Sudan anklaget nabolandet Tsjad for å støtte opprørerne med oppholdssteder og ammunisjon, og den sudanske regjeringen påstod at JEM-styrkene hadde kommet fra Tsjad sin side av grensen, og beveget seg til Darfur-regionen, som er episenteret i konflikten mellom Darfur-opprørsgruppene og Janjaweed militante styrker; opprørsttyrkene skal deretter ha forflyttet seg nesten 600 km igjennom ørkenlandskap fra Darfur til Khartoum-området. Tsjad benektet påstandene, men Sudan brøyt umiddelbart de diplomatiske forbindelesene med Tsjad for første gang siden en ikke-aggresjonspakt ble signert i midten av mars.