I slutten av mai 1945 ble Brandt arrestert av allierte soldater. Han ble stilt for retten i Nürnberg ved en rettergang med det formelle navnet , mer kjent som legeprosessen. Prosessen mot Brandt og 22 andre nazistiske leger ble innledet den 9. desember 1946, og domsslutningen ble meddelt den 19. august 1947. Brandt og seks andre anklagede ble dømt til døden, og ble henrettet ved hengning i fengselet i Landsberg am Lech i Bayern.