Alta kommune omfatter grovt sett landet rundt Altafjorden. Denne fjorden har mange sidefjorder og bukter, men relativt få øyer. Fjorden avgrenses imidlertid av de to store øyene Stjernøya og Seiland, som begge bare delvis ligger innen kommunens grenser. Mellom Stjernøya og fastlandet finner vi Stjernsundet, mellom Seiland og fastlandet Vargsundet, og mellom de to øyene Rognsundet. Disse tre sundene forbinder Altafjorden med havet. Mot vest skyter den lange og smale Langfjorden inn. Lenger inn i selve Altafjorden finner vi først Isnestoften så Talvik, og lengst inne i sørvest Kåfjorden. På østsiden av fjorden ligger flere mindre fjorder. De viktigste er, regnet fra nord, Lille og Store Lerresfjord, Komagfjord, Korsfjord, Skillefjord, Leirbotn og helt i sørøst, Rafsbotn. Årøya er eneste øy av betydning inne i fjorden, og ligger mellom Skillefjord og Leirbotn, atskilt fra fastlandet av Årøysundet.Mellom Kåfjorden og Rafsbotn lengst inne i fjorden stikker landet litt ut, og her renner Altaelva ut i fjorden. Altaelva danner Altadalen og Storelvdalen, og den betydelige sideelva Eibyelva danner Eibydalen. Litt lenger øst finner vi Tverrelva, som danner Tverrelvdalen, og Transfarelva som danner Transfarelvdalen. Vest for Altadalen renner Mattiselva gjennom Mattisdalen og munner ut i Kåfjorden. Lenger ute i fjorden på vestsiden er Vassbotndalen innenfor Talvik verd å nevne. Midt i dalen ligger Storvatnet. I bunnen av Langfjorden finner vi Bognelvdalen med Bognelva, som skyter rett sørover. For øvrig munner det ut ei lita elv i bunnen av hver av de små fjordene på østsiden av Altafjorden.