Noen land fører orlogsflagg basert på en tradisjon separat fra nasjonalflagget, som Russlands blå andreaskors på hvit duk. Japans orlogsflagg viser den oppadstigende solen fra nasjonalflagget, men med tillegg av stråler. Belgias orlogsflagg skiller seg helt fra nasjonalflagget: Nasjonalflaggets farger er ordnet som et andreaskors på hvit flaggduk, og det er lagt til sjøforsvarssymboler i to av feltene som dannes av korset. Orlogsflagget for Mauritius er likeledes helt forskjellig fra nasjonalflagget. Mens nasjonalflagget er vannrett delt i rødt, blått, gult og grønt, har orlogsflagget loddrette felter i rødt, hvitt og blått, samt et ankermerke i midten.