Den 3. april 2006 ble alle flygningene til Aero-California satt på bakken av det meksikanske luftfartstilsynet, etter at Sekretariatet for kommunikasjon og transport mente at flyselskapets sikkerhetsstandarder ikke var tilfredsstillende. De fikk 90 dager til å løse problemene og var i stand til å gjenoppta flygningene 11. august 2006. Den 23. juli 2008 (en tid da rutenettverket besto av 17 innenlandske destinasjoner), ble flyselskapet igjen suspendert. Denne gang på grunn av påstått gjeld til Dette førte til streik av medarbeidere 5. august, som teknisk sett fortsetter i dag. Aero-Californias lisens er fortsatt gyldig den dag i dag.