For å hedre minnet av den svenske utenriksministeren innstiftet det sosialdemokratiske partiet stiftelsen Anna Lindhs Minnesfond den 16. september 2003, fem dager etter hennes bortgang. Minnefondet deler årlig ut et Anna Lindh-stipend til personer, organisasjoner eller prosjekter som arbeider i Lindhs ånd i Sverige eller i utlandet, samt et par utviklingsstipend som skal oppmuntre til fortsatt engasjement.