For trygge seg selv og Cæsarion og trygge sin egen posisjon hadde hun beordret Antonius om å drepte hennes søster Arsinoe som levde ved tempelet til Artemis i Efesos, som da var under romersk kontroll. Henrettelsen av søsteren ble utført i 41 f.Kr. på trappene foran tempelet, og denne grove overtredelsen av tempelets helligdom ble en skandale i Roma. Kleopatra ønsket også å henrette hennes (hærfører) på Kypros, Serapion, som hadde gitt støtte til Cassius imot hennes ønsker.