Frigjøringsteologien framstod som en trussel for myndighetene og personer med politisk og økonomisk makt, og i noen tilfeller førte den til økt undertrykkelse av fattige både i urbane og rurale strøk, både i Mexico og andre steder i Latin-Amerika. Områder som praktiserte denne nye måten å tolke på, og oppfordret de fattige til å kjempe for sine menneskerettigheter, ble stemplet som marxistiske, og paramilitære grupper utførte, ofteunder myndighetenes ledelse, ofte aksjoner og kampanjer med lavintensiv krigføring mot sivile som støttet denne motstandsbevegelsen. Urbefolkningen begynte å se at grunnen til fattigdommen deres var mangelen på frihet og demokrati, en politisk virkelighet som kom av politikken som ble ført av regjeringen fra Partido Revolucionario Institucional (PRI).