Etter Københavns bombardement i 1807 ble Gedde gjort til syndebukk for nederlaget og beskyldt for å ha fortiet festningenes slette tilstand og ikke i tide forberedt forsvaret. En militær domstol dømte ham til døden, til tross for at han kunne påvise at ingeniørkorpset gjentatte ganger hadde foreslått tiltak som ble avslått, og derfor ikke kunne gjøres ansvarlig. Dommen ble oppfattet som urettferdig, og på grunn av lang og tro tjeneste ble Gedde i 1809 benådet av kong Frederik VI og fikk avskjed i nåde – men uten pensjon.