Boyce vendte tilbake til Cliftonville i januar 2012. I 2012–13 sesongen bidro han til at Cliftonville vant ligaen for første gang siden 1998, og ble ligaens toppscorer med 29 seriemål. Han ble også utnevnt til Ulster Footballer of the Year 2012–2013 og Northern Ireland Football Writers' Player of the Year. Han vant sin andre ligatittel med Cliftonville i sesongen 2013–14, hvor han laget ytterligere 21 seriemål før klubben i juli 2014 kunngjorde at de hadde trukket tilbake sitt tilbud om ny kontrakt til Boyce.