På 700- og 600-tallet f.Kr. dominerte Naxos handelen i Kykladene. Sammen med kolonister fra Khalkis var øya med på å opprette Naxos, den første greske kolonien på Sicilia allerede fra 735 f.Kr. Aristokrater synes å dominere i denne perioden og på midten av 500-tallet f.Kr. grep Lygdamis, med støtte fra den athenske tyrannen Peisistratos, grep makten og styrte som tyrann over øya. I tiden rundt 510 f.Kr. ble tyranniet veltet og en gruppe aristokrater forvist. De var antagelig de samme som forgjeves angrep øya i 501 f.Kr. ved hjelp av Aristagoras, tyrannen av Miletos. Øyas makt strakte seg til Paros og Andros på denne tiden. Herodotos beskrev Naxos rundt 500 f.Kr. som den mest framgangsrike øya.