Det var få som konverterte til islam i begynnelsen, men høyere skatt på kristne, utestengelse fra politiske og administrative embeter og andre praktiske ulemper førte etter hvert til at flere og flere konverterte. Etter å ha vært et overveiende kristent land ble Egypt gradvis omdannet til et overveiende muslimsk land mot 1200-tallet. Prosessen med konvertering av befolkningen økte i omfang under kristenforfølgelsene som ble iverksatt under regimet til Fatimid-kalifen Al-Hakim bi-Amr Allah, fra 996 til 1021, og i korsfarertiden.