Da andre verdenskrig nådde Norge i 1940, deltok Johnsen i slaget ved Bagn. Etter Norges nederlag bidro han til å etablere en illegal avis. Høsten 1941 måtte han flykte til England via Sverige, Russland, India og Canada. Han ble medlem av Norwegian Independent Company 1, og tjenestegjorde på en motortorpedobåt fra mai til desember 1944, før han ble sluppet ned i Norge med fallskjerm tidlig i 1945. Han var instruktør for Milorg frem til krigens slutt.