I 1934 etterfulgte Jochum Karl Böhm som musikalsk leder for Hamburg statsopera og Hamburg-filharmonien. Gjennom nazitiden forble Hamburg, som Jochum sa det, «rimelig liberal», og han var til og med i stand til å beholde sin stilling til tross for at han ikke ble med i partiet. Han fremførte musikk av komponister som Hindemith og Bartók som andre steder var forbudt av nazistene. I 1944 inkluderte Joseph Goebbels Jochum på Gottbegnadeten-listen.