I 2005 avla Danilo Hondo to positive dopingprøver på stoffet carphedon under rittet Murcia rundt. Dagen før den første positive prøven hadde han imidlertid testet negativt, noe som sådde tvil om de to andre prøveresultatene var korrekte, selv om de to B-prøvene også var positive. Den mengden carphedon som ble funnet i Hondos prøve var så liten at han kan ha fått den i seg gjennom forurenset mat eller drikke. På grunn av de positive prøvene ble Hondo allikevel først suspendert og senere sparket fra Team Gerolsteiner. Hondo fikk en utestengelse på to år, frem til 1. april 2005, men denne straffen ble senere redusert til 1 år i juni 2005. I januar 2006 ble så straffen forlenget til 2 år, etter at Hondo tapte saken i Den internasjonale voldgiftsretten for sport. Hondo gav seg ikke, og gikk til den sivile domstolen i Sveits, som i mars 2006 reduserte straffen hans midlertidig til 1 år. I april 2006 hadde Hondo sonet ferdig, og undertegnet en kontrakt med det tyske kontinentallaget Team Lamonta. Hondo fikk en svært god sesong med flere seire og topplasseringer i mindre ritt. Han ble nummer to sammenlagt i UCI Europe Tour 2006, kun 21 poeng bak vinneren, og hadde han blitt nummer 2 og ikke 4 i hans siste ritt for sesongen, ville han ha vunnet. Høsten 2006 signerte han for Tinkoff Credit Systems, men i januar 2007 ble dopingdommen igjen aktivert av Den internasjonale voldgiftsretten for sport, og Hondo ble utestengt frem til 1. april samme år. Senere ble det klart at Hondo også måtte sone for de månedene i 2006 han hadde deltatt i ritt, og straffen ble derfor forlenget til 1. januar 2008. Som følge av all dette ble Hondo sparket fra Tinkoff våren 2007.