Historien følger blant annet Mario og Luigi finner opp hjulet for neandertalere. Men Ludwig og Bowser prøver å forpurre disse planene. Bowser lokker snart alle huleboerne til sirkuset sitt, og Super Marios følger etter dem for å se hva som foregår. Det viser seg at dette var en felle, for at huleboerne skal bli spist av dinosaurer. Når Super Marios går på leting etter en savnet neandertaler, møter de den mektige trollmannen Kamek. Yoshi, som blir livredd, løper sin vei. Deretter blir Super Marios fanget i det hjemsøkte huset, og det er til slutt opp til Yoshi å redde dagen. Senere åpner Bowser et gatekjøkken i forsøk på å tiltrekke seg alle huleboerne. Men gjestene vet ikke at tingene de spiser der kan forvandle dem til kyllinger.