Den 21. juli 1720 giftet hun seg på Københavns slott med hertug Christian August I av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Augustenborg (1696–1754). Hun ble mor til to sønner og fire døtre. Hun døde i 1744, og ligger begge begravet i Sønderborg slottskapell med sin ektemann. På hennes kisteplate står det: «Herzogin Friederikke Louise zu Schleswig Holstein Sonderburg geborne Gräfin Danneskiold Samsøe, Geboren d. 2. October 1699 gestorben d. 2. december 1744».