Lanfranc ble overtalt av abbed Herluin for å starte en skole i klosteret. Fra begynnelsen av ble han hyllet som . Hans elever kom ikke bare fra Frankrike og Normandie, men også fra Gascogne, Flandern, Tyskland og Italia. Mange av dem fikk senere høyere posisjoner i kirken; det er mulig at en av dem, Anselm av Badagio, ble pave under navnet Alexander II. På dette viset satte Lanfranc sitt preg på den intellektuelle aktivitet til reformbevegelsen som Bec ble sentrum for. Favorittemnene i hans forelesninger var logikk og dogmatisk teologi. Han ble derfor invitert til å forsvare doktrinen om forvandling (Transsubstansiasjon) mot angrep fra Berengar av Tours. Han påtok seg oppgaven med betydelig iver til tross for at Berengar hadde vært en nær venn av ham. Han var talsmann for rettroenhet ved kirkemøtene i Vercelli (1050), Tours (1054) og Roma (1059).