Mest vanlig er pygméblåhvalen rundt den sørafrikanske øygruppa Prince Edward Islands og de to franske øygruppene Crozetøyene og Kerguelenøyene sør i Indiahavet, men det finnes også pygméblåhval lenger nord, som rundt Madagaskar, Maldivene og Sri Lanka, og trolig også langs kysten av Oman. Dr. Hidehiro Kato hevder at all blåhval i tropiske farvann trolig kan være pygméblåhval.