Han ble arrestert og deportert fra Istanbul i 1915 med tog med flere hundre andre armenske intellektuelle til Çankırı, et sted øst for Ankara. Der ble de fleste andre armenske deporterte drept. Men Talaat Pasja sørget for at Komitas og syv andre av fangene fikk vende tilbake. Det antas at den amerikanske ambassadør Henry Morgenthau og dikteren Mehmet Emin Yurdakul hadde engasjert seg. I Istanbul fant Komitas alt det han eide ødelagt eller fjernet. Han flyktet spå til Paris og slo seg ned i den sørlige forstad Villejuif der.