Kirken var frem til 1800-tallet underlagt patriarkatet i Konstantinopel. Den erklærte seg som selvstendig i 1833, og ble offisielt anerkjent som det i 1850. Den ortodokse kirke i Hellas regnes som autokefal og er nært knyttet til den greske stat, men av respekt for patriarken i Konstantinopel har den ikke erklært seg som eget patriarkat.