Kampene fant hovedsakelig sted i den nordlige delen av landet, bortsett fra en kontroversiell hendelse i hovedstaden hvor regjeringsstyrker skjøt mot afarer og tok livet av minst 59 mennesker. I februar 1992 ble franske styrker sendt til det nordlige Djibouti for å hjelpe det djiboutiske forsvaret med å gjenerobre området. Samtidig forsøkte franskmennene å fremforhandle en fredsavtale mellom regjeringen og FRUD, men disse forsøkene slo feil både i november 1992 og i mai 1993.