Rettssakene mot de ansvarlige for muren pågikk frem til høsten 2004. De anklagede var DDRs regjeringssjefer Erich Honecker og Egon Krenz, medlemmene av det nasjonale forsvarsrådet Erich Mielke, Willi Stoph, Heinz Keßler, Fritz Streletz og Hans Albrecht, SED-lokallagslederen von Suhl, samt flere generaler, deriblant sjefen for grensetroppene (1979–90), generaloberst Klaus-Dieter Baumgarten. De anklagede vaktene tilhørte DDRs nasjonale folkearmé eller grensetroppene. Til sammen ble 11 personer dømt til fengselsstraffer, 44 til betingede straffer og 35 ble frikjent. Blant de som ble dømt til fengselsstraffer på inntil 7,5 år var Krenz, Albrecht, Streletz, Keßler og Baumgarten. I 2004 ble de tidligere politbyråmedlemmene Hans-Joachim Böhme og Werner Lorenz dømt til betingede straffer. Den siste prosessen mot en murvakt ble avsluttet 9. november 2004, på dagen 15 år etter murens fall, og endte med domfellelse.