Zakir Husain ble født i den sydindiske byen Hyderabad, etter at hans far hadde flyttet fra (nåværende) Uttar Pradesh. Husain utdannet seg ved Mohammadan Anglo-Oriental College (Aligarh Muslim University). I løpet av sin tid ved universitetet deltok Husain i opprettelsen av et universitet for muslimske studenter ved navnet Jamia Millia Islamia. På 1920-tallet studerte han i Tyskland og fikk i Berlin doktorgrad i økonomi.