Sagasti ble 17. november 2020 av Perus parlament, valgt som ny president i landet. Sagasti etterfulgte Manuel Merino som gikk av etter fem dager. Valget foregikk ved at Sagasti først ble valgt til president i parlamentet. Som følge av Merinos avgang, ble Sagasti ifølge Perus grunnlov dermed også automatisk ny president. Han ble da også den tredje presidenten i landet i løpet av en uke. Sagasti ble i embetet til parlamentsvalget i juli 2021.