Den største ferskvannsjøen i Russland er Bajkalsjøen, som er den dypeste i verden og den innsjøen i verden med størst volum. Bajkalsjøen alene står for 85 % av ferskvannet i Russland og 20 % av det frittflytende ferskvannet i hele verden. Den er 632 km lang og 50 km bred på det bredeste. På det dypeste er den 1713 meter. Flere mindre innsjøer dekker de nordlige områdene av de europeiske og sibirske slettene. De største av disse er Belozero, Topozero, Vygozero og Ilmen nordvest i Europa og Tsjany sørvest i Sibir.