Siden 1100-tallet ble Jena styrt av Lobdeburg-slekten som i 1230 gav Jena bystatus og som kort tid deretter bygde en bymur. Byens selvstyre ble utvidet med et råd 1275. Borgerskapet fikk god avkastning gjennom den oppblomstrende vindyrkingen. I 1286 oppførte dominikanerne sitt kloster og i 1301 bygdes cistercienserklosteret for nonner ved Mikaelskirken. Lobdeburg-slekten ble stadig svakere, og grevene av Schwarzburg og Wettin dukket opp. Fram til 1331 tok Wettinerne kontrollen over byen og gav Jena 1332 de gothaiske byrettighetene. I 1414 ble karmelitterklosteret grunnlagt. Byens velstand viste seg gjennom nybyggingene av Mikaelskirken 1380–1390 og rådhuset på slutten av 1300-tallet. Fra 1423 tilhørte Jena kurfyrstedømmet Sachsen, da Wettinerne ble kurfyrster etter at askanierne var utdødd. Selv etter i 1485 fortsette Jena å være i kurfyrstedømmet Sachsen.