Bongartz var katedraldekan ved Hildesheim domkirke fra den 7. desember 2014.] Med virkning fra den 1. oktober 2016 utnevnte biskop Norbert Trelle biskop Heinz-Günter Bongartz, i tillegg til hans øvrige oppgaver, til generalvikar for bispedømmet Hildesheim etter Werner Schreer, som var blitt syk. Under sedivakansen 2017/18 var han fast representant for bispedømmeadministratoren, og han ble igjen generalvikar ved utnevnelsen av den nye biskop Heiner Wilmer den 1. september 2018.