Han ble født i København som sønn av teologen Poul Egede og Maria Christine Thestrup (1735–1768). Han valgte en karriere til sjøs og ble kaptein i 1801. Egede var med på Poul de Løvenørns ekspedisjon til Østgrønland i 1786 for å finne den norrøne Østbygden. Han gjentok forsøkene flere ganger i 1787, men måtte oppgi for ismassene.