Ahlert Hysing var sønn av teologen Hans Augustinus Ahlertsen Hysing (1764–1843) og Else Elisabeth Nielsdatter Koren (1761–1808). Faren var først ansatt som lutherswk prest ved den danske flåte (marinen), senere som sogneprest i Korskirken i Bergen og endte sin karriere som stiftsprost samme sted.