Landstinget var det øverste organet i NSU og et landsstyre møttes fem ganger i året. Et arbeidsutvalg bestående av fem heltidstillitsvalgte valgt på landstinget ivaretok den daglige driften, sammen med et sekretariat på fire. Tillitsvervene i arbeidsutvalget var leder, organisasjons- og likestillingsanvarlig, internasjonalt ansvarlig, fagpolitisk ansvarlig og velferds- og studiefinansieringsansvarlig. Alle studenter ved NSUs medlemsinstitusjoner kunne stille til valg. Organisasjonens siste leder var Anne Karine Nymoen (2009–2010) fra Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet.