Joseph trakk seg midlertidig tilbake til det nordlige Spania sammen med store deler av den franske armé. Han følte selv at hans egen posisjon var truet, og foreslo for Napoleon at han kunne abdisere fra den spanske tronen, i håp om at broren da ville la ham vende tilbake til kongetronen i Napoli. Napoleon avfeide uten videre Josephs forslag, og sendte solide militære forsterkninger til Spania for å bidra til å holde Joseph på tronen der. I første omgang hadde Napoleon kun sendt ferske og dårlig trente militære styrker til Spania. Med forsterkningene fra Frankrike ble det enkelt å gjenerobre Madrid, og i navnet hadde Joseph fra da av kontroll over mange spanske byer og provinser. Men i hele sin regjeringstid i Spania var Joseph i en utsatt posisjon, med konstant motstand fra geriljakrigere som støttet huset Bourbon. Joseph og hans støttespillere fikk aldri full kontroll over landet.