Mot slutten av 1960-tallet ble Neill plaget av skader og gulsott, og kunne ikke være med i liga­cup­finalen i 1969 (Arsenal tapte). Selv om han bare var 28 år gammel, så ble han i 1970 ansatt av Hull City som spillende manager, en av tidenes yngste i den engelske liga. Senere ble han også spillende manager for det nord­irske landslaget. Han gav seg som aktiv spiller i 1973, og forlot Hull ett år senere for å ta over som manager i Arsenals største rival Tottenham Hotspur, der han erstattet Bill Nicholson. Han ledet Spurs i to år, og var nær på å rykke ned med laget.