Under statsminister Henri Brisson ble Chanoine i 1898 fransk krigsminister, etter at generalene Godefroy Cavaignac og Émile Zurlinden måtte fratre grunnet Dreyfus-saken. Likesom sine forgjengere forsøkte også Chanoine - mot resten av regjeringens vilje - å forhindre en fornyet undersøkelse av saken Dreyfus. Dette førte til at hele regjeringen gikk av den 1. november 1898.