Guntram døde i Chalon-sur-Saône i 592, og hans kongedømme gikk videre til hans adopterte sønn Kildebert II. Han ble gravlagt i kirken til Sankt Marcellus som han hadde grunnlagt i Chalon. Nesten umiddelbart ble Guntram utropt til helgen av sine undersåtter og hans festdag blir feiret av den katolske kirke 28. mars. hugenottene, som herjet og spredte hans levninger på 1500-tallet, lot bare hans hodeskalle bli liggende urørt i deres raseri. Den blir nå oppbevart på samme sted i en sølveske.