Av museets mest kjente eksponater er de til 9.000 år f.Kr. daterte skjelettdeler av , som hører til de eldste menneskelige levninger som til da var funnet på brasiliansk jord. I museet kunne man også se restene av den som ble funnet i landet i 1998. Museet hadde også en samling av hundrevis av gammelegyptiske kunstgjenstander – den største av sitt slag i Latin-Amerika. Her var det også flere fresker fra Pompeii og tallrike gjenstander fra prekoloniale kulturer fra Mellom- og Sør-Amerika.