I vintermånedene mai–august arbeidet forskerne i sine laboratorier mens andre klargjorde utstyr for neste sesongs oppgaver. Som avslapning spilte de amatørteater og hadde lærerike aktiviteter i form av forelesninger. Shackleton redigerte avisen . Utendørsaktivitetene opphørte heller ikke helt. Det ble spilt fotball på isen, og de planlagte magnetiske og meteorologiske observasjonene ble utført. Da vinteren gikk mot slutten foretok man sledeturer for å teste utstyr og proviant i forkant av den planlagte ferden mot sør som Scott, Wilson og Shackleton skulle gjennomføre. Samtidig reiste en gruppe, under ledelse av Royds, til Cape Crozier for å legge igjen en beskjed ved stasjonen der. På denne reisen oppdaget de en koloni med keiserpingviner. En annen gruppe under ledelse av Armitage utforsket fjellene i vest, og returnerte i oktober med ekspedisjonens første symptomer på skjørbuk. Armitage la senere skylden for utbruddet på Scotts «sentimentale motvilje» mot å slakte av dyr for kjøttets skyld. Hele ekspedisjonens kosthold ble raskt lagt om ved at hermetisk kjøtt ble erstattet med ferskt kjøtt, og dermed kom problemene under kontroll.