Ved det av de største spøramål innen portugisisk politikk, nemlig forholdet til den katolske kirke og pavedømmet, klarte kong Denis å finne en løsning. Siden 1377 var Portugal under kirkelig interdikt, og denne konflikten med kirken hadde Denis så å dsi arvet fra sin far. I 1289 fant pavestolen, den portugisiske klerus og kongehuset en kompromissformel som gjorde det mulig for pave Nikolas IV å heve interdiktet. Det ble inngått et konkordat som innebar at de kirkelige områder som kong Alfons III hadde tatt, ble gitt tilbke til kirken. Kongen lovet å gi akt på kirkelige privilegier og immuniteter, og garanterte kirkes rett til selc å utnevne sine biskoper. Selv om dette var et konkordat som gav kirken en rekke innrtømmelser, var den ikke en fullstendig seier. For i det store og hele ble pavens innflytelse svekket, slik at den portugisiske klerus ble mer og mer avhingig av kongemakten.