Da Afonso de Albuquerque kom seilende til Cochin for å avløse Almeida som visekonge, vegret Almeida seg for å godkjenne de kongelige dokumentene som Albuquerque hadde med seg, og kastet Albuquerque i fengsel. Det var først når den portugisiske troppen kom noen måneder senere at Almeida bøyde seg, og begynte hjemreisen til Portugal. Han nådde imidlertid ikke dit, da han ble drept av khoikhoi-folket ved en strand i Sør-Afrika.