En gang etter hendelsene i Mario + Rabbids Kingdom Battle, sam-eksisterer nå innbyggerne i Mushroom Kingdom, inkludert Mario, Luigi og Prinsesse Peach, fredelig sammen med Rabbids og deres Rabbid-kollegaer. Men freden avbrytes plutselig når en horde av Rabbid-Luma-hybrider kalt Sparks stiger ned fra himmelen, forfulgt av Darkmess - et skyggefullt ødeleggende stoff. Rabbid Peach blir ved et uhell bortført. Mario og deres kamp-rådgiver dronen sin Beep-0 frigjør henne fra Darkmess-dimensjonen ved hjelp av Sparks. En ondsinnet enhet kjent som Cursa dukker opp kort tid senere, og forsøker å ødelegge Mario, Rabbid Peach og Beep-0. Men de andre karakterene redder dem med et romskip.