Bakerøya ligger like nord for ekvator i det sentrale Stillehavet. Den ligger i øygruppen Phoenixøyene i Polynesia i Oseania, omtrent midtveis mellom Hawai'i og Australia. Den er omtrent 3000 kilometer sørvest for Honolulu på Hawai'i og 60 kilometer sørøst for Howlandøya. Den er ca. 1000 kilometer nord for Tuvalu, 1880 kilometer vest for Jarvisøya og 2000 kilometer sør for Johnston Atoll. Den er lokalisert på 0°11′41″N 176°28′46″W . Flateinnholdet er på 2,1 kvadratkilometer og den har 4,8 kilometer kystlinje . Den har ekvatorialklima med lite regn, konstant vind og sterk sol. Terrenget er lavt og dekket av sand og gress. Den er en koralløy omringet av korallrev og det høyeste punktet på øya er åtte meter over havet . Administrativt er den en del av USAs ytre småøyer og er idag et vernet viltreservat, kjent som . Den har status som et uinnlemmet oversjøisk territorium underliggende USA og er administrert av etaten U.S. Fish and Wildlife Service i innenriksdepartementet.