Etter 1831 undertrykte Det osmanske rike byens selvstendig og gjorde Shkodër til huvedstad i vilayeten med samme navn. Etter Prizrenligaen var nedkjempet i 1881 spilte Shkodër en fremtredende rolle under den albanske frihetskampen. Under ledelse av kong Nikola I beleiret Montenegro Shkodër den 22. april 1913, men etter sterkt påtrykk fra stormaktene ble den montenegriske hæren tvunget til å trekke seg tilbake allerede den 9. mai. Shkodër var blitt del av det nydannede Albania 28. november 1912.