Spilleren kan velge mellom to forskjellige spill-modus: Story Mode eller Trial Mode. I hvert modus kan spilleren velge et kurs, finne ut hvilken frukt som skal være "Lucky Fruit" og velge en Yoshi av ønsket farge å spille som. Prøve-modus er kurs som skal spilles helt i begynnelsen av spillet. På hvert kurs er målet å spise 30 stykker frukt. Disse kan bli funnet i overflod gjennom hvert kurs, liggende, flytende i bobler, og til og med bæres av noen fiender. Spilleren kan velge å spise alt de kommer over på deres vei. Denne tilnærmingen kan imidlertid resultere i at viktige deler av spillet ikke blir spilt riktig, ettersom den virkelige dybden i spillet ligger i å utforske alle delene av kursene. Dermed blir det vanskelig å få noen høy score. I tillegg er verdifulle hemmeligheter skjult gjennom hvert kurs, som kan bidra til å oppnå en poengsum.