Det er registrert en relativt god bestand av elvemusling i vassdraget. Arten er fredet og står oppført på Norsk rødliste for arter. Det er også kjent at tyrifjordørreten kan ha gytevandring opp i elva når vannføringen er stor nok, men generelt er det oppgitt å være lite fisk i selve elva. Det er usikkert om storørreten kan passere forbi fabrikkområdet ved Skjærdalen og kulvertene der. Det finnes imidlertid også stedbunden ørret i elva. Flere av vannene som inngår i vassdraget regnes som gode fiskevann. Skærdalselva er også en viktig oppholdsplass for fossekall ().