Škarvada vendte mot slutten av 1989 tilbake til hjemlandet på permanent basis, etter på invitasjon fra kardinal František Tomášek. Han deltok aktivt i begivenhetene i 1989; i november deltok han i forberedelsene til kanoniseringen av Agnes av Tsjekkia, møtte Václav Havel, skrev en rapport for paven om hendelsene i Tsjekkoslovakia og overrakte ham senere en invitasjon fra president Václav Havel til å besøke landet.