Den 3. november 2007 erklærte Musharraf unntakstilstand i Pakistan. Den 29. november ble han tatt i ed som president for sin andre periode, to dager etter at han hadde gått av som leder for militæret. Unntakstilstanden ble begrunnet med at det forelå trusler mot landets selvstendighet. Den 15. desember opphevet han unntakstilstanden.