Under Henrik III (1216–1272) ble det først fokus på slottets rolle som kongelig palass. Mellom White Tower og elven ble det reist nye kongelige leiligheter. Kongen opprettet også et menasjeri for å ha underholdning innenfor murene. Etter at denne utvidelsen var ferdig, kom Henrik i strid med sine baroner, og følte behov for en ny kraftig utvidelse. Igjen ble arealet fordoblet, denne gang til alle tre sider på land, slik at White Tower ble stående i midten. Det kom også opp en ny ringmur og vollgrav.