Gjennom å midlertidig forandre presidentens politiske betydning økte Barrientos' problemer. Mens hæren kjempet mot geriljaen, erklærte gruvearbeiderne i den statseide gruva Siglo XX at de støttet opprøret, og dette at førte til at presidenten sendte soldater for å gjenopprette ordenen. Det var dette som ledet til San Juan-massakren. Videre hadde det kommunistiske opprøret ført til en politisk skandale. I 1967 forsvant president Barrientos nære venn og innenriksminister Antonio Arguedas med Guevaras dagbok, som litt senere dukket opp igjen i Havana. Fra utlandet erklærte Arguedas at han alltid hadde vært en hemmelig tilhenger av marxismen, og han anklaget Barrientos og mange av hans støttespillere for å være betalt av CIA. Dette ble pinlig for Barrientos, siden anklagen viste til hans lite gjennomtenkte valg, og den førte til at Ovando Candía distanserte seg fra presidenten med tanke på det neste presidentvalget i 1970.