Hennes saligkåringssak ble åpnet før det hadde gått fem år fra hennes død, ettersom pave Johannes Paul II mente det var riktig å fravike den generelle regelen. For å bli saligkåret trengs et dokumentert mirakel. I 2002 anerkjente paven et mirakel. Den indiske kvinnen Monica Besra hadde blitt kurert for en kreftsvulst i underlivet, etter å ha bedt om Moder Teresas forbønn og lagt en medaljong med bilde av henne over svulsten. Hun hevdet selv at en lysstråle kom ut fra bildet og fjernet svulsten; kommisjonen tok ikke stilling til dette, men konstaterte at det ikke fantes noen medisinsk forklaring på at en svulst som var dokumentert med røntgenbilder og andre metoder plutselig forsvant. Besras mann nektet for at det var et mirakel, og avgjørelsen var kontroversiell i India.