Aquino ble avløst som president av Rodrigo Duterte 30. juni 2016, etter å ha tapt valget 9. mai samme år. Aquino vendte tilbake til foreldrenes bolig i Times Street i Quezon City. Han ytret seg ikke om sin etterfølgers styre, og var sjelden å se i offentligheten. Skjønt i november 2016 overvar han en konsert i Rizal Park og sluttet seg til protesterende i forbindelse med begravelsen av Ferdinand Marcos på den nasjonale æresgravlunden. I februar 2017 var han med på 31.-årsminnet for People Power Revolution ved å marsjere til People Power Monument og delta i protestene mot Marcos.