Det årlige budsjettet for det estiske forsvaret ligger på rundt 2% av bruttonasjonalprodukt, et tall som er sammenlignbart med andre europeiske land. Dette var i 2008 rundt 314 millioner euro. Av dette fikk hæren rundt 58 millioner euro, og sjøforsvaret og luftforsvaret rundt 10 millioner hver.