I den andre fasen, som varte fra juli 1946 til juni 1947, utvidet KMT sin kontroll over storbyene ved overtagelsen av Yan'an (som var KKPs hovedkvarter gjennom store deler av borgerkrigen). KMTs suksess var bare tilsynelatende; taktisk hadde KKP trukket seg fra byene, og valgte å angripe KMT-områder ved å igangsette protester blant studenter og intellektuelle i byene. KMT reagerte på protestene med undertrykkelse. KMT var midt i en fraksjonskrig som svekket deres styringskapasitet. Dette kombinert med Chiang's autokratiske kontroll over partiet var KMTs reaksjonsevne svekket.