Blant sjøfuglene som hekker på Jarsteinen er grågås, ærfugl, havhest, sildemåke, gråmåke, svartbak, krykkje og teist. I tillegg hekker tjeld, skjærpiplerke, linerle, stokkand og ravn der. Dessuten har en koloni av toppskarv tilhold der, og denne overvåkes med lysloggere og er del av SEAPOP/SEATRACK programmet. I tillegg besøker flere andre arter Jarsteinen, som vandrefalk og havørn.