Eudoxia og den nye magister militum, Gainas, antas å ha spilt en rolle i degraderingen og henrettelsen av Eutropius i 399, men dette er omdiskutert. Mer sikkert er det at hun økte sin egen innflytelse etter hans død. Hun involverte seg i større grad i riksstyringen, og hun fikk den 9. januar 400 ærestittelen . Hun ble nå også avbildet på rikets mynter. Disse myntene ble etter hvert også brukt i vestriket, noe som førte til klage i et brev fra vestrikets keiser Honorius til Arcadius.