Matrisens struktur har horisontale linjer, gjerne bestående av funksjoner, og vertikale linjer, gjerne bestående avdelinger eller divisjoner. Styringslinjen vil normalt gå gjennom avdelingene, mens den faglige utvikling ligger i funksjoner. I avdelings- eller divisjonslinjen vil organisasjonen gjerne ha ledere på forskjellige nivåer. Den andre dimensjonen er da enten en prosjektorganisasjon som er satt til å løse en bestemt, tidsbegrenset oppgave, eller en regional struktur som utfører faste oppgaver for organisasjonen på regionalt nivå. De ansatte i en regional struktur vil vanligvis også være del av bedriftens linjeorganisasjon.