Han ble født i Hamburg som sønn av snekker Carl Friedrich Ludwig Stoppenbrink og Franke (Frederikke) Albers Penning. Wilhelm Stoppenbrink tok borgerskap i Trondhjem og giftet seg med Karen (Kaia) Dorthea Søholt fra Ålesund. Etter at han ble enkemann, giftet han seg på nytt med Elise Olsdatter Bø fra Bø i Vesterålen. Han fikk barn i begge ekteskap.