Innocens begikk et feilgrep da han utpekte kardinal-nepote, fordi vedkommende lot henrette elleve partisaner rett etter at de hadde hatt et møte med paven. Hendelsen førte til opprør, og paven måtte flykte til Viterbo sammen med sine kardinaler og sitt hoff for å unnslippe romernes vrede. Nok en gang inngrep Ladislaus med sine tropper, og i januar 1405 anerkjente romerne pavens verdslige makt igjen. Denne gang forsøkte imidlertid Ladislaus å benyttet sitt overtak til å skaffe seg reell makt over Kirkestaten. Det førte til at paven ekskommuniserte ham.