Etter kjemping om høyreback-plassen, som ikke passet ham, flyttet Bonera senere tilbake til midtforsvaret som var svekket. Bonera var i sesongen 2006–07 en av Milans beste spillere. Han fikk ikke fornyet kontrakt med Milan da kontrakten gikk ut sommeren 2015, etter flere skuffende sesonger.