Høsten 1941 var det flere offentlige masseskytinger av jøder i Liepāja-distriktet. Massakrene ble utført på en måte som førte til at distriktskommissær Walter Alnor klaget til Latvias generalkommissær Drechelser og videre til Lohse. Etter dette forbød Lohse flere skytinger noe som førte til at RSHA sendte i oktober 1941 en klage på Lohse til Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete (departementet for de okkuperte områdene i øst). Lohse svarte at han stanset de «ville henrettelsene» fordi det ble gjennomført på en uakseptabel måte og at han hadde fått tilsvarende klager fra Vilnius og Kaunas. Lohse ba derfor 15. november om klargjøring av hvorvidt alle jøder i Ostland skulle likvideres: Skulle det skje uten hensyn til kjønn, alder og økonomiske vurderinger (feks tilgang til kvalifisert arbeidskraft til krigsindustrien)? Lohse skrev at det naturligvis hastet med rensing av Ostland, men at fremgangsmåten måtte avveies mot behovene i krigsinnsatsen. Lohse poengterte at han ikke hadde fått noen slik direktiver. Alfred Rosenberg svarte at Lohse burde ha fått klarhet i håndtering av jødespørsmålet ved muntlige drøftinger og at man skulle se bort fra økonomiske hensyn.