Etter krigen studerte han artilleri i Brasil med gode skussmål, og steg raskt i gradene. Han ble major i 1940, oberstløytnant i 1945 og medlem av generalstaben i 1946, og viste evne til selvopprettholdelse under omskiftelige politiske forhold. I 1947 brøt det ut borgerkrig i landet. Stroessner tok parti med president Higinio Moríñigo, som gjenvant kontrollen, og viste sin lojalitet ved å slå ned et arbeideropprør i Asunción. Stroessner ble til slutt brigadegeneral i 1948, den yngste i Sør-Amerika.