I år 1866 ble verftets status endret til depo og det ble lagt under Stockholms örlogsstation og tilhørte Skärgårdsartilleriet. Allerede i 1863 hadde myndighetene åpnet for at Nya varvet kunne selges til private, men noe salg kom ei i gang da. Fångvårdsstyrelsen som hadde behov av et større straffe- og arbeidsfengsel, foreslo imidlertid om å få overta Nya varvet til dette formålet, og i 1870 skjedde overføringen.