Som fan av -spillene bestemte Hamauzu seg for å søke etter en jobb hos Square. Nobuo Uematsu var imponert over CV-en hans og ansatte ham som lærling i 1996. Debuten hans kom det samme året da han komponerte med Uematsu, Yasunori Mitsuda og Junya Nakano. Senere på året lagde han fire spor til enda et spill med mange komponister, . Hamauzu beundret Nakano som han hadde jobbet sammen med på begge spillene, og de ble venner; de har senere samarbeidet på flere titler. Hamauzus første soloprosjekt kom i 1997 med . Kort etter spillets utgivelse lagde Hamauzu og Yasuo Sako , et arrangert album som inneholdt orkestrale komposisjoner fra spillets musikk. Både lydsporet og fikk ros. Hamauzu jobbet også på lydsporet til det kritikerroste ; han var synthesizer programmer for tolkningen av Joseph Haydns og var bassvokalist i åttemannskoret for .