Kockas forskning har særlig vært orientert mot arbeider- og arbeidslivshistorie, særlig han har sammenlignet utviklingen blant ansatte i storbedrifter i USA og i Tyskland fra den andre industrielle revolusjon. Han har også skrievet om borgerskapets historie, sosialhistorie i DDR og historieteoretiske arbeider om komparativ metode og sosialhistorie. I 1986 engasjerte Kocka seg i den såkalte tyske historikerstriden på samme side som Jürgen Habermas offentlig debatt om hvorvidt Holocaust var sammenlignbart med folkemord begått av kommunistiske regimer. Kockas syn var at nazistenes folkemord var et sivilisasjonssammenbrudd og enda verre enn venstreorienterte regimers folkemord, ettersom Tyskland før det 3. rike hadde vært en kulturnasjon og et demokrati, mens kommunistlandene hadde vært tilbakeliggende. Dette synspunktet fikk kritikk fra Joachim Fest, som mente det var rasisme å hevde at det var naturlig for kambodsjanere og andre «tilbakeliggende» folkeslag å praktisere folkemord, men ikke for tyskere.