Han var forskningsleder for innovasjon og virksomhetsutvikling ved SINTEF Teknologi og samfunn fra 2008 til 2009 og forskningsdirektør ved Universitetet i Oslo fra 2009 til 2013. I mai 2013 ble Haugstad ekspedisjonssjef i Olje- og energidepartementets avdeling for klima, industri og teknologi.