Kampen var særlig intens i Danmark, hvor Kirken tok aktivt parti i en langvarig arvefølgestrid og borgerkrig. Fra ca. 1050 til 1250 lå kongen i latent strid med den stedlige kirkeadministrasjon, hvor straffesystem, kirkeskatt (peterspenger) og lokalt presteunderhold var viktige stridstema. Kongeættlingen Valdemar var ikke bare prestevigslet og biskop, men regjerte som geistlig hersker over Slesvig og gjorde i 1192 krav på den danske tronen. Etter militært nederlag truet pave Innocens med å sette Danmark under interdikt, dersom ikke biskop Valdemar fikk tilbake sine besittelser i Slesvig. På 1200-tallet ble striden ytterligere tilspisset, da de danske biskopene vedtok den såkalte «Vejle-konstitusjonen» som truet kongen med interdikt, etterfulgt av flere tilfeller hvor erkebiskopen nektet å krone danske konger. Denne Vejle-konstitusjonen fra 1256 viser - ved å true med interdikt i tilfelle en biskop fengsles - en helt unik strenghet fra kirkens side, også om man ser Europa under ett.