Macpherson fikk to sønner med sin tidligere kjæreste, den franske finansmannen Arpad Busson, men de giftet seg aldri. Hennes sønner heter Arpad Flynn Alexander Busson (født 14. februar 1998), og Aurelius Cy Andrea Busson (født 4. februar 2003). Macpherson og Busson begynte sitt romantiske forhold i 1995. Macpherson bor mesteparten av tiden i Storbritannia sammen med sine to sønner.