Karl Braun var storkansler ved det katolske universitet i Eichstätt fra 1984 til 1995 og styreleder for det katolske universitet i Eichstätt. Han spilte en nøkkelrolle i utviklingen av KU-Eichstätt. På hans initiativ muliggjorde en endring i konkordatet i 1988 etableringen av Det økonomiske fakultet i Ingolstadt og utvidelse av kursutvalget til å inkludere ytterligere diplom-, master- og postgraduate-kurs. Fra 1985 til 1987 var Braun president for den tyske delen av Pax Christi.