L. Ron Hubbard hadde på den tiden trukket seg unna offentligheten, og Commodore's Messenger Organization tok makten i kirken fra «Guardian's Office», som var ledet av Hubbards frue Mary Sue Hubbard og som ble svertet av at hun og flere andre ble dømt til fengselsstraff for sin innblanding i «Operation Snow White». Det blir spekulert i hvordan Miscavige kom til makten i organisasjonen gjennom rent spill eller ikke, blant annet på grunn av at L Ron Hubbard endret sitt testamenterett før han døde, slik at «Religious Technology Center» fikk kontrollen over bevegelsen i stedet for at Hubbards frue, Mary Sue Hubbard fikk arven. Noen har hevdet at Hubbards signatur på dokumentene som ga rettighetene til Scientologien og Dianetikkens varemerker til RTC var forfalsket, men det finnes også opplysninger som tilsier at de er legitime. Mange scientologer forlot organisasjonen på den tiden fordi de mente at Miscavige endret Hubbards lære.