Lufthavnen inngår i et tett samarbeid med lufthavnen i Luqa på Malta. I forbindelse med privatiseringen av lufthavnen i Bratislava i Slovakia, tilbød Wiens lufthavn som en del av et konsortium å overta Bratislavas lufthavn. Konsortiet vant konkurransen, men etter politisk press fra den nye regjeringen i Slovakia i 2006, besluttet landets konkurransemyndigheter å erklære avtalen for ugyldig.