Den fremste religion er den gresk-ortodokse kirke. Kos har den ene av fire katedraler i hele Dodekanesene. Det er også en romersk-katolsk kirke på øya foruten en moske for den muslimske befolkningen. Den jødiske synagogen er ikke lenger i bruk da praktisk hele den jødiske befolkningen ble utryddet av nasjonalsosialistene under den andre verdenskrig. Synagogen er imidlertid restaurert og blir i dag benyttet for kulturelle hendelser.