Da Bastillen ble stormet av en bevæpnet mobb den 14. juli 1789 nådde den spente situasjonen sitt kritiske klimaks. Den unge prinsessens liv begynte å bli påvirket da flere medlemmer av den kongelige husholdning ble sent utenlands for sin egen sikkerhets skyld. Marie-Thérèses onkel, comte d'Artois, emigrerte på ordre av Ludvig XVI. Grunnet hennes mor upopularitet var de som var assosiert med henne også ansett for å være i fare. Dette omfettet også Marie-Thérèses guvernante, hertuginne de Polignac, som dro til Sveits for å slippe unna et mulig attentat.