Þorlákur ble født inn i en høvdingslekt med gode kontakter, selv om de ikke var rike. Han fikk som barn undervisning av sin frende Eyjólfr Sæmundsson, sønn av historikeren Sæmund Frode, og bare 15 år gammel ble han vigslet til diakon, før han ble ordinert til prest som nittenåring. Senere studerte han i Paris og Lincoln.