Jan Nowicki var i et forhold med den ungarske regissøren Márta Mészáros, paret hadde to barn sammen (foreldrene skilt 2008). De laget også flere filmer sammen, som (Jødinnen Edith Stein) (1995). Fra 2009 til 2015 var han gift med Małgorzata Potocka. I 2017 giftet han seg med Anna Kondratowicz.