Svartedauden i 1348 synes å ha rammet Huntingdon særlig hardt. De fleste av Huntingdons 16 kirker forfalt eller forsvant helt og holdent. Da den oldtidsinteresserte topografen John Leland besøkte byen på 1530-tallet noterte han at kun fire kirker fortsatt sto. Ved 1363 var en fjerdedel av Huntingdon ubebodd og de øvrige knapt hadde nok til å overleve. Et nytt charter samme år ble gitt med det håp om at byen kunne få inntekter fra reisende ved å tilby overnatting og losji, og senere også retten til å konfiskere eiendelene til fredløse og forbrytere innenfor borough, noe som ble utnyttet for hva det var verdt under bondeopprøret i England i 1381.