Petty ble utpekt til kampstarter i sesongens fire siste kamper. Jets' hovedtrener Todd Bowles sa, «The plan was for us to start him the last four games anyway, so we just started a half early.» Petty var kampstarter de neste tre kampene, mot San Francisco 49ers, Dolphins og Patriots. Fitzpatrick kom på banen tidlig i fjerde kvarter av kampen mot Dolphins etter at Petty pådro seg en skade, og igjen i andre kvarter av kampen mot Patriots etter nok en skade for Petty. På grunn av skaden var det Fitzpatrick som stilte til start i sesongfinalen 1. januar, hvor han fullførte 20 av 30 pasninger for 210 yards og to touchdowns da Jets slo Bills 30–10. I løpet av 14 kamper (11 som starter) i 2016 hadde Fitzpatrick 2 710 pasningsyards, 12 touchdowns og 17 interceptions.