Etter at Konstantin Päts, i samarbeid med øverstkommanderende for Estlands væpnede styrker, Johan Laidoner, gjennomførte statskupp i 1934, ble Eenpalu igjen innenriksminister. Han satt i denne posten til 1938 da han ble statsminister. Eenpalu gikk av som statsminister i oktober 1939.