For den permanente stasjonsbygningen ble den tyske arkitekten August Jachmunds utkast valgt. Jasmund oppholdt seg i Konstantinopel for å studere ottomansk arkitektur, og underviste på den polytekniske skolen i byen. Stasjonen ble åpna i 1890 under navnet , og regnes som et hovedverk innen europeisk orientalisme. Den hadde et eksotisk preg, med mosaikker og annen orientalsk utsmykning, store klokketårn og terrasser som førte ned til sjøen. Om kvelden var hele stasjonen opplyst av gassbluss. Sirkecistasjonen ble et forbilde for stasjonsarkitektur i mange land i Mellom-Europa. Fra 1895 tjente Sirkeci som endestasjon for den navngjetne Orientekspressen.