Det finnes bare ett bevart orgelverk påført Brunckhorsts fulle navn, et preludium i e-moll. Stilkritiske undersøkelser viser at et preludium i g-moll som tidligere ble tilskrevet Nicolaus Bruhns i virkeligheten er av Brunckhorst: komponisten er angitt som I tillegg er en klaversonate og to kantater bevart,