Etter slutten av totalitarismen jobbet han som eksekutivsekretær for Den katolske biskopskonferanse i Slovakia i 1990–91. Fra 1992 og utover fortsatte han med teologistudier ved Lateranuniversitetet i Roma, som han fullførte i 2000 med en avhandling om de kosmologiske ideer hos russiske religiøse tenkere på 1800- og 1900-tallet.