Ikke lenge etter han ble kuttet av Cardinals ble Wagstaff signert av Buffalo Bills i den nye American Football League. Wagstaff ble utnevnt til All-AFL i sin første sesong med Bills, hvor han hadde seks interceptions hvor én ble returnert for en touchdown. I 1961 hadde han tre interceptions. Etter en seriøs skade under treningsleir i 1962 valgte Wagstaff å pensjonere seg fra idretten.