Flyktige stoffer som edelgasser antas å ha blitt fanget som klatrathydrater i vannholdig is. Mengden av edelgassene argon, krypton og xenon tilsvarer forekomsten på solen, mens neon er noe sjeldnere. Forekomsten av argonisotopene Ar og Ar (5,6 ± 0,25), er litt mindre enn på solen (5,77 ± 0,08). Noe lignende gjelder neonisotopene Ne og Ne (13 ± 2 mot 13,81 ± 0,08 på solen). Stoffene arsin og german finnes kun i spormengder. Den øvre atmosfæren inneholder små mengder av enkle hydrokarboner som etan, acetylen og diacetylen som dannes fra metan under påvirkning av ultrafiolett stråling fra solen og ladde partikler som kommer fra magnetosfæren. Karbondioksiden (CO), karbonmonoksiden (CO) og karbondisulfiden (CS) i den øvre atmosfæren antas å stamme fra kometnedslag som Shoemaker-Levy 9 som slo ned i Jupiter i 1994. Vannet kan ikke komme fra troposfæren fordi den kalde tropopausen hindrer vann i å stige til stratosfæren.