Hans far Alfred Du Bois kom opprinnelig fra Haiti, og han var av afrikansk avstamning. Hans bestefar var doktor James Du Bois som bodde i Poughkeepsie i delstaten New York. Du Bois' familie ble belønnet med omfattende landområder på Bahamas for deres støtte til den britiske kong Georg III under den amerikanske revolusjon. Alfred Du Bois og hans kone Mary Silvina Burghardt giftet seg den 5. februar 1867 i Housatonic i Massachusetts. Familien flyttet mange ganger, og overlevde hovedsakelig ved hjelp av penger fra familiemedlemmer og Du Bois' ekstrajobber og forskjellige strøjobber. I 1940, ved Atlanta University, grunnla Du Bois , i tillegg til at han også var en produktiv forfatter og skrev til sammen 22 bøker, hvorav fem var romaner. Samt at han bidro til å etablere fire faglige tidsskrifter.