I 1949 dukket Skorzeny opp i Argentina og ble mottatt med åpne armer av Juan Peron. Han tilbød å hjelpe med å holde «ro og orden» i landet. Hjelpen ble mottatt med glede og kan gjenkjennes på de metodene, som det argentinske politi og etterretningstjenester tok i bruk ved avhør. Etter Perons fall hjalp Skorzeny ham med å flykte i eksil til Spania. Rykter plasserte ham også i Egypt som militærrådgiver for egypterne samt de forskjellige palestinske terrororganisasjoner. Det ble også blitt antatt at han samarbeidet med israelske Mossad.