Klosteret skal ha blitt grunnlagt av Brendan sjøfareren i 559. Han skal også være gravlagt her. Clonfert var et viktig kirkelig maktsenter i tidlig kristen tid og middelalder, og også et viktig senter for læring. Teologen Cummin (død 12. november 661) kom fra dette klosteret. Klosteret var også viktig for Céli Dé bevegelsen som oppsto på 700-tallet.