I april 2006 fikk Martini av Ignazio Marino, bioetiker ved Thomas Jefferson University Hospital i Philadelphia, spørsmålet om hvorvidt kondombruk kunne tillates i noen sammenheng. Martini svarte at det i visse situasjoner kan være rett å benytte kondom. Som eksempel gav han om en av partene i et ekteskap lider av HIV eller AIDS. Martini påpekte imidlertid at Kirken ikke offisielt kan støtte bruk av prevensjonsmidler, men at kondom moralteologisk sett er å betrakte som «et mindre onde» i denne spesifikke situasjon.