Johnstone returnerte til Hibs i 1959 for en overgangssum pålydende £6.000. Bobby Johnstone blir best husket for sin første tid med Hibs, selv om han også inspirerte laget til et par utrolige seirer i sin retur. Han hadde lagt på seg i vekt, og var litt mindre bevegelig, men hadde fortsatt fotballferdighetene i behold. Fotballhjernen hans hadde ikke tapt tempo, og hans dyktighet hjalp laget til å score ti mål i en kamp på Firhill Stadium i Glasgow mot Partick Thistle, og 11 mål på Broomfield Stadium mot Airdrie.