Evolusjonær taksonomi og særlig fylogenetiske numenklatur skiller seg ad i bruken av begrepet «monofyli». I evolusjonær systematikk betyr «monofyletisk» bare at en gruppe er avledet fra en felles stamfar. I fylogenetisk nomenklatur er det et vilkår at opphavsarten og etterkommere skal inngå i gruppen. Termen «holofyletisk» har vært foreslått for den sistnevnte betydning. For eksempel er amfibier monofyletiske i henhold til evolusjonære taksonomi, siden de har oppstått fra en og bare en gang, men ikke holofyletisk. I fylogenetisk nomenklatur er amfibier derimot ikke en monofyletisk gruppe, ettersom amniotene (krypdyr, fugler og pattedyr) har utviklet seg fra et amfibium, og likevel ikke blir regnet som amfibier. Slike parafyletiske grupper blir avviste i fylogenetisk nomenklatur.