Ferdinand så religion som et effektivt redskap for å få kontroll over befolkningen. Han ønsket å kvitte seg med de jødiske og muslimske befolkningsgruppene, og brukte inkvisisjonen som et av sine redskap for å kontrollere både de som nektet å la seg døpe og de som hadde konvertert til kristendommen. Inkvisisjonen ble dermed en sentral institusjon for håndhevingen av («blodets renhet»), politikken som skulle hindre blanding mellom konvertittene og spanjolene. Historikere har også spekulert i andre årsaker, og mange mener at inkvisisjonen ble opprettet også for å svekke opposisjonen. Det er også mulig at det var økonomiske årsaker som lå bak; Ferdinands far hadde lånt mye fra jødiske finansmenn, og store deler av gjelden kunne slettes dersom de han skyldte penger ble fradømt sin eiendom.