Da Gerhard Schröder ble kansler i 1998 ble Schily utnevnt til innenriksminister. Fra da av ble han ofte kritisert av venstresiden for å føre en angivelig sterkt konservativ og høyreorientert politikk, blant annet ved å presse igjennom antiterror-lovgivning med blant annet flere fullmakter til politiet og etterretningstjenesten, samt en tøffere politikk mot utlendinger, særlig etter terrorangrepet 11. september 2001. Noen mener at hans politikk som innenriksminister stod i sterk motsetning til synspunkter han tidligere forfektet. På den annen side var han et viktig medlem av regjeringen, fordi han forhindret at kansleren ble utsatt for alt for sterk kritikk fra den konservative opposisjonen innen temaer som kriminalitet og innvandring.