Samtidig hadde Henrik åpenbart ingen interesse i å håndheve avtalen. Straks makten var sikret innenlands gikk han i konflikt med erkebiskop Anselm av Canterbury på nettopp retten til å utnevne geistlige, kirken eller kongen. Saken ble først løst da paven lyste Henrik i bann og et kompromiss ble inngått. Generelt ignorerte de engelske monarkene frihetsbrevet helt fra til 1213 da erkebiskop Stephen Langton minnet adelen på om at deres rettigheter hadde blitt garantert et århundre tidligere i Henriks frihetsbrev.