Ontologi har spilt og spiller en stor rolle i mange biofilosofiske diskusjoner. De handler ofte om av visse fenomener, dvs. om de (og, hvis ja, hvilke som) virkelig uavhengig av iakttageren, eller om de er rent konsepsjonelle begreper skapt av biologene. For andre begreper var det uklart om de betegnet («typer») eller («ting»). De viktigste slike debattene gjelder: Gen – selv om alle snakker om gener, om effekten av gener, om egenskaper som ligger i genene osv., er det få som er klar over at kan bety mange ulike ting. Genetikere, evolusjonsbiologer og utviklingsbiologer mener ikke nødvendigvis de samme enhetene når de snakker om . De bruker alle en definisjon som er hensiktsmessig i sine respektive fagfelt, men som ikke nødvendigvis er kompatibel med andre fagfelts definisjoner. Alle er for så vidt enige om at gener består av DNA, men hvordan man skal avgjøre begynnelsen og slutten av et konkret gen kan besvares på mange ulike måter. Også antallet gener i en organisme vil variere sterkt med definisjonen man bruker. Karakter – karakterer er det som brukes for å beskrive organismer, både for å forstå deres morfologi og for å kunne systematisere dem. Men hva som brukes som karakter er veldig mangfoldig: egenskaper (f.eks. farge, størrelse), deler (organer, celletyper), økologiske krav (foretrukket temperatur, bytterorganismer), adferdstrekk (fuglesang, yngelpleie), utbredelse (endemisme, disjunkt forekomst) m.m. Det fantes en systematisk skole på andre halvdel av 1900-tallet som mente at enhver organisme kunne deles opp i et endelig antall «minste karakterer» (atomisme). Dette har blitt tilbakevist på bl.a. filosofisk grunnlag. Det fins ingen måte å avgjøre om et linseøye er én karakter eller flere (og i så fall hvor mange). Individ – av begrepene i denne listen skulle man tro at var enklest å definere. Skillet mellom to mennesker er da heller ikke spesielt uklart (om enn kanskje : når skal et foster regnes som et nytt individ?). Hos andre organismer kan skillet derimot være nokså vanskelig: Overgangen mellom aggregasjoner av éncellede organismer til enkle flercellede organismer er gradvis. Mange kolonidannende flercellede dyr (f.eks. mosdyr eller kolonimaneter) er forbundet med de andre organismene i kolonien, og danner funksjonelle og fysiologiske enheter: Utgjør de mange individer eller én «superorganisme»? Mange planter formerer seg ved rotskudd, og danner «datterindivider» – selv om forbindelsen etter hvert råtner bort, er de genetisk identiske, og utgjør en såkalt : Er det rameten eller geneten som er individet? Slike spørsmål illustrerer at heller ikke individbegrepet alltid kan defineres entydig. Art – hva som utgjør en art, har vært og er ett av de mest diskuterte temaene i systematikken og i biologiens filosofi. Det har blitt foreslått et tjuetall ulike artsbegreper eller artsdefinisjoner. Forskjellene mellom disse ligger hovedsakelig i hvilke biologiske fenomener som trekkes frem som avgrensningskriterium mellom to arter (morfologi, atferd, genetikk, økologi, evolusjon osv.). Implisitt og delvis eksplisitt ligger det imidlertid også dype ontologiske forskjeller mellom noen av artsbegrepene. Mens enkelte biologer leter etter et artsbegrep som er enkelt å bruke i praksis (f.eks. i bestemmelsesnøkler), leter andre etter et artsbegrep som resulterer i naturlige enheter som eksisterer uavhengig av menneskets inndelende og kategoriserende virksomhet. De førstnevnte enhetene kan ved skjønn, de sistnevnte må og er «hemmet» av de samme erkjennelsesteoretiske problemene som all annen vitenskap (f.eks. at man simpelthen kan ha tatt feil). Det er i dag ikke noe tvil om at det blant seksuelt reproduserende organismer finnes objektive enheter som er kjennetegnet av genflyt innad og fravær av genflyt mot andre slike enheter. Det såkalte ønsker å betegne nettopp disse enhetene som . Men dette er som sagt ikke den eneste muligheten. Det som lenge hadde blitt oversett, er nettopp den ontologiske forskjellen mellom objektive arter og skjønnsmessig definerte arter (f.eks. ved hjelp av morfologiske eller genetiske likheter): Arter ifølge det biologiske artsbegrepet er partikularia, ikke universalia. Arten er f.eks. ikke (bare) et sammensurium av alle individuelle elger, det er også en konkret en- og helhet som har sin egen, unike evolusjonære historie, som holdes sammen av genflyt mellom populasjoner, som har hatt en begynnelse i tid, og som kommer til å forsvinne en gang, enten ved utdøing eller ved å dele seg i to nye arter. Er arten borte, vil den ikke kunne komme tilbake. Derfor har arten en ontologisk realitet som er dypt forskjellig fra universalia som f.eks. . Økosystem – begrepet er av relativt ny dato og ble ikke utbredt før systemvitenskapen kom inn i biologien på 1970-tallet. De filosofiske problemene knyttet til begrepet ligner de som gjelder artsbegrepet: Er økosystemer objektive enheter som biologer må oppdage (partikularia), eller er de (subjektive) merkelapper som man definerer slik at de muliggjør en mest mulig formålstjenlig klassifisering av økologiske samfunn? Etter en periode der økosystemer nokså ukritisk og ureflektert ble omtalt som «superorganismer» – noe som impliserer en reell eksistens som partikularia –, har dette synet fått en del kritikk. Etter en periode der man helst unngikk hele begrepet, er det nå igjen blitt vanligere,, men ofte uten at det spesifiseres hva slags enhet man har med å gjøre.