Hekseprosesser befattet inkvisisjonen seg meget lite med. Det var noen få tilfeller i Baskerland, men dommene ble da forkastet av en høyere instans ettersom inkvisisjonens ledelse ikke trodde på hekseanklagene; noen hadde dog blitt henrettet før dommen ble omstøtt. Senere tilfeller ble normalt avvist med henvisning til at den tiltalte var mentalt ustabil eller at anklagene var falske. Mens det i mange land kom i gang store hekseprosesser, ble det i Spania tidlig slutt på anklagene fordi inkvisisjonen truet med å stille de som anklaget falsk for retten.