I løpet av den store kampen i sumpene ble Church såret mens han hadde en ledende rolle i kampen hvor rundt regnet 300 narragansettindianere ble drept. Krigen ble raskt avsluttet etter et angrep fra Churchs hær den 12. august 1676 da en av Church indianske allierte, kalt for John Alderman, drepte indianerhøvdingen Metacomet (også kjent som «kong Philip»). Ved undersøkelsen av Metacomets lik skal Church ha sagt, «en sørgelig, stor, naken, skittent villdyr». Metacomets lik ble deretter slaktet på det vis som var standard for den engelske straffen for forræderi ved å utføre hengning, trekking og kvartering.