I 1993 lanserte Paramount Pictures Star Trek: Deep Space Nine (ofte forkortet DS9) som gikk samtidig med slutten av og de fleste sesonger av . DS9 er et avvik fra den vanlige -oppskriften ved at serien ikke handler om romskipet og mannskapet. Isteden handler serien om romstasjonen , en fjern føderasjonsutpost på en tidligere cardassisk gruvestasjon. Forbindelsen med blir imidlertid tydeliggjort ved at klingonen Worf og tidligere transportørsjef O'Brien på NCC-1701-D «Enterprise-D» forflyttes dit.