De romerske borgerkrigene som hadde deres sprede begynnelse i forbundsfellekrigen (91-88 f.Kr) og maktkampen mellom Sulla og Gaius Marius, rystet det store romerske imperiet. De indre stridighetene likevel forstyrret ikke den romerske ekspansjonen mot til dels alvorlige ytre trusler. Den romerske marinen på nytt skulle utspille en viktig rolle under de indre stridigheter, spesielt etter Cæsars kryssing av Rubicon den 10. januar 49 f.Kr. Under den romerske borgerkrigen i hans navn gjenopprettet Cæsar Romas herredømme i det østlige Middelhavet etter å ha underlagt seg Levanten og elimintert den siste gjenværende militære trusselen i Lilleasia, Pontos. Etter mordet på Cæsar brøt borgerkrigene ut på nytt i 44 f.Kr.