Johan var sønn av Gustav Vasa og Margareta Eriksdotter Leijonhufvud. Han giftet seg 4. oktober 1562 med Katarina Jagellonica (1526–1583) og 21. februar 1585 med Gunilla Johansdotter (1568–1597). Johan ble kronet i Uppsala 10. juli 1569. Valgspråk: («Gud vår beskytter»).