Kirken har i dag to døpefonter. Døpefonten fra Frederik IIs kirke står bak ved alteret. Den ble første gang nevnt i 1686 og omtales her som og senere som en sort marmorsten til en dåp med «F2». F2 betyr at den stadig eksisterer og det må være en font som er overflyttet fra den gamle slottskirken. Den er av sortmalt sandsten, med forgylte opphøyde partier, hvor den øverste, 9 cm høj, er av tre og fra 1855. Fonten har ikke vært i bruk siden 1920, da den nåværende sølvfonten ble gitt i gave til kirken.