Han avanserte raskt og ble utnevnt til midlertidig kaptein i mai 1862, mens han tjenstegjorde som stabsoffiser for generalmajor George B. McClellan som da hadde kommandoen over Army of the Potomac. I november samme år, ble han i sin faste grad forfremmet fra sekondløytnant til løytnant faste grad. 28. juni 1863, tre dager før slaget ved Gettysburg, forfremmet general Alfred Pleasonton Custer direkte fra kaptein til generalmajor og sjef for en brigade frivillige, bare 23 år gammel. Han fikk kallenavnet «The Boy General» («guttegeneralen»). Han var en fargerik og pågående militær leder gjennom flere av slagene under borgenkrigen. Han var kjent for sitt mot, og tidvis dumdristighet, da han i front ledet sine menn og nærmest hev dem inn i kamp.