I januar 2009 ble Helseøkonomiforvaltningen (HELFO), som blant annet dekker legemiddelrefusjoner, refusjoner til primærhelsetjenesten og private avtalespesialister, flyttet fra NAV til Helsedirektoratet. HELFO forvalter ca. 25 milliarder kroner årlig gjennom direkte oppgjør til behandlere, leverandører og tjenesteytere, samt individuell refusjon av utgifter til blant annet legemidler, tannhelse og helsetjenester i utlandet. I tillegg har HELFO ansvar for ordningen med fastlegebytter og europeisk helsetrygdkort.