Etter arikarakrigen inntok arikara en mer fiendtlig holdning til amerikanerne, men de flyttet i 1824 tilbake til Cottonwood Creek og gjenoppbygde de to byene. Der forble de til 1833 da byene ble forlatt på grunn av kopper og trusselen fra siouxene. Så tilbragte arikara noen år i Nebraska nær Skiri Pawnee. I 1836 flyttet de til vestre Nebraska der de levde som bøffeljegere en kortere tid. I 1837 flyttet de atter nordover, nå til Fort Clark. Straks etter at de hadde ankommet dit brøt en ny koppeepidemi ut som tok livet av halvparten av dem. Mandanene som allerede bodde der ble enda hardere rammet, og de få av dem som overlevde, flyttet nordover. Arikara overtok deres by og bodde der til handelsfaktoriet ble nedlagt i 1861.