De første massakrene i Litauen ble til dels motivert av ideologisk antisemittisme, dels var det personlig der noen gjerningsmenn hevnet seg på kjente – de første massakrene omfattet derfor en del ikke-jødiske personer. Drapene var dels også motivert av grådighet av folk som var ute etter jødenes eiendom. I det nordlige Litauen ble flere hundre kommunister, noen etniske russere og mange etniske litauere, henrettet i tiden juli–september 1941. Volden etniske litauere i mellom ble etter hvert så omfattende at det gikk ut instruks om at ingen skulle skytes uten skikkelig etterforskning.