Deres første betydelige seier, med bysantinske soldater ved deres side, var ved byen Nikea, nær Konstantinopel. Seldsjukkene hadde tatt byen noen år tidligere. Godfred og hans riddere fra Lorraine spilte en mindre rolle i beleiringen av Nikea, hvor Bohemond lyktes i å lede mye av operasjonen. Akkurat i det korsfarerne skulle til å storme byen, oppdaget de plutselig at det bysantinske banneret vaiet fra toppen av bymurene. Alexios I hadde inngått en separat fred med tyrkerne og krevde byen nå til Østromerriket. Disse hemmelige forhandlingene var et tegn på det som skulle komme med tanke på forholdet mellom korsfarerne og bysantinerne.