Aleksander den store nedkjempet Porus ved slaget om Hydaspeselven (nær dagens Jhelum i Pakistan) og erobret mye av Punjab. Greske kolonister slo seg ned ved Khyber-passet og i Punjab. Seleukidene styrte området frem til den østlige delen rev seg løs og dannet det gresk-bactriske kongedømmet i det 3.århundret f.Kr. Islams fremvekst så ankomsten til arabere og sentralasiatiske tyrkere. Sufismen spredte seg fra Sentral-Asia som appellerte til den buddhistiske befolkningen i Pakistan. Gradvis ble befolkningen omvendt til islam. Fra midten av 1500-tallet ble Pakistan del av mugal-riket som for en tid hadde hovedstaden i Lahore.