Sandino opprettet bondekooperativer i Nueva Segovia og fortsatte med motstanden, som ble sett på som det første eksempelet på geriljakrig i Latin-Amerika. Etter at USA hadde forlatt landet og gitt det sikkerheitsmessige ansvaret videre til Nasjonalgarden i 1933, undertegnet han en fredsavtale. Lederen for Nasjonalgarden, Anastasio Somoza Garcia, så likevel på Sandino som en makttrussel. Etter et møte i februar 1934 ble han derfor arrestert og drept av Nasjonalgarden.