Møller satt i bystyret fra 1898, var varaordfører 1899–1904 og ordfører i perioden 1905–1907. Han var vararepresentant til Stortinget 1919-1921 på en liste fra Høyre og Frisinnede Venstre, og var selv medlem av Frisinnede Venstre. Som politiker arbeidet han blant annet med spørsmålet om jernbane til Veblungsnes og videre til Ålesund med forbindelse til Molde med dampbåt fra Vestnes eventuelt jernbane fra Oppdal via Sunndal til Molde.