Han har tidligere arbeidet i statistikkavdelingen i daværende Arbeidsdirektoratet, og er nå ansatt som forsker II ved NOVA ved OsloMet. Bakken er leder av Ungdatasenteret, hvor han har det faglige ansvaret for de kommunale ungdomsundersøkelsene. Han er dessuten redaktør for Nordisk tidsskrift for ungdomsforskning, som gis ut av Universitetsforlaget.