Kommisjonen ble ledet av den finske diplomaten Max Jakobson og besto ellers av Uffe Ellemann-Jensen, Paul Goble, Nicholas Lane, Peter Reddaway, Arseny Roginsky og Wolfgang von Stetten. Med utgangspunkt i artikkel 7 i statuttene for Den internasjonale straffedomstolen fikk kommisjonen i oppdrag å granske forbrytelser som arrestasjoner, fengslinger, deportasjoner, tvangsevakuering og drap, omstendighetene rundt forbrytelsene og den historiske bakgrunnen, samt ansvaret for dem. Til støtte for sitt arbeid ansatte kommisjonen estiske historikere som gransket arkiver i Estland og utlandet.