En "SpaceGodzilla" blir født i verdensrommet, og tar seg raskt til jordkloden, og ødelegger en NASA-romstasjon. I mellomtiden kommer medlemmer fra FN til Birth Island for å plante en tankekontroll-enhet på Godzilla. En ny enhet fra det japanske militæret kalt M.O.G.U.E.R.A. blir også sendt for å avlytte SpaceGodzilla. Men SpaceGodzilla angriper Little Godzilla. Godzilla griper inn, men blir overveldet av SpaceGodzilla, og er maktesløs i å stoppe klonen sin fra å fange Little Godzilla i et fengsel.