Flagget til Den sentralafrikanske republikk var opprinnelig tenkt som flagg for en union av de fire landene Tsjad, Gabon, Mellom-Kongo og Ubangi-Sjari i Fransk Ekvatorial-Afrika. Unionsplanene, sammen med flagget, ble fremmet av Barthélemy Boganda, som en del av planene for å gi de franske koloniene i Afrika en friere stilling. Unionen skulle bære navnet Den sentralafrikanske republikk, men da tre av landene som var omfattet av planene stilte seg negative og ble uavhengige på egen hånd, ble både navnet og flagget heftende med området som i kolonitiden het Ubangi-Sjari.