I 1935 vendte han tilbake til den katolske kirke og ble ansatt som offisiell bibliotekar i Studiebiblioteket i Linz. Som medlem av delstatsregjeringen i Oberösterreich sikret Franz Jetzinger og holdt unna Hitlers østerrikske militærmappe - som blant annet gav detaljer om hans arrestasjon hans for desertering i 1914 -; han holdt den skjult på loftet til 1945. Adolf Hitlers forsøk på å finne og skaffe det kompromitterende dokumentet gjennom Gestapo etter hans invasjon av Østerrike i 1938 mislyktes dermed.