Eksilregjeringen i London opprettholdt sitt departement, som imidlertid gjennomgikk flere omorganiseringer. I 1941 bestod det av Finansavdelingen, Hæravdelingen, Marineavdelingen og Flygeavdelingen, samt et etterretningskontor. I 1942 ble våpengreinsavdelingene avviklet og ansvaret overført til den gjenopprettede Forsvarets overkommando (FO), der hovedaktiviteten var konsentrert om å komme i inngrep med alliert planlegging for operasjoner i Norge og å bygge opp norske hjemmestyrker. Man begynte også å planlegge for gjenoppbyggingen av forsvaret etter frigjøringen (Græger og Neumann, 2006).