To år senere, i november 2006, ble Cassano også utelatt fra flere Real Madrid-treninger, etter at han uttrykte misnøye overfor Capello over bare å bli sittende på benken. Samtidig gikk han ut og sa at han angret på at han hadde forlatt Roma, og at han heller aldri kom til å be Real-ledelsen om unnskyldning. Til slutt valgte Cassano likevel å beklage til både Capello og medspillerne.