Shir Ali tok opprinnelig makten da hans far døde, men ble raskt kastet av sin eldre bror, Mohammed Afzal Khan. En ødeleggende krig fulgte inntil Shir Ali slo sin bror og tok tilbake tittelen som emir. Hans styre ble svekket av press både fra Storbritannia og Russland selv om Shir Ali forsøkte å holde Afghanistan nøytralt i konflikten. I 1878 falt nøytraliteten sammen og den andre Anglo-Afghanske krigen brøt ut. Da britiske styrker marsjerte mot Kabul, forsøkte Shir Ali å flykte fra hovedstaden. Han døde i fluktforsøket og tronen gikk til hans sønn Ya'qub Khan.