En svakhet ved mp3 er at formatet ikke definerer eksakt tidspunkt for start og slutt. Starten og slutten havner i hver sin ende der hvor det ikke lenger er informasjon om lyden. Som et resultat av virkemåten til mp3, er det alltid et svakt uhørbart "ekko" eller etterslep i begge retninger fra ethvert punkt, som mp3-dekoderen vil oppfatte som informasjon, noe det jo er. Derfor vil en lyd kodet i mp3-formatet alltid bli lengre i begge ender (mest på slutten) enn originallyden var, hvor det ekstra stykket lyd i begge ender består av den nevnte støyen, som er for svak til å høres. Problemet resulterer i en svært hørbar pause mellom påfølgende lydspor som individuelt er mp3-komprimert, og som var ment til å spilles sammenhengende. For å bøte på problemet, bruker flere musikkprogrammer avanserte metoder for å analysere og mikse sammen overganger mellom sanger i sanntid.