I 1965 ble det gjennomført en "ansiktsløftning" der bilen fikk en lengre front, hvor radiatoren ble flyttet foran motoren (på tidlige årsmodeller stod radiatoren bak motoren). Til og med modellår 1966 ble SAAB 96 levert med en tresylindret totaktsmotor på 38–42 hk. Totaktsmotoren ble etter hvert ansett å være svært umoderne, noe som førte til salgskrise mot midten av 1960-tallet. Dette førte til at noen usolgte SAAB 96 av modellår 1966 ble konvertert til en firetakts V4 fra Ford, som også blant annet ble brukt i Ford Taunus. Denne motoren ble standard fra modellår 1967, selv om SAAB 96 fortsatt ble solgt i mindre antall med totaktsmotoren fram til og med 1968. Motorbyttet muliggjorde fortsatt salg av den populære bilen fram til 1980.