Katakombene er en nekropolis fra antikken, en rekke av graver, statuer og arkeologiske objekter innenfor en faraoisk gravkult med hellenistiske og romersk innflytelse fra tidlig keisertid. Grunnet tidsepoken, fra begynnelsen av 100-tallet e.Kr., er mange av trekkene i katakombene i Kom El Shoqafa en blanding av egyptiske, greske og romerske trekk; en del av statuene er egyptisk i stilen, dog med romerske klær mens andre gjenstander deler en lignende stil. En spiraltrapp, som ofte ble benyttet for å frakte de avdøde ned i midten av den, fører til gravene som er hogd ut som tunneler i fjellgrunnen. Fasiliteten ble benyttet som et gravkammer fra 100-tallet og fram til 300-tallet. Deretter ble det glemt inntil det ble gjenoppdaget ved en tilfeldighet i 1900 da et esel ramlet ned inngangshullet. Til nå er tre sarkofager blitt funnet, sammen med andre levninger fra mennesker og dyr som har blitt lagt til senere. Det er antatt at katakombegraven ble framstilt for en enkelt familie, men det er uklart hvorfor stedet ble utvidet for å huse utallige andre individer.