Da satte keiser Fredrik II seilte ut fra Brindisi mot Syria hadde han før avreisen blitt ekskommunisert (bannlyst) av paven. Fredrik II var en dyktig diplomat, og lyktes i 1229 med å inngå en fredsavtale med de muslimse lederne som ga korsfarerne kontroll over Jerusalem, Nasaret og Betlehem i ti år. Som en følge av dette hevet paven ekskommunikasjonen. Dette var det første hovedkorstog som ble startet uten pavelig godkjenning.