Født i Odense og spilt sin første kamp for Odense i 1996. I 2002 vant han den danske cupen med Odense, etter at de hadde slått FC København 2–0 i finalen. Jacobsen ble kåra til banens beste i cupfinalen. Samme år ble han kjøpt av den tyske klubben Hamburg. Men oppholdet ble ingen stor suksess og han vendte tilbake til Danmark i 2003, da han ble kjøpt at FC København. I København var han med på å vinne ligamesterskapet i 2004, 2006 og 2007. I 2006 debuterte han også på .