Černík arbeidet opprinnelig som stålverksarbeider, og rett etter andre verdenskrig ble han medlem av kommunistpartiet. I 1956 ble han for øvrig utnevnt til sekretær av kommunistpartiets sentralkomité, og i 1963 ble han formann i statens planleggingskommisjon. I april 1968 ble han valgt til statsminister og som teknokrat var Černík en sterk tilhenger av Prahavåren og reformene i 1968. Etter den sovjetiske invasjonen i august samme år ble Černík tvunget til å dra til Sovjetunionen sammen med andre politikere, og da han vendte tilbake rådet han det tsjekkiske folket til å samarbeide med Sovjetunionen på et konservativt grunnlag og samtidig fortsette med reformer.