Siden 1966 har det vært kjent at Jupiter utstråler mer varme enn planeten mottar fra Solen. Varmen som utgår fra planeten er i forhold til den termiske effekten som absorberes fra solen. Netto varmefluks er , som svarer til netto utstrålt effekt på . Dette tilsvarer 1/ av effekten som utstråles fra solen. Overskuddsvarmen er hovedsakelig primordial varme fra Jupiters urtid, men kan også delvis stamme fra nedbør av helium inn i kjernen.