Marcussen har komponert kantater, orkesterverk, en mengde kammermusikk og solostykker. Sentralt står den dramatiske kantaten som har vært fremført hjemme og i utlandet. Hans viktigste verk er ellers: , Tre gitarsonater, for fire gitarer, for fløyte og gitar, Sonate for fløyte og gitar, for mandolin og gitar, 12 Preludier for solo gitar, , og .