Til tross for dette kompromis endte Heisenberg ikke med å få den ledige stillingen i München. Wilhelm Müller ble 1. desember 1939 presentert som etterfølger av Sommerfeld. Dette kan sees som en politisk seier og ikke en akademisk seier, ettersom Müller i motsetning til Heisenberg aldri hadde fått utgitt noen vitenskapelig artikkel i et anerkjent tidsskrift. Müller var ikke en av de tre opprinnelige kandidater som fakultetet i 1935 hadde anbefalt.