Yoko Ono ble født som det eldste av tre barn av Isoko, mor, og Eisuke Ono, far. Isoko var oldebarn til Yasuda Zenjirō, grunnleggeren av Yasuda zaibatsu. Eisuke Onos far var en høytstående bankansatt, og var opprinnelig utdannet klassisk pianist, men ga opp karrieren til fordel for en bankjobb. På ungdomsskole- og gymnastrinnet gikk Yoko Ono på den eksklusive Gakushuin-skolen i Tokyo.