I denne tilstanden ble han ført tilbake til fengselet. Rettspresidentene søkte igjen instruksjoner fra England samtidig som de rapporterte hva som hadde blitt gjort. De formidlet også videre advokatenes mening at det ikke kunne rettes noen tiltale om forræderi mot O'Hurley etter irsk lov. Etter at Sir Francis Walsingham hadde konsultert dronningen, skrev han tilbake og ga hennes godkjennelse av torturen og hennes autorisasjon til å gjøre det av med erkebiskopen etter militær lov.