I løpet av en aksjon for å arrestere et kriminelt romvesen ved navn Mikey nær grensen mellom USA og Mexico av agentene K og D, bestemmer sistnevnte seg for at han er alt for gammel for jobben sin. Han får agent K til å utradere hukommelsen hans, slik at D kan pensjonere seg fra MIB. I mellomtiden forfølger NYPD-betjent James Darrell Edwards III (spilt av Will Smith) en unaturlig rask og smidig mistenkt inn i Solomon R. Guggenheim Museum. K intervjuer James om hans mæte med romvesenet, utraderer deretter hukommelsen hans, og legger igjen et visittkort med en adresse. Edwards reiser til adressen og gjennomgår en rekke undersøkelser som han finner uortodokse løsninger for. Alle de andre kandidatene får utradert hukommelsen deres, men agent K tilbyr Edwards en fast stilling i MIB. Edwards aksepterer, og hans identitet og tidligere sivile liv blir slettet, når han blir utnevnt til Agent J.