I årene 1946-1951 studerte han fysikk, matematikk og filosofi ved Ddet hebraiske universitet i Jerusalem, og i 1952 fikk han en grad i fysikk. Agassi fortalte senere at han deltok i en samling der han i spørretimen uttrykte standpunktet at vitenskapen ikke tvinger en person til å tro på noe, og at en person som er ærlig i hans øyne vil gjøre det. Han hevdet at etter dette sa Gresham Shalom at han ville gjøre alt i hans makt for å hindre Agassi fra å få en stilling ved det hebraiske universitetet.