Rusts ettermæle er farget av at han under nazismen var medlem av SS-organisasjonen Ahnenerbe, og at han dermed fikk arbeide uforstyrret uten engang å måtte tjenestegjøre i Wehrmacht. Dette forholdet gjorde bl.a. at en planlagt feiring av hans 100-årsdag i Ahrensburg ble avlyst. Lite tyder imidlertid på at han var særlig politisk aktiv i denne perioden. Og det må presiseres at ingen tyske arkeologer fikk i det hele tatt arbeide i denne tiden, uten at det var i nær forståelse med Ahnenerbe.