I Europa har islam en historie fra 700-tallet da Al-Andalus ble etablert på Den iberiske halvøy. I 948 ble emiratet på Sicilia etablert etter at Palermo var inntatt 100 år tidligere. I middelalderen misjonerte dervisjer på Balkan og en del kristne folkegrupper særlig bogomiler gikk over til islam. Tyrkiske styrker krysset Evros i 1371 og etter osmansk styre ble etablert på Balkan på 1400-tallet ble konvertering vanlig. De osmanske herskerne påbød ikke konvertering, men muslimer betalte lavere skatt til sultanen. Ikke-muslimer fikk heller ikke ha høyere stillinger i militæret og i statsadministrasjonen. På 1500-tallet var en stor del av eliten omvendt. En hypotese er at den raske konverteringen skyldtes at både den katolske og den ortodokse kirken hadde svake institusjoner: Islam slo særlig gjennom i Bosnia og Montenegro langs den gamle konfliktlinjen mellom østkirken og vestkirken, en delelinje som oppsto innenfor Romerriket i 395. I bulgarske, serbiske og rumenske områder sto den ortodokse kirken sterkt at den ble anerkjent av sultanen som såkalt «millet». Den serbiske kirkens selvstendighet ble gjenopprettet av patriarken Makarije i 1557. Han var bror (eller fetter) av storvisir Mehmet Pasha Sokolović. Milletene ble forløperne for dagens nasjoner på Balkan og opphavet til den sterke koblingen mellom nasjon og kirke. På 1600-tallet var Beograd en delvis islamsk by med flere titalls moskeer, bare Bajraklimoskéen står igjen.