Etter Krabbes død ble ikke prosteembetet besatt på nytt, og domkapitlet ved Mariakirken ble oppløst som egen institusjon i 1545 da det smeltet sammen med Oslo domkapitel; selve kirkebygningen ble revet allerede i 1542 etter å ha vært svært forfallen i flere år etter at den ble nedbrent av svenskene under angrepet på Oslo i 1523. Embetet som Norges rikes kansler ble først permanent besatt igjen i 1547, da Peder Huitfeldt ble utnevnt i embetet. Oppgavene som hadde ligget hos prosten og kansleren ble trolig skjøttet av en eller flere av kannikene i de siste årene av Mariakirkens eksistens som eget domkapitel og i de årene kanslerstillingen ikke var permanent besatt.