Under krigen ble Fliflet arrestert og satt i Hamar fengsel 26. oktober 1943. Hun ble overført til Grini fangeleir hvor hun satt fra 6. mars 1944 til 26. april 1945. I oppgis grunnen fro arrestasjonen at hun hadde befatning med illegal avis, men grunnen skal være deltakelse i festen for lærerne som ble sluppet fri fra fangenskap i Kirkenes (lærerstriden), 13. februar 1943. Fliflet hadde skrevet en prolog i femten vers som ble funnet og innholdet gjorde at Fliflet ble arrestert.