Imidlertid inntraff en ny episode i 1871 da paiwanesere angrep mannskapet på et japansk skip. 54 av de 66 besetningsmedlemmene ble halshugget av paiwaneserne og de andre tolv ble reddet av forbipasserende kinesere. Da Japan krevde kompensasjon fra Qing-riket, ble de avvist med den begrunnelse at de «ville» urfolkene på Taiwan var utenfor kinesisk jurisdiksjon. Dette førte til at Japan sendte en militær ekspedisjon ledet av Saigō Tsugumichi til Taiwan i mai 1874. Japan vant en avgjørende seier den 22. mai, og stasjonerte tropper på Taiwan. Imidlertid ble disse troppene trukket tilbake i november etter at Kina gikk med på å betale 500 000 kupingtaeler til Japan.