Wagner irriterte Hitler i 1941 da han insisterte på å fjerne kors fra skolene i Bayern. Denne avgjørelsen provoserte katolikker ikke bare i Bayern, men i hele Tyskland. Dette ble, sammen med den katolske motstand mot eutanasiprogrammet, sentralt ansett som alvorlig, idet landet var i krig og man ved tiltakene risikerte å svekke lojaliteten til regimet fra en stor nasjonal minoritet. Motstanden mot denne ordren var så stor at Wagner måtte trekke den tilbake. Dette var en sjelden og vellykket folkelig motstand mot beslutninger under det tredje riket.