Gonne og ektemannen kom overens over at ekteskapet måtte avsluttes. Hun krevde eneansvar for deres sønn, men det nektet MacBride. Saken havnet i retten i Paris den 28. februar 1905. Den eneste anklage som ble rettet mot MacBride i retten var at han var full ved en anledning i løpet av ekteskapet. Skilsmisse ble ikke innvilget og MacBride fikk besøksrett til å besøke sin sønn to ganger i uken i hennes hjem. Han utøvde denne retten kortvarig før han flyttet tilbake til Irland og så aldri sønnen igjen. Gonne oppfostret gutten i Paris fram til hennes ektemann ble henrettet i 1916, sammen med James Connolly og andre irske ledere, etter at han hadde deltatt i påskeopprøret. MacBride var en krigsveteran som hadde ledet den irske Transvaal-brigaden mot britene i boerkrigen. Yeats skrev et nedsettende dikt om ham, «Easter, 1916», som Gonne ikke likte. Hun skrev til Yeats: «Nei, jeg likte ikke ditt dikt. Det er deg ikke verdig og heller ikke emnet verdig. Min ektemann gikk inn i evigheten via oppofringens store dør.» Etter MacBrides død reiste hun selv tilbake til Irland i 1917 for å bo der fast.