I 2018 gjorde Khan det kjent at han hadde blitt diagnostisert med nevroendokrin svulst. Han tilbrakte et år i Storbritannia der han mottok behandling. Hans siste film ble , utgitt i mars 2020. Den 28. april 2020 ble han innlagt på sykehus i Mumbai på grunn av en nyreinfeksjon. Helsetilstanden hans ble forverret og han døde dagen etter, 29. april 2020.