Historien om Tomb Raider II handler om den mytiske "Dagger of Xian" et våpen som ble brukt av en keiser i Kina til å befale over soldatene sine. Ved å kaste våpenet inn i eierens hjerte, har våpenet makten til å gjøre bæreren til en drage. I nåtiden, i nærheten av restene av den kinesiske mur, etterforsker Lara Croft legenden om den samme dolken. Hun blir angrepet av en kjeltring som påstår å arbeide for Marco Bartoli, leder for en kult kalt 'Fiamma Nera' som har en besettelse av den gamle historien.