I VM 1998 hadde han fast plass på landslaget, og scoret to mål i gruppespillet. Nederland tapte semifinalen for på straffesparkkonkurranse, etter at det stod 1-1 ved full tid. Skuffelsen ble ekstra stor for Cocu, siden han brente sitt straffespark, Brasils keeper Claudio Taffarel reddet Cocus svake skudd i tillegg til Ronald de Boers skudd fra ellevemetersmerket. Brasilianerne scoret på alle sine straffer, og gikk til finalen.