Manuel I var andre sønn av Alexios I Megas Komnenos, Trapezunt-rikets første keiser. Hans eldre bror Johannes var hans forgjenger som keiser. Under seldsjukkenes beleiring av Sinope i 1214 ble det referert i en kilde at Alexios hadde «voksne sønner i Trapezunt som var i stand til å overta styret», så det er sannsynlig at Manuel ble født før 1214.