Mario, Peach og Toad blir tatt i bakhold av Bowsers hær i nærheten av Rainbow Road. Når en Koopa-general med blått skall ødelegger en del av veien i et kamikaze-angrep, kommer Peach og Toad seg tilbake til Mushroom Kingdom, og oppfordrer de andre innbyggerne til å evakuere. Bowser kommer dit om bord på sitt flygende slott og frir til Peach, som motvillig godtar etter at Bowsers rådgiver Kamek truer Toad. Mario og Donkey Kong, etter å ha blitt spist av en ål-lignende Maw-Ray, får vite at de begge ønsker respekt fra fedrene deres. De slipper unna Maw-Ray ved å kjøre en rakett, før de skynder seg til bryllupet mellom Bowser og Peach. Ved bryllupsseremonien har Bowser til hensikt å henrette alle fangene sine i lava, til Peachs ære. Men Peach får tak i en is-blomst, som hun bruker til å fryse Bowser. Mario og Donkey Kong ankommer og frigjør fangene, samtidig som Mario redder Luigi. Men Bowser frigjør seg selv, og tilkaller en Bomber-Bill for å ødelegge hele Mushroom Kingdom.