Han begynte sin politiske karrière som distriktsleder i Junge Union i Nürnberg-Fürth i 1973. Året etter ble han innvalgt i den bayerske landdagen. I 1987 var han CSUs borgermesterkandidat i Nürnberg, men tapte for SPDs kandidat Peter Schönlein. I 1988 ble han statssekretær i det bayerske innenriksministeriet. Da Edmund Stoiber ble ministerpresident i 1993 utnevnte han Beckstein til innenriksminister. I 2001 ble han også utnevnt til Barbara Stamms etterfølger som viseministerpresident. Han ble innvalgt i Forbundsdagen i 2005, men trakk seg etter kort tid til fordel for delstatspolitikken.