De fleste Linux-distribusjonene baserer seg på et pakkesystem som lar brukeren søke etter og installere programmer, drivere, temaer, fonter og andre utvidelser enten direkte fra internett eller fra lokale kilder som minnepinner, CD-rom eller DVD. Noen av de mest kjente pakkesystemene er APT, RPM og Portage. Blant pakkebehandlere med grafiske grensesnitt finner man Synaptic og YaST.