I bortimot hele hans pavetid var det ikke mulig for Eugenius III å bo i Roma. Knapt hadde han forlatt byen for å bli innviet i klosteret Farfa, rundt 40 km nord for Roma, før borgerne under påvirkning av Arnold av Brescia (en motstander av pavens verdslige makt) gjeninnførte den gamle romerske konstitusjonen, og valgte Giordano Pierleoni som«patrisier». I Tivoli i Italia appellerte Eugenius III om hjelp fra Roger II av Sicilia og fra italienske byer som lå i strid med Roma. Roger II sendte sin general Robert av Selby. Med denne støtten lyktes han i å gjenerobre autoriteten i byen, men da han ikke kunne gå med på en forrædersk overenskomst mot Tivoli, ble han på nytt tvunget til å forlate byen i mars 1146. Han oppholdt seg for en tid i Viterbo og deretter i Siena, men dro til slutt til Frankrike.