Han har hatt en rekke verv i SV, blant annet som leder av Trondheim SV i flere år i 1990-årene, leder av Sør-Trøndelag SV mot slutten av 1990-årene og medlem av landstyret i SV fra 1997 til 1999. Fagerbakke var 2. varamedlem til Stortinget i perioden 2009–2013.