Fra lagtingsvalget 1988 hadde partiet to representanter på Lagtinget, Tordur Niclasen og Niels Pauli Danielsen. Kristiligi Fólkaflokkurin opplevde nok en splittelse i 1991, da Niclasen og 5 av 7 av partiets velgerforeninger brøt ut og dannet Miðflokkurin. Ved lagtingsvalget 1994 ble partiets lagtingsgruppe fullstendig fornyet, med Lasse Klein og Jákup Olsen som innvalgte representanter frem til 1998. Olsen fikk ikke gehør for at Kristiligi Fólkaflokkurin burde gå inn i Fólkaflokkurin, og meldte selv overgang før valget i 1998. Det året mistet Kristiligi Fólkaflokkurin to tredjedeler av velgerne sine og begge mandatene. Rundt 2000 gikk resten av partiet i oppløsning.