Det var etter å ha fremlagt en plan for «høyere skolevæsen», gjennom at Nissen ble utnevnt til ekspedisjonssjef i Kirkedepartementet i 1865. Fra denne posisjon kunne Nissen føre sitt reformarbeid videre, blant annet som formann for kommisjonen som forberedte «loven om den høyere almenskolen» av 1869, og «loven om lærerembedseksamen» fra 1871.