Den syriske befolkningen forsøkte flere ganger å gjøre opprør og befri seg fra Muhammads undertrykkelse, og hans forhold til sultanen fortsatte å være spent. En osmansk styrke stasjonert ved Eufrat gikk i april 1839 inn i Syria, men Ibrahim vant i juni samme år en ødeleggende seier ved Nisib. Muhammads overtak på sultanen ble enda sterkere da hele den osmanske flåten under sin storadmiral gikk over på Muhammads side.