Erkebiskop Whealon støttet Vietnamkrigen og forsvarte vedlikehold av atomvåpen. I 1974 sa han at katolsk helsepersonell som utfører aborter skulle ekskommuniseres. Whealon forlot Det demokratiske parti i 1988 på grunn av dets pro-abortpolitikk. I sin ukentlige spalte i skrev han at han var «unable in conscience to remain a registered Democrat» ettersom partiet støttet frie og regjeringsfinansierte aborter.