Etter å ha holdt på med kunst- og kulturformidling i en årrekke som underviser, forfatter, oversetter og foredragsholder, vendte Beyer tilbake til det utøvende området og ble ensemblesjef for Athelas Sinfonietta Copenhagen i 2006. Under Beyers ledelse har dette blitt ett av de fremste ensembler for samtidsmusikk i Europa. I 2009 skapte Beyer en institusjonell knoppskyting: Athelas New Music Festival, som på tre år ble Danmarks største samtidsmusikkfestival.