Warren ble nominert til elleve Oscar for beste sang, hvorav han vant tre ganger, for sangene «Lullaby of Broadway», «You'll Never Know» og «On the Atchison, Topeka and the Santa Fe». Warrens sanger har blitt inkludert i over 300 filmer. Komponisten Alec Wilder publiserte en bok i 1972 om låtskrivere og sanger han mente hørte til kanonen Den store amerikanske sangboka. I kapitlet som heter «De store håndverkerne» [blant låtskriverne], nevnes Warren. På 80-årsdagen sin ble Warren valgt inn i Songwriters Hall of Fame. Teateret Harry Warren Theatre i Brooklyn i New York ble oppkalt til minne om Warren, kort tid etter hans død. I 1997 godkjente borgermester Rudy Giuliani et forslag om å kalle gaten ved teateret for Harry Warren Way.