Franche-Comté ligger øst i Frankrike, og har grense mot Sveits i øst, mot Rhône-Alpes i sør, mot Bourgogne i vest og mot Champagne-Ardenne, Lorraine og Alsace i nord. Regionen er preget av fjellandskap og mesteparten av regionen ligger i Jurafjellene. Høyeste punkt i regionen er Crêt Pela på 1495 moh.