Da Mūsā stilte som uavhengig kandidat til presidentvalget i Egypt våren 2012, var hans tilknytning til tidligere president Mubarak en ulempe, men likevel ble han regnet som en av favorittene. Han endte opp med en oppslutning på 11 %. I september 2012 ble han leder for det nystartede Konferansepartiet.