Gjennom sin mors innflytelse ble Heraklonas medkeiser til sin halvbror Konstantin III etter deres fars død i 641. Etter halvbrorens død i mai samme år ble Heraklonas enekeiser. Mistanker om at han sammen med sin mor hadde latt myrde Konstantin III ledet dog raskt til en revolt som endte med at de begge ble straffet og landsforvist. Man antar at han døde senere samme år. Han ble etterfulgt av Konstans II, sønnen til Konstantin III.