Høybråten var lokalpolitisk aktiv i Oslo fra 1963, og medlem av Oslo bystyre fra 1967 til 1987. Han var varaordfører og kommunalråd fra 1975 til 1983, og medlem i Oslo formannskap 1983–1987. Han var også i en periode fylkesleder for sitt parti i Oslo. Høybråten var også politisk aktiv på nasjonalt nivå. Han var leder av KrFU fra 1963 til 1966 og nestformann i KrFs landsstyre fra 1967–1969. Han var første vararepresentant for Oslo i perioden 1973–1977 og statssekretær i Sosialdepartementet 1968–1971 og på Statsministerens kontor 1972–1973.