I 1793 var Marat blitt leder for en av de sterkeste fraksjonene i Nasjonalforsamlingen. Her sørget han for å minne Paris-borgerne på Lavoisiers mur, og i november 1793 forstod Lavoisier at han ville bli arrestert. I fire dager gjemte han seg i Vitenskapsakademiets tomme kontorer i Louvre, men meldte seg så i Port Libre-fengselet sammen med sin svigerfar. De satt i ulike fengsler frem til rettssaken 8. mai 1794. Det var ikke enkeltindivider som var tiltalt, men ligningskontoret som helhet. Juryen omfattet en barber, en postkusk, en juvelér og en tidligere marki som hadde endret navn til («10. august»). Den fant ligningskontorets ansatte skyldige i å ha misbrukt sine stillinger til å tiltvinge seg urettmessige inntekter. Samme ettermiddag ble 28 av de dømte ligningsfunksjonærene ført bakbundne til det som nå er Place de la Concorde. Her ble de ført til giljotinen, Paulze som nr 3, Lavoisier ca. ett minutt senere som nr 4. De døde ble fraktet ut av Paris gjennom en av tollportene som stod igjen etter angrepene i 1789. Få måneder senere ble liket av Marats kollega Robespierre fraktet samme vei og kastet i den samme fellesgraven i en utmark som ble kalt («Lemlestet»). Marie-Anne var 35 år gammel da hun ble enke. De revolusjonære myndighetene fratok henne alt innbo, men lot henne ellers være, og hun fikk en fredelig alderdom.