Cisco har siden tidlig i 1990-årene vært en aktiv oppkjøper av andre selskaper. Overtakelsen av svitsjspesialisten Stratacom for 4 milliarder amerikanske dollar i 1996 var blant de største oppkjøperne i bransjen. Under internettboomen i 1999 overtok Cisco Cerent Corporation i Petaluma, California, for 7 milliarder dollar. Cerent var ledende på fiberbasert kommunikasjonsteknologi, og overtakelsen løftet Cisco til det genrelle kommunikasjonsmarkedet, i direkte konkurranse med aktører som Lucent, Alcatel og Nortel. Flere av de oppkjøpte selskapene har utviklet seg til milliardindustri for Cisco, slik som LAN-switching og internett-telefoni (Voice over Internet Protocol - VOIP).