Wehrlein ble født i Sigmaringen, og hadde tysk far og mor fra Mauritius. Han begynte å kjøre gokart i 2003, og konkurrerte stort sett bare i Tyskland. Etter å ha gått gradene gjennom de yngre klassene kom han i 2009 til KF2-kategorien, og kom på femteplass i ADAC Kart Masters.