Etter å ha blitt vitne til Batman beseire lederen deres, oppløser noen av mutantene seg opp i mindre gjenger. En av disse gjengene omdøper seg selv til «Sons of the Batman» og bruker overdreven vold mot andre kriminelle. I mellomtiden, ved Det hvite hus, diskuterer Supermann og president Ronald Reagan hendelsene som finner sted i Gotham - hvor sistnevnte antyder at Batman kanskje må arresteres. Etter at Gordon pensjonerer seg, etterfølges han som kommissær av kaptein Ellen Yindel. Men han erklærer Batman som en ettersøkt kriminell. Batmans retur stimulerer også hans aller største fiende, Jokeren, til å våkne fra sin katatoni ved mental-institusjonen Arkham Asylum. Joker manipulerer de som holder ham fanget, for å la ham delta på et talkshow på TV. Hvor han myrder alle sammen med en gift, før han stikker av. Men den amerikanske regjeringen beordrer Supermann å ta hånd om Batman.