Med base i Kisimul Castle og ved hjelp av en seilbåt med årer kalt birlinner ble MacNeilene beryktet for piratvirksomhet etter å ha angrepet engelske skip i tiden under dronning Elizabeth I av England. På klager fra den engelske monarken ble de innkalt med tvang til Edinburgh av kong Jakob VI av Skottland for å svare på deres handlinger. Deres høvding, Roderick MacNeil («Rory den ustyrlig») argumenterte at han mente kongen burde være fornøyd da dronning Elizabeth hadde halshogd hans mor, Maria Stuart. Svaret reddet livet hans, men hans besittelser ble inndratt, men senere gitt tilbake på lån. Senere da en datter av Kintail ble gift med James MacDonald av Sleat ble herredømmet over Barra gitt til MacDonald som en del av brudens medgift.