Som senior stilte Harper til start som venstre halfback i alle de ni kampene i sesongen. I tredje kvarter av en kamp mot Minnesota i oktober 1959 tok Harper imot en punt på Michigans 17-yard linje som han returnerte 83 yards for kampens første poeng. Det var en skolerekord for lengste punt return, som ikke ble slått før David Brown returnerte en punt 88 yards i 1973. I 1959-sesongen hadde Harper 224 yards på løp, 101 yards på punt returns og 62 yards på returnering av avspark.