I 1701 forlot paret Brussel og opprettet et hoff i München i Bayern. Maximilian deltok i den spanske arvefølgekrigen på Frankrikes side mot Østerrike. Etter slaget ved Blenheim i 1704 ble Bayern okkupert av Østerrike. Maximilian flyktet da til Brussel, men etterlot Theresa Kunigunda og hennes barn i Bayern. Keiser Leopold ville unngå opposisjon mot okkupasjonen fra lokalbefolkningen, og utnevnte derfor Theresa Kunigunda til stedfortredende regent i Bayern i ektemakens fravær.