Statens It ble etablert som følge av at Anders Fogh Rasmussens andre regjering på høsten 2007 besluttet å effektivisere centraladministrationen ved å samarbeide på tvers av ministeriene. I februar 2008 viste en rapport fra Finansministeriet at det kunne hentes effektiviseringsgevinster ved å samle drift, støtte og utvikling av IT-systemer i staten. Opprinnelig skulle Statens It plasseres under Skatteministeriet, men innen etableringen ble organet flyttet til Finansministeriet.