Likeledes kan enkelte metafysiske spekulasjoner over tid gi opphav til testbare og vitenskapelige hypoteser. Eksempelvis har tanken om at materien er bygd opp av atomer, eksistert som en metafysisk lære i over 2000 år (fra Levkipp og Demokrit og frem til 1800-tallet), før den kunne bli videreutviklet til en vitenskapelig teori med testbare prediksjoner.