Til tross for disse erkjennelser stod miasmeteorien sterkt enn frem til ca 1860: Man ignorerte i medisinske fagkretser lenge oppdagelsen av selveste kolerabakterien (1854, av italieneren Filippo Pacini). Men etter at Robert Koch med Bernhard Fischer og Georg Gaffky bekreftet styrket dette funnet, begynte det å snu.