Sutton United ble stiftet i 1898 etter at Sutton Guild Rovers FC og Sutton Association FC slo seg sammen. Mellom 1921 og 1963 spilte Sutton i Athenian League. Fra 1963 og fram til 1986 spilte klubben i Isthmian League før man rykka opp til Football Conference. Sutton var i Conference i fem sesonger før dy rykka ned igjen til Isthmian League. Siden har det vært opp og ned fra de to ligaene.