I 1979 flyttet hun til faren og hans nye kone. Hun ble tatt for butikktyveri og havnet på reformskole da hun var 15, Grianán Training Centre, drevet av the Sisters of Our Lady of Charity. Hun har uttalt at hun også fikk en vanskelig tid her. En av dem som jobbet på Grianan, var søsteren til Paul Byrne, trommeslageren i bandet In Tua Nua. Han hørte O'Connor synge «Evergreen» av Barbra Streisand i søsterens bryllup og inviterte henne til å møte bandet. Hun spilte inn sangen «Take My Hand» med bandet, men de syntes at som femtenåring var hun for ung til å bli med i bandet.