Flagget skal ha blitt til under inspirasjon av runebommen og diktet «Paiven parneh» («Beaivvi bártnit») av sørsamen Anders Fjellner (1795–1876). Flagget ble formgitt av den samiske kunstneren Astrid Båhl fra Skibotn i Troms og offisielt godkjent i 1986, på den 13. nordiske samekonferansen i Åre i Sverige. Flagget er basert på et sameflagg som allerede var i bruk siden 1977 på landsbasis (lansert av Synnøve Persen) og lokalt i Karasjok siden 1962 (Marit Stueng).