Spillets historie er ganske avansert, og er basert på Platons verker. Spillet begynner med at Indy blir spurt av Marcus Brody og en Mr. Smith om hjelp til å finne et avgudsbilde i et collegemuseum. Når Indy returnerer med statuen, finner han ei lita kule på innsiden og Smith stjeler statuen. Han avslører at hans virkelige navn er Klaus Kerner og at han er en agent for det tredje rike. Hans neste mål er Sophia Hapgood.