Blicher hadde en svak helse og var allerede i 1801 alvorlig syk. Han overvant også en helsemessig krise i 1837. Sykdommen og bitterheten over å være isolert fra «det gode selskab» og et økende forbruk av alkohol var medvirkende til at han forsømte sitt embete. Etter gjentatte klager over hans tjenesteforsømmelse ble han i mai 1847 avskjediget med pensjon. Blicher døde i 1848 i Spentrup.