I 1703 grunnla Mattheson og Georg Friedrich Händel et livslangt, om ikke uproblematisk vennskap. I 1703 reiste de sammen sammen til Lübeck for å undersøke mulighetene til å bli Dietrich Buxtehudes etterfølger i den prestisjefylte posten som organist i Marienkirche, men rygget tilbake for betingelsen om at etterfølgeren måtte gifte seg med Buxtehudes eldste datter.