Miltiades overbeviste athenerne om å føre et felttog til Kykladene for å sikre sin grense. Han lyktes ikke i felttoget og ble ført såret tilbake. Han ble stilt for retten, funnet skyldig og dømt til døden. Dommen ble senere omgjort til bot, men han døde av sitt sår før hans dom ble gjennomført og gravlagt med ære. Ostrakisme ble for første gang utøvd i 488 f.Kr., noe som førte til at politikere som talte for å bøye seg for Persia og noen av deres fiender, ble sendt i eksil. Dermed ble et nytt politisk lederskap dannet i Athen, med Themistokles som leder av Det demokratiske partiet og Aristeides som leder av det aristokratiske partiet. På denne tiden gikk Athen til krig mot Egina. Den eginske flåtens evne til å gå i land uten motstand og raide, hvor som helst i Attika, førte til offentlig frustrasjon. Themistokles brukte denne frustrasjonen til å overbevise sine medborgere om å bruke profitten fra sølvgruvene i Lavrion til å bygge en flåte som han tenkte å bruke mot perserne. Det ble slått alarm i Hellas etter at de persiske forberedelsene til en ny invasjon hadde kommet langt på vei, med byggingen av broene ved Hellespont og kanalen ved Athos.