Den eksakte lokaliseringen av de to øverste skydekkene er omdiskutert. Metanskyer ble direkte oppdaget av ved 1,2–1,3 bar under radiookkultasjon. Resultatet ble bekreftet av en analyse av bildedata fra . Toppen av de dypere skyene av ammoniakk/hydrogensulfid ble oppdaget å være ved 3 bar basert på de spektroskopiske data i synlig lys og nær-infrarødt lys (0,5–1 μm). En analyse av spektroskopiske data i bølgelengdene 1–2,3 μm plasserte likevel toppene av metanskyene ved 2 bar, og toppen av de lavere skyene ved 6 bar. Denne selvmotsigelsen kan bli løst når nye data om metanabsorberingen i atmosfæren blir tilgjengelige. Den optiske dybden til de to øverste skylagene varierer med lengdegraden: Begge blir tynnere ved polene enn ved ekvator, selv om metanskyenes optiske dybde i 2007 hadde et lokalt maksimum på 45° S, hvor det sørlige polarbåndet er lokalisert.