MJK utviklet seg i takt med oppdragene i Afghanistan, som var svært krevende både for personellet og MJK som helhet. Som konsekvens opphørte mobiliserings-tillegget på tidlig 2000-tallet og MJK baserte seg kun på stadig tjenestegjørende personell som forble lengre ved avdelingen enn tidligere. I 2001 ble kommandoen underlagt sjefen for Kyststridsflotiljen, som valgte å tydelig styrke MJKs driftsbudsjett allerede før terrorangrepene i USA. I 2002 fikk MJK sin egen stabsoffiser i Kyststridsflotiljens stab, og sammenliknet med 1999 doblet MJK driftskostnadene dette året. Det var betydelig vekst i driftskostnadene også påfølgende år. MJKs stabsoffiser begynte i 2002 utviklingen av handlingsplanen , en plan som ble ferdig i 2003 og omfattet konkretisering av bemanningsprognoser, budsjettbehov og fremtidig marinejegerkapasitet. Generalinspektøren for Sjøforsvaret godkjente planen, og med oppjustering til tre marinejegeroffiserer ved MJKs stabskontor (fra 2005) sikret Forsvaret videreutvikling av MJK fra 2004 til 2008. I denne perioden inndeles og utvikles MJK i minimum fire skvadroner: to operative marinejegerskvadroner, Alfa (tidligere tropp 2) og Bravo (tidligere tropp 1) for henholdsvis beredskap og trening, og to støtteskvadroner, Echo og Lima, for henholdsvis spesialbåttjenesten og støtte/logistikk. Lima-skvadronen inkluderte også vernepliktige til støttefunksjoner for marinejegerne. Egen seleksjon og utdanning for spesialbåtoperatører (SBO-er) til Echo-skvadronen kom fra 2005 (året da Echo-skvadronen ble opprettet), og denne utdanningen har vært stipulert til 3 år. I 2005 ble i tillegg ytterligere én skvadron opprettet - en skvadron som tok sikte på å rekruttere primært marinejegere og etterutdanne dem i spesialovervåkning og innformasjonsinnhenting. Forsvarets operative krav til MJK som spesialstyrke i Afghanistan-operasjoner økte og var på denne tiden like store som kravene til FSK (nivå 3 avdeling direkte underlagt generalinspektøren for Hæren), men MJK hadde ikke de samme vilkårene for å utvikle staben og tilpasse seg kravene fordi MJK forble en nivå 5 avdeling (underlagt Marinens jegervåpen (MJV) fra 2006). Denne problemstillingen ble grundig drøftet i en av MJKs tidligere sjefers forsknings-publikasjon av 2007, .