Gene er en emoji som bor i Textopolis, en digital by inni telefonen til en tenåring som heter Alex. Han er sønnen av to «likegyldige» emojier (engelsk: «meh emoji») som heter Mel og Mary, og han er i stand til å vise flere uttrykk til tross for hans oppdragelse. Foreldrene er nølende om at han må dra på jobb, men Gene insisterer, slik at han kan føle seg nyttig. Etter å ha mottatt en tekstmelding fra Addie McCallister, en jente han er interessert i, bestemmer tenåringen Alex seg for å sende henne en emoji. Når Gene blir valgt får han panikk og viser et panisk uttrykk på skjermen, som ødelegger tekst-senteret. Gene blir derfor kalt inn til Smiler, en smile-emoji og leder for tekst-senteret. Han konkluderer med at Gene er en feil, og derfor burde slettes. Gene blir deretter jaget av roboter før han blir reddet av Hi-5 (navngitt etter handlingen «high five»), en tidligere populær emoji som siden har mistet sin berømmelse på grunn av manglende bruk. Han forteller Gene at situasjonen kan fikses hvis de finner en hacker, og slår seg sammen med Gene i håp om å gjenvinne sin tidligere berømmelse.