Etter krigen, 8. april 1948, ble han dømt til døden i Nürnberg i Einsatzgruppenprosessen. Ifølge dommen hadde Sandberger entusiastisk og av fri vilje gått inn nazisystemet, og retten konkluderte med at han uten tvil var skyldig i krigsforbrytelser, forbrytelser mot menneskeheten og i å være medlem av en kriminell organisasjon. Benjamin Ferencz, den gang aktor, uttalte senere at Sandberger var en aktiv og antakelig nidkjær offiser under holocaust. Sandberger hevdet ved rettsoppgjøret at Hitler selv hadde utstedt ordren om å drepe jøder, sigøynere og kommunistfunksjonærer. En slik er ikke dokumentert skriftlig og blant historikere diskuteres det om massedrapene gjennomført i de erobrede områdene primært var resultat av radikalisering på lavere nivå i hierarkiet.