Genoveserne var ikke fordrevet fra øya, men deres grep hadde blitt sterkt svekket og de ba Frankrike om hjelp. I 1768 solgte de Korsika til Frankrike (Versaillestraktaten). Etter at Frankrike besatte øya organiserte Paoli den væpnede motstanden, men tapte slaget ved Ponte Nuovo (8. mai 1769). Han flyktet til vennen Boswell via Amsterdam og England. Paolis frihetsstrid var en inspirasjonskilde for den amerikanske politiske grupperingen .