Barn med Zellwegers syndrom har ofte svake muskler, noe som fører til at de ikke beveger mye på seg. Syndromet fører ofte med seg at de har problemer med å suge og svelge, lav fødselsvekt og er kortere i høyden enn gjennomsnittet. Barn har ofte kramper og en forsinket motorisk og mental utvikling.