Den største teologiske kontrovers under Eugenius var spørsmålet om Kristus hadde én eller to viljer. Den romerske ortodoksi hevdet at han hadde to, mens monoteistene hevdet at han hadde én. Eugenius sendte legater til Konstantinopel for å gjenopprette forbindelsen mellom Den hellige stol og keiserens hoff. Den nye patriarken av Konstantinopel, Petros, foreslo et kompromiss i denne striden. Han formulerte det slik at Kristus hadde to naturer som hver hadde sin vilje, men som person hadde han bare én. Dette ble akseptert av legatene, og Petros avla en skriftlig trosbekjennelse.