Etter den andre verdenskrig var over, ble Morgan innsatt som sjef over mange av operasjonene til FNs hjelpeorganisasjon og Rehabilitering Administration (UNRRA) i Tyskland før han ble sparket for å gjentatte ganger ha lagd offensive anklager mot jøder som hadde kommet tilbake til Tyskland etter krigen. I 1951, ble Morgan leder for kontrollærene av atomenergi, og han var til stede under Operasjon Hurricane, den første britiske atomvåpen-testen på Montebello-øyene i 1952. Hans posisjon ble opphevet i 1954 etter etableringen av Storbritannias Atomic Energy Authority men han forbleen av kontrollørene for kjernevåpen frem til 1956.