SV-politiker Inga Marte Thorkildsen har flere ganger uttalt seg kritisk om Evangeliesenteret. Blant annet har hun vært kritisk til Evangeliesenterts fokus på frelse. Hun gikk ut mot Evangeliesenteret og var en av kildene i de kritiske oppslagene i februar 2007 i der det ble framsatt påstander om økonomiske uregelmessigheter i stiftelsen. Sosialminister Sylvia Brustad nedsatte en uavhengig granskningskomite. I rapporten konkluderes det med at Evangeliesenteret må rydde i egen lederstruktur og opprette en internkontroll. Informasjonsleder i Evangeliesenteret, Bjørn Gjellum, sier at rapporten er tatt til etterretning. De ansatte fikk lønn i henhold til en tariffavtale, noe som medførte til at lønningene økte betydelig. Oppryddingen medførte til ekstra kostnader på åtte millioner kroner bare i 2007. Samtidig «straffet» Helsedirektoratet Evangelisenteret for økonomisk rot og kuttet statsstøtten med 25 prosent (seks millioner) i 2008. Evangeliesenteret ble tvunget til nedbemanning og har i etterkant solgt fem av sine behandlingsinstitusjoner. Evangeliesenteret sendte klagebrev til Justisdepartementet med forklaringer og tilbakeviste det som var feil begrunnet i granskningsrapporten. Den 17. juni 2009 ble «klagen tatt til følge» og Evangeliesenteret ble «frifunnet».