Da den politiske situasjonen forverret seg erklærte Storbritannia krig mot Frankrike, noe som satte alle britiske borgere i Frankrike i betydelig fare. For å beskytte Wollstonecraft registrerte Imlay henne som sin hustru i 1793, selv om de ikke var gift. Noen av hennes venner var ikke like heldige: Thomas Paine ble arrestert og andre ble henrettet. Wollstonecrafts søstre trodde lenge at hun satt i fengsel. Etter at hun forlot Frankrike fortsatte hun å referere til seg selv som fru Imlay, selv til sine søstre, for å gi legitimitet til sitt barn.