For østerrikerne ble nederlaget ved Wagram skjebnesvangert: Ved freden i Schönbrunn i oktober 1809 måtte de avstå viktige områder til Frankrikes allierte stater eller lydriker. Bayern fikk bl.a. Salzburg og Nord-Tirol; Italia fikk Sør-Tirol; Frankrike fikk de illyriske provinser (ved Adriaterhavet); hertugdømmet Warszawa fikk Vest-Galisia og Kraków, og Russland fikk Tarnopol.