I sin tjeneste i Lyons ble han kjent med en annen offiser, Monsieur de Grainville, samt Honoré de Balzacs bror. Disse to var disipler av Martinez de Pasqually, lederen av den Frimureriske Høygradsriten Elus Cohens. Jaques de Livron Joachim de la Tour de la Casa Martinez de Pasqually ble trolig født i 1727 i Grenoble i Frankrike. Hans far var frimurer og hadde fått en patent for å drive losjevirksomhet av den jacobinske prinsen Charles Edward Stuart, som ga ham tittelen Deputert Stormester og embetet til å opprette losjer på eget initiativ. Dette embetet med dets rettigheter var arvelig og ble tildelt hans sønn da han var 28 år gammel. Martinez de Pasqually begynte da å bygge et av de første høygradssystemene i Europa, et system som krevde at medlemmene hadde mestergraden i Johannes-frimureri. Denne riten kalte ham "Ordens des Chevalier Macons Elus-Cohen de L'Univers" –Den Mureriske Ridderorden av de Utvalgte Prester av Universet”. Dette arbeidet var fullbyrdet i 1758. Saint-Martin ble introdusert til Pasqually av sine to kollegaer. Saint-Martin beskriver Pasqually som sin første lærer og mester. Saint-Martins kjærlighet til menneskeheten og til de Guddommelige ting overbeviste på sin side Pasqually om at han hadde funnet en bærende kraft til Elus Cohens. Etter en grundig forberedelse og dyptgående studier, ble Saint-Martin innviet i denne Ordenen rundt slutten av 1760-årene. Gjennom sin doktrine og den svært komplekse esoteriske praksis som Pasqually utviklet ble De Utvalgte Prestene opplært til å tre dypere inn i universets bakenforliggende natur gjennom Innvielser og Teurgi (gr. Teo-urgos-Gudearbeide) – seremoniellmagi med det mål å gjenreise mennesket fra sin nåværende tilstand etter Fallet, og gjenforene det med sitt Guddommelige opphav. Dette viser oss også at denne ordenen var mer en magisk orden enn en frimurerorden. Det varte ikke lenge før den entusiastiske Saint-Martin ble innlemmet i Martinez de Pasquallys indre sirkel. Han forlot det militære, og henga seg til studiet av sin Mesters lære, og fungerte fra da av som hans nærmeste fortrolige og personlige sekretær.