Menigheten startet som et lite fritt fellesskap en gang mellom 1900 og 1910. Før bevegelsen De Frie Evangeliske Forsamlinger fikk sitt offisielle navn gikk Betania Kristiansand under navnet Den Frie Evangeliske Misjon. Betanias første lokaler var i en tidligere tønnefabrikk på Lund, rett utenfor Kristiansand sentrum, ikke langt fra elva Otra. En periode hadde de også møtene sine på TOTALEN i Kristiansand Sentrum, før de på 1960-tallet bygde egne lokaler i Elvegata - på bysiden av Otra. De samme lokalene de i dag driver sin virksomhet fra.