Den tredje sesongen har i motsetning til de to første sesongene tre hovedplott, og den har bare 20 episoder. Det første mysteriet blir introdusert i "The Rapes of Graff" fra sesong 2. Veronica prøver å finne ut hvem voldtektsmannen på Hearst er. Mysteriet blir løst i episode 9 "Spit and Eggs", som ender med det neste mysteriet, et mord. Veronica som studerer kriminologi, prøver selvfølgelig å løse drapsgåten. Det siste hovedplottet handler om sheriff-valget i hjembyen, der Keith Mars stiller til valg.