Kvalifiseringen til VM i fotball 1986 var mer spennende enn forventet for Spania. De møtte nok en gang Island og Skottland, og nå også . Med fire seire og to tap vant Spania sin pulje, til tross for 0–3 mot Wales og et bortetap mot Skottland. I det innledende gruppespillet under VM ventet Brasil og enda et britisk land, Nord-Irland. Siste lag var . Spania lyktes ikke mot Brasil, men vant de to andre kampene, og gikk videre til åttendedelsfinalen. Der møtte de nok en gang Danmark. Danmark hadde overrasket ved å vinne samtlige kamper i sin gruppe, som besto av Vest-Tyskland, Skottland og Uruguay. Danmark tok ledelsen på straffe, men angriperen Emilio Butragueño scoret kort tid etter da han snappet opp et svakt tilbakespill fra siden. I andre omgang headet Butrageño inn 2–1, skaffet et straffespark til Spania, scoret 4–1 etter flott innlegg og scoret selv 5–1 på straffe. Spanias motstander i kvartfinalen var Belgia, og kampen gikk til straffesparkkonkurranse, som Spania tapte. Om tapet på straffer var en skuffelse, var hadde landslaget kvalifisert seg til de siste fire mesterskapene, VM på hjemmebane ikke inkludert. Spania var også med i EM i fotball 1988 som ble arrangert i Vest-Tyskland, men fikk en vrien pulje med vertslandet samt Italia og Danmark. Spania slo sistnevnte for tredje gang på like mange mesterskap, men tapte for både Italia og Vest-Tyskland, og var dermed ute av mesterskapet. Dermed var Muñoz ferdig som landslagstrener, og ny trener ble Luis Suárez Miramontes.