Ved denne tiden hadde Cromwell også begynt å krangle med generalmajor Lawrence Crawford, en skotsk presbyteriansk konvenanter, tilknyttet Manchesters hær og som protesterte mot Cromwells oppmuntring av uortodokse uavhengige puritanere og anabaptistere. Cromwells stridigheter og uenigheter med skottene, den gang allierte med parlamentet, utviklet seg til direkte fiendskap i 1648 og i 1650–1651.