Charles Brown studerte først ved University of Notre Dame i Indiana, der han fikk en Bachelor of Arts-grad i historie. Deretter oppnådde han en Master of Arts in Medieval Studies fra Oxford University. Han studerte ved i Yonkers i New York, tok mastergrad i katolsk teologi og en grad i katolsk teologi ved Det pavelige athenaeum Sant'Anselmo i Roma, hvor han også ble gitt doktorgrad i emnet sakramentalteologi.