Føderasjonen har et domstolssystem i tre instanser: Høyesterett: 24 dommere, hvorav 10 bosnjaker, 10 kroater og 4 andre Kantonsdomstolene Kommunaldomstolene I tillegg til domstolene i det ordinære instanssystemet, finnes en forfatningsdomstol med ni dommere.