Likevel har religionskritikken hatt en sentral plass i Human-Etisk Forbunds virksomhet. I forbundets første tiår var det kritikk av kristendommens dogmer og praksis som sto i fokus. Mot slutten av 1980-tallet ble det kritiske søkelyset også satt på nyreligiøsitet, på New Age-bevegelsen og andre former for irrasjonalitet. Forbundets engasjement for kritisk tenkning har også resultert i kampanjen «Ingen liker å bli lurt», som førte til sterke motreaksjoner fra ekstreme miljøer. I de siste årene har kritikk av islam fått en mer sentral plass, gjennom forbundets advarsler mot især fundamentalistiske og politiserte utgaver av islam. Samtidig understreker forbundet at religionskritikken aldri må gå på bekostning av humanistiske verdier som religionsfriheten og menneskeverdet.