Mafalda trådte selv inn i cistencienserinnenes kloster i Arouca. Dette klosteret fikk hun styrket i den grad at det for ble et religiøst senter i regionen i århundrer. Også cistercienserinneklosteret i São Bento i Rio Tinto ble reformert av henne. Hun hadde fått en særlig dispensasjon for å beholde kontrollen med sitt arvegods. Dette var med på å sette henne i stand til å initiere mange slags reformer og arbeider for de fattiges gunst. Hun levde et asketisk liv med streng observans av regelen, sov rett på bakken og tilbrakte hele netter i bønn. Hun brukte sin betydelige formue på å restaurere katedralen i Oporto, grunnlegge et hospits for pilegrimer og et hospital for tolv enker i Arouca og å bygge en bro over elva Talmeda. Dette gav henne blant folk i samtiden tilnavnet «Santa Rainha Mafalda». Kort før sin død i 1255 stod hun i brevkontakt med pave Alexander IV.