De tsjekkoslovakiske områdene som Ungarn erobret eller annekterte 1938–1939 ble utsatt for holocaust i Ungarn. Medregnet det sørlige Slovakia annektert av Ungarn i 1938 var det samlede antall drepte om lag av i alt jøder som bodde i denne delen av Tsjekkoslovakia før krigen. I Karpato-Ruthenia erobret av Ungarn i 1939 ble jødiske innbyggere drept. Over jøder fra Ungarn (inkludert annekterte områder) ble i løpet av et par måneder i 1944 sendt med tog gjennom Slovakia til Auschwitz.