Den 30. juni 1998 utnevnte pave Johannes Paul II ham til hjelpebiskop av erkebispedømmet San Francisco og titulærbiskop av . Erkebiskopen av San Francisco, William Joseph Levada, ordinerte ham til biskop den 18. september samme år. Medkonsekratorer var den rmeriterte erkebiskop av San Francisco, John Raphael Quinn, og koadjutor for bispedømmet San Jose i California, Patrick Joseph McGrath. Som hjelpebiskop var han samtidig generalvikar og under vakansen fra august 2005 til februar 2006, apostolisk administrator av erkebispedømmet San Francisco.