Misjonærenes betydning økte og Mangaia kom gradvis under britisk innflytelse. Fem menn fra Mangaia ble i 1863 bortført på et peruansk slaveskip og høvdingene appellerte til guvernøren på New Zealand for hjelp. For å komme Frankrike i kjøpet, tok britene kontroll over Cookøyene. Storbritannia gjorde Mangaia til protektorat i 1888. Høvdingene beholdt likevel en rolle i styringen av øya. I motsetning til på andre øyer, ble lokal kontroll over land beholdt.