I 2004 rykket FK Haugesund ned fra 1. divisjon, og laget tilbrakte dermed sesongen 2005 i 2. divisjon. FK Haugesund rykket imidlertid rett opp igjen etter å ha blitt det beste laget som kunne rykke opp fra 2. divisjon, avdeling 3. Sesongene 2006–2009 spilte klubben i Adeccoligaen. Sesongen 2009 endte med opprykk, og laget har fra 2010-sesongen spilt i Tippeligaen. I slutten av 2009 valgte klubben av økonomiske årsaker å starte et eget aksjeselskap. Etter opprykket har laget levert blandede resultater.