Hagerup var gift med Anna Cathrine Barhow (1695–1737), datter av sogneprest i Kvernes, Amund Barhow (1660–1725). Kona døde på barselseng med «det 17de Barn». Blant deres barn: Hans Hagerup de Gyldenpalm (1717–1781), etatsråd og stiftamtmann i Kristiansand, adlet etter sin død. Anna Cathrine Hagerup de Gyldenpalm (1741–1815) gift med Johan Christian Falbe (1740–1801) Engelke Margrethe Falbe (1763–1848), gift med Christian Colbjørnsen (høyesterettsdommer) Hans Hagerup Falbe (1772–1830), jurist, høyesterettsdommer, embetsmann og komponist Ingeborg Cathrine (1730–1796), gift med Hans Holtermann Christian Frederik Hagerup (1731-1797), prest, vitenskapsmann Eiler Hagerup (1766–1826), prest, forfatter Christine Margrethe (1732–1795), gift med Melchior Falch. Eiler Hagerup (embetsmann) (1736-1795).