Det ga nye muligheter i Mesterligaen 2012/13, og kvalifiseringsrunden ble denne gang avviklet i Andorra la Vella, Andorra. Der ble hjemmelaget FC Encamp slått 4-2 i første kamp, før den andre kampen mot israelske Maccabi Nahalat Itzhak endte 0-0. I siste kamp vant Vegakameratene 4-1 mot armenske Shahumyan, og laget kvalifiserte seg nok engang til hovedrunden av Mesterligaen. I hovedrunden, som ble arrangert i Riga, Latvia, ble det tap 2-6 mot serbiske Ekonomac Kragujevac i første kamp. I andre kamp ble det et knepent 1-2-tap for vertene i FK Nikars, før Vegakameratene tok sin første seier i hovedrunden noensinne med 4-2 over KMF Zelezarec Skopje i siste kamp. Det ga 3.-plass på tabellen.