Brečko startet sin karriere med ungdomsfotball i klubben NK Rudar Trbovlje. Under utdannelsen spilte han enkelte kamper for Factor Ljubljana på tredje nivå i Slovenia. I 2003/2004-sesongen spilte han for Šmartno, hvor fikk han 21 kamper for i Prva Slovenska nogometna liga, som er det øverste nivået i landet. Han gikk til Hamburg i juli 2004 og fikk syv kamper i sin første sesong.