Det finnes ingen bestemmelse i Traktaten om Den europeiske union eller Traktaten om Den europeiske unions virkemåte som tar hensyn til det nordiske samarbeidet. Traktatene sier dog at internasjonale avtaler medlemsstatene har inngått før de blir medlemmer i unionen fortsetter å være gyldige, selv om de er i strid med unionsrettens bestemmelser. Enhver medlemsstat må likevel gjøre alle nødvendige tiltak for å så snart så mulig korrigere eventuelle motsigelser. Nordisk samarbeid kan derfor i praksis kun utformes i den grad den samsvarer med unionsretten. I EØS-avtalen sier artikkel 21 at bestemmelsene i EØS-avtalen ikke skal være til hinder for samarbeid innen rammen av det nordiske samarbeidet i den utstrekning samarbeidet ikke svekker muligheten for at avtalen kan virke tilfredsstillende.