Skirbekk var hjelpelærer ved Filosofisk institutt ved Universitetet i Bergen i 1962, universitetslektor i 1964, og ble professor i vitenskapsfilosofi samme sted i 1979. Han grunnla Senter for vitskapsteori, Universitetet i Bergen i 1987 og var styrer der i 1987–1991, 1995–1997 og 2001–2003.