Malnes vokste opp i Burfjord i Troms og rømte med familien til Eidsvoll under 2.verdenskrig. Han tok examen.artium ved Eidsvoll landsgymnas og studerte senere ved NTH i Trondheim hvor han tok doktorgraden i 1967. Arbeidet fra doktorgraden videreførte han på Institutt for atomenergi (senere IFE) på Kjeller der han var forsker og senere forskningssjef 1967-1995.