I sin forskning har Bakketeig undersøkt strafferettsapparatets behandling av saker om seksuelle overgrep mot barn, og gjennomført en rekke studier på feltet vold i nære relasjoner. Hun har også forsket på ulike sider ved barnevernets arbeid, som for eksempel forsterhjem, hjelpetiltak, mentorordningen Nattergalen, og medvirkning og ettervern.