Etter å ha hørt at marinen gav kommisjoner til handels-marineoffiserer for å fylle sine rekker etter tapet av Niobe, søkte Prien seg til Riksmarinen den 16. januar 1933, og ble akseptert som "Offisersaspirant" med rang som vanlig sjømann. Han gjennomgikk standard opplæring og tjenestegjorde på den lette krysseren Königsberg før han ble sendt til ubåttrening i Kiel. På slutten av ubåttreningen ble han sendt til U-26 ved Deutsche Schiff- und Maschinenbau AG-verftet (Deschimag) i Bremen som førstestyrmann. U-26 var på den tiden under kommando av Kapitänleutnant Werner Hartmann. U-26 gjennomførte to patruljer i 1937 (6. mai til 15. juni og 15. juli til 30. august) under den spanske borgerkrigen.