Amin innledet sin militære karriere i 1946 da han vervet seg til den britiske hæren, i regimentet King’s African Rifles. Han ble gjentatte ganger østafrikansk mester i tungvektsboksing i årene 1951–1960. I løpet av disse årene steg han i gradene, og etter at Uganda ble selvstendig i (1962) ble han utnevnt til sjef for hæren i 1966. Amin var en av frontfigurene under militærkuppet i 1971, da den daværende presidenten, Milton Obote, ble styrtet, og Amin ble gjort til landets leder.