Det er enkelte problemer med bruken av thorium som kilde til fissilt materiale, blant annet de høye kostnadene ved å rense U-233 for rester av det uegnede U-232, som alltid forekommer i en slik prosess. Thorium som har vært brukt i denne produksjonen inneholder også alltid rester av Th-228, som er mye mer radioaktivt og uegnet for prosessen. I teorien er det mulig å bruke U-233 i fisjonsvåpen, men prosessen med å fjerne isotopen U-232 er for komplisert til å opprike naturlig uran og lage en konvensjonell U-235-bombe. Det har også vist seg å være besværlig å gjenvinne thorium til gjenbruk. På grunn av disse problemene er thorium per i dag ikke velegnet for kommersiell energiproduksjon, og det vil være nødvendig med mye teknologisk utvikling innen feltet for å kunne ta i bruk thorium i stor skala. Så lenge man har tilstrekkelige forekomster av uran er det tvil om denne utviklingen kan forsvares økonomisk.