Den persiske styrken seilte fra Samos til Naxos, hvor innbyggerne flyktet til fjellene. Perserne spredte seg over kykladene, der befolkningen overgav seg til den persiske kongen. Deretter dro perserne videre og beleiret Eretria, der innbyggerne, bare etter seks dager, overga seg. Byen ble så jevnet med jorden, og templer og helligdommer ble plyndret. Herodot hevder at mesteparten av befolkningen ble tatt til fange og holdt i Euboia utenfor kysten av Attika, men Eretria sendte syv skip til slaget ved Salamis ti år senere, noe som betyr at en betydelig del av befolkningen måtte ha overlevd og gjenoppbygget byen.