I løpet av de siste tyve årene av hans liv mistet Alexios mye av sin popularitet. Årene ble preget av forfølgelser av tilhengerne av paulikianerne og bogomilene. En av hans siste handlinger var å offentlig brenne Basil, en av bogomilenes ledere, som han hadde hatt en teologisk krangel med. Alexios måtte også slå tilbake tallrike angrep på hans territorium fra seldsjukkene i 1110–1117, til tross for korstogets suksess.