Kirken ble alvorlig skadet flere ganger og ble til slutt ødelagt under sassanidenes erobring av Jerusalem i 614. Bygningskomplekset som helhet falt deretter i forfall, selve kirken ble provisorisk restaurert og deretter brukt av kalif Omar til islamsk tilbedelse. Under umajjadenes herredømme ble restene av kirken brukt som byggematerialer.