I forkant av Gulfkrigen i 1990–91, da intifadaen begynte å stilne, gikk Arafat ut med offentlig støtte til Saddam Husseins invasjon av Kuwait, og motsatte seg dermed den USA-styrte koalisjonen mot Irak. Han tok denne beslutningen uten samtykke fra de andre medlemmene av Fatah og PLO. Arafats høyre hånd, Abu Iyad, ønsket å holde seg nøytral og gikk imot en allianse med Saddam. Abu Iyad ble drept i et attentat den 17. januar 1991 av den pro-irakiske Abu Nidal-organisasjonen. Arafats beslutning forverret også relasjonene til Egypt og mange av de oljeproduserende arabiske statene som støttet den USA-styrte koalisjonen. Flere amerikanere tolket attpåtil Arafats beslutning slik at han ikke lenger var en fredsvenn. Etter at fiendtlighetene tok slutt, valgte flere arabiske stater å stoppe sin økonomiske støtte til PLO, og begynte heller med å gi finansiell støtte til den rivaliserende organisasjonen Hamas og flere andre islamske grupper.