Sannsynligvis dro Gombert seg tilbake fra musikklivet for noen år og brukte denne tiden til å komponere. I 1547 skrev han et brev hvor han beskriver seg som kannik i Tournai. Dette er det siste bevarte dokument fra hans senere år. Han døde sannsynligvis mellom 1556 og 1561: i 1556 skriver Hermann Finck at han fremdeles lever, og i 1561 skriver Cardano at han er død.