Etter hvert har datamengdene blitt for store til å analysere DNA-sekvenser manuelt. Derfor er det behov for smarte algoritmer som kan anvendes på veldig lange sekvenser og store databaser. I sekvensanalyse brukes dynamisk programmering og heuristiske algoritmer. Dynamisk programmering gir optimale resultater, men krever store dataressurser og kan derfor være tidkrevende og upraktisk, mens heuristikker gjør det mulig å søke i de store, globalt tilgjengelige databasene som inneholder milliarder av nukleotider. Folk som jobber med bioinformatikk eller molekylærbiologi bruker for eksempel algoritmer og verktøy som BLAST for å oppdage mutasjoner i DNA-sekvenser. Disse algoritmene brukes også for å sette sammen alle sekvensene som har blitt sekvensert i et genomprosjekt til et helt genom (engelsk: ).