Narasimhagupta (467-473) ble fulgt av Kumaragupta II (473-476) og Buddhagupta (476-495?). I 480-årene brøt den heftalittiske kong Toramana gjennom guptaenes forsvar i nordvest, og mye av imperiet ble overkjørt av innen 500. Imperiet falt fra hverandre under angrepene fra Toramana og hans etterfølger, Mihirakula. Hunaene erobret flere provinser i imperiet, inkludert Malwa og Gujarat, mens Thanesar brøt ut under lokale dynastier. Inskripsjoner tyder på at guptaene fortsatte å kjempe mot hunaene selv om makten deres var mye mindre, og alliert med de uavhengige kongedømmene klarte de å drive ut hunaene fra det meste av det nordlige India innen 530-årene. Dynastirekken i det 6. århundre er ikke helt tydelig, men den siste anerkjente herskeren i dynastiets hovedlinje var Vishnugupta som hersket fra 540 til 550.