Sørstatsfanen ble også benyttet i enkelte delstatsflagg. Mississippi fikk stridsbanneret som del av sitt flagg i 1894. Det var i bruk fram til sommeren 2020 da det ble valgt bort etter tiår med følelsesladde diskusjoner. I november samme år vedtok staten nytt flagg med en hvit magnoliablomst. Delstaten Georgia innførte sørstatskorset som et element i flagget i 1956, uoffisielt som et politisk signal mot oppheving av raseskillepolitikken i Sørstatene. Dette flagget var i bruk til 2001. Både Alabamas flagg og Floridas flagg inneholder fortsatt andreaskors, et formelement fra den omstridte sørstatsfanen, men uten stjerner.