Da Hokkaido ble innlemmet i keiserdømmet, var infrastrukturen på øya fortsatt lite utviklet. Det ble bestemt å dele prefekturet inn i subprefekturer (支庁 – ) for lettere å kunne administrere og kontrollere på vegne av prefekturregjeringen. Disse subprefekturene eksisterer fortsatt, men de har mindre makt enn de hadde før andre verdenskrig. I dag er oppgavene begrenset til noen få byråkratiske funksjoner.