Han ble tidlig foreldreløs, men på grunn av sin begavelse ble han opptatt som elev ved en militærskole. Fourier var revolusjonær og ble flere ganger arrestert under den franske revolusjonen. Også senere fikk han problemer på grunn av sin fortid. Han fulgte Napoleon som vitenskapelig rådgiver under felttoget i Egypt, og ble utnevnt til flere høye stillinger under Napoleon. I ettertid er Fourier best husket for å ha utviklet det franske vitenskapsakademiet.