Microsoft annonserte utgivelsen av sin egen versjon av OS/2 den 2. april 1987, men samtidig arbeidet selskapet på en 32-bits-utgave av et nytt operativsystem, Microsoft Windows NT, ved å benytte utviklingen og ideene fra OS/2. 16. mai 1991 erklærte Bill Gates til Microsoft-ansatte at samarbeidet om OS/2 var over, og at selskapet heretter kom til å konsentrere seg om Windows og Windows NT. Nyheten ble mottatt med overraskelse, og utenfor selskapet ble det fremmet anklager om at Microsoft med vilje hadde villedet markedet. Windows NT ble utgitt den 21. juli 1993 med en ny modulær kjerne og et programmeringsgrensesnitt (API) for programmere Win32-programmer, noe som gjorde det lettere å overføre tidligere 16-bits Windows-programmer som var basert på MS-DOS. Straks Microsoft informerte IBM om Windows NT var partnerskapet for å frambringe OS/2 i praksis over. I følgende år ble OS/2, som IBM utviklet alene, mindre og mindre populært, og forsvant til sist helt. Microsoft Windows hadde helt og holdent overtatt PC-plattformen.