Spillet begynner med at Fenix blir løslatt av sin krigskamerat Dom, som i likhet med Fenix leter en av sine. Fengselet er blitt forlatt og latt Fenix være igjen, alene mot en Locust angrepsgruppe. De klarer å komme seg unna rett før fengselet kollapser av de mange gangene som Locust lager for å komme seg frem.