Margarethe Danzi fikk undervisning i München av sin framtidige svigerinne, Franziska Lebrun, fra 1778 til 1782, og fra 1782 til 1784 av Leopold Mozart i Salzburg. Hun gjorde seg tidlig bemerket som sanger og klavervirtuos, først i biroller, senere med debut som hoffsanger ved (Cuvilliés-Theater) 26. april 1786. Året etter, bare tolv år gammel, debuterte hun ved i tittelrollen «Der Edelknabe» av Johann Jakob Engel.