Oppsplittingen av riket og kriger mellom Malla-kongene svekket dem gjensidig. På 1700-tallet var området rundt Kathmandu-dalen delt i 46 småstater. Det la grunnlaget for at kongen av en av disse småstatene, Gorkhas , på slutten av 1700-tallet kunne erobre Kathmandu-dalen og legge grunnlaget for et nytt, forent nepalsk kongedømme. Dermed gjorde han også slutt på Malla-dynastiets lange historie.