Der ble han straks utnevnt til visefolkekommissær for utenrikssaker under Trotskij. Rett etter at freden i Brest-Litovsk var blitt undertegnet i februar 1918 etterfulgte han Trotskij, ettersom denne hadde gått inn for en mindre kompromissvennlig linje overfor Tyskland og sentralmaktene. Som folkekommissær for utenrikssaker (utenriksminister) deltok Tsjitsjerin i Genovakonferansen i 1922 og ved fremforhandlingen av Rapallotraktaten samme år. Denne siste erstattet Brest-Litovsk og innebar at Sovjet-Russland fikk tilbake tapte områder og at diplomatiske forbindelser ble opprettet med Weimarrepublikken. Utover den gjensidige anerkjennelse, som var den første diplomatiske anerkjennelse sovjetregimet fikk, gav sovjetrusserne avkall på å fremsette krigsskadeerstatningskrav mot Tyskland.