Bærøe var medlem av Sem herredsstyre og formannskap 1913–1916 samt medlem av Romedal herredsstyre 1919–1928 (formannskapet 1925–1928). Han var statsråd i Landbruksdepartementet i Ivar Lykkes regjering fra 5. mars 1926 til 27. januar 1928, og fungerte samtidig som statsråd i Kirke- og undervisningsdepartementet fra 25. desember 1927. Han var innvalgt på Stortinget fra Hedmark 1928–1930 og fra Akershus 1934–1945. På Stortinget var han medlem av Stortingets landbrukskomité 1928–1930 samt medlem av Stortingets finans- og tollkomité 1934–1936 og 1937–1943. Da Stortinget ble samlet igjen etter den andre verdenskrigs slutt i 1945, møtte Holger Kofoed i den avdøde Bærøes sted.