Organisasjonen arbeider aktivt på flere steder i verden for å beskytte blant annet seler, haier, havskilpadder og delfiner, men legger mest kraft og ressurser på å stoppe den japanske hvalfangsten i Sørishavet og på å stoppe grindadráp på Færøyene. Gruppen har for nærværende tre skip: M/Y «Steve Irwin», M/Y «Bob Barker» og M/Y «Brigitte Bardot», og med disse skipene skjer det meste av gruppens aktiviteter i internasjonalt farvann. Sea Shepherd har fått både støtte og kritikk i media for sine aksjoner. Sea Shepherd har stort fokus på skape publisitet omkring seg selv og sine handlinger. Siden 2008 har Animal Planet sendt programmet («Hvalkrigen») som følger Sea Shepherds kampanje mot den japanske hvalfangsten.