Etter slaget ved Aigospotamoi i 405 f.Kr. under Peloponneskrigen hvor den athenske flåte ble ødelagt, havnet Thasos igjen inn under Sparta ledet av Lysandros. Det synes som om athenerne likevel kom tilbake og gjenopprettet sin innflytelse på øya ettersom Thasos ble et stridsemne mellom Athen og Filip II av Makedonia. I de senere forviklingene mellom Filip V av Makedonia og Romerriket måtte Thasos underkaste seg Filip, men de fikk sin frihet av romerne etter slaget ved Kynoskephalai i 197 f.Kr., og ble fortsatt regnet som en fri stat på tiden til Plinius den eldre (død 79 e.Kr.).