Flekkmarihand tilhører den vanskelige slekta , på norsk marihandslekta. Innad i slekta er det mange arter og underarter som det kan være vanskelig å se forskjell på. To av de vanligste er flekkmarihand og skogmarihand. De vokser tildels i samme habitat og kan være vanskelig å skille. Den største forskjellen på disse to er at skogmarihandplanter som regel er større og har flere, kraftigere fargede blomster. Flekkmarihand har også en ganske rund form på underleppa, mens skogmarihand har en mer tredelt underleppe der midtfliken er lenger enn sideflikene.