NMS er en selvstendig organisasjon innenfor Den norske kirke og ser seg som et redskap for å realisere denne kirkes misjonsoppdrag. Dette skjer gjennom et utstrakt arbeid i ca. 1 500 misjonsforeninger og grupper blant barn, unge og voksne. I tillegg samarbeider NMS nært med lokalmenighetene i Den norske kirke og har en rekke giverordninger som sikrer arbeidet.