Fuglefjellet ligger på vestsida av Rundefjellet og er hjem for om lag 100 000 fugl, blant annet lundefugl, havsule, alke og lomvi. Skarveura ligger på nordsida av øya, og her fantes en av verdens største kolonier av toppskarv. De siste 40 årene har det vært en dramatisk nedgang i fugl på Runde, på det meste har det vært 800 000 fugl på Runde . Hvorav 8000-10000 var toppskarv.