Magdeburg er en av de tyske byer med en viktig innlandshavn ettersom Mittellandkanalen (1938) her er sammenknyttet til Elben. Dette skjer i det som er Europas største «vassdragskryss». Et spektakulært krysningspunkt er Wasserstraßenkreuz Magdeburg (vannveiskryss Magdeburg), der Mittellandkanalen krysser Elben ved hjelp av en bro. Det tidligere Schiffshebewerk Rothensee (Skipsløfteverk Rothensee) som skulle avhjelpe høydeforskjellen mellom Mittellandkanalen og en forbindelseskanal til Elben, er nå nedlagt men bevart som museum. Heisen er erstattet med en sluse.