Øyengruppen består av fire større øyer: Hovedøya San Juan, Orcas, Shaw og Lopez, foruten en rekke mindre, Stuart, Waldron, Blakey og Decatur, og i tillegg en del enda mindre, totalt sett 172 navngitt øyer og rev. De fire store øyene er tilgjengelig via en passasjerferge drevet av Washington State Ferries.