Hans yngre bror Anastasio Somoza Debayle var leder for Guardia Nacional, var landets nest mektigste mann under sin eldre brors styre. Selv om Luis nektet å la seg gjenvelge i 1963, sørget brødrene for at presidentene fra 1963 og utover var politikere lojale mot somozaene. Dermed holdt Luis den reelle makten i landet fram til 1967, da han døde av et hjerteinfarkt i Managua, førtifire år gammel.