Indahl har drevet ryggforskning siden 1991. Forskningen har delvis vært klinisk, delvis eksperimentell basalforskning. Resultatene har bidratt både til ny forståelse av patofysiologien bak ryggplager, og til ny lærdom om hvordan ryggpasienten skal behandles klinisk. Ved siden av forskningen har han drevet vanlig klinisk virksomhet som fysikalsk medisiner.