Før presidentvalget i 1800 skrev Hamilton en pamflett som var svært kritisk til Adams og minsket hans sjanser for gjenvalg og splittet Føderalistpartiet som begge tilhørte. Valget endte med at Thomas Jefferson ble valgt som president og Aaron Burr ble visepresident; rangorden de to imellom avgjort etter 36 avstemninger i valgmannskolleget. Hamilton likte ingen av de to, men skal ha sagt at «Jefferson er i hvertfall ærlig».