Paul Blobel hevdet til sitt forsvar at general Dwight D. Eisenhower, øverstkommanderende for allierte styrker i Europa, hadde gitt ordre om å skyte 200 tyskere for hver drepte amerikaner. Da ble Musmanno sint og forlangte bevis for Blobels påstand. Blobel, forsvarsadvokatene og de andre tiltalte kunne ikke legge frem noe bevis for den påståtte ordren fra Eisenhower. Ferencz mente han stadig ble overkjørt av dommeren Michael Musmanno da han protesterte mot bevisene forsvarerne la frem. Forsvaret kunne introdusere de bevisene de måtte ønske, til og med «the habits of penguins», ifølge dommeren, noe som fikk tilnavnet «pingvinregelen» – dommeren lot alle si det de ville for å vise verden at det var en rettferdig prosess. Saken varte i åtte måneder, særlig ble saken langvarig fordi alle tiltalte ønsket å vitne. Forsvarerne argumenterte med at de allierte også drepte sivile i stort antall ved å bombe tyske befolkningssentra (som ved bombingen av Dresden) uten militær hensikt. Dommerne svarte på dette punktet med at flybombingen av tyske byer hadde til hensikt å få Tyskland til å overgi seg og dermed få slutt på krigen, mens jødene ble drept etter at motstanderne hadde overgitt seg eller området var erobret. Dommerne avviste at alliert terrorbombing av tyske byer er moralsk analogt med Einsatzgruppenes massakrer.