I perioden 2005-2010 jobbet han som PhD-stipendiat, postdoktor og forsker ved UIT Norges arktiske universitet. Pedersen forsvarte sin doktorgrad i statsvitenskap i 2008. Doktoravhandlingen handlet blant annet om hvordan norsk Svalbard-diplomati hadde virket til dels mot sin hensikt og fremprovosert sterkere vestlige reservasjoner mot Norges tolkning av Svalbardtraktaten og dens relevans for havområdene utenfor øygruppen.