Ernst Nolte ble født i Witten i Westfalen i Tyskland, inn i en romersk-katolsk familie. Noltes foreldre var Heinrich Nolte, en skolerektor, og Anna Nolte (pikenavn Bruns). Ifølge Nolte i et intervju den 28. mars 2003 i den franske avisen var hans første møte med kommunismen hos et legekontor da han som syvåring i 1930 leste en tysk oversettelse av en sovjetisk barnebok som angrep den katolske kirke, noe som provoserte ham.