Sør-Dakotas guvernør har den utøvende makten. Guvernøren har myndighet å utnevne en regjering, til å sanksjonere eller nedlegge veto mot lovgivning som delstatsforsamlingen har vedtatt, til å være øverstkommanderende for nasjonalgarden (reservestyrkene), og til å forkorte straffer eller benåde straffedømte. Guvernøren velges for en fireårsperiode ved direkte valg, og kan ikke sitte lengre enn to sammenhengende perioder.