Ved østbredden av sjøen ligger byen Nikel. Avløp fra smelteverk og kloakk fra byen har i mange tiår rent inn i Kuetsjarvi via elva Kolosjoki og sterkt påvirket vannkvaliteten i innsjøen. Forurensingen påvirker også Svanevatn og Pasvikelva nedstrøms fra innsjøen. Siden 1990 er det på russisk side gjort flere tiltak for å stoppe forurensingen.