På 500-tallet ble riket vasall under heftalittene (de såkalt ) og havnet etter at deres rike ble tilintetgjort (ca. 560) under göktyrkisk herredømme. I 648 stasjonerte Kina en garnison i Khotan, 670 falt riket under et langvarig tibetansk herredømme, bare av og til avbrutt av kortere kinesiske perioder. I 1006 ble Khotan tilslutt erobret av muslimene og det ble dets endelige undergang som selvstendig eller halvselvstendig rike.