Lena har sine kilder i Bajkalfjellene 20 kilometer vest for Bajkalsjøen. Den renner ned fra fjellene i nordøstlig retning og ut på det sibirske platået ved Jakutsk i republikken Sakha. Her er Lena en stor flod med bredde på opptil 10 kilometer. Lenger nord tvinger Verkhojanskfjellene elven mot vest og her danner elven skillet mellom det skogkledde sentralsibirske høglandet og fjellområdene i østsibir. Utløpet er i Laptevhavet som er en del av Nordishavet hvor Lena danner et stort elvedelta med et rikt dyreliv.