Den estiske apostoliske ortodokse kirke ble grunnlagt i 1920 av patriark Tikhon av Moskva, men er siden 1923 en autonom delkirke av Konstantinopel-patriarkatet. Fra 1944 til 1991 var kirkeledelsen i eksil til Stockholm, mens kirka i Estland ble tvangsforent med Moskva-patriarkatet. Metropolitansetet var vakant fra 1953 til 1999.