Portovenere ble grunnlagt i 50 f.Kr. som . I det 12. århundre kom Portovenere under Republikken Genova. Det ble i denne perioden bygget en festning. Portovenere har to kirker, (bygget 1116-1494) og (1256–1277). San Pietro er bygget samme sted som en kirke fra det 5. århundre, som igjen ble bygget på restene av et hedensk tempel.