Da han fikk instruks om å spørre om sannsynlige reaksjoner fra Vatikanet angående jødenes status den 2. juni 1941, svarte han i en rapport fra 2. september 1941 at kirken hadde fordømt rasisme, men at den ikke ville bestride fransk lovgivning, ettersom den ikke kom med noen restriksjoner knyttet til ekteskap. Men ingen dokumenter fra Vatikanets arkiver bekrefter Bérards versjon av den samtale Bérard formidlet til sine overordnede - Vatikanet var ganske kritisk innstilt. Bérard var ikke tillatt å begi seg ut på italiensk territorium i Roma, og delegerte i 1943 den reelle styring av ambassaden til sin attaché François de Vial, som ikke bare var den eneste franske diplomat der med bevegelsesfrihet men dermed også hadde mer frihet til å forsvare Frankrikes interesser. Bérard ble på sin post til august 1944.