Størsteparten av musikkutgivelsene hans kom før tiden i lotteriet, dvs. i årene 1750–1763. Et av hans første og mest innflytelsesrike arbeider er en avhandling fra 1753 om fuger. Verket inneholder blant annet eksempler fra Bachs , og regnes i dag som den eldste kilde til dette verkets oppføringspraksis. Marpurg skrev bøker om generalbass, oppføringspraksis, vokalmusikk, musikkhistorie, matematisk musikkteori og mye annet. Spesielt verd å merke seg er tidsskriftprosjektene, der han bidro til videreutviklingen av den tyske musikkritikken i tida etter Mattheson og Scheibe, og til å berike den med et hint av opplysningstidens ideer.