I 1985 ble så Mersey Basin Campaign etablert for å forbedre vannkvaliteten og å oppmuntre til fornyelse av strøkene langs elva. Mange forskjellige tiltak ble gjennomført i årene som fulgte, og i 2002 ble det rapportert at oksygennivåene i vannet var høye nok til at fisk igjen kunne leve i hele elva for første gang siden industrien begynte ved Mersey. Det finnes nå igjen laks i elva, som kan ses ved laksetrappene ved Woolston Weir og Howley Weir fra september til november. Siden 2006 har også havert vært observert så langt inn i landet som Woolston.