Fra 1690 og utover var Vilhelm ofte borte fra England, først for å kjempe mot jakobitter i Irland. Mens han var ute av landet styrte Maria. Hun var en kraftfull hersker, som blant annet beordret arrestasjonen av sin egen onkel, Henry Hyde, 2. jarl av Clarendon fordi han hadde lagt planer for å få gjeninnsatt Jakob II. I 1692 avsatte hun John Churchill, 1. jarl av Marlborough fra hans embeter og fikk ham fengslet for det samme. Avsettelsen og arrestasjonen av Marlborough gjorde henne mindre populær i folket, og skadet hennes forhold til søsteren, som stod hans kone Sarah nær. Anne møtte opp i retten sammen med Sarah Churchill, noe som førte til at Maria i sinne krevde at Anne skulle fjerne Sarah fra sin omgangskrets. Forholdet mellom de to søstrene var anstrengt resten av Marias liv, og under Annes graviditet så de hverandre ikke.