Petr Nečas innleverte 17. juni 2013 sin avskjedssøknad til landets president Miloš Zeman. Den umiddelbare bakgrunn for statsministerens fratreden var arrestasjonen av hans kabinettsekretær gjennom mange år Jana Nagyová og flere generaler i de militære hemmelige tjenester. Statsadvokaten anklaget Nagyová å ha beordret de militære hemmelige tjenester til å avlytte Nečas' ektefelle, og på denne måten misbrukt sin myndighet. Ifølge flere medier hadde statsminister Nečas og Nagyová stått i forhold til hverandre.