I VM-finalen den 9. juli 2006 endte karrieren til Zidane. Det var allerede før mesterskapet klart at «Zizou» ville legge opp, og i finalen mot Italia var Zidane som vanlig i begivenhetenes sentrum i sin aller siste kamp på toppnivå. Etter først å ha gitt Frankrike ledelsen på et Panenka-straffespark etter bare sju minutter, utlignet Italia ved Marco Materazzi tolv minutter senere. De to skulle igjen bli sentrale snaue 100 minutter senere. Etter gjentatte provokasjoner fra Materazzi avsluttet Zidane sin fantastiske karriere med å skalle Materazzi hardt i brystet, noe som ga rødt kort. Materazzi fortalte i august 2007 i TV-programmet «Sorrisi e Canzoni» at han sa følgende: «Den horen jeg foretrekker er din søster», like før Zidane reagerte med å skalle ham ned.