Selv om listen er ubrukelig uten den andre halvdelen av listen, besitter ambassaden en kraftig superdatamaskin som kan være i stand til å knekke koden for å åpne dokumentet. Når IMF-agent Robert Barnes forsvinner kort tid senere, sender Phelps inn Ethan Hunt for å finne listen, redde Candice Parker og oppdage hva som har skjedd med Robert Barnes. Etter å ha kommet seg gjennom et underjordisk lager og KGB-hovedkvarteret, oppdager Hunt at Barnes allerede er død. Fordi CIA mistenker at noen hjalp Ethan Hunt i Praha, blir han tatt inn til avhør ved CIA sitt hovedkvarter i Langley, hvor han blir anklaget for å være en dobbeltagent. Hunt blir derfor nødt til å stikke av, og finne den virkelige dobbeltagenten og renvaske seg selv.