Omar Mukhtar tilhørte klanen Mnifa som stod sterkt i regionen Kyrenaika. Man mistet sin far i ung alder og tilbragte ungdommen i fattigdom. Han ble adoptert av Sharif El Gariani, nevø av Hussein Ghariani, en politisk-religiøs leder i Kyrenaika, og fikk sin tidlige utdannelse i den stedlige moskeen før han fortsatte med åtte års universitetsstudier ved Senussiuniversitetet i Jaghbub, som var den hellige by for tariqa-senussiene.