Også etter statsministerperioden var J.C. Christensen en sentral person i dansk politikk. Han ble forsvarsminister i 1909, og Venstre-leder fra 1910. Under første verdenskrig var han minister uten portefølje i regjeringen Zahle II, og i 1920–1922 var han kirkeminister i Regjeringen Neergaard II.