I tillegg til at enkelte instrumenter ble inkludert, var det også flere som ble nedprioritert. Blant dem var særlig orgelet, som fikk få nye komposisjoner. Enda både Mozart og Beethoven spilte orgel, skrev ingen av dem musikk for orgel. Blokkfløyten ble erstattet av tverrfløyten, og forble en kuriositet frem til det tyvende århundre.