Både litauerne og polakkene igangsatte omfattende opprør i både 1831 og 1863, men begge ble slått ned. Etter opprøret i 1831 stengte tsaren universitetet i Vilnius. Etter opprøret i 1863 ble 300 medvirkende hengt og over 10.000 ble fengslet eller deportert til Sibir. I 1864 ble litauisk språk og det latinske alfabetet forbudt i skolene og det det kyrilliske alfabetet var det eneste tillatte. Mange litauere bevarte litauiske bøker og undervist i litauisk i hemmelighet. Forbudet mot trykking av litauiske tekster besto i 40 år til 1904. Litauerne motstod den aggressive russifiseringen ved å trykke bøker i utlandet og en omfattende smugling av disse inn til landet. Også januaroppstanden i perioden 1863 til 1865 fikk virkninger i Litauen.