I 1528 ga magistraten tillatelse til å oppføre stenboder langs kirkegårdens grense mot Amagertorv. Det var bare fire, men de var forholdsvis store: sammenlagt 80 alen i bredden og i tre etasjer, med de øvre bindingsverksetasjer fremspringende i forhold til grunnmuren. Bodene sto i 200 år og sto imot brannen i 1728. Men de ble fjernet i 1732 da gatene som følge av brannen skulle gjøres bredere og muren til kirkegården ble derfor rykket tilbake.