Etter Wollstonecrafts død kontaktet Godwin og Joseph Johnson, Wollstonecrafts utgiver og nære venn, Fannys far, men han ville ikke gi noen støtte til sin datter. Imidlertid, Mary Wollstonecrafts to søstre, Eliza Bishop og Everina Wollstonecraft, Fannys eneste ekte slektninger, ønsket å gi omsorg til henne, men Godwin mislikte dem og avslo deres tilbud. På den annen side var ikke Godwin selv spesielt klar for foreldrerollen og han hadde nå to små barn å ta seg av og ingen fast inntektskilde. Han var likevel fast bestemt å ta seg av dem. Flere ganger i løpet av Fannys barndom ba Wollstonecrafts søstre om få bidra, men hver gang avslo Godwin. I løpet av disse årene av Fannys liv tjente forleggeren Joseph Johnson som en slags uoffisiell verge for henne. At Johnson hadde spesiell sympati for Fanny kom fram at han tilgodeså henne spesielt i sitt testamente.