En tid blomstret det kirkelige livet – i romersk-katolsk mening – under delvis gode biskoper, framfor alt under den fromme og lærde Laurentius i Hólar (1324–1330). To nye klostre ble grunnlagt og Island fikk sin tredje helgen, Gudmund Arasson. Over tid ble likevel kirken stadig mer verdsliggjort og årbøkene ble fylt med beretninger om kirkelige prosesser, samt om usedeligheter og griske biskoper. Disse var generelt utlendinger, som den tyskfødte Jöns Gerekesson som tidligere var blitt fordrevet fra Uppsala i Sverige. Under de ytterst herskelystne biskopene Olaf (1459–1499) og Gottskálk (død 1520) i Hólar samt Stefan i Skálholt (1491–1519) nådde misbruket sitt høydepunkt, og et forsøk fra lekmenn på å begrense deres makt ble mislykket da 23 nord-vestlandske bønder fattet den såkalte Leiðarholmsbeslutningen i 1517, men ikke fikk få støtte fra det øvrige folket eller fra kongens ombudsmann.