Mathiesen er dømt i en straffesak hvor han var tiltalt for embedsmisbruk og grov pliktforsømmelse. Saken, som ble ført for byretten i Viborg, startet den 4. mai 2020. Det falt dom i saken den 19. mai 2020. Byretten idømte Mathiesen 60 dager ubetinget fengsel. Han anket på stedet. Hans forsvarer mente at det kun var tale om mindre forseelser, som kunne håndteres disiplinært.