Saugstad er også opptatt av medisinsk etikk og forskningspolitikk og har siden 1970-tallet særlig kjent for sitt engasjement i spørsmålet om fosterets rettigheter i møte med bioteknologi. Han var rådgiver i helsepolitiske spørsmål for helseminister Dagfinn Høybråten (KrF) i periodene 1997–2000 og 2001–2004.