Det viser seg at -baserte insekticider har stor sannsynlighet for å utvikle resistens hos insektene. Man forventer dermed at resistente insekter vil oppstå med bruken av IKP-baserte pesticider og har forsøker å finne strategier for å forhindre dette, bla ved å plante deler av jordene med den naturlige varianten av planten. Slik får insektene et område å trekke seg tilbake til. Slik jordbruket er i dag i store deler av verden, dyrkes kulturplaner i monokulturer over store områder. Disse er spesielt utsatt for insektangrep og sykdomsfremkallende nematoder, sopp og virus. I foredlingen av kulturplantene tapes ofte sykdomsresistensgener som ville slektninger er utstyrt med. I Europa finnes larven European corn borer, som gir store skader på avlinger. Krystallproteinene har ikke nødvendigvis virkning på bare en art, eller en orden av insekter. Derfor kan det vise seg å ha uheldig virkning på insekter det ikke var tiltenkt å ha noen innvirkning på. Dette er et av de tyngste argumentene mot genmodifisering med -toksiner. Det sveller opp viktige spørsmål og økologiske problemstillinger i kjølvannet av bruken av -toksiner. Det viser seg også at GM planter har en tendens til rask og ukontrollert spredning. Hvordan kontrollere at det ikke forekommer krysning mellom disse og naturlig tilstedeværende planter? Det viser seg ved slike krysninger at GM plantene kan være bedre stilt i konkurransen om overlevelsen enn planter som er naturlig tilstedeværende. Denne ukontrollerte spredningen kan føre til tap av genetisk mangfold, inklusive sykdomsresistente gener. Om det en gang i fremtiden kommer en pest, kan dette få katastrofale følger for avlingene.