Fra 1371 møtte Johannes V stadig problemer, først og fremst i form av tyrkernes militære framrykking mot vest under sultan Murad. Etter at Murad hadde lagt under seg store deler av Bulgaria og Serbia, og dermed avskåret det bysantinske riket fra vesten, måtte Johannes i større grad akseptere en vasallstatus. I tillegg var det problemer med sønnen Andronikos, som åpent opponerte mot både Johannes V og tyrkerne. Murad forlagte at Johannes måtte arrestere og blinde sønnen sin, men Johannes nøyde seg med å sette ham i fengsel og frata ham arveretten. Den andre sønnen Manuel sto dermed først i arverekken og ble kronet til medkeiser den 25. september 1373.