Josquins produktive periode var uvanlig lang, kanskje opp mot 60 år, og det er bevart mer musikk av ham enn av noen annen av periodens komponister – med et mulig unntak for Heinrich Isaac. Josquins omfatter nitten fullstendig messer, noen ordinariumsatser, om lag 90 motetter, 70 verdslige verk og noen enkeltstående instrumentalkomposisjoner. Av de rundt 60 fem- og seksstemmige motettene som er overlevert under Josquins navn, regnes i dag bare 15 som autentiske, resten er enten tvilsomme eller uekte, blant de firstemte verkene er 38 autentiske, mot 60 med tvilsom eller avkreftet autentisitet.