Under felttoget i Norge i 1940 deltok han i kampene på Ringerike og Hadeland. Lütken ble den første sjef for Milorg i Oslo og ble tatt til fange av Gestapo i desember 1941. Resten av krigen tilbrakte han på Grini og fra sommeren 1944 i Stutthof. Han returnerte til Norge i mai 1945 utmagret og syk.