I likhet med mange andre steder, for eksempel Bygstad i nabokommunen Gaular, lå det lang strid bak byggingen av Sæle kirke. Fram til den nye kirken ble bygd, var det den gamle steinkirken fra ca. 1200 på Kvamsøy som var sognekirken. Denne var både gammel, liten og lite tilgjengelig, og mange i sognet jobbet derfor for å bygge ny kirke, enten på Sæle eller på Lindane.