Kherson er en viktig havneby for Svartehavet og elvetrafikk på Dnipro, og har flere skipsverft. Byen er et viktig jernbaneknutepunkt forbundet med Mykolajiv, Snihurivka og Dzjankoj. Antonivka-broen forbinder bydelen Antonivka med byen Olesjky på Dnipros venstre og her sørlige bredd.