Flekkhyener er polygame. Hannen utfører et bukkende rituale til hunnen før de parer seg. Hunnens dominans sikrer at hannen raskt forsvinner dersom han ikke aksepteres. Hunnene kan pare seg hver måned, går drektige i ca. fire måneder før de føder, vanligvis tvillinger, men 1–4 valper regnes som normalt. Valpene fødes gjennom klitoris, som revner. Det tar flere uker for klitoris å gro etter en fødsel. Valpene veier normalt ved fødsel og har åpne øyne når de fødes. De avvennes når de er ca. måneder. Morsmelken til flekkhyener er svært næringsrik. Selve fødselen skjer som regel i ei jordhule som er overtatt etter et jordsvin eller lignende. Når valpene er uker gamle flyttes de til hiet i det sentrale hiområdet. De regnes som fullt utvokste ved tre års alder.