Elva har sine kilder omtrent 70 kilometer sør for Minsk i Belarus og renner inn i Litauen sørvest for byen Druskininkai. På de siste 120 kilometrene er den grenseelv mellom Litauen og Kaliningrad oblast i Russland. Nemunas renner til sammen 475 kilometer i Litauen. Ved elva ligger Kruonis vannkraftverk.