Selv om det ble gjort fremskritt i jordbruksproduksjonen i Afghanistan i 1960- og 1970-årene, har førti år med krig ført til at økosystemet i Afghanistan har kollapset. Dette inkluderer overbeiting, avskoging og ødeleggelse av de tradisjonelle vanningssystemene (qanat). miniatyr|346x346pk|Irrigasjonssystem i Badakhshan-provinsen i Afghanistan. De globale klimaendringene virker også inn på jordbruket. FN har meldt om at bøndene i Badakhshan-provinsen hvert år mister 10% av sin dyrkbare jord som følge av erosjon, ras og flom.