Provinsen er oppkalt etter misjonsstasjonene til Jesuittene som ble etablert i området. Av de 15 som ble etablert i Argentina, lå 11 i det som nå er provinsen Misiones. 4 av disse ble satt på UNESCOs liste over verdensarv i 1984: San Ignacio Mini, Nuestra Señora de Santa Ana, Nuestra Señora de Loreto, Santa María la Mayor.