Fergusons forhold til klubbens styreformann Martin Edwards, en forretningsmann fra Manchester som hadde arvet klubbaksjene fra sin far Louis i 1980, ble svekket bare noen år inn i Fergusons regjeringstid. Edwards hadde gjort klubben til et allmennaksjeselskap (ASA) i 1991. Klubben ble da børsnotert i London. Ferguson skaffet klubben titler og økonomisk oppsving, og mens Edwards tok ut rekordutbytte var ikke Ferguson engang den best betalte manageren i ligaen. Ferguson brukte media til å uttrykke sin misnøye med dette, og supporterne gjorde raskt Edwards til sin fiende nr. én. Ikke lenge etter forsøkte Edwards å selge seg ut. Han prøvde på dette tre ganger, til mediemogulen Robert Maxwell, til forretningsmannen Michael Knighton og Rupert Murdochs BSkyB. Selv om Knighton ble presentert på Old Trafford som ny eier på slutten av 1980-tallet, var det BSkyB som var nærmest overtakelse, med et bud på £623 millioner i 1998. Budet ble blokkert av Konkurransetilsynet. Selv da Edwards solgte seg gradvis ut ble ikke Fergusons forhold til styret noe bedre. Styreformann Peter Kenyon (som senere fikk tilsvarende jobb i Chelsea) og hans medhjelper David Gill, klarte ikke å bli enige med Ferguson om hvilken rolle han skulle inneha etter han skulle gi seg som manager. Ferguson hadde foreslått £1 million i året for å være klubbens ambassadør, mens klubben svarte med å tilby £100 000 for en vagt definert rolle. Ferguson følte seg ikke verdsatt og var frustrert, og dermed annonserte han at han kom til å gi seg etter 2002-sesongen, og deretter kutte alle bånd med klubben. Fansen reagerte voldsomt og Uniteds styremedlemmer ble kraftig utskjelt. Mange boikottet også salget av supporterutstyr, og dermed begynte klubbens aksjeverdi å synke. Bare noen dager senere kom imidlertid redningen da Fergusons irske venner fra hestesporten, JP McManus og Michael Tabor, økte sin aksjeportefølje fra 3 til 7 prosent, før de kjøpte ytterligere 10 prosent av BskyB. Saken skled derfor sakte ut i sanden. Vennskapsforholdet mellom Ferguson og de nye irske eierne ble ødelagt over en uenighet om avlsrettigheter for hesten de eide i lag, «Rock of Gibraltar». Ferguson saksøkte sine medeiere fordi han ikke fikk rettigheter til avlsproduksjonen, som kunne skape inntekter opp mot 1 milliard kroner etter en fenomenal karriere på løpsbanen. Under Glazer blir Ferguson godt behandlet, og ifølge enkelte kilder blir lønnen nå estimert å være rundt £4,5 millioner i året.