Kommandoen ble etablert på midten av 1990-årene og begynte sin virksomhet i 1997, etter sterk kritikk mot at tyske statsborgere i 1994 måtte reddes av belgiske fallskjermjegere under folkemordet i Rwanda. KSK deltok blant annet i jakt på krigsforbrytere i det tidligere Jugoslavia og terrorbekjempelse i Afghanistan.