Om ikke begge disse oppdragene blir utført innen 500 dager, vil mutanthæren finne og invadere Hvelv 13. Dette gjør at spillet slutter. Dersom man har avtalt vannleveranser med handelsmennene i The Hub, vil spillet ta slutt etter 400 dager, ettersom disse leveransene raskere avslører hvelvets beliggenhet. Man får da se en kort filmscene hvor mutanthæren tar over Hvelv 13, noe man også får se om spillerens karakter velger å bli med i denne hæren. I spillets versjon 1.1, samt senere gjenutgivelser av spillet, er tidsfristen for mutanthærens invasjon utvidet til 13 år, noe som gir spilleren mulighet til å utforske mer.