I sluttspillet har Jágr i alt åtte målgivende pasninger, den viktigste av disse var på Patrice Bergerons vinnermål i 2. overtidsperiode av kamp 3 i conference-finalen mot gamleklubben Pittsburgh Penguins. Da Jágr spilte i kamp 1 av Stanley Cup-finalen mot Chicago Blackhawks satte han ny rekord for lengste gap mellom deltakelse i en Stanley Cup-finale med 21 år, hvilket slo den tidligere rekorden på 19 år satt av Gary Roberts i 2008. Etter at Bruins tapte finalen til Chicago Blackhawks, uttalte klubben den 26. juni 2013 at de hadde ingen intensjoner om å signere Jágr for den kommende sesongen.