Hovedcampusen til University of Botswana, grunnlagt i 1982, ligger i østenden av Gaborone. Andre universiteter i Gaborone er Limkokwing University of Creative Technology, med campus i Gaborone, Botswana Accountancy College, for studier innen regnskapsføring og IKT, Gaborone Technical College, Boitekanelo College og Botswana College of Agriculture, omtrent 15 km fra bysentrumet. Dessuten har Gaborone Universal College of Law, som åpnet i 2006, hovedcampusen sin i Gaborone. Universitetet hadde sine første uteksamineringer i 2010.