Merkl var utdannet med mastergrad i internasjonal politikk fra University of Minnesota (1953) og tok i 1958 doktorgraden i statsvitenskap ved University of California, Berkeley. Han var fra 1958 og fram til 2001, da han gikk av for aldersgrensen, professor ved University of California, Santa Barbara. I sin forskning har Merkl særlig konsentrert seg om sammenlignende politikk og har beskjeftiget seg med tysk politikk, fascisme og høyreekstremisme, samt politisk vold og terrorisme.