Han studerte i Wien, Berlin og Zürich, og tok doktorgraden i tysk litteratur. I 1928 sluttet han seg til jesuittene og studerte teologi i München og Fourvière (Lyon). Balthasar ble ordinert i 1936. Han arbeidet i Basel som studentprest fra 1940. I Fourvière studerte han under Henri de Lubac og i Basel studerte han Karl Barths teologi.