Etter avsluttede jusstudier åpnet han advokatpraksis i Weimar, men forlot byen allerede i 1781. Han reiste til St. Petersburg, og fikk en stilling som sekretær for generalløytnant Friedrich Wilhelm Bauer, som var i Katarina den stores tjeneste. Bauer var på den tiden direktør for det tyske teater i St. Petersburg. Kotzebue ledet teatret sammen med ham, og skrev også egne stykker for det. Da Bauer døde i 1783, håpet Kotzebue å overta som direktør for teatret, men Katarina utnevnte ham isteden til assessor ved overappelldomstolen i Reval (senere: Tallinn). Etter to år i denne stillingen, avanserte han til sjefsdommerembetet, med rang av oberstløytnant, en rang som automatisk gjorde ham til medlem av den russiske tjenesteadel. Han fungerte som rettens leder til 1795, da han frasa seg embetet.