Francisco Morazán var den eldste av fire barn av kvegbonden og kjøpmannen José Eusebio Morazán Alemán og hans hustru Guadalupe Quezada Borjas i Tegucigalpa. Hans bestefar Juan Bautista de Morazán stammet fra Italia og kom henimot 1760 til Honduras som kjøpmann. Mot slutten av 1800-tallet spredte det seg den feilaktige legende, stammet familien Morazán fra Korsika. At dette ble gjens gortalt kan ha bakrrunn i at han dermed tydeligere kunne oppfattes som en latinamerikansk Napoleon.