Starten av 2006-sesongen var ikke så bra av de regjerende mestrene. De lå helt sist på tabellen etter sju serierunder med bare fem poeng. Da sesongen var halvspilt hadde de kommet seg opp på sjetteplass. I slutten av juli kom et av de pinlige tapene mot byrival Lyn og exit fra Mesterligakvalifiseringen mot tsjekkiske FK Mladá Boleslav 5-3 i andre runde. Vålerenga hadde røket ut av Mesterligaen året før også i tredje runde i kvalifiseringen mot belgiske Club Brugge etter straffesparkkonkurranse. Etter å ha tapt fem av sju kamper fra 22. juli til 19. august bestemte hovedtreneren Kjetil Rekdal seg for å forlate klubben. Assistenttrener Petter Myhre tok over og som en konsekvens av dette, etter å ha ledet laget til 25 av 31 mulige poeng, endte de til slutt på 3.-plass og tok sin tredje medalje på like mange sesonger. Vålerenga kvalifiserte seg også til Royal League, den skandinaviske turneringen hvor de fire beste lagene fra Norge, Sverige og Danmark får delta. Der røk de ut i kvartfinalen mot svenske Helsingborgs IF.