Både interiør og eksteriør ble endret av en rekke paver gjennom årene. Går man inn hovedportalen, møter man få meter oppe i midtskipet en stor, rød porfyrstein i gulvet akkurat der Karl den store skal ha stått da pave Leo III plutselig kronet ham til keiser under julemessen 1. juledag i 800. Dette ble Karls siste besøk i Roma. Han hadde ønsket selv å sette kronen på sitt hode, og mislikte at paven hadde kommet ham i forkjøpet da han deltok i messen.