Under boerkrigen mellom 1899 og 1902 ble han general og ble nestkommanderende i de militære styrkene til Oranjefristaten. Til tross for noen militære tilbakeslag, ble han kjent som en modig og ressursfull leder av geriljastyrkene som fortsatte å kjempe mot britene. Til slutt, etter å ha blitt overbevist om meningsløsheten i ytterligere blodbad, signerte han i mai 1902 Vereenigingavtalen.