Beneš-dekretene var grunnlag for straffeforfølgelse av nazistiske forbrytere, forrædere og deres medhjelpere. Herunder forbrytelser mot staten, forbrytelser mot personer, forbrytelser mot eiendom, angiveri og berikelse i forbindelse med rasebasert forfølgelse (i praksis nazistenes beslag og fordeling av jødenes eiendeler). Det var ikke særskilte bestemmelser for medvirkning til holocaust. Dekretene la opp til strengere straffer enn landets ordinære straffelov og introduserte beslag av eiendom og tvangsarbeid som straff. Angiveri kunne resultere i dødsstraff i de mest alvorlige tilfellene. Til oktober 1945 ble 97 % av tiltalte dømt og en av åtte fikk dødsstraff. Josef Pfitzner, nazistenes borgermester i Praha under okkupasjon, ble etter en to dagers rettssak dømt til døden og hengt på plassen for Pankrác-fengselet med tilskuere. Før kommunistenes maktovertakelse i 1948 hadde 723 personer blitt dømt til døden, av disse ble 686 fullbyrdet (95 %) som er den høyeste andelen fullbyrdete dødsstraffer i etterkigstidens rettsoppgjør. I Norge ble 22 av 25 dødsdommer fullbyrdet, i Frankrike 791 av 7037 (11 %). I Slovakia ble 27 av 65 dødsdommer fullbyrdet.