Bondevik fikk allerede ved oppveksten en sterk tilknytning til den kristne legmannsbevegelsen, i tillegg til politiske impulser fra sin onkel Kjell Bondevik, som var parlamentarisk leder av KrF på 1960-tallet. I 1965 meldte Bondevik seg inn i KrF, og ble allerede tre år senere valgt til nestleder i Kristelig Folkepartis Ungdom. Bondevik har seinere selv uttalt at han regner seg som en sekstiåtter, og at han ved å ha blitt påvirket av den radikale vinden i tiden bidro til å radikalisere KrFU. «For oss kristne var kirkemøtet i Uppsala skjellsettende, der internasjonal fattidom, miljø- og ressursspørsmål sto på dagsordenen. Dette ansporet oss unge til ganske radikale standpunkt.» Tankene som han delte med en del andre unge i partiet førte uansett KrF inn i en ny ideologisk plattform, hvor man ikke ville definere seg som verken borgerlig eller sosialistisk, men heller som et eget "tredje alternativ".