I 1997 sluttet han seg til Bharatiya Janata Party. Khanna ble i 1998 valgt inn i det indiske parlamentet, Lok Sabha, for Gurdaspur i det nordlige Punjab, han ble gjenvalgt i 1999 og 2004. Etter tap i 2009 ble han på nytt valgt i 2014. Han ble «juniorminister» (uten sete i kabinettet) for kultur og turisme i 2002, og deretter minister for utenrikssaker, i Atal Bihari Vajpayees regjering. Khannas sete i nasjonalforsamlingen ble ledig ved hans død.