Thern begynte sin fotballkarriere hos IFK Värnamo i 1982. Da ønsket hente ham valgte han heller å vente med å forlate Värnamo og takket nei. Den daværende juniorlandslagsspilleren forlot tredjedivisjonsklubben da han foran 1985-sesongen meldte overgang til den svenske storklubben Malmö FF under daværende ledelse av trener Roy Hodgson og manager Tord Grip. Thern ble én av flere yngre spillere som ble satset på i klubben, blant annet sammen med Stefan Schwarz og Joakim Nilsson.