Striden mellom gruppene bestod i hovedsak i hvem som skulle være norsk konge. Kirkens menn støttet baglerne fordi kong Sverre og birkebeinerne ønsket å frata biskopene flere av rettighetene deres. Sverre ønsket en nasjonal kirke med kongen som overhode, mens biskopene ønsket en uavhengig kirke der de kun stod i underordningsforhold til paven.