Charles Tilly mottok en rekke æresbevisninger for sitt samfunnsvitenskapeligearbeid. Han var medlem av National Academy of Sciences (USA) og the American Academy of Arts and Sciences. Tilly ble tildelt den franske utmerkelsen . I 2007 ble Tilly utnevnt til æresdoktor ved Universitetet i Michigan. Tilly holdt i 1993 Stein Rokkan-forelesningen ved Universitetet i Bergen.