Coe ble endelig europamester på 800 meter i 1986, og tok sølv på 1500 meter ved samme anledning. Denne sesongen gjorde han også sin bestenotering på 1500 meter (3.29,77) i et stevne i Rieti, Italia. En skade hindret hans deltakelse ved verdensmesterskapet i 1987, og han la opp i 1990, etter å ha blitt nummer to på 1500 meter i Verdenscup-finalen i 1989.