Bogdani ble født i 1630 i Guri i Hasit, i nærheten av byen Prizren i Kosovo. Hans onkel Ndre Bogdani (Andre Bogdani) var Biskop av Skopje og forfatter av en latin-albansk ordbok som ikke er funnet. Det sies at Bogdani fikk sin første skolering av fransiskanerne i Ciporvac, Bulgaria og etter det flyttet han til Ancona, Italia hvor han studerte ved Collegio Illirico i Loretto. Fra 1651 til 1654, tjenestegjorde han som prest i Pult og fra 1654 til 1656 studerte han ved College of Propaganda Fide i Roma hvor han ble uteksaminert doktor i filosofi og teologi. I 1656 ble han utnevnt til Biskop av Shkodra, en stilling han hadde i 29 år, og administrator av Antivari (Bar)-bispedømmet. Under de vanskeligste årene av den tyrkisk-østerrikske krigen, skjulte han seg i landsbyene Barbullush og Rrjoll, i nærheten av Shkodra, Albania. En hule i nærheten av Rjoll bærer fortsatt hans navn. I 1677, avløste han sin onkel som Biskop av Skopje og administrator av hele Kongedømmet Serbia. Hans religiøse og patriotiske overbevisninger medførte mye konflikt med de tyrkiske styrkene noe som tvang han til å ta med seg manusene og flykte først til Dubrovnik (Ragusa), og derfra til Venecia og Padua.