En navigasjonskanal ble mudret gjennom seks sluser som utgjorde en del av kanalen ved hjelp av dampmudremaskiner. Slusene ned til Lough Erne var alle konstruert med store overløp og demninger, og det var betydelige problemer med flom fra Woodford River under byggingen. Mellom Lough Scur og Leitrim ble Leitrim-elven utvidet, og åtte sluser ble bygget. Det ble snart åpenbart at de opprinnelige estimatene var helt utilstrekkelige, og i 1852 ble det iverksatt en undersøkelse av Board of Works da ingen av prosjektene kunne leveres innenfor budsjettet. Mulvany fikk skylden for overskridelsen. Han kuttet ned og reduserte dybden fra 1,8 m til 1,4 m, selv om navigasjonen noen steder var grunnere enn dette. Til tross for strammere tiltak ble det bygget slepeveier på kanaldelene til store kostnader, selv om fjellene gjorde det umulig å bruke hester som trekkraft under store deler av distansen, og båter med dampmotorer jobbet allerede på Shannon.