I 1920 ble det første skrittet tatt til organisering av kirken. Det ble dannet to presbyterier med tilsammen 22 menigheter. I 1927 måtte misjonærene igjen trekkes ut for en periode på noen måneder, grunnet lovløse tilstander. Misjonen hadde allerede mistet en av sine fremste, dr. Tønnes Frøyland, under et røveroverfall på Laohekou i 1913, og vurderte situasjonen i 1926-1927 som enda farligere. Men de kom tilbake raskt, selv om problemet med røverbander fortsatte langt inn i 1928. I 1928 kunne forbundets misjonssykehus i Liangigai misjonsstasjon i Laohekou tas i bruk. Det hadde 70 sengeplasser. I 1936 ble misjonæren Knut Samset tatt til fange av røvere, og døde i fangenskap etter noen få måneder.