Selv om Endlers guppy er nært beslektet med guppy, er det snakk om to forskjellige arter. Begge arter føder levende unger. Endlere kan krysses med guppy, og avkommet vil ikke bli sterilt. Mange innenfor akvariemiljøet mener slik hybridisering fortynner genforrådet, og anbefaler at Endlers guppy bør holdes adskilt fra guppy. Andre foretrekker hybrider; ettersom både vanlig guppy og Endlers guppy har blitt utsatt for mye innavl, vil hybridene få bedre helse. Mange av fiskene som selges i dyrebutikker som Endlers guppy, er egentlig hybrider.