Den franske seieren i slaget ved Tourcoing i 1794 gjorde Moreau berømt som militær leder og i 1795 fikk han kommando over Rhin- og Moselarméen (fransk: Armée de Rhin-et-Moselle), med den krysset han Rhinen og trengte inn i Tyskland. I begynnelsen hadde hans styrker stor suksess, vant flere seire og nådde elven Isar, men etterhvert måtte han trekke seg tilbake for angrep fra erkehertug Karl av Østerrike. Utførelsen av retretten ble imidlertid anerkjent og førte til at hans renommé ble styrket.