Den offisielle hovedstaden i territoriet ble i 1856 flyttet til Lecompton, en by som ligger bare 19 km fra Lawrence. I april 1856 ankom en etterforskningskomité fra kongressen Lecompton for å få innblikk i problemene. Flertallet i komitéens rapport fant at valget hadde uregelmessigheter fra Border Ruffians. Men presidenten fulgte ikke komitéens anbefalinger og fortsatte å anerkjenne den slaverivennlige lovforsamlingen som den legitime styresmakten i Kansas. Pierce sendte faktisk føderale styrker den 4. juli 1856 for å bryte opp møtet til skyggeregjeringen i Topeka.