Guløyepingvinen er endemisk for den sub-antarktiske klimasonen sør på New Zealand. Arten hekker sørøst på Sørøya (Bankshalvøya og Otagohalvøya), på Stewart Island og øyene rundt, samt på Aucklandøyene og Campbelløyene. Den har trolig trukket nordover fra et mer sørlig tilholdssted (kanskje Aucklandøyene) i løpet av de siste århundrene.