Sideelvene fra hhv øst og vest er omtrent jevnstore, og mange av dem av drøye 200 km lengde. Den øverste sideelva er Mayo Kébbi, som i flomperioder har forbindelse med elva Logone – en del av Tsjadsjøens dreneringssystem. Sideelva renner gjennom Tsjad og Kamerun hvor den møter Benue ved byen Garoua. Ovenfor dette stedet demmes Benue opp med Lagdo-demningen.