Arbeidet ble imidlertid gradvis mer og mer lammet på grunn av usikkerhet om det økonomiske og på grunn av de forfølgelser som rammet lærerne for deres vegring mot å anta liturgien under den liturgiske strid. Til slutt, da det i år 1580 oppløste Uppsala universitet ble gjenopprettet i år 1593, ble Stockholmskollegiets professorer flyttet dit, og kollegiet forfalt.