I 1589 ble han av Sigismund III kalt til metropolitt av Kiev, Halytsj og hele Rus'. Patriark Jeremias II av Konstantinopel, som var i Wilna da, ordinerte ham i august samme år. Kongen hadde fått råd fra en rekke magnater som vojvoden av Navahrudak Teodor Skumin-Tyszkiewicz og vojvoden av Kiev Konstanty Ostrogski om at abbed Mikael var den beste kandidat. Bakgrunnen til at Konstantinopel-patriarken var i Polen-Litauen var den prosess som førte til avsettelsen av Onesifor Devotsjka, sannsynligvis fordi han var «digamist» og tolererte dette (to ekteskap, det vil si gjengifte) for prester, dette ble forstått som en form av bigami, og uansett var det slik at kirken ikke tillot prester å gifte seg - skjønt gifte menn kunne bli prester (ikke munkeprester).