I oktober 1997 giftet Goodell seg med tidligere nyhetsanker for Fox News Jane Skinner og paret har to tvillingdøtre, født i 2001. Han har fire brødre, blant annet Tim, Senior Vice President for Hess Corporation og Michael, som er gift med Jack Kenny, skaperen av TV-serien . Webster-familien i TV-serien var løst basert på Goodell-familien. Søskenbarnet Andy Goodell er medlem av New York State Assembly.