Fenerbahçe ble grunnlagt i 1907 i bydelen Kadıköy i Istanbul. Grunnleggerne var Nurizade Ziya Songülen, Ayetullah og Necip Okaner. Klubben måtte holdes hemmelig, på grunn av strenge lover, bestemt av Sultan Abdul Hamid. Lovene sa at tyrkiske ungdommer ikke fikk opprette klubber eller spille fotball.