Instituttet forsker spesielt på nordnorske forhold og har sterke forskningsmiljø knyttet til samtidsarkeologi, minoritetshistorie, nordområdehistorie, kald krig, urfolksreligion og fenomenologi. De siste tretti årene har instituttet hatt et samarbeid med russiske historikere, og publisert bøker på russisk. Instituttet har også ansvaret for Registreringssentral for historiske data (RHD). RHD er en nasjonal institusjon hvor hovedformålet er å transkribere historiske kilder og gjøre disse tilgjengelig for forskning.