Den 8. september 2010 valgte domkapittelet i Basel bispedømme Gmür til deres foretrukne biskop etter at biskop Koch var blitt kalt til den romerske kurie. Pave Benedikt XVI bekreftet valget den 23. novembe. Han ble bispeviet 16. januar 2011 av forgjengeren biskop Kurt Koch som da også var blitt kardinal; medkonsekratorer var Norbert Brunner, biskop av Sitten, og Robert Zollitsch, erkebiskop av Freiburg im Breisgau.