I mars 1923 deltok de Valera på et møte i IRAs hærledelse, hvor man skulle bestemme veien videre. Det er kjent at han var tilhenger av en våpenhvile, men han hadde ikke stemmerett. IRA kom til at man skulle fortsette krigføringen. Men den 30. mai 1923 erklærte den nye øverstkommanderende i IRA, Frank Aiken (som hadde tatt over etter at Lynch ble drept) våpenhvile og beordret IRA-medlemmene til å begynne å dumpe sine våpen. De Valera støttet dette i en berømt tale, hvor han kalte IRA-soldatene «baktroppens legion» og sa at «republikken kan ikke lenger med hell forsvares med deres våpen». Mange av republikanerne ble arrestert av Fristatens myndigheter. De Valera ble arrestert i Clare, og var internert inntil 1924. Han var den siste fange som satt i Kilmainham fengsel.