Den 1. juli 1914 ble Schencke utnevnt til landets første professor i religionshistorie. Professoratet ble bestemt å tilhøre Det historisk-filosofiske fakultet ved universitetet. En av grunnene til det var at han hadde mange motstandere på Det teologiske fakultet grunnet hans uttalte agnostisisme. Schencke ble alvorlig syk i 1919 og hadde lange sykdomsopphold i årene fremover. Han gikk av som professor den 1. august 1939.