Daugavpils ligger 229 km fra hovedstaden Riga, 90 km fra Rēzekne, 25 km fra grensen til Litauen og 33 km fra grensen til Belarus. Siden byen ligger i innlandet er klimaet mer kontinental, altså med varmere somre og kaldere vintre enn resten av Latvia. Både varme- og kulderekorden i Latvia holdes av Daugavpils (henholdsvis +36 grader og -43 grader).