Den 7. februar 2020 døde Li i Wuhan av covid-19; han ble 34 år gammel. I et intervju med sa han før han døde at det burde være mer åpenhet og transparens, og at han trodde at situasjonen ville ha vært bedre om tjenestemenn hadde sluppet ut mer informasjon om epidemien tidligere. Lis foreldre ble også smittet av viruset, men ble friske og overlevde.