SG Flensburg-Handewitt ble opprettet i 1990 etter en sammenslåing av håndballdivisjonene til TSB Flensburg og Handewitter SV. Den første sesongen av klubben (1990–1991) fant sted i 2. Håndball-Bundesliga, med SG som endte på fjerdeplass under Zvonimir Serdarušić. I 1992 ble de rykket opp til toppdivisjonen som SG Flensburg-Handewitt for første gang, og vant hver ligakamp. I sin første sesong i toppklassen endte SG sekstende, selv om de ble spart for nedrykk på grunn av likvidasjonen av TSV Milbertshofen. Året etter, under ledelse av Anders Dahl-Nielsen, ble SG fjerde og fra det tidspunktet liknet den plasseringen eller bedre i hver sesong frem til 2008/09-sesongen.