Ved Alcáçovas sikret Isabella og Ferdinand tronen, men portugisernes eksklusive rett til sjøfart og handel i Atlanterhavet sør for Kanariøyene betydde at spanjolene praktisk talt ble skjøvet ut av Atlanterhavet og mistet muligheten til å skaffe seg gull fra Guinea, noe som skapte raseri i Andalucía. Den spanske historikeren Antonio Rumeu de Armas uttrykte at med Alcaçovastraktaten kjøpte de katolske monarkene seg fred til «en meget kostbar pris».