Rust satt 18 måneder i sovjetisk fengsel for sitt flyeventyr. Han fikk ingen karriere som yrkesflyger og arbeidet senere på et sykehus i Rissen, Tyskland, hvor han ble forelsket i en sykepleier, og stakk henne med kniv da han ble avvist. For dette fikk han to og et halvt års fengsel, fra 1991 til 1993. Han forsvant deretter og ble borte i to år. I den tiden arbeidet han som skoselger i Moskva.