Produksjonen av Jak-9 begynte ved «Fabrikk 153» i Novosibirsk, i oktober 1942. Produksjonen forløp ikke uten problemer, og kvaliteten på de fleste av de tidlige maskinene var ikke akseptable. Bare fire fly ble levert til flyvåpenet før slutten av 1942. I januar 1943 ble produksjonen av Jak-9 startet opp ved «Fabrikk 166» i Omsk også, og også her hadde de problemer med kvaliteten på flyene til å begynne med. Men med hjelp fra Yakovlevs byrå ble standarden på flyene betydelig økt. Omkring 500 Jak-9 ble bygget før produksjonen i løpet av 1943 gikk over til Jak-9T og Jak-9D.