På et årlig møte i kommisjonen fastsettes totalkvoter for fangst på felles fiskebestander i Barentshavet, og fordeler kvotene mellom Norge, Russland og tredjeland. Partene avtaler også gjensidig fiskeadgang i hverandres økonomiske soner og bytter kvoter både innenfor fellesbestander og nasjonale bestander. Totalkvotene som Norge og Russland fastsetter i Den blandete norsk-russiske fiskerikommisjon er basert på anbefalinger om beskatningsnivå utarbeidet av Det internasjonale havforskningsrådet (ICES), hvor både norske og russiske forskere er representert.