McClellan dro tilbake til West Point for å lede sitt ingeniørkompani som var tilknyttet akademiet for å trene kadetter i ingeniør-aktiviteter. Han kjedet seg i garnisonstjenesten i fredstid, selv om han nøt det sosiale livet. I juni 1851 ble han beordret til Fort Delaware, et murverk under bygging på en øy i Delaware-elva, 64 km nedover elva fra Philadelphia. Han ble i 1852 beordret til å melde seg for kaptein Randolph B. Marcy i Fort Smith i Arkansas for å fungere som nestkommanderende på en ekspedisjon for å oppdage kildene til Red River. Da de kom tilbake til sivilisasjonen den 28. juli, ble de forbauset da de oppdaget at de ble antatt å være omkommet. En sensasjonell fortelling nådde avisene som McClellan skyldte på «en gjeng skurker som forsøker å agitere i pionérområdet for å få arbeid av regjeringen på en eller annen måte.» Fortellingen hevdet at ekspedisjonen ble overfalt av 2000 comancheer og drept til siste mann.