Kroměříž ble rammet hardt under tredveårskrigen og plyndret gjentatte ganger av svenske tropper. Samtidig ble byen også rammet av pestutbrudd. Etter krigen ble byen gjenoppbygget av biskop Karl II von Liechtenstein-Kastelkorn. Karl II utvidet slottet og bygget lysthagen som også er innskrevet sammen med slottet på verdensarvlisten.