I Portugal finnes det også eksempler på stilen, selv om den er mindre vanlig og mye enklere i dekorasjonen enn i nabolandet Spania. Mursteinsarbeider i mudéjar-stil finnes bare i apsiden i kirken i Castro de Avelãs nær Bragança, som ligner svært på kirken i Sahagún i León. I provinsen Alentejo sørøst i Portugal utviklet det seg på 1400- og 1500-tallet en arkitektur som blandet mudéjar-elementer med den portugiskiske varianten av gotikken, nemlig den manuelinske stilen. Vinduene i palasset til Hertugene av Basto i Evora er et eksempel på stilen. Flislagte flater i mudéjar-stil finnes også i kongepalasset i Sintra. Tretak i mudéjar-stil finnes også i kirker i Sintra, Caminha, Funchal og andre steder.