Arbeidet med å forbedre vannkvaliteten i Stockholms innsjøer og elver har pågått siden 1970-tallet. Utviklingen har hatt stor framgang, og vannet som har gått til innsjøene har blitt renere, blant annet takket være utbyggingen av byens renseanlegg. Mange forbedringer har også blitt utført direkte i innsjøene gjennom ulike restaureringstiltak. Fortsatt tilføres imidlertid Stockholms innsjøer og elver ulike typer forurensning, med blant annet overflatevann som inneholder skadelige stoffer fra veitrafikk, luftnedfall og gammel forurensning fra bakken. Det forekommer også utslipp av avløpsvann ved høy vannføring, noe som innebærer at mer eller mindre uttynnet avløpsvann fra et overbelastet ledningsnett havner i nærmeste innsjø eller elv. Stockholms Vatten har derfor begynt å anlegge mindre anlegg med forsedimentering og filtrering av overflatevann langs for eksempel Essingeleden.