I 1940- og 1950-årene oppdaget McClintock transposonet, som hun utnyttet til å vise hvordan genene påvirker fysiske egenskaper. Hun utviklet teorier for å forklare hvordan gener kan «stenges av» eller «settes på» mellom forskjellige generasjoner hos maisplanten. Etter at hennes forskning og dens implikasjoner ble møtt med skepsis, sluttet hun i 1953 med å publisere sine resultater.