Det er hevdet at alkmaionidene skal ha forhandlet for en allianse med perserne under perserkrigene, til tross for det faktum at Athen var ledende i motstanden mot den persiske invasjonen. Både Perikles og Alkibiades tilhørte alkmaionidene, og under Peloponneskrigen henviste spartanere til familiens forbannelse for å diskreditere Perikles. Alkibiades, som den foregående generasjonen av alkmaionider, forsøkte å alliere seg med perserne etter at han ble anklaget for ugudelighet. Etter Athens nederlag i Peloponneskrigen forsvant familien.