I 1436 var Sigurd med på forhandlingene med opprørslederen Amund Sigurdsson Bolt. Den ustabile situasjonen vedvarte imidlertid etter oppgjøret, og våren 1439 var situasjonen i treriksunionen mellom Norge, Sverige og Danmark blitt så prekær at det norske riksrådet krevde at kong Erik av Pommern måtte utnevne en norsk drottsete. Drottesete var opprinnelig et embete som hørte til hirden, men i løpet av 1300-tallet hadde det utviklet seg til å bli et embete som innebar full kongelig myndighet. Riksrådet lanserte tre kandidater til drottsete-embetet, hvorav Sigurd Jonsson var den ene. De to andre var Olav Håkonsson og Erlend Eindridsson. 3. september samme år ble Sigurd utnevnt til drottsete med fulle kongelig rettigheter. Dette representerte det nærmeste Norge hadde kommet noen form for innenlandsk sentralforvaltning siden riksseglet hadde blitt ført til Danmark i 1398. Sigurd måtte imidlertid love å holde riket ved kongens hånd.