I 2004 vedtok Malaysias regjering, grunnet økologiske hensyn, at alle dykkeroperatører skulle flytte bygningsstrukturer fra øya innen 31. desember samme år. Strukturene ble flyttet til Mabul. I 2008 ble det innført en begrensning på 120 tillate dykkere hver dag på Sipadan. I 2005 var de eneste innbyggerne på Sipadan et par observatører tilhørende Malaysias naturdepartement.