Denne flotiljen var spesielt aktivt i det siste krigsåret etter Slesvig-Holsten var overlatt til seg selv mot den danske regjeringens overmakten. Det kom til flere sjøtrefninger mellom sjøstridskreftene, den meste kjente er Trefningen ved Neustadt 20. juli 1850 mellom dampkanonbåten «Von Der Tann» og det danske dampskipet «Hekla». Under denne trefningen ble den slesvig-holstenske kanonbåten ødelagt av danskene.