Timur Lenk døde i 1405 under et felttog mot Ming-dynastiet i Kina. Det er hevdet at han på dødsleiet skal ha ytret ønske om å se Shah Rukh en gang til, og han beklaget at det ikke var mulig. Det er uklart hvem Timur hadde utpekt som arving til riket. Hans to eldste sønner, Umar Shaikh Mirza I og Jahangir Mirza, var døde, og de to yngste, Shah Rukh og Miran Shah, ble ansett som ikke verdige. Enkelte kilder hevder at Pir Muhammad, en sønn av Umar Shaikh Mirza, ble utpekt til arving. Han gjorde iallfall krav på riket, men det gjorde også hans fetter Khalil Sultan som var sønn av Miran Shah, og ikke minst Shah Rukh. Khalil Sultan klarte å få kontroll over hovedstaden Samarkand og statskassen. Pir Mohammad ble beseiret av Khalil i 1407 og ble drept året etter.