Da Den røde armé rykket nærmere, og tyskerne planla å henrette samtlige fanger, klarte Schindler å flytte 1 200 jødiske «arbeidere» til en fabrikk ved Brunnlitz (Brnenec) i Tsjekkoslovakia i oktober 1944. Da en gruppe med «hans» arbeidere ble feilsendt til Auschwitz, klarte han å få dem sendt tilbake. Brunnlitz ble frigjort i mai 1945.