På grunn av disse ulempene er det faktisk fremdeles ikke faglig enighet om hvorfor og hvordan rekombinasjon evolverte («oppstod») og hvorfor den er så utbredt. Fordelene har å gjøre med at rekombinasjon øker variasjonen mellom individer i en populasjon. Dette kan gi seg følgende positive utslag for individene: Å ha avkom som avviker fra hverandre og foreldrene, er en fordel i «overbefolkede» eller heterogene miljøer. Det samme gjelder for arter som befinner seg i et evolusjonært «våpenkappløp» med parasitter. Til slutt kan mixis spille en rolle i cellulære prosesser av DNA-reparasjon. Utover disse fordelene, som virker på individnivå, fins det også fordeler for arten som helhet (se makroevolusjon): Rekombinasjon øker evolusjonsraten fordi fordelaktige genkombinasjoner forenes fortere og ufordelaktige sådanne elimineres fortere. Dermed minsker sjansen for at arten dør ut, siden det går kjappere å tilpasse seg endringer. At flertallet av arter har kjønnet formering og rekombinasjon, kan altså også delvis skyldes at artene uten disse egenskaper dør ut raskere.