De arkeologiske utgravingene fortsatte under nye direktører og funnene ble utstilt i museet. Størstedelen av forskningen som er utført, har i stor grad fokusert på museets eksisterende samling. Museet fortsetter i dag med det samme grunnleggende oppdraget: å fortelle historien om menneskene i det som i dag er Portugal, fra deres opprinnelse til nasjonens fødsel.