I seinmiddelalderen stagnerte veksten, og bybrannene i 1481 og særlig 1531 innledet en periode med tilbakegang. Landets siste erkebiskop – Olav Engelbrektsson – prøvde å hindre den danske innflytelsen i landet, og i 1531 satte en dansk troppestyrke fyr på Erkebispegården, og domkirken og mye av byen brant. Ved reformasjonen i 1537 mistet byen sin status som Norges kirkelige sentrum.