Noen vanlige hekkefugler ved fjorden er ærfugl, gravand, tjeld, sandlo, vipe, temmincksnipe, storspove, rødstilk og fiskemåke. Den eneste overvintrende vadefuglen er fjæreplytt. Ærfuglen samles i store antall før den trekker oppover Stjørdalen og over til Østersjøen. Dette er ett av verdens få kjente ærfugltrekk over land. Flokker med kortnebbgås og trane raster i Stjørdal.