Wuyishan var sentrum for det gamle kongedømmet Minyue. På 600-tallet ble Wuyipalasset benyttet for de keiserlige offerhandlinger. Fjellene var et viktig sted for taoismen og på 900-tallet. Området er også neo-konfucianismens vugge, en strømning som influerte det kinesiske samfunn fra 1000-tallet av.