De fuglearter som vanligvis hekker på Mälarens skjær, er også de som er vanligst i Østersjøen. De ti mest tallrike artene var i 2005 makrellterne, gråmåke, hettemåke, fiskemåke, stokkand, toppand, kanadagås, kvinand, sildemåke og strandsnipe. I og rundt Mälaren hekker det også fugler som er mindre vanlige, som havørn, grågås, hvitkinngås, storlom, siland og snadderand, hvorav enkelte er sterkt truet i Mälaren. Siden 1994 har det også hekket storskarv ved innsjøen. En av Mälarens mest karaketristiske arter er fiskeørn, som har et av sine sterkest befestede tilholdssteder i verden akkurat her. Det hekker fiskeørn stort sett over hele innsjøen.