Britene møtte økende motstand og føderasjonen var preget av opprør. I 1963 ble National Liberation Front (NLF) dannet. Den var aktiv i føderasjonens ulike medlemsstater og i 1965 ble den regnet som en viktig maktfaktor. Andre grupper var også aktive i opprørskamp mot britene. Front for the Liberation of South Yemen (FLOSY) var støttet av Egypt, og var NLFs hovedrival i kampen om makten i et uavhengig Sør-Jemen. Konflikten i Nord-Jemen spilte også inn på situasjonen.