Cañizares startet klubbkarrieren i Real Madrid i 1988, hvor han først spilte for Real Madrid B. Deretter spilte han for Mérida og Celta Vigo, før han kom tilbake til Real Madrid i 1994. Han greide ikke å spille seg til sikker plass på førstelaget, så han gikk til Valencia CF i 1998, hvor han spilte frem til 2007. Med Valencia spilte han seg frem til to mesterligafinaler på rad (2000 og 2001) og vant to spanske ligatitler (2002 og 2004).