Den store trafikken med båter mellom kontinentene i oppdagelsestiden fra 1600-tallet og framover førte til at mange fremmede arter nådde Europa. På siste halvdel 1600-tallet og begynnelsen av 1700-tallet ble det innledet grundige studier studie av planter og dyr, særlig med henblikk på deres mulige nytteverdi. Anatomer og leger som William Harvey, Robert Hooke, Marcello Malpighi og Jan Swammerdam gjore store framskritt innenfor anatomi på denne tiden, som hjelp til å bedre forståelsen av dyrenes systematikk. Innenfor botanikken gjorde den engelske naturviteren John Ray tilsvarende viktige arbeider innenfor det som den gang ble kalt naturteologi. Hans klassifisering av planter i sin var et viktig steg mot moderne taksonomi. Ray var den første som gav en biologisk definisjon av begrepet art og forkastet oppdelingen av arter i henhold til forutbestemte kriterier, og klassifiserte i stedet planter etter likheter og forskjeller mellom de forskjellige artene som han selv kunne se.