I München fikk han imidlertid en dårlig betalt stilling som hjelpelærer. Med kone og tre barn å forsørge, samt tidvis sin søster, søkte Huber i 1940 om medlemskap i NSDAP, slik at han kunne få noe høyere lønn. Dette ble innvilget på tross av et notat fra to år tidligere, der han beskyldes for «partifiendtlig holdning» på grunn av sin katolisisme. Hubers bitterhet mot nazistene skyldtes både det de gjorde med Tyskland, og den måten de utstøtte ham av det faglige fellesskapet på.