San Francisco 49ers har to forskjellige uniformer: hjemmeuniformene er i rødt og gull, og borteuniformene er i rødt, gull og hvitt. Laget har gått gjennom flere forskjellige design og fargekombinasjoner gjennom årene. Da laget ble stiftet i 1946 brukte de mørk eller kardinalrød, men gikk over til skarlagenrøde trøyer og gullfargede bukser i forkant av 1948-sesongen, med en gullfarget hjelm med én rød stripe, røde sokker og bukser uten striper. I sin første sesong i NFL i 1949 fikk trøyene tre striper, kombinert med bukser og hjelm i gull uten striper, og røde sokker med tre hvite striper. Fra 1953 til 1955 brukte de røde hjelmer med en gullfarget stripe over midten, med sølvfargedebukser med en rød stripe. Sokkene hadde i likhet med trøyene tre striper. 1955 var også et unikt år i at 49ers brukte hvite bukser med en sort stripe omkranset med to røde striper, med sort skygge på de hvite trøyenumrene.