Kyrgiakos debuterte på det den 13. februar 2002 i en kamp mot , og skåret sitt første landslagsmål mot et år senere den 13. februar 2003. Han var uheldig og mistet den greske seieren i EM i fotball 2004 på grunn av skaden, som ironisk nok var en kneskade mot sin lagkamerat fra Rangers, Stefan Klos. Han skåret tre mål i kvalifiseringen til EM i fotball 2008 og ble plukket ut på det greske laget i EM i fotball 2008.