Under den østerrikske periode forble Lirutis forhold til myndighetene, selv om de ikke det i alt var av samme art, vanskelige på grunn av myndighetenes innblanding i presteskapets liv og utdanning og i kirkens apostolat: mange av hans brev til prestene vitne om en hensikt om gjenoppretting og et konstant krav om autonomi i møte med regjeringens innblanding. Forholdet til keiseren av Østerrike, Frans I, likesom til Napoleon, var basert på aktelse (keiseren ham til ridder av jernkronen, annen klasse).