Hōjō Tokimune kom fra Heisi-Hōjō-klanen, Adachi-huset. Han var den eldste sønnen til Hōjō Tokiyori, en tidligere regent og (Hōjō-klanens overhode). I tillegg til Tokimune var hans fornavn Masatoshi (正寿) og Sagamitarō (相模太). Tokimune hadde to brørdre Tokisune Og Munemasa.