I 57 dager seilte og rodde de rundt sjøen, og kartla bredden hele veien. Stanley stadfestet at det nordre utløpet virkelig var en av Nilens kilder, slik John Speke tidligere hadde hevdet. Han fant også et stort innløp til sjøen fra vest, Kagera-elven, som er den fjerneste kilden til Nilen. Disse viktige oppdagelsene kom dog med en bismak: Flere ganger ble de truet eller angrepet av lokale stammer, og måtte drepe for å få kontroll over situasjonen. De vendte tilbake til hovedgruppen 5. mai, der enda flere hadde omkommet av sykdom (deriblant en av de hvite, Frederick Barker).