Bispedømmet hadde sin blomstringstid på 1100-tallet, da den gotiske domkirken ble bygget og tallrike klostre grunnlagt. Da Bayern i 1180 kom til wittelsbacherne, forble biskopen av Regensburg uavhengig, dvs. riksumiddelbar. Fyrstbiskopene klarte imidlertid aldri å opprette et sammenhengende høystift; de verdslige besittelsene forble spredt og forholdsvis små, hovedsakelig i nærheten av Regensburg, men også enkelte andre steder i de bayerske områdene, f.eks. festningen Kufstein i dagens Tirol. I selve byen var det bare domkirken med tilhørende bygninger som var i biskopens verdslige besittelse. Resten av Regensburg var fordelt mellom den frie riksstaden og tre riksklostre (Niedermünster, Obermünster og St. Emmeram). Attpåtil gikk byen i 1542 over til protestantismen.