Han var en av de første som oppfordret til å skille ut SS fra moderorganisasjonen Sturmabteilung (SA). I mars 1927 ble han utnevnt til Reichsführer i SS - en vanskelig periode hvor det var sterke ønsker fra SA om at SS skulle oppløses. Da han ble kommandant hadde medlemstallet nådd omkring 1 000. Under hans ledelse ble ting enda vanskeligere, og medlemstallet sankt helt ned til 280, mest på grunn av press fra SA. En av dem Heiden tok inn i organisasjonen for å redde den fra nedleggelse var Heinrich Himmler, som ble hans nestkommanderende. Heiden mente Himmler var en god assistent, men fant ikke ledermateriale i ham. Etter en tid ble Himmler hoveddrivkraften i SS og overskygget Heiden mer og mer.