I forbindelse med sin kritikk av militærdomstolene konkluderte Heydrich tidlig i september: Vi vil spare småfolkene, men aristokratiet, prester og jødene må drepes. I tillegg til adel, presteskap og jøder ble intelligensiaen et mål for Einsatzgruppenes "opprydning". Wehrmacht-sjefene skal ikke ha blitt informert om SS' utvidete virksomhet, men aksepterte Himmlers innblanding fordi han ble støttet av Hitler og fordi det bidro til å pasifisere det okkuperte området. Heydrich hadde lykkes med å gjøre Einsatzgruppene nokså uavhengige av Wehrmacht, men Einsatzgruppene ble hindret av Wehrmacht når de militære opplevde å få sin autoritet undergravd.