Nelson var en av de første som ble syk, og han ble sendt med båt nedover elva den 28. april, dagen før spanjolene overgav fortet. Britiske forsterkninger på rundt 450 menn ankom den 15. mai, men de fargede og indianerne oppgav ekspedisjonen på grunn av sykdom og misnøye. Selv om Dalling var fast bestemt på å forsøke å samle forsterkninger, fortsatte sykdom å herje rekkene, og ekspedisjonen ble oppgitt den 8. november 1780. Spanjolene tok tilbake fortet etter at britene dro. Totalt døde 2500 menn, noe som «gjorde San Juan–ekspedisjonen til den dyreste britiske katastrofen i hele krigen».