Etter han la opp som spiller har Ehlers hatt en lang og merittert karriere som trener. Han startet trenerkarrieren for moderklubben AaB Ishockey før han begynte sitt trenervirke i sveitsisk ishockey. Han trente NLB-klubbene (nivå to) EHC Biel og SC Langenthal og ledet begge klubber til NLB-titler og opprykk til National League A (NLA). På øverste nivå i sveitsisk ishockey har han trent klubbene Lausanne HC og SCL Tigers. Han er blitt kåret til beste trener i National League (NL) to ganger (2015 og 2019). Han var Danmarks landslagstrener fra 2017 til 2023 og ledet Danmark till sin første OL-deltagelse i 2022. Siden 2023 har han vært trener for sveitsiske EHC Visp i Swiss League.