Flere i mengden skrek skjellsord mot Savonarola og hans to feller, som stod barføtte med hendene bundet mens de ble glattbarbert. En prest skal ha spurt Savonarola hvordan han kjente seg, og hans siste ord var: «Herren har lidd mer enn meg.» Fra Salvestro og Fra Domenico ble hengt først, langsomt og pinefullt, før Savonarola klatret opp stigen mellom dem. Bøddelen gjorde narr av ham og skal ha forsøkt å forsinke hans død, slik at flammene skulle nå ham mens han ennå var i live; men Savonarola døde av kvelning. Varmen fra flammene fikk hans hånd til å bevege seg som om han velsignet de fremmøtte. Noen brast i gråt; andre lo og danset og kastet stein på de som dinglet i ilden. Asken av de tre ble kastet i Arno-elven.