En del forberedelser til prosjektet ble gjennomført; blant annet ble Vibenshus Runddel omdannet fra rundkjøring til veikryss, og eiendommene ved Fredensbro mellom Fredensgade og Søpassagen ble ekspropriert og revet for å gi plass. Området er i dag blitt til Fredens Park. Likeledes ble Fredensbro revet og erstattet av en demning, og da Panum Instituttet ble oppført, ble bygningens fasade utformet som en støyskjerm mot Tagensvej. Også det meste av husrekkene på Lyngbyvej ble revet, mens Galle & Jessen måtte unnvære en del av sin fasade og Lyngbyvejskvarteret sine forhaver.