San José oppsto på 1700-tallet, da spanske erobrere bosatte seg der. Innbyggerne i området bodde spredt, og i 1738 ble det bestemt at de skulle konsentreres på ett sted. Mange flytta til det stedet som i dag er San José, og to år seinere sto det ferdig et lite kapell der. Josef fra Nasaret (José på spansk) ble valgt til bygdas beskytter, derav navnet San José.