Det har alltid vært bosetninger her, men selve byen ble etablert i 1953 da USA fikk lov til å bygge Thule-flystasjonen (bygd 1951). Innbyggerne i Uummannaq (Dundas) og Pituffik ved Thulebasen ble tvunget til å flytte lenger fra basen. De ble da tvangsflyttet 130 km, med fire dagers frist. Qaanaaq kalles derfor gjerne for «Nye Thule». I Qaanaaq oppførte staten hus samt butikk, kirke, skole og sykehus til de tilflyttede familiene.