Samtidig som han spilte for Redskins var Baugh og lagkameraten Wayne Millner assistenttrenere for The Catholic University of Americas Cardinals, og var med laget da de spilte i Sun Bowl i 1940. Baugh forlot Washington, D.C. i 1952. Han valgte å ikke ta en jobb med Redskins til tross for at de inviterte ham flere ganger. Etter spillerkarrieren ble han hovedtrener på Hardin–Simmons University hvor laget han ledet gikk 23–28 mellom 1955 og 1959.