Hva admiral Yamamoto ikke var klar over var at de amerikanske styrkene hadde klart å avdekke deler av den japanske marinens viktigste kode (benevnt som JN25 av amerikanerne), noe som hadde avslørt mange detaljer om fiendens plan. Hans vektlegging av å spre styrken førte også til at hans styrker ikke kunne støtte hverandre. For eksempel, selv om Nagumos hangarskip var forventet å utføre angrep mot Midway, og bære hovedtyngden av amerikanske motangrep, var de eneste krigsskipene i hans flåte, større enn støttestyrken på 12 jagere, to gamle Kongō-klasse slagkryssere, to tunge kryssere og én lett krysser. I motsetning til denne styrken hadde Yamamoto og Kondo to lette hangarskip, fem slagskip, fire tunge kryssere, og to lette kryssere, ingen av de var i kamp ved Midway. De lette hangarskipene i følgestyrken og Yamamotos tre slagskip klarte ikke å holde følge med hangarskipene i Kidō Butai og kunne derfor uansett ikke ha seilt sammen med dem. Distansen mellom Yamamotos og Kondos styrker og Nagumos hangarskip hadde alvorlige følger for slaget. Den viktige kapasiteten for rekognoseringsflyene, som krysserne og slagskipene hadde med seg, så vel som ekstra anti-luftskyts hos krysserne, og de to andre slagkrysserne av Kongō-klassen, var ikke tilgjengelig for Nagumo.