Det ble bygd i 1930- og 1940-årene da Gaza bredte seg utover fra sin bykjerne. Mye av den tidlige byggevirksomheten kan attribueres til utenlandske institusjoner, som blant annet misjonssykehus. Etter den arabisk-israelske krig i 1948 vokste Zeitoun ved at det tilkom mange palestinske flyktninger. Ahmed Yassins familie slo seg ned i nabolaget i 1950-årene.