Han fortsatte sine studier i Paris, og i Heidelberg, der han tok sin annen doktorgrad. Det var under sin tid i Tyskland at han ble kjent med den østerrikske geografen og etnologen dr. Ferdinand Blumentritt, som vel var det ikke-spanske Europas fremste Filippinene-ekspert. Rizal besøkte ham på hans bosted i Leitmeritz (tsjekkisk: Litoměřice) i Böhmen, og det utviklet seg et sterkt vennskap og en brevveksling som skulle pågå helt til Rizals død. Det siste brevet Rizal skrev til Blumentritt var om aftenen den 29. desember 1896, bare timer før han ble henrettet.