I forbindelse med gjeninnredningen av kirken utførte Diderik Gercken en ny font i hvit italiensk marmor, som ble anbrakt ved veggen rett vest for den nordlige kordøren (ifølge Thurahs plantegning fra 1746). Fonten var først omgitt av et jerngitter, som imidlertid snart (før 1736) ble skiftet ut med et stengsel i marmorert eketre med messingbalustre. I 1835 ble dåpen flyttet til korets sydside, overfor Hans Schacks epitafium. I 1869 mottok kirken et stort dåpsfat fra 1691 fra Vor Frue Kirke, noe som medførte at fontekummen måtte hugges ut.