Fylogenetiske studier basert på molekylærgenetikk viser at makrellfiskene er en polyfyletisk gruppe. Havgjedder, trådstjerter og makrellfamilien danner en naturlig gruppe, som er mest i slekt med og . Sverdfisken er søsterarten til seilfiskene, og til sammen utgjør de gruppen Xiphioidei. Barracudaene er ikke nært beslektet med andre makrellfisker.