Fernando Sebastián Aguilar var medlem av claretianerne, en misjonskongregasjon, siden 1945, og ble ordinert til prest den 28. juni 1953. Etter først å ha vært professor i teologi ved seminarer innen egen orden, hadde han fra 1967 samme stilling ved Det pavelige universitet i Salamanca. I 1970 ble Sebastián Aguilar dekan ved dets teologiske fakultet, og så rektor ved universitetet fra 1971 til 1979.