Manning og Colts introduserte et no-huddle offense som var svært effektivt da de slo New York Jets 45–24 i uke 1 av -sesongen. To uker senere (kamper i uke 2 ble ikke utspilt på grunn av terrorangrepet 11. september) fikk Colts sin andre seier i sesongen mot Buffalo Bills, med 421 pasningsyards fra Manning. Han ble utpekt til AFC Offensive Player of the Week for sitt bidrag i kampen. Colts fulgte det opp med et 38–17 nederlag mot New England Patriots, som også var den første kampen mellom Peyton Manning og Tom Brady. Colts fortsatte nedturen med tap i sine neste to kamper. Colts hadde så en kort opptur med to seiere på rad, før de tapte syv av sesongens ni gjenværende kamper. I den perioden satte Manning en personlig rekord med en 86-yard touchdownpasning til Marcus Pollard da Colts tapte 34–20 mot New Orleans Saints. Etter et 40–21 nederlag på hjemmebane mot 49ers hvor Manning satte en personlig rekord med fire interceptions i én kamp, sa Jim Mora hans nå kjente sitat "Playoffs? Don't talk about playoffs," under pressekonferansen etter kampen.