Ved slutten av Kaepernicks karriere i college hadde han pasningsyards, 82 touchdownpasninger, 24 interceptions, yards på løp og 59 touchdowns på løp. Han ble den første og eneste quarterbacken i Division I FBS' historie til å ha nådd pasningsyards og yards på løp i en karriere. Han tangerte også tidligere quarterback ved Nebraska og vinner av Heisman-troféet Eric Crouch for flest touchdowns på løp i en quarterbacks karriere i FBS' historie.