I 2006 vendte han atter tilbake til den katolske tro, – blant annet etter at kardinal Tarcisio Bertone hadde oppfortret ham til det. Men allerede samme året gjenopptok han sin kontakt med Enhetskirken og med sin hustru. Alle videre formidlingsforsøk fra Vatikanet var uten noen virkning. Og dessuten foretok Milingo i september 2006 en bispevielse av fem gifte menn i Washington D.C. uten noe pavelig mandat. Dermed beseglet han sitt brudd med den katolske kirke. Den 26. september 2006 ble han erklært ekskommunisert .