Idrijca springer ut i fjellområdet Idrijsko hribovje nær bosetningen Vojsko. Den flyter gjennom Cerknoåsene, i overgangsområdet mellom alpine og dinariske landskapsformer. Retningen er først nordøstlig til elva når byen Idrija; her endres kursen til nordvestlig frem til samløpet med Soča ved Most na Soči.