Berknerøya ble oppdaget av medlemmer av en amerikansk ekspedisjon under ledelse av Finn Rønne i løpet av Det internasjonale geofysiske året (IGY) 1957–58. De ga den navnet etter den amerikanske glasiologen Richard C. Hubley som omkom i Alaska i 1957, men United States Advisory Committee on Antarctic Names (US-ACAN) fastssatte navnet Berkner Island etter den amerikanske fysikeren Lloyd Berkner som deltok på Richard E. Byrds antarktisekspedisjon i 1928–1930.