I 1998 giftet Häkkinen seg med Erja Honkanen. Paret har en sønn, Hugo Ronan (født 11. desember 2000) og en datter, Aina Julia (født 12. mai 2005). Paret søkte om skilsmisse i 2008. Häkkinens tredje barn, datteren Ella, ble født 30. november 2010 av hans kjæreste, Marketa Remesova.