Fra 1889 til 1894 var han som viserektor ved Pontifical North American College i Roma. Rooker kom tilbake til USA i 1895 for å virke som sekretær for den apostoliske delegasjon i Washington, D.C. Samtidig ble han foreleser i etikk ved det nyetablerte samfunnsvitenskapelige fakultet ved Catholic University of America. Han innehadde disse stillingene til han ble utnevnt til biskop av Jaro.