Ved sin egenmektighet og påståtte arroganse støtte Meri en del parlamentarikere fra seg. De partiene som stod bak ham, mistet flertallet ved parlamentsvalget i 1995. Da presidentvalget i 1996 skulle holdes i Riigikogu, var utfallet uvisst. Hverken Meri eller utfordreren Rüütel klarte å få de påkrevde to tredjedeler av stemmene i Riigikogu, så valget gikk videre til et større valgmannskollegium, hvor det var tilstrekkelig med et simpelt flertall. Flere kandidater ble foreslått. Meri ble gjenvalgt til «svak og høflig applaus». Han ble langt mer populær i sin siste presidentperiode.