Under Asurbanipal, rundt midten av 600-tallet f.Kr., ble Ekur igjen restaurert med en prakt som er større enn noen gang før, zigguraten fra den perioden var 58 ganger 39 m. Etter at det nyassyriske rike falt sammen ser det ut til at Ekur gradvis gikk forfall, inntil til slutt, under Selevkideriket, ble det gamle tempelet omgjort til en festning (gresk: Νιππούρ, . Enorme murer ble reist i utkantene av den gamle plattformene, templets gårdsplass ble fylt med hus og gater, og selve zigguraten ble merkelig nok bygget over i en korsformet form og omgjort til en akropolis for festningen. Denne festningen ble okkupert og videre bygget på fram til slutten av den partiske perioden, ca. 250 e.Kr.; men under Sasanideriket (også kalt det nypersiske riket) falt det på nytt i forfall.