I 1681 fikk protestantene og andre anti-habsburgske krefter under ledelse av Imre Thököly betydelig støtte av osmanene. De anerkjente Thököly som konge av «Øvre Ungarn» (den østlige del av Slovakia og deler av det nordøstlige Ungarn), som han tidligere hadde tatt med våpenmakt fra habsburgerne. Osmanenes støtte gikk så langt som å love «Kongedømmet Wien» til ungarerne, hvis Wien falt i deres hender. Før beleiringen av Wien hadde det vært fred mellom Det tysk-romerske riket og Det osmanske rike i tyve år som følge av Vasvárfreden. De anti-habsburgske urolighetene hadde bakgrunn i Leopold Is motreformasjon og bestrebelsene på å knuse protestantismen i de østlige delene av riket. Den ungarske adelen hadde lenge vært misfornøyd med habsburgernes forfølgelse av kalvinistene og sentraliseringen.