Det var lenge strid om hvor museet skulle ligge. Miljøet rundt Forsvarets flysamling på Gardermoen ønsket å bygge museet der, mens miljøet i Bodø ønsket å lokalisere museet i Bodø. 31. mars 1992 vedtok Stortinget at det skulle bygges ett felles museum for sivil og militær luftfart i Bodø.