Børgefjell er grenseområde mellom arktisk fauna og den sørligere, med nord-sør grense for en del dyre- og fuglearter. Fjellvåk, snøugle og kongeørn hekker her. I tillegg til den truede fjellreven, som har et av sine beste biotoper i Norge nettopp her, finner man også ynglende jerv og gaupe. Tamrein er vanlig. Av mindre pattedyr rødrev, snømus, mår og røyskatt. Parken er et viktig område for ender, vadere og andre våtmarksfugler, og for ugler og andre rovfugler. Fjellvåk er den vanligste rovfuglen.