Kritikken begynte kort tid etter at han døde i 1958. Den første kritikken kom fra tyske katolske biskoper omtrent samtidig med saken mot Adolf Eichmann og før det andre vatikankonsil i 1960. Julian Döpfner, kardinal fra München, omtalte beklagelige handlinger begått av kirkens ledere under nazismen og de tyske biskopene ba sammen om unnskyldning for holocaust. Den amerikanske historikeren Michael Phayer tror at Pius taushet om holocaust skyldes at han anså Tyskland som et vern mot de sovjetiske kommunistene. Pius ønsket et sterkt Tyskland uten Hitler og ville ha Tyskland slik det var før Verailles-traktaten. Pius var skuffet over at USA gikk inn i krigen mot Tyskland fordi han håpet støtte fra president Roosevelt i fredsforhandlinger. Konrad Preysing, katolsk biskop i Berlin, skrev 13 bekymrede brev til Pius i løpet av de 15 mest intense månedene under holocaust. I sitt svar til Preysing uttrykte Pius bekymring for kristenheten og den katolske kirke. Pius var opptatt av Roma ikke skulle bli ødelagt av bombing og av å holde Vatikanet nøytralt. I 1943 var det intens debatt blant tyske biskoper om de skulle ta til motmæle mot holocaust, Pius antydet at de ikke burde utfordre Hitler. Angelo Roncalli, Pius' etterfølger, argumenterte for at redning av jødene var et viktigere tema enn å avgjøre hvem som hadde rett til det hellige land. Roncalli var utsending til Tyrkia og bidro til redning av jøder i Kroatia, Bulgaria og Ungarn; han kan ha opptrådt i direkte strid med ordrer fra Vatikanet da han hjalp jøder å flykte til Palestina. Pius forsøkte å bidra til å redde italienske jøder. Pius foretrakk et katolsk, anti-kommunistisk Kroatia og protesterte aldri mot folkemord utført av Ustasja og Ante Pavelić fikk audiens hos paven. Flere bevarte dokumenter tyder på at Pavelić og den fascistiske presten Krunoslav Draganović fikk hjelp av Vatikanet til å unnslippe rettsoppgjør i Jugoslavia. Betydelig pengemidler tilført Vatikanet ble sendt til Spania og Argentina til støtte for rømte fascister og nazister.