I tillegg til væskekromatografi og massespektrometriinnretninger inneholder et LC-MS-system et grensesnitt som effektivt overfører de separerte komponentene fra LC-kolonnen til MS-ionekilden. Grensesnittet er nødvendig fordi LC- og MS-enhetene i utgangspunktet er inkompatible. Mens den mobile fasen i et LC-system er en væske under trykk, opererer MS-analysatorene ofte under høyt vakuum (rundt 10−6 Torr). Det er således ikke mulig å pumpe direkte eluatet direkte fra LC-kolonnen. Generelt er grensesnittet en mekanisk enkel del av LC-MS-systemet som overfører maksimal mengde analytt, fjerner en betydelig del av den mobile fasen som brukes i LC og bevarer den kjemiske identiteten til kromatografiproduktene (kjemisk inert). Som et krav skal grensesnittet ikke forstyrre ioniseringseffektiviteten og vakuumforholdene til MS-systemet. I dag er de mest omfattende anvendte LC-MS-grensesnittene basert på strategier for atmosfærisk trykkionisering (API) som elektrosprayionisering ( ESI), kjemisk ionisering ved atmosfærisk trykk (APCI) og fotojonisering i atmosfæretrykk (APPI). Disse grensesnittene ble tilgjengelige på 1990-tallet etter en to tiårs lang forsknings- og utviklingsprosess.