Etter at løftene var avgitt skulle hun egentlig vært novise i ennå fire år, men det gikk ikke slik. Allerede før løfteinngåelsen hadde helsen begynt å skrante, og etter dette gikk det raskt nedover. Sannsynligvis hadde hun en alvorlig form for malaria, og hun havnet i koma og ble delvis lammet. Sykdommen gjorde at hun måtte forlate klosteret høsten 1538, og ble pleiet av familien og andre mennesker. Denne pleien var svært mangelfull, og gjorde henne enda sykere. Hun hadde så kraftige anfall at hun fikk den siste olje og de var så sikre på at hun hadde dødd at de dryppet voks på øyelokkene hennes. Det skulle ta rundt tre år før hun kunne vende tilbake til klosteret, men da var hun så svekket av sykdommen at hun ikke kunne bevege seg.