Chojniki nevnes først i skrifter i 1504 som en bosetning av Storhertugdømmet Litauen. Bosetningen ble annektert til Det russiske rike etter Polens andre deling i 1793. Fra 1927 var den del av Belarusiske SSR. Fra 25. august 1941 til 23. november 1943 var det under tysk okkupasjon. Chojniki og omgivelser ble rammet av kjernekraftulykken i Tsjernobyl den 26. april 1986..