Under andre verdenskrig ble universitetsbygningene sterkt skadet og 70 % ødelagt. Etter krigen ble byen okkupert av Sovjetunionen, og som følge av Potsdamkonferansen innlemmet i Polen, samtidig som byens innbyggere ble fordrevet. Universitetsvirksomheten tok slutt. Den første gruppen polske akademikere kom til byen i mai 1945, og overtok universitetsbygningene, samtidig som de begynte å bygge opp universitetsvirksomhet igjen. Noen av bygningene ble veldig raskt reparert, og en gruppe professorer ble etablert, mange av dem fra de polske universitetene i Vilnius og Lviv.