I en alder av 78 år, og hvor han ble i sin samtid betraktet som en «overgangspave», annonserte han at han hadde til hensikt å både innkalle til en synode for bispedømmet Roma (som ble avholdt i 1960), en revisjon av kirkeretten (noe som ble avsluttet i 1963) og et nytt konsil. Forslaget om et nytt konsil fikk ingen begeistret mottakelse, men den nye paven satte tre mål for dette: en bedre ordning av kirken, større enhet blant kristne i verden og fremme av fred. Det var sjelenes frelse som skulle fokuseres, ikke fordømmelser.