Universitetet ble grunnlagt 1882 av den japanske statsmannen Okuma Shigenobu. I dag (2013) er det et av de seks universiteter som kalles Tōkyō roku daigaku (東京六大学), en japansk parallell til nordvestre USAs Ivy League. Og blant disse betraktes ofte Waseda, Universitetet i Tokyo og Keio-universitetet som de tre toppuniversitetene.