Under andre verdenskrig fikk kirken store skader. Tyskerne sprengte tårnet og benyttet kirken til ammunisjonslager og hestestall. Under gulvet ble det gravet nedgang til et tunnelanlegg som gikk tvers over øya, blant annet under store deler av gravplassen. I okkupasjonstiden var det flyplass på Herdla. Tyskerne var redde for at kirketårnet kunne fungere som landemerke for bombefly som kom fra Storbritannia.