I det siste året av kontrakten sin, gjorde Hateboer det klart at intensjonen hans var å forlate klubben på en Bosman ved slutten av sesongen. Dette førte til at Groningen solgte ham til Atalanta i januar overgangsvinduet i stedet for å miste ham gratis om sommeren. Da han forlot Groningen i januar 2017, ble Hateboer kreditert med flest målgivende pasninger for en forsvarsspiller i Eredivisie den sesongen.