Derfor fortsatte han bo i Las Águilas, Mexico by, frem til han døde i en alder av 84 år i 1997. Selv om han hadde enkelte venner blant kjente meksikanske komponister, ble han i stor grad ignorert av de fleste meksikanske musikere. Det var i Mexico at Nancarrow gjorde det musikalske arbeidet som han er mest kjent for den dag i dag. Han hadde allerede skrevet en del musikk mens han bodde i USA, men disse er ikke fullt så kjente.