Den direkte årsaken til ulykken var at flyet gikk tomt for drivstoff. Estimert flytid på rute HCY522 fra Larnaka til Athen var 1 time og 30 minutter. Flyet holdt seg i luften i nesten 3 timer før det styrtet, og årsaken til at det ikke landet som planlagt var at besetningen ikke var i stand til å operere flyet på grunn av mangel på oksygen.