Keiserpingvinen fikk i 2012 statusen på IUCNs rødliste. Dette begrunnes med den smale utbredelsen og at det er forventet nedgang i bestanden over de neste tre generasjonene, på grunn av klimaendringene som er forventet (global oppvarming). Det er imidlertid knyttet stor usikkerhet til endringene.