Virksomheten ble vanskeliggjort igjen under krigen i 1812, da britene erobret byer hvor han drev handel fra, men da den amerikanske kongressen vedtok en proteksjonistisk lov som stengte utenlandske handelsmenn ute fikk hans forretninger et markant oppsving, og American Fur Company kom igjen til å dominere handelen rundt de store sjøene. I 1822 etablerte Astor Astor House på Mackinac Island som hovedkvarter for American Fur Company.