Bakterielle infeksjoner kan bli behandlet med antibiotika, som er klassifisert som baktericid når de dreper bakterier, eller bakteriostatisk hvis de forhindrer vekst. De ulike typene antibiotika forhindrer forskjellige mekanismer hos de ulike patogene bakteriene. Et eksempel på hvordan antibiotika produserer selektiv toksisitet er kloramfenikol og puromycin, som forhindrer bakterielle ribosomers arbeid, men påvirker ikke det strukturelt ulike eukaryotiske ribosomet. Antibiotika blir benyttet til å behandle sykdom både hos mennesker og dyr. Overforbruk av antibiotika er en årsak til at bakterier blir resistente overfor det. Infeksjoner forhindres ved å bruke antiseptiske metoder som sterilisering av huden ved bruk av sprøyter og til å rense sår. Kirurgisk- og tannlegeutstyr blir også sterilisert for å unngå forurensing og infeksjon av bakterier. Desinfeksjon av overflater blir benyttet til å drepe bakterier og andre patogener for å redusere risikoen for infeksjon.