Fra kirkelig synsvinkel førte pavens besøk trods alt til triumf over monofysittismen som Belisarius stred for. Anthimos I, som da var patriark av Konstantinopel, hadde sluttet seg til kryptomonofysittene i Trebizond, der forsamlingen med keiserinne Teodora ville undergrave beslutningen fra konsilet i Khalkedon. Under Agapetus besøk la presteskapet frem anklagen at den utsette patriark Anthimos var en forræder og kjetter. Agapetus avkrevde ham en skriftlig trosbekjennelse og å gjenkomme til sitt patriarkat. Da han ikke ville det, nektet paven å ha noe mere med ham å gjøre. Keiseren, som ble ført bak lyset av sin hustru, ble opphisset av dette og truet paven med bannlysning. Agapetus skal ha svart: Dette fikk Justinian til å miste munn og mæle; etterhvert ble Justinian overtydet om at Anthimos var en frafallen, og hadde ingen innvendinger mot at paven avsatte patriarken. For første gang konsekrerte en pave personlig en patriark, idet Agapetus konsekrerte Anthimos' lovlige etterfølger Mennas.