I mars 1922 deltok McKelvey på en IRA-konferanse i Dublin, som avviste traktaten. I april var han med i en gruppe på omkring 200 IRA-medlemmer, ledet av Rory O'Connor, som okkuperte rettsbygningen Four Courts i Dublin for å trosse Den irske fristaten. Denne handlingen satt i gang den irske borgerkrigen. I juni ble han en kort periode øverstkommanderende for IRA etter Liam Lynch.