Bibers verk oppbevares i Salzburgs domarkiv, og omfatter 20 messer, 17 litanier og vespere, 14 offertorier, 3 magnificats, 3 te deum, 8 regina coeli, 3 miserere og andre liturgiske verk. Bibers eneste kjente instrumentalverk er hans 31 kirkesonater; de fleste er strykesonater med orgelledsagelse (hvorav en med violino piccolo), i blant forekommer messing- eller treblåsere. Biber var en produktiv komponist, men verkene hans holder ikke samme kvalitetsnivå som komposisjonene til hans geniale far.