Tønne Huitfeldt var gift 1. gang med Helle Margrethe Nold (død i 1671), og 2. gang i 1673 med Sophie Amalie Rosenkrantz, datter av major Børge Holgersen Rosenkrantz og Maren Jensdatter Bjelke som var søster til Ove Bjelke, Henrik Bjelke og Jørgen Bjelke.