Som barn fikk Bootsie Barnes først klaverundervisning i seks år, før han som tiåring begynte å spille trommer. Noen år senere begynte han å spille saksofon. Mens han gikk på skole i Graterford fikk han jazzundervisning sammen blant andre Lex Humphries, Bill Cosby, Al «Tootsie» Heath, Spanky DeBrest og Lee Morgan. Musikeren Freddy Lacey var ansatt som lærer på skolen, og han ble viktig for Barnes' musikalske utvikling.