Sultan Khalid, kaptein Saleh og rundt 40 andre søkte tilflukt i det tyske konsulatet etter flukten fra palasset. Der blei de bevokta av ti tyske sjømenn og marinesoldater, mens Mathews stasjonerte mannskaper utafor for å arrestere dem om de prøvde å komme unna. Trass i forespørsler om utlevering nekta den tyske konsulen å overgi Khalid til britene, siden Tysklands utleveringsavtale med Storbritannia spesifikt forbøy utlevering av politiske fanger. I stedet lovte den tyske konsulen å flytte ham til Tysk Østafrika uten at han skulle «sette en fot på zanzibarsk grunn». Den 2. oktober kl. 10.00 ankom SMS «Seeadler» havna; ved høyvann seilte en av «Seeadler»s båter til konsulatets hageport, og Khalid gikk direkte fra konsulatområdet ombord i et tysk skip og kunne dermed ikke arresteres. Han blei overført fra båten til «Seeadler» og blei frakta til Dar-es-Salaam i Tysk Østafrika. Khalid blei tatt til fange av britiske styrker i 1916 under felttoget i Øst-Afrika i første verdenskrig og sendt i eksil til Seychellene og St. Helena før han fikk dra tilbake til Øst-Afrika. Han døde i Mombasa i 1927. Khalids tilhengere blei straffa ved å måtte betale kostnadene for ammunisjonen brukt mot dem, og erstatte skadene forårsaka av plyndringa, som kom på  indiske rupi.