Som han hadde for vane skrev ikke Bach bare av, men benyttet anledningen til å foreta en mengde detaljforbedringer. I begynnelsen er manuskriptet i en fast og sikker håndskrift, men skriften blir mer og mer usikker og skjelvende, sannsynligvis på grunn av Bachs øyelidelse. De tre siste satsene er skrevet av Bachs svigersønn, Johann Christoph Altnikol; ifølge forordet til Kunst der Fuge etter diktat.