Under den borgerlige revolusjon i 1848 vendte erkehertug Johan tilbake til politikken. Keiser Ferdinand som hadde flyktet fra sin opprørske hovedstad utnevnte sin farbror til sin stedfortreder, og i Wien ble han mottatt som motstander av Klemens von Metternichs politikk med glede. I juni 1848 utnevnte Frankfurtparlamentet Johann til riksforstander i den tyske staten parlamentet forsøkte å etablere. Han gikk av året etter, etter at forsøket på en fellestysk stat feilet.