Miscavige giftet seg 1982 med Shelly Miscavige. Hun har ikke vært sett offentlig siden 2007. Etter å ha fått anmeldelser om at hun skulle ha forsvunnet har Los Angeles-politiet lagt bort saken da de har vært i kontakt med henne. Flere kilder oppgir at hun antagelig befant seg på Church of Spiritual Technologys hemmelige base i nærheten av Lake Arrowhead i California, og fortsatt er lojal til L. Ron Hubbards lære. Miscavige er nær venn med skuespilleren og scientologen Tom Cruise, og har blant annet vært hans forlover ved Cruises brullyp. Ifølge flere avhoppere utøver Miscavige stor innflytelse på Cruise.