Etter at fuktproblemet er løst, må alt mugg- og råteskadet materiale inkludert isolasjon skiftes. Overflatesopp kan forsøkes fjernet med hydrogenperoksid eller mindre miljøvennlig klor. Ved fortsatte allergiplager etter muggsanering, kan det være nødvendig å ozonbehandle bygningen for å bryte ned luktstoffer og mykotoksiner som har festet seg til porøse overflater, møbler, tekstiler, o.l. Det er ikke dokumentert at slik kjemisk behandling har noen positiv helseeffekt.