Banken ble etablert 19. november 1846, og var en sammenslåing av banken Banco de Lisboa og finansieringsselskapet Companhia de Confiança Nacional. I starten hadde ikke banken enerett på utsteding av penger, men fikk 9. juli 1891 enerett på å utstede penger i Portugal, Asorene og Madeira. Banken hadde en noe problemfylt start, men har fra starten av vært en aktiv sentralbank, og hjulpet portugisiske banker som har vært nær konkurs, og på denne måten unngått mange bankkriser. I 1974 ble sentralbanken nasjonalisert, og fikk for første gang også ansvaret for å overvåke landets bankvesen.