Som følge av prosessindustrien i Odda, og spesielt utslipp fra Boliden Odda AS, har Sørfjorden tidligere blitt regnet som en av verdens mest forurensede fjorder. På begynnelsen av 1990 tallet ble en rekke tiltak gjort, og vannkvaliteten i fjorden har gradvis fått en bedret vannkvalitet. Det er likevel fortsatt gjeldende kostholdsråd for fjorden.