Mikael hadde fem barn. Med sin første kone: En datter (ukjent navn), som i 1209 giftet seg med Eustace, bror til den latinske keiser Henrik I av Flandern. Teodora Komnene Dukaina, som bare nevnes kort av Demetrios Chomatianos i 1216. Konstantin Komnenos Dukas, som bare nevnes en gang i den latinske teksten til avtalen mellom Mikael og venetianerne i 1210 hvor han er tiltenkt rollen som farens etterfølger. Han har sannsynligvis dødd før sin far.