Det er registrert 37 endemiske plantearter på Príncipe, 95 på São Tomé og 20 på Annobon. Kun 16 av disse finnes på mer enn en av øyene. Det finnes mange arter, både endemiske og slike som også finnes andre steder, innenfor maurefamilien, orkidéfamilien og vortemelkfamilien. Det finnes også mange ulike bregner på øya.