Regjeringen var preget av indre spenninger, og var ikke i stand til å styre lande effektivt. Voldsbruken økte utover sommeren, og høsten 2006 var antall døde og sårede de største siden krigen startet, og flere offensiver fra amerikanske og irakiske styrker mot opprørerne førte ikke fram til noen løsning. Malikis regjering ble lenge kritisert for å være avhengig av støtte fra al-Sadr, men har siden vendt seg mot ham.