Melitón Chávez var fra 1986 til 1987 kapellan i menighetene i Tucumán og i Lules, og ble så åndelig rådgiver for Caritas i erkebispedømmet. Fra 1988 til 1995 var han sogneprest for og fra 1994 dessuten dekan for erkebispedømmets Dekanat II. Fra 1989 til 1990 var han dessuten kapellan for . I 1996 ble Melitón Chávez rektor for presteseminaret . I 1999 var han åndelig rådgiver for ungdomsavdelingen av Den katolske aksjon i Tucumán.