I de fiendtlige territoriene gjennomførte NKVD en rekke sabotasje-oppdrag. Etter Kievs fall satte NKVD-agenter fyr på nazistenes hovedkvarter i Kiev, og forskjellige andre mål. Lignende handlinger fant også sted i det okkuperte Ukraina og Belarus. NKVD (senere KGB) gjennomførte en rekke massearrestasjoner, deportasjoner og henrettelser. Målene inkluderte både samarbeidspartnere med Tyskland, og ikke-kommunistiske motstandsbevegelser som den ukrainske UPA og den polske Armia Krajowa, som hadde som blant annet hadde som formål å skille deres egne land fra Sovjetunionen.