I slutten av sesong to blir Tony smittet av bakterien Yersinia pestis. og som følge av dette dør han nesten av lungepest. I siste episode av denne sesongen dør hans kollega Caitlin Todd av den Mossad-trente terroristen Ari Haswari. På slutten av sesong fem, ble han forflyttet til USS Ronald Reagan, og senere til USS Seahawk. Men i begynnelsen av sesongen seks, ble han overført til sin opprinnelige lag ved NCIS sitt hovedkvarter i Washington, DC. Han ble fanget av terroristen Saleem Ulman og deretter gitt et sannhetsserum mens han blir holdt fanget i Somalia sammen med to av hans medarbeidere i begynnelsen av sesong syv.