Deretter var Weidenreich assistent til 1901, etter sin habilitering som privatlektor innen anatomi ved Universitetet i Strassburg under Gustav Schwalbe, en antropolog og forsker på neandertalere. I 1903 etterfulgte han Wilhelm Pfitzner som prosektor ved Universitetet i Strassburg. I 1904 ble han utnevnt til professor i anatomi der, en stilling han innehadde til 1918. Fra 1921 til 1924 var han professor og vitenskapelig medlem av kreftinstitututtet ved Universitetet i Heidelberg.