Kirkemøtets bestemmelser ble avvist av mange kristne i utkanten av Det bysantinske rike, inkludert koptiske kristne i Egypt, Syria, Armenia og andre steder. Fra dette punktet og framover fikk Alexandria to patriarker: den ikke-kalkedonske, nasjonstro, nå kjent som den koptiske pave og patriark av Alexandria og aposteliske sete til Sankt Matteus, og på den andre side den keiserlige patriark, nå kjent som den greskortodokse patriark av Alexandria. Bortimot hele den egyptske befolkningen forkastet begrepene til konsilet i Kalkedon og forble trofast til den nasjonale egyptiske kirken (nå kjent som Den koptiske ortodokse kirke). De som støttet de kalkedonske definisjoner forble i kontakt med de ledende kirker i Roma og Konstantinopel. Det ikke-kalkedonske partiet ble det som i dag kalles for den orientalske ortodokse kirke.