Miljøavgiften er et av flere virkemidler for å nå nasjonale og internasjonale miljømål. Gjennomføringen av tiltakene er dokumentert i systemet med resultatkontroll i jordbruket. Plantevernmiddel blir plassert i sju avgiftsklasser i forhold til helse- og miljørisiko. Avgiften er arealbasert og differensiert etter midlenes risiko for helse- og miljøskader. En femårig handlingsplan for redusert risiko ved bruk av plantevernmiddel ble avsluttet i 2008, og en ny handlingsplan for perioden 2010-2014 vil bli vedtatt høsten 2009. Ifølge Landbruks- og matdepartementet viser omsetningstallene at det brukes plantevernmiddel med lavere miljø- og helserisiko etter at avgiftssystemet ble lagt om i 1999. Den nye handlingsplanen slår fast at Mattilsynet skal gjennomgå avgiftssystemet, med tanke på å foreslå forbedringer.