Lotte Reiniger ble født i 1899 i den tyske byen Charlottenburg, som i dag ligger innenfor bydelen Charlottenburg-Wilmersdorf i Berlin. Hun var eneste barn av Eleonore, som var av fransk hugenottslekt og Karl Reiniger, som var bankmann. Hun har selv beskrevet den unge Lotte som en entusiastisk jentunge som bare kunne gjøre én ting bra: å klippe silhuetter.