Han meldte seg inn i NSDAP i 1931 (medlem nummer 687095) og i Sturmabteilung. Nazipartiet ble forbudt i Østerrike og på grunn av sin aktivitet i partiet mistet Eberl legelisensen i 1936. Uten mulighet til å arbeide i hjemlandet reiste han da til Tyskland og ble registrert som politisk flyktning. Han ble medlem av SS hvor han fikk graden Obersturmführer.