Den spanske borgerkrig var ved innføringen av selvstyre allerede i gang og den baskiske regjering støttet den republikanske siden. Etter at nasjonalistiske styrker tok kontroll over det meste av Baskerland flyktet Aguirre i juni 1937. Den baskiske regjeringen etablerte seg i august 1937 i Barcelona. Francos seier medførte at Aguirre i februar 1939 ble tvunget i eksil.