Kongens Nytorv er bygget og utformet etter samme stil som de fleste andre underjordiske metrostasjoner i Køpenhavns metronettverk. Det er to hovednivåer under bakkenivå; den første er en bare en kort trapp ned fra gateplanet. På dette nivået kan passasjerer ta en heis ned til en mellometasje med utgang i motsatt retning, slik at de så kan ta en annen heis for å nå togplattformene. Det er også en heis som frakter reisende direkte til plattformen.