Etter opprinnelig i 1997 å være etablert med fritt spirituelt siktemål for vandringen, har Pilegrimsleden fra 2011 statlig finansiering. Organiseringen skjedde mot ønsket til primus motor Luthen og det eldre Pilegrimskontoret. Det har ført til to uavhengige organisasjoner som organiserer pilegrimsvandringer i Norge: Det opprinnelige Pilegrimskontoret, og det kirkelig eide Nasjonalt Pilegrimssenter.