Til oppgavene i katedralen hørte ledelse av alle musikkaktivitetene, som ansettelse av musikere, innkjøp av og overoppsyn med installasjonen av nytt orgel og tett samarbeid med komponisten Francisco Guerrero (1528–1599) ved de mange byfestene. I tråd med Mudarras siste vilje ble hans betydelige formue delt ut til Sevillas fattige etter hans død.