I 1804 utga Prahl en beskrivelse over øygruppen Nikobarene, som også inneholdt en selvbiografi. Mens han bodde i Christiania var han en av Norges mest produktive forfattere på denne tiden. I 1807 utga han i to bind, som ifølge Ludvig Daae «vidner om stor Erudition» (lærdom) og fikk mange lesere: Conradine Dunker nevner at boken fantes «næsten i ethvert Hus i Christiania». Han var en ivrig forkjemper for at Norge skulle få sitt eget universitet og skrev et prisskrift om dette emnet, utgitt av Selskabet for Norges Vel. Ifølge skrev han i 1806 på en biografi over Warren Hastings og ville utgi et skrift om gjendøperne i Münster. I Christiania var han også medredaktør av bladet sammen med Niels Wulfsberg.