Selv om området har vært bosatt siden forhistorisk tid, går opprinnelsen til San Donato tilbake til 600-tallet da en (rural kirke med baptisterium) ble opprettet her av hæren til Grimoald I, hertug av Benevento. Etter en periode under milanesisk familien De Advocati, havnet byen inn under besittelsene til erkebiskopene av Milano, noe som varte fram til 1500-tallet.