Thommessen har deltatt i flere debatter om musikkfaget og estetikk. Et brev han skrev til sin tidligere student Marcus Paus i 2006 ble i 2013 utgitt som operamonolog av Paus under tittelen og hadde premiere under Oslo Operafestival samme år; Thommessen ble identifisert av Paus som librettisten bak verket i 2015. Verket ble utgitt på platen (2021) med verk av Marcus og Ole Paus.