Hunter lærte anatomi ved å hjelpe sin eldre bror William med disseksjoner i Williams anatomiskole i London sentrum, og ble raskt ekspert på anatomi. Han tilbrakte noen år som hærkirurg, jobbet sammen med tannlegen James Spence for å gjennomføre tanntransplantasjoner, og i 1764 opprettet han sin egen anatomi-skole i London. Han bygde opp en samling av levende dyr hvis skjeletter og andre organer han forberedte som anatomiske prøver, og samlet til slutt nesten 14 000 preparater som demonstrerte anatomi til mennesker og andre virveldyr. Totalt var over 3 000 dyr representert.