I motsetning til mange nasjonalsosialistiske konsentrasjons- og tilintetgjørelsesleirer var ikke Majdanek gjemt unna i en fjern skog eller skjult av naturlige barrierer. Den var heller ikke omgitt av noen «sikkerhetssone». Leiren ble etablert i oktober 1941 under ledelse av Odilo Globocnik etter Heinrich Himmlers ordre, etter at Himmler besøkte Lublin juli 1941. Majdanek var en SS-kontrollert krigsfangeleir under kommando av Karl Otto Koch. Den ble offisielt forandret til konsentrasjonsleir i februar 1943. På grunn av Himmlers planer for Lublin ble Majdanek i stor grad styrt av SS- og politisjefen (Globocnik) og mer involvert i SS' aktiviteter enn andre leirer. Orpo og Sipo administrerte hver sine spesielle deler av leiren. Himmler planla germanisering av området og Globocnik internerte fordrevne etnisk polske familier i Majdanek for senere overføring til tvangsarbeid i Tyskland. I forbindelse med Aksjon Reinhardt brukte Globocnik leiren til holde jøder til tvangsarbeid inntil de ble utryddet. Majdaneks gasskamre ble brukt til å avlaste avlivingsanleggene i Sobibor, Belzec og Treblinka. Da de første sovjetiske krigsfangene ankom hadde leiren bare fire brakker og mangelen på innkvartering gjorde at fangene søkte ly i huler i bakken.