Miljøet i Kasakhstan har blitt alvorlig skadet av menneskelige aktiviteter. Det meste av vannet er forurenset av industriutslipp, sprøytemidler og gjødsling, og i noen områder, radioaktivitet. De mest synlige skadene har blitt gjort på Aralsjøen, som helt opp til 1970-tallet var større enn noen av De store sjøene i Nord-Amerika (med unntak av Øvresjøen). Sjøen begynte å krympe raskt på grunn av en kraftig økning av kunstig vanning og andre inngrep på de to eneste elvene som fyller sjøen, Syr-Darja og Amu-Darja. I 1993 hadde Aralsjøen mistet rundt 60 % av volumet sitt, og dermed blitt brutt opp i tre deler som ikke lenger hadde forbindelse. Redusert saltinnhold og ødelagt habitat tok livet av fisken i sjøen, og den en gang så aktive fiskeindustrien gikk dukken. Den tidligere havnen Aralsk ligger nå 60 km fra vannkanten.