Det finnes flere brukte og godkjente analysemetoder. Eldre metoder har blitt kritisert for å være lite objektive, hvor tolkning av hva som anses som en liten reaksjon, middels stor reaksjon og stor reaksjon ble vurdert ulikt av polygrafistene. Dette medførte også at diagrammer fra polygraftester ble gitt ulikt resultat av forskjellige polygrafister. Et slikt eksempel er spionasjesaken mot Aldrich Ames, som ble sendt gjennom polygraftestene, selv om noen spørsmål viste at han løy. Polygrafisten trodde ikke på resultatet.