Shakuhachi (尺八) er en endefløyte som har sitt navn etter lengden på instrumentet (1.8 fot lang). Instrumentet er kjent brukt til meditasjons og blir også brukt i zenbuddhismen. Yokobue (横笛) er en tradisjonell japansk tverrfløyte (sideblåser). Variasjoner av denne er nohkan (能管), ryūteki (龍笛), komabue (高麗笛) og shinobue (篠笛) (eller takebue) (sideblåser). Nohkan (eller nōkan) brukes ofte i tradisjonelle No og Kabuki teater. Nohkan fløyten ble skapt av Kan'ami og hans sønn Zeami på 1400-tallet, i den tiden de to reformerte teaterformene Dengaku og Sarugaku. En annen fløyte som er knyttet til No og Kabuki teater er shinobue (篠笛). Ryūteki ("dragefløyte") er også en sideblåser og den brukes i gagaku, den klassiske Shinto-musikken knyttet til Japans keiserlige hoff. Ryūteki er en av de tre fløytene som brukes i gagaku, spesielt for å spille sanger av kinesisk stil. Tonehøyden er lavere enn komabue (高麗笛) fløyten og høyere enn kagurabue (神楽笛) fløyten. Minteki (明笛) (også skrevet shinteki) (sideblåser) er en fløyte som har kinesisk opprinnelse og som ble importert til Japan i 1629. En annen japansk fløyte er hotchiku (法竹) (endefløyte), som har en rå og organisk lyd. Den har fire fingerhull på oversiden, og ett hull på baksiden for tommelen.