Etter Herodes' død i år 4 f. Kr. ble Perea frem til 39 e. Kr. regjert av Herodes Antipas. Han lot Johannes Døperen halshugge i festningen Machaerus. I 39–44 e. Kr. regjerte Herodes Agrippa I over området. Under denne tid ble Perea betraktet som del av Jødeland. Ettersom det rundt Passahfesten stadig var spenninger mellom jøder og samaritaner, foretrakk mange jøder fra Galilea da å ikke legge sin reise til Jerusalem gjennom Samaria, men dro gjennom Perea.