Under felttoget mot Troja ble Filoktetes etterlatt på øya Lemnos. Det oppgis flere grunner til dette, men alle indikerer at han fikk et sår på foten som stinket forferdelig etter at det gikk betennelse i det. En versjon hevder at Filkotetes ble bitt av en slange som gudinnen Hera sendte for å straffe ham (eller hans far) for tjenester han hadde ytt Herakles. En annen versjon hevder at grekerne tvang Filoktetes til å vise dem hvor Herakles' aske lå (Lemnos var ifølge tradisjonen Herakles' bosted). Filoktetes ville ikke røpe stedet med ord, men satte foten på det og ble da skadet i foten. En tredje fortelling sier at da akhaierne kom til Tenedos (nåværende Bozcaada i Lilleasia), pådro de seg Apollons sinne idet Akilles drepte kong Tenes. Akhaierne ofret til Apollon, men en slange krøp ut av alteret og bet Filoktetes. Den fjerde versjonen er at han pådro seg sitt sår på øya Kryse under en ofring til nymfene, da han uforvarende trådte inn i deres helligdom. Denne versjonen opptrer i Sofokles' drama. En moderne forklaring på hans sår er at han hadde fått en skramme av en forgiftet pilspiss. Pilene var vanligvis forgiftet med en blanding av gjæret slangegift, blodplasma og avføring, og en liten rift førte til alvorlig forgiftning og ofte døden. De som overlevde, fikk betente sår.