Mange av Stockholms innsjøer inngår i byens naturreservater. I Stockholm by var det i 2008 sju naturreservater, et kulturreservat og en nasjonalbypark (sistnevnte deles med andre kommuner). Alle disse har innsjøer og elver innenfor sine grenser. Sør for byen kan man nevne innsjøer som Flaten og Drevviken i Flatens naturreservat, og derfra kan man gå til Ältasjön og Källtorpssjön i Nackareservatet. Nord for byen har man blant annet Grimsta naturreservat, som strekker seg langs Mälaren, og Judarskogens naturreservat, med den lille innsjøen Judarn i sitt sentrum. I Paradisets naturreservat og omkringliggende områder i Haninge ligger et større antall mindre innsjøer, som Ådran og Öran, samt Trehörningen, Ormputten, Långsjön, Svartsjön og Tornbergssjön. I flere av naturreservatene arrangerer Naturskyddsföreningen (svensk naturvernforening) såkalte «vattenvandringar».