Alessandro Farnese stammet fra en gammel adelsslekt: Ætten Farnese tilhørte landadelen og hadde ved krigstjeneste og miltære som vunnet anseelse, penger, gods og forleninger. Alessandro Farnese var eldste sønn av Pier Luigi I Farnese, Signore di Montalto (1435–1487) og hans hustru Giovanna Caetani, et medlem av Huset Caetani som også hadde produsert pave Bonifatius VIII.