Etter en stund meldte også republikken Genova sin interesse for Korsika, og det oppsto konflikter mellom Genova og Pisa om handelsvirksomheten. Paven forsøkte å løse konflikten ved å dele bispedømmene mellom de to bystatene, men forsterket i stedet motsetningene. Et sjøslag ved Toscana-kysten mellom de to rivalene i 1284 endte med seier til Genova, som overtok den økonomiske kontrollen over hele øya. Den administrative kontrollen forble fortsatt hos paven, som gav Korsika til kongen av Aragón i 1297 som betaling for gammel gjeld. Øya fikk aragonsk guvernør, og Aragón etablerte byen Corte midt på øya som administrasjonsby. Genova hadde fortsatt den økonomiske kontrollen.