Ved presidentvalget 8. april 2005 ble Guelleh gjenvalgt for en ny 6-års-periode. Han var da den eneste kandidaten og fikk 100% av stemmene. Han ble også gjenvalgt 8. april 2011, men opposisjonen boikottet da valget slik at Guelleh bare hadde en lite kjent motkandidat (Mohamed Warsama Ragueh). Guelleh fikk 80,6% av stemmene.