Aleksandar kom allikevel i konflikt med sine egne politikere over interne uenigheter, som kulminerte i desember 1858 da nasjonalforsamlingen tvang ham til å abdisere. Etter sin abdikasjon flyttet Aleksandar til sin eiendom i nærheten av Timişoara (i dagens Romania). Etter attentatet på Mihailo Obrenović III, 10. juni 1868, ble Karađorđević-familien beskyldt av Obrenović-familien for å ha støttet og stått bak attentatet. Hverken årsaken eller personene bak attentatet ble noen gang avslørt. Aleksandar døde 3. mai 1885 og hans sønn Petar ble det neste overhodet for familien.