Det er blitt antydet at Nebe ikke var personlig ansvarlig for drapene utført av hans gruppe siden han allerede da var trukket inn i konspirasjonen mot Hitler via oberst Oster. Nebes angivelige forakt for massemyrderiene er omdiskutert fordi et brev fra ham datert 28. juni 1944 der han anbefaler bruk av «asosiale bastarder» (det vil si sigøynere) fra Auschwitz til medisinske eksperimenter som blant annet involverte drikking av havvann.