I 2011 ble Dahle avdelingsdirektør for Avdeling for Næringsmiddelbårne infeksjoner ved FHI. Med dette ble mye av forskningsarbeidet hans rettet mot folkehelseutfordringer knyttet til antibiotikaresistens i tarmflora og miljø. I 2016 ble han fagdirektør med spesielt ansvar for laboratoriedriften ved FHI, i 2019 ble han leder for AMR forskningssenteret på FHI, og i 2020 overtok han lederansvaret for FHIs rådgivningstelefon til helsevesenet.