Den 11. juli 2012 utnevnte pave Benedikt XVI han til biskop av Portsmouth. Han ble bispeviet i katedralen i Portsmouth av den emeriterte biskop av Portsmouth, Crispian Hollis, den 24. september samme år; medkonsekratorer var biskopen av Shrewsbury, Mark Davies, og erkebiskpen av Southwark, Peter David Smith. Egan inntok klare standpunkter mot homo-kampsaker og mot provosert abort. I et intervju i 2014 gav han uttrykk for at katolske parlamentarikere som stemte for samkjønnede ekteskap måtte avholde seg fra å motta nattverden.