Etter at han ble avsatt flyttet Kigeli til Tanzania. Senere flyttet han til Nairobi i Kenya, og etter å ha bodd i forskjellige afrikanske land, flyttet han til USA, hvor han bodde i Washington, D.C.-området, hovedsakelig i byen Oakton i Virginia, hvor han bodde fram til sin død i 2016. I eksil drev han stiftelsen .