Nežárka starter i Jarošov nad Nežárkou ved samløpet av bekkene Kamenice og Žirovnice. På kursen mot sørvest ligger bosetningene Rodvínov, Jindřichův Hradec, Horní Žďár, Dolní Žďár, Horní Lhota, Lásenice og Dolní Lhota, hvor elven endrer retning mot nordvest.