Moon Jae-in ble født på øya Geoje i Sør-Korea, der foreldrene hans bodde etter at de hadde flyktet fra Nord-Korea på grunn av Koreakrigen. Faren, Moon Yong-hyung, arbeidet i en krigsfangeleir og moren, Kang Han-ok, solgte egg i havnen i Busan. Han har en yngre bror og tre søstre.