Mens de andre manatene i liten grad er bytte for rovdyr, jager både haier, jaguarer og kaimaner på amazonasmanaten. I tillegg ble amazonasmanaten utsatt for intensiv jakt i tiden fra 1780-tallet til 1954, da både skinn og kjøtt var eksportartikler. På toppen av dette kom en spesielt kraftig tørke i 1963 som satt bestanden kraftig tilbake.