Selv om Boëly var og fremdeles er en ukjent komponist, hadde han stor innflytelse på utviklingen av fransk musikk i det 19. århundre. Han etterlot seg en imponerende verkliste med om lag 300 individuelle verker, særlig innenfor kammermusikk og intstrumentalmusikk for piano og orgel. Heri er inkludert tolv bøker med øvelser i ulike stilerarter og fire bøker for orgel med pedal eller tre hånds piano. Som gammel ble han høyt verdsatt av César Franck og Camille Saint-Saëns.