Hans andre periode ble preget av ettervirkningene av den økonomiske krisen i Venezuela på 1980-tallet, som førte til en rekke sosiale kriser, blant annet oppstanden El Caracazo den 27. februar 1989. Perez gav ordre til brutal kamp mot demonstrantene, og sikkerhetsstyrkene drepte 275 personer (noen mener så mange som 3000). El Caracazo er den verste massakre i landets historie. I 1993 ble han den første venezuelanske presidenten som ble tvunget ut av presidentkontoret av Høyesterett, etter at han ble anklaget for underslag på 250 millioner kroner.