Obertan begynte sin fotballkarrière med å spille med sin lokale klubb Pantin før han i 2002 dro til Paris FC. Etter om lag ett år i klubben dro han videre til Paris-Saint Germain før han i 2004 gikk til det kjente akademiet INF Clairefontaine for å videreutvikle seg som fotballspiller. Her ble han oppdaget av speidere fra den franske storklubben Bordeaux, og i 2005 meldte han derfor overgang.