Lyngen/Karnes spilte sin første sesong i seriesystemet i 1990 på nivå fire, etter å ha overtatt divisjonsstatusen til Lyngen IL, som rykket ned fra nivå 3 i 1989. Karnes IL rykket ned til nivå 5 i 1989. I flere år spilte laget på nivå 3 eller var blant topplagene på nivå 4. I 2014 spilte klubben på nivå 5 for første gang. I 2016 vant laget 4. divisjon avdeling Troms og ble KM-mestre.