Hannus vokste opp i Kovland i Sundsvalls kommun og begynte sin orienteringskarriere i Kovlands IF. Hun fortsatte karrieren i Selånger SK og har siden representert IFK Södertälje og Domnarvets GoIF. Med sine 4 VM-gull er hun blant de mestvinnende løperne i VM-historien. Hennes første VM-gull tok hun på stafett sammen med Barbro Lönnkvist, Karin Rabe og Annichen Kringstad i sveitsiske Thun i 1981. Arja Hannus ble verdensmester individuelt da hun i 1987 gikk til topps på den klassiske distansen. Dette ble hennes eneste individuelle medalje fra VM i orientering. Hun var også med på de svenske vinnerlagene i VM-stafettene i 1989 og 1991. På hjemmebane i Skara i 1989 tok Hannus gull sammen med Karin Rabe, Kerstin Haglund og Marita Skogum. Hannus løp andre etappe for Sverige. I tsjekkiske Marienbad i 1991 løp hun første etappe for det svenske vinnerlaget, etterfulgt av Christina Blomqvist, Marlena Jansson og Marita Skogum.