Etter tyve år kom Makapagal tilbake med andre krigsveteraner og klarte den 17. mars 1918 å finne gravstedet og identifisere levningene. Andrés Bonifacios ben ble lagt i en urne som ble satt i den lovgivende forsamlingens bygning i Manila (nå nasjonalmuseet), sammen med hans personlige dokumenter og hans (filippinsk kort sabel). I februar 1945, da amerikanerne drev japanerne ut av Manila, ble bygningen og alt i den ødelagt under en brann.