Hoveddelen av de protestantiske menighetene ble samlet i kirkeprovinsen Posen, innenfor Kirken i den gammelprøyssiske union. Dette vakte en viss motstand fra enkelte lutheranere, og da Den evangelisk-lutherske kirke i Preussen oppsto i 1841, og ble underlagt de offentlige myndigheter i 1845 ble disse samlet for hele hertugdømmet.