Den 6. august 1945 ble nesten hele Hiroshima ødelagt etter atombombe. Denne bygningen var den eneste nær nullpunktet der bomben traff som ikke ble jevnet med jorden. Siden bygningen befant seg nesten rett under bomben, var effekten av trykkbølgen mindre. Bygningen var også en av få i området bygd av murstein: De fleste andre var laget av tre. Da bomben eksploderte, ble også denne bygningen ødelagt. Varmeutløsningen ovenfra ødela nesten hele bygningen, og drepte alle som var inne i bygningen. Fordi eksplosjonen kom rett ovenfra, var det enkelte vegger som unngikk totalkollaps. Sammen med rammeverket på kuppelen, har disse veggene blitt et symbol for ettertiden. Det er uvisst når bygningen fikk tilnavnet «A-bomb Dome».