To veier i det transafrikanske hovedveinettet går gjennom Kenya: Highway 4 mellom Kairo og Cape Town og Highway 8 mellom Lagos og Mombasa. Buss og matatu (minibuss) står for mesteparten av transporten. Kilindini havn i Mombasa er den største havnen i Øst-Afrika. I Kisumu ved Lake Victoria finnes det også en elvehavn. miniatyr|Lamu miniatyr|Maasai Mara Den ugandiske jernbanen brukes til passasjertrafikk, spesielt mellom Nairobi og Mombasa. Sporvidden er 1000 mm. Landet har to internasjonale flyplasser: Jomo Kenyatta internasjonale lufthavn i Nairobi og Moi internasjonale lufthavn i Mombasa.