Courbet inntok nå for alvor en politisk rolle, og han ble valgt både til president i det franske kunstnerforbundet, og til byråd i Pariskommunen. Han tok initiativet til å rive Vendôme-søylen, en 40 meter høy søyle med statuen av Napoleon Bonaparte på toppen – selve symbolet på keiserimperiet i Paris. Etter at Pariskommunen var slått ned i mai 1871, ble Courbet arrestert og dømt til seks måneders fengselsstraff for sin deltakelse i opprøret. Da han slapp ut fra soningen, ble han også idømt erstatningskrav på over 200 000 franc for gjenreisningen av Vendôme-søylen, en svimlende sum i datidens valuta. Courbet verken kunne eller ville betale denne summen, og i juli 1873 flyktet han til Sveits for å unngå videre straffeforfølgelse. Han levde i politisk eksil i Sveits i over fire år, alt mens han ble stadig mer svekket av sykdom og en tiltagende alkoholisme. Da han døde nyttårsaften 1877, gikk dette ubemerket hen i Frankrike.