Etter reformasjonen sørget Christian 3. for å få samlet inn klostrenes boksamlinger. I 1554 kom kongens predikant Henrik von Bruchofen til Voer for å sikre seg de bøkene som var aktuelle, og sende dem til Københavns Universitetsbibliotek. Klosterbygningene tjente også som steinbrudd, slik at 1.624 murstein derfra ble brukt på Voerladegård kirke, og i en salgsannonse fra 1783 opplyses at det fremdeles kan graves frem en del murstein fra det gamle klosteret.