Shoenfeld har fått størst oppmerksomhet for sitt syn på vaksiner, særlig gjelder dette vaksinen mot HPV-relatert kreft. Han har opptrådt som vitne i en rekke saker hvor pasienter som hevder seg rammet av alvorlige bivirkninger av vaksinen. Han har i denne sammenheng introdusert et eget syndrom som han har kalt ASIA (Autoimmune/inflammatory syndrome induced by adjuvants) Denne diagnosen anerkjennes imidlertid ikke som reell av fagfeller.