Den første stasjonen i Altona ble bygd 1844 rett ovenfor bakken ned til Elben. Linjen Altona-Kiel var den første danske jernbane fordi Holstein på den tiden lå under den danske kongen. I løpet av 1880-årene hadde trafikken vokst så sterkt at en større stasjon hadde blitt nødvendig. Bebyggelsen i området hadde imidlertid også vokst slik at den eksisterende stasjonen ikke kunne utvides. Derfor ble det vedtatt å bygge en ny stasjon rundt 500 m lenger mot nord, denne ble åpnet i 1898, og dagens stasjon befinner seg også her.