Han ble i 1997 tiltalt av Det internasjonale tribunalet for Rwanda. Saken ble i 2011 overtatt av Den internasjonale restmekanismen for straffetribunaler (Restmekanismen). Kabuga ble arrestert den 16. mai 2020 i forstaden Asnières-sur-Seine utenfor Paris, der han bodde i skjul under falsk navn. Han skal ha brukt 28 navn siden 1994.