De siste årene av sitt liv levde Cortés i all enkelhet. Det vites ikke om han endte opp som fattig, da han fortsatt hadde noe midler. Men på tross av at han hadde erobret aztekerriket og samlet seg store verdier i Amerika, endte han opp med både å bo i enkle kår og være delvis glemt for sin bragd i sin samtid. Han døde på havet, på vei tilbake til Mexico 2. desember 1547.