Oberon ble født i Bombay (i dag Mumbai) i India. Hennes mor, Charlotte, var en anglo-singalesisk sykepleier og hennes far en britisk jernbaneingeniør. Merle Oberon var sin mors andre barn og moren hadde forlatt sin første datter Constance og nektet å ta vare på en annen datter som var født utenfor ekteskap. Hun insisterte at Arthur giftet seg med henne, men det er ingen bevis på at han noen gang gjorde det.