Navnet Skøyen (Skøien) kommer fra gammelnorsk Skodvin. Endelsen vin betyr eng eller beitemark og viser at gården hører til de eldste i Aker, bebygd før vikingtiden. I middelalderen lå gården under Hovedøya kloster, inntil den ved reformasjonen ble lagt under Kronen og senere solgt.