Etter Pinellis død solgte han pårørende hele samlingen på auksjon den 14. juni 1608 . En stor del ble da innkjøpt av kardinalerkebiskop Federico Borromeos representant Fabio Leuco for 3 000 scudis til Det ambrosianske bibliotek. i Milano. En annen stor del ble innkjøpt av en engelsk bokforlegger som leiet tre fartøyer for hjemtransporten. Under reisen til England ble ett av fartøyene kapret av franske pirater. Da de oppdaget at lasten kun bestod av bøker og manuskripter kastet de hele samlingen overbord .