En særlig oppgave som protokollkomiteen etter lang praksis hadde, var å ta stilling til klagesaker som innbyggerne måtte reise mot administrasjonen. I etterkrigstida økte antallet slike klager. Mange av dem var svært detaljerte, og det var arbeidskrevende og krevde gjerne spesialkompetanse å vurdere dem. En god del klager kom fra personell i forsvaret. I 1952 blei ordninga med en ombudsmann for forsvaret oppretta. Dette kunne ha avlasta komiteen, men det var i utgangspunktet ikke foretatt noen tydelig ansvarsfordeling mellom de to institusjonene. Protokollkomiteen markerte i 1955 revir ved å vedta ei prinsipperklæring om at det ikke fantes hjemmel for at ombudsmannen skulle være et silingsorgan for klager.