I cellevegene sitter det muskler (magemusklene) og små celler (kjertelceller) som skiller ut magesaft, ei sur (pH 1-3) væske som består av saltsyre (pH 0,9), enzymer (pepsin) og vann. Den sure magesaften nøytraliserer det basiske spyttet som ble tilført maten i munnhulen. Enzymene i magesaften bryter ned store molekyler til mindre enheter, samtidig som magemusklenes bevegelser (gjerne kalt ) elter og fordeler maten, som sendes porsjonsvis ut gjennom magesekkens nederste muskelring, kalt . Enzymet pepsin begynner å spalte protein til aminosyrer. Dette pågår normalt i 3-4 timer, før den nå tyntflytende villingen (blandingen) gradvis blir tilført begynnelsen av tynntarmen (tolvfingertarmen).