Brix var ved Institutt for biologi ved Universitetet i Bergen, som førsteamanuensis fra 1982 og utnevnt til professor i miljøfysiologi i 1992, en stilling han holdt til utgangen av 2008. Han mottok i 1991 den 5. Meltzerprisen for yngre forskere på 30 000 kroner, gitt ham for hans forskning på hvordan blodet transporterer gass, fysiologisk sett. Brix hadde i denne tiden flere publikasjoner i blant annet Nature. I 1997 ble han æresprofessor ved School of Biological Sciences, University of Auckland på New Zealand.