Siden midten av 800-tallet hadde nye invasjoner, nå av bulgarere, herjet regionene i Fokis og beleiret Amfissa flere ganger, men de største skadene kom i 996 da Samuil av Bulgaria ødela byen og drepte innbyggerne. I 1059 kom tyrkiske patzinakere til regionen og beleiret byen. Mange av innbyggerne skjulte seg i grotter i området for å unngå å bli mishandlet og drept. I 1147 kom normannere til regionen, men etterlot Amfissa uten å skade, kanskje også for at byen hadde tapt seg mye grunnet tidligere angrep.