Burckhardt var sønn av en protestantisk prest og han studerte selv teologi i Basel og i Neuchâtel inntil 1839 da han mistet troen og flyttet til Universitetet i Berlin for isteden å studere historie, spesielt kunsthistorie, den gang et nytt felt. I Berlin fulgte han forelesningene til Leopold von Ranke, grunnleggeren av historiefaget som en respektert akademisk disiplin basert på kilder og opptegnelser heller enn synsing og personlige meninger.