Ermacora er blant annet kjent for sitt arbeid med fordrivelsen av tyskerne fra Øst-og Sentral-Europa i årene 1945-1946. Han kom i 1991 til den konklusjon at fordrivelsen oppfylte kriteriene for å betegnes som folkemord. Han ledet også Europarådets undersøkelse av deportasjonen av armenerne, og kom til samme konklusjon.