Det er bevarte lite informasjon om Agesilaos' første år. Han ble født med en fot som var kortere enn den andre, var han ikke forventet å etterfølge på tronen i Sparta etter sin eldre bror Aigs II, særlig ettersom broren hadde en sønn, Leotykhidas. Han ble derfor trent og undervist i Spartas tradisjonelle fag, Agoge, men da Leotykhidas ble skjøvet til side som illegitim (samtidens rykter hevdet at han var en sønn av atheneren Alkibiades) ble Agesilaos brått konge i en alder av rundt førti år i 401 f.Kr. I tillegg til spørsmål om hans nevøs farskap, var Agesilaos etterfølgelse på tronen i stor grad medvirket grunnet press fra den spartanske hærfører Lysandros. Sistnevntes grunner var antagelig at han håpet å få et villig redskap som kunne underordne seg hans egne politiske ambisjoner. En annen årsak kan ha vært at Lysandros hadde hatt et intimt forhold til den Agesilaos, hvilket var vanlig for perioden og Sparta. Pederasti var et sosialt anerkjent seksuelt forhold i antikkens Hellas mellom en eldre mann og en yngre mann (). Dette forholdet fikk en betydelig rolle under Agesilaos' senere militære kampanjer i Anatolia.