Det begynte allerede om morgenen 9. april. Kommandanten, oberstløytnant Lauritz Rodtwitt, ble tidlig om morgenen varslet om kampene i Oslofjorden. Han beordret da fortets tre luftvernmitraljøser satt opp på Vestre høyde. Det skulle vise seg at flyene med den tyske invasjonsstyrken som var planlagt landsatt på Fornebu var blitt dirigert inn over Østfold. Antakelig regnet man denne ruten som sikrere enn å gå rett inn over Oslofjorden. De tyske Ju-52 transportflyene kom i lav høyde sørfra – rett over Høytorp fort. Mitraljøsebetjeningene skjøt alt de maktet, og det ble observert treff på flere fly, men ingen ble skutt ned.