Skytingen ble planlagt som et terrorangrep som ville forårsake «flest omkomne i amerikansk historie», men motivet har aldri blitt fastslått med sikkerhet. Kort tid etter massakren trodde mange at Harris og Klebold ønsket å ramme spesielt sportseliten («jocks»), svarte og kristne. De to prøvde å forklare massakren i journalene og videoene sine, men etterforskerne fant lite der. I et brev som lå som vedlegg til 15. mai-rapporten om Columbine-angrepet skrev sheriff John Stone og undersheriff John A. Dunaway at de «ikke kan svare på det mest grunnleggende spørsmålet – hvorfor?» Den 3. mai 1999 ga Newsweek ut et nummer viet til massakren, med en forside der ordet «Hvorfor?» sto trykket med store typer.