Regimentet ble satt i aktiv tjeneste i Black Mountain-ekspedisjonene i 1888 og 1891, i en periode da Khyber-passet i seg selv forble fredelig. I august 1897 var imidlertid afridi-stammene i Khyber på frammarsj og de tre fortene garnisonert av Khyber Rifles falt, og de overlevende trakk seg tilbake til Jamrud. Det måtte fire måneder og 44 000 soldater til for britene å gjenerobre Khyber-passet. Khyber Rifles ble satt opp på nytt og garnisonene forble i Landi Kotal, Fort Maude og Ali Masjid.