Noen ganger er infeksjonene så kraftige og gir så mye plager at det kan være aktuelt å fjerne deler av tarmen. Siden betennelsen kan komme igjen er man forsiktig med å fjerne tarmavsnitt før det er absolutt nødvendig. I enkelte tilfeller fjernes tykktarmen og pasienten får en stomi (pose på magen). Også kanaler fra tarmen til endetarmsområdet – fistler – kan kreve kirurgisk behandling.