IMF-operatør Ethan Hunt dykker ned til et skipsvrak i Svartehavet. To andre IMF-agenter gir ham et vedlegg for å vise ham hans neste oppdrag. Ethan Hunt skal eskortere Mikail Marcou, en tidligere rådgiver for Jugarias diktator Simon Algo, og anskaffe en minidisk som inneholder viktig informasjon om Simon Algos operasjoner. IMF-teamet består av Luther og Billy fra Mission: Impossible 2, og de nye agentene Jasmine Curry, en tidligere FBI-agent, og George Spelvin. Ethan får kontakt med Marcou, som kort tid senere blir myrdet av Vasyl Berkut - sjefen for den jugarske hemmelige tjenesten.