I januar 2014 uttalte Aguilar at homoseksuelle mennesker kunne kureres og sammenlignet homofili med sykdommer som krever behandling, for eksempel mot høyt blodtrykk. Påtalemyndigheten i Malaga startet en kriminell etterforskning av «oppfordring til hat basert på seksuell legning» etter at LHBT-foreningen sendte inn en klage mot Aguilar og bystyret i Malaga enstemmig distansert seg fra den 84-årige erkebiskopens uttalelse.