Det ble umiddelbart satt i verk en omdannelse av landet till en sovjetrepublikk, det ble avholdt valg til en ny Sejmas hvor bare kommunistpartiet kunne stille lister, all eiendom ble inndratt og Den litauiske sosialistiske sovjetrepublikk ble tatt opp som republikk i Sovjetunionen av Det øverste sovjet 3. august. Litauisk litas opphørte som valuta, og ble formelt trukket tilbake våren 1941. Alle religiøse, kulturelle og politiske organisasjoner ble forbudt, bortsett fra kommunistpartiets organisasjoner. Rundt 12 000 personer ble umiddelbart arrestert som «folkefiender». Under den store deportasjonen i juni 1941 ble anslagsvis 17 000 personer deportert til arbeidsleirer i Sibir.