Sentralbankens tredje periode startet i 1991, da Republikken Makedonia ble uavhengig fra Jugoslavia. Republikken Makedonias nasjonalbank introduserte ny valuta (denar). Sentralbankens strategi de første årene var knyttet til pengemengden (M1), men i 1995 endret de til å ha som mål å ha stabil valutakurs målt opp imot tysk mark, senere euro.