Etter at han sluttet fra racing, åpnet Merckx Eddy Merckx Cycles 28. mars 1980 i Brussel. De første arbeiderne som ble ansatt for fabrikken ble opplært av Ugo De Rosa, en kjent sykkelprodusent, før de startet. Selskapet gikk nesten konkurs på et tidspunkt og ble også fanget opp i en diskusjon om tilbakebetaling av skatt. Merckx ville bruke tid på å gi innspill til modellene mens de ble produsert. Til tross for de økonomiske problemene ble merket høyt ansett og vellykket, og ble brukt av flere sykkellag på toppnivå på 1980- og 1990-tallet. Merckx trakk seg som administrerende direktør i 2008 og solgte de fleste av aksjene sine, men tester fortsatt syklene som er laget og har noen innspill. Sykkeljournalist Sam Dansie mener at Eddy Merckx Cycles har opprettholdt en tilstedeværelse som en elitesykkel på grunn av at den har tatt i bruk nye metoder over tid. Fra januar 2015 er virksomheten fortsatt basert i Belgia og distribuerer til over tjuefem land.