Sykehuset startet i lokalene til Magdalenahjemmet på Lindern i 1890. De nåværende bygninger ble reist i 1900 og er senere jevnlig utvidet. I 1980 ble det etablert revmatologisk avdeling og poliklinikk ved sykehuset. Ny postoperativ- og intensivavdeling ble bygget, og likedan nye lokaler for ergoterapi og fysioterapi. I 1998 ble Psykiatrisk avdeling, DPS Vinderen, Senter for Psykofarmakologi (SFP), samt Alderspsykiatrisk avdeling Søndre Borgen, en del av Diakonhjemmet sykehus. I 2006 ble Mentalhygienisk Rådgivningskontor innlemmet i sykehuset, som barne- og ungdomspsykiatrisk poliklinikk (BUP Vest).