Hoveddelen av partiet kunne føres tilbake til Det estiske landsbygdsfolkets parti (på estisk ), som ble stiftet 29. september 1994 og stilte ved parlamentsvalget i 1995 i «en valgallianse av bønder, landsbybefolkning, pensjonister og familieorienterte partier» med Det estiske samlingspartiet i spissen. Partileder var Estlands senere president Arnold Rüütel. Den 18. oktober 1999 tok partiet navnet Estlands folkeunion, og den 10. juni 2000 gikk de tidligere samarbeidspartnerne Det estiske landsbygdforbundet og Det estiske partiet av pensjonister og familier inn i partiet, som dermed ble landets største medlemsparti. Partiet for det nye Estland (), ledet av Ülo Nugis, ble innlemmet i 2003. I 2005 hadde Estlands folkeunion over 9 000 medlemmer, i tillegg til 2 000 medlemmer av partiets ungdomsorganisasjon.