I 2005 ble Andresen det dyreste kjøpet i SK Branns historie. Han kom for 15 millioner. Andresen var mye plaget av skader. Han kom tilbake i 2006 og ble kaptein for SK Brann. Brann hadde en av sine beste sesonger det året, mye takket være Andresen på midtbanen. Han var kaptein da landslaget var ute i EM-kvalifisering. I 2007 vant SK Brann serien, og da spilte Andresen også en stor rolle. Det året ble han Norges mest verdifulle spiller og var med på årets lag i Tippeligaen. Totalt spilte Andresen over 60 kamper for Brann og scoret mange mål fra sin midtbaneposisjon. Han fikk da tilbud fra Vålerenga om å bli spillende trener for klubben, noe han takket ja til.