Bortsett fra opphevelsene av bispeseter under reformasjonen var bispegrensene nesten uforandret gjennom nærmere tusen år. Større endringer skjedde først i ringvirkningene av den franske revolusjon (1789). I 1798 okkuperte franske revolusjonstropper alle tyske territorier på Rhinens venstre bredd. Bispedømmene og klostrene i disse områdene ble sekularisert, opphevet og/eller omstrukturert. De resterende bispedømmene og klostrene ble sekularisert gjennom i 1803, en direkte konsekvens av fredsbetingelsene som Napoleon hadde diktert i freden i Lunéville (1801). Dette betød slutten på biskopenes tid som territorialfyrster. For mange klostre betød det dessuten opphevelsen. Det eneste fyrstbispedømmet som unngikk sekulariseringen i noen år til, var Regensburg. Det fortsatte å eksistere som geistlig og riksumiddelbart territorium, kombinert med erkekansler- og kurfyrstetittelen som tidligere hadde tilhørt erkestiftet Mainz. Biskopen av Regensburg fikk den nye tittelen , men også hans kirkelige stat ble oppløst i 1810.