Også de relativt fåtallige orgelverkene er av stor betydning. Læreren Andrea Gabrieli var inspirasjonskilden, men Hassler fant sin egen stil som foregriper overgangen mellom renessansens orgelmusikk til barokke modeller, og som preget utviklingen av den tyske orgelstilen på 1600-tallet. Likevel er hans mest betydelige instrumentale komposisjon et variasjonsverk for cembalo, , som er enestående for sin tid på grunn av den lange spilletiden (rundt 42 minutter) og dermed også høye krav til utøveren. Dette gjennomkomponerte verkets innflytelse kan spores i 1600-tallets variasjonsverk, eksempelvis hos Sweelinck og Scheidt, men også hos den senere Pachelbel.