Radhakrishnan var gift med Sivakamu som var en fjern kusine av ham i 1904 da han var 16 år gammel. Bruden hans var da bare 10 år gammel. Ekteskapet var et tradisjonelt indisk arrangert ekteskap. I 1956 døde hans kone Sivakamamma etter at de hadde vært gift i over 51 år. De hadde fem døtre og en sønn sammen.