Quechua har av mange lingvister blitt gruppert sammen med aymara, hovedsakelig fordi omtrent en tredjedel av quechuas vokabular er svært likt aymaras. Det debatteres fortsatt om disse likhetene skyldes at språkene er genetisk beslektet, eller om likhetene bare skyldes nær kontakt over lang tid. Det har vist seg å være vanskelig å bevise hva som er riktig.