Nøyaktig hvor lansettfiskene hører hjemme på livets tre er usikkert. Tradisjonelt har de vært ansett som virveldyrenes nærmeste slektninger, men flere undersøkelser av fylogenetiske undersøkelser av DNA kan konkludert med at sekkdyrene er nærmere beslektet med virveldyr enn lansettfiskene. Lansettfiskenes anatomi er i så fall ganske lik den originale anatomien til ryggstrengdyrene. Andre analyser har kommet til at lansettfiskene er nærmere beslektet med pigghudene. I så fall er rekke Chordata parafyletisk, og lansettfiskene representerer den grunnleggende anatomier til deuterostome dyr, og både sekkdyrenes og pigghudenes anatomi er senere utviklinger.