Timor var den nærmeste europeiske utposten, og derfor det tryggeste stedet for Bligh å sette kursen mot. De reiste først innom Tofua for å få forsyninger. De seilte så forbi Fiji, hvor de ikke turde å gå i land fordi de nesten ikke hadde våpen å forsvare seg med. Bligh var en meget dyktig navigatør, blant annet på grunn av opplæringen han hadde fått av kaptein Cook. Hans første oppgave var å overleve og å få sendt melding til britiske myndigheter om mytteriet, slik at eventuelle andre britiske skip i område kunne følge etter. I løpet av 47 dager klarte han, gjennom enestående sjømannskap, å nå Timor etter en reise på 3 618 nautiske mil (6 701 km). De mistet bare en mann, som ble drept av innfødte på Tofua. Ironisk nok skulle flere av de som overlevde den hasardiøse reisen, kort tid etter bukke under for sykdom, antagelig malaria, i den sykdomsbefengte havnebyen Batavia i Nederlandsk Østindia mens de ventet på transport til England.