Allerede da Smeaton ble arrestert forsto Anne Boleyn alvoret i komplottet mot henne. Den samme dagen tok hun lille Elizabeth i armene og bønnfalt kong Henrik om nåde, men forgjeves. Den 2. mai 1536 ble hun arrestert mens hun spiste lunsj og fraktet til Tower of London. Hun ble forhørt av sin onkel, hertugen av Norfolk, som øyensynlig nøt at rollene var blitt snudd om. I fengselet fikk hun et mindre nervøst sammenbrudd og forlangte å vite alle detaljer om sin familie og anklagene mot henne.