Antallet ATP-molekyler kan være enten 32 eller 36. Tar man med alle ATP-molekylene som blir dannet i celleåndigen, får man 36. Men i virkeligheten er det slik at noe energi brukes til å frakte enkelte molekyler underveis i prosessen. De to NADH-molekylene som dannes i glykolysen, må fraktes inn til matriks slik at de kan avgi elektroner der til den oksidative fosforyleringen. Forskere har kommet frem til at dette arbeidet krever 2 ATP-molekyler (gjelder kun eukaryote celler). I tillegg brukes 2 ATP-molekyler i glykolysen. Dette gir i alt 32 "nyttige" ATP-molekyler. Den faktiske produksjonen av ATP i en eukaryot celle er noe lavere. Den indre membranen er ikke 100 % tett, og derfor kan enkelte H passere membranen andre steder enn via ATP-syntase. Mitokondriet kan også enkelte ganger bruke protongradienten til andre formål enn dannelse av ATP.