Gudstjenesten for innsettelsen av Juan Barros i Osorno den 21. mars 2015 ble massivt forstyrret av mange demonstrerende troende og fikk landsdekkende oppmerksomhet i Chile. De anklaget ham for å vite om tilfeller av seksuelle overgrep mot tenåringer og unge seminarister og for å ha dekket over for gjerningsmannen, den kirkelig og politisk innflytelsesrike presten Fernando Karadima, som var hans åndelige mentor. Barros hadde tilhørt Karadimas nære krets av fortrolige i hans elitemenighet i kommunen El Bosque i Santiago de Chile.