Kveinhavre har hatt forekomster ved tre vassdrag i Nord-Norge: Reisavassdraget i Nordreisa, Alta-Kautokeinovassdraget i Alta/Kautokeino og ved vestre Jakobselva i Vadsø. Over 80 prosent av de kjente, største og mest reproduserende forekomstene ble neddemt eller sterkt redusert ved reguleringen av Alta-Kautokeinovassdraget.