I september 1987 ledet Buyoya et statskupp mot Burundis 2. republikk, som var ledet av Jean-Baptiste Bagaza, og installerte seg selv som den første presidenten i den 3. republikken. Han proklamerte en agenda bestående av liberalisering og rette på relasjonene mellom hutuer og tutsiwe, men resultatet ble en veldig undertrykkende junta med hovedsakelig tutsier. Dette førte til at hutuopprøret i august 1988, som resulterte i cirka 20 000 døde. Etter disse drapene satte Buyoya ned en kommisjon for å finne en måte å redusere volden.