Maria var innblandet i babingtonkomplottet, også det i 1586, en plan som gikk ut på å sette den tidligere skotske dronningen på den engelske tronen etter å ha myrdet Elisabeth I. Elisabeth hadde tidligere spart Marias liv etter ridolfikomplottet, men kunne ikke lenger tolerere faren som truet. Resultatet var at Maria ble henrettet for sine ugjerninger i 1587. Hadde det ikke vært for testamentet til Henrik VIII, ville Jakob vært arving til den engelske tronen.