Bygningen til middelaldermuseet er reist over tufter av Borgundkaupangen. Dette handelsstedet fra middelalderen er delvis utgravet. Arkeologiske funn fra utgravingene er utstilt i Middelaldermuseet. Kaupangområdet ligger sørøst for Borgund kirke, og en sti fører fra friluftsmuseet til middelaldermuseet. Middelaldermuseet ble åpnet i 1987. Det blir fortsatt gjort arkeologiske funn i området. Middelaldermuseet har også en kafé om sommeren.