I 1980-årene var all politisk opposisjon forbudt, og måtte derfor operere i all hemmelighet. I 1986 flyktet tidligere statsråd Aden Robleh Awalleh til Etiopia der han etablerte opposisjonsgruppen Mouvement national djiboutien pour ĺinstauration de la démocratie (MNDID). I 1989 utviklet det seg voldelige motsetninger mellom etniske grupper i hovedstaden Djibouti Ville og i den afar-dominerte byen Tadjourah, med økende spenninger i afar-områdene. Også året etter var det etniske sammenstøt i hovedstaden.