Verken Spania eller Mexico lyktes i å kolonisere området utover de sørligste områdene og de sentrale kystområdene. De øvet derfor ikke noen effektiv kontroll utover dagens Sonoma County i nord eller fjellene langs kysten i vest. Mye av de indre landsområdene, som Central Valley og Californias ørkenområder forble dermed under kontroll av urinnvånerne fra til sent undere det mexicanske styret da mer av områdene i innlandet ble gitt til settlere, og særlig etter 1841 da store mengder innvandrere fra USA begynte å etablere seg i innlandsområdene.