I forbindelse med opprettingen av Diku, gjennomførte Kunnskapsdepartementet en del organisatoriske endringer. Nasjonalt organ for kvalitet i utdanningen (NOKUT) skulle fortsatt akkreditere og godkjenne høyere utdanning og fagskoleutdanning; føre tilsyn med kvaliteten i utdanningen og godkjenne utenlandsk utdanning, men Diku overtok blant annet ansvaret for sentre for fremragende utdanning. Diku fikk også ansvar for lærebokutvalget og tilskuddsordningen Senter for fremragende utdanning som tidligere lå under Universitets- og høgskolerådet og NOKUT. 1. juli 2021 ble Diku slått sammen med Kompetanse Norge og deler av Direktoratet for IKT og fellestjenester i høyere utdanning og forskning (Unit) samt Universell (NTNU) til Direktoratet for høyere utdanning og kompetanse.