Grensetroppenes fartøyer fikk et flagg som var basert på orlogsflagget, men hadde i tillegg et vertikalt grønt felt ved stangen. Grønt er tradisjonelt politiets og grensevaktenes farge i Tyskland. Dette flagget ble innført i 1962. Samme grønne felt ved stangen fantes også i flagget for skip under grensepolitiet, innført i mai 1960, da med emblemet fra orlogsflagget i en svart, rød, gul duk.