Kina under Qing-dynastiet krevde også suverenitet over øya, og Sakhalin var formelt under kinesisk styre fra og med Qing-dynastiet. Men ettersom de kinesiske myndighetene ikke hadde en militær tilstedeværelse på øya, forsøkte folk fra både Japan og Russland å kolonisere øya. Den japanske bosetningen Ootomari ble etablert i 1679. Kartografer fra den japanske Matsumae-klanen laget et kart over øya, og kalte den «Kita-Ezo» (Nordre Ezo, Ezo er det gamle navnet på Hokkaidō). Nertsjinsk-traktaten i 1686 bekreftet Sakhalin som kinesisk territorium. Men Russland startet uansett å okkupere øya, med en hær dannet av straffanger, fra og med 1700-tallet.