I 1152 erklærte Balduin krig mot sin mor, erobret Jerusalem og avsatte henne. Han forlente henne imidlertid rett til å regjere over byen Naplouse (Nablus) med tilhørende territorium livet ut. Balduin III erkjente Melisendes politiske evner, innså snart at han uten henne hadde få kapable politiske aktører å støtte seg til. Fra 1153 gav han henne en mengde politiske oppdrag og retten til å agere regent i hans fravær.