Den 4. august 1944 ble de åtte jødene som lå i dekning, arrestert og sendt til Westerbork konsentrasjonsleir. Hun ble videre transportert til Auschwitz-Birkenau og så til Bergen-Belsen. Flere vitner (også Annes venn, Hanneli Goslar) har sagt at Anne og Auguste møtte hverandre. Fra Bergen-Belsen ble hun sendt til Raguhn konsentrasjonsleir. Hun ble tvunget til å deporteres til Theresienstadt. Dødsdatoen hennes er ukjent, men antas å være enten i april eller i mai.