Spilleren skal kontrollere Samus Aran og undersøke huler på planeten Zebes, og jakte på pirater i verdensrommet. Karakteren begynner med en svak kraft-stråle som eneste våpen, og med kun evnen til å hoppe. Men etter hvert som spilleren utforsker forskjellige områder og samler power-ups får Samus Aran spesielle evner og kan forbedre rustningen og våpnene hennes, og kan komme seg inn i områder som ikke var tilgjengelige i begynnelsen av spillet. En power-ups er Morph Ball, som lar Samus krølle seg til en ball for å rulle inn i tunneler.