Gürtner mislikte Gestapos og SAs brutale behandling av krigsfanger og innsatte i konsentrasjonleirene, men protesterte forgjeves til Hitler. Han ble værende i stillingen i håp om å endre maktapparatet fra innsiden, men han ble i stedet en av dem som sørget for den offisielle godkjenning av og det rettslige grunnlag for en rekke kriminelle handlinger under Hitlers administrasjon. Han undertegnet blant annet de antisemittiske Nürnberglovene i 1935 som la grunnlaget for «den endelige løsning på det jødiske problem».