Det andre var den vedvarende situasjonen med Arius. Alexander ble dermed en av hovedpersonene i begynnelsen av den ariske kontrovers, som brøt ut da Arius anklaget ham for sabellianisme i en disputas. Da Arius åpent fremla sin egen oppfatning av den kristne lære, prøvde Alexander først å omvende Arius, og ble kritisert av presteskapet for å være for mild.