I 1833 ble han utnevnt til landets neste finansminitser av president Andrew Jackson, men på samme måte som hans forgjenger Louis McLane nektet Duane å fjerne statlig innskudd fra Second Bank of the United States og flytte disse over til statlige banker. Dette førte til konfronteringer mellom Jackson og Duane, hvor sistnevnte ble erstattet av Roger B. Taney allerede i september samme år. Han vendte tilbake til sin advokatpraksis og forsvarte siden sin egen posisjon i sin utgitte bok , som kom ut i 1838. William John Duane døde den 27. september 1865.