Naigeon startet å skrive egne verk først relativt seint i livet. Han skrev i tradisjonen til forgjengerne og gikk modig løs på dogmer, religiøse riter og religiøse institusjoners maktmisbruk. Naigeon var talsmann for en radikal ateisme og avviste i større grad enn forgjengerne naturreligion, forsynet, sjelens udødelighet, og eksistensen av en gud eller en høyere moralsk instans i det hele.