Med unntaket av noen få artikler forble Magnús stille fra 1850 til 1863. I disse årene gikk han gjennom en åndelig krise. Han kom til så klart i sitt hode at kirkens doktrine om at Gud ble et menneske i og gjennom Jesus Kristus måtte bli forkastet, for det ville innebære en guddommeliggjøring av mennesket. Tysk bibelkritikk og særlig innflytelsen fra Tübingen-skolen hadde fått ham til bryte radikalt med teologien i Evangeliet etter Johannes og Paulus' bibelskrifter. I teksten (1871) trakk Magnús den endelige konklusjon og forklarte jødedommen, som i hans terminologi betydde den endeframme barnetro på Gud, var den eneste sanne religion. Jesus hadde kun ønsket å gjøre jødedommen ren, og det var i den rene jødedom som kristne må vende tilbake til.