Godset eies og drives av prins Joachim av Danmark. Godset er i dag en moderne landbruks- og skogbruksbedrift. I 1993 ble Schackenborg og de tilhørende avlsgårdene og jordene overtatt av prins Joachim, som har gjennomgått en dansk og internasjonal landbruksfaglig utdannelse. Prins Joachim og hans daværende hustru prinsesse Alexandra bosatte seg i 1995 på Schackenborg, og i forbindelse med deres bryllup ble det satt i gang en landsinnsamling under navnet Folkegaven. Det innsamlede beløpet på 13 millioner kroner ble og blir fortsatt løpende brukt til restaurering av slottet.