Fleetwood var en sterk og urokkelig tilhenger av Oliver Cromwells politikk. Han støttet Cromwells antagelse i posisjonen som Lord Protector og hans oppløsning av parlamentene. I desember 1654 ble han medlem av rådet og etter at han kom tilbake til England i 1655 ble han utnevnt til en av protektoratets ti administrative generalmajorer. Han godkjente , et lovforslag under protektoratet som opprinnelig hadde til hensikt å gjøre Cromwell til konge, noe Fleetwood mente var uklokt, og det endte også med at Cromwell betakket seg. Han ble medlem av det nye overhuset og støttet glødende Cromwells utenrikspolitikk i Europa som var basert på religiøse inndelinger, og hans forsvar av protestanter som ble forfulgt i utlandet. Ved Cromwells død ble han dermed ansett for å være hans naturlige etterfølger, og det er også hevdet at Cromwell faktisk hadde nominert ham. Han ga imidlertid sin støtte til Richard Cromwells antagelse i posisjonen som den neste Lord Protector. Senere var han, om ikke den som frembragte dem, den som tillot petisjoner fra hæren som krevde at den skulle bli uavhengig, og til slutt var han (med støtte fra de andre offiserene i -gruppen) blant de som med makt tvang Richard Cromwell til å oppløse det tredje protektoratparlamentet.