I de neste to åra fant store endringer sted i Zürich. Kirkens styre blei mer sekularisert. Prestene blei fritatt fra å leve i sølibat. Utsmykkingen i kirkene blei skjendet. Statsapparatet overtok eierskap og administrasjonen over Kirkens eiendommer, begynte å finansiere sosiale ordninger og betalte prestenes lønn. Den siste abbedissa av Fraumünster, Katharina von Zimmern, overrakte konventet og tilknytta eiendommer og rettigheter til bymyndighetene den 30. november 1524. Neste år blei hun til og med gift.