Feodosia oppstod som en gresk koloni under navnet på 500-tallet f.Kr. Opp igjennom historien har den tilhørt mange riker og kulturer, blant annet khazarene, Det bysantinske rike, Den gylne horde og Republikken Genova. Byen ble en del av Det russiske keiserrike i 1783, og ble overført fra Russland til Den ukrainske sosialistiske sovjetrepublikk i 1954.