Al-Faruqis senere intellektuelle innsats fokuserte på islamisering av kunnskap. Han søkte å harmonisere islamske prinsipper med moderne akademiske disipliner, og fremmet en helhetlig integrering av tro og fornuft. Hans arbeid på dette området kulminerte i grunnleggelsen av IIIT, som hadde som mål å utvikle en islamsk epistemologi og metodologi for ulike fagområder.