Utbredelsen til ferskvannstangkvabbe er et interessant biogeografisk problem. Den er bare funnet i fersk- og brakkvann, og vassdragene den lever i er adskilt av Middelhavet. Den marine , som er utbredt i det nordøstre Atlanterhavet, Middelhavet og Svartehavet, er den nærmeste slektningen. De to artene skilte antakelig lag i pliocen for omtrent fem millioner år siden. Da åpnet Gibraltarstredet seg, så Middelhavet igjen ble fylt med vann etter å ha vært uttørket en periode.