På landsmøtet til Fremskrittspartiet i mai 2019 stod Hagen i spissen for bompengeopprøret der han fikk gjennomslag mot Siv Jensen sine stemmer å bruke 100 milliarder kroner på å fjerne alle bomstasjoner. Carl I. Hagen har også fungert som stortingsrepresentant som vara til bedrageridømte Mazyar Keshvari siden oktober 2018 til januar 2020. Denne plassen mistet han da Fremskrittspartiet valgte å tre ut av regjeringen og Siv Jensen kom tilbake som stortingsrepresentant. Da det ble bestemt at Fremskrittspartiet skulle ut av regjering åpnet Hagen også opp om at også lederspørsmålet i Fremskrittspartiet bør bli et tema. Han viste til feilvurderinger gjort av partiet, feil kursvalg og at han forlot partiledervervet med målinger på 30 prosent, mot knappe 10 prosent ved fratredelsen i regjering. Dette forslaget fikk liten støtte ellers i Fremskrittspartiet.