Johannes Jobst deltok i alle sesjoner i Det andre Vatikankonsil fra 1962 til 1965. Johannes Jobst var den siste levende tyske konsilfader fra Det andre Vatikankonsil. Pave Benedikt XVI inviterte ham og 68 øvrige fortsatt levende rådsfedre til Roma den 11. oktober 2012; han var imidlertid ikke i stand til å delta av helsemessige årsaker.