Episoder som ikke er en del av mytologien er vanligvis «ukens monster»-episoder, som handler om paranormale vesener eller situasjoner som Mulder og Scully etterforsker. Flere episoder utforsker også forholdet mellom Mulder og Scully og andre fokuserer på andre personer i serien, slik som Walter Skinner og The Lone Gunmen. Chris Carter har sagt at han ville unngå «ukens monster-syndromet», så disse episodene har noen ganger også utenomjordiske vesener og konspirasjoner for å skape en kontinuitet mellom mytologiepisodene.