Wilhelms far, musikklærer og bibliotekar Johann Carl Hübner (født 1790), var opprinnelig fra Königsberg og tok senere tilleggsnavnet , muligens som et herkomstnavn som anga et sted han kom fra eller bare for å skille ham fra andre med det svært vanlige navnet Hübner. Johann Carl Hübner von Hanno ble gift i Lübeck i 1820 med Catharina Dorothea F. Mauw (født 1794 i Lübeck), datter av løytnant i Lübeck Johann Conrad Mauw. De flyttet til Hamburg rundt 1826.