Etter farens død i 1799, ga arveoppgjøret ham tilstrekkelige midler til å oppgi huslærerstillingen og slå seg til i Jena for å kvalifisere seg til en stilling på universitetet (habilitasjon). I 1801 fikk han en stilling på universitetet i Jena, der han møtte Schelling igjen. I løpet av 1790-årene var Jena blitt et sentrum for kantianisme, og Schelling var allerede blitt en av lederne for den romantiske bevegelse, da Hegel kom dit. Han hadde lært av J.G. Fichte (1762-1814), som var en av de toneangivende Kant-forskere. Sist på året 1801 utgav Hegel sitt første filosofiske verk, og inntil 1803 arbeidet han tett sammen med Schelling om utgivelsen av et tidsskrift for kritisk filosofi.