I frustrasjon over den tidligere ydmykelsen erklærte den britiske regjeringen i 1878 nok en gang krig mot Afghanistan. Til tross for afghanernes små militære suksesser under andre anglo-afghanske krig, som i slaget om Maiwand i 1880, ble motstanden knust av britene, som til gjengjeld satte fyr på hovedstaden Kabul og innsatte en marionett som konge. Samtidig drev Storbritannia den afghanske utenrikspolitikken i de neste 40 årene. På grunn av mange opprør i Afghanistan ble landet i 1893 delt av britene ved hjelp av Durand-linjen, og det sørøstlige området (dagens pakistanske provinser Khyber Pakhtunkhwa, FATA og en liten del av Balutsjistan) ble overført til den indiske kronkolonien. For å bevokte grenselinjen ble den paramilitære styrken Khyber Rifles, bestående av afridier tilhørende en pashtun-stamme, opprettet i 1880. Denne styrken skulle sørge for at bare lokalbefolkningen kunne bevege seg fritt i området. Regimentet eksisterer fremdeles som en del av den pakistanske hæren.