Duncans regime var ikke preget av suksess, og han ble drept av Macbeth (Mac Bethad mac Findlaích) den 15. august 1040. Selv om Shakespeares drama presenterer Malcolm som en voksen mann og faren som en gammel en, synes det som om Duncan fortsatt var ung i 1040, og Malcolm og hans bror Donald Bane (Domnall Bán) var kun barn. Malcolms familie gjorde et forsøk på avsette Macbeth i 1045, men Malcolms bestefar Crínán av Dunkeld ble drept i forsøket.