Mange sentrale problemer innen vitenskapsfilosofien er det ikke enighet om, blant annet om vitenskapen kan avdekke sannheter om det vi ikke kan observere, eller om vitenskapelig funderte beslutninger kan tas i det hele tatt. Antipositivistene er talsmenn for bruk av hermeneutiske eller fenomenologiske metoder i samfunnsvitenskapene. Positivistene, empirisk orienterte vitenskapsfilosofer, ser den hypotetisk-deduktive metode som en sentral vitenskapelig metode, og har satt studiet av vitenskapens logiske strukturer i sentrum. I tillegg til generelle problemstillinger diskuterer vitenskapsfilosofer også problemer innen avgrensede felt, som biologi, fysikk eller humaniora.