Bonnus ble født i Quakenbrück som sønn av en adelsmann, og gikk først på skole i Münster, deretter i Wittenberg hvor han studerte under Martin Luther og Philipp Melanchthon. Han hadde ulike stillinger, blant annet lærer for den danske prinsen i Gottorp, før han i 1531 ble den første superintendenten i Lübeck.