I 1716 ble så Norge invadert av svenskene. Moss og jernverket ble besatt den 17. mars av svenske tropper. Allerede den 26. mars ved det første slaget om Moss ble de jaget av norske tropper, men dagen etter ble byen på ny besatt og okkupert i 5 uker, og verket ble plyndret av de svenske troppene. Krigsårene var vanskelige for verket. I tillegg til plyndring var bøndene opptatt med transporter for troppene og hadde liten kapasitet til produksjon og transport av trekull. Mens de andre norske jernverk gjorde gode penger på krigen, kom Moss Jernverk og dets hovedeier Hübsch dårlig ut. På bakgrunn av alle problemene søkte Hübsch kongen om nye år med tiendefri og fikk det, til og med 1722. For 1723 måtte verket betale 300 riksdaler og fra 1724 det samme som andre norske jernverk, altså 400 riksdaler.