Det parallelle universet Xen er i begynnelsen av Half-Life kun en verden der forskere fra den gigantiske, underjordiske forskningsbasen Black Mesa gjør eksperimenter iført den beskyttende drakten HEV-suit. Senere i historien åpner det seg en ukontrollert portal fra Xen nede i Anamolous Materials Lab, en seksjon av Black Mesa, hvor livsformer fra Xen rømmer inn i vårt univers. Black Mesa blir infisert av fiendtlige Xen-livsformer, og forskere, sikkerhetsvakter og annet personell må komme seg ut av basen for å ikke miste livet. Denne hendelsen hvor Black Mesa ble invandert av Xen markeres som .