Europol finansieres av medlemsstatene i forhold til deres bruttonasjonalinntekt. Budsjett 2005: 63,4 millioner euro. Finansinspektøren utnevnes av et enstemmig styre og har ansvar for å føre kontroll med inngåelse av utgiftsforpliktelser og betaling av utgifter samt med fastsettelse og innkassering av inntekter for Europol. Europols årsregnskap blir revidert av en felles revisjonskomité som har tre medlemmer utnevnt av Revisjonsretten for De europeiske fellesskap.