Kona er oppkalt etter den vestlige delen av øya Hawaii. Hyundai forklarte at navnet "reflekterer livsstilen til moderne kunder", i tråd med det "progressive designet" som modellen representerer. Navnet Kona viderefører også Hyundais tradisjon med å oppkalle crossover-SUV-modeller etter kjente reisemål, som Creta, Santa Fe, Tucson og Veracruz.