Stjerneborg hadde 5 såkalte krypter, der instrumentene til observasjoner sto permanent oppstilt. Midt mellom kryptene var det et enkelt kvadratisk rom, et hypocaustum, hvilket var et oppvarmet rom som ble benyttet til å analysere de foretatte observasjonene. Det fantes også arbeidsværelse og soverom hvor man kunne studere og kontemplere over observasjonene. Noen av byggestenene kom fra Selje kloster.