Betegnelsen er satt sammen av det danske ordet Skagen og den nederlandske endelsen «-rak» som betyr «rett/bein/rak havstrekning» – altså den rette veien mot Skagen. Trafikken i Skagerrak med seilskip gikk i hovedsak langs norskekysten fordi skjærgården gav muligheter for å søke nødhavn i dårlig vær samtidig som man på denne ruten holdt unna de langgrunne, lumske farvannene langs danskekysten – blant annet med navn som Jammerbugt.