I 1809 førte Masséna et korps ved den hæren Napoleon angrep Østerrike med, og i slaget om Aspern-Essling 21.–22. mai ledet han slaget om disse to byene. I slaget om Wagram 5.–6. juli samme år sto han på den venstre fløyen og mottok angrepet fra østerrikerne som skulle avskjære franskmennene fra broene over Donau. Etter slaget ble han utnevnt til fyrste av Essling.