Den nordøstlige delen av kirkegården ble på 1600-tallet brukt som fattigkirkegård, mens den sørøstlige delen ble overdratt til Vår Frue sogn som deres nye kirkegård i 1830. Like sørøst for Domkirken var det opprinnelig en soldatkirkegård, men denne ble ikke regnet for å være eksklusiv før Carl Jacob Waldemar von Schmettow ble gravlagt på dette området i 1821. I kirkegårdens nordøstre hjørne lå opprinnelig bispegården, som nå ligger i det nordvestre hjørnet.