Aavatsmark ble, etter historiker Nils Ivar Agøys vurdering, forbigått til posten som forsvarsminister både ved regjeringsdannelsen i 1913 og etter at Hans Vilhelm Keilhau gikk av i 1914. Agøy mente at dette kunne skyldes at Knudsens regjering ville beholde en pålitelig partikollega som kommandant i Trøndelag grunnet revolusjonsfrykten. Rudolf Peersen gikk av som forsvarsminister i juni 1919, etter bare tre måneder i embetet, og Aavatsmark tiltrådte den 17. juni. Regjeringen gikk av 21. juni 1920, men Aavatsmark ble på nytt forsvarsminister i Otto Blehrs andre regjering fra 22. juni 1921 til 6. mars 1923, etter at Otto Blehr ganske uventet ble statsminister for andre gang. Aavatsmark stilte ikke til gjenvalg til Stortinget i 1921, som også ble et svært dårlig valg for Venstre ettersom Bondepartiet gjorde sitt inntog.