Salt Tower ble reist omkring 1238. En av de første som bodde i det store kammeret der var John Balliol, Skottlands avsatte konge. Han var fengslet der fra 1297 til 1299. I tudortiden var kammeret i konstant bruk som fengsel, og er spesielt kjent for at katolske prester satt der under Elizabeth I. Blant annet ble John Gerard torturert i Salt Tower. Noen innskrifter på veggene fra denne perioden er bevart, blant annet en med et IHS-monogram, navnet Maria og jesuittordenens motto .