Isilkul ble grunnlagt i 1895, og fikk innvilget byrettigheter i 1945. I området rundt Isilkul finnes tallrike bosetninger av russiske mennonitter, som på begynnelsen av 1900-tallet utvandret hit fra dagens Ukraina. Deres daglige språk er «plautdietsch», en nederprøyssisk dialekt som er bevart til i dag.