Dette er det første spillet i serien. Den onde blargen Chairman Drek har bygget en rekke forurensende fabrikker som ødelegger atmosfæren på hjemplaneten hans, Orxon. Derfor bestemmer han seg for å lage en ny planet av delene til andre planeter. Men en dag spyr en av robotfabrikkene hans ut en liten robot som ikke vil følge ordrene til Drek, fordi den skjønner at det Drek gjør er galt. Han rømmer i et miniromskip, men Drek sender ut vakter etter ham. En av vaktene skyter robotens romskip i stykker, og han krasjlander på planeten Veldin. Ratchet, som er en lombax fra Veldin, redder roboten ut av de brennende restene av romskipet. Til gjengjeld fikser roboten et romskip Ratchet holdt på å reparere. Roboten sier at Ratchet må hjelpe ham å finne Captain Quark, og det er Ratchet villig til. De flyr til planeten Novalis, og Ratchet begynner å kalle roboten Clank.