Pérez startet sin karriere som president for fotballklubben Real Madrid i 2000. Hans arbeid med å blant annet forbedre klubbens fotballanlegg (Santiago Bernabéu Stadion), ble høyt verdsatt og han ble dermed gjenvalgt som president for klubben i 2004. Etter flere gode investeringer, klarte Péres å forbedre klubbens økonomi vesentlig. Dette resulterte i storsigneringer som Zinedine Zidane, Luis Figo, David Beckham, Michael Owen og Cristiano Ronaldo.