Skirstad ble senere mistenkt for illegal virksomhet og arrestert uten begrunnelse på sitt kontor den 6. oktober 1942. Han ble bragt til Gestapos hovedkvarter på Misjonshotellet i Trondheim, senere til Falstad om kvelden. Samme dag hadde Josef Terboven erklært unntakstilstand i store deler av Trøndelag. De ti trønderske sonofrene ble brukt som avskrekking mot sabotasjeaksjoner, og henrettet i Falstadskogen ved daggry den 7. oktober. Levningene etter sonofrene ble fjernet av tyskerne i mai 1945 og senket med en lastebåt i Trondheimsfjorden.