Fjorden starter i vest ved Julsundet, som går nordover. Fjorden ligger mellom selve byen Molde og øyene sør for Molde. Øyene skiller Moldefjorden fra resten av Romsdalsfjorden. De største av disse øyene er Hjertøya, Seterøya og Fårøya. Mellom Kviltorp i Molde og Bolsøya går fjorden over i Fannefjorden. Sør for Moldefjorden blir den brede delen av Romsdalsfjorden kalt Storfjorden. Moldefjorden og Storfjorden omtales som Romsdalsfjordens hovedbasseng og Moldefjorden brukes til dels som navn på hele det brede midtpartiet av Romsdalsfjorden inkludert strekningen mellom Moldeholmene og Tresfjorden. Loshåndboken omtaler Midfjorden som ytre del av Moldefjorden.