Karl Knutsson ble gravlagt Riddarholmskyrkan og en gravstein ble senere satt opp av Johan III. Han etterlot seg kun en sønn i spedbarnsalderen, født av en elskerinne som han giftet seg med på dødsleiet. Den svenske regjeringen aksepterte ikke at gutten skulle etterfølge ham som konge, men utpekte en av sine egne som regent, Karl Knutssons nevø Sten Sture den eldre.