Etter reformasjonen i 1537 var Mariakirken i forfall, og bygningen ble brukt av byens drukkenbolter. I oktober 1565 ble Mariakirken overlatt til Stavangers borgerskap og allmue i Stavanger lagsogn og gjort om til rådhus og lagtingshus. Men bygget ble ikke tatt i bruk som rådhus før tidligst i 1591. Det eldste bevarte dokumentet som er skrevet i rådstuen er fra 1593. Bybrannen 20. september 1633 ødela rådhuset, og det ble ikke tatt i bruk igjen før 23. mars 1639. Tømmerarbeidet ble utført i 1638 av Knut Nilsen, Jon tømmermann, Gunder i Trappen og Mikkel i Kuholmen.