Ved den amerikanske borgerkrigen gikk Florida ut av unionen og erklærte sammen med flere andre sørstater at de hadde gått sammen om konføderasjonen og blitt uavhengige fra resten av USA. Havnene gjorde Florida til en viktig stat, og nordstatene okkuperte flere av havnene som Key West, Jacksonville og Pensacola. Etter at sørstatene tapte krigen i 1865 ble Florida sluppet inn igjen 25. juli 1868.