Pedro de Alvarado, en av Hernán Cortés løytnanter, ledet den første spanske invasjonenen i juni 1524. Med seg hadde Alvarado tusentals som var alliert med Mayaene, som lenge hadde vært rivaler til Cuzcatlán om kontrollen av den store kakaoproduksjonen. Pipilhæren møtte den spanske invasjonen i to store slag, men ble beseiret og tilintetgjort av spanjolene som hadde overlegne våpen. Senere ble de rammet av sykdommer europeerne hadde med seg.