Øvrige verker av de Molina er en kommentar til første del av Thomas Aquinas' med tittelen (3 bind, 1592) og avhandlingen (6 bind, 1593-1609). Den sistnevnte, som ble minst like viktig som , utkom etter hans død, og redegjør for generelle teorier om lover og spesifikke lover, der særskilt de om økonomi fikk spredning. Til en viss grad behandler den også de juridiske aspekter av forholdet mellom kirken og staten. Med sin rettsfilosofi er den blitt knyttet til Salamancaskolen.