Området som tidligere hadde utgjort Magdeburg erkebispedømme, ble i 1821 løst fra det apostoliske vikariat i nord og slått til Paderborn bispedømme. Med Tysklands deling etter andre verdenskrig ble det vanskelig for erkebiskopen av Paderborn å ivareta sitt embede i den østlige delen av erkebispedømmet. Derfor opprettet paven i 1973 en apostolisk administrasjon med sete i Magdeburg. Etter Tysklands gjenforening kunne denne i 1994 opphøyes til et eget bispedømme i Paderborns kirkeprovins.