Innen september 1767 hadde alle utenom én jesuitt blitt tvunget til å flytte, og den siste flyttet året etter. Spanjolene anså det som viktig å opprettholde bosettingene som en buffer mot portugisisk ekspansjon. Erkebiskopen i Santa Cruz de la Sierra, Francisco Ramón Herboso, etablert derfor en ny styreform etter modell fra jesuittene. Han fastsatt at hver stasjon skulle styres av to sekularprester, der den ene tok seg av de åndelige behov, og den andre av de praktiske og administrative behov, såvel politisk som økonomisk. Som en nyskapning ble indianerne gitt anledning til å delta i handel. Mangelen på kvalifiserte prester som snakket urbefolkningens språk medførte imidlertid en generell nedgang i befolkningen ved misjonsstasjonene. Prestene brøt både etiske og religiøse normer, stakk av med storparten av inntektene ved stasjonene og oppmuntret til illegal handel med portugiserne.