Djoumbé Fatimas regjeringstid var svært urolig. Franskmennene forsøkte å få innflytelse, mens Komorenes herskere foretrakk kontakten med Zanzibar. Da hun var 12 år skilte moren og stefaren seg. Franskmennene sørget da for at hun fikk en guvernante, og i 1849 arrangerte de Fatimas kroning. To år senere utviste hun guvernanten og giftet seg med Saïd Mohammed Nasser M’Kadar, en slektning av sultanen av Zanzibar. Han regjerte med henne som hennes prinsgemal til franskmennene kastet ham i 1860. Djoumbé Fatima forble ved makten og giftet seg med en sultan.