Mellom 1941 og 1943 var han sjef for den sovjetiske isbryterflåten i Kvitsjøen samt sjef for de glasiologiske tjenestene. I 1944 og 1945 var han kaptein på handelsskipet «Clara Zetkin», som trafikkerte ruten Vladivostok-Seattle. Etter slutten av andre verdenskrig ble Badigin bedt om å om å bli avløst fra aktiv tjeneste av helsemessige årsaker. Da ble han forfatter og skrev tre selvbiografiske verk så vel som historiske romaner. Han fortsatte å skrive til sin død i 1984.