Den internasjonale flyplassen Ouagadougou lufthavn ligger i byen. Det går flere flyruter fra denne til diverse land i Vest-Afrika og Europa. Byen har jernbaneforbindelse til Abidjan i Elfenbenskysten og Kaya i Burkina Faso. Det går også en motorvei til hovedstaden i Niger, Niamey. Motorsykkel og moped er veldig vanlige framkomstmidler i Ouagadougou.