I juni 1805 ble området annektert av Frankrike som departementene Apennins, Gênes, og Montenotte. Etter Napoleons fall i 1814 ble republikken i en kort periode mellom 28. april og 28. juli gjenopprettet. Etter Wien-kongressen ble området gitt til Kongeriket Sardinia, og ble annektert den 3. januar 1815. Den liguriske republikken brukte det tradisjonelle Genovesiske flagget, et rødt kors med hvit bakgrunn.