Laget, som hadde en snittalder på 22 år, nådde umiddelbart etter opprykket en tredjeplass i Bundesligaen. I tillegg vant de cupfinalen i samme sesong mot MSV Duisburg (4-2) og kvalifiserte med dette til Cupvinnercupen. Klubbens stjerne på denne tiden var den 20 år gamle Franz Beckenbauer. I den påfølgende sesongen ble Bayern det tredje tyske laget til å vinne cupfinalen to år på rad etter at de slo Hamburg i finalen 4-0. Sesongens høydepunktet var deltagelse i den europeiske cupvinnercupen i Nürnberg, hvor det unge laget vant finalen 1-0 over Rangers. Målet ble scoret i en av ekstraomgangene av Franz «oksen» Roth.