I Mbekis andre presidentperiode gjorde hans teknokratiske og ukarismatiske stil ham upopulær i ANC. Under partikongressen i Polokwane i desember 2007 ble Zuma nominert som motkandidat for partiledelsen og vant avstemningen overlegent. Selv om Mbeki prøvde å holde seg ved makten i 2008, måtte han gi fra seg president-embetet i september til en overgangspresident (Kgalema Motlanthe). Zuma var da allerede utnevnt til presidentkandidat. Etter ANCs valgseier ble han tatt i ed som president 9. mai 2009. Som president har han stått for en langt mer åpen og inkluderende stil enn Mbeki, men han ble også kritisert for å være populistisk, og for å vingle mellom de forskjellige fløyene i ANC, uten å ta standpunkt. Han har imidlertid blitt rost for å ha en langt tøffere tone mot sin kollega Robert Mugabe i Zimbabwe enn hva Mbeki hadde.