Berdimuhamedow var tidligere president Saparmyrat Nyýazows personlige tannlege, og presidenten gav ham stillingen som landet helseminister i 1997. Blant oppgavene Berdimuhamedow ble satt til å utføre, var å stenge alle sykehusene utenfor hovedstaden. Denne og andre helsereformer bærer mye av skylden for helseproblemene landet sliter med, med en gjennomsnittlig forventet levealder på bare 58 for menn og 65 år for kvinner.