Stainer gikk i instrumentmakerlære mellom 1630 og 1644, åpenbart i Italia. Tidligere var Innsbruck og Füssen opplæringssteder, men på grunn av trettiårskrigen var lærestedene der lagt ned. Stainer kan ha arbeidet i verkstedet til Amati-familien i Cremona i en del av vandreårene som fulgte etter de fem årene som lærling.