På grunn av forverringen av situasjonen og usikkerheten om landets fremtid, ga Den hellige stol hemmelige fullmakter til biskopene i Tsjekkoslovakia. Blant annet var det også for bispevielser som de tsjekkiske biskopene utførte i hemmelighet. Slik ble Kajetán Matoušek hemmelig ordinert til biskop den 17. september 1949 av hjelpebiskop Antonin Eltschkner i Praha.