For byen var det 19. århundrets historie tett forbundet med de store begivenhetene i Europa. Freden i Pressburg mellom Østerrike og Frankrike ble underskrevet i Bratislava i 1805. Theben slott ble ødelagt av Napoleons franske tropper i 1809, og deretter ble også Bratislava slott ødelagt av en brann i 1811. I 1843 ble ungarsk utropt til det offisielle språket innen lovgivning, offentlig administrasjon og utdannelse av kongressen i Bratislava. Som en reaksjon på Den ungarske revolusjonen skrev Ferdinand I de såkalte aprillovene (også kalt marslovene), som førte til avskaffelsen av livegenskapet på Primaciálny palass. Byen valgte den revolusjonære ungarske siden, men ble erobret av østerrikerne i desember 1848. Industrien vokste raskt i det 19. århundre. Den første hestetrukne sporvogna i Kongedømmet Ungarn fra Bratislava til Svätý Jur (Szentgyörgy) ble bygd i 1840. En ny linje til Wien, som brukte damplokomotiver, ble åpnet i 1848, og en linje til Pest i 1850. Mange nye industrielle, finansielle og andre institusjoner ble grunnlagt; for eksempel ble den første banken i det nåværende Slovakia grunnlagt i 1842. Byens første permanente bro over Donau, , ble bygd i 1891.