En fordel med brenselceller er at den gir høy virkningsgrad, det vil si at man kan ta ut mye nyttig energi i forhold til den totale energimengden i drivstoffet som forbrukes. I konvensjonelle forbrenningsmotorer i biler er virkningsgraden svært lav, rundt 30%, og i moderne motorer rundt 35%, fordi mye av energien går over til varme. Virkningsgraden i brenselceller kan være langt høyere.