Sesong fire finner sted seks uker etter hendelsene i sesong tre. Heltene forsøker som best de kan å vende tilbake til deres normale liv. Peter går tilbake til jobben som ambulanse-arbeider, og Claire begynner på college. Sylars kropp får hans tidligere ervervede evner til å manifestere seg, samtidig som han sliter med denne nye identiteten som Nathan. Sylars faktiske bevissthet, fanget i Matt Parkmans sinn, håner Matt og ønsker seg tilbake til sin egen kropp.