Handlingen foregår i en gotisk fantasiverden og følger Teito Klein, en foreldreløs slave som er en av de beste elevene på militærakademiet. På grunn av en uventet hendelse blir han tvunget til å flykte fra akademiet, og blir forfulgt av styrkene til Barsburgimperiet som ønsker å fange ham. Teito finner ly i en kirke i det syvende distriktet i imperiet som også er et hellig sted. Her oppdager han mysterier og hemmeligheter som angår han selv, kirken, og til og med Barsburgimperiet. Teito blir kastet inn i jakten etter hevn mot Barsburgimperiet og samtidig bringer statusen hans som bæreren av Mikaels øye, en mektig talisman med store krefter, han inn i den langvarige konflikten mellom dødsguden "Verloren" og hans fiender, «07-Ghost».