Mens han jobbet i området rundt Toulouse, henrettet han 42 personer av 900 som ble dømt skyldige i løpet av femten år. Han konsentrerte seg om katarer, valdensere, falske apostler, beginere og jøder, samt trollmenn og nekromantikere. Som belønning for sine tjenester som inkvisitor ble han valgt til biskop av Tui i Galicia av pave Johannes XXII, og et år senere til biskop av Lodève. Bernard Gui døde i borgen i Lauroux, Hérault, i det sydvestre Frankrike, 30. desember 1331.