Rundt 120 000 mann ble mobilisert under denne konflikten, og av disse ble rundt 3 500 drept. Til sist oppga den seierrike keiserlige fraksjonen sitt mål om å forvise utlendingene fra Japan, og gikk isteden over til en politikk for å fortsette moderniseringen med det nye mål om kunne forhandle på nytt de ulikeverdige traktater med de vestlige stormaktene. Grunnet motstand fra Saigō Takamori, en framtredende leder av den keiserlige fraksjonen, ble de som var lojale til Tokugawa vist nåde, og mange tidligere ledere av shogunatet ble senere gitt ansvarsposisjoner under den nye regjeringen.