Margrethe Munthe var det niende barnet i en stor søskenflokk. En av hennes brødre var maleren og tegneren Gerhard Munthe. Faren, distriktslege Christian Pavels Munthe, hadde i alt fjorten barn, men det var 13 som vokste opp. Margrethes mor Christine Margrethe var født Aabel, og Margrethe var kusine av Hauk Aabel.