Yoshi vises også i enkelte nivåer og er i stand til å spise, svelge og spytte fiender og gjenstander, og fly i en liten periode. Spillet består av åtte verdener, og en hemmelig niende verden som dukker opp når hele hovedspillet er gjennomført. Det er 77 forskjellige nivåer i spillet. Å fullføre en scene låser opp den neste scenen. Men flere baner blir noen ganger tilgjengelige etter å ha fullført en spesifikk scene. Noen etapper har et ekstra hemmelig mål, som når de nås, låser opp en annen alternativ vei for en spiller. Hver verden inneholder to sjef-nivåer: En midtveis festning, samt et slott ved verdens ende - hvor spilleren må slåss mot en av de syv Koopalings.