Den 1. september 1923 ble Kantō-regionen rammet av et stort jordskjelv og av de over 140 000 mennesker som døde var 70 387 Tokyo-innbyggere. Byen ble ødelagt av branner startet som følge av dette jordskjelvet. Til tross for denne katastrofen bygde man opp byen igjen og befolkningen vokste frem mot starten på andre verdenskrig. De første bombene over Tokyo ble sluppet 18. april 1942 og frem til slutten på krigen i 1945 ble Tokyos befolkning mer enn halvert. Det mest omtalte bombeangrepet skjedde 10. mars 1945, som drepte 105 400 mennesker og gjorde 1 000 000 hjemløs. Etter krigens slutt plasserte de allierte sitt okkupasjonskontor i den sønderbombede byen, og oppbyggingen kom raskt i gang takket være amerikansk hjelp.