De ble før regnet som slektninger av mosdyr, som også er filterspisere med en krans av tentakler, men med anus utenfor kransen. Mosdyr har imidlertid en ekte sekundær kroppshule og hule tentakler, i motsetning til entoproctenes massive. Små filterspisere som entoprocter og mosdyr er dårlig kjente og blir ofte utelatt i fylogenetiske analyser, og nøyaktig hvem entoproktene er beslektet med er usikkert.