Johan Arneng er gift med Emmelie. I 2005 gikk Johan og hans samboer Emmelie sin ene nyfødte tvillingsønn bort., noe som forårsaket et lengre sykefravær fra Djurgårdens IF sine kamper. Selv refererte Arneng til denne perioden som den vanskeligste i hans liv. Når Arneng så igjen ble aktiv i Djurgårdens IF, gikk ryktene om at en mulig overgang til andre klubber, for å komme seg vekk fra vanskelighetene, men han bestemte seg for å blir i klubben. I 2007 fikk Emmelie og Johan sitt andre barn, Melker.