I løpet av den lange historien med voldelige konflikter i Brasil, har fremveksten av MST ført til at bevegelsen har vært involvert i mange forskjellige episoder med noen ganger svært blodige sammenstøt og påfølgende motstridende krav, hvor myndighetene, grunneierne og MST beskylder hverandre for å være ansvarlig for blant annet dødsfall, de store skadene på eiendommer og bygningene og den vedvarende fattigdommen blant de brasilianske bøndene.