Fedora 16 hadde bedre offline systemoppdatering ved å bruke systemd og PackageKit. Videre var det støtte for UEFI sikker oppstartsprosess (kopibeskyttelse i maskinvaren). Videre fulgte det nye installasjonsverktøyet FedUp med distribusjonen. Installasjonsprogrammet Anaconda var oppdatert, og erstattet som standard. Støtten for 256 fargers dataskjermer ble standard.