Ikke lenge etter valget av Silverius besatte den bysantinske general Belisarius Roma, som kort etter ble beleiret av goterne. Selv om det ikke lyktes goterne å fullstendig omringe byen, fryktet både de bysantinske soldater og innbyggerne at byen snart ville bli ødelagt. Belisarius hadde således kort etter beleiringens innledning beordret kvinner, barn og tjenere, som ikke var til nytte, til sammen med hans egne følgere ble evakuert til Napoli. På samme tid fremkom det beskyldninger mot Vigilius om at han hadde tilbudt å forråde byen til goterne. Belisarius lot ham derpå, sammen med en rekke senatorer som var beskyldt for samme ugjerning, deportere til Athen.