Ferdinand og Isabella utnevnte i 1481 Tomás de Torquemada til leder for inkvisisjonen, med ansvar for å etterforske og straffe , det vil si jøder og muslimer som hadde konvertert til kristendommen, men som fortsatte å praktisere sin opprinnelige religion i smug (også kalt og ). Prosessen begynte i Sevilla, og det ble snart etter opprettet domstoler i Córdoba, Jaén og Ciudad Real, som så ble fulgt av Aragón, Catalonia og Valencia. Mellom 1486 og 1492 ble det avholdt autodafé 25 ganger bare i Toledo. Mellom 1481 og 1826 ble det holdt minst 464 slike seremonier. Mellom 1480 og 1492 ble mer enn stilt for retten.