Samtidig nådde han også ny erkjennelse vedrørende gulfeberen. I 1865 sendte Finlay en vitenskapelig artikkel til det kubanske vitenskapsakademi, der han drøftet sammenhengen mellom klimatiske forhold og gulfeber. Bidragende til hans neste tanke var hans studier av antikke maya-manuskripter - han kom til å spekulere på om sykdommen muligens ble overført av mygg, Han ettergikk dette, og ble berømt for sin påvisning av at myggen var smittebærer for sykdommen. Han anbefalte tiltak mot denne myggen for å komme sykdommen til livs. Det skulle ta 20 år før hans erkjennelser ble godtatt og lagt til grunn i sykdomsbekjempelsen.