I realiteten ble det i årene som fulgte ført en gradvis prosess med å innlemme Eritrea i Etiopia. I 1959 ble det innført obligatorisk opplæring i amharisk, hovedspråket i Etiopia, i alle eritreiske skoler. I 1961 ble den eritreiske frigjøringsfront (ELF) dannet under ledelse av Hamid Idris Awate og startet et væpnet opprør. I 1962 ble Eritrea annektert og gjort til Etiopias 14. provins. Krigen kom til å vare helt til 1991, da de eritreiske opprørerne beseiret de etiopiske regjeringsstyrkene.