Siden 2013 har Khaldoon Khalifa Al Mubarak også vært styreleder i City Football Group, et holdingselskap som investerer i og administrerer ulike internasjonale fotballrelaterte virksomheter, inkludert Manchester City FC, New York City FC, Mumbai City FC og Melbourne City FC. I 2019 bestemte City Football Group under hans ledelse å selge en eierandel på 10 prosent til Silver Lake for 500 millioner dollar.