Spillet foregår om lag tusen år inn i fremtiden. Spillet beskriver en lang historie som bl.a. innebærer en utenomjordisk epidemi som raserte sivilisasjonen. Men menneskene kom seg på beina igjen, bare for å stå overfor en ny fiende: Intelligente maskiner. Jorden er nå totalt ødelagt av maskiner med kunstig intelligens som driver en nådeløs og høyteknologisk jakt på menneskeheten med det mål å utslette den. Denne maskinelle fienden kalles . En av måtene dette skjer på er gjennom å infiltrere alle datanettverkene som finnes, med det mål å vende menneskenes teknologi mot dem selv. Menneskene er ved hjelp av ormehull- og annen overlyshastighetsteknologi spredt ut i nesten hele Melkeveien i et forsøk på å unnslippe maskinene, eller seg selv. Etter Jordens ødeleggelse ble nemlig planeten i Procyon-systemet en hovedbase for det som skulle bli kalt , et galaktisk imperium som deler galaksen inn i tre soner. Flere kriger mot Maskinveldet og menneskene imellom har gjort at det kun er den innerste sonen, , som er under full kontroll av Imperiemakten. er bare delvis kontrollert, mens er preget av en rekke selvstendige statsdannelser. Spillernes karakterer er i hovedsak tilknyttet en organisasjon. Det finnes en rekke organisasjoner i galaksen, som enten bekjemper Maskinveldet, Imperiemakten eller begge. Organisasjonen definerer i stor grad hvordan karakterene skal forholde seg til ulike situasjoner som oppstår.