Janakpur er en av de ytterst få byer i Nepal som har jernbane til India. To smalsporete linjer ender i byen. Den ene går østover til Jaynagar, rett over grensen til India. Den andre går nordover til Bijalpura. Begge linjer er på omtrent 30 km. Tilsammen er de praktisk talt hele jernbanenettet i Nepal.