Ohlendorf hevdet at ordren om å utrydde jødene i Sovjetunionen ble gitt muntlig fra Adolf Hitler til Heinrich Himmler. På Heydrichs og Himmlers instruks skal så Bruno Streckenbach, daværende personalsjef RSHA, ha formidlet ordren til lederne i Einsatzgruppene, som da var samlet i Pretzsch før invasjonen. Ohlendorf sa at han hadde sett en skriftlig avtale mellom Wehrmacht og SS, der hæren skulle tildele fremrykningstraseer og sørge for forsyninger til Einsatzgruppene. Ohlendorf vitnet om at han selv og Streckenbach skal ha protestert høylytt mot ordren om å drepe alle jødene. Ohlendorf fortalte at etter invasjonen av Polen var det bare avgrensede enkeltstående aksjoner mot jøder, mens i Sovjetunionen var det en generell ordre om å drepe alle jøder. Ohlendorf sa i retten at han anså ordren som lovlig, men uklok og umulig å gjennomføre, blant annet på grunn av de moralske og mentale konsekvensene for de som skulle utføre arbeidet.