Københavns første apotek var Svaneapoteket etablert i 1546. I årene i mellom hadde Viborg, Kolding, Århus og Helsingør fått apoteker med bevilling. En forordning fra 1619 fastsatte apotekernes virkeområde i forhold til leger, kirurger og «empirikeres», og gjorde apotekene til en del av helsevesenet. Apotekene skulle inspiseres to ganger årlig av en lege. Kjemikalier skulle oppbevares på avlukkede steder og ikke overlates til uvedkommende. Apotekerne fikk forbud mot å behandle innvortes sykdommer, og de skulle adlyde legene. I 1672 kom en ny forordning om leger og apotekere, der ble det bestemt at apotekere måtte inneha kongelig «bestallingsbrev» (utnevnelse), fullføre eksamen og avlegge ed til kongen. Apotekerne skulle ikke drive legepraksis. Deres arvinger fikk rett til å videreføre driften, forutsatt at de tok eksamen og avla ed. Christiania fikk sitt første apotek, Svaneapoteket, i 1628, etablert av tyskeren Baltazar Brabant. Trondheim fikk sitt første apotek, Løveapoteket, i 1661.