Den 5. desember 1917 ledet han et opprør mot det demokratiske regjeringen til president Afonso Costa og han var med på å etablerte et autoritært regime i Portugal. Kuppet i desember 1917 var delvis motivert av ønske om å unngå deltakelse ved fronten i Frankrike. Pais utformet et nytt regime «den nye republikken» med sikte på å forene monarkister og republikanere. Han ble valgt til president i april 1918 (han var eneste kandidat) med en halv million stemmer som var det største antallet stemmer avgitt i landets historie. Han ble den 99nde statsministeren. Han var utenriksminister fra 11. desember 1917 frem til 9. mai 1918.