Forskning har antydet at de fleste TOGAF-anbefalingene vanligvis ikke er anvendelige, og ikke en gang blir fulgt av organisasjonene som Open Group selv oppgir som TOGAF-brukere. På grunn av dette har TOGAF blitt beskyldt for å være en verktøykasse med en tilfeldig blanding av anbefalinger relatert til virksomhetsarkitektur. Noen har gått så langt som å si at TOGAF best kan forklares som å "studere TOGAF og deretter gjøre noe annet istedet". Reelle eksempler som kan vise faktisk praktisk bruk av TOGAF sine anbefalinger mangler. Open Group har blitt forespurt om detaljerte eksempler og brukstilfeller på TOGAF, men har ikke gitt dette. Virksomhetsarkitekter har rapportert at TOGAF knapt kan følges trinnvis. Noen har beskrevet at deres første antagelse var at TOGAF ville være en slags metodikk som kunne følges for å lage en virksomhetsarkitektur, men at dette ikke viste seg å være tilfelle. En detaljert analyse viste at TOGAF-basert praksis for virksomhetsarkitektur ikke ligner på de opprinnelige TOGAF-prinsippene i noen reell forstand. TOGAF sine prinsipper har blitt kritisert for å være vage og uartikulerte siden de "bare sier at skal avpasses, men uten å spresifsere hvordan". IT-analytikeren Jason Bloomberg har hevdet at TOGAF har fått fotfeste i mange organisasjoner "bare fordi det er bedre enn å gjøre ingenting". De siste endringene introdusert i TOGAF v9.2 tok ikke tak i de grunnleggende problemene i den mekanistiske planleggingsmetoden som har blitt argumentert for av TOGAF og andre tidligere trinnvise arkitekturmetoder, inkludert Enterprise Architecture Planning (EAP) og Business Systems Planing (BSP). Historiske analyser har vist at TOGAFS sin voldsomme popularitet kan tilskrives tilfeldigheter grunnet bra markedsføring til rett tid.