Malmö FF gikk over fra å være amatørklubb til profesjonell på slutten av 1970-tallet, under ledelse av klubbens formann Eric Persson. Malmö FF er en åpen forening, hvor årsmøtet er øverste besluttende organ. Møtet godkjenner regnskap og revisjon, velge styre og leder, samt gjør beslutninger angående inntektene. I 2010 ble Håkan Jeppsson valgt til ny leder etter Bengt Madsen. Foreningens daglige virksomhet håndteres av klubbens fungerende direktør i samråd med klubbens leder.