I forbindelse med arbeideropprøret 17. juni 1953 protesterte 30 000 av innbyggerne i Jena mot DDR-regjeringens tiltak. Demonstrantene krevde frie valg, Tysklands gjenforening og DDR-regjeringens avgang. For å slå ned opprøret, ble det satt inn sovjetiske tanks. Unntakstilstand ble innført og flere hundre personer ble pågrepet. Den 18. juni 1953 ble en av byens verksarbeidere Alfred Diener henrettet. Han hadde sammen med to andre fremmet kravene til SED:s lokalavdeling. Diener ble henrettet i den sovjetiske kommandobygningen i Weimar. Andre demonstranter fikk lange fengselsstaffer.