Tidligere regnet man med fire underarter til nattkatten, men dette var basert på morfologiske forskjeller i pelsens eksteriør, som farge og prikkmønster. Variasjonen er imidlertid klinisk og henger sammen med breddegraden i utbredelsen, snarere enn distinkte grupper. Underartene er derfor ikke gyldige og arten må regnes som monotypisk. Nattkatt ble tidligere regnet til gruppen søramerikanske småkatter ().