FIAs regler for sportsbilracing hadde et krav om minst 100 eksemplarer produsert for at bilen skulle kunne homologeres i GT-klassen. I strid med denne regelen produserte Ferrari kun 39 eksemplarer av 250 GTO, herav 33 "vanlige", tre med den større 4.0-liters motoren fra 330, ofte kalt og lett gjenkjennelig på grunn av en bul i panseret – samt tre -biler, med oppdatert karosseri. Av ukjente grunner fikk bilen dog fortsatt tillatelse til å konkurrere i GT-klassen.