Landskapet på Vajgatsj består for det meste av tundra. Det finnes mange mindre elver på 20–40 km, myrområder og små innsjøer på øya. Lave åsrygger går på langs av øya, og ved kysten finnes stedvis lave klipper. Øya består hovedsakelig av kalkstein, men også leirskifer og sandstein. En stor del av øya er hevet over havflaten først etter istiden, og hevede strandlinjer forekommer hyppig. Berggrunnen er sterkt isskurt, men dette skyldes sannsynligvis havis, og ikke isbreer. Det finnes tre bosetninger på øya: Vajgatsj, Dolgaja Guba og Varnek.