Med sine albanske tropper jagde han ut mamelukkene (den muslimske herskerklassen) fra Kairo i 1804 og ble selv utropt til pasja og tok i 1806 med sultanens bekreftelse sin nye verdighet som (guvernør) over Nedre Egypt. Hans makt og anseelse i den muslimske verden økte ytterligere ved hans seier over den britiske ekspedisjonen til Egypt i 1807 og da han ryddet vekk siste rest av innenlandsk opposisjon ved å invitere 24 ledende mamelukk-beyer til middagsselskap i mars 1811 og massakrerte dem. Med blodbadet på mamelukkene ble han den ubestridte hersker over landet.