Walsh vendte tilbake til Maryknoll i USA i 1936, etter at kongregasjonens første generalsuperior, biskop James Anthony Walsh hadde dødd. Han ble valgt til kongregasjonens annen generalsuperior, for en periode på ti år, og hadde i den perioden overoppsynet med innledningen av dens misjonsvirksomhet i Latin-Amerika og Afrika.