Samtidig som de legger ut på sin anslåtte 75 år lange reise hjem, passerer mannskapet gjennom en rekke ulike regioner som tilhører forskjellige arter: blant annet den barbariske og krigerske Kazon. De organ-høstende, sykdomsherjede Vidiians. Den nomadiske jeger-rasen Hirogen. Den fryktinngytende arten 8472 fra det flytende rom; og de bemerkelsesverdig Borg. De møter også farlige naturfenomener, et tåkete område kalt Nekrit Expanse, et stort område med tomt rom kalt Void, ormehull, eller andre merkelige opplevelser. Doktoren blir også mer menneske-lignende etter hvert, og oppdager kjærligheten til musikk og kunst. I den andre sesongen blir det første barnet født om bord på skipet til fenrik Samantha Wildman.