Det er usikkert hvilken ordre som satte i gang Einsatzgruppenes drapsvirksomhet på østfronten, og om ordren ble gitt, før eller etter invasjonen av Sovjetunionen. Det finnes ikke noen skriftlig dokumentasjon av beslutninger og ordrer som bakgrunn for denne første fasen av holocaust, og temaet ansvar for holocaust har i lang tid vært diskutert av historikere. Ohlendorf hevdet med styrke at Hitler før juni 1941 tok beslutningen om å utrydde jødene. Ifølge Ohlendorf formidlet Himmler ordren ved minst to anledninger: I mai 1941, to uker før Einsatzgruppene ble utplassert bak fronten, og i september 1941 da Himmler besøkte fronten. Fra Ohlendorfs perspektiv var det ikke tvil om hvem som dirigerte massedrapene: Einsatzgruppene ble styrt av Hitler, Himmler og Heydrich. Ohlendorf holdt fast ved denne fremstillingen gjennom hele prosessen. De andre tiltalte støttet Ohlendorfs påstand om at Einsatzgruppene, og lederne av disse, bare fulgt ordre ovenfra og ikke gjorde noe etter eget hode.