I nærheten av Modeoheim blir Genesis beseiret av Zack, og Genesis ser tilsynelatende ut til å begå selvmord ved å kaste seg ned i en reaktor. Zack reiser deretter videre til Modeoheim, hvor han finner både Angeal og Hollander. Men Angeal smelter sammen med sine egne klone og muterer til et monster, og tvinger Zack til å drepe ham. Før han dør, gir Angeal ham et Buster-sverd, og ber ham om å beskytte sin ære. Det kommer etter hvert frem at Genesis fremdeles er i live og produserer kloner, hvorav noen allerede har dukket opp i Midgar. Dette tvinger Zack til å returnere, for å hjelpe til med å beskytte Aerith. Han blir deretter sendt, sammen med Sephiroth og Cloud, for å undersøke en Mako-reaktor i nærheten av Nibelheim.