John Patrick Farrelly gikk på . Deretter studerte han filosofi og katolsk teologi ved Georgetown University i Washington, D.C. og fra 1873 ved Facultés universitaires Notre-Dame de la Paix i Namur i Belgia. Farrelly mottok senere sin doktorgrad i teologi i Roma. I løpet av studietiden i Roma var han alumnus ved Pontifical North American College.