Dette pavelige prerogativ ble ikke glemt med det samme i Østkirken, som likesom Vestkirken ærer ham som helgen. Straks etter at han hadde mottatt keiserens angerfulle trosbekjennelse ble pave Agapetus syk. Han døde 22. april 536. Hans levninger ble ført til Roma og bisatt i Peterskirken.