I sitt siste studieår arbeidet Pauss våren 1890 ved Ullevolds Lazaret for Difteri-, Skarlagensfeber- og Koppepatienter (det senere Ullevål sykehus), som ble etablert i 1887 med en stab på tre leger under ledelse av Gotfred Bentzen. Han var ferdig med praksisperioden ved lasarettet da den fast ansatte kandidaten ble smittet av kopper. Pauss skyndte seg derfor å tilby seg som vikar, og fikk vikariat som kandidat ved lasarettet. Han ble dermed en av de første legene ved Ullevål sykehus. I artikkelen i het det at «de Uger, han fungerede som Kandidat ved Lazarettet, var de lykkeligste i hans Liv». Etter bare en måned ble han selv smittet med difteri da han undersøkte et barn som var pasient på avdelingen. Fredag morgen 25. april 1890 ble sykdommen konstatert, og han ble sendt hjem til foreldrene der han døde 27. april, 23 år gammel. Han ble dermed den første legen ved Ullevål sykehus som døde i tjenesten. Han ble begravet på offentlig bekostning med stor deltagelse på Vår Frelsers gravlund; foreldrene er også begravet der.