Som orlogsflagg, det vil si flagg for Pakistans sjøforsvar, føres et flagg tilsvarende nasjonalflagget, men i forholdet 1:2. Handelsflåten fører etter britisk mønster en der nasjonalflagget er satt inn i øvre hjørne ved stangen på en rød flaggduk. Fartøyer tilhørende Pakistans sjøforsvar benytter en orlogsgjøs som er helt blå og har sjøforsvarets merke i hvitt i midten. Som rangflagg for flaggoffiserer benyttes tilsvarende flagg, men med merket flyttet mot stangen og et varierende antall hvite stjerner i flaggdukens frie ende.