En rekke andre høyere utdannelsinstitusjoner ble slått sammen med universitetet etter kommunistenes seier over Kuomintang i 1949. Blant dem var et annet universitet som ofte også omtales som – nemlig University of Nanjing, fra 1888. Alt etter hvilket perspektiv man anlegger kan man si at det er dette universitetet som er den eldste bestanddel av dagens universitet som et moderne universitet. Blant universitetes mest kjente elever er den tidligere kinesiske president Jiang Zemin.