Museet ivaretar det arkeologiske funnmaterialet fra Skåne, unntatt funn fra Lunds bykjerne og Malmö kommun. Dessuten har museet et regionalt ansvar for kirkekunst og mynt. I samlingene finnes okring ti millioner enkeltgjenstander, blant annet funn fra de arkeologiske utgravingene på jernalderboplassen i Uppåkra syd for byen.