Klubben ble grunnlagt i 1994 gjennom en fusjon mellom klubbene EPA Larnaka og Larnaka Pezoporikos. AEK Larnaka tok sitt første større mesterskap ti år etter grunnleggelsen da de vant det kypriotiske cupmesterskapet i finalen mot AEL Limassol. I den påfølgende sesongen ble klubben kvalifisert til spill i UEFA-cupen 2004/05, hvor de ble utslått allerede i andre kvalifiseringsrunde av den israelske klubben Maccabi Petah Tikva FC.