Den 10. oktober 1983 ble han presteviet i Roma for hjemmebispedømmet Essen av erkebiskopen av München og Freising, Friedrich Wetter. Etter at han ble uteksaminert fra Det pavelige gregorianske universitet, var han kapellan i sognet i Duisburg-Mitte fra 1984 til 1987. I oktober 1987 begynte Martin Krebs å studere ved Det pavelige diplomatiske akademi i Roma, som han fullførte i 1991 med en doktorgrad i kanonisk rett.