Den første anatomiske identifisering av subkortikale strukturer ble publisert av den engelske anatomen Thomas Willis (1621-75) på latin i 1664. På den tiden ble de omtalt som («det stripete legeme»). På begynnelsen av 1800-tallet ble basalgangliene assosiert med motoriske funksjoner, fordi skader i disse områdene ofte førte til forstyrrelser i bevegelseskontrollen hos mennesker.