Beleiringen av Sarajevo (1991–1996), beleiringen av Mostar og Srebrenica-massakren (juli 1995) er blant de mest blodige hendelser i denne krigen. Etnisk rensning ble utført i blant annet Prijedormassakren, Višegradmassakrene, Foca-overgrepene, Doboj-overgrepene, Zvornikmassakrene og beleiringen av Goražde. Totalt blir det anslått av det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia at 102 000 mennesker døde under krigen, av disse var 55 261 sivile. Over 40 000 ble voldtatt og ca. 1,8 millioner mennesker flyktet fra sine hjem som følge av krigen. I juni 1992 fikk UNPROFOR utvidet sitt mandat til også å inkludere Bosnia, ikke bare Kroatia, og skulle opprinnelig beskytte Sarajevo International Airport. I september ble oppdraget ytterligere utvidet til å beskytte humanitære hjelpesendinger og hjelpe til med leveringen av hjelpen i hele Bosnia, så vel som beskyttelse av sivile når det var behov for det.