Yaqub Beg ble født i Pskent i Kokand-khanatet, i dag kjent som Piskent i Tasjkent-regionen i Usbekistan. Han steg raskt på rangstigen i tjeneste for Kokand-khanatet, og i 1847 kommanderte han fortet ved Ak-Mechet til det ble inntatt av den russiske hæren under general Vasilij Aleksejevitsj Perovskij i 1853. Etter fortet hadde blitt inntatt flyktet han til Bukhara-khanatet.