Maturana begynte senere som trener for klubben Atlético Nacional som han tidligere hadde spilt for, og under hans ledelse satte klubben seg fore å vinne Copa Libertadores for første gang for noen colombianske fotball-klubber. Atlético Nacional kvalifiserte seg til VM i 1999 etter 28 års fravær fra dette mesterskapet. I desember samme år mistet Maturana og klubben hans Intercontinental Cup til klubben AC Milan i aller siste minutt på overtid.