Det blir hevdet at det er sunt å drikke kombucha, men påstanden har ikke blitt vitenskapelig bevist. Derimot er det registrert flere dokumenterte tilfeller av alvorlige bivirkninger, også dødsfall, som kan knyttes til inntak av kombucha. Det er mulig at disse negative virkningene skyldes at drikken har blitt forurenset i forbindelse med hjemmeproduksjon. Terapeutisk bruk av kombucha har blitt frarådet, ettersom de helsefremmende virkningene ikke har latt seg bevise, samtidig som det knytter seg helsemessig risiko til inntak av kombucha.