I 1988 mistet han sin plass i Knesset etter intern splittelse i Arbeiderpartiet. Resten av sitt liv arbeidet han med å skrive og undervise, blant annet som gjesteforeleser ved Princeton University og Columbia University. I 2001 mottok Eban Israel-prisen, landets høyeste æresbevisning. Han døde i 2002 og ble begravd i Kfar Shmaryahu, nord for Tel Aviv.