Sammen med April og hennes nye venn Casey Jones, klarer skilpaddene å avverge et angrep mot skilpaddenes oppholdssted. Kirby blir til slutt forandret til hans menneskelige form når Donatello klarer å produsere et nytt Kraang-kjemikalie som kalles «retro-mutagen» noe som får organiske vesener til å forandre de store fysiske transformasjonene fra mutagenet. I mellomtiden vender Shredder tilbake fra Japan sammen med en mutert japansk dusørjeger, Tiger Claw, som hans nye nestkommanderende. Tiger Claw blir senere sendt gjennom en portal til den animerte Teenage Mutant Ninja Turtles men de vender senere tilbake til virkeligheten i 2012.