Karsten Jakobsen 1996 (i overgangsfasen, ved etableringen av NTNU) Emil Spjøtvoll 1996 til 2001 Eivind Hiis Hauge 1. januar 2002 t.o.m. 31. juli 2005 Torbjørn Digernes 1. august 2005 t.o.m. 31. juli 2013. Digernes var den første NTNU-rektor som ble ansatt, ikke valgt. Gunnar Bovim 1. august 2013 til 21. august 2019 Anne Borg 13. desember 2019 (konstituert rektor fra 21. august 2019) til 15. desember 2023 Tor Grande 2024– (konstituert rektor fra 15. desember 2023).