Erik så spor av forræderi i Johans oppførsel. Knapt hadde Johan kommet hjem fra Polen før Erik heftig forlangte en forklaring. Johan svarte unnvikende. Et par uforsiktige ytringer fra en av væpnerne som hadde vært med i tjeneste hos Johan forsterket kongens mistanker og 23. april 1563 stevnet han Johan for anklager om høyforræderi og lot riksdagen dømme han til døden 7. juni samme år. Da Johan satte seg til motverge ble han overmannet av kongens styrker og tatt til fange. Dødsdommen ble endret til livsvarig fengsel og han ble samme år satt inn på Gripsholms slott.