Gjennom hele sitt virke var Mary MacKillop opptatt av å gi utdanning og hjelp til de svakeste i det australske samfunnet. I en periode med svært lavt utdanningsnivå i landet bygde hun opp en nonneorden som etablerte mange skoler for fattige barn. Hun grunnla den første katolske gratisskolen i landet og var svært sentral i arbeidet med å bygge opp et katolsk skolevesen ved siden av det offentlige.