Han ble valgt ut til å lede Apollo 13 på den tredje månelandingsferden, men fordi Shepard og mannskapet hans (Stuart Roosa -CMP og Edgar Mitchell -LMP) var for uerfaren, ble det bestemt at mannskapet på Apollo 13 og Apollo 14 byttet plass, slik at Shepard og Co. fikk mer tid til å trene i simulatoren.