På midten av 1800-tallet var en femtedel av innbyggerne personer som ble sendt dit i eksil. Dette førte til at Tomsk aksepterte en rekke religiøse trosretninger i tillegg til russisk ortodoksi. Etter noen år oppsto byen som et utdanningssenter i Sibir og Tomsk statlige universitet og Tomsk polytekniske universitet ble bygget. Da den andre verdenskrigen startet var en tolvtedel av innbyggerne studenter. Av den grunn er Tomsk ofte blitt kalt «Sibirsk Athen».