Den 10. april 1533 døde kong Fredrik I og Johan Kruckow ble da involvert i valget av ny konge. I august og september 1533 var Johan på et møte i riksrådet som var innkalt av erkebiskopen. Valget av ny konge ble da drøftet. Våren 1534 har han trolig vært hos erkebiskopen i Trondheim. Valget av ny konge har nok vært blant de sakene som har vært drøftet. Mellom de som reiste til kongevalget i Danmark var sønnen Hans Kruckow. På veien ble de tatt til fange av hanseatene, og ført til Lübeck. Hva Johan da foretok seg er ikke kjent, men den 14. juli 1534 var han fortsatt i Bergen. Fangene ble ikke satt fri før i november samme år. I denne perioden er ikke Kruckow omtalt i kildene. Når han igjen nevnes neste år, går det fram at han var syk.