Prebensen tok juridisk embetseksamen i 1873 og studerte siden språk i Frankrike og England, før han i et par år var partner i farens forretning i Risør. I 1876 bestemte han seg for å bli embetsmann og gikk først inn i Kirkedepartementet, senere i Justisdepartementet. I 1887 ble han politimester i Vardø og i 1889 amtmann i Finnmarkens amt. Han var dessuten ordfører i Vadsø 1892–94, og ordfører i Vardø i 1888. I 1896 ble han forflyttet til Nedenes amt.