På slutten av det sjette året i opprøret (494 f.Kr. hadde Artafernes lyktes i å erobre flere av opprørsbystatene og beleiret nå Miletos. Det avgjørende slaget ved Lade ble utkjempet på øya Lade nær Miletos' havn. Den greske flåten så ut til å vinne slaget, selv om de var undertallige, før skipene fra Samos og Lesbos trakk seg tilbake. Den plutselige deserteringen vendte slagets gang, og den resterende greske flåten ble fullstendig knust. Miletos overgav seg kort tid etterpå, og det joniske opprøret var over.