Det 5959 meter høye fjellet Mount Logan sørvest i Yukon er Canadas høyeste fjell og Nord-Amerikas nest høyeste fjell etter Denali i Alaska. Yukon er oppkalt etter Yukonelva, som renner fra Britisk Columbia, nordover gjennom territoriet, og nordvestover inn i Alaska. Det meste av Yukon har et subarktisk klima, preget av lange, kalde vintre og korte, varme somre. Kysten av Nordishavet har et tundraklima.