Fra encellede stamarter har flere ganger uavhengig av hverandre oppstått flercellede organismer og koloniorganismer. De encellede organismene utgjør derved ikke noen fylogenetisk helhet, men er en sammenfatning av alle organismer som ikke er flercellet. Både arkebakterier og bakterier regnes til de encellede organismene, og svært mange eukaryoter encellede. Forsøk på å systematisere slike organismer har vært mange, og har alle måtte balansere mellom kravet og praktisk inndeling, fylogenetikk og den til enhver tid tilgjengelige kunnskap. Både eucaryotenes og bakterienes stamtrær er store og uoversiktlige, og det finnes per i dag ingen enighet om hva som er den beste måten å dele inn organismene på.