Hans kritikk av fascismen vedvarte. Den ble enda sterkere da Benito Mussolini innførte raselovene av 1938, og gikk inn i krigen i 1940. Etter at italiensk politi raidet kontorene hans den 29. september 1943, rømte La Pira til Siena og deretter til Roma. Den 30. september utstedte guvernørskapet for Vatikanstaten identifikasjonsdokument som ansatt i L'Osservatore Romano for å holde ham trygg. Han vendte tilbake til Firenze i september 1944.