Som sin bestefar håpet også Otto III på å bli etterfølgeren til Karl den store. I 1000 besøkte han Karls grav i Aachen, fjernet relikvier fra graven og transporterte dem til Roma. Otto fikk også hentet deler av kroppen til biskop Adalbert av Praha, som han plasserte i den nye kirken San Bartolomeo all'Isola som han hadde bygget på Tiberøya i Roma. Otto hadde også lagt huden av sankt Bartholomeus sammen med andre relikvier som var plassert der.