I Egypt, Syria, Palestina, Sicilia og Libya styrte de sjiittiske fatimidene i realiteten selvstendig fra abbasidene. På slutten av 1000-tallet begynte også de kristne korstogene i Midtøsten, og frem til slutten av 1100-tallet eksisterte flere små korsfarerstater i Midtøsten. Tiden under abbasidekalifatet så også flere invasjoner fra tyrkiske stammer som var nykonverterte til islam, og i 1258 falt Bagdad til mongolske styrker og flesteparten av abbasidene ble drept. Fra da av eksisterte kalifatet utelukkende i teorien selv om abbasidene beholdt tittelen til 1517.