Beneš-dekretene var grunnlag for straffeforfølgelse av nazistiske forbrytere, forrædere og deres medhjelpere. Herunder forbrytelser mot staten, forbrytelser mot personer, forbrytelser mot eiendom, angiveri og berikelse i forbindelse med rasebasert forfølgelse (i praksis nazistenes beslag og fordeling av jødenes eiendeler). Det var ikke særskilte bestemmelser for medvirkning til holocaust. Dekretene la opp til strengere straffer enn landets ordinære straffelov og introduserte beslag av eiendom og tvangsarbeid som straff. Til oktober 1945 ble 97 % av tiltalte dømt og en av åtte fikk dødsstraff. Før kommunistenes maktovertakelse i 1948 hadde 723 personer blitt dømt til døden, av disse ble 686 fullbyrdet (95 %) som er den høyeste andelen fullbyrdete dødsstraffer i etterkigstidens rettsoppgjør i Europa. Det ble reist saker for forbrytelser mot den nasjonale ære på grunnlag av Beneš-dekret nummer 138 («det lille dekret»), av disse ble dømt.