Sesongen markerte også en ny æra. Brøndby dominerte sterkt i serien, og vant den sesongen, og de fem på følgende sesonger. Fortuna Hjørring, som i to år (2003-2005) hadde Eli Landsem som trener, lyktes ikke å vinne serien igjen før i 2008/09-sesongen, da Brøndby mistet sin stjernespiller Maiken Pape til norske Stabæk. Som resultat av seieren i cupen, kvalifiserte Fortuna Hjørring seg til Mesterligaen igjen. I Mesterligaen ble Fortuna Hjørring automatisk kvalifisert til sekstendelsfinalen, der de møtte det italienske storlaget A.S.D. CF Bardolino, som året før hadde slått ut Brøndby og kommet seg til semifinalen. Fortuna Hjørring vant kontrollert med tilsammen 5–2 over to kamper, og møtte deretter Olympique lyonnais. Lyon vant 1–0 hjemme og 5–0 borte. Imidlertid hadde laget brukt to spillere, Christine Colombo Nilsen og Isabell Herlovsen, som ikke var godkjent av UEFA i den siste kamoen. Dermed ble det siste resultatet forandret til 3–0 til Fortuna Hjørring, som dermed gikk videre til kvartfinalen med 3–1 sammenlagt. Imidlertid omgjorde UEFA avgjørelsen, og resultatet ble gjenopprettet. Dermed er Fortuna Hjørring igjen ute av Mesterligaen.