Júcar starter i Montes Universales i skråningene av det 1800 meter høye fjellet San Felipe, nær landsbyen Tragacete. Derfra renner den i en bue til byen Cuenca, som ligger sørvest ved foten av fjellene. Før den forlater fjellene, renner den gjennom Embalse de La Toba, det første av de mange reservoarene. Fra Cuenca renner Júcar stort sett i sørlig retning, nord for Alarcón er den oppdemmet ved Alarcón-demningen. Nedenfor demningen renner den en stund gjennom en canyon, så over sletteland til den begynner å renne i østlig retning ved Villalgordo del Júcar. Den begynner å gå gjennom kløfter igjen eller i det minste veldig trange daler med steder i middelalderstil der den er demmet opp flere ganger. Den renner forbi byene Jorquera, La Recueja og Alcalá del Júcar og gjennom reservoarene Embalse de Tolosa og Embalse del Molinar. Cabriel, dens største sideelv, renner inn i den nær kommunen Cofrentes. Et stykke fra munningen ligger Cofrentes kjernekraftverk ved bredden. Kort før munningen ligger Embalse de Embarcaderos, som uten egen demning går over i Embalse de Cortes de Pallás, hvis demning ligger nedenfor bosetningen Cortes de Pallás. Bare litt nedenfor denne demningen renner Júcar gjennom et annet reservoar, Embalse del Naranjero, og blir deretter demmet opp for siste gang ved Tousdemningen. Den flyter deretter på kystsletten forbi byene Alzira og Sueca og renner deretter inn i Valenciabukten like ved Cullera.