Alle innenlandsruter opereres av MŽ, med forbindelser fra Skopje til Tetovo, Gostivar og Kičevo i vest, til Volkovo i nordvest, til Kumanovo og Tabanovci i nord, til Sveti Nikole, Štip og Kočani i øst, til Veles, Negotino og Gevgelija i sør/sørøst og til Bogomila, Prilep og Bitola i sørvest.