Gunnersen var født borgerlig i Lindebjerg som sønn av degn og klokker . Han gikk i skole i Varberg, siden i Roskilde. I 1468 ble han magister fra Greifswald universitet, hvoretter han i 1474 kom til det kongelige kanselli og i 1477 ble kansler hos dronning Dorothea. Etter hennes død, fortsatte han i samme stilling hos dronning Christine, helt til han ble utnevnt til erkebiskop.