Han var sønn av Anders Bille til Søholm (død 1555) og tilhørte adelsslekten Bille. Etter å ha fått utdannelse som en ung adelsmann lot faren ham slå inn på en løpebane som geistlig, ved at han i 1531 ble opptatt som kannik ved Roskilde domkapittel. Året etter reiste han til Paris for å studere teologi. Han vendte hjem i 1533, og ble straks utstyrt med flere innbringende prebender.