Brees spilte ikke tackle football før high school, og var på flag footballaget ved St. Andrew's Episcopal School, med skuespiller Ben McKenzie. I high school utmerket han seg i baseball, basketball og amerikansk fotball og vurderte å spille college baseball. Etter at Brees skadet kneet sitt i 11. klasse ble han fort droppet av rekrutterere fra college. Etter å ha komt seg fra ACL-skade i sitt juniorår ble han utpekt til Texas High School 5A Most Valuable Offensive Player i 1996, og ledet Westlake High Schools fotballag til et sesongresultat på 16–0 og delstatsmesterskapet. I high school fullførte Brees 314 av 490 pasninger (64,1%) for 5 461 yards med 50 touchdowns. I sin seniorsesong fullførte han 211 av 333 pasninger (63,4%) for 3 528 yards og 31 touchdowns. I de to sesongene Brees var starter gikk Westlake 28–0–1 og slo Abilene Cooper, med Dominic Rhodes, 55–15 i mesterskapskampen i 1996. Han ble utpekt til All-USA high school football-lag sammen med lagkamerat i San Diego Chargers LaDainian Tomlinson. Brees hadde håp om å følge i sin far og onkels fotspor og spille for Texas Longhorns eller Texas A&M Aggies, men var ikke en ettertraktet rekrutt til tross for sine imponerende resultater.