Etterhvert har Southwest utviklet et rutenettverk som spenner over hele USA. Nettverket har ingen store flyplassentra der de fleste rutene går ifra, i stedet er det flere punkt-til-punkt ruter. Selskapet forsøker fortrinnsvis å unngå flyplasser der det er høye avgifter i et forsøk på å holde kostnadene nede. Dette gjør at de for eksempel bruker den mindre MacArthur flyplassen midt på Long Island for å betjene New York.