Liquid tar kontroll over REX, og de begynner å kjempe. Gray Fox dukker opp nok en gang og ødelegger denne gangen REXs radom, og dør mens han holder den tobeinte stridsvognen unna Snake. Snake ødelegger REX, og blir utfordret til en duell mot Liquid på toppen av den ødelagte REX. Snake vinner etter å ha dyttet Liquid over kanten, og møter Meryl dersom spilleren ikke ga etter for torturen, eller Otacon dersom spilleren faktisk ga etter for torturen, og de rømmer gjennom en underjordisk tunell mens de blir jaget av Liquid, i hver sin Jeep. Etter at de to bilene kræsjer ved tunellutgangen, skal Liquid til å skyte Snake, men dør plutselig av FOXDIE-viruset. Oberst Campbell erklærer Snake drept i aksjon for å stoppe amerikanske myndigheter fra å søke etter ham i fremtiden.