Johannes Sarkander var sønn av Gregor Matthias Sarkander og hans hustru Helene, født Gurecki von Kornitz (Gurecky z Kornicz). I 1589 flyttet moren, etter farens død, med sine fem barn til Freiberg i Mähren. Her gikk Johannes på tsjekkisk menighetsskole. Tre år etter begynte han på jesuittenes skole i Olmütz, senere til Praha. Her avla han i 1602 sin bakkalaureatseksamen og tok det følgende år mestereksamen i de frie kunster.