Han førte Sandefjord til klubbens første opprykk til høyeste nivå. Med 19 seiere, 5 uavgjort og 6 tap ble det andreplass i 1. divisjon, fem poeng bak i 2005. Opprykket ble sikret på bekostning av , klubben han fem år senere skulle bli hovedtrener for. Dette skjedde etter en kamp som endte med seier 4-3 til Thodesens menn. 2006-sesongen endte med 9.-plass i Eliteserien, samt cupfinale (tap 0-3 mot ) i 2006. Han ble kåret til årets trener av Norsk Fotballtrenerforening i 2006.