Rizal var av kinesiskmestizo bakgrunn (av blandet kinesisk og filippinsk avstamning), og var født i Calamba i Laguna av ekteparet Francisco Mercado og Teodora Alonzo, som begge tok nye etternavn etter spansk skikk pr dekret i 1849, henholdsvis Rizal og Realonda. Faren kom fra Biñan i Laguna, moren fra kineserkvarteret Meisic i Santa Cruz, Manila. Hans kinesiske aner gikk langs farslinjen tilbake til Jinjiang nær Quanzhou i Fujian fem generasjoner tidligere. Familien beskrives som «velhavende».