Ettertiden husker imidlertid Hardouin mest for en rekke paradoksale hypoteser og teorier. Det mest bemerkelsesverdige, som finnes i (1696) og , var at han benektet opphavet til oldtidens storhet. Isteden, mente han, som med Vergils , var forfattet av munker på 1200-tallet. I grunnen var de aller fleste oldtidsverker i virkeligheten diktverk utført av munker i løpet av middelalderen, ledet av en viss Severus Archontius. Han benektet ektheten av tidsfestingen de fleste antikke kunstverk, mynter og gamle inskripsjoner. Han framholdt også at s opprinnelige tekst var på latin. Hardouin hevdet også at alle kirkekonsiler som skulle ha funnet sted før Konsilet i Trient var fiktive.