Rettens første instans vil ha en sentral avdeling med sete i Paris i Frankrike, samt tematiske avdelinger i London (spesialisert i kjemiske søksmål, herunder legemiddelindustrien, og menneskelige fornødenheder) og München (maskinindustrien), som hver forventes å ta omkring 30 % av saksmengden. Dessuten kan de deltagende land opprette en enkelt eller (hvis betingelser for minimum saksmengde er oppfylt) flere lokale avdelinger av domstolen. Landene kan gå flere sammen og danne en , som fungerer som lokal avdeling for de deltakende land. Avtalen definerer ikke hvilke land som ville opprette lokale eller regionale avdelinger.