Opprettelsen av Enciclopedia Libre var en nøkkelbegivenhet i Wikipedias tidlige historie og det ble ført samtaler med prosjektet for å få til en gjenforening, noe som ikke ble oppnådd. Saken førte likevel til omfattende diskusjon om de ikke-engelskspråklige Wikipedia-prosjektenes rolle og Wikipedias natur, og etter hvert ble det gjennomført mange endringer i Wikipedia-systemet, spesielt endringer ønsket av de ikke-engelskspråklige prosjektene. En av de mest sentrale endringene var at det ble slått entydig fast at Wikipedia skulle være reklamefritt, og i 2003 ble eierskapet til Wikipedias domene og ansvaret for den tekniske driften av prosjektet overført til en ideell stiftelse, Wikimedia Foundation. Prinsippet om prosjektenes autonomi fikk også en sentral plass som et grunnprinsipp for Wikipedia. I 2004 ble www.wikipedia.org en portal til de forskjellige prosjektene, istedenfor å gå rett til engelsk Wikipedia. Denne endringen skjedde etter flere års debatt. I sum fikk Wikipedia en mer internasjonal innretning med større vekt på brukerdemokrati og prosjektautonomi, og med et klart ideelt formål, og utviklet seg fra et privateid prosjekt til et selvstyrt internettsamfunn.