Strukturen til sporene er overveldende forskjellig fra selve cellen. Strukturen til sporene er mye mer kompleks i det at de har flere lag som man ikke finner i cellen. En kjemisk substans som er karakteristisk for endosporer er og finnes ikke i bakteriecellene. Dette stoffet har blitt funnet i alle endosporene som har blitt undersøkt og finnes i kjernen. Sporene har og en høy konsentrasjon av kalsiumioner som er kombinert med dipicolinsyren. Denne kalsium-dipicolinsyren står for omtrent 10% av tørrvekten til sporene.