Straks etter den allierte okkupasjonen av Østerrike og Tyskland ble Eichmann arrestert av amerikanske soldater. Han holdt sin fulle identitet skjult og ble oppfattet som harmløs. I 1946 stakk han av fra alliert varetekt, og holdt seg skjult nord i Tyskland til 1950. Eichmann var svært omstendelig og forsiktig da han skjulte seg i Tyskland. Han besøkte ikke familien en eneste gang før flukten til Argentina i 1950.