Den spanske inkvisisjonen har fått rykte på seg for å ha benyttet tortur i stor utstrekning. Dette bilde synes å ha blitt fremdyrket av den anti-spanske propaganda som rivaliserende og til tider fiendtlige makter som England benyttet overfor sin egen befolkning. Nyere undersøkelser viser at tortur var langt mindre vanlig enn det som har vært antatt. I Valencia ble tortur brukt i mindre enn 2 % av de over sakene, og i de fleste tilfeller dreide det seg om mindre enn femten minutter med tortur. Mindre enn 1 % ble torturert mer enn én gang. I forhold til utbredelsen av tortur i det sekulære rettssystemet er dette meget lave tall. Inkvisisjonen hadde ikke egne torturkamre, men tortur kunne bli utført i rettssalen.