På samme måte som sin forgjenger Wavell og fienden Rommel, måtte han slite med konstant innblanding fra politisk hold. Winston Churchill ville ha han til å organisere en offensiv mot Rommel. Dette nektet Auchinleck å utføre før hans styrker var klar til en slik operasjon. På grunn av dette fikk han sparken i august 1942. Han ble erstattet av Harold Alexander og som sjef for 8. armé av generalløytnant William Gott, som døde før han fikk overtatt kommandoen. Etter Gotts død ble generalløytnant Bernard Montgomery utnevnt til ny sjef. Auchinleck fikk senere mye kritikk av Montgomery og Churchill.