I 1350 begynte byrådet i Bologna å betale professorenes lønn, som tidligere var betalt av studentene. Dermed ble universitetet verdens første offentlige universitet, og har fortsatt slik. Unibo skiftet i 2000 navn til , latin for «studienes nådige mor» – viste i middelalderen til jomfru Maria – for å understreke sin spesielle historiske rolle. Det nye navnet brukes nesten utelukkende i kombinasjon med det gamle.