Qeqertalik kommune grenser i sør til Qeqqata kommune og i nord til Avannaata kommune. Mot øst grenser den over innlandsisen og mot Sermersooq kommune langs den 45. vestlige lengdegrad. Kommunen består hovedsakelig av lokalsamfunnene rundt Diskobukten, unntatt nordøstkysten og Nuussuaq halvøyen som tilhører nabokommunen Avannaata.