Horn vokste opp i et homogent, kristent bedehusmiljø på Hadeland, som sønn av landhandler Martinius Horn og Gina Kristoffersen. Som 16-åring kom han til den erkjennelse at han ikke trodde på «frelsen i Kristus». Som student i Kristiania valgte han å studere realfag (botanikk), og på Universitetet i Oslo møtte han i 1924 den ett år eldre zoologi-studenten Ester Lind Jynge. De giftet seg i 1932. Gjennom henne fikk han også tilgang til det meget omfattende biblioteket til Andreas Jynge, hennes far, og gjennom lesningen ble han styrket i overbevisningen om et annet ståsted enn den kristne tro. Da deres eldste barn ble født, i 1934, meldte de to seg ut av statskirken. Ingen av barna ble døpt.