Skøien reiste tidlig til Christiania for å lære om fotografering. Han fotograferte i Christiania med skiftende adresser og var også ofte i Lofthus i Hardanger. I 1896 køpte han en eiendom ved Adamstuen i Ullevålsveien og kalte stedet for «Skøienlund». På Skøienlund bygde han et stort atelier og her utførte han alt fremkallingsarbeidet selv. Skøien fikk premier på utstillinger i inn- og utland. Han fotograferte en serie landskapsbilder på minst 234 motiver som ble solgt gjennom bokhandlerne og var beregnet på turister. Skøien var den første som anla et lystrykkeri i Norge. Han må ha fotografert vekselsvis i Christiania og Lofthus, det finnes daterte bilder fra Lofthus fra 1883. Han overtok også B. Schrøders plater fra Lofthus. I 1971 ble platene reddet av Josef Lutro, som fant dem hos den skomakeren Skøien hadde losjert hos og fikk dem plassert i Hardanger Folkemuseum i Utne. Den yngste datteren, Joron Margaretha ble boende på Adamstuen som gift. Hun tok hånd om alt Skøiens utstyr og alle glassplatene. I 1955 ga hun platene til Riksantikvaren og selve fotoutstyret til Norsk Folkemuseum. Marthinius Skøien er også representert i billedsamlingen ved Norsk Maritimt Museum og Nasjonalbiblioteket.