Vitenskapelige publikasjoner, særlig tidsskriftartikler, blir derfor ofte i tillegg kvalitetssikret gjennom såkalt fagfellevurdering. Dette innebærer at manuskriptet blir sendt til andre forskere som har erfaring fra samme fagfelt (såkalte refereer eller fagkonsulenter), og som skal vurdere manuskriptet. Disse fagfellene skriver så tilbake til utgiveren, påpeker eventuelle feil og svakheter og kommer med en anbefaling om manuskriptet skal publiseres eller ikke. Forfatteren får så enten avslag, pålegg om å forbedre manuskriptet, eller manuskriptet blir antatt. Det er vanlig at det gjennomføres to slike vurderingsomganger, og det er sjelden at artikler blir antatt uten krav om endringer. Ofte krever fagfellene omfattende endringer. Praksis varierer imidlertid en del fra tidsskrift til tidsskrift. Noen tidsskrifter bruker svært krevende fagfeller, og da kan prosessen gjerne ta lengre tid. Antall fagfeller som blir benyttet varierer som regel fra én til tre. Det er vanligst å benytte de samme personen i alle rundene, men noen tidsskrifter bruker nye i hver runde. Det er ofte meningen at fagkonsulentene og forfatteren ikke skal kjenne hverandres identitet, selv om det i praksis ikke alltid er mulig å forhindre det i dag.