I 1642 bygde kong Vladislav IV en liten trekirke til piaristene, men den ble snart brent ned under den svenske plyndringen av Warszawa i 1656. Gjenoppbyggingen av kirken skulle finansieres av kong Jan II Kasimir, men på grunn av at den polske økonomien lå i ruiner etter den svenske invasjonen, ble den nye barokkirken ferdigbygd utvendig først i 1682. Utformingen av kirkeindret varte i to tiår til. Kirken ble innvidd i 1701 av biskopen av Poznań, Mikołaj Święcicki. Pave Urban VIII gav relikviene til to katolske helgener og et maleri av Hellige Maria fra Faenza som gave til kirken.