Han virket som biskop i omkring 40 år, og overlevde Domitians kristenforfølgelse. Under Trajan ble han sammen med andre kristne arrestert og sendt med skip til Roma. Dette kan tyde på at han var romersk borger. De satte ut fra Seleukia, og reiste langs kysten. Under et opphold i Smyrna skal han ha møtt den hellige Polykarp av Smyrna, som da var en ung mann. Ignatius skrev under oppholdet de fire første av de syv brev vi kjenner fra ham, til menighetene i Efesos, Magnesia, Tralles og Roma.