Som tredje oppføring på verdensarvlisten er San José de Chiquitos misjonsstasjon som ble grunnlagt av jesuittene Fr. Suarez og Fr. Ávila i 1698. Her bodde opprinnelig Penoquisindianere. Misjonskirken ble bygget mellom 1745 og 1754 med ukjent arkitekt, og er oppført i stein, i motsetning til de andre kirkene i området, som ble bygget av lokal tørket leire og tømmer. Denne misjonsstasjonen er en av de få som fortsatt står på sin opprinnelige plassering. Idag er fortsatt kirken, et begravelseskapell, kirketårn, et hus for prestene og et verksted bevart, og disse ble restaurert av Hans Roths prosjekt mellom 1988 og 2003.