Etter den franske revolusjon ble han kalt tilbake til aktiv tjeneste i 1792, da han ble utvalgt som den ene av den avsatte kong Ludvig XIVs forsvarere. Han var monarkist. Kampen var imidlertid tapt på forhånd, og kongen ble dømt til døden, hvorpå Malesherbes igjen trakk seg tilbake på landet.