Da Otto III forlot Italia og dro til Tyskland forble situasjonen i Roma usikker. I september 996, noen måneder etter å ha mottatt en benådning fra Otto III, hadde Crescentius II et møte med erkebiskopen av Piacenza, Johannes Philagathos, en tidligere rådgiver for den avdøde keiserinne Theophania, for å legge en plan for å avsette den nylig insatte pave Gregor V. I 997 ledet Crescentius II med aktiv støtte fra den bysantinske keiser Basil II et opprør mot Gregor V, avsatte ham og insatte Johannes Philagathos som pave Johannes XVI, en motpave i april 997. Gregor V flyktet til Pavia i Nord-Italia, holdt en synode, og bannlyste Johannes.