Fra 1984 til 1989 var Oreja generalsekretær i Europarådet. Etter at han gikk av som generalsekretær, ble han innvalgt som medlem av Europaparlamentet for Partido Popular. Han ble i 1994 utnevnt til europakommissær for transport og energi og ble senere kommisjonær for institusjonelle saker. Oreja var europakommissær til 1999.