Byen har i en årrekke arbeidet for å sikre lagunen mot flomvann fra Adriaterhavet.Firmaet Consorzio Venezia Nuovo planla og startet byggingen av en flomsperre, bestående av noen og sytti nedsenkbare pongtonger, 3 til 4 meter tykke, 20 til 30 meter lange og ca 20 meter brede. Pongtongene skulle ligge under havoverflaten, pumpes tomme for luft, og stige opp og sperre for flomvann; inntil en høyde på to meter. De første elementene ble testet ut i 2013. Prosjektet har manglende økonomisk kontroll, bestikkelser og underslag; byens administrasjon er involvert i dette. Consorzio Venezio Nuovo etablere ca 30 millioner € som grunnlag for bestikkelser og satte disse pengene i utenlandske banker. Pongtongsystemet MOSE - "Mosè" på italiensk er Moses, som huskes for å ha delt Rødehavet) omtales i lokalpressen, det hevdes at systemet med å heve pongtongene er slik organisert at Basilico San Marco vil ha overvann på gulvene sine, selv ved lav vannstand. Lokalavis forteller i juni 2017, at man i tillegg til Mose, også skal heve kaikantene ut mot lagunen, og sperre underjordiske avløpskanaler fra å føre vann inn under byen. En annen sak er at Mose har funksjonsproblemer; sand og søppel i vannet/lagunen gjør at pontongene ikke virker helt slik som planlagt.