Savisaar var partileder fra 1991 til han ble tvunget til å trekke seg i 2016. Han var da suspendert fra vervet som borgermester i Tallinn, så lenge han ble etterforsket for korrupsjon og hvitvasking. Saken mot ham ble til slutt henlagt på grunn av hans sviktende helse. Beskyldninger om maktmisbruk, korrupsjon og utilbørlige forbindelser til russiske makthavere hadde da hengt ved ham i mange år.