Al-Faruqi ble født i Jaffa, i britisk-mandat Palestina. Hans far, 'Abd al-Huda al-Faruqi, var en islamsk dommer (). Al-Faruqi fikk sin tidlige religiøse utdanning hjemme og i den lokale moskeen. I 1936 begynte han å gå på den franske dominikanske Collège des Frères de Jaffa.