Da Uzun Hasan døde i 1478 ble han etterfulgt av sin sønn Sultan Khalil bin Uzun Hasan (Khalil Mirza), men han ble avsatt etter en sammensvergelse ledet av hans yngre bror Ya'qub bin Uzun Hasan. Ya'qub regjerte fra 1478 til 1490 og opprettholdt dermed dynastiets makt litt lenger. De fire første årene av sin regjeringstid var han stort sett opptatt med å nedkjempe syv andre tronpretendenter. Da Ya'qub døde i 1490 (sannsynligvis forgiftet av sin kone) brøt borgerkrigene ut igjen og hele Ak Kouynlu-regimet gikk i oppløsning og de ble endelig nedkjempet av safavidene i 1501 i et slag ved Nakhitsjevan hvor safavidenes leder Ismail I vant tross tallmessig underlegenhet. Ya'qubs sønner Alwand og Murad trakk seg tilbake til Diyar Bakr og hele Ak Koyunlu-dynastiet mistet sin makt og betydning.