Fra 1905 var Amdrup adjutant hos prins Valdemar og inntrådte i 1913 i (fra 1931: ), der han var formann 1930–1931. Han ble utnevnt til kommandør i 1916, kontreadmiral i 1925 og viseadmiral i 1927. Amdrup var medlem av redaksjonen for 1921 (, LX og LXI).