I tredje kvarter mot Cleveland Browns 3. oktober pådro Manuel seg en leddbåndskade i høyre kne, og måtte sitte på benken de neste fem ukene. Manuel hadde opp- og nedturer i sitt første år, men ble annonsert som startende quarterback for 2014-sesongen av hovedtrener Doug Marrone. I 10 kamper i sin nykommersesong i 2013 hadde Manuel 1 972 pasningsyards med 11 touchdowns og 9 interceptions. Han hadde også 186 yards og to touchdowns på løp.