Natapei var utdannet ved Fiji Institute of Technology i Suva. Han ble første gang innvalgt i parlamentet i 1983. I 1991 var han en kort periode Vanuatus utenriksminister. Fra 1996 til 1999 var han parlamentspresident. I 1999 ble Natapei valgt til leder i Vanua'aku Pati. Fra 2001 til 2004 var han statsminister. Han var fra 2005 til 2007 minister for infrastruktur og offentlige tjenester og fra 2007 til 2008 visestatsminister og minister for offentlige tjenester.