Som sønn av en vertshuseier hadde Auenbrugger lært seg å estimere restmengde vin ved å banke på vintønner, og oppdaget som lege at det er mulig å vurdere tilstanden i thorax ved å banke på ulike steder av brystveggen og sammenligne lyden hos pasienten med friske individer. I 1761 publiserte han skriftet («ny teknikk for å oppdage skjulte brystsykdommer ved å banke på den menneskelige brystkasse»), noe som gjør at han regnes som oppfinner av den medisinske undersøkelsesmetoden perkusjon. Sammen med oppfinneren av stetoskopet, René Laënnec, regnes han også som foregangsmann for den fysikalske diagnostikken. Metodene deres, perkusjon og auskultasjon, har beholdt betydningen som kliniske basismetoder inn i apparatmedisinens tidsalder.