Ved hjemkomsten ble Struensee ansatt ved hoffet som livlege. På høsten brøt det ut kopper i København, og mer enn 1 000 barn døde. Struensee hadde erfaring som stadsfysikus i Altona, og innførte koppevaksine. Caroline Mathilde var bekymret for sin svakelige sønn Frederik, og ba Struensee om hjelp. Sønnen ble vaksinert med godt resultat, og legen hadde dermed vunnet hennes tillit.