Jugoslavia og Hellas ble okkupert av tyske og italienske styrker. De tyske styrkene begynte umiddelbart å forfølge jødene, mens de italienske styrkene nektet å samarbeide. Offiserer i Wehrmacht forsøkte å legge press på sine italienske partnere for å stoppe flukten av jøder fra områder okkupert av tyskerne, men italienerne nektet. General Alexander Löhr reagerte med forakt og beskrev italienerne som svake. Han skrev et rasende brev til Hitler hvor det blant annet sto at «implementeringen av Kroatias regjerings lover angående jøder blir så undergravd av italienske ansvarlige at i kystområdet, særlig i Mostar, Dubrovnik og Crivenika, har en rekke jøder blitt beskyttet av italienske militære, og andre jøder har blitt fulgt over grensen til italiensk Dalmatia og selve Italia». Wehrmacht myrdet jøder i tyskokkupert Serbia fra midten av 1941. Disse utryddelsene ble utført selvstendig, uten at SS var involvert.