Kavlifondet har et eget helseforskningsprogram for å sikre at stiftelsens forskningsmidler går til forskning som er nyttig for brukerne (pasienter, pårørende og helsepersonell). Programmet er utviklet og drives i samarbeid med Stiftelsen Dam. Kavlifondets program for helseforskning skal i perioden 2017-2025 dele ut til sammen 135 millioner kroner til forskning innen barn og unges psykiske helse.