Ifølge nettsiden flaggregler.no kan man på sjøen vente med å ta ned flagget etter solnedgang til man kommer til havn eller ankrer opp. Politibåter og andre båter som seiler med orlogsflagget skal flagge døgnet rundt så lenge båten er under utfart. Medlemmer av har også lov til å bruke splittflagget med kongelig norsk emblem i midten når de er til sjøs. Man er ikke pliktig å flagge når man befinner seg i innenlandsk farvann. Når man er i utenlandsk farvann skal man bruke eget nasjonalflagg, samt flagget til det landet man besøker. Det er også vanlig å hilse ved å heise flagget til topps når man ankommer og forlater en havn. For øvrig gjelder de samme flaggregler som på land.