Tyrkerne angrep øyene to ganger, første gangen i 1547 og på nytt i 1551, og spesielt det siste angrepet ble katastrofalt. Tyrkerne herjet øyenes landområder mens de overså de befestede byene før de gikk til angrep den mindre øya Gozo og førte bort hele eller mesteparten av befolkningen i slaveri. Samtidig drev tyrkerne ordenen ut av Tripoli i Libanon. Disse angrepene fikk ridderne til å forstå hvor utsatte de var og de satte i gang en voldsom byggeaktivitet for å bedre øyenes forsvarsanlegg for kommende og mer voldsomme angrep.