Etter krigen ble Genzken stilt for retten i det som ble omtalt som Legeprosessen i Nürnberg. Her ble han i august 1947 dømt til livstid i fengsel for krigsforbrytelser, forbrytelser mot menneskeheten og medlemskap i kriminell organisasjon. Dommen ble senere redusert til 20 år, men allerede april 1954 ble han løslatt på prøve med tre års prøvetid.