Tsongkhapas fremstående verk er , eller Lam Rim ("Den store klargjøring av den trinnvise veien") som han overtok etter den indiske mesteren Atisha i det 11.århundre. I dette verket oppsummerte han mahayana-læren fra mahayana-mestrene Nagarjuna, Asanga og Dingnaga. Lamrim er til i dag den grunnleggende læren i Gelug-tradisjonen, sammen med den systematiske kultiveringen av synet på tomhet. Dette blir kombinert med guddoms-yoga med Høyeste Yoga Tantra-guddommer som Kalachakra, Chakrasamvara, Yamantaka og Guhyasamaya hvor man fokuserer på den uadskillelige sammenhengen mellom tomhet og salighet.