Fray Juan de San Miguel grupperte og organiserte folket i bydeler, som han gav navn etter skytshelgener, slik som San Juan Bautista, San Miguel, San Francisco, La Magdalena, San Juan Evangelista, San Pedro y Santiago og videre. Sentrumsområdet er delt mellom La Trinidad og los Reyes. Hver bydel fikk sitt kapell, kor og skole. Hver bydel fikk på den måten sin egen identitet. de San Miguel oppfordret også til håndverksproduksjon. Byplanen følger mønsteret for spanske kolonibyer, med rette gater i nord/sør- og øst/vest-retning, og med en stor , plass, i sentrum med kirker og offentlige bygg. Det mest verdifulle bygget i byen fra kolonitida er , en sykehus for urfolk, og blant de eldste sykehusene i Amerika.