Kato (nedre) Koufonisi er lokalisert ved siden av Pano Koufonisi, Keros og enda en øy, Skhinousa. Den har et areal på 4,3 km² og er hovedsakelig ubebodd, skjønt det eksisterer noen få rurale hus og en liten kirke for (Guds Mor) som er bygd på toppen av ruiner fra antikken. Kun fiskere og turistbåter ankrer opp i en liten havn.