Kardinalbiskopene valgte Sodano til ny dekanus, og valget ble akseptert av Benedikt XVI den 30. april 2005. Han ble dermed også kardinalbiskop av Ostia. Benedikt XVI gjenutnevnte ham også til kardinalstatssekretær. Han fratrådte som dekanus den 21. desember 2019. På den tid var det en utbredt oppfatning om at nettopp kardinal Sodano hadde lagt hindringer i veien for vatikanske undersøkelser av påstander om noen høyere geistliges seksuelle overgrep eller misbruk eller uskjønnsomme saksbehandling av misbruksanklager, og det var en rekke oppslag om at han hadde ved dette forsinket eller avsporet noen saker, kanskje med den følge at en overgriper som tidligere kardinal Theodore McCarrick kunne vedvare i sin oppførsel og i rang og innflytelse.