Tidlig i utgravningen av vraket mente man at «Mary Rose» opprinnelig hadde vært klinkbygd med en bordkledning som besto av overlappende planker. Men det er imidlertid vanskelig å kombinere en slik konstruksjon med kanonporter uten å svekke skroget. Man antok derfor at skipet var blitt ombygd til kravellbygging med slett bordkledning rundt en skjelettkonstruksjon. Etter hvert har man konstatert at «Mary Rose» helt fra begynnelsen var kravellbygd, bare deler av akterkastellet hadde overlappende planker.