Vinteren 1497 fikk han en alvorlig sykdom som han aldri helt kom seg fra. Han hadde aldri hatt drømmer tidligere, men etterpå ble han plaget av drømmer, hodepine, kolikk og «omfattende søvnighet» (han var alltid vanskelig å vekke når han først sov). I 1499 flyttet han til Collège de Navarre ved Universitetet i Paris og i 1501 mottok han sin bachelorgrad i teologi og i 1505 ble hans skrifter om logikk samlet og utgitt for første gang. I 1506 fikk han den formelle tillatelse til å undervise i teologi ble belønnet med graden , en avansert akademisk grad i teologi, og ved Universitetet i Paris hadde han flere oppdrag.