Junkers utviklet og produserte en rekke flytyper for Luftwaffe før og under den andre verdenskrig. Blant de mest sentrale er transportflyet Ju 52, stupbombeflyet Ju 87 Stuka og bombeflyet Ju 88. Produksjonen av fly stoppet med slutten av den andre verdenskrig, men produksjon av flymotorer fortsatte under Junkers-navnet fram til 1975 da de ble kjøpt opp av Messerschmitt-Bölkow-Blohm.