I juni 2001 testet Gatlin positivt for amfetamin i det amerikanske juniormesterskapet. Han ble derfor utestengt fra idrett i to år. Han påklagde denne avgjørelsen, fordi resultatet skyldtes medisin han tok mot Attention Deficit Disorder (ADD), en sykdom han fikk påvist da han var 9 år gammel. Klagen ble tatt til følge, og dommen ble opphevet i juni 2002.