Filmen handler om Rafe (spilt av Ben Affleck) og Danny (spilt av Josh Hartnett) som er marinepiloter på flybasen Pearl Harbor på Hawaii. Der møter Rafe Evelyn (spilt av Kate Beckinsale), som han blir forelsket i. De blir sammen, men etter en liten stund på Hawaii drar Rafe til England, det farligste krigsområdet, for å kjempe for landet sitt. Der blir flyet hans skutt ned, og både Danny og Evelyn får beskjed om at han er død. Da finner Danny og Evelyn ut at de liker hverandre, og blir sammen. De får seg en overraskelse når Rafe kommer tilbake, han overlevde nemlig angrepet. En stund etterpå drar Danny og Rafe ut på et hemmelig oppdrag i Japan, der Danny dør. Rafe og Evelyn blir sammen igjen.