De erobrede og gjenerobrede områdene ble satt under militær administrasjon, som var ineffektiv og katastrofal for befolkningen. Dette utviklet seg til holocaust og Antonescu medvirket slik til folkemord. Soldatene massakrerte den jødiske lokalbefolkningen eller deporterte dem øst for Dnestr, der opptil halvparten døde av sult og sykdom. I Romania (hovedsakelig Valakia) ble landets jødiske innbyggere utestengt fra økonomi og politikk og myndighetene beslagla deres eiendommer, men Antonescu avviste tyske krav om å deportere jødene. Han tillot også nødhjelp fra Romania til Transnistria, og han lot flyktninger fra holocaust i Ungarn bli værende i Romania. Etterhvert forsøkte han desperat å trekke landet ut av den stadig verre krigen på Østfronten uten å risikere tysk okkupasjon.