To år senere forbød Tombalbaye opposisjonspartiene og dannet en ettpartistat. Tombalbayes autokratiske vanstyre førte til økt spenning mellom ulike etniske grupperinger, noe om kulminerte i 1965 da landet ble kastet ut i borgerkrig. Tombalaye ble styrtet og drept i 1975, men opprøret fortsatte. I 1979 erobret opprørerne hovedstaden, og sentralstyret i landet kollapset.