Josip Žabkar ble presteviet den 23. september 1939 i Ljubljana. I to år var han prefekt for utdanning ved biskopens institutter i Šentvid nær Ljubljana. Fra 1941 studerte han igjen teologi og jus ved og tok i 1946 doktorgrad i kirkerett med avhandlingen S. Fra 1943 studerte han også ved Det kirkelige diplomatiske akademi i Roma og i 1947 ble han uteksaminert der. Han gikk så inn i Den hellige stols diplomatiske tjeneste.