Gellner begynte sin akademiske karriere ved University of Edinburgh i 1947 og jobbet fra 1949 ved London School of Economics, der han ble utnevnt til professor i filosofi i 1962. Under påvirkning av sin kollega Karl Popper ble Gellner en overbevist kritisk rasjonalist. Fra 1984 var han professor i sosialantropologi ved Cambridge University. 1993 ble han leder av Senteret for nasjonalismestudier ved Central European University i Praha.