Hans første ekteskap var med skuespilleren Silvia Maklès i 1928; de ble skilt i 1934, og hun giftet seg senere med psykoanalytikeren Lacan. I 1931 møtte Bataille forfatteren Colette Peignot, som deltok i mange av Batailles okkulte eskapader og ritualer før hun døde i 1938. Deres forhold har blitt beskrevet som en «søken mot en » og et «hellig fellesskap». I 1946 giftet Bataille seg med Diane de Beauharnais, og med henne fikk han en datter.