Når dobbelttrådet RNA brytes ned ved RNAi vil det dannes små biter på 20-24 basepar kalt small interference RNA (siRNA) som fester seg til eventuelle mRNA-transkripsjoner av gener som er komplementære. RNAse-enzymer, RNA-degraderende proteiner vil så ødelegge disse trådene og hindre translasjon (dannelse av proteiner). De vil også hindre dannelse av nytt virus-arvestoff hvis RNA opprinnelig entret cellen via et virus.