Han ble utdannet ved Gatuyainĩ School (2 år), Karĩma Mission School (3 år), Mathari Boarding Primary School (mellom 1944 og 1946). Han studerte ved det prestisjefulle Mang'u High School mellom 1947 og 1950 og fikk beste karakter ved siste eksamen. Han var ivrig etter å bli med i hæren etter high school, men på grunn av en avgjørelse i koloni-styresmaktene, ble folk fra samfunn som det Kibaki tilhørte, forhindret fra å bli med i den britiske armé. Han studerte økonomi, historie og statsvitenskap ved Makerere University College i Kampala i Uganda. I 1955 gikk han ut som beste student i sin klasse, og ble deretter tildelt et stipend for å fortsette sine studier i Storbritannia. Han fikk sin grad med særlig utmerkelse i offentlig økonomi ved London School of Economics.