Houben døde klokken 5.30 om morgenen den 5. januar 1893 i Mount Argus ved Dublin, 71 år gammel. Til begravelsen kom mennesker fra hele Irland, og klosterets superior skrev til familien: «Folket har allerede utropt ham til helgen». Rene pilegrimstog strømmet til hans grav på kirkegården, inntil hans jordiske rester i 1949 ble overført til pasjonistkirken i Mount Argus.