I 1688 måtte Ernst Ludvig forlate Darmstadt på grunn av krigshandlinger. Byen ble i likhet med Rüsselsheim okkupert av Frankrike. Han bodde i Nidda og Gießen de neste ti årene. Etter at moren og hans første kone døde, ble han grepet av pietisme, og de fleste av hans tidligere rådgivere ble avskjediget. Ernst Ludvig innførte en eneveldig regjeringsform i Hessen-Darmstadt, med et endret skattesystem, opprettelsen av et krigsdepartement og utvidelse av byarealene, spesielt Darmstadt. Landdagen ble praktisk talt ikke lenger sammenkalt og skatteøkningene ble avgjort uten å konsultere befolkningen.