Under Khorloogijn Choibalsans ledelse, som tok makten i 1928, ble først og fremst husdyrholdet kollektivisert, men også et annet sentral kommunistisk grep ble fulgt opp i Mongolia, som var under sterk innflytelse fra Stalins Sovjet. Tusenvis av religiøse mennesker, hovedsakelig buddhister, ble drept i forfølgelser og hundrevis av klostre og templer ble brent ned. Man estimerer at dødstallene skal være mellom 22 000 og 35 000 mennesker, inkludert 18 000 buddhistiske lamaer. Dette utgjorde den gangen rundt fire prosent av Mongolias befolkning. På en annen side oppgir enkelte kilder at tallene skal være så høye som 100 000. På denne tiden var alle religioner forbudt, fra Buddhisme til Sjamanisme. Mange sjamaner ble forfulgt i sovjettida og sendt i arbeidsleirer, der en rekke døde. Likevel gjemte mange sjamaner troen sin i de mongolske fjellene, for at den åndelige religionen ikke skulle dø ut. Selv om religion var forbudt tolererte mange kommunistiske embetsfolk sjamanisme, og gikk selv til sjamaner. Både buddhistiske og sjamanistiske seremonier måtte bli holdt på natten.