I 1511 overlot Niels Brahe til kong Hans det brev som beskrev hvordan de tyske oldermenn i Bergen forpliktet seg til å gi slekten erstatning for drapet. Han lå selv både i strid med slekten Sparre (fordi han hadde drept Tord Jepsen Sparre) og i en lang årrekke også med erkebiskop Birger Gunnersen i Lund om sin hustru Anna Langs gods på Bornholm.