Det er påvist menneskelig bosetning fra steinalderen i Gandhara ved steinredskaper og brente beinlevninger som ble avdekket i grotter ved Sanghao nær byen Mardan i Punjabregionen av dagens Pakistan. Disse levningene er rundt 15 000 år gamle. Senere undersøkelser har pekt mot en datering for 30 000 år siden, kanskje også eldre. Regionen viser en tilstrømning fra kulturer fra sørlige Sentral-Asia i bronsealderen med gravkulturen i Gandhara, og grunnstammen i vedisk sivilisasjon. Denne kulturen blomstret fra rundt 1500 f.Kr. og til 500 f.Kr. Det har blitt avdekket spor i fjellområdene i dalstrøkene i regionen Swat og Nedre Dir i nord, og selv i Taxila i sørøst.