Skjeormene har hatt en omflakkende tilværelse i systematikken siden de ble oppdaget i 1766. På 1940-tallet ble de gitt sin egen fordi de har en kombinasjon av trekk som ikke likner noen andre dyr: sekundær kroppshule, usegmentert kropp og med en ikke-inntrekkbar stor sugesnabel. Genetiske undersøkelser viser at de hører hjemme blant leddormene, og det er nå allmenn enighet om at echiurene er en gruppe leddormer som har mistet segmenteringen. De rangeres noen ganger som en egen klasse av leddormer.