Bakgrunnen for reformasjonen var en tidligere reformbevegelse innen den katolske kirke, samt renessansen med sine studier av de gamle tekster og vekt på individet. Utviklingen ble også stimulert av trykkekunstens oppfinnelse, den økende handel og framveksten av en middelklasse. Det hadde også vært tidligere forsøk på å reformere den katolske kirke av blant annet Jan Hus, Pierre Valdes, John Wyclif, og Girolamo Savonarola, men det er Martin Luther som er anerkjent for å startet reformasjonen med sine . Luther begynte å kritisere salget av avlatsbrev, og videre med å insistere at paven hadde ingen autoritet over skjærsilden, og at den katolske lære om helgenes forbønn hadde intet grunnlag i Bibelen. Den protestantiske reformasjon kom med endringer som innebar en fullstendig tillit til bibellesningen som den eneste kilde til ren tro (, «gjennom skriften alene») og overbevisningen om at troen på Jesus, og ikke gode dyder, er den eneste måten å få Guds tilgivelse for synd (, «tro alene»). Det var i teologiske spørsmål at reformasjonen sådde tvil om kirkens autoritet. En konsekvens var likevel et klima for tvil på autoritetene også i andre spørsmål, som i filosofi og vitenskap (for eksempel det jordsentrerte verdensbilde). I reformasjonstiden oppsto den evangelisk-lutherske, den reformerte, den anglikanske kirke, døperbevegelsen (anabaptister) og den unitariske (antitrinitarier) kirke.