Lohse utarbeidet sine egne retningslinjer for behandling av jødene, til tross for at Himmler og Franz Walter Stahlecker av Hitler var utpekt som øverste ansvarlige i jødesaker for Ostland. Lohse ønsket å samle jødene i gettoer for å utnytte arbeidskraften i stedet for å utrydde dem. Lohse protesterte mot de ville henrettelsene som pågikk, men Stahlecker ignorerte ham. Himmler var ivrig etter å inspisere SS i arbeid i felten og blandet seg personlig inn i de anti-jødiske tiltakene under en reise i det baltiske området fra 29. juli 1941. Kurt Daluege, sjef for , klaget over den sivile administrasjonens nøling og fordi deres bidrag til jødepolitikken bare besto i å samle jødene i gettoer. Daluege klaget også over at den sivile administrasjonen blandet seg inn i SS-saker.