Det joniske opprøret brøt ut i 499 f.Kr., igangsatt av Aristagoras i Milet. En styrke på 200 triremer, bemannet av joniske mannskap, som Artafernes, satrapen i Sardis, hadde sendt til Naxos under Aristagoras kommando, klarte ikke å fjerne demokratene og gjeninnsette oligarkiet. Joniske byer kastet tyrannene som perserne hadde satt over dem, dannet et forbund og ba om hjelp fra de andre grekerne. Athen sendte tjue skip og Eretria fem. Disse skipene sluttet seg til den joniske flåten og hjalp til med å spre opprøret langs kysten og til Kypros. De klarte å beseire den fønikiske flåten i Pamfylia. Opprøret hadde ikke større politiske mål, manglet samlende lederskap og, med unntak av kariene, så gjorde ingen ikke–grekere opprør. I 498 f.Kr. erobret og brente grekerne Sardis, noe som påkrevde et persisk svar i form av en invasjon.