Mindorobøffel har ifølge Custodio, Lepiten & Heaney (1996) ingen kjente underarter og ingen synonymer, men ifølge Corbet & Hill (1992) ble den i tidligere tider regnet som en underart til vannbøffel (). Hvorvidt dette var til den tamme eller ville formen er uklart, siden de to har blitt skilt i hver sin art i ettertid. Arten har av noen autoriteter også blitt regnet til slekten , men taksonene i den slekten inngår nå i .