Felicity Huffman ble født i Bedford i New York som datter av Grace Valle (født Ewing), en skuespiller, og Moore Peters Huffman, en bankansatt. Hennes foreldre skilte seg et år etter hennes fødsel. Hun ble for det meste oppdratt av sin mor. Huffman har seks søstre og en bror. Hun gikk på Putney School, en internatskole i Putney, Vermont. Hun tok eksamen ved Interlochen Arts Academy i Michigan. Etter videregående skole kom hun inn på New York University hvor hun tok eksamen i 1984 med en bachelorgrad i drama.