Manquillo begynte sin fotballkarriere i hjembyens storlag sammen med sin tvillingbror Víctor. Men i midten av 2007, bestemte klubben seg for å frigi hans bror, Javier fulgte etter og begge to signerte for naboklubben Atlético Madrid 48 timer senere. I november 2011 fikk han sin uoffisielle debut på førstelaget i en vennskapskamp mot Zamalek SC. Like etter fornyet han kontrakten sin med klubben frem til 2016.