Hernández Martínez ble valgt til president for fire år i 1935 og gjenvalgt i 1939. I 1944 ble det vedtatt en lov som ga Hernández Martínez ytterligere fem år som president, men dette viste seg å være for mye for det salvadoriske folk. I mai 1944 ble det nytt militærkupp som tvang ham til å gå av. Nå var det general Andrés Menéndez som overtok, men etter bare fem måneder fant et nytt opprør sted og oberst Osmín Aguirre y Salinas tok kontroll over landet som leder av en militærjunta.