Teitur Thordarson ble ansatt som trener før 2003-sesongen, og forventningene var store. Etter syv strake tap trakk Teitur seg samme høst. Tommy Berntsen tok over midlertidig, og plassen i Tippeligaen ble reddet. Det samme året ble Lyn Fotball stiftet, og startet klatringen fra bunnen av seriesystemet. Dette var ment å være et hobbylag for trenere og andre med hjertet i Lyn.