De fleste tiltalte forsvarte seg med at de bare fulgte «ordre ovenfra» (engelsk: ) og at de selv var tvunget til å gjennomføre ordren. Ohlendorf argumenterte samtidig med at de måtte drepe alle jødene fordi de sympatiserte med bolsjevikene, og de måtte drepe alle barna fordi de ville vokse opp og bli fiender av det tyske riket når de fikk vite at foreldrene var drept. Utryddelsen av jødene var ifølge denne argumentasjonen militært nødvendig, og legitimt selvforsvar i den totale krigen mot bolsjevismen. Den amerikanske historikeren Christopher Browning skriver at denne argumentasjonen var selvmotsigende, og særlig for Ohlendorf var argumentet om ordre ovenfra tvilsomt, i og med at han samtidig fremstilte seg selv som en fritenker og kritiker av nazistenes politikk. Ohlendorf tilføyde at han hadde fått ordre om også å drepe barna.