Viborg domkirke er antakelig bygget på det stedet hvor det langt tilbake i oldtiden lå en hedensk helligdom – et vi, som byen Viborg har sitt navn etter. Det antas at den første kirken på stedet ble bygget allerede rundt år 980. Denne kirken var utvilsomt av tre. I 1065 – i kong Svein Estridssons regjeringstid – ble Jylland inndelt i fire bispedømmer og Viborg fikk en biskop. I begynnelsen av 1100-tallet – under biskop Eskil – begynte byggingen av en domkirke på det stedet hvor den nåværende ligger. Muligens har Asmild kirke, som ligger på den østlige siden av Viborg-sjøene rett overfor domkirken, opprinnelig vært eller fungert som domkirke.