Flyet, en British Aerospace 146-200A, lettet fra Los Angeles internasjonale lufthavn med kurs mot San Francisco. Ombord var også flere ansatte i Pacific Southwest Airlines og USAir, blant dem Ray Thomson. Mens flyet var på marsjhøyde på 6500 meter, snakket kapteinen med flygeledere om værforholdene langs flyruten da 2 skudd kunne høres fra kabinen. Like etterpå kunne man på flyets taleregistrator høre at døren til cockpiten bli åpnet og en kvinnelig stemme, mest sannsynlig flyvertinnen, fortelle kapteinen at de har et problem ombord. Et skudd høres like etterpå, og etterforskerne er sikre på at Burke skyter og dreper flyvertinnen som står i døren til cockpiten før to nye skudd høres, som tyder på at begge pilotene blir skutt. Flyets ferdsskriver indikerer at noen, mest sannsynlig drapsmannen, skyver stikken fremover slik at nesen vender nedover. Sekunder etterpå høres økningen av tonen på lyden av vind utenfor flyet, og like før flyet treffer bakken, kan et sjette skudd høres fra kabinen, mest sannsynlig fra at Burke skyter og dreper selskapets sjefspilot, som også reiste med flyet som passasjer. Det var også spekulasjoner om hvor vidt Burke skjøt seg selv, men ettersom hud fra fingeren ble funnet ved avtrekkeren på restene av pistolen ble disse spekulasjonene raskt avfeid.