Malone har under pandemien gått hardt ut mot bruk av mRNA-vaksinene og hevdet at disse bidrar til spredning av viruset fremfor å bremse det. I tillegg har han spredt en rekke andre myter og feilaktige påstander om vaksinene. I desember 2021 ble Malone sin Twitter-konto permanent suspendert. I 2022 ga den vaksinekritiske organisasjonen Children’s Health Defense ut Malones bok .