Bispedømmets katedral er São Tomé-katedralen, bygget over stedet der man tror at apostelen Tomas ble gravlagt etter hans martyrium i 72 e.Kr. Kirken er dermed én av tre katolske kirker som hevdes å være bygd over en apostels grav (i tillegg til Peterskirken og Santiago de Compostela-katedralen). Den første katolske kirken på stedet var fra 1500-tallet. Dagens nygotiske katedral ble ferdigstilt i 1893.