De reformatoriske kreftene i kirken lyktes med å få den reformvennlige Mar Thoma XIII innsatt som ny metropolitt i 1855. Komitéen konkluderte året etter bl.a. med at gudstjenester skulle holdes på malayalam, at tilbedelse av helgener og avdøde måtte opphøre og at alle ikoner, bilder og statuer av helgener skulle fjernes. Mar Thoma XIII ble imidlertid ekskommunisert av patriarken i 1864. Siden han likevel fortsatte å virke som biskop, var kirken blitt delt i to: En fraksjon var lojal mot patriarken av Antiokia, mens den andre fraksjonen mente at kirken i Malankara måtte frigjøre seg fra fremmedstyret som patriarken av Antiokia representerte.