Under de islamske erobringene ble Etiopia isolert fra de andre kristne områdene. Likevel forble kristendommen statsreligion også når keiserriket Abyssinia fortrengte kongeriket Aksum. Keiserne ble alltid kronet av erkebiskopen. Kirken opplevde en blomstringstid fra 1000- til 1400-tallet. Det ble utviklet et rikholdig repertoar av kirkemusikk og mange teologiske og filosofiske skrifter ble oversatt til det etiopiske skriftspråket ge'ez. Berømt er også Etiopias mange «monolittkirker», kirker som er hugget ut av en enkelt steinblokk.