Vårtrekket begynner gjerne i sent i februar, og fuglene passerer typisk Nord-Afrika og Middelhavet mellom midten av april og slutten av mai. Progresjonen i trekket skjer gradvis og uten lange etapper. De fleste ankommer hekkeplassene mellom slutten av mai og slutten av juni på våre breddegrader. Hekkingen skjer i hovedsak i mai–juni. Reirplassen legges som oftest til steder med god utsikt, for eksempel små avsatser i bergvegger, på grenkløfter eller rotvelter. Om man skal lage fuglekasse for gråfluesnapper bør den derfor ha stor og åpen front. Ellers finner den seg også til rette i boligstrøk og bondegårder, på bjelkelag under takskjegg og lignende steder. Begge kjønn eller hunnen står for byggingen, som gjerne tar kun 3–7 dager.