Ungdomsagenten Jono Simpson forhandlet frem en signering med New York City. I desember 2015 ble det rapportert at New York City forsøkte å registrere Harrison som homegrown fordi han hadde spilt for affiliatelaget Manhattan Soccer Club de tre siste årene, som ville latt dem signere ham før draftet. MLS avslo derimot kravet og Harrison ble den yngste registrerte spilleren i MLS SuperDraft i 2016. Den 14. januar 2016 ble han den første spilleren til å bli draftet, av Chicago Fire som deretter byttet ham til New York City mot Brandon Vincent pluss en utbetaling. Ikke lenge etter draftet viste det seg at Harrison hadde et brudd i bekkenbenet, som gjorde at han måtte tilbringe de tre første månedene med New York City på sidelinjen.