Kort tid etter ønsket Henrik å avslutte ekteskapet, ikke bare på grunn av personlige følelser, men også av politiske hensyn. Hertugen av Kleve hadde kommet i en disputt med den tysk-romerske keiseren, og Henrik ønsket ikke å bli dratt inn i det. Anna forsto at hun ikke måtte stå i veien for kongens ønske om annullering, og vitnet om at ekteskapet aldri hadde blitt fullbyrdet. Henrik skal ha kommet inn i hennes rom hver kveld og kysset henne på pannen før de la seg hver for seg. Ekteskapet ble så annullert, ikke på grunn av at det ikke var fullbyrdet, men fordi Anna tidligere hadde vært lovet bort til en adelsmann. Hun fikk en spesiell tittel, «The King's Sister» («Kongens søster»), og fikk Boleynfamiliens tidligere residens Hever Castle som sitt nye hjem.