Midwayøyene er tilholdssted for mer enn tre millioner fugler, fordelt på 17 ulike arter. Mest sjelden er gulhodealbatrossen, som det kun eksisterer cirka 2 200 individer av. Cirka 67–70 prosent av verdens bestand med laysanalbatross og cirka 34–39 prosent av bestanden av svartfotalbatross lever også på disse øyene. U.S. Fish and Wildlife Service har dessuten reintrodusert den utrydningstruede laysananden til øyene.