Ussing ble candidatus philologiæ i 1842 og tok magistergraden 1844. Han reiste deretter to år i Italia, Hellas og Tyrkia, studerte først og fremst kunstarkeologi. I 1847 ble han universitetslektor og var professor i 1849-1895 ved universitetet i gresk og romersk filologi og 1877-1896 (rektor) for Regensen.