Seksgjellet smådøgnflue finnes i små bekker og større elver med rennende vann. Den lever mesteparten av sitt liv som larver eller nymfer. Eggene slippes av hunnen ned på vannoverflaten. De synker straks til bunnen. Nymfene lever nedgravd i bunnmaterialet, i mudder og sand på bunnen. De spiser små partikler av organisk materiale, som alger, planterester eller råtnende planter. Men også av andre mindre dyr. I Norge har den vanligvis et nymfestadium på 1 år.