De første årene lå Militærmisjonen under Forsvarsdepartementet i militære og administrative saker, men for øvrig under Utenriksdepartementet. Fra 1. juli 1947 overtok Utenriksdepartementet ansvaret og Militærmisjonen i Berlin ble Norges fremste utenriksstasjon i Tyskland. Den ble ansett som en legasjon og stillingen som stasjonssjef gikk over til sivile. Det fantes utover militærmisjonene ellers et generalkonsulat i Hamburg og et konsulat i Düsseldorf.