Fra skolehjemmet åpnet i 1900 og fram til 1915 hadde Bastøy status som et «særlig» eller «strengere» skolehjem. Det ble i denne perioden kalt for "Bastøy særlige skolehjem". I dette lå det at til Bastøya ble bare de vanskeligste guttene sendt. Det viste seg at skillet mellom mildere og strengere skolehjem ikke fungerte i praksis. I 1915 ble det derfor opprettet særavdelinger ved det enkelte skolehjem. På Bastøy ble internatet Fjordgløtt brukt som særavdeling.