Som juridisk leder stod paven for et strengt styre som slo hardt ned på lovbrudd både i paveprovinsene Umbria og Marche og blant den romerske adelen. Like etter at han kom på pavetronen fikk han flere adelsfolk dømt til døden. Han slo også hardt ned på tanker oppfattet som kjetterske, som mølleren Menocchio, som hevdet at Gud var oppstått fra kaos. I løpet av hans pontifikat ble også Beatrice Cenci henrettet, og Giordano Bruno ble brent på bål på Campo de' Fiori. Pave Klemens VIII inndro i 1598 hertugdømmet Ferrara som ledig len. I jubelåret 1600 besøkte tre millioner pilegrimer Roma.