Johanna var datter av Wilhelm XII, greve av Auvergne og Boulogne og Marguerite d'Évreux: moren var søster av Filip III av Navarra. Da faren døde i 1332 ble Johanna regjerende vasallgrevinne av Auvergne og Boulogne. Hun giftet sig med Filip av Burgund og ble mor til Filip I av Burgund.