I 1491 ble Kopernikus ferdig på sogneskolen ved St. Jan kirke i Toruń, hvor han lærte seg latin, grunnleggende matematikk og astronomi. I årsskiftet 1491–1492 begynte han å studere ved Akademiet i Kraków (Det jagellonske universitet), i storhetstiden til den matematisk-astronomiske skole i byen. Han ble blant annet undervist av astronomen Wojciech Brudzewski. Han ble raskt fascinert og begynte å samle skrifter om emnet. Biblioteksamlingen til Kopernikus skulle senere bli røvet av svenskene under den polsk-svenske krigen på 1600-tallet og er i dag å finne ved Uppsala universitetsbibliotek.