I juni 2018 oppsto det en regjeringskrise, idet CDUs bayerske søsterparti opponerte mot en felleseuropeisk asyl- og migrasjonspolitikk. I begynnelsen av juli truet CSUs innenriksminister Horst Seehofer med å trekke seg fra sin stilling, hva som kunne medføre at koalisjonsregjeringen gikk i oppløsning. Imidlertid endte saken i et kompromiss.