Aids utgjør i Gaborone, som i resten av Botswana, et alvorlig folkehelseproblem. I 2008 var 17 773 personer i Gaborone, 17,1 % av befolkningen, hiv-positive. Hiv-viruset var mer utbredt blant kvinner enn menn, med andeler på henholdsvis 20,5 % og 13,6 %.