Han var profesjonell syklist i perioden 1982–1991. Han oppnådde blant annet tre etappeseire i Italia rundt og ble nummer 4 i VM fellesstart i 1981. I Norge syklet Pedersen for blant annet Grenland Sykleklubb, Larvik Sykleklubb og Birkenes IL. Han ble hentet inn til Bianchi Piaggio-laget av Knut Knudsen som avsluttet karrieren sin der. Pedersen hadde over 40 registrerte proffseire. Han var den første norske syklisten som ble tatt for doping da han i mai 1981 testet positivt på det forbudte stoffet efedrin under England Rundt. Den gang 21 år gammel, ble Pedersen utestengt i én måned for episoden.