Han var bror av Ludwig August Struve. 15 år gammel begynte han i 1808 å studerte klassisk filologi ved universitetet i Dorpat (idag Tartu). Etter noen semestre slo han over på matematikk og astronomi, og tok i 1813 doktorgraden. Allerede samme år ble han professor i astronomi ved stjerneobservatoriet i Dorpat, som kort før var blitt bygget av den tyskbaltiske universitetsbyggmesteren og besatt den mest avanserte stjernekikkerten.