I 1862 utga han Köchelkatalogen, en kronologisk og tematisk oversikt over Mozarts verker. Der var ikke tidligere laget kataloger av det omfang Köchelkatalogen hadde. Den bygger på en veldokumentert forskning av Mozarts verker, men er blitt revidert adskillige ganger. Man henviser ofte til Mozarts verker ved å bruke Köchelnummeret. For eksempel har Symfoni nr. 41 (Jupitersymfonien) KV 551.