Sandefjord rykket ned fra Eliteserien i 2007-sesongen, og etter en katastrofal start i 2008 ble Thodesen avskjediget og erstattet av iren Patrick Walker. Etter Sandefjord-epoken var han trener og sportslig leder i i 2. divisjon. Her overtok han et lag som etter tre mislykkede forsøk på å komme tilbake til 1. divisjon måtte halvere budsjettet og satse lokalt. Begge sesongene (2009-10) gav 3.-plasser. I 2010 kom laget til 4. runde i NM etter å ha slått ut eliteserielagene Vålerenga og Stabæk, før cupfinalisten ble for sterke. Den 16. november 2010 ble det klart at Thodesen hadde signert en treårskontrakt med , som binder ham til klubben til etter 2013-sesong. Etter to år i klubben, og to påfølgende 10.-plasseringer i andredivisjon ba Thodesen om å bli løst fra kontrakten, etter 2 år med store økonomiske problemer.