Møller samlet i 1997 vervene som politisk leder, partiformann og politisk ordfører i Det Konservative Folkeparti på sin hånd. I slutten 1990-årene pågikk samtidig fløykampen mot forgjengeren Hans Engell. Møller ble tvunget til å fratre som frontfigur som følge av partiets nedslående resultat i folketingsvalget i 1998, og ble etterfulgt av Pia Christmas-Møller.