Klubbens beste sesong kom i 1999/2000-sesongen, da klubben vant den danske cupen med 1-0 over AaB i finalen. Dessuten endte klubben på en 4.-plass i serien, klubbens hittil høyeste sluttplassering i Superligaen. I sesongen 2005/2006 var Viborg FF tett på å «kapre» bronsen, men tapte de siste kampene, hvilket resulterte i enda en fjerdeplass.