I Mellomamerika fulgte han sin onkel Pedro de Alvarado ved erobringen av dagens Mexico, Guatemala og El Salvador. På begynnelsen av 1530 fikk han i oppdrag av sin onkel å lede en ekspedisjon øst i El Salvador. 8. mai 1530 grunnla Luis de Moscoso bosetningen San Miguel de la Frontera, som i dag er hovedstaden i departamentet av samme navn.