Francis var først kapellan ved i Malacca fra 1977 til 1980 før han ble sogneprest for i Johor Bahru i 1981. Samme år ble han sendt til Roma for videre studier, hvor han lisensiatsgrad i dogmatikk ved Det pavelige universitet Angelicum i 1983. I semesterpausene var han ved menighetene i London og i New York City. Han var også medlem av konsultorkollegiet i bispedømmet Melaka-Johor fra 1981 til 1984.