Boito satte umiddelbart i gang med å revidere sin opera, han redusert lengden med om lag en tredjedel. De viktigste endringene var følgende: Boito fjernet hele første scene av den opprinnelige akt 4 (scenen i den keiserlige domstol), han fjernet symfonisk intermezzo «La Battaglia» og formet akt 5 som en epilog. Faust-rollen ble endret fra baryton til tenor.