Annan Athletic FC ble stiftet i 1942 og spilte de første årene på lavere nivå i Skottland. I 1952 ble klubben med i Carlisle and District League i England, og spilte der fram til 1977 da de returnerte til skotsk fotball. Klubben fikk plass i South of Scotland League, som sammen med East of Scotland League og Highland League utgjør øverste nivå under Scottish Football League. Klubben gjorde det godt i serien, og i 1987 byttet de til East of Scotland League, som til tross for samme status, anses for å holde et høyere sportslig nivå enn South of Scotland League. Samtidig beholdt klubben et reservelag i South of Scotland League, en ordning klubben har praktisert helt fram til i dag, og som også enkelte andre klubber i East of Scotland League har benyttet. Annan Athletic ble raskt en av seriens beste klubber, og har kvalifisert seg for den skotske FA-cupen ved flere anledninger.