Rogers styre av Sicilia var preget av stor religiøs toleranse. Omkring 80 prosent av befolkningen var muslimer, og det var viktig for ham at de fikk anledning til at dyrke deres tro i fred. Dette var viktig fordi det var denne befolkningen som stilte med embetsmenn og soldater, og ga betydelige bidrag til kongedømmets økonomi. Samtidig oppmuntret Roger katolske italienere fra fastlandet til å slå seg ned på øya, og han styrket den katolske tilstedeværelsen ved å endre det gresk-katolske bispedømme i Palermo til et romersk-katolsk erkebispesete og opprette flere nye bispedømmer. Dette ga ham støtte hos paven, og da pave Urban II ble valgt i 1088, vendte han seg til Roger da han fikk problemer med den tyske keiseren. Roger fikk stor frihet fra kirken, han fikk blant annet anledning til å utnevne biskoper til tross for kirkens steile holdning i slike saker ellers, ref investiturstriden.