Institusjonen ble ledet i mange år av sosiologen Terje Rød-Larsen, som var direktør fra 1982 til 1993. Han var også en av de som var med på å grunnlegge Fafo. Fra slutten av 1980-tallet har Fafo hatt et stort internasjonalt engasjement, særlig i Midtøsten. Fafo gjennomførte en stor levekårsundersøkelse blant palestinerne, som dannet noe av bakgrunnen for den senere Osloavtalen, hvor Fafo og Terje Rød-Larsen var sentrale. Fafo var vertskap for de hemmelige forhandlingene som ledet til avtalen. Terje Rød-Larsen ble samme år som Osloavtalen ble undertegnet ansatt i Utenriksdepartementet med rang som ambassadør, og ble senere statsråd og visegeneralsekretær for Midtøsten i FN.