Ved krigsutbruddet i 1940 ble alle pasienter sendt hjem i god tid før det tyske felttoget nærmet seg Saltdal. Under kamphandlingene i Saltdalen ble de ansatte evakuert og oppholdt seg til fjells, og da personalet kom tilbake oppdaget de at barnesanatoriet hadde tatt fyr. Brannårsaken er fortsatt ikke kjent, men man regner ikke med at brannen hadde noen direkte sammenheng med kamphandlingene som hadde funnet sted tidligere på dagen.