Fylket ble grunnlagt i 1780 som et av de tre første av land fra det opprinnelige Kentucky County i Virginia (de to andre var Fayette og Jefferson). Fylket har fått sitt navn etter Benjamin Lincoln som var general under den amerikanske uavhengighetskrigen. En vanlig misforståelse er at det er oppkalt etter USAs 16. president, Abraham Lincoln, men fylket fikk sitt navn 17 år før han ble født.