Han tok bachelorgrad med laud i internasjonal politikk ved Stanford University i 1977, mastergrad ved University of California, Berkeley i 1978 og doktorgrad ved samme universitet i 1983. Walt var vitenskapelig assistent ved Harvard University 1981–1984, lektor ved Princeton University 1984–1989, førsteamanuensis ved University of Chicago 1989–1995 og professor samme sted 1995–1999. Fra 1999 er han professor i internasjonal politikk ved Harvard University, og var også dekanus ved fakultetet John F. Kennedy School of Government 2002–2006.