I november 1991 ville den amerikanske riksadvokaten at al-Megrahi og Lamin Khalifah Fhimah skulle utleveres så de kunne stilles for retten etter bombingen av Pan Am Flight 103. Libya nektet å utlevere de to tiltalte, men holdt dem under væpnet husarrest i Tripoli, og tilbudte å holde dem for retten i Libya, hvis alle de inkriminerende bevis mot dem ble frigitt. Dette tilbudet var uakseptabelt for USA og Storbritannia, og denne saken ble ikke løst før flere år senere. Langvarige forhandlinger med Libyas leder, Muammar al-Gaddafi, og ileggelse av FNs økonomiske sanksjoner mot Libya brakte endelige de to tiltalte for retten i et nøytralt land. Over ti år etter bombingen ble Megrahi og Fhimah satt i arrest på Camp Zeist i Nederland den 5. april 1999. I løpet av sine syv år i husarrest i påvente av deportasjon og rettssak bodde Megrahi på et libysk pensjonat og jobbet som lærer. Begge tiltalte hadde også tilgang til en libysk forsvarsadvokat, herr Maghour.