Etter andre verdenskrig ble Zosjtsjenko et offer for stalinismen, da arbeidet hans kom under sterk kritikk. Partisekretæren i Leningrad, Andrej Zjdanov, omtalte den nye boka hans, (Перед восходом солнца), som "et ekkelt verk". Verkene hans ble ikke lenger trykt, og han ble ekskludert fra den sovjetiske forfatterforeninga i 1946.