Jonassen ble i oktober 2011 valgt til varaordfører i Vågå. Hun ble kort tid etterpå konstituert til ordfører da ordfører Rune Øygard først ble sykemeldt og fra mai 2012 innvilget permisjon fra ordførervervet inntil en straffesak mot ham var avgjort. Jehans Storvik ble valgt til ny varaordfører av kommunestyret da Jonassen rykket opp til ordfører. Iselin Jonassen ble da Norges yngste kvinnelige ordfører. Forgjengeren Rune Øygard fikk innvilget fritak fra ordførervervet av kommunestyret 18. desember 2012 etter å ha blitt domfelt, og Iselin Jonassen fortsatte dermed som konstituert ordfører inntil videre. I kommunestyremøte 12. februar 2013 ble hun så valgt til ordfører for resten av valgperioden.