Anthony Kiedis er sønn av skuespiller John «Blackie Dammett» Kiedis og Margaret «Peggy» Idema, som ble skilt i 1965. Etter skilsmissen bodde Anthony hos moren og halvsøsknene Julie, Jen og James i Paris Street i Grand Rapids (i nærheten av Michigansjøen), før han som elleveåring flyttet med faren til Los Angeles, California. Her gikk han på Emerson Junior High og Fairfax High, og det var her han traff Micahel «Flea» Balzary for første gang.