Fyrstedømmet ble oppretta i 1252 da fyrstedømmet Anhalt ble delt opp i tre deler: Anhalt-Aschersleben, Anhalt-Bernburg og Anhalt-Zerbst. I 1468 var det ingen arvinger av den regjerende familien som kunne overta, derfor ble Anhalt-Bernburg innlemma i Anhalt-Zerbst. Dette fyrstedømmet ble i 1603 delt inn i Anhalt-Dessau, Anhalt-Köthen, Anhalt-Plötzkau, Anhalt-Bernburg og Anhalt-Zerbst. I 1635 ble Anhalt-Harzgerode et eget fyrstedømme, men det opphørte i 1706 og ble da igjen en del av Anhalt-Bernburg. I 1718 ble fyrstedømmet Anhalt-Bernburg-Schaumburg-Hoym oppretta, men ble gjenforent med Anhalt-Bernburg i 1812.