Han ble deretter i 1885 ambassadør i Konstantinopel. Etter å ha vært deputert til deputertkammeret i perioden 1886-89, vendte han tilbake til diplomatiet. I mai 1894 ble han utenriksminister i Charles Dupuys regjering og innehadde samme post i Jules Mélines regjering 1896-98. Som utenriksminister hadde Hanotaux hånd om de viktige spørsmål vedrørende fransk-russisk alliansebygging, og i egenskap av koloniminister grensereguleringen mellom franske og britiske besittelser i Afrika. Fashoda-episoden i juli 1898 var det mest kjente resultat av denne politikken. Denne hendelsen synes å ha intensivert Hanotauxs mistro til England, som skulle bli så påtagelig i hans litterære verker (skrevet etter at han forlot utenriksdepartementet).