Wali Khan Amin Shah ble arrestert i et leilighetskompleks den 11. januar etter at politiet fant ut at en kontaktet av Yousef var registret i Shahs venninnes navn. Shah klarte å rømme ca 77 timer etter. Shah ble forstått å være en konspirator etter at myndigheten så fotografier av skannet på den laptopen som inneholdt informasjon om planene, ang telefonnumre som førte etterforskerne til leiligheten. Yousef og Khalid Sheikh Mohammed klarte å flykte fra Filippinene til Pakistan. Den 31. januar 1995 fløy Yousef fra Pakistan til Thailand for å forsøke å koffertbomber om bord på fly fra Delta Airlines og United Airlines. Da det ikke gikk, fløy han tilbake til Pakistan.