Under presidentvalget i 1995 utfordret han Aleksander Kwasniewski, men han fikk bare 1,3% av stemmene. I 2000 organiserte partiet hans en kampanje for å blokkere hovedveiene for å få medias oppmerksomhet til den hardt pressede situasjonen innenfor polsk landbruk. Lepper vant 3,05% stemmer under presidentvalget i 2000. Under parlamentsvalget i 2001 kom Lepper og hans andre parti inn i det nedre kammeret i det polske parlamentet Sejm. Under parlamentsvalget i september 2005 ble Samoobrona det tredje største partiet i Sejm. Lepper deltok i presidentvalget i oktober 2005 som sitt partis kandidat, og fikk 15% av stemmene, det tredje høyeste resultatet under dette valget. Lepper og hans parti gikk inn i en koalisjon med det dominerende Prawo i Sprawiedliwość i mai 2006, og Lepper begynte i posisjonen som visestatsminister og minister for landbruk.