Ifølge hans egen beretning, selv om han led av malaria, ble Cervantes gitt kommandoen over en 12-manns båt, en liten båt som ble brukt til å angripe fiendtlige bysser. Marquesa mistet 40 døde og 120 sårede, inkludert Cervantes, som fikk tre adskilte sår, to i brystet, og et annet som gjorde venstre arm ubrukelig, dette siste såret er grunnen til at han senere ble kalt for den enarmede mann fra Lepanto, «El Manco de Lepanto», et tilnavn som fulgte ham resten av livet. Hans deltagelse i slaget ved Lepanto var likevel en kilde til stolthet på hans eldre dager, slik han nevnte i forordet til bind 2 av : «Hvis sårene mine ikke har noen skjønnhet for betrakterens øye, de er i det minste hederlige i vurderingen av de som vet hvor de ble mottatt.» Don Juan de Austria godkjente ikke mindre enn fire separate lønnsøkninger for ham.