I september 1991, erklærte også daværende Makedonia uavhengighet og ble den eneste republikken som fikk uavhengighet uten motstand fra Jugoslavias serbiske ledelse. 500 soldater fra USA ble satt inn fra FN for å overvåke Makedonias nordlige grenser med Serbia. Makedonias første president, Kiro Gligorov, opprettholdt gode forhold til Beograd og de andre utbryterrepublikkene, og det oppstod derfor ikke problemer mellom makedonske og serbisk-montenegrinske grensepoliti.