Undervisningen ved universitetet ble satt i gang bare én måned etter at okkupasjonen av Kraków opphørte. Her kom mange akademikere fra Lviv og Vilnius, som var blitt fordrevet fra Polens østlige områder annektert av Sovjetunionen. Under stalinismens tid ble universitetet strengt kontrollert av PZPR. Allikevel var mange berømte forskere aktive ved universitetet. Ved det teologiske fakultet studerte blant annet Karol Wojtyła, som senere ble Pave Johannes Paul II.