Kommunistenes maktovertakelse medførte at han måtte forlate Fastlands-Kina og i stedet fortsette arbeidet på Taiwan fra august 1949. Der ledet Fotland misjonens arbeid med å bygge opp et sykehus i byen Pingtung, kalt . En ny sykehusbygning var ferdig i 1963, og i tillegg ble det reist et sanatorium for barn, en koloni kalt for barn med skader av poliomyelitt og en klinikk for spedalske. Sykehuset i Pingtung var på denne tiden norsk misjons største sykehus i felt. Fotland vendte tilbake til Norge i 1979.