Øyene ble oppdaget av dominikaneren Fray Tomás de Berlanga, biskop av Panama, i 1535 og var den gang ubebodde. Han oppdaget øyene ved en tilfeldighet da han var på vei til Peru for å megle mellom Francisco Pizarro og hans løytnanter etter erobringen av Inkariket. Det ble vindstille og skipet drev mot land og Galápagosøyene. Berlanga beskrev øyene i et brev til Carlos V av Spania som ugjestmilde, ørkenaktig med store skilpadder, iguaner som lever i vann, fugler uten vinger og at alle dyr var tamme.