UNFPA er verdens største organisasjon som arbeider med seksuell og reproduktiv helse og rettigheter. Gjennom dette programområdet fremmer UNFPA spesielt FNs Bærekraftsmål nummer 3 (god helse), nummer 4 (god utdanning) og nummer 5 (likestilling mellom kjønnene) og målet om å nå dette innen 2030. Organisasjonen arbeider for å sikre tilgang til et fullt spekter av reproduktive helsetjenester, inkludert familieplanlegging, trygge fødsler og forebygging av farlige aborter. For eksempel kjøper UNFPA inn prevensjonsmidler, arbeider for å utdanne flere jordmødre og legger vekt på opplysning om seksualitet og reproduktiv helse gjennom informasjonskampanjer, rådgivningstjenester og seksualundervisning for unge. UNFPA arbeider også for bekjempelse av kvinnelig kjønnslemlestelse, barneekteskap og seksualisert vold.