Han ble født inn i en jødisk familie i Coburg i Tyskland. Etter avgangseksamen ved Casimirianum Coburg studerte han ved universitetene i Berlin, Frankfurt am Main og München, og avla sin endelige eksamen ved Institut de hautes études internationales et du développement (IHEID) i Genève. Deretter praktiserte og underviste han i rettsvitenskap i Frankfurt, før han emigrerte til USA i 1937, etter flere års opphold i Sveits og Spania. Morgenthau underviste i mange år ved University of Chicago, og i slutten av sin karrière underviste han ved The New School for Social Research og City University of New York.