Cruiseskip forårsaker spesielle forurensningsproblemer både på grunn av eksosutslipp og utfordringer med avfallshåndtering fra opptil flere tusen passasjerer. Det har blitt oppdaget at cruiseskip har dumpet søppel, drivstoff og urenset kloakk i havet. For å rense røykgassen fra fremdriftsmaskineriet brukes skrubbere, men deretter kan forurensningene, som vesentlig består av svovelforbindelser, dumpes ut i havet. Andre og renere drivstofftyper som flytende naturgass vil redusere disse problemet, men koster mer. Imidlertid har flytende naturgass ulempen ved at den potente klimagassen metan kan slippes ut ved lekasjer.