Karrieren etter doktorgrad har hovedsakelig bestått av oppbygging av forskning og gjennomføring av undervisning. Rustøen var post. doc. ved høyskolen i Oslo 2001–2003 og ble professor i sykepleievitenskap samme sted i 2003. I 2006 ble hun ansatt som professor II ved Universitetet i Oslo og medarbeider ved Oslo universitetssykehus (OUS) for å bygge opp forskningen blant sykepleiere i Akutt-klinikken.