Han var sønn av rektor Jørgen Fredrik Ording (1832–88) og Marie Benedicte Wildhagen (1845–1913). Johannes giftet seg i 1896 med kusina Johanne Gabrielle Gustava Fredrikke Ording (1874–1966) hvis oldefar var fritenkeren Hans Nielsen Hauge. Deres sønn Arne Ording (1898–1967) ble en kjent politiker og professor i historie. Lillebroren Jørgen Fredrik Ording (1902–87) ble lærer.