Den 27. september 2003 debuterte han i Premier League da Wolverhampton spilte 1-1 mot Bolton Wanderers FC, mens hans første mål i Premier League kom 17. januar 2004 da Wolverhampton vant 1-0 over Manchester United. 2003/04-sesongen endte med nedrykk for Wolverhampton og Miller laget bare to ligamål på 25 kamper i denne sesongen. Deretter laget han 19 ligamål på 44 kamper i 2004/05-sesongen og ti ligamål på 35 kamper i 2005/06-sesongen før han i juli 2006 gikk gratis til Celtic FC. Overgangen var klar allerede i januar 2006.