Etterlatte håndskrifter, forfattet av Sophie, inngikk siden i Anne Gøyes samlinger som senere dannet kjernen i Karen Brahes bibliotek, nå i Roskilde. Det store familiearkivet fra Rosenholm brant i 1826. En stor samling avskrifter av især Rosenkrantz' vitenskapelige korrespondanse er dog bevart. Sophies regnskapsbok, som i dag finnes på Det Kongelige Bibliotek, gir god innsikt i en dansk adelsfamilies liv i 1600-tallets første halvdel.