Som tilfellet var for Football Manager 2005 klarte ikke Sports Interactive å skaffe alle nødvendige lisenser til Football Manager 2006. Dette gjorde at samtlige fiktive navn fra 2005-utgaven gikk igjen, samt at landslagene til Japan, Sør-Korea og Kina føyer seg inn i rekken over landslag med "grå spillere". Ellers ble Oliver Kahn omdøpt til Jens Mustermann. Feilene til tross: Det hele er svært enkelt å rette opp, nemlig ved å slette den såkalte LNC-filen som følger med spillet.