Han giftet seg med Anne «Annie» Maria Thomasina Blackburn Washington den 14. mai 1879 i Tokyo i Japan. Hun var en etterkommer etter President George Washingtons bror John Augustine Washington. Ewings første kone, Annie (født Washington) døde i 1909, og i 1912 giftet han seg med Ellen, gjenlevende datter av hans gamle venn og beskytter, John Hopkinson. Han fikk to barn med sin første kone: Maud Janet Wills, født Ewing (20. mai 1880 – 27. april 1952) og Alfred Washington Ewing (1. november 1881 – 5. desember 1962).