I juli 2018 ble erkebiskopen innkalt til avhør for første gang av statsadvokatembetet i Santiago de Chile, mistenkt for å ha tildekket seksuelle overgrep fra kirkefolk i årevis eller for å hindre etterforskningen. I samme måned hadde arrestasjonen av den mangeårige kansellist for bispedømmets kurie til erkebispedømmet i Santiago, Óscar Muñoz, allerede skapt oppsikt. Statsadvokaten i Rancagua anklaget ham for minst fem psykiske og seksuelle overgrep mot mindreårige mellom 2011 og 2012. Som prorektor og kansler i erkebispedømmet siden 2011 hadde han også vært involvert i håndteringen av kirkelige etterforskninger i overgrepssaker og hadde blant annet gjennomført vitneavhør i Karadima-saken. I september 2018 sikret chilenske etterforskningsmyndigheter e-poster fra kardinalene Ricardo Ezzati Andrello og Francisco Javier Errázuriz Ossa, samt hjelpebiskop Luis Fernando Ramos Pérez. Etter at Ricardo Ezzati ikke kom med noen uttalelser til statsadvokaten i O'Higgins-regionen i begynnelsen av oktober 2018 om overgrepssakene i bispedømmet Rancagua som ble avdekket våren 2018, har han også vært under etterforskning som mistenkt i Santiago siden november 2018. Kardinal Ezzati er en av de syv chilenske biskoper som offentlige påtalemyndigheter etterforsker på grunn av deres ulikeartede involveringer i misbrukssaken.