To astronauter, Fuji og Glenn, blir sendt for å undersøke overflaten til den mystiske "Planet X" hvor de møter avanserte og tilsynelatende velvillige menneske-lignende vesener kalt Xiliens og deres leder Controller. Romvesenene leder astronautene til deres underjordiske base, og øyeblikk senere blir overflaten angrepet av en skapning som de kaller "Monster Zero" men som astronautene kjenner igjen som Ghidorah, et monster som hadde angrepet jordkloden en gang tidligere.