Nasjonalmuseet ble stengt i 1991 under Kuwaitkrigen og ble ikke gjenåpnet før på Saddam Husseins fødselsdag 28. april 2000. Under Irakkrigen ble museet og nasjonalbiblioteket utsatt for omfattende plyndring og vandalisering. Flere tusentalls gjenstander ble ødelagte eller forsvant for senere å dukke opp til salgs i forskjellige deler av verden.