Han har siden 1990 ledet trioen JøKleBa med Audun Kleive og Jon Balke til en rekke innspillinger, samt trioen J.I.G. med Terje Isungset og Ole Amund Gjersvik (1992–). Jørgensen har forøvrig medvirket på innspillinger og turneer med bl.a. Marilyn Mazur & Pulse Unit, Jon Balkes orkester, Eldbjørg Raknes, Knut Kristiansen, Jan Gunnar Hoff, Berit Opheim, Svein Folkvord (til Vossajazz 2004), Edvard Askeland (til Vossajazz 2005), Kari Bremnes, Cæcilie Norby og Terje Isungset.