Det er særlig innen blomsterfluenes faunistikk og taksonomi at Nielsen har gjort en betydelig innsats. Han er særlig kjent for sitt lange og grundige studie av slekten . I de nordeuropeiske artene i slektene , og har han ryddet opp i systematiske uklarheter. På grunn av Nielsens innsats gjennom mange år, er kunnskapen til den norske blomsterflue-faunaen ganske god.