Etter gjennombruddet i 1956 ble universitetets situasjon forbedret. Det utviklet også i større grad internasjonalt samarbeid – Det jagellonske universitet er i dag blant annet medlem av Coimbragruppen, som forener de eldste universitetene på det europeiske kontinent. Det høye undervisnings- og forskningsnivået har gjort universitetet til et av Europas mest prestisjefulle.