AUFs sentralstyre fortsatte sin virksomhet under ledelse av Gunnar Sand i eksil i Sverige, og la i okkupasjonsårene opp til løpende drift i et konstituert sentralstyre nedsatt i Sverige. Det første ordinære sentralstyremøtet etter freden ble avholdt allerede 8. mai 1945. Etter krigen var slutt, trakk Sand seg tilbake, og Trygve Bratteli som nettopp var kommet hjem fra konsentrasjonsleiren Sachsenhausen overtok som organisasjonens leder. De fleste aktive AUF-tillitsvalgte var i løpet av krigen blitt arrestert, og mange ble sendt i konsentrasjonsleirer. Mange kom heller ikke tilbake. Av kjente personer med bakgrunn i AUF, satt både Einar Gerhardsen og Trygve Bratteli lenge i tysk fangenskap. Tidligere AUF-nestleder Per Lie, som forøvrig var bror av senere partisekretær Haakon Lie, var blant AUFerne som mistet livet i tysk fangenskap. Lie døde 5. mars 1945 i konsentrasjonsleiren Dachau.