Han vendte tilbake sammen med sine Koopalinger i . Her er han nok en gang den siste sjefskampen, og oppfører seg nok en gang som i . Men idet dagen ser ut til å være reddet sprer Kamek magi over avgrunnen hvor han falt, og han blir kjempemessig stor. Mario løper for livet, med Bowser hakk i hel, der han vasser gjennom lava og ramponerer alt i sin vei. Til sist finner Mario en bryter som spyler ned lavaen, og Bowser blir dratt med i dragsuget.