Fægri ble utnevnt til æresdoktor ved Universitetet i Uppsala 1977 og mottok Millennium Botany Award i 1999. Han ble utnevnt til kommandør av Den Kongelige Norske St. Olavs Orden i 1979 for sitt mangesidige virke for norsk vitenskap. I tillegg er han utnevnt til ridder av Hans Majestet Pinnsvinets orden for sin innsats for Studentersamfunnet i Bergen og "Keiser" av Pingvinordenen ved Det Akademiske Kvarter i Bergen for sin tidlige innsats for studentkulturen i byen.