Biskop Frans Kramer deltok på alle fire sesjoner av Det andre Vatikankonsil, og fulgte nøye med på den stormfulle utviklingen av den katolske kirke i Nederland i årene som fulgte, men på avstand. For eksempel kunne emeriterte nederlandske misjonsbiskoper fra Indonesia, som Rudolf Staverman O.F.M. og Piet van Diepen O.S.A, eller Gerard van Velsen O.P. fra Sør-Afrika, som var returnert til Nederland, fortsatt bli funnet som sympatisører ved manifestasjoner av den progressive katolske , en bevegelse som alle nederlandske biskoper nøye unngikk. Denslags holdt også biskop Kramer seg unna.