Heyerdahl debuterte som maler i 1964. I 1965 vakte hans to figurer Homo Cyberneticus 1 og 2 oppsikt og forargelse på Høstutstillingen. I disse tok han i bruk skrap som materiale. Også lyd og bevegelse inngikk som deler av skulpturene. HC 1 og 2 regnes som norges første kinetiske kunstverk. Sommeren 1971 reiste Marius Heyerdahl rundt i Europa med en stor oljeskadet alkefugl på tilhengerfestet. Det var en fuglefigur bygd over en gammel svensk campingvogn, og den kunne i tillegg plasseres på en flåte og kjøre på vannet. Han ville med denne mobile installasjonen demonstrere mot den kyniske dumpingen av spillolje i Nordsjøen. Marius Heyerdahl senket mange av kunstverkene sine i Topdalsfjorden ved Kristiansand. I oktober 2017 ble noen av dem hevet. Den sørlandske finansmannen og kunstsamleren Nicolai Tangen betalte for søket. Med tiden skal gjenstandene som blir tatt opp fra fjorden inn i det nye Sørlandets Kunstmuseum "Silosamlingen" som etter planen skal stå ferdig på Odderøya i Kristiansand i 2021.