Disse tre gruppene utgjør utviklingstrinn (grader) i fiskenes historie mer enn egne greiner på stamtreet (klader), men er likevel den vanligste formen for inndeling man finner i litteratur som ikke er for fylogenetikere. Innenfor fylogenetikk har man gått bort ifra å sammenfatte fiskene i de over nevnte klassene, fordi hver av dem representerer en grad av utvikling: Kjeveløse fisker har gitt opphav til bruskfisker, som igjen har gitt opphav til beinfisker, som selv har gitt opphav til landlevende virveldyr. Inndelingen av fisker kan variere noe fra verk til verk, blant annet deler noen beinfiskene i to klasser, strålefinnefisker og kjøttfinnefisker, der i alle fall den første av dem representerer en monofyletisk gruppe, mens kjøttfinnefiskene har gitt opphav til panserpaddene i devon, og derved fortsatt er parafyletiske. Av samme grunn regner man ikke lenger fisker som sådan som noen egen gruppe i systematikken.