I Kina møtte Giovanni heftig motstand fra syro-orientalerne, kristne med røtter i det gamle perserriket og som allerede lenge hadde etablert seg i Kina, men ble likevel godtatt av hoffet. I 1299/1300 hadde han bygd en kirke med klokketårn og tre klokker i Khanbaliq. Religiøse skrifter ble utgitt. Frem til 1305 hadde han døpt omkring 6 000 konvertitter, og i 1306 var en annen kirke klar i hovedstaden, rett overfor det keiserlige palass. Der var det også verksteder og boliger for to hundre personer. Fra ikke.-kristne familier kjøpte han gradvis 150 gutter på fra syv til elleve år, underviste dem i gresk og latin, skrev salmer og hymner for dem og opplærte dem til å gjøre altertjeneste som ministranter og til å synge i koret.