I 1844 ble byen bombet av den franske flåten under den fransk-marokkanske krig. Etter bombingen begynte en nedgangstid for byen, og den gjenvant aldri sin betydning for handelen. Under det franske protektoratet var den kjent under navnet Mogador, men de nye myndighetene foretrakk å bygge ut havnene i Casablanca, Agadir og Tangier, heller enn Essaouira.