Han tilhørte en lavadelig slekt med opprinnelse i Skåne, men som fra ca. 1520 skrev seg til godset Hjörne i Veddige sogn, Viske herred i Halland. Fødselsår er ukjent, men sannsynligvis rundt midten av 1530-tallet. Erik Munks foreldre var Niels Munk (død 1565, en periode lensherre i Varberg) og Margrethe Lavesdatter. Fordi moren ikke var adelig, arvet Erik Munk ikke adelsverdigheten. Erik Munks farfar, Jens Munk d.e., var lensherre i Lykkeby på grensen mot Blekinge. I likhet med flere adelsmenn i nåværende sydsvenske områder, stilte faren seg på Christian IIs side under grevefeiden som endte med reformasjonen i 1536. Som følge av dette kom han i vanære og mistet sin innflytelse.