Etter Guptarikets nedgang, var keiser Harṣavardhana (606–547) av Kannauj den mest notable beskytter av det store klosteret (). Harsha var en konvertert buddhist og betraktet seg selv som en tjener av munkene i Nālandā. Han bygde et kloster av messing innenfor og skjenket klosteret inntektene fra 100 landsbyer. Han ga også ordre om at 200 husholdninger i disse landsbyene skulle forsyne institusjonens munker med de nødvendige mengder ris, smør og melk på en daglig basis. Omkring et tusen munker fra Nālandā var tilstede ved Harsha's kongelige forsamling i Kannauj.