Hidalgo består av høye fjell i Sierra Madre Oriental-kjeden som løper parallelt med Gulfkysten. Høyest når Cerro de la Peñuela med 3350 moh, mens hovedstaden Pachuca ligger i 2400 meters høyde. Øst for fjellene ligger La Huasteca-regionen, som faller ned mot lavlandet i nabodelstaten Veracruz og er fuktig og tropisk. Vest for fjellene ligger de store dalførene, som har et tørrere klima. Vegetasjonen varierer, i østhellingen ned mot Gulfkysten er det tropisk skog, høyt til fjells dominerer furuskogene, mens noen av dalene i vest er preget av tørre stepper.