Hammarby kvalifiserte seg uten problemer til den nyoppstartede Damallsvenskan i 1988. Imidlertid ble de ingen umiddelbar hit i serien, og de første sesongene lå de over nedrykkstreken og under midten. Det forandret seg gradvis i 1991, da Hammarby kom på sjetteplass. De gjentok sjetteplassen i to år, før de overrasket alle med en andreplass i 1994. Denne andreplassen var første gang de var beste stockholmslag siden første sesong (da de også var det eneste). Hammarby, med Pia Sundhage som profil, etablerte seg blant de fire beste fram til 1999, da de igjen tilhørte nedre del av tabellen. Et lite oppsving fra 2002 ebbet ut i 2005, og siden har de holdt seg mellom 7.- og 9.-plass. I 2010 var imudlertid Hammarby farlig nær nedrykk, og i 2011 rykket laget ned for første gang. Laget hadde da vært 24 sesonger på rad i Damallsvenskan.