I Hölderlins sene periode (fra 1800) blir frie rytmer dominerende. Det er i første rekke diktene fra denne tiden, de såkalte "hymnene" (et ord han ikke selv bruker om dem) eller «fedrelandssangene» ( som han kaller noen av dem i et brev) som er grunnlaget for Hölderlins høye status i dag. Fra denne tiden stammer også hans gjendiktninger av Sofokles' og , ved siden av de eneste bøker han selv fikk publisert. En planlagt diktsamling ble aldri gjort ferdig til publikasjon, på tross av et tilbud fra den ledende forleggeren Cotta: Hölderlins lyriske dikt ble publisert i en rekke forskjellige tidsskrifter, tildels med beskjeden leserkrets, først i 1826 kom de i bokform. En stor del av hans lyriske produksjon forble upublisert til lenge etter hans død, tildels gjelder dette helt sentrale dikt i hans forfatterskap, som «Brot und Wein» (først publisert 1894).