Tross den forholdsvis korte tiden Napoleon hadde kontrollen i Egypt, rakk han å gjennomføre en rekke reformer i landet. Han grunnla Egypts første postvesen, opprettet et eget egyptisk myntverk, fikk bygget møller til å male korn og pumpe vann, innførte renovasjon i byene, installerte Kairos første gatebelysning, påbegynte et sykehus for fattige, fikk trykket de første bøkene på arabisk i Egypt (småskrifter om hvordan beskytte seg mot pest), og igangsatte karttegning av Kairo og resten av landet. Han grunnla også en vitenskapelig publikasjon, , og dagsavisen . Det ble åpnet handelskontorer i alle de store egyptiske byene, etablert en offentlig instans for registrering av jordeiendommer og et folkeregister. Napoleon fikk påbudt at egyptiske forretninger, restauranter og kaféer måtte ha bevilling. Videre fikk han opprettet politistasjoner og lot bygge veier og kanaler.