Sovjetiske styrker gjenerobret landet i 1944. Mange estere hadde sluttet seg til de tyske styrkene i kamp mot den røde arme. Sovjetiske myndigheter gikk hardhendt frem mot antatte kollaboratører. Terrorpolitikken ble gjenopptatt med deportasjoner og tvangskollektivisering. Fra Estland foregikk massedeportasjonene 1946-1949 og transportene gikk særlig til Novosibirsk og til Kasakhstan ved Semipalatinsk. Mange av de deporterte var bønder slik at tvangskollektiviseringen skulle være lettere å gjennomføre. Anslagsvis 124.000 ble deportert eller drept etter krigen. De deporterte ble blant annet erstattet av personer fra ulike deler av Sovjetunionen, hovedsakelig russiske arbeidere.