Etter brannen hugget Didrick Gercken ut en barokk sandstensfont med en bred kumme på en åttekantet fot. Sandstenen var marmorert med forgylte ornamenter. Den var anbrakt samme sted som den foregående, i søndre sideskip. Den var forsynt med en fontelukkelse i ek, som i 1746 ble utsmykket med figurer og en fontehimmel, skåret i lindetre av Johann Friedrich Hänel. I 1846 ble den skiftet ut med en støpt font av sink med forgylte bronseornamenter og den ble anbrakt midt i koret. Den ble kassert under Storcks renovering i 1878 og skjenket til Humlebæk kirke i 1895, hvor den benyttes fremdeles. Storck brakte Gerckens font tilbake i kirken, men nå plassert i koret. De sto den til rundt 1940 da den ble overdratt til Gørslev kirke. Gørslev benyttet fonten frem til 1992 da de avleverte den til Nationalmuseet. Siden da har den kommet tilbake til Helligåndskirken hvor den står som fokuspunkt midt i Griffenfelds kapell.