Bekjempelsen av floghavre bør skje tidligst mulig og kan skje ved bortluking eller bruk av sprøytemidler til planten er utryddet på eiendommen. Ved luking er det viktig å få med hele planten slik at det ikke kommer nye skudd fra bunnen. Bortluket floghavre skal brennes, jf. forskriftens § 4. Hvis floghavren står på et lite, godt avgrenset område, kan det være lurt å brakke området. Hvis mengden av floghavre er så stor at det vanskeliggjør bortluking, skal sprøyting benyttes. Pr i dag er det bare sprøytemidlet Puma Extra som er tillat bruket i korn. Selv om det sprøytes, må åkeren kontrolleres grundig. Floghavre som overlever sprøyting må lukes vekk. Det er umulig å bekjempe floghavre kjemisk. Den sikreste og enkleste måten å utrydde floghavre på, er å legge igjen til langvarig eng.