I 2001 kom Aune inn i det nystartede «Byprosjektet» i Fredrikstad. Året etter tok han over juniorlaget til FFK, men måtte gi seg etter året. Grunnen var at han på den tiden var lærer, og han hadde ikke tid til å være det ved siden av å være juniortrener. Derfor tok han over Lisleby FK, hvor han gjorde sakene sine meget bra. Året etter tok han over Kvik Halden FK sammen med nåværende daglig leder i Fredrikstad FK og tidligere FFK-spiller, Joacim Jonsson.