Spillet begynner med at Jack Bauer venter utenfor et skip ved en havn i Los Angeles, hvor en gruppe terrorister planlegger å ødelegge vann-forsyningen. Spillet handler også om ett angrep mot USAs visepresident Jim Prescott, og et gass-angrep med saringass lokker også flere CTU-agenter bort fra hovedkvarteret deres. Samtidig som veldig mange agenter er distrahert, går terrorister til angrep for å ta over bygningen deres og ta de andre medarbeiderne som gissel. Terroristene henretter en rekke gisler, inkludert data-analytiker Sean Walker før de stikker av med en stjålet harddisk. Jack Bauer får ytterligere problemer når hans egen datter Kim Bauer blir kidnappet.