Før Jugoslavia gikk i oppløsning tidlig på 1990-tallet var befolkningsutveksling gjenstand for omfattende diskusjon i landets media. I 1991 hadde det populære serbiske tidsskriftet en større artikkel om frivillig befolkningsbytte mellom Serbia og Kroatia: Bosnia og Krajina skulle bli værende i Jugoslavia ble det foreslått, mens etniske serbere i områder med etnisk kroatisk flertall skulle flytte til Vojvodina og andre områder der serbisk befolkning burde styrkes, mens etniske kroater fra Bosnia og Krajina skulle bosettes i boliger forlatt av etniske serbere. Artikkelen i ble publisert samtidig med de første voldelige hendelsene i mars 1991, Pakrac i Slavonia. Før krigen egentlig var i gang hadde etniske serbere flyktet fra Kroatia. Etterhvert som borgerkrigen utviklet seg var det omfattende befolkningsforflytninger eller flyktningstrømmer innad i Jugoslavia, innen juli 1992 anslo FNs høykommissær for flyktninger antallet til 2,5 millioner personer. En del hadde også forlatt landet, blant annet etniske ungarere som hadde krysset grensen til Ungarn. Skillet mellom etniske rensing og ordinære krigsflyktninger var uklart i Jugoslavia: De som av partene i krigen ble tvunget til å forlate sine bosteder etter at området var militært sikret må regnes som offer for etnisk rensing, ifølge Bell-Fialkoff, for eksempel ble muslimer i Sandžak terrorisert slik at de forlot sine bosteder. Styrkene som gjennomførte den etniske rensingen plyndret løsøre (fjernsynsapparat, vaskemaskiner, sykler) slik at etnisk rensing også har økonomiske motiver ifølge Bell-Fialkoff. Etter oppløsningen av Jugoslavia på 1900-tallet foregikk omfattende etnisk rensing under krigene etter oppløsningen av Jugoslavia (1991-1999) blant annet i det østlige Kroatia og Krajina (1991–1995), mesteparten av Bosnia (1992–1995) og i Kosovo (1999). Her ble store antall serbere, kroater, bosnjaker og albanere fordrevet fra sine hjem.