Et annet spørsmål av mer praktisk natur er hvor nøyaktig nytte-kostnadsanalyse er med tanke på å forutse effektene av tiltak. Nytte-kostnadsanalyser gjort i forkant av et prosjekt er avhengig av å benytte seg av usikre estimater av kostnader i fremtiden, og en litteraturgjennomgang viser at kostnadsestimatene har en unøyaktighet fra 20,4 % til 44,7 %, avhengig av hva slags tiltak det er som analyseres. For infrastrukturprosjekter er kostnadsoverskridelser på 50 % til 100 % vanlig. Det forskes derfor på metoder for å bedre kunne måle sikkerheten til estimatene og bedre kvalitetssikringen. Evaluering av den norske kvalitetssikringsordningen viser dog bedre resultater enn internasjonale studier. Offentlige tiltak er dessuten ofte rettet mot områder der det ikke eksisterer markeder, slik som helse og miljø. På nyttesiden er man derfor avhengig av å lage estimater i slike tilfeller ved å foreta spørreundersøkelser av folks betalingsvilje.