De senere årene i Manchester var Johnsen plaget av skader, og i 2002 gikk han til Aston Villa. I 2004 hadde han et opphold i Newcastle, før han i 2005 kom tilbake til Norge og Vålerenga fotball. Med Vålerenga vant han Tippeligaen i 2005. Johnsen la opp etter 2008-sesongen. Han jobber som ekspertkommentator i Canal+.