Nechervan Barzani har spilt en viktig rolle i utviklingen av den autonome kurdiske regionen etter 1991. I 1996 ble han utnevnt til visestatsminister for det KDP-kontrollerte området i irakisk Kurdistan. Etter samlingsprosessen mellom de viktigste kurdiske partiene i 2005, deltok han i opprettelsen av en samlet regional regjering for Sør-Kurdistan (KRG). Etter parlamentsvalgene i Sør-Kurdistan samme år, ble Barzani valgt til statsminister i KRGs regering. Etter avtale med det konkurrerende partiet PUK skulle han sitte til i 2008, men hans funksjonstid ble forlenget til 2009. Etter regionale valg det året overlot han stasministerstillingen til Barham Salih fra PUK.