Den 13. august 1988 giftet Dan Atar seg med Anne-Mette Kristensen i København. De fikk to barn sammen, Oliver David Atar og Eva Caroline Atar. Han ble enkemann i 2001, og giftet seg for andre gang 8. april 2008, med operasangeren Anna Elisabet Einarsson. De har to barn sammen, Simon August Einarsson Atar og Viktor Samuel Einarsson Atar.