Erik viste stor grad av politisk klokskap da han gjennom Arboga artiklar av 1561 fratok hertugene all rett til å være noe annet enn kongens undersåtter. Det har blitt antatt at Erik i tillegg prøvde å minske avstanden mellom hertugene og de øvrige undersåttene ettersom han ved kroningen i juni 1561 innførte greve- og friherreverdigheten i Sverige. Disse tjente imidlertid heller til å knytte adelen nærmere til seg, noe han også gjorde ved å avstå fra en del gods som faren hadde inndratt. Allerede i forbindelse med arveskiftet etter faren hadde Erik gjort sin kongelige myndighet gjeldende på en måte som forarget broren Johan, hertug av Finland, og Arboga artiklar gjorde han ikke noe blidere. Også andre motsetningsforhold oppsto mellom brødrene. I 1561 tok Erik Tallinn under beskyttelse og begynte på en erobring av Estland. Disse begivenhetene ble bestemmende for retningen på Sveriges utenrikspolitikk gjennom de nærmeste århundrene ettersom de innledet Sveriges erobringstokt og la grunnlaget for dets velde på den andre siden av Østersjøen og innledet en forbitret kamp om kontroll over området, med Polen og Russland som de fremste motspillerne selv om også Danmark hadde interesser i området.