Novosibirsk var den første byen i Sibir som fikk et T-bane-system (Novosibirsk Metro) i 1986. Byens lufthavn heter Tolmatsjovo lufthavn og har daglige ruter til Europa, Asia og de fleste russiske storbyer. Tolmatsjovo er base for S7 Airlines. Byen har også to mindre flyplasser: Elitsovka lufthavn og Severnyj lufthavn.