Da Napoléon Bonaparte ble Frankrikes leder begynte han å strebe etter å gjeninnføre slaveriet i Saint-Domingue. I mai 1802 kapitulerte l'Ouverture til Napoléons styrker (ledet av Charles Victor Emmanuel Leclerc, Napoléons svoger) på vilkår at han fikk beholde sin frihet og at hans styrker skulle blir innlemmet i den franske armé. Leclerc brøt imidlertid sitt løfte og tok l'Ouverture til fange en måned senere. L'Ouverture ble ført til Frankrike, der han omkom på grunn av kulde, sult og vanstell ti måneder senere på festningen Fort de Joux i Jurafjellene i 1803.