Moon Jae-ins familie flyttet etter hvert til Busan, der han gikk på Gyeongnam Gymnas. Han begynte i 1972 på rettsvitenskapsstudier ved Kyung Hee-universitetet, men ble arrestert for å ha deltatt i protester mot regimet til den autoritære presidenten Park Chung-hee. Han fullførte utdanningen fra fengslet. I 1976 ble han innkalt til å avtjene verneplikten. Ved avsluttet utdanning ble han ikke ansatt som dommer, på grunn av sin fortid som studentopprører, og ble advokat i stedet.