I Duisburg hadde han en omfattende geografisk og kartografisk virksomhet frem til sin død. Han skapte et kartografisk institutt, rikt utstyrt med bøker, som gjorde det mulig for ham å avfatte sine for den tiden forbausende korrekte kart. To årsaker til kartenes kvalitet var Mercators vitenskapelige ansats og hans kritiske granskning av kildene. Kartene ble tegnet, gravert og trykket av ham selv.