Tidlig i 1993 valgte parlamentet Cyprien Ntaryamira, også han en hutu, til president. Han ble drept sammen med presidenten i Rwanda da flyet de satt i ble skutt ned. Dette økte flyktningstrømmen til Rwanda. Også den neste presidenten var en hutu; lederen for parlamentet, Sylvestre Ntibantunganya, ble utnevnt til president i oktober 1994. I løpet av få måneder brøt det ut en bølge av etnisk motivert vold som startet med en massakre på hutuflyktninger i hovedstaden, Bujumbura, og at Union pour le Progrès national, et tutsidominert parti, trakk seg fra regjeringen og parlamentet.