Der var noe negativ kritikk mot noen a episodene, som etterfulgte episoden "Resurrection Ship, Part 2", da en mente at disse ikke var på samme nivå som forgjengerne, bl.a gjaldt det episoden "Black Market" der til og med Ron Moore kom med litt misnøye. Moore skrev i sin blog at han følte at dette var resultatet av hardere arbeidspress med 20 episoder, istedenfor 13 som i Sesong 1. Men i episode 15 "Scar" var tenkt å skulle bringe serien opp på sin vanlige kvalitetsnivå, og de påfølgende episodene "The Captain's Hand," "Downloaded" og den to-delte sesongfinalen "Lay Down Your Burdens," var rost av både fans og kritikere. Moore uttrykte at den lengre pausen mellom Sesong 2 og 3 (7 måneder istedenfor 2) ville hjelpe til å sikre at alle episodene var på det samme høye kvalitetsnivået som teamet bak serien prøvde å oppnå.