I de nasjonale valgene den 1. juni 1959 vant PAP 43 av de 51 mandater i den lovgivende forsamlingen. Singapore fikk selvstyre med autonomi i alla statsanliggender utenom i forsvars- og utenrikspolitikken. Lee ble den første statsministeren i staten Singapore 3. juni 1959, da han tok over fra sjefsminister Lim Yew Hock.