Gonder ble grunnlagt av keiser Fasilides en gang rundt år 1635 og vokste som jordbruks- og markedsby. Det var en overtro på denne tiden at hovedstadens navn måtte begynne med bokstaven 'Gʷa' (moderne uttale 'Gʷe'; Gonder ble opprinnelig stavet Gʷandar), som også bidro til navnet Gorgoras (grunnlagt som Gʷargʷara) vekst i århundrene etter 1600. Tradisjonen hevder også at en bøffel ledet keiser Fasilides til et vannbasseng ved siden av Angereb hvor «en gammel og ærverdig eremitt» fortalte keiseren at han skulle legge sin hovedstad her. Fasilides fikk fylt bassenget og bygde sin borg på det samme stedet. Keiseren bygde også et totalt antall av hele syv kirker; de første to Fit Mikael og Fit Abbo, ble bygget for å avslutte lokale epidemier. Fem keisere som fulgte etter ham bygde også deres palasser i byen.