Lodge ble født en gang rundt 1558 i West Ham som den andre sønnen til sir Thomas Lodge som var Lord Mayor of London i årene 1562–1563. Hans mors stefar var sir William Laxton, en annen borgermester av London. Lodge fikk sin utdannelse ved Merchant Taylors' School og deretter ved Trinity College ved University of Oxford, og tok sin B.A. (Bachelor of Arts) i 1577 og M.A. (Master of Arts, postgraduate) i 1581. Detaljer om Lodges liv er dårlig kjent.