Fongaard var langt forut for sin tid, men i de senere årene har musikken fått stadig større oppmerksomhet, eksempelvis har senere komponister benyttet hans mikrotonale teknikker i forbindelse med bruk av ulike folkemusikalske intervaller som faller utenfor den tonale skalaen. Fongaards totale produksjon er meget anselig. Han komponerte gjerne i serier: 23 Konserter for klaver og orkester op. 118, 12 Konserter for soloinstrument og orkester op. 120, 21 Strykekvartetter op. 123, 57 Sonater for 1 instrument op. 125, 41 Konserter for soloinstrument og lydbånd op. 131.