I løpet av de neste få årene begynte han å drive bort fra president Kruger. Han mislikte respektløsheten mot Kapps interesser som Krugers politikk medførte. Hofmeyr fryktet at Transvaal etter sin plutselige velstand på grunn av oppdagelsen av gull i 1886, kunne overskygge all annen nederlandsk innflytelse i Sør–Afrika. Fremfor alt var han overbevist om at den britiske marines beskyttelse var uvurderlig for Sør–Afrika. Han var imot Krugers intriger med Tyskland og hans intensjon om å skaffe seg tilgang til havet for å få kontakt med fremmede makten for enhver pris.