Etter at biskop Gerow trakk seg tilbake, ble Brunini utnevnt til biskop av Natchez-Jackson av pave Paul VI den 2. desember 1967. Han var den første hjemfødte mississippianer i den vervet. Han var en frittalende talsmann for borgerrettighetsbevegelsen; han erklærte en gang: Han var med på å grunnlegge og lede som den første president .