Den 30. januar 1933 ble Adolf Hitler utnevnt til tysk rikskansler. I november samme år fordømte Hartl en prestekollega som hadde kritisert nasjonalsosialismen. Han meldte seg inn i NSDAP i samme år og i januar 1934 forlot han sin prestelige tjeneste, trådte ut av den katolske kirke og trådte inn i Schutzstaffel (SS). Hartl ble da offentlig ekskommunisert.