Etter hendelsene i , reiser Logan (Hugh Jackman) til Japan, hvor han møter igjen en mystisk figur fra fortiden, og Logan oppdager at han aldri vil bli den samme igjen om han overlever denne kampen. Han blir presset ikke bare fysisk og psykisk, men han føler seg også for første gang sårbar. Logan sliter med traumer fra fortiden som han desperat prøver å flykte fra, møter på et dødelig samuraisverd, og faller for Mariko, en japansk kvinne han ender opp med å beskytte fra både kjente og ukjente fiender grunnet arvegodset hun får etter bestefaren.