Han var sønn av læreren Louis W. Windisch og Caroline Lamm, var elev ved Kreuzschule i Dresden fra 1857 til 1863 og studerte deretter klassisk filologi og språkvitenskap ved universitetet i Leipzig inntil 1867. Fra 1867 til 1870 arbeidet han som lærer ved Thomasschule i Leipzig. Samtidig fullførte han sin habilitasjonsavhandling («Undersøkelser over opphavet av relativpronomenet i de indoeuropeiske språkene»). I 1869 habiliterte han seg i sanskrit og i sammenlignende språkvitenskap. I 1870 og i 1871 oppholdt han seg i London, hvor han deltok i katalogiseringen av India Offices sanskrit-håndskrifter, og studerte keltiske språk. I 1871 vendte han tilbake til Leipzig som ekstraordinær professor. I 1872 ble han ordinær professor i sammenlignende språkvitenskap ved universitetet i Heidelberg. I 1875 antok han stillingen som professor i samme fag ved universitetet i Straßburg, før han ble professor i sanskrit ved universitetet i Leipzig, hvor han ble inntil 1918.