Etter terrorangrepet 11. september 2001 i USA invaderte USA, med støtte fra flere NATO-land, Afghanistan i oktober 2001, ettersom Taliban-regimet nektet å utlevere Osama Bin Laden, leder av al-Qaida, som var hovedmistenkt for terrorangrepet. Invasjonen ble sett på som del av den amerikansk-ledede krigen mot terror. NATO lyktes raskt, i samarbeid med Nord-Alliansen, å okkupere landet og styrte regimet. Taliban ble midlertidig kraftig svekket, men bygget seg opp igjen og førte geriljakrig i samarbeid med andre radikale islamistgrupper. Hamid Karzai, som ble innsatt som interim-president allerede i juni 2002, ble valgt til republikkens første president, og satt til 2014. Ashraf Ghani Ahmadzai vant valget i 2014 og satt som president fram til han flyktet fra landet i 2021 ettersom Taliban overtok Kabul.