Fra Saalfeld flyter Saale inn i kalksteinsområdet nord for Thüringer Wald og gjennom byen Jena. Den fortsetter så inn i Sachsen-Anhalt og gjennom kurstaden Bad Kösen der det dyrkes vinranker i skråningene langs bredden. Ved Naumburg mottar den den dype elven Unstrut. I dette området ligger et av Europas nordligste vindistrikter, Saale-Unstrut. Saale renner videre forbi Weißenfels, Merseburg, Halle, Bernburg og Calbe. Elva munner ut i Elben ved Barby noen kilometer oppstrøms fra Magdeburg.