I 1991 fikk Eritrea uavhengighet og forsøkte i 1995 å utøve suverenitet over øygruppen. Dette startet konflikten på Hanishøyene, en kort konflikt mellom Eritrea og Jemen om herredømmet over øyene. I alt ble 3–12 eritreere og 4-15 jemenitter drept i kampene.