Fokaia sluttet seg i 500 f.Kr. til det joniske opprør mot Persia. Dionysis, en fokaier, ble valgt til å lede den joniske flåten i det avgjørende slaget ved Lade i 494 f.Kr., noe som indikerer deres dyktighet til sjøs. Men det var tydelig at Fokaias lykke var nedadgående da de bare klarte å stille med tre skip av totalt 353. Den joniske flåten ble beseiret og opprøret tok slutt kort tid etterpå.