I 1352 ble det igjen konflikt mellom de to keiserne da Johannes V hevdet sin rett til å være enekeiser og fikk støtte for det. Den 4. desember 1354 abdiserte Johannes VI og sammen med sin kone Irene gikk han i kloster. Irene dro til Hagia Martha-klosteret og tok navnet Eugenia. Hun motsatte seg forsøk på å sette fri sin sønn Matteus Kantakouzenos og få ham innsatt som keiser. I 1359 fikk hun selskap i klosteret av sin datter Maria Kantakouzene og sin datterdatter Theodora, eldste datter til sønnen Matteus. Donald M. Nicol har antydet muligheten av at Irene fulgte resten av sin familie til Despotatet Morea (på Peloponnes hvor hennes sønn Manuel Kantakouzenos styrte med tittelen despot. Det er også mulig at hun har returnert til Konstantinopel i 1362 eller 1363 og hun kan ha vært en av de «keiserinnene» som møtte en delegasjon fra Trapezunt-riket i april 1363. Det finnes ingen opplysninger om når hun døde, men Nicol antar at det har skjedd før 1379 da hennes mann og andre familiemedlemmer ble hentet som gisler til Galatia av keiser Andronikos IV Palaiologos.