Da han gikk ut av Folketinget i 1999 ble han direktør i den danske etaten Miljøstyrelsen, som han ledet fram til 2003. Da gikk han av i protest mot en betydelig nedskjæring i budsjettet. I denne perioden var han også styremedlem i Det europeiske miljøbyrået (EEA), styrets nestleder 2001-03.