Bugnini fikk også motstandere, men nøt pavens gunst helt til reformene var på plass i 1975. Hans heftigste motstandere fant man innenfor tradisjonalistiske katolske kretser, som hevdet at han var en frimurer og at han hadde som mål å «ødelegge Kirken».Disse påstandene var så kraftige at Vatikanet fant å måtte dementere dem i sin avis (10. oktober 1976).