Bestanden av nordlig pelssel i Stillehavet var sterkt redusert på grunn av overdreven fangst. Det ble opprettet en internasjonal kommisjon som skulle regulere fangsten, og her deltok Stejneger som amerikansk representant. Dette medførte at han dro på flere befaringer til selkoloniene i siste halvdel av 1890-tallet. Nå fikk han se igjen Kommandørøyene, og han besøkte også Pribiloføyene, Kurilene, Kamtsjatka og Japan.