Ikke alle anerkjente langduskpingvin som en selvstendig art til å begynne med. Den er nært beslektet med klippehopperpingvin og ble splittet fra denne i 2006. Siden har den blitt akseptert som en egen art av flere, blant annet WoRMS og BirdLife International. Relevant nyere forskning antyder at det kan være 19 arter med pingviner, i det nominatformen av klippehopperpingvin og (østlig klippehopperpingvin) kan være distinkte nok til at de bør skilles i hver sin art.