Kirken i sin nåværende skikkelse er fra begynnelsen av 1600-årene, da den hollandske menigheten, som var blitt invitert til Amager av Christian II, foretok en større ombygging av den eldre kirken, hvorved de fleste minner fra middelalderen gikk tapt. Om denne begivenheten vitner en liten sandstenstvle med Christian IVs navn på kirkens nordmur.