Øst for Langøen fantes en grunne kalt Mudderøen og området mellom Langøen og Mudderøen samt selve Mudderøen ble fylt opp og slik oppsto Frederiksholm. Her var det meningen at det skulle bygges boliger for flåtens personale som erstatning for Nyboder, men planene ble aldri realisert. I stedet ble det ført opp skur til oppbevaring av skipenes master. Det ble også oppført en rekke andre bygninger på øya. Etter «kanonbåtkrigen» ble det oppført skur til oppbevaring av kanonbåtene. Da Nyholm som nevnt var blitt utvidet og var vokst sammen med Ballastøen og Ankerøen til det nåværende Nyholm, anla man en ny Ballastø og en ny Ankerø vest for Frederiksholm. Da man forlot Gammelholm på midten av 1800–tallet, ble de fleste aktivitetene herfra plassert på Frederiksholm og i 1918 etablerte man så Orlogsværftet her samt på Dokøen.