Niitenberg opptrådte som rådgiver for det uavhengige Estlands myndigheter etter Sovjetunionens fall. I juni 1992 ble han energiminister i Estlands overgangsregjering. Han fortsatte som energiminister i Mart Laars første regjering og Andres Tarands regjering. Niitenberg gikk av sammen med resten av regjeringen i april 1995.