Den 1. juni 2012 signerte Weiser en treårskontrakt med . Han fikk kun spille en cup-kamp for Bayern, før han ble lånt ut til 1. FC Kaiserslautern i perioden januar til juli 2013. Etter tilbakekomsten til før 2013-2014 sesongen har Weiser spilt 4 kamper, 3 Bundesliga-kamper og en Champions League-kamp.