Pave Leo XIII kreerte ham til kardinal i konsistoriet den 27. juli 1885. Schiaffino mottok tittelen kardinalprest av og ble ærespresident for komiteen for jubileet for Leo XIII i 1887. Året etter ble kardinalen prefekt for Indekskongregasjonen og til slutt i 1889 bibliotekar ved Vatikanets apostoliske bibliotek. Han beholdt denne stillingen til sin død i 1889.