Nintendos beslutning til å rendrere spillets grafikk med en teknikk kalt cel-shading (en avansert datagrafikk-tenknikk som tilpasses tredimensjonale objekter for å gi spillet ett tegneserieaktig-utseende.) var en av konsollgigantens mest kontroversielle trekk på flere år. Grafikken i skilte seg veldig ut fra som brukte en mer realistisk anime-påvirket stil. Når spillet først ble vist frem på Nintendos spillmesse Spaceworld, ble publikum delt i to: en gruppe som støttet den nye grafikken og hyllet Nintendo for å ha gjort dette, mens den andre fordømte Nintendos valg. Dette var selvfølgelig overraskende, siden Nintendo viste fram en demo under Spaceworld 2000, der man fikk se en realistisk demo som viste en sverdkamp mellom Link og Ganondorf. Utvikleren av Zelda, Shigeru Miyamoto, fortalte at han hadde begynt å lage spillet i slik grafikk, men bestemte seg for å prøve noe nytt. Den realistiske demoen var aldri ment å være en trailer for et kommende spill til GameCube, men bare en teknisk demo som skulle vise hvor kraftig konsollen var.