Han var imidlertid involvert i konflikter i byen. Det pågikk en langvarig strid om hva slags rett han hadde til inntektene ved salg av teksthefter til kantater og pasjoner han selv hadde skapt. Denne striden vant han så sent som i 1757. I tillegg opplevde han at kirkerådet for de fem hovedkirkene protesterte mot at Telemann i 1722 skulle få oppføre noen av sine kantater i et fornemt vertshus. Telemann uttrykte på sin side at han var misfornøyd med lønna, og hevdet at han hadde for liten bolig, Til sammen var nok alt dette årsak til at han søkte posten som i Leipzig etter Kuhnaus død. Telemann ble enstemmig innstilt foran de fem andre søkerne, og 3. september 1722 leverte han sin avskjedssøknad. Byrådet høynet da umiddelbart lønna med 400 lübske Mark. Resultatet ble at Telemann valgte å si fra seg stillingen som Thomaskantor og ble værende i Hamburg. Hans samlede årsinntekt var nå ca. 4 000 Mark.