Fra 1909 arbeidet hun som dosent ved Fysiska institutionen i Uppsala med professor Knut Ångströms gode støtte. Men etter at Ångström døde plutselig i 1910 fikk Eva von Bahr som kvinne ikke lenger lov til å undervise, annet enn som vikar. Først i 1925 fikk kvinner rett til å ha stillinger ved universitetene i Sverige. Etter å ha blitt hindret i å bli professor i Uppsala og på Chalmers tekniska läroanstalt fordi hun var kvinne, søkte Eva von Bahr seg i 1912 til Universitetet i Berlin. Der var det en rad fremstående fysikere, blant annet Albert Einstein, Max Planck, Max von Laue, Walther Nernst, Fritz Haber, Lise Meitner, James Franck og Gustav Hertz. Med Lise Meitner utviklet Eva von Bahr et nært vennskap.