Filmen er et portrett av japansk landsbyliv i siste halvdel av 1950-tallet, og handlingen utspiller seg i løpet av en sommer. En universitetsprofessor og hans to døtre flytter inn i et gammelt hus ved skogen, som noen tror er hjemsøkt. Konen hans ligger på sykehuset for å bli frisk fra en alvorlig sykdom. Døtrene hans oppdager «sot-ånder», som de tror er «hybelkaniner». Den yngste av døtrene, Mei, oppdager en liten ånd som leder henne inn i en magisk skog der hun finner en stor skogsånd. Hun kaller den Totoro. Faren hennes forteller at ånden er skogens konge. Bare de som har et rent hjerte kan se åndene i skogen. Fire år gamle Mei bestemmer seg senere for å finne igjen skogens konge. En regntung kveld, mens jentene venter på en buss, møter de en gigantisk Totoro som beskytter seg mot regnet med et stort blad fra et tre. Da den eldste søsteren Satsuki gir Totoro paraplyen sin, blir han glad.