Etter delingen av Polen i september 1939 i henhold til Molotov-Ribbentrop-pakten i 1939 ble Suwałki-området overtatt av Sovjetunionen. I begynnelsen av oktober 1939 var imidlertid Suwałki-regionen under tysk okkupasjon, fordi den tysk-sovjetiske pakten forlot Białystok-regionen på sovjetisk side, og Suwałki-regionen på tysk (selv om det opprinnelig ble fastslått at Suwałki-regionen skulle være under sovjetisk okkupasjon). Jødene i Suwałki døde under andre verdenskrig og ble myrdet av tyskerne. I 1944 ble Suwałki og området rundt igjen okkupert av den røde hæren, og returnerte deretter til Polen.