Han ble Serbias president i september 1987. Han var læremesteren til og en nær venn av Slobodan Milošević, og støttet hans kandidatur da det skulle velges ny leder av League of Communists of Serbia. Dette vakte irritasjon blant flere andre lederskikkelser i partiet. Stambolić brukte tre dager på intens valgkamp for å sikre Milošević valgseieren, og lyktes til slutt med å vinne en meget knapp seier.