Genøk har måttet tåle sterk kritikk for dårlig forberedte eksperimenter, å publisere forskningsresultater før de har vært gjennom fagfellevurdering, samt å trekke mye sterkere konklusjoner enn datagrunnlaget tilsier . Den franske forskeren Marcel Kuntz har karakterisert GenØk som en del av et internasjonalt miljø som driver parallellforskning på GMO i strid med vitenskapelige prinsipper og konsensus.