Nebbfluene er en meget gammel gruppe, og de forholdsvis få artene som lever i dag er trolig rester av en tidligere ganske artsrik gruppe av insekter. Mebbfluene regnes til gruppe Antliophora sammen med ordenene tovinger (Diptera) og lopper (Siphonaptera). Det er sannsynlig at nebbfluene er en parafyletisk gruppe og at en monofyletisk gruppe som omfatter alle nebbfluene, også omfatter tovingene og loppene, det vil si at den minste gruppen som omfatter alle nebbfluene er Antliophora.