Styringskomiteen består av 15 medlemmer utnevnt av rådet for Den europeiske union, med ulik ekspertise innen mat, og representerer ikke noe regjering eller styre, men er der av personlig kvalifikasjon. Fire medlemmer har bakgrunn fra konsumentorganisasjoner og andre interesser innen mat. Europakommisjonen er også representert. Avgjørelser i styret fattes med simpelt flertall. Styringskomiteens jobber for å følge at EFSA fungerer effektivt og følger mandatet som tildelt organisasjonen i loven og arbeider innen de gitte rammer. Styringskomiteen utnevner også den daglige lederen.