I 1673 var Fischer tilbake i hofforkesteret i Stuttgart, og et år senere ble han kirkemusiker i Augsburg, der han var ansatt fram til 1677. I denne tida skrev han 60 kirkemusikalske verk. I 1683 fikk han en post som fiolinist, lærer og komponist i hofforkesteret til markgreven av Ansbach. Grev Johann Friedrich var opptatt av fransk musikk, mens etterfølgeren, Georg Friedrich, foretrakk italiensk musikk og avskjediget Fischer i 1686.