Fem år etter hendelsene i den første filmen har Jonas Taylor vært involvert i å slåss mot miljøkriminalitet, samtidig som han har hjulpet Mana One med å utforske en ytterligere del av Mariana Trench hvor en Megalodon ble funnet. Etter Suyin Zhangs død har Taylor oppdratt sin tenåringsdatter Meiying, sammen med Melyings onkel og Suyins bror Jiuming Zhang, som har kjøpt opp farens selskap sammen med den velstående finansmannen Hillary Driscoll. Mana One har også studert en Megalodon kalt Haiqi, som ble trent opp av Jiuming ved et reservat i Hainan.