Samson Eitrem ble i 1896, og fikk i 1898 Kronprinsens gullmedalje for en avhandling om «Ovids mytologiske kilder», med et reisestipendium. Dermed kunne han i oktober samme år reise til Berlin, hvor han ble immatrikulert ved Universitetet i Berlin med henblikk på fordypningsstudier. Det filologiske seminar, ledet av Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, tiltrakk seg den gang studenter fra hele verden. Eitrem fulgte forelesninger av Wilamowitz, Hermann Diels og Johannes Vahlen, og han vekslet høsten 1899 over for ett semester til Universitetet i Göttingen, der han studerte under latinisten Friedrich Leo, grecisisten Georg Kaibel og arkeologen Karl Dilthey. Fra sommersemesteret 1900 til slutten av 1901 studerte Eitrem i Halle an der Saale under arkeologen Carl Robert, historikeren Eduard Meyer og filologen Friedrich Blass.