Etter at Zährunger-slekten døde ut i 1218 ble Bern en fri riksstad. Berns endelige uavhengighet kom med slaget ved Dornbühl (1298) og Laupenkrigen (1339). I sistnevnte slag fikk Bern støtte fra kantonene Uri, Schwyz og Unterwalden, som Bern hadde dannet forbund med i 1323. I 1353 inntrådte Bern som det åttende området i det gamle edsforbundet. Etter en stor bybrann i 1405 gjenoppbygde man byen i sandstein der hvor bygningene tidligere var av tre. Det middelalderlige bybilde som oppsto da er i store trekk bevart til i dag.