Den isaurianske krig (492–497) ble utløst av Longinus’ tilhengere i Isauria som ble forbigått som keiser i favør av Anastasios. Slaget ved Kotyaion (dagens Kütahya) i 492 knekket ryggen på opprørerne, men den fortsatte som en geriljakrig i fjellene i Isauria i ytterligere noen år. Krigene i fjellene synes å ha havnet dødvanne ettersom opprørerne hadde kontrollen over festningen Papirius, og varte i fem år. Anastasios vedtok en bestemmelse knyttet til økonomien på midten av 490-tallet som antyder at krigen ikke opptok all tid og ressurser i regjeringen.