Slimdyrene fordeler seg på rike Amoebozoa (amøber med avrundedte (lobose) pseudopodier, og dessuten slimsoppene) og rike Cercozoa (amøber med filamentøse pseudopodier, poredyr (Foraminifera), og de noe mer fjerntstående radiolarier). Soldyr ble også regnet til slimdyrene, men inntar i dag en isolert stilling og er ennå ikke skikkelig plassert (kanskje nær Cercozoa).