Mesteparten av det øvre området er dekket av et naturreservat, som er hjem for 230 Gibraltarmagoter, de eneste viltlevende apene i Europa. Disse besøker av og til også byområdene. Nylige genetiske studier og historiske dokumenter antyder at de også befant seg på Gibraltar før området ble tatt av britene. En overtro lik den rundt ravnene i Tower of London sier at dersom apene noen gang forlater Gibraltar vil britene også gjøre det. Andre pattedyr på øya er kaniner, rødrever og flaggermus. Delfiner og hvaler er et vanlig syn i Gibraltarbukta. Trekkfugler er veldig vanlige.