Han begynte å arbeide i EMI Recording Studios (som senere fikk navnet Abbey Road Studios) 27. januar 1964, da han var 16 år gammel. Han fikk den tradisjonelle EMI-opplæringen av veteraner som Malcolm Addey og Norman Smith. Hans første jobb var i lydarkivet, men innen seks måneder ble han forfremmet til assisterende lydtekniker, hvor hans første jobb var med side to av The Beatles-albumet . Som assisterende lydtekniker jobbet han også med artister som Manfred Mann - «Do Wah Diddy Diddy» var den første nummer 1-hiten han var involvert i - Peter and Gordon, The Hollies, Judy Garland, Johnny Mathis, Cliff Richard og The Shadows og Peter Sellers. Etter kort tid som assisterende lydtekniker ble han forfremmet til «cutting», det som i dag heter mastering. Scott jobbet med mastering i omtrent to år, og hadde ansvaret for masteringen både for EMIs artister og for Motowns artister.