I sør avgrenses Sahara-ørkenen av Sahel, et belte av tørr, tropisk savanne med en regnrik sommersesong som går over hele det afrikanske kontinentet, fra øst til vest. Saharas sørgrense markeres botanisk med utbredelsen i sydlig retning av Cornulaca monacantha (et tørketolerant medlem av Chenopodiaceae, samt utbredelsen i nordlig retning av Cenchrus biflorus, en gressart typisk for Sahel.