Området ble erobret av den amorittiske konge Shamshi-Adad I av Assyria på 1700-tallet f.Kr. Kongen valge seg stedet til en ny hovedstad i sitt rike og endret navnet fra til «guden Enlils høysete». Området lå i et rikt jordbruksområde som da hadde hentet seg inn etter klimaforverringen i slutten av det tredje årtusen f.Kr. I byen ble det oppført et kongelig palass og et tempel ovenpå den gamle ruinhøyden, akropolen. Nedenfor denne lå byens bostedskvarter. Hele byen var muromsluttet, og en rak steinlagt gate førte fra byporten opp til akropolen. byen dekket et område på 90 hektar og kan ha hatt en befolkning av opp til 20.000 innvånere. Shubat-Enlil blomstret frem til den babylonske konge Samsu-iluna inntok byen.