Edward Howard giftet seg to ganger, men døde uten en arving. Hans første hustru var den to ganger enken Elizabeth Stapleton, men hun døde i 1504 eller i 1505. Han giftet seg deretter med Alice Lovel, datter og arving til William Lovel, Lord Morley, en gang i 1505. Han skrev til henne mens han var på tokt, men i hans testamente ga han midler til to navnløse sønner utenfor ekteskap, kommanderte den ene til tjeneste under kongen og ga ham et skip, og den andre til Charles Brandon og etterlot ham 100 merker. Som en yngre sønn med far som fortsatt levde hadde Edward kun herregård i Morley som han overlot til sin stesønn Henry Parker.