Payne blei valgt som Liberias fjerde president i 1868, til en termin på to år. Som president arbeida han for å gjøre slutt på slavehandelen som fortsatt foregikk langs Liberias kystlinje. Han forbedra regjeringas forhold til de innfødte gruppene i Liberia, som han mente de nyankomne innflytterne og politikerne for det meste hadde ignorert.