Etter krigen bosatte Murer seg i Nordvest-Steiermark i Østerrike. Rett ved stedet han bodde, Admont, lå en leir for Displaced Persons. I 1947 kjente en av dem igjen Murer og han ble arrestert av britiske styrker. I desember 1948 ble han overlevert til Sovjetunionen som ville dømme ham siden Vilnius før krigen hadde vært en del av Sovjetunionen. Murer ble funnet skyldig i drap på Sovjet-borgere og dømt til 25 års hardt straffarbeid.