Khan ble fjernet som guvernør i september 2004 etter at han hadde styrt mer eller mindre eneveldig, til tross for forsøk fra interimregjeringen (ledet av Hamid Karzai) på å svekke hans makt. Khans styre var kontroversielt, men har vært nokså fritt for volden som har plaget noen andre regioner i Afghanistan etter Taliban.