Godfred fortsatte å spille en mindre, men viktig, rolle i slagene mot muslimene frem til korsfarerne endelig nådde Jerusalem i 1099. Før denne tiden hjalp han til med å unnsette de fremste linjene i slaget ved Dorylaion etter at de ble låst fast av seldsjukkene under Kilij Arslan I, sammen med de andre korsfarerprinsene i hovedstyrken. De plyndret seldsjukkleiren etter dette. Godfred deltok i erobringen av Antiokia som falt i juni 1099 etter lange og bitre kamper. Under beleiringen følte noen av korsfarerne at kampen var håpløs og forlot korstoget for å dra tilbake til Europa. Alexios I hørte om den desperate situasjonen og tenkte at Antiokia var tapt, derfor kom han ikke korsfarerne til hjelp slik han hadde lovet. Da korsfarerne ebdelig tok byen, bestemte de seg for at deres eder til Alexios I ikke lenger gjaldt. Bohemond, den første som gikk inn i byen, krevde byttet til seg selv. En muslimsk styrke under Kerboga fra byen Mosul, ankom og kjempet mot korsfarerne, men de kristne beseiret til slutt disse tyrkiske islamske styrkene.