Enéas var født og oppvokst i Acre som ligger helt vest i Brasil. Han mistet sine foreldre da han var ni år og måtte tidlig arbeide for å bistå sin familie og da sine to brødre. I 1958 forlot han Acre for å begynne å studere i storbyen Rio de Janeiro. Her oppnådde han en grad innen fysikk og matematikk. I 1959 jobbet han med anestesi. I 1965 fikk han en medisinsk grad med fordypning i kardiologi ved det medisinske universitet i Rio de Janiero of Medicine. Hans akademiske karriere var ikke definert via medisin, men heller via artikler han skrev om filosofi, logikk og robotikk. I 1980 oppnådde han en medisinsk grad ved Kreftsykehuset i Rio de Janeiro.