Etter at Peyton la opp som fotballspiller ble han målvaktstrener, først for klubbene Jubilo Iwata og Vissel Kobe i Japan, deretter hos den svenske klubben AIK. I Vissel Kobe arbeidet han under engelskmannen Stuart Baxter, og dette samarbeidet ble siden videreført i AIK. Rundt 2000-tallet returnerte han til England, hvor han ble ansatt som målvaktstrener for sin tidligere klubb Fulham. I juli 2003 ble han ansatt hos naborivalen Arsenal FC under Arsène Wenger.