Avtalen gjorde at den norske handelsflåten i praksis ble delt i to: Delen som var omfattet av avtalen seilte på allerede fastsatte rater og fikk betaling i pund sterling, disse ble sagt å «seile på Scheme». Resten av flåten var kjent som «fri», og fikk etterhvert også høyere rater. Ikke minst kunne disse også ta betalt i amerikanske dollar, noe som ble regnet som fordelaktig av norske redere. Senere i krigen ble førstnevnte gruppe administrert av Nortraship i London, mens sistnevnte gruppe ble administrert fra New York. Nordmennene ønsket av økonomiske grunner å holde en størst mulig andel av flåten «fri», og dette var et stadig stridsspørsmål mellom norske og britiske myndigheter krigen igjennom.