To år senere ble Schieferdecker elev av Dietrich Buxtehude, deretter hans assistent og til slutt etterfølger ved i Lübeck. Som tradisjonen tilsa måtte han gifte seg med en av forgjengerens døtre, Anna Margareta Buxtehude. Johann Mattheson skrev at både han selv, Georg Friedrich Händel og Johann Sebastian Bach rygget tilbake for denne betingelsen da de undersøkte mulighetene for å bli Buxtehudes etterfølger.