Thomas var sønn av den tidligere herskeren Nikeforos I Komnenos Dukas og Anna Palaiologina Kantakouzene, niesen til den østromerske keiser Mikael VIII Palaiologos. I 1290 fikk han tittelen «despot» av Mikael VIIIs sønn, Andronikos II Palaiologos. Thomas var ikke selvskreven til herskertittelen. Hans søster Thamar Angelina Komnene hadde giftet seg med Filip I av Taranto, en sønn av kong Karl II av Napoli og Maria av Ungarn i 1294. Filip hadde da av Nikeforos fått løfte om herskertittelen i Epirus i kraft av sitt ekteskap med Thamar. Da Nikeforos døde engang mellom september 1296 og juli 1298, klarte likevel hans enke Anna å sikre sin sønn tittelen og hun sikret samtidig sin egen rolle som regent for den mindreårige Thomas.