Etter at franskmennene hadde deportert Toussaint-Louverture og kampen igjen hadde startet, støttet Pétion de haitiske opprørerne, etter å ha deltatt på en hemmelig konferanse i Arcahaie, hvor Pétion hadde støttet Jean-Jacuqes Dessalines, generalen som hadde inntatt Jacmel. 17. oktober 1803 inntok opprørerne Port-au-Prince, 18. november ble restene av Leclercs ekspedisjonsstyrke knust i slaget ved Vertières og 1. januar 1804 erklærte Dessalines Saint-Domingue uavhengig under navnet Haïti. 6. oktober samme år erklærte Dessalines seg som hersker på livstid, og ble kronet til keiser.