Parken er også hjem til 338 fuglearter, hvorav flere er sjeldne og fire endemiske til Vietnam. De sjelden fuglene er blant annet , , , og . 17 fuglearter står på IUCNs rødliste. Det finnes også tegn på at og forekommer i Phong Nha-Ke Bang. Det er totalt registrert 369 insektarter, hvorav 270 sommerfuglarter. Nesten alle sommerfuglarter i Vietnam kan finnes i nasjonalparken.