Barnes underviste i historie ved Columbia University fra 1918 til 1929. Deretter arbeidet hans som en frilansforfatter og tidvis som hjelpeprofessor ved mindre skoler. Via hans posisjon ved Columbia og hans omfattende virksomhet som skribent ble Barnes en tid meget vel ansett som historiker. I 1950-årene mistet han sin prominente stilling på grunn av sine synspunkter på Holocaust og forestillinger om politiske konspirasjon knyttet til begge verdenskrigene.