Den 15. august 2016 ble det offentliggjort at Rashica byttet fra Albania til Kosovos landslag. 30. august ble han kalt opp for å spille kvalifiseringskamp til VM 2018 mot Finland og fikk sin debut fra start i kampen. Rashica scoret sitt første landslagsmål for Kosovo i 1-1 kampen mot Færøyene 14. oktober 2018.