Lynch ble innvalgt i Dáil Éireann som representant for Cork 1948, og ble gjenvalgt ved hvert parlamentsvalg til han trakk seg tilbake i 1981. Han var finansminister 1965–1966, industri- og handelsminister 1959–1965, utdanningsminister 1957–1959 og minister for Gaeltacht i 1957. Lynch var den tredje partilederen for Fianna Fáil fra 1966, da han etterfulgte Seán Lemass, til 1979. Lynch var også en fremgangsrik idrettsman innen hurling og gælisk fotball.