I 1758 ble Mohammed Khan stammesjef for qavanluene. I maktkampene som fulgte etter afsjaridenes undergang ble Mohammed Khans far beseiret av zand-fyrsten i 1759 og drept. Agha Mohammed Khan og hans bror ble flyktninger. I 1762 ble han tatt til fange og ført til Teheran og senere bragt til Shiraz. Der levde han i 16 år som gissel; først i 1779 klarte han å flykte.