Siden tidlig i 1943 ønsket Himmler å utslette jødene i Generaguvernementet uten hensyn til krigsøkonomien; Krüger ønsket å beholde jødene som arbeidskraft og motsatte seg total utslettelse. Krüger ble etter Hans Franks ønske erstattet som HSSPF av Wilhelm Koppe i oktober; formelt ble myndigheten overført 18. november 1943. Odilo Globocnik ble på ettersommeren 1943 fra Lublin overført til Trieste og hans oppgaver ble overtatt av Jakob Sporrenborg.