Allerede på det første samrådsmøtet internt i EFTA ble det uenighet mellom den sveitsiske forhandlingsleder og den norske folkerettsekspert Morten Wetland om hvordan forhandlingene skulle legges opp. Wetland ville at EFTA-landene umiddelbart skulle innføre EU-retten så langt de nasjonale lover tillot og bare forhandle om de gjenstående forhold, men den sveitsiske representant mente at frihandelsforbundet EFTA først måtte omdannes til en frihandelsorganisasjon med kompetanse på de områder avtalen skulle gjelde, iallfall på interimbasis, og så kunne forhandlingen føres organisasjon til organisasjon. Ettersom EFTA er et frihandelsforbund der hvert land gjør som de lyster, ble forhandlingene ført på tre forskjellige måter: Norge og de tre søkerlandene til EU førte forhandlingene etter Morten Wetlands modell, Sveits forhandlet om institusjonene EFTA-domstolen, EFTAs overvåkingsorgan (ESA) og Den faste komite, og Island konsentrerte seg om bilaterale avtaler med frihandel for fisk og fritak for fri kapitalbevegelse.