Historisk var de lutherske og reformerte kirkene i Tyskland, og landets mange forløperstater, adskilte protestantiske kirker. Begge retningene var protestantiske, men tilhørte ulike retninger siden reformasjonstiden. Mellom 1852 og 1903 møttes de to retningene til samtaler i kirkekonferansen i Eisenach. Foreningen av de lutherske og reformerte kirkene i Tyskland kan føres tilbake til begynnelsen av 1920-tallet, med etableringen av paraplyorganisasjonen Det tyske evangeliske kirkeforbund (Deutscher Evangelischer Kirchenbund) i 1922. Dagens evangeliske kirke i Tyskland ble dannet i 1948 som en paraplyorganisasjon for å forene de protestantiske kirkene i Tyskland etter andre verdenskrig. I 1969 gikk medlemskirkene i Øst-Tyskland ut av organisasjonen, men etter at Tyskland ble gjenforent, gikk disse kirkene inn igjen i EKD i 1990.