I 2002 ble Scruton kritisert for å ha skrevet artikler om røyking uten å avsløre at han mottok en jevnlig betaling fra Japan Tobacco International (JTI, tidligere R. J. Reynolds). Scruton skrev flere artikler til forsvar for røyking rundt årtusenskiftet, inkludert en i 1998 for , tre for (to i 1998 og en i 2000), en for i 2001, og en 65-siders brosjyre for Institute of Economic Affairs i 2000. Sistnevnte kritiserte Verdens helseorganisasjons kampanje mot røyking, og argumenterte for at transnasjonale organer ikke skulle forsøke å påvirke nasjonal lovgivning fordi de ikke er ansvarlige overfor velgerne.