Ved siden av forurensningen som følge av industri, landbruk, turisme og tilførsel av spillvann, så vel som regulering av demninger, kunstige innsjøer, kanaler etc er det fremfor alt de store prosjektene som påvirker naturen rundt Donau. Da likeledes ti stater, herunder noen av de fattigste land i Europa som Romania, Moldova og Ukraina prioriterer fremfor noe annet sine næringsmessige interesser langs elven, er det vanskelig å etablere et grenseoverskridende vern av elven.