Postglasial vulkansk aktivitet i Mývatnområdet kan deles opp i tre perioder. Lúdentperioden begynte kort tid etter slutten av istiden. Eksplosjonskrateret Lúdent har sitt opphav fra denne perioden. Utbruddet ble etterfulgt av en rekke mindre sprekkutbrudd. Rundt 3 800 år siden ble skjoldvulkanen Ketildyngja skapt rundt 25 km sørøst for Mývatn, og fra den rant det en svært lavastrøm, «den eldre Laxálavaen», som spredte seg over den søndre delen av området, rant ned dalen Laxárdalur og kom nesten helt ned til havet før den stoppet. Denne lavaen demmet opp det første Mývatn som hadde omtrent den samme størrelsen som dagens innsjø.