Han ble så en av «offrene» da Bernd Schuster tok over Real Madrid i juli 2007, og ble sluppet gratis. Borja signerte en 5-årskontrakt med Mallorca måneden etter. Han skåret sitt første mål i La Liga i en 7-1 hjemmeseier over Recreativo de Huelva, 9. mars 2008. 5. april skåret han igjen, mot sitt gamle lag i en uavgjortkamp hjemme som endte 1-1.