Bispedømmet synes først ha vært en underbiskop av erkebiskopen av York, men periodevis underlagt kontrollen til erkebiskopen av Hamburg-Bremen inntil Nidaros erkebispedømme ble opprettet i 1152, og det geistlige Orknøyene kom inn under hjemlandet Norge. Selv om Orknøyene ikke ble en politisk del av Skottland før i 1468 hadde skotske konger forsøkt å få kontroll over øyene i århundrer. Setet ble dog under norsk kontroll i Trondheim fram til dannelsen av det skotske St Andrews erkebispedømme i 1472, og kom da for første gang under skotsk kontroll.