Etter hvert som sesongen skrider frem, blir Lincolns forhold til sønnen L. J. og Veronica Donovan (spilt av Robin Tunney) sterkere. L.J. gjenoppretter sakte kontakten med sin fremmedgjorte far over flere besøk til fengselet. Veronica blir overbevist om hans uskyld, og forsøker å finne bevis for å frikjenne Lincoln. Etter hvert begynner Lincoln, og de andre av rømnlingene, å grave et hull fra vaktens pauserom. Når sønnen L.J. blir anklaget for drap av de som står bak konspirasjonen mot Lincoln, blir Lincoln bekymret og begynner å oppføre seg veldig irrasjonelt.