Poděbradys historie går tilbake til middelalderen. En handelsrute fra Praha til det østlige Böhmen og videre til Schlesien og Polen gikk gjennom landskapet, som på den tid var skogkledt med et tett nettverk av elvegreiner langs Elben. Veien krysset over Elben vest for dagens by, ved et sted kalt Na Vinici. En bosetning og en liten festning oppsto ved vadestedet, noe som reflekteres i navnet på byen: Poděbrady – = «nedenfor vadestedet».