Allerede i 1960 ble det offentliggjort at Nichiko skulle etterfølge sin far som president for Risshō Kōsei Kai, og dette skjedde på farens 85-årsdag i 1991. Etter at han tok over organisasjonen, har han sett den vokse og har gitt forelesninger og prekener ved flere Risshō Kōsei Kai-sentre i Japan og andre steder. Nichiko Niwano har skrevet flere bøker og har fortsatt farens virke med interreligiøst arbeid. Han har vært president for World Conference of Religions for Peace og formann for Shinshuren. og deltar jevnlig på interreligiøse møter.