Han vant mot den athenske admiralen Konon, men stod snart ovenfor en betydelig athensk styrke som ble sendt for å unnsette Konon. Han møtte denne styrken i slaget ved Arginusai i 406. Han styrke ble alvorlig beseiret, og Kallikratidas selv ble drept. Etter hans død, vendte Lysander tilbake fra Sparta for igjen å overta stillingen som navark.