Filaret ble munk i 1950, presteviet i 1951 og bispeviet i 1962. I 1966 ble han – som den første ukrainskfødte på over 150 år – utnevnt til russisk-ortodoks . Som innehaver av en av Moskva-patriarkatets viktigste bispetitler ble han samtidig fast medlem av kirkas hellige synode. To år senere ble Filaret opphøyd til metropolitt. I sin tid som leder for den russisk-ortodokse kirke i Ukraina forsvarte han kirkas enhet og undertrykte andre kirker, som den ukrainsk-katolske kirke og den ukrainske autokefale ortodokse kirke.