Theophanes var født i Konstantinopel, det tidligere Bysants, i Østromerriket av rike foreldre som tilhørte aristokratiet. Hans far Isaac var guvernør på de bysantinske øyene i Svartehavet. Han døde da Theofanes var tre år, og Theofanes vokste opp og fikk sin utdannelse under oppsyn av den østromerske keiser Konstantin V Kopronymos. Hans mor het Theodora, man vet lite om hennes familie.