Stanisławs far var slottsforvalter. I en alder av 14 år ble Stanisław og storebroren Paweł sendt til en jesuittskole i Wien. Stanisław ønsket å bli medlem av jesuittordenen, men foreldrene hans godtok ikke dette valget. I 1567 flyktet han derfor fra Wien og endte til slutt opp i Roma, hvor han ble novise hos ordensgeneralen Francisco de Borja.