FBIs nedtegnelser viser at 85 prosent av COINTELPROs ressurser ble benyttet til å angrip grupper og enkeltpersoner som FBI bedømte som «nedbrytende», inkludert sosialistiske og kommunistiske organisasjoner; organisasjoner og enkeltpersoner tilknyttet borgerrettsorganisasjoner, inkludert Nobelprisvinneren Martin Luther King jr.. og andre som var tilknyttet foreningene Southern Christian Leadership Conference, National Association for the Advancement of Colored People, og Congress of Racial Equality og andre borgerrettsorganisasjoner; svarte nasjonalistbevegelser, den amerikanske indianerbevegelsen; en rekke ulike organisasjoner som generelt ble karakterisert som «det nye venstre», blant annet Students for a Democratic Society og Weathermen; bortimot alle grupper som protesterte mot Vietnamkrigen, foruten også den enkelte studentdemonstrant som ikke var tilknyttet noen bestemt organisasjon eller politisk gruppe; organisasjoner og enkeltindivider assosiert med bevegelsen for kvinnefrigjøring; nasjonalistgrupper som de som søkte uavhengighet for Puerto Rico, Forent Irland, og kubanske eksilbevegelser, inkludert Orlando Boschs Cuban Power og den kubanske nasjonalistbevegelse; og i tillegg kjente amerikanere — selv Albert Einstein, som var medlem av flere borgerrettsgrupper, kom inn under FBIs overvåkingsprogram i løpet av årene før COINTELPRO offisielt ble opprettet. De gjenværende 15 prosent av COINTELPROs ressurser ble benyttet til å marginalisere og undertrykke «hvite hatgrupper», inkludert Ku Klux Klan og National States' Rights Party.