I 1949 rømte Chiang med sin regjering, restene av den kinesiske hæren og omkring to millioner flyktninger til Taiwan, der han fortsatte å gjøre krav på være Kinas legitime leder og lenge var internasjonalt anerkjent som dette. Fra desember 1949 var Taipei nasjonalistenes provisoriske regjeringssete. I tillegg til øya Taiwan omfattet deres effektive herrevelde de mindre øygruppene Pescadores, Dachenøyene (Tachenøyene), Nanchi, Quemoy og Matsu, de fire sistnevnte rett utenfor kysten av Fastlands-Kina.