På grunn av de relativt store forskjellene i IR-absorpsjonsfrekvenser som skyldes forskjellige resonansfrekvenser for molekyler som inneholder forskjellige isotoper, har denne teknikken blitt foreslått som en måte å utføre isotopseparasjon med isotoper som er vanskelige å separere, i ett enkelt pass. For eksempel kan molekyler av UF som inneholder U-235 bli ionisert fullstendig som et resultat av en slik laserresonans, og etterlate UF som inneholder den tyngre U-238 intakt.