Zell var tilnyttet Albert-Ludwigs-Universität i Freiburg im Breisgau fra 1505. Han fikk en utdannelse innen «De frie kunster» (omtrent humaniora), og studerte særlig Aristoteles. Imidlertid ble han stadig mer opptatt av teologi, og skaffet seg senere en utdannelse i dette.