De første indikasjoner på et selskap ved navn den hvite lotus stammer fra slutten av 1200-tallet. Mongolenes styre av Kina, det vil si Yuan-dynastiet, avfødte små men populære markeringer mot fremmedstyret. Den hvite lotus tok del i noen av disse protestene som de ble mer og mer utbredte. Mongolene betraktet Den hvite lotus som en heterodoks religiøs sekt og forbød den, noe som førte til at dens videre liv måtte utspille seg i det skjule, som et hemmelig selskap. Som hemmelig selskap var bidro den til en form for nasjonal opposisjon og religiøs antimongolsk mobilisering.