T.F. Thomsen hadde fra begynnelsen kjøpmannsforretning og rederivirksomhet. Sammen med virksomheten til Johan Mortensen ble T.F. Thomsen en hovedaktør i industrireisingen på Tvøroyri. I 1863 fikk T.F. Thomsen tillatelse til å kjøpe saltet torsk fra engelske og shetlandske fiskebåter til klippfiskproduksjon. Etter bankkrisen solgte T.F. Thomsen sitt siste fartøy i 1996. I over 100 år var T.F. Thomsen handelsagent for rederiet DFDS på Færøyene.