I august 1997 ble han dømt for fire drap til fengsel i seks og et halvt år. Siden han anket dommen ble han imidlertid løslatt fra fengsel i påvente av ankebehandlingen. I 1999 bekreftet tysk høyesterett dommen. Krenz betegnet det som «seiersjustis» og «kald krig i rettssalen». 11. januar 2000 avviste forfatningsdomstolen en forfatningsklage fra Krenz, og 13. januar påbegynte han soningen i Berlin-Spandau. Han ble løslatt før tiden etter nærmere fire års soning julen 2003. Etter løslatelsen slo han seg stille ned i Dierhagen i Mecklenburg.