Landet er i konflikt med Armenia om området Nagorno-Karabakh. Fra dette området finnes det om lag 800 000 krigsflyktninger i Aserbajdsjan. Området var i sovjettiden en del av Aserbajdsjan, men hadde hovedsakelig armensk befolkning. I 1991 erklærte Nagorno-Karabakh seg som en selvstendig republikk. Det brøt ut en krig som varte frem til 1994. Siden har området i realiteten vært selvstendig, med nære forbindelser til Armenia. Ingen land har anerkjent Nagorno-Karabakhs selvstendighet, heller ikke Armenia. Styrker fra utbryterrepublikken kontrollerte området mellom Nagorno-Karabakh og Armenia til 2020, flere FN-resolusjoner fra 1993 krevde at utbryterrepublikkens styrker trakk seg tilbake fra okkupert aserbajdsjansk territorium, og oppfordret partene til å finne en forhandlingsløsning på konflikten.