Den 2. februar 2008 innvilget pave Benedikt XVI hans aldersbetingede avskjedsøknad. Plotti flyttet deretter tilbake til Roma. Den 19. mai 2012 utnevnte Benedikt XVI ham til apostolisk administrator av Trapani - et siciliansk bispedømme hvis biskop Francesco Miccichè var blitt avsatt av paven for økonomiske misligheter. Plotti forble adoinnistrator der inntil 3. november 2013.