I stedet ble Johannes II den som etterfulgte Bonifatius. Han døde etter kort tid. Hans etterfølger, Agapetus I, utpekte Vigilius til pavelig representant i Konstantinopel. Der innlot Vigilius seg i intriger med keiserinne Theodora, og ble utlovet Den hellige stol og penger i bytte mot å anerkjenne monofysittismen.