Under andre verdenskrig var Widerøe medlem av Torsvik-gruppen i Ålesund. Han ble arrestert under opprivingen av eksportgruppen og ble dømt til tukthusstraff i Tyskland. Widerøe satt fire år i tukthusfangenskap i Tyskland. Hans bror Rolf Widerøe, var da en kjent ingeniør. For om mulig, å forkorte Viggos fengselstid, reiste Rolf til Tyskland og begynte å arbeide for det tyske luftfartsministeriet.