Reinecke studerte medisin og allmenn naturvitenskap under Rudolf Virchow. Han interesserte seg utover dette for forhistorisk tid og studerte derfor videre hos antropologen Johannes Ranke (1836–1916) og arkeologen Adolf Furtwängler (1853–1907). I 1893 foretok Reinecke en studiereise gjennom Østerrike-Ungarn.