Jaeger var fra tidlig av engasjert i økumeniske spørsmål og tok mange initiativer i dette henseende. Blant annet var han involvert i grunnleggelsen av et «økumenisk seminar». Allerede under krigen utviklet han sammen med Karl Rahner og Romano Guardini konsepter for å fremme økumenisk dialog og forsoning mellom de kristne av forskjellige trosretninger.