Seks UNRWA-skoler ble beskutt av israelske tanks. Disse skolene huset tusenvis av flyktninger på grunn av krigen. Minst 47 personer ble drept (alle sivile), inkludert ti ansatte ved skolene, og flere hundre ble skadet. Lagre med raketter ble funnet på tre slike FN-skoler. FN reagerte kraftig på funnene, men det var ikke kjent hvem som hadde plassert våpnene i skolebygningene. Det ble ikke blitt funnet våpen på de skolene som ble rammet av de israelske angrepene. Angrepene ble sterkt fordømt av FN, og UNRWA-sjef Pierre Krähenbühl uttalte at «det finnes ikke ord som kan uttrykke mitt sinne». Ifølge Gazas utdanningsminister ble i alt 26 skoler ødelagt og 232 skadet. Så sent som i midten av september ble fremdeles 20 skoler benyttet som bolig for i alt 64 000 flyktninger.