Tross utgraving av ruinen av Katarinahospitalet er det en viss usikkerhet vedrørende eksakt plassering av Katarinakirken. Kirken er regnet å ha hatt to plasseringer, før og etter brannen i 1248. Begge er merket som usikker. Beliggenhet før og etter brannen er merket med henholdsvis nr. 6 og nr. 18 på kartet i Bergen byleksikon sin oversikt over middelalderkirker.