Weddell foreslo overfor Admiralty en ny reise til sørlige breddegrader, men fikk ikke støtte. Han gikk derfor tilbake til å seile i handelsfart i Atlanteren. I 1829 var han fremdeles kaptein på «Jane», men under en reise fra Buenos Aires til Gibraltar lakk hun så kraftig at hun måtte oppgis ved Azorene. Weddell og skipslasten ble overført til et annet skip for å bli fraktet til England. Dette fartøyet gikk imidlertid på grunn ved øya Pico, og Weddell overlevde ved et nødskrik.