Den første kirken i området ble bygd på øyen Herøy i tidlig middelalder. Dette var en liten steinkirke som var hovedkirke for hele ytre Sunnmøre. Kirken ble revet i 1859, og erstattet av en trekirke. I 1916 ble sognet delt, og kirken ble revet. Herøy hovedkirke ble så bygd i Skaret i Fosnavåg, mens Indre Herøy kirke ble bygd i Stoksund. Herøy hovedkirke brant ned natt til andre juledag 1998. Mange kunstverk fra middelalderen gikk tapt i brannen.