Macdonald ble solgt til Arsenal i 1976, etter en rekke krangler med Newcastle-manager Gordon Lee. Han fortsatte scoringsformen for Arsenal, og scoret 57 mål før han i begynnelsen av 1978/1979-sesongen begynte å få alvorlige kneproblemer. I en alder av 28 år ble han tvunget til å legge opp på grunn av sine vedvarende kneskader.