Filbert ble 15 år etter krigen stilt for retten ved Berlin samtidig med Adolf Eichmann i Jerusalem. Filbert ble dømt til livstid i fengsel for medvirkning til minst mord (juli til oktober 1941) og slapp ut i 1975 av helsegrunner. Etter krigen hadde Filbert brukt falskt navn «dr. Selbert» og arbeidet blant annet som banksjef inntil han ble arrestert i 1959. Filbert hevdet i retten at det var en formildende omstendighet at broren Otto ble internert og døde i Buchenwald som fiende av riket. På grunn av behandlingen av broren klaget Alfred Filbert at han egentlig var et offer for nazi­regimet.