Etter at Manuel Satumino da Costa ble takket av den 26. mai 1997, ble Correia gjenutnevnt til statsminister den 6. juni 1997. Denne utnevnelsen ble avvist av Høyesterett i oktober som grunnlovsstridig fordi president Vieira ikke tidligere hadde konsultert parlamentet. En uke senere ble han bekreftet i vervet. Hans andre periode, som varte til 3. desember 1998, ble overskygget av starten på borgerkrigen etter opprøret som hærens stabssjef, general Ansumané Mané, hadde satt i gang da han ble avskjediget i juni 1998. I november 1998 undertegnet regjeringen og opprørerne, som nå kontrollerte store deler av landet, en fredsavtale som holdt i omtrent tre måneder.