Anabaptistene stod for blant annet en konsepsjon med frivillig medlemskap og menighetens selvstendighet (kongregasjonalisme), en fullstendig atskillelse av stat og kirke, voksendåp eller troende dåp, en symbolsk nattverds oppfattelse, det allmenne presteskap, pasifisme (selv om der var også enkelte voldsberedte) og avvisning av å sverge en ed. De kritiserte reformatorene blant annet for ikke å være i overensstemmelse med urkristendommen. De gikk dermed lenger enn de fleste reformatorene i å bryte med datidens tradisjoner. Men de var neppe noen ensartet gruppe. Noen støttet militærmakt, mens andre, kanskje de fleste, nektet å være med på krig. Enkelte grupper forkynte at tusenårsriket var nær. De ble utsatt for motstand fra mange hold, og mange ble på grunn av sin tro dømt til døden og brent på bålet. Om deres lidelser beretter senere det såkalte martyrspeil (). Også store menn innen reformasjonen som Martin Luther og Ulrich Zwingli støttet opp om forfølgelsen av døperne. Luther kalte dem «svermere» og Zwingli anbefalte å utrydde dem. Gjendøperemandatet fra 1529 foreskrev dødsstraff for samtlige døpere i det tysk-romerske rike.