Den regjerende patriark Johannes el Hajj døde julaften i 1898; Hoayek ble straks bedt om å returnere til Libanon fra en reise til Roma. Den 6. januar 1899 ble han valgt til patriark, og i konsistoriet 19. juni 1899 ble Hoayek ratifisert som valget av maronittiske biskoper av pave Leo XIII, som ga ham palliet.