Som følge av sammenbruddet til det gamle rike og under første mellomepoke i Egypt, ble de lokale herskerne i Men'at Khufu rike og mektige, og hadde en stor grad av selvstyre fra faraos sentralmakt. Fyrstene ved 16. nome holdt seg i begynnelsen nøytrale den lange striden som dominerte epoken mellom rikene Herakleopolis Magna og Egypt, men til sist under styret til Baqet III, den sterke mann i 16. nome, inngikk byen en allianse med Teben under epoken til Mentuhotep II. Denne alliansen var positiv for Men'at Khufu i den forstand at den slekt som holdt makten i byen, fortsatte å være lokale herskere selv etter at Teben krevde overherredømme. Makten til herskerne i Men'at Khufu sitt høydepunkt under Egypts 11. dynasti.