Solbakken tiltrådte som hovedtrener i FC København 1. januar 2006, i vinterpausen i den danske SAS-ligaen. Han tok over etter Hans Backe, og fikk Peter Nielsen, som tidligere har spilt for blant annet FC København, med seg som assistenttrener. FCK lå ved trenerskiftet på toppen av tabellen, og 7. mai ble det klart at de hadde vunnet den øverste divisjonen i dansk fotball for femte gang i løpet av klubbens 14-årige historie. I tillegg slo de Solbakkens gamle klubb Lillestrøm i finalen i Royal League. Av ligaens kapteiner og nettstedet Forza ble Solbakken kåret til vårens trener i dansk fotball.