Den første bruken av Merlin 1B skulle være på Falcon 9-bæreraketten, på hvis første etappe det ville ha vært en klynge på ni av disse motorene. På grunn av erfaring fra Falcon 1s første flyvning, flyttet SpaceX sin Merlin-utvikling til Merlin 1C, som er regenerativt avkjølt. Derfor ble Merlin 1B aldri brukt på en bærerakett.