Andikythira er også et viktig rastested for trekkfugler i løpet av deres sesongmessige forflytninger, grunnet øyas geografiske posisjon og bestemte egenskaper ved at det er langsgående øya med en nord-sørlig retning og liten menneskelig aktivitet. Det er en stor koloni av hekkende eleonorafalker på øya, den største i verden. Viktigheten av Andikythira for å studere fugletrekk har ført til opprettelsen av Antikytheras fugleobservatorium (, A.B.O) av Hellenistiske ornitologiske samfunn.