På bakgrunn av drapene gjorde Muratov seg til talsmann for å la journalistene få bære våpen: «Enten må vi forsvare oss selv, eller vi får skrive om ufarlige ting». Muratov har markert seg som en kritiker til den autoritære utviklingen i Russland og til annekteringen av Krim i 2014. Han støttet protestene i Belarus i 2020–2021. Muratov er medlem i partiet Jabloko.