Wærdahlgruppa hadde også en egen flyktningerute over Stjørdal. Flyktninger ble skjult i togene fra Trondheim til Stjørdal, mens en dedikert kontakt på Stjørdal fikk flyktningene brakt med lastebil til Meråker, hvor de fikk hjelp til å komme seg over fjellet til Sverige. Disse flyktningene var både ettersøkte motstandsmenn, politiske motstandere av okkupasjonsregimet og jøder.