Høsten 2006, et par uker før sin død dro biskop Goebel til Tyskland, der han planla å være til begynnelsen av desember. Lørdag 4. november ble han plutselig svært mye dårligere og døde kort tid etter at han var brakt til sykehus, knapt 73 år gammel. Han ble den 9. november på klosterkirkegården i Betzdorf der biskop Johannes Wember og en rekke prester som har arbeidet i Nord-Norge ligger begravet.