Sankt Nicolai ble oppført i begynnelsen av 1200-tallet og er Københavns tredje eldste kirke etter Skt. Clemens kirke og Vor Frue kirke. Den nevnes første gang i et testamente i 1261, men var antagelig langt eldre. Kirken lå rett ved stranden, var sjømennenes kirke og fikk navn etter de sjøfarendes helgen Sankt Nikolas.