Nesten alle kvartalsnavn i Gamla stan ble til på 1600-tallets siste halvdel og er oppkalt etter begrep og personer (hovedsakelig guder) i den greske og romerske mytologien. Cygnus tilhører unntaket og er det latinske navnet for en svane eller stjernebildet Svanen. Valget av navnet har formodentlig å gjøre med apoteket Svanen som lå i kvartalets søndre del mellom 1650- og 1780-tallet.