Nikolaus Schwerdtfeger var sønn av Bernward Schwerdtfeger og hans kone Maria Elisabeth, født Schlosser. Han vokste opp i Hildesheim og bestod sin Abitur ved gymnasiet Josephinum der i 1967. Deretter studerte han filosofi og teologi ved Philosophisch-theologische Hochschule Sankt Georgen i Frankfurt am Main fortsatte i 1968 på Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum i Roma. Han fortsatte studiene ved Pontificia Universitas Gregoriana til 1971, og fikk liesensiat i filosofi sommeren 1970. I vintersemesteret 1971/72 flyttet han til Albert-Ludwigs-Universität Freiburg og besto teologisk diplomeksamen der i 1974. Fra april til oktober 1974 fullførte Schwerdtfeger et menighetspraktikum i Braunschweig; i juli 1981 tok han doktorgraden under Karl Lehmann i Freiburg med en avhandling om Karl Rahners teori om «anonyme kristne».