UNAIDS bestreber seg på å danne samarbeidende strukturer mellom et bredt spekter av ikke-statlige aktører. Flere og nytenkende aktører må involveres på alle sektorer av samfunnslivet for å øke kapasitet og bredde i innsatsen på alle nivåer. UNAIDS har bl.a. samarbeidet med den romersk katolske kirke, og spesielt den katolske hjelpeorganisasjonen Caritas Internationalis og som materialiserte seg i det budskap pave Benedict XVI fremførte i desember 2005. UNAIDS gjorde imidlertid klart i et kommuniké at man ikke var enig i pavens uttalelse om at kondomer ikke er til hjelp i kampen mot hiv/aids.