Senere møter Crash og Cortex et par ondskapsfulle inter-dimensjonale papegøyer som kalles for Evil Twins, som planlegger å ødelegge Wumpa-øyene og stjele Cortex sin hjerne. Men disse fuglene utgjør også en trussel mot Crash-søsknene og deres verden. De må derfor samarbeide med sin tidligere erkerival, Dr. Neo Cortex, for å stoppe denne nye trusselen.