Da Chiang gikk av som president den 21. januar 1949 på grunn av kommunistenes fremganger i borgerkrigen, ble Li interimspresident. Mot Chiangs uttrykkelige råd forsøkte han å forhandle med kommunistene, men de forlot forhandlingsbordet den 20. april og krysset Yangtzefloden følgende dag og inntok republikkens hovedstad Nanking den 23. april. Li flyttet da regjeringen till Guangzhou og forsøkte å organisere et forsvar. I november samme år falt Guangzhou til kommunistene og Chiang Kai-shek flyttet regjeringen til Chongqing. Li ble syk, og begav seg til New York City for medisinsk behandling, og fordømte der Chiang Kai-shek som en diktator.