Waage har på bakgrunn av sitt virke som Midtøsten-forsker mottatt en del kritikk og enkelte trusler fra Israel-vennlig hold. Spesielt mottok hun mange trusler i perioden da den andre intifada pågikk; da var hun svært synlig i offentligheten fordi hun ofte ble invitert til debatter og nyhetssendinger på TV og radio. Senere har den israelvennlige organisasjonen MIFF rettet en del kritikk mot henne.