Han har vært administrerende direktør for Centre for Development Research i København og har arbeidet i FN, FNs høykommissær for flyktninger i Addis Abeba og for Verdensbanken. Engberg-Pedersen har også medvirket i evalueringskomitéer for UNICEF, FNs utviklingsprogram, FNs organisasjon for industriell utvikling, Den internasjonale sjøfartsorganisasjonen, DANIDA og Southern African Development Coordination Committee. I Norge har han også sittet i programstyrer i Norges forskningsråd.