Embetet ble opprettet i 1875, og lå frem til 1891 i departementet, da Medisinaldirektoratet ble opprettet. Fra 1945 til 1984 var helsedirektørembetet, som leder for Helsedirektoratet, kombinert med embetet som ekspedisjonssjef og leder for Helseavdelingen i Sosialdepartementet. Helsedirektøren var fra 1994 leder for Statens helsetilsyn, som var Helsedirektoratets etterfølger.