Bonaire har også flere titalls grotter, som geologisk sett gir et bilde av øyens eldste historie. En del av dem har hulemalerier eller helleristninger som ble utført av Bonaires første beboere mens andre er bosted for flaggermus eller den blinde reken. Innen økosystemet sørger flaggermusene for at store mengder insekter fjernes (blant annet mygg) og at (kaktus)blomster pollineres.