I hans tid ble portugiserne de første europeere som etablerte kontakt med Kina under Ming-dynastiet og Japan. I Nord-Afrika avviklet han portugisiske befestninger i muslimske områder for bedre å kunne konsentrere seg om India og Brasil. I et forsøk på å utvide handelen ytterligere, tok Johan III også kontakt med landene i Baltikum samt med Rhinland. Han innførte også den portugisiske inkvisisjonen.