Yitzhak Navon ble født den 9. april 1921 i Jerusalem. Han var sønn av Yosef og Miryam Navon, og nedstammet fra en sefardisk rabbinerslekt. På farssiden nedstammet han fra spanske jøder som var kommet til Tyrkia etter utvisninger av jøder fra Spania i 1492. Familien (Baruch Mizrahi-familien eller Al Mashraki) flyttet til Jerusalem i 1670. På morssiden nedstammet han fra den marokkansk-jødiske kabbalist Chaim ibn Attar, som emigrerte til Palestina og slo seg ned i Jerusalem i 1742.