Året etter kom han på 3.-plass på 5.000 meter og 4.-plass på 3000 meter ved NCAA-mesterskapet i friidrett innendørs 2007. Han startet utendørssesongen med 28:35 på 10.000 meter ved Stanford. Under løpet skapte han noe kontrovers ved stadig å bremse ned for å vente på en annen utøver. Den 20. april 2007 kom Rupp sterkt tilbake på de siste 200 meterne av en 5.000 meter, og slo Chris Solinsky. Med dette løpet forbedret Rupp sin personlige rekord til 13.30,49. Den 29. april beseiret Rupp et stjernespekket felt da han vant mennenes 10.000 meter løp ved i Stanford. Rupps tid på 27:33.48 var den sjuende raskeste tiden i USAs historie. To uker senere vant han 10.000 og 5.000 meter ved stevnet Pac-10, og bidro til Oregons lagseier. Akkurat som i sitt førsteår kom han på andreplass på 10.000 meter ved NCAA-mesterskapet i friidrett.