Så ble Ignatius for tredje gang anklaget for heresi, etter at en biskop anmeldte ham. Den 13. oktober 1537 ble han fullstendig renvasket i dommen som falt. I mellomtiden hadde planen om å reise til Det hellige land blitt forpurret da sultan Suleiman hadde inngått et forbund med Frans I av Frankrike mot Italia og dermed lammet pilegrimstrafikken.