I løpet av fem år hadde han slått seg sammen med de som flyttet seg vestover fra Massachusetts Bay-kolonien til nybyggerbosetningen langs Connecticutelven som ble til Connecticut-kolonien. Spenninger og strid oppsto mellom nybyggerne og den mest framtredende indianerstammen i området, pequotfolket, som til sist endte i blodsutgytelse etter indianere drepte John Oldham, en handelsrepresentant fra Massachusetts, på øya Block Island i 1636. Ettersom disse indianerne var underordnet pequotfolket sendte Massachusetts Bay-kolonien en ekspedisjon, som John Mason var en del av, til Block Island for drepe disse indianerne. Hensikten var å krysse Connecticutelven til pequotene og forlange Oldhams mordere utlevert. Da pequotene nektet dette ble de straffet ved at teltene og kornforrådene deres ble brent ned, noe som igjen utløste Pequotkrigen. Denne krigen endte med Mystic-massakren som bokstavelig utslettet pequotene. Flere år senere gjenfortalte Mason sin erfaringer i Pequotkrigen i sin fortelling , men den ble ikke utgitt før en god tid etter at Mason var død, i 1736.