Under andre verdenskrig skilte sumpene det sentrale og det sørlige kampområdet, og sovjetiske partisaner lå i dekning der. I 1878 hadde den tyske raseantropologen Theodor Poesche fremlagt en teori om at den ariske rasen oppstod i Pripjatmyrene på bakgrunn av den angivelig høye forekomsten av albinisme, og tyske myndigheter under andre verdenskrig planla å drene myrene og befolke dem med tyske kolonister, med agronomen Konrad Meyer som ansvarlig leder for Pripjat-planen. Massemord på jøder i Belarus begynte 19. juli 1941, da Himmler beordret -avdelingene bak den fremrykkende tyske hæren om å rense Pripjatmyrene for jøder. 31. juli innskjerpet han at også kvinnene skulle drepes. skal dermed ha drept 31 788 mennesker i alle aldre.