Veterinærinstituttet er et forvaltningsorgan med særskilt fullmakt under Landbruks- og matdepartementet. Faglig og økonomisk sorterer Veterinærinstituttet både under Landbruks- og matdepartementet og Nærings- og fiskeridepartementet. Bevilgninger over statsbudsjettet utgjør mellom 40 og 50 prosent av totalinntekten, resten er inntekter skaffet til veie gjennom forskningsprosjekter og oppdrag – som regel etter konkurranse.