Egeland er oppvokst i Stavanger og er sønn av den norske politikeren Kjølv Egeland. Egeland engasjerte seg i internasjonale og menneskerettighetsspørsmål i ung alder. Hans søster er litteraturforskeren Marianne Egeland. Han er onkel til fredsforskeren Kjølv Egeland. Jan Egeland var gift med Ap-politikeren Anne Kristin Sydnes (død 2017).