Han spilte deretter for FC Porto fra 1990 til 1994, og vant den portugisiske serien to ganger samtidig som han ble en publikumsfavoritt og vant prisen som årets fotballspiller i Bulgaria i 1993. Kostadinov spilte også for Deportivo de La Coruña, Bayern München (hvor han vant UEFA-cupen 1995/96 og scoret i finalen), Fenerbahçe SK, UANL Tigres og 1. FSV Mainz 05.