I den nye rettssaken den 9. september 1966 erklærte Sheppard seg ikke skyldig. I motsetningen til den første rettssaken tok verken Sheppard eller Susan Hayes vitneskranken, en strategi som var vellykket da «ikke skyldig» ble gitt den 16. november. Hva som var avgjørende for dommen var bedømmelsen av blodsprut fra åstedet.