I 1804 ble han forstander menasjeriet, for den zoologiske avdeling, i Frankrikes naturhistoriske museum (Muséum national d'histoire naturelle) i Paris. Fra og med 1816 utgav han avisen . Han ble i 1831 utnevnt til generalinspektør for Frankrikes universiteter og høyskoler. I 1837 ble det ved det naturhistoriske museum opprettet et fakultet for sammenlignende fysiologi der Cuvier ble leder, og i 1838 ble han hele museets leder.