Rakner er dr.polit. og disputerte i 1998 på avhandlingen . Hun arbeider ved Chr. Michelsens Institutt, der hun har vært forskningsleder siden 2003. Hun var professor ved Institutt for sammenliknende politikk fra 2006 til 2021. Fra 2009-2013 var hun leder av Institutt for sammenliknende politikk.