Forholdet til Gabon var vanskeligere. Air Gabon hadde flyginger fra landet ble uavhengig til 1977. São Tomé og Príncipe søkte å forbedre forbindelsene og ved midten av 1980-årene bedret forholdet seg såpass at president Omar Bongo bestemte seg for å utvise medlemmer av Frente de Resistência Nacional de São Tomé e Príncipe (FRNST).