Hopkins ble født i Missouri, og vokste opp på en gård i en familie tilhørende United Methodist Church. Han studerte ved University of Illinois Urbana-Champaign og fullførte i 1991 med graden bachelor of science, hvorpå han fortsatte studiene ved Stanford University, der han fikk graden master of science i 1992. Han ble utnevnt til sekondløytnant i U.S. Air Force i januar 1992, og ble i 1996 utdannet ved U.S. Air Force Test Pilot School. Senere fikk han opplæring i fremmedspråk ved Defense Language Institute, før han ble sendt til Italia for å studere statsvitenskap ved Università degli Studi di Parma.