Cynthia Utrom er leder for Techno Cosmic Research Institute (TCRI) og sender en skvadron for å jakte på den korrupte vitenskapsmannen Baxter Stockman. Han har opprettet et mutant for å grunnlegge sin egen mutante dyrefamilie, og begynte med en stor husflue. Men Stockman ble avbrutt av Utroms slagstyrke, og blir snart drept i den resulterende eksplosjonen. Men det mutante genet hans faller ned i kloakken, under New York City. Femten år senere har de fire skilpadde-brødrene Michelangelo, Leonardo, Raphael og Donatello blitt oppdratt av adoptiv-faren deres, Splinter, en rotte - etter at de fem ble forvandlet til humanoide mutanter, på grunn av Stockmans mutagen. Etter å ha bli jaget bort av mennesker har ført til at Splinter nærer mistillit til menneskeheten. Han har trent sønnene sine i ninjutsu-kunsten, og instruerte dem om å bare forlate kloakken for å stjele forsyninger.