I noen utviklingsland har produksjon av biodiesel ført til at matvarer har begynt å bli dyrere. Grunnen er at i bestemte strøk, som for eksempel i Mexico, er store landbruksflater blitt omstilt fra matvareproduksjon til drivstoffproduksjon, og dermed er matvareproduksjonen blitt mindre. Dette gjelder riktignok ikke bare biodiesel, men alle drivstoffer som blir produsert på dyrket mark. Videre har det blitt pekt på at B2 og B5 inneholder henholdsvis 98% og 95% petroliumsbasert diesel.