Den andre sesongen begynner mot slutten av president Bartlets andre år i embetet, og midten av hans tredje år. Utover sesongen får flere og flere ansatte vite at presidenten har multippel sklerose, og offentligheten blir gjort oppmerksom på det. Mrs. Landingham, som har vært sekretær for president Bartlet i mange år, dør i den nest siste episoden, «18th and Potomac». og i den siste episoden «Two Cathedrals» står Mrs. Landinghams begravelse sentralt – og spørsmålet om Bartlett kommer til å stille til gjenvalg som president.