Banco de Costa Rica ble grunnlagt i San José 20. april 1877 under navnet Banco de la Unión. Navnet ble endra til Banco de Costa Rica i 1890. I 1928 ble banken desentralisert og åpna filialer i havnebyene Limón og Puntarenas. I 1948 ble Banco de Costa Rica nasjonalisert, og ble i grunnloven av 1949 definert som en autonom institusjon. I 2012 hadde banken til sammen 246 filialer i 67 av landets 81 kantoner.