Balzaretti begynte sin fotballkarriere i ungdomsakademiet til Torino FC, hvor han fikk sin førstelagsdebut i 2002/2003-sesongen. Etter et par sesonger på utlån hos AS Varese 1910 og AC Siena ble han hentet tilbake til Torino, hvor han i 2004/2005-sesongen var med på å spille laget opp fra Serie B og mot opprykk til Serie A. På grunn av finansielle problemer ble både Torino og FC Messina Peloro utestengt av det italienske fotballforbundet Federazione Italiana Giuoco Calcio (FIGC), noe som gjorde at både Balzaretti og flere andre spillere fikk kontraktene sine sagt opp.