På grunn av at nukleotidene er behandlet i en fast syklus, er feilmønsteret annerledes enn i Sanger sekvensering. Det kan skje at en flow verdi er høyre eller lavere enn den skulle være, noe som fører til en innsetting eller til en delesjon. En substitusjon kan bare skje når en innsetting følger direkte på en delesjon eller vice versa.