Den 18. oktober 1469 ble en formell forlovelse inngått. Ettersom Isabella og Ferdinand var tremenninger sto de innenfor den forbudte graden av blodsslektskap og ekteskapet kunne ikke bli lovlig uten en dispensasjon fra paven. Ved hjelp av kardinal Rodrigo Borgia (den senere pave Alexander VI) fra Valenciana ble Isabella og Ferdinand presentert med en foreslått pavelig bulle av pave Pius II (som hadde dødd i 1464), og autoriserte Ferdinand til å kunne gifte seg innenfor tredje grad av blodsslektskap, noe som gjorde deres ekteskap lovlig. Redd for opposisjonen rømte Isabella fra Henriks hoff under unnskyldningen at hun skulle besøke Alfonsos grav i Ávila. Ferdinand på sin side krysset Castilla i hemmelighet, forkledd som en tjener. De giftet seg straks de møttes, første gangen de også så hverandre, den 19. oktober 1469 i Palacio de los Vivero i byen Valladolid.