Mens han var dekan, fortsatte Hidalgo å studere liberale ideer som kom til Mexico fra Europa. Han vle gransket av inkvisisjonen mistenkt for heresi. Dette, samt hans vanstyre av skolens midler, satte ham i konflikt med sine overordnede, som førte til hans avskjedigelse. Kirken sendte ham for å arbeide ved kirkene i Colima og San Felipe Torres Mochas før han ble sokneprest i Dolores (senere kalt Dolores Hidalgo) i Guanajuato, og der etterfulgte han sin bror Felipe, som også var prest, som døde i 1802.