Cixi ble født vinteren 1835, og var datter av Huizheng, en mandsjuisk adelsmann og bannermann av av klanen Yehenara. Dette var en klan som på 1600-tallet hadde utmerket seg i kamp mot Mingdynastiet. Slektstreet hennes kan i denne linjen følges helt tilbake til bestefaren til Nurhaci, grunnleggeren av Qing-dynastiet. Palassarkivet viser at Huizheng virket i Beijing det året Cixi ble født, derav kan det sluttes at hun ble født der. De samme arkiver oppgir hennes barndomshjem til i i Beijing (西四牌楼劈柴胡同).