Seton-Karr omkom i en av Canadas verste skipsfartsulykker da passasjerskipet «Empress of Ireland» i 1914 gikk ned i St. Lawrence-bukta etter å ha kollidert med det norske lasteskipet «Storstad». Han var da på vei hjem etter en jakttur i Britisk Columbia og forretningsreise til Detroit.