I 1840 hadde han mottatt en doktorgrad fra Humboldt-Universität zu Berlin, muligens med Dr. Hermann Rose (1795–1864) som veileder. Året efter ble han tilsatt som lektor i fagene metallurgi, proberkunst og fabrikklære ved Det Kongelige Frederiks Universitet i Christiania. Scheerer var en av de første som brukte mikroskop i mineralogien, som da han påviste at aventurin-feltspatens (solstein) røde fargeskjær skyldtes jernglans på tvers.