Han gikk sterkt inn for indianernes rettigheter, noe som vakte motstand hos de spanske kolonimyndighetene, i kirken og blant hans medbrødre. I spørsmålet om indianere kunne ordineres til prester, mente han at det var helt akseptabelt. Han gikk inn for dette i sitt traktat . Men her led Jacob nederlag, han og måtte underkaste seg kirkebot for sine feiltakelser. Han fortsatte likevel å arbeide for sine kjære indianernes rettigheter.