Etter VM fortsatte skader å sette kjepper i hjulene for ham både på klubbnivå og landslagsnivå. Bebeto kom seg i god nok form til at landslagstrener Paulo Roberto Falcão inkluderte ham i troppen til Copa América i 1991. Uoverenstemmelser med Falcão førte imidlertid til at Bebeto trakk seg fra troppen og forlot vertslandet Chile seks dager før Brasils åpningskamp i turneringen for å dra hjem igjen til familien i Brasil. Krangler med landslagstrenerne Carlos Alberto Silva i 1988, Lazaroni i 1990, og Falcão i 1991, ga Bebeto et rykte som sutrete. Det var bekymringer for at holdningene hans kom til å ødelegge for karrieren hans. Da Falcão fikk sparken etter at Brasil kom på andreplass i Copa América 1991 etter Argentina, hentet den midlertidige landslagstreneren Ernesto Paul ham tilbake i troppen til vennskapskamp mot . Da Carlos Alberto Parreira tok over på fast basis, ga han Bebeto tillit. Det viste seg å bli en god avgjørelse. I tospann med Romário på topp, var Bebeto sterkt delaktig i Brasils triumf i VM i 1994.