Selv om sitronsyresyklusen ikke skaper mye ATP direkte, kun to ATP per glukosemolekyl, er den en svært viktig kilde til dannelsen av ATP. Dette skyldes at det blir dannet flere energibærere enn ATP i syklusen. For hvert glukosemolekyl dannes det 2 FADH og 6 NADH. Disse er bærere av energi fordi frigivelsen av H som disse "bærer", kan brukes til å skape en protongradient inne i mitokondriet, og de energirike elektronene fra dem brukes i elektrontransportkjeden.