Jan Mikołaj Smogulecki kom fra Kraków eller Smogulec (kildene spriker), og var sønn av en av Bydgoszcz, Maciej Smogulecki, og hans hustru Zofia Zebrzydowska. Han begynte sin utdannelse ca 1621 på jesuittenes skole i Braniewo, og fortsatte den fra ca 1623 ved Lubrański-akademiet i Poznań. Senere forlot han Det polsk-litauiske samvelde for ytterligere utdannelse utenlands. I perioden 1626–29 studerte han matematikk og astronomi i Freiburg, filosofi i Roma, og rettsvitenskap i Padova (der han også offisiell representant for Det polsk-litauiske samvelde).