Galactic Civilization III lar spilleren, i likhet med tidligere spill i serien, bygge sine egne romskip. Bedre teknologi i form av motorer, sensorer eller våpen gir spilleren mulighet til å skreddersy skip for å kjempe mot motstanderens egne skreddersydde skip. Skipsverft kan få støtte fra flere planeter, der avstanden til planeten påvirker produksjonen.