Kjeden ble startet i 1994 av Thomas Pulpan og Steinar Paulsrud, og er inspirert av kaffebartradisjonene på den amerikanske vestkysten. Den første kaffebaren ble startet i et tidligere parfymeri på hjørnet av Thereses gate og Sporveisgata på Bislett. I 1999 kom NorgesGruppen inn på eiersiden da de kjøpte 1/3 av aksjene. I 2000, startet Kaffebrenneriet sitt eget bakeri, Kaffebakeriet, som leverer bakevarer og sjokolade til alle utsalgsstedene.