På begynnelsen av 1800-tallet startet Russland en fullskala erobring av Nord-Kaukasus for å beskytte rutene til sine nye territorier i Transkaukasia. Kampanjen ble ledet av General Jermolov som spesielt mislikte tsjetsjenerne, som hav beskrev som «et modig og farlig folk». Rasende på grunn av tsjetsjenske raid, startet Jermolov en politikk med «brent jord» og deportasjoner. Han grunnla i 1818 også fortet Groznyj (som nå er hovedstad i Tsjetsjenia). Tsjetsjensk motstand mot russisk styre nådde sitt høydepunkt under ledelse av dagestaneren Sjamil på midten av 1800-tallet. Tsjetsjenerne ble endelig beseiret etter en lang og blodig krig, hvor tsjetsjenerne led forferdelige tap av menneskeliv. Av en estimert befolkning på over en million på 1840-tallet var det bare 140 000 tsjetsjenere igjen i Kaukasus i 1861 I kjølvannet av krigen emigrerte et stort antall flyktninger, eller de ble under tvang deportert til Det osmanske riket. I 1860 dro (ifølge tall fra Sovjet-tiden) 81 360 tsjetsjenere til Tyrkia, en ny emigrasjon fant sted i 1865, da ytterligere 22 500 tsjetsjenere dro. Tilsammen ble dermed over 100 000 tsjetsjenere etnisk «renset» under denne prosessen, noe som muligens utgjorde et flertall av hele den tsjetsjenske befolkning på den tid. Det har senere vært flere tsjetsjenske opprør mot det russiske styret, og også ikkevoldelig motstand mot russifisering og Sovjetunionens kollektivisering og antireligiøse kampanjer.