Han ble så sendt tilbake til Lilleasia til sine gamle stillinger som øverstkommanderende og satrap i Lydia og Karia. Han angrep nå de greske byene for å straffe dem for deres allianse med Kyros. Dette førte til krig med Sparta i 399. Tissafernes som igjen hadde energi til diplomati, ble beseiret av Agesilaos II ved Pactolos nær Sardis i 395. Kongen gav etter for representantene til Farnabazos som hadde sterk støtte av (visir) Tithraustes og av dronningmoren Parysatis som hatet Tissafernes hovedsakelig på grunn av dødsfallet til hennes favorittsønn Kyros. Tithraustes ble sendt for å henrette Tissafernes som ble lokket til Kolossai og drept i 395.