Hans neste managerjobb var i Derby County FC, der han ble ansatt i juni 1967. Denne klubben hadde havnet på nedre del i 2. divisjon i 1966/67-sesongen, og Clough hadde ikke nevneverdig suksess i sin første sesong, ettersom klubben fikk en enda dårligere ligaplassering i 1967/68-sesongen. Etter å ha fått de spillertypene han ville ha foran 1968/69-sesongen, ble Derby County klare vinnere av 2. divisjon. Klubben hadde ingen problemer med å stabilisere seg på det øverste nivået, tre år senere ble de ligamestre. Clough hadde nå blitt en profilert manager, og kom ofte med kontroversielle uttalelser som ikke alltid falt i god jord hos styret til Derby County. Med tanke på den suksess han hadde hatt i klubben, kom det likevel som et sjokk på mange fotballinteresserte at han sa opp jobben 15. oktober 1973.