Margaret ble født på Farleigh Castle i det engelske grevskapet Somerset den 14. august 1473 som datter av George Plantagenet, 1. hertug av Clarence, og Isabella Neville. Hennes mor var den eldste datteren til «kongeskaperen» Richard Neville, 16. jarl av Warwick og Anne Neville, 16. hertuginne av Warwick.