Det meste av Schelles verk er kirkemusikkverk med tysk tekst, hvorav lite ble publisert i hans egen levetid. Enkelte av salmene ble trykt i Joachim Fellers sangbok (1693). 25 bevarte kantatemanuskripter befinner seg i biblioteket i Berlin. Disse verkene viser Schelles betydning for utviklingen av kantaten som musikkform, for eksempel var han den første komponist som kombinerte bibelord med fri diktning. De bevarte eksemplarene av hans koralkantater er også blant de første av sitt slag.