Under krigen ble han arrestert i 1940, men ble løslatt. Han ble arrestert for andre gang etter Melkestreiken 12. september 1941. Han satt først som fange på Grini fangeleir, og ble 3. april 1942 sendt videre til konsentrasjonsleiren Sachsenhausen i Tyskland. Siden ble han overført til flere andre leire; først Lichterfelde, så Hamburg-Fühlsbüttel, Neuengamme, Hamburg-Fühlsbuttel igjen, Königswartha, Bautzen, Leipzig og Eisenach. Den 7. april 1945 befant han seg i Eisenach da amerikanske styrker ankom leiren og satte fangene fri. Foss kom hjem til Oslo 11. juni 1945.