I 2000 ble Siim Kallas tildelt Bundesverdienstkreuz, Forbundsrepublikken Tysklands fortjenstorden, i 2001 ble han utnevnt til storoffiser i den franske Æreslegionen og i 2003 ble han tildelt andre klasse av den estiske Riksvåpenets orden. Kallas er gjesteprofessor ved Universitetet i Tartu.