Han var kronprins Leopolds (1901–1983) - senere kong Leopold IIIs - eldste sønn. Hans mor var prinsesse Astrid av Sverige. Boudewijn er hans nederlandske navn, mens Baudouin er hans franske navn, som er mest brukt utenfor Belgia. I ung alder mistet Baudoin sin mor i en bilulykke. Faren ga barna en guvernante, Lilian Baels og giftet seg med henne i 1941.