Heiberg var allerede under anklager etter den gamle lovgivningen og hadde under rettssaken utgitt tidsskriftet , som var beregnet på å opplyse folk om saken samtidig med at det gikk i strid med makthaverne. Etter den nye forordningen kunne han dømmes til landsforvisning hvis han forhånet eller oppfordret til hat mot landets regjering. Det var nettopp hva Heiberg hadde gjort. Han ble dømt med tilbakevirkende kraft for sine artikler og . Dommen falt julaften 1799, og Heiberg forlot for alltid København den 7. februar 1800. En liknende skjebne rammet også dikteren Malthe Conrad Bruun året etter. De endte begge med å velge Paris som sitt oppholdssted. De hadde ikke mye til felles og følte snarere gjensidig uvilje. Heiberg så med forakt på den så radikale jakobineren Malthe Bruun da han omfavnet den eneveldige Napoleon uten betenkning.Thomasine lot seg skille i 1801 for umiddelbart å gifte seg med Carl Frederik Gyllembourg, som hun lenge hadde hatt et forhold til bak Heibergs rygg. Sønnen Johan Ludvig kom først som voksen til Paris for å besøke sin far. Heiberg var da blitt blind.