I mars 2007 ble Arouna skadet i kneet under trening, noe som satte han utenfor flere viktige kamper for klubb og landslag. Under hans fravær, begynte den uovervinnelige ledelsen til PSV å krympe drastisk. Etter et uavgjorte kamper mot SBV Excelsior og NAC Breda samt et ydmykende tap 5-1 mot erkerivalene Ajax, var ledelsen kun 3 poeng i april. Koné var også ikke med i de viktige sluttspillkampene i kvartfinalene i Mesterligaen mot Liverpool FC. I mai 2007 endte det likevel med seriemesterskap for Koné og PSV, da de vant med bedre målforskjell.