Etter at han ble satt fri av kalifen, slo Muhammed seg ned i Bagdad og forsøkte derfra å få tilbake embetene som ble holdt av Ubaydallah bin Abdullah. Denne konflikten mellom de to tahiridene fortsatte i flere år. Saffaridenes Yaqub døde i 879 og ble etterfulgt av sin bror Amr bin Laith. Amr inngikk en avtale med kalifen og erstattet Muhammed i Khorasan. Som guvernør i Khorasan hadde Amr nå retten som formelt tilhørte tahiridene til å nominere sine representanter i embetene i vesten. Hans valg falt på Ubadydallah. Amr brukte også sin innflytelse til å få Muhammed arrestert for påstanden om at han støttet Khujistani, selv om der er lite bevis som støtter dette.