Vanhanen var partiets kandidat under presidentvalget 2006 og kom på tredjeplass i den første valgomgangen med 18,63 prosent av de avgitte stemmene. Før andre valgomgang gav han sin støtte til Samlingspartiets kandidat, Sauli Niinistö. Den sittende presidenten Tarja Halonen ble gjenvalgt.