Bugenhagen kom fra Wittenberg til København i juli 1537 og ble i Danmark i to år. I den tiden ledet han kroningen av kong Christian III av Danmark (august 1537) og innsatte lutherske biskoper (kalt ) september samme år. Han hadde også en siste avgjørende hånd med utarbeidelsen av en luthersk kirkeordinans, en samling kirkelige lovtekster, som strukturerte det reformatoriske kirkeliv i Danmark og dermed også i Norge. Den nye ordinansen (kirkeordningen) var en revisjon av den noe eldre som var blitt utarbeidet av Hans Tausen. Dessuten arbeidet han ivrig med å omorganisere Københavns Universitet.