Vanini fullførte overgangen fra renessansens averroistiske aristotelisme til en panteistisk naturfilosofi inspirert av Cardano og Telesio. Han framstiller Gud som et uendelig, evig og tidløst vesen som skapte verden ut av seg selv og som virker ved å være i alt og alle. Guds kraft virker i naturen, ja for Vanini naturen Gud selv. Verden er evig, den enhetlige mengden materie er konstant, bare formene endrer seg.