I 2001 samarbeidet Sonic Youth med den franske avantgarde-sangeren og poeten Brigitte Fontaine på hennes album . Året etter deltok Sonic Youth i den første utgaven av All Tomorrow's Parties-festivalen og kuraterte et samlealbum i forbindelse med festivalen. Albumet ble gitt ut i 2002 og markerte tillegget av Jim O'Rourke som fast medlem på gitar, bass og keyboard. I denne perioden deltok bandet i produksjonen av dokumentarfilmen , regissert og produsert av Scott Crary, som dekket historien til punkrock i New York. Filmen ble utgitt i 2004.