Døden overrasket ham innen han fikk sitt verk om Luther gjort ferdig. Annen utgave av det ble avsluttet av A.M. Weiss, som også tilføyde et nytt bind «Lutherpsychologie» (1906). Denifle grunnla i 1885 sammen med Franz Ehrle «Archiv für Litteratur- und Kirchengeschichte des Mittelalters», og sammen med Émile Chatelain utgav han (Paris 1889-97) og (Paris 1894-97).