Romerne kom til øya på 100-tallet f.Kr. og omdøpte den til Claudos, Claudia, eller Cauda etter den romerske kommandanten. De bygget et vannreservoar, drev gruvedrift etter jernmalm og benyttet øyas furutrær som brensel, noe førte til at øya ble overutnyttet og startet erosjonsprosessen som vart fram til i dag. Gavdos var betydningsfullt for romerne da handelsskip kunne søke ly og hvile på sjøfarten mellom Sicilia og Alexandria i Egypt. Dens betydning som nødhavn ble understreket i 62 e.Kr. i henhold til da et skip som fraktet apostelen Paulus som fange til Roma ble blåst ut av kurs av stormen , de fortidlige vinterstormene som kommer fra fjellene på Kreta, og ført til Gavdos.