Når spilleren møter på en fiende, forandres kartet til «battle screen». Der er fienden på motsatt side av figurene. Kampsystemet i er det velkjente Active Time Battle-systemet som først ble introdusert i . Figurenes kommandoliste er i et vindu på motsatt side av ATB-måleren. Selv om alle figurene kan fysisk angripe fienden eller bruke gjenstander fra spillerens lager, har de også unike ferdigheter. For eksempel kan Zidane stjele gjenstander fra fienden, Eiko og Garnet kan tilkalle «eidolons» for å hjelpe gruppen og Vivi kan bruke svart magi for å skade motstanderne.