Jerry Rice returnerte for -sesongen, som skulle bli den nest mest produktive sesong for en angrepsrekke i ligaens historie. San Francisco avsluttet sesongen 12–4, deres 16. positive sesong på rad (alle med 10 seiere eller fler), og sikret seg en Wild Card-plass i sluttspillet. De møtte igjen Green Bay Packers, men skulle denne gangen sikre seg en seier, 30–27, etter en touchdown med tre sekunder igjen av kampen. Sluttspillet var derimot over etter divisjonrunden, hvor de tapte 20–18 mot Atlanta Falcons.