Etter at Chargers nektet å endre på tilbudet sitt begynte Brees å kommunisere med andre lag. New Orleans Saints og Miami Dolphins var begge interessert i ham. New Orleans kom med et tilbud som inkluderte $10 millioner garantert første året og en mulighet for $12 millioner året derpå. Miami var usikre på hvorvidt Brees' skulder hadde kommet seg helt, og ble anbefalt av leger å ikke signere ham på grunn av skaden. Dolphins avsluttet forhandlinger med Brees og valgte heller å bytte til seg Minnesota Vikings' quarterback Daunte Culpepper. Brees signerte en 6-årig kontrakt verd $60 millioner med Saints 14. mars 2006. Dolphins' avgjørelse om å ikke signere Brees var grunnen til at Nick Saban sa opp sin stilling og gikk til Alabama.