Det er almen enighet blant kognitive vitenskapsfolk at religion er en utvekst av hjernens arkitektur som har utviklet seg tidlig i menneskelig historie. Imidlertid er det ikke enighet om de nøyaktige mekanismer som drev utviklingen av det religiøse sinnelaget. Det er to hovedskoler som hevder at enten utviklet religion seg i henhold til naturlig utvalg og har selektiv fordel, eller at religion er et evolusjonært biprodukt av andre mentale tilpasninger. Eksempelvis mener Stephen Jay Gould at religion var en prosess hvor et ledd ikke ervervet ved naturlig utvalg, eller ved en «spandrel» (sideeffekt av en tilpasning); med andre ord at religion utviklet seg som et biprodukt av psykologiske mekanismer som utviklet seg av andre årsaker. Slike mekanismer kan omfatte: muligheten til å trekke slutninger om organismers tilstedeværelse som kan være skadelige (); muligheten for å komme med kausalforklaringer på naturlige hendelser (); og muligheten for å anerkjenne at andre mennesker har sinn som deres egne og med egne trosforestillinger, ønsker og hensikter (). Disse tre tilpasningene (blant andre) tillater menneskelige vesener å tenke seg besluttsomme representasjoner bak mange observasjoner som ikke med letthet kan forklares på andre måter, eksempelvis torden, lyn, planetenes bevegelser, livets kompleksitet og lignende.