Mugalene forsøkte ikke bare å blokkere den historiske invasjonsruten inn i India, men også å kontrollere de intense uavhengige stammene som akseptere kun minimal innblanding fra Delhi i deres fjellfestninger mellom Kabul-Kandahar aksen og Indus-elven, særlig i pashto-områdene i fjellrekken Suleiman. Ettersom området rundt Kandahar skiftet side mellom de to store imperiene, utnyttet de lokale pashtoene situasjonene ved å få gaver fra begge sidene. I midten av det 17.århundret hadde mugalene overgitt Hindu Kush nord for Kabul til usbekene og i 1748 tapte de Kandahar til safavidene for tredje og siste gang.