Elva har utspring på vestsiden av fjellet Skoahppagašoaivi, i vestre del av fjellområdet Muotkatunturit. Guoldnájohka renner først i sørlig retning til samløpet med sideelva Njurgunája, som kommer inn fra sørøst. Etter samløpet fortsetter elva mot sørvest til den munner ut i Anárjohka ved bosetningen Kuolna, rundt 25 kilometer sør for Karigasniemi.