Den 30. juli 1856 ble han prost i Vestre Borgesyssel. Dette embetet hadde han sammen med sognepreststillingen inntil han den 1. juli 1887 fikk innvilget avskjed i nåde, 83 år gammel, med virkning fra 1. januar 1888. Etter å ha gått av med pensjon bosatte han seg i Kristiania. Han døde der året etter, trolig av magekreft. Bassøe ble gravlagt på Råde kirkegård.