I løpet av våren 1997 ble det oppdaget omfattende lekkasjer i Romeriksporten. Vannstanden i tjernene i Østmarka over tunnelen sank dramatisk, og det ble også registrert setningsskader på boliger på Hellerud som følge av grunnvannssenkningen i området. Norges vassdrags- og energiverk (NVE) satte strenge konsesjonskrav til selskapet om tillatt lekkasjemengde, og høsten 1997 ble arbeidet med å tette lekkasjene satt i gang. Etterinjisering ble valgt som hovedmetode for tetting, men i oktober 1997 ble det kjent at tetningsstoffet Rhoca Gil, som ble benyttet i Romeriksporten, ga utslipp av det helsefarlige stoffet akrylamid i tunnelvannet fordi stoffet ble brukt på feilaktig måte. Det medførte at arbeidet i tunnelen ble midlertidig stoppet inntil det ble fastslått at dette ikke utgjorde noen helserisiko (problemene minnet om den som oppstod i Hallandsåstunnelen). Etter dette ble det etablert et renseanlegg for å rense tunnelvannet for akrylamid. Den 10. juni 1998 vedtok NSB-styret å utsette ferdigstillelsen av Romeriksporten for å kunne gjennomføre tetningsarbeidene etter NVEs konsesjonskrav. Togtrafikken ble likevel satt i gang i august 1998, siden den nye flyplassen skulle bli tatt i bruk 8. oktober samme år. Da kjørte man som planlagt nordover fra Lillestrøm, men kjørte utenom Romeriksporten, som ennå ikke var ferdigstilt. Romeriksporten ble ikke tatt i bruk før 22. august 1999.