Leiren ble anlagt av politiet i Bayern som ble ledet av Heinrich Himmler. SS og kommandanten Hilmar Wäckerle tok snart over styringen av leiren. Wäckerle og SS-mennene skilte ut jøder fra fangene som ankom og ga dem spesielt brutal behandling. Dette toppet seg 11. april 1933 da fire jøder ble banket opp og henrettet med nakkeskudd. Jødene ble trolig skutt fordi de også ble ansett som kommunister. Drapene ble rapportert som «skutt under fluktforsøk». Statsadvokat Josef Hartinger med et team etterforskere besøkte Dachau og de avdekket at de fire var myrdet. Hartinger ville ta ut tiltale mot leirvaktene som var direkte ansvarlige og Wäckerle som medskyldig. Hartinger var klar over hvilken risiko han tok ved å utfordre regimet på denne måten. Mens etterforskningen pågikk. var det tolv nye drap i leiren, og Hartinger undersøkte også disse. Hartinger ønsket å bruke tiltalen til å gjøre forholdene i Dachau offentlig kjent, slik at regimet ville bli tvunget til å bytte ut SS-vaktene med politimenn som var opplært i korrekt fangebehandling. På dette tidspunktet hadde ikke nazistene konsolidert sin makt og var sensitive for negativ omtale. Saken begynte å bli ubehagelig for Himmler som erstattet Wäckerle med Theodor Eicke (Eicke måtte skrives ut fra et psykiatrisk psykehus der en politisk rival hadde fått ham sperret inne). Eicke innførte orden og disiplin i Dachau. Samtidig ble straffesaken Hartinger ønsket å innlede, stanset av Hartingers overordnete (i løpet av 1933 ble i alt straffesaker mot SA-menn og 420 mot SS-menn stanset av naziregimet). Nazistene hadde vurdert å drepe Hartinger, men i stedet ble han forflyttet til en mindre viktig stilling i et annet distrikt. Hartinger døde i 1984. Dokumentene fra Hartingers henlagte sak ble etter krigen funnet av amerikanske etterforskere og overlevert til tysk påtalemakt som innledet sak mot de Dachau-vaktene som var i live.