Denne formen for levemåte (ikke så akseptert i de dager som det ville bli noen år senere) og hennes meninger om religion førte henne opp i problemer, og hun ble fengslet og satt i Madelonnettes kloster i 1656 etter befaling av Anna av Østerrike, dronning av Frankrike og regent for sin sønn Ludvig XIV. Ikke lenge etter fikk hun besøk av Christina, tidligere dronning av Sverige. Imponert skrev Christina til kardinal Mazarin på Ninons vegne og sørget for å få henne løslatt.