Størst uro ble det i februar 1990, under Dushanbe-opprøret som rystet hovedstaden Dusjanbe. Tadsjikisk ungdom sloss mot ikke-tadsjiker, og det var opptøyer i gatene mellom demonstranter, politi og militære som resulterte i titall drepte. Makhamov fryktet islamsk fundamentalisme og iverksatte et langvarig portforbud.