Agger skåret sitt andre mål i en ligacup-kamp mot Birmingham City FC, mens hans tredje kom mot Arsenal i en 4-1 seier på Anfield 31. mars 2007. I sin første semifinale i Mesterligaen 2006/2007 fikk Agger kritikk da han lot Didier Drogba komme forbi seg slik at han kunne sørge for pasningen til skåringen som vant kampen. I returkampen på Anfield svarte Agger på kritikken ved å sette et smart tatt frispark fra Steven Gerrard i mål for så å fortsette kampen med å nekte Chelsea FC flere mål i en 1-0 seier 1. mai 2007. Hans imponerende innsats i den kampen var med på å sementere ham som et førstevalg i midtforsvaret og fikk mange fans til å sammenligne ham med legenden Alan Hansen. Han fortsatte med å spille i finaletapet i Mesterligaen 2006/2007 mot AC Milan.