Brahe tilbrakte store deler av ungdomstiden som hoffsdame ved Stockholms slott. Der innledet hun et forhold til den prins som i 1611 ble Gustav II Adolf. De ville gifte seg, men ekteskapet ble stoppet av enkedronningen da Ebba Brahe ikke var av kongelig slekt. I stedet giftet hun seg i 1618 med Jacob De la Gardie, og de fikk 14 barn sammen.