Han debuterte for Bruins den 4. april 2013 i hjemmeoppgjøret mot New Jersey Devils og scoret kampens eneste mål og sitt 680. mål i karrieren. Dermed har Jágr scoret 6 mål (3 av dem avgjørende) og notert 6 assists i hjemmebanedebuten for 6 forskjellige lag (hvor alle kampene endte med seier). Den 21. april scoret han det første og avgjørende målet («game-winning goal») i en 3-0-seier over Florida Panthers, hvilket medførte at han tangerte andreplassen på listen over flest avgjørende scoringer (118) med Bruins-legenden Phil Esposito.