Streckenbach ble i 1941 sjef for personalavdelingen (Amt I) ved Reichssicherheitshauptamt (RSHA). Sammen med sjefen for RSHA, Reinhard Heydrich, utvalgte han de menn som skulle lede de fire mobile , som var tiltenkt å følge den tyske hær ved Operation Barbarossa, angrepet på Sovjetunionen. Streckenbach fikk som særlig oppgave å ved politiskolen i Pretzsch og i de nærliggende byene Düben og Bad Schmiedeberg samle og inspektere det mannskap som skulle inngå i de fire innsatsgruppene. Han viderebefordret Heydrichs ordre om å gripe og drepe alle personer som ble ansett å utgjøre Det tredje rikes fiender: politiske kommissarer (såkalte politruker), partisaner, jøder og sigøynere. Streckenbach informert mannskapet om at Sovjetunionen skulle være beseiret senest i desember 1941 og etter det skulle SS ha god tid til å ta fatt på jødene.