Elva har utspring fra et navnløst vatn vest for Eaštorgeahčealáš på Ifjordfjellet og renner derfra i sørlig retning. Guorgajohka passerer gjennom innsjøene Bajit Guorgajávri og Vuolit Guorgajávri og fortsetter videre sørover til Bajimus Lavnnjosjávri. Elva snur nå mot vest og kalles heretter Lavnnjosjohka. Den fortsetter gjennom Gaskkamus Lavnnjosjávri og Vuolimus Lavnnjosjávri, og tar inn sideelvene Čeavrresjohka fra sør og Dollajohka fra nord. Elva fortsetter mot nordvest til den munner ut i Krokvannet (Márddašjávri).