Kongregasjonmener delt inn i 31 provinser og delegasjoner. Ordenens ledelse er Via Luigi Lilio i Roma. Den tysktalende provinsen (DSP) har åtte filialer, hvorav seks er i Tyskland, en i Østerrike og en i Sør-Tirol. Ansvaret til hver provins ligger hos provinssuperioren og hans råd. Dette organet velges hvert tredje år ved hemmelig avstemning blant medlemmene i den respektive provins. I 2008 arbeidet rundt 1740 Comboni-misjonærer (prester og brødre) i rundt 40 land rundt om i verden.