Med reformasjonen i første halvdel av 1500-tallet, ble den katolske kirken splittet opp i en prosess der de nordeuropeiske landene ble protestantiske. I de protestantiske rikene ble kirken nærmere tilknytet kongemakten. Flere perioder med brutale relgiøse forfølgelser fulgte, og misjon, dog i begrenset omfang, fant også sted. Disse hendelsene fikk også betydning for samisk kultur og samfunn.