Avetaranian ble født i Erzurum i østlige Tyrkia i 1861 i en muslimsk familie. Hans mor var døv, blind og stum, og døde da Avetaranian var kun to år gammel. Hans far var en dervisj (muslimsk asket). Han tok det armenske navnet Johannes Avetaranian (Avetaran betyr «evangelium») og ble døpt som kristen i Tiflis i Russland (dagens moderne by Tbilisi i Georgia) den 28. februar 1885.