Aalesund klarte ikke å kvalifisere seg for Europaligaens gruppespill etter tap for kypriotiske APOEL og klarte heller ikke å gjenta sine prestasjoner i NM. I 2013 tangerte klubben sin beste plassering i Eliteserien med fjerdeplass, to poeng bak bronsevinnende FK Haugesund. Etter flere år på nedre halvdel av tabellen rykket Aalesund ned til OBOS-ligaen i 2017. I 2018 endte Aalesund på 3. plass i OBOS-ligaen, hvor de etter å ha vunnet mot Nest Sotra og Sogndal i første og andre playoff-kamp, tapte 2-1 over to kamper mot Stabæk i playoff-finalen. De ble dermed værende i OBOS-ligaen i 2019, som endte med ny poengrekord i divisjonen og retur til Eliteserien. Turen opp i Eliteserien varte dog bare i en sesong, før Aalesund måtte ta turen ned igjen etter en skrekkelig 2020-sesong, som igjen endte med poengrekord, denne gangen i negativt favør. I 2021 endte de på andreplass i OBOS-ligaen bak HamKam, som igjen gjorde de klar for en ny sesong på øverste nivå.