Pirates of the Caribbean: Dead Man's Chest begynner ett år senere, og Elizabeth blir sett vente ved alteret der hun og Will Turner etter planen skulle gifte seg. Men Lord Cutler Beckett ankommer med arrestordre, for både Will og Elizabeth etter at de hjalp Jack Sparrow med å flykte i den forrige filmen. Tidligere kommandør James Norrington i den britiske flåten var også involvert i at Sparrow unnslapp. Men siden den gang hadde Norrington sagt opp kommisjonen sin og forsvunnet. Lord Cutler Beckett tilbyr å slippe dem fri, men bare dersom Will går med på å finne igjen Jack Sparrow og skaffe et magisk kompass som Beckett ønsker å få tak i. Beckett er en hensynsløs agent fra Det britiske ostindiske kompani, og utvider selskapets monopol til å gjelde over hele Karibia. Ærlige kjøpmenn og handelsreisende blir dermed tvunget til å betale ekstremt høye gebyrer og tilleggsavgifter for å seile produktene deres til havner kontrollert av Det øst-indiske kompaniet.