Defensive coordinator Dave Campo ble forfremmet til hovedtrener for 2000-sesongen. Startende quarterback Deion Sanders ble frigitt etter fem sesonger med laget og gikk til divisjonsrivalene Washington. I sesongens første kamp ble Cowboys sin startende quarterback Troy Aikman skadet, en hjernerystelse som eventuelt førte til slutten på karrieren hans. Han ble erstattet av Randall Cunningham for resten av sesongen, som ble avsluttet 5–11. Før 2001-sesongen ble Aikman frigitt fra laget, og Tony Banks, som hadde vært startende quarterback for Baltimore Ravens sesongen før ble plukket opp, men Banks ble frigitt under sesongoppkjøringen. Uten en fast quarterback gikk Dallas 5–11 og endte på fjerde plass i divisjonen for andre år på rad.