I 1990 mistet Kosovo vetoretten i Serbias parlament. Etter at Kosovos selstyreforsamling vedtok en erklæring om selvstendighet ble direkte styre fra Beograd innført på alle områder. Kosovoalbanerne svarte med å ignorere det serbiske styret og opprettet et parallelt styre finansiert av klanledere og kosovoalbanere i utlandet. Den uoffisielle skatten var på 3 % av inntekten. Ibrahim Rugova ble uoffisielt valgt til president for Kosovo i 1992 og 1998. Bujar Bukoshi var statsminister i den uoffisielle regjeringen som til dels opererte fra eksil. Mange fra den militante undergrunnsbevegelsen på 1980-tallet sluttet seg til Rugovas linje. Rugova argumenterte i 1992 for at væpnet opprør mot Beograd ville være fåfengt, og han mente at Beograd ville bruke et væpnet opprør som påskudd til å utslette den kosovoalbanske befolkningen. Rugovas linje bidro til å holde ro i Kosovo og Milošević aksepterte stilltiende Rugovas ikke-voldelige linje fordi det skapte ro blant kosovoalbanerne.