Santa Sophia ble antagelig bygget i årene 1595 - 1596 på et område hvor det tidligere var en kirke. Denne kirken var tilegnet Sankt Charles. Årstallet 1510 som står innrisset på fasaden er ikke riktig. Helt ferdig ble den som Anacapris nye sognekirke først etter at den overtok som sognekirke etter "Vår Frues kirke" i 1642 . De eldste gjenværende deler som ble benyttet er bl. a prekestolen. I 1698 ble kirken utvidet med to kapeller og kirkerommet ble forlenget mot bytorget. Ytterligere forandringer ble gjort i 1706 (Nytt bønnerom), 1765 (fasaden) og i 1777 (bønnetårn). Kirken ble offisielt innviet i 1790 av Capris biskop, Nicola Saveirin. I 1879 ble bønnerommet utvidet for å gi plass til flere kirkegjengere.