Gubajdulina studerte komposisjon og klaver ved konservatoriet i Kazan og fortsatte etter sammenslutningen i 1954 studiene ved Moskvas konservatorium fram til 1963. Under disse studiene ble musikken hennes betegnet som «pliktforsømmelse», men Dmitrij Sjostakovitsj oppmuntret henne til å fortsette sine «avvik».