Kjæsdalen er U-formet og har et dypt morenedekke. Dalbunnen er meget flat med store og vidstrakte myrer. Gjennom dalen renner Lille-Porsangerelva og sideelva Fauskeelva mot øst og Kjæselva mot vest. Elvene har liten høydegradient og meanderer gjennom myrområdene.