I Zupans tid som trener har de slovenske hopperne oppnådd flere gode resultater, for eksempel gullmedaljen til Rok Benkovič i normalbakken i VM 2005 i Oberstdorf. I det samme mesterskapet tok Slovenia bronse i laghopping i normalbakken. I tillegg kom Peter Žonta på tredjeplass sammenlagt i hoppuka 2003/04. Etter sesongen 2005/06 gikk Zupan av som sjefstrener for det slovenske landslaget, han ble etterfulgt av Vasja Bajc. Zupan trente det tsjekkiske B-laget i to år, inntil det i april 2008 ble klart at Zupan skulle overta etter Bajcs etterfølger Ari-Pekka Nikkola som sjefstrener for Slovenia.