Borneoorangutangen lever i fuktig tropisk og subtropisk jungel, både i lavlandet og opp mot på Borneo. Arten er hovedsakelig trelevende og holder som regel til i trekronene, der de kan bevege seg fra tre til tre og over store avstander på leting etter frukt og annet etbart. Den er allikevel mer terrestrisk enn sin nærmeste slektning, sumatraorangutangen. Det skyldes trolig at det ikke finnes store rovpattedyr på Borneo.