Otegi ble født i Elgoibar, Gipuzkoa i 1958 i en baskisk familie. Han er utdannet innen filosofi og litteratur, er gift og har to barn. På 1970-tallet ble Otegi med i den væpnede separatistorganisasjonen ETA. Han deltok blant annet i kidnappingingen av den baskiske forretningsmannen Luis Abaitua, og i 1977 rømte han til fransk Baskerland (Iparralde). I 1987 ble han arrestert og utlevert til Spania. Han ble kjent skyldig i kidnappingen av Abaitua og ble dømt til seks års fengsel. Han ble løslatt i 1990.