I oktober 1919 begynte Juin på sin stabsutdannelse. Deretter ble han sendt til Nord-Afrika og krigen mot Rifkabylene. I 1920-årene og 1930-årene hadde han forskjellig stabstjeneste i Frankrike og Afrika. Da andre verdenskrig brøt ut fikk Juin befal over 15. motoriserte infanteridivisjon som han først med viss suksess ledet under slaget om Frankrike. Da de franske arméer i Belgia ble omringet ble Juin og hans divisjon nødt til å kapitulere i Lille 30. mai 1940.