Etter ordinasjonen jobbet Musa som kapellan ved i Sokoto og som sekretær ved bispedømmets kurie (1996-2000) og som sekretær for (CAN) i Sokoto State (1998-2000) . Fra 2001 til 2003 var han sogneprest i i Illela og fungerte i eksekutivkomiteen for .