I 1860 flyttet han til Denver. Han startet forretningen som han tjente gode penger på. Han giftet seg i 1861, og i 1865 ble han daglig leder i First National Bank of Denver. Etter borgerkrigen var jernbane-manien på sitt høyeste med byggingen av USAs første transkontinentale jernbane i full sving. Traséen som ble valgt gikk ikke innom Denver, men omkring 150 kilometer lenger nord, innom Cheyenne, Wyoming. Denvers samfunnstopper var bekymret for at byen skulle bli en bakevje, og i 1867 ble Denver Pacific Railway and Telegraph Company stiftet med Moffat som økonomiansvarlig. Linjen mellom Denver og Cheyenne ble innviet sommeren 1870 med et åpningstog trukket av lokomotivet .