Deggendorf er første gang omtalt i en kunngjøring av kong Henrik II vedrørende klosteret Niedermünster i Regensburg. Byen fikk tidlig strategisk betydning, ut fra sin beliggenhet ved et gammelt vadested i Donau. De slektene som har hersket i Bayern gjennom historien la derfor alltid vekt på å hevde sitt nærvær i byen. Deggendorf oppnådde bystatus mellom 1316 og 1320 og begynte da for alvor å tiltrekke seg mer av handelsvirksomheten fra det nærmeste omlandet.