Krigen mellom baglerne, som var støttet av kirken, og birkebeinerne varte resten av kong Sverres regjeringstid. Baglerne klarte hverken å kaste Sverre fra makten eller drepe ham, men heller ikke Sverre greide å få en avgjørende seier mot baglerne. Baglerne og kirkens menn sto bak store herjinger i Trøndelag, der krigen var spesielt bitter. Da Sverre døde av sykdom i Bergen i 1202 var han den første kongen i Norge som døde av naturlige årsaker siden Sigurd Jorsalfare i 1130. Hans siste handling var å gi sin sønn og arving, Håkon Sverresson, det råd om å komme til en enighet med kirken. Håkon ble tatt som birkebeinernes nye konge, og biskopene kom tilbake til Norge og løste landet fra interdikt, noe som hadde vært umulig så lenge kong Sverre levde. Fratatt det meste av sin støtte ble baglernes kongsemne, Inge, drept senere samme år.