De fleste av hans kunstneriske og intellektuelle arbeider gjelder grensesnittet mellom Nord-og Sør-Amerika (Mexico og USA), samt kultur og politikk i disse to landene. Hans opprinnelige tverrfaglige kunstprosjekter og bøker utforsket grenser, både fysiske, kulturelle og andre grenser, mellom de to landene. Gómez-Peña regnes som en pioner i amerikanske og latinamerikansk kunst.