Litauen har også 758 elver som er lengre enn 10 km. Den største av dem er Nemunas (russisk Neman, tysk Memel), som er 937 km lang og har sitt utspring i Belarus. Nemunas danner grense til Kaliningrad oblast i nedre løp. Nemunas med bielver drenerer det meste av Litauen og renner ut i den kuriske bukt. Andre store elver er Neris (510 km), Venta (346 km), and Šešupė (298 km). De fleste elver er bielver til Nemunas og Kaunas ligger ved samløp mellom Neris og Nemunas. De fleste elvene er slakke og flyter langsomt. Det er bare rundt 600 km av elevene som kan seiles av båter. Største innsjø er Drūkšiai på 44,79 km².