Under sitt styre innførte han en politistat som gjorde seg skyldig i omfattende brudd på menneskerettighetene. Mer enn en tredjedel av befolkningen – til sammen ca. – flyktet til nabolandene. Et ukjent antall mennesker ble sperret inne i leirer, og mellom og skal ha omkommet. I de siste årene Macías Nguema regjerte ble også alle kirker stengt og landet erklært som en ateistisk stat. Det ble også praktisert en ekstrem personkult. Til tross for sin tittel ble alle skoler i landet stengt under Macías Nguemas regjeringstid.