Kokosøya er omgitt av dypt vann med sterke havstrømmer, og er kjent blant dykkere for sin bestand av hammerhaier, rokker, delfiner og andre store marine arter. Det ekstremt fuktige klimaet og marine miljøet gjør at Kokosøya økologisk er annerledes enn både Galápagos-øyene og de andre øyene (som f.eks. Malpelo eller Coiba) i denne delen av verden.