Etter at indre opposisjon i partiet bidro til at Deubas regjering brøyt sammen i mars 1997 tok Koirala over som parlamentarisk leder igjen. Men det var først i september han klarte å få Kongresspartiet inn i regjering igjen, etter en avtale med lederen av den ene delen av det høyremonarkistiske partiet, Surya Bahadur Thapa. I mars 1998 tok Koirala over for Thapa etter en avtale de to hadde gjort på forhånd. Dermed var han statsminister for annen gang.