Kalkberget gir grunnlag for rike kalkenger, med plantearter som bakkekløver, bergmynte, knoppmjødurt og dragehode. Her vokser også den sjeldne oslosildre, som oppstod som en krysning av to sildrearter i dette området etter siste istid. Forekomsten av bakkekløver er den eneste i Norge. Det har vært foreslått at enkelte av artene ble innført av munkene på Hovedøya i middelalderen, men bare legebendelrot er en mulig slik medbrakt nytteplante. Ved kommandantboligen i øst er det plantet ut syrin og andre delvis koloniserende arter. Arten russesvalerot er plantet, og denne tidligere rødlistede planten er nå så dominerende at den er satt på svarteliste og skal bekjempes på Hovedøya.