I 2003 grunnla han en skole for tegnefilm, Bakshi School of Animation and Cartooning. I løpet av 2000-tallet fokuserte han i stor grad på maleri. Han har mottatt flere priser for sitt filmarbeid, blant annet Golden Gryphon i 1980 for ved Giffoni filmfestival. Annie Award i 1988 for hans Utmerkede bidrag til tegnefilmkunsten og i 2003 Maverick Tribute Award ved Cinequest filmfestival.