Charlotte Christiane von Krogh var datter av premierløytnant, kammerherre, amtmann og overstaller Godske Hans Ernst von Krogh (1778–1852) og hustru Agnes Cecilie Wilhelmine von Warnstedt (1788–1829). Hun vokste opp i en periode hvor spenninger mellom dansk- og tysktalende i Hertugdømmene tiltok. Under de slesvigske krigene ble familien splittet av konflikten og faren flyttet i 1848 til Haderslev.