Johnson døde i sitt hjem og kontor den 20. desember 1809 i en alder av 71 år. Da han aldri hadde giftet seg lot han sine grandnevøer, Hunter og Miles, arve forretningen og forlagshuset. Hunter tok over forretningen, men kunne ikke opprettholde Johnsons imponerende forfatterliste og kom i vanskeligheter på grunn av sin manglende forretningssans. Johnsons øvrige formue på £60 000 ble fordelt på hans venner og familie. Bermekelsesverdig lot han Fanny Imlay, datter av Mary Wollstonecraft, få en livrente på £200. £100 gikk til den ene av Joseph Priestleys sønner.