E6 går gjennom kommunen. Nordkjosbotn er et viktig trafikknutepunkt. Herfra går E8 til Tromsø (73 km), den går også østover mot Finland, med felles trasé med E 6 på strekningen Nordkjosbotn–Skibotn. Fra Øvergård på Balsfjordeidet går Rv. 87 gjennom Tamokdalen til Øverbygd, og videre til E 6 i Bardu. Rv. 858 går fra E 6 ved Tømmerelvbrua, gjennom Storsteinnes og Mestervik, (som var kommunesenter i tidligere Malangen kommune), langs Balsfjorden ut til nordspissen av halvøya, videre til Larseng på Kvaløya (Ryaforbindelsen). Fra Oldervik på Fv. 858 fører Fv. 286 langs Malangen og Straumsfjorden tilbake til Fv. 858 på nordspissen av Malangshalvøya.