Byen ligger helt ytterst på Kirkenes-halvøyen, med Bøkfjorden rett nordover mot Varangerfjorden, som den er en gren av. Bøkfjorden fortsetter øst for byen sydover til Elvenes og Pasvikelvens munning. Langfjorden grener av fra Bøkfjorden mot vest og fortsetter sydvestover til Straumen, der den dreier sydover til Langfjordeid. Øst for byen ligger Prestøya som ble forbundet med fastlandet med en molo bygget av tyskerne i 1942.