Deportasjonene ble gjennomført systematisk distrikt for distrikt. Prosjektet ble ledet av László Ferenczy, oberstløytnant i det ungarske gendarmeri (politiet på landsbygda, ungarsk:). Internering og uttransport ble utført av gendarmeriet og det regulære ungarske politiet i byene under oppsyn av den tyske okkupanten. Før hver deportasjonsoperasjon ble det avholdt et planleggingsmøte i Budapest eller i den aktuelle sonen. Ferenczy informerte der lokale sivile ledere og ledere for politi/gendarmeri om oppdraget.