I 1970 ble Ahnlund ansatt som ekspert ved Svenska Akademiens Nobelinstitut og i 1983 ble han selv innvalgt i Svenska Akademien, på stol nr. 7. Etter 1996 avsto han stort sett fra å delta i Akademiens arbeid på grunn av interne motsetninger. 11. oktober 2005 kunngjorde Ahnlund i Svenska Dagbladet at han trakk seg fra Svenska Akademien i protest mot tildelingen av Nobelprisen i litteratur til Elfriede Jelinek i 2004. Det er ikke mulig å forlate Svenska Akademien ifølge Akademiens statutter, men det er mulig å avstå fra å delta i Akademiens arbeid, Ahnlund ble derfor fortsatt regnet som medlem av Akademien og det ble ikke valgt noen etterfølger til hans sete før etter hans død.