Grunnloven av 1917 var sterkt anti-katolsk, og ble fulgt opp med en rekke anti-katolske tiltak. i 1924 ble disse tiltakene ytterligere skjerpet, slik at man kunne tale om en regulær forfølgelse. Dette utløste en katolsk-konservativ geriljabevegelse, cristeros, som på 1920-tallet fikk sterk støtte i Jalisco, Michoacán og delstatene rundt. Fra myndighetenes side ble forfølgelsene ytterligere skjerpet, med en serie av massehenrettelser, blant annet i Guadalajara, også av prester som ikke hadde vært involvert i de væpnede konflikter verken med råd eller dåd. Den katolske kirke fikk på denne måten en rekke martyrer. Den kanskje best kjente var pater Miguel Pro. Denne jesuittpresten ble henrettet uten rettergang eller dom i november 1927, fordi regjeringen mente at han i sin prestegjerning hadde trosset myndighetene. Regjeringen spredte fotografier av henrettelsene for på den måten å skremme opprørerne til underkastelse, men bildene virket tvert imot oppflammende. Cristerosene ble inspirert til å følge pater Pro inn i martyriet, opprøret grep mer om seg. Det var ikke før i 1929 at stridighetene ble avsluttet, etter megling fra både Vatikanet og USA. Den katolske kirken truet etter hvert med ekskommunisering av katolikker som ikke rettet seg etter myndighetene.