De militære seirene til grekerne under den persiske invasjonen av Hellas og frigjøringen av Trakia, Makedonia og Jonia fra det persiske riket hadde den effekten at de fikk rettigheter til sine slektninger på den andre siden av Egeerhavet, og slaget ved Mykale (479 f.Kr.), der persernes nederlag i stor grad skyldtes jonerne, sikret deres frigjøring. De ble heretter de avhengige av være allierte av Athen innenfor Det athenske sjøforbundet . I de athenske skattelistene er en av regionene i imperiet , en region som omfattet byene i Jonia, men også Aeolis og Mysia i nord. Karia i sør var opprinnelig sin egen region, men ble foldet inn i i 438 f.Kr.