I sør grenser Wakhan-korridoren til de høye fjellene i Hindu Kush, og krysses av fjellpassene Broghol, Irshad og Dilisang-passet, der sistnevnte ikke lenger er i bruk og fører til Pakistan. I øst går Wakhjir-passet gjennom Hindu Kush i en høyde på 4 923 moh, et av de høyeste i verden. Wakhjir-passet har den største offisielle variasjonen i antall tidssoner (UTC+4:30 i Afghanistan til UTC+8 i Kina). Grensen til Kina er blant de høyestliggende internasjonale grensene i verden.