I 1503 kom portugiserne til øya, kartla den, men ble ikke værende. Det fant sted innvandring fra det afrikanske fastlandet. Mellom 1742 og 1791 gjorde sultanen av Anjouan flere forsøk på å erobre Mayotte. Angrep fra sjørøvere fra Madagaskar bidro mellom 1795 og 1820 til å redusere folketallet dramatisk.