Laar ble på nytt statsminister etter valget i 1998, da landet hadde opplevd en bankkrise. Laars regjering satte i verk nye økonomiske reformer, og arbeidet for estisk medlemskap i NATO og EU. Etter en tids rivalisering og intriger med Det estiske reformpartiet varslet Laar sin avgang som statsminister i 2002. I 2006/2007 ble Isamaa og Res Publica på nytt konsolidert under Laars ledelse.