Etter nazistenes maktovertakelse i 1933 forlot Musil Tyskland, der han hadde vært bosatt (de siste årene i Berlin), og slo seg ned i Wien. Verk av ham ble brent under bokbålene rundt om i Nazityskland samme år. Da ble et faktum i 1938 ble han nødt til å flykte også fra Østerrike. Han slo seg ned i Sveits, der han døde av et slaganfall i 1942. Ved sin død var han glemt og økonomisk ruinert.