Jesper Bech fikk sitt gjennombrudd i FC København, hvor han spilte 37 seriekamper og scoret tol mål. Jesper Bech gikk så til Malmö FF, før Esbjerg fB hentet han sommeren 2006. I Esbjerg fB spilte han 76 seriekamper og scoret 20 mål. Sommeren 2009 gikk Jesper Bech til nyopprykkede Silkeborg på free transfer.