Hvis et filfragment er større enn 64 MB i størrelse, blir ikke filen defragmentert. Microsoft har sagt at dette er fordi at det ikke gir noen merkbare ytelsesfordeler siden tiden det tar å søke frem så store biter med data er ubetydelig i forhold til tiden det tar å lese dem. Resultatet derimot, er at ikke krever en bestemt mengde med ledig diskplass for å fullføre defragmentering av en stasjon. Kommandolinjeverktøyet, i Windows Vista, tilbyr mer kontroll over defragmenteringsprosessen, slik som å utføre en full defragmentering ved å samle alle filfragmentene uansett størrelse. Defrag.exe krever dessuten ikke administrative rettigheter. Dette verktøyet kan bli brukt til å defragmentere valgte stasjoner eller kun analysere dem slik som defragmentereren gjør i Windows XP.