Mousavi tjenestegjorde i Syria under den iranske paramilitære Quds-styrken fra 1980-tallet, og tilrettela for overføringen av våpen og midler til den libanesiske paramilitære gruppen Hizbollah. I 1990 overtok han rollen som sjef for den iranske logistikkdivisjon i Syria, kjent som Enhet 2250. Under den syriske borgerkrig var Mousavi mål for flere attentatforsøk orkestrert av Israel.