Syv år før den første episoden var Sidney Bristow (spilt av Jennifer Garner) student ved college. Men blir kontaktet av noen hun tror kommer fra Central Intelligence Agency (CIA) sim gir henne jobb som spion. Hun blir deretter tildelt en enhet kalt SD-6, som hun ble fortalt var en hemmelig "Black Ops"-seksjon av CIA. I den første episoden av serien forteller hun sin forlovede Danny Hecht (spilt av Edward Atterton) at hun er en spion. Men ettersom hun avslører SD-6s eksistens for ham, blir Danny myrdet av SD-6. Sydney oppdager også at faren hennes Jack Bristow også er en SD-6-agent, og at SD-6 ikke er en del av CIA. I stedet er dette en del av Alliance of Twelve, en organisasjon som er en fiende av USA. Sydney bestemmer seg for å tilby sine tjenester til den virkelige CIA, som en dobbeltagent. Hun begynner derfor på den lange og vanskelige oppgaven med å ødelegge SD-6 fra innsiden.