Den 8. april 1902 trådte Bea inn i jesuittordenen. Etter et toårig novisiat studerte han filosofi fra 1906 til 907 ved Ignatiuskollegiet i Valkenburg (Nederland), og ble i 1907 prefekt ved jesuittenes kollegium i Sittard (Nederland). Etter et kort studieopphold i Innsbruck i 1910 (klassisk filologi), fortsatte han med teologistudier i Valkenburg.