Deretter kom han tilbake til den svenske flåten og var fartøysjef på skipet «Enhörningen» og siden «Stora Svan» i året 1543, to år senere ble Bagge som resultat av sin tjeneste forfremmet til hovedmann for Kalmarflåten, og fikk kronegården Boo på Värmdön i len, som ligger mot en fjord som deretter fikk navn etter ham; Baggensfjärden i Stockholms indre skjærgård. Under krigen mot Russland i 1550-årene beviste Bagge sine ferdigheter som en meget dyktig og respektvekkende sjøoffiser for de svenske flåtestyrkene, som belønning fikk han adelsbrev av kongen i 1556. Etter Gustav Vasas død fortsatte Bagge i tjeneste for den nye kongen Erik XIV, og ble forfremmet til admiral i året 1561 for å lede den såkalte som var sendt ut på frierekspedisjoner til England og Skottland i 1561 og 1562, før man skulle hente en brud i byen Rostock i året 1563.