Selvstendigheten for Estland og Latvia etter første verdenskrig medførte slutten på tyskernes dominans. Godsene ble nå ekspropiert i en jordreform, og mange baltisktyskere emigrerte til Tyskland eller Sverige. Den hemmelige tilleggsprotokollen til Molotov–Ribbentrop-pakten innebar at Sovjetunionen fikk frie hender i Estland og Latvia. Hitler krevde at tyskerne i de to landene skulle evakueres til tysk-kontrollert område, og mellom oktober 1939 og januar 1940 flyttet 66 000 til Reichsgau Wartheland. I 1945 slo de fleste overlevende baltisktyskere seg ned i Tyskland eller Sverige.