Frauke Petrys mor var kjemiker og arbeidet ved et kombinat, mens hennes far ingeniør. Hun vokste opp og bodde frem til 1989 i Schwarzheide i Niederlausitz. Hennes far hadde allerede før murens fall slått seg ned i Vest-Tyskland. Han unnlot å vende tilbake til Øst-Tyskland etter et besøk i vest. Da det ble mulig, flyttet også moren og Frauke til Bergkamen i Westfalen.