Masséna hadde to brødre og tre søstre. Faren døde tidlig, i desember 1764, og da giftet moren seg på nytt og forlot barna, som så ble tatt hånd om av slektninger på farssiden. I en alder av 14 år hadde han en heftig krangel med onkelen, og han forlot da Levens-området og dro til Toulon, der han tok hyre som skipsgutt på et handelsskip.