I 2003 la Lindgren opp som spiller, og tok over som trener i HSG Nordhorn. I 2008 ledet han Nordhorn til seier i EHF-cupen - klubbens første store tittel noen sinne. Etter at Nordhorn begjerte seg konkurs, skrev han i 2009 under for den tyske toppklubben Rhein-Neckar Löwen. Etter noe trøbbel med kontrakten hans med klubben, ble han i 2012 trener for svenske IFK Kristianstad.