Habré rømte til Senegal etter militærkuppet i 1990. I 2006 ble han satt i husarrest, og 2015 ble han stilt for retten for forbrytelser mot menneskeheten i en spesialdomstol i Senegal. I mai 2016 ble han funnet skyldig i forhold som inkluderte voldtekt, seksuelt slaveri og for å ha bestilt drap på mennesker. Han ble dømt til livsvarig fengsel. Han er det første tidligere statsoverhode som er dømt i en annen stats rettsvesen.