Byen var en betydelig sted langs handelsruten østvest gjennom den sentrale delen av Zagrosfjellene, med en fruktbar slette på den ene side, kjent for sine hester, sin prakt, og kongelige arkitektur bygget for det persiske akamenidedynastiet. Kyros den store flyttet senere hovedstaden fra Ekbatana og til Pasargadae i Elam, hvor han ble gravlagt. Ekbatana forble kongelig sommerresidens under Dareios I som hadde Perserrikets administrasjon i Susa.