Foruten disse anstalter etablerte Francke et misjonsinstitutt (1705), og til den ble den av friherre von Canstein i 1710 etablerte såkalte cansteinske bibelanstalt for Bibelens spredning. Gjennom inntektene av en bokhandel og et apotek samt gjennom frivillige gaver ble han i stand til å underholde sine stiftelser uten offentlig støtte. Ved en god organisasjon og støtte av medhjelpere kunne han, ved siden av sin omfattende prestelige og akademiske virksomhet, overvåke og lede disse anstalter helt til sin død.