Kort etter at han hadde skilt seg fra Hobbs i 1965, giftet han seg med Bonnie Owens, som tidligere hadde vært gift med Buck Owens. Merle Haggard krediterte henne for hjelp med å få et gjennombrudd som countryartist. Han delte kreditten for låtskrivingen av hiten «Today I Started Loving You Again». Haggard og Owens skilte seg i 1978, men forble nære venner og Bonnie Owens fortsatte som Haggards korsanger helt fram til hennes død i 2006.