Også Steve Young ble plassert på sidelinjen med en skadet tommel i , før han senere samme sesong skadet kneet sitt. Med reserven Steve Bono klarte 49ers å sikre en vinnende sesong, men nådde ikke sluttspillet som resultat av en tiebreaker med Atlanta Falcons. Montana returnerte i , og laget nådde sluttspillet med et sesongresultat på 14–2, hvor de nådde NFC Championships før de ble slått ut av Dallas Cowboys. Ved sesongslutt ba Montana om å bli byttet til Kansas City Chiefs, et ønske han fikk oppfylt, som ifølge han var for å unngå en kontrovers ettersom at laget da hadde to sterke quarterbacks som begge kunne være starter. I lagets første sesong uten Montana i sikret 49ers andre seed i NFC med et sesongresultat på 10–6, men tapte igjen mot Dallas Cowboys i NFC Championships i Texas Stadium.