MJK har videre deltatt i Afghanistan fra 2012. Sammen med CRU har de aksjonert ved flere gisselsituasjoner. Fra 2015 ble oppdraget gitt ved NATO Resolute Support (RS), og ikke ISAF. Marinejegeren Ken Andersen mottok Krigskorset med sverd basert på sin innsats ved et terroranslag i Kabul den 5. oktober 2015. Soldater fra Marinejegerkommandoen hentet ut den norske forskeren Arne Strand etter et terrorangrep mot Intercontinental Hotel i Kabul i Afghanistan i januar 2018.