Felipe Melo begynte sin karriere hos Flamengo i 2001, hvor han på to sesonger fikk 24 seriekamper og scoret tre mål. Etter å ha imponert i sin siste sesong for Flamengo meldte Melo overgang til Cruzeiro på sommeren 2003. Melo kom til Cruzeiro på sommeren 2003, men var bare i klubben i én sesong. I denne sesongen fikk Melo spille 31 seriekamper og scoret to mål.