Bakhtin slet med dårlig helse store deler av livet, han fikk diagnosen osteomyelitt som sekstenåring og måtte seinere amputere et bein. I tillegg hadde han til tider vanskelige arbeidsforhold under et undertrykkende russisk regime. Han ble blant annet på et tidspunkt dømt til eksil i Sibir (endret til Kasakhstan på grunn av helseproblemene).