Hains ble utpekt som brigadegeneral for U.S. Volunteers den 27. mai 1898 i den spansk-amerikanske krigen, men ble utskrevet fra U.S Volunteers den 30. november 1898 uten å ha deltatt i et eneste slag. På samme tid så satt Hains i kommisjonen for Nicaraguakanalen fra 1897 til 1899 og i kommisjonen for Panamakanalen fra 1897 til 1907. Han utførte lobbyvirksomhet for at kanalen skulle bygges i Panama, noe han lyktes med.