Ettersom flere koalisjonsstyrker ble med i krigen og Nordalliansens styrker kjempet seg sørover, trakk Taliban og Al-Qaida seg tilbake mot det fjellendte grenseområdet rundt Durand-linjen, mellom Afghanistan og Pakistan. Fra 2002 og fremover fokuserte Taliban på å overleve og gjenoppbygge sine styrker. I mellomtiden tok NATO kontroll over ISAF i 2003. Fra 2003 og fremover økte Taliban antallet angrep ved hjelp av opprørskrig. Taliban, som var fast forankret i grensetraktene mellom Afghanistan og Pakistan, opplevde en oppblomstring og viste at det kunne innlede store, koordinerte og effektive angrep mot koalisjonsstyrker og afghanske styrker. I løpet av årene gjennomførte NATO-ledede styrker flere offensiver mot befestede Taliban, men disse viste seg ikke å være i stand til å fjerne Taliban-opprørerne fullt ut. I løpet av 2009 begynte en Taliban-ledet skyggeregjering å danne sin egen fullkomne versjon av meklingsinstans.