Bacon inntok sin 3. parlamentplass for Middlesex da Elizabeth innkalte parlamentet i februar 1593 for å etterforske et romersk-katolsk komplott mot henne. Bacons motstand mot et lovforslag som ville tredoble subsidier på halve den vanlige tid, fornærmet mange mennesker. Motstanderne beskyldte ham for å søke popularitet. For en tid ble han ekskludert av det kongelige hoff.