Legen vil forsiktig føre tuppen av cystoskopet inn i urinrøret og føre det sakte opp i blæren. Prosedyren er mer smertefull for menn enn for kvinner på grunn av lengden og smal diameter av det mannlige urinrøret. Avslapping av bekkenmusklene bidrar til å gjøre denne delen av undersøkelsen enklere. En steril væske (vann, saltvann, eller glysin-løsning) vil strømme gjennom cystoskopet til langsomt å fylle blæren og strekke den slik at legen har en bedre oversikt over blæreveggen.