Det tok tid før «Thunderer» kom i tjeneste. Dels fordi man ville avvente resultatene fra «Devastation», og dels på grunn av forsinkelsen som fulgte av kjeleulykken, gikk det åtte år fra kjølen ble strukket og til heising av kommandoflagget. Normalt skulle dette tatt tre år. Skipet heiste kommando første gang i mai 1877, og gikk inn i reserveflåten. I juni-august 1878, da det var frykt for krig med Russland, var skipet en del av . Deretter fulgte en kortvarig tjeneste ved Kanalflåten, og på slutten av 1878 ble «Thunderer» sendt til Middelhavsflåten. I 1881 ble det avmønstret på Malta og gir inn i reserven. Samme år fikk det installert lette kanoner og torpedoapparater. Hun var aktiv i Middelhavsflåten igjen i 1885-1886. I januar 1888 ble «Thunderer» oppankret i reserve i Portsmouth og i 1889-1891 fulgte en større modernisering av skipets maskineri og artilleri. I 1891-1892 var «Thunderer» igjen i Middelhavet, men det nye maskineriet lagde problemer, og skipet ble sendt hjem og kom i reserve. Den siste aktive tjeneste var fra mai 1895 til desember 1900, hvor «Thunderer» var vaktskip ved Pembroke i Wales. Dette var ved verftet hvor hun var bygget. I desember 1900 strøk skipet kommando i Chatham og ble en del av reserven. «Thunderer» var på verftet i 1903, ble slettet av flåtelisten i 1907, og solgt i juli 1909.