Zinckernagel klarte ikke å slå igjennom på førstelaget til , og sommeren 2013 signerte han for HB Køge i dansk 1. divisjon. Han spilte 56 kamper og scoret fem mål på to sesonger i 1. divisjon med HB Køge. Han forlot klubben da kontrakten gikk ut sommeren 2015.