Den 20. august 2020 ble Navalnyj innlagt på sykehus i Omsk i Sibir etter å ha blitt akutt syk med voldsomme smerter under en flytur fra Tomsk i Sibir til Moskva. Flyet landet derfor i Omsk. Der ble han lagt i kunstig koma. Navalnyjs pressesekretær hevder han ble forgiftet på flyplassen i Tomsk før avgang. Sjefslegen som behandlet Navalnyj, hevdet de ikke fant spor av gift i kroppen hans, men politiet skal ifølge russiske helsemyndigheter ha funnet et kjemisk stoff av «industriell karakter» på hendene og håret hans. 22. august ble han ble han fraktet med ambulansefly til Charité-sykehuset i Berlin for videre behandling.