I 1988 intervenerte Cuba igjen i Angola, nå for å avverge en militær katastrofe i FAPLAs sovjetledete offensiv mot UNITA. Dette førte til slaget ved Cuito Cuanavale, hvor de cubanske styrkene spilte en viktig rolle i å hindre UNITAs og Sør-Afrikas styrker i å innta Cuito Cuanavale. Begge sider hevdet de seiret i dette slaget, men langsiktig kan det regnes som en seier for Cuba og MPLA-styrte Angola. Disse hendelsene regnes som en drivkraft i de pågående forhandlingene i Ny York, som førte til trepartsavtalen i 1988. Ifølge avtalen skulle alle utenlandske styrker, både cubanske og sørafrikanske, trekke seg ut av Angola, og i tillegg fikk Namibia sin uavhengighet fra Sør-Afrika. Den cubanske kampen i Angola var dermed også en av årsakene til at apartheid-styret i Sør-Afrika ble overvunnet. Cuba godtok at landet skulle trekke sine styrker ut av Angola i løpet av 30 måneder. 1. juli 1991 var alle de cubanske styrkene trukket ut, og omtrent samtidig trakk Cuba sine styrker ut av Republikken Kongo og Etiopia.