Katharine Jefferts Schori har irske og sveitsiske aner. Hun var datter av Keith Jefferts, en atomfysiker, og Elaine Ryan, en mikrobiolog. Jefferts Schori var først katolikk. I 1963 brakte foreldrene henne i en alder av åtte år med seg inn i Episcopal Church ( i New Providence i New Jersey) da de selv forlot katolisismen. Moren hennes konverterte til østlig ortodoksi noen år senere og døde i 1998.