Gavdos hadde kanskje så mange som 8 000 innbyggere i bysantinsk tid i tidlig middelalder rundt 900 e.Kr. I tiden etter kom nedgangstiden. Øya ble utsatt for muslimske pirater som angrep og tok kontroll over øya. Øyboerne ble fanget inn, fraktet bort og solgt til slaveri. En referanse til araberne er navnet på stranden Sarakiniko («av sarasenere»). I den andre bysantinske periode var det få grunner til å bosette seg på øya. Sjørutene var utrygge og trusselen fra arabiske pirater stor. Under det osmansk styret av Kreta, som varte fra 1665 og fram til 1895, var øya kjent som Gondzo. De nye herskerne viste lite interesse for øya og det var liten eller ingen bosetning. I 1880 ble Gavdos bosatt på nytt. En fyrtårn ble bygget og en undersøkelse viser at øya hadde 418 innbyggere.