Som en statlig virksomhet er Helse Sør-Øst RHFs hovedoppgaver definert gjennom oppdrag fra Helse- og omsorgsdepartementet. Helse Sør-Øst RHF har ansvar for spesialisthelsetjenestene i Agder, Akershus, Buskerud, Innlandet, Oslo, Telemark, Vestfold og Østfold, med til sammen over tre millioner innbyggere. Helse Sør-Øst har ansvar for 57 % av den samlede spesialisthelsetjenesten i Norge.