Humboldtpingvinen er oppkalt etter Humboldtstrømmen (nå mer kalt Perustrømmen), en havstrøm som bringer med seg kalde vannmasser fra Antarktis til ekvator, opp langs vestkysten av Sør-Amerika. Havstrømmen, på sin side, er oppkalt etter den tyske naturvitenskapsmannen Alexander von Humboldt (1769–1859).