Et brev fra general Robert E. Lee, militær rådgiver for president Jefferson Davis, kom til Jackson den 21. april i hans posisjon ved Swift Run Gap, med anmodning om å angripe Banks så snart som mulig. Fremont sendte brigadegeneral Robert H. Milroy med 6 500 mann over Allegheny-fjellene mot Staunton, foran seg hadde han sin gamle motstander brigadegeneral Edward «Allegheny» Johnson med 2 800 mann som stoppet det første angrepet under slaget på Allegheny-fjellet 13. desember 1861. «Allegheny» Johnson med denne hæren med navnet «Army of the Northwest» var tvunget på retretten fra de føderale styrkene. Dermed besluttet Jackson at trusselen fra Vest-Virginia var større enn fra Banks, men for å stoppe Banks om nordstatsgeneralen skulle gå på offensiven på nytt, vil Ewells divisjon overta posisjonen ved Swift Run Gap. Mens Ewell krysset Blue Ridge-fjellene og Lee fremdeles ikke hadde fått svar, startet Jackson sitt felttoget den 30. april.