Chilwasjøen har ingen utløp, og vannstanden påvirkes veldig av regnperioder og av fordamping om sommeren. I 1968 tørket den helt inn på grunn av sjeldent tørt vær. Da David Livingstone besøkte sjøen i 1859, skrev han at den sørlige enden rakk så langt som til Mulanjemassivet, altså rundt 20 km lenger sør enn i dag. DANIDA har arbeidet for bevaring av innsjøen og våtmarksområdene.