Etter hjemkomsten tjente Wells som kapellan ved i Tulsa, samt vikar for religiøs utdanning og personlig sekretær for biskopen av Tulsa, Edward James Slattery. Wells fortsatte senere studiene ved , hvor han oppnådde lisensiat i kanonisk rett i 1998 og doktorgrad i 1999 med Brian Edwin Ferme med arbeidet ). Samtidig fullførte han opplæring ved Det pavelige diplomatakademi.