Med sitt nye navn sluttet hun seg til Royal Navy som formelt ble etablert i 1660. Med sine 1249 tonn var «Royal Charles» større enn «Sovereign of the Seas», det første tre dekks linjeskipet, bygget av Phineas Pett, Peter Petts far. Til forskjell fra «Sovereign of the Seas» lange tjenestetid kom «Royal Charles» til å ha bare 12 års tjenestetid.