Pater Schalls var på den tiden helsemessig sterkt svekket. Han hadde lammelser og hadde vanskelig for å snakke. Hans astronomiske assistent, pater Ferdinand Verbiest, forsvarte ham for domstolen, men var hemmet av at han ennå ikke behersket kinesisk så godt. Det strakk ikke til. Her lå det sterke og målrettede intriger bak, som hadde brygget helt siden århundrets første tiår da de vestlige astronomer ved sine overlegne metoder uvegerlig hadde begynt å svekke de muslimske hoffastronomenes stilling. Den 15. april 1665 ble Schall og syv kinesiske astronomer dømt til døden av straffestyret – angivelig til døden ved levende oppstykking. Fem andre kinesere ble også dømt til døden, og andre som var «involvert», blant dem tre andre misjonærer som da var i Beijing, skulle piskes og forvises.