Atta og Marwan al-Shehhi ankom USA i juni 2000. Begge endte opp i Venice i Florida på flyskolen Huffman Aviation der de tok flytimer. I begynnelsen av mai 2000, bidro Atta til å få flere kaprere inn i USA. I juli 2001 reiste han til Spania for å møte bin al-Shibh for å planlegge de siste detaljene før angrepet på USA. I løpet av august 2001 var Atta på flere flyturer for å observere og planlegge i detalj hvordan angrepet skulle utføres.