Aguilera var gift med musikkprodusent Jordan Bratman fra 19. november 2005 til oktober 2010 da Aguilera tok ut skilsmisse. Under svangerskapet vekket Aguilera oppsikt ved å posere naken på forsiden av bladet Marie Claire. Hun er forlovet med skuespiller Matthew Rutler, og sammen har de datteren Summer Rain, født i august 2014.