Til tross for flere progressive virkemidler som ble tilpasset av den franske administrasjonen, førte hard skattelegging, og samtidig ubehøvlet og udisiplinert oppførsel fra de franske soldatene til at det franske styret ble fremmedgjort og mislikt av den greske befolkningen. Denne misnøyen ble utnyttet av en felles russisk-osmansk styrke under admiral Fjodor Usjakov til å forvise franskmennene fra de greske øyene.