Couperin fikk opplæring av faren Armand-Louis og ble farens etterfølger som organist ved . Han etterfulgte også sin bror Pierre-Louis som organist ved Notre-Dame de Paris, en post han holdt fram til den franske revolusjonen. I tillegg var han organist ved Saint-Gervais og ved Saint-Merri (1818–1826).