Cornelius Povelsson Paus tilhørte slekten Paus og det Ibsenforsker Jon Nygaard beskriver som et «sammenfiltret embetsaristokrati» i Øvre Telemark. Han var sønn av sogneprest i Hjartdal Povel Pedersson Paus og Ingrid Corneliusdatter Trinepol fra Skien. Han ble født på Hjartdal prestegård noe over midtsommers 1662 og ble døpt 17. august samme år av farens prestekollega, prosten Sakarias Jonsson Skancke. Han var oppkalt etter sin morfar, trelasthandler i Skien Cornelius Jansen Trinepol, og var bror av presten Hans Povelsson Paus. Han ble gift med Valborg Jørgensdatter Rafn (1673–1726), datter av sorenskriver i Øvre Telemark Jørgen Hansen Rafn og Margrethe Fredriksdatter Blom.