Da han kom tilbake til Gaza ble han innlagt på sykehus, der det ble oppdaget at Omer var påført flere brukne ribbein og diverse andre skader på kroppen som følge av hva han hadde gjennomgått. Regjeringen i Nederland, som hadde sendt en diplomat for å ønske Omer velkommen og ledsage ham til Gaza, fremmet en offisiell protest til Israel over mishandlingen av Omer. Pressekontoret til Israels regjering sa i en uttalelse at Omer aldri ble utsatt for fysisk eller psykisk mishandling. Den sa at hans beretning var full av motsetninger og «uten grunnlag».