Han ble arrestert av russerne 2. mai 1945 ved Wedding-bryggeriet, etter at han hadde ledet en gruppe som flyktet fra Førerbunkeren to dager før. Han ble først plassert i isolat av russerne, og senere flyttet til et fengsel for høye offiserer i Woikowo. 10. oktober 1955 ble han løslatt og arbeidet etterfølgende som forhandler av lastebiler og trailere i Barsbüttel ved Hamburg i Tyskland. Det britiske parlamentsmedlemmet Jeff Rooker prøvde forgjeves å få rettsforfulgt Mohnke for krigsforbrytelser han var mistenkt for fra krigens første del. Mohnke døde i nærheten av Eckernförde i Schleswig-Holstein i en alder av 90 år.