Steen Brahe arvet etter faren halvdelen av Knudstrup, den andre halvdelen kjøpte han i 1594 av broren Tycho Brahe rett før denne forlot Danmark. Med sin første hustru fikk han senere Næsbyholm på Sjælland, og med den anden hustru overtok han Barritskov og Bradskov. I 1581 kjøpte han Bregentved og arvet siden Tersløsegård på Sjælland, Hvedholm på Fyn og Engelsholm i Jylland.