Under okkupasjonen var han såkalt kommissarisk leder i Norsk Kommuneforbund fra september 1941 til september 1942. Meyer mente at arbeidernes interesser måtte ivaretas innenfor rammene av den situasjonen Norge var i og de makthaverne som landet hadde, og slik kunne holde fagbevegelsen intakt. Slik aksepterte han nasjonalsosialismen som en uunngåelig ny ramme, men det er ikke tydelig hvilken sympati han hadde for denne. Han hadde kvaler da NS under den dramatiske unntakstilstanden i september 1941 overtok ledelsen av LO. Etter 1943 holdt han en lav politisk profil.