Flagget ble offisielt tatt i bruk 27. november 1906. Utformingen med blå, hvite og røde horisontale striper har imidlertid vært i bruk siden 1848, da Costa Rica forlot den mellomamerikanske føderasjonen og erklærte seg som selvstendig republikk. Pacífica Fernández, konen til president José María Castro Madriz, lagde flagget, inspirert av fargene i det franske flagget.