I 1991 ble Di Rupo valgt til senator, men kort etter (1992) tok han sin første stillingen som minister i det franske samfunnet, undervisning- og senere også medieminister. Etter at Guy Coëme hadde sagt opp på grunn av Agustaskandalen, gikk Di Rupo i 1994 over til den føderale regjeringen som visestatsminister og samferdsels- og statsbedriftsminister. Etter valget i 1995 forble han visestatsminister, men ble finans- og telekommunikasjonsminister.