Den 2. november 1897 hadde riktignok de revolusjonære erklært at Filippinene nå var en selvstendig republikk , men opprøret hadde tapt fremdrift. Ingen av partene syntes å ha krefter til å virkelig fremtvinge en avgjørelse. Men Spania hadde i alle fall ingen mulighet til å seire. Stilt overfor dette faktum bad Spania om fred. I desember kom det til en forhandlingsløsning. Den 14. desember 1897 undertegnet Aguinaldo og andre opprørsledere en pakt med spanjolene i Biak-na-Bato om å avslutte opprøret og gikk med på å dra i eksil. På sin side forpliktet spanjolene seg å endre lovene og bedre filippinenes kår og medbestemmelsesrett: Blant annet skulle filippinerne få plass i det spanske parlament og innrømmes fulle medborgerlig status. De revolusjonære skulle motta en «skadeserstatning» på 800 000 peso. (Bare halvparten ble utbetalt.) Aguinaldo dro til Hongkong før måneden var ute.