Syndikalistene mener at arbeiderne må organisere seg som klasse, og ikke etter faglige interesser. Dermed vil enhver som organiserer seg til stadighet være klar over at den ene arbeiders interesse alltid må være den andres. Det har ofte oppstått konflikter mellom fagforeninger når disse har prøvd å monopolisere arbeidet for sine medlemmer. Med en felles organisasjon vil arbeiderne komme vekk fra fag- og gruppeinteresser, og i stedet forme kampen etter klasseinteressene. Syndikalistene er derfor tilhenger av «dobbelt organisering». Arbeidere i samme by eller distrikt organiserer seg i lokale samorganisasjoner, LS. Alle arbeidere, uavhengig av fag, ved samme slags bedrifter, organiserer seg i samme industriforbund, istedenfor at de er medlem av hvert sitt fagforbund. Det føderative system, dvs. medlemmenes selvbestemmelsesrett, samt klassesolidariteten er grunnleggende. Med en føderativ organisasjon menes sidestilte, samvirkende organisasjoner ─ ikke over- og underordnede hvor makten i siste instans er samlet i en spiss. Syndikalistene vil gjennom sin organisering i dag, bygge opp de organer som engang skal bli grunnlaget for fremtidens samfunn. Slik vil de bygge det nye samfunn innenfor rammene av det gamle. Et unntak fra den «doble organisering» er Industrial Workers of the World (IWW) i USA. De er tilhengere av «One big Union». IWW er organisert etter industri. En industri danner en industriell union. Beslektede industrielle unioner forenes i departementer, som igjen forenes i en hovedorganisasjon, som atter igjen utgjør en del av den internasjonale organisasjonen.