I 1989/1990-sesongen scoret han ti mål på 31 seriekamper, og var dermed en aktiv bidragsyter til at Bayern sikret seriemesterskapet. Han hjalp også klubben med å spille seg frem til en semifinale i Serievinnercupen mot AC Milan, som Bayern tapte på bortemålsregelen. Den påfølgende 1990/1991-sesongen var McInally mye skadet og slet med å få tillit på førstelaget, med kun syv målløse seriekamper. En alvorlig kneskadet satte ham ut av spill i 1991/1992-sesongen, og da kontrakten hans gikk ut mot slutten av sesongen dro han på en fri overgang tilbake til Skottland og Kilmarnock FC, hvor hans far Jackie McInally var angriper og hjalp klubben til seriemesterskapet i 1965. McInally spilte åtte seriekamper før han på slutten av 1993/1994-sesongen ble tvunget til å legge opp på grunn av skade.