Magnus ble kronet til konge da faren i 1066 dro mot England. Dette innebar at Magnus var enekonge i Norge fra sommeren 1066 til våren 1067. Broren Olav, som hadde fulgt faren til England, vendte hjem våren 1067, og de to delte riksstyret i vennskap. Selv om de i prinsippet rådde likt over hele riket, tyder mye på at Magnus hadde ansvaret for Vest-Norge, Trøndelag, Opplandene og Nord-Norge, mens Olav rådde over Viken. Magnus ble tidligere ikke regnet med til kongerekken; delvis fordi han døde ung og bare hadde kort tid som enekonge; og delvis fordi broren, som regjerte i mer enn 25 år, var den som i realiteten rakk å prege tiden og riket etter kong Haralds død.