I 2005 var han anklaget av litauisk media for økonomiske uryddigheter i forbindelse med privatiseringen av hotellet Crowne Plaza, et av Vilnius' største hoteller, som hans kone, Kristina Brazauskiene, eide. Den 1. juni 2006 ble det kjent at Brazauskas trakk seg som statsminister, etter at et av koalisjonspartiene gikk ut av regjeringen.