Etter noen års opphold kom han i 2013 tilbake til politikken som viseborgermester i Runavík, valgt på en lokal liste. Da borgermester Magnus Rasmussen ble innvalgt på Lagtinget høsten 2015, ble Jacobsen borgermester ved årsskiftet. Høsten 2016 møtte han også i Folketinget som stedfortreder for Magni Arge.