Vassdraget har utspring i de skogdekte åsene mellom Storskardsfjellet i øst og Bogavatnet i vest, hvor flere mindre bekker renner sammen i Markavatnet (75 moh). Fra Markavatnet renner elva, som her kalles Svarvåa, mot nordøst ned til Saglivatnet. Selve Saglielva renner ut fra nordenden av Saglivatnet. Like før munningen danner elva den rundt 20 meter høye Saglifossen.