Arbeidet viste seg å være farlig. Ved årets slutt hadde halvparten av de eksperimentelle kjemikerne og metallurger måttet fjernes fra arbeidet med plutonium da det oppstod uakseptable mengder av grunnstoffet i urinen deres. En liten brann i Los Alamos i januar 1945 førte til frykt for at en brann i plutoniumlaboratoriet kunne forurense hele byen, og Groves ga tillatelse til oppføring av en ny fasilitet til plutoniumkjemi og metallurgi. Dette stedet ble siden kjent som DP-site (flyktningsenteret). Halvkulene til den første plutoniumkjernen ble fremstilt og levert 2. juli 1945. Ytterligere tre halvkuler fulgte 23. juli og ble levert tre dager senere.