I 1905 var Urbye sekretær for de norske delegerte under Karlstadforhandlingene om oppløsning og avvikling av unionen. Fra 1906 til 1912 var han amtmann i Finnmarkens amt, og deltok i kraft av denne stillingen i 1907 ved forhandlingene i St. Petersburg om et grensedistrikt mellom Finnmark og Russland. I 1909 tok han doktorgraden med en avhandling om .