Den 15. august 1942 ble han utnevnt til kommandør for XIII Corps i Nord-Afrika, der han igjen var underlagt Montgomery. Han var med på blant annet slaget ved Alam Halfa og annet slag ved El Alamein. Senere overtok Horrocks fra generalløytnant Miles Dempsey kommandoen over XXX Corps, og deltok da i slaget ved Mareth i Tunisiafelttoget. Han ble såret under et luftangrep i Bizerta. Det tok de følgende 14 måneder før han var klar til innsats igjen.