Til tross for betydelige meningsforskjeller med utenriksministeren beholdt Weizsäcker statssekretærposten til 1943, da han ble etterfulgt av Gustav Adolf Steengracht von Moyland. Ifølge samtidig beretninger nøt han høy anseelse i departementet og blant utenlandske diplomater for sin rettskaffenhet.