Etter utnevnelsen til Senatet bestemte Allen seg for å bli en kandidat suppleringsvalget i november 1978 for de resterende to årene av hennes ektefelles senatsperiode. Guvernør Wallace var forventet å stille til valg for å få senatssetet, men han bestemte seg for å ikke stille til valg, noe som gjorde Allen til favoritt til å vinne. Dog fikk hun alvorlige skader på sitt image etter at publiserte et intervju hun hadde gitt til reporteren Sally Quinn. Quinn siterte uttalelser fra Allen som virket kritiske til guvernør Wallace og hans kone Lurleen Wallace. Allen sa at Quinn hadde forvrengt hennes uttalelser, men kommentarene bekymret mange alabamere, og noen lurte på hennes dømmekraft da hun gikk med på å gi et intervju med , som konservative anså å være en liberal publikasjon. Hun vant den 5. september 1978 med simpelt flertall det demokratiske primærvalget, med 44 prosent av stemmene, men klarte ikke å vinne et rent flertall som var nødvendig for å unngå en andre valgomgang. Den andre valgomgangen ble avholdt den 26. september, og den tapte hun til State Senator Donald W. Stewart med mer enn 120 000 stemmer. Stewart gikk videre og vant hovedvalget 7. november, og Allen forlot Senatet neste dag.