I sin forskning har Larsen særlig beskjeftiget seg med fascisme og nazisme, samt norsk krigshistorie. Han gikk blant i spissen for å kartlegge forholdene for norske krigsbarn. Hans redigerte verk om teori og metode i samfunnsfagene er oversatt til engelsk, tysk, russisk og kinesisk. På 2000-tallet ledet han arbeidet med å kartlegge levninger etter norske frontkjempere som falt på Kaprolat-høyden i Karelen.