Sykdommen kan gi vekstforstyrrelser, hvor ben i nærheten av betente steder får for stor blodtilførsel, og følgelig vokser for raskt. Ledd kan også bli deformerte. En alvorlig komplikasjon ved barneleddgikt kan være regnbuehinnebetennelse i øynene. Barneleddgikt kan brenne ut, og 85 % har full eller nesten full funksjon 25 år etter at sykdommen startet.