Hunnen legger 1–2 egg i september–oktober. Eggene legges med 3–5 dagers mellomrom. Inkubasjonstiden varer i 35–54 dager (i snitt 43 dager). Klekkingen starter som regel i begynnelsen av november og kyllingene blir flygedyktige tidlig i februar året etter. Foreldrene gjenvinner så kondisjonen (og legger på seg typisk 2–3 kg) og starter mytingen i februar–april. Mytingen varer i 3–4 uker, og guløyepingvinen myter hele fjærdrakten på en gang. I myteperioden taper fuglene seg gjerne 3–4 kg.