Gjennom var Alpene delt mellom noen få større makter og en hel rekke mindre stater. De større områdene var: Savoie oppstod på 1000-tallet rundt tre viktige fjellpass (store og lille St. Bernhard samt Mont Cenis) i tidligere burgundiske områder. Grevskapet ble 1416 opphøyet til hertugdømme og ekspanderte kraftig, etter hvert hovedsakelig mot syd. Etter at hovedstaden ble flyttet fra Chambéry til Torino i 1560, forskjøv statens fokus seg fra Alpene til Nord-Italia, hvor Savoie etter hvert skulle bli krystallisasjonskjernen i den italienske statsdannelsen. Det sveitsiske edsforbund oppstod på 1200-tallet etter at Schwabens herskerhus Zähringerne hadde dødd ut. Opprinnelig var det en allianse mellom kantonene Schwyz, Uri og Unterwalden mot habsburgerne. Edsforbundet ekspanderte i alle retninger, og kontrollerte med Gotthardpasset et viktig fjellpass. Sveits' uavhengighet ble anerkjent i freden i Westfalen (1648). Tirol løsrev seg fra Bayerns herredømme i løpet av 1200-tallet. Fyrstegrevskapets sterke posisjon var begrunnet i at det med Brenner- og Reschenpasset kontrollerte Det tysk-romerske rikets to viktigste fjellpass, men også i de store (edel)metallforekomstene. På 1300-tallet sto derfor Europas ledende fyrstehus i kø for å gifte seg med Tirols arveprinsesse Margrete, som til slutt overlot landet til habsburgerne. Habsburgerne stammet fra Aargau i Sveits, men ble i 1276 hertuger av (Nedre) Østerrike og Steiermark. Mens de etter hvert mistet fotfestet i sine stamområder i vest, utvidet de maktområdene i Øst-Alpene ved å tilegne seg Kärnten, Krain (1335), Tirol (1363), Vorarlberg (1363–1814) og Salzburg (1805). Dermed var de blitt den dominerende makten i Øst-Alpene. Alpenes metallforekomster og handelen over fjellpassene bidro sterkt til å finansierte denne stormakten, men habsburgernes politiske fokus lå utenfor Alpene.