Den katolske kirke i Bologna ble hardt rammet av de politiske forandringene som fant sted etter general Napoléon Bonapartes franske okkupasjon av byen, som tok til med franske troppers innmarsj 19. juni 1796. De brakte med seg et nytt republikansk politisk system med bakgrunn i tankegodset fra den franske revolusjon, som var fiendtlig innstilt til religion. Byen ble først del av den franske klientstaten Den cispadanske republikk, som året etter, i 1797, gikk opp i Den cisalpinske republikk. Alle religiøse ordener og brorskap ble forbudt og oppløst, kirkens velferdsinstitusjoner og veldedige verk ble sekularisert, og religionsfriheten ble innskrenket.