Boone var militsoffiser under den amerikanske uavhengighetskrigen (1775–1783), som i Kentucky var hovedsakelig en kamp mellom nybyggere og britisk-allierte indianere. Boone ble tatt til fange av shawneene i 1778 og tilsluttet stammen, men klarte å rømme og fortsatte med sitt arbeid for å forsvare bosettingen i Kentucky. Han ble valgt til den første av sine tre perioder i Virginias lovgivende forsamling under krigen, og kjempet i slaget ved Blue Licks i 1782, en av de siste kampene i den amerikanske revolusjonen. Boone jobbet som landmåler og handelsmann etter krigen, men endte opp veldig gjeldstynget som følge av landspekulasjon. Han opplevde rettslige problemer knyttet til områdene han hadde gjort krav på, og en frustrert Boone slo seg til ro igjen i Missouri i 1799, hvor han bodde frem til sin død.