FFI har sine røtter i Forsvarets Overkommandos Tekniske Utvalg (FOTU) i London, som i 1944 foreslo at det skulle etableres et eget militært forskningsinstitutt underlagt Forsvarsdepartementet. Forslaget møtte motstand, men hadde en sterk tilhenger i Jens Chr. Hauge, og 11. april 1946 ga Stortinget tilslutning til opprettelse av Forsvarets forskningsinstitutt.