Til tross for at det despotiske preg ved hans maktmidler står i kontrast til dagens holdninger, var han faktisk en «kjærlig far» av kirken. Både og inneholder mange lovgivninger angående donasjoner, grunnleggelser og administrasjon av kirkens eiendommer; valg av og sikring av rettighetene til biskopene, prestene og abbedene; klosterlivet, boplikten til presteskapet, utførelse av kirketjenester, episkopalt embetsområde, osv. Justinian bygget om kirken Hagia Sofia, noe som kostet 20 000 pund i gull, den opprinnelige kirken hadde blitt ødelagt av brann under opptøyene i Nikaopprøret. Den nye Hagia Sofia, med dens tallrike kapeller og helligdommer, forgylte åttekantete kuppel, og mosaikker, ble sentrum og det mest visuelle monument for den østlige, ortodokse kirke i Konstantinopel.