Sekvenssammenstilling kan også brukes for å løse problemer knyttet til nøyaktig likhet av korte sekvensbiter, for eksempel det å finne DNA-sekvenser som restriksjonsenzymer gjenkjenner, eller automatisk søk etter regulatoriske sekvenser i et genom. Ikke alle delene i genomet er gener, og noen later ikke til å ha noen hensikt, disse kalles junk-DNA.