Like etter at han ble født flyttet familien fra Mauritania til Mali, som var farens hjemland. Der gikk Abderrahmane Sissako på skole inntil han forlot landet i 1980. Etter et kort opphold i morens fødeland Mauritania, dro han til Moskva. Der studerte han filmregi ved Det allrussiske statlige kinematografiske institutt (VGIK) fra 1983 til 1989. På begynnelsen av 1990-tallet etablerte han seg i Frankrike.