Aukrust har bygd opp og ledet fire aktive forskningsgrupper ved instituttet, knyttet til inflammatoriske og immunologiske mekanismer ved kardiovaskulær sykdom og immunsvikt. Både nasjonalt og internasjonalt har Pål Aukrust vært sentral i en rekke fremskritt, og han står som innovatør bak fem patentfamilier. Forskningen kommer i tillegg til en betydelig klinisk innsats.