Hans Fuggers yngre sønn, Jakob Fugger (d.e.), grunnla en ny gren av slekten, (etter liljen på slektsvåpenet). Også han ble rik på tekstilproduksjon, og i 1461 var han den tolvte rikeste mann i Augsburg. Ved hans død i 1469 overtok sønnen Ulrich (død 1510), som leverte klær til keiser Fredrik III og hans følge på deres reise til Trier. Slektene Fugger og Habsburg kom til å ha et nært og inntektsbringende forhold i tiden som fulgte.