Selv om musikken er tapt, gjør den fullstendig bevarte librettoen at verket til en viss grad kan rekonstrueres, dette gjelder både den tidlige versjonen fra 1731 og den senere fra 1744. I motsetning til de to bevarte autentiske pasjonene var Markuspasjonen sannsynligvis en parodi, dvs. at Bach benyttet satser fra verk han allerede hadde skrevet, som kirkekantatene , BWV 54 og , BWV 198. Noen manglende arier er forsøkt rekonstruert fra andre verk av Bach. Resitativene er tapt, det er gjort forsøk på å rekonstruere dem ved hjelp av andre markuspasjoner, for eksempel Reinhard Keisers; Bach oppførte Keisers verk minst to ganger.