I 1501 kom Kopernikus tilbake til Ermland og fikk deretter lov av det ermlandske kapittelet å studere medisin og kontinuere jusstudiene i Padova. Han studerte også i Ferrara hos Giovanni Bianchini og mottok der doktorgrad i kirkerett. Et av fagene Kopernikus må ha studert på den tiden var astrologi, siden det ble betraktet som en viktig del av den medisinske utdanningen. Kopernikus synes imidlertid ikke å ha fattet stor interesse for feltet, i motsetning til de fleste andre store renessanseastronomer.