De første årene utviklet Rare hovedsakelig spill for Nintendo Entertainment System (NES), deriblant spillene og . I 1994 kjøpte Nintendo 25% av aksjene i selskapet, og etter hvert kjøpte de seg opp til 49% av aksjene, hvorpå Rare utviklet spill eksklusivt for Nintendos spillkonsoller. De mest kjente spillene de utviklet for Super Nintendo (SNES) var (samt dets to etterfølgere) og . solgte over ni millioner eksemplarer og ble det nest mest solgte spillet for SNES. Rare opplevde massiv suksess med mange av deres 11 spill for Nintendo 64, deriblant , , , , , , , , . I 1998-1999 forlot mange av Rares utviklere selskapet, og dannet nye spillutviklingsselskaper. Det mest betydningsfulle, Free Radical Design (nå Crytek UK), er kjent for -serien. for GameCube ble det siste spillet Rare utviklet for en hjemme-Nintendokonsoll.