De danske forskerne som beskrev arten, plasserte den i en monotypisk slekt og mente at var de nærmeste slektningene. Både morfologiske trekk og analyse av mitokondrielt DNA viser derimot at arten hører til midt i slekten . De nærmeste slektningene er , som lever oppe i dagen i det samme området, og den delvis grottelevende fra Den arabiske halvøy. Den somaliske hulefisken hører til en annen gren av .