I 1859 gjorde Plücker kjent at han hadde identifisert tre spesielle spektrallinjer i utladninger gjennom gasser av ren hydrogen. Han ga dem navnene H, H og H og la grunnlaget for utledning av Balmer-formelen noen år senere. Denne viste seg å bli av avgjørende betydning for etablering av moderne atomfysikk. Lignende, spektroskopiske arbeid førte til at Plücker og Hittorf i 1865 foreslo at spektrallinjene er typiske for hvert stoff og kan brukes til deres identifikasjon. Dette var kort tid før Gustav Kirchhoff og Robert Bunsen viste mer grundig hvordan dette henger sammen og dermed etablerte moderne spektralanalyse..