Sesong 3 hadde premiere i USA 9. mars 2004, og består av 15 episoder. Sesongen tar for seg en rekke problemer etter at avdelingen stjal penger fra armenerne. Mackey får vite at en del av pengene ble merket av finansdepartementet, og avdelingen må finne ut hvordan de kan avlede oppmerksomhet fra myndighetene vekk fra deres egne kriminelle aktiviteter. Lemansky bestemmer seg for å brenne opp det aller meste av pengene, før de andre på avdelingen rekker å stoppe ham.