Etter samtaler med president Yahya Khan og den vestpakistanske politikeren Zulfikar Ali Bhutto ble Mujib arrestert, og det brøt ut en geriljakrig mellom regjeringsstyrker og separatister. Den indisk-pakistanske krig 1971 førte til at Bangladesh ble etablert, og etter at han ble løslatt, kunne Mujib innta kontoret som interimspresident og senere som statsminister. Selv da en forfatning ble vedtatt som krevde sosialisme og et sekulært demokrati, kjempet Mujib med de store utfordringen som stor fattigdom og arbeidsløshet var. Midt i stigende politisk uro fordømte han andre politiske partier og erklærte seg selv for president på livstid i 1975. Mujib ble snikmyrdet sammen med deler av sin familie av en gruppe offiserer i hæren.