Kontroversene rundt XMRV-forskningen medførte at Mikovits ble avskjediget fra stillingen som forskningsdirektør ved den private organisasjonen Whittemore Peterson Institute for Neuro-Immune Disease (WPI) som er dedikert til forskning på diagnostikk og behandling av kronisk utmattelsessyndrom. Hun ble også anmeldt for tyveri av IKT-utstyr og laboratoriebøker fra WPI, og satt fem dager i fengsel før siktelsen ble trukket.