På vegne av de to gjenlevende Beatles, og John og Georges pårørende, gikk Apple i 2005 på nytt til søksmål mot EMI for manglende betaling av royalties. Saken ble avsluttet i april 2007 med en offentlig kjent og akseptert avgjørelse, og en tilleggsbestemmelse som skulle holdes konfidensiell. Det ble nå også kunngjort at direktøren, Neil Aspinall, ville trekke seg fra stillingen i konsernet og gå over i pensjonistenes rekker. Aspinall ble erstattet av Jeff Jones.