Selv om manikeismen døde ut, etterlot den seg spor innen tendenser i kristenheten og fremfor alt i islam. Selv den kinesiske daoismen kan ha tatt et visst inntrykk av den, og verdensreligionen bahai, som ble til i samme område som manikeismen, har visse lignende trekk. I dag finns det også en nymanikeistisk bevegelse som forsøker å blåse nytt liv i religionen.