Da general Duphot ble myrdet i Roma den 28. desember 1797, benyttet franskmennene dette som foranledning for å rykke inn og okkupere byen den 10. februar 1798. De fratok paven hans timelige uavhengighet og utropte en romersk republikk. Consalvi ble arrestert og innesperret på Castel Sant'Angelo. Derfra skulle han deporteres til Cayenne i Fransk Guyana, men allerede ved havnebyen Civitavecchia ble dette omgjort. Han ble sendt tilbake til Castel Sant'Angelo i Roma, og derfra til Terracina. Senere fikk han lov til å begi seg til Napoli.