Fredrik Wachtmeister ble æresmedlem (hedersledamot) av Kungliga Akademien för de fria konsterna 1902, tilsvarende for Kungliga Lantbruksakademien i 1905, for Kungliga Fysiografiska Sällskapet i Lund i 1908, for Kungliga Vetenskaps-Societeten i Uppsala 1910, ble innvalgt i 1912 som representant (ledamot) nummer 761 av Kungliga Vetenskapsakademien, og samme år ble han æresmedlem (hedersledamot) av Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien.