I 1228 begynte arbeidet med den nåværende kirken i Howden, men den ble først ferdig på 1400-tallet da kapittelhuset og toppet av tårnet ble bygget av biskop Walter de Skirlaw. På 1300- og 1400-tallet ble byen et senter for pilegrimer grunnet John av Howdens påståtte mirakler på siste halvdel av 1200-tallet. Han var for en tid hoffprest for dronning Eleanor av Provence og skrev også en rekke åndelige tekster.