I 1537 ble det besluttet å oppruste kirken for å nytte den som domkirke i Bergen. Den var allerede da bygget ut til den lengden den har i dag, og i kirken er det bevart mange partier fra den opprinnelige klosterkirken. Etter reformasjonen ble klosteret brukt som bispegård. I 1834 ble eiendommen kjøpt opp og bygningene på bispegården revet for å gi plass for den nye Bergen katedralskole. Enkelte bygningsdeler fra bispegården og klosteret er inkorporet i skolebygget: flere marmortrinn ved skolens inngang og ornamenter i kleberstein på bygningens sørside. I 1882 fant P.A. Blix også rester av murer etter klosterbygningene på sørsiden av domkirken.