Ruhnu tilhørte Sverige mellom 1621 og 1708 (formelt til 1721), og deretter Det russiske keiserdømmet fram til første verdenskrig. Under første verdenskrig var øya okkupert av Tyskland. Etter krigen ønsket enkelte at Ruhnu (Runö) igjen skulle bli en del av Sverige, og Latvia gjorde også krav på øya, men innbyggerne på øya valgte å bli en del av det nye, uavhengige Estland. En folketelling i 1934 viste at øya hadde en befolkning på 282, hvorav 277 var etniske svensker og 5 var etniske estlendere.