USA oppførte Sudan som et statlig sponsor av terrorisme i 1993. Amerikanske selskaper har vært utestengt fra å gjøre forretninger i Sudan siden 1997. I 1998 ble den farmasøytiske fabrikken i Khartoum ødelagt av en amerikansk krysserrakett på grunn av deres påståtte produksjon av kjemiske våpen og landets koblinger til al-Qaida.