Byen ble grunnlagt av spanske bosettere 23. april 1706, og Don Francisco Cuervo y Valdez sendte brev til Mexico by at han hadde gitt stedet navnet Alburquerque til ære for Francisco Fernández de la Cueva, den 10. hertugen av Alburquerque (den første «r»-en falt etter hvert vekk fra navnet). Byen var et sentrum for sauenæringen og fikk en kraftig vekst da området ble annektert av USA i 1846. Byen ble okkupert av sørstatskonføderasjonen under den amerikanske borgerkrigen. I 1885 fikk Albuquerque status som småby («town»), mens den fikk status som storby («city») i 1891.