Det sørlige England ble raskt lagt under Vilhelms styre, men i nord var det væpnet motstand inntil 1072. Den største trusselen mot Vilhelm var danske og skotske invasjonsforsøk. Det var også et invasjonsforsøk fra Haralds sønner, samt opprør i Wales og i Stafford. Vilhelm nedkjempet alle sine fiender, og tok kontroll i nord. Northumbria ble lagt øde for å hindre fienden. Det siste alvorlige opprøret var jarlenes opprør i 1075.