Kaczyński ble født den 18. juni 1949 i Żoliborz i Warszawa. Faren var Rajmund, en ingeniør som tjenestegjorde i Armia Krajowa under den andre verdenskrig og veteran fra Warszawaoppstanden. Moren Jadwiga, som var utdannet filolog fra Det polske vitenskapsakademiet og medvirket i Warszawaoppstanden i 1944. Som barn var han med i en polsk film fra 1962; «De to som stjal månen» (polsk:«O dwóch takich, co ukradli księżyc») sammen med sin tvillingbror.