Midtnordisk Vitensenter ble etablert som stiftelse i 1988. Fra 1991 hadde Vitensenteret utstilling i Vitenskapsmuseets lokaler. Leieavtalen med museet gikk ut 15. november 1996. Utstillingen ble deretter demontert og satt på lager til en nyåpning fant sted 3. juli 1997 i de gamle lokalene til Norges Bank i Kongens gate 1. Norges Bank-bygningen ble tegnet i 1830–1831 av arkitekt Ole Peter Riis Høegh etter forarbeider av arkitekt J. C. Ræder. Eier av bygget er Trondheim kommune, og Vitensenteret leier lokalene gratis. Vitensenteret i Trondheim er et av 10 regionale vitensentre i Norge.