Mafalda vendte tilbake til Portugal, og der engasjerte hun seg for reform av klostrene. Hun hadde ved sin far Sancho Is død i 1212 fått retten til slottet Seia med tilhørende domener og tittelen dronning, noe som ble anfektet av hennes bror. Hun og hennes søstre, som ble støttet av deler av adelen, havnet derfor i langvarige strider med brorwn. Stridighetene ble avsluttet da hennes brorsønn besteg tronen i 1223 og tilerkjente sine tanter en del landområdee og tittelen «prinsessedronninger».