Rooney Lee ble valgt inn i Virginias senat i 1875, og var delstatssenator frem til 1878. I 1887 ble han valgt inn i det føderale Representantenes Hus, som representant for Demokratene. Han var medlem av Kongressen frem til han døde i Ravensworth i 1891. Han er gravlagt i Lee-familliens gravkapell ved Washington and Lee University i Lexington, Virginia, side om side med sine foreldre og søsken.