Tidlig i mai 1944 var Rudolf Höss i Budapest for å diskutere fremdriftsplanen for deportasjonene med Eichmann og de ungarske statsbanene (MÁV). Höss ønsket å holde et lavere tempo enn Eichmann og Endre fordi Auschwitz, særlig krematoriene, ikke hadde kapasitet til den planlagte deportasjonen. Eichmann brydde seg lite om Höss' innvendinger og henviste til ordre fra Himmler. Til slutt ble det lagt opp til at deportasjonene skulle foregå i en takt på fem tog i løpet av 48 timer, i stedet for fire tog (hver med 40-50 kuvogner til sammen 3000 til 3500 personer) innenfor 24 timer som opprinnelig planlagt. Drapet på de jødiske ungarerne var det mest intensive i løpet av Auschwitz' eksistens og ble kalt «Operasjon Höss» etter lederen. De siste forberedelsene pågikk fortsatt da det første toget ankom 16. mai. Krematoriene klarte ikke å ta unna alle likene og det ble derfor gravd store groper til å brenne lik i friluft.