Flåthen er utdannet mekaniker og arbeidet ved Kongsberg Våpenfabrikk, før han ble klubbformann og forretningsfører i Kongsberg Jern og Metall. Han satt i forbundsstyret og landsstyret i Jern og Metall 1981–1988. Fra 1989 til 1992 var han distriktssekretær i Fellesforbundet i Buskerud. Deretter var han i nesten ti år hovedkasserer i Fellesforbundet, til han i 2001 ble valgt til 1. nestleder i LO.