Selv om hun fra barndommen av ønsket å bli en astronaut eller en pilot, valgte Funke å studere pedagogikk før hun i tre år arbeidet som sosialarbeider. Etter et studium i illustrasjon arbeidet hun som illustratør av brettspill og barnebøker, noe som over tid førte henne til å skrive egne barnebøker. Hun var bitt så inspirert av de fattige barna hun hadde jobbet med tidligere. Funke giftet seg med Rolf Funke i 1989. Hun har to barn, Anna (født 1989) og Ben (født 1994). Funke og familien bodde i Hamburg i 24 år før de flyttet til Beverly Hills i mai 2005. I mars 2006 døde Rolf Funke av kreft.