I 1986 ble Bakketeig invitert til å bygge opp en ny avdeling for epidemiologi ved Folkehelseinstituttet (Statens institutt for folkehelse). Bakketeig satte i gang en rekke prosjekter, blant andre en undersøkelse av seksualvaner i den norske befolkningen. Dette ble viktig kunnskap i arbeidet for å forebygge hiv/aids. Han var også helt sentral i arbeidet for å etablere den store , der han var den første prosjektlederen.