MR-scanning av pasienter med depresjon har avdekket en rekke forskjeller i hjernens struktur, sammenlignet med personer som ikke er deprimerte. Selv om resultatene er inkonsistente, har metaanalyser gitt dokumentasjon for mindre hippocampus-volum og økt antall hyperintensive lesjoner. Forekomsten av hyperintensitive lesjoner i hvit substans har vært knyttet til pasienter som har fått sin første depresjon sent i livet, og har resultert i utviklingen av en teori om vaskulær depresjon.