Tiårene som fulgte ble kjennetegnet av voldelige maktkamper mellom ulike grupper, særlig Djengis Khans etterkommere («djengisidene») og oriatene, samt flere kinesiske invasjoner (slik som de fem ekspedisjonene gjort av Yongle-keiseren). På begynnelsen av det 15. århundre var det oriatene ledet av Esen Tayisi som hadde overtaket. De raidet Kina under en konflikt i 1449, hvor den kinesiske keiseren også ble tatt til fange. Esen ble senere myrdet i 1454, noe som førte til at oriatene mistet sin fremtredende posisjon fram til de igjen kom på offensiven i det 17. århundre. På midten av 1500-tallet ble Altan Khan – som egentlig ikke var noen rettmessig khan – mektig. Han grunnla Hohhot i 1557, og hans møte med Dalai Lama i 1578 førte til at tibetansk buddhisme ble introdusert til Mongolia for andre gang. Khalkhaenes Abtai Khan konverterte til buddhisme i 1585 og grunnla Erdene Zuu-klosteret året etter. Hans sønnesønn Zanabazar ble senere den første Jebtsundamba Khutuktu i 1640.