Agroøkologi fremmer og er avhengig av et stort mangfold på gården, både under og over jorda. Under jorda dreier det seg om økt jordkvalitet gjennom å øke innholdet av organisk materiale (humus) og den biologiske aktiviteten og mangfoldet via prinsippene beskrevet ovenfor. Dette fører til optimale vekstforhold for planter og samtidig økt lagring av karbondioksid i jorda. Dette er viktig for den enkeltstående bonden der og da, og for klodens klima.