Under andre verdenskrig var Ruhnu, sammen med resten av Estland, først okkupert av Sovjetunionen (1940–1941) og deretter Tyskland (1941–1944). I november 1943 flyttet ei gruppe på 75 innbyggere fra øya til Sverige. I august 1944, kort tid før Sovjetunionen igjen okkuperte øya, flyktet nesten hele den gjenværende befolkningen på øya til Sverige. Bare to familier ble igjen på Ruhnu. Under perioden med sovjetisk okkupasjon etter 1944 ble Ruhnu befolket av sivile estlendere. Øya hadde også en liten sovjetisk militær garnison. Antallet beboere oversteg aldri 400, og etter en storm på 1970-tallet flyttet det meste av befolkningen fra øya. Etter at Estland igjen ble selvstendig i 1991 ble eiendommer og bygninger på øya tilbakeført til de opprinnelige eierne fra før den sovjetiske okkupasjonen, eller til deres etterkommere. De fleste av disse var bosatt i Sverige. De fleste av dem valgte å ikke flytte til Ruhnu, men besøker likevel av og til øya deres forfedre bodde på.