Øya utgjør en stor del av Channel Islands nasjonalpark og kalles ofte Nord-Amerikas Galápagos ettersom øya har mange plante- og dyrearter som kun finnes her. Geografisk er Santa Cruz kjent for sine bratte klipper langs kysten og de mange hulene langs havet og på land. Det finnes flere strender på øya, deriblant sandstranden i Potato Harbor eller steinstranden i Scorpions Harbor.