Etter den siste slaver-vasallen, Wislaw III av Rügens død i 1325 kom Rügen en stund under Hertugdømmet Pommern. Øya tilhørte Sverige som en del av Svensk Pommern mellom 1648 og 1815, som resultat av svenskenes seier under tredveårskrigen. I korte perioder på maksimalt et år mistet svenskene tre ganger makten over Rügen til tyske kurfyrster eller Danmark. En lengre okkupasjon stod Napoleon for i årene 1807–13. Ved Kielfreden 1814 ble øya dansk, men endelig underlagt Kongedømmet Preussen etter Wienkongressen i 1815.