Kwantunghæren var også ansvarlig for noen av de alvorligste japanske krigsforbrytelsene, som systematiske forsøk med biologisk og kjemisk krigføring, utprøvd på mennesker av Enhet 100 og Enhet 731. Kun tolv medlemmer av hæren ble dømt i krigsforbryterrettssakene i Khabarovsk.