Det foreligger ingen opplysninger om kirkens altertavle før brannen i 1728. Etter brannen skulle Johan Frederik Ehbisch utføre en ny altertavle og prekestol, som til de øvrige brannskadede kirkene i byen, men innen det ble til noe for Helligåndskirkens del, bestemte Christian VI seg for å forære kirken disse inventardelene fra slottskirken på Københavns slott, som skulle rives for å gjøre plass til det første Christiansborg slott.