Særlig betydning fikk hans arbeid med kristendommens fordring på absolutt sannhet, hans arbeid med relasjonen mellom historie og teologi, samt hans arbeid med relasjonen mellom staten og kirken. Flere av Troeltschs kriterier for vitenskapelighet i historiske studier anså man som selvfølgelige regler i størstedelen av 1900-tallet. Disse kriteriene, som skulle motvirke dogmatisme i historiske studier, har selv vist seg å være ideologisk motivert og ikke almengyldige. Mange forskere tok senere avstand fra Troeltschs «overdrevne» skepsis mot alle historiske kilder og hans antagelse om historiens karakter.