I 1948, midt under den greske borgerkrigen, ble han stilt for retten for sin politiske overbevisning og dømt til døden flere ganger av en høyreorientert regjering. Imidlertid ble hans dødsstraff ikke fullbyrdet på grunn av mye internasjonalt ramaskrik. Alle hans dødsstraffer ble redusert til en livstidsdom i 1950. Selv om han fortsatt satt fengslet, ble Glezos valgt inn som medlem av det hellenske parlamentet i 1951, under flagget til Det forente demokratiske Venstre, også kjent som EDA (gresk: Ενιαία Δημοκρατική Αριστερά, ΕΔΑ). Han ble omsider løslatt fra fengsel den 16. juli 1954.