Han vendte tilbake fra Roma til Sri Lanka i 1978 og ble da utnevnt til assisterende sogneprest i Pamunugama. Han brakte elektrisitet og bygde hus i Kepungoda og Dungalapitiya og moderniserte disse fiskerlandsbyene kraftig og engasjerte seg for sosial rettferdighet og organiserte selvhjelpsprosjekter som kunne bidra til å bekjhempe fattigdommen. Han arbeidet deretter i sognene Payagala og Kalutara, og han ble også medlem av staben ved St. Thomas' College i Kotte. I 1983 ble fader Malcolm utnevnt til nasjonal direktør for De pavelige misjonsselskapene på Sri Lanka. Han gjenopplivet .