I 1797 ble Bille beordret til Middelhavet som sjef på fregatten «Najaden» for å beskytte dansk-norske handelsfartøy mot kapervirksomhet fra spanske, franske, engelske fartøy og sjørøveri fra barbareskpirater. Den 2. mai 1797 ankom «Najaden» under Billes kommando Malta, hvor også briggen «Sarpen» og et tredje, mindre dansk-norsk fartøy lå. Berberstaten Tripolis hadde erklært det nøytrale Danmark-Norge krig og Billes styrke nådde Tripoli den 15. mai, dagen etter angrep han og etter 2 timers kamp flyktet fienden tilbake til havnen som Bille så blokkerte. Den 25. mai lyktes Bille å oppnå fred med Tripoli.