Dette var starten på den mest suksessrike tiden i Bury sin historie, og de ble værende i toppdivisjonen fram til 1912. Høydepunktene i denne perioden var imidlertid triumfene i FA-cupen, der de vant både i 1900 og 1903. Finaleseieren på 6–0 over Derby County er fortsatt den største seieren i denne turneringen.