En utstrakt ny tysk innvandring i ly av okkupasjonen fortrengte litauerne fra landseiendommer, og etter hvert vokstre det fram en militær motstandsbevegelse. Denne var ukoordinert, da motstandsbevegelsen var delt mellom de sovjetvennlige og de som kjempet for at Litauen skulle få tilbake sin selvstendighet. Førstnevnte besto hovedsakelig av etniske russere, belarusere og jøder og opererte hovedsakelig i det østlige Litauen, og skal ha stått for en rekke plyndringer og massakrer. Den polske Armia Krajowa opererte også innen Litauen. Forholdet mellom de ulike grupperingen var aldri gode, og ble verre etter hvert som krigen utviklet seg.