Stefan den store tilhørte dynastiet Mușat. Hans far, Bogdan II, hadde hersket over Moldavia i to år (1449 – 1451) og ble drept i et slag mot Stefans onkel Petru Aron. Mellom 1451 og 1457 ble Moldavia kastet inn i en borgerkrig mellom Petru Aron og Alexăndrel – en nevø av Alexandru cel Bun.