Midt i hans skolastiske og kontroversielle aktiviteter ble Lanfranc en politisk kraft. Senere tradisjon hevder at mens han var prior ved Bec satte han seg i mot ekteskapet mellom Vilhelm, hertug av Normandie, og Matilda av Flandern (1053) ved at det ikke var kirkerettslig (ektefellene var for nært blodsbeslektet)., og han trakk saken så langt at han ble dømt til landflyktighet Striden ble bilagt da han var klar til og reise, og tok da på seg den vanskelig saken å få pavens godkjennelse av ekteskapet. Dette oppdraget utførte han så tilfredsstillende at det samme kirkerådet ble vitne til hans tredje seier over Berengar (1059), og fikk dessuten hertug Vilhelms takknemlighet. I 1066 ble Lanfranc den første abbed av Sankt Stefans ved Caen, et religiøst hus som hertugen etter sigende skal ha grunnlagt som bot for sin ulydighet mot Den hellige stol.