Under Andre verdenskrig tjenstgjorde Bates i United States Army, arbeidet ved Quartermaster ved generalens kontor hvor han arbeidet med å utvikle forbedret utstyr og klær for hærens fjelldivisjoner. Han rekrutterte et dyktig team som bestod fjellklatrerne William P. Hus, Walter A. Wood III, Bestor Robinson, H. Adams Carter, Terris Moore, Bradford Washburn og den australske oppdager Hubert Wilkins. Han ble oberstløytnant og fikk Bronze Star Medal og Legion of Merit.