Det finnes ingen aksepterte forklaringsmekanismer i naturvitenskapen på at høyere fortynning, det vil si lavere konsentrasjon av stoffet innebærer større farmakologisk virkning, eller at «fortynnelsesprosessen» oppnår en «potensering» av preparatet. Etter hvert som naturvitenskapen har gitt kunnskap om molekylærbiologi har man kunnet slå fast at de fleste homøopatiske fortynninger ikke inneholder et eneste molekyl av det opprinnelige stoffet. Denne oppdagelsen har frembrakt nye hypoteser om virkningsmekanisme. Blant disse er hypotesen om at vannet har egenskaper som gjør at det «husker» å ha vært i kontakt med det uttynnede stoffet, mens andre går ut på at virkestoffet genererer et energifelt eller elektromagnetiske bølger. Det finnes heller ingen akseptert vitenskapelig forankring for noen av disse nyere hypotesene.