Han ble satt i arrest i Tower of London. Fire dager tilbragte han i . Men tilbød å skåne ham dersom han bare ville avsverge sin katolske tro, men pater Campion forblke standhaftig, ogpå etter tortur. Den 1. desember 1581 ble han henrettet foran en stor folkemengde. Dommen mot ham var for høyforræderi, og det medførte skjerpede henrettelsesmetoder (sleping fra fengselet gjennom London til retterstedet på Tyburn, kastrering, utskjæring av tarmene, brenning av innvollene foran egne øyne – alt dette mens han var i levende live –, og så halshugget og delt i fire). To andre katolske prester, Ralph Sherwin og Alexander Bryant, ble henrettet sammen med ham.