Han kom imidlertid tilbake i et nytt kupp i januar 1964 mot Minh, hvor han plasserte seg som ny statsminister, men Minh ble på grunn av sin folkelige popularitet beholdt som statsoverhode. Han møtte imidlertid stadig motstand fra særlig buddhistiske miljøer, og prøvde å få støtte her ved å spille katolske generaler mer utover sidelinjen. Dette førte til at flere av disse, blant dem Nguyễn Văn Thiệu ble stadig mer fiendtlig innstilt til ham og det ble et kuppforsøk mot ham i september 1964, hvor Khánh i første rekke ble reddet av buddhistiske generaler, som Nguyễn Chánh Thi, og sjefen for luftforsvaret,Nguyễn Cao Kỳ.