For å dekode chipen må overleveren oppsøke «The Railroad», en organisasjon som kjemper for å redde synther, og Virgil lager tegninger til et apparat som gjør det mulig å overstyre instituttets molekyl-signal. Overleveren må alliere seg meg «The Minutemen», «The Railroad» eller «The Brotherhood of Steel» for å få bygd apparatet, og overleveren kommer seg inn i instituttet og finner etter hvert Shaun. Alternativt kan overleveren alliere seg med instituttet.