Luján har støttet økt offentlig støtte til Bureau of Indian Affairs og Indian Health Service. Han er mot Stop the War on Coal Act of 2012 og var for å bevare landområder som er hellige for uramerikanere. Luján jobbet på lovforslag som gjorde det mulig for stammer å be om krisehjelp direkte fra presidenten. Der er 15 forskjellige Pueblostammer i Lujáns distrikt, samt landområder som tilhører Jicarilla-nasjonen og Navajo-nasjonen. I februar 2009 introduserte Luján en serie med fem lovforslag om tilgang til vann som, i tillegg til å forbedre tilgangen til vann i de mange lokalsamfunnene i distriktet, også ville gitt føderal støtte til indianerstammer. Sammen med Harry Teague (D-NM) og Ann Kirkpatrick (D-AZ) sponset Luján et tillegg til helsereformen som ville forlenget det daværende Indian Health Care-systemet ut 2025.