Gullrushet i California fra 1849 av skapte en stor trafikkøkning på elva. På kort tid ble det opprettet dampskipsruter oppover elva og over Nicaraguasjøen til det smale Rivas-eidet. Dette inspirerte til planer om å grave en kanal fra Det karibiske hav til Stillehavet, hvor en oppmudret og utvidet Río San Juan skulle utgjøre den lengste delen av vannveien. Videre så man for seg å seile over Nicaraguasjøen, og så grave en kanal over det relativt smale eidet ved Rivas. Da Panamakanalen ble åpnet i 1914, døde imidlertid ideen bort. I det siste tiåret har man imidlertid vekket ideen til live. Siden vannet i elva er svært grunt, ville dette nødvendiggjort store endringer i landskapet, noe som igjen ville medføre store endringer i økologien. De politiske sidene rundt grenseforholdet med Costa Rica ville også vært problematiske.