I 1393 oppsto det tvist mellom kong Wenzel og erkebiskopen av Praha. I strid med kongens vilje organiserte erkebiskopen og Jan på vegne av ham, valget av den nye abbeden for klosteret i Kladrub, etter at den gamle var død. Kongen som hadde andre planer for organiseringen av klostrene i området, innkalte Jan og flere andre prester til Praha. Jan og noen andre ble arrestert og torturert, mens erkebiskopen unnslapp. De arresterte fikk ordre om å oppgi sin troskap til biskopen, og noen fulgte ordren fra kongen. Jan nektet imidlertid og han ble deretter brakt til Karlsbroen i Praha og kastet i Vltava.