Hvis produksjonen involverer produkter som er ikke-økologiske er det krav om å hindre sammenblanding av disse. Dersom produktene tilberedes, emballeres eller lagres i samme produksjon må man ha egne disponerte områder til lagring slik at de økologiske produktene holdes adskilt enten fysisk eller gjennom tidsmessige ordninger. Man må også utføre selve produksjonen adskilt, samt ha gode rutiner for å unngå at produktene blandes sammen. Hvis produksjonen bruker samme driftsenheter for produktene, må disse bli tilfredsstillende rengjort før økologisk produksjon, rengjøring skal også registreres utført. Ved slakting skal også fisken være både bevisstløs og følelsesløs.