Koht ble utsatt for hard kritikk i London-regjeringen høsten 1940. Kritikken ble særlig reist av Oscar Torp og Trygve Lie, og den 22. november samme år gikk han av, først med permisjon, men fra februar 1941 fikk han avskjed i nåde. Resten av krigen levde han i eksil i USA. I 1945 bad han om riksrett, noe Stortinget avviste. I flere bøker etter krigen forsvarte han valgene han hadde gjort, uten at det ga ham en generell oppreisning i Norge.