I 1541 ble Peterborough og Oxford utskilt. Dette førte til at Lincoln ble bestående av to deler, nord og sør, uten direkte forbindelse. I 1837 ble den sørlige delen overført til andre bispedømmer: Bedfordshire og Huntingdonshire til Ely bispedømme; Hertfordshire til Rochester bispedømme; og Buckinghamshire til Oxford bispedømme. Også i 1837 ble grevskapet Leicestershire overført fra Lincoln til Peterborough (og ble det uavhengige Leicester bispedømme i 1927). Erkebiskopen av Nottingham ble overført til Lincoln bispedømme på samme tid.