I 1987 giftet han seg med Allegra Mostyn-Owen, men ekteskapet ble oppløst i 1993. Tolv dager etter at det første ekteskapet var oppløst giftet han seg med advokaten Marina Wheeler, datter av journalisten og kringkastingsmannen Charles Wheeler og hans kone Dip Singh. Wheeler- og Johnson-familiene har kjent hverandre i flere tiår, og Marina Wheeler gikk på Den europeiske skolen i Brussel samtidig med Boris Johnson. Wheelers og Johnsons forhold ble siden kjent som oppløst, og Johnson ble kjæreste med Carrie Symonds. Carrie Symonds er datter av Matthew Symonds, en av grunnleggerne av . Johnson og Symonds giftet seg i 2021.