Den største innsjøen er Kivusjøen som dekker bunnen av den vestre delen av Riftdalen (Albertineriften) langs grensen mot DR Kongo. Med en maksimal dybde på 480 meter, er den blant de tjue dypeste innsjøene i verden. Andre store innsjøer er Burerasjøen, Ruhondosjøen, Muhazisjøen, Rwerusjøen og Ihemasjøen.