Peter van Pels ble arrestert 4. august 1944, sammen med de andre jødene som gjemte seg i Prinsengracht. De ble først plassert i Westerbork transittleir, før de ble sendt videre til Auschwitz-Birkenau. Der jobbet van Pels i postrommet, og fikk noen ganger tak i ekstra matrasjoner som han delte med Otto Frank.