I 1257 ble han, 35 år gammel, fransiskanernes syvende ordensgeneral, et embete han hadde til sin død. På grunn av den innsats han gjorde som ordensgeneral regnes han ofte for den største franskiskaner nest etter Frans av Assisi. Hans biografi om ordenens grunnlegger, , som i 1263 fikk status som den offisielle biografi over Frans, fikk meget stor innflytelse fordi den tolket Frans' budskap og dermed la grunnlaget for den fremtidige forståelse av hva grunnleggeren ønsket for sin orden. Bonaventura var en moderat leder for ordenen, og avviste Spiritualenes ekstreme synspunkter på blant annet kollektiv fattigdom.