Rhys ble gjort til ridder i 1907 og i 1911 ble han utpekt til , Det kongelige råd. Rhys var en av de som var med på å grunnlegge Fellows of The British Academy da det ble gitt sitt kongelige charter i 1902, og etter hans død etablerte British Academy en årlig forelesning i hans navn, . Oxford Dictionarys nasjonalbiografi erklærte ham for å være blant «de fremste forskere i sin tid» og noterte at hans «pionerinnsats i forskningen la et solid grunnlag for framtidig keltisk forskning for mange tiår».