Etter en tids sykdom ble Haddad fløyet til Øst-Tyskland i mars 1978. Ved hans død ble dødsårsaken oppgitt å være leukemi. Men i 2006 hevdet den israelske journalisten Aaron J. Klein i boka at Haddad i virkeligheten var blitt forgiftet av den israelske etterretningstjenesten Mossad. Over et halvt år hadde Mossad foret Haddad med forgiftet belgisk sjokolade, gjennom en palestinsk stråmann. Opplysningene bestrides av kilder innad PFLP. Den tidligere flykapreren Leila Khaled hevdet i et intervju i 2014 at Haddad ikke likte sjokolade og at han døde av kreft.