I 968 ble bispedømmet Meissen grunnlagt og fikk sete i byen. Byggingen av domkirken i Meissen begynte i 1260 på den samme åsen som Albrechtsburg nå ligger. Plassmangel førte til at domkirken ble en av de minste i Europa. Kirken er i dag kjent som et av de beste eksemplene på gotisk arkitektur. Det katolske bispedømmet ble undertrykt i 1581 etter at det aksepterte protestantismen under reformasjonen (1559). Det ble gjenopprettet i 1921 med sete først i Bautzen og i dag i Katholische Hofkirche i Dresden.