I 1918 ble han løslatt fra Magdeburg, og i november ble han statssjef for den nye polske staten som ble opprettet. Gjenoppbygningen av landet var ikke en enkel oppgave. Mye av det tidligere russiske Polen var blitt ødelagt under krigen, og tyskernes systematiske plyndring hadde redusert områdenes velstand. I tillegg måtte Piłsudski transformere forskjellige lov-, økonomi- og administrasjonssystemer i de tidligere tyske, østerrikske og russiske delene av det oppdelte Polen til ett.