Emma Hagerup var datter av Caspar Peter Hagerup (1777–1840) som var by- og rådstueskriver i Kalundborg, senere sorenskriver i Flekkefjord. Moren var Ulrikke Eleonore Steffens (1775-1852), søster av filosofen Henrik Steffens (1773–1845). Hun var søster av kontreadmiral og statsråd Henrik Steffens Hagerup (1806-1859) og pedagog og forfatter Augusta Hagerup (1812–1885).