Ofte er ioniseringsprosessen tilstrekkelig voldsom til å etterlate de resulterende ionene med tilstrekkelig indre energi til å fragmenteres i massespektrometeret. Hvis produktionene vedvarer i sin ikke-likevektstilstand i moderat tid før auto-dissosiasjon, kalles denne prosessen metastabil fragmentering. Fragmentering av dyse-skimmer refererer til målrettet induksjon av kildefragmentering ved å øke dyseskimmer-potensialet på vanligvis elektrospraybaserte instrumenter. Selv om fragmentering i kilden tillater fragmenteringsanalyse, er det ikke teknisk tandem-massespektrometri med mindre metastabile ioner masseanalyseres eller velges før auto-dissosiasjon og et andre analysetrinn utføres på de resulterende fragmentene. Kildefragmentering kan brukes i stedet for tandem massespektrometri gjennom bruk av forbedret kildefragmenteringannotonering (ofte forkortet EISA fra engelsk ) teknologi som genererer fragmentering som direkte samsvarer med tandem massespektrometri data. Fragmenter observert av EISA har høyere signalintensitet enn tradisjonelle fragmenter som lider tap i kollisjonscellene til tandem massespektrometre. EISA muliggjør oppsamling av fragmenteringsdata på MS1-masseanalysatorer som flytid og enkelt kvadrupolinstrumenter. Kildefragmentering brukes ofte i tillegg til tandem massespektrometri (med etterkildefragmentering) for å tillate to trinn med fragmentering i en pseudo MS3-type eksperimenter.