På begynnelsen av 1990-tallet førte studentdemonstrasjoner og tuaregenes angrep på Tchin-Tabaraden til nasjonalkonferansen i 1991, som avviklet militærstyret og gjorde Saibou nesten maktesløs. På partikongressen i mars det året klarte han å holde på sin stilling som partileder, med god støtte fra hæren. Men senere samme år hindret nasjonalkonferansen ham fra å delta i det planlagte presidentvalget, og på en ny partikongress i november ble han erstattet som partileder av Tandja Mamadou. Etter Mahamane Ousmane ble valgt til president, trakk Saibou seg fra sin stilling 16. april 1993, og dro tilbake til hjemlandsbyen. Han døde 31. oktober 2011.