Selv om svenskenes leir ved Brønshøj ble opprettholdt flyttet sentrum for kamphandlingene seg til Fyn og Jylland, og samtidig begynte man på noen langvarige forhandlinger om fredsslutning ved nederlendernes mellomkomst. I denne perioden var det relativt fredelig i København, men beleiringen ble opprettholdt og der var stadig spredte trefninger. Den 13. februar 1660 døde den svenske kong Karl X Gustav og det banet vei for en egentlig fred, som ble underskrevet den 27. mai. Først den 11. juli ble Nørreport åpnet og tre dager senere ble det gitt fri adgang til bøndenes markedsvogner.