Verkstedene og kirkegårdene er forsvunnet helt fra alle misjonsstasjonene, mens de øvrige fasilitetene i varierende grad har overlevd. To steintårn (i San Juan og San José) og ett i tørket leire (i San Miguel) kan spores helt tilbake til jesuittenes tidsepoke. Andre er av nyere oppføring eller resultat av nyere tids restaurering. Mange av disse høye tømmerkonstruksjonene er åpne på alle sider. Av jesuittskolene er kun dem i San Javier og Concepción blitt bevart i sin helhet. I likhet med indianernes hus var bygningene i kirkekomplekset kun med én etasje.