St John var sønn av Oliver St John av Cayshoe og hans hustru Sarah Bulkeley, datter av Edward Bulkeley av Odell, Bedfordshire. Hans søster, Elizabeth St John, giftet seg med prest Samuel Whiting og utvandret til Boston i Massachusetts i 1636. Han tok eksamen fra Queens' College i 1616, og ble tatt opp ved Lincoln's Inn den 22. april 1619. Han ble , gjort til advokat, i 1626. Han inngikk et fordelaktig ekteskap med arvingen Joanna Altham en gang rundt 1629 til tross for at hennes familie tvilte på at han var egnet. Ekteskapet satte ham blant annet i kontakt med Oliver Cromwell og John Hampden.