Gunnar Hamnøy har vært lokalpolitiker i Skodje kommune for KrF, tre perioder i kommunestyret, den siste frem til oktober 2007 som fast medlem i formannskapet og planutvalget. Han var også leder i råd for funksjonshemma i Skodje frem til okt 2007 og leder i verdirådet i Skodje kommune og Nord-Sør-rådet, et kommunalt samarbeid mellom Skodje og Voi kommune i Kenya frem til sommeren 2006. Hamnøy var medlem i dette rådet frem til oktober 2007.