Mikkelsen var medlem av kommunestyret i Klaksvík fra 1984 til 1992. Han møtte som varamann på Lagtinget for Færøyenes statsminister Anfinn Kallsberg fra 2002 til 2004, deretter for innenriksminister Jógvan við Keldu frem til 2005, mens det ennå var valgkretser ved lagtingsvalgene. Mikkelsen var valgt fra Norðoyar. Ved lagtingsvalget i 2008 ble valgkretsene avskaffet, og Mikkelsen ble innvalgt på eget mandat og valgt til formann i Lagtingets velferdskomité og formann i Fólkaflokkurins lagtingsgruppe.