Saint-Martin begynte etter sin fars ønske å studere juss, men han fant snart ut at dette ikke passet for ham. Lovverkets fordeler for de adelige og det juridiske gallerispill stred mot hans egen karakter. Det var andre lover han søkte etter. Han valgte så å tre inn i det militære på tross av sin filantropiske natur. På hans tid var dette en av de få muligheter man hadde for å reise og samtidig dekke sin egen økonomi. Han var riktignok adelig, men var fra en adelsfamilie som verken besatt store summer eller landområder. Som offiser fikk han tid og anledning til å studere det som opptok ham mest, nemlig det åndelige ved tilværelsen. Han ble innviet i høygrads-systemet Élus Cohën av Martinez de Pasqually i 1768, og var aktiv frimurer i minst seks år. Saint-Martin ble innviet graden Reaux-Croix, i det som antas å være Ordenens høyeste grad, og ble i 1770 den personlige sekretæren til Martinez de Pasqually.