Den 22. januar 2009 ble han av den nyvalgte president Barack Obama utpekt som spesialrådgiver for Midtøsten. Han var så med på å forberede de gjenopptatte fredssamtaler i september 2010. Han ledet også den amerikanske delegasjon til Palestine Investment Conference i juni 2010. President Obama kunngjorde den 13. mai 2011 Mitchells fratreden fra vervet fra 20. mai 2011.