I den indopakistanske krigen i 1965 ble F-104 brukt av det pakistanske flyvåpenet, og var blant annet i kamp med indiske MiG-21. I den indopakistanske krigen i 1971 ble både pakistanske og jordanske F-104 brukt. Pakistan innrømmer at to F-104 gikk tapt i 1965 og tre i 1971, mens indias flyvåpen har hevdet nedskyting av i alt fem pakistanske og fire jordanske F-104 under krigen i 1971 alene.