Han ligger begravet i , Batalhaklosteret, i byen Batalha. Ved hans død i Alvor i Algarve ble han først gravlagt i Silveskatedralen, men i 1499 ble hans levninger gravd opp og overført til hans nåværende gravsted. Som takk for at byen Silves tok vare på hans levninger, er det antatt at det var årsaken til kong Manuel I lot byen kalles for , «Portugals kors», og nasjonal arv siden 1910.