Pyrosekvenseringen er f.eks. brukt for å finne enkeltnukleotidpolymorfier (SNP, engelsk Single Nucleotide Polymorsphism) eller i metagenomikk. Mens metoden ikke ennå har vært brukt mye for sekvensering av hele genom på grunn av korte read lengder, blir det mer og mer et alternativ til Sanger-sekvensering. I Norge ble pyrosekvensering anvendt i prosjektet for å sekvensere torskens genom. Read lengder utviklet seg fra omtrent 100-200 basepar i den første 454 generasjonen kalt GS20 (2005) til 300-400 basepar i GS FLX (2007) og står nå på omtrent 500-600 basepar i GS FLX Titanium versjonen (2008), sammenliknet med Sanger-sekvensering som produserer read lengder på over 900 basepar.