Samtidig med innspillingen av albumet, hadde Brian Wilson startet innspillingen av låten «Good Vibrations». Da han innså at denne låten krevde mere arbeide, valgte han å ferdigstille uten denne låten. Han arbeidet videre utover sommeren og høsten 1966, og i oktober ble den utgitt som singel. Denne gangen var publikum antageligvis mere forberedt på noe annet enn lett popmusikk, og «Good Vibrations» ble en stor hit.