I den store parlamentsgruppa etter valget i 1994 leda han en slags venstreopposisjon. Mens ledelsen støtta avtalen med India om utbygging av elektrisitetsverk i Nepal i 1996, var Mainali og hans tilhengere mot. Her sto han sammen med Bamdev Gautam, som ellers sto politisk og ideologisk på høyresida i partiet, nær og partilederen som fulgte etter ham, Madhav Kumar Nepal. Men Gautam sto i sterk personlig motsetning til Nepal, og rivaliserte med ham om makta i partiet. I 1998 førte fraksjonskampen i partiet til at Mainali og Gautam sammen organiserte en splittelse som førte til danninga av et nytt parti, som tok det gamle navnet NKP (ML). Det nye NKP(ML) tok med seg om lag halve parlamentsgruppa, mange kjente ledere og store deler av partiorganisasjonen (bl.a. et flertall i Kathmandudalen, og gjorde slutt på UMLs posisjon som parlamentets største parti etter 1994. NKP(ML) brukte en revolusjonær retorikk og kritiserte UML for . Men partiet inneholdt ei blanding av folk som hadde stått til høyre og venstre i UML, og det blei organisert rundt et politisk framstøt for å danne fellesregjering med en av fraksjonene i det høyremonarkistiske partiet RPP. Partiet blei straks innvikla i regjeringsintrigene som skandaliserte alle de store partiene i det nepalske parlamentet.