I sin levetid ble Koželuh anerkjent over hele Europa, men i sine siste leveår ble han hyppig angrepet for en overdrevet stor produksjon. Mozart og Ludwig van Beethovens negative omtaler er fortsatt ikke glemt. Likevel viser Koželuhs beste verk trekk av musikkspråket til Beethoven og Franz Schubert, faktisk ble enkelte av verkene hans i lengre tid tilskrevet Beethoven.