Da Litauen overtok Vilnius etter Sovjetunionens okkupasjon av det østlige Polen høsten 1939, innledet den litauiske regjeringen en tvungen «litauisering» av byen noe som gjorde de jødiske og etnisk polske innbyggerne oppbragte. Omtrent 15 000 jøder flyktet nordover fra Polen til Vilnius. Fra Suwałki-området forsøkte tyske okkupasjonsstyrker å jage jødiske polakker over grensen til Litauen, opp mot 2000 jøder krysset grensen. Mot slutten av 1930-årene innførte polske myndigheter anti-jødiske tiltak i Vilnius. Høsten 1939 kom det mange flyktninger fra Polen og Vilnius jødiske befolkning økte da fra 60.000 til 80-90.000.