Blant temaene som var problematiske på 60–tallet var konflikten i Vietnam det vanskeligste. Det var dyp splittelse rundt temaet internt i CFR, og ingen studiegrupper ble dannet rundt dette i perioden 1964–68. Medlemmer som ønsket en intervensjonistisk linje vendte seg til andre organisasjoner, og en rekke av CFRs fremtredende medlemmer, som David Rockefeller, Arthur H. Dean, John J. McCloy, Eugene Black og Gabriel Hauge, deltok i president Lyndon B. Johnsons nasjonale komité for en opptrapping av krigen. Temaet ble til slutt tatt opp i Foreign Affairs i 1968, etter Tết-offensiven. Armstrong la gjennom en rekke nummer ikke skjul på at han var motstander av krigen, og advarte kraftig mot den virkning den hadde diplomatisk for USA.