Den 4. januar 2006 ble FMT opprettet som følge av forsvarsforliket 2005–2009. FMT erstattet de tidligere materiellkommandoene i hver forsvarsgren – Hærens Materielkommando, Søværnets Materielkommando og Flyvematerielkommandoen – samt Forsvarets Forskningstjeneste, i et forsøk på å ruste Forsvaret til utfordringene i nåværende og fremtidige oppgaver.