Kongens førsteminister, Thomas Cromwell, var hjernen bak konspirasjonen mot dronningen. Påstanden mot Brereton var at Anne Boleyn hadde et innledet et forhold til ham den 16. november 1533 og igjen den 27. november. I virkeligheten hadde dronning født sitt barn Elizabeth den 7. september og fødselen holdt Anne i avsondring i lang tid. De øvrige anklagene om utukt ved Hampton Court kunne heller ikke ha skjedd da hoffet var ved Greenwich på den gjeldende tiden. Historikeren Eric Ives har argumentert for at Cromwell rett og slett plasserte William Breretons navn blant de øvrige som ble anklaget for å få en avslutning på de vanskelighetene som Brereton hadde skaffet ham i grensetraktene mot Wales og således kunne omorganisere og sentralisere den lokale styringen i dette området.