Størst makt i riket fikk imidlertid Sultan Husayn Bayqara. Etter Abu Sa'ids død marsjerte han igjen mot Herat som han beleiret og endelig tok kontroll over 24. mars 1469. Han fikk dermed makten over hele Khorasan-provinsen. Abu Sa'ids sønner prøvde å gå imot ham, men ga opp forsøket da de så at Husayn hadde full kontroll i provinsen, og at også de overlevende troppene fra Abu Sa'ids hær hadde sluttet seg til ham.