I 2002 rykket FFK opp fra andredivisjon til førstedivisjon og i 2003 rykket klubben opp til eliteserien. Fredrikstad FK ble norgesmestere etter at de slo i 3–0 i cupfinalen. I 2009 rykket laget ned til 1. divisjon og rykket opp til Eliteserien igjen i 2010, men rykket ned i til 1. divisjon etter 2012-sesongen. 23. november 2015 presenterte klubben Jan Halvor Halvorsen som ny FFK trener etter at Arne Erlandsens kontrakt med klubben ikke ble forlenget. 9. august 2016 annonserte klubben at samarbeidet med Jan Halvor Halvorsen var avsluttet på grunn av manglende resultater, og senere samme dag ble Mons Ivar Mjelde ansatt som ny hovedtrener i klubben.