Den daglige virksomhet drives av medlemslandenes representanter i Hovedrådet og dets underliggende organer (råd, komiteer og arbeidsgrupper). Medlemmene assisteres av WTO-sekretariatet som ledes av en generaldirektør. Denne stillingen innehas fra 1. september 2013 av brasilianske Roberto Azevêdo‎ som overtok efter EUs tidligere handelskommissær, franske Pascal Lamy, som på sin side erstattet thailandske Supachai Panitchpakti i mai 2005.