De flyttet til San Diego i 1888, hvor han arbeidet som kurator for et naturhistorisk samfunn. Han mottok doktorgrad fra Indiana i 1889 og tok en professorat i zoologi i 1891. I 1892 finansierte Albert C. L. G. Günther Eigenmanns første ekspedisjon, en tur gjennom vestlige Nord-Amerika hvor mange nye arter ble samlet inn. Senere ekspedisjoner fokuserte på de blinde fiskene og salamanderne i huler i Indiana, senere i huler i Texas, Missouri og Cuba.