Den 14. august 1979 utnevnte pave Johannes Paul II ham til apostolisk nuntius til Colombia. Kort etter, i februar 1980, ble Acerbi holdt som gissel sammen med 26 andre ledende personligheter, hvorav mange tilhørte forskjellige lands diplomati, som følge av angrep på Den dominikanske republikks ambassade i Bogota. Angriperne var fra den kommunistiske geriljaen 19. april-bevegelsen (). Det tok flere uker før ambassadeokkupasjonen og gisseldramaet var over. Erkebiskop Acerbi fikk mens det pågikk lov til å feire messe der inne.