Mens dette gjorde det lett å vinne den katolske befolkningen for den nye Preussen, var det vanskeligere å overbevise protestantene. Etter revolusjonen mistet de kongen som sin øverste leder i den evangeliske prøyssiske union. Han var formelt kirkens øverste biskop og hadde omfattende rettigheter til å gå inn i liturgien. Spesielt hadde Vilhelm II av Tyskland tatt dette alvorlig, og med avskaffelsen av kongedømmet mistet mange protestanter en viktig referansefigur. Protestantene slet med å vinne tilhengere i den republikanske stat, og en betydelig del av overbeviste protestanter valgte det anti-demokratiske og nasjonalistiske DNVP. Det er derfor ingen tilfeldighet at mottoet for den protestantiske kirke under kongressen i 1927 ble valgt til å være «folk og fedreland». Også antisemittisk innflytelse rådet i de teologiske fakultetene.