I verneområdet finnes mer enn 700 plantearter, mer enn 30 pattedyr og 100 fuglearter, 8 reptilarter og 13 amfibiedyr, så vel som omkring 60 fiskeslag. Hundefisk ble gjenoppdaget her i 1992. Donauauen er sentrum i et større område som dannes av Neusiedlersee og Morava og som særlig vinterstid huser en rekke arter som gås, terne, laksand, kvinand, stokkand i tillegg til en rekke vadefugler, men også mange sjeldne arter som storskrikørn, fiskeørn og sangsvane.