Bandelier ble født i Bern i Sveits. Da han var ung emigrerte han til Amerika. Som en ung mann jobbet han ulykkelig hans families forretning. Under veiledning av den pioneerende arkeologen Lewis Henry Morgan fikk han stipend, mer nøyaktig til arkeologisk og etnisk jobb blant indianere i den sørvestlige delen av USA, Mexico og Sør-Amerika. Da han begynte å studere i Sonora (Mexico), Arizona og New Mexico, ble han den ledende autoriteten innen regionens historie.