Dronningen sender også «skyggeskapninger» etter Ico og Yorda, noe som gjør at det blir vanskelig å komme seg ut av slottet. Disse skapningene prøver å dra Yorda inn mot svarte virvler hvis Ico forlater henne, eller hvis hun befinner seg i bestemte områder i slottet. Ico kan skremme vekk disse skyggene ved hjelp av en stokk og senere et sverd, og dra Yorda ut av en virvel hvis hun blir fanget. Skyggeskapningene kan ikke skade Ico, men spillet slutter hvis Yorda blir oppslukt i en virvel. Spilleren må da starte på nytt fra siste lagringspunkt. Spilleren må også starte på nytt fra siste lagringspunkt hvis Ico faller fra en stor høyde. Lagringspunktene i spillet er steinbenker som Ico og Yorda kan hvile på. I de europeiske og japanske versjonene av spillet får man, når man har fullført spillet, muligheten til å starte spillet på nytt i en tospillermodus. Den andre spilleren er da Yorda, med de samme begrensningene som den datastyrte versjonen har.