San Rafael utgjør den østlige delen av Montes de Oca, og er det klart største av kantonens fire distrikter. Store deler av distriktet er skog og landlige områder. Her ligger blant annet Parque del Este. Sentrum av San Rafael ligger på en høyde av 1 340 meter over havet, mens den aller østligste delen av distriktet ligger på 1 900 meters høyde.