Ett nettverk av seilbare vannveier mellom de viktige knutepunkter Edo, Osaka, Nagasaki, Niigata og Aomori hadde blitt utviklet, og dette skulle brukes av fraktskipene. Den første handelsruten mellom Edo og Osaka startet i 1620-årene for frakt av bomull, olje, sake, eddik og annet. En ny handelsrute ble startet i 1670-årene for frakt av papir, lakk og tyngre lastegods. Samtidig hadde to andre handelsruter blitt startet, den ene langs vestkysten mot Japanhavet med endestasjon i Edo og den andre langs østkysten mot Stillehavet til Aomori. I årene 1700 til 1702 hadde 4.036 skip vært i Edo havnestedet.