Som hjelpebiskop var Jan Zaręba også generalvikar for bispedømmet Włocławek og kannik ved katedralen i Włocławek. I den polske bispekonferanse var han medlem av kommisjonene for misjonsarbeid, karitativt virke, presteskapet og reformen av den kanoniske lov. Zaręba deltok også i den fjerde sesjon av Det andre Vatikankonsil.