Abu Sa'id klarte å flykte fra sitt fangenskap i 1450, og han dro til Bukhara. Han fikk liten støtte der og ble i stedet fengslet på nytt. Han slapp imidlertid å bli henrettet på grunn av nyheten om at Abd al-Latif var blitt styrtet i Samarkand. Det skjedde 8. mai 1450 etter en oppstand blant lokale klanledere og adelsmenn. Opprørerne dro raskt til Bukhara og fikk Abu Sa’id løslatt. Han samlet militære styrker og dro mot den nye herskeren i Samarkand, Ulugh Begs nevø Abdullah Mirza. Etter et mislykket angrep på Samarkand dro Abu Sa’id med sin lille styrke til grensebyen Turkestan. Da Abdullah Mirza la ut på et hevntokt mot ham, allierte Abu Sa’id seg med Abu'l-Khayr Khan, lederen for Usbek-khanatet, og de allierte klarte i juni 1451 å slå Abdullahs styrker. Abdullah Mirza ble drept i kampen, og seierherrene kunne innta Samarkand. Abu Sa’id krevde å bli timuridedynastiets hersker og han belønnet Abu'l-Khayr Khan rikelig, blant annet ved å gi ham Ulugh Begs datter til kone.