Mandatet til FOI er å utføre forskning, utvikling samt utredninger til støtte for totalforsvaret samt for nedrustning, ikke-spredning og internasjonal sikkerhet. Videre skal FOI utføre oppdrag for Försvarsexportmyndigheten og kan også ha andre oppdragsgivere, selv utenlandske. FOI skal dessuten fremme samarbeid mellom militær og sivil forskning samt mellom nasjonal og internasjonal forskning.