Siden 1992 eksisterer dermed to ulike ortodokse kirker i Moldova, den bessarabisk-(rumensk-)ortodokse og den moldovsk-(russisk-)ortodokse. Den bessarabisk-ortodokse kirke ble i begynnelsen avvist av den moldovske regjeringen. Først etter en dom i Den europeiske menneskerettsdomstolen i 2004 fikk den lov til å registrere seg som trossamfunn.