Første gang britiske fly bombet mål i Tyskland, var 19. mars 1940. Da bombet 30 Whitley-fly, sammen med 20 Handley Page Hampden, en sjøflybase på øya Hörnum. Også det første angrepet på tysk fastland etter at Phoney War var over, var Whitley- og Hampden-fly med på, i mai 1940 mot et jernbaneanlegg i Mönchengladbach. Men allerede den første krigsnatten, 3. september 1939, hadde Whitley-fly fra Bomber Command sluppet flygeblad over Ruhr, Hamburg og Bremen. Flyet ble også brukt mot mål i Italia, der det også ble brukt til slipp av fallskjermjegere, og Tsjekkoslovakia. Flyet ble av Bomber Command brukt siste gang i april 1942, da det angrep mål i Oostende. Det ble deretter benyttet til opplæring av nye bombeflygere og bombesiktere. Flere norske mannskaper i tjeneste i Bomber Command fikk opplæring på Whitley før de ble sendt til operative skvadroner med Avro Lancaster og Handley Page Halifax.