Riverst startet -sesongen med 243 pasningsyards og en touchdown i et 33–27 mot Kansas City Chiefs. Mot Oakland Raiders i uke 5 hadde han 359 pasningsyards, fire touchdowns og to interceptions da Chargers tapte 34–31. Den 13. oktober forbigikk Rivers Fouts og ble lagets leder i pasningsyards. I uke 7 mot Atlanta Falcons satte han en personlig rekord med 371 pasningsyards, og hadde en touchdown og en interception i en 33–30 seier. Rivers opplevde problemer i 2016. I tillegg til sine 33 touchdownpasninger satte han en personlig rekord, og ledet ligaen, med 21 interceptions, og fullførte kun 60,4% av sine pasninger, hans dårligste resultat noensinne. Rivers hadde en rating på 87,9, nest lavest i løpet av sin karriere. Disse problemene resulterte i et sesongresultat på 5–11 for Chargers, som endte opp på sisteplass i divisjonen. Han ble rangert som #73 på NFL Top 100 Players of 2017.