I 1840 ble han utnevnt til sogneprest i Leksvik i Trøndelag og tok bolig på prestegården Lille-Rødstad, i en bakke på oversiden av Leksvik kirke. Hustruen døde mens de bodde der, så Scheen giftet seg på nytt i Vår Frue kirke i 1849 med Marie Nannestad, datter av proprietær på Storfosen gods og senere overtollbetjent Frederik Nannestad. Selv var Scheen også meget sykelig, men ble ellers beskrevet som en «lav mann med ansats til fedme» med «lyst hår, et lyst, åpent, smukt ansikt».