På erobrede sovjetiske områder inkludert Baltikum gjennomført lokalbefolkningen pogromer straks etter den tyske invasjonen, mer eller mindre tilskyndet av okkupasjonsmakten. Lederne for Einsatzkommandoene mente pogromene var langt fra tilstrekkelige. Bach-Zelewski uttalte etter krigen at Himmler ville ha flere pogromer. Flere dager etter invasjonen skal Himmler ha tilkalte Bach-Zelewski og bedt om en forklaring på hvorfor det ikke hadde vært noen pogromer i Białystok med omegn slik det hadde vært i Latvia og Litauen. Bach-Zelewski uttalte etter krigen at han ikke visste at pogromene i Baltikum var tilskyndet av tyskerne. Himmler beordret Bach-Zelewski om å henrette 2000 jøder som straff for plyndring. Bach-Zelewskis fremstilling av disse hendelsene etter krigen var trolig preget av forsøk på å unndra seg ansvar og straff.