Etter reformasjonen ble borgen gitt av kong Christian III i pant til borgermesteren i Malmö. Etter dette var Borgeby sete for flere adelsslekter. På 1550-tallet ble den nåværende hovedbygningen oppført av kong Frederik IIs kammertjener Hans Spiegel. Slottet ble brent av de danske styrkene i 1678 under den skånske krigen, men bygningene ble snart istandsatt. I 1887 gikk slottet over på ikke-adelige hender.