Den 15. august 1893 ble Jansen presteviet og ble del av presteskapet for erkebispedømmet Utrecht. Fra 1894 til 1900 hadde han flere kapellanstillinger og ble i januar 1900 professor i bibelvitenskap ved Rijsenburg-seminaret, selv om han ikke hadde noe spesielt ekstrastudium utover den sedvanlige seminarutdannelse. Ifølge noen samtidige gikk ikke hans vitenskapelige publikasjoner utover det populærvitenskapelige nivå, og hans vitenskapelige kompetanse ble også vurdert svært ulikt blant studentene hans. Fra 1908 var Jansen sogneprest i 't Goy ved Houten, en stilling han fra 1909 kombinerte med den som biskoppelig undervisningsinspektør. I 1914 ble han sogneprest i Harlingen og i 1918 i Utrecht, hvor han også ble dekan i 1929.