I 1990 ble han pressetalsmann for Det øverste sovjet i Den estiske sosialistiske sovjetrepublikk. Mälk gikk deretter inn i utenrikstjenesten for den uavhengige republikken Estland. Han ledet forhandlingene med Russland og andre naboland om grensetvister, og om tilbaketrekning av russiske styrker fra Estland. Han var også sterk tilhenger av estisk medlemskap i EU og Europarådet.