I 1331 ble Nikea erobret av muslimene og lagt inn under Det osmanske rike ved Orhan I. Det førte til at mange av de offentlige bygningene ble ødelagt og deretter ble de gjort til grustak for at muslimene skulle kunne bygge sine moskeer. Da Konstantinopel falt i 1453 var det ingen sjanse lenger for at Nikea kunne bli frigjort og den mistet sin tidligere betydning og framgang. Først på 1600-tallet ble den et senter med den lokale produksjonen av fajansekeramikk.