En annen kommandoendring skjedde den 22. juni. I tillegg til Pemberton ved sin front måtte Grant ta seg av konfødererte styrker bak seg under ledelsen til Joseph E. Johnston. Han stasjonerte en divisjon i nærheten av Big Black River-broen og en annen ble sendt på rekognosering så langt nord som Mechanicsburg. Begge skulle fungere som dekningsstyrker. Innen 10. juni ble IX Corps under generalmajor John G. Parke overført til Grants kommando. Dette korpset ble kjernen i en spesialstyrke som hadde til oppgave å forhindre at Johnston som samlet sine styrker ved Canton, kunne blande seg inn i beleiringen. Sherman fikk kommandoen for denne spesialstyrken og brigadergeneral Frederick Steele erstattet ham i XV Corps. Johnston begynte til slutt å rykke frem for å unnsette Pemberton og nådde Big Black River den 1. juli, men utsatte en potensielt vanskelig trefning med Sherman til det var for sent for Vicksburg-garnisonen, og han trakk seg så tilbake til Jackson.