Selv for mennesker som i utgangspunktet var friske, utviklet en liten prosentandel lungebetennelse eller akutt luftveissyndrom (ARDS). Dette viser seg med økte pustevansker og forekommer typisk tre til seks dager etter de første symptomene. Lungebetennelsen forårsaket av influensa kan være enten direkte viral lungebetennelse eller en sekundær bakteriell lungebetennelse. En artikkel fra New England Journal of Medicine fra november 2009 anbefalte at influensapasienter med røntgenbilder som indikerte lungebetennelse, skulle medisineres med både antivirale midler og antibiotika. Spesielt var det et advarselstegn hvis et barn (og antagelig en voksen) så ut til å bli bedre, for deretter å få tilbakefall med høy feber. Dette tilbakefallet kunne være bakteriell lungebetennelse.