Shah Murad ble født i 1749 i Karmina (nåværende Navoiy i Usbekistan i en aristokratisk usbekisk familie. Han var eldst av elleve søsken. Hans mor var fra den usbekiske Qongirat-stammen. Han fikk politiske verv mens hans far Daniyal Biy levde, først som guvernør i Karmina og senere guvernør i Qarshi. Fra tidlig alder var han interessert i sufisme og tilbrakte mye tid i khanqaher Han ønsket ikke å overta arven fra sin far og mente den skulle distribueres blant vanlige folk. Han introduserte også islamsk lov i administrasjonen til emiratet Bukhara. I 1780-1781 ble han utpekt til hersker i Samarkand og han gjorde en rekke tiltak for å gjenoppbygge byen. Han delte opp byen i 24 distrikter og lot mange familier fra de østlige regionene flytte til byen. Dette førte til at den økonomiske og kulturelle situasjonen i byen ble bedret. Fortsatt er en av gatene i Samarkand oppkalt etter Shah Murad. Han fikk også tilnavnet Amir Ma'sum («den syndefrie»). Shah Murad grunnla også byen Islamabad nær Merv. I 1785 angrep han Qajar-stammen i Merv for å bruke dette området som utgangspunkt for angrep mot Iran. Han drepte guvernøren Bayram 'Ali Khan Qajar og erobret området i 1788.