I 1578 flyttet han til det reformerte klosteret i Beas de Segura, og deretter videre til klosteret Monte Calvario i nærheten. I 1580 ble striden innen ordenen endelig bilagt, da paven godkjente at de reformerte opprettet en egen provins. Først i 1593, etter Johannes' død (og mot hans vilje), ble de reformerte en egen orden. Johannes fikk etter dette flere høye embeter i ordenen, og ble kjent som sjelesørger og åndelig veileder. Han hadde grunnlagt et kollegium i Baeza, hvor han var rektor i tre år. Han gjorde alt for å hjelpe sine munker, blant annet ved å kjøpe dyre medisiner og å kjøpe inn kjøtt til de syke under en influensaepidemi. Selv unnet han seg ingenting.