Elbe er om lag 3 km bred ved Brunsbüttel. Vanlig tidevannsforskjell er på mellom 2,5 og 3 m. Området er oppdemmet marskland langs elveutløpet. Byen har ingen naturlige høydedrag og ligger knapt over havnivå. Utgravinger i forbindelse med anleggelsen av Kielkanalen mellom 1887 og 1895, og nye sluser mellom 1908 og 1914, har skapt noen kunstige høyder. Kanalen deler byen i en østlig og vestlig del. Gjennom byen renner også dreneringskanalen Braake, som oppstod under juleflommen i 1717. Braake brukes også til rekreasjonsformål.