Den dype strukturen til virvelbevegelsene er ikke fullstendig forstått. Virvlene er antatt å være relativt tynne, fordi enhver tykkelse som er større enn 500 km vil føre til ustabilitet. De store antisyklonene utbrer seg bare noen få titalls km over de synlige skyene. De fleste planetforskere forkaster i dag en tidligere hypotese om at virvlene er dype «konveksjonsfjær» eller «konveksjonssøyler»; det er imidlertid enighet om at stormene er slike «konveksjonssøyler».