Guerrero begynte som profesjonell fotballspiller på de lavere nivåene av det peruanske liga-systemet. Hans første kontrakt var med Alianza Lima, der han scoret over 200 mål. I 2002 signerte Guerrero en kontrakt med den tyske fotball-giganten Bayern München. I løpet av 2003/2004-sesongen spilte Guerrero for klubben Regionalliga Süd, der han spilte 23 kamper og scoret 21 mål.