Grunnet dette ble det på den tiden da hertugen av York kom til makten i 1453–1454, under den første perioden med sinnssykdom til Henrik VI, inngått forhandlinger mellom ham selv og Isabella for en ekteskapsallianse mellom Karl I av Burgund, den gang grev av Charolais, og en av Yorks ugifte døtre, hvor den da 8 år gamle Margaret var den yngste. Forhandlingene trakk derimot ut grunnet maktkampene i England, og Karls far, Filip III av Burgund, foretrakk en fransk allianse. Filip lot sønnen bli forlovet til Isabella av Bourbon, datter av Karl I, hertug av Bourbon og Agnes av Burgund, hertuginne av Bourbon, i slutten av mars 1454. Paret ble gift den 31. oktober 1454.