I årene 1665 til 1667 virket Cesti som kapellmester ved keiser Leopold I av Det tysk-romerske rikes hoff i Wien. I anledning keiserens bryllupsfest komponerte Cesti sin kanskje mest kjente opera, («Det gyldne eplet»). Til slutt vendte han tilbake til Italia hvor han arbeidet for erkehertugen i Firenze. I Siena ledet han operaoppføringer, også i Venezia aksepterte han oppdrag. Cesti var ved siden av Francesco Cavalli sin tids mest betydelige operakomponist.