Sommeren 1997 var Mayers kontrakt med Stabæk i ferd med å gå ut, og etter å ha vurdert flere muligheter endte han med å gå til Rosenborg. Trondheims-klubben kunne ha fått Mayer «på Bosman» for bare etter sesongen, men valgte å legge 1,5 millioner kroner på bordet for å få ham allerede i juli. I Rosenborg slet han med å få plass første sesongen, men fikk en åpning da den sentrale midtbanespilleren Bent Skammelsrud dro til Tyskland før 1998-sesongen. Mayer brakk imidlertid kragebeinet og gikk lenge skadet, og da Skammelsrud kom tilbake til RBK var Mayer bare fjerde- eller femtevalg på trøndernes sentrale midtbane. I januar 1999 ble han solgt til skotske Aberdeen for en overgangssum på to millioner kroner.