Kort tid etter, i 1215, ble han drept av ukjente gjerningsmenn under et attentat, og han ble etterfulgt av sin halvbror Teodoros Komnenos Dukas. Han hadde bare en mindreårig sønn (Mikael II Komnenos Dukas), og hans halvbror Teodoros Komnenos Dukas overtok makten. Han hadde vært i tjeneste hos Teodoros I Laskaris i Keiserriket Nikea, men ble hjemkalt for styrke lederskapet i Epirus. Han sendte imidlertid sin mindreårige nevø og hans mor i eksil til Peloponnes. Teodoros ledet riket med stor styrke, og underla seg Thessaloniki hvor han også ble kronet til keiser i 1224. I 1230 ble Teodoros slått av bulgarerne og tatt til fange. Dette ga Mikaels sønn Mikael II mulighet til å komme tilbake til Epirus og overta sin fars rike. Mikael skapte riket Epirus og grunnla Komnenos-Dukas-dynastiet som hadde makten i riket fram til 1318 da den italienske Orsini-familien overtok. Medlemmer av familiedynastiet innehadde også keisermakten i Thessaloniki fra 1224 til 1246.