Den romerske keiseren og kongen av Böhmen, Rudolf II (1576–1612) ble begge interessert i Codex Gigas, og ville låne den med seg til Praha. To av hans rådsherrer og , samt Pauls nevø skrev sine navn i manuskriptet. De var en del av et følge, som i 1590 var på vei fra Polen. Rudolf var en av tidens største boksamlere og kjent for sine okkulte interesser. Da manuskriptet fremdeles var å regne som Břevnovklosterets eiendom, måtte ifølge notater, klosterets forstander Martin (1575–1602), gi sin tillatelse til utlån av manuskriptet. , Broumovklosterets prior, avgjorde selve flyttingen. Han kontaktet politimesteren Mathias fra och før transporten. Politimesteren kjente til manuskriptet fra tidligere, da han ifølge et annet notat, hadde sett det så tidlig som i 1587. Den 4. mars 1594 startet ferden mot Praha. Gjennom en merknar i skrifet vet man at manuskriptet i den 6. mars, hos byens tjenestemann ] fra , og kom til Nymburk den 16. mars. Der var det flere personer som skrev sine navn i skrifet.