Zipoli gikk inn i jesuittordenen med ønske om å virke ved jesuittenes misjonsområde i de spanske i dagens Bolivia. Han ble først sendt til Sevilla der han bodde et år. Sammen med en gruppe på 53 misjonærer forlot han Spania 5. april 1717 og ankom Buenos Aires 13. juli 1717. I årene 1717-1724 studerte han teologi og filosofi med tanke på å bli presteviet, men døde av tuberkulose før han rakk å bli ferdig, bare 37 år gammel. Ifølge tradisjonen blir urnen med asken hans oppbevart i den gamle jesuittkirken i fjellene i provinsen Córdoba, men det regnes nå som en myte.