Ved en brann i 1878 brant kirketårnet ned. I 1886 fikk kirken sitt nåværende tårn, som er 96 meter høyt og i dag er det høyeste punktet i Gamla stan. Tyske Sankta Gertruds kyrka er en av 43 kirker i Stockholm som er særskilt bevart etter den svenske Kulturmiljøloven.