Etter noen år i det sivile fortsatte Eidsheim å tjenestegjøre i Sjøforsvaret fra 1948, blant annet som sjef på kongeskipet «Norge». Fra 1950 tjenestegjorde Eidsheim ved Forsvarsstaben, etterhvert som avdelingssjef for HV-staben. I sin pensjonisttid arbeidet Eidsheim for restaureringen av sitt gamle fartøy, KNM «Hitra».