Me 261 V2 (BJ+CQ) Denne hadde også motortypen Daimler-Benz DB 606 og fem besetningsmedlemmer. Den første flyvningen for Me 261 V2 skjedde tidlig i 1941. Me 261 V2 ble også bombet istykker i et alliert raid og delene som var igjen av flyet ble senere innhentet av amerikanske styrker ved Lechfeld.