Mowinckel begynte som junge ved Det norske Kontor i Bergen i 1774. I 1776 avla han geselleksamen. Han var handelsforvalter i sjøstuen i Engelgården 1778–1783, og løste borgerskap i byen som kjøpmann og krambodhandler i 1784. Mowinckel etablerte handelshuset Mowinckel & Co. med krambod, bondehandel og bolig i Strandgaten og med pakkboder i Sandviken. Virksomheten omfattet nordlandshandel, bondehandel, fiskeeksport og import av korn, salt med mer.