Etter at Petacchi ble utestengt fordi han hadde brukt for mye astmamedisin, ble Zabel igjen Milrams kaptein i Touren. Heller ikke dette året klarte Zabel å ta en ny etappeseier, men han klarte til gjengjeld to andreplasser og én tredjeplass. I tillegg fikk han ikle seg den grønne trøyen etter 6. etappe. Det var første gangen siden 13. etappe av Touren 2002 at Zabel ledet poengkonkurransen, og det skulle også vise seg å bli den siste gangen han fikk bære denne trøyen.