I perioden 1957–1961 medvirket Bauer vesentlig til at Adolf Eichmann kunne pågripes og deretter tiltales for sine forbrytelser under holocaust. Bauer fikk i 1957 informasjon om Eichmanns mulige oppholdssted. Bauer stolte ikke på offisielle kanaler blant annet fordi han fryktet gamle nazister ville tipse Eichmann slik at han kunne stikke av. Bauer opprettet direkte og hemmelig forbindelse med Israels myndigheter. Bauer informerte blant annet Felix Shinnar, lederen av Israel-misjonen i Köln, om Eichmanns oppholdssted. Han deltok senere i samtaler i Israel med representanter for den Israelske regjering og Mossad..