Øya Büsum hørte til å begynne med til bispedømmet Hamburg og Bremen inntil Ditmarsken ble en selvstendig bonderepublikk. I middelalderen ble Büsum ofte besøkt av handelsmenn, såkalte hanseater. Hansaen var Ditmarskens nærmeste allierte, men bonderepublikken ble aldri en del av selve forbundet. Det fattige folket på øya Büsum hadde en lei tendens til å bedrive sjørøveri for å forbedre sine levevilkår, noe som resulterte i gjentatte konflikter. I 1420 seilte Rackler Kersten og hans menn fra Büsum inn til havna i Hamburg for å plyndre hanseatenes handelsskip. Som hevn brente sinte hanseater ned kirken i Middeldorf på Büsum. Den nye kirken ble bygd i Norddorf, og møblert med flere gjenstander plyndret fra øya Pellworm av piraten Cord Widderich. Fra 1559 inntil 1867 var Büsum (og Ditmarsken) dansk territorium, og ble deretter en del av Kongeriket Preussen. Under Andre verdenskrig ble verftet og havna i Büsum brukt av Kriegsmarine, noe som gjorde byen til et yndet bombemål for allierte fly. Büsum ble bombet den 4. mai 1945, samme dag som tyske tropper overga seg i Nord-Tyskland. Under bombingen mistet ni mennesker livet, 19 ble skadd og fem hus ble totalskadd. Etter krigen var Büsum en del av den britiske okkupasjonssonen, frem til 1955, da Forbundsrepublikken Vest-Tyskland ble opprettet.