Faren Agnello hadde utnevnt ham som med-doge mens broren Giustiniano var i Konstantinopel. Da Giustiniano kom tilbake ble Agnello avsatt og Giovanni, som var en del av den pro-frankiske fraksjonen, ble sendt i eksil tilo Zara. Giovanni ble kalt tilbake av broren i 829 og utnevnt til etterfølger. Han ble valgt til ny doge etter brorens død og vider4eførte brorens arbeid med å bygge den nye kirken som skulle romme levningene etter evangelisten Markus som var byens nye skytshelgen. Han regjeringsperiode var imidlertid preget av interne og eksterne problemer og krangler.