Videre i 1979 ble han medgrunnlegger av bandet Sky, som etterhvert fikk betydelig suksess i Storbritannia. I mellomtiden bidro han blant annet også med tuba på Camels progrockalbum . Siden Skys oppløsning tidlig på 1990-tallet brukte Flowers tiden sin på å spille jazz samt som lærer innen bassgitar og ledet flere undervisninger på skoler hvor han hjalp barn med generell musikkundervisning.