Amerikanske myndigheter aksepterte ikke fusjonen og i 1988 solgte Santa Fe Southern Pacific til Denver and Rio Grande Western Railroad som slo de to selskapene sammen. Markedsføringsårsaker lå bak beslutningen om å la trafikken fortsette med å gå under navnet Southern Pacific. Økonomisk gikk det imidlertid dårlig og i 1996 ble selskapet kjøpt av Union Pacific, blant annet for å møte konkurransen fra det nyetablerte Burlington Northern and Santa Fe Railway.