Mattilsynet har hovedkontor i Oslo, samt fem regionkontorer. Mattilsynet har rundt 1 300 ansatte. Veterinærer (cand.med.vet.), matvitere (mastergrad), matteknologer (bachelorgrad) og jurister utgjør en stor del av de ansatte. I 2015 gjennomførte Mattilsynet en omfattende omorganisering. Antall regioner ble redusert fra åtte til fem.