I produktskanningen er den første kvadrupolen Q satt til å velge et ion med en kjent masse, som er fragmentert i q. Den tredje kvadrupolen Q er deretter satt til å skanne hele m/z-området, og gi informasjon om størrelsen på fragmentene som er laget. Strukturen til det opprinnelige ionet kan utledes fra informasjonen om ionefragmentering. Denne metoden utføres ofte for å identifisere overganger som brukes til kvantifisering av tandem MS.