Elver som renner gjennom befolkede områder er gjerne resipient for jordbruksavrenning, kloakk og annen forurensing, og i spesielle tilfeller tungmetaller fra gruvevirksomhet. Ved perioder med lav vannføring blir konsentrasjonen av denne forurensningen større og kan virke sjenerende, for eksempel ved at bakterieinnholdet vil øke. Kombinasjonen av mindre bunnareal og økt konsentrasjon av forurensning kan være sterkt skadelig for bunndyr, vekster og fisk. Generelt kan redusert flom i en elv føre til mindre utspyling av forurensing som har hopet seg opp.