Navnet Hercegovina tyder «hertugens (tysk: ) eiendom», som viser til en hersker fra middelalderen, Stefan Vukčić Kosača, Herzog av St. Sava, den første serbiske erkebiskopen. Som et ledd i forberedelsene til å innlemme Bosnia i Østerrike-Ungarn ble det utført en «splitt og hersk»-politikk overfor den sterkt svekkede ottomanske ledelsen. Navnet Hercegovina, den sydlige regionen i Bosnia, ble en del av landets navn, som da skiftet fra «Bosnia» til «Bosnia-Hercegovina» i 1853. Østerrike-Ungarn lot serbiske og kroatiske misjonærer få komme inn i Bosnia for å vekke innbyggernes «nasjonalfølelse». Som følge av disse hegemoniske handlinger, styrt av Wien på vegne av europeiske styresmakter, var de fleste ortodokse og katolske bosnjakene systematisk konvertert til «bosniske serbere» og «bosniske kroater».