Nuno Gomes debuterte for i 1996, bare 19 år gammel. Han slo gjennom for fullt fire år senere, under EM 2000, da han skåret i Portugals åpningskamp. Han skåret fire mål i turneringen, der Portugal kom til semifinalen, men fikk syv måneders utestengelse etter at han han dyttet dommeren etter semifinaletapet mot .