For bondestanden var imidlertid situasjonen spesielt mørk. Etter at mange bønder hadde rømt østover eller til andre land under den store urotiden, ble det innført svært strenge regler overfor bøndene. Livegne som rømte fra gårdene kunne jaktes ned, og i 1625 kom en lov om at dersom en person drepte en bonde, måtte han bare gi en bonde tilbake. I 1646 ble alle jordbrukere notert ned i registre, og dette beseglet deres skjebne; de kunne ikke flytte derfra. Etter hvert kunne også bønder selges, og sammenlikningen med slaveriet på plantasjene i Amerika ble mer naturlig enn med livegne og leilendinger i Europa. Et opprør ledet av Stenka Rasin ble gjennomført mellom 1667 og 1671. I begynnelsen var det svært populært, men til slutt ble Rasin tatt, torturert og hakket ihjel. Dette førte også til enda strengere regler for livegne. Den russisk-ortodokse kirke hadde også blitt stadig mer ødelagt på innsiden av staten, og var i lang tid bare en forlengelse av denne.