Paris og fylkene Hauts-de-Seine, Seine-Saint-Denis og Val-de-Marne er ikke operativt underlagt politidirektoratet men er underlagt politiprefekturen, ledet av politiprefekten som rapporterer direkte til innenriksministeren. Politiprefekten kommanderer, administrerer og koordinerer politiet og gendarmeriet i sitt område. Offentlig orden og sikkerhet, kriminalpoliti og etterretning av alle slag utføres av personellet ved politihovedkvarteret i Paris. Det er også en politiprefektur i fylket Bouches-du-Rhône, som har færre ansvar enn Paris politiprefektur i det politiprefekten har bare funksjonell myndighet over politipersonellet som er tildelt dette fylke.