Under andre verdenskrig var Britisk Nord-Borneo okkupert av Japan fra 1942 til 1945. Etter verdenskrigen maktet ikke handelskompaniet å gjenoppta administrasjonen og området ble gjort til britisk kronkoloni. I prosessen som ledet fram til dannelsen av Malaysia, gjorde Indonesia krav på området. Dette lykkes ikke og i 1963 ble Britisk Nord-Borneo omdannet til en delstat i Malaysia. Området fikk da navnet Sabah.