I løpet av det 15. og 16. århundre slo kirgiserne seg ned i territoriet som i dag er kjent som republikken Kirgisistan. Det sørlige området kom under kontroll av khanen i Kokand på begynnelsen av det 19. århundret, men det ble senere okkupert og formelt annektert av det russiske imperiet i 1876. Den russiske overtagelsen førte til utallige opprør mot tsarens autoritet, og mange kirgisere valgte å flytte inn i Pamir-fjellene i Afghanistan. Den nådeløse måten opprøret i Sentral-Asia i 1916 ble slått ned på, som ble utløst av at russerne innførte verneplikt i den russiske hær, fikk mange kirgisere til å flykte til Kina.