Sopp består av celler, og de fleste soppene har lange og tråformede celler som kalles hyfer, avlange celler som bare vokser i lengderetningen. Hyfer kan derfor ofte være over 100 ganger så lange som de er brede. Hyfer som ligger sammen kalles , og utgjør rotsystemet til en sopp. Mycelet befinner seg derfor som oftest under substratet, materiet det vokser i (unntak inkluderer muggsopper). For mange sopper er substratet jord, men det kan også være trær, dyr og andre former for mat. Den delen av soppen som er synlig og over bakken omtales som fruktlegemet. Enda fruktlegemet er nær knyttet til ordet «sopp», er det en beskjeden del av soppen.