Under den romerske keiser Maximinus I Thrax opplevde den kristne kirke store forfølgelser, og Hippolytus ble sammen med Callistus' etterfølger, pave Pontian I, deportert til Sardinia i 235, hvor begge døde. På det tidspunkt var Hippolytus åpenbart blitt forsonet med den offisielle kirke, idet likene av både Pontian og Hippolytus det følgende år ble bragt til Roma, der de fikk offisielle begravelser.