Per 2016 oppgir ulike kilder forskjellige tall for hvor hyppig Fragilt X-syndromet opptrer i befolkningen. Ett anslag går ut på at tilstanden finnes hos omtrent 1 av 5000 menn og 1 av 9000 kvinner. Frambu senter for sjeldne diagnoser oppgir derimot per 2016 at tilstanden finnes hos en per 4 000 gutter og en per 8000 jenter. Også U.S. National Library of Medicine oppgir tallet 1 av 4000 gutter og 1 av 8000 jenter. .