Med erobringen av øya av tyrkiske piraten Khair ed-Din begynte det osmanske styret i 1537 og varte fram til 1829–1830. Under den russisk-tyrkiske krig ble Amorgos okkupert av den russiske flåten. Under den greske frigjøringskrigen søkte flyktninger fra øya Kasos tilflukt på Amorgos.