I 1854 ble Girard statsborger av USA. Foruten arbeidet ved Smithsonian, fikk han en doktorgrad i medisin ved Georgetown University i Washington, D.C. i 1856. I 1859 vendte han tilbake til Frankrike og ble to år seinere tildelt Cuvierprisen av Institut de France for sine verk om nordamerikanske krypdyr og fisker.