Etter pave Pius XIs død 1939 ble Pacelli valgt til pave, og tok navnet Pius XII. En av hans første embedshandlinger var å utse Spellman til den sjette erkebiskop av New York den 15. april 1939. Han ettertrådte kardinal Patrick Joseph Hayes, og ble innført i embedet formelt som erkebiskop den 23. mai. Foruten sitt oppdrag som diocesansbiskop fikk han tittelen apostolisk vikar for det amerikanske forsvaret den 11. desember 1939. Han stor president Roosevelt nær, og presidenten bad ham reise til de amerkanske styrkene på en rekker fromntavsnitt. Han tilbragte også etterverdens krigens slurr en rekke julehøytider med amerikanske styrker i Japan, Korea og Europa i denne rolle.