Den 16. september 1963 ble Singapore en del av føderasjonen Malaysia. Unionen ble imidlertid kortvarig. Den malaysiske sentralregjeringen, som ble styrt av United Malays National Organisation (UMNO), ble urolig for Singapores kinesiske majoritet som inkorporert i staten og av at PAP kunne utgjøre en politisk utfordrer i Malaysia. Lee motsatte sig bumiputrapolitikken og benyttet Malaysian Solidarity Conventions slagord om et «malaysisk Malaysia!», en nasjon som tjener den malaysiske nasjonaliteten, i motsetning til den malayiske gruppen. Relasjonene mellom PAP og UMNO ble anstrengte. Visse innen UMNO ville at Lee skulle arresteres.