Braathens ble tatt over av SAS i 2002 etter flere år med økonomiske problemer som følge av feilslåtte investeringer i de svenske flyselskapene Transwede og Malmö Aviation samt stor overkapasitet i det norske innenriksmarkedet. Mot slutten opererte selskapet 27 Boeing 737 av nyere type. Fra våren 2004 ble virksomheten til SAS i Norge og Braathens drevet under navnet SAS Braathens, og Braathens ble 1. mars 2005 fusjonert inn i SAS Braathens og opphørte dermed som eget selskap.