Forklaringen av flaggets farger har variert over tid. En av de mest utbredte tolkningene ser i den blå fargen himmelen og folkets tro på en lysere framtid, samtidig som blått også står for enhet og vennskap. Svart tolkes da som et symbol for den vanskelige historien det estiske folk har gjennomlevd, samtidig som fargen også representerer jorden og folkedraktenes svarte farge. Hvitt uttrykker håp, ærlighet og søken etter åndelig opplysning.