Stoiber var i 2002 CDU/CSUs kanslerkandidat, men tapte på målstreken for Gerhard Schröder. I 2003 fikk han tilbudt det tyske presidentvervet av Unionen (fra 2004), men takket nei. Han takket også nei til et tilbud fra Jacques Chirac i 2004 om å bli nominert som Frankrikes og Tysklands kandidat til posten som president for Europakommisjonen.