Om morgenen 9. april 1940 var fjorden åsted for tysk invasjon. Tyske styrker ville besette våpenlageret på Elvegårdsmoen og ilandsette styrker som skulle forsøke å besette Bardufoss lufthavn. I de to sjøslagene i Ofotfjordene ble jageren «Hermann Künne» senket i Herjangen. Pinseaften, 13. mai 1940, ble Bjerkvik bombardert av britiske skip i fjorden og invadert av styrker fra Fremmedlegionen.