Egenæs gikk på Oslo katedralskole og tok senere lærerutdanninga ved Oslo lærerhøgskole. Han jobbet noen år som vikarlærer før han arbeidet for Statens senter for barne- og ungdomspsykiatri. Han har arbeidet i Amnesty siden 1990, hvorav flere utenlandsoppdrag. Han var Amnestys informasjonssjef før han i april 2007 ble organisasjonens generalsekretær.