Da Herakles var blitt dødelig forgiftet ønsket han å bli brent levende på likbål. Bare Filoktetes turde tenne bålet, og som takk for dette fikk han overta Herakles’ våpen, pilene og buen som alltid traff sitt mål. Filoktetes dro sammen resten av den greske hæren for å delta i krigen mot Troja. Underveis ble han skadet i foten og fikk en kraftig betennelse. Forklaringene på skaden er ulik i forskjellige kilder. Ifølge enkelte ble han bitt av en slange etter en guddommelig inngripen. Betennelsen førte til store smerter og medførte en uutholdelig lukt fra såret. Av denne grunn ble han satt igjen på den øde øya Lemnos.