I 1992 rev O'Connor i stykker et bilde av pave Johannes Paul II på direktesendt amerikansk TV. Dette medførte bannlysing fra radiostasjoner, folk som ødela utgivelsene hennes og negative reaksjoner fra publikum på konsertene hennes. I årenes løp var hun medlem av en rekke religiøse sekter, og hun ble på slutten av 1990-tallet ordinert til prest i en uavhengig katolsk gruppe. Senere ble hun koblet til Rastafari-troen og til ulike kristne trossamfunn. Hun uttalte på et tidspunkt at hun var lesbisk, men modererte senere utsagnet til at hun var bifil. Hun prøvde å ta sitt eget liv i 1999 på grunn av psykiske problemer.