Etter slaget ved Hastings var han nødt til å underkaste seg Vilhelm Erobreren, men da et spontant opprør brøt ut i nord, samtidig som anglosakseren Edgar Ætheling krevde den engelske tronen med skotsk støtte angrep og erobret byen York deltok også Waltheof i opprøret. Med den brutalitet som var karakteristisk for Vilhelm ble opprøret knust, og deretter herjet, brente og massakrerte han befolkningen. Det fikk Waltheof til igjen underkaste seg Vilhelm i 1070. Deretter, for å gjenopprette sitt jarldømme giftet han seg strategisk med Vilhelms niese, Judith, og ble belønnet med jarldømmet Northampton to år senere.