Ved kongelig resolusjon i 1903 ble festningen nedlagt som festningsanlegg, men fortsatte å være en militær garnison. I nyere tid er Gamlebyen blitt brukt som et utdanningssted for forsvaret. Restaureringsplan for festningsverkene ble lagt fram i 1987 og noen år senere bevilget staten midler til en større restaurering av festningen der særlig vollene og vollgravene ble strammet opp. I forbindelse med omleggingen av det norske forsvaret, ble det i 2001 vedtatt at Forsvarets virksomhet i Gamlebyen skulle nedlegges og 28. juni 2002 marsjerte en ut for siste gang. Anlegget forvaltes av Forsvarsbygg.