Élisa ble født i Ajaccio. Hun ble døpt , men tok senere offisielt sitt kallenavn (det var broren Lucien, som hun stod meget nær, som begynte å kalle henne Elisa). I juni 1784 fikk hun lov til å begynne på i Saint-Cyr, og der ble hun ofte besøkt av sin bror Napoleon. Under den franske revolusjon stengte den lovgivende forsamling i et dekret av 16. august 1792 som rettet seg mot mange institusjoner knyttet til aristokratiet. Élisa dro derfra den 1. september med Napoleon og vendte tilbakew til Ajaccio.