Naqada innbefatter en del landsbyer som Tukh, Khatara, Danfiq og Zawayda. Den ligger i nærheten av det arkeologiske stedet Naqada som er en stor gravplass, , fra den forhistoriske og førdynastiske perioden, en gang mellom 4400–3000 f.Kr. Grunnet disse gravene og hva arkeologien har forstått av fortidens samfunn, har Naqada har gitt sitt navn til Naqadakulturen som eksisterte, ikke bare her, men også mange andre steder i oldtidens Egypt, som el Badari, Gerzeh og Nekhen (Hierakonopolis). De store mengder med levninger som er funnet blant annet som gravgods i gravene, har gjort det mulig å datere hele kulturen over hele Egypt.