Johansen har spilt for Brøndby hele sin karriere. A-lagsdebuten kom i 1999. Til sammen har han spilt 259 kamper for Brøndby, 33 av disse i Europacup. Han hadde en kontrakt som løp til 2009 med Lillestrøm. Han spiller i dag (2010) på amatørnivå i Danmark.