Keiseren tilbrakte resten av 1000 i Italia uten noen nevneverdige aktiviteter. I 1001 gjorde innbyggerne i den italienske byen Tibur opprør mot keisermakten. Otto III beleiret byen og slo raskt ned opprøret uten å forulempe innbyggerne. Dette provoserte folket i Roma som så på Tibur som en rival og ønsket byen ødelagt. I sin nye politikk overfor pavedømmet overlot Otto III styringen av byen til pave Sylvester II som en del av kirkestaten, men under overherredømme av Det hellige romerske riket. Tidligere hadde Otto III opphevet pavens rettigheter som sekulær hersker ved å avvise og ved å endre .