I 2006 ble Magga kommandør av St. Olavs Orden for sin innsats for samenes og andre urfolks sak. Samme år fikk han Universitetet i Oslos menneskerettighetspris I 2008 ble han utnevnt til æresdoktor ved Universitetet i Tromsø. Han ble oppnevnt som medlem av Finnmarkskommisjonen da den ble opprettet i 2008.