Etter sin aktive karriere var han daglig leder i Sandefjord BK i 1991 og trener i Fana IL (1. divisjon) 1992–94. Etter C- og D-trenerkurs trente han Voss FK i 1999. Møller satt i styret for Brann fra februar 1996 til sommeren 1998, og var sportsdirektør for Brann fra 2000 til 2002.