I 1830 hadde Rafn blitt utnevnt til medlem av kommisjonen for den Arnamagnæanske Stiftelse, i 1836 ble han opptatt som medlem av Det kongelige danske Selskab for Fædrelandets Historie, og i 1861 valgte Oldskriftselskabet ham til sin faste sekretær. Fra utlandet hadde han mottatt filosofisk og juridiske doktorgrad, og han var medlem av atskillige utenlandske foreninger og samfunn.