Da krigen brøt ut på nytt i 1455, hadde Karl Knutsson i begynnelsen framgang i kampen mot danskene. Men da hans marsk Tord Karlsson (Bonde) ble myrdet i mai 1456, fikk danskekongen Christian I overtaket. Samtidig vokste misnøyen i Sverige som en følge krigens anstrengelser, og i begynnelsen av 1457 fant erkebiskop Jöns Bengtsson (Oxenstierna) og adelsmannen Erik Axelsson (Tott) tiden inne til å gjøre opprør. Da nyheten om opprøret nådde Karl Knutsson, skyndte han seg nordover fra Østergøtland, men ble overrasket i Strängnäs av erkebiskopens hær, og han klarte bare såvidt å redde seg tilbake til Stockholm. Han kunne ikke lenger stole på byborgerne, og da ingen av hans høvedsmenn og fogder kom til unnsetning, dro han i landflyktighet og seilte til Danzig (Gdańsk) i februar samme år. Med Karl Knutsson i eksil overtok de to opprørslederne styret i Sverige og organiserte valget av kong Christian I av Danmark til konge, først i Åbo, deretter i Stockholm.