Ordningen med Nasjonal transportplan har møtt kritikk. Kritikken har blant annet gått på at planen ikke er et forpliktende vedtak, men forslag som må følges opp gjennom årlige budsjettbevilgninger. Det er også reist kritikk mot at en relativt stor del av finansieringen hentes fra bompengeinnkrevinger i stedet for å bevilges over statsbudsjettet. I forslaget til Nasjonal transportplan 2014–2023 er deler av kritikken forsøkt imøtekommet ved at enkeltprosjekter favoriseres som «prioritert prosjekt». De favoriserte prosjektene varsles bevilgninger fram til ferdigstlling, for å gi prosjektene økt forutsigbarhet. I forslaget til Nasjonal transportplan 2014—2023 er Follobanen et slikt prioritert prosjekt.