Florey begynte studiene ved St. Peter's College. Han studerte videre ved University of Adelaide fra 1917 til 1921, og her møtte han også sin første kone, Ethel Reed, som også ble hans kollega. Han fortsatte studiene ved Magdalen College, hvor han fikk en BA og MA. i 1926 ble han valgt som partner ved Gonville and Caius College, Cambridge, og et år senere fikk han en filosofisk doktorgrad fra University of Cambridge.