Figueres ble leder for opposisjonsstyrkene i borgerkrigen som brøt ut i Costa Rica i 1948. Han hadde lenge håpet å å bruke Costa Rica som hovedbase for å fjerne de tre sentrale søramerikanske diktatorer. Gruppen ble grundig overvåket av myndighetene, spesielt etter at de gjennomførte en rekke operasjoner som ble regnet som terrorangrep av myndighetene i 1945 og 1946. Disse angrepene var planlagt å utvikle seg til en generalstreik, men folket responderte ikke. I 1948 utviklet protestene over valgresultatet seg til en væpnet konflikt, deretter utviklet det seg til en revolusjon. Med mer enn 2000 døde var resultatet av den 44-dager lange borgerkrigen, noe som gjør denne konflikten til den blodigste hendelsen i det 20. århundre i Costa Ricas allerede ganske blodige historie.