Payette har mottatt en rekke priser og utmerkelser. Hun ble i 2002 utnevnt til ridder av Ordre national du Québec og i 2010 ble hun offiser av Order of Canada. Payette ble i 2001 tildelt Ordre de la Pléiade fra Den internasjonale organisasjonen for frankofonien. Hun mottok Ordre de Montréal i 2013 og ble i 2016 forfremmet til kommandør.