Han giftet seg med sangerinnen Ida Flodin (1870–1957) i Den tyske kirken i Helsingfors i Finland den 24. november 1898. Hun var datter av embedsmann Frithiof Flodin og Fanny Virginia Basilier, som i sin tur var søster av sangerinnen Ida Basilier-Magelssen. Ivar og Ida Aavatsmark fikk seks barn sammen, hvorav fem vokste opp. Datteren Fanny Aavatsmark (gift MacTaggart) var journalist og bosatt nesten hele sitt voksne liv i Skottland. Deres sønn, Armas Aavatsmark, var bryggerimester og disponent i Bryggerienes Fellesagentur i Mo i Rana, hvor han satt i kommunestyre og formannskap for Høyre. Datteren Laila Aavatsmark var konsertpianist og kammermusiker.