Den lokale kirke støttet arbeidet med pasifisering og nasjonal forsoning og inviterte paven til personlig å besøke Kroatia. Pave Johannes Paul II besøkte Kroatia tre ganger, i 1994, 1998 og 2003. Den 19. desember 1996 signerte han tre traktater med den daværende visestatsministeren Jure Radić som regulerte forholdet mellom Den hellige stol og Kroatia. I disse avtalene garanterte staten den katolske kirke fri utførelse av veldedige og sosiale aktiviteter, beskyttet dens kulturelle verdier og anerkjente katolske skoler. Den borgerlige gyldighet av kirkelig inngåtte ekteskap ble også anerkjent.