Da motstandsbevegelsen i leiren advarte sonderkommandoen om at de skulle drepes om morgenen 7. oktober 1944, angrep sonderkommandoen SS-soldatene og Kapoene med to maskingevær, økser, kniver og granater. 12 SS-soldater ble skadet og tre drept; en av soldatene og en Reichsdeutsche Oberkapo ble dyttet levende inn i en av krematorieovnene etter å ha blitt knivstukket av en av medlemmene i sonderkommandoen. Noen av medlemmene klarte å rømme fra leiren som planlagt, men ble innhentet og ført tilbake samme dag. Av de som ikke døde i selve opprøret ble over 200 av fangene tvunget til å legge seg nakne på magen og ble deretter skutt i bakhodet. Totalt døde 451 sonderkommandomedlemmer som følge av opprøret.