Utdanningsinstitusjoner i Irkutsk inkluderer Irkutsk universitet for Jernbanetransport (siden 1975), Irkutsk Statlige Universitet (1918), Baykalsky statlige universitet for økonomi og juss (1932), Irkutsk Tekniske Universitet (1939), Irkutsk Landbruksakademi, Irkutsk universitet for lingvistikk (1948), Irkutsk medisinske universitet, Irkutsk pedagogiske høyskole. Blant private høyskoler finnes: Det sibirske institutt for juss, økonomi og administrasjon (1993), Institute of Economics of ISTU (1996).