Faren, Edmund-Rufin Dzierżyński, var blitt uteksaminert fra universitetet i Sankt Petersburg i 1863 og flyttet så til Wilno, der han arbeidet hjemmefra som lærer i oppdrag av en professor ved navn Januszewski fra Sankt Petersburg-universitetet, og han giftet seg etterhvert med Januszewskis datter Helena Ignatjevna. I 1868, etter en kort tid ved gymnaset i Kherson, arbeidet han som gymnaslærer i fysikk og matematikk ved gymnaser i Taganrog, mest ved Tsjekhovgymnaset. I 1875 pensjonerte Edmund Dzierżyński seg av helsegrunner og flyttet med sin familie til sitt gods i Ivjanets og Rakaw i det russiske rike. I 1882 døde Feliks' far av tuberkulose.