Tidlig på 90-tallet ble Khyentse kjent med filmprodusenten som drev med forarbeid til Bernardo Bertoluccis film . Inspirert av Thomas tok Khyentse et fireukers kurs på . Han ble presentert for Bertolucci, og fikk en rådgiverstilling (og en liten rolle) under produksjonen av . Både Thomas og Bertolucci oppfordret Khyentse til å lage egne filmer, men han har ikke fullført noen lengre filmutdannelse.