I 2006 gikk turneringen noe annerledes. Igjen møtte Uruguay Argentina i gruppespillet, men det ble med et 1-2-tap. Uruguay tapte en kamp til, men vant de to resterende, og kom til finalespillet. I finalespillet tapte Uruguay igjen for Argentina, denne gangen med to mål, før Uruguay tapte stygt 0-6 for Brasil. Uruguay vant den siste kampen mot Paraguay, og endte dermed på tredjeplass, landets beste plassering. Uruguay ble også med i Pan American games i 2007, der landet kom sist i gruppespillet.