I 2007 gjorde länsledelsen en foreløpig vurdering av vannkvaliteten i alle større innsjøer, elver og kystområder innenfor Stockholms läns grenser. Undersøkelser viste at kun to av ti vannområder i länet hadde den status som var nødvendig for å innfri EUs rammedirektiv for vann. Største kilde til forurensning er overernæring gjennom utslipp fra avløp.