Utgravningene sluttet i juli 1937 da Japan okkuperte Beijing. Fossilene fra Pekingmennesket ble plassert i en safe på Cenozoic Laboratory. I november 1941 pakket sekretæren Hu Chengzi ned fossilene og for å sende dem til USA for å holde dem der til krigens slutt. De forsvant sporløst på veien til havnebyen Qinhuangdao. Sannsynligvis var de med en gruppe amerikanske marinesoldater som japanerne fanget da krigen mellom Japan og USA startet.