Virkemidler har vært blant annet å senke og sabotere hvalskip i havner, forstyrret kanadisk og namibisk seljakt, sabotere med laserlys i øynene på hvalfangere, borde hvalskip på havet, kaste flasker med illeluktende smørsyre om bord på skip, bemektigelse og ødeleggelse av fiskegarn til havs. Sea Shepherd hevder selv at deres aggressive aksjoner er nødvendige ettersom det internasjonale samfunnet har vist seg uvillig til å hindre hvalfangst og fiske etter utrydningstruede arter. Motstandere av deres voldelige taktikk har omfattet også de som fordømmer hvalfangst, slike som myndighetene i Australia og New Zealand, og andre miljøorganisasjoner som Greenpeace. Myndighetene i USA, Canada, og Japan har referert til Sea Shepherd som terrorister eller økoterrorister.