På grunn av Vicks suspensjon ble Falcons i tvunget til å bruke Joey Harrington som startende quarterback. 11. desember, 13 kamper inn i sin første sesong som head coahc i NFL, sa Petrino opp stillingen for å ta samme jobb ved University of Arkansas, med ingen forvarsel eller beskjed utover en lapp etterlatt i garderoben. Emmitt Thomas tok over for sesongens tre siste kamper den 12. desember. Falcons avsluttet sesongen 4-12.