Under den økonomiske krisen ble Bright sine lån og sparepenger tatt over av FSLIC, og 25. februar 1989 tvingte FSLIC Bright til å selge laget til Jerry Jones. Jones gav umiddelbart Tom Landry, lagets eneste hovedtrener siden det ble stiftet, sparken, og erstattet han med hovedtrener ved University of Miami Jimmy Johnson, som også var Jerry Jones sin lagkamerat ved University of Arkansas. Med første pick i draftet plukket Cowboys opp quarterback Troy Aikman fra UCLA. Senere samme år byttet de running back Herschel Walker til Minnesota Vikings mot fem spillere og åtte draft picks. Selv om laget avsluttet 1989-sesongen 1-15, deres dårligste resultat på nesten 30 år, gjorde byttet det mulig for dem å plukke opp viktige spillere i draftet og bygge opp laget igjen.