Vanunu ble løslatt fra israelsk fengsel 21. april 2004. Han har imidlertid blitt nektet å forlate Israel, slik han ønsker, og blir også nektet å snakke med utlendinger. Den israelske riksadvokaten Menachem Mazuz begrunnet tiltakene mot Vanunu med hensynet til statens sikkerhet, da Vanunu skal ha uttalt at han ønsker å avsløre flere statshemmeligheter.