Hans siste freskoer ble malt for kirken Madonna delle Lacrime i Trevi (1521, signert og datert), klosteret Sant'Agnese i Perugia (1522-1523), og i 1522 for kirken Castello di Fortignano. Begge serier har forsvunnet fra deres opprinnelige steder, det andre er i dag i Victoria and Albert Museum. Han var fortsatt i Fontignano og arbeidet ved klosteret der i februar 1523 da han døde, antagelig av pest. Som andre pestofre ble han gravlagt i all hast i en uviet mark og det nøyaktige stedet er i dag ukjent.