I 364 f.Kr. ble han igjen tilkalt av byene i Thessalia for å ta seg av Aleksander av Ferai. Selv om en solformørkelse skal etter sigende ha forhindret ham å lede mer enn en liten styrke, beseiret han tyrannens langt mer overlegne styrke i slaget ved Kynoskephalai. Imidlertid da han aktet å drepe den forhatte Aleksander av Ferai, sprang han framover altfor ivrig og ble selv drept av tyrannens vaktstyrke. Pelopidas var i motsetningen til Epaminondas ikke et taktisk geni, men han var avgjørende for Thebens framvekst og maktposisjon.