Musikkutdanningen fikk Cifra hos Giovanni Bernardino Nanino i Roma. Fra 1605 til 1607 var Cifra musikalsk leder av pavens romerske presteseminar og hadde samme post ved fra 1608 til 1609. Deretter var han kapellmester ved i pilegrimsbyen Loreto fram til sin død. På denne tiden pleide han intensive kontakter med romerske komponister og deltok ved store anledninger som korleder i Peterskirken.