Skagen rettet i 1990 et kritisk blikk mot miljøkonsekvensene av oppdrettsnæringen med artikkelen «Requiem for Salmo Salar». Skagen tok til orde mot bombingen av Serbia i et langt innlegg på Dagsrevyen. Han startet en debatt i Norge om steinerskolene med artikkelen «Slik dør Steinerskolen», trykket i tidsskriftet i 2003, hvor han mente steinerpedagogikken var i ferd med å forsvinne fra skolene. I 2009 kritiserte han i flere artikler Tore Rems biografi om Jens Bjørneboe, . I en artikkel i hevdet Skagen at Rem hadde feiltolket Bjørneboes forhold til antroposofien, og at han heller ikke hadde sett sammenhengen mellom Bjørneboes individualisme og samfunnsengasjement. Skagen har siden 2009 vært tilknyttet som kommentator.