I 1624 ble Oslos befolkning tvangsflyttet til området rundt Akershus festning, og hus og kirker i gamle Oslo jevnet med jorden. Også Mariakirken ble brukt som steinbrudd, og først i 1868 ble det utgravd. Dessverre tok arkeologen bare vare på ett eneste fullstendig skjelett, i tillegg 19 kranier til de anatomiske samlingene i Kristiania universitet. 1961-63 pågikk nye utgravninger, og i murte hvelvgraver under kirkekoret fant man levningene etter kong Håkon, dronning Eufemia og hennes far kong Witzlav, som døde i Oslo i julen 1302 på besøk hos sin datter. De ble identifisert av dr.med. Per Holck ved aldersbestemmelse av tennene. Ett av kraniene stemte overens med kong Håkons alder, likeså ble dronning Eufemias hodeskalle identifisert. Det ble vurdert å gravlegge dem i Nidarosdomen, men i samråd med kong Olav ble levningene overført til slottskirken på Akerhus, festningen som kong Håkon selv lot bygge, der man mente at også Sigurd Jorsalfare lå. 29. september 1982 ble det holdt en seremoni på Akerhus slott, med kong Olav og kronprinsparet til stede.