2018 har han vært styremedlem i MDG Bergen. Bønes har vært vararepresentant til Bergen bystyre fra oktober 2011 til april 2017. Fra 2017 har han vært fast representant i Bergen bystyre og medlem i komite for barnehage, skole og idrett. Bønes har vært gruppeleder fra november 2018 og i etterkant av dette også blitt medlem i valgstyret og komite for fullmakter og politisk styringssystem.