Femte generasjons hovedeiere består av administrerende direktør Thomas Wilhelmsen og hans søsken og kusiner: Finns adoptivdatter Hannah Wilhelmsen, Cecilies døtre Pontine Paus og Olympia Paus, og Helens døtre Cathrine Løvenskiold Wilhelmsen, Hedvig Juell og Maren Juell. Eierskapet er organisert gjennom et komplisert system med familieselskaper der Tallyman er det mest sentrale. I 2020 skrev om et familieopprør i firmaet, der de tre andre familiegrenene, som består av de fleste kvinnene i familien, krevde å få være med å bestemme. Siden har det pågått en rekke rettssaker i familien, i det som omtales som en av de mest markante familiefeidene i en norsk rederfamilie. Under en rettssak mellom medlemmene av Wilhelmsen-familien i 2024 kom det frem at det fortsatt skal finnes en utenlandsformue, ifølge Helen Juell. Ulike grener av familien har også forsøkt å kjøpe ut de andre, uten at noen av partene har akseptert budene.