Bandet ble dannet i 1984 i Florida, USA som og senere (som står for ). De spilte inn debutalbumet i 1988, og utgav det i Europa i 1989 og i USA i 1990. I 1991 omkom bassisten Roger Patterson i et trafikkuhell, og han ble avløst av Tony Choy, Etter dette spilte Atheist inn deres andre album, det nå klassiske . Atheist ble oppløst for første gang i 1992, gjendannet i 1993 for å oppfylle deres kontraktmessige forpliktelser og innspille et siste album, , før bandet ble oppløst igjen.