Collin var femte i rekken av daværende President i Trondheims Magistrat, lagmann Hans Jenssen Collin og Sophie Amalie Krogs barn. Hans mor var datter av biskop, dr.theol. Peder Krog i Trondheim. Mesteparten av Niels Krog Collins skolegang fant sted utenlands, og da helst i Danmark. Han vokste opp blant Trondheims overklasse, og datidens forfinede kultur og løsslupne livsoppfatning. Den 30. juli 1735 ble Niels Krog Collin, sammen med sin to år eldre bror immatrikulert ved Københavns Universitet. Trolig studerte Collin også ved universitetene Jena i Tyskland og Leyden i Nederland.