Det finnes fortsatt noen uavhengige prebyterianske kirker. Blant disse finner man Free Church of Scotland (menighetene som ikke var med på sammenslåingen i 1900), United Free Church of Scotland (menighetene som ikke var med på sammenslåingen i 1929), Free Presbyterian Church of Scotland (brøt ut fra Free Church of Scotland i 1893), Associated Presbyterian Churches (dannet ved splittelse i Free Presbyterian Church of Scotland i 1980-årene) og Free Church of Scotland (Continuing) (brøt ut av Free Church of Scotland i 2000).