Som de fleste engelske katedraler ble Exeter tungt herjet under oppløsningen av Englands klostre, men ikke så mye som det ville ha skjedd om det var en klosterkirke. Ytterligere ødeleggelser skjedde under den engelske borgerkrigen da korsgangene ble ødelagt. Etter at Karl II ble innsatt som konge ble et praktfull pipeorgel bygget inn i katedralen av John Loosemore. I løpet av Viktoriatiden ble en del renovering utført av George Gilbert Scott. Bombingen av byen under den andre verdenskrigen førte til betydelige ødeleggelser, spesielt glassvinduene. Påfølgende reparasjoner og nedrivning av området rundt den vestlige siden av kirken avdekket deler av den tidligere strukturen, blant annet restene av romersk by og den opprinnelige normanniske katedralen.