Pfeiffer ble jesuitt i 1963 og ble etter sin teologiske utdannelse ordinert til prest 13. juli 1969 i Berlin av Københavns biskop Hans Ludvig Martensen. Etter videre studier i kunsthistorie, klassisk arkeologi, romanistikk, filosofi og teologi i Tübingen, London, Firenze, Berlin, München, Roma og Basel, ble han uteksaminert i 1970 fra Det pavelige gregorianske universitet i Roma med en lic. theol.-grad. Ved universitetet i Basel fikk han en dr. phil.-grad i kunsthistorie med en avhandling om Rafaels vatikanake murfresco .