Knudsen vokste opp på Leirsund ved Lillestrøm. Hans ungdomsklubber var Leirsund Idrettslag og Lillestrøm Sportsklubb som han ble hentet til som guttelagspiller. Etter låneopphold hos Strømsgodset, Skjetten og Kongsvinger, gikk han i 1999 til danske FC Midtjylland. I 2000 gikk han til Stabæk, hvor han skulle bli værende i lang tid. I 2008 var han med å vinne seriegull med Stabæk. I 2009 ble han årets keeper i Tippeligaen.