Boel var fra tidlig 1980-tall aktiv i kommunalpolitikken for Venstre i Munkebo kommune der hun satt i kommunestyret, først fra 1982 til 1991, så igjen fra 1994 til 1997. I 1990 ble hun innvalgt i Folketinget som representant for Fyns amtskrets. Fra november 2001 til august 2004 var Boel matvareminister i Anders Fogh Rasmussens første regjering.