Stambolic og Milošević hadde sammenfallende syn på de autonome regionene Serbia, Kosovo og Vojvodina. Begge anså at konstitusjonelle forandringer var påkrevet for å avklare regionenes roller i forhold til føderasjonen. Stambolic lyktes i å få League of Communists of Yugoslavia over på sin side i dette spørsmålet ved den trettende League of Communists of Serbia-kongressen, som ble avholdt i 1986. En komité ble nedsatt for å utarbeide detaljene i de konstitusjonelle reformene som til slutt ble vedtatt i 1989. Han ønsket også å ivareta rettighetene til serbere og montenegrinere i Kosovo. Så tidlig som i 1982 sa han klart fra om at han ville forsvare disse rettighetene selv om hans motstandere ville kalle ham for en storserbisk nasjonalist. Etter hvert røk han og Milošević uklar fordi sistnevnte krevde en raskere prosess og ga uttrykk for sterk sympati med serbiske demonstranter. Det var et spørsmål om tid før det brøt ut en dyp konflikt mellom de to mennene.