Instituttet ble til 1. januar 1948 ved en sammenslåing av KNAWs Dialectenbureau og Bureau voor Volkskunde og Bureau voor Naamkunde. Disse tre byråenes sekretær, P.J. Meertens, ble dets første direktør. I 1979 fikk instituttet navnet etter han. Det står modell for den nederlandske romanen av J.J. Voskuil, som selv jobbet ved instituttet i 30 år (1957–1987).