Hans prestasjoner for Birmingham i Premier League i 2002/03 førte til at han ble tatt ut sin første landslagstropp under Sven-Göran Eriksson i kampen mot Sør-Afrika i mai 2003. Mens han spilte for Birmingham spilte han 7 landskamper for England. Når Fabio Capello ble trener for England i 2008, ble Upson tatt ut i den første troppen, og han dannet også midtstopperpar med Rio Ferdinand i sin åttende landskamp, som var den første på fire år. Hans første mål for England ble scoret mot Tyskland i en 2-1 seier i november 2008.