Da Napoleon invaderte byen i 1797 gikk republikken under for godt. På denne tiden var det praktisk talt ikke noe igjen av den venetianske flåten. Våren 1796 falt byen Piemonte til Napoleon og de østerrikske styrkene i området ble slått tilbake. For å jage sine østerrikske fiender, gikk Napoleons hær inn på det nøytrale Venezias territorium og okkuperte etter hvert området fram til Adige, mens østerrikske styrker benyttet anledningen til å okkuperte områdene ved Vicenza, Cadore og Friuli.