Graden av forurensning i Stockholms innsjøer varierer. Enkelte av innsjøene er kraftig overernærte, eller har sterkt forurenset bunnsediment, mens andre er forholdsvis rene. Flaten er i dag Stockholms reneste innsjø. For tiden er det mulig å fiske laks og ørret midt i byen, og Stockholm kommune kan vise til 24 offentlige badeplasser. Slik har det imidlertid ikke alltid vært.