Følgelig finnes det mange arter av fugler og pattedyr på Ny-Guinea som har nære genetiske forbindelser med tilsvarende arter i Australia. Et viktig fellestrekk for de to landmasser er eksistensen av flere arter av pungdyr, inkludert noen kenguruer og klatrepungdyr, som ikke finnes andre steder. Mange av de andre øyene i PNGs territorium, inkludert New Britain, New Ireland, Bougainville, Admiralitetsøyene, Trobriandøyene og Louisiadeøyene, har aldri vært knyttet til Ny-Guinea med landbroer, og de har sin egen flora og fauna. Særlig mangler mange av de landpattedyr og flygeudyktige fugler som er felles for New Guinea og Australia.