Etter utbruddet av den somaliske borgerkrigen i 1991 reiste Hassan til Kairo. Etter 1991 kontrollerte Hassan en regjering som styrte deler av den somaliske hovedstaden Mogadishu, mens resten av landet ble kontrollert av forskjellige krigsherrer og separatiske grupperinger. I 2001 deltok han i og vant valget om å bli den neste presidenten i Somalia. De neste tre årene bodde og jobbet Hassan i eksil i Djibouti fordi det ikke var trygt for ham å oppholde seg i Somalia under borgerkrigen.