Under den amerikanske uavhengighetskrig tok han åpent kolonienes side, og i 1774 foranstaltet han en innsamling til «barn og enker etter de engelskmenn som var blitt myrdet av kongens styreker ved Lexington». Ingen påtale fulgte, men da uttrykket følgende år ble gjentatt i en pamflett mot talsmannen i Underhuset, ble Horne Tooke dømt til fengsel og bøter.