Landet har tre distinkte klimasoner: De høye Himalaya-nære nordlige (særlig nordvestlige) delene av landet har et arktisk klima, med julitemperatur opp til 5 °C, og lite nedbør. En temperert sone, hvor blant annet hovedstaden Thimpu ligger, med høyder mellom 2 000 og 4 000 moh. Varm sommer, nattefrost om vinteren. Monsunregn, 600–1400 mm nedbør årlig. Temperaturer mellom 15 °C og 26 °C i juni-september; fra −4 °C opp til 16 °C i januar. En tropisk sone i lavland og skråninger opp til 2 000 moh. lengst sør i landet, ca. 50 km bred. Lang, varm og våt sommer, kort og tørr vinter. Sommermonsun og inntil 2 500 mm nedbør årlig. Angivelig nedbørsrekord ca. 7 800 mm. Temperaturer mellom 15 °C og 30 °C året rundt, noen ganger opp mot 40 °C om sommeren.