Ved det neste presidentvalget, i 2001, fikk den da 69 år gamle Sjibirov mindre enn 20% av stemmene og ble utlått i første valgomgang. Eduard Kokojty fikk 48% og Stanislav Kotjijev fikk 25%. Kokojty vant i andre valgomgang og etterfulgte Sjibirov som president.