Det er store museale samlinger innen kultur- og naturhistorie samlet ved institusjonen. Flerfaglig forskning og formidling har hele tiden hatt høy prioritet. Som landsdelsmuseum på Vestlandet skal Bergens museum fungere som et regionalt kompetanse- og formidlingssenter for andre museer, skoleverket, politiske miljø, næringsliv og publikum. Museet ble i 2021 kåret til «Årets museum».