Omkring år 250 ble store deler av de sentrale og vestlige deler av El Salvador begravd under tette lag av aske fra vulkanen Ilopango. Området ble forlatt, og først flere hundreår seinere, da vulkanasken var forvandlet til fruktbar jord, vendte folk tilbake. Denne reetableringen begynte ikke før rundt år 400. Bosetningen Joya de Cerén ble grunnlagt før slutten av det 6. århundre. Ikke lenge etter, rundt år 650, ble Joya de Cerén igjen ødelagt av vulkanutbrudd, nå fra Loma Caldera, som ligger mindre enn 1 km fra landsbyen. Selv om utbruddet bare rammet ca. 5 km², begravde det landsbyen under 14 lag med aske som falt i flere bølger og med temperaturer fra 100 til 500 °C. Ruinene av landsbyen lå der, godt beskyttet av askelagene. Det antas at landsbyboerne klarte å flykte i tide; ingen menneskelevninger er funnet. Landsbyens beboere etterlot seg redskaper, keramikk og mat.