I Oslo startet Rokkan studier i norsk og fransk. Etter eksamener i fransk kom Rokkan i kontakt med filosofen Arne Næss, som overbeviste Rokkan om å ta opp studiet av politisk filosofi. Ved siden av studiene arbeidet Rokkan i krigsårene ved Universitets­biblioteket. Han klarte å unnslippe okkupantenes aksjon mot studentene i 1943, men lå i hele 1944 i dekning på familiens hytte i Holandshamn i Lofoten hvor han brukte tiden på lesing og fisking. Studiene fortsatte ved krigens slutt og Rokkan avla i 1948 mag.art.-graden på avhandlingen . For å spe på inntektene virket Rokkan i denne tiden også som oversetter, hovedsakelig av politisk teori og filosofi fra engelsk.