Kirkelyden i Fyllingsdalen sognet fra gammelt av til Fana prestegjeld og ble overført til St. Markus i 1955, for så å ved kgl.res. av 26. august 1966 bli utskilt som eget sognekall, gjeldende fra 1. januar 1967. Fyllingsdalen kirke ble innviet av biskop Per Juvkam 12. september 1976.