Fra tidlig av har misjonsvirksomhet vært viktig, prosjekter og deltakelse har skiftet gjennom årene. I 2008 støttet Sion Molde arbeidet til misjonærene Birgitte og David Lindgren i Spania, Hege og Yngvar Aarseth i Tyskland og Elizabeth og Robert Muren i Israel. Menigheten dekker utgiftene til én evangelist i Sibir og støtter misjonsarbeide i Uganda, Bolivia, Belarus, Burma og Kenya .