I januar 1916 ble han utnevnt til sjef for Hochseeflotte. Den 30. mai ledet han flåten i kamp mot den britiske Royal Navy. Slaget ble en begrenset tysk suksess, britene led et tonnasjetap på 115 025 tonn mot det tyske tapet på 61 180 tonn. Scheer fikk tilbud av keiser Wilhelm II om å bli adlet for sin innsats i slaget, men han tok ikke i mot tilbudet, i motsetning til hans nestkommanderende Franz von Hipper.