Den 16. februar 1951 utnevnte pave Pius XII ham til sekretær for Det hellige officium (en stilling som tilsvarte stillingen som prefekt for det som senere ble kalt Troskongregasjonen). Pizzardo hadde i mange år arbeidet under Pius XII i Statssekretariatet. Han ble værende i denne stillingen til 12. oktober 1959.