Mounier ble så arrestert den 15. januar 1942, ettersom Vichy-regimet anså ham som motstandgruppen Combat åndelige leder. Ettersom denne gruppen bestod av venstrekatolikker og høyresosialister, ble dens ødeleggelse prioritert fordi den kunbne bli til særlig fare for den indre sikkerhet. For Mounier fulgte nå flytting til fengselet i Clermont-Ferrand (21. januar 1942), løslatelse med betingelser (21. februar 1942), ny arrestasjon i Lyon (29. april 1942) og med fengsling i Vals (2. mai 1942) der han gikk til en tolv dager lang sultestreik. Fra 7. juli 1942 til 30. oktober 1942 satt han i fengselet Saint-Paul i Lyon, og ble da frikjent. Under fengselsoppholdet skrev han boken «Traité du caractère», som ble publisert i 1946.