Henry Rinnan ble bekymret for at Kristensen kunne stikke av eller avsløre gruppens hemmeligheter. Beslutningen om å likvidere ham ble tatt, og den 26. desember 1942 ble Bjarne Kristensen drept av Ivar Grande, Karl Dolmen og Arild Hjulstad Østby. Liket hans ble dumpet i Trondheimsfjorden.