Koret med tresidet avslutning mot øst ble sannsynligvis oppført på slutten av 1300-tallet som avløsning for det tidligere koret. Formodentlig har man planlagt en større ombygning, men byggingen har gått i stå og det nåværende koret har fungert som kor for det tidligere langhuset. Kirken må ha forfalt, for i 1432 ga paven tillatelse til at inntektene fra avlat kunne brukes til renovering av kirken. I 1434 nevnes det at erkebispen av Nidaros satt foran høyalteret i Vor Frue kirke som på det tidspunkt må ha vært ferdigrenovert.