Indisier på at evolusjon har funnet sted og finner sted, kommer fra mange ulike hold: Husdyr- og planteavl viser at ønskelige egenskaper som selekteres frem, sprer seg i arten – og dette over forholdsvis kort tid, dvs. etter at mennesket begynte å domestisere dyr og planter. (Darwin kalte avl for og satte den sammen med naturlig seleksjon og seksuell seleksjon, fordi de underliggende mekanismene er de samme.) Likheter mellom artene er ikke tilfeldig fordelt, men hierarkisk. Det gjelder for både morfologiske, genetiske og embryologiske likheter. Den eneste naturalistiske forklaringen på dette er at alle dagens arter er grener på ett og samme stamtre. (Se systematikk for en nærmere forklaring; kort fortalt: Hvis man tenker seg artene som prikker på et ark, og at man tegner ringer rundt de artene som deler en gitt egenskap, så vil de færreste av disse ringene overlappe med hverandre. Man får mange små ringer som ligger innenfor større ringer, men veldig få krysninger mellom linjene.) Endringer av sykdommer viser med all ønskelig tydelighet at evolusjon er et faktum. Eksempler er utviklingen av HIV fra et virus som var ufarlig for mennesker, og utviklingen av antibiotikaresistens hos bakterier pga. for utstrakt bruk av antibiotika i helsevesenet. Både observasjoner fra naturen og laboratorie-eksperimenter på kortlevende arter som bananfluer viser effekten av seleksjon og forekomsten av artsdannelse. Biogeografien har dokumentert mange tilfeller av arters utbredelse som kun er forenlig med at en felles, nå utdødd stamform må ha eksistert. Fossiler viser ikke bare at det fantes andre livsformer før, men også hvordan bygningen til dagens arter steg for steg ble til fra de tidligere artenes kroppsbygning. Genetikk og gensekvensering gir oss i dag muligheten til å se effekten av evolusjon direkte ved å spore hvordan enkelte gener har forandret seg og flyttet på seg hos forskjellige organismer.