Galtung ble ansatt som universitetslektor i sosiologi ved Columbia University. I 1959 dro han tilbake til Oslo, der han grunnla Institutt for fredsforskning (PRIO), det første av sitt slag i Europa, sammen med flere andre samfunnsforskere. Han var forskningsleder og senere direktør for PRIO til 1969. Han tok initiativ til etableringen av i 1964. Galtung ble professor i konflikt- og fredsforskning ved Universitetet i Oslo i 1969 og innehadde denne lærestolen til 1977.