Museum ble i 2012 hedret med, ViS-prisen, som er Vitenskapsakademiet i Stavangers pris for forskningsjournalistikk I 2014 ble programmet tildelt Sverre Steen-prisen for «Bred, levende og entusiastisk formidling [som] bidrar til å skape historieinteresse og kunnskapsglede blant store grupper». Sverre Steen-prisen gis av Den norske historiske forening (HIFO). MUSEUMs programleder Øyvind Arntsen ble i 2014 også tildelt Riksmålsforbundets Lytterpris.