Ebersbergs historie er nært forbundet med . Klosteret ble grunnlagt i 934 av greven av Sempt-Ebersberg, og tilhørte først Benediktinerordenen. I 1595 ble benediktinerklosteret brakt til opphør av pave Klemens VIII, og anlegget ble overdratt til Jesuittordenen. I 1773 ble bygningen overtatt av Malteserordenen, og etter klosterets endelige oppløsning i 1808 havnet bygningen til slutt dels i statlig, dels i privat eie.