Hver av karakterene har også sine egne spesialvåpen. Mario og Luigi har flammekuler, Wario og Waluigi kan kaste bob-omb, Diddy og Donkey har store bananskall, Yoshi og Birdo har rullende eggebomber, Koopa Troopa og Paratroopa kan sende 3 skall samtidig, baby Mario og Baby Luigi blir trukket i kjetting et lite stykke av Chain Chomp, Toad og Toadette har gullsoppen kjent fra Mario Kart 64 som gir fart hver gang man trykker på våpenknappen, Peach og Daisy har beskyttelseshjerte, Bowser og Bowser Jr. har stort skjell med pigger og King Boo og Pethey Piranha har alles spesialvåpen.