Skeel fødtes på Vallø som datter av riksråd Christen Skeel til Fusingø (1603–1659) og Birgitte Rud (1612–1645). Hun ble trolovet med oberst Kjeld Lange, men da han faldt i 1658 under Københavns beleiring giftet hun seg i 1662 med Niels Rosenkrantz til Stovgård (1627–1676). Han falt som generalløytnant under den skånske krig. I dette ekteskapet hadde hun født fire barn, som hun alle mistet.