I 2012–13 sesongen fikk «Hendo» sine første kamper i Europa noensinne. Han kronet dette med å skåre sitt aller første mål i Europa-cupene for Liverpool den 6. desember 2012, da han skåret vinnermålet mot Udinese i Europaligaen, og bidro dermed til at Liverpool kvalifiserte seg for sluttspillkampene. Den 19. januar 2013 skåret Henderson sitt første mål for sesongen i 5-0 seieren over Norwich City på Anfield. Han fulgte opp dette med å skåre i 2-2 kampen borte mot Arsenal 30. januar. «Hendo» ble rost av manager Rodgers etter kampen, som sa: «Han vil bli en fantastisk spiller for Liverpool».