Finsen skjønte på sine senere år at han kom til å dø tidlig, og ble derfor også etter eget ønske obdusert. Formiddagen den 25. september ble obduksjonen foretatt av patolog Victor Scheel, under oppsyn av Anton Fløystrup og instituttets leger. Finsens lungehinner var fortykket og delvis sammenvokst med brystveggen, og det fantes væske i begge brysthuler. Lungene var sterkt væskefylte, men det ble ikke påvist rester etter tuberkulose eller blodpropp. I hjertehinnen, som var sammenvokst med hjertet, fant man tykke kalkplater, altså såkalt panserhjerte. Hjertet var i seg selv lite og slapt, og selv om hjerteklaffene var normale, var åpningene mellom forkamrene og hjertekamrene ganske store. I underlivet var det 500 cm³ klar væske, men det ble riktignok foretatt en uttapping dagen før døden. Scheel mente at tilstanden med panserhjerte utviklet seg tidlig hos Finsen, og dermed hemmet hjertets vekst og pumpefunksjon. Hele leveren og milten var innkapslet i et porselenaktig lag. Leveren var nokså liten, mens milten var veldig stor. Nyrene var normale og uten nyrestein. Scheel konkluderte med at Finsen hadde lidd av Niemann-Picks sykdom.