Reisen gikk så videre om Malakka (27. desember 1551), med ankomst Goa i januar 1552. Der ventet det Frans den nyhet at jesuittordenens ledelse i Roma hadde utnevnt ham til den første ordensprovinsial i den nyopprettede indiske ordensprovinsen. Han fant at det var gjort god fremgang i India, men det var også mange vanskeligheter og misligheter, både blant misjonærene og de portugisiske myndighetene, som trengte hans umiddelbare oppmerksomhet. Den 17. april satte han så seil fra Goa sammen med Diégo Pereira på skuten , og stevnet mot Kina. Han skulle presentere seg som apostolisk nuntius, og Pereira som ambassadør for kongen av Portugal. Kort etter ble han klar over at han hadde glemt å ta med akkrediteringsbrevene som apostolisk nuntius. Ved ankomsten til Malakka ble han møtt av Alvaro de Ataide de Gama, som nå hadde full kontroll med havnen. Han nektet å anerkjenne Xaviers tittel som nuntius, og bad Pereira om å frasi seg tittelen som ambassadør. Så gav han skipet et nytt mannskap og forlangte at gavene som var tiltenkt den kinesiske keiser skulle etterlates i Malakka.