Andersen kom tidlig med i motstandsarbeidet under andre verdenskrig. Han ble anholdt 4. mars 1941 og havnet i tysk fengsel. Han ble løslatt på prøve 3. mars 1942 og likviderte angiveren Raymond Colberg, innen han rømte til Storbritannia via Sverige, og gikk inn i Kompani Linge. Han ble sluppet ut i fallskjerm over Sandungen for å trene opp sabotører (Operasjon Bittern), men fikk et rykte for å være uforsiktig og vanskelig å samarbeide med, så hjemmefronten ville ikke ha noe med ham å gjøre. Han reiste da tilbake til London, der kong Haakon VII satte pris på hans evner som historieforteller. Resten av krigen tjenestegjorde han i marinen som skytter på motortorpedobåt.