Han ble forsvart av den tsjekkiske advokaten Kamil Rössler som forgjeves hadde forsøkt å slippe unna oppdraget. Forsvaret konsentrerte seg dels på at Frank innehadde folkerettslig immunitet i forhold til den tsjekkoslovakiske staten, og dels på at Frank ikke kunne pålegges ansvar for alt hva den enkelte tyske befalshaver måtte ha gjort seg skyldig i. Domstolen anså Frank som øverste leder for gjennomføring av tysk politikk i Riksprotektoratet. Han ivret for å deportere jødene fra landet og mente at Theresienstadt hadde vært et behagelig tilfluktsted for jødene.