Chen ble tidlig under kulturrevolusjonen angrepet av rødegardistene som en som motsatte seg radikalisering. Gjennom året 1967 forsøkte han å holde det gående ved å gi små konsesjoner til rødegardistenes krav. Man fikk plassert offiserer fra Folkets frigjøringshær i sensitive stillinger som i provisoriske revolusjonskomiteer, og forfremmet raskt uerfarne radikalere til høye poster. Det synes som om Chen styrke radikalernes fiendskap mot Song og det regionale partiapparat. Det er mindre klart om han med vilje iscenesatte grense-episoden mot Sovjetunionen i mars 1969.