I mars 2000 ble den militante delen av Lashkar-e-Taiba anklaget for å ha vært involvert i en massakre i Kashmir der 35 sikher i byen Chittisinghpura ble drept. En 18 år gammel mann som ble arrestert i desember samme år, innrømmet i et intervju med en korrespondent for avisen at han var medlem av LeT og at de hadde vært involvert i massakren og han uttrykte ingen anger for de drepte sikhene. I et separat intervju med samme korrespondent, nektet grunnleggerne for organisasjonen at de visste hvem den unge mannen var og de avviste deres involvering i massakren. Derimot påtok gruppen seg ansvaret for flere angrep på indiske sikkerhetsstyrker langs den indiske grensen.