Mange elver med utspring i Kaukasusfjellene renner gjennom Abkhasia. De største elvene er Kodori, Bzyb, Ghalidzga og Gumista. Elva Psou fungerer som en grense mellom regionen og Russland, mens elven Inguri er grense mellom Abkhasia og resten av Georgia – sistnevnte elv utbygd med den enorme Inguri-demningen på 4.500 MW. Det finnes flere innsjøer i området, og Ritsa er den mest kjente av disse.