Som junior spilte Harper i syv av ni kamper for laget, hvor tre var som startende venstre halfback. Han ledet laget på løp i 1958, med 309 yards på løp samt 131 yards fra pasninger, 60 på returnering av avspark og 33 på returnering av punts. I en kamp mot Minnesota Golden Gophers i oktober 1958 scoret Harper en kampvinnende touchdown på første play i andre halvdel med et 58-yard løp. Harper var også lagets punter; han hadde et 61-yard punt mot Michigan State Spartans i oktober 1958.