Etter 20 år som håndballspiller i Nordjylland skiftet Gitte Aaen sommeren 2006 til Viborg HK på en 3-årig kontrakt. I desember 2007 ble kontrakten forlenget til sommeren 2010. I tiden hos Viborg vant Aaen blant annet EHF Champions League i 2009 og 2010, og hun ble dansk seriemester 3 ganger. Våren 2010 fikk Gitte Aaen beskjed fra klubben om at hennes kontrakt ikke ville bli forlenget etter sommeren 2010.