Frem til 1850 lå Skara Brae under sanddynene. Kraftige bølger og vind fjernet gresset og flere rester av steinhus kom til syne. I 1924 kom flere rester av steinhus frem i dagslyset etter tilsvarende uvær. Arkeologiske utgravninger ble foretatt mellom 1928 og 1930 av Vere Gordon Childe.