Etter tilbakeslaget på Brunkeberg løste det kongelige partiet seg opp idet hans allierte rømte hovedstaden; blant dem hans svigermor, hans søstre og alle rådsherrene. Til slutt gjorde hans egne knekter mytteri, tok Jöran Persson til fange og sendte ham bort til hertugenes folk utenfor byen. Persson ble ført vekk fra Norreport til galgebakken på nedre del av Brunkebergsåsen der han 18. september 1568 ble lemlestet, radbrukket og halshogd. Deretter ble liket av kongens anklager satt på steile og hjul.