Calas var, som også hans hustru, protestant. Frankrike var på den tid hovedsakelig et katolsk land og katolisisme var statsreligion. Mens den harde undertrykkelsen av protestantisme som var blitt igangsatt av kong Ludvig XIV i stor grad hadde gått over, ble protestanter etter hvert i beste fall tolerert. En av Calas’ sønner, Louis, hadde konvertert til katolisismen i 1756, men den 13. oktober-14. oktober 1761 ble Marc-Antoine, en annen av Calas’ sønner, funnet død på gulvet i familiens hjem. Ondsinnete rykter ville ha det til at Jean Calas hadde drept sin egen sønn fordi også han hadde konvertert til katolisismen. Familien ble arrestert, og hevdet først at Marc-Antoine hadde blitt drept av en morder. Etter press erklærte de deretter at de hadde funnet Marc-Antoine død ved at han hadde hengt seg selv, men at de hadde arrangert det slik at sønnens selvmord ble seende ut som mord. Beveggrunnen for en slik handlemåte var at selvmord den gang var betraktet som en skjendig forbrytelse i seg selv, og døde kropper av selvmordere ble besudlet og gitt en forsmedelig begravelse,