I mai 2004 sa Frederick seg skyldig i blant annet ha forsømmet hans plikt, mishandling og overgrep av fanger, og usømmelige handlinger. Han ble dømt til 8 års fengsel, tap av militær rang og lønn, og fikk sparken fra det amerikanske militæret. Frederick ble løslatt med prøveløslatelse i oktober 2007, etter å ha tilbragt fire år i fengsel.