Senere hevdet moren at Lathyros hadde forsøkt å drepe henne, og derfor avsatte ham og plasserte isteden sin favorittsønn Ptolemaios X Aleksander på tronen. Imidlertid synes det som om Kleopatra III ble trett av Aleksander og avsatte ham. Hun plasserte i 109 f.Kr. Lathyros igjen på tronen. Det nye forsøket varte i to år og fram til 107 f.Kr., skjønt fra oktober 110 til februar 109 f.Kr. erstatter Aleksander sin bror enda en gang, om enn kortvarig. Allerede i mars 108 f.Kr. ble Aleksander igjen plassert på tronen og Lathyros flyktet til Kyrene i Libya. Heller ikke denne gangen var moren fornøyd, og Lathyros kom tilbake, skjønt i oktober samme år flykter han til Kypros, men etterlater både Kleopatra Selene I og barna tilbake, mens Aleksander ble igjen Kleopatra IIIs medhersker.