Galapagospingvinen spiser mest småfisk, som de kalde havstrømmene bringer med seg til øygruppen. Endringer i havstrømmene kan derfor gi katastrofale følger for arten. Når temperaturen i vannet stiger som følge av El Niño forsvinner føden, som ellers finnes i de kalde vannmassene. Også galapagospingvinen fanger føden under dykking.