Den 24. september 2020 kunngjorde Vatikanets pressekontor at pave Frans hadde akseptert Beccius fratreden som prefekt og hans frasigelse av «alle rettigheter knyttet til kardinalsrangen». Becciu opplyste til den italienske nettavisen Domani at paven hadde bedt ham fratre fordi han var under mistanke om å ha gitt kirkens penger til sine brødre.