Lindesnes fyr har hatt fast bemanning fram til 2003. Selv om fyret offisielt ble avbemannet dette året er det fortsatt fyrvokter på plass 24 timer i døgnet. Lindesnes fyr er dermed det eneste norske fyr med fyrvoktere. I 1992 ble det opprettet en egen stiftelse som har hatt ansvar for bevaring og tilrettelegging av fyrstasjonen for besøkende. I 2000 ble Lindesnes fyr valgt til Vest-Agders tusenårssted og som en følge av dette ble det bygget et nytt formidlingsanlegg inne i fjellet under fyrstasjonen. Byggingen startet høsten 2003. Siden høsten 2008 har Lindesnes fyrmuseum inngått som et av fem museer i Kystverkets etatsmuseum: Kystverkmusea. Lindesnes fyr har koordinatorrollen i dette samarbeidet og de andre museene som inngår er: Tungenes fyr (en del av Jærmuseet), Dalsfjord fyrmuseum, som inngår i Sunnmøre museum, så Lofotmuseet som er en del av Museum Nord og til sist, Sletnes fyr som del av Museene for kystkultur og gjenreisning i Finnmark.