Beenhakker returnerte til Nederland 1. juli 1989, og tok over Ajax igjen, Det førte til gode resultater, og i 1990 kunne Ajax heve pokalen etter å ha endt øverst. I 1990 var dessuten Beenhakker landslagstrener i EM-sluttspillet, men det ble ikke noen suksess og han fortsatte som Ajax-trener.