Spillkoden for , som definerer funksjonaliteten for våpen, individer og spillmekanikken, kan bli endret på alle måter fordi id Software publiserte kildekoden til disse med spillet, slik de har gjort for flere av sine spill. Dette gjør det enklere å lage spillmodifikasjoner som forandrer spillet og å utvikle forskjellige spillmekanikker, forandre grafikk, lyd, våpen og lignende. Den fulle kildekoden til ble utgitt den 21. desember 2001, og har ført til mange modifikasjonsprosjekter av spillmotoren, som , og .