Myndigheten utpekte 2 637 leiegårder som jødiske og disse ble merket med stor gul stjerne mot sort bakgrunn. Flyttingen ble kunngjort av borgermesteren 16. juni med fem dagers frist. Det ble dannet flere og mer spredte gettoer enn planen skissert tidlig i mai. I slutten av juni ble antall jødiske bygninger redusert til 1948 og de fleste av disse i sentrale deler av Pest. Jødene i Budapest skulle etter planen deporteres til Auschwitz i juli og de ble reddet ved Horthys ordre 8. juli om å stanse deportasjonene. Menn under 60 år og kvinner under 40 år ble høsten 1944 sendt på tvangsarbeid vest for Budapest. De gjenværende ble konsentrert i den internasjonale gettoen, nær elven Donau, på østsiden i distrikt V, og Pest-gettoen i distrikt VII, sentralt i Pest. Disse gettoene ble etablert ved dekreter 12. og 29. november. Bakgrunnen for den internasjonale gettoen var ønske om å skille de jøder som stod under spesiell beskyttelse fra de andre jødene. I november-desember 1944 ble det nesten anarkitilstander i Budapest, etter at Szálasis regjering mistet kontrollen over pilkors-militsen. Den internasjonale gettoen, der jødene i prinsippet var beskyttet, ble stadig ramponert og militsen hentet ut personer som de henrettet ved Donau. De fleste byggene omfattet av gettoene står fortsatt.