Fengselslegen søker privat juridisk bistand hos arbeidsrettsadvokat Nina Kroken ved Føyen advokatfirma. Kroken påpeker at fengselslederens utestengelsesvedtak er besluttet uten saksbehandling, faktiske undersøkelser eller juridiske grunnlag, og uten at Karlsen har hatt anledning til å uttale seg. Den 23. juni 2008 opphever Kriminalomsorgens sentrale forvaltning utestengelsen av Karlsen med øyeblikkelig virkning. Etter ytterligere et halvt års forhandling med Tromsø kommune får Karlsen tilbake oppgavene som fengselslege. I forliksforhandlingene representeres fengselslegen av advokat Kroken og Legeforeningens generalsekretær Terje Vigen og direktør Anne Kjersti Befring.