Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til dødsleirer i Polen. Fra mars til oktober 1942 ble (to tredjedeler av landets omkring ) jøder deportert fra Republikken Slovakia til dødsleirer i Generalguvernementet i det okkuperte Polen. Blant de få overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Deportasjonene ble utført av den tyskvennlige regjeringen under Jozef Tiso og Vojtech Tuka. President Jozef Tiso holdt igjen videre deportasjoner av de gjenværende . Det totale tallet på ofre kan være så høyt som . Deportasjonen fra Slovakia dannet trolig mønster for senere deportasjoner fra okkuperte områder.