Under dunganopprørene ble provinshovedstaden Xi’an i 1862 beleiret av inntrengende Taiping-opprørere fra sør, og året etter av muslimske hui. Frem til 1872 kontrollerte hui-kineserne særlig provinsens nordlige og vestlige deler, men også noen områder sørpå, og andre deler av det nordlige Kina. Under disse muslimske opprørene ble mange millioner drept, både hui- og han-kinesere. Dat det hele var over, var det svært få muslimer igjen i Shaanxi.