Sora får vite fra organisasjonsmedlem Larxene at Naminé blir holdt fanget på slottet. Sora møter også med en kopi av Riku opprettet og kontrollert av et annet organisasjonsmedlem, Vexen. Axel, en dobbeltagent som tilhører organisasjonen, løslater Naminé og lar henne møte Sora ansikt til ansikt. Sora oppdager at Naminé er den som manipulerer alle minnene hans, etter å ha blitt tvunget til å gjøre dette. Sora må deretter klatre helt til høyeste etasje i slottet for å beseire resten av fiendene deres.