Rocky Mountain Horse tillates kun i hele farger. Botet, prikket, og avtegn over kneet eller over mer enn halve ansiktet, tillates ikke. Alle tre grunnfarger (rød, brun og svart) forekommer. Svart er den vanligste grunnfargen i rasen. Av avblekingsgen forekommer både kremgen, champagne, blakk, og sølv. I tillegg forekommer konstantskimmel. Skimmel forekommer, men er sjeldent. Den klart vanligste kombinasjonen er sølvsvart; dette har også sitt utspring i målsettingen til rasens opprinnelige grunnleggere. Sølvgenet forbindes med den degenerative øyesykdommen MCOA, spesielt i dobbelt (homozygot) utgave. Sølv er svært prevalent i rasen og etter at sammenhengen ble avdekket, har det blitt en målsetting å avle frem individer uten dette genet.