Hun skapte det første genetiske kart for mais basert på lenkede gener, som sitter så nær hverandre at de oftest nedarves sammen. Hun koblet også deler av kromosomene til fysiske egenskaper og viste telomerernes og centromerernes funksjon, som er viktige for hvordan informasjonen bevares og føres videre. McClintock mottok fikk flere stipender såvel som at hun ble innvalgt i National Academy of Sciences i 1944.