Fra 1984 sank regjeringspartienes oppslutning ved hvert valg, og i 1988 fortsatte Schlüter som statsminister for en regjering utgått av Det Konservative Folkeparti, Venstre og Radikale Venstre. I 1990 tapte Schlüter-regjeringen enda et valg, og Radikale Venstre trakk seg ut, men regjeringen fortsatte som en topartiregjering. I 1993 måtte regjeringen fratre på grunn av rapporten om tamilsaken. Schlüter var da den lengstsittende danske statsminister siden Thorvald Stauning. Tidligere justisminister Erik Ninn-Hansen ble i riksrett i 1995 funnet skyldig i en ulovlig stans i familiegjenforeninger for tamiler 1987–1989. Den senere konservative justisministeren H.P. Clausen og statsminister Schlüter ble kritisert for å ha gitt Folketinget villedende og uriktige opplysninger.