Da Den Jyske Opera i perioden 1981-1996 ble ledet av Francesco Cristofoli, fikk den et godt internasjonalt ry for oppførelser av Richard Wagners operaer. Fra 1996 ledet instruktøren og sangeren Troels Kold Den Jyske Opera. Han ble i 2005 etterfulgt av dirigenten Giordano Bellincampi. Siden 2013 har den irske instruktør Annilese Miskimmon vært operasjef.