Sangen, som er Harrisons mest kjente Beatles-bidrag ved siden av «Something», hadde sin opprinnelse i et samarbeid mellom Harrison og den nære kameraten Eric Clapton som resulterte i sangen «Badge» som ble spilt inn med Claptons daværende gruppe Cream. Det var sangens overgangsvers, «bridge», som dannet basisen for «Here Comes The Sun». Den endelige versjonen av sangen ble skrevet i Claptons hage da Harrison forsøkte å unngå Apple Records endeløse møter.