Arkeologiske funn kan indikere at Fønikia hadde etablert en bosetning og handelspost ved bredden av Rio Tejo på 1300-tallet f.Kr., i det som nå er bydelen Alfama. Moderne historikere heller imidlertid mer til en teori om at en iberisk eller keltisk bosetning har vokst fram over tid,- en bosetning som på grunn av de gode havneforholdene har hatt kontakt med sjøfarere fra ulike deler av Middelhavet. Én teori om opphavet til navnet Lisboa er at det er avledet av det fønikiske «Allis Ubbo» med betydning «trygg havn» eller «fortryllende havn». De eldste bosettingene var trolig på østsiden av "Rossio" (, på eller langs høyden der står.