LGB Alliances holdning overfor transpersoner har skapt en konflikt med trans-inkluderende organisasjoner. Noen av dem har gitt uttrykk for at formålet med å opprette organisasjonen ikke var å kjempe for homofile, lesbiske og bifiles rettigheter, men å diskreditere arbeidet med å fremme transpersoners rettigheter. Under en Pride-parade i Manchester i 2021 ble en mann jaget bort fordi han hadde en hatt og en t-skjorte med logoen for LGB Alliance.