I henhold til samaritansk kilder forfulgte den østromerske keiser Zenon (styrte i tiden 474–491) samaritanene. Keiseren dro til Neapolis (Sikem), samlet de eldre og krevde at de konverterte til kristendommen, men de nektet. Zanon drepte mange av dem og fikk synagogen ombygd til en kristen kirke. Han dro også opp på Gerisimfjellet som var samaritanenes hellige sted. Han bygde flere byggverk, blant dem også en grav for sin nylig døde sønn, og på stedet reiste han et kors slik at når samaritanene dyrket sin gud var det korset de ville se når de bøyde seg i andakt.