I 1525 ble han fradømt ære, gods og liv. Godset gikk til kronen, og kom blant annet i riksmarken Tyge Krabbes hender. Niels var dristig nok til å besøke sin kone et par ganger i Skåne, men siste gang ble han tatt ved Trelleborg og satt i fengsel på Malmøhus. For å få ham til å avsløre hvem Christian IIs tilhengere var, satte Tyge Krabbe i verk tortur mot Niels Brahe. Han holdt dog tett, og i juni måned 1529 ble han avrettet med sverd på Gammeltorv i København.