Kogons motstandskamp mot nasjonalsosialisme førte til at han mellom 1936 og 1938 ble arrestert en rekke ganger. Fra 1939 til slutten på andre verdenskrig var han internert i Buchenwald konsentrasjonsleir, og ble i 1945 befridd derfra av amerikanske tropper. I leiren hadde hans politiske syn dreid seg mot en frihetlig, kristelig og ansvarlig sosialisme. Han vitnet senere under den såkalte legeprosessen, som var en del av Nürnbergprosessene.