I en episode får Lincoln skylden, av Christina, for drapet på en høytstående indisk tjenestemann. Michael redder Lincoln igjen, og de stikker av fra politiet. Men mot slutten av sesongen begynner Michael å blø neseblod. Dette indikerer at hjernesvulsten hans, som ble behandlet tidligere i serien, er på vei tilbake. I seriens epilog, satt fire år senere, eier Lincoln en butikk sammen med Sofia. I hans aller siste scene besøker Lincoln en gravstein som tilhører Michael, før Lincoln reiser videre sammen med Mahone, Sucre, Michaels sønn (som er Lincolns nevø) og Sara.