Link blir fortalt at Agahnim, en trollmann som har tatt over tronen og trollbundet kongens soldater, planlegger å ødelegge et segl som ble oppfunnet for hundrevis av år siden av de sju vismennene for å fengsle den mørke trollmannen Ganon i den mørke verden. Det eneste som kan beseire Agahnim er spesielt sverd, som bare kan brukes av en utvalgt helt. For å bevise at han er verdig til å bruke sverdet, må Link først skaffe tre magiske anheng som skal representere tapperhet, kunnskap og makt. Men gjenstandene er gjemt i forskjellige fangehull som blir bevoktet av mytiske forsvarere. For å redde Hyrule, må Link også redde etterkommerne etter de sju vismennene fra fangehull spredt over hele den mørke verdenen.