Etter at skilpaddene, April og Casey har blitt reddet fra ødeleggelsen av jordkloden, bruker Fugitoid et romskip kalt Ulixes til å reise seks måneder tilbake i tid. Deretter planlegger de å hindre Triceraton-imperiet ledet av keiser Zanmoran fra å samle igjen tre komponenter i «Heart of Darkness» som er spredt over hele universet.