I 1971 blir det gjennomført en underjordisk atom-prøve i nærheten av Aleuterne. Dette sender sjokkbølger over hele kloden, og helt frem til Monster Island i det sørlige Stillehavet, og ødelegger øypa alvorlig. I årevis har Seatopia, en overdådig undersjøisk sivilisasjon som ligger i store byer som minner om det antikke Hellas og Roma, eksistert i relativ fred, styrt av keiser Antonio. Men atom-prøver de siste årene har sterkt påvirket området på grunn av jordskjelv. Hovedstaden deres blir hardt rammet på grunn av enda en test, og folket planlegger å frigjøre sivilisasjonens gud, Megalon, for å ta hevn ved å ødelegge hele overflate-verden. På overflaten er en oppfinner ved navn Goro Ibuki, nevø Rokuro og Goros venn Hiroshi Jinkawa på en utflukt nær en innsjø når Seatopia tørker opp hele innsjøen.