Mer-Khamis ble skutt av maskerte væpnede menn foran teateret han grunnla i Jenin. Han ble kjørt til Jenin Hospital, hvor han ble erklært død kort tid etter hans ankomst. Statsminister Salam Fayyad fordømte drapet. Israelske myndigheter hevdet at attentatmennene garantert stammet fra Hamas som på sin side benektet enhver kjennskap til denne saken og hevdet at dette bare var en simpel forbrytelse som de trodde at fiender av Khamis sto bak.