San Martín måtte gi etter for Bolívars politiske idéer for Perú, siden Bolívar ikke ønsket noe nytt monarki, men ønsket heller å opprette republikker i de tidligere koloniene. San Martín skal også ha ment at den peruanske visekongens hær var for mektig til at bare hans eller Bolívars hær kunne ha beseiret den. Dermed overtok Bolívar San Martíns styrker, samt den fullstendige frigjørelsen av Perú.