Den ungarske hærens katastrofale nederlag mot osmanerne i slaget ved Mohács i 1526 og erobringen av hovedstaden Buda i 1541 av osmanerne førte til at det meste av Ungarn ble besatt og undertrykt. Det som var igjen av kongedømmet Ungarn var hovedsakelig det området som i dag utgjør Slovakia, den gang kalt for «Øvre Ungarn», eller «Kongelige Ungarn». Det osmanske riket okkuperte den sentrale delen av Ungarn, et område som tilsvarte omtrentlig til dagens Ungarn, og satte opp tyrkiske provinser her. Transilvania ble en tyrkisk protektorat og vasall, og ble siden en kjerneområde for de fleste anti-habsburgske opprør av den ungarske adelen i tiden 1604–1711. Slovakia motsatte seg osmanernes angrep og ble siden en del av det habsburgske monarki. Ferdinand I av Østerrike ble valgt til konge av Kongelige Ungarn, og etter at Buda var blitt erobret av tyrkerne ble Bratislava, dagens hovedstad i Slovakia, gjort til hovedstad og ble det fra 1536 til 1848. Fra 1526 til 1830 ble 19 habsburgske overhoder kronet som konger og dronninger av Ungarn i St. Martins katedral i Bratislava.