I middelalderen og frem til Reichsdeputationshauptschluss i 1803 var biskopen også fyrstbiskop, dvs. verdslig hersker over deler av bispedømmet sitt. Territoriet hans (høystiftet) var ikke sammenhengende og ikke spesielt stort. Mesteparten hadde tidligere vært i besittelse av grevehuset Hirschberg og tilfalt biskopen etter den siste grevens død i 1305. Mellom 1803 og 1805 inngikk høystiftet Eichstätt i det nyoppretta kurfyrstedømmet Salzburg, men tilfalt så Bayern.