Mellom 1797 og 1807 måtte kollegiet slutte å undervise. Det begynte å gjenopptas etter den franske revolusjon og slutten av Napoleons styre. På 1800-tallet utviklet instituttet seg til et fremragende akademisk seminar og samarbeidet med Det pavelige universitet Gregoriana og Det pavelige diplomatakademi. Pave Benedikt XV (1914–1922), en tidligere student ved Collegio Capranica, betrodde seminaret den liturgiske omsorg for den patriarkalske basilika i 1917. Den 21. januar 1957, etter en nesten fire år lang fase med omstrukturering og gjenoppbygging, ble det nye seminaret åpnet og innviet av pave Pius XII (1939–1958).