Etter sin pilegrimsreise vendte Mansa Musa tilbake til Mali. Her utrustet han flere hundre skip og satte ut for å nå den andre siden av havet, men kom aldri tilbake. Etter Mansa Musa eksisterte Maliriket i rundt 100 år til. Hvorfor Mali gikk i oppløsning vet man ikke, men det antas at det hadde å gjøre med konflikter om arverett til tronen, i tillegg til at flere småkonger forsøkte å løsrive seg fra Mali. Kongedømmet ble således svekket og songhayene øst for Timbuktu overtok snart byen med makt. Mali ble raskt erobret og inkorporert i Songhairiket.