Klimaet i Jijiga er subtropisk høylandsklima (Köppens klimaklassifisering: Cwb). Byen ligger på en slette 1 610 meters høyde, omkranset av fjell og et godt stykke unna havet. Dette gjør at somrene er varme og vintrene kjølige og tørre. Perioden april til september er normalt den mest nedbørsrike.