Da Shah Rukh døde i 1447 gjorde hans sønnesønn Ala al-Dawla Mirza, sønn av Ulugh Begs avdøde bror Baysunghur, krav på lederskapet i Timuride-dynastiets rike. Ulugh Beg oppholdt seg i byen Balkh, men han marsjerte nå mot Herat der han beseiret Ala al-Dawla i Murghab. Han inntok hovedstaden Herat i 1448, men møtte sterk motstand fra Ala al-Dawlas bror Abul-Qasim Babur Mirza. Ulugh Beg måtte returnere til Balkh bare for å oppdage at hans sønn Abdal-Latif Mirza, som var innsatt som guvernør i farens fravær, hadde satt i gang et opprør mot ham. Det kom til kamp mellom Ulugh Beg og sønnen, en kamp Abdal-Latif Mirza gikk seirende ut av høsten 1449. Ulugh Beg overga seg, men han ble satt fri for å kunne dra på pilegrimsreise til Mekka. Underveis ble han imidlertid drept på ordre fra sin sønn.