Pulitzer var gift to ganger. I 1905 giftet han seg med Frederica Vanderbilt Webb. De fikk to sønner, Ralph jr. og Ralph Seward Webb Pulitzer. De ble skilt i Paris, Frankrike i 1924. I 1928 giftet han seg med Margrete Leech som etter hans død, fikk to Pulitzer-priser for sitt eget arbeid. I dette andre ekteskapet fikk de en dater som døde av poliomyelitt i Frankrike før sin første fødselsdag.