Nystuen startet sin karriere i Kongsvinger der han ble tatt opp i A-stallen i 2000. Etter å ha blitt betegnet som en av Kongsvingers bedre spillere i mange år, ble han rett i forkant av 2006-sesongen solgt til Stabæk. Under oppkjøringen til 2008 sesongen solgte Stabæk ham videre til Sandefjord, hvor han ble kåret til årets spiller i 2010. Nystuen har U-landskamper for Norge.