Ved kontakt med kretsen rundt Louise Humann fant han tilbake til religionen. Han studerte da mer teologi, og ble presteviet i 1828. Deretter ble han gjeninnsatt i sitt professorat i Strasbourg. Han ble imidlertid igjen anklaget for vranglære av biskopen der og suspendert i 1834. I 1838 appellerte han personlig i Roma om å bli rehabilitert og nådde frem med dette i 1841.