Jan van Riebeeck gikk etterhvert over til å arbeide som sekretær, og reiste i 1642 til Atjeh der en delegasjon besøkte den nye herskeren. I 1643 ble han forfremmet til underkjøpmann, en stilling som førte ham til Deshima i Japan, Formosa og Tonkin i Vietnam. Han ble stasjonert i Tonkin der han i 1646 avanserte til kjøpmann og nestkommanderende (secunde) i . Året etter reiste han tilbake til Batavia via Deshima. I Batavia blir han tiltalt for å ha drevet privat handel i Tonkin og dømt til en bot på fl. 132,- tilsvarende ni ukers lønn. Bortsett fra dette ble han fratatt alle muligheter til å vende tilbake til Tonkin. Etter denne dommen reiste han tilbake til Nederland der han i 1648 slo seg ned som kjøpmann. Han appellerte til de Heeren XVII, men selv om han forklarte seg ble boten ikke opphevet.