Johannes Skar gikk på skolen i hjembygden Øyer, men gutten hadde en leselyst som ikke kunne tilfredsstilles av forholdene i den lille bygden. Sogneprest Nisser i Øyer fikk foreldrene til å sende ham på latinskolen på Lillehammer, og herfra ble han student i 1859. Ved universitetet i Kristiania begynte han å studere filologi, men måtte snart slutte på grunn av en nervesykdom. Denne sykdommen skulle komme til å forfølge ham resten av livet.