I årene 2009–2011 var hun leder for bankens internrevisjon, mellom 2011 og 2014 var hun leder for Swedbanks virksomhet i Estland, Latvia og Litauen og fra 2015 leder for bankens virksomhet i Sverige. Hun var administrerende direktør i Swedbank 2016–2019. Bonnesen forsikret høsten 2018 om at Swedbank ikke har utenlandske kunder i Baltikum som kun flytter penger via banken.