Den spanske inkvisisjonen ble opprettet som et instrument for det spanske kongeparet Ferdinand II av Aragón og Isabella I av Castilla da de fordrev maurerne fra Spania. Den spanske inkvisisjonen var følgelig direkte underlagt den spanske trone. Med andre ord hadde hverken pave eller biskoper den endelige instruksjonsmyndighet over de spanske inkvisitorene. Ferdinand og Isabella ønsket å skaffe seg kontroll over, og etter hvert fordrive, rikets muslimer og jøder. Den spanske inkvisisjonen var et viktig virkemiddel i denne kampanjen mot befolkningsgruppene som kongeparet utnevnte til rikets indre fiender.