Kertj kom senere under Romerriket, Bysants, Genova og Krimkhanatet. Krimkhanerne bygget fortet Jenikale ved byen. Ved freden i Kutschuk-Kainardji i 1774 ble Kertsj overført til Det russiske keiserdømmet. På 1830-tallet på det påbegynt store og omfattende utgravninger av de antikke kulturminnene i Kertsj.