Morgen vitnet ved Auschwitzprosessen i 1964; Morgen var verken offer eller gjerningsmenn i saken og ble ansett som et sentralt vitne. Han fortalte at han fikk grundig kunnskap om Auschwitz gjennom en offisiell gransking av underslag. Blant annet ble det funnet gull fra tenner til 20.000–100.000 lik. Morgen uttalte der at massemordet ble styrt fra Hitlers rikskanselli og at straffesak burde omfatte tiltale mot Hitler og Himmler som sto bak. Morgen mente han var avskåret fra å rettsforfølge topplederne Hitler og Himmler i henhold SS egne regler; ifølge Morgen var hans eneste mulighet å straffeforfølge individer som begikk forbrytelser utenfor utryddelsesprogrammet.