I verdenscupen for sesongen 2008/09 kom hun på andreplass, mens hun vant sprintcupen suverent. Hun kjempet med Justyna Kowalczyk om å vinne verdenscupen, og selv om hun ledet helt til det siste rennet ble hun bare nummer to. Majdič vant også sprinttrøya i Tour de Ski 2008/09 og hun ble nummer tre sammenlagt.