Stasi tvang ham i 1974 til å stenge ungdomshjemmet. Han arbeidet deretter likevel etter de metoder i sosialt arbeid (tysk: ) som var utviklet i Braunsdorf. Hans engasjement de siste årene av livet, ble rettet mot Kirche von Unten i Øst-Berlin, et sted som opposisjonelle grupper også langt utenfor de religiøse kretser benyttet som samlingssted og plattform. Her ble i det mai 1989 opprettet en sentral for overvåkning av valget, med tanke på borgerrettighetene og et rettmessig valg. Etter Tysklands gjenforening overtok Schilling igjen ledelsen for ungdomshjemmet i Braunsdorf. Herfra arbeidet han for et oppgjør med den evangeliske kirkes rolle under SED-diktaturet.