Sun kom fra en bondefamilie i en landsby ikke langt fra Macao. I en alder av 13 år dro han til Hawaii, dit hans bror hadde reist som arbeider og hadde klart å slå seg opp som kjøpmann. I Hawaii gikk han på den episkopale fra 1879 til 1882. Denne første berøring med kristendommen gjorde et dypt inntrykk på ham.