De fleste raseregistre tillater alle farger. Rasen viser et stort antall fargevariasjoner, deriblant brun, fuks, sandfarget, blakk, skimmel, palomino, sort, og tofarget i hvitt/svart og hvitt/brunt. Genetisk hvite islandshester forekommer svært sjelden, men de fleste former for uttynningsgen eksisterer, deriblant kremgen og blakkgen. Flere registre navngir over hundre fargevarianter.