Etter første verdenskrig og Litauens uavhengighet ble bispedømmene Kaunas og Vilnius i 1925/26 opphøyet til erke- og metropolitanbispedømmer. Som suffraganer fikk de tildelt noen nyoppretta bispedømmer. Siden dagens østlige Litauen med bl.a. Vilnius hørte til Polen på 1920-tallet, var den gang Kaunas’ kirkeprovins sammenfallende med den litauiske staten (dog unntatt Memelland, som utgjorde territorialprelaturet Klaipėda). I sovjettiden var bispesetene vakante fra 1950-tallet og frem til 1989. Etter Litauens andre uavhengighet ble bispedømmene i 1991 tilpasset til de nye politiske grensene ved at territorialprelaturet Klaipėda ble innlemmet i Telšiai bispedømme og Kaunas’ kirkeprovins, og ved at Vilnius mistet sine suffraganer som lå i Polen og Belarus.