Selv om industriområdene er konsentrert på venstre side av elva Ural, og de fleste boligkompleksene ligger på høyre bredd, så er innbyggerne fortsatt utsatt for helsefarlige utslipp og fabrikkrøyk. Magnitogorsk ble i 2007 oppført på en liste over de 25 mest forurensede byene i verden, i en undersøkelse gjennomført av Blacksmith Institute. Forurensingene omfatter bly, svoveldioksid, tungmetaller og annen luftforurensing. Ifølge det lokale sykehuset, er bare 1% av barna i byen ved god helse. Lokalavisa refererer til at 72% av barna født i byen er syke, mens bare 27% hadde friske mødre.