I korets fire vinduer ble det i 1892–94 satt opp glassmalerier. I det nordøstvendte vindu ses evangelisten Johannes. Bildet er skjenket av Georg Bestle og hustru til minne om Christian IX og dronning Louises gullbryllup i 1892. Ved samme anledning ble maleriet i det sydøstvendte vindu skjenket av Carl Jacobsen. Det forestiller apostelen Jakob. Jacobsen skjenket også bildet av Maria Magdalena som sitter i det sydvendte vindu, i anledning av kronprins Frederiks (senere d. VIII) og kronprinsesse Louises sølvbryllup i 1894. Samme år ble et dekorativt glassmaleri av C.N. Overgaard, skjenket av Pauline Margrethe Husted, og satt i det østvendte vindu, men det synes å ha gått tapt ettersom det i dag sitter klart glass i vinduet.