Johan Altenborg Paus var medlem av frimurerlogen St. Johanneslogen St. Olaus til den hvide Leopard, og var dens sekretær i to omganger. Han var medlem av flere regjeringsoppnevnte komiteer som utredet militære spørsmål. Han var knyttet til Krigsskolen i en årrekke, bl.a. som lærer i militær topografi og tegning og sensor i faget «artilleri med konstruktion». Han var styremedlem i Christiania Militære Samfund i flere perioder og i Norges Jeger- og Fiskerforbund fra 1885 til 1893. Han ble ved sin død beskrevet som «en af kamerater, overordnede og underordnede meget afholdt personlighed».