Masséna stammet fra en småbondefamilie som hadde bodd i området rundt Nice siden 1500-tallet. Faren, Jules Masséna, var vinbonde og vinhandler, og moren Cathrine Fabre kom fra en småborgerlig familie i Nice. Det er uklart hvor navnet Masséna kommer fra. Én forklaring har vært at det kan tilbakeføres til den jødiske navneform , men denne antakelsen er omstridt. Den franske historikeren J. Valynseele antar at navnet er opprinnelig provencalsk, fra «en ukjent» ().