Nelson mistet mange muligheter til å vinne flere på grunn av andre verdenskrig. I 1945, mens The Masters var utsatt, vant han 18 turneringer, hvorav 11 på rad. Til sammen vant han i 1944 og 1945 hele 31 av 54 turneringer han deltok i. Nelson la opp etter 1946-sesongen, bare 34 år gammel. I hele hans karriere vant han 52 profesjonelle turneringer. Mesterskapet HP Byron Nelson Championship er oppkalt etter ham.