Etter å ha fullført sin filosofiske doktorgrad i 1933, fortsatte Ruska å jobbe innen elektronoptikk, først ved Fernseh Ltd i Berlin-Zehlendorf og deretter hos Siemens-Reiniger-Werke AG. Hos Siemens var han involvert i å utvikle det første kommersielt produserte elektronmikroskopet i 1939. I tillegg til å utvikle teknologi for elektronmikroskop mens han var hos Siemens, jobbet Ruska også ved andre vitenskapelige institusjoner og oppmuntret Siemens til å sette opp et laboratorium for gjesteforskere. Dette laboratoriet ble først ledet av Ruskas bror Helmut, en lege som utviklet bruken av elektronmikroskopet for medisinske og biologiske applikasjoner.