Fra 1989 til august 2006 var Heiner Koch også ved i Kölns Marzellenstraße, fra 1993 til 1998 var han også subsidiar ved katedralen. Fra 1. august 1998 tilhørte han domkapittelet. Han var generalsekretær for planleggingen og gjennomførelsen av de XX. Verdensungsdomsdagene i Köln.