Justin Welby studerte på St. John's College i Durham og ble ordinert til diakon i 1992. Han jobbet de neste femten årene i forskjellige menigheter i Coventry bispedømme. Welby skal ha fornyet menighetene, som opplevde vekst i denne perioden. I 2002 begynte han å jobbe med forsoningsarbeid med base i Coventry Cathedral. Sammen med to andre prester jobbet han med forsoningsarbeid i Midtøsten og Afrika, særlig i Kenya, Den demokratiske republikken Kongo og Nigeria. Dette er arbeidet han fremdeles er involvert i. Han har også jobbet med forsoningsarbeid mellom væpnede grupper i Niger-deltaet og mellom religiøse ledere i Israel og Palestina. I 2006 gjenåpnet han den anglikanske kirken i Bagdad kort tid etter invasjonen av Irak. Fra 2006 var han ledende prest i Coventry Cathedral.