EFSA er organisert med et styre, en daglig leder med et sekretariat, et rådgivende utvalg (Advisory Forum, som skal gi daglig leder råd, tjene som et system for informasjonsutveksling om potensielle risikoer og felles anvendelse av kunnskap, samt sikre et tett samarbeid mellom organet og tilsvarende organer i medlemsstatene), en vitenskapskomite og flere faglige vitenskapspaneler. Medlemmer til vitenskapskomiteen velges ikke ut fra land, men ut fra faglig kompetanse. Dette betyr at også norske eksperter kan bli og har blitt oppnevnt.