Dagen etter Manning ble utpekt til MVP spilte Colts mot Chargers i wildcard-runden. Etter å ha avsluttet første halvdel under 14–10 tok Colts en 17–14 ledelse i tredje kvarter etter at Manning fullførte en 72-yard touchdownpasning til wide receiver Reggie Wayne. Chargers utlignet derimot til uavgjort i fjerde kvarter da kicker Nate Kaeding scoret på et 22-yard field goal. San Diego vant myntkastet i overtid og scoret en touchdown på sin første sesongen, og avsluttet Colts' sesong for andre år på rad. Manning fullførte 25 av 42 pasninger for 310 yards og en touchdown i kampen. Etter sesongen gikk Colts' hovedtrener Tony Dungy av med pensjon.