I 1576 ble Juan utnevnt til stattholder i de spanske Nederlandene, som på denne tiden var herjet av åttiårskrigen. Juan mislikte dette vervet, da det i praksis satte ham på sidelinjen i europeisk storpolitikk. Denne utnevnelsen var et bevisst trekk fra kong Filip, som ønsket å begrense halvbrorens innflytelse.