Sammen med Moraca utgjør elvene via Shkodërsjøen et elvesystem på 183 km og det viktigste nedbørsområdet (5.187 km²) og slettelandskapet i Montenegro, hvor mye av landets landbruksproduksjon skjer. Vannføringen her er på om lag 320 m³/s. Fra albansk side mottar elva sør for Shkodër den venstre sidelelva Drin som har større vannføring enn Bojana selv (ca. 352 m³/s).