Raiden våkner i et torturkammer hvor Solidus Snake avslører at han en gang adopterte Raiden, en tidligere barnesoldat, som sin egen sønn under den første liberiske borgerkrigen, og at Raiden nå er en Patriot-agent. Solidus forlater så kammeret, og Olga kommer inn og løslater Raiden, og forteller ham at hun også er en Patriot-dobbeltagent i Sons of Liberty og at hun ble utpresset av Patriots og tvunget til å hjelpe Raiden. Når han nærmer seg fasilitetenes tarmer mottar han merkelige ordre fra hans overordnede, Obersten. Det viser seg at den Obersten han har tatt ordre fra virkelig er en konstruksjon av superdataen GW, og at det halvveis opplastede viruset har begynt å gjøre skade på GWs systemer. Raiden mottar en telefon fra Rose, hvis samtale blir brutt, men hun rekker akkurat å avsløre at hun er gravid med hans barn. Raiden møter Snake, og de to møter Fortune, som kjemper mot Snake mens Raiden leter etter Solidus. Han blir tvunget inn i en kamp med 25 Metal Gear Ray-enhetene i Arsenal Gear. Olga beskytter ham, men Solidus får drept henne og fanger så Solid Snake og Raiden. Ocelot avslører at han også er en Patriot-agent, og at hele Big Shell-oppdraget var et nøye koordinert forsøk på å gjenoppleve hendelsene fra Shadow Moses-hendelsen for å skape en soldate på Snakes nivå - Raiden. Ocelot dreper Fortune, og annonserer hans planer om å jakte ned hele Patriots-organisasjonen basert på hans verts kunnskaper (Ocelot er fortsatt besatt av Liquid Snake). Arsenal Gear kræsjer ned i Manhattan, og Raiden og Solidus kastes opp på taket av Federal Hall. Solidus forsøker å drepe Raiden, med planer om å bruke hans nanomaskiner for å lede ham til Patriots, eliminere dem og forme en nasjon av «Sons of Liberty». Raiden blir kontaktet av Patriots, og blir tvunget til å kjempe mot Solidus - hvis ikke skal de drepe Olgas barn og Rose. Etter at Solidus har blitt slått, avslører Snake at han plantet en sporingsverktøy på Liquids Metal Gear. Snake og Otacon planlegger å følge ham, og så jakte ned Patriots, og Raiden møter endelig Rose igjen den 30. april 2009, merkedagen for deres første møte.