Frederik holdt av det militære liv, men han var også den siste, store representant for det gottorpske huset, med en fyrstelig fremtreden. Han var en venn av musikk og jakt, stolt og lidenskapelig med store tanker omkring absolutismen – den foretrukne styreform i hans samtid. Etter ekteskapet lot han i årene 1698–1703 oppføre den barokke sydfløyen på Gottorp slott. Han etterlot seg hustruen samt den to år gamle sønnen Carl Frederik, som skulle føre kampen for gottorpsk selvstendighet videre. Frederik ble begravet i fyrstegravkammeret i Slesvig domkirke.