Navnet «Nilen» kommer av det greske ordet (Νεῖλος), som betyr elvedal, og det latinske med samme betydning. Opprinnelsen til disse er omstridt, en mulig kilde er det semittiske i betydningen elv. Fram til Khartoum er Nilen også kjent som Den hvite Nil, et begrep som i enkelte sammenhenger også brukes for å beskrive strekningen mellom Nosjøen og Khartoum. Ved Khartoum renner elven sammen med Den blå Nil Den hvite Nil starter i ekvatorialt Øst-Afrika, og Den blå Nil har sin kilde i Etiopia.