Det er tre asfalterte veier i Wangdue Phodrang dzongkhag. Hovedveien vest-øst kommer inn i fylket ved -passet, krysser elva ved Wangdue Phodrang dzong, og fortsetter østover til Tongsa. En sidevei går nordover fra Wangdue Phodrang til Punakha dzong og et stykke videre, dette fortsetter som ganveien til Gasa fylke. En annen sidevei tar av sydover fra hovedveien øst for fylkeshovedstaden og går til klosteret og til hvor man kan se den sjeldne svarthalstranen ().