Karrer virket så som kapellan i Herrenberg og Ulm-Söflingen. Fra 1999 til 2002 var Matthäus Karrer ungdomspastor for dekanatene Ravensburg og Friedrichshafen. I 2002 ble han sogneprest for menighetene og i Isny im Allgäu. Karrer har også vært dekan for dekanatet Allgäu-Oberschwaben fran 2008. I 2011 ble Matthäus Karrer leder for hovedavdelingen i det biskoppelige ordinariat i bispedømmet Rottenburg-Stuttgart, og dessuten domherre.