En time etter det siste store skjelvet fulgte en ny katastrofe i Lisboas havneområde. Det undersjøiske jordskjelvet genererte en tsunami som slo inn over kysten med voldsom kraft. Store folkemengder hadde på dette tidspunktet samlet seg på de åpne plassene ved elven hvor faren for fallende bygninger var minst og mange av disse mistet nå livet. Vannet i Tejo trakk seg først tilbake mot havet, men slo deretter inn over havnen i form av tre massive bølger som var opp mot 20 meter høye.