Le Fort vant Vasilij Golitsyns tillit men sluttet seg etter statskuppet i 1689 til tsar Peter og ble i 1694 storadmiral og overgeneral med oppdrag å europeisere krigsvesenet. Han ledet sammen med Fjodor Golovin og Patrick Gordon det mislykkede Azov-felttoget i 1695 og ble i 1697 guvernør over Novgorod. Årene 1697–98 var han også en av de tre ambassadørene i den russiske sendeferd som avgikk til utlandet og i hvis følge tsar Peter inkognito befant seg. Han bistod tsar Peter i dennes arbeide å legge grunnen til den russiske sjømakt og forøke landets avlinger og næringer ved å tilkalle tyske og franske kunstnere og håndverkere.