Noen skumlet om at Balboa planla å skape sitt eget styre på Sydhavskysten og dermed unnslippe guvernørens myndighet. Pedrarias innkalte da Balboa i 1519 til et møte og lot ham arrestere. I den påfølgende rettssak ble han dømt til døden og henrettet ved halshugging. Guvernørens konkurrent om makten var ryddet av veien.