Barros hadde allerede tilbudt sin fratreden til paven noen uker tidligere i kjølvannet av debatten om hans kontroversielle deltagelse i kirkelige seremonier under pavens besøk. Paven godtok det uformelt i slutten av april eller begynnelsen av mai, da Barros var i Roma før hans kolleger ankom, og aksepterte det offisielt 11. juni samme år. Han ble etterfulgt av Jorge Enrique Concha Cayuqueo som apostolisk administrator.