Hans far Alfonso II hadde hatt et dårlig forhold til den katolske kirke da han forsøkte å begrense kirkens makt. Selv forsøkte Sacho i hvertfall i noen grad å forbedre dette. En traktat med ti artikler ble inngått mellom paven og kongen, men kongen la seg lite i selen for å oppfylle den. Han kom raskt i konflikt med kirken, særlig med biskopene av Lisboa og Porto, som fant størr hos pave Gregor IX. I 1238 ble også Sancho II ekskommunisert, noe også hans far var blitt.