På 1500-tallet ble også Ungarn påvirket av reformasjonens tanker, og flere av Ungarns tyske innbyggere som var lutheranere, ble brent på bål eller fikk sin eiendom beslaglagt. Men tyrkisk aggresjon i Ungarn (slaget ved Mohács i 1526) svekket den katolske sentralmakten såpass at protestantismen gradvis vant innpass også i den ungarske del av befolkningen. Fra 1540-tallet kom kalvinismen; fra 1560-tallet unitarismen, og før 1600 tilhørte rundt 80 % av Ungarns innbyggere en protestantisk retning. Unitarene markerte seg her som de mest radikale, oftest rekruttert blant kalvinistene som tok avstand fra alle dogmer som ikke kunne leses ut av Bibelen. De mest ytterliggående konkluderte med at Jesus ikke kunne være guddommelig. Disse valgte å gå over til jødedommen. Unitarene ble opplevd så ekstreme at de ble forfulgt til og med av polsk øvrighet, som ellers var ytterst tolerant overfor innbyggernes religionsutøvelse. Men i Siebenbürgen fikk unitarkirken bestå, og består fortsatt, med ungarsk som gudstjenestespråk, selv om regionen nå ligger i Romania.