GBM har en mindre, men merkbart skarpere skjerm enn forgjengerne, med justerbar lysstyrke. Den har også høretelefonutgang og utskiftbare frontdeksler, som kan kjøpes separat. Game Boy Micro er ikke kompatibel med de eldre Game Boy- og Game Boy Color-konsollene, og spill utviklet til disse kan derfor ikke spilles på GBM.