Eiliv søkte å løse kirkens indre problemer etter hans forgjengers konflikter med domkapitlet. Han holdt flere provinsialkonsiler (kirkemøter for den norske kirkeprovinsen), der erkebiskopen samlet biskopene for å holde råd. I 1328 brant Nidarosdomen ned, og Eiliv brukte sine siste år som erkebiskop på å skaffe midler til å gjenreise kirken.