Jødene bodde for en stor del i byer og utgjorde flertallet i flere litauiske og hviterussiske byer, blant annet i Vilnius. De fleste av disse jødene var fattige, noen av dem levde under svært dårlige kår. Vilnius (polsk: Wilna, jiddisk: Vilne/Vilna) ble blant jøder regnet som sentrum for jødisk kulturelt, intellektuelt og religiøst liv i Øst-Europa - omtalt som «Jerusalem i nord» eller «Litauens Jerusalem». Kongress-Polen hadde andre lover enn det russiske imperiet ellers. Etter det polske opprøret i 1863 fikk jødene i Polen betydelig større frihet og rettigheter enn i selve Russland noe som ble etterfulgt av omfattende jødiske utvandring til Polen.