Gaetjens ble med i fotballklubben Etoile Haïtienne da han var 14 år gammel, og vant to haitiske ligamesterskap, Ligue Haïtienne, i 1942 og 1944. For å bli profesjonell fotballspiller dro han til New York på slutten av 1940-tallet for å studere regnskap ved Columbia University på et stipendium fra den haitiske regjeringen. Mens han var der, spilte han for fotballklubben New York Brookhattan i den amerikanske fotballigaen, og var med på å vinne ligaens skåringstittel. Hans suksess for laget førte til at han fikk oppmerksomhet fra det amerikanske landslaget og Gaetjens debuterte for laget i VM i fotball 1950 i Brasil.