Zongo tjenestegjorde også som representant for Burkina Faso til Verdensbanken, International Monetary Fund, African Development Bank og Islamic Bank of Development. I 1992 arbeidet han som generaldirektør for samarbeid ved Ministeriet for finans og planlegging samt som sjef for Ministeriet for multilateralt samarbeid fra 1988 til 1992. Han har også vært professor innen regnskap, bedriftsøkonomi og finansanalyse ved Universitetet i Ouagadougou i Burkina Faso. Zongo har mastergrad i økonomi fra Institut d'administration des entreprises i Frankrike.