Ved presidentvalget i Namibia 28. november 2014 stilte Geingob som SWAPOs presidentkandidat og vant med 87 % av stemmene. Han ble tatt i ed 21. mars 2015. Fra samme dag gikk han av som statsminister og utnevnte Saara Kuugongelwa-Amadhila til sin etterfølger. Hun ble dermed Namibias første kvinnelige statsminister. Ved presidentvalget i november 2019 ble Geingob gjenvalgt for fem år med 56,3 % av stemmene.