I 2011 var 49,9 % av Yukons befolkning ikke-religiøse, den største andelen blant alle Canadas provinser og territorier. Den største religionen er kristendommen, som praktiseres av 46,2 % av territoriets befolkning. Den nest største religionen er tradisjonelle spirituelle urfolksreligioner, som praktiseres av 2,4 % av Yukons befolkning.