Regjeringen fikk kort levetid og ble tvunget i eksil da republikanerne tapte den spanske borgerkrigen. Regjeringen forble i eksil i USA og ble ledet av Jesús María Leizaola etter Aguirres død i 1960. Den ble ikke formelt oppløst før de nye statuttene om autonomi ble godkjent etter Francos død i 1979.