Protopopov var medlem av den russiske dumaen, der han tilhørte oktobristene. Han overgav sitt moderate konstitusjonelle program og nærmet seg etterhvert Rasputin og forsøkte gjennom ham å vinne foretrede hos tsarina Aleksandra og tsar Nikolaj II. Som tilhenger av det protyske hoffartiet hadde han i 1916, under første verdenskrig, i Stockholm diskrete kontakter med en tysk agent om separatfred med Tyskland.