Han var mot nazismen og Hitlers regime fra begynnelsen. På grunn av familiesituasjonen (moren hadde jødisk bakgrunn) og relasjonen til Hess, mente Haushofer at han best kunne motarbeide regimet fra innsiden og ville ikke bryte åpent med regimet. I 1937 skrev han i at alle i USA visste at de ikke kunne være passive tilskuere til at Storbritannia kjempet for livet. I juni 1939 advarte han offentlig om at Frankrike og Storbritannia ikke hadde mer å gi. På den tiden var det knapt noen i Tyskland som åpent kunne komme med så klar kritikk, trolig fordi han ble beskyttet av Hess. Haushofer trodde at Storbritannia og vestmaktene ville føre en eventuell krig mot Tyskland til landet var slått endelig og fullstendig.