Samora ble født i landsbyen Xilembene i Gazaprovinsen, som det tredje barnet til en forholdsvis velstående jordbruker, Mandhande Moisés Machel. Samora var barnebarn av en av de gamle krigerne til den kjente Gaza-høvdingen Ngungunhane. Han begynte på skolen 8-9 år gammel, og var ferdig på en katolsk misjonsskole 17 år gammel.