I 480 f.Kr. hadde øya avgitt skip til Xerxes I av Persia og ble av den grunn straffet av den greske flåten som herjet øya. Selv om øya ble innlistet i det athenske sjøforbundet forble øya opprørsk overfor Athen. I 477 f.Kr. ble den påtvunget etableringen av en (en særskilt athensk koloni av ubemidlede athenere) og i 408 f.Kr. motsto øya et angrep fra Athen. Som et medlem av det andre athenske forbundet ble øya igjen kontrollert av en garnison og en (hersker), den høyeste form for athensk embetsmann. I hellenistisk tid ble Andros krigsskueplass for to sjømakter i Egeerhavet; flåtene fra Makedonia og Ptolemeerdynastiets Egypt. I 333 f.Kr. etablerte Antipatros fra Makedonia en garnison på øya, og i 308 f.Kr. ble denne nedkjempet av Ptolemaios I Soter fra hellenistiske Egypt.