Clarke var stasjonert i opprørernes hovedkvarter, General Post Office. Etter å ha overgitt seg sammen med de andre lederne den 29. april ble han fengslet i Kilmainham. Han ble stilt for krigsrett, dømt til døden og henrettet ved skyting den 3. mai 1916, 59 år gammel. Han var den andre som ble henrettet, etter Pearse.