Agajanian spilte på profesjonelt nivå i National Football League fra 1945 og ut 1959, og deretter i den nye American Football League for Los Angeles/San Diego Chargers i 1960, 1961 og igjen i 1964. Han spilte også for Dallas Texans i 1961 og Oakland Raiders in 1962. Han er en av to spillere (den andre var Hardy Brown) som spilte i All-America Football Conference, American Football League og National Football League.