I februar 1944 frasa Alpers seg alle sine partiembeder og begynte med militærinnsats på Vestfronten som major i Luftwaffes reserve. Den 21. august 1944 erstattet Alpers Kurt Stephani som sjef for 9. fallskjermjegerregiment. Han ble alvorlig såret ved Mons i Belgia og ble deretter tatt til fange av amerikanske styrker. Han begikk selvmord i fangenskap ved å skyte seg.