Thomas Jacobsen spilte i Bodø/Glimt hele sin juniorkarriere, og var med Glimt-juniorene som kom til finalen i junior NM i 2002. Der tapte Glimt mot Brann. I 2003 sesongen var han seniorspiller uten reelle muligheter til å komme inn på A-laget til Bodø/Glimt. Han valgte derfor å gå til naboklubben Innstranden som spilte i 3. divisjon.