Mistenkt for å være en russisk agent, ble han tatt til fange av osmanske myndigheter og han ble henrettet for spionasje og forræderi den 24. august 1779. I 1813, klarte Ali Pasja, den muslimske albanske herskeren av osmanske Epirus, å bygge en kirke i nærheten av stedet der Kosmas ble henrettet i Kolkondas, I 1984 ble restene av kirken overført i det arkeologiske museet i Fier. Andre relikvier av helgenen er blitt beholdt i Metropolitan Cathedral i Athen.