På slutten av 1980-tallet dannet han bandet Funhouse. De ga ut fire studioalbum og et konsertalbum. Bandets selvtitulerte debutalbum, ble utgitt i 1990. Bandet blir betegnet som en powertrio som i tillegg til sanger av Marius Müller spilte en rekke coverlåter av artister som for eksempel Jimi Hendrix. Bandet var kjent som en forrykende konsertband hvor Müller var den ubestridte frontfigur og fikk vist fram sine egenskaper som gitarist. Bandet går på enkelte av albumene under navnet Marius Müller's Funhouse. Parallelt med Funhouse fortsatte Müller sin solokarriere, og han ga blant annet ut instrumentalalbumet i 1995. Han fortsatte også å spille på andre artisters album; Sissel Kyrkjebø, Jahn Teigen, Kari Bremnes, Jonas Fjeld, Björn Afzelius, Mikael Wiehe og Terje Formoe med .