Etter den sovjetiske okkupasjon av Estland i juni 1940, måtte Profittlich bestemme seg for om han skulle forlate landet, eller forbli der. Han skrev til pave Pius XII for veiledning. Paven rådet ham til å gjøre det han følte, . Han bestemte seg for å bli. Han dro til den tyske diplomatiske representasjon i Tallinn tre ganger for å få utreisevisum for visse katolske prester, femten søstre og baltertyskere for å kunne reise til Tyskland. Kirkens situasjon hadde imidlertid forverret seg, med prester og troende forfulgt av kommunistene. Han beskrev hele situasjonen i et brev til paven. På det tidspunktet insisterte den tyske representasjon i Tallinn på at han skulle ta tysk statsborgerskap igjen og si fra seg sitt estiske statsborgerskap, men han nektet.