Nestemann i sjefstolen på Ewood Park ble den tidligere Manchester United-helten Mark Hughes, eller «Sparky». Han trakk seg som landslagssjef for for å kunne ta jobben like etter Souness forlot klubben. Hughes spilte i klubben fra 2000 til 2002, og fikk med seg opprykk og ligacupseier. Hughes fikk en tøff førstesesong. Forsvaret var lekk, og han måtte rydde opp etter sin forgjenger. Men som regelen var og er, måtte han vente til overgangsvinduet åpnet i januar før han kunne forsterke forsvarsrekka. Han hentet inn forsvarsklippen Ryan Nelsen og defensive midtbanespillere i Robbie Savage og Aaron Mokoena. Selv om det ble 15.-plass, viste laget tegn på forbedringer i forsvarsspillet.