Bujumbura vokste fram etter at det ble anlagt en militærleir i Tysk Østafrika i 1889. Etter første verdenskrig ble Bujumbura det administrative senteret for det belgiske suzerinatet Ruanda-Urundi som var et klasse B mandatområde under Folkeforbundet fra 1924 til 1945. Byens navn ble endret fra Usumbura til det nåværende navnet Bujumbura i 1962, da Burundi ble et selvstendig land. Siden frigjøringen fra Belgia har Bujumbura flere ganger vært rammet av harde kamper mellom de to rivaliserende folkegruppene hutu og tutsi. I dag står Bujumbura som en underutviklet by.