Han var sønn av stiftsoverrettsjustitarius Folkmann Freck Schaanning og hustru Catharina (Trine) Henriette Knudtzon. To farbrødre var stortingsmenn. Morfaren var kjøpmann Christian Knudtzon, og oldefaren var kjøpmann og stortingsmann Hans Carl Knudtzon. Han giftet seg i 1881 med Arnolda von Westen Müller, datter av rektor ved Trondhjems katedralskole og ordfører Carl Arnoldus Müller. Blant deres barn var skuespiller Folkman Schaanning og overlege Christian Knudtzon Schaanning. Datteren Annie Amalie giftet seg med høyesterettsadvokat og riksmeglingsmann Andreas Claussen.