To måneder før VM i fotball 2006 fikk Rooney et beinbrudd i kampen mot Chelsea FC og det var lenge uvisst om han kom til å spille under VM 2006 i Tyskland. Likevel ble Rooney inkludert i Sven Göran Erikssons tropp til mesterskapet og fikk først grønt lys for deltagelse 8. juni. VM-sluttspillet ble ingen suksess for hverken Rooney eller England, og det endte i skuffelse da engelskmennene røk ut mot i kvartfinalen på straffesparkkonkurranse. Rooney ble dessuten utvist i denne kampen etter å ha stemplet Portugals Ricardo Carvalho i skrittet. Engelske tabloider trakk frem oppførselen til Cristiano Ronaldo, Rooneys lagkamerat i United, som en sterkt medvirkende årsak til det røde kortet. I flere uker florerte det rykter og spekulasjoner i internasjonale medier om fremtiden til de to Manchester United-spillerne, og Ronaldo ble stadig satt i forbindelse med spanske klubber.