Bordingsoperasjoner ble mer aktuelt i NATO blant annet grunnet operasjonene utenfor eks-Jugoslavia, og norsk nasjonal beredskap mot miljøaktivister (fra 1994). Dette krevde spesialkompetanse og bruk av spesialbåter. Ny spesialisering for marinejegerne ble følgelig båtførerutdanning, og egne marinejegere ble utdannet som båtførere fra 1994. Det ble også trent på fastrope-teknikk fra Lynx-helikoptre og ned til skip. Observasjonspost-tjeneste/rekognosering var et annet hovedfokus dette tiåret, og OP-øvelsene kunne vare opptil 30 dager uten etterforsyning, (OP-oppdrag opp mot 56 dager). Marinejegerne trente også på målanvisning for overflatefartøy og ubåter, samt også på søk og redning (combat search and rescue / CSAR) av Luftforsvarets piloter og egne marinejegere. Marineøvelsen FLOTEX var som tidligere aktuell hvert år, og ble et årlig høydepunkt. En annen årlig gjenganger var Escape-øvelsen som innebar at marinejegerne ble forfulgt av soldater, helikoptre og hundepatruljer. Hensikten med Escape-øvelsen var å trene på unnvikelse av fienden dersom marinejegerne skulle gjennomføre anslag mot særlig bevoktede mål.