Noe av bakgrunnen for utnevnelsen til kardinal var Andre konsil i Lyon, som ble holdt fra mai til juli 1274. Under forberedelsene til dette så paven at Bonaventura ville være en viktig person å ha med. Alle de store katolske teologene var innkalt til konsilet. Thomas Aquinas døde på vei dit, men bl.a. Albert den store, Filip Benizi og den fremtidige Pietro di Tarentaise var til stede. Bonaventura ledet forhandlingene med de ortodokse utsendingene, og holdt prekenen i forsoningsmessen etter det som en kort tid så ut til å være løsningen på det store skismaet mellom øst og vest.