Partiet ble stiftet den 23. november 1946 ved sammenslåingen av Sør-Koreas kommunistparti, Sør-Koreas nye folkeparti og deler av Koreas folkeparti. Det nye partiet ble forbudt av de amerikanske okkupasjonsmyndighetene, men organiserte et nettverk av lokale partigrupper med tilsammen 360 000 medlemmer. Pak Hon-yong, tidligere formann i Sør-Koreas kommunistparti, ble Sør-Koreas arbeiderpartis formann. Partiet var imot opprettelsen av Republikken Korea (Sør-Korea). Kommunistene i Sør-Korea ble forfulgt under Syngman Rhees styre, og store deler av partiledelsen flyttet etterhvert til Pyongyang i Nord-Korea.