Sommeren 2003 viste det seg at Sør-Aralsjøen forsvant raskere enn hva som var forventet. Overflaten lå bare 30,5 meter over havflaten, hvilket var 3,5 meter lavere enn prognosene fra starten av 1990-tallet, og vannet hadde et saltinnhold på rundt 2,4 ganger havvannets. I sjøens dypeste deler var bunnvannet imidlertid saltere og dermed tyngre enn på overflaten, og lagene blandet seg ikke. Dermed ble bare overflatelaget oppvarmet om sommeren, og vannet fordampet dermed raskere enn forventet. Basert på de nyeste data forventes den vestre delen av Sør-Aral å være forsvunnet helt rundt 2020.