Tidlige oppfatninger av økologi, for eksempel balanse og regulering i naturen, kan spores tilbake til Herodot, som var blant de første til å beskrive mutualisme i observasjonen av «naturlige tannbehandling». Han så at nilkrokodiller som lå på elvebredden hadde åpen munn og at dette ga sniper muligheten til å pirke igler ut av tennene deres. Herodot bemerket at det ga næring til snipene og munnhygiene for krokodillene. Aristoteles hadde tidlig innflytelse på den filosofiske utvikling innenfor økologi. Han og hans elev Theofrastos gjorde mange observasjoner av migrasjon (forflytning) blant planter og dyr, biogeografi (utbredelse), fysiologi og atferd, noe som tyder på en tidlig analogi til det moderne begrepet økologisk nisje. Theofrastos’ arbeid tyder også på at han var den første som gjorde omfattende arbeid innenfor klassifisering av planter.