Flyselskapet ble etablert i 1994 med navnet og startet virksomheten 17. desember 1994. I november 2000 kjøpte Holidays Group 67% av selskapet, og økte eierandelen senere. Navnet ble endret til . I mars 2004 kjøpte Avion Group (nå Eimskipafélag Íslands) 40,5% av Excel Airways Group. Som et nytt charterselskap, konsentrerte Excel sine flyvninger fra London Gatwick lufthavn og Manchester lufthavn til feriedestinasjoner i Hellas, Kypros, Tyrkia, Spania, Kanariøyene, St Lucia og Egypt. I mars 2006 inngikk Excel Airways en avtale med GE Commercial Aviation Services for leie av to Boeing 737-900ER. ER står for - utvidet rekkevidde. Flyene ble satt i trafikk mai 2008.