Baiers andre arbeider inkluderer polemiske verk mot Erbermann, en konvertitt til romersk-katolisismen og en jesuitt, og mot kvekerne; og tre andre kompendiumer som ble utgitt etter hans død. Et av eksegetisk, et om moralteologi og et i dogmehistorie. Hans betydning ligger i det faktum at han fortsatte og populariserte teologien til Musäus, og hans gjerning ble fortsatt av Johann Franz Buddeus, som han etterlot som professor i moralfilosofi ved Universitetet i Halle.