Lis Jacobsen var datter av nasjonalbankdirektør Marcus Rubin (1854–1923), og ble gift med filologen Jacob Peter Jacobsen (1869–1918). Hun tok lærereinneeksamen i 1903, og begynte deretter å studere nordisk filologi ved Københavns Universitet. Hun ble Danmarks første kvinne som tok doktorgraden i 1910. Hennes spesialområder var nordisk filologi og runologi. Hun var medlem av Det Danske Sprog- og Litteraturselskab, og fra 1915 fikk hun overdratt arbeidet med å utgi . På grunn av sin jødiske avstamning måtte hun fra 1943 til 1945 oppholde seg i Sverige. Fra 1952 til 1953 ledet hun redaksjonen av .