Utryddelsesleirer var egentlig utenfor Heydrichs ansvarsområde, dette lå under Himmler og HSSPF. I Generalguvernementet var Schöngarth og Odilo Globocnik (SS- og politisjef i Lublin) ansvarlige for å ta mot de deporterte. I forbindelse med dette samarbeidet Schöngarth nært med ledelsen for jernbanen i område og med Adolf Eichmanns kontor.