Senere seiret Qing-dynastiet, men det gikk smertefritt for p. Martini. Også det nye styre trengte astronomer for sine kalendere, og takket være hans astronomiske kunnskaper var han høyt skattet av erobrerne. Han dro da med kanallekter opp til Beijing for å bistå sin medbror Adam Schall. Men pater Schall var engstelig for at hovedstadens mandsjuer etter hvert skulle få vite om p. Martinis tette bånd til Ming-pretendentene, og ville ikke befale ham overfor astronomistyret. Han fikk han så til å gjøre vendereis nesten med det samme. Han ble kun forunt en liten avstikker for å beskue Den kinesiske mur.