Ellis spesialiserte seg på studiet av koraller. Han ble valgt til medlem av det britiske Royal Society i 1754 og i det påfølgende året publiserte han et essay med tittelen . Ellis ble tildelt den høythengende utmerkelsen Copleymedaljen i 1767. Hans , skrevet sammen med Daniel Solander, ble utgitt posthumt i 1776. Ellis importerte mange frø og planter til England fra Amerika, og han korresponderte med mange anerkjente botanikere, inkludert Carolus Linnaeus.