I 1489 ble Hofhaimer organist hos keiser Maximilian I av Det tysk-romerske rike samtidig som han passet sine plikter i Innsbruck. Etter å ha reist noen år flyttet han til Passau i 1498 og i 1507 til Augsburg der han kunne være i nærheten av Maximilian. I 1515 ble Hofhaimer adlet av Maximilian og kongen av Polen. Hofhaimers flyttet tilslutt til Salzburg hvor han var domorganist resten av livet.