I offentlig debatt benyttes uttrykket særlig av homofile som oppfatter seg som krenkede eller diskriminerte, av forkjempere for homofiles rettigheter, og i videre forstand i den generelle samfunnsdebatt om hvordan enkelte reagerer på homofile og/eller homofil praksis. Offentlige ytringer negative til homofil praksis eller ordninger som tilkjenner homofile egne rettigheter (likekjønnede par som adoptivforeldre, likekjønnet ekteskap og lignende) omtales ofte som homofobiske. De som har kommet med ytringene mener ofte på sin side at deres uttalelser eller handlinger er basert på prinsipielle religiøse eller politiske fundament og at beskrivelsen derfor er et urettmessig forsøk på å sykeliggjøre dem og deres synspunkter. Eksempler på slik bruk av homofobi-begrepet inkluderer blant annet diskusjonen om hvorvidt trossamfunn som Frelsesarmeen og Misjonsforbundet skulle godta praktiserende homofile som offiserer eller som prester i vigslede stillinger.