Han tjenestegjorde også som viseadmiral og øverstkommanderende i den keiserlige østerrikske marine etter revolusjonsåret 1848. Danskene så Dahlerups tjeneste som en mulighet til å splitte Østerrike og Preussen. Dahlerup gjenoppbygget østerrikernes sjøstridskrefter og ledet blokaden og gjenerobringen av Venezia i 1849. For denne innsatsen ble han adlet av keiseren. Hjemme i Danmark følte han seg derimot dårlig behandlet.