Sukkerhandelen var svært lønnsom, og Funchal vokste fort. Ved starten på 1500-tallet hadde byen allerede rundt 5000 innbyggere, slaver inkludert. I 1516 blei katedralen (Sé) i Funchal innvia. Mye av handelen gikk over Flandern, og den dag i dag finnes mye verdifull flamsk kunst i Madeiras museer.