Da han var tilbake i hjemlandet noen år senere, motsatte han seg at marxistiske filosofer skulle få innflytelse over forskningspolitikken. Han publiserte dessuten artikler der han ga uttrykk for sin skepsis mot marxismen og forholdet mellom vitenskap og filosofi. Til tross for at mange intellektuelle og vitenskapsfolk ble fengslet under utrenskningene som statslederen Josef Stalin (1878–1953) satte i verk, fikk Vernadskij være i fred. Han ble ansett som en viktig vitenskapsmann som ga nyttige bidrag til nasjonens utvikling.