Etter en god start på karrieren i Chobienia, kom pesten til byen i 1613 og i 1616 raste en brann gjennom byen. I tillegg døde Heermanns kone barnløs 13. september 1617. Han giftet seg igjen i 1618, denne gangen med Anna Teichmann, datter av en handelsmann. Sammen fikk de fire barn; Samuel, Euphrosina, Johann og Ephraim.