Thommesen ble født på Musli gård i Stange av foreldre kvartermester og gårdbruker Thomas Thorsen fra vestre Dælin og hustru Ales Chrisophersdatter som var datter på Musli, som de forpaktet. Han ble konfirmert som 12-åring 1. oktober 1809 i Ottestad kirke. 25. august 1815 fikk han utflytningsattest av prost Lekanger, og reiste til Arendal for å arbeide i kramboden til kjøpmann og skipsreder Christopher Fürst på Tyholmen. Etter ett prøveår ble det underskrevet 16. juni 1816 en kontrakt som ga Thommesen rett til seks års opplæring som kramboddreng, og deretter bli i tre års tjeneste som krambodkarl. I perioden ble Thommesen mer eller mindre tatt opp som medlem av Fürst-familien, som kun hadde en hjemmeværende sønn i den tiden.