Han giftet seg i København i 1852 med Anne Marie Nicoline Kjærgaard, datter av skipsfører Paul Christian Kjærgaard og Maren Margrethe Nolsøe. Hennes morfar var Jacob Nolsøe, forvalter ved den kongelige monopolhandelen i Tórshavn. Hennes søster Anne Cathrine Jacobine Pauline var gift med Enok Bærentsen, som også ble Winthers etterfølger i Folketinget.