Filmen begynner med å vise en Shaymin som drikker av et vann. Dialga dukker deretter Giratina opp fra vannet. Dialga er på vei til Distortion World, og får ved en tilfeldighet også Shaymin med seg. Der slåss Dialga mot Giratina for å prøve å komme seg løs. Shaymin blir veldig redd, og tilsutt bruker den Seed Flare – som åpner en portal tilbake til den vanlige verdenen. Dialga unnslipper gjennom denne åpningen, og sperrer Giratina inne i Distortion World. Alt blir overvåket av en mann i et høyteknoloisk kontor.