James Parkinson var den eldste av tre barn til apotekeren og kirurgen John Parkinson og hans hustru Mary Parkinson (født Dale). Han studerte medisin fra 1776 til 1784 i London, og fikk under studiet fikk han arbeide i farens praksis. Etter hans død i 1784 overtok han denne praksisen, men fortsatte å gå på forelesninger, og hørte blant andre en av tidens mest berømte kirurger, John Hunter (1728–1793).