Som alle ekstra store hunderaser, trenger også sankt bernhardshunder godt tilpasset og næringsrikt kosthold for å unngå helsemessige problemer. Dette er spesielt viktig under den lange tilvekstperioden disse hundene har. De kan ikke regnes som fullt utvokste før de er nærmere 3 år gamle. Rasen tilhører dessuten de rasene som oftest rammes av arvelige skjelettsykdommer, eksempelvis hofteleddsdysplasi og albueleddsartrose. Da standarden tidligere nevnte at St. bernhardshund var utformet slik at kombinasjonen entropion/ektropion var en rasetypisk egenskap, medførte det at nesten alle St. bernhardshunder i dag har entropion/ektropion i mer eller mindre grad. Standarden er nå forandret slik at St. Bernhardshunder ikke skal ha denne øyesykdommen, men rasen har fremdeles problemer med dette etter som det er nevnt som et problem i rase spesifikk bedømming.