Ny-Guineahøylandet løper gjennom Papuaprovinsen og har en rekke høye fjell. Den høyeste fjelltoppen er Puncak Jaya, med sine . Provinsen inkluderer dessuten Sørøst-Asias største verneområde, Lorentz nasjonalpark (). Faunaen er svært rikholdig og inkluderer en rekke sjeldenheter, som ny-guinea villhund (en lokal dingo som lever i stor høyde i fjellskogene og trolig er verdens mest sjeldne og eldste hund).