I katakombene vest for sentrum finner man den kjente kirkegården med de naturlige mumiene. Omtrent et av hundre lik som blir gravlagt her, mumifiseres naturlig. Sent på 1800-tallet ble det innført festeavgift på gravene, noe de fattigste ikke kunne betale. Dermed ble deres slektninger gravd opp og plassert til offentlig skue i et eget museum. Guanajuatos mumiemuseum stiller ennå ut mumier, i 1984 ble to barnemumier stilt ut da slektningene ikke betalte festeavgifta. I dag stilles 111 mumifiserte lik ut, noe som sies å gi et betraktelig bidrag til kommunekassa.