I 1997 konverterte Lindh til islam og han begynte fast å besøke moskeer i Mill Valley og senere i San Francisco. I 1998 reiste han til Jemen og ble værende i cirka ti måneder for å lære seg arabisk, slik at han kunne være i stand til å lese koranen på originalspråket. Han returnerte til USA i 1999, og bodde sammen med sin familie i cirka åtte måneder før han vendte tilbake til Jemen enda en gang i februar 2000, hvorfra han reiste videre til Pakistan for å studere ved en madrassa-skole som også utdannet fremtidige selvmordsbombere.