Han reiste også til Danmark, hvor han var den første misjonær. Han kjøpte fri tretti slavegutter der, og etter å ha kristnet dem tok han dem med seg, men dette førte ikke til noe ytterligere arbeid i Danmark. Under hjemfarten fra Danmark førte dårlig vær til at han måtte gå iland på Helgoland. Danskene og friserne regnet dette som et hellig sted, og det var tabu å drepe noe levende vesene, spise noe som vokste der eller hente opp vann fra en brønn uten at det skjedde i fullstendig stillhet. Willibrord ville demonstrere at dette var overtro, og drepte noen kyr, døpte tre personer ved en kilde og snakket svært høyt mens han gjorde dette. Ingenting skjedde, og de som så på var usikre på hvorfor guden ikke inngrep. Men den frisiske herskeren Radbod tok affære, og ofret en av Willibrords ledsagere for å blidgjøre guden.