Pave Frans utnevnte ham til apostolisk nuntius til Canada den 18. desember 2013. Den 22. februar 2019 hevdet en kanadisk mann, Christian Vachon, at Bonazzis forgjenger som nuntius, erkebiskop Luigi Ventura, hadde antastet ham i juli 2008 da han var 32 år gammel. Ifølge Vachon ringte erkebiskop Bonazzi ham samme dag han mottok klagen for å spørre ham om hendelsen. Omtrent samtidig var lignende men mer omfattende anklager fremkommet i Frankrike.