Erkebiskopen av Milwaukee, Rembert George Weakland, O.S.B., ordinerte ham til prest 1. juli 1983. Malloy tok så lisensiat i teologi ved fra 1982 til 1984. Etter hjemkomst fra Roma ble han kapellan av i Racine i Wisconsin fra 1984 til 1986. Han ble så kalt til Det pavelige diplomatakademi (1986-1990) og studerte til lisensiat i kirkerett ved fra 1986 til 1988. Så tok han den teologiske doktorgrad i teologi ved i 1990.