Lagu ble uteksaminert fra den militære høyskolen i Omdurman i mai 1960 før han begynte som offiser i den sudanske hæren. I juni 1963 deserterte han fra det sudanske militæret og han sluttet seg til den sørsudanske motstandsbevegelsen mot den muslimske regjeringen i Sudan. Etter å ha flyttet til Storbritannia sammen med sin familie, holdt Lagu en ganske lav politisk profil, selv om han noen ganger dukket opp i politiske debatter.