Chilika er en særdeles grunn lagune – mesteparten av lagunen er under 50 cm dyp, mens den når en maksimal dybde på 3,7 meter. Vidden på lagunen varierer mellom 5 og 18 km. Lagunen deles gjerne inn i fire deler, etter karakteristikk og økologiske forskjeller – en nordlig del, en sentral del, en sørlig del og kanalen ut mot Bengalbukten. Kanalen ut mot Bengalbukten er 32 km lang, og rundt 1,5 bred – med varierende dybde, slik at ved lavere vannstand er lagunen helt adskilt fra sjøen, mens ved høyere vannstand kan vann flyte fritt frem og tilbake.