Eberhart Jensen begynte å studere realfag ved Universitetet i Oslo i 1942, men studiene ble avbrutt da universitet ble stengt i 1943, og Eberhart Jensen var blant studentene som ble sendt til konsentrasjonsleirer i Tyskland. Han ble cand.real. med hovedfag astronomi i 1949 (hans veileder var Svein Rosseland) og var deretter doktorgradsstudent ved University of Chicago med Subramanyan Chandrasekhar som veileder. Han fikk graden Ph.D. der i 1953. Han var universitetslektor ved Institutt for teoretisk astrofysikk, Universitetet i Oslo fra 1959, dosent fra 1961 og ble utnevnt til professor i astronomi 1965.