Jacob Zuma er polygamist, noe som er tillatt blant medlemmer av zulustammen. Han har giftet seg fem ganger, hans andre ekteskap med nåværende innenriksminister Nkosazana Dlamini-Zuma endte med skilsmisse i 1998; hans tredje kone, Kate Mantsho, begikk selvmord i 2000, slik at han for tiden har tre koner. Han har i alt tolv barn fra sine ekteskap. Dessuten har han åtte barn utenfor ekteskap. Det siste av disse ble født i oktober 2009; dette ble kjent i februar 2010, en måned etter at han hadde giftet seg med sin femte kone Thobeka Stacey Madiba. Saken førte til en nasjonal skandale, og har vært en belastning for hans omdømme.