Han ble født i Jølster som sønn av sogneprest Gunnar Bondevik og hustru Maine Cröger Tschudi. Familien flyttet til Lom i 1936 og til Oslo i 1946. På farssiden av slekten er han tremenning av biskop Odd Bondevik og statsminister Kjell Magne Bondevik, og på morssiden er han nevø av teolog Stephan Tschudi. Han giftet seg i 1954 med sykepleier Margareth Røstad.