I eller rett før 1972 møtte han Miriam Kelly, en bankfunksjonær som bodde rett ved ham. De giftet seg på Aherns 24-årsdag i 1975. Det viste seg at hans politiske aktivitet var vanskelig å kombinere med ekteskapet, og forholdet mellom de to var anstrengt da han han ble borgermester i Dublin i 1986. I 1992, etter at han kom inn i regjeringen, endte ekteskapet. Paret fikk to barn sammen, Georgina og Cecelia. Sistnevnte er forfatter. Etter ekteskapets slutt hadde Ahern i en periode et forhold til Celia Larkin, som er aktiv i partiet Fianna Fáil. Dette forholdet tok slutt i 2003.