Det er to hovedelver i Auvergne. Loire renner gjennom regionen i sørøst og danner grensen i nordøst, og Allier som renner fra sør til nord gjennom regionen og senere løper sammen med Loire. Gjennom mange år har Allier gravd ut dype kløfter. Auvergne har omkring 50 innsjøer, noen av dem i høyfjellet med vulkansk opphav. Lac de Guéry er den høyest beliggende innsjøen i Auvergne, den ligger 1243 moh.