Dyer startet karrieren sin i Ipswich Town, og spilte der fra 1996 til 1999, men da Ipswich ikke klarte å rykke opp til Premier League i 1999, ba han om en overgang for å fremme sin internasjonale karriere. Samme sommer ble han hentet til Newcastle United av den daværende sjefen Ruud Gullit for £6 millioner, og Dyer var den eneste engelske spilleren Gullit hentet til Newcastle.