Spillet foregår i en fantasi-verden kalt "Weyard" et massivt, jord-lignende miljø som består av flere store kontinenter og hav. Spilleren kontrollerer fire tenåringer i Golden Sun: Isaac, spillets tause hovedperson, og hans nære venner Garet, Ivan og Mia. De viktigste antagonistene i spillet er Saturos og Menardi, noen utrolig kraftige og talentfulle Adepts. Spilleren må også samhandle med andre karakterer, slåss mot forskjellige monster, og tilegne seg stadig kraftigere evner og utstyr.