Årsakene til opprøret var blant annet feilslåtte avlinger, hungersnød, og av vanstyre av daimyoen, den lokale lensherren. Daimyoen tok ut høye skatter av befolkningen og de som ikke kunne betala skatten ble levende brent. Fra å ha begynt som et bondeopprør, utviklet opprøret seg raskt til en religiøs krig. Shimabarahalvøya hadde en stor andel kristne som tok opp våpen mot shogunatet, som hadde forbudt kristendommen over hele Japan i år 1614. Mange opprørere stred også under stridsbannere som avbildet Jesus og jomfru Maria.