Kirken ble flyttet fra sin opprinnelige plass i 1939, etter å ha stått på den gamle kirketomten i Bygstad. Siden den ble bygd på grunnmuren etter den forrige kirken i Bygstad var den også like liten som den forrige. Det var da et sterkt ønske i bygda om å bygge ny kirke, slik de hadde gjort i Førde og Naustdal. Det ble samlet inn penger til dette formålet,og i 1935 ble det gjort et enstemmig vedtak av soknestyret i Bygstad om å bygge ny kirke. Av økonomiske hensyn ble det allikevel senere bestemt å flytte den eksisterende kirken. Dette ble møtt med sterke protester fra bygdefolket, som startet enda en innsamlingsaksjon for å bygge ny kirke. Riksantikvaren hadde hele tiden villet flytte den eksisterende kirken, og fikk i 1938 sokneprest Fredrik Helland til å argumentere for flytting. Dette var et vellykket trekk, og på en avstemning stemte 121 for flytting og 79 mot. 5. februar 1939 startet arbeidet med å flytte kirken omtrent en kilometer. Samtidig som kirken ble flyttet ble det også bygd på kor, prestesakristi og en kirkestue. Den "nye" kirken ble vigslet 11. oktober 1939.