I løpet av Sesong 2 kommer Sonja Percy (spilt av Shalita Grant) fra Bureau of Alcohol, Tobacco, Firearms and Explosives til dette NCIS-teamet på permanent basis. Mot slutten av Sesong 2 etterforsker NCIS en sak som involverer et terror-angrep i USA og en korrupt Homeland Security-agent. Men denne saken kulminerer i at agent Brody leverer inn sin oppsigelse fra NCIS i begynnelsen av Sesong 3.