Hun engasjerte seg for Yoweri Museveni og hans National Resistance Movement og da Museveni kom til makten fikk hun i 1986 nytt offisielt oppdrag. Nyabongo ble utnevnt til ambassadør i USA. I 2005 ble hun ambassadør i Tyskland og til Den hellige stol. Senere ble hun høykommissær til Nigeria.