PU er delt inn i fire avdelinger: Felles enhet for ID-avklaring (FID) Felles enhet for operative tjenester og retur (FOTR) Felles enhet for internat og flyplasslogistikk (FIF) Felles enhet for Juridisk, analyse, grensekontroll og etterretning (FJAGE) Videre er fire stabsfunksjoner lagt direkte under sjef PU. Dette inkluderer stab for internasjonalt samarbeid, stab for kommunikasjon, stab for virksomhetsstyring og stab for HR og HMS.