Han var også aktivt engasjert i studier av tokharisk, khotanesisk og tumshuqesisk, så vel som kinesiske buddhistiske tekster i tibetansk skrift. Clausen arbeidet også med tangutisk, og i 1938–1939 skrev han . Manuskriptet oppbevares ved SOAS, University of London og ble publisert i en faksimileutgave i 2016.