Komorbiditet (samsykelighet) blant individer med TACs er svært lite utredet, men vi vet at det utgjør et betydelig problem, ettersom komorbiditet har en negativ innvirkning både på prognose og resultatet av behandlingen. Komorbide lidelser blir dessuten ofte ikke oppdaget i den kliniske praksisen, fordi behandlere bruker ustrukturerte intervjuer i utredningen og vurderingen av pasientene. Det er derfor viktig at en antar at komorbiditet er regelen framfor unntaket, og at det gjøres en strukturert vurdering av hvert enkelt tilfelle. Men vet imidlertid at komorbiditet utgjør over 50 prosent av sykefraværet i Norge, men dette fanges ikke opp av statistikkene hos NAV. Man kjenner til at en rekke samtidige psykiske lidelser kan gjøre seg gjeldende, spesielt for pasienter som lider av klasehodepine. Man kjenner også til at andre samtidige sykdommer kan gjøre behandlingen av klasehodepine vanskeligere, som for eksempel migrene, søvnapné, irritabel tarm (IBS) og restless legs syndrome (RLS) med flere.