Ian McKellens far, Denis Murray McKellen, var bygningsingeniør. McKellens besteforeldre på farssiden var av skotsk og nordirsk herkomst; og det er der etternavnet hans har kommet fra. Faren hans var deltids legpredikant, noe besteforeldrene hans også hadde vært, og en av hans oldefedre var protestantisk sogneprest i Ballymena i County Antrim. Moren hans, Margery Lois McKellen (født Sutcliffe), døde da Ian var tolv år gammel, og faren hans døde når Ian var 24 år.