Etniske kroater i Bosnia forsøkte å etablere sin egen stat, «Herceg-Bosnia», fra 1991, og i interneringsleirene der ble fangene mishandlet og holdt uten tilgang til nok mat og vann. Praljak var først offiser i Kroatias hær og assistent for forsvarsministeren, før han i 1993 reiste som frivillig til Herceg-Bosnia, og returnerte sent i 1993 til Kroatia. Han beskrives som den sentrale personen i forbindelsen mellom Kroatias politiske ledelse og Bosnia-kroatenes kortvarige stat Herceg-Bosnia.