I 2005 ble Barfoed utnevnt til familie- og forbrukerminister, men gikk av i 2006 etter at matvarekontrollen ikke kunne gjennomføre sine pålagte årlige kontroller av alle virksomheter, og en kritisk rapport fra riksrevisjonen om hans egen redegjørelse for saken overfor Folketinget. Han var senere transportminister fra 2008 til 2010 og justisminister fra 2010 til 2011.