De tre neste sesongene i Europa endte alle med exit i gruppespillet. I 2000/01 havnet Rosenborg nok en gang i gruppe med den kommende vinneren av turneringen, Bayern München. Her endte RBK på 3.-plass, som på grunn av formatendringene fra året før betød spill i UEFA-cupen i stedet. Her endte Rosenborg enda en gang opp med å møte en kommende finalist: Deportivo Alavés. Sammenlagt endte det 2–4 til spanjolene. Eggens to siste Mesterliga-sesonger som trener for RBK endte begge opp med kun fire poeng og sisteplass i gruppa. I 2001 gjestet Juventus Lerkendal nok en gang, i tillegg til Porto og Celtic. Denne høsten vant RBK kun én kamp i gruppespillet. Mesterliga-høsten 2002 skulle bli Eggens siste. Denne sesongen vant derimot ikke RBK noen av kampene, men spilte uavgjort fire ganger. I det første oppgjøret overkjørte RBK Inter Milan, men endte kun opp med ett poeng på grunn av to mål av argentinske Hernan Crespo.