I 1940 flyktet han fra Perpignan over Pyreneene Spania og derfra til USA. Sammen med ham under den dristige flukten var onkelen Heinrich Mann med ektefellen Nelly, dessuten ekteparet Alma Mahler og Franz Werfel. Fra høsten 1942 underviste Golo Mann historie i ti måneder ved i Olivet, Michigan. I 1943 fulgte han broren Klaus eksempel og gikk inn i US Army, ble amerikansk statsborger og arbeidet i i Washington, D.C. Oppgaven var å samle inn og oversette viktig militær informasjon. Mot slutten av krigen ble han sendt til London og etter en reise gjennom Tykland ble han så rasende over ødeleggelsen utført av «seiersherrepøbelen» forlot han på eget ønske US Army og arbeidet som sivil kontrolloffiser under krigsforbryterprosessene. Mot slutten av 1946 vendte han tilbake til USA.