Byen er kjent siden 1500-tallet som landsbyen . Den fikk bystatus i 1781, og navnet ble samtidig endret til (russisk: ). I 1930 ble navnet igjen endret, til Istra, etter elva som renner gjennom byen. Som følge av en kortvarig okkupasjon av tyske styrker under den Store patriotiske krig ble byen sterkt skadet. Etter krigen har Istra blitt et forskningsenter innen elektro og kraftforsyning.