Rupert Mayer ble født i Stuttgart som barn nummer to i en søskenflokk på seks. Foreldrene var dypt religiøse og ville at barna skulle utvikle seg moralsk og åndelig i tillegg til intellektuelt og fysisk. Mayer hadde en livlig og sjenerøs natur, han var fysisk sterk og god i idrett i tillegg til at han var intellektuelt begavet. 13. april 1890 mottok han sin første kommunion.