Det finnes to hovedtyper av gelmateriale som brukes ved separasjon av DNA: polyakrylamid og agarose. Agarose er et polysakkarid som er isolert fra alger. For å skille store DNA-fragmenter brukes lav konsentrasjon av agarose. For eksempel 2% agarose kan separere DNA av størrelse 100-2000 basepar, mens 1% gel kan brukes til å separere DNA av størrelse 100-10000 basepar.