Under andre verdenskrig ble København, akkurat som resten av Danmark, okkupert av de tyske troppene inntil krigen tok slutt 5. mai 1945. Under okkupasjonen ble flere bygninger ødelagt enten ved sabotasje eller ved angrep fra de allierte styrker. Blant annet ble Gestapos hovedkvarter i Shellhuset bombet av britiske fly 21. mars 1945. Under dette angrepet ble Den Franske Skole på Frederiksberg også rammet og mange barn ble drept. Mange industribygninger i København ble også sprengt i luften av den danske motstandsbevegelsen.