Baglerne var åpenbart nært forbundet med Kirken, og deres aktive periode sammenfalt nesten nøyaktig med pavetiden til Innocens III (1198-1216). Biskop Nikolas og erkebiskop Eirik var blant de mest sentrale personene både innenfor baglerpartiet og i motstanden mot Sverre. Enkelt forklart bunnet konflikten i at Sverre ønsket at Kirken skulle stå delt under biskopenes og kongens ledelse, mens biskopene ønsket at Kirken skulle være en selvstendig organisasjon og samfunnsmakt på linje med kongemakten. De norske biskopene fikk sterkt støtte fra pave Innocens III, som lyste Sverre i bann etter et klagebrev fra Eirik. På dødsleiet rådet imidlertid Sverre sønnen Håkon Sverresson til å forlike seg med Kirken, noe han gjorde. Det var dette som gjorde at baglerne kunne akseptere Håkon Sverresson som konge. Det samme gjaldt Håkons sønn Håkon Håkonsson.