Stumpfegger var en dyktig ortopedisk kirurg, og arbeidet på en klinikk i Hohenlychen under Karl Gebhardt. På Gebhardts anbefaling ble han 31. oktober 1944 sendt til førerhovedkvarteret på Østfronten. Han beundret Hitler, og gav ham sin ubetingede lojalitet. På dette tidspunkt ble Hitler også behandlet av Theodor Morell, som gav ham piller som forverret tilstanden. Stumpfegger var allikevel påpasselig med ikke å kritisere Morell.