Jens Bjørneboe var sønn av Ingvald Bjørneboe og Maja Svensson, kalt «Sørlandets vakre Maja» i sin ungdom. Faren var 40 og moren 22 da de giftet seg. Slekten, som innvandret fra Tyskland på 1600-tallet, teller en lang rekke med skipsoffiserer, og Jens dro selv til sjøs et par ganger. Faren var både skipsreder, belgisk konsul og Høyre-politiker, og familien var velstående etter at faren hadde tjent en formue under første verdenskrig. Ifølge Bjørneboes egne utsagn hadde han ingen god barndom, og var til tider både psykisk og fysisk nedbrutt. Faren var fjern, det eksisterte en isfront mellom foreldrene, og moren var ifølge Bjørneboe både dominerende og selvopptatt. Etter en alvorlig lungebetennelse var han sengeliggende i flere år.