Vel oppe på overflaten forteller King of Red Lions Link at Mestersverdet har mistet kraften sin fordi noe har skjedd med de to vismennene som holder til i Vind- og Jordtemplet i Hyrule. Deres ansvar var å be til gudene så sverdet alltid skulle beholde kraften sin. Link begir seg til de to templene som nå ligger over havet som øyer, og oppdager at Ganondorf har drept de to vismennene for å tappe Mestersverdet for sin kraft. Åndene til vismennene ber ham finne deres direkte etterkommere for å få kraften tilbake til sverdet. Link lærer så to melodier som vil vekke opp disse to etterkommerne når de spiller den. Den første er Medli, Komalis forstander, som er etterkommeren etter Jordtemplets vismann. Link vekker henne og sammen begir de seg tilbake til Jordtemplet. Ved å spille den samme melodien på instrumentet Medli bærer åpnes den blokkerte inngangen til templet. De to forserer så sammen hindringene og Link ødelegger det massive gjenferdet Jalhalla. Medli begynner så å be og spille på instrumentet og noe av kraften til Mestersverdet blir gjenopprettet. Link lar så Medli bli igjen i templet for å fortsette å be til gudene. Han oppdager at Makar, koroken han reddet fra er etterkommeren etter Vindtemplets vismann. De drar til Vindtemplet, åpner inngangen, forserer hindringene og beskjemper den gigantiske sandormen Molgera. Makar begynner deretter å be og synge til gudene, og Mestersverdet får tilbake sin fulle kraft. Nå er det igjen blitt til det legendariske .