Medlemmene av Riigikogu ble valgt ved forholdstallsvalg i 11 valgkretser. Partiene måtte over en nasjonal sperregrense på 5 % av stemmene for å bli representert. Siden forrige valg hadde Riigikogu vedtatt flere endringer i valgloven og partiloven, så partisystemet skulle bli mer stabilt og oversiktlig for velgerne. Fra og med 1996 behøvde nye partier minst 1 000 medlemmer for å kunne stille til valg, og eldre partier som ikke oppfylte medlemskravet, ville bli bragt til opphør. I 1998 ble det ikke lenger mulig for flere partier å inngå valgallianser.