Den 10. september 1943 overtok han kommandoen over sikkerhetspolitiet og SD i Roma, og iverksatte konfiskasjon av jødisk eiendom. Han planla deportasjonen av Romas jødiske befolkning (ca. 8.000 til 10.000 mennesker). Allerede den 26. september 1943 hadde Kappler lovet at intet medlem av Romas jødiske menighet skulle deporteres, men til gjengjeld for dette løftet hadde han krevd - og mottatt - 50 kilogram gull fra menighetens ledere. Pave Pius XII hadde fått vite om utpressingen og lovet jødene å bistå med gull, men nok gull var i mellomtiden blitt innsamlet. Kapplers plan var at denne kombinasjonen av utpressing og narrespill skulle få jødene til å føle seg så trygge at de ikke gikk under jorden; lignende lureri var tidligere blitt anvendt av SS overfor jødiske menigheter i andre hærtatte land.