Isfahan ligger på bredden av Zayandeh Rud. Langs elvens søndre bredd ligger forstaden Djulfa, oppkalt etter den tidligere armenske by Djulfa, hvis innbyggere av Abbas den store i 1605 ble deportert til Isfahan. Mange armenske kirker preger området. Byen hadde tidligere siden sassaniderkongen Yazdegerd Is tid en betydelig jødisk koloni, som imidlertid siden 1900-tallets siste halvdel er svunnet helt bort.