John Lund var sønn av skipsfører Eilert Theodor Lund og Ellen Bertine Knudsen. Konen, Georgine Johanne Janson, var datter av kjøpmann og amerikansk konsul Helmich Janson (1804–68), som eide Damsgård hovedgård og Constance Frederikke Sophie Neumann (1808–80]. Lund var svoger til dikteren Kristofer Janson og far til fire døtre og maleren John Macody Lund.