Praetorius fikk stor betydning som musikkteoretiker og forfatter av musikkskrifter. (tre deler, utgitt mellom 1615 og 1619) er en av de viktigste kildene for tysk oppføringspraksis i tidligbarokken. Den første delen på latin inneholder en teologisk-politisk begrunnelse og rettferdiggjøring av musikken. De to neste delene – stort sett på tysk – konsentrerer seg om musikkpraksisen: han beskriver gamle og nye instrumenter og belyser problemer i den musikalske terminologien såvel som tidens komposisjons- og oppføringspraksis.