Strukturen til sporene er overveldende forskjellig fra selve cellen. Denne er mye mer kompleks i det at de har flere lag som man ikke finner i cellen. En kjemisk substans som er karakteristisk for endosporer er som ligger i "kjernen" av sporen. Dette finnes ikke i bakteriecellene. Dette stoffet har blitt funnet i alle endosporene som har blitt undersøkt. Sporene har også en høy konsentrasjon av kalsium ioner som er kombinert med dipicolinsyren. Denne kalsium-dipicolinsyren står for omtrent 10 % av tørrvekten til sporene.