I 1972 ble Arne Jørgen Aasen ulønnet docent i organisk kjemi ved KTH. Tre år senere ble Aasen utnevnt i statsråd til dosent i generell og farmasøytisk organisk kjemi ved Farmasøytisk institutt, UiO. Her var han, med to unntak, ansatt til 2007. Aasen var i to år professor i legemiddelkjemi ved Universitetet i Tromsø (UiT), Institutt for matematiske realfag. I 1982 ble han utnevnt i statsråd til professor i kjemi ved Norges landbrukshøgskole (NLH. Fra 2005: Norges miljø- og biovitenskapelige universitet, NMBU), Kjemisk institutt, Ås. Her var Aasen i fem år før han i 1987 ble utnevnt i statsråd til professor i sitt tidligere fagfelt ved Farmasøytisk institutt, UiO. Aasen var professor II i naturstoffkjemi ved UiT, Institutt for farmasi fra 1996 til 2007.