Rhees regime konsoliderte seg selv gjennom hard forfølgelse av antatte opponenter. Styret førte et antall militære angrep mot venstreopprørere hvor 30 000 til 100 000 mennesker mistet livet. I oktober 1948 oppsto Yeosu-Suncheon-opprøret, og den 24. desember 1949 massakrerte den sørkoreanske hæren i byen Mungyeong som var mistenkt for å være kommunistsympatisører og deretter la skylden på kommunistene.