Etter krigen fortsatte major Munthe å arbeide for militæret, og ble involvert i sosiale prosjekter (beskrevet i hans bok ). I 1945 giftet han seg med Ann Felicity Rea (født 15. januar 1923), som han hadde møtt gjennom hennes far Philip Russell Rea, som var personlig stabsoffiser til Colin Gubbins (leder av SOE), og senere leder for Liberal Party i House of Lords. De fikk tre barn, Adam John Munthe (1946 - ), Guy Sebastian Munthe (1948 - 1992) og Katriona Munthe-Lindgren (1955 - ).