Da spanjolene kom på sporet av henne, sendte de en kommando og arresterte henne. Den 29. april 1896 ble hun anklaget for å ha assistert Katipunan-opprørene og ble trass i sin fremskredne alder på 84 år innesperret i Bilibidfengselet i Manila. Her ble hun avhørt, men hun holdt fast ved sine overbevisninger og vedstod seg sin deltakelse i revolusjonen og hjelp til Katipunan. Kort etter forsøkte hun å flykte til Novaliches, men ble fakket av sivile vakter fof ført tibake til Bilibid-fengselet for flere forhør.