På slutten av januar mottok han beskjeden om at hans yngste sønn hadde dødd. Det var et hardt slag for Brehm, og han fikk et sykdomstilbakefall til malaria som han hadde pådratt seg i Afrika i ungdommen. Den 11. mai 1884 kom han hjem til Berlin. For å finne sinnsro begav han seg til sin fødeby Renthendorf, der han døde 11. november samme år. Det ble bygd et museum om Brehm på det sted hvorfra han forlot denne verden.