Desaguliers ble prest i Church of England. Etter oppfordring fra James Brydges, 1. Duke of Chandos, ble han sogneprest i i Little Stanmore. mini|, der John Theophilus Desaguliers var sogneprest. Den 14. oktober 1712 giftet Desaguliers seg med Joanna Pudsey, datter av William og Anne Pudsey av Kidlington, i nærheten av Oxford. De fikk fire sønner og tre døtre. Men bare to av disse barn overlevde barndommen: John Theophilus (1718–1751) ble uteksaminert fra Oxford University, utdannet seg til prest, og døde barnløs, mens Thomas Desaguliers (1721–1780) hadde en vitenskapelig og militær karriere.