Hver enkelt skole kan likevel ha ulik profil og verdigrunnlag. De kristne folkehøgskolene vil i tillegg til de vanlige fagene som regel ha noe kristendomsundervisning og morgensamlinger med kristent innhold. I tillegg legges det ofte opp til aktiviteter med kristent fokus på fritiden som er frivillig for elevene å delta på. Både frilynte og kristne folkehøgskoler rekrutterer elever med ulike interesser, livssyn og ståsted. De fleste kristne folkehøgskolene eies av stiftelser eller en eller flere misjonsorganisasjoner og kirkesamfunn.