Benjamin Harrison ble født den 20. august 1833 i huset til bestefaren, president William Henry Harrison, 20. august 1833 i North Bend i Ohio. Han var sønn av den velstående bonden John Scott Harrison og hans andre kone Elizabeth Ramsey. Benjamin hadde to halvsøstre, tre brødre og to søstre som vokste opp. Faren hadde i alt tretten barn, men fem døde som spedbarn. I begynnelsen fikk han hjemmeundervisning, men senere gikk han på grendeskole. Harrison likte å lese og var en gløgg gutt som hadde tilgang til sin bestefars velfylte bibliotek. Han studerte ved Miami University i Oxford og ble uteksaminert som en av de beste i klassen i 1852. Han hadde ambisjoner om å bli prest eller saksfører, men da han traff sin kone Caroline Lavina Scott endte de med å slå seg ned i Indianapolis, og Harrison ble advokat. Han begynte å bli politisk aktiv på denne tida, og snart meldte han seg inn i det voksende republikanske partiet. Han støttet Abraham Lincoln i valgkampen i 1860.