Bräuer var overbevist om at den norske regjeringen ville ha akseptert den tyske overmakten, hvis det ikke hadde vært for Hitlers krav om Vidkun Quisling som statsminister. Bräuer hadde heller ikke ansporet til eller støttet Quislings maktovertagelse. Den nye regjering ledet av Quisling ble fremlagt som et til Bräuer og tyskerne. Hitler skal ha tatt nyheten om statskuppet positivt, og han gav samme kveld Bräuer ordre om å slutte å forhandle med Nygaardsvold. Bräuer kunne fortsette å forhandle med kong Haakon, så lenge kongen anerkjente Quislings makt. Bräuer var imidlertid dypt skeptisk til Quislings evner og hans påståtte støtte i befolkningen, og begynte straks å arbeide for andre løsninger. Derfor var han åpen for det norske initiativet om et administrasjonsråd for de besatte områdene sammensatt av en del høyere norske tjenestemenn. Hitler bestemte seg for å følge Bräuer og Habichts linje, men valgte å holde Quisling i «reserve», i tilfelle han kunne komme til nytte i fremtiden. I en velregissert overdragelsesseremoni i radioen sørget Bräuer for at Paal Berg overtok makten fra Quisling i tilsynelatende ordnede former. Bräuer hadde sørget for å legge opp seremonien slik at det virket som at Berg frifant Quisling for kuppet uken før, selv om dette ikke var Bergs intensjon. Quisling følte seg også manipulert, men kunne lite gjøre uten tysk støtte.