I 1942 kjøpte han eiendommen Magleås ved Birkerød på Sjælland i Danmark. Hovedbygningen hadde blitt bygget i 1910 for forretningsmannen Aage Westenholz, som var onkel til Karen Blixen og medeier og styreleder for hennes kaffefarm. Christopher Paus døde på sin 81-årsdag fredag 10. september 1943 på Skodsborg sanatorium ved Birkerød, etter å ha vært syk en tid. Han hadde i tiden før flyttet en betydelig del av sine samlinger av malerier, møbler, sølvtøy og våpen til sitt danske hjem. Det ble holdt en messe for den pavelige kammerherren i pavens privatkapell 14. september 1943 med pave Pius XII til stede. En høytidelig rekviemsmesse ble holdt i St. Olavs kirke i Oslo onsdag 22. september, forrettet av Arne Olav Sund, før Paus ble stedt til hvile i sin mors gravsted på Vår Frelsers gravlund. Hans morfar Christopher H.H. Tostrup, hans onkler Oscar og Thorvald Tostrup, samt flere andre medlemmer av Tostrupfamilien, ligger også begravet der. Graven har nummer 01.043.03.020/021/022 og er registrert som bevaringsverdig. Festet opphørte 27. november 1996, og er overtatt av Gravferdsetaten. Magleås ble noen år etter hans død solgt til den katolske kirke i Danmark og lenge brukt som kurssenter for den katolske kirke i Norden.