Platået har en rik fauna, og spesielt kjent er ørkenkrokodillene (), som er truet av utryddelse. I fuktigere tidsperioder fantes det krokodiller over hele Sahara, men de finnes nå bare på de få stedene med permanent tilgang på vann, som de dype kløftene i Guelta d’Archei. På grunn av populasjonens lange genetiske isolasjon har krokodillene i Ennedi utviklet dvergvekst. Her fantes også de siste løvene i Sahara, som sist ble sett i 1940. Vest i Ennedi ligger det 2 110 km² store naturreservatet Fada Archei.