Margolyes begynte å bli lagt merke til av et mye yngre publikum da hun spilte som tante Sponge i James and the Giant Peach; hun ga også stemme til Glow Worm i den samme filmen. På denne tiden hadde hun også en rolle i de animerte reklamefilmene for Cadbury's Carmel barer og hun ga stemmen til den snakkende hunden i den animerte filmen Babe. Hun spilte professor Sprout i filmen i 2002.