Farfaren John Hatch Synge var en beundrer av pedagogen Johann Heinrich Pestalozzi, og grunnla en forsøksskole på familiegodset. Faren, som også het John Hatch Synge, var skrankeadvokat. Han ble smittet av kopper og døde i 1872, 49 år gammel. Enken, som hadde egne inntekter fra landeiendommer i County Galway, flyttet da med sine åtte barn til nabohuset til John Millingtons mormor i Rathgar i Dublin. Synge hadde en lykkelig barndom og oppvekst der. Han ble interessert i ornitologi mens han lekte langs breddene til elven River Dodder og på landområdene til godset Rathfarnham Castle, som begge lå i nærheten, og på familieutflukter til badebyen Greystones i Wicklow og familiegodset Glanmore.