Fabricius var gift med Margarethe (Margaretha) Müller. Deres datter Elisabeth Fabricius (d. 1656) giftet seg i 1631 med Fabricius' elev, den senere professor Simon Pauli (Rostock 1603-80 Kbh.) (g. 2. gang med Anne Didriksdatter Bartsker [d. 1686], halvsøster av Caspar Rasmussen Bartholin [1662 Kbh.-1702 Odense Købstad], hvis mor, Magdalene Helmersdatter Rhode, også var mor til Anne Bartsker), hvis sønn, Jacob Henrich Pauli (1637 Rostock-1704 Glückstadt), ble adlet v. Rosenschild i 1698.