Sasquatch! Music Festival 2006 var første året festivalen varte i tre dager. Festivalen begynte på fredag den 26. mai, og varte til søndag den 28. mai. Den andre dagen ble markert av en haglstorm om kvelden, som førte til at Neko Case og hennes band måte forlate scenen, samt at hele festivalen var i risiko for å avsluttes. Heldigvis gikk stormen over, og festivalen kunne fortsette.