Tidlig om morgenen under en kraftig storm den 11. mars 1507 befant Borgia seg i den spanske byen Viana som kong Johan III hadde bestemt seg for å beleire. De fiendtlige ridderne kom over Borgia alene og tok ham til fange. Han fikk en dødelig skade fra et spyd og ble så fratatt alle sine klær og verdisaker. Han døde av sine skader under beleiringen, 31 år gammel.