Han var gift to ganger. Først med kusinen sin, Petronelle Lemmich, fra juni 1759 til hennes død i september 1798. De fikk sønnen Frederik Schmidt, en av medlemmene i riksforsamlingen på Eidsvoll. Hans andre ekteskap var med kjøpmannsdatteren Ingeborg Catharina Birkenbusch (1778–1856), fra november 1803 til han døde.