Necker de Saussure var datter av den anerkjente sveitsiske forskeren, Horace Bénédict de Saussure, som sørget for at datteren fikk den beste utdannelsen som var tilgjengelig for kvinner på denne tiden. Saussure giftet seg med en kjent botaniker som var nevø og navnebror av kong Ludvig XVI sin finansminister, Jacques Necker. Hennes bror, Nicolas-Théodore de Saussure, var en kjent kjemiker og forsker på plantefysiologi. Necker de Saussure la stor vekt på likhet for alle mennesker, både menn og kvinner. Necker de Saussure led av døvhet gjennom store deler av livet sitt.