Joner er gift med Lene Søder. Han er far til skuespilleren/filmfotograf Knut Joner, skuespiller Selma Joner og danser Milla Joner, fetter av musiker og komponist Sverre Indris Joner, og onkel til skuespiller Kristoffer Joner. Han er svigersønn av skuespillerne Rolf og Berit Søder. Nevø til Bitten og skuespiller Rolf Sand.