Marine habitater kan horisontalt deles inn i kyst- og havhabitater på åpent hav. Kysthabitater strekker seg fra strandlinjen til kanten av kontinentalsokkelen. Det meste av marint liv finnes i kysthabitater, selv om sokkelområdet kun opptar 7 % av det totale havarealet. Åpne havhabitater finnes i dyphavet utenfor kanten av kontinentalsokkelen. Alternativt kan marine naturtyper deles vertikalt i pelagiske (åpent vann), bunnlevende (like over havbunnen) og bunndyr (på og i havbunnen). En tredje inndeling er etter breddegrad: fra polare hav med ishyller, havis og isfjell, til tempererte og tropiske farvann.