Flesteparten av de krigsskipene som ble brukt i Tokyo Express-toktene kom fra den 8. japanske flåte, som hadde base i Rabaul og Bougainville, selv om skip fra Truk ofte ble midlertidig tilknyttet. Eskadren som var satt inn i Ekspress-toktene ble ofte formelt kalt , men størrelsen og sammensetningen av denne enheten varierte fra tokt til tokt.