Høyeste besluttende organ i klubben er generalforsamlingen. Møtet godkjenner regnskap og revisjon, samt velger styre og leder. Klubbens nåværende leder er Håkan Jeppsson, som ble valgt i 2010. Klubbens daglige virksomhet håndteres av fungerende direktør i samråd med lederen. Malmö FF er, med sin egenkapital på 92,2 millioner SEK, Sveriges mest velstående fotballklubb.