Zachariassen ble cand.philol. ved UiT i 1998 på en hovedfagsoppgave om statens rolle i moderniseringa av Nord-Troms fra 1945 til 1970. I 2012 tok han PhD ved UiT med en avhandling om den samepolitiske mobiliseringen på begynnelsen av 1900-tallet. Avhandlingen ble publisert av forlaget ČálliidLágádus (2012).