Da korstoget hadde inntatt Konstantinopel fikk Conon en rekke viktige stillinger i Det latinske riket. Han fikk i 1204 tittelen «protovestarius» med ansvar for statsfinansene. Han spilte også en viktig rolle i Balduin I’s forhandlinger med Bonifatius av Montferrat, øverste leder for Det fjerde korstog og senere konge i Thessaloniki, før slaget ved Adrianopolis i 1205 mot bulgarerne. I dette slaget ble Balduin I tatt til fange og drept. I 1209 underskrev han Sapienza-traktaten på keiserens vegne.