Det finnes relativt lite informasjon og dokumentasjon om Caravaggios tidligste leveår. Michelangelo Merisi da Caravaggio ble født i Milano i Italia i 1571. Faren, Fermo Merisi, var en arkitekt som var gift med Lucia Aratori. I 1576 måtte familien reise en liten by kalt Caravaggio, ikke langt unna Bergamo, på grunn av en epidemi. Caravaggios etternavn er altså opprinnelig hentet fra denne byen (da = fra). Dette var en tradisjon som var nokså vanlig i Italia på denne tiden, og Leonardo da Vincis navn er av samme type. Både bestefaren og faren døde av epidemien, og som et resultat måtte Caravaggios mor alene gi føde og rom for sine fem barn.