En ferdigstillelse av Transamazônica har vært forhindret av motstand fra mange kanter. På den ene siden er det vanskelig terreng, og veien må mange ganger krysse de sør-nord-gående dalførene til Amazonas' sideelver. I regntiden øker elvenes vannføring og bredde enormt, noen ganger til mer enn 50 kilometer med oversvømte sumper, og veiene blir regelmessig ødelagt en til to ganger. Dernest er det politisk motstand fra statene i vest, hovedsakelig Peru og Bolivia, som frykter et brasiliansk hegemoni som kan muliggjøres gjennom bygging av et veinett. Det er også sterk kritikk mot prosjektet fra urfolk og miljøvernere som frykter overutnyttelse av regnskogen i Amazonas og ødeleggelse av skogen langs veien.