Dyrelivet omfatter 50 000 ulike arter insekter, 850 fuglearter, omtrent 200 krypdyrarter og 208 andre ulike dyrearter. Faunaen er en blanding av nordamerikanske og søramerikanske arter. De nordlige artene er blant annet ekornarter, hvithalehjort, spissmus, bomullshalekanin og prærieulv. Beltedyr, dovendyr, primater og maurslukere er eksempler fra den sørlige faunaen. Blant de vanligste fugleartene er papegøyer, kolibrier og kardinaler. På listen over registrerte amfibier i Costa Rica er det 194 arter, hvorav tre er utdødd.