Hans uvilje til å delta i "Zajedno"-koalisjonen bidro til å redusere betraktelig støtten til han og hans parti. Men med oppblomstringen av serbisk nasjonalisme i forbindelse med konflikten i Kosovo, ga dette Koštunica en ny sjanse, spesielt fordi de andre bedre kjente politikerne tapte støtte på grunn av offentlig krangel.