Hutchinson ble gift tre ganger. Hans første kone var Grace Evelyn Pickford (1902–1986). Hun var også utdannet ved Cambridge og ble også en kjent vitenskapskvinne. De var gift ble gift i 1931, men skilte seg i 1933. Han møtte sin andre kone, Margaret Seal, ombord på et skip på veg fra India til England. Hun var en musiker og begge hadde de interesse for musikk, litteratur og kunst. De var gift i femti år, men fikk ikke barn. Hun døde av alzheimers i 1983. Hutchinson inngikk sitt tredje ekteskap da han var over 80 år, med Anne Twitty, som var biolog med avstamning fra Haiti. Han overlevde alle sine tre koner og døde i London den 17. mai 1991.