Wöllner var sønn av en pastor. Etter bestått eksamen artium, påbegynte Wöllner studier i teologi ved Universitetet i Halle, som han fullførte med gode karakterer i 1754. Samme år ble han pastor i det lille samfunnet Groß Behnitz i nærheten av Berlin, og fikk også jobb som huslærer hos general Friedrich von Itzenplitz.