På hjemmebane hadde Thomas kommet på kant med sin kone Maria som sto bak en konspirasjon mot ham. Den 23. desember 1384 ble Thomas myrdet av sine vakter, og befolkningen i Ioannina sverget troskap til Maria som herskerinne. Hun fikk hjelp av sin bror Johannes Uroš Doukas Palaiologos som rådgiver. Johannes Uroš var munk under navnet Joasaph. Han rådet Maria til å gifte seg med Esau de' Buondelmonti, en latinsk adelsmann som var blitt fengslet av Thomas i 1379. Det er blitt hevdet at Maria var blitt forelsket i fangen på et tidligere tidspunkt, og at dette kan være bakgrunnen for drapet på ektemannen.