Etter at de allierte styrkene ble trukket tilbake fra Norge, kom Tissier til Storbritannia der han i juni 1940 sluttet seg til De frie franske styrker under Charles de Gaulles ledelse. Han fikk sentrale stillinger og var generalsekretær for samordning. Tissier utga under krigen flere skrifter om Vichy-regimet, samt en bok om sitt samarbeid med Pierre Laval før krigen. I 1944 ble han utnevnt til . Han foreslo å omorganisere , som han anså hadde vært nært knyttet til Vichy-regjeringen.