Restriksjoner til kopteres rett til sundanesisk nasjonalitet fulgte, og det ble vanskelig for dem å få sundanesisk nasjonalitet ved fødsel eller ved naturalisering, noe som ga problemer for reiser til utenlandet. Konfiskering av kristne skoler og pålegging av arabisk-islamsk trykk på språk og historie ble fulgt av trakassering av kristne barn og innføring av lov om hijab (tildekking med skaut). Et koptisk barn ble pisket for ikke å ha resitert et vers fra Koranen. I kontrast til den omfattende kringkasting av den muslimske fredagsbønnen i radio, slutten radioen med kristen gudstjenste på søndager. Mens innbyrdeskrigen raste på 1990-tallet, fokuserte regjeringen på økt religion i sør. Selv om koptere var diskriminert i nord, hadde de færre restriksjoner enn de i sør.