Tilbake i Texas var Flores kansler i bispedømmet Corpus Christi. I august 2001, ble han assignert til erkebispedømmet Galveston-Houston der han var professor i teologi ved University of St. Thomas i Houston og ved St. Mary's Seminary i Houston, der han også var viserektor (2002–2006). I september 2005 ble Flores rektor for , og tiltrådte der fullt ut i juni 2006.