De Geer fikk en stor mengde hedersbetegnelser. I 1859 ble han æresmedlem i Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien, i 1862 ble han medlem av Svenska akademien (på stol 17 etter Anders Magnus Strinnholm) og av Kungliga Vetenskapsakademien samt i 1863 æresmedlem i Kungliga Vetenskaps- och Vitterhetssamhället i Göteborg, i 1882 æresmedlem av Kungliga Fysiografiska Sällskapet i Lund og i 1883 av Kungliga Vetenskaps-Societeten i Uppsala. 5. mai 1860 mottok han Serafimerordenen.