Doctor Doom begynte å gå etter de han føler var ansvarlige for ulykken, først og fremst Reed Richards som tilhørte superhelt-gruppen Fantastic Four. Han lyktes i å lede en revolusjon for å overta Latveria fra baronen. Fantastic Four kaster Doom ut i verdensrommet, men blir reddet av Rama-Tut, og han vender tilbake til jordkloden. I løpet av 1960-tallet forsøkte Doom å rekruttere Spider-Man, til å slå seg sammen med ham. Men han havner i konflikt med The Avengers når Quicksilver og Scarlet Witch ulovlig gikk inn i Latveria for å finne en for lengst forsvunnet slektning av dem. Doom stjeler Silver Surfers krefter i 1967, men mistet dem etter å ha brutt en barriere som Galactus hadde satt for Surferne på jorden.