Ballongkorpset ble omplassert til Ingeniøkorpset. Lowe hadde fått lønn som oberst (10 dollar per dag), men i mars 1863 fikk kaptein Comstock ansvar for den nylig omdisponerte luftdivisjonen og kuttet Lowes lønn og betalte 6 dollar i kontanter. Samtidig ble det gjort en kongressvurdering av luftdivisjonen, og en nedsettende tredjepartsrapport, som Lowe tilbakeviste i et lengre svar, ga unionssjefene en pause for videre bruk av ballonger. I tillegg hadde Lowes utnevnelser av personell uavhengig av ingeniøroffiserene, anstrengt forholdet hans til militæret. Lowe innleverte sin avskjedssøknad i mai 1863 og brødrene Allen tok kontroll over Ballongkorpset, men i august hadde korpset opphørt å eksistere.