I november 1941 rekvirerte tyskerne deler av anlegget, som under hele krigen ble brukt til konsentrasjonsleir. Falstad skolehjem ble likevel drevet videre parallelt med fangeleiren. Skolen ble flyttet fra hovedbygningen og over i en annen bygning, "Øvergården". Undervisningen fortsatte her på tross av tyskernes trusler om utkastelse.