Den første konfrontasjonen mellom universitetet og tyskerne oppsto den 17. mai 1940 da noen ungdommer demonstrerte utenfor et kinolokale hvor tyskerne hadde vist filmavis fra felttoget. Den 24. september 1940 fant det såkalte «Aulakjellerslaget» sted i Universitetets aula i Oslo. Som følge av uroligheter høsten 1943 ble 60 studenter og ti lærere arrestert og satt inn på Bredtvet og Grini fangeleir. Dette var over to år etter at okkupasjonsmakten hadde erstattet rektor Didrik Arup Seip med Adolf Hoel og sendt Seip til Sachsenhausen. 28. november sto Aulaen i brann. 30. november 1943 ble universitetet stengt og den tyske okkupasjonsmakten arresterte rundt 1200 mannlige studenter og 30 lærere. De fleste ble sendt til Stavern for internering. Av disse ble rundt 300 så sendt umiddelbart med slaveskipet DS «Donau» via Stettin til Alsace og Sennheim, der de ble sivil-internert og måtte gjennomgå en opplæring til Waffen-SS. Resten, rundt 350, ble sendt videre til konsentrasjonsleiren Buchenwald for opplæring i nazisme. Disse ble også forholdsvis pent behandlet. Likevel omkom 17 i Buchenwald av sykdom under oppholdet. I 1992 reiste 40 for å minnes og legge ned krans. Rektor Adolf Hoel jobbet for å få frigitt de fengslede.