Forsvarsdepartementet er databehandlingsansvarlig, og Forsvarets sanitet er databehandler. Forsvarets helseregister er organisert som en seksjon under Kontor for Militærmedisinsk Epidemiologi, som igjen er underlagt Medisinsk avdeling i Forsvarets sanitet. Sjefen for Forsvarets sanitet er direkte underlagt Forsvarssjefen.