Biskop Shanahan døde i Nairobi juledag 1943, 72 år gammel, og ble opprinnelig gravlagt på kirkegården i i Nairobi. Imidlertid ble levningene hans i januar 1956 brakt tilbake til Nigeria for begravelse i katedralbasilikaen for Den aller helligste Treenighet i Onitsha.