Russiske økologer advarer mot den økende forurensningen fra turisme. De hevder at tonnevis med flytende avfall (kloakk) og annet søppel fra turiststeder blir dumpet inn i den UNESCO-beskyttede innsjøen årlig. I tillegg er en stor bidragende faktor til forurensning av innsjøen båttrafikken. Skip, båter, yachter og andre fartøy produserer 25 000 tonn flytende avfall årlig, men bare 1 600 av dem havner på de riktige avhendingsanleggene. Avfallet i sjøen har utløst veksten av vannplanter som og vasspest, som aldri har vokst der før. Forskere har funnet en betydelig opphopning av vannplanter og døde muslinger på nordkysten av sjøen.