Han ble så vervet som agent i Secret Intelligence Service (SIS) og fikk trening som radiotelegrafist og soldat. Det første oppdraget i det okkuperte Norge var Operasjon Cygnus sommeren 1943 hvor Møller sammen med Dagfinn Ulriksen rapporterte om skipstrafikken fra basen på Skorpa og Lille Batalden. De holdt på fra september til mai året etter, da de ble hentet av en MTB og brakt tilbake til Shetland. Samme året kom de tilbake til Norge og Florø-traktene i forbindelse med Operasjon Gaupe, hvor de rapporterte om skipstrafikken fra Stavenesodden. Denne operasjonen varte i syv måneder. Møller skrev i 1999 bok om krigsopplevelsene sammen med Gustav Valand.