Han gjorde også observasjoner av kometer som fortsatt er brukbare, deriblant Halleys komet i 1531. Komethaler forklarte han som kometens skygge, og hadde altså klart for seg at de var rettet bort fra solen. (Uavhengig av Apianus kom også Girolamo Fracastoro frem til det samme.) Apianus utga i 1524 og i 1540.