De Lesseps stammet fra en fransk diplomatfamilie. Han tilbragte sine første leveår i Italia, hvor hans far Mathieu virket som diplomat, besøkte Lycée Henri IV i Paris og studerte handelsrett som forberedelse på sin egen diplomatiske løpebane. Han synes å ha foretrukket ridetimer fremfor forelesninger, men gjorde senere inntrykk i Egypt med sin ridning.