Aveling giftet seg med arvingen Isabel Campbell Frank den 30. juli 1872, men ekteskapet varte kun i to år før de ble separert, som det heter, i all fordragelighet. I henhold til Aveling var årsaken til at de gikk fra hverandre var at hans hustru ikke kunne holde ut hans ateisme, men det ble sagt at Aveling hadde giftet seg for hennes penger.