Thotts far døde før Otto Thott hadde fylt 4 år. Hans mor solgte herregården Turebyholm og flyttet sammen med ham til Sorø, der han gikk på skole. Men han mistet også moren innen han var fylt 17 år. Den formuen hun hadde hatt var nesten borte og det var kun på grunn av et par kvinnelige slektninger at han ble i stand til å fortsette sin utdannelse. Slektningene hjalp med å reise til utlandet, noe den gang ble ansett for å være nødvendig for en ung adelsmann.