Issyk-Kul har et stort mangfold av planteplankton med 299 kjente arter, for det meste blågrønnbakterier. Årlig produksjon av planteplankton er lav, bare 49 g/m³. Større planter som stikker opp av vannet, blant annet takrør, bred dunkjevle og pollsivaks, finnes ned til 1,5 m dyp. Neddykkede større planter, som busttjønnaks, akstusenblad og stivt havfrugras, samt fastsittende alger vokser til 30–40 m dyp. Årlig produksjon av makrofytter (større planter) er 277 g/m³. Kransalger er de vanligste makrofyttene, og de utgjør 96 % av makrofyttproduksjonen.