Under 49ers tredje sesongoppkjøringskamp i 2016 begynte Kaepernick å sitte mens USAs nasjonalsang ble avspilt før kamper istedenfor å reise seg, som er normen, i protest mot rasisme og systematisk undertrykkelse i landet. Uken etter, og gjennom seriespillet, begynte Kaepernick å knele istedenfor å stå under nasjonalsangen. Protestene ble møtt med svært polariserte reaksjoner, hvor noen uttrykte støtte for Kaepernick og hans protest mot rasisme, mens andre så på det som respektløst fremfor militært personell. Hans handlinger førte til videre protester som ble enda mer intense i september 2017 etter at president Donald Trump sa at NFL-eiere burde "sparke" spillere som protesterte under nasjonalsangen. Etter sesongen trakk Kaepernick seg fra sesongen og ble en free agent, men ble ikke signert av noen lag. I november 2017 leverte Kaepernick en klage mot NFL og lageiere hvor han anklaget dem for å ha konspirert for å holde ham ute av ligaen. Kaepernick trakk klagen i februar 2019 etter å ha nådd ett forlik med NFL.