Til slutt overga styrkene på Bataan seg. Nærmere 100 000 menn hadde blitt tatt som krigsfanger under felttoget og ble nå utsatt for hard behandling av japanerne. Filippinene ble okkupert av japanerne, som satte opp en marionetteregjering, Den andre filippinske republikk. Japanerne møtte riktignok stor motstand fra filippinerne. 260 000 menn sies å ha vært organisert i geriljagrupper som meget effektivt kjempet mot okkupasjonen, for eksempel kommunistpartiets hukbalahap.