De første bosetterne var av austronesisk herkomst og bosatte seg på øya rundt år 2000 f.Kr. Disse ble senere kjent som chamorroer. Da europeerne først kom til Guam levde innbyggerne på tradisjonelt vis med stamme-hierarki, der høvdingene var samfunnets lederfigurer. Den rikeste kasten, lokalt kjent som , var bosatt i kystområder langs øya der de hadde god tilgang på fiskeri, som var hovedinntekten for de opprinnelige bosetterne. Den laveste kasten, , var bosatt i midten av øya og hadde lite kontakt med innbyggerne av høyere kaste enn dem selv. Sjamaner, kjent som , var opplært i medisin og praktiserte healing. Chamorroer tilba også avdøde sjeler, kjent som . Flere tusen år gamle lattesteiner og steinpilarer er funnet etter de første bosetterne.