Holmens kirke har vært spart for Københavns store branner og store deler av interiøret er det originale fra 1600-tallet; blant annet altertavlen og prekestolen som begge er treskjærerarbeider utført i 1661 av Abel Schrøder d.y. samt orgelfasaden fra 1738 som er Lambert Daniel Kastens verk.