Hudson Bay-kompaniet ble utviklet til et selskap med et sentralisert byråkrati. Den årlige selskapsforsamlinger valgte en (guvernør) og en (styre) for å lede virksomheten. Det var de som organiserte pelsauksjoner, bestilte handelsvarer, anstatte personal og arrangerte sjøfrakten til og fra Hudson Bay. De utnevnte en guvernør som fungerte som selskapets styrer i Hudson Bay-området. Hvert handelsfaktor stod under ledelse av en som ved sin side hadde et råd. Guvernøren og styret i London fastsatte det grunnleggende handlingsprogram som skulle følges i Ruperts Land. Endringer i programmet ble besluttet på grunnlag av de årsberetninger, dagbøker og regnskapsbøker som årlig ble innlevert til hovedkontoret i London fra faktoriene ved Hudson Bay.