Som økonom var han styremedlem i Verdensbanken og Det internasjonale pengefondet i 1990–1991, og var også president for ACP-gruppa i 1999–2000 under forhandlingene for Cotonou-avtalen, som erstatta Lomé-konvensjonen, og gjelder handel mellom ACP-landene og Den europeiske union. Saitoti forlot KANU og blei en av hovedfigurene i forhandlingene som førte fram til «NARC-revolusjonen» i 2002. Som sikkerhetsminister og fungerende utenriksminister hadde Saitoti oppsyn med Kenyas intervensjon i Somalia for å bekjempe Al-Shabaab-styrkene som del av Den afrikanske unions innsats for å stabilisere Somalia.