Ussher var sønn av Margaret Stanihurst og Arland Ussher, det femte av deres ti barn. Teologisk var han påvirket av kalvinismen, men kom godt overens med erkebiskop av Canterbury, William Laud. Av den grunn ble han brukt som megler mellom de høykirkelige og de revolusjonære, men mislyktes og mistet både sin stilling og sine eiendommer, men klarte iallfall å redde sitt bibliotek.