Lindros hadde flere kontroverser med klubbledelsen og særlig Flyers' general manager Bobby Clarke. I august 2001 ble Lindros tradet til New York Rangers, hvor han tilbrakte de neste tre sesongene. Han signerte deretter med Toronto Maple Leafs for 2005/06-sesongen før han avsluttet karrieren med Dallas Stars i 2006/07-sesongen. Karrieren ble forkortet på grunn av forskjellige skadeproblemer.