Schaeffer er mest kjent for sitt forsvar av tradisjonell protestantisk tro gjennom analyse av de forutsetningene som ligger bak ethvert livssyn. En av hans viktigste teser er at om et livssyn skal være holdbart så må det kunne forklare hvorfor universet har struktur og hvorfor mennesket har personlighet. Videre må livssynet være mulig å leve etter i praksis. Han opprettet sammen med sin ektefelle, Edith Schaeffer, senteret L'Abri (abri er fransk for "ly") i Sveits i 1955.