Språklige forskjeller blant puebloene antyder en mangfoldig etnisk opprinnelse. Hopispråket er innenfor den uto-aztekiske språkfamilien; zuñispråket er et isolert språk (ikke beslektet med andre språk); og keresspråket er et dialektkontinuum som omfatter akomaer, lagunaer, santa anaer, ziaer, cochitier, santo domingoer, og san feliper. Tanoansk språk dekket et område som grupperer tre greiner bestående av seks språk: Towa (Jemez), Tewa (Ohkay Owingeh, San Ildefonso, Santa Clara, Tesuque, Nambe, Pojoaque, og Hano); og de tre tiwaspråkene eller dialektene: taosspråket, språket i Picuris, og sørlige tiwa (med tre dialektversjoner).