En interim, politisk autoritet (IPA), med oppdrag å se gjennom valgstrukturen i landet, ble opprettet i desember 1998. IPA foreslo et proporsjonalt valgsystem som skulle sikre at det var opposisjon i nasjonalforsamlingen. Det nye systemet beholdt de eksisterende 80 valgte representantene, men la til 40 seter som skulle fylles på proporsjonalt grunnlag. Valgene ble holdt etter dette nye systemet i mai 2002, og LCD vant igjen med 54 % av stemmene. For første gang vant opposisjonen et betydelig antall seter, og til tross for noen irregulariteter og trusler om vold fra generalmajor Lekhanya, opplevde Lesotho sitt første fredelige valg. Ni opposisjonspartier hadde nå alle de proporsjonelle setene, BNP hadde den største andelen på 21. LCD hadde 79 av de 80 valgkretsbaserte setene. Selv om deres valgte medlemmer deltar i nasjonalforsamlingen, har BNP satt i gang flere rettslige utfordringer til valgene, inkludert krav om en gjenopptelling, men ingen har lyktes.