Biskop Ruzindana ble myrdet i Gakurazo nær Kabgayi den 5. juni 1994 som en del av folkemordet i Rwanda. I tillegg til ham døde også erkebiskop Vincent Nsengiyumva, biskop Thaddée Nsengiyumva, ti prester og et barn. Soldatene som drepte dem var deres vakter.