Abbado ble diagnostisert med magekreft i 2000, og behandlingen ledet til fjerningen av en del av hans fordøyelsessystem. Etter bedringen, dannet han festivalorkesteret i Luzern i 2003, og deres konserter har blitt høyt anerkjent. Hans sønn er operadirigenten Daniele Abbado, og hans nevø, Roberto Abbado er også dirigent. venstre|miniatyr|Urnegraven i 2024 med Fexdalen i bakgrunnen. I 2004 tilbakevendte han for å dirigere Berlinerfilharmonien og fremførte Mahlers 6. symfoni.