Etter at Steve Coppell trakk seg som manager for Reading ble Rodgers raskt favoritten til å erstatte ham. Han distanserte seg senere fra ryktene om at han skulle forlate Watford og uttalte at «jeg konsentrerer meg fullt ut på jobben i Watford», og at de som lenket ham til andre klubber, stilte spørsmål ved hans integritet. 5. juni 2009 skrev Rodgers under kontrakt som manager for Reading, etter at det var blitt enighet om en kompensasjonspakke til Watford på , som senere kunne stige til £1 million. Watfords supporterklubb uttalte at Rodgers' rykte var «alvorlig skadet» i supporternes øyne, men også at de «takket Brendan for hans anstrengelser i sesongen som gikk, og ønsket ham alt godt for fremtiden». Den 11. august 2009 fikk Rodgers sin første seier som Reading-manager, med 5–1 over League Two-laget Burton Albion i ligacupens første runde. Til tross for en god start, fulgte en svært skuffende rekke med resultater, noe som førte til at Rodgers forlot Reading etter gjensidig enighet den 16. desember 2009.