Frederik Christian var velutdannet, opptatt av kultur og begeistret for opplysningstidens ideer. Han korresponderte med Friedrich Schiller og andre europeiske personligheter. Augustenborg slott med sitt lille hoff var et kulturelt og politisk sentrum i mange år av Frederik Christians periode som hertug. I årene 1803-10, var han sjef for Det Kongelige Bibliotek.