Susa ble ødelagt minst to ganger i sin historie. I 647 f.Kr. jevnet det assyriske kongen Assurbanipal byen i løpet av en krig hvor folket i Susa tydeligvis deltok på den andre siden. Den andre ødeleggelsen fant sted i 639 da muslimske arméer første gang erobret Persia. Den antikke byen ble gradvis forlatt i årene som fulgte.