I perioden etter Diệm var det en rekke ulike militærjuntaer som vekslet på å ha makten, og Taylor, også etter at han 23. juni 1964 etterfulgte Henry Cabot Lodge jr. som amerikansk ambassadør til Sør-Vietnam, hadde en rekke sammenstøt med særlig Nguyễn Khánh som hadde erstattet kuppmakeren mot Diệm, Dương Văn Minh som leder av militærjuntaen. Taylor var ambassadør fram til 30. juli 1965.