Konflikten innad i Timuridriket ble utnyttet av Kara Koyunlu-dynastiet som regjerte vest for Transoxiana. Under ledelse av Jahan Shah marsjerte de inn i de vestlige områdene av timuridenes rike og inntok Herat i 1458. Kara Koyunlu led imidlertid samme skjebne med indre strider, og Jahan Shah måtte i all hast returnere for å slå ned et opprør ledet av hans egen sønn Hasan Ali. Abu Sa'id fikk dermed tilbake kontrollen over Khorasan og han gjorde Herat til sin hovedstad. Abu Sa'id sluttet fred med Jahan Shah og det ble opprettet diplomatiske forbindelser mellom rikene. Dette gjorde Abu Sa'id i stand til å konsentrere seg om andre fiender. I 1459 vant han et slag ved Sarakhs mot tre av sine rivaler. Sultan Sanjar ble tatt til fange og henrettet, mens Ibrahim Mirza og Abul-Qasims bror Ala al-Dawla Mirza måtte flykte. Begge døde kort tid etter. Abul-Qasims sønn Mirza Shah Mahmud, som var blitt avsatt i Herat, døde også på denne tiden. Med frafall av så mange av rivalene kunne Abu Sa’id styrke sin maktposisjon. Han utvidet sitt rike vestover mot Mazandaran-provinsen og sørover mot Sīstān. Østover klarte han også å underlegge seg Badakhshan-provinsen, et område som selv Timur Lenk aldri klarte å skaffe seg reell kontroll over.