Til tross for Vagn-Hansens popularitet hos lytterne vakte det hos Danmarks Radio bekymring for hans forkjærlighet for alternativ behandling. Senere har han også vakt oppmerksomhet for å ha advart mot bruk av cellegift i kreftbehandling og samtidig ment at naturlegemidler ga bedre overlevelse. Han har også skrevet forordet i den danske oversettelsen av boken av den tysk-amerikanske naturmedisineren Andreas Moritz. Han har også uttalt seg negativt til vaksiner og fremholdt at et sunt kosthold er bedre egnet til å bekjempe sykdommer enn vaksinasjon. Vagn-Hansen mener også at bruk av aspartam som søtningsstoff i lettbrus kan gi synsforstyrrelser og migrene.