Akhnaton var tredje sønn av Amenhotep III og hans førstedronning Teje. Han var opprinnelig ikke ment å være tronfølger, men inntok denne rollen etter sin eldre bror Thutmoses uventede død. Det har også vært hevdet at han ikke hadde eldre brødre, men dette er ikke allment akseptert. Han etterfulgte sin far på tronen da denne døde på slutten av sitt 38-årige regime. Hans førstehustru Nefertiti er i moderne tid verdensberømt for sin utsøkte malte byste, utstilt i i Berlin, og er blant de mest kjente kunstverker fra oldtiden.