Deretter, under kong Bahram I, endret forholdene seg. Etter Shapurs død hadde det zoroastriske presteskapets innflytelse ved hoffet begynt å tilta. Ypperstepresten Katir begynte å forfølge jøder, buddhister, hinduer, kristne og de andre som han anså som vranglærere - som manikeerne. Mani ble forfulgt og satt i fengsel, hvor han også ble drept før en måned var omme, år 274. Manis tilhengere har overlevert at han ble korsfestet, og var seg bevisst analogien til Jesus Kristus i dette. Al-Biruni, som skriver mange århundrer senere, forteller at kong Bahram beordret henrettelsen av Mani. Så, på kongens ordre, ble huden flådd av ham og fylt med gress, og hengt opp ved Gundishapurs byport. Bahram beordret også mange manikeeres henrettelser.