Da Palpatine selvutnevnte seg som keiser i Det Galaktiske Imperiet, gav han beskjed om utførelse av Ordre 66. Han styrte selv både klonehæren og droidehæren. Yoda var på planeten Kashyyyk, og overværte slaget mellom Separatistene, klonenene og Wookieene. Han følte døden til alle jediene som ble drept av hærene sine da Ordre 66 ble utført. Yoda blir forsøkt drept av klonene, men unnslapp ved hjelp av Wookieenes leder Tarfful og Chewbacca. Han returnerte til Coruscant, hvor han møtte Obi-Wan som også har unnsluppet. De dro tilbake til Jeditemplet, som har blitt inntatt av klonene. Der stoppet de i et forsøk på å narre de overlevende jediene til å dra tilbake til Coruscant. De fant også et hologramopptak hvor de så at Anakin var gjerningsmannen. Yoda innså at alt håp om å bringe Anakin tilbake var nytteløst, og han sendte Kenobi for å drepe sin tidligere Padawan. Obi-Wan fortalte at han ikke kunne slåss mot Anakin og at han heller ville slåss mot Darth Sidious. Men Yoda insisterte: ”Til å møte denne Lord Sidious, sterk nok er du ikke”.