Etter at Polen gjenvant sin selvstendighet i 1918 ble katedralen gjenstand for oppildnet diskusjon. Den ble til slutt revet ned i årene 1924–1926, sammen med resten av de ortodokse kirkene i Warszawa. Kun to av dem ble spart: St. Maria Magdalena ortodokse kirke og St. Jan Klimak ortodokse kirke. Selve rivningen var nokså komplisert og det ble utført 15 tusen kontrollerte sprengninger. Mosaikkene ble demontert og en del av dem ble gitt til den ortodokse kirken i Baranowicze. Resten ble gitt til Nasjonalmuseet, og ble senere plassert i St. Maria Magdalena ortodokse katedral i bydelen Praga i Warszawa.