På 1200-tallet ble byen inntatt av herskerne i Sukhotai, men khmer-innflytelsen på kultur og arkitektur fortsatte å gjøre seg gjeldende, også inn i Ayutthaya-perioden fra 1400-tallet. På midten av 1600-tallet var byen en befestet residens i oppgangstidene under kong Narai av Ayutthaya, og tjente som hovedstad mens hollandske styrker truet Ayutthaya. I året 1666 reiste Narai sitt palass Phra Narai Ratchaniwet i fransk-khmer stil, og kongen residerte her til sin død i 1688, og tok imot Frankrikes Chevallier de Chaumont og andre utenlandske amabssadører i palasset. Kong Narai satset sterkt på produksjon av jern, våpen og redskaper i byen, med hjelp fra franske, indiske og persiske gruvekyndige. Hans etterfølger Phetracha av Ayutthaya ble den siste residerende kongen her. Kongeperioden f.o.m Narai var kjennetegnet av stor handel og politisk kontakt med utlandet, og produksjon av bevart litteratur. Det ble slått sølvmynter og skrevet buddhistiske skrifter som ble oppbevart i byens templer.