Yaoundé Nsimalen internasjonale lufthavn og den militære flyplassen Yaoundé lufthavn ligger i byen. Det går jernbanelinjer vestover til havnebyen Douala og nordover til byen Ngaoundéré. Flere busselskaper har ruter i byen, spesielt i bydelene Nsam og Mvan. Det går ofte busser mellom Yaoundé og Douala, som tar ca. 3 timer. Det har flere ganger skjedd store bussulykker langs denne strekningen. Det er veldig mye trafikk i byen i ukedagene, men det er lite trafikk i helgene. Yaoundé har hat stor framgang i byggingen av infrastruktur spesielt med veibygging.