MDPI har publisert flere kontroversielle artikler som har blitt beskrevet som pseudovitenskap. Ifølge Martin Haspelmath er MDPIs forretningsmodell å «starte et stort antall nye tidsskrifter og håpe at noen av dem lykkes og tjener inn penger. For eksempel har MDPIs tidsskrift ikke engang en redaktør ennå. Dette minner selvfølgelig om søppelpost-forretningsmodellen». nevnte i 2020 MDPI i forbindelse med spredning av konspirasjonsteorier om Bill Gates og vaksiner, og beskrev det som et omstridt forlag.