Det har eksistert lutherske menigheter i Argentina siden midten av 1800-tallet, men IELU begynte ikke å vokse fram før i 1919 da misjonærer fra USA begynte å jobbe i landet med ønske om å forkynne på spansk. De ønsket også å etablere skoler som supplement til de offentlige skolene i landet. IELU ble et selvstendig kirkesamfunn i 1948, og tok snart opp i seg også menigheter dannet av flyktninger fra Ungarn, Latvia og Estland i tillegg til de opprinnelig spansktalende menighetene.