Når heltene i serien, alkymistene Edward (eldste bror) og Alphonse Elric (yngre bror), mister moren grunnet sykdom, bestemmer de seg for å bryte den andre regelen og forsøker å bringe sin mor tilbake fra de døde. Som en følge av dette mister Edward venstre ben og Alphonse mister hele kroppen. Ed betaler med sin høyre arm for å få bundet Alphonses sjel til en rustning. Når brødrene kommer til krefter igjen, begir de seg ut i verden på jakt etter den legendariske Vises Sten, som sies å være i stand til å la brukeren til å se bort ifra lovene som styrer Alkymien og dermed gi brukeren endeløse krefter. På denne måten håper de å få tilbake kroppene sine.