Navnet Ifakara er satt sammen av to Ndamba-ord: ufa og kara som betyr «land som er ødelagt» eller «land som er totalt dødt». Det fikk navn under Lipangalalas invasjon i 1860-årene da Ndamba ble drevet vekk fra Kilombero-elven. Mens de var på vei tilbake fikk de vite av folk de møtte at i dalen hadde ting falt fra hverandre på grunn av invasjonen. Senere, i kolonitiden, kunne ikke europeerne uttale det riktig, derfor «Ifakara» i stedet for «ufakara».