Den første krisen som Honorius møtte var et opprør ledet av Gildo, og i Nord-Afrika. Opprøret varte i underkant av to år, fra 397 og til 398. Gildos første handling var å holde tilbake skipslaster med korn til Roma, noe som snart utløst sult blant byens befolkning. Stilicho fikk senatet til å erklære krig mot Gildo. Fem tusen soldater under ledelse av Gildos egen bror Mascezel seilte til Afrika for å nedkjempe Gildo og hans sju tusen soldater. Mascezel var motivert da Gildo hadde myrdet hans to sønner. Istedenfor et blodbad endte slaget i en parodi. Da Mascezel møtte en av Gildos fanebærere, hogde han over armen til fanebæreren slik han slapp fanen. De andre fanebærerne antok at de overga seg og slapp sine faner og soldatene overga seg uten blod ble spilt. Mascezel erklærte seier. Guildo forsøkte å flykte i et skip, men vinden sendte ham tilbake og han begikk selvmord.