Allerede i 1811 ble han en av i Svenska akademien, hvorpå han ble æresmedlem i Lantbruksakademien i 1812 og medlem av Musikaliska Akademien i 1813, Vetenskapssocieteten i Uppsala i 1816 og Vetenskapsakademien i 1817 samt en mengde utenlandske lærde samfunn. Den 24. april 1810 ble af Wetterstedt æresmedlem av Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien. Han var også serafimerridder og kommandand av Nordstjärneorden.