Fram til 1971 rann vann fra et renseanlegg ut i innsjøen. Dette opphørte i 1971, da avløpsnettet ble koblet til Henriksdals reningsverk i Nacka. Innsjøen ble mudret, og nesten en meter av sjøbunnen ble gravd opp. Renseanlegget ved Trehörningen ble bygd om for kun å håndtere overflatevann. Etter oppmudningen forsvann fugler som tidligere hadde samlet seg om det næringsrike vannet i innsjøen. Renseanlegget ble stengt i 1990, og revet i 1996. For tiden renses Trehörningens tilløp kun av et gammelt og slitt dunkersystem som er basert på sedimentdammer. Hvert år er det risiko for algevekst. Fortsatt er innsjøens vann næringsrikt, til tross for saneringen av avløpssystemet, og Huddinge kommune anser det som ikke mulig å anlegge badeanlegg ved innsjøen, ettersom den ikke innfrir vannbestemmelser fra Naturvårdsverket. Ytterligere mudring skal ikke være aktuelt.