Grensekrigen med indianerne nord for elven Ohio fortsatte selv etter at uavhengighetskrigen var over. I september 1786 var Boone med på en militær ekspedisjon inn i Ohio Country ledet av Benjamin Logan. Da han kom tilbake til Limestone, gav Boone husly og mat til shawneene som var blitt tatt til fange under raidet og hjalp til med å forhandle frem våpenhvile og utveksling av fanger. Selv om den nordvestlige indianerkrigen ble trappet opp og varte frem til amerikanerne seiret i slaget ved Fallen Timbers i 1794, var ekspedisjonen i 1786 Boones siste militære opptreden.