Eichmann var misfornøyd med fremdriften i Hellas og erstattet i februar 1944 Wisliceny med SS-Hauptsturmführer Anton «Toni» Burger for å få deportert de gjenværende jødene så raskt som mulig. Flere tusen jøder i Athen, Ioánnina og andre steder på det greske fastlandet ble samlet sammen 24. mars. Et godstog med forlot Athen stasjon 2. april med jøder fra byen og toget stanset på flere stasjoner underveis for å hekte på flere vogner med deporterte. Ni dager senere kom toget til Auschwitz med 5000 mennesker ombord. I Ioánnina (også kalt Janina) ble 1850 jøder internert i en operasjon utført av med støtte av gresk gendarmeri, og Wehrmacht stilte 80 lastebiler for å frakte jødene til interneringsleiren i Larisa. Interneringen i Ioánnina ble fotografert av hærens propagandakompani. I Athen brukte SS synagogen som distribusjonspunkt for under pesach 23. mars og noen hundre jøder som møtte opp ble internert i synagogen. I løpet av dagen og kvelden ble flere hundre oppsporet eller lokket frem. Jødene fra Athen ble så ført til interneringsleiren Chaidari (eller Haidari) utenfor byen. Burger var lojal mot Eichmann og overkjørte de som forsøkte å hindre ham i oppdraget. Burger gikk utenom kommandolinjen og konfererte direkte med Eichmann i stedet for den lokale SS-lederen.