Det tredje prosjektet, Human Proteome Folding 2 (HPF2), ble sluppet ut 23. juni 2006. Dette prosjektet startet ved slutten av HPF1 som en etterfølger og fokuserer på menneskets spesifikke proteiner, med et spesielt fokus på biomarkører og proteiner på overflaten av celler og lovende resultater fra HPF1; men også Plasmdium, som er organismen som forårsakermalaria. Til forskjell for tidligere prosjekter bruker HPF2 en høyere oppløsning for proteiner, noe som er nyttigere, men som også krever en kraftigere datamaskin for å utarbeide.