I en irsk sammenheng er krigen imidlertid en sekterisk og etnisk konflikt, på mange vis det samme som den irske forbundskrigen femti år tidligere. For jakobittene var krigen utkjempet for irsk selvstendighet, religiøs toleranse for katolisisme og landeierskap. De katolske øvre klassene hadde tapt bortimot alle deres landområder etter Oliver Cromwells erobringer på Irland, foruten også retten til å inneha statlige posisjoner, praktisere sin religion og sitte i det irske parlamentet. De så på den katolske kong Jakob som en mulighet for å endre disse plagene og sikre selvstyre for Irland overfor England. Av disse årsakene hadde de katolske irene samlet en hær under ledelse av Richard Talbot, 1. jarl Tyrconnell for å gjeninnsette kong Jakob etter at den ærerike revolusjon hadde plassert Vilhelm av Oranien og Maria på tronen. Ved 1690 kontrollerte jakobittene hele Irland, unntatt for provinsen i nord, Ulster. De fleste i Jakobs hær ved Boyne var irske katolikker.