På den tiden da banet spilte inn hadde Nico forlatt gruppa, og Warhol gitt sparken, begge deler mot Cales ønsker. Warhols erstatning som manager, Steve Sesnick, overbeviste Reed om å fordrive Cale fra gruppa. Morrison og Tucker var forlegne over Reeds taktikker, men fortsatte likevel i gruppa. Cales erstatning var Doug Yule, som Reed ofte med flau humor introduserte som sin yngre bror. Bandet tok nå en mer pop-orientert retning og fungerte mer som formidler av Reed slik at han kunne utvikle sitt håndverk som låtskriver. Velvet Underground utga to album med denne sammensetningen: 1969s og 1970s . Sistnevnte hadde to av gruppas mest kommersielle vellykte sanger, «Rock and Roll» og «Sweet Jane». Reed forlot Velvet Underground i august 1970. Resten av gruppa forvitret da kjernemedlemmene Sterling Morrison og Maureen Tucker forlot den i henholdsvis 1971 og 1972. Yule fortsatte fram til tidlig i 1973, og bandet utga ytterligere et studioalbum, , under navnet Velvet Underground.