Evangeliet etter Johannes presenterer en «høy kristologi» som skildrer Jesus som guddommelig, og likevel, ifølge noen uortodokse tolkninger, underordnet den ene Gud. I verket avviser likevel Thomas Aquinas at personene i Treenigheten ikke er likestilte, og han avviser også argumenter mot en slik likestilling som er basert på johanninske passasjer. Johannes-evangeliet konsentrerer seg mer om Sønnens forhold til Far enn synoptikerne gjør. Det viktigste eksempelet er i Johannes 17.