Etter biskopen av Haarlem Joannes van Dodewaards plutselige død den 9. mars 1966, utnevnte pave Paul VI den 18. august 1966 Theodorus Zwartkruis til hans etterfølger. Zwartkruis ble ordinert til biskop 15. oktober 1966 av kardinal Bernard Jan Alfrink; medkonsekratorer var Martien Antoon Jansen, biskop av Rotterdam, og erkebiskopen av Glasgow, James Donald Scanlan.