Da Shah Rukh døde i 1447 klarte Goharshad å få innsatt sin sønnesønn Ala al-Dawla som ny hersker i Herat. De følgende årene ble preget av innbyrdesstrider i Timuridriket, først og fremst mellom Ala al-Dawla, hans fetter Abu-Qasim Babur Mirza og onkelen Ulugh Beg. Etter hvert var det imidlertid Abu Sa'id Mirza (sønnesønn av Shah Rukhs bror Miran Shah) som klarte å samle riket. Den 19. juli 1457 ble Goharshad henrettet på ordre fra Abu Sa'id. Hun er gravlagt i Herat, ved madrassaen i Mosalla-komplekset.