Maurer var sønn av historikeren Georg Ludwig von Maurer (1790–1872). Han var student ved universitetene i München, Leipzig og Berlin. Hans doktoravhandling, (1845), vitner om at han var sterkt påvirket av Jacob Grimm og den germanistiske skole. Maurer ble ansatt som dosent ved Universitetet i München i 1847, og professor i rettshistorie samme sted i 1855. Han ble pensjonert fra sin stilling i 1888, men fortsatte å veilede studenter inntil sin endelige avskjed med universitetet i 1893.