Neelie Kroes har mottatt en rekke utmerkelser for sitt arbeid. I 1981 ble hun utnevnt til ridder av Den nederlandske løves orden og i 1989 fulgte æresbevisningen storoffiser av den nederlandske Oranje-Nassau-ordenen. Kroes ble i 1984 utnevnt til storoffiser i den franske Æreslegionen, året etter ble hun tildelt den tyske fortjenstordenen. I 1993 ble hun utnevnt til den indonesiske Bintang Mahaputra Adiprana-ordenen. I 1989 ble Kroes æresdoktor ved University of Hull.