Seldsjukksultanene tok hovedstøyten av korstogene, men bukket under for de fremrykkende mongolene i 1243. Seldsjukkene ble mongolenes vasaller, og til tross for forsøk fra dyktige administratorer på å opprettholde statens integritet, disintegrerte sultanatet i løpet av 1300-tallet og hadde fullstendig forsvunnet i løpet av 1400-tallet. Det bysantinske riket klarte ikke å forhindre tyrkernes fremmarsj og på 1300-tallet var det meste av Lilleasia styrt av anatoliske beyliker. Smyrna falt i 1330, og den siste bysantinske festningen, Filadelfia, falt i 1398.