Under den tyske okkupasjonen av Polen under andre verdenskrig var klosteret sete for en tysk skole og et bilverksted. I 1941 rev tyskerne ned de nærliggende kapellene viet til St. Valentin og jomfru Maria, samt Rafał Chylińskis hus. I 1943 rev de ned det største kapellet i Łagiewniki viet til Herrens forklarelse. Mot slutten av krigen ble kirken og klosteret profanert.