Évariste Ndayishimiye ble født i 1968 i Giheta i Gitegaprovinsen i Burundi. Han påstås å være en glødende katolikk. Da massakrene på hutuene startet i 1995 var Ndayishimiye ved Universitetet i Burundi hvor han studerte jus. Han flyktet og sluttet seg til den moderate opprørsbevegelsen CNDD-FDD som hadde støtte fra mange hutuer. I tiden fram mot 2005 ble CNDD-FDD det politiske partiet som overtok makten, og Ndayishimiyes studiekamerat Pierre Nkurunziza, som også hadde flyktet fra universitetet under massakrene, ble president i Burundi i august 2005. Ndayishimiye var innenriksminister fra 2006 til 2007 og deretter sjef for militærgarden til Nkurunziza. Denne posisjonen hadde han til 2014. Han tok i denne perioden også opp studiene, samtidig som han også ledet Burundis nasjonale olympiske komite.