Mindorobøffel var langt mer tallrik i tidligere tider og mye mer utbredt. Det fortelles også at den tidligere ikke fryktet mennesker eller var aggressiv. Dette har endret seg i takt med at habitatet har vært under press, fra landbruk og beitetrykk fra tamfe. Krypskyting og avskoging er og har også vært et problem. I dag er arten både sky og aggressiv, og den er mest vanlig i sekundær skog.