Et annet eksempel på DS9s mørkere, mer konfliktorienterte handling er , en hemmelig politiavdeling i Stjerneflåtens etterretningstjeneste (Starfleet Intelligence). Denne udemokratiske skyggeorganisasjonen rettferdiggjør sine ulovlige, etisk betenkelige handlinger med at de er nødvendige for Føderasjonens vedvarende eksistens. Avdeling 31 medvirker i flere episoder om dominionkrigen.