Koret er etter Birgittas forskrifter hevet seks trinn over skipet. Under koret har man gravet ut en krypt som ikke synes å ha hatt annen funksjon enn å heve koret. Sideskipene har samme høyde som midtskipet, men er halvparten så brede. Som moderkirken i Vadstena bæres skipets hvelv av åttekantede pilarer. Vindusåpninger over hvelvet kunne tyde på at midtskipet opprinnelig har hatt åpen takstol, midtskipets hvelv har form av ufullstendige stjernehvelv, som biskop Gisicos hvelv i Sankt Knuds kirke i Odense.