Peptidoglykan finnes både hos Gram-positive og Gram-negative bakterier, men hos Gram-negative er det flere lag av andre stoffer utenpå dette stive laget (se bilde). Peptidoglycan består av to sukkerderivater, og og en liten gruppe av aminosyrer. Det finnes over 100 variasjoner av oppbygningen av peptidoglykan og de mest vanlige aminosyrene er: , , og eller (DAP). Disse bestanddelene er koblet sammen i en repetert struktur som kalles .