Vyntra begynte proffkarrieren sin i fotballklubben Paniliakos i 1999, men gikk til Veria i 2000. I 2001 kom han tilbake til Paniliakos og spilte fast for dem inntil han ble kjøpt av topplaget Panathinaikos i 2003/2004-sesongen. Han var med på å vinne den greske serien og cupen den samme sesongen, men spilte bare fem seriekamper. Sommeren 2007 var tyske Hertha Berlin interessert i å kjøpe Vyntra, men Panathinaikos avslo dette. Han scoret mot Sevilla i UEFA-cupen i 2004/2005-sesongen. De første to ligamålene sine for Panathinaikos scoret han mot PAOK Thessaloniki den 8. februar 2009. Han har for det meste spilt høyreback for Panathinaikos, men siden 2008/09-sesongen har han blitt mer brukt som midtstopper, og til tider også som venstreback. I 2013 skiftet han til den spanske klubben Levante.