I 2001 og 2002 ble det tatt initiativ til, og etablert formelt samarbeid med blant annet Statens nærings- og distriktsutviklingsfond (SND) og Det Norske Veritas (DNV). I 2002/2003 ble det etablert samarbeid med de øvrige akkrediterte sertifiserings-selskapene gjennom Forum for Miljøsertifisering og Miljømerking (FMM). Gjennom FMM samarbeider Miljøfyrtårn-programmet i tillegg med Stiftelsen Miljømerking i Norge (Svanemerket) og Debio (Ø-merke for økologisk mat). I 2003 ble det inngått en samarbeidsavtale med Grønt Punkt (Tidligere "Materialretur AS").