Munksgaard er cand.philol. fra Universitetet i Bergen (UiB) i 1971 med historie hovedfag, norsk mellomfag og kunsthistorie grunnfag. Han ble vitenskapelig assistent hos fylkeskonservatoren i Hordaland i 1971. Året etter ble han forskningsstipendiat ved UiB. I 1975 ble han konservator ved Historisk museum i Bergen og i 1982 førstekonservator og visestyrer samme sted. Han var museumsbestyrer ved Vest-Agder fylkesmuseum i perioden 1986-2013.