Brekke ble avsatt som ordfører i desember 1940 av de tyske okkupasjonsmyndighetene. Han fortsatte i læreryrket fram til han ble arrestert 20. mars 1942. Da ble Brekke og hans kollega, Olav Klingenberg, arrestert i forbindelse med NS-myndighetenes aksjon mot lærerne. Klingenberg og Brekke var blant lærerne som protesterte mot etableringen av det nazifiserte Lærersambandet. De to Biri-lærerne satt på Grini fra 12. april 1942 til 28. april 1942 og ble sendt videre til Kirkenes.