I løpet av oppdraget møter Snake Holly White, en CIA-agent som utgir seg for å være en journalist, og Gustava Heffner, en STB-agent (statspoliti i gamle Tsjekkoslovakia) og Dr. Marvs livvakt. Han møter også Dr. Pettrovich Madnar, en Metal Gear-ingeniør fra Outer Heaven (introdusert i Metal Gear), som påstår at nok en gang har blitt kidnappet og tvunget til å jobbe på enda et Metal Gear-prosjekt (Metal Gear D-prosjektet), denne gangen for Zanzibarland. Dr. Pettrovich forteller Snake at Big Boss, Snakes gamle sjef, overlevde hendelsene ved Outer Heaven og nå er lederen i Zanzibarland.