Etter injeksjon vandrer prøvens kjemiske komponenter gjennom kolonnen med ulik hastighet avhengig av ulikheter i fysiske og kjemiske egenskaper som molekylvekt, kokepunkt, lipofilisitet m.m., samt kolonnematerialets type, kolonnens temperatur og bæregassens hastighet (ml/min), og påvises av detektoren til ulike tider. Temperaturene på injeksjonsporten, kolonnen og detektoren styres av dataprogrammer ut fra hvilke stoffer som analyseres, og kolonnetemperaturen endres i løpet av en analyse slik at det oppnås passende separasjon mellom flyktige og mindre flyktige komponenter.