Formålet med fredningen av Knerten naturreservat er å bevare livsmiljøet for plante- og dyrelivet særlig ut ifra hensynet til sjøfuglene og deres hekkeplasser. Øya har lenge vært en viktig hekkelokalitet for gråmåke og svartbak. I senere år er det også blitt flere ærfugl, samt hvitkinngås.