Zubiris filosofi har blitt kategorisert som en «materialistisk åpen realisme», som «forsøker å formulere klassisk metafysikk på nytt, med et språk som er fullstendig kompatibelt med moderne vitenskap». Dette er knyttet til Xavier Zubiris utdanningsbakgrunn. Først fullførte han en filosofisk og teologisk utdannelse i Madrid og Roma. Senere utdypet Zubiri kunnskapen sin i filosofi gjennom videre studier i Leuven, der han skrev avhandlingen om fenomenologi. Zubiris kritisk interesse i denne filosofien tok ham til Freiburg, i 1929, da han allerede var professor i Madrid. Der studerte han sammen med Edmund Husserl og Martin Heidegger. I 1930 flyttet Zubiri til Berlin, for å studere fysikk, filologi og biologi. Han bodde på Harnack-Haus, og der ble han bedre kjent med viktige tyske akademikere fra denne blomstrende perioden for akademisk virksomhet under Weimarrepublikken. For eksempel, Albert Einstein (som Zubiri allerede kjente fra Madrid etter Einsteins besøk til Universidad Central, i 1923 ), Max Planck, Werner Jaeger og Erwin Schrödinger. Da borgerkrigen brøt ut i Spania i 1936 flyttet Zubiri til Paris, der han studerte med bl.a. Louis de Broglie, Frédéric Joliot, Irène Curie, Elie Joseph Cartan og Emile Benveniste. I 1939 vendte Zubiri tilbake til Spania, like før Frankrike erklærte krig til Tyskland.