Khartoum ble grunnlagt i 1821 av Ibrahim Pasja, sønnen av Egypts hersker, Muhammed Ali Pasja, som nettopp hadde innlemmet Sudan i sitt rike. Den ble lagt omtrent 24 km. nord for den gamle byen Soba. Den ble opprinnelig anlagt som en utpost for en egyptiske hæren, men ble raskt en handelssentrum som også inkluderte slavehandel.