I juli 1987 forlot han Celtic til fordel for den sovende tyske storklubben Borussia Dortmund på en overgangssum verdt £250 000. Her ble han en del av laget som ironisk nok tok imot Celtic i første runde av UEFA-cupen 1987/88, hvor Dortmund tilslutt vant 3–2 sammenlagt og avanserte til tredje runde før de selv ble slått ut. På midtbanen, sammen med blant andre Andreas Möller, var MacLeod med på å vinne både DFB-Pokal i 1988/1989 og DFB-Supercup i 1989. På sine fire sesonger hos Dortmund fikk han tre mål på 104 seriekamper. I 1990 returnerte han til Skottland, hvor han skrev under en kontrakt med Hibernian FC. Her ble han i tre sesonger og fikk med seg i underkant av 80 seriekamper.