Troposfærens skyer og tåker består av lag med ammoniakk, ammoniumhydrosulfid og vann. De øvre ammoniakkskyene er delt inn i et dusin sonale striper parallelt med ekvator og er avgrenset av kraftige sonale strømmer (vind) i atmosfæren kjent som . Stripene varierer i farge: De mørke stripene kalles mens de lyse kalles . Sonene er kaldere enn beltene og stammer fra oppstrømmende luft mens beltene markerer synkende luft. Den lysere fargen i sonene antas å komme av ammoniakkis, men hva som gir beltene den mørkere fargen er usikkert. hevder at stripene og jetstrømmene er overflatefenomener som ligger over et stabilt indre. hevder at stripene er overflateutslag fra dype sirkulasjoner i Jupiters mantel av molekylært hydrogen som er organisert i en rekke sylindre.