Flaget ble utnevnt av Den hellige stol som den første biskop av det nyetablerte bispedømmet Bardstown den 8. april 1808. Dette var det største bispedømmet som noen gang er blitt dannet i USA og omfattet et område som nå dekker ti moderne stater, blant dem Kentucky, Ohio, Tennessee, Michigan, Indiana og andre. I 2022 omfattet dette området 35 bispedømmer. Biskop Flaget motsatte seg imidlertid kraftig utnevnelsen og reiste til Frankrike i et forsøk på å få utnevnelsen omgjort. Han mislyktes i dette forsøket.