I 2004 flyttet den nye manageren Rafael Benítez Jamie Carragher fra backplass til midtstopper som ny partner for Hyypiä i midtforsvaret. Dette så ut til å gi Sami nytt liv, og laget fikk en suksessfull sesong, blant annet ved å vinne Mesterligaen, delvis basert på deres solide forsvarsspill. 10. august 2005 ble det meldt at Hyypiä hadde forlenget kontrakten sin ut sesongen 2007/08.