Isabella var datter av Stefan III av Bayern-Ingolstadt og Taddea Visconti av Milano. Karl VI av Frankrikes slektning hertug Johan den uredde av Burgund så et ekteskap som en måte å bygge en allianse mellom Frankrike og det tysk-romerske rike mot England på. I juli 1385 ble hun sendt til Frankrike, offisielt for en pilgrimsferd til Amiens men i virkeligheten for å presenteres for Karl VI, som ville se henne for å avgjøre om han ville gifte seg med henne. Før dette tilbragte hun en tid i sin slektnings hoff i Hainaut for å undervises i fransk etikette.