Stoitsjkov spilte seks og en halv sesong for Barcelona, fordelt på to perioder, og scoret nesten 100 mål for klubben. Han ble spansk ligamester fire ganger, og var med på å vinne Europacupen for serievinnere i 1992. Han spilte også en sesong for italienske Parma, og var på tampen av sin karriere innom klubber i Japan (Kashiwa Reysol), Saudi-Arabia (Al Knassar) og USA (Chicago Fire, DC United).