På begynnelsen av 1960-tallet spilte Salam en meget viktig rolle i opprettelsen av Pakistan Atomic Energy Commission (PAEC) – atomforskningsorganet i Pakistan – og Space and Upper Atmosphere Research Commission (SUPARCO) – romforskningsorganet i Pakistan. Her var han både grunnlegger og direktør. Han medvirket også til å sette opp fem Superior Science-høyskoler i Pakistan for å fremme vitenskap i landet.