I mange forsøk som involverer profilering av genuttrykk måles genuttrykket under to eller flere eksperimentelle tilstander, og man ønsker å identifisere de genene som er endret mellom tilstandene. Grunnen til dette er at, en endring i mengden mRNA kan være en indikasjon på at cellen trenger mer eller mindre av proteinene som et bestemt mRNA koder for. For eksempel så kan høyere nivå av mRNA som koder for alkohol dehydrogenase tyde på at en celle eller vev svarer på økt nivå av etanol i miljøet deres. På samme måte kan det tenkes at en bestemt membranreseptor kan være involvert i brystkreft dersom en brystkreftcelle uttrykker høyere nivå enn en normalcelle av mRNA molekylet som koder for reseptoren. Medisiner som virker på denne reseptoren vil dermed kunne ha mulighet til å hindre eller behandle brystkreft. Profilering av genuttrykk vil muligens kunne bli viktig for diagnostisk testing.