I sin forskning er Christensen særlig beskjeftiget med offentlig forvaltning, særlig sentralforvaltningens oppbygging og virkemåte. Han har viet oppmerksomhet til omstilling og reformer i departementer, direktorater, tilsyn og statlige selskap. Christensen har en svært omfattende vitenskapelig produksjon innen disse feltene.