Johann Kuhnau var sønn av en møbelsnekker i Geisling, men fikk stipend for å gå på det berømte i Dresden. Deretter studerte han både filosofi og jus i Leipzig, slike studier hadde helt siden reformasjonen vært det normale for akademisk utdannede kantorer. Han tok juridisk embetseksamen, men etter studietiden tiltrådte han en stilling som kantor i Zittau.