Hele Moldova hører til Svartehavets nedslagsfelt, men bare åtte elver i landet strekker seg over 100 km. Den viktigste elven i Moldova er Dnestr. Prut er en sideelv til Donau. Over 95 % av alt vann i Moldova renner ut via Dnestr og Prut. 246 av over 3000 elver i Moldova er lengre enn 10 km.