I de fleste vitenskaper kan man konstatere en konkurranse mellom empirisme og ulike alternativer. For eksempel er det i biologisk systematikk forskere som vil klassifisere dyr og planter ut fra deres «likhet». Systematisk biologi står i motsetning til andre retninger som baserer seg på evolusjonsteoretisk rekonstruksjon. De empiriske metodeidealene kommer til uttrykk i at det skal gjøres så få teoretiske forutsetninger som mulig. Når man måler «likheten» mellom to organismer må man således ikke prioritere mellom vesentlige og uvesentlige likhetstrekk ettersom disse ikke i seg selv bygger på observasjon, men skal prinsipielt stille alle trekk like. Herved kan man gå inne i absurditeter ved at for eksempel hannen og hunnen er så forskjellige at de må klassifiseres som forskjellige arter eller at et dyr forvandler seg så meget i utviklingen at for eksempelvis en larve og en sommerfugl ikke kan klassifiseres som samme art.