I 1887 ble han oppmålings- og forskningsoffiser i de tyske koloniene Togo og Kamerun. Etter oppdrag fra utenriksministeriet gjennomførte han en omfattende reise i Togo. I 1889 ble han bedt om å bygge opp en beskyttelsesstyrke i den nye kolonien Tysk Sørvest-Afrika på vegne av Det tyske koloniselskap. Han ankom Tenerife, der styrken ventet på ham under kommando av hans yngre bror, løytnant Hugo von François. Den bestod av 21 soldater. Styrken ankom den engelskstyrte havnebyen Walvis Bay 24. juni samme år, og François ledet derfra soldatene i en marsj mot Otjimbingwe, der han innrettet sitt hovedkvarter. Otjimbingwe var også sete for den tyske rikskommissæren for kolonien, dr. Ernst Göring.