Den øverste ledelsen av alle germanske SS-avdelingene rundt i de okkuperte landene ble utført fra SS' hovedkontor i Tyskland. Lokalt ble Germanske SS Norge først ledet av SS-Obersturmführer Beyermann og som stabsleder var SS-Hauptsturmführer Olaf T. Lindvig fra august 1942 til april 1943. Fra 1943 til februar 1945 fungerte Leif Myklebust Schjøren (1901–1968) som stabsleder. Jonas Lie var mot slutten av krigen leder for avdelingen, i tillegg til hans oppgaver i regjeringen som politiminister.