I 1839 innledet hun et forhold til den politiske aktivisten, poeten og musikkritikeren Gottfried Kinkel. Forholdet deres ble en skandale, dels fordi hun var katolikk og han protestant, men hovedsakelig for at han som teolog var sammen med en formelt sett gift kvinne. Skilsmissen kom etter en langdryg prosess i stand i 1840, og i 1843 konverterte hun til protestantismen for å kunne gifte seg på ny. Gottfried og Johanna Kinkel fikk fire barn.