Etter 1992 har etniske konflikter mellom mujahedin tilhørende de ulike gruppene preget situasjonen i landet. De tradisjonelle herskerne i Afghanistan var pashtuner, og disse utgjør også størsteparten av Talibans medlemmer. Taliban-regimets fall i 2001 ga en allianse av tadsjikere, hazaraer og usbekere muligheten til å komme frem til en avtale om maktdeling. Siden den gang føler pashtunerne at de har blitt angrepet til gjengjeld. Under Taliban-styret oppstod det i tillegg en konflikt mellom sunnier og sjiaer.