Endre begynte de praktiske arbeidet med gettoer i Budapest da deportasjonene fra provinsene var godt i gang. Den 26. mai instruerte han Budapests administrasjon om å dele byen i jødiske bygninger («gul stjerne-hus») og ikke-jødiske bygninger, med frist 31. mai. Endre hadde opprinnelig planlagt at alle jødene måtte flytte i løpet av 24 timer. Da dette viste seg praktisk umulig ble den første flyttingen kunngjort av borgermesteren 16. juni med fem dagers frist. Myndigheten utpekte 2637 leiegårder som jødiske og disse ble merket med stor gul stjerne mot sort bakgrunn. Det ble dannet flere og mer spredte gettoer enn planen skissert tidlig i mai. I slutten av juni ble antall jødiske bygninger redusert til 1948 og de fleste av disse i sentrale deler av Pest. Jødene ble pålagt å flytte inn, mens mange av de opprinnelige beboerne valgte å bli værende.