Bonaventura døde kort tid før avslutningen av konsilet, den 15. juli 1274. Før han døde mottok han sakramentene fra Gregor X. Han ble gravlagt i kirken som senere har fått navnet Saint-Bonaventure i Lyon. Karl VIII av Frankrike sendte et relikvie, en arm, til Bagnoregio. Bare denne armen finnes i dag, mens resten av hans jordiske levninger unntatt hodet ble brent i forbindelse med den franske revolusjon. Hodet forsvant sporløst i 1807.