Peralta ble opptatt i Colegio de San Martín 29. oktober 1594 og studerte deretter ved Colegio Real de San Felipe i Lima og ved Universitetet i San Marcos. Limas Audiencia general godkjente ham til å praktisere som advokat. Han reiste til Salamanca og fikk doktorgrad i lov og kanoner fra Universitetet i Sigüenza. I 1609 var han i Alcalá de Henares ved Colegio de San Antonio.