Tinzaouaten har vært et stoppested langs den transsahariske handelsruten i minst tusen år, og var også en garnisonsby under det franske kolonialregimet. Byen er inndelt i to kvarterer, hvorav det ene er et tuareg, eller berbisk, kvarter, mens det andre er befolket av etterkommere av innbyggere i Songhairiket, som kontrollerte byen i det 16. århundre.