Navassaøya har et flateinnhold på 5.2 km². Den ligger 74 kilometer vest for Jérémie i Haiti, 160 kilometer sør for Guantanamo Bay Naval Station og ca. en tredjedel av strekningen mellom Haiti og Jamaica . Øya er lokalisert i Jamaicasundet i Windwardpassasjen i Det karibiske hav. Det høyeste punktet er Dunning Hill på 77 moh, som er 100 meter sør for fyrtårnet og 600 meter øst for Lulu Town. Øya har åtte kilometer med kystlinje og har et tropisk klima . Navassaøyas terreng består for det meste av korall og kalkstein, og har mange hvite klipper på 9 til 15 meters høyde.