Den 23. juni 1933 utnevnte pave Pius XI ham den fjerde biskop av bispedømmet Helena. Han ble ordinert den 21. september 1933 av biskop Hugh Charles Boyle av Pittsburgh. Medkonsekratorer var biskopene James Aloysius Griffin av Springfield i Illinois og Alphonse John Smith av Nashville i Tennessee. Begge av dem var klassekamerater av ham i Roma. Hayes tjente Helena som dets biskop i to år.