Den eldste skriftlige kilden om Brunsbüttel er et dokument datert til 14. juli 1286. Der lover innbyggerne byens lensherre, erkebiskop Giselbert von Brunkhorst i Bremen, at de slutter å plyndre kjøpmenn fra Hamburg. Etter vedvarende tap av land ble bebyggelsen flyttet lengre inn i landet på 1600-tallet. I 1654 ble kirkegården anlagt, og i 1679 ble den første gudstjenesten holdt i den nye Jakobuskirche. Området ble hardt rammet av juleflommen i 1717.