Pastrana holdt sitt løfte, og møtte FARC-lederen Manual Marulanda i jungelen 18 dager etter at han hadde blitt valgt. Formelle fredssamtaler kom i gang, men volden fortsatte likevel og samtalene førte ikke fram. Kritikere mener i ettertid at Pastrana var for ettergivende ovenfor FARC, og framsto som en svak leder. På den andre siden førte Pastranas linje til at FARC mistet popularitet og støtte i befolkningen. Han bygde også opp Colombias militære slagkraft, hæren økte fra 79 000 til 140 000 mann på de fire årene han var president. Han inngikk også en samarbeidsavtale med USA for å bekjempe narkotikavirksomheten i Colombia.