Clavería organiserte i 1848 et angrep mot piratene på Samaløyene. Han ødela en rekke byer og befestninger på øya Balanguingui, mellom øyene Basilan og Jolo, og befridde 130 filippinske og nederlandske fanger (bortført fra Java). For dette vellykte roktet ble han gitt titlene conde (greve) av Manila og vizconde av Clavería, og mottok fra dronning Isabella II, foruten andre erkjentligheter og gaver.