Heermann ble igjen syk i 1623 og kom seg aldri skikkelig etter dette. Nesen og luftveiene hadde blitt infiserte med sykdom. I tillegg rammet trettiårskrigen byen. Chobienia ble plyndret av katolske styrker i 1632, 1633, 1634 og 1642, og Heermann mistet alt han eide flere ganger. I 1643 forhindret sykdomen ham fra å tale, og han leste ikke lenger prekenene sine i kirken. På legens råd flyttet han over grensen til Polen, til Leszno, hvor han døde 17. februar 1647.