Fougner Lundh begynte å studere medisin ved Københavns universitet, men studiene ble avbrutt ved utbruddet av Englandskrigene i 1807. Han meldte seg da etter oppfordring av prins Christian August til den norske hæren, og ble i 1808 fenrik ved Oplandske Infanteriregiment. Han deltok i krigen med Sverige, blant annet ved slaget ved Toverud, hvor den svenske grev Axel Otto Mörner overga seg. Under denne trefningen ble hans overordnede såret, slik at den 22 år gamle Lundh måtte overta kommandoen. I 1812 var han nådd kapteins grad og tjenestegjorde i generalstaben, men da Mossekonvensjonen ble sluttet i 1814, gikk han av i protest.