Det var klart at uten Marias støtte kunne ikke konspirasjonen lykkes, ettersom det var forutsatt av hun ville la seg krone til Englands dronning. I juli 1586 foreslo Babington for Maria at Elizabeth skulle myrdes, og han nevnte en mulig spansk invasjon. Filip II av Spania hadde lovet å sende en ekspedisjonsstyrke til England dersom Elizabeth ble fjernet fra tronen. Han hadde også en plan for å sette Maria fri, og for å myrde Walsingham og dronningens fremste rådgiver, William Cecil, 1. baron Burghley. Han hadde dermed bevis ikke bare for en konspirasjon som ville tjene Maria, men en hun var direkte involvert i. Det han fortsatt trengte var identiteten til de seks konspiratørene.