Den 22. oktober 1802 ble Leclerc svært syk. En lege fra militærsykehuset stilte diagnosen: han hadde fått en feber «på grunn av de korporlige og mentale strabaser som generalen har vært påført». Paulines biograf Flora Fraser mener symptomene som er beskrevet tyder på at Leclerc hadde fått gulfeber. Han døde den 1. november. Syv dager senere ble Pauline, Dermide og liket av Leclerc i all hast seilt tilbake til fastlands-Frankrike.