Khankan har en syrisk muslimsk far og en finsk kristen mor. Hun er cand.mag. i religionssociologi fra Københavns Universitet og har tidligere vært fast skribent Dagbladet Information, Jyllands-Posten og Kristeligt Dagblad samt studievert på DR2. Khankan er stifter og talskvinne for «Forum for kritiske muslimer», og er forfatter til flere bøker om Islam. Hun har vært folketingskandidat for Radikale Venstre, men ble vraket, da hun ikke ville følge partiets fordømmelse av islamsk sharialovgivning.