Jan de Jong studerte katolsk teologi i Culemborg en Rijsenburg, og mottok ordinasjonssakramentet 15. august 1908. Etter videre studier i Roma i historie (doktorgrad i 1910) og kirkehistorie (doktorgrad i teologi i 1911) jobbet han fra 1912 til 1914 som pastor i Nederland. Fra 1914 til 1935 underviste han i kirkehistorie ved seminaret i Rijsenburg, som han ledet fra 1931 til 1935 som rektor.