Hun var datter av riksråd Hans Lindenov til Gavnø og Elisabeth Augusta (Elisabeth var på sin side datter av Kirsten Munk og Christian IV). Etter først å ha vært forlovet med diplomaten Just Høeg, giftet hun seg i 1674 med Claus Daa til Krengerup (1640–1678). Ekteskapet var så ulykkelig, at Sophie Amalie Lindenov etter sigende lot sin mann myrde av en snikskytter i desember 1678, da de var på vei hjem sammen etter middag hos kapellanen i Blenstrup. Mordet ble aldrig oppklart, men Lindenov ble enearving til Brahesholm, Krengerup og Daasborg – sistnevnte omdøpte hun senere til Lindenborg etter seg selv.