En hovedutfordring og fremtidig mulighet er å kunne integrere nanomotorene i større systemer. Dette kan for eksempel være mikroelektromekaniske systemer. I tillegg til de fremtidige mulighetene vi har til å bygge videre på de motorene vi allerede har klart å lage, har vi forsatt et stort forbedringspotensial blant eksisterende menneskeskapte motorer. For selv om man har klart å påvise at nanomotorer kan bygges og er kontrollerbare, er de forsatt ikke i stand til å matche biologiske motorer og motorer på makroskala – blant annet med tanke på effektivitet .