Skip kan forurense farvann og hav på mange måter, som utslipp av ballastvann fra fjerne farvann, lensevann og eller tømming av drivstofftanker. Oljesøl kan ha ødeleggende effekter og kan forårsakes av utslipp av drivstoff eller lekkasje fra tankskip. I tillegg til å være giftig for livet i havet, er polysykliske aromatiske hydrokarboner, som finnes i råolje, svært vanskelig å rydde opp. Slik forurensning ligger i årevis i sedimenter og det marine miljøet før de brytes ned. I tillegg kan vann som lenses fra et skip være giftig for det omkringliggende miljøet.