På 2000-tallet har PST vært omtalt i mediene blant annet i sammenheng med Mulla Krekar-saken og PSTs overvåking av ekstremister, blant annet den nynazistiske Vigrid-gruppen. I 2008 måtte daværende leder for PST, Jørn Holme, forklare seg for Stortinget i forbindelse med rådene som ble gitt i forkant av terrorangrepet mot Kabul Serena Hotell.