Han studerte både medisin, filosofi og juss ved Universitetet i Padova i Italia. Da han ble 21 år gammel, i 1797, startet han sin medisinske praksis som doktor. Han var gjennom hele sitt liv en dypt liberal filosof og en ekte gresk demokrat. Da han ble president satte Kapodistrias i gang med en stor reform og modernisering program som dekket alle områder.