Nykonfutsianismen fikk to hovedretninger, ingen av dem med noen plass for en personlig guddom. Den skoleretning som fulgte Zhu Xi (朱熹, , ; 1130–1200) fastholdt at den ytterste realitet var «Den ypperste høyeste», som igjen var identisk med prinsippet (理), en naturlig og uforanderlig «lov» som informerer alle fenomener. Tilhengerne av den skoleretning som fikk Wang Yangming (王阳明, ; 1472–1529) som sin fremste eksponent forankret derimot den ytterste realitet i menneskets indre, i sinnet, men ikke på en individualistisk eller relativistisk måte – man kunne erkjenne den ved en overnaturlig, men samtidig menneskelig inngivelse. For dem var sinn og en enhet. Man kan lett se at denne ytterste realitet var i høy grad en metafysisk størrelse, men man tenkte seg ikke en høyere personlig makt som hadde skapt denne realitet. At en slik tanke var fremmed betød riktignok ikke at den var umulig; det var snarere slik at kinesisk filosofi kretser om mennesket og lar ontologiske problemstillinger ligge. I det hele tatt har kinesisk filosofi generelt hatt en slik innretning, rettet mot moral, sosialetikk og politikk; den har i liten grad utmerket seg innen retninger som kosmologi, ontologi eller psykologi.