Under den amerikanske borgerkrig var Wilmington en viktig marinebase for sørstatene. Byen falt til unionsstyrkene etter kamper mellom 11. og 22. februar 1865, noe som stengte av sørstatenes siste havn. Etter krigen var motsetninger mellom hvite og svarte fortsatt høye. Det toppet seg da hvite opprørere drepte 22 svarte mennesker i 1898 under et kupp mot det sittende republikanske styret. Wilmington var på denne tid den største byen i staten, og hendelsen bidrog til at demokratene vant kontroll over delstaten og fikk fjernet mange av rettighetene som de svarte hadde fått i årene etter krigen.