I tidlig kristen tid på 300-400-tallet f.Kr. var det igjen en liten tilgang på ny bosetning, bevitnet av åtte tidlige kristne basilikaer og nevnt som et bispested, men øya tapte helt i betydning og ble helt forlatt på 600-tallet. Ved Kynthos hvor den eldste helligdommen til Apollon sto, finnes det rester av en borg som ble bygget av antikke levninger av frankere i middelalderen. Den ubebodde øya var også et piratleir i mange århundrer.