I 2001 overlot han lederskapet i Sambandsflokkurin til Lisbeth L. Petersen. Året etter gikk partiet frem til 26 % av stemmene, og Joensen ble valgt til lagtingsformann, et verv han beholdt frem til 2008. Som lagtingsformann tok han initiativ til å erstatte de syv valgkretsene med partilister og kumulasjon i én valgkrets. I sin siste periode på Lagtinget, fra 2008 til 2011, var han således valgt under nyordningen. I denne perioden var han nestformann i Lagtingets utenrikskomité 2008–2011.