I 1999 fikk Hamauzu oppgaven med å lage musikken til og erstattet dermed seriens faste komponist Kenji Itō. Han prøvde å tilpasse seg musikken som Itō hadde etablert til serien, men bestemte seg til slutt for å bruke sin egen unike stil. Prosjektet introduserte ham til synthesizer programmer Ryo Yamazaki, som han har jobbet med på de fleste påfølgende lydsporene. Hamauzu utga også , et arrangert album med pianostykker fra spillets musikk. I 2001 ble Hamauzu og Nakano valgt til å hjelpe Uematsu sent i produksjonen av lydsporet til det suksessrike . Musikken han komponerte ble generelt godt mottatt, selv om noen fans av serien var likegyldige til stykkene hans. Hamauzu bidro også til å arrangere , som han beskriver som sitt mest utfordrende verk, og sporet «feel», et arrangement av «Hymn of the Fayth», fra EP-en .