Det er kjent at pasienter med Bekhterevs sykdom har en større risiko for å utvikle kroniske inflammatoriske tarmsykdommer. Ved Crohns sykdom har man kronisk betennelse i mage-tarmkanalen. Sykdommen kan ramme alle deler av tarmsystemet fra leppene til endetarmsåpningen. Den vanligste delen av tarmsystemet som er påvirket er overgangspartiet mellom tynntarmen og tykktarmen. Betennelse i tarmen medfører at tarmen ikke kan utføre sin normale funksjon, noe som kan føre til diaré. Andre symptomer er tilbakevendende magesmerter, oppblåsthet, kvalme, nedsatt matlyst og vekttap.