Nasjonale SGI-organisasjoner driver arbeidet sitt selvstendig, og all aktivitet foregår på det lokale språket. Mange nasjonale organisasjoner er videre delt inn i grupper som kvinneavdelinger, mannsavdelinger og ungdomsavdelinger. De nasjonale organisasjonene er normalt ansvarlig for å skaffe midler til egen drift, men SGI-hovedkvarteret i Tokyo har bevilget midler til mindre nasjonale organisasjoner til for eksempel tomtekjøp og byggevirksomhet.