Kirken ble igjenoppbygget etter bybrannen i 1702 og sto ferdig i 1706. I dag har Hospitalkirken en hvitfarget kledning mot Kong Oscarsgate og en karakteristisk grågrønn farge i kledningen mot gårdsplassen. I tillegg er det irrede kobberplater på taket til kirketårnet. Hospitalkirken har tidligere også hatt andre farger. Hildbrand Meyer skrev at han i sine yngre dager mente å huske at kirken var tjæret og at den senere hadde fått en rød oljefarge. Øverste del av spiret, skrev han, ble dekket med kobber allerede i 1763. I en detalj fra Johan Georg Müllers prospekt «Fanabønder på vei til Stadsporten» fra 1796 er kirken fremstilt med en rødlig farge og irret kobbertak. En gang før 1806 ble kirken malt hvit, noe vi kan se i et prospektet av Rådstuen og Hagerupsgården malt av J. C. Dahl, datert 1806. Prospektet viser Hospitalkirkens hvite kirketårn i bakgrunnen. Noe senere fikk kirken den grågrønne fargen den har i dag. Ellers er bygningen stort sett slik den var da den var ferdig. På 1700-tallet var ikke kirken og hovedbygningen forbundet, men ble det trolig da det ble bygget et sakristi i 1862.