Tobruk har en sterk, naturlig, dyp, godt beskyttet havn som videre er omgitt av ørken. Sør for Tobruk er det mange klipper, akkurat som i resten av Øst-Libya. Klippene former en naturlig barriere mot resten av Libya, da de generelt sett er høyest og steilest på sørsiden, mens nordsiden er lavere og mer tilgjengelig.