Sandsøy har vært kirkested i lang tid. Den tidligste kilden til en kirke på stedet er fra rundt 1350, men det finnes en statue av Olav den hellige fra kirken som kan dateres til midten av 1200-tallet. Muligens brant en kirke på stedet i 1633. Denne var opp mot femti år da den brant. Alternativt ble det revet en gammel kirke på stedet i 1640, og en ny ble bygd i stedet. Man vet sikkert at en kirke ble revet i 1765 og en ny kirke stod ferdig i 1766. Denne kirka ble flyttet til Bjarkøy i 1886. Dagens kirke ble så bygd i 1888. Alle disse kirkene har stått på samme sted.