Whannell jobbet tidligere som journalist og filmkritiker i flere australske TV-programmer, inkludert ABC's Recovery med vert Dylan Lewis. Han hadde også en mindre rolle i filmen The Matrix Reloaded, samt i videospillet Enter The Matrix som karakteren Axel. Han hadde hovedrollen Adam Faulkner i den første Saw-filmen. Han var også med og regisserte de andre Saw-filmene. Han opptrådte også i skrekkfilm-serien Insidious fra 2010, Insidious: Chapter 2 fra 2013, og Insidious: Chapter 3 fra 2015.