Bydelen grenser til Nittedal kommune i nord, Lillestrøm kommune i nord og øst og Lørenskog i øst. I sør grenser Stovner til nabobydelen Alna med Ellingsrud og Østmarka. I vest grenser Stovner til nabobydelen Grorud. Stovner bydel ligger tett inntil Gjelleråsmarka som er et populært skogsområde i nord. I vest ligger Lillomarka og i sør ligger Østmarka.