Hva som hva faktisk verre, var hans konstante diskriminering av de sentrale og nordlige regioner av Tsjad hvor administratorene i sør kom til å bli oppfattet som arrogante og inkompetente. Denne krenkelse eksploderte til sist i et opprør mot skattleggingene den 1. november 1965 i prefekturet Guéra og medførte 500 drepte. Året etter ble det i Sudan opprettet den Tsjads nasjonal frigjøringsfront (FROLINAT), opprettet for militært å velte Tombalbaye og dominansen i sør. Det ble begynnelsen på en blodig borgerkrig.