Weaving hadde hovedrollen i i 2004 og tittelrollen i i 2006, der han ble gjenforent med Wachowski-brødrene, skaperne av -trilogien. I tillegg til karrieren i film har Weaving fortsatt på teaterscenen, blant annet regelmessige opptredener med Sydney Theatre Company. I 2006 spiller han mot Cate Blanchett i Henrik Ibsens på scenen i New York.