Etter de omfattende restaureringene av Nidarosdomen på 1800-tallet, har man regnet med at ett av to er skjedd med levningene i graven som ble lukket i 1568: Enten havnet de i 1860-årene i en umerket grav nord på kirkegården, da innholdet i etter-reformatoriske graver under kirkegulvet ble fjernet, eller så ligger de fortsatt i en av de intakte – men siden 1880-årene anonymiserte – middelaldergravene under domkirkens gulv. En tredje mulighet er at Olavs levninger er blant før-reformatoriske levninger som sent på 1800-tallet ble tatt opp på grunn av byggearbeider, og som ble lagret i en trekasse i krypten og senere flyttet til domkirkearkitektens kontor. Disse levningene ble omtalt av direktør Steinar Bjerkestrand i Nidaros domkirkes restaureringsarbeider i et innslag i NRK-Trøndelag 5. april 2013. Bjerkestrand sa da at ferske undersøkelser har vist at levningene stammer fra 14 personer. Levningene var like før blitt tilbakeført til domkirkens krypt i en ny metallkasse, i påvente av videre undersøkelser.