Omstendighetene omkring utpekelsen av Vigilius som pave er omstridte. bryr seg ikke om Vigilius, og hevder at han overbrakte Belisarius en keiserlig ordre om å avsette Silverius, men samtidig er det uklart hvordan denne var blitt valgt og hadde påbegynt embedet. Procopius nevner i stedet at Belisarius utnevnte Vigilius til pave kort etter at Silverius var blitt avsatt. Det står fast at Vigilius' embedsperiode begynte 29. mars 537, og etter hans forgjengers død ble han anerkjent som pave av hele det romerske presteskap.