Fredrik takket ja til tronen, noe som gjerne regnes som den utløsende faktor for tredveårskrigen. Men hans allierte i Den protestantiske union var ikke parat til å gi ham militær støtte, og underskrev isteden traktaten i Ulm. Hans korte regjeringstid som konge av Böhmen endte med hans nederlag i slaget ved Hvitefjell, den 8. november 1620 – et år og fire dager etter hans kroning. Etter slaget invaderte keiserens styrker Pfalz og Fredrik måtte i 1622 flykte til Nederland. Keiseren fratok ham formelt kurfyrstedømmet i 1623. Han levde resten av sitt liv i eksil, for det meste i Haag. Den tyske statsmannen, juristen Ludwig Camerarius (1573 Nuremberg-4. okt. 1651, sannsynligvis i Heidelberg), var minister og sjef for Fredrik V’s eksilregjering i Haag. Han, den avsatte kongen, døde i Mainz i 1632.