Mot slutten av middelalderen gikk flere av kirkene i Bergen ut av bruk, trolig gjaldt det Lavranskirken, Peterskirken, Columbakirken (Steinkirken), Nikolaikirken og Mikaelskirken. På 1500-tallet, blant annet i forbindelse med reformasjonen, ble mange kirker nedlagt og en del revet. På slutten av 1500-tallet var fire kirker i bruk i Bergen, to norske og to tyske. Nykirkens gjenreising i 1756 var det første vesentlige sognekirke oppført etter middelalderen.