FTPS og RFC 2228 introduserer to varianter av kryptert FTP, 'implisitt FTPS' og 'eksplisitt FTPS'. Førstnevnte lytter på en annen port enn standard FTP og setter opp sikkerhetsmekanismene automatisk, mens sistnevnte, den eksplisitte varianten, utvider den vanlige serveren med nye kommandoer. Implisitt FTPS ble senere, i RFC 3659, fjernet. I dag er kun eksplisitt FTPS, noen ganger kalt FTPES, i praktisk bruk. Navnelikheten til tross, FTPS er ikke det samme som SFTP.