Imidlertid var det flere mangler ved dette departementet, som gjorde at det ikke oppnådde full kontroll på statens pengebruk. Departementet fikk ikke ansvar for kontroll av regninger som skulle anvises, og det var flere departementer som beholdt ansvaret for revisjon av egne eller underliggende etater sine regnskaper. Ansvaret for noen av disse regnskapene ble imidlertid overført til Revisjonsdepartementet senere, blant annet fikk de ansvaret for skoleregnskapet overført fra Kirkedepartementet i 1885.