Mečiar var fungerende president fra 1. januar 1993 til 2. mars 1993 ved opprettelsen av nasjonen Slovakia. Han fungerte også som president fra 2. mars 1998 til 30. oktober samme år, da parlamentet ute av stand til å velge en president. Han var en av de fremtredende presidentkandidatene i Slovakia i 1999 og i 2004. Han har blitt kritisert av sine politiske motstandere og av vestlige politiske organisasjoner for å føre en autokratisk styreform.