Endringene i faunaen ble enda mer dramatisk. Megafauna, arter som er betydelig større enn mennesker, forsvant, og mange av de mindre artene forsvant også. Rundt 60 forskjellige planteetere ble utdødd, inkludert diprotodon-familien (svært store planteetende pattedyr som lignet flodhester), flere store fugler som ikke var flygedyktige, kjøttetende kenguruer, en fem meter lang øgle og en skilpadde på størrelse med en liten bil. Den direkte årsaken til masseutryddelsen er usikker. Det kan ha vært ild, jakt, klimaendringer eller en kombinasjon av disse, men de fleste er av den oppfatning at menneskelig inngripen av en eller annen form økte risikoen for utryddelse. Den en gang populære forklaringen om klimaendring foretrekkes ikke lenger. Uten de store planteeterne til å holde vegetasjon på bakken i skogene nede og rask gjødsling av jorda med avføringen deres, bygget ilden seg raskere opp slik at brannene ble raskere og varmere, noe som ytterligere endret landskapet.