Til tross for all advarsler og bønn fra flere av hans undersåtter om å flykte og berge livet, insisterte han på å ri i møte med fienden og hvor han sist ble sett kjempe vilt og energisk. Om hans lik ble funnet er usikkert, men Filip II av Spania påsto at hans etterlevninger ble begravd i klosteret Jerónimos utenfor Lisboa etter at overtok den portugisiske tronen i 1580. Usikkerheten over Sebastians skjebne fikk mange portugisere til å tro at han faktisk overlevde slaget og vil en gang komme tilbake å kreve tronen på nytt.