I Kysylkum finnes betydelige forekomster av gull, uran, kobber, aluminium og sølv, foruten naturgass og olje. Utbyggingen av det mest produktive gullfeltet ved Muruntau begynte tidlig på 1970-tallet. De viktigste sentrene for gruve- og smelteindustrien i regionen er Navoi, Zarafshan og Uchkuduk. Gassindustrien er sentrert rundt Gazli og Mubarek.