Det lyktes ham å renvaske seg, men fikk ikke vende tilbake til Mexico som guvernør som han hadde håpet. En annen ble utnevnt, og han ble i stedet hertug og godseier i Oaxacadalen. Da han vendte tilbake til Mexico i 1529, kjente han ikke landet igjen. En pest hadde utryddet store deler av befolkningen, og de tidligere fruktbare åkerlandskapet var allerede begynt å bli overgrodd, og overalt var det stille, menneskemylderet var borte. Han skjønte at det ikke var mulig å hente noe utkomme der, og kastet seg ut i det han alltid hadde vært best på, nemlig organisering av ekspedisjoner for å utforske nytt land, i håp om igjen å finne rikdommer. Han dro ut for å utforske den nordlige vestkysten av Mexico,og oppdaget Baja California-halvøya, som han imidlertid trodde var en langstrakt øy. Men ulykker med tap av menneskeliv (spanske liv, indianske eller svartes liv var aldri noe tema) førte til at guvernøren av Mexico nedla forbud mot flere ekspedisjoner. Cortés vendte desillusjonert tilbake til Spania på slutten av 1530-årene.