Blant det første Rooker foretok seg som biskop av Jaro var å reorganisere etter Den filippinsk-amerikanske krig. Med hans hjelp gikk seminaret tilbake til normalt virke ved begynnelsen av skoleåret 1904-1905, denne gangen under amerikansk flagg. Ved starten av skoleåret 1906-1907 var det påmeldt mer enn seks hundre elever.