I 1845 ble han utnevnt til president på øya Nevis som ligger på Leeward Islands. Etter det, satt han som guvernør i Tobago fra 10. januar 1854 frem til 1856, og deretter var han tilbake til England og bodde i Charleton, Kingsbridge, Devon frem til sin død. Han giftet seg i 1841 i Auckland med Isabella Kate Johnston, datter av Robert A. Fitzgerald. Shortland døde i Courtlands, den 7. oktober 1869, i en alder av 65 år.