Frederik Macody Lund (døpt ) var sønn av skipsreder Jens Gabriel Fredrik Lund (1803–77) og Juliane Fredrikke Hansen (1822–97). Han tilhørte en yngre gren av kjøpmanns- og skipsrederslekten av Lund fra Farsund. Han vokste opp i Stavanger. Etter farens død flyttet moren med de yngste barna til Kristiania. Etter middelskoleeksamen 1880 skulle han ta examen artium 1882, men måtte avbryte skolegangen før eksamen på grunn av sykdom. Frederik Macody Lund var elev ved Kongsgård skole.