Europeiske sjøfarende brakte også med seg sykdommer som reduserte folketallet på øyene ganske dramatisk, siden øyboerne ikke hadde immunforsvar mot dem. Krig og matmangel bidro også til nedgang i folketallet. Særlig hardt rammet ble Marquesasøyene, med stor befolkningsnedgang fra 1886 til 1923. Sykdommer, alkoholkonsum og introduksjon av skytevåpen i intern krig på øyene bidro til dette. På Gambierøyene hadde franske misjonærer etablert katolskstyrte samfunn. Befolkningen ble satt i sving med byggevirksomhet for kirken, noe som ledet innsats bort fra nødvendig matproduksjon. Folketallet på Mangareva gikk fra 1831 til 1871 ned med en tredel, og en enda større andel ble borte mellom 1871 og 1900.