Pontoppidan var en meget flittig forfatter, spesielt i historie og teologi. Selv hyllet han pietismen, men var likevel ingen tilhenger av religiøs tvang. I 1737 skrev han på kongelig anmodning sin , også kjent som . Pontoppidans forklaring var i bruk i kristendomsundervising i Danmark fram til 1794, men Norge etter innføringen av lov om obligatorisk konfirmasjon i Norge i 1736 til ut på 1900-tallet. I 1740 utga han en ny salmebok som også var i bruk lenge. Både salmeboken og hans forklaring var en sterk støtte for pietismens stilling i Danmark og Norge.