Under Vladimir Putins ledelse av Russland tok Russland over initiativet i relasjonen mellom de to landene. Putin gjorde det klart at integrasjon på papiret var uinteressant og samarbeidet gikk inn i en kjøligere fase. Putin la i 2002 til side planer om en felles valuta. I 2004 beskyldte Gazprom Belarus for å ha stjålet gas tenkt til det vesteuropeiske markedet. Etter konflikten om gasstransitten ønsket Putin i stedet et økonomisk samarbeidsområde der også Ukraina og Kasakstan var med. Etter Presidentvalget i Ukraina 2004 skiftet Putin igjen fokus til Belarus fordi den nye ledelsen i Ukraina var mer orientert mot EU og NATO.