Quesnay ble født i Merey, nær Paris, og var sønn av en advokat. Han begynte som kirurgisk lærling som i en alder av 16 og dro snart til Paris for å studere medisin. Etter studiene slo han seg ned i Mantes. I 1737 ble han utpekt som sekretær for det kirurgiske akademi. I 1744 avla han eksamen i medisin og ble en utpekt som en av legene til den franske kongen, Louis XV, og ble plassert i slottet i Versailles.