Wilkes arbeidet i sine siste år som en øvrighetsperson som drev kampanje for en mer moderat bestraffelse av ulydige hustjenere. Mellom 1788 og 1797 bodde han i en hus som het «Villakin» i Sandown på Isle of Wight. Stedet er i dag markert med en blå plakett. Han var også et medlem av den mer moderate herreklubben Odd Fellow, og i dag står en statue til hans minne ved Fetter Lane EC4 i London.