Da Zápotocký ble president ble han etterfulgt som statsminister av Viliam Široký, som ble sittende til 1963. De politiske skueprosessene fortsatte. 21./24. april 1954 ble det ført rettssak mot de såkalte «borgernlige nasjonalister» - en av de hovedanklageder var Gustáv Husák. Zápotocký gikk inn for en mykere form av statsstyre. Han fikk imidlertid motstand fra den stalinistiske partisjefen Antonín Novotný, som hadde Sovjetunionen i ryggen. Sporadiske opptøyer mot pengereformene gav Novotný sjansen til å vinne sitt overtak politisk. Zápotocký måtte mye reell makt til ham.