Programmet bygger på Scintilla og har funksjoner som autofullføring, syntaksmerking, regulære uttrykk. Filer for grensesnitt og stavekontroll på ulike språk kan lastes ned separat, blant annet på bokmål og nynorsk. Det er støtte for Unicode, redigering av TeX-dokumenter og binærfiler og en rekke andre formater. Brukergrensesnittet benytter arkfaner. Notepad++ støtter makroer og *nix skallskript, og har en innebygd FTP-klient, men støtter ikke den sikre SSH-protokollen.