Han talte språket malay og vant raskt tillit i regionen og gav ham mulighet til å stige i gradene. I 1811 arrangerte han et felttog mot nederlenderne (etter at kongeriket Holland var blitt annektert av Frankrike) og franskmennene på Java. Britene seiret i løpet av 1½ måned, og Raffles ble utnevnt til viseguvernør. Han bosatte seg i Buitenzorg (nå Bogor) med en liten gruppe engelske overordnede, men beholdt de fleste nederlandske embedsmenn i underordnede stillinger. Han fikk hurtig skapt fred i området og overtalte (med gode og mindre gode midler) lokale fyrster til å anerkjenne den britiske overhøyhet. Der introduserte han selvstyre og friere landeiendom for bøndene, stoppet slavehandelen og bekjempet deler av opiumshandelen. Han tok også initiativ til å restaurere oldtidsbyen Borobudur.