Fredag 21. januar 2000 avsa tingretten dom i saken om statens rett til å avskjedige sogneprest Olav Berg Lyngmo. Staten tapte saken i tingretten og sognepresten fikk beholde jobben. Samme dag som dommen falt, besluttet nyutnevnt kirkeminister Trond Giske at staten skulle anke dommen. Torsdag 7. september 2000 var det offisiell åpning av det nye helsesenteret i Kautokeino. Helsesenteret kostet 50 millioner kroner i 2000, tilsvarende 81 millioner kroner i 2022 Fredag 12. januar 2001 avsa lagmannsretten dom i ankesaken om statens rett til å avskjedige sogneprest Olav Berg Lyngmo. En enstemmig lagmannsrett ga staten medhold. Sognepresten ble fradømt sitt embete og ble i tillegg dømt til å betale egne og statens saksomkostninger. I slutten av mai 2001 avviste Høyesteretts kjæremålsutvalg anken fra sogneprest Olav Berg Lyngmo, og avskjedsdommen der han ble fradømt embetet som sogneprest var dermed rettskraftig. Mandag 3. juni 2002 ble postkontoret i Kautokeino nedlagt, og en lokal dagligvareforretning åpnet i stedet «Post i butikk». 5. desember 2002 åpner Vinmonopolet utsalg i Kautokeino. Nærmeste vinmonopol lå tidligere i Alta,130 kilometer unna. 15. juli 2003 ble Nordlandia hotell i Kautokeino totalskadet i en brann. 1. januar 2005 hadde Kautokeino 2997 innbyggere, og folketallet i kommunen hadde dermed sunket til under 3000. I 2005 ble Struves meridianbue oppført på UNESCOs verdensarvliste; to av buens målepunkter befinner seg i Kautokeino, nemlig Luvddiidčohkka / Lodiken og Muvravárri / Bealjášvárri. I 2007 la Kong Harald ned grunnsteinen til Samisk vitenskapsbygg / Diehtosiida. Kostnadsrammmen var på 276 millioner kroner, tisvarende 418 millioner kroner i 2023. I 2008 åpnet Thon et nytt hotell i Kautokeino. I 2009 flyttet Samisk høgskole inn i bygget Diehtosiida.