Rootwelt ble i 2006 ansatt som klinikksjef for Barneklinikken på Rikshospitalet og ble i 2009 klinikksjef for den sammenslåtte Barneklinikken ved Oslo universitetssykehus, lokalisert på Rikshospitalet og Ullevål. Han var også viseadministrerende direktør ved Oslo universitetssykehus fra 2015 til 2018.