Den 3. september ble de deportert fra Westerbork til konsentrasjonsleiren Auschwitz. Dette var også det siste deportasjonstoget som gikk fra Westerbork til Auschwitz. Etterhvert ble Anne, Margot og Auguste van Pels overført til Bergen-Belsen. Moren til Anne, Edith, ble værende i Auschwitz og døde der den 6. januar 1945 av sult og utmattelse.