I 1900 ble Pedersen ansatt som overintendant i Marinens intendantur i Horten. Han var også med i byens kommunestyre for Venstre og ble ordfører i 1911. Samme år ble han utnevnt til sjøfartsdirektør. I denne stillingen deltok han som norsk representant i flere internasjonale konferanser. Etter utbruddet av første verdenskrig ble han utnevnt til formann i Statens provianteringskommisjon, som skulle sørge for Norges tilførsel av varer fra utlandet mens krigen pågikk. Kommisjonen ble i 1916 omdannet til Statens provianteringsdirektorat, hvor Pedersen fortsatte som direktør helt til 1927. I 1918 reiste han til USA for å delta i forhandlingene som ble ledet av Fridtjof Nansen for å sikre tilførselen til Norge etter at England hadde sagt opp bransjeavtalene. I 1923 ble han leder av delegasjonen som skulle forhandle om en handelsavtale med Sovjetunionen.