Musepest er mest utbredt i Norden og i Øst-Europa, men forekommer i hele Europa unntatt land rundt Middelhavet. De fleste tilfellene i Nord-Europa forekommer i september–mai, og den årlige insidensen henger ofte sammen med smågnagerbestanden. Sykdommen er derfor vanligst i såkalte gnagerår, med sykdomstopper omtrent hvert 3–4 år i Nord-Europa.