Kaptein Charlie havner på en fjern tundra, og møter den gule Pikminen. Alph våkner opp i Tropical Wilds, og møter røde Pikmin - som snart hjelper ham med å få tak i romskipet deres igjen. Alph oppdager deretter Brittany i Hopes Garden, og redder henne ved hjelp av Rock Pikmin. De to kapteinene må også redde kaptein Charlie, og Brittany oppdager Yellow Pikmin. Senere redder de ved en feiltakelse Louie kjent fra tidligere Pikmin-spill, som snart stjeler alle mat-forsyningene deres og stikker av til Hopes Garden. De tre kapteinene, sammen med Pikmin, må deretter beseire en mystisk livsform kjent som Plasm Wraith - for å redde kaptein Olimar.