Kamakuraperioden (1185–1333) var en tid med kriser, da kontrollen over landet ble flyttet fra det keiserlige aristokratiet til samuraiene. I 1185 ble shogunatet etablert i Kamakura. Flere nye skoler så dagens lys i denne perioden. I 1175 ble den japanske avarten av det rene land grunnlagt av Hōnen med navnet Jōdo-shū. I 1212 grunnla Shinran retningen Jōdo Shinshū eller «det sanne rene land». I 1187 ble Zen-retningen Rinzai grunnlagt av Línjì Huìzhào og i 1227 ble den andre Zen-retningen Sōtō grunnlagt av Dōgen. I 1253 ble Nichirenbuddhismen grunnlagt av reformatoren Nichiren, med sin vektlegging av Lotussutraen.