Ambrose Cowley ga øya det opprinnelig navnet, , i 1684, etter hertugen av Albemarle. Charles Darwin besøkte øya i 1835, og i 1893 kom der fast bosetning til den sørlige delen av øya. Byen Puerto Villamil ble grunnlagt samme år, og noe senere Santa Tomás. I 1990-årene begynte utviklingen av turistindustrien, med utbygning av blant annet hoteller, barer og restauranter. En småflyplass ble åpnet i 1996.