I juli 2006 startet rettssaken i krigsforbryterdomstolen i Haag mot Serbias tidligere president Milan Milutinović, tidligere statsminister Nikola Šainović, tidligere forsvarsminister og generalstabssjef Dragoljub Ojdanić, sikkerhetssjef Sreten Lukić, samt militærsjefene Nebojsa Pavković og Vladimir Lazarević. Anklagen lød på forbrytelser mot menneskeheten og en rekke krigsforbrytelser, deriblant drap og seksuelle overgrep utført av serbiske soldater. Milutinović ble frikjent av domstolen i 2009. Sainovic, Pavkovic og Lukic ble dømt til 22 års fengsel, som senere i ankedomstolen ble senket til 18 år for Sainovic, 20 år for Lukic, mens Pavkovic' dom ble oprettholdt. General Lazarevic og generalstabssjef Ojdanic hver ble dømt til 15 års fengsel. Ojdanic sin dom ble senket til 14 år i ankedomstolen. De tiltalte ble dømt for å være ledere i kommandokjeden og dermed burde vite om og stoppet forbrytelsene som skjedde under krigen. Brorparten av dommen kom på grunnlag av anklagelsene om planlegging av tvungen deportasjon som en krigsforbrytelse, samt enkelte tilfeller av uorganiserte drap og seksuelle overgrep utført av soldater som ikke ble rettslig prosessert i etterkant av militærdomstolene.