Hans mange samarbeidspartnere på innspillinger siden da har resultert i plater med Joe Lovano, Michael Brecker, Chet Baker, Stan Getz, Bob Brookmeyer, Gary Burton, John Abercrombie, Bill Frisell, Pat Metheny, Eliane Elias, Enrico Pieranunzi, Joey Baron, Philly Joe Jones, Jack DeJohnette, Peter Erskine, Paul Motian og mange andre. Han har også medvirket som leder av egne band, først og fremst med 'Bass Desires', en kvartet som i tillegg til Frisell hadde med gitaristen John Scofield og trommeslageren Peter Erskine, og som fikk internasjonal anerkjennelse etter to ECM innspillinger i midten av åttiårene. Han har også spilt inn to album med sin egen gruppe 'Right Brain Patrol' for 'JMT Records', etterfulgt av utgivelsen på Verve. Fredag 4. juni 1993 under Nattjazzen, spilte 'Right Brain Patrol' for et 30-talls mennesker i Grillen på Studensenteret i Bergen. Samtidig spilte 'Bergen Bluesband' for et tusentalls støyende mennesker i Kantinen på Studentsenteret. De som ikke var i Grillen denne kvelden, gikk glipp av en uforglemmelig kveld med jazz i verdensklasse.