Blackwaters elvemunning ble oppført på Ramsar-konvensjonens om våtmarker av internasjonal betydning den 11. juni 1996. Det er også et særskilt vernet fugleområde (SPA) under EU. Direktivet for fugler strekker SPA fra Youghals nye bro til Ferry Point-halvøya, nær utløpet av elven til havet. SPA omfatter en del av hovedkanalen til elven Blackwater så langt som Ballynaclash Quay samt kanalen mellom Kinsalebeg og Moord Cross Roads på østsiden og en del av elvemunningen til Tourig-elven så langt oppstrøms som Kilmagner.