I likhet med de andre øyene i Hebridene kom Canna under norsk suzerenitet fra 1100-tallet. Fra 1300-tallet ble det norske styret erstattet av «the Lordship of the Isles». Canna var kirkegods fra til reformasjonen, og det er ikke sannsynlig at Canna noen gang var direkte del av klan MacDonalds territorium.