Etter den nasjonalsosialistiske maktovertakelsen ble Bouhler i 1933 riksleder og Rikstagsrepresentant for Westfalen. I 1934 ble han politipresident i München, men etter kun én måned ble han kansellisjef for Adolf Hitler. Dette var en stilling som ble opprettet 17. november 1934 og var i første rekke knyttet til nazipartiets indre anliggender. I denne stillingen hadde han blant annet med hemmelige instrukser for partiet å gjøre. Bouhler var samtidig dessuten leder for Den partimessige prøvingskommisjon til beskyttelse av de nasjonalsosialistiske skrifter. Denne kommisjonen avgjorde hvilke forfattere og skrifter som skulle anses som uttrykk for den nasjonalsosialistiske ånd.