Området var ubebodd frem til 1903, da togterminalen for La Paz til toglinjene fra Lake Titicava og Arica ble bygget der sammen med bebyggelse for togarbeidere. En bane ned til La Paz ble åpnet i 1905. I 1925 ble flyplassen bygget for det nye flyvåpenet. Dette førte til økt bebyggelse og boområder. I 1939 ble den første skolen i El Alto åpnet. Byen fikk en voldsom vekst på 1950-tallet, da den ble koblet på vannettet til La Paz.