Pave Pius II utnevnte Isidor i 1459 til latinsk patriark av Konstantinopel og til apostolisk administrator av Nikosia erkebispedømme (Kypros). Begge embeter var i praksis rene ærestitler. De siste to år av sitt liv var han i tillegg dekanus av kardinalkollegiet. Han døde i Roma i 1463.