Etter 2. og 3. etappe kunne han bære grønn trøye. Svært overraskende lå Kirchen som nummer to gjennom hele 4. etappe i Tour de France 2008 og han økte poengledelsen til Thor Hushovd og beholdt den grønne trøya. Med 17 poengs ledelse hadde Kirchen da god sjanse for å sykle i grønn trøye frem til fjelletappene, men i 5. etappe la han seg foran i hovedfeltet 2,5 km før mål, ble tatt igjen og måtte overlate grønn trøye til Thor Hushovd. I 6. etappe i Tour de France 2008 fikk han tilbake den grønne trøyen og kunne også iføre seg gul trøye. En kupert 7. etappe passet for Kirchen som styrket sin poengledelse og beholdt den gule trøya med sin 4.-plass. Han beholdt trøya til 10. etappe da han falt ned til syvendeplass og måtte overlate trøya til Cadel Evans. Kirchen endte til slutt på åttendeplass sammenlagt.