Artaxerxes forsvarte sin posisjon mot broren Kyros. Selv om Kyros' hær av grekere og iranere kjempet seg til en taktisk seier i slaget ved Kunaksa i Babylon i 401 f.Kr., ble Kyros selv drept i slaget av soldaten Mithridates, noe som gjorde seieren irrelevant. Den greske historikeren Xenofon fortalte siden om slaget og de strabaser som de strandede greske leiesoldatene hadde med å komme seg hjem. Artaxerxes forsøkte å kreve æren for selv å ha drept sin opprørske bror, men da Mithridates, drukken på vin, skrøt ved hoffet av hvordan han hadde drept Kyros, fikk Artaxerxes ham henrettet for å ha framstilt ham til en løgner.