Kong Magnus' lik ble fraktet hjem til Norge og ble gravlagt i Nidaros. Snorre skriver at kong Magnus i likhet med sin far ble gravlagt i Klemenskirken. Graven befinner seg i dag i Nidaros domkirke, og selv om den ikke er markert, er graven den eneste norske kongegraven fra middelalderen som fortsatt er helt intakt. Den ble i 2014 trolig påvist av NTNU Vitenskapsmuseet med en georadar.