I 1988 organiserte Santana et gjensyn med tidligere medlemmer fra Santana-bandet for en serie konserter. Samme år dannet Santana en instrumental gruppe med jazzlegenden Wayne Shorter på tenor- og sopransaksofon. Gruppen inkluderte også Patrice Rushen på keyboard, Alphonso Johnson på bass, Armando Peraza og Chepito Areas på perkusjon, og Leon "Ndugu" Chancler på trommer. De turnerte en kort tid og fikk mye anerkjennelse fra musikkpressen, som sammenlignet den med tiden. Santana ga ut nok en solo-plate, 1987, som vant en Grammy-pris for beste Rock Instrumental Performance.