Kjerkhaugvatnet/Nordvatnet er en del av Tårstadvassdraget. Den viktigste tilløpselva er Storelva, som munner ut lengst nord i Nordvatnet. Et annen viktig tilløpselv er Gjertrudelva, som kommer fra Evenesmarka og munner ut sørøst i Kjerkhaugvatnet, mens de øvrige tilløpene er ubetydelige. Vatnene har utløp gjennom Nautåa, som renner ut lengst sørvest i Kjerkhaugvatnet. Den sørlige delen av Kjerkhaugvatnet ligger innenfor Nautå naturreservat.