Det viser seg at Captain Price og Soap må flykte, ettersom Makarov har forsvunnet totalt, og General Shepherd har overtalt amerikanske styresmakter til å få total fullmakt. De to spesialsoldatene samler seg og starter forberedelsene til et siste oppdrag i Afghanistan, for å finne og likvidere den korrupte General Shepherd. Etter å ha lydløst infiltrert hulesystemet til Shepherd blir det slått alarm og General Shepherd sin private beskyttelsestropp blir satt til å likvidere de to inntrengerne. De klarer å komme veldig nær Shepherd, som flykter i en Zodiac-båt ned elven. Mens Soap kjører båten klarer Captain Price å skyte ned et helikopter som Shepherd har kommet seg inn i.