Elven har sitt utspring fra fjellet vest i Nordrhein-Westfalen nær kilden til elvene Lahn og Sieg. I motsetning til Lahn og Sieg, som begge er sideelver til Rhinen, renner Eder østover og nordover og munner ut i Fulda ved Edermünde, sør for Kassel. Ved Hannoversch Münden renner Fulda sammen med Werra og danner Weser som renner ut i Nordsjøen nord for Bremen. Byer langs Eder er blant annet Battenberg, Frankenberg, Waldeck og Fritzlar.