Henny Astrup var datter av klokker og teolog Hans Petter Bay Glatved og Nanna Münster Prahl. Hun ble i 25. mai 1897 gift i Korskirken i fødebyen Bergen med lensmann i Våler Nils Astrup (1860-1912). Ekteskapet ble oppløst allerede før århundreskiftet.