Noen tyskere hadde en anelse om at alt ikke var som det skulle være med Enigma. Karl Dönitz mottok rapporter om "umulige" trefninger som fikk ham til å mistenke lekkasjer i sitt kommunikasjonssystem. Ved et tilfelle møttes tre ubåter ved en liten øy i Det karibiske hav, hvorpå en engelsk destroyer dukket opp fordi den ikke kunne motstå et så fristende bytte. Alle tre slapp unna og rapporterte om det som var skjedd. Dönitz forlangte øyeblikkelig en gjennomgang av sikkerheten ved Enigma. Analysen konkluderte med at hvis det var et problem var det ikke forårsaket av Enigma som sådan. Dönitz fikk allikevel skiftet ut kodebøkene, og britene var dermed igjen ute i mørket for en tid. Han ble aldri overbevist om at Enigma ikke var sikker. Dette selv om hans egen kontraspionasje «B-Dienst», som delvis hadde brutt den engelske marines koder, leverte informasjon som tydet i den retning. Etter krigen fant og tilbakeholdt grupper fra det amerikanske TICOM-prosjekt et betydelig antall tyske kryptografipersonalmedlemmer. Blant de tingene som de fikk at vite fra dem var at i det minste tyske kryptografer utmerket godt forstod hvordan Enigmameddelelser kunne brytes. De fant det bare umulig å forestille seg at noen ville begi seg ut på det enorme arbeide det krevde.