Forsvarsdepartementet tok i tillegg ut sivil sak mot Karlsvik for at han skulle fradømmes stillingen på bakgrunn av det påståtte økonomiske misligholdet. Den 7. april 2008 ble det inngått forlik mellom partene. Dette innebar at Karlsvik fratrådte sin stilling. Han måtte betale tilbake 240 000 kroner, og beholdt full lønn på om lag 800 000 kroner i ett år og sin tjenestebolig frem til den 30. juni 2011.