Det nåværende bygget er nyere. Den opprinnelige kirken var bygd av tre. Den nye kirken ble laget av stein og innviet 13. april 1043 Et påbygg ble startet rundt 1267 og sto ferdig rundt 1340. Stafankirken er den eldste gotiske hallkirken ved midtre Rhinen og den viktigste kirken i byen Mainz etter Domkirken i Mainz.