Etter 1967 ble Ye Qun først medlem av hærens kulturrevolusjonsgruppe (全军文化革命小组), og etterhvert ble hun gruppens leder. Derutover ble hun i august 1967 en av de fire grunnleggende medlemmer av Den sentrale militærkommisjons forvaltningsbyrå. Ved den 9. nasjonale partikongress i 1969 ble hun medlem av Sentralkomiteen for det kinesiske kommunistiske parti, likeså medlem av politbyrået og til leder av Den sentrale militærkommisjons forvaltningsbyrå.