Etter at Karl Knutsson var blitt avsatt atter en gang var det erkebiskopen som i realiteten styrte Sverige, men han var ikke i stand til å holde på sin posisjon. De ulike fraksjonene slo seg sammen mot ham og valgte Erik Axelsson (Tott) som regent i 1466 og Jöns Bengtsson ble dermed tvunget til å trekke seg tilbake. Han fant et tilholdssted hos sin venn Magnus Gren på Öland hvor han døde den 15. desember 1467, «fattig og i landflyktighet, angret av ingen, hatet av mange, og fryktet av alle», i henhold til en senere tekst.