I 1560 foretok en annen spansk conquistador, Lope de Aguirre, den andre reisen ned langs Amazonaselva. I 1637–47 var den portugisiske oppdageren Pedro Teixeira den første til å seile opp elva fra Belém ved munningen, til Quito, som var en del av det spanske Visekongedømmet Peru, og deretter returnere samme vei. Teixeiras ekspedisjon var meget stor, rundt 2000 personer i 37 store kanoer.