Margrethe Holmsen var datter av rektor i Kongsberg Jørgen Fredrik Ording (1832-1888, av slekten Ording) og Marie Benedikte Wildhagen (1845-1913), og søster av teolog og professor Johannes Ording (1869-1929) og skolemannen Fredrik Ording (1870-1929). Hun ble 28. april 1891 gift i Kristiania med personellkapellan og senere sogneprest Paul Holmsen (1863-1904), hvis søster Margrethe (Anne Margrethe Ovidia Holmsen) var lærer og forfatter (under psevdonymet M. H.). Datteren Amunda «Lissa» Holmsen ble gift med komponist og pianist David Monrad Johansen.