Han ble valgt til biskop av Viseu den 21. november 1526, og ble senere portugisisk statsminister. Han foretrakk å bo i Roma fremfor ved hoffet i Lisboa, og bad kongen om tillatelse til å forlate riket for å delta ved Tridentinerkonsilet. Dette be nektet ham, men han ignorerte forbudet og dro i all hemmelighet til Italia i 1540 for aldri å vende tilbake til hjemlandet. Paven sendte ham som ambassadør til republikken Venezia i 1540.