Da den franske regjering ble konfrontert med upopulariteten til et slikt grep, ble han enig med mange tsjadiske intellektuelle om å kreve et stort sett med politiske og økonomiske reformer fra den tsjadiske regjeringen. Tombalbaye var desperat etter fransk støtte og aksepterte motvillig reformprogrammet (MRA) på 33 medlemmer, som ankom i 1969 med makt til å omskolere hæren, omorganisere administrasjonen og anbefale avskaffelse av upopulære lover og skatter. Den viktigste politiske reform var at Tsjads viktigste sultanater ble fullstendig gjenopprettet til sin tidligere juridiske status. Regjeringen tillot dem også å gjenvinne sin funksjon som skatteoppkrevere i bytte for 10% av inntektene. Denne operasjonen, som Tombalbaye motvillig utførte, undergravde midlertidig aktivitetene til opprørerne i sentrale Tsjad.