Femte og siste generasjons Prelude ble produsert fra 1996. Den hadde knapt noen forandringer fra fjerde generasjon, bortsett fra forandret karosseri og endrede utseendedetaljer som f.eks frontlys og former og kurver. Motor og gir var det samme som hos den fjerde generasjon, 200 hestekrefter maksimum, i en 2.2 liters motor, samt at folk mistet mer eller mindre troen på denne bilen, så lite forandring som den gav etter hver generasjon. Med stupende salgstall og mindre tro på prosjektet ble det i 2001 bestemt at Prelude, etter 23 år i produksjon, skulle tas ut av Hondas sortiment og det i stedet skulle satses mer på Hondas trofaste kompakte ganger, Honda Civic.