Basert på opplysninger i historieverket til den samtidige Nikeforos Gregoras var Mikael født rundt 1288 (han var 56 år i 1344). Moren Eudokia tok ham med til Konstantinopel rundt 1297, etter at faren, keiser Johannes II var død og hans eldre bror Alexios II Megas Komnenos var innsatt som keiser. Noen år senere returnerte Eudokia til Trapezunt, mens Mikael ble igjen i Konstantinopel.