Aubameyang er Gabons toppscorer gjennom tidene. Han debuterte som senior for Gabon i 2009, 19 år gammel, og deltok i fire Africa Cup of Nations-turneringer, samt i sommer-OL 2012. I 2016 ble Aubameyang kåret til «årets afrikanske fotballspiller», og ble dermed den første gabonesiske og den andre europeisk-fødte spilleren som vant den prisen.