Sjah Shuja marsjerte så mot Tabriz, men ble tvunget til å snu da interne forhold i Fars forverret seg. Hans andre brors sønn, sønn av sjah Muzaffar, sjah Yahya, gjorde opprør i Isfahan. Sjah Shuja måtte inngå fred med jalayridene, der han tilbød et ekteskap mellom sin sønn Zain al-Abidin til en søster av jalayrideherskeren Husain. Jalayridene avslo tilbudet og invaderte, selv om sjah Shuja klarte å hindre dem å komme lenger enn Sultaniyya. Før han døde i 1384, utropte han sin sønn Zain al-Abidin som sin etterfølger og hans tredje bror Imam ad-Din Ahmed som guvernør i Kirman. Sjah Yahya var ikke fornøyd med denne ordningen og rykket mot Shiraz, men ble kastet ut fra Isfahan av byens befolkning og ble tvunget til å flykte til Yazd. På sin dødsseng, skrev sjah Shuja et brev til Timur Lenk som på den tiden drev krigføring i Aserbajdsjan, der han gav sine sønners lojalitet til erobreren.