Flakavatnet ble første gang sporadisk undersøkt i vitenskapelig sammenheng sommeren 1933, av Norges første professor i limnologi, Kaare Strøm. Fordi årets høyeste temperatur i vannet såvidt kom over 4 °C (i slutten av august måned) foreslo han at innsjøen representerte en «semi-arktisk» innsjøtype. Denne betegnelsen er senere endret til «subpolar» – Flakavatn var dengang . Innsjøen var vanskelig tilgjengelig med tungt vitenskapelig utstyr, og nettopp fordi den krever betydelig fysisk innsats, har undersøkelsene av innsjøen vært begrenset.