Etter at allierte styrker hadde kastet Irak ut av Kuwait i 1991, kom det til opprør mot Saddam Husseins regime flere steder i Irak. Regjeringsstyrkene ble raskt fordrevet fra de kurdiske områdene, uten at PUK eller KDP var forberedt på dette. Talabani og mange andre kurderledere vendte tilbake til Irak, men måtte snart flykte for en offensiv fra Baathpartiets republikanergarde. Masseflukten førte til at det internasjonale samfunn opprettet en «sikker sone» for flyktningene i Nord-Irak. Fra denne sonen har dagens selvstyrte kurdiske region utviklet seg.