Navnet er en svensk gjengivelse av Jokkmokk-uttalen av det nordsamiske , som betyr «kjeletinden». Navnet passer ikke til Kebnekaise, men til Tolpagorni som ligger i nærheten, og Giebmegáisi var opprinnelig navnet på fjellet Tolpagorni. Tolpagornis topp har en rund fordypning hvor det om våren samler seg smeltevann som etterhvert renner over kanten og ned i dalen nedenfor. Det er usikkerhet om hva det opprinnelige samiske navnet var for fjellet som nå bærer navnet Kebnekaise.