Stedet ble antagelig valgt på grunn av den unike beliggenheten og de geologiske trekkene. Det sies at silhuetten av fjellkjeden bak symboliserer ansiktet til en inka som ser opp mot himmelen; den høyeste toppen, Huayna Picchu, utgjør nesen. Inkaene mente at man ikke skulle hugge ut grunnfjell, og bygde derfor byen med tilhugde løse steiner i området, tilpasset til de naturlige formasjonene. Det er brukt svært lite mørtel, og man har i stedet satt sin lit til ekstremt presis tilpasning av steinblokkene. Sprekkene er mange steder mindre enn 1 mm brede, og bevaringstilstanden beviser at teknikken som er brukt var førsteklasses.