Nils Petter Gleditsch er sønn av Kristian Gleditsch og Nini Haslund Gleditsch og nevø av Ellen Gleditsch. Han ble født 17. juli 1942 i Sutton i Surrey i Storbritannia. Foreldrene hadde reist til Storbritannia som flyktninger under andre verdenskrig. Gleditsch kunne ikke norsk da han tre år gammel kom til Norge etter frigjøringen våren 1945. Foreldrene flyktet fra Oslo 9. april samtidig med regjeringen og andre sentrale personer, og medvirket til gulltransporten sammen med blant andre Ole Colbjørnsen, Nordahl Grieg, Einar Gerhardsen, Øivind Lorentzen og Wilhelm Keilhau. Ekteparet Gleditsch kom til Åndalsnes kvelden 17. april (eller natt til 18. april) og møtte der Gleditsch’ gamle venn Martin Linge. Via Tromsø flyktet til de Storbritannia. Gleditsch studerte i årene 1966-1967 sosiologi, sosialpsykologi og internasjonal politikk ved University of Michigan i USA. Etter å ha studert filosofi og samfunnsøkonomi tok han i 1968 magistergraden i sosiologi ved Universitetet i Oslo. Han var formann i Det Norske Studentersamfund våren 1966.