Oppstanden mot Tisos regime begynte 29. august 1944 etter at sovjetiske styrker rykket inn i Transkarpatia. Oppstanden ble utløst av at Tiso ville tillate Wehrmacht å rykke inn i landet for å møte de sovjetiske styrkene. Opprørsstyrkene ble dannet av enheter fra den slovakiske hæren og kommunistiske partisaner. Tyske myndigheter deporterte ( ifølge historikeren Leni Yahil) jøder til Auschwitz, Theresienstadt og Tyskland. I tillegg ble flere tusen jøder som hadde gått i dekning eller deltok i opprøret drept av tyske styrker og Hlinkagarden.