Etter å ha utforsket Boyle Volcano, fanger spilleren to av Team Dim Suns vakter, som forteller at Barlow befinner seg på deres store skip som brukes til å transportere Pokémon. Spilleren finner igjen Barlow, og sammen konfronterer de lederen - Mr. Kincaid - som også var leder for Dim Sun. Men Mr. Kincaid flykter. Barlow styrer deretter skipet inn ved verftet til Ranger Academy, hvor oppdraget deres blir erklært som en suksess. Spilleren blir forfremmet til Top Ranger, og neste oppdrag blir å hjelpe Sven - en annen Top Ranger. De skal undersøke gruve-drift arrangert av Dim Sun i Chroma-ruinene. De oppdager at Dim Sun leter etter mørke krystaller for å drive Gigaremo og Miniremo-enhetene deres. De oppdager blant annet en dagbok skrevet av den nå avdøde Brighton Hall, den forrige presidenten av Altru Inc som forsøker å lete etter nye energikilder.