Korfanty engasjerte seg deretter i politikk i Polen, og var polsk statsminister mellom 16. juli og 31. juli 1922 og fra 1922 til 1930 medlem av det polske parlamentet. Han var innvalgt for kristeligdemokratene, og ble en av Józef Piłsudskis fremste politiske fiender. Høsten 1930 ble han fengslet, etter at diktator Piłsudski hadde beordret en rekke opposisjonspolitikere arrestert. Etter fem års fengsel emigrerte han etter sin løslatelse i 1935 til Tsjekkoslovakia, og i 1938 dro han til Frankrike. Kort før utbruddet av annen verdenskrig kom han tilbake til Polen, hvor han ble fengslet på nytt av polske myndigheter. På grunn av alvorlig sykdom ble han løslatt fra fengsel etter tre måneder og døde kort etter.