Før hans død ved Herat 9. juni 1863 hadde Dost Mohammed utpekt Shir Ali Khan, sin tredje sønn, som sin etterfølger, og gikk da forbi sine to eldste sønner Afzul Khan og Azim Khan. I begynnelsen ble den nye emiren akseptert. Men etter noen måneder, satte Afzul Khan igang et opprør i den nordlige provinsen, mellom Hindu Kush-fjellene og Amu-Darja-elva, der han styrte da faren døde. Dette satte igang en hard kamp om makten mellom Dost Muhammeds sønner som varte i nesten fem år.