Skejby kirke ble bygget i det 12. århundre, men lite er kjent om kirken i den perioden. Skejby var da en landsby, og har siden blitt et nabolag i Aarhus, og kirken fungerte som den lokale kirken for landsbyen. Den 26. mai 1420 ble Skejby kirke annektert av biskopen i Aarhus stift i forbindelse med etableringen av et sogn og et ønske om mer kontroll over utpekelsen av prester. Mellom 1620 og 1631 var presten i Skejby sogn også presten i landsbyene Hasle og Lisbjerg. Under svenskekrigene på 1630- og 1660-tallet ble kirken utsatt for plynding og tap av tiende som et resultat av at medlemmene slet med fattigdom. Kirken og sognet har siden blitt kontrollert av Aarhus bispedømme frem til staten konfiskerte det under reformasjonen. I 1912 ble kirken selveid. Sognet ble annektert til Aarhus i 1962, og i 1966 ble LIsbjerg og Hasle separert ut i sine egne uavhengige sogn.