Etter sparkingen i Frankrike ble Lemerre trener for Tunisias herrelandslag, hvor han ble i seks år. Han førte blant annet laget til en seier i Afrikamesterskapet i fotball i 2004, samt til deltagelse i VM-sluttspillet 2006 i Tyskland. I 2008 ble han sparket fra jobben, og ble kort tid etter presentert som ny trener i nabolandet Marokko.