Bybrannen i 1271 eller 1272 la Domkirken i ruiner. Skadene på kirken var store. For å skaffe økonomiske midler til gjenreisningen ble fram til ca. 1300 utstedt en rekke avlatsbrev. Avlat kunne innvilges dersom en troende besøkte en kirke på festdagene til bestemte helgener og gjorde bot for sine synder, og avlatsbrevet kunne forsterkes ved også å betale til kirken. Under gjenreisningen rev en ned restene av koret og vesttårnet, og bygde i stedet et høygotisk kor med en lengde på over to tredjedeler av skipet. Gjenreisingen ble trolig fullført under biskop Arne (1277–1303). Korbueveggen og kirkeskipet var også brannskadet. Her valgte en i stedet å dekke til skadene med tykke lag av kalk.