De politiske, økonomiske og sosiale reformene som ble gjennomført i løpet av Den bataviske republikks relativt korte eksistens fikk varig virkning. Den konføderale strukturen til den gamle nederlandske republikken ble endelig erstattet av en enhetsstat. For første gang i nederlandsk historie hadde den forfatningen som ble vedtatt i 1798 en virkelig demokratisk karakter, til tross for det faktum at den ble vedtatt via et statskupp. For en tid ble republikken styrt demokratisk, men med statskuppet av 1801 kom et autoritært styre til makten etter en endring i forfatningen. Minnet om det korte eksperimentet med demokrati bidro til å føre til en smidig overgang til en mer demokratisk regjering i 1848 hvor forfatningsendringen til Johan Rudolph Thorbecke begrenset kongens innflytelse og makt. Med Den bataviske republikk ble en form for administrativ regjering introdusert for første gang i nederlandsk historie, og mange av de nåværende regjeringsdepartementene kan datere sin historie tilbake til denne perioden.