Siden 1503 hadde Staupitz vært generalvikar for augustinereremittenes observantkongregasjon (OESA), et verv han beholdt til 1520. I Nürnberg (25. mai 1503) sørget han for at kongregasjonen fikk nye konstitusjoner), og sørget for at den ble uavhengig av augustinereremittenes ordensgeneral ved å få den tilsluttet til den lombardiske observantkongregasjon (Vercelli-unionen 20. april 1505). Men paven annullerte dette året etter (22. mars 1506).