Den fysiske organiseringen av Cotton-biblioteket blir fortsatt reflektert til henvisningen av manuskriptene i hans eie. Biblioteket var huset i et rom bestående av 26 fot langt og seks fot bredt fylt med bokhyller eller skap, hvert med en byste fra klassisk historie på toppen. Robert Cotton hadde organisert sitt bibliotek i henhold til hjørnet og hyllen til en bok. Han hadde byster av ulike romerske keisere i sitt bibliotek, og hans system fungerte i henhold til følgende skjema: «Keiser-Hyllenummer-Bok nummer», fra nederste nummer og til siste. Således var de to mest berømte manuskriptene fra Cotton-biblioteket henholdsvis «Cotton Vitellius A.xv» og «Cotton Nero A.x.» På Cottons egen tid betydde det «Gå til bysten av Vitellius, øverste hylle (A), og tell femten over» for av , eller «Gå til bysten av Nero, øverste hylle, tiende bok» for manuskriptet som inneholdt alle verkene av (). I British Library blir disse to uerstattelige bøkene fortsatt katalogisert i henhold til disse numrene.