Blix var gift med Emma Blix, og var far til arkitekten Helge E. Blix (1877–1951) og satiretegneren og riksmålsmannen Ragnvald Blix (1882–1958). Elias Blix var ikke av slekten Blix, men benyttet sitt mellomnavn Blix som etternavn. Hans foreldre var fiskerbonde Peder Christophersen (1804–39) og Margrethe Christophersdatter (1808–57).