Etter avsluttede studier og habilitering i 1928 underviste han i politisk teori og sosiologi. Ved samme universitet ble han senere professor ved det juridiske fakultet. Mens han var i Østerrike innledet Voegelin sitt livslange vennskap med Alfred Schütz og F.A. Hayek. Mellom 1933 og 1938 utgav han fire bøker som kritiserte nazistenes rasisme.