Han har vært tilknyttet Institutt for samfunnsforskning fra 1989, der han var forskningsleder innenfor Norges forskningsråds program «Ledelse, Organisasjon, Styring» (LOS). I denne perioden hadde han også bistillinger som professor ved Universitetet i Oslo (rettsteori, statsvitenskap og teologi). Ett resultat av LOS-arbeidet var verket , en nyfortolkning av det norske moderniseringsprosjekt siden 1800-tallet. I 2008, på dagen 10 år etter lanseringen av , lanserte han boken han selv kaller en oppfølger; . I 2010 var Slagstad redaktør for festskriftet, utgitt på Pax Forlag, utgitt til Jon Elsters 70-årsdag. I 2012 kom boken , betegnet som «en slags intellektuell selvbiografi».