Moczar ble særlig kjent for sin rolle under protestene i 1968. Moczar brukte det som opprinnelig var studentprotester som et påskudd til å organisere en antisemittisk kampanje som rettet seg mot det han kalte en «sionistisk infiltrasjon», og ble den ledende kraft i fjerningen av jøder fra viktige posisjoner i samfunnet. Samtidig anklaget han jødiske studenter for å være ansvarlige for studentprotestene. Kampanjen førte til en masseemigrasjon av polske jøder i 1968.