Fjodor I av Russland ga Sjenkursk til sin svigerbror, Boris Godunov, som testamenterte den til sin egen svigersønn, Johan av Schleswig-Holstein. Romanovene ga distriktet til prins Dmitrij Trubetskoj som hans vottsjina. Ved hans død gikk byen tilbake til kronen. I 1640–1643 ga tsaren ordre om at en ny festning skulle bygges i Sjenkursk. Katarina den store ga Sjenkursk bystatus i 1780.