Etter Stalins død i mars 1953 ble Berija leder for innenriksministeriet og allierte seg med Georgij Malenkov og Vjatsjeslav Molotov, et triumvirat som i en kort periode ledet landet etter Stalins død. Et statskupp av Nikita Khrusjtsjov, støttet av marskalk av Sovjetunionen, Georgij Zjukov avsatte Berija. Etter å ha blitt arrestert ble han anklaget for forræderi og andre forbrytelser, dømt til døden og henrettet den 23. desember 1953. Under rettssaken og etter hans død kom det frem mange anklager om at Berija var ansvarlig for en rekke seksuelle overgrep.