Den naturlige havna i Coquimbo ble tatt over av Pedro de Valdivia fra Spania i 1550. Gull- og kobberindustrien i regionen ledet til byens rolle som havneby rundt 1840 og mange europeere, spesielt fra England, slo seg ned i Coquimbo. Coquimbo fikk bystatus i 1867. Byen går for tiden gjennom en urbaniseringsprosess som ble satt igang av ordføreren Pedro Velasquez.