Fuertes valgte å konsentrere seg om å male fugler som livsoppgave etter å ha møtt Elliott Coues i 1894 da han var på en tur til Washington, D.C. med koret på Cornell University. Han reiste til mange land på jakt etter fugler, deriblant Canada, Mexico, Jamaica og Etiopia. I 1899 fulgte han E. H. Harriman på hans berømte undersøkelse av Alaskas kystlinje. Han underviste i ornitologi på Cornell University fra 1923, og bibliotekene der har omfattende samlinger av hans kunst og personlige papirer.