Gruvens avgangsmasser genereres med en hastighet på tonn per dag, og er gjenstand for noe miljømessig bekymring ettersom de skyller inn i Aikwa-elvesystemet og Arafurahavet. Dette er knust stein og elven har derfor svært høy sedimentbelastning dette har redusert livet i elven. Overdekket forblir i høylandet, opptil 480 m dypt og dekker 8 km. Detter er en del av forvaltningsplanen, det er dekket med kalkstein og konstant overvåket. Det er også noe sur avrenning og finere materialet som blir vasket inn i overvannet til Wanagon-elven. Den legger seg langs elveløpet og deretter ut i havet. Et konstruert system av leveer bygget for formålet fanger opp mye av avgangsmassene. Etikkrådet i Statens pensjonsfond anbefalte i 2006 å utelukke Freeport McMoRan på grunn av at avgangsmasser fra Grasberg-gruven er deponert i et naturlig elvesystem. Fondet solgte seg ut av Freeport-McMoRan i 2006 og Rio Tinto i 2008 på bakgrunn av dette. Rio Tinto hadde på dette tidspunktet eiendeler i gruven, de har senere solgt seg ut og er igjen tatt opp i fondet.