Om høsten begynte sykdommer å gjøre et kraftig innhugg på begge sider, mest på den svenske skjærgårdseskadren. I november var bare 1.024 friske menn tilbake av den opprinnelige styrken på 1.660 mann. I slutten av november trakk svenskene seg sørover til Marstrand da Dynekilen begynte å bli islagt. 18. desember var hele nordre Båhuslenskysten forlatt av svenskene. Den norske skjærgårdsflåten hadde fått store problemer med innkvartering om høsten, og kommandant Fisker hadde vært tvunget til å ta hensyn til Sørlandskysten. Å våge seg på et sjøslag mot svenskene var ikke mulig. I desember 1808 gikk nordmennene i vinterkvarter etter at fartøyene var trukket tilbake til Oslofjorden fra Hvalerøyene.