Hi Fly Malta fikk driftstillatelse fra maltesiske luftfartsmyndigheter i 2013. Det er de samme eierne, det portugisiske selskapet Mirpuri Investments, som står bak både Hi Fly Malta og morselskapet Hi Fly. Forretningsmodellen er basert på wet lease, det vil si utleie av fly med besetning til andre flyselskap, og på en flåte av breibruksfly.