Den 9. april 1940 ble all trening stoppet på grunn av krigsutbruddet, og ble først satt i gang igjen 11. juni samme år, da klubben spilte sin første kamp mot Fredrikstad Fotballklubb, der det ble seier 4-2. Fra august ble det igjen spilt Norgesmesterskapskamper og MFK kom «bare» til semifinalen, men vant for første og eneste gang kretsmesterskapet i Østfold – på bedre målforskjell enn Sarpsborg FK.