Et spesielt trekk ved Karakul er at bunnen er dekket av is. Det er forskjellige teorier om årsaken til denne isen – rester etter tidligere isbreer, rester fra istiden eller av nyere opprinnelse. I tillegg er det is langs kanten av innsjøen, og Karakuls størrelse er under stadig endring. Karakul er helt dekket av is fra oktober til mai.