Tårnet lå mellom riddersalen og portbygningen. Det var i 5 etasjer og med et kvadratisk grunnplan, som målte omtrent 16 meter på hver side. Da Christian IV ble kronet i 1596, ble muren forhøyet med nesten 3 meter til rundt 28 meter (44 alen), og det ble føyet til et spir med kobbertak. Da Frederik IV bygget om Københavns slott i begynnelsen av 1700-tallet, ble Blåtårn stående, men det ble gjennombrutt av den nye hovedporten til slottsgården og kom dermed også til å fungere som portbygning.