Da han seilte fra Acapulco til sin nye stilling som generalguvernør på Filippinene, hadde han med seg store militære forsterkninger, blant annet fra Peru. Dette var styrker han hadde tatt med seg fra Ayacucho. Han hadde også med seg jesuitter til landet, noe som ikke falt i god jord hos de katolske ordenssamfunnene som allerede arbeidet på Filippinene, særlig ikke blant dominikanerne.