Spillerne skal ta kontrollen over Raiden, en katana-svingende cyborg som var en tidligere liberiansk barnesoldat før han ble forvandlet til en cyborg. Begivenhetene til Metal Gear Rising finner sted i 2018, fire år etter hendelsene i Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. En rekke private militære selskaper (PMC) har splittet opp i en rekke fraksjoner. Nå arbeider Raiden for PMC Maverick Security Consulting Inc. Raiden støttes av sine Maverick-kolleger, den russiske Boris Popov, militær-rådgiver Kevin Washington, dataspesialist Courtney Collins og kybernetikk-ekspert Wilhelm Voight. Sunny Emmerich er et vidunderbarn og venn av Raiden, som arbeider for Solis Space & Aeronautics.