Da de spanske herskere utstyrte en ekspedisjon til Filippinene, ble i 1559 broder Andrés de Urdaneta utpekt til kommandant. Urdaneta gikk med på å være med, men ikke på å være ekspedisjonens leder. Det ble i stedet don Miguel López de Legazpi, og ekspedisjonen satte seil med skipene (med Legazpi og Urdaneta), , , og , den 21. november 1564.