Da Schneidemann gikk av i protest mot Versaillestraktaten i juni 1919, ble Bauer regjeringssjef. Først fikk han tittelen ministerpresident, senere kansler. Den regjeringen han ledet, støttet seg på den såkalte Weimarkoalisjonen. Bauers regjering gikk av i mars 1920, kort etter det mislykkede .