Etter Eritreas uavhengighet i 1993 begynte de kristne i landet å kreve en egen patriark. Patriark Shenouda III av Alexandria oppfylte ønsket i 1998 ved å opphøye biskop Philipos til patriark av Eritrea. Samtidig ble den eritreisk-ortodokse kirke anerkjent som autokefal av den etiopisk-, den koptisk- og de andre orientalsk-ortodokse kirkene.