Til tross for intrigene til hæren for undertrykke denne saken, ble den første dommen mot Dreyfus annullert av fransk høyesterett etter en omfattende gjennomgang. En ny krigsrett ble holdt i Rennes i 1899. Mot all rimelighet ble Dreyfus igjen kjent skyldig, men med formildende omstendigheter, og dømt til ti års hardt straffearbeid. Utmattet og nedbrutt etter fire lange år som deportert aksepterte Dreyfus en benådning fra president Émile Loubet. Det var først i 1906 at hans uskyld ble offisielt ble anerkjent i en enstemmig og uforbeholden avgjørelse i høyesteretten. Den rehabiliterte kaptein Dreyfus ble gjeninnsatt i hæren med rang som major, og han deltok i første verdenskrig.