Mellom de religiøse dogmene og vitenskapen står filosofiens metafysiske kosmologi. Metafysikken søker å trekke logiske konklusjoner om universets, menneskets og Guds natur basert på et sett av antakelser basert på kjensgjerninger lånt fra religionene eller ved observasjon. Ett eksempel er det kosmologiske gudsbevis, som baserer seg på den slutningen at eksistensen av et univers krever en skaper.