Saffuriya kom under Det osmanske rike etter at de slo mamelukkene i slaget ved Marj Dabiq i 1516. Et osmansk dekret fra 1572 skildrer Saffuriyya som en av flere landsbyer i Safad sanjak, som var en del av Qaysi-fraksjonen og som gjorde opprør mot de osmanske styresmakter. På slutten av 1500-tallet var folketallet 366 familier og 34 ungkarer, alle muslimer. Saffuriyya var større enn nabobyen Nasaret, men mindre enn Kafr Kanna. Mange viktige vitenskapsmenn kom herfra i denne perioden, som qadi, al-Baq'a al-Saffuri (død 1625) og Ahmad al-Sharif (død 1633), en dikter og qadi.