Den amerikanske regjeringen avviste kravene om å bryte ut av unionen og betraktet konføderasjonsregjeringen som ugyldig. Den amerikanske borgerkrigen begynte den 12. april 1861 med konføderasjonens angrep på Fort Sumter, en festning i havnen av Charleston i Sør-Carolina. I 1865, etter meget hard krigføring, hovedsakelig i konføderasjonens områder, overga konføderasjonens militære styrker seg og konføderasjonen gikk i oppløsning. Ingen utenlandske stater hadde offisielt anerkjent konføderasjonen som et uavhengig land, skjønt Storbritannia og Frankrike hadde gitt den status som krigførende makt. Selv om borgerkrigen ikke fikk en formell avslutning, kom Jefferson Davis, konføderasjonens leder under borgerkrigen, til å beklage senere at den hadde «forsvunnet» i 1865.