Dalen var kanskje en gang en kanal hvor Dødehavet, lokalisert sørøst for dalen var forbundet med Middelhavet. For rundt to millioner år siden steg landet mellom Middelhavet og Riftdalen (betegnelse for et enormt geografisk system av forsenkninger mellom den afrikanske kontinentalplate og de arabiske kontinentalplaten). Forbindelsen mellom Middelhavet og Dødehavet gikk tapt, og den periodiske strømmen fra Middelhavet stoppet opp. Resultatet var at Dødehavet ikke lenger hadde en forbindelse til havet og over tid, grunnet større evaporasjon (fordampning) foruten tilstrømning av overflatevann, ble Dødehavet meget salt.