I 1961 ble Janssen Pharmaceutica til farmasidelen av (en av konsernets tre sektorer ved siden av og ), etter at Paul Janssen igjen ville hengi seg sterkere til forskningen, og at hans firma først hadde søkt forgjeves rundt om i Europa etter noen kjøper. Janssen Pharmaceutica er det selskapet som står for Johnson & Johnsons verdensvide utforskning og utvikling av nye legemidler , for eksempel innen områdene nevrologi, anestesi, analgesi, allergologi og forskjellige former for kreft. En avdeling i Tyskland (grunnlagt i 1959) fremstår som Janssen-Cilag GmbH i Neuss.