Boston var lenge kjent for religiøse konflikter. I 1612 ble John Cotton sogneprest i . Han var kjent for sin uenighet med mye av Den engelske kirkes lære, men trakk mange mennesker til kirken. Han oppfordret de som ikke likte det religiøse klimaet i England til å slutte seg til Massachusetts Bay Company, og var senere med på å grunnlegge byen Boston i Massachusetts etter at han selv emigrerte i 1633.