Klubben var profesjonell fra starten av, og spilte fra 1905 til 1920 i Southern Football League. Der vant de andre divisjon i 1906, før de fortsatte i første divisjon frem til 1920. I 1914 havnet de på andreplass i første divisjon. I 1920 ble 1. divisjon i Southern Football League innlemmet i The Football League som den nye . Crystal Palace F.C. vant denne divisjonen i 1921, og rykket opp til andre divisjon hvor de ble til 1925. Fra 1925 til 1969 vekslet klubben mellom andre, tredje og fjerde divisjon; fra 1969 til 1973 fulgte deretter fire sesonger i den øverste divisjonen i det engelske ligasystemet. Siden 1977 har klubben vekslet mellom de to øverste divisjonene; beste sesong var 1990–1991 da klubben havnet på tredjeplass i den gamle første divisjon. I 1992 var Crystal Palace F.C. en av de 22 klubbene som grunnla Premier League.