En borgerkrig i år 1185 førte til at et samuraimilitært regime ble innført i Kamakum, men hovedstaden forble i Kyoto. Sekisui-in i Kozan-ji er det beste eksemplet på den akritekturen som er betegnende for denne perioden, som endte i år 1332 ved at Muromachi Shogunate ble etablert. I denne perioden ble det bygget store templer som Temyu-ji, og i tillegg ble Zen-hager laget. Saiho-ji er et godt eksempel på dette.