Ved reformatsen i 1589 var det to prester i Bjørnør prestegjeld som betjente hovedkirken i Roan og annekskirkene i Osen og Stoksund. Med formannskapslovene av 1837 utgikk fra prestegjeldet det verdslige Bjørnør formannskapsdistrikt. I 1892 ble Bjørnør delt i tre herreder (kommuner), etter sognegrensene. I 1964 ble Stoksund en del av Åfjord kommune, etter at den faste veiforbindelsen mellom de to kommunene hadde åpnet i 1955. I 1967 ble Stoksund sogn overført fra Bjørnør til Åfjord prestegjeld. Prestegjeldene ble faset ut fra 2004, og Stoksund hører til Fosen prosti i Nidaros bispedømme.