I perioden i Baku planla han sammen med vennen Baki Khanov å reise rundt i Persia. I april 1886 forlot de Baku med båt til Persias nordkyst og red over Elburzfjellene til Teheran. Der oppsøkte de sjahens svenske hofftannlege doktor Hybenett og overleverte fire flasker punch, og doktoren gav dem introduksjonsbrev. I Teheran ble Baki syk og Hedin måtte fortsette reisen alene. Hedin red sørover mot Isfahan og så til Shiraz. 29 dager etter avreisen fra Teheran red han inn i Bushir ved Persiagulfen, en strekning på 50 mil.