En sak som mot Clintons ønske fikk svært stor fokus i pressen var spørsmålet om homofile i militæret. Clinton mente at homofile hadde utmerket seg i hver eneste krig som hadde blitt utkjempet i USAs historie. Bare noen få år tidligere under Gulfkrigen ble soldater som man visste var homofile, både kvinner og menn, utsatt for fare fordi det var viktig for landet deres at de utførte oppdragene. Etter at krigen var slutt, og det ikke var bruk for de homofile i det militære lenger, ble de dimittert på grunn av sin seksuelle legning. Clinton visste at det ikke var noen politisk vinnersak, men han likte ikke at han ikke klarte å overtale overkommandoen til å tilpasse seg det faktum at homofile hadde tjenestegjort, de tjenestegjør, og vil alltid tjenestegjøre i militæret. Men fordi det var så stor motstand både i Representantenes hus og senatet gikk Clinton med på et kompromiss. Det kompromisset har blitt kjent som «Don't ask, don't tell»-politikken.