I første runde av presidentvalget 15. oktober 2006 kom han på andreplass med 22,84% av stemmene, bak Álvaro Noboa som fikk 26,83%. I andre runde, 26. november 2006, fikk han 56,67% av stemmene, og ble valgt til landets president. Han tok over 15. januar 2007.