Til og begynne med hadde Iguodala tenkt å spille ved Universitetet i Arkansas. Men, etter at deres trener, Nolan Richardson, ble sparket det året, bestemte han seg for å dra til Universitetet i Arizona istedenfor. Han spilte to sesonger ved Universitetet i Arizona (2002-04,) Og sto til slutt med 594 poeng (9.6 per kamp), 409 returer (6.6 per kamp) og 95 stjelinger (1.53 stjelinger per kamp) etter 62 kamper.