For Spinoza fantes det også andre problemer som var like viktige. Han var et dypt moralsk menneske med et religiøst sinn, og dette førte til at han fikk en rekke vanskeligheter med den nye vitenskapen. Hvis virkeligheten tilsvarer et deduktivt system hvor alt som er eller hender, kan utledes med logisk nødvendighet fra selvinnlysende premisser, er det da i det hele tatt plass for moralske valg eller den frie vilje? Spinoza stilte videre spørsmål om hvordan det kan eksistere en fri vilje hvis alt er vitenskapelig bestemt. Og hvilken plass er det for Gud i et slikt system?