Manuels eldste daterte maleri, (1515) fra Anna-altertavlen, gjort for en kirke i Bern, viser innflytelse fra en lokal kunstner og de grafiske arbeidene til Albrecht Dürer og Urs Graf. Manuel malte hovedsakelig store, fargerike verker med religiøs og klassisk tematikk. Han avbildet ofte hekser og framhevet temaet kvinners kraft. Han var en begavet kunstner som gjorde meget realistiske raderinger og ble kjent lokalt for sine satiriske skuespill.