Selv om de hellige Kyrillos og Methodios misjonerte i Mähren på 800-tallet, har ikke den ortodokse kristendommen hatt noen sammenhengende historie i området. Først tusen år senere, på 1860-tallet, førte den panslavistiske bevegelse til at en del tsjekkere konverterte fra katolisismen til den ortodokse tro. Den første menigheten ble grunnlagt i 1874 i Praha, som fra 1883 var underlagt det russisk-ortodokse eparkiet i Tsjernivtsi (dagens Ukraina). Hovedvekten av ortodokse var i de østlige landsdelene, dvs. Karpato-Ukraina og Slovakia.