Disse vestlige områdene skaffet seg sikkerhet ved å inngå i allianse med kongedømmet Navarra i deres første perioder, men ble annektert av kongedømmet Castilla mot slutten av 1100-tallet, og således fratok Navarra direkte tilgang til havet. I senmiddelalderen markerte framtredende familier seg over hele det baskiske området, ofte i strid med hverandre for makt og utløste den blodige bandekrigen, baskisk , som kun ble stoppet ved kongelig innblanding og gradvis skifte av makt fra rurale områdene på landet og til byene på 1500-tallet. I mellomtiden ble de fransk-baskiske områdene og grevskapene Lapurdi og Zuberoa, tidligere under engelsk overherredømme, til sist underlagt kongeriket Frankrike etter Hundreårskrigen, og hvor byen Bayonne ble det siste engelske forsvarsverket fram til 1453.