Den første flåten kom i kontakt med urfolket da de ankom Botany Bay. Det gjorde skipene også da de ankom Port Jackson. Den britiske regjeringen hadde gitt klar beskjed på forhånd om å etablere god kontakt med urfolket, noe Arthur Phillip var tydelig på overfor passasjerene og offiserene ombord skipene. Likevel tok det ikke lang tid før konflikter oppsto. Kolonistene undertegnet ikke fredsavtaler med urfolket. Dette ble begynnelsen på en lang strid mellom urfolket og britene, noe som fortsatt preger befolkningen i dag.