NIFES drev rådgiving for norske myndigheter og forvaltning og hadde selv forvaltningsoppgaver knyttet til Nærings- og fiskeridepartementet. NIFES drev også rådgivning for havbruksnæringen og øvrig næringsliv. Instituttets formål var å arbeide for å sikre trygg og sunn sjømat. I samarbeid med Universitetet i Bergen utdannet NIFES forskere på master- og doktorgradsnivå. Instituttets oppgaver ble fra 2018 videreført av Havforskningsinstituttet.