Domkirken og bispeborgen fikk nå navnet Hamarhus Slott. Domkirken og Bispeborgen ble ødelagt under Den nordiske sjuårskrigen i 1567, av den svenske kong Eriks hærfører, Johan Siggeson og hans soldater. Med dette forsvant siste rest av maktsenteret Hamar. I 1587 ble markedet på Hamar etter kongelig forordning stengt, etter press fra osloborgere som skal ha følt konkurransen. Hamar mistet bystatus, området ble overtatt av Storhamar gård, og befolkningstallet gikk raskt ned. Hamar var den eneste middelalderbyen i Norge som så å si forsvant fra kartet.