Kanalen har to løp slik at det kan gå skip i begge retninger samtidig. Høydeforskjellen fra havet til Gatunsjøen er 26 meter. Sammenliknet med Suezkanalen ble det tatt ut tre ganger mer masse da Panamakanalen ble bygget, totalt 204 millioner kubikkmeter (268 millioner kubikkyards).