Nationalmuseet sendte i 1987 ut en oversikt over 88 gravsteder på kirkegården som museet vurderte fredningsverdige. Under byggingen av Københavns metro ble det like fullt anlagt en metrostasjon under 488 gamle gravsteder på Assistens kirkegård, slik at minst 2.374 individer måtte fjernes. En tidlig vårmorgen i 2009 ble kammerherre Fritz Paulsen (1780-1843) og den medtatte kisten hans gravd opp. Paulsen, Bertel Thorvaldsens svigersønn, ble lagt i en ny kiste og kjørt bort. Gravstedet tilhørte opprinnelig svigerfaren som i stedet ble gravlagt i sitt eget museum. Ellers hadde det vært Thorvaldsen selv som ble gravd opp igjen da metroen ble bygd.