Etter 9. april ble MS «Venus» rekvirert av Kriegsmarine og hengene fra Osterfjorden til Østersjøen under tysk flagg. Skipet ble gitt tilbake til BDS den 16. oktober 1940, men rekvirert på ny 8. mai 1941. Det ble da ombygd ved Neptunwerft i Rostock, hvor interiøret ble fjernede. Skipet ble benyttet som målskive for den 26. ubåtflotiljen i Pillau. 20. mars 1945 ble det bombet og sunket på grunt vann av allierte fly i Walterhofer Hafen ved Hamburg. En bombe traff aktre forluke. En bombe traff like ved siden av skipet. Den flerret åpen skutesiden. Skipet sank på grunn av dette. Vannet var så grunt at deler av skipet ble liggende over vann.