Den andre delen, bøkene V og VI, fører fortellingen videre frem til Kilperiks død i 584. I de årene som Kilperik holdt Tours var det et anspent forhold mellom ham og Gregorius. Etter å ha hørt rykter om at biskopen av Tours hadde baksnakket Khilperiks gemalinne, fikk kongen Gregorius arrestert og ført for retten anklaget for forræderi, en anklage som kunne koste Gregorius både biskoptittelen og livet. Av hele er det i det avsluttende kapittelet i bok VI at forfatteren Gregorius er på sitt mest veltalende; der får Kilperik med fyndord sitt pass påskrevet som en særdeles usympatisk figur.