Kort tid etter angrepet på Norge 9. april 1940 ble DS «Nordstjernen» rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten for å ligge som losjiskip for norske krigsfanger ved Marineholmen i Bergen sammen med rekvirert kystruteskip DS «Mørejarl». Krigsfangene ble 16. april 1940 overført til rekvirerte passasjerskip DS «Jupiter» og TS «Leda» som lå ved Eidsvågneset. Etter invasjonen ble alle hurtigruteavganger innstilt, men da hurtigruten kom i gang igjen i juli 1940, fortsatte «Nordstjernen» i fast rotasjon. 20. september 1944 ble hun rekvirert av den tyske marinen, og brukt til å frakte sårede soldater fra Nord-Norge under evakueringen av Finnmark. 31. mai 1945 ble skipet returnert til rederiet, og 17. juli samme år var hun tilbake i hurtigrutetrafikk. De gjenværende hurtigruteskipene bar preg av manglende vedlikehold i krigsårene. 4. november 1945 ble DS «Nordstjernen» satt i dokk, og returnerte ikke til hurtigruten før i februar 1946. Høsten 1947 ble hun sendt til Bergen mekaniske verksted for oppgradering. DS «Lyra» ble satt inn som avløser mens «Nordstjernen» fikk bygd om kjelene til oljefyring, og fikk installert radar. I desember 1947 var hun tilbake i hurtigruten. 21. september 1948 grunnstøtte skipet ved Brønnøysund og fikk en 4 meter flenge i skroget. Hun ble reparert ved Rosenberg Mekaniske Verksted i Stavanger og var snart tilbake i trafikk.