Etter at han ble utvekslet, returnerte Lincoln snart til Washingtons hovedarmé og ledet den til og med til Virginia der han spilte en betydelig rolle i overgivelsen ved Yorktown den 20. oktober 1781. General Charles Cornwallis ble så ydmyket av nederlagene for «kolonifolket» at han nektet å personlig overgi sitt sverd til general Washington. Han sendte sin nestkommanderende, general Charles O'Hara, i sitt sted. Som svar på dette, sendte Washington sin underordnede, generalmajor Lincoln, for å ta i mot sverdet til Cornwallis etter nederlaget ved Yorktown.