Tomta var fra gammelt av del av Lille Ekeberg gårds marker. Skolen som ble reist fra tidlig på 1950-tallet, og offisielt åpnet i 1956, tok i mot elever fra 1954. Det var tre førsteklasser: en jenteklasse, en gutteklasse og en blandingsklasse. Skolens første overlærer var Ragna Ruud, og skolens første gymlærer Terje Hegbart. Sistnevnte drillet elevene i ballspill og skolen vant Oslo-mesterskapet i håndball for folkeskolene to ganger. Ekeberg skoles musikkorps ble stiftet i 1957 og står fremdeles ved lag.