Han ble under den greske uavhengighetskrigen mot Det osmanske riket, utnevnt til øverstkommanderende for de greske patriotiske styrkene i Rumeli. Som øverstkommanderende oppnådde han en blandet respons både blant sine underordnede og blant andre ledere. Han unnlot ofte å samarbeide effektivt med andre ledere innen den greske uavhengighetsbevegelsen eller med utenlandske sympatisører som slåss på samme side som grekerne. Han fikk flere militære suksesser i krigen mot osmanene.