Mens han preket på oppdrag av hertugen, ble han bedre kjent med Luther. Emser beundret den ildfulle augustinermunken, og Luther gjengjeldte beundringen. Men i 1519 ble det slutt. Sammen med hertug Georg var han tilstede under disputasen i Leipzig der Johannes Eck disputerte mot Luther i juli. Til hertugens og Emsers uttrykte mishag fremla Luther der radikale hussittiske oppfatninger om pavedømmet.