Etter Sovjetunionens oppløsning vendte han tilbake til sitt fødeland Georgia, som nå var blitt selvstendig, og gikk inn i politikken der. Da president Zviad Gamsakhurdia, som Sjevardnadse hadde fått fengslet på 1970-tallet, ble tvunget til å gå av i et kupp i januar 1992, ble Sjevardnadse utnevnt til leder av statsrådet som overtok makten. Presidentembetet ble senere gjenopprettet og Sjevardnadse ble valgt til president. Under den såkalte roserevolusjonen i november 2003 ble han imidlertid selv tvunget til å gå av.