Internt på den norske nasjonalsosialistiske siden opplevet mange at Germanske SS Norge var for tyskvennlig på bekostning av Nasjonal Samling, noe som nok bygger på den pangermanske tenkningen Germanske SS Norge var basert på. Sentralt stod de rasemessige forstillingene om å kjempe for de pangermanske idéene i den nasjonalsosialistiske ideologien. Slik fremstod organisasjonen som et alternativt miljø til Nasjonal Samling, noe som passet de NS-kritiske nasjonalsosialistiske miljøene godt, hvor en fant blant andre både justisminister Sverre Riisnæs og Hans S. Jacobsen, som en tid var redaktør for Germanske SS Norges tidsskrift . Etter saken mot Gunnar Eilifsen ble imidlertid organisasjonen knyttet nærmere det offisielle maktapparatet.