Symptomer på TBE kan oppstå 2 til 28 dager etter flåttbitt. Det er stor variasjon i det kliniske bildet. Noen får et mildt sykdomsforløp (influensalignende symptomer), mens enkelte kan bli alvorlig syke (hjernehinnebetennelse, hjernebetennelse eller ryggmargsbetennelse). Det er trolig også en stor andel som blir smittet uten at de blir syke (immunsystemet ordner opp med en gang). Tidligere europeiske studier har vist at et såkalt bifasisk sykdomsforløp er vanligst. Det vil si man får milde symptomer først, friskner litt til etter noen dager, før man får mer alvorlige symptomer. Men en ny studie har vist at 46% av pasienter i Norge ikke får dette «klassiske forløpet». Noen får kraftige symptomer med et gang. Et klassisk sykdomsforløp starter med feber, hodesmerter, muskelsmerter, slapphet, oppkast/diaré etc. (fase 1). Beskrives ofte som en “sommerinfluensa”. En del pasienter vil bli helt friske igjen etter dette og vil sannsynligvis aldri få vite at de har hatt vært smittet med TBE viruset, med mindre de testes for antistoffer (huskestoffer) tilfeldig senere. Men omtrent 30% av pasientene vil etter en kortere periode med symptombedring oppleve å få nye og kraftigere symptomer (fase 2). Typiske symptomer i fase 2 er sterk hodepine, høy feber, muskel- og leddsmerter, kvalme, oppkast/diaré, sløvhet, forvirring, nakkestivhet, svært nedsatt allmenntilstand, epileptiske anfall og lammelser.