Han ble født inn i den kjente politikerslekten Hækkerup som sønn av Klaus Hækkerup, nevø av Hans Hækkerup, barnebarn av Per Hækkerup og Grete Hækkerup samt oldebarn av Hans Kristen Hækkerup, som alle representerte Socialdemokraterne. Broren Ole Hækkerup er gift med Karen Hækkerup. Hækkerup-slekten har blitt kalt Danmarks motstykke til Kennedy-klanen.