Fra 2001 til 2003 var Hauglie politisk rådgiver for Høyres fraksjon i Stortingets sosialkomite, og fra 2003 til 2004 politisk rådgiver for sosialministeren i Bondevik II-regjeringen. Fra 2005 til 2007 var hun rådgiver i Forbrukerrådet, før hun gikk tilbake til Stortinget som politisk rådgiver. Hun var først rådgiver til helse- og omsorgsfraksjonen, deretter for kommunal- og forvaltningsfraksjonen. Anniken Hauglie kom fra stilling som rådgiver for kommunalfraksjonen i Høyres stortingsgruppe da hun i januar 2010 ble sosialbyråd i Oslo. I 2013 byttet hun ansvarsområde til kunnskap og utdanning.