Ved freden i Westfalen kom Hinterpommern i 1648 til Brandenburg og Forpommern forble svensk. Pommern mistet i tredveårskrigen nesten en tredjedel av sin befolkning. Landet ble delt og lå økonomisk i ruiner. Brandenburg og det senere kongeriket Preussen gav aldri opp sitt krav på hele Pommern. Etter den store nordiske krig (1700–1721) kom Forpommern syd for elven Peene til kongeriket Preussen. Under syvårskrigen (1756–1763) kom det igjen til krigshandlinger mellom Sverige og Preussen. Pommern ble delvis okkupert av russiske tropper, og festningen Kolberg flere ganger beleiret. Under Napoleonskrigen led Pommern sterkt. I 1807 ble hele Forpommern okkupert av Frankrike. Etter befrielsen av Tyskland i 1815 ble også den nordlige delen av Forpommern med øyen Rügen avstått fra Sverige til Preussen. Pommern forble en prøyssisk provins frem til etter annen verdenskrig.