I 1843 vendte Eisenstein tilbake til Tyskland, gjennomførte eksamen for å komme inn og formelt begynte studier ved Berlins universitet. I januar 1844 presenterte han sine første resultat om kubiske former for det prøyssiske vitenskapsakademiet. Samme år møtte han for første gang Alexander von Humboldt, som ble Eisensteins beskytter; han ordnet bidrag fra kongen, den prøyssiske staten og prøyssiske vitenskapsakademiet for å kompensere for Eisensteins ekstreme fattigdom. Totalt 23 artikler publiserte Eisenstein i løpet av 1833, deriblant to bevis for kvadratiske resiprositetssatsen og tilsvarende satser for kubisk resiprositet og bikvadratisk resiprositet.