I sitt første ekteskap var Skeibrok gift med Inger Marie Nordbye (1862-1886). En datter Borghild Marie Skeibrok (f. 1886). Han giftet seg andre gang den 9. september 1892 i Kristiania med Charlotte Andrea Øvre (f. 1862) fra Lebesby, datter av Zakarias Øwre og Adriane Solem.