Frederik Gottschalk von Haxthausen var sønn av generalmajor og kommandant på Fredriksten festning Friedrich Maximillian Gottschalk von Haxthausen (født 1705 i Maastricht i Hertugdømmet Limburg, død 1770 i Fredrikshald) og Juliane Dorothea von Eldern (født 1719 i København, død 1790 i København).