Han lot først bygge en befestet militærleir, og gjennomførte en større reise i det uutforskede landet. Da han kom tilbake i 1890 var dr. Göring hjemkalt, og han overtok hans oppgaver. Samme år fornyet han en beskyttelsesavtale med høvdingen for hererostammen, som gav ham rett til å slå seg ned i det da ubebodde Windhuk og bygge en militærleir der. 18. oktober 1890 ble grunnstenen for Alte Feste og dermed byen Windhuk lagt. Et monument over François i byen minner fremdeles om denne begivenheten. I 1891 ble Windhuk hovedstad i kolonien.