Ris, korn eller soyabønner malt til ønsket grovhet varmes opp ved help av dampkoking, dette tilføres så en type muggsopp (latin: Aspergillus oryzae), slik som man gjør for enkelte typer ost, som starter en gjæringsprosses, som får foregå i et varmt og fuktig miljø i inntil to døgn. Den massen man nå har fått kalles koji. Koji blandes med kokte og moste soyabønner, salt og vann, legges så på tønne eller tank, slik som vin, for videre modning. Denne modningsprosessen kan ta alt fra tre uker til to, tre år avhengig av hvilken type ferdig produkt man ønsker og hvor sterk smak man man vil oppnå. Blandingsforholdet mellom koji og soyabønner har også innvirkning på smak, der mer koji ofte gir en mer søt smak og lysere farge enn for en miso produsert under ellers like forhold, men med mindre koji. Det ferdige produktet legges vanligvis så på glass eller plastbokser for salg.