I juli 2013 rapporterte ESPN at Miller kom til å bli suspendert i fire kamper for brudd på ligaens regler. Han selv tweetet at han ikke hadde brutt noen regler. I august 2013 tapte han anken og ble suspendert i seks kamper. Utestengelsen kom fra at NFL hadde funnet ut at han hadde prøvd å jukse på en dopingprøve. Den første kampen i sesongen han kunne spille i kom 20. oktober 2013 mot Indianapolis Colts. I et nederlag mot New England Patriots 24. november plukket han opp en fumble fra Stevan Ridley og returnerte den 60 yards for en touchdown. Det var hans andre touchdown i NFL. Han spilte relativt bra da han kom tilbake fra suspensjonen, men sesongen ble avsluttet tidlig etter at han revnet et korsbånd den 22. desember 2013 da Broncos slo Houston Texans. Uten Miller nådde Broncos Super Bowl XLVIII, hvor de tapte 43–8 mot Seattle Seahawks.