Geiers vitenskapelige arbeid har også møtt kritikk. Da gikk gjennom vaksinesikkerheten i 2004 forkastet de Geiers arbeid som alvorlig mangelfull, uforståelig og skjemmet av feil bruk av vitenskapelige begreper. I 2003 kritiserte American Academy of Pediatrics en av Geiers studier som konkluderte med en sammenheng mellom vaksiner og autisme, og mente den inneholdt "en lang rekke konseptuelle og vitenskapelige feil, unøyaktigheter og feilslutninger". rapporterte at den etiske komitéen som gikk god for noen av Geiers forsøk med autistiske barn var lokalisert på Geiers forretningsadresse og inkluderte Geier selv, hans sønn og kone, en av hans forretningspartnere, og advokaten til en av klientene fra en av sakene Geier hadde vært involvert i.