Frans Xavier viet det meste av sitt prestelige liv til misjonene. Ettersom kong João III av Portugal (1521–57) ønsket seg jesuittmisjonærer i portugisisk Ostindia, ble Xavier beordret dit i 1540 av pave Paul III, som utnevnte ham til apostolisk nuntius i Østen. Han forlot Roma den 16. mars 1540 og kom til Lisboa i slutten av juni. Der rakk han å knytte et vennskap med kong João som skulle bestå helt til hans død.