Med styreformann William Seawell, fikk Pan Am et innenriksnettverk over natten da det kjøpte National Airlines i 1980. En intensiv budrunde gjorde imidlertid at Pan Am betalte mye mer enn det National Airlines var verdt. Det kombinerte selskapet fortsatte å bygge opp gjeld på grunn av flyflåter som var dårlig tilpasset hverandre, (Pan Am hadde L-1011-fly med Rolls-Royce-motorer mens National hadde DC-10-fly utstyrt med motorer fra General Electric). Rutenettverkene var også dårlig tilpasset hverandre (National hadde fokus på Florida) samt ulike bedriftskulturer. Seawell forsøkte å redde selskapet ved å selge noen av eiendommene. Dette inkluderte salg av Pan Am-bygningen til MetLife i 1981 og hele nettverket av stillehavsruter ble solgt til United Airlines i 1985. Pengene ble brukt for å kjøpe nye fly som Airbus A310 og Airbus A320, selv om A320-flyene aldri ble levert. Pan Am startet også med korte ruter mellom Boston, New York og Washington D.C.. Likevel fortsatte Pan Am å gå med underskudd og kritikk om dårlig service fortsatte å hemme selskapet.