Fem år før nåtiden i spillet, fant Sephiroth ut at han var resultatet av dette eksperimentet mens han var på oppdrag i Nibelheim, Cloud og Tifas hjemby. Han konkluderte feilaktig med at han var en cetra og i raseri brente ned byen. Han ville drepe alle etterkommerne av dem han trodde forlot hans forfedre mens de beskyttet planeten. Cloud påstår han konfronterte Sephiroth under massakren i Nibelheim og Sephiroth forsvant. De trodde derfor at han døde. Gruppen når krateret og der møter de Sephiroth som forteller Cloud at han ikke var i Nibelheim og viser ham bilder av en SOLDIER med mørkt hår som okkuperer Clouds plass i Clouds egne minner. Tifa er ute av stand til å motsi Sephiroth. Cloud bryter sammen og lar Sephiroth kaste Meteor, som resulterer i at våpnene våkner. I det etterfølgende jordskjelvet faller Cloud ned i en kløft og inn i livsstrømmen.