I juni–august 1940 ble Litauen annektert av Sovjetunionen som antok at Molotov–Ribbentrop-paktens oppdeling av Øst-Europa var permanent. Mange jøder og enkelte etniske litauere ønsket sovjeterne velkommen. NKVD arresterte og deporterte personer 14. juni 1941, om lag halvparten var etniske litauere, resten var jøder og etnisk polske i likt antall. Deportasjonen var traumatisk for landet, og jødene fikk skylden for dette og andre tragedier landet hadde blitt utsatt for. Andre kilder oppgir at sovjetiske myndigheter deporterte omkring til Sibir i juni 1941.