Duchesne ble 1878 professor i kirkehistorie ved i Paris. I 1883 vekslet han over til École Pratique des Hautes Études, og ser influerte han i noen grad Alfred Firmin Loisy, en av grunnleggerne av den modernistiske bevegelse innen den katolske kirke, en bevegelse som senere ble formelt fordømt under pave Pius X.