Gummi Ship er et transportmiddel som man bruker for å reise mellom de forskjellige nivåene i . Spilleren kontrollerer Gummi Shipet bakfra i et tredjepersonsperspektiv mens det flyr gjennom et ytre rom-miljø. Kontrollene i denne delen av spillet er svært annerledes i forhold til resten, ettersom det bytter til et rail shooter-format. Ved begynnelsen av spillet er det få tilgjengelige muligheter for å tilpasse flyet, men ettersom man avanserer blir nye våpen, motorer og rustninger til fartøyet tilgjengelige. I tillegg kan mange forskjellige forhåndsutformede planer bli funnet i spillet. Disse kan brukes til å konstruere et Gummi Ship på kortere tid.