I mars fikk hun gull på 800 meter og sølv på 1500 meter under det sørafrikanske mesterskapet i friidrett, og hun vant 800 og 1500 meter under det sørafrikanske juniormesterskapet. Semenya vant både 800 meter og 1500 meter ved juniorafrikamesterskapet i friidrett 2009. Semenyas tid på 800 meter, 1.56,72, var både nasjonal rekord og mesterskapsrekord, og var en forbedring av hennes gamle personlige rekord (2:00,58) med nesten fire sekunder. Den tidligere sørafrikanske rekorden var på 1.58,85, og var satt av Zelda Pretorius. Hun slo også Zola Budds nasjonale juniorrekord på 2:00,9.