Mannen hennes døde i 1692 i Tübingen av en epidemisk sykdom, sannsynligvis kolera eller pesten, og ble gravlagt i katedralen i Freiberg. Det påfølgende året forsøkte Anna Sophie å avslutte kjærlighetsforholdet mellom hennes eldste sønn, daværende kurfyrst Johan Georg IV, og hans elskerinne, Magdalene Sibylle «Billa» av Neidschutz, som han hadde bodd åpent med siden farens død. Hennes avdøde ektemann hadde forsøkt å bryte opp paret, kanskje motivert av frykt for at det eksisterte et nært blodsforhold mellom de elskende – for Billa kan ha vært hans egen datter ved Ursula Margarethe av Haugwitz, og derfor Johann Georg IVs halvsøster. Johann Georg IV var enten uvitende om muligheten for at han og Billa begikk incest, eller så bort fra påstanden som et ondsinnet rykte.