De fire århundrene med osmansk styre hadde også en dramatisk innvirkning på sammensetningen av Bosnias befolkning som endret seg flere ganger som et resultat av Det osmanske rikets erobringer, hyppige kriger med europeiske makter, utvandringer og epidemier. En innfødt slavisktalende muslimsk samfunnet skilte seg ut og vokste til å bli den største etnisk-religiøse gruppen, hovedsakelig som et resultat av gravis økning av konverteringer til islam. Samtidig kom et betydelig antall av sefardiske jøder til landet som en følge av den spanske inkvisisjonen og utvisningen fra Spania på slutten av 1400-tallet. De bosniske kristne samfunnene gjennomgikk også betydelige endringer. De bosniske fransikanere (og den katolske befolkningen som helhet) ble offisielt beskyttet ved lov, skjønt disse garantiene ble ofte oversett og deres antall minsket grunnet forfølgelse. Den østlige ortodokse kirke og deres samfunnet i Bosnia, opprinnelig begrenset til Hercegovina og Podrinje, spredde seg over hele landet i denne perioden og fikk en relativ framgang fram til 1800-tallet. I mellomtiden hadde den skismatisk bosniske kirke (bosnisk ; latin ), preget av læren til bogomilene, forsvunnet helt og holdent.