I Puntlands regjering, har kunnskapsdepartementet ansvaret for å utvikle og forvalte regionens opplæringsbehov. venstre|miniatyr|391x391pk|Inngang til East Africa Universitys Bosaso campus Utdanningssystemet i Puntland består av to års tidlig barndomsutvikling (ECD), åtte års grunnskoleutdannelse (fire års lavere skole og fire års høyere skole) og fire års videregående opplæring. Høyere utdanning omfatter i gjennomsnitt fire år i regionen som for tiden teller syv store universiteter: Puntland Statelige Universitet i Garowe, Puntland Statelige Universitet i Galkayo, Bosaso høyskole i Bosaso, Øst Somalia Universitet i Qardho, Mogadishu Universitet (Puntland gren) i Bosaso, Maakhir Universitetet i Badhan, Sanaag og Nugaal Universitetet i Las Anod. Øst Afrika Universitet har også seks avdelinger i Puntland, med studiesteder i Bosaso, Erigavo, Galdogob, Galkayo, Garowe og Qardho. Således er det et 2-4-4-4-system. Puntlands utdanningsdirektorat anerkjenner også ikke-formell utdanning (NFE) og teknisk/yrkesrettet utdanning og opplæring (TVET) som en integrert del av regionens utdanningssystem.