Da Norge ble invadert av Tyskland i 1940 var Sparre i Nord-Norge, ombord på MS «Brand IV», som straks ble konvertert til sanitetsskip. Sparre hjalp til som frivillig inntil de ble bombet. Han ble da såret, og fem personer ble drept. I 1941 ble akademiet, som en del av nazistenes nyordning, nazifisert og NS-medlemmet Søren Onsager tok over som professor. Sparre ble da med på å organisere et illegalt akademi. Det illegale akademiet ble kalt «Fabrikken» fordi det i begynnelsen holdt til i en nedlagt korsettfabrikk. I 1944 ble han også medlem av Milorg.