MRI kan utføres med eller uten kontrastmidler. De fleste MR-kontrastmidler inneholder paramagnetiske eller superparamagnetiske metaller som gadolinium eller mangan, som påvirker de magnetiske egenskapene til kroppsvevene i forskjellig grad slik at kontrasten mellom ulike vev fremheves i MR-bildene. Særlig fremheves blodårer, og dette brukes bl.a. for å avbilde hjernens karnettverk. Også hjertets funksjon kan bedømmes. MR-undersøkelser som gjerne kan utføres uten kontrastmiddel er diagnose av belastningsbrudd i knokler eller brist i muskler og sener – skadetyper som ofte ikke kan identifiseres ved hjelp av røntgen.