Sjuja nevnes første gang i historiske dokumenter i 1393. Fra 1403 ble området holdt av en gren av huset Suzdal, som fikk sitt navn «Sjuiskij» etter byen. I 1539 ble byen plyndret av Safagäräy av Kazan. I 1566 ble den overtatt av Ivan den grusomme som hans personlige eiendom i opritsjnina. I 1722 ble byen besøkt av Peter den store, som startet tekstilfremstilling i byen. Innen 1800-tallet hadde Sjuja blitt en av de største sentrene for behandling av lin, selv om den siden er blitt overgått av nabobyen Ivanovo.