Pave Johannes Paul II kreerte ham til kardinalprest ved konsistoriet oktober 2003, som var denne pavens siste. Pell ble medlem av Det pavelige rådet for rettferdighet og fred og fortsatte i Det pavelige råd for familien. Kardinal Pell deltok i konklavet i 2005 som valgte tyskeren Benedikt XVI til ny pave, og i konklavet i 2013, som valgte argentineren pave Frans.