Under andre verdenskrig lå flyplassen i frontlinjen for det tyske angrepet under beleiringen av Leningrad. Det var ingen virksomhet på flyplassen mellom 1941 og 1944. Pulkovo-høyden nær flyplassen var okkupert av tyske styrker og ble brukt som base for tungt tysk artilleri som daglig bombarderte Leningrad med langtrekkende skyts. I januar 1944, etter den tyske tilbaketrekningen på Østfronten kunne plassen igjen tas i bruk for frakt og post etter at rullebanene var blitt midlertidig reparert.