De høytliggende områdene i parken har et alpint klima, noe som er svært uvanlig på det australske fastlandet. Det er derimot kun de aller høyeste toppene som får nevneverdige mengder med snø hver vinter. Værstasjonen ved Charlotte Pass, like øst for Mount Kosciuszko, registrerte Australias laveste temperatur noensinne da det var den 28. juni 1994.