General McClellan mislyktes også å opprettholde Lincolns tillit, og han viste seg å være frustrerende ulydig mot øverstkommanderende. Etter at han ble avløst kommandoen, ble McClellan den tapende demokratiske motkandidaten til Lincoln i presidentvalget i 1864. Partiet hans hadde en plattform mot krigen og lovet å gjøre slutt på den og forhandle med Konføderasjonen, noe McClellan ble nektet å vike fra og som ødela effektiviteten i hans kampanje. Han tjenestegjorde som guvernør i New Jersey fra 1878 til 1881. Han ble til slutt forfatter og forsvarte sine handlinger under Peninsula-felttoget og borgerkrigen.