Et alvorlig problem med CCS er om lekkasje av lagret CO utelukker CCS som en løsning for å motvirke klimaendringer. For velegnede lagringssteder estimerer IPCC at CO kan fanges i millioner av år, og det kan sannsynligvis beholde over 99 prosent av den injiserte CO-en over 1000 år. For lagring i havet vil lagringsevnen av CO avhenge av dybden. IPCC estimerer 30–85 prosent vil være igjen etter 500 år for dybder på 1000–3000 m. Minerallagring antas å ikke ha noen lekkasje.