I 1995 ble Naissaar gjort til naturreservat. Øya er nå ubebodd, men tilgjengelig for turister. Den lange militære aktiviteten på øya har imidlertid ført til at store områder av øya er forurenset av oljeutslipp og tungmetaller. Enkelte av de gamle, svenske trehusene på øya har blitt restaurert, og en del av den gamle jernbanelinja har også blitt satt istand.