Estlands landmasse er delt i fire forsvarsregioner: Tallinns spesielle forsvarsregion med hovedkvarter i nettopp Tallinn, nordre forsvarsregion med hovedkvarter i Rakvere, søndre forsvarsregion med hovedkvarter i Tartu og øyenes forsvarsregion med hovedkvarter i Pärnu. Forsvarsregionene har generelle styrker, som kan disponeres sentralt, og territorialforsvarsstyrker, som skal brukes til lokalt forsvar.