Stubbs var en høykirkelig tilhenger og hvis doktriner og praksis var grunnet på lærdom og en ærbødighet for oldtiden. Hans meninger ble høyt respektert av hans like i kirken, og han fungerte som en bisitter for erkebiskopen i rettssaken til biskopen av Lincoln, Edward King. Selv om han personlig mislikte mange av sine plikter som biskop ble de utført, og han la sin lidenskap til de plikter som var av særlig åndelig natur. Som leder av kirken ble det sagt at han viste visdom og mot, og benyttet ofte sitt intellekt som et forsvarsvåpen og han tok ikke lett på det som han oppfattet tåpeligheter fra andre.