I ørkenen finnes noen saltsjøer. Den mest kjente er Lop Nor (den vandrende sjøen), som nå stort sett alltid er tørr og danner en saltslette. Sjøen fikk sitt vann fra elva Tarim, som løper langs ørkenens nordlige kant før den nå ender opp i Taitemasjøen, som ligger i et sumpområde ca.150 km vest for Lop Nor.