Det området som i dag utgjør Afghanistan, altså den østlige delen av det iranske høylandet, tilhørte det persiske riket i antikken. Senere oppstod et gresk-baktrisk kongedømme i Baktria, og dette riket ble styrt av etterkommerne av troppene til Aleksander den store. Etter dette ble området kontrollert av parterne og dernest det persiske Sasanide-dynastiet. Etter Sasanide-dynastiets fall i kjølvannet av de muslimske arabernes invasjon, og den langsomme oppløsningen av Abbaside-kalifatet, ble området dominert av lokale, persiske dynastier som nominelt sett var underlagt kalifatet i middelalderen. Islam fikk fotfeste i denne regionen relativt sakte. Ifølge en islamsk krønike skal de fleste menneskene i området Ghowr (mellom Herat og Kabul) ha blitt muslimer først når de tyrkiske nomadene og krigsfangene (under blant annet ghaznavidene og seldsjukkene) erobret regionen mot slutten av det 10. århundre. Fra det 16. til 18. århundre var området midtpunkt for konflikten mellom de persiske safavidene i vest, det indiske Mogulriket i sørøst og det usbekiske Shaibanid-dynastiet i nord.