På begynnelsen av 1500-tallet bygde Fyrst Vasilij III et lite jaktslott om til fyrsteresidens. Aleksandrov var Russlands fungerende hovedstad i tre måneder (desember 1564 til februar 1565) under Tsar Ivan den grusomme, til han gikk med på å returnere sitt hoff og relikviene fra Moskva som han hadde tatt med seg. Ivan gikk med på å returnere etter at kirken ga han tillatelse til å grunnlegge opritsjnina. Aleksandrov har også senere hatt betydning som midlertidig oppholdssted for tsarene.