På 1800-tallet begynte man med byplanlegging i San José. Dette ble gjort ved å følge det kvadratiske gatesystemet som var det vanlige i Spania på den tida, og det ble bygd flere kirker, blant annet La Merced i sentrum, El Carmen i nord, og mye seinere, La Soledad i øst. I 1843 skrev statsminister José María Castro Madriz under dokumentet som grunnla Universidad de Santo Tomás, landets første institusjon for høyere utdanning, og forgjenger for dagens Universidad de Costa Rica.