Et værsystem kjent som den intertropiske fronten, krysser hvert år Tsjad fra sør til nord. Dette fører med seg en regnperiode som varer fra mai til oktober i sør, og fra juni til september i den nordlige delen av landet. Variasjoner i lokal nedbør gjør at det dannes tre større geografiske soner. Sahara dekker den nordlige tredjedelen av landet. Den årlige nedbørmengden der er under 50 millimeter, og Borkou er det tørreste området i Sahara. Vegetasjonen i området er knapp. Bare spredte klynger med palmer overlever, de eneste sør for Krepsens vendekrets. Sahara går over i et sahel-belte i den sentrale delen av Tsjad, hvor nedbøren varierer fra 300 til 600 mm per år.