Under Københavns brann i 1728 brant kirken, og interiøret gikk til grunne. Men kirkens murer sto igjen, og byggmester J.C. Krieger kunne derfor relativt enkelt gjenreise gudshuset. I 1731 ble det satt opp en rikt uthugget barokkportal laget av billedhuggeren Diderik Gercken rundt hovedinngangen i søndre korsarm. Samme år ble kirken gjeninnviet. Tårnet fikk et lavt lanternespir, som i 1756–57 ble erstattet med det nåværende rokokkospiret tegnet av tømrermester Johan Boye Junge. Spiret overlevde Københavns bombardement 1807, som kirken slapp relativt uskadet fra. Istandsettelsen av Sankt Petri etter angrepet ble påbegynt i 1815 under ledelse av J.A. Meyer og ble avsluttet året etter.