Stefan Johansen har spilt på juniorlaget til Bodø/Glimt og har også vært kjent for å score svært mange mål for Bodø/Glimt 2. Foran 2007-sesongen ble Johansen hentet opp til A-laget til Glimt som hospitant sammen med Anders Konradsen. Stefan Johansen fikk sin A-lagsdebut og første mål for Bodø/Glimt som 16 åring i cupens 1. runde borte mot , 20. mai 2007. Kampen endte 4-0, hvorav Stefan Johansen scoret det siste målet.