Et eritreisk lag ble invitert til en vennskapskamp i Sudan i 1992, året før landets uavhengighet ble offisiell. Eritrea deltok i 1994 CECAFA Cup, selv om EFF ikke ble grunnlagt før 1996. Den første fulle internasjonale turnering var i 1998 CECAFA Cup, året da EFF ble medlem i CAF og FIFA. De deltok i kvalifiserende runder av 2000 African Nations Cup, og i 2002 FIFA World Cup, og påfølgende utgaver fram til 2008. De har også dukket opp periodevis i CECAFA Cup.