Etter å ha sluttet i i 2000, var han med i miniserien , om livet til Marilyn Monroe. Han deltok også på audition for rollen som den unge Clark Kent i , en rolle som gikk til Tom Welling i stedet. Hans neste rolle var en gjesterolle i James Camerons serie, på Fox i 2001 som seriemorderen Ben/X5-493, «bror» til hovedpersonen Max/X5-452 (spilt av Jessica Alba). Rollefiguren hans døde i en episode, men Ackles returnerte til serien i andre sesong som Bens klone, Alec/X5-494. Han var med helt til seriens slutt i 2002.