Analogier er et problem når slektskap skal rekonstrueres. Analoge egenskaper kan tolkes som homologe, og derved lure forskere til å tro at organismer som ikke er beslektet faktisk er det. For eksempel trodde man at flaggermus var fugler helt til Carl von Linné fastslo at de er pattedyr. Andre tilfeller kan være langt mindre opplagte, særlig innen paleontologien, der man ofte må finne slektskap utfra fragmentariske fossilfunn. Å skille analoger fra homologier er en av de viktigste oppgavene innen fylogenetikk.