En vesentlig forandring av status og styring for DKNVS Museet skjedde i 1984, etter innføring av lov om Universitetet i Trondheim (1983-06-03-48). Museet ble overført fra DKNVS til staten ved Universitetet i Trondheim (UNiT), som en av universitetets tre delenheter, under navnet Vitenskapsmuseet (VM). De to andre enhetene ved UNiT var Norges tekniske høgskole (NTH) og Den allmennvitenskapelige høgskolen (AVH). Universitetet overtok alle museets eiendeler, det vil si bygningene, biblioteket og samlingene, men det fantes landeiendommer og fondsmidler som juridisk ikke kunne overføres til staten. Det ble derfor opprettet en stiftelse, DKNVS Museumsstiftelsen (i 1990 endret til DKNVS Stiftelsen), for forvaltning av disse midlene, som ifølge statuttene i hovedsak skulle brukes til vitenskapelig arbeid. Stiftelsen fikk et styre på fem medlemmer; to offentlig oppnevnte, to fra Museumsforeningen, samt stiftelsens generalsekretær, som ble ansatt av styret. Den første generalsekretæren var Gunnar Sundnes, som tidligere var generalsekretær for DKNVS Museet.