Ebert fikk kreft i skjoldbruskkjertelen i 2002 og måtte fjerne haken. Operasjonen førte også til at han mistet taleevnen. Men senere gjenopptok han skrivingen og gjorde også flere tv-opptredener. Få dager før sin død opplyste Ebert på sin blogg at kreften hadde kommet tilbake og at han ville trekke seg tilbake.