Andrewes ble født i 1555 i Barking, London av familie med gamle røtter i Suffolk. Hans far var herre av Trinity House. Lancelot gikk på Coopers frie skole, Ratcliff, i sognet Stepney og deretter på Merchant Taylors' School under Richard Mulcaster. I 1571 begynte han på Pembroke Hall, Cambridge og tok eksamen med BA, fortsatte til en MA i 1578. Hans akademiske rykte spredde så hurtig at ved grunnleggelsen i 1571 av Jesus College i Oxford ble han navngitt i charteret som en av de grunnleggende lærerne «uten hans medviten». Hans forbindelse til fakultet synes å ha vært rent spekulativ dog. I 1576 ble han valgt som medlem av Pembroke College, Oxford; i 1580 gikk han inn i den geistlige stand og i 1581 ble han opptatt MA ved Oxford. Som katekist (utspørrer) ved fakultet foreleste han om de ti bud (, utgitt i 1630), noe som vekket stor interesse.