Han var ansvarlig for de albansktalende troende i sitt bispedømmet. Prela utøvde sitt embete i en periode med omveltninger og krig i det tidligere Jugoslavia og kjempet for sitt bispedømmet og alle dets innbyggere av forskjellige trosretninger. Han støttet Ibrahim Rugovas politikk for fredelig motstand og var hans fortrolige.