Pedro Lisímaco Vílchez, sønn av en bondefamilie; foreldrene var Fidel Vílchez Zelaya og Pastora Vílchez. Han gikk på . Biskopen av Matagalpa, Arnulfo Isidro Oviedo, sendte ham videre til , hvor han studerte sammen med Miguel Obando Bravo S.D.B. Han ble uteksaminert i filosofi og teologi fra i El Salvador.