Kjær var sosial- og likestillingsminister i Anders Fogh Rasmussens første regjering fra 2001 til 2004 og familie- og forbrukerminister fra 2004 til 2005. Hun gikk av som minister etter at det ble kjent at hun og samboeren, partiets tidligere pressesjef Erik Skov Pedersen, ikke hadde gjort opp for seg ved private kjøp. Kjær var formann i den konservative folketingsgruppen fra 2008 til 2011, da hun trakk seg tilbake politikken etter en lignende sak.