Fra svartedauden fram mot slutten av 1400-tallet gikk det bratt nedover for Nonneseter. Et dokument fra 1509 forklarer at «et visst kloster kalt Nonneseter ved Bergen by, av den hellige Benedikts orden» ble oppløst av kong Christian I (reg. 1450–81) og eiendommene overført til Munkeliv kloster, som da var gjort om til et birgittinerkloster. Bakgrunnen for beslutningen var de dramatiske hendelsene i Munkeliv 2. september 1455, da tyskerne i Bergen gjorde opprør mot riksråd Olav Nilsson, som sammen med biskop Torleiv Olavsson søkte tilflukt i Munkeliv kloster, der biskopen ble drept foran høyalteret i klosterkirken. Over 60 personer ble drept, og gjerningsmennene satte fyr på klosteret slik at det brant ned til grunnen. Kong Christian vedtok da at Nonneseter kloster, som på det tidspunktet var «mer eller mindre fraflyttet», og alle inntekter og all eiendom som hørte til, skulle legges inn under Munkeliv for å skaffe birgittinerne livsopphold og hjelpe til under oppbyggingen. Nonneseter klosterkirke fikk beholde noe av inventaret, og i tillegg ble det avsatt en årlig sum til vedlikehold. Nonnene i Nonneseter skulle flytte til andre kloster av samme orden, og dette ble også gjort. Formuleringen («av den hellige Benedikts orden») viser i klartekst at Nonneseter var et benediktinerkloster da det ble oppløst under kong Christian. Den triste situasjonen i Nonneseter etter 1481 viser også langt på vei at dokumentet fra 1494 som Lange brukte til å ordensbestemme Nonneseter som cistercienserkloster, ikke kan gjelde Nonneseter: Nonneseter sto i 1494 mest sannsynlig tomt, og det ville ikke være et fristende sted å tilbringe alderdommen. Desto mindre etter 1497, da biskop Hans av Bergen gav den flate enga ved Nonneseter som skytebane til byens håndverkere.