Den 12. august 1570 dømte lagmannen Jens Pederssøn ham til døden, under forutsetning av at kongen ville opprettholde dommen. I mellomtiden ble han fengslet i Bergenhus festning av lensherren Mads Skeel. I april 1571 fikk lensherren brev fra kongen om at dommen skulle fullbyrdes, og 17. april ble presten Absalon Pederssøn Beyer (1528-1575) og Mads skriver sendt til Dynes Pedersen i fengselet for å overbringe beskjeden om at han skulle dø. Dagen etter gikk han til skriftemål for Absalon og tre andre prester, og 19. april 1571 ble han henrettet ved hengning på Tyveholmen i Bergen.