Fra 1949 var han ved det nyåpnede Norsk Institutt for Tang- og Tareforskning, lokalisert ved NTH i Trondheim, der han utviklet metoder for å anslå bestandene langs norskekysten ut fra små prøver. I 1966–67 var han UNESCO sin representant på Cuba, og 1970–80 professor i marin botanikk ved Universitetet i Bergen. «Sunniva og Egil Baardseths legat» gis til høyere norsk algeforskning.