Gemini 9A skulle dokke med et Agena-fartøy, som Gemini 8, men oppskyting av Agena-fartøyet mislyktes, og det kom aldri i bane. Et substitutt, den såkalte «Augmented Target Docking Adapter» (ATDA) ble sendt opp. Dokking med ATDA ble også kansellert da Gemini 9A nærmet seg, og en kunne se at beskyttelses-deler fremdeles satt fast på farkosten. Stafford beskrev den som «en sinna alligator».