Safavidene, et persisk dynasti av kurdisk opprinnelse, hadde samtidig etablert seg i det som i dag er Iran og omliggende områder. Shah Ismail I hadde et sterk ønske om selv å ta kontroll over timuridenes områder og han, som ønsket å framstå som religiøs leder for den sjiaislamske tro, ønsket å gå mot sunnimuslimen Shaibani. Ismail I invaderte Khorasan og drepte Shaibani utenfor byen Merv i 1510. Khorasan og Khwarazm ble erobret av safavidene og Samarkand ble midlertidig erobret av Babur i 1512. Han klarte imidlertid ikke å holde byen over tid, og usbekerne gjenvant snart kontrollen. Khwarazm forble uavhengig og kom til å bli sete for Khiva-khanatet. Det ble styrt av Arabshaidene, en annen gren av Shaibani-dynastiet. Khwarazm ble midlertidig erobret av Ubaydullah Khan i 1533, men ble selvstendig igjen i 1539.