Stavanger ble etablert som administrativt senter i lenet, og 1. mai 1568 ble den danske adelsmann Henrik Brockenhuus den første lensherre. Lensavgiften var satt til 1200 daler, hvilket gjorde det til et av kongen i Københavns små len. Brockenhuus valgte gården Hesby på Finnøy som avlsgård. Han er fast knyttet til byen, men det var et arbeid på lang sikt å realisere tanken om det nye len. Det er tydelig at lenet forblir et underlen til Bergenhus: Brockenhuus leverte sin lensskatt der og leidangen ble også sendt dit. Et tydeligere symptom var at i 1572 fikk Vincents Juel på Bergenhus brev på Stavanger len, men to år etter ble lenet igjen tildelt Brockenhuus. Den kirkelige synode i byen 1573, mens Stavanger sorterte under Bergenhus, krevde at Stavangerlenet skulle få egen geistlig jurisdiksjon. Kravet vant ikke bifall. 5 år senere fikk Axel Gyntersberg brev på den, men var fremdeles ansvarlig overfor lensherren på Bergenhus. Og fra 1573 utgjorde Stavanger biskop og lagmann sammen med lensherren på Bergenhus domstolen i saker mellom de geistlige og fogdene.