Han spilte for Flora Tallinn før han ankom Tromsø etter 2006-sesongen, og er venstrekant på det . Han har 45 landskamper for Estland. Lindpere spiller venstre midtbane både på klubblaget og landslaget. Etter 2009-sesongen forlenget Tromsø ikke kontrakten med Lindpere. I januar 2010 ble han klar for Red Bull New York.