Oppmuntret av sin suksess med dette medikamentete, og pengestrømmen som fulgte, kastet Bayer seg inn en omstillingsprosess fra å være en mindre farmasøytisk produsent, til å bli en av de internasjonalt største aktørene i det farmasøytiske markedet, med særlig vekt på produksjon av antibiotika. Dessverre for Bayer førte tendensen til å betrakte antibiotika som handelsvare og forskrivning av medikamenter etter prinsippet om laveste kostnad, dvs forskrivning av synonympreparat, Bayers manglende evne til å følge opp med å gjøre en tilsvarende lønnsom oppdagelse, og generell nedgang det farmasøytiske marked, til at Bayer måtte foreta en betydelig nedskalering av bedriften i 2000-2001. Ved det forestående utløp av patentrettigheter for ciprofloxacin ved inngangen til dette årtusenet og utsiktene til tap av markedsandeler til produsenter av generisk ciprofloxacin, benyttet Bayer en vanlig strategi blant farmasøytiske bedrifter i en slik sistuasjon: de fokuserte på å utvikle og patentere nye varianter av det gamle medikamentet (f.eks pediatrisk ciprofloxacin, intravenøs ciprofloxacin, depot formuleringer osv) som har som tilleggseffekt at den opprinnelige patenten til medikamentet forlenges.