Nicolai betraktet seg som en typisk representant for opplysningstiden, og var svært belest innen humaniora. Han korresponderte ivrig med epokens store tenkere og forfattet egne skrifter. Som en viktig representant for 1700-tallets protestantiske opplysningsteologi, en retning som søkte å forene den kristne lære med opplysningstidens ideer, avviste Nicolai i sine skrifter alt han mente smakte av irrasjonelle teologiske retninger, som mystiske, pietistiske og dogmatiske varianter, jesuittordenen og ellers alle reelle eller imaginære fiender av opplysningstidens ideer.