Tiden mellom Henriks tiltredelse og Eleonores siste fødsel var turbulent og urolig: Aquitaine trosset Henriks autoritet som Eleonores ektemann; det ble gjort (mislykkede) forsøk på å kreve Toulouse, den rettmessige arven etter Eleonores bestemor og far; Ludvig av Frankrike ble enkemann og giftet seg på nytt; og Henriks yngste sønn (Henrik den unge konge) inngikk giftermål med Ludvigs datter Marguerite. Den største prøvelsen var striden mellom kong Henrik og Thomas Becket, engelsk kansler og senere erkebiskop av Canterbury. Vi vet lite om Eleonores deltagelse i riksstyret i denne tiden. Ved slutten av 1166, og fødselen av deres siste barn, hadde Henriks affære med Rosamund Clifford blitt kjent, og Eleonoras ekteskap med Henrik synes å ha strandet for godt.