Babylon er organisert som en uavhengig forening tilknyttet Institutt for kulturstudier og orientalske språk (UiO), og er medlem av Norsk Tidsskriftforening. Utgivelsene er støttet av institusjonen Fritt Ord. Som et vitenskapelig tidsskrift er Babylon politisk, ideologisk og religiøst uavhengig. Både redaksjon og redaksjonsråd arbeider uten økonomisk godtgjørelse. Tidsskriftet honorerer ikke bidragsytere.