Det var imidlertid vanskelig å finansiere videre erobringskrig, med da den muslimske emiren i Siracusa gikk til angrep mot Rogers områder, beleiret han våren 1086 Siracusa, og angrep emiren flåte utenfor byen. Normannerne hadde en stor militær fordel av armbrøsten, og de muslimske styrkene ga opp kampen da emiren falt i vannet og druknet under slaget. Byen ble endelig erobret i oktober samme år, og etter noen mindre byer som overga seg i 1091, var hele øya under Rogers kontroll etter 30 års felttog.