X-Men, mutantheltene som sverger å forsvare en verden som hater og frykter dem, er tilbake. Denne gangen, med hjelp fra de nye rekruttene «The Beast» og «Angel», må de stå imot utviklingen i form av sin tidligere lagkompis «Jean Grey». «Grey» er besatt av makten til «Dark Phoenix», og har blitt en fare for seg selv, sine mutantkamerater og hele planeten. For å bli kvitt denne trusselen mot menneskeheten finner man en mulig kur mot genetisk mutasjon. X-Men, ledet av professor «Charles Xavier», må hamle opp med både «Jean Greys» krefter i tillegg til det ondskapsfulle brorskapet som er ledet av «Xaviers» erkefiende, og tidligere allierte, «Magneto».