Han tjenstgjorde i den indiske hæren som lege i årene 1945–1948 da han ble dimittert på grunn av leddgikt. I løpet av denne tiden var Dr V, som han ble kalt, praktisk talt sengeliggende og ute av stand til å utføre grunnleggende funksjoner som å stå på sine egne ben. Fingrene hans var ødelagt. Det er et talende vitnesbyrd om hans viljestyrke og utholdenhet at han ikke bare klarte å holde en penn igjen, men også utføre vanskelige operasjoner. Han begynte ved Madurai Medical College som leder av Instituttet for Oftalmologi og på Erskine Hospital i Madurai som øyekirurg. Han beholdt disse stillingene i 20 år og bidro til forskning, klinisk tjeneste og andre programmer. Han ble leder for Department of Ophthalmology i Madurai Medical College i 1956. Han har utført over 100 000 vellykkede øyeoperasjoner, og dette til tross for å ha fingre som var hardt rammet av njuvenil artritt. I løpet av denne perioden, løste Venkataswamy problemet med å forebygge blindhet ved å etablere mobile klinikker i fjerntliggende landsbyer og landlige områder.