I 1939 tok Hitler kontroll over resten av Böhmen og Mähren, og opprettet et «riksprotektorat» for området. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen. Også andre tsjekkoslovakiske borgere gikk okkupasjonsmaktens ærend. Blant de sudettyske kollaboratørene var den anti-tsjekkiske Karl Hermann Frank. Den tsjekkoslovakiske motstandsbevegelsen rapporterte allerede i 1939 at tsjekkerne fikk et stadig mer radikalt syn på sudettyskerne og at «nasjonen bare overlever på håpet om hevn». Felles for de mange rapportene fra protektoratet til eksilregjeringen i London var at befolkningen hadde bygget opp et intenst hat mot alt og alle som var tysk, og befolkningen så frem til å drive tyskerne med makt ut av landet.