Da Fernandina ble tatt tidlig i mars 1862, var krigen nesten et år gammel, og noen viktige endringer hadde funnet sted. Etter nederlagene til Konføderasjonen ved fortene Henry og Donelson i Tennessee og Roanoke Island i Nord-Carolina, bestemte krigsdepartementet i Richmond seg for å konsentrere sin armeer i vitale indre områder og fjernet dem fra store deler av kysten. Kun noen få betydelige havner skulle forsvares. Kun tre av disse var ved atlanterhavskysten: Wilmington, Charleston og Savannah. Dette fikk bare konsekvenser for de to første av disse, kun åtte dampdrevne blokadebrytere ankom havner i Georgia eller det nordlige Florida i løpet av hele krigen.