Debutsesongen 1990 ga nedrykk som nest dårligste lag. Etter direkte opprykk i 1992 berget de seg fra nedrykk åttende plass i 1993 på bekostning av Grand Bodø og Jardar. Neste sesong rykket Fløya ned etter tap for Haugar. Først i 1997 rykket Fløya opp igjen, men med bare 6 poeng ble det nedrykk igjen i 1998 selv om de satte tilskuerrekord. I 2000 var laget bare ett mål unna kvalifisering.