I stedet valgte Yamamoto Midway, en liten atoll helt nordvest i øygruppen Hawaii, omtrent 2000 km fra Oahu, øya med størst befolkning og marinebasen Pearl Harbor. Det betydde at Midway var utenfor rekkevidde for nesten alle amerikanske fly stasjonert på Hawaii. Midway var ikke spesielt viktig i den japanske strategien, men de antok at amerikanerne ville anse Midway som en sentral utpost for Pearl Harbor, og derfor forsvare den energisk. Japanernes vurdering var rett, USA anså Midway som viktig. Ubåter fra Pearl Harbor brukte Midway for å fylle drivstoff og forsyninger, noe som økte deres operasjonsradius med 1000 nautiske mil. I tillegg til å være en base for sjøfly, ble Midways flystripe også brukt for bombetokt mot japanskokkuperte Wake Island.