Layton og Luke møter Lady Dahlia og hennes familie-medlemmer, inkludert Simon, Gordon og tjeneste-folket deres. Men før de rekker å diskutere mysteriet videre, høres en høy lyd. Ved herskapshuset oppdager de at Simon har blitt drept, og saken er allerede under etterforskning av inspektør Chelmey, en anerkjent detektiv. Layton og Luke fortsetter søket etter Golden Apple, men blir vitne til kidnappingen av en av Dahlias tjenere, Ramon. Imidlertid dukker Ramon opp dagen etter som om ingenting hadde skjedd. De avslører Chelmey som en bedrager, og han avslører at han egentlig var Laytons erkefiende - Don Paolo. Etter hvert oppdager Layton og Luke hele sannheten om tårnet, og resten av den merkelige landsbyen.