Santa Veneras flagg og våpenskjold er rødt, med en hvit stripe i midten og tre røde fleur-de-lys på stripen. Dette er tatt fra Stormester Alof de Wignacourts våpenskjold. Han styrte øyene fra 1601 til 1622. Flagget ble innført da Santa Venera ble opprettet som kommune i 1993.