Grunnen til at det er viktig å skille mellom disse to betydningene, er at det kun fins én sann fylogeni, men mange måter å fremstille denne på. Det ene sanne stamtreet er et resultat av evolusjonen som har foregått over millioner av år. En gitt stamtre (kladogram) er derimot et resultat av menneskelig aktivitet, nemlig fylogenetisk forskning.