Den 8. juli 1964, morgenen etter at Duvalier erklærte seg selv som «president på livstid» flyktet resten av familien fra Haiti, men Joseph Gaetjens ble igjen i den tro at regimet var uinteressert i ham siden han var kun en fotballspiller. Den samme morgenen ble han arrestert av nasjonens beryktede Tonton Macoute, det hemmelige politi, og det er antatt at han ble myrdet en gang den samme måneden. Hans lik ble aldri funnet. Joe Gaetjens ble posthum berømmet med en plass i USAs fotballandslags Hall of Fame i 1976, et museum i New York.