Ved alvorlige epidemier kom kommisjonen sammen og administrerte hjelpearbeidet. Når epidemien var over ble kommisjonen oppløst. Ved sunnhetsloven av 16. mai 1860 ble byene pålagt å opprette en fast sunnhetskommisjon, og karantenekommisjonen ble lagt inn under sunnhetskommisjonen. Når sunnhetskommisjonen behandlet karantenesaker, skulle den utvides med en tolloffiser og en sjødyktig person. Ved slike situasjoner stod karanteneloven over sunnhetsloven, og isolasjonbestemmelsene ble skjerpet, blant annet ble de syke pliktige til å la seg isolere dersom kommisjonen ønsket det.