Denne nyorienteringen skapte imidlertid spenninger internt, og i 1997, kort tid etter at han var gått av som partiformann, ble Klaus Riis og to av hans politisk nærmeste ekskludert for fraksjonsvirksomhet. Disse fikk med seg partiavdelingen i Odense og en rekke medlemmer i København og startet , som senere ble til Arbejderpartiet Kommunisterne, som i dag i stor grad opprettholder DKP/MLs politikk fra 1980-tallet. På denne tiden fikk også det kommunistiske samlingsarbeidet større betydning. Etter å ha ført forhandlinger med både Fælles Kurs og Danmarks Kommunistiske Parti ble samlingsforhandlingene til slutt begrenset til DKP/ML og Kommunistisk Parti i Danmark (KPiD). Da dette også strandet gikk imidlertid et mindretall i KPiD ut og startet . I desember 2006 gikk disse sammen med DKP/ML i Kommunistisk Parti.