Et kuppforsøk mot Gbagbo i september 2002 mislykkes i Abidjan, men hadde suksess i Bouaké i midten av landet og i Korhogo nord i landet. Derfra utviklet situasjonen seg raskt til en borgerkrig der rebellene, Forces Nouvelles, holdt landets nordlige halvdel og regjeringstroppene den sørlige. Etter flere måneder med kamper inngikk partene en avtale i januar 2003. Franske soldater skulle holde de to grupperingene fra hverandre. Ifølge avtalen skulle Gbagbo forbli president, men måtte akseptere en nøytral statsminister. Rebellene leverte ikke fra seg våpnene sine som og i praksis ble landet delt i nord og sør. Kampene blusset opp, særlig gjennom 2004.