De tidligste spor av jordbruk i oldtidens Egypt er avdekket i Faiyum. Senere ble området selve kornmagasinet for Romerriket. Under mellomrikes tolvte dynasti var Faiyum et sentrum for bygging av kongelige pyramider og graver. Det ble gjenopptatt under ptolemeerdynastiet. I slutten av det første århundret e.Kr. krympet jordbruksmarkene og mange av bosetningene langs vannkanten ble oppgitt. Dette området har noen av de best bevarte levningene fra sen romersk tid (særlig Karanis), og fra bysantinsk tid og tidlig del av den arabiske tiden.