Kvernberget har én rullebane, med retningskoordinater 07/25; ca. øst-vest. Banen ble i 2012 utvidet fra 1840 til 2000 meter, og har en asfaltert stripe på 2380 meter. Rullebanen er utstyrt med ILS fra vest (07). Banen har en kapasitet på 11 flybevegelser i timen. Kontrolltårnet ligger på motsatt side av resten av flyplassbebyggelsen, på sørsiden og noe vest for rullebanens midtpunkt. Tårnet på Kvernberget kontrollerer all trafikk til og fra lufthavnen, samt flygninger til Molde lufthavn, Årø nordfra, ettersom tårnet på Årø ikke har flygeledere, men kun er en AFIS-enhet.