I 774 erobret den frankiske kongen Karl Martell Korsika, og gav øya som gave til paven i Roma året etter. Denne overrekkelsen ble bekreftet av Karl den store i 795. Rundt ca. 900 ble imidlertid Korsika okkupert av muslimske maurere fra Nord-Afrika, og befolkningen ble tvunget til å konvertere til islam. Men dette skjedde kun formelt da kristendommen allerede var grunnfestet, og befolkningen beholdt sin tro i det skjulte. Maurernes styre var upopulært, og på 1070-årene henvendte korsikanske borgere seg til paven med bønn om hjelp til å fjerne maurerne. Paven fikk hjelp fra Pisa, som fordrev maurerne i 1077. Øya ble nå en del av pavedømmet, delt i bispedømmer styrt av biskoper fra Pisa.