Da T Jones var 13 år begynte han å spille amerikansk fotball ved Alamo Junior High School. Dette fortsatte han med også på St. Mark's School of Texas, men her kom han for første gang i kontakt med en dramagruppe. I 1965 begynte han å studere litteratur ved Harvard University mens han fortsatte å spille fotball og delta i dramagrupper. På Harvard delte han rom med Al Gore, som han fortsatt er en nær venn av. Etter at studiene var ferdige i 1969 dro Tommy Lee Jones til New York for å forsøke seg som skuespiller. I New York møtte Jones skuespilleren Katherine Lardner, barnebarnet til sportsjournalisten Ring Lardner. De giftet seg i 1971, og skilte seg i 1978. En av årsakene skal ha vært at Jones hadde en affære med modellen Lisa Taylor. I årene etter skilsmissen levde Jones et utsvevende Hollywoodliv før han traff Kimberlea Gayle Cloughtley. De giftet seg i 1981 og fikk etter hvert to barn. Sønnen Austin ble født i 1983 i New Zealand og datteren Victoria kom i 1991. I 1996 traff Jones den atten år yngre Dawn Laurel under en filminnspilling. Han skilte seg fra Cloughtley og giftet seg i 2001 med Laurel.