I 1986 oppstod en kontrovers forbundet med hans stilling i NRK. Siden august 1986 hadde han fått utbetalt 3000 kroner månedlig av Kreftforeningen. Det ble deretter klart at dette var mot NRKs regler for bijobber. I januar 1987 fant NRKs styre, med Halvor Stenstadvold som formann, at Johannessen hadde brutt reglene. Han mistet tittelen som programsekretær, og fikk lavere lønn. Han ble også suspendert fra å presentere TV-programmer i ett år. I juli fant Kulturdepartementet (som NRKs eier) at dette var en ulovlig avgjørelse. NRKs styre opprettholdt imidlertid sin avgjørelse i to separate styrevedtak, henholdsvis i august og i november. I april 1988 omgjorde Kulturdepartemenetets styrets avgjørelse.