Keiseren reformerte også byråkratiet. Disse reformene brøt med det relativt liberale Song-dynastiets stil og trakk i heller absolutistisk retning. I 1380 kom den første store utrenskningen, og resultatet av den var at all makt fra da ble konsentrert i keiserens hånd. Det innebar at alle regjeringsministeriene ble direkte understilt keiseren (i motsetning til et keiserlig sekretariat). I årene 1385 til 1390 gjentok Hongwu opprenskningsprosessen.