Aubertin inntrådte i 1963 i misjonsordenen De hvite fedre, avla sine ordensløfter den 11. juli 1971, og ble presteviet den 21. mai 1972. Han trådte i 1982 inn i Cistercienserordenen i deres kloster Lérins og avla der evige klosterløfter den 7. september 1982. I klosteret ble han prior og i 1989 abbed til 1992. Fra 1990 har han tilhørt ordenens generalat i Roma.