President Thabo Mbeki kunngjorde at det skulle flagges på halv stang, for å markere dødsfallet til en tidligere regjeringssjef. Det ble tilbudt statsbegravelse, men Bothas familie ønsket ikke å ta imot tilbudet. Den 8. november 2006 ble Botha gravlagt i byen George i Western Cape. Selv om gravferden ikke var bekostet av den sørafrikanske staten, deltok Mbeki i begravelsen som myndighetenes fremste representant.