I 1940 kom tyskerne sjøveien og invaderte byen med en landgangsstyrke på 1 900 mann. Motstanden fra fortene på Bergen festning, Lerøy fort, Kvarven fort og Hellen fort mislyktes grunnet utdatert og defekt krigsmateriell. I Eksplosjonen på Vågen i 1944 eksploderte det tyske ammunisjonsskipet «Voorbode» ved Festningskaien i Bergen med 120 tonn ammunisjon om bord. Eksplosjonen var så kraftig at 131 hus forsvant, 117 hus måtte kondemneres, 45 hus ble sterkt skadet og 3500 bygninger lettere skadet. I tillegg ble 98 mennesker drept og 4800 såret. Samme år ble byen rammet av bombingen av Laksevåg, et britisk bomberaid mot den tyske ubåtbunkeren på Laksevåg. 152 fly deltok i raidet som slapp 1432 bomber over området, de fleste rammet sivile mål. 191 sivile ble drept, inklusive 61 skolebarn på Holen skole som ble truffet.