I juli 2001 (på slutten av første sesong) finner Nate ut at han lider av AVM, en potensielt dødelig hjernesykdom som kan forårsake slag når som helst. Nate har en uttalt frykt for døden, noe som gjør at han til å begynne med skjuler oppdagelsen for alle rundt ham. Tidlig i sesongen besøker han Seattle og søker trøst hos Lisa Kimmel, hans elskerinne i perioden han bodde der. Han ender med å være utro med henne, noe som øker det underbevisste presset han lever under. Enda verre; han får sitt første slag mens han er hos henne. Flere måneder senere flytter Lisa til Los Angeles og forteller Nate at hun er gravid med hans barn. Etterhvert gjennom sesongen blir Nate sakte i stand til å se sin frykt i øynene og er endelig i stand til å fortelle sin familie om sykdommen sin og oppsøker en lege for å få en svært risikofylt operasjon for å bli frisk. Han er også i stand til å fortelle Brenda at han har gjort Lisa gravid, men når det viser seg at hun gjentatte ganger har vært utro går de fra hverandre. Sesongen ender svært spennende i det Nate skal opereres.