I september 2007 kom det frem at Københavns Universitet hadde planer om å flytte biblioteket i Fiolstræde og i stedet innrede bygningene til studiesenter og administrasjon. Som motsvar ble det opprettet en protestaksjon på facebook som snart fikk over 10 000 medlemmer, deriblant Gregers Algreen-Ussing, arkitekturprofessor ved Kunstakademiets Arkitektskole. Bibliotekets siste åpningsdag var onsdag den 8. april 2009.