Det evolusjonære forholdet pingvinene i mellom er fortsatt uklart. Fossile funn antyder at mer enn 50 arter må ha eksistert på den sørlige halvkule gjennom tiden. Waitahapingvinen er (foreløpig) den siste kjente arten som har gått tapt, trolig jaktet til utryddelse av maoriene på New Zealand for omkring 500 år siden.