I den tredje ruten, «folkemord»-ruten, må man drepe alle monstre i undergrunnen. Mot slutten av denne ruten må man sloss mot Sans. Etter det dreper Flowey Asgore i et håp om å bli spart av mennesket, men blir allikevel drept. Etter det dukker opp Chara, det første barnet som falt ned i undergrunnen, og ødelegger universet. Det blir dermed umulig å spille videre på , med mindre man gir Charas sjel til mennesket. Om man gjør dét, gjenoppretter Chara universet, men forandrer slutten permanent til den «ekte pasifist»-ruten.