I mars 1990 erklærte Det øverste sovjet begynnelsen på en overgangsperiode til estisk selvstendighet, og Toome overlot makten til en overgangsregjering ledet av Edgar Savisaar. Toome fortsatte som medlem av Det øverste sovjet, nå Det øverste råd, frem til de første frie valgene i det uavhengige Estland i 1992.