I 1651 kom Mather inn på Harvard hvor han delte rom med og studerte under John Norton. Da han tok eksamen i 1656 med en Bachelor of Arts, begynte han trene for å bli prest og fa sin første preken på sin 18. fødselsdag. Han forlot deretter Massachusetts og seilte til Irland hvor han studerte ved Trinity College i Dublin for en postgraduate master. Han tok eksamen i 1659. og tilbrakte de neste tre årene som kapellan til en garnison på Kanaløyene.