Hovedstaden har sparsom og uregelmessig nedbør. Sommermånedene mellom oktober og april står for det meste av nedbøren. Gaborone har gjennomsnittlig 40 tordenværsdager, hovedsakelig i sommermånedene, og fire dager med tåke, først og fremst om vinteren. Byen har opplevd tre oversvømmelser siden 1995: en i 2000, en i 2001 som forårsaket skader til en verdi av anslagsvis fem millioner BWP, og en i 2006.