Honduras' landområder består for det meste av fjell, men det er smale sletter langs kysten, en lavtliggende ubebodd jungel (La Mosquitia) i nordøst og den tett befolkede Sula-dalen i nordvest. I La Mosquitia ligger Río Plátano-biosfæren, en del av UNESCOs verdensarv. Der ligger også Coco-elven, som deler landet fra Nicaragua. Islas de la Bahía og Svaneøyene ligger på nordkysten. Misteriosa-banken og Rosario-banken, 130 til 150 km nord for svaneøyene, faller innenfor Honduras' økonomiske sone.