Etter at Ærø i 1864 var overført til Svendborg amt ble restene av Augustenborg amt lagt inn under Sønderborg amt. I 1932 ble Aabenraa og Sønderborg amter lagt sammen til Aabenraa-Sønderborg amt. Efter Kommunalreformen i 1970 ble Sønderborg amt en del av det nye Sønderjyllands amt, som med kommunalreformen i 2007 ble en del av Region Syddanmark.