MacKillop dro fra klosteret og bodde et halvt år hos venner utenfor Adelaide. I løpet av få uker hadde de fleste av nonnene enten blitt utvist eller løst fra løftene sine. Klosteret deres ble overtatt av en annen gruppe. Mary fikk beskjed av venner om at ekskommunikasjonen var ugyldig fordi den ikke hadde gått gjennom riktig prosess på forhånd, men hun så på dette som noe Gud hadde lagt på henne og ville ikke protestere. Biskop Sheil led av dårlig helse, og døde 1. mars 1872. Før sin død opphevet han ekskommunikasjonen og sa at han var villedet av dårlige klerikale rådgivere. Etter hans død ble det nedsatt en granskningskomite for å se på hva som hadde skjedd i bispedømmet, og Mary ble helt renvasket for alle anklager, og fikk også for første gang tittelen for instituttet. For biskop Sheil står ekskommunikasjonen av henne igjen som en bevis på hans manglende kontroll med bispedømmet.