Samora praktiserte litt innen helsevesenet i byen Xai-Xai og begynte i 1952 med sykepleierutdannelse – en av de få høyere utdannelser som var mulig for den svarte delen av befolkningen på den tiden. I 1956 begynte han å arbeide som sykepleier på sentralsykehuset i hovedstaden Lourenço Marques, og ble noen måneder senere overført til øya Inhaca, i Det indiske hav øst for hovedstaden. Han giftet seg med Sorita Tchaiakomo, og de fikk fire barn: Joscelina, Edelson, Olívia og Ntewane.