Wüstenberg virket deretter fra 1945 til 1949 som leder av den tysktalende avdeling for krigsfanger i Vatikanets statssekretariat; deretter utnevnte pave Pius XII ham til leder for avdelingen for tyskspråklige land i Statssekretariatet. I denne egenskap ga Wüstenberg – ubemerket av den bredere offentlighet – et betydelig bidrag til forsoning mellom den katolske kirke i Vest-Tyskland og det tyske sosialdemokrati, som ble en forutsetning for dannelsen av den store koalisjon mellom CDU/CSU og SPD i desember 1966.