Da striden (som Karl den store og Lothar I av Det tysk-romerske rike hadde stått bak) mellom patriarkene i Grado og Aquileia om bispedømmet på Istria fortsatte, arbeidet Giustiniano for å stryke stillingen for kirken i Venezia. Denne hadde tradisjonelt stammet fra evangelisten Markus personlig og mange venetianere reiste på pilegrimsferd til Markus' grav i Alexandria i Egypt. Giustiniano skal da, ifølge tradisjonell oppfatning, ha beordret handelsmennene Buono di Malamocco og Rustico di Torcello til å bestikke gravvokterne og stjele med seg Markus' levninger til Venezia. De ankom Venezia 31. januar 828 med levningen etter Markus' skjult i lasten. Giustiniano begynte da byggingen av et dogekapell tilegnet St. Markus for oppbevaring av disse relikviene, og dette ble den første Markuskirken i Venezia.