Schimmelmann giftet seg den 19. september 1775 på St. Croix med Henriette Cathrine Schäffer (1741–1816), datter av den hollandske generalguvernør i Kappkolonien Lexmond og enke etter justisråd, byfogd på St. Thomas Vilhelm Schäffer. Hun eide lyststedet Skodsborg.