Da den franske revolusjonen brøt ut, forlot den nygifte Masséna hæren etter 14 år. Han hadde da oppnådd tittelen adjutant, det høyeste nivå man kunne få som ikke-adelig. I 1791 kom han tilbake igjen, og gjorde det godt i hæren, der han allerede året etter ble utnevnt til oberst. Etter god innsats i kriger i Nord-Italia ble han utnevnt til brigadegeneral, og senere divisjonsgeneral i desember 1793. I 1796-97 markerte han seg under Napoleon Bonaparte, blant annet da han kjempet ved Rivoli, og så, bare 24 timer senere, ved Favorite, over 50 kilometer unna, med sin divisjon. Bonaparte ga ham tilnavnet , «seierens yndlingsbarn».