Storaunstuggu har hatt mange funksjoner opp gjennom tidene, men først og fremst er husets historie nært forbundet med kirka. Etter byggingen av kirka på Aune i 1696 overnattet presten alltid i Storaunstuggu de gangene i året han holdt preken. Det var også her langveisfarende ble innlosjert når de skulle til bryllup, dåp eller begravelse. Storaunstuggu har også vært administrasjonshus for bygdestyre, fattigstell og skole. Øvrighet som lensmann og fut har også hatt tilhold her ved visse anledninger. Blant annet ble det i Storaunstuggu avsagt dødsdom i 1743.