Johnstons fremskutte forsvar var brutt. Polks stilling ved Columbus var svak, noe Grant regnet med, og Polk trakk seg derfor tilbake etter at Donelson falt. Grant hadde også avskåret som tidligere gjorde det mulig for konfødererte styrker å bevege seg til støtte for hverandre. General P.G.T. Beauregard hadde ankommet fra øst for å slutte seg til Johnston i februar, og han ledet alle de konfødererte styrkene mellom elvene Mississippi og Tennessee. Dette delte i praksis enheten i kommandostrukturen slik at Johnston kontrollerte kun en liten styrke ved Murfreesboro. Beauregard planla å konsentrere sine styrker i nærheten av Corinth og forberede seg til en offensiv. Johnston flyttet sin styrke til Beauregard sent i mars.