I relativ avstand fra det sentrale Mexico blomstret maya-kulturen på Yucatán-halvøya og i lavlandet i Chiapas, samt i Belize, Guatemala, Honduras og El Salvador. Mayaene er kjent for sine store tempelkomplekser med kompliserte vannanlegg, for sin skrift og for sin avanserte astronomi og kalender. Denne kulturen nådde sitt høydepunkt på 900-tallet, da den av omdiskuterte årsaker ser ut til å ha brutt sammen, noe som førte til at mange av mayabyene ble overlatt til jungelen. Det ser ut til at tolkerne fra høylandet invaderte delere av Maya-områdene på 900-tallet. I noen deler av området overlevde imidlertid mayakulturen, eksempelvis i høylandet i Chiapas. Mayaene gjorde f.eks. sterk motstand mot den spanske erobringen i 1540-årene.