I 1999 ble det med en åttendeplass, et poeng foran rivalen Lyngen/Karnes IL. Den påfølgende sesongen rykket halvparten av lagene i SIK sin avdeling ned da antall avdelinger i 2.divisjon ble halvert fra åtte til fire. SIK berget seg med en fjerdeplass. I 2000 sto også det andre klubbhuset ferdig. Bygget som i utgangspunktet ble eid av SIK og Heimevernet er oppført mellom Skjervøy Kunstgress og Lerøy Stadion. Dette bygget har blant annet kjøkken som benyttes til kiosk under fotballkamper. Skøyteklubben og skigruppa benytter også huset. I dag eier SIK hele huset.