Reiss-Andersen var statssekretær for justisminister Anne Holt fra 1996 i Thorbjørn Jaglands regjering, men sluttet etter at Gerd-Liv Valla tok over ministerposten i 1997. I anledning Valla-saken i 2007 kom det frem at Reiss-Andersen sluttet på grunn av samarbeidsproblemer med Valla, og både Reiss-Andersen og Anne Holt gikk ut med offentlig støtte til Ingunn Yssen.