Mange brukere har behov for å kjøre Windows-programmer. De enkleste løsningene er Wine, som er fritt og gratis, og de kommersielle programmene Crossover og Cedega. Disse gjør programmene kompatible ved å reimplementere Windows' API innenfor Linux. Mange programmer kan i dette miljøet kjøre like raskt som på en Windows-maskin, og i enkelte tilfeller raskere. Styrken ved denne løsningen er at programmene ikke krever en installasjon av Windows, og dermed heller ingen Windowslisens. Svakhetene er at det ikke er et 100 % kompatibelt system.