Snart brøt det ut en epidemi, muligens av tyfus, og den 1. august døde legaten Adhemar. Lederne av korstoget skrev i september til Urban II og ba ham å ta personlig kontroll over Antiokia, men han takket nei. I resten av 1098 tok de kontroll over landsbygda rundt Antiokia, selv om der var færre hester nå enn før, og muslimske bønder nektet å gi dem mat. Den mindre ridderne og soldatene ble rastløse, sulten satte inn, og de truet med å fortsette til Jerusalem uten deres kranglende ledere. Raimond gav seg til slutt ovenfor Bohemond i november for å kunne fortsette korstoget i fred og for å roe sine sultende styrker som var nær mytteri. På begynnelsen av 1099 ble marsjen gjenopptatt og etterlot Bohemond som den første prinsen av Antiokia. Våren 1099 startet beleiringen av Jerusalem under lederskapet til Raimond.