Da Kalmarkrigen brøt ut 1611, fikk Bjelke sammen med befalingsmannen over Trondhjems len, Steen Bille, ledelsen for krigsforanstaltningene i det nordenfjeldske Norge. Om sommeren ledet han en norsk bondehær til Jemtland for å forsvare grensen mot et ventet svensk angrep. Jemtland var på denne tiden en del av Norge. Da han møtte uvilje hos befolkningen, og da bondeskaren viste seg aldeles kampudyktig, måtte han få hæren bragt hjem til Trøndelag, mens Jemtland måtte overlates til svenskene, som gjorde store ødeleggelser. Etter dette utfallet var Bjelkes stilling langt fra god, men ved et personlig besøk i København og ved brevveksling med Christian Friis lyktes det ham å rense seg for alt ansvar og unngå anklage.