Til slutt, i 1899, gikk keiser Franz Joseph med på å la Franz Ferdinand gifte seg med Sophie på den betingelse at ekteskapet skulle være morganatisk ekteskap og at deres etterkommere ikke ville ha rett til å være etterfølgere til tronen. Sophie ville derfor ikke dele hennes ektemanns posisjon, tittel, rangfølge, eller privilegier; eksempelvis ville hun normalt ikke opptre offentlig ved hans side, ikke ha rett til å reise i den kongelige vogn eller sitte i den kongelige boks.