Sathya Sai Baba har blitt anklaget for å stå bak bedrageri og seksuelt misbruk, men disse påstandene er ikke blitt bevist rettslig og anklagene har konsekvent blitt avvist både av Sathya Sai Organisasjonen og Sathya Sai Baba selv. Blant dem som har forsvart Sai Baba mot disse anklagene er Indias tidligere statsminister Atal Bihari Vajpayee. Mange har vært skeptiske til hans påstander om å inneha overnaturlige evner, blant annet basert på videoopptak som hevdes å avsløre at det er illusjonistiske triks.