Han vokste opp på Danmarks eldste folkehøyskole, Rødding højskole, der begge foreldrene arbeidet, og tilhører frimenigheten på stedet, som i likhet med folkehøyskolen står i en grundvigiansk tradisjon. Faren, Peter Holst, var også borgermester og folketingsmann. Carl Holst gikk lærerseminaret i Haderslev og underviste i folkeskolen før han gikk inn i politikken på fulltid. Han er bosatt med familie i Rødding.