Omkring år 1840 mistenkte de tsaristiske myndigheter at studentene planla et nytt opprør. Dermed ble akademiet med dets professorer og studenter og dets bibliotek flyttet til St. Petersburg i august 1842. Akademiet for medisin og kirurgi ble også stengt, og dets utstyr og annet tilhørig overført til Det kongelige St. Vladimir-universitetet i Kiev. Vilnius og Litauen opphørte med dette å ha en egen institusjon for høyere utdannelse.