Interiøret er preget av stilen etter reformasjonen. Veggene og himling er malt med dekorasjoner (bladranker) i 1600-talls stil. Dekorasjonene fremstiller scener fra Jesus liv. Skipet er 16 meter langt og 7,5 meter bredt, og det er en relativt stor stavkirke. Den bærende konstruksjonen består bare av veggenes grunnsviller, stolper og stavlegjer samt tverrbjelker og utvendige skorder. Kirken er rikt dekortert innvendig. I kirken henger en tavle med teksten: «Anno 1633 haffuer Anders Erickson Pastor till Quernes gield, till guds æriss forfremmelse oc has kiere sognefolck till villie oc tieneste paa Egen bekostning, aff ny lade opbygge det offuerste Choer, med stoele, vinduer, oc malning, saa well som det nederste coer, med vinduer oc fonten, til med tvende stoeler for fremmedt folck, med det mercke.» «Mercke» er Anders Ericksons bumerke, han kalte seg også Anders Quernes eller Anders Eriksen Kvernes. Ifølge Gerhard Schøning ble Rød/Nesset stavkirke dekorert innvendig i 1633 og samme håndverkere kan ha arbeidet på Kvernes. Alterskapet er senmiddelaldersk og bekostet av sogneprest Hans Hagerup. Korskillet har Christian IVs monogram samt våpenskjold for kongelig befalingsmann Jacob Benzon og for biskop Eiler Hagerup. Prekestolen er utført i hollandsk stil omkring 1630-1640. Eiler Hagerup var sønn av sogneprest Hans Hagerup.