Jon Gunnes i Venstre uttalte i 2018 at man bør vurdere å prioritere utbedring av strekningene (blant annet rassikring og eksisterende tunnler) mellom fjordkryssing på broer og tunneler først. SVs talsmann Arne Nævra mener utbedring av fylkesveiene, rassikring, midtdeler, og gang- og sykkelsti er bedre bruk av pengene. SV i Hordaland frykter at Ferjefri E39 vil gå på bekostning av oppgradering av jernbane Bergen-Voss og E16 på samme strekning. Miljøpartiet De Grønne i Rogaland mener at ferjefri E39 hindrer overføring av tungtransport fra vei til sjø. MDG ønsker å bruke mer på vedlikehold av eksisterende veier i stedet for nye anlegg.