I perioden 1932 til 1937 ble Stone sammen med dommerkollegene Louis Dembitz Brandeis og Benjamin N. Cardozo (den liberale fraksjonen) kalt «De tre musketerer» fra høyesteretten. Disse tre stod aktivt frem som tilhengere av Franklin D. Roosevelts New Deal-programmer. I løpet av denne tiden var Stone også forfatter av flere viktige domsslutninger om arbeid- og forretningsjuss. Som følge av sin støtte til New Deal-programmene ble han i midten av juni 1941 utnevnt til landets neste høyesterettsjustitiarius av president Roosevelt som erstatter av Charles Evans Hughes. Denne beslutningen ble bekreftet gjennom Senatet i slutten av juni, slik at han fra juli 1941 og helt frem til sin død forble i embetet som høyesterettsjustitiarius.