I september 2001 ba han om å bli dimittert fra hæren, noe som også ble innvilget. Han besluttet å starte opp sin politiske karriere ved å stille som kandidat i det kommende presidentvalget. I 2002 ble han president i Mali i 2002 etter å ha fått 64,35 % av stemmene i andre valgomgang. Hans hovedutfordrer Soumaila Cissé, en tidligere minister, fikk 35,65 % av stemmene.