Myndighetene i FNs medlemsland oppretter og implementerer retningslinjer for vaksinasjonsprogrammer etter retningslinjene som er fastsatt av EPI. Det å sette opp et vaksinasjonsprogram innebærer flere faktorer og komplekse komponenter, inkludert et pålitelig "cold chain system" (det vil si at vaksinene oppbevares og transporteres på korrekt måte i korrekt temperatur før de blir administrert ), transport for levering av vaksinene, vedlikehold av vaksinelagre, opplæring og overvåking av helsearbeidere, utdanningsprogrammer for å informere publikum, samt dokumentering og registrering av hvilket barn som får hvilke vaksiner.