Helium-Neon lasere sender ut monokromatisk rødt lys og brukes som intern standard i FTIR instrumenter. Den ene frekvensen dette gir brukes for å sikre at hvert sveip med det bevegelige speilet starter til rett tid hver gang, slik at flere målesveip kan legges sammen før svært gode gjennomsnittsspektra beregnes.