Sju år etter nedrykket tok FK Senja, under trener Jan Tore Bakli, seg tilbake til 2. divisjon. Laget rykket ned i 2000, da 2. divisjon ble redusert fra åtte til fire avdelinger, og var i flere sesonger blant de fremste kandidatene for opprykk. Laget kjempet i toppen av 3. divisjon avdeling 23 gjennom hele sesongen. De fremste motstandere i den jevne tetstriden var Fløya, Lyngen/Karnes og Skjervøy, til slutt var det Senja som rykket opp. Serien ble avsluttet med 14–0 hjemme mot Salangen.