Anwar var medlem av Malaysias parlament fra 1982 til 1999. Han hadde ulike ministerposter i den malaysiske regjeringen fra 1983 til 1998. Han var minister for kultur, ungdom og sport fra 1983 til 1984, landbruksminister fra 1984 til 1986, utdanningsminister fra 1986 til 1991, finansminister fra 1991 til 1998 og visestatsminister fra 1993 til 1998. Han var også fungerende statsminister fra mai til juli 1997.