Biskop Bekkers døde den 9. mai 1966 av en hjernesvulst. Ved begravelsen i St. Johannes-katedralen i 's-Hertogenbosch stod et en mengde prelater i koret, pluss en en protestantisk geistlig i svart prestekjole: pastor N.K. van den Akker, (1917-2000). Dette uttrykte det langvarige økumeniske vennskap mellom de to. Van den Akker ba en personlig bønn ved den anledningen.