Noe som gjør SETI svært vanskelig er at det er så mange ukjente variabler. En vet ikke hvor på himmelen man kan forvente å finne radiosignaler, heller ikke hvilke frekvenser fremmede sivilisasjoner kan tenkes å sende på, eller hvordan de vil overføre informasjonen. Når man gjennomfører et SETI-prosjekt, er man nødt til å gjøre en del antakelser for å smalne inn søket, og dette gjør at det til dags dato ikke er gjennomført noen fullstendige søk.