Den 30. januar 2018 signerte Harrison med Premier League-laget , som var partnere med hans gamle lag gjennom City Football Group. Han signerte en kontrakt som varte ut 2020–21-sesongen. Etter å ha blitt sendt ut på lån til for første gang var han tilbake med Manchester City. Leeds var interessert i å signere Harrison til en kontrakt; det ble derimot rapportert at laget hans ba om 20 millioner pund for ham. Den 1. juli 2019 signerte Harrison en 1-årig kontraktforlengelse med Manchester City. Den 27 juni 2019 ble det annonsert at Harrison forhandlet en ny låneavtale med Leeds. City sendte Harrison ut på lån til Leeds for en tredje sesong på rad, med et mål om å få en permanent overgang til neste år.