Ettermælet hans er likevel sterkt farget av at han var erklært nasjonalsosialist, og at han gikk aktivt inn for å underbygge nasjonalsosialismens ideologiske fundament, blant annet raselæren, vitenskapelig. Etter 1933 ble alle arkeologiske forskningsprosjekter vurdert opp mot deres nytteverdi for nasjonalsosialismen. Dersom de ikke tjente saken, måtte de skrinlegges. Arkeologer som ikke gikk med på dette, fikk yrkesforbud. Janhkuhn ble imidlertid med; han var medlem i SA fra høsten 1933 og deltok blant annet i et ti ukers treningskurs i paramilitær virksomhet.