Sousa begynte å dømme profesjonell fotball i 1993 og fikk sin debut i Primeira Liga den 28. august 2004. Han ble utnevnt til FIFA-dommer i 2006, og hans første kamper i europeisk klubbfotball kom under 2009/2010-sesongen av Europaligaen. Hans første kamp i Mesterligaen kom den 7. desember 2007 i kampen mellom Ajax Amsterdam og Real Madrid (0–3).