Berstad fokuserte i sin forskning og pasientbehandling særlig på mage- og tarmplager, herunder hos pasienter med diagnosen irritabel tarm (IBS). Gjennom sin forskning sådde han tvil om effekten av probiotika, som hadde vært en standardbehandling for personer med ubalansert tarmflora. Han la også frem forskningsresultater som viser hvordan tarmen påvirker hjernen og psyken. En mer kontroversiell hypotese han fremsatte, var at autisme også kan skyldes ubalanse i tarmflora.