Med byggingen av Berlinmuren 13. august 1961 ble jernbanelinjen fra Potsdam til Vest-Berlin brutt. Frem til 9. oktober ble banen mellom Potsdam Stadt (nå Potsdam Hauptbahnhof), Babelsberg og Griebnitzsee drevet som en S-Bahn-øy; den ble deretter operert med dieselvogner. For å muliggjøre denne endringen av driften ble det bygget et forbindelsesspor mellom forstads- og langdistansesporene. Togene kjørte fra Griebnitzsee via Babelsberg, Potsdam Stadt, Potsdam West (nå Potsdam Hauptbahnhof) til Potsdam Hauptbahnhof (nå Potsdam Pirschheide). Den 29. oktober samme år ble Griebnitzsee-stasjonen omgjort til en stasjon kun for å utføre grensekontroller, og dieseltjenesten til Babelsberg ble trukket tilbake.