I 2005 ble Egil Olsen ansatt som hovedtrener i Fredrikstad, mens Knut Torbjørn Eggen fortsatte som assistenttrener. Da Olsen trakk seg fra stillingen av helsemessige årsaker i august samme år, ble Eggen nok en gang hovedtrener i FFK. Han gikk av som hovedtrener for Fredrikstad 17. desember 2006.