Den 31. august 2017 ble det offentliggjort at Berisha var klar for Rapid Wien, og hadde undertegnet en kontrakt frem til 31. juli 2020. Debuten kom i en kamp borte mot Red Bull Salzburg på Red Bull Arena 10. september 2017. Kampen ble også det første oppgjøret hvor brødrene Berisha møttes i en offisiell kamp hvor de representerte hvert sitt lag. Første mål for klubben kom i en 5-0 seier borte mot SKN St. Pölten 16. desember 2017.