Han ble gift i 1908 med sin tidligere elev Henriette Wegner Paus (1879–1942), som var lærer ved Nissens Pikeskole og som hadde flere års universitetsstudier. Hun var datter av de kjente skolefolkene Bernhard Pauss og Henriette Pauss (Wegner) som ledet og eide Nissens Pikeskole i flere tiår, og var barnebarn av industrimagnaten Benjamin Wegner og filantropen og kvinnesakspionéren Henriette Wegner, medeier i Berenberg Bank. Hun var også guddatter av Wilhelm Adelsten Maribo, gift med kvinnesakspionéren Hedvig Maribo, som hadde vært nære venner allerede av mormoren. Deres fire døtre var freds- og kvinnesaksforkjemperen Henriette Bie Lorentzen samt Nora, Ingrid og Louise. Theodor Haagaas var onkel til forleggeren Henrik Groth, fetter til den svenske grevinnen Karin Trolle-Wachtmeister og morfar til tidligere arbeids- og velferdsdirektør Joakim (Theodor Haagaas) Lystad.