Jupiter er dekket av skyer av ammoniumkrystaller og muligens ammoniumhydrosulfid. De ligger i tropopausen og er ordnet i striper i ulike breddegrader, kjent som tropiske regioner. Disse er delt videre inn i lyse og mørkere . Vekselvirkningene mellom disse motstridende sirkulasjonsmønstrene forårsaker stormer og turbulens. Vindhastigheter på 100 m/s (360 km/t) er vanlig i sonale strømmer. Sonene varierer i bredde, farge og intensitet fra år til år, men er stabile til å få identifiserende betegnelser.