Etter andre verdenskrig var Pantenburg medlem og vitenskapelig medarbeider ved arkivet for polarforskning i Kiel, hvor han regelmessig publiserte mellom 1951 og 1971. Han var også medlem av American Polar Society og Canadian Arctic Circle og satt i styret for den tysk-islandske foreningen. Hans omfattende bildegalleri med mange tusen negativer overlevde krigen uskadd, noe fagbladet Fotospiegel rapporterte med en viss forundring i 1948. Pantenburg fortsatte å opptre i radio og var kjent som radio- og fjernsynsforfatter. Som sakprosaforfatter forble han aktiv og holdt en rekke foredrag og bokpresentasjoner i mange byer i Vest-Tyskland og Østerrike. Han hadde et av de største bibliotekene om polarvitenskap i Vest-Tyskland.