Da den nye kirkeloven fra 1851 som krevde sitteplasser til minst 30 % av kirkens sogn ble innført, ble Borgund stavkirke – som en rekke andre norske kirker – for liten for det daværende folketallet på rundt 1 000 mennesker. Allerede i 1854 sendte Fortidsminneforeningen et brev til formannskapet og ba dem holde foreningen underrettet dersom planer om å endre stavkirken ble aktuelle. På 1860-tallet gikk foreningen inn i forhandlinger med sognet for å verne kirken mot utvidelse, og en avtale med kommunen om finansiering av den nye kirken ble inngått. Avtalen fastslo at Fortidsminneforeningen skulle betale to tredjedeler av den ny kirken mens kommunen sto for finansieringen av den resterende tredjedelen på 800 spesidaler. Stavkirken var i ordinær bruk frem til 1868, da nye Borgund kirke sto ferdig like ved siden av, men på grunn av noen «knuter på tråden» ble ikke eiendomsretten til stavkirken overdratt til Fortidsminneforeningen før i 1877. Med arkitekt Christian Christie i spissen, mannen som hadde tegnet den nye kirken, gikk man i gang med restaureringsarbeid av stavkirken på begynnelsen av 1870-tallet. Målet var å tilbakeføre kirken til original stand, og kirken gjennomgikk derfor en rekke omfattende endringer på kun få år. Blant annet ble galleriet og alle de etterreformatoriske benkene og vinduene fjernet. Det samme ble stavenes og veggenes maling, samt alterringen og himlingene både i koret og skipet. Vestgavlens vindu i blyglass ble værende da man antok at et tidligere vindu med samme plassering eksisterte allerede under middelalderen. Etter Schiertz' tegninger fra 1830-årene å dømme var endringene svært drastiske. Arbeidet med tilbakeføringen ble ferdigstilt i 1872, og det som sto igjen var et forholdsvis nakent interiør hvor kirkens struktur kommer tydeligere frem.