Nigeria har blitt styrt av militære ledere siden Muhammadu Buhari i 1983 tok over makten fra Shehu Shagari i et statskupp. Selv om demokratisk avholdte valg hadde blitt avholdt siden 1993, ble de annullert av general Ibrahim Babangida. Abubakar ble tatt i ed som Nigerias president den 9. juni 1998. Det var under Abubakar sin ledelse at Nigeria vedtok sin nye grunnlov den 5. mai 1999, som trådte i kraft på samme tidspunkt som Olusegun Obasanjo ble innsatt som president. Etter hans korte periode som statsoverhode mottok Abubakar flere utmerkelser, blant annet de vestafrikanske staters internasjonale gullmedalje, og Star Award of Ghana. I 2000, valgte tidligere FNs generalsekretær Kofi Annan å utnevne Abubakar til å prøve å demme opp om FNs misjon (MONUC) i Kongo-Kinshasa.