Fylogenien til de forskjellige typene HPV reflekterer menneskers migrasjonsmønstre og indikerer at HPV kan ha utviklet seg sammen med menneskepopulasjon. Studier har pekt mot at det kan være fem store grener HPV har utviklet seg langs, som reflekterer vertens etnisitet. Det er så langt funnet to varianter av HPV16, Europeisk (HPV16-E), og Ikke-Europeisk (HPV16-NE).