Hills divisjon ble holdt som reserver i slaget ved Fredericksburg. På dette tidspunktet hadde konfliktene med Lee begynt å nå overflaten. I reorganiseringen av Army of Northern Virginia etter Stonewall Jacksons død, ble ikke Hill utnevnt som korpskommandant. Han hadde allerede blitt koblet fra Lees hær og sendt til hans hjemstat for å rekruttere styrker. Under Gettysburg-felttoget ledet han de konfødererte reservestyrkene som beskyttet Richmond og lyktes i å stå i mot en halvhjertet fremrykning fra Unionens styrker under Dix og Erasmus Keyes sent i juni. Han ble i 1863 sendt til den nylig reorganiserte Army of Tennessee med en midlertidig forfremmelse til generalløytnant for å lede general Braxton Braggs korps. I den blodige og forvirrende seieren i slaget ved Chickamauga, deltok Hills styrker i noen av de hardeste kampene. Etterpå sluttet Hill seg til flere andre generaler som åpent fordømte at Bragg ikke klarte å utnytte seieren. President Davis kom personlig for å rydde opp i denne krangelen, til Braggs fordel, og mot de andre generalene. Army of Tennessee ble reorganisert, og Hill stod uten oppgaver. Davis nektet så å bekrefte Hills forfremmelse, noe som i realiteten degraderte ham til generalmajor.