Kort tid etter grunnleggelsen må Rainbow Six reagere på en rekke tilsynelatende ikke-relaterte terror-angrep fra Phoenix Group, en radikal organisasjon som slåss mot global oppvarming. I løpet av deres etterforskning blir Rainbow Six veiledet av John Brightling, styreleder for det mektige bioteknologi-selskapet Horizon Inc. Men det Rainbow Six ikke vet er at Brightling og hans organisasjon utvikler en svært smittsom ny stamme fra Ebola-viruset kalt "Brahma" som de planlegger å bruke for å utrydde det aller meste av menneskeheten. De skal bare spare bare noen veldig utvalgte få mennesker som deretter kan gjenoppbygge jordkloden til en vitenskapelig og miljø-vennlig utopi.