Det irske opprøret som begynte i oktober 1641 førte kontrollen over hæren tilbake til diskusjonene mellom kongen og parlamentet. Ledet av John Pym presenterte parlamentet det som er kjent som Den store protest for kongen og som ble vedtatt i underhuset ved 11 stemmer (159–148) den 22. november 1641. Den listet over 150 anmerkete «misgjerninger» i Karls styre, inkludert kirken (under påvirkning av utenlandske papister) og kongelige rådgivere (også å «engasjert seg ytterligere mot interessene til en del utenlandske makter»"). Den andre halvparten av protesen foreslo løsninger på «misgjerningene», blant annet kirkereformer og parlamentarisk innflytelse på utnevnelsen av kongelige ministre. Parlamentet i desember 1641 hevdet i lovgivningen at de ville ha kontroll over utnevnelsen av kommandanter over hæren og marinen. Kongen avviste protesten og nektet å gi kongelig godkjennelse av .