Konserveringen av selve skipet var den mest kompliserte delen av prosjektet. Heritage Lottery Fund donerte 4,8 millioner pund i 2002 for arbeidet med konserveringen, sammen med en tilsvarende sum fra myndighetene i byen Portsmouth og Hampshire County. Av praktiske grunner kunne ikke skroget forsegles i plast før den passive forvaring. For at det ikke skulle tørke ut, ble det regelmessig oversprøytet med filtrert vann fra et lukket kretsløp, som holdt en temperatur på 2-5 grader Celsis. Hvis tre som hadde vært under vann i flere hundre år skulle tørres uten å bli behandlet, vil en omfattende krymping skje (20-50 %), det betyr kraftig deformering og dannelse av revner når vannet fordamper fra treets celler. Stoffet polyethenglykol (PEG) hadde tidligere vært benyttet for å behandle arkeologisk tre i 1980-årene, blant annet under konserveringen av det svenske skipet «Vasa». PEG sprøytes over skipet i flere år så det trenger inn i treet og gradvis erstatter vannet i cellene. Årene med PEG-behandling etterfølges av en lang periode med kontrollert lufttørring.