Etterfølgeren til Ferdinand von Bayern ble i 1650 Maximilian Heinrich av Bayern. I hans tid ble det vedtatt tallrike nye forordninger og lover, deriblant en ny forordning for gruvedrift, en forordning for skogsdrift og en jødeforordning. Hertugdømmet ble knapt berørt av konfliktene om bispesetet til etterfølgeren Joseph Clemens av Bayern. Også denne kurfyrsten innførte flere forordninger og forskrifter for hertugdømmet. Under hans flukt til Frankrike i 1702, regjerte Domkapittelet frem til neste kurfyrste ble innsatt i 1723.