Under andre verdenskrig påla ungarske myndigheter de jødiske innbyggerne tvangsarbeid. Da de tyske invasjonsstyrkene hadde kommet til makten ble mer enn 6 000 av jødene i byen deportert, og 2 000 andre innbyggere ble sendt til russiske arbeidsleirer («malenky robot»). Flere bygninger i byen ble ødelagt, deriblant Status Quo-synagogen. Synagogens fasadevegg ble imidlertid stående, og i dag står den som et minnesmerke på den jødiske gravplassen i Nyíregyháza. Her ligger blant annet overrabbiner Joseph Leifer gravlagt. Han var sønn av den verdenskjente rabbineren Mordechai av Nadvorna, og flyttet til i Nyíregyháza etter første verdenskrig. I dag valfarter tusenvis av hasidiske jøder til hans grav hvert år.