Ettersom kanalen mangler sluser, flyter vannet fritt fra Middelhavet og Rødehavet til disse sjøene og erstatter vann som forsvinner gjennom fordampning. Bittersjøene fungerer dermed som en slags buffer som begrenser tidevannets virkninger i kanalen. Faktisk var Bittersjøene opprinnelig en bukt fra Rødehavet, men den tørket litt etter litt inn til en depresjon på 10 m under havet. I 1869 ble Suezkanalen ført gjennom Bittersjøene.