Paratuberkulose forårsakes av bakterien Mycobacterium avium med underart paratuberculosis (tidligere kalt 'M. johnei'). Denne forekommer i flere stammer som hver kan foretrekke bestemte drøvtyggerarter, men også smitte mellom arter i varierende grad. Bakterien når fordøyelsessystemet ved at dyret får i seg fôr eller vann som er forurenset med smittede dyrs avføring. Dyret kan også ha smitten fra fødselen av.