Fenerbahçes emblem ble utformet av en av Fenerbahçes spillere, Topuz Hikmet, og Tevfik Haccar i London i 1910. Emblemet består av fem farger. Den hvite delen, som inkluderer teksten «Fenerbahçe Spor Kulübü 1907» representerer renhet og åpenhet, den røde delen representerer kjærlighet og tilføyelse til klubben, og symboliserer det tyrkiske flagg. Den gule delen i midten symboliserer beundring og misunnelse av klubben, mens den blå delen symboliserer adel. Eikebladet som stiger opp fra den blå og gule delen viser Fenerbahçes kraft. Den grønne fargen av bladet forestiller suksessen til Fenerbahçe.