Han var gift med kvinnesaksforkjemperen Laura Marie Rømcke (født i 1860), og fikk tre sønner som alle ble høyesterettsadvokater. Både han og ektefellen Laura var medstiftere av Norsk Kvinnesaksforening i 1884; begge var også styremedlemmer i foreningen i 1880-årene. Den nesteldste sønnen Annæus Schjødt d.e. (født 1888) skulle med tiden bli aktor i lagmannsrettssaken mot Vidkun Quisling. Hustruen Laura døde i 1893, og Annæus Johannes Schjødt giftet seg på nytt med journalisten og forfatteren Edle Hartmann Schjødt, som han i 1901 fikk datteren Siri med.