Etter at Schlesien ble innlemmet i Preussen under de schlesiske kriger, ble akademiet slått sammen med Viadrina-universitetet i Frankfurt an der Oder og gjeninnvidd som et fullstendig universitet i 1811, Preussens andre etter Humboldt-universitetet i Berlin. Det hadde fem fakulteter: katolsk teologi, evangelisk teologi, jus, medisin og filosofi.