I 2005 ble de kommunale skattemyndighetene lagt inn under Skatteministeriet. Tidligere var Skatteministeriets departement og Told & Skat to adskilte størrelser. Skatteministeriet ble pr. 1. januar 2010 et samlet konsern med felles ledelse, men med to myndigheter: Koncerncenteret og SKAT. Koncerncenteret fungerer som stabsfunksjon for hele organisasjonen og den øverste ledelse i Skatteministeriet. Oppgaver omfatter ministerbetjening, lovgivning, strategier, styring, planlegging og utvikling. Myndighetsoppdelingen sikrer at det kun er SKAT som kan treffe konkrete avgjørelser i danskenes skattesaker. I hele Skatteministeriets organisasjon arbeider det ca. 8 000 mennesker.