Trioseksjonen har tre horn, som var første gang dette hadde dukket opp i den symfoniske tradisjonen. Scherzoen gjentas deretter i forkortet form, bortsett fra at den andre forekomsten av det nedadgående unison-motivet er endret til dobbel tid, noe som er uvanlig. Satsen ender med en koda – merket av Beethoven i partituret, noe som var uvanlig for ham – som raskt bygger fra pianissimo til fortissimo, og innkapsler mønsteret til hele satsen.