Etter utbruddet av Første Verdenskrig ble erkebiskop Sheptytskij arrestert av den keiserlige russiske regjering. Han var deportert til Nyzjni Novgorod og holdt fengslet i Sankt Euthymius-klosteret i Suzdal (1914-1917). Erkebiskop Sheptytskij bestemte seg for personlig å reise til Vatikanet for å fortelle paven om de grusomheter og prøvelser som det ukrainske folket opplevde på den tiden. På dette tidspunktet var det ingen annen måte å komme seg til Roma på enn å reise via Finland til Stockholm. I Stockholm han ventet han på visum til Tyskland. Det finnes intervju av Sheptytskij i svenske Dagens Nyheter fra den tiden. Derfor fikk Sheptytsky beskjed gjennom kardinal Gasparri om at paven ikke kunne garantere metropolittens sikkerhet på italiensk territorium. Etter Hamburg, Lausanne og Wien vendte Sheptytskij tilbake til Lviv september 1917. Bolsjeviker ødela hans foreldrehjem i landsbyen i Prylbykhi der han var blitt født. Da gikk samtidig familiens arkiver tapt.