Fünten ble arrestert for krigsforbrytelser av nederlenderne etter tyskernes kapitulasjon i 1945. Han ble stilt for retten og dømt til døden i 1948, men fikk dommen senere omgjort til livsvarig fengsel. I motsetning til de aller fleste tyske krigsforbryterne som sonet livstidsdommer, måtte Fünten se langt etter en tidlig løslatelse. En sterk offentlig opinion og en noenlunde fast politisk vilje sørget for det. Vesttyske myndigheters gjentatte forsøk siden begynnelsen av 1970-årene på å få løslatt Fünten på humanitært grunnlag, ble derfor også avvist.