I konfronterte Yoda en Mørk Jedi på Dagobah noen år før hendelsene i Imperiet Slår Tilbake. Yoda slo den mørke jedien, som døde på Dagobah. Hulen hvor den mørke jedien døde ble sterk i den mørke siden av Kraften, og Yoda brukte dette stedet for og skjule seg fra Keiseren og Darth Vader siden mørket i hulen nøytraliserte hans gode krefter. Etter at Imperiet hadde falt, bygde Den Nye Galaktiske Republikk en militærbase på et av de største fjellene, som het Yodafjellet, i ære til den store jedimesteren.