Landets helsevesen omfatter blant annet 17 spesialiserte sykehus, fire regionale diagnostikk- og behandlingssentre, ni distriktssykehus, 21 aimagsykehus og 323 sum-sykehus. I tillegg kommer 536 private sykehus. I 2002 fantes det 33273 helsearbeidere i landet, hvorav 6823 var leger. Det er 75,7 sykehussenger per 10 000 innbyggere i Mongolia.