Han var sønn til Molpagoras og svigersønn (og nevø) til Histiaios som perserne hadde plassert som tyrann i Milet. Aristagoras fikk kontroll over byen da Histiaios ble utnevnt som rådgiver for den persiske kong Dareios. Da Naxos gjorde opprør i 502 f.Kr., ba de persiske overherrene på øya Aristagoras om hjelp, og han gikk med på dette siden han antok at han ville bli anerkjent som hersker over øya. Han allierte seg med Artafernes, den persiske satrapen i Lydia, og fikk en flåte. Aristagoras kranglet med admiralen Megabates under invasjonen som så informerte innbyggerne på Naxos om at flåten var på vei.