Red Faction finner sted på Mars rundt år 2075. Jordens mineraler, som mennesker behøver for å overleve, blir utarmet. Organisasjonen Ultor Corporation driver gruve-drift på Mars. Leveforholdene er dårlige, menneskerettighetene for gruve-arbeiderne er få, og en sykdom kalt "pesten" er voldsom over hele kolonien uten kjent motgift tilgjengelig. Parker, en gruve-arbeider, kom til Mars for å begynne ett nytt liv, fordi han trodde på løftene og fordelene Ultor tilbyr i gruvene på Mars. Etter en rutinemessig dag i gruven med den typiske aggresjonen mot gruve-arbeidere, dårlige levekår og elendig ernæring, blir Parker vitne at et opprør bryter løs når en sikkerhetsvakt plager en gruvearbeider og dreper ham.