En fin 2000/01-sesong ble fulgt opp av nok en solid 2001/02-sesong. Brown spilte da så bra at han fikk plass i s tropp til VM i 2002. Brown spilte bedre og bedre ettersom 2002/03-sesongen forløp, men igjen ble hans prestasjoner overskygget av alvorlige skader. Brown fikk en alvorlig kneskade på sesongens siste dag og returnerte ikke før midtveis i 2003/04-sesongen. Brown avsluttet sesongen i god form. Han var en av banens beste i FA Cup-semifinaleseieren mot Arsenal. Det var etter denne kampen Ferguson igjen innså at Brown var «den beste naturlige forsvarsspilleren» i England. Den respekterte eksperten Alan Hansen var enig og sa at Brown var en «klassespiller». Til tross for dette klarte ikke Brown å overbevise nok til å ta en plass i Englands tropp foran EM i 2004.