Etter først å ha vært en såkalt bygningskommune, ble Mysen en selvstendig kommune 1. juli 1920 da den ble skilt ut fra Eidsberg. 1. januar 1961 ble Mysen slått sammen igjen med Eidsberg. Utbyggingen av stasjonsbyen skyldtes for en stor del Anton Hamil Mysen som var ordfører i de tidlige årene i kommunen. Mysen var Norges nest minste kommune, bare Grip i Møre og Romsdal var mindre. Anton Hamil Mysen var eier av nordre Mysen og bekostet blant annet byggingen av Mysen kirke i 1903, tegnet av Hjalmar Welhaven.