I de første 15 årene etter den paraguyanske borgerkrigen var Coloradopartiet det eneste lovlige partiet i landet. Ved valget i 1948 var Juan Natalicio González den eneste presidentkandidaten, men Coloradopartiet ble raskt delt mellom stridende fraksjoner, oftest med utspring fra det militære. González ville styrke grepet om makten ved å bevæpne politiet. Stroessner støttet Felipe Molas López' kupp mot González i 1949, deretter Federico Chávez mot López samme år. I 1951 ble Stroessner generalstabssjef for landstyrkene. Den 6. mai 1954 ledet han et militærkupp mot president Chávez. Etter en kort periode med en overgangspresident ble han selv valgt til president i juli 1954. Han ble tatt i ed den 15. august. Etter det ble han gjenvalgt hvert femte år, alltid med påfallende høye stemmeandeler.