Eger led under husittkrigene og den svenske invasjonen under tredveårskrigen. Under tredveårskrigen ble den bøhmiske feltherren Albrecht von Wallenstein myrdet i Eger av egene offiserer. Pantsettelsen ble aldri innløst og i 1806 ble byen innlemmet fullstendig i Böhmen som da var østerriksk kronland.