Sophie var datter av Hans den yngre av Sønderborg i hans første ekteskap med Elisabeth av Braunschweig-Grubenhagen. Hun traff sin fremtidige mann Philip II av Pommern (1573–1618) da hans far Bogislaw XIII i 1601 ble gift med Sophies storesøster Anna i Sønderborg, (som dermed ble Philips stemor). Ikke lenge etter bryllupet ble Sophie forlovet med Philip, og bryllupet sto i Stettin i 1607.