Andøya har en åpen og værhard ytterside mot Atlanterhavet. Fuglefjellet på Bleiksøya er den eneste form for skjærgård. Andøya er det stedet hvor Egga, kanten av kontinentalsokkelen, ligger nærmest land. På grunn av de rike matforekomstene på egga kommer spermhvalen, kaskelotten, om sommeren for å ete blåkveite og blekksprut. Konsentrasjonen av spermhval er så stor at det sees hval på over 90 % av hvalsafariene ut fra Andenes.