Spilleren får rollen som en korallslange som heter Noodle, sammen med sin venn en fugl som heter Doodle. Doodle oppdager at en mystisk inntrenger stjeler Keystones, som tillater ferdsel mellom forskjellige områder. Doodle reiser derfor sammen med Noodle for å finne ut hvem den mystiske inntrengeren egentlig var, og få tilbake Keystones som ble stjålet. Spillet har 15 nivåer, fordelt på fire forskjellige verdener. Handlingen foregår hovedsakelig i en jungel kalt Haven Tor.