I 1964 ble han forsvarsminister i Harold Wilsons første regjering (1964–70), og var da ansvarlig for gjennomføringen av regjeringens politikk om å legge ned alle britiske militære baser «øst for Suez» innen 1971. Han tapte imidlertid ministerposten ved Labours valgnederlag i 1970, og basenedleggelsen ble delvis reversert og utsatt av regjeringen ledet av Edward Heath. Da Labour gjenvant regjeringsmakten i 1974 ble han finansminister. Tiden i finansdepartementet var preget av både politisk og økonomisk krise. Healey hadde i 1976 ansvar for å forhandle fram et lån fra Det internasjonale pengefondet.