I 1618 ble Borchgrevinck øverste kapellmester ved det kongelige hoffet. Eleven Mogens Pedersøn ble året etter utnevnt til visekapellmester. En stor del av hoffkapellet ble på grunn av trettiårskrigen avskjediget i 1627, og Borchgrevinck trakk seg tilbake til sitt gods i Roskilde. På begynnelsen av 1631 ble han gjeninnsatt i sin tidligere stilling og beholdt denne til sin død ett og et halvt år seinere.