Under Berlin-konferansen i 1884 ble Rwanda tildelt Tyskland, og ble styrt gjennom det eksisterende monarkiet som en del av Tysk Øst-Afrika., De tyske kolonistene favoriserte tutsiene fremfor hutuene da de skulle tildele administrative roller, og mente at tutsiene var migranter fra Etiopia og rasemessig overlegne. Belgiske styrker tok kontrollen over Rwanda og Burundi under første verdenskrig, og fra 1926 startet en periode med mer direkte kolonistyre. Favoriseringen av tutsiene fortsatte under belgierne. I 1935 introduserte Belgia en permanent inndeling av befolkningen ved å dele inn befolkningen i tre etniske grupper, hvor hutuene representerte om lag 84 % av befolkningen, tutsiene om lag 15 % og twaene om lag 1 % av befolkningen. Identifikasjonskort som viste etnisk tilhørighet ble innført i 1935. Tidligere hadde vært mulig for spesielt velstående hutuer å bli «æres-tutsier», men disse identifikasjonskortene forhindret dette.