Under okkupasjonen kom Klausen med i motstandsarbeid i Østfold. I juni 1941 tok han seg til Sverige og året etter kom han over til Storbritannia der han gikk inn i de norske styrkene. Etter å ha vært innom Kompani Linge, ble han i 1943 med i den norske marinens spesialavdeling, populært kalt Shetlandsgjengen.