Protestene tok en ny vending i 1517 da augustinermunken Martin Luther spikret opp sine 95 teser om avlaten på kirkedøren i Wittenberg. På samme tid oppsto en protestbevegelse i Sveits, ledet av Ulrich Zwingli. De to gruppene ble enige om de fleste teologiske spørsmål, men ble aldri helt forent. Zwingliansk lære overlevde i den reformerte kirke (men ikke i ren form).