Koenig ble født i Würzburg, men han flyttet med familien til byen Landshut i Bayern da han var seks år gammel. I årene etter 2. verdenskrig studerte han kunst ved Kunstakademie München. I første halvdel av 1960-tallet flyttet Koenig til Ganslberg, et landsbruksområde utenfor Landshut hvor han bodde og arbeidet på et stutteri. Koenig var fra 1964 kunstprofessor ved Technosche Hochschule München.