Plantasjeeier- og handelseliten i Charleston spilte en vesentlig rolle både i de underliggende konfliktene, den direkte opptakten til og utbruddet av den amerikanske borgerkrigen. Dette skyldtes slaveriets betydning for økonomien i Charleston, der arbeidskrevende bomulls- og risplantasjer hadde lagt grunnlaget for stor rikdom blant det hvite mindretallet som styrte byen. I 1850-årene var plantasjeeier- og handelseliten i Charleston sentrale i å organisere motstand i sørstatene mot nordstatene, og i kimen til å erklære sørstatene uavhengige. Det demokratiske partiet var splittet mellom demokrater i nordstatene og sørstatene. Forhandlinger mellom partene i Hibernian Hall mislyktes, og ved presidentvalget i 1860 var det to demokratiske presidentkandidater. Dette gjorde at republikaneren Abraham Lincoln ble valgt, og Sør-Carolina erklærte uavhengighet fra USA 20. desember samme år. De første skuddene i krigen kom i januar 1861 da et skip fra nordstatene ble beskutt på vei inn til Charleston. Det første store slaget i den amerikanske borgerkrigen fant sted i Charleston i april 1861, da sørstatene angrep Fort Sumter, et fort i Charleston som var kontrollert av nordstatene. Verdens første slag med ubåter fant sted ved byen i 1863. Byen ble erobret av unionsstyrkene i 1865 og byen var da svært ødelagt.