Han døde av lammelser, fremkalt av underernæring, i et fengsel i 1943. Hovedparten av hans genetiske samling ble fjernet av en nazistisk innsamlingskommando som var dannet i 1943, og materialet ble overført til Instituttet for Plantegenetikk, som SS hadde opprettet på slottet Lannach nær Graz i Østerrike. Kommandoen var dog kun i stand til å samle inn det materiale som ble oppbevart innenfor de områdene som var besatt av den tyske hær, det vil si for det meste Ukraina og Krimhalvøya. Den sentrale genbank i Leningrad (St. Petersburg) ble derfor ikke berørt.