I løpet av denne perioden, flyktet mange afghanere til Pakistan og Iran og begynte å organisere en motstandsbevegelse. Selv om gruppene som organiserte seg i byen Peshawar, Pakistan, ville senere, etter den sovjetiske invasjonen, bli beskrevet av den vestlige pressen som «frihetskjempere», som om deres mål var å etablere et representativt demokrati i Afghanistan, i virkeligheten hadde disse gruppene hver sin agenda som ofte var langt fra demokratisk.