I august 2006 anbefalte Sonoma County at biskop Walsh burde siktes for åha unnlatt å rapportere overgrep mot barn foretatt av presten Francisco Ochoa, som tidligere hadde tilstått sine handlinger overfor biskopen. I løpet av tiden da msgr Walsh var pålagt ved lov å rapportere forbrytelser innen en knapp frist, og ikke gjorde det, flyktet Ochoa til Mexico og unngikk rettsforfølgelse. Loven i delstaten California krever at en person som mottar informasjon om seksuelle krenkelser, innen 36 timer må varsle de relevante myndigheter. Det ble oppnådd et forlik med distriktsadvokatens kontor der biskop Walsh gikk med på fire måneders i stedet for påtale. Hadde forliket ikke blitt oppnådd, ville det ført til den første sivile rettssak mot en amerikansk biskop for manglende rapportering av seksualforbrytelser.