Ptolemaios ble mest sannsynligvis født Cæsaria, hovedstaden i kongedømmet Mauretania (dagens Cherchell i Algerie) i det romerske riket. Han ble oppkalt etter sin mors forfedre, særskilt ptolemeerdynastiet. Han ble også oppkalt for å ære av minnet av Kleopatra, fødestedet til sin mor og fødestedet til hennes slektninger. I valget av hennes sønns navn, opprettet Kleopatra Selene II en særskilt gresk-egyptisk tone og framhevet hennes egen rolle som den monarken som fortsatte ptolemeerdynastiet. Hun omgikk slektsnavnene til hennes ektemann. Ved å kalle sin sønn for Ptolemaios framfor et berbisk slektsnavn, satte hun et sjeldent eksempel i antikken, særlig i tilfelle av en sønn som var den fremste mannlige arvingen til et rike ved å strekke forbindelsene til morens familie framfor farens. Det framhever tanken om at moren var arvingen av ptolemeerne og en leder av en ptolomeiske autoritet i eksil.