Minnesmerket på Karlsbroen ble reist i 1693 og gjorde ham til en av de viktigste skytshelgener for broer. Senere ble han av det katolske habsburgerne gjort til nasjonalhelgen, for å fortrenge reformatoren Jan Hus. Assosiasjonen til de konservative habsburgerne gjorde at han ikke var forenlig med nasjonalistiske strømninger i Tsjekkia på 1800- og 1900-tallet. I 1961 ble 16. mai avskaffet som fest- og minnedag for Jan fra Nepomuk i den romersk-katolske kirke.