Biskop Sproll ønsket først velkommen Rikskonkordatet mellom det nasjonalsosialistiske tyske riket og Den hellige stol, idet det på papiret tilsa kirken det aller meste man hadde ønsket seg, og som tidligere i liten grad var rettslig sikret. Men nazistene viste snart at de ikke følte seg særlig hemmet av konkordatet. Etterhvert tok biskop Sproll et offentlig standpunkt mot nasjonalsosialistene. Hans demonstrative fravær fra deltakelse i Riksdagsvalget 10. april 1938 (hvor kun en nasjonalsosialistisk-dominert fellesliste var tillatt) – og som ble kombinert med en folkeavstemning om annekteringen av Østerrike – førte til etterforskning mot ham, og til demonstrasjoner mot ham iscenesatt av de nasjonalsosialistiske makthavere.