Da Najibullah-regjeringen falt i 1992 og Afghanistan ble kastet ut i borgerkrig, ble flyvåpenet splittet opp og kjempet om. Dette førte til at flyvåpenet ble sterkt redusert og hadde minimal kapasitet etter at Taliban tok kontroll i 1996. USAs invasjon i 2001 utslettet restene av Afghanistans flyvåpen. Gjenoppbyggingen begynte nesten umiddelbart etterpå, men kapasiteten til flyvåpenet har siden den tid vært svært begrenset. I slutten av 2012 besto flyvåpenet av over 100 fly eller helikoptre og mer enn 6000 personell.