Som en talsmann for demokratiske reformer og tsjekkisk selvstyre innenfor Østerrike-Ungarn ble Masaryk valgt to ganger til (det østerrikske parlamentet), første gangen fra 1891 til 1893 i Det unge tsjekkiske partiet, og på nytt fra 1907 til 1914 for Tsjekkisk realistpartiet. Med utbruddet av den første verdenskrig begynte Masaryk igjen å arbeide for tsjekkisk uavhengighet i union med Slovakia.