Sent på 900-tallet begynte bysantinerne, under keiser Nikeforos II, å utnytte forvirringen og ustabiliteten mot slutten av abbaside-tiden, og erobret deler av det islamske området. I 970 falt Latakia, men i 980 tok fatimidene tilbake byen og den bysantinske guvernøren Karmaruk ble senere halshugget i Kairo. Til slutt, sent i hundreåret, falt den til tyrkerne som var ledet av Banu Munqidh av Shaizar. Han avsto byen til seldsjukker-sultan Malik Shah I i 1086. Mange av de flotte, offentlige byggverkene i Latakia var alt i ruiner på den tiden.