FFK vant sin avdeling i Østfoldserien i 1945, men de avsluttende kampene ble aldri spilt. Kretsserien som ble påbegynt i 1946 skulle spilles i halvannet år som opptakt til kommende års Norgesserie. I 1946 hadde sammenslåingen av de to idrettsforbundene blitt gjennomført, og endelig kunne Sparta bryne krefter med regionens gamle storklubber Sarpsborg og Fredrikstad. FFK sto igjen som kretsmestere og vinnere av maratonserien 1946/47 etter å ha slått Sarpsborg med to poeng. Da Norgesserien tok til igjen høsten 1947 fortsatte FFK storspillet. Laget tapte kun ett poeng i løpet av høstsesongen, etter 2-2 borte mot Sarpsborg. I oktober 1947 vant FFK for første gang borte over Sparta. Etter kampen oppsto det opptøyer blant publikum, og politiet beskyttet FFK-spillerne mot hjemmefansen. NFF nedla spilleforbud på Sarpsborg stadion, noe som også rammet Sarpsborg FK slik at lagets siste seriekamp mot Sprint måtte utsettes. Sarpsborg-pressen skrev at en FFK-spiller hadde utløst bråket ved å rope noe obskønt mot en kvinnelig Sparta-supporter fra bussvinduet. FFK spilte seg greit gjennom cupens fire første runder i 1948, men møtte adskillig hardere motstand i kvartfinalen: Sparta. Våren 1948 hadde Sparta for første gang slått Fredrikstad. Da Sparta slo FFK 4-3 på Stadion med tre serierunder igjen byttet de to lagene plass i toppen av tabellen. FFK klarte aldri å hente igjen forspranget, og dermed ble Sparta vinnere av Norgesseriens Østfoldserie. Kvartfinalen i cupen skulle spilles på Bislett. Spartas fysiske fotball passet FFK dårlig. Tre av FFK-spillerne ble så skadet at de ikke kunne fullføre kampen. Med åtte mann på banen klarte Fredrikstad utrolig nok å vinne 2-1. Dette skulle likevel ikke bli det største byderbyet i Oslo dette året. I cupfinalen braket Sarpsborg og Fredrikstad sammen. FFK hadde tapt to cupfinaler på rappen, og alle dårlige ting ble tre. FFK bombarderte SFKs mål, men cupfinaleeksperten Harry Yven avgjorde for Sarpsborg, utrolige 20 år etter sin første cuptriumf. Kampen ble betegnet som "FFKs dårligste finale".