I 1942 ble han utlevert til USA og arbeidet for presidentens S-prosjekt, som besto i å fremskaffe informasjon om rundt 400 nazistiske ledere. Han utarbeidet en 68-siders rapport om Adolf Hitler og bidro til en rapport for forløperen til CIA. Rapporten het «Analysis of the Personality of Adolph Hitler». I 1944 ble Hanfstangl tilbakeført til Storbritannia, som repatrierte ham til Tyskland etter krigens slutt.