Montenegros flora tilhører i innlandet den sentraleuropeiske, subboreale sonen, mens kysten har middelhavsvegetasjon. Antallet plantearter anslås til om lag 3 000. De dinariske alper har typisk sentraleuropeisk gradering fra varmekjær løvskog i lavlandet (ask, bøk, lind, sypress, peoner, eføy, liljer), via boreal blandings- og barskog i fjellsidene og høyere elvedaler (edelgran, tyrkerhassel, sølvasal, ormehamfuru, einer), til en alpin høyfjellsvegetasjon i de høyeste områdene (gressarter, lyng). Ved Orjen er flere busk- og blomsterplantene endemiske, blant annet orjen-sverdlilje , krøll-lilje og sjeldne arter av peoner .