Hun spilte sin første Grand Slam-finale i 1991 da hun møtte Monica Seles i Australian Open og tapte. I 1993 spilte hun sin andre Grand Slam-finale, i Wimbledon. Hun hadde på veien til finalen beseiret både Gabriela Sabatini og Martina Navrátilová. I finalen møtte hun Steffi Graf og etter 1–1 i sett ledet Novotná 4–1 i det siste og avgjørende settet og var på vei mot sin første Grand Slam-tittel. Men Graf snudde kampen og vant siste sett 6–4 etter at spillet til Novotná gikk fullstendig i vranglås. En gråtende Novotná ble trøstet av Katharine, hertuginne av Kent.