Man vet lite om skimmelflaggermusens adferd, da den er ganske sjelden. Hunner lever i små grupper på rundt 50 dyr, av og til flere hundre voksne hunner. I Vest-Europa består hannenes grupper av rundt 250 dyr og finnes bare om våren og tidlig sommer. Disse flaggermusene trekker, og strekninger på opp til 900 km har blitt observert.