Etter nederlaget til mongolene og armenerne under Möngke Temur i 1281 mot mamelukkene i det andre slaget ved Homs, ble en våpenhvile påtvunget Armenia av mamelukkene. Videre måtte armenerne signere en 10 års våpenhvile i 1285 etter en kraftig offensiv av Qalawun. Denne avtalen overførte mange armenske festninger til mamelukkene, forbød armenerne å gjenoppbygge sine defensive befestninger, påbød dem å betale en skatt på en million dirhamer og tvang dem til å handle med mamelukkene, og på denne måten omgå handelsblokaden innført av paven. Mamelukkene fortsatte derimot å raide Kilikia ved tallrike anledninger. Kilikia ble i 1292 invadert av Khalil, den mamelukkiske sultanen i Egypt, som hadde erobret restene av kongedømmet Jerusalem i Akko året før. Hromkla ble plyndret, noe som tvang den hellige stol til å flytte til Sis. Hetoum II ble tvunget til å oppgi Behesni, Marash og Tel Hamdoun til tyrkerne. Hetoum II var mer kirkens mann enn statsmann, men måtte stadig bidra i de politiske tumultene til Kilikia. Han abdiserte i 1293 til fordel for sin bror Thoros III og trakk seg for første gang tilbake til klosteret i Mamistra.