Bukta ble oppdaget av portugiseren Antonio de Campo, en av Vasco da Gamas kapteiner, i 1502. Handelsmannen Lourenço Marques utforsket de øvre områdene som leder inn i bukta i 1544. Etter dette beordret Johan III at bukta skulle hete . Marques skal ha kalt bukta (portugisisk: «lagunens bukt»). Opprinnelsen til det mer kjente Delagoabukta er ukjent. En tolkning er at Baia da Lagoa på et eller annet tidspunkt ble skrevet feil. En annen tolkning er at i navnet henviser til den portugisiske kolonien Goa, og at Delagoabukta var en nødhavn for portugisiske handelsskip på vei fra Goa til Portugal.