I den siste fase av krigen, da tyskerne hadde grepet den reelle makt i Italia og da mer uhemmet kunne lete etter og deportere jøder, bevarte kardinal Boetto mange fra denne skjebne med sin innsats koordinert av hans sekretær Francesco Repetto, mobilisering av kirkefolk og lege katolikker, og samarbeide med DELASEM, og også ned den svenske Genova-konsul Elow Kihlgren.