Interessert i vitenskap som han var, ble han i 1768 innvalgt i Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab og visepreses der 1780 til 1791. Her ivret han for å få etablert et eget dorsk universitet, men rakk ikke å se det skje. Det første ble nemlig Det Kongelige Frederiks Universitet, etablert i Kristiania i 1811, mange år efter hans død. Ellers var han medlem av naturforskerselskapet i Danzig og medlem av Det topographiske Selskab i Christiania. Mens han var i Bergen etablerte han «det nyttige Selskab» og ble meddirektør i «de frivillige Harmonisters Akademi» som ble en forløper til Harmonien. Hagerup hadde også botaniske og zoologiske samlinger og skrifter og stod endog bak opprettelsen av Throndhjems Realskole i 1783.