Pulitzers navn er i ettertiden mest kjent for Pulitzerprisen (i tjue kategorier) etablert i 1917 som et resultat av hans legater til Columbia University. Prisene deles ut årlig for å anerkjenne og belønne fortreffelighet innen amerikansk journalistikk, fotografi, litteratur, historie, poesi, musikk og drama. Pulitzer grunnla Columbia School of Journalism ved sin filantropiske legat; det åpnet i 1912.