Luftfartsstyrelsen, som påbegynte sin virksomhet den 1. januar 2005, var helt frittstående fra Luftfartsverket, i motsetning til den tidligere tilsynsmyndigheten Luftfartsinspektionen, som var en del av verket. Alle myndighetsbeslutninger ble dog tatt selvstendig av Luftfartsinspektionen, men dette ble ansett av markedet og av Riksdagen og regjeringen å ikke være tilstrekkelig til at ikke Luftfartsinspektionen ville kunne mistenkes for jäv i flysikkerhetsspørsmål der Luftfartsverket hadde et ansvar. Derfor ble Luftfartsinspektionen fristilt fra Luftfartsverket og Luftfartsstyrelsen ble dannet i stedet, med den gamle inspeksjonen som stamme. Samtidig ble det gjennomført visse organisasjonsendringer og ytterligere myndighetsoppgaver ble tilført den nye organisasjonen.