I oktober 1912 brøt den første Balkankrigen ut. Kemal deltok blant annet ved Gallipoli. Det osmanske riket tapte store områder i Europa, inkludert Saloniki (Tessaloniki) og Monastir som var områder Mustafa Kemal var knyttet til. Hans mor, søster og stefar var blant de tyrkerne som flyktet til Istanbul. Under den kortvarige andre Balkankrigen sommeren 1913, deltok Kemal da Det osmanske riket gjenerobret noen av de europeiske områdene som var gått tapt året før. Han ble deretter utnevnt til militær attache i Sofia, og forfremmet til oberstløytnant i 1914.