Da det ble innført reformer i Sovjetunionen og flere andre land i Øst-Europa på slutten av 1980-tallet, var Honecker uvillig til å innføre reformer, både økonomiske og politiske. Så sent som i 1989 mente han at Berlinmuren ville stå i hundre år til. Dermed stod han for en annen politikk enn den reformpolitikken som ble ført i Sovjetunionen under Mikhail Gorbatsjov. DDR stagnerte økonomisk under Honeckers styre og var i realiteten bankerott i 1989. Den etterhvert dårlige økonomien, den politiske undertrykkelsen og spesielt mangelen på reisefrihet førte til omfattende misnøye i befolkningen, noe som førte til demonstrasjoner. Til slutt vedtok SEDs politbyrå å fjerne ham og erstatte ham med Egon Krenz, som mislyktes i å opprettholde regimet, og landet ble gjenforent med Vest-Tyskland et knapt år senere.