Sommeren 1728 ble det besluttet å flytte kolonien fra «Haabets Ø» til stedet Godthaab ligger i dag. Et stort våningshus av stein, som fremdeles står, ble bygget. Hans Egede flyttet inn i det nye huset 30. september. Han hadde fremdeles overoppsyn med handelen frem til 1729, da denne ledelsen ble flyttet til en kongelig komite i København. I 1730 måtte Egede igjen argumentere for foretagendets fremtid, da den nye kongen ville legge ned hele prosjektet. I 1734 fikk en kjøpmann i København, Jacob Severin, monopol på grønlandhandelen, men Egede fikk fremdeles økonomisk støtte fra handelskompaniet. Dette hadde han helt frem til han måtte forlate Grønland på grunn av dårlig helse i 1736.