Etter Bolesław IIIs død ble byen på ny beleiret av brandenburgere i 1308, og byens dommer Bogusza (etter Władysław Łokieteks ordre) bad Den tyske orden om hjelp. Etter at korsfarerne beseiret brandenburgerne, forrådet de imidlertid Gdańsks rettsmessige hersker Łokietek, overtok og ødela byen, og drepte en del av dens befolkning (den såkalte «Gdańsk-pogromen»). Korsfarerne angrep også byens koloni av tyske håndverkere og kjøpmenn, som utgjorde konkurranse for Ordenens egen by Elbing (Elbląg).