Avstand fra andre landområder gjør at artsrikdommen er begrenset på Jan Mayen, men øya er likevel et viktig hekkested for flere sjøfuglarter, og 27 fuglearter hekker fast på øya. De store koloniene med havhest, alkekonge og polarlomvi anses å ha både nasjonal og internasjonal verneverdi. Andre store forekomster av fuglearter er krykkje og lunde. Totalt er det observert 98 forskjellige fuglearter som besøker øya periodisk.