Tidlig på 1990-tallet, da den kalde krigen var over, trakk FBI flere hundre agenter tilbake fra etterretningsvirksomhet i utlandet. En periode la byrået nå større vekt på å assistere lokalt politi f.eks i forbindelse med kriminelle som hadde rømt over delstatsgrensene. Samtidig arbeidde FBI-laboratoriet med å utvikle metoder for avansert DNA-testing.