Gjennom årene har en rekke endringer i kirkeinndelingen medført at nye menigheter har blitt skilt ut eller lagt ned: Ved kgl.res. av 22. mars 1858 ble Trefoldighet menighet skilt ut. Vår Frelsers menighet skulle etter det omfatte den del av byen som lå mellom Akerselva og en grenselinje Kongens gate, Møllergata og Møllerveien til Grünerbrua. Ved kgl.res. av 10. juli 1874 ble Jacob menighet skilt ut. Kgl.res. av 28. september 1897 fastsatte grensene for Vår Frelsers menighet slik: Fra Akerselvas utløp til Vaterlands bru, Brugata, Storgata, Youngs gate, Hospitalsgata, Akersgata, Apotekergata, Rosenkrantz gate, Kristian IVs gate, Universitetsgata, Karl Johans gate, Nedre Slottsgate, Festningsterritoriets grense og ned til sjøen. Ved kgl.res. av 18. november 1899 ble strøket mellom Stenersgata og Østbanestasjonen lagt til Vaterland småkirkemenighet. Ved kgl.res. av 17. november 1916 ble et område som begrenses av Universitetsgata, Kristian IVs gate, Wergelandsveien, Parkveien, Hegdehaugsveien, Oscars gate, Frognerveien, Observatoriegata, Parkveien, Drammensveien og Karl Johans gate skilt ut fra Trefoldighet menighet og tillagt Vår Frelsers menighet. Ved kgl.res. av 6. desember 1929 ble Johannes menighet nedlagt og lagt inn under Vår Frelsers menighet. Ved kgl.res. av 11. februar 1938 ble Garnisonsmenigheten nedlagt og festningsområdet lagt inn under Vår Frelsers menighet.