Puducherry ligger i det sørlige India, på Koromandelkysten ved Bengalbukta, rundt 135 km sør for Chennai. De nærmeste byene er Cuddalore, ca. 20 km sør, og Viluppuram, ca. 35 km innover i landet. Byen ligger på høyde med havet. Sør for byen flyter munningsarmene Ariankuppam og Chunnambar av elva Gingee til havet.