Mallorca har spilt to Supercopas de España(spansk supercup). Den ene i 1998 mot Barcelona hvor Mallorca vant sammenlagt 3-1, senere i 2003 spilte de mot Real Madrid hvilket endte med tap. Klubben vant også Copa del Rey i 2003, da de slo Recrativo de Huelva 3-0 i finalen. Målskårere var Walter Pandiani (1) og Samuel Eto'o (2).