Problemene fortsatte i det østerrikske hovedkvarteret da Ferdinand ignorerte Macks innsigelser og beordret evakueringen av alt kavaleri fra Ulm, totalt 6 000 soldater. Murats forfølgelse var imidlertid så effektiv at kun elleve skvadroner sluttet seg til Werneck ved Heidenheim. Murat forsatte å angripe Werneck og tvang ham til å overgi seg med 8 000 soldater ved Treuchtlingen den 19. oktober, Murat erobret også 500 østerrikske vogner og rykket frem mot Neustadt an der Donau, hvor han tok 12 000 østerrikske soldater til fange.