Toppseriedebuten kom for Brøndby sent i 1986. Han spilte tre sesonger i Brøndby, før han gikk til Bayer Uerdingen for 650 000 pund. Debuterte i Bundesliga 28. juli 1989 mot FC Hamburg (3-0, hjemme, ca. 10 000 tilskuere). Etter bare én sesong betalte Bayern München to millioner pund for Laudrup. Dette var rekord for overganger internt i Tyskland. Denne perioden spilte han virkelig bra, og ryktet begynte å gå. Franz Beckenbauer uttalte at Laudrup var det største talentet han noensinne hadde sett. Sesongen 1991/92 var preget av en kneskade, og han måtte reise til USA for å operere. Dette resulterte i måneder med hvile, men han ble likevel kalt inn til landslagstroppen. Etter at Danmark vant EM i 1992, ble Laudrup kåret til verdens 5. beste spiller i FIFAs offisielle kåring.