Den 24. november 1911 ble han utnevnt til biskop av Krakow og den 17. desember samme år bispeviet av pave Pius X; medkonsekrerende var biskopene Augusto Silj og Agostino Zampini O.S.A.. I 1925 ble Krakow elevert til erkebispedømme og Sapieha ble den første erkebiskop der.