Jensen Klint ble tatt opp på Polyteknisk Læreanstalt 1870 og tok avgangseksamen som bygningsingeniør i 1877. Som lærer hadde han Johan Daniel Herholdt, som kom til å prege Jensen Klints materialefornemmelse og kjennskap til eldre dansk bygningskultur. Jensen Klint gikk deretter på Kunstakademiets malerskole, hvor han ble tatt opp i mai 1878. Han gikk gjennom alle malerskolens klasser til 1885 uten å avlegge eksamen.