Tom Cruise har tre søstre, og er sønn av ingeniøren Thomas Mapother III (1934–1984) og spesiallæreren Mary Lee (født Pfeiffer). Som fjortenåring begynte Cruise på et skoleløp for gutter som ønsket å bli fransiskanerprester, men etter ett år ombestemte han seg. Etter endt skolegang begynte han i stedet å studere teater ved Neighborhood Playhouse i New York City, med Sanford Meisner og Phil Gushee som lærere. I 1994 tok han flysertifikat.