Baglerne blir gjerne forbundet med Kirken og Kirkens menn. Baglerne sammenfaller i tid med paveperioden til pave Innocens III, som i hele Europa vekket til live den striden mellom kirke- og kongemakt som nesten hundre år tidligere startet investiturstriden. To av initiativtakerne til partiet, Nikolas Arnesson og Eirik Ivarsson, var biskoper, og Kirkens menn støttet gjerne baglerne mot birkebeinerne. De fleste baglerne hadde i liten grad en særegen kristen ideologi, men deres kirkelige anfører erkebiskop Eirik Ivarsson hadde det – han var gregorianer og stod prinsipielt for Kirkens overherredømme over kongemakten. Han startet sin periode som erkebiskop med et sviende angrep på kong Sverre og birkebeinerne, og forble en stridbar anfører for baglerne i maktkampen med kongsmakten. Særlig etter 1188 hadde striden gått over i en tilslørt maktkamp mellom konge og erkebiskop som minnet om investiturstridens stridstema. Striden fra Kirkens ståsted gjaldt ikke minst om kongen eller Kirken selv skulle bestemme over Kirkens gods, embeter og skatteinntekter, og ha domsmakt i kirkelige anliggender. Baglerne hadde også støtte fra Danmark, hvor striden mellom kirke og konge var minst like uforsonlig.