I 403 fulgte han sin onkel til «synoden ved eiketreet» i Konstantinopel, et politisk motivert kirkemøte under påtrykk fra keiserinne Aelia Eudoxia som fordømte og avsatte Johannes Khrysostomos som patriark av Konstantinopel. Året før hadde Theofilos blitt stevnet av keiseren til Konstantinopel for å unnskylde seg foran et synode som Khrysostomos skulle lede for å svare på anklager som var rettet mot ham av egyptiske munker. Theofilos hadde forfulgt dem som tilhengere av Origenes. I ledelsen for soldater og bevæpnete tjenere hadde Theofilos marsjert mot munkene, brent ned deres boliger og mishandlet de som han fanget. Theofilos kom mannsterk til Konstantinopel med tjueni av sine biskoper, og rådførte seg med de som var i opposisjon til patriarken og skrev en lang liste av stort sett ubegrunnede anklager mot Khrysostomos, som på sin side nektet å akseptere lovligheten i et kirkemøte hvor hans fiender skulle være dommere. Khrysostomos kunne ikke forhindre prosessen og ble avsatt.