Før det kom tester for Clostridium difficile toxin, ble diagnosen oftest stillet med koloskopi eller sigmoidoskopi. Tilstedeværelse av pseudomembraner på den indre overflaten av tykktarm eller endetarm er diagnostisk for tilstanden. Pseudomembranene består av betennelsesrester/ puss som hvite blodlegemer, døde bakterierester og stoffer som siver ut fra betent vev.