Agnon høstet tidlig anerkjennelse for sin litteratur: allerede de første bøkene hans ble møtt med stor entusiasme og interesse i det hebraiskelesende litteraturmiljøet som fanter i Europa og Palestina. Etter hvert fikk han en rekke priser i Israel: han mottok Bialik-prisen i 1934 og 1950, og ble for sin litteratur to ganger tildelt Israel-prisen (i 1954 og 1958), Israels mest prestisjefulle nasjonale pris. I Israel ble hans femti-, seksti-, søtti- og åttiårsdag alle markert med omtale og lovprisning i landets aviser.