Ramos-Horta stilte til valget som ble avholdt 17. mars 2012 for å fortsette en periode til som president. Han fikk imidlertid tredjeplass i første valgomgang med 19,43% av stemmene, bak kandidatene Francisco Guterres med 27,28 % og Taur Matan Ruak med 24,17 %. Ramos-Horta annonserte at han hadde tapt og kom til å gå av. Taur Matan Ruak vant andre valgomgang og overtok som president 20. mai 2012.