Meretskov gikk over til bolsjevikenes side i august 1917, og ble stabssjef for en divisjon av den røde garde (som senere ble Den røde armé). Under den russiske borgerkrigen gikk han på et militærakademi, som han ble tvunget til å forlate flere ganger, slik som å ta kommandoen stillinger der det var desperat behov for ham, blant annet den 1. kavaleriarmé. I løpet av disse slagene, han ble såret og senere dekorert for tapperhet flere ganger. Han ble uteksaminert i 1921. Mellom 1924 og 1931 holdt han en rekke stillinger i Moskvas Militærdistrikt.