En konflikt i 1584 nord for Galway førte til at en klanhøvding og hans menn flyktet til Alanøyene og søkte beskyttelse hos O’Brien, men de ble nedkjempet av O’Flaherty og deres engelske allierte. O’Flaherty overtok Aranøyene. O’Brien klagde til den engelske monarken, og en kommisjon ble etablert i Galway i 1587 for å avgjøre eierskapet til øyene. De engelske myndighetene besluttet å annektere øyene da de mente de var av strategisk betydning i forsvaret mot en fransk og spansk invasjon. Annekteringen ble begrunnet i at øyene var klosterland, og irske klostre var etter engelsk lov underlagt monarken. Øyene ble derfor bevilget til John Rawson av Athlone på betingelsen at han hold en garnison av soldater der. Han solgte rettighetene til øyene til Lynch-familien i Galway i 1588. Åpenbart var de eneste som ikke ble rådført eller tatt hensyn til var de innfødte på øyene som hadde vært der i tusenvis år.