I andre kvalifiseringsrunde deltok de fire vinnerne fra første kvalifiseringsrunde sammen med 29 seriemestere fra de nasjonale ligaene som er rangert fra 17-46 (unntatt Liechtenstein). Dette utgjorde totalt 34 lag, og de 17 vinnerne over to kamper avanserte til tredje kvalifiseringsrunde. De første kampene ble spilt 12.-13. juli 2016, mens returoppgjørene ble spilt 19.-20. juli 2016.