Helt siden Jens Stoltenbergs andre regjering ble innsatt i oktober 2005, hadde LO flere ganger rettet kritikk offentlig mot regjeringen. Ved regjeringens første budsjett gikk de hardt ut mot regjeringens skatteprofil, deretter tvang LO regjeringen til retrett i utnevnelsen av Johan Fredrik Odfjell som ny styreleder i Statoil våren 2006. Det hele ble toppet med sykelønnsbråket sommeren og høsten 2006, da LO allierte seg med Næringslivets Hovedorganisasjon (NHO) og presset regjeringen vekk fra forslaget om at arbeidsgiverne skal betale mer av sykefraværet, og staten mindre. Flere sentrale Ap-politikere skal ha «fått Valla helt i vrangstrupen», og noen mener kontroversen rundt Vallas lederstil handler om en intern maktkamp i Ap for å bli kvitt Valla som LO-leder.