Thomas Nilsen ble 28. september 2015 avskjediget som redaktør for daværende BarentsObserver av styreleder Stig Olsen i Barentssekretariatet. Begrunnelsen ble oppgitt å være illojalitet mot arbeidsgiver og for å ha skjøttet stillingen sin som redaktør dårlig. Oppsigelsen kom etter lengre tids uenighet mellom redaktør Nilsen, BarentsObserver-redaksjonen og styret for Barentssekretariatet om redaksjonens rolle og status i forhold til Redaktørplakaten og framtidig organisering av tidsskriftet.