I løpet av en periode med fornyet blomstring på 1000- og 1100-tallet ble Daphnirestaurert. En ny åttekantet kirke, en spisesal og et kapell for gravlunden ble bygget. Den gamle basilika ble fullstendig revet, unntatt de ytre murene og cellene fra den tidligere kirken som ble bygget inn i den nye kirken. Spor av gamle freskoer funnet i murene viser en person med krage, kanskje keiser Basileios II, som holder en skriftrull. Håndverket som ble benyttet for å bygge kirken antyder at Basileios II hadde fraktet inn arbeidere fra Konstantinopel.