Vintrene er kalde i Moldova, og det kan forekomme episoder med ekstremt kaldt vær når østavinden blåser fra Sibir. Vinteren er likevel kortere enn i Ukraina og Romania, og smeltingen om våren kommer tidligere. Somrene har fine temperaturer, og temperaturene holder seg vanligvis mellom 25 og 30 ºC fra juni til august. Landet er derimot ganske så tørt, og Chișinău har en årlig nedbørsnormal på bare 539 mm.