Histrorien finner sted i Paldea-regionen i Pokémon-universet, som ser ut til å være løst basert på Den iberiske halvøy. Regionen har variert landskap, inkludert innsjøer, ødemarker og fjellkjeder. Spilleren skal studere ved Naranja eller Uva Academy. Akademiet gjennomfører en årlig skattejakt hvor studentene oppfordres til å utforske hele regionen. Etter å ha møtt den legendariske Pokémon Koraidon eller Miraidon, som blir med og hjelper spilleren, til tross for at de nå har mistet evnen til å slåss. Spilleren oppfordres også til å delta i tre forskjellige historier for å gjennomføre hele historien: Victory Road, Starfall Street eller Path of Legends.