Sabella trente sammen med Daniel Passarella da Passarella var hovedtrener for Argentina, og deretter for Parma FC, , CF Monterrey, Sport Club Corinthians Paulista og River Plate. I 2009 fikk Sabella bli hovedtrener da han tok over Estudiantes de la Plata. Han vant Copa Libertadores med laget i 2009, og trakk seg i februar 2011. Han ble utnevnt til Argentinas landslagstrener i juli samme år. Messi berømmet Sabella for trenerens offensive tankegang som frigjorde gode spillere.