Deretter kom han til hoffet i Beijing. ved dette tidspunkt hadde Qianlong-keiseren fullført en endring av jesuittenes rolle og spillerom. Skjønt de hadde hatt et nærvær ved hoffest siden Kangxi-keiserens regjeringstid, var deres mulighet til å misjonere etterhvert blitt drastisk redusert i Qing-tiket. Det keiserlige dekret av 1724 vær av særlig betydning, ved at det var blitt tatt drakoniske skitt for å avgrense kristendommens spredning. Da Qianlong-keiserens kom til makten var jesuittenes rolle blitt endret. Som Mark Elliot sier i sen biografi om Qianlong-keiseren ble jesuittene tillatt å lære og å dokumenbtere de mandsjuiske og kinesiske språk og kultur i bytte mot deres tjeneste i Qianlong-hoffet som undersåtter. Likesom mange andre jesuitter betrådte Michel Benoist hoffområdet vel vitende om at det var usannsynlig at han noensinne skulle få vende tilbake til hjemlandet nolen gang.