Organisasjonen har vært involvert i kontroversielle avgjørelser. Spesielt var det stor strid omkring Castle Tioram i 2002. En plan om å restaurere det ved å legge nytt tak ble blokkert av Historic Scotland, som ønsket å stabilisere slottsruinen i stedet. Det ble avholdt en omfattende lokal høring, og Historic Scotlands plan vant frem, etter en opprivende diskusjon. Slike diskusjoner om bevaringsmetoder er ikke uvanlige, men de holdes normalt innenfor et akademisk miljø. Historic Scotland har blitt beskyldt for å være autokratisk og uten forståelse for behovene på den skotske landsbygden, og for å forårsake at det som kunne vært en rent faglig diskusjon om hva som er best for en ruin blir en krangel som allmennheten trekkes inn i.