Jens Holmboe var sønn av Hans Jenssen Holmboe (1721–1756) og Birgitte Marie Reinholtsdatter Ziegler (1723–1778), som var datter av Reinhold Ziegler (1677–1729) som eide jernverket i Lesjaverk (etablert 1659). Hans Jenssen Holmboe hadde i 1750 kjøpt jernverket av svigerfarens etterkommere, men døde i 1756 da Jens var kun fire år. Så mora giftet seg med Paul Holst Irgens (1724–1784) som var sjef ved Folldals kopperverk.