Sammen med de såkalte kokturkene (også kalt gokturkere) var uighurene en av de største og mest utholdende av de turkotatarisk-talende folkene i Sentral-Asia. De bestod som en stammeføderasjon regjert av Juan Juan-konføderasjonen fra 460 til 545, og deretter av heftalittene fra 541 til 565, før de ble gjort til en del av det kokturkiske khaganat. I kinesiske kilder ble de omtalt kjent som og . På 700-tallet, da de fortrengte gokturkene, opprettet de et eget khanat. Det kinesiske er bakgrunnen for betegnelsen som kinesere bruker for muslimer. Det ligger også til grunn for nasjonalitetsnavnet Hui, som brukes om en kinesisktalende muslimsk folkegruppe i Kina.