Magistratens historiske røtter går helt tilbake til midten av 1200-tallet, selv om begrepet først oppsto ved midten av 1600-tallet. I Kristian IVs bylov av 1619 ble det fastslått at lensherrene skulle føre kontroll med byenes magistrater. Samtidig ble preget av borgerrepresentasjon svekket. Ved innføringen av eneveldet i 1660 ble magistratene oppnevnt av kongen, som en del av hans embedsverk.