Henry Pomeroy erobret stedet på vegne av prins Johan av England under regimet til Rikard I av England. John de Vere, 13. jarl av Oxford, tok og holdt det under en beleiring på 23 uker mot rundt 6000 av kong Edvard IV av Englands soldater i 1473. Perkin Warbeck okkuperte stedet i 1497. Humphry Arundell, guvernør av St Michael's Mount, ledet et opprør i 1549. Under regimet til dronning Elisabeth I av England ble det gitt til Robert Cecil, 1. jarl av Salisbury, og dennes sønn solgte det til Francis Basset. Under den engelske borgerkrigen holdt Arthur Basset (bror av Francis Basset) St Michael's Mount mot parlamentsstyrkene fram til juli 1646.