Spilleren blir deretter sendt av gårde, og lander på overflaten av SR388, og begynner å utforske planeten og reiser gjennom alle hulene. Spilleren møter Metroidene i forskjellige evolusjonstrinn, og vokser fra små skapninger til fullvoksne reptildyr. Etter å ha drept det meste av planetens metroider, finner spilleren dronningen Metroid og må også slåss mot denne dronningen. Rett etterpå oppdager spilleren et Metroid-egg som klekker rett foran seg. Samus nekter å drepe den lille Metroiden, og bestemmer seg for å ta reptilen med seg. Når Samus og Metroiden kommer opp til planetenes overflate for å gå tilbake til skipet, blir de angrepet av en halv-mekanisk Ridley. Spilleren blir også angrepet av en ukjent X-parasitt.