I 1918 ble både Jacinta og broren, sammen med mesteparten av familien, syke av spanskesyken. I april 1919 døde Francisco, noe som gikk hardt inn på Jacinta. Hun ble gradvis sykere, og flere behandlinger ble utprøvd uten hell. En lege på pilegrimsreise til Fátima for å snakke med de to gjenlevende av barna så hvor syk hun var og fikk flyttet henne til et sykehus i Lisboa for behandling der. Etter kort tid i Lisboa døde hun der 20. februar 1920.