Etter maktskiftet var Jianwen-keiseren fremdeles nokså ung (21 år) og uerfaren, og dermed kom han raskt under sterk innflytelse fra sine rådgivere; særlig de fire i den innerste krets. Hans regjeringstid ble svært kort (1398–1402), for han ble styrtet under en statskupp-artet borgerkrig. Foranledningen til opprøret, som startet i 1399, var Jianwens og hans rådgiveres fremstøt for å beskjære de andre Ming-prinsenes privilegier og inntekter. Hungwu-keiserens eldste sønn, Zhu Di (prinsen av Yan) fikk med seg hæren og inntok etter noen års kamper hovedstaden Nanjing i 1402, avsatte sin nevø og besteg selv tronen som Yongle-keiseren.