Olympique de Marseille-manager Alain Perrin signerte Drogba fra Guingamp, men han ble raskt erstattet av José Anigo. Drogba beholdt sin plass i laget, scoret 19 mål og ble kåret til årets spiller av Ligue de Football Professionnel. Han scoret fem mål i denne sesongens UEFA Champions League og seks i UEFA-cupen. På slutten av sesongen ble han kjøpt av Chelsea som klubbens rekordsignering for 24 millioner pund.