Etter at han var tilbake til hjemlandet, ble Wisaksono rektor for det interdiocesane seminar i Malang. Han var også medlem av Konsultorkollegiet i bispedømmet Surabaya på denne tiden. I 2000 fortsatte han studiene ved De La Salle University, og ble uteksaminert i 2004 med en Ph.D. i psykologisk rådgivning. Fra 2004 var Wisaksono sogneprest for Hati Kudus Yesus-katedralen i Surabaya.