Den greske filosofen Themistios, som hadde virket under en rekke keisere, møtte Jovianus før hans død i Dadastana. Ved denne anledningen holdt Themistios en tale som han senere gjentok i Konstantinopel og hvor han hevdet at Jovianus ga full frihet til å praktisere hvilken som helst religion. Det synes å bekrefte at Jovianus tilbakekalte Julianus’ ikke-kristne bestemmelser, men framfor å komme med tilsvarende restriksjoner mot hedninger, besluttet han å erklære religiøs toleranse. Kristne lærere kunne igjen undervise, og ettersom også ikke-kristne kunne praktisere sin tro, var det ingen opposisjon. Kun trolldom, magi og spådommer var forbudt og straffbare. Jovianus sto fram som en pragmatiker. Selv om han var kristen og tilhenger av den nikenske trosbekjennelse, bestemte han seg for å fjerne religion fra sentrum av imperiets politikk. Ingen skulle stilles utenfor posisjoner i administrasjonen grunnet religiøs tro, verken kristne, greske eller romerske.