De faglig ansatte omfatter toppstillingen forsker I/professor (NKVTS har som praksis at forskere I har bistillinger som professor ved UiO og andre universiteter), mellomstillingene forsker II og forsker III, og i tillegg prosjektmedarbeidere/forskningsassistenter, stipendiater og postdoktorer. I den faglige ledelsen styrer i stor grad forskerne i toppstillingene instituttet kollegialt, slik det er vanlig i instituttsektoren. Legen Cecilie Daae er direktør for NKVTS fra 2023.