Det medisinske fakultet ble først opprettet som Avdeling for medisin ved Universitetet i Trondheim 9. april 1974. Medisinerutdanningen ble opprettet i 1975, men da uten preklinikk. I 1993 fikk fakultetet et medisinstudium med integrasjon av basalfag og klinikk fra start til slutt. Det medisinske fakultet ble formelt opprettet 1. april 1984. Fra 1996 ble fakultetet en del av det nyopprettede Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU).