Han endret det den skotske kirkes posisjon. Tidligere var den underlagt den engelske erkebiskopstolen i York, nå hørte den i stedet inn under pavestolen. Til gjengjeld gjorde Klemens den tyske keiser Henrik rasende ved å skjenke kongedømmet Sicilia til Tancred I. Krisen ble akutt da paven døde i 1191.