På samme tid som denne brødrefeiden pågikk, innviklet Erik seg i krig med Danmark og Lübeck, den såkalte nordiske syvårskrigen. Eriks estlandske politikk var en medvirkende årsak til denne utviklingen som i tillegg innebar danske planer om å gjeninnføre unionen. Erik deltok personlig i krigen ved flere tilfeller i årene 1563, 1564, 1565 og 1568, men uten større fremgang.