Den tidligere belgiske statsminister Herman Van Rompuy ble i 2009 valgt som den første president, og han gikk inn i vervet da Lisboa-traktaten trådte i kraft 1. desember 2009. Van Rompuys opprinnelige periode strakk seg til 31. mai 2012, men hans periode ble senere forlenget med en ny periode til 30. november 2014. Van Rompuy satt som president frem til 1. desember 2014, da den tidligere polske statsministeren Donald Tusk overtok. Tusk ble 9. mars 2017 gjenvalgt for en ny periode, fra 1. juni 2017 til 30. november 2019. Vedtaket ble gjort mot hans hjemland Polens stemme.