Gjennom hele sesongen blir Dexter forfulgt av spesialagent Lundy, mens både Debras hengivenhet for Lundy og hennes tillit til sine egne detektivferdigheter vokser. Doakes' mistanker om Dexter blir vekket på nytt, og til slutt oppdager han Dexters samling av små glassplater som inneholder blod fra alle hans ofre, altså hans hemmelige trofeer. Doakes drar til utlandet for å analysere blodprøvene, men ender selv med å bli hovedmistenkt da politiet finner Dexters trofeer i bilen til Doakes, sammen med at det meste utrolig nok peker på at Doakes er «the Bay Harbour Butcher». Til tross for at Dexter blir skutt i beinet, klarer han å overmanne Doakes og låse ham inne i et bur i hytta der han drepte sin mors morder. Dexter begynner å tvile på om han skal drepe Doakes, noe han ikke kan uten å bryte med «The Code of Harry», eller om han skal melde seg for politiet. Løytnant LaGuerta (Lauren Vélez), Doakes' tidligere partner, er den eneste som tror at Doakes er uskyldig. Hun finner bevis for Doakes' uskyld og tar det til Lundy, men han forteller henne at bevisene er påvirket av hennes tidligere unnlatelse av å rapportere Doakes' telefonsamtale til et granskingsteam. Lundy avviser LaGuertas sak, selv om han mener hun kan ha rett om Doakes’ uskyld.