Både den gang og i dag var vikunjaen verna av lovverket, men i en periode gikk det for seg mye ukontrollert krypskyting, slik at populasjonen falt til omkring 10 000 dyr på 1960-tallet. Etter at ble det satt inn vernetiltak både i Peru og Chile, har bestanden kommet opp mot 200 000 dyr igjen, hvorav cirka 120 000 i Peru. Selv om tallet virker komfortabelt, er arten klassifisert som sårbar av Verdens naturvernunion og som truet av U.S. Fish and Wildlife Service .