Byen Jaffa er først nevnt i brev fra 1470 f.Kr. som nedtegnet dens erobring av den egyptiske farao Thutmosis III. Jaffa er navngitt flere ganger i Bibelen som havnen som Jona seilte ut fra med kurs for Tarsis; som stedet som grenset til området til stammen til Dan; og som havnen Jaffa hvor tømmer for Salomos tempel i Jerusalem kom fra Libanon. Jaffa er også nevnt som stedet hvor apostelen Peter etter sigende skal ha vekket kvinnen Tabita tilbake til livet og besøkt garveren Simon. I henhold til en del kilder har Jaffa vært en havn i minst 4000 år.