Fra 1529 kommer Norge og biskop Hoskuld i en krigsliknende situasjon. Den tidligere kongen Kristian II plyndret i sitt gamle rike, siktemålet var å overta som konge igjen. På denne tiden begynte også tilhengerne av Martin Luthers lære å gjøre seg gjeldende. Hoskuld klager på lutheranerne. Folkene til kong Christian II lå med skip sør på landet. Esge Bilde ba om støtte fra Hoskuld, men Hoskuld avslo. I 1532 ga Hoskuld penger kong Kristians høvedsmann, men skrev at det var ikke for å støtte kong Kristian, men av frykt for skipene under sin reise til Agder året før. I første halvår 1532 er det bevart en lang rekke med brev til og fra biskop Hoskuld om striden og krigshandlingene da kong Kristian II prøvde å ta kontrollen over Norge. Partene prøvde å få med seg Hoskuld på sin side, men han ønsket ikke å være part i stridene. I juli 1532 ble kong Kristian II tatt til fange. De som hadde støttet kong Kristian - som erkebiskopen, kom svekket ut av maktkampen. Hoskuld som ikke ville ta stilling striden, fikk et forklaringsproblem de neste årene. Ved kongevalget i 1536 var Hoskuld igjen utenfor. Hele det norske riksrådet har valgt Kristian III til konge. Unntaket er biskop Hoskuld - som ikke hadde uttalt seg.