Men i 2001-02 sesongen mistet Yorke sin plass i startoppstillingen etter ankomsten til Ruud van Nistelrooy. Det ble også rykter om at Yorke hadde en krangel med United-sjef Alex Ferguson etter hans mye omtalte forholdet med den britiske modellen Jordan. Sommeren etter ble han solgt til Blackburn for 2 millioner pund.