Pilegrimene ble snart fulgt av puritanere fra Themsen-regionen i England som etablerte Massachusetts Bay-kolonien. Selv om puritanerne kom til Massachusetts på leting etter religiøs frihet, var de ikke tolerante for andre religioner enn sin egen. Folk som Anne Hutchinson, Roger Williams og Thomas Hooker forlot Massachusetts og reiste sørover på grunn av puritanernes manglende religiøse toleranse. Williams endte opp med å grunnlegge kolonien Rhode Island og Hooker grunnla Connecticut. Kong Filips krig (1675–1676), den blodigste indianerkrigen i den tidlige kolonitiden, inkluderte betydelige kampanjer i Pioneer Valley og Plymouth-kolonien. Det tok mange år for koloniene i det sørlige New England å komme seg fra krigens ettervirkninger.