D.N. Angel handler om Daisuke Niwa som på sin 14-årsdag bestemmer seg for å gi et kjærlighetsbrev til sin forelskelse, Risa Harada, men mislykkes. Samme dag dukker Dark opp i Daisukes indre, og han blir forklart at hvert mannlige medlem av Niwa-familien forvandles til den berømte Phantom Thief Dark. Hans oppgave er å stjele kunstverk som blir livaktive og forårsaker ulykker. Hver gang han får hjertebank (spesielt når han er forelsket) blir han Dark, og den eneste måten han kan bli normal igjen er å få sin kjærlighet returnert.