Joar Harøy spilte for Molde FK hvor han blant annet var med å vinne Norgesmesterskapet for junior i 2000. Han spilte senere en sesong for Ørn Horten og kom til Skeid Fotball sommeren 2004. Han spilte for Skeid mellom 2004 og 2011, og hvor sesongen 2007 var den fremste med 25 kamper og tre mål.