Etter eget utsagn tilhører Toje den nyklassiske realismen innen internasjonal politisk teori. Som akademiker er Toje mest kjent for å ha videreutviklet «transatlantic bargain»-tesen, hvor han argumenterer for at USAs nærvær gjennom NATO og europeisk integrasjon i form av EU utgjør et såkalt "integrert kompleks". I 2010 utgav han boken .