Avicenna var også en framtredende filosof som søkte å forene aristotelisk filosofi med islamsk teologi. Han utviklet sin egen metafysiske system som påvirket senere islamske og europeiske filosofer, inkludert Thomas Aquinas og Maimonides. Hans verk er en omfattende encyklopedi som dekker logikk, naturfilosofi, matematikk, astronomi og metafysikk.