Den 3. desember 2010 utnevnte pave Benedikt XVI ham til titulærbiskop av og hjelpebiskop i bispedømmet Münster. Zekorn ble ordinert til biskop den 13. februar 2011 i Münster-katedralen av biskop Felix Genn; medkonsekratorer var biskopen av Limburg, Franz-Peter Tebartz-van Elst, og biskopen av Essen, Franz-Josef Overbeck.