Elva har utspring i den vestre delen av Cheshire, i åsene ved Peckforton Castle og landsbyen Peckforton, svært nær kilden til elva Weaver. Mens Weaver til å begynne med renner sørover renner Gowy mot nord, og danner dalen som også benyttes av Shropshire Union Canal. Elva renner like øst for Chester og passerer gjennom en omvendt hevert under Manchester Ship Canal før den munner ut i Mersey ved Stanlow-raffineriet rundt 3 kilometer øst for Ellesmere Port. Elvas lengde har økt gjennom århundrene etterhvert som landområder er blitt innvunnet gjennom drenering av sumpene i området.