Karlsøy prestegjeld besto av to sogn, Karlsøy og Helgøy, inntil kgl.res. av 11. juli 1860, da Karlsøy ble delt i Karlsøy hovedsogn og Sørfjord annekssogn. Allerede ved kgl.res. av 8. juli 1865 ble hele Sørfjord sogn overført fra Karlsøy til Lyngen prestegjeld, gjeldende fra 1. januar 1867. Flere av beboerne i det senere Sørfjord kirkesogn hadde da alt søkt Lyngen kirke i flere tiår, ref. kgl.res. av 3. desember 1813. I brev av 10. januar 1979 godkjente departementet at Karlsøy prestegjeld ble overført fra Troms prosti til Tromsø domprosti, gjeldende fra 1. januar 1979.