Knuth var sønn av lensgreve Frederik Knuth og Juliane Marie von Møsting og bror til Julius Knuth. Han giftet seg i Christiania i 1810 med Karen Rosenkrantz (1792-1837 Christiania), datter av stiftamtmann, senere statsråd Marcus Gjøe Rosenkrantz og hans første ektefelle Amalia Tugendreich von Barner og gift 2. gang i 1815 i Skjeberg med norsk generalmajor Carl Frederik Ferdinand Wilhelm Albrecht von Kaltenborn (1785 Drammen-1832 Christiania). De ble foreldre til Frederik Marcus Knuth. Sønnen etterfulgte ham som lensgreve til grevskapet Knuthenborg.