Caravaggios kunstneriske verker vakte forakt og avsky hos mange, tross den høye tekniske kvaliteten, og det var ikke før på 1900-tallet at han fikk sin plass blant mesterne. Ikke desto mindre har mange av de store kunstnere fra hans egen tid eller de følgende århundrene vært sterkt inspirert av Caravaggio. Poussin, Velázquez, Bernini, Rubens, Johannes Vermeer og Rembrandt lot seg påvirke av hans kunst. Kirken har lenge vært ambivalent i forhold til Caravaggios malerier. De fleste av kunstnerens motiver var religiøse, og det var i en viss grad i den katolske motreformasjonens interesse å med dramatiske og talende bilder kunne vise en kontrast mot den strenge protestantismen som, i det minste i dens kalvinistiske form, ikke aksepterte bilder i det hele tatt. På den andre siden ble det ikke betraktet som særlig positivt at bibelske personer og helgener ble avbildet med hjelp av modeller fra slumkvarterene. Giovanni Baglione, Georges de La Tour, Gerrit van Honthorst, Orazio Gentileschi og Hendrick ter Brugghen var også direkte influert av Caravaggio.