Den innfødte bostonianer Fitzpatrick ble varmt mottatt sine sognebarn, og ble populært kjent som «biskop John.» Hans visitaser i 1847 strakte seg over nesten hele bispedømmet, som da omfattet hele det nordlige New England. Etter utbruddet av den store hungersnøden i Irland oppfordret Fitzpatrick katolikker sterkt til å bidra til hjelpearbeidet der. Han erklærte at Fitzpatrick sendte senere 20-000 $ fra erkebispedømmets midler til erkebiskop William Crolly av erkebispedømmet Armagh i Irland.