Chemnitz giftet seg i 1555 med Anna, datter av juristen Hermann Jäger. Sammen fikk de 3 sønner og 7 døtre: Martin Chemnitz I († ung), Martin Chemnitz den yngre, Paul Chemnitz, Anna Chemnitz I († ung), Magaretha Chemnitz († ung), Hedwig Chemnitz († ung), Magdalena Chemnitz, Anna Chemnitz II, Eva Chemnitz og Julia Chemnitz. Den yngre Martin Chemnitz (1561-1626) ble kansler i Stettin (og hans barn ble adlet i Sverige: se stamtavle her ). Han ble gift i 1595 med Margarethe Camerarius (Cameraria) (1576-1650), som flyttet til Sverige i 1639, datter av Heinrich Camerarius (Kammer) (1547 Braunschweig-1601), «Dr. jur., Professor» i Rostock , og Margarethe Dobbin, som han hadde blitt gift med i 1575.