Abbado er også velkjent for hans arbeid med unge musikere. Han er grunnlegger og musikkdirektør for European Union Youth Orchestra (1978) og Gustav Mahler Youth Orchestra (1986). Han er også en hyppig gjestedirigent med Europas kammerorkester, med hvem han har innspilt en syklus av Schuberts symfonier til betydelig anerkjennelse.