Milner forlot journalistikken i 1885 og ble de liberales kandidat fra Harrow i Middlesex i valget, men tapte valget. Han fungerte som privatsekretær for George Goschen, og da Goschen ble finansminister i 1887, ble han utnevnt til hans fremste privatsekretær. Milner ble senere medlem av middagsklubben Coefficients, som ble startet i 1902 av de fabianske Sidney og Beatrice Webb.