Kofod har vært Socialdemokraternes utenrikspolitiske ordfører i Folketinget siden 2001. Han var også nestformann i Folketingets utenrikspolitiske utvalg 2001–2008. Han måtte trekke seg fra postene i mars 2008, fordi han hadde hatt seksuell omgang med en 15 år gammel jente etter et kurs i DSU. I august ble han rehabilitert, renominert til Folketinget og gjeninnsatt som utenrikspolitisk ordfører. I 2011 oppnådde han landets høyeste personlige stemmetall, relativt sett, med 6 811 personlige stemmer. Dette tilsvarte hver sjette velger på Bornholm. Etter valget ble han formann i Folketingets utenrikspolitiske utvalg.