Etter at Calypso ikke lenger var en hav-gudinne, forlot Jones sine plikter og returnerte til de syv hav. Som et resultat av dette blir Jones gradvis mer monstrøs, og hans fysiske utseende smelter sammen med forskjellige maritime skapninger. Sjømenn over hele verden frykter ham, for Davy Jones ble stadig mer grusom - og med en umettelig smak for alt brutalt. Jones rekrutterer døende sjømenn ved å redde dem fra døden i bytte mot at de gjennomfører 100 års tjeneste om bord på skipet hans. I løpet av denne tiden får han også kommandoen over Kraken, et fryktet mytologisk sjø-monster.