Øya har to landsbyer ved navn Panagia og Messaria. Panagia er hovedlandsbyen. I Messaria bor det bare rundt 20 mennesker, og er således en liten landsby. Skhinousa har to havner, Mersini (hovedhavnen) og Tholari. Øya har mange strender, hvorav de største er Psili Amos, Tsigouri og Livadi.