For å ødelegge Metal Gear og velte Outer Heaven, redder Snake ingeniøren og hjernen bak Metal Gear-prosjektet, Dr. Pettrovich Madnar, og hans datter Ellen. Han forklarer hvordan Metal Gear kan bli ødelagt. Mens han beveger seg videre, merker han at fellene han støter på er litt for presise, og begynner å lure på om noen gir informasjon om hans bevegelser til leiesoldatene i Outer Heaven. Big Boss begynner etter hvert å oppføre seg merkelig, og ber Snake til slutt om å avbryte oppdraget. Dessuten blir Schneider tatt i et bakholdsangrep og er antatt drept etter at Snake mister kontakten med ham.