Selv om forholdene var dårlige var det Moss Jernverk som i disse årene ga overskudd til fideikommisset, mot slutten av krigen var det basert på tømmeret som sagene leverte. Når det gjelder selve verket, var masovnene ikke i drift fra april 1812 til juli 1814, produksjonen i smiene ble drevet med jern fra lager eller fra andre norske jernverk, særlig Hakadals verk. Forsyningsproblemene var store grunnet blokaden fra den britiske flåten, den lokale rederen David Chrysties brigg «Refsnes» ble for eksempel oppbrakt under forsøk på å hente en større last med korn i Aalborg.