FBIs direktør J. Edgar Hoover utstedte direktiver som styrte COINTELPRO, beordret FBI-agenter til å «avsløre, forstyrre, villede, bringe i vanry, eller på annet vis nøytralisere» aktivitetene til disse bevegelsene og deres ledere. Under Hoover var det William C. Sullivan som hadde ansvaret for COINTELPRO. Justisminister Robert F. Kennedy ble selv mål for FBIs overvåkning, personlig autorisert av disse programmene.