Under Stroessner var Paraguay for alle formål en ettpartistat, der medlemskap i Coloradopartiet gav privilegier. Andre partier ble tillatt i 1962, men de ble fortsatt nektet innflytelse på statsstyret. Stroessners sterke antikommunistiske holdning tillot Paraguay å pleie en militær og økonomisk forbindelse til USA frem til slutten av 1970-årene. Regimet holdt sin hånd over nazistiske krigsforbrytere som skjulte seg i landet. Stroessner regjerte gjennom en vedvarende unntakstilstand. Regimet har blitt holdt ansvarlig for 3 400–4 500 drap og forsvinninger, og tusenvis av politiske fanger og torturofre.