Visser 't Hooft studerte teologi ved universitetet i Leiden og gikk deretter over i en karriere i diverse økumeniske fora i Nederland og internasjonalt. Han var blant annet en periode leder for World Christian Student Federation. Under andre verdenskrig støttet han den tyske bekjenneseskirken som stod i opposisjon til nazistene. Da Kirkenes verdensråd ble stiftet i 1948 var han en av foregangsmennene, og ble organisasjonenes første generalsekretær. Han stod i stillingen helt fram til 1966.