På den nordøstre delen av øya er 91 daa vernet som Lindøya naturreservat. Arealet er dominert av kalkfuruskog med innslag av blant annet berberis, einer, geitved, liljekonvall, knollmjødurt, maurearter og hjorterot. De sentrale delene av skogen er mindre næringsrik og domineres av grasarter og moser. Mange fremmede arter utgjør en trussel mot den opprinnelige vegetasjonen, blant annet syrin, russesvalerot, kanadagullris og platanlønn.