Det er beskrevet 3 underarter av zapataspurv: ( Barbour & J. L. Peters, 1927) - forekommer på Zapata halvøya i det vestlige Cuba. (Spence & B. L. Smith, 1961) - forekommer i kysteregionen in provinsen Guantánamo på det sørøstlige Cuba. (Regalado Ruiz, 1981) - forekommer på øya Cayo Coco nord fra Cuba.