I august 1623 deltok Ludovisi i det konklavet som valgte pave Urban VIII. Grunnet en konflikt med den nye paves familie ble Ludovisi nødt til å forlate Romea Under Borgia-krisen våren 1632 tilhørte nemlig Ludovisi den indrekuriale og spanskorienterte opposisjon, som beskyldte paven for en indirekte støtte til de tyske protestanter under den pågående trettiårskrigen.