I resten av sitt liv kjempet hun, i skrift og tale, for kvinnesaken. Hun var tidlig ute med å se hvilke reformer som var nødvendige for at kvinner skulle kunne delta i yrkes- og samfunnslivet på lik linje med menn, slik som barnehager, daghjem og mulighet for deltidsarbeid. Den viktigste reformen hun foreslo var lønnsreformen, som ville innebære lik lønn for begge kjønn, og et eget forsørgertillegg etter antall barn, betalt av lønningsmassen. Hun fremmet sitt reformforslag gjennom sin mindretallsinnstilling som medlem av barnetrygdkomitéen (1934–1937). Etter vervet i barnetrygdkomitéen ble hun aldri siden oppnevnt i noen offentlig komité eller utvalg. I 1956 la hun frem et privat lovforslag som bygget på mindretallsinnstillingen sin fra 1937. Forslaget ble aldri behandlet i Stortinget. Politisk var Margarete Bonnevie forankret i Venstre. Hun startet sitt engasjement i Venstrekvinnelaget og var medstifter og medlem av interimstyret i landsforbundet Norges Venstrekvinnelag fra 1927. Hun var nestleder i Venstrekvinnelaget i Oslo og Aker fra 1934 og leder fra 1936. Fra 1934 var hun vararepresentant for partiet til Oslo bystyre. Bonnevie var engasjert i humanetikk, og uttalte at «jeg har prøvd å bygge mitt livssyn på rasjonell tenkning og på troen på en størst mulig utvikling av ekte menneskelige verdier». I 1956 var hun med på stiftelsen av Human-Etisk Forbund, og satt i styret frem til 1958. Etter at NKF overtok Landskvindestemmeretsforeningens medlemskap i International Alliance of Women (IAW) var Bonnevie medlem av IAWs internasjonale styre fra 1939 til 1949, da hun ble etterfulgt av Eva Kolstad.