Gjentatte istider, som dekket hele landmassen til det moderne Skottland, ødela alle spor etter menneskelig bosetninger som kan ha eksistert før mesolittisk tid. Det antas at de første gruppene av nomadiske jegere og samlere etter istiden ankom Skottland for rundt 12 800 år siden, da isdekket trakk seg tilbake etter den siste istiden. På den tiden var Skottland dekket av tett skog, hadde mer myrland, og hovedformen for transport var via vann. Disse nybyggerne begynte å bygge de første kjente permanente husene på skotsk jord for rundt 9500 år siden under neolittisk tid (bondesteinalderen), og første landsbyer for rundt 6000 år siden. Den godt bevarte landsbyen Skara Brae på Orknøyene stammer fra denne perioden. Neolittiske bolig-, grav- og rituelle steder er særskilt vanlige og godt bevart på de nordlige vestlige øyene, hvor mangel på trær førte til at de fleste strukturer ble bygget av lokal stein. Bevis på sofistikerte førkristne trossystemer er demonstrert av steder som Callanish-steinene på Lewis og Maeshowe på Orknøyene, som ble bygget i det tredje årtusen f.Kr.