Under begivenhetene rundt Pragervåren i Tsjekkoslovakia var Andropov hovedtalsmannen for «ekstreme tiltak». Han forordnet fabrikasjonen av falske etterretningsmeldinger ikke bare for offentlig konsumpsjon, men også for å gjøre inntrykk innen det sovjetiske Politbyrået. KGB nøret opp om en frykt for at Tsjekkoslovakia vil bli utsatt for aggresjon fra NATO eller stå overfor et statskupp. Agenten Oleg Kalugin meldte fra Washington at han hadde fått tilgang til absolutt pålitelige dokumenter som viste at verken CIA eller noen annet etterretningstjeneste manipulerte den tsjekkoslovakiske reformbevegelse, men hans melding ble tilintetgjort fordi den ikke passet med den konspirasjonsteori som Andropov ønsket å utbre. Andropov gav ordre til en rekke aktive tiltak, under samlenavnet Operasjon PROGRESS, rettet mot tsjekkoslovakiske reformpolitikere.