Den første bølgen av eugenikk (ca. frem til første verdenskrig) var hovedsakelig basert på antropologi, demografi og nokså ufunderte gjetninger angående ulike egenskapers arvelighet. Mange av medlemmene i de nygrunnlagte eugeniske foreninger var ikke en gang biologer eller leger. Denne strømningen ble etter hvert sterkt kritisert av genetikere (f.eks. Wilhelm Johannsen, Otto Mohr, Thomas Hunt Morgan). De tidlige eugenikernes feilaktige antagelser omfattet bl.a.: Forverrelsen av det menneskelige genforråd ble sjelden dokumentert, men stort sett bare antatt, og ble derfor ansett som et mye større problem enn det i realiteten var og er. Mange egenskaper som hovedsakelig skyldes miljø- og kulturpåvirkning, ble ansett som arvelige (bl.a. fattigdom, prostitusjon, alkoholisme, kriminalitet, arbeidsledighet). Det ble antatt et ett-til-ett-forhold mellom egenskaper og gener; i realiteten påvirkes de fleste egenskaper av en lang rekke ulike gener (polygeni), som også påvirker andre egenskaper (pleiotropi). Arvelige egenskaper ble antatt å skyldes dominante gener; de fleste sykdommer er imidlertid recessive, og en populasjon har derfor ifølge Hardy-Weinberg-prinsippet langt flere bærere av sykdomsgenene enn de personene som faktisk er syke.