Det amerikanske forsvarsdepartementet bruker motvillig tjenestene til den eksentriske robotikeren Dr. Robotnik for å finne årsaken til strømbruddet. Når han oppdaget at han blir jaktet på, planlegger en motvillig Sonic å forlate jordkloden til fordel for en annen planet. Men han blir nødt til å slå seg sammen med den lokale sheriffen Tom Wachowski og hans kone Maddie, for å hindre den onde Dr. Robotnik i å fange Sonic og bruke kreftene hans til å skaffe seg verdensherredømme.