Byen var en av de viktigste festningene i Det bysantinske rike fra 400-tallet e.Kr. og framover, og var i stadig strid med bulgarerne. Den ble erobret og underlagt det første bulgarske riket i 812 av khan Krum etter en beleiring på to uker, og ble gitt tilbake til bysantinerne av knjaz Boris I i 864, men gjenerobret av hans sønn tsar Simeon I den store. I løpet av det andre bulgarske riket ble byen også en kampplass mellom bulgarske og bysantinske styrker. Byen fikk en vekst under den bulgarske tsar Ivan Aleksander på midten av 1300-tallet inntil den ble erobret av korsfarere ledet av grev Amadeus VI av Savoie i 1366. Det bulgarske navnet, Nesebăr eller Mesebar, er bevitnet siden 1000-tallet.