Selskapets historie strekker seg tilbake til 1916 da Anders Utkilen fra Austrheim startet med godstransport sjøveien med båten «Alstein». Hans sønner fikk hyre på båten og overtok etter hvert driften. I 1945 ble administrasjonen flyttet til Bergen, da under navnet . I 1962 endret selskapet navn til Anders Utkilens Rederi etter at det kun var Anders Utkilen igjen i selskapet av de tre brødrene som hadde overtatt farens virksomhet. I 1970 startet satsingen på tankskip, og i 2007 endret selskapet navn til Utkilen AS.