Arbeidet med kompilatoren startet i 1992, da United States Air Force inngikk en kontrakt med New York University om å bygge en utgave av Ada med åpen kildekode, som skulle være til hjelp i oppbyggingen av den kommende Ada 95-standarden. Kontrakten krevde at Ada-kompilatoren skulle tilhøre Free Software Foundation og distribueres under GNU General Public License. GNAT ble offisielt anerkjent i 1995.