Uken etter kastet brees for 308 yards på 25 av 33 pasninger med to touchdowns og én interceptions da Saints slo rivalene Atlanta Falcons 35–27, og tangerte lagrekorden for beste sesongstart med sin syvende strake seier. I uke 9 ledet Brees laget til en 30–20 seier over Carolina Panthers. Dette var Brees' første seier over Panthers i Superdome, og slo den gamle lagrekorden for beste sesongstart med 8–0. I uke 12 ledet Brees Saints til ett sesongresultat på 11–0 etter å ha slått New England Patriots 38–17 under . Brees hadde totalt 371 pasningsyards og en perfekt passer rating på 158,3, og ble den første spilleren til å kaste fem touchdownpasninger mot hovedtrener Bill Belichick. Hans prestasjoner i kampen sikret ham sin tredje NFC Offensive Player of the Week-tittel i 2009. Etter knappe seiere over Washington Redskins og Falcons for å nå ett sesongresultat på 13–0 fikk Saints sitt første nederlag mot Dallas Cowboys, 24–17, etter at DeMarcus Ware forårsaket en fumble fra Brees mot slutten av kampen. Saints tapte sesongens to siste kamper, og Brees spilte ikke i sesongfinalen mot Carolina. Med ett sesongresultat på 13–3 fikk de første seed i NFC.