Arkeologiske utgravninger viser at de eldste bosetningene på Wawel er fra det 4. århundre. I middelalderen og renessansen var Kraków hovedstaden i Polen, med Wawel som sete for de polske kongene. Med den polsk-litauiske unions fremvekst, ble Wawel sete for en av Europas viktigste stater. Denne statusen forsvant da hovedstaden ble flyttet til Warszawa i det 16. århundre. Wawel ble på ny et nasjonalsymbol da Polen mistet sin selvstendighet etter landets tre delinger. Wawel-høydens store symbolske betydning kommer blant annet av de politiske og religiøse funksjoner den har innehatt oppgjennom historien.