Etter kampene i Rjukan forsøkte Hauge å komme seg gjennom nøytrale Sverige til områdene i Nord-Norge som fortsatt var under norsk kontroll, men ble utlevert til tyskerne av svenske tjenestemenn. Etter å ha blitt holdt som fange av tyskerne i Trondheim til juni 1940, kom han i kontakt med motstandsbevegelsen senere samme år. Han ble arrestert i desember 1940, etter at en motstandsgruppe ble avslørt av tyskerne, men ble løslatt like før jul, på prøve med plikt til å melde seg til de tyske okkupantene.