En sudansk offensiv i 2001 forsøkte å gjenerobre områdene som var gått tapt til SPLA, men mislyktes i å påføre opprørerne store territorielle tap. I 2002 slo SPLA tilbake et sudansk angrep i Nuba-regionen og angrep den sudanske garnisonen i Tulushi, noe sudanerne svarte på med å bombe et matutdelingssenter styrt av FN. Sterke internasjonale reaksjoner gjorde at al-Ḫarṭūm valgte å trappe ned bombeangrepene mot det sørlige Sudan, og konflikten fikk en midlertidig pause i 2002. De siste årene skjedde det liten forandring på frontlinjene, og partene begynte å forhandle om en eventuell løsning på konflikten.