Seychellenes tidlige historie er bortimot ukjent. Malayer, et folkeslag fra Malayahalvøya og Borneo i Sørøst-Asia, innvandret og bosatte seg på øyene, og til sist også Madagaskar, en gang mellom 300 og 200 f.Kr. Arabiske sjømenn og handelsmenn seilte over Indiahavet og var antagelig kjent med øyene, skjønt de bosatte seg ikke der. Et manuskript som er datert år 851 e.Kr., skrevet av en arabisk handelsmann, viser til Maldivene og «de høyere øyene», muligens Seychellene.