Etter det andre serbiske opprøret i 1815 ble «tyrkerne» fordrevet fra områder som løsrev seg fra Det osmanske riket. Nasjonalstatenes fremvekst på Balkan på 1800-tallet førte til omfattende utvandring eller fordriving av muslimer til områder fortsatt kontrollert av sultanen. Etter den første balkankrigen (1912–1913) utvandret eller flyktet til osmansk område, og utvandringen fortsatte i mellomkrigstiden blant annet ved befolkningsutveksling med Hellas etter Lausanne-traktaten. Etter andre verdenskrig forlot muslimer Makedonia, Kosovo og Sanjak Novi Pazar (dagens Sandžak) og slo seg ned i Istanbul-området. Da de kommunistiske regimene i Romania og Bulgaria utviklet seg i en nasjonalistisk retning ble muslimene marginalisert. I 1984 satte Bulgaria i gang en nasjonal gjenfødelse og i løpet av et år fikk borgere «bulgariserte» navn. Sommeren 1989 utvandret – muslimer til Tyrkia. I Albania innledet Enhver Hoxha i 1967 en anti-religions politikk der imamer, dervisjer og kristne prester ble forfulgt og til dels henrettet. Etter regimets fall i 1991 ble religiøse institusjoner i Albania bygget opp fra ingenting. Etter Dayton-avtalen skjedde oppbygging av islamsk institusjoner i kantoner med bosniakisk befolkningsflertall.