Men det tok ikke lang tid før grekerne og tyrkerne på øya havnet i konflikt med hverandre. Både i den tyrkiske og i den greske delen vokste det opp nasjonalistiske undergrunnsbevegelser som fryktet motparten. Uroligheter brøt først ut i 1963, da FN måtte sende en representant til øya. President Makarios sikret seg i 1966 kontroll over nasjonalgarden og ca. ti tusen greske soldater ble plassert på øya. Den spente situasjonen førte til massakrer fra begge sider. Den tyrkiske minoriteten var hardest rammet, og ca. 20 000 tyrkiske landsbyboere flyktet til kummerlige teltleire, hovedsakelig rundt Nikosia. I 1967 varslet Tyrkia at landet ville gå til invasjon av Kypros hvis forfølgelsen av tyrkisk-kypriotene fortsatte.