I 1998 tok norsk-gambiske Kebba Secka over vervet. Secka trakk seg høsten 2000, og Lena Larsen ble valgt til styreleder. Hun ble en av de første kvinnelige ledere av en muslimsk sammenslutning. Hun trakk seg fra stillingen i 2003. Norsk-palestinske Mohammed Hamdan tok over vervet og stod som leder for rådet i fem år. I 2007 ble Senaid Kobilica, ledende imam for de bosniske muslimene i Norge, valgt til leder. Han satt til 2013 da Mohammad Bouras ble valgt til en ny leder-periode. I 2015 tok norsk-pakistanske Ghulam Abbas over.