Noguchi reiste igjen til Paris i april 1930, og to måneder senere fikk han visum og fortsatte østover med Den transsibirske jernbanen. Han hadde tenkt å reise til Japan først, men da han fikk vite at hans far ikke ville at han skulle bruke navnet «Noguchi» i Japan, bestemte en nedbrutt Isamu seg for å reise til Peking i stedet. I Kina studerte han tusjtegning hos Qi Baishi, og seks måneder senere reiste han endelig til Japan. Allerede før han ankom til Kobe hadde japanske aviser spekulert i at han kom til å bli gjenforent med sin far; Isamu nektet for at det var reisens egentlige mål, men han traff faren i Tokyo allikevel. Senere reiste han til Kyoto for å studere keramikk hos Uno Jinmatsu. Her ble han kjent med Zen-hager og haniwa, leirefigurer fra Kofunperioden. De siste inspirerte ham til å lage terra cotta-gjenstanden .