Han var altså sønn av Eiler Hagerup d.e. (1684–1743) som ble biskop i Nidaros det året Christian ble født. Mora het Anna Cathrine Barhow (1695–1737) og døde da Christian var kuns liten gutt. Han giftet seg i 1764 med Anne Margrethe Cathrine Westermann (1736–1819). Hans sønn Eiler Hagerup (1766–1826) ble også prest, og forfattet en biografi om Christian Frederik. Datteren Anna Margrethe Hagerup (1768–1840) ble gift med politimesteren i Trondheim, Mons Lie.