Bergen Vitensenter ble opprinnelig dannet som stiftelse, og hadde opprinnelig tilhold i kjellerlokaler hos Høgskolen i Bergen, hvor en utstilling åpnet første gang 27. september 2005. I anledning Norsk Hydros 100-årsjubileum i 2005, gav Hydro en gave på 100 millioner til nasjonen Norge; Pengene skulle gå til å bygge et dedikert vitensenter av internasjonalt format i Bergen.