Passasjermodellen ble først tatt i bruk i februar 1989, under selskapet Northwest Airlines på ruten mellom Minneapolis og Phoenix. Kombinasjonsmodellen ble tatt i bruk i september 1989 under KLM, mens lasteflyet ikke ble tatt i bruk før i november 1993 under Cargolux. 747-400ERF ble tatt i bruk av Air France i oktober 2002, mens 747-400ER gikk inn i tjeneste under Qantas, modellens eneste bruker, i november 2002. I januar 2004, satte Boeing og Cathay Pacific i gang programmet, siden omtalt som , for å modifiserte 747-400 til lastebruk. Det første 747-400BCF ble offentliggjort i desember 2005.