Det hele endte med at major Ziaur Rahman, en dekorert bengalsk krigsveteran, erklærte Bangladesh for uavhengig på vegne av Mujib som hadde måttet flykte til India. En geriljakrig brøt ut og varte i ni måneder. Bengalske avdelinger i det pakistanske heimevernet gjorde mytteri. Omkring 1 million flyktet til India under urolighetene og vestpakistanske styrker massakrerte et stort antall bengalere i 1971. India støttet bengalske frihetskrigere med trening og våpen, og da Pakistans hær begynte å bli svekket og trett av geriljakrigen slo India til 6. desember 1971 med et massivt angrep inn i Øst-Pakistan. I undertall og overrumplet overga den pakistanske hæren seg til India 16. desember i en av de største overgivelsene etter andre verdenskrig, nesten soldater ble krigsfanger. De vestpakistanske soldatene ble deretter beskyttet av indiske styrker mot hevnaksjon. Mujibur Rahman satt internert i Vest-Pakistan og Yahya Khan ønsket ham henrettet. Ali Bhutto kom til makten da nederlaget i Øst-Pakistan var et faktum og Bhutto satte Mujibur Rahman fri. Resultatet var opprettelsen av den nye nasjonen Bangladesh, og Yahya Khan trakk seg som president etter ydmykelsen. Det antas at krigen i Øst-Pakistan kostet 1,5 millioner mennesker livet.