Cochlaeus var i utgangspunktet heller en stille forskerpersonlighet, men dette endret seg etterhvert som han ble involvert i reformasjonstidens teologiske kontroverser. Da utviklet han en iver og produktivitet uten sidestykke på katolsk side, men hadde likevel ikke de evner som skulle til for å lukkes i samme utstrekning. Blant hans 202 publikasjoner var det ikke bare traktater vedrørende tidens stridsspørsmål, men også historiske publikasjoner. Blant dem fremheves gjerne (1549) som særlig verdifull.