Fem år senere fortsatte han sin plan om verdensherredømme, og manifesterte seg i Jenovas kropp, som ble lagret i Shinras hovedkvarter. Denne Sephiroth-dobbeltgjengeren reiste så verden rundt og spredte død og fordervelse, på leting etter en måte å gi sin egentlige kropp den makten han ville ha. Til slutt oppdaget han en måte å tilføre seg selv energien i selve planeten – ved å gjøre stor skade på den og deretter suge til seg energien som ble samlet for å reparere skaden. Sephiroths plan ble nesten forhindret av blomsterpiken Aerith Gainsborough, som var den siste gjenlevende av en eldgammel rase som beseiret Jenova i fortiden. Sephiroth triumferte likevel til slutt; han drepte Aerith og brukte den Svarte Materia til å påkalle en enorm asteroide til å kollidere med jorden. I siste øyeblikk ble han angrepet og stoppet av Cloud Strife for andre gang, sammen med flere av vennene hans. Med hjelp av Aeriths ånd ble asteroiden, Meteor, fordrevet.