Baggesen var født i fattige kår, men fikk plass på Slagelse latinskole pga. sin åpenlyse begavelse. Senere kom han inn på Københavns universitet. I hovedstaden begynte han å omgås kretsen rundt prins Fredrik Kristian II av Holstein-Augustenburg, og deres bidrag gjorde det mulig for ham å dikte uten økonomiske bekymringer. Hans gjennombrudd kom med , et verk på vers. Men det han huskes for i Danmark, er reiseboka , som handler om Baggesens egen reise gjennom Tyskland, Sveits og Frankrike i 1789. Dessuten oversatte han Ludvig Holbergs fra latin til dansk i 1789.