Nestos stilte som kandidat i den republikanske nominasjonen til Senatet i 1916. Dette året begynte Nonpartisan League (NPL) å gjøre seg gjeldende i de republikanske nominasjonene. Til tross for at han var den mest progressive av kandidatene, stilte ikke NPL seg bak ham, og han tapte for den sittende senatoren Porter J. McCumber, som var nært knyttet til de mektige jernbaneinteressene. NPL-ledelsen hadde prøvd å overtale Nestos til å trekke seg, så de kunne samle alle progressive velgere bak en av sine egne, Usher L. Burdick.