Fra 1. juli 1989 til 2002 var han nuntius i Østerrike. I dette tidsrommet kom det beskyldninger om seksuelt misbruk mot ungdommer foretatt av den daværende erkebiskop av Wien, kardinal Hans Hermann Groër, likeså kom det såkalte i 1995, og utnevnelsene av biskopene Kurt Krenn i St. Pölten (1991), Paul Iby i Eisenstadt (1993), Christoph Schönborn i Wien (1995], Alois Kothgasser i Innsbruck (1997) og Alois Schwarz i Klagenfurt (2001). Fra 1990 til 1994 var han også Den hellige stols stående representant ved internasjonale organisasjoner i Wien. Han kom likeledes inn i en kontrovers ved en tildeling av Piusordenen til Kurt Waldheim.