Isabella, ved å være naturlig begavet fra tidlig av, mottok en utmerket utdannelse, hvilket få kvinner fikk på denne tiden fikk. Som barn studerte hun romersk historie, og lærte seg raskt å oversette fra gresk og latin. På grunn av sitt intellekt, kunne hun ofte diskutere klassikerne og politikk med ambassadører. Hun ble personlig kjent med kunstmalere, musikere, forfattere, og lærde som levde ved hoffet. Foruten hennes kunnskaper i historie og språk, kunne hun også sitere Vergil og Terents utenat. Hun var også begavet som sanger og musiker, og ble opplært til å spille på lutt av Giovanni Angelo Testagrossa. I tillegg til dette konstruerte hun ny danser etter selv å ha blitt instruert i dans av Ambrogio, en jødisk dansemester.