I august 2004 kjøpte Seglem, en av de fire opprinnelige investorene i Kystfly hele flyselskapet fra partnerne. Selskapet begynte da å levere bedre resultater, og hadde et lite overskudd i første kvartal av 2004, selv om selskapet helhetlig tapte 17,6 millioner kroner det året. Selskapet prøvde seg i etterkant av ommleggingen seg på flere nye destinasjoner, som Stockholm, Molde og Kristiansund, men med vekslende hell.