Han var en lærd og kunstelskende mann, men hadde liten fremgang i sin streben etter å få bragt orden i Kirkestatens finanser. Hele hans pontifikat var preget av strider vedrørende jesuittordenens opphevelse. Klemens, som på ingen måte var blind for jesuittenes betydning for den pavelige kirkelige og sekulære styringsmyndighet og politikk, forsøkte først å skyve på avgjørelsen av spørsmålet inn i fremtiden. Men det bygde seg opp et veldig trykk, og til slutt gav han etter for overmakten. I 1772 ble Collegio Romano og jesuittenes øvrige institusjoner stengt i selve Kirkestaten, og den 21. juli 1773 underskrev pave Klemens , den forordning som opphevet ordenen.