Høsten 2006 ville Ooijer ha nye utfordringer, og han takket ja til et kontraktsforslag fra Blackburn-manager Mark Hughes. Etter en litt trøblete start spilte han seg opp, og var etter hvert en sentral brikke i Blackburns forsvar inntil han pådro seg et beinbrudd i en kamp mot Manchester City 20. januar 2007 – en skade som holdt ham ute for resten av sesongen. Sommeren 2009 dro han vederlagsfritt tilbake til nederlandsk fotball og gamleklubben PSV Eindhoven.