Hans presidentskap fikk demokratisk legitimering i 1996, da han vant presidentvalget med 74% av stemmene. Valget ble betegnet som gyldig av internasjonale observatører. I 2001 ble han gjenvalgt med 69% av stemmene. Foran valget i 2006 endret han grunnloven slik at han kunne bli gjenvalgt for tredje gang. I begge disse valgene var resultatet mer omstridt enn i 1996. Ved valget i 2021 vant Museveni med 58,64 % av stemmene mot opposisjonskandidaten Bobi Vines 34,83 %, men også ved dette valget er det satt fram påstander om valgjuks.