Etter utbruddet av andre verdenskrig ble Aitken med i regjeringen fra 1940. Han ble da først minister for flyproduksjonen. Som krigsmateriellminister 1941-1944 fortsatte han sin innsats som ubyråkratisk pådriver innen industrien. Etter at Sovjetunionen i 1941 ble med i krigen besøkte Beaverbrook Moskva. Under størstedelen av krigen var han medlem av krigskabinettet og Winston Churchills betrodde. Han var Churchills rådgiver i samband med det konservative partis valgkamp i de første alminnelige valg etter krigsslutt i 1945.