Nobels Fredssenter er en uavhengig stiftelse, finansiert gjennom en kombinasjon av privat og offentlig støtte. Fredssenteret samarbeider tett med de andre institusjonene i Nobelsystemet. Nobels Fredssenter består av 3 forskjellige ansattavdelinger: ledergruppen, faglig og administrativ stab, og vertskap og omvisere.