Etter at kong Gustaf Adolf II (1594–1632) i 1613 måtte oppgi sine krav på de nordnorske områdene fra Tysfjord til Varanger, ble også kirkens aktivitet i området redusert. Inntektene fra skatt falt mer eller mindre bort da samene kom under dansk-norsk styre. Dermed mistet kirken en stor del av finansieringen. Mange samer som hold til i svenske områder flyttet over til Norge for å slippe unna økte skatter. Samene i Sverige opplevde også sviktende næringsgrunnlag fordi både fiske og jakt gikk dårlig, dermed fremstod de norske områdene som attraktive av flere grunner. Imidlertid gikk det bedre for de svenske myndighetene fra rundt 1666 da flere gruvevirksomheter ga inntekter. Dermed kunne kirken igjen få finansiert sin virksomhet og gjenvinne sin autoritet blant samene.