Fredrikstad Animation Festival er en av 9 spesielt utvalgte festivaler som nominerer film til den europeiske animasjonsprisen Cartoon d´Or. I tillegg nominerer festivalen hvert år en norsk film til ANOBA-prisen. ANOBA er et nettverk av nordisk-baltiske animasjonsfestivaler, organisert som et forum for samarbeid og utveksling av kunnskap og gjensidig støtte. Vinneren av ANOBA-prisen velges av representanter fra de ulike festivalene i ANOBA-nettverket og blir delt ut på omgang mellom de ulike ANOBA-festivalene.