Byen kom etter reformasjonen til å bli et sterkt puritansk feste og byen stod på parlamentets side under den engelske borgerkrig. Da den rojalistiske side forsøkte å erobre byen i slutten av 1642 klarte innbyggerne trass i mindre antall, færre våpen og svært liten militær opplæring å slå dem tilbake. De kom imidlertid til, i strid mot gjeldende konvensjoner, å drepe noen av de rojalister de hadde tatt til fange, noe de senere skulle få betale dyrt for. Da rojalistene inntok Bradford sommeren 1643 utplyndret de ettertrykkelig byen. Dette gjorde, samtidig som pesten atter begynte å plage byen, at den i de nærmeste hundre år atter hadde en nedgangsperiode.