Etter Napoleons annen abdikasjon, etter de hundre dagene og slaget ved Waterloo, overtok Masséna en kort stund kommandoen over Nasjonalgarden i Paris. Etter at bourbonerne igjen var blitt gjeninnsatt trakk han seg tilbake fra det offentlige liv. Bourbonerne var åpent mistroisk mot ham, og hans helse var svekket. Han trakk seg tilbake til sitt slott i Rueil. På grunn av det fiendskap som var oppstått mellom ham og Ney i Portugal, avslo han å være bisitter under krigsretten mot marskalk Ney.