Muratov var avisens sjefredaktør fra 1995 til 2017 og ble i 2019 på nytt sjefredaktør for avisen. Avisen ble kjent for sin dekning av følsomme og kontroversielle emner som korrupsjon og overtredelser av menneskerettighetene. Som sjefredaktør har han trykket artikler av blant annet Anna Politkovskaja, og som har vært kritiske til Vladimir Putins regjering. Likeledes har avisen har dekket den turbulente situasjonen i Tsjetsjenia og i det nordlige Kaukasus.