Etterhvert besto riket av flere hundre fyrstedømmer og land der keiserembetet var svakt og spilte liten rolle. Riket ble svekket av reformasjonen, og religionsfreden i Augsburg ga fyrstene rett til å velge om de skulle være protestanter eller katolikker. Freden i Westfalen i 1648 trakk opp nye grenser, og keiseren fikk sin makt ytterligere svekket. Etter Westfalen ble fyrstene ansett som statsoverhoder for hvert sitt land.