Schnitger var aktiv over hele Nord-Europa, spesielt i Tyskland og Nederland, men også i Brasil og Portugal finnes det schnitgerorgler. I tillegg til hovedverkstedet i Hamburg hadde han flere filialer mellom Groningen og Berlin der lærlinger og medarbeidere arbeidet med å bygge nye orgler og vedlikeholde/bygge om eldre instrumenter. Omtrent 30 av Schnitgers instrumenter er i fortsatt nær opprinnelig stand. Totalt bygde han langt over 100 instrumenter, de flest i middeltone-temperering slik at de fikk en stor klangrenhet.