Spillet åpner på et oppdrag i byen Midgar for å undersøke AVALANCHE-aktiviteter. Med hjelp fra Reno trekker AVALANCHE seg tilbake. Men dette angrepet viser seg imidlertid å være en bløff, for å trekke styrker vekk fra byen Junon - hvor president Shinra skal holde en tale. President Shinra blir skutt, men overlever så vidt.