Gjenvalget hans i 1996 ble skjemmet av anklagelser om valgfusk fra opposisjonen, som også ble støttet av flere internasjonale observatører. Ter-Petrosians populæritet gikk ned ettersom opposisjonen hans ga han skylden for den dårlige økonomiske situasjonen Armenia var etter sin uavhengighet fra Sovjetunionen. Han var spesielt upopulær blant ett parti: den armeniske revolutionsføderasjonen, som han bannlyste, i tillegg til at han fengslet partiets lederskap, med hjemmel i at partiet hadde et utenlandsk lederskap, noe den armenske grunnloven forbød.