I 1899, etter Lwows kardinal Sylvester Sembratovytsjs døde og Julian Sas-Kuilovskiy overtok der, ble Sjeptytskyj nominert av keiser Franz Josef til å innta den vakante ukrainske gresk-katolske bispestol i Stanislawow/Stanyslaviv (senere Ivano-Frankivsk), og pave Leo XIII approberte dette. Han ble bispeviet i Lwow den 17. september 1899 av metropolitt Julian Sas-Kuilovsky, assistert av gresk-ukrainske biskop Konstantyn Tsjekhovytsj (av Przemyśl, Sambor og Sanok) og av biskop Józef Weber C.R., hjelpebiskop i det latinske katolske bispedømmet Lwow.