Sejersted var sønn av høyesterettsadvokat Fredrik Christian Steffens Sejersted, barnebarn av Francis Harbitz. Han var fetter av Hans Fredrik Dahl og Knut S. Selmer. Familien hadde lange juristtradisjoner. Han valgte å studere filologi. Han var formann i Den Konservative Studenterforening 1957 og Det Norske Studentersamfund 1962. Sejersted tok hovedfag i historie i 1965.