Anderton fikk sin landslagsdebut for etter å ha blitt tatt ut av landslagstrener Terry Venables i en vennskapskamp mot i 1994. Han var en del av den engelske troppen som spilte seg frem til semfinalen under EM i fotball 1996 og en del av troppen som spilte VM i fotball 1998, hvor han blant annet scoret et mål mot i gruppespillet. Anderton spilte tilsammen 30 landskamper for England, og scoret syv mål i perioden 1994 til 2001.