Det samme året han publiserte Flora Danica ble han professor i anatomi, kirurgi og botanikk i København. I tillegg til den eksisterende kunnskapen inneholder boken hans også erfaringer fra egen praksis. Boken hadde plantenavn både på latin, tysk og dansk og da Linné brukte en kopi som student i Lund har han føyet til de svenske plantenavnene.