Alaska Airlines har fått gode karakterer fra tidsskrifter som Travel+Leisure og Condé Nast Traveler på grunn av gode tjenester. 31. januar 2000 fikk imidlertid selskapets renommé en knekk da et MD-80 fly som fløy Alaska Airlines rute 261 på vei fra Puerto Vallarta til San Francisco styrtet i havet nær Los Angeles med tap av 88 menneskeliv. Årsaken var sviktende vedlikeholdsrutiner av en justeringsskrue som førte til en fatal feil i stabilisatoren i halepartiet. Ulykken førte til en kraftig skjerping av vedlikeholdet av flyene.