Hunayn ibn Ishāq var også forfatter av rundt 100 egen bøker. Særlig nevneverdige er bøker om oftalmologi (øyet og dets sykdommer) og hans gresk-syriske ordbok. Hans (også ) er en av de eldste bevarte kjemibøker og det eldste arabiske håndskrift om mineralogi. Den bygger på arabiske og spanske lærde. Her beskrives rundt 70 mineraler, og utvinningen av metaller beskrives (gull, sølv, bly, kopper, fremstilling av messing, kvikksølv). Han betegner kvikksølv og kopperacetat som giftere.