Maria, skottenes dronning, (styrte i årene 1542–1567) bodde på Doune ved en rekke anledninger hvor hun hadde en gruppe rom over kjøkkenet. Doune var bemannet med en styrke lojal til Maria gjennom den korte borgerkrigen som brøt ut da hun ble tvunget til å abdisere i 1567, og ble sittende her til de overga seg til regenten Matthew Stewart, 4. jarl av Lennox i 1570 etter en tredagers blokade.