Merkel lanserte sitt kandidatur som kanslerkandidat 6. januar 2002. Hun merket imidlertid snart at hun kom til å tape en avstemning mot Edmund Stoiber fra Bayern. Da reiste hun straks til Stoiber i München, og forsikret ham om at hun ville støtte ham. På landsmøtet i Magdeburg 11. januar, erklærte hun at hun ville støtte Stoiber, som var den som hadde sterkest oppslutning i partiet. Partiet var lettet over å slippe en ny konflikt, og Merkel fikk Stoibers lojalitet.