Rundt femti år senere restaurerte keiser Hadrian tempelet på Gerisim, og dedikerte det til Jupiter. Neapolis, som Sikem, hadde fra svært tidlig av et kristent samfunn, også en meget tidlig helgen, Justin Martyr. Det er også nevnt biskoper fra Neapolis. Ved flere anledninger ble de kristne angrepet av samaritanene, og i 474 søkte den romerske keiseren å hevne de kristne, og fratok samaritanenes helligdom på Gerisim og ga stedet til de kristne som straks bygde en kirke der dedikert jomfru Maria.