Bygging av nye baser og radarer, bedre fly og våpen og salg av beslaglagte gjenstander på det svarte markedet gjør X-COM sterkere og sterkere, men romvesnene intensiverer også sin kamp ved å sende flere og større romskip samt å bruke tankekontroll. Det å fange romvesner levende åpner opp for å lære hvordan vesnenes krefter virker. Er man uheldig kan også X-COM basene invaderes av romvesnene, så hvordan man har bygd basen kan også bli viktig.