Den opprinnelige SMILES-spesifikasjonen ble utviklet av Arthur Weininger og David Weininger på slutten av 1980-tallet. Den har siden blitt modifisert og utvidet av andre, særlig av Daylight Chemical Information Systems Inc. Andre notasjonssystemer inkluderer Wiswesser Line Notation (WLN), ROSDAL og SLN (Tripos Inc). Nylig har IUPAC introdusert InChI (International Chemical Identifier) som en standard for å presentere formler. SMILES regnes generelt som å ha den fordelen at det er noe lettere å lese for mennesker enn InChI, og det har også et rikt utvalg av programvarestøtte med omfattende teoretisk (f.eks. grafteori) støtte.