Landet ble i teorien styrt av en generalguvernør som var innsatt av egypterne og godkjent av britene, men i praksis fungerte det som en britisk koloni styrt fra hovedstaden Khartoum. Fram til uavhengigheten i 1956 ble Sudan administrert av britene som to separate enheter: det hovedsakelig islamske Nord-Sudan (som i dag mest tilsvarer Republikken Sudan) og det i hovedsak kristne Sør-Sudan (i dag Republikken Sør-Sudan). Både det egyptiske og det britiske flagget ble benyttet i denne perioden.