PFLP sluttet seg til PLO i 1968. Fra stiftelsen og fram til år 2000 var Habash leder av partiet og bosatt i Damaskus. Ved partikongressen det året tok Abu Ali Mustafa over som generalsekretær i PFLP. Ali Mustafa hadde siden 1996 oppholdt seg i Ramallah ettersom oslo-avtalen ga fremstående medlemmer av PLO muligheten til å vende tilbake til de selvstyrte områdene.