De største elvene i Ungarn er Donau og Tisza. Donau renner også gjennom Tyskland, Østerrike, Slovakia, Serbia og Romania og er seilbar innen Ungarn i hele 418 km. Tisza er seilbar i 444 km. Andre elver i landet er blant andre Drava langs grensen til Kroatia, Rába, Szamos, Sió og Ipoly langs grensen til Slovakia.