Med slutten av krigen og opprettelsen av den frie og selvstendige greske stat, mistet Hydra gradvis sin maritime posisjon i østlige Middelhavet, noe som førte til økonomisk krise, vanskelige tider og arbeidsløshet. Hovedgrunnen var at med opprettelsen av den greske staten mistet flåten på Hydra de privilegier som den hadde oppnådd med Küçük Kaynarca-avtalen og bruken av russisk flagg. En annen årsak var at de tradisjonelle familier som eide majoriteten av flåten ikke greide å se fordelene av å delta i dampskipsrevolusjonen som i stor grad minsket utgiftene ved redusert mannskap og uavhengighet av gunstige vinder. De ga dem en ulempe overfor de nye rederier i Pireus, Patras og Syros. En tredje årsak var de nye forholdene gjorde ulovlige aktiviteter som sjørøveri umulig. To tredeler av alle skipene i hele Hellas kom fra Hydra, men i løpet av denne tiden var nesten alle trærne hogd ned grunnet skipsbyggingen. Av den grunn er det meste av øya ufruktbar (På 1990-tallet ødela en brann enda større deler av det som var igjen av skog). Atter en gang forlot mange av øyboerne Hydra og etterlot seg store herskapshus som forfalt. En del vendte seg mot svampfiske, noe som igjen ga øya inntekter og velstand, men fikk tilbakeslag da Egypt i 1932 nedla forbud mot fiske langs den egyptiske kysten. Ved begynnelsen av den andre verdenskrig var det igjen mange øyboere som forlot Hydra og mange utvandret til andre land.