Da Bundesliga ble startet opp i 1990, var Bad Neuenahr med i første sesong, men rykket ned. Laget rykket opp igjen i 1993, men rykket igjen rett ned i 1994. Laget lå an til å bli et heislag, da de rykket opp neste år for å rykke ned igjen i 1995-1996-sesongen. Laget greide å kvalifisere seg til den forente Bundesliga. Med ett poengs margin lyktes laget å ikke rykke ned i første sesong. Det samme skjedde i sesongen etter, men i neste sesong overrasket laget med en sjetteplass, poengmessig nærmere førsteplassen enn nedrykk. Etter fire sesonger på den nedre halvdel kom laget kraftig tilbake i 2004-05-sesongen, da laget presterte en femteplass. De fulgte opp med en fjerdeplass sesongen etter, og vinglet mellom de to plassene helt til de i 2008-09-sesongen igjen var rett over nedrykksstreken. De fulgte opp med en sjetteplass sesongen etter.