Da partiformann Nils Trædal omkom i en ulykke høsten 1948 åpnet det seg en stortingsplass for Bondepartiet i Sør-Trøndelag. Borten takket ja til nominasjonen i 1949, og samme høst ble han valgt til Stortinget. Her kom han til å sitte frem til 1977, fra 1956 også i gruppestyret.