I 2006 tok han over som hovedtrener for etter Sturla Voll, med Tormod Bjerkeset jr. som assistent. I sin første sesong i 2. divisjon ledet han laget til en 12.-plass, men unngikk nedrykk ettersom rykket ned fra Tippeligaen og dermed sendte ned til 3. divisjon i stedet. De to neste sesongene endte med hhv. 10.- og 5.-plass, før Sælnes overlot hovedtreneransvaret til sin assistent Bjerkeset jr. foran 2. divisjon 2009.