Rett etter Anschluss og de tyske militære styrkers innmarsj i Østerrike led Innitzer under en illusjon om at man skulle klare å komme til en forståelse med NS-regimet. Den 15. mars 1938 avla han et høflighetsbesøk hos Hitler, som var kommet til Wien. Tre dager etter undertegnet Innitzer og de øvrige katolske biskoper en høytidelig erklæring. Her bekreftet han de østerrikske katolikkers beredvillighet til å forholde seg lojalt overfor statsmaktene. I isolasjon var dette en katolsk selvinnlysende sannhet.