Avdelingen har hovedsete i Jegerbukten ved Haakonsvern orlogsstasjon cirka 10 km sørvest for Bergen, samt treningsbase ved Ramsund orlogsstasjon cirka 50 km sør for Harstad. MJK hadde i 2011 mellom 50 og 60 operatører, med et mulig tillegg av flere selekterte operatører under opplæring og/eller et ukjent antall spesialbåtoperatører, ettersom cirka 150 personer var ansatt ved MJK i 2012 samtidig som det da var nesten like mange ansatte fra konvensjonelle avdelinger som selekterte operatører. I oktober 2016 hadde MJK anslagsvis 160 årsverk, som av økonomiske årsaker ble redusert til cirka 145 i januar 2017.