Flåtten var leder i Sandefjord Høyre 1994–2000, gruppeleder i Sandefjord bystyre og formannskap 1995–2001, medlem av Høyres Bedriftskanal 2000–2009 og leder i Vestfold Høyre 2004–2012. Han var innvalgt på Stortinget fra Vestfold fra 2001 til 2017. Han satt i de to første periodene i finanskomiteen. I perioden 2009–2013 var han 1. nestleder i næringskomiteen og partiets næringspolitiske talsmann. Fra 2013 var han 2. nestleder i Stortingets finanskomité og Høyres fraksjonsleder i samme komite.