Han var inspirert av den tyske teologen Hermann Sasse og fant som ham en forankring i en kirkelig og streng bekjennelsestro lutherdom med vekt på dåpssakramentet som grunnleggende for kristenstanden. Fra 1945 var Aalen dosent i systematisk teologi ved Menighetsfakultetet. I 1953 forsvarte han sin doktorgrad hvor han tok et oppgjør med det han kalte den subjektive erfaringsteologi, som til en viss grad kan sies å være representert ved hans forgjenger Ole Hallesby.