Gotham City for 33 år siden: Et foreldrepar finner ut at deres nyfødte barn er vanskapt og kaster ham derfor i elva i en kurv som til slutt ender i kloakksystemet blant en flokk pingviner. 33 år senere har forretningsmannen Max Shreck en visjon om å bygge et nytt kraftverk for å redde byen i framtiden. Han blir så avbrutt av en klovnegjeng hvor han stikker av og havner i kloakken der han blir introdusert til personen som for 33 år siden ble kastet av broen, og som nå er blitt til en bisarr «pingvinskapning». Max Shreck slår seg sammen med Pingvinen og snart utgjør de to en slags kriminell duo som hevder de skal gjøre Gotham City bedre. Pingvinen er imidlertid besatt av hevn etter alle disse årene, og ved hjelp av sin armé av morderiske pingviner han han til hensikt å knuse alt han hater.