Han var sønn av grev Christian Danneskiold-Samsøe og Conradine Cristine født komtesse Friis. 16 år gammel ble han utnevnt til kaptein i Søetaten og avanserte gjennom forskjellige grader, formentlig takket være den innflytelsesrike farbroren grev Frederik Danneskiold-Samsøe, som den gang var marinens overbestyrer og som skaffet ham kammerherretittelen.