Agnes Gonxhe Bojaxhiu ble født i en katolsk albansk familie i Shkup (Skopje), dengang i Det osmanske riket, i dag hovedstad i Nord-Makedonia. Faren, Nikolla Bojaxhiu, som opprinnelig var fra Kosova (Gjakova), var en vellykket forretningsmann. Moren Dranafile Bojaxhiu var fra Albania og Teresa var den yngste av fem søsken.