Shikongo var en av en rekke politikere i Windhoek som ble «trukket ut» av SWAPO i februar og mars 2009 fordi de ble mistenkt å være lojale til opposisjonsgruppen Rally for Democracy and Progress. Det var uklart om han kunne gjeninnsettes, grunnet prosedyreproblemer ved uttrekningen. Shikongo var også antatt å nyte betydelig politisk støtte fra ovamboer født utenfor det kulturelle Ovamboland, kjent som . Mange bor i Katutura, et township i Windhoek.