Allen ble født i Seattle i Washington den 3. februar 1959 til læreren Edna Faye (født Gardner) Allen og Kenneth Sam Allen, en associate director på University of Washington Libraries. Storebroren Paul skulle senere bli en av grunnleggerne av Microsoft Corporation. Hun vokste opp i Wedgwood-nabolaget i Seattle og gikk på Lakeside School frem til 1975. Hun studerte drama på Whitman College i Walla Walla i Washington.