Etter Baathistenes maktovertakelse i 1968 ble Fiey sett på med mistenksomhet av den irakiske regjering. Han ble beskyldt for å være spion og ble utvist. Andre irakiske vitenskapsfolk, blant dem den kaldeiske patriark Louis Sako hevder at bakgrunnen var at han ikke gikk med på å rette seg etter regjeringens historiesyn i sine skrifter.