Den første kirken på stedet ble trolig reist i 1184 og kalt Bruneyar, senere nevnt i 1334 og i Aslak Bolts jordebok fra 1432. Brønnøy kirke har hatt brann to ganger etter lynnedslag: Første gang 17. oktober 1772, andre gang lille julaften 1866. Etter brannen i 1772 fikk den et tilbygg på nordsiden kalt Nykirken. I 1866 ble det store skader på deler av muren. Alt inventar gikk tapt ved brannen i 1866. Etter den siste brannen ble kirken modernisert basert på den tids byggeskikker. Den ble utvidet til korskirke ved tilføyelse av tverrarmer på 1800-tallet.