I 1540, da Thomas Cromwell ble henrettet, ble Gardiner kansler for University of Cambridge. Noen år senere forsøkte han å få Cranmer dømt for heresi i forbindelse med . Hadde det ikke vært for at kongen personlig grep inn kunne dette ha lykkes. Til tross for at Gardiner støttet kongen var han motstander av reformasjonen på doktrinært grunnlag. Han støttet ikke Henriks behandling av kirken, spesielt i perioden hvor Cromwell steg i rang. En slektning av ham, German Gardiner som jobbet som hans sekretær, ble i 1544 henrettet for høyforræderi. Dette var utløst av sekretærens syn på kongens overhøyhet, og Gardiners fiender antydet overfor kongen av det ikke bare var sekretæren som hadde slik meninger, men også biskopen selv. Men kongen trengte Gardiner like mye som han trengte Cranmer. Mens Cranmers autoritet som primas var nødvendig for å opprettholde kongens overhøyhet var Gardiner sentral i å vise at England ikke hadde falt bort fra troen. De to fikk således ha helt forskjellig syn på kongens kirkepolitikk. Gardiner ble til og med oppmuntret av kongen til å fremme anklager om heresi mot erkebiskopen; Cranmer kunne på sin side stole på at kongen ville beskytte ham i siste instans.