Rundt 500 fanatiske munker fra Natrondalen (Wadi El Natrun), det vil si fra den ene av tre tidlige kristne klostre lokalisert i ørkenen i nordvestlige Nildeltaet og hvor det er sagt at Kyrillos hadde studert, kom til Alexandria, antagelig rekruttert Kyrillos, og satte i gang et opprør mot Orestes blant de kristne i byen. Disse munkene hadde grepet til vold femten år tidligere til støtte for Kyrillos’ onkel Theofilos. Munkene angrep Orestes og anklaget ham for ikke å være en kristen, og til tross for Orestes nektet for dette, var det en av munkene, en mann ved navn Ammonius, som slo ham i hodet med en stein, slik han ble dekket med blod. Orestes’ vaktgarde fryktet at de ville bli steinet av munkene og flyktet, men andre borgere i Alexandria kom ham til hjelp, grep Ammonius og jagde munkene. Angrepet på prefektens autoritet kunne ikke bli oversett og Orestes fikk Ammonius henrettet. Kyrillos fikk tatt Ammonius’ lik og stilte det ut i kirken og utropte ham som en martyr og helgen. I henhold til Scholastikos var det ikke overbevisende for den kristne befolkningen, som viste at Ammonius var blitt drept for sitt angrep og ikke for sin tro. Orestes skrev til keiseren for å klage og Kyrillos gjorde det samme.