Bakgrunnen for separatistene finner vi i de britiske puritanernes forsøk på å reformere Den engelske kirke. Separatistene trodde ikke dette var mulig og dannet derfor egne, separate, menigheter. Menigheten besto av de som hadde inngått en pakt med Gud. En gruppe separatister kom til Amsterdam på grunn av forfølgelse i England. Dette var de første som begynte å døpe på bekjennelse av tro, en overbevisning de kom fram til etter å ha studert Bibelens dåpstekster. I 1609 døpte derfor Pastor John Smyth seg selv og sin menighet.