Det finnes lite skriftlig kildemateriale om Kautokeino fra før omkring 1550. Fra 1553 begynte Gustav Vasas fogder systematisk beskatning av samene i Kautokeino området. Det eksisterer skattelister fra 1553 til 1608, bortsett fra for året 1565. I tillegg finnes det en oversikt over manntall og regnskapsliste for 1553. Peter Lorenz Smith skriver i boken fra 1938 at «lappbyen» i Kautokeino hadde 8 personer i skattemanntallet i 1553. I dag brukes uttrykket for det det Smith kalte «lappby». Han anslår videre at det totalte innbyggertallet i Kautokeino siidaen til 48 mennesker basert på en antakelse på 6 personer per hushold. I det svenske skatteregnskapet fra 1553 kalles Kautokeino for Kwothekyla byen. Smith mener det kan være en sammensettng av ordene (samisk for en større lavvo) og (kvensk og finsk for grend). Siidaen lå på Goahtedievva, som ligger i nærheten av dagens Kautokeino kirke. Funn helt fra steinalderen til vår tid viser at området har vært påvirket av menneskelig aktivitet i 9000 år.