Cumonts internasjonale akkreditiver var utmerkede, men hans offentlig forsiktige var ikke nok. I 1910 avviste baron Edouard Descamps, den katolske minister for vitenskap og kunst ved Universitetet i Gent, å godkjenne fakultets enstemmige anbefaling av Cumont for verv i romersk historie selv om Cumont hadde vært professor der siden 1906. Det kom igang en omfattende press og agitasjon fra studentorganisasjonene til fordel for Cumont ettersom avslaget ble sett på som åpenbar religiøs innblanding i universitetets styring. Da en annen kandidat ble navngitt i 1912 sa Cumont opp sine posisjoner ved universitetet og ved Det kongelige museum i Brussel, forlot Belgia og delte deretter sin tid mellom Paris og Roma.