Windhoek har to flyplasser, den nærmeste er Eros som er en mindre flyplass rundt 7 kilometer sør for sentrum og Windhoek Hosea Kutako internasjonale lufthavn som ligger 42 kilometer øst for sentrum og håndterer rundt 400 000 passasjerer årlig med daglige flyvninger til Frankfurt internasjonale lufthavn og Johannesburg.