Sommeren 1997 ble Kelly solgt til Tranmere Rovers FC, hvor han scoret mange mål og ble en av fansens favoritter. I 1999/2000-sesongen hjalp han klubben i å nå finalen i ligacupen, som Tranmere tapte 1–2 mot Leicester City, men hvor Kelly scoret klubbens eneste mål og ble Tranmeres toppscorer for sesongen. Før 2000/2001-sesongen gikk Kelly på en fri overgang til Sheffield United FC, men etter å ha scoret kun seks mål på 35 seriekamper ble han satt ut.