På begynnelsen av 1600-tallet etablerte nederlandske hvalfangere flere hvaloljekokerier på øya, slik at de kunne utvinne olje fra hvalspekket. På det meste var 1 000 mann i aktivitet på øya i sommermånedene, og flere mindre festningsverk ble bygget for å hindre plyndring. Intensiv fangst medførte at grønlandshvalen ble nesten utryddet, og hvalfangsten rundt Jan Mayen ble avsluttet mellom 1640 og 1650. Øya ble forlatt, og i løpet av de neste 230 årene besøkte kun få skip øya.