I 1993 brøt det ut nye kamper, blant annet ved en omfattende regjeringsoffensiv i det nordlige og sentrale Djibouti, da FRUDs hovedkvarter ble erobret. 80 000 mennesker fordrevet fra sine hjem som følge av kampene. 1994 ble FRUD splittet, og Ali Mohamed Daoud ble utpekt til ny leder. Den tidligere lederen Ahmed Dini Ahmed dannet en rivaliserende organisasjon i Addis Abeba i Etiopia.