Holmsbu har fått navn etter gården Holm (gnr. 23), som mye av tettbebyggelsen ligger på. Navnet er første gang kjent nevnt i 1618. Den danske skrivemåten av navnet var som regel «Holmsboe». Det siste leddet i navnet antas allikevel å være det norrøne ordet , som betyr bod. Det kan ha referert til en sjøbod, eller til ei bu hvor det sto en saltkjele. I eldre norske kilder er stedet gjerne omtalt som Holmsbo, uten «e».