I Junkerdal nasjonalpark finnes en rekke ”plantefjell” med betydelig botanisk artsrikdom. Sjeldne biotoper omfatter kantlynghei og reinrosehei, sistnevnte også med lapprose. Mange av planteartene finnes ellers bare lengre mot nord, eller i andre verdensdeler. Sjeldne arter er grønlandsstarr, tromsvalmue, halvkulerublom, svartbakkestjerne og fjellsolblom som alle har sin sørgrense i nasjonalparken. Andre sjeldne arter omfatter høgfjellsklokke, sølvkattefot, brannmyrklegg og lodnemyrklegg. Den som først beskrev plantelivet i området var Søren Christian Sommerfelt (1794–1838) som i 1820-årene var sogneprest i Saltdal.