Enkelte historiske pseudovitenskaper, som alkymi og astrologi, kan regnes som forløpere for nåværende vitenskaper. Disse fagene kan da først betegnes som pseudovitenskapelige når noen fastholder at disse er sanne på tross av at teoriene var erstattet med nye forklaringer som passer bedre til observasjonene. Alternativ behandling har også i stor grad manglende vitenskapelig grunnlag, og behandlingsformer som forklarer behandlingens virkning ved hjelp av forklaringer som er i strid med vitenskap betegnes som pseudovitenskap. Hvordan skillelinjen trekkes mellom vitenskap og pseudovitenskap har innvirkning på forståelsen av medisin og forståelsen av enkelte religiøse oppfatninger.