Selv om Zakynthos har mye regnvann om vinteren preges øya av dårlig grunnvannskvalitet og stadig reduksjon av grunnvannsnivået. Dette skyldes hovedsakelig økt aktivitet innen landbruk og reiseliv. De om lag årlige turistene bidrar sammen med landbruket til et stort overforbruk av vann på øya som i sommersesongen fører til reduserte grunnvannreserver og sjøvannsinntrengning. Forurensing av grunnvannet skyldes naturlig mineralinntrenging fra grunnfjell og menneskeskapte utslipp fra landbruket, deponering av ubehandlet kommunalavfall og mangelfull håndtering av kloakk utenfor tettstedene. Dessuten bidrar ubehandlet utslipp fra olivenpressene til kvalitetsreduksjon av grunnvannet. I den forbindelse er det etablert et norsk-gresk forskningssamarbeid som kalles Science Park Zakynthos, der formålet er å legge tilrette for forskning, undervisning og formidling av kunnskap om disse forholdene på øya. Partnere i samarbeidet er Universitetet for miljø- og biovitenskap (UMB), Technological Educational Institute of Ionian Islands,(TEIION), greske myndigheter og norsk og gresk næringsliv. I 2010 tok partnerne i samarbeidet initiativet til en vannsparekampanje på Zakynthos for å gi turistene fakta om vannforholdene på øya.