Etter i 2000 å ha solgt seg ut av Kavlico for to og en halv milliard kroner, opprettet Kavli en stiftelse – Kavli Foundation – som skal finansiere tre forskningspriser innafor astrofysikk, nevrovitenskap og nanovitenskap. Kavliprisene skal deles ut av Kavli Foundation og Det Norske Videnskaps-Akademi i fellesskap. Hver av priskomitéene har fem medlemmer – lederen skal være norsk. Prisene er hver på 1 million amerikanske dollar, og utdeles annethvert år fra 2008.