Navnet er kjent i Norge fra 1000-tallet, i formen . var et vanlig navn i Norge i middelalderen. Over 230 forskjellige personer med navnet er nevnt i Regesta Norvegica. De to formene var sammen rundt år 1500 det nest mest brukte mannsnavnet i Norge. Johannes var et svært populært navn på gutter født i Norge på 1600-, 1700- og 1800-tallet, og de første tiårene på 1900-tallet. Navnet falt siden i popularitet, men tok seg noe opp igjen på begynnelsen av 2000-tallet. I 2006 var det i Norge 6 848 menn som hadde Johannes som første fornavn. Det var 5 344 menn i Norge som hadde som eneste fornavn i 2006.