Speranskij hadde imidlertid i tsarens øyne gjort et alvorlig feiltrinn, han var ivrig frimurer og fikk ideen om å legalisere ordenen i Russland, blant annet for å utdanne og høyne nivået blant prestene i den russisk-ortodokse kirke. Tsaren samtykket i legaliseringen av frimurerne, men han var skeptisk til hemmelige selskap og Speranskijs avbrutte plan bidro til at presteskapet sluttet seg til hans fiender.