Eksperter på bioteknologi og genmodifisering betrakter Fagans engasjement som pseudovitenskapelig aktivisme, og har også påpekt hans forretningsinteresser i å skape frykt om GMO, samt at hans promotering av alternativ behandling stiller hans forhold til vitenskapelighet i tvil. Testmetodene som benyttes av Genetic ID er også reist tvil om av andre laboratorier.