Like før overgangsvinduet stengte sommeren 2006, ble Mascherano og Carlos Tevez klare for den engelske klubben West Ham. De to spillerne kostet London-klubben totalt £12 000 000. Det gikk rykter om at det var en avtale om at de skulle selges videre til Chelsea FC etter at låneavtalen gikk ut, noe som aldri skjedde. Tevez og Mascherano spilte for West Ham, til tross for at eierskapet til spillerne var uavklart. Mascherano var også involvert i en annen spesiell episode der Tottenham-spilleren Jermain Defoe bet han etter å ha blitt taklet av argentineren. Etter masse benkesliting for Javier, uttrykte han ønske om å komme seg vekk fra «the Hammers».