Krystallkutlingen er helt gjennomsiktig utenom øynene og noen få prikker på underkjeven og ved finnene. Første ryggfinne har to piggstråler, mens andre ryggfinne har en piggstråle og 18-20 bløtstråler. Gattfinnen har en piggstråle og 20-21 bløtstråler. Hunnfisken mangler bukfinner og den første ryggfinnen er mye mindre enn hos hannfisken. Krystallkutlingen er tydelig underbitt og hannen får to store «hoggtenner» i underkjeven i gytetiden. Hannfisken blir omtrent 5 cm, mens hunnfisken blir 4 cm.