Den 25. oktober 1996 ble Obanyi presteviet. Han ble da kapellan og pastoralrådgiver i bispedømmet Kisii. Fra 1999 til 2004 ble han sendt av sin biskop Joseph Mairura Okemwa for å studere ved Lateranuniversitetet i Roma, hvor han tok mastergrad og så doktorgrad i kanonisk rett.