I 1990 tok hun steget over i rikspolitikken og ble medlem av Rajya Sabha, overhuset i Indias parlament. Swaraj stilte i 1996 til valg til underhuset, Lok Sabha, og ble valgt fra valgkretsen South Delhi. Hun ble minister for informasjon og kringkasting i den kortvarige regjeringen ledet av statsminister Atal Bihari Vajpayee (16. mai–1. juni 1996). Ved valget i 1998 vant hun gjenvalg til Lok Sabha. Igjen ble hun minister i en regjering dannet av Vajpayee, denne gang som minister for informasjon, kringkasting og telekommunikasjon fra 19. mars til 12. oktober 1998. Deretter var hun fra 13. oktober til 3. desember 1998 førsteminister i det nasjonale hovedstadsterritoriet Delhi.