Marsa er lokalisert i en elvedal ved vann som kommer ovenfra wadis i nærheten av havet. Området omfatter Grand Harbour, den store havnen, som byen er basert på. Fønikerne var de første som opprettet en havn her. Det er funnet levninger fra romerske konstruksjoner i nærheten av byen. Det er antatt at et støperi knyttet til johanitterordenen kan ha vært lokalisert ved Marsa.