Morgen fikk ny stilling som SS-dommer ved SS' kriminalkontor i Berlin i 1943. Himmler var bekymret for korrupsjonen i konsentrasjonsleirene særlig underslag av verdisaker. Fra Berlin ble han sendt til konsentrasjonsleirene for å etterforske korrupsjon blant personalet der. I Buchenwald (juli 1943) avdekket han underslag og ulovlige drap; kommandanten Karl Koch og legen Waldemar Hoven ble dømt til døden for dette. Koch ble tiltalt for underslag og for å ha drept to fanger uten ordre fra høyere hold. Hoven ble tiltalt for å ha drept på eget initiativ. Morgen baserte seg på militær lov og tysk straffelov fra 1871. Sakene mot Koch og Hoven kom for retten i Weimar i september 1944. Himmler ønsket at sakene mot Koch og Hoven skulle skremme andre kommandanter og SS-offiserer fra å drive korrupsjon. Koch ble henrettet av SS i Buchenwald 5. april 1945 og Hoven ble løslatt i mars 1945. Himmler stanset granskinger av konsentrasjonsleirene.