Den 24. mai 2003 utnevnte Johannes Paul II ham til biskop av Pathein. Innsettelsen fant sted den 24. august samme år. Fra 2012 til juli 2014 var John Hsane Hgyi også president for Bispekonferansen i Myanmar (MCBC). Etterpå var han leder av bispekonferansens økumeniske kommisjon, og medlem av Office of Social Communication (OSC). Hsane Hgyi døde i juli 2021 i Pathein som et følge av covid-19.