Det geologiske begrepet som kalles for den nubiske oppsvulmingen har omdirigert elvens løp mot vest og gjort at den holdt seg grunn og forårsaket dannelsen av katarakter. Selv om elvebredden blir nedslitt av erosjon, fortsetter landmassene å løftes og gjør at elveleie vises. Disse særegne trekkene ved elven mellom Aswan og Khartoum har ledet til en strekning som ofte blir referert til som «Nilens katarakt», mens nedstrømsdelen enkelte ganger omtales som «den egyptiske Nilen». Den geologiske forskjellen mellom de to delene av elven er meget stor. Nord for Aswan, er elveleie ikke steinete, men består i stedet for sedimenter, og er fjernt fra den grunne elven. Det er atnatt at berggrunnen tidligere av erodert flere tusen meter dyp. Dette skapte en stor kløft som nå er fylt av sedimenter hvor noe også kom fra Middelhavet.