Forholdene endra seg først med Estlands gjenvunne uavhengighet. Eksilsynoden returnerte til Estland og lot seg registrere som den estiske apostoliske ortodokse kirke i 1993. Samme år innrømmet Moskva-patriarkatet delvis selvstyre til Tallinn eparki. Etter en klage fra det russisk-ortodokse eparkiet bekrefta imidlertid en estisk domstol at det var eksilkirka, og ikke Moskva-patriarkatets eparki, som skulle betraktes som arvtageren etter førkrigskirka. Dette førte til en konflikt om kirkebyggene, som det ifølge rettskjennelsen var den estiske apostoliske kirke som var eieren til.