Etter Henrik VIs død hadde man valgt to personer til keisere: Filip av Swabia og Otto av Wittelsbach. Paven støttet Otto IV og truet enhver som ikke anerkjente ham som keiser med ekskommunikasjon. Pavens aktive inngripen i kongevalgene understrekes ved at han først fikk Otto av Wittelsbach innsatt, og deretter fikk Otto avsatt som tysk konge. I 1207 ombestemte Innocens seg, og uttalte seg til fordel for Filip. Han sendte kardinaler til Tyskland for å overtale Otto til å trekke seg. Otto valgte i stedet å få Filip myrdet, noe som skjedde 21. juni 1208. På møtet i Frankfurt 11. november 1208 ble Otto anerkjent som konge, og paven inviterte ham til Roma for å bli kronet som keiser. Kroningen fant sted 4. oktober 1209. Før kroningen måtte Otto love å avgi Spoleto og Ancona til pavestolen og ikke blande seg inn i valg til kirkelige embeter. Dette og andre løfter ble nedfelt i stipuleringen fra Neuss, som ble gjentatt i Speyer i 1209.