Totalt ble 1008 fly disponert av Luftflotte 5, hvorav nesten halvparten var transportfly. Etter at kampene i Sør-Norge endte i mai 1940 ble det meste av styrken sendt for å støtte de tyske styrkene ved Narvik. Milch ble i mai 1940 avløst av general Stumpff. Luftwaffe tok over flyplassene i landet, og opprustet mange av dem. Det ble også anlagt flere sjøflystasjoner, og man konstruerte falske flyplasser for å avverge bombing av de virkelige basene. Etter den norske kapitulasjonen var det særlig i Nord-Norge Luftwaffe opererte. De kunne derfra nå konvoier i Nord-Atlanteren, og fungere til støtte for tyske skip.