Homer tror han kan ha en fargestift i hjernen på grunn av at han dyttet en hel eske fargestifter opp i nesa som barn, men nøs ut alle unntatt én. Etter at fargestiften fjernes øker Homers IQ til 105 (altså 5 poeng over gjennomsnittet), noe som gjør at han knytter sterkere bånd med Lisa. Han skriver siden en rapport om atomkraftverkets sikkerhet, og kraftverket blir fremstilt i avisene på grunn av den store mengden sikkerhetsbrudd som finnes der. C. Montgomery Burns tvinges til å stenge kraftverket og gi alle ansatte sparken. Homers venner vil ikke ha mer med ham å gjøre, og Homer blir til og med nektet adgang til Moe's Tavern. Lisa forsøker å forklare med en graf at når man blir smartere, blir man mindre lykkelig. Det er opp til Homer å få fargestiften tilbake i hjernen igjen, og med hjelp fra Moe – som sier han er en ulisensiert kirurg – får han satt den på plass og returnerer til sitt gode, gamle, dumme seg igjen. Før kirurgien skriver Homer et brev til Lisa der han forklarer at han nå forstår hvordan det er å være smart som Lisa. Istedenfor å bli sint på faren, ender episoden med at Lisa omfavner Homer.