Vartov fungerte som hospital frem til nedleggelsen i 1934. Stiftelsen flyttet i stedet ut på Lersø Parkallé hvor man stadig driver pleiehjemmet Gammel Kloster. De følgende årene ble Vartov benyttet av Københavns kommune og av praktiske grunner ble det derfor gravd en tunnel over til rådhuset; tunnelen eksisterer stadig, men har blitt blendet.