Heath fortsatte å motsette seg stadig flere lover rettet mot Den katolske kirke. I likhet med andre katolske biskoper utnevnt under Henrik VIII ble han under Edward VI overbevist om at Thomas More hadde hatt rett, og at Henrik hadde tatt feil i sin holdning mot pavedømmet og kirken. I 1559 mistet han sitt bispesete, men han forble lojal mot Elizabeth. Etter en kortvarig fengsling fikk han leve de siste nitten år av sitt liv i fred og ro. Han deltok aldri i offentlige gudstjenester, men feiret noen ganger den katolske messen privat. Dronningen besøkte ham flere ganger i hans hjem i Chobham i Surrey. Han døde og ble gravlagt der mot slutten av 1578.