Etterhvert ble Fjalir tatt ut av ruten som reserveskip og lå mye opplagt i Damsgårdsundet i Bergen. Det var også her skipet lå når krigen brøt ut den 9. april 1940. Det ble ikke rekvirert av tyske myndigheter, i oktober 1940 ble Fjalir solgt av Fylkesbaatane.