Bosetningen ble først nevnt i krøniker i 1339, mens den var under Ivan Kalitas styre. Den nåværende byen Naro-Fominsk ble grunnlagt som en bymessig bosetning som følge av sammenslåingen av landsbyene Fominskoje og Malaja Nara i 1925. Bystatus ble innvilget i 1926. Byen ble sterkt ødelagt under andre verdenskrig, etter at de tyske] styrkene ødela 687 bygninger og en tekstilfabrikk.