Historisk besto regionen av provinsen Burgund, som dog var mindre enn den administrative regionen. Regionhovedstaden var Dijon. Regionen hadde i 2010 noe over 1,6 millioner innbyggere. Regionene Bourgogne og Franche-Comté ble fra 1. januar 2016 slått sammen til en ny region med navnet Bourgogne-Franche-Comté.