Han ble ordinert til diakon i 1991 og prest i Church of England i 1992. Deretter tjente han som i Aldwick (1991–1995) og som i Crawley (1995–2000) i det anglikanske . Han var også sykehusprest og medlem av bispedømmesynoden. I 2000 ble Waller sogneprest i s menighet, Walthamstow i . Han var også medlem av biskopen av og av fra 2005 til 2010. Han ledet også bispedømmekommisjonen for religionsundervisning.