Jenisejsk ble grunnlagt i 1619 palisadert by. Det var den første grunnlagte byen ved elva Jenisej. Den spilte en viktig rolle i den russiske koloniseringen av Øst-Sibir på 1600- og 1700-tallet. Dens gamle bydel er av den russiske regjeringen inkludert på landets foreløpige verdensarvliste.