Under okkupasjonen kom han med i motstandsarbeid. Johnsen tok seg over til Storbritannia der han ble med i Kompani Linge. I februar 1942 ble han sendt til Norge der han fikk oppdrag i Gudbrandsdalen. Johnsen etablerte en etterretningsorganisasjon og opererte radiosenderne og , som var i kontinuerlig drift krigen ut. Johnsen spilte en sentral rolle i Milorgs D23.