Bundesverwaltungsgericht ble opprettet i 1952 og hadde da sete i Berlin. Fra 1953 holdt domstolen til i de tidligere lokalene til Preußischen Oberverwaltungsgericht. Avgjørelsen med hensyn til å legge domstolen til Berlin var omstridt blant de allierte som etter den andre verdenskrigen okkuperte Tyskland, fremfor alt Sovjetunionen. Dette medførte at da Tyskland igjen fikk et forsvar, ble domstolens avdeling (senat) for vernepliktsaker lagt til München. Etter flyttingen fra Berlin til Leipzig i 2002 er hele domstolen lokalisert her.