Forut for 2001 var det de forskjellige bispedømmer, eller de forskjellige ordenssamfunn, som hadde førsteansvaret for å etterforske påstander om seksuelle misbruk foretatt av kirkefolk, og å disiplinere dem i henhold de straffetiltak kirkeloven gav. I 2001 fikk Ratzinger gjennomslag overfor pave Johannes Paul II om å tillegge Troskongregasjonen oppgaven og kompetensen for å etterforske alle beskyldninger om seksuelle overgrep begått av prester. Ifølge vatikanisten John L. Allen jr. vant Ratzinger i de påfølgende årene et kjennskap til problemets konturer som knapt noen annen skikkelse i den katolske kirke hadde. Det han da ble kjent med, og innsikten om at omfanget av det kan senere beskrev som skitten innen kirken gjennomgikk Ratzinger (ifølge Allen) en konversjonsopplevelse i løpet av 2003–04. «Fra da av syntes han og hans stab drevet av en konvertittens intensitet for å få renset opp.» Imidlertid er dette å ansette «sannhetens øyeblikk» for sent - Ratzinger var klar over at mange av de lokale bispedømmer ikke hadde kapasitet eller evne til å behandle slike saker, blant annet fra godt kjente tilfeller fra USA, og at høyereinstans behandlinger i Vatikanet var for fragmenterte mellom forskjellige kurieorganer, og han hadde lenge abeidet for at Troskongregasjonen skulle få samlet fullmaktene. Han hadde også i 2001 fått gjennom ny kirkelig lovgivning som tilrettela for bedre behandling av sakene.