Flaggets formelle historie som Japans handelsflagg starter først i 1854. Økende kontakt med omverdenen medførte behov for å identifisere japanske skip. I 1854 åpnet Japan for handel med vesten og kort etter ble flagget med solskiven gjort til offisielt handelsflagg. I 1870 ble flagget formelt lovfestet som handelsflagg og orlogsflagg, og flaggets proporsjoner og oppbygging ble spesifisert, men fortsatt var det ikke beskrevet som nasjonalflagg rettslig sett. Flagget utviklet seg gjennom bruk til å bli nasjonalflagg. Først 13. august 1999, etter mange stridigheter knyttet til flaggets tilknytning til japansk nasjonalisme, ble lovgivning vedtatt som nedfeller som Japans nasjonalflagg. Flagget er i forholdet 2:3. Den røde skiven er plassert ørlite til venstre for midten av flagget.