Stasjonen ligger innerst ved kyststrømmen som passerer langs yttersida av Lofotveggen. Det dype havet utenfor Eggum har større sesongvariasjon i temperatur og saltinnhold enn ved Skrova på innsiden i Vestfjorden. Det kommer hyppigere og større forsyninger av friskt dypvann utenfor Eggum, og det bygger seg ikke opp så tydelige og stabile skikt i vanndybdene som på innsiden. Dessuten har ikke utsiden av Lofoten de store svingningene i overflatevannet som «overgangslaget» skaper i Vestfjorden.