I juni 1998 overførte Panamas regjering kontrollen til det private (PCRC), et joint venture mellom Kansas City Southern Railroad og de private Lanigan Holdings, LLC. Det gjenoppbygde prosjektet transporterte containere som et supplement til godstrafikken. To containerterminaler ble bygget, på atlanterhavsiden nær Manzanillo International Terminal (Colón), og på stillehavsiden næ Balboa havn. Den eneste passjerteminal ligger Colón (Atlantic Passenger Station) og Corozal jernbanestasjon, 9 km fra Panama city.