Bragues forskningsfelt omfatter middelalderens jødiske og arabiske filosofi samt gresk filosofi. Hans avhandling etter tre år på universitetet handlet om Platons (publisert under tittelen ). Doktoravhandlingen er en studie av begrepet «verden» hos Aristoteles (). Etter dette har hans forskning handlet om den arabiske, jødiske og latinske middelalderen. Han har utgitt skrifter om Sankt Bernard, Razi og Maimonides. Rémi Brague er også en kommentator av Heidegger, og foreleser om Leo Strauss.