I årene 1992 til 2003 vekslet klubben mellom å spille i 2. divisjon og 3. divisjon. Det ble i 2003 vedtatt at de to klubbene Kristiansund FK og Clausenengen skulle samarbeide for å prøve å få etablert en klubb i Kristiansund litt høyere i divisjonene. Dette resulterte i samarbeidsklubben Kristiansund Ballklubb som startet i 3. divisjon, og som nå spiller i Adeccoligaen. På tross av dette samarbeidet så stiller KFK fortsatt med et eget A-lag og vekslet mellom 3. og 4.divisjon. I sesongen 2010 spilte de igjen i 3.divisjon.