Agger startet sesongen 2012/13 med å bli utvist for en takling i straffefeltet på Shane Long i 3-0 tapet for West Bromwich Albion den 18. august og ga dermed den nye manageren Brendan Rodgers en verst mulig start på sesongen. Den 5. oktober signerte så Agger en ny forlengning av kontrakten sin med Liverpool. Han uttalte selv etter at avtalen var signert «Det betyr alt for meg. Det er her jeg ønsker å være, og jeg er veldig glad for at klubben ønsker meg. Jeg er veldig lykkelig nå. Jeg ønsket aldri å gå noe annet sted». Liverpool FC offentliggjorde ikke noen detaljer, men det er trodd at det skal være en forlengelse av hans gamle avtale, som skulle gå ut i 2014, som er forlenget til 2016 ifølge The Times. Den 12. november 2012 ble han igjen kåret til Årets fotballspiller i Danmark.. 1. desember skåret han sitt femte seriemål for klubben mot Southampton og fulgte opp med enda et på årets siste seriekamp borte mot QPR 30. desember. Agger nådde 200 kamper for Liverpool den 21. februar 2013 i en Europa League-kamp hjemme mot Zenit St. Petersburg. Selv om «the Reds» vant kampen 3-1, røk de ut av turneringen på grunn av bortemål, etter å ha tapt oppgjøret i Russland med 2-0. Liverpool endte sesongen på sjuendeplass. Agger fikk 35 seriekamper med tre seriemål, 39 kamper totalt sesongen 2012-13.