Historien begynner med en fortelling av , mester av Grønn Eco. Han snakker kryptisk om , skaperne av universet og alt liv på planeten. Imens drar og den rampete vennen til Misty Island, selv om Samos har forbudt dem å dra dit. Når de ankommer øya ser de to personer som taler for en hær med onde . Duoen, bekymret over hva de er vitne til, er i ferd med å dra tilbake, men blir overfalt av en stor Lurker. Jak klarer å ødelegge den ved å bruke en gjenstand fylt med Rød Eco, men eksplosjonen sender Daxter rett ned i et basseng med Mørk Eco. Daxter blir transformert til en Ottsel, en kombinasjon av "otter"(oter) og "weasel"(røyskatt), men er ellers uskadd. De drar tilbake til landsbyen deres, Sandover, og søker hjelp av Samos, som sier at bare Gol Acheron, Mesteren av Mørk Eco, kan endre Daxter tilbake igjen.