Ikke-infeksiøs eller marantisk endokarditt opptrer sjeldent. En form for steril endokarditt er også kjent som Libman-Sacks endokarditt. Denne formen opptrer oftere i pasienter med lupus erythematosus og antiphospholipid syndrom. Ikke-infeksiøs endokarditt kan også oppstå i kreftpasienter, da særlig mucinous adenocarcinoma.