I 1539 ble han erkebiskop av Saint Andrews. Det bygget seg på den tid opp mot krig, kong Jakob V av Skottland og kong Henrik VIII av England stod mot hverandre. Konflikten brøt ut i 1542; skottene gjorde det til å begynne med bra, men ble til slutt beseiret i slaget ved Solway Moss. Kong Jakob V døde i desember 1542, og overlot dermed den skotske trone til sin da en måned gamle datter Maria Stuart.