I senere år har dessuten funn av cystinuria (urinsteiner eller cystinkrystaller) hos basenji blitt mer vanlig, spesielt hos hannhunder. Lidelsen er normalt autosomal dominant, men det er uklart hvordan den påvirker rasen. Opphopning av aminosyren cystin i urinen fører til dannelsen av nyrestein i nyrer, urinleder og urinblære. Lidelsen forårsakes av endringer (mutasjoner) i genene og . Dette er gener som koder for et proteinkompleks som hjelper til med å kontrollere reabsorpsjon av aminosyrer (som cystin) i nyrene.