En beslektet hypotese hevder også at det ikke var rutefly som rammet Verdens Handelssenter, men ubemannede og umerkede militærfly som ble fjernkontrollert. Det blir i forlengelsen av påstanden om ubemannede militærfly også hevdet at fotografier viser at slike fly skjøt ut raketter eller bomber som rammet tårnene i forkant og laget åpninger slike at flyene kunne trenge inn. Beviset er angivelig at en ildkule viser seg på tårnene før flyene treffer dem. Tilhengere av disse påstandene har ikke fått medhold blant vestlige massemedier og myndigheter for dokumentasjonen de har fremlagt for teoriene sine.