Proteinene i lysatet separeres deretter med SDS-PAGE, en metode som separerer proteiner med hensyn til molekylmasse (eller molekylærvekt) som for proteiner måles i Dalton (angis oftest med prefikset kilo, kDa). SDS binder og denaturerer proteiner, og gjør dem negativt ladet. Proteinene får vandre i et elektrisk felt ved en polyakrylamidgel, der de separeres.