I år 59 eller 60 e.Kr. ble øyene besøkt av apostelen Paulus. Han var blitt holdt fange på Kreta og ble deretter fraktet til Roma for å bli dømt av keiseren, noe som var hans rett som romersk borger. Isteden skal han ha forlist på bredden av det som nå kalles for «Saint Paul's Bay» (), noe som bevitnes av en del detaljer i , men også av arkeologiske utgravninger ved San Pawl Milqghi. Studier av nåværende og alminnelige vinder fra tiden gjør det mer sannsynlig at skipbruddet skjedde i eller i nærheten av St. Thomas Bay i Marsaskala.