Tidligere var NIM tilknyttet Norsk senter for menneskerettigheter (SMR) ved Universitetet i Oslo. Institusjonen fikk A-status i 2006, men ble nedgradert til B-status i 2011. I en konsulentrapport utarbeidet på forespørsel fra Utenriksdepartementet i 2010 ble det pekt på at SMRs manglende resultater skyldtes organiseringen av institusjonsarbeidet ved senteret, svakheter ved senterets hjemmelsgrunnlag, størrelsen på bevilgningen og prinsipielle vanskeligheter med å forene rollene som nasjonal institusjon og å være en del av Universitetet i Oslo. I 2014 vedtok Stortinget å opprette en ny nasjonal institusjon for menneskerettigheter, og satte deretter ned en arbeidsgruppe. Institusjonen ble opprettet i medhold av NIM-loven 22. mai 2015. Cecilie Østensen Berglund ble valgt som styreleder, og ble etterfulgt i desember 2016 av Åsne Julsrud. Petter Fredrik Wille ble oppnevnt som NIMs første direktør i november 2015. Wille fratrådte i 2018 og ble etterfulgt av Adele Matheson Mestad, som ble konstituert som fungerende direktør fra 1. oktober 2018 og formelt fikk stillingen i mars 2019. Institusjonen har også et rådgivende utvalg som skal bidra med informasjon, råd og innspill til institusjonens arbeid.