Moksja fryser til i månedsskiftet november/desember og er frosset over til i april. Middelvannføringen målt 72 km overfor munningen er 95 m³/s (minimum om vinteren 8,5 m³/s, maksimum i vårløsningen i april 2360 m³/s). I de nedre delene er høyvannsperioden i mai.