Quánzhēn ble grunnlagt av Wang Chongyang på 1100-tallet, under Jin-dynastiet. Ifølge legenden skal Wang Chongyang ha møtt to daoistiske udødelige sommeren 1159. I sin tidlige historie hadde quánzhēn-retningen stor politisk makt, men denne ble fra Yuan-dynastiet av svekket til fordel for zhengyi, selv om retningen i motsetning til de fleste andre daoistiske skoler har overlevd helt fram til i dag. Da mongolene invaderte Song-dynastiet i 1254 var quánzhēn-daoistene blant dem som strekte seg lengst for å holde på freden, og kan dermed ha bidratt til å redde flere tusen, hovedsakelig hànkinesiske liv.