Rett etter konsilet utnevnte pave Eugenius IV Isidor til apostolisk legat for hele Russland og Litauen og kreerte ham den 18. desember 1439 til kardinal. Da Isidor ankom Moskva i 1441 og proklamerte unionen med Roma i kirken i Kreml, ble det klart at verken storfyrst Vasilij II eller storparten av de russiske biskoper ville vite noe av det. Han ble avsatt av et bisperåd og fengslet av storfyrsten. Dette førte også til et brudd mellom den russiske og den greske kirke, siden metropolittene av Moskva deretter ble valgt uten godkjenning fra den økumeniske patriarken.