I 1886 kom det til kontrovers mellom ham og læreren og presten Edward McGlynn, som ville inkludere sosialismen i sin lære om kristen tto. Etter kontakt med pave Leo XIII ekskommunisirte Corrigan presten. Det førte til motstand. Kontroversen om sosialismen var slett ikke over med McGlynns ekskommunikasjon: I 1892 ble Edward McGlynn rehabilitert, og begynte på nytt en diskusjon om kstolsk undervisning.