Den 16. februar 2013 scoret Reus sitt første hat-trick for Dortmund, mot Eintracht Frankfurt, som eneste målscorer. 9. april møtte Dortmund spanske Málaga til returoppgjør i kvartfinalen i Champions League. Reus scoret Dortmunds andre mål i et overtidsdrama hvor Dortmund til slutt gikk videre, 3-2. Kampen fikk tilnavnet «» av Dortmunds supportere. Dortmund tok seg videre til finalen etter 4-3 sammenlagt mot Real Madrid, hvor de gikk på et 1-2 nederlag mot ligarival Bayern München.