Han ble født på gården Nedre Skiaker (Nersjak) på Østsinni i Nordre Land herred som sønn av gårdbruker, sakfører og lensmann Erik Bratlie og hustru Bolette Sofie Meinich. Jens Bratlies pleiefar var onkelen og industrimannen Jørgen Meinich. Jens Bratlie var også nevø av amtmann Hans Thomas Meinich og fetter av jurist og stortingsmann Herman Meinich. Som den eneste norske statsminister var han aldri gift.