Hvert lag hadde 52 spillere i stallen, hvorav noen var valgt basert på et territorie-draft. Territoriet for hvert lag bestod av minst fem universiteter med profesjonelle lag, et lag fra Canadian Football League, samt fire NFL-lag (spillere fra universiteter utenfor AAF-territorier ble tildelt basert på deres siste profesjonelle lag). Kun én quarterback kunne bli tatt fra deres region. Det ble avholdt et "Protect or Pick"-draft for quarterbacks for den første sesongen hvor lag kunne velge om de ville beholde sin tildelte quarterback, eller velge en ubeskyttet quarterback fra et annet lag. TV-sendinger hadde ingen timeouts for reklamer, og 60% færre "full-skjermsreklamer". Ligaen ønsket å ha kamper som varer i 150 minutter, ned fra like over 180 i NFL. AAF søkte heller høyere priser på gjenværende reklametid, og hadde luftet planer om muligheter for produktplassering som ikke skulle forstyrre tv-sendingen. Man kunne ikke få ekstrapoeng fra spark; lag var nødt til å forsøke en two-point conversion etter touchdown. Forsvar kunne ikke rushe mer enn fem spillere forbi line of scrimmage, og ingen forsvarere kunne blitze (krysse line of scrimmage) fra mer enn to yards utenfor angriperenes tackles. Straffen for "ulovlig forsvar" var 15 yards. Det fantes ingen kickoffs; lagene begynte alltid på sin egen 25-yard linje etter halftime, touchdowns og field goals, samme som ved en touchback i NFL. Etter en safety fikk laget som scoret ballen på sin egen 35-yard linje. Istedenfor en onside kick kunne et lag beholde ballen ved å prøve et vanlig play fra sin 27-yard linje hvor de beveger seg minst 12 yards. Regelen krevde først en opptjening av 10 yards fra 35-yard linjen. Et lag kunne ikke prøve dette etter et field goal eller en touchdown med mindre de lå minst 17 poeng bak, eller om det var mindre enn fem minutter igjen av kampen. Det var også lov å prøve en onside conversion etter en safety, da fra 18-yard linjen. Spillklokken var kun på 35 sekunder, fem sekunder kortere enn i NFL. Ligaen foreslo først en spillklokke på 30 sekunder,, men Ebersol konkluderte med at dette ville ha en negativ effekt på kampens kvalitet. Spillere kunne ikke kaste ballen til tilskuerene, eller gi den til en tilskuer etter en touchdown. Ballene (produsert av Wilson Sporting Goods) inneholdt dyr sporingsteknologi. Straffen for dette var usportslig oppførsel, en straff på 15 yards, og dersom dommeren mente det var med vilje kunne spilleren også få en bot. Dersom det var andre gang spilleren ble dømt for usportslig oppførsel risikerte han å bli diskvalifisert. Trent Richardson fra Birmingham Iron fikk en straffe i den første uken av AAF da en ball han kastet i bakken etter en touchdown spratt opp i tribunene. AAF bestemte senere at det var et uhell, og at han ikke skulle få en bot. Hvert lag fikk to challenges, som utgjorde de eneste tilfellene av videodømming. Man kunne ikke utstede en challenge i løpet av de siste to minuttene av hver halvdel eller på overtid, da disse var automatiske. En tredjepart håndterer protokoller for spilleres hodesikkerhet. Dersom en kamp endte uavgjort skulle det spilles én ekstraomgang som fulgte "Kansas Playoff"-regler. Hvert lag skulle da begynne på motstanderens 10-yard linje og få én possession (4 downs) til å skåre, hvor field goals ikke var tillatt. Dersom det fremdeles var uavgjort etter begge lagenes forsøk avsluttes kampen som uavgjort. Begge lagene fikk én timeout per omgang. Vinneren av myntkastet avgjorde hvem som angrep først. Hadde AAF nådd sluttspillet var det usikkerhet rundt hvilket system som skulle tas i bruk; tidlige rapporter sa at de kom til å ta i bruk flere runder av Kansas Playoff frem til de fant en vinner, men senere rapporter påstod at AAF kom til å bruke sudden death ("golden point"), som hadde blitt avviklet på alle andre nivåer av amerikansk fotball innen AAF debuterte. Sluttspillet skulle bestå av fire lag, de to beste fra hver divisjon. Det var et niende medlem på dommerlaget, en "sky judge" som gikk over hvert play på samme måte som en booth review. Denne domeren kunne utstede eller trekke tilbake straffer fra dommernee på banen.