Aloneftis fikk sin landslagsdebut for i en VM-kvalifiseringskamp mot den 30. mars 2005, en kamp som endte 0–1. Hans første mål for Kypros kom i returoppgjøret i samme kvalifisering mot Sveits den 7. september samme år. Siden debuten har han deltatt på landslaget under flere kvalifiseringer til både europamesterskap og verdensmesterskap.