Den 22. mars 2009 satte Pepe en ny rekord og ble den keeperen i Liverpool som har brukt færrest kamper til å holde buret rent 100 ganger, etter at Liverpool slo Aston Villa FC hele 5–0 på Anfield, og slo dermed klubbrekorden til Ray Clemence. Den 11. april passerte så Pepe 200 kamper for Liverpool, og igjen holdt han buret rent i en 4–0-seier hjemme over Blackburn.