Da Etzel ble visepresident i Det europeiske kull- og stålfellesskap trådte han ut av Forbundsdagen. I dette nye vervet la han mye av grunnlaget for etableringen av Det europeiske fellesskap. Det oppsto uenigheter mellom Etzel og Erhard, da sistnevnte helt avviste et dypere mellomstatelig samarbeid på europeisk plan. Samtidig bedret han i den samme perioden sin forbindelse til Konrad Adenauer.