Blastocystis hominis er vanligst og diagnostisere ved påvisning av parasitten fra avføringsprøver. De fleste laberatorier benytter imidlertid mikroskopi (ved burk av for eksempel trichrome stain). Detektering av Blastocystis hominis i innfiserte individer ved hjelp av mikroskopi har imidlertid vist seg og ha veldig lav detekteringsrate (sensitivitet) ifølge nyere forskning. Ifølge en studie publisert i Parasitologist United Journal i 2008 har mikroskop metoden kun ca 60% detekteringsrate i individer som faktisk har Blastocystis hominis, dyrking av Blastocystis hominis har ca 90% detekteringsrate sett opp i mot PCR (Polymerase chain reaction ) som ble benyttet som gullstandard i denne undersøkelsen. For å få tilstrekkelig hoy detekteringsrate i metoden som de fleste laberatorier benytter kan det derfor være nodvendig og ta en lang serie med avforingsprøver fra samme person for dermed og forbedre senistivitetn på denne testen.