Bowiens neste stopp ble Augsburg. Da det som følge av den annen verdenskrig hverken var mulig å kjøpe rammer eller lerret, kom Bowien på ideenå kjøpe de over alt tilstedeværende portrettene av føreren og offisielle NS-propagandabilder som han grunnet og overmalte med motiver fra Augsburg. Bildene var populære, men han ble tystet på til Gestapo, som i 1943 beslagla bildene hans i Augsburg etter pålegg fra Reichskulturkammer. Over 30 av Bowiens bilder ble ødelagt av krigen. Uten gyldige papirer, og uten pass, flyktet kan til Kreuzthal-Eisenbach (i dag en bydel i Isny) i Allgäu. Det var der han skrev krigsmemoarene sine, ("Die verlorenen Stunden des Morgens "), og han hjalp til med å skjule en rømt fransk krigsfange.