Han ble i 1956 leder av statsadvokatembetet i Hessen, hentet dit av ministerpresident Georg August Zinn. Der tok han initiativ til den såkalte Auschwitzprosessen i Frankfurt, som var rettet mot SS-personell i Auschwitz-Birkenau. I 1959 ba han tysk høyesterett om å få alle sakene overført til domstolen i Frankfurt, i stedet for at sakene ble ført spredt rundt i Tyskland. I de første og største sakene tok Bauer ut 22 tiltaler mot mistenkte gjerningspersoner. De fleste sakene endte med relativt lave straffer, for medvirkning til drap fordi retten mente de tiltalte stort sett fulgte ordre og ikke myrdet på eget initiativ.