Inne på Puddefjorden var det bekmørkt og på grunn av ubåtens manglende periskop måtte Bjørn Pedersen gå opp til overflaten for å orientere seg; han åpnet luken og reiste seg opp for å ta peiling. Da kom han plutselig inn i lysstrålen fra en morse-lampe om bord på en tysk minesveiper som lå og signaliserte til en destroyer. Et øyeblikk senere ble det åpnet ild fra minesveiperen og ubåten ble truffet. Heldigvis ble ubåtens sprengladning ikke truffet, men den tok inn vann og Bjørn skjønte straks at flukt var umulig. Han kvittet seg med kartmappe og papirer vedr. aksjonen, åpnet bunnventilen og forlot ubåten. En gummibåt fra minesveiperen ble samtidig satt på sjøen og Bjørn Pedersen, som lå og svømte i det kalde vannet, ble plukket opp og tatt til fange av tyskerne.