Den største forskjellen mellom de to teoriene er at Arrhenius-teorien forsøker å modellere reaksjonen (enkelt- eller flertrinn) som en helhet, mens overgangstilstandsteori modellerer de enkelte elementære trinnene som er involvert. Dermed er de ikke direkte sammenlignbare, med mindre den aktuelle reaksjonen bare innebærer et enkelt elementært trinn.