Det kom til borgerkrig og til massakre, idet Suharto og antikommunistiske generaler beskyldte Indonesias kommunistiske parti for å stå bak et kuppforsøk i 1965. Hæren og muslimske kampfeller tok i løpet av få måneder livet av mange hundretusener kommunister og deres formente samarbeidspartnere og av politiske motstander i det store og hele. Samtidig kom århundrelange antipatier mor øyenes kinesiske mindretall til uttrykk med massemyrderier av kinesere.