Selv om Wilhelm Mohnke som ledet krigsrettssaken mot Fegelein, fant ham skyldig i åpenlys desertering, skal Mohnke ha overtalt sine meddommere til å overlate den tiltalte til general Rattenhuber i stedet. Fegelein hadde drukket seg full og ble ført opp i hagen utenfor førerbunkeren og skutt. Ettersom Mohnkes meddommere, generalene Hans Krebs og Wilhelm Burgdorf, tok sine liv 2. mai 1945, er det usikkert om Fegelein faktisk ble henrettet etter en krigsrettsdom eller på direkte ordre fra Hitler. Erich Kempka som var Hitlers sjåfør, hevdet at Eva Braun mistenkte Himmler og Fegelein for å planlegge å utlevere henne selv og Hitler til de allierte. Dette skal ha avgjort saken for Hitler, som da uten videre skal ha underskrevet Fegeleins dødsdom.