Galapagospingvinen er endemisk for Galápagosøyene, dit man tror den kom med Perustrømmen (tidligere kalt Humboldtstrømmen). Dette er en om lag 1 000 km lang østlig grensestrøm (en type havstrøm) som renner nordvestover langs kysten av Sør-Amerika, fra Chile til Peru, og bringer med seg kalde vannmasser og næring fra Antarktis opp langs kysten og vestover i havet langs ekvator.