Ved avnazifiseringen etter krigen ble Lina Heydrich offisielt renvasket og fikk kontroll over familiens eiendeler i Tyskland. Den britiske okkupasjonsmakten avslo i 1947 forespørsel om utlevering av Lina Heydrich til Tsjekkoslovakia. En tsjekkoslovakisk domstol dømte henne til livstid i fengsel i 1948. Lina drev Heydrichs tidligere sommerhus på Fehmarn som restaurant og pensjonat (til huset brant ned i februar 1969) og der møttes jevnlig Heydrichs gamle SS-kamerater og mimret om «gode gamle dager». Fra 1956 mottok hun enkepensjon etter mannen etter å ha gått til sak mot Forbundsrepublikken (Vest-Tyskland). Domstolen fikk rikelig bevis for Heydrichs rolle i , men la avgjørende vekt på at han ble drept i kamp. Dommen var omstridt og offentlig kritisert i Vest-Tyskland.