Havarikommisjonens rapport publisert i 1997 fastslo at den direkte årsaken til forliset var svikt i låsene på baugvisiret som gikk i stykker under belastningen av bølgene. Da baugvisiret brakk løs fra ferga dro den med seg baugrampen som dekket for åpningen til bildekket bak baugvisiret. Dette førte til at vann trengte inn på bildekket som destabiliserte ferga og satte i gang en katastrofal kjede av hendelser som førte til at ferga kantret og sank. Det er fortsatt ubesvarte spørsmål om «Estonia»-forliset etter at ferga sank i 1994. Vraket er beskyttet som gravplass i henhold til finsk, svensk og estisk lov.