Politikken for tiden etter frigjøringen ble formulert i april 1945 av landets første etterkrigsregjering under ledelse av Beneš. Košice ble frigjort av sovjetiske styrker i januar 1945 og fungerte en periode som hovedstad. Programmet anerkjente slovakene som en etnisk særegen folkegruppe og la retningslinjer for likebehandling av tsjekkere og slovaker, noe som ble tatt dårlig mot blant mange tsjekkere. Slovakenes erfaring med en egen statsutdannelse under krigen hadde styrket den slovakiske nasjonalismen. I 1945 ble Tsjekkoslovakia gjenopprettet, med unntak av at det ukrainsktalende Rutenia (Karpato-Ukraina) ble avgitt til Sovjetunionen i henhold til den sovjetisk-tsjekkoslovakiske traktaten av juni 1945. De fleste innbyggerne i Karpato-Ruthenia ble ukrainske borgere etter krigen.