Innledningsvis kritiserte Sanader Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia (ICTY) for tiltaler mot kroatiske generaler. I 2001 deltok han bl.a i en massiv demonstrasjon mot krigsforbrytertiltalene mot general Mirko Norac. Sanader kritiserte også Ivica Račan og hans regjerings holdning til ICTY. Senere fjernet han sakte partiet og seg selv fra protestene, og myknet også etterhvert kritikken mot regjeringen i saken.