Merulos musikk for tangentinstrumenter fikk svært stor innflytelse, og ideene hans kan man finne igjen hos Sweelinck, Frescobaldi og andre. På grunn av Sweelincks store påvirkning som lærer kan mye av den virtuose nordtyske klaviaturteknikken som kulminerte med Bach sies å nedstamme fra Merulos ideer.