I sin rookie sesong ble Bosh tvunget til å spille ute av posisjon som Raptors startende Center etter Antonio Davis ble byttet til Chicago Bulls. Natt etter natt, ble Bosh slått imot av motstandere som hadde en betydelig større størrelse og styrke enn han. Bosh ble sitert av lagkamerat Michael Curry som hans mentor og ble ofte rost av sine trenere for hans hjerte, og vilje til å spille gjennom smerter og skader som følge av at kroppstyrken hans ikke var sammenlignbar med noen av ligaens sterkeste forwards og centres. Boshs bidrag var ikke ubemerket av lagkamerater heller, siden han i gjennomsnitt hadde 11,5 poeng, 7,4 returer, 1,4 blokker, og 33,5 minutter i 75 kamper, noe som leder alle rookies i rebounding og blokker, og satte en klubbrekord for flest rebounds i en rookie-sesong med 557. Bosh ble belønnet ved å bli valgt til All-Rookie First Team i 2003-04 sesongen.