I april 1454, etter John Kemps død, ble han utnevnt til erkebiskop av Canterbury. Han ble rikskansler i England i mars 1455. I dette embetet opplevde han starten på rosekrigene. I begynnelsen tok han ikke i nevneverdig grad side i krigen. Da Richard, hertugen av York, mistet sin makt i oktober 1456 ble Bourchier fjernet fra embetet som rikskansler.