Ved samløpet av Teplá Vltava og Studená Vltava ved sumpmarken Mrtvý luh sør for Chlum, et distrikt i byen Volary, er den førstnevnte betydelig større. Som Teplá Vltava ovenfor samløpet, er Vltava nå orientert mot sørøst. Den unge elven bukter seg noen kilometer gjennom en relativ flat, tett skogkledd dal før den for første gang demmes opp i det 48 kilometer lange Lipnoreservoaret. Nedenfor sjøen har dalen et annet preg, den er stort sett ganske dyp med smale flommarker og bratte lier. Andelen skog er fortsatt svært høy. Vltava passerer byen Vyšší Brod og endrer gradvis retning mot nord. Den opprettholder stort sett denne retningen resten av løpet. Videre passerer elven byen Český Krumlov og renner dypt under borgen Dívčí Kámen. I dette området er dalen veldig svingete. Vltava forlater Šumava før byen České Budějovice.