Duffy beskriver seg selv som «katolikk siden krybben» og har spesialisert seg på Storbritannias religionshistorie på 1400- til 1600-tallet. Duffys arbeide har sterkt bidratt til å endre synet på Den katolske kirke i Storbritannia, særlig i England, hvor den tidligere ble ansett som utdøende på under senmiddelalderen, men Duffys forskning har vist at det fortsatt var livskraftig kulturell kraft.