Hōjō var sønnesønn av Hōjō Yoshitoki (北条 義時, 1163–1224), den andre av Kamakura-shōgunatet. Han var også den andre sønnen av krigermunken Hōjō Tokiuji (北条 時氏, 1203–1230). Moren var Matsushita Zenni (松下禅尼), datter av Adachi Kagemori (安達 景盛, d. 1248) fra Adachiklanen. Hōjō hadde fødenavnet Kaiju, men tok navnet Tokiyori den 22. april 1238 – 10 år gammel. På denne måten ble han oppkalt etter Kujō Yoritsune (九条 頼経, 1218–1256). Tokiyori hadde tre søsken: De to brødrene Hōjō Tsunetoki (北条 経時, 1224–1246) og Hōjō Tokisada (北条 時定, d. 1290), og søsteren Hiwadahime (檜皮姫, 1230–1247).