Mot slutten av hans styre kunne Kaykhusraw III hevde direkte suverenitet kun over landområdene rundt Konya. Noen av beylikene (inkludert osmanene i deres spede begynnelse) og seldsjukkiske guvernører i Anatolia fortsatte å anerkjenne, riktignok nominelt, overherredømmet til sultanen i Konya, leverte khutba i navnet til sultanen i Konya i anerkjennelse av deres suverenitet. Sultanene fortsatte å kalle seg Fahreddin, . Da Kaykhusraw III ble henrettet i 1284, ble seldsjukkdynastiet påført nok et slag fra interne stridigheter som varte til 1303 da Kaykaus IIs sønn, Mesud II, etablerte seg som sultan i Kayseri. Han ble myrdet i 1307 i likhet med sin sønn Mesud III kort tid etterpå. En fjern slektning av seldsjukkdynastiet innsatte seg selv midlertidig som emir i Konya, men han ble beseiret og hans landområder erobret av Karamanoğlu i 1328. Innflytelsessfære til sultanatets valuta varte litt lenger, og seldsjukkiske mynter, vanligvis regnet som en solid myntenhet, fortsatte å bli brukt i det 14. århundre, igjen blant annet av osmanerne.