Etter oppstilling og opptelling klokken 5 om morgenen 3. november ble jøder skilt fra andre fanger og marsjert på rekke mot grøftene. I påvente av henrettelse ble de først ført til en brakke der de måtte kle seg nakne. En tett rekke av bevæpnede politimenn sto oppstilt langs gangveien til henrettelsesstedet. Jødene ble sendt i grupper på omkring 10 ned i grøften der de ble skutt og drept. Kvinner og menn ble henrettet hver for seg, barna ble drept sammen med mødrene. Skytingen begynte mellom 6 og 7 om morgenen og pågikk uten pause til klokken 17 på ettermiddagen, mannskap ble skiftet ut underveis. Skyterne sto på kanten av grøften. Mens skytingen pågikk ble jøder fra mindre satelittleirer og bedrifter i området marsjert til Majdanek og holdt i påvente av henrettelse.