Aralsjøen er også sterkt forurenset, som følge av våpentesting, industri, insektmidler, avløpsvann og gjødsel fra jordbruksområdene. Vindblåst salt fra den inntørkede innsjøen skader avlinger og forurenser drikkevann, og salt- og støvmettet luft forårsaker alvorlige helseproblemer hos befolkningen i området. Inntørkingen av sjøen har også ført til endringer i det lokale klimaet; somrene er blitt varmere og tørrere, og vintrene kaldere og lengre.