I Kosovo var det også andre albanske organisasjoner, den viktigste var Pejaligaen, oppkalt etter byen Peja hvor den ble grunnlagt i 1899. Den ble ledet av Haxhi Zeka, et tidligere medlem av Prizrenligaen og delte en tilsvarende plattform i søken etter å opprette en selvstyrt albansk vilayet. Ligaen avsluttet sine aktiviteter i 1900 etter en militær konflikt med osmanske styrker. Zeka ble myrdet av en serbisk agent i 1902 med støtte fra osmanske myndigheter.