Som freshman var Mahomes backup for Davis Webb. Mahomes kom på banen forførste gang mot Oklahoma State etter at Webb pådro seg en skade, og fullførte da to av fem pasningsforsøk for 20 yards, en touchdown og en interception. Etter at Webb igjen pådro seg en skade fikk Mahomes sin første kampstart mot Texas. I kampen fullførte han 13 av 21 pasningsforsøk for 109 yards. Mahomes forble lagets kampstarter i sesongens tre siste kamper. Mot Baylor satte han en Big 12 freshman-rekord med 598 yards, for seks touchdowns og en interception. Han fullførte sesongen med 1 547 yards og 16 touchdowns samt fire interceptions.