Det har også vært omstridt at affektive komponenter ikke er med i kriteriene for en schizofrenidiagnose, til tross for at de er hyppig til stede i klinikken. Utelukkelsen av affektive faktorer i DSM har resultert i en egen og «nokså innviklet», separat lidelse – schizoaffektiv lidelse. Enkelte psykiatere har helt og holdent avvist begrepet schizoaffektiv lidelse som egen lidelse. Det kategoriske skillet mellom stemningslidelser og schizofreni, kjent som Kraepelins dikotomi, har også blitt utfordret av data fra genetisk epidemiologi.