Nedbørområdet rundt Magelungen er på 1907 hektar, og det meste av vanntilførselen kommer med Norrån, som tar i mot vann fra Orlången, Trehörningen og Ågestasjön. Tre mindre elver går til innsjøen, Magelungsdiket og Kräppladiket i nordvest, og Djupån i sørøst. Innsjøens utløp går via Forsån til Drevviken. Et nytt elveleie for Forsån ble sprengt i 1860, og en senkning av innsjøens vannivå ble gjennomført 1872-78.