Etter Tysklands okkupasjon av Norge ble Bali i juli [1940] beslaglagt av Kriegsmarine. Skipet ble ombygget, utstyrt med ti små motorbåter for minesveiping og flere luftvernkanoner, og ble 26. mars 1941 satt i tjeneste under betegnelsen MRS 3 med sitt tidligere navn som et såkalt minesveipingsskip, egentlig som morskip for ti minesveipingsbåter, under kommandoen til admiral for den norske nordkysten. Skipet utførte ikke selv minesveiping, men satte ut de små båtene fra dekk, som besetningene på disse båtene bodde om bord i. I tillegg til minesveipingsoppgaver ble Bali også brukt til eskortetjeneste i Nord-Norge. Den unnslapp 7. november 1941 et torpedoangrep fra den britiske ubåten Trident nord for Laksefjorden ved ♁71° 6′ N, 26° 57′ Ø, øst for Nordkapp.