De første båtene som brukte kanalen fra Ballinamore begynte i 1858. I 1859 hadde kostnadene steget til £276 992, og det var en tvist om hvem som skulle betale differansen mellom dette og det opprinnelige overslaget. Etter en offentlig undersøkelse ble 30 000 pund betalt av hvert av grevskapene som kanalen gikk igjennom, og resten ble finansiert av regjeringen. Ledelsen skulle være av en gruppe navigasjonsforvaltere og en egen gruppe avløpstillitsmenn, noe som igjen ga konflikt. Kanalen ble overlevert til dem 4. juli 1860. Registreringene viste at bare åtte båter brukte kanalen mellom 1860 og 1869, og genererte bompenger på £18, og med dette nivået for anvendelse av kanalen var det lite insentiv til å rette opp ting.