Etter å ha vært del av regjeringen på ulike posisjoner trakk han seg tilbake til en del av landet der hans stamme hadde kontroll og ledet en geriljakamp mot Obotes nye regjering ifra 1981 og hans etterfølger fra 1985, Tito Okello. I januar 1986 inntok Museveni hovedstaden Kampala og ble tatt i ed som han president i Uganda 29. januar.