Ved siden av sitt virke ved Nissens Pikeskole hadde Bernhard Pauss en rekke andre stillinger i kirken og innen undervisning ved forskjellige institusjoner. Han var i perioden 1868–1882 også lærer i tysk og religion ved Krigsskolen; i statskalenderen for 1871 er han en av Krigsskolens 18 lærere; en av kollegene, Johan Altenborg Paus, er en fjern slektning. I adresseboken for 1879 er han en av Krigsskolens femten faste lærere. I 1872 ble han i tillegg utnevnt av biskop Jens Lauritz Arup til klokker og lærer ved Tukthuset; stillingen innebar ansvar for undervisningen ved Tukthuset, som foregikk i kirkelig regi, og han ble etterfulgt i stillingen av teologen Sønke Sønnichsen året etter. Han var videre aftensangprest i Christiania og forrettet regelmessig gudstjenester i Trefoldighetskirken og slottskapellet. I forbindelse med besøk i hjembyen hendte det også at han forrettet gudstjenester i Tangen kirke i Drammen.