Tilbake i England i 1791 utviklet han sammen med broren Jeremy og maskiner som nyttiggjorde seg dette. I 1795 konstruerte Bentham på oppdrag av er Admiralty en skipstype som tok lærdom fra de kinesiske innovasjoner (seks skip av Arrow-klassen og som kom til krigsinnsats mot Frankrike). I 1796 ble han inspektør for de kongelige skipsverft. Han organiserte den hjemlige skipsbygging mer rasjonelt og introduserte en rekke moderne hjelpemidler og metoder (flytedokker, mekaniske sager, trelim, standardiserte elementer, skiftarbeid).