Den klareste manifestasjonen at Abdur Rahman hadde etablert kontroll i Afghanistan var den fredelige maktoverføringen til hans eldste sønn, Habibullah Khan da han overtok tronen etter hans fars død i oktober 1901. Selv om Abdur Rahman var far til mange barn, lærte han Habibullah opp til å etterfølge ham, og han gjorde det vanskelig for hans andre sønner å utfordre etterfølgelsen ved å holde makten fra dem og holdt dem i nærheten av seg i Kabul under sin kontroll.