En ny ariansk biskop ble i mellomtiden innsatt i Alexandria, Gregor fra Kappadokia. Folket i byen støttet ham, og i 339 måtte Athanasius igjen dra i eksil. Han reiste til Roma for å følge saken, og befant seg dermed allerede der da paven sendte sin innkalling. Under det syv år lange oppholdet i Roma gjorde han det egyptiske munkevesenet kjent, noe som regnes som kimen til at det ble utviklet et vestlig klosterliv.