En annen endring, som angikk deres lydighet i forhold til staten, fikk dramatiske konsekvenser for trossamfunnet i land som hadde betydelig deltakelse i andre verdenskrig. Militærnekting ble i praksis en religiøs plikt, og fra 1935 inntok Jehovas vitner en holdning i forhold til nasjonalflagg som medførte at de ikke deltok i flagghilsen. Medlemmer av trossamfunnet var allerede under forfølgelse, blant annet på grunn av sine anklager mot den katolske kirke, og var jevnlig gjenstand for arrestasjoner og pøbelangrep; følgene av deres nye forståelse i disse lærespørsmålene bidro til intensivert forfølgelse, og over atten tusen arrestasjoner av Jehovas vitner ble gjennomført frem til 1951 i USA alene. I Tyskland ble flere tusen av vitnene plassert i konsentrasjonleirer, hvor de fra 1935 av utgjorde en egen kategori.