Han studerte i Davao City, dit foreldrene var flyttet. Faren, Vicente Duterte, var guvernør for provinsen Davao i 1950- og 1960-årene (provinsen er senere delt i flere mindre provinser). Rodrigo tok en bachelor-grad i statsvitenskap i 1968 ved og Candidatus juris-grad ved San Beda College of Law. Han arbeidet fra 1973 til 1977 som instruktør ved Regional National Police Academy. Mellom 1977 og 1983 arbeidet han i ledende stilling i påtalemyndigheten i Davao City.