Mot slutten av sesongen går et SWAT-team gjennom hele fengselet, i forsøk på å avslutte opprøret og fjerne alle innsatte fra anlegget. Under dette raidet blir en betjent dødelig såret av en korrupt agent som deretter konspirerer for å legge skylden på vaktens død på en rekke innsatte som gjemte seg i en underjordisk bunker under fengselet. Alle innsatte blir etter opprøret fraktet til forskjellige andre fengsler. Konsekvensene av opprøret vises i den sjette sesongen.