I Norge hekker arten spredt i ytre kyststrøk langs hele norskekysten, med et tyngdepunkt i Midt-Norge. Hekkingen skjer i kolonier i steinur eller bergsprekker. Den norske hekkebestanden ble i 2014 anslått til cirka par, hvorav i Nordsjøen/Skagerak, i Norskehavet, og i Barentshavet. Data fra det nasjonale overvåkingsprogrammet SEAPOP viser stabile eller økende bestander av toppskarv for perioden 1992–2019. På fugleøya Runde har imidlertid bestanden av hekkende toppskarv gått fra omkring par på 1990-tallet til å bli nesten borte. I 2020 var det ingen hekking der. Toppskarv hadde nedgang i alle bestandene fra Anda og nordover, men hadde økende bestander fra Røst og sørover. Kolonien av hekkende toppskarv på Sklinna er trolig en av de største i verden.