I sin første sesong tok Bjørnar en imponerende 6.-plass, a poeng med, men bare tre mål dårligere enn, byrival Sandviken. I 1998 gikk det langt dårligere, og Bjørnar tok den åttende og siste plassen blant de som beholdt plassen i Eliteserien for kvinner. Det skilte riktignok 14 poeng ned til neste lag, men dette var ingen imponerende innsats. I 1999 gikk ting langt bedre for laget, som fulgte Kolbotn hakk i hæl i tre år. Bjørnar tok en femteplass i 1999 da Kolbotn tok en fjerdeplass, i 2000 tok Bjørnar fjerdeplassen mens Kolbotn tok tredjeplassen, og da Kolbotn tok andreplassen i 2001, tok Arna-Bjørnar tredjeplassen. Innimellom lyktes de å komme til finalen i Norgesmesterskapet i 2000, men det endte med 1-4-tap for Asker. I 2002 gikk det dårligere i serien, Arna-Bjørnar endte på femteplass. Imidlertid kom de nok en gang til finalen, og ble som andre lag i historien, etter Sprint-Jeløy/Athene Moss, i finalen under to navn. Finalen mot Trondheims-Ørn ble jevn, og den ble avgjort etter ekstraomganger. Nok en gang tapte Arna-Bjørnar, og de er, sammen med Donn det eneste laget som har vært i en finale uten å ha vunnet. Deretter gikk det nedover. I 2003 ble det en sjetteplass i serien, og i 2004 ble det nedrykk godt bak Sandviken på tabellen.