Bonn ble grunnlagt som den romerske provinsbyen i 12 f.Kr., ved en romersk garnison. Etter nederlaget mot germanerne ved Teutoburger Wald i 9 e.Kr ble en romersk legion stasjonert i Bonna og stedet vokste kraftig. I middelalderen lå byen derimot nede, inntil erkebiskopen av Köln gjorde Bonn til sin residens i 1288. Byen var en viktig geistlig by i barokken. Bonn ble besatt av franske tropper i 1794.