Noe senere flyttet han til København hvor han i 1746 ble utnevnt til hofflege, i 1750 til kongelig livlege. I 1768 ble han utnevnt til etatsråd. Piper ble i 1768 avløst av Johann Friedrich Struensee som livlege for den sinnslidende Christian VII da kongens forestående store utenlandsreise ble ansett å være en for stor byrde for den aldrende legen.