To år senere fylte Teodebert tretten år og var da i en lovlig alder til å styre alene. Han kastet ut sin dominerende bestemor fra hoffet til stor jubel fra adelen i Austrasia, og den gamle damen reiste sørover til Burgund. Hennes andre sønnesønn Teoderik tok vel imot henne, ønsket henne «velkommen og behandlet henne med seremoni.» Etter hvert havnet den unge kongen under sin bestemors innflytelse, og forholdet mellom brødrene ble vanskelig. I 599 forsøkte Klotar i Neustria, nå blitt femten år, å angripe Austrasia. Klotar beseiret Teodebert ved Sens. Trusselen fra Klotar fikk brødrene til å legge til side sine motsetninger og dannet felles front. Krigen mot Neustria ble gjenopptatt og i 600 møtte Klotar en forent hær fra Austrasia og Burgund, og ble beseiret ved Dormelles i nærheten av Montereau. Klotar ble tvunget til å gå med på en avtale hvor han mistet store områder av sitt rike, alt landet mellom Seinen og Oise ble fordelt mellom brødrene. Teodebert tok landet mellom Seinen og Loire, inkludert grenseområdet mot Bretagne, mens Teoderik mottok resten. Sammen drev de en militær kampanje i Gascogne hvor befolkningen ble underkastet og de innsatte en mann ved navn Genialis som , hertug.