Det første olympiske maratonløpet var 40 kilometer. Tjuefem utøvere dro til Marathon, men det var kun sytten som startet. Albin Lermusiaux tok tidlig ledelsen i løpet fulgt av Edwin Flack og Arthur Blake. Blake brøt etter 23 kilometer og Lermusiaux etter 32 km og Flack brøt 3 kilometer før mål. Spyridon Louis var førstemann over målstreken etter snaue tre timer, fulgt av sine landsmenn Kharilaos Vasilakos og Spyridon Belokas. Fjerdemann Gyula Kellner la inn en protest mot Belokas, som hadde jukset og i deler av løpet blitt kjørt i en vogn. Belokas ble diskvalifisert og Keller ble dømt som nummer tre.