Sanner var formann i Bærum Høyre 1998–2000 og 1. nestleder i Akershus Høyre 2001–2005. Under Høyres landmøte i 2004 ble han valgt til partiets 2. nestleder etter Per-Kristian Foss, som samtidig ble valgt til 1. nestleder. Sanner ble senere valgt til ny 1. nestleder etter Foss i 2008. Sanner var leder for programkomiteen som la frem forslag til Høyres valgprogram for stortingsperioden 2005–2009.