Spanjolene innførte det latinske alfabetet, og de brukte det til å skrive ned store mengder litteratur og dokumenter på nahuatl. I løpet av noen tiår hadde det latinske alfabetet erstattet det gamle skriftsystemet helt. Det ble ikke utviklet noen standard ortografi for nahuatl, og man ble aldri enige om hvordan fonemer som ikke fins i spansk, blant annet lange vokaler og den glottale plosiven, skulle skrives. Ortografiene som ble utarbeidet bygde stort sett på spansk ortografi, og de fleste fungerte dårlig til å representere alle fonemene i nahuatl.