I 1874 holdt Rhys en rekke forelesninger i Aberystwyth som siden ble utgitt under tittelen og som tjente å etablere hans omdømme som en ledende forsker på keltiske språk. Dette omdømmet fikk ham utpekt som den første professor i keltiske språk ved Universitetet i Oxford i 1877. Han ble også gjort til fellow av Jesus College ved det samme universitet. Han ble valgt som (finansiell administrator) av colleget i 1885, en posisjon han holdt fram til 1895 da han etterfulgte Hugo Harper som rektor.