I 1969 fikk Whittaker publisert en artikkel i vitenskapsjournalen , hvor han revurderte inndelingen i riker og kom opp med det systemet han senere er kjent for, nemlig inndelingen i fem riker. Denne gangen var han enig med Copeland om at (bakterier) måtte plasseres i et eget rike, i tillegg måtte inndelingen i riker ta med de samme fire kategoriene som han hadde med i artikkelen fra 1959. Figuren viser den endelige inndelingen. Han forsvarte prokaryoter som et eget riket av flere grunner. En av dem var at utover i 1960-årene hadde mikrobiologene gått inn for en inndeling i prokaryoter (encellede organismer uten cellekjerne) og (en eller flercellede organismer med mange celleorganeller). Dette mente Whittaker var en distinksjon som representerte den største fundamentale forskjellen mellom alle levende organismer. Andre grunner var de rent pedagogiske, han mente at hans funksjonelle system var lett for studenter å forstå.