Biskop Jefferts Schori aksepterte intimt samkvem mellom personer av samme kjønn, og velsignelse av samkjønnede partnerskap, og likeså deres og sivile ekteskap. I likhet med sin forgjenger er hun tilhenger av abortrettigheter. I 2007 førte kirkens velsignelse av likekjønnet ekteskap til at syv anglikanske erkebiskoper nektet nattverdsfellesskap med henne under et møte i Tanzania.