I valget i 1999, Nigerias første frie velg på seksten år, stilte Obasanjo som kandidat for partiet People's Democratic Party (PDP). Han vant en stor seier i valget, og fikk 62,6 % av stemmene. I 2003 ble han gjenvalgt, denne gangen med 61,8 % av stemmene. Han fratrådte som president 29. mai 2007.