Hvem som tidligere var yppersteprest og som Jonatan erstattet er usikkert, men det har blitt spekulert om dette var den såkalte «Rettferdigehetens lærer», en senere grunnlegger av esseerne, en religiøs jødisk sekt preget av sterk tro på dualisme (godt og ondt, lys og mørke). Denne «Rettferdigehetens lærer» kjennes fra tekstene i Dødehavsrullene som ble oppdaget i tiden 1947–1956 i noen grotter i ørkenen Qumran. Identitet til denne Læreren er ukjent, men synes å være en lærd , jødisk prest. Noen av dokumentene portretterer Læreren i en alvorlig konflikt mot en figur som kalles «Den onde prest». Et forslag er at «den onde presten» kan identifiseres med Jonatan Apphus ettersom en betydelig konflikt også er nevnt i . Om dette er tilfelle, hvilket ikke kan bevises, er Jonatan den som er beskrevet som en «mann av løgner».