I Bessarabia og nordre Bukovina ble massakrert i juli og august 1941, samtidig ble eiendommer plyndret. De overlevende ble deportert til Transnistria i september og oktober og måtte gå dit til fots. I Transnistria ble jødene massakrert av SS-styrker, rumenske soldater, rumensk politi og lokale kollaboratører fra ukrainsk politi og frivillige etnisk tyske. I alt var tapstallene i Transnistria (årene 1941-1944) der omkring var jøder som bodde der fra før. Holocaust i Bessarabia og Bukovina ble i hovedsak utført av det rumenske regimet. Jødene i det rumenske kjerneområdet ble terrorisert, men ikke forsøkt utryddet. Omkring jøder ble drept i forskjellige massakrere i det rumenske kjerneområdet. Jødene i Transilvania delte skjebne med jødene i Ungarn der omkring tre fjerdedeler ble drept i krigens siste år.