Eidem gav på 1930-tallet uttrykk for hva man i ettertid ville omtale som sterkt nasjonalistiske oppfatninger. Eidem stod Tyskland nært, men i september 1933 protesterte han i et brev til den tyske kyrkeledelsen mot «arierparagrafen». Dette førte til at gikk til kraftig angrep på Eidem. Noe senere protesterte han mot at den evangeliske ungdomsbevegelsen ble innlemmet i . Dermed brøt han sin direkte kontakt med den Hitler-tro kirkeledelsen, men takket tidlig i 1934 ja til å bli ordfører ved Luther-akademiet i Sondershausen.