Byen ble bygget som den nye hovedstaden til farao Akhenaton, dedikert til hans nye religionsdyrkelse av Aton. Konstruksjonen begynte i eller rundt av hans styre (1346 f.Kr.) og ble antagelig fullført ved (1341 f.Kr.), skjønt den ble hovedstad to år tidligere. For å øke byggetiden av byen ble de fleste av bygningene konstruert av soltørket leiremurstein og hvitvasket. De mest betydningsfulle bygningene ble bekledd med lokal stein.