Da borgerkrigen mellom Julius Cæsar og Pompeius startet i år 49 f.Kr valgte Brutus fraksjonen til Pompeius. Etter Pompeius' tap ved Farsalos i år 48 f.Kr benådet Cæsar Brutus. Etter benådningen ble Brutus en pontifex (et medlem av en romersk laug av prester). I år 46 f.Kr ble Brutus guvernør over provinsen Cisalpina i Gallia. I år 45 f.Kr skilte Brutus seg fra Claudia, og giftet seg med sin kusine Porcia Catones (Catos datter). Brutus ble urban praetor i år 44 f.Kr, og ble lovet stillingen som konsul for år 41 f.Kr.