Mens politikk og puritansk religion var tett sammenknyttet i løpet av Increase Mathers levetid, var hans første direkte innblanding i politikken et resultat av kong Jakob II av Englands manipulering av den politiske styringen av New England. I 1686 opphevet kongen Massachusetts' charter i prosessen å opprette herredømmet New England, «dominion», som en administrativ enhet.