Spillets handling utvikler seg etter hvert som spilleren kommer seg gjennom forskjellige byer og fangehull. Andre innbyggere kan tilby nyttig informasjon, og enkelte innbyggere eier forskjellige butikker. Senere i spillet kan besøk til visse områder aktivere frivillige side-oppdrag. Fangehull kan eksistere i både huler, skoger, eller i bygninger. Disse fangehullene inneholder ofte skattekister eller andre sjeldne gjenstander som ikke er tilgjengelige i de fleste vanlige butikker. Fangehull kan for eksempel inneholde gåter og labyrinter, eller andre problemer som må løses før spilleren kan komme seg videre. Karakterer i Final Fantasy VI kan også utstyres med en rekke våpen, rustning og annet tilbehør.