Hun lærte hos maleren Henrik Sørensen (1882–1962) og den danske billedhuggeren Einar Utzon-Frank (1888–1955) i København, samt i 1922 ved Statens kunst- og håndverksskole. I 1922 stilte hun ut tegninger i Kunstnerforbundet, og året etter startet hun sitt livslange virke ved det nystartede keramikkverkstedet til Ragnhild Hvalstad (1875–1962) på Bestum i Kristiania. De to reiste også en del i Frankrike og Italia på studieturer. Deres arbeider ble kalt «Scheel og Hvalstad-keramikk». Fra 1924 til 1960 stilte hun årlig ut i Kunstnerforbundet, hennes arbeider var derfor godt kjent, og hun ble utvalgt til å delta på Verdensutstillingen i Paris (1937). Hun malte flisleggingen på M/S Vega og M/S Oslofjord. Mest kjent er hun kanskje fra da hun i 1949 vant en konkurranse om utsmykning av Oslo rådhus. Rådhuset stod ferdig i 1951, og hun utførte flere av rådhusets relieffer. Hun var også bidragsyter på vandreutstillingen som turnerte i USA i 1954, og i Tokyo og Kyoto 1978–1979. Etter at Hvalstad døde i 1962, drev Lili Scheel verkstedet frem til sin død i 1990.