Etter nesten 20 måneder med arbeid hadde jernbane bltt bygget med om lag 13 km, og det hadde kostet en million dollar på å krysse myrer frem til Gatun. Til prosjektets hell, i november 1851 — akkurat da den første millionen var oppbrukt, ble to store hjuldampere SS «Georgia» og SS «Philadelphia» med ca 1 000 passasjerer tvunget til å søke ly i Limón Bay, Panama, på grunn av en orkan i Karibia. Siden jernbanens brygger var blitt fullført på denne tiden og jernbanen var bygget 13 km opp til Gatún ved Chagres River, var det mulig å losse skipenes last av passasjerene og deres bagasje og transportere dem med jernbanen i åpne godsvogner, i hvert fall den første delen av reisen opp Chagres River på vei til Panama City. Desperat etter å komme av båten og over eidet betalte de vordende gullgravere 50 cent per km og tre dollar pr. 100 kilo bagasje for å bli fraktet så langt sporet gikk. Dette tilskudded av penger hjalp slskapet og gjorde det mulig å skaffe mer kapital til å gjøre det til en fremtidig pengemaskin. Selskapets styremedlemmer bestilte straks passasjervogner, og jernbanen startet passasjer- og gods-trafikk med ca 64 km av det sporet som var lagt. Hvert år ble sporet forlenget og selskapet fikk mer inntekter. Denne økning i inntektene økte selskapets verdi, slik at det var enklere å selge flere aksjer for å finansiere resten av prosjektet som tilslutt kostet mer enn åtte millioner dollar og kom til å kreve 5  000 -10 000 liv for å fullføre.