Samtidig var Emilio Aguinaldos styrker langt mer seierrike på sin side, og erobret den ene byen etter den andre i provinsen Cavite. Men i Manila og på det frontavsnittet Bonifacio opererte, gikk det dårlig. Spanjolene henrettet sin fremste fange, Jose Rizal, den 30. desember 1896, den 4. januar 1897 skjøt de en gruppe fanger, og den 11. januar 1897 nok en gruppe på 13 fanger, Numeriano Adriano, Geronimo Medina, José Dizon, Domingo T. Franco, Eustacio Mañalak, Benedicto Nijaga, Ramon Padilla, Braulio Rivera, Francisco L. Roxas, Faustino Villaruel, Moises E. Salvador, Luis Enciso Villareal og Antonio Salazar, som regnes som filippinske nasjonalhelter i dag – ikke alle med like full rett. I februar ble enda en gruppe fanger henrettet. På en måte aksentuerte dette i samtiden kontrasten mellom de to militære ledere, i Aguinaldos favør.