Goodall har mottatt mange utmerkelser for sitt mangeårige miljø- og humanitære arbeid. Hun ble utnevnt til Order of the British Empire i en seremoni som ble avholdt i Buckingham Palace i 2004. Hennes mange æresbevisninger inkluderer blant annet en Tyler Prize for Environmental Achievement, den franske Æreslegionen, Medal of Tanzania, Japans prestisjefylte utmerkelse Kyoto Prize, og i 2003 mottok hun utmerkelsen Fyrsten av Asturias' pris for naturvitenskap og teknologi.