Nilsson spilte første kamp for GIF Sundsvall i Superettan 29. september 2013, da GIF Sundsvall spilte uavgjort 1–1 mot Hammarby IF. Nilsson kom inn som innbytter etter pausen for Daniel Sliper. Han spilte sin første kamp fra start mot Falkenbergs FF 7. oktober 2013. Sesongen etter spilte Nilsson sammenlagt åtte kamper for klubben. Nilsson fikk sin debutkamp i Allsvenskan 6. april 2015, da GIF Sundsvall tapte 1–4 for Malmö FF.