Nkunda er både psykologiutdannet og er høyt utdannet militært som sier han kjemper for å beskytte tutsiene, ofrene for folkemordet i Rwanda i 1994 der 800 000 tutsier og moderate hutuer ble drept av militsgrupper. Enkelte har hevdet at Nkunda fremdeles mottar ordre fra sine tidligere kampfeller i Rwanda, men selv sier han de kun er allierte. Han har etter krigen i Rwanda vært involvert i alle krigene i Kongo. Under den første borgerkrigen i Kongo (det daværende Zaire) ble Nkunda en høytstående leder blant opprørerne, og bidro til å styrte Zaires president Mobutu Sese Seko. I 2002 var Nkunda medansvarlig for den brutale undertrykkelsen av et opprørsforsøk i Kisangani. Mer enn 160 personer ble henrettet, og Nkunda fikk tilnavnet «Slakteren av Kisangani». En fredsavtale i 2003 ga Nkunda rang som general, men klarte ikke å gjøre slutt på kampene i Kongo. Nkunda nektet å rapportere til myndighetene i hovedstaden Kinshasa, og klandret myndighetene for ikke å ha lykkes i å avvæpne hutumilits øst i landet.