Hans far kjempet med den franske hæren under den andre verdenskrig og ble tatt til fange av nazistene. Sankaras familie ville at han skulle bli katolsk prest. Ifølge noen kilder mistet han aldri sin katolske tro, til tross for sine venstre-marxistiske tendenser. Som skikk og bruk i et land med et flertall av muslimer hadde han også god kjennskap til Koranen.