Han var sønn av en velstående bonde som tidligere hadde vært livegen hos hertugen av Putbus. I 1787 flyttet familien til Stralsund, og Ernst Moritz Arndt fikk muligheten til å bli elev ved akademiet i Stralsund. Etter å ha blitt uteksaminert fra akademiet drev han selvstudier i en periode, inntil han i 1791 ble student ved universitetet i Greifswald, og fordypet seg i fagene teologi og historie. I 1793 flyttet han til Jena. Der bodde filosofen Gottlieb Fichte, og Arndt ble sterkt påvirket av hans tankesett.