Johannes levde så under bedre forhold, men led sterkt under sykdommen. Blant annet var datidens kirurgiske inngrep var svært smertefulle. Han død 14. desember 1591, 49 år gammel. Det fortelles at det bredte seg en duft av roser i cellen da han døde, og prioren skjønte at han hadde vært en hellig mann. Hans legeme ble fraktet til Segoia, hvor det er bevart i klosteret , angivelig uten spor av forråtnelse.