Den 8. juni 2001 ble tre hæroffiserer - oberst Byron Disrael Lima Estrada, kaptein Byron Lima Oliva (far og sønn) og José Obdulio Villanueva - dømt som gjerningsmenn og fikk hver 30 års fengsel. Oberst Lima Estrada hadde fått videreutdannelse og trening av amerikanske hær- og hemmelige tjenesteoffiserer ved den såkalte School of the Americas. Presten Mario Orantes ble av retten dømt til 20 års fengsel som medskyldig. Rettssaken skapte en presedens ved at det var første gang militært personell ble stilt for retten av en offentlig straffedomstol. De anket, og i mars 2005 reduserte anneninstansdomstolen dommene til far og sønn Lima til 20 år, men Orantes' dom forble uendret. Villanueva ble myrdet i fengselet før ankedommen ble kunngjort. I april 2007 stadfestet den konstitusjonelle domstol i Guatemala straffereduksjonen. Lima Oliva ble også myrdet i fengselet, i juli 2016.