Utgravninger flere steder på 1900-tallet har ført til funn av menneskelige levninger fra flere tidsrom, fra , , og den mer nylig identifiserte arten til bronsealderen og det moderne menneske. Det mest kjente stedet i Atapuerca er «Sima de los Huesos» (Beingropen). Denne ligger i bunnen av en 13 meter dyp sjakt som man kan nå fram til gjennom grottesystemet i Cueva Mayor. Fossilene her er minst 350 000 år gamle, noe som tilsvarer midten av pleistocen. Sima de los huesos inneholder mange rester av mennesker som represeneterer omtrent 30 skjelett av , en direkte forløper for Neandertalere.