Bocas del Toro grenser til Det karibiske hav i nord, Limón-provinsen (i Costa Rica) i vest, Chiriquí i sør og Ngöbe-Buglé comarca i øst. I tillegg til området på fastlandet har provinsen seks store (Colón, Bastimentos, Isla de Solarte, Zapatilla, Cristobal, Popa) og utallige små øyer, som sammen utgjør øygruppa Bocas del Toro. Provinshovedstaden, som også heter Bocas del Toro, ligger på Colón.