Samtidig sendte hoffet ved Palermo kardinal Fabrizio Ruffo, en rik og innflytelsesrik prelat, til Calabria for å organisere en motrevolusjon. Han presterte over all forventning sammen med sin «Den hellige tros kristne armé» (italiensk: ). En engelsk skvadron nærmet seg Napoli og okkuperte øya Procida, men etter et par trefninger mot den republikanske flåte, under Francesco Caracciolos ledelse, en tidligere offiser i Bourbon-marinen, ble flåten kalt tilbake til Palermo, da det var ventet at den fransk-spanske flåte skulle dukke opp. Kardinal Ruffo, støttet av russiske og tyrkiske skip under admiral Fjodor Usjakovs ledelse, marsjerte nå mot hovedstaden, hvorfra franskmennene forlot med unntak av en liten styrke under Méjean. De spredte gjenværende republikanske styrker ble beseiret, og kun Napoli og Pescara holdt ut.