I 1940 var Moulin prefekt i departementet Eure-et-Loir med kontor i Chartres. Etter den tyske invasjonen tok to tyske soldater seg til rette i et hus i landsbyen Luray og skjøt ned en gammel kone som hyttet etter dem med neven. De surret den døde til et tre og sa til datteren hennes at der fikk moren hennes bli stående. Moulin ringte til det lokale tyske hovedkvarteret og protesterte. Han ble innkalt og fikk seg forelagt en offentlig erklæring som hevdet at fransk-senegalesiske infanterister hadde foretatt en massakre på deler av lokalbefolkningen. Moulin hadde ikke hørt om noen slik hendelse og nektet å sette navnet sitt under. Han ble da rundjult og slengt inn i en celle. Av redsel for ytterligere tortur skar han over halsen sin med en glassbit - like under kjeven slik at han blødde mye, men ikke ramte arterien. Han ble innlagt på sykehus og løslatt etterpå. Noen måneder senere ble han oppsagt fra stillingen sin han som prefekt av Vichy-regimet, og flyttet tilbake til hjemtraktene sine ved Avignon.