Lee ville effektivisere forvaltningen og utøve sterkere offentlig kontroll over jernbanen, som hadde avgjørende betydning for leveranser til landbruket i delstaten. Disse initiativene mislyktes, men Lee ble gjenvalgt i 1898 som kandidat for Samlingspartiet, en kortvarig allianse av demokrater, populister og republikanere som støttet fri sølvutmynting. Han var en pådriver bak at Sør-Dakota ble den første delstaten som åpnet for borgerinitiativ. Han søkte ikke gjenvalg i 1900.