Andraos Ghattas, som han da het, studerte blant annet i Roma og ble presteviet i 1944. Deretter underviste han ved presteseminaret i Tahta i Egypt, og trådte i 1952 inn i lasaristenes misjonskongregasjon. Etter seks år virke som sjelesørger i Libanon ble han superior og økonom for sin orden i Alexandria. I 1967 valgte den koptisk-katolske synode ham til biskop av Teben og Luxor, og i 1986 til patriark av Alexandria. Andraos Ghattas tok derpå navnet Stéphanos II. Pave Johannes Paul II kreerte ham til kardinal i 2001.