Etter at den japanske hersker Toyotomi Hideyoshi i 1587 ved et edikt (som han dog ikke fulgte opp) ville utvise misjonærene fra Japan, vurderte Valignano nye tiltak. I 1592 holdt han et møte i Japan med jesuittene der, og de besluttet å opprette et eget kollegium i Macao for utdannelse av japanske prester. Med pavelig godkjenning kunne St. Pauls universitetskollegium åpne i 1594. Her ble ikke bare japanere presteutdannet, men også europeiske misjonærer øremerket for Japan fikk sin endelige formasjon der, i samlivet med sine japanske medbrødre. For Valignano var det grunnleggende at det var europeerne som skulle tilpasse seg japanerne, – ikke omvendt. Da Japan senere ble helt lukket for misjonen, forandret kollegiet karakter ved at det nå helt og holdent konsentrerte seg om forberedelse av prestetjeneste i Kina.