I mai 2006 gikk representanter for urbefolkningen til UNPFII for å bekjempe enhver deltagelse i testingen. «Genografisk prosjekt er utbyttende og uetisk ettersom de vil benytte seg av urbefolkningen som emne for vitenskapelig nysgjerrighet i forskning som vil ikke gi noen fordeler for urbefolkningen, likevel utsettes de for betydelig risiko. Forskerne vil ta blod eller andre kroppslige celleprøver for deres egen bruk for å fremme deres egne spekulative teorier på menneskelig historie.» UNPFII gjorde sine undersøkelser på de innvendinger som var rettet angående Genografisk prosjekt, og konkluderte med at siden prosjektet var utviklet og har blitt igangsatt uten hensiktsmessig rådføring med eller med hensyn til subjektenes risiko, urbefolkningen, konkluderer Rådet for ansvarlig genetikk at urbefolkningens representanter er korrekt og at prosjektet umiddelbart bør stoppes.