I slutten av oktober omringet indonesiske sikkerhetsstyrker og militser kirken. Aktivisten Sebastião Gomes ble skutt og blødde i hjel. Silva holdt en begravelsesmesse for Gomes 12. november. Begravelsesfølget til Santa Cruz kirkegård ble til en fredelig demonstrasjon med flere tusen deltakere. Det indonesiske militæret åpnet ild mot demonstrantene på kirkegården og drepte minst 271 mennesker. Opptak av Santa Cruz-massakren vakte raseri rundt om i verden og satte Øst-Timor-konflikten tilbake på den politiske dagsorden. Silva ble gjentatte ganger forhørt av militære sikkerhetsstyrker i løpet av de påfølgende ukene. Han ble anklaget for å være hjernen bak demonstrasjonene, selv om han understreket at han bare var interessert i sine religiøse plikter som prest, og dette ville involvere timoresere av enhver politisk overbevisning, så vel som kristne indonesere. Til tross for dette ble han gjentatte ganger truet med fengsel og det som er verre.