Valget av henholdsvis ionespecie og ionepistol avhenger av den nødvendige strømmen (pulsert eller kontinuerlig), de nødvendige stråledimensjonene til den primære ionestrålen og av prøven som skal analyseres. Oksygens primære ioner brukes ofte til å undersøke elektropositive elementer på grunn av en økning i generasjons sannsynligheten for positive sekundære ioner, mens cesiums primære ioner ofte brukes når elektronegative elementer blir undersøkt. For kortpulserte ionestråler i statiske SIMS blir LMIG-er ofte distribuert for analyse; de kan kombineres med enten en oksygenpistol eller en cesiumpistol under elementær dybdeprofilering, eller med en C eller gassklyngekilde under molekylær dybdeprofilering.