I 1606 utnevnte Henrik IV, hvis konversjon til katolisismen han hadde bidratt til, ham til biskop av Sées. På oppfordring fra den innflytelsesrike kardinal Jacques-Davy Duperron utstedte pave Paul V i 1607 beskikkelsesurkunden til Bertaut uten den ellers vanlige avgiften. Biskop Bertaut tok (ved storkantor Jean Gautier) bispedømmet i besittelse, og assisterte den 14. september ved den senere kong Ludvig XIIIs dåp. Den 1. mars 1608 flyttet han personlig til Sées.