Arkivet etter virksomhetene knyttet til J. W. Prebensen befinner seg på Aust-Agder museum og arkiv, avdeling KUBEN i Arendal. Arkivet er det mest omfangsrike privatarkivet ved institusjonen og måler 158 hyllemeter. Tidsperioden for arkivet går fra oppstarten i 1833 frem til 1940. Det aller meste av arkivet stammer fra den maritime virksomheten. Men arkivet inkluderer også materiale fra skipsbygging, treforedling og mølledrift og iseksport. Arkivet omfatter protokoller, sakarkiv, korrespondanse og regnskap. Arkivet består også av dokumenter knyttet til rederiets fartøyer ordnet etter fartøynavn.