Motzfeldt var sønn av infanterikaptein Ulrik Anton Motzfeldt og Andrea Birgitte født Bull. Da faren døde i 1783 satt moren igjen i små kår. Peter Motzfeldt kom da i huset hos sin onkel major Jacob Motzfeldt som var far til hans fetter Frederik Motzfeldt, hvor han vokste opp. I 1792 kom han inn ved Artilleriakademiet i København og ble sekondløytnant i artilleriet med stasjon i Fredrikstad i 1796. Derfra ble han sendt som premierløytnant til St. Thomas i Dansk Vestindia.