I 1893 døde han av slag i Saint-Cloud, like etter at han hadde ferdigstilt et requiem for sitt barnebarn. Han fikk en statsbegravelse fra Madeleine-kirken i Paris, og etter hans eget ønske ble det fremført en gregoriansk messe under begravelsen. Gounod er gravlagt på Cimetière d´Auteuil.