I 2013 ble han valgt til stortingsrepresentant for Sør-Trøndelag. Jenssen satt i Stortingets kommunal- og forvaltningskomité som Høyres kommunalpolitiske talsmann, og han ble dermed sentral i forhandlingene om kommunereformen. Han satt også i Høyres gruppestyre. Han søkte ikke gjenvalg til Stortinget i 2017, og ble utnevnt til fylkesmann (nå statsforvalter) etter at det var klart at Nord- og Sør-Trøndelag fylkesmannsembeder ville bli slått sammen 1. januar 2018.