Det finnes flere stedegne dyrearter, slik som geitedyret formosaserov, formosisk sikahjort og formosisk innlandslaks. Noen av disse er sterkt utrydningstruet. Taiwan har få rovpattedyr, i alt elleve arter, og oteren og en stedegen leopardart er ansett som utryddet på øya. Det største rovpattedyret, formosisk svartbjørn, er en sjelden og truet art. Av de mange stedegne fugleartene kan nevnes taiwanblåskjære og swinhoefasan.