Fotosyntese hos organismer i vannet produserer oksygen og når denne produksjonen (på grunn av algeoppblomstring) overstiger heterotrofe organismers forbruk av oksygen vil overflatevann bli overmettet. I Trondheimsfjorden er overmetning vanlig fra mars til september og kan nå 130 % i april. I dypet under 30–50 meter er det mørkt og ingen fotosyntese, og der forbrukes mer oksygen enn det produseres. De dype bassengene er derfor avhengig av vertikal omrøring eller innstrømming fra havet for tilførsel av oksygenrikt vann. Trondheimsfjorden har de fleste steder oksygenrikt vann helt til bunnen. Noen avstengte grener av fjorden kan ha lite oksygen. Den kraftige strømmen og turbulensen når vann fra hovedfjorden strømmer inn i Borgenfjorden fører til at det ytterste bassenget i Borgenfjorden blir gjennomblandet til bunns hver dag, mens på det indre bassenget av Borgenfjorden legges et lokk av brakkvann i løpet av sommeren slik at det dannes HS på bunnen.