Etter Botswana demokratiske partis seier i valget i oktober 1999 forble Khama visepresident samt minister for presidentsaker og offentlig administrasjon (). Senere samme år innvilget Mogae Khama ett års permisjon, en avgjørelse som ble sterkt kritisert av Botswanas kongressparti og Botswana Council of Non-Governmental Organizations. Khamas permisjon tok til 1. januar 2000. Han returnerte til visepresidentvervet 1. september samme år, men ble erstatta som minister.