Johnsen har i to perioder arbeidet i Norges Kristelige Student- og Skoleungdomslag (NKSS). Først som ledertreningssekretær (1975–1979) og assisterende generalsekretær (1979–1982). Etter fem år som kapellan i Jar menighet i Bærum, kom Johnsen tilbake til NKSS som generalsekretær i perioden 1987–1999. Fram til 2006 var han sokneprest på Lambertseter.