Etter Józef Piłsudskis statskupp i mai 1926, som førte til at den polske presidenten, Stanisław Wojciechowski, gikk av, ble Mościcki foreslått som president av Piłsudski og valgt av Sejmen den 1. juni 1926. Det var likevel Piłsudski som hadde den faktiske makten frem til han døde i 1935.