Klosteret nevnes i samtidige kilder først i 1263, og i 1276 anføres det at klosterkirken brant, og året etter ga kong Magnus Lagabøte penger til å gjenreise anlegget. Han ble gravlagt i kirken i 1280. I 1464 brant kirken igjen, men må ha blitt ganske raskt satt i stand igjen, da klosteret var sete for et større møte i 1484. Antakelig har klosteret forfalt i årene opp til reformasjonen, men fransiskanerbrødrene i Bergen er nevnt så sent som i 1534.