Abbaside-kalifen, islams øverste religiøse autoritet, holdt til i Bagdad, på avstand fra begivenhetene. Kalifen utøvde ingen politisk myndighet fra midten av 9. århundre. Makten lå hos seldsjukkene fra midten av 11. århundre til slutten av 12. århundre, deretter hos Khwarezmid-imperiet. Makten var imidlertid hele tiden bestridt, og vi ser Zengi intervenere på vegne av kalifatet når han ikke kjemper mor normannerne. Den mongolske invasjonen i 1258 satte sluttstrek for abbaside-kalifatet i Bagdad. Institusjone ble likevel gjenopprettet i Egypt under mamelukkenes beskyttelse.