Dallas slo deretter San Francisco 49ers 30–20 i NFC Championship Game. Dette var den første gangen de to lagene hadde møttes i NFC Championship siden 49ers sikret en knapp seier over Cowboys i 1981 med en sen touchdownpasning som senere ble kjent som «The Catch». 49ers hadde ligaens beste seriespillresultat på 14–2 og ledet ligaen i scoring med 431 poeng. I denne kampen sikret Cowboys derimot en 24–13 ledelse på vei inn i fjerde kvarter, etter at Aikman avsluttet et ni mutter langt drive med en 16-yard touchdownpasning til Smith. 49ers' quarterback Steve Youngs 5-yard touchdownpasning til Jerry Rice kuttet ledelsen til 24–20 med 4:22 igjen av kampen. Istedenfor å forsøke å hale ut tiden med løp kastet Aikman en 70-yard pasning til Harper. Tre plays senere kastet han en 6-yard touchdownpasning til wide receiver Kelvin Martin, som sikret seieren (ekstrapoenget ble blokkert). Aikman avsluttet kampen med 332 pasningsyards og 2 touchdowns, uten interceptions.