Ekeberg var utgiver og redaktør for magasinet (1994–1997), et magasin som ble ansett som en nyskapning i Norge i sin tid. Med Ekeberg som redaktør (1999–2000) gjennomgikk NBKs fagblad en forvandling til et aktualitetsmagasin i tabloidformat, med hovedvekt på nyhetsstoff og underlagt redaktørplakaten. Navnet ble forandret til . Som kurator for Office for Contemporary Art Norway (OCA) var han redaktør for de første utgavene av magasinet . Ekeberg har også vært redaktør det nordiske kunstmagasinet (1995), (2004–2005) og nettidsskriftet .