Den 23. juli 2007 ble det klart at Stefanidis hadde signert en kontrakt med Helsingborgs rivaler Malmö FF, en kontrakt som skulle starte å løpe 1. januar 2008. Den 2. august samme år var det imidlertid klart at overgangen mellom rivalene ble fremskyndet, med en klausul om at spilleren ikke ville bli brukt i nærmeste lokaloppgjør mellom klubbene. Årsaken til at overgangen ble framskyndet, skal ha vært ubehageligheter fra enkelte av Helsingborgs supportere, samt anonyme trusler. De forutgående 42 årene hadde ingen spiller gått direkte fra Helsingborg til Malmö FF.