Innfjordtunnelen ble drevet fra vegkrysset der den gamle delen av Skafonntunnelen møter den nye. De første 550 meterne av Innfjordtunnelen utgjør følgelig den tunneldelen som den nye Skafonntunnelen ble forlenget med i 1987. I forbindelse med dette kan den vestlige enden av Skafonntunnelen nås fra port som er der Skafonntunnelen før svingte til høyre mot Romsdalsfjorden. Denne forbindelsen med gamleveien gir kjørbar veg frem til Runehamartunnelen, der Statens vegvesen har et testsenter for tunnelbranner. Under rehabiliteringen av Innfjordtunnelen mellom 2016 og 2018 ble derfor også den delen av Skafonntunnelen som går mot Runehamartunnelen via den nedlagte strekningen opprustet med blant annet ny belysning.