Blastocysten har ca. 100 celler, og består av trofoblast, en ytre kappe med én-celle tykt lag, og en indre cellemasse, der cellene klumper seg sammen i ene halvdelen av trofoblasten. Det er cellene fra den indre cellemassen som senere vil utvikle seg til fosteret, og det fødte individ. Hvis man dyrker celler fra den indre cellemassen til en blastocyst i laboratoriet, kaller man cellene for embryonale stamceller.