Mellom 1854 og 1892 var øya del av spanjolenes politisk-militære Bohol-provins. Denne militæradministrasjonen har sin bakgrunn i et ca. 80 år langt opprør på Bohol som faktisk gjorde øye uavhengig fra den spanske krone, helt til opprøret ble stått med i 1820-årene. I 1862 ble Siquijor overført til provinsen Negros Oriental. I 1901 ble den en "underprovins" under Negros Oriental, og den 17. september 1971 en egen provins. Året etter ble provinssetet flyttet fra Larena til Siquijor.