Han var også den militære leder for det polske bidraget under Warszawapaktens innmarsj i Tsjekkoslovakia i august 1968 for å knuse Prahavåren. De polske styrkene okkuperte det nordlige Tsjekkoslovakia frem til 11. november 1968, da de etter avtaler trakk seg ut og ble avløst av sovjetiske styrker. I 1970 var han involvert i sammensvergelsen mot partiførstesekretær Władysław Gomułka, og var (sannsynligvis) med på, eller innforstått med organiseringen av massakrene i kystbyene Gdańsk, Gdynia, Elbląg og Szczecin. Som forsvarsminister var general Jaruzelski i det minste i ytterste instans ansvarlig for de 27.000 troppestyrker som ble satt inn mot de ubevæpnede sivilistene.