En stor del av datalagring, analyse, søk og gjenfinning skjer over Internett. De fleste biologiske databaser er tilgjengelige på nettet for søk. Det gjelder også bioinformatiske verktøy, som gjerne er publisert sammen med databasene de kjører mot, eller som selvstendige redskaper på egne nettsider. Verktøy som er tilgjengelige på nettet letter arbeidet i bioinformatikk, men likevel er integrering av data fra flere kilder ofte besværlig. Problemene dukker opp på grunn av at mange redskaper ikke har en felles datamodell, og at de heller ikke bruker samme format på datafilene.