Han var cand.oecon. fra 1957, og var ansatt i Norges Bank 1957–1960, Finansdepartementet 1960–1961 og Det internasjonale valutafondet 1962–1965. Han var kontorsjef i Norges Bank 1965–1968, økonomisk rådgiver for Bank of Tanzania 1968–1970. Han var statssekretær i Handels- og skipsfartsdepartementet 1973–1974, og konstituert statsråd 1974–1976 under Trygve Brattelis andre regjering. Magnussen var eksekutivdirektør i Verdensbanken 1976–1979 og 1991–1992, direktør i Norges Eksportråd 1979–1982, samt direktør i Norges Bank 1970–1978 og 1983–1991 og 1992–1996. Han var medlem av Arbeiderpartiets økonomipolitiske utvalg 1965–1983.