Tolv år etter at han avslørte Operasjon Blackbriar og forsvant, har Jason Bourne endelig kommet seg fullstendig etter hukommelsestapet, og han har isolert seg fra resten av samfunnet. I Reykjavík samarbeider Nicky Parsons med en gruppe hackere ledet av Christian Dassault for å komme seg inn i CIA sin informasjon for å avsløre deres topp-hemmelige black ops-programmer. I løpet av denne prosessen oppdager Parsons også dokumentasjon om Bournes rekruttering til Treadstone, og hva slags rolle faren hans egentlig hadde i programmet. Hun reiser til Athen for å finne Bourne, og informere ham.