Den 13. januar 1991 måtte Späth gå av som ministerpresident etter den såkalte Traumschiff-Affäre. Han ble i juni 1991 direktør for i Jena (tidligere Carl-Zeiss-Jena) og ledet dette selskapet i januar 1996 som styreformann under navnet JENOPTIK AG på børsen. Hans virksomhet her endte i juni 2003.