Med vannmassene transporteres oppløste gasser og salter fra luft, jord og berggrunn. Viktige stoffer for fotosyntese er karbon (C), nitrogen (N) og fosfor (P). For plantene er i tillegg kalium (K), svovel (S), kalsium (Ca), magnesium (Mg), jern (Fe), mangan (Mn), sink (Zn) og molybden (Mo) viktige. Oksygenet er også essensielt for fisker og dyr i innsjøene, noe som løses fra vannoverflaten og ned i vannet. Noe oksygen produseres også fra fytoplankton og alger. De oppløste stoffene, sammen med sollys, legger et avgjørende grunnlag for primærproduksjonen og levekår for organismer av høyere trofiske nivåer.