I 1520 delte Henriks barnebarn, Henrik V og Albert VII, igjen hertugdømmet, noe som skapte inndelingen Mecklenburg-Güstrow, som hertug Adolf Fredrik I av Mecklenburg-Schwerin arvet i 1610. I en ny oppdeling i 1621 gav han Güstrow til sin bror, Johan Albert II. Begge ble avsatt i 1628 av Albrecht von Wallenstein, siden de hadde støttet Christian IV av Danmark i Tredveårskrigen. På tross av dette tvang Sverige frem en restaurasjon av disse tre år senere. Da Johan Albert IIs sønn, hertug Gustav Adolf, døde uten mannlige arvinger i 1695 ble Mecklenburg igjen forent under Fredrik Vilhelm.