Tidligere hadde kun enkelte dogmer om treenighetslæren og barnedåpens mirakuløse virkning vært tvilsomme for Magnús. Nå hadde han kommet i tvil om selv de nytestamentlige skriftenes integritet. , som hans gamle professor i teologi, Jens Møller, alltid hadde inngytt sin elev ærefrykt for, sto senere for ham som et «falsk, uægte Evangelium» som i motsetningen til de tre første «ægte» evangelier ga en vrang forestilling personligheten Kristus.