I 2007 sluttet Juan Jesus seg til ungdomslaget til . Han debuterte på førstelaget i 2010, hvor han vant 2010 Copa Libertadores, og i desember 2011 solgte klubben ham for rundt R$9,26 millioner (rapportert til €3,8 millioner); 65% av de økonomiske rettighetene til Juan gikk til hans agent, Giuliano Bertolucci og 35% til tredjepartseieren DIS Esporte. Eierne av registreringsrettighetene til Juan brukte den brasilianske klubben Coimbra Esporte Clube som mellommannsklubb.