Da Filip kom tilbake sendte han Aleksander av sted med en mindre styrke for å slå ned et opprør i sørlige Trakia. I krigføring mot den greske byen Perinthos ble det sagt at Aleksander reddet livet til sin far. I mellomtiden begynte innbyggere fra byen Amfissa å arbeide på landområder i nærheten av Delfi, som var hellig grunn for guddommen Apollon. Dette var et helligbrøde som ga Filip muligheten til ytterligere å blande seg inn i greske affærer. Mens han fortsatt var opptatt av krigføringen i Trakia, beordret han Aleksander til å samle en hær for å gå inn i Hellas. For å unngå at andre greske bystater skulle blande seg inn, lot Aleksander det se ut som om han forberedte seg til å angripe Illyria. I disse urolige tidene grep illyrerne muligheten til å invadere Makedonia, men ble øyeblikkelig slått tilbake av Aleksander.