Schjøtt-Pedersen var innvalgt på Stortinget fra Finnmark 1985–2009. Han var fiskeriminister 1996–1997, finansminister 2000–2001 og var statsråd og stabssjef ved Statsministerens kontor under Stoltenberg 2009–2013, etter å ha vært statssekretær og stabssjef samme sted siden 2006. Fra 2015 til 2020 var han direktør for bransjeorganisasjonen Norsk olje og gass.