Thomas tilbrakte det meste av livet i England. Både hans far og hans bestefar hadde styrt Irland med en jernhånd i funksjonen som engelsk visekonge, men da reformasjonen i England ble gjennomført ble det stilt spørsmål ved faren Geralds lojalitet og han ble i februar 1534 kalt til London for å svare for seg. I sitt fravær ga han myndigheten som Lord Deputy (visekonge) av Irland til sin sønn. I juni kom ryktene til Irland om at Gerald FitzGerald var blitt henrettet. Med tanke på kong Henrik VIII tidligere hadde henrettet utallige prester, adelige og andre opposisjonelle var det liten grunn til å tvile på om det var sant. Antagelig lå den samme skjebne i vente for ham selv.