Fra juni 1942 var Wilhelm Göcke leder for arbeidsleiren i Narvik, Norge, og fra juli 1942 var han leder for en leir i KZ Mauthausen. Fra juli 1943 var han lagerkommandant ved KZ Warszawa, og fra september 1943, også som lagerkommandant, i KZ Kauen i Litauen. Han innehadde denne stillingen frem til juni 1944. Etter dette ble han underlagt den høyere SS- og politiføreren (HSSPF) i "Operationszone Adriatisches Küstenland", Odilo Globocnik, og ble drept i en aksjon mot partisaner i oktober 1944.