Indravarman II ble trolig etterfulgt av Jayavarman VIII. I det mørke 13. århundre ble også de fleste Buddhastatuene (arkeologer anslår antallet til å være rundt 10 000) ødelagt og templene konvertert til hinduistiske helligdommer. I den samme perioden ble også Angkor Wat ferdigstilt, bygget av en konge som kun er kjent under navnet Paramavishnuloka. Fra utsiden ble riket truet i 1283 av mongolene under Kublai-khan. Kongen unngikk krig mot denne mektige motstanderen, som på dette tidspunktet hersket over hele Kina, ved å betale en årlig avgift til ham. Jayavarman VIIIs regjeringstid endte i 1295 da han ble avsatt av sin svigersønn Srindravarman (regjeringstid 1295 – 1308). Den nye kongen var tilhenger av Theravadabuddhismen, en buddhistisk retning som kom til Sørøst-Asia fra Sri Lanka og spredte seg utover det meste av regionen.