Han ble døpt dagen etter sin fødsel i Église de la Madeleine i Aix. Eugène-Charles-Joseph de Mazenod var den andre av tre barn av Charles-Antoine de Mazenod, som da var en av presidentene for Chambre des comptes (revisjonsretten, en del av rettssystemet i ) i Provençe, og hans hustru Marie-Rose Eugénie Joannis. Faren var adelig og fattig, mens moren kom fra en rik middelklassefamilie.