Carlsen spilte i Bilbao i september. Innledningsvis vant han først med svart mot Aronjan og spilte så remis mot Ivantsjuk, mens han tapte mot Topalov. I fjerde runde, den 5. september 2008, slo han Rəcəbov, samtidig som verdensener Anand tapte mot Topalov. Dette resulterte i at Carlsen gikk helt til topps på den løpende ratinglisten over verdens beste sjakkspillere. Han endte på en annenplass med 13 av totalt oppnåelige 30 poeng, etter vinneren Topalov, med 17 poeng.