Det er en rekke indisier som peker på at Elizabeth Báthory var utsatt for et komplott, blant annet at Thurzo diskuterte straffereaksjoner mot henne før det forelå noen resultater av undersøkelsene, og at disse reaksjonene også innebar at kongen fikk eftergitt en betydelig gjeld – som han var ute av stand til å dekke – av Báthory-slekten. I tillegg hadde man ventet i åtte år fra de første innkomne klager til man gikk til handling mot grevinnen. Komplott-teorien, som imøtegås av noen skribenter, går også ut på at undersøkelsene og den påfølgende tiltalen hadde politiske motiver, idet de religiøse spenningene (som snart skulle føre til Tredveårskrigen) var betydelige på denne tiden, og Elizabeth, som var protestant, sto i opposisjon til den katolske Habsburg-slekten. Om Báthory var blitt funnet skyldig, ville hennes betydelige eiendommer i Transilvania tilfalt habsburgerne, slik at Thurzo var i en sterk posisjon til å forhandle frem et utfall av rettssaken som på den ene siden ikke førte til offentlig skandale for Báthory-slekten og på den annen side gavnet kronen økonomisk og politisk.