Det er forskjeller mellom filmen og boken, og noen av disse er mer fremstående enn andre. Noen av disse inkluderer: Gnav, Professor Kiste og Petrea Parkasen er utelatt helt. En scene med Gnav ble faktisk filmet, men utelatt fra kinoversjonen. Det har gått rykter om at en kommende forlenget director's cut (regissørens utvalg) vil inkludere denne scenen. Harry finner ikke ut at Fyrst Voldemort drepte foreldrene hans før etter at han har kjøpt tryllestaven sin. Harry drar ikke tilbake til Dumlingene innimellom handlerunden i Diagonallmenningen og reisen med Galtvortekspressen Harry møter ikke Malfang før etter de har kommet til Galtvort. Scenen på hotellet med Dumlingene er utelatt. I boken er mannen som ga Gygrid «Nussi» gresk, mens i filmen er han irsk. Scenen fra første juledag er forkortet, da Wiltersens og alle Harrys gaver utenom Usynlighetskappen er fjernet fra kinoversjonen, mens hele var inkludert som en slettet scene på DVD-versjonen. Harry, Ronny og Hermine oppdager «Nussi» på en annen måte enn i boken: Istedenfor å bli lurt av Malfang til å gå fra tårnet sitt om natten hvorpå de må løpe fra Argus Nask, går de seg bort mens trappen de står i endrer retning. I boken ser Harry hele sin familie i Speilet Mørd, mens i filmen ser han kun foreldre sine. I boken får Harry, Hermine, Nilus, og Malfang gjensitting, fordi de alle var ute av sengene sine om natta (Harry og Hermine for å gi bort en drage, Malfang for å prøve å ta dem på fersken, og Nilus fordi han prøvde å advare Harry og Hermine). Ronny er ikke med p.g.a at han ble bitt av dragen og ligger på sykestua. I filmen derimot, er det ikke Nilus som får gjensitting, men Ronny. Harry, Ronny og Hermine var hos Gygrid om natten, mens Malfang la merke til dem, listet seg etter, tok dem på fersken og sladret til McSnurp. Dessverre for ham, fikk også han straff, siden han var ute om natten. Rommet med professorene Krengles og Slurs beskyttelsesformler for de vises stein har utgått, samt at Hermines rolle i de siste scenene er blitt mindre. Historien om dragen Norbert er dramatisk kuttet ned Av kentaurene, får vi kun se Florens. De andre, Ronan og Bane, er ikke med. Florens er fremvist som en mørkhåret kentaur i filmen. I boken er han blond og blåøyd. Klimakset er mye mer dramatisk enn i boken. For eksempel blir Krengle til stein der Harry tar på ham og forvandles så til støv, istedenfor å bare bli brent. Harry nøler også et lite øyeblikk, mens det ser ut som han kommer til å gi steinen til Voldemort. I boken entrer Hermine og Harry et kammer kort tid etter at de har spilt ferdig partiet med magicersjakk. Etter at de to har entret rommet, blir begge utgangene blokkert av flammer, noe som gjør flukt fra rommet umulig. Inne i kammeret er det imidlertid et bord med syv flasker. Noen av flaskene inneholder gift, noen inneholder bare vin, mens noen inneholder en mikstur som gjør den som drikker den upåvirkelig av flammene. Man skal gjette hvilke flasker som inneholder miksturen ved hjelp av en gåte på et ark, og hvis man løser gåten rett vil man kunne forlate kammeret. Hvis man gjetter feil og drikker giften vil man dø, og hvis man drikker vinen og forsøker å gå ut gjennom flammene vil man bli brent. Denne delen av historien er fullstendig fjernet fra filmen, og Harry går for å slåss mot Krengle rett etter at de har spilt sjakk, mens Hermine blir igjen sammen med Ronny. Forklaringen på at Slur ikke liker Harry på grunn av sitt forhold til Jakob (Slur hatet ham, selv om Jakob reddet livet hans) er utelatt. Dette får vi vite først i den femte filmen. Det er kun Hermine som leter etter Nilus' padde på Galtvortekspressen. I boken er det forbudte rommet med "Nussi" inni i fjerde etasje, mens i filmen er det i tredje.