Byen ble en høyborg for den etnisk albanske Kosovos frigjøringshær under Kosovokrigen i 1999. FNs midlertidige administrasjon i Kosovo (UNMIK) re-etablerte kommunen Malisheva formelt i juli 2000. Under krigen ble en del grusomheter begått av både albanske og jugoslaviske styrker. I en slik hendelse ble sju serbiske menn henrettet i det som nå kalles «Malisheva-massakren». Den FN-baserte organisasjonen for savnede personer og rettsmedisin begynte å etterforske stedet i mai 2005.