Religionen på 1100-tallet var i forhold til århundrene tidligere og etter preget av avvik og konfrontasjon. Splittelsen kom blant annet til uttrykk gjennom de kjetterbevegelser som vokste fram. De forskjellige avvikende grupper var ofte vanskelig å atskille fra den ortodokse tradisjon. Samtidig var det en oppfattelse av at alle mennesker måtte tilhøre det samme religiøse fellesskap, og de grupper eller individer som hadde avvikende religiøse forestillinger var da hedenske eller tilhørte djevelen. Holdningen overfor kritikk av de etablerte katolske institusjoner endret seg i perioden. Etter å ha vært lydhøre til kritiske røster øverst i det kirkelige hierarki fra omkring år 1000, begynte kirken etter år 1200 åpenlyst å støtte forfølgelser av protestbevegelser som kjettere. I begynnelsen ble kritikerne kun oppfattet som radikale forkjempere av reformer i en tid hvor pavestolen selv var involvert i en gjennomgripende endringsprosess. Etter at kirken hadde konsolidert seg i en ny form ble protestbevegelsene betraktet som en trussel mot kirkens enhet og slått hardt ned på.