Han ble tildelt Medal of Honor av president Gerald Ford i 1976. Stockdale saksøkte to andre offiserer som han følte hadde hjulpet fienden, men det ble ingen straffereaksjoner mot disse. Etter å ha blitt forfremmet til viseadmiral, fikk Stockdale tillatelse til å gå av. Han avsluttet sin militære karrière med å tjene som rektor ved sjøkrigsskolen Naval War College i Annapolis fra 13. oktober 1977 til 22. august 1979.