Opp gjennom historien har flagget blitt endret åtte ganger, da utformingen av riksvåpenet og forholdet mellom flaggets lengde og bredde har blitt modifisert. Riksvåpenet har allikevel hele tida inneholdt de samme elementene: en ørn på toppen av en kaktus som holder en slange med klørne. Kaktusen befinner seg på en stein som stikker opp av en innsjø. Dette bildet stammer fra en aztekisk legende som forteller at gudene ba dem bygge en by hvor de så en ørn spise en slange på en kaktus. Denne byen er nå hovedstaden Mexico by. Det nåværende nasjonalflagget, som kalles «Det fjerde nasjonalflagget», brukes også på skip som er registrert i Mexico.