På grunn av de knappe sporene som finnes av Melqart, er dagens forskerne etterlatt til spekulasjoner om hvilken type guddom som Melqart var. William F. Albright har foreslått at Melqart tidvis var likestilt med den mesopotamiske guden Nergal, en gud for underverden, ettersom dennes navn også betyr «bykonge». Andre forskere mener dette er en tilfeldig forbindelse ettersom det fra andre kilder ikke finnes noe som antyder en gud for underverden og det er mer naturlig å forstå ham som en skytsgud for Tyr. Det har også blitt foreslått at Melqart begynte som en havgud som senere ble gitt soltilknytning eller alternativt at han begynte som en solgud som siden ble tilknyttet havet. Dessverre er det svært lite som kjennes til om hans kult.