Thasos fikk betydning i det joniske opprøret mot Perserriket. Etter at Miletos var erobret og herjet i 494 f.Kr., og perserne gjorde Histiaios til tyrann, deltok han i persernes krig og beleiret Thasos, men angrepet feilet. Øya benyttet deretter sine rikdom til å bygge krigsskip, og forsterke sine befestninger. Det skaffet dem persernes oppmerksomhet som krevde at de overga sine skip og rev ned sine forsvarsmurer. Etter perserkongen Xerxes' nederlag i kampen mot grekerne, gikk Thasos inn som medlem av det athenske sjøforbundet, men senere grunnet uenighet og strid om øyas gruver og markeder på fastlandet gjorde de opprør mot Athen.