Etter freden ble Bagge løslatt i 1571, og ved ankomsten i Stockholm fikk han tilbake den gamle posten som stattholder på Stockholms slott med tilsynsansvaret for sjøforsvaret. Johan III som hadde overtatt tronen etter sin bror, valgt å gi ham fripass fra mye av ansvaret ettersom han var blitt over sytti år gammelt.