Da Ptolemaios XII døde i år 51 f.Kr., hadde han gitt uttrykk for at Ptolemaios XIII og Kleopatra skulle være medregenter av Egypt, med den romerske republikk som deres voktere. Ptolemaios XIII var mindreårig, og Potheinos ble utpekt til hans regent. Generalen Akillas og retorikkeren Theodotos fra Khíos var også voktere av den egyptiske kongen. De fleste egyptologer mener at Potheinos brukte sin innflytelse til å snu Ptolemaios imot Kleopatra, og at Kleopatra i år 48 f.Kr. ble forsøkt forvist i den hensikt å gjøre Ptolemaios til enehersker. Potheinos skulle selv besitte makten bak tronen. De fikk kontroll over hovedstaden Alexandria, og Kleopatra var tvunget til forlate byen. Hun organiserte snart sin egen hær, og det var brutt ut borgerkrig i Egypt. Deres søster Arsinoe IV gjorde også krav på tronen.