Den gjennomsnittlige dybden i Amazonas mellom Manacapuru og Óbidos er blitt beregnet til mellom 20 og 26 meter. Ved Manacapuru ligger Amazonas' vannflate kun 24 meter over havet. Mer enn halvparten av vannet i Amazonas nedstrøms fra Manacapuru ligger under havnivå. I de aller nederste delene varierer Amazonas' dybde mellom 20 og 50 meter, men er noen steder så mye som 100 meter dyp.