Den 14. januar 1990 utnevnte pave Johannes Paul II ham til biskop av bispedømmet Brno, som hadde vært vakant siden 1972. Erkebiskop František Vaňák av Olomouc bispeviet ham den 31. mars samme år. Medkonsekratorer var erkebiskopen av Wien, kardinal Hans Hermann Groër, og biskopen av Litoměřice, Josef Koukl.