Den 10. juni 1940 overtok Gestapo Theresienstadt og gjorde om fortet til et fengsel. Heydrich gjorde 24. november 1941 byen om til en inngjerdet ghetto eller konsentrasjonsleir for jøder. Leiren fungerte som transittleir for jøder som ble deportert til utryddelsesleirer eller arbeidsleirer lenger nord og øst. Funksjonen til ghettoen var å få omverdenen til å tro at jødene levde et idyllisk liv. Sannheten var at dette var en by som tidligere hadde 7 000 innbyggere, nazistene klarte på det meste å presse inn 50 000 jøder.