Puustinen startet sin karriere i FC Espoo, men skrev under en proffkontrakt med Manchester United i 2003. Han fikk problemer med å etablere seg på førstelaget og fikk ikke en eneste seniorkamp med det engelske laget. Som følge av dette ble han frigitt i januar 2006, hvorpå han vendte tilbake til Finland hvor han skrev under for det nyopprykkede laget FC Honka.