Splatoon 2 finner sted omtrent to år etter den siste Splatfest-begivenheten i det første spillet, der pop-idolet Marie vant over sin kusine, Callie. Etter et besøk hjem til foreldrene sine kommer Marie hjem til Inkopolis. Der oppdager hun at Great Zapfish, byens energikilde, har nok en gang forsvunnet. Callie er heller ikke å finne. I frykt for at de onde Octarians nok en gang er involvert, tar Marie igjen rollen som Agent 2 fra New Squidbeak Splatoon og rekrutterer spilleren, en Inkling fra Inkopolis Square.