Edmund Stoiber var ministerpresident for den rene CSU-regjeringen i Bayern fra 1993 til 2007, og samtidig CSUs partileder fra 1999 til 2007. Ved valget til Forbundsdagen i 2002 var han Unionens kanslerkandidat, men tapte på målstreken for Gerhard Schröder. Men ved parlamentsvalget i Bayern (delstatsvalget) i september 2003 styrket CSU igjen grepet om sitt rene flertall i delstaten og oppnådde hele 60,7 % av stemmene.