Francisco Dagohoy ble rasende på presten, og fikk mange med seg. Den 24. januar 1744 startet oppstanden med drapet på den italienske sognepresten i Jagna, pater Giuseppe Lamberti. Kort tid etter drepte Dagohoy også pater Morales, og oppstanden spredte seg så over hele Bohol. Dagohoy nedkjempet de spansk-filippinske styrkene som ble satt inn mot ham. Han erklærte øyes uavhengighet og etablerte en egen regjering i fjellene, og var i stand til å utøve kontroll med storparten av øya. Også etter Dagohoys død fortsatte oppstanden, og spanjolene klarte bare å holde på noen få landsbyer lands sørkysten.