Rødding gikk tapt for Danmark etter krigen i 1864 da Slesvig-Holsten tilfalt Prøyssen. I et par år gikk Jakob Knudsen hjemme på prestegården og deltok i noe undervisning på Askov, til han ble sendt til København på studentkursus for å ta en kjapp teologisk embedseksamen. Innenfor grundtvigianismen var ikke ungdommen stemt for studier eller dyperegående teologi. Knudsen ønsket egentlig å studere filosofi, men tok seg nær av konfliktene i universitetsmiljøet mellom den gamle, teologisk påvirkede filosofien og moderne tenkning introdusert av Georg Brandes. Ingen av delene appellerte til en høyskoleungdom som etter sigende sovnet over bøkene fordi han ville tenke seg til å være filosof, ikke lese. Han dro nedslått hjem til Jylland - og ble omgående sendt til Askov av sin far, der han i 1881 ble ansatt som hjelpelærer. Senere avanserte han nok til å kunne gifte seg med Sophie Frederikke Plockross fra en troende københavnsk overklassefamilie, datter av kanselliråd Harald Christian Plockross. På Askov utviklet han seg som foreleser og ble regnet som en glimrende oppleser av eldre litteratur, særlig var han kjent for sine -fremføringer av Holbergs komedier.