Rundt 1960 begynte han å skrive romaner. Mest kjent er fortellingene om seileren , utgitt mellom 1986 og 1993, og samlet i ett verk i 1996. Verket har blitt oversatt til flere språk, men ikke til norsk. Mutis fortalte at karakteren Maqroll hadde fulgt ham siden han skrev sine første dikt i 19-årsalderen. Da han begynte å skrive om ham i 1983, planla han å skrive et prosadikt, men det utviklet seg til å bli den første biten av en roman. I barndommen jobbet Mutis' far for det colombianske diplomatiet i Brussel, og familien reiste til Colombia med skip hver ferie. Som voksen tok Mutis jobber som brakte han ut på nye, lange skipsreiser, blant annet for Standard Oil, og han oppga både reisene og menneskene han møtte underveis som viktige inspirasjonskilder for fortellingene om Maqroll.