Fitzpatrick avlastet biskop Fenwick fra en rekke oppgaver, som ferminger i menigheter, bispevisitaser, granskning av problemer i menigheter, og ved å preke i katedralen. I 1844 opptok han filosofen of forfatteren Orestes Brownson i i den katolske kirke. Han deltok også på Sjette provinsialkonsil i Baltimore (1846) i Fenwicks fravær.