I 1625 kom hele Fastlands-Estland under svensk herredømme. Svenskene beholdt den administrative inndelingen i to provinser. Estland var betegnelsen på kyststripen i nord langs Finskebukta, mens Livland i sør også omfattet deler av det nåværende Latvia. Denne inndelingen besto til inn på 1900-tallet. Kong Gustav II Adolf tvang den tyske adelen til å gi bøndene større frihet, og opprettet et trykkeri og et (tyskspråklig) universitet i Tartu (tidligere ) i 1632.