Hamburg var tilbake i 2001-2002-sesongen, men rykket også da ned som dårligste lag. Året før greide Hamburg kunststykket å vinne sin første cupkamp, mot FCR Duisburg etter forlegning, et svært overraskende resultat. De tapte neste kamp på straffespark. Neste års cup, da altså cupen i 2001-2002, som korresponderte med perioden de hadde i Bundesliga, ble en stor overraskelse. Laget kom helt til finalen, der de tapte 0-5 mot 1. FFC Frankfurt.