Henrik Thott var på den obligatoriske utenlandsreise for unge adelsmenn. Han var i 1621 immatrikulert ved Universitetet i Leiden. Etter hjemkomsten tjente han fra 1628 som sekretær i det danske Kancelli. I 1635 fratrådte han sin stilling ved kanselliet for å overta Stavanger len. Thott var lensherre i Stavanger fram til 1641. Som oberstløytnant ble Thott sjef for de to fænniker (kompanier) i Stavanger len og Agdesiden len som var blitt slått sammen til et regiment i 1640. Regimentet ble under Hannibalfeiden kalt «det Stavangerske regiment», senere det «Vesterlenske regiment». Fra 1641-48 var Thott lensherre på Bergenhus.