Etter at opprøret var slått ned ble MacNeill arrestert og dømt til livstids fengsel. Han ble løslatt allerede i 1917, og i parlamentsvalget i Storbritannia 1918 ble han valgt til parlamentsmedlem for Sinn Féin. Som de andre Sinn Féin-representantene nektet han å ta sitt sete i Det britiske parlamentet, og ble i stedet med ved opprettelsen av Dáil Éireann.