Masada var det første stedet som Herodes den store befestet etter at han fikk kontroll over sitt kongerike. Den første av tre byggefaser som ble fullført av Herodes begynte i 35 f.Kr. I løpet av første fase ble det vestlige palasset bygget, sammen med tre mindre palasser, et lagerrom, og kaserner for soldatene. Tre kolumbariumtårn og et svømmebasseng i sørenden av stedet ble også fullført i løpet av denne byggefasen.