Byen ble grunnlagt av Storbritannia i 1827, som bygslet øya fra Spania i kolonitida. Byen fikk navnet og ble brukt som marinebase i et forsøk på å stoppe slavehandelen. Mange frigjorte slaver slo seg også ned her, før Sierra Leone ble opprettet som koloni for frigjorte slaver. Selv om mange seinere flyttet til Sierra Leone, kan man fremdeles finne noen av etterkommerne deres, kalt fernandinos, i Malabo. De danner ei avskilt etnisk gruppe med sin egen afro-portugisiske dialekt.