I mai 1850 kastet han seg ut fra soveromsvinduet og ble alvorlig skadet, men kom fra det med livet i behold. Han tilbrakte deretter tre år på mentalsykehus. Etter at han kom tilbake til Heibronn i 1853 utførte han ikke noe særlig mer vitenskapelig arbeid, men fortsatte til en viss grad å arbeide som lege. Hans vitenskapelige arbeider begynte imidlertid å oppnå en viss grad av anerkjennelsen på denne tiden. Hans følelse av å ha blitt ignorert i lang tid, kjenner man blant annet fra korrespondanse med den engelske fysikeren John Tyndall (1820–1893). Tyndall hadde sett på hans arbeid i 1862, og ga en vurdering av hans funn i en forelesning i The Royal Institution of Great Britain i London. Senere møtte Mayer Tyndall i Zürich på et møte i , det sveitsiske naturforskerselskapet.