Sommeren 1990 betalte åtte millioner kroner til Malmö for å hente Schwarz til Lisboa, der han ble lagkamerat med sine landslagskollegaer Mats Magnusson og Jonas Thern I hans første sesong for Benfica rakk han markere seg med tre mål på ni kamper før han i november pådro seg en skade som satte ham på sidelinjen resten av sesongen.