Den daglige driften i Ungdom mot EU blir håndtert av sentralstyret, og kontoret er styrt av generalsekretær Pål Trautmann Olerud. Organisasjonens høyeste myndighet er landsmøtet som tradisjonelt holdes årlig i Oslo i løpet av januar måned. Mellom landsmøtene er det et landsstyre, bestående av opp til 22 representanter fra hele landet som er organisasjonens øverste organ. Ungdom mot EU har ca. registrerte medlemmer.