Som politisk aktivist har Atzmon blitt en kontroversiell figur. Han har markert seg som en kritiker av den delen av den jødiske kulturen han mener har skapt apartheid i det historiske Palestina, og går inn for én demokratisk og ikke-religionsbundet stat i området. Han har videre kritisert Israel-lobbyens makt, særlig i USA, og støttet Norman Finkelstein i dennes kritikk av den såkalte Holocaustindustrien. Han er også en kritiker av begrepet antisemittisme, som han hevder har mistet sitt innhold ved at det brukes til å stemple Israel-kritikere. Atzmon mener man heller burde snakke om rasisme. Disse synspunktene, samt det faktum at han har samarbeidet og fortsatt samarbeider med blant andre Israel Shamir, har gjort at han har blitt fremstilt som både antisemitt, Holocaust-benekter og selvhatende jøde, anklager Atzmon selv avviser. Da Atzmon i 2005 var innleder på et arrangement i regi av Socialist Workers Party i London ble dette møtt med protester og demonstrasjoner fra blant andre Alliance for Workers' Liberty, og da han i 2007 holdt en innledning for det svenske sosialdemokratiske partiet avfødte dette protester fra den Svenska kommittén mot antisemitism.