Den 3. september, to uker etter revolusjonsutbruddet seilte endelig skipet fra Filippinene med kurs for Barcelona, med Rizal ombord. Med seg hadde han anbefalelsesbrev fra guvernør Blanco som bad de spanske krigs- og utenriksministre om å ta ham vel imot i Spania, og hjelpe ham videre til Cuba der han aktet å starte legepraksis. Men det viste seg at Blanco ikke fikk det som han ville; både de spanske munkene og erkebiskopen av Manila mente at han hadde vært alt for mild Rizal, som de anså som revolusjonens egentlige leder. Munkene sendte telegram til Spania og gjorde dette klart, og foreslo samtidig at Blanco skulle hjemkalles øyeblikkelig.