Den tyske forbundsmarinen deltok sammen med Den slesvig-holstenske flotiljen i den første slesvigske krig mot de danske stridskreftene til sjøs. Det kom til flere mindre trefninger, ofte uten resultat mot de overlegne danske flåtefartøyene. Den meste kjente av disse er trefningen ved Helgoland 4. juni 1849. Her kom den tyske Nordsjøflotiljen på tre skip i kamp med den danske blokadeeskadren i Nordsjøen på fire skip, hvorav to var på skuddhold. Admiral Brommy forsøkte å bryte den danske blokaden med et streiftog ut til den britiske Helgoland. Danskene grep inn og drev ham tilbake. Som i de fleste sjøtrefningene i krigen ble det bare mindre skader på materiell og besetning. Denne trefningen er den første kampen til sjøs som tyske krigsskip førte under det svart-røde-gylne flagget.