De 11. og 12. århundrene var en storhetstid for bysantinsk kunst i Athen. Nesten alle de viktigste bysantinske kirkene rundt Athen ble bygget i disse to århundrene, og dette reflekterer veksten til byen generelt. Men denne middelalderske blomstringen skulle ikke vare. I perioden mellom 1204 og 1458 ble det kjempet om Athen mellom bysantinerne og de franske og italienske ridderne i det latinske riket. De franske rodderne fra de la Roche-familien fikk tittelen hertug av Athen. Senere katalanske og sicilianske eventyrere hersket over byen i deler av det 14. århundre.