I 1985 ble han DAAD-stipendiat ved universitetet i Budapest i Ungarn. Deretter tok han doktorgraden ved Freie Universität Berlin med avhandlingen . Han arbeidet så som studieleder for Evangelische Akademie Berlin, og som DAAD-lektor ved universitetet i Ljubljana i Slovenia. Mellom 1992 og 2000 arbeidet han i forskningsavdelingen til den føderale kommissæren for Stasi-arkivene (). Siden 2000 har han vært direktør for . lar SED-ofre og tidsvitner vise besøkende rundt i Stasis varetektsfengel. Knabes arbeid som historiker ble gjentatte ganger kritisert for utilstrekkelig kildekritikk. Han støtter seg på ensidige kilder og viser «misjonærisk iver».