Prof. Anthony (Tony) van Eyken overtok som direktør fra 1. januar 2003. Ettersom den opprinnelige EISCAT-avtalen ville utløpe i 2007 har en av hans viktigste oppgaver vært å sørge for en fornyet avtale slik at organisasjonen skulle fortsette å virke. Under Prof. van Eykens periode ble prosjektet EISCAT 3D igangsatt med støtte fra EU, for å designe en neste generasjons inkoherent spredningsradar for det nordlige Skandinavia.