Hansen var juniortrener i på slutten av 90-tallet, og hovedtrener for Byåsen i sesongene 1999 og 2000. Høsten 2001 tok han over den svenske klubben GIF Sundsvall, hvor han som hovedtrener i sesongene 2001-2003 endte på 11., 8. og 12. plass. Han sa opp jobben etter at klubben berget plassen i Allsvenskan i 2003-sesongen via kvalifisering, og kom tilbake til Rosenborg som assistent for Ola By Rise foran 2004-sesongen, der Rosenborg med et nødskrik tok seriegullet i siste serierunde. Hansen ble forfremmet til hovedtrener i klubben foran 2005-sesongen, men trakk seg 7. august 2005, og ble erstattet av Per-Mathias Høgmo.