Den blir forplantningsdyktig 8-10 år gammel og hekker i fjellhyller. Havhesten legger ett hvitt egg, som de ruger på i dager, den lengste rugetiden av noen fugleart i Norge. Begge foreldrene ruger på skift, i opptil 11 døgn. Hvis det kommer ubedte gjester, kan ungene spre ut en illeluktende luktolje mange meter. Luktoljen vil matte fjærdrakten på flyvende predatorer, og kan føres til deres død. Oppe på nebbet ligger det et rør fra en saltkjertel, ved hjelp av den skiller havhesten ut mye av saltet fra maten og kvitter seg med det via røret på nebbet. Andre sjøfuglarter lagrer energien i form av fett men havhesten lagrer den som olje som sammenlignet med fett har en energiverdi som er 2–3 ganger høyere. Denne oljen bruker de som energikilde når det er dårlig vær eller de ligger på rede og ikke får tatt til seg mat.