Ved medikamentell avlusning blir fisken pumpet inn i en brønnbåt og eksponert for medikamenter som dreper lusen. Når medikamentene er ujevnt fordelt i vannet, kan enkeltfisk bli utsatt for høye konsentrasjoner. Dette kan blant annet forårsake etseskader på gjellene til fisken. Økende resistens gjør at behandling med medisiner har blitt mindre vanlig. Et utbredt medikament for lusebehandling er hydrogenperoksid. Ved hydrogenperoksidbehandling tilsetter man hydrogenperoksid til brønnen for å lamme lusen. Hydrogenperoksid kan bare tilsettes brønnen når temperaturen i vannet er under 10°C, dette fordi fisken ikke tåler behandlingen under varme, og risikoen for død øker. En annen ulempe med behandling med hydrogenperoksid, er at lusen kan utvikle resistens. Hydrogenperoksid brukes i likhet med ferskvann også for å bekjempe Amøbegjellesykdom. Man kan også gi fisken spesialfôr med medikamenter for å drepe lusen.