Den 31. august 2004 skrev Rooney under for Manchester United og forlot Everton for 25,6 millioner britiske pund. I sin første kamp for Manchester United scoret Rooney tre ganger i Mesterligamøtet med tyrkiske Fenerbahçe SK på Old Trafford. Det er bare Rooney og Charlie Sagar som har scoret hat-trick i sin debutkamp for Manchester United. 29. juni 2007 ble det kjent at Rooney fikk draktnummer 10 i Manchester United fra og med 2007/08-sesongen. Rooney fikk tildelt nummeret av den legendariske United-angriperen Denis Law.