På kongressen i 2012 ble han valgt til generalsekretær i SWAPO i henhold til #3 i partiets vedtekter. Han fikk 352 stemmer mens motkandidaten Utoni Nujoma fikk 244. Han kunngjorde at om han ble valgt ville han fratre sin ministerpost. Den 4. desember 2012 ble Immanuel Ngatjizeko utnevnt til ny minister for samfunnssikkerhet i den ommøbleringen i regjeringen som fulgte etter partikongressen.