Eric Kandel ble født som annen sønn av leke- og spillforhandleren Hermann Kandel og hans hustru Charlotte, født Zimels. Etter (Nazi-Tysklands overtakelse av Østerrike) i 1938 fikk Eric store problemer i hverdagslivet: I skoleklassen ville ingen andre elever lenger ha noe med ham å gjøre, ettersom han var jødisk. I 1939 emigrerte familien Kandel til USA, da de oppfattet antisemittismen i hjemlandet som mer og mer livstruende.