Universitetet er offentlig eid og finansiert av Færøyenes regjering og sorterer under Kulturdepartementet. Universitetsstyret er ansvarlig for oppnevelse av universitetets rektor, dekaner og direktør (administrasjonssjef) samt for fordelingen av det årlige budsjettet på 19 millioner danske kroner. Styret består av syv medlemmer, hvorav fire er utenfra og oppnevnt av kulturministeren, to er valgt blant de ansatte, mens studentene velger ett medlem.