I 1897 forlot Aveling sin samboer Eleanor Marx og den 8. juni det samme året giftet han seg i hemmelighet med en skuespiller, Eva Frye, under navnet «Alec Nelson», hans pseudonym som dramatiker. Da han ble rammet av nefropati, en nyresykdom, kom han tilbake til Eleanor Marx. Etter at hun hadde pleiet ham for en tid begikk hun selvmord ved gift 43 år gammel, hovedsakelig grunnet fortvilelsen over hans utroskap som ble avslørt for henne i avisen . Aveling døde fire måneder senere, den 2. august 1898 i Battersea fra nyresykdommen. Han var 48 år gammel og ble kremert ved Woking krematorium i Surrey tre dager senere.