Han var sønn av bonde Zacharias Michelsen og Sunneva Elisabeth Mikkelsdatter på Kirkja. Han giftet seg med Malena Frederikka Simonsen fra Hattarvík; blant deres barn var Símun Petur Zachariasen og Louis Zachariasen, som begge ble sentrale i den færøyske selvstyrebevegelsen i første halvdel av 1900-tallet.