I juni 1895 var det åpenbart at Holmes neppe hadde forfalsket Pitezels død, men faktisk mannen og fått det til å ligne en ulykke. Nå savnet man tre af Pitezels fem barn – Alice (14), Nellie (11) og Howard (8) – sist sett i selskap med Holmes, som hadde forsikret fru Pitezel om at mannen hennes var i live, men lå i dekning pga forsikringssvindelen, med et brennende ønske om å få ha sine barn hos seg. Holmes hadde angivelig av den grunn tatt tre av dem med seg til faren deres. Men nå ville politiet i Philadelphia ha rede på barna, og politimannen Frank Geyer fra Philadelphia ble satt på saken. Han hadde etterforsket omkring 200 drap, og var kanskje lettet over en pause fra hjembyen – få måneder tidligere var hans kone og tolvårige datter omkommet i en brann.