En annen grunn til WonderSwans suksess i Japan var at Bandai klarte å få til en avtale med Squaresoft som førte til at Square ga ut flere av -spillene eksklusivt til WonderSwan Color med oppdatert grafikk og andre endringer. På grunn av Game Boy Advances popularitet og at Squaresoft og Nintendo ble forsonet, tapte konsollen og oppfølgeren Swan Crystal raskt konkurransefordelen.