Nilsen har markert seg som en frittalende journalist og redaktør om forholdet mellom norske og russiske myndigheter. Nilsen ble nektet innreise til Russland i mars 2017, og ble erklært uønsket i landet i fem år. Nilsen er den første norske journalisten som er ført opp på russiske myndigheters sanksjonsliste, etter at Norge sluttet seg til EUs sanksjoner mot Russland i 2014.