Ved det første valg til Region Hovedstaden var Vibeke Storm Rasmusen sitt partis spisskandidat. Ved valget fikk hun 47 000 personlige stemmer, hvilket var suverent flest. Etter en stemmeavtale med Socialistisk Folkeparti, Dansk Folkeparti og Enhedslisten ble hun den første regionsrådsformann for Region Hovedstaden og den første kvinnelige regionsrådsformann i Danmark. På tross av et forsøk på å fjerne henne, fra de borgerlige og SF-eren Andreas Røpke så fortsatte hun som formann etter regionsvalget i 2009. Hun stilte ikke til gjenvalg i 2013, og ble avløst av partifellen Sophie Hæstorp Andersen.