Touadéra ble født i hovedstaden Bangui, men familien kom opprinnelig fra Damara, nord for byen. Han er utdannet ved Universitetet i Bangui og Universitetet i Abidjan (Elfenbenskysten, og han har to doktorgrader i matematikk, en fra Universitetet i Lille (Frankrike) og en fra Universitetet i Yaoundé (Kamerum). Han har arbeidet med matematikkrelaterte spørsmål, før han i 2004 ble prorektor og i 2005 rektor ved Universitetet i Bangui.