Til slutt er forskjellen mellom en endokarditt i egne klaffer og i proteseklaffer viktig for den kliniske behandlingen. Endokarditt i proteseklaffer kan videre deles inn i (< 2 måneder siden operasjonen) eller (> 2 måneder siden operasjonen). En «tidlig» endokarditt i en proteseklaff skyldes som regel en forurensning under operasjonen eller en postoperativ bakteriell forurensning, som vanligvis er sykehuserhvervet. «Sene» proteseklaff-endokarditter er vanligvis forbundet med en «vanlig» infeksjon av mikroorganismer.