De tre hovedpersonene i spillet er Sora, en 15 år gammel gutt. Donald Duck fra Disney Castle, og Goofy - en kaptein ved vaktene som skal beskytte Disney Castle. Både Donald og Goofy er under ordre fra en savnet konge, Mikke Mus, om å følge Sora og hans Keyblade. Den mektige Organisasjon XIII er spillets viktigste antagonist. Sora må reise til kjente og ukjente verdener, hvor han løser forskjellige problemer forårsaket av Organisasjon XIII, de hjerteløse skurkene. Denne organisasjonen blir ledet av en bedrager ved navn Xehanort.