I denne perioden var det meste av dagens Indonesia preget av ulike buddhistiske og hinduistiske riker. Det første av disse var det buddhistiske Shrivijaya-riket, som hadde sin storhetstid fra 700- til 1000-tallet. Dette var en betydelig maritim makt som fra sin base på Sumatra regjerte over Sumatra, Java og Malayahalvøya i dagens Malayisa samt Filippinene. De forsøkte også erobre kysten av Tanganykia og Mosambik. Utvandrere fra dette riket koloniserte Madagaskar rundt år 830, og er opphavet til dagens befolkning der. Shrivijaya-riket var alliert med det buddhistiske Sailendra-riket på Java, som mellom 750 og 850 bygde Borobudur, verdens største buddhisttempel, og med annet javanesisk rike, det jordbruksbaserte og hinduistiske Medang-Mataram-riket, som blant annet bygde Prambanan-tempelet. Senere (1293 til cirka 1527) ble det hinduistiske Majapahit-riket etablert på Java. Dette var et mektig rike som regjerte over både dagens Indonesia, Malaysia og sør-Thailand, og regnes som en gullalder i Indonesias historie. Samtidig fikk islam stadig større innflytelse ved at lokale herskere konverterte fra hinduismen til islam, og da Majapahit-dynastiet falt, flyktet den hindustiske overklassen fra Java til Bali, og overførte dermed den hinduistise kulturen dit.