Det midtre tempelet ble bygget (eller muligens ombygd) i den sene Tarxien-fasen, 3150-2500 f.Kr. Den sentral hoveddøren er formet ved at et hull ble hog ut av en stor kalkstein som var satt opp stående, en type konstruksjon kjent fra andre megalittiske døråpninger på Malta. Det synes som om dette tempelet hadde opprinnelig et hvelvet tak, men kun fundamentet av taket står igjen på toppen av veggene.