Zetterberg begynte sin karriere i Falkenbergs FF, men rakk bare å spille syv kamper på A-laget før han som sekstenåring ble ungdomsproff i RSC Anderlecht. Han ble i denne klubben i mesteparten av sin tid som fotballspiller, bortsett fra et opphold i Charleroi 1991–1993 (på utlån) og et opphold i Olympiakos CFP 2000–2003. Zetterberg spilte som regel som ballfordeler og var også en dyktig frisparkstager.