Den 2. februar 1945 ble Schleicher dømt til døden av Volksgerichtshof (). Den presiderende dommer var Roland Freisler som selv ble drept i et amerikansk luftangrep neste dag. Etter flere måneder i Gestapos varetekt ble Rüdiger Schleicher skutt natt til 22.-23. april sammen med tolv andre fanger, blant dem hans egen svoger, Klaus Bonhoeffer og hans assistent Hans John av Reichssicherheitshauptamt-troppen på det tidligere messeområdet i nærheten av Lehrter Straße fengsel i Moabit da den Den røde armés soldater allerede var inne i Berlin.