Walter bruker deretter de pengene han har igjen, for å rømme til New Hampshire. Etter flere måneder i skjul, har Walter til hensikt å overgi seg, men ombestemmer seg. Han innrømmer senere overfor Skyler at han produserte metamfetamin for sin egen tilfredsstillelse, i stedet for å sikre familiens økonomi. Walter frigjør også den fengslede Jesse i løpet av denne sesongen.