I 1816 forsøkte osmanene å konfiskere Bouboulina sine eiendommer fordi hennes andre ektemann hadde kjempet på russernes side mot tyrkerne i krigen mellom Tyrkia og Russland. Bouboulina seilte til Konstantinopel for å møte den russiske ambassadøren Grev Pavel Strogonov for å søke hans beskyttelse. I erkjennelse av Bouboulis tjeneste til russerne, sendte Strogonov henne i sikkerhet i Krim. Etter tre måneder i eksil på Krim returnerte Bouboulina til Hellas.