Ved kgl.res. av 1. oktober 1965 ble Vardø prestegjeld og sogn delt ved at Båtsfjord kommune ble utskilt som eget kirkesogn med samme navn, gjeldende fra 1. januar 1966. En forutsetning for dette var imidlertid at det ble oppført en ny kirke i Båtsfjord. Ved kgl.res. av 22. mars 1968 ble Båtsfjord sogn utskilt som eget , gjeldende fra 15. september 1968. Båtsfjord kirke ble vigslet den 20. mai 1971.