De største elvene i Tsjukotka er: Anadyrelva – med sideelvene Belaja, Tanyurer, and Velikaya. Anadyrelva renner østover og ut i Anadyrbukta. Omolon, Bolsjoj Anjuj og Malyj Anjuj som renner vestover inn i elven Kolyma. Rauchua, Chaun, Palyavaam, Pegtymel, Chegitun og Amguema som renner nordover og ut i havet.