Men mens Almagro og Pizarro hersket over hver sin by, var situasjonen blitt alt annet enn lys. Manco Inka hadde gjenerobret det meste av de sentrale deler av Peru, og truet nå Pizarros koloni. Ved et stort slag utenfor kolonien ble imidlertid inkahæren beseiret og drevet opp i sine tilfluktssteder i fjellene (Vilcabamba- og Urubamba-dalen). Året var 1538. Pizarro sendte nå sine styrker mot Cuzco, og ved et stort slag mellom Pizarros og Almagros menn på en slette utenfor Cuzco, ble Almagro overvunnet. Han ble tatt til fange og henrettet. Pizarro hadde igjen tatt kontrollen over hele Peru.