De portugisisk-styrte kirkelige strukturene i India inngikk i det portugisiske patronatssystemet, der Portugals konge f.eks. stod fri til å innsette biskoper. Med Portugals synkende innflytelse som sjømakt ble også den portugisiske misjonen i koloniene svekket. Paven opprettet derfor etter hvert flere apostoliske vikariater i India, dvs. jurisdiksjoner som var direkte underlagt Den hellige stol (immediat). Noen steder oppstod territorielle konflikter mellom Goas jurisdiksjon og de apostoliske vikarene. Konfliktene eskalerte i sammenheng med Bombay bispedømme på slutten av 1700-tallet.