Propyleene overlevde intakt gjennom de gresk, romerske og bysantinske periode, men i perioden til det latinske riket fungerte det som palass for familien de la Roche som tok tittelen hertug av Athen fra 1204 til 1311. Det ble under den osmanske okkupasjonen hardt skadet av en eksplosjon fra kruttmagasin i 1656, overskygget av en enda mer bitter ødeleggelse av Parthenon fra en tilsvarende årsak i 1687. En tårn av fransk eller osmansk oppførelse ble reist i den sørlig vingen, men fjernet i 1874.