Etter at han pådro seg en skade i hamstringen i juli 2022 var det lenge usikkert når han kunne starte å konkurrere i sesongen 2022/23. Han stod over sprinten på fredagen under Sesongåpningen i langrenn i Norge 2022, men deltok på 10 km klassisk lørdag og 10 km fri teknikk søndag, og vant begge disse distansene. Verdenscupen i langrenn 2022/23 startet i Ruka 25. november, og Klæbo vant der åpningsdistansen, som var klassisk sprint. Samme helg vant han også 10 km klassisk og 20 km fri teknikk, og vant med det sine individuelle verdenscupseire nummer 50 og 51. Han startet dermed verdenscupen med tre seire på tre renn.