Japan var et av de første landene utenom Kina som registrerte smitte. Myndighetene i Japan innførte begrensede restriksjoner 7. april og 15 % av landets sykehussenger ble reservert til smittede. Spredningen i Japan har vært langt mindre enn ventet og i slutten av mai var det registrert 850 dødsfall og 16 500 smittede. Det er uklart hvorfor det har vært så lite smittespredning. Frivillige tiltak hos befolkningen, tradisjon for bruk av munnbind, lite tradisjon for klemming og det er ikke vanlig at eldre bor sammen med yngre familiemedlemmer er lansert som mulig forklaringer. Utbredt bruk av BCG-vaksine siden 1952 er en forklaring det forskes på. Helsemyndighetene fikk informasjon om smitteveier mens «Diamond Princess» lå i karantene i Yokohama havn fra tidlig februar.