NADPH og ATP som ble dannet av lysreaksjonene går videre til mørkereaksjonene som foregår i stroma inne i kloroplasten. I de fleste plantecellene blir disse reaksjonene samlet i calvinsyklusen. Det er calvinsyklusen som omdanner karbonet i CO til større organiske molekyler ved bruk av energien lagret i ATP og NADPH som ble dannet i lysreaksjonen. Selv om mørkereaksjonen (lysuavhengige reaksjonen) ikke direkte er avhengig av lys, er den likevel avhengig av produktene (ATP og NADPH) fra lysreaksjonene.