Nedre Mekong har uklart vann, særlig i regntiden. Erosjon gjør at vannet er rusten til beige av farve på grunn av jorden som føres med. Elvetemperaturen i Nedre Mekong er på mellom 21,1 til 27,8 °C. med en pH som svinger mellom 6,2 og 6,5.