Skram skole, bygget i 1920 hadde opprinnelig åtte klasserom og var således kraftig overdimensjonert da Måløy på den tiden kun hadde 1200 innbyggere. Den svære skolebygningen fra den optimistiske jobbetiden var stor nok til å huse Måløy-elevene til ut på 1970-tallet uten at det var nødvendig med påbygg. Skolen ble siden utbygd flere ganger og det siste nybygget på skolen stod ferdig i 1997. Skram skole har svømmebasseng som blir brukt av alle skoleelevene i Vågsøy. Skolen har vært den største barneskolen i Vågsøy med 160 elever i skoleåret 2009/2010. Vågsøy Ungdomsskole på Gotteberg stod ferdig i 1965 og huser ungdomstrinnet (8. – 10. klasse) for hele Vågsøy. Ungdomsskolen hadde svømmebasseng og stor gymnastikksal. Hele skolekomplekset ble revet i 2015 og komplett ny skole stod ferdig i 2017. Måløy vidaregåande skule ligger på Tennebø, samlokalisert med Nordfjordhallen og Samfunnshallen. Andre skoler i byen er barneskolene Skavøypoll skule og Holvik skule.