I 1695 giftet Ernst August seg med Marie Therese von Velbrück (1660-1712) i Köln, og vendte samme år tilbake igjen til lutheranismen. Han reiste heretter til København hvor han overtok den yngre bror Frederik Vilhelms embete som guvernør i Sønderborg. Til tross for at han hadde vendt tilbake til sin opprinnelige religion, ble testamentet opprettholdt til fordel for lillebror Frederik Vilhelm, hvilket førte til en rekke stridigheter.