Khalils regjeringstid endte til slutt da Shah Rukh inntok Samarkand 13. mai 1409. Han overlot styret i Transoxiana til sin sønn Ulugh Beg. Khalil overga seg til Shah Rukh som også hadde tatt hans kone til fange. Khalil fikk sin kone tilbake og ble utnevnt til guvernør i byen Rayy (i nåværende Iran). Han døde der i 1411, og hans kone begikk selvmord kort tid etter hans død.