Bertel Haarder fikk hjemmeundervisning i folkeskolen. Etter studentereksamen ved det statlige gymnaset i Sønderborg i 1964 hadde han et års studieopphold i USA. Han er kandidat i statsvitenskap fra Aarhus Universitet, med spesialisering i Grundtvigs frihetssyn, fra 1970. I studietiden var han dirigent i studenterrådet i to år og formann i Venstres Studenter i Aarhus i 1968. Etter universitetet hadde han en studiereise i Sørøst-Asia i 1971.