Kongen forbeholdt disse noen boder, men leide allerede i oktober 1636 ut hele Børsen til fire kjøpmenn, borgere i byen, for en årlig leie på riksdaler. Etter tre års forløp fornyet ikke kjøpmennene kontrakten. I 1642 leide borgermesteren i Christianshavn, Jakob Madsen, bygningen for fem år for riksdaler i året. Madsen hadde kontrakt på store leveranser til kongen på tjære, tauverk, tømmer osv. I 1647 ble han eier av Børsen idet han tok den i pant for riksdaler samt forpliktet seg til å gjenoppbygge Tøjhuset som hadde brent ned samme år. Madsen døde i 1653 og enken arvet Børsen. I 1669 overdro hun den til Frederik III for jordegods på tønner hartkorn. Børsen var dermed igjen i kongens eie.