Francesca Cabrini var den yngste av de tretten barna til bondefamilien Agostino Cabrini og Stella Oldini, som opprinnelig var fra Milano. Bare fire av barna nådde ungdomsårene. Francesca ble født for tidlig, og helsen hennes var alltid delikat. I barndommen besøkte hun en onkel, Don Luigi Oldini fra Livagra, en prest som bodde nær en kanal med sterk strøm. Der laget hun små papirbåter, slapp små fioler i dem, kalte blomstene «misjonærer», og sjøsatte dem for at de skulle seile avsted til India og Kina. Som trettenåring gikk hun på en skole drevet av (grunnlagt i Bergamo. Fem år etter ble hun uteksaminert , med lærerdiplom.