Mot slutten av 1816 begynte Joakim Frederik Schouw reisen, som pågikk til 1820, omtrent 3½ år. Et bevis på de forventninger man hadde til ham, også som jurist, er at han omtrent samtidig ble foreslått til lektor i lovkyndighet ved det nye universitet i Christiania. Målet for reisen var å sammenligne forholdet mellom klima og plantevekst. Vinteren 1816–1817 tilbragte han i Göttingen-, våren 1817 kom han til Trieste, og deretter reiste han gjennom Alpene, Appenninene til Calabrias sydligste del, Sicilia, han besteg Abruzzenes og Calabrias høyeste fjell og Etna, hvis utbrudd han overvar. Høsten 1819 reiste han over Alpene, Genève og Paris til Danmark.