Biljana Plavšić ble i 1998 tiltalt for Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia (ICTY) i Haag. Tiltalen inneholdt åtte punkter for folkemord, forbrytelser mot menneskeheten og krigsforbrytelser. I januar 2001 overga hun seg til krigsforbrytertribunalet, og i desember 2002 erklærte hun seg skyldig i forbrytelser mot menneskeheten. Tiltalen ble frafalt på de øvrige punktene. I januar 2003 ble Biljana Plavšić dømt til elleve års fengsel. Fra juni 2003 sonet hun etter eget ønske sin straff i Sverige, og ble plassert på kvinnefengselet Hinseberg. Den svenske regjeringen avslo søknader om benådning i april 2007 og desember 2008. I oktober 2009 besluttet regjeringen, etter konsultasjon med krigsforbrytertribunalet i Haag, og etter at hun hadde sonet to tredeler av straffen, å løslate henne på vilkår. Hun bosatte seg deretter i Beograd i Serbia.