Etter tilbakekomsten fra Arktis i 1899 sendte Bruce et langt brev til Royal Geographical Society (RGS) i London, der han søkte om en vitenskapelig stilling i den store antarktisekspedisjonen selskapet planla, senere kjent som Discovery-ekspedisjonen. Hans nyvunne erfaringer gjorde det «lite sannsynlig at det fantes andre personer på De britiske øyer som var bedre kvalifisert». Bruces brev beskrev hans relevante erfaringer i detalj. Det ble bekreftet mottatt, men ikke behørig besvart før det hadde godt over ett år. Innen den tid hadde ambisjonene til Bruce oversteget hans opprinnelige forventning om en underordnet stilling i den vitenskapelige staben. Nå foreslo han et skip nummer to for ekspedisjonen, finansiert med skotske midler, som kunne arbeide i Weddellhav-kvadranten mens hovedskipet var basert i Rosshavet. Dette forslaget ble avvist som «ondsinnet rivalisering» av presidenten i Royal Geographical Society, Clements Markham. Etter en opphetet korrespondanse bestemte Bruce seg for å fortsette uavhengig av RGS. Slik ble ideen om en særskilt nasjonal skotsk antarktisekspedisjon født. Bruce ble støttet av den velstående Coats-familien, som var forberedt på å gi helhjertet økonomisk støtte til en skotsk ekspedisjon under hans ledelse. Som et resultat hadde han imidlertid skaffet seg et livslangt fiendskap med Markham.