Et markant problem er den minkende mengden vann i Gatúnsjøen, framfor alt på grunn av avskoging. Hver gang et fartøy reiser gjennom kanalen, følger 200 millioner liter ferskvann med ut i havet, og selv om den årlige nedbøren er tilstrekkelig for å kompensere dette, innebærer den varierende mengden regn mellom årstidene at vann må lagres mellom regnperiodene. Selv om Gatúnsjøen kan lagre en del av dette vannet, har regnskogen tradisjonelt spilt en avgjørende rolle ved å absorbere regnet, for så å utskille vannet i en jevnere takt. På grunn av den minkende vegetasjonen, renner regnet raskere ned i sjøen og videre ut i havet. Dette fører til vannmangel i tørketiden, da relativt lite vann renner ned i sjøen. Avskogingen og den derav forårsakede erosjonen leder også til større mengder slam som samles på bunnen og minsker sjøens kapasitet.