Man kan dele bakteriene som finnes i et biologisk filter i to grupper: aerobe og anaerobe bakterier. I de fleste akvariefiltre dominerer de aerobe bakteriene så lenge pumpen fører vann med oksygenrikt vann igjennom. Hvis denne prosessen stopper opp, f.eks. ved lengre strømbrudd, kan disse bakteriene dø ut i hopetall, og man vil få en rask opphopning av avfallsstoffer og en oppblomstring av anaerobe bakterier. Hvis strømmen deretter kommer tilbake uten at noen har tatt seg av filteret, pumpes denne uheldige blandingen inn i akvariet, noe som i sin tur kan ta livet av fisk og annet.