Fra 1993/1994 modellen skiftet C4 navn fra Audi 100 til Audi A6, samtidig som modellen fikk en mindre ansiktsløftning med endringer på grillen, front- og baklykter, samt hellakkerte støtfangere. Quattrosystemet ble modernisert ved at den bryterbetjente differensialsperren på bakakselen ble erstattet av et helautomatisk elektronisk system som bruker hjulbremsene på både for- og bakhjul til å gi sperreeffekt. I tillegg ble toppmodellen av C4, som tidligere ble solgt under navnet Audi S4 omdøpt til Audi S6.