Han har vært Oslo-Filharmoniens soloklarinettist siden 1990. Pedersen begynte sin musikerkarriere ved Forsvarets Stabsmusikkorps (1985–87) og senere Bergen Filharmoniske Orkester (1987–88) før han kom til Oslo-Filharmonien som alternerende soloklarinett (1988–90). Han studerte med Bendt Neuchs Sørensen i København, og Larry Combs i Chicago. Rolf Wallins er skrevet for ham, og Wallin mottok Nordisk råds pris for dette verket. Pedersen har i tillegg medvirket ved et høyt antall plateinnspillinger som kammermusiker og orkestermusiker.