Mot slutten av 1900-tallet utviklet det seg tre retninger innen klassifikasjon som baserte seg på ulike tilnærminger til hvordan bygge opp klassifikasjonen. Den fenetiske retningen baserer seg på likheter og forskjeller i flest mulig karaktertrekk. Den fylogenetiske (eller kladistiske) retningen ønsker å konstruere et slektskapstre og anerkjenner kun monofyletiske grupper . I en slags mellomposisjon står den evolusjonære taksonomien som i hovedsak baserer seg på den fylogenetiske, men som mener at noen endringer har større betydning enn andre og de vil derfor akseptere parafyletiske grupper (som krypdyr, fisker og karsporeplanter) . Alle tre retningene har hatt tilhengere blant plantetaksonomer og klassifikasjoner basert på alle tre har vært konstruert. Med framveksten av genetiske metoder innen taksonomi ser den fylogenetiske tilnærmingen ut til å ha fått hegemoniet .