Abdurrahman Wahids bestefar var omkring 1900 en kjent muslimsk leder. Faren var i 1945 religionsminister i den første regjeringen til Achmed Sukarno. Abdurrahman Wahid studerte islamsk rett, arabistikk og litteratur i Kairo og Bagdad. I 1971 vendte han tilbake til Indonesia.