Etter at Hecking la opp som profesjonell fotballspiller i 2000, gikk han videre som hovedtrener for det tyske laget SC Verl som spilte i Regionalliga Nord. I årene som fulgte trente han også VfB Lübeck, Alemannia Aachen, Hannover 96, 1. FC Nürnberg, og VfL Wolfsburg før han tok over Borussia Mönchengladbach i desember 2016, etter at lagets forrige trener André Schubert fikk sparken. Der trent han til mai 2019. I juni 2019 signerte han da med Hamburger SV.