Disse grupperingene dannet det konservative og det liberale partiet, og disse har skiftet på å ha makten i Colombia siden. Konflikten mellom disse partiene kulminerte i den såkalte Tusendagerskrigen fra 1899–1903, en konflikt som kostet 100 000 menneskeliv. USA utnyttet denne situasjonen til å skaffe seg kontroll over Panama og den strategisk viktige kanalen som frem til da hadde vært en del av Colombia.