Da han ble statsminister i 2004 arvet han en lang rekke økonomiske og politiske problemer. Da hans politiske parti først tok over makten i Portugal var landets økonomi i en elendig forfatning, med stadig økende statlige utgifter og underskudd. På grunn av alle disse problemene klarte Santana Lopes ikke å skaffe seg et rykte som en dyktig statsminister.