Merkel ble nestleder i CDU i 1991, og i 1998 generalsekretær i partiet. I 2002 ble det avslørt at CDU hadde tatt imot ulovlige pengegaver, men Merkel tok avstand fra dette, og særlig fra Helmut Kohls fortielse av hvor pengene kom fra. Daværende partileder Wolfgang Schäuble måtte gå, og Merkel ble valgt til partileder.