Phillips giftet seg med Julie Cypher, en regi-assistent, 17. september 1987. De ble skilt etter nesten tre år, den 5. august 1990, da Cypher forlot ham for å begynne et forhold med rockemusiker Melissa Etheridge. Phillips hadde deretter et forhold med Jennifer Tilly, men de to giftet seg aldri. Phillips giftet seg senere med Penthouse-modell Kelly Preston Phillips, de har to døtre: Grace Moorea og Isabella Patricia (tvillinger født 5. oktober 1997). Tvillingdøtrene bor sammen med deres mor etter at Phillips og Preston tok ut en seperasjon i 2004 og deres skilsmisse ble sluttført i juli 2007.