Inntil 1980 var León et viktig jordbrukssentrum, noe som kunne understøtte et stort universitet. Universitetet var det siste som ble grunnlagt i Amerika av den spanske kolonimakten. I 1947 ble universitetet erklært som nasjonaluniversitet av diktatoren Anastastio Somoza García, og i 1958 erklærte hans sønn universitetet som UNAN, Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, Nicaraguas nasjonale selvstendige universitet. I 1982, under sandinist-regjeringen, ble universitetet delt, slik at de delene av universitetet som var i Managua, ble en egen institusjon, UNAN-Managua, og resten ble UNAN-León. Ettersom andre universiteter og institusjoner for høyere utdanning har blitt grunnlagt fra åttitallet og utover, har León mistet sin enerett på høyere utdanning.