Han ble kreert til kardinal den 20. september 1493 av sin far, som da var blitt pave Alexander VI, og ble hans kardinalnepote. Parallelt med dette ble hans eldre bror Juan Borgia, som var Rodrigo Borgias yndlingssønn, generalkaptein for pavedømmets styrker. Cesare innså at hans liv som kardinal ville lede ham i en blindgate; hans bror ville få alt.