Hooper ble Dudleys kapellan, og etter å ha holdt en serie prekener for kongen under fasten ble han utnevnt til biskop av Gloucester. Dette skulle utløse gevantkontroversen, en strid som splittet engelske protestanter og varte langt inn i Elizabeth Is regjeringstid. I sine prekener for kongen og i andre sammenhenger hadde Hooper talt mot bruken av liturgiske klær og mot en ed som inneholdt en referanse til helgnene, og han nektet å la seg ordinere under de gjeldende rubrikkene. Thomas Cranmer, Nicholas Ridley, Martin Bucer og andre oppfordret ham til å innrette seg. Det kongelige råd satte ham i husarrest, og etterhvert ble han plassert i Fleet fengsel. Først etter noen uker der gikk han med på å la seg bispevie etter de foreskrevne ritualer, noe som skjedde 8. mars 1551.