I motsetning til de fleste andre spill fra The Legend of Zelda, ble "Link's Awakening" lagt til utenfor kongeriket Hyrule. Den utelater også en rekke lokasjoner og karakterer fra tidligere spill, bortsett fra hovedpersonen Link og prinsesse Zelda. I stedet foregår spillet i stor grad på Koholint Island, en isolert landmasse avskåret fra resten av området. Øya, selv om den er liten, inneholder et stort antall hemmeligheter. Etter hendelsene i The Legend of Zelda: A Link to the Past, reiser hovedrollen Link med skip til en rekke andre land for å trene for ytterligere trusler.