Det var utbrudd av pest både i 1618 og i 1629. I 1633 brant en stor del av byen ved Vågen. I 1684 brøt det ut en ny stor brann omkring Vågen. Rundt 150 av byens 350 hus går tapt. I 1682 ble bispesetet flyttet til Kristiansand. I 1686 gikk kjøpstadsprivilegiene tapt, men de ble imidlertid gitt tilbake i 1690. 1695 døde rundt 15 % av byens befolkning døde, trolig av flekktyfus. Nye bybranner kom i 1716 ved Skolebekken, i Østervåg og på Kjerringholmen, 1766 på Straen, 1768 på Straen, 1796 på Verket, 1833 på Holmen og i 1860 på Holmen og i Østervåg. Se artikkelen om bybranner i Stavanger. Brannene er årsaken til at de eldste husene som står i dag, ikke er eldre enn fra 1700-tallet.