Fort Boyard ble utstyrt med et arsenal av 74 kanoner. Under den fransk-prøyssiske krig ble festningen brukt som fengsel for prøyssiske og østerrikske krigsfanger. Etter noen år ble fengselet forlatt, og plyndring samt mangel på vedlikehold medførte at Fort Boyard forfalt. I 1950 ble imidlertid fortet satt på en offentlig liste over historiske minner.