Størstedelen av spillet foregår på lineære nivåer, full av forskjellige hindringer og motstandere. Hvis spilleren blir truffet av en fiende, løper den ledende karakteren ut fra skjermen, slik at spilleren automatisk kan få kontroll over den andre karakteren. Spillet avsluttes når en spiller går helt tom for liv, selv om de kan fortsette spillet fra det siste lagringstidspunktet. De to karakterene reiser gjennom Donkey Kong Island, og må slåss mot Kremlings og deres håndlangere, før de når frem til et piratskip, kalt Gang-Plank Galleon.