Godwin giftet seg på nytt et par år senere og hans nye hustru, Mary Jane Clairmont, brakte med seg to barn fra et tidligere ekteskap. Begge døtrene til Wollstonecraft fikk et anstrengt forhold til Godwins nye hustru og den oppmerksomhet som hun viste sin egen datter, Claire Clairmont, på bekostning av dem. Godwins hjem ble et ukomfertabelt sted å leve etterhvert som spenningen økte og Godwins gjeld steg. Mary og stesøsteren Claire flyktet til kontinentet med den romantiske poeten Percy Bysshe Shelley. Fanny Imlay som ble igjen måtte ta støtet av Godwins raseri. Hun ble stadig mer isolert fra samtlige medlemmer av familien og endte med å ta sitt eget liv i 1816.