Den 24. desember 1991 ble Kim utnevnt til øverstkommanderende for Nord-Koreas væpnede styrker. Siden militæret er en av den nordkoreanske statens grunnstøtter, var dette et viktig steg for Kim på veien til en suveren lederposisjon. En av Kims mest lojale underordnede, forsvarsminister O Jin-u, skal ha sørget for at Kim ble godtatt av de militære lederne, til tross for at Kim manglet militær erfaring. I 1992 uttalte Kim Il-sung at sønnen hadde ansvar for alle innenrikssaker i Nord-Korea. Mange utenlandske ledere ytret ønske om å få møte Kim Jong-il på denne tiden, uten å få anledning til det, uvisst hvorfor.