Etter å ha avlagt doktorgraden i Berlin, flyttet Jankuhn til Christian-Albrechts-Universität zu Kiel og arbeidet den første tiden som vitenskapelig assistent. Etter hvert fikk han ansvar for blant annet arkeologiske undersøkelser i Hedeby og Danevirke. I årene 1932-1933 var han stipendiat hos Deutsches Archäologisches Institut og reiste på forskningsreiser til Balkan og Midtøsten og vendte tilbake til Kiel i 1933.