Nord-Makedonia har et kontinentalklima som er ganske likt Sentral-Europa med kalde vintre og varme somre. Sommeren er den våteste tiden på året, men har mer sol og er tørrere enn for eksempel Albania i vest. Vinteren er også tørrere, kaldere og mer skyet enn den er i Albania. Mye av landet er fjellområder og høyereliggende områder, som kan få en god del snø. Skopje har en nedbørsnormal på 508 mm i året.