I 1935 ble Günther utnevnt til professor i raselære ved universitetet i Berlin, der han blant annet sørget for å ansette den senere «sigøynerforskeren» Sophie Erhardt. Erhardt mente den gang at tiden var inne for å bedrive «bevisst rasepolitikk» i Tyskland ved å sile ut psykisk utviklingshemmede mennesker, rhinlandsbastarder (mennesker med både tysk og afrikansk bakgrunn) og jøder. Fra 1940 til 1945 var Günther professor og instituttleder ved Albert-Ludwigs-Universität i Freiburg im Breisgau. Under nasjonalsosialismen mottok han tallrike priser og hedersbevisninger. I 1935 ble han den første vinneren av NSDAPs vitenskapspris, og i 1941 mottok han Goethe-medaljen i kunst og vitenskap fra Adolf Hitlers hånd. I 1938 ble Günther oppsøkt av den norske oppdagelsesreisende Thor Heyerdahl, som forærte ham en hodeskalle fra Marquesasøyene. Günther skal ha blitt henrykt over denne gaven.