En byste av Holst, utført av Per Ung, ble avduket på Akershus festning i mai 1999. I Gaza by er aktivitetssenteret Holst Park, for barn fra 6 til 16 år, oppkalt etter Holst. Johan Jørgen Holsts minnefond, som Marianne Heiberg administrerte inntil sin død, ble opprettet like etter hans død. Venner av Israel i norsk arbeiderbevegelse (VINA), samlet inn penger til en skog som ble plantet i hans minne i Israel.