Voglers musikkteoretiske betydning skyldes hovedsakelig at han anvendte sifre til å beskrive de ulike harmonitrinnene. I 1778 publiserte han systemet som . Han arbeidet for en forenkling av orgelkonstruksjonen ved at han ved hjelp av sitt «Simplifikationssystem» ledet utviklingen vekk fra barokkorglets oppbygging i «verk». Med egne midler sørget Vogler for ombyggingen av mer enn tretti orgler over hele Europa. Han brukte størstedelen av formuen sin på dette og fikk tilslutt økonomiske problemer da kostnadene for utvikling av et nytt bærbart orgel som han kalte «Orchestrion» løp løpsk.