Paulos ble utnevnt til biskop i 1976, men ble kort tid etter arrestert sammen med patriark Tewophilos og tre andre biskoper. Derg-juntaen mistenkte kirkens ledelse for å ha hatt for tette kontakter med keiser Selassie, som var blitt styrtet to år tidligere. Mens Tewophilos ble skutt i fangenskap, ble Paulos satt fri i 1983.