Alfred Loisy kom fra en bondefamilie preget av nøktern og tradisjonell katolisisme. Gutten var svakelig, uegnet til å overta foreldregården, og dermed ble døren til studier åpnet for ham. Han ble i 1872 sendt til det biskoppelige gymnasium i Saint-Dizier, og der modnet tanken frem om å melde seg til presteseminaret i Châlons-sur-Marne (1874). Tidvis vurderte han også ordenslivet.