Dupré ble født i Rouen i Normandie i Frankrike i en musikalsk familie. Hans far Albert Dupré var organist i Rouen. Marcel begynte på Paris Conservatoire i 1904. Der studerte han med Louis Diémer og Lazare Lévy (piano), Alexandre Guilmant og Louis Vierne (orgel), og Charles-Marie Widor (komposisjon). I 1914 vant Dupré Grand Prix de Rome for sin kantate . I 1926 ble han utnevnt til professor i orgelspill og improvisasjon på konservatoriet, en stilling han beholdt til 1954.