Regjeringen i Lesotho var sen med å forstå alvoret av hiv/aids-krisen, og dens forsøk på å bekjempe spredningen av sykdommen har hatt liten suksess. I 1999 fullførte regjeringen en strategisk plan mot hiv/aids, blant annet ved å fremme utdanning, prevensjon, rådgivning og behandlingsbehovet for befolkningen. Sent i 2003 annonserte regjeringen at den dannet en ny aids-kommisjon for å koordinere omfattende tiltak mot sykdommen. Regjeringen i Lesotho var også vertskap for SADCs ekstraordinære hiv/aids-konferanse i 2003.