I begynnelsen var Apophis Jordens største fiende, men ble av og til avløst av andre fiender, helt til hans død. I Stargate-universet er det slik at når en fiende blir drept kommer det ofte en enda verre å tar hans plass. Slik er det også her, Apophis blir avløst av Anubis, en fiende med så stor kunnskap om universet at han kunne bli uhyre vanskelig å felle, men SG-1 får hjelp av en av sine sterkeste forbundsfeller til å fjerne ham. Anubis blir etterfulgt av Ba'al, en tidligere tjener av Anubis, som fortsetter som fiende gjennom resten av serien. Ba'al overtar store deler av Anubis' styrker, og kloner seg selv for å bli vanskeligere å drepe.