Michael Scheuer, et tidligere fremtredende medlem, forlot Jamestown Foundation i februar 2009. Han hevdet i en artikkel på at han ble sparket fra organisasjonen på grunn av sine åpenhjertige synspunkter om forholdet mellom USA og Israel. Jamestowns nåværende president, Glen Howard, har nedsettende sammenlignet Scheuers synspunkter med den tidligere republikanske presidentkandidaten Ron Paul.