De første universitetene i Europa oppstod på 1100-tallet, og kontakt med den muslimske verden via Spania og Sicilia gjorde at gamle greske filosofer, og arabiske tenkere, kunne oversettes til latin og studeres. Innen hundre år fantes nesten alle viktige vitenskapelige verk på latin, og ble spredt via universiteter og klostre. I 1210, 1270 og 1277 fordømte universitetet i Paris, etter undersøkelser foretatt av biskopen, en rekke «hedenske» skrifter, deriblant mange teologiske skrifter og Aristoteles «Fysikk» (Φυσικὴ ἀκρόασις). Dette åpnet for en kritikk av Aristotelisk tenking, og mens for eksempel vakuum ble avfeid som umulig innen aristotelisk tenking, ble dette utforsket av senere naturfilosofer.