Hans tittel ble (Chief of Staff to the Supreme Allied Commander), til tross for at det på dette tidspunktet ennå ikke var utnevnt noen alliert øverstkommanderende. I seks måneder i 1943 gransket Morgan omhyggelig Europas kyster. Hans stab regnet ut hvilke tyske og italienske styrker de ville møte, og studerte alle de tekniske detaljer en landgang ville by på.