Spillerens karakter er en vandød som ikke enda har blitt «hul». Man rømmer fra et område kalt Northern Undead Asylum, spillets opplæringsdel, og får høre profetien om «den Utvalgte vandøde» som flykter fra Northern Undead Asylum og som må gjennom en pilegrimsferd for å ringe de to «Bells of Awakening» i Lordran. Etter man har ringt i begge bjellene, én på toppen av en kirke i Undead Parish og en annen i dypet av den giftige sumpen i Blighttown, åpnes en port til et nytt område kalt Sen’s Fortress. Dette vekker også en slange fra verdens opprinnelse, «Kingseeker Frampt». Han forteller spilleren at hen er den Utvalgte som må etterfølge Lord Gwyn og få flammen til å brenne enda lenger. For å gjøre dette må spilleren dra til den guddommelige byen Anor Londo og få tak i en gjenstand ved navn «Lordvessel», som de fire Sjelene må ofres til for å kunne reise videre til den første flammen. Spilleren må så få tak i de fire Sjelene. Lord Gwyns Sjel har blitt delt opp og gitt til både dragen Seath the Scaleless, den stolte dragen som forrådte sitt eget slag i sinne over sin egen mangel på udødelighet, og til monsteret «Four Kings», som tidligere var de fire herskerne over byen New Londo, som ble korrumperte og forvist til dypet, avgrunnen. For å få tak i den tredje Sjelen må spilleren ned i dypet for å komme til Gravelord Nito, den første av de døde, og bekjempe ham og en horde av skjeletter. Den fjerde Sjelen finner man i dypet av Izalith, hvor heksen og hennes døtre av kaos har blitt transformert til digre demoner på grunn av et mislykket forsøk på å gjenskape den første flammen.