Da den anglo-irske traktat ble signert i 1921 støttet han den, og han ble kommandant for Fristatens styrker under den irske borgerkrig. Mulcahy var beryktet blant traktatmotstandere fordi han gav ordre om at fanger kunne henrettes dersom de ble tatt med våpen på seg. Han var sentral i beslutningen om å henrettet 77 IRA-medlemmer.