Det ligger på den østre bredden til innsjøen Tonle Sap, og den sentrale delen av komplekset kan deles inn i tre grupper. Strukturene i det totale arkeologiske området ble bygget over en lengre periode: den sørlige og nordlige gruppen ble bygget i det 7. århundre og den sentrale gruppen noe senere. Bygningene på Sambor Prei Kuk er karakteristiske for den pre-angkoreanske perioden med et enkelt ytre plan. Det viktigste materialet er murstein, men sandstein brukes også for visse strukturer.