Utviklingen av Zonda GR startet i desember 2002. Zonda var på dette tidspunktet nesten fire år gammel, men hadde ennå ikke deltatt i motorsport i særlig grad. Tom Weickardt, eieren av American Viperacing, Toine Hezemans, eier av Carsport Holland og Paul Kumpen, eier av GLPK, stiftet et nytt selskap, Carsport Zonda, som skulle bygge en løpsversjon av bilen. De sikret seg eksklusive rettigheter til å utvikle, bygge og selge løpsversjoner av Zonda fra Horacio Pagani, og det første GR-eksemplaret ble ferdigstilt i Carsports lokaler i Modena få måneder senere.