Fakarava og seks nærliggende atoller er erklært som biosfærereservat av UNESCO. Atollen Manuae er vernet som naturreservat. Naturparken Te Faaiti i Hitia'a O Te Ra på Tahiti dekker 750 hektar i et område omkring elven Vaipaea som renner gjennom Papenoodalen. Området ble vernet i 1989 og fikk status av naturpark i 2000. Et annet vernet område er Vaikivi på Ua Huka i Marquesasøyene. Det omfatter 240,4 hektar med regnskog. På Marquesasøyene finnes det dessuten andre vernede habitater: Eiao, Hatutu Mohotani, og Motu One. Per juni 2013 fantes det ytterligere ni vernede steder og tolv naturmonumenter.