Ved det delvis frie valget til kongressen i 1989 vant Sąjūdis en overveldende seier. Parlamentet fordømte i 1989 innlemmelsen av Litauen i Sovjetunionen og uttalte at det var ulovlig. Dette inspirerte Den baltiske vei der over 1 million mennesker dannet en kjede mellom Tallinn og Vilnius. Ved valget til øverste sovjet for Litauen fikk kommunistpartiet 23 av 141 plasser. Det første uavhengige valget til ny nasjonalforsamling fant sted 24. februar 1990, etter femti år med fremmed styre. I mars 1990 erklærte Det øverste sovjet enstemmig Litauen som uavhenig og vedtok en midlertidig grunnlov. I parlamentet stemte 124 for, ingen stemte mot og 6 avsto fra å stemme. Før avstemningen ble professor Vytautas Landsbergis valgt til president. Kazimiera Prunskiene ble statsminister. Regjeringen i Moskva godtok ikke uavhengighetserklæringen og forsøkte å hindre løsrivelsen ved å innføre en økonomisk blokade.