DNA mikromatriser måler aktiviteten til kjente gener. Sekvensbaserte teknikker, som Serial analysis of gene expression (SAGE) eller SuperSAGE, brukes også til genuttrykksprofilering. SuperSAGE er spesielt nøyaktig og kan måle aktiviteten til et hvilket som helst aktivt gen, også ukjente gener. Anvendelsen av høygjennomstrømnings sekvensering (eng: high throughput sequencing) har gjort sekvensbasert uttrykksanalyse til et "digitalt" alternativ til mikromatriser.