Fra 1959 var Peter Wilhelm Bøckman vikarprest i Oslo bispedømme, men i 1962 fikk han et forskningsstipend hos NAVF og deretter ble han universitetsstipendiat i teologi ved Universitetet i Oslo. I 1967 ble han universitetslektor i kristendomskunnskap der. Fra 1975 til han ble pensjonist i 1997 var han professor i religionsvitenskap ved Universitetet i Trondheim. Gjennom årene hadde han en rekke studieopphold i Sverige, USA og Tyskland.