I februar 1986 ble moren Corazón Aquino landets president. Atten måneder senere, den 28. august 1987, kom Noynoy Aquino i skuddlinjen under et kuppforsøk ledet av oberst Gregorio Honasan. Tre av de fire sikkerhetsfolkene han ble fulgt av ble drept, og den fjerde ble såret mens han forsvarte Noynoy. Selv ble han truffet av fem kuler og hardt skadet. Én av kulene lot seg ikke fjerne, den måtte han leve med i halsen.