Allen gikk på Villanova University der han ble lagt merke til som en svært lovende basketballspiller de fire årene han gikk der. Malik Allen startet ofte kampene til College-laget. Han spilte 125 kamper der han startet 95 av dem. Allen var en av kun to i College-lagets historie som hadde scoret 1000 eller fler poeng og tatt 500 eller fler returer. Han endte sin College-karriere med å ha scoret 1131 poeng og tatt 708 returer.