Aguilar var lagkaptein på de colombianske landslagene på U17-, og senere på U20-nivå. Aguilar fikk stjernestatus som leder for et lag på U20-nivå. Laget endte på tredjeplass under FIFA World Youth Championship i 2003. Aguilar deltok i Copa América i Peru i 2003, hvor han scoret to mål, som gjorde at Colombia gikk til semifinalen.