Sesongen 05-06 var han i startoppstillingen til sesongens første kamp mot Panathinaikos, hvor han scoret det første målet i 2-0 seieren på bortebane med en flott heading. Senere det året ble han viden kjent i Norge, da han på brutalt vis brøt leggen til Per Ciljan Skjelbred med en stygg takling. Selv om Stoltidis sjelden har lagt noe i mellom i taklinger, gikk denne dypt innpå han da det ikke var meningen å gjøre 18-årige Skjelbred skadet. Olympiakos vant det samme året The Double igjen, og Stoltidis ble kåret til årets greske fotballspiller.