Rodríguez fikk sin seriedebut for Boca Juniors i etn kamp som endte med 2-1 tap mot Chacarita Juniors den 10. desember 2000. Han etablerte seg som en viktig førstelagsspiller for et Boca Juniors-lag som vant flere nasjonale og internasjonale mesterskap og turneringer tidlig på 2000-tallet. I 2003 var han en del av laget som vant Intercontinental Cup.