Berggrunnen består i hovedsak av sandstein, leirskifer og kalkstein. Men disse er også gjennombrutt av ganger med lava etter vulkansk aktivitet for 250-300 millioner år siden. En av disse gangbergartene, lindøitt, har typelokalitet på Lindøya (derav navnet), og vises best på en liten odde nordvest på øya.