Da byggearbeidet var nært fullført begynte virksomheten å flytte de historiske gjenstandene de 280 meter fra Akropolis og til den nye museet fra og med oktober 2007. Dette arbeidet tok fire måneder og krevde bruk av tre tårnkraner for å flytte skulpturene uten uhell. Greske myndighetspersoner uttrykte deres håp om at det nye museet vil bidra til å få Parthenonskulpturene tilbakelevert.