Det frodige dalføret rundt Cuernavaca spilte en rolle under alle tidlige kulturer i det sentrale meksikanske høylandet. Rundt 1200 ble området intensivt oppdyrket av en kultur som kalles Tlahuica, med hovedstad i Cuernavaca. Rundt 1370 ble de undertvunget av aztekerne, og gjorde sterk motstand mot spanjolene da de kom i 1521. Morelos er også kjent fra den meksikanske revolusjonen, da Emiliano Zapata opererte fra området, og ble myrdet i 1919.