Edward fikk i 1490 bekreftet sin tittel som jarl av Warwick grunnet sin mor, og fikk leve ytterligere noen år, men ble fortsatt holdt innesperret. Da enda en falsk tronkrever, Perkin Warbeck, dukket opp i 1499 fikk Henrik VII det påskudd han trengte. Warbeck hevdet sitt krav til tronen i navnet til Richard av York, den yngste av de to prinsene i Tower som forsvant der, henholdsvis 12 og 9 år gamle, antatt myrdet på ordre av Rikard III. Denne tronkreveren fikk støtte fra flere europeiske ledere, men for Henrik VII sto det klart at Edward ikke kunne settes fri, men tvert imot måtte fjernes. Warbeck ble fengslet Tower of London. Etter sigende skal Edward forgjeves ha forsøkt å flykte sammen med Warbeck. Begge ble funnet skyldige. Warbeck ble hengt i Tyburn, det faste retterstedet i London, mens Edward ble dømt i Westminster i november av sine likesinnede og funnet skyldig i forræderi. Han ble halshugget på Tower Hill den 28. november. Det er en høyde nordvest for Tower of London hvor offentlige henrettelser av personer av høy rang ble utført. Han var da 24 år gammel. Han ble senere gravlagt ved Bisham Abbey i Berkshire.