Allerede 4. september 1939, dagen etter at Storbritannia erklærte krig mot Tyskland etter innmarsjen i Polen, meldte Turing seg ved Blechtley Park, hovedsetet for GC&CS under krigen. Spesifikasjonen av The Bombe var hans første store bidrag til kryptoanalyse under krigen. Videre utledet han detaljer ved prosedyrene som ble benyttet av den tyske marine og statistiske metoder for bedre utnyttelse av The Bombe, senere kjent under navnet Han utførte også arbeider rundt kam-settingen på Lorenz SZ 40/42 («Tunny») omtalt som og mot slutten av krigen deltok han ved Hanslope Park i utviklingen av kryptert talesamband under kodenavnet .