I Guatemala, begynte Maudslay det store arkeologiske arbeidet som han nå er mest kjent for. Han startet arbeidet ved Mayaruinene i Quirigua og Copan hvor han med hjelp fra Frank Sarg, leide inn arbeidere til å hjelpe med å renske og undersøke de gjenværende strukturer og artefakter. Sarg introduserte også Maudslay for ruinene i Tikal som nylig var funnet og til en pålitelig guide: Gorgonio Lopez. Maudslay var den første til å beskrive funnstedet Yaxchilán.