Eleanore var andre av fem barn som Ferdinand og Johanna fikk. Hennes eldre bror Ferdinand ble født i 1239/1240, hennes yngre bror Ludvig i 1242/1243; to sønner ble født etter at Ludvig døde som barn. For seremoniene i 1291 som markerte årsdagen for Eleanores død, ble 49 stearinlysbærere betalt for å gå i den offentlige prosesjonen som minnet hver år av hennes liv. Ettersom skikken var å ha et lys for hvert år i den avdødes liv, vil 49 lys daterte Eleanores liv til året 1241. Ettersom hennes foreldre var fra hverandre i 13 måneder mens kong Ferdinand drev krig i Andalusia og reiste nordover i Spania først i februar 1241, ble Eleanore antagelig født i slutten av dette året.