I 2000 vant laget 1. divisjon avdeling 5, og spilte kvalifisering mot Liungen Idrettsforening og Fløya IF. Fortuna tapte på målforskjell, og måtte fortsette i 1. divisjon. Imidlertid betydde kvalifiseringen at Fortuna hadde kvalifisert seg til den nasjonale 1. divisjon.