I 1812 ble byen beleiret av Napoleons invasjonshær på vei mot Moskva. Napoleon og hans store hær krysset Nemunas-elven 2. juni 1812. Naoleon ble værende 18 dager i Vilnius i påvente av tsarens svar på fredstilbudet. Vilnius hadde på den tiden omtrent 30 % jøder blant sine innbyggere. Napoleon ble overrasket over livsstilen som minnet ham om Middelhavsområdet og skal ha vært den første som kalte byen «Det nordlige Jerusalem.» Napoleons hær ødela mye av den jødiske gravplassen da den ble brukt til lager.