Hans første sesong med laget skulle vise seg å være en stor sesong for ham, hvor han forbigikk tidligere defensive end med Vikings Jim Marshall for flest starter på rad i én posisjon med 291, forbigikk Dan Marinos rekord for kamper med fire touchdowns, og ble utpekt til sitt 11. Pro Bowl. Vikings avsluttet sesongen 12–4 og gikk videre til NFC Championship-kampen hvor de tapte på overtid mot New Orleans Saints, som gikk videre til å vinne Super Bowl XLIV. Til tross for tapet satte Favre sluttspillrekorder for fullførte pasninger og pasningsyards, som tidligere tilhørte Joe Montana.