Fra 9. november 1941 ble Bach-Zelewski utnevnt til , og stasjonert i Riga. Der sørget han i desember 1941 for at ble myrdet. I februar 1942 ble Bach-Zelewski innlagt på sykehus med alvorlige mage- og tarmproblemer. , og leder av Tysk Røde Kors Ernst-Robert Grawitz beskrev ham for å lide av «hallusinasjoner knyttet til skyting av jøder». Han var innlagt på sykehus i fire måneder. Han vendte tilbake til tjeneste i juli samme år, uten at hans hensynsløshet hadde blitt noe mindre.