Kunio Hatoyama regnes som del av fjerde generasjon i Hatoyama-dynastiet i japansk politikk. Han er barnebarn av Ichirō Hatoyama, som var Japans statsminister i perioden 1954 til 1956 og som regnes som en av grunnleggerne av Japans liberaldemokratiske parti, landets dominerende politiske parti i tiden 1955 til 2009. Faren, Iichirō Hatoyama, var administrativ visefinansminister, den ledende administrative stilling i finansdepartementet, før han ble innvalgt i overhuset og tjente som utenriksminister fra 1976 til 1977.