Innenfor verdensarvområdet ligger fire verneområder som samlet sett har internasjonal verdi: Lånan/Skjærvær naturreservat Lånan, Flovær og Skjærvær fuglefredningsområde Hysvær/Søla landskapsvernområde med dyrelivsfredning Muddværet fuglefredningsområde Innenfor verdensarvområdet på Vega finnes i tillegg tre naturreservat; Eidemsliene, Holandsosen og Kjellerhaugvatnet.