Eiendomsutvikleren Christophe Marie fikk bygd ut øya med elegante bolighus på midten av 1600-tallet. Under den franske revolusjonen gikk øya under navnet Île de la fraternité. I 1840-åra tiltrakk Île Saint-Louis seg mange kunstnere og bohemer. Blant andre bodde Charles Baudelaire her mens han skrev .