Hun er gift med tidligere visepresident Dan Quayle, og hadde dermed den uoffisielle tittelen som «USAs andredame» (visepresidentens ektefelle) 1989–1993. Da Dan Quayle ble valgt til visepresident i 1988, ble Marilyn tilbudt mannens plass i Senatet av Indianas guvernør, Robert Orr, men hun takket nei. Marilyn har engasjert seg i veldedighetssaker relatert til blant annet brystkreft, hvilket hennes mor døde av i en alder av 56.