Partiet ble imidlertid snart sprengt på grunn av strid om lærespørsmål og kulturell identifikasjon. Kuyper brøt i 1886 med den liberale reformerte kirke og grunnla en mer konservativt ortodoks reformert kirke. Dette var et ledd i hans tanker om å bygge opp et separat kulturelt fellesskap uten bånd til staten. Denne profilen utløste flere motbevegelser, – sterke grupper av ortodokse kalvinister ønsket å forlate moderkirken, men ville i stedet prøve å reformere den innenfra. Denne uenigheten førte til at den siste gruppen brøt ut av ARP og dannet sitt eget politiske parti, Christelijk-Historische Unie (CHU).