Den 8. mai 2007 innrømmet Scarponi at han hadde vært involvert i dopingskandalen Operación Puerto. Som en følge av dette ble han utestengt i 21 måneder. Han hadde vært mistenkt i saken siden 2006, men hadde klart å få kontrakt med Acqua & Sapone. I 2007 innrømmet han at han hadde vært involvert, og han ble suspendert. Etter at han var ferdig med suspensjonen, signerte han for Serramenti PVC Diquigiovanni, som han syklet for i to år. Der kom flere gode resultater, blant annet i Giro d'Italia, som gjorde at han senere fikk kontrakt i Lampre-ISD.