Han vant presidentvalget i 1999. Presidentperioden hans ble preget av de økonomiske problemene og samarbeidsproblemer mellom koalisjonspartnerne. Den økonomiske situasjon var dårlig allerede da han overtok og forverret seg ytterligere. De la Rúa overtok en stor utenlandsgjeld fra sin forgjenger Carlos Menem og hadde lite handlingsrom på grunn av paritetspolitikken mellom den argentinske pesoen og amerikanske dollar. De la Rúa prøvde å redusere utgiftene, men det førte ikke til noe nevneverdig oppsving i økonomien.