Tilnærmingene til pavekirken ble ikke godt mottatt i Genova, den viktigste handelspartneren i Trapezunt. Selv om Johannes fikk hjelp av et genovesisk skip for å overta makten klarte han ikke å betale sin gjeld til dem. I 1441 nektet han å betale erstatning for et skip som var plyndret seks år tidligere. Diplomatiske initiativer i 1443 førte ikke frem, og i 1447 sendte genoveserne ut en flåte mot Trapezunt fra sitt hovedkvarter i Caffa og truet med embargo. Handelen i Svartehavet ble rammet av konfliktene.