Karlsen startet karrièren sin som snekker, før han begynte å arbeide i nærradio i hjembyen Halden. Derifra gikk han over til jobb i NRK Østfold og videre over i NRK P3 ved kanalens oppstart i 1993. Han jobbet der blant annet i radioprogrammene og . Etter hvert tok han over ledelsen av markedsavdelingen for NRK Radio.