Derfor, og fordi han visste at Qing-dynastiet den gang hadde en politikk om ikke å føre krig med sine naboer, bestemte han seg for å erobre byen og opprette sitt rike der. Limahong rykket frem mot Manila, og beleiret den helt nyanlagte (1571) festningen der, Fuerza de Santiago. Limahong klarte å erobre byen; han brente den ned så bare grunnmurene stod igjen. Den spanske kommandanten Martin de Goiti ble drept. Nå var det Limahong som hersket over Manila-området.