I vokner Link en dag i et annet land, Labrynna, hvor han har blitt sent av magien til trekraften. Under ankomsten blir han lurt av Veran, skyggens trollkvinne (), i å bryte forseglingen som beskytter Oracle of Ages (), en sangerinne kalt Nayru. Veran, som har overtatt Nayrus kropp og tidsreisende krefter, drar tilbake i tid for å forandre fortiden, for så å styre fremtiden. Link skynder seg etter dem til fortiden for å redde Nayru ved å bruke kraften til årsharpen (), som oppfyller brukerens evne til å bevege seg frem og tilbake gjennom tid, om spilt korrekt. Etter å ha blitt kvitt Verans sjel fra Nayrus kropp, bekjemper Link Veran.