Roger ble ikke sterkt involvert i striden mellom kong Henrik II av England og Becket før i 1170 da kongen fikk Roger til lede kroningen av hans sønn Henrik den unge konge, en funksjon som normalt ville ha blitt utført av erkebiskopen av Canterbury. Becket ekskommuniserte Roger som straff i slutten av 1170, og ekskommunikasjonen har blitt vurdert som en grunn for kongens raseri som førte til at Becket ble myrdet, og påfølgende martyrdom. Etter å ha blitt suspendert fra sin posisjon av paven for sin påståtte rolle i Beckets død fikk han til slutt sin sete tilbake i slutten av 1171, og han døde ti år senere, i 1181. Etter hans død forble York erkebispedømme ledig fram til 1189.