Einsatzkommando H internerte jødiske slovaker i Sered konsentrasjonsleir. SS deporterte fra september 1944 deporterte 8000 jøder til Auschwitz, 2700 til Sachsenhausen og 1600 til Theresienstadt. Et stort antall av disse døde under transport, i leirene eller i dødsmarsjene på slutten av krigen da leirene i Polen ble evakuert. Adolf Eichmann sendte den rutinerte SS-Obersturmbannführer Alois Brunner til Bratislava for å lede arbeidet. Tyskernes jakt på de gjenværende jødene fortsatte mens sovjetiske styrker nærmet seg landets grenser. De jødiske slovakene deportert høsten 1944 var blant de siste som ble sendt gjennom drapsanlegget i Auschwitz. Himmler ga trolig ordre om å innstille bruken av gasskammeret i månedsskiftet oktober/november. Riving av krematoriene begynte i slutten av november. Nazist-jegeren Simon Wiesenthal skriver at Himmler og Eichmann ville «holde igjen» noen jøder som et mulig bytteobjekt med de allierte i forbindelse med forhandlinger. Wisliceny i Bratislava var informert om denne mulige byttehandelen og forsøkte å avvente situasjonen. Alois Brunner skal ha vært så ivrig i arbeidet at han ikke tok hensyn til Himmlers planer og deporterte videre på egen hånd.