I november 1942 etterfulgte Leigh-Mallory Sholto Douglas som leder av Fighter Command og ble forfremmet til general (Air Marshal). Han ble også utnevnt til Knight Commander of the Order of the Bath. Han ble derved opphøyet i ridderstanden og fikk rett til å føre tiltaleformen foran sitt navn. I januar 1943 etter å ha besøkt hovedkvarterer for hær og flyvåpen i Afrika begynte han å arbeide for en samlet ledelse av de allierte luftstyrker ved den kommende invasjonen i Vest-Europa. Der var betydelig motstand mot en slik stilling, da ingen av de bestående ledere herunder Arthur Tedder, Arthur Harris i Bomber Command og Carl Spaatz fra den amerikanske hærs flyvåpen syntes interessert i å avgi innflytelse eller autonomi. Det var naturligvis grunnen til, at det var behov for en samlet leder, og Leigh-Mallory med sin betydelige erfaring i å samarbeide med hæren var den opplagte kandidat til stillingen. I august 1943 ble Leigh-Mallory således utpekt til øverstkommanderende for luftstyrkene i Allied Expeditionary Air Forces ved den kommende invasjonen i Normandie.