Malmros’ film har tre gange vært nominert til Gullbjørnen på filmfestivalen i Berlin. Tre ganger har han vunnet Robert-priser og fire ganger Bodil-priser for Bedste danske film. har vært vist på Filmfestivalen i Cannes, mottatt Gjert Baardsen-prisen i Haugesund og Filmlinse, Lübeck. Han mottok i 2005 Copenhagen International Film Festivals ærespris Den gyldne svane for sin samlede produksjon på inntil da ni filmer. I 2006 mottok han Nordisk Film Prisen på 100 000 kroner for sitt samlede verk i anledning av Nordisk Films 100-årsjubileum. Han mottok også Otto Rungs Forfatterlegat i 1990.