På partiets 3. landsmøte i 1962 blei den prosovjetiske og promonarkistiske fløya under partisekretær Rayamajhi ekskludert av et flertall, som blei rekna som prokinesisk. Fra da av sprakk NKP opp i stadig flere stridende grupper, gjerne rundt hver sin kjente leder. Fra rundt 1965 slutta partiorganisasjonen å fungere i mesteparten av landet. Nå fulgte flere tiår med mange titalls kommunistpartier og et mylder av smågrupper.