Mikroorganismer kan være bakterier, virus, sopp og parasitter. Bakterier kan skille ut fordøyelsesenzymer som virker som giftstoffer på kroppens celler. Virus kan trenge inn i kroppens celler og formere seg der. Antigener kan også være vev fra andre personer som blodtypeantigener vi får i oss ved blodoverføring eller vev som settes inn ved organtransplantasjon.