Navnformen Κλυταιμνήστρα er tradisjonelt framstilt som «berømt for hennes beilere». Imidlertid er denne formen en senere feillesning motivert av en feilaktig etymologisk forbindelse med verbet μνάoμαι, «å beile». Den opprinnelige navnformen er antatt å ha vært Κλυταιμήστρα (), uten , og den moderne formen med opptrer ikke før på den midtre bysantinske perioden. Aiskylos i en del ordspill på med navnet hennes synes å anta en etymologisk forbindelse med verbet μήδoμαι, «plan, tenke ut».