Den framgang som East Anglia oppnådde under Rædwald varte ikke lenge da hans etterkommere ikke klarte å stå opp mot den voksende makten til Penda av Mercia. I 640-641 greide Penda å beseire og drepe Ecgric sammen med den tidligere kongen Sigeberht som siden ble opphøyd til helgen. Ecgrics etterfølger Onna led samme skjebne i 654. Kongedømmet måtte underkaste seg Mercias overherredømme. I 655 deltok kong Æthelhere av East Anglia sammen med sin overherre i krig mot Oswy av Northumbria som endte i et katastrofalt nederlag i slaget ved Winwaed hvor både Penda og Æthelhere ble drept. I løpet av 600- og 700-tallet fortsatte East Anglia å være underlagt Mercia, men i 794 lot Offa av Mercia sin underkonge Æthelberht II av East Anglia ble myrdet slik at han selv kunne ta full kontroll over landet. En kortvarig uavhengighet oppsto under Eadwald etter at Offas død i 796, men den nye kongen i Mercia, Coenwulf, sørget raskt for å underlegge seg East Anglia og bringe området til lydighet igjen.