Heydrich styrte landet med jernhånd og det ble innført unntakstilstand, der 4 000 til 5 000 mennesker ble arrestert og 400 henrettet. I tillegg til jødene ble ytterligere flere hundre tsjekkoslovaker henrettet under Heydrichs styre. Omkring 90 % av jødene og 50 % av romanifolket ble deportert av okkupasjonsmakten. I 1939 bodde 118 000 jøder i landet; av disse ble 78 154 ble drept av okkupasjonsmakten. I tillegg til jødene ble ytterligere flere hundre tsjekkoslovaker henrettet under Heydrichs styre.