I 1919, fem år etter hans omvendelse, og uten noen formell teologisk utdannelse, aksepterte Tozer et tilbud om å være pastor for hans første menighet. Dette startet en 44 års tjeneste, tilknyttet Christian and Missionary Alliance (C&MA), en protestantisk evangelikalsk forsamling; 33 av disse årene var tjenestegjort som pastor i flere menigheter. Hans første pastorate var i en liten butikk kirke i Nutter Fort, Vest-Virginia. Tozer tjente også som pastor i 30 år ved Southside Alliance Church, i Chicago (1928 til 1959), og de siste årene av hans liv ble tilbrakt som pastor i Avenue Road Church, i Toronto, Canada. Ved å observere det moderne kristenlivet, følte han at menigheten var på en farlig kurs mot å kompromisse med "verdslige" bekymringer. I 1950 mottok Tozer en ærestittelen Doctor of Letters grad fra Wheaton College. Det var i mai 1950 da Tozer ble valgt som redaktør for magasinet, nå kalt , den offisielle utgivelsen av C&MA. I sin første lederartikkel, datert 3. juni 1950, skrev han: "Det vil koste noe å gå langsomt i tidenes parade mens samtidens spente menn virrer omkring i fremskrittets kjappe marsj. Men det vil lønne seg i det lange løp og den sanne kristne er ikke så mye interessert i noe mindre enn det." I 1952, fikk han en Legum Doctor grad fra Houghton College.