Brasil hadde vært bosatt av indianske urbefolkningsgrupper i lang tid før den første europeer kom til landet. Det finnes relativt få spor etter disse gruppene, men det antas at de hadde et delvis nomadisk levesett. Arkeologiske utgravninger i nasjonalparken Serra da Capivara viser at det har bodd folk i området i mer enn år. Andre arkeologiske funn ved Monte Alegre kan dateres år tilbake i tid. Dette står i kontrast til den aksepterte teorien om at det amerikanske kontinent ble bosatt av nomader som kom over Beringstredet for om lag år siden. På øya Marajó er det i tillegg funnet keramiske rester som antas å være om lag 3000 år gamle, mens det i Juruti er funnet rester av keramikk som kan spores tilbake til mer enn 2000 år før Kristus. Ved landsbyen Calçoene i delstaten Amapá har man funnet 127 steinblokker plassert i et ringmønster. Man mener at dette har vært et astronomisk observatorium og anslår alderen til å være ca. 2000 år gammelt. Det er også gjort funn av geoglyfer i delstaten Acre. I tillegg viser funn av svart, næringsrik jord, terra preta, at det har vært mange bosettinger langs Amazonaselven i perioden 450 f.Kr. og 900 e.Kr. Anslag antyder at det bodde mellom 3 og 5 millioner indianere i Brasil før europeerne ankom. To hovedgrupper av indianere var Tupí- og Guarani-folkene.