Parlamentsvalgene i 1990 førte til en nasjonal sammenkomst dominert av tre etniskbaserte partier som hadde dannet en løs koalisjon for å forvise kommunistene fra makten. Kroatia og Slovenias påfølgende uavhengighetserklæringer og krigføring satte Bosnia-Hercegovina og lands tre konstituerende folk i en vanskelig situasjon. En betydelig splittelse utviklet seg snart over spørsmålet om man skulle bli innenfor den jugoslaviske føderasjonen (i stor grad favorisert av serbere) eller søke uavhengighet (i stor grad favorisert av bosniere og kroater. En erklæring om selvstendighet i oktober 1991 ble fulgt av en folkeavstemning for uavhengighet fra Jugoslavia i februar og mars 1992. Folkeavstemningen ble boikottet av den store majoriteten av bosniske serbere og avstemningen endte med et frammøte på 64 prosent, og hvor 98 prosent av disse som stemte for forslaget med Bosnia-Hercegovina som en uavhengig stat.