Etter hennes flukt til England forventet Maria Stuart at Elisabeth I ville hjelpe henne å gjenvinne tronen. Elisabeth var forsiktig og beordret en undersøkelse i spørsmålet om Maria først burde bli tiltalt for mordet på Darnley. En konferanse ble holdt i York og senere i Westminster mellom oktober 1568 og januar 1569. Anklagerne var de skotske lordene som hadde avsatt henne. Av politiske grunner ønsket Elisabeth hverken å dømme Maria for mord, eller frikjenne henne for det samme. Konferansen ble således en politisk øvelse.