Etter at de allierte styrkene ble trukket tilbake fra Norge kom Debidour i juni 1940 seg til Storbritannia og sluttet seg til De frie franske styrker under Charles de Gaulles ledelse. Han ble her kjent under navnet Monrad og bidro til oppbyggingen av De frie franskes marine. Han var marinelege i Skottland før han i 1942 ble sendt til den franske besittelsen Saint Pierre og Miquelon utenfor Newfoundland. I 1944 ble han øverste marinelege i Algerie.