Den spanske borgerkrigen førte Salazar på de spanske fascistenes side og over 20.000 menn ble sendt til nabolandet for å kjempe på general Francos side. I andre verdenskrig erklærte landet seg som nøytral, men hadde til tross for det en del handelsforbindelser med Aksemaktene. Med det terget Portugal sin tradisjonelle allierte Storbritannia og under press avsluttet Salazar hjelpen til Tyskland i 1944. Som strengt troende katolikk var han mer skeptisk ovenfor den tyske versjonen av fascismen enn den italienske eller spanske.