Knausen FK ble stiftet som et tilbud til de nest beste spillerne på Svolvær IL. Etter at Svolvær ILs A-lag ble nedlagt da samarbeidsklubben FK Lofoten (en overbygningsklubb for A-lagene til Svolvær IL og Kabelvåg IL) ble stiftet i 1992, ble Knausens rolle å være A-lag for de juniorspillerne fra Svolvær IL som ikke var gode nok for FK Lofoten. Samtidig tok Knausen over Svolvær ILs oldboyslag.