HuJI begrenset først sin virksomhet til Afghanistan for å bekjempe kommunistene, men etter at sovjeterne trakk seg tilbake begynte organisasjonen med jihad i de indiske delstatene Jammu og Kashmir under beskyttelse av ISI og de pakistanske myndigheter. De utvidet virksomheten sin til å omfatte Bangladesh da de etablerte en egen avdeling der i 1992 med direkte hjelp fra Osama bin Laden.