Han sluttet seg til den republikanske siden ved hjelp av falske papirer, men hadde til hensikt å desertere så snart som mulig. Han meldte seg frivillig til å strekke telegrafledninger i nærheten av frontlinjene. Derfra klarte han å slutte seg til den nasjonalistiske siden under slaget ved Ebro i september 1938. Men Pujol ble like dårlig behandlet på den nasjonalistiske siden. Han mislikte deres fascistiske karakter og ble fengslet av sin oberst for å ha uttrykt sympati med det avskaffede monarkiet.