Fra juni til desember 1992 var han kommissarisk statsminister i Russland. Gajdar ble i den russiske offentlighet ansett som medansvarlig for rubelkrisen i 1991 og 1992. Da tapte den russiske pengeenheten grunnet en rasende inflasjon massivs av sin verdi, med store konsekvenser for privatkunder med penger i banken. Gajdar hadda da for eksempel forsøkt å finne inndekning ved hjelp av markedsreformer for statens pensjonsfordringer som var blitt opparbeidet siden sovjettiden. I løpet av 1994 forlot han regjeringen Jeltsin. Kritikk og diskusjoner rundt klokskapen i det som gikk inn i historie som hans sjokkterapi (шоковая терапия) skulle forfølge ham til hans siste dager.