Til forskjell fra for eksempel Beijings bymur og Xi'ans bymur, som ble anlegt klassisk rettvinklet, følger befestningsmuren rundt Nanjing byens topografi. I nordvest rakk den til kort før Yangtzeflodens bredd, innesluttet , og i nordøst førte den lags Xuanwusjøens bredd, i øst rakk den frem til s utløpere, og fulgte derfra og sørover den gamle bymuren. Til å begynne var det 13 byporter, og ved slutten av Qing-dynastiet var det blitt 18. Senere ble det laget flere porter eller gjennombrudd.