Kilinochchi-distriktet ligger sør for Jaffnalagunen og Jaffnahalvøya. Den har kyst mot vest mot Palkstredet og nord mot Jaffnastredet og såvidt også mot Bengalbukta i øst. I nord grenser distriktet mot Jaffna-distriktet, mot øst og sør mot Mullaittivu-distriktet, og mot sørvest mot Mannar-distriktet.