Det finnes også regler knyttet til innsamling, pakking, merking og transport av økologiske produkter. Det skal for eksempel benyttes både tømme- og rengjøringsrutiner som vil sikre at det ikke blandes økologiske og ikke-økologiske produkter. Det skal også dokumenteres at disse rutinene følges. Det skal merkes tydelig hvilke produkter som er økologiske, på en slik måte at innholdet ikke kan byttes ut, her skal det også fremgå produktets navn og henvisning til den økologiske produksjonsmetoden samt navn og adresse til eier eller selger, også hvem som er kontrollinstans.