Pamir Airways ble grunnlagt i mai 1995 og er det første private flyselskapet i Afghanistans historie som fikk tillatelse fra det afghanske departementet for sivil luftfart til å operere i landet. Flyselskapet er oppkalt etter en av de høyeste fjellkjedene i verden; Pamirfjellene, som ligger i Afghanistan og hele Sentral-Asia. Navnet kan oversettes som «verdens tak».