I 1537 ble Paros erobret av osmanske tyrkere og var underlagt det muslimske Det osmanske rike fram til den greske selvstendighetskrigen (1821–1829). Under den russisk-tyrkiske krig (1768–1774) ble Naoussabukta i tidsrommet 1770–1775 hjemmebase for den russiske øygruppeskvadronen til grev Aleksej Grigorjevitsj Orlov. Under Konstantinopeltraktaten av 1832 ble Paros en del av det nyopprettede kongeriket Hellas, den første gangen Paros ble styrt av grekere på seks århundrer. På denne tiden var Paros hjemstedet for en heltinne av nasjonalbevegelsen, Manto Mavrogenous, som hadde både finansiert og kjempet i uavhengighetskrigen. Hennes hus som ligger i nærheten av kirken Ekatontapiliani, er i dag et historisk monument.