En EPUB-fil har muligheten for å inneholde DRM som et ekstra lag, men det kreves ikke av spesifikasjonen. EPUB-bøker uten DRM kan leses på alle EPUB-lesere, mens EPUB-bøker med DRM bare kan leses på kompatible EPUB-lesere. EPUB-spesifikasjonen angir ikke hvilket DRM-system som skal brukes, hvilket gir utgiveren mulighet til å velge DRM-opplegg etter eget forgodtbefinnende. Dette gir varierende støtte for EPUB-bøker også på elektroniske enheter med støtte for DRM, og påvirker portabiliteten til EPUB-bøker med DRM. Bruken av DRM-systemer på EPUB-bøker blir derfor ansett av enkelte å undergrave fordelen med ett enkelt filformat og forvirre forbrukere.