Men RPF (Rwandas patriotiske front), tutsienes armé, kom til Habyarimanas unnsetning. Rundt 600 000 tutsier hadde måttet flykte til nabolandene mens Habyarimana styrte. Nå ville de ta landet tilbake, om mulig med alle midler. Når dette er sagt var det store deler av medlemmene i RPF som stod for en demokratisering av Rwanda og en likestilling imellom stammene, men RPFs angrep var akkurat det Habyarimana ønsket. Han lot RPFs soldater komme inn i Rwanda for å samle folket bak seg mot tutsiene enda en gang. 4. oktober 1990 ble hovedstaden Kigali offer for en skuddveksling. Det utrolige var at RPF-styrkene sto flere titalls mil fra Kigali, og faktum var at det var Habyarimanas egne styrker som hadde satt i gang dette falske angrepet. Nå kunne han arrestere politiske motstandere og gi dem skylden. Det gjorde han, og 13 000 personer ble fengslet. Dette falske angrepet hadde også et annet motiv. Da regjeringssoldater spurte sine offiserer hvorfor de skjøt mot Kigali fikk de til svar; , som faktisk ankom Kigali samme kveld. Belgiske kommandosoldater, franske legionærer og en ukjent mengde soldater fra Zaïre ankom for å støtte Habyarimana og sikre landenes egne interesser. Rwandas styrker, indirekte støttet av Frankrike og Belgia kunne nå uten problemer presse RPF tilbake mot grensen. Men RPF kom sterkt tilbake etter en omgruppering av styrkene og overgang til geriljakrigføring. RPF klarte å skaffe seg kontroll over viktige områder nordøst i landet, og tvang dermed Habyarimana til forhandlingsbordet. Begge parter underskrev Arusha-avtalen (1993), som i første omgang innebar våpenhvile og nedrustning. I 1993 ble Habyarimana presset til å bryte avtalen av sine egne militære, som ikke ville miste fordelene de hadde fått ved å være med i armeen. Men Habyarimana ble presset av nabolandene til å forhandle på nytt med Tutsiene i april 1994. På veien tilbake ble flyet Habyarimana og hans kollega fra Burundi satt i, skutt ned, og alle ombord døde. Hutuene var raske til å legge skylden på RPF, men selv i dag er det få som vet hva som egentlig skjedde. Mange mener det var Habyarimanas egen sikkerhetsstyrke som gjorde det, først og fremst for å straffe Habyarimana for fredsforhandlingene med tutsiene, men også for å skape hat og sinne mot RPF og tutsiene. Andre mener at Hutuene da ikke hadde antiluft-våpen av typen som ble brukt for å skyte ned flyet med presidentene. RPF anklaget Frankrike for å støtte Hutu-regimet med våpen smuglet via Zaïre, mye basert på Mitterrands politikk om å støtte den fransktalende delen av Afrika. Utrolig nok hadde den rwandiske hær for det meste sovjetiske våpen som AK-47/T-56/AKMs, til og med sovjetiske kamphelikoptre av typen Mi-24D. Det ble også produsert store mengder macheter i Rwanda før folkemordet på tutsiene. Det ble spekulert i om tutsiene hadde kontakter med britiske våpenselgere som kunne selge dem utdaterte vestlige skulderholdte anti-luftmissiler, brukt bl.a. mot Mi-24D i Afghanistan. Men teoriene er også i dette tilfelle noe mer ambisiøse enn de konkrete fakta. Mesteparten av sikkerhetstyrkene var dessuten fra samme området som Habyarimana selv, og de høyeste lederne for styrkene var hans barndomsvenner. Habyarimana mystiske død var bare begynnelsen på et velregissert folkemord der Habyarimana hadde spilt en nøkkelrolle når det gjaldt planlegging. Alle tutsier og moderate hutuer skulle drepes.