Arten finnes i varierende habitater og kan jakte i skog eller i helt åpne habitater (f.eks. over vannforekomster). I den nordlige delen av utbredelsesområdet er den vanlig nærheten av ferskvann eller brakkvann. Mye av jakten foregår over vann i åpent habitat. Mot nord begrenses arten av lys og temperatur, hvor nedre grense for ynglende dvergflaggermus er i områder med gjennomsnittstemperatur for juli på 13 grader celsius. I fjord- og dalstrøk på Vestlandet dominerer hunner i de varme lavereliggende områdene hvor middeltemperatur er 13 - 14 grader celsius, mens kun hanner blir påvist i høyereliggende strøk, helt ned til områder med juli middeltemperatur på 10 grader celsius.