I 499 f.Kr. brøt det ioniske opprøret ut, igangsatt av Aristagoras i Milet. Ioniske byer kastet tyrannene som perserne hadde satt over dem, dannet et forbund og ba om hjelp fra de andre grekerne. Athen sendte tjue skip og Eretria fem, og flåten hjalp til med å spre opprøret langs kysten. I 498 f.Kr. erobret og brente grekerne Sardis, noe som påkrevde et persisk svar i form av en invasjon. Den greske flåten ble knust i slaget ved Lade i 494 og de joniske byene ble plyndret, selv om de fikk ha demokratiske styrer etterpå.