Begravelsesstedet viste tidligere den avdødes sosiale status. På 1700-tallet var de dyreste gravstedene i Stavanger i denne rekkefølgen: Under koret i Domkirken, i Urtegården, på Kirkegården og på Fattigkirkegården under Kleiva. Stanken fra gravkistene steg opp i kirkerommet, og måtte ventileres ut av krypten. Det ble gjort ved å ha et vindu med jerngitter uten glass. I 1805 ble det forbudt å gravlegge noen under kirkene, og omtrent på denne tiden tok en til å ta ut kister som sto under koret i Domkirken. Den store oppryddingen kom i 1866, da om lag hundre kister ble fjernet. Skjelettene ble gravlagt i en fellesgrav utenfor Domkirkens nordre side-utgang. I 1958 ble fire gravsteiner satt opp i Rektorhagen langs muren mot Bispekapellet. To middelaldergravsteiner fra krypten, og som har vært brukt igjen, er utstilt i våpenhuset. Flere gravsteiner er brukt som fundament for gjerdet til Kongsgård mot Haakon VIIs gate, noen er i Stavanger Museum, noen ble brukt ved steinhoggeriet til Den kombinerte innretning og noen er brukt i Badedammen.