I 1809 ekskommuniserte pave Pius VII keiser Napoleon I, og den 6. juli ble han og kardinal Pacca arrestert. Paven ble sendt til Savona og Pacca til Fenestrelle. I 1813 ble de begge flyttet til Fontainebleau. Pacca fikk paven til å tilbakekalle sin overenskomst med Napoleon, og ble deportert til Uzès i januar 1814. Han ble løslatt ved Napoleons fall i april 1814. Han returnerte da til Roma og organiserte statsjuntaen som regjerte i den fraværende pavens navn.