I kjølvannet av militærkuppet som avsatte statsminister Laisenia Qarases sivile regjering den 5. desember 2006, inntok Mataca en mer nyansert posisjon enn lederne for mange andre kirkesamfunn, og nektet å støtte en uttalelse fra (ACCF) og (FCC), som beskrev det fijianske militæret, kommandert av Commodore Frank Bainimarama, som «manifestasjoner av mørke og ondskap.» Mataca sa at en slik holdning var hyklersk fra organisasjoner som hadde forsømt å fordømme det forrige kuppet i 2000. I et brev til den 10. desember fordømte han kuppet, men hevdet også at regjeringen hadde ført politikk som hadde ført til det. Han samarbeidet senere med militærregimet, og fungerte som medformann, sammen med Commodore Bainimarama, i .