Mellom 1959 og 1964 var han opplæringsleder, salgssjef og prosjektingeniør ved Bergen Mekaniske Verksted. Deretter drev han egen forretning med agentur for Schweizerische Aluminium (det senere Alusuisse). Schøyen var statssekretær for statsråd Kaare Meland i Industridepartementet under regjeringen Lyng fra august til september 1963.