I sin funksjon som grunnlegger av , som drev misjonsarbeide rundt noen av de store østasiatiske sjøer, ble Lavigerie direkte konfrontert med menneskerov og slaveri. Etter hans oppfatning var det særlig muslimske slavehandlere som var ansvarlige. Den 1. juli 1888 holdt han en tale i Paris der han karakteriserte muslimer som de som hadde satt slaveriet i system, og oppfordret Europa til et nytt korstog mot islam. På lignende vis ytret han seg den 15. august samme år i Brussel, der han gikk inn for et mer begrenset korstog i Belgisk Kongo. Også i London holdt han et foredrag.