Honda returnerte igjen i 2000, som motorleverandør til BAR. Jordan Grand Prix kjøpte også motorer fra Honda i 2001 og 2002. Dette første til en kamp om hvem som skulle få en langtidsavtale med Hondamotorer. I 2003 droppet Honda Jordan til fordel for BAR selv om Jordan hadde gjort det bedre i de to forrige sesongen. I midten av november 2004 kjøpte Honda 45% av BAR-laget fra British American Tobacco (BAT, grunnlegger og eier av BAR) etter BAR sin beste sesong med 2.-plass i konstruktørmesterskapet i 2004; en sesong som var dominert av Michael Schumacher og Ferrari.