Han ble valgt til patriark i 2001. I 2005 ble han avsatt av patriarkatets synode fordi han ble mistenkt for å ha godkjent en meget langsiktig bygslingskontrakt, som i realiteten innebar salg av noen eiendommer i den kristne del av gamlebyen i Jerusalem til jødiske investorer. Vedtaket om avsettelse ble bekreftet av en pan-ortodoks synode i Istanbul ledet av den økumeniske patriark.