Jacobsen har mottatt flere utmerkelser for sitt arbeid. I 2003 ble han hedret med Amadas ærespris. I 2008 utnevnte kongen Jacobsen til kommandør av St. Olavs Orden for «innsats for norsk film». Utmerkelsen ble overrakt på gamle Grefsen kino 26. november 2008. Jacobsen ble i 2024 invitert til å bli medlem av Oscar-akademiet.