Foran sesongen 2004/2005 gikk Leganger til danske Slagelse DT, etter å ha blitt imponert over klubben etter Champions League-finalen 2004. Hun uttalte i intervjuer at hun valgte Slagelse for å få Anja Andersen som trener. Sesongen 2006/2007 var muligens hennes beste sesong så langt i karrieren; sammen med Slagelse gikk hun gjennom serien og sluttspillet med 26 kamper og 26 seire. Slagelse ble det første danske lag til å gå ubeseiret gjennom den danske eliteserien. Leganger ble også den første norske spilleren til å vinne Champions League. Cecilie Leganger valgte å bli med trener Anja Andersen til FCK foran 2008/2009-sesongen, der målet var å vinne Champions League i 2010.