Borgia var far til minst elleve uekte barn. Det ble også spredt rykter om at han skulle ha hatt et incestuøst forhold med søsteren Lucrezia Borgia. Det oppstoid en rekke overdrevne rykter om ham, noen av dem med i alle fall et snev av sannhet i seg. Både venner og fiender kunne risikere å bli ordinert arsenikk hvis de sto i veien for hans ambisjoner. Etter hvert ble det kjent at en invitasjon til middag hos familien Borgia lett kunne bli ens siste måltid.