Skadene etter høststormene viste seg å være langt verre etter sjøslagene. Trolle kom seg så fort han kunne til København den 13. oktober. Viseadmiral Peder Huitfeldt som opprettholdte sjøblokaden ved Bornholm, klarte å forhindre en transportflåte fra Stralsund til Sverige før også han dro hjemover – det skjedde senest den 8. desember 1564.