Grupper av partisaner og anti-sovjetiske nasjonalister tok kontakt med tyske styrker straks de krysset grensen. Litauiske paramilitære grupper ledet av Algirdas Klimaitis begynte massakre på jøder i Kaunas etter oppfordring fra offiserer i Sicherheitspolizei og Sicherheitsdienst. Stahlecker, leder for Einsatzgruppe A, rapporterte at etter den tyske innmarsjen gjennomførte lokale «effektive progromer» med betydelig bistand fra Sipo og SD. Innen 28. juni hadde litauerne drept 3800 jøder i Kaunas og 1200 i mindre byer, ifølge Stahlecker. Propagandaradiosendinger fra Tyskland til Litauen oppfordret befolkningen til harde tiltak mot jødene. Etter at tyske styrker hadde konsolidert kontrollen over Litauen ble partisanene avvæpnet og «spontane» massakrer stanset, trolig fordi det var så blodig og kaotisk at tyske kommandanter ikke tolererte det. Litauere massakrerte på denne måte 5000–10000 jødiske litauere.