Deretter ble han utnevnt til jordbruksminister i Den irske republikk, fulgt av posten som utenriksminister. I 1921 ble han valgt av det andre Dáil som en av forhandlerne som skulle til England for å drøfte en traktat med britene. Han signerte motvillig traktaten i desember samme år, og forsvarte dette med at det var «det minste av to onder som ble påtvunget meg, mellom hvilke jeg måtte velge». Under den irske borgerkrig stod han på Eamon de Valeras side som traktatmotstander.