I valget den 18. mars 1996 klarte Kérékou å vende tilbake til makten med 52,49 % av stemmene i annen valgomgang mot Nicéphore Dieudonné Soglo. Han ble gjenvalgt i 2001, nå i annen valgomgang den 22. mars 2001, med 84,06 %, skjønt det var da en boikott av valget fra en del opposisjonen. I motsetning til sin første tid ved makten var han nå en drivkraft for liberal økonomisk politikk. Han pleiet gode forbindelser med den vestlige verden. Omstendighetene rundt gjenvalget i 2001 ble imidlertid gransket rettslig i USA. Det californiske selskapet Titan Corporation aksepterte en pengestraff på 28,5 millioner amerikanske dollar for lovstridig støtte til Kérékous valgkamp med 2,1 millioner dollar.