På grunn av sin status internasjonalt og innen den liberale bevegelsen, ble han trakassert av politi og myndigheter. I 1960, etter at han returnerte fra mottagelsen av Freedom Award i New York, ble han fratatt passet. Passet forble konfiskert inntil 1970. Paton var en nær venn av den sørafrikansk-engelske forfatteren Laurens van der Post. Paton døde i 1988.