Pave Frans utnevnte ham til patriark av Lisboa 18. mai 2013. Den 21. juni 2013 ble han valgt til president for Den portugisiske bispekonferanse, etterfølgende kardinal José da Cruz Policarpo. Manuel Clemente har vært visepresident siden 2011. Hans periode som president for bispekonferansen ble avsluttet 16. juni 2020.