I oktober 2016 påtok Mikkel Bjørn seg valg som Nye Borgerliges Ungdoms (NBU) første landsformann. I løpet av sin tid som ungdomsleder ledet han sin organisasjon gjennom tre såkalte skolevalg i 2017, 2019 og 2021 hvor NB fikk henholdsvis 1,4 %, 1,5 % og 3,6 % av stemmerne ved hvert av disse valgene. Ved kommunalvalget 2017 stilte Mikkel Bjørn opp for Nye Borgerlige i Vejle Kommune, der han mottok 33 personlige stemmer og NB ikke oppnådde valg i den kommunen. Ved Folketingsvalget 2019 stilte han opp inn Sydjyllands Storkrets og fikk 46 personstemmer mot Pernille Vermund som i kraft av sine 13.391 personstemmer sikrete sig det ene Nye Borgerlige-mandatet i Sydjylland. Bjørn ble ansett som tilknyttet den mer konservative delen av Nye Borgerlige. I oktober 2021 ble han etterfulgt som ungdomsformann av Malte Larsen.