Tabellene nedenfor viser fonemene i klassisk nahuatl, som et eksempel på en variant av nahuatl. Flere moderne varianter har gjennomgått endringer fra protonahuisk som har resultert i andre fonemer enn disse. For eksempel er det enkelte varianter som ikke har -fonemet, som var veldig vanlig i klassisk nahuatl. I disse variantene har fonemet i stedet endret seg til , som for eksempel i nahuatl fra Istmus-Mecayapan og nahuatl pipil, eller til , som i nahuatl fra Pómaro-Michoacán. Mange varianter skiller ikke lenger mellom korte og lange vokaler. Noen har intrudusert helt nye vokaler for å kompensere for dette, blant annet nahuatl fra Tetelcingo, mens andre har utviklet ulike tonelag, deriblant nahuatl fra Oapan i Guerrero. Mange moderne varianter har introdusert nye fonemer som /b, d, g, f/, på grunn av påvirkning fra spansk.