Senere ble al-Aruri utvist fra Gaza fordi hans tilstedeværelse angivelig utgjorde en trussel mot Israel. Han flyttet til Damaskus, hvor han begynte i Hamas' politiske kontor, ledet av Khaled Meshaal. I begynnelsen av den syriske borgerkrig flyttet al-Aruri til Istanbul, der han opprettet sitt eget kontor.