I 1874 begav han seg med den britiske regjerings samtykke til Egypt. Gordon ble utnevnt til egyptisk oberst og overtok i khedivens tjeneste posten som guvernør over landets ekvatorialprovinser, hvor han fant et rikt felt for sitt menneskevennlige virkebegjær. Da han så seg hemmet i sin kamp mot slavehandelen, nedla han i slutten av 1876 sitt embede. Gordon vendte i begynnelsen av 1877 tilbake som generalguvernør over Sudan, Darfur og ekvatorialprovinsene og utviste i de følgende år en rastløs virksomhet til bekjempelse av slavehandelen og til landets fremme ved forvaltningens og kommunikasjonsvesenets forbedring.