De første dokumentasjon viser til året 1351; i dette år var de første pilegrimmer fra Etiopia i den hellige stad Roma. En ytterligere datering av etiopiske geistliges deltakelse er deres deltsakelse på konsilet i Firenze i 1431. Det er overlevert at pave Sixtus IV (1471–1484) gav geistlige og pilegrimmer fra Etiopia bruk av et gjestehus og av den lille kirken Santo Stefano Maggiore, opphalt etter den hellige Stefan, på Vatikanhøyden. Hospitset ble frem til 1919 benyttet av pilegrimer fra Etiopia og fra Eritrea bruke det som herberge. Pave Benedikt XV (1914–1922) lot bygningen renovere, og tillot å innrette det for undervisning, og med dette ble det til et pavelig kolleg. De første seminaristene fra Etiopia kom til Roma i 1919. Huset gjorde også nytte som residens for etiopiske konger når de besøkte Roma. Pave Pius XI (1922–1939) ville gi kollegiet et nytt og større sted i Vatikanhaven, og gav Giuseppe Momo i oppdrag å bygge dagens (2023) bygning. Bygningen av det pågikk fra 1928 til 1931. Det opprinnelige hospitset ble revet, med unntak av kirken Santo Stefano Maggiore, som ble renovert. I 1930 fikk presteseminaret der status som pavelig seminar. Som geistlig forbeder fikk det den hellige Justinus de Jacobis.