Etter stormingen og erobringen av Samos, reiste Lysandros tilbake til Sparta. Alkibiades, den tidligere militære lederen til Athen, dukket opp etter den spartanske seieren ved Aigospotamoi og søkte tilflukt i Frygia i nordvestlige Anatolia hos den persiske satrapen Farnabazos. Han søkte persisk støtte for Athen, men Sparta krevde at Alkibiades måtte bli fjernet. Lysandros fikk hjelp av Farnabazos til få Alkibiades myrdet.