Møgeltønder ligger 7 km nordøst for grensen til Tyskland ved Rudbøl, 8 km øst for Højer, 17 km sør for Bredebro og 6 km vest for Tønder. Primærrute 11 (A11) løper like øst for Tønder i retning nord–sør som motortrafikkvei. Møgeltønder ligger langs sekundærrute 419, som går i retning øst–vest fra Tønder til Højer.