Det var lenge et utmerket forhold mellom hennes yngre bror hertug Christian August av Augustenborg og hennes gemal, Christian Frederik. Men da Christian Frederik besteg tronen som Christian VIII i 1839 oppsto det snart uenighet om hertugdømmene og hertugen var en ivrig talsmann for en arverett kongen ikke ville innrømme ham. I denne striden sto Caroline Amalie stilltiende på hertugens side, noe hun innrømmet overfor kongen, som altså – også stilltiende – måtte konstatere at hans egen dronning ikke sto bak ham i denne vesentlige saken.