Sumpsypress ble tidligere regnet til sumpsypressfamilien (Taxodiaceae), men genetiske og morfologiske studier viser at denne familien ikke er en naturlig gruppe. Sumpsypress og alle andre arter i sumpsypressfamilien, unntatt skjermtre (), er derfor flyttet til sypressfamilien (Cupressaceae). De nærmeste slektningene til sumpsypress er og .