Mnajdra er lokalisert på et ulendt strekning av Maltas sørkyst med utsyn over den lille, ubebodde øya Fifla. Mnajdra ligger rundt 500 meter fra templene på Ħaġar Qim og består av tre templer vendt mot en felles oval forgård. Den første og eldste strukturen er datert til Ġgantija-fasen, 3600–3200 f.Kr. Det andre byggverket var det sørlige tempelet, bygget i tidlig Tarxien-fase, 3150–2500 f.Kr. Det siste templet som ble bygget, det sentrale tempelet, ble reist opp mellom de to andre.