Brunhildas sønn Childebert II døde allerede i 595, kun i midten av tjueårene, og Brunhilda anklaget Fredegund for å ha vært ansvarlig for å fått ham forgiftet. Hun tok straks kontroll over det todelte riket Austrasia og Burgund hvor hun ble regent for sine to sønnesønner, ni år gamle Teodebert II og åtte år gamle Teoderik II. Etter frankisk skikk delte de sin fars arv, Teodebert ble konge av Austrasia og med hovedstad i Metz mens Teoderik fikk Burgund og med hovedstad i Orléans. Brunhilda ble regent for dem begge. Fredegund forsøkte på vegne av sin sønn Klotar II å erobre Paris i 596. Slaget førte til et «stort blodbad», i henhold til Fredegars krønike, men oppnådde ikke noe. Striden mellom de to damene kunne ha utviklet seg videre til en bitter krig mellom de frankiske rikene, men året etter, i desember 597, døde Fredegund, og hennes sønn styrte på egen hånd.