Senere i livet, da MacIntosh var desillusjonert angående arkitektur, arbeidet han for det meste som akvarellmaler og malte et stort antall landskapsbilder og blomsterstudier (ofte i samarbeid med Margareth) i landsbyen Walberswick i Suffolk hvor paret flyttet til i 1914. Deres stiluttrykk ble gradvis mer og mer sammenfallende. I 1923 hadde han fullstendig gitt opp arkitekturen og formgiving og flyttet til sydlige Frankrike med Margareth, hvor han konsentrerte seg helt om akvarellmaling. Han var interessert i det menneskeskapte og de naturlig forekommende landskap. Mange av hans malerier skildrer Port Vendres, en liten havneby nær den spanske grensen, og landskapet i omegnen.