Etter kamp med Polen og Ungarn underla Böhmen seg nabolandet Mähren og det som var igjen av Stormähren, tidlig på 1000-tallet. Mähren fortsatte dog å være et atskilt markgrevskap, vanligvis styrt av en yngre sønn av kongen i Böhmen. Grunnet komplekse dynastiske forhold var Mährens forbindelse med kongedømmet Böhmen tidvis vanskelig fram til 1500-tallet, og iblant var Mähren direkte underlagt den tysk-romerske keiseren. Selv om Mähren var nært knyttet til Böhmen, holdt landet seg utenfor Böhmens indre stridigheter. Tsjekkisk historie utspilles i Böhmen.