Men i mai 1992, satte Rabbani sammen lederskapsrådet før tiden og undergravde Mojaddedis skjøre autoritet. 28. juni 1992 overgav Mojaddedi makten til lederskapsrådet, som så valgte Rabbani til president. Kraftige trefninger brøt ut i august 1992 i Kabul mellom styrker som var lojale mot president Rabbani og rivaliserende fraksjoner, først og fremst de som støttet Gulbuddin Hekmatyars Hezb-i-Islami. Etter at Rabbani forlenget sin periode i desember 1992 blusset kamper opp på nytt i januar og februar 1993. Islamabad-avtalen som ble signert i mars 1993 der Hekmatyar ble oppnevnt til statsminister, klarte ikke å ha en varende effekt. En oppfølgingsavtale, Jalalabad-avtalen, sa at militsene skulle avvæpnes, men ble aldri helt gjennomført. Gjennom 1993 allierte Hekmatyars Hezb-i-Islami seg med sjia-militsen Hizb-i-wahdat og braket med jevne mellomrom sammen med styrkene til Rabbani og Massouds Jamiat. Sayyafs militante Ittehad-i-Islami og til tider tropper som var lojale med den etnisk usbekiske Abdul Rashid Dostum samarbeidet med Jamiat. 1. januar 1994 byttet Dostum side og satte raskt i gang kamper i stor skala i Kabul og de nordlige provinsene, noe som førte til tusenvis av sivile tap i Kabul og andre steder og som skapte en ny bølge med omplasserte personer og flyktninger. Landet sank enda lengre ned i anarki. Styrker som var lojale til Rabbani og Massoud, begge etniske tadsjiker, kontrollerte Kabul og mye av de nordøstre delene av landet, mens lokale krigsherrer hadde makten i resten av landet.