Han ble født og vokste opp i Silver Spring i Maryland. Lindh var blitt døpt, men vokste ikke opp som troende katolikk. Da Lindh var ti år gammel, flyttet familien til San Anselmo i California. Han led av en tarminfeksjon som barn. I en alder av 14 år, bedret Lindhs helse seg og han ble innskrevet ved Redwood High School som førsteårselev. Han ble så overført til Tamiscal High School, en alternativ skole som tilbyr selvstyrte, individualiserte studieprogram. Det var der han studerte andre kulturer, inkludert islam og Midtøsten.