Krigen endte med unionens seier 9. april 1865 da konføderasjonens general Robert E. Lee overgav seg ved tinghuset i Appomattox i Virginia. 650 000 mennesker var da blitt drept. I etterspillet til krigen, , måtte USA avgjøre statusen til rundt fire millioner frigjorte afroamerikanske slaver og gradvis gjeninnlemme de elleve konføderasjonsstatene i unionen.