I løpet av senantikken kunne Amfipolis dra fordel av økende økonomisk framgang i Makedonia, noe som er bevitnet i det store antallet av kristne kirker som ble bygd. Betydningsfullt er det at disse kirkene ble bygd innenfor en begrenset område av byen, beskyttet av murene til akropolis. Det har blitt sett på som bevis for at den større befestede omkrets av den antikke byen ikke lenger var mulig å forsvare og at befolkningen i byen hadde minsket betydelig.