Ağca ble løslatt fra fengsel den 12. januar 2006. En tyrkisk rett bestemte 20. januar 2006 at Ağca skulle arresteres på nytt, etter en anke fra den tyrkiske regjeringen. Ifølge senere uttalelser fra den tyrkiske statsadvokaten, vil Ağca forbli fengslet til 2010. Mens han satt fengslet hevdet han i 2007 at han hadde konvertert til kristendommen. Han hadde under rettssaken hevdet å være Messias og ellers gjennom årene kommet med andre overraskende utsagn. Det har aldri blitt klarlagt om han da var oppriktig (og dermed mentalt ustabil) eller bare spilte et skuespill.