Alkibiades ble erstattet i 407 f.Kr. etter et mindre marinenederlag i slaget ved Notion. Den spartanske general Lysander vant seier etter seier etter at han befestet sin bys marinemakt. Etter slaget ved Arginusai som Athen vant, men der se ble forhindret fra å redde sine sjømenn på grunn av dårlig vær, henrettet eller sendte Athen i eksil åtte av sine øverste marinekommandanter. Lysander fulgte opp med et knusende slag i slaget ved Aegospotami i 405 f.Kr. som nesten tilintetgjorde den athenske flåten. Athen overgav seg ett år senere og gjorde slutt på Peloponneskrigen.