Hersleb ble utnevnt til lektor i teologi og i det hebraiske språk 16. januar 1813. I september 1813 var Universitetet i Christiania etablert og i funksjon, etter at Frederik VI to år tidligere hadde utstedt en forordning om å opprette et universitet i Norge. Som eneste teologiske høyskolelærer skulle han sørge for utdanning av prester for Den norske kirke. Det ble en hard start for universitetslærerne som ikke hadde noe universitetsbibliotek til rådighet. Og på grunn av den engelske blokaden fikk de heller ikke sendt opp bøker fra København.