I marsj 1821 brøt den greske selvstendighetskrigen ut og den 18. april ble også Samos en del av opprøret under lederskap av Lykourgos Logothetis og partiet Karmanioloi. I mai ble en revolusjonær regjering med sin egen konstitusjon satt opp for å administrere øya, hovedsakelig inspirert av Logothetis.