Larsen var en av de første studentene ved Universitetet i Tromsø fra 1972, der han ble cand.polit. i 1979. Han var deretter ansatt ved Universitetet i Tromsø frem til 2003, fra 1985 som førsteamanuensis i offentlig politikk og administrasjon. Han ble i 2003 ansatt ved Høgskolen i Nesna, der han ble høgskolens første professor (i hovedstilling). Han hadde også en bistilling som professor II ved Universitetet i Tromsø frem til sin død. Helge O. Larsen var rektor for Høgskolen i Nesna fra 2003 til 2011.