Francis Arinze begynte som 15-åring på seminaret i Onitsha. Han fullførte den videregående utdannelsen i 1950 på seminaret i Enugu, og underviste så der i to år. I 1953 begynte han filosofistudier i Enugu, og i 1955 begynte han å studere teologi ved det pavelige universitet Urbaniana i Roma.