Skipets hvelv er seksdelte. Korsarmenes hvelv er forskjellige fra hovedskipets; i korsarmene hviler ribbene på søyler med menneskehoder; muligens stammer disse hvelvene fra før brannen. Hvelvet i høykorets falt ned på 1600-tallet og det nåværende hvelvet er fra 1700-tallet. I forbindelse med utgravinger i 1970 fant man rester av et flisegulv fra ca. 1200. Flisene er preget med mønster og må være produsert lokalt. Sannsynligvis er det den første fliseproduksjon i Danmark som fra Sorø har spredd seg til hele landet. Flisene kan sees på Nationalmuseet og på Sorø amtsmuseum.