José de Jesús Núñez Viloria deltok på gutteseminar i Mérida. Deretter studerte han filosofi og katolsk teologi ved -seminaret. Den 12. august 1962 ble han presteviet for bispedømmet Trujillo. Núñez Viloria var deretter rektor ved gutteseminaret i bispedømmet Trujillo og som sogneprest for katedralen i Trujillo.