Det meste av flytilbudet er på innenriksmarkedet til en rekke byer over størsteparten av USA, men det er endel utenriksflyvninger til Aruba, Bahamas, Bermuda og Den dominikanske republikk. John F. Kennedy-flyplassen i New York er den største hovedflyplassen i nettverket, og JetBlue disponerer hele terminal 6 og er iferd med å ruste opp Terminal 5. Flere ruter går også fra Long Beach, Fort Lauderdale, Washington Dulles, Oakland og Boston.