USA, Pakistan og Saudi-Arabia fortsatte også å støtte mujahedin. Etter Augustkuppet i Sovjetunionen i 1991 mistet den afghanske regjeringen støtten fra Moskva, og ble senere styrtet 28. april 1992, etter at den etnisk usbekiske militslederen Abdul Rashid Dostum deserterte og allierte seg med Ahmad Shah Massoud. En islamsk stat ble opprettet, men manglende samhold mellom mujahedin-krigerne begynte å manifestere seg i voldsbruk. En ny borgerkrig startet, denne gangen mellom fraksjoner innenfor mujahedin. Mens de hardeste kampene under sovjetkrigen hovedsakelig hadde funnet sted på landsbygda og i de mindre byene, skjedde de hardeste kampene under den nye borgerkrigen i Kabul og andre store byer. Rundt afghanere ble drept under de urbane kampene i perioden 1992–1996, som endte med seier til Taliban.