Etter andre verdenskrig i 1949 endret klubben navn til , for ikke å bli forvekslet med fra Oslo. Klubben spilte i den nest høyeste divisjonen, Landsdelsserien, frem til opprykket i 1963. I 1962 ble Gjøvik-Lyn norgesmestere, etter å ha vunnet 2-0 over Vard i cupfinalen. Gjøvik-Lyn var i denne perioden i semifinale i cupen fire ganger, inkludert 1963, 1965 og 1966.