Tilsvarende funn fra undersøkelser av Y-kromosomer og mitokondrielt DNA viser også bevis på at khoisanfolkene og san-stammene bærer med seg høye frekvenser av de tidligste grenene av haplogruppene på det menneskelige treet av mitokondrielt DNA. Den mest avvikende (eldste) mitokondrielte haplogruppe, L0d, har blitt identifisert med de høyeste frekvenser i sørlige Afrika blant khoisanfolkene og san-stammene.