Den 20. mai 1989 ble han utnevnt til biskop av Bacolod, og den 27. juli samme år ble han innsatt på bispestolen der. Han fratråde dette embedet den 28. august 2000. Det oppstod veldige meningsforskjeller mellom biskopen og en stor og radikal gruppe prester, og bispedømmets prester ble splittet i minst to leirer. Til slutt anbefalte den apostoliske nuntius ham å fratre.