Otto Hofmann ble tiltalt i den åttende av Nürnbergprosessene kjent som RuSHA-prosessen. Det amerikanske aktoratet søkte å bevise at den tyske bosettings- og germaniseringspolitikken inngikk i et systematisk folkemordsprogram og tiltalte Hofmann og 12 andre for forbrytelser mot menneskeheten, krigsforbrytelser og for medlemskap i en kriminell organisasjon. Hofmann hadde ifølge aktoratet et stort ansvar for den tyske okkupasjonsmaktens forflytning, tvangsbosetting og germaniseringspolitikk (i de okkuperte områdene i øst) som i sin tur var en medvirkende årsak til holocaust. Hofmann og medtiltalte forsvarte seg med RuSHA var svak og uten betydning. Hofmanns deltakelse på Wannsee-konferansen ble bagatellisert av forsvaret noe som ikke er troverdig: under konferansen var han aktiv, hadde ofte ordet og kom med egne ideer. Wannsee-konferansen var ikke en sentral del av rettssaken. Hofmann ble dømt på alle vesentlige punkter unntatt medvirkning til folkemord og sonet 9 av 25 år i fengsel. Han ble benådet i 1954 av USAs administrator John Jay McCloy. Han levde senere et rolig liv under fullt navnt også etter at Wannsee-protokollen var gitt ut.