Deubner stammet fra en familie med prester fra den russisk-katolske kirke av bysantinsk ritus. Hans far Ivan Deubner var en tsaristisk embedsmann som hadde konvertert til katolisismen i hemmelighet i 1903. Deubner bodde i 1913 i St. Petersburg, og fikk sin formasjon i regi av den katolske assumpsjonistordenen, først i Konstantinopel og så i Belgia. Han avla klosterløfter i denne orden og fikk navnet .