Zappas musikk har fått en oppblomstring på 2000-tallet. Sønnen, gitaristen Dweezil Zappas turnéprosjekt , og Gail Zappas arbeid med nye utgivelser fra Frank Zappas omfattende lydarkiv, har gjenopplivet interessen for artisten. I Bad Doberan i Tyskland arrangeres den årlige -festivalen med Zappa-relatert musikk og musikere. I Norge har gitaristen Jon Larsen med sitt -prosjekt involvert en rekke av Zappas gamle medmusikanter, som Tommy Mars (keyboard), Bruce Fowler (trombone), Jimmy Carl Black (vokal/perkusjon), Arthur Barrow (bass/lydtekniker). De har også etablert merket , viet til Zappa-inspirert musikk.