Dette førte frem til den filippinske revolusjon, og en erklæring av selvstendighet. Samtidig som det oppstod stridigheter også innen revolusjonens rekker, ble det dannet en regjering med Emilio Aguinaldo som president. Imidlertid ble dette kortvarig. På grunn av den spansk-amerikanske krig ble Filippinene overtatt av USA. Aguinaldo søkte da, med amerikansk støtte, å danne en selvstendig, føderativ republikk. Dette nektet imidlertid amerikanerne å gå med på. Det førte til en tid med flere opprør, og Aguinaldo ble til slutt fanget. De mange stridighetene på denne tiden er kjent som den filippinsk-amerikanske krig.