I desember 2008 ble Touadéras regjering avsatt til fordel for dannelse av en samlingsregjering. Touadéra ble bedt om å lede den nye samlingsregjeringen som ga plass til flere tidligere opprørere. Etter en våpenhvile og fredsavtale mellom myndighetene og opprørsgruppen Seleka ble Touadéra avsatt 12. januar 2013 for å gi plass til en statsminister fra opposisjonen. Touadéra kunngjorde senere at han aktet å stille som kandidat til presidentvalget i 2015.