Lokale flyselskaper tilbyr flyvninger til ulike nasjonale og internasjonale steder, for eksempel Djibouti, Addis Abeba, Dubai og Jeddah; de opererer også flyreiser for Hajj og Umma pilegrimsreiser. De mest fremtredende flyselskapene i Puntland er Jubba Airways, Osob Air og Daallo Airlines, som opererer fra Bender Qassim International Airport i Bosaso og Abdullahi Yusuf International Airport (tidligere Galkayo Airport) i Galkayo, blant andre steder. I slutten av september 2013 ble en anbudsprosess lansert for oppgradering av Bosaso-flyplassen. Renoveringen vil omfatte utvidelse av flyplassens grus-rullebane fra 1800 m. til 2650 m. Rullebanens bredde vil også bli utvidet fra 30 m. til 45 m. og har 7,5 m grus skuldre på begge sider. Ifølge Puntlands viseminister for sivil luftfartsmyndighet, Abdiqani Gelle, planlegger Puntlandregjeringen å gjennomføre tilsvarende oppgraderinger på Garowe International Airport i Garowe, Abdullahi Yusuf International Airport i Galkayo og Qardho Airport i Qardho.