Varme flekker er relativt skyfrie og varmen kommer fra dybdene av atmosfæren uten mye absorbering. Flekkene ser ut som lyse flekker i infrarøde bilder tatt i bølgelengder på omkring 5 μm. De finnes hovedsakelig i beltene, mens et tog av karakteristiske varme flekker finnes i den nordlige kanten av ekvatorsonen. Atmosfæresonden til steg ned i en av disse flekkene ved ekvator. Hver ekvatorflekk har en lys, skyet vertikal søyle vest for seg som er 10 000 km i størrelse. Varme flekker har vanligvis runde former, selv om de ikke ligner på virvler.