ICU gikk aktivt til krig mot Etiopia når etiopierne nektet å oppgi sin beskyttelse av den føderale overgangsregjeringens hovedstad, Baidoa. Harde kamper om ben ble utkjempet, og de etiopiske styrkene vant en avgjørende seier mot islamistene. En videre offensiv mot Mogadishu ble igangsatt, og gjennom flere vellykkede slag lyktes det TFG og de etiopiske styrkene å erobre byen. FN rapporterte at mange arabiske nasjoner, inkludert Egypt, bidrog aktivt med å støtte ICU via Eritrea. USA ble en aktiv støttespiller for TFG, selv om isolerte tilfeller hvor kompromiss mellom ICU og USA ble inngått fant sted. Det er også blitt hevdet at Eritrea hadde mellom to og tre tusen tropper i Somalia for å kjempe på ICUs side.