Niketas Khoniates ble født av velstående foreldre rundt eller en gang etter 1150 i byen Khonai i den bysantinske provinsen Frygia. Niketas, biskopen av Khonai, døpte og ga barnet navn. Senere ble han kalt for «Khoniates» etter hans fødested. Da han var ni år gammel sendte hans far ham til Konstantinopel sammen med hans bror for å få en utdannelse. Niketas’ eldre bror hadde en stor innflytelse på hans første år av hans liv.