Et romvesen som befinner seg ulovlig på jorden, dreper en bonde ved navn Edgar, og bruker huden hans som en forkledning for å late som han er et menneske. Edgar-romvesen forsøker å finne en enhet som kalles for "The Galaxy" og går til en restaurant i New York og finner to romvesener (også forkledd som mennesker) som Edgar tror har "The Galaxy" i deres besittelse. Men han finner ikke det han er på jakt etter. Samtidig undersøker K krasj-landingen av en UFO ved Edgars gård, og konkluderer med at Edgars hud ble tatt av en "bug" en art av aggressive kakerlakk-lignende romvesener. K og J drar til et likhus for å undersøke likene som romvesenet drepte. Inne i den ene kroppen oppdager de et døende Arquillian-romvesen, som var medlem av den kongelige familien Arquillian. K frykter at dette romvesenets død kan utløse en krig. MIB-informant Frank the Pug forteller at "The Galaxy" er en massiv energi-kilde som er gjemt i en liten juvel. J oppdager at galaksen henger på halsbåndet til Arquillian-romvesenets katt, Orion, som nekter å forlate romvesenets kropp ved likhuset. I mellomtiden skyter et Arquillian-slagskip et advarselsskudd i Arktis, og leverer et ultimatum til MIB: Returner "The Galaxy" innen en "galaktisk standard uke", i løpet av en times tid på jorden, ellers vil romvesenene ødelegge hele jordkloden.