Han ble deretter utnevnt til den apostoliske nuntiatur på Filippinene i 2000, men mens han offisielt ble akkreditert til Manila, var han bosatt i Hongkong, hvorfra han ledet Holy See Study Mission. Under det oppdraget håndterte Nugent forholdet mellom katolske samfunn i Kina og Den hellige stol, men hans effektivitet ble vanskeliggjort av Beijing-regjeringens avslag på å la ham reise regelmessig til Fastlands-Kina, noe som resulterte i arbeidsforhold som ofte var innhyllet i hemmelighold. Hans ti år i Hongkong ble ikke medtatt i hans offisielle CV fra Vatikanet da han bikk sin neste diplomatiske postering.