Da det nye stadionet St. Jakob-Park stod klart i 2001, virket dette som om det hadde gitt klubben løftet den trengte, og året etter, i 2002 tok klubben «the double» for første gang på over 20 år. Denne sesongen endte de også som tapende finalist i Intertoto-cupen. I 02/03 sesongen var de den andre klubben i Sveits som noen gang hadde spilt i Mesterligaen. De kom seg til gruppespillet etter å ha slått ut MSK Zilina fra Slovakia og den skotske storklubben Celtic, Basel ble trukket i gruppe sammen med Valencia, Liverpool og Spartak Moskva, en tøff gruppe for et lag som aldri før hadde vært med i verdens største fotballturnering. Men allerede i første kamp viste Basel at de var et lag som virkelig måtte tas på alvor etter å ha slått Spartak Moskva 2-0 på bortebane. Neste kamp ventet storheten Liverpool på Anfield. Basel rystet britene og fikk med seg et fantastisk 1-1 resultat fra England. I neste kamp ble Basel møtt av virkeligheten og ble slått grundig 6-2 mot Valencia. I returmøtet med Valencia slo Basel tilbake og kom ut av kampen med et 2-2-resultat. De var nå på 2.-plass i gruppen, men måtte vinne minst en kamp til, og håpe at Liverpool ikke tok mer enn 2 poeng de siste kampene. Neste runde tapte Liverpool 1-0 mot Valencia, mens FC Basel vant 2-0 mot Spartak Moskva. Basel hadde dermed godt som sikret seg videre spill i Mesterligaen, men de kunne ikke tape kampen mot Liverpool i siste runde, om de skulle være helt sikre. Etter halvspilt hjemme på «Joggeli» ledet Basel utrolige 3-0 mot Liverpool, i andre omgang forsøkte Liverpool hva de kunne, men det holdt ikke helt inn, og kampen endte 3-3. Sveitserne hadde slått ut selveste Liverpool i Mesterligaen, og samtidig sikret seg spill i 16delsfinale i turneringen. I det andre gruppespillet møtte de Manchester United, Juventus og Deportivo Lâ Coruna. Det startet dårlig for Basel, og det tapte de to første kampene sine mot Manchester United og Juventus, før de vant begge kampene mot Deportivo 1-0. De to siste kampene er blant de mest minneverdige og mest kjente kampene i klubbens historie, hvor de holdt Manchester United til 1-1 på Old Trafford, og deretter en 2-1 seier mot Juventus hjemme. Basel endte på 2.-plass i gruppen med like mange poeng som Juventus, men røk ut på dårligere målforskjell. Hjemme i Sveits endte de på 2.-plass i serien, og vant cupen etter å ha slått Neuchatêl Xamax 6-0 i finalen.