Mellom 1985 og 1995 huset Malawi mer enn en million flyktninger fra Mosambik. Flyktningkrisen var en betydelig økonomisk belastning for Malawis regjering, men førte også til betydelig flyt av internasjonal assistanse. Husingen og tilbakevendingen av mosambikerne er regnet som en betydelig suksess av internasjonale organisasjoner. Malawi fikk i 1996 et antall rwandiske og kongolesiske flyktninger som søkte asyl. Regjeringen avslo ikke flyktningene, men brukte prinsippet om «asyl i første land». Under dette prinsippet ville flyktningen som ba om asyl i et annet land først, eller hadde hatt mulighet for å gjøre dette, ikke etterpå få asyl i Malawi. Der var ingen rapporter om tvungen tilbakesendelse av flyktninger.