Som ateist ble Baskerville etter eget ønske gravlagt i ikke vigslet jord i hagen av sitt hus på eiendommen Easy Hill. Da det senere ble bygget en kanal gjennom hans landområde, ble hans legeme plassert i et lagerhus i flere år, før det i all hemmelighet ble plassert i en krypt i sognekirken Christ Church i Birmingham. Kirken ble revet i 1899, og hans levninger sammen med de øvrige i krypten ble lagt ned i katakombene i gravlunden Warstone Lane. Den senere store bygningen som bærer hans navn, Baskerville House, ble bygget på eiendommen Easy Hill.