Deretter forhandler Island, Liechtenstein og Norge med hver enkelt mottakerstat og blir enige om hvilke programmer som skal opprettes, deres formål og omfang samt hvor store summer hvert enkelt program skal få tildelt. Avtalene bygger på nasjonale behov og prioriteringer i mottakerstatene samt omfanget av samarbeidet de har med giverstatene. For å unngå dobbeltarbeid og sikre at midlene rettes dit de vil ha størst innvirkning, konsulteres Europakommisjonen under forhandlingene. Programmer som gjennomføres i henhold til EØS-finansieringsordningene og de norske finansieringsordningene, skal være i samsvar med EUs regler og standarder for menneskerettigheter, godt styresett, bærekraftig utvikling og likestilling mellom kvinner og menn.