Byen ble grunnlagt i 1749. Sultanatet oppstod like etter, i 1755, og utgikk fra Sultanatet Mataram. Dette riket hadde siden 1500-tallet behersket det meste av Java. Det nederlandske ostindiske kompani anerkjente sultanatet, men forbeholdt seg retten å bekrefte hver ny sultan i embedet. I de årene uavhengighetskrigen raste i Indonesia (1945–1949) ble hovedstaden tidvis lagt til Yogyakarta, ettersom Jakarta var under nederlandsk kontroll. Sultan Hamengkubuwono IX (1912–1988) erklærte i 1950 at hans rike skulle inngå i Indonesia, og fikk til gjengjeld livslangt styringsmyndighet over det som ble det administrative særområde . I 1988 ble Hamengkubuwono X ny sultan.