Noen store endringer skjedde med Mustangen på begynnelsen av 1965-modellen, bare fem måneder etter introduksjonen. Først ut var en nesten total endring av motorprogrammet. 2,8 liter rekkesekseren ble erstattet av en ny versjon på 3,3 liter på 89 kW ved 4400 omdreininger i minuttet og 258 Nm dreiemoment ved 2400 rpm. 4,2 literen ble ikke produsert lenger etter 1964-modellen, og en ny motor på 4,7 liter med toports forgasser og 149 kW tok plassen som standard V8. En versjon på 168 kW med fireports forgasser kom så, fulgt av den uforandrede HiPo-motoren. Likestrømsdynamoen ble byttet ut med en vekselstrømsgenerator på alle Ford-modeller, og den etter hvert berømte Mustang GT ble introdusert, med fireports forgasser og i alle karosserityper. Ryggelys kom i 1965.