Samtidig var ekteskapet mellom prinsesse Marias foreldre i krise. Dronning Katarina hadde ikke skaffet Henrik den arvingen han ønsket, og i frustrasjon over en manglende sønn og mannlig tronarving ønsket kongen å få ekteskapet annullert. I 1533 giftet Henrik seg i hemmelighet med Anne Boleyn. Snart etter ble ekteskapet med Katarina erklært ugyldig, og Anne Boleyn ble offisielt godkjent som dronning av Thomas Cranmer, erkebiskop av Canterbury. Siden pave Klemens VII tidligere hadde nektet ham å annullere ekteskapet med Katarina, brøt Henrik med Den katolske kirke og gjorde seg selv til overhode over Den engelske kirke. Formelt begrunnet kongen ekteskapsoppløsningen med at Katarina først hadde vært gift med hans bror. Broren var imidlertid død i ung alder, og visstnok uten at ekteskapet var blitt fullbyrdet.