Av først og fremst konfesjonelle grunner ble Mercator i 1544 anklaget for kjetteri. Foranledningen var Mercators protestantiske sympatier og mistanker angående hans stadige reiser. Han satt derfor i flere måneder i fengsel. Etter ryktet om at et nytt universitet skulle opprettes i Duisburg, flyttet han dit i 1552. Regenten der, hertugen av Jülich og Kleve, utnevnte ham til «kosmograf».