Spillet foregår i den fiktive verdenen Sylvarant og følger Lloyd Irving. Lloyd ledsager barndomsvennen hans, Colette Brunel, som er forutbestemt å dra på en reise for å redde verdenen fra undergang. Ettersom reisen skrider frem, lærer de at å redde Sylvarant vil true Tethe'alla, en parallell verden til deres egen.