Under engelskmennenes bombardement av København i 1807 ble også Trinitatiskomplekset rammet. Komplekset var også i fare for å bli å tatt av de etterfølgende storbrannene. Takket været en heroisk innsats av kirkevergen Tvermoe ble skadene minimert. Fire bomber slo ned i biblioteket, men trengte ikke igjennom til kirkerommet. Reparasjonene av bygningen beløp seg til relativt beskjedne 3 000 riksdaler. Det er ikke angitt at kirken skulle ha blitt stengt som en følge av skadene, i hvert fall ikke i noen lengre periode.