Men en viktigere årsak turde ha vært en disputt om den keiserlige arvefølge. Keiserens favorittkonkubine var edle konsort Zheng, og hele tiden gjennom 1580- og 1590-årene ønsket han å gjøre den sønn han hadde med henne (Zhu Changxun) til kronprins, selv om han bare var keiserens tredje sønn, og ikke den som sterke krefter ellers ønsket som mulig etterfølger. Mange av hans mektige ministere var i mot dette, og dette førte til en motsetning mellom keiseren og ministrene som varte i mer enn 15 år.