Von Ubischs mor var jøde, noe som gjorde situasjonen vanskelig etter nasjonalsosialistenes maktovertagelse i 1933. Siden hadde tjenestegjort i første verdenskrig og hadde blitt dekorert flere ganger, blant annet Jernkorset i begge klasser, kunne ikke nazistene fjerne ham direkte. Men i desember 1933 fikk han forbud mot å undervise i arvelære. To år senere ble han på grunn av Nürnberglovene «pensjonert», og valgte da å emigrere til Norge. Han bosatte seg med familie i Bergen, der han fikk et professorat ved Chr. Michelsens Institutt.