Første del av sesong tre heter «Volume Three: Villains» og begynner med et attentat-forsøk mot Nathan Petrelli (spilt av Adrian Pasdar) en politisk skikkelse som kan fly. I mellomtiden rømmer flere skurker fra nivå 5, et maksimalt sikkerhetsområde som eies og drives av selskapet i Primatech. Noah Bennet forsøker å arrestere disse skurkene før de gjør alt for mye skade. Arthur Petrelli (spilt av Robert Forster) faren til Nathan Petrelli, har problemer med en systemisk nerveskade, og har som mål å produsere en formel for å gi vanlige mennesker overmenneskelige evner.