På Konføderasjonens side ledet general Albert Sidney Johnston alle styrker fra Arkansas til Cumberland Gap. Han stod overfor problemet med å forsvare en bred front med tallmessig underlegne styrker, men han hadde et utmerket kommunikasjonssystem som gjorde at han raskt kunne bevege styrkene sine der de trengtes. Han hadde to dyktige underordnede, Pol og generalmajor William J. Hardee. Johnston skaffet seg også politisk støtte fra løsrivelsestilhengere i de sentrale og vestlige fylkene i Kentucky via en ny konføderert hovedstad ved Bowling Green som hadde satt opp Russellville-konvensjonen. Denne alternative regjeringen ble anerkjent av den konfødererte regjeringen som tok inn Kentucky i desember 1861. Polk brukte jernbaneressursene til Mobile and Ohio Railroad og klarte raskt å befeste og utruste den konfødererte basen ved Columbus.