I januar 2007 ble Granqvist lånt ut til den engelske klubben Wigan Athletic FC, og etter å ha oppholdt seg i klubben ut vårsesongen signerte han for Wigan på permanent basis sommeren 2007, hvor han skrev under en toårskontrakt på en overgangssum verdt angivelig £750 000 pund. Granqvist spilte deretter tolv kamper i første halvdel av 2007/2008-sesongen, men klarte ikke å etablere seg på førstelaget og ble følgelig lånt tilbake til moderklubben Helsingborgs IF fra mars til juni 2008.