Det var først den 28. mai 640 at han kunne konsekreres og tiltre sitt pontifikat, etter ett år og syv måneder. Kort tid etter døde han, men ikke før han hadde markert sitt standpunkt i det brennende trosspørsmål som hadde skapt blokkaden. Pave Severins første handling som pave var å deklarere at ettersom Jesus Kristus har to naturer har han også to viljer og to virkningsnaturer. Dette gjorde han for å markere sin avstandstagen fra monoteletismen. Under det gjenstående av sitt korte pontifikat rakk han å la bygge absiden til Peterskirken, der han senere ble begravet.