Ljubijankič startet sin fotballkarriere med ungdomsfotball hos ND Slovan før han dro videre til NK Domžale. Han fikk sin seriedebut i 2002 og hjalp klubben til andreplass i Prva liga både i sesongen 2004/2005 og i 2005/2006. I sesongen etter ble Ljubijankič og Domžale seriemester, samtidig som de også vant supercupen. Etter å ha spilt over 150 seriekamper og scoret over 40 seriemål meldte han overgang til den belgiske klubben Gent i januar 2008 for én million euro.