I januar 1997 forlot han São Paulo til fordel for italienske . Klubbens president Luciano Gaucci hadde ansatt Nevio Scala som trener og hentet Müller for å styrke angrepet. Til tross for at Müller trivdes i Perugia, valgte han å forlate klubben for å vende tilbake til hjemlandet allerede i mars, da tilbød en avtale som passet alle parter. Under det korte oppholdet hos Perugia spilte Müller seks seriekamper uten å score mål, hvorav han spilte én kamp fra start og resten som innbytter. Ved enden av sesongen rykket Perugia ned til Serie B.