Da Partizan kom seg til gruppespillet i Europaligaen i fotball for menn 2012/13 for første gang siden 2010, spilte Marković i alle gruppespillskampene, og imponerte i kamper mot Neftchi Baku, Rubin Kazan og Internazionale. Han hadde også en målgivende pasning til Saša Marković i kampen mot Rubin Kazan den 6. desember 2012. Mot slutten av 2012–13 sesongen, hadde Marković spilt i 19 seriekamper og skåret 7 seriemål, og fikk med dette en plass på «Sesongens lag» i Serbisk Superliga for andre året på rad. I tillegg rangerte det serbiske nettstedet Marković blant de 25 beste spillerne i Serbisk Superliga den sesongen. Flere klubber i andre land, bl.a engelske Chelsea, ble interesserte i Marković.