Mellom 1923 og 1927 var Borodin representant for Komintern og Sovjetunionen til Kuomintangs regjering i Kanton i Kina. Han var en ledende rådgiver til Sun Yat Sen på den tiden. På hans forslag åpnet Kuomintang seg for leninistisk tankegods, kommunister fikk lov til å melde seg inn i partiet, og Militærakademiet i Whampoa ble opprettet.