Stedsnavnet Charlton er første gang dokumentert i av 1086 som . Det er sammensatt av to ledd, og , og har betydningen «frimanns gård». Det er vanlig engelsk stedsnavn og sognet var også kjent som «Charlton next Woolwich» for å adskille det fra «Charlton by Dover». I løpet av 1800-tallet ble forstadsområdet ved elven omtalt som New Charlton, i kontrast til Charlton Village.