Tre år senere arbeidet den nyvalgte presidenten Abraham Lincolns inngiftede slektning J.B.S. Todd for at området skulle få status som territorium og Kongressen vedtok da at opprettelsen av Dakota-territoriet. Det ble formalisert som territorium fra 2. mars 1861. Ved opprettelsen omfattet Dakota-territoriet det meste av dagens Montana og Wyoming, samt dagens Nord-Dakota og Sør-Dakota, samt en liten del av dagens Nebraska, men i 1868 ble det redusert til dagens to Dakota-stater.