Juan Borgia ble myrdet natten den 14. juni 1497 nær det sted som senere ble Piazza della Giudecca, egentlig Piazza Giudea, i Romas ghetto. Det er blitt spekulert om hans bror Cesare anstiftet mordet, men det finnes også et annet rykte som hevder at Juan Borgias yngre bror Gioffre Borgia myrdet sin eldre bror på grunn av att denne var utro med Gioffre Borgias hustru Sancia.