Misjonsstasjonen ble etablert i 1691 og var den første av stasjonene som nå er på verdensarvlisten. I 1696 ble stasjonen flyttet nærmere elven San Javier som en følge av angrepet fra Paulistas fra Brasil i øst. I 1698 ble stasjonen igjen flyttet, denne gangen nærmere Santa Cruz, bare for å bli flyttet tilbake i 1708 for å beskytte indianerne fra spanjoler. Innbyggerne i San Javier var Piñocas-indianere. Kirken ble bygget mellom 1749 og 1752 av den sveitsiske jesuitten og arkitekten Fr. Martin Schmid. Skolen og kirken og flere andre karakteristiske bygninger fra denne perioden er fortsatt bevart i San Javier. Landsbyen ble restaurert av Hans Roth på slutten av 1900-tallet.