I 1846 ble Müller kaptein av 2. klasse og ble forflyttet til København som kompanisjef ved 4. bataljon. I 1848 rykket han i felten med 4. Bataljon. Det varte ikke lenge før han fikk rykte for å være en av hærens dyktigste offiserer, og han førte kompaniet sitt ved Bov, Slesvig, Nybøl og Dybbøl, i Sundeved under aprildagene 1849 og ved Isted. Her la han særlige føreregenskaper for dagen, da han, tjenestegjorde ved Krabbes brigade under kampen ved Vedelspang. Her gikk han i spissen for to kompanier og gjenerobret Katbæk Skov der opprørerne hadde satt seg fast. Igjen og igjen lot han blåse: «Gå på», og han gikk selv på med bajonett da de fordrev motstanderne. Etter dette fikk han stor forkjærlighet for dette våpenet og han ga folkene sine øvelser i bajonettangrep så lenge han stod i tjenesten. I løpet av krigen ble han i 1848 ridder av Dannebrogordenen.