Hugo Vicente startet sin trenerkarriere i Paio Pires Futebol Clube. Deretter var han teknisk direktør i selskapet Coerver Coaching i Portugal i nesten 10 år. Vicente jobbet også i ungdomsavdelingen til SL Benfica. Fra Benfica gikk han til Sporting Clube de Braga, der han fikk en stilling som teknisk direktør med ansvar for juniorspillerne og for individuell spillerutvikling. I Braga var han dermed med å på utvikle talentfulle spillere som Francisco Trincão og Pedro Gonçalves, og i 2014 vant Braga U19-mesterskapet i Portugal.