Operativt er USAF organisert i 9 hovedkommandoer bestående av nummererte flyvåpen, som igjen består av to eller flere luftdivisjoner. Hver luftdivisjon består av to eller flere vinger, som igjen består av grupper, som videre består av skvadroner. USAFs operasjonelle ressurser forvaltes av 9 felleskommandoer som operativt rapporterer direkte til USAs president. De operative avdelingene er organisert i 18 Luftstyrker. Fire av disse luftstyrkene er underlagt Luftkampkommandoen.