Alle funn av Pekingmennesket fra denne perioden gikk tapt i uroen under Andre verdenskrig. Takket være Weidenreichs detaljerte tegninger og fordi han fikk laget høykvalitets avstøpninger av alle fossilene, er vitenskapelige versjoner av fossilene fortsatt tilgjengelige – om enn kun for i svært begrenset omfang - selv etter tap av originalene forble funn mulig. Som så mange andre amerikanske statsborgere forlot Weidenreich Kina som et resultat av den japanske invasjon av Nord-Kina og returnerte til New York i 1941, hvor han fortsatte å motta lønn fra Rockefeller Foundation for sitt arbeid i Beijing.