Magnús gikk på Bessastaðir latinskole, hvor han i 1829 gikk ut som nummer én. Deretter ble han ansatt som kontorist hos stiftamtmannen på Island, Lorentz Angel Krieger. Krieger fikk interesse for den unge studenten, og skaffet ham økonomiske midler til å innrette seg i København som artiumskandidat, og senere til å studere teologi ved Københavns Universitet i seks år. I 1837 avla Magnús den teologiske embetsprøve. Syv år senere begynte han sin forfatterkarriere med boken (1844).