Institut for Menneskerettigheder ble dannet i 1987 som Center for Menneskerettigheder. I forbindelse med finanslovsforhandlingene i 2002 fremsatte Dansk Folkeparti krav om at instituttet skulle nedlegges. I stedet besluttet Folketinget å legge det sammen med en rekke forskningsinstitusjoner i Dansk Center for Internationale Studier og Menneskerettigheder (DCISM). Etter folketingsvalget i 2011 vedtok Folketinget å nedlægge DCISM og opprette Institut for Menneskerettigheder og Dansk Institut for Internationale Studier som selvstendige organisasjoner.