Den sjette og siste sesongen hadde premiere i USA fredag 25. september 2009, og sesong-finalen ble sendt 12. mars 2010. Sesongen starter med forlovelsen til Charlie og Amita. Don oppdager at hans tidligere mentor fra FBI, var korrupt. Like etter avslår Larry muligheten til å møte andre berømte matematikere ved CERN, i Genève. Larry ønsker igjen å ta en pause fra resten av teamet, og overlater derfor alt arbeidet sitt til Charlie.