Chaput ble gjentatte ganger utnevnt til visitator av paven ved fremtredende disiplinærhøringer. I 2005/2006 var han apostolisk visitator ved de nordamerikanske seminarer, i 2007 visiterte han det australske bispedømmet Toowoomba, som et resultat av at dets biskop William Martin Morris måtte gå av. I 2009/2010 deltok han i visitasjonen av .