I 1961, da Honecker var sentralkomitéens sekretær for sikkerhet, var han ansvarlig for byggingen av Berlinmuren. I 1971 iverksatte han en maktkamp, med støtte fra Sovjetunionen, som førte til at han erstattet Walter Ulbricht som generalsekretær i SEDs sentralkomité og som formann i Det nasjonale forsvarsrådet. I 1976 ble han også statsrådsformann, dvs. statsoverhode i DDR.