Degen gikk til Dortmund på Bosman-overgang fra sin sveitsiske klubb. Sesongen 2005/2006 i Bundesliga endte med en 7.-plass for hans nye tyske klubb, hele 29 poeng bak vinnerne Bayern München. Degen spilte 31 kamper og skåret et mål i sin første sesong, noe som skaffet han interesse fra andre klubber. Degen bekreftet selv i mai 2006 at den engelske klubben Tottenham Hotspur var en av klubbene som var interessert i han. Sesongen 2006/2007 endte Dortmund enda lenger ned, på 9.-plass. Degen spilte 27 seriekamper denne sesongen. Sesongen 2007/2008 viste seg å bli den dårligste, med en 13.-plass, bare 9 poeng unna nedrykk. Degen selv spilte kun 10 seriekamper. Borussia Dortmund kom seg imidlertid til den tyske cupfinalen, men tapte der for Bayern München 19. mai 2008. Det ble også Degens siste kamp for Borussia Dortmund, etter at han tidligere i sesongen hadde takket nei til det nye kontraktstilbudet fra Dortmund, og klubben ikke ville forhandle mere.