Djupedal er spesielt kjent for arbeidet sitt med Ivar Aasen, blant annet gav han ut Aasens brev og dagbøker i tre bind, og sammen med Johannes Gjerdåker gav han også ut Aasens , og skrev et langt etterord til verket. Djupedals Aasen-samling er oppbevart på Aasentunet.