Samme år overvar hun sammen med sin bror og svigerinne, en messe med Martin Luther, og hun ble deretter en overbevist protestant. Dermed kom hun i et skarpt motsetningsforhold til sin mann, som i kraft av sin tittel, hadde en særlig forpliktelse overfor den tysk-romerske keiser, som var den katolske kirkes forsvarer (og i øvrig dronning Elisabeths bror).