Umedidlbart etter at han etter Paschalis' død i 1118 var blitt valgt til pave, ble han tatt til fange av Cencius Frangipani for at han var blitt utnevnt uten keiserens tillatelse, men han ble snart frigitt. Ved underrettelsen om Gelasius' utnevnelse rykket keiser Henrik V, misfornøyd med at valget var blitt foretatt uten hans medvirkning, i ilfart mot Roma. Gelasius rakk å ta sin bispestol i besittelse innen han flyktet til Gaeta, der han ble presteviet og presteviet.