Den nicaraguanske konstitusjon tillot ikke at den sittende president søkte gjenvalg, og Allianse for republikkens kandidat, Eduardo Montealegre, havnet på annenplass ved presidentvalget i 2006. Bolaños overlot dermed presidentvervet til sin mangeårige politiske motstander Daniel Ortega den 10. januar 2007. Som avtroppende president hadde han rett til å innta et sete i nasjonalforsamlingen. Dette var en ordning han selv hadde kritisert etter at den ble etablert i 1990-årene som del av «pakten» mellom Alemán og Ortega. Bolaños valgte istedet å forlate det politiske liv, og frasa seg formelt sitt sete i februar 2007.