Messene, motettene og den øvrige kirkemusikken er av forholdsvis mindre betydning. Unntaket er messen (1721), som er det første forsøket i en stil som nådde høydepunktet med Johann Sebastian Bach og Ludwig van Beethovens store messer. Dessuten hører en streng og rørende fra ca. 1680 til Scarlattis beste kirkemusikalske verk.