CT-systemet ble oppfunnet i 1972 av Godfrey Newbold Hounsfield ved EMI Central Research Laboratories (nå Sensaura eid av Creative Technology Ltd.) ved bruk av røntgenstråler. Allan McLeod Cormack ved Tufts University oppfant den samme teknologien uavhengig av Hounsfield og de delte en nobelpris i medisin i 1979. Den første skanneren, kjent som EMI-skanneren, brukte flere timer på å skaffe rådata og flere dager til å reprodusere bildene. Den første EMI-skanneren var begrenset til å lage tomografiske seksjoner av hjernen. Den krevde at man hadde en vannholdig innretning som omsluttet pasientens hode. Det første CT-systemet som kunne lage bilder av hvilken som helst kroppsdel, og som ikke krevde "vannbeholderen", var ACTA-skanneren som ble designet av Rober S. Ledley ved Georgetown University. Den første CT-maskinen i Norge ble satt i drift på Ullevål sykehus i 1975.