Etter den politisk-militære krisen i Chile da de militære under ledelse av general Augusto Pinochet Ugarte grep makten ved et kupp i september 1987, organiserte kardinal Silva Henríquez og for å forsvare og fremme menneskerettighetene. Kardinalen ble en frittalende kritiker av militærdiktaturet, som skulle bestå helt frem til 1990.