Besançon hadde gjennom hele middelalderen to suffraganbispedømmer, nemlig Basel og Lausanne bispedømme. Også Besançon hadde enkelte sogn i dagens Sveits, men disse ble i 1780 og 1819 byttet mot Basels og Lausannes franske sogn. Etter at Napoleon hadde erobret de tyske områdene på Rhinens venstre side, ble i 1802 Metz, Nancy og Strasbourg løst fra sine tidligere metropolitanbispedømmer (hhv. Trier og Mainz) og overført til Besançons kirkeprovins. Samtidig ble Autun og Dijon bispedømme flyttet fra Lyons til Besançons kirkeprovins. Derimot ble Basel og Lausanne immediate (dvs. løst fra erkebiskopen og stilt direkte under Den hellige stol). Mens Neuchâtel var under fransk styre (1806–1814), ble den senere kantonen midlertidig løst fra Lausanne bispedømme og lagt til Besançon erkebispedømme.