Selskapet ble satt under administrasjon på grunn av finansielle problemer og det ble erklært konkurs 16. desember 2009. Som følge av konkursen måtte Flyglobespan kansellere alle sine planlagte flyvninger fra 14. desember 2010 og virksomheten ble erklært opphørt. Selskapets slagord var «Awards-vinning Airline».