Rotenon tilføres i alle vannforekomster hvor problemet (fremmede arter) finnes. Ved bekjempelse av ekempelsvis lakseparasitten må rotenon tilsettes alle vannforekomster hvor laks kan oppholde seg. Utfordringen består i å sikre tilstrekkelig høy konsentrasjoner av rotenon selv i de mest kompliserte områdene. En rotenonbehandling kombineres ofte med bygging av fiskesperrer. En fiskesperre gjør det mulig å dele opp området som skal behandles, og således forenkle behandlingen. Ved en rotenonbehandling vil rotenonløsning tilføres vassdraget i en forholdsvis kort periode (få timer). Rotenonbehandling foregår normalt om sommeren og høsten. Virkningen av rotenon er best og nedbrytingen raskest ved høye vanntemperaturer. Hvilket utstyr som benyttes til å dosere rotenon, avhenger av størrelsen på området som skal behandles og om det er en innsjø eller elver/bekker det dreier seg om. I innsjøer benyttes båter med pumper og slanger for utdosering av rotenon, mens i elver og større bekker blir rotenonløsningen pumpet gjennom en perforert slange som strekkes over vassdraget for å sikre god fordeling i vannmassene. I tillegg spyles elvebreddene på begge sider for å sikre god behandling i overgangssonen mellom vann og land. I mindre bekker benyttes dryppstasjoner som gir en konstant tilsetning av rotenon.