Hans første ishavstur var i 1843 som bestemann hos J.H. Ludvigsen fra Hammerfest. Carlsen tok styrmannseksamen med beste karakter i 1846, og samme året fikk han ansvaret for sin første skute, «Alexander». Senere seilte han med skonnerten «Nordpolen» mellom Tromsø og ulike havner i Sverige, England og Nord-Tyskland.