På grunn av trang økonomi måtte Günther i 1929 vende tilbake til Tyskland. I Dresden livnærte han seg som deltidslærer helt til Wilhelm Frick, den første nasjonalsosialistiske ministeren i en tysk forbundsstat, bestemte at det skulle opprettes et eget professorat for Günther med sosialantropologi som fagkrets. Dette skjedde til tross for protester fra universitetet i Jena og det faglige miljøet i hele Tyskland. Günther innehadde tross alt ikke andre kvalifikasjoner enn en doktorgrad. Günthers innsettelsesforelesning fikk symbolsk betydning, ettersom både Adolf Hitler og Hermann Göring var til stede.