Boyce forble professor ved SOAS inntil hun gikk av i 1982, fortsatte som og som inntil hennes død i 2006. Mary Boyces forskning var høyt respektert og ga henne en internasjonal berømmelse og gjorde henne til medlem av flere akademiske samfunn og institusjoner. Hennes spesialitet forble religionene til talerne av øst-iranske språk, spesielt manikeisme og zoroastrisme.