Burundi er et av de minste og tettest befolkede landene i Afrika, det har ikke kystlinje og har et ekvatorialsk klima. Det er en del av Albertineriften i Riftdalen og ligger på et platå i sentrum av Afrika. Gjennomsnittshøyden på platået er 1707 moh, med lavere høyder på kantene. Den høyeste toppen er Heha på 2685 moh. Den ligger sørøst for den tidligere hovedstaden Bujumbura. En av Nilens kilder ligger i Burundi, og henger sammen med Lake Victoria via elven Ruvyironza Victoriasjøen er også en viktig vannkilde og blir fylt av vann fra elven Kagera. En annen viktig innsjø er Tanganyikasjøen, som dekker store deler av Burundis sørvestre hjørne.