Instrumentalmusikk Bachs skrev en lang rekke verk for klaviaturinstrumenter. Til de som uten tvil er for orgel hører preludier og fuger, fantasier, toccataer, Passacaglia i c-moll, en pastorella, triosonater, orgelkoraler, koralforspill, koralbearbeidelser, koralpartitas, koralvariasjoner, concerti. Verk som snarere er skrevet for spill på cembalo er de to- og trestemte Inventionen und Sinfonien, suiter, partitas, fantasier, ouverturer, , preludier eller fantasier med tilhørende fuger, toccataer, sonater.