I januar 2012 tok Kjetil Karlsen, sammen med andre allmennleger, initiativ til Fastlegeaksjonen mot innføringen av en ny fastlegeforskrift. 2802 allmennleger[1] – mer en 2/3 av alle landets fastleger – signerte et brev til helseministeren der det bes om at forslag til ny fastlegeforskrift trekkes i sin helhet og også at departementet går i dialog med Legeforeningen, fagmiljøer og Kommunenes sentralforbund. Han mottok Allmennlegeprisen 2012 på vegne Fastlegeaksjonen ildsjeler, for et «brennende engasjement for allmennmedisinen som fag, med pasienten i sentrum». En revidert forskrift trådte i kraft 1. januar 2013.