Ved midten av 1800-tallet hadde reduksjonssystemet ved misjonsstasjonene forsvunnet. Mestiser som hadde tilflyttet området på jakt etter land hadde vokst seg større enn den opprinnelige befolkningen i Chiquito. Ved dannelsen av provinsen José Miguel de Velasco i 1880 ble det opprinnelige Chiquitanía splittet i flere administrative inndelinger. Under gummiboomen ved århundreskiftet kom flere nybyggere til området og etablerte store plantasjer, og flyttet den økonomiske virksomheten sammen med indianerne ut av byene.