En mer subtil måte å fortrenge stedegne arter på er gjennom hybridisering. Hvis en fremmed art kan krysse seg med en nært beslekta stedegen art, kan dette føre til en genetisk utvanning av den stedegne arten. Dette kan til slutt føre til at den stedegne arten går tapt som den genetiske enheten den var, ved at den smelter sammen med den fremmede arten. Hybridisering med introduserte stokkender utgjør f.eks. en sterk trussel for gulnebband i Afrika, hawaiiand på Hawaii, madagaskarand på Madagaskar, rødfotand i Nord-Amerika og stripeand på New Zealand.