Pilatus’ tid som prefekt av Judea ble avsluttet etter en hendelse, i henhold til Josefus. En stor gruppe samaritanere hadde blitt overtalt av en ikke navngitt mann om å gå til fjellet Gerisim for å beskue hellige gjenstander som det ble sagt var gravd ned der av Moses. Men ved en landsby kalt Tirathana, før samaritanerne kunne komme seg opp sitt hellige fjell, sendte Pilatus kavaleri og tungt infanteri, havnet i kamp «med de første ankomne i landsbyen, drepte en del i regulært slag og jagde andre på flukt. Mange fanger ble tatt, av dem henrettet Pilatus lederne og de som hadde mest innflytelse.» Samaritanerne klagde til Vitellius, den romerske guvernør i Syria, som sendte Pilatus til Roma for å forklare sine handlinger ved denne hendelsen til Tiberius. Imidlertid før han ankom Roma var Tiberius allerede død.