I henhold til dokumenter som ble nedklassifisert i 2007, hadde Hoover en liste med navnene på amerikanere som var mistenkt for å være illojale. Hensikten med listen var å kunne anholde disse ved å suspendere habeas corpus. Hoover overleverte en plan som gikk ut på dette til president Truman ved utbruddet av Korea-krigen, men det finnes ingen beviser for at Truman aksepterte denne planen.