I samfunnsøkologien er en opptatt av å studere organisering og funksjoner i biologiske samfunn. Med biologiske samfunn mener vi grupper av populasjoner av samme art, og som samspiller og holder til i et habitat (leveområde). Antall samspillende arter og kompleksiteten i deres forhold er kjent som biologisk mangfold. Strukturer oppstår i lokalsamfunn når arter samhandler, der næringskjeder, næringsvever og andre nettverk blir opprettet. Forholdene endres over lang tid (evolusjon) når arter gjensidig tilpasser seg hverandre ved koevolusjon (gjensidig evolusjonær påvirkning).