Da Tyskland invaderte Danmark i 1940 ble Grønland isolert fra moderlandet. Møtet mellom landsrådene i Nordgrønland og Sydgrønland, som vedtok en selvstendig Grønlandsk utenrikspolitikk, ble avholdt i nettopp Godhavn. Men, utfallet av møtet, den såkalte Godhavndeklarasjonen, var at administrasjonen av Grønland skulle samles i Nuuk (Godthåb). Dette endte Godhavns epoke som administrasjonssentrum for Grønland.