Han var gift to ganger, 1903 og 1916. I først ekteskap med Signe Amalie Eide (1876-1911) fikk han seks barn. Tre av dem vokste opp. Den eldste var Fridtjov Isachsen. I andre ekteskap med Marie Sophie Frederikke Steenstrup (1884-1958) fikk han ytterligere åtte barn. Fem av dem vokste opp.