Det ble vanligvis sagt at Afrodite ble født i nærheten av hennes religiøse hovedsenter Páfos på øya Kypros, og det er derfor hun noen ganger kalles «kypriotisk», spesielt i de poetiske verkene til Sapfo. Helligdommen til Afrodite , som markerte hennes fødested, var et pilegrimssted i den antikke verden i flere århundrer. Andre versjoner av myten hennes har henne født nær øya Kythira, derav et annet av hennes navn, «Kytherea». Kythira var et stoppested for handel og kultur mellom Kreta og Peloponnes, og det kan være slik at disse historiene er de forhistoriske sporene etter migrasjonen av Afrodites kult fra Midtøsten til det greske fastlandet.