Distriktet Malojas nabodistrikter er Hinterrhein og Albula i nordvest, Prättigau/Davos i nord, Inn i nordøst og Bernina i sydøst. Dessuten grenser det til Lombardia (Italia) i øst og i syd. Det fins ingen direkte trafikkforbindelser til distriktene Hinterrhein eller Prättigau/Davos. Forbindelsen til distriktet Albula skjer over Julier- eller Albulapasset eller gjennom Albulatunnelen (jernbarne). Jernbane- og veiforbindelsen til distriktet Bernina går over Berninapasset.