Da d'Aleccio reiste til Napoli møtte han kunstneren Pablo Moron som ble hans assistent i mange år. Bortsett fra hva han gjorde på Malta kan hans viktigste verker bli funnet i Roma og omfatter blant annet freskoen (, ca. 1574) i Det sixtinske kapell; freskoer i Villa d'Este i Tivili og Villa Mondragone i Frascati. I årene fra 1576 arbeidet han på Malta hvor han ble malteserordenens offisielle maler og hvor han gjorde flere historiske bilder, og på 1580-tallet var han i Sevilla i Spania, og muligens fra 1589 i Lima i Peru.