En vanlig kritikk av funksjonalistiske modeller går ut på at de ikke er i stand til å forklare konfliktforhold i et samfunn, siden de gjerne tar for gitt en helhetlig harmoni. Andre modeller, slik som konfliktmodellen, handlingsteori og marxistisk antropologi, argumenterer for studiet av individuelle, gruppe- og klassekonflikter som utgangspunkt for sosial og historisk endring. Teoretikere med utgangspunkt i konfliktmodellen har kritisert funksjonalismen for å skjule og legitimere undertrykkelsesmekanismer i samfunnet.