Den 22. mai 1776, i en alder av seksten år, ble han ordinert til metropolitanbiskop med arverett til patriarktronen. Fra 1771 bekjente Eliya XII seg som katolikk, etter å ha undertegnet en trosbekjennelse anerkjent av Roma. Den hellige Stol la press på patriarken til å bringe hele sitt trosfellesskap til katolisismen.