Slaveriet ble nedlagt som selvstendig institusjon i 1879, og fangene ble da overført til Tukthuset i Trondheim. Til hovedvakten på Brattøra var det i 1815 tilknyttet en offiser, en underoffiser, 18 soldater og to militære musikanter. Tollvesenet overtok bygningen i 1847, og under difteriepidemien i 1889 brukte Trondheim kommune stedet som isoleringslasarett. Deretter fungerte huset som lager og forfalt mer og mer, før det i 1971 ble tatt i bruk som Trondhjems Sjøfartsmuseum. Bygningen eies av Trondheimsfjorden Interkommunale Havn.