Mykonos by er preget av den typiske arkitekturen på Kykladene bestående av hvite hus med flate tak, fargete tredører og vinduer og balkonger pyntet med blomster, foruten også de bratte brosteinsbelagte gatene. Unntaket er «Lille-Venezia», som ble bygget i venetiansk stil på strandpromenaden.