Hunter studerte ved Felsted School før han begynte ved University of Cambridge der han ble uteksaminert med en doktorgrad. Fra 1971 til 1973 var Hunter ansatt ved Salk Institute for Biological Studies i La Jolla, California. Ved dette instituttet var han også assisterende professor mellom 1975 og 1978, førsteamanuensis fra 1978 til 1982 og fra 2008 fungerte han som leder for Salk Institute Cancer Center. Hunter ble tildelt Wolf-prisen i medisin i 2005.