Personlig konfronterte ikke biskop Philippe de tyske okkupanter, for ikke å sette på spill kirkens religiøse liv og sosiale virke, som allerede var blitt innskrenket ved den tyske innmarsjen. Men han unngikk enhver kontakt med de tyske myndigheter, og foretok forberedelser for den eventualitet at kirken skulle bli uten ham som leder. Kirken ble mer og mer presset ut av offentligheten av de tyske myndigheter; kristne organisasjoner ble oppløst, religiøs undervisning og katolske skoler ble forbudt, og ordenssamfunnene ble fratatt sine eiendommer. Bispedømmeorganisasjonen ble på den annen side den eneste intakte luxemburgske institusjonen under krigen.