Hilberg insisterte på å skrive en avhandling om holocaust. Hans veileder Franz Neumann advarte ham om at dette kunne skade den akademiske karrieren hans; han skal ha uttalt at valget av et slikt tema «blir din akademiske begravelse». Neumann selv var kjent for en klassisk studie av nazistaten, I beskrev Neumann Nazi-Tyskland som en lovløs (mislykket stat) snarere enn den autoritære staten regimet ga inntrykk av. Hilberg fullførte i 1950 en masteroppgave om den sivile statsadministrasjonen og jødene, et tema han utvidet i avhandlingen , som ble fullført i 1955.