I 1646 var det bare fangststasjonering ut fra selve Smeerenburgfjorden (Mauritius Baai). Ovnene, skorsteinene og kobberkjelene i Smeerenburg ble demontert og bygningene ble tømt. Selv etter at hvalen forsvant helt i løpet av sesongene 1655-60, og all fangst skjedde godt vest for Svalbard, fortsatte man noen år å bruke Smeerenburg til bunkring og lagring av varer før tilbakefarten om høsten, vi hører at Hoorn-kjøpmenn brukte stedet i 1657. Smeerenburg ble også brukt for begravelser av sjømenn, eller som tilfluktshavn så sent som i 1671.