Etter tapet i kampen om verdensmestertittelen ble Zukertorts helse dårligere og de to siste årene av sitt liv var han svekket som spiller. Han led av reumatisme, hjerte- og nyreproblemer og arteriosklerose. Hans resultater etter kampen i 1886 gikk raskt nedover, syvendeplass i London og tredjeplass i Nottingham i 1886, femtendeplass i Frankfurt og fjerdeplass i London i 1887 og syvendeplass i London i 1888.