Niskanen debuterte i verdenscupen i langrenn 2. desember 2007 i Kuusamo, og hennes første topp-ti-plassering individuelt var en 10.-plass i 10 km klassisk i januar 2011. Niskanen har vant tre verdenscuprennene og vært på pallen sammenlagt 10 ganger. Dessuten har hun sju pallplasseringer i stafett mellom 2013 og 2021. I sesongen 2013/14 var hun tredje i distansecupen.