Det er kommet frem anklager krigsforbrytelse i form av ulovlig organhandel utført av KLA mot serbiske og andre minoritetskrigsfanger under og etter krigen. Mistanken går ut på at sivile ble tatt til fange for så å bli fraktet til nord-Albania hvor disse personene ble drept ved at man fjernet ut organene deres til salg på «svartebørsen». UNMIK (FN administrasjonen i Kosovo) sendte to etterforskere til en landsby nær byen Burrel i Albania, en av dem var norske Hroar Frydenlund. Oppgaven deres var å etterforske substansen i disse anklagene. De fant «Det gule huset» hvor disse forbrytelsene skulle ha funnet sted. I og rundt huset ble det funnet medisin brukt under transplantasjon, samt betydelig blodsøl forsøkt vasket bor. UNMIK avsluttet etterforskningen i mangel på tillatelser til å foreta dypere undersøkelser. Etterforskerne konkluderte med at det var mistenkelig, men ikke nok for å reise tiltale mot noen konkret person. Bevisene som ble samlet her ble senere destruert av ICTY grunnet plassmangel og mangel på tiltale. Sjefanklager i ICTY Carla del Ponte sa i 2008 etter sin avgang at hennes største nederlag i karrieren var mangel på tiltale mot KLA-lederne i denne saken. En av grunnene til at det var så vanskelig å få til tiltale mot høytstående KLA-offiserer var at hovedvitnene i saken ble drept eller truet til stillhet, og de håndfaste bevisene dermed bare ble indisier på at noe kriminelt hadde skjedd, men ikke hvem som hadde utført dem. For å ettergå anklagene fremsatt samt påstandene til Carla del Ponte bestemte europakommisjonen i 2008 at den skulle utføre en grundigere undersøkelse av saken, og overlot oppgaven til Dick Marty, en sveitsisk senator, og hans team. I 2010 kom rapporten ut hvor han kom med anklager mot blant annet Hashim Thaçi, som da var statsminister i Kosovo om deltakelse i en ulovlig organhandel ring som stod for grusomme kriminelle handlinger før, under og etter Kosovokrigen. Rapporten kritiserte også den pragmatisk tilnærmingen til krigsforbrytelser etter krigen, hvor de involverte parter avstod fra etterforskning av grusomheter mot den serbiske befolkningen grunnet ønske om kortsiktig stabilitet. Spørsmålet er ifølge rapporten derfor ikke om disse handlingene har skjedd, men heller hvem man skal tiltale. Man har aldri dømt noen i denne saken.