Etter det tyske angrepet på Sovjetunionen sommeren 1941 fikk Kirkenes rolle som forsyningshavn for tyske styrker på Murmanskfronten. Okkupasjonsmakten anla en rekke befestninger eller støttepunkter langs Finnmarkskysten i tilfelle sovjetisk/alliert landgang. Utbyggingen av Høybuktmoen begynte i 1941, flyplassen spilte en rolle både ved angrep på konvoiene til Murmansk og ved kampene om Murmansk. Kirkenes hadde en viktig strategisk rolle som forsyningsbase for den tyske hæren og som støttepunkt for fly og marine. I og rundt Kirkenes var det reist brakkeleirer med plass til store styrker. Ved Hesseng-Bjørnelvdal var det lagret 9-12 måneders forsyninger for opp mot soldater. Mye av arbeidet ble utført av sovjetiske krigsfanger. Tyske forsyninger kom i konvoi til Kirkenes og ble raskt angrepet av sovjetiske fly. Under hele krigen ble steder i det nordlige og østlige Finnmark utsatt for heftige, sovjetiske bombeangrep, og mot slutten av krigen i Norge ble landsdelen hardt rammet. Flyangrepene mot Kirkenes pågikk i tre år og ødela mesteparten av bebyggelsen i Kirkenes. Sovjetunionen ønsket å ramme tyske lagre og skipstrafikk for å hindre forsyninger å nå frem til fronten.