Boerhesten kom til Sør-Afrika med hvite immigranter på 1600-tallet. Flere oppdrettere importerte hester og krysset dem med de sørafrikanske ponniene. Det var med disse krysningene boerhesten ble til. Det er trolig flere raser som er krysset inn, men det er svært usikkert hvilke dette er. På 1700-tallet hadde boerhesten fått rykte på seg for å være en god militærhest, siden den kunne klare seg lenge på dårlige matrasjoner.