Ved begynnelsen av 1600-tallet ble området invadert og okkupert av nomadiske usbekiske stammer, som opprettet strenge retningslinjer for Islam og religiøs fundamentalisme. De ble henvist til gettoene, og jødene ble nektet elementære rettigheter, samt at flere ble tvunget til å konvertere til islam. Ved midten av 1800-tallet var nesten alle de bukhariske jødene bosatt i Emiratet Bukhara. I 1843 samlet bukhariske jøder 10 000 sølv-tan'ga og kjøpte et landområde i Samarkand, kjent som , i nærheten av Registon.