Etter 1703, etter at han gikk av som president ved Harvard forlot han det politiske liv helt og holdent. Isteden henga han seg til å studere Bibelen. Han snakket mindre og mindre til større forsamlinger, men fokuserte på mindre deler av menigheten. Han fordømte hedenske greske og romerske filosofer som andre prester tidvis henviste til og forble en puritansk tradisjonalist til den siste slutt. Før han døde reiste han til en mineralkilde i et forsøk på å komme seg fra sin sykdom ved å drikke fra det berømte legende vannet fra vannkilden Spring Pond.