Wikipedias suksess førte til den gradvise bortgangen til Nupedia. Grunnet sammenbruddet i internettøkonomien på denne tiden besluttet Jimmy Wales å ikke fortsette med en betalt sjefredaktør i desember 2001. Etter at Sanger gikk av fortsatte Nupedia i økende grad som en ettertanke til Wikipedia. Kun to artikler ble fullført og gjennomgikk fagfellevurderingen etter 2001. Nupedia gikk inn en stillstand, og dets nettsted ble til sist lagt ned den 26. september 2003. Noen få sider er imidlertid fortsatt tilgjengelige via en speilserver.