Han ble valgt til fyrstprost av Ellwangen den 29. mars 1756 og bekreftet som sådan av pave Benedikt XIV den 18. juli 1756. Han mottok abbedbenediksjon den 8. september 1756 fra sin bror Franz Karl Joseph von Fugger-Glött, hjelpebiskop i bispedømmet Konstanz. Som prost var han svært aktiv i å bevirke eksempsjon fra bispedømmet Augsburg og sikret klosterets territorium under Syvårskrigen. Nøysomt arbeid og utholdenhet førte ikke bare til konsolidering av stiftelsens økonomi, men også til eliminering av sosiale problemer.