I 1944 begynte Arafat studier ved Kong Fuad Is Universitet og tok avgangseksamen i 1950. Han hevdet senere å ha søkt bedre forståelse for jødedommen og sionismen ved å delta i diskusjoner med jøder og ved å lese publikasjoner av Theodor Herzl og andre fremtredende sionister. Samtidig utviklet hans interesse for arabisk nasjonalisme seg, og han begynte å anskaffe våpen som skulle smugles inn i det daværende Palestinamandatet, for å brukes av irregulære styrker i den høyere arabiske komité og milits i den hellige krigs armé.