Mange antropologer liker å kalle området i Afrika der Uganda ligger for . Det er sannsynlig at Uganda tidligere var dekket av tett tropisk regnskog, som var bebodd av pygmestammer som var jegere og samlere. For omtrent 2000 år siden ble disse stammene presset vekk av landbruksdyrkende bantufolk. Omkring det 18. århundre dominerte to etniske grupper det nåværende Uganda: bantustammer i sør som levde av jordbruk, og nomadiske stammer i nord, . Fra det 15. århundre eksisterte det i den sørlige delen av det nåværende Uganda et aristokrati som delvis eksisterer den dag i dag. Blant disse hadde kongerikene og ledende roller.