Den andre store krisen begynte i 1660-årene og varte helt ut til de første tiårene av 1700-tallet. I likhet med den første krisen var denne preget av en rekke uheldige hendelser. Blant annet brant varelagrene i Bergen igjen i 1702 under en stor bybrann, avlingene nordpå sviktet og fisket ga svært små fangster. En viktig årsak kan være klimaendringene som ga spesielt kaldt og dårlig vær, fra 1590-årene til 1690-årene. Forsyningsvansker og mangel på utredning (manglende kredit fra kjøpmennene for å kjøpe utstyr) kan også ha vært medvirkende årsaker.