Etter en tur til Albert-Ludwigs-Universität Freiburg i 1905-7, ble Eigenmann i 1908 dekan for Indianas forskerskole. Samme år fikk han støtte fra Carnegie Museums of Pittsburgh for en tur til Sør-Amerika, og i september 1908 tok ekspedisjonen fatt. De kom tilbake med 25 000 spesimener, som førte til at 128 nye arter og 28 nye slekter ble beskrevet. Sener turer gikk til Colombia (1912) og Andes (1918). Rosa fortsatte å samarbeide med ham gjennom disse årene, men i mindre grad. Av deres fem barn var en datter funksjonshemmet, og Rosa tok mesteparten av arbeidet som dette medførte.