Den japanske garnisonen under andre verdenskrig besto av 1,031 den keiserlige japanske hæren menn av 10. uavhengig blandet brigade, under kommando av major Shigeo Imagawa, og ca 600 menn fra Den keiserlige japanske marinen. i Løpet av den siste fasen av krigen ble Rota noen ganger bombet av fly av den amerikanske marinen i et forsøk på å kneble radiosenderen som kunne gi advarsel til de japanske hovedøyene om take-off av B-29 Superfortress bombefly angrep fra Tinian, Saipan, og Guam, men øya ble aldri invadert av amerikanske tropper. 2. september 1945, en time etter overgivelsen av Japan, kom en utsending av U.S. Marines til Rota for å godta overgivelse av den japanske garnisonen, som talte 947 fra den Keiserlige Japanske Hæren og 1853 fra Den keiserlige japanske marinen.