Rundt Gullesfjorden, i den sørvestre delen av kommunen, er det høye og spisse fjell med bratte lier. Det høyeste punktet i Kvæfjord, 1 118 moh., er på fjellet Reinspælen, som ligger vest for Gullesfjorden. I nord og øst er det mer avrundede fjell, bredere daler og mer viddelandskap, som på Melåheia. De fleste vassdragene i kommunen er små og næringsfattige.