James Mahoney tok en B.S. ved C.W. Post i 1981 mens han arbeidet med pasienttransport for Long Beach Medical Center. I 1986 tok han medisinsk doktorgrad (M.D.) ved SUNY Downstate College of Medicine. Han gjorde fordypning som indremedisiner samme sted til 1990, og lungemedisiner og akuttmedisiner i 1993.