I resten av spillet må du kjempe deg gjennom Locust styrker i forlatte storbyer, via elektriske anlegg og herskapshus til et pågående tog, alt for å finne ut hva det var Fenix far jobbet med. Det viser seg at han jobbet med å kartlegge gangene og lokalisere Locusts hovedstad Nexus, for deretter detonere en Lysmassebombme som ville ødelegge Locusthordene.