Joop Beek kom til landet da det fremdeles var nederlandsk koloni i 1938, og underviste ved en av jesuittenes skoler i Yogyakarta på Java. Under den japanske okkupasjon satt han internert, og måtte vende tilbake til Nederland i 1946. Etter noen år i Maastricht ble han i 1952 sendt tilbake til Yogyakarta. Det ble han etterhvert mer og mer involvert i studentarbeid og kjent med de politiske strømninger og understrømmer som gjorde seg gjeldende.