Krhin var med i troppen til Slovenia U19 i deres kvalifiseringskamper til Europamesterskapet 2009 og var kaptein i mesterskapet helt frem til han ble tvunget til å prioritere klubbspill. Han fikk sin landslagsdebut for i vennskapskampen mot den 5. september 2009, hvor han kom innpå som innbytter i andre omgang. I november samme år ble han tatt i den slovenske troppen til begge playoff-kampene til VM i fotball 2010 mot . Krhin var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.