Etter hvert kjølnet forholdet mellom Lie og Einar Gerhardsen, som blant annet holdt fast på en mer forsonlig og brobyggende strategi overfor Sovjetunionen. Lie mislikte sterkt at Gerhardsen tok til orde for avspenning under NATOs ministerråds­møte i Paris i 1957. Ved landsmøtet i Arbeiderpartiet i 1967 angrep Gerhardsen åpent Haakon Lie, som på sin side angivelig svarte truende at han skulle knekke Gerhardsen «som ei lus». Bakgrunnen for utfallet var at Gerhardsen helt siden uenighetene om talen i Paris i 1957 mente Lie forgiftet atmosfæren i sentralstyret ved å slå ned på enhver indre debatt om de sikkerhets­politiske hovedlinjene, atomvåpen­politikken og NATO-spørsmålet. Trygve Bull bekrefter at de to da ikke hadde vært på talefot på årevis på grunn av Gerhardsens brobyggings­iver overfor Sovjet, men kanskje også fordi han og Werna beskyttet slike venstreorienterte tillitsvalgte som Bull.