Sykdomsutbrudd forekommer lett når det er snakk om store mengder fisk, som man vanligvis har i RAS-oppdrettsanlegg. Hyppigheten av utrbrudd kan reduseres ved å benytte flere selvstendige systemer i det samme bygget, samt å unngå at vann fra forskjellige anlegg blandes sammen. Utstyret og personellet ved anleggene bør også renses godt, og gjerne begrenses til delegerte anlegg. Å bruke Ultra fiolet (UV) eller ozone vannbehandling vil redusere mengden av fritt svevende virus og bakterier.