Fracastoro hadde sin barndom i Affi, et stykke utenfor Verona. Han studerte juss i Bologna før han begynte ved universitetet i Padova. Der møtte han astronomen Kopernikus. I Padova studerte han matematikk, filosofi og medisin, og etter sine avsluttende eksamener i 1502 ble han som 19-åring utnevnt til professor ved universitetet.