Et halvt år senere hentet John Faxe Jensen og Michael Laudrup Wieghorst tilbake til Danmark på en såkalt fri transfer. Her oppnådde han stor popularitet som en alltid hardtarbeidende midtbanegeneral, og visekaptein i Brøndby IF. Spesielt ble han populær hos publikum, fordi han insisterte på å bli på banen selv når han hadde vært ute hos klubblegen Per Bjerregaard på sidelinjen for å få sydd en flenge i øyenbrynet. De mange hodeduellene gav han mange skrammer, og de fleste Brøndby-fans vil huske «Viggo» med bandasje rundt hodet, men i stadig beinhard kamp på midtbanen. Dette kom til uttrykk i ligakampen mot Farum Boldklub i 2002, hvor han med en blodig bandasje rundt hodet scoret fire mål. Han ble cup-mester med Brøndby i 2003.