Innsjøen har tilløp fra Mihkalijärvi, som ligger bare 20 cm høyere. De to innsjøene er forbundet med to korte elver, en på hver side av øya Ryevdipohsálui. Øst i Rautaperäjärvi ligger en esker, som danner en kjede av øyer, nes og halvøyer parallelt med østbredden av sjøen.