Etter at han forlot fortsatte Baker å spille, hovedsakelig på teateret. Han spilte Doktoren en gang til i veldedighetsspesialen i 1993. Han spilte også en doktor-aktig person i BBVs videoserie så vel som i et BBV-drama kalt . Han har også spilt Doktoren i en rekke hørespill produsert av Big Finish Productions. Hørespillene er generelt godt mottatt av fans som mener at det var dårlige manuskript som Bakers periode i led av og at det ikke var hans feil. I en spørreundersøkelse gjort av ble Baker utropt til den beste Doktoren i hørespillene.