Merkorios ble 1988 innsatt som patriark av Etiopia og overhode for den etiopisk-ortodokse kirke av Derg-juntaen etter patriark Tekle Haimanots død. Den etiopisk-ortodokse synoden godtok den nye patriarken, men han ble ikke anerkjent av de andre orientalsk-ortodokse kirkene. Grunnen til at spesielt den koptisk-ortodokse paven av Alexandria og patriarken av hele Afrika anså Merkorios som ikke-kanonisk, var at juntaen fremdeles ikke hadde offentliggjort patriark Tewophilos' skjebne. Selv om det senere viste seg at Tewophilos hadde blitt skutt i 1977, anså de andre kirkene Tewophilos som den rettmessige patriarken av Etiopia, siden han ikke var erklært død og ikke hadde fått noen begravelse.