Utspringet til elva, som her kalles Great Stour, ligger like øst for landsbyen Lenham, ved vannskillet til elva Len, ei sideelv til Medway. Elva renner fra kildeområdet i sørøstlig retning gjennom den landlige Low Weald-dalen, hvor den også tar oppi seg flere mindre sideelver. Ved byen Ashford møter den sideelva East Stour, som kommer inn fra sørøst fra kildeområdene nord for Hythe, samt de mindre sideelvene Whitewater Dyke og Ruckinge Dyke.