Han ble valgt den 1. august 1559, men på grunn av den turbulens og henrettelser som hadde kommet i kjølvannet av Elizabeths kroning var det vanskelig å finne de nødvendige fire biskoper villig og kvalifisert til å innvie ham og det var ikke før den 19. desember at seremonien ble utført ved Lambeth av William Barlow, tidligere bishop av Bath og Wells, John Scory, tidligere bishop av Chichester, Miles Coverdale, tidligere bishop av Exeter, og John Hodgkins bishop av Bedford. Beskyldningen at det hadde vært en usømmelig innvielse som ble foretatt i vertshuset Nag's Head synes å ha blitt spredd av en jesuitt, Christopher Holywood, i 1604, og har siden blitt tilbakevist. Parkers innvielse var gyldig kun ved kongelig overhøyhet, den edvardianske ordenstall, som hadde vært benyttet, men som hadde vært opphevet av Maria I og ikke gjeninnført ved parlamentsvedtak i 1559.