Fujimori erklærte seg som presidentkandidat for en tredje periode til valget i 2000, på tross av at dette var tvilsomt i henhold til konstitusjonen. Han ble erklært vinner den 28. mai, i en storm av anklager om uregelmessigheter ved valget. Som en forsonende gest utnevnte han den tidligere opposisjonslederen Federico Salas som ny statsminister, og holdt de fleste av sine tidligere ministre utenfor regjeringen. Opposisjonspartiene i kongressen var imidlertid ikke fornøyd med dette og fortsatte sine protester.