Fondane flyttet til Paris i 1923, der han ble kjent med Lev Sjestov, den eksistensialistiske filosofen, som skulle prege hans fremtidige liv. Fondane sluttet seg aldri til noen avangardebevegelse (med unntak av gruppen Discontinuité i 1928), og han hadde klare innvendinger mot surrealismen. Han kritiserte ofte forskjellige politiske dogmer. Hans litterære og filosofiske aktiviteter hjalp ham med å bygge nære relasjoner med en rekke andre intellektuelle. Samtidig hadde Fondane også en karriere som filmkritiker og manusforfatter for Paramount Pictures. I 1931 giftet han seg med Geneviève Tissier, som var utdannet jurist og bortfalt katolikk. I 1933, etter etablering av en naziregimet i Tyskland, ble Fondane aktiv innenfor anti-fascismen. Fondane ble fransk statsborger i 1938, ble innkalt til militærtjeneste i 1940, men ble tatt til fange av tyskerne i juni 1940 ettersom han var jøde, like før Frankrike ble okkupert, og ble satt inn i en tysk-kontrollert leir i Frankrike som krigsfange. Fondane klarte å rømme, men ble tatt igjen i løpet av kort tid. Han ble senere sluppet fri og tilbrakte resten av okkupasjonen på hemmelig adresse. Han ble til slutt fanget sammen med søsteren Lina i mars 1944 og overlevert til nazimyndighetene i Tyskland, hvorfra han ble deportert til Auschwitz-Birkenau. Fondane ble sendt til gasskammeret kort tid etter ankomst til fangeleiren. Hans poetiske arbeider ble gjenoppdaget i andre halvdel av det 20. århundre, da tekstene hans ble gjenstand for akademisk forskning og offentlig nysgjerrighet i Frankrike og Romania. I Romania utløste denne vekkelsen av interesse også en kontrovers om opphavsrett.