I en tale i pinsen 1983 åpnet Jakobsen for at Senterpartiet og Kristelig Folkeparti kunne samarbeide med Høyre i regjering. Dette ble ikke akseptert av alle i partiet, med Per Bortens regjerings fall i 1971 friskt i minne. I juni 1983 ble Kåre Willochs regjering utvidet med statsråder fra Senterpartiet og Kristelig Folkeparti, og Jakobsen ble samferdselsminister. Da Willochs regjering gikk av etter kabinettsspørsmål om bensinavgift i 1986, gikk Jakobsen tilbake til Stortinget. Etter stortingsvalget 1989 ble han på nytt statsråd, denne gang som kommunalminister i Jan P. Syses regjering. Jan P. Syse og Høyres iver for tilpasninger med hensyn til EU gjorde at Senterpartiet var med på å felle Syses regjering i november 1990. I 1991 gikk Jakobsen av som partileder og ble etterfulgt av Anne Enger Lahnstein. Han ble selv parlamentarisk leder.