Han ble født Theodore Robert Cowell på Elizabeth Lund Home for ugifte mødre i Burlington i Vermont. Hans mor het Eleanor Louise Cowell, identiteten til hans far er ukjent. Moren hans hevdet senere at hun hadde blitt forført av en krigsveteran ved navn «Jack Worthington». Hennes familie trodde imidlertid ikke noe på denne historien og uttrykte mistanke om at hennes voldelige, misbrukende far, Samuel Cowell, skal ha voldtatt sin egen datter og at hun ble gravid som følge av dette. Uansett hva sannheten var om Bundys foreldre så førte Bundy opp sine besteforeldre på morssiden, Samuel og Eleanor Cowell, som foreldrene til hennes sønn. Dette var for å unngå sosiale stigma fra samfunnet. Bundy vokste opp i den tro at hans mor var hans eldre søster.