I 1949 kom krigen til Phat Diem. Både franskmenn og Vietminh prøvde å manipulere biskopen til å gjøre felles sak med dem, uten å lykkes. Til slutt måtte biskopen arrangere seg med Bao Dai, som tillot stasjonering av en vietnamesisk garnison der, under fransk kommando. Men han beholdt fullstendig administrativ autonomi og sin egen milits. Det biskoppelige området førte Vatikanstatens flagg. Han var selv øverstkommanderende, men den reelle militære leder ble en Ngo Cao Tung, som hadde militær erfaring fra Kina. Styrkens hovedtyngde var to regulære bataljoner på 1 700 menn, ved navn Groupe Mobile Autonome, og en milits på 5 800 mann.