Spillets historie er delt inn i to deler. Hoveddelen er spillets enkeltspiller-kampanje, som gir spilleren kontroll over Sam Fisher tre år etter hendelsene i Splinter Cell: Double Agent. De to agentene Archer og hans russiske partner Kestrel er utplassert til Nevsky Prospekt i St. Petersburg, Russland for å hindre korrupte elementer fra det russiske militæret fra å selge avanserte stridshoder på en svartebørs. Etterretning fra den kriminelle Andriy Kobin peker på smugleren Valentin Lesovsky. Archer og Kestrel har i oppgave å si opp Lesovsky og hans med-arbeider, Boris Sychev, samt få tak i Lesovskys kontakter.