Under Riksdagen i Worms i 1521 nektet Luther å trekke tilbake sine påstander om kirkens vranglære, og ble dermed lyst fredløs. Fredrik den vise (1463–1525) av Kurfyrstedømmet Sachsen var Luthers beskytter, og Luther bodde i kurfyrstens slott i ett år der han oversatte Bibelen til tysk. Dette spredte både Bibelen og det tyske språk langt. Resten av de tyske områdene hadde langvarige konflikter. Det startet med at lutheranere angrep kirken stadig oftere. På midten av 1520-tallet ble det store bondeopprør, og over 100 000 mennesker mistet livet. I 1526 ble det i Riksdagen i Speyer gitt tillatelse til at protestantene skulle tro hva de ville, men tre år senere ble denne tillatelsen trukket tilbake. Motstanden mellom keiser Karl V og den protestantiske adelen ble stadig større, og da keiseren ikke ville godkjenne en protestantisk trosbekjennelse i 1530, dannet de Det schmalkaldiske forbund. Den stadige gnisningen mellom dette forbundet og keiservennlige katolikker førte til en krig, Den schmalkaldiske krig, som ente med tap for protestantene. Keiseren viste romslighet i fredsavtalen.