Pater Otto Faller dro til Roma, der jesuittenes generalsuperior Wladimir Ledochowski utnevnte ham til professor ved Gregoriana og til fader generalsuperior ved , som var residens jesuittiske forskere i Roma. Sammen med monsignor Ferdinando Baldelli fikk han i 1943 i oppdrag av pave Pius XII å utvikle et pavelig karitativt hjelpeverk, Pontificia Commissione di Assistenza, fra grunnen av. Dette ble raskt virkeliggjort i samarbeide med søster Pascalina Lehnert og monsignore Giovanni Battista Montini. I 1944 bad paven ham, om å opprette et pavelig flyktningebyrå for å assistere de titusener av interne fordrevne i Italia.