I august 1979 ble så Cossiga selv ministerpresident (statsminister) i en overgangsregjering utgått fra DC, Partito Liberale Italiano (PLI), Partito Socialista Democratico Italiano (PSDI) og partiløse. I april 1980 dannet han sin andre regjering som koalisjonskabinett mellom DC, Partito Socialista Italiano (PSI) og Partito Repubblicano Italiano (PRI). Denne 39. etterkrigsregjeringen ble styrket ved fremgang for DC i regionale valg i juni 1980, men ikke desto mindre måtte regjeringen avgå i september 1980 etter at Cossigas økonomiske stabiliseringsplan ble nedstemt.