Klostrene ble i 1664 lagt under interdikt som ble opphevet først i 1669, etter at nonnene hadde underskrevet et bønnskrift til erkebiskopen av Paris, der de fordømte fem av jansenistenes læresetninger. Port-Royal de Paris ble skilt fra moderklostret, og sistnevnte fikk bare 2/3 av klosterformuen, selv om dette i det vesentlige kom fra familien Arnauld. I de følgende roligere årene vendte flere av tilbake til Port-Royal. Mange av samfunnets fremste menn og kvinner slo seg atter ned der. Nonnene fikk motta elever, men ikke oppta noen noviser, noe som førte til at antallet sank.