I hvilken grad symptomene ved Aspergers syndrom og høytfungerende autisme (autisme uten psykisk utviklingshemning) overlapper, er uklart. Klassifiseringen bunner delvis i hvordan autisme ble oppdaget, og reflekterer muligens ikke spekterets sanne natur. Metodologiske problemer har gjort Asperger-diagnosen omstridt fra starten av. I den femte utgaven av det amerikanske diagnosesystemet DSM (DSM-5), som ble publisert i mai 2013,ble Aspergers syndrom fjernet som en egen diagnose, og lagt under autismespekterforstyrrelser, der alvorligheten av tilstanden graderes på en skala. Samtidig ble terskelen for å få diagnosen økt, noe som førte til at 75 % av personer som ble diagnosisert med Asperger syndrom ikke ville oppfylle kriteriene for autismespekterforstyrrelse. Endringen var kontroversiell og det har vært argumentert for at det i stedet er de diagnostiske kriteriene for syndromet som bør endres.