Hans utenrikspolitikk var basert på anti-imperialisme. Han var sterkt i mot den tidligere kolonimakten Frankrikes dominans over landet. Sankara var sterkt kritisk til Verdensbanken og Det internasjonale pengefondet, da han anså at disse utnyttet ulandene. Han mente også Afrika burde gjøre en felles front mot utenlandsk gjeld, da han mente at de fattige og utnyttede ikke hadde plikt til å betale til de rike utnytterne. Sankara nektet å motta utenlandsk bistand, da han anså at «den som mater deg, kontrollerer deg». Takket være en vellykket selvforsyningspolitikk som førte til kraftig økning av matproduksjonen, kunne Sankara redusere sult selv om landet ikke mottok bistand. Han fikk også plantet over 10 millioner trær for å stoppe ørkenspredningen av Sahel.