I 2000 led Petraeus store skader da han under ett sivilt fallskjermhopp fra lav høyde datt i bakken fordi hans fallskjerm kollapset etter en krapp sving i luften. Den harde landingen gjorde at han brakk bekkenet. Han ble utnevnt til generalmajor i 2001. I løpet av 2001-200 var daværende brigadegeneral Petraeus på en ti måneders reise i Bosnia og Hercegovina som en del av operasjon Joint Forge. I 2004 ble han forfremmet til generalløytnant.