Pave Benedikt XVI avsatte biskop Miccichè fra bispedømmets ledelse 19. mai 2012 og utnevnte erkebiskop emeritus av Pisa, Alessandro Plotti, til apostolisk administrator. Dette skjedde etter påstander om økonomiske uregelmessigheter ved sammenslåingen av to veldedige stiftelser. Imidlertid benektet Miccichè i et pastoralt brev i anledning hans avsettelse.