GCDT er stiftet av et interimpanel bestående av elleve fremtredende eksperter. Disse ekspertene er igjen er utpekt av generaldirektøren for FNs matvareorganisasjon FAO (Food and Agriculture Organization) og IPGRI (International Plant Genetic Resources Institute ), etter å ha konsultert med de interesserte parter. Dette interimsekretariatet befinner seg ved FAOs hovedkontor i Roma.