Banjo-Tooie bygger hovedsakelig på den samme spillmekanismer som Banjo-Kazooie. Spilleren styrer bjørnen Banjo, som bærer fuglen Kazooie i en ryggsekk. Duoen lærte mange teknikker i Banjo-Kazooie som kan hjelpe dem gjennom spillet, for eksempel å bruke B-knappen for å slå og A-knappen for å hoppe, til å trykke Z og deretter A for å sende duoen opp i lufta, før de deiser i bakken og dreper eventuelle monstre under seg. I Banjo-Tooie beholder man alle disse teknikkene og lærer mange nye. Muligheten til å spille sjamanen Mumbo var ny i Banjo-Tooie.