Sesong to skildrer The Avengers som forsøker å spore opp de gjenværende medlemmene av Masters of Evil. Men de andre medlemmene av The Avengers er fremdeles ikke klar over at Captain America i hemmelighet har blitt erstattet på slutten av sesong én, av en Skrull-agent som en del av deres infiltrasjon av jordkloden. Sesongen handler også om Surtur, som nå er løslatt fra Muspelheim, og sakte med sikkert samler krefter for å motarbeide The Avengers - som et forspill til Ragnarok.