Fredriksvern kirke – eller Stavern kirke som den omtales til daglig – gjennomgikk en omfattende oppussing og restaurering i 2004. Det største problemet med Fredriksvern kirke har vært at de gamle kalkfargene er overmalt med moderne malinger. Dette har ikke vært vellykket og man har forsøkt å føre kirkebygget tilbake gjennom de gamle bygge- og kalkmetodene.