Tilstedeværelsen av Neptun har en betydelig effekt på Kuiperbeltets struktur på grunn av baneresonanser. Over en tidsskala sammenlignbar med alderen av solsystemet destabiliserer Neptuns gravitasjon banene til alle objekter som tilfeldigvis ligger i visse regioner. Disse blir enten sent inn i det indre solsystemet eller ut i den spredte skiven eller interstellare rom. Dette fører til at Kuiperbeltet har et uttalt hull i sin nåværende form, tilsvarende Kirkwoodgapet i asteroidebeltet. I regionen fra 40–42 AE, for eksempel, kan ingen objekter beholde en stabil bane over slike tidsskalaer, og ethvert objekt som observeres i den regionen kan ha vandret dit relativt nylig.