Gustaf af Wetterstedt var sønn av friherre Erik af Wetterstedt og borgerdatteren Anna Kristina Bladh fra slekten Bladh fra Vasa. Skjønt Wetterstedt allerede ved seks års alder hadde fått kornettsfullmakt og i 1794 blitt fänrik ved Nylands regemente, tjenestegjorde han aldri som militær, men ble etter i 1796 ved Uppsala universitet e. o. i utenriksekspedisjonen.