Først i januar 1567 var «Neptunus» berget og ført tilbake på slippen i Västervik. I de neste månedene ble storskipet reparert og klargjort for reisen til Stockholm, og den 15. april 1567 var arbeidet overstått. Deretter ble skipet flyttet nordover, men arbeidet for å utruste skipet til et operativt krigsskip ble forsinket av de indre urolighetene i Sverige i 1567-68, som sluttet med at Erik XIV ble styrt av sine brødre fra tronen.