Han var sønn av Otte Thygesen Brahe til Knudstrup og Beate Clausdatter Bille, samt bror til Tycho og Sophie Brahe. Fra 1577 var han i et par år hoffjunker ved det danske hoff og deltok deretter i kort tid i krigene i Nederlandene. I 1580 giftet han seg med Ingeborg Nielsdatter Parsberg, hvormed han fikk Gundestrup, hvor han bygget nytt i 1570-årene.