Spillet begynner med at karakteren skal gå i dvale, men blir angrepet av en leiemorder - som senere blir avslørt for å være medlem av Dark Brotherhood, et leiemorder-laug som spenner over hele Tamriel. For å oppdage mer om Dark Brotherhood, skal karakteren bli sendt til Mournhold, hovedstaden i Morrowind. Så snart man har kommet til Mournhold, må karakteren finne lederen til Dark Brotherhood, og gjennomføre en rekke side-oppdrag for den nye kong Helseth og den levende guden Almalexia.