Kurti markerte seg i oktober 1997 som en av lederne under studentdemonstrasjonene i Kosovo. Studentene demonstrerte mot det jugoslaviske politiets okkupasjon av universitetets campus. Protestene ble brutalt slått ned, men motstanden fortsatte. I juli 1998 sluttet han seg til Kosovos frigjøringshær (UÇK) som politisk rådgiver for talsmannen Adem Demaçi, noe som førte til at han ble forfunlgt av politiet. Under NATOs bombing av Jugoslavia i april 1999 ble Kurti arrestert av de jugoslaviske styrkene og dømt til 15 års fengsel.