Den religiøse orden i det nye rike ble avbrutt da Akhnaton ble farao på 1300-tallet f.Kr. Han erstattet Amon med Aton som statens gud. Til sist avsluttet han og forbød dyrkelsen av de fleste andre guder og flyttet Egypts hovedstad til en ny by ved Amarna. I denne delen av Egypts historie, Amarnaperioden, krevde Akhnaton en enestående status hvor kun han kunne dyrke Aton, og befolkningen ble pålagt å dyrke ham. Akhnatons atonistiske system manglet et velutbygget mytologi og forestillinger om etterlivet, og Aton synes altfor fjern og upersonlig til at guden kunne appellere til de ordinære egyptere. Mange fortsatte antagelig å dyrke de tradisjonelle gudene i det private. Når statens støtte til andre guder avtok, ble det tidligere presteskapet mindre viktig. Ved Akhnatons død gjeninnførte hans etterfølgere det tradisjonelle religiøse systemet. Akhnatons revolusjonære atonistisme ble et kortvarig eksperiment, og med tiden ble alle monumenter fra Amarnaperioden revet.