Sverre kom til å styre Norge fram til 1202, men kunne ikke opprettholde lange fredsperioder. Kirken, som var alliert med kong Magnus og Erling Skakke, forble i opposisjon til Sverre gjennom hele hans kongeperiode. I 1190 flyktet erkebiskop Eirik Ivarsson fra landet og i 1194 mottok han pave Celestin IIIs støtte til å bannlyse Sverre. Eirik beordret så Norges gjenværende biskoper til å følge ham i eksil i Danmark, noe de også gjorde. Sverres saga forteller at kongen senere ble løst fra bannlysningen igjennom et pavebrev, men brevet viste seg å være falskt. Dette går fram av et brev der Celestins etterfølger, pave Innocens III, også befalte de norske biskopene å lyse interdikt over kongen og de landsdelene som støttet ham. Sverre forble således i bann fram til sin dødsdag.