Senere begynte Swissair å ooerere charter i Balairs navn. I 1993 ble to datterselskaper -Balair charter og CTA - Compagnie de Transport Aérien (Geneve) fusjonert og dannet Balair-CTA. Av politiske grunner ble hovedkontoret til selskapet lagt til Genève, og regnskapsavdelingen i Basel. Den operative basen ble flyttet til Zürich. Til tross for restrukturering og masseoppsigelser var Swissairs chartervirksomhet ikke i stand til å snu til et overskudd. Virksomhet ble stanset i 1995. Kortdistanse ruter ble overført til Crossair og langtransport til Swissair. I 1997 opphørte chartervirksomheten og 1. november 1997 gjenopptok Balair-CTA driften som et datterselskap av Swissair.