DDRs president førte 1949–1950 et flagg basert på nasjonalflagget med ordene «PRÄSIDENT» i gult i den røde stripen og «D.D.R.» i svart i den gule stripen. I 1950 ble skrifttypen endret og «DDR» ble skrevet uten punktum mellom initialene. Fra 1951 til 1953 satt DDRs første statsemblem, en hammer omgitt av en krans, i midten av presidentflagget. Senere ble statsemblemet med hammer, passer innkranset av kornaks satt i nasjonalflagget benyttet som presidentflagg. I 1955 endret presidentflagget form. Det ble kvadratisk og besto av en rød duk innrammet av smale striper i svart, rødt og gult, og med statsemblemet i midten. Flagget ble benyttet til 1960, da presidentembetet ble erstattet av Statsrådets president som DDRs statsoverhode.