Kythira ligger nær den såkalte greske bue, en subduksjonssone ved den afrikanske kontinentalplate, og er således meget utsatt for jordskjelv. Mange jordskjelv i nedtegnet historie har hatt deres episentrum nær eller på øya. Det som antagelig var det største i nyere tid var jordskjelvet i 1903 i nærheten av landsbyen Mitata som førte til betydelig ødeleggelser foruten også et begrenset antall tap av menneskeliv. Det var to betydelig jordskjelv på 2000-tallet; 5. november 2005 som målte mellom 5,6 og 5,8 på Richters skala, og jordskjelvet den 9. januar 2006 som målte 6,9 på Richters skala. Episentrum for sistnevnte var i havet rundt 20 km øst for øya og med et fokus på en dybde rundt 70 km. Mange bygninger ble ødelagt, særlig eldre, og det meste i landsbyen Mitata, men menneskeliv gikk ikke tapt. Jordskjelvet ble følt så langt unna som Italia, Egypt, Malta og Jordan.