Han dannet sitt første band i 1985, The Marked, men ble oppløst etter ni måneder. I 1988 dannet han bandet The Smashing Pumpkins sammen med James Iha, D'Arcy Wretzky og Jimmy Chamberlin. Det var med Smashing Pumpkins Billy Corgan ble kjent og de spilte sammen i mer enn et tiår, inntil de ble oppløst i 2000.