Etter at han kom tilbake til sitt hjemland, ble Francis Obafemi Adesina sogneprest for i Ilesha. Fra 2001 til 2009 underviste han ved i Ibadan. Han var også direktør for bispedømmekontoret for kunst og kultur fra 2002 til 2005. I 2008 tok Adesina et diplom i menneskelig vekst og utvikling fra i Kent i England. I 2009 tok han doktorgrad i teologi fra det pavelige universitet Urbaniana i Roma. Francis Obafemi Adesina ble dekan for studier i 2010 og til slutt rektor for i Ibadan i 2013. I tillegg var han igjen medlem av konsultorkollegiet i bispedømmet Osogbo fra 2000 til 2019.