Sachsen-Anhalt har sin historiske opprinnelse som den nordlige delen av kongeriket Sachsen. I 1816 måtte Sachsen avstå området til kongeriket Preussen, hvor det eksisterte som Provinsen Sachsen frem til 1945. Da Preussen ble oppløst som en konsekvens av 2. verdenskrig, ble delstaten Sachsen-Anhalt opprettet i 1947. I 1949 ble den innlemmet i Den tyske demokratiske republikk, og som følge av en administrativ reform i 1952 ble Sachsen-Anhalt oppløst og erstattet av distriktene Bezirk Magdeburg og Bezirk Halle. Etter Tysklands gjenforening i 1990 ble delstaten gjenopprettet.