Margeirsson spilte for Breiðablik i Úrvalsdeild fram til 2015, da han signerte for Lillestrøm etter opprinnelig å ha signert for islandske FH Hafnarfjarðar. Han spilte første kamp i Tippeligaen 27. september 2015, da Lillestrøm spilte uavgjort 1–1 hjemme mot Start.