Når han besøker regionens byer vil hovedpersonen komme til pokémon-gymmer. I hver av disse bygningene er det en gym-leder som spilleren må overvinne for å få totalt åtte gymmerker, ett fra hvert gym. Når spilleren har fått tak i alle åtte kan han delta i Pokémon League, som består av regionens beste pokémon-trenere. Der må spilleren kjempe mot Elite Four og til slutt den nye mesteren: Oaks barnebarn. Gjennom spillet må spilleren også kjempe mot Team Rocket, en kriminell organisasjon som misbruker pokémon. Team Rocket har mange planer for å stjele sjeldne pokémon, planer spilleren må spolere.