Fire år senere fikk han posisjonen som senere skulle bringe ham til topps i Hamas. Da bevegelsens leder, Sheikh Ahmed Yassin i 1997 ble løslatt fra fengsel, ble Haniyeh hans assistent. Det nære forholdet mellom de to ga Haniyeh voksende innflytelse i organisasjonen. Han ble også utnevnt til Hamas' kontaktmann til de palestinske selvstyremyndighetene. At Ismail Haniyeh havnet helt på toppen i Hamas-hierarkiet, skyldes også den omstridte israelske politikken med å likvidere Hamas-ledere og andre framstående palestinske aktivister.