Lite er kjent om Staffa i tidlige tider, det er ingen skriftlige kilder som nevner navnet. Den sikreste indikasjonen på at øya lokalt har vært kjent under dette navnet siden middelalderen er at den sveitsiske byen Stäfa skal ha fått sitt navn av en munk fra Iona som en oppkalling. Staffa var eid av klan MacQarry (som også eide Ulva og hadde eiendommer på Mull) fram til 1777. I 1772 levde det en enkelt familie på Staffa, som hadde et magert utkomme fra den skrinne jorda. Ved begynnelsen av 1800-tallet hadde denne familien forlatt øya, tilsynelatende på grunn av de sterke vinterstormene. Øya har ikke vært bebodd siden. I 1800 var øya eid av Colin MacDonald fra Lochboisdale på South Uist. I løpet av 1900-tallet hadde øya flere private eiere, blant dem Alastair de Watteville, som skrev en bok om øya. I 1986 ble øya gitt til National Trust for Scotland av Jock Elliot jr., som en kreativ måte å markere sin kone Eleanors 60-årsdag. Et takknemlig NTS ga Eleanor Elliot ærestittelen «Steward of Staffa».