I 1988 ble nasjonale symboler som flagg, nasjonalsang og riksvåpen tillatt og dominerende i bybildet. Studentene i Tartu tok initiativet og forlangte at førstesekretær Karl Vaino måtte gå av og at landet måtte få økonomisk selvstyre. De forlangte også at det skulle offentliggjøres lister over deporterte og at verneplikten skulle avtjenes i Estland. I 1988 ble «Folkefronten for gjennomføring av endringer i samfunnet» etablert og den samlet 300.000 personer til en sangfest. Vaino Väljas, en venn av Gorbatsjov, overtok ledelsen og de gjenværende politiske fanger ble løslatt. Det estiske parlamentet (øverste sovjet) vedtok 16. november 1988 en erklæring om landets suverenitet og ba oppfordret til å utarbeide en unionstraktat for Sovjetunionen (noe Gorbatsjov selv foreslo året etter). Samtidig vedtok parlamentet forfatningsendringer om borgerretter. Sovjetunionens øverste sovjet avviste vedtakene som ugyldige. Mot «folkefronten» etablerte etniske russere «interfronter» som ville motvirke selvstendighetsønskene og krav til blant annet språkkunnskaper. Enn-Arno Sillari ble 20. mars 1990 valg til førstesekretær i kommunistpartiet mens Arnold Rüütel ble valg til president, og 30. mars erklærer Estland seg som uavhengig av Sovjetunionen. Uavhengighetserklæringen henviste til fredsavtalen mellom Estland og Den russiske sovjetrepublikk fra 1920. På 50-årsdagen for Molotov-Ribbentrop-pakten i 1989 dannet 2 millioner estere, latviere og litauere enn menneskekjede på 500 km mellom Tallinn og Vilnius.