Skagen oppstod som fiskehavn omkring 1250, og fikk kongelige kjøpstadsrettigheter i 1413 av kong Erik av Pommern. Byens viktige fiskeri vakte statlig interesse for å bringe handelen og beskatningen under kontroll. Den tilsandede er omtalt første gang i 1387. Helt fram til 1600 var byen viktig i Nordjylland, inntil sildefiskeriet sviktet.