I betydelige områder i Stockholm foregår det forsøksfiske, til dels i forbindelse med utsetting av fisk og til dels med forsknings- og miljøovervåkingsformål. I innsjøer uten direkte forbindelse med Mälaren eller Saltsjön, var det omkring åtte arter. Totalt, med fiskeartene som lever i Saltsjön og Mälaren, dreier det seg om et trettitalls arter innen Stockholmsområdet. Hvert år gjennomføres det utsetting av ørret og laks i elver i Stockholm. I 2006 ble det satt ut over 160 000 ørreter og laks i Strömmen, i bekker og i skjærgården. Utsettingen er en forutsetning for det verdensunike ørretfisket «midt i byen». Bare i Strømmen fanges det årlig 2-3000 ørreter. Fortsatt er det elvekreps igjen i Mälaren, i innsjøer på Skjærgårdsøyer samt i den nordlige og sørlige delen av Stockholms län.