Michael O'Connor studerte i hjemlandet og ble som 14-åring sendt for kirkelige studier av William Coppinger, biskopen av Cloyne, til Frankrike. Senere ble han sendt til studier ved Det pavelige universitet Urbaniana i Roma der han tok utdannlesen der i filosofi og teologi med utmerkede resultater. Han vandt også en gullmedalhe for sine prestasjoner innen matematikken. Blant hans medstudenter i universitetet var Paul Cullen, Francis Kenrick, og Martin Spalding.