Den rike berggrunnen i Junkerdalen gir grunnlag for rik vegetasjon, som igjen gir grunnlag for et rikt og variert dyreliv. Mange sjeldne og truede fugler hekker i området, blant andre jaktfalk, kongeørn, smålom, storlom, bergand, havelle, svartand og sjøorre. Jerv og gaupe har fast tilhold i Junkerdalsområdet, og fjellrev, bjørn og oter streifer gjennom området. Reinbeite foregår hele året.