Saimenselen ble utryddingstruet i løpet av 1900-tallet, blant annet på grunn av jakt og garnfiske. I 1980-årene talte bestanden 100–200 individer. Den har siden 1955 vært totalfredet, og det har blitt satt inn tiltak for å forbedre vannkvaliteten og sikre selungenes overlevelse. 40 år senere teller bestanden, ifølge finske naturvernmyndigheter, 430–440 individer. Saimenselen har blitt et symbol for naturvernet i Finland.