TOP 09 ble grunnlagt i 2009 av Miroslav Kalousek og andre liberale avhoppere fra det kristendemokratiske partiet KDU-ČSL og den tidligere utenriksministeren Karel Schwarzenberg. De reagerte på hva de oppfattet som en venstredreining innen KDU-ČSL. Schwarzenberg ble valgt til den første partilederen i TOP 09 og stilte som partiets første presidentkandidat.