Byen ble først nevnt i 1147, da den var kalt . Under Det polsk-litauiske samvelde fikk Nizjyn magdeburgrettigheter (1625) som en selvstyrt by. Nizjyn var en gang et stort senter for hasidisk jødedom og graven til rabbi Dovber Sjtsjneuri av Tsjabad-Lubavittsj er her. Det var også et stort kosakkregiment (frem til 1782) her og et gresk samfunn.