I 1454 inntok Abu Sa'id byen Balkh (i dagens Afghanistan) og nærmet seg dermed territoriet til timuriden Abul-Qasim Babur Mirza, en sønnesønn av Shah Rukh og Abu Sa’ids tremenning, som hersket i Herat. Abul-Qasim marsjerte mot Samarkand og beleiret byen, men de to timuridene inngikk en fredsavtale som fastsatte elva Amu-Darja (også kjent som Oxus) som grense mellom rikene. Denne avtalen sto ved lag til Abul-Qasims død i 1457. Abul-Qasims elleve år gamle sønn Mirza Shah Mahmud overtok sin fars herskertittel i Herat, men ble styrtet etter bare noen uker av Ibrahim Mirza (en annen tronpretendent blant timuridene). Abu Sa’id benyttet den ustabile situasjonen til selv å gå mot Herat og tvang Ibrahim Mirza på flukt. Dermed lå veien åpen for Abu Sa’id til å underlegge seg hele Khorasan-provinsen. Abu Sa'id ga etter dette også ordre om å henrette Shah Rukhs gamle, men svært innflytelsesrike enke Goharshad Begum fordi hun ble beskyldt for å ha samarbeidet med Ibrahim Mirza, hennes eget barnebarn.