I løpet av de neste fem årene var Kasa-Vubu president i en rekke svake regjeringer. I juli 1964 utnevnte han den tidligere separistiske lederen Moise Tshombe som ny statsminister samtidig som han tillot bruk av europeiske leiesoldater mot venstreorienterte opprørere. 25. november 1965 ble Kasa-Vubu avsatt som president i et statskupp som ble utført av daværende general Mobutu Sese Seko.