I hellenistiske tid identifiserte grekerne Afrodite med oldtidens egyptiske gudinnene Hathor og Isis. Afrodite var skytsgudinnen til dronningene under det ptolemeiske kongedømme og dronning Arsinoe II ble identifisert som hennes dødelige eller menneskelige inkarnasjon. Afrodite ble tilbedt i Alexandria og hadde mange templer i og rundt byen. Arsinoe II introduserte Adonis-kulten til Alexandria og mange av kvinnene der deltok i den. Tessarakonteres, en gigantisk galei som ble utformet av Arkimedes for Ptolemaios IV Filopator, hadde et sirkulært tempel til Afrodite med en marmorstatue av gudinnen selv. I det andre århundre f.Kr. innviet Ptolemaios VIII Fyskon og hans koner Kleopatra III og Kleopatra II et tempel til Afrodite ved tempelkomplekset Filae ved Aswan. Statuetter av Afrodite for personlig hengivenhet ble vanlig i Egypt fra tidlig ptolemaisk tid og strekker seg til lenge etter at Egypt ble en romersk provins.