I Half-Life var Gordon Freeman en del av en gruppe vitenskapsmenn som utfører et eksperiment, hvor de utilsiktet skaper en interdimensjonal rift i verdensrommet. En rekke intelligente (men forvirrede) fremmede livsformer fra Xen-dimensjonen strømmer deretter gjennom flere av disse riftene, og de havner inne i Black Mesa-anlegget - hvor de snart begynner å angripe alle de får øye på. Etter den vellykkede elimineringen av romvesen-lederen Nihilanth, blir Freeman møtt av G-Man som lenge har observert hva Freeman har holdt på med. Han tilbyr Freeman et valg, enten begynne å arbeide for ham og hans mystiske arbeidsgivere - eller bli overlatt til å dø.