Den 1. april 1758 ble et skriv innhentet fra den aldrende pave Benedikt XIV som utnevnte Saldanha, på anbefaling av den egenrådige marquis de Pombal, til å etterforske beskyldninger fremført i Josef I av Portugals navn mot jesuittordenen. Dermed ble han visitator av jesuittene i Portugal og i Øst- og Vest-Indien. Han var en uttalt motstander av ordenen: Uten å bry seg om å besøke jesuitthusene erklærer han dem som 'korrupsjonsreir'. Ingen bevisstykker ble fremlagt for den apostoliske nuntius som bad ham om det, og ingen rapport om hans kanoniske besøk ankommer til Roma.