Omkring 1162 inngikk onondagastammen en allianse med fire andre stammer, og dette skulle bli starten på irokeserføderasjonen.. I 1613 begynte onondagastammen å inngå diplomatiske reladjoner med hollenderne og senere andre europeiske kolonimakter. Grunnet den store etterspørsel etter beverpels blant de europeiske handelsfolkene begynte stammen sammen med irokeserføderasjonen å angripe de omkringliggende stammer i en langvarig krig kjent som beverkrigene. Selv om irokeserføderasjonen på sitt høydepunkt kontrollerte områder fra dagens Iowa til Ontario skrumpet deres land på 1700-tallet. Samtidig steg spenninget mellom onondagastammen og immigrantene som bosatte seg i onondagastammens territorier. Diplomaten Canasatego prøvde å dempe spenningene ved Lancaster-traktaten i 1744, men onondagastammen tapte allikevel mer og mer land gjennom årerne både offisielt og uoffisielt.