I tillegg til sitt arbeid i sogneprest, var Gacutan koordinator (1994-1995) og senere direktør for praktikanter ved Scheutmisjonærene (1997-2003) og medlem av provinsrådet (1995-1999). Fra 1999 til 2003 var Edgar Gacutan viseprovinsial for kongregasjonens japanske provinsen, og til slutt provinsial fra 2004 til 2012. Han var også president for administrasjonsstyrene for Heiwa barnehage og videregående skole i Himeji (2002-2020) og medlem av generalkomiteen for økonomiske anliggender i Scheutmisjonærene (2009-2020). Fra 2020 var Gacutan kongregasjonens regionalsuperior for Japan.