Etter invasjonen i 2003 ble Malaki nestleder i komiteen som skulle fjerne baatistenes innflytelse i det irakiske samfunnet. I januar 2005 ble han valgt inn i den foreløpig nasjonalforsamlingen, og spilte en viktig rolle i forhandlingene som ledet fram til ny grunnlov høsten 2005. Han var også nestleder i Dawa-partiet, under Ibrahim al-Jaafari som også var statsminister i overgangsregjeringen som leder for Sjia-alliansen.