I 1996 i Brooklyn, blir Molly Wright vitne til at foreldrene hennes får fjernet hukommelsen deres av agenter fra Men in Black, samtidig som hun hjelper et romvesen å komme seg unna. Men agentene forsøker også å fjerne hukommelsen til Molly, tilsynelatende uten effekt. 23 år senere, avvist av alle offentlige etater på grunn av hennes «vrangforestillinger» angående romvesen, forsøker Molly å følge etter MIB-agenter til hovedkvarteret deres i New York City.