Mario forsøker å redde prinsesse Toadstool, og infiltrerer et slott hvor hun blir holdt, og utfordrer kidnapperen Bowser. Men i løpet av konflikten faller et gigantisk levende sverd ved navn Exor fra himmelen, bryter gjennom Star Road (som hjelper til med å oppfylle innbyggernes ønsker) og krasjer inn i Bowsers slott. Dette gjør at Mario, Princess Toadstool og Bowser flyr i forskjellige retninger, og de syv stjerne-fragmentene blir også spredt ut over hele området.