Det er uklart hvilken rolle han spilte i forfølgelsene av protestanter som fant sted i Marias regjeringstid. Det er ingen tvil om at han støttet den fornyede heresiloven, som ble vedtatt mens han presederte over House of Lords som rikskansler. Han var dommer i saken mot biskop John Hooper og i saker mot predikanter som ble fratatt retten til å virke som prester. Den kirkelige domstolen dømte ingen til døde, men dersom den dømte nektet å gå tilbake til Den katolske kirke var konsekvensen at de ble overlevert til sekulære myndigheter og brent. Det er tydelig at Gardiner forsøkte å overtale dem til å velge samme vei han selv hadde tatt tidligere, å tilfredsstille et minimumskrav for konfirmitet for å redde livet. Ingen fra hans eget bispedømme ble henrettet mens han levde, hvilket tyder på at han la mye i å redde dem fra bålet ved å finne formuleringer både den dømte og staten kunne akseptere.