Peter Krause ble født i Alexandria i Minnesota. Da han vokste opp i Roseville, viste han et stort talent for friidrett, men skadet seg i en ulykke da han trente stavhopp. Dette gjorde slutt på en eventuell karriere som idrettsmann. Han gikk på Gustavus Adolphus College i St. Peter, Minnesota og ble interessert i teater. Da han gikk ut fra Gustavus Adolphus i 1987 bestemte han seg for å forsøke å bli skuespiller og gikk inn i Master of Fine Arts programmet ved New York University. Mens han arbeidet som bartender i New York City, møtte han manusforfatteren Aaron Sorkin.