Han ble erstattet av Vilhelm av Oranien som ny konge og som styrte sammen med sin hustru (Jakobs datter) Maria II. Således ble Vilhelm og Maria, begge protestanter, gjort til felles herskere i 1690. Jakob gjorde ett alvorlig forsøk på å gjenerobre tronene da han gikk i land i Irland i 1689, men etter nederlaget for Vilhelms hær i slaget ved Boyne sommeren 1690 reiste Jakob tilbake til Frankrike. Han levde resten av livet ved et hoff støttet av sin fetter og allierte, kong Ludvig XIV av Frankrike.