Han er kjent for sine kontroversielle posisjoner om borreliose, så vel som sin støtte til behandlingen som professor Didier Raoult tok til orde for under Covid-19-pandemien. Diagnostikken og behandlingen er kontroversiell og har ført til at han har blitt ekskludert fra den franske foreningen mot flåttbårne sykdommer (FFMVT). Perronne har også hevdet at oppblomstringen av flåttbårne sykdommer skyldes en hemmelig operasjon ved avslutningen av andre verdenskrig som en del av Operasjon Paperclip.