Kysthospitalet hadde fra starten en administrerende overlege som hadde underlagt forvalter og senere forvalter og økonomisjef. I 1990 ble administrasjonsordningen forandret, i det Kysthospitalet fikk sin første direktør: Siri Kraft Nygaard. I 1993 ble Svein-Erik Aasebø ansatt som direktør, og spilte en viktig rolle for sykehusets positive utvikling i årene etter. Fra 1. januar 2002 har sykehuset vært den del av Ortopedisk klinikk i Helse Bergen, med Svein-Erik Aasebø som klinikkdirektør det første året og Lars-Oddvar Arnestad som klinikkdirektør fra 2003. Fra oktober 2004 har dr. med. Kari Indrekvam vært sykehussjef, og fra 2006 også avdelingsoverlege ved Kysthospitalet i Hagevik.