Bauers venn Thomas Harlan medvirket i Auschwitzprosessene til å fremskaffe skriftlige beviser mot de mistenkte. Bauer og Harlan brevvekslet hyppig i 1960-årene - 130 brev er bevart og arkivert i Fritz Bauer-instituttet i Frankfurt. Thomas Harlan var sønn av propagandafilmskaperen Veit Harlan. Den eldre Bauer var trolig en farsfigur for Thomas Harlan som var i konflikt med faren Veit Harlan og bekjempet det faren hadde medvirket til. Vaktene i Auschwitz var pålagt å se Veit Harlans propagandafilm .