Restaurering av Wagnerorgelet ble samtidig en aktuell sak, og det ble igangsatt innsamling. I 1993 ble orgelet sendt til Jürgen Ahrend i Leer-Loga i Tyskland og restaurert. I 1994 ble orgelet nymontert i nordre tverrskip, på et galleri utformet av domkirkearkitekt Arne Gunnarsjaa. Samme år omorganiserte han Nidaros domkirkes restaureringsarbeider og fikk – i tillegg til den tradisjonelle verkstedsavdelingen – opprettet en publikumsavdeling, ledet av Tove Søreide, og en forskningsavdeling, med bygningsarkeolog, mag. art. Øystein Ekroll og siv. ing. Per Storemyr. Sistnevnte utarbeidet i 1996 en tilstandsrapport for kirken, som ble lagt til grunn for en restaureringsplan for tidsrommet 1999–2019, utarbeidet i 1998 av Per Storemyr, assistert av Øivind Lunde, direktør fra 1996. Samme år ble Tilsynskomitéen avviklet. I 2004 oppnevnte Kirkedepartementet et styre for Nidaros domkirkes restaureringsarbeider.