Den 24. august 2009 signerte Rivers en 6-årig kontraktforlengelse til $92 millioner med Chargers, med omtrent $38 millioner garantert. Rivers ble valgt til sitt andre Pro Bowl 29. desember. Han avsluttet sesongen med en passer rating på 104,4, tredje høyest i ligaen, med 4 254 pasningsyards, 28 touchdowns og kun ni interceptions. Han ledet ligaen i yards per forsøk (8,8) og yards per forsøk justert (9,1) for andre år på rad. Chargers sikret andre seed i AFC med et sesongresultat på 13–3, delt andreplass samlet i ligaen. I divisjosnrunden fullførte Rivers 27 av 40 pasninger for 298 yards, en touchdown og en interception, og hadde også en touchdown på løp, da Chargers tapte 17–14 mot New York Jets.