Som student i Halle gjorde Kratzenstein seg bemerket ved sitt første verk i 1743. Dette var representativt for den filosofiske diskusjon som på den tiden preget det akademiske miljøet ved universitet. Han behandlet her spørsmålet om hvor i kroppen sjelen befinner seg og hvordan man kan forstå levende vesen som fortsetter å fungere etter amputasjoner eller andre forandringer i kroppen. Hvis også dyr hadde en sjel, måtte en også kunne forklare hvordan denne forholdt seg i en ny polypp som kan fullt utvikles fra en mindre del av en eksisterende polypp. Disse spørsmålene fortsatte å interesse han i de følgende årene mens han var i Halle der han undersøkte parasitter i menneskekroppen som for eksempel bendelormer.