De økonomiske midlene til aksjonene fikk Ramzi Yousef og Khalid Sheikh Mohammed fra Osama bin Laden og Hambali, og fra frontorganisasjoner styrt av Mohammed Jamal Khalifa, bin Ladens svoger. Det var afghaneren Wali Khan Amin Shah som styrte finansieringen. Han fikk sin kjæreste og andre kvinner i Manila til å hvitvaske pengene som ble skaffet tilveie. Blant disse kvinnene var flere barvertinner, og én var ansatt i en KFC-restaurant. De ble bestukket med gaver og feriereiser slik at de kunne opprette bankkonti som pengene ble satt inn på.