Etter han gikk av som president frem til 2007, var Ter-Petrosian inaktiv politisk sett, men i september 2007 kom han tilbake til politikken, og i 2008 stile han som presidentkandidat. En av motstanderne hans i presidentvalget i 2008 var en av de tidligere statsrådene hans: Serzj Sargsian. Ifølge de offisielle resultatene fikk Ter-Petrosian bare 21,5 % av stemmene i dette valget. Ter-Petrosian mente det hadde foregått valgfusk under valget, og oppfordret derfor tusenvis til protestere mot det påståtte valgfusket og for nytt valg. Etter en uke med protester kalte regjeringen inn politiet og militærstyrker for å stoppe protestene, som resulterte i ti dødsfall 1. mars 2008.