I 2006 gikk Almeida på enda et nytt lån, denne gangen til den tyske toppklubben Werder Bremen. Hans første sesong ble en stor suksess, og han scoret 10 mål på 41 kamper. Etter at Porto kjøpte to nye spisser, tok han tilbudet fra Werder og skrev under på en fireårskontrakt i en handel verdt fire millioner euro. Siden Miroslav Klose signerte samtidig for Bayern München, økte sjansene for førstelagsspill betraktelig., og på de første 12 kampene i Werder Bremen scoret han hele 7 ganger.