Lohse ga høsten 1941 etter for Himmlers krav om likvidering av gettoen i Riga. Hitlers ønske og Himmlers ordre ble formidlet av HSSPF Friedrich Jeckeln og Jeckeln understreket at Lohse derfor ikke skulle blande seg inn. Lohse var bekymret for tap av arbeidskraft til Wehrmacht og i byen dersom gettoen ble tømt (det vil si alle jødene drept). Jeckeln understreket at tap av arbeidskraft var underordnet målet om å fjerne jødene. Lohse insisterte også på at deportasjoner fra andre tyskkontrollerte områder til Riga og Lativa måtte avklares med den sivile administrasjonen og ikke var en ren politisak. Jeckeln hadde fått ordrer direkte fra Himmler ved et møte 12. november 1941 i Østprøyssen. Jeckeln skulle fullføre likvideringen av Rigas jøder slik Stahlecker hadde påbegynt. Lohse, som ikke ville fremstå som svak i jødespørsmål, understreket at han bare motsatte seg ville og uorganiserte massakrer, ikke utryddelsen av jøder i seg selv. Himmler informerte Rosenberg (Lohses overordnete) om sine planer for utryddelsen av jødene i Riga. Rosenberg ga opp motstanden og lovet å støtte den biologiske utryddelsen av jøder i Europa og lovet at Lohse skulle samarbeide om denne storslagne oppgaven. Lohse ble 25. oktober 1941 informert av ministeriet om innredning av gasskammer i Latvia. Dette ble ikke noe av og i stedet ble det brukt gassvogner i Riga.