I hans andre periode ble mange medlemmer av Sadiq al-Mahdis familie gitt fremtredende politiske roller og ministerposter, deriblant Mubarak al Fadil al Mahdi, som var innenriksminister på slutten av 1980-tallet, en periode hvor mange brudd på menneskerettighetene senere har blitt dokumentert. Sadiq al-Mahdi er kjent for å ha utvist flere kommunistiske medlemmer av Sudans parlament på slutten av 1960-årene.