Gjennom sin maktutøvelse i Berlin kom Hinckeldey i strid med andre grener av den prøyssiske forvaltningen, særlig statsbyråkratiet og militæret. Men kong Fredrik Vilhelm IV holdt sin hånd over ham og beskyttet ham mot alle angrep. Men da Hinckeldey grep inn mot en hasardspill-klubb med adelige medlemmer, ble han utfordret til en duell av offiseren Hans von Rochow, som var en dyktig skytter. Hinckeldey ble drept i pistolduellen som fant sted på Jungfernheide utenfor Berlin 10. mars 1856. Omkring 100 000 mennesker møtte i begravelsen hans, som til tross for at Hinckeldey ikke hadde vært populær, ble en folkedemonstrasjon rettet mot adelskretsen omkring den konservative avisen . Også prins Vilhelm viste sin sympati for Hinckeldey, mens kongen var vaklende.