For å oppnå ytterligere konsolidering instruerte statslederne i medlemslandene Sekretariatet til å utvide kommisjonen til å bli en traktat. Dette arbeidet pågikk i tre år, og 30. november 1999 signerte de traktaten for etableringen av . Denne trådte i kraft 7. juli 2000. En tollunion ble inngått i mars 2004, som var effektiv fra 1. januar 2005, men Kenya, som regionens største eksportør, fortsatte å betale toll på varer inn til de fire andre landene, med en synkende rate fram til 2010. Et felles tollsystem gjelder for varer som importeres fra land utenfor fellesskapet.