Domenico Mogavero ble ordinert til prest den 12. juli 1970. I 1976 fikk han doktorgrad i kanonisk rett fra Lateranuniversitetet i Roma. Fra 1979 til 1985 var han viserektor for presteseminaret i Palermo. I 1987 ble han professor i kanonisk rett ved det teologiske fakultet i Palermo.