Fabrikken hadde dog i begynnelsen mange vanskeligheter å kjempe med, såvel tekniske som merkantile. De første ble imidlertid etterhvert overvunnet av Thomsen, og det ble etterhvert flere steder, i Tyskland og Amerika, bygget kryolitfabrikker etter hans planer. Hvilken betydning fabrikken har hatt for Danmark, kan ses av, at Kryolithmine- og Handelsselskabet, for hvilket Thomsen fra først av var leder, fra 1865 også direktør, i løpet av 30 år kunne innbetale til den danske statskassen i avgift for konsesjonen gjennomsnittlig over 100 000 danske kroner i året.