Mens Boone var fraværende hadde hans kone og barn (med unntak av Jemima) dratt tilbake til Nord-Carolina fordi hun fryktet at han var død. Da han returnerte til Boonesborough var flere av hans egne menn i tvil om han virkelig var til å stole på, siden han tilsynelatende hadde levd i fred og fordragelighet sammen med shawneene i månedsvis etter at han var blitt tatt til fange. Boone svarte med å lede et forkjøpsangrep mot shawneene over elven Ohio, og deretter ved å hjelpe dem med å forsvare Boonesborough gjennom en ti dagers beleiring som Blackfish innledet 7. september 1778.