NKLM ble etablert i 2005 av Helsedepartementet. Senteret er organisert i NORCE Research og er faglig knyttet til Forskningsgruppe for allmennmedisin, Universitetet i Bergen, og til Nasjonalt kompetansesenter for helsetjenestens kommunikasjonsberedskap (KoKom). NKLM har et årlig budsjett på ca. 14 millioner kroner og har omkring 25 medarbeidere. Senteret ledes av forskningsleder Jesper Blinkenberg.