Jodie Foster har to sønner, Charlie og Kit, som er født i henholdsvis 1998 og i 2001. I 2013 erklærte hun seg selv homofil i en takketale under den 70. Golden Globe-utdelingen, selv om hun verken brukte ord som «homofil» eller «lesbisk» i selve talen. Broren hennes Buddy hevdet imidlertid at hun var lesbisk i en biografi han utga i 1995. Fra 1993 til 2008 var hun sammen med filmprodusenten Cydney Bernard, og i april 2014 giftet hun seg med skuespilleren og fotografen Alexandra Hedison. Foster er ateist og har sagt at hun har «stor respekt for alle religioner» og bruker «mye tid på å studere guddommelige tekster, enten det er østre eller vestlige religioner». Hun og familien ferier både jul og hanukka.