Seriens popularitet nådde toppen i siste halvdel av 1990-årene,. I de to siste sesongene ble Anderson stjernen og Duchovny var med i et mindretall av episodene. Agentene John Doggett (Robert Patrick) og Monica Reyes (Annabeth Gish) ble introdusert som erstatning. Da serien ble avsluttet var den den lengste science fiction-serien på amerikansk TV. Den ble senere slått av . kalte serien den nest største kultserien og den 37. beste TV-serien noensinne.