Under presidentvalget i 2017 stilte Guterres på nytt som FRETILINs kandidat og med støtte fra den tidligere statsminister Xanana Gusmão og hans parti Den nasjonale kongress for timoresisk gjenoppbygging (CNRT). Han ble innsatt i embedet 20. mai 2017 som landets første folkevalgte partisan i presidentembedet.