Byens eldste kjøpstadsrettigheter er fra 1496, tildelt av kong Hans. Middelfart var på dette tidspunkt allerede en sentral by i Danmark på grunn av sitt overfartsted, og den ble derfor utsatt for mange angrep. Byen ble brent ned under grevefeiden, og i krigene mot Sverige på 1600-tallet gikk det hårdt ut over byen. I krigene mot tyskerne i 1848 og 1864 var Middelfart en bastion i forsvaret av Fyn og ble utsatt for et bombardement fra Jyllandssiden av tyske kanoner.