Dusørjegeren Samus Aran; Hovedpersonen, utforsker overflaten til planeten SR388 med et mannskap da de kommer over parasitten X, et virus som kan gjenskape vertens fysiske utseende og minner. Samus blir angrepet av viruset, men returnerer til romstasjonen i skipet sitt før hun mister bevisstheten og krasjlander. Den galaktiske føderasjonen henter Samus og oppdager at X-parasitten har infisert sentralnervesystemet hennes. En vaksine bestående av celler fra metroider, som er hovedpredatoren til X-parasitten på SR388, kurere Samus og gir henne egenskapen til å absorbere og bruke cellekjernene til X-parasittene.