Før 2009-sesongen ble Per Morten Haugen hentet inn som en permanent løsning. Han ble hentet fra sin posisjon som Sportsdirektør i Fredrikstad FK. Moss FK ble hans første utfordring som hovedtrener, men han hadde også vært innom klubben som spiller tidligere. Det ble før sesongen lagt opp til et nøkternt budsjett, noe som gjenspeilet en skuffende 7.-plass som fasit i seriespillet. Økonomien i klubben ble stadig mer kritisk etterhvert som den ene negative økonomiske overraskelsen etter den andre fra fortiden kom opp i dagen. Sesongen 2010 endte med nedrykk til nivå tre i norsk fotball, og i 2011 spiller klubben på sitt laveste nivå på 40 år. Klubben hadde i disse årene flere økonomiske redningsaksjoner, til tross for dette sliter MFK enda med noe gammel gjeld, mesteparten av dette er gammel baneleie til Moss Kommune. Spillerstallen er byttet ut fra dyre profesjonelle spillere til unge talenter fra egne rekker. Snittalderen i første seriekamp i 2011 var bare 21,4 år.