I 1497 fulgte Senfl med hoffkapellet til Wien. Når korguttene ved keiserhoffet kom i stemmeskiftet var det vanlig at de fikk finansiert et studium ved universitetet i Wien, og en regner med at Senfl studerte her mellom 1500 og 1504. I henhold til utsagn i den selvbiografiske sangen fikk han sin utdanning som sanger, skriver og komponist av hoffkomponisten Heinrich Isaac. Blant annet kopierte han mye av Isaacs , et enormt arbeid han fullførte først etter komponistens død.