I 1955 giftet han seg med Leah Nomalizo Tutu. De har fire barn. I protest mot dårlige utdanningsmuligheter for svarte, sluttet Tutu som lærer i 1957 og begynte å studere teologi. I 1961 ble han utnevnt til anglikansk prest, og var kapellan ved Universitetet i Fort Hare, ett av få gode universiteter som var åpne for svarte studenter i den sørlige delen av Afrika.