Fra stiftelsen i 1878 til 1891/92 het klubben Newton Heath LYR FC og deltok for første gang i FA-cupen i 1886/87. Klubben spilte i The Combination i 1888/89, en liga som ble nedlagt etter at klubben hadde spilt tolv kamper. Så fulgte tre sesonger i Football Alliance, hvor de kom på 2.-plass i 1891/92 og ble valgt inn i English Football League.