Kjempende side om side med storheter som Mace Windu og Yoda er han en av de få overlevende etter slaget på Geonosis i filmen . Under Klonekrigen blir han utnevnt til general og leder styrker av Republikkens klonesoldater mot separatistene. Han er en av de første jediene som stifter bekjentskap med General Grievous når de duellerer under et slag på planeten Hypori. Klonekrigen sprer seg til hele galaksen og på hjemplaneten Cerea blir hele familien til Mundi drept, men han kommer over sorgen ved å iherdig hengi seg til Jediordenen. I filmen er Ki-Adi-Mundi på planeten Mygeeto og leder Republikkens soldater i kamp mot separatistene. Det er akkurat når Ki-Adi-Mundi går i spissen for en motoffensiv at Ordre 66 blir erklært av Palpatine. Jediridder Mundi blir dermed skutt ned av sine egne og er i filmen den første av ofrene for Ordre 66.