I en overgangstid skaffet Bomis ikke bare båndbredde og tjenerplass, men stod også som eier av nøkkelelementer slik som de tilhørende domenenavn. Men med de stadig voksende kostnader og med den generelle motviljen i prosjektet mot reklame på nettstedet, og sammen med ønsket om å kople Wikipedia til de sentrale ideene om åpenhet og nøytralitet, ble det naturlig å søke en alternativ eierskapsmodell. Stiftelsen Wikimedia Foundation ble formelt annonsert den 20. juni 2003, og alle tilhørende verdier (både i form av intellektuell kapital, programvare og datamaskiner) ble overført eller donert til den nye ideelle (non-profit) organisasjonen. (Se: By-laws of the Wikimedia Foundation (PDF fil)). På denne tiden hadde Larry Sanger forlatt prosjektet, mens Jimmy Wales beholdt nøkkelrollen i styret for stiftelsen, og sitter der sammen med brukervalgte representanter fra Wikipediasamfunnet. Stiftelsen finansierer nå driften av Wikipedia og alle søsterprosjektene gjennom donasjoner fra ulike kilder.