Familien stammet fra en nederlandsk glassmester som utvandret fra Nederland til Russland rundt 1763. Der ble familien opptatt i adelen og tilhørte de mer velstående i Pskov-området. Alexander Van der Bellens bestefar, som hadde samme navn, var en liberal politiker som var aktiv i lokalregjeringen for Pskov forut for oktoberrevolusjonen. I 1919 flyktet hans besteforeldre, far og onkel fra bolsjevikene og slo seg ned i det nylig uavhengige Estland. Slektsnavnet ble stavet i Russland, men familien endret dette til da de forlot landet.