Foran 2004 sesongen kom Aksel Bergo tilbake til klubben og Follo FK rykket opp til Adeccoligaen. Der overlevde de debutsesongen med klar margin, men rykket i 2006 ned til 2. divisjon igjen. 2009 sesongen ble klubbens tredje på rad, på Norges tredje høyeste nivå. Stallen var yngre enn noen gang, og det endte med et noe overraskende, men fortjent opprykk til Adeccoligaen med hele 14 poeng foran Hødd, Kristiansund og 2. laget til Rosenborg. 2010 sesongen var en underlig sesong for Follo. Laget spilte seg fram til cupfinalen, der de tapte 0-2 mot Strømsgodset, og kom på 12.-plass i 1. divisjon. På tross av at de rent sportslig klarte å unngå å rykke ned, ble laget allikevel tvangsnedflyttet da man ikke hadde søkt om lisens for videre spill i 1. divisjon.