Nivåsystemet på MapleStory er som de fleste MMORPG, hvor en får erfaringspoeng fra hver fiende drept i kamp, og for hvert oppdrag du utfører. Høyeste nivå er 200, med unntak av Cygnus Knights som har 120 som høyeste nivå (Ikke Mihile). Man kan gjøre 3 yrkesoppgraderinger (Job Advancement) i nivå 30, 60 og 100, hvor man får nye ferdigheter (Skills), gjelder ikke Dual Blader og Evan som har oppgradering på en annen måte. Såkalte Hyperferdigheter (Hyper Skills) gis ut etter nivå 170. Det også 3 Skill Points (SP) per nivå, som kan legges til ønsket ferdighet.