Alle har hatt forbindelser til Shinra i fortiden og alle misliker eller hater selskapet for dets aktiviteter. Motstanderne i den første delen av spillet er fra Shinra, men en mystisk mann kalt Sephiroth, som ble tidligere hyllet som den beste i SOLDIER, dukker opp flere år etter at alle trodde han ble drept i en kamp. Det blir raskt avslørt at han er den største trusselen til planeten og både AVALANCHE og Shinra velger å forsvare den. Metodene deres er dog vidt forskjellige.