I 1878 ble Fürstner den første legen som innehadde et embede i psykiatri ved Universitetet i Heidelberg. Han besatt stillingen inntil 1890, da han ble professor i nervøse og mentale lidelser ved Universitetet i Strasbourg. I Heidelberg ble han etterfulgt av Emil Kraepelin. En av de bedre kjente assistentente til Fürstner var den senere så beryktede eugenikeren Alfred Hoche.