Han var også svært usikker på hvordan han skulle håndtere spørsmålet om erkebiskop Marcel Lefebvre, som utfordret paven da han nektet å akseptere endringene som var vedtatt av andre vatikankonsil, spesielt liturgireformen. Saken ble i stor grad stående uten noen pavelig avgjørelse til etter Paul VIs død; det var Johannes Paul II som ekskommuniserte ham.