Khalili var en produktiv forfatter og produserte i løpet av sin karriere et eklektisk repertoar som spenner fra poesi og fiksjon til historie og biografi. Han utga 35 bøker med dikt, inkludert hans berømte verk (), skrevet under sovjet-regimet, og (). Med unntak av et utvalg av hans kvartetter og den nyere , er hans poesi i stor grad fortsatt ukjent for engelsktalende lesere.