Grønne aktivister stilte seg bak mediemannen og forskeren Marek Strandberg som kandidat til Europaparlamentet i 2004, uten å vinne noe mandat, men gikk videre til å forberede en partidannelse. Miljøvernspørsmål fikk fornyet interesse i 2006, etter tre hendelser med utslipp av olje og miljøgifter i Finskebukta. Samtidig økte energiprisene på verdensbasis, noe som skapte en frykt for at Russland kunne bruke energiprisene til å øve politisk press på randstatene. Estlands grønne parti ble formelt registrert i november 2006.