Magister Peder Albertsen var universitetets første vice-kansler og han ble pålagt av kongen å finne et antall lærde til å undervise. Fra innvielsen i 1479 og frem til 2004 ble universitetet ledet av rektor og et konsistorium. Ved årsskiftet 2004/2005 ble konsistoriet nedlagt og erstattet av et styre og en ansatt ledelse; rektor, prorektor, dekaner og instittutledere.