I forkant av 2009-sesongen ble Wilson utpekt til quarterback for All-ACCs sesongoppkjøringslag. Den 19. september slo Wilson Andre Woodsons NCAA-rekord på 325 pasningsforsøk på rad uten en interception i en kamp mot Gardner-Webb. Han nådde 379 pasningsforsøk på rad før han kastet en interception mot Wake Forest 3. oktober. Wilsons rekord stod i fred frem til 10. november 2012, da den ble slått av Louisiana Tech quarterback Colby Cameron. Wilson var honorable mention for All-ACC i 2009.