Skolen har enheter der elever fra flere årstrinn er samlet. Området skolen ligger i har maritime navn, og dette finner du også igjen i skolen. Enhetene er kalt opp etter lokale båter: Jekta (1. og 2. trinn), Sjarken (3. og 4. trinn), Færingen og Jolla (5. -7. trinn) Fembøringen og Åttringen (8.-10. trinn). Bodøsjøen skole åpnet i 2004, med 1.-7. trinn, og siste byggetrinn åpnet høsten 2010. Da fikk skolen ungdomstrinn også. Skolens uteområde er stort og variert, med aktiviteter for store og små.