Opprinnelig tilhørte hele området Fana kommune, men da Bergen kommune var opprådd for byggeland, fikk den kjøpe mesteparten (12,5 km²) av Fyllingsdalen i 1955. Bergen betalte Fana kommune 1,5 millioner kroner i kompensasjon for avståelsen, som ble vedtatt ved kongelig resolusjon av 12. august 1955. Det bodde da 1 590 mennesker der. Bønes ble innlemmet i Bergen sammen med resten av gamle Fana kommune i 1972, og ble en del av Fyllingsdalen bydel så sent som i 2000.