Maskinene har stort sett kjørt andre operativsystemer enn UNIX, og disse spiller en viktig rolle i operativsystemets historie. OS/360 var et batchprosesserende operativsystem og en pionèr innenfor fleroppgavekjøring; det var også et av de første operativsystemene som benyttet sekundært minne som en integrert del under kjøring. MVS (Multiple Virtual Storage) var banebrytende innenfor virtuell hukommelse. OS/390 utvidet MVS med en rekke funksjoner som tidligere var separate – datakommunikasjon, TCP/IP, m.m., for å tilby et fullt moderne operativsystem. Omkring 1980 utviklet IBM og AT&T det tidsdelte operativsystemet TSS/370 for IBM System/370. Omkring 1984 ble VM/IX for IBM System/370 utviklet av IBM og INTERACTIVE Systems Corporation. Disse to operativsystemene var ikke avarter av UNIX, men ga stormaskinene funksjonalitet som ellers er å finne i Unix-liknende operativsystemer. Ingen av dem ble noen kommersiell suksess.