Pave Pius XII utnevnte i 1940 Guevara til biskop av Trujillo. Han ble bispeviet 2. mars 1941 av den apostoliske nuntius i Peru og senere kardinal Fernando Cento. Medkonsekrerende var Felipe Santiago Hermosa y Sarmiento, biskop av Cuzco, og Domingo Juan Vargas, emeritert biskop av Huaraz.