Etter den amerikanske borgerkrigen, i 1866, tvang de føderale myndighetene indianerstammer til å signere nye avtaler. Det meste av de sentrale og vestlige områdene ble overtatt av myndighetene. Noen av disse landområdene ble gitt til andre indianerstammer, men et sentralt område fortsatte allikevel å tilhøre USA. En annen avtale ga USA lov til å bygge jernbaner gjennom indianerområder. I 1862 ble Stand Watie valgt til leder for «Den sørlige Cherokee-nasjonen». I tillegg ble slaveriet forbudt. Noen av nasjonene prøvde å integrere de tidligere slavene ved å opprette et raseskille, mens andre nasjoner var ekstremt fiendtlige til dem, og ville ha dem ut av sine områder.