De større sideelver til Willamette er McKenzie River (km 282, høyre), Long Tom River (km 240, venstre), Marys River (km 212, venstre), Calapooia River (km 190, høyre), Santiam River (km 174, høyre), Luckiamute River (km 174, venstre), Yamhill River (km 89, venstre, Molalla River (km 58, høyre), Tualatin River (km 45, venstre) og Clackamas River (km 40, høyre).