Global oppvarming fører til at temperaturen øker. Målinger i Tsjolpon-Ata av temperaturene i februar for perioden 1972–2009 viser at vannet er blitt 1,6 °C varmere og lufta 1,9 °C varmere. Det er spesielt vinter- og vårtemperaturene som har økt, mens økningen om sommeren og høsten er mindre. Høyere temperatur gir økt avsmeltning av isbreene og større vannføring i elver og grunnvannstrømmer som går til Issyk-Kul, men fører også til høyere fordampning. Hvis temperaturøkningen fortsetter i samme tempo, vil alle isbreer i nedslagsfeltet være borte i 2050. Kunstvanning har en lang historie i bekkenet. I 1997 ble dyrket mark vannet. Forbruket av vann til irrigasjon var tidlig på 2000-tallet omtrent halvert i forhold til 1980-åra. Vannivået økte med 0,93 m fra 1997 til 2011.