En U3-minnepinne har to diskpartisjoner, og vil derfor opptre med to stasjonsbokstaver, som normalt tilordnes dynamisk (til de to neste ledige stasjonsbokstavene) når minnepinnen plugges inn i en USB-port. Hvis for eksempel en PC har diskstasjonene C og D, vil U3-minnepinnen opptre som E og F. E er formatert for å late som om den er en CD-ROM-stasjon, og derfor vil CD-ROM-autostart-mekanismen (som er påslått i de fleste pc-er) starte U3-systemprogrammet. Dette fører til at U3-ikonet vises til høyre på oppgavelinjen. Når brukeren klikker på dette ikonet, vises en meny over programmene som er installert. Siden den første partisjonen (i det aktuelle eksempelet: E) opptrer som en CD-ROM, kan intet endres der, så både programmer og data må lagres i den neste (F). U3-arkitekturen er lite transparent for brukerne: Hvert program er lagret i en mappe som ikke inneholder programmets navn, men filnavnet er (for mennesker) en meningsløs kode.