Leger Uten Grenser var til stede, som del av en FN-konvoi, i Srebrenica krigen i Bosnia fra og med 1993. Da byen ble beleiret av den bosnisk-serbiske hæren i 1995, og FNs fredsbevarende styrker, UNPROFOR, var alene om å forsvare den, var Leger Uten Grenser den eneste organisasjonen som ytet medisinsk hjelp til sivile. Organisasjonen måtte forlate området som følge av Srebrenica-massakren. Under den senere krigen i Kosovo (1999) ekskluderte Leger Uten Grenser sin egen avdeling i Hellas, fordi denne brøt nøytralitetsprinsippet og stilte med leger på serbisk side.