Mikkelsen fikk sin landslagsdebut for i en vennskapskamp mot den 15. november 2011 (2–1), hvor han kom inn som innbytter for Daniel Wass i andre omgang. Han var også én av syv spillere fra FC Nordsjælland som ble tatt ut til serielandslaget som skulle representere Danmark i King's Cup 2012. Mikkelsen ble siden tatt ut i den danske troppen til EM i fotball 2012 i Polen og Ukraina av landslagstrener Morten Olsen.