Ferdinand begynte på jesuittenes skole i Graz da han var åtte år gammel. Hans separate hushold ble etablert tre år senere. Hans foreldre ønsket å holde ham vekk fra de lutherske steiermarkske adelsfolk, og sendte ham så til Ingolstadt for å fortsette sin utdannelse ved jesuittenes kollegium der i Bayern. Foreldrene bad hans morfar Vilhelm V av Bayern om å se til hans utdannelse. Ferdinand ble således oppfostret av jesuitter.