Det ser ut til å være bred faglig enighet om at Paulus er det korte Filemonbrevets rette forfatter. I åpningshilsenen hilser Paulus ikke bare fra seg selv, men også fra Timoteus, selv om det går klart frem at det er Paulus som er forfatter, og sågar fører pennen. I brevet omtaler Paulus seg selv som «den aldrende Paulus» (v. 9) og forteller at han skriver brevet fra fangenskap (v. 10 og 13). Dette antyder en datering fra perioden 61-63, da Paulus satt i husarrest i Roma – men trolig var såpass fristilt at han nok hadde full anledning (og tid) til å skrive brev til menigheter og kontakter fra sine misjonsreiser.