Etter krigen ble Wünsdorf ledelseshovedkvarter for den sovjetiske armégruppe i Østtyskland og fikk en særlig stilling lignende den som okkupasjonsmaktenes baser i Vestberlin hadde. De sovjetiske stryrker i Wünsdorf levde innen et inngjerdet område og hadde egne tropeptransporttog som daglig avgikk mellom Wünsdorf og Moskva. De siste styrkene forlot området i 1994.