Scholarioi-militsen som ble ledet av «megas stratopedarches» Sebastos Tzaniches kjempet mot en annen fløy, Amytzarantai-militsen, som støttet den avdøde keiserens første kone Irene Palaiologina som hadde kommet på tronen. De to grupperingene kjempet åpne kamper i gatene, men borgerkrigen tok slutt da Johannes evnukken fra Limnia marsjerte inn i byen med sine styrker og sluttet seg til de som støttet Irene. Scholarioi-lederne Niketas og Gregorios Meitzomates flyktet til Konstantinopel. Der overtalte de Mikael Megas Komnenos, en yngre sønn av Trapezunts tidligere keiser Johannes II Megas Komnenos, til å vende tilbake til Trapezunt og kreve keisertronen som rettmessig arving etter sin far. Også Mikaels bror, Alexios II Megas Komnenos hadde vært keiser i Trapezunt, frem til han døde i 1330. Mikael kom til Trapezunt med en håndfull leiesoldater og krevde tronen og ønsket også å gifte seg med sin niese, Anna Anachoutlou, søster til den avdøde keiser Basileios. Annas støttespillere ønsket ikke noen sterk mannlig keiser, og de fikk drept Mikaels leiesoldater. Mikael selv ble fengslet og sendt til Oinaion. Irene Palaiologina ble sendt til Konstantinopel, mens Anna Anachoutlou ble innsatt som keiserinne.