Pholidota splittet trolig i to linjer (afrikanske og asiatiske skjelldyr) for cirka 37,9 millioner år siden, etter at grenene som førte fram til henholdsvis rovpattedyrene (Carnivora) og skjelldyrene splittet i to klader fra Ferae for omkring 78,9 millioner år siden. Skjelldyr og rovpattedyr er altså hverandres nærmeste nålevende slektninger. Store og små afrikanske skjelldyr splittet lag for omkring 22,9 millioner år siden. Videre oppsto delgruppen Maninae for cirka 12,9 millioner år siden, Phatagininae for cirka 13,3 millioner år siden, og Smutsiinae for cirka 9,8 millioner år siden.