Plante-flagellater kan iblant opptre i så store mengder at vannet tar farge. En gruppe flagellater som lever i havet, gir fra seg lysglimt når vannet er i bevegelse. De kalles morild. Noen flagellater lever som parasitter. I Afrika skaper de sovesyke hos mennesker og nagana-syken hos husdyr. Mange av de viktigste gruppene av fytoplankton er flagellater.