De fleste av Svalbards 100 arter av fisk kan påtreffes i Isfjorden. Mest vanlig i indre fjorder er den lille ål-liknende hornkvabbe-slektningen rundhalet langebarn (), som lever i fjordbunnens sedimenter, og små medlemmer av ulkefamilien (Cottidae) – såsom slektene og , og da spesielt artene arktisk knurrulke (), tiskjegg (), vanlig ulke og tornulke (). Viktigst for sjøfugl og sel er kanskje polartorsken (), som er forbundet med is og tidvis danner stimer.