Nilsen var bosatt i Vierveien 12 i Hillevåg og var ugift. Han var den tredje av syv søsken, med foreldrene Klara og Julius Nilsen. Broren Johan var også aktiv motstandsmann og medlem av Norges Kommunistiske Parti (NKP). Før krigen var Magnus Nilsen medlem av Hillevåg Arbeiderungdomslag (AUL) og tjenestegjorde som kommunestyremedlem for Arbeiderpartiet i Hetland kommunestyre fra 1937.