Den vanlige forklaringen på forliset for moderne historikere er at skipet var ustabilt av en rekke forskjellige grunner. Da et sterkt vindkast fylte seilene midt i en vending, viste de åpne kanonportene seg å være livsfarlige; skipet fyltes med vann og kantret. En variant av denne teorien er fremlagt av Coates, og går ut på at «Mary Rose» hadde vært i tjeneste gjennom flere tiår, og den hadde deltatt i sjøslag utenfor Bretagne, et område beryktet for sine stormer. Over tiden hadde den imidlertid etter hvert blitt overlastet, slik at det til slutt ikke lenger var sjødyktig. Undersøkelse av kanoner som var berget både på 1800- og 1900-tallet, viste at disse hadde ladningene intakt i løpet. Marsden kom derfor i tvil om at skipet var i gang med å vende etter at kanonene på den ene siden var avfyrt. Marsden mener at noe annet måtte ha hendt. En erfaren besetning ville ha lukket kanonportene under en potensiell risikabel vending, mener han.