Den første dagen i år 1400 etter islamsk kalender (20. november 1979) tok flere hundre bevæpnede religiøse opprørere kontroll over moskeen. Det var omkring 50.000-100.000 bedende muslimer på området. Moskeen ble frigjort etter to ukers kamp med bruk spesialstyrker, stridsvogner og artilleri, og påfølgende skader på bygget. Hendelsen skal ha vært en viktig inspirasjon for Osama bin Laden og en begynnelsen på hans motstand mot landets regime.