Statsadvokaten i Hedmark og Oppland tok 29. mars 2012 ut tiltale mot Øygard for seksuelle overgrep mot barn under 14 og 16 år. 8. mai 2012 ble han av et enstemmig kommunestyre innvilget permisjon med full lønn inntil straffesaken var avklart. Hovedforhandlingen startet i oktober 2012 i Sør-Gudbrandsdal tingrett. Dommen falt 17. desember, der Rune Øygard ble funnet skyldig i seksuelle overgrep mot barn og dømt til fire års ubetinget fengsel. Øygard anket dommen på stedet. Samme dag uttalte hans advokat at han trakk seg fra vervet som ordfører. Vågå kommunestyre innvilget hans søknad om fritak fra vervet som ordfører 18. desember 2012.