I 391 kom det til blodige sammenstøt mellom polyteister og kristne i Alexandria. Blant annet hadde hedninger holdt seg i Serapishelligdommen, tvunget noen kristne til å ofre og noen ganger korsfestet. For å roe situasjonen benådet keiser Theodosius I morderne, men beordret ødeleggelsen av tempelet som en advarsel til hedningene i byen. I forbindelse med denne ødeleggelsen ble også de andre templene ødelagt under ledelse av Theophilos av Alexandria. Andre templer var tidligere blitt ødelagt av lokale guvernørers og biskopers handlinger.