Fossemvatnet har tidligere vært anadromstrekning, men nå er oppgangen av fisk hindret av et kraftverk på Byafossen. Fossemvatnet har tidligere hatt en god bestand av ørret og røye. I dag er det bra med ørret, men bestanden av røye er utsatt på grunn av utsetting av krepsedyret . Mysisen har spredd seg ned fra Snåsavatnet. I tillegg er gjedde satt ut i vassdraget. Dette påvirker rekrutteringen av ørret. Siste arten som ble påvist i Fossemvatnet var sik. Hvordan dette påvirker vatnet er enda ukjent, men flere lovlige og ulovlige utsettinger har skapt en god del trøbbel for økologien i Fossemvatnet. Det er også registrer elvemusling i vassdraget. Både oppover i Forneselva og ved innløp fra Snåsavatnet ved Sunnan.