Pigafetta, som muligens var adelsmann, fikk en solid utdannelse. Han var på vei til å tre inn i diplomatiet, men ble fascinert av de spanske og portugisiske oppdagelsesreiser og bestemte seg for å beskjeftige seg med dem. I 1518 dro han til Barcelona og så videre til Madrid der den pavelige nuntius Chieregati hjalp ham med å innhente tillatelse fra det Karl Is kongelige hoff til å ledsage Ferdinand Magellan på den reisen han planla.