Jernbanenævnets medlemmer utpekes av transportministeren etter innstilling fra Danmarks Tekniske Universitet, Aarhus Universitet, Syddansk Universitet, Konkurrencerådet og Forbrugerrådet. Jernbanenævnet er dog organisatorisk uavhengig av transportministeren og er ikke underlagt ministerens instruksjon. Av praktiske årsaker holder Jernbanenævnets sekretariat til i Trafikstyrelsens bygninger.