Kapeller kan inngå som del av en kirke, noe som spesielt er vanlig i katolske kirker. Skikken med såkalte sidekapeller kommer fra middelalderen, da det ofte var behov for at mange prester skulle kunne feire messe samtidig. Man innviet da flere kapeller innenfor en og samme kirke slik at dette ble mulig. Kapeller er ofte viet til en annen helgen enn kirken de befinner seg i, noe som også gir mulighet til å markere spesielle forhold. Et typisk eksempel på dette er Westminsterkatedralen, hvor selve katedralen er viet til Kristi hellige blod, mens det er kapeller viet til skytshelgnene til forskjellige deler av De britiske øyer. I denne katedralen, som i de fleste større katolske kirker, er det også satt av et sakramentskapell hvor det konsekrerte nattverdsbrødet oppbevares i et tabernakel.