Som andre serbiske middelalderklostre har også Studenica blitt utsatt for plyndring og ødeleggelser. Klosteret har blitt skadet under kriger og av jordskjelv og brann. De største ødeleggelsene fikk klosteret under det første serbiske opprøret mot tyrkerne 1804-1813. Under en mislykket restaurering i 1846 ble de gamle freskoene dekket med gips og ikonstasen i klosteret fornyet i barokk stil som ikke passet sammen med eksteriørets bysantinske stil. Hundre år senere har eksperter klart å restaurere veggene, og man har klart å bevare de verdifulle malerier gjennom 8 århundrer.