Foreldrene møttes i Chicago i 1950-årene. Hans far, Benjamin Emanuel (født Benjamin Auerbach), er en barnelege født i Jerusalem; han var i sin tid med i Irgun, en militant sionistisk organisasjon aktiv under Det britiske Palestinamandatets tid. Hans mor, Martha Smulevitz, arbeidet som røntgentekniker og var datter av en lokal fagforeningsleder. Hun ble borgerrettsaktivist og var på et tidspunkt også eier av en rock-and-roll-klubb i Chicago-området. Rahm Emanuel har to brødre, Ezekiel og Ari, og en adoptivsøster; Shoshanna.