I 678 ble Northumbria delt i fire bispedømmer, og Wilfrid ble forvist. Willibrord dro også i eksil, mer eller mindre frivillig. Han reiste til et kloster kjent som Rathmelsigi, som muligens er identisk med ruinen Mellifont ved Drogheda i Irland. Han studerte der teologi i tolv år, sammen med Egbert av Northumbria og Wigbert av Fritzlar.