Sjursen var valgt til Folketinget fra Århus amtskrets 1998–2005. I 2001 ble han formann i Folketingets utenrikspolitiske nemnd. Han var formann i folketingsgruppen frem til 2003, da han kom i konflikt med partiledelsens linje. I 2007 meldte han seg ut av partiet i protest mot Kristendemokraternes mindre restriktive holdning i abortsaken.