Cellegiftbehandling har en rekke bivirkninger. De vanligste er håravfall, kvalme og tretthet. Andre bivirkninger kan være stikking i fingertuppene og tærne, og sterilitet. De fleste bivirkningne forsvinner etter avsluttet behandling, dette vil også avhenge noe av alder og fysikk. Vanligvis gis medisiner som demper bivirkningene (kvalmestillende midler, hormoner) sammen med cellegiftkurene.