Juli 1726 ble Johann Ludwig elev ved Thomasskolen i Leipzig. I ni år var han venn, privatelev og notekopist hos skolens kantor, Johann Sebastian Bach. Ulike kilder bekrefter at Krebs var en førsteklasses organist, i tillegg spilte han lutt, cembalo og fiolin. Fra 1730 sang han også i koret. Krebs avsluttet Thomasskolen i 1735 og fikk et meget godt vitnemål av Bach. Deretter studerte Krebs filosofi i to år ved Universitetet i Leipzig.