Cromwell forlot Irland i mai 1650 og flere måneder senere invaderte han Skottland etter at skottene hadde proklamert den henrettede kongens sønn Karl II som konge. Cromwell var langt mindre fiendtlig innstilt til de skotske presbyterianere, en del av dem hadde vært hans allierte i den første engelske borgerkrigen, enn hva han var overfor irske katolikker. Han beskrev skottene som et folk som «fryktet Hans [Guds] navn, dog forledet.» Han fremmet et berømt klagemål til Hovedforsamlingen til den skotske kirke hvor han bønnfalt dem å se feilen i en rojalistisk allianse — «Jeg bønnfaller dere, i Kristi Jesu hjertelag, tenk det mulige at dere kan ta feil.» Skottenes svar var tilsvarende fast: «Vil du ha oss til å bli skeptiske til vår religion?» Skottenes beslutning om å forhandle med Karl II ført til at Cromwell ble overbevist om at det var nødvendig med krig.