I 1887 reiste Haeckel til Palestina, Syria og Lilleasia, i 1890 til Algerie, 1897 gjennom det sørlige Finland og Russland, 1899 til Korsika og 1900 for annen gang til tropene. På denne tid begynte også hans vennskap med Frida von Uslar-Gleichen (1864–1903). I 1907 foretok forskeren sin siste større reise, til Sverige.