Kaidu springer ut i den mektige fjellkjeden Tianshan. Den renner først i vestlig retning til Yulduz-bekkenet. Der snur den mot sør og derpå mot øst og nær ned til Yanqi-bekkenet. Etter å ha rent gjennom fylket Yanqi danner elven et bredt delta og munner ut i innsjøen Bosten.