Smenkhkares identitet er et mysterium. Ingen tidsangivelse, ingen gjenstander utover inskripsjonen på en vinkrukke, seks kongelige segl og en avbildning av farao Smenkhkare sammen med sin dronning Meritaten, er kjent. Hans trontittel (Ankhkheprure) var den samme som dronning Nefertitis.