De fleste studentene deltok i Warszawa-oppstanden 1944 som soldater i Armia Krajowa og Szare Szeregi. Under opprøret og okkupasjonen ble 63 professorer drept, enten i kamper eller som ledd i Nazi-Tysklands utrydding av den polske intelligensen. Universitetet mistet 60 % av sine bygninger som følge av kampene i 1944. Opptil 80 % av universitetets samlinger (flere uvurderlige kunstverk og bøker gitt til universitetet) ble enten ødelagt eller sendt til Tyskland, for aldri å dukke opp igjen.