Tim Hunt ble født den 19. februar 1943 i Neston i Cheshire nordvest i England. Hans far, Richard William Hunt var en britisk akademiker som foreleste i paleografi, og hans mor, Kit Rowland var datter av en trelastforhandler. Etter farens død i 1979 fikk Tim vite at faren hadde jobbet i Bush House, sannsynligvis med etterretning. Med farens nye stilling som i Bodleian Library måtte familien flytte til Oxfordshire. Tim Hunt begynte med undervisning i latin og inntil hans åtteårsdag var han en del av barneavdelingen på Oxford videregående skole ("high school"). Som videre skolegang fikk han mulighet til å gå på Dragon School, en del av Oxfordskole-komplekset hvor han gikk inntil han var 13 år. Det var her han fant interesse for biologi grunnet hans tyske lærer Gerd Sommerhoff. Som fjortenåring begynte han på privatskolen Magdalen College School hvor han utviklet videre stor interesse for kjemi og zoologi.