Brockenhuus var sønn av generalmajor Caspar Christopher Brockenhuus og Cathrine Hedevig von Løwenhielm. Han ble hovedarving til morfaren Hans von Løwenhielms store eiendommer på det vilkår, at han skulle anta familien Løwenhielms navn og våpenskjold. Han arvet således flere gårder, hvoriblant Vejrup og Selleberg, mens han selv tilkjøpte Sanderumsgård, alle på Fyn.