Han returnerte til Norge i 1945 hvor han gjenopptok sin karriere. Eitinger spesialiserte seg i psykiatri og tok i 1958 den medisinske doktorgraden med en avhandling om psykiske lidelser blant flyktninger i Norge og bidro med å utvikle krisepsykiatri som et sterkt fag i Norge. Hans forskning om overlevende fra konsentrasjonsleirene (KZ-syndromet, 1964) og sykelighet som følge av ekstrem stress har hatt internasjonal gjennomslagskraft. Han ble professor i psykiatri ved Universitetet i Oslo og ledet i en mannsalder Universitetets psykiatriske klinikk, en forskningsbasert klinikk beliggende på jordene mellom Blindern og Vindern. Eitingers arbeid bidro også til å legge grunnlaget for etableringen av Forsvarets psykologisk-psykiatriske tjeneste og faget militærpsykiatri i etterkrigstiden, og han har blitt beskrevet av Arne Sund som katastrofepsykiatriens «bestefar». Som professor emeritus var han knyttet til og hadde kontor ved det nyetablerte Kontoret for katastrofepsykiatri (nå Nasjonalt kunnskapssenter om vold og traumatisk stress), som hans arbeid hadde vært med å legge grunnlaget for. Nils Retterstøl skrev at «med sine erfaringer, med sin kunnskap og ved sin visdom var [Eitinger] naturligvis en meget verdifull ressursperson ved kontoret. Kontoret for katastrofepsykiatri kom nettopp til å arbeide med problemområder som hadde vært sentrale ikke bare i hans faglige liv, men også i hans privatliv.» Han var også medlem av den rettsmedisinske kommisjons psykiatriske avdeling.