Gorgas fikk i oppdrag å bekjempe gulfeberen på Cuba, og lyktes med det takket være Walter Reeds påvisning av en myggart som overfører av smitten. I løpet av tre måneder ble Havanna fri for sykdommen. Han ble deretter innsatt i kommisjonen for byggingen av Panamakanalen, og bidro med å klare å få slutt på gulfeberen som raste blant arbeiderne. Slik klarte man å få fullført byggingen av Panamakanalen.