I det femtende århundre rykket den tyrkiske hæren fremover langs Donau på sitt felttog gjennom Sørøst-Europa. Elven gjorde det mulig for tyrkerne å forflytte seg raskt fremover. Omkring 1440 var de kommet 2000 kilometer fra elvens munning og innledet det første slaget om Beograd. Beograd falt imidlertid ikke før 1521. Få år senere, i (det første) slaget ved Mohács 1526 seiret den osmanske hæren over den ungarske kongen. Kong Ludvig II falt under slaget, noe som igjen førte til at Ungarn ble innlemmet i det habsburgske Østerrike. Dette var kimen til det såkalte Donaumonarkiet.