Mississippi var en rasesegregert stat og hovedstaden var åsted for flere oppgjør på 1960-tallet. I 1961 ble en gruppe Freedom Riders som protesterte mot rasesegregering på bussene arrestert i Jackson og hindret fra å nå New Orleans. 12. juni 1963 ble folkerettsaktivisten Medgar Evers myrdet i byen. Drapsmannen ble først dømt for drapene i 1994. I 2004 ble Jacksons flyplass hetende Jackson-Evers International Airport til ære for Evers.