Dunstanburgh spilte ikke noen stor rolle i grensekrigene med Skottland. Under rosekrigene var den at av Huset Lancasters festninger, og det ble skadet og skiftet hender et par ganger. Etter Lancasters fall begynte det å forfalle, og en rapport fra 1538 beskriver det som «a very reuynys howsse and of smalle strenght» («et veldig forfallent hus, og av liten styrke»). Mye stein ble tatt ut og brukt til bygninger i området.