Dette er den tredje kjente kirken på stedet. Den første var trolig en stavkirke som ble bygget i middelalderen, kanskje på 1200-tallet. Det er kjent fra to diplom daterte til 1318/19 og 1322/23 at Jostedalen hadde kirke og prest. En gang etter svartedauden ble Jostedalen lagt øde, og bygden ble trolig ikke reetablert før i andre halvdel av 1500-tallet. Den første skriftlige kilden man har etter svartedauden er en skatteliste datert til 1596 som forteller hvilke ytelser presten skulle ha fra bøndene. I forbindelse med nyryddingen hadde man trolig satt den gamle stavkirken i stand.