Kommandolinjene var dels uklare. Som kommandant for Sipo og SD hørte han direkte under Reinhard Heydrich og RSHA i Berlin, mens Terboven i sin rapporter oppga at Fehlis var underordnet HSSPF Wilhelm Redieß. Fehlis var i praksis en nær medarbeider av Terboven og de to møttes nesten daglig. Fehlis var blant annet medlem av standretten som dømte Viggo Hansteen og Rolf Wickstrøm til døden. Fehlis instruerte Oscar Hans om å gjennomføre henrettelsen. Fehlis deltok i møter med Terboven, Redieß, Quisling og Karl Marthinsen der aksjonen mot jødene ble drøftet, noe som endte med at over 700 jøder ble deportert fra Norge og drept i Auschwitz.