Heise debuterte som komponist i 1848 med en studenterforeningskantate og skrev deretter en lang rekke romanser. Han skrev også klavermusikk, kammermusikk og en symfoni samt scenemusikk m.m. Klaverkvintetten fra 1869 nevnes som det beste danske eksempel i sjangeren. Dertil kommer en klavertrio i E-dur, 6 strykekvartetter, noen stykker for cello og klaver og en fiolinsonate. Hans største enkeltbedrift er imidlertid operaen «Drot og marsk» med libretto av Christian Richardt som ble uroppført på Det kongelige Teater 25. september 1878.