Øya er en del av Raet nasjonalpark og består for en stor del av morenemasse. Jerkholmen er kvartærgeologisk en del av det store raet; en israndavsetning som kan følges fra Finland, over Sverige og langs hele Norge og inn i Russland. Strukturen fortsetter fra Jerken østover til Merdø og Hove på Tromøy, og vestover gjennom Hasseltangen landskapsvernområde og Søm-Ruakerkilen naturreservat til Fevik i Grimstad kommune.