Situasjonen i Egypt hadde som i Syria lenge vært slitt i en opprivende dynastisk borgerkrig. Som følge av mordet på hennes nevø Ptolemaios XI Aleksander i år 80 f.Kr. var Kleopatra Selene den eneste gjenværende legitime medlemmet av ptolemeerdynastiet. Hun krevde den egyptiske tronen på vegne av sine sønner fra sitt fjerde ekteskap, men folket i Alexandria valgte heller den illegitime Ptolemaios XII Auletes som ny konge. Kleopatra Selene sendte sine sønner til Roma for hevde sine krav for det romerske senatet, men de nådde ikke fram og reiste tilbake to år senere.