Tidlig i oktober begynte tyske soldater å trekke seg fra Murmanskfronten via Kirkenes. Holtskog oppdaget 4. oktober at Terbovens avdeling i Kirkenes i hemmelighet tømte kontorene, brente mengder av papir og trakk ut personell. Sipo slapp deretter fri alle fanger. Fra tysk side ble Finnmark og Nord-Finland betraktet som ett område som måtte forsvares eller oppgis samlet. Rendulic forsto trolig at for å redde 20. bergarmé måtte både mannskap og utstyr over på norsk side. Den tyske ledelsen regnet også med alliert invasjon i Nord-Norge. General Rendulic fikk 3. oktober ordre om trekke de tyske styrkene ut av Finland og inn i Norge. Forsvarslinjen Lyngenfjord-Skibotn hadde vært forberedt siden juni 1944. Da tyske styrker ble trukket ut av Finland kom tyske styrker ved Murmanskfronten og Kirkenes i en utsatt stilling. Etter sovjetisk offensiv mot Øst-Finnmark i oktober 1944 begynte tyske styrker tilbaketrekning fra Varangerhalvøya 26. oktober. Sovjetiske styrker rykket frem raskere enn ventet og tyske styrker forlot Kirkenes i all hast midt på dagen 25. oktober uten å fullføre lastingen av skipene. Tyske styrker trakk seg etappevis tilbake til sør for Lyngen i Troms fylke etter at tyske styrker ble fordrevet fra Finland. Fra Kirkenes, Karasjok og Skibotn var hovedveien mot Lyngen fullpakket dag og natt med marsjerende soldater og militære kjøretøy. De fleste tyske soldater forlot Finnmark til fots. Sovjetiske styrker nådde Tana 8. november og stanset fremrykkingen der. 18. desember ble den tyske styrken i Kautokeino trukket tilbake. Ved nyttår 1944/45 hadde de fleste tyske soldater passert Lyngen. I februar 1945 pågikk fortsatt utskiping av materiell og forsyninger fra Alta og Hammerfest. Etter evakuering og nedbrenning skulle Tromsø overta den rollen Kirkenes hadde hatt og bli base og administrasjon for 20. Gebirgsarme. Etter tysk tilbaketrekning var området mellom Tana og Lyngen til dels ingenmannsland som ble sporadisk patruljert av tyske styrker.