Sanner var 1. vararepresentant til Stortinget fra Akershus 1989–1993, og møtte fast på Stortinget for statsråd Kaci Kullmann Five 1989–1990. Sanner var da medlem av Stortingets forbruker- og administrasjonskomité. I 1993 ble han valgt inn på eget mandat, og var medlem av Stortingets kirke-, utdannelses- og forskningskomité frem til 1997. I årene 1997–2001 var han nestleder i Stortingets energi- og miljøkomité, og har vært medlem av Stortingets finanskomité og Stortingets valgkomité siden 2001. Sanner var medlem av Stortingets utvidede utenrikskomité 2001–2005.