Etter avtale med Oberkommando des Heeres våren 1941 skulle de opprinnelig tre Einsatzgruppene bevege seg bak den fremrykkende hæren i tre sektorer: (A) Leningrad (inkludert Baltikum) i nord, (B) Moskva i midten (via Hviterussland) og (C) Ukraina i sør. Da det ble klart at Romania ville delta i felttoget ble Einsatzgruppe D, med ansvar for de sørligste områdene (Bessarabia, sørlig Ukraina med Krim), satt opp i juni 1941. Einsatzgruppene ble forsterket med mannskap fra blant annet og vanlige soldater fra Wehrmacht. I tillegg krevde mord på én million mennesker lokale medhjelpere, blant annet til å pakke likene tett i massegravene og til å skille ut ofrene i etnisk sammensatte områder.