FreeBSD har mange likheter med Linux, men omfang og lisensiering er forskjellig. FreeBSD er et komplett operativsystem som inkluderer operativsystemkjernen, utstyrsdrivere og programvare som kjører i brukermodus. Linux omfatter i utgangspunktet bare Linuxkjernen og utstyrsdrivere og trenger tredjeparts programvare for å skape en Linuxdistribusjon. Linux er lisensiert under GNU General Public License som er copyleft. FreeBSD er lisensiert under BSD-lisensen, og er som Linux fri og åpen programvare. BSD-lisensen tillater imidlertid også proprietær programvare, og BSD er basis for flere proprietære operativsystemer, inklusive SCO OpenServer (fra versjon 10), Apples macOS, iOS, NeXTSTEP, Sonys Playstation 3 og Playstation 4 og Junos OS fra Juniper Networks, for å nevne noen. Kildekoden til nettverksprotokollen TCP/IP i Windows NT 3.1 var hentet direkte fra BSD. Dette var også tilfelle med etterfølgende versjoner av Windows NT, til og med Windows 2000. FreeBSD-prosjektet har et sikkerhetsteam som overvåker all programvare som lanseres sammen med basisdistribusjonen. Applikasjoner fra tredjeparts leverandører kan installeres ved å benytte pakkesystemet eller FreeBSD Ports, eller ved å direkte kompilere kildekoden.