Mellom 1992 og 1993 slo ca. 225 000 (estimert) flyktinger seg ned i Kroatia. Disse kom fra Serbia og Kroatia. Mange bosnjaker flyktet til Kroatia og intet annet land tok i mot flere flyktende bosnjaks enn Kroatia. Kroatiske frivillige og soldater deltok i Bosnia-krigen. Noen av Tuđmans nærmeste medarbeidere, Gojko Šušak og Ivić Pašalić, var fra Hercegovina og støttet kroatene i Bosnia-Hercegovina finansielt og på andre måter.