Tainan ble etter 1621 gjort til nederlendernes koloniby på øya Formosa. Det var rundt den festningen de anla ved kysten, opprinnelig kalt Fort Oranje, og kort etter omdøpt til Fort Zeelandia. Senere fordrev Koxinga nederlenderne, og opprettet fortet og byen rundt som hovedstad for sin regjering (under navnet ).