Flaccus’ styre endte med en massakre av jøder i Alexandria i 38. I henhold til en del redegjørelse kan han faktisk ha oppmuntret til opptøyene som førte til utbruddet av vold og drap på de jødiske innbyggerne. I henhold til den jødiske filosofen Filon, som selv deltok i en diplomatisk reise til Roma i år 40 for å klage på behandlingen av jødene, ble Flaccus senere arrestert og til sist henrettet for sin andel i denne hendelsen.