Etter at Ferdinand Magellan var ankommet de filippinske øyer ble dørene åpnet for en snarlig spansk kolonisering av øyene, og etterhvert også områder som var under Sulu. Spanjolene introduserte katolisismen til Filippinene og etablerte både et politisk system og en kirkelig infrastruktur. Motstanden i sør var stor. I perioden mellom 1578 og 1899 raste det til stadighet konflikter kjent som Moro-krigene.