På NKPs landsmøte i 1946 ble Emil Løvlien valgt til ny partiformann etter Adam Egede-Nissen. Johan Strand Johansen ble valgt til politisk sekretær, mens Furubotn ble valgt til generalsekretær, en rolle han i praksis hadde fungert i egenskap av lederen for NKPs illegale apparat i Norge siden 1941. Som partisekretær la Furubotn særlig vekt på å finne en særegen norsk strategi for utviklingen av sosialisme. I 1948 ga han ut boka , som selv om den i seg selv ikke var kontroversiell ble kilde til mye av Løvlien-fløyens argumentasjon. Dette ble fulgt opp av en kampanje, først og fremst fra NKUs side, men klart inspirert av Furubotn, om å styrke produktiviteten. En foreslått «bondemilliard» fra Furubotn bidro også til ammunisjon for dem som ville stemple ham som en borgerlig nasjonalist.