Hans Stub var gift tre ganger. I 1876 med Didrikke Aall Ottesen (1855–1879), datter av Luther Church-lederen Jacob Aall Ottesen (1825–1904); i 1884 med Valborg Charlotte Amalie Hovind (1860–1901); og i 1906 med Anna Skabo (1867–1960). Gjennom sin andre kone var han svogeren til den norske forleggeren Hagbard Emanuel Berner.