Etter en tid gjenopptok man imidlertid i det stille, mer forsiktig, drapsvirksomheten. I denne andre fasen mistet ca 4.500 mennesker livet. Ut i 1942 begynte man å drepe «uønsket» liv. Residerende leger og ansatte, ledet av sykepleiersken Irmgard Huber, drepte flertallet av disse senere ofre direkte. Blant ofrene var tyske funksjonshemmede pasienter, mentalt forvirrede eldre fra utbombede områder, «halvjødiske» barn fra pleieinstitusjoner, psykisk eller fysisk syke tvangsarbeidere og deres barn, tyske soldater og utenlandske Waffen-SS-soldater antatt psykisk uhelbredelige. De aller fleste av ofrene fikk dødelige overdoser av medikamenter som Luminal, Veronal eller injeksjoner med Morfin-Skopolamin eller rett og slett luft; noen andre døde av villet pleieunnlatelse det vil si stort sett sultet i hjel.