I januar 2007 uttalte Etiopia en intensjon til å trekke seg ut i løpet av noen uker, men TFG, FN og USA motsatte seg dette fordi at det antakelig ville skapt et sikkerhetsvakuum. Etiopiske tropper forble stasjonert i landet inntil januar 2009, da de endelig ble trukket ut som et resultat av militære nederlag, tap av territorium og svekking av TFG. Al-Shabaab, en islamistisk gerilja som hadde separert seg fra ICU, nektet å skrive under på noen fredsavtale og fortsatte kampen mot TFG etter at Etiopia hadde trukket seg ut. Sharia-lovene ble i ettertid innført i Somalia.