Idet han var ute av stand til å til en løsning på krisen besluttet Malaysias statsminister Tunku Abdul Rahman å utelukke Singapore fra Malaysia. Han hevdet at han valgte å «skjære over alle bånd med en delstatsregjering som ikke viste noen lojalitet med sin sentralregjering». Lee Kuan Yew var pågående og forsøkte å utarbeide et kompromiss, men uten fremgang, og undertegnet en overenskomst om separasjon 7. august 1965. Overenskomsten tok opp Singapores relasjoner med Malaysia etter separasjonen, med målet at samarbeidet skulle fortsette på områder som handel og felles forsvar.