De omkring 450 jøder (omkring 7 % av det samlede antall jøder i Danmark), som ikke hadde mulighet for å flykte, eller ble tatt under flukten, ble satt på skip i Københavns havn. De danske jøder ble – skjønt det må ha vært forferdelige opplevelser for dem – behandlet meget bedre enn jøder i andre land. Det berettes, at de tyske tropper banket på døren, når de skulle arrestere jøder – i stedet for å sparke døren inn, som de gjorde i andre land – og noen soldater gikk (ifølge enkelte kilder) kun videre, hvis ingen åpnet. For det andre ble de danske jøder på grunn av dansk press ikke sendt videre til tilintetgjørelsesleirer fra konsentrasjonsleiren Theresienstadt i Bøhmen. I denne leiren var det ingen gasskamre og «kun vanlige mord» forekom.