Mike Jensen spilte i en lengre periode på Brøndbys andrelag, men fikk etterhvert plass på førstelaget, der han scoret sitt første mål i UEFA-cupens andre kvalifiseringsrunde på hjemmebane i 4-0-seieren over Flora Tallinn høsten 2006. Han var i Superligaen 2008 utlånt til Malmö FF.