Også flere andre boksamlinger gikk tapt. Professor Mathias Anchersen begikk den feilen å bringe sitt innbo i sikkerhet i Trinitatis kirke. Árni Magnússon mistet alle sine bøker, notater og opptegnelser, men fikk likevel reddet sin verdifulle samling av islandske håndskrifter. På Borchs Kollegium forsvant 3 150 bind sammen med dets med samlinger av zoologiske og botaniske merkverdigheter. Det utbrente observatoriet i Rundetårn inneholdt instrumenter fra Tycho Brahe og Ole Rømer. Professorene Horrebow, Steenbuch og brødrene Bartholin mistet også praktisk talt alt. Som om det ikke var nok brant også en stor del av byens arkiv sammen med rådhuset.