Altaihaukeskjegg blir 10–20 cm høy i Norge. Andre steder varierer høyden mellom 8 og 60 cm. Planten har en grunnstilt bladrosett. Blomsterstengelen er forgreina med små, linjeformede, helranda blader i forgreiningspunktene. Disse bladene er stengelomfattende, noe som skiller arten fra den ganske like fransk haukeskjegg (). Rosettbladenes form varierer; pressede eksemplarer fra den klassiske lokaliteten i Nesseby og foto av den nye lokaliteten fra Båtsfjord viser nærmest helrandede, ganske små blader, mens belegg av planter dyrket fra Nesseby-lokaliteten viser blader som er dypt fliket. Plantene i Finnmark utvikler kanskje ikke flikede blader på grunn av ugunstig lokalklima. Ifølge varierer formen på rosettbladene mye. Plantene har oftest flere korger samlet i en halvskjerm. Hver korg består av 30–40 tungekroner. Kronene er gule med rødbrun kant og korgdekkbladene har mørke kjertelhår. Som hos alle andre haukeskjeggarter, har korga ingen rørkroner. Frøet er rødbrunt med 10–20 ribber og har en hvit fnokk. Artens livshistoriestrategi er uklar; kilder angir ettårig, toårig eller flerårig.