Jondalstunnelen var delvis bompengefinansiert og det kostet 32 kr for småbiler og 51 kr for store biler uten rabatt frem til 8. juli 2020, da bompengeinnkrevingen ble avsluttet. Fra åpning og til 1. desember 2018 var prisene 100 kr for småbil og 200 kr for tungbil.