Gjennom sin strategsike beliggenhet mellom Sveriges innland og Østersjøen har Mälaren alltid vært viktig for sjøfarten. I vikingtiden var det viktige bo- og handelssteder her, som Helgö og Birka. I middelalderen ble Stockholm Sveriges og Mälarens viktigste handelssted. Mot vest hadde man Kornhamn for sjøtrafikk til og fra Mälaren, og mot øst hadde man Kogghamn, som var den internasjonale havnen, hvor koggene la til i Hansaepoken. Eksporten besto hovedsakelig av kobber og jern fra Bergslagen, samt huder, pelsverk, tørket og saltet fisk og smør. Nesten ingen av varene ble produsert i selve Stockholm.