Mens Bouguereau tok for seg mange viktige historiske og religiøse temaer, begynte nå publikums smak gradvis å endre seg utover 1860-årene. Bouguereaus malerier viser derfor en transformasjon, der han begynner å bruke dypere farger og et mer bekymringsfullt uttrykk i motivvalg. Bildene fikk derfor et preg av melankoli, noe som relativt ble tatt godt imot i kunstmiljøet. Samtidig tok Bouguereau også opp flere mytologiske motiver. I ettertid kan man hevde at det var bilder innenfor denne sjangeren som ga Bouguereau global anerkjennelse, og maleriene «Venus' fødsel» og «Bølgen» står som to av de fremste innenfor Bouguereaus klassisisme. Ikke alle i kunstmiljøet var imponert av Bouguereau. Han møtte ofte stor motstand der hans bilder skildret det nakne legeme, og enkelte ganger ble verkene fysisk angrepet i protest. Noen kunstkritikere vurderte Bouguereau som en skandalekunstner, som kun var ute etter å provosere.