Walvis Bay ble grunnlagt i 1840. Bukten som har gitt byen navn er en naturlig dypvannshavn, et trygt sted for de mange hvalfangere og fiskefartøyer som drev sin virksomhet i de rike farvannene utenfor det sørvestlige Afrika. Havnen ble først oppdaget av europeere da Bartolomeu Dias 8. desember 1487 ankret opp i Walvis Bay med sitt flaggskip «São Cristóvão».