Juan de Zumárraga kom fra en adelig familie. Han trådte inn i fransiskanerordenen og ble presteviet i den. I 1527 var han custos i dens konvent i El Abrojo. Kort etter ble han utnevnt til en av forhørsdommerne i den domstol som var satt til å granske påståtte hekser i Baskerlandet.Av hans skrifter vinner man det inntrykk gat han anså disse heksene som intet annet en kvinner som var plaget av hallusinasjoner. Han ledet også fransiskanernes ordensprovins Concepción.