Forordningen om EEA ble vedtatt av Den europeiske union i 1990, og trådte i kraft i slutten av 1993. Virksomheten kom i gang for fullt i 1994 gjennom opprettelsen av hovedkvarteret i København. Med denne forordningen ble også Det europeiske nettet for miljøinformasjon og miljøobservasjon (Eionet) opprettet. EEA er også aktiv medlem av nettverket EPA, en frivillig sammenslutningen av klima- og forurensningsdirektoratene i Europa, inkludert Miljødirektoratet i Norge. Siden 2023 er Leena Ylä-Mononen administrerende direktør for byrået på fem års åremålskontrakt.