Den militære utviklingen vendte seg raskt til fordel for mindre, men relativt moderniserte keiserlige styrker, og etter en rekke med kamper som endte med at Edo overga seg, kapitulerte også Yoshinobu personlig. De som var lojale til huset Tokugawa trakk seg tilbake til nordlige Honshu og senere til Hokkaido hvor de grunnla den kortvarige Ezo-republikken. Nederlaget ved Hakodate beseiret denne siste skansen og etterlot det keiserlige styre som eneveldig over hele Japan, og fullførte den militære fase av Meijirestaurasjonen.