I februar 2006 observerte Spitzer sammenstøtet mellom en sonde sendt ut fra Deep Impact for å treffe kometen Tempel 1. I 2007 avdekket Spitzer at ekstoplaneten HD 189733b (en såkalt «Varm Jupiter»), hadde vanndamp i atmosfæren sin. Spitzer observerte også eksoplanetene HD 189733b og HD 209458b (begge «Varme Jupiter»-planeter) tidligere i 2007 da de forsvant bak sin respektive stjerne.