Etter 1945 overtok Forsvaret den tyske bygningsmassen og fortsatte virksomheten på øyene. Siden 1945 har det vært et anlegg på øya for å koke sprengstoff ut av gamle sjøminer. Anlegget var fortsatt i drift i 2006. I 1953 ble Norges første froskemannskole etablert på Østøya. Samme år vedtok Stortinget å flytte Marinens hovedbase til Haakonsvern, og de fleste av Sjøforsvarets enheter ble rundt 1962 overført til Haakonsvern. Froskemannskolen ble flyttet til Håkonsvern i 1966.