Mot forfølgelsen av jødene protesterte han såvel under religionsundervisningen som fra prekestolen. I begynnelsen av 1941 ble han angitt for «forræderiske ytringer og forsvar av jødene» og ble arrestert den 21. april av Gestapo. Uten noen rettsforhansling ble han etter seks uker i arrest i Linz den 8. juni 1941 bragt til konsentrasjonsleiren Dachau.