Disse spillene følger stort sett samme historie som original-spillene, med noen endringer. Spilleren starter i , i den oppdiktede regionen Hoenn. Derfra legger spilleren ut på en reise sammen med rivalen etter at begge har vagl start-Pokémon. Spilleren får velge mellom (gresstype), (flammetype) og (vanntype). Spilleren dra så ut på en reise gjennom hele Hoenn-regionen for å bli den ultimate Pokémon-trener, ved å vinne over den regjerende Pokémon-mesteren i ligaen. For å komme til ligaen og vinne over mesteren må spilleren vinne over åtte Pokémon-gymmer i forskjellige byer, spredt rundt om i regionen. På veien må treneren fange nye Pokémon på veien som han/hun kan trene for å få det best laget med Pokémon. Hver eneste gym har en leder som er den beste treneren i gymmen. Hver gym spesialiserer seg i én type Pokémon. En gym kan bruke bare steintyper, en annen kan bruke istyper og en annen kan bruke elektrisketyper.