I 1975 vedtok Mohéli å gå sammen med naboøyene Grande Comore og Anjouan i nasjonen Komorene. Øygruppen har vært preget av politisk, økonomisk og sosial uro. 11. august 1997, erklærte Moheli at øya ikke lenger var en del av Komorene, bare en uke etter at Anjouan hadde gjort det samme. Mohelis uavhengighetsledere var Said Mohamed Soefu, som ble president, og Soidri Ahmed, som ble statsminister. Moheli sluttet seg igjen til Komorene i 1998. I 2002 ratifiserte Mohéli den nye komorske grunnloven, som innebar en mindre sentralisert, føderal regjering, og som gav mer makt til øyenes regjeringer. Dette bidro til å dempe den langvarige politiske uroen på Komorene. I 2002 ble Mohamed Said Fazul valgt til president.