Etter slaget om Sekigahara i 1600 ble borgen gitt av Tokugawa Ieyasu, grunnleggeren av Tokugawa shogunatet, til hans svigersønn Ikeda Terumasa, som en belønning for hans innsats i kampen. Ikeda rev ned det treetasjes kjernetårnet som hadde blitt bygd av Hideyoshi, og bygde om og utvidet borgen i perioden mellom 1601 til 1609. Han og la blant annet til tre vollgraver og ombygde borgkomplekset til det komplekset borgen er i dag. Denne siste utvidelsen er blitt beregnet å ta 25 millioner arbeidsdager. Ikeda døde i 1613 og overlot borgen til hans sønn som døde kun tre år senere. I 1617 arvet Honda Tadamasa og hans familie borgen. Honda fikk lagt til flere bygninger i borgkomplekset, blant annet et eget tårn til ære for hans svigerdatter, .