Etter at Estland erklærte sin uavhengighet 24. februar 1918, så ble de væpnede styrkene opprettet 16. november, like etter første verdenskrig sluttet, for å beskytte landet. Den estiske republikken samt de væpnede styrkene måtte gi tapt for Den røde armé i 1940, og ikke før 3. september 1991 ble Estlands forsvar gjenopprettet. Siden den tid har det blitt opprettet og gjenreist mer enn 30 nye avdelinger og flere våpenarter.