I 1939 begynte Manzù på en serie med bronserelieffer over temaet Jesu død. Arbeidene som ble utstilt i Roma i 1942 ble kritisert av den italienske fascist-regjering og kirken. I 1940 ble han ansatt som lærer ved Accademia di Brera i Milano, men senere flyttet han til Torino. Under andre verdenskrig flyttet Manzù tilbake til Brera og ble der til 1954. Frem til 1960 bodde han i Salzburg. Her møtte han Inge Schabel, hans fremtidige kone som sto modell for utallige portretter, sammen med sin søster Sonja. I 1964 fullførte han for Peterskirken i Roma. Samme år flyttet han til Ardea, nær Roma. Stedet heter i dag in Colle Manzù, oppkalt etter ham.