Templet fra 600-tallet f.Kr. ble kalt «Alkmaionidenes tempel» som hyllest til den athenske familien som hadde finansiert gjenoppbyggingen etter en brann som ødela det opprinnelige bygget. Den nye bygningen var et dorisk heksastilt tempel på 6 ganger 15 søyler. Dette tempelet ble ødelagt i 373 f.Kr. av et jordskjelv. Skulpturene på var en hyllest til skulptørene Praxias og Androsthenes i Athen. Av en lignende proporsjon som det andre tempelet beholdt den 6 ganger 15 søylemønsteret rundt stylobaten. Inne var , orakelets hellige sentrum og ythias sete. Templet hadde maksimen «Kjenn deg selv» (Γνῶθι σαυτόν) innskrevet, et uttrykk tillagt Apollon, gitt av orakelet selv og/eller av de sju vise (οἱ ἑπτὰ σοφοί). Inskripsjonene skal fortsatt ha vært synlige i romersk tid, og Plinius den eldre hevdet at de var fylt med gull.