En raskt voksende sovjetisk innflytelse, politisk undertrykkelse og sterk motstand mot reformene, førte til et omfattende opprør i landet mot det marxistiske styret ledet av Noor Mohammed Taraki. I 1979 arresterte, utviste og henrettet regjeringen mange mujahedin, såkalte «hellige muslimske krigere». I løpet av 1978 og 1979 henrettet regimet mellom og mennesker, hovedsakelig i det beryktede Pul-e-Tsjarki fengsel i Kabul. Amerikanske CIA og Pakistans ISI støttet opprørsstyrkene finansielt på grunn av deres motstand mot den kommunistiske regjeringen. USA ønsket også å fremprovosere en sovjetisk intervensjon, da president Jimmy Carters rådgiver Zbiegnew Brzezinski ønsket å gi Sovjetunionen «sin vietnamkrig». Taraki ble drept den 14. oktober 1979, og ble erstattet med statsminister Hafizullah Amin i en maktkamp. Amin intensiverte reformene og den politiske undertrykkelsen, noe som bidro til sterkere motstand.