Annæus Schjødt var sønn av Hedevig ( Petersen, 1892–1966) og Annæus Schjødt d.e. (1888–1972). Han var sønnesønn av regjeringsadvokat Annæus Johannes Schjødt og kvinnesakspioneren Laura Rømcke. Hans søster Karen Hedevig Schjødt giftet seg med overlege Thorstein Guthe.