Hva enn hullene har vært brukt til opprinnelig, har de i fase 2 altså blitt benyttet til begravelser. Ytterligere 30 branngraver var plassert i diket og på andre steder innenfor monumentet, de fleste i den østre halvdelen. Stonehenge er dermed den første gravplassen av denne typen på De britiske øyer. Fragmenter av ubrent menneskelig bein har også blitt funnet i dikets fyllmasse.