Han synes å ha flyttet til Munster i løpet av de neste årene, kanskje i selskap av sin søster Sarah. I Irland skrev Spenser sitt store nasjonalepos (). Her bejublet han blant annet protestantismen i høyttravende platonsk idealisme. Kampen mot katolisismen, som Spenser selv var en del av, var ikke over, og dannet det bakteppe som verket ble skrevet mot. I 1588 beseiret en engelsk flåte den spanske armada utenfor Englands kyst, noe som betydde at England var blitt datidens supermakt.