Scientific Linux hadde et grafisk installasjonsprogram og benyttet pakkesystemet RPM Package Manager. Versjonene 3, 4 og 5 av Scientific Linux benyttet skriptet «SysVinit» under oppstart. Oppstartsprosessen init var en arv fra UNIX System III og UNIX System V. Versjon 6 benyttet seg i stedet av den hendelsesbaserte daemon Upstart, mens versjon 7 benyttet systemd.