Han er tvillingen til Hamit Altıntop i Galatasaray. Halil begynte sin karriere i klubben SG Wattenscheid 09 sammen med broren sin. Etter at fikk suksess der fikk han oppmerksomhet fra andre klubber og han gikk til Kaiserslautern, mens broren gikk til Schalke 04. I 2005/2006-sesongen ble han nummer tre på toppscorer-listen i Bundesliga, og gikk etter den sesongen gikk også til Schalke 04. I 2010 gikk han videre til Eintracht Frankfurt.