Chassé gikk så i tjeneste for Den bataviske republikk som kommandant for et regiment med lett infanteri. Hans enhet hadde vanligvis garnisonstjeneste, men under den andre koalisjonskrigen i 1799 deltok enheten i den fransk-nederlandske arméen som jaget det engelsk-russiske ekspedisjonskorpset fra Noord-Holland. Deretter hadde han kommandoen over ulike regimenter som deltok i de franske felttogene i det nordlige Tyskland som Den bataviske republikks armé ble tvunget til å delta i. Han ble nevnt i meldinger ved beleiringen av Würzburg i 1801. I 1803 ble han forfremmet til oberst og i 1806 til generalmajor i det som da var Kongeriket Holland.