Det var blitt bestemt at han skulle tiltales ved Herredagen i Odense i 1584, men de foreløpige forhør avslørte så mange pinlige historier om han og søstrenes løsaktige liv at kongen oppga å holde en offentlig rettsforfølgelse. I stedet ble han overført til fengselet i Dragsholm slott (Draxholm) på Sjælland. Herfra skrev han lange brev til regjeringsråder og senere til kong Christian IV. I et av brevene beskyldte han riksrådet for å være skyld i Frederik IIs død, og for å ha lignende planer med Christian IV. Straffen ble deretter omgjort til livsvarig fengsel. I 1606 fikk han tillatelse til å få et »naadigere fængsel«, med ild og lys. I 1607 sendte han kongen en hel bok med profetier og fantasier, men synes kort tid etter å ha vært død. I ekteskapet etterlot han seg en datter og to sønner, hvorav den ene, Claus Brockenhuus (gift med Emerentze Pedersdatter Baden på Fritzøehus slott i Larvik) ble landsdommer på Fyn.