Den femte sesongen åpner med at presidentens datter Zoey Bartlet blir reddet fra kidnapperne. Bartlet tar presidentskapet tilbake fra fungerende president Glen Walken, men blir tvunget til motvillig å ta en rekke avgjørelser, inkludert å nominere Bob Russell for visepresident. Bartlet nekter å kutte utgifter, og nekter å godkjenne statsbudsjettet. Dette fører til at statsadministrasjonen blir stengt ned frem til man blir enig om et nytt budsjett. Bartlet ønsker å få en liberal sjef for USAs høyesterett i USA, og sesongen avsluttes med økende uro på Gazastripen, slik at president Bartlet blir presset på fredsforhandlingene i Midtøsten.