I 1809 ble Schultz utnevnt til kapellan i Vår Frue kirke i Trondheim, en stilling han hadde til sin død. Han engasjerte seg i skoleverket og i andre oppgaver i byen, blant annet ved etableringen av Trondhjems Sparebank i 1882. 1829-32 var han preses i Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab.