Deportasjon fra selve Tyskland til ghettoer i det okkuperte Polen og andre erobrede områder i øst begynte høsten 1941, senere gikk deportasjoner til rene utryddelsesleirer. Etter at nazistene kom til makten i 1933 hadde over av de om lag jødiske tyskerne flyktet eller blitt presset til å emigrere. Av gjenværende jøder i Tyskland i 1939 ble myrdet. De siste deportasjonen fra selve Tyskland til Theresienstadt og Auschwitz gikk tidlig i 1943. Jødiske tyskeres eiendeler ble beslaglagt av staten og fordelt etter egne bestemmelser.