Rubio er født i Los Angeles og har salvadoranske foreldre. Familien flyttet til Miami, der han var elev ved . Han ble tatt opp ved U.S. Military Academy og fikk en bachelorgrad i internasjonal politikk og bestalling som sekondløytnant i U.S. Army. I hæren ble han utdannet som pilot på UH-60 Black Hawk-helikoptere, og ble troppsjef i 82nd Airborne Division og deretter kompanisjef i 3rd Aviation Regiment.