Da Eliteserien ble Toppserien, begynte problemene for Klepp, som ikke greide å forbli et topplag. I 2000 begynte Klepp på en periode med store trenerbytter og store interne problemer. Asgeir Kleppa hadde trent laget til den sensasjonelle bronsen i 1999, men det var skader på laget på viktige spillere som landslagsspiller Silje Jørgensen og lagets toppscorer for 1999, Line Anzjøn. I tillegg hadde Klepp en beskjeden stall på bare 16 spillere. Sesongen var alt annet enn vellykket, og akkurat som i 1998, fulgte Klepp opp en jubelsesong med en sjetteplass. Mye av sjetteplassen kom etter at Klepp skjerpet seg kraftig i høstsesongen, og vant mange poeng. Ellinor Grønfur hadde blitt flyttet opp på topp, og svarte med Toppseriens (per november 2011) raskeste hat trick da hun egenhendig snudde 3-4 til 6-4 for Klepp.