I 1787 flyttet Kirwan til Dublin, hvor han i 1799 ble president for Royal Irish Academy, en stilling han hadde frem til sin død. Han bidro med rundt trettiåtte avhandlinger, som omhandlet meteorologi, ren og anvendt kjemi, geologi, magnetisme og filologi. En av disse, om klodens primitive tilstand og dens påfølgende katastrofe, gjorde at han ble del av en livlig tvist med opprettholderne av Huttonian-teorien. Hans geologiske arbeid ble skjemmet av en implisitt tro på den universelle syndfloden, og gjennom å finne fossiler knyttet til fellebergartene nær Portrush hevdet han at basalt var av vannopprinnelse.