Fylkeshovedstaden med samme navn var tidligere landets hovedstad. Punakhas Dzong, det administrative og religiøse senteret i fylket er Je Khenpos vinterresidens. Siden ca. 1680 har tempelet også vært hvilested for levningene etter Shabdrung Ngawang Namgyal, landets grunnlegger. Kroningen av kong Ugyen Wangchuck i 1907 skjedde også her. Dzongen var også kongens vinterresidens fram til 1955.