Butcher ble i 2008 en del av trenerapparatet til under manager George Burley for deres kvalifisering til VM i fotball 2010, og den 27. februar 2009 ble han ansatt som manager for den skotske klubben Inverness. Klubben rykket ned i mai 2009, men Butcher beholdt jobben. Han mistet derimot jobben som assistenttrener for Skottlands herrelandslag sammen med George Burley etter at de ikke klarte å kvalifisere seg til verdensmesterskapet. Inverness under ledelse av Butcher rykket opp igjen til Scottish Premier League i mai 2010.