Gustavo Gutiérrez var ; av blandet quechuansk og spansk herkomst. Han var sønn av Gustavo Gutiérrez og Raquel Díaz. Han studerte medisin og litteratur ved Universitetet i Lima. Deretter studerte han filosofi og psykologi ved Det katolske universitet i Louvain i Belgia, og teologi og filosofi ved Université catholique de Lyon i Frankrike. Han studerte også andre syteder, både før og etter at han ble presteviet.