Den første president var Opal Kunz, amerikansk flypioner og tidlig feminist, og organisasjonen ble dannet i hennes hjemme. I et brev datert 1929 uttrykte hun at «Det burde være en inspirasjon til alle amerikanske jenter i å lære å fly, til utvikle dyktighet, og tilpasse oss selv for det strålende arbeidet som ligger forut i luftfart.» Organisasjonen ble opprettet ni år etter at kvinnelig stemmerett innført i USA. Blant andre kjente deltakere ved stiftelsen av Ninety-Nines var Amelia Earhart, Fay Gillis Wells, Nancy-Bird Walton, Betty Gillies, Louise Thaden, Ruth Nichols, Phoebe Omlie, Mary Goodrich Jenson, og andre.