Prahafredens svakhet var at den bygde på troen at krigen var en tysk borgerkrig, mens det i virkeligheten var en alleuropeisk krig. Krigen ble ikke avsluttet i og med denne traktaten, men det tok fornyet fart i og med den fransk-svenske allianse. Trettiårskrigen skulle forsette frem til freden i Westfalen i året 1648.