Fra opprettelsen av Herceg-Bosnia i 1991, og spesielt fra mai 1992, engasjerte ledelsen seg i etnisk rensning i de kommunene de mente tilhørte Herceg-Bosnia, spesielt gikk de hardt ut mot bosnjaker. De tok kontroll over mange kommunale ledelser og fjernet de lokale ledere som var bosnjaker eller fratok dem all makt. De tok også full kontroll over media, formidlet propaganda og fremmet kroatiske ideer. Kroatiske symboler og valuta (kuna) ble innført. I skolen ble det innført kroatisk pensum og kroatisk var det offisielle språket. Mange bosnjaker og serbere ble fjernet fra lederstillinger også i det sivile. Humanitær hjelp ble stoppet eller blokkert, og spesielt bosnjaker led av dette.