Kritikere pekte på kostnadsnivå, behov og bygningens arkitektoniske uttrykk, og denne debatten fortsatte etter byggestart og åpning. En artikkel i Finansavisen viste blant annet at hvert besøk i det nye bygget totalt vil subsidieres av staten med over 2 000 kroner når husutgiftene medregnes. I 1999 besluttet Stortinget at operaen skulle plasseres i Bjørvika, i stedet for på Vestbanen som var aktuelt etter nedleggelsen av togtrafikken i 1989. Byggherre var Statsbygg, arkitekt var Snøhetta AS og entreprisene ble blant annet tildelt Veidekke. Den opprinnelige kostnadsrammen var i 1999 satt til 3,3 milliarder kroner, og ble ved byggestart i 2003 oppjustert til 4,4 milliarder kroner. Den endelige bygningen ble rundt 200 millioner kroner rimeligere.