Det er mulig for spillere å endre eller påvirke det omkringliggende terrenget og bygningene i spillet betydelig, enten med eksplosiver eller på andre måter. Tidligere spill hadde tillatt begrenset endring av miljøet. Men Red Faction var det første videospillet i denne serien som tillot spillere å gjennomføre så store muligheter for endringer. PC-versjonen av "Red Faction" inneholder et ekstra nivå kalt "Glass House" som lar spilleren eksperimentere med forskjellige mekaniker i et sandkasse-miljø.