Fra etableringen var instituttet en del av Barneklinikken ved Rikshospitalet; etter sykehusfusjonen og flere omorganiseringer inngår det i den sammenslåtte Barne- og ungdomsklinikken ved Oslo universitetssykehus. Instituttet er også en del av Det medisinske fakultet ved Universitetet i Oslo og inngår i Institutt for klinisk medisin, Fakultetsdivisjon Rikshospitalet.