Sydney har også flere mindre lufthavner, de viktigste er Bankstown Airport som tar imot privatfly og småfly. Det finnes også en mindre flystripe ved Camden, samt flystripen Hoxton Park Aerodrome. Militærbasen RAAF Base Richmond ligger nordvest i byen. Det diskuteres om hvorvidt Sydney trenger en hovedflyplass nummer to, og hvor denne skal ligge. Land har blitt avsatt til dette ved Badgerys Creek i vest, men også sør for Sydney rundt Moss Vale har blitt foreslått.