I 2019 var Gøtzsche oppført på talerlisten til en konferanse arrangert av den vaksinekritiske organisasjonen Physicians for Informed Consent, men trakk seg fra arrangementet etter å ha blitt konfrontert med at han skulle dele scene med Robert F. Kennedy jr.. Han klargjorde samtidig sin støtte til barnevaksinasjonsprogrammet som hadde reddet millioner av liv og at motstand mot disse vaksinene var uetisk og farlig.