David Axelrod er gift med Susan Axelrod. De har tre barn. Deres eldste, Lauren, har en alvorlig variant av epilepsi, som har medført at Susan har valgt bort karrieren for å kunne passe på henne. Susan Axelrod har sammen med to andre mødre startet stiftelsen Citizens United for Research in Epilepsy (CURE). Flere politikere har støttet stiftelsen ved pengeinnsamlinger, særlig Hillary Clinton.