Forsvars- og utenrikspolitikk, politi, rettsvesen og immigrasjon, pengepolitikk og høyere utdannelse er fortsatt under Frankrikes kontroll. Franske myndigheter utnevner en høykommissær. I henhold til paragraf 3 i selvstyreloven av 2004 er Høykommissæren i Fransk Polynesia statens representant og har ansvar for å ivareta nasjonale interesser, for å påse at lover og internasjonale forpliktelser overholdes, og for opprettholdelse av offentlig orden og administrativ kontroll. Høykommissæren representerer riksmyndighetene og ivaretar forbindelsene mellom Paris og Fransk Polynesia.