Den 9. januar 1942 invaderte japanske styrker Jesselton, og omdøpte byen til Api. Mot slutten av andre verdenskrig ble byen totalødelagt av de alliertes bomber, og den 15. oktober 1945 trakk japanerne seg tilbake. Samtidig som Nord-Borneo igjen kom under britisk administrasjon den 15. juli 1946, ble hovedstaden flyttet fra Sandakan til Jesselton. Den 30. september 1968 fikk byen sitt nåværende navn, Kota Kinabalu, oppkalt etter Malaysias høyeste fjell, Kinabalu.