I disputten over nabolandet Holstein som kulminerte i Den østerriksk-prøyssiske krig i 1866, støttet Fredrik Franz II Kongeriket Preussen, som han hjalp med soldater fra Mecklenburg-Schwerin. Hans storhertugdømme begynte å falle under mer og mer prøyssisk innflytelse. I 1867 ble han medlem av Det nordtyske forbund og . I den fransk-prøyssiske krig (1870–1871), fikk igjen Preussen etterlengtet hjelp fra storhertug Fredrik Franz II, som var en kraftig forkjemper for tysk enhet, og holdt en høy posisjon i hennes armeer. I løpet av Tysklands samling i 1871 ble Mecklenburg-Schwerin og Mecklenburg-Strelitz stater i Det tyske keiserrike. Det var nå fornyet agitasjon for en mer demokratisk forfatning, og det tyske gav noe støtte til denne bevegelse.