Loisy var den mest kjente franske forfekter for det motstanderne kalte («tysk bibelutlegging»), den historisk-kritiske metode i Bibelvitenskapen. Hans kritiske ansats innrettet seg imidlertid - annerledes enn den liberale teologi i tysk protestantisme - mot å utvikle en ny apologi (trosforsvar) for katolisismen ved å tilpasse den kirkeløige lære til den daværende vitenskapelige erkjennelsesstand.