På Stockholms slott lot han dronning Christine tilbake med en garnison på tusen mann. Til hjelp hadde hun Ture Jönsson, mens hans bror Erik Jönsson var blant opprørerne som 10. oktober 1501 beleiret Stockholm. 17. oktober under forhandlingene mellom opprørerne og den danske dronningen brøt det brann i byen, og en fjerdedel av Stockholm ble lagt i aske. I kaoset, da innbyggerne fortvilt prøvde å redde liv og eiendeler, benyttet opprørerne sjansen til å ta kontroll over byen. 17 av opprørslederne anklaget i et brev dronningens folk for å ha satt fyr på byen, men Christine anklaget opprørerne for det samme, ettersom bare de tjente på den. Iallfall hadde dronning Christine ingen fordel av å sette fyr på en by der hun selv satt innesperret.