I 2009 gikk junior-VM 2009 i Canmore i Canada. Bø vant også denne gangen to medaljer. Han fikk bronse på sprinten, og for tredje gang vant han medalje på jaktstarten, med bronse også der. Han vant sin første NM-tittel som senior på normaldistansen 20 km på Birkebeineren skiskytterstadion på Lillehammer.