Filippo Santoro ble ordinert til prest for bispedømmet Bari-Canosa den 20. mai 1972. Fra 1974 til 1984 innehadde han ledende stillinger i -bevegelsen (CL) i Puglia før han av bevegelsens leder Luigi Giussani ble sendt som -prest til Brasil og fikk de samme oppdrag der og for CL i hele Latinameriksa frem til 1996.