Byen ble grunnlagt under navnet av Henry Morton Stanley i 1883. Rådhuset i byen ligger 6.6 kilometer nord for ekvator. På grunn av beliggenheten på ekvator og langs elva Kongo var det planer om å anlegge kolonihovedstaden i Mbandaka. I 1886 forandret de belgiske kolonimyndighetene navnet til som forble byens navn frem til 1966 da navnet ble forandret til Mbandaka til ære for en lokal leder.