Catalyst kan bruke alle databaser som støttes av Perls DBI (Det betyr det meste, selv en CSV-fil), men det anbefales å bruke en RDBMS som lagring for databaser. Tilgangen til databasen er nesten helt abstrahert fra et utviklersynspunkt, og Catalyst håndterer database-tilgangen transparent gjennom bruk av sine modell-klasser. Om du trenger det kan du likevel utføre direkte SQL spørringer. Dette betyr at du kan utvikle database-nøytrale løsninger, som lett kan flyttes til en annen database, og gjør det lett å bruke en eksisterende database med Catalyst, selv om dette til en viss grad kommer an på støttede funksjoner i databasen. Flere databaser er fullt støttet, bla. MySQL, PostgreSQL, SQLite, IBM DB2, Oracle og Microsoft SQL Server.