Fergen gikk inn i en turbulent periode på slutten av 2000-tallet. De årlige bidragene fra selvstyret var 5 millioner kroner (DKK)., men bruken av midlene ble kritisert og beslutningen om å selge et av de to skipene i flåten ble utfordret. Det bidro til trusselen om konkurs innen utgangen av 2010. Royal Arctic Line annonserte senere at tapsgarantier var sikret gjennom 2016 etter årlig støtte fra Grønlands Hjemmestyre.