Napoleons mottiltak var å sette i gang en kavaleriangrep, som midlertidig stoppet den østerrikske framrykningen. Deretter omdisponerte han IV korps for å stabilisere venstre, mens han satte opp et stort batteri (), som beskjøt den østerrikske styrkene til høyre og sentrum. Tidevannet i slaget snudde og keiseren startet en offensiv langs hele linjen, mens marskalk Louis-Nicolas Davout kjørte en offensiv, som snudde østerrikerne til venstre og gjorde Karls posisjon uholdbar. Mot midten av ettermiddagen den 6. juli innrømmet Karl nederlag og ledet en retrett, forfulgt av de franske styrkene. Etter slaget forble Karl kommandanten over en sammenhengende styrke og bestemte seg for å trekke seg tilbake til Böhmen. Imidlertid innhentet Grande Armée ham til slutt og vant en seier i slaget ved Znaim 10.–11. juli 1809. Mens slaget fortsatt raste, bestemte Karl seg for å be om en våpenhvile, noe som effektivt avsluttet krigen.