I 1737 tapte Bononcini mye penger på grunn av tvilsomme spekulasjoner og måtte en tid ernære seg som kopist. Senere vendte han seg til hoffet i Wien, og fikk i 1741 en pensjon av keiserinne Maria Theresia. Den siste kjente komposisjonen hans ble skrevet på oppdrag av keiserinnen, et Te Deum fra 1741.