Han tidfestet syndfloden til 2349 f.Kr. og arbeidet seg bakover, men måtte forholdes seg til ulike utgaver av Det gamle testamente. Ut fra den hebraiske teksten lå syndfloden 1.656 år tilbake i tid; 1.307 år tilbake i tid ut fra den samaritianske Pentateuk; men 2.262 år tilbake med utgangspunkt i den etiopiske teksten. Ussher var, som så mange andre teologisk skolerte i sin samtid, i tvil om Jesus virkelig ble født i år 1. Derfor daterte han i forordet til sitt store verk utgivelsen til år 1650, men tilføyde 1654 etter Herrens virkelige fødselstidspunkt. Usshers antakelse var at Herrens egentlige fødselsår var 4 f.Kr.. Antagelsen bygger på at det var dette år kong Herodes gav ordre til mord på alle smågutter i Betlehem – altså måtte verdens skapelse være 4004 f.Kr.