Bevis på tidlig bosetning ved stedet har blitt gjort utilgjengelig ved at havnivået har steget og avsetning av sedimenter fra elven Menderes som helt har endret landskapet siden oldtiden. De første tilgjengelige påvisninger er av neolittiske folk. I tidlig og midtre bronsealder kom bosetningen under minoisk innflytelse. Legender vil ha det til at en tilstrømning av folk fra Kreta okkuperte stedet og erstattet den innfødte befolkningen av lelegere. Stedet ble omdøpt til Miletos etter et sted på Kreta.