Under krigen ble lokalene på Kvibergs skole rekvirert av tyskerne til kaserne, mens Kviberg selv sluttet seg til kommunistenes motstandskamp. Hans sønn Kjell Kviberg ble i løpet av krigen sentral, både i den illegale pressa og i NKP. De første årene nyttet han og kameraten Hans Luihn loftslokalene på farens skole til å sette opp et hemmelig trykkeri. Der produserte de den illegale avisen rett for nesa på de tyske soldatene. Per Kviberg selv ble til slutt arrestert, og satt de siste månedene av krigen på Grini.