Den 7. september 1608 inntrådte Giovanni Battista Zupi i novisiatet hos de neapolitanske jesuitter. I 1610 fulgte han kurset i retorikk ved Pizzofalcone-kollegiet i Napoli Deretter fulgte studier ved Collegio Massimo, og fra 1613 til 1616 tok han filosofistudiet. Etterpå bar det ikke straks videre med teologien. Det antas at det var nå, mellom 1616 og 1618, at han viet seg til de matemqatiske studer, De hadde han ved det neapolitanske kollegium under Giovanni Giacomo Staserio. Fra skoleåret 1618-19 fulgte de teologiske studier.