Nilsson fikk sin landslagsdebut for den 17. april 1991 i en vennskapskamp mot . Han var også med i den svenske troppen under EM i fotball 1992, som ble arrangert på hjemmebane, hvor det svenske landslaget spilte seg til en plass i semifinalen som de til slutt tapte mot . Han var også med i den svenske troppen til VM i fotball 1994 i USA, hvor Sverige ende opp på en overraskende bronseplass etter å ha vunnet bronsefinalen mot . Han fikk likevel ikke noen kamper i disse to mesterskapene. Fra 1991 og frem til 1996 fikk han tilsammen 22 landskamper for Sverige.