Men overgangsregjeringen var i en vanskelig situasjon. De sydligere provinser hadde erklært selvstendighet, men ennå ikke de i nord. Overgangsregjeringen hadde heller ingen troppestyrker, og den hadde liten kontroll over den nye hæren. Det fantes fremdeles betydelige troppestyrker som var lojale overfor Qingstyret. Dermed var Sun henvist til støtte fra general Yuan Shikai, som kommanderte Beiyang-armeen i det nordlige Kina. Sun ble nødt til å love ham presidentvervet, hvorpå Yuan skiftet side og tvang frem keiser Pu Yis avgang.