Auchinleck overtok kommandoen mens de britiske styrkene sto inne i Libya ved Al Agheila (januar 1942) men de ble tvunget på retrett tilbake til Egypt av Rommels styrker. Den tyske fremgangen ble stoppet ved El Alamein. I løpet av sin tid i Nord-Afrika slet han stort med dårlige underordnede konservative offiserer og prøvde å få infanteriet og panserstyrkene til å kjempe sammen etter tysk mønster.