Gjennom Kvitsjøkanalen har Onega forbindelse med Kvitsjøen, og gjennom Volga-Østersjøkanalen med Volga og dermed også med Det kaspiske hav og Svartehavet. Langs sørbredden av sjøen går Onegakanalen, som ble bygget på 1800-tallet som en del av Mariinsk-kanalsystemet, en forløper for Volga-Østersjøkanalen, for å unngå de stormfulle farvannene ute på Onegasjøen.