Bakfark skrev sannsynligvis en stor mengde musikk, men lite ble publisert, antakelig fordi musikken var svært vanskelig å spille. Samlingene hans inneholdt noen bevarte bearbeidelser av madrigaler, chansons, motetter og danser. Bevart er også noen av hans egne komposisjoner: ti fantasier og en passamezzo. Alt er blant tidens beste når det gjelder instrumental teknikk og raffinert polyfoni.