Ved lov 12. juni 1987 nr. 53 fikk Kongen myndighet til å bestemme at etterforskingen skulle ledes av særskilte etterforskingsorganer i saker hvor embets- eller tjenestemenn i politiet eller påtalemyndigheten var anmeldt for å ha begått en straffbar handling i tjenesten (straffeprosessloven § 67 sjette ledd). Videre skulle det særskilte etterforskingsorganet lede etterforskingen i saker hvor det var påtalemyndigheten som fant grunn til at det ble iverksatt etterforsking mot en av politiets eller påtalemyndighetens embets- eller tjenestemenn for straffbart forhold i tjenesten, eller når en mistenkt selv begjærte etterforsking. I visse nærmere angitte tilfeller skulle SEFO iverksette etterforsking, selv om det ikke var grunn til mistanke om straffbar handling.