Han unnslapp opprøret 10. august 1792 (avskaffelsen av monarkiet i Frankrike) og kom seg trygt tilbake til Korsika hvor han ble varmt mottatt av Pasquale Paoli. Han ble etterhvert motstander av brødrene Bonaparte for deres støtte til jakobinerne. Pozzo ble under den nye konstitusjonen valgt til regjeringssjef på Korsika (Fransk: procureur-general-syndic) mens Paoli var sjef for de væpnede styrkene. Paoli og Pozzo aksepterte etterhvert utenlandsk hjelp mot Frankrike og i årene 1794 til 1796 var Korsika et britisk protektorat hvor Pozzo var president for statsrådet under Gilbert Eliott.