Fra starten av ble samlingen oppbevart på Københavns slott og en inventarliste fra 1674 viser at samlingen var delt opp i forskjellige kamre: et kammer med naturalier, et med kunstgjenstander og malerier, et med antikviteter og våpen, et med malerier og et med vitenskapelige instrumenter og ur. Videre var det et kammer med etnografika, et med mynter og medaljer, et med etnografiske malerier og endelig et modellkammer.