Jordskjelvet gav teodicéproblemet («det ondes problem») ny aktualitet, både for teologer og filosofer: Hvordan kan en allmektig og god Gud tillate en så voldsom ulykke som ødeleggelsene i Lisboa? Hvorfor traff skjelvet hovedstaden nettopp hovedstaden til en katolsk land som hadde betydd så mye for troens utbredelse i hele verden, i Amerika, Afrika og Asia? Hvorfor på allehelgensdag? Hvorfor ble så mange kirker blitt ødelagt, mens nettopp Lisboas «red light district» Alfama, ble skånet?