Foreldrene Elizabeth og Harry var jøder som utvandret fra Ukraina i Det russiske keiserdømmet. Faren Harry var trykker og stiftet sitt eget trykkerifirma etter at han slo seg ned i USA. Harry Beck var sosialist og medlem av typografenes fagforening. Aaron Beck er kjent for å ha utviklet flere fobier som gutt, blant annet frykt for å bli forlatt og frykt for kirurgi. Han studerte engelsk og statsvitenskap ved Brown University, og deretter medisin ved Yale University. Beck spesialiserte seg i psykiatri fordi det var knapphet på kandidater på fagfeltet. Han studerte senere psykoanalyse og utviklet kognitiv terapi tidlig på 1960-tallet.