I tillegg til å kjempe seg gjennom alle gymmene for å nå ligaen, møter spilleren på en ond gruppe med trenere, , (spørs hvilken versjon du spiller, Omega Ruby eller Aplha Sapphire) som ønsker å vekke de legendariske Pokémonene . I Omega Ruby vil Team Magma vekke Groudon for å tørke hele Hoenn for vann, slik at Pokémon kan leve fritt, og utslette alle vanntype Pokémon. I Alpha Sapphire vil Team Aqua vekke Kyogre for å oversvømme hele Hoenn for at vanntype Pokémon kan få et mye større område å leve på og la de leve fritt i et mye større område. Det er opp til treneren å stoppe Team Magma / Aqua samtidig som den skal komme seg gjennom regionen og slå alle gym-lederne og vinne i ligaen til slutt.