Francis Hagerup vokste opp i Horten og Kristiania, som sønn av admiral og statsråd Henrik Steffens Hagerup og hustru Nicoline Christine Jenssen. Han ble foreldreløs før han var 10 år gammel, og søsknene flyttet så til slektninger i Trondheim. Pleieforeldre var Gabriel Kirsebom Kielland, kasserer ved Norges Banks daværende hovedkontor, og hustru Mathea Christine Semb.