Terrenget varierer mellom moderat lavland og høyland. Det høyeste punktet er ikke mer enn 297 moh, og ligger i de østre delene av republikken. Landskapet er perforert av 2 833 innsjøer over 10 000 m² og rundt 1 600 mindre sjøer. De fleste innsjøene ligger i de østlige delene av landet. Innsjøene utgjør omkring 2% av arealet. Den største innsjøen er Kaunas-reservoaret anlagt som ledd i vannkraftutbygging. Drūkšiai er den største naturlige innsjøen.