Departementet var delt i tre avdelinger, hvorav den ene var Arbeidstjenestens sentralorganisasjon. Dette var ingen vanlig departementsavdeling, men en organisasjon etter militært mønster som besto av seks avdelinger, og hvor sjefen var general Carl Frølich Hanssen. Han ble i 1949 dømt til syv års fengsel for sin virksomhet under andre verdenskrig. Departementet brukte Arbeidstjenesten som et redskap for å gjennomføre NS-regimets politikk. Fra april 1941 var sjefen et medlem av NS, og ved årsskiftet 1944–1945 var 90 % av stabsoffiserene partifolk. Mange førkrigsoffiserer som tjenestegjorde i AT fikk fortsette i Forsvaret etter krigen.