I juli 1854 trådte han inn i , som sendte ham til India et år senere. Han seilte fra Le Havre ombord på den 18. juli 1855, ledsaget av Jean-Baptiste Durieu, som steg i land ved sin destinasjon som var Pondicherry, en fransk besittelse sør i India. Desgodins ankom Calcutta i januar 1856, og dro deretter til Darjeeling ved foten av Himalayafjellene.