Nye infeksjoner endte med at han døde i Fort John (senere fort Williams) ved Laramie River, nå i Wyoming. I 1843 bragte Solomon Sublette, som reiste sammen med William D. Stewarts og William L. Sublettes karavane, med seg en gravmarkør til Fort John og satte den på Miltons grav. Gravstedet er nå ukjent etter at Fort Williams' gravfelt ble bebygd.