Selv om det på Stohrs tid nærmest var og til tross for trakasseringen fra nasjonalsosialistene, motarbeidet Stohr temmelig tydelig nazistenes umenneskelighet i sine prekener. I 1937 behandlet han i et hyrdebrev kritisk begrepet «folk og rase», i sin preken på Kristi Kongefest i 1941 kritiserte han ødeleggelsen av såkalt «livsuverdig liv» og krevde at menneskets grunnleggende rettigheter ble overholdt. Stohr motsatte seg offentlig den nazistiske propagandiske spillefilmen (1941), som var ment å skape forståelse og sympati for regimets omfattende drap av syke.