Under andre verdenskrig ble Bjerkås arrestert for motstandsvirksomhet. Denne bestod primært i at hun skrev brev til de ledende nazistene i Norge, blant dem Vidkun Quisling, noe som førte til at Quislings huslege Hans Eng gav henne diagnosen «jøssingismus anglemanicus paranoidformis». Hun forsøkte også å avbryte en tale Josef Terboven, tysk rikskommissar i Norge da, holdt på Slottsplassen i Oslo. På grunn av sin virksomhet ble hun arrestert i desember 1943 og satt deretter i fangenskap til like før krigen var over. Mesteparten av tiden, ett år, satt hun på Grini fangeleir.