Merkur-programmet ble i 2019 en del av Distriktssenteret (Kompetansesenter for distriktsutvikling), som er et nasjonalt kompetansesenter under Kommunal- og moderniseringsdepartementet. Hovedmålgruppen for senterets virksomhet er kommuner, og deres ansvar for lokal samfunnsutvikling. Merkur var tidligere knyttet til konsulentfirmaet Mentor i Førde. Helge Schei var daglig leder i Merkur fra etableringen i 1995 til Distriktssenteret overtok ansvaret i 2019. Departementet har oppnevnt et bredt sammensett programstyre, som har ansvar for budsjett og strategi. Styret er sammensatt av representanter fra butikkbransjen og Kommune-Norge. Wenche Fresvik fra Agder fylkeskommune overtok styrevervet i 2020, etter Inge Ryan som ledet styret i ni år.