Byen Vikramapura er det mest sannsynlige fødestedet for Atisha, og det var hovedstaden til de gamle kongedømmene i det sørvestlige Bengal. Selv om den nøyaktige plasseringen av byen ikke er kjent, så ligger den i dag i Munshigan-distriktet i Bangladesh, og fortsetter å være kjent som et sentrum for tidlig buddhistisk kulturelt, akademisk og politisk liv. I likhet med Shakyamuni Buddha ble Athisha født inn i en kongelig familie; Palasset han vokste opp i bar det passende navnet "Det Gyldne Banners Palass", og det hadde "et stort gyllent banner omkranset av utallige hus, og det var et stort antall badesteder omkranset av 720 storslåtte hager, skoger med Tala-trær, syv konsentriske murer, 363 bruer, utallige gyldne seiersflagg, tretten tak på hovedpalasset og tusenvis av adelsmenn". Hans far var den Bengalske kongen som var kjent som Kayana Shri, og hans mor var Shri Prabhavati. Atisha hadde to andre kongelige brødre, og gikk under navnet Changragarbha i den første delen av sitt liv. Det var faktisk ikke før han reiste til Tibet og møtte Kong Jangchub Oe at han ble gitt navnet Atisha, som er en tibetansk referanse til fred.