Brukerens adgangskode brukes også til å utregne den nøkkel som skal brukes til å åpne brukerens private nøkler. Det vil si NemID eller andre har ikke adgang til de private nøkler på det sentrale system. Når man skal ha forrettet en forbindelse til en tjeneste, danner nettleseren og Java-applet en sesjonsnøkkel. Denne nøkkelen og kun den sendes til NemID, hvor nøkkelen blir signert med den private nøkkel. Det gjelder når en bruker skal sende en e-post som skal signeres. Omvendt, når en e-post skal avkodes, sendes den krypterte sesjonsnøkkel til NemID, som tilbakeleverer sesjonsnøkkelen til å åpne det kodede dokument i e-posten.