Khizanishvili startet karrieren i Dinamo Tbilisi, før han bare ett år senere forlot laget til fordel for naboklubben FC Tbilisi. I 1999 skrev han under for enda en rival, Lokomotiv Tbilisi, hvor han etterhvert ble meget ettertraktet av europeiske toppklubber. Khizanishvili brøt kontrakten med laget sitt, og skrev under for Dundee FC i mars 2001 etter mislykket prøvespill hos Arsenal, Fulham og West Ham United.