Fynbos har størst betydning for biologisk mangfold, friluftsliv og som nedslagsfelt for vannkilder (fordrøying). På grunn av den næringsfattige jorda er fynbos av lite interesse for landbruket. På de beste stedene er den delvis brukt til fruktdyrking og vingårder. De største truslene mot fynbosen er fremmede arter og befolkningsvekst. Innenfor millionbyen Cape Town er det for eksempel to ulike sentre for endemisme. Nye jordbruksmetoder og påsatte branner i feil årstid er også trusler.