I den andre sesongen kommer Haller tilbake, etter ett år tilbrakt fanget i en mystisk kule. I hans fravær har hans tidligere allierte fra Summerland, slått seg sammen med Divisjon 3 for å hindre Farouks planer om å finne hans virkelige kropp - og samle nok krefter til å gjøre en slutt på hele verden. Farouk sørger for at Hallers tidligere venn, Lenore «Lenny» Busker, å bli gjenfødt i Amy Hallers kropp. På grunn av Shadow King lykter David fra Divisjon 3 sammen med Lenny. David får også en tidsreisende mutant, som kalles Switch, på deres side. Han planlegger å forbedre Switchs krefter for å beskytte resten av verden.