Etter læretida hos Pachelbel var Bach en kort tid organist i Eisenachs Thomas-kirke, fulgt av et par måneder i Arnstadt, der flere av slektningene hans bodde. I 1690 fikk han fast stilling som organist ved Michaeliskirche i Ohrdruf. 23. oktober 1694 giftet han seg med Johanna Dorothea Vonhoff som han fikk seks sønner og tre døtre med. Alle de fem sønnene som vokste opp ble dyktige musikere, og etterkommerne var i over 100 år organister ved Michaeliskirche eller kantorer ved latinskolen.