Enda viktigere enn hans kompilasjon av eldre kilder var det at det store flertall av hans oppføringer baserte seg på hans egen medisinske forskning og praksis. Han hadde strøvet rundt i fjell og skoger og innhentet potensielle helbredende planter og annet, og oppsøkt folk i felten og samlet inn alskens folkemedisinsk innsikt. Slike data fra feltarbeidet satte Li Shizhen i stand til å utfordre og korrigere mange inngrodde forestillinger og misforståelser.