I den nøytrale tapskanningsmetoden skannes både Q og Q sammen, men med en konstant masseforskyvning. Dette tillater selektiv gjenkjenning av alle ioner som ved fragmentering i q fører til tap av et gitt nøytralt fragment (f.eks. HO, NH). I likhet med forløperionskanningen er denne metoden nyttig i selektiv identifikasjon av nært beslektede forbindelser i en blanding.