I 1920 ble Bäumer utnevnt som Tysklands første kvinnelige ministerialråd i innenriksdepartementets kulturpolitiske avdeling, med ansvar for skole og ungdom. Det dreide seg om en stilling i det høyere embetsverk i den tyske forvaltningen. Hun ble i stillingen til hun ble avsatt etter nazistenes maktovertakelse i 1933.