Amerikanerne mente etter hvert at de hadde satset på feil person gjennom Diệm, og et CIA-organisert militærkupp 1. november 1963 fjernet ham. Mordet på Diệm førte til økt politisk og militær ubalanse i Sør-Vietnam. Samtidig økte kamphandlingene stadig i styrke, noe som førte til en økende flyktningstrøm inn til de store byene.