Han ble overlatt kommandoen av tilintetgjørelsesleiren Treblinka i juli 1942 der opp til ble avlivet i hans tid. I april 1942 fikk han ansvaret får å etablere leiren som sto klar til bruk 11. juli. Byggearbeidet ble ledet av ingeniøren Richard Thomalla. Den første togtransport kom fra Warszawagettoen 23. juli og de etterfølgende ukene kom daglige toglaster med intetanende ofre. Togene fra Warszawa besto av opp til 60 godsvogner. I brev til sin kone klaget Eberl over den stor arbeidsmengden i Treblinka. I leiren ble det avlivet i så stort tempo at at de ikke klarte å kvitte seg med alle likene.