Johannes ti år gamle sønn (1612–92) ble etter morens død sendt på skole i Helsingør, og senere til Viborg katedralskole, der han tok artium med i 1631 med høyeste karakter. I 1636 ble han registrert som student ved universitetet i København. Etter teologisk embedseksamen ble han tilbudt stilling ved sin gamle skole i Viborg, men takket nei. Derimot var han i en kort periode lærer på latinskolen i hjembyen Stavanger. Senere var han lærer ved en rekke prestegårder i Skåne, til midtsommer 1640 ble han prest i Visseltofta, også det i Skåne, etter den forrige presten Petrus Bigh. Jørgen giftet seg med Bighs datter Anna Pedersdatter (1622-1703) og fikk åtte barn med henne. Han tok navnet Schee, kanskje etter gårdsnavnet Skeie ved Stavanger. Om Jørgen Simonsen ble det sagt at han var «den mest bibelsterke mann på sin tid», for han skal ordrett ha kunnet fremsi hvilket kapitel av Bibelen man spurte etter.