Byens navn er avledet fra dets opprinnelige irske navn, . Det refererer til Cethlenn, en figur i irsk mytologi som kan ha vært en gudinne. En lokal legende forteller at Cethlenn ble såret i kamp av en pil og forsøkte å svømme over elven Erne, som omgir øya, men hun nådde aldri den andre siden, slik øya fikk navn i form av en henvisning til henne. Den har blitt anglisert på mange måter gjennom århundrene – Iniskellen, Iniskellin, Iniskillin, Iniskillen, Inishkellen, Inishkellin, Inishkillin, Inishkillen og så videre.