Fonnafly Sjø AS ble skilt ut fra Fonnafly AS som eget selskap i 1990. Selskapet var et rent sjøflyselskap frem til 1. april 2004, da selskapet fikk tillatelse til å operere helikopter. To helikopter av typen Robinson R44 ble sett i operasjon ut fra baser på Flesland og Bergen. Fra 2005 har det også vært drift med helikopter fra Voss.