Omtrent ti år har gått siden Anakin ble oppdaget av de to jediridderne Qui-Gon Jinn og Obi-Wan Kenobi på planeten Tatooine. En fraksjon av politiske separatister, ledet av grev Dooku, prøver å bli kvitt senator Padmé Amidala som representerer planeten Naboo i Den Galaktiske Republikk. Hun søker hjelp hos kansler Palpatin som lover å ta seg av saken. Tidligere elev Obi-Wan Kenobi har nå blitt lærer og trener opp den unge og lovende jedi-ridderen Anakin Skywalker. Unge Skywalker er mentalt sterk, men også utålmodig og arrogant. Sammen får de i oppgave å beskytte unge Padmé, som Anakin etterhvert innleder et romantisk forhold til. Et mordforsøk på Padmé leder Obi-Wan til en ukjent planet kalt Kamino. Der får han vite eksistensen av en svær klonehær som er under utvikling. Samtidig forverres ting i galaksen og omsider må Anakin og Obi-Wan ta en aktiv del i den avgjørende kampen for republikken. Det første slaget står på planeten Geonosis, deretter på Coruscant.