Etter februarrevolusjonen telegraferte Aleksandr Kerenskij til admiral Nepenin ved den russiske flåten som lå ved Sveaborg og ba om at Seyn ble arrestert og han ble sammen med sin kansellisjef Michail Borovitinov ført under bevoktning til Petrograd. Hans hustru Sofia Seyn valgte å følge ham i fangenskapet.Seyn ble enten kastet over bord fra en pram som fraktet fanger fra Petrograd til Kronstadt, eller kan ha blitt kastet i vannet etter at han ble løslatt og druknet.