Amu-Darja var tidligere seilbar over 1450 km, fra Aralsjøen til Termiz, men de nederste strekningene (nedstrøms Turkmenabat) er nå ikke lenger seilbare på grunn av elvas reduserte vannføring. Men selv før dette var båttrafikken på Amu-Darja beskjeden, på grunn av dens skiftende og ustabile elveløp.