I 1241-1242 fikk det ungarske kongedømmet et betydelig tilbakeslag på grunn av den mongolske invasjon av Europa. Etter at Ungarns hær led nederlag i slaget ved Muhi, måtte kong Béla IV flykte, først til Østerrike, hvor hertug Fredrik II holdt ham fanget for løsepenger, og senere til Dalmatia i Kroatia. Tatarene (mongolene) la Ungarns byer og landsbyer i aske og slaktet ned store deler av befolkningen, beregnet til rundt 25-30 prosent, før det i 1242 ble kjent at den store Ögedei, Djengis Khans tredje sønn, var død i Karakorum i Mongolia. Bare befestede byer og klostre kunne motstå angrepene. Etter at mongolene hadde trukket seg tilbake, beordret kong Béla byggingen av store steinfestninger for å kunne motstå framtidige angrep fra øst. I 1286 angrep mongolene igjen, men steinfestningene og ny militær teknikk med stor andel av tungt kavaleri stoppet dem. De invaderende mongolene ble beseiret i nærheten av Pest av hæren til kong László IV. Disse festningene viste seg å få stor betydning i de senere langvarige kampene mot Det osmanske rike i de neste århundrene (fra sent på 1300-tallet og framover), men kostnadene gjorde at kongen måtte gi avkall på mye jordegods. Det svekket kongemakten som Béla IV gjorde krav på etter sin far Andreas II.