I bondekrigen slo Philipp i 1525 raskt ned opprørerne i Fulda og Hersfeld. Samtidig begynte den åpne politiseringen av reformasjonen. I 1525 dannet Georg av Sachsen og erkebiskop Albrecht av Mainz-Magdeburg , til beskyttelse mot nye opprør og mot «den lutherske sekt», mens Hessen og Kursachsen inngikk den 27. februar 1526. Etter riksdagen i Speyer i 1526 fremmet Philipp resolutt innføringen av reformasjonen, og foretok visitaser av klostrene og innhentet opplysninger om deres formue. Ved synoden i Homburg i oktober 1526 vedtok de hessiske stender riktignok en katolsk reformeringsplan ført i pennen av fransiskaneren Franz Lambert av Avignon («Reformatio ecclesiarum Hassiae»), men etter råd fra Martin Luther lot Philipp være å gjennomføre den. Den hessiske kirke vokste dermed helt ut av Luthers saksiske reformasjon, noe som viste seg å bli av stor politisk betydning.