Zuberbühler spilte til sammen 187 kamper for klubben Grasshoppers mellom 1991 og 1999. Han vant Swiss Super League tre ganger og den sveitsiske cupen én gang. Han begynte senere i FC Basel, der han spilte 217 kamper, og vant ytterligere Swiss Super League tre ganger og den sveitsiske cupen to ganger til.