Enda en F3000-fører av Jordan, Heinz-Harald Frentzen, kjørte -sesongen. Han erstattet Ralf Schumacher som gikk til Williams. Sesongen ble et mareritt for Damon Hill, som hadde mistet interessen for Formel 1. Hill la opp etter 1999-sesongen. Frentzen hadde derimot en veldig god sesong, med to seirere og en pole position. I en kort periode hadde Frentzen muligheter til å kunne vinne tittelen, men McLaren og Ferrari ble for gode. Frentzen fullførte på en tredjeplass i førermesterskapet, og Jordan fikk en tredjeplass i konstruktørmesterskapet. 1999 var Jordans beste sesong.