Etter andre verdenskrigs slutt, gikk Thee inn i polsk utenrikstjeneste, men opplevde å bli utrensket fra statsadministrasjonen under en bølge av antisemittisme, inspirert fra Moskva. Dette brakte ham over i forskningens verden ved det utenrikspolitiske instituttet i Warszawa, der han tok sin doktorgrad og senere fikk sin professortittel. I 1955 vendte han tilbake til utenrikstjenesten som ambassadør i Indokina. I 1963 ble han leder for Asia-avdelingen ved det utenrikspolitiske instituttet i Warszawa, men i 1968 rullet en ny antisemittisk bølge over Polen, og han ble fratatt sin stilling og fikk forbud mot å publisere. Johan Galtung og Ingrid Eide møtte Marek Thee på en konferanse i Warszawa, og så muligheten til å bringe denne begavede forskeren til PRIO i Norge.