Pekarskijs fremste verk er (1862) og , det russiske vitenskapsakademiets historie, i to deler til 1764 (1870-73). Andre skrifter er (1857, «Mysteriene og det gamle russiske teateret»), (1862, omtrent «Lærde personer fra Kiev på 1600-tallet») og (1863, «Materiale til historien om Katarina IIs publisistiske og litterære virksomhet»).