Som erkebiskop lå han stadig i stridigheter med den skånske adel om kirkens eiendom. Hans fremste motstandere var riksråd Niels Hack og rikshovmester Poul Laxmand. Gunnersen støttet Christian 2.s ambisjoner om også å styre Sverige, men hans forhold til kongen var likevel anstrengt. Da Christian som stattholder i Norge hadde latt biskop Carl av Hamar fengsle, forsøkte Gunnersen å få biskopen i sin varetekt. I 1514 kronet han Christian, og året etter forrettet han ved kongens vielse til prinsesse Elisabeth. For siste gang i Nordens historie hevdet han erkebiskopen i Lunds særstilling som Sveriges primas ved å bannlyse Sten Sture den yngre og kirkens øvrige fiender.