I 450 ble Parthenon omfunksjonert til kirke, og viet til jomfru Maria – den ble en Theotokos-kirke (en kirke innviet til Maria Gudefødersken). Det ble opprinnelig ikke gjort større endringer, annet enn at noen skulpturer i øst ble fjernet for å rydde plass for den kirkelige apsis: Kirker vender tradisjonelt motsatt vei av greske templer. Dessuten ble trolig de av de øvrige skulpturer som forestilte greske guder, fjernet på grunn av sin hedendom, og sannsynligvis ødelagt.