Sebastian ble født den 20. januar 1554, det vil si på Sankt Sebastians dag, derav navnet. Kort tid etter fødselen fikk han stilt sitt horoskop av doktor Fernando Abarca Maldonado, som kom til Portugal i følget til hans mor, og sannsynligvis hjalp til med fødselen. Blant det som Maldonado forutså var at Sebastian ville bli attraktiv for damene, bli gift og få mange barn. Alt viste seg være så langt unna sannheten som det kunne bli.