En pavelig undersøkelse i forbindelse med efterforskning av seksuelle overgrep innenfor den katolske kirke har stilt Woelki til ansvar for en «tillitskrise» innen kirken. Samtidig foretok tysk politi undersøkelser omkring hans rolle i å holde seksuelt misbruk av mindreårige altertjenere skjult. I mars 2023 sverget Woelki i retten at han ikke hadde hatt kunnskap om disse overgrepene, hva som har ført til mistanke om mened som utløste flere politirazziaer i en rekke kirkelige eiendommer, deriblant erkebiskopens residens, den 27. juni 2023.