Marwan Barghouti ble aktiv i Fatah i 15-årsalderen, og fra 1978 var han fengslet i Israel i fire år. Der lærte han seg hebraisk, og etter frigivelsen i 1983 studerte han ved Universitetet i Birzeit. Samtidig var han en del av den unge garde som gjorde seg bemerket i Fatah mens Arafat og øvrig ledelse var i eksil. Han trådte fram som leder på Vestbredden under første intifada, og ble senere deportert av Israel til Jordan.