I 1810 ble Canal du Midi lagt om og endelig fløt den gjennom sentrum av den nedre bydelen. Gjennom første halvdel av 1800-tallet gikk det bedre for tekstilindustrien igjen, men den nådde ikke det høye nivået den hadde før 1780-tallet. Ville Basse utviklet seg videre, mens Cité sank sakte ned i vanstell, med en fattig og arbeidsløs befolkning og forfall av den gamle festningen. Forfallet var så stort at den franske regjeringen besluttet at alt skulle rives i 1849. Denne beslutningen satte i gang en reaksjon som reddet Cité fra total utslettelse. Byen ble klassifisert som et historisk monument, og et omfattende restaureringsarbeid ble påbegynt, ledet av arkitekten Eugene Viollet-le-Duc.