Linux kjører som det primære operativsystem på Sunway TaihuLight, Tianhe-2, Titan-Cray XK7, IBMs Blue Gene og andre superdatamaskiner. I november 2016 ble Linuxkjernen kjørt på 498 av verdens 500 kraftigste superdatamaskiner, rangert på listen TOP500 (de to andre benyttet AIX og IBM POWER7). I november 2017 var dette tallet økt til 500.