Vaksinasjonsprogrammer overvåkes ved hjelp av to metoder: en administrativ metode og gjennom samfunnsbaserte undersøkelser. Den administrative metoden bruker immuniseringsdata fra offentlige, private og NGO-klinikker. Baksiden med denne metoden er at den blir begrenset basert på tilgjengeligheten og nøyaktigheten til rapporter fra disse fasilitetene. Metoden passer bra i områder der vaksinasjonene leveres direkte fra offentlige myndigheter eller hvor myndighetene leverer vaksiner til klinikkene. I land uten tilstrekkelig infrastruktur benytter man seg av samfunnsbaserte spørreundersøkelser for å estimere vaksinasjonsdekningen.