Ved 1562 levde han i huset til sin patron i London, William Cecil, 1. baron Burghley, hvor han samlet og skrev av angelsaksiske dokumenter og satte sammen den første angelsaksiske ordbok, . Nowell ble opprinnelig anbefalt til Cecil både som lærd og som kartograf, og ble utpekt som Cecils karttegner. Cecil var selv oldtidsinteressert og en nær venn av erkebiskopen av Canterbury, Matthew Parker, som samlet angelsaksiske manuskripter fra de nedlagte klostrene etter reformasjonen i England. Nowell tjenestegjorde som lærer for Cecils sønn og myndling, foruten også for Edward de Vere, 17. jarl av Oxford.