Under Karl XIs tid, på 1690-tallet, begynte samlingen å bli organisert av blant andre overseremonimesteren Johan Gabriel Sparfwenfeldt og embetsmennene Elias Brenner og Nils Keder. De to sistnevnte var aktive ved Antikvitetsarkivet, som i 1692 erstattet Antikvitetskollegiet, opprettet i 1666. Dette arbeidet med samlingen ser ut til å ha bli avbrutt ved Karl XIs død i 1697. Ved slottsbrannen i 1697 ble samlingen reddet til Helgeandsholmen. Den ble deretter deponert i Statskontoret, og ble først utlevert i 1727.