Nedre- og midtre deler av bekkekløftsystemet ligger innenfor et område med prekambrisk sandstein- (sparagmitt, se arkose) innslag også av skifer), mens partier av Skikju går igjennom et lag med Birikalkstein og skifer. På nordsiden av Skikju-Steinåa, særlig under Borolia er det betydelig innslag av rike, finkornete, brekvabb-lignende løsmasser med ravinedannelser og hyppige utrasinger.