Etter et kortere låneopphold hos Nottingham Forest FC i 1999 skrev han under på en kontrakt med Premier League-klubben Everton FC, som da var under ledelse av hans tidligere Rangers-manager Walter Smith. Gough fikk to sesonger på Goodison Park, og fikk bære kapteinsbindet ved flere anledninger. I 2001 dro han videre til Australia for å bli spillende trener for Northern Spirit FC, som på denne tiden var en samarbeidsklubb med Rangers. Etter å ha spilt to kamper la han opp som aktiv fotballspiller.