Presidentflagget er basert på nasjonalflagget, men har presidentens gulfargede merke i den grønne delen av flagget. Merket består av halvmåne og stjernen innenfor en krans og med Pakistans navn skrevet på Urdu under. Tidligere var det pakistanske presidentflagget helt grønt og hadde presidentens gulfargede merke i midten.