Med de klimaktiske hendelsene fra «The Bourne Ultimatum» bak seg, er Jason Bourne i stand til igjen bruke identiteten David Webb, som professor i lingvistikk ved Georgetown University. Men denne nye livsstilen varer imidlertid ikke lenge, og når et pistol-skudd går så vidt forbi hodet til Webb, og Bourne-personaen våkner i ham igjen. Bournes første mål er hans tidligere venn og kollega fra CIA, Alex Conklin.