Dette skjedde samtidig med at Konrad Naumann ble støtt ut av sentralkomiteen i SED og Häber ble politisk isolert. Han fikk et nervesammenbrudd og ble lagt inn på sykehus 18. august 1985 i Berlin. Der ble han av Honecker diktert sin avskjedssøknad "av medisinske grunner". Sentralkomiteen i SED gikk med på hans uttredelse 22. november 1985 "etter eget ønske". Til mars 1986 var han på sykehus. Deretter var han til 1989 medarbeider ved Akademie für Gesellschaftswissenschaften beim Politbüro des ZK der SED.