Etter å ha forlatt forsvarsdepartementet i 1981 arbeidet han som for investeringsbanken Hambrecht and Quist i San Francisco, før han deretter ble professor ved Stanford University. I president Bill Clintons første mandatperiode i 1993 ble Perry utnevnt til viseforsvarsminister, en stilling han hadde til 1994 da han ble utnevnt til forsvarsminister. I 1997 ble han for øvrig tildelt Presidentens frihetsmedalje. I tiden etter å ha tjenestegjort som forsvarsminister var han igjen professor ved Stanford og Freeman Spogli-institutet.