Museet ble opprinnelig grunnlagt i 1910 av og lå da der Nyayo House står i dag. I 1922 ble det flyttet til der i Uhuru Park finnes i dag. I 1929 ble det omsider flyttet til sin nåværende plass på Museum Hill, der det ble døpt til etter den tidigere britiske guvernøren i Kenya Robert Coryndon. Ved selvstendigheten i 1963 fikk det navnet .