Opprinnelig var Gimp utviklet for X Window System, og overlot ansvaret for vinduhåndtering til vindushåndtereren. Som et resultat av dette brukte GIMP et single document interface og flere vinduer for sine verktøy, fargepalett og lignende. I senere versjoner kan brukeren imidlertid velge mellom et slikt og et mer tradisjonelt oppsett, hvor all funksjonalitet er samlet i ett vindu.