Gjennom arbeidet med religionspsykologien var Raknes kommet til at han trengte en metode for å granske det underbevisste dersom han skulle komme lenger i å forstå menneskelig adferd. Den gang, på slutten av 1920-tallet var det ingen annen slik metode enn psykoanalysen. I 1928 avsluttet Ola Raknes derfor sitt skolearbeid og reiste til Berlin og begynte å studere ved Berliner psychoanalytisches Institut med et stipend fra Nansenfondet. Han fullførte sin fransk-norske ordbok som hadde vært med til å gjøre det mulig for ham å reise til Berlin. Mens han gikk i læreanalyse der hos Karen Horney (som senere ble kjent som «neofreudianer») ble han overbevist om at psykoanalytisk terapi var et yrke som passet godt til hans evner og interesser. Etter et foredrag for Berlin-gruppa om «Gesichtspunkte zur psychoanalytischen Religions-psychologie» i 1929, ble han innvalgt som medlem i Internationale Psychoanalytische Vereinigung. I foredraget markerte Ola Raknes klar avstand til Freuds religionsteorier. Raknes opplevde framgang i sitt nye arbeidsfelt, og til tross for motstand fra store deler av legestanden, var han i ferd med å opparbeide seg et navn.