Spillet foregår i fantasiverdenen Eora, for det meste i nasjonen Dyrwood. Flere nyfødte i Dyrwood viser seg å være «hollowborn», som betyr at de mangler sjel. Spillet begynner med at hovedpersonen, en utlendig på reise, gjennom en ødeleggende overnaturlig hendelse, blir en «Watcher» som kan se forbi menneskers liv og kommunisere direkte med deres sjel. Spillets mål er å finne ut hva som har ført til denne oppvåkningen og å løse problemet med de nyfødte uten sjel.