Biblioteket forsvant deretter og ble borte i flere århundrer inntil de synes å ha blitt kjøpt fra Neleos' arvinger på 100-tallet f.Kr. og gitt tilbake til Lykeion. Imidlertid da Sullas romerske soldater herjet Athen ble bøkene stjålet og sendt som tyvegods til Roma. I løpet av denne tiden hadde rundt en femtedel av Aristoteles' bøker forsvunnet og er således ikke en del av den moderne aristoteliske samlingen. Dog, hva som er igjen av Aristoteles' verker og resten av biblioteket ble ordnet og redigert for skolebruk mellom 73 og 20 f.Kr., muligens av Andronikos fra Rhodos, Lykeions ellevte leder. Siden da har de gjenværende verkene blitt oversatt og spredt vidt omkring og gitt mye av hva som vi i dag vet om historisk filosofi.