Hovedcampus for University of Minnesota ligger i Minneapolis, og dette universitetssystemet har mer enn 45 000 studenter i storbyområdet. De fleste av storbyområdets mange høyere læresteder ligger like over kommunegrensen i nabobyen St. Paul i Ramsey County. Viktige studiesteder som betjener begge byene er Concordia University St. Paul, Hamline University, Macalester College, og University of St. Thomas (med hovedcampus i St. Paul og business school i Minneapolis). Det private, «norsk-amerikanske» St. Olaf College ligger litt sør for storbyområdet. Det er ellers en rekke private kunstakademier og såkalte i byen.