I 1963 ble han valgt til det selvstendige Algeries første president, men allerede i 1965 ble han avsatt gjennom et statskupp. Han ble fjernet av Houari Boumédiène og ble satt i husarrest i 15 år. President Chadli Bendjedid satte ham fri i 1980. Han reiste da til Paris og bosatte seg seinere i Sveits. I 1990 fikk han lov å komme tilbake til Algerie hvor han gjenopptok sin politiske virksomhet.