Han var en sterk talsmann for nazistenes T-4 eutanasiprogram og tilbrakte to år med å implementere programmet i Brandenburg an der Havel (Brandenburg) fra februar 1940 og Bernburg (Sachsen-Anhalt) fra november 1940, der flere tusen syke ble avlivet under hans ledelse. Institusjonen i Brandenburg var opprinnelig et fengsel som ble omgjort til psykiatrisk sykehus. Han hadde lite utdanning og erfaring fra psykiatri da han ble sjef der. Bruk av gass til avliving begynte i de psykiatriske institusjonene i Tyskland. Hitler ga i 1941 immunitet mot straffeforfølgelse for helsepersonell som deltok i T4.