I andre halvdel av 1500-tallet begynte en nedgangstid for Portugal med epidemier og minkende befolkningstall. Portugal møtte konkurranse konkurranse særlig fra Nederland. Både Spania og Portugal hadde globale imperier, samtidig som herskerne i begge land ønsket å kontrollere Nord-Afrika. I et katastrofalt felttog i Marokko i 1578 ble kongen, Sebastian I, og mesteparten av adelen drept i Slaget ved Alcácer Quibir.