Han ble født inn i en familie av irskættede katolikker, og hadde ni søsken. Han giftet seg i 1911 med Caroline Snyder, som han fikk tre barn med. Tom Pendergast arbeidet i 1890-årene på broren James Pendergasts taverna i innvandrerbydelen West Bottoms i Kansas City. James Pendergast, kalt «Alderman Jim» og «Big Jim», ble medlem av bystyret i 1892 og oppnådde politisk innflytelse gjennom vennetjenester. Tom Pedergast overtok plassen i bystyret i 1910 og satt der frem til 1916. Dette var hans eneste folkevalgte verv. Deretter påtok han seg ansvaret for å konsolidere Det demokratiske parti i Jackson County.