Murphy ble installert 19. august 1886, og fant arbeidsmoralen farlig lav. Et stort problem med misnøye var knyttet til skolens læreplan. Selv om Murphy var blitt utdannet i en ånd som la vekt på klassiske studier med det formål å produsere kultiverte menn, fant han snart ut at barna til Pittsburghs katolske immigranter ennå ikke ble tatt opp til yrkene jus og medisin som fortjente denne typen studier. Snarere ble en høyskoleutdanning sett på som sosial mobilitet fra manuell arbeidskraft til funksjonærkontorjobber: derfor hadde det 'kommersielle' kurset alltid vært det mest populære.