Benitez ble født den 16. april 1960 i Madrid og vokste opp i en middelklassefamilie. Faren, Francisco Benítez, jobbet i hotellbransjen. Hans mor, Rosario Maudes, var stor fan av Real Madrid, mens faren støttet rivalen . Francisco døde i desember 2005, mens Benítez var i Japan med Liverpool, som spilte FIFA Club World Championship. Benitez er den nest yngste av tre søsken. Hans eldre bror, også med navnet Francisco, er født i 1959. Hans søster, Rosario, ble født flere år senere. I 1988 giftet Benitez seg med jusprofessoren Maria di Montseratt. De har to døtre sammen, Claudia (født 1999 i Madrid) og Agatha (født 2002 i Valencia).