Hallgrímur arbeidet som fisker og arbeider, men ble etter syv år på Island i 1644 utnevnt til prest av Brynjólfur Sveinsson, som nå var blitt biskop ved Skálholt. Også dette var noe uvanlig, ettersom Hallgrímur ikke hadde fullført utdannelsen sin i København. Han skikket seg likevel godt som prest, først ved Hvalsnes og deretter ved den ettertraktede Saurbær i Hvalfjörður fra 1651 til 1669.