Etter attentatforsøket 20. juli 1944 ble han arrestert 1. september og avhørt om kontakten til Kaiser, men snart løslatt igjen. Den 25. november ble han arrestert igjen og brakt til Lehrter Straße fengsel i Berlin to uker senere. Den 6. april 1945 dømte Folkedomstolen ham til fire års fengsel. Heinrich Körner ble frigjort fra Plötzensee (fengsel) i Berlin av de sovjetiske troppene, men skutt under uklare omstendigheter 26. april 1945.