EIOPA har en koordinerende rolle mellom de ulike lands tilsynsmyndigheter. Det har også en viss overnasjonal karakter, og vil på enkelte avgrensede områder kunne fatte vedtak som er bindende både for nasjonale tilsynsmyndigheter og enkeltinstitusjoner. EIOPA er gitt myndighet til å megle mellom medlemslandenes tilsynsmyndigheter der det er uenighet om håndtering av institusjoner med grensekryssende virksomhet, og har kompetanse til å fatte bindende beslutninger dersom nasjonale tilsynsmyndigheter ikke kommer til enighet. Videre er EIOPA gitt en koordinerings- og beslutningsrolle ved håndteringen av krisesituasjoner, og har dessuten hjemmel til, i siste instans, å gripe inn og å gjøre vedtak overfor enkeltselskaper der nasjonale tilsyn ikke retter seg etter en formell uttalelse fra Kommisjonen.