Kirkuk har vært en urolig by, med aktive celler av Ansar al-Islam, Al Qaeda i Irak, og andre væpnede grupper. Moqtada al-Sadr sendte i 2006 flere hundre væpnede menn fra sin sjiamuslimske Mahdi-hær til byen, noe som bidro til å øke spenningen ytterligere. Det har forekommet en lang rekke terrorangrep i Kirkuk etter 2003, hovedsakelig utført av sunni-arabiske ekstremister. I perioden 2003 - 2006 hadde Kirkuk fylke (Tammim) i gjennomsnitt mer enn 4 væpnede aksjoner pr dag. Kurdiske myndigheter opprettet i 2002, med amerikansk støtte, en anti-terror-styrke i første rekke for å kontrollere den kurdiske islamistgruppa Ansar al-Islam, ledet av mulla Krekar. CTU ledes av Lahur Talabani, nevøen til Iraks tidligere president Jalal Talabani. og har etter 2003 utvidet sin virksomhet også til Kirkuk.