Spilleren skal kontrollere både kaptein Olimar og Louie fra et tredjeperson-perspektiv, og skal få tak i skatter (som består av menneskelig avfall, som for eksempel metall eller ødelagte leketøy) på en ukjent planet - bare kalt «den fjerne planeten» og spillet fokuserer på å kontrollere en horde av plante-lignende skapninger, kalt Pikmin. Alle Pikmin skal følge etter Olimar og / eller Louie, samtidig som spilleren beveger seg rundt på kartet. Spilleren kan raskt kaste individuelle «Pikmin» mot fiender eller andre hindringer, og Pimkin skal automatisk engasjere seg i kamp, ​​ødelegge ulike hindringer, eller bygger broer for spilleren. Spilleren kan også lede hele Pimkin-avdelinger, for å angripe motstandere.