Modrzejewska ble født som i Kraków i 1840. Moren hennes, Józefa Benda (med pikenavnet Misel), var lærer og musiker. Helenas biologiske far døde før hun ble født, og farsrollen ble overtatt av Michał Opid, en venn av moren. Helena vokste opp i en familie bestående hovedsakelig av skuespillere, og fattet tidlig interesse for det dramatiske teater.