Det finnes per i dag ingen helbredende behandling. Vanlig medisinsk behandling for å dempe symptomer er glukokortikoider (prednisolon) i kortere perioder da sykdommen er særlig aktiv, men bivirkningene av denne gjør at prednisolon sjelden er fornuftig å bruke over lengre tid. Det immundempende stoffet azathioprin brukes ofte sammen med eller istedenfor prednisolon der det er mulig. I alvorlige tilfeller av crohn, eller tilfeller der behandling med glukokortikoider og immundempende middel ikke er nok, blir mange nå behandlet med Remicade eller Humira. Dette er medisiner som hemmer et spesielt stoff som er med på å skape betennelse, TNF alfa. Interleukiner, antibiotika, methotrexat og budesonid er andre medisiner som det forskes mye på i forbindelse med Crohns sykdom.