Elva har utspring på vestsida av Falkfjellet, sentralt på Varangerhalvøya. Den renner først i nordlig retning, gjennom det markante dalføret i Midtdalen. Ved det rundt 200 meter dype og 1 kilometer lange Bjørnskaret skjærer elva gjennom fjellryggen som krysser Varangerhalvøya fra vest til øst. Etter Bjørnskaret kommer sideelva Gárgašjohka inn fra vest, og Komagelva snur mot øst og renner gjennom en bred elvedal i et åpent heilandskap. Elva har ingen markante fossefall, men veksler mellom rolige partier og små stryk. I nedre del danner elva store meandere og landskapet blir flatere med med mange myrer. Her kommer også sideelvene Gorsajohka og Dálajohka inn fra nord. Komagelva munner ut i Varangerfjorden ved Komagvær i Vardø kommune.