I løpen av sin tjeneste i Edirne, ble Karabekir forfremmet til major 27. april 1912. Han deltok i første balkankrig mot Bulgaria, men ble tatt som krigsfange under beleiringen av Edirne 22. april 1913. Han forble i krigsfangenskap fram til våpenhvileavtalen ble undertegnet 21. oktober 1913.