Molekylærbiologisk institutt ble opprettet i 1997 ved sammenslåing av Felleslaboratorium for bioteknologi (FLB), Laboratorium for marin molekylærbiologi (LMM) og deler av staben fra Biokjemisk institutt (i dag en del av Institutt for biomedisin). Første styrer var professor Dag E. Helland.