Ordet om hans bedrifter kom tilbake til presidenten, som beordret general Winfield Scott for å se til Lowes etablering av ballongkorpset, med Lowe som sjefsaeronaut. Det var gått nesten fire måneder siden Lowe fikk oppdraget og utstyr for å konstruere fire (tilslutt sju) ballonger utstyrt med mobile hydrogen gassgeneratorer. På samme tid hadde han satt sammen et korps av menn som han ville instruere om metodikken i militær ballongfart. Den nyopprettede Union Army Balloon Corps forble en sivil organisasjon. Den fikk aldri militære oppdrag, da det var en farlig oppgave hvis noen av mennene skulle bli fanget som spioner og summarisk henrettet.