I de aller fleste sammenhenger er vaksinasjon frivillig. Det finnes enkelte unntak, blant annet i det norske forsvaret. I noen land pålegges også helsepersonell å la seg vaksinere. I USA stilles det krav til vaksinering dersom man skal gå på offentlig skole. Det er uansett et sterkt påtrykk fra helsemyndighetene om at alle barn vaksineres, og selv om det er svært gode grunner til dette, oppfattes det av noen som et angrep på individets frihet til selvbestemmelse.