Den er helst å finne i nær tilknytning til vann, og arten er både en utmerket svømmer og dykker, som ofte jakter på byttedyr i vannet. I likhet med tigeren kan den også bade for å holde temperaturen nede. Jaguaren kan også klatre i trær, men på grunn av størrelsen er den ikke like dyktig som leoparden. Jaguar er sjelden å finne over 2 400–2 700 moh, selv om det har blitt observert dyr i høyder opp mot 3 800 meter. Av og til kan man også finne den i relativt åpent lende, så lenge gresset der kan skjule dens bevegelser eller det er berglendt nok til å jakte i skjul. Det store kattedyret er imidlertid nærmest utryddet fra de tørrere områdene i utbredelsesområdet.