Etter å ha konsolidert sin stilling i Aserbajdsjan gjorde han straffeekspedisjoner mot lokale herskere. Først nedkjempet han den kurdiske emir Malik Muhammad og hans 20 000 mann sterke arme ved Hakkâri. De andre lokale lederne allierte seg med hverandre og prøvde å kjempe mot Iskander, men de ble nedkjempet. Iskander satte også i gang en straffeekspedisjon mot Khwaja Yusuf, en guvernør i Soltaniyeh som var utpekt av timurideherskeren Shah Rukh i 1428. Da nyheten om dette angrepet nådde Shah Rukh sendte han først emir Aliya Kukaltash til regionen mens han selv utstyrte en arme på 100 000 mann og dro mot området i 1429. Iskanders halvbror Abu Said som kjempet sammen med Iskander mot timuridene gikk over til dem midt under kampene, den 18. september 1429. Iskander måtte dermed trekke seg tilbake og etablerte seg i Diyar Bakr-provinsen i Øvre Mesopotamia. Shah Rukh erobret Tabriz og innsatte Abu Said som hersker over Kara Koyunlu.