Åtte år senere, under Sommer-OL 1964 i Tokyo, vant han sin andre olympiske gullmedalje, også denne gangen i lagkonkurransen i moderne femkamp. Det sovjetiske laget besto av Novikov, Albert Mokejev og Viktor Minejev. Novikov vant en sølvmedalje individuelt, han kom på andreplass bak Ferenc Török fra Ungarn.