Canna har vært eid av klosteret på Iona og av forskjellige klaner. På 1800-tallet hadde øya en befolkning på flere hundre mennesker, men folketallet falt drastisk etter tvangsfordrivelsene kjent som «Highland Clearances». Ved siste offisielle folketelling i 2001 var antallet fastboende nede i 6 personer, men har tatt seg opp de siste årene til 21 personer i 2010.