Han ble født i Hessen-Kassel som sønn av Christoph Boppenhausen (ca. 1629–1674) og hustru Maria Uloth (ca. 1640–1673). Fra Lübeck kom han til Danmark i 1699 hvor han i en periode var lærling hos bokbinder ved Det Kongelige Bibliotek, Wolffgang Lamprecht. Boppenhausen ble en velansett bokbinder, en av de første som i Danmark-Norge utførte speilbind etter engelsk mønster, samt den første som anvendte marmorert papir til innbindingen. Han utførte arbeide for tidens velstående boksamlere deriblant Christian Gyldenløve (1674–1703), Christian Danneskiold-Samsøe (1702–28), Niels Foss (1670–1751), Frederik Walter (1649-1718) m.fl. Boppenhausen døde i 1740, og ble begravet i Vor Frue i København. Værkstedet ble ført videre av sønnen Jacob Wilhelm Boppenhausen (d. 1761).