Fundamentet er forskjellig fra fiberet i flagellen. Det er et bredere område på fundamentet som kalles «kroken». Kroken består av et enkelt protein og funksjonen er å koble sammen «motoren» til fiberet. Motoren er festet til den cytoplasmatiske membran og celleveggen, motoren består av en liten sentral stang som passerer gjennom et system av ringer. I Gram-negative bakterier er en ytre ring forankret i lipopolysakkaridlaget og en annen i peptidoglycanlaget av celleveggen. En annen ring er og lokalisert inne i det cytoplasmatiske membranen. Gram-positive bakterier (som mangler lipopolysakkaridlaget) inneholder bare et par ringer som er festet i den cytoplasmatiske membranen. Der hvor disse ringene omkranser den indre ringen er et par av proteiner som kalles . Disse proteinene fungerer som vridningsmoment for motoren og gjør at fiberet roterer. Et siste protein som kalles virker som en avbryter og reverserer rotasjonen av flagellen fra intracelluare signaler.