Elva har sine øverste kilder på sørhellingen av Kaperfjellet, helt nord i nasjonalparken. Her har Kaperelva, Ånderelvas hovedtilløp, sitt utspring. Den renner via Kapervatnet ned til Åndervatnet. Selve Ånderelva starter fra Floan, i sørøstenden av Åndervatnet. Den renner gjennom den vide Ånderdalen vekselvis i stryk og roligere partier, omkranset av skog og myrer. Skogen består i den nedre delen av furuskog som på fuktige steder er oppblandet med bjørk, or og osp. Over 100 moh tar bjørkeskogen over.