Den 29. november 1976 utnevnte Paul VI han til erkebiskop av Malta. Erkebiskop Mecieca krediteres for å ha gjenopprettet stabilitet i den maltesiske kirke etter forgjengerens disputter Maltas arbeiderparti i 1950- og 1960-årene. Men en ny disputt oppstod mellom kirke og Labour-regjeringen sent i 1980-årene om kirkens skoler og eiendommer; den fant sin løsning uten å skape langvarig splid.