Gustav Vasa skal ha utnyttet ham hensynsløst, og benyttet hans usikre rolle i begge leirer for å drive igjennom sin vilje. Johannes Magnus var derfor den første som fikk i oppdrag å oversette Bibelen, dette for at ikke vekke mistanker i Roma om reformasjonen. Men arbeidet kom ikke i stand, fordi han begav seg til Lübeck på et politisk oppdrag. Det ble isteden Olaus Petri som gjennomførte dette.