Josefus’ historie om hans liv har forblitt tvetydig. Han ble beskrevet av Harris i 1985 som en lov- og plikttro jøde som trodde på sameksistens mellom jødedom og gresk-romersk religiøst liv, hva som i dag kalles for hellenistisk jødedom. I henhold til forskeren Nitsa Ben-Ari ble Josefus’ verker før 1800-tallet skydd av andre jøder som en konvertitt, og deretter bannlyst som en forræder, noe som heller ikke skulle bli studert eller oversatt til hebraisk. Hans jødiske kritikere ble aldri tilfreds med forklaringen på hvorfor han ikke hadde begått selvmord i Galilea sammen med sine landsmenn. Heller ikke aksepterte de at han ble tatt til fange og deretter aksepterte beskyttelse av romerne.