Otto Mortensen fikk i 1929 Lensgreve C.A. Lerches Legat, som han brukte til en studietur til Berlin, I 1938 mottok han Det anckerske Legat. To av hans sanger ble i 2006 tatt opp i Kulturministeriets kulturkanon innenfor kategorien partiturmusik/høyskolesanger: og .