Klubben ble grunnlagt i 1989 som . To år senere ble navnet endret til , da de var en av klubbene som grunnla National Premier Division, organisert av Women's Football Association. Knowsley United kom til finalen i Premier League Cup i 1993, men ble slått av Arsenal på Wembley. I 1994 nådde klubben finalen i FA Women's Cup, men tapte 1–0 for Doncaster Belles på Glanford Park. Sommeren samme år ble klubben tilknyttet Liverpool FC, og fikk navnet .