På grunn av sin tilknytning til AKP(m-l), var Allerns kandidatur til professorstillingen omstridt. Norges største avis, , tok på lederplass avstand fra Allern som professor. Flere mente at det var en fornærmelse mot ytringsfriheten å ansette en mann som i flere tiår hadde kjempet for at landet skulle bli et kommunistisk diktatur. Steinar Hansson, tidligere sjefredaktør i , mente at det var like latterlig at Allern ble professor i journalistikk, som at Mullah Omar skulle bli designer ved et motehus i Paris.