Pater Cabral klarte imidlertid ikke å tilpasse seg japansk kultur og kom i 1583 tilbake til Macao der han ble leder for jesuittordenens kinamisjon. I 1584 var han i jesuittenes første innlandsmisjon i landet, i Zhaoqing, og fikk der anledning til å døpe noen av de aller første (nr. to og tre) konvertitter til kristendommen.