Alfred Rosenberg utpekte i april 1941 Lohse til guvernør for «Baltenland» (det som senere ble «Ostland»). Lohse hadde innyndet seg hos Rosenberg ved å medvirke i den nordiske foreningen. Lohses nordtyske bakgrunn var i Rosenbergs perspektiv gunstig for at Tyskland kunne gjenoppta sin historiske Hansa-rolle i Baltikum. Hitler og Rosenberg ønsket at det baltiske området igjen skulle bli tysk slik det hadde vært i 700 år. Rosenberg instruert Lohse om at målet med Reichskommissariat Ostland var å gjøre det til tysk protektorat som skulle omdannes til en del av Tyskland og Østersjøen skulle ble Tysklands eget hav.