På tiden ble Sør-Russland rammet av pestepidemi, og Pheilizer-Frank fikk i oppdrag å treffe nødvendige tiltak for å stanse koleraepidemien. Han var meget aktiv på dette området og fikk orden av Sankt Stanislav av første grad; i 1830–1831 kjempet han like aktivt mot koleraen da han var formann for forebyggende komite i Kherson og Odessa. I 1831 var baron Otto Pheilizer-Frank ansatt guvernør i Ekaterinoslav, men snart, (i juni 1832), fikk han stilling som borgermester for Taganrog, Rostov, Nakhitsjevan og Mariupol. I tillegg til det var han sjef for Asovhavets sjøfart og sjef for Taganrog tollkrets. Han hadde disse stillingene til 1843.