Jón var født i Norge; sønn av presten Loft Sæmundsson (eller Lopt) som igjen var sønn av den kjente historikeren og presten Sæmund Frode. Moren Tora Magnusdatter var datter av kong Magnus Berrføtt. Han ble oppfostret på Konghelle i Båhuslen i Norge hos Anders Brunsson, prest ved Korskirken der. Kort tid før venderne kom og herjet på Konghelle i 1135 hadde Loft og sønnen Jón seilt derifra.