Middels havnivå på stillehavssiden er i gjennomsnitt 20 centimeter høyere enn på atlanterhavssiden. På sitt grunneste er kanalen 13 meter og på sitt smaleste 153 meter. Høyst 48 skip per døgn kan passere gjennom kanalen, og ventetiden ved innseilingen kan være på opptil et døgn. Bahía Límon på atlanterhavssiden utgjør en ankringsplass avgrenset av en molo, men den har ofte ikke plass for alle skipene som vil trafikkere kanalen. På stillehavssiden er ankringsområdet helt åpent, men der utgjør topografien i Panamabukten en naturlig molo.