I 1588 ble klosteret lagt ned. Fire år senere ble Mariager kjøpstad. Det var imidlertid ikke tilstrekkelig til at byen gjenvant sin status fra klosterets storhetstid. På 1720-tallet ble store deler av klosteret revet, og stagnasjonen fortsatte slik at i 1801 hadde byen bare 414 innbyggere. Byen fungerte allikevel som havn for Viborg. Det var forøvrig landbruk og fiske som ga folk arbeide.