I romersk tid, etter Lysimakhos' erobring, klarte ikke Kolofon (i motsetningen til Lebedos) å komme seg på fote igjen, og den tapte sin betydning. Faktisk ble byens navn overført til havnebyen Notion og det siste navnet forsvant i bruk en gang mellom peloponneskrigen og tiden til Cicero (slutten av 400-tallet og 100-tallet f.Kr.).