Han var sønn av Sofus Vilhelm Jesper Seip (1825–1860) og Oline f. Zeier (1845–1913). Han hadde én søster, Fredrikke Reinholdine Margrethe Seip (1856–1882). Ettersom faren døde da Martin Seip var bare ett år gammel, vokste han opp på gården til sin mors foreldre, dit moren flyttet med de to små barna da hun ble enke. Morfaren Andreas Zeier (1799–1869) hadde sittet på Stortinget som representant fra Buskerud amt, og var sorenskriver i Søndre Gudbrandsdalen samt byfogd og magistrat på Lillehammer fra 1850 frem til sin død.