Isaak tilhørte en mer perifer del av Komnenos-familien og var sønn av en Doukas Kamateros og Irene Komnene. Hans besteforeldre på morsiden var (en bysantinsk adelstittel) Isaak Komnenos og dennes første hustru Theodora. Hans bestefar som han delte navn med var den tredje sønnen av Johannes II Komnenos og Piroska av Ungarn. Han var den eldste overlevende sønnen av Johannes II ved sin død, men hans yngre bror Manuel I Komnenos klarte med hell å sikre tronen for seg selv.