Han ble utnevnt til statsminister av president José Mário Vaz 18. november 2016 og tiltrådte 13. desember 2016. Han tok denne posten i strid med sitt parti (Det afrikanske partiet for uavhengighet for Guinea og Kapp Verde, PAIGC), og partiets sentralkomite vedtok mistillit til Embaló med stort flertall.