Pater Petitjean ankom Yokohama i 1862, ni år etter at han var blitt presteviet i hjemlandet 21. mai 1853. I august 1863 var han i Nagasaki sør i Japan for å holde oppsyn med byggingen av en katolsk kirke i byen. I desember 1864 ba japanske offiserer ham om å undervise i fransk ved regjeringsskolen der. Pater Petitjean gikk med på det, på betingelse av at han fikk fullføre byggingen av kirken i Oura med hjelp av japanske arbeidere.