PRIO har vært ledet av: Johan Galtung (1959–69), Asbjørn Eide (1970, 1980-81), Helge Hveem (1971), Nils Petter Gleditsch (1972, 1977–1978), Kjell Skjelsbæk (1973–1974), Ole Kristian Holthe (1975–1976), Tord Høivik (1979–1980, 1984–1986), Marek Thee (1981–1983), Sverre Lodgaard (1986–1992), Hilde Henriksen Waage (konst. 1992–1993), Dan Smith (1993–2001), Stein Tønnesson (2001–2009), Kristian Berg Harpviken (2009–2017) og Henrik Urdal (fra 2017). Etter at Johan Galtung gikk av som direktør, ble instituttets leder i mange år valgt av staben for ett år av gangen. I 1986 ble dette endret slik at direktøren kunne sitte i to treårsperioder og fra 1993 i inntil to fireårsperioder. Torunn Lise Tryggestad er assisterende direktør. Leder for Centre for the Study of Civil War (CSCW) var Scott Gates (2003–2012).