Etter 1997-sesongen gikk Hansen til FK Gevir Bodø i 2. divisjon, hvor han var spillende trener i to sesonger, før han la fotballen på hylla for en tid. I 2011 påtok han seg treneransvaret for Bodø-klubben Junkeren i 3. divisjon, en rolle han hadde i fire år. I løpet av tida i Junkeren fikk han selskap av sin tidligere lagkamerat og Glimt-legende, Runar Berg, som spilte ett år for klubben. Etter 2014-sesongen ga Hansen seg som trener for Junkeren. I dag er Tommy Hansen yrkesfag-lærer ved Bodø videregående skole, på elektro linjen.