Opprøret kollapset når den føderale hæren marsjerte mot det vestlige Pennsylvania i løpet av oktober 1794. Noen av de mest fremtredende lederne for opprøret, deriblant David Bradford, flyktet vestover i sikkerhet. Det tok seks måneder før noen som var siktet, ble stilt for retten. Men de fleste ble frikjent på grunn av feil identitet, upålitelige forklaringer, eller mangel på troverdige vitner. Flertallet av opprørerne flyktet inn i fjellene, utenfor rekkevidden for den føderale militsen. Det var en stor skuffelse for Hamilton, som hadde håpet å bringe opprørsledere, som for eksempel David Bradford, til rettssak i Philadelphia. Men selv om den voldelige motstanden mot whisky-skattene tok slutt, fortsatte den politiske motstanden mot avgiften.