Usikkerhetsanalysen skal se på både prissatte og ikke-prissatte virkninger. Den består i grove trekk av tre deler. Først skal en beskrive relevante tiltak og gi en grov vurdering av hvor stort utslag de kan ha på vurderingen av samfunnsøkonomisk lønnsomhet. Deretter skal en anslå konkret hvordan faktorene kan slå ut på samfunnsøkonomisk lønnsomhet, før en til sist skal vurdere hvordan usikkerheten skal håndteres.