Juli 2016 ble det offentliggjort at A.J Soares hadde undertegnet en kontrakt ut 2017/18- sesongen med danske AGF. Soares fikk sin debut for AGF da han ble byttet inn for Danny Olsen etter 74 minutter mot Randers FC hjemme på NRGi Arena 31. juli 2016. Første mål for klubben kom i runden etter, da spilleren utlignet til 2 - 2 i en kamp mot Esbjerg fB på Blue Water Arena 8. august 2016. I en kamp mot FC Nordsjælland 12. september pådro Soares seg en hofteskade, og måtte dermed stå over flere kamper for sin nye klubb. 16. november 2016 ble det offentliggjort at Soares ville avslutte karrieren grunnet hodeskader påført tidligere i spillerkarrieren.