Det er mulig at Kleopatra Selene kan identifiseres med den «ukjente hustru» som hennes andre bror, Ptolemaios X Aleksander, fikk sønnen Ptolemaios XI Aleksander med. Om det er riktig ble hun da gift med broren Aleksander antageligvis i ca. 107 f.Kr., og deretter ble ekteskapet oppløst av moren Kelopatra III antagelig ca. 103 f.Kr.