Da Den partenopeiske republikk ble opprettet i 1799, flyktet Ferdinand til Palermo i admiral Nelsons skip, , og tok med seg de mest vedifulle malerier og annen kunst fra museet. Det som var igjen ble stjålet av de franske soldatene fra styrkene til General Championnet som var forlagt der. I løpet av okkupasjonen (1806 til1815), ble kunstsamlingen overført til "Naples National Archaeological Museum". Da kong Ferdinand kom tilbake fra Sicilia i 1815, engasjerte han mange malere og skulptører til å restaurere slottet. Det ble til slutt ferdig i 1840, og galleriet for samtidskunst ble bygget.