Fisknes startet sitt arbeid blant rusmisbrukere i 1967. Deretter arbeidet hun som fengselsprest. I 1981 var hun med på å starte opp Nadheim, senter for kvinner og menn med prostitusjonserfaring, i Kirkens bymisjon. Hun var sokneprest i Torshov menighet og deretter sokneprest og prost i Bærum prosti til hun gikk av med pensjon i 2010. Fisknes har også vært leder av Landsforeningen mot AIDS (nå HivNorge). Fra 2002 til 2006 var hun leder for Kompetansesenter for likestilling.