I spillets kjempelange epilog, ser vi at Snake forsøker å begå selvmord før Big Boss ankommer gravplassen med en vegetativ Major Zero i rullestol. Big Boss forklarer at liket som ble brent i Øst-Europa faktisk var hans tredje klone, Solidus Snake, og at the Patriots i opprinnelig var en tolkning av Big Boss' visjon, stiftet av Major Zero, EVA, Ocelot, Sigint, Para-Medic og Big Boss selv. Mens deres makt økte, vokste to rivaliserende fraksjoner frem i Patriotenes rekker; Zeros, som stod for total kontroll, og Big Boss', som drømte om en bedre verden. Han forklarer også at Ocelot med vilje bruke nanobrikker og hypnoterapi for å implantere Liquids personlighet som sin egen. Mens tiden gikk lot Zero det nyetablerte AI-nettverket ta mer og mer kontroll, som til slutt førte til avhengigheten av den store krigsøkonomien, og dette var sterkt i strid med Big Boss' opprinnelige visjon. Big Boss dreper så Zero og informerer Snake om at nanobrikken Drebin injiserte i ham kom med en ny stamme med FOXDIE-virus, utviklet av Patriotenes AI for å utrydde den gamle stammen og for å drepe den rivaliserende fraksjonen innad i Patriots. Snake har dog ingen mulighet til å utvikle seg til å bli et biologisk våpen, så han bestemmer seg for å leve resten av sitt liv i fred med Otacon og Sunny, og sverger på å leve lenge nok til å se hva fremtiden vil bringe for den nye verden han har bidratt til å skape.