Klubben spilte i 1. divisjon i 1999, hvor de rykket ned på overtid i siste serierunde 17. oktober 1999. I siste serierunde måtte Lofoten vinne borte mot Sogndal, samt at Byåsen og Skjetten måtte spille uavgjort for at Lofoten ikke skulle rykke ned. Laget slo Sogndal 0–2, og i kampen mellom Byåsen og Skjetten sto det 1–1 etter 90 minutter. Men på overtid scoret Jens Petter Stang for Byåsen og Lofoten rykket ned.