I det blandede ekteskapet med far som hindu og mor som katolikk, ble de enige om å oppdra barna i den Den katolske tro. I løpet av ungdomsårene gikk han på to skoler, deriblant en kostskole styrt av Church of Ireland, og ble med i Young Fine Gael. Etter utdanningen gikk han kort videre på jus før han hoppet av og fortsatte i foreldrenes fotspor med medisin på Trinity College (Dublin). Under utdannelsen klatret han oppover i ungdomspolitikken og endte opp som visepresident for Det europeiske folkepartis ungdom. Varadkar ble valgt for et prestisjefylt utvekslingsprogram hvor han fikk være i Washington, D.C. i et halvt år. Etter uteksamineringen i 2003 jobbet han som praktikant i farens hjemby, Mumbai, før han hadde turnus på to forskjellige sykehus i Dublin.