Trade Federation, ledet av Viceroy Nute Gunray, har etablert en blokade på planeten Naboo midt under en intergalaktisk handelskonflikt. I håp om å løse konflikten på fredelig måte, sender kansleren for den galaktiske republikken, Finis Valorum, to Jedier - mester Qui-Gon Jinn og hans padawan, Obi-Wan Kenobi - i forsøk på å forhandle frem en avtale. Etter at de ankommer Gunrays skip, begynner imidlertid møterommet å fylles med giftig gass. Når de innser at Gunray planlegger å myrde dem, må de to Jediene forsøke å rømme og kjemper seg gjennom romskipet. De må også slåss mot handelsforbundets hær av kamp-droider.