Byen Khvalynsk ble grunnlagt i 1556 som en russisk utpost på Sosnovyj-øya i Volga. I 1606 ble hele bosetningen flyttet til stedet hvor dagens Khvalynsk ligger, og ble kjent som (russisk: Сосновый Остров, oversatt: ). I 1780 fikk byen innvilget byrettigheter og fikk nytt navn, Khvalynsk.