Farfán spilte for klubben Schalke 04 i den tyske fotball-divisjonen Bundesliga frem til 2015. Farfán begynte sin profesjonelle karriere som fotballspiller sammen med den peruanske klubben Alianza Lima som han signerte en kontrakt med foran 2001-sesongen. Selv om Farfán gjorde enkelte opptredener på denne klubbens førstelag i 2001, ble han ikke virkelig kjent før i 2002-sesongen, og Farfán var deltakende i at Alianza Lima vant det peruanske fotball-mesterskapet i 2003.