Funn tilsier at Gapøya har vært bebodd siden steinalderen. På øya er det registrert funn av gravhauger fra jernalderen og en gårdshaug fra middelalderen. Viktigste næringsvei oppgjennom tidene har vært jordbruk og fiske. Det har også vært drevet med handel, post og fiskemottak. I 1934 ble det bygd kai til lokalbåttrafikk og fiskemottak.