Etter å ha erobret sin brors hertugdømme etablerte kong Koloman etablerte et tredje bispesete i området for dagens Slovakia, Nitra bispedømme. Kongelig administrasjon av området ble utviklet gradvis i tiden 1000- og 1200-tallet: nye fylker ble etablert ved å dele eksisterende eller utvidelser av andre. Koloniseringen av de nordlige delene av riket fortsatte i løpet av perioden med innflyttere av slavere, ungarere, tyskere og vallonere. Samtidige dokumenter nevner at bosettere fra Mähren og Böhmen kom til de vestlige delene av dagens Slovakia mens de nordlige og østlige delene fikk «gjester» fra Polen og Ukraina. Kongelige privilegiebrev viser at flere familier utviklet lokal adel fra slavisk bakgrunn. Tyske bosettere utviklet bydannelser for framtidige byer som Krupina, Starý Tekov og Banská Štiavnica allerede på første halvdelen av 1200-tallet.