Flaggermus er stort sett enten små muselignende eller hundelignende pattedyr med pelskledt kropp. Flygehuden på vingene mangler stort sett hår. Vingene består av et dobbelt hudlag som er spent mellom kroppen og fire av fingrene, som er sterkt forlenget i forhold til andre pattedyr. Den første fingeren («tommelen») er formet som en klo. Mellom hudlagene går det nerver og blodårer. Vingespennet varierer mye fra art til art, fra 15 cm til 1,5 meter. På bakbeina har flaggermus fem klør, som den henger etter når den hviler. Den har også flygehud mellom bakbeina og halen. Flaggermus har skarpe tenner og kan spise opp mot 3000 insekter i løpet av en natt.