I mellomtiden hadde han blitt kjent med Harald Wergeland som tilbrakte året 1938-39 som forskningsstipendiat i samme gruppe som Euler. De ble gode venner, og han har senere uttalt at Euler ikke var mer kommunist enn en vanlig sosialdemokrat. For å hjelpe Euler med å unnslippe aktiv deltagelse i krigen, prøvde Heisenberg å få han med i som på den tiden ble organisert for å utvikle tysk bruk av kjernefysisk fisjon som nettopp var oppdaget. Euler så lite håp i et slikt prosjekt og valgte i stedet frivillig å gå inn i Luftwaffe som kombinert meteorolog og navigatør. Han begrunnet dette valget overfor Heisenberg med at på den måten kunne han kanskje unngå å drepe andre mennesker. På den første dagen av den tyske invasjonen av Russland i 1941 ble hans fly skutt ned i nærheten av Azovhavet, og siden har han vært forsvunnet.