Da fler-parti systemet ble innført på slutten av 1980-tallet i Jugoslavia etablerte Izetbegović og andre bosnjak-aktivister et politisk parti, eller SDA (Partiet av demokratisk aksjon) i 1989. Det hadde en stor muslimsk karakter og i likhet med Izetbegović etablerte serbere og kroater etniske baserte politiske partier. SDA vant valget med 43 % av setene med en videre fordeling av serbiske og kroatiske nasjonalistiske partier back dem. Fikret Abdić vant valget for president blant de muslimske kandidatene med 44% av stemmene med Izetbegović på andreplass med 37% av stemmene. Ifølge bosnisk grunnlov skal de to første kandidatene av de velges inn i en multeetnisk roterende presidentskap (to kroater, to serbere to muslimer og en jugoslav), en kroat tok posisjonen som statsminister og en serber ble president av kongressen. Abdić valgte å tre tilbake som den muslimske kandidaten til president og overlot plassen til Izetbegović ble president med støtte av den bosniske serbiske lederskapet. Disse to kom i konflikt med hverandre senere under Bosnia krigen.