Rundt České Budějovice, der Vltava tar opp vannet fra Malše, utvider dalen seg betydelig, men lenger ned er den igjen ganske smal, bratt og svingete med stort sett høy andel av skog. Nedenfor Týn nad Vltavou renner Lužnice inn fra høyre ved Neznašov som den første av dens fire største sideelver. Like etter kommer Vltava inn i det 68 km lange reservoaret til Orlíkdemningen, der Otava kommer fra venstre; den har også har sin opprinnelse i Šumava. I Slapyreservoaret er Vltava igjen oppdemmet over dusinvis av kilometer. Noen få kilometer nedenfor demningen fantes tidligere de berømte og beryktede St. Johann-strykene (Svatojánské proudy), som er skildret i Bedřich Smetanas musikk. De forsvant med byggingen av Štěchovicedemningen. Sankt Kilian-øya med restene av Ostrov-klosteret ligger i området til nok en demning i elva. Rett etterpå renner Sázava inn fra høyre som den tredje av de fire store sideelvene, før Vltava kommer inn i Prahas område. Der tar den imot Berounka, dens største sideelv.