Det er ikke helt avklart om Matteuspasjonen ble oppført første gang i 1727 eller 1729. Verket har en tilknytning til den tapte kantaten den såkalte (BWV 244a) komponert i anledning fyrst Leopold av Anhalt-Köthens bortgang og oppført 24. mars 1729). Det er uklart om Trauerkantate er modellen eller parodien til BWV 244. Det som er sikkert er at Matteuspasjonen ble oppført i Thomaskirken i Leipzig under Bachs ledelse den 15. april 1729 (langfredag). Bach omarbeidet deler av verket to ganger i senere år, siste gang i 1736. Matteuspasjonen var ikke særlig påaktet i Bachs levetid. Pietistiske representanter for den evangeliske kirke og borgerskapet i Leipzig var direkte fiendtlig innstilt på grunn av verkets «operalignende» karakter.