Thibaudeau ble medlem av partiet La Montagne («Fjellet) og stemte for at kong Ludvig XVI skulle dø uten betingelser. Uansett vekket han noe mistenksomhet da han avslo å bli medlem av Jakobinerklubben. I mai 1793 ble han sendt på spesialmisjon vestover for å forhindre at hans departement ble medlem av den føderalistiske bevegelse. Han var særlig opptatt av pedagogiske saker, mest betydningsfullt er organiseringen av museet i Louvre. Det var ham som sikret inkluderingen navnet til Thomas Paine, den amerikanske revolusjonære, i listen for amnesti for girondene. Skrekkveldets faser gjorde ham til moderat, noe han viste etter Robespierres fall ved å bidra til å få avsluttet terroren.