I utgangspunktet var Clapham utdannet innen plantefysiologi, men hans forskningsbidrag dreide seg om metodikk for prøvetakning, prognoser for avkastning fra avlinger, økologi, plantesystematikk og paleoøkologi. Clapham bidro til Tansley arbeide med , utgitt i 1939 og en serie av volumer om vegetasjon i Tyskland for Naval Intelligence Division under andre Verdenskrig. I 1940 fikk Clapham en ledende rolle i produksjonen av boken . I 1953 publiserte han sammen med T. G. Tutin og E. F. Warburg boken (etterfulgt av to senere utgaver i 1962 og 1987) og i 1959, . I 1969 redigert og bidro han til å publisere den . Som et svar på en forespørsel fra botanikeren Arthur Tansley, innførte han begrepet økosystem i begynnelsen av 1930-årene.