Oppholdet i Inter varte i to sesonger, og begge sesongene endte med nye triumfer i den italienske cupen for Favalli. I tillegg fikk Favalli med seg et nytt seriemesterskap, da Inter sommeren 2006 ble tildelt seriegullet for 2005/2006 etter at både Juventus og AC Milan hadde blitt dømt i Calciopoli-saken. Favalli hadde sommeren 2006 fullført sin kontrakt med Inter, og stod fritt til å finne seg en ny klubb.