Med 25 fullførte pasninger av 38 forsøk for 247 yards, en touchdown og en interception, ledet Manning Colts til en 29–17 seier over Chicago Bears i Super Bowl XLI, og ble stemt til Super Bowl MVP. Han vant en ESPY for Best Championship Performance for sin rolle i Colts' mesterskapssesong. Manning ble igjen utvalgt til Pro Bowl og ble utpekt til All-Pros andrelag; i Pro Bowl 2007 spilte han kun to serier og hadde 67 pasningsyards. Etter seieren gikk Manning med på å omstrukturere kontrakten sin slik at Colts kunne få økt lønnstaket sitt med $8,2 millioner.