Fra 2007 til 2011 ble NUPI ledet av Jan Egeland, tidligere visegeneralsekretær og nødhjelpskoordinator i FN. Etter at Egeland sluttet i 2011, ble Ulf Sverdrup utnevnt til ny direktør fra 2. januar 2012. I 2023 ble Kari M. Osland NUPIs første kvinnelige direktør.