I 1965, i forbindelse med 400-årsminnet for fader Urdanetas ankomst til Filippinene, eleverte pave Paul VI kirken til Basilica minor. Dette innebar samtidig en navneendring, til . I 1990 ble et pilegrissentrum bygget på plassen foran kirken. Her er også et museum, som skildrer kristningen av Filippinene.