Stormesteren anmodet de europeiske kongene og fyrstene om hjelp for å stå imot et nytt muslimsk angrep, og han fikk betydelig støtte grunnet til ordenens økende berømmelse for seieren i den store beleiringen. Pave Pius V sendte sin militærarkitekt Francesco Laparelli for formgi den nye byen mens Filip II av Spania sendte betydelig økonomisk støtte. Grunnsteinen for byen ble lagt ned av stormester Jean de Valette den 28. mars 1566. Han la ned den første steinen i hva som senere ble seierskirken Our Lady of Victories Church (maltesisk: ).