Krohn-Hansen var en pådriver for at Hålogaland bispedømme skulle deles inn i to mindre bispedømmer. Hans arbeide for dette førte fram, og i 1952 ble bispedømmet delt i Nord-Hålogaland (tilsvarende Finnmark og Troms fylker) og Sør-Hålogaland bispedømme (tilsvarende Nordland). Han valgte selv å flytte fra Tromsø til Bodø og fortsette som biskop i Sør-Hålogaland, mens Alf Wiig ble den første biskop i Nord-Hålogaland.