Da Bedini i 1848 vendte tilbake til Roma ble han assistent til kardinal Giacomo Antonelli, som på denne tid innehadde stillingen som Kirkestatens utenriksminister. Fra mars til november 1848 fulgte Bedini paven, som under revolusjonen i 1848 dro i eksil til Gaeta. På denne tid formådde Garibaldi å utnyttet romernest motvilje mot Napoléon III, hvis tropper kom paven til hjelp, og han støttet opp om triumviratet bestående av Giuseppe Mazzini, Aurelio Saffi og Carlo Armellini, som en kortere tid ledet en romersk republikk.