Han tjenestegjorde under den første og andre slesvigske krig, blant annet ved Dybbøl, og ble høyt dekorert for sin innsats. Etter krigen var Bærentsen blant de mange offiserene som ble tatt ut av tjeneste under den store demobiliseringen. I tillegg til hærreserven så hadde Bærentsen en stilling som oppsynsmann ved Blegdamshospitalet i København.