I 2001 ble han leder for partiet. Sent samme år ble det en splittelse, men i 2004 ble han gjenvalgt som partileder. Fra å være en leder for en etnisk hutuopprørsgruppe ble Pierre Nkurunziza ble sent i 2003 rådgiver for presidenten for overgangsregjeringen, Domitien Ndayizeye. Før valget i 2005 ble han etter flere gode lokalvalg for partiet nominert som CNDD-FDDs presidentkandidat. Han ble valgt til president av nasjonalforsamlingen 19. august uten motkandidat og overtok vervet som president 24. august.