I 2002 var Thor Pedersens boligforhold i søkelyset. Han hadde blitt eier av landeiendommen Graudebjerggaard i Nakke (Danmark) ved Rørvig hvor det var boplikt. Pedersen registrerte seg i folkeregisteret der den 25. oktober 2000, men bodde i et sommerhus på Ramsvej, Ramløse det meste av tiden. Saken ble brakt til en forespørgelsesdebat i Folketinget av SFs landbruksordfører Kristen Touborg. Boligsaken førte til at den danske regjeringen i 2003 ønsket å endre loven om boplikt for folketingsmedlemmer. Thor Pedersens sak ble nevnt igjen av debattanter i forbindelse med Helle Thorning-Schmidts boligsak i 2010.