Contra-grupper hadde til tider kontrollen over store deler av Nicaragua, særlig øst i landet. Både sandinistregjeringen og dens støttespillere og utenlandske grupper beskyldte contras for brudd på menneskerettighetene, overgrep mot sivile, inkludert henrettelser, tortur, kidnapping, voldtekt, angrep mot hjelpearbeidere og helseklinikker og konfiskering av sivil eiendom. Contras og deres støttespillere, særlig Reaganadministrasjonen i USA, tilbakeviste disse anklagene og beskyldte på sin side sandinistene for de samme menneskerettighetsbruddene.