Emil Nielsen signerte en kontrakt for i juli 2014, en kontrakt som startet fra den 1. januar 2015. Han ankom dermed Trondheim etter en halv sesong med og startet sesongoppkjøring med . Emil Nielsen debuterte for i 5-0 seieren mot når han kom på etter 79 min i den 1 runde i Tippeligaen 2015. Han ble utlånt fra Rosenborg til i august 2015.