I det 16.århundret inntok usbekerene Balkh. Mogulen Shah Jahan kjempet nytteløst i mot dem i flere år i 1640-årene. Aurangzeb hadde sitt styre i byen i flere år i sin ungdom. I 1736 erobret Nadir Shah byen. Under Durrani-dynastiet falt den i hendene på pashtoene, den ble erobret av Shah Murad av Kunduz i 1820, og for en tid var den undersått av khanen av Bukhara. I 1850 erobret Mohammed Akram Khan Balkh, og fra den tiden forble den under afghansk styre.