Hundrevis av folk mistenkt for å ha vært Batista-agenter, politifolk og soldater ble dømt under offentlige rettssaker for misbruk av menneskerettigheter og krigsforbrytelser, inkludert mord og tortur. De fleste av disse ble henrettet, mens andre fikk lange fengselsstraffer. Mange tusener av politiske flyktninger døde mens de forsøkte å flykte fra øya. Desperate, men mislykkede opprør mot Fidel Castro fortsatte fram til 1965, kjent som krigen mot bandittene.