Ikke alle protestantiske menigheter og pastorer lot seg underlegge denne kontrollen, noe som for mange medførte forfølgelse og fengsel. Til tross for stor kommunistisk innflytelse og «utvanning av bibelske sannheter» opplevde mange kristne fellesskap framgang og fornyelse. De gruppe som Tre-selv-bevegelsen og kommunistene i virkeligheten gikk hardest ut imot, var de ekte arvtagere av den gamle tre-selv-tankegangen, de uavhengige kinesiske frikirker uten organisatoriske bånd til utlandet. De viste seg å være langt vanskeligere å infiltrere og overta.