Den 11. april 1070 ble Stigand formelt avsatt av pavens legat Ermenfrid, biskop av Sion (Sveits) og satt i arrest i Winchester. Stigands bror Æthelmær, biskop av Elmham, ble også avsatt av det samme kirkerådet. Kort tid etter ble Aethelric biskop av Selsey, Ethelwin biskop av Durham og Leofwine, biskop av Lichfield, som var gift, også avsatt ved et kirkemøte som ble holdt ved Windsor. Det var tre grunner til at Stigand ble avsatt: at han holdt bispesetet Winchester i pluralitet med Canterbury; at ikke bare okkuperte Canterbury etter at Robert av Jumièges flyktet, men også at han hadde tatt Roberts pallium som var blitt igjen; og at han hadde mottatt sitt eget pallium fra Benedictus X, en antipave. En del redegjørelser hevdet at Stigand var til stede ved det kirkerådet som avsatte, men ingenting er nedtegnet av et forsvar som han eventuelt har gitt. Anklagene mot hans bror er ikke nedtegnet noe sted, noe som tyder på at begge avsettelsene var politiske og ikke religiøse. Den samme våren hadde Stigand lagret sin personlige rikdom ved klosteret i Ely for sikker forvaring, men Vilhelm konfiskerte det etter at han var blitt avsatt, sammen med hans eiendommer. I Stigands sted som erkebiskop av Canterbury utpekte Vilhelm et utlending, Lanfranc fra Italia, som i seg selv var godt skikket som lærd og abbed i Normandie.