Lee Myung-bak ble født inn i fattige kår den 19. desember 1941 i Osaka i Japan. Lee-familien hadde emigrert til Japan i 1929 under okkupasjonen av Korea. I og med at koreanerne ble tvunget til å ta japanske navn, ble gutten gitt navnet Akihiro Tsukiyama (japansk: ). Faren, Lee Chung-u, arbeidet på en japansk kvegfarm, mens moren, Chae Taewon, var hjemmearbeidende husmor og datter av en fruktbonde i Daegu. Lee Myung-bak var det femte av parets syv barn, i alt fire sønner og tre døtre. Etter den andre verdenskrig vendte familien tilbake til farens hjemby, Pohang i Nord-Gyeongsang. Skipet deres forliste imidlertid ved Tsushima i Koreastredet, og de mistet alle sine eiendeler, og det var bare såvidt at familien overlevde. Den sørkoreanske republikken ble proklamert i 1948. To av hans søsken ble drept i Koreakrigen, som brøt ut to år senere.