I 1931 ble Aguirre også innvalgt i det spanske parlamentet for Bizkaia og Navarra. Han vant gjenvalg i 1932 og 1936. I nasjonalforsamlingen ble Aguirre visesekretær i komiteen som forberedte selvstyreordninger for regionene. Året etter ble han arrestert som ledd i sentralregjeringens tiltak etter en generalstreik.