Dafoes filmkarriere begynte i 1981, da han fikk en rolle i , men rollen hans ble klippet bort fra det endelige resultatet av filmen. Ett år senere hadde han hovedrollen som leder for en motorsykkelgjeng i , men han fikk ikke sitt gjennombrudd som skuespiller før i rollen som «sersjant Elias» i i 1986. Siden har han blitt en populær skuespiller, og på grunn av sine kraftige ansiktslinjer blir han ofte hyret inn til å spille ustabile eller slemme figurer, sist som «Green Goblin» i filmen , og Bobby Peru i . Han har også hatt rollen som Jesus i i 1988.