I Europaparlamentet ble det i 1998 reist kritikk mot kommisjonens administrasjon, og i desember nektet parlamentet å godkjenne kommisjonens regnskap. Parlamentet ønsket å øke sin politiske makt over kommisjonen. Samtidig var parlamentet i søkelyset til enkelte medier i Tyskland og Skandinavia med grunnlag i utbetaling av for høye lønninger. Kritikken mot kommisjonen førte til at pressens oppmerksomhet ble flyttet til kommisjonen, og særlig mot Edith Cresson og Manuel Marin. Cresson var anklaget for favorisering og Marin for bedrageri i forbindelse med nødhjelp. I tillegg kom en generell kritikk mot kommisjonens administrative rutiner.