Opprøret var slått ned, men den store feststeminingen uteble ettersom stadig flere av de nyankomne ble angrepet av gulfeber. 25 generaler og 25 000 soldater døde. Leclerc hadde opprinnelig garantert at han skulle opprettholde forbudet mot slavehold som var blitt vedtatt av Jakobinerrepublikken i 1794. Men innbyggerne på Saint-Domingue fikk kjennskap til at slavehold var blitt tillatt igjen i en annen fransk koloni, på naboøya Guadeloupe, i juli det året. Franske myndigheter hadde opphevet slaveriet i mai. Derfor hadde urbefolkningen på Saint-Domingue planlagt å gjøre opprør den 16. september. Ikke-hvite soldater i Leclercs hær sluttet seg til sine gamle kommandanter, og dermed hadde generalguvernøren kun 2 000 menn som kunne settes inn mot de 10 000 mann sterke opprørsstyrkene. Leclerc fryktet at Pauline kunne komme til skade, og han ga sersjant Jacques de Norvin ordre om å være klar til å få henne vekk fra øya på et øyeblikks varsel. Det skulle vise seg at dette var en unødvendig sikkerhetsforanstaltning, ettersom Leclerc klarte å slå ned opprøret.