Godzilla og Mothra kjemper, men førstnevnte får overtaket. Kiryu blir også med på kampen, men Godzilla slår ut begge to. I mellomtiden klekkes tvillinger fra Mothra på Infant Island fra Mothras egg og forsøker å hjelpe moren sin. Forsker Yoshito Chujo forsøker å reparere Kiryu, og Kiryus pilot, Kyosuke Akiba får ordre om å ødelegge Godzilla før Kiryu-prosjektet blir skrotet for godt.