Han er blitt anklaget for brudd på borgerrettigheter og forbindelser til paramilitære grupper som sammen med landets armé skal ha begått tusenvis av drap på sivile. På grunn av pågående undersøkelser omkring påstander om bedrageri og bestikkelser av vitner i denne saken ble Uribe ilagt husarrest av landets høyesterett den 5. august 2020.