Misjonsstasjonen San Rafael de Velasco er den andre på verdensarvlisten. Den ble grunnlagt i 1695 av jesuittene Fr. Zea og Fr. Hervás. San Rafael ble også flyttet en rekke ganger, deriblant mellom 1701 og 1705 grunnet epidemier i regionen. I 1719 ble stasjonen igjen flyttet på grunn av brann. Martin Schmid bygget kirken mellom 1747 og 1749, og denne har overlevd. San Rafael de Velasco ble restaurert på 1900-tallet som en del av Hans Roths restaureringsprosjekt.