Etter rettssaken mot Émile Zola ble Picquart også anklaget for å ha forfalsket notatet som hadde overbevist han om major Esterhazys skyld. Han ble arrestert og ventet på krigssrettssak mens Frankrikes høyesterett vurderte saken mot Dreyfus. Etter den andre krigsrettssaken, avholdt som en følge av dommen fra høyesterett, søkte Picquart avskjed fra hæren. Rehabiliteringen av Dreyfus i 1906 gjaldt også Picquart og han ble forfremmet til brigadegeneral. General Picquart gikk deretter inn i Georges Clemenceaus første regjering som krigsminister, en stilling han hadde inntil regjeringen falt i 1909.