John Gregory Kelly ble født 15. februar 1956 i Le Mars i det nordvestlige hjørne av Iowa til John Dennis og Marilean Kelly. Han startet sine høyskolestudier ved Colorado State University i Fort Collins. Etter å ha bestemt seg for å bli prest, forlot han imidlertid universitetet for å gå inn i Holy Trinity Seminary i Irving i Texas. Han mottok sin Bachelor of Arts i filosofi fra Holy Trinity i 1978 og sin Master of Divinity-grad i 1982 fra University of Dallas.