Det begynner å brenne i krigsskipet «Sulaco». Hovedcomputeren skyter ut en nødfarkost med Ellen Ripley (Sigourney Weaver), Newt, Hicks og den ødelagte androiden Bishop (Lance Henriksen) om bord; alle fire ligger i hypersøvn. Skanningen av mannskapets hypersøvnsenger viser at en «facehugger» har angrepet og festet seg til et av besetningsmedlemmene. Nødfarkosten kræsjlander på Fiorina «Fury» 161, en fengselsplanet bebodd av mannlige fanger med to Y-kromosomer. Dette er en genetisk mutasjon som utvikler seg hos enkelte menn i det 22. århundret, og som gir dem behov for brutal atferd som for eksempel voldtekt og mord. Fangene, som til daglig driver med støping adskilt fra menneskeheten på grunn av sin voldelige atferd, oppdager nødfarkosten og passasjerene om bord.