Han var sønn av William A. Kenyon og Ann Eliza Knox fra Hadley i New York. Da Kenyon var i tenårene flyttet familien til byen Amsterdam, nær den kanadiske grensen. Han synes å ha opplevd en kristen omvendelse i januar 1886 og holdt sin første preken samme år i byens metodistkirke. To år senere tok han jobb som omreisende selger av orgler og pianoer.