Der var fremdeles mange ukjente faktorer. Man visste ikke mye om hvordan rent uran-235 oppførte seg, og det samme gjaldt plutonium – et grunnstoff som først var blitt fremstilt i februar 1941 av Glenn T. Seaborg og hans gruppe. Vitenskapsfolkene på Berkeley-konferansen forestilte seg at man skulle lage plutonium i atomreaktorer hvor uran-238-atomer opptok nøytroner som var blitt utsendt ved spaltning av uran-235-atomer. På dette tidspunktet var det enda ikke bygget noen reaktor, og det var kun svært små mengder plutonium til rådighet fra syklotroner. Selv i desember 1943 var det kun blitt fremstilt 2 mg.