Tombalbaye ble født 15. juni 1918 i landsbyen Bessada i prefekturet Moyen-Chari sør i den franske koloni Tsjad, nær ved byen Koumra. Faren var en kjent handelsmann av sara-etnisiteten, som var prominent i Tsjads fem sørligste prefekturer. Han gikk til grunnskole drevet av protestantiske misjonærer i Sarh, og videregående skole i Brazzaville. Der studerte han så også for å bli lærer.