Vernadskij var ikke bare en åpen kritiker av marxismen, han beskyttet også andre som havnet i politisk unåde. Han lot barn av forfulgte få dekning i laboratoriet sitt. Han ga forfulgte finansiell hjelp, forsvarte dem eller skrev anbefalingsbrev. Selv da Stalins utrenskninger var på sitt verste, rundt 1937 til 1938, var ikke Vernadskij redd for å forsvare dem som kom på kant med styresmaktene. Dette til tross, ble det ikke satt i gang noen kampanje mot ham. Noe av forklaringen var hans posisjon i det vitenskapelige samfunnet. Samtidig hadde han tidligere kjempet mot tsarregimet, vært lojal under revolusjonen i 1917, og han vendte tilbake etter oppholdet i Paris. Dessuten var han ikke kjent som noen intrigemaker. Det hadde også betydning at han hadde lærere som kjemikeren Dmitrij Mendelejev (1834–1907), geologen Vasilij Dokutsjajev (1846–1903), og venner som fysiologen Ivan Pavlov (1849–1936) og geologen Alexander Karpinskij (1847–1936). En kunne se gjennom fingrene med hans «eksentriske oppfatninger» så lenge han fortsatte å utdanne nye vitenskapsfolk til nytte for industrireisningen. Enda et forhold var at han var en internasjonal størrelse som publiserte artikler på vestlige språk. Det ville svekket Sovjetunionens anseelse om han skulle bli arrestert eller anklaget.