Det har vært hevdet at amish-folket ikke vaksinerer sine barn, og at de har liten eller ingen forekomst av enkelte sykdommer. Joseph Mercola har hevdet at det ikke forekommer autisme hos amish-folket, og at det må skyldes at de ikke er vaksinerte. Det er generelt noe lavere vaksinedekning hos denne gruppen enn ellers i befolkningen, men de fleste amish-barn vaksineres, og autisme forekommer i samme grad hos amish-folket som i befolkningen ellers. Det har imidlertid vært meslingutbrudd blant amish-folk som skyldes lav vaksinedekning. En undersøkelse fra 2006 tydet på at det ikke var religiøse årsaker til at amish-foreldre unnlot å vaksinere sine barn. Det var i 2010-2011 en økende tendens i USA til at unnlatelse av vaksinering ble begrunnet i religionen.