I september 2005 debuterte Patinkin i rollen som Jason Gideon, en erfaren profiler i TV-serien . I løpet av 2007-2008 sesongen, ble hans rollefigur, Jason Gideon, skrevet ut av serien, og erstattet med spesialagent David Rossi (spilt av Joe Mantegna). 14. oktober 2009 ble det annonsert at Patinkin skulle være gjesteskuespiller i en episode av , som ble sendt 15. november 2009, der han spilte en pasient med Lou Gehrigs sykdom som var skadet i en bilulykke og som ber legene på sykehuset om å ikke la ham leve. Patinkin giftet seg med skuespiller og forfatter Kathryn Grody i 1980, og paret har to sønner sammen. Patinkin led av en degenerativ øyesykdom på midten av 1990-tallet. Han ble diagnostisert med og behandlet for prostatakreft i 2004. For tiden spiller han rollen Saul Berenson i TV-serien .