I flere år klarte Nektanebos II å holde Egypt trygt for Perserriket, men etter å ha blitt forrådt av sin tidligere allierte, Mentor av Rhodos, ble han til sist beseiret av en kombinert hær av persiske styrker og greske leiesoldater under Artaxerxes III i slaget ved Pelusium i 343 f.Kr. Nektanebos ble tvunget på flukt, først til Øvre Egypt og deretter til Nubia. Perserne okkuperte Memfis, og deretter resten av Egypt. Etter Nektanebos’ flukt stoppet all organisert motstand mot perserne og Egypt ble innlemmet på nytt i det persiske imperiet. Han beholdt en del makt helt sør for en tid, men hans påfølgende skjebne er ukjent.