Han var yngste sønn av snekker og kirkeverge i Tórshavn Niels Christopher Winther og Sigga Maria Karbech. Både farfaren og morfaren var bøkkere i Tórshavn. En eldre bror var lagtingsmann og sysselmann Mads Andreas Winther. Deres søster Maren giftet seg med Jens Wenningsted, som også ble lagtingsmann.