Gjennom store militære seire i nabolandene tvang han dem til å inngå fredsavtaler og allianser med Frankrike. I et forsøk på å tvinge Storbritannia i kne innførte han kontinentalblokaden mot øystaten, der alle allierte land i det kontinentale Europa forpliktet seg til å delta. Men Russland brøt blokaden,og Napoleon svarte med å marsjere mot Russland. Han angrep Russland 24. juni 1812. Russerne trakk seg tilbake mot Moskva. De ble ledet av general Barclay de Tolly og senere av general Kutusov. På veien brente de ned byene slik at de ikke etterlot noe til franskmennene, også kjent som «den brente jords taktikk». Da Napoleon og hans hær nådde Moskva, var byen forlatt av tsaren, hans soldater og byens innbyggere, og samme natt begynte byen å brenne. Vinteren hadde satt inn med sterk kulde og Napoleon måtte trekke seg tilbake. Rundt soldater døde i vinterkulda, både av forfrysninger og i bakholdsangrep fra russerne under tilbaketrekningen. Etter en natt kunne man våkne opp til et helt kompani med døde, frosne soldater foran et sluknet leirbål. Invasjonen av Russland ble Napoleons alvorligste nederlag.