Michelet synes å ha blitt gift med en kvinne i 1824 som ikke er blitt identifisert. I 1849 giftet han seg med Athénaïs Mialaret (1826–1899). Hun var lærer i St. Petersburg og begynte brevveksling med ham grunnet hennes beundring for hans ideer. De ble forlovet før de noen gang møtes. Siden støttet hun ham i hans arbeid og forberedte et nytt arbeid, , på den tiden han døde. Hans hustru kom til å bli forfatter i egen rett, blant annet med i 1867 og i 1904.