Isaacs ble valgt inn til det første føderale parlamentet i 1901 som en mer kritisk tilhenger av Edmund Barton og hans proteksjonistiske regjering. Han presset på for en mer radikal politikk og han ble mislikt av mange av sine kolleger for en noe selvgode holdning til politikken. Alfred Deakin utnevnte Isaacs til regjeringsadvokat i 1905.