Etter den dårlige ledelsen av klubben i siste halvdel av 1980-tallet var Hibernian på konkursens rand i 1990. Wallace Mercer, styreformann for Hearts, foreslo å slå sammen de to store Edinburgh-klubbene, men Hibernian-supporterne opplevde oppkjøpet mer som fiendtlig. De grunnla en kampanje kalt for å kjempe for klubbens selvstendige eksistens. Denne kampanjen lyktes da den suksessfulle, lokale forretningsmannen og Kwik-Fit-eieren Tom Farmer kjøpte aksjemajoriteten i Hibernian. Supporterne maktet å overtale Farmer til å ta kontroll over klubben, selv om Farmer ikke har noen videre interesse for fotball. Farmer går svært sjelden på Hibs-kamp. Farmer ble overtalt på grunn av at farfaren hans hadde reddet Hibernian fra konkurs tidlig på 1890-tallet. Etter oppkjøpsforsøket fra Mercer hadde Hibernian noen gode sesonger på begynnelsen av 1990-tallet, der klubben blant annet vant Scottish League Cup i 1991 og ble nummer fem eller bedre i ligaen i 1993, 1994 og 1995.