Philipos ble etterfulgt av patriark Abune Yaqob i 2002, også han hadde først vært erkebiskop i den etiopisk-ortodokse kirken. I 2004 ble Abune Antonios ordinert til kirkens tredje patriark. Han har markert seg som en uredd talsmann mot regjeringens forsøk på å ta kontroll over kirken. I januar 2006 ble Abune Antonios satt i husarrest av regjeringen og erklært for avsatt. Regjeringen oppnevnte Abune Dioskoros som ny patriark. Han ble godkjent av den eritreisk-ortodokse synoden i 2007. De resterende orientalsk-ortodokse kirken (og bl.a. den katolske) anser derimot avsettelsen av Antonios som ikke-kanonisk og godtar ikke Dioskoros som rettmessig patriark.