Han var Det demokratiske partis kandidat ved presidentvalget den 2. november 2004. Kerry og visepresidentkandidat senator John Edwards tapte valget med ca. 3,5 millioner færre stemmer enn George W. Bush. I valgmannskollegiet var det noe jevnere. Valget var et av de jevneste i USAs historie, men likevel relativt klart i forhold til valget i 2000 mellom Al Gore og Bush og valget i 1960 mellom John F. Kennedy og Richard Nixon.