I 1841 kom de første jesuitter tilbake. De tok ikke mål av seg å virke så landsdekkende som de hadde gjort tidligere, men begynte i Shanghai og Jiangnan og fikk etterhvert ansvaret for tilgrensende områder. Etter 1826 var det ikke lenger noen europeere tilknyttet det keiserlige astronomibyrå i Beijing, og jesuittene måtte innse at med den nå regjerende keiser var de tider forbi. De gjorde ikke fremstøt for å gjeninnta sin gamle rolle der. De etablerte seg ved Paul Xu Guangqis grav i Zikawei i Shanghai og bygde opp et variert apostolat hvor det foruten sjelesorg også snart inngikk et stort bibliotek og et astronomisk observatorium. Lasaristene forsterket sine rekker (fra 1846 til 1849 med 52 nye prester), og dominikanerne i Fujian gjenoppbygde en rekke av sine gamle kirker og kapeller. Men det var fremfor alt det parisiske ytremisjonsselskap som gikk inn med tyngde, både i nord og i sør. På Formosa ble det på nytt satt i gang katolsk misjon i 1859. Ettersom øya helt frem til 1885 var del av provinsen Fujian, som dominikanerne hadde ansvar for, var også Formosa deres misjonsterritorium.