I oldtiden var Nubia kjent som blant annet kongedømmet Kusj, og nubiere var både allierte, handelspartnere og fiender av oldtidens egyptiske faraoer. Deler av nubiske områder ble i ulike tidsepoker erobret av oldtidens Egypt og underlagt riket som dens provinser. Nubierne erobet selv Egypt under dets 25. dynasti. I tiden etter antikken var det et antall store nubiske kongedømmer, hvorav det siste falt sammen i 1504 da Nubia ble delt mellom Egypt og sultanatet Sannar, noe som førte til både en arabisering og islamisering av den nubiske befolkningen som utslettet mange av dens gamle tradisjoner. Nubia ble igjen forent med det osmanske Egypt på 1800-tallet, og havnet innenfor det anglo-egyptiske Sudan fra 1899 til 1956.