Selve Stordalselva har utløp fra Isvatnet (801 moh.) på grensa mellom Bardu og Narvik kommuner. Elvas øverste kilder ligger vest for Isvatnet, på sørsida av Istind, som en av en rekke små fjellbekker som samles i Isvatnet. Fra Isvatnet renner elva først mot øst, og faller bratt ned mot selve Stordalen. Elva snur her mot nord og renner gjennom den trange og dype Stordalen. Dalen omkranses av et kupert høyfjellslandskap med et stort innslag av breer. Lenger nede vider seg noe ut og dalsidene blir slakere og skogkledte. To kilometer sør for Bones renner den sammen med Røddalselva og danner Salangselva.