Resten av hennes liv ble tilbrakt med å lede og videreutvikle den nye søsterkongregasjonen. Moder Seton ble beskrevet som en sjarmerende og kulturell kvinne. Hennes forbindelse til sosieteten i New York og det medfølgende sosiale presset for å forlate det nye livet hun hadde skapt for seg selv, hindret henne ikke fra å svare sjenerøst på sitt religiøse kall og nestekjærlige misjon. De største vanskelighetene hun møtte var faktisk interne og kom fra misforståelser og konflikter mellom personalet. Sykdom, sorg og tidlig død var alltid til stede i Elizabeths liv. Hun gravla atten søstre i Emmitsburg, i tillegg til sine to døtre Annina og Rebecca, og sine svigerinner Harriet og Cecilia Seton, som sluttet seg til henne i 1809.