Frei var utdannet i jus fra Pontificia Universidad Católica de Chile. Hans politiske karriere begynte i Partido Conservador. I 1939 var medstifter av Falange Nacional, forløperen for Partido Demócrata Cristiano de Chile som han ble første formann for i 1957. Han var medlem av Senatet fra 1949 til 1973; de sisste tre år som dets formann. Han ledet den borgerlige opposisjonen til Salvador Allendes styre og støttet som formann for Senatet militærkuppet i 1973 som bragte Augusto Pinochet til makten. Senere inntok han imidlertid en kritisk holdning overfor Pinochet.