Johan Nicolai Møllerup ble kaptein i Trondhjem infanteriregiment i 1673, og major samme sted fra 1. januar 1677. 31. mai 1676 mønstret han sitt kompani i Moss og var 25. august sjef for 4. kompani i leiren ved Grindero i Skjeberg. I februar 1677 var han innkvartert i Drammen med korpset sitt, 2. mai 1679 lå han med en bataljon i Helsingborg, og i september samme år ble hans kompanier innkvartert på Landskrona slott. Han ble major for den Bergenske marine bataljon i 1681, major for den Trondhjemske marines bataljon i 1685 og oberstløytnant og kommandant på Kongsvinger festning (Vinger skanse) 13. juli 1689. Der ble han forfremmet til oberst grad den 30. desember 1699. Besk. 13/1-1700.