Men ikke alle jesuitter var enige med Ricci. Pater Riccis etterfølger som misjonssuperior, pater Niccolò Longobardo, anså imidlertid de så langt tolererte ritene for uforenlige med kristen sed og tro. Han mente at tankegodset fra Zhu Xi og hans kommentarer til de konfucianske klassiske tekster fra Song-dynastiets tid hadde større faktisk gjennomslagskraft enn Ricci hadde forestilt seg. Disse kommentarene trakk ifølge Longobardo forestillingsverdenen alt for meget i buddhistisk retning (buddhismen er metafysisk på en måte som klassisk konfucianisme ikke var, men opererte samtidig ikke med noe egentlig gudsbegrep, verken personlig eller upersonlig).