I 1989 kom Eide tilbake til Utenriksdepartementet som byråsjef, men ble samme år utnevnt av statsminister Jan P. Syse til hans statssekretær for internasjonale spørsmål. Syse-regjeringen gikk av i 1990, men Eide fortsatte å engasjere seg i Høyre og Europabevegelsen. Han tilhørte Kaci Kullmann Fives nærmeste krets. Eide stilte på Høyres liste i Akershus ved stortingsvalget 1993, men fikk ikke fast stortingsplass. I 1994 var han den eneste, ved siden av Jan Petersen, som åpent sa seg villig til å bli vurdert som ny partileder i Høyre.