Lee var bekymret for om Popes hær ville samle styrkene sine med generalmajor George B. McClellans Army of the Potomac og overvelde ham, derfor sendte han generalmajor Thomas J. «Stonewall» Jackson nordover for å avskjære Popes fremrykning mot Gordonsville. De to styrkene møttes til å begynne med i slaget ved Cedar Mountain den 9. august, en konføderert seier. Lee bestemte seg for at McClellans hær på Virginia-halvøya ikke lenger var en trussel mot Richmond og sendte det meste av hæren sin under generalmajor James Longstreet etter Jackson. Jackson utførte en vid manøver rundt Popes høyre flanke og tok det store forsyningsdepotet i ryggen til Pope ved Manassas Junction. Han hadde dermed plassert styrken sin mellom Pope og Washington. Jackson flyttet til en svært god forsvarsstilling nær slagmarken i det første slaget ved Bull Run (første Manassas) i 1861 og lyktes i å slå tilbake Unionens angrep den 29. august, mens Lee og Longstreet ankom slagmarken. Den 30. august angrep Pope igjen, men ble overrasket da han ble fanget mellom angrep fra Longstreet og Jackson. Pope ble tvunget til å trekke seg tilbake med store tapstall. Felttoget endte med nok en flankemanøver av Jackson som Pope beseiret i slaget ved Chantilly den 1. september.