Augustine Kasujja var den tredje i en familie på 11 barn; foreldrene var Katalina Nanseko og Yozefu Naluswa.[1] Før han begynte på mellom 1960 og 1965, gikk han på Ssango og Mitala Maria Primary Schools. Han studerte ved hovedseminaret i Katigondo (1966–1967) og Det pavelige universitet Urbaniana i Roma (1967–1974).