Den 12. februar 2005 utnevnte pave Johannes Paul II ham til biskop av San Jose. Erkebiskopen av Manila, Gaudencio Rosales, ordinerte ham til biskop den 30. april samme år; medkonsekratorer var biskopen av San Pablo, Leo Murphy Drona S.D.B., og biskopen av Cubao, Honesto Ongtioco. Innvielsen fant sted den 14. mai 2005.