De eldste bøndene som er nedtegnet bosatte seg i Beidha i tiden rundt 2010 f.Kr. Det var en før-keramisk kultur rett nord for Petra. Petra ble listet i redegjørelser om militære kampanjer i oldtidens Egypt og i Amarnabrevene som , eller . Selv om byen ble dannet relativt sent, har det eksistert en helligdom der siden oldtiden. Den jødiske historikeren Josefus på 100-tallet e.Kr. beskrev regionen som bosatt av et midjanittisk folk så tidlig som 1340 f.Kr. og at dette folket ble styrt av fem konger som han navnga som følgende: «Rekem; byen som bærer hans navn er rangert høyest i landet til araberne og til denne dag er den kalt av hele det arabiske folk, etter navnet på dens kongelige grunnlegger, Rekeme: kalt Petra av grekerne.» Den berømte arkitekturen i Petra, og på andre nabatiske steder, ble bygget tidlig i antikken, kanskje ved å involvere greske arkitekter eller inspirert av gresk arkitektur.