Det var fransiskanernes generalminister Bernardino Del Vago da Portogruaro (aktiv i embetet 1869-1889) som i 1883 tok initiativet til å bygge et nytt, katolsk kollegium. Det nye lærestedet ble innviet den 20. november 1890, som Collegium Sancti Antonii Patavini in Urbe. Navnet ble endret ved dekret 17. mai 1933 av pave Pius XI til Athenaeum Antonianum de Urbe. Institusjonen fikk da lov til å tildele avgangsstudenter akademiske grader. Den 14. juni 1938 fikk det status som pavelig lærested. Den 11. januar 2005 ga pave Johannes Paul II lærestedet tillatelse til å kalle seg «pavelig universitet».