Fra 1888 inntil sin pensjonering i 1895, var Schofield øverstkommanderende for United States Army. Han var blitt generalmajor den 4. mars 1869 og den 5. februar 1895 ble han utnevnt til generalløytnant. Han trakk seg tilbake den 29. september 1895 etter å ha nådd obligatorisk pensjonsalder på 64 år. General Schofield døde i St. Augustine, Florida, og ligger begravet på Arlington National Cemetery. Hans memoarer, , ble utgitt i 1897. Han erindres med Schofield Barracks i Hawaii. Inntil sin død var Schofield det siste overlevende medlem av Andrew Johnsons kabinett.