Tilstedeværelsen av Spanias fiender ved Gibraltarstedet tvang den spanske kong Filip IV til å gi ordre om å forsterke Gibraltars forsvar med å bygge en ny molo og plattformer for kanoner. Det sistnevnte fikk begrenset nytte på grunn av mangel på kanoner. Byen forble et overbefolket, trangt og helsefarlig sted, noe som antagelig var årsaken til at det brøt ut en epidemisk sykdom i 1649, rapportert som pest, men var muligens tyfus, som drepte en fjerdedel av befolkningen.