Kirken i Antiokia har opplevd en rekke skismer gjennom tidene (i 518, 687, 1098 og 1724), som resulterte i at det i dag er fem kirker som gjør krav på tittelen . Linjen som førte frem til det gresk-ortodokse patriarkatet bestod av patriarkene som var lojale mot keiserne og patriarkene av Konstantinopel. I korsfarertiden førte dette til at patriarkene av Antiokia måtte leve i eksil i Konstantinopel fra 1098 til 1276, mens korsfarerne innsatte en latinsk patriark av Antiokia.