I 1906 gav pave Pius X jesuittordenen i oppdrag å etablere et universitet i Tokyo, og tre jesuitter dro to år etter til Japan med dette for øye. Sophia-universitetet ble så grunnlagt i 1913 som det første katolske universitetet i Japan. Det har vokst fra et ganske lite lærested til et stort og velrenommert universitet, fordelt på fire campuser i Tokyo-området, med 12 575 studenter og ni fakulteter (2017).