Ligi var forsvarsminister i Andrus Ansips regjering fra 2005 til 2007. Da sosialdemokratene gikk ut av regjeringen i 2009, ble han finansminister. Regjeringen førte, i motsetning til mange andre land i Sentral- og Øst-Europa, ikke en ekspansiv finanspolitikk etter finanskrisen i 2008 og hadde relativt små offentlige budsjettunderskudd. Ligi la stor vekt på tilliten til estisk økonomi og på å tiltrekke utenlandske investeringer da han begrunnet denne politikken. I 2014 kom han i konflikt med sosialdemokratene, etter en kommentar om Jevgeni Ossinovskis russiske opphav. Ligi avverget en regjeringskrise ved å gå av som finansminister.