Den 4. februar 1889 ga domstolen, «Ordre om avvikling av selskapet Panama-Kanalen i Paris». Arbeid på eidet ble stoppet mens domstolen oppnevnte bobestyrer for å sørge for holde vedlike eksisterende bygninger, verktøy og maskiner. Innen et par år oppstod det høye tap på grunn av det fuktige, varme klimaet. Den franske regjeringen forsinket avviklingen ytterligere fordi flere tilbud fra ulike amerikanske selskaper syntes utilstrekkelig. Et intrimselskap kunne ikke kunne startes på grunn av mangel på kapital. Bobestyreren oppnevnte en granskningskommisjon som i 1890-rapporten anbefalte videreføring av kanalen og fornying av kontrakten med Colombia fra 1878. Dette ble avtalt i 1890 i Bogotá og gyldig til 1904.