Rødspette finnes ned til 60 meter dyp særlig på østsiden av fjorden. Det var på 1800- og 1900-tallet til dels betydelig fiske av rødspette. Såkalt «gullflyndre» fra Borgenfjorden har vært kjent for god kvalitet og dette fisket ble ødelagt av Verdalsraset i 1893 da sjøen ble fylt av leirslam. Rødspetta er nokså stasjonær, men skiller seg ikke genetisk fra rødspette andre steder langs kysten av Norge. Rødspetta vokser fort og blir større enn andre steder i Europa. Ved Trondheim biologiske stasjon ble det 1908–1965 klekket og sett ut rødspetteyngel i fjorden for å forsterke den naturlige bestanden. Det er ikke dokumentert effekt av denne utsettingen. Rødspette har middels betydning kommersielt og for fritidsfiske.