I samlingsregjeringen ble utnevnt etter det tyske angrepet på Danmark i april 1940, ble Fibiger konsultativ minister tilknyttet Kirkeministeriet og Sosialministeriet. Da regjeringen ble omdannet i juli 1940, ble han kirkeminister, men måtte gå av for press fra den tyske okkupasjonsmakten i november 1942. Fibiger var senere medlem av nimannsutvalget for partiene i samlingsregjeringene 1943–1945 og minister for handel, industri og sjøfart i frigjøringsregjeringen i 1945. Han var også medlem av kommisjonen som forberedte grunnlovsforslaget av 1953, som avskaffet tokammersystemet og gav kvinner arverett til tronen.