X-Men handler om en rekke superhelter som er såkalte mutanter, noe som i Marvels tegneserier innebærer at de er født med superevnene sine (selv om de vanligvis ikke viser seg før puberteten inntreffer). De fleste mennesker liker ikke mutantene på grunn av en vanlig oppfatning om at de vil overta menneskenes plass. Disse hatefulle oppfatningene av mutanter blir ytterligere forverret av en rekke mutanter, ledet av lagets erkefiende Magneto, som bruker sine krefter til å ødelegge og prøve å dominere de vanlige menneskene. De gode mutantene er samlet sammen til ett lag av Professor X (Charles Xavier) som vil beskytte dem fra utenomverdenen. De kaller seg fordi de har «eXtra power» (ekstra krefter) samt at det er en referanse til som gir mutantene deres superkrefter. Man kan også si at navnet står for «extraordinary men».