Det er blitt fremsatt påstander om at Pfahls skal ha tatt imot flere millioner mark i smørepenger fra våpenlobbyister. Konkret er Pfahls blitt anklaget for korrupsjon og skatteunndragelse i forbindelse med et våpensalg til Saudi-Arabia. I 1999 utstedte statsadvokaten i Augsburg en arrestordre på ham. Riksadvokaten i Bayern overprøvet denne beslutningen; noe som knapt er skjedd tidligere. I mellomtiden reiste Pfahls til Taiwan og holdt seg borte fra Tyskland i de neste fem årene. Hans spor forsvant i Taipei 6. juli 1999, og det kan synes som han har bodd i Hongkong. Den daværende statsadvokaten i Augsburg utelukket ikke at Pfahls var blitt advart på forhånd av venner i den bayerske justistjenesten.