Etter at Sovjetunionen brøt sammen, ble Əliyev forretningsmann i Moskva og Istanbul. I 1993 kom faren til makten som president i Aserbajdsjan og etablerte snart et autoritært regime. I 1995 ble İlham Əliyev valgt inn i parlamentet i Aserbajdsjan. I august 2003, to måneder før presidentvalget, ble İlham Əliyev utnevnt til statsminister av faren. Da valget nærmet seg gikk faren av som president, og utropte İlham Əliyev til regjeringspartiet sin kandidat til presidentvalget.