Ba og Zu var allierte med Qin da Qin invaderte Shu. Men rett etter at Qin hadde erobret Shu, invaderte Qin umiddelbart sine to allierte og tok den siste av Ba-kongene til fange. Ba ble så omgjort til et kommanderi i Qin-riket. Men til forskjell fra hvordan de styrte Shu, lot Qin den eksisterende Ba-elite fortsette å administrere området. Det kom heller ikke til noen større masseimmigrasjoner av Qin-folk inn i Ba-områdene. Etterhvert ble Ba-eliten marginalisert ved «splitt og hersk»-strategi.