I 2006 begynte en ombygning som også omfatter klokkerloftet, med formål om å skape bedre forhold for både de ansatte og de besøkende i Rundetårn og utstillingslokalet. På klokkerloftet ble det bygd magasiner og garderober. Direktørens leilighet i Rundetårn ble ominnredet til administrasjon. Ombygningen ble forventet til å vare til januar 2008.