I sine senere år opptrådte Brando mer sporadisk på lerretet, og privat slet han hovedsakelig med tre ting – overvekt, utallige rettssaker og sorg over sin unge datters selvmord. I 1990 drepte hans sønn, Christian, sin søster Cheyennes kjæreste – noe søsteren aldri kom over. Hun tok sitt liv fem år senere. Brando døde av respirasjonssvikt 1. juli 2004 i Los Angeles. Han ble kremert, og asken hans ble fordelt mellom familie og venner.