Semler ble født i en pietistisk familie, studerte i Halle og ble deretter redaktør for et tidsskrift. Fra 1752 arbeidet han som teolog ved Universitetet i Halle og ble en av grunnleggerne av den historisk-kritiske skriftforskning: Det skal være mulig å analysere bibelteksten kritisk. Han holdt en tydelig avgrensning overfor såvel ortodoksi som pietisme som overfor Voltaire.