Senere ble 5. hangarskipsdivisjon med og , 1. hangarskipsdivisjon med og samt 2. hangarskipsdivisjon med og tilføyet i enheten. Disse divisjonene utgjorde nå kjernen av Kidō Butai. I tillegg kom mindre eskortehangarskip og et antall slagskip, kryssere og jagere. Den store flåten seilte med admiral Isoroku Yamamoto østover for å gjennomføre angrepet på Pearl Harbor. Den øverstkommanderende for 1. marineluftflåte var på dette tidspunktet viseadmiral Chuichi Nagumo.