Han fikk kontrakt med AaBs regjerende mestere og spilte deretter fire år i klubben. Der spilte han 111 kamper, og han scoret 21 mål. I etterkant var han en så stor profil i Superligaen, at FC København ble interessert, og hentet ham i vinterpausen 2003–04. Der gikk han rett inn på førstelaget som en av de faste spillerne. Med FC København har Silberbauer spilt Royal League, UEFA-cupen og Mesterligaen i tillegg til danske turneringer. Silberbauer spilte 196 kamper for FC København, før han i 2008 skiftet til FC Utrecht. I 2011 gikk han til Young Boys.