Under andre verdenskrig var Kystkommandoens viktigste bidrag beskyttelsen av allierte konvoier mot angrep fra den tyske Kriegsmarines U-båter. Den beskyttet også alliert skipsfart fra luftangrep fra Luftwaffe. Hovedoperasjonene til Kystkommandoen var defensive, forsvarende forsyningslinjer i slaget og Atlanterhavet, samt aktivitetene i Middelhavet, Midtøsten og Afrika. Den opererte fra baser i Storbritannia, Island, Gibraltar, Sovjetunionen, Vest-Afrika og Nord-Afrika. Den hadde også en offensiv kapasitet. I Nordsjøen, Arktis, Middelhavet og Østersjøen ble det rettet flyangrep mot tysk skipsfart som fraktet krigsmateriell fra Italia til Nord-Afrika og fra Norge til Tyskland.