Christian VII overtok tronen i 1766. Kongen var sinnssyk og ute av stand til å regjere. Bernstorff var i kraft av sin stilling som president for det tyske Kancelli utenriksminister i denne perioden. Dette innebar at han hadde utvidede fullmakter omtrent slik en kombinert statsminister og utenriksminister ville hatt i dag. Og det var Bernstorff som formulerte mesteparten av den danske politikken i denne perioden. Dette ble det en ende på da Johann Friedrich Struensee ville oppnå stillingen som kongens fortrolige. Struensee måtte kvitte seg med Bernstorff og lyktes med å finne en anledning til det. Bernstorff hadde sendt to orlogsskip på straffeaksjon mot algirske pirater, som hadde oppbrakt utallige danske og andre europeiske handelsskip i Middelhavet. Toktet endte som en katastrofe. 15. september 1770 ble han avskjediget og forlot Danmark. Den siste tiden av sitt liv levde han i Hamburg.