Añoveros identifiserte seg raskt som sympatisk stilt overfor den baskiske nasjonalisme. Han nektet å delta på offisielle høytideligheter sammen med francoistiske biskoper, etablerte et godt samarbeid med den lokale og sterkt pro-baskiske geistlighet, og tok i forsvar forfulgte nasjonalistiske prester. Han gjorde også sitt beste for å avspore rettssaker mot de som ble siktet for undergravende propaganda, som i en sak fra 1973 mot fire prester fra Portugalete.