Hans forhold til president Sukarno forverret seg etter at Tomo fornærmet presidenten ved å stille ham personlige spørsmål. Etter 1950-åra kom Sutomi igjen fram som en nasjonalist etter det voldelige overgangen til Ny orden på midten av 1960-tallet. Først støttet han Suharto for å erstatte den venstrevendte Sukarno-regjeringen, men senere motsatte han seg aspekter ved Den nye orden. 11. april 1968 (?) ble han arrestert av regjeringa for sin frimodige kritikk mot korrupsjon og maktmisbruk, og da han fem år senere ble sluppet fri fortsatte han sin høylytte kritikk. Han sa han ikke ønsket å gravlegges i siden den var full av "godværshelter" som ikke hadde våget å forsvare nasjonen i krisetid, mens de i fredstid hadde oppdrett i offentligheten for å skryte av sine bedrifter.