Puerto Villamil ble grunnlagt av Antonio Gil i 1897 og fikk navn etter den ecuadorianske frihetskjemperen, og Galápagos' første guvernør, José de Villamil. Fra havnen ble det skipet ut sulfur fra et lokalt vulkankrater til Guayaquil. I 1902 ble det opprettet en garnison i Puerto Villamil. Jordbruk og fiske har vært de viktigste næringsveiene for befolkningen i landsbyen, inntil det på 1990-tallet ble en gradvis utvikling av turistnæringen. Stedet er blant annet ugangspunkt for turer til vulkanen Sierra Negra og lavaformasjonene Las Tintoreras. I 1996 åpnet General Villamil-flyplassen som har flyforbindelser til Puerto Baquerizo Moreno og Baltra.