På denne tiden raste tredveårskrigen og Kepler fikk stadig nye problemer i den katolske delen av Europa hvor han bodde. Da han endelig ble ferdig med de nye planettabellene i 1623, fikk han dem ikke trykket i Linz. Han måtte forlate byen sammen med sin familie og fikk verket trykket i Ulm først i 1627. Etter å ha funnet forståelse for sine vanskeligheter hos general Wallenstein, flyttet han året etterpå til Sagan i dagens Polen hvor han gikk i gang med å utgi alle observasjonene til Tycho Brahe. Ved et besøk i Regensburg i 1630 hvor han var for å ordne opp i sine finansielle vanskeligheter, døde han kort tid etter ankomsten og ble begravet der.