Etter endt utdanning i Roma i 2007 ble Jakobsen forfremmet til brigader og utnevnt til som stabssjef for Hærstaben. I desember 2010 ble Jakobsen forfremmet til generalmajor og startet i stillingen som sjef for operasjonsstaben i Forsvarets operative hovedkvarter på Reitan ved Bodø. I 2013 ble Jakobsen av Kongen i statsråd utnevnt som Generalinspektøren for Hæren.