FUNAI har sin historie tilbake til 1910, da etaten (SPI) ble opprettet, under ledelse av marskalk Cândido Rondon. Rondon etablerte etatens motto: «Dø om nødvendig, men aldri drep». Fundert på hans positivisme ledet Rondon SPI med tanken om at indianerne måtte få anledning til å utvikle seg i sin egen takt. Med statlig hjelp og beskyttelse ville indianerne til slutt integrere seg i det moderne samfunn.