Brú na Bóinne er omgitt på sine sørlige, vestlige og østlige sider av elven Boyne; i tillegg renner en liten sideelv til Boyne, elven Mattock, langs den nordlige kanten, og omgir Brú na Bóinne nesten fullstendig med vann. Alle unntatt to av de forhistoriske stedene er på denne elvehalvøya.