Et av Lund-kommisjonens forslag var at FO/S ble splittet i to, én hver for sivil og militær sektor av samfunnet. Den 1. januar 2003 ble så FO/S nedlagt og Nasjonal sikkerhetsmyndighet ble opprettet med ansvar for den sivil sektor og totalforsvaret, mens Forsvarets sikkerhetsavdeling (FSA) fikk ansvar for den militære sektor.