På en synode i 640 fordømte han monoteletismen. Også hans umiddelvare forgjenger, pave Severinus, hadde fordømt denne lære. Straks etter synoden tok keiser Heraklius avstand fra det monoteletittiske dokument kjent som «Ecthesis». Til Heraclius' sønn, keiser Konstantin III, rettet Johannes et forsvar av pave Honorius I. Der avviste han forsøkene på å knytte pave Honorius' navn med monoteletismen. Honorius, fremholdt han, hadde da han talte om at Jesus var av én vilje, bare ment at det ikke var i Ham to viljer i motsetningsforhold til hverandre.