I 1529 ble gudstjenesten i Marienthron reformert etter evangelisk (luthersk) mønster. Abbedissen og de 17 gjenværende nonner ble fristilt til å forlate klosteret dersom de ønsket det. Etter abbedissens død i 1536 ble klosteret oppløst og forpaktet. I 1550 overdro kurfyrst Moritz av Sachsen de tidligere klostereiendommer til den den nettopp opprettede landskolen for Grimma. Frem til 1800-tallet ble materialer fra klausurbygningene, også kirken, benyttet til byggearbeider i omegnen. Men det stod da igjen en god del ruiner, som er blitt bevart.