Han engasjerte seg også under rettssaken mot augustinermunkene Johann Esch og Heinrich Voes, som ble brent på markedsplassen i Brussel den 1. juli 1523. I juli 1525 ledet Hoogstraten saken mot Willem Dircksz fra Utrecht, som ble brent den 10. juli 1525. De tre nevnte var reformasjonens første martyrer i Nederlandene.