Om våren før starten av hans junior-sesong fikk Harvin operert sin høyre hæl for å fikse et problem som hadde forårsaket flere skader siden han gikk på high school. Operasjonen ble utført av Dr. Robert Anderson ved OrthoCarolina i Charlotte i Nord-Carolina. Operasjonen førte til en lengre rehabiliteringsperiode som Harvin utnyttet vel. Han hadde ikke muligheten til å delta mye i trening på banen eller på løping, og fokuserte heller på styrketrening. Han gikk opp til og satte en personlig rekord i benkpress på . Siden han hadde trent såpass mye styrke og alltid hadde vist talent som running back annonserte Floridas hovedtrener Urban Meyer at Harvins posisjon for den kommende sesongen kom til å være running back. Harvin fortsatte allikevel å stille opp som wide receiver til tider, og tilbrakte mer tid som receiver enn som running back.