Pelagius Is pontifikat var underminert av rykter at han på et eller annet visk kunne hatt noe med pave Virgilius' død å gjøre. Og hans ettergivenhet overfor keiser Justinian ble ikke sett på som et pragmatisk trekk, men som at han kanskje tross alt støttet monofysittismen. For å overvinne dette anstrengte han seg desto mer for å opprettholde god ro og orden i Roma, og til å bekjempe misforhold i kleresiet. Hsn arbeidet også for de fattige og for ofrene av hungersnød og krig. Som svar på en henvendese fra kommandaneten av garnisonen i Civitavecchia sendte Pelagius bud til biskop Laurentius av den byen til å stille med prester for hærens sjelesørgeriske behov. Han gis æren for byggingen av basilikaen Santi XII Apostoli i Roma, reist for å feire Narses' endelige seier over ostrogoterne.