Den 15. april 1942 kom Reinisch en dag senere enn avtalt til brakkene i Bad Kissingen og erklærte straks at han nektet å sverge troskapsed til Hitler. Han bemerket offentlig at han ville sverge troskap til det tyske folk, men ikke Adolf Hitler. Han ble arrestert og brakt for krigsretten, beskyldt for å undergrave militær moral. Rettssaken tok tid og deretter ble han brakt til Berlin-Tegel fengsel, der den første fengselskapellan nektet ham nattverd for unnlatelse av å gjøre sin plikt. I august ble han flyttet til Brandenburger i Berlin, hvor en domstol dømte ham. I fengselet skrev han diktet "You’re the Great People", som en klagesang i påvente av sin dødsdom. Den 20. august 1942 ble dødsdommen lest opp klokken 20:00 av statsadvokaten. Reinisch kommenterte, «fangen er ikke en revolusjonær, en revolusjonær er en stat eller en felles fiende som kjemper med knyttnever og vold. Her er en katolsk prest med bare våpen av Ånd og Tro. Og han vet hva han kjemper for»!