Prosjektet begynte i 1987, og mottok støtte for første gang i 1989. I 1995 ble den første CD-ROM'en utgitt som «FishBase 100». Deretter kom årlige utgivelser, og i 2004 trengte basen fire CD-er eller én DVD. FishBase dukket opp på Verdensveven i august 1996. Etter hvert ble all data tilgjengelig via nettet.