På begynnelsen av 1870-tallet materialiserte motstanden seg i problemer for ordenen og Mary. Fader Woods var etterhvert blitt upopulær blant de andre prestene i bispedømmet blant annet på grunn av politiske skrifter og sine holdninger til fattigdom og statlig innblanding i undervisningen. Han hadde også kommet med voldsomme profetier om andre presters snarlige død, hovedsakelig prester som var motstandere av ham. Han var blitt så upopulær at en av prestene offentlig sa at han ville ødelegge hans stilling, ved å ramme søstrene. Biskop Laurence Bonaventure Sheil hadde vært i Roma på Første Vatikankonsil og kom tilbake til et bispedømme preget av konflikter. Han ønsket å ha den fulle kontrollen over MacKillops orden, og satte i gang reformer innad i ordenen.