Elvas kilder er i i den sørlige delen av Massif Central. Den renner derfra i vestlig retning gjennom departementene Hérault og Tarn, og passerer underveis gjennom flere kløfter og demninger. Agout munner ut i Tarn ved Saint-Sulpice. På sin vei renner elva gjennom følgende byer: La Salvetat-sur-Agout, Brassac, Castres, Lavaur og Saint-Sulpice. De største sideelvene er Dadou, Gijou og Thoré.