John Eccles var eneste sønn av Henry Eccles (rundt 1640–1711), som ikke må forveksles med fiolinisten og komponisten Henry Eccles. Utdanningen til Eccles er ikke dokumentert. I 1695 ble han musiker ved det engelske kongehoffet. I 1700 utnevnte kongen ham til den prestisjefylte , en post han hadde til sin død. I 1700 kom han på andreplass i en konkurranse om å tonesette William Congreves . Vinner var John Weldon.