Etter doktoravhandlingen dro Amin tilbake til Kairo, der han mellom 1957 og 1960 ledet . Deretter forlot Amin Kairo for å jobbe som rådgiver for planleggingsministeriet i Bamako (Mali) mellom 1960 og 1963. I 1963 ble han tilbudt et stipend ved Institut Africain de Développement Économique et de Planification (IDEP). Her jobbet han frem til 1970 samtidig som han var professor ved universitet i Poitiers, Dakar og Paris. I 1970 ble han leder for IDEP, som han ledet frem til 1980. Da forlot Amin IDEP for å ta over ledelsen av Third World Forum i Dakar, der han jobbet siden.