I februar 1998 dro Gunn på et tre måneder langt utlån til skotske Hibernian FC, som etter en tid ble gjort permanent. Klubben var da ledet av den nyutnevnte Alex McLeish, som hadde vært lagkamerat med Gunn i tiden fra Aberdeen. Han maktet ikke å redde klubben fra nedrykk på vårsesongen, men signerte likevel en toårskontrakt med Hibernian i løpet av sommeren 1998. I sesongoppkjøringen mot høsten samme år pådro han seg en alvorlig bruddskade i leggen, som gjorde at han valgte å legge opp som aktiv fotballspiller.