Çeku er uteksaminert både fra Den militære høyskolen i Beograd (Serbia) og Det militære akademiet i Zadar (Kroatia). Han startet sin militærkarriere i 1984 i det jugoslaviske forsvaret hvor han fram til 1991 var tropp kommandant. Da oppløsningen av Jugoslavia startet ble Çeku en del av det nystartede kroatiske forsvaret hvor han til å begynne med var artillerikommandant. Under krigen mellom kroatene og serberne ble Çeku dekorert ni ganger og i 1995 hadde han graden brigadegeneral. Fram til Kosovo-krigen jobbet han ved det kroatiske forsvarsdepartementet. I mars 1999 ble Çeku en del av UÇK (Kosovos frigjøringshær) hvor han var generalstabssjef. Etter krigen hadde Çeku oppnådd graden generalløytnant og ble øverste leder for TMK som i all hovedsak besto av tidligere UÇK-medlemmer. I mars 2006 meldte han seg inn i partiet Alliansen for Kosovos Fremtid (AAK) og ble Kosovos statsminister. I november 2007 var det valg i Kosovo og partiet til Çeku gjorde det relativt dårlig. I januar 2008 gikk han av som statsminister og Hashim Thaçi overtok. Çeku har forlatt AAK og signalisert at han vil stifte sitt eget politiske parti.