Knjaginino nevnes første gang i 1552 i Ivan den grusommes testamente. I 1779 fikk Knjaginino innvilget byrettigheter, men i 1926 ble den igjen en landkommune. Knjaginino fikk i 1968 status som bymessig bosetning, og i 1998 fikk byen tilbake sin bystatus.