Sommeren 1961 kjøpte Merckx sin første racinglisens og konkurrerte i sitt første offisielle en måned etter at han fylte seksten, og kom på sjetteplass. Han syklet i tolv til før han vant sitt første, på Petit-Enghien, 1. oktober 1961. Om vinteren etter sin første seier, trente han med den tidligere syklisten Félicien Vervaecke på den lokale velodromen. Merckx vant sin andre seier 11. mars 1962 i et kermis-. Merckx konkurrerte i 55 i et av kalenderåret 1962; etter hvert som han viet mer tid til sykling, begynte karakterene hans på skolen å synke. Etter å ha vunnet den belgiske amatørtittelen på landeveis, avslo Merckx et tilbud fra skolens rektor om å få utsatt eksamen, og droppet ut av skolen. Han avsluttet sesongen med 23 seire.