Hodepinen er ensidig, og legene har en klar oppfatning av at smertene har et opphav fra enten beinstrukturer eller bløtvevet i nakken. Dette kan være strukturer i skjelettet (som ryggsøylen), mellomvirvelskivene, blodårene eller nerver i nakken. Det er også antydet at inflammasjon i ryggmargshinner, nerverøtter eller perifere nerver kan være en potensiell patogenetisk faktor ved cervikogen hodepine.