Polizei-Bataillon 309 fulgte like bak Wehrmacht og sammen med Wehrmacht-soldater drepte de raskt minst 2000 jøder. Massakrene i Białystok var en del av det første «sveip» av drap i de erobrede områdene under Holocaust. Minst 500 av ble stuet sammen i en synagoge som tyskerne satte fyr på - disse som forsøkte å unnslippe brannen ble skutt. Massakren 27. juni var satt i gang av noen få målrettede offiserer og uten spesifikke ordrer ovenfra. Massakrene ble gjort under påskudd av gjengjeldelse og pasifisering av befolkningen. Rettsoppgjøret i Vest-Tyskland pekte ut en troppsleder og kompanikommandant in bataljon 309 som fanatiske nazister. Personer som passet til stereotype oppfatninger av jødisk utseende ble drept først. Flere jøder ble hånet og nedverdiget før de ble drept. Ortodokse jøder ble skutt og drept på åpen gaten og fikk skjegget brent. Politimenn som uttrykte ubehag ved framferden ble avfeid. Kommandanten for 309 og Wehrmachts general på stedet brydde seg ikke og forsøkte senere å dekke over massakren og beskrev det som gjengjeldelse. Himmler kom til byen 8. juli, dagen etter kom politisjef Daluege og holdt en tale om kampen mot den store fienden, bolsjevismen. Bach-Zelewski ga 11. juli ordre om å henrette mannlige jøder «dømt» for plyndring, henrettelsene skulle skje i skjul utenfor byen. I landsbyen Jedwabne massakrerte sivile polakker 340 jøder 10. juli 1941.