Berggrunnen er knollekalk, og øya rager kun 1 meter over havet. En kartlegging i 2006 avdekket 51 forskjellige planter på øya, med nonsblom og strandrisp som de mest interessante. I tillegg finnes rynkerose, som er en fremmed art i norsk flora. Utbredelsen øker på øya, og er en trussel for sjøfuglenes hekkehabitater. Forvaltningsplanen angir derfor at rynkerose skal fjernes fra Kaninøya.