Mathias Wærn var født på Fredrikshald (Halden) og var sønn av handelsmannen Peder Morten Wærn og Kirstine Colbjørnsdatter. Sammen med Erik Anker drev han først et såpekokeri på Fredrikshald, deretter kjøpte de to opp Moss Jernverk og begynte der produksjon av kanoner for det dansk-norske forsvaret.