Tidligere har Skirbekk hatt flere stillinger ved Det medisinske fakultet ved Universitetet i Oslo. Han har vært universitetsstipendiat, forsker og kommunikasjonslærer ved Avdeling for medisinske atferdsfag, postdoktor ved Senter for medisinsk etikk, og førsteamanuensis ved Avdeling for helseledelse og helseøkonomi.