Da han blei konge for andre gang etter sin bror Birendra, sto både den unge kronprins Dipendra og hans lillebror foran ham i arverekka. Mindre enn noen gang venta folk at Gyanendra kunne komme tilbake. Men 1. juni 2001 ble kong Birendra og hele hans nærmeste familie, inklusive de to prinsene som sto foran Gyanendra i arverekka, drept i et mystisk blodbad på slottet i Katmandu.