Han ble gjenvalgt som president i 1996 og gjennomgikk kort tid etter valget en omfattende hjerteoperasjon som gjorde ham sykmeldt i flere måneder. Hans andre periode var preget av lange fravær og fire utskiftinger av statsminister. Før valget i 1996 inngikk han en avtale med «de syv oligarker» (eller «syv bankmenn») (Boris Berezovskij, Mikhail Fridman, Piotr Aven, Mikhail Khodorkovskij, Vladimir Potanin og Aleksander Smolenski) om at de skulle få aksjer i de store selskapene dersom de støttet Jeltsin i valgkampen.