Fra kanalens munning i Panamabukta seiler skipet 13 kilometer opp til de første slusene ved Miraflores, etter å ha passert under hengebrua Puente de las Américas. De to slusene ved Miraflores, som til sammen er 1,7 kilometer lange, og løfter totalt 16,5 meter ved middels havnivå. Den kunstige Mirafloressjøen, som også er 1,7 kilometer lang og ligger 16,5 meter over havet. Enkeltslusen ved Pedro Miguel, som er 1,4 kilometer lang, og som løfter skipet ytterligere 9,5 meter opp til kanalens hovedvannivå, som er 26 meter over havet. Den 13,7 kilometer lange utgravde strekningen Gaillard Cut skjærer gjennom fjellryggen på kontinentet, Culebraryggen (med en høyde på 82 meter over havnivå) og passerer under brua Puente Centenario. Rio Chagres, en naturlig elv, som har blitt dypere og bredere etter oppdemningen som laget Gatúnsjøen, som den etter 8,5 kilometer munner ut i. På Gatúnsjøen, en kunstig innsjø som er laget gjennom byggingen av Gatúndammen, seiler skipet 24 kilometer tvers over Panamaeidet, som utgjør omtrent halvparten av den totale strekningen. De tre Gatúnslusene transporterer skipet 1,9 kilometer ned til havet på atlanterhavssiden. Kanalen avsluttes med en 3,2 kilometer lang strekning ut til Bahía Limón og Det karibiske hav.