I 1949, mens Qutb var i USA, ble Hasan al-Banna, grunnleggeren av Det muslimske brorskapet, snikmyrdet av den egyptiske staten. For Qutb var det et tegn på at han måtte velge hvilken side han stod på. I 1952 ble han medlem i Det muslimske brorskapet. Han ble redaktør av bladet deres, og ble snart kjent som en av hovedideologene av islamismen i Midtøsten.