I det strafferettslige samarbeidet er EU-byrået Eurojust gitt som oppgave å stimulere og styrke koordineringen av etterforskning og rettsforfølgning mellom medlemsstatene. Ordningen med den europeiske arrestordre er etablert med hjemmel i TEUV Avdeling V, artikkel 86. Den europeiske påtalemyndighet er opprettet under det strafferettslige samarbeidet.