Saddam ble bragt til et solid bevoktet fengsel i Bagdad. Det amerikanske militæret stod for bevoktningen, selv om han i juridisk forstand ble utlevert til det nye irakiske regimet. Rettssaken mot ham som startet 19. oktober 2005 tok utgangspunkt i en massakre på 148 innbyggere i den sjiittiske byen Dujail. Overlevende landsbyboere fortalte om tortur de selv og familiemedlemmer var blitt utsatt for, og Saddam Husseins ansvar for overgrepene ble dokumentert. Imidlertid foregikk prosessen under svært vanskelige betingelser. Flere av Husseins forsvarsadvokater ble drept ved attentater, og den irakiske regjeringen grep direkte inn i rettsforhandlingene. Hoveddommeren, som ledet forhandlingene, ble byttet ut to ganger etter politisk press. Forsvaret er på sin side blitt kritisert for å ha utnyttet rettssaken som en politisk talerstol.