Haakon Bruun-Hanssen har vært stabsoffiser ved utdanningsavdelingen i Sjøforsvarsstaben, og arbeidet ved Strategisk plankontor samme sted. I årene 2003-06 var han sjef for Sjøoperasjonssenteret ved Forsvarets fellesoperative hovedkvarter på Jåtta i Stavanger. Fra 2006 til 2008 tjenestegjorde Bruun-Hanssen som stabssjef i Sjøforsvarsstaben, og deretter som generalinspektør for Sjøforsvaret.