Stam startet i den lokale klubben DOS Kampen. I 1992 begynte den profesjonelle spillerkarrieren for Stam. Da ble han solgt til FC Zwolle, hvor han ble til 1993. I 1995 kom han til Willem II. Etter en 1–0-seier over Ajax, så kjøpte PSV Eindhoven ham, og her ble han fra 1996 til 1998. I PSV scoret han 11 mål. To år senere, i 1998, så ble han solgt til Manchester United. Stam spilte tre sesonger i United, og han vant både Premier League, FA-cupen og Mesterligaen.