Etter at Kirgisistan ble uavhengig ble det slutt på statlig subsidiering av fiskerisektoren, og de fleste smoltanleggene ble privatisert. Det var vanskelig å skaffe fiskefor og utstyr som tidligere hadde kommet fra andre sovjetrepublikker. Akvakulturproduksjonen var i 1997 bare 5 tonn, 0,5 % av produksjonen ti år tidligere. Overfiske og konkurranse fra de introduserte artene førte til en total kollaps i fisket. Det er liten respekt for kvoter og reguleringer, og det blir satt ut mye mindre yngel av sevanørret enn før. Mange gytebekker har tørket inn fordi vannet blir brukt til irrigasjon. I 2003 var fangsten bare 67 tonn. I 2008 ble det vedtatt et femårig forbud mot fiske i Issyk-Kul.