Valget i 2005 så igjen Vieira som vinner, og han forsøkte å få landet ut av fattigdom med en strammere økonomisk politikk og styrking av privat sektor med støtte fra IMF og Verdensbanken. I mars 2009 ble imidlertid Vieira drept av soldater som ville ta hevn for det forutgående drapet på general Batista Tagme Na Wai, en av Vieiras rivaler. Nasjonalforsamlingens daværende president Raimundo Pereira ble interimpresident. Det påfølgende valget i juni 2009 ble vunnet av Malam Bacai Sanhá.