Under andre verdenskrig ble han arrestert av Gestapo den 6. juni 1940 og holdt i fangenskap i Pankrac, Theresienstadt (sammen med den fremtidige kardinal Stepan Trochta og Dachau 1942–1945. Etter fire år som erkebiskop av Praha ble han arrestert av Tsjekkoslovakias kommunistiske regime og holdt fengslet 1949–1963 i Mukarov ved Praha, og i Radvanov i Böhmen. Han ble løslatt i 1963, men forhindret fra å utøve sitt bispeembede, og deretter sendt i eksil til Roma 1965. Han ble kreert til kardinal av pave Paul VI i 1965, og var med på siste sesjon av Annet Vatikankonsil.