Utviklingen av GNOME ble innledet 15. august 1997 av meksikanerne Miguel de Icaza og Federico Mena Quintero, og første versjon ble lansert 3. mars 1999. GNOME oppstod som en reaksjon på KDE, et annet fritt og åpent skrivebordsmiljø som ble lansert 14. oktober 1996. KDE er i seg selv fritt, men benytter programvarebiblioteket Qt som delvis er kommersiell og proprietær programvare. GNOME bruker det alternative programvarebiblioteket GTK+ (GIMP Toolkit) som er fri programvare.