I Håkon Håkonssons saga finner vi den første omtale av Troms i skrevne kilder: «Han lod gjøre Kristkirken i Trums kristnede der kirkesognet». Kong Håkon døde i 1263 og det antas at kirken ble bygd midt på 1200-tallet. – Det har også vært antatt at festningsanlegget på Skansen er fra samme periode, men om dette er det uenighet. Det antas at kirken i Tromsø har hatt beliggenhet ved Prostneset i sentrum hele tiden, hvor de eneste spor etter eldre kirker i Tromsø er funnet. Muligens lå den ved Skansen, som ble bygget omtrent samtidig, men det finnes ingen spor som kan bekrefte dette.