Fra vest renner Nidelva, som er en del av Arendalsvassdraget, ut i Byfjorden. Nidelva har tre utløp, Strømmen eller Hisøystrømmen østover mot Byfjorden, Odderkleivstrømmen sørvest for Hisøy, og Natvigstrømmen vest for Gjervoldsøy. På innsiden av Hisøy danner elva en liten sjø, Hølen. Mindre fartøyer kan trafikkere Nidelva opp til Helle, og de kan elveløpet sør for Hisøy. En idyllisk sideelv, Lillelv, faller ut i Nidelvas nedre del. Den danner fossefall som tidligere ble utnyttet. Området omkring Nidelva nedenfor Rygenefossen utgjorde tidligere Øyestad kommune. Omkring Rygenefossen ble det på 1800-tallet etablert et lite industristed, Rygene. Her var det sager og møllebruk.