Under denne perioden med våpenhvile brøt det ut en religiøs konflikt mellom de remonstrantske tilhengerne av Jacobus Arminius og mot-remonstrantene som var tilhengere av Franciscus Gomarus. Van Oldenbarnevelt tvang gomarianernes reformerte kirke til å akseptere arminianerne, og Maurits mente at dette ga katolisismen en åpning og dermed også åpning for habsburgernes herredømme. Det varte ikke lenge før denne konflikten hadde utviklet seg til en politisk konflikt der regentene (bestyrerne) stod på remonstrantenes side og Maurits på mot-remonstrantenes. I 1619 satte Maurits seg opp mot loven på flere steder i Nederlandene da han byttet ut pro-arminianske bystyrer med anti-arminianske. Dette, ved siden av uenighet mellom dem med hensyn til finansieringen av hæren og marinen og generell krigsførsel, førte til at kløften mellom Maurits og Van Oldenbarnevelt ble større, og endte med at Maurits lot Van Oldenbarnevelt sammen med sine viktigste medarbeidere arrestere. Van Oldenbarnevelt selv ble anklaget for landsforræderi og halshugget 13. mai 1619. Etter dette var Maurits Nederlandenes øverste hersker.