Etter at Blankenborg gikk ut av Stortinget i 2005 har han hatt en karriere i utenrikstjenesten. Han var ambassadør til Serbia og sjef for den norske ambassaden i Beograd 2005-2010. I 2011 ble han avdelingsdirektør i Utenriksdepartementet hvor han ledet Vest-Balkan-seksjonen. I 2019 ble han utnevnt til ambassadør i Zagreb (Kroatia).