Cissé ble hentet til Liverpool fra Auxerre av Gérard Houllier sommeren 2004. Djibril Cissé var på den tiden, det dyreste kjøp Liverpool FC noensinne hadde gjort. For £14.5M har man fått toppscoreren i Frankrike i to av de siste tre sesongene. Han debuterte for Liverpool mot Grazer AK 10. august 2004 i Mesterligaen. Cissé ble så rammet av en alvorlig skade i en kamp på Ewood Park. Et brutalt beinbrudd var så alvorlig at Cissé kunne risikert amputasjon dersom ikke klubbens legeteam hadde handlet raskt. Utrolig nok, og svært gledelig, rakk likevel den fargerike spissen avslutningen på sesongen, og kunne være med på Champions League-triumfen i Istanbul, der han bl.a satte en av straffene i den historiske finalen.