Zarqa starter fra østsiden av fjellområdet Gilead, der kilden ligger ved Ain Ghazal nordøst i hovedstaden Amman. Elva flyter først nordover før den svinger mot vest. Lengden er om lag 105 kilometer, og mye av løpet går gjennom dramatiske juv før den munner ut i Jordan mellom Genesaretsjøen og Dødehavet.