Selv om det eksisterer programmer som ivaretar alle FidoNets funksjoner samlet (D'Bridge, BBBS), så ble de fleste FidoNet systemer laget for å bygges opp av mange mindre moduler. En typisk anvendelse involverer flere applikasjoner som kommuniserer gjennom delte filer og kataloger, og man veksler mellom disse applikasjonene gjennom nøye planlagte skallskript eller satsfiler.