Mulhouse omtales første gang på 700-tallet. Byen lød fram til 1261 under abeddene i Strasbourg, men ble kort deretter fri riksstad innen det tysk-romerske rike. I 1466 inngikk Mulhouse forbund med Bern og Solothurn og inntrådte i 1515 i Det sveitsiske edsforbundet. Den ble derfor ikke annektert av Frankrike i forbindelse med freden i Westfalen i 1648, men ble en enklave helt omgitt av Frankrike.