Nippur ble først undersøkt og kortvarig utgravd engelskmannen Austen Henry Layard i 1851. Fullskala utgraving ble startet av en ekspedisjon fra Universitetet i Pennsylvania. Arbeidet involverte fire sesonger med utgraving mellom 1889 og 1900 og ble ledet av John Punnett Peters, John Henry Haynes og Hermann Volrath Hilprecht. Tusenvis av steintavler ble funnet ved en mindre haug kalt «tablet hill», omtrent 7,5 meter i gjennomsnittshøyde og 52 kvadratmeter i areal, sørøst for tempelhaugen. En ekte arkitektonisk bue, et av verdens eldste eksempler, ble også funnet. I det partiske laget ble det funnet en boks som inneholdt fragmenter av votivøkser laget av glass fra kassittiske perioden. Flere sene kassittiske herskere er representert, blant dem Kurigalzu II.