Han returnerte til Formel 1 i 1999 hos sitt gamle Minardi-lag. I juli den sesongen, brakk Ferraris hovedsjåfør Michael Schumacher beinet i en ulykke under Storbritannias Grand Prix det året på Silverstone. Som Ferraris testsjåfør, forventet Badoer å få kjøre Ferrarien under Schumachers fravær, men laget bestemte seg for å sette inn Mika Salo i stedet, noe som utløste kritikk fra tidligere Ferrari-sjåfør Jean Alesi.