CFR har vært opphav til en rekke konspirasjonsteorier. Dette skyldes delvis de mange høytstående embetsmenn, politikere og industriledere blant medlemmene, delvis CFRs klausuler om hemmelighold, og en del av årsaken må også kunne sees igjen i de mange utenrikspolitiske sakene CFRs medlemmer har vært direkte involvert i, fra og med Wilsons 14 punkter. En annen faktor som har bidratt er medlemmers overlapping med andre organisasjoner som er utsatt for konspirasjonsteorier. En rekke av CFRs medlemmer er også medlem av organisasjoner som den trilaterale kommisjonen, Bilderberg-gruppen, CEIP, Rockefeller-stiftelsen, RAND og andre. Eksempler på dette er David Rockefeller jr., som har eller har hatt ledende posisjoner i de fleste av disse og som også var med på å grunnlegge flere av dem, George S. Franklin jr., Henry Kissinger, Zbigniew Brzezinski, Cyrus Vance, C. Fred Bergsten, Paul A. Volcker, W. Michael Blumenthal, George H.W. Bush og Elliot Richardson. CFR er på mange måter den perfekte skyteskiven for konspirasjonsteoretikere fra alle deler av spekteret. For venstresiden representerer organisasjonen en sentral lenke mellom USAs økonomiske eliter og USAs utenrikspolitikk. CFR blir den kapitalistiske elitens verktøy for å bygge det amerkanske riket som et internasjonalt undertrykkende forretningsvelde. Organisasjonens kombinasjon av akademikere, politikere og forretningsfolk påvirker studiegruppenes tematikker, hvor publikasjonene fra gruppenes ledere gjerne kommer fra nøye utplukkede og høyt respekterte statsvitere og strateger, og hvor disse publikasjonene fungerer som akademiske rettferdiggjøringer for et verdenssamfunn hvor de multinasjonale selskapene får frie hender. Sett fra høyresiden hjelper det hverken at CFR fra starten av har hatt mange jødiske medlemmer og ledere, eller at den er en del av det såkalte østkyst–etablisementet, fra den siden blir CFR oppfattet enten som noen bestemte velstående jødiske familiers, eller eventuelt som venstreliberales eller kommunisters verktøy for å installere en global verdensregjering. Blant de førstnevnte er dokumentaren fra 2007, mens man kan regne John Birch Society, som mener organisasjonen planlegger en ny verdensorden og en verdensregjering, og som har publisert en rekke bøker rundt dette, blant de sistnevnte. Blant denne gruppen finnes også Aaron Russos film, fra 2006,