Beat Israel tapte deres relative økonomiske fordeler på slutten av 1700-tallet og tidlig på 1800-tallet i løpet av perioden til Zemene Mesafint som var preget av hyppige borgerkriger og uro. Selv om hovedstaden i navnet var Gender i løpet av denne tiden, førte desentraliseringen av regjeringen og domineringen av regionale hovedsteder til en nedgang og undertrykkelse av Beta Israel av lokale herskere. Det var ingen sterk sentral regjering som var interessert i å beskytte dem. I løpet av denne tiden ble den jødiske religionen tapt for over førti år og den ble ikke restaurert før på 1840-tallet av Widdaye, den framragende munken fra Qwara.