I henhold til den amerikanske egyptologen Peter Der Manuelian etablerer et utsagn i gravbiografien til en myndighetsperson ved navn Amenemheb at Thutmose III døde i år 54, III Peret-dag 30 av sitt styre etter å ha styrt Egypt i «53 år, 10 måneder og 26 dager». Han døde en måned og fire dager før begynnelsen på sitt 54. regjeringsår. Om årene da han hadde et såkalt samstyre med Hatshepsut og Amenhotep II er trukket fra, hadde han styrt som farao alene for akkurat over 30 år.