Etter flåteranet i 1807 ble kaperfarten og kanonbåtkrigen utkjempet som en serie av trefninger mellom små, dansk-norske styrker og tyngre, britiske krigsskip. Da en større fransk-spansk hærstyrke i mars 1808 ble sendt gjennom Danmark for å invadere Sverige via Skåne, mistet Danmark sitt siste større krigsskip – linjeskipet «Prins Christian Frederik» – i kamp ved Storebælt. Dermed var Danmark ute av stand til å etterkomme Napoleons krav om å stenge av stredene for britisk marinetrafikk. I september inngikk Russland fred med svenskene, og ga med avtalen i Frederikshamn 17. september 1807 i praksis opp alliansen med Danmark og garantien for dansk kontroll med stredene og Østersjøhandelen. Svenskene sikret samtidig både britisk og russisk støtte til kravet på Norge.