Etter at Alzheimers kone døde i 1901, flyttet Alzheimer til Heidelberg der han forsket videre under Emil Kraepelins ledelse. Da Kraepelin i 1904 ble professor ved den helt nye psykiatriske klinikken i München, tok han med seg Alzheimer dit som overlege. Under Alzheimers ledelse ble det nevropatologiske laboratoriet der et verdensledende forskningssentrum. Sammen med Alzheimer arbeidet slike berømtheter som Alfons Maria Jakob, Hans Gerhard Creutzfeldt og Frederic Lewy.