Niinistö ble tildelt æresdoktorgrader i administrasjonsvitenskap ved Tammerfors universitet i 2010, i rettsvitenskap ved Åbo universitet i 2011 og Universitetet i Budapest i 2012 samt i idrettsvitenskap ved Jyväskylä universitet i 2013. Han ble utnevnt til ærespresident i Det europeiske folkeparti i 2003.