Michael Jordan giftet seg i 1989 med Juanita Vanoy, og de to har to sønner og en datter. I 2002 søkte de om skilsmisse, men ble sammen igjen. Mot slutten av 2006 søkte de atter en gang om skilsmisse. I forbindelse med skilsmissen er det antatt at Juanita fikk verdier fra fellesboet på omkring 150 millioner dollar. I 2013 giftet han seg med tidligere modell Yvette Prieto. I 2014 fikk de tvillinger.