Kristian Fossheim har gjennom hele sin karriere konsekvent brukt nynorsk i undervisning, skriftlige framstillinger og taler på norsk språk. For dette mottok han første gang den ble tildelt i 1989, med spesiell vekt på at dette skjedde i et teknologisk miljø der nynorsk er lite brukt. Fossheim har også mottatt Fridtjof Nansens belønning for yngre forskere i 1977, og Allforskprisen, formidlingspris, fra Trondheim kommune og NTNU i 2003.