Det har vært registrert 25 fiskearter i Øyeren, som dermed regnes som den innsjøen i Norge med flest fiskearter. Før oppdemmingen av Glommavassdraget fantes det også laks og ål der. I en rapport skrevet av Åge Brabrand (2002) er det oppført at 25 arter kan finnes. Av disse er forekomsten av ål og lagesild beskrevet som tvilsom. De to stingsildartene er oppført som konkurransesvake. Asp er i 2006 oppført som sårbar på Bernkonvensjonens (1982) liste III.