I november 1939 ble Spaatz midlertidig forfremmet til oberst. Under slaget om Storbritannia var han flere uker i England som observatør, før han i august 1940 ble beordret til staben til sjefen for flyvåpenet. To måneder senere ble han forfremmet til midlertidig brigader og utnevnt til nestkommanderende for general Hap Arnold. I november ble han sjef for planleggingskontoret ved flyvåpenet, og juli 1941 ble Spaatz utnevnt til stabssjef for hærens flyvåpens hovedkvarter.