I 1939 tok Hitler kontroll over resten av Böhmen og Mähren utenom Sudetenland, og opprettet et «riksprotektorat» for området. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen. Også andre tsjekkoslovakiske borgere gikk okkupasjonsmaktens ærend. Blant de sudettyske kollaboratørene var den anti-tsjekkiske Karl Hermann Frank. Befolkningen bygget opp et intenst hat mot alt og alle som var tysk, og befolkningen så frem til å drive tyskerne med makt ut av landet. Mange sudettyskeres støtte til okkupantene styrket tsjekkernes oppfatning om at sudettyskerne ikke hadde rett til å bo på tsjekkisk jord.