I løpet av det neste århundret ble området brukt for jakt og rekreasjon. Eleonora Gonzaga, som var gift med Ferdinand II av Det tysk-romerske rike, elsket jakt, tilbrakte mye tid der og ble testamentert området som enkens bolig etter ektemannens død i 1637. Fra 1638 til 1643 la hun til et palass til herskapshuset i Katterburg, mens i 1642 kom den første omtalen av navnet Schönbrunn på en faktura. Opprinnelsen til orangeriet (drivhus som benyttes til overvintring av sitrustrær og andre eviggrønne planter) ved Schönbrunn ser også ut til å gå tilbake til Eleonora Gonzaga. Schönbrunn-palasset i sin nåværende form ble bygget og ombygd i løpet av 1740–1750-årene under keiserinne Maria Theresia som mottok eiendommen som bryllupsgave. Frans II bestilte ominnredningen av palassets eksteriør i nyklassisistisk stil slik det ser ut i dag.