Etter reformasjonen flyttet Gjeble Pederssøn skolen til nordsiden av Domkirken i Bergen. På grunn av branner ble skolen gjenreist en rekke ganger, sist etter den store bybrannen i 1702. I 1750 ble Seminarium Fredericianum etablert som en slags høyere realskole i nøye tilknytning til katedralskolen. På 1800-tallet fikk katedralskolen behov for større og flere rom. På grunn av nærheten til kirken og fjellet kunne den gamle skolen ikke utvides mer. I 1834 ble tomten sør for kirken kjøpt, der hvor den gamle bispegården og Fransiskanermunkenes Olavskloster tidligere lå.