Pyrosekvenseringen blir mer og mer et alternativ til Sanger sekvensering. Read lengdene ligger på omtrent 400-500 basepar i den nyeste sekvenseringsgenerasjonen, "GS FLX Titanium", som ble publisert i 2008. Kvalitet av sekvenseringsdataene har blitt bedre i de siste årene, den er ofte målt i andel av feil nukleotider.