I 1917, tre år etter åpningen av Panama-Kanalen ble muligheten for en frihavn i Colón drøftet. Det var imidlertid ikke før på slutten av Andre verdenskrig at ideen ble realisert. Under krigen var de fleste av lokalbefolkningen engasjert med å bygge forsvarsverker og andre fasiliteter i forbindelse med troppetransporten. Da troppetransporten opphørte ble de det vanskeligere tider for havnen og etter 1945 ble frihavnen bygget. Med sin geografiske plassering er havnen blitt en naturlig rute for sjøtransport over hele verden.