Arian skal ha blitt overvåket siden 1993 og i 2003 ble han arrestert av amerikanske myndigheter. FBI mente at han hadde vært sjef for en amerikansk avdeling av terrororganisasjonen Palestinian Islamic Jihad (PIJ) siden 1984. Men bevisene mot ham var ikke sterke. Al-Arian hadde telefonsamtaler med lederne i PIJ der de diskuterte lederskap, finanser og strategi. Samtalene fant imidlertid sted før organisasjonen ble erklært som terroristorganisasjon og før det ble ulovlig å ha forbindelser til den. Arien har selv hevdet at han kun drev en tenketank der han hadde dialog med en rekke forskjellige politiske grupper. Våren 2006 inngikk Al-Arian et forlik med påtalemyndighetene. Her gikk han med på å si seg skyldig på ett av tiltalepunktene, nemlig i å ha bistått Palestinian Islamic Jihad med penger, varer eller hjelp. I avtalen han skrev under på gikk han med på å bli deportert etter sonet straff.