Etter at daværende konsernsjef Atle Eide trakk seg fra stillingen den 1. september 2007, ble selskapet i en overgangsperiode ledet av Leif Frode Onarheim. Den 1. mars 2008 overtok Åse Aulie Michelet som toppsjef i Marine Harvest. Hun trådte overraskende tilbake 23. mars 2010, etter ønske fra styret.