Rebecque begynte sin tjeneste i Frankrike som fenrik (fransk: sous-lieutenant i et regiment sveitsiske gardister i 1788. Samme året begynte han å skrive en dagbok som han trofast bidro til resten av livet og etterlot derved nyttig kildemateriale for historikere. Den 10. august 1792 ble mesteparten av hans regiment massakrert av franske revolusjonære ved palasset Tuileriene, men han unnslapp. Han vendte tilbake til Sveits hvor han var i militær tjeneste inntil han (som flere av hans forfedre) begynte i tjeneste for De forente Nederlandene i 1793 i prins Frederiks regiment (en yngre sønn av stattholder Vilhelm V av Oranien). Etter De forente Nederlandenes oppløsning, og opprettelsen av lydriket Den bataviske republikk i 1795 gikk han først i britisk tjeneste og fra 1798 i tjeneste for Preussen. Under tjenesten for Preussen underviste han den fremtidige kong Vilhelm II av Nederland i militær kunnskap og bisto han i eksamener som prøyssisk offiser. Da Vilhelm begynte sine studier ved University of Oxford fulgte Rebecque med den unge prinsen og fikk selv et doktorat (æresdoktorat) fra Oxford i 1811.