Mesoderm dannet samtidig som gastrulasjon, der dyret får en munn. Etter gastrulasjonen består fosteret av et indre og et ytre lag med celler (endoderm og ektoderm). Mesodermen oppstår som utposninger mellom disse, i det området som skal bli dyrets ryggside. Det er tre viktige komponenter, paraksiale mesoderm, mellom-mesoderm og sideplatene.