Widerøe har flyvninger fra Vadsø til ni flyplasser i Finnmark og Tromsø, som alle flys med Dash 8-100 og Q200. Fra Tromsø, Kirkenes og Alta er det korresponderende avganger med SAS, Norwegian og Widerøe til resten av landet. Enkelte av rutene Widerøe opererer er anbudsruter som er subsidiert av Samferdselsdepartementet, som også bestemmer avgangstidene. I 2016 reiste 104 697 passasjerer gjennom lufthavnen.