Marco Rubio ble født i Miami i Florida som tredje barn (annen sønn) av Mario Rubio (1927 – 2010) og Oriales García (født 1931). Foreldrene var eksilkubanere som var ankommet USA den 27. mai 1956 – mer enn to år etter Fulgencio Batistas fall på Cuba og Fidel Castros maktovertakelse 1. januar 1959 – med deres eldste sønn Mario (Victor) (født 1950).