Stein Johansen avla magistergraden i filosofi ved UiB i 1985 med sosialantropologi og økonomiske teoriers historie som de to støttefag (også grunnfag i sosiologi). I 1991 ble Johansen kreert til dr. philos. ved Universitetet i Bergen med den økonomiske avhandlingen . Johansen ble rekruttert av Jan Brøgger til Sosialantropologisk institutt ved Universitetet i Trondheim (senere NTNU) i perioden 1985-1990; i 1985-7 som vitenskapelig assistent i Norges almenvitenskapelige forskningsråd (NAVF), og i 1988-90 som NAVF-stipendiat. Fra 1991 til 1992 arbeidet Johansen som førsteamanuensis i sosiologi / universitetsbibliotekar ved Universitetet i Oslo. Siden 1992 har Johansen vært fast ansatt som førsteamanuensis i sosialantropologi ved Universitetet i Trondheim. Han ble professor i sosialantropologi i 2016. Johansen mottok i 2008 utmerkelsen Santilli-Galilei Laureate fra Santilli-Galieli Association/Academy ”in honour of contributions to natural philosophy”.