Øst-Timor er på grunn av landets uavhengighet i mai 2002 et av de yngste landslagene i verden. Deres første offisielle landskamp ble spilt borte mot den 21. mars 2003 (3–2). Øst-Timor deltok for første gang i VM-kvalifisering i 2007, hvor laget spilte to kamper i et innledende runde mot , men tapte 3–11 sammenlagt og gikk derfor ikke videre. Laget deltok i kvalifisering til asiamesterskapet for første gang i 2003, men røk ut i innledende kvalifiseringsspill mot Sri Lanka og .