Tyske og italienske styrker svarte på geriljamotstanden med å henrette sivile, ofte ved offentlig henging og ved å gi frie hender til regjeringen i den uavhengige staten Kroatia. Dette førte til store sivile tap i Jugoslavia. Offisielle tall fra Jugoslavia hevder at anslagsvis 1,7 millioner mennesker ble drept; om lag 10 prosent av den jugoslaviske befolkningen. Størst var tapene blant serbere i Bosnia og Kroatia og blant minoriteter som jøder og sigøynere. Vladimir Žerjavić og Bogoljub Kočović presenterer 1 027 000 mennesker og det er dette anslaget som er akseptert av FN.