Etter en indre maktkamp i 1999 tok Khadaffy Janjalani ledelsen over en av fraksjonene i . Mens de indre stridighetene pågikk, var bevegelsen relativt rolig i forhold til omverdenen. Men deretter begynte de å bortføre gisler. Gruppen spesialiserte seg så på kidnappinger for løsepenger, og etter det som hevdes i lokalbefolkningen der bevegelsen opererer er det ikke lenger islamsk trosiver men pengebegjæret som var blitt drivkraften.