Etter Machels død i 1986, i et mistenkelig flykrasj, begynte Joaquim Chissano å lede både partiet og staten. Til tross for sin utdannelse i østblokklandene, kjørte ikke Chissano en hard marxistisk linje og oppfordret til demokrati og flerpartivalg som i 1994 gjorde slutt på ettpartistyret.