Helen Slater ble født i Bethpage, en liten by på Long Island i delstaten New York. Hennes far, Gerald Slater, var direktør i et TV-selskap og hennes mor var advokat og aktivist for fred og kjernefysisk nedrustning. Foreldrene skilte seg i 1974. Hun har en bror, David, som er advokat i New York City. Hennes familie er jødisk.