Jak drar til den Røde Vismannens laboratorium, hvor han finner ut at alle Vismennene unntatt Samos har blitt kidnappet av de samme personene Jak og Daxter observerte på Misty Island. Det viser seg at de er Gol Acheron og Maia Acheron, Gols søster, søm planlegger å oversvømme verden med Mørk Eco ved å bruke Mørk Eco Siloene. Jak samler inn flere Powel Cells så Keira kan oppgradere Zoomerens varmeskjold slik at de kan krysse en tunnel fylt med lava.