I Songdynastiets tid (980-1279) ble Hainan del av provinsen Guangxi, og nå ankom for første gang virkelig betydelige antall han-kinesere. De bosatte seg for det meste i nord. Under Yuandynastiet (1206–1368) ble øya en egen provins, men i 1370 ble den satt administrativt under provinsen Guangdong av Mingdynastiet. På 1500- og 1600-tallet ankom nye han-kinesiske innflyttere fra Fujian og Guangdong, og trengte li-folkene sørover og opp i høylandet. På 1700-tallet gjorde li-folket opprør mot regjeringen, som svarte med å hente leiesoldater fra miaoområder i Guizhou. Mange miao bosatte seg så på øya, særlig på høylandet i vest.