Bispedømmet er delt i ni prostier, 38 kirkelige fellesråd og 120 sogn. Nidaros er siden 2011 i særstilling blant norske bispedømmer, ettersom det er to biskoper som residerer der. Den ene er den "stedlige" biskopen, den andre er preses i Bispemøtet. Den 30. januar 2020 ble Olav Fykse Tveit valgt til preses for Bispemøtet.