I Super Bowl XXXI fullførte Favre 14 av 27 pasninger for 246 yards og to touchdowns. UNder kampens andre play kastet Favre en 54-yard touchdownpasning til wide receiver Andre Rison. Han fullførte også en 81-yard touchdownpasning til wide receiver Antonio Freeman i andre kvarter (da en Super Bowl-rekord for lengste touchdownpasning). Han hadde også 12 yards på løp og en touchdown i Packers 35–21 seier over New England Patriots. I sesongens 19 kamper hadde Packers en turnoverforskjell på +24, og hadde 100–48 poeng mot motstandere i sluttspillet. Favre ble dne første quarterbacken til å score tre touchdowns i et Super Bowl uten å bli kampens MVP.