Det moderne Heidelberg kan spore sin begynnelse til det 5. århundre da landsbyen («fjellhjem») først er nevnt i dokumenter datert 769. Bergheim ligger nå midt i dagens Heidelberg. Klosteret til St Mikael ble i 863 grunnlagt på Heiligenberg innenfor de doble murene til den keltiske festningen, og klosteret Neuberg ble grunnlagt i Neckar-dalen i 1130. Samtidig utvidet biskopsetet i Worms sin innflytelse til dalen og grunnla Schönau-klosteret i 1142.