Prefekturet ligger helt sørvest på Kyushu. Vest og sør for Kagoshima ligger Stillehavet, nordenfor ligger prefekturet Kumamoto og østenfor prefekturet Miyazaki. Kagoshimas kyst er 2 632km lang (inkludert 28 øyer). I prefekturet ligger Kagoshimabukten (Kinkowan) klemt inn mellom halvøyene Satsuma og Osumi. Bukten ligger slik, geografisk sett, at den flere ganger i Japans historie har fungert som landets «inngangsport».