Innfødte laksebestander er typsik genetisk forskjellig fra hverandre og potensielt lokalt tilpasset. Oppdrettslaks representerer et begrenset antall ville kildepopulasjoner som har vært utsatt for ≥12 generasjoner med kultivering og fordeling av gunstige egenskaper ved kunstig seleksjon av genotyper og fenotyper. Følgende faktorer viser å være signifikant forskjellig mellom oppdrettslaks og villaks; vekst, morfologi, livshistorie, adferd, fysiologi og gentranskripsjon.