I oktober og november 1941 ble store deler av NKPs ledelse arrestert og fengslet i det tyskerne kalte Kommunistsaken, senere Den første kommunistsaken. Bakgrunnen for arrestasjonene var infiltrasjon av landssvikeren Henry Rinnan. Totalt ble mellom 50-60 personer tatt i opprullingen tidligvinteren 1941. 38 av de arresterte forble sittende i fangeleirer til krigens slutt. I etterkant av kommunistsaken fikk Henry Thingstad et større ansvar for NKPs motstandsarbeid i fylket.