I 1986 started Marsalis sin egen gruppe. Fra 1992 til 1995 var han sjefsdirigent i . Han startet en gruppe kalt som skulle kombinere jazz med rhythm and blues, hiphop og rock. På tidlig 1990-tall, hadde Marsalis en rekke gjesteopptredener med Grateful Dead. Han var saksofonisten i Shanices 1992-hit «I Love Your Smile». I andre havpart av sangen har han et soloparti, og Shanice roper «Blow, Branford, Blow». Han var også på turné med Miles Davis i et av Davis' siste band.