Paul Janssen mottok 22 æresdoktorater. I 1982 mottok han en Gairdner Foundation International Award, i 1989 Jacob-Henle-Medaille. I 1990 ble Janssen adlet til baron av kong Albert II av Belgia. I 2005 ble han valgt til Belgias nest største belgier til alle tider (etter Pater Damien, foran Eddy Merckx).