Foran stortingsvalget i 1989 var Bondevik sentral i arbeidet med å danne en ny borgerlig koalisjonsregjering. Han ble i 1989 utnevnt som utenriksminister i Jan P. Syses regjering i perioden 1989 til 1990. Bondevik knyttet i denne tiden mange internasjonale kontakter, og engasjerte seg internasjonalt for menneskerettighetene.