Dōgen forandret rekkefølgen på bokrullene flere ganger i løpet av sin levetid, og redigerte også innholdet i de enkelte bokruller. Etter hans død ble ulike bokruller tilføyd og fjernet av forskjellige redaktører, noe som skapte forskjellige versjoner av Shōbōgenzō. De fire eldste versjonene av Shōbōgenzō bestod av 60, 75, 12 og 28 bokruller. De to første ble redigert av Dōgen selv. Utgaven på 60 bokruller er den eldste, og utgaven på 75 bokruller er en utvidelse av den på 60. Flere kopier av versjonene på 60 og 75 bokruller er bevart, deriblant en som inneholder håndskriften til Dōgen og hans elev, Koun Ejō.