Byen ble grunnlagt i 1626 av Johannitterordenen, og har fått navn etter stormester Antoine de Paule. Frem til det 19. århundre var Paola en liten by, men nærheten til skipsvert i Grand Harbour førte til befolkningsvekst etter det. I 1901 hadde byen en befolkning på . Innbyggertallet var i 1948 vokst til . Folketellingen i 2011 viste et innbyggertall på .