Ekspedisjonen fortsatt nordover langs Australias kyst, unngikk så vidt å forlise ved Great Barrier Reef, verdens største korallrev. I oktober 1770 kom den hardt skadde HMS «Endeavour» fram til havnen i Batavia (dagens by Jakarta) i Nederlandsk India hvor hans mannskap måtte sverge å hemmeligholde de land de hadde oppdaget. De fortsatte reisen den 26. desember, rundt Kapp det gode håp ved Afrikas sørkyst den 13. mars 1771, og nådde fram til den engelske havnen Deal i Kent den 12. juli. Sjøreisen hadde vart nesten tre år.