En nyvurdering av Dees karakter og betydning begynte på 1900-tallet, hovedsakelig grunnet arbeidet til historikeren Frances Yates, som satte nytt fokus på den rolle som magi spilte i renessansen og utviklingen for moderne vitenskap. Som et resultat av den nyvurderingen er Dee i dag sett på som en seriøs forsker, som en av de mest lærde på sin tid, men som i senere år kom på avveie. Hans boksamling i Mortlake var den største i England og betraktet som et av de fineste i Europa, kanskje kun overgått av biblioteket til Jacques Auguste de Thou. Foruten å være en astrologisk og vitenskapelig rådgiver for dronning Elisabeth og hennes hoff, var han også en tidlig talsmann for koloniseringen av Amerika og et britisk imperium som strakte seg over Atlanterhavet.