Han var sønn av sogneprest Niels Brostrup Prahl i Sokndal og Dorothea Juditha Djurhuus. Morens slekt stammet fra Færøyene. Faren døde året etter at han var født, slik at barna ble sendt til forskjellige slektninger. Bendix Prahl ble oppdratt hos sin morbror Bendix Djurhuus, sogneprest i Hå på Jæren. Senere ble han elev ved Christiania katedralskole, hvor Johan Herman Wessel, Ove Gjerløw Meyer og Søren Monrad var blant kameratene hans. Denne kretsen utgjorde senere kjernen i Det norske Selskab i København.