Vaughan kom fra en meget religiøs familie. Blant annet var den første engelske kardinalen siden reformasjonen hans grandonkel. Søskenflokken var på fjorten søsken, og av disse ble fem av guttene prester. I tillegg til Roger ble også broren Herbert kardinal og erkebiskop av Westminster og broren John ble hjelpebiskop i Salford. Fire av de fem søstrene ble nonner.