I april 1773 kom over i den stillingen hvor han særlig kom til å gjøre seg gjeldende, som utenriksminister. Samtidig ble han medlem av geheimestatsrådet, altså den dansk-norske regjeringen. Hans første gjerning som utenriksminister ble å bringe i orden i forholdet til hertugdømmet Holstein-Gottorp. Den danske kongen hadde nemlig lenge ligget i strid med Gottorp-familien. Denne striden lyktes det endelig å få en ende på ved Makeskiftetraktaten av 1. juni 1773, som ble inngått med den nye hertugen av Holstein Gottorp, den senere tsar Paul av Russland. Resultatet var at kongen kom i full besittelse av Hertugdømmene. I tillegg inngikk Russland en allianse med Danmark-Norge 12. august 1773. Disse spørsmålene var imidlertid nærmest ferdigforhandlet da Bernstorff ble utenriksminister, og æren for disse bedriftene tilfalt snarere A. P. Bernstorffs onkel.