Innenfor terskelen ved Tautra er fjordbunnen på det dypeste 400–420 meter og danner der en relativt flat slette på begge sider av Ytterøya. De dype områdene er dekket av slam og leire, mens de grunn områdene nær land er det en god del finsand, sand og skjellsand blant annet langs Frosta. I Levangerbukta danner Eidsbotn en grunn arm av fjorden; Eidsbotn er 2 km og største dyp 7 meter, åpningen mot fjorden delvis blokkert av en molo. Borgenfjorden (også kalt Børgin) mellom Inderøy og Sparbu er en nesten avsnørt fjordarm som er forbundet med hovedfjorden gjennom Straumen og er 140 meter bred og 5 meter dyp; innenfor Straumen er Borgenfjorden rundt 15 meter dyp.