Som trener for landslaget mislyktes han i å føre laget til VM i Frankrike i 1998 og EM i Belgia/Nederland i 2000 men til VM i Japan/Sør-Korea i 2002 kvalifiserte de seg og laget kom helt til 8.delsfinalen. Det som huskes mest fra den turneringen er bråket som oppstod mellom McCarthy og Roy Keane som gjorde at McCarthy sendte Keane hjem uten at han hadde spilt et eneste minutt for laget. Når laget fikk en dårlig start på kvalifiseringen til EM i Portugal fikk han sparken og ble etterfulgt av Brian Kerr.