De første 8 årene holdt konservatoriet til i den gamle Latinskolen i Tromsø sentrum. Natt til 7. januar 1979 brant Latinskolen og alt materiell gikk tapt. Undervisning og administrasjon ble spredt over hele byen. Virksomheten ble forvaltningsmessig fullt ut overtatt av staten som en statlig høgskole i 1980 og ble med dette det første statlige musikkonservatoriet i landet. Ketil Vea overtok som rektor i 1985, Poul Erik Hansen hadde da vikariert som rektor for Bernt Johan Ottem i til sammen 3 år, og i oktober 1985 flyttet konservatoriet sammen med Tromsø Musikkskole inn i nye lokaler i Krognessveien. Fra 1989 overtok Kjetil Solvik som rektor, og ble i stillingen fram til sammenslåingen med de øvrige høgskolene i Tromsø til Høgskolen i Tromsø i 1994. Musikkonservatoriet inngår etter denne omorganiseringen som hoveddelen av Avdeling for kunstfag ved Høgskolen i Tromsø. Ved behandlingen av statsbudsjettet for 1996 vedtok flertallet på Stortinget å gi startbevilgning til påbygg i Krognessveien, (et behov som ble meldt inn allerede i 1988), og byggingen ble satt i gang i april 1996, med planlagt ferdigstillelse våren 1997.