Gjennom middelalderen nøt San Gimignano en sterk vekst takket være handel med de gode jordbruksproduktene fra de toskanske kollene. I 1199 fikk byen selvstendighet fra biskopen av Volterra som byen hadde vært underlagt. I sin selvstendige periode var også San Gimignano preget av striden mellom Guelfiene og Ghibelliniene. 8. mars 1300 kom Dante Alighieri på besøk som ambassadør for den guelfiske liga i Toskana. Byen var på dette tidspunkt en rik by og var på Firenzes side i striden med bl.a. Pisa, Siena, Arezzo, Volterra og Postoia.