Sovjetunionen utvidet Ukraina vestover i forbindelse med andre verdenskrig og Stalin beordret i 1945 oppløsning av den gresk-katolske kirke. Den russisk-ortodokse kirke støttet Stalins påtrykk for å «gjenforene» den gresk-katolske med den russisk-ortodokse kirke. Brest-unionen av 1596 ble oppløst ved synoden i Lviv i mars 1946. Flere prester og andre troende ble forfulgt og deportert til Sibir. Kirkebyggene ble overlatt til den russisk-ortodokse kirke eller omgjort til annet formål. Gresk-katolikkene fortsatte som undergrunnsbevegelse og i eksil.