I juni 2006 signerte Kyrgiakos en 2-årskontrakt med Eintracht Frankfurt. I hans første sesong ble han en favoritt blant fansen, med noen flotte kamper og viktige skåringer, som hjalp klubben med å unngå nedrykk. Klubben endte på en 14.-plass i Bundesliga sesongen 2006/07. I sin andre sesong med klubben hadde han flere gode kamper, og han hjalp klubben til en 9.-plass. Da avtalen hans løp ut i 2008, bestemte Kyrgiakos seg for ikke å forlenge kontrakten med klubben, og ble dermed frigitt.