I 1741, da Benda var 19 år gammel, utnevnte kong Fredrik II av Preussen ham til andrefiolinst i sitt berlinske slottskapell. Året etter kom han til Potsdam som komponist og arrangør for sin eldre bror Franz, som selv var en dyktig komponist og fiolinist. I 1749 ble han Gottfried Heinrich Stölzels etterfølger som kapellmester hos hertug Fredrik III av Sachsen-Gotha-Altenburg. Her videreutviklet han sine ferdigheter som komponist, både innen religiøs musikk, og innen opera. Hertugen lot også Benda reise til Italia for å studere opera.