Marie etterfulgte i 1895 sin faster Louise av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksborg (1820–1894) som abbedisse ved klosteret i Itzehoe i Schleswig-Holstein. Dette var et protestantisk kloster for , det vil si ugifte kvinner og enker av adelsstand. Marie bodde i bygningen som i dag kalles «Prinzeßhof» (norsk omtrentlig oversettelse: «Fyrstinnegården», med henvisning til at Marie og hennes to forgjengere som abbedisser, alle tre var av fyrstelig ætt.