Van Roey fortsatte så med studier ved Universitetet i Louvain, hvorfra han fikk doktorgrad i teologi med habilitasjon i 1903. Han underviste ved Collège Americaine fra 1901 til 1905, og ved Universitetet i Louvain fra 1905 til 1907. På denne tiden ble han venn med benediktineren Columba Marmion, som ble saligkåret i 2000. Den 19. mai 1907 ble han kannik ved domkapittelet i Mechelen. Han var erkebispedømmets generalvikar fra 30. september 1907 til 1925, med rang av monsignore fra 2. april 1909.