Det offisielle språket er engelsk. Muntlig arabisk blir snakket i omfattende grad, skjønt jubaarabisk, et pidginspråk, snakkes rundt hovedstaden. Det største språket målt i antall morsmålstalere er dinka, som snakkes av mellom 2 og 3 millioner mennesker. Dinka er et vestnilotisk språk, nært beslektet med landets nest største språk, nuerisk, et nilosaharisk språk. Noe fjernere beslektet er shillukisk. Større østnilotiske språk som snakkes i Sør-Sudan er bari og otuho. Foruten den nilotiske språkgruppen, tilhører landets tredje største språk, zande, den ubagianske språkgruppen, mens jur modo er et bongo-bagirmi-språk.