I 1988 ble Damallsvenskan til, og Malmö begynte med en tredjeplass både i serien og i sluttspillet. Deretter gikk Malmö FF gradene til andreplass (både serie og sluttspill) og i 1990 seier, både i serie og i sluttspill. Malmö vant også Svenska cupen det året. Malmö fulgte opp i 1991 med seier i serie og sluttspill, men lyktes ikke i cupen. Til gjengjeld vant laget Nordisk mesterskap for mesterlag det året. 1992 ble et hvileskjær i serien, og laget endte på tredjeplass. Imidlertid forsvarer MalmÖ FF Dam det nordiske mesterskapsgullet. I 1993 og 1994 vant laget serien (i 1993 ble sluttspillet sløyfet). I 1994 vant Malmö også det nordiske mesterskapet. Imidlertid var dette også det siste året (per februar 2010) at Malmö vant serien. Etter hederlige plasseringer i 1995 og 1996, vant Malmö FF cupen en siste gang i 1997. Imidlertid var Malmö stadig rett bak vinneren.