Chen var til stor hjelp i Sun Yat-sens bevegelse for å beskytte den provisoriske konstitusjonen, og han hjalp også Sun Yat-sen med å grunnlegge en revolusjonær base i Guangzhou i 1917. Chen var imidlertid ikke enig med Sun om hvilken vei Kina skulle ta i framtiden. Sun ville forene Kina med voldsmetoder og gjennomføre forandringer med en sentralisert regjering ledet av et ettpartisystem. Chen gikk inn for en føderal stat med flerpartisystem der Guandong skulle være en modellprovins som kunne bidra til en fredelig forening av Kina. Chen motsatte seg Suns planer om å starte et felttog mot nord for å beseire krigsherrene og forene landet.