Fabricius var lærer for og fra 1728 svigerfar til Hermann Samuel Reimarus, som året etter Fabricius’ død publiserte en bok om dennes liv og skrifter. Reimarus overtok Fabricius’ store samling av håndskrifter, hvis alder strekker seg fra 800-tallet til 1700-tallet. Samlingen ble et par år etter Reimarus’ død i 1768 erhvervet av Københavns Universitetsbibliotek. Den ble i 1938 overført til Det Kongelige Bibliotek, i hvis Håndskriftavdeling den fortsatt oppbevares under navnet Fabricius’ Samling.