Selv Thomas Seymours navn har blitt knyttet til Mary Howard, hertuginne av Richmond, datter av Thomas Howard, 3. hertug av Norfolk, var han fortsatt ugift da kongen døde. Det er mulig at Thomas hadde som utsikt å enten gifte seg med prinsesse Maria eller prinsesse Elisabeth, men uansett hva som var tilfellet ble ingen av delene noe av. Derimot giftet han seg med Catherine i all hemmelighet sent i april 1547. Mange mente at ekteskapet ble inngått altfor tidlig etter kongens død. Anne Stanhope, den stolte hustruen til broren Edward Seymour, mislikte sterkt både Catherine og Thomas og begynte å snu hoffets mening om dem. Et eksempel på hennes hat for paret har vært å vise til at hun hadde beholdt dronningens juveler, hvilket rettmessig tilhørte Catherine. Mange så på ekteskapet mellom Catherine og Thomas som et eksempel på hans maktambisjoner.