Elias av Cortona ble tidlig en av Frans av Assisis disipler, og virket med fremgang i det av Frans startede misjonsarbeide i Syria. Han var ordensvikar 1221-1227 og ordensgeneral 1232-1239. Elias av Cortona fulgte den av kardinal Ugolino innledede utviklingen i retning mot fastere ordensformer, mildnet askese (særskilt angående fattigdomsløftet), studievirksomhet innen ordenen med mer. Dette førte til konflikter med den strengere rektning innen fransiskanerordenen, de såkalte observantene, og førte til Elias av Cortonas fall i 1239.