Ernst Barlach var eldste av fire sønner til legen Georg (Gottlieb) Barlach (1839–1884) og hans hustru Johanna Louise (født Vollert). Han kom fra et luthersk hjem. Størsteparten av sin tidlige barndom tilbragte han i Schönberg i Mecklenburg, der faren hadde legepraksis fra 1872, og fra høsten 1876 i Ratzeburg, og begynte der på folkeskolen. Det var mens de bodde her at faren døde, tidlig i 1884.