På Kashyyyk føler Yoda at noe er galt, og klarer å beskytte seg selv mot klonene. Han flykter fra planeten ved hjelp av wookieen Chewbacca (Peter Mayhew). På Utapau blir Obi-Wan skutt ned fra en fjellside, men overlever. Han flykter, og etterhvert blir han plukket opp av Bail Organas skip Tantive IV, hvor Yoda også er. Bail opplevde jedinedslaktingen i tempelet på nært hold, og så en jediunge bli skutt ned av kloner før han selv klarte å flykte. De diskuterer situasjonen før de bestemmer seg for å dra til Coruscant for å prøve å utslette Darth Sidious. Når de kommer dit drar Yoda og Obi-Wan til jeditempelet mens Bail drar til senatet. Der opplyser Palpatine om at krigen er i ferd med å avsluttes, at jediene prøvde å overta republikken, men at opprøret deres ble knust, og at han vil omdanne republikken til et galaktisk imperium. I jeditemplet oppdager Obi-Wan og Yoda at Anakin har blitt en sith, og er gått over til den mørke siden av kraften. Obi-Wan ønsker ikke å kjempe mot sin egen lærling, og ber om å duellere mot Sidious, men Yoda forteller at han ikke er sterk nok. Han drar for å ta keiseren, mens Obi-Wan drar for å finne Vader. Han drar først til Padmé og spør om hun vet hvor Anakin er, og hun sier at han er på oppdrag for republikken, men ikke hvor. Så forteller han henne at Anakin har gått over til den mørke siden, men hun vil ikke tro ham. Hun blir opprørt og ber Obi-Wan om å dra. Etterpå bestemmer hun seg for å dra til Mustafar, uvitende om at Obi-Wan gjemmer seg i skipet hennes.