I kjølvannet av #metoo-bevegelsen har Ramadan blitt anklaget for mange tilfeller av seksuell trakassering og voldtekt. Oktober 2016 beskyldte den muslimske forfatteren og feministen Henda Ayari ham for å ha voldtatt henne på et hotellrom i Paris i 2012. Ayari fortalte den samme historien i boken , utgitt i november 2016. Men da uten å navngi Ramadan. Ayari hevdet hun holdt det skjult så lenge grunnet frykt som følge av trusler fra Ramadan. Han er i tillegg beskyldt for voldtekt av en 42 år gammel muslimsk konvertitt på et hotell i Lyon i oktober 2009. Etter at Ayaris anklage mot Ramadan ble kjent, har det kommet mange anklager om trakassering mot Ramadan i sosiale medier og franske aviser. Tilsammen fem kvinner har anklaget ham for voldtekt. Anklagene førte til at han høsten 2017 ble suspendert fra sin stilling ved Universitetet i Oxford. Februar 2018 ble han varetektsfengslet og siktet for to voldtekter. Etter først å ha benektet enhver seksuell relasjon til de to første som anklaget ham, innrømmet han senere å ha hatt seksuelle forhold med dem etter å ha blitt konfrontert med beviser. Oktober 2018 hevdet Ramadan at han hadde hatt relasjoner som lignet på sexspill av den underdanig-dominerende typen. Han hevdet videre at det alltid foregikk på en samtykkende og vitende måte. September 2018 startet etterforskning mot Ramadan for voldtekt av en sveitsisk kvinne i Genève i 2008.