I perioden 1571–1573 var han sanger i hoffkapellet i München og var samtidig elev av Orlande de Lassus. Han kom til bankmannen Jacob Fugger i Ausburg i 1578. Senere, i 1580, tok Eccard jobben som kapellmester ved hoffkapellet i Köningsberg, (nå Kaliningrad, Russland) hvor han i 1604 også ble forfremmet til førstekapellmester. Han takket i 1608 ja til en lignende stilling ved Johan Sigismunds hoffkapell i Berlin.