Thomander var utenomekteskapelig sønn av visepastor Albrecht Johan Pisarski og Maria Sophia Thomaeus (1776-1851). Foreldrene møttes da faren hadde tjeneste i morfaren prosten Thomas Thomanders forsamling Fjälkinge. Morens slekt stammet etter tradisjonen fra en skotsk adelsmann som var blitt strandsatt ved Torekov omkring 1615 og senere opptatt som murermestere i Helsingborg, og kalte seg Hans. Thomander var søstersønn av forfatteren, salmedikteren og presten Jöran Jakob Thomæus. Moren giftet seg senere med faktoren Thomas Bond. Thomander vokste opp hos sin mormor Elsa Sophia Mandorff i Lund, og begynte å studere ved universitetet i 1812. I 1814 måtte han avbryte studiene og ta en stilling som lærer i Karlshamn. Han begynte å arbeide hos en kjøpmann i samme by. Han studerte på fritiden.