Etter at opptøyene i Kenya tok til, mente flere at Mungiki var involvert i mye av voldshandlingene som foregikk. Det ble hevdet at Mungiki vervet folk, slik at disse kunne beskyttelse mot vold. Organisasjonen ble også beskyldt for å ta betaling fra rikfolk, for beskyttelse av eiendommene deres. 10. april 2008 ble konen til lederen av gruppen funnet halshogd, noe som utløste flere voldelige opptøyer fra Mungiki-grupper. Trafikken i byen Naivasha og hovedstaden Nairobi ble blokkert, og så mange som syv mennesker skal ha blitt drept i ulike sammenstøt. 28. april ble det kjent at lederen for gruppen, Charles Ndungu, ble skutt og drept i bilen sin, mens han var på vei til byen Naivasha.