Manila var først et muslimsk sultanat ved munningen av elven Pasig nede ved Manilabukten. Navnet kommer fra , som betyr «Her finnes det nilad.» ( = «Her finnes», en spesiell mangroveplante med hvite blomster). Den eldste delen av dagens vesentlig større Manila er imidlertid Tondo, en nå ganske fattig bydel. Tondo nevnes første gang på en kopperplate fra 800-tallet.