Museets historie strekker seg tilbake til 1820 da Riksmuseum for naturhistorie Rijksmuseum van Natuurlijke Historie ble opprettet av Kong William II av Nederlandene. I 1986 ble det vedtatt å omgjøre museet til en mer publikumsvennlig institusjon. En ny museumsbygning ble oppført og den ble åpnet av dronningen 7.april 1998. Museet var tidligere fusjonert med Riksmuseum for geologi, og i 2010 ble også Zoologisk museum i Amsterdam og Nederlandsk nasjonal herbarium i Leiden fusjonert til det som i dag heter Nederlandsk Centrum voor Biodiversiteit.