Jernbanen falt ut av bruk, og ble til slutt helt stengt. Dette skjedde etter innføringen av elektriske trikker og busser. På høyden av bombingen av Malta under andre verdenskrig, kunngjorde Mussolini at hans styrker hadde ødelagt jernbanenettet. Men da krigen brøt ut hadde banen vært stengt i mer enn ni år.