Hensikten med et vannmerke er å markere at papiret er av høyere kvalitet. Vannmerke inneholder derfor oftest navnet eller logoen på papirprodusenten. Vannmerke benyttes også som sikkerhetsmerke på papirsedler, pass, frimerker, verdipapirer og lignende for å bekjempe forfalskninger. En annen hensikt er at vannmerke er nyttig for å undersøke papirets kvalitet ettersom det kan benyttes for datering, identifisere størrelse, opphav og lignende. I moderne digitale produkter som musikk, video og bilder kan det også benyttes synlig eller usynlig merking som kalles for digitalt vannmerke.