Både under den etterfølgende treningen i Fort Polk i New York for tjenestegjøring i Irak, og også etter at hun ble overført dit, viste Manning en følelsesmessig ustabilitet. Som følge av den daværende -politikken, kunne hun ikke snakke åpent om disse, men gikk i terapi og personlig rådgivning, og det var en skepsis til å ha henne i Irak da hun kunne utgjøre en risiko mot seg selv og andre. Men samtidig var det mangel på folk med hennes kompetanse, slik at hun ble beholdt.