En kanaanittisk by under jernalderperioden I ble bygget på det samme stedet som egypterne hadde hatt sin. Det skjedde ikke lenge etter at egypterne forlot stedet. En gang rundt 1100 f.Kr. ble kanaanittiske Bet-Sjean erobret av filisterne som benyttet det som et hovedkvarter for ytterligere inntregninger i det indre av Israels land. I løpet av en påfølgende kamp mot den jødiske kongen Saul ved det nærliggende Gilboafjellet i 1004 f.Kr. ble filisterne rådende i området. hevder at de seierrike filisterne hang liket av kong Saul på murene av Bet-Sjean. Deler av disse murene ble utgravd ved Tel Bet-Sjean i moderne tid. Kong David av Israel greide å erobre Beit Shea'an i en rekke med dyktige militære krigstokter som forviste filisterne fra området, og dyttet dem tilbake til deres festninger ved kysten som Ashkelon, Ekron, Gat, Gaza, og Ashdod.