Bokassa døde i Bangui av et hjerteinfarkt den 3. november 1996. Han hadde sytten koner og skal ha hatt mellom 37 og 54 barn. Den 18. desember 1996 ble han gravlagt i sin tidligere keiserlige residens, De mest kjente av hans barn er Jean-Bédel Bokassa den yngre (født 1973), kronprins av Det sentralafrikanske rike, Jean-Serge Bokassa (født 1971), minister i Den sentralafrikanske republikk fram til 2016, og Kiki Bokassa (født 1975), fransk kunstner.