I 1957 ble Balaguer valgt til visepresident. Han tiltrådte som president tre år senere, etter at Trujillo hadde tvunget sin bror, som formelt besatte presidentsposten, til å fratre. Etter at Trujillo ble myrdet i 1961, manøvrerte Balaguer fremgangsrikt gjennom krisen som utbrøt, å klarte å få Trujillos familie til å forlate landet. Man han gikk av noen månader senere til fordel for den venstreorienterte Juan Bosch, og flyktet til USA.