Den 17. juli 2011 stormet minst tre menn Khan sitt hjem og drepte ham og hans livvakter. Mens den ene angriperen ble drept, okkuperte de andre angriperne Khans hjem og var involvert i en skuddveksling med afghanske sikkerhetsstyrker og det afghanske nasjonale politiet. Afghansk politi fanget en angriper, som hadde en AK-47 og en granatkaster. Den siste angriperen fortsatte skuddvekslingen fra et bad inne i huset. Taliban påtok seg ansvaret for mordet på Khan. President Hamid Karzais halvbror, Ahmed Wali Karzai hadde blitt drept av livvakten sin mindre enn en uke før attentatet på Khan.