Ved etableringen i 2017 erklærte lederne sin tilslutning til lederne for al-Qaida, AQIM og Taliban. JNIM har både samarbeidet og vært i konflikt med andre jihadist-grupper, i første rekke Den islamske staten i Stor-Sahara (ISGS). Etter brudd mellom de to gruppene sommeren 2019, skal det ifølge CSIS i løpet av 2019 og 2020 ha vært 125 sammenstøt mellom dem med til sammen 731 drepte. De har også tidvis samarbeid med Burkina Faso-baserte Ansar ul Islam.