I 1797 ble Donzelot såret og ble sendt tilbake til Frankrike, der ble han kjent med Napoléon Bonaparte og meldte seg frivillig til hans felttog i Egypt. Donzelot kjempet i slaget ved Pyramidene 21. juli 1798, i slaget ved Sédiman 7. oktober 1798 og ved Heliopolis 20. mars 1800. Han utmerket seg flere ganger og ble i mars 1801 utnevnt til general. Den 31. august 1801 ledet Donzelot den franske delegasjonen som i møte med britene i Alexandria avtalte overgivelsen av de franske troppene.