Under Sovjetregimet var Balaklava lenge en russisk marinebase. Under annen verdenskrig gikk fronten en tid ved byen, og det var blodige kamper i området. I 1954 ble hele Krim og dermed også Balaklava overført fra den russiske føderative sovjetrepublikk til sovjetrepublikken Ukraina. I 1957 ble den nærliggende storbyen Sevastopols kommunegrenser utvidet slik at Balaklava ble inkorporert.