Putnam County ble dannet i 1849. Det var Flordias 28. fylke og satt sammen fra deler av fylkene St. Johns, Alachua, Orange, Duval, og Marion. Fylket fikk navn etter Benjamin A. Putnam som var en soldat under den første seminolekrigene. Han var også en advokat, lovgiver for Florida og den første presidenten av Flordias historiske samfunn. Putnam døde mens han satt i fylkessetet for Palatka i 1869.