Magat utspringer i Caraballofjellene på 1200 meters høyde. Den markerer den geografiske grense mellom Cordillera Central og Caraballofjellene. Fra sine filder, i kommunen Santa Fe i Nueva Vizcaya, renner Magat i nordøstlig retning i en vid elvedal, med kommunene Ramon I i Isabela) og Alfonso Lista (i Ifugao) med Magat-demningen. Elven munner ut i floden Cagayan nær kommunene Gamu og Reina Mercedes.