Morgans frimodige syn og kontroversielle meninger på har ført til tusenvis av klager til Ofcom. Da han ledet , ble han beskyldt for å ha vært involvert i det som skulle bli kjent som News International-telefonhackingskandalen. Morgan avviste kategorisk at han hadde hacket noen telefon eller publisert noen historie basert på materiale innhentet gjennom telefonhacking. Året etter ble Morgan kritisert av Brian Leveson – formannen i Leveson Inquiry, som undersøkte hackingskandalen – som blant annet karakteriserte Morgans uttalelser i møte med anklagene som «særdeles lite overbevisende». Leveson kritiserte også Morgans holdning til skandalen, som etter hans mening var useriøs.