Kronprins Frederiks ønske i 1805 om å oppholde seg i Holstein, gjorde ledelsen av utenrikssaker vanskelig. Bernstorff måtte oppholde seg hos kronprinsen i Kiel. Samtidig skulle hans bror Joachim Bernstorff som direktør stå i spissen for utenriksministeriet i København og der forhandle med de fremmede diplomater. De viktigste sakene ble da meldt til Kiel, så kronprinsen etter Bernstorffs råd kunne ta en beslutning. Beslutningen ble deretter meldt tilbake til København for å få den sinnssyke Christian VIIs godkjennelse.