På tross av den voldsomme suksessen ble sommeren 1996 tragisk for gruppen. Under et turnéstopp i New York tok trommeslager Jimmy Chamberlin og keyboardspilleren Jonathan Melvoin en overdose heroin. Melvoin døde, og Chamberlin ble umiddelbart sparket fra bandet. Etter en pause gjenopptok bandet deres pågående verdensturné. De hyret trommeslager Matt Walker som midlertidig erstatning for Chamberlin. Verdensturnéen sluttet først i 1997, over 18 måneder etter utgivelsen av . I 1996 og 1997 bidro Smashing Pumpkins på flere soundtracks, deriblant for filmen og for . Disse to låtene markerte et drastisk musikalsk skifte fra gruppens tidligere materiale, med en mye mer elektronisk musikkstil. ga dem en ny Grammy i 1998 for Best Hard Rock Performance.