Keiichi Okabe var hovedkomponist til musikken i spillet, etter å ha tidligere komponert for både og , sammen med studiobandet sitt fra selskapet hans Monaca med Keigo Hoashi, Kuniyuki Takahashi og Kakeru Ishihama. Musikken var inspirert av klassisk musikk, samtidig som det spilte tilbake på og det spillets melankoli. I motsetning til det spillet derimot, har musikken i ofte mer brutale og mekaniske lyder for å reflektere den nye spillverdenen, hvor s spillverden heller lente seg mot å være grønn og naturrik, sammenlignet med ofte mekaniske verden. Det ble også tatt mer inspirasjon fra science fiction og cyberpunk til dette lydsporet. Den åpne verdenen gjorde også at Okabe valgte å lage flere lydspor som kunne sømløst flyte inn og ut av hverandre avhengig av situasjon og hvor man befinner seg, fremfor å bare ha et enkelt lydspor som stadig spilte. Musikken viderearbeidet gjennom Pro Tools. Emi Evans sto for mye av syngingen, etter å ha gjort det samme i . Shotaro Seo bidro også med mannlig stemme. Kjenningsmelodien ble spilt inn i to versjoner, en med Evans og en med J'Nique Nicole. Nicole og Nami Nakagawa, sammen med Evans, sang i trestemmig kor til en del av spillmusikken, blant annet et lydspor som brukes til en bosskamp. I tillegg ble noen sanger fra gjeninnspilt til bruk i .