Winther var først gift med Anna Fredrikke Woches fra Danmark, etter hennes død ble han gift med Sara Rasch Schytte. Hun var datter av prost Erik Schytte og to ganger enke, hun hadde vært gift først med fogd Jon Rygh og siden med amtmann og stortingsmann Johan Ernst Berg. Winther hadde én datter fra første ekteskap, Anne Fredrikke. Hun ble gift med Christian Albrecht Jackhelln.