Javier Lozano Barragán studerte til prest i Zamora og Roma. I 1955 mottok han prestevielsens sakrament, og virket deretter ved presteseminaret i Zamora. Samtidig ledet han CELAM sitt institutt for pastoralteologi. I 1979 ble han hjelpebiskop i hovedstaden Mexico, i 1984 ble han biskop av Zacatecas. Lozano Barragán ledet dette bispedømmet til 1997. Rett før, i 1996, ble han utnevnt til en stilling i Vatikanet, som president for Det pavelige råd for den pastorale assistanse til helsearbeidere. Dette vervet innehadde han til pave Johannes Paul IIs død den 2. april 2005.