Kirurgisk behandling kan være et alternativ for en del pasienter som ikke blir anfallsfrie med medisiner. I Norge behandles årlig 30 – 40 pasienter med kirurgi for sin epilepsi. Av disse blir 50 %–80 % anfallsfrie – avhengig av type epilepsi. Ved epilepsikirurgi forsøker man å stoppe epilepsien ved å fjerne det epilepsigivende området i hjernen som kalle epilepsigivende fokus. Hvis det ikke foreligger et avgrenset område som kan fjernes, kan man i noen tilfeller utføre inngrep for å hindre at epileptisk aktivitet skal spre seg i hjernen og på dette vis kan man begrense omfanget av anfallene. En viktig forutsetning for epilepsikirurgi er at man kan finne et klart avgrenset område i hjernen hvor anfallene starter og som er mulig å operere uten å påføre pasienten tilleggsproblemer. Best effekt av epilepsikirurgi har man oppnådd når man kan påvise et epileptisk fokus i tinninglappene, men man kan også oppnå god effekt ved operasjon av andre områder av hjernen.