I 1989 tok Omar al-Bashir over makten i Sudan med et militært kupp. Samtidig fikk Norge innsatt sideakkreditert ambassadør til Khartoum, stasjonert ved Norges ambassade i Kairo. Med utviklings- og menneskrettighetsminister Hilde Frafjord Johnson (født 1963) i spissen ble det på slutten av 1990-tallet arbeidet for at Norge skulle ha egen sendemann til det oljerike Sudan. Diplomatiske forbindelser ble formelt opprettet i 1999. Fra 2003 synes her å ha vært egen ambassade, med Stein Undheim (hentet inn fra lignende arbeid i Bagdad) som ambassaderåd og chargé d’affaires . Den nåværende ambassadebygningen ble innviet på våren i 2004, med egen ambassadør stasjonert fra 2005, og samme året ble en fredsavtale signert mellom de stridende i borgerkrigen. Frafjord Johnson ble fra 2011 FNs spesialutsending til nabolandet Sør-Sudan som samme året hadde blitt skilt ut fra Sudan, men naboenes oljekrangel har siden brakt stor uro og Norges ambassadør til Juba, Juba er hovedstaden i Sør-Sudan er nå Hanne-Marie Kaarstad.