Gen-flyt er når gener overføres fra en populasjon til en annen populasjon innen samme art, og er den eneste prosessen som gjør populasjonene genetisk mer like hverandre. Gen-flyt gjør også at gen-bassengene blir større. Gen-flyt oppstår når individer migrerer. Migrasjonen kan skje med fullvoksne individer eller med mindre spredningsenheter, for eksempel pollen. Gen-flytens intensitet avhenger blant annet av hvor overkommelige de geografiske barrierene er.