Også de første nakenfrøete plantene (gymnospermer), dukker opp i karbon, og løpet av perm hadde alle våre fire nålevende grupper etablert seg; bartrær, konglepalmer, ginkgo og gnetofytter. Teknisk sett er alle frøplanter som ikke er dekkfrøete, det vil si frøbregnene og nålevende og utdødde gymnospermer, nakenfrøete. Men begrepet begrenser seg som oftest til den monofyletiske gruppen som utgjør nåtidens gymnospermer, som utviklet seg fra en stamform som gjennomgikk en fordobling av genomet (polyploidi) for over 350 millioner år siden.