Al-Khawaja var med på å grunnlegge Bahrain Centre for Human Rights. I forbindelse med opprøret i Bahrain i 2011–2012 ble han arrestert. I 2011 ble al-Khawaja stilt for en militærdomstol og dømt til fengsel på livstid for sin politiske aktivitet. Også datteren Zainab al-Khawaja ble fengslet i Bahrain, mens en annen datter, Maryam al-Khawaja, fungerer som leder for Bahrain Centre for Human Rights fra København.