Rådstuen hadde også et fengsel. Mange tragiske og triste menneskeskjebner i Stavanger er tilknyttet dette fengselet. To celler var oppmurt mot vest. Den ene var halvveis under jorden, 1,65 meter høy, og med en gjennomhullet jernplate som lysåpning. Den andre cellen lå over denne. I disse cellene ble fangene holdt i forvaring. Ofte i flere år. Rettsprotokollene fra denne tid forteller om fanger som sikkert gjennomgikk store lidelser.