Det ble derfor igangsatt en redningsaksjon for Emin Pasha, ledet av Henry Morton Stanley. Ekspedisjonen la ut fra Zanzibar tidlig i 1887 og reiste via Cape Town med dampbåt til Vest-Afrika. Den reiste opp Kongofloden og deretter gjennom Ituriskogen. Dette var en særs vanskelig rute, og to tredjedeler av ekspedisjonen gikk tapt. Stanley møtte Emin i april 1888, men det tok et år å overtale Emin til å bli med videre. De kom til Bagamoyo i 1890. Under feiringen av ankomsten ble Emin hardt skadet, da han gikk ut gjennom et vindu han trodde var utgangen til en balkong. Han måtte tilbringe to måneder på sykehus, mens Stanley returnerte alene til Europa.