St. Helena har minst 40 plantearter som er endemisk for øya. Øyas sentrum er dekket av skog, og deler av skogen er plantet og inngår i Millennium Forest project. Høylandsområdene på øya inkluderer det meste av øyas endemiske flora og fauna. Kyststripen er for det meste uten vegetasjon og består av vulkanske bergarter. Det finnes kun innførte pattedyr på øya, slik som kaniner, rotter, mus, samt ferale (forvillede) katter og hunder. Da øya ble befolket førte det raskt til at blant annet den endemiske kjempehærfuglen ble utryddet.