I 1564 begav Vesalius seg på pilegrimsferd til Det hellige land. Han seilte med den venetianske flåte under Iacobbo Malatestas kommando via Kypros mot Jerusalem. Da han nådde frem, mottok han en beskjed fra Venezias senat som anmodet ham om å akseptere professoratet i Padova som nå var blitt ledig etter at hans venn og elev Gabriele Falloppio var død.