Ved 1477 var Margarets posisjon som hertuginne av Burgund ikke lenger så sterk som den tidligere hadde vært. Etter Isabellas død i 1471 hadde Karl av Burgund blitt i økende grad tyrannisk og ambisiøs. Han begynte å drømme om å samle et kongedømme som tidligere Lotharingia, et rike som strakte seg fra Nordsjøen og til Middelhavet. For å oppnå dette begynte å strides og gå til krig med sine naboer som svarte på trusselen med å alliere seg imot ham. Ludvig XI av Frankrike greide på dyktig vis å destabilisere Burgund: Edvard IV hadde blitt løsrevet fra hans allianse, Karls omdømme og bankkreditt hadde blitt underminert av franskekongen, og Burgunds handel ble kvalt av fransk embargo. Ved 1476 ble hertugen betraktet som en tyrann av sitt folk som led under franskmennene nektet å eksportere vin og brød til Burgund, og som fryktet hans harde represalier mot indre opposisjon. I 1476 fikk han sin eneste datter og arving Maria av Burgund forlovet med keiser Maximilian I av Det tysk-romerske rike. Fra 1474 begynte Karl å involvere seg i en rekke politiske strider som til sist førte til hans fall. I slaget ved Nancy den 5. januar 1477 ble det siste og avgjørende slaget i de burgunske kriger. Hertugen beleiret byen Nancy i Lorraine, og til tross for de harde vinterforholdene var Karl bestemt på å gjennomføre beleiringen til byen overga seg og før hertug René II av Lorraine kom byen til hjelp straks været bedret seg. René II hadde en stor hær støttet av sveitsiske leiesoldater, og i slaget var René II seierrik, Karl av Burgund drept, og hans mishandlede lik ble funnet først tre dager senere. Karl av Burgunds død fikk store konsekvenser for europeisk historie. Burgunds territorier lå som en buffer mellom de voksende stormaktene Frankrike og det haburgske riket. Igjen sto den barnløse enkehertuginnen Margaret.