Indahl ble cand. med. ved Universitetet i Bergen i 1977 og spesialist i fysikalsk medisin og rebabilitering i 1988. I 1999 tok han en doktorgrad med en avhandling om ryggplager. Avhandlingen hadde tittelen «Low back pain - a functional disturbance : physiology and treatment». Deler av doktorarbeidet ble gjort ved Laboratorium for experimentell kirurgi, Sahlgrenska Universitetsjukehus, Göteborg.