Dostum allierte seg med den Sovjet-støttede President Mohammed Najibullah og kjempet mot de anti-kommunistiske mujahedin-styrkene. Da Sovjetunionen i 1988 startet tilbaketrekking fra Afghanistan fortsatte de å støtte Dostum økonomisk, som støttet kommunistisk ideologi og hadde opparbeidet seg mektige kontakter innen det sovjetiske militære system.