Zelaya ignorerte kraftige protester fra La Coordinadora Nacional de Resistencia Popular (CNRP) og Bloque Popular, nasjonale paraplyorganisasjoner for ulike grasrotorganisasjoner, da han i 2006 signerte frihandelsavtalen CAFTA med USA, de Mellomamerikanske landene og Den dominikanske republikk. Han gikk også inn for privatisering av vannressurser, og ga vide konsesjoner til utenlandske gruveselskaper. Privatiseringen var i samsvar med strukturtilpasningene som Honduras forpliktet seg til da landet som HIPC-land (Heavily Indebted Poor Country) i 2007 fikk ettergitt 1,4 milliarder US dollar i gjeld.