Protestantene var også i vekst, men de var langt færre. Ser man på Shandong i særdeleshet, var de ikke meget færre enn katolikkene – de hadde også sitt tyngdepunkt øst i provinsen, som på Shandonghalvøya, altså i områder som ikke fikk merke noe særlig av bokseropprøret. Det var dermed ikke så langt nær så mange protestantiske konvertitter som bokseropprøret gikk ut over. Derimot gikk det desto hardere ut over protestantiske misjonærer og deres familier, men skulle bli især i provinsen Shanxi.