Gardermoen flystasjon huset også tidligere den ene av Luftforsvarets tre rekruttskoler, de andre lagt til Lista flystasjon i Vest-Agder og Værnes flystasjon i Stjørdal i Nord-Trøndelag. I forbindelse med ombyggingen ble rekruttskolen på Gardermoen lagt ned i 1993 og Værnes flystasjon overtok all utdanning av Luftforsvarets rekrutter. I dag er det ikke mer enn ca. 50-100 vernepliktige soldater som tjenestegjør på Gardermoen flystasjon.