En endokarditt innebærer gjerne dannelsen av én eller flere er, som er ansamlinger av blodplater, kolonier av mikroorganismer samt noen få betennelsesceller. I subakutt infeksiøs endokarditt, kan vegetasjonen også inneholde en kjerne av granulomatøst vev som kan utvikle seg til bindevev eller bli forkalket.