Hovedorganisasjonen AF organiserte også lærerorganisasjonene. Dette ble tatt opp som sak flere ganger utover på 1990-tallet. Fra 1996 åpnet medlemsbestemmelsene for ledere av Skolefritidsordningen og kontorsjefer som etter hvert ble en yrkesgruppe ved større skoler og medlemstallet passerte 1400. I 1999 ble Eli Vinje forbundets første kvinnelige leder. AF ble splittet ved at Akademikerne ble etablert. Fra 1. juni 2001 søkte NSLF medlemskap i Yrkesorganisasjonenes Sentralforbund (YS). Avtroppende leder, Roald Beck, ble ny redaktør for Skolelederen.