I 1984 grunnla han sitt eget eget lydstudio, Rainbow Studio i Oslo. Tilsammen produserte han over 4000 plater, og han er særlig kjent for sine rundt 700 innspillinger for ECM (1970–). Han regnes som en av verdens beste lydteknikere, teksten «Recorded at Rainbow Studio, Oslo. Engineer: Jan Erik Kongshaug.» regnes som et særlig kvalitetskjennetegn for lydopptak.