Den 19. mai 1983 utnevnte pave Johannes Paul II Gracida til biskop av bispedømmet Corpus Christi. Han ble innsatt i embetet den 11. juli 1983. I januar 1989 oppfordret biskop Gracida til boikott av alle Pepsi-Cola-produkter på grunn av en av selskapets reklamekampanjer, som benyttet en video av pop-artisten Madonna som Gracida og andre religiøse ledere betraktet som blasfemisk. Pepsi trakk til slutt annonsene og kansellerte kontrakten med Madonna. I juni 1990 ekskommuniserte Gracida to sognebarn i bispedømmet med henvisning til kanonisk rett, fordi de ytet lovlige aborttjenester til kvinner.