Lindbergh ble rekruttert av , som motarbeidet en amerikansk innblanding i andre verdenskrig mot Tyskland. Han var av den oppfatning at Storbritannia og Frankrike ikke skulle gå til krig mot Tyskland, som han så som en viktig sivilisasjonens bastion mot sovjetkommunismen. Denne innstilling endret imidlertid Lindbergh etter Pearl Harbor. Han forsøkte å verve seg igjen (han hadde sagt seg opp fra det amerikanske flyvåpen to år tidligere), men på grunn av antijødiske uttalelser og sin kobling til Tyskland før krigen ble han imidlertid ansett som upålitelig av den amerikanske regjering. I stedet begynte han å arbeide med Henry Ford (som i 1920-årene stod fram som antisemitt etter å ha utgitt firebindsverket "The International Jew") med å produsere fly. Han ble sendt til Stillehavet og utførte omkring 50 flyoppdrag. Han skjøt ned minst et fly og lærte dessuten pilotene teknikker for å spare på brenselet. Til tross for sin innsats under krigen ble han fortsatt kritisert, ikke minst for at han hadde propagert for at USA skulle forbli uforberedt for krig.