Sebastián Durón skapte mange geistlige verker på latin og på spansk, derav flere messer (fremheves kan , , ), motetter, , og , dels med instrumental ledsagelse, og en rekke orgelkomposisjoner. Til hans verdslige musikk hører og en rekke teaterverker (zarzuelas). Duróns operaer står på terskelen der den tradisjonelle spanske opera bli avløst av den italienske stil, noe som merkes tydelig i hans zarzuela fra 1711. Hans kirkemusikk og særlig hans zarzuelas fant også veien til de spanske kolonier i Amerika og på Filippinene. Benediktinerpateren Benito Jerónimo Feijoo (1676–1764) kritiserte Durón for verdsligheten i hans komposisjoner, og sammenlignet ham ufordelaktig med komponisten Antonio de Literes.