Personer med erfaring fra deportasjoner ble sendt inn sammen med enheter av gendarmer/politimenn for å internere jødene i oppsamlingsleirer. I det nordøstlige området hadde jødene blitt tvunget inn i gettoer i en tidligere fase. Som oppsamlingsleirer ble industrianlegg (som teglsteinsfabrikker), lagerbygg og låver brukt, fortrinnsvis nær et sidespor på jernbanenettet. Oppsamlingsleirene var oftest uten vann og sanitær, og mange var uten tak. Etter noen dager var forholdene uholdbare med sykdomsutbrudd og et stort antall selvmord. Politimenn og gendarmer sto for vaktholdet. Alle var omfattet av deportasjonen, inkludert gamle, barn, innsatte i fengsler, innlagte på sykehus og pasienter i psykiatriske institusjoner. Personer med kristelig ektefelle («ariske ektepar») ble i noen tilfeller unntatt fra deportasjon. Unntaksreglene var relativt uklare og ble tolket så strengt som mulig slik at flest mulig kunne deporteres.