Pave Pius IX utnevnte ham den 23. januar 1855 til den første biskop av bispedømmet Portland, som var blitt opprettet halvannet år tidligere. Erkebiskopen av New York, John Joseph Hughes, ordinerte ham til biskop den 22. april samme år i New Yorks ; medkonsekratorer var biskopen av Boston, John Bernard Fitzpatrick, og biskopen av Brooklyn, John Loughlin. Innsettelsen i i Portland, som ble elevert til prokatedral, fant sted den 31. mai samme år..