To år senere (1550) ble Jón under en reise på Vestlandet, der en av hans mektigste motstandere, bonden Daði Guðmundsson av Snóksdalu bodde. Der, i slaget ved Sauðafell, ble han tatt til fange sammen med sine to sønner, Ari og Björn. De ble ført til Skálholt, der han og sønnene ble hanshogget den 7. november.