Værnet eksperimenterte med å kurere homoseksuelle menn med injeksjoner av syntetiske hormoner. I 1943 tilbød SS ham å sette opp et laboratorium hvor hans eksperimenter kunne utføres. I februar 1944 kom han med familie til Praha, hvor laboratoriet ble etablert, og han fikk graden SS Sturmbannfuhrer. Hans arbeid ble overvåket av Gestaposjef Heinrich Himmler, som mottok forskningsresultater fra Værnet.