For sitt arbeid for personer med rusmiddelavhengighet, de svakeste i samfunnet, har Ludvig Karlsen fått flere priser: 1995 – Livsstilprisen 29. september 1997 – Kongens fortjenstmedalje i gull. 31. januar 1999 – Bibelprisen ca. 2000 – Den Norske Sølvplate, for CD platen 2002 – Nicky Cruz ærespris 2002 – Petter Dass-prisen, sammen med sin kone Lise Karlsen. 31. august 2003 – utnevnt til æresdoktor, (Doctor of Divinity) fra Life Christian University i Tampa, Florida (USA). oktober 2004 – Keren Kayemeth Leisrael – Jewish National Fund plantet 1 000 trær i Yatir til minne om Ludvig Karlsen.