Hun ble tilknyttet Hongkongs helsevesen i desember 1978. I april 1992 ble hun forfremmet til visedirektør for Hongkongs helsedepartement, og i juni 1994 ble hun departementets direktør. Som helsedirektør der fikk hun bred erfaring med tiltak mot smittespredning, som ved fugleinfluensautbruddet i 1997. I Hongkong ble 18 personer syke av influensaen i 1997–1998, og seks av dem døde av sykdommen. Det var dem som i ettertid mente at Dr. Chans tiltak da de første meldinger kom om H5N1-fugleinfluensaen blant barn kan ha forhindret en pandemi. Hun ble imidlertid utsatt for kritikk både i parlamentet og i offentligheten for påstått nølende reaksjon mot SARS i 2003. Men andre roste henne og mente at kritikken var helt forfeilet. Sykdommen ble faktisk holdt i sjakk, også i Hongkong – der det var 299 dødsofre for sykdommen – og som var særlig utsatt på grunn av sin nærhet til smittekildene i provinsen Guangdong i Fastlands-Kina.