Under Talibans styre i Afghanistan mellom 1996 og 2001 holdt Baradar flere forskjellige stillinger. Han var antakeligvis Herats og Nimruz-provinsens guvernør, eller kommandanten for Talibans armékorps i det vestlige Afghanistan. Et uklassifisert dokument fra det amerikanske utenriksdepartementet beskriver han som den tidligere visestabssjef og kommandanten for det sentrale armékorpset i Kabul mens Interpol beskrev han som Talibans viseforsvarsminister.