Fra slutten av 2005 til februar 2007 fungerte Petraeus som kommanderende general i Fort Leavenworth i Kansas, og i det amerikanske Combined Arms Center (CERT) som er lokalisert der. Som kommandant av CAC-senteret, var Petraeus blant annet ansvarlig for overvåking av generalstaben ved 17 militære skoler, sentre, og opplæringsprogrammer, samt for å utvikle hærens doktrinære manualer, opplæring av hærens offiserer, samt å føre tilsyn med hærens senter for innsamling og formidling av erfaringer.