Med sin hustru Thekla hadde Mikael bare en kjent sønn, den etterfølgende keiser Teofilos (813 – 20. januar 842). Eksistensen av en datter ved navn Helena er mulig, men kildene er usikre. Denne Helena ble gift med Theophobos, en aristokrat som ble henrettet i 842 for å ha konspirert mot keiseren. Både den samtidige kronikøren George Hamartolus og Theofanes bekjenneren rapporterte at Theophobos var gift inn i keiserfamilien, men det er usikkert om Helena var Teofilos’ søster eller svigerinne.