Morgen meldte seg i september 1945 for amerikansk kontraetterretning i Mannheim og fortalte at han kunne vitne i krigsforbrytersaker. Amerikanske okkupasjonsmyndigheter mistenkte at han selv kunne være krigsforbryter. Han var i amerikansk varetekt fra september 1945 til 1948. I disse tre årene ble han grundig avhørt av amerikanske etterforskere og flere dokumenter (i tillegg til dokumenter han hadde med seg) ble avdekket. Han ble avhørt i forbindelse Nürnbergprosessen (hovedprosessen) og de etterfølgende Nürnbergprosessene. Han vitnet i Legeprosessen mot Karl Brandt. Til amerikanerne fremsto han uforstående til hvorfor han ble holdt i varetekt. Han ble avnazifisert og begynte som advokat i Frankfurt i 1950. Morgen vitnet i flere straffesaker, den siste i 1980.