Mendel døde den 6. januar 1884, 61 år gammel, i Brno, Mähren, Østerrike-Ungarn (nå Tsjekkia), av kronisk nefritt. Den tsjekkiske komponisten Leoš Janáček spilte orgel ved hans begravelse. Etter hans død brente den påtroppende abbeden alle papirer i Mendels samling, for å markere en slutt på hans skattetvist.