Danny Higginbotham startet sin fotballkarriere i Manchester United der han skrev under på sin første profesjonelle kontrakt sommeren 1997. Han debuterte for United 10. mai 1998 da de vant 2-0 over Barnsley i en ligakamp. Higginbotham spilte ikke flere kamper for denne sesongen, og heller ikke i den påfølgende sesongen spilte han noen obligatoriske kamper for United. I november 1998 ble han lånt ut til den belgiske klubben Royal Antwerp dette låneoppholdet ble meget uheldig der han ble anklaget for å ha angrepet en dommer som førte til utestengelse i 4 måneder. Han returnerte fra dette låneoppholdet i juni 1999. Også i 1999/00-sesongen ble det lite spilletid for Higginbotham, og da sesongen var over hadde han bare spilt 3 ligakamper og 3 cupkamper for klubben fra Manchester.