Den 10. juni 1943 ble fader Folliet arrestert på perrongen på jernbanestasjonen i Annecy av det italienske hemmelige politi fra (Organizzazione di Vigilanza e Repressione dell'Antifascismo - det italienske Gestapo) retter å ha blitt angitt. Han ble beskyldt for for motstandsarbeide og assistanse til jødene. Han var den første prest arrestert i Frankrike av de italienske okkupasjonsmyndigheter. De hadde lett etter han siden 30. mai og kontoret hans var blitt ransaket. Han satt fengslet i det italienske politiets hovedkvarter, i , sammen med Louis Volland, notarius i Annecy, som forsøkte kraftig å forhindre det da presten ble arrestert på Annecy jernbanestasjon. 11. juni ransaket OVRA forgjeves Johanny Folliets hjem i Annecy. Prefekt Henri Trémeaud forsøkte å gripe inn med en offisiell protest til de italienske myndigheter (han ble senere arrestert i november 1943). Louis Volland ble løslatt 29. juni, mens fader Folliet ble stilt for retten for motstandsarbeide og dømt til 10 års fengsel.