Han var den 100. borgermester i New York. Han var borgermester fra januar 1946, ble gjenvalgt i 1949 men trakk seg i august 1950. Kort etter han ble gjenvalgt ble han kontrontert med en politikorrupsjonsskandale som var blitt avdekket av Kings County . O'Dwyer fratrådte sitt verv den 31. august 1950. Han ble hyllet med en ticker tape-parade på Broadways på Manhattan.