Verdenscupsesongen 2021/22 startet i Ruka med en andreplass i sprint klassisk: Klæbo ble slått av Aleksandr Terentjev. Klæbo vant Tour de Ski 2021/22 sammenlagt etter å ha vunnet fire etappeseire: sprint fristil og sprint klassisk og 15 km fristil og 15 km klassisk med fellesstart. På 15 km klassisk med intervallstart ble Klæbo nummer fire, og på den avsluttende 10 km fristil opp alpinbakken ble Klæbo nummer fem. Seieren i Tour de Ski var Klæbos 47. verdenscupseier. Han gikk dermed forbi Bjørn Dæhlie, som endte på 46 verdenscupseire, og er dermed mestvinnende i verdenscupen i langrenn på herresiden.