Prendergast gikk av som høyesterettsjustitiarius den 25. mai 1899, etter at hans kone døde den 5. mars. Etter sin avgang ble han direktør for institusjoner som Bank of New Zealand, Wellington Trust, Loan and Investment Company Limited og Colonial Mutual Life Assurance Society Limited. Prendergast døde i Wellington, på Nordøya, den 27. februar 1921, i en alder av 95 år.