Da andre verdenskrig brøt ut i september 1939, hadde nesten ikke noe arbeid blitt utført på de nye skipene bestilt under Plan Z. Behovet for å flytte produksjonskapasiteten til mer presserende krav tvang Kriegsmarine til å forlate byggeprogrammet, og bare en håndfull store skip — som alle var bestilt før Plan Z — ble fullført under krigen. Planen hadde likevel en betydelig effekt på forløpet av andre verdenskrig, ved at bare noen få dusin ubåter var ferdigstilt ved krigsutbruddet. Ubåtflåten til admiral Karl Dönitz oppnådde bare de 300 ubåtene han anså som nødvendige for å vinne en handelskrig mot Storbritannia i 1943, men da var styrkene allerde blitt avgjørende beseiret.