Med eksplisitt FTPS (som noen ganger kalles FTPES) vil klienten innledningsvis spørre serveren om kryptering er tilgjengelig – med AUTH TLS kommandoen. Deretter forhandler partene om videre detaljer. Klienten kan avslutte umiddelbart dersom kryptering er obligatorisk. Likeledes kan serveren forlange kryptering og avslutte dersom tjenere ikke ber om eller håndterer krypteringen. Den opprinnelige oppkoblingen mellom klient og tjener er kryptert.