Under andre verdenskrig 1940-1945 ble arkivene (stort sett) flyttet ut, og bygningen brukt av de tyske okkupasjonsstyrkene som kontor for generalen for de tyske landstridskreftene (Herman Tittel 1940-1941, Bruno Ortner 1941-1942, Kurt Badinski 1942-1943, Hans Wagner 1943-1944, Karl von Beeren 1944 og Johann de Boer 1944-1945) på Vestlandet, for bykommandanturet og den tyske feltkrigsretten. Tyskerne tok mange bygninger på Årstad, og bygde et større bunkersanlegg, panservogngarasje og en brakke for det tyske militærpolitiet på tomten til statsarkivet.