Selv om rollen i har vært Flynns mest synlige, har han hatt små roller i en rekke forskjellige TV-serier og filmer, blant andre , , , , , og . Han spilte også politikonstabel i filmen fra 1993. Denne rollen ble brukt i et subplott i en episode av hvor J.D. (Zach Braff) legger merke til Flynns rollefigur i filmen. I 2008 spilte han igjen med Harrison Ford da i rollen som den mystiske FBI-agenten Smith i .