Flere runesteiner som er funnet ved byen kan sees i museet. I bukta ved Hedeby er det i tillegg funnet vraket av et langskip (Hedeby 1) fra sen vikingtid. Det er bygget i nordisk klinktradisjon, og endte i en brann ved et angrep på Hedeby, sannsynligvis tett ved det sted hvor det ble bygget.