Dodon ble innsatt som president 23. desember 2016. Tre dager senere ble flagget til Den europeiske union, som hang ved siden av Moldovas flagg, fjernet fra Moldovas presidentadministrasjon. Den 4. januar 2017 møtte Dodon med presidenten til utbryterrepublikken Transnistria Vadim Krasnoselsky. Dette møtet var det første møtet mellom lederne i Moldova og Transnistria på åtte år. Dodons to første internasjonale besøk var til Moskva og Brussel.