I , som foregår etter , bestemmer Link seg for å reise jorden rundt, slik at han er forberedt på om en trussel som Ganon noensinne kommer til Hyrule igjen. På veien tilbake til Hyrule, blir skipet til Link fanget i en storm og blir ødelagt. Han ender opp på kysten til en mystisk øy kalt Koholint. Link blir ført til huset til en snill mann kalt Tarin og datteren hans Marin. En underlig snakkende ugle forteller ham at den eneste måten å flykte øya på er ved å vekke «vindfisken» (), et digert vesen som sover i et kolossalt egg i midten av øya.