Overgangen fikk en vaklende start fordi det ble påstått at rundt 2000 væpnede medlemmer av folkets frigjøringshær i Namibia (PLAN), SWAPOs militære ving, hadde krysset grensen fra Angola i det man antok var et forsøk på å etablere et militært nærvær i det nordlige Namibia. Dette til tross for skriftlige forsikringer fra SWAPO-president Sam Nujoma til FNs generalsekretær om å overholde våpenhvilen og kun bruke ubevæpnede namibiere. UNTAGs Ahtisaari fulgte råd fra den britiske statsministeren Margaret Thatcher som besøkte det sørlige Afrika på den tiden, om å autorisere en begrenset kontingent av sørafrikanske tropper til å bistå det sørvestafrikanske politiet i arbeidet med å gjenopprette ro og orden. En periode med intense kamper fulgte, der 375 soldater fra PLAN ble drept. I et hastig sammenkalt møte i den samlede observasjonskomiteen i Mount Etjo, et reservat utenfor Windhoek, ble man enige om å begrense de sørafrikanske styrkene til basen og sende PLAN-elementene tilbake til Angola. Mens det problemet ble løst, fortsatte mindre uroligheter i nord gjennom overgangsperioden.