Etter krigsutbruddet i mai 1998 ble innbyggere med tilknytning til motparten deportert fra både Etiopia og Eritrea. Myndighetene i begge land begrunnet deportasjonene med at motpartens borgere utgjorde en sikkerhetsrisiko i den daværende konfliktsituasjonen, men dette var i forbindelse med systematisk beslagleggelse av deres eiendeler. Det har blitt oppgitt at det var omtrent 500 000 etiopiere med eritreisk bakgrunn i Etiopia og over 110 000 etiopiere i Eritrea i mai 1998.