Bauer vant sitt første verdenscuprenn på 15 km fristil i Nové Město na Moravě 18. januar 2003. 17. februar 2006 tok han sølv på 15 km klassisk i OL i Torino. Han gikk også for det tsjekkiske laget som ble nr. 10 på stafetten. Bauer ble nr. 18 på femmila.