I divisjonsrunden, samlet Brees 247 pasningsyards og tre touchdowns i en dominerende 45–14 seier over Arizona Cardinals. I NFC Championship-kampen slo Saints Minnesota Vikings 31–28 på overtid. Brees fullførte 17 av 31 pasninger for 197 yards og tre touchdowns i kampen. Saints slo Indianapolis Colts 31–17 i Super Bowl XLIV 7. februar 2010. Brees tangerte en Super Bowl-rekord med 32 fullførte pasninger og vant Super Bowl Most Valuable Player Award. Han hadde 288 pasningsyards med to touchdowns. Det var Saints' første ligatittel noensinne. Brees ble utpekt til Sportsman of the Year 2010, både for sin seier i Super Bowl og for sitt veldedighetsarbeid i sammenheng med gjenoppbygingen av New Orleans. Den 17. desember 2010 ble han utpekt til AP Male Athlete of the Year. Fire år etter at Brees tilsluttet seg Saints var han mer treffsikker enn noen annen quarterback i lagets historie. Da Brees og Saints returnerte til New Orleans etter seieren i Super Bowl ble de tatt imot med ett bluesband og tusenvis av tilhengere.