I 1969 ble Gianfranco Girotti engasjert i Kongregasjonen for Troslæren. I 1980 ble han professor i kirkerett ved Det pavelige universitet Urbaniana. Han var også fengselsprest ved det romerske fengsel «Regina Coeli». Girotti var prokurator for minorittordenen. Han var også dommer ved appelldomstolen for kirkeregionen Lazio og visepresident for .