Siden 2006 er det kjent nesten 150 arter ferskvannssnegler i Bajkalsjøen, inkludert 117 endemiske arter fra undergruppene Baicaliinae (del av Amnicolidae) og Benedictiinae (del av Lithoglyphidae) og gruppene skivesnegler og fjærgjellesnegler. Alle de endemiske artene er registrert mellom 20 og 30 meters dyp, men de fleste lever hovedsakelig på grunnere vann. Om lag 30 ferskvannssneglearter kan sees dypere enn 100 m, som representerer den omtrentlige grensen for sollyssonen, men bare 10 er virkelige dypvannsarter. Generelt er bajkalsneglene tynne og små. To av de vanligste artene er og . Artsmangfoldet av muslinger er lavere med mer enn 30 arter; omtrent halvparten av disse, alle i gruppene Euglesidae, kulemuslinger (Sphaerium) og ertemuslinger (Pisidium), er endemiske (den eneste andre gruppen i sjøen er Unionidae med en enkelt ikke-endemisk art). De endemiske muslingene finnes hovedsakelig på grunt vann, kun få arter på dypt vann.