Haleys laboratorium har i hovedsak fokusert på biokjemiske og biomedisinske problemstillinger som involverer kontroll på molekylært nivå, spesielt i biologiske systemer som reguleres av protein-nukleotid-interaksjoner hvor involvert bioenergi kommer til uttrykk gjennom stedsspesifikke nucleotide bindinger av høy affinitet eller gjennom protein-substratfosforylering. Han har også undersøkt effekten av kvikksølv på vev og publisert på likheter mellom disse og enkelte biokjemiske endringer som er rapportert i nerveceller i Alzheimers sykdom og autisme. Hans synspunkter om kvikksølv og bruk av amalgam i tannfyllinger strider mot den vitenskapelige konsensus på området.