Senteret har sitt opphav i de gassteknikere som ble ansatt innen forsvaret på 1930-tallet. I 1953 ble Arméns skyddskola innen Infanteriets stridsskola (InfSS) dannet i Rosersberg. Da InfSS flyttet til Linköping ble Skyddskolan overført til Svea livgarde (I 1), med daværende lokalisering i Ulriksdal. I 1968 fikk skolen nye oppgaver og navnet ble endret til Försvarets skyddskola (SkyddS). Skolen ble i 1970 sammen med Svea livgarde flyttet til Kungsängen. Den 1. juli 1988 ble skolen skilt ut fra Svea livgarde, og fikk samtidig nye oppgaver som omfattet hele totalforsvaret, med denne organisasjonsendringen fikk skolen navnet Totalförsvarets skyddsskola.