EØS-komiteen var opprinnelig et interimorgan i EFTA, som ble opprettet i forbindelse med EØS-forhandlingene 1989–1991 for å koordinere nye EU-direktiver med EFTA-landenes lovgivning. Etter at Sveits hadde forkastet EØS-avtalen, fortsatte de øvrige EFTA-land koordineringen frem til Finland, Sverige og Østerrike ble EU-medlemmer 1. januar 1995. Det juridiske grunnlag for EØS-komiteen er nå avtale av 29. desember 1994 mellom Norge og Island, som i fortalen henviser til Korfuavtalen. EFTA-sekretariatet utarbeider dokumenter for EFTAs faste komite. Disse dokumentene dekker også EØS-komiteen som ikke har noe eget sekretariat.