Fra 1964 til 1971 var Habermas professor i filosofi og sosiologi ved Johann Wolfgang Goethe-Universität i Frankfurt am Main. Frankfurt var på denne tiden et viktig senter for det tyske studentopprøret, hvilket Habermas fikk kjenne på kroppen. I utgangspunktet sympatiserte han med studentenes anliggender: deres kritikk av massemedienes monopolistiske og avpolitiserende tendenser; deres kritikk av det tyske universitetssystemet, som de mente var elitistisk og bidro til å opprettholde klasseskillene i samfunnet; samt deres kritikk av undertrykkelsen av den tredje verden, særlig den amerikanske imperialismen i Sørøst-Asia. Skjønt Habermas sympatiserte med studentene, stilte han seg tidlig på den reformistiske linjen. Endring trengtes, men måtte ifølge Habermas oppnås gjennom fornuftig argumentasjon og demokratisk deltakelse, istedenfor gjennom voldelige aksjoner. Habermas kalte sågar studentbevegelsen «venstrefascistisk» for å distansere seg fra det han oppfattet som voluntarisme og desisjonisme - handling uten fornuft og innsikt - hos sine studenter. Etter heftige debatter med studentene forlot Habermas i 1971 Frankfurt for isteden å bli direktør for Max-Planch-instituttet ved München. I 1981 offentliggjorde han sitt hovedverk, . I 1983 slo han seg igjen ned i Frankfurt som professor i filosofi med fagområdene sosialfilosofi og historiefilosofi.