Eustathios' viktigste verker er: Om erobringen av Thessalonike, en øyenvitneredegjørelse om beleiringen i 1185 og de påfølgende lidelsene til folket i Thessalonike. I de tidlige seksjonene av denne memoaren beskrev han også de politiske hendelsene i Konstantinopel fra keiser Manuel Is død via det korte styret til Alexios II til maktranet til Andronikos I, og med skarpe kommentarer til de involvertes aktiviteter. Den greske teksten ble redigert av Kyriakidis, oversatt til italiensk av V. Rotolo; det er en engelsk oversettelse av J. Melville-Jones, og til tysk av H. Hunger. Et antall taler, en del som har blitt redigert av P. Wirth (Eustathii Thessalonicensis Opera Minora). Kommentarer på Homers og (Παρεκβολαὶ εἰς τὴν Ὁμήρου Ἰλιάδα καὶ Ὀδύσσειαν). Disse tar opp spørsmål om grammatikk, etymologi, mytologi, historie og geografi. De er mer å betrakte som gjennomgang og utdrag fra tidligere kommentarer enn som originale kommentarer. Mange av dem samsvarer således med homeriske skolia. Ettersom de støtter seg på tallrike verker fra grammatikere i Alexandria og senere kommentarer, mange som har gått tapt, er dette viktig for forskningen på Homer.