Dyreflagellatene fordeler seg på rike Archezoa (tarmflagellatene, f.eks. Giardia), rike Euglenozoa (kinetoplastidene, f.eks. sovesykeflagellater), rike Alveolata (dyreliknende fureflagellater, f.eks. morildorganismen nattlys), dyreriket Animalia (krageflagellater), samt en rekke uplasserte former.