Talon stilte som uavhengig kandidat ved presidentvalget i 2016. Han ble nummer to i første valgomgang med 24,8 %, slått av statsminister Lionel Zinsou som fikk 28,4 %. I andre valgomgang som ble avholdt 20. mars 2016 vant han med 65,4 % av stemmene. 25. mars 2016 holdt Talon en tale hvor han gikk inn for at presidenter ikke kunne gjenvelges etter en femårsperiode, og han ønsket også å redusere antallet statsrådet i regjeringen fra 28 til 16.