Kantonen omfatter områder på begge sider av Nicoyagolfen. På den østlige sida strekker den seg fra stillehavskysten til fjellkjeden Cordillera de Tilarán og regnskogen i Monteverde. Den sørligste delen av Nicoyahalvøya, deriblant turistmåla Montezuma, Santa Teresa, Malpaís og Playa Tambor, tilhører også Puntarenas kanton. Det samme gjør øyene i den nordlige delen av Nicoyagolfen, samt den fjerntliggende stillehavsøya Isla del Coco.