Følgene av beleiringen var til å begynne med et vanskelig tilbakeslag for Hyrkanos. Judea sto overfor særdeles vanskelige økonomiske tider etter at bygdene var blitt plyndret og Jerusalem beleiret. De økonomiske vanskelighetene ble i stor grad økt av de skattene som Selevkide-riket tvang på landet. I tillegg ble Hyrkanos tvunget til å følge Antiokos på hærtokt i 130 f.Kr. Hyrkanos fungerte antagelig som militær leder av en jødisk tropp i krigen.