I ettertid huskes Perry særlig for sine ekspedisjoner til Japan i 1852–1853 og 1854, da han presset igjennom inngåelsen av den såkalte «Kanagawa-avtalen» – en traktat mellom Japan og De forente stater som innebar at det japanske rike åpnet seg for Vesten. Traktaten ble signert den 31. mars 1854 i Kanagawa, som i dag er en del av Yokohama.