Merton var lærer for blant andre Peter Blau, James Coleman, Rose Coser, Alvin Gouldner, Seymour Martin Lipset og Arthur Stinchcombe. I 1994 ble han tildelt the National Medal of Science for sitt bidrag til samfunnsvitenskapene. I 1991 ble han utnevnt til æresdoktor ved Universitetet i Oslo.