I begynnelsen av den tredje sesongen får Sabrina endelig lisensen sin som heks, men får vite at for å bruke denne lisensen må hun først løse familiens hemmelighet. Gjennom resten av sesongen besøker andre familie-medlemmer henne, for å komme med forskjellige ledetråder. Mot slutten av sesongen løser hun omsider familie-hemmeligheten, at hvert medlem i Spellman-familien faktisk har blitt født med en tvilling.