I 1994 deltok de i FIA World Cup med en Favorit og vant FIA Formula 2 World Cup for forhjulsdrevne rallybiler. Året etter ble Favorit erstattet av den nye Škoda Felicia og Škoda Octavia WRC tok over i 1999. Škodas beste resultat med Octavia WRC var Armin Schwarz sin tredjeplass i 2001 Safarirally. Fra midten av 2003 ble Octavia erstattet av den mindre Škoda Fabia WRC. Škoda brukte 2004-sesongen til å utvikle bilen videre, men oppnådde ikke særlig suksess sesongen etter. Med Fabia S2000 i 2009 kom suksessen og de vant 50 nasjonale og internasjonale titler og skrev med det Škoda sitt til nå mest suksessrike kapittelet innen motorsport. Blant annet vant Škoda totalt syv IRC rallyer og vant både fabrikk og førermesterskapet med Juho Hänninen i 2010. Også de to neste sesongene vant de fabrikk og førermesterskapet men nå med nordmannen Andreas Mikkelsen. miniatyr|Skoda Fabia S2000, Wales Rally GB 2011I august 2011 satte en spesiell Škoda Octavia vRS verdensrekord på Bonneville Speedway (en del av en saltslette nordøst for Wendover, Utah) og ble den raskeste serieproduserte bilen i verden med en motor på opptil to liter, da den oppnådde en fart på 365 km/t.