Otto III ble kronet til konge av Roma i 983 i en alder av tre år, kort tid etter at faren hadde falt i Sør-Italia i kamp mot det Det bysantinske riket (Østromerriket) og emiratet Sicilia. Selv om han som konge av Roma i navnet også var hersker over Tyskland, åpnet hans unge alder for maktkamp i riket. Hans fetter Henrik II, hertug av Bayern forsøkte å overta tronen i 984. Da hans forsøk ikke fikk støtte fra det tyske aristokratiet, ble Henrik II tvunget til å gi opp sine planer og å la Otto IIIs mor Theophania fungere som regent til hun døde i 991. Otto III var da fortsatt et barn, så hans bestemor, keiserinne Adelheid, fungerte som regent inntil 994.