Marsdal satt i landsstyret til Ungdom mot EU fram mot folkeavstemningen i 1994. Han var medlem av sentralstyret til Rød Ungdom fra 1996 til 1998. Han var med på å etablere Stiftelsen Manifest i 2003 og har siden vært styreleder. Marsdal var leder av Attac Norge i perioden 2005–2006 og er i dag partipolitisk uavhengig.