Diệm vendte i 1956 oppmerksomheten mot de kommunistiske gruppene, etter å ha slått ned andre opposisjonelle, både politiske og religiøse grupper. Han etablerte 26. oktober 1956 Sør-Vietnams hær gjennom en reorganisering av den eksisterende hæren, og etter få måneder ble FNLs grupper presset tilbake til mer fjerne utkantområder, og de siste franske soldatene forlot Vietnam i april 1956. I mars samme år presenterte det sørvietnamesiske kommunistlederen Lê Duẩn en plan med navnet «Veien til sør» for militær infiltrasjon til de andre medlemmene av politbyrået i Hanoi. I Lê Duẩns plan ble det tatt høyde for at det ville bli en militær konfrontasjon med USA, gitt forholdene under den kalde krigen. Men Folkerepublikken Kina og Sovjetunionen var motstander av en slik militær konfrontasjon på denne tiden rett etter Koreakrigen og Lê Duẩns plan ble avvist og kommunistene i sør måtte begrense seg til økonomisk kamp. Lederskapet ble delt i to fraksjoner, «Nord først», altså pro-kinesisk, ledet av Trường Chinh og en «Sør først», ledet av Lê Duẩn. I denne perioden ble den amerikanske politiske og materielle støtten til Diệm stadig økt.