Ingen middelaldergjenstander ser ut til å være bevart, men enkelte etterreformatoriske inventargjenstander fra stavkirken er kjent. Noen få år før den ble revet, nærmere bestemt i 1742–43, skar Jakob Klukstad ny prekestol til stavkirken. Den er i bruk i dagens kirke, der dessuten en prekestol fra 1600-tallet henger på veggen i søndre tverrskip. Et alterskap fra 1600-tallet må også antas å ha blitt overført fra stavkirken. Det samme gjelder en «pengetafle» med offerskål, altså en kollektbøsse, som ble forært til kirken i 1732. Blant andre gamle og overførte gjenstander som er omtalt i jubileumsboken om Lesja kirke, er kalk og disk (1574–77, men bearbeidet senere) og et dåpsfat av messing fra 1600-tallet. Det har vært spekulert i om døpefonten som brukes i dagens kirke, er overført fra stavkirken, men dens opprinnelse synes ikke kjent.