En ny konfliktdimensjon oppstod i 2006, da det brøt ut opprør nord i landet knyttet til konfliktene i nabolandene Sudan og Tsjad. Opprørerne, som hevdet å kjempe mot korrupsjon og etnisk diskriminering, tok kontrollen over flere byer i nord. Frankrike støttet i henhold til avtalen regjeringen, og franske styrker kom inn blant annet med krigsfly i nord. Franske styrker var også i 2007 engasjert i kampen mot opprørere. I juli 2008 fikk konflikten enda en dimensjon, da medlemmer av den ugandiske militsgruppen Lord's Resistance Army (LRA) angrep en landsby sør i landet fra baser i Kongo. Den kongolesiske militsleder og politiker Jean-Pierre Bemba ble arrestert i Belgia med tanke på å få ham stilt for Den internasjonale domstolen i Haag. Han og hans soldater hadde bistått Patassé med å slå ned et opprør i 2002 og 2003. Bemba ble nå anklaget for overgrep.