Muir ble kjent for å være en økologisk tenker, politisk talsmann og religiøs profet, hvis skrifter ble en personlig guide inn i naturen for mange mennesker, noe som gjorde navnet hans «nesten allestedsnærværende» i den moderne miljøbevisstheten. Ifølge forfatter William Anderson eksemplifiserte Muir «arketypen av vår enhet med jorden», mens biograf Donald Worster har sagt at Muir mente at hans oppdrag var «redde den amerikanske sjelen fra total overgivelse til materialisme». Den 21. april 2013 ble den første John Muir-dagen feiret i Skottland, som markerte 175-årsjubileet for hans fødsel, og hyllet naturverneren. I hans fødeby Dunbar har han blitt hedret på mange vis, blant annet institusjoner og skoler som har blitt oppkalt etter ham.