I 1689 ble Kosovo i stor grad forstyrret av den store tyrkiske krig (1683–1699) i en av de sentrale hendelsene i serbisk nasjonalmytologi. I oktober 1689 invaderte en liten styrke fra det habsburgske riket under ledelse av markgreve Ludvig av Baden og nådde så langt som til Kosovo som en følge av deres tidligere erobring av Beograd. Mange serbere og albanere ga sin troskap til østerrikerne, en del av dem gikk med i markgrevens hær. Det var på ingen måte ensidig, mange albanere kjempet sammen med osmanene mot den østerrikske invasjonen. Et stort osmansk motangrep den følgende sommeren drev østerrikerne tilbake til deres festning i Niš, deretter til Beograd, og til sist over Donau. Ved freden fulgte osmanernes hevn som rammet den serbiske befolkningen hardt. Det fulgte en stor utflytting av serbere, det finnes opplysninger på at 37 000 serbiske familier forlot Kosovo.