Protozoene er knyttet til et fuktig miljø og lever i hav, sjø, fuktig jord eller som parasitter i andre organismer. De er rovlevende eller ernærer seg av dødt organisk materiale. Generelt er de nyttige som næringsgrunnlag for mange små dyr. Praktisk nytte gjør de i kloakkrenseanlegg, og praktisk skade gjør flere arter som parasitter og sykdomsårsak hos mennesker og dyr. Det er beskrevet flere tusen arter, men store mengder er ennå ubeskrevet.