Nå begynte en langvarig beleiring. Etter fire måneder klarte Limahong å komme seg unna på et skip som var bygget av restene av sin tapte flåte. Han ble nesten tatt til fange under flukten, men glapp unna. Han kom seg imidlertid heller ikke tilbake til sitt hjemland, men døde av utmattelse på en liten øy rett utenfor kysten av Luzon.