Etter at Idi Amin var blitt styrtet i 1979, vendte Binaisa tilbake til Uganda. Etter Idi Amin, tjente Yusuf Lule som midlertidig president i 68 dager. 20. juni 1979 ble Binaisa utnevnt til president i Uganda av National Consultative Commission, som da var øverste styrende organ i Uganda National Liberation Front (UNLF), en koalisjon av tidligere ugandisk landsforviste som hadde hjulpet til med å fjerne Idi Amin.