Mennesker med schizoaffektiv lidelse er trolig utsatt for komorbide tilstander, i tillegg til angstlidelser og rusmisbruk. Sosiale problemer som arbeidsledighet over lengre tid, fattigdom og hjemløshet, er vanlig. Gjennomsnittlig levealder for personer med lidelsen er kortere enn personer uten, på grunn av økte fysiske helseproblemer og en høyere selvmordsfrekvens.