Keeper ble byttet også denne sesongen, og nå var det klart for amerikanske Tim Howard, etter at Roy Carroll ikke hadde levert som forventet. 22. september 2003 var det klart for en ny skandale da Rio Ferdinand ikke møtte opp til en dopingtest. Laget fikk merke dette da han ble utestengt fra alt spill de fire siste månedene av sesongen (åtte måneder tilsammen). Dette var dagen etter United-spillerne hadde slåss med Arsenal-spillerne i spillertunnelen på Old Trafford, etter en 0-0 kamp. Flere spillere ble bøtelagt, og det haglet med beskyldninger i media, blant annet at spillerne kastet pizza på hverandre. United hadde lange perioder med kun seiere denne sesongen, men gikk på forsmedelige tap mot lag som Southampton, Fulham, Chelsea, Wolves, Middlesbrough, Manchester City (hele 1-4), Portsmouth, Liverpool og Blackburn. 9 tap ble alt for mye i en sesong som huskes best fordi Arsenal ikke tapte en eneste kamp. Dette hadde aldri blitt gjort tidligere. Henry, Ljungberg, Vieira, Pirez og Bergkamp var helt uslåelige. United endte på 3.-plass, hele 15 poeng bak. I FA-cupen gikk det bedre, og United nådde finalen på Millennium Stadium etter seier mot Arsenal i semifinalen. Manchester United vant som forventet mot Millwall i finalen. Det ble 3-0 etter mål av Ronaldo og 2 av Van Nistelrooy.