Den 4. juli 1946 fikk han oppleve at Filippinene ble uavhengig. Da amerikanerne forlot landet var det Aguinaldo som var flaggbærer i uavhengighetsparaden i Manila. I 1950 ble han utnevnt av president Elpidio R. Quirino til en regjeringspost. Etter at han gikk av med pensjon tok han i sine siste år til orde for fordypet demokratisering.