Den påfølgende perioden opplevde en relativ fredlighet med det framgangsrike styret til Vasile Lupu som tok tronen som bojar i 1637, og begynte å bekjempe sin rival Gheorghe Ștefan samtidig som han måtte holde prins Matei Basarab av Valakia fra livet. Hans invasjon av Valakia endte i katastrofe i slaget ved Finta (1653). Noen få år senere ble Moldova okkupert med to korte mellomrom av den anti-osmanske prins Constantin Șerban av Valakia. Tidlig på 1680-tallet marsjerte tropper fra Moldova under ledelse av George Ducas inn i Ukraina på vestsiden av Dnepr og støttet den osmanske Mehmed IV i slaget ved Wien, kun for å lide under effektene av den store tyrkiske krig.