Ahmoses militære kampanjer i Nubia er bedre dokumentert. Kort etter den første kampanjen i Nubia, gjorde en nubier ved navn Aata opprør mot Ahmose, men ble knust. Etter dette mislykte forsøket samlet en egypter ved navn Tetian, som var motstander av Teben, mange opprørere i Nubia, men han ble også beseiret. Ahmose etablerte på nytt egyptisk herredømme over Nubia, som da ble kontrollert fra et nytt administrativt senter etablert i Buhen (i dag beliggende rett over grensen til Sudan). I etableringen av en nasjonal regjering synes Ahmose å ha belønnet ulike lokal fyrster som hadde støttet hans sak og av hans dynastiske forgjengere.