Enkelte konspirasjonsteoretikere tror at det aldri ble funnet noen rester av flyet som traff Pentagon. Dette tilbakevises av vitner på stedet. Sprengningseksperten og ingeniøren Allyn E. Kilsheimer var en av de første fagpersonene på stedet. Han forteller blant annet at han fant kroppsrester og uniformsrester fra mannskapet på flyet, i tillegg til rester av flyskroget. Kilsheimers vitneutsagn bekreftes av bildebevis fra stedet.