Steve Zissou (spilt av Bill Murray) er mannen som tok verden med storm med sine dokumentarfilmer fra undervannsverdenen. Nå er talentet hans forsvunnet, og filmene hans flopper på kinomarkedet. Hans siste film er intet unntak. Selv om Steves beste venn ble drept i et haiangrep, vekker filmen med disse scenene ikke interesse hos publikum.