Mens Meiggs var travelt opptatt med jernbanebygging i Peru, fikk han forespørsel fra den Costaricanske presidenten Tomas Guardia om å bygge en jernbanelinje fra Limon til San José. Meiggs tok på seg oppgaven, men delegerte jobben til sin nevø Minor Cooper Keith. Jernbanelinjen i Costa Rica ble ikke fullført før 14 år etter Henry Meiggs' død. I Chile er en stasjon på linjen Valparaiso - Santiago oppkalt etter ham (Enrique Meiggs). Fjelltoppen nær Perus Ferrocarril Centrals høyeste punkt er oppkalt etter ham, og ved sporet er det reist en bauta til minne om Meiggs. En steinblokk fra drivingen av Galera-tunnelen i Peru er brukt som gravmonument på Meiggs' grav i Lima. I april 1944 (under andre verdenskrig) ble et libertyskip med skrognummer 2788 døpt «Henry Meiggs». Skipet ble hugget opp i 1971. I 1977 - 100 år etter hans død - ble bedrageri-siktelsen mot ham formelt frafalt av Californias myndigheter.