Selv byområdet til Oxyrhynchus har aldri blitt utgravd ettersom den moderne egyptiske byen ligger over den, men det er antatt at byen hadde mange offentlige bygninger, blant annet et teater med sitteplasser til 11 000 tilskuere, en hippodrom, fire offentlige bad, et gymnasion, og to små havner langs Bahr Yussef. Det er også sannsynlig at det var militære bygninger, som barakker, ettersom byen understøttet en militær garnison ved flere anledninger under de romerske og bysantinske periodene. I løpet av de greske og romerske periodene hadde Oxyrhynchus templer for de flerkulturelle gudene Serapis, Zevs- Amon, Hera-Isis, Atargatis-Bethnnis og Osiris. Det var også greske templer for Demeter, Dionysos, Hermes, og Apollon, foruten romerske templer for Jupiter Capitolinus og Mars. I den kristne tiden var Oxyrhynchus et bispesete, og dagens by har flere gamle koptisk-kristne kirker.