Regionen er halvtørr, med et varmt klima og gjennomsnittlig daglige temperaturer som varierer fra 27 ℃ til 37 ℃. Disse klimaforholdene favoriserer pastoralisme som den mest effektive bruken av land i de fleste delene av regionen. Det mest verdifulle beitet er i Hawdregionen på de høye platåene på vestsiden av Mudug- og Sool-regionene i Somalia og inn i Etiopia, og den lavtliggende Nugaaldalen. Milde temperaturer forekommer bare i høyden langs fjellkjedene i Bari. Alle andre områder i Puntland er generelt karakterisert ved tropisk ørkenvarme.