Det er funnet spor av Clausholm helt tilbake fra 1100-tallet, men det nåværende slottet ble oppført av storkansler grev Conrad Reventlow i 1690-årene med Ernst Brandenburger som byggmester. Han er blant annet kjent for Frederiksberg slott. Den svenske arkitekten Nicodemus Tessin den yngre var også involvert.