Mannge høyere embedsposter i riket ble besatt av folk av de frorskjelligste bakgrunner: Hankinesere, musliker og enkelte kristne. Ideologisk viste administrasjonen respekt for konfucianismen og konfucianske lærde. Kort etter at han kom til makt, utstedte Timur et edikt om reverens for Konfucius. Timur utnevnte Harghasun, en mann som stod de konfucianske lærde særlig nær, til sekretariatets høyre hånds kansler. Men mongolerhoffet tok ikke til seg hele det konfucianske prinsippapparat.