Som entomolog studerte Heer spesielt funn fra de artsrike funnstedene Oeningen i Sveits og Radoboj i Kroatia, begge fra miocen, og fra Aix-en-Provence i Frankrike (oligocen). Han publiserte (1847-53) og (1856). (1879) omhandlet Skåne i Sverige. (1864) er en vid og nokså omfattende gjennomgang av det som til da var kjent om landets geologiske historie og fossilfunn. Store deler av Heers paleontologiske samlinger oppbevares i dag i den geologiske samlingen ved Eidgenosse Technische Hochschule i Zürich.