Under andre verdenskrig etablerte Nicolini et redningsnettverk som senere er blitt kalt , en hemmelig organisasjon av katolske geistlige som tilbød jøder beskyttelse mot jødeutryddelsene under nazistenes okkupasjon av Italia. Sammen med fransiskaneren Rufino Niccacci klarte han å skjule flere hundre jøder fra arrestasjon i kirker, klostre og andre kirkelige eiendommer. Selv om mange av disse kirkerommene normalt var stengt for utenforstående, huset Nicolini de forfulgte jødene der og ga dem også frihet til å gestalte sine religiøse seremonier. Så i oktober 1943 kunne de feire Yom Kippur sammen med nonnene som var der.