Som en av få virksomheter i Norge utdanner Kilen Sjøflyklubb sjøflypiloter. Flyprogrammet er godkjent av Luftfartstilsynet og omfatter blant annet valg og rekognosering av start- og landingsområde, manøvrering på vannet under forskjellige vind- og sjøforhold, flyging til innsjøer i fjellet og trening i valg av nødlandingsplass over sjø- og landområder. Den praktiske utdanning omfatter minst 10 timer instruksjon i sjøflyging under varierte operasjonelle forhold etter godkjent program. For å starte på den praktiske utdanningen må du ha gyldig PPL-A eller høyere sertifikatnivå. I tillegg stiller Kilen Sjøflyklubb et krav om at alle piloter må ha minimum 100 timers erfaring.