Skovorodino ble grunnlagt i 1908 som bosetningen (russisk: Змеи́ный) under byggingen av den transsibirske jernbanen. Navnet ble senere endret til (russisk: Невер-I) etter elva byen ligger ved, og i 1911 ble navnet endret til (russisk: Рухлово). Den fikk innvilget bystatus i 1927. I 1938 ble byens navn igjen endret, denne gang til Skovorodino, til ære for A. N. Skovorodin (1890–1920), formann for et lokalt sovjet, som ble drept her.