Deretter virket han som nuntius til Portugal fra 28. januar 1754 til 22. oktober 1760. I Lisboa var han vitne til det alvorlige jordskjelvet den 1. november 1755, som ødela nesten hele byen. Filippo Acciaiuoli var i sitt hjem i Lisboa da rystelsene slo til. Erkebiskopen var knestående og forberedte seg på å holde messe. Da han gjennom vinduet så hagemurene falle, løp han i blinde (på grunn av det tunge støvet og kalkbitene som falt); etter å ha kommet ut i tide fikk hB å se en del av huset kollapse, inkludert trappene han hadde kommet ned ved. Erkebiskopen dro «i tøfler og soveromskapper» til klosteret i São Bento, hvor han reiste et telt i feltet bak klosteret, hvor han fikk selskap av «et utallig antall mennesker av alle forhold».