Den 5. januar 1929 giftet han seg med Aurelia Tizón, men hun døde av kreft i 1938. Fra 1945 til 1952 var han gift med Eva Perón, bedre kjent som Evita. Hun døde også av kreft. I 1961, mens han stod uten makt, ble han gift med Maria Estela «Isabelita» Martinez. Ekteskapet holdt til Peróns død i 1974.