De tre slår seg til og Kohta begynner å bry seg mer og mer om Nyu, uten å være klar over at institusjonen som Lucy/Nyu rømte fra er i full gang med å sende ut både soldater og andre diclonius-agenter for å fange eller drepe henne. Samtidig begynner Kohta sakte å gjenopplive noen meget smertefulle minner fra sin fortid, minner som løper tett sammen med Lucys tragiske og blodige barndom. Det avsløres også at den fredelige, barnslige personligheten Nyu, forvandles tilbake til Lucy når hun blir rammet av kraftige slag mot hodet eller blir utsatt for et angrep. Første gang dette skjer er hun på nippet til å drepe Kohta med vektorene (de telepatiske armene) sine, men gjenkjenner Kotha og stanser i siste øyeblikk. Kohta er fullstendig uvitende om dette (fordi vektorene er usynlige) og fortsetter å gi husly til Lucy/Nyu.