Etter at hans nederlandske handelsskip Erasmus, og dets overlevende mannskap, er blåst i land på grunn av en voldsom storm ved Anjiro på østkysten av Japan - blir John Blackthorne, skipets engelske navigatør, tatt til fange av en gruppe samurai-krigere. Når han senere blir midlertidig løslatt, må han gi fra seg sin engelske identitet. Han må også tilpasse seg den fremmede japanske kulturen, hvis han skal ha noe håp om å overleve. Som engelskmann er Blackthorne i både religiøs og politisk strid mot portugiserne, og den katolske kirkes Jesuittordenen.