Herzog er kanskje mest kjent for å være den eneste regissøren som har klart å lage flere filmer med den meget aggressive skuespilleren Klaus Kinski, som hadde delt leilighet med familien Herzog da Werner var barn. Filmene som Herzog og Kinski samarbeidet om, var (1975), (1979), (1979), (1982) og (1987). Forholdet mellom regissøren og skuespilleren er blant de merkeligste og mest omtalte i filmhistorien. Kinski var tidvis svært vanskelig, og det hendte flere ganger at det oppsto bråk på filmsettet. På det verste skal Herzog og Kinski ha vært nær ved å drepe hverandre.