I januar 2009 etablerte han partiet Borgerligt Centrum. Det meste av partiet kom til å følge Ammitzbøll inn i Liberal Alliance i juni samme år. Ammitzbøll var formann i Liberal Alliances folketingsgruppe 2010–2016. Han var økonomi- og innenriksminister i Lars Løkke Rasmussens tredje regjering fra november 2016 til regjeringen gikk av i juni 2019.