Knackfuss studerte ved Kunstakademie Düsseldorf (1865-1869), var med som soldat i den fransk-preussiske krig (1870–71), og fortsatte deretter kunststudiene under Eduard Bendemann, og senere under Eduard von Gebhardt. Han vant for to historiske bilder den store statsprisen i 1874, og dessuten et statsstipend, som kunne finansiere hans videre studier i Roma (1875–78). Han underviste så som professor i Kassel i anatomi ved the Cassel-akademiet (fra 1880) og så i kunsthistorie (fra 1890).