Etter hans død ble Jon Arasons lik flyttet i triumf fra Skálholt til Hólar. Folket viste sin hengivenhet overfor ham ved å velge hans sønn Jón som hans etterfølger, selv om dette valg ikke ble bekreftet. Selv om katolisismen ikke lenger hadde en leder, fortsatte befolkningen med å hegne om deres fedrenes tro, og så på biskop Jón Arason som en nasjonalhelt og martyr. Interessant nok ble fem lutherske biskoper i Skálholt og tre i Hólar senere etterkommere av ham, og blant konvertitter ved en katolsk misjon i Island var det en kvinne som nedstammet fra Jon Arason.