Ved utgangen av 2003 ble selskapet Ekspressgods avviklet. Eierskapet i MiTrans ble 1. januar 2004 overført til datterselskapet Mantena. 26. mars 2004 endret NSB Forsikring navn til Finse Forsikring AS. 13. mai 2004 ble det vedtatt å legge ned datterselskapet Linx ved utgangen av året, og NSB tok over trafikken til Göteborg selv fra 1. januar 2005. 3. desember 2004 inngikk NSB opsjonsavtale om å kjøpe 34 % av aksjene i Svenska Tågkompaniet, med overtakelse 1. april 2005. 30. mai 2005 ble NSBs datterselskap NSB Anbud tildelt anbudet for persontrafikk på Gjøvikbanen fra juni 2006 og ti år fremover med inntil to års forlengelse. 18. november 2005 utvidet Nettbuss aktivitetene til Danmark ved å opprette Netbus Holding, som 2. desember inngikk avtale om å overta alle aksjene i Partner Bus A/S i Frederikssund. I løpet av 2005 solgte NSB seg ytterligere ned i NSB Trafikkservice til 55 % med ISS som kjøper. Fra 1. januar 2007 ble NSB Eiendom fusjonert inn i ROM eiendom. 10. januar 2007 kjøpte NSB resterende aksjer i Svenska Tågkompaniet som da ble et heleid datterselskap. I november 2010 overtok NSB resterende aksjer i CargoNet fra Green Cargo. I mars 2014 ble Arrive oppløst.