Niinistö var styreformann i Den europeiske bank for gjenoppbygning og utvikling 1999–2000 og medlem av den rådgivende komiteen for penge- og finanspolitikk i Det internasjonale pengefondet 2000–2001. Etter tiden som Finlands finansminister var han visepresident i Den europeiske investeringsbank i Luxembourg 2003–2007.