Sanner er gift med journalist Solveig Barstad (1966–), kjent som programleder for og . Paret traff hverandre da de begge var aktive i Unge Høyre i 1980-årene. Sanner er dermed svigersønn av jordskiftedommer Helge Barstad (1928–2012) og svoger av statssekretær Hilde Barstad (1961–), som begge også har vært Høyre-politikere.