Innerst i fjordene og rundt Svartisen møtes de fuktige, vestlige vindene og det mektige fjellpartiet. Her faller det mye nedbør i løpet av året. Sentralt i Svartisen kan årsnedbøret være på 4000 milimeter. Stor variasjon i landformene fører til at klimaet varierer sterkt over korte avstander. Øst for breen faller årsnedbøret 2000 milimeter og 1000 milimeter, og ved grensen til Sverige er det nede på 800 milimeter.