I 1990, kort tid før den tyske gjenforeningen, flyktet Markus Wolf til Moskva, da det var klart at en arrestasjon ventet på ham i det gjenforente Tyskland. I 1991 søkte han politisk asyl i Østerrike. Etter at dette ble avvist meldte han seg selv for politiet ved den tyske grensen. Av Oberlandesgericht Düsseldorf ble han i 1993 dømt til seks års fengsel for landssvik. Dommen for landssvik ble senere hevet av forfatningsdomstolen, fordi spionasjeaktivitetene var i tråd med lovene til DDR. I 1996 søkte han om visum til USA, men det ble avvist med begrunnelsen at han hadde fortid som terrorist. I 1997 ble han så dømt til to års fengsel for ulovlig frihetsberøvelse, trusler og legemsbeskadigelse. Han ble dessuten dømt til tre dagers fengsel og rettergangsstraff for å ha nektet å vitne mot den spionasjetiltalte SPD-politikeren Paul Gerhard Flämig.