Siden Kyros var begravd i Pasargadae, som er nevnt hos Ktesias som hans egen by, og siden, ifølge inskripsjonene, bygningene i Persepolis ble bygd under Dareios I, var det antagelig under denne kongen som innledet en ny gren av kongefamilien at Persepolis ble hovedstad i Persia. Som bosetning derimot, er et avsidesliggende sted i en vanskelig tilgjengelig alpin region langt fra fordelaktig for herskerne av imperiet. De egentlige hovedstedene var Susa, Babylon og Ekbatana. Dette forklarer hvorfor grekerne ikke kjente til byen før den ble tatt og plyndret av Aleksander den store.