Yegros og Pedro Juan Caballero var de viktigste militære offiserene i 1811-revolusjonen i Paraguay, hvor landet 14. mai 1811 ble erklært uavhengig. Etter uavhengigheten ble Yegros sammen med José Gaspar Rodríguez de Francia utnevnt til , etter modell av den franske revolusjon. Han grunnla deretter det første militærakademiet i et uavhengig Paraguay.