Alhoniemi disputerte i 1967 på en avhandling om marisk. I perioden 1969–1971 arbeidet han som assisterende professor i finsk språk ved Åbo universitet, og ble utnevnt til professor i finsk-ugriske språk i 1971. Fra 1971 til 1979 var han leder for selskapet Suomen Kielen Seura. Han pensjonerte seg i 1996.