Vikunjaen lever i alpint terreng i høyder på mer enn 3 200 moh. (i Peru over 3 800 moh.). I habitatet vokser næringsfattig gras av flerårige planter og grastuster som er harde å beite. Temperaturen varierer mye i denne høyden, fra under frysepunktet om natta til sterk solvarme om dagen. Habitatet må sørge for god vasstilgang, dyra krever drikkevatn hver dag og går sjelden over to kilometer fra nærmeste vasskilde.