Da Adolf Hitler avslo å la Rommel vende tilbake til Tunisia, ble von Arnim forfremmet til full general (generaloberst) den 4. desember 1942, og ble øverstkomamnderende for Heeresgruppe Afrika og leder av styrkene i Afrika fra 9. mars til britene tok ham tilfange to måneder senere den 12. mai 1943. Han var den siste kommandanten for Afrikakorpset (som var i kamp med allierte i Nord-Afrika) og han reddet mannskapet ved å overgi seg og gå i krigsfangenskap. Han unngikk formelt å overgi hele korpset til britene. Arnim og hans stab overga seg til 12. mai 1943 til 4. indiske divisjon i den britiske hær. Han og hans stab var en av de siste som overga seg.