Den 27. desember 2015 lanserte Al Jazeera America en rapport utformet av Al Jazeera Investigative Unit som etterforsket dopingbruk blant profesjonelle idrettsutøvere hvor blant andre Manning ble nevnt som en av de som hadde mottatt ulovlige dopingmidler fra Charles Sly, en farmasøyt som hadde jobbet ved Guyer Anti-Aging Clinic i Indianapolis i høsten 2011. I juli 2016 erklærte NFL at de ikke hadde funnet bevis som støttet påstandene om Manning.