Boone ble født den 22. oktober 1734. Hans fødselsdato blir noen ganger oppgitt til å være 2. november 1734 — som er datoen ifølge den gregorianske kalender som ble innført i hans levetid — men Boone brukte oktoberdatoen. Han var den sjette av elleve barn i en familie av kvekere. Hans far, Squire Boone, Sr. (1696–1765), innvandret til Pennsylvania fra den lille byen Bradninch, Devon, England i 1713. Squire Boones foreldre, George og Mary Boone, fulgte etter sin sønn til Pennsylvania i 1717. Squire, som jobbet hovedsakelig som vever og smed, giftet seg med Sarah Morgan (1700–1777) i 1720, hvis familiemedlemmer var kvekere fra Wales. I 1731 bygde Boones familie en tømmerhytte i Oley Valley, nå Daniel Boone Homestead i Berks County, hvor Daniel ble født.