Han ble uteksaminert med laud fra Yale University som 18-åring, og etter å ha tjenestegjort en tid i United States Army, tok han mastergrad ved University of Chicago. Deretter tok han doktorgrad ved Harvard University, hvor han begynte å undervise som 23-åring i 1950. Huntington underviste ved Harvard University 1950–1959, og var professor i statsvitenskap og visedirektør ved Institutt for krigs- og fredsstudier ved Columbia University 1959–1963. I 1963 kom han tilbake som professor ved Harvard University, hvor han ble værende til sin død i 2008.