Det var først i februar 1528 at da et pestutbrudd spredte seg og at stryker tilhørende ligaen under ledelse av den franske kommandanten Odet av Foix tvang plydningshæren til å trekke seg tilbake mot Napoli. Hensikten var å redde paven, men han hadde allerede inngått avtale med Karl V. Etter at paven overga seg, tilbrakte han de neste seks månedene som keiserens fange. Romas befolkning hadde blitt redusert fra rundt 55 000 til kanskje 10 000 på grunn av grusomhetene, hungersnøden, et utbrudd av pest og av de som flyktet fra byen. Det påfølgende tapet til ligaens hær under beleiringen av Napoli i 1528 sikret en seier i Cognac-krigen for Karl V. Odet av Foix selv døde av pesten samme år.<ref>«Odet de Foix, Count of Lautrec», Digital History and Cultural HeritageThe Sack of RomeThe sack of Rome 1527The Italian Wars 1494-1559Il sacco di RomaKarl V. Der Kaiser und die Reformation''. Berlin: Siedler, ISBN 3-88680-338-4.