Egentliga Finlands våpen ble tatt i bruk i 1557 etter at Gustav Vasas sønn Johan i 1556 hadde fått det som dengang var Finland som hertugdømme. Dette var dagens landskap Egentliga Finland, samt landskapet Satakunta grensende mot nord. Våpenet har derfor en hertugkrone. Det kan synes som om hertug Johan senere tok flagget fra sitt tidligere forvaltningsområde som en symbol for hele Sverige, da han som kong Johan III av Sverige tok i bruk det nåværende svenske flagget i 1569.