Lederen for Fireflies, Marlene, smugler en tenåringsjente, Ellie, fra utenfor karantene-sonen til Fireflies. Men Joel og Tess oppdager at Ellie også er smittet av viruset. Symptomer oppstår vanligvis i løpet av to dager. Men Ellie påstår at hun ble smittet tre uker tidligere, og at immuniteten hennes muligens kan føre til en vaksine. Tess avslører at hun også har blitt bitt av en infisert, og ofrer seg slik at Joel og Ellie kan rømme fra en gruppe soldater. Joel bestemmer seg for å finne Tommy, et tidligere Firefly-medlem, i håp om at han kan finne de gjenværende Fireflies-medlemmene som fremdeles er i live.