Inntil 1996 ble orangutangene regnet til samme art, men siden det finnes en rekke distinkte forskjeller mellom orangutangene på Borneo og Sumatra, ble de delt i hver sin art. En nyere studie (publisert i Genome Research i februar 2016) av store apers Y-kromosom og mtDNA antyder at splittelsen mellom de to artene skjedde for omkring siden. Sumatraorangutangen har blant annet betydelig lengre pels enn borneoorangutangen (). Pelsen har også større innslag av oransje. De regnes dessuten som mer sosiale (lever tettere på hverandre) enn borneoorangutangene.