Roskilde Fjord er EF-fuglebeskyttelsesområde og EU-habitatområde. Utlegningen av jakt- og forstyrrelsesfrie områder er en konsekvens av fjordens status som EF-fuglebeskyttelsesområde. Av samme grunn er det i hele fjorden, fra Lejre Vig i sør til fjordens utløp i Isefjorden i nord, forbudt med motorbåtsjakt.