BioMed Clinic har vært et av samlingspunktene for den vaksinemotstand som har vokst frem av det antroposofiske miljø. Legene Tore Midtvedt og Geir Flatabø sammen med forskningsleder Bjørg Walker har tilkjennegitt sin støtte til den tidligere legen Andrew Wakefields forskningsresultater, som siden har vist seg å være fabrikert for å mistenkeliggjøre vaksiner, noe Wakefield senere selv har innrømmet. De har hevdet at det er en sammenheng mellom vaksiner og autismelignende tilstander. Flatabø har behandlet pasienter ut fra hypotesen om en sammenheng mellom vaksiner og autisme. I 2016 fikk han sin bevilling inndratt grunnet sin bruk av alternative behandlingsmetoder.