Prinsippet i sekvenssammenstillingen er at man tilordner elementer (dvs. enten nukleotider eller aminosyrer) av en sekvens til elementene av en annen (eller flere) sekvens(er). Rekkefølgen av elementer blir den samme, og hvert element av den første sekvensen blir tilordnet til et annet element eller et såkalt gap (mellomrom). Hvis to elementer som ikke er identiske blir tilordnet til hverandre, så snakker man om en substitusjon (utbytting). Et gap er et tegn på enten en delesjon (sletting) eller en innsetting. Det er også lov å føye inn gap av lengde større en 1 for å sikre en meningsfull sammenstilling. Både substitusjon, gap, delesjon og innsetting er resultatet av mutasjoner.