Nagasaki var den japanske katolske kirkes viktigste sentrum, og mange av de drepte var menighetslemmer tilhørende katedralmenigheten. Fordi bomben ble sluppet over nettopp denne byen var over ti prosent av ofrene katolske kristne (8 500, hele den katolske menighet hadde kun 12 000 medlemmer). I selve kirken var det bare 30 mennesker; to prester hørte skriftemål. Alle omkom. Kun én prosent av den japanske befolkningen var katolske kristne på denne tiden. Dette gjorde tapet ekstra stort for det katolske miljøet i Japan.