De tre forskingsskipene FF «G.O. Sars», som tilhører Havforskningsinstituttet og Universitetet i Bergen, er oppkalt etter han Ved 100-årsjubileet til Florø by i 1960 ble det avduket en dobbelbyste av Ernst og broren G.O. Sars. Den står nå i parken ved Flora samfunnshus. Sars' gate i Oslo er ikke oppkalt etter G.O. Sars, men etter hans far, Michael Sars. En minneplate over G.O. Sars ble avduket i Skrova 29. mars 1966. Et frimerke til hans minne ble gitt ut i 1970.