Schuschnigg hadde hele tiden arbeidet for å forhindre en innlemmelse av Østerrike i Tyskland og ble derfor holdt i fangenskap etter Tysklands innmarsj. Han satt fengslet i total isolasjon i Reichssicherheitshauptamts hovedkontor i Berlin og så i München; deretter i konsentrasjonsleirene Dachau, Flossenbürg, Sachsenhausen og så Dachau igjen. Sent i april 1945 unnslapp Schuschnigg så vidt å bli henrettet: Sammen med andre prominente fanger skulle transporteres til Tirol. Hitler hadde gitt ordre om at de «i tvilstilfelle» skulle henrettes. Men overlot SS-Totenkopf-vaktene fangene til noen Wehrmacht-offiserer, som i sin tur løslot dem. Så ble de overlatt til fremrykkende amerikanske styrker den 4. mai 1945. Derfra ble Schuschnigg og hans familie bragt sammen med mange av eks-fangene til øya Capri i Italia før de til slutt ble sluppet fri.