Navnet «Flekkerøy» kan komme av norrønt , som er ubestemt form flertall av ordet . Navnets opphav er enten «flekk», som betyr «oppdyrket jordstykke», eller kan sikte til «flekkene» lagd av fire dype kiler i øyterrenget. På gammelhøytysk betyr og «handelsplass». På middelnedertysk og hollandsk kunne bety «landsby». På dansk betyr en «avkrok», en «avsides småby».<ref>[https://ordnet.dk/ddo/ordbog?query=fl%C3%A6kke «Flække» Carta MarinaEncyclopædia Britannicathe most secure and capacious harbour in NorwayBowerieNieuw Amsterdam – Nordmenn i det hollandske Amerika 1624–1674''. Commentum forlag (2016).