Fra 1951 til 1958 foreleste han i etikk ved seminaret og universitetet i Kraków. Samtidig ble forholdet til myndighetene stadig verre. Åtte biskoper, blant dem erkebiskop Baziak, og mer enn 900 prester var fengslet. Det teologiske fakultet i Kraków ble stengt i 1954, og Wojtyła flyttet til Lublin, der han fikk en stilling ved byens katolske universitet. 1. desember 1956 fikk han stillingen som professor i etikk.