Et av de største politiske problemene som det uavhengige Estland ble stilt overfor, var hvordan staten skulle forholde seg til den russisktalende minoriteten, som for det meste hadde innvandret i løpet av sovjettiden. Meri og regjeringen ønsket å innrømme dem så få rettigheter som mulig. Mens han ennå var utenriksminister, uttalte Meri overfor USAs utenriksminister James Baker at Estland, som hadde vært okkupert, ikke var noen etterfølgerstat til Sovjetunionen, og følgelig ikke hadde noe ansvar for russerne. Esterne var misfornøyde med at KSSE og Europarådet betraktet russere i tidligere sovjetrepublikker som likeverdige med andre minoriteter.