Etter freden i 1945 gikk Munthe-Kaas først over i det sivile og arbeidet ved sildeoljefabrikken i Tromsø der faren i en årrekke var disponent. Han gikk imidlertid etter kort tid tilbake til Forsvaret, der han i løpet av karrieren fikk en rekke sentrale stillinger i Hæren.