Den 23. september 1970 tiltrådte Gerhard Schaffran som biskop av Meißen. Fram til 1987 ledet han bispedømmet Meißen, hvis navn ble endret til bispedømmet Dresden-Meißen den 15. november 1979 og hvis bispesete ble flyttet fra Bautzen til Dresden i 1980. Fra 1980 til 1982 ledet han Berliner Bischofskonferenz. Et høydepunkt i hans virke var organiseringen av det eneste i DDR, fra 10. til 12. juli 1987 i Dresden.