Syd for Veksø lå i vikingetiden og middelalderen den store sjøen som dekket hele det lave terrenget rundt om Værebro Å. Byen omtales i skriftlige kilder første gang i 1370, stavet som Viksyø. Kirken er oppført omkring 1150 og hadde egen prest fram til midten av 1550-årene hvoretter den ble annekskirke til Stenløse.