Selv om det finnes flere mindre partier i Honduras, har honduransk politikk siden 1980 vært dominert av de to partiene Partido Liberal (PL) og Partido Nacional (PN). Begge partienes røtter strekker seg tilbake til starten på 1900-tallet og representerer interessene til ulike deler av jordbruks- og næringslivseliten. De ideologiske forskjellene er imidlertid vanskeligere å få øye på. Zelaya, som ble valgt inn med 4 prosentpoeng foran Porfiro Lobo Sosa fra PN i 2005, kommer fra en velstående familie som er del av det tradisjonelle rurale oligarkiet. Zelaya representerte likevel den mer liberale fløyen i Partido Liberal.