Ojukwu besluttet å gå inn i militæret, stikk i strid med de mange innvendingene fra faren hans, som ville at han skulle studere juss og bli advokat. Han sluttet seg til det nigerianske militæret og ble uteksaminert fra Royal Military Academy Sandhurst i England. Han ble deretter oberstløytnant i militæret til Nigeria og militærguvernør av det oljerike østre delen av Nigeria.