Endotoksiner og andre viktige substanser fra bakterier fører til frigjøring og produksjon av flere typer biologiske substanser. På ulike vis forstyrres den normale funksjonen av livsviktige biologiske organer og systemer. Blodtrykksfall, som kan skyldes NO-indusert utvidelse av blodkarene. Dette rammer blant annet nyrene, leveren, lungene og hjertet. Meningokokksepsis, der pasienten utvikler septisk sjokk meget tidlig i sykdomsfasen. Sjokkutviklingen ved andre typer infeksjoner kommer lenger ut i forløpet.