Ettersom Karl hadde vært en vasall av Lothar var hans handlinger på vegne av Otto II betraktet som forræderi og han ble av den grunn ekskludert fra den franske trone. Ved Lothars død i 986 valgte magnatene Lothars sønn Ludvig V til konge, men da denne døde i 987 gikk tronen til en nytt dynasti, Hugo Capet. Således kom Huset Capet til den franske tronen grunnet den vanærende og oversette Karl av Lorraine. Karls ekteskap med en lavættet datteren av en vasall av Hugo Capet ble av hans motstandere også betraktet som en grunn til å nekte ham tronen. For å kunne ha fri hender i henhold til Frankrike abdiserte Karl fra hertugdømmet til fordel for sin eldste sønn Otto. Karl gikk til krig mot Hugo Capet, erobret Reims og Laon, men på skjærtorsdag den 26. mars 991 ble han tatt til fange ved svik fra biskop Adalbéron. Sammen med sin yngste sønn Ludvig ble han fengslet av Hugo i Orléans og døde der en kort tid senere, muligens 21. juni 991, men uansett enten i eller før 993.