Japarov ble født i Balyktsjy i Issyk-Kulregionen i Kirgisistan 14. september 1964. Han ble tidlig medlem av Komsomol og hadde lederverv der. Han er utdannet sivilingeniør fra Kyrgyz Technical University i hovedstaden Bisjkek. Han har også studert finans og organisasjonsledelse ved Bishkek Academy of Finance and Economics.