Banen hadde opprinnelig endestasjon noen hundre meter øst for Slussen, hvor det ble reist en stasjonsbygning i 1914, som i dag kalles Sjömansinstitutets hus. I forbindelse med utbyggingen av det nåværende anleggene i Slusseen, ble det i 1935 godkjent av de politiske myndighetene at Saltsjöbanan ble forlenget inn i anlegget under bakken i Slussen, og fra 1936 ble endestasjonen flyttet til dagens plassering.