Saldaña ble født i New Jersey, USA, med dominikansk og puertoricansk bakgrunn. Hun tilbrakte en stor del av oppveksten sin i Den dominikanske republikk, før hun flyttet tilbake til USA for å arbeide som skuespiller, og hun lærte både engelsk og spansk som barn. Saldaña gikk i en ballettklasse ved en av de mest prestisjefylte danseskolene i Den dominikanske republikk, og erfaringen hun fikk som danser hjalp henne for rollen i filmen (2000). Hun flyttet tilbake til USA etter å ha fullført 10. klasse og begynte på Faces Theater Program, et skuespillerkurs.