På 2000-tallet ble Goma anklaget av jødiske og israelske grupper for å være antisemitt. I en artikkel fra 2002 i tidskriftet , og i boken fra 2003, tok Goma opp massakren i Dorohoi, der rumenske militære i 1940 drepte 53 jøder. Goma beskrev motivet som hevnlyst etter massemordet på rumenere under evakueringen av Bessarabia, der jøder, ukrainere og andre minoritetsgrupper hadde deltatt. Gomas skildring avvek dermed fra den historieskrivning som var fremlagt av en statlig kommisjon, som ikke regner Dorohoimassakeren som en hendelse i særstilling, men som en del av Forintelsen, og Goma ble som følge av dette anklaget for å være holocaustbenekter. Marco Maximillian Katz, leder for Senteret for overvåkning og bekjempelse av antisemittisme i Romania, anklaget i en rapport Goma for å anse at Holocaust skyldtes jødene selv. I samme rapport avhandlet Katz også Gomas syn på Israel–Palestina-konflikten. Han skrev at «Goma beskylder det israelske folk for å være forbryterne i deres behandling av palestinerne». Katz avsluttet: «Jeg tror ikke at det finnes, i den erterkommunistiske kulturelitens produksjon, noen skrifter som kan jamføres med denne forne dissidents uttrettelige hat.» Goma, hvis hustru var jødisk, svarte at anklagene var uhederlige og lignet de argumenter som Securitate hadde brukt mot ham på 1980-tallet.