Røde Khmer hadde gjort klar en styrke på 70,000 tropper for å motstå invasjonen. Effektiv motstand ble imidlertid raskt slått, og vietnamesiske styrker inntok Phnom Penh den 7. januar 1979. Røde Khmers lederskap forstod snart at konvensjonell krigføring var nytteløst mot overmakten, og gikk raskt over til geriljakrigføring. I begynnelsen hevdet Vietnam at troppene deres bare støttet FUNSK bak linjene og ikke deltok i kampene, men dette har senere blitt avvist; I virkeligheten hadde Vietnam over 150,000 tropper i Kambodsja, mens FUNSK bare hadde rundt 20,000 krigere.