Deretter dro Legazpi forsterket med styrker fra hans nye allierte tilbake til Cebu. Rajah Tupas der motsatte seg igjen en spansk landgang. Under dekning av artilleri gikk spanske styrker i land, og etter en kort men intens trefning klarte de å få fotfeste der den 27. april 1565. Tupas og hans menn flyktet til fjells. Legazpi etablerte et støttepunkt som han kalte Fort San Pedro (og som ikke var oppkalt direkte etter apostelen Sankt Peter, men etter Legazpis flaggskip ) og en liten by som han kalte Villa San Miguel og som snart skulle bli byen Cebu.