I 1854 reiste Isaachsen til Düsseldorf for å fortsette studiene ved Kunstakademie Düsseldorf. Han hadde et særlig ønske å beherske historiemalingen, og han kom her under veiledning av Adolph Tidemand som også kom fra Mandal. I 1859 reiste Isaachsen videre til Paris for å studere under Thomas Couture (1815–1879) og realisten Gustave Courbet. Her ble han til 1862 og endret i denne tiden stilretning.