Høsten 131 f.Kr. kontrollerte Kleopatra II hovedstaden Alexandria og Ptolemaios VIII Fyskon dro til Kypros hvor han ble værende fram til våren 130 f.Kr. Kleopatra II ble da tvunget til å flykte og søkte tilflukt i Syria. Der hadde hun sin datter Kleopatra Thea og sin svigersønn Demetrios II Nikator, konge av Selevkideriket. I 128 f.Kr. kommer hun tilbake til Egypt sammen med en selevkidehær fra Syria i et forsøk på å gjenvinne sin posisjon, men hæren gikk på et nederlag i nærheten av Pelusium. I 124 f.Kr. kommer hun igjen tilbake, men kildene er uklare til hvorfor. Det ble erklært en offentlig forsoning mellom Kleoptra II og Ptolemaios VIII Fyskon det samme året. Etter dette styrte hun sammen med ham og sin datter fram til den 28. juni 116 f.Kr. da Ptolemaios VIII Fyskon døde. Deretter fortsatte Kleopatra III som hersker av Egypt, mens hennes mor etter oktober 116 f.Kr. forsvinner fra kildene. Det kan antyde at hun rett og slett døde kort tid etter.