Under Napoleon gjeninnførte Frankrike slaveri på de fleste av sine karibiske øyer i 1802 og sendte en hær for å bringe øya i full kontroll. Tusenvis av de franske troppene bukket imidlertid under for gul feber i sommermånedene, og mer enn halvparten av den franske hæren døde på grunn av sykdom. Etter en ekstremt brutal krig med grusomheter begått på begge sider, fjernet franskmennene de overlevende 7000 troppene på slutten av 1803, lederne av revolusjonen erklærte vestlige Hispaniola som den nye nasjonen av uavhengig Haiti tidlig i 1804. Frankrike fortsatte å styre spanske Santo Domingo. I 1805 prøvde haitiske tropper av general Henri Christophe å erobre hele Hispaniola. De invaderte Santo Domingo og plyndret byene Santiago de los Caballeros og Moca, og drepte de fleste av innbyggerne deres, men nyheten om en fransk flåte som seilte mot Haiti tvang general Christophe til å trekke seg fra øst, og overlot den i franske hender.