Retten dømte at Lecter var sinnssyk og dermed unngikk han dødsstraff. Han ble isteden innsatt ved , der Frederick Chilton var administrator. Flere av hans tidligere pasienter forsøkte å få sine mapper ødelagt og FBI gravde opp fire av Lecters tidligere pasienter for å etterforske deres død. En FBI-etterforsker pensjonerte seg etter å ha vært den første personen som var nede i Lecters kjeller. En av Lecters middagsgjester besvimte i retten. Mens Lecter var i fangenskap forsøkte legene seg på flere tester, men hans elektroencefalogram viste et merkelig mønster og han hånet legene ved å lage origami av prøvene de gav ham. Det blir sagt at Lecter er «altfor sofistikert» for alle kjente prøver.