Per 2013 tilhørte 22,7% av befolkningen offisielt den katolske kirken og 19,4% tilhørte den protestantiske kirken. Mange sekulære innbyggere tilhører ikke noe kirkesamfunn. Frankfurts nest største religion etter kristendommen er islam; rundt 12% ble estimert å være muslimer per 2006. Frankfurt har det nest største jødiske samfunnet i Tyskland etter Berlin; rundt 1% av befolkningen er jøder. Byens historiske jødekvarter, , hadde i flere hundre år Tysklands største jødiske samfunn, og har bl.a. fostret den berømte Rothschild-familien.