Vikna er en del av den kaledonske fjellkjedefoldingen, som gir en karakteristisk strøkretning sørvest–nordøst. Berggrunnen er mest granodiorittiske og amfibolittiske gneiser. Gneisene tilhører et større grunnfjellsområde, det sørvestnorske gneisområdet, som strekker seg fra Vikna til Bergen. Havbunnen som er undersøkt vest for Vikna, viser at finkornede sedimenter av sandholdig slam, samt grus- og slamholdig sand, finnes oftest i de dypeste områdene. Inn mot kysten blir sedimentene mer grovkornede med store områder med sand, grus, stein eller bart fjell i den undersjøiske delen av skjærgården. I Viknas skjærgård, som ved Borgan, finnes noen av Trøndelags mest typiske eksempler på strandflatelandskap.