Ginkgoales regnes som nære slektninger av de dekkfrøede plantene. Familien Schmeissneriaceae har frø der griffelen vokste igjen etter befruktning, tilsvarende situasjonen hos dekkfrøede planter. Det er tvil om Schmeissneriaceae tilhører ginkgoene i det hele tatt, eller om Ginkgoales er en parafyletisk gruppe.