Da nyheten om den bysantinske deltakelsen på konsilet ble kjent kom det til store protester i Konstantinopel. Motstanden mot unionen var stor spesielt blant munkene og blant «arsenittene», tilhengerne av den tidligere patriark Arsenios som ble avsatt 1265. En av lederne for anti-unionistene var Mikael VIII’s søster Eulogia som søkte tilflukt hos sin datter Maria som var gift med tsaren av Bulgaria. Sønnene til keiser Mikael II Komnenos Dukas i Despotatet Epirus stilte seg også på anti-unionistenes side og ga støtte til de som ville flykte fra Konstantinopel. Mikael VIII forsøkte først å vinne fram med overtalelser, men måtte snart ty til makt for å få bukt med motstanden. Flere ledende anti-unionister ble mishandlet og blindet, det ble innført dødsstraff for å lese eller være i besittelse av brosjyrer med innhold rettet mot keiseren.