I 1971 flyttet universitetet til Macon, og i 1972 åpnet ytterligere en campus i Atlanta. Den formelle tilknytningen til baptistkirken ble avsluttet i 2006, men konfesjonelt er universitetet fortsatt baptistisk og har beholdt bånd til enkeltmenigheter i delstaten. Samme år gikk Raleigh Kirby Godsey av som rektor etter 27 år i lederstillingen. I hans periode ble antall colleges økt fra fire til elleve. William D. Underwood er rektor ved Mercer University.