Han var nest eldste sønn av August Philip av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Beck og Marie Sibylle av Nassau-Saarbrücken. Som ganske ung kom han i brandenburgsk militærtjeneste, hvor han i 1676 ble oberst og i 1686 generalmajor. Da broren August døde i 1689 overtok Frederik Ludvig hertugtittelen. Christian V tilbød ham å trede i dansk-norsk tjeneste som regimentssjef, hvilket han avslo, da han følte seg knyttet til kurfyrst Frederik III. I 1701 ble han en av de første riddere av den sorte ørn og i 1713 ble han utvnevnt til generalfeltmarskalk.