Knudsen debuterte i eliteserien i 1997 da han spilte for Viking FK. Han ble på den tiden regnet som en av eliteseriens mer talentfulle spillere, og fikk med seg 22 eliteseriekamper for Viking den sesongen. I 1998 spilte Knudsen samtlige seriekamper for Viking. Knudsen markerte seg som en allsidig spiller som spilte mest på høyresiden på midtbanen, men han har i løpet av karrieren også spilt en del på de to backene og som venstrekant.