Fra 1984 var ledet han et forskerteam som utviklet en vaksine mot laksesykdommen kaldtvannsvibriose (da kalt «Hitra-syken») som forårsaket så omfattende fiskedød at store deler av oppdrettsnæringen var lite lønnsom. Jørgensens forskergruppe utviklet en effektiv vaksine for sykdommen i 1987. To år etter hadde de også utviklet en vaksine for fiskesykdommen furunkulose. Dette var medvirkende til at antibiotikaforbruket i norsk oppdrettsnæring falt fra 40 tonn/år til svært små kvanta siden midten av 1990-tallet. Fremdeles vaksineres all laks mot de tre bakteriesykdommene Jørgensen og kollegene fant vaksinen mot.