Vannkvaliteten i elven har også øket etter at man bygget renseanlegg for kloakk. Tallet på bakterier er derimot fremdeles relativt høyt. Sammen med andre byer og bosetninger langs Isar har man sett seg et mål om at bakterienivået i elven skal reduseres så meget at det skal være mulig å bade i elven. Om man klarer dette, vil München være en av få storbyer i Europa med slike muligheter. Selv om kloakkrenseanleggene fører til at bakterienivået blir sterkt nedsatt, renner det likevel mye forurenset vann ut i elven i forbindelse med kraftig nedbør.