Da tyskerne marsjerte inn i Baltikum under andre verdenskrig, slo de fast at karaimene, i likhet med deres allierte krimtatarer, var tyrkere. Etter krigen havnet karaimene i sovjetrepublikken Litauen gjennom den nye avgrensningen. De deltok aktivt i kampen for Litauens uavhengighet. I april 1992 fikk den etniske gruppen karaim en spesiell juridisk status som en religiøs minoritet med en litauisk historie siden 1300-tallet.