I februar 1934 ledet Furtwängler en oppføring av tre stykker fra Felix Mendelssohns , til tross for at komponisten sto på nazistenes forbudsliste. I tillegg gjennomførte Furtwängler senere på året en demonstrativ feiring av Mendelssohns 125-års fødselsdag. I mars 1934 uroppførte han Paul Hindemiths symfoni , en musikk nazistene senere la ned forbud mot som . Selv om symfonien fikk en entusiastisk mottakelse, og ble kringkastet og oppført flere ganger, forbød Hitler samme høst en planlagt oppføring av Hindemiths opera med samme navn som symfonien. Furtwängler hadde skrevet under . I en oppsiktsvekkende avisartikkel i (25. november 1934) ga Furtwängler sin fulle støtte til Hindemith, som han mente ble urettferdig kritisert og truet med å trekke seg fra sine verv. Til hans store skuffelse gav ikke makthaverne etter. Valget sto dermed mellom å si opp eller bli sparket, og den 4. desember 1934 sa han fra seg postene som direktør ved statsoperaen, leder for Berlinfilharmonikerne og visepresident ved Reichsmusikkammer. I 1937 skrev han at min holdning til Hindemith er den samme som førerens holdning.