Ellers utviklet Thompson en del teorier som senere er blitt forlatt. Mens han antok at mayaskriften i hovedsak besto av logogrammer, viste det seg senere at den i stor grad var fonetisk, noe som fremsettes av den russiske Juurij Knorozov som var etnograf og geolog. Mange av innskriftene viste seg da å ha et politisk heller enn religiøst og kosmologisk innhold, slik Thompson hadde antatt at de hadde. Likevel må han regnes blant de store pionerene i utforskningen av maya-sivilisasjonen.