Perikles ble født rundt 495 f.Kr. i demen Kholargos. Han var sønn av politikeren Xanthippos, som til tross for å ha blitt ostrakisert i 485/4 f.Kr., vendte tilbake til Athen bare fem år etter for å lede den athenske kontingenten i slaget ved Mykale til seier. Perikles mor, Agariste, tilhørte den mektige og kontroversielle slekten Alkmaionidene, og hennes familiære bånd spilte en avgjørende rolle i å starte Xanthippos politiske karriere. Agariste var oldebarnet til tyrannen Kleisthenes av Sykion og niesen til den athenske reformatoren Kleisthenes. Ifølge historikerne Herodot og Plutark drømte Agariste at hun fødte en løve noen dager før Perikles fødsel. Løven kan bli tolket som et tradisjonelt tegn på storhet, men anekdoten kan også peke til Perikles uvanlig store hode, en skavanke hans samtidige komikere ofte pekte ut. (Plutark hevder at dette var grunnen til at Perikles alltid ble avbildet med hjelm på hodet, men hjelmen var faktisk et symbol på hans stilling som strategos).