Thingstad tok allerede i 1940 initiativ for å organisere motstanden mot okkupasjonen. Organisasjon ble i ettertid kjent under betegnelsen «Thingstad-gruppen». Den ble opprinnelig dannet ved hjelp av hans kontaktnett som leder av Sør-Trøndelag Arbeideridrettskrets. I 1942 ble Thingstad organisatorisk leder for NKPs militære grupper i Nord- og Sør-Trøndelag. Thingstad ble da sammen med militær leder for gruppene i regionen, Arne Lund, tatt opp i NKPs sentralkomité.