Klubben forble i sin regionale Oberliga (1. divisjon) fram til den nasjonale Bundesliga ble etablert i 1963. 1. FC Saarbrücken ble valgt inn i Bundesliga, men ble sist og rykket ned etter bare en sesong. Siden da har klubben spilt 4 sesonger i øverste divisjon, siste gang i sesongen 1992/93. I 1995 gjorde klubbens dårlige økonomi at klubben ikke fikk fornyet profflisens, og klubben ble degradert fra 2. Bundesliga til Regionalliga (3. divisjon). Våren 2006 ble 1. FC Saarbrücken nummer 16 av 18 lag i 2. Bundesliga, og rykket igjen ned til Regionalliga.