Ved skilsmissen i 1888 brøt han med kretsene i Paris, og begav seg til Capri. De følgende årene var tunge: dels led han av depresjon, dels hadde hans pasienter ikke penger til å betale for behandlingen. År 1890 flyttet han derfor sin praksis til Roma, ved Piazza di Spagna i det hus som senere ble John Keats-museet, og Munthe ble raskt en populær motelege fremfor alt i den engelske koloni i Roma. Praksisen i Roma opphørte imidlertid i 1901.