Hovedkontoret for Den indre sjømannsmisjon har alltid ligget i Bergen. I lang tid hadde organisasjonen sine kontorer i Domkirkegaten 4 midt i sentrum, i Fiskarheimen, hvor de også hadde møtelokaler og velferdslokaler for fiskere og sjøfolk. Siden flyttet de til Strandgaten og var der i noen år. Deretter var hovedkontoret en periode på Bildøy på Sotra, før de i 2006 etablerte seg på Laksevåg.