Uhlenhuth ble i 1911 professor i hygiene og bakteriologi ved Universitetet i Strasbourg. Etter å ha blitt utvist derfra av franskmennene etter våpenstillstandsavtalen som avsluttet Verdenskrigen i 1918, ble han direktør for Instituttet for eksperimentell terapi «Emil Behring» i Marburg og ordinarie honorarprofessor ved universitetet der, og i 1923 professor i hygiene i Freiburg im Breisgau og direktør for hygienisk institutt der. Hans plan om å innrette et for epidemiforskning og eksperimentell terapi i Freiburg lot seg i 1928 ikke gjennomføre.