Gerilja-aktiviteter gjorde store deler av Missouri til slagmark. Missouri hadde det tredje største antallet trefninger av statene under krigen. Selv om de andre statene i vest var geografisk isolert fra slagene i øst, var det tallrike militære operasjoner i mindre skala. Slagene i regionen handlet om å sikre Missouri, territoriet Arizona, territoriet New Mexico og indianerterritoriet til fordel for Unionen. Konfødererte inntog i territoriene Arizona og New Mexico ble slått tilbake i 1862 og Nordstatenes felttog for å sikre indianerterritoriet lyktes i 1863. Sent i krigen mislyktes Unionen med sitt Red River-felttog. Texas forble under Sørstatenes kontroll under krigen, men ble avskåret fra resten av Konføderasjonen etter at Vicksburg ble erobret i 1863 og Unionen fikk kontroll over Mississippi-elva.