Evatt trakk seg i 1940 fra dommerembetet for å stille til forbundsparlamentsvalget, denne gang som kandidat med støtte arbeiderpartiet. Han ble innvalgt og fikk ved regjeringsdannelsen i oktober 1941 posten som riksadvokat og utenriksminister. Han var deretter statsråd i arbeiderpartiregjeringene inntil partiet i 1951 måtte gå i opposisjon. Som utenriksminister hevdet han Australias suverenitet, blant annet ved å erklære krig mot Japan i desember 1941. Han fikk i 1942 også vedtatt Westminster-statutten. Under andre verdenskrig var han gjentatte ganger i USA og Storbritannia for å fremme Australias sak. I 1944 fikk han New Zealand med i en regional kommisjon for stillehavslandene. Evatt var tilhenger av De forente nasjoner og deltok i 1945 ved grunnleggelseskonferansen i San Francisco. Han ble valgt til president i FNs tredje generalforsamling, som satt fra 1948 til 1949.