C. er kontraindisert hos barn, ved gravidititet og ved epilepsi.Ciprofloxacin bør ikke forskrives til barn, ungdom, gravide eller ammende da erfaring for sikkerhet mangler, og basert på dyrestudier kan det ikke helt utelukkes at det kan forårsakes skader på brusk i voksende ledd. Det er ikke vist noe tegn på teratogen effekt (misdannelser) i dyrestudier. Annen bruk av ciprofloksacin enn for bruk ved inhalasjonsanthrax (etter eksponering) anbefales ikke til barn.