Betegnelsen Malaysia kom i bruk på 1800-tallet. Navnet ble foreslått av den franske utforskeren Jules Dumont d'Urville, som i et foredrag i Société de Géographie i Paris i 1831 foreslo å dele Oseania inn i fire deler: Polynesia, Mikronesia, Melanesia og Malaysia, det vil si øyene vest for Ny-Guinea. Til Malaysia ble regnet Sundaøyene, med det store Sundaøyene Java, Borneo, Sumatra og Sulawesi, De små Sundaøyer fra Bali til Timor, samt Molukkene og Filippinene. Senere er også Malayahalvøya tatt med, da man til Malaysia regner områder befolket av malayisktalende, i området mellom Bak-India, Ny-Guinea og Australia.