VR Hub System er delt opp i fem «VR Hubs» men i utgangspunktet er bare den første VR Hub tilgjengelig. Hver VR-hub har fem portaler for teleportering til forskjellige nivåer. Målet i hvert nivå er å finne alle krystallene skjult i området. De fleste nivåer inneholder en bonus-plattform som fører til et spesielt bonus-område, hvor spilleren må navigere gjennom en labyrint og samle alle gjenstander i sikte. Den viktigste antagonisten i spillet, Doctor Neo Cortex, er en sprø vitenskapsmann.