Hegre har mellomfag i musikkvitenskap, hovedfag i statsvitenskap og ble i 2004 dr.philos. fra Universitetet i Oslo. Hegre forsker på sammenhengen mellom økonomiske faktorer og væpnet konflikt, internasjonal handel og konflikt, demokratisering og regimestabilitet. Han har publisert mange artikler om disse temaene og utført forskningsoppdrag for Verdensbanken.