I 2001 ble Nauru Detention Centre oppsatt under Harris' regjering. Her holdes afghanske flyktninger fra båten «Tampa» for Australias regjering, som betaler Nauru godt for at de holder dem der. Det ble imidlertid sterke protester mot denne flyktningleiren i 2003, og , presidentboligen, ble brent ned til grunnen. 23. april 2004 var det demonstrasjoner på flyplassen da Harris skulle fly til Kina for å forhandle. Blant disse demonstrantene var parlamentsmedlemmer fra opposisjonspartiet Naoero Amo, og disse fikk 14 års fengsel for opprør. Disse straffene ble opphevet da Scotty ble valgt til president. I mai 2004 startet noen australske menneskerettsaktivister Flotilla of Hope, et seilas av to australske båter fra Sydney til Nauru, i en fredelig protest mot flyktningleiren på Nauru.