I det meste av 1990-tallet måtte Libya tåle økonomiske sanksjoner og diplomatisk isolasjon som et resultat av at Gaddafi nektet å utlevere til USA eller Storbritannia to libyere mistenkt for å stå bak sprengningen av Pan Am Flight 103 over Lockerbie i Skottland. Etter et besøk av den sørafrikanske presidenten Nelson Mandela i 1997, og samtaler med FNs generalsekretær Kofi Annan, gikk Gaddafi i 1999 med på et kompromiss der de to mistenkte ble utlevert til Nederland for rettssak etter skotske lover. FN-sanksjonene ble deretter opphevet, men de amerikanske sanksjonene forble på plass.