Han ble i 2007 ble han dømt for korrupsjon og grov økonomisk utroskap. I september 2006 ble det avdekket at Murud fra 2003 til 2006 hadde underslått 89,5 millioner kroner fra Undervisningsbygg. I årene 1999 til 2003 tappet han eiendomsforvaltningsselskapet Neas AS for 9,2 millioner kroner ved hjelp av fiktiv fakturering. Murud har erkjent begge forholdene. Rettssaken mot ham startet i Oslo tingrett 10. september 2007, og Murud erkjente da straffeskyld på alle punkter i tiltalen for grovt økonomisk utroskap og korrupsjon. Den 19. oktober ble han dømt til syv års fengsel og til å tåle inndragning av 112 millioner kroner, dommen ble anket på stedet, men ble opprettholdt i lagmannsretten i april 2008. I november 2008 forkastet Høyesterett Muruds anke; dommen er dermed rettskraftig.