Emanuelson er et produkt fra ungdomsakademiet til Ajax Amsterdam. Emanuelson debuterte for Ajax i en hjemmekamp mot AZ Alkmaar den 10. april 2005. I løpet av 2005/2006-sesongen ble han klubbens førstevalg som venstreback, og han vant sine første trofeer Johan Cruijff schaal og KNVB-cupen. Både Johan Cruijff schaal og KNVB-cupen vant han igjen i 2006/2007-sesongen. Emanuelson vant Johan Cruijff schaal for tredje gang i starten av 2007/2008-sesongen. Emanuelson vant KNVB-cupen for tredje gang i 2009/2010-sesongen. Emanuelson vant også Amsterdam Talent of the Year i 2006.