Jakob Böhmes lære utviklet seg fra en intensiv brytning mellom gudserkjennelse og naturerkjennelse som ble virkelighet i en mystisk opplevelse. I sitt første verk „Aurora oder Morgenröte im Aufgang“ skildrer han først følgene av at han ble klar over det guddommelige vesen. Det guddommelige og det naturlige, det åndelige og det kroppslige smelter sammen til en skuet enhet, som han beskriver i bildet av morgenrøden som er i ferd med å bryte igjennom, og som samtidig er uttrykk for frembruddet av en „ny reformasjon“. I senere verk blir innholdet av „morgenrøden “, som Böhme selv mente var uferdig, fremstilt mer nøyaktig. Hans hovedverk er boken „Mysterium magnum“. Den „tyske filosof“ («Philosophus Teutonicus»), som Böhme også ble kalt, forstod sin lære som evig kunnskap, som urgrunnen som gjennomtrenger alt åpenbarte ham (Gud, hvis eksistens er uten enhver grunn).Denne opplevelsen åpenbaringen kaller han en „kommen i det hele“, som blir mulig for mennesket når det forlater alt sitt eget og igjen får „øye på det guddomelige øye“. Han regner menneskets fornuft som huset som rommer „den guddommelige erkjennelses sanne forstand“. Dette sier han også slik: „Gud har gitt meg visdommen, ikke jeg, som det jeget jeg er, men Gud i meg.“ Som den guddommelige erkjennelse virker innen fornuften i mennesket, slik virker den himmelske visdom innen naturen som en altomfattende åpenbarer av den skjulte Gud. I den mystiske læren om den skjulte Gud kan man trekke en parallell til Martin Luthers teologiske lære. Men til forskjell fra Luther ser Jakob Böhme alle ting i umiddelbar gjennomtrenging av Gud, som kan sees gjennom Sophia. Det guddommelige Sophia blir i Jacob Böhmes teoretiske system også beskrevet med begrepene „øye“ og „speil“ idet urgrunnen erkjenner seg selv . Dette speilet fremstiller Böhme som ikke åpenbart, og som en „speilglans“. Med „glans“ forstår han skyggefigurene i et speil. Dette speilet blir åpenbart når den guddommelige treenighet selv føder. Slik speiler visdommen alle ting i naturen hhv. visdommen føder alle tings vitenskap. Dette kan bli tilgjengelig for mennesket gjennom Guds egen åpenbaring i sinnet. Slik forstår Jacob Böhme da også som „guddommelig vitenskap“. Religionshistorisk kan man finne en rot for Böhmes teosofiske lære i den gammeltestamentlige „visdomsboken“, en mystikk som Böhme kreativt utvider. I en sammenlignende fremstilling blir Sophia (visdommen) symbolisert som en jomfru, som var i paradiset med Adam. Fordi denne verdens lystånd tok Adam i besittelse, rømte jomfruen Sophia, og Adam ble Evas ektemann. Den himmelske jomfruen venter nå på at Adams barn skal vende tilbake til henne, for å gifte seg med dem i et „himmelsk bryllup“. Hun kan betegnes som Theosophia eller Christosophia. Gjennom det mystiske bryllupet kommer mennesket tilbake til paradiset. Böhme sier at det finnes i naturen, men mennesket er bare ikke i det.. Den „himmlelske jomfru“ var ikke bare et abstrakt prinsipp for Böhme, men en levende gestalt, som han etter eget utsagn kunne se og oppleve. „Det finnes ikke noe åndelig uten at det er levende!“. Det er selv ikke noen person, likevel kommer personen (selvet) i ethvert mennesket til syne i den som i et guddommelig speil. Hans innsikter skal være oppstått ut fra foreningen med den himmelske visdom (med det menes foreningen av overkjønnslig natur). I sitt verk „ Beschreibung der drei Principien göttlichen Wesens (Beskrivelse av det guddommelig vesens tre prinsipper)“ skildrer Böhme en slik mystisk opplevelse av (Teo)Sofia.Jacob Böhme angir en utførlig kristelig meditasjonsvei i sine skrifter, som skal føre mennesket til den himmelske Sophia.