Sjøens utløp ligger i vestenden; her renner vannet gjennom Bustokkelva ut i Nord-Mesna, og derfra videre gjennom Mesna ut i Mjøsa ved Lillehammer. Både Sør-Mesna og Nord-Mesna er regulert mer enn den naturlige høydeforskjellen mellom vannene; Sør-Mesna er regulert 7,5 meter, Nord-Mesna 8,3 meter. Vannet blir derfor av og til pumpet opp til Nord-Mesna.