Homofili var praktisert og det finnes flere skriftlige kilder til den spansk-katolske forferdelsen over dette . Den spanske soldaten og senere viseguvernør av Ny-Spania, Pedro Fages, beskrev deres synd og om transvestitter. Han beklaget for å nevne slike kriminelle handlinger. Homofile ble blant annet fanget på Mission Santa Clara og kledd naken og satt i tvangsarbeid. Fader Francisco Palóu skrev om et lignende tilfelle ved Mission San Antonio og hvordan en soldat straffet ham , og hvordan han “håpet disse forbannede personene vil forminske, og at slike avskylige uvaner måtte utryddes . ‘Aqi var ordet for homofil på chumash .