Elisa styrte sine land med kraft. Hun grunnla en bank og et akademi for skulptører, reformerte lovgivningen etter fransk mønster, beskattet kirken og stengte alle kloster utenom de som fungerte som andre virksomheter, innførte fri sykepleie for fattige, en skole og komité for jordbrukets forbedring (1807), grunnla allmenne skoler og innførte obligatorisk skolegang for piker. Hun var også sysselsatt med store byggeprosjekter, som en akvadukt hun begynte å bygge i 1811. Hun ble imidlertid mislikt for sin franskvennlighet, sin fiendtlighet mot kirken og rivingen av gamle bygninger, og ble sarkastisk kalt med det franske «». Ryktene sa at hun i årene som storhertuginne av Toscana hadde et kjørlighetsforhold med sin hoffmusiker, fiolinvirtuosen Niccolò Paganini.