Fleischer fulgte motvillig med til Storbritannia da kong Haakon og Johan Nygaardsvolds regjering forlot Norge 7. juni 1940. Der ble Fleischer sjef for den norske hærens overkommando og opprettet Den norske brigaden i Skottland. 1. desember 1942 ble Fleischer beordret til den mindre viktige stillingen som militærattaché og sjef for den norske militærmisjonen i Washington DC. Før han fikk tiltrådt, tok han sitt eget liv 19. desember 1942. Dagen før ble Fleischer i statsråd i London tildelt Norges fremste militære utmerkelse, Krigskorset med sverd.