Skyggeflåter benytter et bredt spekter av teknikker i et komplekst lagverk, med mål om å skjule aktivitetene sine eller opprettholde plausibel fornektelse. Selv om disse teknikkene er godt dokumenterte og like blant ulike aktører, skaper de utfordringer for myndighetene når det gjelder håndheving, grunnet mangel på koordinering, samarbeid, ressurser eller politisk vilje. Videre opererer skyggeflåter ofte i juridiske gråsoner, ofte på åpent hav utenfor kyststaters jurisdiksjon, noe som gjør arrestasjoner og beslag vanskelige.