Brno nevnes for første gang som landsby i 1091 i Kosmas’ krønike. I 1243 ble Brno gitt byrettigheter av den bøhmiske kongen, Václav I. Et titalls år senere grunnla kong Ottokar II en borg i byen, som en forløper til den senere Špilberk-festningen. På 1200-tallet tiltrakk byen seg flere utlendinger. Tyskere og nederlendere etablerte seg i området som utgjør dagens Náměstí Svobody, mens et jødisk kvartal oppstod nederst i det som i dag er kjent som Masaryks gate.