Avløpsvann er spesielt et problem i kystområder og kan komme fra både industri og husholdninger. Konsentrasjonen av bakterier (patogener) er høy, noe som gir helserisiko for mennesker og kan forårsake at fisk og sjømat får en rekke sykdommer. Dog er levetiden for de fleste bakterier med opprinnelse fra landjorden kort i sjøvann, typisk bare 12–24 timer.