Ved hjelp av enkle eksperimenter kunne Pasteur avvise Spontan generasjon og avsluttet dette med en lang debatt om hvorvidt mikroorganismer kunne oppstå av seg selv. Han var en av de første til å få sykehusene til å skifte sin praksis når det gjelder hygiene for å minimere spredningen av mikrobiologiske organismer. En annen ting han fant ut var at svake former for mikrober kunne brukes for å gjøre kroppen resistent mot sterkere former for de samme mikrobene. Ved å gi kroppen en liten dose av enkelte svake varianter av sykdomsfrembringende mikroorganismer vil immunforsvaret utvikle antistoffer mot den spesifikke sykdommen. Dette arbeidet videreutviklet forståelsen av immunologi og vaksinering, en teknikk som har blitt viktig for å forebygge sykdommer som røde hunder og kopper. I tillegg oppdaget han viruset da han studerte rabies, en hundesykdom som kan overføres til mennesker ved bitt. Virus er små ikke-levende mikroorganismer som går inn i kroppen og overtar kontrollen av celler, det alt i kroppen er bygd opp av. Et eksempel på en virussykdom er covid-19.