Denne sesongen konkurrerte Ganassi-teamet også i det prestisjefylte Indianapolis 500-løpet, del av rivalserien Indy Racing League. Media og førere var kritiske til måten Juan Pablo kjørte på, og mange IRL-førere kalte ham uansvarlig og spådde at han ville gå ut av løpet tidlig. Mediaaktiviteten rundt løpet var intens, fordi Montoya og lagkameraten Jimmy Vasser var de første noensinne som hadde gått over fra CART for å kjøre i Indy 500. Til tross for offentlige råd fra den doble Indy 500-vinneren Al Unser Jr., som sa at hvis en fører ikke respekterer banen vil den «bite deg, hardt», fortsatte Montoya å kjøre som han gjorde, og hevdet at alle fire hjørner i banen var akkurat de samme, og at banen krevde mindre oppmerksomhet enn gatebanene i CART-serien og i europeisk racing.