Da andre verdenskrig brøt ut, var kaptein Øen lufthavnsjef på nyåpnede Fornebu flyplass utenfor Oslo. Da det ble klart at Norge var under angrep bega Øen seg til sitt mobiliseringssted, Kjeller flyplass. Der var alle flyene allerede evakuert, så Øen reiste videre nordover og sluttet seg til luftforsvarsstaben som da befant seg ved Mjøsa. Den 14. april 1940 ble han utnevnt til midlertidig sjef (generalinspektør) for Hærens flyvåpen.