Værnes var hovedsogn i det daværende Stjørdal prestegjeld, som i 1849 ble delt, slik at Værnes ble hovedsogn i det nye Nedre Stjørdal prestegjeld. I tillegg bestod prestegjeldet av annekssognene Lånke og Skatval. Prestegjeldet tilhørte Søndre Innherred prosti frem til 1920, deretter Stjørdal prosti. Etter 2004 ble prestegjeldene avviklet innen Den norske kirke, og sognene ble direkte underlagt Stjørdal prosti.