Njoaskejohka har utspring fra et tjern like sør for skaret Ásllatnjoaski, som har gitt navn til elva ( – «fjellskar»). I Ásllatnjoaski, som ligger mellom fjellene Ođđagopoaivi i nord og Geahčoaivi i sør, renner elva gjennom flere små innsjøer. Den fortsetter deretter videre mot nordvest, gjennom et relativt flatt landskap med tynn bjørkeskog. Elva munner ut sørøst i Dierggejávri, bare 300 meter nordøst for munningen til Juggejohka.