Historien finner sted i år 2219, 10 år etter historien i . Spillet har de spillbare karakterene Zöe Castillo, April Ryan (fra det forrige spillet) og Kian Alvane. Andre karakterer dukker også opp, blant andre flere kjente karakterer fra Den lengste reisen. Tvillingverdenene Stark og Arkadia eksisterer fortsatt, i tillegg til den nye verdenen Winter. I Stark, vår verden, har Afrika tatt over som supermakt, mens Europa er svekket av indre stridigheter. Handlingen starter i byen Casablanca i Nord-Afrika.