Under første verdenskrig okkuperte Sør-Afrika Namibia på vegne av det britiske imperiet. De neste fem årene ble området styrt av sørafrikanske militære. Samtidig stoppet nesten utviklingen av Windhoek opp. Etter andre verdenskrig begynte byen å vokse igjen på grunn av et bedre økonomisk klima. Blant annet ble det reist flere offentlige byggverk og infrastrukturen ble forbedret, det ble bygd nye skoler, veier ble asfaltert og området fikk en mer stabil vannforsyning. I 1958 åpnet verdens første vannrenseanlegg i Windhoek.