Weyse er først og fremst kjent for sine melodier til danske fedrelandssanger og julemelodier – blant dem «Du grønne, glitrende tre» – men har også skrevet syv symfonier m.m. Weyse lærte Wolfgang Amadeus Mozarts enke Constanze å kjenne de årene hun bodde i København (1810–1820) og hadde jevnlig kontakt med hennes mann, den danske diplomat og etatsråd Georg Nikolaus von Nissen. Constanze Mozart sammenlignet – meget smigrende for Weyse – Weyses musikk med sin manns.