For 3 000 år siden åpnet en krigsherre ved navn Yaotl en portal til et parallelt univers. Portalen gir Yaotl udødelighet, men den frigjør også 13 udødelige monstre som ødelegger hæren hans. I nåtiden har Teenage Mutant Ninja Turtles vokst fra hverandre etter å ha beseiret deres tidligere fiender. Master Splinter har sendt Leonardo til Mellom-Amerika for å få trening, og han beskytter en landsby mot banditter. Donatello arbeider som IT-spesialist, Michelangelo er bursdagsfest-underholder kalt "Cowabunga Carl" og Raphael fortsetter å bekjempe kriminalitet om natten som en maskert superhelt kjent som Nightwatcher, som han holder hemmelig for sin familie og venner. Turtles-gjengen sin gamle venn April O'Neil driver nå et rederi som oppdager og skaffer relikvier for samlere, assistert av kjæresten hennes, Casey Jones.