Han ble utnevnt til kongelig hoffkontrafeier og malte en mengde portretter, så vel av kongen som av adelsmenn, lærde og enkelte fremtredende borgere. De tre første portrettene av Christian IV som kjennes fra Van Manders hånd er fra 1639; et fikk Hannibal Sehested med seg til Spania, det andre som Corfitz Ulfeldt hadde med til England, er nå i den danske stats eie. Et stort portrett av Christian IV til hest fantes omkring 1900 på Valdemars slott på Tåsinge. Et lignende stort rytterbilde gikk til grunne ved brannen i Christiansborg slott i 1794.