Som følge av politisk uro måtte han 1849 flykte til Frankrike. Derfra dro han ubemidlet til Konstantinopel. På grunn av sine gode språkkunnskaper — Peters behersket i tillegg til en rekke europeiske språk også gammelgresk, latin, klassisk hebraisk, arabisk, persisk og tyrkisk — ble han ansatt som vitenskapelig rådgiver for Reshid Pascha, sultan Mejid IIs storvesir.