Etter den tyske okkupasjonen av Norge i 1940 ble han leder for Sipo og SD i Norge. Himmler fikk 20. april Hitlers tillatelse til å innsette en HSSPF i Norge og Heydrich ga straks Stahlecker ordre om å dra med en Einsatzgruppe til Norge. Stahlecker var en av Heydrichs mest pålitelige medarbeidere. Stahlecker kom til Oslo 29. april med 200 mann fra SD og Sipo, noen disse ble så sendt videre til hovedbyene Bergen, Stavanger, Trondheim og Kristiansand. Stahlecker var den første tiden underordnet Fritz Weitzel og Stahlecker forlot Norge november 1940 og Heinrich Fehlis overtok stillingen.