I dag er universitetet den neste største institusjonen for høyere utdannelse i Hellas; kun Aristotelesuniversitet i Thessaloniki er større, med over 50 000 studenter. Universitetets hovedområde ligger i Ilissia, der fakultetene for vitenskap, teologi og filosofi holder til. I Goudi finner man fakultetet for helsevitenskap og medisin. I Dafni tilbys det undervisning i fag som idrett og idrettsvitenskap. Fakultetene for mediefag, økonomi, jus og allmenn administrasjon ligger i bygningene i sentrale Athen. Det historiske administrasjonsbygget ligger også der, i gaten Panepistimiou som er oppkalt etter universitet.