Så kom det en annen brite: Etter opphold i Khiva og Kokand, hvor han hadde forsøkt å organisere en allianse mot den russiske inntrengning i Sentral-Asia, eller i det minste å få bevirket avskaffelsen av slaveriet, kom kaptein Arthur Conolly frem til Bukhara i oktober 1841. Conolly var blitt advart mot å reise til Bukhara, man hadde imidlertid et håp både om å kunne inngå en fredsavtale og få bevirket Stoddarts løslatelse. Til å begynne med ble Conolly mottatt med vennlighet. Men da emiren ikke fikk noe svar på et brev han hadde sendt til dronning dronning Victoria, følte han seg ført ved nesten og så på Conolly som en bedrager. Da Storbritannia så under første anglo-afghanske krig ble tilføyet en militær katastrofe og fornedrelse ved generalmajor William Elphinstones tilbaketog gjennom Khyberpasset, bestemte emiren seg for å la henrette begge sine britiske fanger for spionasje.