Fra musikkvitenskapelig side har man lenge forsøkt å finne forbindelser mellom preludiene og fugene i de enkelte satsparene, samt mellom stykkene i hele verket. Selv om det er mulig å finne slike forbindelser, er de ikke åpenbare. Med et mulig unntak for preludiet i C-dur som har en klart introduserende funksjon, virker heller ikke rekkefølgen åpenbar. Derfor snakker man om Wohltemperierte Klavier som en samling enkeltstykker heller enn som en komplett og lukket klaversyklus.