Det er usikkert hvor Françoise d'Aubigné ble født. En plakett antyder at hennes fødested var på Hotel du Chaumont i Niort. Hennes samtidige fiender og kritikere hevdet at hun ble født i et fengsel i Niort, hvor hennes far, hugenotten Constant d'Aubigné, sonet etter å ha konspirert mot Kardinal Richelieu. Hennes mor Jeanne de Cardhillac var datter av Constants fangevokter. Hennes bestefar var Agrippa d'Aubigné, en velkjent protestantisk general og nær venn av Henrik IV. Som pliktoppfyllende katolikk hadde Jeanne døpt sitt barn i sin egen katolske tro; Françoise d'Aubignés gudforeldre var Comtesse de Neuillant og Duc de la Rochefoucauld, far til forfatteren François de la Rochefoucauld.