Hun giftet seg så med kong Filip V av Spania og hun fikk raskt stor innflytelse over ham, som av de fleste ble regnet som en svak konge. Kongen abdiserte i 1724 og ga tronen til den førstefødte arvingen (fra det første ekteskapet hans), men da den unge kongen døde, ble Filip kalt tilbake til tronen. I de senere årene hans, da han var nesten senil, var det Elisabeth som styrte det meste av Spania og sikret tronen i Italia for sønnene sine.