Han var sønn av kjøpmann Tobias Sophus Brodtkorb og hustru Benedicte Margrethe Schmidt. Han hadde en eldre bror, Carl Adolph Brodtkorb, som ble proprietær på Stokkan, sparebankkasserer og ordfører i Strinda. Faren drev handel på Bakklandet, men druknet utenfor Dolmøya under et besøk hos sin fetter, sogneprest Christian Johannes Brodtkorb, i 1844.