Abbe gjorde i 1889 det overraskende trekk at opprettet en stiftelse – Carl Zeiss-stiftelsen – med sikte på at denne skulle forvalte virksomheten i fremtiden. Selv ble han kun «medlem av selskapsledelsen». Zeiss-virksomheten hadde lenge vært identifisert med Abbe, men likevel opprettet han stiftelsen i navnet til sin døde venn. I 1891 var hele Abbes del av virksomheten overdratt til stiftelsen. Otto Schott overdro i 1919 sin andel av glassverket til stiftelsen.