Universitetets var inntil 1946 det eneste i landet, men fikk allerede fra 1859 sterk konkurranse på enkelte felt fra Norges landbrukshøyskole på Ås, og fra 1910 også fra Norges tekniske høgskole i Trondheim. Landbrukshøyskolen fikk landets andre professorat i økonomi, og utfordret forøvrig universitetet innen naturfagene. Den tekniske høyskolen i Trondheim ble helt enerådende innen ingeniørfagene, og spesielt viktig etter at USA stengte for norske studenter midt i 1920-årene. Fram mot første verdenskrig ble det stadig tydeligere at Det Kongelige Frederiks Universitet distanserte seg fra de mer praktisk orienterte fagutdanningene, og overlot dette til andre læresteder.