Nils Fredrik var gift to ganger, i begge tilfeller med kvinner av svensk herkomst, og fikk tilsammen ti barn, fem med hver kone. Første giftermål var i 1847 med Marie Caroline Eriksdatter (f. 1828 i Övertorneå i Sverige). Konen døde kun 35 år gammel og ingen av deres barn overlevde småbarnsstadiet. Neste giftermål var i 1864 med Marie Lovise Johannesdatter Strömbeck (f. 1841 i Talvik), hennes far hadde innvandret fra Sverige og var ansatt på kobberverket i Kåfjord. To av deres fem barn døde også i ung alder, mens de tre som nådde voksen alder døde barnløse. Det finnes følgelig ingen etterkommere til Nils Fredrik.