I 1989 begynte imidlertid en borgerkrig drevet av Does dårlige politikk som frembrakte motsetninger mellom de ulike stammene nord i landet. Charles Taylor gikk inn i Liberia med en relativt beskjeden hær og tok kontroll over den nordlige delen av landet. Han hadde i utgangspunktet suksess, men etter hvert fragmenterte gruppen hans, og særlig Prince Johnson ble hans største fiende. Johnsons gruppe tok livet av Samuel Doe, og Johnson fikk midlertidig kontroll over hovedstaden. Etter hvert ble borgerkrigen så stor at den involverte syv forskjellige fraksjoner, og krigen var minst like mye en etnisk krig som en krig om ressurser og politisk makt.