Som trener hadde han stor suksess i Spartak Trnava, som vant seriemesterskapet fem sesonger mellom 1968 og 1973, og som spilte semifinale i Serievinnercupen mot Ajax Amsterdam i 1968. Han var også trener for Admira Wacker Mödling, ADO Den Haag, Slovan CHZJD Bratislava og VSE St. Pölten. I 1998 ble Malatinský hedret ved at hjemmebanen til FC Spartak Trnava, Štadión Antona Malatinského, fikk hans navn.