Leien i Bryn Eglwys gikk ut i 1942, men ble utvidet på årsbasis. viser at to rundturer med passasjertog opererte kun på mandager, onsdager og fredager, med en reisetid på 45 minutter i hver retning. Det var ikke noen passasjertjeneste på andre dager. I 1946 ga tilslutt en av bærepilarene i steinbruddet etter som resulterte i en betydelig kollaps og steinbruddet ble ansett som farlig og ble øyeblikkelig stengt. Haydn Jones hadde lovet å holde jernbanen i drift så lenge han levde, og så på tross av stengingen av steinbruddet, fortsatte jernbanen å gå med et stramt budsjett. I 1947 ble det britiske jernbanesystemet nasjonalisert og Talyllyn jernbanen var en av veldig få jernbaner i drift som ikke ble innkludert. Årsaken til dette var uklar, men det er viktig at all offisiell omtale av jernbanen hadde opphørt flere tiår før, og det er sannsynlig at linjen ble rett og slett glemt av byråkratiet. Mellom 1947 og 1949 drev jernbanen passasjerbefordring to dager i uken. Den 2. juli 1950 døde Haydn Jones og nedstenging av jernbanen virket uunngåelig, men linjen forsatte i drift resten av sommersesongen, avsluttet den 6. oktober.