Da Nylén flyttet hjem til Sverige, ønsket han å fortsette karrieren i gamleklubben Malmö FF, som han begynte holde med som femåring. Daværende trener Frans Thijssen var imidlertid ikke interessert. I stedet havnet Nylén hos de regjerende mesterne, , foran 1998-sesongen. Nylén spilte sin siste kamp i Allsvenskan for Halmstad 23. juni 1998.