I mai 1045 oppga Benedikt IX sin posisjon og pavestolen for å kunne gifte seg. Han solgte pavedømmet til sin gudfar, presten Johannes Gratianus, for mellom 1000 eller 2000 pund sølv. Johannes Gratianus ble da den neste pave under navnet Gregor VI. Imidlertid angret Benedikt IX raskt at han hadde gitt fra seg pavestolen og kom tilbake til Roma. Han tok byen med makt og inntok pavestolen igjen og beholdt den fram til juli 1046, skjønt Gregor VI fortsatte å bli anerkjent som den sanne pave. På samme tid hevdet også Sylvester III at han fortsatt var den sanne pave.