Tilbake på Cebu ble Sebastian del Cano valgt til ny kaptein for ekspedisjonen. Men situasjonen var kritisk, og ekspedisjonsmedlemmene lurte på hva de nå skulle gjøre. Fiaskoen mot Cebus fiender førte til at vennskapet mellom Rajahen av Cebu og de gjenværende spanjolene kjølnet. Rajahen vendte seg bort fra kristendommen, de hvites makt var likevel ikke guddommelig. Magellan hadde i sitt testamente erklært at hans malayiske slave Enrique skulle gis friheten når han døde Men han ble sett på som så viktig som tolk, at del Cano likevel ikke ville sette ham fri. Enrique allierte seg med Rajah Humabon, og 30 av spanjolene ble lokket i en felle. De ble invitert i land på en fest, og Enrique var som vanlig med som "tolk". Men under festen ble alle spanjolene myrdet, og Enrique forsvant. De gjenværende spanjolene skjønte det var på tide å forlate Cebu, her var de ikke ønsket lengre. Det var nå så få folk igjen at de ble samlet på to av skutene, og den dårligste skuta ble brent.