Første utgave av Beatport 1.0 ble lansert i januar 2004. I september samme år inngikk gjensidig samarbeid med «Native Instruments», slik at det ble mulig gjennom en DJ-Software driver fra dette firmaet å integrere Beatports Website, og gjennom en software browser, fritt søke i musikkutvalget, lytte til sanger, kjøpe, og lade opp direkte fra databanken. I august 2006 kom den foreløpig siste versjon, kalt Beatport 3.0.