I 1985, etter å ha blitt løslatt fra fengsel, reiste al-Zawahiri fra Egypt til Pakistan, der han som lege behandlet mujahedin-soldater som hadde blitt såret i kamper med de sovjetrussiske okkupasjonsstyrkene i Afghanistan. Det var i denne sammenhengen han stiftet bekjentskap med Osama Bin Laden, som han møtte i grenseområdet mellom Afghanistan og Pakistan.