Sammen med stormandarinen Xu Guangqi lot han seg undervise av pater Ricci fra 1604 til 1607 om en rekke naturvitenskapelige emner etter vestlig manér: matematikk, hydraulikk, astronomi og geografi. De ble også grundig undervist i katolsk tro. Studiene gikk hånd i hånd med oversettelseshjelp. Slik ble han en av pater Riccis nærmeste medarbeidere, og hjalp ham og senere andre jesuitter med å oversette og opphøye til godt klassisk kinesisk en rekke vestlige verker om vestens naturvitenskap. Faktisk var det kontakten med Li og Xu som forløste pater Riccis erkjennelse av den umåtelige misjonsstrategiske betydning av å oversette vitenskapelige verker; før 1603 hadde han knapt oversatt noe i den gate, og for det meste nøyd seg med kuriosa som verdenskartet, klokker og andre tekniske og hydrauliske innretninger. Blant de verkene Li var med på å oversette, var Kristoffer Clavius aritmetiske grunnverk fra 1585, det kom ut i 1614 (etter Riccis død) som . Verket gjenga også Claviers beskrivelser av og kommentarer til eldre astronomi, som Johannes de Sacroboscos (ca. 1230: Clavius: , Roma 1570), og mer koderne skrifter som et om astrolabiet (Clavius: , Roma 1593). I tillegg til å gi en systematisk innføring i europeisk matematisk metode og notasjon hadde Li inkludert elementer fra kinesisk tradisjonell matematikk.