Fahlis ble deretter beordret til Oslo og under angrepet på Norge i 1940 kom han med den første polititroppen, og ledet da Sipos Einsatzkommando 1 i Oslo. Senere overtok han Stahleckers stilling i november 1940, og ble da den øverste politisjefen i Norge (Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD, – ). De eksakte kommandolinjene er noe uklare, han var egentlig underlagt Reinhard Heydrich (senere Ernst Kaltenbrunner) i Berlin, mens han lokalt i Norge også var underlagt reichskommissar Josef Terboven og general Wilhelm Rediess.