Om bord på romskipet kan spilleren også administrere en rekke andre funksjoner på vegne av Tenno - inkludert å administrere arsenalet av utstyr, tilpasse «Warframe» og ulike våpen, få tak i nytt utstyr, eller få tilgang til en butikk i spillet. Alle oppdragene får en rangering som indikerer hvor vanskelig oppdraget var. Forskjellige oppdrag kan ha ulike formål. For eksempel å beseire et visst antall fiender, samle inn data fra terminaler uten å aktivere noen alarmer, redde kidnappede fanger, eller forsvare ulike punkter på kartet i fastsatte tidsperioder.