Fra 1885 til 1892 bodde og arbeidet Böcklin i Hottingen i Zürich. Etter et hjerneslag i 1892 bosatte han seg ​​i Firenze, og flyttet senere til sin eiendom i Fiesole. Böcklin døde i San Domenico og ble gravlagt på den protestantiske kirkegården, , i Firenze.