Fra 1999 til 2004 var han medlem av Europaparlamentet. Soares håpet på å bli valgt til parlamentspresident, men forhandlingene mellom Det europeiske sosialdemokratiske parti og Det europeiske folkeparti om å dele på presidentvervet brøt sammen fordi Soares insisterte på at han skulle være president i første halvdel av parlamentsperioden.