José María Merino ble medlem av Det kongelige spanske akademiet (Real Academia Española) den 27. mars 2008, da setet som Claudio Guillén hadde hatt ble ledig. Under opptaksseremonien den 19. april 2009 holdt han en tale med tittelen (). Fra 2010 til 2015 var han visesekretær i Akademiet. Den 1. desember 2016 ble han valgt som inn i Akademiets styre.