Issyk-Kul er en monomiktisk innsjø; vannet sirkulerer i bare én periode om året. I den varme årstiden strømmer overflatevann fra midten av innsjøen ut mot breddene, samtidig som vann fra dypet kommer opp i midten. Termoklinen ligger 5–10 m dypt på midten, mens det langs breddene ligger på 20–30 m på grunn av det varme vannet som strømmer inn. I tillegg finnes det oppstrømninger ved breddene, på steder der vinden presser overflatevann utover. Det er som regel to vinddrevne hovedstrømmer, en vestlig langs nordbredden og en østlig langs sørbredden.