Mens sedimentlagene ennå befinner seg på grunt dyp, under tilnærmet normal trykk og temperatur, vil det biologiske materialet bli omdannet ved diagenese. Dette omfatter nedbryting forårsaket ved bakterier og også fysisk/kjemisk omdanning. Det organiske materialet gir fra seg metan, karbondioksid og vann, og en kompleks blanding av hydrokarboner kalt kerogen blir igjen. Kerogen lar seg ikke løse i vanlige løsningsmidler for olje.