Under andre verdenskrig forble Munthe boende i San Michele. Forsyningssituasjonen på Capri var vanskelig, men den omtenksomme Munthe bestilte matvarer fra NK i Stockholm. Øya ble bombardert av allierte fly og alle vinduer i kapellet ble ødelagt. Munthe var den siste utlendingen på øya foruten de tyske militære. I juni 1943 forlot han Capril for aldri mer å vende tilbake. Han døde i Stockholm i 1949, 92 år gammel.