På det tidspunkt hvor han kom tilbake til Polen, var 400 prester i fengsel eller i arbeidsleirer i Sibir. Fire år senere hadde tallet steget til 1 000, eller omkring 10 % av prestene i landet. Samtidig hadde kirken i Polen fått ansvar for nye områder ved Oder og Neisse, tyske områder som Stalin hadde okkupert og gitt til Polen, mens den opprinnelige, tyske befolkningen ble utsatt for etnisk rensning dels gjennom fordrivelser, dels gjennom massakrer og deporteringer. Sapieha prøvde å få pave Pius XII til å utnevne apostoliske administratorer for de okkuperte områdene, men ettersom det ikke eksisterte noen fredsavtale mellom Tyskland og Polen ville han vente. Områdene hadde vært tyske i 600 år eller lenger, og etter folkeretten var de å anse som en okkupert del av Tyskland, og Paven kunne derfor ikke innlemme områdene i den polske kirkelige provins uten noen folkerettslig basis. Dette førte til at forholdet mellom kardinalen og polske myndigheter ble dårligere. Kardinalen døde noen måneder senere, den 23. juli 1951. Hans begravelse ble en nasjonal manifestasjon mot kommunismen og den sovjetiske innflytelsen i landet.