Hun er gift med nevrokirurgen Ikemba Iweala og har fire barn. Den eldste sønnen hennes ble uteksaminert fra Harvard Medical School i 2010. Hennes sønn Uzodinma Iweala er forfatter av romanen (2005). I 2012 ble hennes mor i en alder av 82, kidnappet for løsepenger. Datteren som da var finansminister, fortalte at kidnapperne hadde krevet hennes avgang og dessuten løsepenger, men at hun hadde avslått begge deler. Moren ble etter fire dager sluppet fri; det var uklart hvorvidt Okonjo-Iwealas far hadde betalt løsepengene som kidnapperne hadde stilt krav om.