Etter nederlaget til Xerxes I for grekerne i 480 f.Kr. og athenerne ble mektige, sluttet Fokaia seg til det athenske sjøforbundet og betalte to talent i skatt til Athen. Fokaia gjorde sammen med resten av Jonia opprør i 412 f.Kr., under Peloponneskrigen, med hjelp fra Sparta.