USAF er en våpengren under Flyvåpendepartementet i det amerikanske forsvarsdepartementet. Administrativt styres USAF av en Stabssjef, en firestjerners general som er flyvåpenets øverste offiser. Stabssjefen er underlagt Flyvåpenministeren, en sivil embetsmann som styrer Flyvåpendepartementet og som igjen rapporterer til Forsvarsministeren.