Adkomst til Trondheim sjøveien passerer Munkholmen. Nidelva er seilbar et stykke oppover i slyngen rundt Midtbyen og byen var tidligere landfast bare langs det smale eidet ved Skansen. Trondheim ligger sentralt til sjøveien til de rike jordbruksbygdene på sørsiden av fjorden. I Sverres saga nevnes Rødbergneset ved Stadsbygd et viktig kontrollpunkt for trafikk inn og ut av fjorden og dette punktet ligger relativt nær Trondheim over fjorden. I middelalderen var Lade et jarlesete utenfor selve Trondheim. På Frosta, som er en halvøy sentralt i fjorden, ble Frostatinget holdt. På Tautra var det i middelalderen et kloster. Storgården Geite i Levanger var trolig et høvdingesete i forhistorisk tid og hadde trolig havn i Eidsbotn eller i Levangerelva den gangen sto havet høyere og Eidsbotn strakk seg lenger mot øst. På grunn av landhevingen er det ikke lenger forbindelse mellom Borgenfjorden og Beitstadfjorden, men i forhistorisk tid til omkring bronsealderen var det trolig en ferdselsvei med båt gjennom et smalt sund der det nå er et eid som knytter Inderøy til fastlandet. Rundt Borgenfjorden er det gravrøyser som vender mot fjorden og på rundt 15 meter over sjøen omtrent der strandlinjen gikk i bronsealderen. Det tidligere sundet mellom Beitstadfjorden og Borgenfjorden er markert med gravrøyser hvor det er gjort rike og sjeldne funn fra bronsealderen. Borgenfjorden har rikt fiske og den er omgitt av godt jordbruksland, og det er tre steinkirker (Sakshaug, Hustad og Mære) rundt Borgenfjorden noe som tyder på at det var et rikt område i middelalderen.