Johannes av Brienne døde året etter, i 1237. Ifølge tre 1300-tallsforfattere (Matthew Paris, Salimbene di Adam og Bernard av Besse) ble Johannes fransiskanermunk før han døde. De er enige om at Johns Fallende helse bidro til hans konvertering, men Bernard beskrev også en gjentatt visjon om en gammel mann som oppfordret keiseren til å bli med i fransiskanerordenen. De fleste kilder fra 1200-tallet antyder at Johannes døde mellom 19. og 23. mars 1237, og han ble den eneste latinske keiseren som døde i Konstantinopel. Ifølge (fra 13. århundre) ble han begravet i Hagia Sofia i Konstantinopel.