Hun ble født i New York til foreldrene Fausto Wagner Xavier Aguilera og Shelly Loraine (pikenavn Fidler). Faren hennes er født i Ecuador. Aguileras far var voldelig mot moren, henne selv og søsteren hennes, noe som har preget mye av musikken hennes. Foreldrene hennes skilte seg da hun var sju, og sammen med søsteren sin, Rachel, og moren flyttet de til Aguileras bestemor i Pittsburgh. Det var bestemoren som først oppdaget hennes sangtalent da hun sang for bamsene sine før hun skulle legge seg.