I 1351 styrket han alliansen med keiser Johannes VI i Kantakouzenos ved å gifte seg med Theodora Kantakouzene, sannsynligvis datter av keiserens søskenbarn, «sebastokrator» Nikeforos Kantakouzenos. Bryllupet fant sted i den nybygde Hagios Eugenios-kirken den 20. september 1351. Mikael ble samtidig sendt i eksil til Konstantinopel. Alexios ble akseptert fordi han ble ansett som ung og svak, og ikke kom til å spille noen betydelig rolle i maktkampene som foregikk mellom rivaliserende grupper innen aristokratiet. Under stridighetene trakk han da seg også tilbake til festningen i Tripolis i Pontus. Den unge keiseren hadde støtte fra sin mor og noen lojale generaler og ministre, inkludert tjenestemannen og historikeren Mikael Panaretos. Panaretos’ krønike er den viktigste primærkilden til Trapezunt-rikets historie fra denne perioden. Alexios styrket etter hvert sin posisjon ved å alliere seg med oghuztyrkerne, blant annen gjennom å arrangere ekteskap mellom sin eldste søster Maria og den tyrkiske herskeren Qutlugh bin Tur Ali, lederen for Kara Koyunlu-dynastiet i 1352.