Imidlertid hadde det nordlige området som nå var kjent som Nederlandene i økende grad blitt protestantisk eller kalvinistisk, i motsetning til den sørlige delen som forble hovedsakelig katolsk. Denne deling resulterte i Unionen i Atrecht og Unionen i Utrecht. Da Karl V abdiserte i 1555 gikk Belgia til Huset Habsburgs spanske gren, representert ved Filip II av Spania, sønn av Karl V. Filip II forsøkte å forby all protestantisme. Deler av Nederlandene gjorde opprør, noe som var foranledningen til åttiårskrigen mellom Spania og Nederlandene. For det erobrede sørlige Nederlandene ble krigen avsluttet i 1585 da Antwerpen falt.