Milch erklærte seg ikke skyldig i alle tiltalepunkter. Tribunalet fant ham skyldig i punkt 1 og 3, men frikjente ham på punkt 2 fordi hans deltagelse ikke kunne bevises hinsides tvil. Han ble dømt til livsvarig fengsel, som ble omgjort til 15 års fengsel i 1951. I juni 1954 ble han sluppet fri under et større amnesti.