Carlo mistet i en alder av fire år sin mor Maria Saveria Paravisini (1715–1750). Da han var 17 år mistet han sin far Giuseppe Maria Buonaparte (1713–1763). Dennes bror, erkediakon Luciano Buonaparte (1718–1791), hadde da allerede tidligere begynt å ta seg av Carlo og sendte ham til utdannelse i Corte. I Corte ble Pasquale Paoli, som var anfører for de mange korsikanske byer som langt på vei hadde klart å unndra seg republikken Genovas effektive kontroll og i realiteten nå uavhengighet, oppmerksom på Carlo. Etter hans råd studerte Carlo rettsvitenskap fra 1762 ved universitetet i Pisa. To år etter avbrøt han studiene på grunn av gifteplaner. Han giftet seg den 3. juni 1764 i katedralen i Ajaccio med den vakre, enda ikke fjorten år fylte Laetitia Ramolino.