Goa bispedømme var i begynnelsen et suffraganbispedømme under Funchal erkebispedømme, som det hadde blitt utskilt fra. 1558 ble Goa selv opphøyet til erkebispedømme over to bispedømmer som samtidig ble opprettet: Cochin bispedømme, som hovedsakelig omfattet de tomaskristne områdene langs Malabarkysten, men også dagens Bangladesh, Bhutan, Burma, Maldivene, Mosambik og Sri Lanka; og Malakka bispedømme, som omfattet Sørøst- og Øst-Asia samt deler av Oseania og Øst-Afrika.