Fredrik II av Hohenstaufen grunnla i 1224 universitetet i Napoli. Dette var det første universitetet som ble planmessig etablert med et eget grunnlagsdokument. Da dominikanerne forlot byen i 1234 gikk det nedover med universitetet. Under Karl I ble driften av universitetet styrket, men var i stor grad begrenset til juridiske studier - medisin ble undervist Salerno mens teologi og kunst ble undervist av kirkens organisasjoner. Universitet var direkte underlagt kongen og hadde liten frihet.