De virkelig interessante endringene skjer ofte på proteinnivå, men siden det er vanskeligere å måle disse endringene på et globalt nivå, brukes genuttrykksprofilering som en erstatning. Genuttrykksprofilering gir et bilde på hva som kan skje, men det er ikke alltid korrelasjon mellom endringene i genuttrykket og endringene på proteinnivå. Det vil derfor være nødvendig å gjøre oppfølgingsstudier på proteinnivå for utvalgte proteiner for å vise om endringen også skjer der. Siden cellen også har andre mekanismer enn endring av mRNA nivå for regulering av mengde protein så kan genuttrykket forbli uendret selv om proteinnivået endres.