Tilstrekkelige mengder med epigrafiske og litterære bevis viser av Pālaene fortsatte med å støtte Nālandā litterært. Det store vihāra var likevel mindre enestående i denne perioden ettersom de fire andre institusjonene hadde trukket bort en rekke lærde munker fra Nālandā. Vajrayāna økte i utbredelse, og Nālandā som en gang hadde vært et senter for mahāyāna ble mer og mer fiksert på tantriske doktriner og magiske ritualer. Den tibetanske historikeren Tāranātha hevdet i det 17. århundre at Nālandā kan ha vært under kontroll av overhodet til klosteret i Vikramshila på et eller annet tidspunkt.