I 1838 ble området inndelt i Tromsø kjøpstad, Tromsø landkommune, Karlsøy, Lyngen og Skjervøy kommuner. Tromsø landkommune ble i 1860 delt i Tromsøysund og Balsfjord kommuner, og av Balsfjord ble Malangen utskilt som egen kommune i 1871. Av Skjervøy ble Kvænangen utskilt som egen kommune i 1863 og Nordreisa i 1886. Av Karlsøy ble Helgøy skilt ut som egen kommune i 1886. Av Lyngen ble Ullsfjord egen kommune i 1901, og Kåfjord og Storfjord egne kommuner i 1929. I 1964 ble Helgøy gjeninnlemmet i Karlsøy kommune, Malangen gjeninnlemmet i Balsfjord kommune, Tromsøysund innlemmet i Tromsø kommune sammen med deler av Hillesøy og Ullsfjord kommuner, mens resterende Ullsfjord ble gjeninnlemmet i Lyngen og resterende Hillesøy ble gjeninnlemmet i Lenvik i Midt-Troms. Det ble også gjennomført en rekke grensereguleringer.