Pave Pius XII har blitt beskyldt for passivitet overfor Nazi-Tysklands jødeforfølgelser under andre verdenskrig. Han har blitt kritisert for å ikke ha brukt sin moralske autoritet mot holocaust. Dette er av teologisk relevans fordi paven innenfor den katolske kirke hevdes å være ufeilbarlig. Pius' passivitet skyldes ikke nødvendigvis antisemittisme (som paven imidlertid tidlig erklærte som uforenlig med kristen tro), men at pave Pius XII, helt siden han var nuntius i Tyskland, hadde arbeidet for å styrke Den katolske kirkens makt og innflytelse, og at kritikk av de tyske makthaverne ble underordnet denne målsettingen. Pius har ikke blitt beskyldt for å medvirke til eller å støtte Holocaust, og paven nevnes knapt i autoritative verk av Raul Hilberg og Leni Yahil. Mens de allierte forberedte rettsoppgjør i Nürnberg og avnazifisering av Tyskland, forsvarte Pius Tyskland og landets katolske borgere og omtalte dem som helter og martyrer. I slutten av 1945 hevdet Pius at katolikkene i Tyskland helhjertet hadde motsatt seg nazismen. Pius var overbevist om at kommunismen var den største trusselen mot vestlig kristenhet og mente at et sterkt Tyskland sentralt i Europa ville være et bolverk mot Sovjetunionen. Forgjengeren Pius XI anså rasismen som den største trusselen og uttalte seg offentlig mot antisemittisme og rasisme. I forbindelse med Hitlers offisielle besøk i Italia i 1938 trykket Vatikanets avis en forside som fordømte nazistenes rasistiske ideer og forbød katolikker å forfekte slike ideer. I 1941 var Ante Pavelić, leder for de kroatiske fascistene, i audiens hos paven. Den britiske ambassadøren til Vatikanet advarte om at slikt ville undergrav pavens moralske autoritet.