Av de nordlige elvene er Rhinen den lengste med sine 1320 km, hvorav 865 km gjennom Tyskland. Rhinen har spilt en stor rolle for dannelsen av tysk identitet, og det knytter seg en lang rekke myter og sagn til denne elven. Elbens kilder ligger i Riesengebirge på grensa mot Tsjekkia og Polen, og munner ut ved Cuxhaven på nordsjøkysten etter et løp på 1165 km, hvorav 725 km i Tyskland. Oder kommer fra de tsjekkiske Beskidene, og renner først gjennom Polen. Nedre del av Oder danner grense mellom Tyskland og Polen, mens utløpet ligger ved Szczecin på den polske østersjøkysten. Weser dannes ved at elvene Werra og Fulda løper sammen ved Hann. Münden, og drenerer de sentrale delene av landet. Weser renner ut i Tyskebukta ved Bremerhaven. Ems renner gjennom det flate slettelandet i nordvestlige Tyskland, og renner ut i Nordsjøen ved Emden.