På samme tid omfattet rutenettveket Abidjan, Abu Dhabi, Accra, Athen, Bamako, Bangui, Banjul, Beirut, Bissau, Bordeaux, Brazzaville, Casablanca, Conakry, Cotonou, Dakar, Douala, Geneva, Jeddah, Johannesburg, Lagos, Libreville, Lisboa, Lomé, Malabo, Marseille, Monrovia, Nairobi, N'Djamena, New York, Niamey, Nouakchott, Ouagadougou, Paris, Pointe Noire, Roma og Zürich. I 2001 forsøkte Jeffrey Erickson tidligere leder for Trans World Airlines å re-strukture det tungt forgjelde selskap, støttet av både en konsulentgruppe og lån fra Verdensbanken og å gjennomføre en 14-måneders privatiserigsplan. På den tid forkom hyppige kanselleringer på grunn av mangel på fly. I juni 2001 rangerte Air Afrique blant de topp fem afrikanske selskaper, EgyptAir, Kenya Airways, Royal Air Maroc og South African Airways, men gjelden hadde steget til 431 million dollar. Senere på året appellerte selskapet til Air France – fremdeles en minoritetsaksjonær i Air Afrique – om forhandlinger. Air France ble majoritets aksjonær da deres aksjepost ble hevet til 35 % etter kontantinnsprøyting. De elleve afrikanske regjeringer reduserte sin post i Air Afrique til 22 %. 5 % tilhørte de ansatte og resten var eiet av andre investorer. Air France hadde i tankene å legge ned Air Afrique og etablere nytt selskap med samme navn. Tross dette Air Afrique ble nedlagt i 2002 som følge av dårlige tider for flyindustren etter Terrorangrepet 11. september 2001 og ble aldri gjenreist. Mindre enn et år tidligere hadde selskapet 4 600 ansatte og en flåte på seks fly. Selskapet ble erklært konkurs 7. februar 2002. Air France overtok det meste av Air Afrique ruter.