San Jacinto River kommer fra to elver som forener seg, og . Den vestlige arm er i alt 145 km lang, renner først inn i Lake Conroe og fortsetter så i sørlig retning gjennom Montgomery County, for å, sammen med den østlige arm, i Harris Countys nordøstre hjørne renne inn i Lake Houston. Den østlige arm har sitt utspring i San Jacinto County, nord for Sam Houston National Forest, og har en lengde på rundt 110 km. Den flyter så sørover gjennom Cleveland i Liberty County og munner ut i Lake Houston.