Selv om de fleste filsystemer ser noenlunde like ut fra en brukers side med et hierarki av mapper og filer, kan det være store forskjeller på hvordan filsystemet organiserer sine forskjellige biter med data på selve mediet. Tidligere filsystemer var ganske enkle, og hadde begrenset plass til både filer og metadata. Etter hvert som behovene har vokst har også filsystemene blitt mer avanserte, og mer optimalisert mot sine forskjellige bruksområder.