De neste årene malte Courbet mindre kontroversielle bilder, landskaper og portretter, som gjorde ham til en populær kunstner i sin samtid. Hans serie med havmotiver fra denne tiden var med på å legge grunnen for den senere impresjonistiske kunsten. I 1860 kom han igjen på banen med mer utfordrende motiver, blant annet en fremstilling av berusede prester som ble refusert selv på De Refusertes Salong (Salon des refusés). Videre fulgte flere malerier med et erotisk og nærmest pornografisk snitt, som i 1866 – en utilslørt studie av det kvinnelige kjønnsorgan – og fra samme år: to nakne, sovende kvinner i het omfavnelse. Bildene ble nektet vist offentlig, og forsterket Courbets rykte som en radikal skikkelse i fransk offentlighet.