Hubbard var også grunnlegger og første president i mange år av National Geographic Society, og skapte en stor samling av etsninger og graveringer, som ble gitt av hans enke til Library of Congress med et fond for stipender. Hubbard viet mye oppmerksomhet, og bidro økonomisk, til utviklingen av utdanning for døve og var president i Clarke School for the Deaf i ti år. Han døde 11. desember 1897.