Han ble sent politisk interessert, men tok opp arven etter sin storebror da denne døde i 1889, etter å ha blitt varamann til Stortinget. Han ble valgt inn i skolestyret i Skedsmo. Foran stortingsvalget i 1891 ble det dannet en «arbeidergrunnlovsforening» i Skedsmo, og Høyre vant nok en gang valgmennene fra prestegjeldet. Høyres valgmenn i Akershus amt pekte på Johan Thoresen som arbeidernes representant, med støtte fra brukseierne og indremisjonen. Han ble dermed den første arbeideren på Stortinget.