Ljungbergs eventyrlige karriere tok slutt ironisk nok der den begynte. I et bortemøte mot Sunnanå den 5. juli røk Ljungbergs korsbånd delvis av. Det viste seg å være så alvorlig at Ljungberg den 20. august 2009 meldte at hun sluttet med aktiv fotball. Den 3. september samme år annonserte hun at hun kom til å fortsette som assistenttrener med vekt på det offensive spillet.