De første tiårene var svært utfordrende for klosteret. Pga den russiske revolusjon hadde rekrutteringen av nye munker nesten opphørt og det overveiende flertall av munkene var eldre menn. Lengselen tilbake til sitt gamle kloster var stort blant broderskapet og en stor del av munkene døde i de første årene. I tillegg var klosterets munker i overveiende grad av russisk nasjonalitet og i etterkrigstiden Finland ble den finske ortodokse kirke generelt og munkene i Nye Valamo spesielt, sett på med skepsis og tildels fiendtlighet av den overveiende lutherske finske befolkningen. I tillegg var klosteret i konflikt med den finske-ortodokse kirke om bruk av den gregorianske kalender som var blitt innført i den ortodokse kirken i Finland på 1920-tallet. Striden endte med at Nye Valamo brøt med kirken i Finland og sluttet seg til den russisk-ortodokse kirke. Konflikten endte ikke før i 1957, da Finlands ortodokse kirke og Moskvapatriarkatet inngikk avtale om bl.a. tilbakeføring av Nye Valamo til den finske kirken mot at klosteret fikk beholde den julianske kalender.