Det foregår fortsatt rovhugst og ulovlig eksport av edeltre fra nasjonalparker, også de som står på UNESCOs liste over verdensarv. Også truede dyrearter, som f.eks. stråleskilpadder eksporteres ulovlig. Skogbrenning og manglende forvaltning gjør at mye av Madagaskars særegne natur, plante- og dyreliv, forsvinner år for år. Under president Rajoelina er det satt i gang større kampanjer for skogplanting for å bremse den uheldige klimautviklingen.