Klaus Häfner ga i 1996 ut en omfattende fortegnelse over 600 av Molters verk (MWV) med informasjon om hvert enkelt. Molters klarinettkonserter er av de tidligste av sin type, og blir en del spilt i moderne tid, ellers er Molters verk stort sett falt i glemsel. Komposisjonene fra den tidlige perioden i Karlsruhe er påvirket av italiensk musikk, men har også innslag av franske elementer. Etter at han kom til Eisenach gjør innflytelse fra Midt-tyske komposisjoner seg gjeldende, som Georg Philipp Telemann og Johann Bernhard Bach den eldre. Etter den andre reisen til Italia blir han i større grad influert av den napolitanske skole.