Hermes brukte fra tid til annen magi for å løse situasjoner i mytene. Magien kunne variere mellom enkle formularer til kjærlighetsmagi, særlig med lureri involvert, og det meste imellom. Hermes ble også delvis knyttet til magi i hermetismen, som egentlig var knyttet til Hermes Trismegistos (se over). Hermes' egenskap å kunne lukke og åpne opp forskjellige krukker, blant andre en Ares ble fanget i, var også tillagt ham i stor grad. Via Hermes Trismegistos har ordet «hermetisk» kommet fra Hermes.