Den niende sesongen finner sted over ett år etter at sesong åtte var ferdig. Det tidligere Sacred Heart-sykehuset har i mellomtiden blitt revet, og deretter bygd opp igjen. Dr. Cox, Dorian og Turk arbeider nå som professorer sammen, på medisin-studiet ved Winston University. Deres nye studenter roterer av og til gjennom det nye Sacred Heart-sykehuset. Den tidligere vaktmesteren forlot også sykehuset, etter å ha blitt fortalt at J.D. aldri kom tilbake dit. Elliot og J.D. har også giftet seg, og venter deres første barn sammen.