Det var særlig innen musikken han markerte seg. Han forfattet et viktig traktat for det kinesiske publikum og europeisk musikk, bygde et orgel og et klokkespill som begge ble benyttet i en av kirkene i Beijing. Pater Pereyra regnes som den som introduserte europeisk musill til Kina. Det var han som utviklet kinesiske begreper som oversettelse av Vestens musikkterminologi, og mange av de uttrykkene er fremdeles i bruk.