Henrik stammet fra Magdeburg og gjennomgikk en målrettet utdannelse som misjonær. I 1205 dro han til Riga, som var tidens midtpunkt for nordlige korstog. I 20 år fungerte han som prest for korsfarerne og døpte nyomvendte litauere og estere og gav dem opplæring i den kristne tro, før han vendte hjem og ble alminnelig sogneprest.