I løpet av siste halvdel av 1980-tallet skrev Thommessen en rekke større verk: trompetkonserten , operaen , bratsjkonserten , synthesizerkonserten og orgel og cellokonserten . Dette førte til flere priser: Kritikerprisen for 1987. Familien Wilhelm Hansens Legat (1987), Lindemanprisen for 1989. For mottok han Årets Verk 1989 i Norsk Komponistforening, en 2. Pris ved Rostrum i Paris og Nordisk råds musikkpris 1990.