I løpet av den første jødisk-romerske krig (66-73) havnet han i konflikt med Josefus, en ledende jødisk leder i Galilea. Ikke lenge etter at Josefus var blitt guvernør sto han bak en form for politisk-religiøst opprør, blant annet et forsøk på å rive palasset til Herodes etter sigende for at det var dekorert med dyrefigurer. Fra Josefus' egne skrifter synes det som om det var ham selv som var ansvarlig for at opprøret kom i gang, ikke Justus som uansett ble anklaget. Da romerne hadde gjenerobret Galilea søkte Justus tilflukt sammen med Agrippa. Vespasian, som ledet de romerske troppene, krevde at Justus ble henrettet, men Agrippa fikk ham reddet, og kun fengslet. Senere fikk Agrippa fikk ham utnevnt som sin sekretær, men sparket ham deretter som upålitelig.