Hertug Ernst Günther døde på Augustenborg den 18. januar 1689, og hertuginnen beholdt etter hans testamente godsene med rett til å disponere over dem til sin død. Da den eldste sønnen Frederik (1652-1692) var faldt ved Steenkerke og den nesteldste Ernst August (1660-1731) var gått over til katolisismen, innsatte hun den yngste, Frederik Vilhelm (1668–1714) til enearving.