Den såkalte «væpnede motstanden» har gjennomført systematiske overgrep, spesielt mot sjiittiske sivile, men også mot ikkemuslismke minoriteter som kristne, yezidier, mandeere m. fl.. Dette har ført til tusenvis av dødsfall (over 400 000 ifølge ), samt store antall lemlestede og en utbredt utrygghet. Blant overgrepene fra «motstandsbevegelsen» er kidnapping, mishandling og brutale henrettelser på journalister, helsepersonell, politirekrutter, og andre ikke-stridende. Mange slike overgrep er filmet og lagt ut på internett.