Selv etter at den mistet sin uavhengighet var Rostov fremdeles et overmåte viktig kirkelig senter (fra 988 var den bispesete for et av de første russiske bispedømmene). På 1300-tallet ble biskopene i Rostov erkebiskoper, og på slutten av 1500-tallet metropolitter. Det er fra en av disse metropolittene, Iona (Jonas) Sysojevitsj (ca. 1607–1690) at byen har fått et av sine viktigste landemerker, byens kreml, som mange anser som den flotteste utenfor Moskva.