Brancati ble den av misjonærene der som grunnla flest nye menigheter. I en periode var han ansvarlig for jesuittenes misjon i og rundt Shanghai, og ble da i vesentlig utstrekning veiledet av den høytstående kinesiske katolikk enkefru Candida Xu, som også finansierte flertallet av de mange titalls kirker og kapeller som Brancati bygde (tall som nevnes er mer enn 90 kirker og 49 kapeller). Han opprettet også konfraterniteter for kateketer for bedre å gi dem den utdannelse de trengte; den første konfraterniteten grunnla han i 1660.