Bayer er mest kjent for sitt første produkt aspirin, og utviklet også verdens første utbredte antibiotikum, prontosil. Bayer står også bak utviklingen av metadon, nervegassen tabun, antibiotikumet ciprofloxacin som brukes mot anthrax, polykarbonat som er det materialet CD-er er laget av, kunststoffet polyurethan og mange andre produkter. I 1898 introduserte de heroin på det amerikanske markedet som hostestillende medisin. Under første verdenskrig produserte selskapet klorgass og sennepsgass til skyttergravskrigen.