Garnæs grunnla Bertha Garnæs' Handgjerningsskole i et leid lokaler i Ytre Arna i 1888. Hun drev skolen alene, og uten offentlig støtte. Først i 1897 fikk hun hjelp av sin niese Anna Garnæs. I 1890 flyttet hun skolen til Garnes, hvor hun leide første etasje i det private åtteetasjes huset «Fredlund». Samme år reiste niesen hennes til Christiania, og Garnæs fikk to tidligere elever til å hjelpe til med undervisningen. Niesen kom tilbake til skolen i 1891. En gang mellom 1900 og 1905 kjøpte Garnæs en del av gården til sin bror, Rasmus Garnæs. Samme dag som unionsoppløsningen, 7. juni 1905, startet hun byggingen av ny skole på tomten hun hadde kjøpt. Hun fikk heller ikke noe tilskudd til skolen, bortsett fra 200 kroner fra Haus kommune for året 1901, og 500 kroner fra fylket i perioden 1901 til 1905. Skolehuset fikk navnet «Ljosheim», og sto ferdig samme høst. Hun begynner å undervise 26. september. I tillegg til skolehuset ble det bygget et anneks. I 1913 kjøpte hun mer jord, denne gangen av Per Garnes. Hun førte opp både skolehuset og uthuset. Fra 1906 til 1917 fikk hun 1000 kroner i året fra fylkeskommunen, noe som økte til 1500 kroner i 1918, 2500 kroner i 1921 og 3000 fra 1922. Tilskuddene fra kommunen var beskjedne, og hun fikk en tid 50 kroner i året, men i 1929 var det steget til 250 kroner. Skolen hadde egentlig ikke rett på tilskudd fra fylket fordi den ikke var kommunal. I 1927 overtok niesen som rektor, og Garnæs fortsatte som lærer til hun sluttet i 1931.