Klosteret ble grunnlagt i 1419 av Sakya Yeshe, en av Tsongkhapas disipler, for å spre geluglæren i Ü-provinsen. Klosteret bestod av tre kollegier og hadde cirka 5000 munker da Tibet innkorporert i Folkerepublikken Kina. Etter det tibetanske opprøret i 1959 forlot mange munker klosteret for å etablere en filial i Bylakuppe nær Mysore i India. Under kulturrevolusjonen ble klosteret hardt rammet av de politiske kampanjene.