Magneto omorganiserer senere brorskapet, og kjemper mot professor X og hans medhjelpere. Ved å benytteen eldgammel og avansert romvesen-teknologi han oppdaget i nærheten av jordens kjerne, lager Magneto den kunstige humanoiden "Alpha the Ultimate Mutant" som gjør opprør mot sin skaper - og reduserer ham til et spedbarn. Magneto blir deretter plassert i omsorgen for Xaviers tidligere kjærlighetsinteresse, professor Moira MacTaggert på Muir Island. På Muir Island oppdager MacTaggert at den langvarige og omfattende bruken av Magnetos mutante krefter har en forstyrrende effekt på både nervesystemet og psyken hans. Dette får ham til å bli stadig mer paranoid og irrasjonell, desto mer han bruker disse kreftene.