Gardiner begynte å samle erfaring ved dirigentpulten allerede som femtenåring. Som student ved Cambridge University ledet han Oxford and Cambridge Singers på en turne gjennom Midtøsten, før han dannet Monteverdi Choir i 1964 og Monteverdi Orchestra i 1968. I studietiden fikk han undervisning av Thurston Dart i London Nadia Boulanger i Paris.