Karakuls areal er 380 km². En halvøy og en øy deler innsjøen i to basseng; et mindre basseng i øst med dybder på 13-19 m og et større basseng i vest hvor dybden når over 230 m. Øya er 8 km lang og 4 km bred, mens stredet mellom halvøya og øya er 1 km bredt. Tre elver renner ut i innsjøen. Så sent som på 1800-tallet var øya som nesten deler innsjøen i to, landfast i nord over et smalt eid.