I 1941 organiserte de jugoslaviske kommunistene under ledelse av Josip Broz Tito deres egne multietniske motstandsbevegelse for å bekjempe nasjonalsosialistene, ustasja (en separatistisk organisasjon av kroatiske fascister) og tsjetnik-styrker. Den 25. november 1943 holdt Antifascistiske råd for nasjonal frigjøring av Jugoslavia med Tito et grunnleggende møte i Jajce. Her ble Bosnia og Hercegovina reetablert som en republikk innenfor den jugoslaviske føderasjon med deres osmanske grenser. Militær suksess fikk etter hvert de allierte til å støtte partisanene, og på slutten av krigen resulterte det i etableringen av Den sosialistiske føderale republikken Jugoslavia hvor konstitusjonen i 1946 offisielt etablerte Bosnia-Hercegovina som en av seks konstituerende republikker i den nye staten.