Navnet hans nevnes første gangen i 1612, i forbindelser med en ekspedisjon som var på let etter en nordvestpassasje. Ekspedisjonen var under kaptein James Hall sin ledelse, Baffin fulgte med som sjefslos. Hall ble drept i kamp med lokale innbyggere på vestkysten av Grønland. De neste to årene var Baffin hyrt til tjeneste i hvalfangsten ved Spitsbergen, som på det tidspunktet ble kontrollert av Muscovy Company. Første året gjorde han tjeneste som los om border på flaggskipet i hvalflåten, «Tiger». Andre årene var han los om border på et av flåtens to oppdagerskip, «Thomasine».