I Theophanias regentstid brøt den store Gandersheim-konflikten ut. Den dreide seg om kontrollen med Gandersheim-klosteret og dets eiendommer. Både erkebiskopen av Mainz og biskopen av Hildesheim hevdet myndighet over klosteret, herunder også myndighet til å salve klosterets nonner. Konflikten begynte i 989 da Otto IIIs eldre søster Sophia ble nonne i Gandersheim-klosteret. Sophia nektet å godta å være underlagt biskopen av Hildesheim, men ønsket i stedet å bli ledet direkte fra erkebiskopen av Mainz. Konflikten eskalerte til den ble brakt inn for det kongelige hoff med Otto III og Theophania. Den kongelige inngripen lettet spenninger mellom partene ved å tillate at begge biskopene kunne salve Sophie, mens salving av de andre nonnene i klosteret ville bli overlatt til biskopen av Hildesheim alene.