Hans senere arbeider om nisjeteori (kjent som Eltonian-nisje), som omhandler de funksjonelle egenskaper til organismer og deres posisjon i en næringsnett, har av noen forfattere blitt sett på som en motsetning til Joseph Grinnells tidligere definisjon. Elton vektla karakteristika for et miljø, egnet for artene. Andre har hevdet at det er flere likheter enn forskjeller mellom de to definisjonene av nisjekonseptet.