Topografien i de to delene av Malaysia er forholdsvis lik, med kystsletter og landskap som stiger opp til åser og fjell. Malayahalvøya, som utgjør 40 % av Malaysias landareal, strekker seg 740 km fra nord til sør, og er på det meste 322 km bred. Fjellkjeden Titiwangsa midt på halvøya strekker seg fra nord til sør. Det høyeste fjellet i Titiwangsa er Korbu (2 183 moh.), som ligger i et skogkledd fjellområde, i all hovedsak bestående av granitt og andre magmatiske bergarter. Erosjon har etterlatt store karstlandskap. Fjellkjeden er kilden til vassdrag som 459 km lange Pahang. Kystslettene på halvøya er på det meste 50 km brede, og kystlinjen er 1 931 km lang, men havner finnes bare på vestkysten.