Heisenberg ble ikke nazist og deltok ikke i nazistenes hån av Einstein og andre vitenskapsfolk av jødisk bakgrunn. Han motsatte seg ikke bruk av slavearbeidere fra konsentrasjonsleirene når han trengte mer råmateriale til atomvåpenprosjektet sitt. Heisenberg omtalte Hans Frank, den tyske administratoren for det okkuperte Polen, sin venn.