Hydra var relativt uviktig det meste av perioden den tilhørte Det osmanske rike. Øyas maritime og kommersielle utvikling begynte på 1600-tallet, og dens første skole for sjøfolk ble etablert i 1645. Antagelig ble det første virkelige skip fra Hydra satt i virksomhet i 1657. Imidlertid begrenset krigen mellom republikken Venezia og Det osmanske rike øyas maritime utvikling og virksomhet til etter 1718 og Passarowitz-traktaten. Fra 1600-tallet og framover begynte Hydra få stadig større betydning grunnet dens handelsmakt.