Vjosës kilde er høyt oppe i Pindos-fjellene i Epirus i det nordvestlige Hellas, nær byen Vovousa. En kunstig innsjø har blitt konstruert . Elven renner gjennom Vikos–Aoös nasjonalpark, hvor den danner imponerende formasjoner. Elven renner gjennom Konitsa, og videre inn i Albania nær Çarshovë. Elven fortsetter nordvestover gjennom regionene Gjirokastër, Vlorë og Fier før den til slutt munner ut i Adriaterhavet nordvest for Vlorë.