Magnus Lagabøtes bylov av 1276 og Erik Magnussens retterbot om handelen i Bergen av 16. september 1282 inneholdt forbud mot kasting av avfall og smuss utenfor bryggene. Dette tilsier at forurenset bunnmasse og dårlige dybdeforhold allerede den gang var et problem. Vågen var grunn, og den ble mer og mer fylt igjen av avfall, feieskarn, ballaststein og brannrester, og kloakken rant rett ut i havneområdet. Skomakerne og garverne i Vågsbunnen etterlot også bark i havnebassenget. Etter hvert ble det problematisk for større fartøyer å anløpe havnen.