Jens Peter Schjødt forsvarte sin magistergrad (mag.art.) i 1980 ved Århus Universitet. I 1988 ble han ansatt som adjunkt ved Afdeling for Religionsvidenskab, og utnevnt til lektor i 1990. Han ble tildelt doktorgraden (dr.phil.) i 2004, og i 2008 blev han utnevnt til professor samme sted.