Selv om geohydrotermiske systemer har mange fordeler, finnes det flere utfordringer knyttet til effektiv drift og bærekraftig implementering. En av de viktigste er de høye installasjonskostnadene, særlig når rørsløyfer må graves ned eller legges under vann. Slike arbeider kan være avskrekkende for prosjekter med stramme budsjetter. I Norge tilbyr Enova ulike støtteordninger som kan bidra til å gjøre prosjektene mer økonomisk gjennomførbare, både for privatpersoner og virksomheter som ønsker å investere i energieffektive løsninger.