Selskapet ble etablert den 4. januar 1884 gjennom kjøpet av selskaper som stod for de langsgående rutene og ruten Santiago-Valparaíso. Siden den gang har selskapet tatt over jernbanestrekningene til gruveselskaperne som leter etter natriumnitrat i Nord-Chile. Fra 1913 ble nettverket til EFE forlenget fra Iquique til Puerto Montt.