Nilsen har tidligere vært redaktør og informasjonsleder for Barentssekretariatet i perioden 2003–2009. Fra 2009 til 2015 var han redaktør for Barentssekretariatets nyhetstjeneste BarentsObserver. Før 2003 arbeidet Nilsen 12 år i Miljøstiftelsen Bellona. Nilsen har sin utdanning fra Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU).