Faaborg er nevnt første gang i et dokument fra 1229. Det er et gavebrev som overdrar blant annet Faaborg som morgengave til Valdemar II av Danmarks svigerdatter, Eleonore av Portugal, og det nevner byen som en borg, som altså må ha eksistert før den tid. Borgen og festningen er vekk, og kun Vesterport er bevart. De eldste kjøpstadsrettigheter man kjenner til er fra 1251.