Ved kgl.res. av 8. juli 1865 ble Sørfjord sogn overført fra Karlsøy prestegjeld til Lyngen, gjeldende fra 1. januar 1867, dermed hadde prestegjeldet to sogn. Flere av beboerne i det senere Sørfjord kirkesogn hadde da alt søkt Lyngen kirke i flere tiår, ref. kgl.res. av 3. desember 1813. Ved kgl.res. av 15. august 1911 ble Hateng skolehus tillatt vigslet til kapell for Storfjord distrikt. Ved kgl.res. av 21. juni 1929 ble Lyngen hovedsogn delt i tre: Kåfjord, Storfjord og Lyngen. Til prestegjeldet hørte også fortsatt Sørfjord sogn, som fra 16. juli 1937 fikk navnet Ullsfjord. Skibotn bedehus i Storfjord sogn ble innviet 5. mars 1930. Ved kgl.res. av 24. juni 1966 ble Ullsfjord sogn overført til Tromsøysund prestegjeld. Ved kgl.res. av 2. juni 1978 ble Kåfjord sogn utskilt fra Lyngen som eget Kåfjord prestegjeld, gjeldende fra 1. august 1978.