Nyhetene som kom fra Japan var ikke gode. Shogun Tokugawa Ieyasus edikt mot katolisismen av januar 1614, som blant annet beordret misjonærene utvist, var fremdeles ved lag. Alexandre de Rhodes forble dermed i to år i Goa og på Salsette, der han lå alvorlig syk en stund. Der ble han kjent med den franske jesuitt pater Etienne de la Croix, som hjalp ham med å tilegtne seg det lokale dialekt: konkani.