Instituttets samfunnsforskning omfatter sosiale, kulturelle, politiske og økonomiske betingelser for samisk samfunnsliv, inkludert endringsprosesser og individets og samfunnets måte å forholde seg til disse prosessene. Sentrale temaer i samfunnsforskningen er forvaltning av naturressurser, samiske natur- og landskapspraksis og samiske primærnæringer. Reindriftsforskningen ved NSI er tverrdisplinær med tilknytninger til forskning ved andre institusjoner.