I november 1990 ble han statssekretær i kultusministeriet i delstaten Mecklenburg-Vorpommern. Fra desember 1994 var han sjef for statskanselliet under statsminister Berndt Seite. Etter at CDU tapte regjeringsmakten ved landdagsvalget i 1998 måtte han forlate denne stillingen. Den 26. oktober 1999 overtok han ledelsen av det saksiske statskanselli under statsminister Kurt Biedenkopf. Etter Georg Milbradts avgang ble han utnevnt til ny saksisk finansminister den 30. januar 2001. Da Milbradt etterfulgte Biedenkopf som statsminister, overtok Maizière justisministeriet den 2. mai 2002. Etter landdagsvalget i 2004 ble han den 11. november det året utnevnt til saksisk innenriksminister.