Pokémon Stadium 2 har ingen fast historie. Fremgang kan oppnås ved å vinne forskjellige trofeer ved en stadion, en turneringsmodus som består av fire "konkurranser" eller å gjennomføre Gym Leader Castle, hvor spilleren tjener merker ved å beseire treningssentre som spesialiserer seg på forskjellige Pokémon-typer. Når alle stadion-troféer er vunnet og Gym Leader Castle er fullført, skal spillerens rival ønske å konkurrere. Å beseire rivalen vil låse opp runde 2, hvor spilleren må utfordre stadion, gymleder-borgen, og rivalen på et høyere vanskelighetsnivå.