I likhet med Auschwitz var leiren underlagt SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt (WVHA) og Inspektoratet for konsentrasjonsleirene. Auschwitz og Majdanek var de to WVHA-leirene som medvirket til holocaust ved bruk av gasskammer. Majdanek inngikk i Heinrich Himmlers plan om gjøre Lublin til senter for SS' industrivirksomhet basert på slavearbeidere og særlig med sikte på forsyninger til krigføringen på østfronten. Himmler ga i juli 1941 Odilo Globocnik ordre om å anlegge en leir for til fanger. Leiren ble offisielt omtalt som krigsfangeleir, blant annet for å unngå motstand fra Lublins sivile administrasjon Navnet Majdanek kommer av forstaden Majdan Tatarski der leiren ble plassert. Leiren ble i februar 1943 offisielt Anlegget ble etterhvert utvidet til fem områder hver med kapasitet til fanger, den siste utvidelsen var i arbeid da leiren ble frigjort i 1944.