Frusciante begynte å studere vokalister som blant andre Freddie Mercury fra Queen for å kunne synge sammen med band og på egen hånd. Han er innom flere sangsjangre på soloalbumene sone, fra ekstreme vokallyder på de to første albumene, til å bruke en mer konvensjonel vokal på de senere platene. Han kan også synge falsett, noe han brukte mye i Red Hot Chili Peppers. Han begynte med dette på og har sagt at støttevokal er en kunstform.