Timur hadde i mellomtiden bygd et gravsted for seg selv i Shahrisabz, 80 km sør for Samarkand i nærheten av hans kolossale sommerpalass Ak Saray. Da Timur døde under et felttog mot Kina i 1405 ble han fraktet tilbake til Samarkand, men på grunn av vinterstormer kunne man ikke komme fram til Shahrisabz og Timur ble begravet i Gur-e Amir sammen sin sønnesønn Muhammad Sultan. Ulugh Beg, en annen sønnesønn av Timur, fullførte byggverket og gjorde det til familiegravsted for Timurid-dynastiet.