Hun vendte tilbake til Burma i 1988 for å pleie sin syke og gamle mor. Mens hun var i Burma gikk sosialistpartiets mangeårige leder, general Ne Win av. Aung San Suu Kyi engasjerte seg i massive demonstrasjoner for demokrati. Demonstrasjonene ble voldsomt slått ned på, og en ny militærjunta tok makten i landet. Aung San Suu Kyi var sterkt påvirket av Mahatma Gandhis prinsipper for ikke-vold, og engasjerte seg politisk i den demokratiske opposisjonen. I juli 1989 ble hun satt i husarrest. Hun ble tilbudt frihet om hun forlot landet, men avslo.