I 1681 ble Cicignon sendt til Trondheim for å lede gjenoppbyggingen av byen etter bybrannen. Han utarbeidet da den byplanen som Midtbyen i Trondheim fortsatt er regulert etter, og som regnes som det fremste eksemplet på en barokk byplan i Norge. Cicignon planla også Kristiansten festning, og han la ned grunnsteinen til denne i 1682. Samme år ble også Kongsvinger anlagt etter en plan av Cicignon. Cicignon har også fått en plass oppkalt etter seg i Trondheim, Cicignons plass, beliggende mellom Krambugata og Søndre gate.