Hun ble arrestert i oktober 1969 Ribeirão Preto i São Paulo. Hun var da leder for et hjem for foreldreløse barn. Uten at hun visste noe om det hadde medlemmer av geriljagruppen Forças Armadas de Libertação Nacional (FALN) tatt i bruk ett av rommene der. Nonnen og flere av FALN-folkene ble arrestert av Operação Bandeirante (OBAN) og ble torturert i fem måneder. Ifølge Paulo Evaristo Arns, som da var erkebiskop av erkebispedømmet São Paulo, var det arrestasjonen av Marina som utløste hans offentlige fordømmelser av diktaturet.