Klubben spilte også UEFA Intertoto Cup 2006 og var en av elleve vinnere dette året, selv om pokalen for beste sammenlagtvinner gikk til Newcastle United FC. Maribor ble for øvrig også kvalifisert til UEFA Europa League 2011/12, hvor de etter å ha slått ut den skotske klubben Rangers FC, spilte seg frem til gruppespill i mellomrunden uten å nå sluttspillet.