Doubtful Sound er uvanlig på den måten at der er to adskilte lag med vann som ikke blander seg: De øverste meterne er ferskvann fra elveutløpene i fjorden. Under dette er et lag med kaldt, tungt saltvann fra havet. Forskjellen i brytingsindeksen mellom disse to laga gjør det vanskelig for lys å trenge gjennom. Slik har det seg at mange dyphavsorganismer holder til i det forholdsvis grunne farvannet i denne fjorden.