Ut over Grønlands Kommandos mere militære oppgaver løses i tillegg en lang rekke sivile oppgaver. Dette er f.eks. fiskeriinspeksjon, lete- og redningstjeneste, maritim bekjempelse av forurening til sjøs, bistand til politi, toll- og skattevesen, redningsberedskapen, helsevesenet m.fl. Dessuten drives støtte til vitenskapelige aktiviteter, utsending av navigasjonsvarsler på vegne av Farvandsvæsenet, oppmåling til sjøs og støtte til det grønlandske lokalsamfunnet, der Grønlands Kommando er ansvarlig for legebetjeningen av innbyggerne i Arsuk bygd.