Ved hjelp av engasjement, overtalelsesevner og kongens samtykke lyktes det Mortensen å innføre faste lutherske gudstjenester i byen allerede i 1529/30. I september 1529 måtte den katolske presten Henrik Hansen forlate sin stilling, og Claus Mortensen overtok som sogneprest i byens hovedkirke, Sankt Petri. Han sørget nå for at et sidealter og flere helgenbilder i Sankt Petri-kirken ble ødelagt i november 1529. Han sørget også for at kirkens rike sølvskatt ble smeltet om til nye saker.