Viscontis kontroll over republikken varte imidlertid ikke lenge, faktisk opprettholdt Pisa sin uavhengighet og herredømme over den delen av den toskanske kysten. I 1405 førte et opprør mot herskerne i Milano og en hungersnød og befolkningsnedgang til det florentinske angrepet i 1406. Beleiringen varte ikke lenge, men Pisa kapitulerte til slutt. I 1406 da den ble okkupert av leiesoldatene Angelo Tartaglia og Muzio Attendolo Sforza som beordret republikken annektert til Firenze.