I 1338 dro Katarina til Peloponnes for å ivareta sine interesser der, og tok Nikeforos med. Hun tilskyndet et opprør i den viktige byen Arta i Epirus. Men Andronikos III og Johannes Kantakouzenos slo ned opprøret og beleiret Nikeforos’ styrker. Nikeforos måtte overgi seg og han ble tvunget til å gifte seg med Maria Kantakouzenos i Konstantinopel, og ble værende der under den bysantinske borgerkrigen 1341 – 1347. Etter at Johannes Kantakouzenos ble keiser (Johannes VI) i 1347 fikk Nikeforos tittelen despot av Epirus og fra 1351 styrte han også et område langs Hellesponten i Trakia.