I 1558 ble Wien keiserlig hovedstad med Böhmen og Ungarn som ble lagt under habsburgernes kontroll i 1526. Den habsburgske Ferdinand I av Det tysk-romerske rike gjorde byen til keiserlig hovedstad i Det tysk-romerske rike, en posisjon byen hadde fram til oppløsningen av riket i 1808, til tross for at Rudolf II hadde sin residens i Praha, ble den flyttet tilbake til Wien med Ferdinand II i 1620.