Han var gift med Julie Emilie Rée (født 1. september 1875 i København, død 1. mai 1952), datter av direktør Edvard Rée. Deres sønn Hans Jorgen Glückstadt (f. 1898) var gift med Ketty Poulsen. Deres datter Ella Glückstadt (f. 1899) var gift første gang i 1920 med Erik (Gebhardt Oskar Frederik) greve Moltke af Nør (d. 1922) og andre gang med godseier og tidligere generalkonsul i Wien Thorleif Paus fra Norge.