Litauen erklærte, som den første sovjetrepublikken, sin uavhengighet fra Sovjetunionen i mars 1990. Kirkilas fulgte sin mentor Algirdas Brazauskas og andre reformorienterte, tidligere medlemmer av kommunistpartiet inn i Litauens demokratiske arbeiderparti. Han ble valgt inn i det litauiske parlamentet, Seimas, ved de første frie valgene i 1992.