Det lever dyr på bunnen av hele Trondheimsfjorden med unntak av de innerste deler av sidefjorder der det periodevis er oksygenmangel. Det er funnet 1500 arter lavere dyr i fjorden, på norskekysten er det i alt funnet rundt 3000 arter. Bare Bergensområdet har flere arter enn Trondheimsfjorden. Utgravinger av avfallsdynger fra steinalderen tyder på østers ble høstet og spist 2000 år før vår tidsregning. Spor fra Steinkjer og Beitstad tyder på at det der levde mye østers og at den var en viktig matkilde for menneskene den gangen.