I tiden rundt 6000 f.Kr. hadde en neolittisk kultur slått rot i Nildalen. I løpet av denne steinalderepoken var det flere førdynastiske kulturer som utviklet seg hver for seg i Øvre og Nedre Egypt. Den egyptiske badarikulturen (steinalder) og den påfølgende naqadakulturen (kobberalderen) anses som forløperen til det dynastiske Egypt. De eldste stedene for menneskelig aktivitet i Nedre Egypt, Merimda, er eldre enn badarikulturen med rundt 700 år. Samtidige samfunn i Nedre Egypt eksisterte samtidig med deres sørlige motparter i mer enn 2000 år, og forble kulturelt særskilt, men opprettholdt hyppig kontakt gjennom handel. De tidligste bevis på egyptiske hieroglyfiske inskripsjoner dukket opp i løpet av førdynastisk tid på beholdere av keramikk av typen Naqada III, datert til rundt 3200 f.Kr.