Eksportrestriksjoner for land som vaksinerer har flere årsaker. Den viktigste er trolig at rutinemessige blodprøver, som reagerer på antistoffer mot MKS, ikke kan skille mellom vaksinerte og smittede dyr. Dette gjør det vanskeligere å kontrollere at dyr som brukes til eksportprodukter ikke bringer smitte til importlandet. Preventiv vaksinering gjør det også vanskeligere for myndighetene å oppdage at smitte er kommet til landet og kan smittes videre. En annen risiko ved vaksinering er at et dyr som smittes av MKS like etter at det er vaksinert, vil kunne bære viruset og spre det videre til andre dyr uten selv å vise tegn til sykdom.