Da Gama angrep alle havnebyene langs Østafrikakysten på sin ferd nordover og krevde underkastelse. Fort ble bygget ved havneinnløpene og bemannet for å ha kontroll på dem. Verst gikk det utover Kilwa Kisiwani, som måtte betale store summer i løsepenger for ikke å bli ødelagt. Deretter seilte da Gama med sin flåte til sin venn sultanen av Malindi, der han ble tatt godt imot, og igjen utstyrt med los for å krysse Indiahavet med monsunen. Kort tid etter kapret han et skip som kom fra Mekka og plyndret hele lasten. Skipet var på hjemreise fra pilegrimstur til Mekka, og hadde flere hundre passasjerer, blant annet mange rike handelsmenn. Etter plyndringen av alle deres eiendeler, gav da Gama ordre om at alle passasjerene skulle føres under dekk og sperres inne, og skipet ble satt i brann. Utenfor Calicut ødela han en flåte på 29 skip i et sjøslag 30. oktober 1502, og tvang deretter zamorinen Saamothiri til å signere en fredsavtale som gav gunstige handelsrettigheter for portugiserne.