Siden Henrik VIs død i 1197 hadde den tysk-romerske tronen stått tom. Innocens benyttet seg av dette maktvakuumet for å svekke tysk innflytelse i Italia. Hans første handling var gjenopprettelse av pavens verdslige makt i Roma. Prefekten, som styrte byen som keiserens representant, sverget troskap til paven. Innocens krevde også å få tilbake Romagna og Ancona fra Markwald av Annweiler og brukte pavelige tropper for å presse gjennom dette. Han sørget også for å ta hertugdømmene Spoleto, Assisi og Sora fra Konrad av Urslingen.