Strukturen innad i Motstandsbevegelsen er hierarkisk. Bevegelsen ledes av organisasjonens nordiske leder. I hvert land finnes også en egen leder og et riksråd. I de fleste tilfeller tas avgjørelser etter diskusjon i Riksrådet. Lederen har dog muligheten til å ta avgjørelser på egen hånd, om dette kreves.