Paul Althaus var sønn av teologen Paul Althaus d.e. (1861–1925). Han studerte evangelisk teologi i Tübingen og Göttingen. Under første verdenskrig tjenestegjorde han som lasarettprest. Fra 1919 var han professor i systematisk teologi ved Universitetet i Rostock, før han i 1925 ble utnevnt til professor i systematisk og nytestamentlig teologi i Erlangen. Fra 1926 til 1964 var han president for Luther-selskapet ().