Fischer jobbet for Bank of Israel allerede i 1980, som gjesteforsker (visiting scholar). I 1985 var han Reagan-regjeringens rådgiver for Israels økonomiske program for å stabilisere økonomien. Han jobbet for Verdensbanken fra 1988 til 1990, som sjeføkonom og visepresident, og fra 1994 til 2001 var han første viseadministrerende direktør i IMF. Etter dette jobbet han for Citigroup, og var president i Citigroup International.