Det forelå ikke noen stor interesse for å få dem til å konvertere til islam, ettersom man også kunne innkreve en spesiell skatt fra ikke-muslimer (). Imidlertid oppstod en konflikt med visse arabiske grupperinger og også med sjiamuslimer. Disse hadde støttet abbasidene i revolusjonene, men da abbasidene vel hadde grepet makten, tillempet de en strikt sunni-islam og forkastet sjiittene. Dette førte til en rekke konflikter som kulminerte i et blodig opprør i Mekka i 786. Mange sjiitter flyktet og en selvstendig berbersk stat ble grunnlagt i Nord-Afrika i 801.