Fortsatt var det 500 km av Nordvestpassasjen som ikke var utforsket, og i 1845 sendte admiralitetet ut en stor ekspedisjon som skulle kartlegge den siste delen. I tillegg skulle den bedrive vitenskapelige studier av jordmagnetismen nær den magnetiske nordpol. Ekspedisjonen besto av 129 mann fordelt på to sterke og velegnede bombarderfartøyer, HMS «Terror» og HMS «Erebus», begge var tidligere brukt av James Clark Ross i utforskningen av Antarktis. Franklin ble utpekt som øverstkommanderende for hele ekspedisjonen, mens Francis Crozier ble kaptein på «Terror» og James Fitzjames på «Erebus».