Grenselandmuseet er museets hovedadministrasjon og ligger rett ved E6, innfartsåren til Kirkenes. Utstillingene gjenspeiler viktige milepæler i grensehistorien, som norsk, finsk og russisk innvandring, gruvehistorie, fornorskning, andre verdenskrig og kulturmøter gjennom tidene. I tillegg har museet også kunstutstillinger.