IsDB består av to organer, juntaen og styret. En gang i året møtes medlemslandenes utsendinger (guvernører). Hvert land sender en guvernør og en stedfortredende guvernør. De fleste av disse er finansministre i de respektive landene med sine representanter. Juntaen fastsetter budsjettet og makten til utviklingsbanken. Som utøvende organ blir styret enig med juntaen om budsjettet. Styret består av 14 personer. Syv av dem representerer de største aksjeinnehaverne i banken, de andre medlemslandene velger de syv øvrige i ledelsen.