I 1996 tok tutsien Pierre Buyoya makten gjennom et kupp. Han opphevet grunnloven og ble tatt i ed som president i 1998. Som et resultat av angrep fra opprørere ble befolkningen tvunget til å søke tilflukt i flyktningleirer. Under hans styre ble det avholdt lange fredssamtaler under mekling fra Sør-Afrika. Begge partene skrev under på avtaler i Arusha i Tanzania og Pretoria i Sør-Afrika hvor man ble enige om å dele makten i Burundi. Avtalen tok fire år å få ferdig, og 28. august 2000 var en overgangsregjering klar. Overgangsregjeringen fikk en prøveperiode på fem år. Til tross for flere brudd på våpenhvilen har en plan fra 2001 om fred og maktfordeling vært relativt vellykket. I 2003 ble det underskrevet en våpenhvileavtale mellom den tutsidominerte regjeringen og den største opprørsgruppen, CNDD-FDD).