Etter at Ronny Deila brått forlot Strømsgodset bare seks måneder senere, tok Nielsen over som hovedtrener tidligere enn planlagt. Etter en forholdsvis dårlig start på 2015-sesongen valgte imidlertid Nielsen og Strømsgodset å avslutte samarbeidet i slutten av mai 2015, altså bare et snaut år senere. Han ble ansatt som hovedtrener for Lyngby Boldklub 17. juni 2015 og skrev under en treårskontrakt.