I 1992 ble han ansatt som generalsekretær i Europabevegelsen i Norge. Etter folkeavstemningen om norsk medlemskap i EU gikk han i 1995 tilbake til Utenriksdepartementet. I 1996 ble han rådgiver for planleggingsminister Terje Rød-Larsen. Da Rød-Larsen gikk av, vendte Wennesland tilbake til embetsverket i Utenriksdepartementet.