Peter II allierte seg med England, fastsatte Portugals uavhengighet med signeringen av fredsavtalen i Lisboa i 1668, noe som avsluttet den portugisiske etterfølgerkrigen mot Spania. I krigen, som begynte i 1640,, hadde Portugal betydelig støtte fra England basert på ekteskapsbetingelsene mellom Karl II av England og portugisiske prinsesse Katarina av Braganza. Alliansen med England var avgjørende for å befeste Peter IIs maktposisjon. Han forsøkte også å sentralisere monarkiet og minske makten til den portugisiske adelen som hadde økt etter kong Johan IVs død. Under Peters regjering forbedret Portugals posisjon seg, ikke minst økonomisk. Peter II fikk tilnavnet , «Stillehavet».