Foreldrene skilte seg da Harris var syv år gammel. Harris har sagt at da hun og søsteren besøkte faren i Palo Alto i helgene, fikk andre barn i nabolaget ikke lov til å leke med dem fordi de var afroamerikanere. Da hun var 12 år gammel, flyttet Harris og søsteren sammen med moren til Montreal i Quebec i Canada, hvor Shyamala hadde fått en stilling innenfor forskning og undervisning ved det jødiske sykehuset Jewish General Hospital som var tilknyttet McGill University.