Da territoriet ble etablert besto det av arkipelet Chagosøyene, som til da hadde vært en del av kolonien Mauritius, og Aldabra, Farquhar og Desroches, som hadde vært en del av kolonien Seychellene. Den 23. juni 1976 ble Aldabra, Farquhar og Desroches tilbakeført til Seychellene da denne britiske besittelsen i det vestlige Indiahavet fikk sin selvstendighet. Siden da har Det britiske territoriet i Indiahavet kun omfattet Chagosøyene.