Hvert medlem har like stor bestemmelsesrett i forsamlingen, grunnet i Martin Luthers syn på det almene prestedømmet. Visse baptistiske trossamfunn har en distrikts- og en nasjonal struktur har en moderat kongregasjonalistisk struktur med rådgivende konferanser. Pinsebevegelsen praktiserer derimot en radikal kongregasjonalisme.