På sovjetisk område inkludert Baltikum ble jødene hovedsakelig skutt og dumpet i massegraver. Etter invasjonen ble Himmlers SS-brigader satt inn for å «passivisere» de erobrede områdene noe som hovedsakelig innebar å drepe jødene. SS-brigade nummer 1 var motorisert og en av de mest effektive, den besto av 7000 mann inkludert støtteenheter. SS-dødsskvadroner (såkalte ) beveget seg bak Wehrmacht og hadde en sentral rolle i utryddelsen av jøder og andre «uønskede elementer». Norske frontkjempere i SS «Wiking» deltok trolig i massakrer blant annet i Ukraina og Russland. Massakrene foregikk til dels med bistand fra lokale kollaboratører, og det forekom også massakrer i gatene der jødene ble slått i hjel i med stokker. De ble oftest drept nær hjemstedet. I Litauen ble de fleste av landets jøder drept i løpet av sommeren og høsten 1941. Himmler var selv til stede ved en massehenrettelse ved skyting utført av Einsatzgruppen sommeren 1941. Tyske ledere ønsket å involvere lokale i masseskytingene dels for å lette arbeidsbyrden for tysk mannskap og dels for å gjør lokalbefolkningen medansvarlige. Walter Stahlecker i Einsatzgruppe A ønsket «å etablere som et utvilsomt faktum at den frigjorte befolkningen hadde tatt i bruk de mest alvorlige tiltak mot den bolsjevikiske og jødiske fienden på eget initiativ og uten instrukser fra tyske myndigheter». De fleste baltere og ukrainere var ikke involvert i massakrene, men var likegyldige eller passive til drapene på sine landsmenn. Vincentas Brizgys, katolsk hjelpebiskop i Kaunas, forbød prestene å hjelpene jøder.