Forurensning fra avsaltingen er et miljøproblem. I andre enden av avsaltingsprosessen slippes sterk saltsuppe fra ferskvannet. I tillegg til salt inneholder den sterke konsentrasjoner av andre stoffer som finnes naturlig i sjøvann – mangan, bly og jod, og dessuten rester av utslipp fra mennesker, for eksempel nitrater.