Erdoğans regjering har til tider hatt et anspent forhold til landets militære ledere, som har ment at den setter den nasjonale enheten på spill med en påstått islamistisk politikk. Erdoğan er også blitt utsatt for kritikk av den sekulære, intellektuelle eliten, fordi han ville at eksamenskarakterene til yrkesorienterte videregående skoler, deriblant de offentlige imam-skolene (Imam Hatip-skolene), skulle telle like mye som karakterene til allmenne-orienterte videregående skoler ved opptak til universiteter og høyskoler. Han fikk også mye kritikk fordi han ville tillate religiøse symboler på universitetene, deriblant bruken av hijab. Røykeforbudet som Erdoğan innførte etter Norge og Irland, fikk også kritikk fra den sekulære eliten.