Anwar var igjen medlem av parlamentet i Malaysia fra 2008 til 2015 og var i denne perioden landets opposisjonsleder. Han ledet sitt parti til stadig større innflytelse gjennom valg på føderalt- og delstatsnivå, og var en kritiker av statsminister Najib Razak og korrupsjon i Malaysia. I denne tiden ble han forsont med Mahathir, som delte kritikken mot Najib Razak. I 2015 ble Anwar fengslet i en prosess som ble oppfattet som politisk motivert fra Najib Razaks side.