Hans mest vellykte ekteskap synes å ha vært med Ingund som fødte ham fem sønner og to døtre. Klotar skal ha hatt en sønn utenfor ekteskap ved navn Gondovald som ble født en gang tidlig på 550-tallet. Gutten ble en gitt en boklærd utdannelse og fikk tillatelse til å ha langt hår, et symbol på å tilhøre den frankiske kongefamilie. Klotar ga ikke flere privilegier til gutten, men etter hans død tok hans mor ham til Kildebert som anerkjente ham som en nevø og lot ham oppholde seg ved hoffet.