Den grønne revolusjonen demonstrerte både det enorme potensialet og betydningen av avveininger mellom innovasjoner. Blant de negative konsekvensene er kjemikaliebruk, som har forårsaket miljø- og helseproblemer. Intensivt landbruk har påvirket grunnvannet i mange regioner og monokulturer har i noen tilfeller gitt dårligere kosthold enn tradisjonelt landbruk ga. Globalt kan slik praksis også redusere matsikkerheten fordi store internasjonale selskaper får stor innflytelse over matproduksjonen, spesielt fordi små- og middels store bønder blir avhengige av disse selskapene.