Enkelte steder bygde romerne trebroer over Isar, slik at de enklere kunne komme seg over de sterke strømmene. En av disse ble bygget på den romerske veien mellom Salzburg og Augsburg sør for dagens München. Dermed kunne en lett kontrollere trafikken langs veien og kreve avgifter. Byene München og Landshut, som oppstod i middelalderen, er direkte knyttet til brobyggingen og maktkampene og påvirkningen disse hadde på økonomien. Siden byene var i stadig vekst krevde en stadig mer tømmer og kalk, og dette førte igjen til økt kommersiell flåtedrift. På begynnelsen av 1600-tallet ble varer som middelhavsfrukt, krydder, bomull og silke fra i Mittenwald transportert ned Isar og Donau helt til Wien og Budapest. På 1800-tallet var den kommersielle flåtedriften på topp og om lag 8 000 flåter kom til München hvert år.