Under (det nasjonale pastoralkonsil) som hadde sine møter i Noordwijkerhout i perioden 1966 til 1970 var Gijsen en av motstanderne mot den retningen pastoralkonsilet slo inn på. Konsilet valgte en mer liberal tolkning av dokumentene som ble promulgert av Det andre Vatikankonsil, spesielt tolkningen av . Dette var i motsetning til pavens oppfatning. Mange så på hans holdning til pastoralkonsilet i Noordwijkerhout som én av årsakene, om ikke selve årsaken, til at Gijsen senere skulle bli utnevnt til biskop av Roermond.