Under uavhengighetskrigene 1810-21 var Jalisco en av de mest omkjempede områdene. Frigjøringshelten Miguel Hidalgo erklærte Guadalajara som foreløpig hovedstad i 1810, men tapte et slag nær byen i 1811. På øya Isla Mezcala i Chapalá-sjøen holdt patrioter ut mellom 1812 og 1816.