Cools henrettet av to tunisiske leiemordere på motorsykkel 18. juli 1991 på en parkeringsplass i Liege. Hans venninne overlevde skuddene. Leiemorderne var hyret av mafiaen. De to leiemorderne ble dømt i Tunisia til 25 års fengsel i 1998. Den belgiske politikeren Alain van der Biest var en av de som ble siktet for å stå bak mordet, men han begikk selvmord i 2002. To andre, Richard Taxquet (Biests personlige sjåfør) og Giuseppe "Pino" di Mauro ble i 2004 dømt til 20 års fengsel for medvirkning til mordet. Etterforskningen røsket opp i flere skandaler i Belgia fra 1990-årene, blant annet Agusta-affæren.