Milhouse er håpløst forelsket i Lisa Simpson og opptrer svært klønete i forhold til jenter. Han har flere ganger vært nær ved å forføre henne, men har mislyktes hver gang. Han hadde også en periode et forhold til Rainer Wolfcastles datter. Hans første kjæreste var rikmanndatteren Samantha Stanky, som ble sendt på kostskole etter at foreldrene hennes fant ut om forholdet. Milhouse er også et utpreget mobbeoffer.