Noot ble født i 1909 i Elberfeld i Ruhr som sønn av en kjøpmann. Etter å ha fullført realgymnasium og handelsskole, startet han sin yrkeskarriere som lærling på en lokal tekstilfabrikk i 1926. I september 1930 ble han en kvalifisert tekstilingeniør. Samtidig som han fullførte sin utdannelse, meldte han seg inn i NSDAP og SS.