Perkolić ble ordinert til prest i Roma den 18. mars 1945. Mens han forberedte seg til videreutdanning, ble han invitert av sin erkebiskop Nikola Dobrečić til å returnere til erkebispedømmet, hvor han fungerte som erkebiskopens rådgiver. Perkolić tjenestegjorde også i den katolske menigheten i Šestani fra 1946 til 1965 og deretter i Cetinje fra 1965 til 1979.