I middelalderen var dette området befolket av den gammelprøysiske stammen Nadruvianerne. Deres områder ble erobret av Den tyske orden og inkorporert i deres stat i Preussen under navnet , etter elven ( i litauisk) i nærheten. Da Den tyske orden ble sekularisert i 1525, ble Stallupönen en del av hertugdømmet Preussen, senere arvet av Hohenzollerne og ble en del av markgrevskapet Brandenburg i 1618. Byen ble en del av Kongeriket Preussen i 1701 og administrert som en del av provinsen Øst-Preussen fra 1773. Under den Preussen-ledede tyske samlingen i 1871 ble Stallupönen en del av Det tyske riket.