Som en reaksjon på Estlands uavhengighet fikk kirka i 1993 igjen innrømmet selvstyre. Samme år hadde eksilkirka blitt registrert som trossamfunn, slik at det oppstod uenighet bl.a. om hvilken kirke som skulle eie kirkebyggene. Konflikten ble løst gjennom et kompromiss, som innebar at hver menighet kunne velge om den ville være tilslutta Moskva-patriarkatets estisk-ortodokse kirke eller den estiske apostoliske ortodokse kirke.