Foran 2004-sesongen dro Andersson tilbake til Sverige og Malmö FF. To ganger er han blitt tildelt Guldbollen som årets svenske fotballspiller (i 1995 og 2001). Han la opp som toppspiller i august 2005, etter at han pådro seg en ny kneskade i en kvalifiseringskamp til Mesterligaen mot den sveitsiske klubben FC Thun.