Morten Rasmussen debuterte i superligaen for AGF 12. mai 2002 i en alder av bare 17 år. Hans ansikt var imidlertid ikke ukjent for alle, siden han som en del av U17-landslaget med spillere fra årgangen '85 hadde opptrådt i et TV-program med tittelen . I sin tid i AGF opplevde Morten Rasmussen stor suksess og ble med tiden en av profilene på et ellers stadig svakere AGF-lag.