Bech var en utpreget rasjonalist, og hadde lite sans for Hans Nielsen Hauge og Haugianerbevegelsen. Han ga ut en apologi mot Hauges virksomhet i 1802, , og sendte i 1806 også et rundskriv til prestene i Akershus stift om hvordan haugianismen kunne bekjempes. Han var imidlertid motstander av å bruke politimakt mot haugianerne, og mente typisk nok at bevegelsen best kunne motvirkes ved økt folkeopplysning.