Josef Oberhauser ble i 1948 i den sovjetiske okkupasjonssonen dømt dømt til 15 års fengsel for medvirkning i Aktion T4 og for medlemskap i SS. I forbindelse med et omfattende amnesti ble han i 1956 sluppet fri. I 1964–1965 ble Oberhauser dømt til 4 års fengsel for medvirkning til 450.000 mord i Bełżec. Domstolen i München (tysk: ) ga relativt kort straff begrunnet med at Oberhauser hadde sonet en fengselsstraff i DDR. Oberhauser sonet 2 år. Øvrige tiltalte i Bełżec-prosessen (tysk: ) i München ble frikjent. De tiltalte nektet ikke for at det hadde skjedd massemord i leiren der de arbeidet. I Trieste ble Oberhauser dømt i 1976 til livstid i fengsel for forbrytelser i Italia. Straffesaken i Trieste ble utløst av Sobibor-prosessen i Hagen i 1966. Ingen av de seks tiltalte i Trieste-prosessen var til stede og bare Oberhauser var i live da saken kom for retten (Wirth døde i 1944, Gottlieb Hering i 1945, Franz Stangl i 1971 og Dietrich Allers i 1975). Oberhauser sonet ikke i Italia og var fri mann resten av livet.