Finnmarksnøkleblom vurderes i 2021 som sterkt truet (EN) på grunn av et begrenset forekomstareal i kombinasjon med pågående tilbakegang i forekomstareal, antall delpopulasjoner, habitatkvalitet og sikkert også individtall, og i kombinasjon med en kraftig fragmentert utbredelse. Planten er arktisk, på sørkanten av sin utbredelse hos oss, og dermed særlig følsom for habitatendringer som følge av temperaturøkning.