Herbert Backe var en av Heydrichs få nære venner og hadde stor innflytelse på Heydrichs ideer om den økonomiske siden ved tysk okkupasjonspolitikk. Backe sto bak «sultplanen» for Øst-Europa der tanken var å skape en hungersnød som ville fjerne opp til 30 millioner «unyttige spisere». Backes ide var helt i tråd med Generalplan Ost utarbeidet av SS. Heydrich og andre ledende nazister så for seg tett økonomisk integrasjon mellom protektoratet og det tyske riket, blant annet ved tydelig arbeidsdeling. Det tsjekkiske næringslivet skulle blant annet få særlig ansvar for forretningsvirksomhet i Sør-Øst-Europa. Under en internasjonal konferanse i desember 1941, med Walther Funk til stede, fremhevet Heydrich det akutte behovet for planlegge den økonomiske ordningen for et forent Europa. Heydrich sørget for at Albert Speer fikk tilført et stort antall tsjekkiske bygningsarbeidere til Tyskland. Den tyske ledelsen hadde på grunn av krigføringen et akutt behov for arbeidskraft. I mai 1942 innførte Heydrich obligatorisk arbeidstjeneste for alle friske tsjekkiske menn over 14 år. Okkupasjonsmakten raidet offentlige steder på utkikk etter arbeidskraft som kunne sendes til Tyskland. Heydrich oppretthold en fasade av tsjekkisk selvstyre samtidig som han avviklet selvstyret fra innsiden.