Bloemaert var født i Gorinchem som sønn av arkitekt og billedhugger Cornelis Bloemaert, som flyttet med sin familie til Utrecht i 1575, hvor Bloemaert ble opplært av sin far, såvel som Gerrit Splinter (som selv hadde fått undervisning av Frans Floris) og Joos de Beer. Ifølge Karel van Mander lærte han ikke noe særlig av dem.