I august 1995, etter den tyske gjenforeningen, startet rettssaken mot ham ved landretten i Berlin for medansvar for drapene på flyktninger ved den indretyske grensen. Kleiber ble dømt til tre års fengsel. Høyesterett bekreftet dommen i november 1999, og Kleiber påbegynte soningen 18. januar 2000 i Berlin. Etter at han hadde beklaget sin rolle i DDR-regimet ble han 6. september samme år, sammen med Günter Schabowski, benådet av Berlins regjerende borgermester Eberhard Diepgen (CDU) og løslatt fra fengselet.