Etter statskuppet stilte han seg imidlertid til disposisjon for keiser Napoleon III. I november 1853 ble Baraguey d'Hilliers sendt til Konstantinopel som ved Høyporten, og ble hjemkalt i mai 1854. Under Krimkrigen i 1854 fikk han kommandoen over landstigningsstyrkene i Østersjøflåten og erobret Bomarsunds fästning. Han ble så utnevnt til marskalk og til senator. Senere ble han senatets visepresident.