Han sluttet tidlig i sin tid som utenriksminister i 1898 fred med Spania og fikk derved avsluttet den spansk-amerikanske krig. McKinley hadde ikke helt bestemt seg om USA skulle tilegne seg de filippinske øyer, men gikk så inn for det. Da sendte Hay instruksjoner om dette til William R. Day og landets andre fredsforhandlere i Paris om at de skulle insistere på dette.