En intakt Bakers cyste gir som regel få eller ingen plager, og oppdages ofte ved en tilfeldighet på ultralyd eller MR-undersøkelse. I visse tilfeller kan man få vanskeligheter med å bøye kneet fullstendig, og noen kan også være plaget med smerter eller stramninger bak i knehasen. Ved klinisk undersøkelse er cysten vanligvis lett synlig i knehasen når personen står oppreist, og kjennes som en uøm, myk og fluktuerende oppfylning bak kneet.