Neste sesong ble derimot mer suksessfull for Sand. Hans tyske klubb Schalke 04 tok seriesølv i 2001 etter å ha blitt slått av Bayern München på målstreken. Sølvet gjorde at Schalke kvalifiserte seg til Mesterligaen. Samme året vant de også den tyske cupen og Ebbe Sand endte på 22 mål og delt topscorertittel. Han vant også prisen årets danske spiller. Året etter vant Schalke den tyske cupen igjen og endte på 5.-plass i Bundesligaen. For landslaget scoret Sand hele ni mål på ti kamper og det endte med kvalifikasjon til Verdensmesterskapet i fotball 2002 i Japan/Korea. For Danmark gikk ikke denne turneringen så bra og de kom ikke videre til finalerundene. Ebbe Sand spilte to kamper og en kamp som innbytter og reiste hjem skuffet over sin egen innsats.