Stasjonen åpnet 30. januar 1923 under navnet . I 1951 ble navnet forandret til Nordbahnhof siden den nærliggende jernbanestasjonen skiftet navn. Mens Berlin var delt av Berlinmuren fra 1961 til 1990, var stasjonen en såkalt spøkelsesstasjon der togene kjørte forbi uten stopp. Da stasjonen ble tatt i bruk igjen på 1990-tallet, fikk den navnet . Men på grunn av misnøye med navnet ble det forandret 13. desember 2009 til Naturkundemuseum undergrunnsstasjon på grunn av nærheten til Museum für Naturkunde (også kjent som ).