Politikken for tiden etter frigjøringen ble formulert i det såkalte Košice-programmet i april 1945. Dette var utformet av landets første etterkrigsregjering under ledelse av president Beneš. Košice ble frigjort av sovjetiske styrker i januar 1945 og fungerte en periode som hovedstad. Programmet ble utformet uten mandat fra befolkningen og uten en lovgivende forsamling. Programmet anerkjente slovakene som en etnisk særegen folkegruppe og la retningslinjer for likebehandling av tsjekkere og slovaker, noe som ble tatt dårlig mot blant mange tsjekkere. Slovakenes erfaring med en egen statsutdannelse under krigen hadde styrket den slovakiske nasjonalismen, en nasjonalisme som i Stalin-tiden ble karakterisert som «bourgeois nasjonalisme».