Det eksisterte ingen enighet om Sveits’ framtid. Ledende grupper ble splittet i unitarer som ønsket en forent republikk, og føderalistene som representerte det gamle aristokratiet og krevde en tilbakevending til kantonenes selvstyre. Kuppforsøk skjedde flere ganger, og det nye regimet var avhengig av franske soldater for å overleve. I tillegg plyndret okkupasjonsstyrkene mange byer og landsbyer, noe som gjorde det vanskelig å få staten til å fungere.