Med Krystallnatten i 1938 ble de antijødiske tiltakene trappet opp. Krystallnatten 9-10. november 1938 ble iscenesatt av Hitler og Goebbles som ikke informerte Heydrich. Heydrich instruerte om at ødeleggelse av synagoger og jødiske gravlunder ikke skulle straffeforfølges, mens han lovet å straffeforfølge de verste overgriperne (drap, utpressing og plyndring) særlig slike som ikke hadde såkalt idealistiske motiver. Göring var oppbragt over Krystallnatten fordi ødeleggelsene skadet hans anstrengelse for å gjenreise tysk økonomi. Samtidig beordret Heydrich internering av tusenvis av jøder.