Reinfeldt ble valgt til ny leder for Moderata ungdomsförbundet på förbundsstämman i Lycksele 1992, med stemmetallene 58–55 over den daværende lederen Ulf Kristersson. Denne kongressen var kulmineringen av en lang periode med interne stridigheter mellom de konservative og nyliberale grupperingene innen ungdomspartiet, der Reinfeldt representerte de konservative og Kristersson de nyliberale. Da Reinfeldt ble valgt til MUF-leder var han lojal mot Bildt-regjeringen og støttet de borgerliges oppgjør med Socialdemokraterna. Gradvis ble han imidlertid åpent mer og mer kritisk overfor partiledelsen. Som MUF-leder skrev han i 1993 boken , der han kritiserer den svenske velferdsstaten og argumenterer for et nyliberalt samfunnssystem. Etter det borgerlige valgtapet i 1994 gikk han til angrep mot den daværende partilederen Carl Bildt, som han anså hadde fått en altfor stor dominans innen partiet. I boken kort deretter beskrev han et titalls personer innen partiledelsen, bl.a. Gunnar Hökmark og Bo Lundgren, som "Carl Bildt-kopier". Dette ledet i sin tur til hard motkritikk fra moderatenes riksdagsgruppe, som mente at Reinfeldt hadde gått over grensen. Den 14. februar 1995 ble han innkalt til et møte med riksdagsgruppen, som han har beskrevet som en "enda lång utskällning". Etter dette tonet han ned sin kritikk og la seg på en politisk linje i midten hos moderatene, men han fikk de neste årene ingen viktige politiske oppdrag. Da Bo Lundgren i 1999 ble valgt til ny partileder, ble Reinfeldt samtidig valgt inn i riksdagens förtroenderåd, hvilket ble den første viktige posten siden konflikten med partiledelsen. Fra 2001 til 2002 var han leder av justiskomitéen i riksdagen.