Den 17. januar 1899 var revolusjonen også et faktum på Mindanao; da ble det filippinske flagg heist der for første gang. Den 21. januar promulgerte Aguinaldo Malolos-konstitusjonen, og den 23. januar tiltrådte det nye republikanske styre, med Emilio Aguinaldo som president, og hans nære rådgiver siden juni 1898, Apolinario Mabini som statsminister og utenriksminister.