Fra 1638 underviste Kircher i matematikk, fysikk og orientalske språk ved Collegium Romanum (Gregoriana). I 1645 ble han fristilt fra dette for å kunne hengi seg helt og fullt forskningen. Han utforsket sykdommer som malaria og pest og samlet sammen en betydelig samling av antikviteter som man sammen med sine egne oppfinnelser stilte ut i sitt .