Melicháreks opphold i Malmö FF var preget av konflikter og kontroversielle enkeltepisoder. Høsten samme år som Melichárek kom til klubben, ble han tatt for kjøring i alkoholpåvirket tilstand i høy hastighet. Kun uker etter ble han av klubben utestengt i en uke etter å ha utført obskøne gester overfor motstanderlagets tilhengere. Med bakgrunn i de to hendelsene vurderte klubbens ledelse heving av kontrakten. Ifølge svenske medier var Melichárek også misfornøyd med sin rolle som andrekeeper i klubben, en rolle klubben ønsket for ham også etter en eventuell overgang for Johan Dahlin. Malmö FF valgte å ikke forlenge kontrakten med Melichárek etter at den løp ut i 2011.