Ved Sametingsvalget 2009 ble hun stemt inn på Sametinget for perioden 2009-13, men 25. februar 2010 besluttet Sametingets plenumsmøte at sametingsrådets medlemmer skal tre ut av Sametingets plenum, og bli erstattet av sine varamedlemmer. Mariann Wollmann Magga overtok da Balto Henriksens plass som sametingsrepresentant. Hun var sametingsrepresentant i perioden 2005-2009, og satt da som leder i Sametingets Nærings- og kulturkomite. Hun var visepresident i Sametinget fra 2007 til 2009.