Portugiserne tok kontrollen over byen på 1500-tallet. I 1871 ble den erobret av sultanen av Muqdisho. Under andre verdenskrig ble byen inntatt av britiske styrker fra Kenya. Etter uavhengigheten i 1960 ble Mogadishu hovedstad i Somalia. Siden 1977 har imidlertid borgerkrig preget landet. I 1990 overtok opprørere kontrollen over selve byen. Dette førte til kamper mellom ulike fraksjoner, noe som skadet byen stort. Fra 1992 til 1995 var FNs fredsbevarende styrker utstasjonert i byen. 3. oktober 1993 satte den amerikanske hæren i gang en offensiv for å ta til fange administrasjonen til den mektige krigsherren Mohamed Farrah Aidid. Denne operasjonen og den etterfølgende gatekampen som krevde 19 amerikanske og utallige somaliske liv, er temaet for den amerikanse filmen , som hadde premiere i 2001.