Enkelte konspirasjonsteoretikere betviler ikke at det var kollisjon med rutefly og etterfølgende branner som var årsaken til tårnenes kollaps. De mener heller at det var de nykonservative som hadde arrangert det slik at de kaprede flyene kunne slippe forbi kontrollen til det amerikanske luftforsvaret og sikkerhetskontroller på flyplasser fordi det ble gitt en direkte ordre om at det skulle skje fra Det hvite hus, også kjent som en «standdown-ordre». En slik plan ville ha krevet at store mannskaper i luftforsvaret visste om ordren, og per september 2008 har ingen soldater i luftforsvaret bekreftet noen slik ordre.