Mach annonserte 7. februar 1943 at regjeringen ville gjenoppta deportasjonene. Biskopene sendte deretter 16. februar en protest til regjeringen og presidenten. Midt i mars ble et protestskriv på vegne av jødene fremført i landets katolske kirker. Regjeringen avlyste de planlagte deportasjonene i april 1943, og forsøkte uten hell å gjenoppta deportasjonene sommeren 1943 og våren 1944. Etter oktober 1942 var det ingen deportasjoner før den slovakiske oppstanden fra august 1944 da jøder ble deporterte eller henrettet av tyske styrker med tidvis bistand fra Hlinkagarden. Utenriksminister Joachim von Ribbentrop instruerte i juli 1943 ambassadør Hanns Ludin om at det «for tiden» ikke var noen planer om å ta initiativ overfor den slovakiske regjeringen om å rydde opp i jødespørsmålet i landet. Samtidig informerte Edmund Veesenmayer, utenriksdepartementets Balkan-ekspert, Tiso uformelt om at Tyskland fortsatt var interessert i en opprydning.