Portugiserne ankom i 1498. På et oppdrag for å skaffe seg økonomisk kontroll og drive kristning av Swahilikysten, angrep portugiserne Kilwa først i 1505 og andre byer senere. På grunn av motstanden ble det portugisiske forsøket på å etablere kommersiell kontroll aldri vellykket. Mot slutten av 1600-tallet begynte Portugals kontroll over kysten å svinne henne. Med hjelp av arabere fra Oman var den portugisiske tilstedeværelsen ved 1729 fjernet. Isteden ble Swahilikysten til sist en del av sultanatet Oman. Handelen tok seg opp igjen, men aldri opp til de tidligere nivåer.