Hitlers sjåfør Erich Kempka hevdet i 1946 i et intervju at Edmund Heines ble funnet i seng med en uidentifisert 18 år gammel mann da han ble arrestert under De lange knivers natt, men han hadde imidlertid ikke selv observert dette. Ifølge Kempka, nektet Heines å samarbeide og ville ikke kle på seg. Da SS-folkene rapporterte dette til Hitler, hadde han personlig gått til Heines' rom og beordret ham til å kle på seg innen fem minutter, eller risikere å bli skutt. Etter at disse fem minuttene hadde gått, hadde Heines fortsatt ikke etterfulgt ordren. Som følge av dette, ble Hitler så rasende at han beordret SS-mennene å ta Heines og gutten på utsiden av huset og skyte dem. Heines, Röhm og en rekke andre SA-leder ble fraktet til Stadelheim-fengselet i München, ca. 50 km nord for Bad Wiessee ved innsjøen Tegernsee hvor de ble arrestert, og henrettet samme dag. Hitler omtalte Heines som «en av de ledende medlemmene av en liten gruppe av elementer som holdt sammen gjennom lik legning» i sin tale i Reichstag 13. juli 1934.