Bøe ble arrestert 30. juli 1941 i sitt hjem i Stavanger, og i november 1941 ble han overført fra distriktsfengselet i Stavanger til Akershus festning i Oslo. Han og fjorten andre menn fra Stavangerdistriktet som også hadde blitt arrestert, fikk omsorg fra presten Dagfinn Hauge, som senere ble biskop i Tunsberg bispedømme. Rettssaken mot de femten mennene pågikk fra 24. november til 4. desember 1941.