Lokale sammenstillinger brukes for å finne ut om sekvenser inneholder deler som er homologe til hverandre eller finne ut hvor nært beslektet de er. Ofte forventer man ikke likhet på hele lengden, for eksempel når en sekvens er en sub-sekvens av den andre eller når sekvensene har overlappende ender. Et praktisk eksempel er å finne identiske sekvensmotiver i proteiner.