Fra 500-tallet ble Bergamo sete for et av de viktigste hertugdømmene til langobardene i Nord-Italia ved siden av Brescia, Trento og Cividale del Friuli. Den første langobardiske hertugen var Wallaris. Etter at Karl den store erobret Det lombardiske kongedømmet ble Bergamo sete for et grevskap under Auteramus (død 816). mini|venstre|Det venetianske tårnet i . Fra 1000-tallet og fremover var Bergamo en selvstendig bystat og var del av Det lombardiske forbund som slo Fredrik Barbarossa i 1165. Byen havnet midt i striden mellom ghibellinerne og guelferne og ble styrt av Colleoni-familien og så av Suardi-familien. Fra 1264 ble Bergamo periodevis styrt av Milano. I 1331 gav innbyggerne av byen seg selv til Johan av Böhmen, men senere gjenerobret Visconti-familien i Milano byen. Etter en kort periode under Malatesta-familien i 1407, kom den i 1428 under Republikken Venezia, og forble det frem til 1797. Venetianerene bygde festningsverker i de høyereliggende delene av byen.