Den 14. mai 1723 ble Dufay satt inn som etterfølger til den avdøde Jean-Henri Imbert som assisterende kjemiker i Det franske vitenskapsakademiet. Den 26. august 1724 ble han assosiert kjemiker og etterfølger til Claude-Joseph Geoffroy, som ble forfremmet til pensionnaire. Den 6. februar 1731 ble han endelig selv utnevnt til styremedlem i kjemi avsnitt. To ganger i 1732 og 1737 var han visedirektør, og to ganger i 1733 og 1738, var han direktør for .