I 2008 ble Finkelstein nektet innreise til Israel. Da han landet på Ben Gurion-flyplassen ved hovedstaden Tel Aviv ble han tatt i forhør og deretter sendt tilbake til Amsterdam. Israelske myndigheter uttalte at Finkelstein ble deportert på grunn av hans antisionistiske synspunkter og kritikk mot Israel. Han ble deretter nektet innreise i Israel de neste 10 årene.