På slutten av 1980-tallet bIe han blant annet på grunn av rusmiddelmisbruk stadig mer uberegnelig. Han uteble fra konserter, øvinger og flyavganger, og han bidro stadig mindre til nye låter. I 1989 gikk han glipp av en turne med Bob Dylan i California fordi flyselskapet nektet å ta ham med. 1991 ble MacGowan kastet ut av The Pogues særlig på grunn av alkoholproblemene. Spider Stacey overtok som vokalist (Joe Stummer fra The Clash ble også tatt inn i bandet) og Jem Finer ble mest aktiv låtskriver. I 2001 deltok han på bandets juleturne med den gamle besetningen.