Selv om antikvaren John Aubrey bemerket blant hans private notater om Bacon, «Han var en Pederast. Hans Ganimeder og favoritter mottok bestikkelser», fortsetter biografer å debattere om Bacons seksuelle tilbøyeligheter og den presise arten av hans personlige relasjoner. Flere forfattere tror at på tross av hans ekteskap var Bacon hovedsakelig tiltrukket av det samme kjønn. Professor Forker for eksempel, utforsket de «historiske dokumenterte seksuelle preferansene» til både Kong Jakob I og Bacon, og konkluderte med at de var orientert mot «maskulin kjærlighet», en samtidsterminologi som «ser ut til å blitt brukt ensbetydende for å referere til seksuelle preferanser av menn for personer av samme kjønn». Den jakobinske antikvarist, Simonds D'Ewes sa underforstått at det hadde vært et spørsmål om å bringe ham for retten for sodomi. Denne konklusjonen har blitt motsatt av andre, som vurderer kildene for å være mer åpne for tolkning.