Man sluttet å bruke kirken i 1928 bortsett fra til gudstjenester og enkelte andre aktiviteter i sommerhalvåret. 24. mars 2008 ble kirken benyttet til gudstjeneste for siste gang. Fra samme år har kirken blitt gradvis tatt ned slik at det kun står murveggene tilbake. Da Mårup kirke ble nedlagt som sognekirke i 1928 flyttet man inventaret over til menighetens nye kirke; Lønstrup kirke. Mårup kirke hadde en romansk granittfont med akantusblader hugget i flatt relieff. Dåpsfatet er fra ca. 1575. Alteret hadde en altertavle fra sengotikken med en fremstilling av Anna selvtredje.