Men med Abu Yazids opprør (944–947) kom fatimidenes rike i alvorlig krise. Abu Yazid hadde forent seg med de kharijittiske ibaditiske berberstammer i Aurèsfjellene, og inntatt Ifriqiya. Bare i a-Mahdiya kunne al-Qa'im hevde seg, med hjelp av flåten. Fatimidenes redning ble at berberstammene som beleiret al-Mahdiya brøt med Abu Yazid og dro sin vei. Før opprøret var endelig knust, døde al-Qa'im den 17. mai 946.