I 1531 gjorde Henrik VIII seg til den engelske kirkens overhode og rev den løs fra Roma, og geistligheten måtte anerkjenne det og hans nye tittel som «beskytter og overhode for Church of England». Fisher protesterte mot kongens krav på å være overhode for Kirken, men han og andre kunne anerkjenne tittelen med tilføyelsen: «så langt Kristi lov tillater». Dette avviste kongen og Fisher mistet dermed kongens gunst. Tidlig i 1533 giftet Henrik seg i hemmelighet med Anne Boleyn, som ventet barn. I mars 1533 ble Thomas Cranmer innsatt som erkebiskop av Canterbury, og i mai oppløste han kongens ekteskap med Katarina. Kort etter erklærte han kongens ekteskap med Anne Boleyn for gyldig.