Himmler var nøye med hemmelighold og ga Heinrich Müller i Gestapo ordre om at alle lik skulle graves ned eller brennes. Rumenske styrker hadde til forskjell latt likene etter massakrer bli liggende i veikanten. Det ble et tema særlig etter massedrapene i 1942 ble omtalt i pressen i Storbritannia og USA, og etter saken mot Max Täubner. Enkelte steder, som i Chelmno, forekom det lik som lå fremme i vårsmeltingen skapte stank og helsefare for lokalbefolkningen. Sommeren 1942 instruerte Müller Paul Blobel om å sette i gang brenning av lik for å skjule sporene. Både i Chelmno og i Auschwitz hadde likene blitt gravd ned, og Sonderkommando 1005 gravde opp og brente likene der. Deretter ble samme operasjon gjennomført i Sobibor, Belzec og Treblinka. Arbeidet fortsatte på erobret sovjetisk territorium og pågikk til sommeren 1944. Fanger som deltok i arbeidet ble deretter skutt og drept.