For økosystemer på kontinentalsokler er fremtidige trusler ekstreme klimahendelser, økning i havnivået og arealbruksendringer ved kysten, som kan forårsake økt forurensning og overutnyttelse av arter. En venter også økt fragmentering og tap av naturtyper som direkte påvirker dynamikken i biologisk mangfold. Disse innvirkningene kan gi tilbakekoblinger til klimaet, da kystnære våtmarker spiller en viktig rolle for karbonopptak globalt. I kystfarvann ventes økende tilførsel av næringsstoffer og forurensning i kombinasjon med oppvarming av havet å føre til overgjødsling, samt større omfang av soner med oksygenmangel. Dette kan ha skadelige effekter på levende organismer. Korallrev ventes å gjennomgå hyppigere ekstreme hendelser med oppvarming, og dermed avta med ytterligere ved gjennomsnittlig global oppvarming på fra førindustrielle verdier, og mer enn ved .