I mellomtiden hadde også Khalils onkel Shah Rukh som residerte i Herat bestemt seg for å hevde sin rett til tronen. Han samlet en hær og gikk mot Khalil ved elva Oxus. Her ble han imidlertid møtt av Khalils far Miran Shah og broren Abu Bakr ibn Miran Shah som hadde kommet fra Aserbajdsjan med militær støtte, og Shah Rukh måtte trekke seg tilbake. Likevel ble Khalils posisjon i Samarkand etter hvert svekket. Noe av dette skyldtes at han, muligens etter press fra sin kone, utnevnte personer av lav rang til høye stillinger, og dette ble mislikt blant adelen. En hungersnød førte til at han ble enda mer foraktet, og han besluttet å dra tilbake til Ferganadalen sammen med sin tidligere mentor Khudaidad Hussain i håp om å få støtte fra det tilgrensende Tsjagataikhanatet. Den persiske historikeren Muhammad Khwandamir (1475-1534) har hevdet at Khudaidad Hussain organiserte et opprør mot Khalil, tok ham til fange og utleverte ham til Tsjagataikhanatet. Khan Shams-i-Jahan skal imidlertid ha henrettet Khudaidad Hussain og latt Khalil returnere til sitt eget rike.