Det hersket politiske uenigheter mellom Karabekir og Mustafa Kemal angående gjennomføringen av reformprogrammet, en av de mest viktige saken her var avskaffelsen av kalifatet. Det var enig at dette skulle avskaffes, men var uenige om hva som var det rette tidspunktet. Mustafa Kemal insisterte på at dette måtte gjøres umiddelbart, mens Karabekir ville ta hensyn til at det sto britiske militære styrker ved Tyrkias sørøstlige grenser, og gjorde krav på kontrollen over Kirkuk. Karabekir hevdet det var uklokt å avskaffe kalifatet før dette spørsmålet var løst. Dette kom samtidig med at kurderne begynte å gjøre opprør mot den tyrkiske regjeringen. I forbindelse med denne uroen, godtok den tyrkiske regjeringen at Kirkuk og de nærliggende områdene ble en del av den nye staten Irak, som var et britisk mandatområde. Slike politiske problemområder skapte også politiske spenninger mellom Karabekirr og Mustafa Kemal.