Allerede i 1940 ble Vikinghallen beslaglagt av den tyske okkupasjonsmakten. Det gamle styret ønsket ikke å slutte seg til Statsråd Stangs forordning av 20. mai 1941 om beskyttelse av norsk idrett, og gikk av. En ny og nazistvennlig formann ble satt inn av Departementet for Arbeidstjeneste og Idrett. Som en konsekvens gikk også styrene i avdelingene av, og det kom til masseutmeldelse i foreningen, der ca 99 % av medlemmene meldte seg ut i protest. Foreningen fortsatte sitt idrettsarbeid utenfor foreningen, på "illegalt" vis, gjennom turer, hemmelige arrangementer og sosiale sammenkomster. I 1942 ble det sågar avholdt en illegal jubileumsfest i en hytte på Totland. Det kom til å bli en årelang konflikt mellom de medlemmene som hadde eierinteresser i Vikinghallen, og foreningens nazistvennlige styre. Det nye styret hevdet at foreningen eide hallen. Den gamle formannen i Viking, kjøpmann Johan Thomsen, som sammen med flere andre medlemmer hadde investert i bygget, protesterte mot beslagleggelsen, og ble politianmeldt for å holde tilbake deler av foreningens eiendeler og arkivalier. Mange av medlemmene var aktivt med i motstandsarbeidet og skrev på oppfordring ned sine opplevelser i medlemsbladet etter krigen. De som falt fikk sine historier nedtegnet av sine idrettskamerater, og hedret på den måten. Det ble også samlet inn midler til en minnetavle for de falne.