Etter andre verdenskrig falt Karpato-Ukraina til Ukraina, slik at antallet ortodokse i Tsjekkoslovakia ble kraftig redusert. De resterende menighetene stilte seg under Moskva-patriarkatets beskyttelse i 1946, som innsatte Jelevferij Voroncov som epark av Praha. Fem år senere erklærte patriarken av Moskva for autokefal. Den økumeniske patriark godkjente derimot ikke kirkas autokefali og betraktet den som en autonom delkirke av sitt patriarkat, dog uten å oppnevne nye eparker.