Roy har blant annet kritisert demningsprosjektet i Narmada i India, det indiske atomvåpenprogrammet, Indias innsats i Kashmir, krigen mot Irak og Israels angrep på Libanon sommeren 2006. Hun er også en markant kritiker av globalisering og nyliberalisme. Denne aktivismen har gjort henne upopulær i visse kretser. Hun er blant annet blitt beskyldt for å være anti-indisk og anti-hinduistisk, noe som forsterkes av hennes familiemessig bakgrunn i den kristne minoriteten i India. Hun er også blitt beskyldt for anti-amerikanisme.