Fjorden har innløp mellom Årsundøya i øst og Gyltneset på Freiøya i vest. Nordøst for innløpet ligger innløpet til Vinjefjorden. I andre enden av fjorden, mellom Flatsetøya i nord og Bergsøya går den 5 kilometer lange Freifjordtunnelen under fjorden som en del av riksvei 70 og Krifast til Kristiansund lenger nord. I tillegg til Bergsøya ligger Aspøya og Straumsnes på sør- og østsida av fjorden. Mellom Bergsøya og Aspøya går Bergsøysundet sør til Tingvollfjorden.