Han har siden 1998 også sittet som banksjef i to andre banker; «ROC Asian Development Bank» og «ROC Central American Bank for Economic Integration». I tillegg har han undervist ved National Chunghsing University, der han selv ble utdannet. Som guvernør for Taiwans sentralbank har Perng Fai-nan styrt nasjonen gjennom de to finanskrisene 1997−1998 og 2007−2008. Han toppet magasinet «Global Finance»s liste over verdens beste bankfolk i åtte år på rad. Han distanserte seg alltid fra politiserte debatter, og strebet å opprettholde uavhengigheten av lokal valuta.