Vill forvirring vant frem, og massakrerte en rekke personer som var mistenkt for å ha republikanske sympatier, med adelen og de utdannede begynte å vurdere en republikk under fransk beskyttelse, etter å ha blitt forlatt, for å unngå anarki. Den 12. januar 1799 underskrev Pignatelli en overgivelse til den franske general Championnet i Sparanise. Pignatelli flyktet også til Palermo den 16. januar 1799.