Kjernene varierer i størrelse fra ca. 100 meter opp til 30 kilometer, men å bestemme deres eksakte størrelse er vanskelig. Kjernen til kometen P/2007 R5 (SOHO) antas å ha en diameter på bare 100–200 meter. Mangelen på observerte kometer som er mindre, på tross av instrumentenes økte sensitivitet, har ført enkelte til å anta at det ikke finnes kometer som er under 100 meter i diameter. Den gjennomsnittlige tettheten i kjente kometer er 0,6 g/cm. På grunn av sin lave masse blir ikke kometkjerner sfæriske (kuleformet) av sin egen gravitasjon og har derfor irregulære former.