Aly tok doktorgrad i historie og statsvitenskap ved Freie Universität Berlin. Han har publisert over 20 bøker om holocaust og relaterte tema. Aly har argumentert mot antakelsen om at det var en overordnet målsetting bak holocaust og folkemordet i hovedsak vokste frem nedenfra. Han mener at holocaust i stor grad ble utløst av flere deportasjonstiltak som mislykkes. I forskning og debatt om årsak til og ansvar for holocaust tilhører Aly de såkalte funksjonalistene.