Stasjonsbygningen var tegnet av Jernbanens arkitektkontor, byggetype AK 128, og skiller seg fra de andre stasjonene på Raumabanen. Bygningskroppen var ikke laftet, men av bindingsverk med plankefyll. I stedet for nyrokokko eller nybarokk ornamentikk hadde Flatmark et renskåret nyklassisistisk uttrykk uten ornamenter. I gavlene var det halvmåneformede vinduer, som var populært i mellomkrigstiden. Bygninga hadde ikke sidefløy med godsrom, men en godsavdeling i selve hovudbygningen.