Sammen med lagtingsmann Adolf Hansen brøt hun i 1985 med Kristiligi Fólkaflokkurin og dannet Framsóknarflokkurin. I april 1988 gikk Framsóknarflokkurin inn i regjeringen istedenfor Kristiligi Fólkaflokkurin. Karolina Petersen ble sosial- og kommunalminister. Hun sørget for bofellesskap for funksjonshemmede og for å opprette eldreråd og råd for funksjonshemmede. Framsóknarflokkurin falt ut av Lagtinget ved lagtingsvalget i november samme år. Petersen lot seg nominere til Lagtinget av Sjálvstýrisflokkurin i Suðurstreymoy i 1990 og 1994, men ble ikke valgt.