Det er relativt langt mellom stasjonene utenfor San Francisco og tunnelbanen går ganske langt inn i omliggende steder, inntil 50 kilometer bort. Det er cirka 500-1000 meter mellom stasjonene i sentrum, dog 1-5 kilometer utenfor bykjernen. Den relativt lange avstanden mellom stasjonene gir en høy middelhastighet, hvilket er viktig for å konkurrere med bil i de relativt tynt befolkede fjernforstedene til San Francisco. Bil er dessuten det ledende transportmiddelet i USA:s byer. Linjene har relativt lav turtetthet for en tunnelbane, kvartersvis, noe som gir systemet iblant mer anerkjennelse som pendeltog enn tunnelbane. I sentrum går fire av linjene i samme spor, hvilket gir et tog hvert fjerde minutt. Gjennom sentrum og under bukten mellom stasjonene West Oakland og Balboa Park går jernbanen i en tunnel som er 20 km lang, USA:s lengste jernbanetunnel (dersom det er en jernbane). Utifra en tilnærming er ikke underjordiske stasjoner del av en tunnel. Under bukten går det en 9 km lang uavbrutt tunnel kalt "Transbay Tube".