Ved de delvis frie valgene i 1989 ble Lauristin valgt inn i Sovjetunionens folkekongress, og i 1990 ble hun valgt inn i Det øverste sovjet i Den estiske sosialistiske sovjetrepublikk, som straks vedtok en overgangsperiode til nasjonalt og demokratisk styre. Fra 1992 til 1994 var Lauristin sosialminister i den første parlamentariske regjeringen i det uavhengige Estland. Hun var medlem av Estlands riksdag i periodene 1992–1995 og 1999–2003.