Blant de som fryktet og havnet under tommelen til Savonarola var Botticelli. «Som det meste av Firenze kom Botticelli inn under Savonarolas makt, og hans kunst ble omformet fra det dekorative til det dypt gudfryktige.» Bak Botticellis suksess som kunstner skjulte han en urolig sjel. Han overga seg uten forbehold i Savonarolas vold og ble en (en gråter), det vil si en av hans tilhengere. Den skrekkinnjagende munken oppførte i 1497 et «forgjengelighetens bål» i gatene i Firenze, og hvor han pisket opp et hysteri som fikk folk i Firenze til å brenne usedelige bøker og lettsindig pynt, det vil si det meste av folk hadde i sine private og offentlige hjem. Botticelli løp inn i sitt verksted og rev med seg flere av sine verker, som ble kastet på bålet. En annen kunstner som også ble grepet var Lorenzo di Credi.