I 1260 ble han av erkebiskop Jakob Erlandsen utnevnt til biskop i Århus, men pave Urban IV gjorde beslutningen om, til fordel for den andre kandidaten Tyge. Det lyktes derfor ikke Arnfast å komme i besittelse av bispestolen. Han måtte vende tilbake , altså til sitt kloster og sin abbedstilling, hvor han trolig forble til sin død. I 1263 hadde klosteret fått en ny abbed.