Ioniseringen kan enten utføres i positiv eller negativ ioniseringsmodus. I positiv modus tillater de relative protonaffinitetene til reaktantionene og de gassformede analytmolekylene enten protonoverføring eller adduksjon av reaktantgassioner for å produsere ionene [M + H] av molekylartene. I negativ modus produseres [M-H] ioner av enten protonabstraksjon, eller [M + X] ioner produseres av anionfeste. Mest arbeid med APCI-MS-analysen har vært i positiv modus.