Isaachsen er representert i Nasjonalmuséet (NM) (tidligere Nasjonalgalleriet) i Oslo med 24 verk i Malerisamlingen og 50 verk samt noen skissebøker i Kobberstikk- og Håndtegningssamlingen. Sørlandets Kunstmuseum (SKMU) i Kristiansand disponerer 58 verk.