Flaggspetten har ingen territoriesang, men markerer territoriet med en trommevirvel på trestammer eller andre underlag som gir god lyd. Den er den mest tallrike av spettene i Europa og hekker i samtlige europeiske land. Arten var utdødd i Irland, men har naturlig re-kolonisert landet med første bekreftede hekking i 2007. I Norge hekker over tusen par, men antallet varierer i takt med frøsettingen til bartrær. Den har sin største utbredelse på Østlandet og Sørlandet, men hekker også spredt på Vestlandet og i Trøndelag. I de senere årene er flaggspetten stadig blitt mer vanlig nordover i landet og hekker nå forholdsvis tallrikt i skogene rundt Alta og i Pasvik i Finnmark.