Under koronaviruspandemien var Tegnells strategi for "flokkimunitet" omstridt. På grunnlag av en matematisk modell utarbeidet av matematikkprofessor Tom Britton, mente Tegnell at Covid kom til å spre seg raskt gjennom befolkningen, og gi flokkimmunitet gjennom infeksjon. Han advarte mot panikk og ville at Sverige skulle akseptere en viss risiko for ukontrollert spredning. Eldre og syke mennesker måtte beskyttes, men ellers burde samfunnet fortsette som normalt. Denne strategien skilte seg fra nabolandenes.