Sjøen har tilsig fra Storsjøen og Hammarsjøen i vest. Fra øst kommer elva Gutua, som renner ut av sjøen i sør, via Yttersjøen til Gutulisjøen og videre til Sverige. Fjellgutusjøen har bestander av abbor, gjedde, harr, lake, røye, sik, ørekyt og ørret.