En av Fitrats hovedoppgaver som sentralbanksjef har vært å kjempe mot korrupsjon i landet. Bl.a. ble Kabul Bank etterforsket for mulig korrupsjon og vanstyre, i en sak som kastet mistanker mot afghanske ministre, visepresidenten og slektninger av president Hamid Karzai. På grunn av frykt for egen sikkerhet rømte han til USA i slutten av juni 2011.