Spilleren skal kontrollere spillets hovedperson Zack Fair, som kan kommunisere med andre karakterer, samhandle med miljøet, og engasjere ulike monstre i kamp. For hvert oppdrag som blir fullført, blir spilleren belønnet med nyttige gjenstander - og ofte blir forskjellige nye oppdrag tilgjengelige. Det finnes også en spilleautomat-lignende mekaniker for å påvirke kampene. Digital Mind Wave (DMW) har to sett med tre spinnende hjul; ett sett med tallene en til syv, og et annet hjul med bilder av karakterer som Zack blir venn med i løpet av spillet. DMW spinner automatisk så lenge Zack har minst 10 «Soldier Point» som tildeles spilleren ved å beseire forskjellige motstandere.