Juncker studerte i Clairefontaine i Belgia før han returnerte til Luxembourg for å ta studenteksamen ved Lycée Michel Rodange i 1974. På dette tidspunkt ble han medlem av Kristelig sosialt folkeparti (CSV) og aktiv i partiets studentforbund. Juncker fortstatte med å studere jus fra 1975 til 1979 ved universitetet i Strasbourg.