Barzani innledet forhandlinger med kommandanten for de iranske styrkene, general Hamayoni, og ba om at han og hans folk måtte få oppholde seg i Iran fram til våren kom. På dette tidspunkt vil han og hans tilhengere forlate Iran frivillig, lovet han. Dette ble avslått, og Barzani måtte trekke sine folk tilbake til Irak under angrep fra iranerne. Den 30. mars ble Qazi Muhammed og tre andre av lederne for republikken Kurdistan hengt på torget i Mahabad, som for anledningen var omringet av iranske soldater. I dagene som fulgte ble hundrevis av antatte opprørere massakrert i den overvunne republikken . 13. april overga Sjeik Ahmed Barzani seg til irakiske regjeringsstyrker sammen med de fleste mennene og samtlige kvinner og barn som hadde overlevd oppholdet i Iran. Sjeik Ahmed og flere andre ledere ble fengslet, mens de øvrige ble deportert til Kerbala i Sør-Irak. Mulla Mustafa og 500 peshmergas valgte å legge på vandring mot Sovjetunionen. De gikk fra Irak gjennom tyrkiske fjell og videre gjennom Iran, under stadige kamper med irakiske, tyrkiske og iranske styrker inntil de den 17. juni 1947 krysset elva Araz og overga seg til de sovjetiske grensestyrkene i Aserbajdsjan. Den 14. juli 1958 ble det hasjimittiske kongedømmet i Irak veltet av en gruppe militære som kalte seg "de frie offiserer". Lederne for de frie offiserer var Abd al-Karim Qassim og Abd al-Salam Arif. De satte straks i gang omfattende endringer i det irakiske samfunnet. Over hele landet var det stor begeistring og voldsomme forhåpninger til det nye regimet . Også kurderne støttet revolusjonen, og en ny grunnlov som ble offentliggjort i slutten av juli slo fast at "kurdere og arabere er partnere i denne nasjonen". Mustafa Barzani og hans peshmergas ble bedt om å vende tilbake fra Sovjetunionen, og ble mottatt som helter av arabere så vel som kurdere . KDP, og mange andre organisasjoner som hadde vært forbudt under hasjimittene, ble legalisert og kunne drive sin virksomhet i full offentlighet. Det var likevel mange som motsatte seg regimeskiftet, og Qassim bevæpnet både kommunistpartiet ICP og Barzanis peshmergas for å få hjelp til å slå ned opprørsforsøk flere steder i landet . Barzaniene brukte anledningen til å gjøre opp med klaner som hadde støttet det gamle regimets kampanjer i Kurdistan . I 1961 hadde Mustafa Barzani militær kontroll i det meste av irakisk Kurdistan. Han krevde nå autonomi for de kurdiske områdene. Qassim som fryktet tilsvarende krav fra sjiittisk side, avviste kravene, og begynte å mobilisere andre kurdiske klaner mot barzaniene . Barzani var nok en gang i krig med regjeringa i Bagdad, opprinnelig på egen hånd , men fra sommeren 1962 med støtte fra KDP. Qassim førte også en skattepolitikk som førte flere kurdiske grupper over på Barzanis side. I januar 1963 undertegnet Barzani en våpenhvileavtale, men den var ikke blitt forelagt KDP. Skepsisen til klanledernes makt var på forhånd stor blant de marxistisk orienterte KDP-lederne, og Barzanis eneveldige opptreden fikk den opp i dagen. KDPs Politbyrå med Ibrahim Ahmad og Jalal Talabani i spissen tok avstand fra våpenhvileavtalen og vedtok en resolusjon med skarp kritikk av Mustafa Barzanis framferd . Barzani organiserte sin egen KDP-kongress der han fikk enstemmig støtte. Det kom til kamper mellom Barzanis KDP-fraksjon og Politbyrået, som ble tvunget til å flykte over grensa til Iran . Derfra kom de snart tilbake og organiserte sine egne peshmergas, som først og fremst etablerte seg i sørdelen av irakisk Kurdistan og i de kurdiske byene, mens Barzanifraksjonen kontrollerte situasjonen i fjellområdene mot Tyrkia. Den gamle kontakten mellom kurderne og Sovjetunionen opphørte nå . Bolsjevikene hadde innledet et omfattende samarbeide med det revolusjonære regimet i Bagdad, som skulle nå et høydepunkt under Baathregimet etter 1968. Det irakiske kommunistpartiet tok avstand fra kurdiske selvstyrebestrebelser, noe som førte til opprettelse av et eget kurdisk kommunistparti. Til gjengjeld opprettet Barzani kontakt med Iran og Israel . Peshmergaene fikk adgang til mere avanserte våpen enn de tidligere hadde måttet klare seg med. I september 1967 besøkte Mulla Mustafa Israel, der han møtte forsvarsminister Moshe Dayan, og fikk løfte om fortsatt støtte. 17. juli 1968, nesten på dagen 10 år etter revolusjonen i 1958, tok Baathpartiet makta i Bagdad for annen gang. Baathpartiet søkte støtte mot Barzani hos politbyrå-fraksjonen. Politbyråets milits fikk nå utrustning fra Bagdad og ble oppfordret til å angripe barzaniene . Barzaniene var likevel overlegent sterkest, og det var med Mustafa Barzani Baathpartiet under sine mektige generalsekretær Saddam Hussein valgte å inngå en avtale i 16 punkter i mars 1970 . De seksten punktene slår fast kurdernes rett til å styre seg selv med sitt eget språk og å utvikle sine egne institusjoner med kurdiske embetsmenn, innen rammen av en irakisk føderativ stat. I ettertid har mange spurt seg om Saddam Hussein og Baath-lederne virkelig hadde tenkt å gjennomføre denne avtalen . Faktum er iallfall at avtalen aldri ble gjennomført, og det kom snart til nye krigshandlinger . Mulla Mustafa hadde god nytte av de nye våpnene sine. USA og Israel så gjerne at Barzani sysselsatte den irakiske hæren, slik at irakerne ikke skulle blande seg inn i den pågående krigen mellom Israel og nabolandene . I 1974 la Saddam Hussein, som nå hadde samlet all makt i Irak på sine hender, fram et forslag til lov om kurdisk autonomi. Forslaget kom nok de kurdiske krav i møte på mange punkter, men det forutsatte at myndighetene i Bagdad kunne overprøve ethvert vedtak kurdiske myndigheter måtte gjøre. Saddam ga Barzani en frist på to uker til å godta loven, og da Mulla Mustafa sa nei takk brøt det på ny ut voldsomme kamper . Barzani gjorde det lenge skarpt. Under hans ledelse klarte peshmergas å holde den irakisk hæren stangen, og nok en gang kom store deler av Sørkurdistan under kontroll av de kurdiske styrkene . Men det hele tok brått slutt da Sjahen av Iran og Saddam Hussein møttes i Algerie i begynnelsen av 1975 . Med god hjelp fra USA inngikk de to en avtale som skulle gjøre slutt på den langvarige striden om grenseelva Shatt al-Arab i sør. Saddam ga etter for de iranske hovedkravene om grenseelva på én betingelse: grensa mellom de to landene måtte stenges for kurderne, og all støtte til opprørne avsluttes umiddelbart. På dette punktet var faktisk avtalen til begges fordel, for Irak hadde støttet kurdiske grupper i Iran, på samme måte som Sjahen støttet kurderne på den andre siden av grensa . I løpet av få uker brøt den kurdiske motstanden sammen. Titusener av kurdere, soldater så vel som sivile, flyktet over grensene og den irakiske hæren hadde i slutten av mars etablert full kontroll over de opprørske områdene. Mulla Mustafa og hans nærmeste familie fant etterhvert veien til USA, til nettopp det landet som hadde sviktet ham så grovt. Den mest berømte kurderen i det tjuende århundre døde på et sykehus i Washington og ble gravlagt i Erbil. I 1993 ble hans levninger flyttet til Barzan, der det nå planlegges et Barzanisenter til hans minne.