MacFarlane spilte som forsvarsspiller for Hibernian på 1950-tallet, da klubben hadde en angrepslinje som var kjent under navnet Famous Five (Bobby Johnstone, Willie Ormond, Lawrie Reilly, Gordon Smith og Eddie Turnbull). Han ble født i Leith, havnebyen til Edinburgh, og vokste opp i det samme området (Hutcheson) som målmannen Tommy Younger, og sammen spilte de for den lokale ungdomsklubben Hutcheson Vale og hærens lag i forsvaret. Begge spillerne ble deretter signert av Hibs ved manager Hugh Shaw. Han ble tatt med av Hibs på turné til Brasil i 1953 for å spille tre kamper på Maracana Stadion mot Vasco da Gama, Botafogo og Fluminense. MacFarlane spilte også for Hibs i den første sesongen i serievinnercupen, og han var i førsteelleveren i fem av seks mulige kamper. Hibs tapte til slutt for Stade Reims i semifinalen, der MacFarlane ble satt opp mot Raymond Kopa.