Maria ble født i St. James's Palace i London. Hun var eldste datter av James, hertug av York (den senere Jakob II) og hans første hustru, Lady Anne Hyde. Hennes onkel var Karl II av England, og hennes morfar var Edward Hyde, 1. jarl av Clarendon, som lenge var Karl IIs viktigste rådgiver. Moren fikk åtte barn, men bare Maria og hennes yngre søster Anne overlevde barndommen.