Sent i 1989 forsøkte sikkerhetspolitiet å arrestere ham. Det var etter at undergrunnskirken hadde organisert en bispekonferanse. Mange undergrunnsbiskoper ble da fengslet, men biskop Li klarte å holde seg i skjul. I juni 1991 ble han fungerende leder for bispekonferansen, ettersom alle de andre lederne var tatt av politiet.