I 1407 ble Ludvig av Orleans i et attentat utført av Johan av Burgund. Burgund ble tvunget ut av Paris og åpen konflikt utbrøt mellom partiet Burgund og Orleans' tilhenger Armagnac. I striden ble kontrollen over Isabella og kongebarna viktige for begge partier, samtidig som hun selv måtte balansere mellom dem. Tronfølgeren ledet i 1407 en aksjon mot sin mors elsker, Louis de Bois-Bourdon. Dette ble grunnen til et livslangt fiendskap mellom Isabella og sønnen.