Spillets strategiske del foregår i basen og oversiktskartet over Mars' områder. Herfra styrer du produkjsonen av våpen og utstyr, hvem som forsker på hva, og karakterens egenutvikling. I tillegg har du en diplomatisk meny, hovr du inngår eller bryter allianser og avtaler med ulike grupper eller raser. Herfra bestemmer du også hvilken sammensetning soldatlagene skal ha, med hvem personer/aliens/roboter og våpen og utstyr. På oversiktskartet over planeten dirigerer du dine 2 kjøretøy til ulike soner, og rekkefølgen på hvor de skal kjøre kan planlegges. Her ser du hvilke områder du har kontroll over, hva slags installasjoner som er der og hvilke oppdrag som er tilgjengelige, evt om det er noen kritiske oppdrag. (oppdrag du nærmest er nødt til å sende soldater til, og gjennomføre, for å i det hele tatt overleve) Du får også en oversikt over omgivelsenes fiendtlighet (dvs, hov ugjestmildt det er mhp temperatur og stråling fra rommet, eller vind) som er avgjørende for om du i det hele tatt kan sende soldater dit. Om fiendtligheten er høyere enn romdrakten tåler, går det fort hull på den og personen inni er raskt satt ut av spill uten reparasjoner av drakten og førstehjelp.