Høsten 1940, etter den tyske invasjonen av Norge, meldte Schnitler seg inn i Nasjonal Samling. 5. oktober 1940 ble Schnitler utnevnt til professor i historie ved Universitetet i Oslo, og 7. november samme år til leder av Instituttet for historisk forskning, som blant annet skulle samle inn materiale om krigen i 1940. I okkupasjonsårene ledet han blant annet utgivelsen av en ny utgave av P.A. Munchs . Han ble også konsulent for Kulturdepartementet og gikk inn i Nasjonalteatrets representantskap.