Karl ønsket også å ha én enhetlig kirke i alle de tre delene av riket, og han påtvang derfor våren 1638 den engelske på skottene. Skotske presbyterianere reagerte voldsomt på dette. Det brøt ut opptøyer i Edinburgh, hvor Jenny Geddes ledet . Opprørere nøyde seg ikke med å motsette seg bønneboken, men forsøkte også å fjerne bispeembetet fra Den skotske kirke. Karl brukte et år på å samle en hær, og i 1639 ble den sendt nordover for å slå ned opprøret. Etter en trefning som falt svært uheldig ut for engelskmennene, måtte han søke en våpenhvile, og i fredsavtalen i Berwick ble han ydmyket både ved at han måtte love å ikke blande seg inn i religiøse spørsmål i Skottland og ved at han måtte betale de skotske kostnadene for krigen.