Den 30. desember 1954 utnevnte pave Pius XII Maloney til hjelpebiskop av erkebispedømmet Louisville; han tjenestegjorde i denne egenskap i 51 år. Han ble bispeviet i 1955 av erkebiskop John Alexander Floersh i i Louisville i Kentucky. Også i 1954 ble han utnevnt til biskop av titulærbispedømmet . Senere ble han utnevnt til den første titulærbiskop av i Kentucky. Det var opprinnelig grunnlagt i 1808, men biskopen flyttet til Louisville som ble det nye bispesete.