Helene Fischers foreldre er Pyotr og Marina Fischer. Farens foreldre var såkalte svartehavstyskere, og blant dem som ble tvangsbosatt i Kasakhstan og Sibir. Faren var kroppsøvingslærer og moren var ingeniør. I 1988 emigrerte hun med sine foreldre og en seks år gammel søster til Wöllstein i Rheinland-Pfalz i Tyskland.