Siden blåskjell lever av planktonalger de filtrerer fra vannet kan de akkumulere gift som finnes i visse giftproduserende alger. Dette er et problem for oppdrettsnæringen, men kan særlig ramme dem som plukker skjell på egen hånd. Det er ikke mulig å smake, lukte eller se slike alger, og man er derfor avhengig av målinger for å kunne beskytte seg mot skjellforgiftning. I Norge overvåker Mattilsynet 34 uttakssteder langs norskekysten og publiserer et blåskjellvarsel som et tilbud til dem som ønsker å sanke skjell i fjæra. I tillegg til overvåking av algeforekomster og algegifter i skjell, tas det også ut prøver for å kartlegge forurensning av bakterier, virus og miljøgifter. Miljøgiftkonsentrasjonene i blåskjell er stort sett lave. Unntaket er kvikksølv i Lofoten, bly i Mjelle nord for Bodø og PCB i Ørland i Trøndelag.