Infeksjon skjer vanligvis når en skade i epitellaget utsetter basalcellene for viruset via en annen ødelagt epitelbarriere, på grunn av mikrokutt, slik som ved seksuell kontakt. Livmorhalsen er spesielt utsatt for HPV-infeksjon, da overgangen fra plateepitel i vagina til sylinderepitel i livmoren gjør avstanden fra det ytre cellelaget til basalcellene i livmorhalsens plateepitel kortere enn andre områder med flerlaget plateepitel. HPV kan overleve i flere måneder og i lave temperaturer uten en vert.