Den tredje sesongen begynner med at Andew mottar et brev fra Madison, som forteller ham at hun har flyttet til Denver. Ephram kommer tilbake fra Juilliard med den skuffende nyheten om at han ikke fikk særlig gode karakterer. Han begynner derfor å intensivere piano-studiene, noe som legger en belastning på forholdet hans til Amy. Det siste året på videregående, blir han venn med en ekstremt sjenert jente, ved navn Hannah (spilt av Sarah Drew) som bor hos Nina. Hannah påstår først at foreldrene hennes er på reise i Hong Kong, men avslører senere at faren hennes lider av Huntingtons sykdom. Hun ble faktisk sendt til Everwood, slik at hun skulle slippe å se på lidelsen hans. Med støtte fra Amy, Ephram, Harold og Bright, bestemmer Hannah seg for å bli testet, og oppdager at hun ikke har arvet Huntington-genet fra faren.