Stefan to grep for å fjerne en gruppe biskoper han betraktet som en trussel til sitt styre. Den kongelige administrasjonen under Henrik I hadde vært ledet av Roger, biskop av Salisbury, støttet av Rogers nevøer, Alexander og Nigel, henholdsvis biskoper av Lincoln og Ely, og Rogers sønn, Roger le Poer, som var rikskansler. Disse biskopene var også mektige landeiere i tillegg til å være kirkelige ledere, og de hadde begynt å bygge nye festninger og øke størrelsen på deres militære styrker, noe som fikk Stefan til mistenke at de var i ferd med å gå over til å støtte keiserinne Maud. Roger og hans familie var også fiender av Waleran og Beaumont-familien, som mislikte deres kontroll over den kongelige admionistrasjonen. I juni 1139 holdt Stefan sitt hoff i Oxford hvor det brøt ut en kamp mellom Alan av Bretagne og mennene til Roger, en hendelse antagelig bevisst framprovosert av Stefan. Stefan krevde at Roger og de andre biskopene ga fra seg alle sine festninger i England. Dette ble understreket ved at biskopene ble arrestert og Nigel som ble henrettet etter å ha søkt tilflukt i Devizes Castle. Biskopene overga seg etter at Stefan beleiret festningen og truet med å henrette Roger le Poer. De gjenværende festningene ble deretter overgitt til kongen. Dette fjernet enhver militær trussel fra biskopene, men angrepet på kirkens menn hadde ødeleggende virkning på forholdet til kirkens ledere, og særlig på kongens egen bror, Henry av Blois, biskop av Winchester. Begge sider var nå klar for krig.