I 1939 ble han mobilisert, men så demobilisert i 1940. Samme år sluttet han seg til motstandsbevegelsen i gruppen i den uokkuperte sone i Pau, Grenoble og Toulouse. Fra denne gruppen utsprang gruppen . Fader de Naurois var med på å hjelpe til å organisere flukten til jøder fra det okkuperte Frankrike til Sveits og Spania.