Hennes far døde da hun var et barn, og hennes mor ble bortført og tvangsgiftet til Hugh MacDonald av Armadale på øya Skye. Ekteskapet skal likevel ha vært lykkelig. Flora vokste opp under omsorgen til overhodet til hennes klan, MacDonald av Clanranald på Skye, og ble senere utdannet i Edinburgh.