Under et besøk til Aether Foundations base, kalt Aether Paradise, dukker en mystisk skapning kalt et «Ultra Beast» opp fra et ormehull. Men den trekker seg tilbake, før de rekker å beseire eller ta den til fange. Senere, etter at spilleren har beseiret Team Skull ved basen deres, avslører Gladion at Team Skull egentlig har jobbet for Aether Foundation. De har kidnappet Nebby, for å bruke disse kreftene for å tilkalle Ultra Beasts. Spilleren må deretter fortsette gjennom en rekke kamper på Aether Paradise med hjelp fra Hau og Gladion, og beseirer til slutt Aether-president Lusamine.