Deretter reiste han til Sentral-Amerika og studerte økonomi og geografi. Ved utbruddet av den amerikanske borgerkrigen tilbød han sørstatshæren sine tjenester, og ble utnevnt til brigadegeneral med kommando over en texansk infanterienhet. Han deltok blant annet i den såkalte Red River-kampanjen, et felttog i Louisiana. 13. juni 1864 ble han generalmajor og divisjonskommandør. I januar 1865 forsøkte han i en diplomatisk misjon forgjeves å bevege den franske keiser Napoleon III til å støtte konføderasjonens sak. Nyheten om sørstatenes nederlag nådde ham mens han oppholdt seg i Spania.