Ministeriets organisasjon ble senest endret ved en strukturendring 1. mars 2011. Ministeriet besto av et departement og tre etater. Jesper Fisker var departementssjef. De tre etatene var henholdsvis Uddannelsesstyrelsen, Kvalitets- og Tilsynsstyrelsen og UNI-C. Under Uddannelsesstyrelsen hører blant annet avdelingen for utdannelsesstøtte (tidligere Styrelsen for Statens Uddannelsesstøtte).