I 1872 meldte Murphy seg frivillig til å svare på et kall om hjelp ved i Trinidad. Som prefekt ved høyskolen ble «John T», som han ble kjent, betrodd toppklassene som forberedte seg til . Suksessen hans var slik at han ble holdt i den stillingen i fem og et halvt år. I løpet av sin tid ved foretok han et grundig selvstudium av teologi og filosofi.