Ut fra kaprernes bakgrunn og annen informasjon var det naturlig å anta at islamske ekstremister sto bak angrepene, og terrornettverket al-Qaida ble utpekt til å være ansvarlige. Nettverkets leder Osama bin Laden gikk tidlig ut og benektet at de hadde hatt noen befatning med angrepene, men innrømmet senere at det var en al-Qaida-aksjon.