I 2003 gav 20th Century Fox ut en samleboks for filmserien som også skulle inneholde nye versjoner av de fire filmene. Fox tok kontakt med Ridley Scott for å restaurere . De foreslo også å ta med flere av de bortklipte scenene. Fire minutter med bortklipt materiale ble brukt til nyversjonen, og Scott fjernet fem minutter fra andre scener for å fortgang i filmen. Versjonen ble omtrent ett minutt kortere enn kinoversjonen fra 1979. De fleste endringene var små, som for eksempel forbedring av lydeffektene. Scenen hvor Ripley støter på Dallas og Brett under flukten hennes fra «Nostromo» ble også lagt til. Den nye versjonen fikk en kinoutgivelse i oktober 2003, og ble markedsført som . I forbindelse med de nye versjonene ble det i tillegg laget en rekke nye kommentarspor og dokumentarfilmer. I ettertid har Scott sagt at han fremdeles foretrekker kinoversjonen fra 1979.