Trass i sine skader, fortsatte Doohan i det militære, trente seg som pilot, og fløy artilleri-observasjonsfly. Han fløy Taylorcraft Auster Mark V aircraft for 666 (AOP) Squadron, RCAF, som en Royal Canadian Artillery offiser i en flygende rolle til støtte for #1 Canadian AGRA (Army Groups Royal Artillery). Alle tre canadiske (AOP) RCAF Squadrons ble bemannet av artilleri offiserer-piloter og artilleri-personell som observatører.