Det kombinerte lederskapet til nasjonene er kjent som . Det skal bemerkes at «Haudenosaunee» er begrepet som folket bruker om seg selv. Ordet «irokeser» har to potensielle opprinnelser. Haudenosaunee avsluttet ofte sine fortellinger med frasen «hiro kone». Hiro oversettes med «jeg har talt», kone kan oversettes på flere måter, det vanligste er «i glede», «i sorg» eller «i sannhet». «Hiro kone» hørtes for franskmennene ut som «iroke». En alternativ mulig opprinnelse til navnet skal ha kommet fra en fransk versjon av navnet huron (wendat), regnet som en fornærmelse og betyr «svarte slanger.» Irokeserne var fiender av huronene og algonquinene som var alliert med franskmennene på grunn av deres rivalisering i pelshandelen. Navnet «irokeser» kan også stamme fra baskisk-algonkinsk pidginspråk, som utviklet seg da det fra 1540-tallet var nær kontakt mellom baskere og ulike indianerstammer i området rundt St. Lawrence. På dette pidginspråket het «drapsmann» , fra baskisk med samme betydning. Da de senere møtte franske nybyggere og misjonærer, brukte de andre stammene betegnelsen om irokeserne, og franskmennene oppfattet dette som stammens navn, men stavet det , siden faller vekk på fransk. Haudenosaunee betyr «folket av langhusene.» Begrepet skal ha blitt introdusert av Den store fredsmekleren da føderasjonen ble dannet. Symbolsk var Seneca vokterne av den vestlige døren i «stammenes langhus», og mohawkene var vokterne av den østlige døren.