Giulio Aleni vokste opp i Brescia da byen gjennomgikk en religiøse fornyelse som følge av reformer igangsatt på biskop Domenico Bollanis (1559–1579) tid. Det er sannsynlig det preg Bollani hadde satt på byen og de verker han etterlot seg bidro til Alanis beslutning om å tre inn i en misjonsorden, og hadde da Peru i tankene. Han trådte inn i jesuittenes novisiat den 1. november 1600. Etter kort tid gav han til kjenne at han ville bli misjonær. Fra 1602 til 1605 studerte han filosofi ved ordenens kollegiun i Parma. I desember 1607 begynte han på det berømte Collegio Romano i Roma, som da var i full blomstring og med sine 230 jesuitter fra mange land.