Spillet begynner med at feen Navi vekker Link fra et mareritt. Navi har blitt sendt for å bringe Link til vokteren av landsbyen hans, Great Deku Tree, som har blitt forhekset og er nær døden. Link bryter forbannelsen, men klarer ikke å hindre treet fra visne. Før han dør, forteller Deku Tree Link at trollmannen som forhekset ham ville ha en spesiell juvel som Deku Tree besitter og at han forsøker å erobre Hyrule. Link får vite at han er den som må stoppe denne trollmannen og blir bedt om å dra til Hyrule Castle. Før han drar, gir Deku Tree ham den omtalte juvelen, som er en av de tre Spiritual Stones, før han visner.