I 49 e.Kr. besøkte de kristne misjonærene Paulus fra Tarsus og Silas, som var på sin andre misjonsreise, byen. De var kommet til Filippi fra provinsen Asia (dagens Vest-Tyrkia) for å evangelisere Makedonia. Det nytestamentlige skriftet Apostlenes gjerninger beretter om hendelsen (Apg. 16, 11-40), og forteller at Paulus og følge ankom Neapolis (dagens Kavala) og dro opp til Filippi. Skriftet omtaler Filippi som en «romersk koloni og en viktig by i provinsen Makedonia», og det er ikke tilfeldig at Paulus valgte stedet som første sted på sin ferd gjennom provinsen. Han ble blant annet fengslet i byen og forlot byen etter fengslingen. Han besøkte byen igjen i 55 e.Kr (Apg. 20,1), og muligens en gang til (Apg. 20,3f). Paulus har også skrevet et eget brev til menigheten, brevet til Filipperne, hvor det er tydelig at Paulus har stor omtanke for byen og menigheten.