Omakaitse ble gjenopprettet under den tyske Operasjon Barbarossa i 1941 som overtok kontrollen over landet før de tyske troppene ankom og etablerte et koordinerende råd i Tartu, der de proklamerte den provisoriske regjeringen i Estland. Tyskerne oppløste den provisoriske regjeringen, men tillot de væpnede enhetene i Omakaitse å bli en del av det tysk-okkuperte Reichskommissariat for Estland.