Seieren gav Stefan mulighet for å vie sehg til å styrke kongemakten. Han ble støttet av sin kansler Jan Zamoyski. De to formådde å vinne flere grupper av den litauiske og polske adel især ved hjelp av bedre beskatning av krongods og kongelig eiendom utleid til adelen. Stefan omorganiserte realunionens hær fullstendig. En av hans nyskapninger var opprettelsen av , et halvprofesjonelt infanteri som bestod av bønder utdannet både som infanteri og som ingeniørtropper. Stefan reorganiserte også rettsvesenet med opprettelse av domstoler og beordret henrettelsen av Samuel Zborowski, hvis dødsdom for forræderi og mord hadde vært til behandling i omkring ti år.