Jan Karski ble født Jan Romuald Kozielewski i Łódź, Polen. Karski kom fra en katolsk, aristokratisk familie og var yngst av åtte søsken. Han gikk på grunnskole drevet av jesuitter. Fødebyen hadde før krigen en stor jødisk befolkning. Han var født Jan Kozielewski og brukte dekknavnene «Witold» og «Jan Karski». Karski var offiser i hæren da landet ble invadert.