Pontus Wikner kom fra fattige kår i grensetraktene mellom Dalsland og Bohuslän. Han var begavet og lærte å lese da han var tre og et halvt år. Da han var syv kastet han seg over den bibelske historie på tysk. Og noen år senere satt han fordypet over engelsk og latinsk grammatikk – av egen interesse og stort sett på egen hånd. Wikner giftet seg sommeren 1871 med barndomsvenninnen Ida Weinberg (1837–1910). De fikk to sønner, Ernst og Hugo.