Fjorden har innløp mellom Foldøy i nord og Jørstadvågen på Ombo i sør og går så østover til den deler seg i tre. Videre østover fortsetter Jelsafjorden frem som Erfjorden og Tyssefjorden og fra innløpet til Erfjorden går to fjorder i hver sin retning, en nordover og en sørover. Den sørlige av disse er Ombofjorden som går sørover til Hjelmelandsfjorden og den nordlige fjordarmen er Økstrafjorden. Selve Jelsafjorden er 10 kilometer lang, men inkludert Erfjorden og Tyssefjorden er den omtrent 25 kilometer lang.