Hun ble tatt ut til å delta i Junior-VM i skiskyting 2003 i Kościelisko i Finland. Individuelt deltok hun i ungdomsklassen, og kom på femteplass på sprinten, niendeplass på jaktstarten og femteplass på 10 km individuell start. På stafetten i juniorklassen kom Norge på tiendeplass, der Eckhoff gikk sammen med Ann Kristin Flatland og Solveig Rogstad.