Et luftskip har med seg Sheeta, en ung foreldreløs jente som er blitt bortført av regjeringsagenten Muska, blir angrepet av kaptein Dola og hennes sønner som er på jakt etter Sheetas lille krystallsmykke. I den påfølgende kampen faller Sheeta fra luftskipet, men bremses av en mystisk kraft i amuletten. Hun lander trygt i en liten grubeby, hvor hun blir oppdaget av den foreldreløse gutten Pazu. Han tar henne med seg hjem. Pazu forteller henne om en mystisk flytende by ved navn Laputa. Senere forfølges de av Dola og hennes pirater, og deretter av Muskas soldater. De møter den eksentriske Pomme, som forteller at Sheetas amulett er fremstilt av «hikouseki», et materiale som brukes til å holde Laputa og de andre byene flyvende.