Funksjonskall er mer kompliserte enn hopp. Mens hopp utføres med en enkelt eller -prosessorinstruksjon, krever funksjonskall ekstra programvare: For at funksjonenes minne skal eksistere samtidig, må de plasseres på en stakk, altså en "sist inn, først ut"-kø. Stakkpekeren peker på toppen av stakken. Enten må hver funksjon ha sin egen stakkpeker, eller så må stakkpekeren justeres også ved retur. Hver funksjon må ha kallerens kopi av programtelleren. Funksjonen returnerer ved å kopiere denne tilbake i programtelleren, slik at neste instruksjon som hentes av styreenheten i CPU-en er den som ligger rett etter funksjonskallet. Dermed fortsetter kalleren der den slapp.