Meertens var også en tilhenger av den Stornederlandske tanken. Kulturgrensene sa ham mer enn landegrensene. Kulturgrensene tvang nederlendere og flamlendere til å samarbeide med tyskere. Med demokratiske tyskere når det lot seg gjøre, med nazister når de måtte. Meertens lot seg overtale av formannen av sine to utvalg, den tyskvennlige Jan de Vries, til å forske på «Deutchfeindlichkeit»(= tyskvennlighet) i den så kalte «Lectoraat Nederlandse literatuur». En aktivitet som han i 1972 sa at han ikke hadde innsett implikasjonene av. Hans rolle under okkupasjonen ble undersøkt mellom april 2005 og 2006 av ei nemnd bestående av tre professorer under ledelse av Hermann van der Dunk, etter at sosiologen Hans Derks hadde beskyldt Meertens for samarbeid med den tyske okkupasjonsmakten og KNAW for å dysse ting ned. Kommisjonen konkluderte i at Meertens ikke hadde vært på «feil» side.