Krigsårene ble harde for organisasjonene. Ledelsen i AFL måtte trekke seg og Jens Tangen ble innsatt som tyskernes leder. Tyskerne krevde også lojalitetserklæringer fra forbundslederne. Albert Raaen signerte og møtte sterk motstand fra nestleder Omar Gjesteby, som valgte å fratre sine verv. Gjesteby ble senere fengslet etter protester mot nazistisk kontroll av bystyret i Oslo. September 1941 ble det storstreik der mellom 20.000 og 25.000 deltok. Tyskerne erklærte unntakstilstand. Odd Fossum ble beordret til å overta som kommissarisk leder for AFL-leder, mens advokat Viggo Hansteen og klubbformann Rolf Wickstrøm begge ble skutt. Michael Berg ble satt som kommissarisk forbundsleder for HK. Han klarte ikke å etablere lojalitet i hele forbundet og i forretningsutvalget til HK var en motstandsgruppe med blant annet Peder Birkeland som utga den illegale avisen «Fri Fagbevegelse». Albert Raaen ble avsatt av tyskerne, arrestert 10. september 1941. Han satt fengslet på Grini frem til februar 1942, men ble innvilget uførepensjon på grunn av svak helse. Etter krigen var Raaen ved bedre helse men fikk ikke fornyet tillit som leder. Kontorfunksjonæren Alfred Nilsen fikk tillit fra 1945.