Den 4. august 1060 døde Henrik og ble etterfulgt av sin sønn Filip I som da var åtte år gammel. Mens han var mindreårig fungerte Anna, som et medlem av det kongelige råd, som regent av Frankrike og med grev Boudewijn V av Flandern som hennes medregent i henhold til den avdøde kongens testamente. Hun var den første dronning av Frankrike som fungerte som regent. Anna var en lese- og skrivekyndig kvinne, sjelden for sin tid, men det var en del opposisjon mot hennes regentskap grunnet at hennes franske språk ikke var flytende. Hennes involvering i statens affærer er åpenbar: hun fulgte Filip på hans inspeksjonsreiser rundt om i Frankrike slik hun også hadde gjort med hans far. I løpet av hennes første år som regent er hun navngitt i elleve statsdokumenter.