Macron er sønn av to leger. Faren Jean-Michel Macron er professor i nevrologi; moren Françoise Macron-Noguès er rådgivende lege ved den lovfestede sosialforsikring. Da han var 16 år gammel vant Macron en offentlig tevling i det franske språk og senere tredjeplass i klaverspill ved konservatoriet i Amiens. Han tok sitt baccalauréat ved Lycée Henri IV i Paris.