I juli 1933 utnevnte nazi-lederen Hermann Göring ham likevel til prøyssisk . Høsten 1933 kom Furtwängler de nye makthaverne såpass i møte at han lot seg utnevne til visepresident ved , et statlig organ underlagt Goebbels' . Etter krigen hevdet Furtwängler at til tross for at han var motstander av NS-regimet, hadde han akseptert disse postene i håp om å kunne inngå et taktisk samarbeid med makthaverne, for i det minste å forhindre de verste utslagene i kunsten. I virkeligheten medvirket han sammen med presidenten i Reichsmusikkammer, Richard Strauss, til at jøder og såkalte kulturbolsjevister ble holdt utenfor kammeret, noe som var jevngodt med et yrkes- og oppføringsforbud. På dette tidspunktet var Furtwängler og Strauss de mektigste personene i tysk musikkliv.