Spener ble i 1663 predikant ved Straßburger Münster, i 1666 «senior» for det lutterske prestefellesskap i den fri Reichsstadt Frankfurt am Main, og 1686 kursachsisk overhoffpredikant i Dresden. Fra 1691 var han prost og konsistorialråd ved Nikolaikirche i Berlin. I 1694 medvirket han ved opprettelsen av reformuniversitetet i Halle, der hans student August Hermann Francke skulle få en fremragendfe rolle.