Uheldigvis hadde en fransk delegat, Napoleon Bonaparte Wyse, sikret seg tillatelse fra Colombia til å bygge en kanal på havnivå gjennom landtungen i Panama. Lesseps presset hardt på for denne løsningen, til tross for innvendinger om de tekniske problemene den ville medføre. Lesseps lot seg ikke rokke, og den franske delegasjonen – på et tidspunkt da kun halvparten av den var til stede – ga etter for press fra Lesseps og valgte Panama-løsningen. Av totalt 138 delegater stemte 78 for Panama, hvorav de fleste var franskmenn.