Ganske få individer innvandret til Amerika etter istiden; ikke mer enn om lag hundre genetisk distinkte individer. På tross av dette utviklet ulike folkegrupper seg i svært forskjellige retninger gjennom historien, kulturelt som genetisk. Den genetiske differensiering mellom ulike grupper av urfolk i Mellom-Amerika er svært stor og har antagelig sin årsak i relativt små samfunn og liten kontakt mellom de ulike befolkningsgruppene. Da europeerne kom til Amerika ble denne kulturelle og genetiske diversiteten ble kraftig redusert. De smittsomme sykdommene fra Europa medførte høy dødelighet for urbefolkningen. Ved analyser av urbefolkningens etterkommere er det mulig å tidsfeste når den genetiske diversiteten var på sitt høyeste. Det var for om lag fem tusen år siden. Tidsrommet for katastrofen, da den genetiske variasjonen brått ble redusert, skjedde for omtrent fem hundre år og ved europeernes inntrenging.