IKOs øverste myndighet er representantskapet, som består av en representant for Bispemøtet, en representant fra hvert av de 11 bispedømmerådene i Den norske kirke, og en representant fra hver av følgende organisasjoner: Det Norske Misjonsselskap, Norges KFUK-KFUM, Normisjon / Acta, Søndagsskolen i Norge, Ung Kirkesang. Norges Samemisjon og Samisk kirkeråd har en observatør hver i representantskapet.