Etter at akademiet ble grunnlagt, ble kirken gravplass for høyadelige med tilknytning til stedet. I nordre sideskip er gravkapell for Christian Friis til Kragerup og hans ektefelle Barbara Wittrup. Christian Friis var Christian IVs kansler til sin død i 1639. I kapellet står det et fem meter høyt epitafium fra 1653 med anevåpen.