I januar 2020 ble hun nominert til vervet som Hellas’ president av statsminister Kyriakos Mitsotakis fra det konservative partiet Nytt demokrati. Opposisjonspartiene SYRIZA og Kinima Allagis støttet nominasjonen. Parlamentet valgte henne til president 22. januar 2020 med 261 av 300 stemmer. Hun ble innsatt i presidentembetet 13. mars 2020 og ble landets første kvinnelige president. Sakellaropoulou overtok etter Prokopis Pavlopoulos.