Etter noe frem og tilbake ved Goa vendte Albuquerque sin interesse mot Malakka-sultanatet, som ble erobret av portugiserne den 24. august 1511 etter harde kamper. I 1512 satte Albuquerque igjen kursen tilbake mot Malabarkysten, men underveis ble flåten hans rammet av uvær: Hele krigsbyttet fra Malakka gikk tapt, og Albuquerques flaggskip havarerte.