Vidar L. Haanes er medlem av Agder Vitenskapsakademi, Kirkehistorisk Samfund og Norwegian American Historical Association. Videre har han vært medlem av Transatlantic Education Forum, i styret i Kunnskap Oslo og er medlem av Working Group on Higher Education & Research, EHEE , EU Commission. Han er medlem av Governing Board i OECDs Programme on Institutional Management in Higher Education (IMHE) Haanes er også medlem av Europarådets for the Policy Steering Committee for Educational Policy and Practice (CDPPE). Fra 2016 er han medlem av styret i NordForsk. Han er nestleder i UHR Forskning, leder av Nasjonalt forum for åpen forskning og nasjonal representant i The Council for National Open Science Coordination (CoNOSC). Haanes er videre medlem av Kirkemøtet i Den norske kirke. Han er/har vært medlem av styret i Kifo, redaktør av Luthersk Kirketidende, Tidsskrift for Praktisk Teologi, redaksjonsmedlem i Nordic Journal of Religion and Society.