Hoernle var nesten hele sitt liv engasjert i studiene av indoariske språk og er kanskje best kjent for sin dechiffrering av Bowermanuskriptet som ble samlet av Hamilton Bower i Kinesisk Turkestan. I 1893 klarte Hoernle å dechiffrere Weber-manuskriptet, et av de eldste bevarte sanskrit-tekstene på papir.