Sluttregningen for Botniabanan ble 15 milliarder kroner i løpende pengeverdi. I en granskning utført av Riksrevisionen ble det dog hevdet at den sammenlagte kostnaden for å få full nytte av Botniabanan beløpet seg til 26 milliarder kroner. Forskjellen kommer av at i Riksrevisionens totalsum inngår foruten Botniabanan også hele Ådalsbanan, ny godsterminal i Umeå og tiltak på Ostkustbanan sør for Sundsvall. Riksrevisionens måte å regne på har møtt kritikk fordi metoden innebærer at man belaster kostnaden for andre tiltak på et prosjekt på tross av at andre også har nytteverdi av tiltaket. Byggingen av Botniabanan ble finansiert via det statlige selskapet Botniabanan AB med statsgaranterte lån. Lånet tilbakebetales ved at Trafikverket leier banen av Botniabanan AB til 2050. Deretter går eierskapet av banen over til Trafikverket.