Få dager før presidentvalget i desember lovte han å donere mesteparten av sin personlige formue til veldedige formål, noe han også gjorde etter å ha blitt innsatt. Valgkampløftene hans dreide seg i hovedsak om å revitalisere økonomien, styrke forholdet til USA og «ordne opp med» Nord-Korea. Målene hans for økonomien ble oppsummert i «747-planen»: 7 % årlig vekst i BNP, 40 000 amerikanske dollar i BNP per innbygger og Sør-Korea som verdens syvende største økonomi. Til tross for den laveste valgdeltagelsen noensinne i et sørkoreansk presidentvalg, ble Lee valgt den 19. desember med 49 % av stemmene, hvilket ble regnet som et valgskred. Motkandidatene, Chung Dong-young fra Det demokratiske partiet og den partiløse konservative Lee Hoi-chang, fikk henholdsvis 26 og 15 % av stemmene. Lees valgseier avsluttet de liberales ti år lange regjeringsperiode under presidentene Kim Dae-jung og Roh Moo-hyun.