Det viste seg å oppstå mange og store problemer i byggeperioden, men onsdag den 28. april 1858 kl. 1030 ble Trefoldighetskirken vigslet av biskop Jens Lauritz Arup. Morgenbladet kunne fortelle at nærmere 3000 mennesker fylte kirken til trengsel. Aldri hadde så mange prominente personer overvært en lignende seremoni. Vigslingen skjedde fem år etter den opprinnelige planen. Helt ferdig var kirken riktignok ikke. Det store alteret var for eksempel ikke komplett. Den nye menigheten, Trefoldighet menighet, hadde nå imidlertid fått sin menighetskirke, og byen hadde fått en monumental kuppelkirke.