Havnen i Brindisi ble utpekt som avgangssted, og ved midten av sommeren 1227 hadde et stort antall korsfarere ankommet. De overfylte forholdene og høy varme bidro til generell misnøye og sykdom blant de samlede troppene. Mange reiste hjem og lot noen transportskipene stå ubrukte. Andre døde, blant dem Siegfried von Rechberg, biskopen av Augsburg.