Etter at hæren ble omformet og reorganisert til New Model Army vokste styrken til de uavhengige sammen med framgangen til hæren ved at de uavhengige holde mange av de høyere posisjonene innenfor hæren. En av de mest kjente av disse var Oliver Cromwell. I 1648, ved slutten av den andre borgerkrig var de uavhengige i hæren sterke nok til fjerne alle de medlemmer i parlamentet som sto i opposisjon til dem, en utrenskning i parlamentet som har blitt kjent som Prides utrenskning (etter oberst Thomas Pride sto med tvang fjernet parlamentsmedlemmer fra deres posisjoner). Etter dette utgjorde de rundt femti gjenværende medlemmene restene av parlamentet, og den myndighet de utgjorde ble kalt for rumpparlamentet. De godkjente å stille kong Karl I av England for domstol, hvor kongen ble funnet skyldig og dømt til døden i januar 1649. Med kongen ute av vegen ble en ny forfatning etablert, det republikanske engelske samveldet.