Sesong 5 startet 21. januar 2009 i USA og 18. februar 2009 i Norge. Den var ferdig med en dobbeltepisode med navn «The Incident 1 & 2» 13. mai i USA. Sesongen ender med at gruppen som er igjen på øya sprenger en hydrogenbombe 30 år tilbake i tid for å ødelegge det magnetiske feltet som gjorde at Oceanic Flight 815 styrtet, og dermed forhindre at de kom til øya i fremtiden. Jacobs bror, (the Monster) som i form av den avdøde John Locke får Benjamin Linus til å drepe Jacob, som styrer øya.