Erkebiskop Naumann ble med knapp margin valgt til leder av Den amerikanske bispekonferanses den 14. november 2017; den andre kandidaten var kardinal Blase Cupich. Naumann tolket kirkelovens kanon 915 slik at den påla prester å nekte nattverd til katolske politikere som støttet abortrettigheter eller eutanasi. Han uttalte at han hadde forsøkt å overtale Kathleen Sebelius, guvernør i Kansas, til å endre sitt standpunkt til abortrettigheter, og etter at hun nektet å gjøre det, nektet han henne nattverd. Naumanns erkebispedømme brukte senere 2,45 millioner dollar til støtte for en foreslått endring av delstaten Kansas konstitusjon for å fjerne dens beskyttelse av abortrettighetene. Endringsforslaget ble beseiret med en margin på 59 til 41 %.