John Richard Pilger ble født 9. oktober 1939 i Sydney-forstaden Bondi i New South Wales i Australia til Claude og Elsie Pilger. Moren var lærer og faren snekker. Hans storebror Graham (1932–2017) var en forkjemper for handicappedes rettigheter som ble rådgiver til Gough Whitlams regjering. Pilger var av tysk avstamning på farssiden, mens moren hadde blandet engelsk, tysk og irsk slektsopphav. På morssiden var to av hans tippoldefedre irske straffedømte transportert til Australia. Hans mor underviste i skolenvesenet i fransk. Pilger gjorde det godt i svømmekonkurranser som ung.