Sutomo ble født i Kampung Blauran i sentrum av Surabaya. Faren Kartawan Tjiptowidjojo var en kontorarbeider mens mora var av blandet javanesisk, sundanesisk og maduresisk avstamming. Da han var tolv ble han nødt til å gi opp utdannelsen på grunn av familiens økonomiske vansker under den store depresjonen på 1930-tallet. Ved siden av å jobbe som tjener ble han medlem av den indonesiske speiderbevegelsen Gerakan Pramuka med den høyeste graden (), som bare hadde blitt holdt av tre andre indonesiere før den japanske okkupasjonen 1942-5 under stillehavskrigen.