Universitetet har seks fakulteter: Humanistisk fakultet, naturvitenskapelig fakultet, juridisk fakultet, sosialøkonomisk fakultet, miljø-, regionalvitenskapelig og pedagogisk fakultet og teologisk (katolsk) fakultet. Det medisinske fakultet ble utskilt som et eget universitet (Medisinsk universitet Graz) i 2004. Siden Graz ligger ganske nære grensen til Slovenia og de to store byene Maribor og Ljubljana, har universitetet tradisjonelt har mange slovenske og tidligere tsjekkoslovakiske studenter. Universitetet har derfor en egen avdeling for studier av slovensk kultur, språk og litteratur.