Ceutas formelle tilknytning til Spania ble anerkjent i Lisboa-traktaten, som bestemte at fra 1. januar 1668 overførte kong Alfons VI av Portugal formelt Ceuta til Karl II av Spania. Imidlertid beholdt byen det originale portugisiske flagget, og dagens flagg har en variant av Portugals riksvåpen. Flaggets bakgrunn er det samme som dagens flagg for Lisboa.