Det er kjent om lag 300 000 arter av encellede organismer, mot 1 500 000 arter av flercellede organismer. Dette forholdet er imidlertid helt sikkert ikke representativt, i og med at de encellede organismegruppene er mye dårligere undersøkt, og kan inneholde det mangedobbelte av de artene som er kjente per i dag. Begrepet «art» er også vanskelig å bruke om encellede organismer. De fleste av dem formerer seg ved celledeling, slik at hvert individ i prinsippet er en egen stamlinje, sin egen art. Grensen for hva som er regnes som arter er derved ofte kvalifisert gjetning.