Den venetiansk tid ble avbrutt i 1537 da Antiparos sammen med de øvrige øyene i Kykladene ble erobret av de muslimske osmanerne, og forble under osmanske styre fram til den greske frigjøringskrigen i 1821, bortsatt fra en periode på fire år fra 1770 til 1774 da det russiske keiserdømmet styrte øya. Russerne fjernet mange av de storslåtte stalaktittene fra Antiparos' store grotte og sendte dem til museet Eremitasjen i St. Petersburg.