Med pave Pius XII hadde han et vennskapelig forhold, og gjorde det han kunne for å hindre en tysk innmarsj i Vatikanet og bortføre paven til Tyskland. Weizsäcker hadde fått nyss om at det ble foretatt forberedelser til et slikt tiltak; det var også kjent for Vatikanet. Weizsäcker advarte paven gjentatte ganger om ikke å provosere Berlin. Albrecht von Kessel, Weizsäckers medarbeider, forklarte at «alt vi kunne gjøre var å advare Vatikanet, kirken og paven selv mot brå overilte ord og handlinger». Da paven ikke desto mindre den 16. oktober sendte sin statssekretær kardinal Luigi Maglione til Weizsäcker for å protestere mot arrestasjonene av jødene i Roma samme dag og kreve at de ble innstilt, viste Maglione til at ambassadøren hadde lovet dem å gjøre det han kunne for jødene.