Arkeologer trodde tidligere at Tiwanaku hovedsakelig var et tilbedelsessted. Utgravninger i de senere tiår har vist at det er snakk om en storslått by med mange innbyggere og kanaler for å gjøre jordbruket enklere. Byen dekket kanskje 6 km². Tiwanaku ligger et stykke sør for sjøen, men i tidligere tider rakk sjøen etter alt å dømme helt ned til byen. Deler av byen kan tyde på at det en gang var en havn der. Byens ruiner viser storslått arkitektur som på visse områder overgår senere arkitektur i Inkariket. Store firkantede stenblokker som er nøye tilpasset bygningene er et viktig kjennetegn. Et av de viktigste landemerkene er den såkalte solporten, som i moderne tid er blitt satt opp igjen selv om den var rast sammen da arkeologer begynte å utforske området. Også store statuer kan ses på stedet.