I sesong tre av showet begynner Charlie å møte sin uunngåelige død da Desmond gjentatte ganger forutser hans skjebne. I finaleepisoden i sesong tre, «Through the Looking Glass», drukner Charlie i hendene på rollefiguren som kaller seg for Mikhail Bakunin, ikke den historiske russiske anarkisten (spilt av Andrew Divoff), og ofrer seg selv i et forsøk på å redde de andre overlevende. Grunnet at ikke hadde en lineær foretellerteknikk i henhold til historiens virkelige og overnaturlige hendelser, opptrer Charlie flere ganger i sesong fire og seks, og er framtredende figur i seriens avslutning «The End».