Som trener begynte han med klubber i lavere divisjoner, men markerte seg senere i US Lecce, som han rykket opp med fra Serie C til Serie A. Imidlertid forlot han klubben til fordel for Cagliari Calcio før Lecce debuterte. Han debuterte i Serie A med Cagliari, men dro etter sesongen til Messina, Hellas Verona og Pisa, før han for første gang erstattet Antonio Conte i Bari. Han ble i Bari i to sesonger og lyktes med en tiendeplass med klubben. Neste lag ble Torino FC, det første laget han ble i mer enn to sesonger siden Entese fra 1982-86. Som trener for Torino lyktes han ikke bare å rykke opp til Serie A, men også å få Torino opp på sjuendeplass og dermed plass i UEFA Europa League 2014/15, der Torino kom hele veien til åttendedelsfinalen før de ble slått ut av FK Zenit St. Petersburg.