Ellers har baskerne bemerkelsesverdige lave frekvenser av Y-DNA-haplogruppene E, G og J som er assosiert med neolittiske bønder. I kontrast har de et betydelig nivå av en sjeldnere neolittisk markør, , rundt 7 prosent, funnet i kystregioner av Spania og Italia, og på Sardinia, hos kardialkeramikk-kulturen, men er ellers sjelden. Bemerkelsesverdig er et annet trekk, 6,25 prosent av Y-DNA blant franske baskere. Denne haplogruppe er i dag funnet i høyeste konsentrasjoner sør i Egypt. I Europa finnes den noen få steder, hovedsakelig langs kysten av Middelhavet og på øyer som Sardinia, men aldri mer enn 1 prosent av befolkningen.