Deres eneste kjente sønn var Thomas Howard (ca. 1496–1508). Det er også hentydninger om to andre sønner, Henry og William, som begge døde i spebarnsalderen, og i tillegg også minst et dødfødt barn. Anne synes å ha vært svakelig og døde kort tid etter den 22. november 1511 og ble gravlagt først ved klosteret Thetford Priory, men etter reformasjonen, sammen med andre medlemmer av Howard-familien, ble hun flyttet til sideskipet i kirken i Framlingham.