Han ble funnet skyldig i å ha myrdet en krigsfange, en amerikansk pilot 21. november 1944 i Enschede i det okkuperte Nederland. Piloten hadde landet i nærheten av en villa konfiskert av SD. Schöngarth nektet for å ha noe med saken å gjøre blant annet fordi piloter var Luftwaffes ansvar. Under rettssaken innrømmet han at 100 personer ble skutt og drept som gjengjeldelse for angrepet på Rauter, og han innrømmet å ha beordret drap på ytterligere 150-200 (han insisterte på at disse hadde fått vanlige dødsdommer). Han ble dømt av en britisk domstol i Burgensteinfurt 11. februar 1946 og henrettet ved henging 16. mai 1946 i fengselet i Hameln. Skarpretter var Albert Pierrepoint.