Fra september 2006 gikk Koole tilbake til sin fulltidsstilling ved Universitetet i Leiden. 1. november 2006 ble han oppnevnt til leder for seksjonen for statsvitenskap, og 8. desember samme år tiltrådte han som professor i statsvitenskap med fokus på nederlandsk politikk og dens utvikling (ned.: ). Inaugurasjonstalen, som han holdt da han aksepterte oppnevnelsen, handlet om politikk og mot-politikk i det nederlandske demokratiet (ned.: .).