Benjamin Netanyahu ble født den 21. oktober 1949 i Tel Aviv. Hans far, Benzion Netanyahu (født i Warszawa, da med etternavnet Mileikowsky; 1910–2012), var historiker som spesialiserte seg på den jødiske gullalder i Spania. Netanyahus farfar, Nathan Mileikowsky, var rabbiner og sionistisk forfatter. Da Netanyahus far emigrerte til Israel, hebraiserte han sitt etternavn fra til ( = Gud har gitt). Skjønt familien er hovedakelig askenaser, har han opplyst at en DNA-test avdekket også noe sefardisk opphav. Han mener å ha Vilna Gaon («Vilniusgeniet», en berømt rabbiner) blant sine forfedre.