En andel av kirken som ble kjent som donatister begynte i 313 blant de kristne i Nord-Afrika. Donatister (etter Donatus, biskop i 315) hevdet at presten som forvaltet sakramentene var avhengig av hans moralske tilstand. Spørsmålet hvilte på hva man skulle gjøre med de prester og biskoper som ikke hadde vist moralsk mot under kristendomsforfølgelsene, og donatistene ville ikke slippe dem inn i kirken. Biskopen i Roma (paven) hadde et annet syn og fordømte donatistene som kjettere. Donatistene motsatte seg også keiser Konstantins deltagelse i kirkens affærer, i motsetningen de fleste kristne som ønsket offisiell anerkjennelse fra keiseren. Den mest artikulerte nordafrikanske kritikeren av donatistene var Augustin av Hippo. Selv om striden med donatistene ble løst med en beslutning i Kartago i 411 fortsatte donatistiske samfunn å eksistere så sent som slutten av 500-tallet.