Hunnen legger to egg som begge bytter på om å ruge. Mens den en ruger jakter den andre på mat i sjøen. Magellanpingvinen er kjent for å ferdes langt for å komme til jaktområdene. I så måte har enkeltindivider blitt observert opp mot 600 km fra hekkeplassen. Mot slutten av inkubasjonstiden, som gjerne varer i 39&ndash42 dager, blir rugeskiftene kortere.