I 1911 blei Hamilton oppnevnt til spesialetterforsker i Bureau of Labor (det seinere arbeidsdepartementet). Hun fortsatte arbeidet med blyskader og dokumenterte sjokkerende dødelighets- og sjukdomsrater. Seinere studerte hun forholda i gummi- og ammunisjonsindustrien. Ei særlig utfordring var å holde øye med de hemmelige ammunisjonsfabrikkene som blei oppretta under første verdenskrig.