Juozas Žemaitis studerte filosofi og teologi fra 1945 til 1949 ved presteseminaret i Kaunas. Den 25. september 1949 ble han presteviet. Han var sjelesørger i Veiveriai (1949), Marijampolė (1950–1953) og Vilkaviškis (1953). Fra 1953 til 1967 var fader Žemaitis sogneprest i Šakiai og senere dekan for Šakiai-dekaniet. I 1984 ble fader Juozas Žemaitis medlem av presterådet og konsulentkollegiet for bispedømmet Vilkaviskis.