Menneskene i Çatal Höyük begravde sine døde inne i landsbyen. Menneskelige levninger har blitt funnet i groper under gulvene og under ildsteder og plattformer i husene. Kroppene hadde blitt lagt i fosterstilling før gravleggelsen, og var ofte plassert i kurver eller pakket inn i sivmatter. Disartikulerte bein i enkelte graver indikerer at kroppene har ligget ute i friluft en stund før de har blitt samlet sammen og gravlagt. I noen tilfeller har gravene blitt forstyrret, og hodeskallen fjernet for bruk i ritualer i andre deler av landsbyen. Enkelte skaller hadde blitt dekket med leire og malt for å etterligne menneskelignende ansikter, et rituale som har paralleller i neolittiske boplasser i Syria og Jeriko. Det samme var blitt gjort med enkelte dyreskaller, særlig fra urokser.