Kosovos uavhengighetserklæring i 2008 førte til store spenninger, både internt i serbisk politikk, og mellom Serbia og flere vestlige land. Koštunica sa i desember 2007 at en anerkjennelse av uavhengighet for Kosovo ville være «». Den daværende russiske visestatsministeren Dmitrij Medvedev hadde møter med Koštunica i februar 2007 etter uavhengighetserklæringen, der russisk støtte til Serbia ble gjort svært klar. «Vi skal kjempe sammen for Kosovo, som er en falsk stat. Serbia vil ikke samarbeide videre med land som har anerkjent Kosovo inntil anerkjennelsen blir annullert» sa Koštunica i forbindelse med møtet.