Johan III regjerte i en periode da Portugal var på høyden av sin politiske og økonomiske makt, med et rike som strakk seg over tre kontinenter. De portugisiske befestningene i Asia ble ytterligere utvidet i hans regjeringstid, samtidig som han fikk igangsatt en mer systematisk kolonisering av Brasil. Han utviklet blant annet en politikk som styrket portugisiske posisjoner i India, hvor han blant annet innførte monopol på handel med krydder fra molukkene.