Krigen sørget også for store endringer på den jugoslaviske siden. JNA mistet fort alt av sitt slovenske og kroatiske personell, og bestod nesten kun av serbiske og montenegrinske soldater. JNAs svake innsats i Slovenia og senere i Kroatia gjorde at ledelsen fikk dårlig omdømme, Kadijević resignerte som forsvarsminister i januar 1992 og Adžić pensjonerte seg av medisinske grunner like etterpå. Ideen om å beholde et samlet Jugoslavia måtte avsluttes etter Slovenias uavhengighet, og gikk over i Miloševićs konsept om alle serbere i én stat.