I Usbekistan dreier elven svakt mot nordvest mot Samarkand. Nær Samarkand deler elven seg i to: Akdaria (nordlige elveløp) og Karadaria (sørlige elveløp). Mellom de to elveløpene ligger Miankale-øya. Ved Khatyrchi renner elven videre igjen i et elveløp. Elven renner videre vestover mot Navoi og til slutt mot sydvest forbi byene Bukhara og Karakul før den blir borte i ørkenen under navnet Karakul-daria.