Tartarus er navnet på spillets viktigste fangehull, som kan besøkes i løpet av kvelden - forutsatt at forholdene tillater det. F.eks. kan fraværet av enkelte karakterer hindre spilleren fra å besøke Tartarus enkelte kvelder. Hovedpersonen er bare navngitt som spilleren. Han er en tenåringsgutt, som mistet begge foreldrene sine som barn. Etter å ha lært om evnen hans til å tilkalle en Persona, slutter han seg til SEES, som består av elever fra skolen han studerer ved. Etter hvert som spillet skrider frem, får SEES flere nye medlemmer.