Da verdenscupsesongen 2008/09 startet i svenske Gällivare, avgjorde Kristoffersen stafetten på ankeretappen foran finske Riitta-Liisa Roponen. Litt senere i sesongen fikk hun igjen sjansen på siste etappen, denne gang den 26. februar 2009 under 4 × 5 km stafett (2 × 5 km klassisk og 2 × 5 km fristil) i Ski-VM 2009 i Liberec, der hun gikk på lag sammen med Marit Bjørgen, Therese Johaug og Kristin Størmer Steira. Kristoffersen gikk ut som første kvinne på siste etappen, og da det var igjen omtrent 750 meter lå hun på andreplass, men da hun passerte målstreken var hun nummer fire.