Matrisen består av krystalliserte molekyler, hvorav de tre mest brukte er sinapinsyre, α-cyano-4-hydroksykanelsyre (α-CHCA, alfa-cyano eller alfa-matrise) og 2,5-dihydroksybenzoesyre (DHB). En løsning av ett av disse molekylene blir laget, ofte i en blanding av høyt renset vann og et organisk løsningsmiddel som acetonitril (ACN) eller etanol. En motionekilde slik som trifluoreddiksyre (TFA) blir vanligvis tilsatt for å generere [M+H] ionene. Et godt eksempel på en matriseoppløsning ville være 20 mg/ml sinapinsyre i ACN:vann: TFA (50: 50: 0,1).