Han var eldste sønn av Axel Pedersen Brahe og Maren Thygesdatter Lunge. Omkring 1503 ble han gift med Magdalene Krognos, som var datter av den rike Oluf Stigsen Krognos til Krapperup og Bollerup og Gertrud Knudsdatter Hase. Gjennom ekteskapet fikk han Knudstrup i Onsø herred i Skåne og halvdelen av Karsholm i Villand herred.