Det foregår en diskusjon innen fagmiljøene om hva som er den riktigste definisjonen, og hvordan pedofili skal forstås. De to vanlige diagnosemanualene, DSM-5 og ICD-10 definerer pedofili ulikt. I ICD-10 er lagt til, mens DSM-5 kun opererer med barn. Med andre ord betyr dette ulik klinisk praksis i Europa (ICD-10) og USA (DSM-5). En person med seksuell preferanse for barn i tidlig pubertet kan diagnostiseres som pedofil i Europa, men ikke i USA. I forbindelse med den nye utgaven av DSM var det foreslått å legge til barn i tidlig pubertet, men dette forslaget ble avvist av den amerikanske psykiatriforeningen, som dermed ikke ser på preferanse for barn i tidlig pubertet som patologisk.