Både når Emacs kjøres i tekstterminaler og i grafiske modus kan Emacs splitte redigering i mindre deler. Det kan være forvirrende at Emacs kaller dette vinduer, men det har programmet gjort siden 1975. Oppdelingen i Emacs-vinduer har mange funksjoner. Forskjellige deler av samme buffer kan vises, eller flere forskjellige buffere kan vises. Kildekoden som redigeres kan for eksempel vises i ett vindu, med kompilatorens feilmeldinger vises i et annet. Emacs kan også i grafisk modus operere i flere rammer, som svarer til det som idag vanligvis tenkes på som vinduer.