I 1859 fikk Thaasen et stipend og dro ut på et års studiereise til Tyskland. Fra 1860 var han konstituert som lektor i gresk ved universitetet, og ble utnevnt året etter. Her underviste han i gresk lyrikk og arkeologi. På denne tiden ble helsen hans stadig svekket. Sommeren 1864 foretok han en reise til kurbadet i Franzensbad, uten å bli bedre, og måtte etter hjemkomsten søke fritak fra undervisningen. I 1865 døde han av tæring.