EMSAs styre består av ett medlem fra hvert av EUs medlemsland, fire medlemmer fra Europakommisjonen, to fra EFTA-landene (Island og Norge) og fire representanter fra skipsfartssektoren. Styret har i hovedsak administrative oppgaver. Byrået ledes av en administrerende direktør, p.t. Willem de Ruyter, som har ledet EMSA fra starten. Organisasjonen for øvrig er organisert som en vanlig linjeorganisasjon, med 3 avdelinger og til sammen over 200 ansatte.