Popitz ble først medlem av NSDAP og mottok partiets utmerkelse i 1937. Hans avvisning av nasjonalsosialismen begynte da han så hvordan jødene ble forfulgt. Etter , jøder og jødisk eiendom ble landsomdattende brutalisert den 9. november 1938, meldte Popitz sin opposisjon og søkte om avskjed, men den ble ikke innvilget.