Under andre verdenskrig skifta forholdene frem og tilbake, ved at den estisk-ortodokse kirka ble forent med den russisk-ortodokse under sovjetisk okkupasjon (1940–41 og fra 1944), mens den hadde friere tøyler under tysk okkupasjon (1941–44). Deler av presteskapet inkludert metropolitt Aleksandr var sterkt kritiske til noe de oppfatta som en tvangssammenslåing, mens andre prester og bl.a. eparken av Narva favoriserte gjenforeningen. Før den andre sovjetiske okkupasjonen flykta derfor metropolitten og et stort følge av prester og troende til Stockholm. Aleksandr fortsatte å føre tittelen sin i eksil frem til sin død i 1953. Eksilsynoden fortsatte sitt arbeid i Stockholm også etter dette. I Den estiske sovjetrepublikken hadde derimot Moskva-patriarkatet annullert den estiske kirkens autonomistatus, innsatt en ny epark av Tallinn, og oppheva eparkiene Narva og Petseri.