De sørtyske innsjøene er et resultat av erosjon i istidene. De er smale og dype, og ligger i iseroderte dalbekkener. Den største av dem er Bodensjøen med et areal på 536 km², der 62 % av kysten ligger i Tyskland. De internasjonale grensene i selve innsjøen er ikke definert. På slettelandet i Nord-Tyskland finnes et nett av grunne sjøer. Den største av disse er Müritz i Mecklenburg (117 km²) og Chiemsee (80 km²).