Aguirre forfulgte Esquivel til fots til Lima, Quito og deretter til Cuzco. På tre år tilbakela han , uten sko, på sporet av Esquivel. Til slutt fant Aguirre han i Cuzco, i dommerens herregård, og drepte Esquivel mens han tok seg en lur i biblioteket, iført en brynje som han alltid hadde på seg i frykt for Aguirre. Beskyttet av venner som hadde skjult han rømte han fra Cuzco og søkte tilflukt hos en slektning i Guamanga.