Maria døde allerede i 1558, og Elizabeth kunne innta tronen, fast bestemt på å lytte til gode råd under utøvelsen av sin dronninggjerning. Hun lente seg tungt på en gruppe betrodde rådgivere ledet av William Cecil, 1. baron Burghley. En av hennes første handlinger som dronning var å støtte etableringen av en engelsk protestantisk kirke, som hun selv ble øverste leder av; hennes tittel som kirkeleder var «Supreme Governor». Denne religionspolitikken håndhevet hun fast under hele regimet, og den ble senere videreført til dagens Den engelske kirke. Det ble forventet at Elizabeth giftet seg og fikk barn for å sikre Tudor-dynastiets framtid, men tross flere beilere forble hun ugift. Etter hvert som hun ble eldre, vokste det fram en jomfrukult rundt henne som gav seg utslag i portretter, festspill og litteratur.