Élie Ducommun ble innviet i frimureriet i Genève, 11. april 1857, i en alder av 24 år, i logen . Senere sluttet han seg til losjen i Bern, hvor han var den ærverdige mester fra 1882 til 1884. Han var stormester i den sveitsiske storlosjen Alpina, fra 1890 til 1895.