De fleste elver og bekker i Sahara består kun i sesonger eller i avgrensede perioder. Det største unntaket er Nilen, som krysser ørkenen fra sitt opprinnelsessted i Sentral-Afrika, og utløper i Middelhavet. Underjordiske vannreserver som når til overflaten, danner oaser i Sahara, blant disse Bahariya, Ghardaïa, Timimoun, Kufra og Siwa.