Kyd ble til slutt løslatt, men ble ikke lenger akseptert i sin herres tjeneste. Ved å tro at han var under mistanke for ateisme skrev han til vokter av det store riksseglet, sir John Puck, for å hevde sin uskyld, men hans anstrengelser for å renvaske sitt navn var tilsynelatende nytteløse. Det siste som høres fra forfatteren er utgivelsen av tidlig i 1594. I dedikasjonen til hertuginnen av Sussex gir han antydninger til «den bitre tiden og private tapte ligdenskaper» han hadde opplevd. Kyd døde senere det samme året, og ble gravlagt den 15. august i London, 30 dager er tradisjonelt tiden før begravelsen, noe som kan datere hans død til 16. juli. Han var kun 35 år gammel. I desember det samme året ga hans mor juridisk avkall på administrasjon av hans bo, sannsynligvis for at det var befestet med gjeld.