Politiet i Charleston fikk meldinger om skyting i Emanuel AME Church, ca. 21.05 lokal tid (03.04 norsk tid). En mann beskrevet som hvit, rundt 21 år, ca. 175,26 cm høy og med grå genser og jeans hadde begynt å skyte med en pistol i .45-kaliber av typen Glock 41 inne i kirken mot en gruppe mennesker som deltok på en bibeltime i regi av Pickney. Gjerningsmannen forlot deretter åstedet.