Snort kan konfigureres i tre hovedmoduser: 1. sniffer, 2. pakkelogger og 3. nettverksinnbruddsdeteksjon5 Sniffer-modus I sniffer-modus vil programmet lese nettverkspakker og vise dem på konsollen. Pakkelogger-modus I pakkelogger-modus vil programmet logge pakker til disken. Nettverksinnbruddsdeteksjon-modus I innbruddsdeteksjonsmodus vil programmet overvåke nettverkstrafikk og analysere den mot et regelsett definert av brukeren. Programmet vil deretter utføre en spesifikk handling basert på hva som er identifisert.