Lite er kjent om byggingen av broen. Alt som er blitt bevart skriftlig er minner og legender og byggmesterens navn Mimar Hayruddin (elev av Sinan, en osmansk arkitekt). Det er mange tekniske mysterier forbundet med byggingen av broen; hvordan stillaset ble reist, hvordan stenene ble transportert fra den ene siden av elven til den andre og hvorfor stillaset ikke forfalt i den 9 år lange byggeperioden.