Mikey Kudo er en syvendeklasse gutt med behov for å hjelpe andre. Mikey hører en mystisk stemme og finner en døende Digimon ved navn Shoutmon, i et nærliggende smug. Mikeys ønske om å redde Shoutmon fører til at en mystisk, legendarisk Digivice kalt Fusion Loader, dukker opp foran ham og drar ham og hans venner Angie Hinomoto og Jeremy Tsurgi, i den digitale verdenen. Mikey, Angie og Jeremy finner ut at det er et økende ondt imperium styrt av Bagramon. Sammen med Shoutmon former de laget og kjemper mot og deres rival lag Blue Flare, som er styrt av Christopher Aonuma, og et mystisk lag ved navn , som er styrt av Nene Amano og Axeknightmon.