UNSC sponser også SPARTAN-II-prosjektet for å skape en elite-gruppe av forbedrede super-soldater, hvis formål er å undertrykke opprørene i det skjulte. I år 2525 blir menneske-verdener angrepet av en teokratisk allianse av fremmede raser, kjent som Pakten. Paktens ledelse erklærer hele menneskeheten som kjettere, og en krenkelse av deres guder – Forløperne – og de begynner en hellig krig. Paktens overlegne teknologi, og mange flere soldater, er avgjørende. Selv om de er effektive, er spartanerne alt for få til å snu konflikten i menneskehetens favør.