Museet har bygget opp en samling på nesten 400 kunstverker med hovedvekt på dansk og internasjonal samtidskunst. Av kunstnere representert på Arken kan nevnes Olafur Eliasson, Elisabeth Toubro, Damien Hirst, Andres Serrano m.fl. Arken inneholder også Asger Jorns Læsø-malerier fra 1965.