Etter at Herodes Antipas ble avsatt og forvist i år 39, ble Machaerus overtatt av Herodes Agrippa I frem til dennes død i 44, hvorpå den kom under romernes direkte kontroll. Jødiske opprørere erobret festningen i 66 under den første jødiske krig. Kort etter å ha nedkjempet den jødiske garnison i Herodium rykket den romerske legat Lucilius Bassus frem mot Machaerus med sine styrker, og begynte å beleire den i år 72. En skanse og en rampe ble bygd opp for at de romerske beleiringsmaskiner skulle kunne komme til sin rett, men før de ble tatt i bruk, kapitulerte de jødiske opprørere. Opprørerne ble gitt fritt leide derfra, og festningen ble revet. Bare fundamentene stod igjen.