Morel var også sentral i pasifistbevegelsen i Storbritannia under første verdenskrig. I 1917 ble han fengslet i seks måneder for å ha spredt pasifistiske pamfletter til forfatteren Romain Rolland i Sveits. Etter krigen var han med i opprettelsen av og ble sekretær for interesseorganisasjonen Unionen for demokratisk kontroll, og hvorpå han ved et tidspunkt brøt med det liberale partiet og deretter meldte seg inn i (nå historiske) det uavhengige arbeiderpartiet. I 1922 ble han valgt inn i det britiske underhuset. Morel fant en viss tilfredsstillelse i å ha presset ut Winston Churchill, som han anså for å være en krigshisser og delvis ansvarlig for at han selv hadde vært fengslet fem år tidligere. Morel kom seg aldri helt etter fengselsoppholdet under krigen, og døde av hjertestans i 1924. George Orwell, som skrev i 1946, minnet ham som «denne heroiske, men ganske glemte mannen».