Fordi Gran Chaco var en umåtelig stor og uutforsket grenseregion mellom flere administrasjonsområder i det spanske Amerika var det ikke mulig å bestemme hvor grensene skulle gå, og på bakgrunn av dette kom det raskt til de første tvistene mellom de nyopprettede statene. Bolivia gjorde krav på hele Gran Chaco-regionen ettersom den såkalte domstolen i Charcas, opprettet i 1559, hadde forent administrasjonsområdet Øvre Peru (Bolivia) med Gran Chaco-regionen. Argentina gjorde krav på grenseområder sør for elven Bermejo, mens Paraguay gjorde det klart at territoriet vest for Paraguay-elven, som hadde blitt utforsket og okkupert av myndighetene i Asunción, hørte under den nye paraguayanske staten. Spania hadde også gitt jurisdiksjon over deler av Gran Chaco, inkludert Chaco Boreal, til domstolen i Asunción langs elvene fra Rio de la Plata-bassenget. Det var overlappende administrasjonsområder mellom Øvre Peru i nord og Asunción i sør.