Henrik VIII døde i januar 1547 og etterlot seg Catherine som en av de rikeste kvinner i England. Thomas hadde blitt gjort til øverste general for ordinansen i 1544 og til Lord Warden i 1545. Han kom tilbake til hoffet noen få måneder før kongens død og ble vitne til at hans bror ble forfremmet til Lord Protector av England, noe som innebar at han var kongerikets reelle hersker. Seymour-brødrene var onkler til Henrik VIIIs unge sønn og arving, den framtidige Edvard VI av England. Som en del av en muntlig avtale ikke nevnt i kongens testamente ble Thomas gitt tittelen baron Seymour av Sudeley, men hans egen ambisjon var å erstatte sin bror som Lord Protector.