John Keenan var en av fem barn av Joseph og Philomena Keenan, og ble født i Glasgow hvor han ble døpt i St Joseph's Church, Cowcaddens. Han gikk på skolen i St Gregory's Primary School i byens Wyndford-område før han begynte på Salesian Missionary College, Shrigley Hall ved Macclesfield, Cheshire, England hvor han fikk sin videregående utdannelse. I 1984 ble han immatrikulert ved University of Glasgow hvor han studerte juss og tok en bachelor-grad i juss i 1988. Fra 1988 til 1995 gikk han på presteseminaret Scots College i Roma og tok en lisensiat-grad i filosofived det pavelige universitetet Gregoriana i Roma.