I 1999 var den partiløse Dagmar Schipanski CDU og CSUs kandidat til vervet som tysk president. SPD hadde flertallet og hun var derfor sjanseløs. Etter at hun tapte for Johannes Rau ble hun utnevnt til vitenskaps-, forsknings- og kunstminister i regjeringen i Thüringen, en stilling hun innehadde til 2004. I 2000 ble hun medlem av CDU, og ble medlem av partiets presidium (sentralstyre). Fra 2002 til 2004 var hun president for Kultusministerkonferenz. Siden 8. juli 2004 er hun president for landdagen i Thüringen.