Torres opplevde en måltørke hjemme på Anfield, og det gikk hele 8 måneder før han igjen scoret for hjemmefansen, og da med to sene fulltreffere like før slutt og på overtid, i 2–0-seieren mot Chelsea den 1. februar 2009. Seks dager senere ble han matchvinner 2 minutter på overtid da han scoret 3–2-målet borte mot Portsmouth. Han scoret også det første målet i 4–0-seieren på Anfield mot Real Madrid den 10. mars 2009. Noen dager senere ble Torres igjen en av flere røde helter, da han scoret utligningsmålet etter 28 minutt da Liverpool slo Manchester United 1–4 borte på Old Trafford den 14. mars 2009. Den 12. april scoret han to mål i 4–0-seieren mot Blackburn. Den 21. april gjentok han bragden og scoret sitt 12. og 13. seriemål i 4–4-kampen på Anfield mot Arsenal, der Andrej Arsjavin scoret fire mål for «The Gunners». Torres endte sesongen 08/09 ved å score sitt 50. mål for klubben mot Tottenham. Dette gjorde at Torres kom til 50 scoringer raskere enn storheter som Ian Rush, John Aldridge og Kenny Dalglish. Han endte på 4.-plass på toppscorerlisten sammen med Robinho, med sine 14 mål på 20 kamper, 5 bak Nicolas Anelka som vant gullstøvelen.