Eskil var sønn av den mektige jyske høvdingen Christiern Svendsen og ukjent mor, og tilhørte - i likhet med Erik Eiegods dronning Bodil - den mektige Thrugot-slekten som på 1100-tallet kjempet med Hvide-slekten om kongemakten i Danmark. Erkebiskop Absalon hørte til Hvide-slekten.