Han deltok på Pasquale Paolis side i Korsikas store opprør mot Genova. Det brøt ut etter at genoveserne solgte øya til Frankrike den 15. mai 1768. Da Paoli innledet kampen sluttet Buonaparte seg til den, og dro med seg sin svangre hustru og sin nyfødte sønn Giuseppe opp i fjellene. Som for et kompani partisaner klarte Buonaparte å ta over 500 fanger ved et angrep på Borgo, og fremtvang en våpenhvile fra den franske øverstkommanderende Chauvelin. Den holdt til inn i vinteren.