De tidligste innbyggeren i området var khoisan jegere og samlere. De var stort sett erstattet av bantu-stammene under bantu-migrasjonene. Selv om portugiserne nådde området i det 16. århundre, var den første betydelige kontakten ankomsten av David Livingstone langs den nordlige kysten av Malawisjøen i 1859. Etter dette opprettet skotske presbyterianske kirker misjonsstasjoner i Malawi. Ett av deres mål var å få slutt på slavehandelen til Persiagulfen som fortsatte til slutten av det 19. århundre. I 1878 dannet en gruppe handelsmenn, de fleste fra Glasgow, African Lakes Company for å levere forsyninger og tjenester til misjonærene. Andre misjonærer, handelsmenn, jegere og plantere fulgte snart etter.