I 1555 overlot Karl den spanske trone og herredømmet over De spanske Nederlandene til sin sønn Filip, som også overtok tittelen Hertug av Burgund. Karl overlot derigjennom også ordensherreverdigheten for Det gylne skinns orden til sin sønn Filip II av Spania. I år 1600 bereftet pave Klemens VIII at ordensherreembetet skulle gå i arv i den spansk-habsburgske linjen. Da dette dynastiet utsloknet i 1700 kom Huset Bourbon på tronen i Spania og fortsatte tildelingen av Det gylne skinns orden. Dette ledet til at de østerrikske habsburgerne krevde retten over Det gylne skinns orden og den ble gjeninnstiftet i Wien i 1713. Ordenens skattkammer, som opprinnelig befant seg i Brussel, ble overført til Wien, der det fortsatt finnes.