Støren gikk tidligere helt opp til Wien, men etter byggingen av demningene ved Jernporten er det ikke lenger mulig. Enkelte arter er endemiske som for eksempel donauniøye. Støttet av forsterkete landskapsvern og gjenvinning av naturområder i Donaus nedbørfelt har sjeldne fiskeslag fått bedre levevilkår fremfor alt i Tyskland og Østerrike. Slik ble den antatt utryddete hundefisken gjenoppdaget i 1992. Forøvrig finnes i elven bl.a. belugastør, karpe, maller, piggfinnefisker og donaulaks.