Avløpet var gjennom et lukket system som førte til en kloakk vekk fra høyden. Dronningens Megaron inneholdt et eksempel på vannklosett ved siden av badet. Dette toalettet var et sete over avløpet som ble spylt med rennende vann. Badekaret som lå i badet ved siden av ble på lignende vis fylt av noen som varmet opp, bar og tømte vannet i det, og må ha blitt tømt ved å vende det inn i et avløp i gulvet eller med en propp. Dette toalettet og baderommet var eksepsjonelle strukturer i det 1300 rom store komplekset.