Han ble presteviet 25. mars 1994 i katedralen i Manila av erkebiskop kardinal Jaime L. Sin. Den 1. juli 2001 trådte Arnaldo Catalan inn i Den hellige stols diplomati. Han ble postert til nuntiaturene til Zambia, Kuwait, Mexico, Honduras, Tyrkia, India, Argentina, Filippinene og Republikken Kina (Taiwan).