Pan Am gjenoppstod to ganger etter 1991. Det andre Pan Am (Pan Am II) var i drift fra 1996 til 1998 med fokus på lavpris flyvninger mellom USA og Karibia. Det nåværende selskapet (Pan Am III), som har hovedsete i Portsmouth, New Hampshire, også kjent som the Pan Am «Clipper Connection,» ble drevet av Boston-Maine Airways frem til 2008, da passasjersertifikatet ble trukket tilbake.