Definisjonsfil; har forskjellige funksjoner. For figurene definerer den navn, forfatterens navn og filene som skal assosieres med figuren(under)(below), mens mer spesifikke DEF filer som SYSTEM definerer det ytre 'skinnet' av motoren (vanligvis kalt screenpack eller motif), og FIGHT definerer HUDen (eller livslinja) for the slåsskampene selv. Notis at SYSTEM.DEF og FIGHT.DEF er ikke absolutte navn, men de vanligste brukt (og brukt av default motif). For baner så fungerer.def filen for begge .def (filer assosiert med banen) og .air file. Palette fil; brukt med figurene til å definere figurenes frager i spillet. Hver figur kan ha opp til 12 paletter (en for hver angrepsknapp og en for hver angrepsknapp imens man holder nede start knappen). dette er mulig å forandre på med programmer som Paletero, Fighter Factory og ActEdit. A fil som motoren selv skriver når linjen "ai =" (etterfulgt av filnavn) er inkludert i DEF filen og er ikke nevnt i dokumentasjonen. Den ble oppdaget igjennom eksprimitering. imens spillmotoren klart leser igjennom filen den har lagd (en AI fil fra et annerledes Mugen versjon blir dubbet invalid og renskrevet med error beskjed tilstede i debug teksten) det er ingen sikker indikasjon at denne filen forsterker figurens naturlige AI når kontrollert av CPUen, selv om veksten i størrelse etter suksessfull eller langvarig bruk av en figur viser at data blir skrevet. Denne type fil er den minst brukte av innholdskapere på grunn av mangel på dokumentasjon og det faktum at det var relativt nylig oppdaget. Animasjons fil; forteller programmet hvordan den skal spille en sekvens av sprites til å skape en animasjon. Figurens kollisjons boks er også definert her. Konfigurasjons fil, brukt kun av spillmotoren. filen mugen.cfg finner man i data mappa av spillmotoren. Den definerer de basiske funksjonene. Noen muligheter er mulig å endre i M.U.G.E.N som Options imens andre kan kun endres igjennom filen selv. ommand file, definerer hvilken kommandoer din figur kan bruke. Opp til 128 unike unique angrep kommandoer kan bli definert her sånn. Dette har skapt noen små problemer med nyere utgaver av Windows som bruker denne filtypen som en format for ting urelatert til M.U.G.E.N. Nye utgaver av Windows reserverer denne filtypen som filtype liknende til Bat filer, dette leder til komplikasjoner som e-post tjenester som G-mail blokkerer denne filtypen i frykt for at de tror det er en virus. Figur constants file; definerer hvordan en figur oppfører seg og beveger på seg med tanke på smidighet, høyde, vidde etc. Også koding er vanligvis satt i denne framfor sammen med ST filer. En CNS spesielt, common1.cns, er brukt av spillmotoren for å takle mange av de vanlige handlinger mellom figurene som hopping og ta i mot slag og slikt. Statistikkene fra denne filen kalt overkjørt inn i figurens egen CNS fil eller hele filen selv overkjørt. Den originale filen har noen mangelvarer. Noe av kodingen er spesielt rettet mot kung Fu Mans figur som å lande fra et fall, og å løpe. Font fil; er konstruert fra en kombinasjon av en 8-bit pcx bilde og en korresponderende txt file. PCX bildet viser figuren som ville bli definert i txt filen fra venstre til høyre. TXT filen vil fortelle hvor hver av tegnene begynte og avsluttet relatert til hvor de lokalisert i PCX bilde. Brukbare tegn kan være begrenset til ASCIIs 128, men kan også muligens utvides til 255 unike tegn igjennom den tillatte bruk av hex koder til å definere tegn i txt filen. M.U.G.E.N støtter ikke tegn som er definert av mer en eneste byte. Sprite fil; inneholder en eller flere sprites konstruert fra et PCX bilde ved 256 bilder. Brukt for alle sprites assosiert med forskjellige deler med spillmotoren, fra figurene, til banene til screenpackene selv. Pre-Linux versjoner av M.U.G.E.N tillot baner å bruke upaletterte PCX filer. Dette ble fjernet fra Linux versjonen, men ble erstattet med muligheten til å bruke PCX filer inni figurene som bruker en annerledes palette,som tillot videre muligheter med tanke på hitsparks og fx. Lyd fil; inneholder eller flere lyder konstruert av WAV filer, og lik SFF så blir den brukt av alle relaterte deler av motoren (figurer og screenpacks). State file; definerer figurens oppførsel og angrep. Mulighet, i og med at vanlig koding er satt her sånn, men mange figurer som blant annet Kung Fu Man har sat koding sin i CNS filen istedenfor. koding kan også bli satt i CMD filen.