Andreas Isaksson var førstevalget på Sveriges landslag. Han fikk sitt gjennombrudd i 1999, da han spilte for . Etter et halvt år i klubben ble han kjøpt av , der han ble til 2001, da han gikk til . Sommeren 2004 reiste han igjen utenlands, denne gang til . I 2006 gikk han videre til , hvor han fikk 20 kamper. Fra 2008 til 2012 spilte han for .