Territoriene er inndelt i ulike soner (A, B og C) der A-områdene styres av Den palestinske selvstyremyndigheten, med unntak av sikkerhet, vannressurser og grenser. I B-områdene har selvstyremyndigheten, med de samme unntakene som i A-områdene samt byggetillatelser, det sivile ansvaret mens Israel har det militære ansvaret. I C-området tar Israel seg av både sivil og militær administrasjon. Geografisk omfatter A-områdene palestinske bosetningsentra, B-områdene områder rundt og C-områdene resten av territoriene. I henhold til Sharm el-Sheikh-avtalen fra 1999 utgjorde A-områdene 17,2 % av de okkuperte områdene, B-områdene 23,8 % og C-områdene 59 %.