Bondeopprørerne under skipper Clement inntok byen under grevefeiden og slo Christian IIIs hær ved Svendstrup like sør for Aalborg i 1534. Som hevn ble Aalborg ble brent ned til grunnen av den nye kongens leietropper på høsten samme år. Reformasjonen i 1536 satte en stopper for Danmarks og Aalborgs katolske kirke- og klosterliv.