Albrechtsberger skrev 279 kirkemusikalske verk, 278 verk for klaviaturinstrumenter, 193 verdslige instrumentalverk og mye annet, eksempelvis en konsert for munnharpe, strykere og basso continuo. Albrechtsberger skrev også kammermusikk til privatbruk for den keiserlige familie – keiser Joseph II. spilte cello og elsket fuger.