Minh Mạng var en ivrig konfucist og negativ til buddhismen, Cao Dai men på denne tiden var det første og fremst kristendommen som begynte å vinne nye tilhengere. Han beordret tvangskonvertering og beordret brenning av kirker. I provinsen Gia Dinh i den søndre delen av landet styrte krigshelten og farens stattholder Le Van Duyet, og han motsatte seg forfølgelsen av kristne og kritiserte keiseren. Da han døde i 1832 økte forfølgelsen av de kristne, og hans sønn Le Van Duyet startet et opprør som mange kristne sluttet seg til. Opprøret fikk støtte fra Siam, men Minh Mạng beseiret de thailandske soldatene og de hjemlige opprørerne. De som hadde deltatt i opprøret og i tillegg en rekke vestlige misjonærer ble drept, noe som førte til vanskeligere relasjoner til Europa.