Forholdet til de opprinnelige beboerne var i det hele svært godt: mange batavere tjente også i det romerske kavaleriet. Bataernes kultur ble påvirket av den romerske, noe som blant annet resulterte i romersklignende templer, eksempelvis den i Elst, dedisert til lokale guder. Også handelen blomstret: salt benyttet av Romerriket ble utvunnet fra Nordsjøen og levninger er blitt gjenfunnet over hele det veldige Romerriket. Bataverne ble ansett som lojale og modige soldater av romerne, og de kjempet i mange viktige kriger, blant annet erobringen av Dakia (Romania) ved keiser Trajan. Det tette forholdet forhindret likevel ikke bataverne å gjøre opprør i år 69 e.Kr., et svært vellykket opprør under ledelse av en bataver som er kjent under sitt romerske navn Gaius Julius Civilis. Førti romerske festninger ble brent i raseri over at romerne hadde tatt unge batavere som slaver. Andre batavere i romersk tjeneste, som hjelpetroppene i Xanten og Caninefatæ fra legionene til Vitellius, ble også med i oppstanden, noe som delte den nordlige delen av den romerske hæren. I april 70 sendte Vespasianus noen få legioner for å slå ned opprøret. Deres kommandant, Petilius Cerialis, beseiret til sist betaverne og innledet forhandlinger med Julius Civilis på hans jord, et sted mellom Waal og Maas i nærheten av Noviomagus (Nijmegen) eller — som bataverne antagelig kalte stedet — . Bataverne ble senere slått sammen med andre stammer og ble en del av de saliske frankere.