Isaac Stern var ti måneder gammel da hans familie flyttet til San Francisco. Han mottok sin første musikkundervisning fra sin mor før han ble innskrevet ved musikkonservatoriet i San Francisco i 1928. Han studerte her til 1931, videre studerte han privat med Louis Persinger. Han vendte tilbake til konservatoriet i San Francisco i 1932 for å studere med Naoum Blinder i fem år. Stern har sagt at han skylder Blinder det meste.