I 1980-årene kjempet en rekke grupperinger av mujahedin, støttet av Pakistan, Saudi-Arabia og USA, mot sovjetstyrkene og Karmals regime med store våpenleveranser. I 1989 trakk Sovjetunionen sine styrker ut av landet. Det sovjetisk-støttede regimet fortsatte å styre i Kabul, men mistet raskt kontrollen over resten av landet til mujahedin. Krigen mot kommunistregimet fortsatte. Da Sovjetunionen brøt sammen hadde ikke regjeringen lenger noen å støtte seg til, og i april 1992 ble Kabul inntatt og kommunistregimet styrtet. Mujahedin innsatte Burhanuddin Rabbani som president. De forskjellige mujahedingrupperingene, med base i hver sine deler av landet, begynte straks å kjempe mot hverandre om makten. Borgerkrigen fortsatte, denne gangen gruppe mot gruppe.