Flea giftet seg i 1986 med Loesha Zeviar, og de fikk sammen datteren Clara. De ble separert i 1990, men deler omsorgen for Clara. Flea har tatovert Loeshas navn på brystet. Flea fikk i 2005 også datteren Sunny Bebop Balzary sammen med sin forlovede; supermodellen Frankie Rayder. John Frusciante er gudfar til Sunny.