Den første C-5B, som hadde forbedringer slik som styrket vingekonstruksjon og oppdaterte flyinstrumenter, ble levert i januar 1986. C-5 produksjonen ble avsluttet da den siste C-5B modellen ble levert i april 1989. I tillegg til endringer i avionikk og vingekonstruksjon inneholder C-5B over 100 andre endringer for å forbedre pålitelighet og vedlikehold.