Pető har mottatt bl.a. Republikken Ungarns fortjenstorden (2005), Bolyaiprisen og Madame de Staël-prisen fra vitenskapsakademi-nettverket ALLEA. Hun ble æresdoktor ved Södertörns högskola i Sverige i 2021. Hun fikk i 2022 UiOs menneskerettighetspris (Eitingerprisen) for sitt arbeid for akademisk frihet og institusjonell autonomi.