Etter at onkelen Anne de Montmorency på nytt var kommet til makt i samband med Henrik IIs trontiltredelse i 1547, ble de Coligny på hans tilskyndelse utnevnt til generaloberst for det franske fotfolket. Som sådan ledet han operasjonene mot engelskokkuperte Boulogne i 1549 og inngikk i 1550 med dem den overenskomst som tilbakeførte Boulogne til Frankrike. Ved sine berømte ordonnanser, snart etterlignet i det øvrige Europa, skapte han tukt og disiplin blant sine soldater.