Friis ble etter hvert anklaget for misligholdelse av misjonskassen. Som følge av en innberetning biskop Gunnerus sendte i 1769, avtalte Friis året etter å betale 16 000 daler til Misjonsfondet for å unngå ettersyn med sin forpaktning av kirkenes fisketiende, en ordning som ble godkjent ved reskript av 25. mars 1771. Han utgav samme år trykksaken , «hvori han udlader sin Harme mod Biskop Gunnerus i lavt liggende Beskyldninger». I 1771 ble Friis videre utnevnt til sokneprest i Korskirken i Bergen, et embete han bestyrte gjennom vikar til han fikk pensjon i 1774.