Hopper ble pensjonert fra US Naval Reserve med graden kommandørkaptein i slutten av 1966. Hun ble kalt tilbake i aktiv tjeneste i august 1967 for en seksmåneders periode som resulterte i forlengelse på ubestemt tid. Hun ble pensjonert igjen i 1971, men ble spurt om å komme tilbake til aktiv tjeneste igjen i 1972. Hun ble forfremmet til kaptein i 1973 av Admiral Elmo R. Zumwalt, Jr..