Beyer ble med overbevisning medlem av det kommunistiske Freie Deutsche Jugend (FDJ). Han mente at han kunne kombinere dette medlemskapet med sin kristne tro. I 1948 stilte imidlertid FDJ seg nøytral med hensyn til partipolitikk og konfesjon. I 1949 ble han øyenvitne til arrestasjonen av den sosialdemokratiske ordføreren, den tidligere buchenwaldfangen Gerhard Weck. Han opplevde intoleranse og militarisme hos FDJ-ledere, og bestemte seg for sammen med en skolekamerat å danne en motstandsgruppe.