Senere kom den store pesten, og da døde det Hvite tre. Pesten var ikke en noe som rammet bare ett sted: pesten gikk gjennom hele Midgard, og nådde de fjerne delene av Arnor og hobbitene i Hobsyssel i nord. Kong Tarondor fant en spire av det Hvite treet, og flyttet hovedstaden fra Osgiliath til Minas Anor, Anárions by. I løpet av denne tiden var det så få mennesker igjen i Gondor at festningsverkene som skulle se til at ondskapen ikke gikk tilbake inn i Mordor ble forlatt. Det er antatt at hvis Haradrim eller Austringene hadde vært i stand til å angripe Gondor på dette tidspunktet, da ville Gondor ha falt. Men pesten rammet Gondors fiender like hardt som den rammet Gondor selv, og derfor var ingen av partene i stand til å starte et angrep på noen måte.