Universitetet ble gjenopprettet etter krigen i 1944. En rekke fordrevne professorer fra de polske universitetene i Wilno (Vilnius) og Lwów (Lviv), i områder annektert av Sovjetunionen, begynte å forelese her. Men etterkrigstiden frigjorde ikke høyskolens ansatte og studenter fra forfølgelse – denne gangen fra kommunistregimet. Blant annet ble universitetet stadig overvåket av det polske hemmelige politi Służba Bezpieczeństwa, og dets publikasjoner sensurert.