I situasjoner og land hvor det ikke har eksistert noe alternativ for militærnektere har man ofte plassert de i fengsel over en periode på flere år (ofte mellom 2 og 4 år). I Israel hvor man har allmenn militær verneplikt for begge kjønn, og militærnektere blir plassert i fengsel i tre eller fire år i tillegg til at de mister en del rettigheter som rett til bolig og jobb. Bestemte grupper, særlig palestinere som er israelske statsborgere, er imidlertid fritatt for verneplikten.