Dokumentdatabaser (og nøkkel-verdi-lagre generelt) står i sterk kontrast til det tradisjonelle relasjonsdatabaser. Relasjonsdatabaser lagrer vanligvis data i separate som er definerte av programmereren, og et enkelt objekt kan være spredt over flere tabeller. Dokumentdatabaser lagrer all informasjon for et gitt objekt i en enkelt forekomst i databasen, og hvert lagret objekt kan være forskjellig fra alle andre. Dette eliminerer behovet for objekt-relasjonell avbilding når man laster data inn i databasen.