Da hans svoger, keiser Henrik av Flandern, døde sønneløs i 1216 ble Peter utnevnt til hans etterfølger og han forlot sitt bosted i Frankrike med en liten styrke for å ta sitt nye rike i besittelse. Han ble kronet av pave Honorius III den 9. april 1217 og han lånte så noen skip i Venezia mot å besette havnebyen Durrës og overlate den til venetianerne. Her ble han imidlertid slått, og han valgte å fortsette reisen til Konstantinopel over land. På denne reisen ble han arrestert og fengslet av keiser Teodoros Komnenos Dukas i Despotatet Epirus – et av de små keiserdømmene som ble opprettet etter at bysantinerne ble jaget ut av Konstantinopel. Etter to år i fengsel døde Peter II, og han kom derfor aldri til å styre sitt keiserdømme. Hans kone Yolanda hadde reist til Konstantinopel sjøveien og hun regjerte som regent til hun døde i august 1219. To av parets sønner, Robert I av Courtenay og Balduin II av Courtenay ble senere keisere i Konstantinopel.