Under Balboas ledelse fortsatte utforskingen av Darién, og innsamlingen av verdier. Der spanjolene møtte motstand, ble den slått ned med hard hånd, mens indianerhøvdinger som møtte dem med vennlighet ble det inngått vennskapsallianser med. Flere ganger deltok spanjolene i lokale feider mellom indianerstammer, der spanjolene hjalp sine allierte mot deres fiender. Slik sikret Balboa økt innflytelse, makt og tilgang på gull.