Mälaren drenerer et 22 650 km² stort område. Større tilførselselver innbefatter (regnet mot klokken fra Stockholm) Fyrisån, Örsundaån, Sagån, Svartån, Kolbäcksån, Köpingsån, Hedströmmen, Arbogaån, Eskilstunaån, og Råckstaån. Mälaren har størst vanntilførsel og høyeste vannstand om våren, i forbindelse med snøsmeltingen. På sommeren er ofte vanntilførselen mindre enn fordamping fra overflaten.