Institusjonen ble grunnlagt av kaptein Juan Bautista Lacson i 1931 som en sjøoffisersskole. I 1948 ble denne omgjort til . Utdanningen ledet opprinnelig til eksamen som annenstyrmann. Ledelsen av institusjonen ble i 1972 overtatt av Lacsons datter, Mary Lou Arcelo, som utvidet virksomheten og omgjorde institusjonen fra et foretak til et universitet drevet av en stiftelse.