Yakushima er et av Japans mest fuktige steder med en årlig nedbørsmengde på mellom 4 000 og 10 000 mm og dekkes for det vesentligste av tette skogsområder med mange gamle sedertrær, (, kalt japanseder eller ). Deler av øyen utgjør nå en del av nasjonalparken Kirishima-Yaku.