Det første fyret på Skagen ble oppført 1560 på ordre fra kong Fredrik II, som hadde bestemt at fyr skulle byggas i Skagen og på Anholt og Kullen. Klager hadde kommet fra flere hold, bl.a. fra hollandske skippere som seilte på Østersjøen. De påpekte at det var risikabelt å runde Skagen i mørke for å seile mot Øresund. Ved å kreve inn en høyere toll i Øresund skulle den danske staten finanisiere bygging og drift av fyrene.