I 1992 utga han og i 1993 ble han knyttet til det teologiske fakultet ved Københavns Universitet som professor. Resten av tiåret ble opptatt av til dels harde strider med konservative amerikanske bibelforskere, ofte betegnet som «maksimaliser», som kan eksemplifiseres med en meningsutveksling i 2001 mellom Iain Provan, Thompson og Philip R. Davies ved Universitetet i Sheffield i .