Oberstdorf nevnes tidligst i år 1141, og fikk i 1495 markedsrettigheter av keiser Maximilian I. I 1619 ble byens rådhus bygget. Under tredveårskrigen led byen under svenske soldaters herjing, som flere ganger plyndret området (1632, 1634 og siste gang 1647). Rundt 700 mennesker døde av pest i 1634/35.