Museet ble opprettet som følge av en katastrofe. I 1859 brant Frederiksborg slott ned, på grunn av uforsiktighet med opptenning i en kamin. Slottskirken og audienshuset var noenlunde uskadde, men ellers sto bare sotede yttermurer igjen. Man ble raskt enig om at slottet skulle bygges opp igjen, og midlene til dette ble skaffet via en landsomfattende innsamling, samt ved bidrag fra staten og kong Frederik VII.