Den egyptiske stat etablerte museet, det første bygget oppført i 1835 nær Ezbekeyah-hagene. Etter hvert ble dette byggverket for lite til å innholde alle gjenstandene. I 1855 gav den egyptiske regjering alle artefaktene til erkehertug Maximilian av Østerrike ; de er nå i Kunsthistorisches Museum i Wien.