Faidherbe begynte sin militære karriere i artilleriet i Metz i 1842, tjenestegjorde i Algerie fra 1842 til 1847, i Guadeloupe fra 1848 til 1849, og på nytt i Algerie fra 1849 til 1852. Han ble forflyttet til Senegal i 1852, og den 16. desember 1854 ble han guvernør for denne franske kolonien. Med et kort avbrudd (1862) hadde han denne stillingen frem til 1865, da han ble general og igjen forflyttet til Algerie. Han vendte tilbake til Frankrike i 1867.