Helmont ble doktor i medisin 1599, og bosatte seg 1605 i Vilvorde ved Brussel. Helmont var en av sin tids fremste naturforskere; han oppdaget kullsyren, var en grundlig kjenner av anatomien og hadde betydelige resultater som praktisk lege, framfor alt gjennom sin motstand mot den da og lenge etter så vanlige årelatningen. Hans Opera omnia utgavs 1707. Hans minnesmerke reistes 1889 i Brussel.