Når shippuuden episodene starter har det gått 2.5 år. Utseendet til Shikamaru har forandret seg veldig lite bortsett fra at han har blitt generelt større. Shikamaru har fått i oppgave å være guide for Temari. Kort tid etter at episodene har startet returnerer Temari til Sand Landsbyen. Orochimaru er ikke den eneste trusselen lenger, men Akatsuki er vil prøve å ødelegge alt. Etterhvert drar Shikamaru, Ino, Choji og Asuma for å møte Akatsuki. Asuma kjemper, men blir drept av Akatsuki. Shikamaru er med han og han røyker med Asuma en siste gang før han dør. Shikamaru hevner Asuma ved å drepe morderen hans. Det viser seg også at Asuma får barn med Kurenai. Shikamaru lover Asuma at han vil ta vare på barnet hans. Shippuuden episodene er fremdeles under produksjon.