Han tilhørte den såkalte «Fossesholmgrenen» av den norske Cappelen-slekten, og hans farfars farfar Diderich von Cappelen (død 1762) eide Fossesholm. Frederick ble gift i New York City 1883 med (født 1860) som han hadde møtt som student i Dresden. Deres barn var Arthur Sutherland Cappelen (1885–1932), Victor Onvard Cappelen (1885–1889) og Felix Grower Cappelen (1889–1926). To av disse har etterkommere i USA, bl.a. Joan Cappelen Feehan, tidligere borgermester i La Canada Flintridge i California.