Blue Mounds ligger 40 km vest for Madison i Dane County, nær grensen til Iowa County. Landsbyen ligger i nærheten av Brigham Park, kalksteinsgrotten Cave of the Mounds, og nasjonalparken Blue Mounds State Park, som er det høyeste punktet i det sørlige Wisconsin. I henhold til det amerikanske folketellingsbyrået har landsbyen et totalt areal på 2.36 km.