Japan har vært bebodd av mennesker i minst år. Ved flere istider i løpet av de siste millioner årene har Japan vært tilknyttet fastlandet gjennom landbroer (ved Sakhalin i nord og trolig ved Kyushu i sør) som muliggjorde innvandring av mennesker, vekster og dyr til Japan fra nåværende Kina og Korea. Begynnelsen på Japans steinalder kom rundt 20 000 f.Kr.