Den 30. desember 2013 utnevnte pave Frans ham til -generalsekretær for CEI, pave Frans skrev til folket i Galantinos bispedømme for å «be om tillatelse» til å gi deres biskop dette oppdrag, og sa: I stedet for å forlate bispedømmet, ba Gallantino om å få dele tiden sin mellom sin nye stilling og hans plikter som biskop. Avisen Corriere della Sera beskrev Galantinos utnevnelse som valget av noen som ikke hadde søkt slik utnevnelse og sa at det representerte et brudd med forrige paves politiske tilnærming til CEI, og at det reflekterte Frans' vektlegging av pastoral aktivitet, og signaliserte hans forventninger til den neste president i CEI.