Antikommunisten Rhee begynte en amerikanskstøttet prosess med å «fjerne kommunisme» fra Sør-Korea, som i praksis betydde at man fjernet all politisk opposisjon. For eksempel ble Koreas kommunistparti og en provisorisk regjering kjent som Folkerepublikken Korea forbudt. Han lot landets sikkerhetspoliti, ledet av den fanatiske antikommunisten Kim Chang-ryong, oppspore og torturere personer som var mistenkte for å være kommunister eller nordkoreanske spioner. Den brutale utgangen av eksempelvis Jeju-opprøret i 1948/1949, hvor mellom 14 000 og 30 000 personer ble drept under en oppstand blant kommunister, ble oversett.