Gården brente under et dansk angrep på svenske besettelsestropper under den skånske krig i 1678. Først i 1725-26 ble Knutstorp gjenoppbygget, i det Otte Brahes sydfløy, hvor murene ennå sto i opptil tre meters høyde, ble innrettet under tak i to etasjer. Den gamle nordfløyen ble derimot revet ned til grunnen, mens de lave sidefløyene fikk stå i et redusert omfang. Hovedbygningens 1700-talls barokkformer ble fjernet i 1843, under en restaurering av C.G. Brunius. Sterkt inspirert av fynske Rygård, ble teglstenhuset tilbakeført til antatte gotiske former med kamtakket blendingsgavl.