Mot slutten av krigen evakuerte den tyske gruppen ansatte seg, og før sovjetiske styrker nådde Danzig, var universitetsbygningene for det meste i god stand. Da Den røde armé inntok byen satte den sannsynligvis fyr på den representative Hovedbygningen, som ble sterkt skadet og 60 % ødelagt. Alt i alt ble 16 % av universitetsbygningenes kubatur ødelagt.