I oktober 2006 annonserte Team CSC at de var blitt enige om å avslutte kontrakten. Noen dager senere ble Basso frikjent for tilknytning til Operation Puerto på grunn av manglende bevis. I november ble det kjent at han hadde skrevet kontrakt med Discovery Channel, til tross for at ProTour-lagene hadde blitt enige om å ikke skrive kontrakt med noen av de involverte syklistene før det hadde blitt en avklaring på saken. Kontrakten varte frem til 29. april 2007 da Ivan Basso bad om å bli løst fra kontrakten etter at saken mot han ble gjenopptatt.