Store mengder biologiske data blir gjort tilgjengelig i offentlig tilgjengelige databaser. Slike databaser oppsummerer vanligvis eksperimentelt opparbeidet informasjon og strukturerer slik informasjon for videre analyse med for eksempel statistiske teknikker. Typiske eksempler er databaser over DNA og protein fra både mennesket og en mengde andre organismer. I tillegg til strukturell informasjon som DNAets basepar-sekvens og proteiners aminosyresekvens og tredimensjonale struktur kan slike databaser også inneholde kommentarer eller annotering for å beskrive biologiske eller kjemiske egenskaper, kjente funksjoner og lignende. Slik annotering kan både være automatisk sammensatt eller manuelt vedlikeholdt av eksperter. Det blir også gjort omfattende arbeid for å integrere informasjon fra forskjellige slike databaser. I tillegg til typiske integrasjonsutfordringer knyttet til forskjeller i format og semantikk, kompliseres dette arbeidet også av utfordringene knyttet til å representere biologiske sammenhenger i en rigid struktur som ofte kreves for automatisk prosessering.