Aguirre og familien tok seg i slutten av mai til Göteborg, der de fikk skipsleilighet med MS «Vasaholm» til Brasil. Etter et kort opphold i Argentina, reiste Aguirre videre til New York i USA, der han ankom i november 1941. I februar 1942 ble han engasjert som foreleser ved Columbia University og i august 1942 la han ut på en forelesningsturné til Latin-Amerika, der han talte Baskerlands sak.