Fischer var i begynnelsen heller ikke helt på linje med de nye makthaverne. For eksempel gjaldt dette spørsmål om jødene. Derfor hadde også nazistene satt seg i mot at han ble valgt til rektor ved universitetet. Men Fischer med sin prestisje var viktig for dem, og han forble i stillingen som direktør. Ved å arbeide sammen med det nye regimet forsto han at han kunne utvide forskningen og sikre nye midler for denne. Ved flere anledninger understreket han etterhvert at instituttet var en del av den rasehygieniske bevegelse. Han ville stille dets ressurser til rådighet for den nye staten og ville arbeide for en steriliseringslov til beskyttelse mot arvebelastet avkom. I 1935 forlot Verschuer sin stilling i Berlin og fikk ledelsen av et nytt institutt for arvelære og rasehygiene i Frankfurt am Main.