Vitenskapelig ansatte ved universiteter, høyskoler og forskningsinstitusjoner kan nominere kandidater til Holbergprisen. Det er ikke mulig å nominere seg selv. Nominasjonsfristen er 15. juni hvert år. Holbergprisens fagkomité velger først ut en kortliste basert på de innkomne nominasjonene. Det blir deretter hentet inn uavhengige vurderinger av aktuelle kandidater, som danner grunnlaget for Holbergkomitéens videre arbeid. Styret i Holbergprisen velger prisvinner etter innstilling fra Holbergkomitéen.