PubChem Substance lister opp substanser slik de er beskrevet av de ulike bidragsyterne; således kan det være flere oppføringer i PubChem Substance som omtaler samme stoff. I PubChem Compound blir disse oppføringene kombinert til én enkelt oppføring per stoff. Hver kjemiske forbindelse i PubChem Compound får et CID-nummer som utelukkende beskriver den aktuelle strukturen.