Det resterende Bøhmen og Mähren ble erklært for å være et protektorat under Tyskland under overoppsyn av riksprotektor Konstantin von Neurath. Hácha fortsatte formelt som statsoverhode, mens tyskere bemannet både det sentrale, men også deler av det lokale forvaltningsapparatet og Gestapo utførte politiets oppgaver. Alle jøder fikk sparken fra offentlig tjeneste. Politiske partier ble forbudt og en rekke sentrale medlemmer av Det tsjekkoslovakiske kommunistpartiet flyktet til Sovjetunionen.