Knowlton ble gjentatte ganger utsatt for forfølgelse for sin pamflett om prevensjon, og i desember 1832 ble han arrestert og bøtelagt i Taunton, Massachusetts, og dømt til tre måneders hardt straffarbeid i ved Cambridge. Etter løslatelsen ble han medlem av en fritenker-bevegelse som ble ledet av .