En kan overføre pokémonene sine fra , og også i Japan. Da vil pokémonene lagres på Wiien i stedet for DS-spellet, noe som gjør at en kan ha flere pokémon. En pokémon kan bare overføres til samme fil og samme spell, så hvis en sletter fila si på DS-spellet vil pokémonene bli fanga i for alltid. Om en ikke har noe DS-spell å overføre fra vil det uansett dukke opp nye pokémoner der med jamne mellomrom, som en kan se på.