Taksonomien til storkrepser er komplisert og flere av gruppen er utdødd. Det er generelt omstridt å fin-inndele organismer taksonomisk. En vanlig oppdelning anerkjenner storkrepser som en av seks ulike klasser av krepsdyr, og storkrepser er den mest artsrike gruppen. En moderne oppdatering av systematikken gis av Martin og Davis, som følgende oversikt følger ned til nivået orden, mens lavere nivåer i enkelte tilfeller følger , men stort sett -databasen.. Utdødde grupper er markert med †.