Flora har særlig arbeidet med sammenliknende politikk og historisk sosiologi, innen et felt som spenner fra sosialpolitikk og velferdsstat til makrohistorisk samfunnsforskning. Han er kjent for å gjøre Stein Rokkans arbeider kjent for nye generasjoner av det internasjonale samfunnsvitenskapelige samfunn. Sammen med Derek Urwin og Stein Kuhnle utga han i 1999 en samlet framstilling av Rokkans sentrale teorier og modeller på engelsk, . I boken (2000) formidler Flora Rokkan til et tysk publikum og i (2002) til det italienske. Hans oversiktsartikkel om Rokkans teorier er også kommet på norsk som "Stein Rokkans makro-modell for politisk utvikling i Europa: et rekonstruksjonsforsøk" (1992).