I september 1994 ble han innvalgt i Folketinget fra Københavns vestre storkrets, etter å ha blitt nominert fra Valby krets. 2001–2005 var han innvalgt fra Vestsjællands amtskrets. Han spesialiserte seg på skattepolitikken. Buksti støttet Svend Auken i lederstriden mot Poul Nyrup Rasmussen i Socialdemokratiet i 1992, men sluttet seg senere til Nyrup Rasmussens rekker. «Hans egentlige motstander var Mogens Lykketoft, i hvis person han så årsaken til alle Socialdemokratiets problemer», bemerket journalist Kaare R. Skou. Mens Nyrup Rasmussen var statsminister, ble Buksi politisk ordfører 1998–2000 og trafikkminister 2000–2001. Buksti ble regnet til den såkalte trafikkmafiaen eller jyske mafiaen, hvor hovedlinjene i samferdselspolitikken ble avtalt i brede forlik, helst mellom Socialdemokratiet, Venstre, Det Konservative Folkeparti og Centrum-Demokraterne.