Med sitt nå gode rykte var ikke krigens slutt et så stort problem for Cook som for resten av folkene i marinen. Lønnen han hadde fått av marinen, rundt tre tusen pund, ga ham muligheten til å gifte seg med Elizabeth Batts Cook. Cook brukte årene mellom 1763 og 1767 til å kartlegge Nord-Amerika og de britiske koloniene, bare avbrutt av små pauser hjemme i Storbritannia der han gikk over det han hadde samlet av informasjon.