I 1913 var både MacDonagh og Plunkett med på grunnleggelsesmøtet for Irish Volunteers, og ble med i organisasjonens provisoriske komité. MacDonagh ble senere kommandant for 2. bataljon i Dublin, og deretter kommandant for hele Dublinbrigaden. Selv om han opprinnelig var mer innrettet på konstitusjonelt arbeid, ble hans republikanske oppfatninger styrket gjennom samværet personer med Pearse, Plunkett og Sean MacDermott. På et tidspunkt, antagelig sommeren 1915, gikk han derfor også inn i Irish Republican Brotherhood (IRB). Tom Clarke gav ham oppgaven med å planlegge den storslagne begravelsen for Jeremiah O'Donovan Rossa, som ble en stor propagandasuksess, ikke minst på grunn av Pearse' tale ved graven.