I 1761 giftet Arthur Guinness seg med Olivia Whitmore i St. Mary's Church i Dublin, og de fikk 21 barn, hvorav 10 ble voksne. Fra 1764 bodde de i Beaumont House, nå en del av Beaumont Convalescent Home, mellom Santry og Raheny nord i grevskapet Dublin. Tre av hans sønner var også bryggere, og hans andre etterkommere ble blant annet misjonærer, politikere og forfattere.