Det er sparsomt med opplysninger om Mikael de neste tiårene. Sannsynligvis var han i Konstantinopel under tilsyn av sin onkel, keiser Andronikos II. Han var iallfall ikke sendt i kloster, for det er godtgjort at han giftet seg med datteren til aristokraten Konstantin Acropolites og fikk en sønn med henne, den senere Trapezunt-keiser Johannes III Megas Komnenos. Perioden 1321-1328 var preget av borgerkrig mellom Andronikos II og hans barnebarn Andronikos III Palaiologos. Det er ikke kjent hvilken side Mikael støttet i denne striden, om han i det hele tatt engasjerte seg. Etter hvert kom Alexios’ sønn Basileios Megas Komnenos (Mikaels nevø) og hans to sønner som flyktninger til Konstantinopel, men det er ikke kjent om Mikael hadde kontakt med dem eller hjalp dem på noe vis.