På midten av 1300-tallet f.Kr. beseiret den hettittiske Suppiluliuma I kong Tushratta av Mitanni og tok kontrollen over hva som i dag er Syria, inkludert Alalakh, som han la inn under det hettittiske rike. En samling med leirtavler som nedtegner hans overdragelser av mye av landet til Mukish (det vil si landet til Alalakh) til Ugarit etter at kongen av Ugarit hadde varslet den hettittiske kongen om et opprør fra kongedømmene Mukish, Nuhassa, og Niye. Alalakh ble antagelig ødelagt av havfolkene på 1100-tallet f.Kr. slik mange andre byer på kysten av Anatolia og i Midtøsten ble det i den prosessen som kalles bronsealderens sammenbrudd. Stedet ble aldri bosatt på nytt og gjenoppbygd, og havnet ved Al Mina overtok dens plass i løpet av jernalderen.