I 1963 ble lufthavnen gjenåpnet med ny rullebane, som i ettertid har blitt utvidet og oppgradert flere ganger for å tilfredsstille militære og sivile behov. En del av dette ble finansiert av NATO, gjennom det såkalte infrastrukturprogrammet. Gjenåpningen var også starten på sivil rutetrafikk til Lakselv, som ble innlemmet i rutenettet samtidig med Alta lufthavn og Kirkenes lufthavn, Høybuktmoen.