Selv om Garrett Anderson nå hadde lisens fra Society of Apothecaries (LSA), kunne hun ikke få en medisinsk post i noe sykehus. Så sent som i 1865, åpnet Anderson sin egen praksis ved 20 Upper Berkeley Street i London. I begynnelsen var det få pasienter, men praksisen vokste gradvis. Etter seks måneder ønsket hun å åpne en poliklinikk med apotek, slik at fattige kvinner kunne få medisinsk hjelp fra en kvalifisert utøver av sitt eget kjønn. Samme år var det utbrudd av kolera i Storbritannia, som berørte både rike og fattige, og i panikken som oppsto glemte noen fordommene de hadde i forhold til en kvinnelig lege. Den første som døde på grunn av kolera var i 1866, men da hadde Garrett Anderson allerede åpnet St. Marys Dispensary for Women and Children på 69 Seymour Place. Det første året behandlet hun 3000 nye pasienter, som foretok 9300 polikliniske besøk på apoteket. Da Garrett Anderson hørte at dekanen ved det medisinske fakultet ved Sorbonne-universitetet i Paris var åpen for å ta opp kvinner som medisinstudenter, studerte hun fransk slik at hun kunne søke om en medisinsk grad, som hun oppnådde i 1870 etter noen vanskeligheter.