Nevnte Alkibiades ble utnevnt til øverstkommanderende med eneveldig makt over de athenske styrkene og forlot Samos for å slutte seg til sin flåte. Han forsøke å lokke Lysandros ut i kamp, men spartaneren lot seg ikke rikke ut av Efesos. Imidlertid, da Alkibiades var dratt for nordover etter forsyninger, var den athenske skvadronen lagt under kommando av Antiokos, hans rormann, som fikk en enkel ordre: «Ikke angrip Lysandros skip!» Da seilte Lysandros ut og fikk den athenske flåten i kamp, og de ble omringet av persiske skip, i slaget ved Notion i 406 f.Kr. Dette nederlaget ga Alkibiades' fiender de unnskyldninger de trengte for ta fra ham kommandoen over flåten. Han dro aldri tilbake til Athen, men seilte nord til landeiendommer han eide i Trakiske Khersonese.