I dag er kongeørn beskyttet etter den generelle bestemmelsen i naturmangfoldloven § 15 første ledd: Bestemmelsen er en videreføring av det tidligere fredningsprinsippet i viltloven, som ble opphevet da naturmangfoldloven trådte i kraft 1. juli 2009. Ettersom det ikke er fastsatt jakttid for kongeørn omtales arten gjerne som totalfredet. I Norge gjelder også både rovviltforskriften og bernkonvensjonen.