Han var blant flere som testet positiv for COVID-19 etter å ha presedert over begravelsesliturgien den 1. november 2020 for den ortodokse metropolitt Amfilohije, som trakk en stor sørgeskare; ingen i geisligheten brukte ansiktsmaske. De deltagende holdt ikke sosial distanse og gikk med på å holde seg til den tradisjon å gå frem til den åpne kisten og kysse den avdøde høye geistliges hender og panne. Patriark Irinej døde 19 dager etter begravelsen av koronavirus, den 20. november.