Meier virket så som prest i Liverpool og lærte engelsk før han ble sendt som misjonær til Papua Ny-Guinea i juli 1962. Der virket han i 14 måneder i det apostoliske vikariat Mount Hagen. Michael Meier underviste i kirkehistorie og bibelsk eksegese i Marburg i Australia i 1964 og kirkehistorie, fundamentalteologi og patrologi ved Holy Ghost Seminary i Alexishafen fra 1965 til 1969. Han var også dens økonom. I 1970 ble han misjonær i høylandet rundt Mount Hagen. Der viet han seg spesielt til ungdomssjelesorgen og bygde et ungdomshus. Fra 1973 var Michael Meier generalvikar for bispedømmet Mount Hagen og fra 1977 også pastor i Holy Trinity Cathedral og fra 1980 pastor i prestegjeldet St. Paul i Mount Hagen.