Etter å ha spilt for en del mindre klubber i Danmark kom Bisgaard til Odense i 1993. Sommeren 1998 reiste han til den italienske klubben Udinese, og han ble i denne klubben fram til juli 2001 da han gikk til danske FC København. Han spilte for FC København i tre sesonger, og scoret blant annet et mål i den danske cupfinalen for laget fra København.