Festivalens opprinnelse kan spores tilbake til en konsert i 1993, hvor Pearl Jam spilte på Empire Polo Club mens de boikottet spillesteder kontrollerert av Ticketmaster. Pearl Jam-konserten viste stedets levedyktighet som vertskap for store begivenheter, hvilket førte til den første Coachella-festivalen, som ble avholdt i oktober 1999 over to dager. På grunn av sin avsides beliggenhet og sitt varme klima gikk det flere år før det neste store evenementet.