Irland gikk til søksmål for å få annullert direktivet, men tapte i EF-domstolen 10. februar 2009. Irland hevdet at direktivets begrunnelse er kriminalitetsbekjempelse, og ikke hadde hjemmel i artikkel 95 eller andre bestemmelser i EF-traktaten. Justis- og politisamarbeid hører inn under EUs tredje søyle, og vedtak på dette området krever enstemmighet i Rådet. Generaladvokaten, som forbereder saker for Domstolen, avviste 14. oktober 2008 Irlands krav. Domstolen kom til samme konklusjon, og viste blant annet til at det på datalagringsområdet var i ferd med å oppstå ulike regler i medlemslandene. Manglende harmonisering kunne føre til ulike konkurransevilkår innen telekomsektoren, derfor var det hjemmel til å bruke artikkel 95. Domstolen viste også til at direktivet i hovedsak regulerer forholdet til markedsaktørene, og ikke politiets eller rettsvesenets tilgang til opplysningene.