Andres Bonifacio, da 34 år gammel, ble deretter stilt for militærdomstol i Maragondon, Cavite. Han og broren Procopio ble holdt fanget i kirken i Maragondon. Han ble anklaget for forræderi og for kuppforsøk. Ett vitne sverget under ed at Bonifactio hadde tilbudt ham ti peso for å drepe Aguinaldo. Noen versjoner av rettssaken mener at Bonifacio ikke ble innrømmet full anledning til å forsvare seg. Den 8. mai ble han og hans bror dømt til døden. Mandag den 10. mai førte general Lazaro Makapagal og fire soldater brødrene Andres og Procopio opp mot Nagpatongfjellet, og henrettet dem.