Området rundt Spijkenisse har hatt bosetninger i flere tusen år, og i tidligere tider livnærte folket her seg av fiske i Maas og jakt i myrene rundt. Byen ble først nevnt i 1231 som . Navnet kommer fra ordene (landtunge) og (nese), som betyr «spiss nese» og refererer til en landtunge som tidligere stakk ut i elven.