Etter utstrakte problemer grunnet manglende penger og materiell krysset han i 1797 igjen Rhinen, men hans fremstøt ble stoppet ved inngåelsen av fredsavtalen i Leoben mellom Bonaparte og østerrikerne. På denne tiden fant han forrædersk korrespondanse mellom hans gamle kamerat og kommandant Charles Pichegru og den rojalistiske flyktningen prinsen av Condé. Moreau hadde tidligere forsvart Pichegru mot anklager om manglende lojalitet og ved å avsløre sitt funn har han i ettertid blitt mistenkt for i det minste å delvis ha samvirket med Pichegru. For sent for å renvaske seg selv sendte han brevene til Paris og utstedte en proklamasjon til sine styrker hvor han tok avstand fra Pichegru som en forræder.