Styret fører tilsyn med aktiviteten på ATHEX. Styret består av 13 medlemmer som velges av generalforsamlingen for en 4-årsperiode. Det nåværende styret ble valgt på den 14. årlige generalforsamlingen 20. mai 2015. Styreleder er George Handjinicolaou. Sokrates Lazaridis er administrerende direktør.