Byens festning ble ødelagt i 1187 av Saladin, og i 1265 ble Haifa erobret av Baibars' hær av mamelukker fra det muslimske Egypt. De ødela byens forsvarsverker som hadde blitt gjenreist av kong Ludvig IX av Frankrike, foruten også det meste av husene i byen for å forhindre ny bosetning. Under mamelukktiden mellom 1200- og 1500-tallet syntes det som om byen stort sett var forlatt.