Etter 1535 var Widmannstetter sekretær for kardinal Nikolaus von Schönberg. Imponert etter Widmannstetters undervisning om Copernicus' tanker skrev kardinalen til Copernicus i 1536, og oppfordret ham til å publisere (noe Copernicus gjorde, men ikke på flere år - det skjedde i 1543, rett før han døde).