Kaare Klint sto for oppføringen av kirken, men den er utført etter et forslag utarbeidet av hans far P.V. Jensen Klint. Jensen-Klint døde i 1930 før kirken kunne oppføres og sønnen overtok arbeidet. Bethlehemskirken ble oppført i årene 1935-37 og innviet 13. februar 1938 av Københavns biskop.