Senteret har røtter i Sentrum for feministisk teori, kvinne- og kjønnsforskning, som ble etablert ved den daværende Høgskolen i Stavanger (HiS) i 2001, som et tverrfakultært nettverk og interessegruppe for alle med interesse for disse fagområdene ved HiS. Det ble videreført som Nettverk for feministisk teori og kjønnsforskning da høgskolen ble universitet i 2004. Nettverket hadde de første årene en daglig leder i deltidsstilling og i tillegg var det faglige deltidsstillinger ved tre fakulteter som var knyttet til nettverket. Senere fikk nettverket en egen faglig leder (førsteamanuensis/professor) i hel stilling. Nettverkets navn ble senere endret til Nettverk for kjønnsforskning. I 2019 ble Senter for kjønnsstudier etablert som en egen enhet. Dette falt sammen med en betydelig økning i ansatte og prosjekter. Samtidig ble Nettverk for tverrfaglig kjønnsforskning videreført som et tverrfakultært nettverk ved UiS, med Senter for kjønnsstudier som vertskap og kjerne. Per 2022 omfatter senteret og nettverket åtte stillinger ved senteret og 32 forskere i nettverket, med tilknytning til andre deler av UiS.