I oktober 2009 annonserte det australske selskapet Toll Holdings at det hadde inngått en avtale om å drive jernbanene i Kenya og Uganda og erstatte RVRC. Konsortiet hadde blitt kritisert for fallende godstrafikk i de to årene etter overtakelsen. RVRC på sin side hevder at nedgangen skyldes at infrastrukturen var i dårlig stand samt ødeleggelsene under opptøyene i Kenya 2007–2008. Etter overtagelsen ledes virksomheten av folk fra Tolls datterselskap, Patrick Defence Logistics.