Han arbeidet deretter som journalist og ved det offentlige biblioteket i Frankfurt. I 1938 begynte han som lærer ved folkeskolen i Marktbreit, men ble etter en tid tvunget til å slutte på grunn av sin manglende støtte til nazismen. Han begynte så igjen på katolske prestestudier, nå ved klosteret St. Ottilien. Etter at klosteret ble oppløst i april 1941 fortsatte Wehrle på presteseminaret i Freising.