Den ble grunnlagt 6. oktober 1879 av erkebiskop José Hipólito Salas under navnet . I 1905 fikk skolen sitt nåværende navn. Den bærer navnet til skytshelgen til byen, helgenen og martyren San Sebastián. Skolen tilbyr voksenopplæringsklasser siden 1881 og førskoleutdanning siden 1920. Den ble grunnlagt av bispedømmet Concepción og er den eldste skolen i regionen Bío-Bío.