Fra 1920-årene spilte Wöldike som musikkviter og utøvende musiker en viktig rolle i Danmarks musikkliv. I 1921 ble han kantor ved Holmens kirke i København og overtok i 1924 organistposten etter Laub. Samme år grunnla han det første guttekoret i Danmark som i 1929 ble innlemmet i og som utviklet seg til Danmarks offisielle sangskole. Fra 1959 residerte ved Vor Frue kirke. Wöldike ble organist ved Christiansborg slottskirke i 1931, og fra 1959 til 1972 hadde han organistposten ved Vor Frue kirke.