Sophie var hoffdame hos Isabella av Croy-Dülmen, gift med erkehertug Fredrik. Hun ble kjent med Franz Ferdinand omkring 1896 i Prag, og de to forelsket seg i hverandre. Hans familie satte seg imidlertid mot ekteskapet, fordi Choteks familie ble regnet som ikke standsmessig. Til slutt ble et morganatisk ekteskap tillatt, der Sophie ikke ville kunne få tittel av keiserinne og hennes barn ikke ha noen arverett til den østerrikske tronen eller noen av huset Habsburgs titler. I forbindelse med ekteskapet ble hun isteden gitt tittelen fyrstinne av Hohenberg, og hennes barn ville få samme tittel. Hun fikk bare kalle seg gemalinne, og ble behandlet som annenrangs ved hoffet. Hun fikk bl.a. ikke sitte i hofflosjen i teatret eller kjøre i erkehertugens vogn under parader. For å mildne disse protokollære komplikasjonene tildelte keiseren henne i 1909 tittelen , som gav henne tiltaleformen . I den keiserlige familien stod bare kronprinsenken Stephanie ekteparet nær, og inviterte Franz Ferdinand og Sophie ofte til sitt slott i Ungarn.