Det brøt raskt ut nye kamper i Dublin, og dermed var den irske borgerkrig et faktum. Under Collins ledelse tok Fristaten raskt kontroll over hovedstaden, mens traktatmotstanderne i juli 1922 kontrollerte Munster og noen andre områder. De Valera og andre politikere som var mot traktaten stilte seg på opprørernes side. Collins la i praksis ned sitt embete som leder for den provisoriske regjeringen, og ble øverstkommanderende for Fristatens hærstyrker, som var opprettet som en formell, uniformert hær med de deler av IRA som var traktattilhengere som kjerne. De fikk våpen og penger fra britene, og hæren vokste raskt. Sammen med Richard Mulcahy og Eoin O'Duffy besluttet Collins å foreta en serie landstigninger i republikanske områder i Munster og på vestkysten i juli og august 1922. Under denne offensiven reiste Collins til Cork. Hans kollegaer frarådet dette på det sterkeste, men Collins, som led av kroniske magesmerter og depresjon på grunn av borgerkrigen, ville sette inn alt på å sikre en rask slutt på krigføringen. Han sa til de andre at «de vil ikke skyte meg i mitt eget grevskap».