Krigen radikaliserte imidlertid intern opposisjon. FPRs maktutøving økte støtten for den såkalte «Hutu Power»-ideologien. Hutu Power framstilte FPR som en fremmed styrke som ville gjeninnsette tutsimonarkiet og slavebinde hutuene; en mulighet som måtte unngås for enhver pris. Denne politiske retninga førte til at Habyarimanas første regjering kollapsa i juli 1993, da statsminister Dismas Nsengiyaremye kritiserte presidenten skriftlig for å forsinke fredsavtalen. Habyarimana, som var medlem av partiet MRND, avsatte Nsengiyaremye og utnevnte Agathe Uwilingiyimana som hans erstatter; hun blei ansett som mindre sympatisk mot FPR. De største opposisjonspartiene nekta imidlertid å støtte denne utnevninga, og hvert parti blei delt i to faksjoner: én som ville ha udelt støtte for Hutu Power, og en annen, kalt «moderate», som ville forhandle seg fram til en løsning på krigen. Siden Uwilingiyimana ikke var i stand til å danne en koalisjonsregjering var det umulig å ratifisere Arusha-avtalen. Det mest ekstreme av hutupartiene, Coalition pour la Défense de la République, som åpent argumenterte for etnisk rensing, var ikke representert i Arusha-avtalen.