Santos spiller for tiden i Série A, Brasils øverste serie. Klubben har blant annet vunnet Série A to ganger (2002 og 2004), São Paulo-mesterskapet 16 ganger og Copa Libertadores tre ganger. Storhetstiden var på 60-tallet, da Pele spilte for klubben. De to første Copa Libertadores-titlene kom på denne tiden (1962 og 1963; den siste kom i 2011). I tillegg ble São Paulo delstatsmester 8 av 10 ganger mellom 1960 og 1969.