Imidlertid var naturvitenskapen i fremgang og på det botaniske feltet var det spesielt Carl von Linné som gjorde en stor innsats. Også i Danmark fikk botanikken et oppsving. Blant annet ble den tyske botanikeren Georg Christian Oeder tilkalt i 1752 og under han ble det anlagt en ny botanisk have på en tomt som Frederik V hadde i Amaliegade. Anleggelsen av haven kom til å ta lang tid med uttørring, planering og kultivering. Dessuten skulle det føres opp veksthus, foredragssal og andre lokaler. Bare en del av det utlagte arealet rakk å bli fullført, men en mindre del åpnet for publikum i 1763.