Konflikten kulminerte i rettssak i november 1637 der hun ble anklaget for kjetteri og dømt til å forlate kolonien og en kirkelig rettssak i 1638 der hun ble utvist fra menigheten. Etter rettssaken i 1637 ble hun holdt i husarrest i en privat bolig utenfor byen i påvente av den kirkelig rettssaken i mars 1638. Hun var trolig gravid (47 år gammel) under rettssaken. Cotton var Hutchinsons venn og ville hjelpe henne samtidig som han ville beholde sin status i Boston.