Varzob-elven har et forurensningsproblem. Kloakk og søppel føres med elven mot Dusjanbe, og bringer med seg infeksjoner, virus og sykdommer som bl.a. tyfus og gulsott. Selv om vannet renses og filtreres før det når Dusjanbe, har mange den oppfatning at infeksjoner ofte når byen og forurenser vannet der.