Først i 1901 ble byen hærtatt av tyske militære styrker, og den da regjerende Ardo Abbo ble drept. Koloniforvaltningen erstattet ham med den mer medgjørlige Ardo Mai. Ngaoundéré ble del av Residentur Adamaua, men det var bare sporadisk tyske soldater stasjonert der. I 1913 ble det ved en nyordning av forvaltningen i Nord-Kamerun løst fra Adamaua og gjort til sete for et eget residentur.