Jespersen var sosialminister i Poul Nyrup Rasmussens sosialdemokratisk-radikale regjeringer 1993–2000, deretter innenriksminister 2000–2001. Ved Centrum-Demokraternes inntreden i regjeringen i 1994 måtte Jespersen overlate ledelsen av sitt ministerium til dette partiet, men kom tilbake ved en rokade senere samme år. Jespersen stod bak sosialreformen av 1998, som blant annet innførte prinsippet om aktivitetsplikt for å motta sosialhjelp. Som innenriksminister tok hun til orde for en innstramming av innvandringspolitikken, men møtte sterk motbør i eget parti. Hun har senere på 2000-tallet utgitt flere bøker sammen med ektefellen som kritiserer multikulturalisme og islamisme.