Cusanus beskrev imidlertid ingen vitenskapelig verifiserbar teori om universet. Hans betraktninger ble nesten helt og holdent basert på egne metafysiske spekulasjoner. Stort sett har han foregrepet den naturfilosofi som i renessansetiden utviklet seg i Italia, likesom atomteoriens grunntanker. Dette kan komme av at også Cusanus var inspirert av antikkens atomister som Demokritos og Epikuros.