Geheimerådet bestemte av henrettelsen skulle gjennomføres «til skrekk for papistene». Mayne fikk, som det var vanlig i slike saker, dagen før henrettelsen et tilbud om å anerkjenne monarkens overhøyhet over kirken i England. Han bad om en Bibel, og man trodde antagelig at han ville sverge eden. Men Mayne kysset Bibelen og uttalte: «Dronningen har aldri vært og skal aldri bli overhode for kirken i England». 30. november 1577 ble han trukket på en slede til markedsplassen i Launceston. I strid med vanlig skikk fikk han ikke si noen siste ord til folkemengden. Rett før henrettelsen ble han oppfordret til å angi Tregian og hans svoger John Arundell, men nektet å gjøre dette. Han ble så hengt, og skåret ned før han døde. Deretter ble buken sprettet opp og tarmene trukket ut, før han ble partert.