Etterhvert som Feliksa Kozłowskas innflytelse ble svekket i takt med hennes helseproblemer, fikk Kowalski frie hender til å forme den nye kirke etter sine preferanser. Én kontroversiell innovasjon var allerede foretatt i 1906, ved at kirken sliturgi ikke var på latin lenger, men på polsk.