Den systematiske plasseringen av Procolophonidene har vært omdiskutert. Tradisjonelt har de vært regnet som slektninger av skilpadder, men mange forskere i dag mener skilpaddene ikke er anapsider i det hele tatt og har flyttet dem over i diapsidene (se Parareptilia for detaljer). Systematikken innad i gruppen er også omstridt, og enkelte systematiske oversikter har de russiske -artene som søstergruppa til resten av procolophonidene.