Han skrev også til Klemens II, og fortalte at han var skuffet over hvor tregt reformarbeidet gikk. Paven besøkte Peter i eneboercellen, men døde så på vei til Tyskland, før samtalen kunne bære frukt. Etter Damasus IIs korte pontifikat ble Leo IX valgt, og han hadde allerede gode kontakter med reformbevegelsen. Derfor ble Peter invitert til flere synoder i Italia, hvor han prekte mot simoni og klerikalt ekteskap, som han regnet som sin tids store onder. Han var samtidig kritisk mot noen sider ved pavens virke, som det pavelige militære engasjementet mot normannerne i 1053.