De fikk nå jobben med å lage ting permanent og oppgradering av jernbanen. I all hast ble trebroer som raskt råtnet i tropisk varme og ofte pøsende regn byttet ut med jernbroer. Trekonstruksjoner over juv måtte erstattes med grusfyllinger før de råtnet bort. De opprinnelige furusviller varte bare varte i ca et år, og måtte byttes ut med sviller laget av pokkenholt, et tre så hardt at de måtte bore hull før de kunne drive inn skinespikeren. Linjen ble til slutt bygget som dobbeltspor. [[Fil:Panama_RR_opens_JAN_28_1855.jpg|venstre|miniatyr|Avis-side om åpningen av Panama Railroad, januar 28, 1855, fra (Maine) '17. februar 1855 Compagnie Universelle du Canal Interocéanique'' en kontrollerende eierandel i Panamajernbanen. I 1904 kjøpte den amerikanske regjeringen under Theodore Roosevelt jernbanen fra det franske kanalselskapet. På den tiden omfattet jernbanens eiendeler 121 km spor, 35 lokomotiver, 30 personvogner, og 900 godsvogner. Mye av dette utstyret var utslitt eller foreldet og måtte kasseres.