I 1978 angrep Vietnam Kambodsja. I februar 1979 klarte Vietnam, Røde Khmers tidligere allierte, å styrte Pol Pot. De satte inn en ny regjering, kjent som Republikken Khmer og senere Staten Kambodsja. Borgerkrigen fortsatte, siden Røde Khmer nødig ville gi fra seg statsmakten. Etter invasjonen skiftet partiet navn til Partiet for Demokratisk Campuchea. Pol Pot blir funnet i jungelen i 1981, hvor han hadde oppholdt seg siden Vietnams invasjon i 1979. Nuon Chea, som var kjent som "andre bror", tar over organisasjonen. En Vietnam-invasjon av Kambodsja utgjorde en stor trussel for Thailands nasjonale sikkerhet, og derfor støttet landet Røde Khmer materielt. Kina, som støttet Røde Khmer-regimet, gikk så langt som å angripe Vietnam.