Fra begynnelsen av sitt styre ble han involvert i konflikter med Ranjit Singh, sikhenes hersker av Punjab, som brukte den avsatte saduzai-prinsen Shuja-ul-Mulk som sitt instrument. I 1834 gjorde Shuja et siste forsøk på å ta tilbake sitt kongedømme. Han ble slått av Dost Mohammed under Kandahars murer, men Ranjit Singh benyttet muligheten til å annektere Peshawar. Gjenoppbyggingen av denne festningen ble den afghanske emirens store bekymring.