Et av de sentrale temaene i spillet er beskrevet som , et japansk ord beskrevet som «å slite», da gjerne i å komme seg ut eller gjøre det beste ut av av en situasjon. Et annet sentralt tema påpekt av Saito var kjærlighet, noe han mente var uvanlig, siden alle de sentrale figurene er roboter, som til vanlig ikke har følelser. Yoko brukte også det at maskinene og androidene ser opp til den utdødde menneskeheten som et virkemiddel for å vise hvordan ens egen selvfølelse har røtter i noe annet enn en selv. Måten menneskeheten fortsetter å påvirke maskinene og androidene til å krige med hverandre reflekterer Yokos meninger rundt hvordan folk fortetter å slåss med hver andre og lage skiller mellom hverandre til tross for annen fremgang. En annen ting som blir tatt opp igjen fra Yokos tidligere verk er spørsmål rundt hvorfor folk dreper, og hvordan det å drepe påvirker andre, noe som kommer av at han tidligere observerte at noen folk endte opp med å nyte det å drepe fiender i spill, hvilket for han tydet på at det var noe galt med dem. Handlingens mørke tone forklarte Yoko at reflekterer det at virkeligheten også er mørk. Handlingen refererer også til flere kjente filosofer, med flere maskiner oppkalt etter dem, blant annet landsbylederen Pascal (Blaise Pascal), bossen Simone (Simone de Beauvoir) og landsbyfilosofen Jean-Paul (Jean-Paul Sartre). Yoko brukte også bøker om filosofi og psykologi skrevet av Will Buckingham og Nigel Benson som referanseverk da han skrev handlingen.