Johann Franz Buddeus ble født i Anklam i Svensk Pommern, hvor hans far var prest. Han mottok tidlig grundig undervisning i klassiske og orientalske språk, og hadde lest hele Bibelen på originalspråkene før han kom til Universitetet i Wittenberg i 1685. Han ble ansatt som adjunkt professor i filosofi der rett etter at han hadde tatt sin mastergrad i 1687, og i 1689 byttet han til en lignende stillig ved Universitetet i Jena, hvor han tilbrakte mye tid med å studere historie. I 1692 reiste han videre til Universitetet i Coburg som professor i gresk og latin, og året etter til den nye Universitetet i Halle som professor i moralfilosofi. Her ble han til 1705, da han reiste til Jena som andreprofessor i teologi. Hans forelesninger omfavnet alle deler av denne vitenskapen, og han berørte regelmessig filosofi, historie og politikk. Respektert av alle som menneske og kristen forble han i Jena resten av sitt liv, virket flere ganger midlertidig som rektor ved universitetet og ble overhode for sin avdeling og en kirkelig rådgiver fra 1715.