Under angrepet på Norge i 1940 var DS «Midnatsol» underveis til Trondheim. Da hun ankom havnen befant hun seg midt i den tyske invasjonsflåten. Skipet ble liggende lenge i Trondheim havn, for alle hurtigruteavganger ble innstilt i kjølvannet av invasjonen og krigshandlingene. Først i juli 1940 startet seilingene igjen, men med redusert frekvens. Den 30. august 1941 på sørgående i Lopphavet mellom Øksfjord og Skjervøy, passerte hun en tysk konvoi. Konvoien kom under angrep, og to skip ble torpedert og sank. DS «Midnatsol» tok ombord omkring 200 av de overlevende. Den farlige situasjonen i Finnmark førte til at hurtigruten snudde i Tromsø, mens strekningen Tromsø – Kirkenes ble trafikkert av mindre skip og kuttere – den såkalte «Erstatningsruten».