Flåthen ble i 1995 utnevnt til sjef for Kartverket, en stilling han hadde fra 1996 til 2008. Under hans ledelse satset Kartverket på utvikling av nye tjenester. Han har arbeidet med nye elektroniske sjøkart, norske som internasjonale, og arbeidet for å gjøre Kartverket til nasjonal myndighet for offentlig eiendomsinformasjon, herunder også Grunnboken. Dette arbeidet medførte at Tinglysingen i Norge ble overført fra domstolene til Kartverket.