Ved flere anledninger måtte Københavns Universitet stenge ned på grunn av pestutbrudd. Dette skjedde i årene 1546–48, 1553–54, 1564–65, 1575–78, 1592, 1619, 1624–25, 1629 og siste gang 1637–38. Ved pestutbruddet i 1575 ble det utstedt en «Befaling til de højlærde i Kiøpnehafn».