Kongeørn blir forplantningsdyktig i fem-seks års alderen, og parene holder sammen i livslange forhold. Hekketiden begynner i februar i det sørlige Europa og det sørlige Nord-Amerika, og varer til i mai i de nordligste utbredelsesområdene. Reiret legger kongeørna helst på ei hylle med overheng i en bratt fjellvegg, eller i toppen av ei stor gammel furu eller gran. Det bygges av kvister og greiner og fôres og tettes med myk vegetasjon. Reiret kan bli opp til to meter i diameter og opp mot to meter dypt (utvendige mål). Reder på opp mot sju meter i dybde er kjent, av fugler som bruker samme rede år etter år. Det er kjent at enkelte reir har blitt brukt i flere tiår og kan veie opp mot .