Perim er vulkansk. Den har et areal på 13 km² og når en maksimal høyde på 65 moh. Det 3,2 km brede sundet Bab Iskender skiller Perim fra Ras Menheli på fastlandet i Jemen. Fra Perim til kysten av Djibouti i vest er det rundt 26 km. Øya er dannet av et vulkansk krater som er hesteskoformet. På sørkysten er det to bukter. Den største av dem, Brown Bay, har gode ankringsforhold.