Ludger Schepers arbeidet som kapellan i sognene i Essen-Huttrop og i Duisburg-Neumühl fra 1979 til 1986. Fra 1986 til 1990 var han byungdomsprest i Oberhausen og kapellan i i Oberhausen-Alstaden. I august 1990 ble Schepers sogneprest i menigheten i Duisburg-Buchholz, som senere ble slått sammen med menighetene og . I 1994 tok Ludger Schepers lisensiat i kanonisk rett ved Universitetet i Münster, og i 1995 ble han bispedømmedommer. I 1999 ble han utnevnt til medlem av presterådet og kirkeskatterådet i bispedømmet Essen. I 2002 ble Schepers dekan for Dekanatet Duisburg-Süd. Etter at menighetene i bispedømmet Essen ble omstrukturert, ble han i 2006 den første pastor i den nystiftede store prestegjeldet , for området til det tidligere Duisburg-Süd-dekanatet.