I protektoratet ble det iverksatt et program for raseklassifisering og kulturell imperialisme. Ved iverksetting av sin etnisk baserte politikk møtte den tyske okkupasjonsmakten utfordringer med definisjon av nasjonalitet eller etnisitet. Før krigen ble innbyggere som lett kunne skifte etnisk identitet kalt «germaniserte tsjekkere» eller «tsjekkifiserte tyskere». Etter krigen ble det anslått at omkring etniske tsjekkere hadde registrert seg som tyske borgere under okkupasjonen. I Budweis, en av de etniske mest sammensatte byene i protektoratet, hadde 11 % av de etniske tsjekkerne tatt tysk statsborgerskap. Vel av innbyggerne i protektoratet var jøder i henhold til Nürnberglovene.