Kaptein Hook og piratene hans sporer opp Shrek og vennene hans til Merlins øy, hvor piratene forsøker å ta Shrek til fange. Shrek beseirer skurkene, og Hook nevner Charming og overtakelsen av Far Far Away. Shrek oppfordrer Arthur til å returnere til Worcestershire-akademiet hans. I stedet går Arthur i lære hos Merlin og lærer hvordan han kan bruke magi for å transportere dem raskt til Far Far Away. Men i denne prosessen bytter Esel og Pus kropp ved ett uhell. I Far Far Away oppdager Pinocchio at prins Charming planlegger å drepe Shrek. Charmings menn dukker opp, men Arthur lurer dem. De bryter seg inn i det kongelige slottet, men de blir snart oppdaget i Charmings garderobe.