Varanger museum ble etablert 1. januar 2006 som et ledd i museumsreformen, men har røtter helt tilbake til 1894. Fra starten var Vardø museum og Vadsø museum – Ruija kvenmuseum med, mens Sør-Varanger museum kom med fra 1. september 2009. Museet har et særlig ansvar for pomorhistorie, kvensk/norskfinsk historie, grensehistorien nordøst i landet og partisanvirksomheten.