I 2008-09-sesongen førte han Hertha til en eksepsjonell 4.-plass i ligaen, med det 6. laveste budsjettet i Bundesliga. I februar 2009 kom en av hans største bragder så langt i karrieren da hans briljante taktikk ledet Hertha til en 2-1 seier over regjerende seriemestere Bayern München på en fullpakket (nesten 75.000 tilskuere) Olympiastadion, og sendte Hertha Berlin opp i ledelse i ligaen. Favre skrev under på en ett års forlengelse av kontrakten med klubben.