Den lever i innsjøer og dammer med bløt bunn. Utbredelsen omfatter Nord- og Mellom-Europa fra Sveits til Skottland og Nord-Finland. Den finnes også i Nord-Amerika og noen få steder i Sibir. Mykt havfrugras er svært sjeldent i Europa og er listet som strengt beskyttet planteart i Bernkonvensjonens appendiks I.