Strandstedet Staværn ble i 1750 utpekt av kong Frederik V til å anlegge et , hvor skip fra den dansk-norske handelsflåte kunne søke beskyttelse under overfarten mellom Christiania og København. Stedet sognet historisk sett til Tanum sogn, men under arbeidet med flåtebasen Friderichsværn Værft og høsten 1751 ble sogneprest Carl Ferdinand Treu i Brunlanes tilsatt som garnisjonsprest, som skulle avholde gudstjeneste . Det ble likevel raskt behov for stedlig kirke, ettersom bolighuset hvor det ble avholdt gudstjeneste kun hadde plass til en tredel av mannskapet. Grunnmuren til den nye kirken ble anlagt i 1753 og garnisjonskirken innviet på kong Frederiks fødselsdag, den 31. mars 1756, av biskop Niels Dorph i Christiania. Det var verftet som eide og disponerte kirken inntil året 1799, da også innbyggerne i Stavern ble innlemmet i kirkesognet.