Men i 1999 startet tamiltigrene en sterk motoffensiv først mot sør, så mot nord, og Paranthan og Kilinochchi ble gjenerobret av de tamilske separatistene i løpet av kort tid. Deretter konsentrerte tigrene deres ressurser mot Jaffna-halvøya, og i mars 2000 ble en betydelig tamilske styrke landsatt på de nordlige strendene av Jaffna-halvøya, for deretter å rykke fram til Pallai midt mellom Elephant Pass og Chavakacheri (som selv kom under trussel av tamiltigrene som tok seg over Jaffna-stredet på samme tid). Dermed var militærbasen på Elephant Pass, som ikke har ferskvannskilder, truet fra nord, øst og sør med bare én vei som ledet ut til Kilali ved Muhamalai. Det andre slaget om Elephant Pass sluttet den 22. april 2000 med en tilbaketrekning tilbake til Kilali-Muhamalai-forsvarslinjen. Flere hundre skal ha blitt drept under de blodige kampene, som sluttet med at tamiltigrene vant en av sine største militære seire i krigen.