Józef Michalik studerte katolsk teologi ved Łomżas presteseminar. Den 23. mai 1964 ble han ordinert til prest av Czeslaw Falkowski, biskop av Łomża. Han studerte dogmatikk ved kardinal Stefan Wyszyński-universitetet i Warszawa og Det pavelige universitet Angelicum i Roma, der han tok doktorgrad i teologi i 1972.