Nasjonalparkens klima er påvirket av den geografiske beliggenheten nær Atlanterhavet. Himmelen er oftest skyet og nedbørsmengdene er meget store. Mange snøfelt smelter heller ikke bort i løpet av sommeren, hvilket har gjort Vadvetjåkka til landets laveste fjell med isbreer på fjellsidene. Vanligvis påtreffes isbreer i de svenske fjellene på høyder over 1600 meter over havet, men på grunn av det havsnære klimaet har de kunnet vokse på Vadvetjåkka som bare er 1248 meter høyt.