Fra 1949 til 1952 var Merkatz statssekretær i departementet for forbindelser med Forbundsrådet. Den 8. juni 1955 ble han utnevnt til minister i samme departementet. Ved regjeringsendringen 16. oktober 1956 ble han dessuten justisminister, men trakk seg fra denne stillingen etter valget i 1957 den 29. oktober det året.