Selv om klubben ble grunnlagt 18. juni 2004, har den røtter tilbake til starten av 1900-tallet, da studenter ved byens gymnasium begynte å spille fotball. Zestafonis fotballag spilte sin første kamp allerede i 1918, mot et annet lag fra de vestre Georgia, enten Senaki eller Ozurgeti. Den første kampen mot internasjonal motstand ble spilt i 1920, da Zestafonis lag spilte mot en gruppe britiske soldater, og vant 2–1. På 1920-tallet spilte Zestafoni flere kamper mot forskjellige lag fra nabobyene.