Elven oppstår ved fjellet Nokogiri-dake i Akaishifjellene («søralpene») nordvest i Yamanashi under navnet Kamanashi (釜 無 川 – ), og møter senere elva Fuefuki i byen Ichikawamisato. Der endrer den navn til Fuji-elven. Den strømmer deretter rundt vestfoten av Fuji-san og munner ut i Surugabukta ved byen Fuji.