Etter at Kirkemøtet i Den norske kirke ble opprettet i 1984, ble Mellomkirkelig råd fra 1986 overført fra Bispemøtet til Kirkemøtet, med status som et faglig råd. Samtidig ble formannsvervet overført fra Bispemøtets daværende preses Andreas Aarflot til en lekperson valgt av Kirkemøtet, tidligere formann i Kirkerådet Per Voksø. Siden 1. januar 1992 har Mellomkirkelig råd hatt felles sekretariat med Kirkerådet i Kirkens Hus i Oslo.