Laget spilte sin første landskamp den 5. desember 1947 under navnet mot , hvor de tapte 0–5. Etter at Djibouti fikk sin uavhengighet i 1977 spilte de igjen mot Etiopia, og i deres første kamp som Djibouti tapte de hele 1–8. I 1986 spilte laget sin første større kvalifiseringskamp, som var kvalifisering til Panafrikanske leker 1987 avholdt i Kenya.