Organisasjonformen innen menighetene kan variere. De har ofte en enkel organisasjon med forbilde hentet fra bibelen (Apostlenes gjerninger), fra slik ble organisert. Menighetene ledes av en pastor, ofte kalt en , som virker sammen med flere eldste (også kalt ) eller diakoner. Tradisjonelt har menighetene bare hatt menn i lederverv, men i dag er det menigheter som har kvinnelige ledere. I dag har mange menigheter gått over til betegnelsen lederråd istedenfor eldsteråd. Menighetenes øverste organ er menighetsmøtet. Her tar medlemmene i plenum viktige avgjørelser, både praktiske og teologiske.