I 1994 ble Dahlgaard valgt til Folketinget fra Københavns østre storkrets, etter å ha blitt nominert av Det Konservative Folkeparti i Bispeeng krets. Han ble en kontroversiell politiker, særlig markant i sin kritikk av EU og euroen. I 1999 vedgikk han å ha stemt på Mogens Camre til Europaparlamentet, hvorpå Dahlgaard ble ekskludert av de konservative. De to neste årene var han partiløs, men meldte seg inn i Kristeligt Folkeparti i 2001 i håp om å etterfølge Flemming Kofod-Svendsen som folketingskandidat i en sikker krets. Dahlgaard ble i stedet nominert i en usikker krets, og ble ikke valgt. Han meldte seg ut i 2004.