Howard-familien hadde i lang tid vært lojale mot kronen, selv om de i utgangspunktet var katolske, men de kom i vanskeligheter da Jane Seymour ble dronning i 1536. Hennes familie var en rivaliserende fraksjon ved hoffet, men det var Thomas Cromwell, 1. jarl av Essex, som var familien Howards mest innbitte fiende i kretsen nærmest kongen. Det ble spredt rykter om at faren og sønn støttet det katolske opprøret i nord. Henry Howard var lettsint og slo ned en mann fra Seymour-fraksjon som gjentok beskyldning i parken til Hampton Court Palace i 1537. For å ha brutt kongens fred ble han arrestert, men i påvente av domstolen fikk han husarrest på Windsor. I løpet av denne arresten og siden forvisningen til Kenninghall hadde han tid nok til å skrive poesi og hans berømte dikt «Prisoned in Windsor» hvor han minnes sine guttedagene ved Windsor ble skrevet senere det samme året. Beskyldningen var selvsagt falske ettersom både han selv som hans far hadde vært med på å slå ned opprøret de var anklaget for å ha støttet. I 1539 var han igjen tilbake i kongens gunst.