I tiden da Pasteur begynte sitt virke var det uklart hvorledes prosesser som gjæring og råtning foregikk. Noen mente at gjær var en slags katalysator, andre at gjæren var et biprodukt av gjæringen. Én teori sa at slike organismer oppstod av seg selv, en annen at mikroorganismer måtte tilføres fra noe annet.