Puritanisme synes å oppstått ut fra misnøye med Det elisbethanske religiøse forlik, noe som en del radikale protestanter følte var å hengi seg til «papisme», det vil si til den romersk katolske kirke. Mens den protestantiske bevegelse i Europa var drevet av teologiske spørsmål og brutt radikalt med den katolske modellen for kirkeorganisasjon hadde den engelske reformasjonen brakt kirken inn under monarken mens store deler av den religiøse praksis var stort sett fortsatt katolsk. Slik puritanere så det var doktrinen blitt gjort uakseptabel underordnet politikken. Forfulgt under «Maria I av England» («Maria den blodige») hadde mange protestanter som Thomas Cartwright, Walter Travers, og Andrew Melville dratt i landflyktighet som puritanere i Europa hvor de kom i tett kontakt med skolereformatorer i det kalvinistiske Genève og det lutherske Tyskland. Disse kontaktene formet deres posisjon i henhold til dronning Elizabeth Is religiøse – et latinsk begrep for , noe som den anglikanske kirke benyttet for å stedbeskrive seg selv som mellom protestantismen og katolisismen. For puritanere var ikke godt nok.