Templet, inkludert gåtene Link må løse underveis, skal nullstilles hver gang Link forlater Tempelet. Men etter hvert som Link skaffer seg nye gjenstander i løpet av spillet, kan han låse opp nye ruter og snarveier som gjør at Link kan reise gjennom tempelet raskere. For å beseire Bellum, får Link vite at han først må smi «Phantom Sword» fra tre unike metaller som ligger på nærliggende øyer; på henholdsvis Crimsonine, Azurine og Aquanine. Etter å ha samlet, og brukt metallene til å smi Phantom Sword, må Link til «Temple of the Ocean King» for å endelig møte Bellum.