Som 17-årig ble Frederik Christian Rosenkrantz i 1741 kammerjunker og i 1748 kammerherre. Fra 1749 var han assessor i Højesteret, en stilling han besatt frem til 1771. Likeledes ble han i 1749 utsendt som envoyé extraordinaire til det prøyssiske hoff og 1751 ved det engelske hoff. I 1754 ble han deputert i Admiralitets- og Generalkommissariatskollegiet. 1760 ble han Ridder av Dannebrog. I 1763 fikk Rosenkrantz' karriere et solid hopp, kongen utnevnte ham til overkrigssekretær for søetaten, samt som den første i det nyopprettede veibygningsvesen. Han ble dessuten tildelt ordenen l'union parfaite. I 1764 fikk han tittel av geheimeråd og i 1765 ble han utnevnt til preses for Det almindelige Handelskompagni. I januar 1766 ble han i tillegg overkrigssekretær for landetaten.