Kverndokk har også skrevet en rekke kirkemusikalske verk og samarbeidet med sentrale norske utøvere av kirkemusikk; bl.a. (2010) for Det Norske Solistkor, (2007) for Nordic Voices, (2010) for Nidaros Domkor og (2011) et kirkespill med tekst av Eyvind Skeie, skrevet for Kirkens Korskole, Nøtterøy. Høsten 2015 ble albumet utgitt - en utgivelse der Kverndokk har skrevet en messe for Nordic Voices basert på verket ‘Missa Brevis’ bestilt til Fartein Valen-dagene i 2002.