Várdobáiki ble etablert i 2002 som et andelslag, og ble omdannet til as i 2014. Aksjeeiere er Sametinget, kommuner, organisasjoner og private aksjonærer. Kjersti Myrnes Balto er daglig leder ved senteret. Den samiske kulturfestivalen Márkomeannu har sine kontorer ved senteret.