Klubben ble grunnlagt som EVV Eindhoven, og hadde sin storhetsperiode fra 1930 til 1955, hvor den også var større enn rivalen PSV. Klubben vant i denne perioden KNVB-cupen i 1937 og Eredivisie i 1954. FC Eindhoven spilte siste gang i Eredivisie i 1977, og har siden oppholdt seg i landets nest øverste divisjon. I 2002 skiftet klubben navn fra EVV Eindhoven til sitt nåværende navn.