Johan Runius var sønn av Arvid Runius, prest i . I 1699 ble Runius uteksaminert fra gymnaset i Göteborg. Som avslutningstale leste han sitt dikt «Nimrods Skäckta Til Götheborgs Beröm», et av de første beskrivelsene av Göteborg med omegn, samt det første kjente skriftlige eksemplet på västgötadialekt. Han ble immatrikulert ved universitetet i Uppsala i år 1700, men måtte avbryte studiene på grunn av pengemangel. Fra 1703 arbeidet han som privatlærer hos ulike adelsfamilier, og fra 1707 til 1710 som sekretær hos generalguvernør Nils Stromberg i Reval. Han bodde i Stockholm og levde som fri dikter fra begynnelsen av 1713 til han døde av tuberkulose noen måneder senere, bare 34 år gammel.