Historisk en del av Lancashire, Bolton har sin opprinnelse i en liten bosetning i et lyngområde kjent som Bolton le Moors. I den engelske borgerkrigen var byen en parlamentarisk utpost i en ellers hardnakket rojalistisk region, og resultatet var at den ble stormet av rundt 3 000 rojalistiske tropper ledet av Rupert av Pfalz i 1644. I hva som ble kalt for Boltonmassakren ble rundt 1 600 av innbyggerne drept og 700 tatt til fange.