Fesch ble født på Korsika, som i 1755 hadde blitt erklært som en uavhengig republikk med sin tids mest liberale styreform (Republikken Korsika), men som fremdeles ble gjort krav på av Republikken Genova. Fire år etter hans fødsel ble Korsika invadert og i 1770 innlemmet i Frankrike, etter at Republikken Genova hadde solgt sitt krav på øya til franskmennene etter at genoveserne hadde mistet troen på at de selv kunne gjenerobre øya.