Knagenhjelm gikk av som amtmann den 8. juli 1789, men bodde fortsatt på Bodøgård en tid. I 1791 solgte han eiendommen til etterfølgeren Christian Torberg Hegge (1743–1818). Etter det flyttet Knagenhjelm til Bodø hvor han døde i 1796. Han ble begravet i kirkens kor den 14. mars samme år.