I divisjonsrunden mot Philadelphia Eagles startet Saints svakt og lå tidlig under 14–0, men scoret 20 poeng uten å slippe noen inn i kampens tre siste kvarter for å nå sitt første NFC Championship Game siden de vant Super Bowl i 2009. I kampen fullførte Brees 28 av 38 pasninger for 301 yards, to touchdowns og én interception. I NFC Championship-kampen hadde Brees 249 pasningsyards, to touchdowns og én interceptions da Saints tapte 26–23 mot Los Angeles Rams i overtid etter at dommerne ikke blåste av på en pass interference-straffe på Rams' 13-yard linje med 1:49 igjen av ordinær spilletid. Dersom dommerne hadde blåst av kunne Saints trolig ha dratt ut tiden og prøvd seg på et field goal som trolig ville ha sikret seieren for New Orleans. Brees ble den første og eneste spilleren i NFLs historie til å kaste touchdownpasninger til 15 forskjellige spillere (hvor ni var udraftede) i én sesong, inkludert sluttspill. Han var nummer to i avstemning for ligaens MVP, bak Patrick Mahomes. Han ble rangert som den nest beste spilleren i NFL på NFL Top 100 Players of 2019.