En rekke av veteranene som hadde sikret seriegullet la opp før 1988-sesongen. Ny trener var svenske Stefan Lundin, og i serien dette året endte laget på 4.-plass. I cupen nådde laget nok en gang semifinalen. Her ble det tap 0-1 for Brann på Melløs. Moss deltok dette året i den europeiske serievinnercupen, og i likhet med i UEFA-cupen i 1983 trakk man et av de desiderte topplagene; Real Madrid. I den første kampen i Madrid ble det tap 0-3, mens det ble tap 0-1 på Melløs.