I 1919 var Wilhelm Canaris medlem av krigsretten, hvor frikorpsmedlemmene anklaget for mordene på Rosa Luxemburg og Karl Liebknecht måtte svare for seg. Bare press på sosialdemokratisk side fikk myndighetene til å forfølge saken. Løytnant Kurt Vogel hadde skutt Luxemburg i hodet og slengt henne, ennå levende, i Landwehrkanal. Dommen for mordet lød på beskjedne to år og fire måneder – for «misbruk av tjenestemyndighet og fjerning av et lik». Canaris hjalp også morderen til å rømme fra soning. 17. mai 1919 dukket nemlig Canaris opp i Berlins Moabit-fengsel, forkledd som «løytnant Lindemann», med en forfalsket overføringsordre til et annet fengsel. Han fikk med seg løytnant Vogel, og dommeren hadde dermed hjulpet den dømte til å rømme fra sin straff. For dette lovbruddet fikk Canaris selv ingen straff – tvert om ansatte riksvernminister Gustav Noske ham som kommunikasjonsmann, noe Noske selv fikk unngjelde for: Våren 1920 stolte Noske på ham da Canaris forsikret at hæren ikke utgjorde noen fare, og ble dermed fullstendig overrumplet av Kappkuppet. Dette kostet Noske stillingen, mens Canaris ble frikjent av en kommisjon og deretter forflyttet til Kiel.