Hertugen av Somerset kunne strengt tatt ikke stå imot både Skottland og Frankrike, ettersom hans egen posisjon var svekket. Thomas Seymour, 1. baron Seymour av Sudeley var hertugens bror og enkemann etter Catherine Parr. Thomas visste å nytte seg av brorens svekkede posisjon og planla å avsette ham, men planene ble avslørt i 1549. Hertugen la fram et forslag i parlamentet om å få dømme Thomas uten rettssak, forslaget ble nærmest enstemmig vedtatt. Somerset nølte med å signere brorens dødsdom, så Edvard ga motvillig sin innvilgelse til regentrådet. Thomas Seymour ble henrettet ved halshugging den 20. mars 1549. Den unge kongens forhold til Somerset ble delvis ødelagt etter henrettelsen av Edvards yndlingsonkel.