Etter det tyske nederlaget i 1945 og Sovjetunionens okkupasjon av landet ble Zofia Baniecka arrestert grunnet sin virksomhet i motstandsbevegelsen, men hun ble etterhvert løslatt. Hun giftet seg, og i 1977 ble hun og ektemannen involvert i den antikommunistiske organisasjonen Komitet Obrony Robotników (KOR). Hun ble etterhvert også aktiv i den polske fagforeningen Solidaritet, og bidro blant annet med distribusjon av Samizdat (undergrunnsaviser).