I kapillarene skjer nesten all transport av gasser og næringsstoffer i kroppens sirkulasjonssystem. Kapillarveggen er så tynn at den tillater gasser og stoffer å diffundere gjennom. Dette er drevet av osmotiske og hydrostatiske gradienter samt aktiv transport, vil vann, proteiner, salter og næringsstoffer utveksles mellom blodet og cellene. Oksygen vil disossieres fra hemoglobinet i blodet, og passere over kapillarveggen til cellene. Likeledes vil karbondioksid fra cellene transporteres over i blodet og feste seg til hemoglobinet. Andre gasser i blodet (kullos, nitrogen etc.) vil også utveksles.