Rettssaken ble avholdt i Justizpalast i Nürnberg på samme sted som den internasjonale Nürnbergprosessen og ble ført etter denne, men Einsatzgruppenprosessen var ledet av en amerikansk militærdomstol med amerikanske dommere. Rettssaken varte i 138 dager. Benjamin Ferencz representerte aktoratet og Michael Musmanno ledet domstolen. Prosessen dannet mønster, blant annet for saken mot SS-offiseren Adolf Eichmann i 1961, og den serbiske presidenten Radovan Karadžić i 2016.