Kanariøyene har en endemisk spissmusart, , og tidligere fantes det tre endemiske musearter i øygruppa, på Tenerife og Gran Canaria og på Fuerteventura og Lanzarote. På de andre øyene i Makaronesia er flaggermus de eneste naturlige landpattedyrene. Det er 17 flaggermusarter i Makaronesia, og av disse er tre endemiske: på Azorene, Kanariøyene og Madeira; på Azorene og på Kanariøyene. Mennesker har innført 16 ikke-flygende pattedyrarter til øyene.