Hans autoritære ledelsesstil og avsettelsen av lederen av et ungdomssentrum i Innsbruck utløste kritikk av hans embedsførsel hos deler av den tirolske katolske befolkning. Man kritiserte også at han ikke ville åpne de kirkelige arkiver for forskning om perioden 1938 og 1945, og hans manglende støtte til de innledende skritt for en eventuell saligkåring av prester og ordensfolk i hans bispedømme som ble henrettet av nasjonalsosialistene. Hva gjaldt den antisemittiske Anderl-von-Rinn-kulten strøk biskop Rusch i 1954 Anderl-liturgien fra bispedømmekalenderen, men bestred i 1971 at den grunnleggende legenden dermed var å betrakte som motbevist. Etter hans død ble en slik historisk undersøkelse gjennomført, og legenden (jødisk ritualmord) ble funnet å være helt uten hold.