Garcia og flere medlemmer av Grateful Dead brukte ofte narkotika, spesielt hallusinogene stoffer som marihuana og LSD. På 1960-tallet gikk Garcia under kallenavnet «Captain Trips». Han var i flere år avhengig av heroin. I tillegg var han overvektig, en storrøyker, hadde problemer med søvnapné og var diabetiker. I 1986 falt han i diabetisk koma og var bevisstløs i fem dager. Etter at han våknet måtte han lære å spille gitar på nytt. Garcia hadde flere opphold på rehabiliteringsklinikker for å ta kontroll på avhengigheten. 9. august 1995 døde han av hjerteinfarkt på en rehabiliteringsklinikk i Marin County i California.