Rektorembedet ble innført ved Det Kongelige Frederiks Universitet (universitetets navn til 1939) i 1907, og erstattet det tidligere vervet som formann for Det akademiske kollegium. Rektor er ex officio leder for universitetsstyret (til 2003 kalt Det akademiske kollegium). Rektor og rektors stedfortreder, prorektor, velges blant de vitenskapelig ansatte (etter konvensjon professorene) av hele universitetssamfunnet, for en periode på fire år og med mulighet for gjenvalg til samme verv én gang. Opprinnelig hadde bare professorene stemmerett og frem til 1989 var det også bare universitetets professorer som var valgbare som rektor og prorektor; senere fikk dosenter stemmerett i 1939, andre vitenskapelig ansatte og studenter stemmerett i 1955 og teknisk-administrativt ansatte stemmerett i 1975. Stemmene vektes forskjellig avhengig av hvilken gruppe man tilhører, med tyngst vekt for de vitenskapelig ansattes stemmer (53 %), fulgt av studentenes stemmer (25 %) og de teknisk-administrativt ansattes stemmer (22 %). Tradisjonelt har prorektor ansvaret for forskning i universitetsledelsen og deltar i stedet for rektor i representative sammenhenger og beslutningsorganer når rektor ikke er tilgjengelig, mens rektor har det helhetlige lederansvaret og de viktigste representative oppgavene.