Den første barndomstiden tilbrakte Bach i Eisenach. Takket være farens fetter, Johann Christoph Bach, fikk han her sine første erfaringer med kirke- og orgelmusikk. Samtidig fungerte Johann Christoph som et tidlig komponistforbilde, av familien Bachs mange musikere var han den dyktigste komponisten i sin generasjon. Trolig formidlet faren de grunnleggende ferdighetene i fiolinspill. Bach begynte sannsynligvis sin skolegang i Eisenachs tyske folkeskole, men åtte år gammel byttet han over til den private latinskolen.