Den 10. juli 1997 utnevnte Johannes Paul II ham til biskop av Parramatta. Innsettelsen fant sted den 21. august samme år. Som biskop var Manning spesielt opptatt av arbeidere, aboriginere og migranter. Han koordinerte også gjenoppbyggingen av St. Patrick's Cathedral i Parramatta City, som ble ødelagt av brann i 1996. Han grunnla også det katolske månedsmagasinet i 1998. På det nasjonale nivå ledet Manning også midlertidig liturgikommisjonen i . Den 8. januar 2010 innvilget pave Benedikt XVI hans søknad om aldersbetinget fratreden.