Windows 3.1 ble konstruert for å være bakoverkompatibel med eldre versjoner av Windows. Liksom Windows 3.0 hadde den programmene Filbehandling og Programbehandling, men i motsetning til eldre Windows-versjoner hadde Windows 3.1x 32-bit disktilgang, kunne ikke kjøre i reell modus og inkluderte spillet Minesweeper istedenfor Othello.