I 1971 ble Whittaker valgt til visepresident for Ecological Society of America. Han ble i 1974 medlem av National Academy of Sciences og i 1979 ble han valgt til medlem av American Academy of Arts and Sciences. I tillegg fikk han æresmedlemskap i British Ecological Society og Swedish Phytogeographical Society. Da han døde var han også president i American Society of Naturalists.