Jones' første stilling var ombord fregatten USS «Alfred» (30 kanoner, 300 menn) som seilte fra Delaware River i februar 1776 for å angripe britiske handelsfartøy i New Providence. «Alfred» var ett av seks fartøyer, fregatten ble ledet av kommodor Esek Hopkins, marinens øverstkommanderende. Det var ombord dette skipet at Jones fikk æren for å heve det første amerikanske flagget over et amerikansk marinefartøy.