Krhin begynte sin fotballkarriere som ungdomsspiller for hjemklubben NK Maribor i 1999. Etter å ha tilbrakt tiden i klubbens ungdomsakademi frem til 2007 ble han i en alder av 16 år utenlandsproff hos den italienske klubben Internazionale sammen med lagkamerat Vid Belec. I juli 2009 ble han kalt opp til førstelaget av trener José Mourinho for klubbens USA-turné i forkant av sesongen, og Krhin spilte dermed i flere vennskapskamper for Inter. Han fikk beholde førstelagsplassen ved sesongstart i Serie A, men fikk ikke spille de tre første seriekampene.