Byen overga seg til Haganah 14. mai 1948 og kort tid etter at det britiske politiet og hæren forlot byen. De 3800 araberne som ble igjen i Jaffa etter utvandringen var konsentrert i Ajami-distriktet og underlagt strenge krigslover. Den militære administrasjonen i Jaffa varte til 1. juni 1949, da Tel Aviv kommune overtok administrasjonen; Jaffa kommune, som fortsatt eksisterte på den tiden, hadde ikke utøvd noen myndighet siden 1948 til oppløsningen i 1950.