Regjeringen Dönitz ble tatt til fange av britene i Flensburg den 23. mai. I de siste dagene av krigen var regjeringens myndighetsområde i praksis begrenset til et lite område på 14 kvadratkilometer. Under Nürnbergprosessen ble Dönitz dømt til ti års fengsel. Han ble imidlertid ikke dømt for å ha gitt ordre til uinnskrenket ubåtkrig. Bakgrunnen var at domstolen fant det bevist at også britene og US-amerikanerne hadde ført uinnskrenket ubåtkrig: Storbritannia fra tidlig i mai 1940, og USA fra første stund i stillehavskrigen etter det japanske angrepet på Pearl Harbor 7. desember 1941.