Sammen med Pål Kristensen var Johannessen initiativtaker til som sammen med er det største, nasjonale medisinske arrangementet i Norge. Han var leder av de tre første Nidaroskongressene. I perioden 1993–1996 var han professor 1 i allmennmedisin ved NTNU i Trondheim. I 1996 sa Johannessen opp stillingen som fulltidsprofessor for å konsentrere seg om arbeidet med å etablere Norsk Helseinformatikk AS (NHI) og gikk over i en professor 2-stilling.