Chicagos forsvar var #5 i ligaen for færrest yards tillatt, med under 100 yards på løp tillatt per kamp, og tillot færrest yards per drive i forhold til noen andre lag i NFL. Forsvarsrekken bestod av Adewale Ogunleye, som hadde 6,5 sacks, og Pro Bowler Tommie Harris, med 5, sammen med nykommeren Mark Anderson, som ledet laget med 12 sacks. Bak dem ble to av Bears' tre startende linebackers, Lance Briggs og Brian Urlacher, valgt til Pro Bowl 2007. I lagets secondary hadde cornerbackene Ricky Manning og Charles Tillman fem interceptions hver. Forsvaret klarte å gjøre opp for det svake angrepet tidlig i sesongen, som i seieren mot Cardinals i uke 6.