Fra 1196 måtte Sverre og birkebeinerne kjempe mot baglerne. Baglerne hadde støtte på Østlandet, spesielt i Viken, og de ble også støttet av kirken; først og fremst biskopene Nikolas Arnesson og Eirik Ivarsson. Striden mellom kong Sverre og Eirik første til at Sverre ble bannlyst i 1198. Dette var en del av en langvarig konflikt mellom kirken og kongen om hvem som skulle bestemme over kirkelige forhold; kongen eller biskopene. Baglerne og birkebeinerne inngikk et forlik, Kvitsøyforliket i 1208, og baglerne la ned flokken etter baglerkongen Filippus Simonssons død i 1217. Noen av baglerne fortsatte motstanden i en ny flokk, ribbungene, frem til 1227. Det siste opprøret, hertug Skules opprør mot sin svigersønn, kong Håkon Håkonsson, ble slått ned i 1240, da hertugen ble drept og Håkon endelig kunne legge under seg hele Norge.