I 1612 etterfulgte han sin bror som keiser. Han forsøkte å føre en forsonlig politikk overfor protestantene. Denne politikk var drevet frem av Klesl, som dominerte i høy grad. Klesls ønske var at man med kompromisser mellom katolikker og protestanter ville styrke riket. Det var en del motstand mot denne politikken fra andre habsburgere.