Nå viser en større studie med sekvenserte hele genom fra 65 røde pandaer, gjennom å trekke ut DNA fra blod-, muskel- og hudprøver tatt fra museumsprøver og røde pandaer i fangenskap, hvorav 49 Y-kromosomer og 49 mitokondrielle genom ble benyttet, et betydelig genetisk avvik mellom de to underartene, for alle tre markører og korrigert for artsfordelingsgrensene. Kombinert med morfologiske bevis, definerer disse dataene klart to fylogenetiske arter med rødpandaer. Studien demonstrerer også at de to har fulgt to vidt forskjellige demografiske baner; har opplevd to populasjonsflaskehalser og en stor populasjonsutvidelse over tid, mens har opplevd tre flaskehalshendelser og kun én mindre ekspansjon, noe som blant annet resulterer i svært lite genetisk mangfold og høy genetisk belastning. Sammenlignet med østlige rødpandaer hadde den vestlige 50 % færre mutasjoner i bokstavkodene, eller baser, som utgjør DNA på tvers av hele genom.