Den 17. mars 1940 stengte Gestapo presteseminaret ved Köslin og Sigurdshof. Bonhoeffer hadde nå, gjennom sitt økumeniske arbeide, knyttet kontakter både på alliert og tysk side. Det ble planlagt et attentat mot Hitler, men Bonhoeffer var ikke selv involvert i planleggingen, annet enn som mellommann. Dette endret seg etter hvert som jødeforfølgelsene økte i system, omfang og grusomhet. Hjemme hos foreldrene sine traff han flere høytstående personer innen Abwehr (etterretningstjenesten) og Wehrmacht (hæren), og de diskuterte hvordan de kunne ta livet av Hitler ved et attentat. Etter en ny gjennomtenking av sitt tidligere ikkevoldelige standpunkt ble Bonhoeffer delaktig i planleggingen.