KOFA er et rent klageorgan, og kan således ikke ta opp saker på eget initiativ eller gå utenfor partenes anførsler. Klagebehandlingen i KOFA er også skriftlig. Dette innebærer at saker som trenger muntlig bevisførsel blir avvist fra behandling. Det samme gjelder saker som krever en teknisk eller faglig kompetanse som nemndas jurister ikke besitter. I gjennomsnitt avvises mellom 20 % til 30 % av de sakene som klages inn. Det er i hovedsak sekretariatet som avviser sakene. Den vanligste avvisningsgrunnen er at klagen er ubegrunnet eller uhensiktsmessig for behandling i klagenemnda fordi den klart ikke kan føre frem. Når sekretariatet avviser en sak, kan avvisningen påklages til klagenemndas leder, som avgjør om saken likevel skal fremmes for nemndsbehandling. Hvis nemnda avviser en sak, er denne endelig og kan ikke påklages. Regler for klagenemnda er fastsatt i forskrift om klagenemnd for offentlige anskaffelser.