Den senere egyptiske historikeren Manetho refererte til Thutmose II som Khebron eller Khebros, en henvisning til hans personlige navn Aakheperenre, og gir ham et styre på 13 år, men denne dateringen er meget omstridt blant moderne forskere. En del egyptologer mener det er mer sannsynlig å trekke fra et tiår til at han styre i rundt tre år ettersom hans høyeste datering for regjeringsår er kun År 1 II Akhet dag 8.