Elías Yanes Álvarez var seminarist ved det pavelige spanske kolleg San José i Roma og ble ordinert til prest ved den eukaristiske kongress i Barcelona på olympiastadioen i Montjuic den 31. mai 1952. Han studerte teologi ved det pavelige universitet i Salamanca og tok doktorgraden i 1957 etter å ha fullført en doktorgrad i kanonisk rett i teologi ved det pavelige gregorianske universitet i Roma. Han var involvert i Katolsk Aksjon og i , og var professor i katekese ved det pastorale institutt i Madrid tilknyttet det pavelige universitet i Salamanca.