Nakamura ble født i Hirakata, nær Osaka i Japan av en japansk far og amerikansk mor. I en alder av to år, flyttet han og foreldrene til USA. Han begynte å spille sjakk i en alder av 7 år, veiledet av sin srilankiske stefar, FIDE-mester Sunil Weeramantry. Nakamura har alltid hatt en stor lidenskap for ishockey, og hans favorittlag er Calgary, Edmonton og St Louis og Columbus.