Nicholl har hatt kortere trenerjobber for flere skotske klubber. Han ble i 2010 ansatt i Cowdenbeath, men trakk seg som manager etter første sesong, da klubben rykket ned fra nest øverte nivå i skotsk fotball. Nicholl hadde et midlertidig treneropphold i Hibernian, før han i november 2013 vendte tilbake til Cowdenbeath for en andre periode.