I prinsippet har alle medisiner bivirkninger, og det gjelder også vaksiner. Vaksiner generelt har en meget høy nytteverdi sammenlignet med registrerte bivirkninger. Lette bivirkninger som feber og nedsatt allmenntilstand er vanlige ved vaksinering, men alvorlige komplikasjoner er meget sjeldne. Det er i Norge ikke registrert dødsfall som følge av vaksinasjon, mens det årlig ville ha dødd flere hundre personer dersom vaksinene ikke fantes. Altså ville konsekvensene av å ikke vaksinere være enormt mye større enn å avvikle vaksinering grunnet frykt for meget sjeldne bivirkninger.