Selv om han på ingen var begeistret for statskuppet, resonerte han dog at keiserdømmet var det beste av alternativene. Da Charles Louis Napoléon Bonaparte ble keiser fikk han utnevnt Sainte-Beuve til professor i latinsk poesi ved Collège de France. Artikkelen Regrets (1852), hvor han anmodet sine gamle venner orleanisterne om å slutte seg til keiserdømmet førte til skandale. Da han i 1855 begynte å forelese ble han møtt med larmende motdemonstrasjoner fra liberale studenter, og han trakk seg fra stillingen. Isteden utga han sine forelesninger, , 1857, og ble i isteden utnevnt til professor ved École normale supérieure, hvor han foreleste i årene 1857–1861.