I november 1905 ble Lindequist utnevnt til guvernør i Tysk Sørvest-Afrika. Han ble da den første sivile guvernøren. Det skjedde i sluttfasen av herero-oppstanden. Lindequist hadde akseptert posten under forutsetning av at Lothar von Trotha ble fjernet som kommandant på grunn av sin brutale krigføring og det Lindequist mente var Trothas umenneskelighet. Lindequist mente Trothas kompromissløse holdning var en viktig grunn til eskaleringen av oppstanden.