Krokodillevokter ble opprinnelig beskrevet som av Linnaeus i 1758, etter et taxon fra Egypt. Arten har tradisjonelt vært plassert i brakksvalefamilien (Glareolidae), men fylogenetiske data bekrefter at denne fuglen er distinktiv, samtidig som dataene indikerer at den står ganske fjernt fra brakksvalene. Den er snarere søstergruppen til kladen med tjeldfamilien (Haematopodidae), avosettfamilien (Recurvirostridae) og lofamilien (Charadriidae).