De ordinære domstolene i Thüringen tilhører det føderale domstolssystemet. Delstatens øverste domstolsinstans er Oberlandesgericht som har tilholdssted i Jena. Forvaltningsrettslige saker behandles i et eget rettssystem. Thüringens høyeste forvaltningsdomstol (Oberverwaltungsgericht) holder til i Weimar. Delstatens forfatningsdomstol ligger utenfor det alminnelige appellsystem, og holder sine møter i Weimar.