Merz representerte partiet Freisinnig-demokratische Partei der Schweiz (FDP) fram til 28. februar 2009, da dette partiet ble slått sammen med (LPS) til FDP. Die Liberalen, som han nå representerer. Han har vært finansminister siden 2004. Søndag 21. september 2008 ble han rammet av et hjerteinfarkt, hvorpå han omgående gjennomgikk en bypass-operasjon og lå 3 dager i kunstig koma på Bern universitetssykehus. Justis- og politiminister Eveline Widmer-Schlumpf fungerte som finansminister inntil Merz kunne gjenoppta sitt embete vel 5 uker senere, den 3. november.