I de franske religionskrigene på slutten av 1500-tallet var Paris et sentrum for Den katolske liga. Ligaen hadde som mål å utrydde protestantismen, og den 24. august 1572 satte katolikkene i gang en massakre hvor tusenvis av franske protestanter ble myrdet i det som ble kalt for Bartolomeusnatten, «det verste av århundrets religiøse massakrer». Konfliktene ebbet ut da Henrik IV av Frankrike, en pretendent til tronen etter å ha konvertert til katolisismen, ankom Paris og overtok den franske tronen. Kongen gjorde flere forbedringer til hovedstaden i løpet av sin kongstid: han fullførte byggingen av Paris’ første udekkede bro med fortau, Pont Neuf («Den nye bro»), åpnet i 1607. Han bygget også en utvidelse til Louvre som knyttet det til Palais des Tuileries. Han bygget også Paris’ første residenstorg, Place Royale, nå Place des Vosges. Kongen endte sitt liv i hovedstaden, myrdet i en trang gate i nærheten av markedet Les Halles i 1610.