Den første generalkonferansen fant sted fra 19. november til 10. desember 1946, og valgte Julian Huxley til stillingen som generaldirektør. Konstitusjonen ble endret i november 1954 da Generalkonferansen besluttet at medlemmer av hovedstyret skulle være representanter for regjeringene i de stater som de var borgere av og ikke skulle, som før, handle som enkeltpersoner. Denne endringen i styresett skilte seg fra UNESCOs forgjenger, CICI, i forhold til hvordan medlemslandene ville fungere sammen innen organisasjonens kompetanseområder. Etter som medlemslandene har jobbet sammen over tid for å realisere UNESCOs mandat har politiske og historiske faktorer formet organisasjonens virksomhet spesielt under den kalde krigen, avkoloniseringsprosessen og oppløsningen av Sovjetunionen.