Man kjenner per i dag ikke årsaken til sykdommen. Forskningen forlater teorien om at den skyldes virus eller bakterier, og heller nå mer mot at den skyldes en gen-feil og at det kan være en autoimmun sykdom. Det spekuleres i om MS kan være arvelig, da det ses en økt prevalens blant slektninger hos dem som er affisert. Hos eneggede tvillinger hvor den ene har MS, er det 30 % sjanse for at den andre også har sykdommen. MS er ikke vist å være smittsom, men teorien om at den kan utløses av en virusinfeksjon finnes.