På den siste reisa til Suchitoto ville hun forsøke å dokumentere påstanden om regjeringsstyrkenes bruk av fosfor og napalm mot sivilbefolkningen i områder som var kontrollert av geriljaen. Planen var å presentere dokumentasjonen på FNs årlige menneskerettighetsmøte i Genève. Marianella García Villas tok seg inn i stridsområdet fra Honduras. Hun intervjuet og tok bilder av mennesker som hadde fått hvitt fosfor på seg, men overlevd. De var samlet på bytorget i La Bermuda da det ble varslet at helikoptre var på veg. Sammen med innbyggerne sprang Marianella García Villas mot kirken for å søke ly, men ble innhentet av automatvåpen fra helikoptrene. Mange ble skadet, en del døde. Marianella García Villas ble liggende i en grøft med et skuddsår gjennom det ene låret. Et helikopter landet og tok henne med seg. Roberto D’Aubuisson, en major med sterke bånd til dødsskvadronene, hevdet at Marianella García Villas var en ledende geriljakvinne under dekknavnet Lucia og døde i kamp. Store deler av internasjonal presse brakte denne feilaktige opplysningen. D`Aubuisson er av flere undersøkelseskommisjoner også knyttet til drapet på erkebiskop Romero.