Han mottok æres-Oscar (Academy Honorary Award) i 2000, og var blant de mest fremtredende medlemmer av Den polske filmskole (). Wajda mottok også Gulløven- ærespris under Filmfestivalen i Venezia i 1998 og Gullbjørnen- ærespris under Filmfestivalen i Berlin i 2006. Han vant César-prisen i 1982 og European Film Awards i 1990. Hans film vant Palme d'Or på Filmfestivalen i Cannes i 1981. Fem av filmene hans er dessuten blitt Oscar-nominert i kategorien beste fremmedspråklige film, inkludert hans siste produksjon.