Men det viste seg vanskelig å realisere et kjernefysisk prosjekt i krigens tjeneste. Resultatene var ikke overbevisende på de militære myndighetene, og i 1942 ble denne forskningen igjen satt under sivil ledelse med Heisenberg som direktør for instituttet i Dahlem. Arbeidet med de forskjellige reaktorene fortsatte, men eventuelle militære anvendelser var kommet i bakgrunnen.