Ferrari var fra 1959 til 1963 viserektor ved presteseminaret i Saronno, og ble deretter dets rektor. Fra 1972 til 1981 var han sogneprest i Osnago og fra 1981 til 1983 sogneprest i menigheten Santa Maria del Suffragio i Milano. Deretter ble han biskoppelig vikar for sjelesorgssone I i erkebispedømmet med sete i Milano, et embede han forble i til 1991.