Bojertene kunne også benyttes som vaktskip med bestykning ombord, også benyttet som rekognoseringsfartøyer i sjøstridighetene i 1600-tallet. En typisk bestykket bojert hadde mellom 6 og 10 kanoner ombord. Som et krigsskip ble denne skipstypen hyppige benyttet på Østersjøen i krigene mellom Danmark-Norge og Sverige.