Jesuittenes 24. generalkongregasjon (1892) anbefalte sin da nyvalgte generalsuperior, pater Luis Martín, å fornye den eldre tradisjons historieskrivning etter ordenens opphevelse (1773). Frem til 1800-tallet hadde fremwskritt innen forskningsmetodene ført til betydelige nye innsikter. Pater Luis Martin bestemte at det skulle igangsettes et omfattende prosjekt med systematiske offentliggjøringer av kritiske utgaver av dokumenter vedrørende ordenens opprinnelse. En ekspertgruppe ble sammensatt, og den kunne allerede i 1894 utgi det første bind av MHSI i Madrid. Med grunnleggelsen av Jesu Selskaps historiske institutt i Roma (1930) ble arbeidet videreført. Nærheten til ordenens arkiver gjorde arbeidet lettere.