I 1770 kom Struensee til makten i Danmark, og A. P. Bernstorff falt i unåde sammen med onkelen. Derfor forlot han statstjenesten og København samme år. Etter Struensees fall i 1772 lot han seg overtale til å vende tilbake i dansk tjeneste, og ble førstedeputert i Finanskollegiet, Økonomi- og Kommercekollegiet og Bergværksdirektoiret.