Grekernes seier rystet perserne, som ikke hadde blitt slått på land i mange tiår (med unntak av nomadestammene Samagaetes og skytherne), og nederlaget skapte store problemer for perserne. Mange folk, som var underlagt persernes styre, så at de ikke var uovervinnelige og gjorde opprør etter Marathon og orden var ikke gjenskapt på flere år.