EØS-komiteen hadde per 2021 fem underkomiteer med arbeidsområder tilsvarende underkomiteene i EFTAs faste komité. De fire underkomiteene som er knyttet til fritt varebytte, fri bevegelse av tjenester, kapital og personer, samt tilstøtende områder er slått sammen til én komité for å kunne vurdere sakene i en bredere sammenheng. I tillegg er det en underkomité for rettslige og institusjonelle spørsmål.