I 1985 ble Ferguson midlertidig manager for , da Jock Stein døde på slutten av en fotballkamp 10. september. Første kamp var VM-kvalifiseringskampen borte mot s. Skottland kom seg til VM i Mexico, etter å ha vunnet kvalifiseringskampen mot , men ble slått ut i gruppespillet. Tilsammen ledet han Skottland i ti kamper. På grunn av forpliktelsene med landslaget hadde Ferguson ansatt Archie Knox som assisterende manager i Aberdeen.