Han tok artium ved Trondhjems katedralskole i 1840 og juridisk embedseksamen ved Det Kongelige Frederiks Universitet i 1846, hvorpå han ble kopist i postavdelingen i det nye Indredepartementet. Han ble byråsjef i 1857 og postmester i Trondhjem i 1860. I 1863 flyttet postverket til den nye børsbygningen på hjørnet av Kongens gate og Nordre gate. Postmesteren hadde sin embedsbolig i samme bygning. Johannes Musæus Nissen var postmester frem til sin død i 1893.