Etter fullførte studier startet han sin karrière innenfor geistligheten, som utgjorde den ene av de to privilegerte stendene (ved siden av adelen) i Danmark-Norge i hans levetid. Før 1617 var han blitt rektor ved Skiens latinskole. Samme år ble en injuriesak mot ham innbragt for Domkapitlet i Oslo av borger i Skien Nils Thomasson. Ifølge Nils' klagemål hadde han blitt bragt opp på skolen, hvor Peder i flere elevers nærvær hadde gitt ham pryl. Peder svarte at han ikke kunne nekte for dette, men at han hadde følt seg nødt og tvunget da Nils gjentatte ganger hadde overfalt ham med grove ord både hjemme og på gaten. Saken ble utsatt ettersom biskop Sennings etterfølger Niels Simonsen Glostrup ennå ikke hadde besteget bispestolen, og kom ikke senere fore; partene hadde vel avfunnet seg med hverandre.