I 1791 ble Moreau valgt til oberstløytnant for de frivillige fra Ille-et-Vilaine. Med dem tjenestegjorde han under general Charles François Dumouriez. I 1793 ble han, grunnet egen fremtreden og hans bataljons gode disiplin, forfremmet til brigadegeneral. Lazare Carnot forfremmet Moreau til divisjonsgeneral (fransk général de division) tidlig i 1794 og ga han kommando over høyre ving av arméen under Jean-Charles Pichegru i Grevskapet Flandern.