Skipet ble bygget i klink med eldre byggeteknikker som også var brukt for det nordiske vikingskipet, blant annet vidtrekkende bruk av hugde bord fra eiketrær fremfor sagde bord som hadde kommet sammen med koggene i middelalderen til Norden. Store deler av skroget var relativt godt bevart fram til hevningen i 1930, hele kjølen var intakt mens akterskipet var tilintetgjort. Under rekonstruksjonsarbeidene fram til nyere tid ble det oppdaget at fartøyet hadde et akterspeil. Denne interessante detaljen gjør Riddarholmsskeppet til det eldste kjente eksemplet i Norden som har blitt utgravd og fullstendig undersøkt, med denne konstruksjonen i akterskipet.