OS/390 var ikke en avart av UNIX og det var heller ikke et Unix-lignende operativsystem liksom Linux, FreeBSD og flere. På samme måte som UNIX og Unix-lignende operativsystemer var S/390 et tidsdelt operativsystem; i UNIX har tidsdeling vært innbakt fra starten, mens OS/390 tilhørte en familie operativsystemer hvor dette opprinnelig ble tilbudt som en opsjon (). Operativsystemkjernen var monolittisk liksom i tradisjonell UNIX. Filsystemene til OS/390 – Hierarchical File System (HFS) som ble innført for MVS i 1993, såvel som zFS som ble introdusert for OS/390 i 1995, har også en hierarkisk UNIX/Linux-lignende stil. Begge filsystemene brukes fortsatt og er POSIX-kompatible.