Han var ekspedisjonsleder for den norsk-amerikanske sydpolsekspedisjonen 2007–09 under Det internasjonale polaråret. Winther var initiativtaker til etableringen av Nansen-Amundsen-året 2011, nedsatt av Regjeringen. Han deltok i jubileumsekspedisjonen til Sørpolen i 2011 sammen med Stein P. Aasheim, Harald Dag Jølle og Vegard Ulvang. Ekspedisjonen fulgte samme rute som Roald Amundsens ekspedisjon i 1911-12 og nådde polpunktet akkurat 100 år etter Amundsen som en del av markeringen av Nansen-Amundsen-året 2011. I 2013 ledet Winther fra Arkhangelsk til Jenisej ombord det russiske forskningsfartøyet . Winther deltok på vegne av Norge i den olympiske fakkelstafetten for OL i Sotsji 2014 da den besøkte Nordpolen i oktober 2013.. Winther var initiativtaker til Grunnlovsseilasen. Skonnerten Anna Rogde seiler fra Hammerfest til Oslo under Grunnlovsjubileet i 2014 for å markere betydningen og mulighetene for kyst-Norge, både i et historisk og framtidsrettet perspektiv . Winther tok initiativet til innfrysningen av forskningsskipet Lance i Polhavet i 2015.