I Roma tok Lipsius seg av Granvelles korrespondanse på latin. Der møtte han et Vatikan i krise etter flyttingen fra Avignon, men også antikkens Roma, bibliotekene og humanismen. Han ble også kjent med noen av datidens ledende humanister, som Marc-Antoine Muret, Fulvio Orsini, Paolo Manuzio og Guglielmo Sirleto. I 1566 utga han sitt første skrift, , som han tilegnet kardinalen. Skriftet var en samling essays som behandlet klassiske tekster.