Mye av den drivende kraften for rekonstruksjonen involverte spørsmålet om borgerrettigheter for de frisatte slavene i sørstatene. I respons til sørstatenes forsøk på å nekte de frisatte slavene sivile rettigheter, innførte kongressen en lov om borgerrettigheter i 1866 (og igjen i 1875). Dette førte til konflikt med president Andrew Johnson som la ned veto mot Borgerrettighetsloven av 1866. Men hans veto ble overstyrt. Den føderale styresmaktens mislykkede forsøk på å effektivt gjenforene landet førte til regjeringens feilslåtte forsøk i mange tiår på å gjennomføre borgerrettighetene til afroamerikanerne i sør i praksis.