Påvirket av den venstreekstreme terroren på 1970-tallet endret både han og Fischer syn på bruk av vold. Han ble en av de ledende skikkelsene i den grønne bevegelsen, hvor han ble regnet til den moderate fløyen. Etter at partiet De grønne ble grunnlagt, meldte han seg inn i 1984. Da Joschka Fischer ble miljøvernminister i delstaten Hessen, ble Cohn-Bendit utnevnt til hans rådgiver. I 1989 ble han utnevnt til byråd for multikulturelle anliggender og viseborgermester i Frankfurt.