Klinefelter syndrom som følge av ett eller flere ekstra versjoner av X-kromosomet hos biologiske menn. Det er denne ekstra biten med arvemateriale som skaper misdannelsene som er spesifikke for individer men Klinefelter syndrom. Siden cellene inneholder ekstra informasjon vil ikke biologiske menn med Klinefelter syndrom utvikle seg normalt. Dårlig eller ingen testikkelfunksjon og veldig lave testosteronverdier er de vanligste misdannelsene.