Kelly fikk sin debut for i 1993. Han ble tatt ut i troppen til VM i fotball 1994 av landslagstrener Jack Charlton, men var andremålvakt bak Packie Bonner og fikk ikke spille en eneste kamp. Han ble også tatt ut i troppen til VM i fotball 2002 av landslagstrener Mick McCarthy, men ble også der satt i skyggen, denne gang av Shay Given. Hans siste av totalt 24 landskamper for Irland kom i 2002.