I 1997-1998 arbeidet Naber med handelsforhandlinger ved det estiske utenriksdepartement og i 1998-1999 ledet han seksjon for utenriksøkonomi ved samme. I 1999 ble Nader utnevnt til Estlands ambassadør i Ukraina og han dekket etterhvert også Georgia, Moldova og Aserbajdsjan, inntil 2003. Fra 2004 til 2008 var Naber nestleder for Estlands delegasjon til EU. Tiit Naber ble i 2008 utnevnt til Estlands ambassadør til Litauen.