Hans første embedshandling som keiser var å ta imot en delegasjon fra keiser Mikael VIII Palaiologos i 1281 bestående av Georgios Akropolites og en fremtredende geistlig ved navn Xiphilinos. Delegasjonens oppdrag var å be Johannes om å ikke benyttet tittelen «romersk keiser og autokrat». Mikael VIII hadde overtatt keisertronen i Keiserriket Nikea etter et kupp mot Johannes IV Laskaris og hadde i 1261 erobret Konstantinopel fra korsfarerne i Det latinske rike, og han mente at bare han hadde legitim rett på denne tittelen. Dette var ikke den eneste begrunnelsen for at Mikael betraktet Johannes som en trussel mot keisertronen. Mikael hadde akseptert dekretet fra Det andre økumeniske konsil i Lyon om gjenforening av den ortodokse og den katolske kirken (som hadde vært splittet siden Det store skisma i 1054). Mikael fryktet at høytstående medlemmer av aristokratiet og den ortodokse kirken skulle samle seg om Johannes som var motstander av gjenforeningen, og prøve å innsette ham som keiser i Konstantinopel. Flere av disse ortodokse ble fengslet, blindet eller drept.