Rooney ble belønnet med en Academy Juvenile Award i 1939, for sin innsats som ungdomsskuespiller. Han ble også nominert til to Oscar for beste mannlige hovedrolle, for (1939) og (1943), og to Oscar for beste mannlige birolle, for (1956) og (1979). I 1983 ble han belønnet med en æres-Oscar for sin innsats innen filmindustrien.