Klubbens første offisielle sesong som MK Dons var i 2004-05. Manager var Stuart Murdoch som hadde trent laget siden 2002. Laget spilte i League One etter at de kom på sisteplass i Championship sesongen før. Deres første kamp var hjemme mot Barnsley og endte 1-1. Murdoch fikk sparken etter en halv sesong og ble erstattet av Danny Wilson. De unngikk nedrykk siden Wrexham ble trukket ti poeng på grunn av økonomiske problemer. Sesongen etter gikk det dårligere, og laget rykket ned til League Two, og Wilson fikk sparken.