Pesten førte også til religiøs strid og ufred. Ettersom pesten smittet uten hensyn til en persons fromhet overfor gudene følte folk seg forlatt av gudene, og det synes som om det ikke noen fordeler å dyrke dem. Templene ble steder for stor elendighet da flyktninger fra landet ble tvunget til å sove og bo der. Snart ble de hellige bygningene fylt opp med døde og døende. Athenerne pekte på pesten som bevis på at gudene favoriserte Sparta og at dette ble støttet av et orakel som sa at Apollon selv, guden for sykdom og medisin, ville kjempe for Sparta om de kjempet med all deres makt. Et tidligere orakel hadde sagt at «krig med dorerne [spartanerne] kommer og på samme tid døden».