Øya er delt mellom Indonesia og Øst-Timor. Denne delingen går tilbake til kolonitiden. Vest-Timor var kjent som nederlandsk Timor fra 1800-tallet og frem til Indonesia ble opprettet i 1949. Øst-Timor var kjent som Portugisisk Timor fra 1596 og frem til 1975. Indonesia annekterte Øst-Timor i 1976. Indonesia så på Øst-Timor som sin 27. provins, men dette ble aldri anerkjent av FN. Etter en FN-overvåket folkeavstemning ble Øst-Timor selvstendig i 2002.