Iowas flagg ble innført etter påtrykk fra den patriotiske organisasjonen Daughters of the American Revolution, som tok opp flaggsaken i 1913. Organisasjonen ønsket et flagg basert på delstatens segl. Dette ble i 1917 også vedtatt av Iowas Krigsråd og distribuert til delstatens soldater som da var sendt til Europa for å kjempe i den første verdenskrig. Fordi mange mente et delstatsflagg ville ta oppmerksomheten bort fra USAs nasjonalflagg, ble det ikke fattet formelt vedtak om delstatsflagget før i 1921. Flagget ble da modifisert, etter forslag fra Dixie C. Debhardt, ved at blå og røde sidefelter ble tilført flaggduken. Fargene blått, hvitt og rødt er de franske flaggfargene. Dette skal minne om at delstaten Iowa opprinnelig var en del av Frankrikes amerikanske kolonier og først kom inn under USA i forbindelse med det såkalte Louisiana Purchase.