Han startet sitt pontifikat med å suspendere keiseren for å ha utsatt det lovede sjette korstog. Etter hvert ble keiseren utestengt fra kirkens sakramenter og truet med avsettelse, og som konflikten tiltok, ble keiser Fredrik fratatt sin kontroll over kirken på Sicilia, sin føydale forpliktelse og forbindelse til paven, og dermed sin rett til å regne Sicilia som sitt område.