I 1864 ble kirken likvidert av det tsaristiske regimet etter den polske januaroppstandens fall. Bygningen ble senere brukt av Erkebispedømmeseminaret Warszawa som seminarkirke. Under andre verdenskrig skulle kirken jevnes med jorden som ledd i tyskernes planlagte ødeleggelse av Warszawa, men de tyske troppene rakk ikke å sprenge kirken i luften. Den overlevde derfor krigen nesten uskadd og fungerte som katedral frem til gjenoppbygningen av St. Johannes døperens katedral.