Mjaaland er født og oppvokst i Oslo. Han studerte filosofi, religionshistorie og teologi i Oslo, Göttingen og København, og tok magistergraden i filosofi på avhandlingen (1999). Hans PhD om Søren Kierkegaards filosofi ble forsvart ved Universitetet i Oslo i 2005. Siden har han vært gjesteforsker ved University of Chicago, Universität Heidelberg, Universität Tübingen og University of Oxford. Mjaaland var Alexander-von-Humboldt Fellow ved Universitetet i Hamburg 2012–13. I 2014 ble han professor ved Teologisk Fakultet på Universitetet i Oslo, og fra 2018 i et professorat i religionsfilosofi.