Atlanta Falcons var også divisjonsrivaler frem til omorganisasjonen i 2002, og i likhet med Saints var det 49ers som dominerte da de to var i samme divisjon, mens Falcons har holdt ledelsen etter laget ble flyttet til NFC South. De møttes i divisjonsrunden av sluttspillet i 1998, da Garrison Hearst knakk ankelen i Georgia Dome mens han prøvde å spinne seg vekk fra Falcons' defensive end Chuck Smith; 49ers tapte kampen 20–18. De møttes i NFC Championships i da 49ers, ledet av quarterback Colin Kaepernick, slo Falcons i Atlanta 28–24. Året etter spilte Falcons borte mot 49ers i deres siste hjemmekamp i Candlestick Park, som avsluttet med en dramatisk "pick six" hvor en pasning ble intercepted for en touchdown, som senere er blitt kjent som "The Pick at the 'Stick". 49ers leder sammenlagt 47–32–1, men lagene har én seier hver i sluttspillet.