I 1990 skapte Bekken debatt da han avviste læren om en mulig fortapelse etter døden, og mente Jesu beskrivelse av helvete var et bilde som ikke måtte tas bokstavelig. Bekkens uttalelser ble kritisert av blant andre Carl Fredrik Wisløff, Fredrik Grønningsæter og Per Lønning, mens Jacob Jervell forsvarte Bekken. Det vakte også oppsikt da han avholdt en «dyregudstjeneste» i Vålerenga kirke, en takkegudstjeneste for verdens dyr. Han holdt årlige minnegudstjenester for trafikkofre.