Under en valfart til Nepal konspirerte den tiende Shamarpa, Mipam Chödrup Gyamtso, med Gurkha-folket om å invadere Tibet for å kunne legge beslag på rikdommene i Trashilhünpoklostret i Shigatse. Den resulterende nepalske invasjonen i 1788 foranlediget Dalai Lama til å forby nye inkarnasjoner av Shamarpa. På 1890-tallet ble imidlertid tradisjonen gjenopplivet.