Der finnes mange forskjellige metoder for å rangere differensielt uttrykte gener på, og de fleste av disse oppgir enten en p-verdi eller en feilrate, sammen med gjennomsnittlig endring mellom tilstander. Vanlige metoder inkluderer modifiserte t-tester som Significance Analysis of Microarrays (SAM), empiriske Bayes metoder og Rank product. Andre metoder inkluderer bootstrapping (statistikk), maskinlæring og Monte Carlo-metoder.