Fra 1876 var Schofield forstander for West Point. I 1878 pådrog Schofield seg de radikale republikanernes vrede da president Rutherford B. Hayes ba ham om å gjenåpne saken mot generalmajor Fitz John Porter, som var blitt kjent skyldig i feighet og pliktforsømmelse under det annet slag ved Bull Run. Schofields undersøkelsesutvalg anvendte store mengder av nytt bevismateriale fra konfødererte generaler som hadde deltatt i slaget og nådde frem til at Porter var blitt urettferdig dømt, og at hans handlinger muligens hadde reddet hele Unionshæren fra et fullstendig nederlag som følge av generalmajorene John Pope og Irvin McDowells udugelige ledelse.