Ardzinba vant de første direkte valgmålingene den 3. oktober 1999, uten noen motstander og han ble dermed gjenvalgt som president i Abkhasia. Han installerte med en gang ett autokratisk regime og forble politisk uangripelig helt til sin helse for alvor ble svekket i 2003. Han uttalte en gang at uavhengighet fra Georgia ikke var omsettelig, og han har prøvd å justere nasjonens forhold med Russland, hvis politiske og økonomiske støtte var avgjørende for at republikken skulle overleve. Som leder av den abkhasiske staten møtte han de to påfølgende russiske presidenter, Boris Jeltsin og Vladimir Putin, samt presidenten i Georgia, Eduard Sjevardnadze.