Pater Nicolás var fra 2004 og frem til valget leder for jesuittenes ledelseskonferanse for Øst-Asia og Oseania, Jesuit Conference for East Asia and Oceania (JCEAO), med sete i Quezon City på Filippinene. Umiddelbart før dette arbeidet han i tre år i et fattig innvandrersogn i Tokyo, der han levde blant og var sjelesørger for filippinske og andre asiatiske innvandrere.