Arten er blant de vanligste ofre som er funnet under vindkraftanlegg. Vindturbiner blir satt opp langs store deler av trekkrutene, både på land og i havet. Den kumulative effekten av disse vindkraftanleggene gir grunn for bekymring . Trollflaggermus trekker gjennom store deler av Europa i løpet av året. Flerårige, standardiserte overvåkningsdata vil kunne gi et bedre bilde av artens status i Norge. Det bør gjøres en innsats for å påvise både yngling og paringsgrupper. Førstnevnte kan gjøres ved å kjønns- og aldersbestemme dyr som fanges inn i perioden juni-juli, samt å radiomerke eventuelle hunndyr eller flygedyktige unger. Isotopanalyse av hår til dyr på trekk vil sannsynliggjøre opprinnelsen til disse dyrene.