Ifølge kryssaktiveringsteorien vil genene for synestesi (f.eks. endret kromosom 2q24) kunne komme til uttrykk i forskjellige hjerneområder (f.eks. grafem-farge og (musikk)intervall-smak). Dette kan forklare hvorfor synestetikere ofte har flere typer synestesi og hvorfor forskjellige typer oppstår i samme familie. Så langt har studier av synestesi-familier støttet dette synet. Tidligere var det langt flere kvinner enn menn som rapporterte synestesi, og man trodde derfor at det hovedsakelig forekom hos kvinner. Nyere studier har nå vist at kvinne:mann-ratioen er bare litt over 1:1 (Ward & Simner, 2005 Simner et al., 2006). Man mente også at genet for synestesi kunne ligge på X-kromosomet (kjønnsbundet nedarving), men det har nå blitt rapportert tilfeller av far-til-sønn-nedarving (Asher et al., 2009), noe som avkrefter hypotesen om at nedarvingen skjer på X-kromosomet.