Svoboda overlevde utrenskningene av de reformvillige kommunistene, og måtte akseptere innstramningene av menneskerettighetene i landet. Han blidro til å kneble den kritiske pressen og fjerningen av Dubček i april 1969. Selv forsvarte han at ved å bli på sin post, kunne han bidra til å begrense skadevirkningene.