Abd al-Latif Mirza forble ikke lojal mot sin far. Av usikre årsaker gjorde han opprør mot Ulugh Beg da han var på vei sørvestover for å gjenerobre provinsen Stor-Khorasan. En grunn kan være at Abd al-Latif fryktet å bli satt til side til fordel for sin bror Abd al-Aziz. Han beseiret sin far i kamper ved Samarkand høsten 1449. Ulugh Beg overga seg til sønnen som lot ham få dra på pilegrimsreise til Mekka. Imidlertid ble Ulugh Beg drept på ordre fra Abd al-Latif etter at pilegrimsreisen var begynt. Kort etter fikk han også tatt livet av sin bror Abd al-Azis.