Parkers assosiasjon med protestantismen ble tettere med tiden, og han ble forfremmet under John Dudley, 1. hertug av Northumberland, enn under den moderate Edward Seymour, 1. hertug av Somerset. Ved Cambridge var han en venn av Martin Bucer og prekte ved Bucers begravelse i 1551. I 1552 ble han forfremmet til Lincoln domprostembete og i juli 1553 spiste han middag med hertug av Northumberland ved Cambridge da hertugen marsjerte nord på dennes håpløse kampanje mot Maria I av Englands tiltredelse. Som en av tilhengerne til hertugen av Northumberland, og som en gift mann var Parker i en utsatt posisjon under det nye katolske regimet til dronning Maria I.