Ermoupoli har i dag sju grunnskoler, to ungdomsskoler, to videregående skoler, to tekniske skoler og Det egeiske universitet. Universitet ble offisielt grunnlagt i 1984, men dets historiske røtter er datert tilbake til tidlig på 1920-tallet og Det joniske universitet i Smyrna i det som i dag er Izmir i Tyrkia. Dette universitet ble opprettet, men kom aldri i virksomhet grunnet det greske nederlaget i den gresk-tyrkiske krigen 1919–1922.