Prusik var en villig støttespiller av den nasjonalsosialistiske som ble ledet av Arthur Seyss-Inquart (som senere ble dømt som krigsforbryter), og drev kurs for klatreinstruktører fram til 1940. I 1941, 45 år gammel, ble han innkalt som løytnant i den tyske Wehrmacht og forfremmet til Hauptmann (kaptein) i 1942. Han ble tildelt Kriegsverdienstkreuz av 2. klasse – en utmerkelse som ble gitt for innsats bak fronten. I 1947 vendte Karl Prusik tilbake fra krigsfangenskap og ble på ny første visepresident i den østerrikske alpeklubben.