I 1805 ble det forbudt å gravlegge noen under kirkene, og omtrent på denne tiden tok en til å ta ut kister som sto under koret. Den store oppryddingen kom i 1866, da om lag 100 kister ble fjernet. Skjelettene ble gravlagt i en fellesgrav utenfor Domkirkens nordre sideutgang. I 2021 ble det igjen tatt ut nesten hundre skjeletter og skjelettrester fra skipet. I 1926 og 1958 ble noen av gravsteinene satt opp i Rektorhagen langs muren mot Bispekapellet.