Etter Roskildefreden i 1658 ble Trondheim besatt av svenskene. Biskop Bredal nektet å underkaste seg fienden, og reiste nordover til Trondenes med hele familien. Han hadde 16. mars 1658 blitt beskikket som superintendent over Nordlandene, og ble i Trondenes under hele krigen mot svenskene. Svensken Henning Schytte ble innsatt som biskop under okkupasjonen. I 1659 var Bredal tilbake i Trondheim. Han fikk nå kirketienden av Melhus for blant annet å kunne sette i stand den ramponerte boligen sin.