Holmen har opp gjennom årene gått under flere forskjellige navn. Det har blitt kalt Nyholm, selv om dette bare er navnet på én av øyene. Andre navn det har gått under er Orlogsværftet, Flådens Leje og Flådestationen eller Flådestation København. Området har aldri hett Flådestation Holmen, selv om denne betegnelsen har blitt benyttet utenfor Søværnet (marinen).