Etter invasjonsfasen fortsatte krigen i mindre intensitet, og israelske styrker ble stående i Libanon for å bekjempe PLO-styrker som etter hvert returnerte til landet. PLO beholdt sitt fotfeste i enkelte flyktningsleirer, men ble tvunget på retrett når også Syria utviklet seg til å bli en fiende for organisasjonen. I desember 1983 trakk Yasir Arafat seg fra Libanon for andre gang, men mindre styrker ble stående i landet. Mot krigens avsluttende fase skjedde det forbausende, stilltiende alliansebytter da Israel, Syria og Amal-bevegelsen alle kjempet mot PLO, som for øvrig ikke hadde nevneverdig utenforstående støtte. Israel fortsatte å operere aktivt mot PLO i Libanon etter tilbaketrekningen, i form av hyppige luftangrep mot bevegelsens baser sør i landet.