En viktig faktor som påvirker biomagnifisering er hvorvidt stoffene befinner seg i akvatiske eller terrestrielle næringskjeder. I akvatiske økosystemer er næringskjedene ofte lengre og mer komplekse, i og med at de gjerne har flere trofiske nivåer: alt fra mikroskopiske organismer som plankton (produsenter og primærkonsumenter) opp til store rovdyr som hai og spekkhogger. Derfor kan samme miljøgift ofte passere gjennom et større antall organismer før den ender i toppredatoren, noe som gir betydelig potensiale for høy biomagnifisering. Fettløselige stoffer har også generelt lav løselighet i vann, noe som fører til at de lettere vil samle seg i fettrikt vev hos levende organismer.