Før han reiste til Tibet dro Atisha tilbake til India. Da han kom tilbake fikk den stadig mer kunnskapsrike munken mye oppmerksomhet for sin undervisning og evner i debatt og filosofi. Ved tre anledninger ble han anerkjent for å ha beseiret ikke-buddhistiske ekstremister i debatt. Når han kom i kontakt med det han oppfattet som misledende eller dekadent form for buddhisme ville han raskt og effekivt gjennomføre reformer. Ganske snart ble han oppnevnt til stillingen som abbed ved det buddhistiske universitetet Vikramasila, etablert av Kong Dharmapal av Bengal.