Marinebasen medførte også at Saint-Nazaire ble bombemål for de allierte. I 1943 ble hele byen totalødelagt av allierte bombefly, men med små sivile tap, da sivilbefolkningen var blitt advart i forkant med flyveblader. Etter D-dagen og frigjøringen av Frankrike nektet de tyske styrkene i Saint-Nazaire å overgi seg, og siden de ikke ble sett på som noen trussel ble de bare forbigått og beleiret av de allierte. Den tyske marinebasen ga ikke opp før mai 1945.