I årene fra 1861 til 1865 foretok han lange reiser i Marokko og i det nordvestre Sahara. I egenskap av lege og angivelig muslim ble han som regel tatt vel i mot av den lokale befolkning, men ved én anledning ble han overfalt av sine følgesvenner, alvorlig såret og etterlatt alene i ørkenen. Han ble reddet av almoravider som kom forbi.