Ikke mye er kjent om Nālandā i århundrene som fulgte. Den tibetanske lama Tāranātha (1575–1634) fra skolen Jonangpa (som kombinerte retningen shentong med lærdommene i kālachakra), hevdet at den buddhistiske mauryakeiseren Aśoka (304–232 f.Kr.) bygde et stort tempel i Nālandā på stedet for Śāriputras chaitya (bønnehall med en stupa). Tāranātha plasserte også fremtredende mahāyānafilosofer som aktive i Nālandā, deriblant den sørindiske filosofen Nāgārjuna (150–250 e.kr.) og hans disippel Āryadeva (3. århundre e.Kr.). Den sistnevnte hevdet han også var leder av institusjonen. Tāranātha nevner også at , en av Nāgārjunas samtidige, bygde 108 templer på stedet. Selv om dette ville innebære at det var et blomstrende senter for buddhismen ved Nālandā forut for det 3. århundre, har ingen arkeologiske bevis blitt avdekket som støtter denne antagelsen. Da den kinesiske pilegrimen Fǎxiǎn (法显, 337–422) besøkte (stedet for Śāriputra's parinirvāṇa) på begynnelsen av 400-tallet, var en stupa alt som han fant verd å nevne.