Etter å ha ledet den colombianske klubben til verdensmesterskapet ble Maturana ansatt som trener for den spanske klubben Real Valladolid. I 1993 ble Maturana kåret til den beste søramerikanske fotball-treneren dette året av El País og han ble rangert på tredjeplass av den spanske avisen Marca i deres liste over verdens største fotball-trenere. Maturana vendte tilbake til Colombia i 1992. I 1995 ble Maturana ansatt som hovedtrener for landslaget til Ecuador. Da MAturana ikke klarte å få det ecuadorianske landslaget kvalifisert til videre deltakelse i FIFA World Cup for 1998, vendte Maturana tilbake til hjemlandet for å begynne som trener for den colombianske klubben Millonarios.