Byen var kjent som Andugan på 900-tallet. Den ble ødelagt av mongolene, men mot slutten av 1200-tallet begynte en ny storhetstid med en sønnesønn av Djenghis Khan, Kaydu khan, som gjorde Andijon til hovedstad i kongeriket Fergana, en posisjon som byen beholdt i tre hundre år. Andijon var sentrum for en levende og lønnsom handel med Kashgar. I 1483 ble byens store sønn, Zahiriddin Muhammad Babur født. Men han måtte snart forlate byen. Tilskuddet av khanatet i Kokand førte til at Andizjans betydning avtok.