I sin andre presidentperiode undertegnet Fujimori en fredsavtale med Ecuador over en grensetvist som hadde pågått i over hundre år. Avtalen åpnet for internasjonale midler for utvikling av grenseregionen. Fujimori avsluttet også uløste saker med Chile, Perus sørlige nabo; problemer som hadde vært uløst siden avtalen i Ancón i 1883.