Bakklandet har også vært et sentralt område for båtbygging i Trondheim. Allerede på 1600-tallet ble det reparert båter på Bakklandet. Trondhjems Skibsværft ble oppretta i 1779 og Nordre Verft i 1830. I 1843 ble Fabriken ved Nidelven anlagt på Øvre Bakklandet med jernstøperi, skipsverft og mekanisk industri. Her ble dampskipene «Nidelven» og «Indherred» bygd i 1850-åra, og landets første norskbygde lokomotiv «Thrønderen» til Størenbanen. I 1872 ble fabrikken sammen med Trolla Brug omdanna til Trondhjems Mekaniske Værksted. Etter at dette hadde flytta til sine nye lokaler på Bakkestranda, overtok Trondhjems Jernindustri lokalene. Her foregikk produksjon av nettinggjerder og spiker til fabrikken flytta til Lade i 1967. Ørens Mekaniske Værksted ble anlagt på 1880-tallet.