Bwnjamin Lincoln var født i Massachusetts i 1733. Han var sjette barn av sin far oberst Benjamin Lincoln og hans annen hustru Elizabeth Thaxter Lincoln. Lincolns forfedre var blant de flrste nybyggere i Hingham, fra Thomas Lincoln 'the cooper,' som kom dit fa stedet var del av Massachusetts Bay Colony. Lincolns far var en av fylket Suffolk Countys rikeste menn. Han var medlem av guvernørens råd fra 1753 til 1770, og innehadde en rekke andre aadministrative stillinger frem til sin død i 1771. Lincolns morfat, overt Samuel Thaxter, var en av Hinghams fremste borgere, og var med på å demarkere grensen mellom Massachusetts og Rhode Island i 1719.