Borten fortalte også i ettertid at han som statsminister ikke ble orientert om de hemmelige «Stay Behind»-gruppene. Bortens engasjement mot overvåkning og de hemmelige tjenester bar frukter da den stortingsoppnevnte Lund-kommisjonen ble nedsatt i 1994. Lund-rapporten fastslo at ulovlig overvåkning av norske borgere hadde funnet sted. Under de offentlige høringene i 1997 i forbindelse med Lund-rapporten beklaget Borten at han som regjeringssjef ikke fikk gjort nok for å begrense de hemmelige tjenestene, og han uttalte tvil om det i det hele tatt var nødvendig å ha hemmelige tjenester i fredstid.