Fra 1943 kom Kersten også til å være i lengre perioder i Sverige, som han vel aå ble å betrakte som bosatt i, først etter innbydelse av Svenska Tändsticksaktiebolagets administrerende direktør Axel Brandin, etter at Kersten hadde engasjert seg for de såkalte Warszawasvenskene, en gruppe svensker som arbeidet i Polen og som fungerte som kurerer mellom den polske motstandsbevegelse og den polske eksilregjering i London. Ved sin innflytelse hos Himmler kunne Kersten redde svenskene fra henrettelse.