I 1990 kom han tilbake i Lagtinget, denne gangen valgt fra Suðurstreymoy, etter å ha møtt et år som varamann for Jóngerð Purkhús, og ble sittende frem til valget i 2002. Han var Færøyenes finans- og økonomiminister i Jógvan Sundsteins første regjering i første halvår av 1989, og på nytt i Marita Petersens regjering fra 1993 til 1994. I den siste perioden var Ísakson også Færøyenes visestatsminister. Fra 1991 til 1993 var Ísakson ansvarlig redaktør i partiavisen . I sin siste valgperiode på Lagtinget fra 1998 til 2002 ledet han tingets forhandlinger som Lagtingets formann.