Historien til Folegandros følger i store trekk historien til andre øyer i Kykladene. Det er funnet spor av en tidlig bosetning nord på den steinete halvøya Kastelos (Καστέλος) fra midten av 2000-tallet f.Kr., den arkeologiske epoken som kalles , tidlig kykladisk kultur, det vil si mellom 2700 - 2200 f.Kr.