I 1991 grunnla han selskapet ARC, som han var administrerende direktør for frem til 1993. I 1993 grunnla han så konsulentselskapet Future Quality Systems. Selskapet ble avviklet i 1997. Bagger grunnla så selskapet Masterframe, som han ledet til 2001. Han var deretter administrerende direktør i IT Factory fra 2001 til selskapet ble slått konkurs i 2008.