Etter at Paisley la støvlene på hylla, ble han ansatt i Liverpools trenerteam – først som fysioterapeut, og senere som reservelagstrener og førstelagstrener. Da Bill Shankly kom til klubben i 1959, ble Paisley utnevnt til Shanklys assistent. Shankly var den karismatiske av de to, mens Paisley var fornøyd med å holde seg i bakgrunnen. Da Shankly overraskende trakk seg tilbake i 1974, ble Paisley – noe motvillig – utnevnt til ny manager i Liverpool. Shankly hadde vunnet seks store troféer i sin tid som Liverpool-manager, men Paisley levde opp til forventningspresset, og vant enda mer enn sin berømte forgjenger.