Etter grunnleggende utdanning i Bern og hos Michael Rubellus i Rottweil, studerte Glareanus i Wien og med Matthias Aquensis i Köln. I Köln 1512 ble han og samme år utnevnte keiser Maximilian I ham til etter at Glarean hadde skrevet et hyllingsdikt til keiseren. Glarean stilte seg på Johannes Reuchlins side i striden mot kölner-dominikanerne, og på grunn av vanskeligheten denne konflikten førte med seg, slo han seg i 1514 ned i Basel der han snart kom i kontakt med boktrykkerne Johann Froben og Heinrich Petri, den lærde humanisten Erasmus av Rotterdam og reformatoren Oswald Myconius. Aegidius Tschudi var hans elev og ble senere hans venn. Glareanus var motstander av reformasjonen, og da Basel ble en reformert by, slo han seg ned i Freiburg der han ble professor i poetikk ved byens universitet og underviste i poetikk, historie og geografi fram til han ble emeritert i 1560.