Missouri har sitt navn etter elven Missouri, som igjen har navn etter de innfødte missouriindianere, en siouxspråklig stamme. De ble kalt for eller , i betydningen «de som hadde uthogde kanoner», av de som snakket det innfødte Miami-Illinois-språket. Da illinifolket var den første indianerstammen som europeere møtte i regionen, la de til Illini-navnet til missourifolket.