I 131 f.Kr. var Ptolemaios Fyskon fortsatt på Kypros, men våren 130 f.Kr. var han tilbake i Egypt hvor han fikk slått ned opprøret til Harsiesi. I den påfølgende borgerkrigen sto Kleopatras by Alexandria imot resten av Egypt som støttet Ptolemaios Fyskon. Kleopatra II ble såpass desperat at hun tilbød Egypts trone til selevkidekongen Demetrios II Nikator, men hans styrker klarte ikke komme lenger inn i Egypt enn Pelusium, hvor de gikk på et nederlag i 128 f.Kr. Året etter flyktet Kleopatra II til Syria, mens Alexandria holdt ut enda et år.