Kommunikasjonen blir regulert av protokoller, de vanligste for Internett-telefoni er H.323, SIP og Skype. H.323 er en komplisert protokoll som er laget av ITU-T. Etter hvert er SIP kommet til som et enklere alternativ. I SIP vill en samtale bli satt opp med kommandoer som ligner på HTTP, deretter vil selve samtalen bli send direkte mellom partene uten hjelp fra en sentral server. Dette betyr at lydinformasjonen blir oppdelt i små pakker som blir ledet gjennom Internett langs flere forskjellige strekninger. Når man bruker VoIP over Internett vil kvaliteten variere under samtalen.