Peder Paus var gift i 1. ekteskap med Cathrine Medea Maj Hermansdatter Arentsen (d. 1736), datter av sogneprest i Ølsted på Sjælland Herman Arentsen (1647–98) og Gundel Sørensdatter Maj. Herman var sønn av den kjente topografen Arent Berntsen, mens Gundel var datter av magister, prost og sogneprest i Holbæk Søren Nielsen May og Catharina Motzfeldt, som igjen var datter av vinhandler og stadskaptein i København Peter Motzfeldt (1584–1650). Svigermoren Gundel Maj var bl.a. kusine til statsmannen Peder Griffenfeld. I 2. ekteskap var Peder Paus gift med kusinen Hedvig Coldevin Corneliusdatter Paus (1711–71), datter av sorenskriver Cornelius Paus og Valborg Rafn (jf. nedenfor). I første ekteskap var Peder Paus far til Anna Susanna Paus (1720–1798), gift med bergmester ved Kongsberg Sølvverk og overbergamtsassessor Adam Adamsen Ziener (f. 1709), og til sorenskriver i Øvre Telemark Hans Paus (1721–1774). Hans Paus var gift med danskfødte Andrea Jaspara Nissen (f. 1725); hennes far Nicolai (von) Nissen var i noen år stasjonert i Kviteseid som offiser og var sønn av krigskommissær i Jylland Nicolai Nissen, bror av guvernør på St. Croix Gregers Høeg Nissen, fetter til guvernør i Trankebar Christian Ulrich von Nissen-Benzon samt oldebarn av krigshelten Jørgen Kaas. Hennes mor Christence Groll var datter av Johan Groll, som eide Hassel Jernværk til 1691.