Bayles siste leveårer ble formørket av opprivende og lite produktive krangler, hovedsakelig med rasjonalistiske teologer, og ikke minst av påstander om at han konspirerte med Frankrike om å løsrive Nederlandene fra sine allierte, England og Østerrike. Bayles helse var aldri den beste og han døde 28. desember 1706, sannsynlig pga. et hjerteattakk.