Det er sikkert at i løpet av senere i tidlig dynastisk periode ble Gilgamesj dyrket som en gud ved flere steder over hele Sumer. På 2000-tallet f.Kr. tok Utu-hengal, konge av Uruk, til seg Gilgamesj som skytsgud. Kongene av tredje dynasti i Ur (ca. 2112 – ca. 2004 f.Kr.) var særlig glad i Gilgamesj, og kalt ham for deres «guddommelig bror» og «venn». Kong Shulgi av Ur (2029 – 1982 f.Kr.) erklærte seg som sønn av Lugalbanda og Ninsun og som bror av Gilgamesj. I århundrenes løp kan det ha skjedd en gradvis opphoping av fortellinger om Gilgamesj, muligens avledet av de virkelige livene til andre historiske figurer, slik som Gudea, en hersker av Lagusj fra andre dynasti (2144–2124 f.Kr.). Bønner innrisset på leirtavler er rettet til Gilgamesj som en dommer av e døde i underverden.