Under hele domkirken ble det innredet en krypt. Arno Berg går så langt at han kaller den «praktfull». Høyden fra gulv til tak er ujevn og varierer fra 260 cm til 275 cm, det er altså relativt høyt under taket. miniatyr|«Generalmajor Fr. Ferd. Hausmanns Marmorsarkofag i Vor Frelsers Kirkes Kjælder.» Tegning av Andreas Bloch, fra Alf Colletts bok utgitt i 1893. Den første som ble gravlagt i krypten var tidligere nevnte Just Høeg. Han døde før kirken var ferdig – i 1694 – og ble i mellomtiden oppbevart i Akers kirke. Da han ble overført til domkirken fikk han et hvelvet rom som lå under det sydlige hjørnet i koret. I gravåpningen ble det montert en smijernsport av ypperste kvalitet. Antagelig ble også hans enke Karen Krabbe gravlagt i krypten etter sin død i 1702. Samme år som kirken ble innviet fastsatte kongen takster for begravelser i krypten. Gravkammeret ved siden av Høegs hadde en pris på 200 riksdaler. De øvrige plassene ble rimeligere; prisen varierte fra 80 til 20 riksdaler. Kirsten Toller kjøpte kammeret ved siden av Høegs, og noen år senere ble hennes svigersønn Casper Hermann Hausmann stedt til hvile der. Hausmann var for øvrig halvbror av Ulrik Fredrik Gyldenløve. Hausmanns sarkofag er utført av billedhuggeren Johan Christopher Sturmberg. Sturmberg er kunstneren som utførte Christian Vs og Charlotte Amalies sarkofager i Roskilde domkirke.