I tillegg til alt dette ble grevskapet Donegal på slutten av 1900-tallet også negativt påvirket av konflikten i Nord-Irland. Grevskapet ble utsatt for flere bombeangrep og attentater. I juni 1987 ble konstabel Samuel McClean, en Donegal-mann som var tjenestegjørende medlem av Royal Ulster Constabulary (RUC), skutt og drept av den provisoriske irske republikanske hæren (IRA) i familiens hjem nær Drumkeen. I mai 1991 ble den framtredende Sinn Féin-politikeren rådmann Eddie Fullerton myrdet av den provisoriske IRAs motstander, Ulster Defence Association (UDA), i hans hjem i Buncrana. Dette bidro ytterligere til de økonomiske og sosiale vanskelighetene i grevskapet. Imidlertid har den større økonomiske og administrative integrasjonen med Nord-Irland, etter langfredagsavtalen fra april 1998, vært til fordel for Donegal.