St John bygget Thorpe Hall ved Longthorpe i Peterborough mellom 1653 og 1656. Til tross for at han var forsiktig med å delta i politikken under protektoratet var han et medlem av statsrådet fra 1659 til 1660. St John forble lojal til Cromwell under hele protektoratet. Han støttet forslaget å gi kongekronen til Cromwell i 1657 på grunnlag av at en konges makt var definert av loven mens den nye posisjonen som Lord Protector var dårlig definert av loven og derfor potensielt åpent for diktatur. Til sist takket Cromwell nei til kronen.