I 1953 fullførte Fontaine en bachelorgrad i matematikk. Den 15. september 1955 dro han som novise i den katolske kongregasjonen De hvite fedre til Fransk Algerie. Fra 1956 til 1957 studerte han teologi ved i Det franske protektorat Tunisia, og ble deretter lærer i Algerie. Han studerte så i tre år teologi i Kartago, og så arabisk i Manouba fra 1962 til 1964. Fra 1964 til 1965 fullførte han sine arabiskstudier ved Pontificio Istituto di Studi Arabi e d'Islamistica i Roma. I 1968 tok han slisensiatgraden i arabisk ved Universitetet i Tunis.