FA ble stiftet i 1863 i London, selv om det var skotske og ikke engelske klubber som standardiserte regelverket rundt om i Storbritannia på det tidspunktet. Alcock var en av de tidligste komitémedlemmene. Han kom med i 1866, og ble som 28-åring valgt som FA-sekretær. I 1871 var det han som la frem forslaget om å starte FA Challenge Cup, den første turneringe etter utslagningsprinsippet. Femten lag var med i den første turneringen i 1872, og London-klubben Wanderers med Alcock som kaptein vant etter 1-0 over Royal Engineers i finalen.