Henrik ble født på slottet i Pau i Pyreneene som sønn av den katolske hertugen av Vendôme, Anton av Bourbon og Johanna III av Navarra som var dronning av Navarra og protestant. Allerede under Henriks bestemor Margrete var kongeriket Navarra blitt et samlingssted for Frankrikes protestanter og religiøse reformatorer som i Paris var truet av fangehull og bål. I Johannas tid ble slottene Pau og Nérac sentre for fransk protestantisme.