BLAST krever at brukeren gir en sekvens som startpunkt. BLAST sammenligner denne med sekvensene i databasen, og resultatet den gir tilbake er en rekke lokale sammenstillinger. Hver sammenstilling får en score som sier noe om hvor godt resultatet er, det vil si hvor signifikant sammenstillingen er eller om treffet kan skje ved en tilfeldighet. Dette kan brukes til å identifisere en sekvens, om den allerede er i databasen, eller til å finne ut hvilke andre sekvenser den er evolusjonært i slekt med. Dette siste kan hjelpe til med å finne funksjonen til brukerens sekvens.