Sesongen 2013/14 startet med seier for Kowalczyk i de to første etappene i «mini-touren» i Kuusamo. Kowalczyk vant det påfølgende rennet på Lillehammer og det siste rennet før jul, sprint klassisk i Asiago. Kowalczyk deltok ikke i Tour de Ski 2013/14. På grunn av snømangel i Oberhof ble det klassiske skirennet som skulle vært arrangert 29. desember erstattet med en sprintetappe i fristil. Fjorårsvinneren Kowalczyk trakk seg fra rennet i protest, da hun hevdet at det er for få klassiske skirenn i touren.