Etter den tyske invasjonen 9. april 1940 etablerte Fleischer seg som øverstkommanderende for de norske styrkene i Nord-Norge. Sammen med fylkesmannen i Troms, Hans J. Gabrielsen, iverksatte han full mobilisering av militære og sivile ressurser i landsdelen. Fleischer ledet de norske styrkene under kampene som førte til den allierte gjenerobringen av Narvik 28. mai 1940 under slaget om Narvik. Etter erobringen ble Fleischer som øverstkommanderende underlagt Forsvarets overkommando som også overtok kommandoen over distriktskommandoene den 29. mai. Fleischer førte dermed kommandoen over 6. Armeavdeling og fikk ansvaret for samvirket med de allierte styrkene i Narvik.