Nepos, som fortsatt oppholdt seg i Dalmatia, ble myrdet av sine egne soldater i 480. Nepos’ død var kun så kortvarig nevnt kildene at de ikke kunne bli enig om en dato: 25. april, 9. mai eller 22. juni, og muligens 25. april den mest sannsynlige. Han ble rapporert stukket til døde i sin villa i nærheten av Salona. Ettersom Diokletianus også hadde en bolig i området, er det mulig at det var den samme bygningen. Marcellinus Comes la skylden for «forræderiet på hans comes Viator og Ovida.» Om de samtidige kildene er troverdige, ble Nepos drept i 480 da han var i ferd med å forsøke å gjenvinne den vestlige tronen direkte og ikke kun i navnet. Om det er tilfelle kan det synes som om at hans maktbase i Dalmatia ikke ville det samme, og at han falt som offer for lokale intriger.