Go-Daigos mål var å gjenopprette den reelle keisermakten til slik det hadde vært tidligere. Han fikk imidlertid ikke beholde makten lenger enn rundt tre år. Generalene som hadde hjulpet ham med å fjerne Kamakurashogunatet hadde ikke som mål å gjenreise keiseren, men derimot å selv skaffe seg makten over Japan. To parter sto mot hverandre i maktkampen som oppsto, og dette resulterte i borgerkrig, som varte fra 1336 til 1392. Go-Daigo forlot Kyoto tidlig i denne perioden, og Ashikagafamilien tok etter dette over makten fra og med 1338, noe som markerte innledningen på Muromachiperioden.