Museet ble opprinnelig etablert i samarbeid mellom den tyske stat og delstaten Berlin. Det eies per 2020 av en stiftelse der styret er oppnevnt av Tysklands regjering, Forbundsdagen og delstatene. Underlagt styret finnes et vitenskapelig råd, sammensatt av fremstående medlemmer fra historie- og sosialforskningen, kunsthistorie og museumsvesen.