Tidlige inspirasjonskilder var Hindemith, Schönberg og Webern, og Fongaard skrev musikk i de fleste sjangre før han på 1960-tallet begynte å orientere seg mot mikrotonal musikk. Datidens orkestre var ikke i stand til å realisere ideene hans, derfor ble for eksempel (1963) fjernet fra Filharmonisk Selskaps Orkesters konsertprogram for 1965. Skuffet over dette bestemte Fongaard seg for å framføre musikken sin selv og bygde først en kvarttone-gitar ved å fordoble antall bånd på gripbrettet slik at oktaven ble delt i 24 toner i stedet for de vanlige 12. Senere utvidet han mulighetene ved å bygge et gripebrett uten tverrbånd og utviklet etterhvert en preparert gitar der tonene frembringes ved hjelp av ulike typer objekter plassert på, under og mellom strengene. De første av mange stykker i denne sjangeren kom på midten av 1960-tallet. ble urfremført mange år senere, i 1999 på Norges musikkhøgskole. Etter urframføringen ble Fongaard posthumt nominert til Edvard-prisen 2000 i klassen samtidsmusikk - større verk.