Stratford var sønn av Stratford Canning jr. (1744–1787), en irskfødt handelsmann basert i London, og fetter av den framtidige statsminister George Canning og den framtidige 1. baron Garvagh. Han studerte først ved Eton College og deretter på King’s College ved University of Cambridge. I 1807 ble han gitt en mindre posisjon i utenriksdepartementet av sin fetter, og ble sendt på oppdrag til Danmark senere det samme året.