Atrieflimmer og andre arytmier kan føre til dannelse av blodpropper i hjertet, som så kan embolisere og ledes inn i hjernens blodkar. Visse former for trombofili (økt koagulasjonstendens) har en predileksjon for arteriell trombose og hjerneslag; inklusive polycytemia vera og den sjeldne sykdommen paroksystisk nokturnell hemoglobinuri.