Region Hovedstaden styres av et regionsråd som første gang ble valgt den 15. november 2005. Oppgavene for regionen ligger hovedsakelig innenfor sunnhet og sykehus, inkludert sykesikring. Regionen har Danmarks største sykehusvesen med 11 hospitaler, inkludert Region Hovedstadens Psykiatri. Fra slutten av 2006 brukes kun betegnelsen hospital i stedet for sykehus. Utgiftene til helseområdet utgjør omkring 90% av regionens samlede utgifter.