Under anti-Ahmadiyya opptøyene i 1953 ble Nasir Ahmad fengslet for en kort tid, men ble så løslatt den 28. mai 1953. Etter å ha blitt løslatt tjenestegjorde han i forskjellige verv i trossamfunnet, inntil han ble valgt som Khalifatul Masih etter bortgang av sin far, Khalifatul Masih II.