Byen er en av de eldste bosetninger ved Middelhavet. De arkeologiske oppdagelsene av stedene Yeşilova Höyük og nabolaget Yassıtepe lokalisert på det smale deltaet ved elven Meles, i dag sletten Bornova, har ført til at byens historie er eldre enn tidligere antatt. Funnene indikerer tre nivåer hvorav to av dem er forhistoriske. Nivå to har spor av tidlig til midtre kobberalderen, og Nivå 3 fra en steinalderbosetning fra neolittisk tid. Disse to nivåene vil ha blitt bosatt av innfødte, stedegne folk i området for grovt sett mellom 6000 til 3000 f.Kr. Med kysten som har trukket seg unna over tid, har stedet senere blitt benyttet som et gravsted. Flere graver som inneholdt gjenstander er datert grovt sett fra 3000 f.Kr., samtidig med den første byen i Troja.