Al-Faruqis ideer om islamisering av kunnskap fortsetter å påvirke moderne islamsk tanke. Hans vektlegging av å integrere islamske prinsipper med moderne akademiske disipliner forblir relevant for forskere og lærere som ønsker å harmonisere tro og fornuft. Hans arbeid blir ofte sitert i akademiske konferanser og publikasjoner om islamsk tanke og utdanning.