Han reiste til Afghanistan i 1990 for å støtte mujahedin og deltok i opplæring i en al-Qaida leir der. Han besøkte Afghanistan på nytt i 1992. Slahi meldte seg selv for mauritanske myndigheter i november 2001 og ble senere overlevert til amerikansk etterretning. Amerikanske myndigheter hevder han har vært knyttet til al-Qaida siden 1990, Slahi hevder han har brutt alle forbindelser etter det siste besøket. Ifølge Amnesty International ble han arrestert i Mauretania i 2001 og bortført til Jordan der han ble avhørt og torturert trolig med bistand fra amerikanske agenter. Fra Jordan ble han overført til Bagram-basen i Afghanistan og ble 5. august 2002 overført til Guantánamo .