Byen hadde sin storhetstid fra 1750-tallet og frem til 1864. I denne perioden var byens skipsfart i stor vekst med handel på Middelhavet, Kina, Sør-Amerika og Australia. Aabenraa hadde det danske monarkis største handelsflåte etter København og Flensborg. Byens fire til seks skipsverft var berømte for sine skip. Mest berømt ble klipperen «Cimber» som seilte fra Liverpool til San Francisco på 106 døgn i 1857.