I 1997 ble Wilkins manager for Fulham FC, med tidligere landslagskollega Kevin Keegan i staben under ham. Laget nådde «Play-off» i 2. divisjon. Men etter å ha tapt de 3 siste kampene i ligaen, fikk han ikke lede laget i disse kvalifiseringskampene. Han fikk sparken av eieren Mohamed Al-Fayed. Keegan overtok, men heller ikke han klarte opprykk denne sesongen. Keegan og Wilkins har siden hatt et iskaldt forhold.