Etter å ha blitt droppet som kandidat, ble han undersøkt og testet positiv for covid-19 på et privat sykehus den 7. november. Da tilstanden ble kritisk ble han lagt i koma den 9. november i intensivavdelingen i Malacca General Hospital. Abdul Ghafar døde 65 år gammel av covid-19-komplikasjoner på sykehuset den 17. november. Han ble gravlagt på i Malacca.