Pékermann hadde en svært skuffende VM i 2002 å hevne. I kvalifiseringen, som nå også inkluderte Brasil, tok Pékermann over fra Bielsa med Argentina på 15 poeng på de første åtte kampene. Pékermann begynte med fire seire og en uavgjort før Argentina tapte borte for Ecuador. Da Argentina slo Brasil hjemme 3-1 i neste kamp, var mye gjort i kvalifiseringen. På tross avto overraskende bortetap mot Paraguay og Uruguay, endte Argentina på andreplass, bak Brasil å målforskjell.