En del kolonister forlot Massachusetts Bay og slo seg ned den fruktbare dalen langs Connecticut-elva, ofte omtalt som River Colony (elvekolonien). Thomas Hooker, John Haynes og Roger Ludlow ledet en gruppe som forlot Massachusetts. De slo seg ned i Hartford, Wethersfield og Windsor. Connecticut ble selvstyrt i 1639 og tok i 1665 opp i seg kolonien New Haven. På 1630-tallet begynte nybyggere å vandre fra Massachusetts til den fruktbare Connecticut-dalen, dels på jakt etter jord, dels fordi de var uenige med guvernør John Winthrops styring av Massachusetts-kolonien. Det var også personlig motsetningsforhold mellom Thomas Hooker og John Cotton, den ledende presten i Massachusetts.