Faren var fra en handelsfamilie, og ble adlet i 1776. Emanuel de Thygeson tok artium i 1792, ble cand.jur. i 1797, og arbeidet som viselandsdommer over Sjælland og Møn fra 1799. Thygeson kom til Norge som var amtmann i Hedmark fra 1802. I 1804 ble han utnevnt til amtmann i Nedenes/Aust-Agder og stiftsamtmann i Agder, med sete i Kristiansand. Fra 1812 til 1813 var han stiftsamtmann i Christiania og Akershus. Han var medlem av Overprovideringskommisjonen 1812–1814. I 1814 trakk han seg tilbake fra offentlige stillinger for å ivareta sine eiendommer.