Selskapet hadde 2 større ulykker i 1994. I oktober kræsjet American Eagle Flight 4184, et fly av typen ATR-72, under en snøstorm i nærheten av Roselawn, Indiana og alle 68 personene ombord omkom. I desember kræsjet et Jetstream 32 under landing på Raleigh, Nord-Carolina og 15 personer omkom. Etter ulykken i Roselawn ble det avslørt at det var kjente problemer med ATR flytypen i kalde omgivelser. Dette kom frem i en bok av Stephen Fredrick (en som senere ble sparket fra selskapet) med tittelen som kom ut i juli 1996. American Eagle har etter dette faset ut bruken av ATR flyet i områder med kaldt klima, men det blir fremdeles brukt i ruter til De karibiske øyer fra Miami og San Juan på Puerto Rico, der været ikke er spesielt kaldt.