Da han i tillegg ble økonomiminister i 1990, ble Rasmussens en av regjeringens mest sentrale aktører, og deltok i forhandlingene om Den økonomiske og monetære union. Rasmussen og Ellemann-Jensen underskrev også Maastricht-traktaten på vegne av Danmark i februar 1992. Da flertallet av velgerne avviste traktaten i en folkeavstemning i juni, bad Rasmussen de danske politikerne om å følge folkeviljen. Først etter Schlüter-regjeringens avgang gikk traktaten til ny folkeavstemning og ratifikasjon.