To katolske bispedømmer ble opprettet. Det første var erkebispedømmet (Běijīng) i 1307, og seks år etter fikk Sør-Kina et katolsk bispesete i landsdelens viktigste havneby, Zaitun (nå Quanzhou) i Fujian. Den første biskopen, Gerard, var en av de tre som var kommet i 1310, og da han døde overtok den annen (Peregrinus), og da han døde i 1322 den tredje og siste (Andreas av Perugia). Misjonen i begge bispebyene var svært fremgangsrik. En av de mest kjente av fransiskanermisjonærene der var Oderik av Pordenone, som virket fra 1322 til 1328, som skulle bli saligkåret i 1755. Kirkens institusjoner og virksomhet ble støttet finansielt av keiserne.