I to perioder (3. januar 1854–6. september 1855 og 3. oktober 1861–desember 1861) var Wynyard regjeringsadministrator siden generalguvernøren i New Zealand var borte. Som administrator åpnet Wynard det første parlamentet i New Zealand den 24. mai 1854. Wynard ble raskt konfrontert med kravene fra det nye parlamentet om at en ansvarlig regjering skulle innføres umiddelbart. En resolusjon ble vedtatt 2. juni som støttet dette kravet, fremlagt av Edward Gibbon Wakefield. Men Wynyard nektet og hevdet at kolonikontoret ikke hadde nevnt ansvarlig regjering i sine sendinger. Det utnevnte utøvende rådet på New Zealand rådet mot å innføre en ansvarlig regjering, og i mellomtiden sendte Wynyard en utsending til London som ba om rettledning. Wynard tilbød så å inkludere noen valgte medlemmer fra parlamentet i det utøvende rådet, og den 1. august krevde parlamentet fullstendig makt til å utnevne ministere. Wynyard nektet, og alle de tre medlemmene i rådet gikk av. Wynyard stengte dermed parlamentet i to uker. 31. august utnevnte han Thomas Forsaith, Edward Jerningham Wakefield og James Macandrew til det utøvende rådet, men da parlamentet møttes igjen, la det frem et mistillitsforslag mot disse tre. Parlamentet møttes den 8. august 1855, og nå hadde Wynyard fått instruksjoner fra kolonikontoret om å innføre ansvarlig regjering. Heldigvis for Wynyard ankom den neste guvernøren, Thomas Gore Browne, den 6. september og avløste Wynyard for hans plikter. Wynyards andre periode som administrator var mye mindre hendelsesrik.