I 1798 ga han i tillegg et eget kurs i fysiologi. Et farlig angrep av hemoptyse førte til at han måtte avbryte sitt arbeid for en tid; men faren var ikke over før han kastet seg inn i nye engasjementer med den samme iveren som før. Han hadde nå i sin fysiologiske foredrag en mer utførlig beskrivelse av sitt opprinnelige syn på forholdet til dyr, som fikk mye oppmerksomhet i medisinske skoler i Paris.