Maris Verpakovskis startet karrieren i den latviske klubben FK Liepājas Metalurgs, der han spilte fra 1995 til 2001. I 2001 gikk han til en annen latvisk klubb, Skonto FC, der han scoret 41 mål på 77 kamper. I 2003 signerte han en kontrakt med den ukrainske toppklubben Dynamo Kyiv. Verpakovksi spilte seg snart til en plass i startelveren, og ble kåret til lagets beste spiller av lagets tilhengere i 2004. Etter dette begynte prestasjonene å dale, kanskje på grunn av konflikten med treneren Yozhef Sabo. I 2007 flyttet Verpakovskis på seg til Spania, der han signerte en kontrakt med Getafe CF. Han greide imidlertid ikke å spille seg til fast plass, og ble senere lånt ut til HNK Hajduk Split fra Kroatia. Han hadde en god sesong i Hajduk, og scoret 5 mål på 18 kamper. Tidlig i 2008 pådro han seg en skade, og spilte ikke flere kamper før låneavtalen gikk ut. I juni 2008 vendte Verpakovskis tilbake til Dynamo Kyiv.