Til skolens drift fikk den noen midler fra kirken ved at og blant annet bidro til kirkelige handlinger og ved begravelser. Vederlaget for dette tilfalt rektor med en halvpart og skolens drift med den andre. Skolen var gratis og åpen for alle, fattig som rik. Det er uklart hvor mange elever skolen har hatt, mange var også elever bare over en kortere periode. I perioden 1611 til 1740 finnes det informasjon og det synes å være 34 elever som er «dimittert» fra latinskolen i Fredrikstad. Skolen hadde ikke egen eksamensrett og de dimitterte ble ansett tilstrekkelig utdannet til å kunne fortsette ved universitetet. Første kjente rektor var Rasmus Pedersøn som nevnes i 1597.