Omkring fire millioner turister og andre besøker Vatikanmuseene hvert år (opplysning fra februar 2006). For en del år siden var tallet omtrent det halve, men fra og med 2000 ekspanderte tilstrømningen dramatisk. Dette skjedde omtrent samtidig som verdenssituasjonen tilsa strengere sikkerhetstiltak, noe som har ført til at museet er blitt beryktet for sine lange køer gatelangs foran inngangsportalen.