Hjartøya har mange mindre bukter og viker og på sørsida av øya er de mest betydelige Tortenvika, Kvalvika, Breivika, Gongvika, Einvika, Mjåvika og Smørsteinvika. I Smørsteinvika ligger et større oppdrettsanlegg tilhørende Cermaq Norway AS. På nordsida av øya er de mest betydelige Åslundvika/Hamnvika, Mølnvika, Kråkvika, Sandnesvika og Heimsundet.