I 1497 ble sonene slått sammen, og Funchal ble da hovedstad for hele øygruppen. Handelen blomstret, i første omgang med sukker. På begynnelsen av 1500-tallet var folketallet rundt 5 000. En god del av disse var slavearbeidere fra Portugals kolonier i Afrika. I 1516 ble katedralen i Funchal innviet.