Pavene Eugenius IV og Nikolas V betrodde ham flere oppdrag, som han gjennomførte med stor iver. Han ble sendt til Milano og Burgund for å forsvare paven mot motpaven Felix V, til kongen av Frankrike, og som apostolisk nuntius til Østerrike. Giovanni da Capistrano virket under alle disse misjoner iherdig mot alt som stred mot den katolske kirkes lære, særlig mot husittenes lære. Han førte under dette flere for rette, foruten husittene, jøder på Sicilia og i Moldavia og i Ferrara. Han skrev dessuten mange bøker, och var Bernardinus behjelpelig i å reformere fransiskanerordenen; blant annet støttet han Coletta di Corbie i hennes reformering av klarissene. Som teolog gikk han inn for pavens øverste myndighet overfor konsiliarismen.