Tunnelen ble finansiert med bompenger. Da tunnelen ble åpnet, lå bomstasjonen nær tunnelåpningen på Asmaløy. I 1993 ble bomstasjonen flyttet til Bukkholmen ved kommunegrensen mellom Hvaler og Fredrikstad. Tunnelen var nedbetalt i 2007, men et flertall i Hvaler kommunestyre vedtok at bompengeinnkrevingen skulle fortsette i to år til, for å skaffe penger til trafikksikkerhetstiltak i kommunen, og finansiere en gang- og sykkelvei på Kirkøy. Bompengeinnkrevingen opphørte 14. januar 2009.