Kircher beskjeftiget seg mot slutten av sitt liv med også med syndfloden og med Noas ark (særlig i teknisk forstand); det førte til den svært rikt illustrerte boken (utgitt i Amsterdam av Jansson & Waesberge i 1675). Noen elementer bygget på den franske matematiker Johannes Buteos studier, som i 1554 hadde utviklet en beskrivelse ut fra bibelsk materiale.