Naigeon vanket i Paul Henri Thiry d’Holbachs debattsalong og ble Holbachs sekretær med oppgave å redigere og overvåke trykkingen av Holbachs ateistiske skrifter i Amsterdam. Videre var Naigeon medarbeider på Diderot og Alemberts , og ble seinere ansvarlig for den filosofiske delen av , en bearbeiding, utvidelse og oppdeling av i ulike fagleksika. Her forfektet Naigeon fatalistiske, materialistiske og ateistiske ideer, hovedsakelig i artiklene om Anthony Collins, Tommaso Campanella, Giulio Cesare Vanini og Jean Meslier.