Etter Warszawa-oppstandens fall i 1944, satte nazistene hele spesialsamlingen i brann. De gjorde dette med vilje for å straffe deltakerne i oppstanden. 80.000 trykte bøker (inkludert polonica fra 1500-1800-tallet), 26.000 håndskrifter, 2,500 inkunabler, 100.000 tegninger og graveringer, 50.000 musikk ark og teatermateriale ble ødelagt. Det finnes en vurdering som viser at 3.600.000 av 6.000.000 bind som ble samlet av Warszawas største biblioteker forsvant under 2. verdenskrig. Store deler av de forsvunne bøkene hørte til Nasjonalbibliotekets samlinger.