Travis Grady kjører forbi Silent Hill for å ta en snarvei, og svinger lastebilen sin for å unngå å treffe en manifestasjon av Alessa. Når han følger etter denne manifestasjonen, oppdager han et brennende hus og redder den virkelige Alessa. Hun ble brent i et ritual for å impregnere henne med kultens gud. Underveis oppdager Travis sine egne undertrykte barndomsminner, og beseirer monstrøse former som representerer foreldrene hans. Da Travis var barn hadde moren hans blitt innlagt ved et psykiatrisk sykehus, etter å ha forsøkt å drepe Travis - og faren hans begikk selvmord kort tid etter dette. I løpet av spillet skal Travis etter hvert samle biter av en ukjent pyramide-formet gjenstand. Etter å ha samlet alle brikkene, er det mulig å sette dem sammen for å danne Flauros - en gjenstand som inneholder en fanget demon.