Et økosystem er hele systemet for biotiske (levende) og abiotiske (ikke-levende) komponenter som samhandler på et gitt sted. Økosystemkonseptet er bredere enn konseptet om samfunn, fordi det innbefatter et bredt spekter av biologiske, fysiske og kjemiske prosesser som forbinder organismene og deres naturmiljø. Fokuset i systemøkologi har tradisjonelt vært på den generelle funksjonen til økosystemets forskjellige enheter: Hvordan tas energi opp, overføres og til slutt spres i forskjellige økosystemer? Hvordan resirkuleres begrensende næringsstoffer, og derved sikrer fornyelse av de materielle elementene som er nødvendige for vekst? Hvilke faktorer og prosesser kontrollerer energi- og materialstrømmer, fra lokale til globale nivåer?