Det viktigste var trolig effekten slaget hadde på perserne. Marathon var deres første nederlag i nærkamp siden kong Kyros den stores dager, nesten to generasjoner før. Mens det joniske opprør, persernes dårlige prestasjoner på sjøen og nedbrenningen av Sardis stod for umiddelbare trusler mot persernes besittelser i området, signaliserte Marathon en trussel mot hele den vestlige delen av riket.