Hun var offisielt datter av kong Christian VII og dronning Caroline Mathilde, men det antas at hennes biologiske far var Johann Friedrich Struensee. 100 % sikker kan man imidlertid ikke være. Forfatteren Amdisen skriver at det er flere motstridende kilder når det gjelder å kunne fastslå farskapet. Etter at Struensee ble styrtet og Caroline Mathilde arrestert og plassert på Kronborg sammen med Louise Augusta, ville hun ha barnet med seg i eksil og sa til sin forsvarer Peter Uldall at Louise Augusta ikke hadde noen forbindelser med den danske kongefamilien. Det kan allikevel ikke legges vekt på dette utsagnet ettersom hun på det tidspunktet var desperat og prøvde i det lengste å få beholde i det minste det ene barnet sitt.