Christine Thomassen har danset alle de store rollene i Nasjonalballettens klassiske og moderne repertoar. Fra det klassiske repertoaret kan nevnes roller som Giselle, Tornerose, Julie, Kitri i Don Quixote og Sukkerféen i Nøtteknekkeren. I kompaniets moderne repertoar har hun hatt fremtredende roller i de fleste ballettene skapt av Kylián, Lightfoot/Leon, Duato, Forsythe, Ek og Strømgren. Flere store roller er også blitt kreert spesielt for henne av ledende koreografer. Hun mottok Dansekritikerprisen for sin hovedrolle i Mats Eks Tornerose i 2001. Hun ble igjen nominert til Dansekritikerprisen for sin tolkning av Julie i Corders Romeo & Julie i 2011. Christine Thomassen har også mottatt Esso-prisen.