Etter Daytonavtalen åpnet Orić en helseklubb i Tuzla og drev denne. Den 28. mars 2003 ble Orić tiltalt av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia (ICTY) for å ha planlagt, beordret og deltatt i flere operasjoner, i så mange som 50 serbiske landsbyer i 1992–1995 under Bosnia-krigen, spesielt i kommunene Bratunac og Srebrenica. I tillegg var han anklaget av påtalemyndigheten ved ICTY for å ha drept 7 serbiske krigsfanger og mishandlet 11 på politistasjonen i Srebrenica i perioden 1992 til 1993. Orić ble arrestert uten dramatikk av SFOR 10. april 2003 i Tuzla og dagen etter utlevert til ICTY i Den Haag. Den 15. april 2003 på første rettsmøte i ICTY erklærte han seg ikke skyldig for anklagepunktene. Rettssaken mot Orić begynte offisielt den 6. oktober 2004 og påtalemyndigheten gjorde ferdig sin sak 1. juni 2005. En uke senere ble to av anklagepunktene mot ham frafalt sammen med alle anklager om plyndring av offentlig og privat eiendom. Tribunalet strøk også navnet på to landsbyer fra listen over landsbyer som var blitt plyndret og ødelagt, og to av navnene på listen over krigsfanger som skal ha blitt drept. Den 30. juni 2006 ble han dømt til to års fengsel, men ble umiddelbart løslatt da hans tid i varetekt var lengre enn dommen. Til tross for at han ble løslatt, anket Orić sine advokater dommen på stedet. Den 3. juli 2008 ble han ved ICTY rettskraftig frikjent for alle forbrytelsene han opprinnelig var tiltalt for. Frikjennelsen av Orić førte til massive protester og misnøye hos serbiske politikere og medier både i Bosnia-Hercegovina og Serbia. I februar 2014 anklaget Spesialdomstolen i Serbia Orić for samme krigsforbrytelser som ICTY tidligere hadde frikjent han for, og utlyste en internasjonal etterlysning av han via Interpol. I mars 2014 avviste Interpol arrestordren på Naser Orić, og han var ikke lenger etterlyst av Interpol.