I mellomtiden ødelegger den flygende hollenderen (nå under Becketts kontroll) nådeløst alle pirat-skip, men etterlater ingen pirater i live. Dette irriterer Beckett, som trenger fanger å avhøre. Han plasserer admiral Norrington om bord på «den flyvende hollenderen» sammen med flere andre britiske soldater, for å tvinge Jones til å adlyde Becketts kommandoer mer presist. På et tidspunkt beordret Beckett at Jones skal drepe Kraken. Beckett beordrer senere Guvernør Swann myrdet, fordi han har funnet ut for mye om hjertet. Senere blir Jack Sparrow brakt om bord på det britiske flaggskipet, Endeavour, hvor han og Beckett inngår en avtale: hvis Sparrow fører Beckett til Shipwreck Cove og overbeviser piratene om å komme utenfor deres eget område, skal Beckett garantere Sparrows frihet - og ikke overlate ham til Davy Jones. Jack klarer imidlertid å rømme tilbake til Black Pearl, men ikke før han ødelegger en av Endeavours master, noe som forhindrer Beckett fra å følge etter Jack umiddelbart.