I åra som fulgte gjorde den politiske undertrykkelsen at partiledelsen mista kontakten med de fleste grunnorganisasjonene. Fra om lag 1965 var det i praksis redusert til ei lita gruppe uten en effektiv landsomfattende organisasjon. NKP gikk gjennom flere politiske splittelser, og motsetningene mellom Tutsi Lal og Pushpa Lal blei større.