Nuno Gomes debuterte for klubben Boavista FC sesongen 1994/95. Etter tre sesonger i klubben (med 60 ligamål på 101 kamper) gikk han til italienske AC Fiorentina for 17 millioner euro. Han vant den italienske cupen det første året, før klubbens økonomiske problemer fremskyndet Gomes' retur til Benfica i 2002. Nuno Gomes var mye skadeplaget de neste tre årene, men kom sterkt tilbake i 2005/2006-sesongen med femten ligamål. Nuno Gomes har siden blitt mistet plassen i førsteelveren, etter at Javier Saviola ble hentet til klubben i 2009.