I perioden 1978–1984 arbeidet Jensen som familieterapeut ved Statens senter for barne- og ungdomspsykiatri. Fra 1984 arbeidet han ved Diakonhjemmet Høgskole, senere fusjonert til VID vitenskapelige høgskole, der han blant annet ledet arbeidet med å etablere en videreutdanning i familieterapi (1990), og senere et masterprogram i familieterapi og systemisk praksis (2003). Jensen arbeidet på masterprogrammet til han gikk av med pensjon høsten 2019. Han har også praktisert som veileder og terapeut ved siden av. Han er nå professor emeritus ved VID vitenskapelige høgskole.