I 1939 ble Hans Frank forflyttet til Kraków som leder for den tyske administrasjonen av Generalguvernementet (del av det okkuperte Polen), og Bühler fulgte etter Franks ønske med. Bühler ble opprinnelig innrullert i den tyske hæren i august 1939 og Frank sørget for at han ble dimmitert etter noen dager. De vestlige delene av det okkuperte Polen ble annektert av Tyskland og de østligste delene ble annektert av Sovjetunionen, mens de sentrale delene med Krakow, Warszawa og Lublin ble administrert som okkuperte område kalt Generalguvernementet med en tilsiktet uklar status.