Byen ble grunnlagt i 1635 av Pierre Bélain som var guvernør på den nærliggende øya Saint Kitts på oppdrag fra Richelieu. Saint-Pierre var hovedstad på Martinique fram til 1692, da setet for øyas myndigheter ble flyttet til Fort-de-France. Saint-Pierre var fremdeles en av de viktigste handelsplassene i området, først og fremst på grunn av sukker- og slavehandel. Saint-Pierre hadde tidlig utbygd infrastruktur sammenlignet med andre steder i Karibia, med blant annet hestejernbane, elektrisk gatebelysning, botanisk hage og asyl.