Flagget kombinerte elementer fra to av flaggene som ble benyttet av Amerikas konfødererte stater. Stripearrangementet med kantonen skulle minne om konføderasjonens første nasjonalflagg, med unntak av at nedre stripe i Mississippis flagg var blå og at kantonen hadde annet motiv. Kantonen var i seg selv en gjengivelse av motiver som ble ført i sørstatenes hærfaner og i orlogsgjøsen, det som for ettertiden har blitt stående som symbol for opprørsstatene i konføderasjonen (). Mississippis flagg ble til etter en ide av senator E. N. Scudder.