John C. Lillys arbeid inspirerte to filmer som ble lagd uten at han selv var direkte involvert. The Day of the Dolphin som kom i 1973, der den amerikanske marinen gjør dyr om til våpen, og Altered States som kom i 1980, der forskere som kombinerer stoff og isolasjonstanker ser virkeligheten på skremmende vis falle fra hverandre. Lilly er omtalt i animeserien . Lilly var også en referanse i den eklektiske rockegruppa Oysterheads sang fra 2001 «Oz is Ever-Floating», samt hos den britiske rockegruppa Kasabian i deres sang på albumet «Kasabian» fra 2004. Lillys sansedeprivasjonstank er også nevnte i Simpsons-episoden hvor Homer og Lisa har en flytesesjon.