I 2004, 26 år gammel, ble John Johannessen var innvalgt på Lagtinget for Javnaðarflokkurin. Han ble medlem av Lagtingets utenrikskomité. I 2008 ble han formann i utenrikskomiteen og formann i Javnaðarflokkurins lagtingsgruppe. Han var også medlem av Lagtingets justiskomité frem til han tapte gjenvalg til Lagtinget i 2011.