Møtene i EØS-rådet er todelte. Den ene delen er en uformell politisk dialog, fulgt av et formelt EØS-rådsmøte og en orienteringsdebatt om aktuelle saker. Formannskapet i EØS-rådet skal veksle hvert halvår. Utenriksministerne fra formannskapslandet i EØS/EFTA og formannskapslandet i EUs råd leder EØS-rådet etter tur.