Vichy-regimet fratok ham den franske Æreslegionen og tilbakekalte hans franske statsborgerskap (det ble gjenopprettet etter krigen). Blant hans etterlatte papirer hadde nazistene funnet manuskripter til fem diktbøker, ett drama og en essaysamling, og de brente alt i pur ondskap. Han var i en del finansielle vanskeligheter i USA inntil Archibald MacLeish, direktør av det amerikanske nasjonalbibliotek, og selv en poet, skaffet nødvendige private midler som gjorde det mulig for biblioteket å ansette ham inntil hans offisielle pensjonering fra den franske statstjenesten i 1947. Perse avslo en undervisningsposisjon ved Harvard University.