Omkring 20 % av befolkningen er etniske albanere og myndighetene fryktet etter uavhengigheten at det skulle bli diskusjon om grensejustering mot Albania og Kosovo. Under Kosovokrigen våren 1999 økte flyktningstrømmen sterkt og makedonske myndigheter forsøkte å holde antallet flyktninger nede av frykt for at den etniske balansen i landet skulle bli forskjøvet betydelig. Etniske albanere i Nord-Makedonia har hatt en større befolkningsvekst enn befolkningen for øvrig. Etniske albanere har minoritetsretter og det oppsto gnissninger da et albansk universitet ble opprettet i Tetovo i 1995 mot myndighetenes ønske. Albanske partier har deltatt i regjeringskoalisjoner. Krav om likestilling mellom albansk og makedonsk språk har blitt avvist av etniske albanere.