Etter at troppene ankom Syria fortsatte de inn i den nordlige delen av Jordandalen og deretter videre nordover og herjet landområdene til Kardesj. Etter å ha vendt mot vest igjen, tok Thutmose Simyra (Tell Kazel) og slo ned et opprør i Ardata. For å forhindre nye opprør tok Thutmose gisler fra byene i Syria. De syriske byene var styrt av et lite antall adelige som var alliert med Mitanni. Ved å sikre seg nøkkelmedlemmer av disse familiene og holde dem i varetekt i Egypt, minsket tendensen til å gjøre opprør. Likevel gjorde flere syriske byer opprør på nytt i hans 31. år og vendte tilbake til Syria i sin sjuende kampanje, tok havnebyen Ullaza, mindre fønikiske havner langs kysten. Alt overskuddskorn som ble produsert i Syria ble lagret i havnene han nylig hadde erobret og ble benyttet i forsyningene av egyptiske militære og sivile som var tilstede for administrasjonen av Syria. Det etterlot de syriske byene i fattig tilstand, og med deres økonomi i ruiner, hadde de ikke økonomiske midler til å finansiere et opprør.