I domstolen gikk han blant annet sammen med Louis Dembitz Brandeis, Harlan F. Stone og Benjamin N. Cardozo for å kontrollere at Franklin D. Roosevelts New Deal-lover ikke var i strid med grunnloven. Han motsatte seg blant annet Roosevelt-administrasjonens plan om å utnevne flere dommere enn det var tradisjonelt grunnlag for. Hughes var for øvrig også med på å forstave presidenteden for Franklin D. Roosevelt hele tre ganger, både i 1933, 1937 og i 1941. Etter å ha fungert i embetet i syv år pensjonerte han seg i slutten av juni 1941 og trakk seg tilbake fra offentligheten. Charles Evans Hughes døde av alderdom den 27. august 1948 i Barnstable i Massachusetts i en alder av 86 år.