Lissmasjön har høy verdi for fugleliv, med en rekke sjeldne hekkefugler, både i og rundt innsjøen, og også langs Lissmaån med de våte engene langs elven. Forekomstene av den rødlistede sørlig gulerle er en av länets største. Der er også en hettemåkekoloni her. Vanlige fuglearter i og ved innsjøen er hettemåke, sothøne, vipe, heipiplerke, kanadagås, taffeland, krikkand, enkeltbekkasin, stokkand, kvinand, stillits, stær, linerle, musvåk, kattugle, gråtrost, svarttrost, måltrost, rødvingetrost. Mere sjeldne fuglearter som regelmessig observeres i eller ved innsjøen er rødstilk, vannrikse, sivhøne, sørlig gulerle, skogsnipe, nattergal, skjeand, knekkand, brunnakke, lerkefalk, trane, sangsvane, tornskate, steinskvett, buskskvett, vepsevåk, gjøk og duetrost. Sjeldne fugler som besøker innsjøen på mere tilfeldig basis, er havørn, svartglente, blåstrupe, lappspurv, dvergfalk, myrhauk, heilo og gransanger.