Den 25. februar 1994 myrdet han 29 bedende muslimer og såret 150 andre i Hebron. Den offisertsuniformerte Goldstein ankom Abrahamsmoskéen, der omkring 800 muslimer bad. Da de bedende bøyde seg ned i retning Mekka, kastet han en granat og åpnet ild med et automatvåpen og drepte 29 mennesker og skadet 125. Flere av ofrene var barn. Massakren stoppet da Goldstein hadde brukt opp ammunisjonen, og han ble overmannet og lynsjet av de overlevende. Massakren ble en utløsende faktor for et opprør på de okkuperte områdene, og ytterligere 26 palestinere og 9 israelere ble drept.