I mai 1657 ble han utnevnt til hoffkapellmester i Stuttgart. Denne posten beholdt han resten av sitt korte liv. Tjenestetiden ved hoffet i Württemberg ble overskygget av en bitter strid med organisten i , Philipp Friedrich Böddecker, som mente seg forbigått da Capricornus fikk hoffkapellmestertittelen. Böddecker vendte hoffmusikerne mot Capricornus, og de to komponistene kritiserte gjensidig hverandres verk.