Mekanismen ble oppdaget i et skipsvrak utenfor den greske øya Antikythera, mellom Kythera og Kreta, i 1900 på en dybde på rundt 43 meter. Mange statuer og andre gjenstander ble hentet opp av dykkere. Skipet er datert til å ha sunket en gang mellom 87 f.Kr.-80 f.Kr., men det er mulig at Antikythera-mekanismen er enda eldre.