Historien i Fallout 2 endrer seg noe avhengig av hvilke valg spilleren gjør. Selger man for eksempel sin venn Sulik som slave velger man side i en konflikt som påvirker spillet. Mulighetene i spillet påvirkes også av evnene og ferdighetene "den utvalgte" har, og er man mann, er oppvakt og har lest medisin kan man få donere sæd i Vault City, og er man i tillegg karismatisk og veltalende kan man få en date med forskningsassistenten.