Fletcher ble født i desember 1579 (døpt 20. desember) i Rye i Sussex og døde av pest i august 1625 (gravlagt 29. august i kirken St. Saviour's, Southwark). Hans far Richard Fletcher var en ambisiøs og suksessfull geistlig som i rekkefølge var domprost av Peterborough, biskop av Bristol, biskop av Worcester, og biskop av London (kort tid før han døde) foruten også kapellan for dronning Elisabeth I av England. Som domprost av Peterborough var Richard Fletcher tilstede ved henrettelsen av dronning Maria I av Skottland ved Fotheringay, «knelte ved trappene til skafottet og begynte å be høyt og lenge i en land og retorisk stil som om han var bestemt på å tvinge seg inn historiebøkene», og som skrek ut ved hennes død, «Slik går alle dronningens fiender til grunne!» Richard Fletcher døde kort tid etter å ha mistet dronning Elisabeths gunst over et ekteskap som dronningen hadde advart mot. Han synes å ha blitt delvis rehabilitert før sin død i 1596, imidlertid døde Fletcher med betydelig gjeld. Ansvaret for oppfostringen av John Fletcher og hans syv søsken ble gitt til hans onkel på farsiden, Giles Fletcher, en poet og en mindre funksjonær. Hans onkels forbindelser opphørte å være en fordel, og kan faktisk også ha blitt en byrde etter opprøret til jarlen av Essex som hadde vært hans patron.