Barenboim ble i 2013 tildelt Forbundsrepublikken Tysklands fortjenstorden i klassen (stort fortjenstkors med stjerne og skulderbånd) som er Forbundsrepublikkens høyeste utmerkelse. Forbundspresident Joachim Gauck sto for overrekkelsen i presidentpalasset. Han ble tildelt utmerkelsen for at han med musikk overvinner grenser og bryter ned fordommer.