På forespørsel fra aleuadene i Larisa blandet Aleksander seg inn i en borgerkrig i Thessalia. Han fikk kontroll over Larisa, og flere andre byer, men til tross for de løfter han hadde gitt, plasserte han makedonske garnisoner i dem. Det provoserte en fiendtlig reaksjon fra bystaten Theben, den ledende militære makten i antikkens Hellas på denne tiden. Hærføreren Pelopidas fra Theben fordrev makedonerne fra Thessalia, og nøytraliserte deretter Aleksander ved å støtte ambisjonene til Aleksanders svoger Ptolemaios fra Aloros. Som en del av den nye alliansen ble hans yngste bror Filip ført til Theben som gissel og garanti for at avtalen ble opprettholdt.