Gaubil trådte 13. september 1704 inn i jesuittordenen. Ordenen sendte ham til Kina i 1722, der han kom til Peking 26. juni 1722. Han bodde så frem til sin død i Peking. Som etterfølger av pater Dominique Parrenin ledet han en skole som underviste mandsjukinesere i latin, som den gang gjaldt for å være diplomatiets språk i kontakten med Russland.