I 1981 ble Løken valgt inn på Stortinget, men ble straks etter valget utnevnt til landbruksminister i Kåre Willochs regjering. Løken var 37 år gammel og regjeringens nest yngste statsråd. Det var inntektsvekst i landbruket i denne perioden, og under jordbruksforhandlingene i 1982 ble regjeringen og bondeorganisasjonene enige om at målet om inntektsutjevning (se opptrappingsvedtaket) var nådd. Løken mente i ettertid at bare de som drev mest moderne og rasjonelt, var i posisjon til å nå målet. Løken innledet en mer liberal praktisering av jord- og konsesjonslovgivningen, og Løken og hans statssekretær Helge Barstad behandlet flere av disse sakene selv. Det var også under Løken som landbruksminister at skogavgiften på tømmersalg ble omgjort til skogfond med skattefordel.