Opprinnelig ble kirken bygd som en enkel, enskipet romansk bygning med kor og skip i samme bredde. Bortsett fra at Mariakirken i Bergen har basilikaform, er det mange likheter mellom de to kirkene i hver sin ende av det som trolig var byens utstrekning på 1100-tallet. Opprinnelig var tomten en frittliggende odde som gikk litt ut i Vågen, egentlig en morenerygg av grus og leire hvor tre bekker fra Fløyfjellet dannet et lite delta som ble kalt Eyrar.