Det bukhariske miljøet i Sentral-Asia hadde perioder med fremgang, så vel som perioder med undertrykkelse. Etter opprettelsen av silkeveien mellom Kina og Vesten i 2. århundre f.Kr. som varte langt inn i 1600-tallet, flyktet mange jøder til Emiratet Bukhara, og spilte en viktig rolle i dets utvikling. Etter deres eksil fra Israel i år 135, kom de under Det persiske riket, og de blomstret og vokste i dette området. Likevel, omkring 5. århundre ble de forfulgt. Kjente jødiske akademier i Babylon ble stengt, mens mange jøder ble drept og drevet ut (Se Misjná). Etter arabermuslimenes erobring tidlig på 800-tallet, ble jøder (så vel som kristne) ansett som Dhimmier og ble bl.a. tvunget til å betale jizyaskatt. Den mongolske invasjonen på 1300-tallet var også et tungt slag for bukharijødene.