Det ble 8. mars 2009 klart at Mutavdžić hadde signert for Malmö FF. Han scoret et mål i debutkampen, hvor Malmö FF møtte BK Häcken. Mutavdžić pådro seg imidlertid en kneskade kun dager etter debutkampen, og var ute resten av sesongen. Han slet med å spille seg inn på laget etter skaden, og spilte kun tolv seriekamper i 2010-sesongen. Midtbaneduoen Wílton Figueiredo og Ivo Pękalski hadde også suksess på midtbanen, og satte Mutavdžić og Rick Kruys til dels på sidelinjen. Mutavdžić hadde imidlertid fremgang sesongen etter, da han spilte 22 seriekamper og scoret ett mål. Han spilte også i kvalifiseringen av Mesterligaen, samt gruppespillet av Europaligaen. Malmö FF valgte imidlertid å ikke tilby Mutavdžić ny kontrakt etter 2011-sesongen.