Fra 28. desember 2005 til 7. juli 2007 var han Ecuadors finansminister (Ministro de Economía y Finanzas). Som finansminister var han også Ecuarors guvernør i Den latinamerikanske utviklingsbanken (Corporación Andina de Fomento), Den interamerikanske utviklingsbanken, Den internasjonale bank for gjenoppbygging og utvikling, Verdensbanken og Det internasjonale pengefondet. I hans periode som finansminister fikk han reformert (Ley de Hidrocarburos), slik at statens inntekter ble 50% av oljeselskapenes inntekter. Tidligere betalte noen oljeselskaper så lite som 18%, til tross for opptil 250% avkastning på sine investeringer.