Lonergan trådte inn i jesuittordenen i 1922 og avla kandidateksamen i filosofi ved Heythrop College i London i 1929. Fire år etter, i 1933, ble han presteviet. Kort tid deretter reiste han til Roma for fordypningsstudier i Thomas av Aquinos filosofi og teologi. Lonergan disputerte i mai 1940 ved Gregoriana på en avhandling om nåden, .