Styret i Finanstilsynet har det overordnede ansvaret for virksomheten. Finanstilsynet ledes av finanstilsynsdirektør Per Mathis Kongsrud. Tilsynet er inndelt i fire avdelinger og en kommunikasjonsstab. Avdelingene er igjen delt inn i seksjoner som ledes av en seksjonssjef.