Da den franske keiser Napoleon inntok Roma og forviste pave Pius VII i 1809, flyktet Cappellari til Murano. Derfra flyttet han og en gruppe munker til Padova i 1814. Etter Napoleons endelige nederlag ble Cappellari kalt tilbake til Roma for å være sin ordens generalvikar. Han ble så også rådgiver til inkvisisjonen og senere promovert til orefekt for Kongregasjonen for Troens utbredelse, som hadde tilsyn for alt misjonsarbeid utenfor det spanske rike. Han ble to ganger tilbudt et bispesete, men avslo begge ganger.