Han regjerte mer eller mindre reelt kun mellom 1889 (da han ble myndig) og 1898. Et av de få betydelige initiativer som keiseren selv tok, var den såkalte hundredagersreformen i 1898. Men reformene kom både for brått på i et Kina som fremdeles var fast forankret i neokonfucianismen og andre tradisjonselementer, men kom også på kollisjonskurs med enkekeiserinnen. Mange mandariner som var blitt vraket som udugelige av Guangxu, tryglet Cixi om hjelp. Selv om Cixi ikke gjorde noe for å hindree reformene, ble det klart at hennes eneste sjanse til å bevare sin innflytelse var ved statskupp. Guangxu ble klar over at en slik plan forelå, og bad reformistene om å tenke ut mottrekk. De bestemte seg for å søke hjelp fra Yuan Shikai som kommanderte en svært modernisert hær, om enn bare på 6000 mann. Cixi på sin side satte sin lit til Ronglus hær i Tianjin.