Fra 2009 til 2011 var Bakke assistenttrener i Stabæk, før han i november 2011 ble klar som hovedtrener i Kristiansund BK i 2. divisjon. I sin første sesong ledet han laget til et suverent opprykk fra 2. divisjon. I september 2012 skrev han ny kontrakt med Kristiansund ut 2016-sesongen. I Kristiansund sin første sesong i 1. divisjon i 2013, ledet Bakke laget til en 9.-plass. I januar 2014 ble det kjent at Bakke forlot Kristiansund for å bli assistenttrener i Molde FK i Eliteserien under Tor Ole Skullerud. Han var i 2014-sesongen med å bli seriemester med Molde, som tok ny poengrekord i Eliteserien med 71 poeng.