Til tross for usikkerhet rundt Mannings armstyrke og mobilitet ble han valgt med første pick i NFLs draft i 1998 av Indianapolis Colts. Selv om mange mente at Washington States quarterback Ryan Leaf, som hadde høyere quarterback rating en Manning, var hans største rival i draftet mente alle de seks ekspertene hørte med at Manning var en bedre spiller. Fem sa at de ville plukket ham opp først i draftet; Sid Gillman kommenterte at "this is a pro quarterback".