Banjo-Tooie begynner like etterpå. Mumbo, Banjo, Bottles og Kazooie spiller poker hos Banjo når Gruntilda sine søstre Mingella og Blobbelda plutselig ankommer i deres store gravemaskin. De befrir Gruntilda fra sin grav under steinen ved hjelp av magi. Gruntilda kommer opp, men ettersom det er gått to år er det bare et skjelett som er igjen. Mumbo får øye på dem, og løper for å fortelle det til Banjo. Gruntilda ser ham og løper etter. Hun stopper utenfor huset og lager en stor trylleformel for å drepe dem alle.