Bower giftet seg med Lorraine Amman Bower i Sør-Carolina, den 18. august 1942. Paret fikk to sønner og to døtre. Bower forble i hærens flyvåpen gjennom hele den andre verdenskrig, og han oppnådde til slutt graden oberst. Han var blant annet utstasjonert i Afrika, og var det under den allierte invasjonen av Nord-Afrika og så av Italia til september 1945.