I forbindelse med presidentvalget i 1986 dukket den såkalte opp. Bladet fortalte i en artikkel om Waldheim at flere sider ved hans liv mellom 1938 og 1945 hadde blitt utelatt. Samtidig som Waldheim lanserte sitt kandidatur til presidentposten, utkom selvbiografien hans, der han påstod at han var student i årene 1942/43, mens han i virkeligheten hadde vært soldat på Balkan under general Alexander Löhr, etter krigen kjent som «Slakteren fra Balkan» og henrettet som krigsforbryter. Waldheim hadde vært liaison-offiser og tolk overfor italienske enheter, og ingenting tydet på at han selv begikk noen krigsforbrytelser. Problemet var at han løy om sin fortid. Etter kort tid innrømmet Waldheim offentlig at han hadde unnlatt å opplyse at han hadde vært offiser i SA-rytterkorpset, og at han hadde gitt gale opplysninger om hvor og hvor lenge han gjorde tjeneste under krigen. I en oppsiktsvekkende avgjørelse bestemte amerikanske myndigheter at Waldheim som privatperson var uønsket i USA. Selv sa Waldheim om saken: («Jeg har ikke gjort noe annet under krigen enn hundretusener andre østerrikere, nemlig oppfylt min plikt som soldat.») Saken førte til at valgkampen ble stadig mer aggressiv, og de konservative antydet at amerikanske jøder stod bak en svertekampanje mot Waldheim. ÖVPs generalsekretær Michael Graff sa at «så lenge det ikke er bevist at han egenhendig har drept seks jøder, er det ikke noe problem». «Vi østerrikere vil velge hvem vi vil!» stod det på en plakat. Simon Wiesenthal var alt i 1979 blitt anmodet av Israel om å granske Waldheims fortid, fordi de mente han som generalsekretær i FN var partisk til fordel for arabiske land. Wiesenthals undersøkelser konkluderte med at selv om Waldheim nok hadde løyet, var han øyensynlig ingen krigsforbryter. Nazi-jegeren Beate Klarsfeld uttalte at «det at Wiesenthal holder til i Wien, er en av grunnene til at det ikke ble gjort noe med Waldheims fortid da han ble generalsekretær i FN». Eli Rosenbaum fra WJC mente at fortielsene også skyldtes at Wiesenthal ikke ville risikere en sosialistisk valgseier.