Pečnik fikk sin landslagsdebut for i VM-kvalifiseringskampen mot den 1. april 2009. Han fikk sin første scoring for landslaget den 10. oktober 2009 mot , også det i en VM-kvalifiseringskamp. Han var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.