I 1959 flyktet Johnson til Vest-Berlin, fordi han ikke kunne publisere i DDR. I Vest-Tyskland ble hans arbeider utgitt av forlaget Suhrkamp. Han skrev flere store verker. i fire bind på rundt 2 000 sider er det største. Alle hans bøker handler om livet i DDR og hans personlige opplevelser er tilstedeværende i alle hans romaner. Johnson hadde i de siste årene store problemer med alkoholisme og led av skrivesperre.