Muhjahedingruppen ble sett på som veldig aktiv under krigen, og var med helt fra starten av. Dette var ikke-jugoslaviske islamistiske fundamentalister fra Tyrkia, Iran, Pakistan, Sudan, Afghanistan, Jordan, Libanon, Algerie og Saudi-Arabia. Jihad, Fis, Hamas og Hizbollah ble også sett i forbindelse med Bosnia-krigen, om enn uten konkrete bevis. Den amerikanske offiseren John Sray, som i 1994 var etterretningsoffiser i Bosnia, har anslått at ca. 4 000 ikke-europeiske muslimske krigere, støttet av iranske spesialstyrker, kjempet i Bosnia sammen med bosnjakene, mens CIA på sin side anslo det til å være kun ca. 400. FN konkluderte med at det var 500 soldater i 1994 og økte dette til 600 soldater i 1995. Amerikanerne anslo 1 200 til 1 400 soldater i 1995.