Under sin tid i Leipzig diskuterte Ziegler regelmessig teologiske spørsmål, problemstillinger og kampen om rettferdiggjørelsesdoktrinen som utspant seg i Det tysk-romerske riket på denne tiden. I disputten over den Augsburgske interim, en religionsordning tvunget igjennom av keiser Karl V av Det tysk-romerske rike på riksdagen i Augsburg 1548 for å stifte fred mellom katolikker og protestanter, etter at protestantene var blitt slått i den schmalkaldiske krig tok Ziegler parti med Filippistene. Eponymet Filippister var et samlebegrep for en gruppe teologer som vokste frem fra interne protestantiske lærestridigheter. Betegnelsen peker tilbake på Philipp Melanchthon.