Fra 1905 til 1909 hadde Bacon stillingen som viseutenriksminister og fungerte som utenriksminister ved Elihu Roots besøk til Sør-Amerika. Bacon ble selv den 27. januar 1909 utnevnt til utenriksminister av president Theodore Roosevelt på slutten av hans presidentperiode etter at Root søkte avskjed. Som utenriksminister fikk han til tross for sin begrensede periode kongressens godkjennelse for avtalen til Panamakanalen med Colombia og Panama. Etter å ha sittet i embetet i knappe 38 dager gikk han av sammen med resten av Roosevelt-regjeringen.