Etter den tyske innmarsjen ble Otto anklaget for høyforræderi og hans personlige formue beslaglagt etter ordre fra Hitler. Lederne for den monarkistiske bevegelsen, legitimistene, ble arrestert og i stor grad henrettet. Mellom 1938 og 1942 ble mellom 4 000 og 4 500 monarkister fengslet, og mellom 800 og 1 000 drept i konsentrasjonsleirer. Otto von Habsburg, hans mor og søsken ble fratatt det rikstyske statsborgerskap. Den beslaglagte formuen ble overtatt av staten og etter krigen beholdt av Østerrike.