Da de allierte styrkene tidlig i juni 1940 ble trukket tilbake fra Norge kom Lapie til Storbritannia. Som en av få parlamentarikere og den eneste sosialist blant disse sluttet han seg til Charles de Gaulles frie franske styrker og fikk sentrale stillinger der. Han fikk først ansvar for De frie franske styrkers utenriksrelasjoner og spilte en sentral rolle forhandlingene som i august 1940 ledet fram til enighet mellom de Gaulle og Storbritannia om De frie franske styrkers stilling.