Fra 1602 var Weelkes organist og ved katedralen i Chichester. Han fikk tiltakende problemer med alkoholisme og i 1616 ble han innrapportert til biskopen som notorisk fyllik og blasfemiker –. Året etter ble han avskjediget på grunn av orgelspill i beruset tilstand og upassende språk under gudstjenesten. Han ble gjeninnsatt og beholdt posten til sin død, selv om det ikke ser ut til at atferden bedret seg nevneverdig; han ble innrapportert for biskopen også i 1619.