Han var imidlertid overbevist om at paven kunne og måtte forsvare seg uten å være låst i avhengighetsforhold til Frankrike. Han overtalte Pius IX til å omorganisere sin hær. For å styrke Merode i møte med utenriksministeren, kardinal Giacomo Antonelli, utnevnte paven Merode til pro-minister for de pavelige staters hærstyrker.