Da Konstantinopel ble setet for myndighetene framfor Roma, minsket handelen mellom Anatolia og Vesten i betydning grad, og som en følge sank aktivitetene i Smyrna. Seldjukernes kommandant Tzachas (også nevnt som Çaka Bey) erobret Smyrna i 1084 og brukte den som en base for angrep til havs, men ble frigjort av general Johannes Doukas. Byen ble herjet flere ganger av seldsjukk-tyrkerne, og var i tilstand av ruiner da keiserriket Nikeas hersker Johannes III Ducas Vatatzes forsøkte å gjenoppbygge den en gang etter 1222. Den var fortsatt i ruiner da Ibn Battuta erobret byen en gang rundt 1330. I 1402 stormet den muslimske hærføreren Timur Lenk byen og massakrerte det meste av innbyggerne. Etter denne tiden var byen å betrakte som osmansk, og en ny tid begynte for byen under navnet Izmir.