Forsvarsakademiets historie går tilbake til 1830, da Kong Frederik VI opprettet Den Kongelige Militaire Højskole, som skulle forestå utdannelsen av offiserer. Siden 1830 har skolen opptatt både hær- og flåteoffiserer, liksom Forsvarsakademiet siden 1951 har utdannet Flyvevåbnets offiserer. Dessuten opptas elever fra Hjemmeværnet, Forsvarets Sundhedstjeneste og sivile fra Forsvaret.