Ved regjeringsdannelsen etter valget i 2011 ble han utnevnt til fiskeriminister. Det ble reist spørsmål ved hans habilitet, ettersom hans svoger Hanus Hansen var en stor fiskebåtreder, men en juridisk betenkning fant Mikkelsen habil. Han valgte likevel å fratre i 2012 og ble formann i Lagtingets utenrikskomité og formann i partiets lagtingsgruppe.