Han var sønn av sogneprest Christian August Krefting (1810–97) og Johanne Marie Wiel (1817–71). Hans morfar var godseier og kommerseråd Johannes Arbo Wiel til Berby. Han ble gift i 1887 med Märtha Trozelli (f. 1863), datter av godseier Johan Henrik Wilhelm Trozelli og Amalia Sophia Margareta Sparre (den friherrelige ætten Sparre nr. 11 i Sverige). De var foreldre til bl.a. fabrikkeier Kristian Krefting og Lucie Trozelli Krefting gift første gang med brukseier Axel Collett og andre gang med musikkritikeren Hans Jørgen Hurum. Rudolf Krefting var bl.a. morfar til Brita Collett Paus og oldefar til Albert Collett Paus.