Kanouté opplevde blandet suksess i Tottenham, og ble solgt til Sevilla 17. august 2005 for €6,5m. Han kom inn som innbytter i pausen i UEFA-cupfinalen mot Middlesbrough og scoret i kampens 89. minutt. Sevilla vant kampen 4-0. Kanouté ble i Sevilla i sju sesonger, og scoret totalt 138 mål på 285 kamper.