Vannspissmusa lever i nær tilknytning til vann, men den er også funnet flere ganger et godt stykke fra vassdrag. Observasjoner og fangst er nesten alltid knyttet til vann, vassdrag eller fuktig mark. Oresumper og fuktenger samt høystaudemark langs elver og små bekker peker seg ut som gode biotoper, den er også funnet ved strandenger på kysten og langs vassdrag i næringsfattig lavfuruskog.