Hans far var en rik landeier, en , og en fremtredende politiker i Sindh, som hadde en gode kontakter med byråkratiet i Britisk India. Som ung gutt flyttet Bhutto til Worli Seaface i Mumbai (daværende Bombay) for å studere ved the Cathedral and John Connon School. Under denne perioden ble han også en studentaktivist i the League's Pakistan Movement. Etter å ha avsluttet high school, gikk Bhutto videre på Premier College Nazamabad i Sindh. I 1943 ble han gift med Shireen Amir Begum gjennom et arrangert ekteskap (hun døde 19. januar 2003 i Karachi). Han forlot henne senere, for å gifte seg på nytt. I 1947 ble Bhutto tatt opp ved University of Southern California.