Young er sønn av den kjente canadiske forfatteren og sportsjournalisten Scott Young og Edna «Rassy» Ragland Young. Et livstruende polioutbrudd da han var seks år svekket hans venstre side slik at han fortsatt halter svakt. Foreldrene skilte seg da Neil var tolv år og etter skilsmissen flyttet Neil Young med moren til Winnipeg, Manitoba hvor han spilte i forskjellige high school-band. Den ene gruppen, The Squires (våpendragerne) hadde en hit med låten «The Sultan», men hovedsakelig dreide det seg om nokså amatørmessige fremføringer av coverlåter.