Etter langvarig uenighet i menigheten gikk Flåten, våren 2006, ut i permisjon. I mars 2007 ble Flåten oppsagt etter at man var kommet frem til en enighet om sluttpakke. I et intervju med i 2015 erkjente Flåten at han var kontrollerende og autoritær da han var pastor i Levende Ord. Han utdypet dette i et lengre intervju i fjerde episode av podkasten «Levende Ords vekst og fall», som ble utgitt av Dagen i 2023. Her tar Flåten på seg skylden for det meste som gikk galt i bergensmenigheten.