Han arbeidet ved ulike embedskontorer i Tórshavn før han fikk ansettelser ved kontorer i Ribe i Danmark. I mellomtiden ble det kongelige handelsmonopolet på Færøyene opphevet. Tilbake på Færøyene i 1858 ble han ansatt som faktor ved Jørgen Bech & Sønners handelsforretning i Klaksvík, som hadde overtatt monopolhandelens utsalg og etablert en rekke filialer. De drev fremfor alt fiskeforretning og eksport av klippfisk. På folkemunne ble Djurhuus gjerne bare kalt . J.C. Djurhuus trådte tilbake som faktor i 1910, da forretningen ble solgt til Nickels Lützen og hans svigersønn Mourits Winther.