Bornholms Værns arkiver ble destruert etter nedleggelsen, hvorved viktig informasjon om Danmarks rolle under den kalde krigen gikk tapt. Ordren kom fra den statlige institusjonen Statens Arkiver uten nærmere begrunnelse; muligvis skyldtes det Bornholms posisjon under den kalde krigen. Det ble gjort uoffisiell innsats for å bevare deler av arkivet. I hvilket omfang dette lyktes er ukjent.