Hertugen av Norfolk og hans sønn jarlen av Surrey ble sendt til Tower of London den 12. desember 1546. Hans egen husholdning ble tvunget til å vitne i mot ham, og også hans søster Mary gjorde det samme. Den 3. januar 1547 forsvarte Henry Howard seg i Guildhall mot tiltalen om høyforræderi ved å ulovlig å ha benyttet våpnene til Edvard Bekjenneren, en symbolsk handling som kun var tillatt for kongens arving, overfor dommere som var utvalgt for sitt hat for ham. Han ble dømt skyldig av juryen for å bli hengt, trukket og kvartert, men denne dommen ble ikke utført. Han ble i stedet halshugget den 19. januar 1547 på Tower Hill og ble gravlagt i Allehelgenkirken i Barking. Hans etterlatenskaper ble senere flyttet av hans sønn og gravlagt i et spektakulært malt alabastgrav i St Michael the Archangel i Framlingham.