Han vokste opp i Trongisvágur og Tórshavn, som sønn av tømrer Martin Eli (Eliesar) Mortensen og hustru Ethel Jespersen. Han er gift med Hjørdis Egholm fra Tórshavn, som han har fire barn med. Etter folkeskolen gikk han i lære som maskin- og bilmekaniker hos Wenzel Petersen. I 1978 ble Mortensen bilkontrollør og skadetakstmann i Tryggingarfelagið Føroyar.