I Charleston ble Bonnet satt i fengslet under tollbygningen. Han lykkes i å flykte forkledt som kvinne, men kort etter ble han tatt til fange igjen, og i november 1718 ble han og hans menn dømt til døden for sjørøveri. I desember samme år ble Bonnet og 30 av hans menn hengt på en sandbanke utenfor byen.