Vigerio studerte teologi i Savona. Han sluttet seg til fransiskanerkonventualene mens hans grandonkel Francesco della Rovere (den fremtidige pave Sixtus IV) var ordenens generalminister. I den forbindelse endret han sitt fornavn, som egentlig var Emmanuele, til Marco, til minne om sin onkel, Marco Vigerio, som var biskop av Noli.