Fra 1890 til 1892 konsentrerte François seg sammen med sin bror om den kartografiske utforskningen av landet. I 1892 grunnla han havnebyen Swakopmund. I 1893 ble 225 soldater landsatt der, under eventyrlige forhold, for å slå ned et opprør blant hottentottene, ledet av Hendrik Witbooi. 12. september 1893 klarte François å erobre hottentottenes festning Hornkranz.