Fløyas kvinnelag har vært med i norsk toppfotball siden begynnelsen. Riktignok greide ikke Fløya å kvalifisere seg til den øverste divisjonen i 1986, og startet i 1987 i 2. divisjon. De vant sin avdeling, men ble slått ut av Jardar IL i kvalifiseringen. I 1988 tapte de kvalifisering på målforskjell for Vard. I 1989 vant Fløya sin avdeling for tredje gang, og rykket opp til toppdivisjonen.