Før 2009/10-sesongen ble det utskiftninger i administrasjonen. Carl Oscar Bøe Andersen, også kjent som COBA i hockeykretser, ble ansatt som daglig leder, mens trener Alexander Smirnov og manager Torbjørn Orskaug forsvant ut av trenerteamet. Rune Gulliksen tok over som hovedtrener sommeren 2009, men sa opp stillingen ved sesongslutt. Storhamar ble fratatt fem poeng for å ha benyttet en ikke-berettiget spiller (Andreas Gröndahl). Uten dette poengtrekket ville laget ha endt på en sjetteplass, men endte på en åttendeplass i serien og siste sluttspillplass. Storhamar slo Lørenskog 4–1 i kamper og kom til semifinalen der ble det stopp mot Vålerenga, som gikk til finale med 4–1 i kamper der de tapte for Stavanger Oilers som tok sin første NM-tittel.