Rooth er gift med den tidligere håndballspilleren Mette Malm Rooth (f. 1975), far og trener til Markus Rooth (f. 2001) og Kajsa Rooth (f. 2003), som begge er mangekjempere og onkel til hekkeløper Andrea Rooth (f. 2002). Han er nest yngste bror i friidrettsfamilien Rooth fra Lambertseter.