I det som ble kjent som flyktningkrisen ved de store sjøene, flyktet to millioner hutuer fra Rwanda i frykt for folkemord og represalier, etter at Rwandas patriotiske front gikk inn i Rwanda fra Uganda for å stoppe folkemordet og tok over makten i Rwanda i juli 1994. Blant flyktningene var det medlemmer av den såkalte , militante grupper med forbindelser til politiske partier som deltok i folkemordet i Rwanda tidligere dette året. Flyktningleirer ble etablert i den østlige delen av Zaïre for å huse flyktningene, men det ble rapportert at flyktningleirene ble brukt som baser for hutu-militsene, for angrep på både tutsier og Banyamulenge, tutiser fra Zaïre. Mobutu, som var i ferd med å miste kontrollen over landet, støttet hutuekstremistene og gjorde ingenting for å stoppe volden.