Han ble født i Praha som sønn av en general i den tsjekkoslovakiske arméen. Han studerte filosofi og psykologi ved Karlsuniversitetet, hvor han tok eksamen i 1961. Det sies at han brukte det jødisk-klingende pseudonymet «Egon Bondy» som en reaksjon til den voksende anti-semittismen på den tiden. På 60-tallet skrev han dikt og annen litteratur som ble utgitt som samizdat i tidsskriftet («midnatt») som han startet sammen med Ivo Vodsedálek. Selv om han gjennom hele sitt liv var marxist, kritiserte Bondy Sovjetunionens jerngrep på de østeuropeiske landene.