Skipet har opprinnelig hatt flatt treloft som ble ødelagt av brann i 1247. Etter brannen ga Esbern Snares datter, fru Ingeborg av Kalundborg, et større beløp til innbygning av de nåværende hvelvene. En særlig kraftig forsterking av murverket i vestenden kunne tyde på at hennes farbror, biskop Absalon, opprinnelig hadde planlagt et tårn mot vest. Denne planen ble imidlertid forkastet eller forhindret av cistercienserne som anså et tårn for unødig pynt.