Sletten har vært et viktig jordbruksområde siden steinalderen. Den sørlige delen av den hørte til den romerske provinsen Pannonia mellom 1. hundreåret og 400-tallet, og ble senere befolket av tyskere og slavere, og siden omtrent 900 av ungarere. Fra rundt år 1000 hørte området til Kongedømmet Ungarn. Etter første verdenskrig ble Lille Alföld delt mellom Ungarn, Tsjekkoslovakia og Østerrike. I 1990-årene bygde Slovakia store demninger og vannkraftverk ved Gabčíkovo.