Partiet ble stiftet like etter Estlands selvstendighet i 1991, for en stor del av medlemmer fra Folkefronten. Partiet het i begynnelsen Det estiske folkets senterparti, men skiftet navn til Det estiske senterpartiet i 1993. Det fantes også et mindre, «landsbygdas senterparti» som gikk opp i Det sosialdemokratiske partiet. Senterpartiet har siden vært utsatt for flere splittelser og avskallinger, ettersom partisystemet i Estland har tatt form.