Duperron kom som 20-åring til Henrik IIIs hoff der han avsverget (1577 eller 1578) seg denne tro og snart kom i stor gunst hos kongen. Duperron overvar Henrik IV:s omvendelse og forsoning med Roma, og ble innviklet i en heftig polemikk med hugenottene, særskilt med Philippe Duplessis-Mornay.