Det går noe sjøørret i den nedre delen av bekken, opp til Rordammen. I 1999 ble det bygget en fisketrapp for å hjelpe ørreten forbi dammen, men denne fungerer ikke. Store deler av bekkens lavereliggende nedbørsfelt er enten jordbruksland eller tettbebyggelse. Kartlegginger i regi av NIVA i 2013 og Rambøll i 2016 klassifiserte begge den økologiske tilstanden i Bøbekken som «dårlig». Bøbekken regnes dermed som et av de mest forurensede vassdragene i Asker kommune.