Kollegiet ble grunnlagt der hvor hospitalet St. John fra det 13. århundre lå i Cambridge, etter forslag fra (St.) John Fisher, biskop av Rochester og kapellan hos lady Margaret. Imidlertid døde lady Margaret uten å ha nevnt grunnleggelsen av kollegiet i sitt testamente, og det var derfor i stor grad Fishers innsats som gjorde at det ble etablert. Han måtte få kong Henrik VIIIs tillatelse, og sikret seg også tillatelse fra paven med hjelp fra historikeren og diplomaten Polidoro Virgili samt tillatelse fra biskopen av Ely, til å fjerne det religiøse hospitalet og gjøre det om til kollegium. Kollegiet fikk sitt kongelige brev den 9. april 1511. Likevel var det vanskeligheter med å få penger til drift fra lady Margarets eiendom, dette løste seg endelig i 1512.