Anderson fortsatte karrieren da han forlot Yes etter 1979 som den ene halvdelen i duoen Jon & Vangelis sammen med den greske musikeren, komponisten og keyboardisten Vangelis. På første halvdel av 1980-tallet ga Jon & Vangelis ut en rekke album, hvor særlig sangene er blant annet «He Is Sailing», «I Hear You Now» og «I'll Find My Way Home» er blant de mest kjente.