På 900-tallet ble området erobret av Kievriket, og Fanagoria ble fortrengt av Tmutorokan, som ble bygget på ruinene av Hermonassa. Rundt 1000-tallet ble byen et handelssted for venetianerne og genoveserne, og ble i 1349 sete for erkebispedømmet Matrega. På 1400-tallet havnet den under krimtatarisk og ottomansk herredømme og forsvant etter dette fra historien.