Det jagellonske universitet driver syv museer med samlinger tilknyttet universitetets historie. De mest verdifulle samlingene befinner seg i Collegium Maius med blant annet (Den jagellonske globus, verdens første globus hvor det nye kontinentet Amerika er tegnet inn), utstyr brukt av Nikolaus Kopernikus, og en treskulptur av Kasimir III den store fra det 14. århundre og mange andre verdifulle gjenstander.