Våren 1517 etablerte Eck kontakt med Martin Luther som trodde at de to var på bølgelengde. Men denne misforståelsen hadde ikke lang levetid. Eck var den første teolog på den katolske side som så mer teologisk grunnleggende problemer med Luthers lære enn det som hadde med avlatsmisbruk å gjøre, og møtet med Luthers teologi gav hans virke en ny innretning. Resten av livet var han hele tiden aktiv i kontrovers med reformatorene i Tyskland og i Sveits. Det begynte med at han i sitt traktat angrep Luthers teser og anklaget ham for å fremme de bøhmiske brødres heresi og for å nøre opp om kirkelig anarki. Luther svarte med skriftet . Også Luthers kampfelle Andreas Bodenstein (kalt ) kom med et flengende svar. Etterhvert ble man enige om å møtes til offentlig debatt i Leipzig.