Yuán Chónghuàn ble født i Dongguan i Guangdong, sør i Kina. I barndommen flyttet Yuán fra by til by, og underveis ble han kjent med mange jesuitter og andre utlendinger. Selv om han hadde liten suksess da han gjentatte ganger tok den kinesiske embedsmannseksamen, kunne han på sine reiser til hovedstaden se langt mer enn den typiske eksaminand. Enkelte sier at det var der han ble kjent med europeere, og at de sammen brukte tid til å modifisere vestlige kanoner.