I september 2005 ble han imidlertid overraskende mottatt av pave Benedikt XVI i Castelgandolfo utenfor Roma til en to timers samtale. Det var Küng som hadde bedt om å få møte paven. Hans tidligere ønske om å møte Johannes Paul II, som han hadde kalt en «åndelig diktator», var blitt avslått. Møtet ble tolket som et tegn på forsoning og han uttalte seg etter dette svært positivt om pave Benedikt.