Han giftet seg i 1994 med Natasha Richardson, datter av skuespilleren Vanessa Redgrave og regissør Tony Richardson. De fikk to barn sammen, Michael (født 1995) og Daniel (født 1996). Natasha Richardson ble 16. mars 2009 alvorlig skadet i en ulykke i skibakken i Canada hvor hun var på ferie med de to sønnene. Liam Neeson avbrøt sin filminnspilling i Canada og reiste for å besøke sin kone. Hun ble fraktet til to sykehus i Canada før hun ble fløyet tilbake til New York. Der ble hun lagt inn på Lenox Hill Hospital, hvor hun døde den 18. mars. Dødsårsaken var indre blødning (epiduralt hematom) som følge av støt mot hodet.