I 1841 ble Pottinger utnevnt til politisk agent i Kohistan, nord for Kabul. Da den afghanske motstand mot den britiske okkupasjon forsterket seg i desember 1841 (og ble til den første anglo-afghanske krig), søkte han tilflukt i Charikar, hvor det var stasjonert en avdeling gurkhaer. Hele garnisonen ble utslettet av afghanerne, men Pottinger klarte å flykte unna sammen med en annen offiser, løytnant Houghton, og kom seg i sikkerhet til Kabul. For de sår han var blitt tilført under forsvaret av Charikar fikk han en skadeserstatning på høyde med en årslønn.