I 1657 lot Stuyvesant, som ikke tolererte full religiøs frihet i religionen, og spesielt tilstedeværelsen av kvekere, Robert Hodgson – en 23 år gammel mann som hadde konvertert til kvekerne og hadde blitt en innflytelsesrik forkynner – bli offentlig torturert. Stuyvesant ga deretter en forordning at enhver som ble funnet skyldig i å skjule kvekere ville bli straffet med bøter og fengselsstraff. Dette førte til en protest fra borgerne i Flushing, Queens, som siden har blitt kjent som «Protesten i Flushing», betraktet av noen som en forløper til bestemmelsen i USAs grunnlov om religionsfrihet i deklarasjon om rettigheter.