Etter hvert ble det også oppdaget en del feil og unøyaktigheter i rapporten. Det er en vanlig oppfatning i forskningsmiljøene at disse ikke rokker ved hovedkonklusjonene i rapporten.. Kritikerne trekker blant annet frem noen tilfeller der IPCC henviser til ikke fagfellevurderte rapporter, såkalt grå litteratur, på tema og utsagn som vanligvis krever dette.