Den 24. mars 2013 erobret Seleka-styrker hovedstaden Bangui og sendte president Bozizé på flukt. Etter å ha overtatt makten, erklærte Djotodia seg som landets nye president. Grunnloven ble suspendert og Djotodia kunngjorde at han ville styre landet ved dekret i en periode fram til det kan avholdes valg. Han ble da landets første muslimske president.