Kenshin hørte opprinnelig til Nagao-klanen, ikke Uesugi, og hans opprinnelige navn var . Kagetoras far, Tamekage, ble drept av Enami Kazuyoris styrker i et felttog mot ikkō-ikki-munkene i 1536. Tamekages eldste sønn, Nagao Harukage sørget straks for å få kontroll over Nagao. Kenshin ble tatt bort i den følgende maktkampen i Echigo og ble flyttet til Rinsen-ji-tempelet, hvor han studerte zen og kampsport fra han var sju til han var 14 år.