Juan de Nova er omkring 5,5 km lang og 1,6 km på det bredeste. Øya er et naturreservat for sjøfugl og havskilpadder, og er omgitt – og dermed skjermet – av korallrev over et område på omkring 40 km² (men det er ikke en ekte lagune som i en atoll). Skog, hovedsakelig av Casuarinaceae, dekker omkring halve øya. Et stort antall terner hekker der fra november til mars. Havskilpadder legger egg på strendene.