Mytene som knytter Harmonia til Samothraki forteller at Kadmos på sin sjøreise til øya, etter å ha blitt innviet i mysteriene, oppdaget Harmonia og fraktet henne bort fra øya som sin brud ved hjelp fra Athene. Da Kadmos senere ble tvunget til å gå av som konge og forlate byen Theben, ble Harmonia med ham. Da de kom til folket enkeleiene (gresk: Ἐγχελεῖς, ), antatt å være i området rundt Ohridsjøen. De ble herskere over dette folket og hjalp dem å bekjempe andre illyriske stammer. Senere ble han forvandlet til en slange, og Harmonia rev av seg klærne i sorg og tryglet ham om å komme tilbake. Da ble hun omfavnet av Kadmos i hans slangeform i et basseng av vin. Gudene hadde medynk og forvandlet også henne til en slange slik at hun kunne være sammen med ham.