Jostein Nielsen er gift med Magna Våje Nielsen, og er sønn av frelsesoffiserene Anne Karin Nielsen og Hans Johnny Nielsen. Han er bror av advokaten Brynjar Meling. Jostein ble i 1979 far for første gang da han fikk datteren Silje og har i ettertid fått to barn til. Og i 2002 ble han også morfar for første gang og har i ettertid blitt morfar og farfar til tre barnebarn til.