Hjort må ha visst hva en slik offentlig polemikk mot okkupasjonsmakten kunne medføre, og han ble arrestert 21. oktober 1941. Hjort ble først forvart på Møllergata 19 (Oslos hovedpolitistasjon på den tiden) og deretter overført til fangeleiren Grini i desember 1941. Tiden på enecelle på Møllergata 19 var en prøvelse for Hjort, mens fellesskapet på Grini med mange kjente gjorde fangetiden lettere. Ikke minst var mye av kremen av den norske samfunnseliten på Grini. Etter frigjøringen ble det sett som et adelsmerke å ha sittet der. Johan Bernhard Hjort ble fra da av desidert regnet på «den riktige siden».