Sammen med 134 andre fanger ble Marusarz dømt til døden for «aktivitet mot Det tredje riket». Etter en dramatisk flukt fra fengselet i Kraków, kom han seg etter en tid i midlertidig sikkerhet i Ungarn, og oppholdt seg der under resten av krigen. Før krigen endte ble han igjen arrestert og dødsdømt, men han unnslapp på ny, og kunne vende tilbake til Polen da freden kom.