Bowser og "The Broodals" en familie av antropomorfe kaniner som arbeider som bryllupsplanleggere. De kidnapper Prinsesse Peach fra "Mushroom Kingdom" og tar henne om bord på Bowsers luftskip, med den hensikt at prinsessen skal gifte seg med Bowser under tvang. Mario forsøker å redde prinsessen, men faller ned i Cap Cap Kingdom. Mario reiser til det nærliggende Cascade Kingdom, og gjenoppretter et luftskip kalt Odyssey, og begynner å forfølge Bowser.