I 1999, hadde selskapet vokst til en flåte på seks Fokker 50,og fløy 500 000 passasjerer. Selskapet hadde en omsetning på 172 millioner kroner og et overskudd på 13 millioner. 2. juni 2000 kjøpte de helikopteroperatøren Lufttransport fra Helikopter Service. I 2000 ble flyflåten utvidet til sju Fokker 50. 2. januar 2001 avsluttet Braathens flere flyruter, som ble operert av Norwegian, blant annet fra Kristiansund til Trondheim og Molde. Ruten mellom Bergen og Haugesund, og Bergen-Molde-Trondheim ble redusert.