Église du Christ au Congo blir ledet av en valgt president og to valgte visepresidenter. Presidenten har rang som biskop og leder av den katedralen i Kinshasa som kalles «Cathédrale du Centenaire Protestant au Congo». Den fungerer som hovedkirke for ECC. Nåværende president er Pierre Marini Bodho; visepresident er Bulambo Lembelembe Josué.