Den første befolkningen i det området som utgjør dagens Usbekistan var sogdiere, et indoeuropeisk folkeslag som ofte knyttes til skyterne. Tyrkiske folkegrupper ankom området ca. 200 e.Kr. fra Altai, en fjellkjede lenger nordøst. Tradisjonelt har det vært et skille mellom de fastboende og de nomadiske folkene i området, hvor en overvekt av bybefolkningen var persisktalende, mens de nomadiske gruppene hadde tyrkiske mål. Araberne invaderte landet på 700- og 800-tallet og innførte Islam. Djengis Khan erobret området på 1200-tallet og hans etterkommere skulle sitte med makten helt frem til 1350-tallet.