Klubben ble grunnlagt 7. august 1924 som Federación Universitaria av studenter og professorer ved National University of San Marcos. I 1928 tillot Perus fotballforbund klubben å gå inn i Primera División, landets øverste divisjon. Klubben overrasket alle med andreplass i sin første sesong på toppnivå. Universitario slo ligavinneren Alianza Lima 1–0 i en av kampene den sesongen, men tapte imidlertid mot dem i et sluttspill om ligatittelen etter å ha spilt uavgjort 1–1 i den første kampen og tapt 2–0 i den andre kampen. Året etter vant Universitario sin første tittel og ble peruansk mester.