Fader Brendan Flynn (Philip Seymour Hoffman) er en karismatisk prest ved en katolsk barneskole i Bronx som forsøker å lette på skolens strenge reglement. Reglementet har i en lang årrekke blitt overholdt av søster Aloysius (Meryl Streep), skolens konservative rektor som tror på makt og disiplin.