Etter at den japanske hær okkuperte Beijing i juli 1937 fortsatte Hung sin sinologiske forskning under stadig vanskeligere forhold. I 1940 publiserte hen . I 1940 dro Hung i USA til Ohio Wesleyan for å ta i måt en æresdoktorat. I 1941 okkuperte japanerne selve Yenching. Hung og hans kolleger arbeidet så i hemmelighet ved det sino-franske universitet (中法大学, ).