Gårsdnavnet er kjent fra 1500-tallet blant annet som Loko, Lokø og Locken. Skriftlige kilder nevner stedet i 1519 i forbindelse at Gunnar i Lokø betalte skatt. Det er ikke gjort arkeologisk funn fra forhistorisk tid og det er usikkert hvor lenge øyen har vært bebodd. Navnet er trolig svært gammelt og kan opprinnelig ha vært Loka etter et dialektord for fiskekasse. Ved utgangen av middelalderen var det biskopen i Bergen som eide øyen og senere var eiendommen på handel og ble delt opp. På 1700-tallet var blant andre kjøpmann Hans Krohn i Bergen eier av halve øyen. Lokøyna var på 1700-tall et av få handelssteder i Fjell og der hadde priviligerte kjøpmenn i Bergen såkalte kremmerleier. I 1801 var det 39 fastboende, rundt 1900 lå folketallet rundt 150. I 1982 var det 40 fastboende og senere har folketallet vokst noe. I 1939 var 19 små gårder i drift. Beitene på øyen og tilliggende holmer ble brukt også vinteren. Fiske var tidligere viktig i mellomkrigstiden var det 13 registrerte fiskebåter i drift. Tidligere var bebyggelsen konsentrert på den sørlige delen av øyen, senere har bebyggelsen spredt seg noe. Høyeste punkt er Storafjellet på 68 meter over havet. På 1800-tallet ble det igangsatt steinbrudd med utvinning av feltspat.