Athabasca begynner ved foten av Columbiabreen i Jasper nasjonalpark, på rundt 1600 meter over havet. Elva renner mellom isbreer og gjennom juv, med rikt dyre- og planteliv langs breddene og tilliggende myrområder. Nasjonalparker og andre verneområder ble opprettet for å beskytte naturen i området.