Mohammed Khan var av den turkmenske stammen (eller ) fra Nordiran, som tidligere hadde levd i Aserbajdsjan. Qavānlūene var en understamme av qajarene som støttet opp om safavidene fra dette dynastiets tidligste tider. Hans far Mohammad Hasan Khan var stammeleder av qavānlūene i Astarabad. I Nadir Shahs herskertid mistet stammen sin makt. Etter hans død forsøkte Aga Mohammed Khans far å erobre Astarabad og vinne tilbake sin gamle maktposisjon. Nadir Shahs etterfølger Adil Shah klarte i den strid som oppstod å ta til fange den fireårige Mohammed Khan. På Adil Shahs befaling ble Mohammed Khan kastrert i fem- eller seksårsalderen, for å sjalte ut fremtidige politiske rivaler.