Ved tradisjonell behandling med botulismetoksinA mot migrene administreres nevrotoksinet til 31–39 ulike innstikk-steder i hode- og nakkeregionen på pasienten, etter en standard (protokoll) kalt PREEMPT-regimet (egentlig 31 stikk). Det er vanlig å administrere 155–195 IE (internasjonale enheter, ofte forkortet som E eller U), men dosen kan variere litt fra pasient til pasient (symptomavhengig). Alternativt kan man sette ekstra doser på spesielt ømme punkter. Prosedyren er vanligvis moderat smertefull, men den kan medføre små punktblødninger på innstikkstedene. Effekten på hodepinen kommer gjerne langsomt over flere uker og lammelsen i pannemuskelen kommer gjerne i løpet av 1–2 uker. Hvor godt behandlingen virker er avhengig av flere ting, blant annet hvor responsiv pasienten er og hvor nøye toksinet blir administrert. Unøyaktighet kan gi dårligere resultat og i noen tilfeller også virke mot sin hensikt, altså øke hodepinen. Dersom behandlingen er effektiv gjentas den typisk hver 10.–12. uke.