Balboa anskaffet kanoer fra nabolandsbyer og utforsket kysten de var kommet til. De oppdaget at de var i en stor bukt, og Balboa døpte bukta San Miguel-bukta, ettersom de hadde ankommet bukta på San Miguel-dagen 29. september. Balboa plyndret de lokale landsbyene for verdier, og tok mange fanger, som han brukte som bærere, nedlastet med gull, på veien tilbake over fjellene til Santa Maria. En av oppdagelsene i San Miguel-bukta var at lokalbefolkningen var eksperter i å dykke etter perler. Dette hadde Balboa utnyttet i stort monn, og vendte tilbake til kolonien med store mengder perler. 19. januar 1514 var Balboa tilbake, og han sendte straks et skip fylt med kongens femtedel av rikdommen og med meldingen av oppdagelsen av Sydhavet, tatt i besittelse på vegne av den spanske krone.