Det andre spillet i serien starter med at Mr. Finswritchet, direktøren i Megacorp, et stort firma i Bogon-galaksen, trenger hjelp. Han vil stjele tilbake et blått, lubbent vesen kalt «Eksperimentet» fra en mystisk tyv. Tyven slipper unna først, men Ratchet klarer å gi Eksperimentet tilbake til direktøren. Det viser seg imidlertid at det lille vesenet, som kalles «Protopet», er svært farlig. Ratchet og Clank blir med tyven for å stoppe Mr. Finswrichet I å selge det farlige dyret. I slutten av spillet viser det seg at den ekte direktøren Megacorp har blitt tatt til fange, og at han som ga oppdraget til Rachet og Clank egentlig er Captain Qwark i forkledning. Etter å ha stoppet et stort Protopet, ble Qwark straffet og alt gikk tilbake til det normale.