Han fikk grunntrening ved Camp Croft i Spartanburg i Sør-Carolina, og ble sommeren 1943 naturalisert som amerikansk statsborger. Han kom i kontakt med en annen tysk innvandrer, som merket seg Kissingers tyskkunnskaper og intellekt. Kissinger ble således overflyttet til den militære etterretningstjenesten, og meldte seg frivillig til risikable etterretningsoppdrag under Ardenneroffensiven. Under den amerikanske innmarsjen i Tyskland fikk Kissinger ansvaret for å administrere byen Krefeld i Nordrhein-Westfalen, og klarte å etablere et sivilt styre i løpet av åtte dager.