Bach la stor vekt på sine sønners utdannelse, det gjaldt også de som ble født langt senere, Johann Christoph Friedrich og Johann Christian. Alle fikk omfattende skolegang, og med unntak av familiens svarte får, Johann Gottfried Bernhard, tok de en universitetsutdannelse. En stor del av Bachs orgelverker ble til i Weimar, blant annet og en rekke toccataer, preludier og fuger. Han begynte også på , en samling som var ment å skulle inneholde 164 koralforspill, men bare 44 ble fullført.