Senere under krigen ble Birger Imislund rutesjef for den såkalte "Silkeruten" i Østfold; en smuglerrute for å få flyktninger fra den tyske okkupasjonsmakten trygt over til Sverige. NRK viet del 11 og 12 av programserien «Krigen i Østfold 1940-1945» til denne flyktningeruten og Birger Imislunds rolle i flyktningetransporten. Han skal også ha vært kontakt for en flyktningrute som ble organisert av Milorg i Østfold; ettersom Imislund arbeidet som fotograf i firmaet Polyfoto i Fredrikstad, fikk denne ruten kallenavnet «Fotografen».