Han ble presteviet i 1816, og medlem nummer 372 av Kungliga Vetenskapsakademien to år senere. Han møtte også i Sveriges riksdag i 1817, 1823 og 1834 – for Lunds stift. Agardh ble innvalgt som medlem av Svenska Akademien 18. juli 1831 og tok sete på stol nummer 4 22. august 1834. I 1835 ble han utnevnt til biskop i Karlstads stift, og flyttet dit.