Ingebrigtsen sesongåpnet under innendørsstevnet Meeting Hauts-de-France Pas-de-Calais i Frankrike den 9. februar, og satte der norsk og europeisk rekord på 1500 meter med 3:31,80. Den 5. mars vant han 1500 meter under EM i friidrett innendørs 2021 i Toruń, etter at han først ble diskvalifisert for å trå innenfor lista, men Norge la inn protest på diskvalifiseringen, og denne protesten ble hørt. Han vant dermed 1500 meter, foran Marcin Lewandowski og Jesús Gómez. To dager senere vant han også 3000 meter.