Organisatorisk var laget til å begynne med organisert med et hovedstyre på toppen, og undergrupper for turn, volleyball, fotball, håndball, friidrett og ski. Årsmøtet var (og er fortsatt) idrettslaget øverste organ. HIF-Stein ble på ekstraordinært årsmøte den 18. november 1996 omdannet fra et fleridrettslag til et såkalt allianseidrettslag. Dette innebar at hver enkelt undergruppe ble egne idrettslag under paraplyklubben HIF-Stein. Denne modellen skulle gjelde frem til 31. desember 1996. Fra og med 1. januar 1997 var de enkelte grupper som egne klubber å regne med navnet HIF-Stein + idrettsgren. Fra samme dato ble håndballgruppa lagt inn under fotballgruppas styre, mens turngruppa ble lagt under friidrettsgruppa. Dette skulle gjelde som en midlertidig ordning, da gruppene når det måtte være naturlig ut fra interesse og medlemstall skal kunne gå ut å danne egne klubber under alliansen.