Russerne beveget seg jevnt sørover mot Afghanistan i de tre tiårene etter den første anglo-afghanske krigen. I 1842 var den russiske grensen på den andre siden av Aralsjøen sett fra Afghanistan, men fem år senere var tsarens utposter flyttet til de lavere delene av Amu-Darja. I 1865 hadde Tasjkent formelt blitt annektert, Samarkand fulgte etter tre år senere. En fredsavtale i 1868 med emir Muzaffar al-Din, herskeren av Bukhara, tok så godt som all uavhengighet fra ham. Den russiske kontrollen strakte seg nå så langt som de nordlige breddene av Amu-Darja.