Ved bokmessen i Leipzig i 2012 fikk han prisen for sakprosa for boken . Baberowski er medlem av de vitenskapelige fagrådene for Gedenkstätte Berlin-Hohenschönhausen, Zentrum gegen Vertreibungen og Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Han er også medlem av fagråd for publikasjoner utgitt av Goethe-Institut og Bürgerkomitee 15. Januar.