Vannet har to utløp med nokså lik vannføring. 55 % av vannets samlede avløp går mot vest gjennom Rostaelva som hører til Målselvvassdraget. Resten avrenner mot øst gjennom Rostoeatnu som hører til Torneälvvassdraget. Storrostavatnet ligger således på vannskillet mellom Norskehavet og Østersjøen, og innsjøen utgjør en pseudobifurkasjon.