Da Zain Al-Abidin etterfulgte sin far, ignorerte han raskt lojalitetserklæringen. Timur marsjerte derfor inn i muzaffaridenes land. Han kom til Isfahan hvor guvernøren gav ham kontroll over byen, men et opprør i byen førte til at Timurs eventuelle godvilje forsvant. Resultatet var nedslakting av befolkningen. Zain Al-Abidin flyktet fra Shiraz i et forsøk på å nå jalayridene i Bagdad som var fiender av Timur. Sjah Mansur og Imad ad-Din Ahmed, sammen med andre muzaffirid-prinser, reiste til Shiraz for å erklære sin lojalitet. Timur satte dem tilbake i sine posisjoner. Erobreren returnerte kort tid etterpå til Transoxiana og Shiraz ble gitt til sjah Yahya.