I 2000 vant han også UCIs verdenscup, en konkurranse som var basert på prestasjonene i 10 endagsritt, hovedsakelig takket være seirene i Milano–Sanremo og Amstel Gold Race, tredjeplass i Paris–Roubaix og fjerdeplasser i HEW Cyclassics og Flandern rundt. I 2001 endte han på andreplass i UCIs verdenscup. Dette året tok Zabel dessuten sine første etappeseire i Vuelta a España, da han vant 2., 3. og 4. etappe. Etter tusenårsskiftet er han den eneste som har vunnet tre strake etappeseire i det spanske treukersrittet. Det så også ut til at Zabel skulle vinne Vueltaens poengtrøye, men på nest siste etappe ble han passert av klatrespesialisten José María Jiménez.