Fra slutten av 1888 tilbrakte emiren 18 måneder i de nordlige provinsene som grenset til Amu-Darja-elva, der han var opptatt med å roe ned landet som hadde vært forstyrret av opprør og med å straffe med en hard hånd alle de en visste eller mistenkte å ha deltatt i opprør. Kort tid etterpå (i 1892) lyktes han endelig å slå ned motstanden av Hazara-stammen, som forgjeves forsøkte å forsvare sin uavhengighet, innen deres høytliggende områder, fra den sentrale autoriteten i Kabul. Dette medførte at over 60 prosent av Hazarafolket ble massakrert, og fikk de fleste som overlevde til å flykte til Britisk India.