Samtidig hadde Mossad oppsporet Eichmann og Josef Mengele, en lege og SS-offiser som utførte ekstreme eksperimenter på konsentrasjonsleirfanger, i Argentina. Mossads daværende leder Isser Harel hevdet i 1991 at Wiesenthals arbeid ikke bidro til arrestasjonen av Eichmann, men satte operasjonen i fare, og forhindret en planlagt arrestasjon av Mengele, Den amerikanske historikeren Deborah Lipstadt skrev i 2011 at Wiesenthal ikke spilte noen direkte rolle i oppsporingen av Eichmann.