Kommunistene prøvde å vinne estlandssvenskene for sin sak, men det å leve i et avkristnet samfunn uten kontakt med Sverige, var utålelig for dem. I 1940 og 1941 ble minst 76 estlandssvensker fengslet eller deportert, hvorav 50 ble henrettet eller døde i fangenskap. Blant de som døde i sovjetiske fengsler og Gulag-leire, var estlandssvenske ledere som Mathias Westerblom og Nikolaus Blees. 437 ble tvangsutskrevet til Den røde armé. De fleste ble ikke sendt til fronten, men til sovjetiske arbeidsleire. 246 døde eller forsvant.