Hughes ble født i London i 1832 som sønn av Edward og Amy Hughes. I 1838 begynte han på Archbishop Tenison's Grammar School, tilsvarende gymnaset, hvor han viste et talent for tegning, og noen år senere, i 1846, begynte han på en designskole hvor han fikk undervisning av Alfred Stevens. Året etter kom han inn på prestisjetunge Royal Academy på linja for antikviteter. I 1849 vant han sølvmedaljen for en tegning og stilte ut sitt første maleri det samme året, .