Fredrikstad har også en større havn på Øra. Fra havna går riksvei 111 nordover til Rakkestadsvingen der den møter riksvei 110 og fylkesvei 130. Veien fortsetter nordover langs østsiden av Glomma til Årum der den krysser europavei 6 og fortsetter over kommunegrensen til Sarpsborg ved Gatedalen. Fra Rakkestadsvingen går riksvei 110 vestover over Fredrikstadbrua og gjennom sentrum til Råde og europavei 6. Fylkesvei 130 går østover gjennom Skjærviken til Skjeberg og europavei 6. Europavei 6 går gjennom den nordøstlige delen av kommunen fra Sandesund bru og ca. to km sørover.