Bergen ligger på Bergenshalvøyen i Midthordland, som sammen med Nordhordland utgjør regionen Bergen og omland i Vestland fylke. Kommunen har sjøgrenser mot Austevoll, Øygarden, Askøy, Alver og Osterøy, og landgrenser mot Vaksdal, Samnanger og Bjørnafjorden. Kommunen strekker seg 34 km fra Tellevik fort ved Hordvik i nord til Korsneset fort ved Krokeide i syd, og 25 km fra Trengereid i øst til Drotningsvik i vest. Bykjernen ligger omtrent midt i kommunen, ved Byfjorden i Bergensdalens nordlige del.