Etter seks år mente kritikere, som fortsatt omfattet store deler av presteskapet, at biskopen hadde fylt alle viktige stillinger i bispedømmehierarkiet med tilhengere av hans agenda. Dette mente man hadde gjort at kirkelivet i Gipuzkoa under biskop Munilla var nesten gått i stå. Mot slutten av 2018 var det igjen offentlige protester mot biskopen fordi han hadde gått inn i den lukrative lokale hotellvirksomheten med bispedømmets midler, noe kritikere fant etisk uakseptabelt for en biskop.