Basco organiserte også et tobakksmonopol. Han fikk kong Karl III av Spania til å godkjemnne planene i 1780, og den 1. mars 1782 ble monopolet formelt etablert. I visse områder på øygruppen – Cagayan-dalen, Nueva Ecija, øya Marinduque, og Ilocosprovinsene – ble bønder pålagt å dyrke tobakk, det ble innført kvoter for hvor stor de årlige avlingene måtte være. Alt måtte selges til styresmaktene, som sørget for produksjon og salg av sigarer og sigaretter. Dette monopolet innbragte den spanske regjering svært store inntekter, og Filippinene ble en av verdens største tobakksdyrkende land. Tobakksmonopolet vedvarte til 1882.