Corrigan åpnet i 1896 et nytt teologisk seminar. I 1902, da han vendte hjem etter en reise til Bahamas-ærene, ble han alvorlig forkjølet og ble skadet da han skled og falt under et besøk på presteseminaret han hadde bygget. Han døde 5. mai 1902 i en alder av 62 år.