Bundesnetzagentur ble opprettet 1. januar 1998 etter dereguleringen av post- og telekommunikasjonsmarkedene i Tyskland. Da tysk og europeisk lovgivning introduserte større konkurranse i energi- og jernbanemarkedene tidlig på 2000-tallet, fikk Bundesnetzagentur også ansvar for tilsyn med disse sektorene. Det har imidlertid ikke ansvar for tilsyn med de tekniske og sikkerhetsmessige sidene ved jernbanesektoren, da dette ivaretas av Eisenbahn-Bundesamt som er underlagt det føderale transport-, bygnings- og byutviklingsministeriet.