Klee arbeidet med de fleste media, som oljefarger, akvarell, blyant, tusj, forskjellige trykkmetoder – og kombinasjoner av disse. Han skapte sin egen stil, som var så klart hans, at en med litt kjennskap til hans utvikling, vil kunne si at dette ser ut som et Klee-arbeide, men som ekspertene fortsatt finner vanskelig å kategorisere. Han er blitt kalt ekspresjonist, kubist, surrealist men like gjerne naivist.