I 1656 hadde Portugal bestemt seg for å oppgi kravet om herredømme over Ndongo, og portugiserne og Njinga hadde underskrevet en fredsavtale. Njinga konverterte nok en gang til katolisismen, og håpet at kapusinerne kunne hjelpe henne til å bli godkjent av paven som en rettroende kristen hersker. Hun regnet med at hvis hun fikk støtte fra Vatikanet, kunne ikke portugiserne lenger utfordre hennes rett til tronen. For å bli et fullverdig medlem av den katolske kirken, måtte hun gi avkall på sine mange elskere, gifte seg med én mann i en katolsk seremoni og akseptere et monogamt ekteskap, som var det eneste akseptable for kirken. Dette ville, ifølge den katolske fader Gaeta, gjøre henne til et godt eksempel for sitt folk, som ville følge hennes eksempel – og det ville gi henne ære og heder i himmelen. Njinga innså at dette ville tjene hennes sak, og 17. februar 1657 giftet hun seg med Sebastião, en ung mann hun hadde valgt fra hoffet, etter å ha gitt avkall på sine mer enn 40 elskere og konkubiner. Sebastião var flere tiår yngre enn henne. Han var ikke av kongelig blod, men han var døpt til den katolske tro. Hun ga ham tittelen «Njingas ektemann» og 500 slaver, så han kunne leve som en adelsmann.