Muhammed var fremdeles svært ung og uerfaren da han ble guvernør. Kun to år etter at han etterfulgte sin far gikk Tabaristan tapt i et opprør fra alavidene, og tahiridene klarte ikke å ta provinsen tilbake. Saffaridenes emir i Sistan, Yaqub bin Laith as-Saffar, tok i 867 Herat og fengslet dens tahiridiske guvernør. En hær ble sendt under samanidenes Ibrahim ibn Ilyas for å stoppe Yaqub, men ble beseiret. Etter dette ble Muhammed tvunget til å inngå forlik. I løpet av denne tiden forsøkte Muhammed også å skaffe seg embetene i vest som ble gitt til Muhammed bin Abdullah. Etter at Abdullah døde i 867 hadde hans bror Ubaydallah bin Abdullah tatt over embetene. Muhammed sendte sin onkel Sulayman bin Abdullah som sin representant i Irak, og Sulayman klarte å skaffe embetene på Ubaydallahs bekostning, selv om han til slutt mistet dem.