Bardolino begynte i den regionale divisjonen (tredje nivå), og rykket opp med et svært ungt mannskap i 1994. Laget rykket deretter rett opp til Serie A (kvinner) og nådde semifinalen i Coppa Italia. Første sesong i Serie A ga 7. plass, etterfulgt av flere femteplasser. I 2000/01-sesongen, under sin første kvinnelige trener, Anna Mega, fulgte de opp femteplassen med en finaleplass i cupen, men de tapte 1–0 mot Torres Calcio Femminile. Ettersom Torres også hadde vunnet serien, ble Bardolino representant for cupmestrene i supercupen, der cupvinner og serievinner møtes. De vant.