Kilians far var skomaker; han døde da sønnen bare var to år gammel. Etter skole- og videregående skoleår i Eltville og fra 1871 til 1877 i Hadamar og en tid som sanitetssoldat i militæret, studerte Kilian teologi og filosofi i Münster og München. Kilian gikk deretter på prestseminaret i Freiburg im Breisgau (seminaret i Limburg ble stengt på grunn av den antikatolske i kongedømmet Preussen).