Netanyahu tjenestegjorde i Israels forsvar under seksdagerskrigen i 1967, og han var en del av spesialstyrken Sayeret Matkal. I 1972 ble Sabena Flight 571 kapret på vei til Tel Aviv. Kommandosoldater fra Sayeret Matkal, ledet av Ehud Barak, frigjorde gislene og drepte to av kaprerne. Netanyahu var blant de 16 kommandosoldatene som deltok i operasjonen på Tel Aviv flyplass. Han kjempet i frontlinjen under Jom kippur-krigen i 1973, deltok i den israelske spesialstyrkene raid langs Suezkanalen, og ledet kommandosoldater dypt inn i syrisk territorium. Han oppnådde graden kaptein før han forlot militæret.