Et beryktet eksempel på voldelige episoder der MST har vært involvert er en hendelse i 1996 som vanligvis blir referert til som Eldorado dos Carajás-massakren. Under denne episoden ble til sammen 19 medlemmer av MST skutt og drept (og 69 andre medlemmer ble skadet) av politiet og militæret mens MST blokkerte en riksvei i den brasilianske byen Pará. Alle de involverte politimennene går fremdeles ustraffet etter hendelsen så sent som i 2009.