Etter andre verdenskrig tjenestegjorde Woodhouse som andresekretær ved den britiske ambassaden i Athen fram til 1946. Han returnerte deretter til Storbritannia og engasjerte seg i ulike industrielle og akademiske roller. Woodhouse jobbet ved den britiske ambassaden i Teheran fra 1951 til 1952 og spilte en avgjørende rolle i organiseringen av kuppet i Iran i 1953. Senere, fra 1955 til 1959, tjenestegjorde han som generalsekretær ved Royal Institute of International Affairs.