Man antar at Skara Brae ble bygd omkring år 3100 f.kr. og var bebodd i omkring 600 år. Det antas at bosetningen var befolket av mellom 50 til 100 personer. Omkring 2500 f.kr. skjedde det klimaforandringer som gjorde at været ble kjøligere og at det ble mer nedbør. Bosetningen ble da forlatt.