Edvard VI døde i 1553 og ble etterfulgt av sin halvsøster Maria I. Maria var datter av Katarina av Aragón og forble katolikk. I pakt med dette satte hun i gang en motreformasjon. Den 14. februar 1556 ble Cranmer som protestant avsatt fra sitt embete, fengslet og anklaget for både høyforræderi og kjetteri. For å unngå henrettelse avsverget han sin protestantiske tro.