Klubben ble grunnlagt i 1950 skjønt det var først på 90-tallet at den begynte å få ambisjoner og sikte høyt. Dette var begynnelsen på en ny æra, markert ved at Birkirkara i 1996/97-sesongen endte opp på andreplass i maltesisk toppserie bak Valletta og kvalifiserte seg for første gang til UEFA-cupen. Da spilte de mot Spartak Trnava.