Da Paul I døde i juni 767 oppsto det en maktkamp om hvem som skulle bli ny pave. Den administrative lederen i pavekirken, primicerius Christophorus og hans sønn Sergius, som var leder for finansene, kontaktet Desiderius for å få fjernet pavekandidaten Konstantin II som var de militære styrkenes kandidat. Desiderius handlet raskt og hentet en prest ved navn Filippus (Philip) fra klosteret St. Vitus. Den 31. juli 768 ble han fremstilt i Palazzo del Laterano i Roma og formelt utnevnt til pave. Han forsvant imidlertid dagen etter og returnerte til sitt kloster og lot aldri mer høre fra seg. Etter et kort skisma med motpavene Filippus og Konstantin ble Stefan III innsatt som pave den 7. august 768.