I 1948 ble Khrennikov generalsekretær i den sovjetiske komponistforeningen og fikk med det en stor innflytelse på landets musikkliv fram til Sovjetunionens oppløsning i 1991. I denne funksjonen sto Khrennikov i nær kontakt med maktapparatet, og hadde som oppgave å iverksette Andrej Zjdanovs «antiformalistiske» kunstkampanje på musikkområdet. Kommunistpartiets musikkoppfatning var relativt enkel; folkesanger (hovedsakelig russiske), sangbare melodier og komposisjoner med politisk korrekt innhold ble foretrukket, og Khrennikov agitere mot komponister som skrev musikk med moderne tendenser. Først gikk det ut over Dmitrij Sjostakovitsj, senere Alfred Schnittke, og Khrennikov gjorde seg etterhvert bemerket med voldsomme utfall mot flere andre ledende sovjetiske komponister som Sergej Prokofjev, Aram Khatsjaturjan og Dmitrij Kabalevskij i den såkalte , den statlige renselsen av sovjetisk kulturliv i årene 1946-48, oppkalt etter Zjdanov. Etter Sovjetunionens fall framstilte Khrennikov seg som et offer for regimet.