Allerede fra tidlig middelalder (fra det 9. århundret) oppsto det igjen en betydelig bosetning med en stor sognekirke som omtales første gang i 1094. Det er denne kirken som har gitt byen dens navn. Beskrivelsen «bei der niuwen kirchen» («ved den nye kirken») ble etter hvert til «Neuenkirchen» og endelig «Neunkirchen». Før Wiener Neustadt ble etablert var Neunkirchen regionens økonomiske og handelsmessige sentrum.