Den 23. oktober 1993 plasserte han sammen med Thomas Begley en bombe i en fiskebutikk på Shankill Road i Belfast. Bomben gikk av for tidlig, og drepte Begley og ni sivile, inkludert to barn. Kelly forklarte senere at bomben skulle ha drept flere lojalistiske ledere. Han ble selv alvorlig såret, og mistet et øye samt førligheten i venstre arm. Kelly ble pågrepet da han ble funnet under det sammenraste huset av redningsarbeidere.