Noe av det viktigste som skjer med thymocyttene under oppholdet i brisselen, er at de utstyres med reseptorer for antigener, hver thymocytt med sin type reseptor. I utgangspunktet dannes reseptorene slik at hele thymocyttpopulasjonen samlet blir i stand til å gjenkjenne alle tenkelige strukturer, inklusive kroppens egne. Denne løsningen innebærer imidlertid at organismen i neste omgang må kvitte seg med de thymocyttene som kan tenkes å gjenkjenne og reagere med kroppens egne molekyler. Samtidig foregår en spesiell utvelgelse av de thymocytter som er i stand til å identifisere og reagere på fremmede strukturer på en bestemt måte. Vi sier gjerne at det foregår både positive og negative seleksjonsprosesser i brisselen. Om lag 95% av thymocyttene som dannes i beinmargen, blir drept i brisselen. Dersom T-celler uten absolutt strengeste sikkerhetsklarering klarte å lure seg gjennom brisselen, kunne dette føre til skadelige immunreaksjoner mot kroppens eget vev, slik det kan sees ved såkalte autoimmune sykdommer.