Hans yngre søsken er forfatteren og journalisten Rachel Johnson, Leo Johnson, en av partnerne i PricewaterhouseCoopers, og Jo Johnson, statssekretær for universiteter og vitenskap og konservativt parlamentsmedlem fra valgkretsen Orpington i London. I familien kalles Boris Johnson for «Al» for Alexander. Han gikk over til å kalle seg «Boris» i studietiden. Faren Stanley drev kampanje mot Brexit, mens Boris organiserte kampanje for Brexit. Søsteren Rachel og broren Jo var også motstandere av Brexit.