Nilsen er representant og gruppeleder i Trondheim bystyre fra 2015 for det politiske partiet Pensjonistpartiet. Han er også gruppeleder i Fylkestinget i Trøndelag for Pensjonistpartiet. Tidligere har han vært bystyrepresetant for Fremskrittspartiet fra 1983–2003 og bystyrerepresentant og gruppeleder for partiet Demokratene fra 2003–2011.