I 1600 ble Cort Aslaksen som den første nordmann utnevnt til professor i København (den neste var Ludvig Holberg i 1718). Han fikk ansvar for undervisning i gresk, latin og hebraisk, og hans lærebok i sistnevnte ble vidt utbredt i Europa. I 1607 ble Aslaksen professor i teologi, et embete han satt i til sin død i 1624. Hans teologiske syn lå like nær kalvinismen som lutherdommen, og Aslaksen ble anklaget for å være tilhenger av Calvin. Han var i stadige konflikter med Hans Poulsen Resen, som var ”førsteprofessor i teologi” med særlig ansvar for lærespørsmål, men slapp å fratre embetet.