Man mener at byen ble grunnlagt av sapa inka Pacahacutec omkring 1440, og at den var bebodd frem til den spanske erobringen av Peru i 1532. Arkeologiske undersøkelser sammenholdt med tidligere dokumenter fra kolonien viser at Machu Picchu ikke var en vanlig by, men en landsens «ferieby» for de øvre klasser i inkasamfunnet. Anlegget består av omkring 200 byggverk med en rekke funksjoner. Det er inndelt i en bydel og jordbruksdel med kunstig anlagte terrasser. Det er et stort palass og templer viet til flere inkaguddommer rundt en gårdsplass, med andre bygninger for tjenestefolk. Det bodde anslagsvis bare omkring 750 mennesker i byen på det meste, og bare en liten andel av dem befant seg der i regntiden.