Det er gjort gravfunn på gården som trolig stammer fra jernalderen, og det er også gjort en rekke funn fra steinalderen. Husene på Harnes lå samlet i et klyngetun frem til utskiftingen i 1861. Da ble garden delt opp i syv gårder, Bergan, Nystauå, Ingebrigtstauå, Skjesvolla, Myra, Masstauå og Gjerdet. Harnes lå i Sandøy kommune frem til sammenslåingen med Ålesund i 2020.