Filmens antagelige mest kjente motiv er snekkerbua. Det er stedet hvor Emil flykter etter at et av hans sprell eller gode gjerninger har slått totalt feil. Sangen «Du kjære lille snikkerbu», svensk originaltittel «Du käre lille snickarbo», er blitt et temasang for Emil-historien, men også for barnebøker generelt.