Fortifikationsverkets historikk går tilbake til 1635 da Kungliga Fortifikationen ble opprettet. Gjennom forsvarsbeslutningen av 1936 ble det i 1937 gjennomført en oppdeling av Kungliga Fortifikationen til Ingenjörstrupperna, Signaltrupperna og Fortifikationskåren. Senere, gjennom forsvarsbeslutningen av 1948, ble Fortifikationsförvaltningen opprettet og i 1994 ble navnet Fortifikationsverket innført, samtidig som etaten ble en frittstående myndighet under Forsvarsdepartementet. I 1997 tok etaten over eiendomsansvaret fra Försvarsmakten og i 1999 ble den overført til Finansdepartementet.