Thoresen var på prest på Sunnmøre i årene 1826–1843. Årene 1826-1828 var han prest i Stranda. Han fikk kallet på Stranda etter Münsters anbefaling. Fra 1828 var han prest i Herøy og prost for Søre Sunnmøre. Thoresen tok over Herøy etter sin svigerfar, Morten Wendelboe Münster. I juli 1843 ble han utnevnt til sogneprest i Korskirken og familien flyttet til Bergen i 1844.