Handagard ble født i Kristiansund og vokste opp der og i Bergen. Han ble cand.med. i 1905, og fikk i 1907 Kongens gullmedalje for en avhandling om norske plantenavn. Samme året fikk han også en pris for den første nynorske læreboka i helselære, . Boka kom etterhvert i mange opplag. Han var gift med Sara Thingulstad (1879-1958). De møttes da hun var 15 år gammel og ble hemmelig forlovet året etter.