Trefingerurt vokser på grasbakke, steingrunn og snøleier. Den er nesten sirkumpolart utbredt i arktiske strøk, men mangler i store deler av nordlige Asia og på de canadiske ishavsøyene. Arten finnes også i fjellområder lenger sør, for eksempel i Pyreneene, Alpene, Kaukasus, Altaj og Sierra Nevada i California. I Norge er den vanlig i fjellet over hele landet og vokser opptil 2130 moh. i Jotunheimen. Trefingerurt finnes også på Jan Mayen og på Svalbard, der den er bare er kjent fra ett sted ved de varme kildene i Bockfjorden.