Messiaen ble født inn i en litterær familie som den eldste av to sønner. Moren var lyriker og faren oversatte blant annet skuespill av William Shakespeare til fransk. Da første verdenskrig brøt ut, ble faren Pierre Messiaen innkalt til militærtjeneste, og resten av familien flyttet for å bo hos morens bror i Grenoble. På denne tiden ble Mesiaen opptatt av dramatikk og ble en praktiserende katolikk. Det religiøse aspektet skulle senere ligge sentralt i Messiaens komposisjoner.