Lengst nede i systemet ligger driver-rutinene og kommuniserer med grafikkortet ved hjelp av kjernen. I neste lag ligger et vindussystem som i de fleste distribusjoner i dag er Xorg, som også kalles X11 eller X-server. Vindussystemet har ansvar for de aller mest grunnleggende oppgavene når det gjelder å håndtere og tegne opp grafikk på skjermen. En annen egenskap er at vindussystemet fungerer som en tjener-klient model. Det vil si at vindussytemet ikke trenger å kjøre på den maskinen selve programmene kjører. I praksis vil det bety at man kan kjøre en terminal som kun viser vinduer/grafikk mens selve maskinen programmene kjører på befinner seg et annet sted i verden. Linux er også hyppig brukt på noen av de største og kraftigste superdatamaskinene i verden.