I tillegg til hovedoppdraget som går ut på å redde landet fra total destruksjon eller diktatur, er det også mindre oppdrag som Link kan påta seg. Disse sideoppdragene belønner ofte spilleren med ting som gjør hovedoppdraget enklere å fullføre (som for eksempel økt helse, nye våpen etc.), og er nødvendige om man vil fullføre spillene.