Ved siden av Heinrich Scheidemann og Matthias Weckmann var Tunder en av sin generasjons fremste representanter for den nordtyske orgelskole. Et av Tunders bidrag var å skape modellen til den nordtyske toccata-formen. I tillegg til orgelmusikk omfattet verkene hans vokalmusikk, som motetter, geistlige arier og kantater. Det meste er tapt.