Sist, men ikke minst kreves det mye arbeid for å tolke den biologiske meningen av de observerte endringene. Bruk av statistiske tester som inkluderer informasjon om genbeskrivelser fra KEGG og Genontologi har bidratt til at det er blitt enklere å oppdage grupper av gener som er endret. Utfordringene her er fremdeles store ettersom kvaliteten av denne analysen ikke kan bli bedre enn kvaliteten på genbeskrivelsene som brukes.