Berggrunnen i nedbørfeltet består i nord av leirskifer, og i sør tillitt og sandstein. Øvre del av vassdraget er preget av spylerenner og dødislandskap, og i nedre deler ligger en rekke grusterrasser og strandvoller. På platåene ved øvre Flintelva er det interessante tundramarker, med store glasifluviale og marine avsetninger i nedre del. Nedenfor går elva i grunne stryk med stein og grus.