Webster stilte for tredje og siste gang til valg som Whig-partiets kandidat ved presidenvalget i 1852, men på grunn av skiftende popularitet fikk han ikke nok stemmer og måtte se seg slått av Winfield Scott. Daniel Webster døde som følge av en rideulykke ved sitt hjem i Marshfield i Massachusetts den 14. oktober 1852 og ble erstattet av sin viseutenriksminister Edward Everett. Til tross for at presidentvalget var én uke etter at Webster døde, stod fortsatt navnet hans på stemmeseddelen i Massachusetts og Georgia, noe som gjorde at han fikk rundt 7 000 stemmer.