Disse fraksjonene kjemper mot hverandre om ressurser, flere områder og Elex. Men de deler alle en felles fiende: Alpene. Tidligere geistlige som konsumerte Elex direkte i kroppen, noe som gjør dem veldig sterke på bekostning av deres egne følelser. De arbeider under kommando av Hybrid, et eldgammelt vesen som ønsker å samle all Elex på planeten for å oppnå en ny evolusjon for Alpene. Jax - hovedpersonen - er en kommandør for Alpene, blir sendt på et spesielt oppdrag. Men flyet hans blir snart skutt ned av en ukjent fiende, og krasjer over et fjell. Han er svak og alene på et ukjent sted.