Kongens favoritt og svirebror var stadig grev Frederik Vilhelm Conrad Holck. Struensee innså at grev Holck måtte fjernes om han selv skulle oppnå full fortrolighet hos kongen. I mai 1769 ble Struensee utnevnt til etatsråd, og rykket dermed oppover i rangordningen. Det virker også som om det var rett etter dette at Struensee innledet et kjærlighetsforhold til dronningen. Ifølge historikeren Svend Cedergreen Bech ledet dette til at hun blev gravid, men farskapet til Louise Augusta er ikke mulig å bestemme med fullstendig sikkerhet. Juridisk sett var prinsessen kongens datter, men både omgivelsene og Struensee selv anså henne for å være datter av Struensee. Også prinsessen selv anså hele livet at det var livlegen som var hennes egentlige far.