Selv om området fortsatt var plaget av piratvirksomhet var øya fast bosatte fra denne tiden og framover. Styret over øya gikk fra normannerne og til de tyske kongene fra Huset Hohenstaufen, fulgt av de franske kongene fra Huset Capet, og deretter til de spanske herskerne i Aragón, inntil den aragonske konge Karl I ble konge av Spania og kort tid etter kronet som tysk-romersk keiser som Karl V.