Sammen med tvillingbroren Frank de Boer spilte han i Ajax Amsterdam frem til januar 1999 (i 1992 var han på ett års utlån til FC Twente Enschede), før han sammen med broren gikk til FC Barcelona. Fra 2000 til 2004 spilte han for den skotske klubben Rangers FC, deretter et år for Al-Rayyan SC. Fra 2005 spilte han for Al-Shamaal i Qatar, og la opp i mars 2008 på grunn av en langvarig kneskade.