Estlands utenriksministerium måtte bygges opp nærmest fra grunnen. Meri ansatte mange nyutdannede uten koblinger til det gamle regimet, eller som hadde levd i eksil og tilegnet seg språk- og kulturkunnskap, men også noen gamle kommunister. Han la til grunn at Estland, som en liten stat, måtte handle raskt for å sikre sin uavhengighet. Under augustkuppet i 1991 viste utenrikstjenesten sin handlekraft; den 20. august 1991 erklærte Estland seg på nytt som en selvstendig stat. Noe av årsaken til at Meri måtte gå av som utenriksminister våren 1992, var det ekstreme arbeidspresset som han over tid utsatte sin stab for.