Sverdrup startet umiddelbart arbeidet med å innføre menighetsråd, men ble nedstemt etter hard kamp. Striden førte til at Elias Blix kom tilbake som kirkestatsråd i august 1886. Flere statsrådkolleger krevde at Jakob Sverdrup måtte ut av regjeringen, men Johan Sverdrup vernet nevøen og ga ham Revisjonsdepartementet. Denne striden mellom Sverdrupene og andre regjeringsmedlemmer medførte at Hans Rasmus Astrup, Birger Kildal, Sofus Arctander og Elias Blix trakk seg fra regjeringen i 1888. Jakob Sverdrup tok da igjen over Kirkedepartementet og ledet det fram til regjeringen Sverdrup gikk av i juli 1889.