Grant ble sommeren 1853 forfremmet til kaptein, en av kun femti i aktiv tjeneste, og valgt til å kommandere Company F, 4th Infantry, ved Fort Humboldt, på nordvestkysten av California. Uten noen forklaring søkte han avskjed fra militæret den 31. juli 1854. Kommandanten ved Fort Humbolt, oberstløytnant Robert C. Buchanan, en offiser som holdt en strikt disiplin, mottok meldinger om at Grant var påvirket utenfor tjeneste da han satt ved de betalte offiserers bord. I stedet for å stille Grant for krigsrett, ga Buchanan ham et ultimatum om å signere et utarbeidet fratredelsesbrev. Grant tok avskjed og Krigsdepartementet anmerket i hans mappe at «Intet står imot hans gode navn». Rykter, derimot, fortsatte i den regulære hæren om Grants mangel på måtehold. Flere år senere uttalte Grant at «lasten mangel på måtehold hadde ikke lite å gjøre med min beslutning om å gå av.» Grants far, som nok en gang ikke hadde noen tro på at han ville kunne ha noen suksess noe annet sted enn i det militære, forsøkte å få krigsminister Jefferson Davis, til å avvise hans avskjedsbrev, noe han ikke lyktes med.