Byen mistet mye av sin betydning i og med reformasjonen på 1500-tallet, et århundre da også svenske plyndringstog rammet området hardt og blant annet la borgen i ruiner. Nedgangstiden endte med at Åhus mistet sine byrettigheter i 1617, da Christian IV grunnla festningsbyen Christianstad. I 1658 tilfalt Åhus sammen med resten av Skåne Sverige ved freden i Roskilde.