Fassbender ble født i Heidelberg i det som den gang var Vest-Tyskland med irsk mor og tysk far. Foreldrene flyttet til Irland da han var to år gammel, hvor faren drev en restaurant. Han vokste opp i Fossa utenfor Killarney i County Kerry. Michael selv ble oppfostret som katolikk. Han har engelsk som morsmål og behersker tysk til en viss grad.