Etter etableringen av multiverset i sesongfinalen av sesong 1, utforsker flere ulike alternative tidslinjer i multiverset, der store øyeblikk fra Marvel Cinematic Universe (MCU) skjedde på en annen måte enn de gjorde i hoveduniverset fra filmene. Hendelsene i serien blir observert av «The Watcher». Så blir gruppen «The Guardians of the Multiverse» opprettet, og seriens andre sesong fortsetter The Watcher å utforske flere merkelige verdener, og møter på nye helter, mens han forsøker å ivareta multiversets sikkerhet.