Da pave Benedikt XVI fratrådte, ble kardinal Sepe 4. mars 2013 trukket ut som assistent for kardinalkamreren (som representant for kardinalpresten), og tilhørte med dette i tre dager sen særkommisjon som regulerte noen underordnede saker under sedisvakansen. Han deltok på konklavet i 2013, det som valgte pave Frans (kardinal Jorge Bergoglio).