Etter heftige regnskyll i mai 2002 kollapset sjakten fra 1776 og laget et dypt hull i toppen av haugen. Dette førte til at English Heritage innledet en seismisk oppmåling av Silbury Hill for å kartlegge skadene som var blitt gjort ved utgravninger opp gjennom tiden. I forbindelse med dette arbeidet ble det også åpnet to mindre sjakter der det ble funnet et fragment av gevir. Dette ga en pålitelig datering til 2490 – 2340 BC, noe som daterer den andre bygningsfasen til senneolitikum.