Frederik Ferdinand var sønn av hertug Frederik av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksborg (1814–1885) og prinsesse Adelheid av Schaumburg-Lippe (1821–1899). I marts 1885 giftet han seg med prinsesse Caroline Mathilde av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Augustenborg (1860–1932]. Da faren døde i 1885 ble han hertug og i 1931 overhode for det oldenborgske hus, da den augustenborgske gren utdøde dette år.