Til tross for hans bestrebelser for å fremme utdanning og et juridisk system kalt forble kong Henri en upopulær autoritær monark. I tillegg ble hans regime stadig utfordret fra det i sør, som ble styrt av . Mot slutten av Henris regjeringstid var det stor folkelig motstand mot det mange regnet for å være føydal politikk, som Henri ville utvikle landet med. Henri var syk og ustabil i en alder av femtitre, og skjøt seg selv med en sølvkule heller enn å bli offer for et mulig statskupp. Han ble gravlagt i Citadelle Laferrière. Etter hans død forente den sørlige presidenten Jean Pierre Boyer landet, og 26. oktober ble det tidligere kongedømmet formelt innlemmet i Republikken Haiti. Hans kone Marie-Louise Coidavid og deres to døtre gikk i eksil i Italia, mens hans seksten år gamle sønn Jacques-Victor ble hengt av opprørerne.