En av de mest bemerkelsesverdige periodene i Maltas historie er tempelperioden som begynte en gang rundt 3600 f.Kr. Det forhistoriske tempelet Ggantia på Gozo, den nest største av Maltas seks øyer, er den eldste av frittstående bygninger i verden. Mange av templene har form som fem halvsirkelformete rom forbundet i sentrum. Det har blitt foreslått at disse kan ha representert hode, armer og føttene til guddommen, ettersom en av de vanligste typer statuer som er funnet i disse templene er av en fet kvinne, et symbol på fruktbarhet. Tempelperioden varte fram til rundt 2500 f.Kr., da det synes som om den sivilisasjon som reiste disse store monolittene forsvant. Det er fortsatt diskusjon om de ble jaget, eller om de ble assimilert i nye folk som innvandret.