Etter at han konmtilbake til Sudan var fader Gassis kapellan i Wad Medani i landets midtre del. Så arbeidet han i menigheter i Gedaref, Kassala og New Halfa øst i landet. I 1971 ble han kansler i bispedømmekurien. Fra 1973 til 1983 var han generalsekretær for Den sudanesiske bispekonferanse.