Than Shwe begynte sin militær karriere i 1953 som armékadett, hvor han startet sin karriere ved å kjempe mot KNDO og karen-minoriteten i landet. Han ble vise armésjef i 1985 og var en av de 21 medlemmer av den militærjunta (SLORC — State Law and Order Restoration Council, fra 1997 kalt SPDC — State Peace and Development Council) som i 1988 avsatte den tidigere diktatoren Ne Win. Før maktovertakelsen i 1992 var han juntalederen Saw Maungs nærmeste mann.