Britene bad så Dorpüeller om å lede arbeidet med rekonstruksjonen av de tyske jernbaner: Dorpmüller og Ganzenmüller ble fløyet av amerikanerne til Chesnay nær Paris for et forhandlingsmøte om gjenoppbyggingen av transportsystemet. Den amerikanske generalen Carl R. Gray jr. hadde anbefalt Dorpmüller til general Dwight D. Eisenhower for gjeninnsettelse i tidligere stilling, fordi han ikke hadde sympatisert med eller vært aktivist for nazismen. Dorpmüller var da kreftsyk, og dro med stort besvær til Malente sør for Flensburg den 13. juni 1945, og derfra gav han sine råd om rekonstruksjonsarbeidet. Den 23. juni 1945 ble han operert igjen - fordøyelsessystemet virket ikke lenger og hans helsetilstand forverret seg. Trass i dette ledet han de faglige drøftelser, helt klar og koherent, inntil to dager før sin død.