Winzer arbeidet i de følgende årene blant annet som stedfortredende redaktør av Neues Deutschland, og var personlig assistent for president Wilhelm Pieck. Han var fra 1949 til 1956 statssekretær ved presidentens kontor, og fra 1950 medlem av Folkekammeret. Winzer gikk i 1959 inn i ledelsen av utenriksdepartementet, og avsluttet sin karriere som utenriksminister fra 1965 til 1975.