Pessotto skal 27. juni 2006 ha hoppet ut av et vindu i klubbens hovedkvarter. Gianluca Pessotto ble deretter sendt til sykehus med alvorlige skader. Han landet på bakken mellom to parkerte biler etter fallet fra 2. etasje. Gazzetta dello Sport skrev at han ble funnet med en rosenkrans mellom hendene. Dette skal støtte en påstand om et mulig selvmordsforsøk. Konen til Pessotto bekreftet i intervjuer dagen etter hendelsen at det dreide seg om et selvmordsforsøk på grunn av depresjoner. Hans kone bekreftet at Pessotto ikke følte seg god nok for jobben. «Det er en annen ting å være på et kontor enn å være på en fotballbane», hadde Pessotto sagt til hans kone. 17. juli meldte legene til Pessotto at han nå var utenfor livsfare.