Da deres far døde, gjorde han i sitt testamente Ptolemaios XIII og hans eldre søster Kleopatra VII til medherskere av Egypt. Kleopatra, som allerede hadde vært medregent med sin far, synes lite villig til å dele makt med sin yngre bror. Forholdet dem imellom ble forverret inntil et palasskupp tvang Kleopatra til å flykte til sin søster Arsinoe IV.