Et forsøk på å afrikanisere administrasjonen og sikkerhetsstyrkene så raskt som mulig var også et utslag av Tombalbayes ønske om personlig makt. Afrikaniseringen var ikke så populær blant Tsjads bønder og gjetere, til tross for deres dype misbilligelse av det gamle franske kolonistyre. En nedgang i kvaliteten på regjeringsapparatets ytelser og kompetanse føltes umiddelbart, delvis på grunn av vanlige vanskeligheter ved en overgang, men også fordi mange av de nyansatte og forfremmede tsjaderne var mindre erfarne og mindre tilstrekkelig utdannet enn sine franske kolleger. Tombalbaye bidro til misnøyen i 1964 ved å innføre en tilleggsskatt under eufemismen «nasjonalt lån». I tillegg til dette ble det hevdet at noen embetsmenn tvang folket på landsbygden til å betale tre ganger den offisielle skattesatsen. Korrupsjon og andre maktmisbruk ble i økende grad rapportert, mens Tsjads nye tjenestemenn ble klar over både det økende presset og de reduserte restriksjonene for embetsmenn.