Owyhee Countys totale areal er km² hvorav 48 km² er vann. I 2005 hadde fylket innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Murphy, største by i fylket er Homedale. Fylket ble grunnlagt i 1863 og har fått sitt navn etter pelsjegere fra Hawaii som utforsket området i 1819 og 1820, Owyhee er en forvrengning av ordet Hawaii. Fylket er i areal det nest største i Idaho.