Flere år senere forsøker Autobots å hjelpe det amerikanske militæret med å forhindre større konflikter rundt omkring i verden. Under et oppdrag til Tsjernobyl, Ukraina (området for Tsjernobyl-ulykken i april 1986) for å undersøke fremmed og ukjent teknologi, blir Autobots angrepet av Decepticon-forskeren Shockwave og den gigantiske Driller. Deception kommer seg unna, men Optimus Prime oppdager at teknologien opprinnelig kommer fra Arken. Etter å ha oppdaget det topphemmelige oppdraget til Månen fra 1969, reiser Autobots til Månen for å undersøke Arken videre. De oppdager en Sentinel Prime som ligger i koma - Optimus sin forgjenger som leder for Autobots - og fem søyler han opprettet i forsøk på å skape en mulighet for teleportering.