Niederbayern ligger helt øst Bayern, og grenser mot nord til Oberpfalz, mot nordøst til Böhmen, i sørøst til Oberösterreich (Innviertel) og mot sørvest til Oberbayern. Navnet dukker opp første gang i 1255 ved den bayeriske landdelingen. Opprinnelig var Niederbayern vesentlig større og omfattet også Chiemgau og området ved Bad Reichenhall.