I 1912 besøkte Klausner Palestina for første gang, og slo seg ned der i 1919. I 1925 ble han professor i hebraisk litteratur ved Det hebraiske universitet i Jerusalem. Han spesialiserte seg i den andre tempelperiodes historie. Selv om han ikke var en ortodoks jøde, overholdt han sabbaten og kostholdslovene. Han hadde brede kunnskaper om Talmud og midrasjisk litteratur.