I 1998 ble Papon dømt til 10 år i fengsel for delaktighet i utryddelsen av franske jøder under andre verdenskrig. Tiltalen gjaldt forbrytelser mot menneskeheten ved at han medvirket til deportasjoner til utryddelsesleirene. Mens han ventet på behandling av ankesaken rømte han til Sveits hvor han ble arrestert og returnert til Frankrike. Han begynte soning av straffen i oktober 1999 og ble løslatt etter tre år på grunn av høy alder og sviktende helse.