Utover i 1990-årene fikk Kilmer-kritikernes respekt etter innsats i kvalitetsfilmer som i rollen som Jim Morrison i , Doc Holliday i , Elvis Presley i True Romance begge fra 1993 og Batman i fra 1995. Utover i 2000-årene har han spilt roller i filmer som , , , , og oppfølgeren til , ''Top Gun: Maverick.