På 1640-tallet ble Kerry oppslukt av det irske opprøret i 1641, et forsøk fra irske katolikker på å ta makten i det protestantiske kongeriket Irland. Opprøret i Kerry ble ledet av Donagh McCarthy, 1. Viscount Muskerry. Hans sønn, jarlen av Clancarty, holdt grevskapet under de påfølgende irske forbundskrigene, og styrkene hans var blant de siste som overga seg under Oliver Cromwell erobring av Irland i 1652. Den siste høyborgen som falt var Ross Castle, nær Killarney.