I 1940 ble han involvert i strid med det jødiske samfunnet både i Australia og internasjonalt gjennom sin frittalende motstand mot sionismen. Hans viktigste kritiker var Julius Stone. Isaacs ble støttet av rabbiner Jacob Danglow og Harold Boas. Isaacs insisterte på at jødedommen var en religiøs identitet og ikke en nasjonal eller etnisk nasjonalitet.