Den 24. januar 2017 sendte FBI-direktør James Comey to agenter, Peter Strzok og Joe Pientka, til det Hvite Hus for å innhente en forklaring fra Flynn i forbindelse med hans samtale med Kislyak. FBI var på dette tidspunktet i besittelse av en transkripsjon av telefonsamtalen, noe Flynn gav uttrykk for at han var innforstått med i forkant av forklaringen. Flynn ble bedt om å redegjøre for samtalen med Kislyak, og på spørsmål om hvorvidt de hadde diskutert sanksjoner svarte Flynn avkreftende. Transkripsjonen viste imidlertid at temaet hadde blitt nevnt, og etter en vurdering i FBIs topp-ledelse ble det besluttet å tiltale Flynn for å ha avgitt falsk forklaring.