Den tredje fasen (1600-1921) kjennetegnes på den ene siden av forsiktige etterligninger av Navoi og de klassiske forbildene, og på den andre siden av en kontinuerlig økende innflytelse fra folkespråkene usbekisk og uigurisk, spesielt etter 1850. Det språket som ble kalt sart av russerne etter dannelsen av det russiske Turkestan, er en form for sen tsjagatai, men i større grad påvirket av lokale usbekiske dialekter. I Usbekistan, da en del av Sovjetunionen, ble tsjagatai erstattet først i 1921 av et litterært språk basert på usbekiske dialekter.