Ian Anderson er en multiinstrumentalist med en rekke selvlagde instrumenter og kombinasjoner. I tillegg til vokal spiller Anderson hovedsak gitar og fløyte. I begynnelsen av bandets historie var det Mick Abrahams som spilte gitar, og Anderson konsentrerte seg mer på munnspill, tverrfløyte og senere kom andre blåseinstrumenter som trompet, pikkolofløyte, saksofon og også plystring. Han hadde først et Hohner blues-munnspill, som, ifølge Andersons egne beskrivelse, «man måtte suge mer enn blåse for å få blues-greia til å skje». Han spiller også akustisk og elektrisk gitar, akustisk og elektrisk mandolin, piano og keyboard. I tillegg spilte Anderson tidlig også en rekke andre i utgangspunktet ikke-musikkinstrumenter, som en vannflaske, vekkerklokke, blikkfløyte og et «claghorn», det vil si en merkelig blanding mellom en etnisk bambusfløyte og et saksofonmunnstykke.