Andre generasjon Octavia ble lansert i 2004. Den var bygd på plattformen PQ35 som den deler med Audi A3, SEAT Altea og Volkswagen Golf V og VI. I 2006 kom Octavia Scout. Dette er en crossover-modell som anses som en mellomting av vanlig stasjonsvogn og SUV. Bilen leveres med firehjulstrekk og er ytterligere forhøyet sammenlignet med standardversjonen av Octavia med firehjulstrekk. Videre er design endret gjennom plastdeksel på utsiden av hjulbuene. Den tilhører samme klasse som andre crossover-stasjonsvogner som Audi Allroad og Volvo XC70. I modellåret 2009 fikk Octavia en facelift som bortsett fra det ytre som nye hovedlamper og støtfangere også gjorde at Octavia deler mye av det elektriske systemet med sin "storebror" Superb.