Han ble født i Castilla i en katolsk familie med jødisk bakgrunn. Fra 1528 studerte han sammen med Alfonso Salmeron ved universitetet i Alcalá og avsluttet dette i 1532 med . Deretter dro han med Salméron til Sorbonne i Paris for å studere teologi. Der ble han ble kjent med sin landsmann Ignatius av Loyola.