I forlengelse av fjordene finnes ofte fjordsjøer, innsjøer adskilt fra fjorden av bergterskler, isfrontdelta og morener i kombinasjon. Innerst i Nordland og på Vestlandet er fjordsjøer vanlig, blant annet i Nordfjord der det er fem fjordsjøer - en i hver forgrening av hovedfjorden. På østsiden av de skandinaviske fjellene ligger en en rekke fjordsjøer, blant annet Torneträsk, Mjøsa og Tinnsjøen. Noen steder ligger fjordsjøene etter hverandre på ulike nivåer i samme dalføre feks Tunhovdfjorden og Norefjorden i Numedal. Mofjorden var tidligere innsjøen Movatnet som var forbundet med Romarheimsfjorden av en kort elv gjennom et eid av sand og grus. Etter en flom i november 1743 grov elven seg ned slik at sjøvannet trengte inn i Movatnet ved høyvann og innsjøen ble omdannet til en fjordarm adskilt fra hovedfjorden av en grunn terskel.