På begynnelsen av 1960-tallet fikk Daniels flere hjerneslag og trakk seg tilbake fra rampelyset. Lyon pleiet henne frem til hennes død i 1971. Hans andre ekteskap var med skuespillerinnen Marian Nixon som han giftet seg med i 1974. Den 22. mars 1979, da ekteparet var på ferietur på et cruiseskip i nærheten av Honolulu i Hawaii, fikk Lyon hjerteinfarkt og døde. Han er begravet i Hollywood Forever Cemetery.