Heydrich ledet i januar 1942 Wannsee-konferansen hvor fjerning av jødene, , den såkalt endelige løsning av jødespørsmålet, ble ytterligere koordinert og planlagt videre. Massedrap av jøder hadde da pågått siden sommeren 1941 og mellom og 1 million jøder var myrdet i de erobrede områdene i øst. Hensikten med Wannsee-konferansen var å koordinere og forsterke den pågående innsatsen samt ordne opp i mangfoldet av anti-jødiske tiltak i Tyskland og okkuperte områder.