Kommunens navn er sammensatt av norrønt , antageligvis i betydningen «grunt vann», og , «fjord eller vik». Navnet er ikke funnet nevnt i gammel tid, ifølge stedsnavnsgranskeren Oluf Rygh. Navnet later til å være et fjordnavn, men det forblir uvisst hvilken av fjordene som tidligere har båret det. Med utgangspunkt i de beslektede navnene Flatvad i Sunndal og Flatval på Frøya mente Rygh at den grunne fjorden med mange øyer og skjær utenfor Vik kunne være opphavet til Flatanger-navnet.