Lindner var medlem av Forbundsdagen fra 2009 til 2012 og generalsekretær i FDP fra desember 2009 til desember 2011. Han ble ved en ekstraordinær generalforsamling i FDP 7. desember 2013, valg til ny leder i FDP. Lindner ble valgt som medlem av Forbundsdagen ved valget i 2017.