Mesosykloner kan variere i størrelse fra mesoskala beta til mikroskala. Uttrykket mesoskala blir derimot vanligvis bare brukt om rotasjoner i midlere høyder i kraftige tordenskyer. Man mener at mesosykloner oppstår når man har kraftige vindskjær, der enten vindretningen og/eller vindstyrken endrer seg med høyden, som får områder med tordenskyer til å rotere i en horisontal søyle. Den konvektive vertikale luftstrømmen vippar deretter denne horisontale roterende søylen opp vertikalt, slik at hele oppdriften også begynner å rotere. Når oppdriften roterer kan det dannes et traktformet nedheng fra skybasen. Dette nedhenget er et roterende lag i skyene som synker nedover fra mesosyklonen. Dette er det første stadiet i utviklingen av en tornado. Man mener at mesosykloner er en av hovedfaktorene som må til for å kunne danne tornadoer.