Warren Barton startet sin profesjonelle fotballkarriere da han skrev under for Maidstone United i juli 1989. Etter å ha spilt 42 ligakamper for Maidstone i 1989/90-sesongen kjøpte Wimbledon Barton for £300 000 i juni 1990. I hans første sesong for Wimbledon scoret han 3 mål på 37 ligakamper, mens han i de påfølgende sesongene fikk bokført ett mål på 42 ligakamper og 2 mål på 23 ligakamper. I 1993/94-sesongen noterte han seg for 2 mål på 39 ligakamper og det gjorde han også i sin femte og siste sesong for .