Butenschøn er magister i statsvitenskap fra Universitetet i Oslo, var førsteamanuensis ved Institutt for statsvitenskap fra 1990, og gjesteprofessor ved University of Durham 1993–1994. Han ble utnevnt til professor i statsvitenskap i 2007. I 1997 mottok han Universitetet i Oslos «Læringsmiljøpris», og i 2004 mottok han Universitetsforlagets Idunn-prisen.