Klosterbacken ble skånet da Åbo brant i 1827, men området skulle rives ifølge den nye byplanen som ble vedtatt etter brannen. Deretter satte forfallet inn. Det første initiativet til å bevare Klosterbacken tok kunstneren Axel Haartman i 1908. Det ledet til at byplanen ble endret og museet fikk overta området. I 1940 åpnet museet for publikum.