I 2013 var den samlede kostnaden for alle delprosjektene beregnet til 150 milliarder kroner. Senere beregninger anslår totalprisen til 340 milliarder kroner. Da ideen først ble skissert i 2007 ble kostnadene antydet til 50 milliarder kroner. I 2019 ble det antydet at de samlede kostnadene kan ende et sted mellom 400 og 500 milliarder kroner. Statens vegvesen uttalte i september 2019 at kostnadene med de foreslåtte fjordkryssingene er så store at de må oppgi ambisjonen om å gjøre hele E39 ferjefri. Vegvesenet vil i stedet vurdere hver strekning for seg slik at det er mulig at noen av ferjestrekningene må bestå. Samfunnsøkonomisk lønnsomhet for ulike transportmetoder må vurderes og ny ferjeteknologi kan gi bedre fremkommelighet for trafikantene, uttalte Vegvesenet. Ifølge SINTEF kan mindre og flere ferjer med hyppigere avganger være en del av løsningen. Foreløpige resultater fra en TØIs analyser av 15–20 minutters avganger tyder på at det er en bedre løsning på noen strekninger. Til november 2019 hadde myndighetene brukt 1,8 milliarder til utredning av ferjefri E39.