Klosteret ligger isolert 14,5 km øst for Betlehem på den israelsk-okkuperte Vestbredden og 6 km fra St. Theodosius. Klosteret er skåret ut i fjellveggen i en dal hvor omgivelsene er bortimot ørken. Fra klosteret er det utsikt over Kidron-elven, som i henhold til den kristne tradisjonen er «Blodets Elv» som på Dommens dag vil flyte med syndere.