Styringen via en riksprotektor var en midlertidig ordning mens krigen pågikk og formelt beholdt tsjekkerne en egen selvstendig regjering (mens sudettyskerne ble tyske borgere). Tsjekkoslovakias demokratiske institusjoner inkludert parlamentet ble avviklet og bare en liten tsjekkisk administrasjon ledet av president Emil Hácha og statsminister Alois Eliáš ble beholdt. Rundt tsjekkiske statsansatte beholdt for det meste stillingene sine og i praksis underordnet tyske sivile tjenestemenn. Denne styreformen reflektere trolig at den avanserte tsjekkiske økonomien var for viktig til å bli uroet av et brutalt okkupasjonsregime slik det senere skjedde blant annet i Polen og Ukraina.