Situasjonen i Ndongo forverret seg med den økende innflytelsen fra Portugal. Befolkningstallet falt som følge av slavehandelen. Det er anslått at rundt 10 000 slaver i året ble sendt fra Ndongo-området til kolonier i Amerika. Naboriket til Ndongo, Matamba, hadde også en rolle i denne handelen. De støttet Portugal i slavehandelen og ble styrt av dronning Njinga, som hadde flyktet fra Ndongo, men fremdeles hevdet krav til landets trone.