Starling og Bayliss brukte viviseksjon, disseksjon av levende dyr, både i forskning og forelesninger, og i 1903 ble de innblandet i «den brune hunden»-affæren. To svenske feminister og dyrevernsaktivister, Lizzy Lind af Hageby og Leisa Schartau, hadde infiltrert forelesningene til Starling og Bayliss på University College London, og de mente at professorene utførte ulovlige disseksjoner på levende og lidende dyr uten tilstrekkelig anestesi. Kontroversen omhandlet én spesifikk hendelse om en brun hund som ble brukt i undervisningen, og saken fikk stor mediaomtale og anklagene ble også publisert i en bok. Bayliss saksøkte for ærekrenkelse, mens Starling valgte å avstå fra rettslige midler. Bayliss endte opp med å vinne i sitt søksmål.