Denne tyske patriotismen betød ikke at von Galen la til side sin kritikk mot nazismen. I et brev til Adolf Hitler av 9. juni 1939 htok han avstand fra Hitlers misbruk av av 28. februar 1933 til å forfølge katolikker og gi det hemmelige statspoliti rom for uhemmet maktbruk. Patriotismen innebar heller ikke at han stilltiende aksepterte overgrep mot østeuropeiske krigsfanger: I juli 1943 protesterte han mot at kvinnelige tvangsarbeidere fra Øst-Europa ble underkastet tvangsaborter, og han påla sine polskkyndige prester å bryte regimets forbud mot å la de polske arbeidere motta sjelesorg på sitt morsmål.