Goldenthal tok også filmens religiøse undertoner i betraktning, og åpningsmelodien «Agnus Dei» (Guds lam) er en metafor på at fangene i filmen er offerlam på vei til slakteren. Lydsporet består i stor grad av mørk og forstyrrende musikk, men han brukte rolige og behagelige melodier i enkelte scener. I scenen mellom Ripley og Newt i likhuset ligger det en pianomelodi i bakgrunnen for å minne publikum om Jorden og tryggheten hjemme.