Han var sønn av riksråd Mads Eriksen Bølle (d. 1539) og Birgitte Nielsdatter Skave (d. 1512). Bølle var blant de adelsmenn som kong Christian hadde betrodd forsvaret av København, men etter byens overgivelse sluttet han seg til Frederik I. Under Grevefeiden ble han og faren sammen med andre fremtrædende sjællandske adelsmenn, tatt til fange av grev Christoffer og sendt til Tyskland. Etter fredsslutningen måtte far og sønn avlegge troskapsed til Christian III.