Elven har sitt utspring i området mellom Ortasjøen og Maggioresjøen. Den renner så inn i provinsen Novara, provinsen Pavia, Lomellina (i kommunene Castello d'Agogna og Lomello), og mottar Erbognone fra venstre. Agogna munner ut i Po ved Balossa Bigli, en del av kommunen Mezzana Bigli.