Et annet betydelig bidrag til kristendommen var opprettelsen og organiseringen av monastisisme, som er hengivelse til dedikert åndelig liv, enten i askese og ensomhet, eller i klostre med meningsfeller. Verdensomfattende kristen monastisisme stammer direkte eller indirekte fra det egyptiske eksempelet. De meste framtredende figurene i denne retningen eller bevegelsen var Antonius den store, Paulus av Theben, Makarios egypteren («lampen i ørkenen»), Shenoute og Pachomios. Ved slutten av 400-tallet var det hundrevis av klostre, og tusenvis av celler og grotter spredt utover den egyptiske ørkenen hvor eremitter hadde trukket seg tilbake fra sivilisasjonen. Siden da har pilegrimer besøkt og oppsøkt ørkenfedrene for å etterligne deres åndelige og disiplinerte liv. Basilios den store, erkebiskop av Cæsarea Mazaca, og grunnlegger og organiserer av klosterbevegelsen i Anatolia, besøkte Egypt en gang rundt 357 og hans klosterregler er fulgt av de østlige-ortodokse kirker. Hieronymus, som oversatte Bibelen til latin, kom til Egypt på sin reise til Jerusalem i tiden rundt 400 og etterlot detaljer om sine erfaringer i sine brev. Benedikt av Nursia grunnla benediktinerordenen på 500-tallet på modellen til Pachomios, skjønt i en strenger form. Koptiske kristne praktiserte mannlig omskjæring som et overgangsrituale.