Landet har tre distinkte klimasoner: De høye Himalaya-nære nordlige (særlig nordvestlige) delene av landet har et arktisk klima, med julitemperatur opp til 5° C, og lite nedbør. En temperert sone, hvor blant annet hovedstaden Thimpu ligger, med høyder mellom 2 000 og 4 000 moh. Varm sommer, nattefrost om vinteren. Monsunregn, 600-1400 mm nedbør årlig. Temperaturer mellom 15° C og 26° C i juni-september; fra -4° C opp til 16° C i januar. En tropisk sone i lavland og skråninger opp til 2 000 moh lengst sør i landet, ca 50 km bred. Lang, varm og våt sommer, kort og tørr vinter. Sommermonsun og inntil 2 500 mm nedbør årlig. Angivelig nedbørsrekord ca 7 800 mm. Temperaturer mellom 15° C og 30° C året rundt, noen ganger opp mot 40° C om sommeren.