Mohorovičić gikk på grunnskolen i Volosko og videregående i Rijeka. 15 år gammel kunne han engelsk, fransk og italiensk, senere lærte han også tysk, tsjekkisk, latin og gammelgresk. 1875-1878 studerte han matematikk og fysikk i Praha, en av hans professorer var Ernst Mach. Etter avsluttede studier hadde han et par lærerjobber i Kroatia. I 1882 ble han forflyttet til den i Bakar. I 1883 giftet han seg med kapteinsdatteren . Paret fikk fire sønner. Det var i Bakar som Mohorovičić kom i kontakt med og begynte å interessere seg mer for meteorologi.