Sammen med sin kollega fra Sobibór, Gustav Franz Wagner og noen andre kamerater, tok han seg til fots via Graz, Merano og Firenze til Roma. Der fikk han hjelp av biskop Alois Hudal, rektor ved det østerrikske kollegium , til å nå Syria med et Røde Kors-pass. Stangls familie (kone og tre døtre) kom etter, og de bodde i Syria i tre år, før de flyttet til Brasil i 1951. Der arbeidet han med flere ting, før han fant seg arbeid på en Volkswagenfabrikk i São Paulo. Han brukte fortsatt sitt eget navn, Paul Stangl. Under Treblinka-prosessen (1964-1965 i Düsseldorf) uttalte den tiltalte August Miete, kjent som «dødsengelen», at hovedmannen ikke sto for retten. I årevis hadde østerrikske myndigheter kjent til Stangls ansvar for massemord på menn, kvinner og barn, men Østerrike utstedte ikke noen arrestordre på ham før 1961.