John J. Fitzpatricks familie flyttet da gutten var fem år gammel fra Canada til Buffalo i delstaten New York i USA. Han fikk på katolske skoler og . Han reiste til Roma for å studere til prest, men måtte reise tilbake til USA da landet ble dratt inn i Andre verdenskrig. Etter krigen returnerte Fitzpatrick til Roma for å fullføre studiene.