Hans spesialfelt var havrett og ressurs- og sikkerhetspolitikk i nordområdene, og denne ekspertisen bidro til at han fra 1979 til 1981 var statssekretær for fiskeriminister Eivind Bolle. I 1972 hadde han vært tilhenger av norsk medlemskap i EU (da EEC). Men etter medlemskapsforhandlingene forut for folkeavstemningen i 1994 byttet han side. Kristoffersen hadde vært klar på at han og ikke skulle ta standpunkt om ja eller nei til EU før begge sidene ble belyst. Fjorten dager før avstemningen kom han med sitt synspunkt i en helsiders kommentar hvor det kom fram at han var imot medlemskapet; han mente avtalen ikke sikret nordnorske fiskerinteresser godt nok. Hans lederartikkel som anbefalte folk å stemme nei 15. november 1994 ble sett på som av stor innflytelses.