Guggenberger ble presteviet i 1953, ble utnevnt til titulærbiskop av Abziri og til hjelpebiskop i Regensburg i 1972. Han ble bispeviet av biskop Rudolf Graber den 24. juni 1972; medkonsekratorene var Regensburg-hjelpebiskopene Josef Hiltl og Karl Flügel.