Den 7. april 1498 kom portugisiske oppdagelsesreisende ledet av Vasco da Gama til byen. Men araberne fikk dem vekk ved å kutte over ankerlinene på skipene deres. Vasco da Gama gjorde seg imidlertid til venns med kongen av Malindi (en kystby noe lenger nord), og han ble portugisernes allierte. Det var kongen av Malindi som gav ekspedisjonen den los som skulle lede portugiserne over til Calicut (Kozhikode), den viktigste handelsbyen i det sørøstlige India den gang.