Eeg-Henriksen ble raskt renvasket for anklager om landssvik, ble tildelt Deltakermedaljen og ble ansatt i Forsvarets overkommando og Forsvarsstaben der han arbeidet fram til 1949. Han tok først del i vaktholdet og avhørene av tyske offiserer ved Akershus fengsel . Høsten 1946/våren 1947 var han med kapteins grad, på oppdrag i den amerikanske sonen i det okkuperte Tyskland for å samle inn opplysninger om mulige framtidige spioner. I 1949 fullførte han juss-studiet.