I 1243 kjempet en militær styrke fra Trapezunt sammen med de tyrkiske seldsjukkene og en kontingent fra Keiserriket Nikea mot styrker fra Mongolriket i Persia. Mongolene seiret i slaget ved Köe Dağ og både seldsjukkene og Manuel I måtte underlegge seg mongolsk overhøyhet. Manuel var selv på visitt hos mongolenes leder Güyük Khan i 1246. Dette ble ansett som viktig for å gi ham et nærmere forhold til khanens nærmeste krets. Det seldsjukkiske Anatolia var ellers underlagt streng kontroll fra mongolene.