Spilleren må styre Snake gjennom ulike områder mens man unngår å bli sett og unngår patruljerende vakter. Hvis spilleren blir sett, går spillet over i en modus hvor alle vaktene leter etter Snake. Snake starter ubevæpnet, men får etter hvert tak i våpen og eksplosiver som en Beretta 92F og en RPG-7-rakettkaster. Det er begrenset med ammunisjon til hvert våpen, men man finner mer ved ammunisjonslagre og -bokser som finnes flere steder i spillet. Våpen kan brukes til mer enn bare å drepe fiender, men også til å fjerne hindringer som hule vegger, elektrifiserte gulv og lignende. Snake kan også bruke nevene sine til å slå og overliste patruljerende vakter. I tillegg til fiendtlige vakter, møter man flere ganger ulike leiemordere som utfordrer Snake til kamp. Disse fungerer som boss-figurer i spillet.