Merton deltok ikke de katolske søndagsmessene i kirken nær lycéet; han tok som regel et tidlig tog hjem. En protestantisk pastor pleide å komme til skolen for å undervise ikke-katolikkene der, men Merton fattet ikke særlig interesse for dette heller. Juleferiene i 1926 og 1927 tilbragte han med venner av faren i Murat i Auvergne. Han ble slik kjent med og beundret et fromt katolsk par, men bare én gang kom religion opp som et tema mellom dem. Faren var på den tiden mye underveis. Sommeren 1928 tok han sønnen ut av Lycée Ingres, og informerte ham at de skulle dra sammen til England.