I 1905 trengte Harding akutt kirurgi for neoplasi (nyresykdom), og ble behandlet av en homøopat, Charles E. Sawyer. Hans nære forbindelser med Hardings familie, og fru Hardings totale tillit og avhengighet til ham, skulle senere vise seg å bli kontroversielt. Under hennes rekonvalesens begynte Warren en affære med en nær venn av henne, Carrie Phillips. De hadde en rekke stevnemøter, noe som førte til at hun vurderte skilsmisse, selv om hun aldri arbeidet for å få det.