Mens han gikk på University of Tennessee i 1996 ble Manning anklaget for seksuelle overgrep av treneren Jamie Ann Naughright, etter at han skal ha presset kjønnsorganene sine mot Naughrights ansikt mens hun undersøkte føttene hans. Manning påstod at han egentlig hadde vist rumpa til en annen utøver i rommet akkurat da Naughright bøyde seg ned for å undersøke ham. Både Naughright og den andre utøveren talte imot Mannings påstand. Naughright fikk til slutt $300 000 fra universitetets for ikke å ha handlet i fire forskjellige hendelser, og sa opp jobben sin. Hun hadde originalt laget en liste over 33 klager til universitetet. I 2002 saksøkte Naughright Manning og tre andre for æreskrenkelse for det Manning, faren og forfattern John Underwood hadde skrevet om henne i en bok. Etter at en domstol erklærte at der var nok bevis for saken til å bli hørt av en jury ble det inngått et forlik.