Under Franks styre ble store deler av byens intellektuelle arrestert og sendt til konsentrasjonsleirer («Sonderaktion Krakau»), som Płaszów konsentrasjonsleir utenfor byen. Dette gjaldt også byens store jødiske befolkning som ble sendt videre til Auschwitz rett vest for Kraków, der flesteparten mistet livet. De tyske nasjonalsosialistene gjorde jødestrøket Kazimierz fullstendig folketomt under krigen.