Whedon er oppvokst på Manhattan i New York, tok «high-school» ved i England og avsluttet en filmutdannelse ved i 1987. Etter studiene flyttet Whedon til Los Angeles og fikk sin første skrivejobb i TV-serien . Joss Whedon er blitt kalt verdens første tredjegenerasjons manuskriptforfatter, siden både hans far og bestefar skrev for TV-serier.