I 2011 tok Midtvedt den britiske skandaleforskeren Andrew Wakefield i forsvar i et debattinnlegg skrevet sammen med Geir Flatabø og Hanne Bjørg Walker, og hevdet at hans hypotese om en sammenheng mellom MMR-vaksinen og autisme ikke var avvist. Påstandene ble imøtegått av professor Stig Frøland. Midtvedt skrev også forordet i boka hvor antroposof og vaksinemotstander Trond Skaftnesmo forsøker å renvaske Wakefield. I 2015 var han oppnevnt som sakkyndig for en pasient som i Høyesterett fikk tilkjent erstatning for å ha utviklet sykdommen multippel sklerose etter å ha tatt MMR-vaksinen. Midtvedts påstander i retten om at en sammenheng var sannsynlig var avgjørende for dommen.