Aly har fremholdt at anti-semittisme i Europa i stor grad skyldtes misunnelse og ikke rase eller religion, og at denne anti-semittismen var vanlig i en rekke europeiske land og ikke særpreget tysk. Tyskland var et av de landene der jødene hadde største frihet og var minst undertrykket. Han mener at holocaust kan regnes som del at et mer generelt press for etnisk renhet knyttet til nasjonalismen etter oppløsningen av imperien på slutten av første verdenskrig. Aly mener at anti-semittismen i Tyskland spilt en liten rolle som drivkraft bak holocaust. Aly og andre forskere i hans generasjon har dokumentert at vitenskapelig skolering og profesjonell utdannelse ikke var til hinder for medvirkning i nazistenes drapsprosjekter.