I 1615 begynte han i selskapet, kompaniet som arbeidet med oppdagingen av Nordvestpassasjen. Han assisterte kaptein Robert Bylot som los på det lille skipet «Discovery», som på denne reisen undersøkte Hudsonsundet grundig. Presisjonen i Baffins observasjoner av tidevann og hans astronomiske observasjoner ble bekreftet av William Edward Parry, da hans ekspedisjon reiste gjennom de samme farvannene, to hundre år senere (1821).