Den 30. januar 2012 sluttet Juan Jesus seg til Serie A-klubben . Inter opplyste at overgangssummen var €4 millioner, men det ble også rapportert om en ekstra bonusklausul. Den 12. juli 2013 tok Juan Jesus draktnummer 5 etter at veteranen Dejan Stanković forlot klubben. I august 2013 var han kaptein for Inter for første gang i en vennskapskamp mot Real Madrid i USA.