Skjellkrypdyr beveger seg ved å grave, krype, gå, løpe, klatre, glidefly og svømme. Beina hos øgler sitter på siden av kroppen, ikke under kroppen som hos pattedyr. Når en øgle går sakte, er tre av beina alltid i kontakt med underlaget. Kroppen beveges i en bølgende bevegelse, og tyngdepunktet ligger alltid i trekanten mellom de tre bena som er på bakken. Hvis farten øker, utføres de samme bevegelsene med kroppen og beina, men tyngdepunktet kan flyttes ut av trekanten. Noen agamer, iguaner og varaner kan løpe raskt på to bein. Marklevende slanger beveger seg i en bølgende bevegelse, og bruker de store bukskjellene til å skyve seg framover. Enkelte ørkenlevende slanger løfter kroppen, og ruller seg sideveis.