I 395, samme år som Theodosius døde, gjorde visigoterne ledet av Alarik opprør. Visigoterne var bosatt i Moesia som romerske og hadde deltatt i felttoget mot Eugenius. Visigoterne hadde lidd uforholdsmessig store tap ved Frigidus og opprøret kan skyldes misnøye med belønningen. I forbindelse med det samme felttoget var store deler av den romerske hæren flyttet fra øst mot vest og disse styrkene hadde ennå ikke vendt tilbake. Stilicho var derfor den eneste i posisjon til å ta seg av Alarik. Han marsjerte østover for å møte Alarik i Thessalia. Ifølge kildene skal Stilicho ha vært i posisjon til å knuse goterne da han mottok ordre fra Arcadius om å sende de østlige troppene tilbake til Konstantinopel og forlate Illyricum. Stilicho lystret og Alarik slapp unna. Hvorfor han handlet slik er ukjent, men det kan ha vært gnisninger mellom vestlige og østlige elementer i hæren og kanskje var ikke overtaket på goterne så stort som kildene vet å berette.