De største institusjonene er Blå Kors klinikk Skien, Blå Kors klinikk Lade (Trondheim), Blå Kors klinikk Haugaland (Haugesund), Blå Kors Poliklinikk (Oslo), Blå Kors Behandlingssenter Eina, Blå Kors Behandlingssenter Slemdal og Blå Kors Loland Behandlingssenter (Vennesla). Organisasjonen driver ellers videregående skoler, arbeidstreningstiltak, botilbud og gatenære tiltak, arbeid for barn og pårørende, som Blå Kors Barnas Stasjon, Blå Kors Kompasset og Blå Kors Steg for Steg.