I 885 reetablerte armenerne seg som en selvstendig enhet under ledelse av Ashot I av Bagratidene. Etter den bysantinske okkupasjonen av Bagratide-Armenia i 1045 og den påfølgende invasjonen av de tyrkiske seldsjukkene i 1064, flyktet en betydelig del av den armenske adelen og bondebefolkningen. De bosatte seg i stort antall i Kilikia, en region i Anatolia hvor armenerne allerede var etablert som en minoritet helt siden romertiden. I 1080 grunnla de det uavhengige armenske kongedømmet Kilikia, som ble fokusområdet for armensk nasjonalisme. Armenerne utviklet nære sosiale, kulturelle, militære og religiøse bånd med de nærliggende korsfarerstatene, men bukket etter hvert under for de invaderende mamelukkene.