I løpet av sommeren 1937 fullførte Popov sin doktoravhandling, og bestemte seg for å feire ved å ta fatt på en tur til Paris. Før han kunne reise ble han arrestert av Gestapo som anklaget ham for å være kommunist. Artiklene hans hadde blitt lest av undercoveragenter på forhånd og hans bekjente avhørt. Popov ble fengslet i Freiburg uten formell saksbehandling. Da Jebsen fikk nyheten om hans venns arrestasjon informerte han Popovs far om hva som hadde skjedd. Popovs far kontaktet den jugoslaviske statsminister Milano Stojadinović som tok opp saken med Hermann Göring, og etter åtte dager i fangenskap ble Popov løslatt. Han ble beordret til å forlate Tyskland i løpet av 24 timer, og etter å ha hentet sine eiendeler, gikk han om bord i et tog til Sveits. Han kom snart til Basel og fant Jebsen som ventet på ham på stasjonsplattformen. Jebsen informert Popov om den rollen han hadde spilt for å sikre løslatelsen. Popov uttrykte takknemlighet og fortalte Jebsen at hvis han noen gang var i behov for hjelp, skulle han bare spørre.