Han mottok flere utmerkelser for utforskningen på Grønland: gullmedaljer fra Den danske geografiske selskap og Société de Géographie, og den danske fortjenstorden i 1909. Han ble i 1929 utnevnt til æresdoktor ved Københavns Universitet for sin grønlandsforskning. Kapp Gustav Holm ligger nordøst for Tasiilaq, ved Danmarkstredet.