Selskapet ble stiftet i 2014 da Wallgreens kjøpte opp Alliance Boots, som det allerede eide 45 prosent av aksjene i. Det nye holdingselskapet ble organisert i tre divisjoner: Retail Pharmacy USA (Walgreens), Retail Pharmacy International (Boots) og Pharmaceutical Wholesale, som inkluderer Alliance Healthcare. Walgreens Boots Alliance ble notert på Nasdaq fra 31. desember 2014.