Ford har vært gift tre ganger. Hans første eksteskap var i 1964 med ungdomskjæresten Mary Marquadt, og de fikk to barn sammen. I 1983 inngikk han sitt andre ekteskap, med Melissa Mathison, som han også fikk to barn med. Ford og Mathison skilte lag i 2003, og fra 2010 har han vært gift med Calista Flockhart, kjent fra TV-serien .