NKVD gjennomførte omfattende avhør av Jeckeln. Rettssaken ble avholdt i en stor bygning med plass til tilhører og presse. Saken pågikk parallelt med Nürnbergprosessen for å vise at den inngikk i et stort internasjonalt rettsoppgjør. Sovjetisk tiltale la til grunn individuelt ansvar og det var mulig å unnskylde seg med ordre ovenfra bare dersom det lot seg bevise at den tiltalte ikke var klar over at vedkommende begikk en forbrytelse. Saken ble ført i henhold til sovjetisk juss der det ikke var noe skille mellom politiets avhør og bevisføring i retten. Jeckeln signerte referat fra avhøret etter hver runde med avhør. Avhørene besto for en stor del av åpne og generelle spørsmål der Jeckeln ble bedt å fortelle om ulike tema, og det var få forsøk på plukke forklaringen hans fraværende og ta ham i feil og inkonsistens.