Fader José Marroquín Yerovi lå på sykehus da han ble smittet av COVID-19. Den 13. april 2020 døde han av komplikasjonene som koronavirussykdommen innebar, på Alcívarklinikken, i en alder av 76 år Erkebiskopen av Guayaquil, Luis Gerardo Cabrera Herrera O.F.M., kunngjorde at fader Marroquín var den andre prest i erkebispedømme som døde av sykdommen.