St. Pauli oppsto på begynnelsen av 1600-tallet som forstaden Hamburger Berg, men på grunn av de frie åkerområdene der var verken bosetting eller handel tillatt. Først på slutten 1600-tallet ble bosetting legitimt og flere pest-, syke- og fattighus flyttet dit. Etter Napoléon Bonapartes okkupasjon sognet området til Hamburg, og stedets navn ble endret til St. Pauli. Helt til Loven om Stor-Hamburg av 1937 var området splittet i en østre del tilhørende Hamburg og en vestre del tilhørende byen Altona.