Meinesz var gift en gang, og fikk fra dette ekteskapet en datter og en sønn, Conny (oppkalt etter hans myrdede mor) og Jelle (oppkalt etter sin far). I ettertiden fikk han to sønner og en datter med andre kjærester. I 1985 døde Aage Vening Meinesz av kreft i en alder av 43 år. Han ble gravlagt i Haag, men graven har senere blitt fjernet.