Frøbregnene har en usikker systematisk posisjon. Trolig er gruppen parafyletisk og kan ha gitt opphav bade til moderne nakenfrøede og blomsterplanter. Frøbregnenes frø grodde på en annen måte en frøene til nålevende plante. Selve frøet satt mer eller mindre eksponert i en begerliknende struktur. Selv om frøene var tydelige nakenfrøede, var bladverket bregneaktig og mykt, uten det harde vedvevet som kjennetegner bladene til for eksempel konglepalmer. Frøbregnenen var vindpollinerte.