I denne funksjon aksjonerte han intensivt for deportering av slovakiske jøder. Han var også nestformann i parlamentet. Biskop Vojtaššák undertegnet personlig dokumentet hvorved hans bispedømme overtok Baldovce-kurstedet fra dets opprinnelige jødiske eiere. Da deportasjonen av jødene fra Slovakia til det tyskokkuperte Polen ble drøftet i mars 1942, gikk ikke biskop Vojtaššák ut som motstander av slike deportasjoner, men bad om at jøder som var gått over til kristendommen skulle bli bosatt separat fra dem som fortsatte å praktisere jødedommen som religion. Den 15. mai approberte parlamentet dekret 68/1942, som legaliserte retroaktivt deportasjonen av jødene (som var begynt i mars), autoriserte deres tap av statsborgerskap, og regulerte unntakstilfeller. Vojtaššák, som var parlamentets nestformann på denne tid, grep ordet flere ganger i debatten, uten å motsette seg deportasjon.