Goïta er utdannet ved militærakademiet i Mali og har tjenestegjort som oberst i spesialstyrkene i Malis forsvarsstyrker. I 2018 traff han Mamady Doumbouya fra Guinea under en øvelse for kommandører i regionens spesialstyrker arrangert av US Army i Burkina Faso. Begge disse offiserene skulle senere gjennomføre statskupp mot sine myndigheter.