Selv i romersk tid hadde stedet en historie som et betydelig senter for handel med rav, fraktet fra nord av handelsfolk som solgte det videre til Italia. Hovedimporten av rev krysset Donau ved Carnuntum. Stedet ble gjort il en av Hadrian (Aelium Carnuntum). Marcus Aurelius bodde her i tre år (172-175) i løpet av sin tid hvor han drev krig mot markomannerne, og han skrev deler av sin bok her. Septimius Severus, en tid guvernør av Pannonia, ble utropt som keiser av sine soldater her i 193 for å erstatte keiser Pertinax som hadde blitt myrdet. I 308 innkalte den gamle keiser Diokletian et historisk møte med sine med-keisere Maximian og Galerius i Carnuntum for å løse den voksende spenningen innenfor tetrarkiet = firemannsveldet. Det førte til sist for religionsfrihet for Romerriket. På 300-tallet ble stedet ødelagt av germanske angripere. Selv om det ble delvis gjenoppbygd av Valentinian I, klarte det aldri å komme tilbake til sin tidligere betydning, og Vindobona ble isteden det fremste militære senteret. I løpet av barbarinvasjonene eller folkevandringstiden ble Carnuntum til sist oppgitt og benyttet som gravlund og som en kilde for bygningsmaterialer for byggeprosjekter andre steder. Til sist ble levningene dekket av råtnende plantematerialer. Faktisk er bakkenivået i dag rundt 1,5 meter høyere enn i romersk tid.