Den 16. mai 1916 utnevnte pave Benedikt XV Harty til biskop av Omaha i Nebraska, med personlig rang som erkebiskop. I løpet av sin embetsperiode grunnla den katolske presten Edward Joseph Flanagan ungdomshjelpsinnretningen , som Harty i utgangspunktet var skeptisk til. Senere beundret han Flanagans suksess.