Scheidt studerte hos Jan Pieterszoon Sweelinck i Amsterdam fra 1611. Han vendte tilbake til Halle i 1615 og studerte videre med sin eldre bror Samuel Scheidt og andre. I 1617 ble han utnevnt til organist ved hoffet i Altenburg, en post han beholdt til han gikk av med pensjon 5. mai 1658. Ved siden av rollen som organist, dirigerte han stedets hoffkapell tross vanskelige omstendigheter under trettiårskrigen. Han søkte i 1622/1623 posten som førsteorganist i Mariakirka i Danzig, men denne var det Paul Siefert som fikk.