Den 17. januar 2003 havarerte en Air Nostrum Fokker 50 på rullebanen på Melilla Airport og havnet i flyplassens gjerde. Det resulterte at i flyet ble delt i to store deler. Ni passasjerer ble skadet. Den 24. januar 2006 buklandet Air Nostrum flight IB 8665 fra Valladolid på El Prat lufthavn. To av de førti passasjerer ble påført mindre skader under evakueringen. Flyet var en Bombardier Årsaken ble fastsatt av flyhaharikommisjonen, til å være pilotfeil. Den 23. januar 2007 måtte Air Nostrum flight IB 8041 fra Pamplona til Barcelona foreta en nødlanding på Barcelona internasjonale lufthavn etter rapportering av problemer med understellet på flyet, en Bombardier Dash 8-Q300. Ingen personer ble skadet.