Hoernle ledet på sine eldre dager Asiatic Society of Bengal før han pensjonerte seg i Oxford. Det var i hans tid der at han mottok, ble lurt av og publiserte en bok basert på forfalskede khotanesiske manuskripter, produsert av Islam Akhun og videreformidlet gjennom den britiske konsulen George Macartney. Sannheten om disse manuskriptene ble avslørt for ham av den ungarske oppdagelsesreisende arkeologen Aurel Stein. Hoernles rykte overlevde likevel denne avsløringen, og hendelsen ble utelatt i hans biografiske omtale.