Etter at de baltiske statene ble annektert av Sovjetunionen måtte Arata den 13. august 1940 informere kardinalstatssekretær Luigi Maglione at de nye makthaverne hadde stengt nuntiaturene i Riga og Tallinn, og at han var blitt oppfordret til straks å forlate Latvia og Estland. Selv om Luigi Maglione oppfordret ham i sitt svarbrev om å forbli «så lenge som mulig», ble påtrykket fra myndighetene at han den 27. august 1940 vendte tilbake til Roma. Han gjorde dette med et estisk og et latvisk flagg i bagasjen, med det løfte at de skulle oppbevares i Vatikanstaten inntil de to stater igjen skulle få tilbake sin suverenitet.