Etter å ha nedkjempet trusselen må Fenix og laget hans dra til en nedlagt lab hvor de oppdager at menneskene tuklet med DNA og laget noen supersoldater. Fenix finner ut ifra informasjonen hvor en gjemt og lite bevoktet inngang til Nexus ligger. Etter å ha møtt stor motstand og drept en superfisk kommer de til ansikt med Locustdronningen. I tillegg oppdager de at det foregår en borgerkrig mellom Locust, noe som forklarer hvorfor Locust angriper hyppige bevoktede menneske bosetninger.