Han har hatt en rekke forvaltningsstillinger med hovedvekt innen økonomi og virksomhetsstyring på ulike nivå og ved en rekke avdelinger i Forsvaret. Han har også tjenestegjort i Forsvarsdepartementet. Han ble utnevnt til oberst i 2005 og tilsatt som sjef for Virksomhetsstyringsavdelingen i Forsvarets logistikkorganisasjons stab. Fra 2009 var han sjef for personalavdelingen i Luftforsvarsstaben inntil han i 2012 ble utnevnt til brigader og tilsatt som nestkommanderende i personalavdelingen i Forsvarsstaben. Den stillingen hadde han frem til han i 2018 ble sjef for Forsvarets fellestjenester og kommandant på Akershus festning. Trond Kotte har vært overadjutant fra Luftforsvaret til kong Harald.