Den 8. mai tok Rudolf Höss over stillingen som kommandant igjen, spesielt beordret av Heinrich Himmler for å ha oversikt over tilintetgjørelsen av de ungarske jødene, som begynte å komme til leiren samme måned. Adolf Eichmann kom for personlig å inspisere disse drapene. Mot slutten av mai var rundt 100 000 av dem gasset ihjel. Før utgangen av juni var 381 661 ungarske jøder, over halvparten av den opprinnelige jødiske befolkningen i Ungarn, ankommet Auschwitz.