Den 4. juli 1966 ble Harris utnevnt til den første biskop av det nye bispedømmet Beaumont av pave Paul VI. Han ble bispeviet den 28. september 1966 av biskop John Louis Morkovsky, med biskopene Leo Christopher Byrne og James John Hogan som medkonsekratorer ved -kirken i Houston. I de neste fem årene arbeidet Harris for å organisere det nye bispedømmet og implementere dekretene fra Det andre Vatikankonsil.