I kampene under Peloponneskrigen spilte den athenske festningen Boudouron på Salamis to ganger en viktig rolle: i 429 f.Kr. stoppet det et angrep fra den spartanske flåten ledet av Knemos som hadde invadert Salamis og aktet å avansere videre til Pireus; i 427 f.Kr. greide athenerne på Boudouron under ledelse av Nikias å hindre angrep. I 405 f.Kr. herjet den spartanske Lysandros Salamis under beleiringen av Athen. Angivelig levde Evripides på Salamis. I år 318 f.Kr. erobret kongeriket Makedonia øya Salamis.