I begynnelsen av mai begynte holocaust i Ungarn og ble hele familien tvunget til jernbanestasjonen for å bli fraktet til Auschwitz i kuvogner. Vel fremme ble mennene og kvinnene skilt, og Eggens så sin far for siste gang, som senere døde i konsentrasjonsleiren Mauthausen. Kvinnene måtte gå fem og fem til Dr. Mengele som etter en rask vurdering lot Eggens høygravide mor og hennes yngre søster Judith på 13 år umiddelbart sendes til gasskamrene, mens Magda på 20 år og hennes yngre søster Eva på 18 år ble vurdert som arbeidsdyktige. I september 1944 ble hun og søsteren Eva flyttet til en arbeidsleir for kvinner i Weisswasser og deretter videre til andre arbeidsleirer, til slutt Neuengamme utenfor Hamburg. De to søstrene ble evakuert med den første transporten med Folke Bernadottes hvite busser og ankom Sverige i månedsskiftet april/mai 1945.