Peder Strøm var først gift med Aarsille Borchmann, deretter med prestedatteren Maren Pedersdatter Ascanius (1683-1723), og dernest med Gunnela Susanne Hagerup (1687-1764). Gunnela Hagerup var datter av Hans Hagerup (prest i Kvernes), søster av biskop Eiler Hagerup d.e. og hun var tante til blant andre Eiler Hagerup. Ekteskapet med Maren var barnløst, mens han med Gunnela fikk fire barn, blant andre den kjente Eikerpresten og topografen Hans Strøm.