Slaveriet hadde blitt avskaffet på Sainte-Domingue i slutten av 1703, og general Toussaint L'Ouverture hadde opprettet en regjering med en grunnlov som gjorde ham til livstidspresident, selv om han fremdeles hevdet å være lojal overfor den franske nasjon. I desember 1801 satte Leclerc ut fra Brest, og i februar 1802 gikk han i land ved Cap-Français med flere titalls krigsskip og så mange som 60.000 soldater mens han gjentok Bonapartes løfte om at "alle Saint-Domingues folk er franske og for alltid frie". Toussaint-Louvertures strenge disiplin hadde skaffet ham en rekke fiender, og Leclerc brukte ambisjonene til Toussaint-Louvertures yngre viktige offiserer og motstandere mot hverandre; han lovet dem at de skulle få beholde sin rang om de ble med i den franske armé, noe som førte til at de sviktet Toussaint-Louverture. Franskmennene vant først flere seire og oppnådde kontroll over kolonien etter tre måneders hard krigføring, og Toussaint-Louverture ble tvunget til å forhandle fram en ærefull overgivelse, hvor han skulle trekke seg tilbake for å drive sine plantasjer under husarrest. Napoléon hadde derimot gitt hemmelige instruksjoner til Leclerc om å arrestere Toussaint-Louverture, noe han gjorde under et møte, og Toussaint ble sendt til Frankrike, hvor han døde i fangenskap i Fort de Joux i Jurafjellene i 1803.