I 1795 flyttet han hovedstaden fra Sari til sin hjemby Teheran, som på den tiden var en liten landsby. Våren 1796 lot han seg krone til shah (persisk ) og bestemte at Teheran skulle være Persias nye hovedstad. Selv om Agha Muhammed Khan ikke klarte å utvide landets grenser i like stor grad som kongene før ham, forsvarte han seg godt mot angrep fra andre stater, slik som Russland, som flere ganger prøvde å ta Georgia, Derbent og Baku.