Ján Hollý ble født inn i en beskjeden bondefamilie i Borský Mikuláš (som småbyen ble kalt av sine egne slovakiske beboere), og der gikk han på barneskolen. Deretter gikk han på skole i Skalica mellom 1797 og 1799, og flyttet deretter til Pressburg (Bratislava), hvor han fortsatte sine humanistiske studier mellom 1799 og 1802.