Som gutt var han tynn og sjenert og ble oppfordret til trening og fysisk fostring, noe som gjorde ham fysisk sterk og i god form. Han utmerket seg som idrettsmann, særlig i fekting og svømming. Han var en dyktig rytter og skytter. Heydrich var avholdsmann og røykte ikke. Mens han var travelt opptatt som riksprotektor i Böhmen-Mähren opprettholdt han sin treningsrutine. Han deltok høsten 1941 på landslaget i fekting mot Ungarn.