Dagens U6 het tidligere og hadde betegnelsen linje C. Den følger i stor utstrekning gateløpet i Friedrichstraße gjennom sentrum av byen og banen er bygget som en nedgravet tunnel rett under gateløpet. Den første delstrekningen fra Stettiner Banhof (idag Naturkundemuseum) til Hallesches Tor ble åpnet i januar 1923. Allerede to måneder senere ble den åpnet videre nordover til Seestraße som var endestasjon frem til 1958. Byggingen medførte at stamstrekningen ble krysset ved Stadtmitte på U2 og ved Hallesches Tor stasjon på U1. Ved kryssingen av U2 ble det ikke bygget en tårnstasjon slik som det senere ble gjort ved andre krysninger. I stedet bygget man en ny stasjon lenger sør i Friedrichstraße med en lang fotgjengertunnel som forbindelse til U2 – på folkemunne kalles den Mäusetunnel (musetunnelen). Ved Hallesches Tor krysset den nye undergrunnsbanen stamstrekningen som høybane.