Jorge María Mejía ble presteviet i 1945, og tok etter fordypningsstudier i Roma doktorgrad i teologi og lisensiat i bibelteologi. Deretter virket han som professor for gammeltestamentlig eksegese i Det katolske universitet i Buenos Aires. Han var med som sakkyndig under Annet Vatikankonsil. Mellom 1967 og 1977 var han sekretær for de latinamerikanske biskopers byrå for økumenikk.