Den nyinnsatte paven kronet Otto III til keiser den 21. mai 996, i Peterskirken i Roma. Keiseren og paven deretter holdt en synode på Petersplassen 25. mai for å tjene som imperiets høyeste rettslige domstol. De romerske adelsmennene som hadde gjort opprør mot pave Johannes XV ble innkalt for synoden for å redegjøre for sine handlinger. En rekke av opprørerne, inkludert Crescentius II, ble forvist for sine forbrytelser. Pave Gregor V derimot, ønsket å innlede sin pavelige gjerning med å be om benådning fra keiseren for de dømte. Dette ble innvilget av keiseren. Crescentius II ble benådet av Otto III, han ble fratatt tittelen , men fikk lov til å leve som pensjonist i Roma.