Det ble en voldsom kollisjon mellom sterke personligheter som påvirket den dansk-norske flåtens administrasjon, og greve Frederik Danneskjold-Samsøe (1703–1770) sluttet seg til striden ved å ta parti mot Benstrup. Greven ble utnevnt til , flåtens høyeste sjef av kongen som ble så trøtt av Benstrups innvendinger at han fikk fabrikksjefen arrestert den 5. januar 1736. Den såkalte fortsatte fram til 1739 gjennom flere komiteer, etter hvert ble det mer og mer innviklet. Til slutt måtte Danneskjold-Samsøe be kongen om å benåde Benstrup den 26. mai 1739. Den franske byggemetoden ble ikke oppgitt, men heller ikke den engelske. Men Benstrup mistet sin posisjon som fabrikkmester. Det ble også innført en regel om at dypgangen måtte aldri overgå 21 danske fot (0,313 m).