Munthe ble kjent med Quisling da de var kolleger ved Generalstaben. Han var da nøkkelmannen i Generalstabens hærordningskommisjon, som planla gjennomføringen av den nye hærordningen i 1927. Munthe var på denne tiden kaptein, i likhet med Quisling selv og mange andre i kretsen rundt ham, som Frederik Prytz, Halvor Hansson, m.fl. Ved «Pepperoverfallet» på forsvarsminister Quisling i 1932 var Munthe stabssjef i 2. divisjon og ansvarlig for sikkerheten i Forsvarsdepartementet. Han varslet fungerende regjeringssjef Birger Braadland om saken og holdt senere regjeringen løpende oppdatert om etterforskningen.