Etter misnøye med styresettet forlot Pufendorf i 1687 den svenske tjenesten i Stade og flyttet til Hamburg. Herfra bega han seg til Danmark, hvor Christian V sendte ham til Regensburg for å representere kongen som hertug av Holsten på Riksdagen. Her avled han den 26. august 1689 og kom således ikke til at oppleve dommen til tap av liv, ære og gods som den svenske hoffrett felte over ham den 2. oktober samme år.