I 2012-13-sesongen kom MK Dons helt til femte runde i FA-cupen hvor de møtte AFC Wimbledon for første gang og slo dem 2-1. Laget kom på åttendeplass i serien. Neste sesong kom laget på en skuffende tiendeplass, men 2014-15-sesongen ble en stor suksess. MK Dons slo Manchester United 4-0 i andre runde i Liga-cupen foran et utsolgt stadion, og senere i sesongen vant de 6-0 over Colchester United og 7-0 over Oldham Athletic, noe som er deres største seier. I siste serierunde vant de 5-1 og sikret seg opprykk til Championship da de gikk forbi Preston North End som lå på andreplass. (De tapte 0-1). Dermed ble MK Dons klare for Championship for første gang i klubbens historie.