Assmann studerte egyptologi og klassisk arkeologi i München, Heidelberg, Paris og Göttingen. I 1966–67 var han stipendiat ved det tyske arkeologiske instituttet i Kairo, hvor han fortsatte som uavhengig forsker fra 1967 til 1971. Etter fullført habilitasjonen i 1971 ble han utnevnt til professor i egyptologi ved Universitetet i Heidelberg i 1976 , hvor han underviste til han pensjonerte seg i 2003. Han ble deretter utnevnt til æresprofessor i kulturstudier ved universitetet i Konstanz.