Da den ukrainske autokefale ortodokse kirke ble nygrunnlagt i 1990, ble han i en alder av 92 år valgt til dennes patriark av Kyiv og hele Ukraina. Han var ikke tilstede ved valget, men ble innsatt senere samme år i St. Sofia-katedralen (Kyiv). 1992 inngikk det ukrainsk-ortodokse Kyiv-patriarkatet en union med den ukrainske autokefale ortodokse kirke, og aksepterte Mstytslav som sin . Han døde ett år senere i USA, hvorpå de tre kirkene (den amerikanske og de to ukrainske) igjen skilte lag.