Jo mindre partiklene er, og jo større ladning de har, jo raskere og lenger vil de vandre mot pluss polen. Elektroforesen foregår i en gel. Dette er et geléaktig medium, og er bygget opp av et nettverk av organiske polymere. Gelen hindrer at prøven beveger seg alt for fritt ved strømninger i væsken, og nettverket gir en viss motstand mot diffusjon.