Kimen til New Zealands nåværende flagg er å finne i kolonitidens britiske flagg for de ulike besittelsene. Praksis var her at hver enkelt koloni førte et handelsflagg basert på den britiske , men med et særlig merke for kolonien i flaggets frie ende. I 1867 fikk New Zealand et slikt eget handelsflagg der bokstavene NZ i rødt med hvite kanter representerte kolonien. Flagget med dette merket ble benyttet en kort tid fram til 1869. Bokstavene ble da erstattet av et merke bestående av fire røde stjerner med hvite kanter, sørkorset. Dette flagget var til bruk til sjøs, og bare gradvis kom det i bruk på land der unionsflagget fortsatt var landets offisielle flagg. Innføringen av signalflagg der New Zealands røde stjerner var plassert i en hvit skive skapte en del forvirring ettersom bruken av signalflagget spredte seg til land.