Vinteren 1869-69 ble forsvaret rundt Hakodates sørlige halvøy forsterket, med den nye festningen Goryōkaku som senter. Ōtori Keisuke ble øverstkommanderende for republikkens styrker, etterfulgt av franske Jules Brunet. Videre var troppene delt inn i fire brigader ledet av franske offiserer (Arthur Fortant, Jean Marlin, Cazeneuve og François Bouffier) og åtte halvbrigader ledet av japanske offiserer.