Som pave Frans' første bispeutnevnelse til Argentina, ble den også ansett som en tilrettevisning av den romerske kurie, som Frans til tider hadde et antagonistisk forhold til mens han han var erkebiskop Bergoglio av Buenos Aires, og da især da noen i Roma hadde forsøkt å blokkere Fernández' utnevnelse til rektor i 2011. Fernández anses som «en av pavens nærmeste fortrolige». Den 17. desember 2016 utnevnte pave Frans ham til konsultor til Kongregasjonen for det katolske utdannelsesvesen.