En av årsakene for dette «andre regimet» til Elizabeth, slik det stundom blir karakterisert, var selve karakteren til Elizabeths styreorgan, det kongelige råd i 1590-årene, var blitt en annen. En ny generasjon var kommet til makt. Med unntaket av lord Burghley, hadde de mest betydningsfulle politikerne død rundt 1590: Jarlen av Leicester i 1588, sir Francis Walsingham i 1590, sir Christopher Hatton i 1591. Fraksjonsstrid i regjeringen hadde ikke vært utpreget før 1590, men ble deretter dets kjennetrekk. En bitter rivalisering mellom jarlen av Essex og Robert Cecil, sønn av lord Burghley, og deres tilhengere, om de viktigste posisjonene i staten ble en hemsko for politikken. Dronningens personlige autoritet ble mindre, noe som ble demonstrert i saken om doktor Lopez, hennes betrodde lege. Da han feilaktig ble anklaget av Essex for forræderi av personlig nag, kunne hun ikke forhindre at Lopez ble henrettet, selv om hun hadde blitt rasende over at han ble arrestert og at hun ikke syntes å tro på hans skyld (1594).