Nakhodkabukta, som byen ligger ved, ble oppdaget i 1859 av den russiske korvetten «Amerika», som søkte ly i bukta under en storm. Fra dette kommer Nakhodkas navn, som på russisk betyr «et heldig funn». Før 1950 var Nakhodka en liten fiskerlandsby, men alt det endret seg da de sovjetiske styresmaktene stengte Vladivostok for utenlandsk skipsfart, etter at det ble bestemt at den sovjetiske Stillehavsflåten skulle baseres der. Nakhodka vokste raskt. Mange av bygningene i byen er fra 1950-tallet, da japanske krigsfanger ble brukt som tvangsarbeidere for å bygge boliger for de kommende havnearbeiderne. Byens «gullalder» var tydeligvis på 1970- og 1980-tallet, da den nøt godt av å være den eneste stillehavshavna som var helt åpen for utlendinger. På den tid fungerte den også som det østlige endepunktet for passasjerdelen av den transsibirske jernbanen.