I 1846 ledsaget Herbst Thomsen på en reise til Tyskland og Italia. I 1848 ble han utnevnt av kongen til arkivar ved Antikvarisk-topografisk Arkiv og sekretær ved Kommissionen for Oldsagers Opbevaring. Den siste stillingen ble i 1849 endret til sekretær (senere inspektør) ved det kongelige Museum for de nordiske Oldsager.