McClellan opplevde ytterligere to kriser før han kunne gjennomføre planen sin. De konfødererte styrkene under general Joseph E. Johnston trakk seg tilbake fra deres stillinger foran Washington og inntok nye stillinger sør for Rappahannock, noe som fullstendig utelukket Urbanna-strategien. McClellan omformet planen sin slik at styrkene hans i stedet ville gå i land ved Fort Monroe i Virginia og rykke frem over Virginia-halvøya til Richmond, en operasjon som ville bli kjent som Peninsula-felttoget. Men McClellan kom under ekstrem kritikk fra pressen og kongressen da det ble oppdaget at Johnstons styrker ikke bare hadde unnsluppet ubemerket, men hadde i månedsvis lurt unionshæren gjennom bruk av tømmerstokker som var malt svarte for å se ut som kanoner, kalt Quaker Guns. Kongressens Joint Committee besøkte de forlatte konfødererte linjene og radikale republikanere introduserte en resolusjon som krevde McClellan avsatt. Men den ble såvidt nedstemt gjennom en parlamentarisk manøver. Den andre krisen var da det konfødererte panserskipet CSS «Virginia» dukket opp, noe som kastet Washington ut i panikk og gjorde støtteoperasjoner fra marinen på James-elva problematisk.