Senere studerte han politisk økonomi ved Kim Il-sung-universitetet i Pyongyang 1960–1964. Foreleserne våget ikke å kritisere Kim Il-sungs sønn, og han fikk snart et ry som universalgeni, slik som faren. Det blir følgelig oppbevart en lang rekke relikvier fra Kims studietid ved universitetet. Klassen hans fikk tildelt den høyest oppnåelige akademiske æresbevisningen, en dobbel . Han skal ha tatt deler av sine studier i politisk økonomi i Øst-Tyskland. Han skal også ha gått flyskole der. Videre sies det at Kim studerte engelsk ved Maltas universitet tidlig i 1970-årene. Han ferierte sporadisk på Malta som statsminister Dom Mintoffs gjest.