Det er tre versjoner for øyas navn. I henhold til den første, var Koufonisia det antikke navnet på havbukten mellom Koufonisia og Glaronisi. Det fulle navnet var faktisk «Koufos Limin», hvilket betyr lehavn og hvor skip kunne ankre opp. I henhold til den andre forklaringen ble dette navnet valgt på grunn av de mange grottene og sedimentene som finnes på øya. En tredje teori hevder at i tidligere tider var Pano Koufonisi kjent som «Fakousa» og Kato Koufonisi as «Pino».