Som siviladministrator i Irak fikk Paul Bremer mye kritikk rettet mot seg da han den 23. mai 2003 sendte ut en ordre om å oppløse den irakiske hæren. Dette ble av mange sett på for å være en sterk bidragsyter til den kaotiske sikkerhetssituasjonen og det omfattende væpnede opprøret som oppstod i Irak rett etter invasjonen. Selve utnevnelsen av Bremer som leder for USAs sivile administrasjon i Irak ble også kritisert av ulike menneskerettighetsgrupper på grunn av at han var en talsmann for å lette på restriksjonene rundt CIAs samarbeid med individer og grupper som hadde gjort seg kjente med å bryte menneskerettighetene.