Vardø museum ble grunnlagt som et naturhistorisk museum i 1894 da tanken var at det skulle utgjøre et grunnlag for vitenskapelig forskning på fiskeri. I dag formilder museet byhistorie for Vardø, historien om trolldomsprosessene på 1600-tallet og pomorhistorie. Avdelingene i Varanger museum samarbeider dokumentasjon og formidling av emigrasjonen til Fiskerhalvøya i Russland fra midten av 1800-tallet.