I de første årene av ekteskapet var det et godt forhold mellom Margaret og Henrik. Derimot gikk det neppe lenge før hun begynte å forstå at henne fromme og fredelige ektemann var svak og ubesluttsom. Margaret var på bortimot det meste det motsatte av sin forsiktige ektemann, som var mest interessert i religion og ikke i militære saker, og oppfylte således ikke de forventninger man hadde til en myndig middelalderkonge. Han hadde styrt siden han var kun noen få måneder gammel, og alle hans handlinger var kontrollert av regenter. Den virkelige makten bak tronen var hertugen av Suffolk og en del andre adelsmann. Margaret støttet seg på Suffolk, og hertugen og hans hustru ble hennes nærmeste venner og rådgivere, og hun støttet dermed hans politikk. Det førte til spenninger og motsetninger ved hoffet. På toppet av dette førte Henriks fromhet og sin avhengighet til sin skriftefar til at han unngikk enhver seksuell kontakt med Margaret, og hun ble ikke gravid i løpet av de første åtte årene av ekteskapet. At dronningen ikke kunne frambringe et barn må ha vært et tung press på henne. Våren 1453 besøkte hun «Our Lady of Walsingham», et valfartssted og en helligdommen for jomfru Maria i Walsingham i Norfolk som det var antatt ga støtte til ufruktbare kvinner. Kort tid etter var hun sikker på å ha blitt gravid. Da han ble gift med Margaret var hans mentale helse allerede ustabil og da det utenkelige skjedde, at hun ble gravid og senere da deres eneste sønn, Edward av Westminster, prins av Wales, ble født den 13. oktober 1453, fikk Edvard fullstendig sammenbrudd og gikk inn i en dyp katatonisk tilstand. Det gikk rykter om at han var ute av stand til å avle et barn og at den nye prinsen av Wales var resultatet av et utenomekteskapelig forhold. En samtidig ballade skrevet av yorkist refererer til og selv pave Pius II skal ha sagt at Margaret og «de som har besudlet kongens kammer» hadde overtatt styringen av landet. Samtiden var derimot forsiktig med å spekulere i en mulig barnefar, men senere historikere har vært mindre forsiktige, blant har Edmund Beaufort, 2. hertug av Somerset, eller James Butler, 5. jarl av Ormond, begge faste støttespillere av dronningen, blitt pekt på, men det er ingen bevis på at andre enn Henrik VI var prinsens far.