Han ble ofte oppfattet som en av Thomas Cranmers assessorer, men ifølge Cranmer selv var han bare en assistent som advokat for kongen under prosessen som førte frem til at erkebiskopen erklærte ekteskapet ugyldig 23. mai 1533. Umiddelbart etter ble Gardiner sent til Marseille, hvor paven og Frans I traff hverandre i september. Henrik var mistenksom, ettersom Frans, som var hans allierte, tidligere hadde forsvart ham i forhold til skilsmissen. Under samtalen la Edmund Bonner frem at kongen ville appellere til et konsil dersom paven skulle felle dom mot ham. I 1535 ble Gardiner og andre biskoper invitert til å forsvare kongens nye tittel, «øverste leder for kirken i England». Resultatet var hans høyt roste verk , som ble regnet som det beste forsvaret av kongelig overhøyhet. Samme år hadde han en disputt med Cranmer om visitas av bispedømmet. Han fikk også i oppdrag å svare på pavens brev hvor det ble truet med å frata Henrik riket.