På plassen foran kirken avla de prøyssiske herskerne ed til de polske monarkene, den første i 1578 og den siste i 1621. I 1582 ble et renessansetårn inkorporert i kirken, og senere i bymurene. Kirken ble plyndret av svenske og tyske tropper på 1650-tallet. Under Warszawaoppstanden av 1794, som utgjorde en del av den nasjonale Kościuszko-oppstanden, ble biskop Józef Kossakowski anklaget for forræderi og henrettet foran kirken.