Ifølge japansk mytologi hører Tsushima til en av de originale øyene skapt av guddommene Izanagi og Izanami. Arkeologer har funnet ut at Tsushima ble befolket av mennesker fra Japan og Koreahalvøya allerede i Jōmon-perioden og Kofun-perioden. Tidlig i det 6. århundre var Tsushima en japansk provins. Under Rytsuō-systemet var Tsushima også en provins.