Havnens store vendepunkt kom midt i 1960-årene med ny teknologi. Siden Antwerpen havn var utilgjengelig for de store skipene, falt valget på Zeebrugge. Det første tankskipet la til kai i 1968 og i 1971 startet internasjonale containerskip å bruke Zeebrugge havn. Som følge av dette begynte en stor utvidelse av havnen mellom 1972 og 1985 med en ny ytre port og en indre port. Havnen ble offisielt nyåpnet i 1985 av kong Baudouin. Etter dette har kapasiteten til havnen økt jevnlig og trafikken tilsvarende. Fra 1985 til 2009 skjedde det en tredobling av trafikken i havna.