Han var høgskolens leder fra 1984 til 1986 og første rektor fra 1990. I 1994 ble han tilsatt som studiesjef og senere 1. lektor. Han var sentral i arbeidet med å få bygd høgskolebygget i Harstad. Meyer utviklet et samarbeid med internasjonale universiteter i Russland og USA. Han var også med på å utvikle det nordiske fagmiljøet i sosialpedagogikk. Jan Meyer satt seks år i departementets faglige råd i utviklingen av de 3-årige helse- og sosialfaglige utdanningene i Norge.