Elva begynner i innsjøen Zorkul (4130 moh) i Pamirfjellene, på grensa mellom Afghanistan og Tadsjikistan. Den renner derfra mot vest, først under navnet Pamir, til den løper sammen med elva Wakhan og skifter navn til Pjandzj. Elva Wakhan, som er Pjandzj lengste tilløp, starter fra en isbre øverst i Wakhjirdalen, hvor Afghanistans, Pakistans og Kinas grenser møtes.