Mongolene inndelte forvaltningen inn i (for forsvarsanliggender), for tiloppsynet med embedsverket, og for alle sivile anliggender. Dette siste rådet hadde seks avdelinger; for skatt, personal, riter, krig, justis, og offentlige arbeider. Men mange av provinsene var relativt selvstendige, som fremfor alt (Gansu og Yunnan). Forvaltningen var plaget av stadige maktkamper. Flere ministre, og særlig de mest hensynsløse, måtte bøte med livet (Ahmed Fanakati 1282, Lu Shih-jung 1285, Senge 1291, Bayan 1340, Toghta 1356).