Selje kloster var en stor jordeier. Til sammen 175 gårder lå inn under klosteret, derav 2/3 av alle gårdene i Selje og Vågsøy. I 1545 ble alt klostergodset overdratt til St. Jørgens Hospital i Bergen. Hospitalet arbeidde for spedalske. Etter hvert som bøndene fikk innløst gårdene sine, brukte St. Jørgen en del av denne formuen til å bygge et sanatorium for tuberkuløse på Harastølen i Luster (tatt i bruk i 1902). Selje kloster er en av Opplysningsvesenets fonds kulturhistoriske eiendommer.