Siden 2002 var Knudsen litt inn og ut av Brann-laget, men han fikk likevel med seg de fleste kampene. Han ble også i stadig større grad blitt flyttet rundt på laget. Da Brann vant cupfinalen i 2004 ble Knudsen kåret til en av banens beste spillere. I januar 2007 ble han kjøpt opp av Tromsø, som hadde lyst til å satse på Knudsen. Etter 2009-sesongen forlenget Tromsø imidlertid ikke kontrakten med Knudsen.