Delstaten har den lengste kystlinjen av alle delstatene – ca. km. Tysklands to største øyer, Rügen og Usedom, ligger i Mecklenburg-Vorpommern. Det gjør også Tysklands største innsjø (som kun ligger i Tyskland) Müritz. Delstaten har totalt over 2028 innsjøer som tilsammen utgjør 738 km².