I april samme år fikk Miyazaki arbeid hos Toei Animation som in-betweener på animefilmen . Like etter hans ankomst tok han føringen i en arbeidskonflikt og i 1964 ble han tillitsmann på studioet. I oktober 1965 giftet han seg med sin kollega Akemi Ota. De har to sønner. Den eldste, Gorō lager nå selv film hos Studio Ghibli, og hans første film utkom i 2006. Den yngste sønnen Keisuke arbeider med treskjæring og har også arbeidet for Studio Ghibli.