Han ble erkebiskop av Lingayen-Dagupan den 21. juli 1991. Cruz var fra 1993 til 2000 president for Federation of Asian Bishops' Conferences (FABC) og fra 1995 til 1999 president for den katolske bispekonferanse på Filippinene (CBCP). Den 8. september 2009 innvilget pave Benedikt XVI hans avskjedssøknad av aldersgrunner. Han ble etterfulgt av biskop Socrates B. Villegas av Balanga.