I tre tilfeller kom det ved delingen til konflikt på grunn av fyrstenes valg. Nawaben av Junagadh, en muslimsk hersker over en hovedsakelig hinduistisk befolkning på Kathiawarhalvøya i Gujarat, forsøkte å slutte staten til Pakistan, noen som ble forhindret. Maharajaen av Kashmir og Jammu var hindu i en stat med majoritet av muslimer, valgte tilslutning til India, noe som lykkes og har gitt opphav til Kashmir-konflikten mellom India og Pakistan. Den muslimske nizamen av Hyderabad, den største av fyrstestatene, hersket et stort område i det indre av det sørlige India der 85% av befolkningen på over 16 millioner var hinduer. Nizam Asaf Jah VII forsøkte å vinne uavhengighet for sin stat, men ble militært erobret av India etter en kort krig i september 1948. Khanatet Kalat i Balutsjistan erklærte selvstendighet i august 1947, men ble presset til å slutte seg til Pakistan i april året etter.