Selv om uavhengighet fra spanjolene var kortvarig, førte pueblo-opprøret til en stor endring i forholdet mellom spanjolene og pueblo-indianerne. Opprøret hadde ført til en varig svekkelse av Frasiskanerne, og fokus endret seg fra å misjonere blant de innfødte til å ta i bruk New Mexico som en buffer mot franskmennene i nord og Mexicos nordlige provinser i sør.