Erkebiskopen satt først fengslet i Kilkenny, deretter fra 7. oktober 1583 i Dublin Castle, hvor Margaret Ball også satt fengslet. Der tilbrakte han ni måneder, mistenkt for å kjenne til et komplott mellom paven og Spania. Rettspresidentene fryktet jarlen av Ormondes vrede og hans innflytelse hos dronning Elisabeth I, så de fikk tillatelse til å bruke tortur, og de håpet at de kunne presse informasjon ut av erkebiskopen mot jarlen av Kildare og lord Devlin. Men de var fortsatt engstelige, så de minnet London om at Dublin ikke var utstyrt med pinebenk, og at deres fange heller skulle overføres til Tower of London.