Målet med Holbergprisen i skolen er å øke interessen for humanistiske og samfunnsvitenskapelige fag blant unge. Gjennom å utvikle og fullføre egne prosjekt med hjelp fra etablerte forskere vil elevene få en større forståelse for akademisk forskning innenfor disse fagområdene. De vil bli kjent med tidligere forskning, aktuelle temaer, vitenskapelige metoder og ulike utfordringer knyttet til å arbeide med et vitenskapelig prosjekt. Deltakelsen er også studieforberedende og kan knyttes opp mot læreplanen i de aktuelle fagene.