I 1567 gjenså hun i Bergen den troløse jarl, som i mellomtiden hadde vært gift med Maria Stuart, og som hadde flyktet til Norge etter den skotske dronnings abdikasjon. Anna stevnet jarlen for retten, og mottok som kompensasjon et lite skip som tilhørte jarlen, samt lovnad på en årlig pengesum – som hun aldri mottok. Bothwell ble sendt til Danmark, og endte sine dager som statsfange på Dragsholm slott på Sjælland.