Han ble manager for skotske Livingston februar 2012, men forlot klubben for å ta over Hartlepool United i november 2012. Hartlepool United hadde da spilt 20 kamper i League One uten å vinne. Hughes ble kåret til månedens manager i februar 2013 etter forbedrede resultater, men klarte ikke å unngå at klubben rykket ned. I mai 2013 fikk han sparken i klubben.