De første eksperimentene Gebhardt fikk ordre om å utføre kom på ordre av Himmler selv, etter at Obergruppenführer Reinhard Heydrich døde som følgene av attentat forøvet i Praha i sluttet av mai 1942. Gebhardt var blitt kalt til Praha av Himmler for å forsøke å redde Heydrichs liv. Theodor Morell rådet Gebhardt til å behandle Heydrich med sulfonamid, men Gebhardt anså at Heydrich skulle komme seg uten antibiotikabehandling. Heydrich døde av sepsis åtte dager etter attentatet og Himmler beskyldte Gebhardt for forsømmelser.