Etter at mandsjuene i mai 1644 rykket inn i Beijing og etablerte sitt nye Qing-dynasti, bestemte de at hele byens nordlige del skulle rømmes på tre dager for at mandsjuene selv skulle overta den som sin egen bydel. Det var her pater Schall bodde, og her hadde han sitt bibliotek og sine vitenskapelige instrumenter. Skulle han kunne bidra med kalenderberegninger også for den nye keiser, måtte han ha tilgang til sine notater. Han fremla da øyeblikkelig et bønneskriv til den nye regjering om å få bli, og etter at mandsjuene hadde inspisert hans hus fikk han bli, og ble gitt beskyttelsesskriv ikke bare for eget hus, men også for øvrige eiendommer og residenser som jesuittene hadde i byen.