Noguchi ankom interneringslageret i Poston i mai 1942, som eneste frivillig. Han arbeidet først i et snekkerverksted, men håpet å få lov til å utarbeide parker og fritidsarealer i lageret. Til tross for at han designet flere planer for baseballplasser, svømmebassenger, en kirkegård m.m., fant han ut at myndighetene ikke hadde tenkt å sette dem ut i livet. Samtidig merket Noguchi at han ikke hadde så mye til felles med de andre fangene, som han beskrev som for de meste «uintellektuelle bønder som var uinteressert i politikk». I juni søkte Noguchi tillatelse om å forlate leiren, men etterretningsoffiserer beskrev ham som en «mistenkelig person» på grunn av hans engasjement med «Nisei Writers and Artists for Democracy». Han fikk til slutt permisjon i en måned fra 12. november, men kom aldri tilbake; til slutt fikk han tillatelse til å forlate leiren for godt, men fikk også deportasjonsordre. FBI, som beskyldte ham for å være spion, begynte en omfattende etterforskining av Noguchi, som ikke ble avlyst før etter at American Civil Liberties Union grep inn. Noguchi beskrev senere sine krigserfaringer i den britiske dokumentarserien .