Etter examen artium 1948 ved Mandal gymnas og cand.med. fra Universitetet i Bergen 1954 ble det praksis, før han i 1958 startet som stipendiat ved Institutt for eksperimentell medisinsk forskning ved Ullevål sykehus. Med blant andre Fredrik Kiil forsket han på nyren og det ble dr.med. for avhandlingen i 1965. Han var professor i fysiologi ved Universitetet i Bergen fra 1970 til 1999, der han i lengre tid studerte interstitiell væske, noe som resulterte i en ny teknikk for implantering i muskel og Anders Jahres medisinske pris til Rolf Reed i 1993. Aukland var dessuten gjesteforsker ved sykehuset i Bethesda, og hadde i periodene 1981–1982 og 1989–1990 to gjesteopphold ved University of California.