Krigstiden kom til å bli en meget hard periode for Samemisjonen. Kolvik barnehjem brant ned ved et ulykkestilfelle i mars 1943, og mange barn omkom. I 1944 gikk følgende institusjoner opp i flammer som en følge av tyskernes evakuering av Finnmark: Kautokeino gamle- og sykehjem, barnehjemmet Hans Schanches Minne, Tana og Lebesby gamlehjem. Øytun ungdomsskole ble også flammenes rov, sammen med flere bedehus i ulike strøk av Finnmark.