EFS har ved to tilfeller blitt splittet i lærespørsmål. I 1878 dannet man under ledelse av Paul Petter Waldenström, etter uenighet om blant annet konsekvensen av Jesu forsoning, Svenska Missionsförbundet, nå Svenska Missionskyrkan. I 1911 dannet man under ledelse av Axel B. Svensson Missionssällskapet Bibeltrogna Vänner etter en lærestrid om prinsipper for bibeltolkning.