Ved en kongelig resolusjon av 1660 ble det slått fast at Vardøhus amt skulle opprettes. Vardøhus amt var et underamt under Trondhjems stiftamt frem til 1866, og deretter under Tromsø stiftamt til 1918. Geografisk tilsvarte amtet det tidligere Vardøhus len, som ble gjort til hovedlen i 1576, etter tidligere å ha ligget under Bergenhus len. I 1680 ble Vardøhus amt innlemmet i Nordlandenes amt, som samtidig skiftet navn til Nordlands amt, men Vardøhus ble skilt ut igjen allerede i 1685.