Hun ble født i Odense på Fyn som datter av offiser Carl Rudolph Schubart (1714–1759) og den norskfødte adelskvinne Inger Løvenskiold (1732–1808). Faren døde tidlig, og moren fikk plassert to av sine døtre hos slektninger på Løvenholm gods på Sjælland. Her sørget Magdalene Charlotte Hedevig Løvenskiold (født Numsen; 1731–1796) for at barna fikk enn bred og praktisk utdannelse, samt adgang til hennes store bibliotek.