Under ektemannens mange fravær, var det Margrethe som sto for godsdriften. I 1697 døde han i paléet på Kongens Nytorv, hvoretter han ble hedret med et veldig gravmæle i Holmens kirke. Etter slaget i Køge bukt hadde Juel brukt rentene av en sum på 4000 riksdaler til veldedige formål. Denne fikk Margrethe i sin enkestand forøket til 8000 riksdaler, blant annet ved å selge paléet til kongens elskerinne Sophie Amalie Moth. Sammen med fru Berte Skeel kjøpte hun deretter Sortebrødregaard i Roskilde med tilhørende gods hvor de i 1699 opprettet et kloster for adelige og ugifte kvinner; . Til utsmykning av klosteret, donerte hun blant annet et maleri av slaget i Køge bukt.