Malmö FFs klubbmerke består av et skjold med to vertikale himmelblå felt på sidene, og et vertikalt hvitt felt i midten. Under skjoldet er det skrevet «Malmö FF» med himmelblå bokstaver, og med en himmelblå stjerne under teksten. I den øvre delen av skjoldet er det et hvitt horisontalt felt over de tre vertikale feltene. På toppen av skjoldet er det fem tårn-lignende forlenginger av det hvite feltet. Det nåværende klubbemblemet ble innført på spillertrøyene på 1940-tallet. Det var andre klubbemblemer før dette, men de ble ikke påført spillertrøyene. Mens det første klubbemblemet var i sort og hvitt, var det andre klubbemblemet rødt og hvitt i samsvar med klubbens hovedfarger mellom 1910 og 1920.