Duncker tjenestegjorde i fjerde savolakska jägarebataljonen og ble utnevnt til major i 1808. Ved evakueringen av Finland etter konvensjonen i Olkijoki fulgte han Cronstedts avdeling til Västerbotten. Han ble utnevnt til oberstløytnant i arméen i 1809. Duncker ble drept i slaget ved Hörnefors og ble begravet sammen med den russiske kavaleriobersten Aerekof ved Umeå stads kyrka av den russiske generalen Nikolaj Kamenskij. Gjennom Johan Ludvig Runebergs verk er Joachim Zachris Dunckers navn for fremtiden reddet fra glemselen. Tito Collianders bok fra 1943 bygger på Dunckers egne brev.