Koirala trappa nå opp krigen mot opprøret. I slutten av mai 1998 satte han igang store politioperasjoner mot maoistene i åsene vest i landet. Dette førte også til store tap blant sivile som ikke støtta maoistene, og utløste kraftig kritikk av regjeringa. I august gjorde regjeringa avtale med 9 venstregrupper om å kompensere familiene til ofrene og ikke gå videre med lover som ville gitt utvida fullmakter til politiets spesialstyrker.