Etter andre verdenskrig ble han arrestert for krigsforbrytelser og stilt for retten av amerikanerne. Stroop ble dømt til døden i 1947, men da alt var klart for henrettelsen, valgte amerikanerne samme år å utlevere ham til Polen. Det lå vanligvis en omstendelig byråkratisk prosess bak slike utleveringer av tyske krigsforbrytere til østblokkland som Polen, men amerikanerne tvilte ikke på at Stroops særdeles grove forbrytelser i Warszawa berettiget utlevering til polakkene.