Frontex' styre består av medlemmer fra samtlige EU-land som også er medlemmer av Schengen-samarbeidet. I tillegg har styret medlemmer fra Storbritannia, Irland og to medlemmer fra EU-kommisjonen. I tillegg kan Island, Liechtenstein, Norge og Sveits som alle er medlemmer av Schengen-samarbeidet, sende medlemmer til styret, men disse styremedlemmene har begrenset stemmerett.