Under andre verdenskrig ble Wilson i januar 1942 sjef for SOEs Scandinavian Section, og dermed også direkte overordnet for det norske kompaniet Norwegian Independent Company No. 1, som senere ble kjent som Kompani Linge. Wilson spilte en sentral rolle i Anglo-Norwegian Collaboration Committee, som fra 1942 koordinerte det tidligere noe haltende samarbeidet mellom SOE og den norske Forsvarets Overkommando.