I mellomtiden hadde Filip søkt en ny brud. Innledende avtale hadde blitt nådd for ham til å gifte seg med Marguerita av Genève, datter av Vilhelm I, greve av Genève, men den unge brudens reise til Paris ble forstyrret av Thomas I av Savoia som kidnappet henne og giftet seg med henne under påskuddet at kong Filip allerede gift. Filip greide til slutt å oppnå et tredje ekteskap den 7. mai 1196 til Agnes av Merania fra Dalmatia i dagens sørvestre Kroatia (ca. 1180 – 29. juli 1201). Deres barn var Marie (1198 – 15. oktober 1224) og Philippe Hurepel (1200–1234), greve av Clermont og til slutt også greve av Boulogne ved ekteskap.