Etter ytterligere år med fruktbart arbeid i Estland, ble den katolske kirkes arbeid begrenset som et resultat av Hitler-Stalin-pakten, hvorved Sovjetunionen foretok en voldelig annektering av Estland den 17. juni 1940. Sovjetiske religionsregulerende lover trådte til slutt i kraft og ble håndhevet med administrative tvangsmidler. Den hellige stol vurderte faren for den apostoliske administrator Eduard Profittlich, som i mellomtiden var blitt ordinert til erkebiskop, som så høy at man den 14. januar 1941 utnevnte Henri Werling til apostolisk administrator for Estland for det tilfelle at den rettmessige overhyrde ikke lenger ville kunne utøve embede. Da denne situasjonen så inntraff med arrestasjonen av erkebiskopen den 27. juni 1941, overtok Henri Werling jurisdiksjon over den apostoliske administrasjon.