Til vanlig arbeider Nakstad som overlege og forsker ved akuttmedisinsk avdeling ved Oslo universitetssykehus, der han leder CBRNE-senteret. Han har vært sentral i utarbeidelsen av faglige retningslinjer på helseberedskapsområdet og representert spesialisthelsetjenesten blant annet i Oslo politidistrikts lokale redningsledelse.