Det ble også klaget over at kongen forbigikk sine gamle og erfarne rådgivere. Samtidig gjæret det i Norge som Magnus forsøkte å styre fra Sverige ved å forbigå riksrådet og ikke utnevne en kansler. I 1339 ble det riktignok inngått en overenskomst med de misfornøyde nordmennene, men misnøyen fortsatte, og i 1343 ble Magnus' yngre sønn Håkon VI Magnusson valgt til konge i Norge. Riktignok skulle han styre under sin fars formynderskap, men det egentlige styret ble overtatt av riksrådet. Følgende år, 1344, ble Magnus' eldste sønn, Erik Magnusson, valgt til tronfølger i Sverige.