Skattøra ble i 1938 opprettet som stasjon for Marinens Flyvevåpens 3. Avdeling og hovedbase for militær sjøflyvirksomhet i Nord-Norge. Den tyske okkupasjonsmakten videreførte utbyggingen av anlegget. Virksomheten omfattet også en sjøflyrute som Lufthansa opererte mellom Kirkenes og Tyskland. Forsvaret solgte eiendommen til Tromsø kommune i 1972. Etter krigen overtok det Norske Luftforsvaret Skattøra som base for en- og tomotors sjøfly som drev havovervåking samt ambulanse- og postflyving til Svalbard og ishavstasjonene. I 1947 ble Skattøra utpekt som en av fem hovedflystasjoner og den eneste faste sjøflystasjon i Norge. Skattøra ble også utbygd som en av to hovedsentre for luftkontroll i Norge med ansvar for luftrommet mellom Island, Jan Mayen, Spitsbergen, Russland og Trøndelag. I 1957 ble hovedsentralen overført til Bodø. Flyværtjenesten ble i 1964 flyttet til Langnes. Kontrolltårnet på Skattøra var i drift til 1967.