President Xanana Gusmão innførte unntakstilstand 30. mai 2006, og tok myndigheten over den nasjonal sikkerheten og forsvaret i et ekstraordinært tiltak for å dempe urolighetene. Den 3. juni ble det klart at José Ramos-Horta skulle ta over som sikkerhetsminister i Øst-Timor.