Zwingli, som hadde studert i Basel mens Erasmus var der, kom med en plan om en mer radikal fornyelsesprosess enn Luther og hans ideer skilte seg fra sistnevnte på flere områder. Et forsøk på å komme til enighet blei gjort under Marburg Religionsgespräche, men mislyktes. Selv om disse to karismatiske lederne kom til konsensus på fjorten trospunkter, kom de ikke til enighet på det siste, vedrørende nattverden: Luther fastholdt at gjennom sakramental forening blei brødet og vinen under nattverden i sannhet Kristi legeme og blod, mens Zwingli så på brødet og vinen som symbolske elementer. Dette skisma og Zürich sitt nederlag i andre Kappelkrigen i 1531, hvor Zwingli blei drept på slagmarka, var et stort steg tilbake for Zwinglianisme og begrenset bevegelsens utbredelse til enkelte sveitsiske områder og hindra den i å spre seg nord for Rhinen.