Det er fem nasjonalparker: Seiland, Stabbursdalen, Varangerhalvøya, Anárjohka og Øvre Pasvik. Sammen med 66 naturreservater, 11 landskapsvernområder og to andre fredninger per 1. januar 2012, har de et areal på til sammen . 11 % av fylkets areal er underlagt en av disse vernekategoriene.