Sakte, men sikkert, bygde Shankly og hans medarbeidere opp klubben. Antall tilskuere på hjemmekampene økte, og ofte var det opp i mot 40 000 tilskuere på kampene. Samtidig førte signeringene av Ron Yeats, Ian St. John og Gordon Milne til at Liverpool rykket opp til 1. divisjon etter 1960/61-sesongen. Shanklys første store mål var å vippe Everton FC ned fra herredømmet i byen, og klubbens sjette ligamesterskap i 1963/64-sesongen førte til at nettopp Everton, som regjerende mester, ikke klarte å forsvare tittelen.