Hamilton Academical rykket ned i 1947, og ble deretter stort sett værende på nivå 2. De var oppe igjen i sesongene 1953/1954 og 1965/1966, men begge gangene ble oppholdet i øverste divisjon kortest mulig. I august 1970 trakk klubben seg fra ligaen, men kom tilbake i løpet av noen uker. Da ligaen ble omorganisert til tre divisjoner i 1975, ble klubben værende på nivå 2. To nye enkeltsesonger i øverste divisjon fulgte i 1986/1987 og 1988/1989.