Neolittiske jordbrukere dannet faste bosetninger, og et meget godt bevart steinhus på Knap of Howar på øya Papa Westray fra 3500 f.Kr. er bortimot 500 år eldre enn landsbyen Skara Brae på Mainland (begge på Orknøyene) som består av tilsvarende hus. Rundt 3500 f.Kr. bygde bosetterne veldige gravkamre som besto av steinpilarer som bar en stor stein som tak før det hele ble dekket av jord. Et godt eksempel finnes på Maeshowe på Mainland. Fra rundt 3 000 f.Kr. kom «stående steiner» og steinsirkler slik Brodgar-ringene på Orknøyene og Callanish på Lewis på Hebridene. Disse formet deler av den utstrakte europeiske megalittkulturen som også bygde Stonehenge i England og som ofte blir tolket som at de var ment som sofistikerte astronomiske observatorier.