Kanalen som forbinder Atlanterhavet med Middelhavet, Canal du Midi, løper gjennom Carcassonne like nord Bastide St. Louis. Kanalen er byens andre verdensarvsted. Den ble bygget på 1600-tallet av Pierre-Paul Riquet, men ble ikke anlagt gjennom Carcassonne før på slutten av 1700-tallet. Da den opprinnelige kanalen var ferdig i 1681, var løpet lagt to kilometer fra byen. Dette ble fort sett som en stor ulempe for Carcassonne, og forskjellige planer ble lagt den neste tiårene for å endre løpet på kanalen. Arbeidet med å legge om løpet av kanalen ble påbegynt i 1787, og hele anlegget ble åpnet 31. mai 1810 sammen med havnebassenget, og .