Etter Den tyske ridderordenens nederlag i trettenårskrigen ble bispedømmet i den andre freden i Thorn (1466) løst fra De tyske riddernes ordensstat. Bispedømmets høystift ble dermed et fullt autonomt fyrstbispedømme, som stod i et lensforhold til kongen av Polen. Denne uavhengigheten varte til Polens første deling (1772), da fyrstbispedømmet ble integrert i Preussen.