Forskning på Josefus på 1800- og tidlig på 1900-tallet fant interesse i Josefus’ forhold til den fariseiske sekt. Han ble således framstilt som et medlem av denne sekten og som en forræder av andre jøder. Denne noe ensidige oppfatningen endret seg utover 1900-tallet. Steve Mason argumenterte i en utgivelse i 1991 for at Josefus ikke var fariseer, men ortodoks-jødisk og aristokratisk prest som ble tilknyttet fariseernes filosofiske retning grunnet forsvarskampen, men ikke ved egenvillig assosiasjon.