Proteiner kan også modifiseres, altså at bestemte molekyler byttes ut, dette kan også beskrives i tertiærstrukturen. Tertiærstrukturen bestemmer hele eller deler av funksjonen til proteinet. Proteiner som har nesten samme sekvens kan i noen tilfeller ha ganske ulik struktur eller de kan være nesten identiske. Det finnes også tilfeller der sekvensene er ulike, men strukturene er meget like.