Den 27. april 2012 ble Wilson plukket opp i tredje runde (#75) av draftet av Seattle Seahawks. Han var den sjette quarterbacken til å bli plukket opp det året. Seahawks fikk kritikk for sine picks i draftet, især med tanke på Wilson ettersom at laget nylig hadde signert free agent Matt Flynn. Wilson signerte en 4-årig kontrakt verdt $3,99 millioner med Seahawks 7. mai 2012.