For å utføre den omfattende bekledning av marmor med innlegg av fargede marmor og halvedelsteiner, ble det hertuglige Opificio delle Pietre Dure («Verksted av halvedelstener»), etablert og som fortsatt er i virksomhet. Kunsten , som den ble kalt i Firenze, satte sammen stikksagede fragmenter av prøvesteiner og porfyr for å danne utformingen av bekledningen som kunne dekke veggene fullstendig. Resultatet ble ikke godkjent av besøkende fra 1700- og 1800-tallet, men har siden blitt verdsatt som et eksempel på smaken av sin tid. Seks store sarkofager er tomme; levningene fra familien Medici er gravlagt i krypten nedenfor. I seksten rom er sokkelflaten dekorert av våpenskjold fra toskanske byer som var under kontroll av familien Medici. I nisjene som var ment å ha portrettskulpturer av medlemmer til familien Medici, ble kun to utført av Pietro Tacca (1626–1642) og framstilte Ferdinando de’ Medici og Cosimo II de’ Medici.