Elton var utdannet ved Liverpool College og University of Oxford, hvor han ble uteksaminert i zoologi i 1922. Han var da den tredje som avla en eksamen innenfor feltet, og den første med et forskningsprosjekt i faget. Han hadde senere hele sin akademiske karriere innenfor det nye feltet. I løpet av sine studier ved Oxford laget han nye konsepter innenfor dyreøkologi. Hans mål var å få endret naturhistorie i retning av økologi. For å få dette til anvendte han vitenskapelige metoder for å studere livet til dyr i deres naturlige habitat, og deres interaksjoner med omgivelsene.