I slaget ved Köse Dağ i 1242 brøt mongolske horder seldsjukkenes hegemoni i Anatolia, og Alanya ble forsøkt invadert en rekke ganger fra beylikene. I 1293 tok Karamanid-dynastiet kontroll over byen etter at Mecdüddin Mahmud hadde erobret den, men deres styre varte bare i en kort periode. Lusignanerne fra kongedømmet Kypros overførte gradvis styringen av byen til Hamididdynastiet i 1371. Karamanidene solgte byen videre til mamelukkene i Egypt i 1427, for 5000 gullmynter. I 1471 ble byen innlemmet i det voksende osmanske riket av general Gedik Ahmed Pasha. Byen ble gjort til hovedstad i sandsjaket i Eyalet av Içel. Osmanerne utvidet sitt styre i 1477, da de monopoliserte handel med trelast, som da var regnet som den viktigste sjøfartsvaren. Fram til dette ble det meste av denne handelen gjort av venetianerne. 6. september 1608 avverget byen et maritimt angrep fra Sankt Stefans ordenen fra republikken Venezia.