To dager etter at faren døde i februar 2005 utnevnte Gnassingbé seg til president med støtte fra det militære. Etter sterkt internasjonalt press måtte han trekke seg og godta et nyvalg. Etter valget ble han erklært som vinner men opposisjonen i landet nektet å godta valgresultatet. Formelt overtok han som president i mai 2005.