Ulempene med denne metoden stammer fra den maksimale temperaturen som oppnås ved termisk ionisering. Det varme filamentet når en temperatur på mindre enn 2500 °C, noe som fører til manglende evne til å skape atomioner av specier med høy ioniseringsenergi, som osmium og wolfram. Selv om TIMS-metoden kan skape molekylære ioner i dette tilfellet, kan specier med høy ioniseringsenergi analyseres mer effektivt med MC-ICP-MS.