Han var da Kirken kom under press ved den franske revolusjon på reise i Italia som legat sammen med kardinal Francesco Maria Pignatelli. Etter den franske okkupasjon i 1796 klarte de to kardinaler å gjenopprette det pavelige overherredømme i de områder som var del av Kirkestaten. Men året etter måtte han på pavelig oppdrag undertegne Tolentino-traktaten som påla kirken betydelige innrømmelser. I juni 1809 måtte han forlate Roma, og dro først i landflyktighet til Bologna, og deretter til Paris.