Kort tid etter fikk han sammen med Robert Persons i oppdrag å etablere en jesuittisk misjon i England. Dette var en meget risikabel oppgave. De reiste forkledt inn i England og virket der i det skjulte fra 1580. Pater Edmund Campion forfattet skrifter om den katolske tro og reiste gjennom store deler av England, og besøkte katolikker i fengslene og gav dem kirkens sakramenter. Ved denne virksomheten inngav ham de usikre og forfulgte katolikker nytt mot, i Berkshire, Oxfordshire, Northamptonshire og Lancashire.