Compaore er utdannet Master of Economic Sciences fra University of Lome i 1979. I 1981 begynte han ved Sentralbanken for de vestafrikanske statene (BCEAO), som leder for sentralstyret for kreditt og sentralstyret for inspeksjon. Der jobbet han fram til 1990, da han ble ansatt i Den vestafrikanske økonomiske og monetære union, som bankinspektør.