Den 14. august 2007 ble Badejo utnevnt av pave Benedikt XVI til biskop av bispedømmet Oyo. Han mottok sin bispeordinasjon 20. oktober 2007 av sin forgjenger biskop Julius Babatunde Adelakun; medkonsekrerende var biskopen av Ekiti, Michael Patrick Olatunji Fagun, og biskopen av Osogbo, Gabriel ’Leke Abegunrin.