Stefanusalliansen ble stiftet 14. november 1967 under navnet Misjon bak Jernteppet. Organisasjonens formål var å informere om kristnes stilling i kommunistiske land, sørge for forsendelser av bibler og yte hjelp til østeuropeiske kristne som ble forfulgt for sin tro. Arbeidet ble raskt utvidet til å omfatte misjon og arbeid for trosfrihet samt elementære menneskerettigheter. Etter Jernteppets fall endret organisasjonen 1. juni 1990 navn til Norsk Misjon i Øst. Organisasjonen utvidet da sitt nedslagsfelt til også å gjelde andre land der trosfriheten krenkes. 1. januar 2012 endret organisasjonen navn til Stefanusalliansen, oppkalt etter den første kristne diakon og martyr Stefanus.