Rustøen ble ferdig utdannet sykepleier ved Ullevål sykepleierhøyskole i 1980 og tok pedagogikk grunnfag ved Universitetet i Trondheim i 1982. Hun fullførte masterutdanning ved Universitetet i Oslo i 1988 og forsvarte ph.d.-grad i sykepleievitenskap ved Universitetet i Bergen i 1998 med en randomisert studie om håp og livskvalitet hos kreftpasienter som tema.