I 1770 gjorde Struensee ham til medlem av Landvæsenskommissionen, på tross av motstand fra de konservatives side. De fryktede hans overlegenhet og hans iver for fremskritt. Umiddelbart etter forela Oeder kommisjonen en omfattende plan for dens virksomhet og de prinsipper som burde følges, blant annet med hensyn til styringen av krongodset, opphevelse av landsbyfellesskapet, lettelse av stavnsbåndet, bestemmelser om hoveriet og landmilitsens forandring. Det følgende år trådte Oeder ut av kommisjonen, da han ble utnevnt til deputert i Finanskollegiet. Også her ble det påbegynt en rekke reformer etter Oeders råd.