Elven har sin kilde på Podolia-høylandet og renner hovedsakelig i sørlig retning. Den danner grensen mellom oblastene Ternopil og Khmelnytskyj. Byene Volotsjysk, Pidvolotsjysk og Hysiatin ligger langs elven. Zbrutsj munner ut i den oppdemte Dnister fem kilometer nordvest for Khotyn nær landsbyen Okopy.