I 1902 falt Henley av en jernbanevogn, og hendelsen førte til at den passive tuberkulosen blomstret opp igjen. I juli 1903 døde han fredelig, 53 år gammel. Han ble gravlagt på den samme kirkegården som datteren, i Cockayne Hatley. Hustruen Anna Boyle Henley ble senere gravlagt på samme sted.