Senere bestemte Hammarby seg for å kjøpe Eguren fra Rosenborg på permanent basis, så han ble dermed solgt til Hammarby mens svenske Fredrik Stoor gikk motsatt vei. I 2008 ble han videresolgt til Villarreal i Spania, hvor han var en meget sentral spiller. Eguren kunne bekle de fleste plassene på midtbanen, og er kjent som en målfarlig spiller som var flink til å komme seg inn i motstandernes felt. Han la opp i 2016 og gikk inn i trenerteamet i Club Nacional de Football i Montevideo.