Tidligere lå nivået på Karakuls vannflate høyere enn i dag. Det gjelder også flere andre lukkede innsjøer i Sentral-Asia. Det antas at vannet tidligere har stått 60 m høyere. Selv ved 37 m høyere vannstand, vil vann renne ut i sørenden av innsjøen, og Karakul har derfor tidligere hatt utløp. Etter at vannstanden sank mistet innsjøen utløpet og saltinnholdet økte.