Deretter trakk Bonifacio og hans menn opp i innlandet, til barrio Limbon i Indang. Den 26. april 1897 kom to av Aguinaldos offiserer (oberst Agapito Bonzon og Aguinaldos svoger major Jose Ignacio Paua) for å arrestere ham. Bonifacio satte seg til motverge. Det endte med at hans bror Ciriaco ble drept og at han selv ble såret i venstre arm og deretter knivstukket i nakken av Paua.