Juan Ruiz de Alarcón y Mendoza var sønn av Pedro Ruiz de Alarcón og hans fru, Leonor de Mendoza. De giftet seg 9. mars 1572, og fikk 5 sønner. Juan var nummer tre i rekken. Hans mor var fra visekongedømmet Ny-Spania og hans far var opprinnelig fra Spania, men hadde reist og bosatt seg i visekongedømmet. De tre eldste sønnene, Pedro, Gaspar og Juan, ble født i Taxco. Familien flyttet deretter til Mexico by, hvor de to yngste, Hernando og García, ble født.