Kharijitene ble senere nedkjempet av Ali i slaget om Naharwan. Sekten overlevde imidlertid nederlaget, og et medlem sto bak mordet på Ali år 661. Muawiyah reiste til Kufa der han overtalte en rekke av Alis støttespillere til å velge han som kalif i stedet for Alis sønn, Hasan. Muawiyah flyttet hovedstaden i kalifatet til Damaskus.