Med det nye dynastis komme fikk Keiserbyen også et navn på det nye herskerfolkets språk, mandsjuisk: («den indre by»). Da det kom til makt, fjernet de først de fleste av bygningene i beltet utenfor Den forbudte by. Med unntak av et smalere område rundt sjøene (Nanhai, Zhonghai og Beihai) ble de vestlige deler av Keiserbyen overlatt til mandsjuiske bannermenns fyrster, som fikk bygge seg residenser der. Med unntak av noen få lagerbygninger som fikk bestå, fikk også fyrster fra de åtte banner etablere seg i de østlige områder av Keiserbyen. En katolsk kirke, Nantangkirken, fikk plass rett ved Zhongnanhaisjøenes vestbredd.