Den skotske reformasjonen ble innledet i 1560 og ledet av kalvinisten John Knox, og i løpet av 1600-tallet og 1700-tallet opprettholdt den skotske kirken sin teologi og holdt tett kontroll over befolkningens moral. Katolisismen i Skottland overlevde reformasjonen, spesielt på avsidesliggende øyer som Uist og Barra til tross for den harde undertrykkelsen fra 1500-tallet og fram til slutten av 1700-tallet. Rundt 16 % av landets totale befolkning er i dag katolsk med en viss konsentrasjon i Glasgow-området.