I 1973 trådte han inn i Den Hellige Stols diplomatiske korps. Han var som prest postert ved de pavelige representasjoner i Irak og så i Storbritannia, så var han fra 1978 til 1989 ved det vatikanske Statssekretariat. Viganò ble den 4. april 1989 utnevnt til Pavestolens permanente observatør ved Europarådet i Strasbourg.