Under sin første administrasjon erklærte han Costa Rica for en uavhengig republikk og hadde planer om å kutte alle båndene mellom Costa Rica og den hendøende mellomamerikanske føderasjon for godt. Han satt også som leder for den lovgivende forsamlingen som president for kongressen av varamedlemmer i 1844–1845 og i den fjerde konstitusjonskonvensjonen fra 1859. Castro var konsekvent kritisk til den politiske innflytelsen til den katolske kirke.