Skipet har blitt utsatt for vanninntrengning i løpet av tiden det har stått på land. Et midlertidig tak og presenninger er bygd over skipet i et forsøk på å begrense fuktskader mens det diskuteres hvordan - og om - MS «Finnmarken» skal bevares. Et utvalg ledet av Nordland fylkeskommune leverte sin rapport 25. januar 2007. Flere løsninger ble skissert, blant annet å bygge inn hele skipet med et nytt bygg til en kostnad mellom 70 og 140 millioner kroner. Det billigste alternativet er å hugge opp skipet (kostnad omkring 19 millioner). Et tredje mulighet er å la skipet stå utendørs som nå, med mindre overbygg til en kostnad av 36 millioner. Rapporten konkluderer med at størstedelen av kostnadene ved å ta vare på Hurtigrutens historie er knyttet til vedlikehold av MS «Finnmarken». Staten har vist liten vilje til å ta over driften av Hurtigrutemuseet, men ga midler til å bygge det provisoriske overbygget for å hindre ytterligere forfall mens saken drøftes. Samferdselsdepartementet insisterer på at lokal finansiering av driften av museet var en forutsetning da det ble bevilget penger til å sette skipet på land.