I januar 1769 fødte Caroline Mathilde sønnen Frederik, den senere Frederik VI. Frederik var et svakelig barn og mye syk. I et forsøk på å få et bedre forhold til ektefellen lot hun seg overtale til at Struensee skulle undersøke Frederik. Struensee vaksinerte også barnet mot kopper. Til sin overraskelse ble hun tiltalt av legen, ikke bare fordi han lot til å forstå henne situasjon, men også fordi han hjalp henne med å få til et bedre forhold til ektefellen.