Eschenburg-prisen ble fra 2003 til 2012 utdelt hvert tredje år av Deutsche Vereinigung für Politikwissenschaft (Den tyske forening for politikkvitenskap), til minne om Eschenburgs arbeid for det nye, tyske samfunnet. Da prisen ble utdelt i 2012 distanserte mottakeren Claus Offe seg fra Eschenberg. Han viste til Eschenburgs rolle under nasjonalsosialismen. Etter dette fulgte en offentlig debatt om utdeling av prisen skulle innstilles. I denne debatten inngikk et brev fra 115 vitenskapsfolk, herunder historikeren Hans Mommsen, som oppfordret til en fortsatt utdeling. Foreningen bestemte seg likevel for å innstille en videre utgivelse av prisen.