Bombing forårsaket omfattende skader på Tower, spesielt fra september til november 1941. Omkring femten høyeksplosive bomber og et stort antall brannbomber traff Tower. Flere bygninger ble helt ødelagt, blant annet North Bastion og Master of Assay Office. Under denne krigen ble Tower stengt for publikum fra starten av, og åpnet ikke før 1. januar 1946.