Den sovjetiske partisangruppen han sluttet seg til var Markovbrigaden, en primært ikkejødisk enhet, og der var det også antijødiske medkjempende. Med unntak av en infiltrasjon av Vilno-ghettoen i april 1943 for et møte av undergrunnslederen Abba Kovner, kjempet han i den sovjetiske enheten til krigens slutt. Han tok del i sprenging av jernbanelinjer og tyske militæretog, og i bakholdsangrep på tyske enheter i skogene rundt innsjøen Narotsj i Belarus. «Det var den sovjetiske partisanbevegelses offisielle holdning at det ikke skulle være rom for jødiske enheter» som handlet selvstendig, sa Arad senere. Han beskrev krigen som ondskapsfull (engelsk: ).