Elva har utspring som en liten fjellbekk fra et vatn oppe på Kjerdelsfjellet i Hestkjølen-massivet, og renner herfra bratt ned mot Kjerdelsvatnet (721 moh.). Fra nordenden av Kjerdelsvatnet renner elva videre ned Kjerdelsdalen, som helt øverst er dominert av store myrområder. Lengre nede veksler landskapet mellom skog og myr, mens selve elva er omkranset av gammel granskog. Kjerdelselva er en typisk grunn og steinete «taigabekk», som ofte kjennetegner kontinentale områder. Elveløpet veksler mellom rolige partier hvor den også danner meandere, og partier hvor fallet er noe sterkere og elva danner små stryk. Nederst i vassdraget ligger Litlsjøen, og via en kort elvestubb fortsetter elva til munningen sørøst i Løvsjøen.