Albertina-universitet ble grunnlagt som en luthersk motpart til det katolske universitetet i Kraków av Albrecht av Brandenburg, den første hertug av det protestantiske Preussen. Det var det nest eldste universitetet i Brandenburg-Preussen, og bestod av fem fakulteter: teologi, medisin, filosofi og jus. Den første rektoren var poeten Georg Sabinus, svigersønn av reformasjonsteologen Philipp Melanchthon. Senere rektorer inkluderte en rekke prøyssiske kongelige.