I 1992 ble Paiakan anklaget for voldtekt og seksuell mishandling av en hvit kvinne som han hadde engasjert som privatlærer for hans barn. Han ble frikjent i 1994, men i en ny rettssak i 1999 ble han funnet skyldig og dømt til seks års fengsel. Affæren stigmatiserte ikke bare Paiakan, men rammet også den urfolksbevegelsen der han var blitt en sentral skikkelse.