Selv om Kirchhoff engasjerte seg på mange fronter i Berlin, ble livet i storbyen delvis en nedtur. Han måtte føre et stillere liv og hans kone trivdes ikke. Det var i denne perioden Kirchhoff konsentrerte seg om sin undervisning som etter hvert ble utgitt i fire bind som . De fikk stor betydning for kommende generasjoner av studenter. Fra 1880 fikk han stadig større problemer med sin helse og måtte i 1884 innstille forelesningene og si fra seg valget til rektor ved universitetet. På tross av flere følgende kuropphold ble han ikke mye bedre og døde i 1887.