Hitman: Absolution er satt etter hendelsene i , der spillet begynner med Agent 47 (David Bateson), en trent "Hitman" (leiemorder) som forteller om sitt forhold med hans "handler" (oppdragsansvarlig) Diana Burnwood (Marsha Thomason), som han tiltro seg til inntil hun, uten noen forklaring, forråder ICA (International Contract Agency), deres arbeidsgiver, ved å sabotere deres finanser og database, og bruker forvirringen til å forsvinne. Etter at ICA har blitt reformert, 47 får i oppdrag av sin nye sjef, Benjamin Travis (Powers Boothe), å drepe Diana for sitt forræderi, og returnere en viktig ICA ressurs; en tenåringsjente ved navn Victoria (Isabelle Fuhrman), fra hennes godshus i Chicago. 47 infiltrerer godset og skyter Diana, men istedet for å fullføre jobben, velger 47 å trøste hans døende venn og spør hvorfor hun forrådt ICA. Diana forklarer at hun hadde oppdaget at Victoria var genetisk konstruert for å bli en snikmorder for ICA, og ønsket ikke å se Victoria få samme skjebne som 47, derfor forrådte hun ICA og rømte med henne. Ved Diana's døende ønske, godtar 47 å beskytte Victoria, for hvilket Travis markerer 47 som en forræder.