Episode 3 «Fra den ene krigen til den andre» Seriens tredje del tar for seg perioden 1990–2001. Her for vi et dypere innblikk i hvordan CIA ble mindre relevant under Bill Clinton. Videre blir vi bedre kjent med deres rolle i Gulfkrigen i 1991, samt det første terrorangrepet mot WTC i 1993. Vi får også et innblikk i striden mellom CIA og FBI i 1990-årene, samt terroraksjonene den 11. september 2001. Episoden tar også for seg oljelobbyens sterke innflytelse på amerikansk politikk, samt CIAs jakt på Osama bin Laden. Det settes også et kritisk søkelys på George W. Bush og Bush-familiens tilknytning til oljelobbyen og deres forbindelse til Saudi-Arabia. Episoden viser hvor lydhøre amerikanske presidenter har vært overfor oljelobbyen.