Han sluttet seg til Den Røde Hær i 1918 og Sovjetunionens kommunistiske parti to år etter. Han kjempet mot Den hvite armé i den russiske borgerkrig, og var politisk kommissær på et propagandatog i Turkestan. Malenkov steg raskt i gradene i partiet som en del av den såkalte nomenklaturaen, og var, sammen med blant andre Nikita Khrusjtsjov, aktiv i forbindelse med utryddelsene på 1930-tallet.