Det viktigste tiltaket for å unngå spredning av bakterien er å unngå flytting av livdyr mellom geografiske områder. Import av dyr fra land som har sykdommen er spesielt risikabelt. I områder med smitte må man til med velorganiserte og langvarige saneringsopplegg for å lykkes. Et eksempel på slike opplegg er det norske prosjektet Friskere geiter. I land med utbredt paratuberkulose holdes sykdommen til en viss grad i sjakk med vaksinering, men erfaring viser at vaksineprogrammer ikke er en farbar vei for å utrydde paratuberkulose i et område. Som for de fleste andre sykdommer er underfôrete sauer spesielt utsatt for sykdommen.