Adelsmennene, ivrig etter makt, konfronterte kongen, og krevde at hans yngre halvbror Alfonso ble utropt til hans etterfølger. De gikk så langt som å spørre Alfonso om å ta tronen. Adelen, nå alliert med Alfonso, hevdet at han var den sanne arvingen, og det brøt ut innbyrdeskrig. Adelens hær møtte kongens styrker i det andre slaget ved Olmedo i 1467. Resultatet ble uavgjort, og Henrik gikk med på å anerkjenne Alfonso som tronarving under den forutsetning at han giftet seg med hans datter Joanna. Kort tid etter ble han navngitt som fyrste av Asturias, men Alfonso døde i juli 1468, antagelig av pest. Adelen som hadde støttet ham mistenkte giftmord. Da Isabella hadde blitt nevnt i sin brors testamente som hans etterfølger, ble hun oppsøkt av adelen som ville at hun skulle ta hans plass i opprøret mot kongen. Imidlertid begynte oppslutningen til opprørerne å svinne hen, og Isabella foretrakk å forhandle fram en avtale framfor å fortsette krigen. Hun møtte Henrik og ved Toros de Guisando inngikk de et kompromiss: krigen skulle opphøre, hun skulle navngis som hans tronarving framfor Joanna, og Isabella skulle ikke gifte seg uten hans godkjennelse, men han skulle heller ikke tvinge henne til å gifte seg mot hennes egen vilje. Isabellas side kom ut med det meste av hva de ønsket, skjønt de gikk ikke så langt som offisielt å avsette Henrik. De var ikke mektige nok til et slikt drastisk grep, og hun aktet ikke å sette i fare prinsippet om rettferdig etterfølgelse ettersom det var grunnlaget for hennes krav om å være tronarving.