I 1945 ble han innrullert i Waffen SS, men nektet i mars 1945 å skyte på amerikanske soldater. Han ble dømt til døden, men benådet, kanskje på grunn av sin alder og barnlige utseende, ifølge Krüger selv. I stedet for å henrette Krüger ga SS-offiseren ham den farlige oppgaven som budbringer langs fronten. Krüger deserterte og snek seg gjennom skogene i Bayern i flere dager til han møtte amerikanske soldater som han overga seg til. Den amerikanske kommandanten lot Krüger unnslippe fra fangeleiren i Tirol, og han gikk til fots hjem til Berlin, en tur som tok 30-40 dager. Underveis ble han tatt til fange av sovjetiske soldater og slapp unna da noen drepte den enslige fangevokteren. Faren døde i sovjetisk fangenskap.