Han var sønn av Henrik Josten, fogd i Bamble fra 1662 og avskjediget 1670, hvis datter Marie Josten ble gift i 1690 med Hans Jespersen, sorenskriver i Seljord, broren til dr. theol. Peter Jespersen (Richart) (1647-1714), kgl. konfessionarius, som i 1678 ble gift med Bodelle (Bodil) Madsdatter Friis (1641-1726), enke etter Povl Boesen (d. 1677/78), rådmann i Svendborg. Niels Josten hadde en rekke barn; datteren Margarete (d. 1737) var gift med Niels Aall, stamfar til slekten Aall.