Sánchez Pareja fungerte to ganger som generalguvernør for kongedømmet Nueva Galicia og president for Real Audiencia i Guadalajara. Første gang var fra 1771 til 1776. Da ble han en kort tid erstattet av Ruperto Vicente de Luyando, før han vendte tilbake til embedet 22. april 1777 og tjente til 1786. I 1780 fikk han utarbeidet et kart over Nueva Galicia. I 1784 utstedte han hygieneforskrifter for renhold av slakterier, gater og fengsel, og om deponering av avfall. Samtidig forbød han bading i elver og småpytter.