Det var en overraskelse da han i 1909 ble utnevnt til utenriksminister i Carl Theodor Zahles første ministerium. Årsaken var at han som motstander av dansk militarisme sympatiserte med Det Radikale Venstres syn på dansk forsvars- og sikkerhetspolitikk og la stor vekt på at det sønderjyske spørsmål ikke måtte få lov til å forgifte forholdet mellom Danmark og Tyskland. Zahle fikk kongen til å akseptere Scavenius som utenriksminister ved å stille krav om partitilhørighetsforhold til de andre mulige kandidatene. Scavenius hadde intet imot å melde seg inn i Det Radikale Venstre, som han forble medlem av til 1932, da P. Munch avløste ham som utenriksminister.