Under det osmanske angrepet brøt den politiske orden sammen, og en maktkamp fulgte da noen ungarske adelsmenn foreslo at Ferdinand av Habsburg, som var hersker av nabolandet Østerrike og knyttet til Ludvigs familie gjennom ekteskap, skulle bli konge av Ungarn, og viste til tidligere avtaler om at habsburgerne skulle ta over den ungarske tronen dersom Ludvig døde uten arvinger. Men andre adelsmenn vendte seg til adelsmannen Johannes Zápolya som hadde støtte hos Suleiman, og som forble uten anerkjennelse fra de kristne maktene i Europa. En tresidet konflikt fulgte da Ferdinand begynte arbeidet med å sikre seg kontroll over så mye av det ungarske kongedømmet som han kunne klare. Dette førte til en tredeling av landet innen 1541. Suleiman krevde nesten hele dagens Ungarn, kjent som Stor-Alföld, til Det osmanske riket og innsatte Zápolyas familie som herskere over den uavhengige delen Transilvania, en vasallstat av imperiet. Ferdinand I krevde «kongelige Ungarn», inkludert dagens Slovakia, det vestlige Kroatia og territoriene rundt. Dette ble den midlertidige grensen mellom habsburgerne og osmanene.