Havfolkene har forblitt uidentifiserte i vurderingen til de fleste moderne forskere og hypoteser om opprinnelsen til de ulike gruppene er kilde til mange spekulasjoner. Eksisterende teorier har ulikt forslått at deres opphav kommer fra ulike stammer rundt Egeerhavet, pirater fra Sentral-Europa, spredte soldater eller leiesoldater som henga seg til piratvirksomhet eller som hadde blitt flyktninger, og knyttet til naturkatastrofer som jordskjelv og klimatiske endringer.