Francis Thomas ble uteksaminert fra Dickinson College i Pennsylvania i 1830 før han videre studerte rettsvitenskap og innledet sin karriere som advokat i hjembyen Easton. I 1836 var han delegat til delstaten Marylands konstutisjonskonvensjon, og i årene 1838, 1843 og 1845 ble han innvalgt til Maryland House of Delegates, som var underhuset i delstatens lovstiftende forsamling. Francis Thomas var medlem av representantenes hus i perioden mellom 1839 til 1841 og guvernør i Maryland i perioden mellom 1848 til 1851.