Magneto blir etter hvert alliert med Professor Xavier og X-Men, når en gruppe helter og skurker blir bortført av Beyonder - et nesten allmektig romvesen. Denne enheten tok dem med til en planet han skapte, kalt Battleworld, for å delta i et personlig eksperiment av ham for å observere konseptet om konflikten mellom godt og ondt som senere skulle bli kjent som de hemmelige krigene. Etter de hemmelige krigene blir Magneto fraktet tilbake til basen sin, Asteroid M. Et romvesen kalt Warlock, som reiser til jorden, kolliderer inn i asteroiden og ødelegger den. Magneto faller mot jorden og inn i Atlanterhavet, og pådrar seg alvorlige skader. Han blir reddet av Lee Forrester, kapteinen på en fisketråler. De blir snart kjærester.