Orbitrap-baserte massespektrometre brukes i proteomikk og brukes også i livsvitenskapelig massespektrometri som metabolisme, metabolomikk, miljøforskning, mat og sikkerhetsanalyse. De fleste av dem er grensesnittet til væskekromatografiseparasjoner, selv om de også brukes med gasskromatografi og omgivende ioniseringsmetoder.