Laget har hatt tre perioder med suksess. Den første varte fra 1960 til 1965, da Chargers vant AFL West fem ganger og ligatittelen to ganger. Den andre perioden var fra til , hvor Chargers hadde vinnende sesonger hvert eneste år og vant tre divisjonstitler på rad for andre gang i lagets historie. Den siste perioden varte fra til , hvor laget nådde sluttspillet fem ganger på seks år. I denne periode fikk de også sitt beste sesongresultat, 14–2 i 2006. De har kun nådd Super Bowl én gang, i .