I 1944 ble Eberl tilknyttet Wehrmacht og forble det resten av krigen. Han arbeidet blant annet som feltlege ved Vestfronten. Eberl ble tatt til fange av amerikanske styrker i april 1945 og internert i Luxembourg, deretter overført til krigsfangeleiren i Dietersheim. Amerikankerne oppdaget at han var SS-offiser og han ble sluppet ut av krigsfangeleiren i juli 1945.