Okkupantene har en militær styrke kraftig nok til å ha underkuet hele jordens nasjoner i løpet av bare sju timer. Freeman møter snart Barney Calhoun og Alyx Vance, og slutter seg til motstandgruppen deres for å slåss mot Combine. I løpet av spillet kjemper Gordon mot styrkene til Combine for å frigjøre hele menneskeheten fra deres grep. Allerede kjent for sin rolle under Black Mesa-hendelsen, utvikler Gordon raskt et legendarisk rykte blant jordens overlevende menneskelige befolkning, som snart begynner å se opp til ham.