Andfjord Salmon er basert på et patentert havbrukskonsept med rektangulære gjennomstrømningsbassenger nedgravd i sjøkanten, slik at bassengene i stor grad havner under havnivå. Sjøvann hentes med separate inntaksrør i to ulike dybder, på hhv. 30 og 160 meter, basert på sesongbaserte temperaturvariasjoner i sjøvannet for å gi laksen stabile, naturlige og optimale vanntemperaturer på 7-12 °C året rundt. Vannet i bassenget skal skiftes ut kontinuerlig, 15-17 ganger per døgn, tilsvarende hvert 1.5 time, hvilket angivelig skal unngå problematisk dannelse av hydrogensulfid, en utfordring i tradisjonelle landbaserte RAS-anlegg. Inntaksdybdene unngår også problematikk knyttet til lakselus, som er en av de største utfordringene som truer tradisjonell sjøbasert oppdrett i åpne merder. Lakselusen finnes som regel ikke på slike dybder som inntaksrørene befinner seg, og blir dermed heller ikke hentet inn i bassengene, der laksen produseres. Inntak av alger unngås også, ettersom vanninntaket utføres under dybden der fotosyntesen finner sted. Ettersom anlegget har lukket gjennomstrømning hindres også lakserømning. Rektangulære bassenger gir grunnlag for at vannstrømmen beveger seg med samme hastighet i hele bassenget, og er dermed laminær. Vannstrømmens hastighet sikrer optimal fordeling av oksygen til laksen, og den laminære strømmen unngår oppvirvling av fôr og avføring. Avfall fra produksjonen, herunder avføring og uspist fôr, faller til bunns i bassenget og skal samles opp av bunngående roboter, slik av mesteparten av biorestene fjernes fra vannet som pumpes tilbake i havet. Biomassene planlegges resirkuleres til matjord, eller levert som gjødsel til produksjon av veksttorv hos nabobedriften Andøytorv. Ettersom bassengene ligger under havnivå, behøves ikke vannet pumpes opp fra dypet, men heller skyves gjennom bassenget, med store energibesparelser. Vannet trenger heller ikke tilføres oksygen, varmes eller kjøles.