Helgøya, med kirkestedet Helgøy, var tidligere kommunesenter for Helgøy kommune, som ble slått sammen med Karlsøy kommune i 1964. Helgøy kommune besto av den vestlige delen av dagens Karlsøy kommune. Helgøya er i dag fraflyttet, men kirken blir fremdeles brukt ved spesielle anledninger. Da settes det opp ferge til Helgøy for passasjertrafikk.