Colima er en liten delstat, men med høye fjell. Høyest når Nevado de Colima (4330 moh), som har navnet sitt etter snøen som av og til legger seg på toppen. Fuego de Colima (3960 moh) er en aktiv vulkan med stadige utbrudd. Potensielt er Fuego de Colima også en trussel mot Colima by. I tillegg ligger også delstaten i den mest aktive jordskjelvssonen i Mexico. Delstaten har en smal kystslette med tropisk klima, mens temperaturen avtar jo høyere opp man kommer.