Takket være et stipend fra erkebiskopen av Olmütz kunne Musil i 1887 begynne ved byens universitet. Der studerte han katolsk teologi, og fikk fortsette studiene i Det nære østen. Etter først å ha studert de religiøse forhold i 1600- og 1700-tallets Böhmen og Mähren, konsentrerte han seg senere om monoteismes grunnleggende problemstillinger innen jødedommen, kristendommen og islam.