For Lie innebar heller ikke denne endringen særlige realitetsendringer, og han kunne videreføre prosessen med å omdanne politiet til et nasjonalsosialistisk redskap og prosessen med å omdanne Norge til en SS-stat. I denne stillingen var han ansvarlig for planleggingen av aksjonene mot jødene. Men perioden som politiminister i Quislings regjering var preget av hans engasjement andre steder, særlig innen GSSN, verving til Waffen SS og senere i Finnmark, videre ble svakhetene i hans arbeidsstil og dårligere psykiske og fysiske helse stadig tydeligere. Hans støtte hos tyskerne ble svekket, også hos Himmler.