Som komponist var Berggreen sterkt påvirket av Weyse og J.A.P. Schultz. Han strebet etter naturlighet og en nøye overensstemmelse mellom musikk og tekst. En del av hans sanger og salmer er fortsatt i bruk. I koralboken fra 1954 er han representert med 18 melodier. Han nøt stor anseelse i samtiden, både i Danmark og i utlandet for sitt arbeide med å samle, bearbeide og gi ut både danske og utenlandske folkemelodier.