Den 21. september 2003, etter 14 år i rommet og 8 års aktiv tjeneste i kretsløp rundt Jupiter, ble Galileos oppdrag avsluttet ved å sende sonden ned i Jupiters atmosfære med en hastighet på nesten 50 km/s. Dette ble gjort for å sikre at sonden ikke styrtet ned på en av Jupiters måner og dermed forurenset denne med jordiske bakterier. Det var spesielt ismånen Europa forskerne bekymret seg for, ettersom observasjoner fra Galileo tyder på at det kan være et saltvannsosean under denne månens overflate.