Før tilbaketrekking fra Baltikum i 1944 oppløste tyskerne alle leirer i Litauen. De internerte ble drept eller deportert til Stutthof og andre leirer, dette gjaldt også jødiske litauere sendt på tvangsarbeid i Latvia og Estland. For eksempel ble 2000 henrettet i Ponary 2.–3. juli 1944 og 1500 jøder i Kaunas ble drept av tyske soldater før tilbaketrekkingen 12.–14. juli. Ved Lagedi og Klooga i Estland drepte SS-vaktene 3000 fanger 19. september, bare seks dager før sovjetiske styrker kom frem.