Som er tilfellet med mange nasjonale frigjøringsbevegelser, slik som PLO og ANC, har det utviklet seg ideologiske forskjeller innenfor AIM i årenes løp. I 1993 ble AIM delt i to fraksjoner, der hver av disse hevdet at var den autentiske arvtakeren av AIM-tradisjonen, og at den andre hadde forrådt de opprinnelige prinsippene for bevegelsen. En gruppe, med base i Minneapolis og affiliert med Bellecourt-brødrene, er kjent under navnet AIM-Grand Governing Council, mens den andre fraksjonen, ledet av blant annet Russell Means, tok navnet AIM-International Confederation of Autonomous Chapters.