Blant Allegris øvrige komposisjoner var det også to bind for fem stemmer, publisert i 1618 og 1619; to bind motetter for seks stemmer publisert i 1621; en edisjon av en firedelt sinfonia; fem messer; to arrangementer av ; og en rekke motetter som ikke ble publisert i hans levetid. Han var en av de første komponister for strengeinstrumenter, og jesuittpater Athanasius Kircher har gjengitt et specimen av denne klasse av hans arbeider i sin Allegri komponerte også et Te Deum, et Magnificat og en firestemmig strykersonate.