Cloëtta var i lære som konditor hos Gianelli på Kongens Nytorv, men åpnet senere sin egen med biljard i Skindergade. I 1862 grunnla han sammen med sine to brødre Bernhard og Nuttin Clöetta en sjokoladefabrikk i Sortedamsmøllen, basert på de nyeste teknikker fra Paris. Fra en butikk i den danske hovedstaden solgte de sine produkter. I 1873 åpnet en filial i Malmö og i 1896 en i Kristiania. Ved Christoph Cloëttas død var fabrikken bare kjent som Cloëtta. Enken og sønnen Fritz videreførte firmaet.