Etter krigens utbrudd virket Kessel ved den tyske utenriksstasjon i Genève. Han bisto den tyske opposisjon under nazismen og den annen verdenskrig med å forbli i en slags kontakt med den fri verden. Han tilhørte imidlertid ikke den såkalte Kreisauer Kreis an . Han støttet opp venner som tilhørte den hemmelige opposisjon, blant annet Adam von Trott zu Solz og Eduard Brücklmeier, med kritiske analyser og vurderinger av den politiske situasjon.