Økt kunstig vanning på de varme og tørre slettene har også medført økt fordampning fra jordbruksområdene, som igjen har ført til saltavleiringer som gjør jordsmonnet ufruktbart. Gjennom avrenning har saltet igjen havnet i Amu-Darja, og saltholdigheten i elvevannet har økt. På 1990-tallet stoppet vannføringen fra Amu-Darja inn i Aralsjøen helt opp i en til tre måneder de fleste årene. Sjøer og myrområder i det tidligere deltaet tørket opp, og våtmarkene rundt elva krympet til en brøkdel av sin tidligere størrelse. Det gjenværende, forurensede vannet i Amu-Darjas nedre løp og i det tidligere deltaet er nå praktisk talt livløst.