Han var Milorgs representant i hjemmefrontens ledelse fra høsten 1944, og beordret flere likvidasjoner av nazister. Jens Chr. Hauge var sentral i arbeidet med å bilegge motsetningene mellom de sivile og de militære delene av motstandsarbeidet, og fikk gjennomført linjen at den væpnede motstanden skulle innordnes regjeringen i London og Forsvarets Overkommando. Under krigen startet Hauge prosessen med å få forsvaret under sivil kontroll, et arbeid han fortsatte med etter krigen mens han var forsvarsminister. Denne prosessen møtte til dels sterk motstand.