Nazarbaev erstattet Kolbin den 22. juni 1989, som til tross for sitt embedtskontor, egentlig hadde liten autoritet i Kasakhstan. Han var leder for det øverste sovjet (statsoverhode) fra 22. februar til 24. april 1990. Nazarbaev ble valgt til president i Kasakhstan av det øverste sovjet i Kreml den 24. april. Han vant presidentvalget 1. desember 1991, og fikk 91,5% av stemmene i et valg hvor ingen annen kandidat vågde å stille som presidentkandidat, mot ham.