Goldstone-rapporten har blitt kritisert for å være pro-palestinsk og forutinntatt overfor Israel. Deler av kritikken går på at det er feil i innholdet; andre deler går på at kommisjonen ikke tar tilstrekkelig hensyn til Israels behov for sikkerhet og at det er vanskelig å skille militære og sivile deler av det palestinske samfunnet.