I 1544 klaget bøndene under Holme Kloster over maktmisbruk, men anklagene ble trukket tilbake etter trusler fra Sophie Lykke selv. I 1551 ble godset dog inndratt av kronen. Fem år senere ble det reist sak mot henne for ulovlig handel med kveg. Hun ble omsider tvunget til av avstå sine landområder til sine svigersønner i bytte for en pensjon, men ble etter ønske fra dronning Dorothea skånet for straff. Kongen forlente henne heretter med Lister len i Norge hvor hun bosatte seg. Også her gjorde hun seg bemerket ved sin hårdhet mot bøndene, og ved å drive ulovlig trelasthandel, hvoretter hun i en kort periode fikk fratatt lenet. I sin egenskap av å være søster til Jørgen Lykke, svigerinne til riksmarsk Otte Krumpen og med to svigersønner i riksrådet, lykkes det henne dog å få det tilbake samme år.