Maurerne erobret den vestgotiske byen i 711, og grunnla en ny bebyggelse. De bygde en al-qal'a, som betyr «citadell» på arabisk, på en nærliggende ås, idag kjent som (Gamle Alcalá). Den 3. mai 1118 ble han erobret tilbake av erkebiskopen av Toledo Bernardo de Sedirac for Castilla. De kristne kalte ham og bosatte seg i den opprinnelige romerske byen, mens den arabiske ble forlatt. Byen ble avstått til bispedømmet i Toledo. Frem til slutten av reconquistaen hadde den kristne byen både en jødisk og en maurisk bydel, samt kjente markedsplasser. Den sentrale plasseringen gjorde at kongene av Castilla ofte besøkte byen når de var på reiser.