I den tredje filmen, Pirates of the Caribbean: At World’s End, er Davy Jones under kontroll av Lord Cutler Beckett - styrelederen for Det britiske ostindiske kompani. Beckett har kontroll over hjertet hans, og truer med å få soldater til å skyte mot hjertet hvis Jones er ulydig mot ham. Beckett beordrer Jones til å senke sjørøver-skip, men blir rasende når Jones aldri etterlater seg noen overlevende. Beckett ønsker at sjørøverne skal forhøres, i håp om å skaffe opplysninger om Brethren Court. Beckett beordrer også Jones til å drepe Kraken.