I 2006 utpekt eBush Sullivan til United States Assistant Secretary of State for Economic, Energy, and Business Affairs. I bekreftelsen for Sullivan i mai samme år var USAs senat enstemmige i å godkjenne ham. Han holdt posisjonen frem til januar 2009. I perioden eide han et hus i Anchorage, og fortsatte å stemme i valg i Alaska mens han hadde registrert hovedadresse i Bethesda i Maryland.