Spencer ble sendt på utlån til den skotske klubben Motherwell FC, hvor han spilte ut 1998/1999-sesongen og scoret syv mål på 21 seriekamper. Ved sesongslutt ble han kjøpt opp fra Everton for 500 000 pund. I de neste to sesongene fikk han 33 seriekamper og elleve mål for Motherwell, men skader gjorde at han ble satt utenfor laget i flere perioder. På nyåret 2001 ble han igjen satt på overgangslisten som følge av skader og i klubbens forsøk på å kutte lønnskostnader.