Mens regimentet slo leir for vinteren ved Charleston, dro McKinley til Ohio for å rekruttere nye soldater. Da han ankom Columbus, ble han forfremmet til sekondløytnant av guvernør David Tod som en anerkjennelse for innsatsen ved Antietam. McKinleys regiment var for det meste forskånet for krigshandlinger frem til slaget ved Buffington Island i juli 1863. Tidlig i 1864 ble hærordningen revidert, og McKinleys regiment overflyttet til Vest-Virginia-hæren. De gikk inn i det sørvestlige Virginia for å ødelegge fiendens salt- og blygruver. I mai drev de sørstatstroppene tilbake fra Cloyd's Mountain, et slag som ifølge McKinley var «det mest desperate bevitnet under krigen».