Under en oppdagelsereise som ble ledet av kaptein Christopher Newport i Virginiakoloniens første år ble stedet identifisert som et strategisk forsvarspunkt. I mai 1607 ble den første permanente engelske koloni i det nåværende USA opprettet om lag 40 km lenger inne i landet langs James River ved Jamestown. Området hvor Fort Monroe ligger ble en del av Elizabeth City i 1619, i 1634 og ble innlemmet i Elizabeth City County da det ble grunnlagt i 1643. Over 300 år senere, i 1952 ble Elizabeth City County og nabo til Fort Monroe, samt den nærliggende by , enige om å slå seg sammen med byen Hampton, som ble en av de store syv byer ved Hampton Roads.