Tidlig i sin regjeringstid seiret Otto II i et oppgjør med andre medlemmer av sitt dynasti som kjempet for å overta keisertronen. Hans seier førte til at den bayerske ættelinjen, først og fremst representert ved Henrik I, hertug av Bayern, ble ekskludert fra tronfølgen i imperiet. Dette styrket Ottos autoritet som keiser og sikret arverekkefølgen for hans egen sønn.