Motzfeldt ble sjøoffiser i 1832, seilte i koffardifart til 1835, var ekvipasjemester ved Marinens verft 1836–1838 samt 1841–1842. Videre var han oppsynssjef under vårsildfiskeriene 1851–1857 og lofotfisket i 1858. Motzfeldt hadde selv vært en pådriver for å avskaffe det tradisjonelle regelverket rundt fisket og innføre «fritt hav og fritt fiske». I 1852 ble han ekspedisjonssjef i postvesenet og Generalpostdirektør fra 1857 til 1860, da Generalpostdirektoratet ble gjort om til Postdepartementet.