Markus Henriksen kom som guttespiller fra Idrettslaget Trond til Rosenborg Ballklub. Han fikk sin debut 10. mai 2009 i en cupkamp mot , og debuterte i Tippeligaen mot den 20. september 2009. Utover høsten fikk han nok kamper til at han ble seriemester med Rosenborg i 2009, i en alder av kun 17 år. Han scoret sine to første mål for Rosenborg mot Odd Grenland den 11. april 2010.