Mäkelin kom i stadig sterkere opposisjon til arbeiderpartiets venstrefløy, og fratrådte som sjefredaktør i i 1906. Han forsøkte med sin egen avis, , «Rettferd», men begynte i 1907 som sjefredaktør i , «Folkets vilje», i Uleåborg. Han var også medlem av Finlands landdag i flere perioder frem til Finland erklærte sin uavhengighet i 1917. Han hyllet den russiske februarrevolusjonen i sin avis’ lederspalte. Da den finske borgerkrigen brøt ut mellom «de røde» og «de hvite» i 1918, ble Mäkelin skjøvet til side av mer ytterliggående krefter i eget parti, og var til dels for syk til å delta i krigshandlingene. Han påtok seg imidlertid et «skriftlig agitasjonsoppdrag» for den røde regjeringen. «De hvite» seiret til slutt i krigen.