Peter Bernstein var født i New York City og var sønn av finanskonsulent Allen Bernstein og hans kone, Irma Lewyn. Han gikk blant annet på Horace Mann School og siden Harvard College, hvor han tok bachelorgrad i økonomi i 1940. Etter Harvard, hvor han ble valgt til Phi Beta Kappa og ble utdannet kom han i tjeneste som medlem av forskningspersonalet ved Federal Reserve Bank of New York og i sivil kapasitet ved Office of Strategic Services i Washington. Etter Pearl Harbor-angrepet 7. desember 1941 ble han med i USAs luftvåpen som kaptein, og tildelt kontoret for strategiske tjenester i den europeiske krigssonen.