I tillegg var de konfesjonelle grensene en stadig tilbakevendende utfordring. Westfalen og Rhinprovinsen var tradisjonelle katolske områder i det overveiende protestantiske Preussen. Ved opprettelsen hadde provinsen Westfalen omkring 1,1 millioner innbyggere, hvorav 56 % var katolikker, 43 % var protestanter, mens omkring 1 % var jøder. Det gjenspeilet seg i en svært differensiert politisk kultur, hvor spesielt den katolske adelen, som hadde spilt en fremtredende rolle i de gamle geistlige statene, stilte seg overveiende negative til de nye makthaverne i Berlin. Forskjellene gjenspeilet seg likevel også i en rik og sofistikert kulturhistorie.