Han var gift med Salome (i kristen tradisjon knyttet til fortellingen om drapet på Johannes Døperen ) etter at hun var blitt enke etter sin første ektemann Herodes Filippo. Med henne fikk Aristobulos tre sønner: Herodes, Agrippa og Aristobulos. Det er blitt funnet tre mynter med portretter av Aristobulos og Salome.