Hans far arbeidet som lege på Bayonne Hospital, mens sønnen jean fikk hjemmeundervisning av moren hans, samt av en lærer og veileder, som jevnlig kom til huset. I en alder av 11 år, flyttet Jean og familien hans igjen, denne gangen til Paris. Han begynte sin skolegang ved Lycée Michel. Dausset ble overbevist av faren sin til å studere medisin ved Universitetet i Paris. Begge foreldrne til Dausset døde like etter at han begynte å arbeide ved et sykehus i Paris, i en alder av 19 år.