Sommeren 2006 ble Torres kjøpt av CA Osasuna, hvor han skrev under på en fireårskontrakt. I kontrakten med klubben lå den også en klausul som gjorde at Real Madrid kunne hente ham tilbake etter to år. Torres spilte sin første kamp for Osasuna den 24. september 2006, da klubben spilte mot Celta de Vigo (2–0), og hvor Torres scoret kampens andre mål. Han fikk også flere kamper under UEFA-cupen 2006/07, hvor Osasuna spilte seg frem til semifinalene, som de omsider tapte til fordel for Sevilla FC.