Da rettsprosessen åpnet 23. mars 1590, var hun syk, men sønnen Absalon Absalonsøn stilte i hennes sted. Det ble foreslått å fengsle Anne Pedersdotter, noe sønnen motsatte seg. Han viste til brevet fra 10. desember 1575 fra kongen om at hun allerede var frikjent for slike beskyldninger, men lagretten endte med å finne frikjennelsesbrevet irrelevant, siden anklagene mot henne var av nyere dato. Hun ble dermed satt i fengsel i rådhuskjelleren.