Den renner hovedsakelig gjennom Western Province, men over en kort strekning danner elva grensa mellom Papua Ny-Guinea og Indonesia. Denne delen går noe vest for 141°Ø, og for å kompensere for denne lille territorielle gevinsten for Papua Ny-Guinea, ligger grensa sør for Fly litt øst for 141°Ø. Som en del av samme avtale har Indonesia rett til å bruke Fly til skipstransport helt ned til munningen.