Under fransk «beskyttelse» ble Den helvetiske republikk etablert, og selv om denne kun skulle vare i fem år, introduserte den mange radikale reformer. Den nye grunnloven gav innbyggerne mange nye rettigheter, og var basert på den radikale franske grunnloven. Sveits fikk nå et sentralisert styresett, noe som ble tatt ille opp av mange kantoner som var godt vant med stor autonomi. Dette førte til borgerkrig, noe som gjorde at Napoleon intervenerte og gjenopprettet det lokale selvstyret. Kantonene ble likevel tvunget inn i en allianse med Frankrike, og tusenvis av sveitsere ble innrullert i Napoleons armé.