Flesteparten av disse bakteriene har imidlertid ikke blitt beskrevet, og kun halvparten av stamtreet har arter som kan bli dyrket frem i laboratoriet. Det kan være mange flere bakterieceller enn menneskeceller i en menneskekropp, med høyest innhold på huden og i endetarmen. Likevel er majoriteten av disse bakteriene uskadelige, men heller fordelaktig for «naturens husholdning» og de forskjellige livsprosessene. Noen få bakterier er patogene for mennesker, eksempel på sykdommer som blir fremkalt av bakterier er kolera, syfilis, miltbrann og svartedauden. De mest fatale infeksjonssykdommene er de som hemmer åndedrettssystemet, med tuberkulose som alene dreper omtrent to millioner mennesker per år.