I 1942 ble han leder for NKPs illegale distriktsstyre i Oslo, da han tok over etter Ola Hofmo. Han var også en av dem som sto bak NKPs illegale avis . Nygaard var med å organisere Milorg-grupper, deltok i etterretningsarbeid og skaffet rapporter om tyske troppetransporter til og fra Norge.