Flagget er en trikolor. Den øverste stripe er blå, den midterste hvit og den nederste rød. Farvene stammer fra våpenet. Flagget ble første gang brukt i 1840 da det i hertugdømmene var forsøk på å rive seg løs fra den danske kongens herredømme. Etter gjenopprettelsen av Schleswig-Holstein som stat ble flagget innført i 1949.