Prokaryoter (bakterier og arkebakterier) har ofte ett enkelt sirkulært kromosom, men mange variasjoner finnes. Bakteriell DNA finnes også som plasmider, minikromosomer som er små sirkulære biter av DNA, og har muligheten til å kopiere seg selv over til andre celler. Grensen mellom plasmider og kromosomer er veldig diffus, men størrelse og nødvendighet er typiske faktorer som taes med når en skal skille mellom de to.