Han ble født som sønn av Mariano Ysagun og Bonifacia Manalo. Senere, etter morens død, endret han etternavn til Manalo. Motivet var ikke alene å hedre morens minne, men å styrke sitt oppdrag ( betyr på tagalog). Det hevdes også at han kan ha tenkt på at Manalo-familien var en meget fremstående slekt i Taguig, og navnet dermed inngav mer oppmerksomhet.