Malmö FF kvalifiserte seg til gruppespillet i Svenska Cupen 2012/13 i 2012 da de i august, etter ekstraomganger, slo ut Sandvikens IF i 2. runde. Da gruppene skulle trekkes, var Malmö FF rangert som tredje beste lag, på grunn av lagets plassering som tredje beste i 2012-sesongen av Allsvenskan. Gruppene ble trukket november 2012, og Malmö FF havnet i samme gruppe som nylig nedrykkede GIF Sundsvall, nylig opprykkede Östers IF, samt Division 1-klubben IK Frej.