Striden med bispedømmet Ratzeburg handlet likeledes om krav og rettigheter. For Magnus' vedkommende endte det med en forskrekkelse: Magnus ble bannlyst av kirken, og hele hans land ble belagt med interdikt. Først i 1519 ble det oppnådd et forlik, utvirket av biskop Johann av Lübeck og hertugene av Mecklenburg.