Frentzen fortsatte videre til Tysklands Formel Opel Lotus i 1988, i juniorteamet til den tidligere Formel 1-føreren Jochen Mass, som hadde blitt imponert av Frentzens prestasjoner i Formel Ford. Frentzen ble mester i den tyske serien i sitt første år, og deltok også i Formel Opel Lotus Euroseries, hvor han avsluttet sesongen på sjetteplass. Det neste steget var det tyske -mesterskapet i 1989, hvor Frentzen konkurrerte mot mange framtidige stjerner, som Michael Schumacher og Karl Wendlinger. På den tiden jobbet Bernie Ecclestone sterkt for å få en tysk fører i Formel 1, så ONS (den tyske nasjonale motorsportkomiteen) bestemte seg for å støtte både Frentzen og Schumacher. ONS satte opp en Formel 1-test som belønning til den føreren som først vant et Formel 3-løp. Dette ble Schumacher, i et kontroversielt løp i Zeltweg, Østerrike, hvor Frentzen påsto at Schumacher hadde presset han ut av banen. Schumacher fikk imidlertid ikke Formel 1-testen uansett, da Karl Wendlinger vant det tyske Formel 3-mesterskapet med Frentzen og Schumacher på delt andreplass.