Få uker senere, den 9. januar 1890, mottok Bakhita dåpens sakrament, sin første kommunion og fermingens sakrament (konfirmasjonen) av patriarken av Venezia, kardinal Domenico Agostini. Hun fikk da dåpsnavnene Josefina Margareta Fortunata Maria. Bakhita ble snart klar over sitt kall å bli ordenssøster. Den 7. desember 1893 trådte hun inn hos Canossasøstrene, ble ikledd to år senere med ordensnavnet sr. Josefina (italiensk: Giuseppina). Etter novisiatet ble hun utspurt om sitt kall av den nye patriarken, kardinal Sarto, den senere pave Pius X (1903-14). Han ønsket henne velkommen i ordenen, og den 8. desember 1896 avla hun de høytidelige løftene i Verona, 27 år gammel.