I 67 f.Kr. hadde Varro tjent som løytnant for Pompeius i krigen mot sjørøverne i Middelhavet. I 49 f.Kr. tjente han igjen for Pompeius i den spanske provinsen på andre siden av Iberus, men ble tatt til fange av Cæsar. Selv om Varro igjen sluttet seg til Pompeius, tok Cæsar ham til nåde og lot ham komme tilbake til Roma i 46 f.Kr., der han sies å ha fått overoppsyn med det store biblioteket som Cæsar planla for offentlig bruk. Selv om Varro heretter avstod fra å ta noen aktiv del i offentlig liv, ble han proskribert av Marcus Antonius i 43 f.Kr. og slapp så vidt fra det med livet da han ble benådet av Octavianus, og fikk vie seg til sine studier.