Noen kirkesamfunn lar seg ikke innordne i verken katolsk, ortodoks eller protestantisk. Dette gjelder spesielt kirkesamfunn i Midtøsten og Øst-Afrika, som er av meget gammel opprinnelse, men som av enten politiske eller teologiske årsaker har blitt isolert fra den øvrige kristenhet og ivaretatt tradisjoner som er distinkt forskjellige. Flere av disse kirkene er i dag ganske små og isolerte enklaver i overveiende muslimske områder, mens derimot den armenske apostoliske kirke, den koptiske kirke i Egypt og den abbysinske kirke i Etiopia (som er navnet på den koptiske kirke i Etiopia) omfatter mange millioner medlemmer.