Hånd i hånd med Colberts økonomiske og sosiale politikk går hans statsfinansielle. En av hans første regjeringshandlinger var å omregulere den harde, trykkende, direkte skatt . Av størst viktighet på dette område var hans tollpolitikk. Dennes tendens var å beskytte det innenlandske næringsliv. Etter enkelte tilløp i denne retning istandbragte han den bekjente tariff av 1664, som ut fra det av ham gitte synspunkt, utmerker seg ved sin moderasjon; den reduserte for adskillige varesorters vedkommende inn- eller utførselstollen, og den betegner et avgjort fremskritt ved å forenkle og lette tolloppkrevingen.