Stiftelsen utvikler og forvalter den nasjonale miljøsertifiseringsordningen Miljøfyrtårn. Stiftelsen ble etablert i 2003 og er en nasjonal miljøsertifiseringsordning driftet av Stiftelsen Miljøfyrtårn i Kristiansand. En Miljøfyrtårnvirksomhet driver arbeid med miljøtiltak i hverdagen. Virksomhetene må dokumentere og oppfylle både lovbestemte krav og krav pålagt av Miljøfyrtårns sertifiseringsordning. Kravene omfatter miljøaspektene energi, avfall, transport, innkjøp og arbeidsmiljø. Virksomheten skal gjennomføre tiltak for å skape en mer miljøvennlig drift og godt arbeidsmiljø. Miljøfyrtårn har utviklet krav for 72 ulike bransjer i offentlig og privat sektor. Sertifikatet tildeles etter en uavhengig vurdering foretatt av kommunenes utnevnte sertifisør. Det leveres årlige miljørapporter, og virksomheten må resertifiseres hvert tredje år.