I 1895 ble han utnevnt til prefekt for Kongregasjonen for avlater og relikvier. To år etter ble han prefekt for Indexkongregasjonen, da pave Leo XIII hadde tenkte seg at en reform av . Men det ble ingen slik reform under kardinal Steinhuber. I 1902 ble han dessuten en av medlemmene akardinalskommisjonen fot Det hellige officium.