Sommeren 1988 var det på tide å hente ny målvakt, og da hentet Ferguson sin gamle elev i Aberdeen, Jim Leighton. Det viktigste kjøpet denne sommeren var nok likevel Mark Hughes. Dette var en av de hederlige unntakene i klubbens juniorakademi. Han var en råsterk angrepsspiller som hadde suksess under Atkinson, men etter eget ønske blitt solgt til utlandet og FC Barcelona. Suksessen uteble, og nå klarte klubben å hente ham tilbake. Forventningene til Hughes og McClair i angrepet var enorme, men samspillet mellom dem var ikke optimalt selv om de var glimrende spillere individuelt. Både fansen og styret var enige om at Ferguson måtte få tid å bygge opp laget, men da klubben endte på 11.-plass i sesongen 1988-89 begynte kritikken å hagle fra supporterne. Martin Edwards og resten av styret så imidlertid hvilken jobb Ferguson la til grunn, og hadde fortsatt full tillit. Dette viste seg også da det skulle fordeles økonomiske midler til spillerkjøp. Sommeren 1989 handlet klubben inn en rekke kostbare spillere: Mike Phelan, senere assisterende manager for Ferguson, og den gang kaptein for Norwich. Gary Pallister satte ny overgangsrekord da han kom fra Middlesbrough. Neil Webb var en av stjernespillerne på både England og Nottingham Forest. Danny Wallace var storscorer for Southampton FC og Paul Ince var West Ham Uniteds «sorte juvel». En tilsvarende satsning hadde man aldri tidligere sett i Manchester United, og nå ble forventningene siktet inn mot ligagull. Sesongen startet da også glimrende med 4-1 seier hjemme på Old Trafford mot selveste Arsenal. Sesongen videre var en katastrofe, og laget var ikke langt fra nedrykksstreken. Det var tydelig man trengte tid på å bli samspilte. På Fergusons treårsdag som manager hengte fansen opp en banner på Old Trafford med følgende tekst: «Three years of excuses; Ta-ra Fergie». I FA-cupen haltet laget seg videre etter en mirakuløs 1-0 seier borte mot Nottingham Forest. Det var forventet at Ferguson skulle få sparken hvis laget tapte denne kampen. I samtlige runder ble United trukket til å spille på bortebane, men det kom seg videre og nådde selveste finalen på Wembley. Der møtte man Crystal Palace, og det ble en forrykende forestilling med 3 mål til hvert av lagene. Omkampen ble vunnet 1-0 etter mål av Lee Martin. Dette regnes som det store vendepunktet for Manchester United i Ferguson-perioden.