Yonai forble marineminister under kabinettet til statsminister og prins Naruhiko Higashikuni og senere under statsminister Kijūrō Shidehara fra august 1945, hvor han ledet den endelige oppløsningen av den keiserlige japanske marinen. Yonai led av et høyt blodtrykk mesteparten av livet, men han døde av lungebetennelse i 1948 i en alder av 68 år. Hans grav ligger i hjembyen Morioka. Hans æresbevisninger inkluderer Order of the Golden Kite av første klasse og utmerkelsen Den oppadstigende sols orden.