Historien i Conflict: Denied Ops tar plass i en fiktiv konflikt i Venezuela. General Ramirez og hans nærmeste i regimet holder sakte, men sikkert på å ta over landet. Først sender General Ramirez tropper for å beleire og ta over Petro Nivera Oil-raffineriet, og truer så med å utplassere kjernefysiske våpen hvis USA fortsetter med "å blande seg i hans lands saker". To CIA-agenter blir umiddelbart sendt ut på en rekke oppdrag for å svekke og til slutt eliminere General Ramirez og eventuelle andre farer. Først blir de to agentene sendt til ruinene av Santa Cecilia-klosteret for å samle sammen viktig data om Ramirez' forbindelser og samarbeidspartnere. De blir hentet av lederen deres, og etter dette møter de en rekke ulike konflikter som virker å ha forbindelse til Ramirez. Til slutt finner de Ramirez og fanger ham.