Gizenga ble utnevnt til visestatsminister av Kongos første statsminister, Patrice Lumumba. Etter Lumumbas død ledet Gizenga en eksilregjering i Stanleyville. Den nye regjeringen ble anerkjent av 21 stater i februar 1961. Gizenga satt fengslet fra januar 1962 til juli 1964, og fra oktober 1964 til november 1965. Deretter var han landsforvist fram til 1992.