I 1692 ble Francke professor i østerlandske språk ved universitetet i Halle og dermed pastor i Glaucha (en forstad til Halle). I 1698 byttet han nevnte professorat mot et teologisk ved samme universitet. Gjennom sin virksomhet som prest og akademisk lærer utøvet han stor innflytelse og ble ved siden av Philipp Jacob Spener, hvis bekjentskap han hadde gjort i 1689, en av den såkalte pietismens grunnleggere. I 1695 etablerte han en fri- og fattigskole og et par andre skoler og i 1697 en latinskole. Med fattigskolen forente han en anstalt for far- og morløse barn, og da plassen snart ble for liten for det store antall som ble meldt inn til skolen, la han den 24. juli 1698 ned grunnstenen til Waisenhuset i Halle, i det han stolte på at midler til å fullføre bygget skulle komme gjennom frivillige bidrag. Hans regnestykke slo til, og i 1701 var bygget ferdig. Ved Franckes død var det 100 gutter og 34 jenter i Waisenhuset og ved samtlige anstalter ble over 2200 barn undervist av 167 lærere og 8 lærerinner.