Tiltalen gjaldt krigsforbrytelser (basert på folkerett etablert før første verdenskrig) og gjaldt forbrytelser mot menneskeheten etablert av de allierte før rettsoppgjøret i Nürnberg. Folkemord var ikke et eget punkt i tiltalen. Det var omfattende beviser i form av detaljerte skriftlige rapporter om massakrene samt Ohlendorfs nøyaktige forklaring. De fleste tiltalte erkjente de faktiske forholdene og viste generelt lite anger. De forsvarte seg med at de hadde fått ordre ovenfra og var tvunget til å gjennomføre denne. Ohlendorf argumenterte i tillegg med at massedrapene var legitimt selvforsvar som også innebar å drepe barna fordi disse ville vokse opp til å bli fiender av Tyskland. De allierte hadde før rettsoppgjøret i Nürnberg avvist som grunnlag for frifinnelse. Einsatzgruppene var underlagt SS-lederne Heinrich Himmler og Reinhard Heydrich som begge var døde da rettsoppgjøret ble gjennomført. Det er uklart når Einsatzgruppene fikk sine ordrer og hvilket konkret innhold ordrene hadde.