Under Englands overfall på København 1807 skyndte man seg til å gi Krieger kommando over det mobile sjøforsvar; ved hans utrettelige aktivitet og mot lykkedes det også å forpurre den engelske flåtes angrep fra sjøsiden. Han kunne naturligvis ikke hindre fiendens bombardement av hovedstaden fra landbatteriene. 1808 fikk han overkommandoen over kanonbåtforsvaret i Øresund og langs Sjællands østkyst. Samme år ble han forfremmet til kommandør. Hans underlagte styrke, som i sommerens løp var vokst til 33 kanonfartøyer benyttet han med fremragende dyktighet; i juni erobret han en engelsk orlogsbrigg samt noen svenske koffardiskip, i oktober samme år fordrev han med sine båter det blokkerende engelske linjeskipet «Africa» som på et hengende hår nesten var biltt erobret. I 1810 ble hans kommandoområde utvidet til farvannet mellom Nakkehoved og Møn, og 1812 fikk han dessuten kommando over kanonbåtene i Storebælt.