På Sommerfelts tid ble det opprettet et professorat i biologi, og Christen Smith (1785–1816) ble utnevnt til professor i «statsøkonomie og botanikk» i 1814. Smith han omkom under en vitenskapelig ekspedisjon på Kongofloden før han hadde tiltrådt. Universitetets andre botaniker, lektor Martin Richard Flor, døde i 1820. Etter dette ble det en stagnasjon innenfor botanikken i Norge. Undervisningen ved universitetet og ledelsen av Botanisk hage blir overtatt av professor i zoologi Jens Rathke (1769–1855).