I 2012 ble Halvorsen ny hovedtrener for Bodø/Glimt. I sin første sesong i Bodø/Glimt kapret han førsteplassen i Adeccoligaen uten å tape en eneste seriekamp og tok Glimt tilbake til Tippeligaen. I 2014-sesongen klarte han å redde Glimt fra nedrykk. Etter endt tredje sesong for Glimt fikk klubben 9.-plass i serien. Etter sesongslutt i 2015, bestemte Halvorsen seg for å trekke seg som trener i Glimt. Aasmund Bjørkan tok da over som førstelagstrener. På grunn av sin suksess i Glimt, fikk han kallenavnet Admiral Halvorsen av fanklubben Den Gule Horde.