Wesselburen ble en egen amtsfri bykommune i 1899. Administrasjonen for det omkringliggende Wesselburens amt lå også i byen. I 2008 ble Wesselburen en amtstilhørig bykommune og lagt til det nye Büsum-Wesselburens amt med administrasjon i Büsum. Wesselburen har beholdt sin bystatus, som ikke har noen kommunalrettslig betydning.