Reformasjonen kom til Estland i 1524, og de første gudstjenestene på estisk ble holdt da. Siden reformasjonen, har den evangelisk-lutherske kirken vært det største kirkesamfunnet i Estland, men EELK regner bare historien sin tilbake til 31. mai 1917. Den første estiske kirkekongressen ble da avholdt, og man grunnla den frie folkekirken som senere skulle få navnet Eesti Evangeelne Luterlik Kirik. På kirkekongressen slo man sammen landets 127 lutherske menigheter med tilsammen rundt 920 000 medlemmer til ett kirkesamfunn med felles lover. Kirken i Estland hadde da vært under russisk og svensk kontroll, og organiseringen av menighetene i en felles organisasjon hadde som mål å beskytte estiske interesser i et Russland som var i oppløsning. Jakob Kukk ble i 1919 vigslet til kirkens første biskop. Dette skjedde i Tallinn domkirke.