Franciscus Junius den yngre var den første som utpekte Cædmon, den angelsaksiske religiøse poeten fra 600-tallet, som forfatter av manuskriptet. Junius var ikke den første som foreslo Cædmon som forfatteren, da mange hadde merket seg at ”bokens kollektive innhold påfallende minnet om de verker som Beda den ærverdige hadde beskrevet av den muntlige poeten Cædmon”. Imidlertid hadde uoverensstemmelser mellom Bok I og Bok II gjort til en avgjørende del av debatten om forfatterskapet til manuskriptet. Mange forskere mener at Junius-manuskriptet har blitt skrevet av mange forfattere. Et argument for å betvile forfatterskapet er ulikhetene mellom Genesis A og Genesis B, at klagene til Satan og de falne englene i Bok IIs dikt ikke blir fremmet til Gud, men til sønnen. Denne forandringen er bare ett eksempel på hvorfor forfatterskapet blir betvilt. En annen grunn for mistanke er at Satan er portrettert ”«som en mye mer ynkelig og patetisk figur i Kristus og Satan enn i eksempelvis ». I tillegg er det kun en skriver som har hatt ansvaret for å kopiere , , og , men Bok II som består av kun ble skrevet «av tre ulike skrivere med rundere hånd».