Da andre verdenskrig brøt ut i 1939 ble alle sivile i Gibraltar evakuert til Marokko, Storbritannia, Jamaica og Madeira slik at det militære kunne befeste Gibraltar mot et mulig tysk angrep. I 1942 var det etterhånden over 30 000 britiske soldater, marinegaster og flyvere stasjonert på klippen. De utvidet tunnelsystemet og utviklet Gibraltarklippen til en hjørnesten i forsvaret av skipsrutene til Middelhavet.