Fra 1979 til 1981 studerte Rugambwa filosofi ved Ntungamo Regional Major Seminary i Bukoba. Han ble deretter sendt til Roma for å fortsette studiene ved Det pavelige universitet Urbaniana, hvorfra han ble uteksaminert i 1984 med en bachelorgrad i katolsk teologi. Novatus Rugambwa underviste ved St Mary Minor Seminary i Rubya fra 1984 til 1986.