Francis Thomas ble igjen innvalgt til Maryland House of Delegates i 1863 og var medlem av USAs senat fra Maryland i perioden 1867 til 1868, men uten å kunne delta i senatets arbeidsoppgaver. Mellom 1875 til 1877 var han på nytt medlem av representantenes hus, mens han i 1878 mislyktes i å bli innvalgt i senatet. Det samme året, samt i 1883, ble han valgt inn til . Philip Francis Thomas døde den 2. oktober 1890 i Baltimore og ble senere begravet ved Spring Hill Cemetery i hans hjemby Easton i Maryland.