Vågå omfatter store deler av Jotunheimen, med mellom annet Besseggen, Gjendevatnet og Knutsholstindane som ligger innenfor kommunegrensene. Mer enn tre firedeler av arealet i kommunen ligger høyere enn 900 moh. På nordsiden av Otta går fjellene opp i 1500–1600 moh. på grensen mot Dovre og Lesja, og i Jotunheimen er flere topper på over 2000 moh. Høyest av desse er Store Knutsholstinden (2341 moh.) og Tjørnholstind (2331 moh.) på sørsiden av Gjende, nær grensen mot Vang. Den østlige delen av Jotunheimen nasjonalpark ligger i den sørlige delen av kommunen.