Fram til andre halvdel av 1600-tallet hadde universitetet en glansperiode. En serie med epidemier, sult og kriger gjorde at institusjonen først stagnerte, og så krympet. I 1720 eller 1721 flyttet de inn i en ny bygning på Via Po, i sentrum av Torino. Dette markerte begynnelsen på en ny oppgangsperiode. Under hertug Viktor Amadeus II ble også utdanningssystemet reformert. Viktor mente at et statlig styrt utdanningssystem var viktig for å bygge opp en trofast herskerklasse som kunne hjelpe ham å «bygge nasjonen». Nye studier, blant annet i italiensk retorikk, og et internat komplett med studieassistener, ga universitetet et ry som påvirker utdanningsreform i andre deler av Italia.