Den opprinnelige bosettingen i Nekhenområdet stammer fra den kulturen som er kjent som den første fase av Naqadakulturen fra 4 400 f. kr. eller den seine Badarikulturen som kan være fra 5 000 f.Kr. På dets høydepunkt fra omtrent 3 400 f.Kr. Nekhen hadde minst 5 000 og kanskje så mange som 10 000 innbyggere.