Eilersen har vært medlem av Dansk Folkeparti siden 1998. Hun satt i partiets lokalstyre i Fredericia fra 1999 til 2010. I 2004 kom hun i partiets hovedstyre. Eilersen ble valgt til byrådet i Fredericia ved kommunalvalget 2009. I byrådet er hun formann for helseutvalget. Fra 10. mars 2015 til 27. mai 2015 var Eilersen stedfortreder i Folketinget for Anita Christensen. Til Folketingsvalget 2015 var Eilersen nominert i Esbjerg Bykredsen og ble valgt inn for Sydjyllands Storkreds. I 2019 ble hun ikke innvalgt på Folketinget. Susanne Eilersen ble etter folketingsvalget ansatt som konsulent i Landdistrikternes Fællesråd.