I 2013/14-sesongen rykket de opp til Bundesliga for første gang. Men oppholdet i Bundesliga varte ikke lenge, for de rykket ned etter 2014/15-sesongen til 2. Bundesliga etter bare én sesong. Den påfølgende sesongen endte med nok et nedrykk og Paderborn spiller fra og med sesongen 2016/17 i 3. Liga. Det ble opprykk i 2017/18 til 2. Liga. I 2018/19 ble det opprykk til 1. Liga.