Forskningsinnsatsen til Bleiklie har vært konsentrert rundt offentlig forvaltning og politikk om tema som spenner fra forholdet mellom forvaltningen og den enkelte til kryssnasjonale studier av biopolitikk og høyere utdanningspolitikk. Hovedtyngden av hans internasjonale publikasjoner er studier av norsk og europeisk høyere utdanningspolitikk, -forvaltning og -organisering.