Javadjan startet sin karriere i Armenias sentralbank i 1997, som styremedlem. Etter to år i denne stillingen jobbet han to år i ArmInvestBank, før han returnerte til sentralbanken. Har hadde han ulike lederstillinger, blant annet visesentralbanksjef i 2003–2008, inntil han i juni 2008 ble utnevnt til sentralbanksjef.