I statsråd 21. oktober 2005 ble Sandbakken utnevnt til statssekretær for kommunal- og regionalminister Åslaug Haga. Etter statsrådsskifter fortsatte han i 2007 i samme departement som statssekretær for Magnhild Meltveit Kleppa, og i 2009 som statssekretær for Liv Signe Navarsete. I januar 2013 ble det kunngjort at han skulle gå av som statssekretær fra 1. februar, og erstattes av Eli Blakstad.