Begrepet atomfysikk og kjernefysikk blir ofte blandet sammen, og atomfysikk blir ofte forbundet med kjerneenergi og atombomber, men fysikare skiller mellom atomfysikk, som altså omhandler atomet som et system med en kjerne og elektronene rundt, og kjernefysikk som bare omhandler atomkjernene og kjernereaksjonene i atomet.