Hornbostel gjorde et stort arbeid inne etnomusikologien. Han spesialiserte seg særlig på afrikansk og asiatisk musikk, og lagde mange innspillinger av det, og på utviklingen av et system som gjorde det mulig å transkribere ikke-vestlig musikk fra opptakene ned på papir. Han så de ulike måtene å stemme musikk på i de ulike kulturelle grupperinger som et grunnleggende element i å bestemme deres musikalske særtrekk, og han gjorde et stort arbeid med å sammenlikne ulike stemmesystemer. Mye av dette arbeidet har senere blitt møtt med kritikk, men for sin tid var dette et lite undersøkt område. Hornbostel hevdet også at musikk burde være en del av mer generell antropologisk forskning.