Pave Johannes Paul II utnevnte i 1984 Navarro-Valls 1984 til direktør for Den hellige stols pressekontor. Han ledsaget Johannes Paul II på de fleste av hans over 100 utenlandsreiser. Etter pavens død ledet Navarro-Valls fortsatt pressekontoret i en tid. Han ble etterfulgt av pater Federico Lombardi, som til da hadde vært generaldirektør for Vatikanradioen.