Eustace deltok selv ikke i selve korstoget, men han nevnes i 1206 som en av aristokratene fra Flandern som ble bedt av Balduin og Henrik om å komme til Konstantinopel. I 1208 ble han sendt til Rodopifjellene på grensen mellom det nåværende Hellas og Bulgaria hvor han støttet sin bror keiser Henriks bulgarske allierte Alexius Slav som var i opposisjon til den bulgarske tsar Boril. Sommeren 1209 måtte Henrik slå ned et opprør blant den lombardiske adelen i Kongeriket Thessaloniki, og Eustace ble, sammen med den tysk-frankiske adelsmannen Berthold von Katzenelnbogen, utnevnt til regent i kongeriket som var en vasallstat under keiseren.