Mange våpenhviler ble undertegnet i løpet av 1990-tallet, men ingen av dem varte, og konflikten fikk oppmerksomhet i Europa da fire franske turister forsvant på mystisk vis og begge parter anklaget den andre for å drive med kidnapping. I 2006 inngikk MFDCs leder Augustin Diamacoune Senghor en våpenhvile med regjeringen, men flere fraksjoner i bevegelsen valgte å fortsette kampen. Konflikten fortsatte i 2006, og førte til at tusenvis av sivile flyktet over grensen til Gambia.