I 2009 ble det meldt 801 tilfeller av mulige bivirkninger etter vaksinering med Pandemrix. Det fremkom blant annet en kobling mellom vaksinen og utvikling narkolepsi hos barn. Risiko for narkolepsi etter influensa er lite studert, men en økt forekomst av narkolepsi etter influensapandemien ble sett også i land som i liten grad vaksinerte, blant annet i Kina og Danmark. Helsepersonell ble spesielt anmodet om å melde alvorlige hendelser etter vaksinasjon. 201 av disse meldingene regnes som alvorlige, som for eksempel alvorlige allergiske reaksjoner, kramper og Guillain-Barré syndrom.