Den 31. august 1991 erklærte han Usbekistan selvstendig fra Sovjetunionen og 29. desember samme året vant han det første presidentvalget med 90 % av stemmene. Valget ble regnet som urettferdig, med en ufri valgkamp og fusk i opptellingen. Det samme gjaldt alle senere valg i Usbekistan. Etter at han ble valgt som president trygget han makten ved å arrestere eller drive opposisjonslederne i eksil.