Ekteparet ble separert i 1667. Ettersom utroskap medførte dødsstraff sto hun i gjeld til ektefellen og lovet å ikke bruke hans navn. I 1670 fikk de skilsmisse av kongen etter ektefellens initiativ. Marie Grubbe fikk beholde arven sin og også rett til å gifte seg på nytt. Tre år senere arrangerte faren et nytt ekteskap for henne; med godseieren Palle Dyre.