I 550 f.Kr. hadde persernes leder Kyros den store styrtet den siste kongen av Media, og en gang rundt 547 f.Kr. hadde han underlagt seg Lydia. I 539 f.Kr. invaderte perserne Babylonia. Et slag ble utkjempet ved Opis i juni måned, hvor babylonerne ble beseiret; og umiddelbart etter overga Sippar seg til perserne. Nabonidus flyktet til Babylon, hvor han ble forfulgt av hæren til den persiske hærføreren Gobryas, og etter sigende kun to dager etter erobringen av Sippar, «tok Kyros-soldatene inn i Babylon uten å slåss». Nabonidus ble dratt fram fra sitt gjemmested, hvor gudstjenestene fortsatte uten avbrudd. Kyros ankom ikke før 3. oktober, Gobryas hadde handlet for ham i hans fravær og ble nå gjort til guvernør for provinsen Babylon, og noen dager senere døde Nabonidus’ sønn Belsassar i kamp. En offentlig sorg fulgte, som varte i seks dager, og Kyros’ sønn Kambyses fulgte liket til graven.