Han ble ansatt som fullmektig i Energiministeriet 1981-87, avbrutt av en første periode i Folketinget 1984-87. Holger Nielsen var formann for SFU i perioden 1974–77. Han satt i SFs sentralstyre 1976-79 og siden 1984, herunder som partiformann i perioden 1991–2005.