På begge sider av grensen arvet de to nye regjeringene en etnisk konflikt med væpnede elementer av afarfolket, som var organisert som militsen av Derg-styret, etter etableringen av den autonome regionen for Assab på 1980-tallet. Afarfolket bor hovedsakelig i Danakilørkenen i Afarregionen i nordøstlige Etiopia, dels i Djibouti og i Eritrea. Mot nord på ørkenen lå en av de få fruktbare landområdene for landbruk i Afarregionen, sletten Bada med elven Wadi Ragalu som fylles med regnvann hvert år under monsunen. Sletten med det tørre elveløpet i midten deles mellom Eritrea og Etiopia.