Tønder vokste opp ved en naturlig rasteplass for oksetransporter mot sør, i 1243 fikk den byrettigheter. Den var da en av de få havnene på Slesvigs vestside (som byen dengang tilhørte). Tønderhus borg ble oppført av Erik I av Slesvig ca.1265–70. Takket være at områdets innbyggere vant land fra sjøen, mistet Tønder adgangen til havet og dermed en del av sin betydning som handelsby. Opp igjennom historien har Tønder vekselvis vært tysk og dansk, og fremdeles er en tysk minoritet bosatt i kommunen.