De joniske øyer ble deretter okkupert på nytt av Frankrike etter freden i Tilsit i 1807 mellom keiser Napoléon Bonaparte, tsar Alexander I av Russland og kong Fredrik Vilhelm III av Preussen etter Frankrikes seier mot russiske styrker i slaget ved Friedland. 2. oktober 1809 beseiret Storbritannia den franske flåten utenfor øya Zakynthos og erobret Kefalonia, Kythira og Zakynthos. Britene tok Lefkada i 1810. Øya Korfu forble besatt av franskmennene fram til 1814.