Mot slutten av 1940 ble Pfütze overført til KZ Auschwitz. Der var han først stedfortredende rapportfører i hovedleiren i KZ Auschwitz. I denne funksjonen deltok han i skytinger av fanger ved den svarte veggen. Fra slutten av februar til mars 1943 var han leirkommandant i «sigøynerleiren Auschwitz» i KZ Auschwitz-Birkenau. Deretter fikk han en utdanning til SS-leder og ble deretter igjen satt inn i KZ Auschwitz. Pfütze ble leirkommandant i SS-Arbeitslager Neu-Dachs og fra mai 1944 også kompanisjef for 4. og 5. SS-vaktskompani i KZ Auschwitz-Monowitz, som ble brukt til å vokte flere av KZs utleirer. Den 9. november 1944 ble Pfütze forfremmet til SS-Obersturmführer.