Etter å ha flyktet fra Finland til Sovjetunionen ble Kuusinen en innflytelsesrik embetsmann i den statlige administrasjonen. Han var medlem av Sovjetunionens Politbyrå, det høyeste statlige organ. Kuusinen fortsatte sitt arbeid under Nikita Khrusjtsjovs ledelse (1953–1964). Han var sekretær for Sovjetunionens kommunistpartis sentralkomite mellom 1957 og 1964. I 1952 og igjen i 1957 ble han også valgt til presidiet av sentralkomiteen. Kuusinen var en av redaktørene av , som anses som en av de grunnleggende verkene innenfor dialektisk materialisme og leninistisk kommunisme. I Kreml ble han ansett som liberal – og fra den tidsmessige avstanden pekte hans tenkning frem til perestroika. Mens han redigerte et nytt partiprogram for «rask utvikling av landbruk, industri og teknologi» gikk han inn for å gi opp konseptet proletariatets diktatur, til forferdelse for de mere konservative ideologene. I dette ble han støttet av Khrusjtsjov.