Rapporten ble offentliggjort i en periode hvor statsminister Jan Smuts' popularitet var lav og hans motstandere hadde vind i seilene. Opposisjonspartiet Nasjonalistpartiet satte derfor ned en ny kommisjon, kalt Sauerkommisjonen. Dens anbefalinger var nøyaktig motsatt av Fagankommisjonen, at raseskille skulle fortsette og innføres på alle nivå i samfunnet. Fremveksten av etterkrigstidens Apartheid kan tilskrives Sauerkommisjonen.