Selv om Gudjohnson spilte rimelig bra i sin første sesong i Spania, virket det som om han ikke hadde oppfylt forventningene til enten Frank Rijkaard eller fansen. Sommeren 2007 var det forventet at han ville finne seg en ny klubb, og han var lenket nesten alle Premier League-klubbene. Barcelona gjorde ikke noe konkret for å få han solgt, og på grunn av skade skjedde ingenting. På høsten tok han plass på Barcelona-benken igjen, og var fast bestemt på å kjempe seg tilbake på laget. Han hadde en formidabel oppgave, da klubben hadde kjøpt Thierry Henry, og gitt ungguttene Giovani dos Santos og Bojan Krkić tillit.