Det er beskrevet ni underarter av rustkronekjerrspurv:: (synonym:) – forekommer på Serranía del Perijá fjellkjeden i det nordøstlige Colombia og i det vestlige Venezuela. – forekommer på de subtropiske Andes av departementet Antioquia i Colombia. – forekommer på de vestlige og sentrale Andes av Colombia i departementene Cauca og Valle del Cauca. – forekommer på Andes i Nariño i Colombia og i det nordlige Ecuador sør til Chimborazo. – forekommer i det sørvestlige Ecuador fra Cañar sør til det vestlige Loja og i det tilstøtende nordvestlige Peru. – forekommer fra det østlige Azuay og det østlige Loja i det sørøstlige Ecuador sør til Amazonas i det nordlige Peru. – forekommer på Stillehavets bakken av Cajamarca i det nordvestlige Peru. – forekommer i den øvre Marañóndalen i regionene Cajamarca og La Libertad i det nordlige Peru. – forekommer på fjellkjeden Serranía de los Yariguíes i departementet Santander i Colombia.