I perioden hvor Benedikt ventet på å bli innsatt i embetet presset han på for å få vestkirken til å anerkjenne det tredje konsil i Konstantinopel (680-81) som økumenisk konsil. Saken ble forkludret og tok lang tid og endte med at Julian av Toledo ikke gikk med på pavens tolkning av konsilets vedtak. Dermed skulle det gå ytterligere noe tid før konsilet ble formelt anerkjent i vest.