I sommerferien samme år måtte hun gjøre arbeidstjeneste ved jernverket i Ulm. De fleste der var kvinnelige, russiske slavearbeidere som måtte jobbe sytti timer i uken (tyskerne slapp med sekstitimersuke), bodde i brakker bak piggtrådgjerde ved siden av fabrikken, og knapt overlevde på sin rasjon av suppe. Sophie stakk til dem litt brød og prøvde seg med russiske fraser hun hadde lært. På samme tid satt faren hennes i fengsel fordi han hadde sagt at Hitler var «en svøpe for menneskeheten» – og ble overhørt av sin sekretær, som angav ham til Gestapo. Dette var et sjokk for Scholl-familien, som hadde ansett kvinnen som en venn. Han ble umiddelbart hentet til avhør, men satt fri igjen en tid fordi hans konsulentfirma da var involvert i et større prosjekt for Ulm kommunes økonomiavdeling. Familien fikk lov å sende ham et brev hver 14. dag, og han kunne svare en gang i måneden. Noen kvelder gikk Sophie ut til fengselet og stilte seg så tett inntil hun torde, og spilte så på fløyten sin (i norsk oversettelse heter den ), skrevet under revolusjonen i 1848.