Wærner fortsatte med flyvning i sjø- og landfly et års tid, før han gikk inn i sin fars firma P.D. Wærner A/S i Kirkegata 1 i Oslo. Han opprettet også sitt eget firma i Düsseldorf, hvor han søkte om flere patenter. Etter mange år i Tyskland vendte han hjem som leder av familiefirmaet. I sine senere år pleiet Wærner sin interesse for motortrebåter.