Benedikt var sønn av en mann kalt Bonifatius, og ble kalt Bonosus av grekerne. På grunn av langobardenes herjinger var det vanskelig å kommunisere med den bysantinske keiseren, som gjorde krav på retten til å bekrefte pavevalgene. Fra forgjengerens død til den østromerske keiseren bekreftet pavevalget gikk det derfor nesten 11 måneder. Benedikt regjerte i fire år, en måned og 28 dager.