Thomson ble savnet etter en kanotur på Canoe Lake i Algonquin Park den 8. juli 1917. Liket ble funnet åtte dager senere. Dødsårsaken ble etter en overfladisk likskue, offisielt fastslått som drukning, men der er fortsatt usikkerhet om dette var den egentlige dødsårsaken. Han ble rapportert å ha et fiskesnøre knyttet rundt leggen og man fant en hodeskade. Denne kan ha skjedd post mortem. Snøret kan ha fungert som støtte for en forstuet ankel.