Liket hennes ble funnet klokken 10:45 den 9. november 1888 av hennes huseier, John McCarthy, sin assistent Thomas Bowyer. Politiet ble kontaktet og inspektør Walter Beck ankom åstedet sammen med McCarthy og Bowyer kort tid senere. Beck lot være å gå inn i Kellys rom og tilkalte blodhunder for å mulig spore opp drapsmannen, men han visste ikke at hundene ikke lenger var i London.. De ventet i to timer på hundene før de brøt seg inn i rommet klokken 13:30. Kellys lik lå naken, oppskåret og blodig, på rygg i sengen. Lemlestelsen av liket hennes var den mest brutale av alle Jack the Rippers drap, trolig muliggjort av at han kunne utføre udåden i et privat rom og ikke på gaten, samt at han hadde mer tid til rådighet siden han ikke ble forstyrret. Hals, bryst, mage, buk og kjønnsorgan var oppskåret og organene var tatt ut og spredt rundt. Ansiktet var vansiret og gjort ugjenkjennelig.