Kirkas status er ikke avklart og noe omstridt. Kirka ser på seg selv som autokefal, dvs. som en fullt ut selvstendig ortodoks særkirke. Den økumeniske patriark anerkjenner ikke kirkas autokefali og betrakter den istedenfor som en autonom delkirke av Moskva-patriarkatet, som den opprinnelig ble grunnlagt av. Patriarken av Moskva godtar derimot den ortodokse kirke i Amerikas som autokefal, et syn som også støttes av de ortodokse kirkene i Bulgaria, Georgia, Polen, Slovakia og Tsjekkia.