I 49 f.Kr. brøt romersk borgerkrig ut, Julius Cæsar løslot Alexanders far, Aristobulos II og sendte ham til Judea for å fremme sine interesser der. På reisen dit ble Aristobulos forgiftet og døde. Alexander, som var klar til å støtte ham, ble tatt til fange på ordre av Pompeius, fraktet til Antiokia ved Orontes, og deretter henrettet ved halshugging av Metellus Scipio, svigerfar av Pompeius.