Mykines har et kystklima sterkt påvirket av Atlanterhavet, med milde vintre, kjølige somre og en gjennomsnittlig årstemperatur på knappe 6,1 °C. Værmessig er øya sterkt utsatt for storm, og vinden står som regel fra nordlig, sørvestlig eller sørøstlig retning. I perioden 1961–1969 ble eksempelvis kraftigste vindstyrke målt til 38,1 m/s den 4. desember 1967, og den gjennomsnittlige styrken lå på 7,8 m/s. Gjennomsnittlig årlig nedbør ligger på ca. 800 mm, det laveste på Færøyene.