Karakteren er mer fremtredende i den andre sesongen, enn i den første. Han får en mer aktiv rolle under ett nytt rømingsforsøk, enn i den første sesongen. Sammen med broren sin, og de andre rømlingene, forsøker Lincoln å unngå konfrontasjoner med Brad Bellick (spilt av Wade Williams) og vaktene hans. Men Lincoln blir sterkt traumatisert, etter å ha snakket med Veronica Donovan over telefon - og hører henne bli henrettet av hemmelige agenter. Utenfor fengselet er Lincolns førsteprioritet å finne igjen sønnen sin.