Den påfølgende sesongen var Stoltidis viktig for laget igjen, og var svært delaktig i at klubben vant den greske superligaen. Hans kanskje beste sesong gjennom karrieren kom sesongen 2007/2008, da han blant annet scoret tre mål i Champions League mot Werder Bremen. Hans første mål på Weserstadion utliknet ledelsen, og satte i gang snuoperasjonen da Olympiakos vant 3-1. I den avgjørende kampen på Georgios Karaiskakis scoret han både det første og det tredje i 3-0 seieren, i en kamp Olympiakos måtte vinne. Han fikk også to målgivende pasninger. Olympiakos vant The Double også dette året, og Stoltidis var den av utespillerne som spilte flest minutter.