Det som ofte nevnes som en ufordel med Invisalign er at produktet er svært kostbart og ofte ikke i stand til å behandle komplekse tannstillings problemer. I tillegg må man benytte seg av nye tannskinner med visse mellomrom, vanligvis annenhver uke, ettersom skinnene ikke kan justeres manuelt. Videre, etter ferdig behandling, må man ofte fortsette å bruke skinne om natten permanent, da tennene ellers vil begynne å bevege seg tilbake til sin gamle stilling. Hovedfordelen er at Invisalign skinnene ser bedre ut estetisk, og er mer komfortable å bruke. Skinnene kan tas av og på etter eget ønske og dette gjør det enklere å vedlikeholde en god munnhygiene. Det anbefales å ha på skinnene i 22 timer i døgnet, så åpner den resterende tiden opp for å spise og pusse tenner.