Sesongen 2004 spilte Škrtel 7 seriekamper. Sesongen etter fikk han 18 kamper i serien, 15 av disse i startoppstillingen, noe som endte med 1 mål for slovaken. Sesongen 2006 fikk Škrtel 26 kamper og 1 mål, dette året startet han samtlige av seriekampene han spilte i. Hans siste sesong (2007) endte med 23 kamper, 1 seriemål og seriemesterskap for slovaken.