Selskapet ble grunnlagt i 1997 av amerikanerne Zia Chishti og Kelsey Wirth. Produktet ble først godkjent av FDA i 1998. Mellom 1997 og 2000 skaffet selskapet 140 millioner dollar i investorkapital, og utvidet aggressivt i det amerikanske markedet. Da selskapet gikk på børs i 2001, skaffet det til veie 130 millioner dollar ekstra. Grunnleggerne forlot selskapet og startet opp konkurrenten Orthoclear i 2005. Dette førte til flere rettslige kontroverser. Ved begynnelsen av 2012 fantes det mer enn 2 millioner pasienter som benyttet seg av Invisalign. Mesteparten av disse befinner seg i Nord-Amerika, hvor mesteparten av tannlegene har blitt opplært i bruken av produktet. Det opprinnelige konseptet bak Invisalign ble først unnfanget av Zia Chishti, en dataingeniør som la merke til at tennene fortsatte å bevege seg etter at bøylen ble tatt av. Ved å legge en usynlig plastskinne over tennene var det mulig å dytte de tilbake i posisjon. Han designet så et program som gjorde det mulig å fremstille plastskinner med samme egenskap som konvensjonelle tannreguleringer.