Tønder ble ordinert av biskop Erik Bredal til feltprest for Den norske Hær i 1657, som da var under mobilisering for krig mot Sverige. Han fungerte i denne stillingen frem til 30. november 1657, da han mottok kall som residerende kapellan i Vår Frue menighet i Trondheim. I sin kapellantid var Tønder en av utsendingene fra Trondheims domkapittel til kongehyllingen i 1661. Senere ble han valgt til sogneprest for samme menighet, der han blir en populær skikkelse.