Maria ville ikke gifte seg igjen. Hennes sjanse for å regjere kom fire år senere. Hennes tante på farsiden, Margarete, erkehertuginne av Østerrike, døde den 1. desember 1530, og etterlot seg posisjonen som guvernør av Nederlandene ledig. Hennes bror etablerte Maria som tantens etterfølger og hun ble i denne posisjonen fram til 1555. Karl V ga henne slottet Binche sør for Brussel som belønning for hennes trofaste tjeneste. Hun ombygde slottet i en bevisst etterligning av Fontainebleau, men det ble ødelagt av troppene til Henrik II av Frankrike i 1554, men to av maleren Tizians fire malerier som viste avstraffingen av opprørene, bestilt i 1548 for Binche, er oppbevart ved Museo del Prado i Madrid (se bilde). Hun ble etterfulgt som guvernør av Emanuele Filiberto av Savoia, hertug av Savoia.