Khorkina fortsatte å konkurrere, og siktet mot en plass i sitt tredje OL. Hun deltok i VM i 2001, og vant gull i mangekamp og hopp. Hun vant også sitt femte VM-gull på rad i skranke. Dette, sammen med to OL-gull i samme apparat, gjør henne til den mestvinnende turneren noensinne i ett apparat. Fra 1995 til 2001 vant hun alle gullmedaljene i VM og OL.