Som statsminister foretrakk han forhandlinger fremfor fiendtligheter i motsetning til guvernør og høykommissær Alfred Milner som aktivt søkte krig. Hans standpunkt førte til at han ble tvunget til å trekke seg både som statsminister og fra parlamentet i juni 1900. Han klarte ikke å bli valgt i valget i 1904, men returnerte i 1908 som medlem fra Queenstown som en radikalt endret politiker. Han stod nå for en liberal bantu–politikk som hadde startet i 1899 med et besøk til Transkei og den afrikanske lederen John Tengo Jabavu. Schreiners filosofi talte for integrering og like rettigheter for alle siviliserte menn. Hans nidkjærhet til dette idealet fikk sitt uttrykk i at han trakk seg fra nasjonalkonvensjonen for å representere Dinuzulu som var stilt for en spesialdomstol satt sammen av regjeringen i Natal for hans påståtte forræderske deltagelse i opprøret i 1906.