Han sendte også ut en militær ekspedisjon til Borneo i 1578, den kastiljanske krig ble den kalt, og det endte med at sultanen av Jolo ble spansk vasall - slik spanjolene tolket den avtale som de inngikk med sultanatet ved Río Grande de Mindanao. Så angrep han Borneo, og sultanen der (i det som i dag er Brunei) underkastet seg de spanske utsendinger, noe spanjolene også tolket som en varig ordning.