I motsetning til både atakebunen og sekibunen var kobayaen et åpent fartøy som også var et roskip som kunne ha en besetning på 20 roere, men det hadde vært store kobaya´ere av samme størrelse som en sekibune, som normalt hadde en robesetning på førti roere. Som sekibunen hadde kobayaen en mast som kunne tars ned, for deretter å bli lagt til hvile ovenpå flere gafler langs fartøyets senterlinjen. Som seilskip hadde den et råseil som besto av vertikale striper, som bare var benyttet under medvind.