Tårnet var neppe fullført ved den neste bybrannen i 1681. Da ble gatenettet helt omregulert etter en barokk byplan utarbeidet av generalmajor Johan Caspar von Cicignon. Den nye hovedgaten Kongens gate ble trukket rett over kirkegården, tett inntil nordveggen av kirken. Følgelig måtte planene om en korskirke oppgis, og man valgte heller å rive vestveggen og den nye tårnfoten og utvide kirken 15 meter mot vest. Det nye skipet sto ferdig i 1686, med et monumentalt rundvindu over vestportalen og et kongemonogram med årstall i gavlen.