Den 24. juli 1996 ble Allué utnevnt til hjelpebiskop i erkebispedømmet Boston og titulærbiskop av av pave Johannes Paul II. Han ble ordinert til biskop av erkebiskopen av Boston, kardinal Bernard Francis Law, den 17. september samme år. Medkonsekratorer var erkebiskopen av Newark, Theodore Edgar McCarrick, og biskopen av Green Bay, Robert Joseph Banks. Allué var ansvarlig for pastoralregionen Merrimack og det latinamerikanske apostolatet i erkebispedømmet.