Nyboder anvendes fortsat som leieboliger for forsvarets personel. Frem til 2006 hadde marinen fortrinsrett til boligene, men etter det har også Hæren og Flyvevåpnet bruksrett på like vilkår. Hjemmevernets personel har ikke bruksrett til boligene. I dag omtales hele Nyboder-området som ett samlet område, det men er faktisk inndelt i De Grå Stokke, De Gule Stokke samt flere omkringliggende gater.