I 2008 var det 15 offentlige universiteter i Litauen, 6 private institusjoner, 16 offentlige høyskoler, og 11 private høgskoler. Universitetet i Vilnius er et av de eldste universiteter i Nord-Europa og det største universitetet i Litauen. Kaunas University of Technology er det største tekniske universitetet i Baltikum og det nest største universitet i Litauen. Andre universiteter inkluderer Kaunas University of Medicine, Litauen Academy of Music og Teater, Vilnius pedagogiske universitet, Vytautas Magnus universitet, Mykolas Romeris universitet, Litauisk academi for kroppsøving, Vilnius Gediminas Tekniske Universitet, General Jonas Zemaitis militærakademi i Litauen, Klaipėda universitet, litauisk Veterinary Academy, Litauisk universitet av landsbruk, Siauliai universite og Vilnius Academy of Arts.