Da ble de arrestert i Azagan og kastet i fengsel, hvor de måtte arbeide med å male salpeter til kruttproduksjon. Da de ble fremstilt for den daværende herskeren i Marokko, sultan Muley al-Walid i Marrakech, bekjente de modig sin kristne tro, hvoretter de ble pisket og sendt tilbake til fengselet. I et nytt offentlig avhør henvendte Johannes seg til noen apostater som også var til stede, og ignorerte stort sett sultanen.