Han har en doktorgrad fra University of California, Santa Barbara fra 1994, og ble professor ved UiB i 1999 etter å ha vært førsteamanuensis samme sted siden 1996. Han er best kjent internasjonalt for sin forskning på Sāṃkhya og Yoga, religion i India i det offentlige rom (pilegrimstradisjoner og prosesjoner), og for arbeidet med seksbindsverket . Jacobsen forsker blant annet innen hinduisme, sāṃkhya, yoga, sikhisme, jainisme, indiske former for buddhisme, hinduismens gudinner, indiske helligdommer og spørsmål knyttet til de indiske diasporaene.