Etter de mange nederlag mot Napoleon, konsentrerte Johann seg om styret av hertugdømmet Steiermark. Der virket han frem til sin død. Han bidro meget til utviklingen og moderniseringen av landet. I år 1811 skjenket han sine private naturvitenskapelige samlinger til landet med åppdraget , og la dermed grunnen til et teknisk-naturvetenskapelig lærested (forgjenger til det tekniske universitet i Graz) og museum (Joanneum).