Paraguay debuterte i 1998 i det søramerikanske mesterskapet, der de kom på en godkjent tredjeplass i sin gruppe, bak Ecuador og Argentina. Paraguay viste seg å greie seg uten stygge tap, noe som gjentok seg i 2003, da Paraguay igjen møtte Argentina i puljespillet. Paraguay tapte 0-3, men slo Uruguay, og endte på andreplass i puljen. I neste mesterskap kom Paraguay seg videre etter en enkel gruppe, men i den avgjørende gruppen endte Paraguay sist, altså på fjerdeplass, etter å ha tapt for Uruguay, laget de hadde slått i begge de foregående mesterskapene. Paraguay endte også sist i de Panamerikanske leker i 2007.