Garnier gikk inn i den franske marine, og var fra 1860 til 1862 med som fenrik på felttoget mot Kina og Cochinkina. Han ble så ansatt i den nye franske kolonien og ledet etter Lagrées død i 1868 den videre utforskning av floden Mekong. Han reiste nordover til Dali og seilte så på Jangtsekiang til Hankou.