Da prinsesse Louise Charlotte ble født, var hennes onkel Christian VII Danmark-Norges monark. På grunn av kongens psykiske lidelse var imidlertid den egentlige herskeren hennes fetter, kronprins Frederik (senere kong Frederik VI). Louise Charlottes familie hadde et anstrengt forhold til kronprins Frederik og hans familie på grunn av maktstriden, men etter hvert normaliserte forholdet mellom de to grenene av kongefamilien.