På denne tiden var khalkha-mongolene uavhengige fra Kina og betalte bare tributt til Qing-styret. En konflikt mellom - og -husene ledet til en annen disputt mellom khalkha- og dzungar-mongolene om innflytelsen over den tibetanske buddhisme. I 1688 invaderte og okkuperte dzungarhøvdingen Galdan khalkhaenes hjemområder. Khalkhaenes kongelige familier og den første Jebtsundamba Khutughtu krysset Gobiørkenen, bad Qing-dynastiet om hjelp og samtidig underkastet seg Kina. I 1690 røk Galdans dzungarer og Qing-styrkene sammen i slaget ved Ulaan Butun i Indre Mongolia, og Qing-styrkene led et sviende nederlag. I 1696 ledet Kangxi-keiseren selv Qing-hæren, og knuste Galdans hær i laget ved Dsuunmod. Galdan døde året etter. Dzungarene fortsatte med å true Kina, og invaderte Tibet i 1717. De inntok Lhasa med en hær på 6 000 mann, som svar på at Dalai Lamaen var blitt avsatt og erstattet med Lha-bzan Khan i 1706. De avsatte Lha-bzan og holdt byen i to år, og knuste en kinesisk hær i 1718. Lhasa ble ikke gjenerobret før i 1720.