I årene 1986 til 1995 var Hallén instituttsjef ved Norsk institutt for by- og regionforskning (NIBR), og før dette var han forsker samme sted siden 1978. Deretter var han områdedirektør for kultur- og samfunnsforskning i Norges forskningsråd fra 1995 til 2003. Han arbeidet også i det tidligere Norges allmennvitenskapelige forskningsråd (NAVF). I dag er han styremedlem i Nordisk institutt for studier av innovasjon, forskning og utdanning.