Napoleon var lidenskapelig opptatt av Egypts rike fortid. På denne tiden var den i stor grad uutforsket. Napoleons planmessige kartlegging av Egypts fornminner gjør at han i ettertid fremstår som grunnleggeren av egyptologien. Han etablerte Det egyptiske institutt etter fransk forbilde med avdelinger for matematikk, fysikk, politisk økonomi, litteratur og kunst. Dette instituttet gjennomførte flere banebrytende vitenskapelige undersøkelser, blant annet matematiske beregninger av pyramidene og Nilens oversvømmelser. Franskmennene lokaliserte dessuten restene etter faraoenes forsøk på bygging av en Suezkanal. Napoleons vitenskapsmenn beskrev, tegnet og undersøkte det de kom over av templer og ruinbyer. Det mest spektakulære funnet de gjorde var Rosettastenen som ble gravd frem i 1799. Innskriften på steinen inneholdt koden for å kunne lese gammelegyptisk (hieroglyfer) og gjorde det senere mulig for forskeren Jean-François Champollion å begynne den første inngående forståelsen av gammelegyptisk historie og kultur. Det egyptiske instituttets samlede arbeide var så omfattende at det tok 20 år før alt var publisert i verket (en beskrivelse av Egypt) som kom i 28 bind.