Kaboré er født i Ouagadougou, hovedstaden i Burkina Faso (tidligere Øvre Volta). Han er sønn av Bila Charles Kaboré, tidligere statsråd og visesentralbanksjef i Sentralbanken for de vestafrikanske statene (BCEAO). Han studerte økonomi ved Universitetet i Dijon, Frankrike med bachelorgrad i 1979 og mastergrad i 1980.