I forlengelsen av forskningsarbeidet fulgte engasjement for urbefolkninger, både i Norge og internasjonalt. Henriksen var blant grunnleggerne av International Work Group for Indigenous Affairs (IWGIA), en organisasjon som samler alle alle verdens urfolk. Fra 1981 til 2005 satt han i organisasjonens styre, i femten av disse årene som formann. Henriksen hadde også oppdrag for urbefolkningsgrupper verden over. I årene 1975–1976 arbeidet Henriksen som konsulent for Naskapi Montagnais Innu Association i saker som hadde å gjøre med rettigheter til land. I 1982–83 arbeidet han for det samiske kultursenteret i Hattfjelldal. I 1993 fungerte han som konsulent for myndighetene i provinsen Newfoundland i Canada, som da hadde etablert en Economic Recovery Commission. I 1995 assisterte han Innu Nasjonen i forbindelse med miljøspørsmål knyttet til gruvedrift i Voisey’s Bay, Canada.