Subnautica finner sted i en fjern fremtid, når menneskeheten har begynt å kolonisere andre stjernesystemer. Aurora, et romfartøy konstruert av Alterra Corporation, har blitt sendt til et fjernt system på yttersiden av kjent verdensrom på sin jomfrureise - nærmere bestemt et område kalt Ariadne-armen. Skipets primære oppdrag er å bygge en del av høyhastighets romfartsinfrastruktur kjent som en «Phasegate» i Ariadne-armen. Skipets sekundære oppgave, ukjent for de fleste av mannskapet, er imidlertid å søke etter og muligens redde mannskapet fra et annet romskip kalt Degasi, som styrtet på planeten 4546B cirka 10 år tidligere.