Invasjonen og den påfølgende japanske okkupasjonen av områdene inkluderte gjentatte krigsforbrytelser begått mot krigsfanger, som både besto av alliert personell og sivile filippinere, blant annet Alexandra Hospita-l og Sook Ching-massakrene. Yamashitas skyld for disse hendelsene er fortsatt omdiskutert den dag i dag ettersom det blir hevdet at han hadde mislyktes i å stoppe dem fra å bli utført.