I 1198 sørget biskop Nikolas uten betenkning for å svi av Bergen, slik at også Mariakirken og fem andre kirker brant ned. Dette begrunnet han med at «birkebeinerne hadde gjort alle kirkerne urene, siden bannsatte menn hadde vært inne i dem, så at de ikke var mer hellige end andre porthus». Baglerne rodde om natten inn til bryggene med to skuter fulle av brensel, og satte fyr på husene flere steder, blant annet ved Korskirken og Mariakirken. Bymennene var maktesløse, siden bryggene var fjernet. Birkebeinerne oppdaget brannen for sent, og fryktet for at Sverresborg skulle ta fyr. De vætet seil og bar dem ut mot brannen, for da brant alt fra Korskirken og inn til Nikolaikirken. Det hellige korset ble båret ut mot ilden fra Steinkirken, og det skal ha stanset brannen. Sankta Sunnivas skrin ble båret ut og satt ved Sandbru, og da stanset også brannen der, «et fullbjart jærtegn». Baglerne lå på skipene sine ute på Vågen og skjøt etter mennene på land som kjempet for å redde husene og få brannen slukket. Mange bergensere hadde rukket å få innboet sitt i sikkerhet ute på landet. Biskop Nikolas fulgte med på brannen fra skipet sitt, og beordret hvor baglerne skulle stifte brann og hvor de skulle skyte. Bergenserne glemte ham aldri dette.