Flystøy kan være plagsom og helseskadelig også for dyrelivet. For eksempel har pelsdyroppdrettere opplevd at dyrene har spist opp nyfødte hvalper hvis fly eller helikoptre har passert under hvalpingen. Problemstillingen har også vært aktuell i forbindelse med militærøvelser med lavflyvning over nasjonalparker eller naturreservater i hekke- og yngletiden om våren.