Langs Trondheimsleia ved munningen til Trondheimsfjorden ligger gravrøyser der de eldstre trolig er fra 1500 før Kristus. Ved Agdenes er en av kystens største konsentrasjoner av store gravhauger fra jernalderen. Det er uklart hvor langt ut Trondheimsfjorden regnes og hvor munningen er. Ved Ørland kirke ligger en av de største gravhaugene i Trøndelag og tyder på at gården Viklem var et maktsentrum i jernalderen. Det finnes flere store gravhauger på Ørlandet. Gerhard Schøning drøftet dette rundt 1770, og han inkluderte en del av skipsleia nordover og sørover i fjordmunningen. På Agdenes finnes rester av et middelaldersk havneanlegg, kallt kong Øysteins havn, og en havn i Agdenesbukta er omtalt i flere sagaer (blant annet Håkon Håkonssons saga og Olav Tryggvasons saga). Det er uvanlig med et slikt havneanlegg utenfor byene og ligger der Trondheimsleie og fjorden møtes. Havneanlegget har blitt undersøkt av blant andre Gerhard Schøning og ingeniøren J. Meyer (i 1869).