Tre hundre år senere, startet den filippinske revolusjon i Cebu da Pantaleon Villegas, på folkemunne kalt , den 3. april 1898 gikk til angrep på den spanske garnisonen på hjørnet av dagens og -gater. Dette var under den spansk-amerikanske krig, som USA vant. Amerikanerne mente seg berettiget til å overta den spanske kolonien Filippinene, og invaderte. Amerikanske styrker okkuperte Cebu i februar 1899 og etablerte et militærregime på øya. På grunn av lokale oppstander var det ikke før tre år senere, den 1. januar 1901, at et sivilt styre ble etablert på Cebu. Samtidig gav amerikanerne byen Cebu status . Byen fikk bystatus etter amerikansk modell den 24. februar 1937.