Imperiets grenser var truet i flere områder. Bysantinske styrker ble slått av abbasidene i Pamfylia på Kreta, og på grensen mot Syria, men i 853 klarte en bysantinsk flåte på 85 skip å slå de arabiske styrkene. Under en ekspedisjon mot den østlige grensen og grensen mot araberne ble paulisianerne tvunget til å bosette seg i Trakia og de mistet dermed kontakten med sine trosfeller og måtte bosette seg i en annen grenseregion. Mikael var også ansvarlig for undertrykkingen av sørslavere som var bosatt på Peloponnes .