I Super Bowl XLVIII tapte Mannings Broncos mot Seattle Seahawks, 43–8. Manning gikk opp mot Seahawks' unge startende quarterback Russell Wilson, som hadde sett opp til Manning og deltatt i en av hans treningsleirer som tenåring, og som senere møtte Manning under Broncos' intervju før draftet. Seahawks' forsvar, rangert #1 i ligaen, viste seg å være for mye for Broncos' angrep, også rangert #1 i ligaen, mens Broncos' forsvar slet etter skader til flere viktige spillere. Broncos' første play satte tonen for kampen. Mens Manning tok et skritt frem for en audible snappet center Manny Ramirez ballen for tidlig, som endte opp i Broncos' målsone hvor den ble downed for en safety av running back Knowshon Moreno. Manning satte en Super Bowl-rekord med 34 fullførte pasninger (slått av Tom Brady året etter i Super Bowl XLIX), men angrepet fikk ikke en første down før i andre kvarter, og scoret ikke noen poeng før i slutten av tredje kvarter. Selv om Manning kastet en touchdownpasning og en two-point conversion kastet han også to kostbare interceptions, hvor en ble returnert for en touchdown av Malcolm Smith i andre kvarter.