Dronningen er ordensherre for Australiaordenen. Generalguvernøren er ordenskansler og første følgesvenn av Australiaordenen. Det finnes også en ordenssekretær. Ordenen administreres av generalguvernøren, som har et ordensråd sammensatt av ledende embetsmenn og oppnevnte personer til å vurdere nominasjoner. Ordensrådet har 19 medlemmer. Det har representanter for alle delstater og territorier.