Selv om indol N-1 nitrogenatomet har et enslig par av elektroner, er ikke indol basisk som aminer og aniliner fordi det enslige paret er delokalisert og bidrar til det aromatiske systemet. Den protonerte formen har en pK på -3,6 slik at veldig sterke syrer som saltsyre er nødvendige for å protonere en håndgripelig mengde med indol. Sensitiviteten hos mange indoliske forbindelser (F. eks. tryptaminer) under sure betingelser skyldes denne protoneringen.