Universitetet slapp ikke unna studentstormen på 1960-tallet. I Gent hadde protestene sitt høydepunkt mars 1959, da bygget «Bladijn» ble okkupert av studenter til det ble åpnet for et «studentråd». Også administrasjonsbygningen med rektors kontor («de Rektoraat») ble for første gang i historien okkupert av studenter. Noen år senere ble universitetsstyre omstrukturert: heretter sitter det utenom professorer også studentrepresentanter, representanter for det øvrige personalet og eksterne representanter for «offentlige instanser, politiske, sosial-økonomiske og kulturelle miljø» i styre. De heftigste studentopptøyene fant allikevel ikke sted før i 1978, under protestene mot høynet studentavgift til 10 000 belgiske franc.