Blant de verste rammede områdene var Bali, der PKI hadde vokst raskt før utrensningene tok til. 11. november brøt det ut sammenstøt mellom tilhengere av PKI og PNI, som endte i en massakre av PKI-medlemmer og sympatisører. Mens de fleste av anti-PKI pogromene i resten av landet ble utført av islamske politiske organisasjoner i navnet til , ble drapene i Bali utført i navnet til Hinduismen. Bali viste seg å være det eneste stedet i landet der lokale soldater blandet seg inn, for å hindre nedslaktningen.