I 2000 ble Eisenbach anklaget av Mainz-professor Änne Bäumer Bäumer for å ha utført den store eksorsisme og seksuelle handlinger på henne uten tillatelse. Hun anmeldte ham for fysiske overgrep og seksuelle overgrep i forbindelse med et sjelesorgsforhold. Mainz bispedømmeadministrasjon benektet eksorsismen, men innrømmet «helbredelses- og frigjøringsbønner». Mainz' statsadvokatembete henla saken mot Eisenbach i april 2001 på grunn av manglende mistanke om forbrytelse. En tvangsfullbyrdelsessak anlagt av saksøker overfor Koblenz høyere regionaldomstol ble avvist i november 2001. En forundersøkelse fra Den hellige stol, blant annet på grunn av anklagen om brudd mot skriftemålsseglet, førte ikke til kirkelig straffesak. Eisenbach måtte imidlertid gå med på å fratre som hjelpebiskopetter en samtale med prefekten for Troskongregasjonen i Vatikanet, kardinal Josef Ratzinger.