Lee ble født i Seoul i Sør-Korea. Hans mellomnavn, Kyson, den anglifiserte versjonen av hans koreanske navn, betyr «Child of the Spirit». Lee flyttet med familien sin til New York City når han var 10 år gammel, der han senere gikk Bronx High School of Science. Han studerte kommunikasjon ved Boston University og New England Institute of the Art, hvor han også begynte å opptre med musikk, dans og improvisasjonell komedie.