Ruth Dayan, hans første kone, tok ut skilsmisse i 1971 etter 36 års ekteskap, angivelig på grunn av Dayans mange utenomekteskapelige affærer. Etter skilsmissen giftet Dayan seg en gang til. Med sin andre kone fikk Dayan datteren Yael Dayan, en romanforfatter, som er best kjent i Israel for sin bok om faren. Hun fulgte faren inn i politikken og har gjennom årene vært medlem av flere israelske partier på den politiske venstresiden.