Også etter fredsavtalen med FRUD og under Guelleh har politisk undertrykkelse fortsatt i Djibouti, og flere medlemmer av opposisjonen er blitt tatt i forvaring. Det samme gjelder FRUD-medlemmer deportert fra Etiopia. Også fagforeningsledere og journalister er tatt i forvaring, aviser er stengt og det er rapportert om bruk av tortur.