Tiden i Bologna var preget av strid mellom Cazzati og de de andre musikerne. Kort tid etter at han tiltrådte stilte han krav om at alle musikerne i kapellet gikk gjennom en streng prøve, omtrent som ved en nyansettelse, og sa opp de som nektet å delta. Antallet fast ansatte musikere ble redusert til 33. Omleggingen førte til at kirkemusikken i Bologna fikk et betydelig kvalitetsløft, men varige spenninger kan ha vært medvirkende til at han ikke ble opptatt i byens prestisjefylte som ble grunnlagt i 1666.