Fra da og fram til krigene i det tidligere Jugoslavia utviklet det seg to retninger for bosnjaker. Disse bevegelsene på 1960-tallet ble ikke gjennomført av religiøse bosnjaker, men ble stort sett frontet av de sekulære. Som en motvekt til denne sekulære bevegelsen vokste det så fram en mer religiøs filosofi. En fremtredende skikkelse i bosnjakers historie var nettopp sekulær, nemlig Alija Izetbegović, jurist, bosnjak-aktivist, politiker og president for Bosnia-Hercegovina fra 1996 til 2000. Det kommunistiske Jugoslavia støttet de sekulære bosnjaker. Virkningen av disse to forskjellige ideene av hva som ligger i begrepet «bosnisk muslim» kan sees den dag i dag.