Somrene fortsatte Cortes studiene ved og fullførte sitt lisensiat i teologi (1983) og i (1983). Etter flere år i seminardannelsesarbeid, fortsatte han med avanserte studier ved Angelicum i Roma hvor fikk doktorgrad i teologi (1986). Denne perioden med akademiske studier gjorde ham også i stand til å delta på internasjonale kurs som «Fostering Human Religious Development» ved det pavelige universitet Gregoriana i Roma (1986) og «Bible and the Holy Land» ved i Jerusalem (1988). År senere deltok han også på et kurs om «Lederskap i en deltakende kirke» ved East Asian Pastoral Institute i Quezon City (1996).