Han planla også store reformer på Københavns Universitet. Den norske biskopen Johan Ernst Gunnerus ble kalt til København for å utarbeide planene for dem. Gunnerus fremla sine resultater den 16. desember 1771, men Struensee var ikke helt tilfreds og gikk i gang med å revidere forslagene. Han rakk imidlertid ikke å få gjennomført Universitetsreformen før han ble styrtet. Det er til gjengjeld tydelig at Struensee var utilfreds med det teologiske fakultets overherredømme i konsistoriet, og at planene ville ha endret på dette. Da den jødiske legen Simon Salomon Polac i 1771 hadde søkt om å få disputere for den medisinske doktorgraden ved Universitetet, ble søknaden avslått på grunn av hans religion. Den 2. mai 1771 skrev Struensee til Universitetet og fremhevet at man fra nå av ikke skulle ta hensyn til religionen ved ansøkninger om doktorgraden. Religionen og fagkunnskapen skulle være to atskilte størrelser. Dette skrittet forsterket utvilsomt geistlighetens allerede svært utbredte utilfredshet. Blant annet ble prestene Jørgen Hee og Balthasar Münter samme år idømt bøter fordi de i sine prekener ikke bare hadde kritisert Struensees styre, men i realiteten også hadde oppfordret til opprør mot det.