Hovedkilden til Balikh er en karstisk kilde i 'Ayn al-'Arus, like sør for den syrisk-tyrkiske grense. I tillegg får Balikh periodevis vann fra elver og wadier fra Harransletten i nord, samt sletter vest og øst for elvedalen. Disse elveleiene heter er Jullab, Wadi Qaramogh og Wadi al-Kheder.