Kretschmer ble frigitt av de allierte i 1947, i 1955 gikk han inn i Vest-Tysklands nyopprettede marine, Deutsche Marine, hvor han steg i gradene og til sist ble stabssjef ved NATOs kommando COMNAVBALTAP i Kiel. Otto Kretschmer gikk av med pensjon i 1970 med graden kontreadmiral.