Jakarta har et varmt og fuktig ekvatorialt/tropisk klima (Af) etter Köppens klimaklassifisering. Plasseringen i den vestlige delen av Indonesia gjør at toppen av regntiden er i januar, med en gjennomsnittlig nedbørsnormal på 350 mm, og de laveste nedbørsmengdene får de i august med et månedlig gjennomsnitt på 60 mm. Byen er fuktig gjennom året med daglige temperaturer mellom 25° og 38 °C.