I -sesongen ble Patriots mer avhengige av Bradys pasningsspill etter at running backs Corey Dillon, Patrick Pass og Kevin Faulk pådro seg skader. BRady måtte også tilpasse seg til lagets nye center Russ Hochstein og running back Heath Evans. Den 9. oktober, da Patriots slo Atlanta Falcons 31–28, hadde Brady 350 pasningsyards, tre touchdowns, og én interception, og vant AFC Offensive Player of the Week. Brady avsluttet sesongen som #1 i pasningsyards med 4 110, og #3 i touchdowns med 26. Hans passer rating på 92,3 var til da hans nest høyeste, men han tangerte også det høyeste antallet interceptions han hadde hatt i én sesong med 14. Han rushet for 89 yards og hadde fire fumbles, det laveste antallet i sin karriere. Patriots avsluttet sesongen 10–6, og vant sin tredje AFC East-tittel på rad. Han ble utvalgt til sitt tredje Pro Bowl ved sesongslutt.