I 1829 ble Keyser formelt utnevnt til bestyrer for samlingen, som fra da ble et eget institutt ved Universitetet. I de følgende årene vokste samlingen til en omfattende samling av oldsaker og middelaldergjenstander. I 1837 ordnet Keyser samlingen kronologisk etter steinalder, bronsealder og jernalder, etter mønster av Christian Jürgensen Thomsens treperiodesystem. Fra samme år førte han også fortløpende katalog over samlingen og dens tilvekst.