Aavatsmark var lenge engasjert i Frimurerordenen. Han var ordførende mester i Den Norske Store Landsloge 1939–1947, og ble valgt inn i lederskapet i Den Norske Frimurerorden som stormesterens prokurator i 1939. Sommeren 1940 fikk han, sammen med storsekretær Brinchmann-Hansen, den svært tunge oppgaven med å forhandle med den tyske okkupasjonsmakten om frimurerordenens fremtid. Ordenens hovedkvarter var tidvis beslaglagt, men medlemmene styrte selv lokalene gjennom sommermånedene i 1940. Aavatsmark brukte denne tiden til å forhandle med tyskerne, og brukte det han som yrkesoffiser kalte «kasernetysk», i tillegg til at rangen som generalmajor gjorde inntrykk på motparten. I september samme år kom oppløsningsdekretet. Aavatsmark ble aldri formelt stormester i ordenen, men likevel de facto leder fra stormester Hans Rønnebergs død i 1941 og til Jacob Hvinden Haug ble valgt til ny stormester i 1945.