Byen blomstret i lang tid, men ble ødelagt mot slutten av 1600-tallet. I 1897 ble området annektert av Russland og omgjort til en moderne by med fort og garnisoner. Termez var et viktig knutepunkt under den sovjetiske invasjonen av Afghanistan mellom 1979 og 1989. Under den etterfølgende krigen i Afghanistan (1979–1989) var over 100 000 sovjetiske soldater plassert i Termez. I dag brukes flybasen i Termez som base for tyske og nederlandske ISAF-soldater.