Arten tar også fugle- og flaggermuskasser i bruk, men mindre spontant enn flere andre arter. Videre ser det ut til at det er geografiske forskjeller i hvorvidt kasser blir brukt til dagleie, til yngling, til haremdannelse eller en kombinasjon av disse funksjonene . Storflaggermus blir også funnet ynglende i bygninger, særlig i boligblokker . Ynglekoloniene består som regel av 20-60 , men unntaksvis også av mer enn 100 hunndyr . Også hanngrupper kan samles på sommeren. Tre- og kasselevende kolonier bytter ofte tilholdssted og krever dermed et rikt spekter av hulltrær i næromgivelsene.