Isnes fortsatte i KFUM Oslo, og etter å ha endt på 8.-plass i 2020, ble det 5.-plass og ny mulighet til kvalifisering til Eliteserien i 2021. Etter å ha slått ut Sogndal og Fredrikstad i kvalifiseringen, ventet bortekamp mot Jerv. Kampen gikk til slutt til straffesparkkonkurranse, der Jerv vant og muligheten for opprykk glapp for KFUM. Den påfølgende vinteren takket Isnes nei til samtaler med både Sarpsborg 08 og HamKam som var på jakt etter ny hovedtrener. Han var også ønsket i Molde i en assistenttrenerrolle, hvor han også takket nei. Isnes ville heller å bygge videre på prosjektet i KFUM.