Spesielle grunnforhold og grottesystemer under innsjøen er årsaken til at innsjøen forsvinner når grunnvannsnivået er lavt. I bunnen av Engavatnet er det flere hull som er forbundet med grottesystemet. Disse hullene tettes vanligvis igjen av leire, men når grunnvannsspeilet synker kan disse «proppene» kollapse, og vannet forsvinner. Ifølge professor Stein-Erik Lauritzen ved Universitetet i Bergen, kan systemet under jorden også fungere som en hevert, hvor prosessen nærmest ikke lar seg stanse før det når et visst minimumsnivå. Både i 1997 og i 2009 skjedde dette så fort at fisk ble liggende på bunnen. Fisken følger med vannet ned i grottene. Noen av disse overlever og kommer tilbake i Engavatnet etter en tids nedbør, når vannstanden igjen er normal.