Omkring 1350 avtok sølvproduksjonen merkbart; likevel fortsatte byen å trives, og kom seg også gjennom bybrannen i 1484. I 1542 ble den øverste bergmyndigheten for Sachsen lagt til Freiberg, og helt fram til 1945 hadde tysk bergmyndighet sete i Freiberg. Vinteren 1642/-43 – under trettiårskrigen – var Freiberg beleira av svenske tropper. Schwedendenkmal i Albertparken minnes begivenheten. Påkjenningene under trettiårskrigen og seinere sjuårskrigen brakte Freiberg inn i en stagnasjon. I 1765 ble Bergakademiet grunnlagt, og denne ledende institusjonen i tysk bergvesen har siden vært en hjørnestein i Freiberg. Den dag i dag er Bergakademiets etterfølger – det tekniske universitetet – byens største arbeidsgiver.