I desember 1871 ble Michel arrestert og bragt inn til domstolen til det sjette krigsråd. Der ble hun anklaget og funnet skyldig i en rekke forhold, deriblant for forsøk på å styrte regjeringen, for å oppfordre franske borgere til å bevæpne seg, for selv å bære våpen og for å bære en militær uniform. I sin forsvarstale sverget hun evig troskap overfor Pariskommunens idéer, og spurte dommerne om de hadde mot til å dømme henne til døden.