Qandīl er utdannet ingeniør fra Universitetet i Kairo i 1984, og tok deretter en mastergrad ved Utah State University i 1988 og en doktorgrad i irrigasjon ved North Carolina State University i 1993. Fra 1999 til 2005 arbeidet han direkte under irrigasjonsminister Mahmoud Abou Zeid, blant annet med prosjektet Nile Basin Initiative, et regionalt samarbeidsprosjekt mellom Nil-landene for å samordne utnyttelsen av elven. Deretter jobbet han en periode for Den afrikanske utviklingsbanken i Tunisia med vannprosjekter.