Flyvertaktisk Kommando svarte til Søværnets Operative Kommando og Hærens Operative Kommando. Hovedsetet var siden etableringen plassert på Flyvestation Karup. Flyene var dog fordelt mellom Karup og Flyvestation Aalborg, Flyvestation Skrydstrup og Roskilde Lufthavn. I alt beskjeftiget selve FTK 300 ansatte, men rådet samlet over 8 000 ansatte i Flyvevåbnet.