Den 13. august 2011 debuterte Henderson i Liverpools første kamp i 2011–12 sesongen av Premier League, i en 1–1 kamp borte mot sin tidligere klubb Sunderland, der han fikk en blandet mottakelse av hjemmefansen. Hendersons andre kamp var 2–0 seieren over Arsenal på Emirates Stadium. En uke senere skåret Henderson sitt første mål for Liverpool i en kamp på Anfield mot Bolton Wanderers. Den 26. februar 2012, var han med å vinne klubbens første trofe siden 2006 og sitt første for klubben, da de vant ligacupen 2012 over Cardiff. Han ble byttet ut etter 58 minutter av kampen, men fikk sitt første større trofe som spiller. Den 9. mars 2012 spilte Henderson igjen mot sin tidligere klubb på Stadium of Light, og Liverpool tapte 1–0. 8. mai 2012 skåret han sitt andre seriemål for «the Reds» i en 4–1 seier over Chelsea på Anfield i sesongens nest siste kamp.. Han fikk 2 fulltreffere på 37 seriekamper for Liverpool denne sesongen, samt 5 kamper i FA-cupen og 6 kamper i Ligacupen.