Günther Lützow vokste opp i Kiel i Reventlouallee ved fjorden, der hans far Friedrich Lützow gjennomgikk sin utdannelse fra Kapitänleutnant til admiralstabsoffiser. Günther Lützow tok sin i Stiftischen Landesschule zur Pforte den 3. mars 1931 og begynte sin utdannelse på trafikkflyverskolen i Oberschleißheim 7. april 1931 sammen med senere Luftwaffe-offiserer som Wolfgang Falck, en pioner innen tysk nattjagerfly, og Bernd von Brauchitsch, sønn av artillerigeneral Walther von Brauchitsch og senere sjefadjutant for Luftwaffes øverstkommanderende, Hermann Göring. Skolegangen, som også gav innføring i selskapelige ferdigheter som dans, varte til 19. februar 1932.