Han har siden midten av 1980-tallet skrevet en rekke tegneserier og bøker. Jones fikk sitt gjennombrudd som tegneserieforfatter med den satiriske eventyrserien som han skrev sammen med Will Jacobs. Under psevdonymet Sidney Mellon utgav han i 1989 parodiserien (tegnet av Chuck Austen) Sammen med tegneren Mike Parobeck har han laget serien (1989–1990) og en miniserie om superhelten (1991–92). Sammen med Mark Badger har han laget seriene (1990), og Batman-seriene (1992) og (1995) samt webserien . Fra 1989 til 1992 skrev han , om den gamle pulphelten (hovedsakelig tegnet av Eduardo Barreto og Rod Whigham). Han har også skrevet for en rekke superheltserier som Green Lantern, Justice League, , , , og .