Etter å ha gått på skole i Ribe kom Thomissøn til universitetet, hvor han især knyttet seg til Niels Hemmingsen. I 1553 dro han som hovmester for tre unge adelsmenn av slekten Venstermand til Wittenberg, hvor han i 1555 tok magistergraden. Etter sin hjemkomst ble han i 1557 kalt til rektor ved Ribe skole av biskop Hans Tausen. Her begynte han med flid å sysle med dansk salmediktning og salmesang, særlig på grunn av at det lå i jobben hans å lede elevene i kirkesangen.