De aller fleste programmene som kan kjøres på Linux, kan også kjøres på FreeBSD uten behov for å installere et eget «kompabilitetslager». Likevel tilbyr FreeBSD et slikt kompatibilitetslager for flere andre UNIX-liknende-operativsystemer, blant annet Linux. Dette gjør at mange Linux-programmer kan kjøres på FreeBSD i binær form. Eksempler på slike programmer er StarOffice, Linux-utgaven av Firefox (det finnes en egen "ekte" FreeBSD-utgave av Firefox), Linux-utgavene av Adobe Acrobat, RealPlayer, Oracle, Mathematica, Maple, MATLAB, WordPerfect, Skype, Wolfenstein: Enemy Territory, Doom 3 og Quake 4. Noen av disse programmene har også egne, "ekte" (engelsk: "native") utgaver for FreeBSD. Helt problemfritt er det imidlertid ikke. Noen programmer fungerer bare delvis eller ikke i det hele tatt på FreeBSD, fordi Linux-kompabilitetslageret kun støtter systemkall i den utdaterte Linux 2.4.2-kjernen. Siden versjon 7.0 har FreeBSD hatt støtte for systemkall i Linux versjon 2.6.16, og seneste versjon har støtte for systemkall i Linux versjon 2.6.32.