Rundt 1220 utviklet urfolk, kalt Tlahuica («jordbrukere») av sine naboer, et rikt jordbruk i de fruktbare dalene rundt Cuernavaca. I 1379 ble de erobret av aztekerne, som tvang dem til å betale en årlig tributt bestående av 8000 antrekk klær, 16 000 ark barkpapir og 20 000 tønner mais. I Codice Mendocino, aztekernes oversikt over tributter, ble Cuernavaca representert med et symbol bestående av et tre med tre stammer. Dette er nå Cuernavacas byvåpen. Moctezuma I, aztekernes store konge, var resultatet av en union mellom aztekerkongen og den lokale høvdingens datter. Byen var også kjent for sine religiøse seremonier på pyramiden midt i byen, og gode astronomikunnskaper.