Øyas navn har hatt ulike skriveformer gjennom historien fra Miolø i 1350, Melløenn i 1570, Molløe i 1670 til Meløen i 1723. Navnet Meløy kommer trolig av "mel" (av mjol), et ord som ofte brukes om fin sand. På Meløy er det nettopp sand som karakteriserer de lavere deler av øya. Navnet var trolig opprinnelig et øynavn som så gav navnet til øyas hovedgård, der kirka også ble reist. Navnet ble derfra overført til å gjelde hele kommunen.