Før dette skjedde hadde Fidel Castro satt i gang en stor de-amerikanisering eller nasjonalisering av den kubanske industrien. Som følge av dette valgte Kennedy å stoppe all handel med Cuba og erklære at USA ville iverksette en blokade av Cuba, et begrep som senere ble redefinert til karantene. I tillegg bestemte han seg for å oppfordre dissidenter og dissidentorganisasjoner (f. eks. Alpha 66 og Den cubansk-amerikanske stiftelse) som motarbeidet Cuba, til å begå terror, attentatforsøk på politikere og attentater på sivile cubanere, som fra dette til 2006 har kostet 3478 cubanere livet. Kennedy gjorde dette både fordi han følte at USAs interesser ble truet og for å hindre utplassering av atomraketter, nettopp fordi han visste at dette kunne skje som følge av Cubas og Sovjetunionens gode forhold. En slik blokade var i strid med internasjonale regler og betraktes som en krigshandling. En karantene er mer selektiv og i dette tilfellet gjaldt den kun offensive våpen.