Den første bosetningen i området til dagens by ble nevnt i 1088, og i 1295 var Beroun blitt en befestet kongeby, hvor mange av innbyggere var tyske kjøpmenn. Den 1. april 1421, 15 dager etter erobringen av Chomutov, ble Beroun erobret av de husittiske troppene under Jan Žižka. Siden den gang har byen hovedsakelig vært tsjekkisk. Byens betydning avtok etter konfiskeringen av byens gods i 1547 og etter tredveårskrigen. Etter sammenslåingen av Podbrdsko-distriktet med Moldau-distriktet (Vltavsko), ble Beroun sete for det nye Beroun-distriktet i 1714. Distriktsetet ble flyttet fra Beroun til Praha i 1791. Først etter 1860, da malm og kalkstein ble funnet i området og tekstilindustrien etablerte seg i Beroun, vokste byen igjen.