En av de nordlige rutene til Silkeveien passerte Issyk-Kul. Gravsteiner funnet her viser at mange døde av pest i 1338 og 1339. Det kan derfor tenkes at svartedauden oppstod ved Issyk-Kul, og deretter spredte seg til i Kina, India og Europa med de handelsreisende. Det er funnet DNA fra pestbakterien i disse gravene, og DNA-et er av en opprinnelig type. Bakterien kan ha blitt overført til mennesker fra murmeldyr i Tian Shan-området.