Naturpanelet ledes av den britiske miljøforskeren Robert Watson. Det holder plenumsmøter, det har et et byrå, et tverrfaglig ekspertpanel og et sekretariat med flere tilknyttede tekniske støtteenheter. Det er også etablert arbeidsgrupper med ansvar for bestemte deler av arbeidsprogrammet. Sekretariatet er lokalisert i Bonn i Tyskland.