I 2004 ble hun innvalgt i Europaparlamentet med 125 000 personlige stemmer. Seeberg var kritisk til Dansk Folkepartis innflytelse i dansk politikk, og våren 2007 brøt hun med Det Konservative Folkeparti for å danne Ny Alliance sammen med Naser Khader og Anders Samuelsen. Høsten samme år nedla hun vervet i Europaparlamentet idet hun ble valgt til Folketinget fra Nordsjællands storkrets. Uenighet om asylpolitikken gjorde at Seeberg brøt med Ny Alliance i januar 2008. Hun fortsatte som partiløs i Folketinget frem til september samme år, da hun nedla sitt mandat og gikk ut av politikken.