Neste sesong ble formen kritisert, Arsenal kom på 2.-plass i serien, bak Chelsea som vant sitt første ligatrofé på 50 år, med stor hjelp fra den styrtrike russiske eieren Roman Abramovitsj. Likevel scoret han nok en gang 14 ligamål, bak Andy Johnson (21 mål, 11 på straffe), og selvfølgelig Thierry Henry (25 mål) i kampen om toppscorertittelen. Selv om Arsenal kom på andreplass i serien vant de FA-cupen for tredje gang på fire år, denne gangen mot Manchester United på straffekonk. Pirès ble byttet ut i andre ekstraomgang og tok derfor ingen straffer, noe han trolig ville ha gjort om han hadde vært på banen.