Fra sin aller første lønnsslipp gav Rockefeller ti prosent tiende av sine inntekter til den lokale kirken. Kirken ble senere tilknyttet Northern Baptist Convention, som ble dannet av amerikanske baptister i nord med tilknytning til Home Mission Society for å etablere skoler og høyskoler for tidligere slaver i sørstatene etter den amerikanske borgerkrigen. Rockefellers gavmildhet vokste i takt med hans formue. Han gav primært penger til utdanning og folkehelse, men også til grunnforskning og kunst. Han fikk hovedsakelig råd fra Frederick Taylor Gates etter 1891, og etter 1897 også fra sin sønn.