Ucayali ble først kalt , deretter , , , , og . Peru har gjennom tidene utstyrt mange ekspedisjoner for å utforske elva. En av dem (i 1867) hevdet å ha vært kun 380 km fra Lima, og den lille damperen «Napo» kjempet seg 124 km gjennom de sterke strømmene fra Ucayalis samløp med sideelva Pachitea til samløpet mellom Tambo og Urubamba. «Napo» lyktes deretter i å seile 56 km oppover tilløpselva Urubamba, til et punkt 320 km nord for Cuzco.