På andre halvdel av 1500-tallet ble Perejaslav en regimentby for de ukrainske kosakkene. Her holdt Bohdan Khmelnytskyj det kontroversielle «Perejaslav-rådet» i 1654, hvor de ukrainske kosakkene stemte for en militær allianse med Storfyrstedømmet Moskva og godtok Perejaslav-traktaten. Traktaten førte til etableringen av det kosakkiske hetmanatet på østsiden av Dnepr under Tsar-Russland, og til utbruddet av den polsk-russiske krig (1654–1667). Byen ble på den tid kalt , og senere .