Jørgensen startet sin karriere som toppfotballspiller med hjembyens klubb . Han spilte tre sesonger for Lyngby før han gikk til Kjøbenhavns Boldklub. Med 14 fulltreffere i 1989 ble han tilskrevet en vesentlig del av æren for at laget rykket opp. I 1990 gikk det tråere mot bedre motstand i dansk toppdivisjon. Laget la om til en mer defensivt orientert stil som førte til at Jørgensen ofte befant seg alene i angrep som enslig spiss. Da 1990-sesongen endte med nedrykk, måtte klubben selge spillere. Jørgensen valgte da å slå til på et tilbud fra Fyllingen.