Ivan IV ble etterfulgt av sønnen Fjodor, som var mentalt tilbakestående. Det egentlige styret hadde derfor Fjodors svoger, bojaren Boris Godunov, som er kjent for å ha avskaffet Jurijdagen, den eneste gangen i året da livegne kunne flytte fra en landeier til en annen. Den kanskje viktigste hendelsen under Fjodor var opprettelsen av patriarkatet i Moskva i 1589, som skapte den helt selvstendige og fraskilte russisk-ortodokse kirken.