Baja California Sur består for det meste av ørken og fjell. I nord ligger Desierto Central (sentralørkenen), og her finnes El Vizcaíno, et naturreservat som står på UNESCOs liste over verdensarven. Ved Loreto finnes det en del jordbruksområder, og ellers drives det jordbruk i oaser rundt på halvøya. Lengst i sør ligger Cabo San Lucas, som er sørspissen av halvøya.