Våren 1898 tilbød han utgiveren George Newnes å finansiere ekspedisjonen, og til gjengjeld skulle han få førsteretten til historien. Denne ekspedisjonen, kalt Southern Cross-ekspedisjonen, overvintret for første gang i Antarktis og ble den første til å oppsøke Rossbarrieren siden James Clark Ross i 1839–43. Borchgrevink viste at barrieren ikke bare var en hindring, men også var en måte å kunne komme seg sørover på. Han demonstrerte også nytten av hunder og ski i Antarktis. Ekspedisjonen var alt utstyrt etter den «nye norske skole for polarforskning».