Hun hadde også en ivrig interesse for bispedømmer og klostre i områdene hun rådet over. Det fikk henne i konflikt med irske Columbanus, abbed av Luxeuilklosteret i Franche-Comté, som hun til sist forviste til Italia hvor han grunnla klosteret i Bobbio. Brunhilda spilte også en rolle i fortsettelsen av bispedømmet Maurienne som et suffraganbispedømme av erkebispedømmet Wien. I 576 grunnla Brunhildas beskytter, kong Guntram av Burgund, det nye bispedømmet Saint-Jean-de-Maurienne, adskilt av Maurienne-dalen og nabodalen Susa fra bispedømmet Turino. Biskopen i Turino protesterte til Brunhilda i mer en tjue år, men selv da han fikk støtte fra pave Gregor I i 599 avslo hun den.