Man kom etter krigens slutt til at han hadde vært fullstendig klar over de medisinske eksperimenter som ble utført på krigsfanger og fanger i konsentrasjonsleirer, uten å gjøre noe for å stoppe dette. Dette førte til at det amerikanske militærtribunalet tok ut tiltale, og stilte ham for retten i Nürnberg under Legeprosessen.