Ved presidentvalget i 2013 stilte Kenyatta mot sittende statsminister Raila Odinga. Han representerte partiet The National Alliance, en del av Jubilee Alliance, som støttet hans kandidatur. Kenyatta fikk 50,07 % av stemmene og ble erklært som vinner av valget. Etter at Odinga klaget på gjennomføringen av valget, bekreftet Kenyas høyesterett 30. mars 2013 valgresultatet med Kenyatta som vinner. Han ble innsatt i presidentembetet 9. april 2013. Han ble gjenvalgt i 2017.