Kanadagås, grågås og kortnebbgås er de vanligste gjessartene. På 1990-tallet ble registrert rundt 30 overvintrende havørn langs Trondheimsfjorden noe som er opp fra knapt 5 rundt 1980. Ærfuglen er den av de mest tallrike sjøfuglene i Trondheimsfjorden og anslagsvis rundt 15.000 overvintrer. Ærfuglen overvintrer gjerne ved relativt grunne (ned til 20 m) områder med noe strøm som gir mattilgang i form av blant annet båskjell, snegler, kråkeboller og sjøstjerner. Ærfugl er ofte omgitt av gråmåker og svartbak som er «kleptoparasitter» for å stjele mat som ærfugl fanger. På 1980-tallet ble det anslått at rundt 9000 par ærfugle hekket i Trondheimsfjorden. Ærfugl bruker som regel samme hekkeplass år etter år.