Universitetets historie går tilbake til 1562 da det ble det opprettet en jesuittisk grammatikkskole i Innsbruck av av jesuittpresten Petrus Canisius (Pieter Kanijs), i dag kalt Akademisches Gymnasium Innsbruck. Det ble finansiert av saltgruvene i Hall in Tirol, og ble gitt nytt charter som universitet fire fakulteter den 15. oktober 1669 av keiser Leopold I. Det mistet senere sin universitetsstatus, men reetablert som Universitetet i Innsbruck i 1826 av keiser Franz I. Universitetet er derfor oppkalt etter begge sine grunnleggere med den offisielle tittelen .