Widerøe begynte å bruke Dash 8 på sine Finnmarksruter i 1995. Flyplassen ble overtatt av staten og Luftfartsverket (senere Avinor) 1. januar 1997. Rutene til og fra Honningsvåg ble startet som konsesjonssruter med støtte fra Samferdselsdepartementet fra 1. april 1997. FATIMA-prosjektet og Nordkapptunnelen ble åpnet 15. juni 1999 og ga fastlandsforbindelse for Magerøya. Dette resulterte i et betydelig fall i flytrafikken, som var på 10 846 passasjerer i 2005. 1. januar 2005 ble det åpnet sikkerhetskontroll ved flyplassen. Sikkerhetssonene ble utvidet i 2010 og det ble bygget et nytt kontrolltårn i 2011.