Hensikten med avtalen og prosedyrene er å bidra til en praktisk gjennomføring av folkerettens bestemmelser om konsultasjoner mellom staters myndigheter og urfolk. Ved hjelp av avtalens nærmere beskrevne framgangsmåter skal Norges regjering og Sametinget forsøke å oppnå enighet i saker hvor det vurderes å innføre lover eller andre tiltak som kan påvirke samiske interesser direkte. Bakgrunnen for avtalen er folkerettslige bestemmelser om statenes forpliktelser til konsultasjoner med urfolk i saker som direkte angår dem. Konsultasjonsavtalen gir ikke Sametinget vetorett i saker som påvirker samiske interesser. De formelle beslutningene tas av statlige myndigheter og av Stortinget.