Han ble ansatt som hovedtrener i Telford United den 31. januar 2013, men forlot klubben etter bare fem kamper (en uavgjort og fire tap) for å bli assistenttrener for Kevin MacDonald i . Den 20. august 2013 tok han over som hovedtrener i Swindon Town etter at MacDonald trakk seg i juli samme år- Swindon kom på åttendeplass i serien i Coopers første sesong som trener der. I sin andre sesong tok han laget til fjerdeplass i serien og de kom til Play-off finalen hvor Swindon tapte 0-4 for . Den 17. oktober 2015 fikk han sparken i Swindon etter 8 kamper på rad uten seier.