Selv om Newton Heath ikke var gode nok til å slutte seg til The Football League, la de raskt sine lokale motstandere langt bak seg. Newton Heath tapte ikke en eneste kamp på hjemmebane de ti første månedene i 1888. Men ideen om kamper på tvers av byene hadde fått tak, og i 1889, dannet en grupper på tolv klubber, blant dem Newton Heath, en Football Alliance. De endte på åttendeplass.