Øst for Iput-Isut reiste han et annet tempel dedikert Aton og hvor han ble avbildet mens han mottok guddommens støtte. Det var på innsiden av dette tempelet at Thutmose planla å reise sitt , eller «unike obelisk». Denne var formgitt til å stå alene framfor som den ene delen av et par, og er den høyeste obelisk noen gang som har blitt vellykket hogd ut. Den ble imidlertid ikke reist av denne farao, men av Thutmose IV 35 år senere. Senere ble den tatt og fraktet til Roma av keiser Konstantius II og er nå kjent som Lateranobelisken. I 390 e.Kr. fikk den kristne keiser Theodosius tatt en obelisk fra tempelet i Karnak og fraktet den til Østromerrikets hovedstad Konstantinopel hvor den ble reist på nytt på byens Hippodrom. Den er nå kjent som Theodosius’ obelisk. Således er to obelisker fra Thutmoses tempel i Karnak tatt og står i hver av de historiske hovedstedene til Romerriket.