Som en talsmann for demokratiske reformer og tsjekkisk selvstyre innenfor Østerrike-Ungarn ble Masaryk valgt to ganger til Reichsrat (det østerrikske parlamentet), første gangen fra 1891 til 1893 i Det unge tsjekkiske partiet, og på nytt fra 1907 til 1914 for Tsjekkisk realistparti, som han selv hadde opprettet i 1889 sammen med Karel Kramář og Josef Kaizl. Med utbruddet av den første verdenskrig begynte Masaryk igjen å arbeide for tsjekkisk uavhengighet i union med Slovakia. Sammen med Edvard Beneš og Milan Rastislav Štefánik, besøkte Masaryk en rekke vesteuropeiske land og fikk støtte fra innflytelsesrike skribenter.