Etter at opprøret var slått ned ble Elizabeth avhørt, og den 18. mars ble hun fengslet i Tower of London, hvor lady Jane Grey hadde blitt henrettet den 12. februar. Elizabeth fastholdt heftig at hun var uskyldig. Selv om det er usannsynlig at hun hadde konspirert med opprørerne, er det kjent at en del av dem hadde henvendt seg til henne. Marias nærmeste fortrolige, keiser Karl Vs ambassadør Simon Renard, argumenterte for at Marias trone aldri ville være trygg så lenge Elizabeth levde; og kansleren Stephen Gardiner bestrebet seg på å få Elizabeth stilt for en domstol. Elizabeths tilhengere i regjeringen, blant dem William Paget, argumenterte for at det manglet håndfaste bevis for Elizabeths skyld, og overbeviste Maria om å spare søsterens liv. Isteden ble Elizabeth den 22. mai flyttet fra Tower of London til Woodstock, der hun tilbrakte mer enn ett år i husarrest.