I november 1941 ble Oberhauser overført til Odilo Globocniks stab i Lublin i Generalguvernementet. Oppføring av Bełżec begynte i 1. november 1941 og Oberhauser ble leder for byggearbeidet. Wirth ble kommandant for leiren i desember 1941 med Oberhauser som adjutant (omtalt som «Wirths skygge»). Oberhauser organiserte også ukraniske medhjelpere fra Trawniki-leiren for tjeneste i Bełżec. Bełżec var den første rene utryddelsesleiren under Aksjon Reinhard. Byggearbeidene ble for det meste utført av polske arbeider, Bełżec var trolig ferdig oppført midt i desember 1941 og mer personell fra T4 ble overført til Aksjon Reinhard i slutten av 1941 og tidlig i 1942. Oberhauser arbeidet i Bełżec til august 1942 og ble med som Wirths assistent da Wirth ble utnevnt til inspektør for alle utryddelsesleirene i området.