Få måneder før USA gikk inn i andre verdenskrig, meldte han seg til United States Navy sommeren 1941, og ble tatt opp som fenrik. Han søkte seg inn i etterretningstjenesten, og han satt i aktiv tjeneste i november, men utdannelsen ble avbrutt av angrepet på Pearl Harbor. Han skulle da bli sendt til Filippinene via Australia, men skipet ble omdirigert da det kom til Australia, og han ble værende der. Den amerikanske marineattacheen i Australia sendte ham tilbake til USA da han ikke fant noe han kunne bruke ham til; ikke hadde noen kvalifikasjoner, var uselvstendig, overvurderte egne evner og kvalifikasjoner, skapte uro og krevde enn høy grad av oppfølging. mini|left|175px|USS «YP-422», Hubbards første kommando mini|left|175px|USS «PC-815», Hubbards siste kommando mini|Hubbard i Portland i 1943, mens han var på USS «PC-815». Hans offisielle rulleblad fra hans militære tjeneste var til tider under gjennomsnittet, og han fikk bare fire medaljer for deltakelse i enkeltaksjoner, i stedet for 21. Han ble aldri såret eller skadet i kamp, og fikk derfor aldri en Purple Heart. Det meste av tiden tjenestegjorde han på kysten av det kontinentale USA med administrative eller opplæringsoppgaver. Han tjenestegjorde en kort tid i Australia, men ble sendt hjem eller kort tid etter å ha kranglet med sine overordnede. I to korte perioder hadde han kommandoen over to antiubåtfartøyer i kystfarvannene utenfor Massachusetts, Oregon og California i 1942 og 1943. Han ble begge ganger fjernet fra tjenesten da hans overordnede fant han ute av stand til oppgaven. Ved sin siste kommando rapporterte han at de hadde angrepet og senket to japanske ubåter utenfor kysten av Oregon i mai 1943, noe som ble bestridt av hans overordnede. Hubbard og hans nestkommanderende Thomas Moulton, hevdet senere dette var fordi myndighetene fryktet panikk i USA.