Bøckmann ble ridder av St. Olavs Orden i 1907 og kommandør i 1911, det året han også ble honorær dr.philos. ved Det Kongelige Frederiks Universitet, han hadde donert 50 000 kroner til universitetet som fylte 100 år. Han var medlem av American Medical Association, Association of Military Surgeons of U. S. og Den norske lægeforening. Forøvrig gjorde han bortimot tyve reiser over Atlanteren, og ble i 1892 internert i tre uker da det brøt ut kolera på «Normannia».