Kilden til vannet er underjordiske geotermiske kilder som blir fôret av sjøvann gjennom basaltakviferer knyttet til havbukten som ligger 10 kilometer sørøst for innsjøen. Siden Assalsjøen ligger under havnivået, sørger tyngdekraften for at sjøvannet blir presset gjennom til sjøen.