Flystasjonen er i dag organisatorisk bygget opp omkring et stabselement med tre forskjellige avdelinger. En operasjonsavdeling, en materiellavdeling og en stasjonsavdeling. Under stabselementet og under kommando av flystasjonens sjef, som har grad av oberst, følger seks selvstendige skvadroner og en bygningsavdeling. Ved forhøyet beredskab kommer ytterligere skvadroner til.