Scherner deltok i 1923 i ølkjellerkuppet. Han var med i Frikorps Oberland og meldte seg i 1932 inn i SS og NSDAP. I 1937 overtok han ledelsen av SS-Führerschule i Dachau. Fra september 1939 til 11. november var han regimentskommandant i SS-Gebirgsjäger-regiment 11 "Reinhard Heydrich". Fra sommeren 1940 til vinteren 1940 var han kommandant over 8. Totenkopf-Standarte. I august 1941 ble han SS-und Polizeiführer i Kraków. Han var i kraft av den stillingen ansvarlig for deportasjonen til Belzec og masseskytingen i Tarnow. Han oppløste ghettoene i sitt distrikt ved å deportere gettobeboerne til Auschwitz. Han ble forflyttet til Dachau i april 1944.