Den koptiske kirke betraktet seg selv som misforstått av konsilet i Kalkedon. Noen koptere mener at konsilet forsto dem korrekt, men ønsket å forvise kirken for å isolere og forby den egyptiske og uavhengige paven av politiske grunner. Paven i Alexandria hadde fastholdt at kirke og stat skulle være delt. Den koptiske kirken anså at fortrengningen av pave Dioscorus på konsilet i Kalkedon var delvis grunnet rivaliseringen mellom Alexandria og Roma. De anså at pave Leo av Roma var influert av Nestorius’ tanker. Samtidig skal det bemerkes at pave Dioscorus ble kalt kjetter av konsilet. Kopterne trodde også at paven i Alexandria var med vilje forhindret til møte ved det tredje møtet hvor han ble fortrengt, noe som åpenbart var et resultat av en konspirasjon av de romerske delegatene.