På denne tiden var det imidlertid ikke lenger noe tysk rakettselskap, etter VfR hadde kollapset og den nye regjeringen forbød rakettester. Kun militære forsøk ble tillatt, og en større fasilitet ble bygget ved Peenemünde i det nordøstre Tyskland ved Østersjøen. Dornberger ble militær kommandant og Braun ble teknisk direktør. De gjorde forsøk med å montere en rakettmotor i skroget på en konvensjonell Heinkel He 112 propelldrevet jagerfly, og lyktes med å få flyet til å både fly og lande med ren rakettkraft. De utviklet også et langtrekkende ballistisk missil, A-4, og supersoniske anti-luftskytsmissiler kalt Wasserfall. A-4 ble etterhvert utviklet til V-2-raketten.