I Timurs levetid fikk Khalil Sultan stor tillit hos herskeren. Etter at han hadde utmerket seg under felttoget mot India utnevnte Timur ham til guvernør i provinsen Ferganadalen, øst i dagens Usbekistan. Ved Timurs død betraktet Khalil Sultan seg som hans etterfølger selv om hans fetter Pir Muhammad var blitt utpekt av Timur selv til ny emir. Pir Muhammad ble ganske raskt beseiret og Khalil overtok kommandoen i Samarkand. Han allierte seg også med Sultan Husayn Tayichiud som tidligere hadde gjort krav på tronen i egenskap av barnebarn av Timur.