Ved valget i 2006 måtte partiet nøye seg med 2,4 prosent av stemmene i valget i de palestinske områdene i 2006, bare Fayyad og Ashrawi fikk mandat. Hamas vant valget og dermed måtte Fayyad gå av, men i mars 2007 ble han finansminister nok en gang i en samlingsregjering bestående av Fatah og Hamas.