Under Indias annektering av Goa i desember 1961 ble flyplassen bombet av det indiske flyvåpen og deler av infrastrukturen ble ødelagt. To sivile fly, et Lockheed Constellation fra TAP Portugal og et Douglas DC-4 fra TAIP, klarte i løpet av natten å unnslippe med flyktninger og fløy til Karachi. I april 1962 ble Goa okkupert av den indiske marine, ledet av generalmajor K.P. Candeth som "overga" flyplassen til den indiske marine som i juni overleverte den til en generalguvernør til det som ble benevnt som "Union Territory of Goa".