I begynnelsen av spillet bor Link, den siste etterkommeren etter Knights of Hyrule, sammen med sin onkel. En natt blir han vekket på grunn av en telepatisk melding fra prinsesse Zelda, som sier at hun er blitt låst i et fangehull under Hyrule Castle av en mystisk trollmann - Agahnim. Link må navigere gjennom slottet og redde Zelda fra cellen hennes, og de to stikker av gjennom en hemmelig passasje til en kloakk som kan føre til et fristed for dem.