Hiatts far Robert sto modell for en av hans mest stikkende sanger om den amerikanske levemåten, «Your Dad Did» (fra ). Han var selger og hadde ikke særlig god helse. Da han ble syk, tok Johns eldre bror Michael over virksomheten. Selv om John er en veldig privat person, og ikke liker å snakke om sitt privatliv og sin fortid (unntatt i sine sanger), er det kjent at hans barndom ikke var spesielt lykkelig. Moren Ruth og faren hadde ikke et lykkelig ekteskap og Michael, som John forgudet, begikk selvmord da han var tjueen (John var ni på den tiden). Dette fant han vanskelig å takle, spesielt fordi Hiatt-familien var katolske. To år senere døde hans far. På grunn av disse traumatiske opplevelsene utviklet han en høy grad av eksistensiell angst, og dette ble et ledemotiv i hans musikk. Atmosfæren i Hiatt-husholdningen, med syv barn, var spent og for å rømme fra det hele hørte han mye på radioen. Han beundret Elvis Presley, og blant hans andre musikalske helter var Bob Dylan, Jimi Hendrix, Muddy Waters, The Rolling Stones og Howlin' Wolf.