I mai 2021 uttalte Flynn at covid-19 er et komplott for å avlede oppmerksomheten fra presidentvalget i 2020, et valg han mener Trump vant. Flynn mener George Soros, Bill Gates, Verdens helseorganisasjon og flere fant opp pandemien for å knekke Trump. Etter valget av Biden har Flynn fremstått som frontfigur i QAnon-beveglsen. Høsten 2021 uttalte Flynn at QAnon er desinformasjonskampanje laget av den politiske venstresiden og av CIA for å få folk til å se ut som tullinger ().