Noen av oldtidens kristne gnostikere talte for metempsykosis, noe som ble en kilde til uoverensstemmelse med datidens kristne kirkes ledere. Irenaeus (ca. 120 – ca. 200, og fra ca. 177, en av oldkirkens betydeligste teologer; biskop i Lyon) skrev mot gnostikerne i , og avskrev metempsykosis som uforenelig med kristendommen. Kirken har stort sett fulgt Irenaeus’ syn på metempsykosis og reinkarnasjon siden da. Origenes (185 – 254 e.Kr.), en kristen teolog med platonsk bakgrunn, synes å forsøke å forsvare visse aspekter ved læren om metempsykosis, især sjelens preeksistens, men innvendte også at metempsykosis ikke stemmer overens med Det nye testamente.