Ti år gammel hadde han overlevd ghettoer i det okkuperte Polen, Auschwitz og dødsmarsjen til konsentrasjonsleiren Sachsenhausen ikke langt fra Berlin. På vei til Sachsenhausen forfrøs han tærne. Deler av transporten gikk med tog gjennom Tsjekkoslovakia og innbyggere langs jernbanelinjen kastet brød til fangene i de åpne vongene. Toget brukte 10 dager til Berlin. En polsk i konsentrasjonsleiren med medisinsk utdanning sørget for at han fikk klær og ble operert av den norske legen Sven Oftedal, som var fange der. De norske i Sachsenhausen fikk mot slutten av krigen motta pakker med mat fra Sverige, «svenskepakker», og deler av dette ga Odd Nansen og andre til Buergenthal særlig da de skulle reise med de hvite bussene. Odd Nansen berget livet hans i krigens siste dager. De norske fangene ble evakuert i krigens sluttfase og Buergenthal lovet skrive til Nansen etter krigen. Leiren ble befridd av sovjetiske styrker i april 1945. Da de forlot leiren slo de seg ned i en forlatt privatbolig der de fant mat. Senere ble han tatt vare på av polske soldater som holdt til i nærheten og sammen med dem var han vitne til sluttkampene om Berlin.