Etter college ble Clatterbuck valgt av New York Giants i NFLs draft i 1954. Han slo to All-Americans da han sikret plassen som reserve for All-Pro quarterback Charlie Conerly. Han fikk lite spilletid, med kun to kampstarter i løpet av fire sesonger med laget. Han var i spillerstallen da laget vant ligatittelen i 1956. I 1960 signerte Clatterbuck med Los Angeles Chargers i American Football League i lagets og ligaens første sesong. Han var reserve for starteren Jack Kemp og stilte til start i to kamper i løpet av sesongen.