I årenes løp har det blitt fremmet flere alternative oppfatninger. En del forskere har argumentert for at Lisa del Giocondo var modell for et annet portrett, identifisert for minst fire andre malerier som «Mona Lisa» i henhold til Vasari. Flere andre mennesker har blitt foreslått som emne for maleriet. Sigmund Freud mente at det berømte halvsmilet var et gjenfunnet minne om Leonardos mor. Andre foreslått Leonardo's mor, Isabella av Napoli, Cecilia Gallerani, Costanza d'Avalos‎, Isabella d'Este, Pacifica Brandano eller Brandino, Isabela Gualanda, Caterina Sforza, og faktisk også Leonardo selv. I dag er det enighet blant kunsthistorikere at maleriet en avbildning av Lisa del Giocondo, noe som også har vært det tradisjonelle synet.