Johann Ernst Bach var sønn av Johann Sebastian Bachs tremenning, Johann Bernhard Bach. Han studerte ved latinskolen i Eisenach og ved i Leipzig, og gikk i lære hos sin fadder J. S. Bach. Johann Ernst var utdannet jurist og fikk i 1742 post som advokat i Eisenach. Han vikarierte som organist for sin far og ble i 1749 dennes etterfølger i . Fra 1756 var han hos hertug Ernst August av Sachsen-Weimar.