Merneptah var antagelig det fjerde barnet til Isetnofret I, den andre hustruen til Ramses II, og han var selv gift med dronning Isetnofret II, som antagelig var hans søster ved at hun hadde samme navn som deres mor. Det er antatt at Merneptah også giftet seg med dronning Takhat og at en av hans sønner etterfulgte ham som Seti II. De var også foreldre til prins Merenptah, og muligens til tronraneren Amenmesse, og dronning Twosret, søster og hustru av Seti II, og senere farao i egen rett.