Mykines og Mykineshólmur regnes som et spesielt viktig fugleområde av BirdLife International, som følge av sin betydning som hekkested for sjøfugl, spesielt havhest (50 000 par), havlire (2 500 par), havsvale (50 000 par), havsule (200 par), toppskarv (250 par), krykkje (23 000 par), lunde (125 000 par), lomvi (9 500 individer) og teist (200 par). Havsulen forekommer ikke andre steder på Færøyene. Eroderte tufflag i klippene langs kysten og gresskledte klippetopper danner gode hekkeplasser. Historisk sett har fuglefangst, både i form av fangst av sjøfugl og sanking av egg, vært en viktig binæring for øybefolkningen. Rundt år 1900 ble det fanget anslagsvis 70 000 lundefugler årlig på Mykines. Om sensommeren ble det også jaktet på havsuleunger på Mykineshólmur på nattestid.