Half-Life 2 begynner når G-man snakker til Gordon i en slags drømmeaktig scene, etter å ha holdt ham fanget langt fra jordkloden i nesten to tiår - hvor Gordon aldri ble fysisk eldre. Han kommenterer at «rett mann på feil sted kan utgjøre hele forskjellen i verden» og Gordon blir deretter sendt til City 17. Men Freeman oppdager raskt at jorden har blitt erobret og okkupert av det transdimensjonale Combine-imperiet.