Connolly fikk sin debut for i en kamp mot den 29. mai 1996. Han ble videre tatt ut i troppen til VM i 2002 av landslagstrener Mick McCarthy, hvor han blant annet misset på straffe mot målvakt Iker Casillas i 16-delsfinalen mot . Han fikk ikke tillit av landslagstrener Steve Staunton i perioden 2006 til 2007, men ble tatt med i Giovanni Trapattonis vurdering i 2008 uten å få spilletid på grunn av skader. Connolly har til sammen spilt 41 landskamper og scoret ni mål.