I 1498 steg den portugisiske sjøfareren Vasco da Gama i land her, og fikk los over Det indiske hav til India. Deretter gikk Malindi i forbund med Portugal, ikke minst for å kunne stå imot den rivaliserende kyststaten Mombasa lenger sør. Et monument i form av en kjegleformet søyle med et kors på toppen er reist til minne om Vasco da Gama.