Sommeren 1899 ble departementet omorganisert i to «styrer»: Arméstyrelsen (FDA) under ledelse av kommanderende general og Marinestyrelsen (FDM) under ledelse av kommanderende admiral. De ble så inndelt i to avdelinger hver, en 1. avdeling med militære avdelings- og kontorsjefer og en 2. avdeling med sivile ekspedisjons- og byråsjefer. Ved en forsvarsreform i 1911 ble det militære innslaget i departementet redusert. Etter dette var ikke lenger kommanderende general og admiral styresjefer.