AXAF ble endelig døpt til Chandra i 1998, og ble skutt opp i 1999 av romfergen Columbia på ferden STS-93. Med en vekt på 22.753 kg var dette det tyngte lasten en romferge noen sinne hadde medbrakt. Dette var en konsekvens at de to-stegs rakettene som måtte til å for å bringe Chandra opp til sin bane.