Erwin Bowien ble født som sønn av bygningsingeniøren og senere kommersiell direktør for Rheinhafens i Weil am Rhein Erich Bowien og hans kone Anna-Maria, født Neufeldt fra Elbing i Øst-Preussen, født. Han vokste opp i Berlin-Charlottenburg og senere i Neuchâtel i Sveits. Bowien ble venn med Eric Thiébaud, som gjorde det mulig for ham å reise tilbake til Sveits i 1948 etter andre verdenskrig.