Izz al-Din al-Qassam-brigadene er en integrert del av Hamas. Mens de er underordnet Hamas' brede politiske mål og dets ideologiske mål, har de en betydelig grad av uavhengighet i beslutningstaking. I 1997 beskrev statsviterne Ilana Kass og Bard O'Neill Hamas' forhold til brigadene som minner om Sinn Féins forhold til den militære armen til den irske republikanske hæren og siterte en høytstående Hamas-tjenestemann: "Izz al-Din al-Qassam Brigade er en egen væpnet militærfløy, som har sine egne ledere som ikke tar imot ordrer [fra Hamas] og ikke forteller oss om planene sine på forhånd." Kass og O'Neill har videreført analogien med IRA. Separasjonen av de politiske og militære fløyene skjermet Hamas' politiske ledere fra ansvar for terrorisme, mens den plausible fornektelsen dette ga gjorde Hamas til en kvalifisert representant for fredsforhandlinger på samme måte som med Sinn Féin under Gerry Adams' ledelse.