Han vendte så tilbake, og under Skrekkveldet satt han fengslet i ett år. Han brukte tiden til å studere Étienne Bonnot de Condillac og John Locke, og dermed oppgav han det naturvitenskapelige studium til fordel for filosofien. Han satt frihetsberøvet til Robespierres fall (juli 1794) befridde ham. I 1795 ble han med i Institut de France, etter at han hadde latt sine skrifter komme i sirkulasjon, de skrifter som senere la grunnlaget for hans hovedverk .