Han var gift med filantropen og kvinnesakspionéren Henriette Seyler (1805–75), som tilhørte det hanseatiske bankierdynastiet Berenberg i byrepublikken Hamburg og som var datter av L.E. Seyler, mangeårig leder og medeier i Joh. Berenberg, Gossler & Co. Ektefellen var en periode medeier i sin families bank- og handelshus; hun var barnebarn av Abel Seyler, en av 1700-tallets mest kjente europeiske teaterledere. Slekten Seyler var opprinnelig en patrisierslekt fra Basel i Sveits. Wegner synes å ha hatt et nært forhold til svigerfaren i Hamburg, og bankierfirmaet Berenberg dukker ofte opp i Blaafarveværkets arkiv. Han har etterkommere særlig i familiene Wegner, Paus og Nørregaard.