Klubben ble stiftet som i 1899, men ble først etablert på landsbasis i 1950. Deres mest suksessfulle periode var i 2000-årene, da de vant sin aller første Ligue 1-mesterskap i 2001/02, og fulgte på med syv strake serietitler. Lyon har også vunnet Trophée des Champions syv ganger, Coupe de France fire ganger og Ligue 2 tre ganger. De har deltatt i Mesterligaen elleve ganger, og har kommet til semifinalen ved en anledning.