Jonas Lie var sønn av forfatteren og journalisten Erik Røring Møinichen Lie (1868–1943) og tidsskriftredaktør og forfatter Kathrine Elisabeth Dons (1876–1947). Han var fetter av søsknene Ragna Stang og Helge Thiis. Nils Kjær var hans onkel (gift med morens søster) og hadde sammen med faren en sterk innflytelse på den unge Jonas, særlig når det gjaldt den sterke Tysklandsorienteringen, men også senere når det gjaldt antisemittismen som ble sterkere under krigen.