Bakterier har ikke noe kjønn, de arver identiske kopier av sine foreldres gener (dvs. de er klonet). Likevel kan bakterier ha en evolusjon, gjennom naturlig utvalg og mutasjoner, samt horisontal genoverføring. Mutasjoner varierer fra art til art og til og med fra kloner innenfor en enkelt art av bakteriene. Mutasjoner kommer enten av tilfeldig forandringer i DNAet ved deling eller «stress-styrt mutasjon», hvor genene er innblandet i en særskilt vekst-begrensning som øker sjansene for mutasjoner.