De tre prestene ble stilt for retten og utsatt for en rekke fabrikkerte påstander og falske vitneutsagn, og deres egne forsvarsadvokater forrådte dem. Den 5. februar 1872 ble de henrettet ved garottering på Bagumbayan-feltet (nå Luneta Park) i Manila. Burgos, da 35 år, den yngste av de tre, var den siste som døde.