Han ble født i Selbu i Trøndelag, Norge. Han var sønn av Peder Einarsen Amdahl (1863–1942) og Marit Bardosdatter (1862–1942). Han vokste opp i et hjem preget av haugianerbevegelsen. Han gikk på Hans Nielsen Hauge Minde i Kristiania og ble uteksaminert i 1910. Han ble ordinert til prest i 1916 og ble kalt til den nyopprettede stillingen som assisterende generalsekretær for Det Norske Misjonsselskap (NMS). Han tjente som generalsekretær for selskapet fra 1923. Amdahl trakk seg fra sin stilling i 1957 og ble erstattet av Fridtjov Søiland Birkeli.