I Ha Tien ble pater Pigneau rektor for De hellige englers seminar, det seminaret som Det parisiske ytremisjonsselskap hadde etablert i Asia, opprinnelig i kongedømmet Ayutthaya i Siam, men som måtte flyttes da burmeserne invaderte i 1765. Pater Pigneau ble dermed ansvarlig for utdannelsen av en flokk på ca. 40 prestekandidater; hankinesere, siamesere og vietnamesere.