En ytterliggående revolusjonær og visjonær gruppe under ledelse av Jan Matthys (Matthias), en mentalt syk baker midt i 50-årene fra Haarleem, og Jan Bockelson, en karismatisk 25 år gammel skredder fra Leiden, bedre kjent som Jan van Leiden, vant valget til byrådet i byen Münster i februar 1534 og grunnla det de anså for «det nye Jerusalem» der. Gruppen praktiserte polygami, og alle som ikke omvendte seg ble drevet ut av byen på brutalt vis eller henrettet. Byen var godt beleiret av en allianse av troppene av katolske og lutherske fyrster, og de rundt 9000 innbyggerne forsvarte seg heroisk, men i juni 1536, etter 18 måneder, ble byen inntatt, regimet slått ned og lederne henrettet. Anabaptistene ble deretter sett på med mistenksomhet mange steder, og mange av dem flyktet til Øst-Europa og Amerika av frykt for forfølgelse.