Mellom 50 000 og 77 000 eritreere bosatt i Etiopia som hadde fått eritreisk statsborgerskap etter 1993, i tillegg til sine etiopiske statsborgerskap, ble deportert fra midten av 1999. Med dette hadde systematiske deportasjoner av sivilbefolkning mellom statene startet, noe som skulle fortsette lenge etter opphøret av stridighetene. Fra juni 1998 frem til 2002 var opptil 75 000 etiopiske sivilister med eritreisk bakgrunn deportert av myndighetene med stempelet «Utvist uten mulighet for retur» på sine reisepapirer. De ble deportert etter at deres eiendeler var konfiskert av den etiopiske staten. Flertallet av de deporterte var velstående etter den lokale levestandarden. I senere tid hevdet etiopiske myndigheter at deportasjonene foregikk som et ledd i familiegjenforening med tidligere deporterte.