Den 22. februar anklaget rådet ham offisielt for 33 tiltaler for forræderi. Edward Seymour nektet å signere ordren om henrettelse slik at rådet, ledet av John Dudley, 1. jarl av Warwick, gikk til Edvard VI for kongens signatur. Den 20. mars ble Thomas Seymour henrettet på Tower Hill, og etter sigende døde han «farlig irriterende og forskrekkelig».