NFH ble opprettet høsten 1999 og var ledet av Ali Ahmeti, nevøen av Fazil Veliu, grunnlegger av KFH, men var utenfor medias søkelys før det begikk, som Makedonias regjering og media kalte, «store kriminelle handlinger» i 2000 og 2001. I mars 2001 da Tetovo (den andre største byen i Makedonia) ble angrepet av NFH klarte de ikke å erobre byen, men kontrollerte åsene og fjellene mellom Tetovo og Kosovo. NFH ble også støttet av grupperinger fra Kosovo, men dette ble aldri offisielt tilstått.