Året etter åpnet Julius så Laterankonsilet, hvor den såkalte konsiliarismen ble diskutert. Konsiliarismen var et ledd i de forsøk på indre reformasjon av den katolske kirke som hasde vært underveis i det seneste århundrer. Julius var tilhenger av papalismen, som konsentrerte makten hos paven, og hans synspunkt endte med å seire, skjønt Julius ikke selv opplevde dette, idet han døde i 1513.