Johansen ble i 1896 utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden «for videnskabelig Fortjeneste.» Han ble tildelt Fram-medaljen, og fikk etter sydpolsekspedisjonen Sydpolsmedaljen. Han var æresmedlem i idrettsforeningen Odd. Hjalmar har også fått en videregående skole i hjembyen Skien oppkalt etter seg, nemlig Hjalmar Johansen videregående skole. I desember 2012 ble det på Solli plass i Oslo satt opp en minneplakett for Hjalmar Johansen, i anledning den nært forestående hundreårsmarkeringen for Hjalmars død. Det norske polarensemblet Hornorkesteret spilte «Hymne til Hjalmar Johansen» under seremonien. Minneplaketten ble stjålet i april 2013.