Cowboys begynte 2006-sesongen 3-2. I en kamp i uke 7 mot Giants ble Beldsoe erstattet med reserven Tony Romo, som var lagets startende quarterback ut sesongen. Dallas endte på andre plass 9-7, og nådde sluttspillet som femte seed, men tapte borte mot Seahawks. Etter sesongen pensjonerte Parcells seg og ble erstattet av Wade Phillips.