I 1912 utfordret La Follette sittende president William Howard Taft i republikanernes presidentnominasjon, men ble overskygget da tidligere president Theodore Roosevelt meldte seg som kandidat. La Follette ble forbitret over dette. Roosevelt tapte og stilte for Det progressive parti. At La Follette nektet å stille seg bak Roosevelt, skremte vekk mange progressive, og han mistet sin lederrolle for de progressive republikanerne i Senatet.