Når hovedpersonen i begynnelsen av spillet går ut i høyt gress blir han stoppet av den berømte pokémon-forskeren Professor Oak. Oak forklarer at ville pokémon bor i høyt gress, og at det kan være farlig å møte på dem. Han tar hovedpersonen med til laboratoriet sitt, hvor han møter Oaks barnebarn, som også ønsker å bli en pokémon-trener, og er spillerens rival gjennom hele spillet. Hovedpersonen og rivalen blir bedt om å velge en pokémon blant tre forskjellige: Bulbasaur, Squirtle og Charmander. Oaks barnebarn vil alltid velge den pokémonen som er sterkest mot spillerens startpokémon. Han vil så utfordre spilleren til en pokémon-kamp med deres nye pokémon, og vil utfordre ham flere ganger i løpet av spillet.