Brian Finnegan gikk på og i Ballarat. Deretter studerte han katolsk teologi og filosofi ved i Werribee fra 1963 og deretter ved i Glen Waverley fra 1967. Den 23. mai 1970 ble han ordinert til prest av biskopen av Ballarat, James Patrick O'Collins. I 1977 begynte han å studere ved Catholic University of America i Washington, D.C., hvor han tok en mastergrad i kirkelig administrasjon. I tillegg fullførte han fra 1990 til 1991 doktorgradsstudier i kanonisk rett ved i Ottawa, hvor han tok lisensiat og en mastergrad i kanonisk rett.