Det siste større havnestedet Chalai som fremdeles var under kontroll av LTTE med fasiliteter som hadde vært benyttet av sjøtigrene, ble til slutt erobret av regjeringsstyrkene den 5. februar 2009. Dermed mistet sjøtigrene alle sine sjøbaser på både vestkysten og østkysten sammen med mesteparten av deres infrastruktur inkludert verfter for båtbyggeri og verksteder langt inn på landet. Den 6. februar hadde et flyangrep av det srilankiske flyvåpenet ødelagt en toetasjers bygning i Puthukkudiyiruppu-området som tilhørte oberst Soosai. Han overlevde flyangrepet. Ved 19. februar hadde regjeringssoldatene inntatt landsbyen Ampalavanpokkani der de fant en baseinstallasjon for sjøtigrenes angrepsdykkerne.