Erkebiskop Katzer var en sterk kritiker av erkebiskop Irlands Faribault–Stillwater-plan, som ville legge menighetsskoler under det offentlige skolesystem med bestemmelsen om at religionsundervisning skulle gis utenom skoletiden. Han tilføyde sitt navn brev skrevet av erkebiskop Michael Corrigan og som motsatte seg planen, og ble vurdert sammen med Irland for å ha presentert begge sider av skolespørsmålet for Roma. Katzer var også en ledende motstander av hemmelige samfunn og fraternitetsorganisasjoner, og ba om at Roma formelt fordømte Odd Fellows, Knights of Pythias og Sons of Temperance. En slik fordømmelse ble senere utstedt av Det hellige officium i 1894, men biskopene kunne bruke eget skjønn om offentliggjørelse av dekretet.