Etter at krigen var over fortsatte Themistokles å være en av de fremste athenske politikerne. Imidlertid fremmet han fiendskap i Sparta ved å beordre Athen til å bli befestet på nytt og hans arroganse begynte å fremmedgjøre ham hos athenerne. I 472 eller 471 f.Kr. ble han forvist og han dro til Argos. Spartanerne så da en mulighet for å få ødelagt Themistokles, og impliserte ham i et forrædersk komplott på deres egen hærfører Pausanias. Themistokles ble tvunget til å flykte fra Hellas og hans reiste til Anatolia hvor han gikk i tjeneste hos fienden, den persiske kong Artaxerxes. Han ble gjort til guvernør av Magnesia, og levde der for resten av sitt liv.