Den mest alvorlige konflikten med kommuniststyre var i forhold til den tyrkiske befolkningen i Bulgaria, som utgjorde ca. 10 % av befolkningen. Tyrkisk som undervisningsspråk ble forbudt i 1970-årene, og på midten av 80-tallet ble det satt i gang en stor assimileringspolitikk. Tyrkiske navn ble forbudt, og det var ulovlig å snakke på offentlige steder. Assimilasjonspolitikken nådde toppen i 1989 med etnisk rensing da 350.000 tyrkere ble drevet på flukt eller utvist til Tyrkia. Selv tyrkiske pasientjournaler og navn fra gravstener ble forsøkt slettet. Først i 2012 kom Bulgaria med en offisiell unnskyldning.