Til tross for disse gode forslagene sto Bacon i mange henseende fortsatt i sin tids standpunkter. Som middelalderens realiser så han naturens «utspringskilde» i tingens «former», hypostaseringer av deres begrepsmessige oppfattede vesen. Og han forsto ikke den betydning som matematikken hadde for den moderne naturvitenskapen, slik denne allerede på hans tid var blitt grunnlagt av Galilei og andre. Han foraktet skolastikkens syllogistiske spissfindigheter og forsto derfor ikke at deduksjon er uomtvistelig også i metoder som baserer seg på induksjon.