I det overveiende katolske Litauen var den katolske kirken i landet et opphav til mange antisemittiske forestillinger, blant annet myten om at jødene drakk blod fra myrdede spedbarn i sin ritualer. Landets nasjonalister anså de jødiske litauerne som et fremmedelement som ikke var lojale mot den unge republikken. Moderne rasebasert antisemittisme fantes knapt.