Mellom 29. september 1934 og 22. september 1936 var Ciliax operasjonssjef for den tyske flåten. Han var skipssjef på lommeslagskipet «Admiral Scheer» ifra 22. september 1936 til 31. oktober 1938 og på slagkrysseren Scharnhorst fra 7. januar 1939 til 23. september 1939. Da ble han, som kontreadmiral, stabssjef for Marinegruppenkommando West fram til mars 1941. Fra den 21. september 1941 til 21. oktober 1941 hadde Ciliax en kort karriere som sjef for den baltiske flåten.