Medaljen ble opprettet av president John F. Kennedy i 1963. Den bygger på Frihetsmedaljen, etablert av Harry S. Truman i 1945 for å hedre innsats under andre verdenskrig og for USAs sikkerhetsinteresser. President Kennedy utvidet med Presidentens frihetsmedalje utmerkelsens virkeområde til også å gjelde innsats for samfunn, vitenskap og kultur. Presidentens frihetsmedalje fikk videre en annen inndeling enn det Frihetsmedaljen hadde og fikk helt ny utforming.