Den fortsatte tilstedeværelsen av en utenlandsk okkupasjonshær var en krenkelse for det meste av den lokale befolkningen. Duncan II selv tilbrakte det mest av sitt liv utenfor Skottland, noe som ga ham status og omdømme som en fremmed. Måneder inn i hans styre reiste landeiere og folk flest seg til et opprør mot fransktalende normannere. Okkupasjonshæren greide seg dårlig mot en rekke pågående angrep. Duncan selv greide kun å beholde sin trone ved å inngå forhandlinger med opprørerne. Han ble tvunget til å gå med på deres krav og måtte sende det meste av sine utenlandske soldater tilbake til Vilhelm Rufus.