I innendørssesongen 2012/13 klarte hun å forbedre sin personlige rekord i EM i friidrett innendørs 2013 til 8,18 sek på 60 m hekk, og tok seg til semifinalen. Hun fikk også to medaljer i NM i friidrett innendørs 2013 – gull på 60 meter hekk og bronse på 60 meter. Utendørssesongen åpnet hun lovende på Brandbu med 13,06 i for sterk medvind. Under Bislett Games forbedret hun sin personlige bestetid til 13,16 sekunder i godkjent vind. I friidrettsgallaen i Mannheim i Tyskland forbedret Pedersen sin personlige rekord ytterligere til 13,04. Dermed kvalifiserte hun seg også til friidretts-VM (B-krav). Den 13. juli 2013 løp Pedersen i U23-EM i friidrett inn til 13,08 sekunder i forsøket og deretter vant hun et overlegent gull i finalen med 13,12 sekunder foran Karolina Kolczek fra Polen (13,30 sekunder).