Miller scoret sitt første mål for Manchester United den 26. oktober 2004 mot Crewe Alexandra FC. Men etter en lovende start for «Red Devils» ble han sjeldnere og sjeldnere å finne på Uniteds førstelag når 2004-05-sesongen nærmet seg slutten. Den 4. november 2005 ble han lånt ut til Leeds United FC i tre måneder. Dette lånet ble senere forlenget til å gjelde ut 2005-06-sesongen.