Før europeernes ankomst i området på 1520-tallet befant Jalisco seg i utkanten av det sentrale jordbruks- og kulturområdet Mesoamerika, på grensen mot jegerkulturene i det tørre nord. Deler av innlandet var dominert av purépecha-kulturen i Michoacán, kystregionene inngikk i føderasjonen av småstater kalt Chimalhuácan.