I 1999, er det 45 år etter det opprinnelige angrepet fra Godzilla, klarer ikke løytnant Akane Yashiro å drepe et nytt medlem av Godzillas art under hans aller første kamp. Som et resultat blir Akane degradert samtidig som en gruppe forskere, inkludert Tokumitsu Yuhara, er samlet for å bygge en robot fra det opprinnelige Godzillas skjelett. Cyborg Mechagodzilla, med kallenavnet Kiryu, blir bygd ferdig og innlemmet i Japans forsvar sammen med sine menneskelige piloter, Kiryu-skvadronen, med Akane som en av pilotene.