Den neste sesongen begynner med at liket etter den savnede Danny Sorenson blir oppdaget. John Clark Jr. (spilt av Mark-Paul Gosselaar) blir forfremmet til etterforsker etter hans heroiske handlinger i en skuddveksling som endte med dødsfallet til drapsmannen som hadde myrdet Danny Sorensen og en annen undercover føderal agent. Sipowicz blir også forfremmet omtrent samtidig. I løpet av sesong ni blir en ny etterforsker introdusert: Rita Ortiz.