Innen datavarehus er begrepet enda mer spesifikt, og viser til at den operative databasen er den som aksesseres av det operative systemet (for eksempel en kundevendt nettside eller applikasjonen som brukes av kundeservice) for å utføre den daglige driften i en organisasjon. Operasjonelle databaser bruker vanligvis en online transaksjonsbehandlingsdatabase som er optimalisert for rask transaksjonsbehandling (altså operasjonene opprett, les, oppdater og slett). En operativ database er kilden til et datavarehus. Data fra en driftsdatabase kan lastes inn i et operasjonelt datalager for mottak i datavarehuset.