I 1584 tok han sitt sete i parlamentet for valgkretsen Weymouth and Melcombe Regis i Dorset, og senere for valgkretsen Taunton i Somerset (1586). På denne tiden begynte han å skrive på betingelse til partene i kirken, så vel som på temaet filosofisk reform i de tapte skriftene, . Likevel klarte han ikke å få en stilling han trodde ville føre ham til suksess. Han viste tegn på sympati til puritanisme, deltok på prekener av den puritanske kapellan av Gray's Inn og fulgte moren for å høre Walter Travers. Dette førte til utgivelsen av hans tidligste bevarte skrift, som kritiserte den engelske kirkens undertrykkelse av puritanske prester. I parlamentet i 1586 argumenterte han åpenlyst for henrettelsen av Maria, skottenes dronning.