Motviljen mot Struensee kulminerte i begynnelsen av 1772 og et kupp iverksatt av utilfredse offiserer i samarbeide med enkedronning Juliane Marie ble satt i verk natten mellom 16. og 17. januar etter et stort maskeradeball. Enkedronningen klarte å få Christian VIIs underskrift på arrestordrer på Struensee, dronning Caroline Mathilde, Brandt og flere av deres tilhengere og de ble alle bokstavelig talt tatt på sengen og ført til Kastellet. På grunn av sin stand ble dronningen ført til Kronborg slott. Hun levde sine siste år i den tyske byen Celle i sin brors arveland, Hannover, mens Struensee og Brandt ble stilt for en kommisjonsdomstol anklaget for majestetsforbrytelse. Etter at de begge ble dømt skyldige, ble de 28. april 1772 brakt til Østre Fælled og i henhold til Danske Lov ble deres adelige skjold ødelagt, deretter ble først høyre hånd hugget av og så hodet. Likene ble partert i fire deler og lagt på steile og hjul. På denne måten fremviste de nye makthaverne en demonstrasjon av sin makt. Blant de få av Struensees reformer som ble beholdt var likhet for loven.