Fobier er ofte knyttet til amygdala, et område av hjernen som ligger bak hypofysen i det limbiske systemet. Amygdala kan utløse utskillelse av hormoner som påvirker frykt og aggresjon. Når frykt- eller aggresjonsresponsen er iverksatt kan amygdala starte frigjøring av hormoner i kroppen for å sette kroppen i en «alarmberedskap» hvor man er klar til å bevege seg, løpe, slåss, etc. Denne defensive alamrmberedskapen og responsen er i psykologi generelt omtalt som fight-or flight- (flykt-eller-slåss-) responsen.