Notwane begynner rundt 11 km sør for Ramotswa, og følger grensa til Sør-Afrika i en nordøstlig retning før den munner ut i den venstre sida av Limpopo, på samme lengdegrad som byen Mahalapye. Kilden til elva ligger i sandvelden ved den østkanten av kalahariørkenen. Elva passerer de mest folkerike områdene av Botswana, blant annet like øst for Lobatse og nære Gaborone. Notwane munner ut i Limpopo kun 6 km unna der Matlabas-elva munner ut.