Men den møtte også motstand, ettersom somme anså at thomismen var utdødd. Leo svarte på dette ved å anmode de katolske universiteter om å undervise i thomismen, og ved å grunnlegge et pavelig akademi for å utdanne thomistiske professorer og for å gjenutgi verker om Thomas av Aquino. Pecci fikk ansvaret for dette akademiet, og han fikk også oppgaven å grunnlegge slike akademier på andre steder, som Bologna, Fribourg, Paris og Lowden. I 1879 ble kardinal Pecci utnevnt till første prefekt av Pontificia Accademia Di San Tommaso D'Aquino, som Leo grunnla 15. oktober 1879. Pave Leo utnevnte til akademiets grunnleggelse tretti medlemmer av akademier, ti hver fra Roma, øvrige Italia og resten av verden.