Niger blir kalt eller («stor elv») på manding, eller («stort vann») på igbo, («elvenes elv») på tuareg, («stor elv») på songhai, på hausa og på joruba. Opprinnelsen til navnet , som opprinnelig bare ble brukt om de midtre delene av elva, er uviss. Det mest sannsynlige er en endring, etter påvirkning av det latinske «svart», av tuareg-navnet , som brukes langs den midtre delene av elva, rundt Timbuktu. Timbuktu var det sørlige endepunktet for den viktigste transsahariske handelsruten til det vestlige middelhavsområdet, og var dermed også kilden til mesteparten av europeisk kunnskap om regionen på den tiden.