I august 2023 sendte Brandmüller, sammen med kardinalene Raymond Leo Burke, Juan Sandoval Íñiguez, Robert Sarah og Joseph Zen, en annen liste over fem dubia til pave Frans relatert til den kommende synoden om synodalitet. Disse dubia stilte spørsmål ved nødvendigheten av den kommende synoden, spurte om velsignelsen av par av samme kjønn var teologisk tillatt, og stilte spørsmål ved pavens påstand om at «tilgivelse er en menneskerett».