Etter Briands død i 1932, tjenestegjorde Leger som generalsekretær for det franske utenriksdepartementet fram til 1940, en periode hvor den franske regjeringen gjennomgikk kronisk ustabilitet og uro. Han fulgte den franske utenriksministeren ved inngåelsen av Münchenavtalen i september 1938, hvor nasjonene ble enige om landavståelsen av det tsjekkiske Sudetenland til Tyskland. Han ble avsatt fra sin posisjon rett etter Frankrikes fall i mai 1940, ettersom han var en velkjent antinazist. I juli samme år begynte Saint-John Perse sin lange landflyktighet i Washington, D.C..