Det området som lengst forble en del av Wisconsin-territoriet falt opprinnelig under Nordvestterritoriet, og det ble inkorporert i Indiana-territoriet ved opprettelsen av dette i 1800. I 1809 ble det overført til Illinois-territoriet og i 1818, når forarbeidet for at Illinois skulle bli en egen stat begynte, ble området overført til Michigan-territoriet. I 1836 fant den siste fradelingen sted, under forberedelsene til at Michigan skulle bli en egen stat. Wisconsin-territoriet var selvstendig.