Den viktigste politiske saken i hans statsrådstid var spørsmålet om sanksjonsnektelse på Stortingets vedtak i statsrådssaken. Johansen hadde stemt for sanksjonsnektelse både i 1874 og i 1877, men i 1880 gikk han imot resten av regjeringen, ettersom han mente det var uforsvarlig å trosse Stortinget, og stemte for sanksjon. I januar 1882 forsøkte han igjen å komme ut av regjeringen, men heller ikke nå gjorde han alvor av trusselen. Siden holdt han seg til sitt eget departement, isolert fra de andre statsrådene.