Johannes begynte å studere byggeteknikk i Syria, men tok deretter mastergrad i bysantinsk musikk og doktorgrad i teologi ved universitetet i Thessaloniki. Han ble presteviet i 1983 og underviste deretter ved det teologiske fakultetet ved Balamand-universitetet i Syria. Fra 1988 til 1991 og 2001 til 2005 var han fakultetets dekanus, i den siste perioden dessuten abbed ved Balamand-klosteret.