På grunn av suksessen i Øst-Afrika ble Cunningham utnevnt til sjef for den nye Åttende armé i Nord-Afrika i august 1941. Hans første oppgave var fra 18. november å lede general Claude Auchinlecks offensiv igjennom den libyske ørkenen. Felttoget støtte fort på problemer som gjorde at Cunningham ville avbryte felttoget. Hans overordnede delte ikke denne oppfatningen og han ble avsatt. Han returnerte til Storbritannia og tjenestegjorde først som kommandant for forsvarshøyskolen (the Staff College) (1942), så som øverstkommanderende i Nord-Irland (1943) og Øst-England (1944).