Han giftet seg i 1913 med Barbro Sandstad (1879-1970) fra Ytterøy. Hun var barnebarn av ordfører og stortingsmann Anders Sandstad og søskenbarn av Halvor Bachke Guldahl. Ekteparet Lien flyttet fra Ytterøy til Bjugn i 1920, og overtok heimgarden hans. Barbro og Claus Lien fikk fem barn, hvorav bare ett overlevde dem.