Fire av Freuds søstre, Adolphine (Dolfi, død 80 år gammel i Theresienstadt), Marie (Mitzi, død 81 år i Treblinka), Regine (Rosa, død 82 år i Treblinka) og Pauline (Pauli, død 79 år i Treblinka), ble værende i Wien og døde i 1942 under holocaust. Det er uklart hvorfor søstrene ikke forlot Østerrike. Anna Freud fikk kjennskapt til tantenes skjebne i 1946 via Røde Kors. Etter Krystallnatten forsøkte Freud med Marie Bonapartes hjelp på nytt å få utreisevisum for søstrene. Freuds bror Alexander flyktet sammen med sin kone via Sveits til Canada der han døde i 1943. Søsteren Anna (død 1955) utvandret til USA i 1892 da hun giftet seg med Ely Bernays.