Etter at det siste regjeringsmøte var blitt avholdt den 26. april 1865 i Charlotte, North Carolina ble Jefferson Davis tatt til fange i Irwinville i Georgia og satt i arrest. Han ble plassert i en uopvarmet åpen kasematt i Fort Monroe i to år. Noen historikere har vært inne på om denne behandling han fikk i fangenskap var tenkt som en måte å ta livet av ham på. Med dårlig helse ble Davis løslatt mot kausjon i mai 1867. Kausjonen ble stilt av prominente borgere fra både Nord- og Sørstater, herunder Horace Greeley og Cornelius Vanderbilt som var blitt overbevist om at han ble behandlet urimelig. Regjeringen tok ikke ytterligere skritt for at rettsforfølge Davis som følge av de forfatningsmæssige betenkligheter som ble fremført av lederen av Høyesterett, Salmon P. Chase.