Fridtjof Nansens Institutt ledes av direktør Iver B. Neumann. Instituttet drives som en stiftelse, med et eget styre som blir valgt av et stiftelses-råd. Instituttet har rundt 30-40 faglig ansatte, de fleste av dem statsvitere og jurister, men også historikere, økonomer og antropologer er representert i forskerstaben. Instituttet har et utstrakt internasjonalt samarbeid, og huser til vanlig også et antall gjesteforskere og studentstipendiater.