Det portugisisk-britiske samarbeidet fortsatte. Under Napoleonskrigene tidlig på 1800-tallet var Frankrike og Storbritannia i strid. Da Portugal nekta å delta i Frankrikes blokade av britiske havner, angrep franske styrker Lisboa i 1807. Britiske styrker blei satt inn for å forsvare Portugal, og kongefamilien blei evakuert til Brasil. Fra 1807 til 1814 hadde britene flere tusen soldater stasjonert på Madeira, i realiteten var øya okkupert. Etter hvert trakk britene deler av styrkene tilbake, og da Napoleon var slått, kom Madeira igjen under portugisisk styre.