For Samos tidligste historie er den litterære tradisjonen særdeles mangelfull. Tradisjonen vil ha det til at i løpet av de store folkevandringer kom det jonisk befolkning som hadde sin opprinnelse i Epidauros i Argolida. Samons ble en av de tolv medlemmene i det joniske forbund. På 600-tallet f.Kr. hadde Samos blitt et av de ledende kommersielle senter i Hellas. Denne tidlige framgangen synes å ha sin årsak i øya strategiske posisjon til de viktigste handelsrutene, blant annet for import av tekstiler fra det indre Anatolia. Samos utviklet en omfattende oversjøisk handel med egne skip. De utviklet handel med befolkninger som bodde rundt Svartehavet foruten også med Egypt, Kyrene (Libya), byene Korint og Khalkis. Dette førte til at de utviklet bitter rivalisering med Miletos. Samos var i stand til få sin framtredende posisjon til tross for den voksende makten til Perserriket ettersom de var alliert med Egypt og var beskyttet av den egyptiske flåten. Det hevdes også at det var sjøfolk fra Samos som var de første grekere som nådde Gibraltarstredet.