Rafic Nahra er av libanesisk familie; den flyttet tilbake fra Egypt, og Rafic vokste opp i Libanon. Han kom til Frankrike i 1979 for å studere ingeniørfag, noe han fullførte i 1985 med en doktorgrad ved École nationale des ponts et chaussées. Fra 1985 til 1987 var han ingeniør ved ingeniørfirmaet Géodia. I 1987 begynte han på presteseminar i Paris. Fra 1987 til 1994 studerte han teologi ved Det pavelige gregorianske universitet og bibelstudier ved i Roma og i Jerusalem.