Munthe af Morgenstierne skrev hovedsakelig om adels- og arkitekturhistoriske emner. Han skrev bl.a. bøker om Nicolai Eigtved (1924) og Odd Fellow Palæet i København (1926). Han skrev også en stamtavle for familien de Cicignon og en biografisk omtale av generalmajor Johan Caspar de Cicignon i i 1921). Han utgav også en oversikt over Woldemar Løvendal og Ulrik Frederik Gyldenløves descendens (1923), og en bok om feltmarskalk Michael Numsen i 1938.