Som 29-åring ble han gitt en direktørstilling i selskapet. Tolv år etter at han ble ansatt, ble Lee administrerende direktør i en alder av 35 år i 1977, og senere styreformann i en alder av 46 år i 1988. Med dette ble han Koreas yngste administrerende direktør noensinne. Han var administrerende direktør i ti selskaper i Hyundai-konsernet før han søkte en politisk karriere i 1992. I Hyundai ble han kjent for blant annet å ha lært seg å reparere en bulldoser ved å demontere den fullstendig, finne feilen og deretter gjenoppbygge den, men ikke minst for å ha konfrontert president Chun Doo-hwan for å unngå nasjonalisering av Hyundai Motor Group. Som toppleder bygde han også opp et omfattende internasjonalt kontaktnettverk. Under Lees ledelse begynte Hyundai Engineering & Construction Co. å påta seg lukrative prosjekter i Midtøsten, og selskapet vokste fra bare 90 ansatte i 1965 til rundt 160 000 i 1988. Organisering i arbeidslivet var lenge underlagt strenge restriksjoner, og ved utgangen av 1988 var bare 22 % av den sørkoreanske arbeidsstyrken fagorganisert. Rundt 1990 kom både Hyundai, anført av Lee, og Samsung i konflikt med myndighetene, fordi de hindret ansatte i å danne fagforeninger, noe de hadde fått lovfestet rett til.