Filip var fullstendig fortryllet av sin 14 år gamle brud, og i løpet av kort tid hadde han forlatt sin elskerinne. Til tross for den betydelig aldersforskjellen skal Elisabeth også ha vært ganske fornøyd med sin ektemann. I brev til sin mor, i den grad man kan legge vekt på disse, proklamerte hun seg heldig som kunne bli gift med en slik sjarmerende prins. Filip hadde glede av å arrangere ridderturneringer for å underholde sin hustru. Elisabeth var lensfrue (vasall) under tre unge prinser ved det spanske hoff; Don Carlos, Don Juan (Don Juan de Austria (Østerrike), en sønn utenfor ekteskap av Karl V), og Alessandro Farnese (hertug av Parma, og sønn av Karl Vs illegitime datter Margaret).