Clarkson tok en ledende rolle i Komiteen for avskaffelse av slavehandelen, og fikk ansvaret for å samle bevis for som ville bygge opp under deres sak. Han møtte mye motstand fra tilhengerne av slavehandelen i noen av de byene han besøkte. Slavehandlerne var en innflytelsesrik gruppe fordi handelen var en lovlig og lukrativ forretning, og gav velstand for mange av havnebyene i Storbritannia. På et besøk til Liverpool i 1787, samme året som Komiteen for avskaffelse av slavehandelen ble grunnlagt, ble Clarkson angrepet og nesten drept av en gjeng seilere som var betalt for å drepe ham. Han unnslapp så vidt med livet i behold. Samme år publiserte Clarkson heftet: "Et sammendrag av slavehandel og de sannsynlige konsekvensene av dens avskaffelse".