Béthouart sluttet seg til de allierte ved ilandstigningen i Nord-Afrika i november 1942, men han ble arrestert av Vichyregimet den 10. november. Fire dager senere ble han befridd av de allierte. Senere tjenestegjorde han i Washington D.C. fram til november 1943 og deretter som stabssjef for den franske komitéen for fransk forsvar til august 1944, da han ble stabssjef i de Lattres Armé B. Den 1. september 1944 ble han sjef for det franske I korps i Armé B som han ledet fram til slutten av krigen.