Schall von Bell stammet fra en gammel adelsfamilie fra Rhinlandet. Etter skolegang ved det jesuittledede Dreikönigsgymnasium i Köln dro han i 1608 til Roma, der han skulle studere blant annet matematikk og astronomi ved Collegium Germanicum, blant annet under Christoph Grienberger. Om dette studiesporet var bestemt av jesuittene på bakgrunn av pater Matteo Riccis henvendelse fra Kina i 1605 om å få tilsendt misjonærer med astronomisk utdannelse, er ikke usannsynlig. I Roma trådte Schall i 1611 inn i , dvs. jesuittordenen. Han fortsatte studiene med teologi ved Collegio Romano i 1603.