Amalie Skram videregående skole tilbyr faglig fordypning til ungdomsskoleelever. Skolens elever har også mulighet til faglig fordypning på universitets- og høyskolenivå, blant annet i samarbeid med Universitetet i Bergen og Bergen marine forskningsklynge. I tillegg har skolen et utstrakt internasjonalt samarbeid med utdanningsinstitusjoner i andre land.