Mens Tsvangirai var i ledelsen for ZCTU, beveget denne sammenslutningen seg bort fra ZANU-PF, og etter hvert som Tsvangirais makt og innflytelse økte, ble forholdet til Mugabe og hans regjering stadig dårligere. Tsvangirai overlevde tre attentater, blant annet da han i 1997 ble forsøkt kastet ut av vinduet på kontoret sitt i tiende etasje.