David Miscavige led som barn av astma og hans far, som ble interessert i scientologi, tok ham med til en scientolog og gutten opplevde å bli frisk. Senere ble hele familien involvert i Scientologikirken og bodde periodevis i England der de studerte ved kirkens daværende hovedkvarter Saint Hill nær East Grinstead. Da han var 16 år ble Miscavige med i Scientologikirkens «Sjøorganisasjon». Han jobbet for Commodore's Messenger Organization, først i Clearwater i Florida og senere hos L. Ron Hubbard i California. Der jobbet han blant annet som kameramann ved filminnspillinger sammen med Hubbard og tok over ansvaret for organisasjonen da Hubbard døde 1986.