Høsten 1894 oppsporet forsikringsselskapet Holmes i Boston, der de fikk ham arrestert 17. november for å ha stjålet en hest i Texas. Da han ble forhørt om Pitezel, hevdet han at han og tre av barna hans var på vei til San Salvador. Fru Pitezel ble også arrestert som medskyldig i forsikringssvindel. Alt dagen etter Holmes’ arrestasjon ble politiet i Chicago oppsøkt av mer enn 50 personers om var blitt lurt av ham. Fra Boston hadde Holmes forsøkt å bli kvitt fru Pitezel ved pr brev å be henne hente en flaske nitroglyserin i kjelleren og bære den tre etasjer opp på loftet. Det tok hun ikke sjansen på, og reddet livet. Holmes og fru Pitezel ble begge sendt til Philadelphia, og 6. desember 1895 avla hun full tilståelse. 15. desember innrømmet Holmes at Pitezel var død, og hevdet at de tre barna var reist til Europa sammen med Minnie Williams. 17. desember tilføyde han at Pitezel hadde tatt livet av seg. Holmes, ekteparet Pitezel og sakfører Howe ble siktet for å svindlet for $ 10.000.