Under det påskudd at han hadde kontakt med sin bror Trần Ngọc Hiền, som var kommunist og som var blitt arrestert, ble Trần Ngọc Châu anklaget for forræderi i 1970, da regjeringen hadde en aksjon mot dissiderende krefter. Rettsforfølgelsen som fulgte fikk stor oppmerksomhet, tildels bestyrtelse, i Sørvietnam og i internasjonal presse. Trần Ngọc Châu ble dømt til mange års fengsel. Deretter ble han holdt i husarrest.