Med Kristine Marie Dørcker (1758–1795) fikk han barna Johannes (1779–1841); bankdirektør David Thrane (1780–1832) som igjen var far til Marcus Thrane; kjøpmann Gustav Thrane (1785–1866); Louise (1789–1878), fiolinist Johannes Thrane; musiker og komponist Waldemar Thrane (1790–1828).