Ibrahim ble i 2000 arrestert, fengslet og tiltalt for bruk av midler fra EU for å drive valgobservasjon og for angivelig ærekrenkende av Egypts image eller markedsprofil i utlandet. Ibrahim ble for disse tiltalene dømt til syv års fengsel. I 2003 ble Ibrahim frikjent for alle tidligere anklager og han ble løslatt, men ikke før en storm av internasjonale protester hadde satt det diktatoriske regimet til Hosni Mubarak kraftig på defensiven.