Egeisk nakenfingergekko er som regel nattaktiv, men kan også påtreffes på dagtid i de kjøligere årstidene. Arten kan være tallrik der den finnes, og lever ofte sammen med firfisler. I paringstiden lokker hanner og hunner på hverandre med gjentatte skrik. Etter paringen legger hunnen to egg under steiner eller i fjellsprekker. Ungene klekkes etter 11–18 uker, og blir kjønnsmodne etter to–tre år.