Sør-Sudan trakk seg ut av Heglig den 22. april, og konflikten flyttet seg over på sørsudanesisk territorium. Sør-Sudan klarte imidlertid å slå tilbake en rekke sudanesiske inntog, og krisen låste seg i en stillstand. Verdenssamfunnet anstrengte seg for å forhindre et krigsutbrudd mellom de to landene, og Den afrikanske union ble en viktig fredsmekler når de to landenes ledere møttes utpå sommeren. Etter flere mislykkede forhandlingsrunder kom de omsider frem til en avtale den 28. september som blant annet innebar opprettelsen av en 10 km bred demilitarisert sone langs landenes felles grense. Abyeis status, et av kjernespørsmålene i konflikten, ble imidlertid ikke løst.