Han var sønn av legen Giovanni di Fidanza og Maria la Ritella, og ble født i Bagnorea (nå Bagnoregio) i Italia. En legende forteller at han ble dødssyk som barn, og at moren brakte han til Frans av Assisi. På Frans' forbønn ble gutten frisk. Da Frans så lå for døde i 1226 tok hun igjen gutten med til ham, og Frans utbrøt «O buono ventura» («O gode fremtid»), og dermed fikk han navnet Bonaventura. Historien ser ut til å ha oppstått på 1400-tallet, og er svært tvilsom. Det som dog er et faktum er at moren sørget for at gutten fikk utdannelse og ble knyttet til Fransiskanerordenen.