Carsten Hansteen var sønn av prost Wilhelm Hansteen (1820–1913) av Hansteen (slekt) og Eleonore (Nora) Christine Emilie Conradi (1830–1897). Han ble student i 1874 og i 1880. Fra 1881 til 1882 var han lærer ved forskjellige skoler i Kristiania, før han ble ansatt som sjømannsprest i New York. Fra 1889 til 1894 var han Sjømannsmisjonens emissær i Norge.