Baptistkirken i Gaza og dens menighet på rundt 200 sognebarn er blitt negativt påvirket av vold og kaos knyttet til den israelsk-palestinske konflikten. I februar 2007 ble kirkens offentlige bibliotek rammet av brannstiftelse ved opptil tre anledninger. Under et israelsk luftangrep i desember 2008 ble bygningen skadet av en bombeeksplosjon i nærheten.