Den 20. juni 2006 ble han dømt til 2 års ubetinget fengsel for grov tjenestesvikt. Dommen ble anket og stadfestet av Østre Landsret 8. februar 2007. Den 10. april 2007 ble han idømt ytterligere to års ubetinget fengsel for embedsmisbruk og tjenestesvikt. Brixtofte sonet fengselsstraffen i Horserød Statsfængsel.