Flere slike hemmelige irregulære fengsler er knyttet til ekstraordinær bortføring gjennom observasjon av fangefly og kontroll av deres ruter. I mange tilfeller er ikke selve stedet hemmelig, men aktiviteten som foregår på stedene er stengt for innsyn. Kjente steder som brukes som irregulære fengsler er blant annet Guantánamobukten fangeleir og Bagram Theater Internment Facility. Kjente fanger som har sittet i slike irregulære fengsler er blant annet Mohamed Farag Ahmad Bashmilah, Khalid El-Masri, Abu Omar og Aafia Siddiqui. Historien til Khalid El-Masri er gjengitt i filmen (). Historien til Mohamed Farag Ahmad Bashmilah er gjengitt i enttmagasinet artikkel . Historien er blant annet kjent gjennom et sivilt søksmål satt frem av American Civil Liberties Union mot Jeppesen Dataplan Inc., som er et underfirma av Boeing. Dette firmaet er påstått å være operatør for noen av flyvningene knyttet til CIAs ekstraordinære bortføringer.