I løpet av spillet må Indy og Sophia finne , Platons tapte dialog som inneholder mer om Atlantis enn hans tidligere verker ( og ). Indy besøker steder som har forbindelser til boken, slik som en mayapyramide, Azorene, Thera og Kreta. Historien prøver å bringe sammen mange av de forskjellige teoriene om Atlantis (mange av de selvstendige, uten noen forbindelse til hverandre).