Sjubenkov konkurrerte ikke internasjonalt i 2016, på grunn av IAAFs utestengelse av Russland i forbindelse med dopingsaken i 2015. Han konkurrerte imidlertid i Russland, og vant 110 meter hekk under det russiske mesterskapet for lag. Han vant også Memorial Znamensky, det russiske mesterskapet utendørs, Russisk Cup og Stars of 2016.