Det ble fremført klagemål over Jón til kong Christian III, og denne befalte i 1548 at han skulle reise til Danmark og forsvare sin sak; i annet fall skulle han erklæres fredløs. Det falt ikke Jón inn å adlyde befalingen. Tvert i mot; han sies også å ha søkt hjelp hos fremmede fyrster (keiser Karl V) og oppfordret dem til å erobre Island. Disse planer ble betraktet som landsforræderi, og det skulle felle ham.