Etter hvert kom imidlertid stadig mer av Nilsens aktivitet til å dreie seg om kampen mot kommunistenes innflytelse i fagbevegelsen, kartlegging av norske kommunister og utvikling av samarbeidet mellom LO-apparatet og de hemmelige tjenester. I praksis var hans nærmeste oppdragsgiver utenfor avisen LO-formann Konrad Nordahl. Nilsen hadde også tett kontakt både med Haakon Lie i AP og Erik Næss i overvåkningspolitiet. Det har vært hevdet at journalistarbeidet etter hvert ble en ren dekkstilling som skulle skjule hans arbeid med å følge kommunistene. Ifølge Christian Christensen mente også Nilsen selv det.