Sultanatet blomstret særlig sent i det 12. og tidlig i det 13. århundrer da det vant nøkkelhavner fra Østromerriket langs Anatolias kyster ved Middelhavet og Svartehavet. Innenfor Anatolia fremmet seldsjukkene handel gjennom et program av bygging av karavanseraier som skapte en strøm av varer fra Iran og Sentral-Asia til havnene. Særlig sterke handelsbånd hadde sultanatet med Genova som ble opprettet i denne perioden. Den økede velstanden gjorde det mulig for sultanatet å absorbere andre tyrkiske stater som ble etablert i det østlige Anatolia etter slaget ved Manzikert: danishmendene, Mengücek, Saltuklu og Artuklu. Seldsjukksultanene tok hovedstøyten av korstogene, men bukket under for de fremrykkende mongolene i 1243. Seldsjukkene ble mongolenes vasaller, og til tross for forsøk fra dyktige administratorer på å opprettholde statens integritet, disintegrerte sultanatet i løpet av det 13. århundre og hadde fullstendig forsvunnet i løpet av førte tiår av det 14. århundret.