Mytene kan føres tilbake til John Toland (1670-1722) og et behov blant protestanter for å lage myter om den katolske kirke. Dette ble videreført av Voltaire, som skrev at Hypatia ble myrdet fordi hun trodde på de hellenistiske gudene, rasjonelle lover i naturen og de muligheter den menneskelige tanke har når den er fri fra dogmer. Slik er Hypatia senere blitt forsøkt brukt av en rekke fremstående personer til svartmaling av kirken eller som et symbol på kirkens overgrep, og også i fortellinger om naturvitenskapens historie.