I 1809 ble han så utnevnt til prøssisk-polsk starosta, en utnevning som dog samme år ble tilbakekalt av den nye kongen Karl II, da Engeström ble kalt hjem til Sverige for å ta over som kanslipresident etter Ehrenheim. Etter den nye regjeringserklæringen fikk han den nyopprettede tittelen utrikesstatsminister (utenriksminister). Ettersom von Engeström politiske idéer var mer konservative enn de fleste andre politikeres kom han mer enn en gang i konflikt med representantene i konseljen. Men ettersom Gustav IV Adolf hadde stor respekt for han fikk han ofte sin vilje igjennom uansett.