De fikk med seg John Cooke, en av Rogers' dyktigste avdelingsledere og produktutviklere som partner, og selskapet ble stiftet i 1852 som . En ny monteringshall ble reist samme året, og det første lokomotivet ble overlevert i 1853. I løpet av de første seks årene bygde fabrikken over 160 lokomotiver. I 1865 ble firmaet reorganisert og gjort om til aksjeselskap og navnet ble endret til . I kjølvannet av finanskrisen i 1873 måtte fabrikken som på dette tidspunktet hadde 750 ansatte, ty til permitteringer og periodevise stengninger av produksjonen. Noe ble produsert for lager for å holde arbeiderne sysselsatt, og det var en tid spekulasjoner om konkurs. I 1876 døde Charles Danforth, og John Cooke tok over som selskapets president. Cooke døde i 1882, og brødrene hans James og Watts samt sønnen John S. skaffet seg aksjemajoriteten da de fikk kjøpe ut arvingene til Danforth og Edwards. I 1882 hadde fabrikken bygd totalt 1 236 lokomotiver, og samme år ble navnet endret til . I 1889 ble produksjonen flyttet ut av bykjernen til nye lokaler et par kilometer lenger syd, og selskapet kunne fortsette å vokse. John Cookes sønnesønn Frederick William Cooke tok etterhvert over og utvidet fabrikken. Lønnsomheten i lokomotivbygging var imidlertid fallende, og den stadig hardere konkurransen fra USAs største lokomotivfabrikk Baldwin, gjorde at ledelsen i Cooke Locomotive & Machine Company besluttet å bli med i stor-fusjonen som dannet American Locomotive Company (Alco) i 1901.