Beatrice Cenci nedstammet fra en gammel romersk adelsslekt som hadde spilt en betydelig rolle i middelalderen. Hennes bestefar Cristoforo Cenci (død 1562) hadde vært generalskattmester for Det apostoliske kammer og hadde utnyttet sin stilling i det pavelige finansvesen til å legge seg opp en personlig kjempeformue. Kort tid før sin død giftet han seg med sin maitresse Beatrice Arias som han hadde fått sønnen Francesco (1549–1598) med.