I sin første sesong for Merseyside-laget opplevde Kuyt å spille laget sitt frem til finalen i Mesterligaen 2006/2007 der de tapte for AC Milan. Kuyt var sterkt delaktig i at laget nådde finalen, blant annet med en scoring i finalen, samt den avgjørende straffen i straffesparkkonkurransen mot Chelsea FC i semifinalen. Kuyt endte på tolv mål i Premier League i sin første sesong og 16 mål totalt, derav 3 i Mesterligaen.