Han ble av NRKs styre den 24. januar 2007 utpekt til ny kringkastingssjef etter John G. Bernander. Han tiltrådte stillingen 19. mars samme år. Bjerkaas varslet 27. august 2012 NRKs styre at han kom til å slutte som kringkastingssjef når åremålet hans gikk ut i mars 2013.