I 2008 vant Anorthosis igjen serien, og skulle nok en gang ut i Champions League-kvalifisering. I den tredje og avgjørende kvalifiseringsrunden møtte de greske Olympiakos, som de slo ut med 3–1 sammenlagt. Dette var første gang i historien at en kypriotisk klubb hadde kvalifisert seg for gruppespillet i Champions League. De ble trukket til å møte Panathinaikos, Inter og Werder Bremen i gruppespillet. Anorthosis kjempet hardt og klarte nesten å sjokkere hele fotball-Europa, men ble nektet avansement med tap for Panathinaikos i siste kamp. Med seier ville de gått videre til neste runde, i stedet endte de sist i gruppen og fikk heller ikke delta i UEFA-cupen.