Etter suksessen gikk Falkenhayn i midten av juli 1917 til militærkommando av den osmanske Yildirim-hærgruppen, som ble dannet i Mesopotamia og Aleppo. Etter lange drøftelser med den osmanniske øvre echelon ble Falkenhayn sendt den 7. september 1917 som øverste kommandant for to osmanske hærer i Palestina, med rangeringen av en osmansk hærs Mushir. Han klarte ikke å hindre britene under general Edmund Allenby fra å erobre Jerusalem i desember 1917. Han blir imidlertid kreditert for å unngå et destruktivt forsvar mot den befestede gamle byen Jerusalem med sine mange hellige steder, samt med en avgjørende rolle i å stoppe den tvungne fjerningen av den jødiske befolkningen i Palestina, som guvernør Djemal Pasha hadde planlagt etter det armenske folkedrap. Evakueringen av hele befolkningen i Jerusalem i de hårde vintermånedene hadde også blitt planlagt av Djemal Pasha og ble torturert av tyske offiserer, inkludert Falkenhayn.