I juni 1810, samme år som Miguel Hidalgo startet arbeidet for uavhengighet fra Spania, ble Santa Anna i en alder av 16 år kadett ved Fijo de Vera Cruz infanteri-regiment, innenfor den spanske kolonihær. Han fikk her opplæring i å håndtere nasjonalistiske opprørere. Året etter ble han såret av en pil gjennom venstre arm.