Mot slutten av middelalderen gikk flere av kirkene i Bergen ut av bruk, trolig gjaldt det Lavranskirken, Peterskirken, Columbakirken (Steinkirken) og Nikolaikirken. Mikaelskirken gikk ut av bruk i 1440. Kristkirken gikk trolig ut av vanlig bruk i 1371. På 1500-tallet, blant annet i forbindelse med reformasjonen, ble mange kirker nedlagt og en del revet. På slutten av 1500-tallet var fire kirker i bruke i Bergen, to norsk og to tyske. Nykirkens gjenreising i 1756 var det første vesentlige sognekirke oppført etter middelalderen.