Mellom 1663 og 1669 studerte Muffat hos Jean-Baptiste Lully i Paris. Deretter bodde han flere år i Elsass, først som student ved Jesuittkollegiet i Sélestat og fra 1671 som organist i Molsheim, hvor Straßburg Domkapitel lå i eksil. Fra 1674 studerte han jus i Ingolstadt og slo seg deretter ned i Wien.