Disse erklæringene var imidlertid ikke tilstrekkelig kirkelig forankret, og Vatikanradioen kringkastet umiddelbart en skarp fordømmelse av Anschluss, og Vatikanetts kardinalstatssekretær, kardinal Eugenio Pacelli beordret Innitzer til Roma. Før han fikk foretrede for paven, måtte Innitzer stå skolerett for Pacelli, som var rasende og som krevde at Innitzer måtte tilbakekalle sin uttalelse. Han måtte undertegne en ny erklæring der det het blant annet at (6. april 1938). Vatikanets avis L'Osservatore Romano gikk ut med en artikkel som understreket at biskopenes opprinnelige uttalelse var blitt til uten Romas godkjenning.