Lee ble innsatt som president den 25. februar 2008, og utnevnte Han Seung-soo som sin første statsminister. Partiuavhengige Chung Un-chan kom inn som ny statsminister i september, og ble avløst av Kim Hwang-sik fra Ny verden den 1. oktober 2010. Lee har blitt sterkt kritisert for mange av sine politiske utnevnelser, blant annet fordi mange av de utnevnte er svært velstående, men også fordi flesteparten kommer fra Ny verdens høyborg i Nord- og Sør-Gyeongsang. Lee er medlem og eldste i en presbyteriansk kirke i Seoul, og mange fremtredende regjeringsmedlemmer er medlemmer i den samme kirken. Lee skal visstnok ha hatt 80 % oppslutning blant landets kristne velgere i presidentvalget.