I august 2006 takket han ja til et tilbud fra Derby County, og den 12. august 2006 spilte han sin første kamp for . Bywater signerte først en låneavtale, men den ble erstattet med en permanent kontrakt den 28. august da Derby betalte £375 000 til West Ham. Totalt spilte han 37 ligakamper for Derby i 2006/07-sesongen, og han spilte også 6 andre obligatoriske kamper for klubben i denne sesongen.