Under kommunistregimet etter andre verdenskrig hadde gresk-katolikkene vanskelige kår og ble forsøkt tvangsforent med den russisk-ortodokse kirke. Etter Tsjekkoslovakias deling ble den tsjekkiske delen av eparkiet skilt ut som et eget eksarkat, som forble hos den rutensk-katolske moderkirke. Den slovakiske delen løste seg imidlertid fra denne ved å grunnlegge en egen særkirke, som ble anerkjent av pave Johannes Paul II i 1996. 2008 ble eksarkatet Košice opphøyet til eparki, eparkiet Bratislava opprettet, og eparkiet Prešov opphøyet til metropolitanbispedømme over disse.