Human Rights Watch har blitt kritisert i media og blitt anklaget for å engasjere seg i svak forskning og spre falske rapporter. Robert Bernstein, en gründer og tidligere leder av Human Rights Watch, er en slik kritiker av organisasjonens nåværende forskningspraksis. I en New York Times-artikkel fordømmer Bernstein institusjonen for ikke lenger å legge vekt på skillet mellom åpne og lukkede samfunn. Han argumenterer at dette er spesielt merkbart i rapporter om Midtøsten. Bernstein påpeker at de fleste iranske og arabiske regimer er notorisk autokratiske og lukkede, og ikke tillater intern splid av noe slag, mens Israel er kjent for sin fremtredende fri presse, demokratiske valg og sitt brede utvalg av menneskerettighetsorganisasjoner. Til tross for denne enorme forskjellen mellom regionene, fortsetter Human Rights Watch å bebreide Israel for brudd av folkeretten langt mer enn noe annet land i regionen. Bernstein kritiserer organisasjonen også for å bruke upålitelige kilder i sin forskning, og hevder at rapporteringen «ofte er avhengig av vitner som har historier som ikke kan verifiseres, og som kan vitne til politisk fordel eller fordi de frykter represalier fra sine egne herskere». Dette problemet med institusjonens forskningsmetoder gjør det umulig å vite hvor og når internasjonale lover faktisk blir krenket. I tillegg til anklagene Human Rights Watch har fått for sin dårlig forskningspraksis, er organisasjonen også sterkt mistenkt for bias i sin kritikk, særlig når det gjelder israelske anliggender. Det har vært bred insistering på at organisasjonens konsekvent intense dekning av israelske overgrep og forsømmelse av menneskerettighetsbrudd begått av andre regimer er et problem som må bli konfrontert. Denne tilsynelatende skjevheten er spesielt tydelig når man sammenligner organisasjonens dekning av Israel med sin dekning av Kashmir. Human Rights Watch har i løpet av de siste tjue årene utgitt fire rapporter om dissidenter i Kashmir, et område kjent for mange systematiske mord og over 80 000 konfliktrelaterte dødsfall innenfor denne tidsrammen. Til sammenligning har HRW utgitt fem detaljerte rapporter om Israel innenfor bare fjorten måneder.