McClellans første militære operasjoner var å okkupere området i det vestlige Virginia som ønsket å bli værende i Unionen og senere ble staten Vest-Virginia. Han hadde mottatt etterretningsrapporter den 26. mai om at de kritiske Baltimore and Ohio Railroad-broene i del delen av staten ble brent. Mens han raskt satte i verk planer om å invadere regionen, utløste han sin første alvorlige politiske kontrovers ved å proklamere til borgerne der at hans styrker ikke hadde til hensikt å blande seg inn i personlig eiendom, inkludert slaver. «I motsetning til alt som har blitt sagt av forrædere for å få dere til å tro at vår ankomst blant dere vil være signalisert av innblanding med deres slaver, forstå en ting klart, ikke bare vil vi avstå fra all slik innblanding, men vi vil tvert i mot knuse med jernhånd, ethvert forsøk på opprør fra deres del.» Han innså raskt at han hadde overskredet sine fullmakter og ba om unnskyldning i et brev til president Lincoln. Kontroversen var ikke at hans proklamasjon var stikk motsatt av administrasjonens politikk på den tiden, men at han var så frekk ved å overskride sin rent militære rolle.