William Kvist debuterte på det danske U16-landslaget i 2000, og spilte som ungdomsspiller en lang rekke kamper de danske ungomslandslagene. Som spiller på U17-landslaget deltok han i EM-sluttspillet som ble avholdt i Danmark. Han spilte i alt 43 landskamper for de danske ungdomslandslagene. Han har i tillegg spilt for Ligalandslaget fem ganger i 2007 og 2008.