Fra 1909 til 1918 underviste han i nytestamentlig eksegese og apologetikk som professor ved Triers presteseminar. I løpet av denne tiden arbeidet Nikolaus Bares også som sjelesørger, blant annet som skriftefar for den saligkårede ursulinernonnen sr. Blandine. I 1918 ble Bares rektor for seminaret; han hadde denne stillingen til 1929. Fram til dette tidspunktet var han også prest og kannik i Trier, et embete han hadde tiltrådt i 1920. I 1923 ble han utnevnt til pavelig husprelat.