Tilbake i Danmark ble han nært knyttet til kronprins Frederik, som i 1781 ble myndig, 13 år gammel. Kronprinsen søkte von Huths støtte til statskuppet han gjennomførte i 1784 for overta regjeringsmakten etter enkedronning Juliane Marie og hennes sønn, arveprins Frederik. Ove Høegh-Guldberg ble avsatt, og von Huth ble hans etterfølger som statsminister. Denne stillingen innehadde han til sin død. Men han var først og fremst opptatt av militære spørsmål, og blandet seg lite inn i andre statssaker. Etter 1796 deltok han ikke lenger i statsrådets møter, men beholdt tittelen. Han fortsatte derimot arbeidet som sjef for artilleriet og ingeniørkorpset.