Duesbergs synspunkt var en av de viktigste referansene for Sør-Afrikas strategi mot aids under president Thabo Mbeki som også fornektet at hiv forårsaker aids. Duesburg var en del av Mbekis faglige panel som ble opprettet i 2000. Dette ble avgjørende for Mbeki-regjeringens valg i forhold til å nekte relevant medisinering av hivsmittede, og man har i etterkant stipulert at denne feilvurderingen resulterte i flere hundre tusen dødsfall som kunne ha vært forhindret dersom Sør-Afrika iverksatte tiltak som ble innført i nabolandene. Duesberg har bestridt disse konklusjonene i en artikkel i tidsskriftet , men utgiveren Elsevier trakk senere tilbake Duesbergs artikkel grunnet manglende nøyaktighet, moralske grunner, samt at den feilet på fagfellevurdering. Hendelsene utløste en serie av klagemål mot Duesbergs arbeidsgiver som igangsatte en etterforskning av ham i 2009 for misbruk av sin stilling. Etterforskningen ble avsluttet i 2010 etter at universitetets administrasjon ikke kunne finne tilstrekkelig dokumentasjon til å anbefale disiplinær reaksjon.