Etter den cubanske revolusjonen i 1960 ble han invitert av Fidel Castro til å flytte til Cuba. Árbenz takket ja til tilbudet, men ble raskt skeptisk til de cubanske myndighetenes politikk. I 1965 tok Arabella, Árbenz eldste datter og yndlingsdatter, livet av seg i Bogotá i Colombia. Árbenz tok selvmordet hennes særdeles tungt. Han dro til Mexico for å gravlegge sin datter, og valgte deretter å bosette seg der.