Det lyktes Manco Inka å flykte fra sine «beskyttere», han organiserte en hær, og beleiret Cuzco i lengre tid. Etter harde kamper ble beleiringen brutt, men Manco Inka trakk seg opp i fjellene med sin hær og fortsatte motstandskampen. Pizarro forlot Cuzco og flyttet ned mot kysten, der han grunnla byen Ciudad de los Reyes (), som senere fikk navnet Lima.