Zanetti var kaptein både på Inter og det argentinske landslaget. Han spilte høyre back og hadde draktnummer 4. Etter Zanetti la opp ble draktnummeret hans fredet. Zanetti spilte i Inter fra 1995 til 2014. Han spilte sin 700. kamp for Inter i Mesterligafinalen 2010 – en finale Inter vant 2-0 over Bayern München.