Olimar må få tak i alle 30 romskipsdeler som falt av romskipet når det krasjet, slik at han kan gjenoppbygge romskipet sitt og returnere til hjem-planeten sin. Olimar oppgir innledningsvis i journal-oppføringene sine at han trenger alle de tretti delene. Men ettersom spillet skrider frem antydes det at enkelte deler kanskje ikke er nødvendige, for å faktisk få romskipet til å løfte seg. Han må bruke ferdighetene til sine allierte Pikmin for å samle inn tapte deler til romskipet sitt og få det reparert innen 30 dager.