Henderson arbeidet ved en lokomotivfabrikk fra 12-årsalderen. I 1879 konverterte han til metodismen, og var senere virksom som legpredikant. Han mistet jobben på fabrikken i 1884, og konsentrerte seg om predikantvirksomheten, samtidig som han tilegnet seg kunnskaper innen en rekke områder gjennom privatstudier.