Fra 1996 til 1998 var Sunniva Ørstavik førstekonsulent i Forebyggings- og utviklingsavdelingen i Sosial- og helsedepartementet. I 1998 ble hun ansatt som assisterende generalsekretær i Rådet for psykisk helse, fra 2005 til 2010 hadde hun stillingen som generalsekretær samme sted.