Kaiser-Wilhelm-Koog ligger ved Nordsjøen, lengst vest i den nordlige halvdelen av Ditmarsken, sørvest for Wesselburen og nord for Büsum. Følger man klokken fra nord, grenser Kaiser-Wilhelm-Koog til Friedrichskoog, Kronprinzenkoog og Neufelderkoog, alle i Marne-Nordsjøs amt. I vest ligger Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer.