Da han hadde kommet tilbake i vest i 205 f.Kr. fikk han vite at Ptolemaios IV av Egypt var død, noe som gjorde situasjonen for en nytt angrep på Egypt innbydende. Han inngikk en avtale med Filip V av Makedonia om å dele de ptolemeiske besittelsene utenfor Egypt dem imellom. I den femte syriske krig overtok han kontrollen over Koilesyria fra den nye farao i Egypt, Ptolemaios V av Egypt. Slaget ved Paneion i 198 f.Kr. avgjorde helt og holdent at disse besittelsen ble overført fra Egypts kontroll og over på Selevkideriket. Antiokos III synes å ha tilbakeført Selevkideriket til dets tidligere storhet.