Frusciante returnerte til Red Hot Chili Peppers i 1998, etter at Flea hadde spurt ham om han kunne tenke seg å fortsette karrieren som gitarist i bandet. Frusciante hadde da fullført et rehabiliteringsprogram etter flere år med skadelig bruk av rusmidler i tiden etter at han forlot Red Hot Chili Peppers. Dermed var de fire bandkameratene sammen igjen og kunne endelig gå i studo for å spille inn (1999). ble solgt i over 15 millioner eksemplarer verden over. Albumet er med det Red Hot Chili Peppers mest suksessrike album til nå. Tre år etter fortsatte bandet suksessen med albumet . I 2006 ga gruppen ut dobbelalbumet . som er første album med Klinghoffer på gitar kom ut i 2011. De fulte opp denne med deres ellevte studioalbum kom ut 16. juni 2016.