I 1995 gjorde han seg såpass bemerket i Hødd, som da spilte i øverste divisjon, at han ble kjøpt opp av Rosenborg. Der fikk han bare en sesong og 19 kamper. I sin neste klubb, Molde, ble Fjørtoft en stor suksess og var en av klubbens bærebjelker gjennom 5 sesonger og 152 kamper. Fjørtoft spilte i alle Moldes kamper i Mesterligaen i 1999.