Juárez ledet den mexicanske motstandskampen mot de franske okkupantene og innsettelsen av marionettkeiseren Maximilian av Habsburg. Maximilian tilbød Juárez amnesti og posisjonen som statsminister, men Juárez nektet å akseptere monarkiet og en regjering påtvunget av en fremmed makt. I 1867 ble de siste franske tropper og Maximilians allierte slått og fordrevet fra landet. Samme år ble Juárez gjenvalgt som president.