Konstantinopel ble i 1204 erobret av romersk-katolske korsfarere. Den romerske kirke anerkjente siden det store skisma (1054) ikke lenger de ortodokse patriarkene. Korsfarerne opprettet en verdslig korsfarerstat, Det latinske riket, og et katolsk patriarkat av Konstantinopel, som eksisterte frem til 1261, men ble videreført som titulærpatriarkat frem til 1964. Den ortodokse patriarken flyttet i 1207 sitt sete til Nikea, som også var eksilsete for den østromerske keiseren. Det fantes dermed to patriarker av Konstantinopel: se liste over latinske patriarker av Konstantinopel for de katolske patriarkene; se under for de ortodokse patriarkene.