Tidlig på 1600-tallet slo handelsfolk fra Japan, Spania og Holland seg ned på forskjellige deler av øya. I 1642 ble nederlenderne enerådende, men de ble kastet ut tyve år etter av en kinesisk korsar fra Amoy, Koxinga (Zheng Changgong), som var lojal overfor det styrtede Ming-dynastiets etterfølgere som forsøkte å organisere seg til motstand og gjenerobring av det nå for det meste Qing-styrte Kina. I 1683 klarte Qing-dynastiet å overta makten, og regjerte nå Taiwan som en del av provinsen Fujian. Dette kom til opphør i 1895, da øya etter det kinesiske nederlaget under den første sino-japanske krig måtte avstå Taiwan til Japan i Shimonosekitraktaten.