Han er også kjent for sin rivalisering med Manchester Uniteds manager Alex Ferguson, som i flere år har vært Arsenals erkerival om ligatittelen. Denne rivaliseringen kulminerte med den berømte Battle of the Buffet-hendelsen på Old Trafford etter 2-0-tapet i oktober 2004. Det ble påstått at Cesc Fabregas kastet et pizzastykke på Manchester United-manageren i spillertunnelen etter kampen, men Wenger hevder at han ikke har sett denne hendelsen. Ferguson har blitt sett på som en mester i å psyke ut motstanderen (mind games), men i Wenger har han møtt sin likemann. Wenger ble bøtelagt med £ 15 000 får å kalle United-angriperen Ruud van Nistelrooy for en «juksemaker» i et intervju på tv etter en kamp. Han ble bøtelagt nok en gang for å ha kommet med samme utsagn en gang senere. Begge managerne har senere blitt enige om å dempe ordbruken for å roe rivaliseringen.