Dee var en meget from kristen, men hans forståelse av kristendommen var dypt påvirket av hermetisme og nyplatonisme, inkludert matematisk mystikk fra Pythagoras som ble gjenopptatt i renessansen. Han trodde på tall som grunnlag for alle ting og nøkkel til kunnskap, at Guds skapelse var en tildelning av tall. Hermetismen var en synkretistiske åndsretning som fant sitt fremste litterære uttrykk i det antikke manuskriptet som forfektet et hovedsakelig et nyplatonsk verdensbilde, påvirket av innslag fra flere religioner, magi og folketro. Herfra utledet han en tro på at mennesket kan tilvende seg guddommelig kraft, og at denne kraften utøves gjennom matematikk. Hans kabbalistiske englemagi (preget av numerologi) og hans verker om praktisk matematikk (eksempelvis navigasjon) var verdslige sider av samme sak, og ikke de praktiske aktivitetene de oppfattes som i dag. Dee håpet at han med sin religiøse magi kunne forene kristendommens sprikende retninger.