I 1742 ble havnen gjort til en selveiende institusjon og besto uendret til 1812, da det ble opprettet en sentral administrasjon av «Havne- og Mudringsvæsenet». Først i 2000 ble det nåværende Københavns Havn A/S opprettet etter en rettssak mellom staten og den selveiende institusjonen.