Pygmeedderkopp er den eneste norske arten fra denne slekten, så forveksling med andre arter skulle ikke by på et problem. Men flere av dvergedderkoppene er ganske like hverandre, samtidig som de kan være fargevariable av utseende. For sikker artsbestemmelse kreves ofte nærmere undersøkelse av de kjønnsmodne edderkoppens kjønnsorganer, hos hunner epigynet og hos hanner pedipalpenes siste ledd.