Epstein ble funnet død i sin celle i det føderale arresthuset Metropolitan Correctional Center i New York den 10. august 2019. Det er store uenigheter rundt hans døds omstendigheter. Han skal tidligere ha forsøkt å ta sitt eget liv, og han ble da satt under selvmordsvakt og fikk daglig psykisk evaluering. Selvmordsvakten ble opphevet 29. juli, og han ble tilbakeført til en sikkerhetscelle. Da Epsteins dødsfall utelukket muligheten til å forfølge strafferettslige anklager, avviste en dommer alle straffesaker den 29. august 2019.