I mellomtiden var gymnaset i Christiania blitt nedlagt. Rhodius slo seg ned i byen som lege, før han i 1672 vendte tilbake til fødebyen Kemberg i Tyskland. Flere fremstående borgere i Christiania forsøkte forgjeves å overtale ham til å bli. Han inngikk et nytt ekteskap i Tyskland med Maria Dorothea Gröllmann, datter av superintendenten i Gräfenhainichen, og døde i fødebyen 91 år gammel.