Den nybyggede kirkens kirkegård var avgrenset av Sankt Annæ Gade og Bådsmandsstræde på den ene siden og Dronningensgade og Prinsessegade på den andre. Disse gatene var imidlertid den gang rent teoretiske, ettersom området fremdeles stort sett var ubebygget. Reelt lå kirken i begynnelsen mellom fyllinger og områder som ennå lå under vann. Kirken hadde også (fra 1711 til 1889) en fattigkirkegård som befant seg et stykke lenger mot sørøst mot Sankt Annæ Gade, på samme side som kirken, men som er helt forsvunnet i dag.