I borgerkrigstiden gjorde områdets nærhet til Svearike det svært utsatt for invasjoner og okkupasjon av styrker som hadde sine baser i Götaland. I 1134 møtte kong Magnus Sigurdsson kronkreveren Harald Gille i slaget ved Fyrileiv ved Gullmarsfjorden, og i 1158 og -59 ble Konghelle angrepet av en annen kronkrever, Håkon Herdebrei. Den første befestningen ved Kongshelle, borgen Ragnhildsholm ble bygget på 1200-tallet på Håkon Håkonssons regjeringstid. Båhuslens neste by, Marstrand, nevnes første gangen i 1291. I tidlig norsk administrativ inndeling utgjorde de nordlige bygdene i Båhuslen Ranafylke, de sydlige Elfsysla, hvor både Kongshelle og Marstrand var anlagt. Landsdelen var fra 1200-tallet inndelt i 16 skipreider, som i hovedsak tilsvarer dagens svenske herreder.