I 1939 ble han leder (dekan) for utenrikspolitiske studier ved Universitetet i Berlin, dette var et nytt institutt opprett særlig med tanke på å samordne faget internasjonal politikk med nazistisk ideologi og praktisk politikk. Det nye instituttet etablert av Six ble blant anne brukt til å sammenstille informasjon om landene som på den tiden ble okkupert av Tyskland. Stillingen som leder ga ham mulighet til å ansatte egne medarbeidere.