Stavangerbiskopen Thorgils hadde omkring 1270–1271 opprettet et «almissehus øst ved Peterskirken», der en kunne pleie og helbrede fattige og syke. Han foreslo for kong Magnus Lagabøte at Peterskirken skulle legges til Hospitalet. Kongen hadde allerede etablert to sykehus i Bergen, vesentlig med det formål å ta hånd om spedalske. Kongen ga biskopen tillatelse til å opprette sykehus. Man har gjettet på at kongens «odelskirke» Peterskirken kan ha vært bygd i siste del av 1100-tallet, og kanskje ha tilhørt kongens mor, Margrete Skulesdatter, og hennes forfedre av Skjalgsætten på Sola. Hospitalet fikk flere gaver i middelalderen og ble drevet frem til midten av 1840-tallet. Persklosteret, eller Petersklosteret, kan ha ligget i nærheten av Hospitalet.