Elis giftet seg to ganger og fikk tre barn. Hennes første ekteskap var med Ronaldo Bôscoli i 1967. Hun fødte en sønn, João Marcelo Bôscoli, i 1970. Hun giftet seg senere med sin mangeårige samarbeidspartner, pianist/komponist/arrangør César Camargo Mariano, og fikk to barn med ham: Pedro Camargo Mariano i 1975, og Maria Rita i 1977. De tre barna ble alle senere musikere og/eller produsenter. Etter mange år som fullstendig ukjent ble Maria Rita, etter en lang markedsføringskampanje, en nasjonal sensasjon da hun vant tre Latin Grammies for sin selvtitulerte debut-CD. João Marcello Boscoli, eier av Trama recording company, produserte den første Elis Regina DVD-en slik at mange av hennes fans fikk se henne opptre for første gang. DVD-en var et opptak av et brasiliansk TV-show fra 1973 som inkluderte sanger, Reginas kommentarer til hver sang, og et intervju. Flere DVD-er av Elis Reginas forestillinger har senere blitt utgitt.