Indiske myndigheter anklaget ham også for å være innblandet i drapet på Rajiv Gandhi i 1991, da en selvmordsbomber angivelig skal ha angrepet etter ordre fra Prabhakaran. Han anses også å være ansvarlig for selvmordsangrepet som tok livet av Sri Lankas president Ranasinghe Premadasa den 1. mai 1993.