I andre tilfeller førte filosofiens inntog i kosmologien til religionskritikk og ateisme. Denne rasjonelle filosofi, som blant annet ble utviklet av Epikur, fikk også innflytelse i Roma. Religionskritikken utviklet seg hos Epikur til et oppgjør med den tradisjonelle mytologiske verdensforståelse. Således hevdet han eksempelvis at gudene – om de nå fantes – var underlagt de samme lovene som menneskene og derfor ikke kunne gripe inn i menneskenes tilværelse. Motsatt til Epikur argumenterte en annen betydningsfull skole i Roma, stoikerne, for den tanke at det er gitt et guddommelige forsyn som kan dirigere tingenes gang, en oppfattelse som ble grunnlaget for deres teologi. Den filosofiske religionskritikk i Roma dog mest til uttrykk gjennom en utbredt kritikk av de mer folkelige religiøse praksis og overtro ().