Sitamun, den eldste datteren, og ble gift med sin far og opphøyd til posisjonen som Store kongelige hustru i det 30. året av sin fars styre. Isis, også opphøyd til Store kongelige hustru. Henuttaneb, ikke kjent for å ha blitt opphøyd til dronning, men hennes navn opptrer i en kartusj minst en gang. Nebetah, tidvis antatt å ha blitt omdøpt til Baketaten under hennes brors styre. Thutmose, eldste sønn, kronprins og yppersteprest av Ptah, men døde før sin far. Amenhotep IV / Akhenaton, nest eldste sønn. Etterfulgte sin far som farao, gift med Nefertiti, far til Ankhesenamon, som ble gift med Tutankhamon.