Behe vokste opp i Harrisburg i Pennsylvania. Han studerte kjemi ved Drexel University i Philadelphia, der han tok graden i 1974. I 1978 tok han doktorgrad ved University of Pennsylvania i biokjemi med et forskningsarbeid om siclecellenanemi. Fra 1978 til 1982 arbeidet han ved National Institute of Health med forskning på DNA-strukturen. Fra 1982 til 1985 var han amanuensis i kjemi ved Queens College i New York City.