Den mest bruke metoden i dag er . I korte trekk går denne metoden ut på å identifisere trekk som kan klassifiseres som å være i en original («primitiv») tilstand eller en utviklet («avansert») tilstand. Store mengder slike data, ofte hundrevis av anatomiske trekk, blir så matet inn i et dataprogram, som beregner det mest sannsynlige stamtreet basert på disse dataene. Et slikt stamtre er derfor ikke nødvendigvis korrekt, men det statistisk mest sannsynlige. Den kladistiske metoden kan brukes på alle typer data som endrer seg forholdsvis sakte i evolusjonens løp, for eksempel anatomi eller rekkefølgen av gener på et kromosom.