Byen ligger ved et system av laguner som også byens navn Lago knyttes til. Navnet kommer fra portugisisk og betyr sjøer åpne mot havet. Lagos har en av de få naturlige havner på den afrikanske vestkysten. På den ene siden av havneinnløpet ligger Lagosøya med bykjernen. På den andre siden ligger bydelen Apapa, som er havnebyen. Apapa er nå helt integrert i Lagos. Nord og vestover er fastlandet, der majoriteten av befolkningen lever.