Anstalten var nesten uavbrutt i bruk fra mai 1940 til desember 1944. Men det sjelnes mellom to faser. Den første fasen, som var på 16 måneder, varte fra mai 1940 til 1. september 1941. Da ble det drept i alt 18.269 mennesker der. Da ble T4, altså eutanasiprogrammet, avsluttet på Hartheim.