Da Tyr gikk inn i en nedgangsperiode, ble Malta overtatt av punere fra Kartago i Nord-Afrika, som selv var en gammel fønikisk base, en gang rundt år 400 f.Kr. Igjen kom det nye guder, og i en hule på Gozo er det avdekket symbolet for den puniske fruktbarhetsguddommen Tanit, og ved Ras iL-Wardija i nærheten av landsbyen Santa Lucija sørvest på Gozo er det funnet en punisk helligdom hugget ut av fjellet.