Kodzjent er en av de eldste byene i Sentral-Asia. Den lå langs Silkeveien fra Kina til Europa, og markerte en av ytterpostene til Aleksander den store. Aleksander den store bygde her festningen Alexandria Eskhat (det ytterste Aleksandria). Byen ble tatt av araberne i 711, av Djengis Khans styrker i 1220, og som en del av Kokand-khanatet av russerne i 1866. Byen og området rundt tilhørte Usbekistan fra 1924 til 1929.