Gründer for selskapet var David Neeleman som meldte om sine planer i februar 1999 og bestilte fly fra Airbus. Den første flygningen til jetBlue fant sted 11. februar 2000 mellom New York JFK og Fort Lauderdale. JetBlue var et av få selskap som klarte å gå med overskudd selv etter terrorangrepet 11. september. I 2002 fikk selskapet levert underholdningsutstyr med skjerm i hvert sete som ga alle passasjerene mulighet til å se på fjernsyn.