Billettprisen for første-klasse passasjen var satt til 25 dollar for 76 km som var en av de dyeste blant jernbaner. Høye priser for å frakte gods og passasjerer, til tross for svært store utgifter til løpende vedlikehold og oppgraderinger. Jernbanen ble en av de mest lønnsomme i verden. Tekniske og helsemessige problemer gjorde Panamajernbanen den dyreste jernbane (per km bygget på den tiden).