Problemet med evolusjonær slektskapsrekonstruksjon mellom eukaryoter er at mange av de encellede organismene er forholdsvis enkelt bygd, slik at man har få egenskaper å rekonstruere slektskap med. Molekylære og genetiske metoder har revolusjonert vårt syn på eukaryotenes slektskapsforhold, men har foreløpig ikke gitt oss full oversikt.