Ahlmark avla på reallinjen ved Södra Latin i Stockholm. Som gymnasiast ble Ahlmark lagt merke til da han høsten 1956, sammen med sin klassekamerat Hans Hederberg, i et brev til den svenske regjeringen protesterte mot den obligatoriske morgenbønnen i skolen og bad om å slippe å delta i denne. Ahlmark og Hederberg anså at nærværsplikten stred mot religionsfriheten. Protesten, som ble avslått av regjeringen, førte til en het debatt i den svenske presse. Noen år senere avskaffet riksdagen formelt tvangen til å delta i religiøse morgenbønner innen det statlige svenske skolevesen.