Siden 1981 har Temer vært aktiv i Partido do Movimento Democrático Brasileiro (PMDB), det største partiet i landet. I 1982 fikk han jobb som delstatsadvokat, og fra 1984 var han statssekretær for offentlig trygghet. Som kongressmedlem deltok Temer i den nasjonale forsamlingen som kunngjorde Brasils nye grunnlov i 1988, etter en lang periode med militærdiktatur. Han har vært medlem i det nasjonale underhuset seks ganger og president i nasjonalforsamlingen tre ganger: 1997–1998, 1999–2000 og 2009–2010. Han var formann i PMDB i tiden 2001-2009 og 2010-2016.