I juni 1960 fikk han amnesti, men ble forbudt å gjenoppta prestelig virke. Dermed ble han rørlegger og bygningsarbeider. I februar 1962 fikk han hjerteslag og ble behandlet på sykehus til 1963. Han fikk beholde sitt arbeide men ble løst fra arbeidsforpliktelser i november 1962. Pave Johannes XXIII hadde i 1962 invitert Trochta til å delta i Annet vatikankonsil, men de tsjekkoslovakiske myndigheter hadde ikke gitt ham tillatelse til å reise til Roma. Han ble i 1963 gitt adgang til å bosette seg i et hjem for prester i Tábor, og deretter i Radvanov i 1964.