Benue-elva har utspring på Adamawaplatået i det nordlige Kamerun fra grensetraktene mot Tsjad i øst, og renner derfra i nordvestlig retning, gjennom den 308 meter lange Lagdo-demningen (84 MW, reservoar 586 km²), via byen Garoua og over grensa til Nigeria sør for Mandarafjellene. Deretter renner den vest- og sørvestover gjennom de nabobyene Yola og Jimeta, deretter Numan, Ibi og Makurdi, før den munner ut i Niger ved Lokoja, 150 km sør for hovedstaden Abuja.