I 1997 ble Austria Klagenfurt slått sammen med Villacher SV til . I 1999 fikk de navnet FC Kärnten, og de gikk gult og rødt som draktfarger, sannsynligvis etter våpenskjoldet. De vant den nest øverste serien og den østerrikske cupen i 2001. I 2002 til 2004 var de i Bundesliga igjen, og igjen ble en femteplass det beste resultatet.