I ungdomsskolens tidlige periode hadde den over 1000 elever, og i en periode med det høyeste barnetallet i området var det over 2000 elever ved skolen. Da måtte undervisningen fordeles på for- og ettermiddagsundervisning. Ved 2. verdenskrigs start, april 1940, ble Rothaugen skole rekvirert av tyskerne. De tyske soldatene inntok de fleste rom på skolen og ble der gjennom hele krigen. Etter krigen fikk elever og lærere skolen tilbake i en elendig tilstand, både bygning og inventar var skadet eller ødelagt. Skadetaksten beløp seg på hele 146.215 kroner.