Etter krigen tjente hans som assisterende generaladjutant i Pacific Division, men sa opp sitt verv i 1853. Hans militære rykte tok skade da han vitnet mot sin tidligere kommandant, general Scott, i krigsretten for ulydigheten til Gideon Johnson Pillow. Hooker slo seg ned i Sonoma County i California som bonde og landutvikler, men som en som var mer opptatt av veddemål og sprit enn av agrikultur. Huset hans finnes ennå i byen Sonoma. Mens han levde i Sonoma, stilte han til valg som representant for regionen i Californias lovgivende forsamling, men ble beseiret av James Bennett fra Santa Rosa. Han var ulykkelig og mislykket i sitt sivile liv, for i 1858 skrev han til krigsminister John B. Floyd for å be om at hans navn «skulle presenteres for president James Buchanan som kandidat til verv som oberstløynant,» men det kom ikke noe ut av hans forespørsel. Fra 1859 til 1861 hadde han verv som oberst i Californias milits.