Bolsonaro ble født nordøst i delstaten Sao Paulo. Foreldrene har italiensk og delvis tysk opphav. Han var tidligere offiser i hæren og gjennomgikk militær utdanning og tjenestegjorde i fallskjermstyrkene under militærdiktaturet i Brasil. Han forlot hæren med kapteins rang i 1988. Bolsonaro ble på slutten av tjenestetiden varetektsfengslet for å ha planlagt bombeaksjon; han ble dømt av lavere militærdomstol og frikjent den øverste militære domstolen. Denne saken gjorde ham kjent i Brasil.