Etter Hitlers maktovertakelse i 1933 ble også jødene i Sudetenland trakassert. I forbindelse med Sudetkrisen høsten 1938 ble flere synagoger i Sudetenland påtent. Før Sudetenland ble besatt av tyske styrker flyktet omkring 20.000 jøder til den fortsatt frie delen av Bøhmen og Mähren, de gjenværende ble internert av den tyske okkupasjonsmakten. Da tyske styrker okkuperte Bøhmen og Mähren i mars 1939 hadde Praha 31750 jødiske innbyggere, 10 % av befolkningen. Mange jøder forsøkte å forlate Riksprotektoratet. Innen utgangen av 1939 hadde 19.000 forlatt området.