Tomsk militære betydning ble etter hvert erstattet med at byen ble et handels- og transportsenter for karavaner fra Kina. Dette ga Tomsk ytterligere stimulans for vekst, og det gjenspeiles i bygging av store murstein kirker, som Åpenbaringskatedralen (først ferdig i 1784) og Oppstandelseskirken (1789), et mesterverk av sibirsk barokk arkitektur. I 1782 fikk Tomsk bystatus og i 1804 ble Tomsk administrativt senter i et nytt gubernija som inkluderte de moderne byene Novosibirsk, Kemerovo, Krasnojarsk og østlige område av Kasakhstan, noe som førte til ytterligere vekst av byen.