I Ungarn var det allment akseptert at pave Sylvester II (946–1003) skal ha gitt Ungarns første konge, Stefan I av Ungarn (969–1038), retten til selv å velge biskoper. Dette brukte ungarske konger til å belønne lojale adelsmenn, og slik var presteembetet mer dekadent enn gudfryktig. Ettersom tyske tekster fant veien over grensen og folk protesterte, dukket det opp opprørske kirker som enten var lutherske eller ble plassert i gruppe med dem. Åpen lutheranisme ble straffet, til tider med dødsstraff. Dette var imidlertid et problem som fikk en annen dimensjon i 1526, da Det osmanske rike under Suleiman I den store (1494–1566) bekjempet ungarerne i slaget ved Mohács i 1526. Effektivt førte dette til en tredeling av Ungarn. Ferdinand I (1503–1564), som hadde meglet frem en fredelig løsning i det husittiske Böhmen, ble sett på som en sterkere konge som kunne forsvare ungarerne mot muslimene. Flertallet støttet imidlertid Johan Zápolya (1487–1540), og det ble en borgerkrig som varte i 20 år. Mange geistlige falt i disse kampene, og mange bispeseter forble uten biskop.