Etter krigen ble Gur forfremmet til brigadegeneral (også kalt brigader) og han ble utnevnt til kommandant i IDF med ansvar for Gazastripen og den nordlige Sinai-halvøya. I 1969 ble han videre forfremmet til generalmajor og ble utnevnt som kommandant for den nordlige fronten i Israel, der palestinske terrorister fra PLO, støttet av Syria, angrep Israels nordlige bosetninger. Gur ledet i den forbindelse flere motangrep mot terroristene og troppene erobret et område helt nord på Golanhøyden (Shebaa) for å kunne forhindre videre angrep fra PLO.