Nurejev hadde gjennom hele livet sitt et indre konflikt om sin seksualitet. Han var homoseksuell, og hans store kjærlighet var danseren Erik Bruhn. Tidlig på 1980-tallet en gang fikk han hiv-viruset, og han ble dødelig syk i 1990. Hans siste forestilling var La Bayadère i 1992, og han døde av aids 6. januar 1993 i Paris.