Det er flere offisielle versjoner av «Let It Be». Singelutgaven ble produsert av George Martin, men i løpet av det samme året mikset Phil Spector sangen på nytt for albumet med et annet arrangement og med en ny gitarsolo. McCartney var svært misfornøyd med Spectors håndtering og fikk først sangen gjort på nytt i 2003 da albumet kom ut, ikke bare med «Let It Be» vasket for Spectors lydbilde, men samtlige sanger på albumet. Det er også en fjerde versjon som finnes på albumet .