Amazonas har et stort artsmangfold. Bare i brasiliansk Amazonas finnes en sjettedel av hele klodens registrerte plante-, fiske-, fugle- og dyrearter. Frem til nå er om lag 40 000 plantearter, fiskeslag, fuglearter, 429 arter pattedyr, 428 amfibiearter og 378 reptilarter blitt vitenskapelig klassifisert i regionen. Imidlertid fører rovdrift til at det årlig forsvinner et ukjent antall plante- og dyrearter. Mange av disse er fremdeles ikke vitenskapelig registrert. Forholdene for de over 400 urfolksgruppene blir stadig vanskeligere.