Washington Navy Yard ligger langs nordre bredd av Anacostia River, ca. to kilometer før den renner ut i Potomac River. Det 0,26 kvadratkilometer store området strekker seg ca. én kilometer langs elven. I nord grenser verftsområdet til , en av hovedtrafikkårene i det sørlige Washington. I øst grenser det til Interstate 295, og i vest til , som ca. en og en halv kilometer lenger mot nord passerer Capitol.