Han deltok i SARS forebyggings- og kontrollarbeid i 2003. I 2005 fungerte Wu Zunyou som direktør for Det kinesiske sentrum for sykdomskontroll og -forebygging (中国疾病预防控制中心) i dens avdeling for seksuelt overførbare sykdommer og aids, og engasjerte seg i arbeid knyttet til aids-forebygging og kontroll.