Aharoni deltok i mange utgravninger, blant annet i Ramat Rachel, Tel Arad, Tel Beer Sheva, Tel Hasor og Lakish. Han studerte også oldtidens veianlegg i Negev, og deltok i oppdagelsen av Bar Kokhba-hulene mens han holdt på med å kartlegge og utgrave i områdene ved Dødehavet i 1953.