Før 2003 spilte Aalesunds FK i all hovedsak i 1. divisjon, hvor laget var på andreplass i adelskalenderen bak sunnmørskollega Hødd. I 1998 rykket laget likevel ned til 2. divisjon og ble værende der til et knapt opprykk foran bykollega Skarbøvik IF i 2000. Laget havnet sesongen etter midt på tabellen i 1. divisjon før det rykket opp til Tippeligaen i 2002 for første gang under trener Ivar Morten Normark. Laget rykket ned igjen i 2003 på målforskjell bak Vålerengens IF. I 2004 rykket laget igjen opp.