Terrenget i Gaborone er vekslende flatt og kupert, med høydeforskjeller på om lag 50 m. Vegetasjonstettheten varierer sterkt i selve byen. Enkelte steder har forholdsvis høy tetthet, som regel i områder med anlagte hager, mens andre steder ikke har vegetasjon i det hele tatt. Den naturlige vegetasjonen rundt Gaborone omfatter hovedsakelig lauvfellende trær og busker.