Høykongen er underlagt keiseren i Imperiet, og i sentralt i spillet står borgerkrigen som foregår mellom "Stormcloak"-opprørerne og Imperiet. Man får ta del i borgerkrigen ved å ta parti med enten "Stormcloak"-opprørerne, som kjemper for Skyrims autonomi, eller styrkene fra Imperiet, som er tilstede for å bekjempe Skyrims opprørere og gjenopprette fred i provinsen. Spillets verden vil endre seg ettersom du gjør fremskritt med en av fraksjonene.