Den tredje hemmeligheten ble holdt tilbake av Vatikanet fram til den 26. juni 2000, til tross for Lúcias erklæring om at den kunne publiseres etter 1960. Enkelte kilder, blant annet Canon Barthas og kardinal Alfredo Ottaviani hevder til og med at Lúcia insisterte på at hemmeligheten ble offentliggjort innen 1960, fordi hun mente at budskapet tydelig kunne forstås innen den tid, og at det var «den hellige Jomfruens ønske». Vatikanet kunngjorde i stedet at hemmeligheten ville forbli upublisert, sannsynligvis for alltid. Dette ledet til mange spekulasjoner omkring innholdet. Et firesiders, håndskrevet dokument ble offentliggjort i år 2000, men enkelte har spekulert på om dette er den egentlige hemmeligheten. Vatikanet fastholder at den publiserte teksten er den fulle og hele hemmeligheten.