Ved siden av sitt virke som musiker og komponist påvirket Bach den praktisk orienterte musikkteorien, slik framfor alt Johann Philipp Kirnberger senere beskrev i sine skrifter. Bach behersket flere instrumenter (orgel, klaver/cembalo, fiolin, bratsj og kanskje også andre), og kjente av egen erfaring disse instrumentenes tekniske muligheter. Han var dessuten svært interessert i de tekniske aspektene ved instrumentbygging og engasjerte seg i videre- og nyutvikling av musikkinstrumenter for å utvide deres muligheter som verktøy for presentasjon av komposisjoner. Forkel forteller at Bach fikk utført endringer på instrumentet viola pomposa fordi han ønsket et instrument som kunne utføre akkompagnerende linjer uten at han måtte for dypt (cello) eller for høyt (violin).