En tid etter hans død ble Judas' lik fraktet fra Beirut til Roma og plassert i en krypt i Peterskirken hvor den ble besøkt av mange hengivne. I henhold til populær tradisjon er levningene av den hellige Judas blitt bevart i et armensk kloster på en øy i den nordlige delen av innsjøen Issyk-Kul i Kirgisistan, i det minste fram til midten av 1400-tallet. Senere legender har enten nektet for at levningene ble oppbevart der eller flyttet dem til en ytterligere mer øde og fjerntliggende sted i en festning i Pamirfjellene.