Trollflaggermus overvintrer først og fremst i trær, men også i flaggermus- og fuglekasser, vedstabler, samt i bygninger og fjellsprekker . Et langvarig ringmerkingsprogram i Øst-Tyskland viste en høystalder for hanndyr på 14 og for hunndyr på 12 år, mens gjennomsnittlig levealder var hhv. 2,1 og 2,7 år . En studie fra Øst-Tyskland viste at 75 % av hunndyrene i en ynglekoloni er 1-3 år gamle .