Mengele var spesielt interessert i tvillinger. Alle tvillinger ble plassert på en egen brakke. Eksperimentene på dem inkluderte blant annet å forandre øyenfarve på barn ved å sprøyte kjemikalier inn i øynene deres, amputasjoner og brutale operasjoner. I ett eksperiment prøvde han å få to tvillinger til å bli siamesiske tvillinger ved å sy hovedpulsåren deres sammen, men dette resulterte bare i alvorlige infeksjoner. Nesten alle som overlevde Mengeles eksperimenter, ble også myrdet.