Han ble ordinert til prest 5. juli 1871. I 1875 tok han doktorgraden i teologi. Fra 1874 jobbet han som sekretær og andreseremoniar for Olomoucs erkebiskop Friedrich Egon von Fürstenberg. I løpet av de neste årene betrodde Fürstenberg, som ble stadig mer syk, ham ytterligere oppgaver. I tillegg hadde Theodor Kohn stillingen som (førsteamanuensis) ved Det teologiske fakultet ved Universitetet i Olomouc.