Det er mer enn femti ubebodde øyer større enn 40 hektar eller 0,4 km2 i Ytre Hebridene, inkludert Berra Isles, Flannan Isles, Monach Islands, Shiant Islands og øyene i Loch Ròg. Til felles med de andre fremste øykjedene i Skottland, mange av de mer fjerne øyene ble forlatt i løpet av 1800- og 1900-tallet, i en del tilfeller etter å ha vært kontinuerlig bebodd siden forhistorisk tid. Mer enn 35 av slike øyer har blitt identifisert i Ytre Hebridene alene. Eksempelvis på Barra Head har Historic Scotland identifisert 83 arkeologiske steder på øya, de fleste fra før middelalderen. På 1700-tallet var befolkningen på over femti, men den siste innfødte øybeboeren hadde forlatt øya ved 1931. Øya ble fullstendig ubebodd ved 1980 med automatisering av fyrtårnet.