Etter at han forlot Buffalo gikk Saban tilbake til å være trener på collegenivå. Han jobbet blant annet for University of Miami, Army, University of Central Florida og Peru State College. Han hadde også noen stillinger for high schools og for to lag i Arena Football League. Saban byttet jobb ofte og fikk derfor et rykte for å være midlertidig. Ved Central Florida fikk han kallenavnet Lou «two point two» Saban fordi han vanligvis holdt seg i samme jobb i omtrent 2,2 år. Saban var til å begynne med uenig i denne beskrivelsen, men tok den senere til seg. I løpet av sin 50-årige karriere holdt han 21 forskjellige trenerstillinger (i snitt 2,38 år per jobb), og endte karrieren ved Chowan University i Nord-Carolina mellom 2001 og 2002. Som trener i AFL og NFL hadde Saban et sammenlagtresultat på 95–99–7. På collegenivået var sammenlagtstillingen 94–99–4. Saban hadde hjerteproblemer og måtte innlegges etter et fall i sitt eget hjem i 2009. Han døde mars samme år.