I 1859 hadde Peru en konfrontasjon med nabolandet Ecuador om omstridte områder ved Amazonas. Selv om Peru ble regnet som vinneren, klarte ikke Castilla å sikre en endelig avtale med Ecuador, og spørsmålet forble uløst fram til slutten av det 20. århundre, da Peru, Ecuador og Brasil undertegnet en avtale i 1997. I desember 1860 ble en ny grunnlov vedtatt under Castillas termin som president, og den forble Perus overordnede lov helt fram til 1920. Dermed ble Castillas andre termin som president markert av frigjørelsen av slavene og de peruanske indianerne, og også av et nytt politisk system og en ny grunnlov.