På Sixtus IVs tid ble den spanske inkvisisjonen også opprettet i Sevilla. Paven motarbeidet dette, men Ferdinand presset ham til å akseptere det ved å true med å stoppe den militære støtten til Den hellige stol. I 1478 utstedte paven en bulle som godkjente opprettelsen. Han påla en del restriksjoner mot de mest ekstreme sider ved inkvisisjonen.