Som biskop var han entusiastisk, og begynte visitasjon av sognene i bispedømmet. Han oppdaget da at presteskapet var svært uvitende; mindre enn halvparten av prestene kunne ramse opp de ti bud, og noen kunne ikke engang Fadervår på engelsk. Han gjorde sitt beste, men innen et år ble Gloucester bispedømme innlemmet i Worcester. Hooper ble overført dit, hvor han tok over for Nicholas Heath.