Selv om han styrte diktatorisk, skilte Napoléon seg fra samtidens andre statsoverhoder ved at han forstod nytten han og Frankrike ville ha av å tilstrebe fred, stabilitet og indre harmoni. Han innså at den mest effektive måten å gjøre dette på ikke alene gikk gjennom voldsbruk mot fiender, men fortrinnsvis ved reformer som kunne endre folks mentalitet og emosjonelle innstilling til hans regime. Napoléon åpnet derfor for religionsfrihet, og sluttet følgelig fred med katolikkene og Paven med konkordatet av 1801. Dette bidrog sterkt til å få en slutt på geriljaen i Vest-Frankrike, og det innvarslet Napoléons amnesti i 1802 som tillot alle landsforviste, og emigrerte politiske flyktninger i utlandet å vende hjem til Frankrike uten frykt for represalier. Forutsetningen var at de lovte Napoléons regime troskap og sluttet å bekjempe det. For en angrende synder fantes det hos Napoléon nesten alltid tilgivelse. Han var åpen for å hente sine medarbeidere fra hvor som helst, enten de før hadde vært rojalister eller hebertister, eller var av rik eller fattig slekt. Det eneste kravet han stilte til dem var at de var lojale og dyktige. På denne måten dukket det etter hvert opp mange kjente navn fra revolusjonene i 1789 og 1793 i de sentrale styringsorganene, og blant de 83 prefektene som ble utnevnt i 1800. Denne politikken bidrog sterkt til å pulverisere mye av den franske opposisjonen som i utgangspunktet fantes mot Napoléon.