I det sjuende årtusenet f.Kr. var de økologiske forholdene i den nordlige halvdelen av Tsjad gunstige for bosetning, og regionen opplevde en kraftig vekst i befolkningen. Noen av de viktigste arkeologiske funnstedene i Afrika finnes i Tsjad, først og fremst i Borkou-Ennedi-Tibesti-regionen. Noen av funnstedene er fra før 2000 f.Kr. Tsjad-senkningen har i over 2000 år vært et jordbruksamfunn med faste bosetninger. Området ble en møteplass for forskjellige sivilisasjoner, hvor den første av disse var den legendariske Sao, kjent gjennom kunstgjenstander og muntlige overleveringer.