De delene av Chiangs styrker som hadde overlevd krigens første fase ble trukket tilbake til Wuhan, mens statsadministrasjonen ble sendt enda lenger vest. En ny nasjonalist-hovedstad ble etablert i Chongqing, og med sovjetisk militærhjelp klarte kineserne lenge å holde japanerne tilbake i Wuhan og det sentrale Kina. Chiang gav også ordre om å sprenge dikene langs Yangtze for å stoppe den japanske fremmarsjen, men dette gjorde lite annet enn å skape enorme ødeleggelser for bøndene i området. I oktober 1938 ble Wuhan okkupert av japanske styrker, mens nasjonalistene måtte trekke seg helt tilbake til Chongqing.