På denne tiden florerte det flere selvstendighetsbevegelser som krevde republikk i mange av de italienske bystatene og P.O. Brøndsted så på disse med stor sympati. Det danske kongedømmet så imidlertid ikke med vennlige øyne på hans sympatier som fremkom i brev hjem til Danmark. Han falt derfor i unåde og ble avskjediget. Brøndsted hadde på sin side en betydelig formue som han hadde arvet etter sin avdøde ektefelle og den satte han i stand til å fortsette å utarbeide sitt verk om reisen til Hellas for egne midler.