Da den katolske Maria I av England overtok den engelske trone i 1553, dro Willock som så mange andre i landflyktighet, til Emden i Friesland hvor han praktiserte som lege, men reiste også tidvis tilbake til Skottland på besøk. Han ble knyttet til ledende skotske reformatorer i deres kamp mot dronningregenten Maria av Guise og den romerske-katolske religion, og i 1558 dro han tilbake til Skottland for godt.