Mange statsborgerskapssaker var fortsatt uavklart, så de færreste russere eller andre sovjetborgere som hadde kommet til Estland etter 1940 hadde stemmerett. De utgjorde en tredjedel av befolkningen. Heller ikke etniske estere som var født i eksil hadde stemmerett. Valget ble likevel gjennomført i ordnede og demokratiske former.