Byen fikk navn etter en fiskeart i Nilen som var viktig i egyptisk mytologi ved å være den fisken som spiste Osiris' penis, skjønt i utgangspunktet var det ikke nøyaktig kjent hvilken fisk det var. En mulighet er en art av elefantfisker (), en mellomstor feskvannsfisk som figurerer i rekke egyptiske og andre kunstverker. En del arter av denne fisken har en særskilt nedadvendt snute, noe som har ført til det karakteristiske navnet «elefantnese» blant akvarie-eiere og iktyologier (fiskekjennere). En statuett fra Oxyrhynchus som framstiller en av disse hellige fiskene har mange trekk som minner om elefantfisken; en lang analfinne, en liten halefinne, bredt bekken- og brystfinner, og en nedadvendt «snabelnese». Det greske ordet Ὀξύρρυγχος betyr «skarp-neset»; og er den greske betegnelsen på fiskearten stør.