Franz Xaver von Zottmann studerte filosofi og naturvitenskap ved universitetet i Würzburg fra 1846 til 1848, slik det var ment for opplæring av prester på den tiden, samt filologi i henhold til hans personlige tilbøyelighet. Deretter studerte han teologi ved det biskoppelige lyceum i Eichstätt til 1850. Deretter fortsatte han med språkstudier i München. I tillegg til morsmålet og de eldgamle språkene latin, gresk og hebraisk som var nødvendig for en teolog, mestret han engelsk, fransk, italiensk, spansk, polsk og russisk.