Jim Phelps, leder for Impossible Missions Force (IMF), mottar en melding om et terror-komplott som blir planlagt en forlatt ubåtbase fra andre verdenskrig. Der planlegger de å sende missiler mot et rivaliserende nasjoner. Phelps utplasserer derfor IMF-agentene Ethan Hunt, John Clutter og Andrew Dowey for å stoppe terroristenes planer ved å infiltrere basen og ødelegge ubåten som bærer missilene. Men samtidig kidnapper Alexander Golystine, som er ansatt ved Russlands ambassade i Praha, IMF-agent Candice Parker og stjeler halvparten av CIA sin liste over alle IMF-agenter.