I august 1993 var han en av to ESA-astronauter som ble valgt ut for å trene til oppdraget det kommende året. Spesialiserende trening innenfor det spesifikke oppdraget som kosmonaut fikk han i romfartssenteret utenfor Moskva. I mars 1995 ble det bestemt at Fuglesang skulle bli backup til sin ESA-kollega, Thomas Reiter, som fikk inngå i primærbesetningen. Hans første romferdsoppdrag ble å arbeide som ved stasjonen i Kaliningrad under det halvårslange oppdraget for å støtte besetningen på romstasjonen Mir.