I mai 1994 ble Gacutan igjen postert til Japan. Der var han kapellan i erkebispedømmet Osaka før han fikk ansvar for i Osaka i 1997. Fra 2013 til 2017 var Edgar Gacutan sogneprest i Ōfunato i Sendai bispedømme, før han ble sogneprest i Matsubara i distriktet Setagaya i Tokyo erkebispedømme.