Aquaviva hadde også bemyndiget Garnet å trykke opp katolsk litteratur, og tidlig året etter traff han Southwell i London for å drøfte muligheten å grunnlegge et skjult trykkeri (antagelig nær et tidligere augustinersykehus ved Spitalfields). Trykkeriet bestod til 1588 og utgav skriftene av Southwell og av ukjent forfatter. I november 1588 kunne Garnet, fra en venns byresidens i Ludgate Hill i London se prosesjon som feiret den mislykkede spanske invasjon av England. Spanias handlinger uroet fader Garnet, som skrev: Garnet skrev et brev til Aquaviva om at han antok at flere av hans tilhengere trodde at Garnet var mer bekymret over Elisabeth I av England enn hennes kalvinistiske ministre. Etter den spanske armadas nederlag skrev Garnet et forslag om at det burde finnes to sorters Oath of Supremacy, for slik å muliggjøre også for katolikker å sverge troskap til dronning Elisabeth. I den som da fantes, var den som svor eden tvunget å erkjenne at paven ikke hadde noen makt over Englands sittende konge eller dronning, mens i Garnets versjon skulle den som svor eden kun erkjenne kongens/dronningens autoritet og kjempe mot alle som ønsket denne en brå død. Garnets versjon av Oath of Supremacy ble forkastet av myndighetene. miniatyr|Garnet ble nesten tatt til fange i 1591 ved herregården Baddesley Clinton. Garnet tilbragte sine første år tilbake i England med å treffe nye jesuittprester i London, som John Gerard og Edward Oldcorne. Jesuittene var blitt forbudt i England i 1585 (ved loven ) og ble de oppdaget riskerte de dom for høyforræderi. Jesuittene måtte til stadighet unnvike forfølgere, og fader Garnet ble nesten tatt til fange flere ganger. En av de mest dramatiske anledninger var i 1591 ved herregården Baddesley Clinton, der Garnet og flere andre jesuitter nesten ble tatt til fange mens de var forsamlet og i ferd med fornyelsen av sine løfter. På grunn av dette bestemte Garnet seg for å dele opp sine misjonærer i elleve mindre grupper, som årlig skulle tilbringe to uker hver uke på misjon. Etter at Southwell ble fanget i juni 1592, og myndighetene gjennomsøkte Anne Vaux' og Eleanor Brooksbys hus i Warwickshire, skrev Garnet til Aquaviva og bad ham om en assistent som skulle kunne innta Garnets plass om han selv ble tatt. Jesuitten Henry Walpole ble sendt til Garnet, men ble tatt idet han steg i land i desember 1593; han ble henrettet i York den 7. april 1595. Garnet anså at det var hans plikt å i forkledning beskue sine jesuittkollegers henrettelser og kan meget vel ha vært nærværende da Southwell døde på Tyburn den 21. februar 1595. Særlig fader Southwells død rammet fader Garnet tungt og han skrev senere om den han måtte utstå i England. I november 1593 dro Garnet til det falleferdige Wisbech Castle i Isle of Ely, og som myndighetene haddde rekvirert i 1579 fordi det var et kjent tilhold for katolske prester. Det var i denne bygning blant annet Weston satt fanget. De som var innsperret der levde på andre katolikkers almisser og hadde det etter forholdene relativt bra; Garnet beskrev Wisbech Castle på positiv måte og kalte det for en . Året derpå meglet han i en disputt mellom jesuittene og noen sekularprester og denne kontrovers ble senere kalt . Disputten opphørte ved årets slutt, men Garnet begynte å motta rapporter om at personer på Collegium Anglorum (som jesuittene stod for) og at engelske katolikker i eksil i Brussel var misfornøyde; dette trodde fader Garnet kunne underminere alt arbeide han hadde nedlagt for å prøve å stabilisere situasjonen mellom katolikkene.