Den største og mest velkjente yakuzaklanen i Japan er Yamaguchi-gumi (六代目山口組 Rokudaime Yamaguchi-gumi) og er oppkalt etter Harukichi Yamaguchi. De har hovedkvarter i Kobe, og det antas at de tjener ca 6 milliarder amerikanske dollar per år fra narkotikahandel, innkreving av beskyttelsespenger, lånehaivirksomhet, prostitusjon, svindelforetagende med fast eiendom og aksjehandel. I august 2015 brøt en del medlemmer med organisasjonen og dannet utbrytergruppen Kobe Yamaguchi-gumi, med hovedkvarter i Awaji, Hyogo prefektur. I 2019 hadde Yamaguchi-gumi 9 500 medlemmer, Sumiyoshi-kai hadde 4 900 medlemmer og Inakawa-kai hadde 3 700 medlemmer. I 2017 hadde Kobe Yamaguchi-gumi 5 100 medlemmer.