Det er disputt om rekkefølgen av de to midterste satsene. Mahler plasserte opprinnelig scherzoen foran andanten i sitt manuskript. Ved urfremførelsen i 1906 satte Mahler andanten foran scherzoen. Han hadde også ett tillegg til partituret som indikerte den endrede rekkefølgen. På tross av dette ble scherzoen plassert foran andanten da det ble laget en nyutgivelse i 1963 som inkorporerte mange revisjoner Mahler hadde foretatt. Erwin Ratz, som redigerte utgivelsen, hevdet dette skyldtes at Mahler hadde skiftet mening igjen mot slutten av livet. Dette var basert på informasjon fra Alma Mahler, som imidlertid ikke regnes som en pålitelig kilde. Nyere forskning har påvist at Mahler selv aldri fremførte symfonien med scherzoen foran andanten, og at denne praksis først oppstod etter hans død. Selv om nyere partiturutgaver plasserer andanten først, er det mange dirigenter som fremfører den med scherzoen først.