Wergeland søkte og fikk stillingen som riksarkivar. Embetet var opprettet i 1839. Han ble utnevnt høsten 1840 og begynte i arbeidet ved nyttår 1841. Dette betød fast stilling, sikker inntekt, kontor på Akershus festning og omfattende arbeidsoppgaver. Wergeland var vel kvalifisert, og han og hans stab bygde opp og systematiserte arkivet fra grunnen av. Året 1841 skulle bli ett av de tyngste årene i hans liv, fordi den motstand som den såkalte hoffpensjonen hadde utløst, økte ytterligere da han ble riksarkivar. Wergeland hadde tidligere skrevet historiske framstillinger, men nå utvidet han denne virksomheten. Han skaffet seg opplysninger fra levende kilder og gjorde bruk av materiale han kom over på riksarkivet da han skrev verket (utgitt heftevis 1841–43). Delvis parallelt med konstitusjonshistorien forfattet han skriftet om allmuetalsmannen Christian Lofthus (1842). Lofthus endte sitt liv som mangeårig fange på Akershus festning. Henrik Wergeland fulgte dertil opp sitt forslag fra 1839 om endring av § 2 i Grunnloven (se nedenfor). I 1842 tok Wergeland og Amalie Sofie til seg dikterens sju år gamle sønn, Olaf Knudsen (1835–1921), noe som var kontroversielt den gangen, da gutten var såkalt «uektefødt». Han bodde med sin far så lenge denne var i stand til å ta seg av ham. Faren sørget for at Olaf fikk utdannelse. Han ble lærer og grunnla skolehagestellet i Norge.