Syndinvannene ligger i et åpent seterlandskap, hvor setervirksomheten gjennom lang tid har medført at bjørkeliene er erstattet av lyngheier med einer og dvergbjørk. Berggrunnen består av lett forvitrelige bergarter. Av denne grunn er jordsmonnet rundt svært rikt med tilhørende planteliv. I 1930 ble et 35 km² stort område mellom Syndinvannene og Helin fredet som botanisk plantenasjonalpark. I skiferura under fjellet Gilafjellet og langs Helin vokser flere sjeldne planter, blant annet urvalmue ().