Den ble grunnlagt i 1834 som den befestede utposten (russisk: Темир-Хан-Шура), nær ruinene av middelalderens Balanjar. Bystatus ble innvilget i 1866. I 1920 var den senteret for den kortlivde Fjellrepublikken Nord-Kaukasus. 13. november 1920 erklærte den russiske regjeringen Dagestans autonomi under kongressen for de Dagestanske folk, som fant sted i Temir-Khan-Sjura. I 1922 ble bynavnet endret til Bujnaksk til ære for den revolusjonære Ullubij Bujnakskij.