Pasientbehandling, opplæring, forskning og diagnostisk utredning foregår i ni klinikker med tilhørende stab og flere driftssentre. UNN har sin virksomhet spredd på ulike steder med sykehus i Tromsø, Harstad, Narvik og Longyearbyen. Foretaket har psykiatriske klinikker i Tromsø, med integrert rusbehandling og flere distriktspsykiatriske sentre i Ofoten, Sør-Troms, Midt-Troms og Tromsø.