Emicho var tydeligvis motivert av grådighet, siden han trengte penger til å finansiere hæren sin, og de jødiske samfunnene var kjent for å være rike. Det ser også ut til at han følte at jødene var like store fiender av Kristus som muslimer i Syria, men jødene var mer kjent for ham og nærmere hjemmet. Jødene i byene langs Rhinen forsøkte først å betale Emicho for å få ham til å dra bort, men selv om han tok imot pengene deres, tvangsdøpte eller drepte han dem. Som en av korsfarerne forklarte en jødisk rabbi: «Dere er barna av de som drepte gjenstanden for vår frelse og hengte ham på et tre; og han selv har sagt: .» Det ble sagt at i noen samfunn skal mødre ha drept sine egne barn for å unngå den uunngåelige slakten. Biskopene i byene forsøkte ofte å beskytte sine jødiske undersåtter, men lyktes ikke alltid.