Selv om funksjonene var samlet i én og samme person lå forvaltningen av Britisk India under generalguvernøren, mens fyrstestatene forholdt seg til kronens representant i India, visekongen. Dette gjenspeiler tanken om at fyrstestatene formelt var uavhengige og at forholdet mellom dem og Storbritannia var regulert av traktater. Fyrstene var formelt uavhengige i indre anliggender, men i realiteten holdt britene overoppsyn med forvaltningen og organiserte et kontrollapparat med politiske representanter hos fyrstene. Kontrollapparatet var geografisk inndelt og kunne ha flere nivåer.