Montana var frisk igjen i 1994, og var kampstarter i alle kampene i sesongen utenom to. Høydepunk fra sesongen inkluderer en klassisk duell med John Elway (som Montana vant, 31–28) under , og en minneverdig kamp i uke 2 da Montana spilte mot sitt gamle lag, 49ers og Steve Young, som CHiefs vant 24–17. Montana ledet laget til et sesongresultat på 9–7, nok til å nå sluttspillet, men tapt i wildcard-runden mot Miami Dolphins og Dan Marino, 27–17.