Konkret handler funksjonell medisin om å avdekke mangler på vitaminer og mineraler, oppdage matintoleranser og matallergier. Mange plages med matallergi, matintoleranser, ubalanse i tarmfloraen (lekk tarm) og helseproblemer relatert til dette. Funksjonell medisin vil søke å finne ut av slike intoleranser ved bruk av blant annet eliminasjonsmetode og tilførsel av matvarer som stimulerer til balanse i tarmfloraen.