Det finnes noen kulturelle spenninger mellom Malaysia og nabolandene, især Indonesia. De to landene har en lignende kulturarv, og deler mange tradisjoner og kulturminner. Det fremsettes sterke krav i den indonesiske offentligheten om å beskytte kulturarven som noe særskilt indonesisk. De nasjonale følelsene er mindre sterke i Malaysia. Malaysiske og indonesiske myndigheter har måttet avklare noen av problemstillingene, men har fortsatt et komplisert forhold.