Ntamwana engasjerte seg i forsoningsarbeid og å lege sårene etter folkemordet i Burundi. Han grunnla organisasjonen «Vie Nouvelle pour la réconciliation», der prester og lekfolk viet seg til forsoningsarbeid i befolkningen og drev veldedige prosjekter for enker, foreldreløse og fanger. I februar 1995 forsøkte tutsi-aktivister som var motstandere av dialogen å myrde biskop Ntamwana, og senere mottok han ytterligere drapstrusler.