Under hans regjeringstid var det anslagsvis 20 000 til 30 000 argentinere, først og fremst unge mennesker, peronister og venstresympatisører som «forsvant» under den såkalte skitne krigen. En rekke barn som ble født av bortførte mødre ble fratatt mødrene og bortadoptert til familier tilknyttet de væpnede styrker.