I 1640 bodde han i Prettin (Annaburg) i Sachsen og giftet seg med Maria Magdalena Grabler, datter av en bymusikant. De hadde tre sønner som alle var musikere: Georg Christoph Bach (1642–1697), tvillingene Johann Christoph Bach (1645–1693) og Johann Sebastian Bachs far, Johann Ambrosius Bach (1645–1695).