Sammen med broren stiftet Allen også den ideelle organisasjonen Allen Institute for Brain Science i Seattle i 2003, hvor hun er styreleder. Instituttet tilbyr gratis nettbaserte ressurser til forskere i hele verden. Hun har også vært medlem i flere andre styrer, inkludert for Seahawks Charitable Foundation, ArtsFund, Theatre Communications Group, University of Washington Foundation, Museum of Glass, Los Angeles Film Festival og Oregon Shakespeare Festival.