I årene 1755 til 1757 var Albrechtsberger organist i Győr, deretter organist i pilegrimskirken i Maria Taferl i to år før han i 1759 vendte tilbake Melk, nå som organist. Han måtte forlate Melk og oppholdt seg i Győr, inntil han fra 1768 arbeidet som organist og orgelbygger i Wien. I 1770 ble han organist ved Stefansdomen og året etter korleder ved Karmelittklosteret i Döbling. I 1772 oppnevnte keiser Josef II ham til 2. hofforganist i Wien.