Under det tsjekkiske mesterskapet i friidrett innendørs 2021 vant hun 400 meter. Hun deltok på 400 meter under EM i friidrett innendørs 2021, men løp på 52,83 i forsøksheatet, og gikk ikke videre til semifinalen. I mai deltok hun på Tsjekkias mikslag på 4 x 400 meter stafett under Stafett-EM i friidrett 2021, disse fikk 19. beste resultat i forsøksheatet, og nådde dermed ikke finalen. Tsjekkia deltok dette året i 1. divisjon under Lag-EM i friidrett 2021, og Vondrová kom der på andreplass på 400 meter, og hun deltok på Tsjekkias stafettlag som kom på tredjeplass på 4 x 400 meter stafett. Hun fikk to gullmedaljer under U23-EM i friidrett 2021; hun vant 400 meter individuelt, og hun deltok også på Tsjekkias lag som vant 4 x 400 meter stafett.