Rizal var således en fri mann og fikk reise fra forvisningsstedet Dapitan på Mindanao. Han tok dampskipet til Manila den 1. august 1896, og ankom den 5. august. Der var Andres Bonifacio klar over at han kom, men visste ikke at han faktisk var en fri mann nå. Han sendte Emilio Jacinto og andre forkledt som sjøfolk ombord. De lot som om de skurte dekket til de fant Rizal og tok ham til side: «Hvis de holder deg fanget, vil vi befri deg, vi er alle godt bevæpnet». Rizal svarte: «Ikke gjør noe slikt! La meg ta meg av alt, jeg vet hva som skal gjøres». Mer tid til å snakke alene sammen fikk de ikke.