Den 1. mars 1932 ble hans første sønn, Charles Augustus, som var bare 20 måneder gammel, bortført. Sønnen var oppkalt etter farfaren, kongressmann Charles August Lindbergh. Moren Ann Marrow hadde lagt sønnen i sengen ca. klokken 20, men da hun senere skulle se til ham ca. klokken 22 var barnesengen tom. På utsiden av huset stod det en stige som var reist opp mot vinduet til barnerommet. Det ble funnet et dårlig skrevet brev som framsatte et krav om 50 000 dollar i løsepenger. Mot sin vilje ble Charles tvunget til å be gangstere, blant annet Al Capone, om hjelp. Til slutt betalte de løsepengene, men det førte ikke til noen oppklaring og søket ble trappet opp. Sønnen ble funnet død 12. mai samme år, bare noen kilometer fra hjemmet, etter et ti uker langt landsomfattende søk. Obduksjonsrapporten viste at sønnen døde av fallskader og at kidnapperen sannsynligvis hadde mistet ham fra toppen av stigen som ble brukt til bortføringen. Bruno Hauptmann ble dømt for bortføringen og henrettet 3. april 1936 etter en rettssak som varte i over ett år. Det var stor tvil om skyldspørsmålet, men juryen fant ham skyldig. Det er den dag i dag stor tvil i hans skyld. Ett av de avgjørende bevisene var at de fant løsepengene i boligen hans dårlig gjemt i noen tomme oljekanner.