Det ble opprettet et minnefond til ære for Thomassen, og ifølge s internettside om fondet er Carsten Thomassens minnefonds «hovedformål er å nå journalister og journalistorganisasjoner som lever og virker i konfliktområder. Pengene kan brukes til faglig utvikling (kurs, seminarer), dokumentasjonsarbeid om pressefrihet og arbeidsforhold for journalister i politiske/militære konfliktområder, eller relevante sikkerhetsformål (juridisk assistanse, førstehjelpskurs, sikkerhetskurs og -utstyr og lignende).» 11. april 2008 delte Thomassens samboer, Ellen Hofsvang, ut prisen for første gang, da den afghanske PEN-klubben fikk 50 000 kroner.