Fjorden danner en stor og dyp naturhavn, og er en av de lengste fjordene på øya Irland. Den grenser i nord mot Bearahalvøya, som skiller Bantryfjorden fra Kenmarefjorden. I sør ligger halvøya Sheep's Head som skiller Bantryfjorden fra Dunmanusfjorden. De største øyene i fjorden er Bere Island og Whiddy Island. Bere Island ligger nær fjordåpningen på nordsiden, ovenfor landsbyene Curryglass og Castletown Bearhaven. Rerrin er det største tettstedet på øya, og landsbyen Ballynakilla ligger også på Bere. Whiddy Island ligger innerst i fjorden nær sørkysten. Den er den viktigste oljeterminalen i Irland, med en havn som passer prefekt for store havgående tankskip.