Krypterte VPN-protokoller omfatter følgende: IPsec (), en obligatorisk del av IPv6. Transport Layer Security (TLS/SSL) anvendes enten til å tunnelere et helt nettverksstakk, som i OpenVPN, eller for å sikre applikasjonstilgang, og her fungerer det som en webproxy. Selv om det siste ofte kalles av VPN-leverandører, er det ikke en full VPN. Sikkerhetsmessig kan nettopp det være en fordel, da man dermed kun tillater de web- og telnet-applikasjoner man ønsker. (Se også TUN/TAP.) PPTP (), utviklet i fellesskap av flere virksomheter, heriblant Microsoft. L2TP (Layer 2 Tunnelling Protocol), utviklet av Microsoft og Cisco i fellesskap. L2TPv3 (Layer 2 Tunnelling Protocol version 3).