Kinkel forble justisminister til mai 1992, da han ble utenriksminister. Det skjedde etter at FDP uventet hadde avvist Kohls nominasjon av Irmgard Schwaetzer. Han var utenriksminister frem til regjeringen Kohl gikk av i 1998. Han var en nøkkelfigur ved opprettelsen av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia og bidro vesentlig til utformingen av dets statutter. Han forsøkte også, uten hell, å få vedtatt en resolusjon under et møte for EFs utenriksministre om at hvert av medlemslandene skulle ta i mot flere flyktninger fra Balkan.