Shah Rukh døde av sykdom i mars 1447, kort tid etter at han hadde slått ned et opprør fra en annen sønnesønn, Sultan Muhammad bin Baysunghur. Goharshad, som var tilstede da han døde, sendte raskt et bud til Ala al-Dawla som var i Herat og informerte ham om dødsfallet. Da Goharshad og Abd al-Latif eskorterte liket til Herat overtok Abd al-Latif kommandoen og tok enken og liket som gisler. Det er usikkert hva som var grunnen til dette, men det antas at han ville komme Ala al-Dawla i forkjøpet med å kreve tronen etter Shah Rukh. Alternativt kan det ha vært avtalt spill mellom Abd al-Latif og hans far Ulugh Beg som på dette tidspunkt var Shah Rukhs eneste gjenlevende sønn. Ala al-Dawla utropte imidlertid seg selv til sultan og betalte troppene for lojalitet med farfarens penger. Hans soldater gjennomførte så et angrep på Abd al-Latif og fikk satt Goharshad fri og fraktet Shah Rukhs levninger til Herat hvor han ble begravet i Goharshad-mausoleet i Mosalla-komplekset. Shah Rukhs levninger ble senere flyttet til Gur-e Amir-mausoleet i Samarkand av hans sønn Ulugh Beg.