Kommunen omkranser Porsangerfjorden, som er Norges fjerde lengste med sine 123 km. Tamsøya ytterst i fjorden og Reinøya sør for Børselv er de to største øyene i Porsangerfjorden. Videre innover finner vi et mylder av små øyer, holmer og skjær i et område med rikt fugleliv, i det som blir kalt verdens nordligste skjærgård. I Porsanger finnes også hundrevis av innsjøer som hovedsakelig inneholder ørret og røye.