Midt i den økende politiske ustabiliteten, voksende økonomiske problemene og diplomatiske isolasjonen, gikk Botha av som Nasjonalistpartiets leder og statspresident i 1989. Han ble erstattet av Frederik Willem de Klerk. Selv om han var konservativ, innså de Klerk hvor upraktisk det var å opprettholde apartheid for alltid, og kort tid etter at han tok makten, bestemte han at det ville være bedre å forhandle mens det fremdeles var mulig å inngå et kompromiss enn å holde ut til en var tvunget til å forhandle på dårligere betingelser. Han overtalte Nasjonalistpartiet til å inngå forhandlinger med representanter for det svarte samfunnet. Sent i 1989 vant Nasjonalistpartiet det bitreste valget på flere tiår etter å ha lovet å fremforhandle en slutt på apartheidsystemet som det selv hadde etablert. I 1990 ble African National Congress legalisert og Nelson Mandela ble løslatt etter 27 år i fengsel. En folkeavstemning i 1992 gav de Klerk fullmakt til å forhandle med Mandela. Etter forhandlingene ble det laget et utkast til ny konstitusjon, og et valg med allmenn stemmerett ble holdt i 1994. Disse valgene ble vunnet av ANC. Nasjonalistpartiet forble i regjeringen som koalisjonspartner med ANC og Inkatha Freedom Party frem til 1997, da det trakk seg ut og ble det offisielle opposisjonspartiet.