Etter at Erich Honecker var blitt tvunget til å trekke seg og Hans Modrow hadde dannet en ny regjering i DDR, ble Schwanitz utnevnt til ny leder for Stasi, som samtidig ble omdøpt fra «Ministeriet for statssikkerhet» til «Kontoret for nasjonal sikkerhet». Han ble også medlem av ministerrådet i DDR. «Kontoret for nasjonal sikkerhet» opphørte å eksistere 31. mars 1990.