Konstans II truet med å forvise også Eugenius, så snart han var ferdig med å kjempe mot muslimene. Keiserlige embetsmenn forviste abbeden Maximus, som var en sterk forsvarer av det romerske synet og truet paven. Men før noen tiltak kunne settes i verk mot Eugenius døde han, antagelig i slutten av mai 657. Han ble gravlagt 2. juni 657 i Peterskirken.