Den nære forbindelsen til kirka førte til at Sorbonne ble stengt under den franske revolusjon. Napoleon gjenåpna Sorbonne i 1808 og gjorde det til en del av Universitetet i Paris. Mellom 1808 og 1885 tjente Sorbonne som sete for det teologiske fakultetet og for Académie de Paris. På slutten av 1800-tallet ble alle bånd til kirka løst, og universitetets frie stilling sikra.