Han ble nestformann i partiet i 1985 og to år senere overtok han som partiformann etter Anker Jørgensen, et verv Auken hadde inntil Poul Nyrup Rasmussen ble partileder i 1992. Auken har også ledet flere komiteer i den nordiske sosialdemokratiske samarbeidskomiteen SAMAK. Han var visepresident i Den sosialistiske internasjonale (SI) i årene 1988-92, og leder for de europeiske sosialdemokraters miljøutvalg fra 1994.