Den 31. mai 1985 utnevnte pave Johannes Paul II Pfeifer til biskop av San Angelo. Han ble bispeviet av erkebiskop Patrick Fernández Flores på San Angelo Coliseum 26. juli 1985. Medkonsekrerende biskoper var Joseph Anthony Fiorenza av Galveston-Houston, og John Joseph Fitzpatrick av Brownsville, Pfeifers hjembispedømme.