Det var strid om hvem som skulle utnevne biskoper, og Gregor mente at kirken selv skulle ha dette ansvaret. Den tyske keiseren Henrik IV motsatte seg dette og beskyldte Gregor for «ikke å være pave, men en falsk munk», og Henrik krevde videre at Gregor skulle trekke seg fra pavestillingen. Striden endte med at Gregor VII lyste Henrik IV i bann.