Ved gjenoppbyggingen av kirken var det kun deler av yttermuren som kunne gjenbrukes. Arkitekt J.C. Krieger utarbeidet en plan for gjenoppbyggingen som ble godkjent av Frederik IV i hans siste leveår. Kriegers bygning hadde samme grunnplan som den brente kirken, men der den gamle bygningen var i basilikaform med lave sideskip og felles tagrygg for midtskip og kor, fikk den nye sideskip med samme gesimshøyde som resten av bygningen og felles tak med midtskipet. Det ble dermed høyere enn korets tak, som også ble avvalmet i østenden, hvor det tidligere hadde vært en kamtaksgavl bøyd rundt den polygonale koravslutningen.