Bekken var ungdomsprest på Bøler i Oslo i perioden 1972–1975, vikarprest i Lyngen i Troms i 1976, og stiftskapellan i Nord-Hålogaland i perioden 1976–1982. Fra 1982 til 1985 var han heltids sekretær for det offentlige utvalget som utredet spørsmålet om behandlingen av lærespørsmål i Den norske kirke (NOU 1985:21). Bekken tiltrådte som sokneprest i Vålerenga og Gamlebyen i 1985. Mai samme år ble han hentet til stillingen som statssekretær i Kirke- og undervisningsdepartementet. I september 1987 gikk han tilbake til stillingen som sogneprest i Vålerenga og Gamlebyen prestegjeld.