Den 2. september 2013 ble det offisielt, Özil hadde skrevet under en kontrakt for Arsenal FC. Han var Arsenals dyreste kjøp gjennom tidene; 42,5 millioner pund. Özil sa selv at grunnen til at han forlot Real Madrid var fordi han ville ha nye utfordringer. Men mange medier skrev at han hadde vært i en konflikt med Real Madrid, noe som førte til et salg av 25 åringen. Han fikk draktnummer 11 i Arsenal. I hans debutkamp hadde han en målgivende pasning, noe som da selvfølgelig førte til enorme forventninger. Etter en fantastisk start i Arsenaltrøya, ble han skadet, og etterhvert ble mer og mer usynlig under Arsenal sine kamper. Özil ble kritisert og kalt overvurdert, men han kom sterkt tilbake i to følgende kamper mot Manchester United og Liverpool.