Saale har sitt utspring i Fichtelgebirge, mellom Bayreuth og Hof i Oberfranken (Bayern). Den snor seg nordover og passerer byen Hof, før den mellom Hirschberg og Blankenberg utgjør en del av grensen mellom Bayern og Thüringen. I Thüringen følger løpet oppdemmede sjøer mellom skogkledde åser. Et stykke før den når byen Saalfeld, er den oppdemmet til en slangeformet innsjø, Hohenwarte-Stausee. Etter Saalfeld når elven Rudolstadt. Her mottar den elven Schwarza, som kommer fra dalen der slottet Schwarzburg ligger, et eldgammelt sete for fyrstene av huset Schwarzburg-Rudolstadt.