Fra den 17. november 1989 kom han under stadig sterkere trykk fra masseprotestene under fløyelsrevolusjonen. Han utnevnte til slutt den 10. desember 1989 en ny regjering under Marián Čalfa, og i den hadde ikke lenger det kommunistiske parti noe flertall lenger (blant medlemmene var blant annet Václav Klaus og Jiří Dienstbier). Samme dag fratrådte han som statspresident. Den 29. desember 1989 ble han etterfulgt av Václav Havel.