Kritikk var kjennetegnende for Fred Hoyle, og han ble involvert i flere kontroverser, dels på grunn av sine holdninger som ofte stred mot gjeldende konsensus, men også på grunn av direkte uttalelser, som for eksempel da han lekket til en avis at han mente at nobelprisen til Antony Hewish i virkeligheten skulle ha gått til eller ha inkludert Jocelyn Bell, som var den som faktisk oppdaget pulsarer, det som var bakgrunnen for prisutdelingen, mens Hewish kun var hennes overordnede.