I 1536 ble han valgt til katolsk biskop, men så kom reformasjonen på det samme tidspunktet. Siden Gjeble Pederssøn lot seg overtale av Christian III’s religion, ble han den første evangelisk-lutherske superintendent (biskop) i Bergen, ordinert 2. september 1537 av Johannes Bugenhagen i Vår Frue Kirke i København.