Abbe mottok under studiene noe underhold fra sin far, i tillegg prispenger for leverte oppgaver og enkelte stipendier. Han hadde også noe inntekter fra skole- og privatundervisning, men samlet var inntektene små og holdt bare såvidt til livsopphold. I 1863 ble han foreleser i Jena og i 1870 ekstraordinær professor samme sted. Han ble i 1878 utnevnt til direktør både for det astronomiske og det meteorologiske observatoriet i Jena.