Det finnes ingen trær på øya, men flere type busker og fire gressarter. Plantelivet på øya ble først undersøkt av Whippoorwill-ekspedisjonen i 1924 som fant 15 plantearter på øya. I 1965 ble 24 plantearter registrert og yttligere to i 1993. Mer enn 11 plantearter ble tatt med hit av kolonister på 1930-tallet, men samtlige av dem er utryddet idag. En endemisk gressart, kalt eragrostis whitneyi, ble gjenfunnet av ansatte i U.S. Fish and Wildlife Service i 1993 etter og ikke ha vært observert siden 1924 . 16 algearter er funnet på Bakerøya, av dem fire arter grønnalger (for det meste halimeda), to arter brunalger (for det meste lobophora) og seks arter rødalger (for det meste kalkalger). Det ble registrert 104 korallarter på øya i 2010, deriblant fungiidae, faviidae og acropora cervicornis. Noen av korallene er hele 2,8 meter i diameter .