Etter at kona Francisca de Palacios døde, gikk Marroquín inn i presteskapet og ble presteviet. I 1528 møtte han conquistadoren Pedro de Alvarado ved det spanske hoff; som hadde erobret Guatemala fire år tidligere. Sammen med Alvarado, Juan de Zumárraga (første biskop av Mexico) og Vasco de Quiroa (biskop av Michoacán), reiste Marroquín til Cuba, Mexico og til slutt til Guatemala, hvor han ankom med malaria i 1530.