Krabbe hadde dermed mistet sitt len, men hans stilling ble enda sterkere rokket ved Skånes avståelse. Her hadde han sine besittelser Jordbjærg, Krogholm og Marsvinsholm. Han sto som den skånske adels formann, både ved sin person og ved sine slektskaps- og vennskapsforbindelser. Derfor gjorde den svenske regjering sin ytterste umake for å vinne ham for seg. Og selv om han hittil hadde vært en ivrig fiende av svenskene, avla han etter Roskildefreden ed til sin nye herre. Det betydde imidlertid ikke at han trådte ut av dansk tjeneste. I september 1660 foreslo Riksrådet at han skulle bli opptatt som riksråd, men kongen fulgte ikke innstillingen. Til gjengjeld fikk han æren av å bære Blodfanen ved arvehyldingen 18. oktober.