Chontosh returnerte til Irak i løpet av andre halvdel av 2004 som sjef for India kompani, 3. bataljon, 5th Marines. I løpet av denne tiden deltok kompaniet i Operasjon Phantom Fury, det andre angrepet på Fallujah i november 2004. Av de 158 Marines han kommanderte, ble bare tre drept i kamp og 25 såret. I løpet av denne tiden kom hans kompani også i fokus i en Fox News-dokumentar med tittelen Breaking Point: Company of Heroes.