I Jordan ble al-Zarqawi fengslet med en dom på 15 år, anklaget for forsøk på å styrte kongen og etablere et islamsk kalifat i landet. Han fikk imidlertid amnesti etter bare tre år i forbindelse med kong Abdullahs kroning i 1999. Like etter frigivelsen forlot al-Zarqawi Jordan. Han ble senere dømt til døden in abesentia for planlegging av angrep mot amerikanske og israelske turister.