Fenomenene er i seg selv ubestridt, men det som har blitt til dels kontroversielt er mekanismene som har frembragt fenomenene. Mens noen biologer har hevdet at det trengs spesifikke makroevolusjonære mekanismer for å forklare makroevolusjonære mønstre, har andre biologer ment at mikroevolusjon er tilstrekkelig til å forklare all evolusjon som skjer (og har skjedd). Teorier om spesielle makroevolusjonære prosesser har vært populære spesielt mellom 1900 og ca. 1940, men mange av disse har blitt tilbakevist.