Santerkommisjonen fungerte noen måneder, inntil Prodi-kommisjonen overtok. Santerkommisjonen etablerte i juni 1999 Europeiske kontor for bedrageribekjempelse (OLAF), til erstatning for Anti-Fraud Coordination Unit (UCLAF) fra 1998. Tysklands kansler Gerhard Schröder handlet raskt og utnevnte allerede i mars 1999 Romano Prodi som ny kommisjonspresident. I juli samme år var de øvrige kommisjonsmedlemmer klare. Ved en avstemning i Europaparlamentet 15. september 1999 ble kommisjonen valgt. Prodi-kommisjonen tiltrådte 18. september 1999 som fremdeles var innenfor Santer-kommisjonens valgperiode.