Magufuli gikk som president raskt til felts mot elitenes korrupsjon, nepotisme og sløseri med skattebetalernes penger. Han fikk for eksempel i desember 2015 avsatt hele ledelsen av den tanzanianske havnemyndighet for korrupsjon og vanstyre. En av hans første embedshandlinger var å avlyse festlighetene planlagt for unavhengighetsdagen, fordi han mente at kostnadene bedre kunne benyttes i kampen mot koleraen. Skattesnytere fikk en ukes amnesti til selv å opplyse om hva de hadde holdt unna. For regjeringsrepresentanter på utenlandsreise ble refusjon av reisekostnader på første klasse ikke utbetalt.