NATOs bombing stanset etter avtalen fremforhandlet av Martti Ahtisaari og Viktor Tsjernomyrdin 2. juni (også kjent som Kosovo-avtalen av 4. juni). Prinsippene for avtalen ble lagt av G8 og utarbeidet i detalj av Ahtisaari og Tsjernomyrdin i forhandling med USAs viseutenriksminister Strobe Talbott. Denne avtalen ble supplert av en militær-teknisk avtale mellom Jugoslavia og NATO 9. juni, og Sikkerhetsrådets resolusjon 1244 10. juni (Kina avsto fra å stemme). Resolusjon 1244 la Jugoslavias territorielle integritet til grunn og opprettet UNMIK. De serbiske styrkene ble trukket ut og KFOR rykket inn 12. juni. Etter avtale av 21. juni skulle UCK avvæpnes og demobiliseres, og UCK ble offisielt oppløst 20. september og erstattet av det sivile Kosovo Protection Corps. NATO fikk vide militære fullmakter innenfor Kosovos grenser, men ikke tilgang til resten av Serbia slik Rambouillet-avtalen la opp til. Kosovos status innenfor Jugoslavia forble i utgangspunktet uløst.