Josué startet sin karriere i i 1997 og spilte der 190 kamper før han i 2005 gikk videre til . Der var han med på å vinne Campeonato Brasileiro Série A, Copa Libertadores og VM i fotball for klubblag. Etter å ha spilt 110 kamper på tre sesonger meldte han overgang til i august 2007.