Da Scott ble tvunget til å forlate Sverige og ble stengt (1842), overtok Rosenius helt virksomheten og ble en av de fremste kreftene i den voksende religiøse vekkelsen av «nyevangelisk» art som i de følgende årtier gikk fram over store deler av Sverige. I denne tjenesten virket han, både i enkeltstående møter (konventikler) og i leide lokaler i Stockholm. Da Evangeliska fosterlandsstiftelsen (EFS) ble dannet i 1856, var Rosenius en av grunnleggerne og allerede året etter dannet EFS en stiftelse som kjøpte den s lokaler og åpnet en ny kirke med navnet Betlehemskyrkan. Både der og på tallrike prekenreiser i hele landet kunne Rosenius virke. Han arbeidet også i tidsskriftet , som ble startet av ham og Scott i 1842, og som han siden gav ut til sin død (med tiden i et opplag på 10 000 eksemplarer). Han gav også ut og redigerte og flere andre skrifter.