Søndag 7. mai 2006, ble El-Fatah arrestert under gjennomføringen av en fredelig demonstrasjon for et uavhengig egyptisk rettsvesen. El-Fatah ble arrestert, sammen med at flere andre bloggere og demokratiske aktivister. Fatah ble løslatt etter å ha tilbrakt 45 dager i fengsel. Både El-Fatah og hans kone Manal uttalte i media at de ville fortsette sine protest-aksjoner mot de egyptiske myndighetene selv om det betydde at de risikerte å bli fengslet igjen.