Gillis Lips vendte tilbake til Brussel med Joost da sønnen var seks år. I Brussel ble Joost innskrevet ved Kapellekerks sogneskole, der han ble i fire år. Etter dette ble han sendt videre til Aat i grevskapet Hainaut for å studere latin, som ble ansett for å være nøkkelen til videre kunnskap. I Aat ble den unge Lips bare to år, i 1559 reiste han videre til Köln. Der trådte han som 15-åring inn som novise i jesuittordenen ved og fortsatte studiene der. I 1564 hentet foreldrene hans ham tilbake til Leuven, siden de fryktet at han kunne komme til å bli medlem av «Jesuittordenen.