Han ble avholdt av mxicanske sivile og amerikanske myndigheter som militærkommandant i Mexico by, først og fremst på grunn av hans psifiserende politikk og rettferdighet. Da han innførte sin unntakstilstand i Mexico for å forhindre plyndring, voldtekt, mord osv.), ble alle som forbrøt seg mot denne, både mexicanere og amerikanere, behandlet likt. Bortsett fra hans militære karriere, førte Scotts forfengelighet og hans korpulense til en fengende frase som skulle hjemsøke ham i resten av hans politiske liv. I et brev skrevet til krigsminister William Marcy hvor han klaget om delingen av kommandoen mellom ham og general Taylor, hevdet han at han hadde akkurat reist seg «omtrent kl. 18.00 idet jeg satte meg for hastig å spise suppe». Polk-administrasjonen ønsket å sabotere Scotts rykte og publiserte brevet, og frasen dukket opp i politiske tegninger og folkesanger i resten av hans liv. Et annet brev fra Scott til Marcy bemerket Scotts ønske om ikke å «ha et bål i sin rygg (fra Washington) mens møtte et bål foran fra mexicanerne».