Den 9. oktober 2007ble han dømt til livsvarig fengsel av en domstol i La Plata i Argentina for sin befatning med syv drap, 42 bortføringer og 31 tortureringstilfeller. Det ble ført mer enn 120 vitrner under rettssaken, blant annet fredsprisvinneren Adolfo Pérez Esquivel, biskopen og frigjøringsteologen Miguel Hesayne, og presten og menneskerettsaktivisten Rubén Capitanio som hadde studert samtidig med von Wernich på presteseminaret. Vitner sa at von Wernich hadde forhørt dem under tortur og også hadde vært med på skinnhenrettelser. I 2010 ble det kjent at von Wernich utøvet prestelige funksjoner mens i fengsel, som ved feire messe der.