Den 4. juli 1946 ble Stuart utnevnt til USAs ambassadør til Kina. Han samarbeidet med general George C. Marshall i forsøkene på å formidle mellom kommunistene og nasjonalistene. Etter Marshalls avreise fra Kina i januar 1947, endret han den helhjertede amerikanske støtten til Kuomintang til et prosjekt for å få partene til å gå sammen i en samarbeidsregjering. Dette slo feil.