Christofer Columbus kalte øya da han oppdaget den på sin første reise i 1492. Den opprinnelige befolkningen kom under spansk kontroll i det 15. århundre, da spanske soldater, misjonærer og administratorer fulgte i Columbus' fotspor. Det var blitt funnet gull i Sierra Maestra, og cubanerne ble tatt til fange og brukt som slaver i gruvene og i landbruket. Mange indianere døde av sykdommer spanjolene brakte med seg. Høvding Hatuey samlet indianerne til et siste, desperat utfall mot spanjolene. Han ble nedkjempet og henrettet i 1512, og indianerne ble utryddet som egen folkegruppe på Cuba. Den cubanske uavhengighetskrig begynte i 1868 og fortsatte gjennom resten av 1800-årene, inntil den ble avløst av den spansk-amerikanske krig i 1898. Berømte cubanere fra den cubanske uavhengighetskrig er José Martí, Antonio Maceo og Carlos Manuel de Céspedes d.e.