Skule ble gravlagt i Kristkirken i Nidaros. Erkebiskopen, alle korsbrødrene, mange prester, byfolk og mange av birkebeinerne var til stede. En hertugkrone kan påvises på en grav i domens krypt, og siden det har vært få hertuger i norsk historie, regnes det i dag som sannsynlig, men ikke sikkert, at graven inneholder Skules levninger.