Alain Besançon forsvarte sin doktorgradsavhandling under ledelse av Roger Portal. Han var tilknyttet Centre national de la recherche scientifique (CNRS) fra 1960 til 1964. Han begynte sin universitetskarriere ved École des hautes études en sciences sociales som vitenskapelig assistent i 1965, ble deretter assisterende undervisningsleder i 1969, og så endelig undervisningsleder i 1977. Utenfor Frankrikes grenser underviste han ved flere insititusjoner og universiteter i USA, der han holdt en forskningsstilling ved Columbia University i New York, gjesteprofessor ved Universitetet i Rochester i New York, gjesteprofessor ved Wilson Center, Kennan Institute i Washington, DC, Hoover Institution ved Stanford University (mellom 1983 og 1984), og deretter Princeton University. Besançon var ved All Souls College i Oxford (1986).