E-handelssekretariatet ble etablert i 2005 som en videreføring av sekretariatsfunksjonen for Program for elektronisk handel i det offentlige (E-handelsprogrammet) i Statens forvaltningstjeneste. Sekretariatet ble innlemmet i Direktoratet for forvaltning og informasjons- og kommunikasjonsteknologi fra 1. januar 2008 sammen med Norge.no og Statskonsult.