På tross av at Smith hevdet at han vil forbli lojal mot United, spekulerte mange i at han var på vei bort fra klubben. Han hadde problemer med å spille seg til fast plass på laget på grunn av den harde konkurransen med verdenstopper som Ruud van Nistelrooy og Wayne Rooney, og ble derfor ofte blitt plassert på benken. Smith brakk foten i en kamp mot Liverpool FC der han blokkerte et skudd fra John Arne Riise.