Vi er på slutten av det 21. århundre. En gruppe arkeologer reiser gjennom universet i romskipet «Prometheus» for å finne tegn til liv i verdensrommet. Forskerne blir fanget på en planet full av intelligente romvesener, og mens de kjemper for å overleve blir det klart at rasen de møter ikke kun er til fare for dem selv, men for hele menneskeheten.