Spilleren kan drepe the Master eller sprenge militærbasen i en hvilken som helst rekkefølge. Når begge disse oppgavene er utført, sendes man direkte til et filmklipp hvor hovedpersonen har returnert til Hvelv 13. Her blir vedkommende fortalt at handlingene hans eller hennes har endret for mye, og at tilbakekomsten vil kunne inspirere flere av innbyggerne i Hvelv 13 til å forlate hvelvet. I stedet for å bli belønnet for handlingene, blir derfor hovedpersonen forvist av hvelvets leder til ørkenen, til hvelvets beste. Det finnes også en alternativ avslutning. Denne finner sted dersom spillerens karakter har svært negativ karma eller har «Bloody Mess» som karaktertrekk, og viser at spillerkarakteren skyter tilsynsmannen med en håndpistol etter å ha blitt fortalt at hen er forvist.