Morgen besøkte i 1943 Treblinka der Christian Wirth fortalte at tusenvis ble gasset ihjel på Himmlers spesifikke ordre. Aksjon Reinhard ble for det meste gjennomført mens Morgen tjenestegjorde som vanlig soldat. Massedrapene i Treblinka og Sobibor hadde blitt trappet ned da han besøkte Lublin i juli 1943, mens Auschwitz-Birkenau var de eneste gasskamrene som gikk for fullt. Morgen besøkte Auschwitz sensommeren 1943 og var der vitne til at toglaster med jøder ble sortert på perrongen og en stor del sendt rett i gasskammeret. Morgen fikk vite om at massedrap også skjedde ved skyting. Rudolf Höss fortalte at det var nødvendig å holde drapsanlegget hemmelig for driften av Auschwitz. I Berlin fortalte Morgen om sine observasjoner til sine overordnete Ernst Kaltenbrunner og Oswald Pohl; de lovet å undersøke forholdene nærmere. Himmler beskyttet Höss (på Martin Bormanns forespørsel) og forflyttet ham til en kontorjobb et annet sted; mens Morgen innledet sak mot Maximilian Grabner.