Etter at Michael James Dempsey O.P. trakk seg tilbake den 3. desember 1984, etterfulgte biskop Aje ham som ordinarie biskop av Sokoto. Han ble den tredje biskop der, og den første som var født i Nigeria. Den 11. desember 1988 lanserte biskop Aje under en katolsk konferanse et «Mobilaity Programme», som skulle fremme katolske legfolks i å ta en mer aktiv rolle i deres streven etter frelsen.