Ved slutten av den tyrkiske okkupasjonen av øya, sammen med festningen ved Ierapetra, var det flyktninger fra mange osmanske familier som fryktet greske represalier. Etter opprøret på Kreta i 1866 var det mange osmanske familier som kom til Spinalonga fra Mirampello, en provins i dagens Lasithi på Kreta. Under det nye opprøret i 1878 mot den osmanske undertrykkelsen var festningene ved Spinalonga og Ierapetra som ikke ble erobret av grekerne. I 1881 dannet 1112 osmanene sitt eget samfunn på Spinalonga og først i 1903 forlot de siste tyrkerne øya.