Det er flere konspirasjonsteorier om angrepene. Enkelte går ut på at det var andre enn Al-Qaida som stod bak, andre hevder amerikanske myndigheter stod bak og noen mener amerikanske myndigheter visste om angrepet på forhånd, men valgte å ikke stoppe det. Motivene for en innblanding fra amerikanske myndigheter hevdes å være politiske og økonomiske interesser i Irak og Afghanistan. Ytterligere konspirasjonsteorier hevder at f.eks Illuminatus-ordenen, Bilderberg-gruppen eller Council on Foreign Relations står bak.