Mernissi ble født inn i en middelklassefamilie og fikk sin grunnutdannelse i en skole etablert av den nasjonalistiske bevegelsen, og hun fikk sin videregående utdanning i en skole finansiert av det franske protektoratet. I 1957 studerte hun statsvitenskap ved Sorbonne og ved Brandeis University, hvor hun fikk sin doktorgrad innenfor dette feltet. Mernissi begynte å arbeide som foreleser ved Mohammed V universitetet og underviste ved Faculté des Lettres mellom 1974 og 1981 innenfor temaer som metodikk, familiesosiologi og psykososiologi. Hun har blitt anerkjent internasjonalt hovedsakelig som en islamsk feminist.