Pohamba tilhører South-West Africa People's Organisation (SWAPO). Han vant presidentvalget i 2004 med 76,44 % av stemmene, mot 7,28 % for den fremste konkurrenten, Ben Ulenga. Pohamba har også vært president i SWAPO fra november 2007. Han tok over fra Namibias frigjøringsleder Sam Nujoma, som landets andre president etter selvstendigheten.