Ved siden av astronomi interesserte han seg også for magnetterapi (magneters påståtte helbredende egenskaper). Ved hjelp av magnetitt arrangerte han magnetiske plater for lindring av smerte, inklusive revmatiske smerter som han selv led under. Dette hadde han gode erfaringer med. Den unge Franz Anton Mesmer, da nettopp uteksaminert fra jesuittenes kolleg i Dillingen i Bayern, fattet interesse for dette, men så i stor grad bort fra magnetene og utviklet egne teorier innen feltet og høstet det meste av æren for nybrottsarbeidet. Senere ble både Hells og Mesmers arbeider og hypoteser underkjent av legevitenskapen, skjønt en utløper av Mesmers hypotese som involverte hypnose holdt seg lenge.