Han døde av pest i 1601 sammen med sin kone på Gundestrup, samme år som Tycho Brahe døde i Prag. Selv om hun først døde et par måneder etter ham, ble de gravlagt samme dag i Allerum kirke ved Gundestrup. Deres eneste overlevende barn, sønnen Tønne Brahe, falt i 1611 under Kalmarkrigen, bare 20 år gammel.