Diego de Almagro kom til Den nye verden med en kongelig spansk koloniseringsflåte ledet av admiral og guvernør Pedro Arias de Avila (Pedrarias Davila) i 1514. Ekspedisjonen skulle erobre land og undertvinge urbefolkningen i Darién-kysten av dagens Panama og den karibiske kysten av dagens Colombia. I Darién var det allerede etablert en liten koloni med navn Santa Marta Antigua, som ble utgangspunkt for kampanjen. Lederen for den allerede etablerte kolonien, Balboa, hadde året før oppdaget Sydhavet (Stillehavet) på andre siden av Panamatangen, og hadde av den spanske kongen fått enerett på å utforske kystene av Sydhavet, men var underordnet guvernøren. Men da guvernør Davila mistenkte Balboa for å ha sveket ham, ble Balboa dømt til døden og henrettet i 1519, og Sydhavets kyster ble tatt i øyesyn. Mens de karibiske kystene var dekket av mangroveskog og innlandet av jungel, oppdaget guvernøren at Sydhavskysten var mye mer tilgjengelig, og Panama By ble grunnlagt her samme år. Alle spanjolene ble overført til den nye administrasjonsbyen, og Santa Marta Antigua ble nedlagt. Som respektert offiser ble Almagro tildelt en encomienda utenfor byen som takk for sine tjenester.