Hans oppgave var å iverksette evakueringen av Sudan, som av britene ikke ble ansett som verdt å forsvare. Stilt overfor gjennomførelsen av denne oppgave, hvis vanskeligheter han tydeligvis hadde undervurdert, ville han verken evakuere Sudan uten å forlate landet med noenlunde trygge forhold, eller overgi de egyptiske garnisoner på fjerne og utsatte poster. Hans forslag om at landets styre skulle overdras til hans gamle motstander i kampen mot slavehandelen, Zobeir Pasja, ble avvist av den britiske regjering. Under de langvarige forhandlinger herom ble tidlig i 1884 forbindelsen med Egypt avskåret. Gordon var lukket inne i Khartoum, som han under stadig mere fortvilte forhold forsvarte.