Braun er en motstander av Affordable Care Act, støttet forsøk på å avvikle det, og støtter et søksmål for å fjerne systemet. Braun ønsker et fritt og kompetitivt marked, som skal sørge for løsninger innen helsevern. Da han stilte til senatorvalg i 2018 kritiserte han den sittende Demokraten Joe Donnelly ved å referere til ham som en «defender of Obamacare.» Han har uttrykt støtte for å beholde sikkerhetsnett for individer med underliggende tilstander; Politico og PolitiFact påpekte at både forsøket på å avvikle systemet i Representantenes hus og søksmålet mot Affordable Care Act, som Braun støttet, ville føre til et svakere sikkerhetsnett for personer med underliggende tilstander.