Krigen endte med en omfattende og endelig seier for Paraguay, som dermed på mange måter reddet seg ut ifra sin elendighet. Men i sin helhet var krigen en katastrofe for begge sider. Bolivia hadde måttet dra de innfødte inn i krigen. Moralen blant de innfødte soldatene var dårlig, siden de ikke følte seg som bolivianere, og siden grensene for dem var irrelevante. Paraguay derimot hadde en militær organisasjon som ikke hadde noen splittelse som Bolivias hær hadde. Dessuten stod nasjonalismen sterkt i Paraguay. På begge sider, spesielt for Bolivias del, var ikke soldatene klare for mangelen på vann, og dårlig trent til krigføring i Gran Chacos terreng. Av de 100 000 som døde under krigen, døde flere av malaria og andre infeksjoner enn av selve krigføringen. Dessuten ble begge landene dyttet nær en økonomisk kollaps. I Bolivia ble president Salamanca avsatt av sine egne.