Bispedømmet ble utsatt for gjentatte væpnede angrep fra Den tyske orden, som ville gjenerobre territoriet. Og Polen prøvde å få slutt på fyrstebispedømmets autonomi, og selv få kontrollen der. I dette farvannet voktet Watzenrode over Ermlands interesser og beholdt vennlige forbindelser med Polen. Han var en klar motstander av Den tyske orden, og kort etter hans død løp det rykter om at de hadde forgiftet ham.