Kong Herodes Antipas fikk ham halshugget etter ønske fra sin kone Herodias, som var hans halvbrors tidligere kone. Dette ble etter jødisk syn regnet som ulovlig, og Johannes hadde fordømt ekteskapet, hvilket førte til at hun la ham for hat. Kongen holdt Johannes fanget på et sted som gjerne blir identifisert som festningen Machaerus, femten kilometer øst for Dødehavet. På Herodes' fødselsdag danset Herodias' datter Salome og som takk for sin oppvisning sa Herodes at hun skulle få ønske seg hva hun ville. Salome gikk til sin mor og spurte hva hun skulle ønske seg, og Herodias sa at hun skulle be om Johannes' hode på et fat. Han ble gravlagt av sine disipler i Sebaste i Samaria.