Adams ble medlem av den kontinentale kongress fra 1774 til 1778. I juni 1775 støttet han nominasjonen av George Washington som øverstkommanderende av hæren med synet om å løfte frem foreningen av koloniene. Hans innflytelse i kongressen var stor, og han var utålmodig nesten fra begynnelsen for å separere koloniene fra Storbritannia. 5. oktober 1775 opprettet kongressen den første av en rekke komitéer for å studere marinesaker. Fra den tiden av, kjempet Adams for opprettelsen og styrkingen av en amerikansk marine og blir ofte henvist til som far av Amerikas forente staters marine.