Napoleons ønske om å skifte ut sin barnløse hustru, gjorde at han ville ha kirken til å erklære ekteskapet med Josephine ugyldig. En slik prosess kunne bare paven åpne for, men paven hadde jo ekskommunisert Napoleon. Trass i massivt påtrykk avviste Pius dette og andre krav, som å innsette nye biskoper i Frankrike så lenge han selv ble holdt i fangenskap. Ved en anledning gikk han til sultestreik.