Hen ble så satt til å lede SOEs virksomhet i Sør-Italia, hvor han deltok i landgangen ved Anzio. I Sør-Italia kledte han seg en gang som en (stor) gammel dame for å smugle en radiosender gjennom de tyske linjer og koordinere SOE-virksomhet i okkupert område. Munthe var også med på å få berget den liberale filosof Benedetto Croce og hans familie. De var i fangenskap i Sorrento, og deres flukt blagte dem til Capri der de skjulte seg i faren Axel Munthes hus Villa San Michele.