EFTA-domstolen er et frittstående organ med jurisdiksjon over de av medlemsstatene som også er EØS-medlemmer, det vil si Norge, Island og Liechtenstein. Domstolens saksområde er hovedsakelig anklager fra ESA mot medlemsstatene om feilaktig eller manglende gjennomføring av forpliktelser som følger av EØS-avtalen, tvister medlemsstatene imellom og ankesaker vedrørende avgjørelser truffet av ESA. Domstolen kan i tillegg rådgi nasjonale domstoler med hensyn til tolking av EØS-regler.