Kanozero har to utløpselver: Ved Zasjejek-Kanozero, helt i sørenden av sjøen, renner elva Rodvinga ut over Kanoserskij-strykene, mens fem kilometer mot nordøst forlater elva Kitsa sjøen via Padunfallene. De to elvene løper sammen igjen i innsjøen Pontsjozero rundt ti kilometer nedenfor.