Dvergflamingoen er mest tallrik og hekker primært i områdene ved og rundt Natronsjøen nord i Tanzania og Magadisjøen i sør i Kenya, men den er vanlig i hele Riftdalen (Øst-Afrika). Populasjoner finnes dessuten i Namibia/Botswana/Sør-Afrika, i Mauritania/Senegal, og i Pakistan/India. Den påtreffes sjelden i Europa, men da oftest i Spania. Om vinteren er det også kjent arten trekker fra Mosambik til Madagaskar, en flytur på cirka og .