Etter Anschluss rykket han opp til Hauptsturmführer ved Reichssicherheitshauptamt (RSHA) i Berlin i 1938. Lerch giftet seg i Berlin med Globocnik og Oswald Pohl som forlovere. Han arbeidet et par år ved RSHAs sikkerhetspoliti og ble i 1941 sendt til Krakow, deretter til Lublin.