Da dronningen døde 1521 følte Frants Berg, som allerede var blitt påvirket av den lutherske lære, seg ikke bundet ved hennes bestemmelse, og da han etter å ha blitt magister kom hjem til Odense, lyktes det ham i 1531 å bli rektor samme sted etter Peder Palladius. Imidlertid mislikte faren hans hang til den nye lære, og da denne beklaget seg over dette for biskop Iver Munk av Ribe, som under et besøk i Odense oppholdt seg i hans hus, overtalte biskopen Frants Berg til å oppgi sin skolegjerning for å motta en plass i hans kanselli. Da denne stillingen imidlertid ikke behaget ham, oppnådde han på en visitas, antagelig samme år, biskopens samtykke til å overta skolen i Viborg, hvor rektor akkurat var død. På begjæring av prost Svend i Vestervig om en læremester til sitt kloster valgte kapitlet i Viborg Frants Berg til denne stillingen; her gjorde han bekjentskap med sin tilkommende hustru, Karine Lauridsdatter, prost Svends søsterdatter, og etter at reformasjonen var gjennomført, inngikk han ekteskap med henne. De ble foreldre til kanniken Claus Berg og fra disse stammer en norsk slekt Bergh gjennom kvinneledd.