Første versjon av protokollen kalt SSH-1 var skrevet og designet av Tatu Ylönen fra Finland i 1995. Han dannet etterpå selskapet SSH Communications Security for å videreføre arbeidet. Første versjon av SSH ble utgitt som fri programvare, men de opprinnelige utviklerne bestemte seg for å utgi senere versjoner som proprietær programvare.