Senere, antagelig i 1544, anså han det igjen for nødvendig å forlate England. Han nådde Strasbourg i 1546, midt i den schmalkaldiske krig, og valgte å bosette seg i Zürich permanent. Han vendte først tilbake til England for å kreve sin arv, og han hevdet senere at han under det besøket ble fengslet to ganger. Tidlig i 1547 var han igjen i Strasbourg, hvor han giftet seg med Anne de Tserclaes (eller Tscerlas), en belgisk kvinne i Jaques de Bourgognes hushold. Han fortsatte så til Zürich via Basel, hvor han traff Bullinger og fra ham fikk forsterket sitt zwinglianske standpunkt. Han fikk også kontakt med Martin Bucer, Theodore Biliander, Simon Grinaeus og Conrad Pelican. I denne perioden gav han ut flere skrifter: (1547), (1547), og (1548).