For å laste analyttene plasseres kapillæren først i hetteglasset. Deretter er det forskjellige måter for hydrodynamisk injeksjon: det kan påføres positivt trykk på innløpet, undertrykk til utløpet eller prøveinnløpet kan heves i forhold til kapillærutløpet. Denne teknikken er i stand til å gi robust og reproduserbar injisert prøvemengde i forhold til elektrokinetisk injeksjon og injeksjon RSD verdi er vanligvis under 2%. Injisert volum og reproduserbarhet av prøven avhenger vanligvis av injeksjonstid, fortrengning av prøvehøyde og trykket på prøven. For eksempel har det blitt funnet at bruk av høyere trykk og lavere injeksjonstid fører til reduksjon av RSD for toppområder og migrasjonstider. En av hovedfordelene med hydrodynamisk injeksjon er også at den er upartisk for molekyler med høy eller lav elektroforetisk mobilitet. For å øke gjennomstrømningen av CE-MS-analyse ble det laget hydrodynamisk multisegmentinjeksjonsteknikker. I dette tilfellet lastes flere prøver hydrodynamisk til separasjonskapillæren før analysen, og hvert prøvesegment plasseres mellom bakgrunnselektrolyttavstandsstykker.