Den bevæpnede motstanden møtte den kastiljanske hæren den 6. april 1384 i slaget ved Atoleiros. Hærføreren Nuno Álvares Pereira vant slaget på vegne av fraksjonen til Johan av Aviz, men seieren var ikke endelig. Johan I av Castilla trakk seg deretter mot Lisboa i mai og beleiret hovedstaden mens en flåte blokkerte byens havn i elven Tajo. Det var et hardt tilbakeslag for uavhengigheten. Uten hovedstaden og dens handel og økonomi var det lite som kunne bli gjort for frigjøre landet fra den kastiljanske kongen. På den andre siden, Johan I av Castilla, trengte Lisboa, ikke kun av finansielle årsaker, men også av politiske årsaker; verken han selv eller Beatrix hadde blitt kronet som monarker av Portugal, og en kroning i hovedstaden var han fortsatt kun en utpekt konge.