Etter 22 måneder uten en tittel vant Murphy Malta Cup den 4. februar 2007, da han slo Ryan Day 9–4 i finalen. Han ble i sesongen 2007/2008 rangert som nummer tre i verden. I løpet av sesongen kom Murphy til fem semifinaler, av seks mulige, men vant bare én av disse. I finalen i China Open 2008 tapte han 8–9 for Stephen Maguire.