Grevskapet har tre framtredende opplandsområder: Det vidstrakte området Knockmore (landskapet West Fermanagh Scarplands) sørvest for Lough Erne, som stiger til omtrent 277 moh. Øst for grensen av grevskapet Monaghan ligger åsene til fjellet Sliabh Beagh, hvor toppen er 380 moh. Det høyeste punktet i Fermanagh er fjellet Cuilcagh i fjellkjeden Cuilcaghom is ør på grensen til grevskapet Cavan med 666 moh..