Navnet Fridtjof Nansens Institutt ble formelt innført først i 1990, men instituttet har vært virksomt helt siden opprettelsen i 1958, da under navnet Fridtjof Nansen-stiftelsen. Stiftelsen skulle, i tillegg til å forvalte selve eiendommen, også «drive eller støtte forskning i forbindelse med interesser som sto Nansen nær».