Enheten ble organisert som institusjon i 1941, da man opprettet Statens plantepatologiske institutt med statsentomolog Thor Hiorth Schøyen som leder for zoologisk avdeling, og statsmykolog Jørstad som leder for mykologisk avdeling. Etter at Korsmo hadde gått av for aldersgrensa i 1933, ble det av økonomiske årsaker et tomrom fram til 1948. Da ble en ny avdeling innen ugrasbiologi opprettet, og Torstein Vidme tilsatt som leder med tittelen ugrasbiolog. Navnet på enheten ble i 1946 endret til Statens plantevern og Hiorth Schøyen ble forfremmet til leder for alle tre avdelingene. Han sluttet i 1955, og Jac. Fjelddalen overtok. I 1968 ble stilingen omgjort til administrerende direktør, og i 1976 skilt fra avdeling skadedyr. Trygve Rygg ble da tilsatt som leder for denne avdelingen.