Også innen de reformerte ordensgrenen oppsto det strid, og Johannes støttet da de moderate kreftene mot Nikolas Doria, som ville bryte helt med de ureformerte. Doria og hans meningsfeller vant makten i ordensgrenen, og Johannes ble fratatt embetet som prior. Fra 1585 var han provincial i Andalucía. Etter endt embetstid der ble han, fra 1588, prior i hovedklosteret i Segovia.