Den 9. august 1999 ble Putin én av Russlands tre visestatsministere. Senere samme dag ble Sergej Stepasjins regjering avsatt, og Putin ble da utnevnt til konstituert statsminister av Jeltsin. Det skjedde i forbindelse med den andre Tsjetsjenia-krigen og Putin ga hæren frie tøyler i Tsjetsjenia. Jeltsin uttalte også at han foretrakk Putin som sin arvtager.