Kota Kinabalu internasjonale lufthavn er Malaysias nest største, og er en av de viktigste innfallsporten til Øst-Malaysia, med avganger til nasjonale og internasjonale destinasjoner. Kota Kinabalu havn er landets tredje største med hensyn til fraktet godsmengde. I Sepanggar, nord for bysenteret, ligger en containerhavn, en marinebase og en oljeterminal.