I tillegg eksisterer to orientalsk-katolske vikariater som er direkte underlagt sine respektive patriarker, og som ved siden av andre land også inkluderer Sør-Sudan: det syrisk-katolske vikariatet Sudan det melkittisk-katolske vikariatet Egypt og Sudan Det foreligger ingen tall for medlemmene av disse kirkene i Sør-Sudan, men de må antas å være ytterst få.