Det var ingen skole i Alderburgh så Garrett Anderson lærte seg lesing, skriving og matematikk fra sin mor. Senere da hun var 10 år gammel, ble en guvernante, Miss Edgeworth, en fattig adelskvinne, ansatt for å undervise Elizabeth og hennes søster. Morgenene ble brukt i klasserommet; det var regelmessige ettermiddagsturer; læringen til de unge fortsatte til middagstid når Miss Edgeworth spiste med familien. Om natten sov Miss Edgeworth i et område i jentenes soverom. Elizabeth hatet læreren sin og forsøkte å overliste læreren i klasserommet. Newson ville gi sine barn den beste utdannelsen noensinne, så da Elizabeth var 13 og hennes søster 15, ble de sendt til en privatskole, the Boarding School for Ladies in Blackheath i London. Den ble drevet av ste-tantene av lyrikeren Robert Browning. Der ble det undervist i engelsk litteratur, fransk, italiensk og tysk, samt oppførsel. Senere i livet husket Garrett Anderson dumheten til lærerne sine, selv om skolegangen hennes der bidro til å etablere en kjærlighet til å lese. Hennes viktigste klage på skolen var mangelen på naturfag og matematikkundervisning. Leseundervisningen inkluderte Tennyson, Wordsworth, Milton, Coleridge, Trollope, Thackeray og George Eliot. Elizabeth og Louie var kjent som «de badende Garretts». Deres far hadde insistert på at de skulle få et varmt bad en gang i uken. De fikk livslange venner der. Da de ble ferdige i 1851, ble de sendt på en kort turné i utlandet, som endte med et minneverdig besøk til Great Exhibition i Hyde Park i London. Etter denne formelle utdanningen, brukte Elizabeth de neste ni årene til å gjøre huslige plikter, men med hennes livlige sinn, ville energi og handlekraft, så det ut til at dette ikke tilfredsstilte henne, så hun fortsatte å studere latin og matematikk om morgenen og også lese mye. Hennes søster Millicent mintes Elizabeths ukentlige forelesninger, når hun samlet sine yngre søsken mens hun diskuterte politikk og aktualitetsprogrammer fra Garibaldi til Da hun var atten, dro Elizabeth og hennes søster på ett langt besøk til sine skolekamerater, Jane og Anne Crow, i Gateshead. Der møtte hun Emily Davis, den tidlige feministiske og fremtidige medstifter av Girton College i Cambridge. Davis var en livslang venn og fortrolig, alltid klar til å gi råd i løpet av de viktige beslutningene i Elizabeths karriere. Det kan ha vært i , første gang utgitt i 1858, at Garrett Anderson først leste om dr. Elizabeth Blackwell, som hadde blitt den første kvinnelige legen i USA i 1849. Da dr. Blackwell besøkte London i 1859, reiste Garrett Anderson til hovedstaden. Hennes søster var da gift og flyttet til London. Garrett Anderson ble med i Society for Promoting the Employment of Women, som organiserte Blackwells lære om «Medicine as a Profession for Ladies» og satte opp et privat møte mellom Garrett Anderson og Blackwell. Det sies at under et besøk til Alde House rundt 1860, en kveld mens de satt ved peisen, valgte Garrett Anderson og Davies karrierer for å fremme grensene for kvinners rettigheter; Garrett Anderson skulle åpne legeyrket for kvinner, Davies dørene til en universitetsutdanning for kvinner, mens 13 år gamle Millicent ble tildelt politikk og stemmerett for kvinner. Først var Newson mot den radikale ideen om at hans datter skulle bli lege, men etter hvert kom han rundt og de ble enige om å gjøre alt i sin makt, både økonomisk og ellers, for å støtte Garrett Anderson.