Det finnes to hovedtyper av cystoskopi - fleksibel og stiv - avhengig av fleksibiliteten til cystoskopet. Fleksibel cystoskopi utføres med lokalbedøvelse på begge kjønn. Som oftest er lokalbedøvelsen xylocain-gel brukt. Lokalbedøvelsen sprøytes inn i urinrøret gjennom åpningen fem til ti minutter før begynnelsen av prosedyren. Stiv cystoskopi kan utføres under de samme betingelser, men utføres vanligvis under generell anestesi, spesielt hos menn, på grunn av smerter forårsaket av sonden.