I 2009 ble Harper diagnostisert med lungekreft. Hun fortalte 6. mars 2013 at prøvene viste at hun hadde en sjelden kreftform kalt leptomeningeal carcinomatose, der kreftcellene sprer seg til hjernehinnen. Hun sa at hun ifølge legene hadde høyst tre måneder igjen å leve. Selv om hun ikke ble gitt utsikter til å overleve kreften, sa legene at hun ble gitt kjemoterapi som livsforlengende behandling. I april 2014 sa Harper at hun responderte bra på behandlingen. Den 30. juli 2015 ble Harper innlagt på sykehus i Maine etter å ha besvimt. Senere på dagen ble hun overført til et større hospital for videre oppfølging. Hun ble senere utskrevet.