Han ble utnevnt den 13. desember 2002 til titulærbiskop og hjelpebiskop for San Francisco, og bispeviet 30. januar 2003. Hovedkonsekerende var erkebiskop William Joseph Levada av San Francisco; medkonsekrerende var biskop Patrick Joseph McGrath av San Jose in California, og hjelpebiskop John Charles Wester (San Francisco). Han fratrådte av aldersgrunner den 16. mai 2009 etter å ha søkt pave Benedikt XVI om dette.