Candolles første arbeider var (fire bind, 1799) og fra 1802. I 1806 publiserte Candolle verket . Candolle tilbrakte deretter de neste seks somrene med å kartlegge store deler av landbruket i Frankrike etter anmodning fra den franske regjeringen, og verket fra dette omfattende arbeidet ble publisert i 1813. I 1807 ble Candolle utnevnt til professor i botanikk ved det medisinske fakultetet ved Universitetet i Montpellier. Candolle er kjent for å ha satt Charles Darwin på sporet av evolusjonsteorien, som Darwin senere ble verdenskjent for.