Før han tjente som president, hadde Khatami vært en representant i parlamentet fra 1980 til 1982, leder av Kayhan-instituttet, minister for kultur og islamsk rådgivning (1982–1986, og igjen for en ny periode fra 1989 til 24. mai 1992, da han trakk seg), leder for Nasjonalbiblioteket i Iran fra 1992 til 1997 og medlem av øverste råd for kulturrevolusjonen.