Akhundzada ble også rådgiver for Mullah Mohammed Omar. Hans rolle var ikke som militær leder, men som den religiøse leder som hadde ansvaret for de fleste av Talibans fatwaer og avgjøre i religiøse saker blant Talibans medlemmer. Han var en av få menn som nøt den mangeårige Taliban-lederen Mohammed Omars tillit. Både Mullah Omar og Mullah Mansour konsulterte Akhundzada vedrørende fatwaer.