Marriner dirigerte all slags repertoar, men er særlig kjent som tolker av barokkmusikk. Han valgte ut og arrangerte musikken til filmen Amadeus og overvåkete innspillingen av musikken i sin egenskap av sjef for Academy of St Martin in the Fields. Han var en fremtredende fortolker av Mozart og Haydn. Han var leder af til 1992.