På slutten av livet tok Eskil avskjed med kongen og sin etterfølger, og viet seg til et kontemplativt klosterliv i Clairvaux som venn av Bernhard og mentor for fem klosterordener. I Lunds domkirke leste han med kong Valdemar og de danske biskopene til stede høyt pavebrevet med pavens tillatelse til å fratre. Paven ba ham også foreslå sin etterfølger. Eskil foreslo da sin brorsønn Absalon, noe som resulterte i tumulter i domkirken, da Absalon bestemt nektet og i første omgang satte seg fysisk til motverge. Absalon seilte Eskil så langt som til Slesvig. Eskil er gravlagt ikke langt fra Bernhards hvilested ved alteret i kirken: «». Hans minnedag er dødsdagen 6. september.