Han ble statssekretær etter Francis Walsinghams død, og da faren døde i 1598 etterfulgte han ham som dronningens ledende minister. Han kom i konflikt med Robert Devereux, 2. jarl av Essex, men takket være dennes dårlige krigføring i Irland gikk han seirende ut av konflikten, og jarlen av Essex ble til slutt henrettet. Da Elisabeth I døde, var han i posisjon til å arrangere arvefølgen til tronen. Jakob I utnevnte ham til baron Cecil av Essendon i 1603, og til vicomte Cranborne i 1604. Endelig ble han utnevnt til jarl av Salisbury i 1605.