I år 429 erobret vandalene under kong Geiserik bosetningen. I år 533 ble byen del av Østromerriket, og forble østromersk fram til arabiske styrker ødela byen i 681. I år 944 grunnla Buluggin ibn Ziri, herskeren over og grunnleggeren av det berberske dynastiet ziridene, en ny by ved kysten. Faren Ziri ibn Manad hadde tidligere, i 935, bygd et eget hus og opprettet en sanhajisk bosetning i Ashir like sør for Alger. Selv om mye av Zirid-dynastiet hadde falt til den sicilianske kongen Roger II av Sicilia i 1148, hadde ziridene allerede i 1014 mistet Alger til utbryterdynastiet hammadidene. I 1159 mistet hamadidene byen til almohadene, og i det 13. århundret ble den delen av Zayyanid-dynastiet, styrt av sultanene fra Tlemcen. Selv om den formelt sett var en del av sultanatet, nøt emirene av Alger en stor grad av selvstendighet da Oran var hovedhavnen til zayyanidene.