Ari Malla, konge fra 1200 til 1216, skapte det første Malla-riket med utgangspunkt i dalen. Men etter hans tid blei dalen ramma av katastrofer, bl.a. det store jordskjelvet i 1255. Borgerkriger førte til 100 år med oppsplitting. På 1300-tallet førte den store muslimske invasjonen i India til at mange hindu-konger rømte til Nepal og oppretta nye småkongedømmer.