Han innledet sin tid som generalsekretær med å få satt fri amerikanske piloter som siden Koreakrigen hadde sittet som fanger i Kina. Han sa selv at han hadde fått løslatelsen i fødseldagspresang av Kina i 1955. Dette skjedde etter at Hammarskjöld gjennomførte en større omorganisering innen FN-kanselliet, da han fikk slutt på tendensene til mccarthyisme som preget forgjengeren Lies embetstid, med USA-ledete granskningskommisjoner og oppsigelser av ansatte. Han ble tidlig forbundet med "den tysta diplomatiens strategi", som han redegjorde for i sin årsrapport for 1955. Blant de mer merkelige oppdragene han løste, var da han i 1960 klarte å overtale Fidel Castro og hans menn til å ta inn på hotell i stedet for å overnatte i FN-hagen i New York.