I deler av Skottland og Irland forble katolikkene lojale til Jakob II og ga ikke opp håpet om at han skulle gjeninnsettes som konge. Det fulgte flere blodige opptøyer. Som et resultat av disse ble enhver som nektet å sverge lojalitet til den seirende kong Vilhelm III straffet strengt. Det mest beryktede eksempelet på denne politikken var Glencoemassakrene i 1692. Jakobittenes opprør fortsatte fram til midten av 1700-tallet inntil sønnen til den siste katolske fordringshaveren til tronene, James Francis Edward Stuart (Jakob VIII og III), satte i gang det siste felttog i 1745 fra Skottland. Jakobittstyrkene til prins Charles Edward Stuart, som også huskes av skottene som «Bonnie Prince Charlie», ble endelig beseiret i det blodige slaget ved Culloden i 1746.