I årene 1996-1998 ledet han arkeologisk feltarbeid på øya Kaashidhoo på Maldivene, der ca. 1800 kvadratmeter av et buddhistkloster fra perioden 300-1200 e.Kr. ble gravd ut. For tiden arbeider Mikkelsen dels med materialet fra Maldivene, dels med religionsarkeologi (islam og tidlig kristen misjon i Norge). Mikkelsen har holdt gjesteforelesninger ved universitetene i Bergen, Tromsø, Stockholm, Lund, Århus, København, Riga og Colombo (Sri Lanka). Planlegging av nytt Kulturhistorisk museum har lenge preget Mikkelsens museumsengasjement; på 1980-tallet med fokus på Bygdøy, på 1990-tallet med planer for utvidelser på Tullinløkka og fra 2000, planer for et samlet museum i Bjørvika. Mikkelsen har hatt flere verv i styrer, råd og utvalg ved Oldsaksamlingen og UiO. Han har sittet i tre utvalg/styrer som har utredet nytt middelaldermuseum i Oslo. For Miljøverndepartementet deltok han i 1992 i utarbeidelsen av en plan for . Han har vært generalsekretær i Norsk Arkeologisk Selskap 1989-2015 og medlem av redaksjonen i selskapets tidsskrift 1982-2012 og har også sittet i redaksjonen av seks andre arkeologiske tidsskrifter/serier. Han har vært medlem av styret for Oslo Promotion AS 1997-2002, Kon-Tiki Museet 1998-2006, for Jugendstilsenteret i Ålesund 2000-2004 (styreleder 2003-2004), Oslo Middelalderfestival (2007-2012) og i styret for foreningen Middelalder-Oslo 2012-2015. Han har også sittet i styret for siden 2006. Mikkelsen ble utnevnt til æresmedlem i Norsk Arkeologisk Selskap i 2016.