I 1773 ble byen rammet av to kraftige jordskjelv, og store deler av byen ble ødelagt. Den spanske kronen beordret gjenoppbygging av byen på en sikrere plass, dette ble til det som i dag er Guatemala by, dagens hovedstad. I 1776 ble innbyggerne beordret til å flytte til den nye byen, noe også de fleste gjorde.