Overgangen fra 2D-grafikk til 3D-grafikk tegnet på statiske bakgrunner, ble fulgt av et fokus på en mer realistisk presentasjon, som utfordret utviklingsgruppen. Ifølge Kitase, lagde han og spillprodusent Hironobu Sakaguchi en regel for gruppen som sa at hvis spilleren legger merke til innlastingstiden, har de feilet. Dette førte til at det ble lagt til flere animasjoner som blir aktivert mens spillet laster data. Mens den ekstra lagringsplassen ga dem mulighet til å lage over 40 minutter med film, måtte de passe på at kvaliteten på spillgrafikken ikke krasjet for mye med den høyere kvaliteten på grafikken i filmene. Kitase har beskrevet jobben med å lage områdene i spillet så detaljert som mulig en skremmende stor oppgave. Blant vanskelighetene de møtte på var den potensielle umuligheten å tegne 3D-baserte modeller basert på Yoshitaka Amanos tegninger. Han jobbet som figurdesigner på tidligere spill i serien. Siden hans stil ble sett på som for utsøkt til å passe inn i spillets grafikk, ble det bestemt at Tetsuya Nomura skulle ta over som designer. Amano hjalp dog til med utformingen av verdenskartet. Nomura hadde tidligere jobbet som monsterdesinger på , og hans stil er mer lik manga, noe som ble sett på som enklere å overføre til 3D-grafikk. Et annet problem de møtte på var en for kort utviklingsperiode. Komponist Nobuo Uematsu skrev i heftet inkludert med spillets lydspor at alle -spillene har en ting felles: Ingen av dem er komplette. Til tross for at utgivelsesdatoen ble utsatt fra desember 1996 til januar 1997, måtte flere ting forandres før den nordamerikanske og europeiske utgivelsen. Denne versjonen ble senere samme år utgitt også i Japan med tittelen .