Det latinske riket møtte snart et stort antall fiender som korsfarerne ikke hadde tatt med i betraktningen. Foruten de enkelte bysantinsk-greske statene i Epirus og Nikea, møtte riket stort press fra muslimske Seldjuk-sultanene i Rûm (østlige Tyrkia) og det bulgarske riket. De greske statene kjempet om overhøyhet mot både latinere og mot hverandre. Bortimot samtlige greske og latinske forkjempere av katastrofen i Konstantinopel ble drept kort tid etter. Alexios V Dukas («Murtzuphlos») forræderi av Alexios III førte til at han ble tatt til fange av latinerne og han ble henrettet i Konstantinopel. Ikke lenge etter ble Alexios III selv tatt til fange av Bonifatius og sendt i eksil sørlige Italia. Et år etter erobringen av byen ble keiser Balduin I avgjørende beseiret i slaget ved Adrianopel den 14. april 1205 av bulgarere. Han ble tatt til fange og senere henrettet av den bulgarske keiser Kalojan. To år senere, den 4. september 1207, ble Bonifatius drept da han falt i et bulgarsk bakhold, og hans hode ble sendt til Kalojan. Han ble etterfulgt av sin sønn, ennå et spedbarn, Demetrius av Montferrat, som hersket inntil han ble myndig, men ble til slutt beseiret av Teodor I Ducas av Epirus, og en slektning av Murtzuphlos, og således kom kongedømmet Thessaloniki igjen under bysantinsk styre i 1224.