Problemer i hjemlandet Egypt tvang Ptolemaios til å søke en rask og ufordelaktig konklusjon. Den innfødte nasjonalistbevegelsen, som hadde begynt før krigen med det nevnte egyptiske opprøret, ekspanderte med støtte fra de egyptiske prestene, skapte uro og oppvigleri over hele riket. Økonomiske vanskeligheter førte til at kongedømmet økte skattene, noe som ble ytterligere brensel på bålet til nasjonalistene. For å kunne fokusere på innlandsproblemene signerte Ptolemaios en forsonende avtale med Antiokos III i 195 f.Kr. som overga kontrollen av Koilesyria til Selevkideriket og en avtale om å gifte seg med Antiokos' datter Kleopatra I.