I desember 1964 ble han arrestert og stilt for retten i Baden-Baden i 1967. De norske justisdepartementet oppnevnte Henry Ormond som hjelpeanklager. Tiltalen gjaldt mord og medvirkning til mord. Magne Skodvin fikk ikke stille som vitne, men forsynte Ormond med underlagsmateriale. Forsvareren ønsket å føre Willy Brandt, Tysklands daværende utenriksminister, som vitne, mens aktoratet ønsket å føre Wilhelm Canaris' nevø som vitne. Begge ble avslått av retten. Hans S. Jacobsen fikk heller ikke stille som vitne for forsvaret. Påtalemakten førte Hans Latza, SS-dommer i Oslo, som vitne.