Mongolia har et temperert, kontinentalt klima med lange, kalde vintre og korte, varme somre. En skjermet beliggenhet, stor høyde over havet og tørr luft gir store temperaturforskjeller mellom dag og natt og mellom vinter og sommer. Temperaturen varierer fra -15 til -30 °C om vinteren og 10 og 27 °C om sommeren. Vintrene er tørre, og regnet om sommeren utgjør sjelden mer enn 380 mm i fjellene og 125 mm i ørkenen.