De av Københavns innbyggere som bodde over en metrolinje var i utgangspunktet ikke særlig begeistret. Direktørene ved Hotel d'Angleterre fryktet for gjestenes nattesøvn, noe som tilsynelatende viste seg å være ubegrunnet. Allikevel ble det utredet en handlingsplan for å redusere støy fra metroen. Til gjengjeld oppsto det problemer med grunnvannssenkninger på Christianshavn, til tross for forsikringer fra Metroens side om at det ikke skulle forekomme. Ved Nørreport stasjon skulle det opprettes mulighet for overgang mellom metroen og S-togssystemet. Valget sto mellom en dypt- og en høytliggende tunnel. Daværende samferdselsminister Sonja Mikkelsen valgte i januar 2000 med grunnlag i en omstridt rapport og med Venstres støtte den dyptliggende løsningen, til tross for at denne løsningen medførte større kaos i anleggsperioden.