I mellomtiden tar Yzma over tronen, men blir irritert når han oppdager at Kuzco fremdeles er i live. Pacha oppdager Yzmas plan, og forsøker å advare Kuzco. Men han tror ikke på Pacha, og tror at han fremdeles er elsket av folket sitt. Imidlertid overhører Kuzco også planen til Yzma om å drepe ham, og oppdager at ingen i hans eget rike savner ham på grunn av hans egoisme. Kuzco føler seg skyldig, og planlegger å leve resten av livet sitt som en vanlig lama. Pacha tar ham igjen, og er fremdeles villig til å hjelpe Kuzco tilbake til hans normale form. De må deretter forsøke å finne Yzmas laboratorium, i håp om å finne en trolldom for å reversere effekten av lama-drikken. Imidlertid blir de tatt i bakhold av Yzma og hans håndlanger Kronk.