I 1923 fullførte Gaarder candidatus medicinae og 1. januar 1924 ble han konstituert som distriktslege i Hamarøy, hvorpå han ble fast ansatt i stillingen fra september samme år. Som distriktslege kjempet Gaarder for å få etablert ambulanseflyvninger i Hamarøy. Han sto bak de første vellykkede forsøkene, med resultat av at et fly ble fast stasjonert i kommunen. I 1931 gikk han til innkjøp av redningsskøyta fra Redningsselskapet. I deler av sin tid på Hamarøy bodde og drev Gaarder legepraksisen på gården Skogheim på Oppeid. Bjarne Gaarder var midlertidig ordfører i Hamarøy fra 9. mai til 15. september 1945.