Sin fremgang under krigen utnyttet han til å utrydde protestantene og innskrenke stenderfriheten i arvelandene. Ferdinands planer om sammen med Albrecht von Wallensteins tropper å innskrenke keiserens innflytelse, irriterte imidlertid mange av de tyske fyrstene og Frankrike. Dette sammen med restitusjonsediktet fikk Sverige til å gå i krig mot keiseren. Freden i Praha i 1635 innebar i hovedsak at disse planer ble oppgitt grunnet den overmektige motstanden.