Han ble på sine eldre år kreert til kardinal i konsistoriet av 23. juni 1890 ved et breve av pave Leo XIII, med som tittelkirke. I 1892 la kardinal Dunajewski ned grunnsteinen til kirken av Den hellige jomfru av Lourdes, tilknyttet lasaristene, i Krakóws bydistrikt Krowodrza, men han døde to år etter, rett før kirken ble konsekrert i 1894. Han døde 18. juni 1894 i Krakow, i en alder av 77 år.