Gerhard Seeberg var sønn av Johan Larsen Seeberg, en handelsmann i Tønsberg, og Margrethe Lange. Han ble student i 1752, tok attestas i 1755 og holdt dimisspreken i 1757. Senere studerte han ved Elers' kollegium i København, hvor han satte seg i gjeld og ble kjent for sine teologiske spekulasjoner. I 1771 utga han , som skal ha blitt utgitt på prinsesse Charlotte Amalies bekostning.