I Cupvinnercupen i håndball for kvinner 2008/09 slo Gjerpen ut det spanske laget BM Parc Sagunto i kvartfinalen, men ble slått ut av Larvik i semifinalen. I cupen ble de slått ut av Larvik i kvartfinalen, og i Eliteserien i håndball for kvinner 2008/09 kom de på åttendeplass.