I stedet for å bli henrettet, ble Adams en viktig rådgiver til den fremtidige shogunen. Han fikk et len kalt Hemi, og ble som første utlending utnevnt til samurai. I 1604 ble han beordret til å bygge en flåte med europeiske krigsfartøyer. Han lyktes og fikk etter det tillatelse til å besøke shogunens palass når han selv ville - noe som ellers ikke var mulig for hvem som helst. I 1613 ble han bevilget tillatelse til å forlate Japan. Adams hadde imidlertid forlengst akklimatisert seg i det japanske samfunn og forble i Japan livet ut. I 1610-årene gjennomførte han flere sjøekspedisjoner i Øst- og Sørøst-Asia.