ABP faller under kommando av det afghanske nasjonalpolitiet (, ANP) som igjen er under administrativ kontroll av innenriksministeriet. Grensepolitiet har hovedkvarter i Kabul og ledes av en generalløytnant. ABP deler sitt personell og kommando på 13 815 ansatte i fem sektorer: Jalalabad (Øst), Gardiz (Gardiz-sonen), Kandahar (Sør), Herat (Vest) og Mazar-e Sharif (Nord).