Under den store fedrelandskrigen (andre verdenskrig) spilte jernbanenettet en viktig rolle i krigsinnsatsen ved at det stod for transport av militært personell, utstyr, forsterkninger og gods til frontlinjene og ofte også evakueringen av hele fabrikker og byer fra europeisk Russland til Ural og Sibir. Tap av gruvedrift og industrielle sentre i vestlige Sovjetunionen gjorde det nødvendig å bygge nye jernbanelinjer raskt i krigstid. Spesielt kjent blant de banene som ble bygget under krigen var banen som gikk til kullgruvebyen Vorkuta, som etter krigen ble forlenget til Labytnangi ved elven Ob. Byggingsarbeidet for å forlenge banen helt til Jenisej fortsatte på 1950-tallet, men ble avbrutt av Josef Stalins død.