Marguerite ble enke for andre gang i 1196 og døde selv på pilegrimsreise til Det hellige land ved Sankt Johannes i byen Akko i 1197. Hun døde kun noen dager etter at hun hadde ankommet Midtøsten. Hun ble gravlagt i katedralen i Tyr, i henhold til Ernoul, kronikøren som hadde fortsatt krønikene til Vilhelm av Tyr.