Hovedpersonen heter Rex, og hans Titan som heter Aegis. Aegis har to personligheter, Pyra og Mythra, som deler samvittighet, men har forskjellige evner. Som foreldreløs vokste Rex opp i landsbyen Fonsett i Leftherian Archipelago. Rex slår seg sammen med en gruppe kalt Torna, som ønsker ødelegge Aegis. De forsøker å finne veien til World Tree, et legendarisk paradis. Andre viktige figurer inkluderer også Malos, en annen Aegis og spillets viktigste antagonist.