Karpathos flyplass med en relativ stor rullebane er lokalisert på sørsiden i området Afiartis. Øya er knyttet til naboøyene og til det greske fastlandet med ferger og fly. Fergene har transport til og fra Piraeus (via Kreta og Rhodos). Faste fly går mellom Rhodos, Kasos, Kreta og Athen daglig. I tillegg er det charterfly fra ulike europeiske byer i høysesongen i april-oktober.