Under PapaJohns.com Bowl i 2008 mot Rutgers kastet Wilson for 186 yards og en touchdown og hadde også 46 yards på løp før halftime. Sent i andre halvdel hadde han en scramble som til Rutgers' 4-yard linje hvor han ble taklet og pådro seg en strekk i kneet. Med Wilson på benken kastet reservene tre interceptions, og NC State tapte kampen 23–29. I løpet av sesongen fullførte han 150 av 275 pasningsforsøk for 1 955 yards og 17 touchdowns med kun én interception. Han hadde også 116 løp for 394 yards og fire touchdowns. Atlantic Coast Conference (ACC) utpekte ham til quarterback på All-ACC førstelag. Det var første gang i conferencens historie at en freshman quarterback ble utvalgt til førstelaget.