Etter å ha dratt tilbake til familiens hjem da han forlot universitetet, oppdaget Rojas at han ble underlagt undersøkelser av inkvisisjonen, skjønt han ble aldri mistenkt for å praktisere jødedommen. Mange valgte å gifte seg inn i familier som var uomtvistelige kristne, og på Rojas' tid var det mange adelige familier som var av blant kristen og jødisk avstamning, noe som var tilfelle for Tomás de Torquemada, den første storinkvisitor av Spania. Rojas giftet seg imidlertid inn i en annen familie av . Hans hustru var Leonor Alvarez de Montalbán. De fikk fire sønner og tre døtre.