Grunnet ulike kliniske manifestasjoner basert på hvilken genmutasjon pasienten er bærer av, varierer også langtidsutsiktene. MODY2 har generelt et mildt forløp, og det er svært sjeldent at man utvikler diabetiske senkomplikasjoner. Ved MODY3 derimot, progredierer alvorlighetsgraden betydelig. Uten behandling eller ved inadekvat behandling, oppstår komplikasjoner som ved andre former for diabetes. Dette kalles diabetiske senkomplikasjoner, og omfatter blant annet: retinopati (øyesykdom), nevropati (nedsatt følelsessans), økt risiko for kardiovaskulær sykdom og nyreproblematikk, samt økt risiko for diabetiske fotsår. Overvekt og fedme er assosiert med en dårligere prognose.