De kombinerte styrkene i Skottland var den største trusselen mot den engelske republikken, så Cromwell valgte å overlate resten av erobringen av Irland til sine underordnede. 22. juli 1650 ankom han Skottland og beleiret Edinburgh. I slutten av august var hæren hans blitt sterkt svekket av sykdom og mangel på forsyninger, og han måtte trekke seg tilbake mot England. En skotsk hær under David Leslie forsøkte å stoppe dem, men ble beseiret i slaget ved Dunbar 3. september. Cromwells hær klarte da å ta Edinburgh, og innen utgangen av året hadde hans styrker tatt store deler av det sørlige Skottland.