Som de fleste andre breene i Europa ble Vatnajökull borte etter den siste istida og kom ikke tilbake igjen før en klimaforverring for to til tretusen år siden. Fra ca. 1400 økte den i areal fram til 1700-/1800-tallet i Den lille istida. Tidligere ble breen kalt «Klofajökull». Grunnen er at breen er kløvet opp i mange bretunger.