I likhet med sin bror, startet Marius Johnsen fotballkarrieren i FK Vigør. Han kom til Start foran nedrykkssesongen i 2002. Han fikk ikke så mye spilletid den sesongen, men utviklet seg til å bli en av klubbens nøkkelspillere i 1. divisjon, og var en viktig brikke i Start-laget som rykket opp til Tippeligaen igjen i 2004. Johnsen er en målfarlig spiller, og er kjent for sine gode langskudd.