Mette Wikborg er utdannet samfunnsøkonom fra Universitetet i Oslo, der hun også har jobbet som universitetslektor. Wikborg har vært Fulbright-stipendiat ved Harvard University. Hun har vært rådgiver i Finansdepartementet, og konsulent i McKinsey & Company. Frem til april 2008 var hun ekspedisjonssjef i departementets avdeling for forskning og innovasjonspolitikk. Frem til 2018 var hun leder av eierskapsavdelingen i Nærings- og handelsdepartementet som forvalter statens eierandeler i rundt 80 kommersielle selskaper, blant de største er Statoil, Telenor, Statkraft, Norsk Hydro og Yara International.