San Antonio-elven har utspring i i San Antonio. Derfra løper den, godt sikret av murer, gjennom bykjernen langs ; her trafikkerer flate turistbåter. Fra San Antonio renner den i sørøstlig retning mot Mexicogolfen, og munner ut der sammen med Guadalupe River i San Antonio Bay. San Antonio har ikke særlig dybde man kan trafikkeres med mindre motorbåter. Elven har et nedbørsdfelt på 10 700 km².