Hans utekte status plaget Pier Luigi hele livet, og bidro utvilsomt til å prege ham. Adelsfolk i Piacenza hadde det med å formærme ham som «pavens bastard». Som den eldste og høyest elskede sønn bøe han sammen med sin bror Paolo legitimert som toåring i 1505 av pave Julius II. Han fikk som skolemester en fremstående humanist, Baldassarre Malosso di Casalmaggiore, kalt «Tranquillus», og utviklet tidlig en forkjærlighet for krig og befestninger.