Boken forteller om hvordan Nehemja ved hoffet til kongen i Susa ble informert om at Jerusalem er uten murer og om hans beslutning om å gjenoppbygge dem. Kongen utpeker ham til guvernør av Judea og han reiser til Jerusalem. Der setter han i gang gjenoppbyggingen av bymurene til tross for motstand fra Israels fiender. Videre fortelles det om de reformer som samfunnet iverksatte i overensstemmelse med lovene til Moses. Etter å ha reist tilbake til Susa for en tid kommer Nehemja tilbake til Jerusalem og finner ut at samfunnet har forfalt; de har tatt ikkejødiske hustruer, og han sørger for å få håndhevet lovene.