Admiral Nagumo var i en vanskelig situasjon. Kontreadmiral Tamon Yamaguchi som ledet 2. hangarskipsdivisjon («Hiryū» og «Sōryū») anbefalte at Nagumo angrep med de styrkene han hadde, 16 Aichi D3A1 stupbombere på «Sōryū» og 18 på «Hiryū», og halvparten av jagerflyene som ble brukt som luftpatrulje. Admiral Nagumos mulighet for å angripe de amerikanske skipene ble nå begrenset av den umiddelbart forestående landingen av hans luftstyrke mot Midway. Styrken som var på vei tilbake måtte lande raskt, ellers måtte flyene nødlande på havet. På grunn av konstant aktivitet på flydekket grunnet flypatruljer hadde de japanske hangarskipene ikke hatt mulighet for å få reserveflyene opp på flydekket så de kunne være klar for å ta av.