Nell-Breuning hadde et særlig tett forhold til fagforeningene. Fra 1959 far han medlem av det tyske fagforeningsforbunds forretningslivsvitenskapelige institutt. Han gikk inn for enhetsfagforening (ubundet av politisk parti eller retning) og forsøkte å bekjempe gjenopplivelsen av retningsfagforeninger. Han var i mange år rådgiver for Deutscher Gewerkschaftsbund (DGB). Nell-Breuning forsøkte å opprettholde den kristelige innflytelse innen DGB og forhindre en marxistisk kursutvikling. Til tross for sitt tette forhold til DGB inntok han på noen sentrale punkter en DGB-kritisk holdning: Han gikk således imot innføringen av 35-timers-uken med fullt lønnslikhet og var for muligheten for lockout.