O'Doherty forlot snart USA til Filippinene. I 1910 opprettet pave Pius X bispedømmet Zamboanga med jurisdiksjon over Mindanao, som tidligere lå under bispedømmene Cebu og Jaro.[4] Den 19. juni 1911 ble O'Doherty utnevnt til den første biskop av Zamboanga, og ble bispeviet den 3. september 1911 av erkebiskop John Healy av Tuam, assistert av medkonsekratorene Thomas O'Dea, biskop av Galway and Kilmacduagh, og John Joseph Clancy, biskop av Elphin.