I januar 2004 erkjente han sin hemmelige deltagelse i spredningen av kjernevåpenteknologi fra Pakistan til Libya, Iran og Nord-Korea, og han ble da satt i husarrest. Han sa at han bare hadde gjort dette etter påtrykk fra regjeringen på disse tidspunkter, og var blitt lovet benådning etterpå. Dette skjedde imidlertid ikke før i 2009. Ikke desto mindre vedvarte påstander om at Khan var dypt involvert i verdensomspennende nukleærhandel.