Hyypiä ble hentet til Liverpool fra nederlandske Willem II sommeren 1999 av Gérard Houllier. Hyypiä debuterte for Liverpool mot Sheffield Wednesday FC 7. august 1999. Hyypiä formet med en gang en suksessfull duo med sveitsiske Stéphane Henchoz i sentralforsvaret. I 2000/01-sesongen delte Hyypiä kapteinsrollen med Robbie Fowler mens Jamie Redknapp, den vanlige kapteinen, var ute med en langtidsskade. I denne perioden ledet Hyypiä og Fowler laget frem til en historisk cup-treble: Ligacupen, FA-cupen og UEFA-cupen.