En tragedie knuste laget sesongen etterpå, da flyet som transporterte laget hjem fra en europacupkamp krasjet ved avgang etter å ha fylt drivstoff i München. Flyulykken i München 6. februar 1958 krevde livet til åtte spillere og femten andre passasjerer. Der var snakk om at klubben skulle trekke seg fra sesongens turneringer, men assistentmanager Jimmy Murphy tok over som manager mens Matt Busby ble behandlet for skadene han hadde fått i ulykken, og klubben fortsatte å spille med sitt reservelag. De nådde FA-cupfinalen igjen, hvor de tapte for Bolton Wanderers.