Don Juan lokaliserte den osmanske flåten ved Lepanto etter tre ukers rekognosering, og flyttet fellesflåten til farvannet mellom øyene Ithaka og Kefalonia i De joniske øyer fra Korfu i de første dagene i oktober. Hensikten med manøvreringen var å flytte sine flåtestyrker langs den joniske kysten forbi Scropha ut på åpen hav i Patrasbukten for å kunne danne en slaglinje delt i fire formasjoner, venstre fløy mot landssiden, senteret med flaggskipet «Real» og høyre fløy ute i det frie samt reserven. Don Juan forsto viktigheten av disiplin og samhold i møte med fienden med nærmest fastspikrede formasjoner, i møte med tyrkernes lette krigsskip med stor manøvreringsevne beregnet på (møljeslagsmål). Ali pasja på sin side hadde forstått at han kunne ikke vinne mot fellesflåtens bedre ildkraft og dermed måtte satset alt i frontale angrep i håpet på at hans fløyer under ledelse av erfarne befalshavende som Uluj Ali skulle vinne og rulle opp de kristnes flanker.