Salgado har også en lang landslagskarriere. Etter å ha gått gradene på ungdomsslandslagene (U18, U19, U20 og U21) debuterte han på den 5. september 1998, i et svært overraskende tap mot (2-3). Mellom 1998 og 2006 spilte Salgado til sammen 53 landskamper for Spania.