Det zirkonium-holdige mineralet zirkon er nevnt i bibelske tekster. Man var imidlertid ikke klar over at zirkon inneholdt et ukjent grunnstoff før zirkonium ble oppdaget i 1789 av den tyske kjemikeren Martin Heinrich Klaproth. Det ble isolert i uren form i 1824 av den svenske kjemikeren Jöns Jakob Berzelius, og fremstilt i ren metallisk form i 1925 av Anton Eduard van Arkel og Jan Hendrik de Boer.