Året etter vant han 1 mile ved NCAA-mesterskapet i friidrett innendørs 2009, og han vant 800 meter innendørs ved Mountain West Conference i Colorado. Ved NCAA-mesterskapet utendørs 2009 kom han på 3.-plass på 1500 meter. Han satte personlig rekord med tiden 3:37,25 ved Payton Jordan Cardinal Invitational i mai 2009. Han vant 1500 meter ved lagkonkurransen British Athletics League Premiership. Ved det britiske mesterskapet i friidrett 2009 (Aviva World Trials & National Championships) kom han på 2.-plass, kun slått av Jermaine Mays. Emmanuel løp her på 3:41,82, men greide ikke kvalifiseringskravet (3:36,20 / 3:39,30), og ble derfor ikke med til VM.