Konflikten mellom de to etniske gruppene utviklet seg i første halvdel av 1990-årene til en borgerkrig, da særlig Front pour la restauration de l'unité et de la démocratie (FRUD), som bestod av tre militante afar-grupper, grep til våpen mot Gouleds regime 1991. Året etter tok FRUD kontroll over flere deler av landet, særlig i nord, noe som førte til at presidenten påkalte militærhjelp fra Frankrike, som plasserte soldater flere steder i landet. Gouled hevdet at opprørerne var støttet av Etiopia, og den djiboutiske hæren økte i 1990-årene fra 2500 til 25 000 mann. FRUD signerte en fredsavtale med regjeringen i 1994, og mesteparten av volden opphørte. Tilstandene var imidlertid ikke helt rolige før frem til 2001.