Marie Knutsen begynte sin Toppserie-erfaring i Byåsen, der hun ble i de to første sesongene av lagets tresesongers sammenhengende toppseriespill. I 2002 begynte imidlertid Marie Knutsen i Trondheims-Ørn, men satt for det meste på benken. Som resultat av dette flyttet hun over til Kattem, og spilte sammen med søster Guro laget opp til Toppserien, der de debuterte i 2005. I 2005 debuterte også Marie Knutsen på landslaget, i en kamp mot Frankrike. Imidlertid skal Marie Knutsen ha fått tilbakemelding fra landslagsledelsen at for hennes landslagskarriere hadde det vært en fordel om hun spilte i Toppserien, og dermed forlot Marie Knutsen Kattem da de rykket ned samme år. Marie Knutsen endte opp i Røa, og hun ble en øyeblikkelig suksess. Allerede i hennes første år kom hun til finalen i cupen, der hun, søsteren Guro og resten av Røa slo Asker. Deretter vant hun serien i 2007 og både serien og cupen i 2008.