Fondets midler ble i begynnelsen brukt til belønning av lærere som viste effektivitet i å lære samiske og kvenske barn norsk. Mot slutten av 1800-tallet og begynnelsen av 1900-tallet ble bevilgningene trappet betydelig opp og fordoblet opp mot første verdenskrig. Årsaken var et ønske om å effektivisere fornorskingsarbeidet gjennom opprettelse av statlige skoleinternater for samiske og kvenske barn. I 1921 ble navnet på Finnefondet endret til det litt mindre kontroversielle "Særbidrag til folkeskolene i Finmark landdistrikter" etter en gradvis voksende motstanden mot den norske assimileringspolitikken, blant i form av det første samiske landsmøtet 6. februar 1917.