Den 18. juli 1897 ble han presteviet for bispedømmet Augsburg. Deretter ble han kapellan i Neu-Ulm og Neuburg an der Donau. Fra 1907 til 1912 var Eberle kannik for klosterkapittelet ved i München. I 1910 tok han doktorgrad i statsvitenskap (Dr. oec. publ.), i 1912 tok han doktorgrad i teologi (Dr. theol.) og ble førsteamanuensis i moralteologi ved Universitetet i Passau.