Han returnerte til fotballbanen i andre halvdel av sesongen, men hadde da mistet førstelagsplassen og ble benyttet som reserve av trener Michel Preud'homme. Han kom blant annet inn som innbytter under finalen i KNVB-cupen mot Ajax Amsterdam, som Twente til slutt vant 3–2. Ved starten av 2011/2012-sesongen fikk Bajrami tillit av klubbens nye trener Co Adriaanse, og fikk igjen tillit i den faste startoppstillingen.