Fustat fungerte som Egypts hovedstad i omkring 500 år. Etter byens grunnleggelse i 641 var den områdets viktigste by fram til 750, da abbasidene gjorde opprør mot umajjadene. Denne konflikten utspilte seg ikke først og fremst i Egypt, men i andre deler av den arabiske verden, ettersom abbasidene i takt med at de fikk økt makt, flyttet adskillige hovedsteder til mer lettkontrollerte områder. Senteret for kalifatet deres ble flyttet fra Damaskus til Bagdad. I Egypt flyttet de hovedstaden fra Fustat til det nordligere al-Askar. Denne byen forble hovedstad fra 750 til 868, da det ble et nytt maktskifte, som førte til at hovedstaden ble flyttet til Al-Qatta'i. Dette varte imidlertid bare til 905, da Al-Qatta'i ble ødelagt og Fustat igjen ble hovedstad. Fustat forble deretter landets hovedstad helt til den ble brent ned på ordre fra vesiren Shawar i 1168. Fra da av ble Kairo Egypts nye hovedstad.