Frere hadde ikke før inntatt embetet som høykommissær før han ble konfrontert med alvorlige problemer med innfødte i Zululand og i grenseområdet til Xhosaene i Kappkolonien. Der var et alvorlig opprør i 1877 blant galekaene og gaikaene. Det krevdes en betydelig styrke av imperie- og kolonitropper for å slå ned opprøret, og krigen ble senere kjent som den niende xhosakrigen. Den berømte xhosahøvdingen Sandili mistet livet under krigen. Etter krigen sluttet ble Transkei, eller territoriet til galekastammen som var ledet av Kreli, annektert av britene. Mens krigen fremdeles pågikk, gikk lord Carnarvon av fra sin stilling i den britiske regjeringen, og hans planer for konføderasjon ble oppgitt.