Coates begynte i Nacional da han var 11, og jobbet seg videre gjennom aldersgruppene. Han var kaptein på alle aldersnivå. I 2009, da han var 18, skrev han kontrakt og begynte å spille for førstelaget. Hans første kamp var mot Bella Vista, en kamp der han ble kåret til banens beste av den uruguayanske avisen . Han startet etterhvert i hver eneste kamp for klubben, med unntatt av karantener og landslagsoppdrag.