Etter utestengelsen gjorde Karlsen comeback i styrekløft i 1989, hvor han som 21-åring vant NM-gull i sin vektklasse, samt kongepokalen for beste løfter uavhengig av vektklasse. Under NM satte han bl.a. verdensrekord for juniorer med 350 kg i markløft. Karlsen vant deretter bronsemedalje i junior-VM og junior-EM, og kom på 4.-plass i senior-EM, før han la styrkeløft på hylla for å satse på kroppsbygging. Han ble norgesmester i kroppsbygging allerede i 1990, og fortsatte med gode plasseringer både nasjonalt og internasjonalt.