Fredrikstads bekymringer skulle vise seg å ikke være uten grunn. Mindre strøm i Glomma hadde gjort at det var stadig enklere å seile opp til Sarpsfossen. Dermed mistet Fredrikstad sitt største fortrinn, at de var havnebyen. Allerede i 1845 var Sarpsborg blitt Norges nest største trelasthavn, takket være stor vekst hos sagbrukene ved Sarpsfossen. I 1860 mistet imidlertid sagbrukene ved fossen eneretten til å skjære tømmer, og Fredrikstad styrket seg på ny som skipshavn. Et nytt slag kom i 1879, da Østfoldbanen åpnet med trasé via Fredrikstad, noe som er en betydelig omvei som svekket Sarpsborgs nærhet til Moss og Oslo. På 1900-tallet opplevde industrien i både Fredrikstad og Sarpsborg enorm vekst. Borregaard i Sarpsborg var i 1909 blitt Norges største bedrift, en tittel Sarpsborgs hjørnesteinsbedrift beholdt i over 60 år til Hydro ble større på 1970-tallet. Fredrikstad og Sarpsborg opplevde stor tilflytting av unge mennesker, noe som la grunnlaget for en enorm oppblomstring av fotballklubber. Etter fotballens inntog i 1903 ble den hovedarena for byrivaliseringen.