I 1997 forlot han politikken, og ble i 1998 ansatt som spesialrådgiver i Statoils konsernstab for helse, miljø og sikkerhet. Mellom 1999 og 2001 var han Statoils direktør for markedsføring og energi. Chaffey har vært styremedlem i Statoil Norge AS, Svenska Statoil AB, Universitetet i Oslo, leder av styret i Norsk utenrikspolitisk institutt (NUPI), og samt i Amnesty Internationals norske seksjon og i likestillingssenteret. Han ble vraket som styreleder i NUPI i 2006 av daværende kunnskapsminister og tidligere partifelle Øystein Djupedal (SV), til fordel for Kjetil M. Stuland fra Rogalandsforskning.