Som alle land i middelalderen som ble erobret av muslimer, konverterte store deler av befolkningen etter hvert, ikke nødvendigvis ved tvang, men ved at ikke-muslimer ble utelukket fra høyere stillinger og fikk tunge skattebyrder som muslimer slapp. Ifølge en folketelling i 991 var det 6 339 kristne og 14 972 muslimske familier på øyene. Det er antatt at kristendommen ble praktisert i hemmelighet, kanskje i katakombene. Selv i dag finnes det stedsnavn på Malta som kan indikere samlingsplasser for religionsutøvelse, eksempelvis Wied IR-Rum, som betyr «De kristnes dal».