Friedrich Jacob Merck kjøpte i 1668 Engel-apoteket i Darmstadt. I 1827 begynte Heinrich Emanuel Merck med industriell produksjon av alkaloider. 1889 overtok Georg Merck representasjonen i New York og grunnla datterselskapet Merck & Co.. Selskapene ble splittet etter første verdenskrig da selskapets aktiva i USA ble nasjonalisert og deretter omgjort til et selvstendig amerikansk selskap. Merck KGaA i Darmstadt eies fremdeles overveiende (74 %) av Merck-familien. Merck KGaA eier rettighetene til Merck-navnet i alle land unntatt USA og Canada. Det tidligere datterselskapet Merck & Co. opererer derfor som MSD utenfor USA og Canada, mens Merck KGaA opererer som EMD (forkortelse for «Emanuel Merck, Darmstadt») i USA og Canada.