I 1992 vant Dan Atar førstepremien i den vitenskapelige konkurransen arrangert av ISHR (International Society of Heart Research, European Section). I 1993 ble han tildelt den vitenskapelige prisen fra Dansk Selskab for Intern Medicin. I 1996 mottok han Swiss Cardiology Prize. I 2004 ble han visiting associate professor i medisin ved Johns Hopkins University, Baltimore, USA. I 2015 ble han tildelt Ole Storsteins pris av Norsk Cardiologisk selskap. I 2016 ble han tildelt æresdoktorgrad ved Universitatea de Medicină și Farmacie „Carol Davila” din București, Romania. I 2023 mottok han Hjerteforskningsprisen av Nasjonalforeningen for folkehelsen.