Etter å ha fullført skolegangen i Bern, studerte Häfliger, sønn av den bolivianske generalkonsulen Johann Friedrich Häfliger, ved École de commerce supérieure i Neuchâtel fra 1903 til 1905. Etter å ha arbeidet i flere handelsbedrifter, ble han salgskorrespondent ved kjemiselskapet Griesheim-Elektron, hvor han i 1924 oppnådde stillingen som assisterende fabrikksjef i Griesheim. Under første verdenskrig ledet han fra 1915 Krigssyreskommisjonen i Berlin.