Han var sendemann i Tokyo fra 1899 der han forsøkte å mildne den stadig mer militante russiske asiapolitikken. Han fikk inn for en fredelig løsning av de spenninger som oppstod mellom Russland og Japan over de mellomliggende områder Korea og Mandsjuria. Han assisterte den tidligere japanske statsminister Ito Hirobumi med å få i stand et besøk til St. Petersburg i 1902 i nok et forsøk på å nedbygge spenningen mellom landene. Disse bestrebelse ble møtt med misbilligelse fra tsar Nikolai II, og Izvolsky ble brått forflyttet til København fra 1903. Også fra København forsøkte han iherdig å tilrettelegge for en diplomatisk bileggelse av spenningen, både før og under den russisk-japanske krig 1903-1904.