Jankulovski ble sommeren 2006 tatt ut til å representere Tsjekkia i et mesterskap for tredje gang (andre gang var i EM 2004). Jankulovski spilte samtlige tre gruppekampene for Tsjekkia i VM i Tyskland, men Tsjekkia maktet ikke å ta seg videre fra gruppen, som ble vunnet av . Jankulovski passerte i mesterskapet sin 50. landskamp.