Paris Saint-Germain kjøpte ham fra Sevilla i 1987. I hans første sesong i Paris var klubben nære ved å rykke ned fra toppdivisjonen. I hans andre sesong for klubben bød laget Marseille konkurranse om seriemesterskapet. I hans tredje og siste sesong i Paris kom han på kant med trener Tomislav Ivic, som benyttet Calderón i mengde forskjellige posisjoner. På tampen av sesongen var Calderón henvist til lagets reservelag, hvor han forberedte seg på deltagelse i VM-sluttspillet.