Til å begynne med var han de tsjekkoslovakiske biskopers talsmann under deres forhandlinger med det kommunistiske regime fra 1948 til 1949, da samtalene ble avbrutt. Fra 1949 til 6. august 1968 ble han forhindret fra å utføre sine sjelesørgeriske plikter. Den 16. januar 1953 arresterte de kommunistiske myndigheter ham og anklaget ham med konstruerte spionasjebeskyldninger og virksomhet rettet mot staten. Den 23. juni 1954 dømte høyesterett ham for to tiår i fengsel (det innebar løslatelse i 1979) for å ha arbeidet som en av kirkens spioner.