Ved uavhengigheten etablerte man et konstitusjonelt monarki, og både hutuer og tutsier var representert i parlamentet, men da kong Mwambutsa utnevnte en tutsi til statsminister, følte hutuene, som hadde majoriteten i parlamentet, seg lurt. Et kuppforsøk utført av det hutudominerte politiet ble nådeløst slått ned av hæren under ledelse av en tutsioffiser, kaptein Michel Micombero. Da Pierre Ngendandumwe, en hutu som var statsminister, ble drept i 1965, førte dette til en serie angrep på tutsiene fra hutuer, angrep styresmaktene slo kontant tilbake i frykt for at tutsier skulle bli drept av hutuer som ville gjøre det samme som hadde blitt gjort i Rwanda. Både militæret og politiet ble nå lagt under tutsikontroll.