I VM i Lahtis (2001) testet Myllylä, i likhet med fem andre finske løpere, positivt for dopingmiddelet «hemohes», som kan brukes for å skjule bruk av EPO. Det finske landslaget brukte EPO systematisk under kontroll av den finske landslagslegen. I 2011 innrømte han bruk av EPO.