Som det eldste universitetet i Sentral-Europa tiltrakk det seg flere akademikere fra regionen, først og fremst fra de nærliggende statene i Det hellige romerske rike, som Bøhmen var del av på den tiden. Dets segl viser dets beskytter Karl IV med hans våpenskjold som konge av det tysk-romerske rike og av Bøhmen, og som kneler foran Venceslas, skytshelgen av Böhmen. Det er omgitt av inskripsjon: (tsjekkisk: ; «Seglet til akademia i Prag»).