Prosessen rundt etableringen av Samisk helsepark har vært omstridt, og de endelige planene lansert våren 2017 ble møtt med kritikk fra samisk helsepersonell. Sommeren 2017 valgte Gunn Heatta, leder for Samisk nasjonalt kompetansesenter, og overlege Knut Johnsen (Spesialistlegesenteret i Karasjok) å trekke seg fra det videre arbeidet med Samisk helsepark. De oppga manglende tillit til Finnmarkssykehuset og prosjektgjennomføringen som årsak til beslutningen og mener hensynet til den samiske befolkningen ikke er ivaretatt godt nok. Også Sametingspresident Vibeke Larsen har kritisert arbeidet med helseparken for "manglende vilje til reell inkludering av samiske fagfolk i utvikling av tilbud til samiske pasienter.