Athenerne var nå i en desperat situasjon. 3. september begynte siracuserne å fullstendig blokkere inngangen til havnen og fange atherne på innsiden. Utenfor Siracusa bygget athenerne en mindre mur for sine syke og sårede, og satte alle andre (inkludert mange av soldatene som var igjen på øya) i skipene sine til et siste slag, den 9. september. Flåten ble nå ledet av Demosthenes, Meander og Euthydemos, mens den siracusiske flåten ble ledet av Sikanos og Agatharkos på flankene og Pythen fra Korint i sentrum. Hver side hadde rundt 100 skip i slaget.