Etter at Frankrike hadde gitt opp ble Juin løslatt fra krigsfangenskapet. Han fikk befal over Vichyregimets styrker i Marokko. Da de allierte landsteg i Nord-Afrika i november 1942 (Operation Torch) hjalp Juin med å forhandle frem en løsning der ikke de Vichy-franske styrker kom i strid med de allierte.