To år senere redder Daxter ham fra fengselet, og de slår de seg sammen med en underjordisk motstandsgruppe som er ute etter å plassere den rettmessige herskeren, en gutt som bare blir kalt "Barnet", på tronen. Mens han hjelper motstandsgruppen, som kalles Undergrunnen, finnes Jak Keira og Samos, i tillegg til en yngre versjon av Samos. Han lærer også at Haven City faktisk er hans hjemby 200 år inn i hans fremtid.