Strukturen ble plyndret og demontert på 300-tallet da en fundamentalistisk kristen biskop besluttet at hedendommen måtte bli utradert. Betegnelsen «Pompeius’ søyle» er misvisende da den ikke har noe med Pompeius å gjøre, men ble reist i 293 for keiser Diokletian, muligens som minne om seieren over opprøreren Domitius Domitianus. Under selve akropolis er det under bakken levninger av Serapeion, tempelet hvor mysteriene til guden Serapis ble utført, og hvor dens uthogde nisjer i muren kan ha vært benyttet som overflødighetslager for antikkens bibliotek. I senere tid har mange antikke gjenstander blitt funnet i havet ved siden av, men hovedsakelig deler av gammel keramikk.