Anker dro til Bath i England, der han satte seg i betydelig spillegjeld. Broren Bernt beklagde seg i et brev til ham over at han hadde «spilt bort det Ankerske navn og formue». En måned senere, i mai 1798, skjøt han seg under oppholdet i Bath. Etter hans død betalte broren Bernt ned hans spillegjeld på 288 000 riksdaler. Jess Ankers bygård på Tollbugata 10 ble senere av broren Bernt donert til det norske militære institutt og ble fra 1820 Den kongelige norske krigsskolen.