Risikoen ved eggdonasjon anslås å være den samme som ved ordinære IVF-inngrep. Det er en liten fare for blødning/infeksjon eller ovarialt hyperstimuleringssyndrom, og i 2016 ble det meldt inn komplikasjoner i omtrent 1 % av tilfellene. Det er registrert dødsfall, men det finnes tiltak som kan redusere sannsynligheten for alvorlige bivirkninger. I Norge anslår Rikshospitalet faren for komplikasjoner i forbindelse med IVF å være under 1 %. Donoren har ingen medisinsk nytte av inngrepet. Nyere forskning indikerer at hormonbehandlingen kvinnene gjennomgår kan gi økt kreftrisiko.