I , drar Zelda til vernestedet for Four Sword med sin venn Link for å sjekke forseglingen som inneholder vindmagikeren (), Vaati. Imidlertid har forseglingen svekket, og Vaati bryter løs, kidnapper Zelda og slår Link bevisstløs. Link våkner ved siden av tre feer, som ber ham om å trekke Four Sword. Det magiske Four Sword deler ham i to til fire identiske Link (avhengig av hvor mange som spiller). Den første Linken har på seg sitt tradisjonelle grønne antrekk, den andre en rød versjon, den tredje blå og den fjerde lilla. I , utgitt senere, blir det avslørt at disse fargene reflekterer de fire elementene som er besjelet i sverdet: Vind, ild, vann og jord henholdsvist. Linkene må samarbeide for å nedkjempe hindringer, samle nøkler og for å storme Vaatis palass, slik at de kan redde Zelda og forsegle magikeren bort igjen.