Bayern hadde i denne perioden mest suksess utenfor vanlig ligaspill. I 1953 vant de DFB-cupen, deres andre nasjonale trofé, med et mål i det 78. minutt, av Rudi Jobst mot Fortuna Düsseldorf. 16. oktober 1962 debuterte klubben med kontinentalt spill. I første runde av Messebycupen, slo Bayern det sveitsiske FC Basel (3-0), men røk ut av kvartfinalen mot NK Dinamo Zagreb (1-4) og (0-0).