Joachim IIs regjeringstid innledet en ny epoke i Brandenburg. Dette gjaldt fremfor alt innføringen av reformasjonen i 1539. Joachim hadde opplevd kirkesplittelsen som en realitet innen sin egen slekt. Fra sin fars og sin onkels side ble han trukket i katolsk retning. Faren var Joachim I, og hadde ikke sluttet seg til reformasjonen; farens bror var kardinal Albrecht III av Brandenburg, erkebiskop av Mainz og av Magdeburg. Men gjennom hans mor Elisabeth av Danmark, Norge og Sverige, trakk det mot det lutherske. En annen onkel Albrecht var hertugen av Preussen, og han hadde innført reformasjonen i Preussen allerede i 1526. Denne spenningen kan kanskje forklare hvorfor Joachim II etter sin egen konversjon var blant de mer moderate lutheranere og f.eks. ikke sluttet seg til Det schmalkaldiske forbund.