De sosiale, økonomiske og samfunnsmessige problemene som ble skapt ved katastrofen var overveldende. Evakueringen fra London og ny bosetting andre steder ble sterkt oppmuntret av Karl II som fryktet et opprør i London blant husløse og desperate flyktninger. Til tross for tallrike radikale forslag ble London gjenoppbygget i all vesentlighet med samme gatenett som før brannen. Dette var tredje gang London hadde blitt nesten fullstendig ødelagt av brann; det hadde tidligere skjedd i 1133/1135 og 1212. Et senere tilfelle, Luftwaffes brannbombeangrep den 29. desember 1940 har blitt kjent som .