Vekten av forlagets store produksjon førte til at hans konkurrenter i andre forlag med avtaler med kirkene ble forarget; de mistet deler av sitt klientell. Erkebiskopen av Paris, Georges Darboy (som senere ble skutt av kommunardene), forbød Migne å bedrive sine forretningsforetak. På grunn av hans angivelige militante ultrakatolisisme ble han også forbudt å feire messen.