I 1990 ble Lukasjenko valgt inn i Det øverste sovjet i den belarusiske republikken. Han var da en ukjent politiker. I desember 1991 var han den eneste representanten i det belarusiske parlamentet som stemte mot ratifiseringen av Minsk-avtalen, som oppløste Sovjetunionen og førte til Samveldet av uavhengige stater. mini|Grafisk fremstilling av Lukasjenkos velgerstøtte ved første valgomgang ved presidentvalget i 1994 Etter å ha fått et rykte som en motstander av korrupsjon, ble Lukasjenko valgt i 1993 til å styre antikorrupsjonskomiteen i det belarusiske parlamentet. Lukasjenko markerte seg med anklager mot en stor del av landets politiske ledelse. I 1993 beskyldte han 70 høytstående embetsmenn, også Stanislav Sjusjkevitsj, for korrupsjon og tyveri fra statskassen til personlige formål. Ordstyreren i parlamentet, Sjusjkevitsj, tapte etter et mistillitsvotum og gikk av. I november 1993 anklaget Lukasjenko, leder for antikorrupasjonskomiteen, Sjusjkevitsj og Kebitsj for korrupsjon. Sjusjkevitsj ble på bakgrunn av disse anklagene presset til å gå av i januar 1994 og ble erstattet av Mjetsjyslaw Hryb (en av Kjebitsjs allierte). I nasjonalforsamlingen stemte 209 (inkludert Folkefronten) for å avsette Sjusjkevitsj, mens 36 stemte mot. Kjebitsj ble støttet av det gamle partiapparatet og ble foretrukket av russiske ledere fremfor Lukasjenko som ble oppfattet som uberegnelig. Beskyldningene mot Sjusjkevitsj viste seg senere å være grunnløse.