Øyene har forskjellig geologi og geomorfologi. Noen øyer som Skye og Mull fjellrike mens andre som Tiree og Sanday er relativt flate og lavtliggende. Mange har grunnfjell av gneis fra arkeikum som er over 3 milliarder år gammel. Andre, som shapinsay og andre øyer i Orknøyene, er formet av sandstein av typen Old Red Sandstone som er ca. 400 millioner år gammel, mens andre igjen, som f.eks. Rùm, er formet av mer nylige vulkaner fra tertiærtiden.