Reformasjonen tok sitt utgangspunkt i Tyskland, med Martin Luthers 95 teser, som ble publisert i 1517. Tankene spredte seg fort i store deler av Tyskland og nabolandene, men ble bekjempet av katolske geistlige, keiseren og mange riksfyrster. Utover 1500- og 1600-tallet ble det ført en rekke kriger om disse trosspørsmålene, den mest langvarige av disse var trettiårskrigen (1618–1648). Således ble flere protestantiske områder rekatolisert (jf. motreformasjonen). Prinsippet som etter hvert gjorde seg gjeldende, og som ble bekreftet i freden i Westfalen (1648), var at territorialfyrstene – og ikke keiseren – kunne bestemme undersåttenes trosretning i sine respektive områder (cuius regio, eius religio – «hvem sitt område, dem sin religion»).