Til erstatning for det nedbrente slottet ble det oppført et nytt tegnet av arkitekt C.F. Hansen i årene 1803–1828, det andre Christiansborg i nyklassisisme. Frederik VI og resten av kongefamilien hadde vært midlertidig innlosjert på Amalienborg og valgte å ikke flytte tilbake til Christiansborg. Kongehuset har allikevel bevart sin gamle tilknytning til Slotsholmen og benytter fortsatt Christiansborg slott ved offisielle arrangementer. Også slottskirken og de kongelige stallene brukes av kongehuset.