Stein Mehren var sønn av lege og tannlege Haakon Mehren (1910–38) og Solveig Marie Klaveness Bjerke (1908–55), og fikk senere Einar Friis Jarøy som adoptivfar. Han studerte realfag i Oslo og München, engelsk språk og litteratur ved University of Cambridge, og siden filosofi og religionshistorie i Oslo.