Med virkning fra 1. januar 2006 ble det inngått en samarbeidsavtale med Kjøttindustriens Fellesforening (KIFF) om ivaretakelse av sekretariatsfunksjonen. Norkorn avviklet samtidig forholdet til egne ansatte. Samarbeidsavtalen med KIFF ble våren 2009 avløst av en mer omfattende og forpliktende samordningsavtale med NHO Mat og Bio. Aktiviteter og medlemskap er samordnet med NHO Mat og Bio, men med en arbeidsfordeling hvor NHO Mat og Bio ivaretar hovedtyngden av saksporteføljen mens Norkorn har fokus på saker, engasjement og interesser spesifikke for bygdemøllene.