Heydrich skulle bekjempe motstanden og ha oppsyn med rasepolitikken i riksprotektoratet med deportasjon av jøder til utryddelsesleirene og fullstendig germanisering av Böhmen og Mähren med sikte på full integrasjon i det tyske riket. Heydrich understreket etter tiltredelsen at hans styre av protektoratet ville skille seg grunnleggende fra Neuraths. Heydrichs oppdrag var å «pasifisere» protektoratet og for å sikre Tysklands økonomiske og sikkerhetsmessige interesser i området.