Pygméblåhval har litt mer rumpetrollignende kropp og holder helst til på den sørlige halvkule, sør i Indiahavet og nord i Sørishavet. Dette er den minste av underartene, og den blir typisk omkring 22–24 meter i lengde. De skiller seg også fra de to andre underartene gjennom morfologiske forskjeller, blant annet kortere halefinne og kortere barder. Pygméblåhvaler kan også finnes i små populasjoner på den nordlige halvkule. Den ble først beskrevet i 1963.