Kort tid etter utbruddet av den andre verdenskrig i 1939, ble all toppfotball i Storbritannia suspendert, og 1939–40-sesongen ble annullert. Highbury ble rekvirert som en ARP-stasjon, med sperreballonger hengende bak klokkesvingen. Under «Blitz» falt en bombe på North Bank og ødela taket og satte fyr på skrap som var lagret på terrassene. Med Highbury stengt, så spilte Arsenal sine hjemmekamper på White Hart Lane (banen til rivalene Tottenham Hotspur). Kampene under krigen ble ikke registrert i de offisielle statistikkene, turneringene var regionale og det var ofte at lagene ikke fullførte sesongene. Mange spillere tjente i de militære styrkene som trenere og instruktører og var borte fra klubbene i lange perioder, så de var ofte «gjestespillere» i andre klubber. Arsenal vant Football League War Cup South i 1942–43 og London and Southern League-titlene i 1939–40, 1941–42 og 1942–43.