Under demokratiopprøret Jana Andolan 2006 var Nepane en av de første lederne av NKP(M) som ble sendt inn i Katmandu tidlig i april, like etter at demonstrasjonene begynte, for å ta ledelsen i partiets arbeid i opprøret. Sist i april var han blant de aller første maoistlederne som sto fram offentlig og talte i Katmandu, mens partiet ennå formelt var forbudt.