Fra år 1100 og de neste 200–300 år er det ikke spor av norsk bosetting nord og øst for Tromsø. Det er uvisst om dette skyldes avfolking, om det skyldes at nordmennene lenger nord ikke var kristnet eller at ikke var kirker nord for Lenvik eller Tromsø. Norsk bosetting i helt i nord fremgår av kilder fra 1300-tallet. I hansatiden ble bosettingen utviklet til store vær spesialisert på kommersielt fiske mens det tidligere (i vikingtid) hadde vært gårder med kombinasjon av fiske og jordbruk. I 1307 ble det i Vardø anlagt en festning og den første kirken øst for Tromsø. Vardø ble en liten norsk by, mens Vadsø forble samisk. Langs den ytterste kysten kom det norske bosettinger og kirker utover i middelalderen. Etter reformasjonen, kanskje som resultat av tilbakegang i fiskebestandene eller fiskeprisene, kom det norsk bosettinger i de indre fjordstrøkene som Lebesby i Laksefjord. Noen fiskevær ytterst på kysten ble forlatt for godt. I det indre av Finnmark var det lenge ingen riksgrense og Kautokeino og Karasjok var norsk-svensk fellesområde med sterk svensk påvirkning. Grensen mot Finland ble fastsatt i 1751 og mot Russland i 1826.