Sophie Scholl var datter av Magdalena (1881–1958) og Robert Scholl (1891–1973). Moren var diakonissesøster og faren var en jurist og liberaler som var borgermester i Forchtenberg og senere ble overborgermester i Ulm. Hun hadde fire søsken, og hjemmet var kristelig-humanistisk preget. Familien Scholl var protestantisk.