Spillet skulle opprinnelig fokusere på at Ico prøver å få Yorda tilbake til rommet sitt i slottet, etter at hun ble kidnappet av krigerne. Ueda har sagt at denne versjonen hadde for mange detaljer for grafikkmotoren å håndtere. Krigerne ble dermed erstattet av skyggeskapningene, som en del av det minimalistiske designet. Ueda fikk også en del folk utenfor videospillbransjen til å bidra til utviklingen. Dermed besto utviklingsgruppen av to programmerere, fire kunstnere og en designer, i tillegg til Ueda og Kaido. Disse var grunnlaget for det som senere ble Team Ico. I ettertid har Ueda kommentert at det minimalistiske designet kan ha tatt litt for mye ut av spillet, og valgte å ikke være like minimalistisk da han designet .