Charbonniers innsats for Auxerre ble belønnet av daværende landslagstrener Aimé Jacquet med plass i s tropp til en EM-kvalifiseringskamp mot i desember 1994, etter forfall fra Fabien Barthez. Mot Aserbajdsjan og en påfølgende treningslandskamp mot i januar 1995 var Charbonnier ubenyttet reserve for Bernard Lama.