Lampedusa har en historie som går langt tilbake i tid, men ikke mye er kjent om den. Arkeologiske undersøkelser har fastslått at et forhistorisk folk bodde her, men mangelen på vann gjorde det mer til sted hvor sjøfolk stoppet på veg til andre områder framfor å bygge bosetninger. Gjennom historien har øya således vært landingsplass og ankringssted for oldtidens fønikere, grekere, romerne og arabere. Romerne etablerte et anlegg for produksjonen av en ettertraktet fiskesaus kalt . På grunn av angrep fra arabiske pirater forsvant alle innbyggerne fra øya, men etter at araberne ble forvist i år 813 ble øya spredt bosatt av ulike befolkningsgrupper.