I sin barndom i Coombe Bank i Sundridge i Kent fikk Manning vennene Charles Wordsworth og Christopher Wordsworth, som senere ble anglikanske biskoper av henholdsvis Saint Andrews og av Lincoln. Han gikk på Harrow School (1822–1827). Manning begynte ved Balliol College i Oxford i 1827 og gjorde seg snart gjeldende som debattant i Oxford Union, hvor William Ewart Gladstone overtok etter ham som president i 1830.