Atkinson har kommentert fem VM-sluttspill og seks EM-sluttspill for den britiske TV-kanalen ITV. Men i april 2004 sa han opp sitt engasjement med både ITV og avisen «The Guardian» med umiddelbar virkning. Dette gjorde han etter han hadde kommet med rasistiske kommentarer mot Chelsea-kaptein Marcel Desailly i en Mesterligaen kamp mot Monaco. Kommentaren kom da Atkinson trodde lyden på mikrofonen var skrudd av. Han sa «He is what is known in some schools as a fucking lazy, thick nigger». Han påsto i ettertid at han ikke kunne huske denne kommentaren, og mente at han måtte ha snakket med seg selv. Atkinson unnskyldte seg offentlig i tillegg til å trekke seg fra jobbene i media. Han sa samtidig at «jeg har arbeidet med flere fargede spillere enn noen annen manager i dette landet, og jeg vedder på at ingen av disse noensinne har hørt meg si noe slik». Hans tidligere spiller i Cambridge og WBA, Brendan Batson, gikk ut i media og sa «Jeg er veldig skuffet over Ron Atkinson». Den fargede tidligere landslagsspilleren Ian Wright var også ute i media og sa at Atkinsons kommentarer var «ufyselige», og det var ingen unnskyldning at han trodde mikrofonen var slått av. Den tidligere Sheffield Wednesday-spilleren Carlton Palmer tok imidlertid Atkinson i forsvar ved å si «Jeg er farget, og jeg ønsker å forsvare Mr. Atkinson fordi jeg vet hvordan han egentlig er. Hvis vi skal kjempe mot rasisme, så la oss ta for oss de store problemene og ikke en slengbemerkning som ikke var ment på den måten i det hele tatt».