I februar 1998 ble Harris rekruttert av San Franciscos statsadvokat Terence Hallinan (1936–2020) som assisterende statsadvokat. Der ble hun leder av Career Criminal Division, og ledet fem andre advokater, hvor hun var anklager i saker om drap, innbrudd, ran og seksuelle overgrep, spesielt tilbakefallsforbrytelser. I 2000 kom Harris i konflikt med Hallinans assistent, Darrell Salomon. Det dreide seg om å gi påtalemyndigheten muligheten til å overprøve dommer iver mindreårige lovbrytere i høyere rettsinstanser, i stedet for i domstoler for mindreårige. Harris kjempet mot tiltaket. Salomon nektet Harris å besvare spørsmål om dette i pressen, som innebar en faktisk degradering. Harris leverte en klage mot Salomon og sluttet.