Navnet Skjerstad [şjæŗ`şţa] var opprinnelig et gardsnavn. Gardsnavnet nevnes flere steder, første gang den 7. november 1390 . I eldre skrifter brukes navneformen . Første ledd er tolket som et elvenavn, der det norrøne adjektivet betyr «ren» eller «klar». Andre ledd betyr sted. Første ledd er også blitt tolket i sammenheng med det islandske verbet som betyr «å døpe». I den islandske Bibelen brukes navneformene (døpe) og (en døper). På færøysk brukes dog navneformene og , ettersom ordet hadde fått betydninger på færøysk som gjorde det uegnet i bibelspråket.