Barnevakten ble etablert som en selvstendig organisasjonen i 2000 i kjølvannet av aksjonen mot Xena og innføringen av vannskilleloven. Initiativet til etableringen kom fra organisasjonen Tro og Medier i. I perioden 2000–2010 utviklet Barnevakten seg til å bli en tydelig samfunnsaktør i debatten om medietilbudet til barn og unge i Norge, og ble ofte intervjuet i riks- og regionpresse. Barnevakten var med i Trygg Bruk-nettverket i Norge fram til nettverket ble nedlagt 2021. Trygg Bruk-nettverket var et nettverk av offentlige og ideelle aktører som jobbet for at barn skal være trygge på nettet. Trygg Bruk-nettverket ble ledet av Medietilsynet. Fra 2022 ble Barnevakten deltager i arbeidet med å utvikle en nasjonal strategi for trygg digital oppvekst, som er ledet av regjeringen.