Ute av regjeringen stod Borten nå mye friere til å uttale seg om EF. Ett år før EF-avstemningen i 1972 sammenlignet han et EF-medlemskap med å «frasi seg råderetten i eget hus», og i innspurten ble Borten en viktig brikke i nei-sidens valgkamp. Han var fortsatt populær i mange lag i befolkningen og trakk mange folk til valgarrangementene til EF-motstanderne. Etter nei-seieren i folkeavstemningen ivret Borten for en ren Senterparti-regjering som skulle fremforhandle en alternativ handelsavtale med EF, men dette synet vant ikke frem, og Norge fikk heller en koalisjonsregjering under Kristelig Folkeparti-mannen Lars Korvalds ledelse.