I den bysantinske perioden tilhørte det meste av Frygia til antoliske theme. Det ble oversvømmet av tyrkere i kjølvannet av slaget ved Manzikert i 1071. Bysantinerne ble til sist tvunget til å trekke seg ut på 1200-tallet, men navnet «Frygia» forble i bruk fram til Østromerriket falt sammen i 1453 grunnet muslimenes angrep. Den siste dokumenterte vitnemålet av frygisk språk er datert til 400-tallet e.Kr. og det var høyst sannsynligvis dødd ut ved 600-tallet.