Området rundt det som først skulle få navnet var en sommerhjem for sioux- og winnebago-indianerne. Den første faste bosetting var ved Shibboleth i 1853 der Winnebago River og Calmus Creek møtes. Byen hadde flere navn: Shibboleth, Masonic Grove, og Masonville, til navnet Mason City ble valgt i 1855, til ære for grunnleggerens sønn Mason Long.