I 1535 ble reformasjonen innført på universitetet etter massivt trykk fra fyrstene. Tübingen ble en høyborg for den lutherske ortodoksi. Det evangeliske stift ble grunnlagt i 1536 som et stipendutdannelse for prestestand av hertugen. Johannes Kepler studerte ved Det evangeliske stift i perioden 1589–1594. I perioden 1790–1793 studerte Hölderlin, Hegel og Friedrich von Schelling samtidig i Det evangeliske stift.