Mario reiser til den prestisjefylte tropiske øya Isle Delfino, for en velfortjent ferie med Prinsesse Peach, Toadsworth, og noen Toads i forskjellige farger. Etter ankomsten finner Mario ut at den en gang primitive øya har blitt vandalisert med graffiti og giftig søle. Som et resultat av denne forurensingen, har solformede «vesener» kalt Shine Sprites, øyas kraftkilde, oppløst og øya er dekket med uavbrutt skygge. Enda verre er at forbryteren som spredde graffitien er forkledd som Mario (han blir senere kalt «Shadow Mario»). Dermed blir Mario arrestert med en gang han forlater flyet. Shadow Mario blir identifisert som en blå, malingsaktig versjon av Mario med røde øyne og en diger malerkost han bruker til å male graffiti, inkludert hans doble bueliknende «M»-symbol med en vertikal tankestrek over hver pukkel av «M»-en. Mario finner ut etterhvert at Shadow Mario egentlig er Bowser jr.