Den eldste skriftlige kilden som omtaler Nyíregyháza er fra 1209, men der brukes bare betegnelsen (som betyr «bjørk»). En kilde fra 1326 nevner at byen da hadde en kirke, og hadde fått det andre navnet, «egyház» (som betyr «kirke», eller bokstavelig 'et hus'). På midten av 1400-tallet hadde byen 400 innbyggere. Under den osmanske okkupasjonen på 1500-tallet var Nyíregyháza forlatt, og byen ble først bosatt igjen i 1630- og 1640-årene.