Emiratet Bukhara ble offisielt grunnlagt i 1785, og staten skulle styres av Manghit-dynastiets emir, Shah Murad. I løpet av det 18. århundre, hadde emirene gradvis tatt kontroll over Khanatet Bukhara, fra deres posisjon som ataliq. Omkring 1740-tallet, da khanatet ble overvunnet av Nadir Shah av Persia, var det tydelig at emirene satt på makten for alvor. I 1747, etter Nadir Shahs død, hadde ataliq Muhammad Rahim Bi drept Abulfayz Khan og hans sønn, og dermed satte han en stopper for Astrakhanid-dynastiet. Fra da av tillot emirene at khanene «lekte seg» med makten, helt til Shah Murad tok over tronen som en følge av Abu l-Ghazi Khans død.