Høsten 1965 fungerte Guevara som rådgiver i Kongo-Kinshasa for geriljalederen Laurent-Désiré Kabila, som hjalp tilhengerne av Lumumba i et opprør mot kuppmakerne Mobutu Sese-Seko og Joseph Kasavubu, som hadde stått sentralt bak mordet på Lumumba. I sin dagbok fra Kongo gir Guevara uttrykk for liten tillit til Kabilas evner som geriljaleder og en verdig arvtaker etter Lumumba. «Ingenting får meg til å tro at han er den rette mannen», skrev Guevara.