Som starter for 2012- og 2013-sesongene gikk Bortles 22–5 for Knights. Per 2016 var hans passer rating på 153,9 det høyeste av en quarterback for UCF med minst 500 pasningsforsøk, og han var nummer fire i fullførte pasninger, pasningsyards og touchdowns bak Daunte Culpepper, Ryan Schneider og Darin Hinshaw.