Han ankom Guatemala (den gang del av Ny Spania) i 1687. Han virket som prest blant indianerne i en rekke menigheter, som blant annet Chichicastenango, Rabinal og Zacapulas. Etterhvert lærte han seg mayaspråkene quiché, kakchikel og tzutuhil. I sin tid i Chichicastenango gjorde i året 1702 en gruppe lokale indianere ham oppmerksom på at det befant seg et bortgjemt eksemplar av den gamle mayareligionens hellige bok Popol Vuh var å finne under alteret i tempelet i Chichicastenango. Pater Ximénez fant boken, men han fulgte ikke koloniherrenes bestemmelse om at slike bøker skulle destrueres. I stedet oversatte han den til latin slik at den kunne bli mer alment kjent.