I 57 f.Kr. hadde han klart å komme seg tilbake til Judea hvor han sammen med sin far klarte å starte en oppstand, samlet en hær på 10 000 infanterister og 1500 kavalerister og således erklærte krig mot Roma. Derfra befestet de festningen Alexandrion. Alexanders onkel og svigerfar, Johannes Hyrkanos II, var hans fars fiende og søkte hjelp hos romerne. Den romerske hærføreren Gabinius, som i 63 f.Kr. hadde erobret og herjet Jerusalem, hadde akkurat kommet til Syria som prokonsol. Han samlet en stor romersk hær, og sendte Marcus Antonius i forvegen med soldater. I slaget i nærheten av Jerusalem ble Alexanders soldater solid nedkjempet, rundt 3000 av hans tilhengere skal ha bli drept og Alexander selv søkte tilflukt i Alexandrion med noen få tilhengere hvor han ble beleiret av romerne.