Et trekk med den spesialiserte håndverkstradisjonen er at den skjedde i urbane områder. Byområdene ble sentrum for byttehandelen av produktene fra håndverk og jordbruk. Byområdene var en forutsetning til Egypts utvikling til en stat. Det var i de urbane områdene at en elite og en overklasse oppsto, noe som vises i gravfeltene. Den overdådige egyptiske dødskulten ble dannet i de tidligste fasene av det forhistoriske Øvre Egypt. Gravkamrene ble større og rektangulære, og gravgodset ble rikere og mer omfattende. Den egyptisk kongemakten hadde sitt opphav i eliten innenfor Naqadakulturens siste fase. I tillegg til Nekhen er det avdekket store gravplasser framfor alt i Thinis ved Abydos. Innenfor Naqada III, den aller siste fasen, omtrent samtidig med foreningen av Øvre og Nedre Egypt, finnes det store gravplasser kun to steder, Nekhen og Thinis ved Abydos. Kun i Thinis er det en kontinuitet av rekken av høvdingegraver fra begynnelsen av Naqada I og fram til gravene til de første kongene av det samlede Egypt.