I 1996 ble så Kostas Simitis både partisjef og statsminister (ministerpresident), og ble i begge verv frem til 2004. Han ledet tre regjeringskabinetter. I hans tid ble det drevet frem flere store infrastrukturprosjekt. Hans moderate holdning både til Kyprosproblemet og i den makedonske navnekonflikten aktiverte både støtte og motstand.