I 1967 ble biskop Ruiz president for den mexicanske bispekomiteen for urfolk (CEPI) og i 1968 ble han utnevnt til president for misjon for Den latinamerikanske bispekonferansen (CELAM), også kalt Medellínkonferansen. Denne stillingen stod han i fram til 1972 da erkebiskop Alfonso López Trujillo ble valgt for, sammen med andre konservative biskoper, å ta over etter mer liberale ledere som Ruiz. På konferansen i Medellín i Colombia i 1968 kom man til konsensus om at kilden til fattigdommen og undertrykkelsen i Latin-Amerika lå i systemet som baserte seg på at USAs interesseområde skulle utvide seg. En marxistisk klasseanalyse som la vekt på at den store konflikten mellom «kapitalen» og «arbeidsstyrken» kom på grunn av utnyttelsen arbeiderne ble utsatt for av «entreprenørene som fulgte prinsippet om makimal profitt», og en økonomisk teori som sa at enkelte lands økonomi er avhengig av utviklingen eller utvidelsen av et annet lands økonomi, der det første landet er underlagt det andre, samsvarte med biskopenes uro for de fattige. Den katolske kirken fordømte disse tankene som kommunisme og hevdet at de undergravde kirkens oppdrag og reduserte Evangeliet til et rent jordisk budskap. Myndighetene i USA og Latin-Amerika reagerte også med økende fiendlighet. USA støttet latinamerikanske militære når de gjennomførte attentater på frigjøringsteologer og førte en lavintensitetskrig mot gerilliagrupper.