Man vet ikke sikkert når skolen flyttet fra det gamle Oslo til det nye Christiania. Det man imidlertid vet er at skolen fortsatte i Gamlebyen noen år etter at kong Christian IV bestemte at byen skulle gjenoppbygges vest for Bjørvika, etter den skjebnesvangre brannen i 1624. Man vet også at Katedralskolen i 1637 kjøpte nye lokaler ved Christiania torv – ved hovedstadens andre domkirke, , reist i perioden 1632–1639.