Indianerstammer av ulike kulturer levde i området i tusenvis av år før europeisk kolonisering. Blant de historiske stammene i området før europeisk kontakt var de irokesisktalende cherokeene og de muskogeansktalende stammene alabama, chickasaw, choctaw, creek og coushatta. Handel nordøstover via elven Ohio begynte i løpet av jernalderen, og varte frem til kontakten med europeere. Samtidig med europeisk middelalder slo jordbrukere fra Mississippi-kulturen seg ned i mesteparten av Alabama. Et av deres sentre lå i dagens Moundville i Alabama. Mye av kunnskapen om den sørøstlige indianerkulturen kommer fra arkeologiske undersøkelser av kulturminner herfra. Denne kulturen hadde ingen påviste bånd til mesoamerikask kultur.