Macao ligger på den vestre siden av viken hvor mange av utløpene Perlefloden (Zhujiang) renner inn i Sørkinahavet. Byen er 60 kilometer sørvest for Hongkong og 145 kilometer sør for Guangzhou. Den består av Macaohalvøya og av de nå forente øyene Taipa og Coloane. Halvøya er dannet av landtungen mellom Perleelvens hovedutløp i øst og en av munningsgrenene av Xijiang (Vestelven) i vest. Den grenser til Zhuhai i Fastlands-Kina. Den viktigste grensepasseringsposten mellom Macao og Kina er kjent som Portas do Cerco (Barrier Gate) på Macaosiden, og som grenseposten Gongbei på Zhuhaisiden.