Navneformen Florvågøyna er godkjent av Kartverket. De fastbeboerne foretrekker stort sett å bruke Florvågøen eller bare Øen. I en del offentlige papirer har øyen gått under navnet Florvågøy. I bussruter går stort sett øyen under navnet Øen. Hovedveien ut til Florvågøen har navnet Florvågøen, med flere stikkveier.