Under borgerkrigen oppholdt Irene Asanina seg i Didymótikho sammen med sine døtre mens Johannes VI ledet kampene. Hun forsvarte byen mot angrep fra tsar Ivan Alexander så godt hun kunne inntil Johannes VI med hjelp av den tyrkiske emiren av Aydinids, Umur Ghazi kunne returnere til Didymótikho vinteren 1343. Irenes innsats imponerte mange, som Umur Ghazi og den samtidige historikeren Nikeforos Gregoras. Den 3. februar 1347 ble det inngått en fredsavtale hvor Johannes VI ble senior-keiser med Johannes V som medkeiser. Avtalen ble beseglet med ekteskap mellom Johannes V og Helena Kantakouzene, datter til Johannes VI og Irene. Johannes VI dro til Konstantinopel og tok effektivt kontroll over riket med Irene som keiserinne.