Som følge av intriger blant professorene forlot han Bourges i 1557 og vekslet til Universitetet i Valence. Men etter at en av fiendene hans var død, lot han seg overtale av hertuginne Marguerite av Berry til å vende tilbake i 1560. I de seks årene han tilbragte her, utga han noen av sine viktigste verker og sto på høyden av sin berømmelse.