Han ble beryktet for sitt aggressive lederskap som brigadesjef under ledelse av Robert E. Lee i 1862, hvoretter han ble forfremmet til leder for sin egen divisjon. Han skal ha blitt stadig mer ineffektiv etter hvert som han ble forfremmet og ledet større selvstendige kommandoer sent i krigen, og hans karriere ble skjemmet på grunn av hans nederlag på slutten av borgerkrigen. Han ble hardt skadet i borgerkrigen og måtte amputere et bein. I 1868 giftet Hood seg med Anna Marie Hennen fra New Orleans, som han fikk 11 barn med, blant annet tre par tvillinger.