Etter Khomeinis død 3. juni 1989 valgte ekspertrådet, et valgt råd av høyere prester, presidenten i republikken, Ali Khamenei, til hans etterfølger som nasjonal religiøs leder i det som skulle vise seg å være en jevn overgang. I august samme år ble Ali Akbar Hashemi Rafsanjani, ordstyreren i nasjonalforsamlingen, valgt til president av et overveldende flertall.