Mens Sognefjorden blir jevnt dypere fra terskelen mot Nordsjøen og fra de innerste fjordarmene, består Hardangerfjorden i lengderetningen av flere basseng skilt av terskler. Det varierende dyp med flere terskler skyldes trolig varierende bergarter. Den dypeste delen av Hardangerfjord er Samlafjorden mellom Jonaneset (Jondal) og Ålvik med en markert terskel ved Vikingneset i Kvam herad. Ved Huglo og innløpet til Langenuen er det en terskel på omkring 150 meters dyp. Halsnøyfjorden danner et basseng til en terskel ved Otterøy litt innenfor Mosterhamn (Bømlafjordtunnelen går gjennom dette relativt grunne partiet), Bømlafjorden utenfor går ned til mer enn 400 meters dyp. Granvinsfjorden har en bunn omkring 200 meters dybde og bunnen faller ved munningen bratt ned til hovedfjordens bunn slik at Granvinsfjorden danner en hengende dal under vann.