Han var barn av rigshovmester Erik Ottesen Rosenkrantz (d. 1503) og Sophie Gyldenstierne til Boller (d. 1477). Niels Eriksen ble i 1487 utnevnt til riksråd, og nevnes i 1501–04 som hoffmester hos kong Christian II. Gjennom ekteskap med Birgitte Olufsdatter Thott (d. 1528) fikk han Vallø hovedgård, fra 1497 skrev han seg til Bjørnholm, og ved farens død arvet han Skjern hovedgård.