Etter et uredelig gjennomført valg i 1965 kom det på nytt til stridigheter mellom ulike fraksjoner i regjeringen. Det kom også til regionale opprør, hvorav Simbaopprøret var det største. Tshombe kastet sin motstander Justin Bomboko i fengsel, men presidenten svarte i oktober 1965 med å avsette Tshombe.