Da Serbia i 1878 offisielt erklærte sin uavhengighet fra Tyrkia, hadde Negotin utviklet seg videre. Den første statlige skole ble opprettet i 1824, etterfulgt av et gymnas i 1839. En stor katedral ble bygget i 1876. I denne perioden ble det vurdert å flytte byen helt ned til Donaus bredd, men dette ble aldri gjennomført. En ulempe ved byens plassering er at den ligger lavere enn Donau. Byen Zaječar lå dessuten gunstigere til med hensyn til å utbygge veier og jernbane. Ved begynnelsen av den første verdenskrigen hadde Zaječar gått forbi Negotin med hensyn til størrelse og betydning.