Bos tid i Chongqing ble dominert av kampen mot organisert kriminalitet. Etter juni 2009 ble rundt 2.000 personer hektet i vidtrekkende aksjoner mot forbrytergrupper i byen. En markant forskjell fra mange andre slike aksjoner i Kina var at Bo også gikk til verks mot myndighetspersoner som gav politisk ryggdekning for forbryterne - ikke bare mot forbryterne selv. Noen av dem som ble arrestert var medlemmer av Bos egen byadministrasjon, andre var fra byens politistyrker. Wen Qiang (文强), en av de best kjente av dem som ble implisert, hadde fartstid i toppskiktet innen byregjeringen fra partisekretærene He Guoqiangs og Wang Yangs dager. Rapporter fra mente at en så omfattende aksjon hadde fått klarsignal fra sentralmyndighetene og president Hu Jintao, og at Bo var påpasselig med ikke å få tiltakene til å se ut som om Chongqing prøvde å fremstå som forbilde for hva resten av landet burde gjøre, for at det ikke skulle ramme hans egne ambisjoner til enda høyere politiske embeder.