Beboerne på Senja har via Gisundbrua fergefri veiforbindelse til fastlandet over Gisundet til Finnsnes, som er den nærmeste byen. Byen fungerer som handelssenter for hele Midt-Tromsregionen, Senja inkludert. Men øya har også forbindelse med de andre byene i fylket. På Lysnes på Nord-Senja har man hurtigbåtforbindelse med Tromsø, en tur som tar om lag 50 minutter. Fra bygdene Flakstadvåg og Skrolsvik på vest- og sørsiden av øya går det dessuten hurtigbåter til Harstad. Og om sommeren går det ferger mellom Nord-Senja og Kvaløya og mellom Sør-Senja og Harstad, samt mellom Gryllefjord og Andenes.