I 2006 søkte laget om å starte i Formel 1, men ble nektet oppstart av FIA på grunn av manglende innbetaling av 48 millioner dollar i startavgifter. Etter å ha sendt enda en søknad om å få delta i 2006 sesongen, fikk Super Aguri F1 den 26. januar 2006 endelig tillatelse til å kjøre 2006 sesongen. Super Aguri F1 brukte den sesongen motorer fra Honda, dekk fra Bridgestone og et chassis som tidligere sjef i Minardi, Paul Stoddart, hadde kjøpt fra det tidligere Arrows-laget.