Fader Knox' mest betydningsfulle bedrifter var på teologiens område. I 1939 forlot han Oxford og trakk seg tilbake til Shropshire, og der viet han seg til en nyoversettelse av Bibelen på gruunnlag av (under hensyntaken til de hebraiske og greske grunntekstene). Hans oversattelse av Det nye testamente kom i 1945, og av Det gamle testamente i 1949. Han forfattet dessuten tre kommentarbind til de fire evangeliene, til Paulus-brevene og til Apokalypsen (1953–1956).