Under den tyske okkupasjonen ble det ikke spilt organisert fotball, siden alle spillerne streiket til støtte for motstandsbevegelsen. Etter krigen ble fotball mer populært enn noen gang, og Fredrikstad satte nok en publikumsrekord mot Sarpsborg. Det skjedde i semifinalen i cupen i 1945. Derimot var det lite suksess utpå banen. FFK nådde tre cupfinaler på fire år, men tapte alle. Gjennombruddet kom i 1949, da FFK vant sin tredje ligatittel.