Pater Damian valgte å bli på øya, og arbeidet blant de spedalske i 16 år. Han virket ikke bare som prest, men også som lege, selv om han ikke var utdannet til dette. Mye av det arbeidet besto i stell av de mange sår spedalske får, noe som økte faren for å bli smittet. Han merket i 1884 at han var smittet, da han skulle bade føttene og merket av han ikke hadde følelse i dem. Han klarte allikevel å arbeide i fem år til før han døde av sykdommen den 15. april 1889, 49 år gammel.