Trobec fikk sin tidlige utdannelse ved sogneskolen på hjemstedet og fortsatte studiene ved i Laibach (Ljubljana). Han begynte sine prestestudier i Laibach, men i 1864 ble han og femten andre seminarister rekruttert av den iherdige slovenske indianermisjonæren Francis Xavier Pierz for å virke som misjonærer i USA. Etter sin ankomst til Amerika våren 1864 fullførte han sine teologiske studier ved i Latrobe i Pennsylvania.