I 1885 godtok britene at Frankrike opprettet et protektorat for Madagaskar, mot at britene gradvis fikk ta over Zanzibar. Frankrike tok full kontroll over Madagaskar gjennom militære maktmidler i årene 1895–1896, og merinaenes monarki ble oppløst. Franskmennene hadde som mål å innføre fransk språk og fransk kultur. I enkelte perioder ble bare fransk godkjent i skoleverket. Men i misjonens skoler ble det undervist i morsmålet i hele kolonitiden. Veier og jernbaner ble bygget i denne tiden, plantasjer ble anlagt for å eksportere koloniale råvarer til moderlandet.