Som kontreadmiral om bord i «Vladimir» (24 kanoner), deltok han i sjøfelttoget i Liman (en avstikker av Svartehavet hvor elvene Søndre Bug og Dnepr renner ut) mot tyrkerne. Jones lyktes i å fjerne de tyrkiske styrkene fra området, men de sjalu intrigene til det russiske offiseren prins Grigorij Aleksandrovitsj Potemkin førte til at han ble tilbakekalt til St. Petersburg i påskudd av å bli overført til en kommando i Nordsjøen. Her ble han tvunget til å forholde seg i ro mens de rivaliserende offiserene rottet seg sammen mot ham og angrep hans karakter ved å anklage ham for seksuelle overgrep. 8. juni fikk han Sankta Annas orden. I august 1789 forlot han St. Petersburg som en bitter og skuffet mann.