På tiden for den arabiske erobringen, gav Istakhr desperat motstand, men var fortsatt en plass av betydelig viktighet i det første århundret av islam, selv om dens storhet raskt ble forbigått av den nye metropolisen Shiraz. I det 10.århundret hadde Istakhr blitt en ubetydelig plass, som kan ses av inskripsjonene i Istakhr. I løpet av de følgende århundrene gikk det gradvis nedover med Istakhr, inntil den sluttet å eksistere som by.