Fra en undersøkelse av Seti meget godt bevarte mumie, synes det som om Seti har vært yngre enn førti år da han døde uventet. Det står i sterk kontrast til situasjonen med Horemheb, Ramses I og Ramses II som alle levde til de ble meget gamle. Årsakene for hans relativt tidlige død er usikker, men det er ingen bevis på vold. Hans mumie ble funnet halshogd, men det er antagelig heller skjedd etter hans død av gravrøvere. Amunprestene har omsorgsfullt plassert hans hode på kroppen ved lerretremser. Det har blitt foreslått at han døde av en sykdom som hadde plaget ham i årevis, muligens relatert til hjertet. Det sistnevnte ble funnet plassert på høyre side av kroppen, mens den vanlige praksis på denne tiden var å plassere det på venstre side i løpet av prosessen med mumifiseringen. Meningene er ulike om dette var en feiltagelse eller et forsøk på å få Setis hjerte til å arbeide bedre i hans etterliv. Hans mumie er rundt 1,7 meter høy.