Charleston Harbor var fullstendig i Konføderasjonens hender i de fire årene med krig, noe som etterlot et hull i Unionens blokade til sjøs. Unionsstyrker tok tilbake fortet bare dager etter Lees overgivelse og Konføderasjonens kollaps. 14. april 1865, fire år etter at flagget ble tatt ned over Fort Sumter, hevet Anderson som nå var generalmajor, men syk og pensjonert, igjen flagget over fortet.