Ortega stilte som kandidat i presidentvalget i 1990, men ble slått av en koalisjon bestående av 14 partier, ledet av Violeta Chamorro. Han forble likevel en viktig politisk figur i landet. Han var tapende kandidat i presidentvalgene både i 1996 og 2001 før han vant valget i 2006. Ortegas andre regjering er regnet som en del av en «den rosa bølgen» i Latin-Amerika, sammen med blant andre Hugo Chávez i Venezuela og Evo Morales i Bolivia. Ortega har i denne perioden blandet mer kristendom inn i sin politikk enn han gjorde første gang han var president, blant annet ved å forby abort, selv om han støttet retten til fri abort på 1980-tallet. Nicaraguas abortforbud har vært svært kontroversielt, og Amnesty International har kritisert forbudet som et brudd på menneskerettighetene.