Me 261 V3 (BJ+CR) Hadde en kraftigere Daimler-Benz DB 610A-1/B-1 motor og syv besetningsmedlemmer. Den første flyvningen for Me 261 V3 skjedde tidlig i 1943. 261 V3 fikk også den lengste serien med flyvningstester og den 16. april 1943 fløy Me 261 V3 over en distanse på 4 500 kilometer i en tidsperiode på ti timer. I juli 1943 ble for øvrig flyet skadet i en landingsulykke og det er uklart om flyet noengang ble satt i driftsklar stand igjen.