Høsten 1940 fikk Hagelin vervet som sjef for det nyetablerte Innenriksdepartementet, som en del av Josef Terbovens kommissariske statsråder. Han hadde dermed ansvaret for nazifiseringen av kommunene gjennom Kommunalforordningen og for NS-overtagelsen av organisasjonslivet og offentlig forvaltning generelt. Med seg som departementsråd fikk han juristen Thorleif Dahl. De måtte blant annet forsvare "norske" interesser vis-à-vis Terboven, og fikk blant annet trenert et tysk initiativ om en skattereform som skulle finansiere okkupasjonen. Hagelin presset også Quisling for å få til en endelig fredsavtale med Tyskland.