Naissaar er første gang nevnt på 1000-tallet i en krønike. Navnet betyr "Kvinneøya". Naissaar ble først bebodd på 1400-tallet eller tidligere. På grunn av sin uvanlig strategiske beliggenhet har øya vært åsted for en rekke sjømilitære slag, hvor befolkningen ofte ble evakuert. Dette skjedde både under den store nordiske krig (1700–21), første og andre verdenskrig. Midt på 1700-tallet hadde øya blitt nykolonisert av svenske utvandrere, og i 1858 bodde 188 mennesker på øya.