Etter en svak start i 2013-sesongen med bare fire mottakelser for 37 yards i en 34–24 seier Minnesota Vikings hadde han 116 yards og to touchdowns på seks mottagelser i et 25–21 tap Arizona Cardinals. I den neste kampen, mot Washington Redskins, tok han imot syv pasninger for 115 yards og en touchdown i kampen, som endte i seier 27–20. I uke 7 mot Cincinnati Bengals hadde han ni mottagelser for 155 yards og to touchdowns. Den 27. oktober, i en 31–30 seier over Dallas Cowboys, tok Johnson imot 14 av 16 pasninger kastet til ham; han avsluttet kampen med 329 mottatte yards og én touchdown. I tillegg til å slå Lions' lagrekord på 302 mottatte yards i en kamp, satt av Cloyce Box den 3. desember 1950, var det en NFL-rekord for flest mottatte yards i en kamp som ikke gikk til overtid, og nummer to i NFLs historie bak Flipper Anderson, som hadde 336 yards i en kamp Los Angeles Rams vant på overtid i 1989 (Anderson hadde 40 mottatte yards på overtid). I den samme kampen tangerte Johnson Lance Alworth for flest kamper i en karriere med minst 200 mottatte yards med sin femte. I uke 10 mot Chicago Bears hadde Johnson seks mottatte pasninger for 83 yards og to touchdowns. Den andre touchdownen i kampen gav ham også Lions' rekord for mottatte touchdownpasninger med 63, som tidligere tilhørte Herman Moore. I den neste kampen hadde han 179 yards og to touchdowns på seks mottatte pasninger mot Pittsburgh Steelers. Ved sesongslutt hadde Johnson 84 mottatte pasninger, 1 492 mottatte yards og 12 mottatte touchdownpasninger. Johnson ble utvalgt til Pro Bowl 2014, men måtte trekke seg på grunn av skade. Johnson ble rangert som #2 på NFL Top 100 Players of 2014.