Utbyggingskostnadene for fastlandsforbindelsen ble delt mellom staten (51 %), fylket og kommunene (11 %) og bompengefinansiering (38 %). Bompengeinnkreving var opprinnelig antatt å finne sted inntil 2012. Et vesentlig større trafikkgrunnlag enn beregnet samt at to av de tre prosjektene ble fullført under budsjett gav prosjektet en bedre økonomi enn forutsatt. Det ble derfor besluttet å nedlegge bomstasjonene på Dolmøy og Ansnes allerede den 31. januar 2003, mens bomstasjonen på Sandstad skulle beholdes inntil hele prosjektet var nedbetalt. Bompengeinnkrevingen ble håndtert av selskapet Hitra Frøya Fastlandssamband.