I januar 2008 signerte Raffael for Hertha Berlin i Tysk bundesliga, der han ble gjenforent med sin gamle lagkamerat Steve von Bergen og trener Lucien Favre. Raffael tapte den første kampen for sin nye klubb (0-3 mot Eintracht Frankfurt), men fikk sitt første mål i neste ligakamp, der Hertha vant 1-3 mot VfB Stuttgart.