Flyktningene søkte tilflukt i byen Mosynopolis i Trakia hvor den avsatte tidligere keiser Alexios III Angelos, Eudokias far, holdt til. Her fikk Alexios V gifte seg med Eudokia, men senere sørget Alexios III for at svigersønnen ble blindet for å gjøre ham uskikket til å bli keiser igjen. Forlatt av sine tilhenger ble Alexios V tatt til fange av de fremrykkende latinerne under ledelse av Thierry de Loos i november 1204. Han ble brakt til Konstantinopel og dømt til døden for forræderi mot Alexios IV, hvor han ble kastet ut fra toppen av Theodosius-søylen midt i byen.