Ved utbruddet av andre verdenskrig i 1939 fordømte McGuigan «det umettelige trang til makt, dominans og ambisiøse peseringer» og sverget at «Canada vil innta sin plass rolig og standhaftig, side om side med Storbritannia» i krigen; han frigav prester til tjeneste som militærprester og dannet 90 kvinneforeninger for å sende pakker utenlands.