Da Sam Bockarie ble kommandant i RUF i 1992, tok Taylor kontakt med han, som han hadde møtt i hans ungdom. Taylor ga råd til Bockarie over de neste fem årene, og da Sankoh gikk i eksil i Nigeria i mars 1997, overtok Bockarie som leder av RUF. Taylors støtte til Bockarie, både i form av våpen og rådgivning, tillot RUF å marsjere mot Freetown, og styrtet President Ahmad Tejan Kabbah. Like etterpå intervenerte den nigeriansk-ledede ECOMOG, og lyktes i å gjeninnsette Kabbah. Imidlertid fant de det vanskeligere enn ventet å overvinne RUF, og snart var opprørsstyrken på vei mot Freetown igjen. Med mandat gitt av FN intervenerte Storbritannia, og lyktes i å nedkjempe RUF i det såkalte «Operasjon Palliser».