Som nær venn av Sam Eyde var Børresen allerede i 1904 engasjert i industrireisingen i Norge. Etter sin avskjed fra marinen engasjerte han seg i dette arbeidet på heltid. Han var blant annet med på å grunnlegge Norsk Hydro, og satt i forskjellige perioder i ledelsen for Meraker smelteverk, Evje Nikkelverk og Kristiansand Nikkelraffineringsverk, samt flere andre industriselskaper. Industriengasjementet endte med ruin i 1920, da Børresen var en av hovedaktørene i den såkalte «nikkelaffæren».