I 1897 sendte erkebiskop Szymon Marcin Kozłowski fader Pranaitis avsted for å kartlegge situasjonen for katolikker i Turkistan. Reisene gjorde inntrykk på ham. I 1900 forlot han Sankt Petersburg og flyttet østover. Inntrykk fra turene til katolske samfunn i Nizjnij Novgorod, Sibir og Turkestan førte til at han resten av livet først og fremst var. Han dro til Tasjkent som prest i oktober 1902. Under hans innflytelse ble kirker og samfunnssentre bygget i Ashgabat, Bukhara, Samarkand, Alma-Ata og Tasjkent. Han reiste også til Mandsjuria, Sakhalin og Japan.