Andre verdenskrig ble – som for så mange andre polske institusjoner – den mest tragiske delen av universitetets historie, og førte med seg enorme menneskelige og materielle tap. Undervisningssaler, laboratorier, teknisk utstyr og litteratursamlinger ble fullstendig ødelagt, og hundrevis av universitetets ansatte og studenter ble drept. Etter at høyskolens virksomhet ble delegalisert av tyskerne, virket det som undergrunnsskole, hvor det ble drevet med forskning og hvor studenter ble utdannet, tok sine doktorgrader og habiliterte seg. Under og etter Warszawaoppstanden i 1944 møtte universitetet samme skjebne som sin by.