I 273 f.Kr., under Pyrrhos’ militære ekspedisjon til Sicilia, gikk innbyggerne i Selinunte frivillig over til hans side etter at Herakleia var blitt erobret. Ved den første punerkrig havnet Selinunte igjen inn under Kartagos kontroll, og dets område var skuesplass for hyppige krigshandlinger mellom Romerriket og Kartago. Men ved avslutningen av krigen, en gang rundt 250 f.Kr., da kartagerne begynte å trekke seg tilbake og begrenset seg selv til forsvaret av de få stedene hvor de var mulig, flyttet de alle innbyggerne i Selinunte til Lilybaeum, og ødela byen.