Den 29. januar 2016 tok Jensen over kapteinsbindet i Rosenborg. 16. august 2016 skrev han ny kontrakt ut 2021 med Rosenborg. Jensen ble av Norges Fotballforbund i samarbeid med Norsk Toppfotball kåret til beste midtbanespiller og beste spiller i Tippeligaen 2016. (Kåringen var tidligere kjent som Kniksenprisen.) Jensen ble også «Årets spiller» som best på VG-børsen i 2016.