Andre verdenskrig avbrøt Filharmoniens virksomhet og frarøvet orkesteret mye av dets prominens i Europas musikkliv. Halvparten av orkesterets medlemmer mistet livet under krigen, mens den elegante filharmonibygningen ble bombet til ruiner. Orkesteret gjenopptok sin virksomhet i 1947, og i 1955 ble det gjort til Polens nasjonalorkester, etter at filharmonien samme år hadde blitt gjenoppbygd (skjønt i helt ny stil). I de senere år ble orkesteret forstørret, samtidig som det med sitt høye artistiske nivå på ny kunne innta plass som en av Europas fremste symfoniensembler.