En annen innvending mot bruk av bioetanol er relatert til dens effektivitet og klimagassutslipp sammenlignet med bioelektrisitet. En studie viser at biomassen kan gi betydelig større effektivitet og mindre klimagassutslipp når den brukes til produksjon av bioelektrisitet fremfor bioetanol. Det påpekes at det samme dyrkningsarealet kan gi en gjennomsnittlig økning i kjørelengde på 81% og en reduksjon av klimagassutslippene med 54% dersom avlingen brukes til produksjon av elektrisk energi, i stedet for bioetanol. Det er imidlertid viktig å understreke at denne kritikken hovedsakelig gjelder bruk av bioetanol i forbrenningsmotorer. Brenselceller, som omdanner bioetanol til elektrisitet for å drive en motor, kan potensielt være mer effektive og miljøvennlige enn tradisjonelle forbrenningsmotorer, og omfattes dermed ikke nødvendigvis av samme grad av kritikk.