I juni 2020 ble Thaçi anklaget for å ha deltatt i krigsforbrytelser av en særdomstol i Haag. Domstolen ble opprettet i 2016. Den 5. november 2020 trakk Thaçi seg som president på grunn av anklagene. Han ble samme dag tiltalt og satt i forvaring i Haag.