Det ubemannede romskipet var fullt utstyrt for en bemannet ferd, til og med var der inkludert utstyr som sovepose, mat og medisin. Vinduene på Shenzhou 4 var konstruert av et nytt materiale, designet for å forbli rene, selv etter å ha gått inn i atmosfæren, for å tillate (en mulig) taikonauten ombord å bekrefte at fallskjermene hadde utløst. Det har vært sagt at utstyret ombord ikke hadde noen særlige forskjeller sammenlignet med det senere bemannede Shenzhou 5. En uke før oppskyting hadde taikonauter trent inne i romskipet for å gjøre seg kjent med systemene om bord.