Discovery-ekspedisjonen skulle i likhet med ekspedisjonene til Ross og Borchgrevink arbeide i området rundt Rosshavet. Andre områder på kontinentet hadde blitt vurdert, men prinsippet som ble fulgt var at «for å gå for det ukjente, skulle de starte med det kjente». De to hovedmål med ekspedisjonen ble oppsummert i komiteens «instruksjoner til kommandøren» som: «å så langt som mulig bestemme karakter, beskaffenhet og utstrekning av den delen av sydpollandet som omfattes av ekspedisjonen», og «å foreta magnetiske undersøkelser i de sørlige regionene sør for den førtiende breddegrad, og å utføre meteorologiske, oseanografiske, geologiske, biologiske og fysiske undersøkelser og forskningsoppgaver». Instruksjonen fastslo at «intet av disse målene skulle ofres til fordel for noen av de andre».