Etter at japanerne hadde tapt Filippinene, ble han utnevnt av den amerikanske general Douglas MacArthur til militærguvernør for hjemprovinsen Zambales. Han ble kongressmann, og i sin periode i den filippinske kongress (1946-1950) utviklet han en slagplan for å slå ned Hukbalahap-geriljaen . Dermed ble han utnevnt til forsvarsminister av president Elpidio R. Quirino. Han reformerte hæren, tok til fange kommunistpartiets topplederne, bekjempet -opprørerne, og kombinerte den militære innsats med å åpne og utvikle nye landområder, særlig på Mindanao for nybyggere fra de områdene der Huk-opprørerne hadde sin beste grobunn på grunn av eiendomsforholdene innenfor landbruket. Etter en tvist med Quirino søkte han i 1953 avskjed fra sin ministerpost. Han forlot det regjerende liberale parti og sluttet seg til nasjonalistpartiet og ble dets presidentkandidat. Han vant presidentvalget i 1953 med stor margin, og Quirino måtte gå av. Da han ble innviet, var han den første filippinske presidenten som var ikledd barong tagalog, en tradisjonell filippinsk skjorte.