Zoran Đinđić ble drept i Beograd i trappeoppgangen til den serbiske regjeringens hovedbygning den 12. mars 2003 kl. 12:23. Han ble skutt én gang i brystet og en kule trengte inn i hjertet og drepte ham momentant. Ifølge en offisiell regjeringsuttalelse var han ikke ved bevissthet og hadde ikke puls da han ankom akuttmottaket. Hans livvakt Milan Veruović ble alvorlig skadet i magen av et annet skudd. Đinđićs drapsmann, Zvezdan Jovanović, kalt Zveki, skjøt fra vinduet i en bygning ved siden av.