De fleste flyvningene til SAS har utgangspunkt i selskapets tre huber. Den største er ved Københavns lufthavn, som er hovedbase for selskapets europeiske- og interkontinentale rutetrafikk. Noe mindre baser finnes ved Stockholm- og Oslo lufthavn, hvorfra SAS har omfattende innenrikstrafikk, samt tilbyr en rekke destinasjoner i Europa og enkelte interkontinentale destinasjoner. Selskapet flyr i høy frekvens på «hovedstadstriangelet», og mater passasjerer mellom de tre hubene.