En ordre for Marlowes arrestasjon ble utstedt den 18. mai 1593. Ingen grunn ble oppgitt, skjønt det er antatt å ha vært i forbindelse med beskyldninger om blasfemi — et manuskript antatt å ha vært skrevet av Marlowe skal etter sigende ha inneholdt . Han ble ført for det kongelige råd for utspørring den 20. mai, og etter dette ble han beordret å rapportere til dem daglig. Ti dager senere ble stukket i hjel av Ingram Frizer. Om drapet hadde forbindelse med hans arrest har aldri blitt påvist.