Behandlingen ved SiS skjer normalt uten den enkeltes samtykke. SiS tilbyr individuell behandling, men har også behandling for spesifikke grupper, som grove ungdomsforbrytere, adopterte ungdommer med alvorlige problemer, seksuelle overtredere, alvorlig relasjonsforstyrrede piker og piker som har vært utsatt for seksuelle overgrep, samt ungdommer med nevropsykiatriske problemer. Innleggelse på et behandlingshjem hos SiS innledes med en utredning. Behandlere, psykologer og pedagoger kartlegger behovene og foretar en behandlingsbedømmelse. Den ligger siden til grunn for den individuelle behandlingsplanen.