I 2018 var det 40 institusjoner for høyere utdanning i Rwanda, hvorav 12 av dem var offentlige og 32 private. Det første universitetet i Rwanda, Université nationale du Rwanda, ble åpnet av regjeringen i 1963, med 49 studenter. I 2013 ble det offentlige Universitetet i Rwanda (University of Rwanda, UR) opprettet ved en sammenslåing av flere utdanningsinstitusjoner i landet.