Elizabeth av York ble gravid enda en gang og tilbrakte sin nedkomst i Tower of London. Den 2. februar 1503 fødte hun datteren Katherine, men barnet levde bare noen dager. Rystet av infeksjon døde hun den 1. februar, hennes fødselsdag. Hun ble 37 år gammel. Hennes ektemann og barn synes å sørget tungt over hennes død. I henhold til en redegjørelse skal Henrik VII «i all stillhet ha trukket seg tilbake til ensomt sted og ville ikke at noen skulle kom til ham.» Dette er bemerkelsesverdig da han kort tid etter Elizabeths død viste nedtegnelser at han selv ble meget syk og ville ikke la noen, unntatt moren Margaret Beaufort, kom nær seg. At Henrik Tudor viste sin følelser, ikke minst alle tegn på svakhet, var meget uvanlig og alarmerende for hoffet.