De to tradisjonelle gruppene av frøplanter; nakenfrøete og blomsterplanter, er klart atskilte blant annet ved at den sistnevnte har evolvert organet blomst. Blomsterplantenes monofyli har det lenge vært bred enighet om. Når det gjelder de nakenfrøete derimot, er det fortsatt stor uenighet. Det er stor grad av enighet om grupperingen i fire tempeltre, gnetofytter, konglepalmer og bartrær, men det er fortsatt diskusjon om hvordan slektskapet mellom disse gruppene er.