Hains ble i hæren etter krigen, og ble forfremmet til major i september 1870. Han tjenestegjorde i U.S. Lighthouse Board, hvor han hadde ansvaret for å bygge flere fyrtårn, blant annet det på Morris Island og St. Augustine. I 1881 ble Washington D.C, oversvømt, og United States Army Corps of Engineers fikk ansvaret for å løse dreneringsproblemet, da man bare kunne nå deler av National Mall og Det hvite hus med båt. Han ble forfremmet til oberstløytnant i 1886 og oberst i 1895.