Det har blitt forsket en del på kaffe og helse, siden dette er et felt man vet lite om, og som varierer mye fra person til person. Det man har funnet ut, er at kaffe kan ha både positive og negative effekter på helsen, men man vet lite om hvor mye det har å si eller om det gjelder for alle. Det er påvist at et jevnt kaffeinntak over en lengre periode motvirker diabetes 2, og i større grad hos menn enn hos kvinner. I 2003 påviste en dansk studie av 18 478 kvinner at et unormalt høyt inntak av kaffe under graviditet øker risiko for dødfødsel.