På tross av den tidlige debuten, var det først i år 2000 at laget begynte å satse på kvinnefotballen. Resultatet lot fort vise seg. Allerede i 2002 ble Brøndby, sammen med Fortuna Hjørring, OB og Skovbakken valgt som de fire første såkalte «kraftsentre», det vil si klubber som Dansk Boldspild Union satset på for å fremme kvinnefotball. Allerede i 2002/03-sesongen vant Brøndby den danske elitedivisionen, noe de gjentok fem ganger. Først i 2008/09-sesongen vant et annet lag, da rivalen Fortuna Hjørring.