De kommer endelig frem til området der apeepidemien herjer. Han vaksinerer apene, og pleier de syke slik at de blir friske igjen. Noen av doktorens dyr, som opprinnelig kom fra Afrika, bestemmer seg for å bli igjen når doktoren legger ut på hjemtur. På veien hjem blir doktoren og hans følge igjen tatt til fange i Joliginki. Denne gangen flykter de ved hjelp av prins Bumpo, som gir dem et skip. Det viser seg at skipet er synkeferdig; skipsrottene advarer doktoren om dette før de selv går fra borde, og doktoren evakuerer straks skipet. Deretter oppdager pirater det forlatte skipet, og border det i håp om å finne noe de kan røve. Dermed kan Dolittle og hans mannskap se sitt snitt til å ta kontroll over sjørøvernes folketomme sjørøverskute, som viser seg å være lastet med skatter. De oppdager også at det sitter en gutt innelåst i sjørøverskutas dyp. Gutten forteller at sjørøverne tok ham og onkelen hans til fange to dager tidligere, og nå er han redd for at de kastet onkelen på sjøen. Ved hjelp av fisker, dyr og fugler i området klarer doktoren og dyrene å finne onkelen på en øde øy. I landsbyen som gutten og onkelen hører hjemme i, blir doktoren og hunden Jip utropt til helter. Så drar doktoren og dyrene hans hjem.