I en kontroversiell avgjørelse ble Budanov først frifunnet for alle anklaget på grunn av midlertidig sinnssykdom 31. desember 2002, og han ble forpliktet til innleggelse på et psykiatrisk sykehus for videre evaluering og lengden på behandlingen skulle avgjøres av legen hans. Men i begynnelsen av mars 2003 ble denne dommen forkastet av den russiske Høyesterett og en ny rettssak ble beordret. Fengselsstraffen ble fastsatt 25. juli 2003. Dommeren som dømte Budanov, Vladimir Bukreyev, ble senere dømt for å ta imot bestikkelser og dømt til fengsel den 6. juli 2009.