Migrene er en differensialdiagnose til HC, men det er også kjent at pasienter kan lide av begge disse lidelsene. I slike tilfeller skal pasienten diagnostiseres med begge og behandles for begge, siden behandlingen er ulik. Eksaserbasjoner kan vare utover et normalt migreneanfall. For uerfarne leger er det derfor lett å feiltolke slike anfall som status migrenosus (SM), men eksaserbasjoner følges alltid av autonome symptomer. For å kunne diagnostisere HC er det viktig at pasienten fører hodepinedagbok og er nøye med å beskrive symptomene, spesielt dersom det skulle vise seg at man lider av både denne og migrene.