Etter Naivasha-avtalen som avsluttet borgerkrigen, valgte frigjøringsbevegelsen å legge den midlertidige administrasjonen av det nye landet til Rumbek. Senere ble Juba valgt som landets faste hovedstad. Som for de fleste byene i Sør-Sudan, var Rumbek svært ødelagt som følge av kamphandlingene under borgerkrigen.