Mellom 1937 og 1940 studerte han kalvinistisk teologi i Lausanne og Strasbourg. I 1940 foretok han en sykkelreise fran Genève til Taizé i Frankrike, som da var okkupert av tyskerne. Schutz gjemte utsatte personer, blant annet jøder, fra den tyske okkupasjonshæren og hjalp dem med å ta seg over grensen til sikkerheten i Sveits. I 1942 ble han nødt til å flykte etter at det nazivennlige Vichyregimet hadde fått tips om hans forehavender av en angiver.