Tuareg-opprørerne i MNLA fortsatte å bekjempe islamistene, men har også blitt beskyldt for å angripe det maliske militæret. Etter intervensjonen var de i stand til igjen å overta større områder i Nord-Mali, særlig Kidal. I februar 2013 frasa de seg kravet om uavhengighet, og hevdet heller å ville samarbeide med de franske styrkene mot islamistene, og siden forhandle seg fram til selvstyre i Azawad med den maliske regjeringa.