Kong Hans av Danmark, Norge og Sverige stadfestet siden Bielkes gavebrev, og gjennom nok et gavebrev mottok klosteret også Helgeø, som tilhørte kongen og kronen. Vilkåret var, at munkene årlig skulle gi en tønne torsk til det nærliggende Sølvesborg slott. Klosteret ble stadig omtalt i 1524, men i 1536 ble reformasjonen innført og alle klostre nedlagt. Sankta Clara kloster ble omsider revet ned, og en del av stenene ble slept over isene til Johannishus og brukt til slottsbyggeriet der. Kapellet ble stående, men i dag ses kun mindre rester av det.