Lemnitzer godkjente planene kjent som Operasjon Northwoods i 1962 som skulle diskreditere regimet til den cubanske diktatoren Fidel Castro. Men disse planene ble avslått av daværende president John F. Kennedy som ikke ville la amerikanske styrker gjennomføre noen militær aksjon mot Cuba på dette tidspunktet. I november samme år ble Lemnitzer utnevnt som sjef for de amerikanske styrkene som var utplassert i Europa.