Sognesjøen avgrenses av øygrupper med mer enn 200 småøyer og skjær, og mange av disse er verdifulle hekke- og trekkplasser for sjøfugl og vadefugler. Her finner vi blant annet svartand, siland, brunnakke, ærfugl, grågås og noe mere sjeldent rødnebbterne, strandsnipe, toppskarv og unntaksvis teist og hubro.