Under sin tid på Filippinene bestrebet han seg på å gi kolonien en regjering som var like velfungerende som det moderne Spania hadde. Han reiste meget rundt i provinsene for å sette seg inn i filippinernes behov. Han fremmet jordbruket, forbedret Manilas gater og forsteder, og lyktes med å bringe landet stor fremgang. Han ble gitt tittelen Greve av Manila. Flere rekke byer er oppkalt etter ham: Claveria i provinsen Misamis Oriental, Claveria på Masbate og Claveria i Cagayan.