De 29 elitesoldatene stormet lufthavnsbygningen idet de ankom, og gislene ble kommandert ned på gulvet på hebraisk. Etter et kort skuddveksling lyktes det elitesoldatene å drepe samtlige syv terrorister. Gislene ble transportert tilbake til flyet, men her begynte ugandiske soldater å åpne ild, og de drepte to gisler. Elitesoldatene besvarte ilden og vant over de ugandiske soldatene uten egne tap.