I 1992 gikk García i eksil i Frankrike, etter Fujimoris statskupp da militærer gjorde en razzia mot hans hjem. Den nye regjering tok opp anklager mot ham at han skulle ha tatt millioner dollar i bestikkelser. García benektet dette. Høyesterett fastslo dessuten at foreldelsestiden var gått ut. Etter å ha bodd åtte år og 10 måneder i Colombia, returnerte han til Peru i 2001 for å stille til presidentvalget. 90 dager etter hjemkomsten vant han 48% av stemmene, men tapte med knapp mot Alejandro Toledo. Etter valget i 2001 ledet García, som ledere av APRA, opposisjonen i kongressen.