Under det nasjonalsosialistiske styret ble Baeck i 1933 president for Reichsvertretung der Deutschen Juden, en paraplyorganisasjon for de jødiske organisasjonene. Organisasjonens oppgaver omfattet forskjellige former for understøttelse av og utdannelse for jøder, og hjelp til utvandring. Myndighetene forsøkte fra 1939 å frata de andre jødiske organisasjonene deres selvstendighet gjennom innbindingen i Reichsvertretung der Deutschen Juden, og gjennom sikkerhetspolitiet direkte å kontrollere organisasjonens aktivitet. Også under et slikt press avviste Baeck tilbud om emigrasjon, og pleiet kontakter med de konservative antinazister rundt Carl Friedrich Goerdeler.