Enhetens arbeid styres av straffeprosessloven, påtaleinstruksen og direktiver fra Riksadvokaten. Saksbehandlingen hos spesialenheten følger de samme reglene som annen etterforskning og bevisvurdering. Riksadvokaten instruerte i 2006 om at spesialenheten bare skal etterforske handlinger begått i tjeneste (politifolk kan også ha tjenesteplikt på fritiden).