Den 1. mai 1865 beordret det nyinnsatte presidenten Andrew Johnson dannelsen av en ni-manns militær kommisjon for å sjekke hvilken rolle de forskjellige medkonspiratørene angivelig skulle ha til drapet på president Abraham Lincoln. Under denne rettssaken forsøkte forsvaret å bevise at Samuel Mudd hele livet hadde vært en lojal amerikansk borger. Mudd hevdet selv at han hele livet hadde vært dypt religiøs mann som hadde viet seg til familien sin.