Under den persiske invasjonen i 480 assisterte Theben invasjonshæren. Konsekvensen var at presidentskapet i det boiotiske forbundet for en tid ble fratatt Theben, men i 457 gjeninnsatte Sparta byen som en buffer mot athensk aggresjon etter slaget ved Tanagra. Athen hevnet seg ved å plutselig gå mot Boiotia, og etter seieren i slaget ved Oinfyta tok de kontroll over hele landet med unntak av hovedstaden. I ti år forble landet i athensk kontroll som ble utøvd gjennom de nyinnsatte demokratiene. Folket gjorde opprør i 447, og etter en seier i det første slaget ved Koroneia tok de tilbake sin uavhengighet.