I 2016-sesongen vant Rosenborg serien, med 21 seire og 69 poeng, og Christian Gytkjær ble seriens toppscorer med 19 mål. De vant også cupen 2016, etter at de vant cupfinalen 4-0 over Kongsvinger. De vant dermed The Double for andre år på rad. Publikumssnittet i serien gikk likevel noe ned fra 2015, til 17.585. I Mesterligaen 2016/2017 startet de i 2. kvalifiseringsrunde, der de slo ut IFK Norrköping, men tapte deretter for APOEL i 3. kvalifiseringsrunde. De gikk dermed inn i playoffrunden i Europaligaen i fotball for menn 2016/17, der de tapte for FK Austria Wien, og gikk dermed ikke videre til gruppespillet.