Under keiser Antoninus Pius førte imidlertid trykkende skattelegging til opprør i 139 fra de innfødte egypterne og som først ble slått ned etter flere år med krigføring. Denne bukoliske krig, som den ble kalt etter området Bucolia («beiteområde») i Nildeltaet, ble ledet av en egypter kalt Isidorus. Krigen førte til stor skade på økonomien og markerte begynnelsen på Egypts økonomiske nedgang. Avidius Cassius, som ledet de romerske styrkene i denne krigen, erklærte seg selv som keiser i 175, og ble anerkjent av romerstyrkene i Syria og Aegyptus. Da Marcus Aurelius ankom ble han øyeblikkelig avsatt og drept, og deretter gjenopprettet Aurelius freden. En tilsvarende opprør brøt ut i 193 da Pescennius Niger ble erklært som keiser da Pertinax døde det samme året. General Cornelius Anullinus møtte og beseiret Niger i slaget ved Issos i mai 194. Niger flyktet fra nederlaget, men ble siden tatt til fange og halshogd. Nigers hustru og barn ble også siden drept.