Dönhoff ble født på Schloss Friedrichstein i Øst-Preussen, og dermed som medlem av huset Dönhoff, en av de eldste adelsfamilier i regionen. Hun var det yngste av sju barn, og vokste opp i et halvveis føydalt samfunn. Hennes far var grev August von Dönhoff, medlem av Preußisches Herrenhaus og riksdagsmann, og hennes mor Maria von Lepel, hoffdame hos keiserinne Auguste Viktoria. Hennes farfar var den prøyssiske utenriksministeren August Heinrich Hermann von Dönhoff. Hun tok abitur i 1928 og studerte sosialøkonomi i Frankfurt am Main fra 1932. Valget av studier var blant annet for å forstå den økonomiske krisen i 1920-årene. På universitetet prøvde hun å rive hakekorset ned fra taket, og rev plakater av veggen når de viste bilder av professorer merket som jøder eller venstreorienterte. Hun ble kjent som «den røde grevinnen» på grunn av sine opprørske holdninger. Etter den nasjonalsosialistiske maktovertagelsen flyttet hun til Basel i Sveits, for å hindre forfølgelse. I Basel tok hun doktorgrad med en avhandling om etableringen og forvaltningen av sitt gods Dönhoff.