Etter revolusjonen ble stat og kirke adskilt. Fra 1922/23 innledet staten en omfattende forfølgelse av kristne, og tusener av prester, munker og nonner ble henrettet eller omkom i arbeidsleirer. Kirken ble fratatt all eiendom og alle rettigheter, og en marxistisk begrunnet ateisme ble statens offisielle ideologi. Under annen verdenskrig fikk kirken igjen en viss frihet, men en ny form for antireligiøs politikk på slutten av 1950-tallet førte til at kirken ble pålagt nye restriksjoner. Fra og med i 1980-årene og spesielt fra Sovjetunionens oppløsning har kirken igjen fått omfattende innflytelse i Russland.