Etter at Jason Bourne ødela , bestemmer CIA seg for å kjøre noen av sine andre hemmelige prosjekter, noe som inkluderer å assassinere feltagentene. Imidlertid unnslipper -agenten Aaron Cross (Jeremy Renner) døden, og får hjelp av -forskeren Marta Shearling (Rachel Weisz) til å eksponere CIAs kriminelle handlinger en gang for alle.