Kvinnelig kjønnslemlestelse er et inngrep som kan være meget smertefullt og som kan resultere i blodtap, sjokk og skader, og siden gi varige mén og smerter. Selve inngrepet kan gi kraftige blødninger som i verste fall kan være dødelig, og det kan medføre infeksjoner og stivkrampe. Noen følger av det å være omskåret kan være smerter i skrittet på grunn av mye arrvev, infeksjoner i urinveien, kroniske infeksjoner som kan gjøre kvinnen ufruktbar, og underlivssmerter generelt. Det kan føre til vanskeligheter med urinering og menstruasjon. Kjønnslemlestelse kan dessuten resultere i at kvinnen får komplikasjoner ved svangerskap og fødsel.