Diagnosen er omstridt. I hvor stor grad Asperger syndrom er forskjellig fra høytfungerende autisme (HFA, autisme uten psykisk utviklingshemming) er omdiskutert; delvis av den grunn er ikke prevalensen sikkert fastslått. Det har blitt foreslått å fjerne diagnosen og i stedet benytte den generelle diagnosen autismespekterforstyrrelse, der en heller skiller mellom ulike grader av lidelsen. I den femte utgaven av det amerikanske diagnosesystemet (DSM-5) fra mai 2013, ble diagnosen fjernet til fordel for autismespekterforstyrrelser på en alvorlighetsskala. Endringen var kontroversiell og det har vært argumentert for at det i stedet er de diagnostiske kriteriene for syndromet som bør endres. Asperger syndrom er foreløpig fortsatt med i Verdens helseorganisasjons International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD-10) fra 1994.