Siden 1980-tallet har turisme stått sentralt i økonomien. Den bebygde byområdet har nær doblet seg siden da, og langs kysten har de blitt reist mange feriehus for grekere og utlendinger. Til tross for sine store sandstrender har Naxos unngått lange og store hotellkomplekser. En grunn er transport da øya mangler en internasjonal flyplass, og øyas eneste flyplass dekker den greske innlandstrafikken. Øya er også preget av til dels sterk vind, og tidvis kjølige temperaturer også i sommermånedene. Vind gjør derimot øya attraktiv for vindsurfing, særlig i området rundt Mikri Vigla. De mest populære feriestedene ligger sørvest for Naxos by, der strendene strekker seg langt nedover langs vestkysten av øya. De beste strendene starter i Agios Prokopios og nabobyen Agia Anna, som er de to mest populære stedene på Naxos.