Sasse var et aktivt men kritisk medlem av bevegelsen som gikk under navnet Bekjennelseskirken, likevel valgte han i 1934 å ikke signere Barmenerklæringen, som var ført i pennen av Karl Barth. Årsaken var at den forsøkte å få til en samling av de lutherske og reformerte kirkene. i stedet skrev Sasse boken . I 1935 ble passet hans inndradd, men hans popularitet som foreleser ved universitetet og beskyttelse det teologiske fakultetets dekan gjorde at han fikk beholde stillingen gjennom nazitiden.