Den kristne misjon i Japan ble innledet i 1549 av jesuittpresten Frans Xavier, og gjorde til å begynne med store fremskritt. Shogunatet og den keiserlige regjering var til å begynne med støttende, vel med det i tankene at misjonens fremgang ville svekke de buddhistmunkenes makt, og dessuten være gunstig for utviklingen av handel med Spania og Portugal.