Siden slutten av det 15. århundre eksisterte det en menighet av De bøhmiske brødre i byen, men den ble oppløst under motreformasjonen i 1626. Etter Slaget på Det hvite berg ble byen overbrakt til den aristokratiske familien Liechtenstein. I 1706 rammet en brann byen. 1795 løsrev Ústí nad Orlicí seg fra Huset Liechtenstein og ble en selvstendig by.