Zabaleta vokste opp i Arrecifes. Han begynte karrieren i Club Atlético San Lorenzo de Almagro i 2002, etter å ha gått gradene i ungdomslagene, etter å ha kommet dit som 12-åring fra den lokale klubben Obras Sanitarias. Han startet som defensiv midtbane, men etterhvert ble han flyttet ut til høyresiden.