Flatø har også hatt en lang rekke valgte politiske verv. Han var blant annet leder for Akershus AUF fra 1987 til 1988, nestleder i Sogn bydelsutvalg fra 1992 til 1993 og medlem i Oslo bystyre fra 1995 til 1999. Pr. 2008 er han leder for Østensjø Arbeiderparti, noe han har vært siden 2003.