Nancey Murphy har hevdet at det er to typer av ontologisk reduksjonisme: den første som benekter at helheter er noe mer enn sine deler, og den andre som er den sterkere tesen om atomistisk reduksjonisme som sier at helheter ikke er «virkelig ekte». Hun innrømmer at uttrykket «virkelig ekte» er tilsynelatende meningsløst, men har likevel forsøkt å forklare den antatte forskjellen mellom de to. Dette er den sterke formen for reduksjonisme som skiller seg fra Metodologisk reduksjonisme.