I 1993 kjøpte Lie fra forretningsmannen Hroar Hansen. Lie var samtidig ansvarlig redaktør frem til 2003. Avisens format ble endret fra tabloid format til fullformat, og avisens profil fikk et økt intellektuell preg. I 2003 ble Morgenbladet kjøpt av og Fritt Ord.