Hjemme viet han seg til sjelesorgen: han utførte konfirmasjoner, ordinerte prester og underviste. Han ordinerte en diakon, den senere fader Georgij Roško, en fremtidig plenipotent visitator for Kongregasjonen for de orientalske kirker til den russisk-katolske sjelesorg i verden. Mellom 1941 og 1942 møtte han fire representanter for de tyske okkupasjonsmyndigheter som tilbød ham å returnere til Moskva etter den tyske seieren over Sovjetunionen. Biskop Neveu takket nei til tilbudet. Han nektet også å publisere en anti-bolsjevikisk uttalelse i pressen, og sa at den kunne føre til nye rettssaker for katolikkene i Sovjetunionen.