Dan Atar ble født inn i en familie av medisinere i Freiburg i Vest-Tyskland. Faren hans, Zeev Atar, drev øyenlege praksis og moren, Dalia Atar, jobbet som sykepleier. Da han var fire år gammel flyttet familien til Basel i Sveits. Han fullførte sin medisinske utdannelse ved Universitetet i Basel og oppnådde en doktorgrad i 1985.