Den 24. oktober 1871 giftet Georges Charpentier seg med Marguérite Lemonnier, datter av smykkehandleren Alexandre-Gabriel Lemonnier. De fikk barna Georgette (1872–1945), Marcel Gustave (1874–1876), Paul (1875–1895) og Jeanne (1880–1940). Émile Zola var fadder til Paul.