Mario vender snart tilbake til Bowsers slott, men Exor ødelegger broen og hindrer Mario fra å komme inn igjen. Mario tar seg deretter til Mushroom Kingdom, hvor han snart møter Mallow som har problemer med en lokal tyv Croco. Mario forsøker å hjelpe ham, og Mallow blir deretter med Mario på en søken etter å finne igjen de syv Star Pieces - samtidig som de forsøker å finne Mallows virkelige foreldre. De møter også en dukke av treverk som kalles for Geno.