Tidlig i sin karriere arbeidet Henriksen ved Memorial University of Newfoundland i Canada. Fra 1971 var han tilknyttet Institutt for sosialantropologi ved Universitetet i Bergen, fra 1991 som professor. Han var i flere perioder instituttstyrer. Henriksen var i årene 1993–1995 prodekan og satt i styret for Bergen Museum i årene 1995-1998. Fra 1999 til 2001 var Henriksen dekanus ved Det samfunnsvitenskapelige fakultet, Universitetet i Bergen.