Bodø ligger i grenseområdet mellom det pitesamiske og lulesamiske språkområdet, og har derfor også navn på begge disse språkene. På pitesamisk kalles byen Buvvda, som betyr bod. Navnet viser til salgsaktiviteten på Hundholmen i Bodø. På lulesamisk brukes Bådåddjo. Navnet er en omforming av det norske navnet der endelsen åddjo betyr øy. Det lulesamiske navnet finnes også i en nordsamisk variant Budejju. På kvensk heter byen Putoija.