Da Mannerheim overtok som president i august 1944 gikk Ryti først tilbake til styreledervervet i Finlands Bank og begynte et arbeid med å gjenreise økonomien. Han ble imidlertid arrestert våren 1945 og anklaget for «krigsforbrytelser». Anklagene kom både fra sovjetisk hold og fra finske kommunister, og dommene mot ham og andre hadde preg av behovet for å finne syndebukker. Han ble dømt til ti års fengsel, men ble benådet av president Paasikivi i mai 1949. Da var han en syk og nedbrutt mann og vendte aldri tilbake til det offentlige liv, til tross for mange henvendelser og hyllester. I 1956, noen måneder før han døde, ble han utnevnt til æresdoktor i samfunnsvitenskap ved Helsingfors universitet.