Seieren ved Køge bukt var avgjørende for resten av krigen. Danskene beholdt herredømmet over Østersjøen. Den suksessen som de danske skipssjefene hadde oppnådd under Niels Juel, gjorde at de nå fikk anerkjennelse for å være blant samtidens beste sjøoffiserer. Dette førte til mindre avhengighet av nederlandsk assistanse. Det var også på tide, for året etter ville ikke Nederland lenger støtte Danmark, ettersom de ville ha fred med Frankrike, Sveriges allierte.