En type avgrensning er å si at vitenskap handler om den materielle verden, mens religion angår både den materielle og den åndelige verden. Metodologisk naturalisme skiller seg fra filosofisk naturalisme ved at førstnevnte mener at eventuelt overnaturlige vesener kan eksistere, men er utenfor vitenskapens handlingsrom. Filosofisk naturalisme avviser det overnaturlige. I USA ble Intelligent Design i 1996 avvist av rettsvesenet som en vitenskapelig teori på bakgrunn av at hypotesen forutsetter noe overnaturlig og ikke er falsifiserbar.