Det stod en rekke slag lengre nord – i Maryland – men en styrke på 14 000 Nordstatssoldater ble igjen og forskanset seg i Harpers Ferry under ledelse av oberst Dixon S. Miles. Våpenfabrikken og dens solide bygninger var til liten nytte for forsvarerne, den var blitt brent ned til grunnen av Sørstatsstyrker i 1861 og lå fortsatt i ruiner. General Lee sendte styrker for å omringe byen og hindre bakholdsangrep mot forsyningslinjene bak fronten. Lee var avhengig av at de fiendtlige styrkene trakk seg ut, fordi Sørstatshæren trengte dalen som forsyningslinje.