Det er mye havert (gråsel) og steinkobbe (fjordsel) på holmene. Holmene rundt Auvær og Sør-Fugløya brukes av haverten, som kasteplass i november, og i hårfellinga i mars. Auvær er også hekkeområde for storskarv og havsule. Auvær er vernet som naturreservat. Mellom 1. april og 31. juli er det forbudt å gå i land på øyene Store Runda og Matskjeret, og å ferdes nærmere enn 100 meter fra hekkekoloniene.