Filmen starter med at jediene Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) og Anakin Skywalker (Hayden Christensen) ankommer . De flyr inn og ankommer general Grievous (Matthew Wood) sitt slagskip, hvor kansler Palpatine (Ian McDiarmid) holdes fanget. Om bord på skipet møter de grev Dooku (Christopher Lee) og havner i en duell med ham. Obi-Wan blir slått bevisstløs, men Anakin klarer å drepe Dooku, etter oppfordring fra Palpatine. Mord er ikke jedienes rette vei, når den siktede er uten våpen. Etter at Anakin har reddet Palpatine og brakt Obi-Wan til bevissthet, blir de fanget sammen med Anakins skipsdrioide, R2-D2 (Kenny Baker), og brakt til kommandobroen hvor Grievous venter dem. Når de ankommer klarer de å komme seg løs og overta kommandobroen, men Grievous unnslipper, i tillegg til at han skyter ut alle redningskapslene. Anakin og Obi-Wan blir nødt til å føre skipet ned gjennom atmosfæren og styrte det ned på en flystripe på Coruscant.