Selve prefekturet er rektangulært formet og er om lag 181 km langt fra nord til sør og 111 km bredt fra øst til vest. Oufjellene utgjør de østlige grensetraktene i prefekturet, og Dewafjellene går parallelt med disse opp gjennom midten av Akita. Som store deler av det nordlige Japan er vinteren kald i Akita, spesielt på innlandet.