Hovedtemaer i museet er: Historien til havnen med mange fotografier, med blant annet eget utstillingsrom om ødeleggelsene under den andre verdenskrigen. Havnens anlegg og utbygningen langs elven Seine nedstrøms for Rouen. De store seilskip i Rouen med et rom om skip som gikk i rute til Ny-Caledonia for å laste nikkel. Handelsflåten med mange modeller av lastebåter, blant dem mange skip som ofte la til ved Lagerhus 13 hvor museet ligger. Kanalnavigasjonen (se presentasjonen av kanalskipet «Pompon Rouge» under). Skipsbygningen. Hvalfangsten. Historien til undervannsbåtene, med en reproduksjon av interiøret til den tidlige undervannsbåten «Nautilus» som ble bygd av Robert Fulton.