I de islamske nederlandske øst-indiske øyer var det katolske trossamfunn av liten betydning. Kolonien hadde ikke mer enn noen hundre tusen katolikker, som utgjorde bare en halv prosent av befolkningen. Willekens nøt på grunn av sine oppdrag på vegne av Vatikanet en diplomatisk status som ikke ble omgjort idet man forstod at den kunne komme til nytte også i denne nederlandske kolonien.