Da Martin Heidegger i 1933 innførte et nasjonalsosialistisk styre ved universitetet i Freiburg, og jødeutrenskningene begynte, tok Eucken åpent avstand fra dette. NS-studenter i Freiburg fremsatte krav om at Eucken og hans venner skulle drepes. Også Euckens hustru og hennes jødiske familie var truet.