I 1953 ble han personlig sekretær til Opus Deis grunnlegger Josemaría Escrivá (som senere ble helligkåret) og forble så til dennes død i 1975. Fra 1966 var han medlem av generalrådet for Opus Dei. De Álvaro del Portillo i 1975 etterfulgte Escrivá som leder av Opus Dei, ble Echevarría generalsekretær.