I denne situasjonen ble Den midlertidige kirkeledelse etablert som nytt øverste organ for kirken. At det i det hele tatt skulle la seg gjøre å etablere en enhetlig ledelse for kirken, var på ingen måte opplagt. Men allerede i 1940 hadde biskop Berggrav fått istand et samarbeide med Indremisjonens leder, professor Ole Hallesby, og Ludvig Hope i Kinamisjonsforbundet. Alle tre hadde en lang vei å gå før de gikk inn i dette samarbeidet. Både Hallesby og Hope betraktet Berggrav som en liberaler, kanskje til og med en farlig liberaler i spørsmål som angikk kristen tro. Men på grunnlag av en felles forståelse av nødvendigheten av at kristen-Norge stod sammen mot nazismen ble det i 1940 oppnådd enighet om å danne Kristent samråd for den norske kirke og nå i 1942 Den midlertidige kirkeledelse. Dette organet opererte i begynnelsen åpent, og dets opprettelse ble kunngjort i landets kirker den 26. juli 1942.