Simeon ble værende som abbed i ti år etter dette, men følte i større og større grad at de administrative pliktene gikk på bekostning av hans eget bønneliv. I 1005 trakk han seg derfor tilbake for å vie seg fullstendig til bønn. På dette tidspunktet hadde Simeon også kommet i konflikt med en av patriarkens rådgivere, som anklaget Simeon for teologiske mangler, på grunn av hans fokusering på at åndelige opplevelser var viktigere enn teologisk terminologi. I 1009 kulminerte denne konflikten i at Simeon ble forvist av patriarken og biskopene. Simeon hadde da etablert en årlig minnehøytid for den avdøde Simeon studitten, noe som ikke var offisielt godkjent. På grunn av dette ble han deportert til en liten by ved svartehavskysten sammen med noen trofaste disipler. De dannet et lite klosterfellesskap, der Simeon var fram til sin død i 1022. Simeon brukte disse årene til å skrive åndelige bøker og fordype seg i bønn. Det var i denne perioden de mest kjente av Simeons hymner ble skrevet. Kort tid etter deporteringen fikk Simeon oppreisning fra patriarken, og skal også ha blitt tilbudt en erkebispestol i en større by, uten at han valgte å dra tilbake.