Fra 1850 og frem til han døde, var Kekule en av de mest fremtredende kjemikere i hele Europa, spesielt innen teoretisk kjemi. Han var grunnleggeren av teorien om kjemisk struktur. Kekulé brukte aldri sitt egentlige navn, men han var kjent gjennom hele hans liv som August Kekulé. Etter at han ble adlet i 1895, tok han navnet August Kekule von Stradonitz, uten den franske aksenten. Den franske aksenten ble lagt til navnet under Napoleons okkupasjon av Frankrike.