Fransk Polynesia har en femdel av verdens atoller. Korallrevene, der det finnes 176 korallarter, dekker km². Her finnes det fiskearter og bløtdyrarter. Koralløyene og atollene har fattigere jordsmonn. Samtidig er de utsatt for salt og sterkt sollys. Det biologiske mangfoldet på land er derfor mindre sammenlignet med de høye vulkanøyene. Antallet plantearter er under 100. Samtidig hekker det her 27 sjøfuglarter. På Tuamotuøyene finnes den truede kokoskrabben. Havlærskilpadder, suppeskilpadder og karettskilpadder formerer seg i Fransk Polynesia.