Sokushinbutsu-prosessen har bestått av tre hoveddeler. Første del innebar tusen dager med streng diett bestående av nøtter og frø kombinert med religiøse øvelser og trening for å kvitte seg med kroppsfett. Deretter fulgte nye tusen dager på bark, røtter og te av giftig sevje som førte til oppkast, uttørking og vern mot seinere skadedyr. Til sist ble utøveren, sittende i lotusstilling, kapslet inn i en trang steingrav med lufttilførsel og en liten bjelle som skulle ringes med hver dag. Når en ikke lenger fikk livstegn fra graven, ble den forseglet. Kroppen ble først hentet ut etter tusen dager. De likene som ikke var råtnet og ødelagt, ble stilt ut i templene som «levende buddhaer», relikvier iført religiøs drakt.