Lynch ble født i Orange i New Jersey, men vokste opp i Florida. Han flyttet til Chicago i 1963 da han var 17 år gammel, og har siden levd i storbyen i flere tiår. Han tok en rekke med merkelige jobber for å skaffe seg inntekter og endte opp med arbeide i baren til The Second City, et sted for improviserende komedier og standup. Han flyttet inn i komikeren Del Closes gamle leilighet, og den var etterlatt i et slikt rot at huseieren lot han bo gratis på betingelsen at han fikset opp stedet. Her tegnet han serier for humormagasinet på Roosevelt University i Chicago, men magasinet ble kastet ut av universitetets administratorer etter første nummer. I 1967 utga Lunch Chicagos svar på Robert Crumbs undergrunnstegneseriehefte , et blad han kalte . Her ble det trykket tidlige tegneserier av ham selv, foruten også av navn som Art Spiegelman, Gilbert Shelton og ikke minst hans våpenbror Skip Williamson.