Link samler de tre steinene og returnerer til slottet, men oppdager at Ganondorf har gått til aksjon og forsøkt å kidnappe prinsessen. Han blir vitne til at Zelda flykter til hest med Ganondorf like bak. Idet hun forlater slottet får hun øye på Link og kaster Ocarina of Time i slottsvollgraven. Link plukker opp okarinaen og Zelda lærer ham «Song of Time» ved hjelp av telepati. Denne sangen, kombinert med de tre steinene, tillater Link å åpne døren i «Temple of Time», som fører til Sacred Realm. Bak døren finner Link Master Sword, et magisk sverd som ble støpt for å bekjempe ondskap. Idet han trekker Master Sword fra sin sokkel, dukker Ganondorf opp etter å ha fulgt etter Link til den nå åpne døren og tar til seg Triforcen.