Etter å ha studert filosofi og katolsk teologi ved presteseminaret for Kielce bispedømme og ved Det polske seminar i Paris, ble Henryk Mieczysław Jagodziński presteviet den 3. juni 1995 av biskopen av Kielce, Kazimierz Ryczan. Jagodziński tjente deretter som prest i Busko-Zdrój før han ble sendt til Roma i 1997 for videre studier. Han tok sin doktorgrad i kanonisk rett fra det pavelige universitet Santa Croce.