Opprinnelig ble Belmont i Lafayette fylke valgt til hovedstad i territoriet, og territoriets første lovgivende forsamling ble avholdt her 25. oktober 1836. I 1837 ble Burlington territoriets hovedstad, men da Iowa ble opprettet 4. juli 1838 ble den hovedstad i Iowa. Madison ble grunnlagt i 1836, og fra 1838 var det her territoriets lovgivende forsamling trådte sammen. I 2011 er Madison fremdeles Wisconsins hovedstad.