I 1990-91 valgte Jemen å stille seg på Irak og Saddam Husseins side i Gulfkrigen, i stor grad fordi president Saleh var en alliert av Hussein. Dette medførte at 800 000 fremmedarbeidere ble deportert fra Saudi-Arabia. Et mislykket forsøk på å jevne ut det dårlige forholdet til andre arabiske stater i 1993 kan ha forverret situasjonen, og i 1994 hjalp enkelte land separatistene i Sør-Jemen. I 1998 ble Eritrea og Jemen enige om eierskap til Hanish-øyene, men det hadde vært en trefning i 1995 som krevte mellom 20 og 30 menneskeliv. I 2002 inngikk Jemen avtaler med Etiopia og Sudan, som begge hadde et anstrengt forhold til Eritrea, men ikke med Eritrea. Jemen hadde også en grensekonflikt med Saudi-Arabia, men denne ble løst fredelig i 2000 ved inngåelsen av Jiddah-avtalen. Imidlertid er fortsatt forholdet mellom Saudi-Arabia og Jemen noe anstrengt. Den 25. desember 2009 ble det oppdaget at en nigerianer trent i Jemen av Al-Qaida hadde gjennomført et mislykket forsøk på å sprenge et amerikansk fly, og i oktober i 2010 ble det oppdaget at medlemmer av Al-Qaida hadde prøvd å smugle eksplosiver inn i USA fra Jemen. Dette har gitt amerikanerne ekstra fokus på Jemen.