Han observerte første gang leprabasillen i mikroskopet 28. februar 1873, og dette er en av de første observasjoner som knytter en bakterie til en sykdom. Dette var åtte år før Robert Koch påviste tuberkelbacillen som årsak til tuberkulose hos mennesket. Det var særlig gjennom epidemiologiske undersøkelser G. H. Armauer Hansen ble overbevist om at det var én årsak til spedalskhet, og som fikk ham til å lete i mikroskopet. Han kan dermed regnes som en av grunnleggerne for den moderne epidemiologi samtidig som han også hadde betydning for utviklingen av mikrobiologi som vokste fram som et eget fag på denne tiden.