Da Papons politiske karriere endte i 1981, ble den første rettshøringen om hans delaktighet i jødedeportasjonene under annen verdenskrig innledet. Det skulle ta seksten år før han ble stilt for retten, noe som gjør saken til den lengste i fransk rettshistorie. I april 1998 ble han funnet skyldig i medvirkning til Forbrytelser mot menneskeheten, og dømt til ti års fengsel. Ifølge dommen skal Papon ha beordret arrestasjon og deportasjon av 1 560 jøder, blant annet oldinger og barn. De fleste ble sendt til Auschwitz. Papon påbegynte sin soning i 1999, men ble satt fri av helsemessige grunner to år senere.