Skre har arbeidet med en rekke temaer innenfor nordisk jernalder og middelalderarkeologi, som bydannelse, bosetningshistorie, kristning, kirkeorganisasjon. Hans forskning kjennetegnes ved stor bredde innenfor vesentlig historiske og kulturhistoriske temaer, samt ved en konsekvent tverrfaglighet med inndragelse av kildemateriale og forskningsresultater fra samfunnsvitenskapelige (sosialantropologi, sosialøkonomi) og humanistiske fag (historie, onomastikk, nordisk filologi).