I oktober 1917 støttet Joffe Lenins og Trotskijs revolusjonære stillingtagen mot Grigorij Zinovjevs og Lev Kamenevs mer moderate posisjon, og krevde at de sistnevnte måtte kastes ut av Sentralkomiteen for det de beskrev som klart brudd mot partidisiplinen. Joffe var formann for Petrograds militære revolusjonære komite som styrtet Den russiske provisoriske regjering 25.–26. oktober 1917. Umiddelbart etter revolusjonen støttet han Lenin og Trotskij mot Zinovjev, Kamenev, Aleksej Rykov og andre bolsjevikiske sentralkomitemedlemmer som hadde ønsket å dele makten med andre sosialistpartier.