Skyr blir produsert av skummet melk som blir pasteurisert ved høy temperatur og kjølt ned til ca. 35 grader. Deretter blir en blanding av melkesyrebakterier som er særegen for skyr tilsatt og melka blir satt til fermentering i 15–20 timer. Den fermenterte melka blir så varmebehandlet og deretter filtrert for å få ostestoffet ut. Til slutt gjennomgår ostestoffet enda en varmebehandling for å framstille det ferdige skyret.