Navnet Leka uttales med kort vokal i første stavelse, , på lokal dialekt . Opprinnelsen til navnet er ikke sikkert forklart, men kan ha sammenheng med «å lekke», som et forsvunnet elvenavn, eller en hentydning til bekkene på øya. Navnet på Lokkøya i Bø i Vesterålen kan ha samme opprinnelse.