Formålet med vernet er å «bevare et vakkert naturområde med kulturlandskap som er typisk for de ytre kyststrøkene i Troms med et upåvirket vassdrag, vitenskapelig interessante geologiske forekomster og et karakteristisk og til dels rikt plante- og dyreliv.» Verneområdet omfatter Skipsfjorden innenfor en linje mellom Skotallneset og Kvalkjeften, samt Skipsfjorddalen og den delen av fjellene på Vanna som har avrenning til Skipsfjord.