I 1582 tok Københavns stattholder Christoffer Valkendorf initiativ til at tårnet skulle ferdigstilles. Det ble nå bygget i kryssforband hvor det tidligere hadde vært munkeforband og overgangen mellom den gamle og den nye delen er tydelig i murverket. Tårnet ble oppført i åtte stokkverk atskilt av bjelkelag hvor det øverste var omtrent dobbelt så høyt som de øvrige. Dette inneholdt klokkene. Det gamle utvendige trappetårnet ble ført opp til klokkestokkverket. Tårnet ble kronet av et spir likt det kirken har i dag. På grunn av utformingen og stilen på spiret er det tilskrevet Hans van Steenwinckel den eldre.