Ekteskapet med Henrik IV var blitt annullert i 1599 av paven og Henrik giftet seg på nytt med Maria de' Medici. Forsonet med sin tidligere ektefelle kom Margrete tilbake til Paris på begynnelsen av 1600-tallet og etablerte seg som midtpunkt for en krets av forfattere og kunstnere. Hun hjalp ofte til med å planlegge arrangementer ved hoffet og var med på oppfostringen av Henrik IV og Maries barn.