Ejército del Aire ble opprettet i oktober 1939, helt på slutten av den spanske borgerkrigen. Fra 1950-tallet og utover ble Spania nærmere knyttet opp mot USA, og piloter fra Ejército del Aire fikk trening der. Etter at Spania ble demokratisk på 1970-tallet, ble organisasjonen forandret slik at den skulle være bedre tilpasset NATO, som Spania ble medlem av i 1982.