Øyene var okkupert av osmanene fram til den greske selvstendighetskrigen (1821–1829) som førte til opprettelsen av den uavhengige greske staten Hellas som Alonissos ble en del av. Under krigen var det mange grekere fra ulike steder i Hellas som kom til Alonissos, og mange ble værende og ble en del av den lokale befolkningen.