Under den andre hellige krig ledet Perikles den athenske hæren mot Delfi og gjeninnsatte Fokis' herredømme over orakelet. Perikles engasjerte seg i 447 i utvisningen av barbarene fra den thrakiske halvøya Gallipoli for å etablere athenske kolonier i regionen. Men på dette tidspunktet ble Athen alvorlig utfordret av en rekke opprør blant sine allierte. Oligarkene i Theben konspirerte mot den demokratiske fraksjonen i 447. Athenerne krevde deres umiddelbare overgivelse, men etter slaget ved Koroneia, ble Perikles tvunget til å avgi Boeotia for å få tilbake fanger som ble tatt i slaget. Med Boeotia på fiendtlige hender, ble Fokis og Lokris ustyrlige og falt raskt under de fiendtlige oligarkenes kontroll. Et enda farligere opprør brøt ut i 446. Évvia og Megara gjorde opprør. Perikles krysset over til Évvia med sine styrker, men ble tvunget til å dra hjem da den spartanske hæren invaderte Attika. Gjennom bestikkelser og forhandlinger dempet Perikles den umiddelbare trusselen, og spartanerne dro hjem. Da Perikles senere ble konfrontert med bruken av offentlige midler, ble ikke en utgift på 10 talenter rettferdiggjort i tilstrekkelig grad, siden de offisielle dokumentene bare henviste til penger brukt til «svært alvorlig formål». Det «alvorlige formålet» (først og fremst bestikkelser) var så opplagt for tilhørerne at de godkjente utgiften uten videre diskusjoner og selv uten undersøkelser av hendelsen.