Den 3. januar 1945 vendte han tilbake til Tyskland og jobbet frem til slutten av krigen i avdeling IV (Gestapo) ved Reichssicherheitshauptamt (RSHA). Rett før de sovjetiske troppene rykket inn, fikk Barschdorf i oppdrag å etablere en nødplass for Gestapo i Schwerin og Lübeck.