I 1463 ble det inngått en forsvarsavtale mellom Ungarn og Venezia, rettet mot Det osmanske riket. Festningens murer ble igjen forsterket. Tyrkerne klarte likevel å innta festningen etter to ukers beleiring i 1526, forøvrig det samme året som det første slaget ved Mohács. Petrovaradin kom i 1687 på østerrikske hender etter 150 års tyrkisk kontroll. Østerrikerne begynte straks å rive ned den gamle festningen for å bygge opp en ny festning etter tidens krav.