Fra høsten 1512 var Staupitz for det meste sør i riket (München, Nürnberg, Salzburg) og arbeidet sjeleørgerisk i patrisierkretser og i nonneklostre. I 1520 ble han dompredikant i Salzburg. I 1522 tilsluttet han seg med pavelig tillatelse benediktinerordenen (OSB) og ble abbed i St. Peter-klosteret i Salzburg.