Eichmann tok initiativ overfor Himmler om å iverksette Madagaskarplanen som flere ledende nazister snakket om. Himmler ga klarsignal til innledende undersøkelser og planlegging som Eichmann og Dieter Wisliceny gjennomførte. I august 1940 sendte Eichmann medarbeidere til alle okkuperte områder for å sammenstille statistikk over den jødiske befolkningen. Etter møter med det franske kolonidepartementet skisserte planen at 4 millioner jøder kunne bosettes på Madagaskar. Madagaskarplanen var vanskelig å gjennomføre så lenge Storbritannia fortsatte krigen mot Tyskland. Etter invasjonen av Sovjetunionen den 22. juni 1941 ble iverksetting av planen utsatt på ubestemt tid.