Professor Hermann Knoblauch hadde også stor betydning for Tyndalls studier, og Tyndall brevvekslet med ham i mange år etterpå. Tyndalls avhandling ved Marburg var en matematisk analyse av skruers overflater. Han bodde i Marburg i ytterligere ett år for å gjøre forskning på magnetisme sammen med Knoblauch, inkludert noen måneders besøk i Heinrich Gustav Magnus’ laboratorium i Berlin.