Fannys forsøk på å overtale Claire Clairmont til å komme tilbake Godwins hus overbeviste Shelley at hun var på Godwins parti og begynte å mistro henne. Fanny Imlay var også fortsatt ansvarlig for be Shelley om penger for å kunne dekke farens gjeld. Til tross for Shelleys rømning med to av hans døtre sa Godwin seg villig til å motta £1,200 fra Shelley. Da Mary Godwin fødte en datter i februar 1815 sendte hun øyeblikkelig etter den eldre søsteren Fanny, spesielt for at både hun og den nyfødte var syke. Godwin straffet Fanny for at hun ikke hadde adlydt hans ordre om ikke besøke søsteren Mary, og Fannys fortvilelse økte. Etter at Marys barn døde besøkte hun likevel søsteren oftere til tross for farens vrede.