Når det gjennomføres en metaanalyse må en først velge hvilke kvalitetskriterier en skal bruke for å søke etter og velge hvilke undersøkelser som skal inngå, hvordan håndtere manglende data og hvilke statistiske metoder som skal brukes i analysen. En vanlig feilkilde i metananlyser er publikasjonsbias, som tendensen til undersøkelser med positivt (ønsket) resultat har større sannynlighet for å bli publisert og dermed inngå i senere metaanalyser.