Etter en brukbar 1999-sesong gikk han til Brann, der han raskt etablerte seg som høyrekant. Han spilte også på det norske U21-landslaget. Men i august 2000 ble Knudsen rammet av Salmonella, noe som førte til at det tok nesten et år før han kom tilbake på fotballbanen. Derfor spilte han bare sporadisk høsten 2001 for Brann.