Etter omtrent 2–300 år overtok Antwerpen denne posisjonen, fordi kanalen til havet i Brugge tettet seg til, men Brugge forble viktig også i renessansen. Midt på 1600-tallet var byen eksilsete for Karl II av England. Byen vokste videre som senter for handel, håndverk og tidlig tekstilindustri. I 1907 ble havnen i Zeebrugge anlagt.