Den 2. februar 1961 ble han presteviet, og ble kapellan i . I 1965 ble han spiritual , og fra 1966 rektor og konsulent for sjelesorg ved ungdomsskolene i bispedømmet Münster. I 1971 ble Janssen nestleder for hovedskole- og utdanningsavdelingen i generalvikariatet. Fra 1981 var han generalvikar.