Det første året som president måtte Wade samarbeide med et sosialistisk flertall i nasjonalforsamlinga. I 2001 fikk partiet hans flertall i parlamentsvalget. Etter en ny grunnlov som ble vedtatt i 2001 ble presidentperioden redusert fra syv til fem år, fra og med neste presidentperiode. I desember 2004 ble det skrevet under en fredsavtale som skulle gjøre slutt på tyve år med krig i Casamance-regionen sør i Senegal. Wade kom under kritikk fra menneskerettsorganisasjoner som Amnesty International for trakassering og trusler mot journalister og opposisjonelle.