Caesars utvikling fra å være en vanlig ape til å få menneskelig intelligens ble fulgt i . Nå er han leder for en voksende nasjon av genetisk utviklede aper som blir truet av en gruppe mennesker som har overlevd et virus som herjet verden et tiår før. Fred oppstår, men den viser seg å bli kortvarig når menneskene gjerne vil gjeninnta rollen som den regjerende arten på jordkloden.