Etter at Vorster måtte gå av etter en korrupsjonsskandale, ble Botha med knapp margin valgt til Nasjonalistpartiets leder (78 stemmer mot 72 for «Muldergate»-skandalens hovedmann, P.C. Mulder) og følgelig til statsminister. Som regjeringssjef fikk han presset Mosambiks marxistiske president Samora Machel til å inndra sin støtte til ANC i Mosambik. Han inngikk en tilsvarende avtale med Angolas president José Eduardo dos Santos; til gjengjeld lovet Botha omfattende tilbaketrekning av de sørafrikanske styrkene i landet.