Funk var født i 1884 i Warszawa som sønn av en prominent dermatolog. Etter endt skolegang i Warszawa, studerte han biologi og kjemi hos Stanisław Kostanecki i Universitetet i Bern, Sveits, hvor han i 1904 tok doktorgrad i organisk kjemi. De neste årene arbeidet han ved Pasteurinstituttet i Paris, universitetet i Berlin og Listerinstituttet i London, hvor han forsket på årsakene til sykdommen beri-beri. I 1912 innførte han begrepet vitamin, da han oppdaget og isolerte det første vitaminet B1. Hans forskning gjorde det mulig å påvise dette vitaminet i forskjellige matvarer, som for eksempel melk eller gjær. Han forutsa at vitaminmangel kunne føre til sykdommer som rakitt, skjørbuk eller pellagra.