Carter ble født i Golders Green i London. Faren, Raymond Bonham Carter, kom fra en berømt britisk politisk familie. Hun er oldebarnet til den tidligere britiske statsministeren Herbert Henry Asquith. Moren Elena er psykoterapeut, og er datter av den spanske diplomaten Eduardo Propper de Calejón og maleren baronesse Hélène Fould-Springer. Helena Bonham Carter har to brødre, Edward og Thomas.