Ettertiden har framstilt Jovianus som en troende kristen som opphevet Julianus’ begrensninger mot de kristne. Isteden tyder kildene på at han trådte forsiktig i religiøse spørsmål i de første månedene av sin keisertid. Eunapios sier i sitt verk om filosofers biografier at Jovianus fortsatte å ære Maximos og Priskos, de nyplatonistiske rådgiverne til Julianus, og da han ankom Tarsus på sørkysten av Anatolia, fikk han utført gravritualene for den døde keiseren. Derimot, da han var ved Antiokia ved Orontes, hvor de kristne skal ha danset i gatene i glede over Julianus’ død og forbannet ham, skal Jovianus i oktober 363, i henhold til den senere kronikøren Johannes fra Antiokia, på oppfordring av sin kone ha fått brent ned et tempel som var bygget av Hadrian og som Julianus hadde omgjort til et bibliotek. Om dette er en grunnløs fortelling ment for å glede kristne eller som en hedensk fornærmelse er vanskelig å avgjøre. «De kristne hadde glemt evangelienes ånd, og hedningene hadde tatt til seg kirkens ånd,» skrev Edward Gibbon sarkastisk om tiden under Julianus.