I 1999 ble airBaltic et registrert aksjeselskap, og alle selskapets Saab 340-maskiner ble erstattet av Fokker 50-maskiner. Selskapet fikk i 2003 nok en gang en ny flytype i sin flåte. Den første Boeing 737-500-maskinen ble da lagt til flåten, noe som gjorde at selskapet kunne operere med et større rutenett. Selskapet åpnet i 2004 en base på Vilnius internasjonale lufthavn i Litauen.