Når regnværet beveget seg nordøstover til Böhmerwald og til kildeområdene til Elben og Vltava, var resultatet katastrofale vannivå først i de østerrikske områdene av Mühlviertel og Waldviertel og senere i Tsjekkia, Thüringen og Sachsen. Elver fant nye elveløp og oversvømmelsene kom ut av kontroll. Flere landsbyer i nordlige Böhmen, Thüringen og Sachsen ble mer eller mindre ødelagt fordi elvene skiftet kurs.