John Joseph Glennon, erkebiskopen av St. Louis, ordinerte Flavin til prest den 20. desember 1941. Flavin begynte sitt pastorale arbeid som kapellan ved . Han underviste også i algebra ved , også den i St. Louis. I 1949 ble han kuratør ved katedralbasilikaen i Saint Louis og privatsekretær for den nye erkebiskopen, Joseph Elmer Ritter.