Chaco Canyon ligger innenfor San Juan Basin, på toppen av den store Colorado-platået, omgitt av Chuska Mountains i vest, San Juan-fjellene i nord, og San Pedro-fjellene i øst. Parken ligger i en svært tørr region med mye krattskog og ørken-stepper, mange juv og bredere nedslagsfelt, og parken får gjennomsnittlig cirka 200 mm med nedbør hvert år. Mest regn kommer mellom juli og september,mens mai og juni er de tørreste månedene.