Han ble i 2001 dømt til 46 års fengsel for folkemord, forfølgelse, inhuman behandling og terrorisering av sivil befolkning, etnisk rensning av bosnjaker og mord av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia (heretter omtalt som Tribunalet). Han var den første personen som ble dømt for folkemord av Tribunalet. I 2024 erkjente han å ha medvirket til folkemordet i Srebrenica. Erklæringen kom i et brev til FNs organ for oppfølging av saker fra tribunalet (etter at tribunalet ble avviklet) blant annet for å vurdere løslatelse av dømte.