Da Ian Khama overtok som president 1. april 2008 utnevnte han Merafhe til visepresident. Merafhe ble godkjent av parlamentet samme dag, med 48 av 56 stemmer for, og ingen imot, og han ble tatt i ed umiddelbart. Samme dag fortalte Khama BDP at han ikke planla at Merafhe skulle ta over som president etter ham, men at han etter hvert ville bytte ham ut med en annen visepresident, som ville ta over for Khama i 2018.