Furnish innledet et forhold med sangeren Elton John i 1993. John fridde til Furnish I mai 2005 under et middagsselskap med venner og familie i parets hjem i Old Windsor. Furnish og John inngikk partnerskap 21. desember 2005, den første dagen partnerskap ble tillatt i England. Parets første barn, Zachary Jackson Levon Furnish-John, ble født i desember 2010 i California gjennom surrogati. I januar 2013 ble parets andre sønn, Elijah Joseph Daniel Furnish-John, født gjennom samme surrogatmor. Da likekjønnet ekteskap ble tillatt i England og Wales i mars 2014, omgjorde John og Furnish partnerskapet til ekteskap og markerte begivenheten med en seremoni i Windsor, Berkshire 21. desember 2014 – på niårsdagen for inngåelsen av partnerskapet.