Innenfor politikken var han medlem av bystyret i Hamar i to perioder, fra 1919 til 1922 og fra 1928 til 1931. Han ble også valgt inn på Stortinget i 1922 og 1925, hvor han representerte valgkretsen Kjøpstedene i Hedmark og Oppland fylker, og var medlem av Næringskomiteen. Fra 1926 til 1927 var Flakstad president av Lagtinget, hvor han blant annet ledet riksretten under høringene av saken mot den tidligere statsministeren Abraham Berge. Flakstad var også medlem av den interparlamentariske kongressen i Paris i 1927. Flakstad er for øvrig dattersønn av presten og politikeren Nils Jønsberg og far til billedhuggeren Nils Flakstad.