Etter endt videregående utdannelse fra hjemstedet Osnabrück, flyttet Abeken i 1827 for å begynne å studere ved universitetet i Berlin der han skulle studere teologi. Abeken kombinerte snart sine filosofiske og filologiske studier og han ble på denne tiden interessert i kunst og moderne litteratur. I 1834 ble Abeken utnevnt til kapellan for den prøyssiske ambassaden i Roma. Han giftet seg første gang på denne tiden, men bruden døde kort tid etter bryllupet.