Han ble på nytt utnevnt til apostolisk vikar av Beihai (Pakhoi) i 1940, etter biskop Jean-Baptiste Pénicaud, som avgikk av helsegrunner. Han virket der i en vanskelig krigstid med mye plyndring. Bispebyen ble bombardert i 1943 og biskop Deswazières ble såret. Regionen ble gjenerobret fra japanerne tidlig i 1945. Deretter ble Chiang Kaisheks styrker angrepet av kommunistene som lød under Mao Zedong.