Al-Qaida-troppene holdt stadig stand i Tora Bora-fjellene, men stammemilitsene rykket stadig frem gjennom terrenget, støttet av amerikanske luftbombardementer tilkalt av spesialstyrker. Da situasjonen ble vanskelig innvilget Al-Qaida-troppene en våpenhvile, så de kunne overgi seg. Noen mener at dette var et knep som tillot de viktigste Al-Qaida-ledere å flykte fra området. Den 12. desember brøt kampene ut igen. Igjen presset stammefolk og spesialstyrker frem mot hulene og Al-Qaidas bunkere som var spredt i området. Den 17. desember var det siste hulekomplekset inntatt. En ettersøkning i området fortsatte til ut i januar 2002, men det var ingen spor etter bin Laden eller den øvrige Al-Qaida-ledelsen. Det menes at de allerede hadde sluppet unna til Pakistan mot sør og øst. Det anslås at omkring 200 Al-Qaida-soldater ble drept i kampene. Antallet for stammemilitsene kjennes ikke, og det ble ikke rapportert amerikanske tap.