Frem til den russiske revolusjon (1917) var byen hovedstad for Tobolsk gubernija. Byen ble også brukt som eksilsted. Blant annet ble noen av desembristene fra 1825 sendt i eksil til Tobolsk. Byens betydning avtok etter at den transsibirske jernbanens trasé ikke ble lagt innom byen i 1890-årene.