Han gikk i lære hos en handelsmann i København, vendte tilbake til Færøyene i 1863, og slo seg ned som landhandler, fiskebåtreder og bonde i Hvalba. Han giftet seg i 1869 med Elisabeth Christine Poulsen fra samme bygd. Paret fikk åtte barn, blant dem datteren Karen Berthe Frederikke, som ble gift med den senere lagtingsmannen Thomas Johan Midjord. I 1898 ble Schrøter utnevnt til sysselmann på Sandoy med bolig på Sandur.