I kolonitida levde malekuene fremdeles isolert og omgitt av tett jungel, langt fra de spanske bosetningene. På grunn av dette hadde de nesten ingen kontakt med omverdenen, med unntak av noen få sporadiske besøk på 1700-tallet. Dette gjorde at språket deres ble bevart til tross for at de bare var rundt 1500 personer, og det ble heller ikke påvirka av spansk. Freden tok slutt i andre halvdel av 1800-tallet, da territoriet deres ble okkupert av nicaraguanere, og malekuene befant seg plutselig midt i en krig som nesten førte til at folket og språket ble utrydda. Nicaraguanerne ble trengt tilbake av costaricanske styrker, og Costa Ricas regjering plasserte en militærpost i området for å håndheve landets lover også der. De gjenlevende malekuene samla seg i tre landsbyer sør i det opprinnelige området sitt, og der holder de fremdeles til.