Hippolyt anklaget også Callistus for å være for ettergivende i disiplinære spørsmål. Blant annet lot han en biskop som hadde begått alvorlige forseelser, fortsette i embetet, og han var villig til å ordinere menn som hadde vært gift flere ganger. Han fordømte ikke prester som giftet seg, og åpnet kirken for konvertitter fra kjetterske og skismatiske sekter, uten å pålegge dem å gjøre bot først. Han tillot også at personer som hadde begått drap og utroskap, kom tilbake til kirken, og la dermed grunnen for den forståelse av skriftemålets og botens virkning som Den katolske kirke har i dag.