Umiddelbart etter at Bergoglio ble valgt til pave, kom det påstander fra journalisten Horacio Verbitsky om at Bergoglio hadde vært ansvarlig for arrestasjonen av de to jesuittprestene Orlando Yorio og Francisco Jalics i mai 1976 under den skitne krigen. De to ble også torturert av det daværende militærdiktaturet, og funnet fem måneder senere, neddopet og halvnakne. Bergoglio var på dette tidspunktet leder for jesuittene i Argentina. Yorio døde i 2000, men Jalics lever i et kloster i Tyskland, og hevder at det er en misforståelse å anta at arrestasjonen av dem skjedde på initiativ fra Bergoglio. Han hadde umiddelbart i forkant av arrestasjonen advart de to mot myndighetenes raid i slummen hvor de virket, da det også var militante grupper i dette området. Til tross for Berggoglios advarsler fortsatte imidlertid de to jesuittene arbeidet i området, og ble etter noen dager arrestert. Den korte avstanden mellom Bergoglios advarsel og den følgende arrestasjonen har ledet til den misforståelse om at det var en sammenheng mellom disse. Lenge senere kom det fram at de hadde blitt navngitt av en tidligere legmann under tortur, og Jalics presiserte at de ikke var angitt av Bergoglio.