I en alder av seksten år trådte Pingré inn i augustinerkorherrenes orden, og var fra sin prestevielse i 1735 frem til 1745 professor i teologi i Senlis. Han ble tidlig mistenkt for å ha blitt influert av jansenismen og kalt til Pamiersder han ble forhørrt og irettesatt av en komité bestående av jesuitter.