For å utnytte dødtid for hans ansatte på gården og tollkontoret, begynte han et lite båtbyggeri. Det ble først bygget prammer og fraktebåter for tollstedet, men etter hvert større båter og i 1862 fikk han solgt en skøyte til Fredrikshald tollkammer. Han fikk også bygget båter til seg selv og ble en ivrig seiler. Møller hadde mening om båtenes linjer og konstruerte dem selv som en variant av Hvalerskøyta. I 1865 hadde han en på 10,15 m lengde (33,3 eng. fot) med 3,75 m bredde. Siden han var opptatt av fiskeriene, seilte han til fiskeriutstillingen Bergen i 1865.