Etter 1000-tallet ble byen regjert av islamske dynastier som ahlatshahene, ayyubidene, ilkhanidene og Kara Koyunlu. Fra 800-tallet til 1200-tallet vokste Mush til en by med anslagsvis 20 til 25 tusen innbyggere. I 1387 passerte den sentralasiatiske hersker Timur gjennom området, og synes å ha erobret Mush uten kamp. Senere regjerte akkoyunluene, og op 1500-tallet fikk osmanene herredømme over byen og region, som inntil da hadde vært regjert av safavidene. Mush forble del av Det osmanske rike til tidlig på 1900-tallet, og hadde en vedvarende høy armensk befolkningsandel. I 1821 nådde en persisk invasjonshært frem til Mush.