Allerede i en alder av 24 år ble han professor for middelalderhistorie ved universitetet i Gent. Han hadde denne stillingen, med avbrudd av krigsårene, frem til 1930. Da ble universitetet nederlandskspråklig, noe som stred mot Pirennes ønske om et tospråklig universitet (slik som universitetet i Leuven var blitt).