Stefanidi er datter av to friidrettsutøvere; Georgios Stefanidis og Zoi Vareli, som konkurrerte i hhv. tresteg og sprintløp. Hun viste tidlig til gode resultater i stavsprang, og satte verdensbestenotering («verdensrekord») i 12-årsklassen med 3,55 meter, og greide også dette i 13-, 14- og 15-årsklassen. Hennes yngre søster, Georgia Stefanidi, driver også med stavsprang. Ekaterini giftet seg med Mitchell Krier i 2015, han ble også senere hennes trener. Hun bor i dag i USA.