Tesene konsentrerte seg om misbruket og gikk i begrenset grad inn på dypereliggende teologiske spørsmål. Men da de 95 tesene ble kjent i hele Tyskland, ble det etterhvert klart at en konsekvent refleksjon over Luthers teser også reiste spørsmål ved avlatsteologien, pavens myndighet og kirkens sakramentalteologi i det hele tatt. Etterhvert som mer fundamentale spørsmål trengte seg på, utviklet det seg en reformasjon som skulle gå i tre hovedretninger – mot det som senere ble kjent som luthersk, reformert og anabaptistisk protestantisme.