Under Klaksvíkstriden i 1955 var Patursson aktiv i protestene mot danske myndigheters inngrepen i færøyske forhold. I denne forbindelse ønsket han også nyvalg til Lagtinget, for å se hvor det færøyske folket stilte seg i selvstyrespørsmålet, men dette ble blankt avvist av statsminister Kristian Djurhuus. Patursson ble stemplet som kommunist av danske og amerikanske myndigheter, særlig etter at han mottok en hilsen fra EIK(m-l) med oppfordring om å fortsette kampen for Færøyenes selvstendighet.