Det er fortsatt uklart hva som er årsaken til allergi, men allergiske reaksjoner utløses av en defekt/mistolkning i kroppens immunforsvar, som har som formål å gjøre oss immune mot smitte. Det immunologiske systemet er således spesialisert på å oppdage og uskadeliggjøre fremmede stoffer, en beskyttelse vi trenger for å forsvare oss mot bakterier, virus, innvollsormer og andre parasitter og ulike fremmedstoffer som kan skade oss. Problemet er at dette systemet mangler intelligens, så det kan ikke skille mellom skadelige og uskadelige fremmedstoffer. Symptomene iverksettes gjennom kompliserte serier av biokjemiske reaksjoner som utløses av immunreaksjonen. Allergiske reaksjoner opptrer når det av forskjellige grunner lages mye antistoffer (av familien IgE).