Alta nevnes for første gang i skriftlige kilder i 1520, og er på det tidspunktet etter alt å dømme et distrikt bebodd av et par hundre sjøsamer som levde av jakt, fiske og husdyrhold. Området var felles skattland for Danmark-Norge, Sverige og Russland. Mot slutten av 1500-tallet var det stadige konflikter mellom Sverige og Danmark om retten til å beskatte laksefisket i Altaelva, og i 1611 anla danskekongen en festning på Årøya for å holde svenskene unna. Først ved freden i Knærød (1613) ble det slått fast at Alta og de andre fjordstrøkene nordpå tilhørte Danmark-Norge. På denne tiden hadde de første nordmennene begynt å bosette seg inne i Altafjorden, særlig på vestsiden av fjorden og på Årøya.