Størrelsen på besetningen varieres fra 1559 til 1566, i den første opptegnelsen er det oppgitt 215 mann hvorav 80 sjømenn, 100 knekter og 16 kanonskyttere. Dette var meget dramatisk forstørret til 465 mann ifølge Peder Skrams flåteliste fra 1563 etter utbruddet av den nordiske sjuårskrigen. Med en tung bestykning på 33 til 40 skyts og opptil 465 mann var «Mercurius» det neste største krigsskipet i den dansk-norske flåten, og som alltid skulle være i selskap med flaggskipet.