Wagenknecht har tysk mor og iransk far. Hennes mor arbeidet for en statsdrevet kunstdistributør. Wagenknecht ble for det meste tatt vare på av sine besteforeldre til 1976, da hun og moren flyttet til Øst-Berlin. I Berlin ble hun medlem av Freie Deutsche Jugend (FDJ). Hun tok sin i 1988 og trådte inn i Sozialistische Einheitspartei Deutschlands (SED) tidlig på året 1989.