Serien, som er en føljetong, startet i 1999. De første to-hundre og førtifire kapittlene, er kjent som Del I, og utgjør første del av historien om Naruto Uzumaki. Samtlige av de etterfølgende kapitlene hører til Del II, som fortsetter handlingen fra Del I etter et hopp på to- og et halvt år fram i historien.