Zourabichvili kom imidlertid på kant med president Saakasjvili og protesterte mot hans forsøk på å motarbeide det diplomatiske arbeidet hun gjorde. Hun hadde også vansker med parlamentet, som la seg opp i utnevnelser av ambassadører. I oktober 2005 fjernet Saakasjvili henne fra utenriksministerposten.