Kilder nevner først faste bebyggelser i Tórshavn etter reformasjonen i slutten av 1530-årene. I andre halvdel av 1500-tallet ble Færøyene relativt ofte utsatt for sjørøvere, og å beskytte byen og dens handel ble derfor gitt høy prioritet. Det ble opprettet en garnison og forsvarsanlegg. Omkring 1580 bygde Magnus Heinason den lille skansen ved byen, Skansin. Dette gjorde ham til nasjonalhelt, ettersom byen ble fri for sjørøvere en tid. Senere ble små befestninger oppført på Tinganes.