På det samme konsilet oppstod uenigheten mellom de kalkedonske (de senere ortodokse og katolske) og de ikke-kalkedonske (orientalsk-ortodokse) kirkene. Etter noen år med interne stridigheter førte dette fra og med 536 til en todeling av at patriarkatet Alexandria i det som i dag er dens gresk-ortodokse og dens koptisk-ortodokse gren.