Etter den nordiske syvårskrig og freden i Stettin i 1570 ble landskapet lagt administrativt under Trondhjems stift. Jämtland ble okkupert av svenske styrker under Kalmarkrigen 1611-1613. Området ble okkupert av svenske styrker under Hannibalfeiden, og annektert av Sverige ved freden i Brömsebro i 1645. Jämtland ble forsøkt gjenerobret under Krabbefeiden i 1657. En styrke på 2500 trøndere under ledelse av Jørgen Bjelke rykket i september 1657 over grensen ved Meråker og ved Sul (gjennom Verdalen). Etter seks ukers kamp og beleiring av Frösö skanse ga de svenske styrkene opp. Bjelke vurderte å gå videre mot Falun for å erobre kobberverket, men returnerte til Norge for å møte svenske styrker som hadde gått inn i Båhuslen. Ved freden i Roskilde året etter må den danske kongen oppgi både Jämtland og hele Trondheims len. Under den skånske krig ble Jämtland i 1677 besatt av norske styrker som ble møtt som befriere av jemtene. Da en militær styrke ble satt opp på svensk side trakk de norske styrkene seg etter ordre fra København tilbake uten kamp i november 1677. Ved freden i Lund i 1679 måtte Danmark-Norge levere tilbake områdene som ble besatt.