Han innkalte til en provinsialsynode for å avklare hvorvidt katolikker kunne tillates å delta i shintoseremonier. Under hans tid som pavens mann i landet ble i 1926 den første japanske biskop utnevnt; det var Januarius Kyūnosuke Hayasaka. Dermed ble den katolske kirke i Japan mer uavhengig av Det parisiske ytremisjonsselskap. Forehavendet om å få opprettet diplomatske forbindelsergjorde fremskritt, men ble så blokkert av den buddhistiske opposisjon i parlamentet.Da erkebiskop Edward Aloysius Mooney den 30. mars 1931 ble utnevnt til til hans etterfølger, forble Giardini i Japan til Mooney var ankommet fra India.