Det osmanske rikes rangering gikk etter religion, og ikke etter nasjonalitet. I løpet av 1800-tallet økte nasjonalfølelsen hos sørslaverne. De første tegnene på en muslimsk bosnisk nasjonal bevissthet kommer ved slutten av 1800-tallet og begynnelsen av 1900-tallet. Da begynte tidlige bosniske nasjonalister distinkt å skille seg fra sine ortodokse og katolske naboer (og andre muslimske beboere i området), og skapte sin egen nasjonale identitet. Mange serbiske og kroatiske nasjonalister benekter en separat bosnisk nasjonal identitet der de hevder at bosnjaker enten er opprinnelige kroater eller serbere, men med muslimsk religion. Denne diskusjonen om Bosnia og om hvorvidt bosnjaker egentlig er kroater eller serbere eller om de er en separat bosnjakisk nasjon pågår fortsatt med full energi den dag i dag. Antropologer mener at de nasjonalistiske påstandene om serbisk og kroatisk opprinnelse er irrasjonelle og ikke verd oppmerksomhet ettersom, med enkelte klare unntak, historien og etnisiteten til de undertrykte i det kommunistiske Jugoslavia har blitt definert av undertrykkerne.