Etter borgerkrigen i 1998 og 1999, som endte med Vieiras fall, stilte Ialá til valg igjen og kom først med 38,81% den 28. november 1999, etterfulgt av midlertidig president Malam Bacai Sanhá fra PAIGC. I andre valgomgang den 16. januar 2000 vant han med rundt 72 % av stemmene og ble tatt i ed som ny president den 17. februar 2000.