Napier startet et selskap som skulle bygge dampskip som både skulle brukes som passasjerskip og til militære formål, men i 1827 gikk han konkurs og han etterlot familien sin i alvorlige økonomiske vanskeligheter. Napier fortsatte som kommandør på skip og begynte etterhvert i de portugisiske tjenestene der han ledet landstyrkene i det vellykkede forsvaret av Lisboa i september 1833. For disse tjenestene ble han tildelt Grand Commander of the Tower med sverd og han utnevnt til greve i Portugal.