I oktober 1065 ble Haralds bror Tostig gjort til jarl av Northumbria, og var deretter på jakt med kongen da hans thegner i Northumbria gjorde opprør mot hans styre som de hevdet var undertrykkende. De drepte rundt 200 av hans tilhengere. De fremmet Morcar, bror av Edwin av Mercia, som jarl og inviterte de to brødrene til bli med mens de marsjerte sørover. De møtte Harald ved Northampton, og da Harald gikk med på å diskutere, ble Tostig rasende og anklaget sin bror foran kongen for å ha konspirert med opprørerne. Tostig synes å ha vært godt like av Edvard, som krevde at opprøret ble slått ned, men verken Harald eller noen annen ville kjempe for å støtte Tostig. Edvard ble da tvunget til å gå med på at Tostig ble forvist, og denne hendelsen var antagelig avgjørende til at Tostig oppfattet både Edvard som Harald som sine fiender. Samtidig var det også en stor ydmykelse for kongen, og antagelig hva som var med på å utløse en rekke slag som til sist førte til hans død. Han var for syk til å være tilstede ved innvielsen av Westminister Abbey den 28. desember 1065. Edvard ble raskt sykere, og det synes som om han overlot kongeriket til Harald Godwinson kort tid før han døde den 5. januar 1066. Den 6. januar ble han gravlagt Westminster Abbey, og Harald ble kronet som Englands konge den samme dagen.