Johnsen har arbeidet som generalsekretær i Samisk kirkeråd for Den norske kirke (2009–2016) og var rådets valgte leder samtidig som har arbeidet som stiftskapellan for samer i Nord-Hålogaland bispedømme (2007–2009). Tidligere har han arbeidet som forkynner i Norges Samemisjon (1988–1990), konsulent i Samisk Kirkeråd (1994–1995) og sokneprest i Tana og Nesseby prestegjeld / Deanu ja Unjárgga báhppasuohkan (1998–2005). Han var sentral i utarbeidelsen av en ny nordsamisk salmebok (Sálbmagirjii II) og Strategiplan for samisk kirkeliv vedtatt av Kirkemøtet 2011. samt sogneprest i samekommunene Tana og Nesseby.