N-H-protonet har en pK på 21 i DMSO slik at svært sterke baser som natriumhydrid eller butyllitium og vannfrie betingelser er nødvendige for fullstendig deprotonering. Salter av det resulterende indolanionet kan reagere på to måter. Høy-ioniske salter slik som natrium- eller kalium-forbindelser er tilbøyelige til å reagere med elektrofiler ved nitrogen-1 mens de mer kovalente magnesiumforbindelsene og (spesielt) sinkforbindelser har en tendens til å reagere ved karbon-3 (se figur under). Av samme grunn har polare aprotiske løsemidler slik som DMF og DMSO en tendens til å favorisere angrep på nitrogenet mens nonpolare løsemidler slik som toluen favoriserer angrep på C-3.