Kon-Boot fungerer som en bootkit. (dermed skaper den også ofte falske positive varsler i antivirusprogramvare) Den injiserer (skjuler) seg selv i BIOS-minnet. Kon-Boot endrer kjernekoden der og da (runtime), og endrer koden som er ansvarlig for verifisering av brukernes autorisasjonsdata midlertidig mens operativsystemet laster.