PÅ 1000-tallet var byen et blomstrende tangutisk handelssentrum. Festningsvollen ble overvunnet av Djenghis Khans invasjonsstyrker i 1227. I motsetning til hva som av og til hevdes, var det ikke da at byen ble ødelagt. Tvert i mot, under det nye mongolske herredømme fortsatte byen å være en viktig handelsby. Under Kublai-khan ble byen til og med utvidet og ble tre ganger større enn under tanguternes rike. Togoontemur Khan samlet sine styrker ved Khara-Khoto før sine erobringstokter inn i det egentlige Kina.