Selv om kongeriket Böhmen og markgrevskapet Mähren lå begge under habsburgernes styre fulgte de ulik utvikling. Mähren aksepterte de østerrikske habsburgernes arvelig rett til herske over dem og således slapp de unna den stadige striden mellom de lokale jordeierne og Huset Habsburg som kom til å karakterisere Böhmens historie. Habsburgernes fulgte en hard politikk basert på sentralisering som skapte konflikter, og som ble ytterligere komplisert av etniske og religiøse grunner i Böhmen. Et resultat av konflikten var tsjekkerne mistet det meste av deres lokale aristokrati, deres spesielle form for religion, og deres tsjekkiske språk.