I 1919 ble erkebiskop Hanna valgt av de amerikanske biskoper til den første president av National Catholic Welfare Council, en forløper til United States Conference of Catholic Bishops, som i 1922 fikk navnet ; han forble president til han pensjonerte seg i 1935. Han hadde ansvar for de amerikanske biskopers lobbyanstrengelser og for deres reaksjoner på regjeringens innenriks- og utenrikspolitikk.