Stubberud hadde bistått mange som hadde flyktet til Sverige. I tillegg hadde han skrevet en serie kritiske ledere. Det hele førte til at han ble arrestert i april 1941. Han ble først sendt til Møllergata 19 og Grini fangeleir før han ble sendt til Tyskland i september 1941. Han døde i Sachsenhausen i mars 1942.