I førtiårsalderen ble Freud rammet av flere psykosomatiske forstyrrelser i tillegg til dødsangst og andre fobier. I denne perioden utforsket han sine egne drømmer, minner og sin egen personlighetsutvikling. Gjennom denne selvanalysen erkjente han sin fiendtlighet mot sin far, og seksuelle følelser fra barndommen rettet mot sin mor. Denne livsfasen, med de tilhørende følelsesmessige vanskelighetene, blir ansett som den mest kreative perioden i Freuds liv. Dette var også hans første møte med ødipuskomplekset.