I september 1842, da misnøyen med Francisco Morazán hadde nådd toppen og landet var på randen av en krig med Nicaragua, ledet Pinto et folkelig opprør for å styrte ham. Soares ble innsatt som det neste statsoverhode den 11. september 1842. Av Juan Rafael Mora Porras og hans administrasjon ble Soares i 1851 anklaget for å ha konspirert mot regjeringen og han skal ha planlagt statskupp. Dette førte til at en straffesak ble åpnet mot ham og hans sønn Liborio, men denne ble avbrutt kort tid senere. Han døde i San José den 6. april 1865.