I en ekstern evaluering, framlagt i april 2006, anbefales en omorganisering av SEFIAs virksomhet fordi senteret ikke har vært forskningsmessig ambisiøst nok. Etter høringer ved Høgskolens avdelinger og sentre vedtok HiOs styre i desember 2006 å nedlegge SEFIA. Utdanningene videreføres og blir lagt til en av Høgskolens andre avdelinger, mens det også avsettes midler til videreføring og fornyet forskning på det flerkulturelle området. Omorganiseringen skulle være gjennomført innen 1. august 2007. Fra denne dato opphørte SEFIAs eksistens som eget senter ved Høgskolen i Oslo.