Kevin Flynn, Alan Bradley og kjæresten Lora legger en plan om å bryte inn i ENCOM og få tak i Alans Tron-program, et spesielt sikkerhetstiltak designet for å beskytte systemet og motvirke funksjonene til MCP. Når de er inne i ENCOM deler de seg opp, og Flynn kommer i direkte konflikt med MCP når han forsøker å kommuniserer med terminalen sin. Før Flynn rekker å få tak i informasjonen han behøver for å avsløre Dillingers handlinger, bruker MCP en eksperimentell laser for å digitalisere og laste Flynn opp til ENCOM sitt cyberspace hvor han møter flere programmere som var med på å utvikle systemet. MCP tvinger programmere til å spille i livsfarlige spill, og den begynner å sende Flynn i dueller. Flynn møter andre fangede ansatte, Ram og Tron som ønsker å ødelegge MCP.