Sonisk sprayionisering har blitt kombinert med høytrykk væskekromatografi for analyse av medikamenter. Oligonukleotider er studert med denne metoden. SSI har blitt brukt på en måte som ligner desorpsjonselektrosprayionisering for omgivende ionisering og har blitt koblet med tynnsjiktkromatografi på denne måten.