Otnes' familie kan kun føres tilbake til 1790, da tippoldefaren Ole Toressen (død 1833) var husmann i Bergfallvika i Aure og arbeidet ved offisersgården Bergfall. I 1800 flyttet familien til husmannsplassen Otnesbukta, hvor de måtte tegne hard husmannskontrakt med gjeting og onnearbeid, og tok siden navn etter husmannsplassen. Jon Otnes' farfar Lars Olsen (Otnesbukta) (1849–1936) var opprinnelig husmann, men kjøpte plassen Bekken i 1898 og ble dermed selveier og småbruker. Jon Otnes' far var Ole Otnes (1876–1923)..