I 326 f.Kr. ble Nearkhos gjort til navark av flåten som Aleksander hadde bygget ved elven Hydaspes (i dag Jhelum i Punjab). Imidlertid var hans , det vil si at han selv var ansvarlig for finansiere skipene. I løpet av sjøreisen ble skipene skadet, og Nearkhos ble bedt om å bli igjen for overvåke reparasjonene før han fortsatte videre nedover elven. Det indikerer kanskje kunnskap om skip og skipsbygging. Han hadde fortsatt kommandoen over flåten fra Indus og langs Persiabuka. Selv om han var navark, var han ikke avhengig av sjømannskunnskap, hans rorsmann var Onesikritos (som også skrev sin beretning om Aleksanders erobringer). I løpet av sjøreisen ble Nearkhos den første greske sjøkaptein som besøkte Bahrain, som grekerne kalte Tylos. Hans besøk markerte begynnelsen på Bahrains innlemmelse i den hellenistiske verden, markert av dyrkelsen av den greske guden Zevs (som den arabiske solguden Shams) og gresk ble snakket av de øverste samfunnsklasser. Han besøkte også andre steder langs kysten av Persiabukta, blant annet øya Lâzeh (Lavanøya på motsatt side av Qatar) hvor han observerte perledykkere.