Franciszek Macharski var en av lederne for felleskommisjonen mellom den polske (kommunistiske) regjering og den polske bispekonferanse under de politiske oppbruddstider i 1980-årene. Han engasjerte seg også i den katolske kirkes dialog med jødedommen, gikk inn for at den katolske kirke i Polen åpnet seg mot Vesten, og var særlig opptatt av forholdet mellom polakker og tyskere.