I 1995 vendte Cabrera Herrera tilbake til hjemlandet og ble sekretær for studier og formasjon av fransiskanerne og ansvarlig for kallsavdelingen i den ecuadorianske fransiskanerprovins. Senere var han også direktør for (1996-2001) og det filosofisk-teologiske institutt i Quito (1998-2000), hvor han også underviste i katolsk teologi og fransiskansk spiritualitet. Han var også medlem av provinsrådet igjen fra 1997 til 2000. Fra august 2000 til 2003 var Luis Gerardo Cabrera Herrera provinsial i den ecuadorianske provins av fransiskanerne og visepresident for konferansen for ecuadorianske ordensledere. Fra 1996 til 2003 var han sekretær for den økumeniske avdeling i Kommisjonen for Troslæren i Den ecuadorianske bispekonferanse. Fra 2004 var Cabrera Herrera medlem av generaldifinitoratet og delegat for de latinamerikanske og karibiske provinsene ved fransiskanerne generalkurie i Roma.