Themistokles var politisk marginalisert da lederskapet til det aristokratiske partiet gikk fra Aristeides til Kimon, sønn av Miltiades. Themistokles ble senere sendt i eksil og til slutt anklaget for konspirering med Pausanias mot Hellas. Etter en lang reise, henvendte han seg til perserne og etter gammel persisk tradisjon med å gi ly til prominente greske politikere, fikk han tre byer i Lilleasia til å herske over. Han døde der noen få år senere.