Molyneux ble født i Irland og flyttet til Canada da han var 12 år gammel. Han begynte på Glendon College i York University, hvor han var medlem av Theatre Glendon og Debating Society. Molyneux ble oppdradd i en protestantisk kristen tradisjon, men beskriver seg selv som ateist. Han mottok en B.A. i historie fra McGill University i 1991 og en M.A. i historie fra University of Toronto i 1993.