Området har vært bosatt av mennesker i tusenvis av år. Dakotaterritoriet ble opprettet i 1861 og navngitt etter indianerstammen dakota. I siste halvdel av 1800-tallet tiltok den europeisk-amerikanske innvandringen til Dakotaterritoriet som følge av et gullrush i Black Hills og jernbaneforbindelse østfra. I 1889 ble både Nord- og Sør-Dakota innlemmet som amerikanske delstater. Året etter ble indianerkrigene avsluttet med massakren ved Wounded Knee. Befolkningen i Sør-Dakota er overveiende av tysk, skandinavisk, irsk, engelsk og indiansk herkomst. En sjettedel av befolkningen regner seg selv som norskamerikanere.