Jakob er best kjent for sin overbevisning om monarkiets guddommelige rett (enevelde) og sitt forsøk på å opprette religiøs frihet for engelske katolikker i strid med det engelske parlaments vilje og politikk. Parlamentet motsatte seg framveksten av enevelde som skjedde i andre europeiske land, foruten også å frata den engelske kirkes juridisk overhøyhet, og oppfattet sin opposisjon som en måte å bevare hva de anså som tradisjonelle engelske friheter. Denne politiske striden gjorde Jakobs fireårige styre til en kamp mellom det engelske parlamentet og kronen, noe som resulterte i at han ble avsatt, et avsnitt i Bill of Rights (loven om rettighetene) av 1689, og Act of Settlement i 1701 som fastsetter arvefølgen til den britiske tronen.