Det er 18 959 studerende ved universitetet (2004/2005). Studentene utgjør rundt 15 % av Würzburgs befolkning. Universitetet er med 350 professorer og 2700 vitenskapelige medarbeidere byens nest største arbeidsgiver. Det finnes fakulteter for bl.a. teologi, filosofi (I, II og III, herunder alle andre humanistiske og samfunnsvitenskapelige fag), jus, medisin, matematikk og informatikk, biologi, kjemi, fysikk og astronomi, geovitenskaper, og økonomi.