Oppstandene brøt ut sent i 1524 og grep om seg særlig i Schwaben, Franken, Elsass og Thüringen. Etterhvert som Thomas Müntzer ble en fremtredende lederskikkelse, utviklet opprøret seg til en regulær krig. Den anabaptistiske bevegelse (gjendøperne, av sine motstandere kalt Svermerne) fikk dermed økt vind i seilene, men den var aldri en ensartet bevegelse. Dåp på bekjennelse av tro var fra 1525 flere steder en opptakt til en seriøs kirkereform «nedenfra», som søkte politisk akseptering, men som under bondekrigen og senere ble oppfattet som en trussel mot lov og orden og en avvisning av barnedåpstradisjonen. De ble effektivt forfulgt både av lutherske, reformerte og katolske myndigheter.