NAMMCO ble grunnlagt i Nuuk på Grønland den 9. april 1992 av underskriverne av «Avtalen om samarbeid om forskning, bevaring og forvaltning av sjøpattedyr i Nord-Atlanteren». Etableringen av NAMMCO kom som et svar på Den internasjonale hvalfangstkommisjonens (IWC) manglende evne til å fungere som forvaltningsorgan for hvalbestandene. Flertallet i IWC domineres av stater som ikke er fangstnasjoner og vil ha totalforbud mot all fangst av sjøpattedyr. Ettersom fangstnasjonene har ønsket å arbeide gjennom IWC for at kommisjonen skal endre holdning til fangst på visse arter, har ikke NAMMCO fått noen forvaltningsfunksjon.