For sitt arbeid med Jan Hus Educational Foundation i det kommunistiske Tsjekkoslovakia, ble Scruton tildelt første juni-prisen i 1993 av den tsjekkiske byen Plzeň. I 1998 overrakte Václav Havel, Tsjekkias president, ham æresmedaljen (første klasse). I Storbritannia ble han adlet under 2016 Birthday Honours for sin «innsats for filosofi, undervisning og offentlig utdannelse». Familien hans fulgte ham til seremonien, som ble utført av prins Charles ved Buckingham Palace.