Smitteutviklingen har også vært eksplosiv i Baltikum og da særlig i Estland, som har hatt den høyeste relative vekst i verden siden 1998. Fra en smitterate på 8,7 pr. million innbyggere pr. år i 1998 var tallet i 2006 667. I de baltiske statene er hiv ekstremt overrepresentert i den russiske minoritetsbefolkningen.