Stedet ble først bosatt rundt 3600 f.Kr. og vokste til en liten befestet by rundt 3000 f.Kr. I løpet av sine fire tusen år med eksistens ble Troy gjentatte ganger ødelagt og gjenoppbygd. Som et resultat er det arkeologiske stedet som har blitt igjen delt inn i ni lag, som hver tilsvarer en by bygget på ruinene av den forrige. Arkeologer refererer til disse lagene ved å bruke romertall. Blant de tidlige lagene er Troya II kjent for sin rikdom og imponerende arkitektur. I løpet av sen bronsealder ble Troya kalt Wilusa og var en vasal av hettittiske imperiet. De siste lagene (Troya VIII-IX) var greske og romerske byer som i sine dager fungerte som turistattraksjoner og religiøse sentre på grunn av deres kobling til mytiske tradisjoner.