Renegade Squadron finner sted i løpet av den originale Star Wars-filmtrilogien, for det meste under eller mellom Star Wars Episode V: Imperiet slår tilbake og Star Wars Episode VI: Jediridderen vender tilbake. Etter den galaktiske borgerkrigen hvor det galaktiske imperiet taper, blir New Jedi Order grunnlagt av Luke Skywalker. Spillet begynner med Tionne Solusar, en historiker fra New Jedi Orders, som forsker på styrkene til Opprøreralliansen under den galaktiske borgerkrigen. Tionne oppdager en rekke vage referanser til en Renegade Squadron og dens sjef, Col Serra, som tilsynelatende var involvert i hemmelig oppdrag under borgerkrigen. Spilleren kan følge hele historien til Renegade Squadron gjennom hele krigen, som fortalt gjennom en rekke tilbakeblikk fra Serra til Tionne.