Allerede på 1960-tallet bekjentgjorde Buchwald sin skepsis mot vaksiner, og i 1975 publiserte han et brev hvor han mente at koppervaksinen gjorde mer skade enn nytte. Dette var på et tidspunkt der sykdommen fortsatt tok millioner av menneskeliv, men et effektivt vaksineprogram gjorde at sykdommen ble regnet som utryddet i 1980 av Verdens helseorganisasjon. Dette fikk likevel ikke Buchwald til å endre syn på vaksiner, og han fortsatte å engasjere seg i vaksinespørsmålet også etter at han var pensjonert. Han mente blant annet at økningen i vold og kriminalitet er en konsekvens av et økende antall vaksiner. Han har også uttalt at vaksiner dreper dobbelt så mange som aids og at Downs syndrom skyldes vaksinering.