Laget til Landis, Phonak, bekreftet 27. juli 2006 at Landis hadde testet positivt på doping. Etter å ha sprukket totalt på den 16. etappe i Tour de France 2006, slo Floyd Landis grusomt tilbake på den 17. etappen og vant hele 5,42 minutter foran Carlos Sastre. Men dopingprøven som ble tatt etter denne etappen, viste at Landis hadde for høye testosteron- og epitestosteronverdier i kroppen da han ble testet. Den 5. august ble han sparket ut av laget etter at også B-prøven viste seg å være positiv.