Gården har eksistert som anlegg siden 1811. Eieren av gården Bakke i Nydalen, Michel Nielsen Hauge, skilte da Bakkehaugen ut som bolig for broren, lekpredikanten Hans Nielsen Hauge. Sistnevnte hadde på det tidspunktet nylig blitt løslatt fra fengsel. Samme år som han overtok gården bygde han Bakke Mølle i Nydalen.