Godøy tok i 1994 en B.A. i filmproduksjon og filmvitenskap ved Southern Illinois University at Carbondale. Som eksamensfilm laget han en 25 minutter lang dokumentar om et norsk-amerikansk tettsted i Minnesota, som i 1994–95 ble vist på PBS-nettverket i flere stater. I 1999 ble han Cand. Philol. i historie ved Universitetet i Oslo med en hovedoppgave om den amerikanske okkupasjonen av Okinawa under og etter andre verdenskrig. Han har senere tatt en årsenhet i norsk og fullført praktisk-pedagogisk utdannelse (PPU).