Zulfikar Ali Bhutto var sønnen av Khursheed Begum født Lakhi Bai og Shah Nawaz Bhutto som var fra en prominent muslimsk familie. Khursheed Begum, tidligere Lakhi Bai, var født i en hindu-familie som gikk over til islam før hennes ekteskap. Hennes brødre forble hinduer og flyttet senere til India.