Den kirken som står på Helgøy i dag, ble brakt hit fra Hamn i Senja i januar 1888 da nikkelverket i Hamn ble lagt ned. Den kom til Hamn ca. 1877, før dette hadde den stått på Hemnes i Helgeland, og var opprinnelig bygd som korskirke i 1741. Kirken den erstattet på Helgøy hadde stått der i 225 år. Helgøy kirke blir fremdeles brukt ved spesielle anledninger, og da settes det opp ferge for passasjertrafikk.