Hans første større verk var utgivelsen av Saxo Grammaticus' danmarkskrønike (Paris 1514), basert på et hittil ukjent håndskrift. Dette ble den såkalte av verket på det danske språk. Tidligere hadde man ikke hatt særlig god oversikt over , det man hadde visst var fra en oppsummering kalt som var å finne i , datert rundt 1342. Det var utvilsomt slik Pedersen kjente til verket og begynte å lete etter noe mer fullstendig. Gjennombruddet kom ved hjelp av erkebiskop Birger Gunnersen av Lund som skrev til ham om at det var blitt funnet i hans område, og at det ville bli stilt til hans disposisjon.