Etter at superkontinentet Gondwana ble brutt opp dannet India og Madagaskar en periode et lite kontinent, men utbredelsen til indiakameleonen skyldes ikke kontinentaldrift. Fylogenetiske undersøkelser viser at kameleonene har spredd seg fra Madagaskar etter at øya ble isolert, og at forfedrene til indiakameleonen har vandret via Afrika og Arabia. Jemenkameleonen er den nærmeste slektningen til indiakameleonen.