Etter å ha startet -sesongen med et 29–19 nederlag mot Minnesota Vikings under sprett Brees tilbake mot New England Patriots i uke 2. Saints tapte kampen, men Brees fullførte 27 av 45 pasninger for 356 yards og to touchdowns. I uke 10 mot Buffalo Bills hadde Brees bare 184 pasningsyards, men med 298 yards på løp vant Saints kampen 47–10. Tre uker senere forbigikk han Peyton Manning for andreplass i fullførte pasninger i en spillers karriere i en 31–21 seier over Carolina Panthers. Den 19. desember 2017 ble Brees utvalgt til sitt 11. Pro Bowl. Brees ble den tredje spilleren til å nå 70 000 pasningsyards i uke 16 mot Atlanta Falcons, og var den kjappeste til å nå milepælen etter 248 kamper. I samme kamp sikret han også sin 12. sesong med 4 000 yards på rad, og avsluttet kampen med 239 pasningsyards, en touchdown og en interception i en 23–13 seier. Brees avsluttet sesongen ved å sette en NFL-rekord med 72% fullførte pasninger. Han ledet også ligaen i fullførte pasninger (386) og yards per pasningsforsøk (8,1), og var nummer to i passer rating (103,9).