Forlaget har blitt kritisert for å publisere mindre gode artikler, for å bruke overfladisk fagfellevurdering av tilfeldig og lav kvalitet, og for bruk av søppelpost, og har blitt beskrevet som en «pengemaskin som drives av det totale antallet aksepterte artikler, ikke av kvalitet». Forlaget var med på Jeffrey Bealls liste over røverforlag fra 2014, men det ble fjernet i 2015 etter vurdering av Bealls ankekomité; Beall skrev i 2017 at MDPI var et av røverforlagene som hadde «prøvd å være så plagsom som mulig» mot hans arbeidsgiver. En detaljert analyse av MDPIs tidsskrifter fant at de måtte regnes som røvertidsskrifter og at de skilte seg fra kvalitetstidsskrifter gjennom langt høyere selvsitering og gjennom at uforholdsmessig mange av siteringene var fra MDPI-tidsskrifter. MDPI har også stått sentralt i debatter om kvalitetskravene i Norsk vitenskapsindeks, og inkluderingen av mange av forlagets tidsskrifter i registeret har blitt kritisert av norske forskere. I 2021 kunngjorde publiseringsutvalget i Norge et nytt nivå for «tvilsomme» utgivere og tidsskrifter, kalt nivå X, og begrunnet det med bekymringsmeldingene om MDPI. Fem MDPI-tidsskrifter var blant de første tretten tidsskriftene som fikk status som nivå X høsten 2021, noe som gjorde MDPI til den største utgiveren av mulige røvertidsskrifter i indeksen.