Etter Wallensteins død i 1634 ble Ferdinand III titulær øverstkommanderende for rikets hær i tredveårskrigen. Senere samme år sluttet han seg sammen med sin nevø kardinal-infante Ferdinand og ble nominelt ansvarlig for erobringen av Donauwörth og Regensburg. Han ble også ansvarlig for nedkjempelsen av svenskene i slaget ved Nördlingen. Sol meder av fredspartiet ved hoffet bidro han i 1635 til på forhandle frem freden i Praha med de protestantiske stater, fremfor alt med Sachsen.