På 1200- og 1300-tallet ble den bysantinske kontrollen ledsaget av perioder av bulgarsk og serbisk styre. Eksempelvis hersket Konstantin Asen, en tidligere adelsmann fra Skopje, som tsar av Bulgaria fra 1257 til 1277. Senere ble Skopje hovedstad under det serbiske rike (som eksisterte kortvarig fra 1346 til 1371) under Stefan Dušan. Under oppløsningen av riket ble området underlagt uavhengige lokale serbiske herskere fra familiene Mrnjavčević og Dragaš. Maktområdene til Mrnjavčević omfattet også de vestlige delene av dagens Nord-Makedonia og maktområdene til Dragaš besto av de østlige delene. Hovedstaden til førstnevntes rike var Prilep. Det er kun to kjente herskere fra Huset Mrnjavčević, kong Vukašin Mrnjavčević og hans sønn Marko Mrnjavčević. Marko ble en vasall av Det osmanske riket og døde senere i slaget ved Rovine.