Da de tyske okkupantene også kom til Norge mistet han i desember 1940 lisensen fordi han var jøde. Eitinger involverte seg snart i motstandsarbeidet og gikk i dekning som sagbruksarbeider på Nesjestranda i Romsdal. På Nesjestranda var det flere flyktninger fra Tsjekkoslovakia, blant annet Otto Eisler med familie og familien Lustig. Han ble i mars 1942 arrestert og satt blant annet i Vollan fengsel og på Falstad. I november 1942 kom toget fra Trondheim for sent til DS «Donau» og de satt på Bredtvet Fengsel til de ble sendt til Tyskland med «Gotenland» i februar 1943.