Da han i 1826 ble valgt til president, hadde landet mange problemer, blant annet en pågående krig med Brasil om området som nå er kjent som Uruguay. Han møtte også mye motstand fra de øvrige provinsene i landet. Hans periode som president ble derfor kort, allerede 29. juni 1827 leverte han inn sin avskjed og ble etterfulgt av Vicente López y Planes. I ettertid er hans presidentgjerning blitt vurdert positivt for arbeidet med å utvikle utdanning og å skille kirke og stat, men negativt for hans anglofile holdning, hans tollpolitikk med lave tollgrenser som tillot stor grad av britisk import og skadet den svake innenriksøkonomien.