Han deltok på mange møter i regi av Verdens helseorganisasjon som en delegat for Australia. Han var formann i to komiteer i World Health Assembly, leder av hovedstyret i WHO, og president for den 24. World Health Assembly som ble arrangert i 1971. I 1973 ble Refshauge ansatt som generalsekretær i World Medical Association, i nærheten av Genève, en stilling han beholdt frem til 1976. Han tilskyndet flyttingen av sekretariatet fra New York til Genève for å arbeide tettere med kontoret i WHO. Han omskrev Helsinkideklarasjonen og dens regler for WHO, men til slutt trakk han seg på grunn av manglende støtte fra styret sitt.