Slaget var det kosteligste så langt i krigen med et samlet tap, union og konfødererte, på 23 746 mann, og minimal strategisk fordel vunnet på noen side. Likevel fikk Grant ros fra mange kanter. Han sa senere at blodbadet ved Shiloh hadde gjort det klart for ham at konføderasjonen kun ville bli beseiret med en fullstendig utslettelse av deres hær. Grant ble kritisert for sin beslutning om å holde Union Army opplagt i en teltleir i stedet for å ha forskanset seg. Halleck overførte kommandoen over Army of the Tennessee til brigadegeneral George H. Thomas og forfremmet Grant til den tomme posisjonen «second-in-command of the western armies», som fjernet ham fra aktiv feltkommandotjeneste. Som et resultat var Grant nok en gang nær på å levere inn sin avskjed, inntil Sherman kom på besøk til leiren hans. Sherman som hadde hatt mange av de samme erfaringene i det militære som Grant, overtalte ham til å bli i hæren. Under Hallecks trege fremrykning ved Korint, dekket 30 km i løpet av 30 dager, gjorde at hele sørstatsstyrken rømte derfra. Den 120 000 mann sterke Union Army ble deretter splittet. Charles A. Dana, en etterforsker utsendt av krigsminister Edwin Stanton på den tiden, intervjuet Grant og informerte Lincoln og Stanton at det virket som om Grant var «behersket og ivrig etter å krige«. Lincoln gjeninnsatte Grant i hans kommando over Army of the Tennessee.