Arses startet å planlegge mord på Bagoas etter at han var lei av denne tilstanden og kanskje påvirket av adelsmenn ved det kongelige hoff. Visiren handlet igjen først for å beskytte seg og klarte å forgifte Arses. Bagoas hentet så en fetter av Arses til tronen som kong Dareios III. En alvorlig bekymring for Persia i løpet av kongens korte styre var fiendskapet på den vestlige grensen med kongeriket Makedonia under kongene Filip II og Aleksander den store. Dette ville lede til krig mellom de to statene i løpet av Arses sin etterfølger sitt styre.