Han ble biskop av Guarda den 1. april 1903. Han fant seg selv som leder av bispedømmet i en spesielt vanskelig periode for katolisismen i Portugal. På den tid ble nasjonalistpartiet opprettet, og det gav han sin sterke støtte. Han ble en nøkkelskikkelse, og av denne grunn fengslet de sivile myndighetene ham tre ganger, mellom 1910 og 1913, og fjernet ham med makt fra hans bispestol.