Jonas Boruta hadde til hensikt å gå inn på Kaunas-seminaret allerede i 1962, men dette ble forhindret av den sovjetiske okkupasjonsmakten. Han studerte derfor først fysikk og matematikk ved universitetet i Vilnius. Etter eksamen i 1970 arbeidet han ved Institutt for fysikk ved Litauens vitenskapsakademi. Samtidig studerte han fra 1975 teologi ved det litauiske undergrunnsseminaret.