I 1596 ble Bacon Queen's Counsel, men ble ikke utnevnt til Master of the Rolls. I løpet av de neste årene forble hans finansielle situasjon dårlig. Hans venner klarte ikke å finne et offentlig embete for han, og et forsøk på å fremme hans stilling gjennom et ekteskap med den velstående og unge enken Lady Elizabeth Hatton sviktet da hun brøt forholdet deres ved å akseptere ekteskap til en rikere mann. I 1598 ble Bacon arrestert for gjeld. Imidlertid bedret hans stilling seg i Dronningens øyne. Gradvis ble Bacons sett på som en av de lærde juristene, men han hadde ingen provisjon eller bevilgninger og fikk ingen lønn. Hans forhold til Dronningen ble ytterligere forbedret da han brøt båndene med Robert Devereux, 2. jarl av Essex, et heldig trekk fordi Essex senere ble henrettet for landssvik i 1601.