Foran 2019-sesongen ble Kalvenes ansatt som assistenttrener i FK Bodø/Glimt. Der ble han gjenforent med hovedtrener Kjetil Knutsen som han også jobbet med i Åsane. Glimt var spådd en tøff sesong i bunnen av tabellen i 2019, og av flere på nedrykksplass. Under ledelse av Knutsen og Kalvenes overrasket laget alle og tok sølv i Eliteserien, klubbens første medalje på 16 år. I juli 2019 forlenget både Kalvenes og Kjetil Knutsen sine kontrakter til sommeren 2022. Knutsen uttalte at «For meg er det helt avgjørende å få med Morten. Vi har vært et bra team i Bodø/Glimt. Aasmund gjør en formidabel jobb på analyse og spillerlogistikk. Morten kjenner jeg godt og han kjenner meg og vi har mange like tanker. Og så er det noe med kjemien vi har oss to imellom».