I de følgende århundrer var byen underlagt ulike herskere. I en periode var det frankerne som hadde kontrollen. Senere var byen en periode underlagt bispedømmet i Liege (nederlandsk: ) i det fransktalende Belgia. Senere var Maastricht en del av Karl den stores rike med sin nærhet til Aachen. Mot slutten av 1100-tallet inngikk Maastricht i hertugdømmet Brabant (grunnlagt 1183-84) og fikk formelle rettigheter som by i 1204. Det var først og fremst ull- og lærhandel som dominerte. Senere kom Maastricht under Kongedømmet Burgund. På 1500-tallet hadde spanierne kontroll over Nederland inkludert Maastricht. Det var opprør mot det spanske herredømmet både i 1576 og 1579 uten at det førte til noen fristilling fra spansk overherredømme. Først i 1632 kom Maastricht igjen under nederlandsk styre og befestningene omkring byen ble ytterligere utbygget.