Thomasius' kontroversielle standpunkter skaffet ham en rekke motstandere. Kong Christian V av Danmark og Norge anklaget ham for høyforræderi, og han måtte forsvare seg mot beskyldninger om ateisme. Situasjonen eskalerte da Thomasius forsøkte å øve påvirkning på hoffets politikk ved å argumentere for at ekteskap mellom kalvinister og lutheranere burde tillates, og dermed tok standpunkt mot Kurfyrstedømmet Sachsens ekteskapslover. På grunn av dette og andre kontroversielle standpunkt, eksempelvis mente Thomasius at bigami var naturrettslig tillatt, ble han rammet av undervisnings- og publiseringsforbud i Kurfyrstedømmet Sachsen. Det ble utstedt arrestordre på ham, men han klarte å komme seg ut av Sachsen og til Berlin.