Hovedmålet i spillet er å få tak i forskjellige deler til romskipet, ved å bruke de tre variantene av Pikmin som er tilgjengelig i forskjellige kombinasjoner. Kaptein Olimar oppdager flerfargede hybrider mellom planter og dyr, som villig følger Olimars ordre og hjelper ham med å gjenopprette delene han trenger. Alle de tre Pikmin-fargene som Olimar oppdager, må benyttes for å overvinne forskjellige hindringer og gjennomføre hele spillet. Pikmin-skapningene kommer i tre farger: Rød, gul og blå. Den røde Pikmin er den første typen som finnes i spillet, motstandsdyktig mot brann og den sterkeste Pikmin i kamp. Gule Pikmin kan kastes høyere enn de to andre, og kan bære eksplosiver som kalles bombe-steiner. Blå Pikmin er de eneste som er i stand til å overleve under vann.