I 1752 ble han oberstløytnant og sjef for de norske fortifikasjonene. Etter salget av Frogner i 1760 ble han boende i Christiania. Til tross for sine økonomiske problemer gjorde Scheel en god militær karriere. Som festningsoffiser er han særlig kjent for sine nøyaktige kart og planer for festningene og deres bebyggelse. I 1765 ble han forfremmet til generalmajor, og året etter fikk han sin retrettstilling som kommandant i Fredrikstad. Her døde han i 1774 og etterlot seg en gjeld på riksdaler etter «å ha destillert arvede riksdaler».