Nicolas Gombert stammet antakelig fra landsbyen La Gorgue som ligger vest for Lille i den nå franske delen av Flandern. Kanskje har han vært elev av Josquin Desprez som fra 1504 var prost i nærliggende Condé-sur-Escaut. Det finnes lite sikker informasjon om Gombert før han går i tjeneste hos keiser Karl V, men siden han ble tatt opp i et av de beste musikalske kapell i Europa kan vi gå ut fra at han fikk en fremragende utdannelse.