Stillingen som organist hadde han til meget sent i livet, men etter hvert kom arbeidet med å skrive musikk til å ta mer tid. Han ble videre professor ved Københavns Universitet i 1849 og direktør for Musikkonservatoriet i 1890, da han etterfulgte Niels W. Gade. Hartmann var medstifter av Konservatoriet i 1867.