Fredrikke Waaler var datter av gårdbruker og sorenskriverfullmektig, senere protokollfører i Kristiania byrett Paul Emil Rynning (1818-1906) og forfatter Anne Margrethe Holtermann (1830-1887). Hun ble gift 7. januar 1893 i Kristiania med legen Peder «Per» Ferdinand Waaler (1866-1926). Hun var mor til Erik Waaler, Georg Waaler og Rolf Waaler, og farmor til Bjarne A. Waaler. Hun var dessuten søster av Lorents Rynning.