Bastian blir omsider tatt med inn i en fantasiverden kalt Fantasia. Han gjør sin entre inn i den, akkurat i det kjempen Rock Biter er på vei til slottet for å søke hjelp om hvordan man kan stoppe en mørk kraft som kalles tilintetgjørelsen, som truer med å utslette hele landet om den ikke stoppes. Når han ankommer slottet viser det seg at den unge dronningen er syk og ikke kan hjelpe. Håpet finnes imidlertid i en modig kriger ved navn Atreju. Og når han kommer, viser det seg at han bare er en gutt, men det gjør ham ikke mindre betydningsfull. Man må stole på denne Atreju. Om han ikke lykkes, vil den unge dronningen dø – og verden med henne. Et annet sted i Fantasia begynner en mørk skapning sitt oppdrag med å stoppe Atreju. Bastian blir sugd inn i historien og plutselig er han selv med å påvirke Fantasia sin skjebne på sitt helt eget vis.