Yazdegerd bekjente seg til zoroastrismen og var kjent for sin religiøse fanatisme. Han forbød utøvelse av kristen tro og etter hvert forfulgte og henrettet kristne og i noen grad også jøder. Historikere har hevdet at bare i byne Kirkuk ble 153.000 mennesker massakrert. Forfølgelsen av jøder startet i456.