Under den andre verdenskrig deltok han – i likhet med broren Andreas Aubert – aktivt i motstandsarbeidet mot nazistene. Kristian Aubert deltok blant annet i 1942 som forkledd sjåfør for bilen til fengselet i Åkebergveien, Oslo, da Arne Qvenild forkledd som gestapist smuglet ut Didrik («Dixe») Cappelen for å redde Cappelen fra å bli henrettet for sitt motstandsarbeid i Telemark.