Dette var ikke tillatt, siden konventikkelplakaten av 1741 forbød lekfolk å holde oppbyggelige møter uten sogneprestens godkjennelse. Det var heller ikke tillatt å vandre rundt i landet uten fast arbeid eller noen spesiell grunn. Hauge ble gjentatte ganger arrestert, på det meste ti ganger på syv år. I 1804 etter et opphold i Danmark ble han arrestert i Eiker og stilt for en kongelig undersøkelseskommisjon i hovedstaden. Kommisjonen arbeidet med saken hans i ni år, mens Hauge satt i fengsel, de to første årene under så harde forhold at helsen hans ble knekket. Først i 1809 ble tiltalen utformet, og omfattet brudd på konventikkelplakaten, kritikk av prester og embetsmenn, og (som Sokrates) å ha villedet ungdommen. De alvorligste anklagene gikk ut på at han bygget opp en organisasjon til skade for staten, en «stat i staten», og at han skulle ha beriket seg av en «hellig kasse» av sin menighets penger. Disse to anklagepunktene ble senere frafalt. I 1809 var han midlertidig løslatt for å starte og forbedre saltkokerier på Sørlandet på oppdrag av myndighetene. Blokaden under Napoleonskrigene hindret import av salt, så Hauges kunnskap om saltutvinning kom til nytte for samfunnet. I 1811 ble han satt fri, men da dommen falt i 1813, lød den på to års festningsarbeid («slaveri»). Hauge anket dommen for Overkriminalretten, som i desember 1814 dømte ham til å bøte tusen riksdaler for brudd på konventikkelplakaten og krenkende utsagn om prester. Da Hauge omsider kom for retten like før julen 1814, forklarte aktor at den sene saksgangen delvis skyldtes det høye sykefraværet til kommisjonens faste skriver.