Bach sluttet ved skolen i Lüneburg påsken 1702, og i året fram til våren 1703 har det ikke vært mulig å finne dokumentasjon på hva han gjorde eller hvor han befant seg. Siden han ikke hadde fri kost og losji på skolen lengre, reiste han sannsynligvis tilbake til Thüringen. Kanskje var han hos sin eldre søster Maria Salome i Erfurt, eller han reiste rett tilbake til sin bror Christoph i Ohrdruf. Av et senere brev framgår det at Bach søkte på en ledig organistpost ved St. Jacobi i Sangerhausen. Han var byrådets foretrukne kandidat, men hertug Johann Georg av Sachsen-Weißenfels la ned veto og tilbød Johann Augustin Kobelius posten, en musiker som senere fikk suksess som operakomponist. Dette er den eneste søknaden i Bachs som ikke førte til tilbud om ansettelse.