Serien handler om Pocoyo, en liten gutt som er veldig nysgjerrig. Han har alltid blå klær. Sammen med den gule anden Pato, den rosa elefanten Elly, den oransje hunden Lulu og den blågrønne fuglen Sovefugl, løser han oppgaver, leker og utforsker. Seerne blir oppfordret til å gjenkjenne situasjonene Pocoyo kommer opp i, og til å svare på enkle spørsmål. I enkelte episoder møter Pocoyo og vennen hans også andre karakterer. De fleste episodene har kun en hvit bakgrunn, med fargerike gjenstander i forgrunnen.