Området som Karakul ligger i har mindre enn 30 mm nedbør i året. Dessuten er temperatursvingningene ved Karakul spesielle. En russisk oppdagelsesreisende opplevde at temperaturen steg fra -35 grader C til -6,2 grader C fra kl 09 til kl 13, altså en temperaturøkning på 28,8 grader C på 4 timer. Målinger i 1933 og 1934 viste kun 15 frostfrie dager i året, og senere målinger viser at 67 av 100 år har ikke frostfrie perioder i det hele tatt. Vannet har et saltinnhold på 7 gram pr liter og er derfor udrikkelig.