Han var sønn av professor i jus og statsråd Ludvig Aubert og forfatter Elise Aubert (født Aars). Han giftet seg i 1895 med Hedvig Blix, datter av sorenskriver i Vinger og Odalen, som han hadde vært fullmektig for, Albert Knagenhjelm Blix og hustru Caroline Nicoline Augusta Holmsen. De fikk døtrene Elise Caroline og Hedvig.