Lokaliseringen av labyrinten i legenden har lenge vært et spørsmål i minoiske studier. Det kan ha vært navnet til palasset eller av en del av palasset. Gjennom nesten hele det 20. århundret har den skremmende menneskeofring i myten vært en gåte for forskere i bronsealderen, siden det aldri hadde blitt funnet bevis for menneskeofring på Kreta og derfor ble det konsekvent benektet. Praksisen ble endelig bekreftet arkeologisk (se under minoisk kultur). Det er mulig at palasset var et stort offersenter og kunne ha blitt kalt Labyrinten. Dets konstruksjon er i hvert fall labyrintisk, på den måten at den er intrikat og forvirrende.