I sin andre start ledet Rodgers til en ledelse på 21–7 til halftime mot #3 USC. Etter en skade måtte han bli erstattet av Reggie Robertson for den andre halvdelen av kampen. Bears vant etter trippel overtid, 34–31. Rodgers hadde 394 pasningsyards og ble utpekt til kampens MVP under Insight Bowl i 2003 mot Virginia Tech.