Kommunen ble opprettet som kommune 1860. Seinere ble Malangen skilt ut (1871), og så var det noe mindre grensejusteringer mot Lyngen (1875) og Målselv (1904). 1964 ble Balsfjord og Malangen, unntatt områdene vest for Aursfjorden og rundt fjordbotnen, slått sammen. Sine nåværende grenser fikk Balsfjorden 1966 da Sørelvmo-området ble overført til Målselv kommune.