Pedersen begynte sin fotballkarriere hos Herfølge Boldklub i dansk 1. divisjon i 2004. Etter å ha spilt over 40 seriekamper og scoret 18 mål fordelt over tre sesonger meldte han overgang til hardtsatsende FC Nordsjælland i september 2007. Her fikk han sitt definitive gjennombrudd, og noterte seg for syv mål på 26 kamper i Superligaen.