I bunnen av Issyk-Kul-bekkenet ligger en plate av prekambrisk grunnfjell, et såkalt mikrokontinent. En tilsvarende, men mye større plate ligger under Tarimbekkenet lenger sørøst. Disse mikrokontinentene har hatt stor betydning for dannelsen av Tian Shan. De har holdt seg stabile mens krefter fra kollisjonen mellom kontinentalplatene har foldet fjellkjeder mellom dem. Fjellkjedefoldingen pågår fortsatt, og det er jevnlig sterke jordskjelv i området.