Høytliggende skyer er observert å kaste skygger på det ugjennomsiktige skydekket nedenfor. Det er også høytliggende striper av skyer som brytes rundt planeten ved konstante breddegrader. Disse stripene har bredder på 50 km og ligger 50–110 km over skydekket. På grunn av den store avstanden fra solen og at planeten bare mottar litt over en promille av sollyset vi mottar på jorden, er Neptuns ytre atmosfære et av de kaldeste stedene i solsystemet. Temperaturen i skytoppene ligger på rundt −218 °C (55 K).