I 595 oppstod det en ny strid, knyttet til tittelen . Pave Gregor strev til sin legat Sabinianus og forbød ham å kommunisere med Johannes IV. I en sak vedrørende presbyteren Athanasius, anklaget for å i en viss grad å være manikeisk og fordømt som sådan, forsøkte Gregor å vise at anklageren selv var en pelagianer, og at patriark Johannes IV ved sin uforsiktighet eller uvitenhet eller skyld hadde tatt den bestorianske konsil i Efesus for å ha vært det ortodokse (rettmessige) konsilet i Efesus.