I 1776 ble han medlem av gruppen som skulle undersøke Finlands geografiske og topografiske beskaffenhet og ut fra det lage en forsvarsplan. I 1780 ble han leder for arbeidet og var engasjert med det i mange år, prosjektet ble ferdigstilt i 1805 og en rekke kart hadde blant annet blitt utarbeidet. I 1780 ble han adlet av kong Gustav III og tok navnet af Klercker. Under Den russisk-svenske krig (1788–1790) var han en av kongens mest anvendte offiserer.