Smiths død førte til en suksesjonskrise. Han hadde foreslått ulike måter for å velge sin etterfølger, men aldri presisert hvilken av dem han foretrakk. Smiths bror Hyrum ville, dersom han hadde overlevd, vært den sterkeste kandidaten, etterfulgt av Josephs bror Samuel, som døde under mistenkelige omstendigheter en måned etter sine brødre. En annen av Josephs brødre, William, hadde meldt sitt kandidatur, men ble etterhvert ansett som uaktuell, fordi av hans voldelig rykte. Smiths to sønner, Joseph III og David ville, hadde stillingen vært arvelig, også hatt rett til stillingen, men Joseph III var for ung, og David var ennå ikke født. Rådet på femti hadde en i teorien rett til suksesjonen, men dette var en hemmelig organisasjon.. Etter det som står i Lære og Pakters åpenbaringer hevdedes det at apostlene, de Tolvs Kvorum, ble kirkens ledende enhet når Førstepresidentskapet som Smith var overhode til ble oppløst ved hans død, og Brigham Young var dets president. Enkelte av Smiths andre foreslåtte etterfølgere, som Mormons Boks vitner Martin Harris, Oliver Cowdery og David Whitmer, hadde forlatt kirken, men Harris og Cowdery kom seg til forlik og anerkjente Youngs rett til presidentskapet.