Erklæringen angikk kun slaver i stater som var i opprør i 1863 og ikke de rundt 500 000 slavene i slaveholdende nordstater, som i stedet ble frigjort gjennom lovgivning. Tennessee var allerede i stor grad under kontroll av Unionen, og ble derfor unntatt. I Virginia ble de 48 fylkene som var i ferd med å danne den nye staten Vest-Virginia unntatt, samt syv fylker og to byer som var kontrollert av Unionen. Det var også unntak for New Orleans og 13 fylker i Louisiana, som var kontrollert av Unionen. Disse unntakene innebar unntak for 300 000 slaver.