I tredje sesong (1998–1999) tar Buffy opp igjen kallet sitt og kommer tilbake til familie og venner. Hun må gjøre vanskelige valg i forhold til den gjenoppståtte Angel. Hun må også hanskes med en opprørsk ny vampyrjeger, Faith (Eliza Dushku), som blir mer og mer destruktiv og illojal utover i sesongen. I siste episode må Buffy knivstikke Faith for å redde Angels liv og lede sine klassekamerater i et stort slag mot den demoniske borgermesteren i Sunnydale (Harry Groener). Angel forlater Sunnydale i håp om at Buffy kan leve et mer normalt liv uten ham.