Foruten Sherman har McKinleys utnevnelse av tidligere general og guvernør Russell A. Alger fra Michigan til krigsminister, vært regnet som uklok. Alger var dyktig nok i fredstid, men klarte ikke å håndtere den spansk-amerikanske krigen. I midten av 1899 var Krigsdepartementet skandalisert, og Alger trakk seg etter oppfordring fra McKinley. Visepresident Hobart deltok ikke i regjeringsmøtene, slik skikken var den gangen, men ble en verdsatt rådgiver for McKinley og ministrene hans. Den velstående visepresidenten leide en bolig i nærheten av Det hvite hus. De to familiene besøkte hverandre ofte, og visepresidentens hustru inntok gjerne vertinnerollen i Det hvite hus da Ida McKinley var syk. McKinleys personlige sekretær var George B. Cortelyou, som ble en blanding av stabssjef og pressetalsmann for presidenten. De moderniserte langt på vei forholdet mellom Det hvite hus og pressen, og Cortelyou skulle bli en viktig minister under Roosevelt.