Giulio Antonio Santorio kom fra en slekt med mange jurister. Han var sønn av Leonardo Santorio og hans hustru Carmosina Baratucci. Hans farfar Carlo var blitt myrdet tjue år tidligere, og familien var blitt tvunget til å forlate byen. Det tok tilflukt i Gravina di Puglia, som var føydalområde under den mektige Acquaviva-slekten.