Den første sikre dokumentasjonen om Goudimel stammer fra 1549, han ble da registrert som student ved universitetet i Paris. Samme år publiserte han en bok med chansons. Tidlig på 1550-tallet samarbeidet han med boktrykkeren Nicolas Du Chemin, og kan ha studert ved universitetet fram til 1555. På det tidspunktet var han blitt Du Chemins partner i trykkeribransjen.