Høyerholmen ligger helt i den østlige randsonen av Oslofeltet, nær forkastningssonen i øst, og består av sørvest-nordøst-foldede prekambrium-lag av avsatt havbunn med kalkstein og skifer, som er vendt 90°. Øya dekker ca. 30 dekar, og er bratt og kupert. Sydvest for Høyerholmen ligger Skaueren.