Bonnevie-Svendsen spilte en sentral rolle i det kirkelige motstandsarbeidet under okkupasjonen. Han var kirkens medlem i Koordinasjonskomiteen. Våren 1945 måtte han flykte til Sverige.. Etter frigjøringen var Bonnevie-Svendsen konsultativ statsråd for kirkesaker i Kirke- og undervisningsdepartementet i samlingsregjeringen fra 25. juni til 5. november 1945 som representant for Hjemmefronten. I 1945 stiftet han også Menighetspleienes Landsforbund. Sammen med prost Henrik Hauge etablerte han Kirkens Nødhjelp i 1947 som en aksjon for nødstedte i Tyskland. I 1960 ble Kirkens Nødhjelp skilt ut fra Menighetspleienes Landsforbund som egen selvstendig organisasjon. Bonnevie-Svendsen var formann i Kirkens Nødhjelps styre i 32 år sammenhengende frem til 1979. Han var også høyt rangert frimurer og visepresident i Rotary International fra 1949 til 1950.