Kirkefondet ble opprettet i 1890, opprinnelig under navnet Københavns Kirkefond, og arbeidet med å samle inn penger og få bygget kirker i den raskt voksende hovedstaden. Dessuten var målsetningen å bygge aktive menigheter i de nye kirkene. Senere ble Kirkefondets arbeidsområde utvidet til hele landet. Etter en lovendring som ga mulighet for å finansiere nye kirker gjennom kirkeskattemidler skiftet Kirkefondets arbeid karakter.