Han ble i 1964 statsminister og straks etter samme år den første president i det uavhengige Zambia. Han var en ivrig forkjemper for det han karakteriserte som afrikansk sosialisme som blant annet innebar en grad av planøkonomi og engasjement for panafrikanismen. Kaunda var svært engasjert i frigjøringskampene som foregikk i alle naboland, særlig i Rhodesia, Portugisisk Mosambik, Portugisisk Angola og Sør-Afrika. Flere av disse landenes motstandsbevegelser hadde derfor lenge hovedsete i Zambia, blant andre ANC.