Johann Melchior Molter var sønn av lærer og kantor Valentin Molter, og fikk av ham den første musikkundervisningen. Han gikk på gymnaset i Eisenach, der han ble kjent med stedets hofforkester og dets repertoar. Fra 1717 var han fiolinist hos markgreve Karl III Wilhelm av Baden-Durlach i Karlsruhe, og giftet seg her med Maria Salome Rollwagen, som han fikk åtte barn med.