Det viste seg at værforholdene på Kya var enda verre enn en hadde forestilt seg under planleggingen. Fyrvesenet var derfor glad for at det ikke ble bygget noe beboelseshus på holmen; en bygning med store veggflater kunne ha blitt ødelagt. Det verste uværet inntraff trolig natten den 6. mars 1938, da fyret ble utsatt for store ødeleggelser. Uværet med orkan inntraff samtidig med springflo, noe som forsterket virkningen. Blant annet ble fire vinduer i selve fyrlykten knust, fyrlinsen ble skadet, et vindu i tårnet ble knust, og to vegger, tak og gulv i betongnaustet ble borte. Da vinduene i lyktehuset ble borte, trengte sjøen inn slik at fyrpasserne ikke greide å holde fyret tent. Fyret sluknet klokken ett om natten, mens fyrbetjentene måtte søke tilflukt i kull- og vedboden nederst i tårnet.