Spillet begynner med at Alex får et mareritt angående sin yngre bror, Josh, før Alex våkner i førerhuset på en lastebil kjørt av Travis Grady - hovedpersonen fra Silent Hill: Origins, som gir ham skyss til Alex sin hjem-by Shepherd's Glen. Hjemme oppdager Alex moren sin i en katatonisk tilstand, og at faren og broren Josh har forsvunnet. Alex oppdager snart at mange flere mennesker har forsvunnet i Shepherd's Glen. Samtidig som Alex utforsker hjem-byen blir han vitne til at både ordfører Bartlett og Dr. Fitch blir myrdet av monstre i Otherworld, og både ordføreren og doktoren har barn som er savnet. Alex allierer seg med assisterende Sheriff Wheeler i Shepherd's Glen.