I mange år var imidlertid vatnet skjemmet med store utslipp av kloakk. Dette er det nå slutt på, og Hillevågsvatnet er videre utbygd som kommunens største båthavn. Forurensingen kan ha kommet fra boliger, lett industri, småbåthavnen, NSBs godsterminal på Paradis og en nå nedlagt importhavn for fossile brensler, kjent som kullkaien.