Leiren ble anlagt sommeren 1941 for russiske krigsfanger, men ble omgjort til tilintetgjørelsesleir den 10. mai 1942, da de første jødene ankom. Leirens primære hensikt var tilintetgjørelse av den jødiske befolkning i Minsk og omegn, men også jøder fra Tyskland, Østerrike og Tsjekkoslovakia møtte døden her. Det beregnes at mellom 60 000 og 65 000 mennisker ble myrdet i Maly Trostenets.