Guibert ble født av adelige foreldre ved Clermont-en-Beauvaisis. I henhold til hans egne memoarer holdt fødselen på å koste både ham selv som moren livet. Han var voldelig, troløs og tilbøyelig til fråtsing og døde innen et år etter at han var født. Hans mor var dominerende, svært vakker og intelligent, og med en aggressiv puritansk tilbøyelighet. Hun tok kontroll over hans utdannelse ved å gi ham en privat lærer og således isolere ham fra jevnaldrende fra han var seks til han ble tolv år gammel. Guibert husker lærlingen som brutalt krevende og inkompetent. Da han var tolv trakk moren seg tilbake til et kloster i nærheten av St. Germer de Fly (eller Flay), og Guibert fulgte snart etter ved å begynne på Orderen ved St. Germer, hvor han studerte med stor iver, viet seg først til de verdslige poetene Ovid og Vergil, en erfaring som etterlot sine avtrykk i hans senere verker, før han skiftet over til teologi via påvirkning av Anselm av Bec, den senere erkebiskopen av Canterbury.