Pointner var trener i Tirols skiforbund fra 1995, og hovedtrener fra 1996. I 1999 ble han hjelpetrener på det østerrikske hopplandslaget under hovedtrener Alois Lipburger, som omkom i en bilulykke i 2001. Pointner fortsatte som hjelpetrener under den nye landslagstreneren Toni Innauer til 2002. Pointner var deretter hovedtrener for det østerrikske B-landslaget til 2004, da han ble utnevnt til hovedtrener på A-landslaget. Han gikk av som landslagstrener i 2014 etter konflikter innad i det østerrikske hopplandslaget. Under hans ledelse vant østerrikske hoppere 118 verdenscuprenn, fire sammenlagtseire, ni seire i nasjonscupen, seks sammenlagtseire i hoppuka og 32 medaljer i VM og OL.