Hjembyen Fokaia var den første byen i Jonia som ble beleiret av hæren til Kyros den store, kommandert av Harpagus, i 546 f.Kr. Etter å ha forhandlet fram våpenhvile tok fokaierne sine skip og oppga byen til Harpagus som lot dem seile. Da de ble nektet å bosette seg på småøyene Oenussae i området Khíos besluttet de å seile til Alaliē, men gjorde først et overraskende angrep på Fokaia, henrettet hele den persiske garnisonen som var der. Etter denne suksessen flyttet halvparten tilbake til Fokaia, mens den andre halvparten bosatte seg i nærhet av Alaliē.