Samme år ble han skipslege på -skipet , et handelsskip for Det britiske Ostindiakompani, som satte kurs mot India. Det ble tatt av franskmennene i 1805, og etterpå ble Jardine repatriert. Han fortsatte imidlertid i Det britiske Ostindiakompanis tjeneste som skipslege frem til mai 1817, og begynte som handelsmann.