Da hennes morbror Henrik III av Frankrike døde i 1589 krevde Filip den franske trone for Isabella og utropte henne til dronning av Frankrike. Parisparlamentet anerkjente henne som «den legitime suverenen» - Paris var på denne tid kontrollert av den katolske liga - men etter fransk tronfølge var hun utelukket på grunn av sitt kjønn; dessuten hadde hennes mor frasagt seg alle krav på tronen ved sitt ekteskap. Derimot hadde hun et legitimt krav på Bretagne, som til forskjell fra Frankrike hadde kvinnelig tronfølge.