Interim-President Hamid Karzai utnevnte Dostum til spesialrådgiver for sikkerhet og militære forhold, med kontroll over sikkerhet i de nordlige afghanske provinsene Balkh, Jowzjan-provinsen, Sar-e Pol, Samangan og Faryab. I dag styrer Dostum deler av Nord-Afghanistan relativt uavhengig av regjeringen i Kabul. I mars 2003 gikk Dostum imot Karzai ved å etablere en egen semi-autonom sone i Nord-Afghanistan, og 20. mai 2003 signerte Dostum en avtale om at han ikke lengre skulle fungere som Karzai’s spesialutsending til de nordlige regionene. I 2004 stilte Dostum som kandidat i presidentvalget og fikk om lag 10 % av stemmene. Karzai utnevnte i begynnelsen av 2005 Dostum til "Stabssjef for øverstkommanderende for den afghanske hæren".