Bako er hjemmet til omtrent 150 utryddingstruede neseaper, som er endemiske for Borneo, og parken har blitt kalt "den beste plassen å se neseaper i Sarawak". Andre dyr er javaaper, sølvlangur, grobladekorn, sus barbatus fra Borneo, varaner og otrer. Alle disse finnes i skogen, og i tillegg nær leiren som tjerner som hovedkvarteret på Telok Assam-stranden. Bako er også hjemmet til flere øgle- og slangearter, de fleste harmløse. Nasjonalparken er en fascinerende sted for å betrakte fugler, med over 150 kjente arter. Bakos nattdyr innbefatter skjermflygere, skjelldyr, dvergmoskusdyr, forskjellige arter av fruktetere og flaggmusetende insekter, spøkelsesaper, tregloris og palmesivetter.