De reiser videre til Paris for å finne flere ledetråder om Bournes fortid. I Paris oppdager Bourne at angripernes leder kan være "Carlos" som blir beskrevet som en farlig terrorist, ansvarlig for mange drap i en rekke land. Bourne begynner å ta opp jakten på Carlos, samtidig som han forsøker å finne ut mer om hans egen fortid. I mellomtiden blir han og St. Jacques etter hvert forelsket. I Paris forsøker Bourne å overbevise en fransk general ved navn Villiers om å hjelpe ham. Bourne innser at kone til Villiers egentlig var en dobbeltagent for Carlos. Når generalen får vite om dette, dreper han sin kone. Men Bourne tar på seg skylden for dette, og lurer Carlos til å følge etter ham til USA.