Eiendommen ble konfiskert av okkupasjonsmaktene under Annen Verdenskrig. Da tyskerne forlot eiendommen var den i en slik forfatning innvendig at barna ikke kunne flytte tilbake. Pikene ble derfor overflyttet til Barnehjemmet i Sandviken og flyttet inn i «Hus nummer 1» i Sandviksveien 41. Formelt opphørte Sudmannske barnehjem å eksistere i 1947, og eiendommen overtatt av Bergen kommune.