Hermafroditos' navn er avledet fra de til hans foreldre, Hermes og Afrodite. Alle disse tre gudene figurer i stor grad blant mytologiske erotiske og fruktbarhetsfigurer, og de alle hadde tydelige seksuelle overtoner. Tidvis er Hermafroditos referert til som Afroditos. Den falliske gud Priapos var en sønn av Hermes i en del myter, og den ungdommelige guden for seksuelt begjær Eros var sønn av Hermes og Afrodite.