Ibrahim IIs styre ble begynnelsen på slutten for det aghlabidiske emirat. Det var sannsynligvis lite han kunne ha gjort for å forhindre deres lille fotfeste på det italienske fastland. Selv om erobringen av Sicilia var blitt fullbyrdet under ham – Siracusa i 878, Taormina i 902 – førte Ibrahim IIs uberegnelige og harde styre til borgerkrig og separatisme blant øyas muslimske samfunn.