Etter å ha scoret ett ligamål på 13 ligakamper for Villa i første del av 2004/05-sesongen skrev Whittingham under på en låneavtale med Burnley FC i februar 2005. Han debuterte for Burnley den 15. februar 2005 i en ligakamp mot Crewe Alexandra FC, og han spilte ytterligere seks ligakamper og to cupkamper for «the Clarets» før han vendte tilbake til Aston Villa i mars 2005.