Ved begynnelsen av den annen japansk-kinesiske krig i 1937 ble Tsinghua-universitetet sammenslått med Pekinguniversitetet og Nankaiuniversitetet og flyttet til Kunming. Etter annen verdenskrig kunne de flytte tilbake til henholdsvis Beijing og Tianjin, og ble da splittet i tre igjen. En del av folkene motsatte seg å fortsette i Beijing, og de dro i 1956 til Hsinchu på Taiwan. Slik fikk Hsinchu sitt National Tsing Hua University (kinesisk: 國立清華大學 / 国立清华大学, , , forkortet: NTHU). De to Tsinghua-universitetene har ikke noen bånd til hverandre, men mener begge selv å være det egentlige Tsinghua-universitetet.