Den andre, og mer omfattende, grunnlovsendringen ble vedtatt av nasjonalforsamlingen 16. november 2001 og var en følge av avtalen de største makedonske og albanske partiene inngikk for å gjøre slutt på den væpnede konflikten mellom den albanske minoriteten og makedonske myndigheter. Grunnloven fikk et nytt preambel der det vektlegges at Nord-Makedonia er en stat for alle dens innbyggere. Albansk ble anerkjent som offisielt språk på nasjonalt nivå, og ethvert språk som tales av mer enn en femdel av befolkningen i en kommune blir offisielt innenfor offentlig virksomhet i kommunen. Det ble nedfelt spesielle parlamentariske prosedyrer som krever dobbelt flertall i saker som særlig angår minoritetene (språk, kultur, utdanning, symboler), det vil si at slike saker for å bli vedtatt også trenger et flertall av stemmene fra minoritetsrepresentantene i parlamentet. Nasjonalforsamlingen ble tilført en ny Komiteen for interetniske valgt av og blant forsamlingens medlemmer. Denne har lik representasjon av makedonere og albanere, samt en representant for tyrkere, vlacher, roma, serbere og bosniere. Videre ble det gjort endringer for å sikre minoritetsrepresentasjon i offentlig forvaltning. Endringene medførte også vidtrekkende overføring av myndighet fra sentralregjeringen til kommunene. Grunnlovsendringene vedtatt av nasjonalforsamlingen 7. desember 2005 gjaldt landets rettssystem og hadde som mål å styrke rettsapparatets uavhengighet og effektivisere dets arbeid. Etter disse endringene er ikke lenger dommere og statsadvokater utnevnt av nasjonalforsamlingen men av to uavhengige råd.