Den 30. juni 2019, kort før hand formelle emeriitering, kritiserte Fratini den spanske regjerings planer om å ekshumere og flytte den spanske diktator Francisco Franco til et mindre prangende sted, og Pavestolens pressetjeneste skapte da avstand mellom Vatikanet og nuntien, og uttalte at Fratini uttrykte seg «i en personlig kapasitet» og «i anledning av sin definitive avreise fra Spania, ved slutten av sitt mandat». Den spanske regjering hadde kommet med en formell protest som karakteriserte Fratinis rkommentarer som en innblanding i spanske indre anliggender.