Flere av Italias mest betydelige motorveier passerer byen og gjør den til et av de viktigste transportknutepunktene i landet. Motorveiene er A1 som går fra Milano til Roma og Napoli, A2 som begynner i Bologna og går til Bari, samt A13 som går til Padova. Bologna er også Nordøst-Italias viktigste jernbaneknutepunkt hvor 9 linjer møtes. Flyplassen ligger i bydelen Borgo Panigale.