I i sin tid i Aston Villa, fra 1989 til 1998, spilte Yorke høyre ving frem til 1995-96 sesongen, da han ble flyttet frem for å spille angriper. Yorke etablerte seg raskt som en av Premier League's beste angripere. Yorke ble en integrert del av Villa laget som nådde Liga-cupfinalen i 1996. Villa vant 3-0 med Yorke på scoringslisten. Den 30. september 1996 scoret han et strålende hat-trick mot Newcastle United. Newcastle ledet 3-1 til pause da Aston Villa ble redusert til ti mann da Mark Draper ble utvist sent i første omgang. Yorke viste stor klasse og førte Villa tilbake i kampen ved å score to mål i andre omgang, men det var til ingen nytte ettersom Aston Villa tapte kampen 4-3.