UNECAs hovedkontor ligger i Africa Hall (åpnet i 1961) i Addis Abeba i Etiopia. I tillegg har organet regionale kontorer i Sentral-Afrika (Yaoundé i Kamerun), Øst-Afrika (Kigali i Rwanda), Nord-Afrika (Tanger i Marokko), det sørlige Afrika (Lusaka i Zambia) og Vest-Afrika (Niamey i Niger). Blant UNECAs prosjekter finner man det transafrikansk hovedveinettet.