De malaysiske delstatene på Borneo har en kystlinje på 2 607 km. Mesteparten av det malaysiske Borneo ligger ved Sørkinahavet, men delstaten Sabah har også kyst mot Sulusjøen og Celebessjøen. Landskapet preges av kystsletter, åser og daler og et fjellrikt innland. Crockerfjellene strekker seg nordover fra Sarawak og deler Sabah i to. Det høyeste fjellet i området er Kinabalu (4 095 moh.), som også er det høyeste i Malaysia. Kinabalu er beskyttet som en del av Kinabalu nasjonalpark, som står på UNESCOs liste over verdensarvsteder. I Sarawak ligger Gunung Mulu nasjonalpark, som omfatter det største naturlige grottesystemet i verden. Nord for Borneo ligger en rekke øyer, hvorav den største er den 440,7 km² store Banggi.