Deportasjonene foregikk som regel ved at NKVD/MGB pågrep hele familier i deres egne hjem om natten. De ble, uten rettergang, stuet sammen i uisolerte godsvogner og sendt med jernbanen til Sibir og Sentral-Asia. Der levde de under strengt oppsyn og stort sett under lidelsesfulle forhold. 2 000 av de deporterte i 1949 bukket under for kulde, sykdom og sult. De fleste som overlevde, fikk vende tilbake til Estland i slutten av 1950-årene, men mange levde som utstøtte.