Beregninger viste at den uvanlige fragmenterte formen til kometen kom av en tidligere nærpassering av Jupiter i juli 1992. Den gang hadde Shoemaker–Levy 9 passert innenfor Jupiters Rochegrense, og Jupiters tidevannskrefter hadde revet kometen fra hverandre. Kometen ble senere observert som en rekke fragmenter opp til 2 km i diameter. Disse fragmentene kolliderte med Jupiters sørlige halvkule mellom 16. og 22. juli 1994 med en hastighet på omtrent 60 km/s, eller  km/t. De fremtredende merkene etter nedslagene var bedre synlig fra jorden enn den store røde flekken og vedvarte i flere måneder.