Det var i Sengoku-perioden (1467–1573), også kjent som de krigende staters periode, at ninjaene skal ha vært utbredt. Moderne ninja-skoler mener at nesten alle berømte daimyō har hatt ninjaer eller ninja-lignende grupper under seg, og at noen daimyō selv skal ha vært ninja. Sanada-klanen, hvis mest berømte medlem var Sanada Yukimara, skal ha vært en ninja-klan. Denne formodning bygger på et suksessfullt forsvar av deres slott, hvor omkring 3 000 soldater holdt stand mot en hær på 50 000 angripere anført av Tokugawa Hidetada.