Under nazi-regimet i Tyskland ble Kentenichs negative innstilling til nazismen kjent for myndighetene («Ich finde keine Stelle an ihm, wo das Taufwasser auftreffen könnte»). Han ble arrestert og avhørt av Gestapo og fengslet i Koblenz i 1941. Han ble sendt til den fryktede Dachau konsentrasjonsleir på grunn av sin holdning mot Adolf Hitler og hans nazistiske regime. En informant hadde røpet at han i en engere krets hadde tilkjennegitt at hans forehavende var «å avsløre nasjonalsosialismens indre tomhet, og dermed beseire den».