Kenya har imidlertid meldt seg på i kvalifiseringen til Afrikamesterskapet i 1998 og 2000, men de trakk seg begge gangene. I kvalifiseringen til Afrikamesterskapet i 2006 var Kenya med for første og per 2010 eneste gang. De slo først Djibouti overlegent 8-0, før Djibouti trakk seg. Kenya gikk videre i kvalifiseringen og møtte Kamerun. Kenya tapte begge kampene klart.