Etter pavens tilbakekomst til Roma var Bedini fra 1849 til 1852 atter pavelig diplomat. Han ble sendt som legat og ambassadør til Bologna. Rett etter hans ankomst tid ble Ugo Bassi bragt til byen; den italienske patriot Bassi var blitt tatt til fange av Østerrike-Ungarns styrker ved Comacchio. Han ble skutt i Bologna den 8. august 1849. Mange tilhengere av denne patriot beskyldte Baldini for på ha vært passiv og ikke hadde prøvd å berge Bassi. De så bort fra at kardinalen ikke kunne ha hatt særlig gjennomslagsfraft blant østerrikerne i noe fall.