Huitfeldt ble født på Bergenhus i Bergen, der faren var lensherre. Han fikk selv flere len i Skåne, og i 1586 tok han sete i riksrådet. En periode under Christian IV var han rikskansler, med ansvar for rikets justisvesen. I 1606 fikk han et apoplektisk anfall og trakk seg tilbake til slektsgodset Herlufsholm ved Næstved.