A5000 hadde innledningsvis den nye 3.0-versjonen av RISC OS, og selv om flere programfeil ble oppdaget, ble de fleste enhetene levert med RISC OS 3.10 eller 3.11. Som før, kunne eldre maskiner bli oppgradert til det nye operativsystemet, dog måtte enkelte modeller utvides med et datterkort først.. Tidligere modeller kunne også få oppgradert grafikkmuligheter via en tredjepartsoppgradering.