I løpet av den engelske borgerkrigen erobret parlamentarikerne øyene, men garnison gjorde rett etterpå mytteri og ga øyene tilbake til rojalistene. Ved 1651 hadde den rojalistiske guvernøren John Grenville benyttet øyene som base for kaperfart på skip fra samveldet og Holland. Det var i løpet av denne perioden at Trehundreogtrettifemårskrigen mellom Scillyøyene og Nederlandene begynte. I juni 1651 erobret admiral Robert Blake øyene for parlamentarikerne.