Helseøkonomiforvaltningen ble i 2004 etablert som Trygdeetatens oppgjørsorganisasjon, underlagt Rikstrygdeverket. I 2006 ble NAV etablert, og enheten skiftet navn til NAV Helsetjenesteforvaltning. Forvaltningsansvaret for helserefusjon ble flyttet fra NAV til Helsedirektoratet i 2009, og enheten endret navn til Helfo.