Saeed er av bondeslekt. Ved delingen av Britisk India måtte familien migrere fra Haryana til Sargodha. Han studerte senere ved Universitetet i Lahore til mastergrad i arabisk og islamske studier. Fra 1974 underviste han ved Lahores tekniske universitet. Samtidig ble han oppnevnt til medlem av Pakistans statlige Råd for islamsk ideologi. I 1981 fikk han stipend til å studere ved Kong Saud-universitetet i Riyadh. Tilbake i Lahore tok han i 1985 initiativet til å starte organisasjonen «Jamaat-ud-Dawa», med humanitært islamsk formål.