Heffer endret sitt politiske syn på det europeiske fellesmarkedet, fra å være en frittalende støttespiller endret han mening og ble en frittalende motstander mot et slikt system, og for en kortere periode satt han som medlem i den britiske regjering på midten av 1970-tallet. Hans senere politiske karriere ble dominert av hans mange bidrag til debatter innenfor det britiske Labour Party. Etter den andre verdenskrig bodde Heffer for en kortere periode i Hertford sammen med sine foreldre, og han kjempet som kandidat for Communist Party of Great Britain for Hertford Urban District Council i 1946, men han ble beseiret under det kommende valget.