Samtidig rotet Sarpsborg-klubbene rundt i 3. divisjon. Sarpsborg FK var fra 2001 nede i samme divisjon som Navestad, Greåker og Sparta. De 13 småklubbene rundt byen samlet seg om Navestad som satsingsklubb, og Sarpsborg og Sparta ble sittende på hver sin tue alene. Greåker meldte seg ut av hele samarbeidet og støttet opp om Fredrikstad. Anarkiet var totalt. Omdøpt til Borg klarte Navestad å rykke opp i 2. divisjon, og koblet for en stakket stund grepet om sarpefotballen som byens eneste klubb i 2003. I mai fikk Borg besøk av FFK i cupens 2. runde. Noe byderby av gamle dimensjoner ble det ikke. Fredrikstad vant 2-1, og FFK-supporterne godtet seg over kaoset i Sarpsborg-fotballen hvor satsingsklubben til fotballsamarbeidet hadde makaløse sju navn på åtte år. Borg rykket ned i 2003, Sparta rykket opp og overtok som samarbeidsklubb. Etter derbyer for fullsatte tribuner mot FFK på 1940- og 1950-tallet hadde Sparta vansmektet lenge. Mens ishockeygutta sikret Sparta to nye kongepokaler på 1980-tallet, hørte fotballsparkerne til den dårligere halvparten av Sarpsborgs fotballklubber. I 1994 fikk Sparta med nød og neppe lagt Skjeberg og Ørje bak seg på tabellen og unngikk nedrykk til 5. divisjon. Da overtok den populære politimannen og Yven-treneren Kai Andersen som trener, og tok med seg unge Berat Jusufi fra Yven. Med jerndisiplin og knallhard trening skapte de et nesten ustoppelig eventyr. I 1998 kom opprykket til 3. divisjon. Nåløyet opp fra 3. divisjon var på denne tiden helt ekstremt. Da Sparta endelig rykket opp i 2. divisjon i 2004 ble de umiddelbart en toppklubb i den divisjonen også. Samtidig var Sarpsborg FK fortsatt nede i 3. divisjon og nektet å innse at de ikke lenger var byens flaggskip. Da SFK møtte FFK til 2. runde i NM i 2004 ble det klart for alle at hegemoniet i byen var skiftet. FFK smadret Sarpsborg med 8-2 på bortebane, men sarpingene holdt seg hjemme. Langt flere gikk på den andre cupkampen i Sarpsborg den uken. Der rystet Sparta Vålerenga, som vant knepent 2-0. Vålerenga mistet Tippeliga-gullet på overtid det året, mens FFK berget ny kontrakt med et nødskrik. Flere nye spillere ble hentet til FFK for å unngå et slikt drama året etter. Den religiøse nordlendingen Martin Wiig tok turen fra Odd, hvor han hadde blitt kåret til Årets talent i Tippeligaen. Den 205 cm høye Øyvind Hoås, med sine brasilianske finter, ble kjøpt fra Molde for 2 millioner kroner av Fredrikstads nye trener Egil «Drillo» Olsen, som siden han spilte i Sarpsborg på 1970-tallet hadde tatt Norge til sine to første VM-sluttspill etter krigen. Hoås var Olsens personlige favoritt – begge var driblefanter på banen. Publikum vendte seg derimot mot Hoås, som ofte fikk pipekonserter mot seg i Fredrikstad. Til tross for dette ble Hoås historisk i FFK da han scoret både det siste målet på historiske Fredrikstad stadion og det første målet på det nye gigantanlegget på Kråkerøy, populært kalt Værste. Nok engang hadde en lærerstudent i Halden med opprinnelse fra Møre og Romsdal blitt en viktig brikke i FFK, en mannsalder etter Jan Fuglset.