Carl Ystrøm hadde i en årrekke problemer med nyrene. På nyåret i 1930 ble sykdommen mer ondartet. Mandag 17. mars 1930 ble han innlagt på Aker sykehus. Her døde han knapt ti dager senere, kl. 03,30 om morgenen, torsdag 27. mars 1930. Ved sin død var han også medlem av skolestyret og medlem av likningsnemnda. Videre var han medlem av hovedstyret for Norsk søndagsskoleunion og styremedlem i misjonsalliansen.