Segesser studerte deretter teologi i Ingolstadt og ble ordinert til prest i 1721. Han var da lærer ved forskjellige gymnasier i Sveits, Tyrol og Bayern. i Bayern underviste han i Altötting (kildebelagt den 16. september 1721), og i 1722 ble han overført til en undervisningspost i Straubing. I 1726 avla han sine evige løfter som jesuitt i Neuburg an der Donau.