Han hadde opprinnelig bakgrunn fra Sakya-tradisjonen, hvor han fikk sin religiøse utdannelse. Fra ca. 1850 var han knyttet til klosteret Dzongsar i Øst-Tibet. Klosteret er knyttet til - tradisjonen i Tibetansk buddhisme. Nyingma er den eldste av fire retninger innen Tibetansk buddhisme. Jamyang Khyentse Wangpo var Tertön (oppdager av skjulte spirituelle skatter) også.