Alkibiades dro ut fra Athen i 406 med 1500 hoplitter og hundre skip. Han klarte ikke å ta Andros, og reiste så videre til Samos. Senere dro han til Notion, nærmere fienden ved Efesos. I mellomtiden hadde Tissafernes blitt erstattet av Kyros, en slektning av Dareios II av Persia, som bestemte seg for å støtte peloponneserne økonomisk. Den nye inntekten begynte å trekke til seg athenske desertører til den spartanske marinen. I tillegg hadde spartanerne erstattet Mindaros med Lysander, en svært dyktig admiral. Disse faktorene førte til at den peloponnesiske flåten vokste raskt på bekostning av athenerne. Alkibiades dro på leting etter midler og en styrke som trengtes til nok et avgjørende slag, og han forlot Notium og seilte for å hjelpe Thrasybolos i beleiringen av Fokaia.