I begynnelsen av uavhengighetskrigen ble Aldama utnevnt til kaptein for kavaleri-regimentet av den meksikanske militsen. Aldama ble sammen med flere andre opprørere tatt til fange av den spanske kolonimakten i 1811. Han ble stilt for krigsrett for oppvigleri og høyforræderi mot den spanske kronen, og ble henrettet ved skyting den 26. juni 1811, sammen med flere andre medlemmer av den meksikanske opprørshæren. Blant opprørerne han ble henrettet sammen med, var Mariano Jiménez og Manuel Santa María.