Hughes' far var ingeniør og leder for et metallverk i Merthyr Tydfil. Han begynte sin karriere under farens tilsyn. I en alder av 29 år ervervet han et skipsverft, og som 36-åring eide han et støperi i Newport. Mot slutten av 1850-årene begynte han som ingeniør ved et valseverk i Millwall og ble til slutt forretningsførende direktør. I 1864 utviklet han en skytslavett for tunge kanoner som ble tatt i bruk av Royal Navy og av andre europeiske flåtestyrker.