Mye av det som skjedde i statssekretariatet under andre verdenskrig er uklart, og Montini ble senere kritisert for kontakten med den italienske fascistiske utenriksministeren Galeazzo Ciano og med tyske, nazistiske myndigheter. Han skal ifølge kritikere har skaffet Vatikanstaten fordeler gjennom ettergivelser for italienske og tyske krav. Dette ble avvist av ham selv, og seriøse historikere har i liten grad implisert ham i eventuelle hestehandler som måtte ha funnet sted.