Den 21. juli 2016 ble Watt operert i ryggen for diskusprolaps. Hann begynte treningsleiren på PUP-listen, men var tilbake til uke 1 som kampstarter i seieren over Chicago Bears. I uke 2 hadde han 1,5 sacks og fem taklinger mot Kansas City Chiefs. Den 22. september, under en kamp mot New England Patriots, hadde Watt to taklingsassists i sin siste kamp for sesongen. Den 28. september ble han plasser på injured reserve. Dagen etter ble han igjen operert i ryggen, og var offisielt ute for sesongen etter kun tre kamper og 1,5 sacks. Selv om han kun spilte i tre kamper ble han rangert som #35 på NFL Top 100 Players of 2017.