Etter Japans angrep på Pearl Harbor og den raske fremrykningen i Sørøst-Asia, ble det viktig for AIF å bidra i forsvaret av Australia. Styrkene fra Nord-Afrika ble trukket tilbake, og 6. og 7. divisjon deltok i Papua Ny-Guinea-felttoget, spesielt i det harde Kokoda Track-felttoget, der de spilte en kritisk rolle i å stoppe japansk fremrykning mot Port Moresby.