Mens livegenskapet hersket i hele Øst-Europa, finnes det beskrivelser fra 1532 om frie bønder i landsbyen Koguva på Muhu. Dog er det et gods sør på øya, i landsbyen Pädaste (Pädaste gods), idag et hotell. På 1800-tallet gikk 70 % av befolkningen på Muhu over til den russisk-ortodokse kirke, mot at de fikk utdelt land. Det ble på den tiden bygget to ortodokse kirker: i Hellamaa og Rinsi. Muhu var i nyere tid kjent for sine håndverkertradisjoner, som blant annet er synlige på godset i Pädaste. Tidlig på 1900-tallet hadde øya hele 6.000 innbyggere.