Den tidligste kjente menneskelige aktivitet på øya går tilbake til 9000 f.Kr. Arkeologiske levninger fra denne perioden omfatter blant annet den relativt godt bevarte neolittiske steinalderlandsbyen Khirokitia som UNESCO har erklært som en del av Verdensarven med status «forsterket beskyttelse» i tilfelle bevæpnet konflikt, sammen med de arkeologiske stedene Páfos og de malte kirkene i regionen Troodos. Kypros har også noen av de eldste brønnene i verden.