Under den engelske borgerkrig (1642–1649) støttet Buckinghamshire for det meste parlamentaristene, men det fantes også noe støtte for rojalistene. En av parlamentaristenes store helter, John Hampden var fra Buckinghamshire, og han hjalp blant annet til under forsvaret av Aylesbury i 1642. Noen av landsbyene i den vestlige delen av grevskapet, som Brill og Boarstall, var konstant i krigstilstand i disse årene; de ligger omtrent halvveis mellom parlamentaristenes Aylesbury og rojalistenes Oxford. Flere mindre steder ble i praksis slettet fra kartet i løpet av borgerkrigen, men har siden blitt gjenoppbygget.