RNAi har også en funksjon ved å regulere aktiviteten av visse gener. Såkalte mikroRNA transkriberes fra DNA i et av cellenes kromosomer. MikroRNA er små biter av RNA med en hårnålsstruktur, (for at dette skal kunne skje må de være helt eller delvis palindrome), og vil gjenkjennes som dsRNA av RNAi-maskineriet. Deretter vil det dannes siRNA igjen som hybridiserer med et mRNA og hindrer transkripsjon og dermed «stilner» genets ekspresjon. Dette er sannsynligvis en av de mange ukjente oppgavene til såkalt «junk»-DNA, DNA som ikke koder for proteiner.