Eto'o har spilt i tre VM-sluttspill, i 1998 (Frankrike), 2002 (Japan og Sør-Korea) og VM 2010 (Sør-Afrika). I førstnevnte sluttspill var han turneringens yngste spiller. Dagen etter hans overgang til Everton i august 2014 offentliggjorde Eto'o at han valgte å trekke seg fra landslagsspill.