Den tyngste arven etter sovjetperioden i Estland er den omfattende forurensningen. Den sovjetiske hæren var blant de verste synderne, og militære installasjoner fra denne tiden dekker 800 km² av Estland. Militæret dumpet hundretusenvis av tonn med jetdrivstoff i jorden, og kastet giftige kjemikalier, og gammelt sprengstoff og våpen i sjøen ved kysten og i de mange innsjøene. Da hæren trakk seg tilbake fra Estland i 1990 ble det gjort store ødeleggelser på kasserte bygninger og utstyr. I oktober 1993 laget det estiske miljødepartementet en foreløpig rapport, som oppsummerte ødeleggelsene. Rapporten hevdet at det hadde gått verst utover matjorden og de underjordiske vannkildene på grunn av systematisk dumping av jetdrivstoff fra seks sovjetiske flybaser. Ved flybasen nær Tapa ble det anslått at seks kvadratkilometer med land var dekket av drivstoff, og 11 kvadratkilometer av grunnvannet var forgiftet. Vannet i det omkringliggende området var det ikke mulig å drikke. Med dansk hjelp begynte estlenderne å rense området.