Michael skal ta hevn for Saras død. Det viser seg etter hvert at Sara ikke ble drept, men er i live. Både Michael, Lincoln og Sucre havner i problemer, men agent Donald Self samler Michael, Lincoln, Sara, Sucre, Mahone, Bellick og Roland (hacker, ny karakter) for å gjøre et oppdrag for ham. Oppdraget går ut på å tilintetgjøre «The Company» og få tak i 6 minnebrikker ved navn «Scylla». Dersom de klarer dette skal Self ordne det slik at de kan leve et normalt liv. Når de får tak i «Scylla» overleverer de denne til agent Self, hvorpå de finner ut at Self kun har brukt dem for å få tak i «Scylla». Agent Self allierer seg med T-Bag og bruker Gretchen til å få solgt «Scylla». «The Company» fanger Michael og gir han hjerneoperasjonen han trenger for å holdes i live i bytte mot at Lincoln stjeler «Scylla» tilbake til «The Company». Etter hvert klarer Michael og Lincoln å få tak i «Scylla» og gir det til UN. De to, Sucre, Mahone, Sara, C-Note får navnene sine renvasket og kan leve livene sine normalt. T-Bag blir sendt til fengselet i Los Angeles. Mot slutten av siste episode går Michael og Sara på en strand, og Michael får symptomer på hjernesvulsten igjen. Fire år etter, møtes Sara, Lincoln, Sucre og Mahone fremfor graven til Michael. Han har da dødd av hjernesvulsten han visstnok ikke ble kvitt etter operasjonen. Sønnen til Michael og Sara legger en blomster på graven, og Lincoln legger en origami-svane på gravsteinen. I sesongavslutningen blir Sara satt i fengsel og blir utsatt for voldelige hendelses. Michael skal prøve og få henne ut derifra, men det er så å si umulig.