Behovet for Sjøtønnen forsvant etter hvert, både på grunn av byggingen av Skoltegrunnsmoloen og på grunn av at damp overtok for seil. Likevel ligger den der fortsatt, og fortsatt blir det avkrevd tønnepenger av ankomne fartøy. I 2005 måtte skipene betale 1,5 øre per nettoregistertonn. Samme år kom det inn 156 825 kroner i tønnepenger, som fortsatt går til Sjøfarendes Aldershjem.