Da Hakki Pasha døde i 1873 dro Eduard tilbake til Neisse med Pashas enke og barn, og lot som om de var hans egen familie. Han forlot dem plutselig i september 1875, og dukket igjen opp i Kairo og fortsatte videre til Khartoum, som han nådde i desember. Der tok han navnet (arabisk ), startet legepraksis og begynte å samle planter, dyr og fugler, som han delvis sendte til museer i Europa. Selv om noen betraktet ham som muslim, er det ikke klart om han faktisk konverterte.