Den 27. november 1969 ble han utnevnt til apostolisk pro-nuntius til Uganda. I løpet av sin tid der ble han i oktober 1973 anklaget av Ugandas president Idi Amin for å være spion for det amerikanske CIA, ettersom han reiste rundt i hele landet uten autorisasjon og spredte rykter for å diskreditere regjeringen. Idi Amin hadde etter kort tid ved makten begynt med utrenskninger av folk han mente stod ham imot; i den tiden erkebiskop Bellotti var postert i landet opplevde han at det blant annet gikk ut over lango- og acholifolk Dette var også den tiden da Idi Amin utviste særlig indiskættede og andre asiater fra landet.