I de periodene hun var ute av husarrest fikk hun ikke lov til å møte andre opposisjonelle ledere eller vestlig presse. Hun trosset disse forbudene, og hadde flere perioder med husarrest eller fengsel etter 1995 (fra september 2000 til mai 2002 og fra mai 2003 og november 2009). I 2008 hadde Aung San Suu Kyi tilbragt fem år sammenhengende i husarrest uten dom. Det stred mot burmesisk lov, og for første gang protesterte hun selv på husarresten ved å levere inn anke mot husarresten. I mai 2009 ble hun anklaget av militærjuntaen for å ha brutt vilkårene for husarrest da en amerikaner svømte til huset hennes. I august 2009 fikk hun en dom på 18 måneders husarrest for denne hendelsen. Dommen forhindret Aung San Suu Kyi i å delta i valget 7. november 2010. Den 13. november 2010 erklærte militærjuntaen at Aung San Suu Kyi var fri fra husarresten. Den 6. april 2016 ble hun de facto statsminister gjennom posisjonen som .