I Cape Town møtte Darwin og kaptein FitzRoy John Herschel som nylig hadde skrevet til Lyell om «mysterienes mysterie», artenes opprinnelse. Mens Darwin organiserte notatene sine på reisen tilbake skrev han at dersom hans gryende mistanke om spottefuglene og skilpaddene var riktig, «slike fakta underminere artenes stabilitet», for så å legge til «kunne» før «underminere». Han skrev senere at slike fakta «virket for meg til å belyse artenes opprinnelse».