En rekke av fire internasjonale konferanser ble holdt, støttet av Nigeria og Organisasjonen for afrikansk enhet (OAU), i et forsøk på føre de ulike fraksjonene i Tsjad sammen. Ved den fjerde konferanse som ble hold i Lagos i Nigeria i august 1979, ble Lagosoverenskomsten signert. Denne etablerte en overgangsregjering i påvente av nasjonale valg. I november 1979 ble en overgangsregjering opprettet med mandat til å styre Tsjad i 18 måneder. Goukouni Oueddei (fra nordlige Tsjad) ble navngitt som president; oberst Kamougué (fra sørlige Tsjad) ble visepresident; og Habré ble forsvarsminister. Denne koalisjonen var skrøpelig og i januar 1980 brøt det ut nye kamper mellom Goukounis og Habrés styrker. Med støtte fra Libya tok Goukouni kontroll over hovedstaden og andre byer mot slutten av året. Imidlertid, Goukounis utsagn i januar 1981 at Tsjad og Libya hadde inngått enighet om å samarbeide for fullstendig forening av de to landene førte til omfattende internasjonalt press og Goukouni måtte til sist trekke tilbake alle utenlandske, hovedsakelig libyske styrker.