Funn av teglstensfragmenter på området hvor kirken lå tyder på at den var bygget av samme type gule hollandske teglsten med rødfarvede kortsider, som Trinitatis kirke og Rundetårn er oppført av. Det er derfor nærliggende å anta at Sankt Anna Rotunda også ble bygget med kryssforband, slik at murene ble gul- og rødstripede (som Oldenborgernes våpen).