Sesongen 1999 viste seg å bli enda dårligere for Benetton og Fisichella, som bare fikk en andreplass i løpet av sesongen og brøt i en rekke løp. Sesongen 2000 var noe bedre; da klarte Fisichella å ta medalje tre ganger. Ved starten av 2001-sesongen ble Benetton kjøpt opp av den tidligere motorleverandøren Renault, men det viste seg vanskelig å redde denne sesongen. Med bare en tredjeplass da sesongen var slutt, gikk Fisichella fra Benetton for å kjøre for Jordan igjen.