CVPO administrerer Community Plant Variety Rights system (CPVR system) ved å gi immaterielle rettigheter til nye plantevarianter, med gyldighet innenfor EU-landenes territorium. Rettighetene gis for 25 år for de fleste arter og 30 år for trær, vin og poteter. Produsenter som får slike rettigheter fra CVPO kan innkreve royalties innenfor EU. CVPR-systemet var per 2016 det største i verden i sitt slag.