Den største miljøtrusselen er imidlertid eutrofiering på grunn av jordbruk og fiskeoppdrett. I Finland har en delvis fått kontroll på problemet, men effektene er delvis skjult på grunn av generelt dårligere kår i Østersjøen. Mange områder i øygruppen er vernet ved at de er vanskelig tilgjengelig for mennesker. I tillegg er det opprettet flere vernede naturområder, som nasjonalparken Sørvest-Skjærgårdshavet, der bare forskere har lov til å gå i land.