Størstedelen av fjorden er i dag i Sortland kommune. Denne indre delen ble overført fra Hadsel til Sortland i 1963. Den ytre østre delen hører fremdeles til Hadsel kommune. Den ytre vestre delen av fjorden tilhører Bø kommune. Botnen av Bjørndalsfjorden, aller innerst i den vestre delen av Eidsfjorden, tilhører Øksnes kommune.