Men i 1520 ble pave Leo oppmerksom på den begynnende reformasjonen, og endret syn på Reuchlin som fikk satt alle sine arbeider på som forbudt lesning. Gjennom hele striden, der fransiskanere stod mot dominikanere, Østerrike mot Frankrike, og humanistene mot lærde reaksjonære, var ironisk nok Reuchlin forblitt from katolikk Tvert om tok han avstand fra Luther og reformasjonen, der hans søster Elisabeths barnebarn, Philipp Melanchthon, kom til å spille en fremtredende rolle.