Godzilla skader Rodan alvorlig under den påfølgende kampen. Men forskerne stikker av med egget. Den blir tatt med til et forskningssenter i Kyoto. En baby Godzilla klekkes fra egget. Godzilla dukker opp og reagerer igjen på skapningens psykiske kall. Militæret i Japan mobiliserer Mechagodzilla, men Godzilla deaktiverer roboten med en energipuls. Godzilla fortsetter å lete etter babyen. Men forskerne, etter å ha oppdaget den telepatiske koblingen mellom monstrene, forsøker å beskytte skapningen mot Godzilla. Frustrert ødelegger monsteret det meste av Kyoto, i forsøk på å lokalisere skapningen.