B-36 var involvert i flere varierte aerodynamiske eksperimenter. Det mest kontroversielle prosjektet var varianten , som var ment som en testutgave utstyrt med en atomreaktor, og en forgjenger til Convair X-6-prosjektet. En fungerende atomreaktor ble plassert i det bakerste bomberommet, bak et fire tonns beskyttelsesskjold av bly. Mannskapet var innelukket i en kapsel bestående av 30 cm bly og gummi. Reaktoren var fungerende, men hadde ikke noen funksjon. Hensikten med prosjektet var å undersøke effekten av radioaktivitet på flyets interne systemer, og å bestemme om et atomdrevet fly var oppnåelig. Flyet hadde sin første flyvning i 1955 og ble skrapet i 1957 da programmet ble skrinlagt.