Senere, i 1940, etablerte han og al-Bitar den arabiske Ihya-bevegelse (som senere endret navn til Den arabiske Ba'ath-bevegelse, ved å overta navnet til Zaki al-Arsuzis gruppe av samme navn). Bevegelsen hadde stor fremgang, og i 1947 fikk Den arabiske Ba'ath-bevegelse sammen med al-Arsuzis Arabiske Ba'ath-organisasjon og etablerte Det arabiske Ba'ath-parti. Aflaq ble valgt inn i partiets eksekutivkomite og ble valgt til «amid» (partileder).