Sykdommer i hjernen og sentralnervesystemet kan kartlegges godt med MR-teknikk siden MR-signaler gir bedre avbildning av bløtdeler enn røntgenbaserte teknikker. Multippel sklerose (MS) og skiveutglidning (prolaps) er typiske sykdommer som fremstilles svært godt ved en MR-undersøkelse. I tillegg brukes MR mye på barn da MR ikke benytter seg av røntgenstråler. På denne måten beskytter man organer som er strålefølsomme hos denne pasientgruppen. Siden et MR-opptak kan ta opp til flere minutter, er det viktig at pasienten kan ligge helt stille under opptaket. Små barn kan trenge narkose når det skal gjøres MR-undersøkelse.