I Ungarn pleide han relasjoner til det nazi-vennlige ytre høyre inkludert Pálffy-familien og Bela Imredys parti, men unngikk Ferenc Szálasi og hans Pilkors-bevegelse som Höttl mistenkte for å prioritere ungarske interesser fremfor tysk. Ved den tyske okkupasjon av Ungarn fra 19. mars 1944 kom Ernst Kaltenbrunner selv til Budapest for bidra til å etablere en ny regjering og Adolf Eichmann etablere seg der for å organisere deportasjonen av de ungarske jødene. Innenriksdepartementet ble dominert av Höttls kontakter: László Baky og László Endre var statssekretærer med ansvar for jødesaker. Höttl ble værende i Budapest mens deportasjonene ble organisert og gjennomført april-juli 1944.