Som den intellektuelle kraften bak glasnost og perestrojka, har Jakovlev ofte fått noe av skylden for oppløsningen av Sovjetunionen og USAs seier over Sovjetunionen under den kalde krigen. I senere tid har frittalende anti-kommunistiske og russere flest sett på ham som en forræder, Han ble beskyldt for å være en agent for CIA og han har jevnlig mottatt drapstrusler. Under et avis-intervju i 2001, ble Jakovlev kontaktet av en kvinne i Moskva som spurte: «Hvorfor er ikke du i fengsel enda?" Jakovlev skal da ha ledd og svart med en uanstendig spøk.