I 1943 blev Løgstrup professor ved det nyopprettede Teologisk fakultet ved Aarhus Universitet i etikk og religionsfilosofi, en stol som han besatte til han ble emeritus i 1975. Senere ble han æresdoktor ved to universiteter, ved Universitetet i Lund i 1965 og ved universitetet i Marburg i 1977.