Instituttet driver også PRIOs Kyprossenter i Nikosia på Kypros. Gjennom forskning, nettverk, prosjekter og dialogfora oppmuntrer Kyprossentret til samarbeid mellom gresk-kyprioter og tyrkisk-kyprioter og arbeider for å styrke det regionale samarbeidet i det østlige Middelhavet generelt.