Parken har navn etter innsjøen Müritz, som har et flateinnhold på 118 km². Det er dog bare østbredden av sjøen som ligger innenfor nasjonalparken. Det er rundt 100 innsjøer i Müritz nasjonalpark, og tallrike mindre tjern og små elver og bekker. Elva Havel har sitt utspring i Müritz-delen av parken, nær vannskillet mellom Østersjøen og Nordsjøen.