Begge sider har blitt anklaget for å begå alvorlige menneskerettighetsbrudd inkludert massedrap, plyndring og voldtekter av sivilbefolkningen. De bedre bevæpnede janjaweedene fikk imidlertid raskt overtaket. Da våren kom i 2004 hadde flere tusen mennesker – for det meste fra den ikke-arabiske befolkningen – blitt drept og så mye som en million til hadde blitt drevet fra hjemmene sine, noe som hadde ført til en stor humanitær krise i regionen. Krisen fikk en internasjonal dimensjon da over 100 000 flyktninger strømmet inn i nabolandet Tsjad forfulgt av janjaweediske militsmenn som støtte sammen med tsjadske regjeringsstyrker langs grensen. Mer enn 70 militsmenn og 10 tsjadske soldater ble drept i et væpnet sammenstøt i april.