Den politiske forverringen hadde derimot liten innflytelse på Marie-Thérèse. Langt mer alvorlig var den tragedie som da hennes yngste søster Sophie døde i 1787. Dette dødsfallet ble fulgt to år senere av , Ludvig-Karl, som døde av lungetuberkulose på høyden av den politiske krisen i juni 1789.