Etter hjemkomsten til Paris ved midten av 1790-tallet ble de Frankrikes fremste innrednings- och møbelarkitekter og fikk mengder av bestillinger. I 1801 utnevte Napoleon I Fontaine til statlig arkitekt, en tjeneste han kom til å dele med Percier til og med 1804. De var ansvarige for å innrede palasser i Fontainebleau, Strasbourg og Versailles. De omgestaltet Rue de Rivoli og Rue de la Paix i Paris til paradegater med representative enhetlige fasader med arkader i grunnetasjene.