Det er funnet 1204 arter og underarter av karplanter på Madeira. Av disse er 154 endemiske for øygruppa, 74 er endemiske for Makaronesia, 480 er andre naturlige arter, 66 er antatt naturlige, 29 er antagelig innførte, og 401 er innførte. Madeira har hele 75 arter av karsporeplanter, derav 14 endemiske. Det er 512 arter og underarter av moser, av disse er 333 bladmoser, og 179 er levermoser og nålkapselmoser. Madeira skiller seg fra de andre øygruppene ved å mangle lavasletter.