SLMM hadde sitt hovedkvarter i Sri Lankas hovedstad Colombo og hadde innledningsvis seks distrikskontorer i nord og øst: Mannar, Jaffna, Trincomalee, Batticaloa, Ampara og Vavuniya. Observatørstyrken hadde også et liaisonkontor ved LTTEs hovedkontor i Kilinochchi. SLMM hadde to grupper for overvåking av havområdene og kysten, men disse ble nedlagt tidlig i 2006.