Størstedelen av jernbanenettet ble bygget på den tiden da Slovenia var en del av Østerrike-Ungarn. Den viktigste ruten som ble bygget var Kronprinz Rudolf-Bahn som gikk fra Wien via Maribor og Ljubljana til Trieste. I Jugoslavia kom den viktigste utvidelsen av nettverket til å være seksjonen Prešnica–Koper som åpnet for trafikk i 1967.