En annen sluttspilltørke varte fra til , hvor de hadde åtte tapende sesonger. I vant 49ers divisjonen med et sesongresultat på 13–3, og fra 2011 til 2013 nådde de NFC Championship Game tre år på rad, inkludert en tur til Super Bowl XLVII. De hadde nok en rekke tapende sesonger mellom og før de avsluttet 2019-sesongen 13–3 og eventuelt tapte mot Kansas City Chiefs i Super Bowl LIV. Siden nederlaget i Super Bowl LIV har 49ers nådd NFC Championship Game to ganger og Super Bowl én gang over de tre siste sesongene, hvor de tapte NFC to ganger på bortebane og Super Bowl LVIII mot Kansas City Chiefs.