Iparretarraks forhold til spanske ETA er omstridt og var lenge preget av konflikt mellom det to organisasjonene. IK drev i sine tidlige år støttearbeid for ETAs medlemmer i eksil i Iparralde. Fordi ETAs medlemmer kunne bo og leve forholdsvis åpent på fransk side, ønsket ikke ETA noen væpnet kamp i Iparralde. Det er liten tvil om at IKs aktivitet gjorde det vanskeligere for ETAs medlemmer i eksil på 1980-tallet.