Han kom til Jerusalem i julen 1099 og fikk Dagobert av Pisa valgt som patriark, kanskje for å balansere den sterke fremveksten til den lorrainske makten i byen. Det kan se ut som at Bohemond var bestemt å grunnlegge et sterkt fyrstedømme i Antiokia som ville overskygge Jerusalem. Han hadde et godt territorium, en god strategisk posisjon og en sterk hær. Men han måtte møte to sterke krefter, Det østromerske riket som krevde hele hans territorium og var støttet i sitt krav av Raimond av Toulouse, og de sterke muslimske fyrstedømmene nordøst i Syria. Mot disse to kreftene mislyktes han.