I 2006 kom han på tredjeplass individuelt i VM i skiflyging, etter Roar Ljøkelsøy og landsmannen Andreas Widhölzl. Morgenstern har i tillegg vært med på det østerrikske landslaget som vant lagkonkurransene i 2008, 2010 og 2012, og som fikk bronsemedaljer i 2004.