I oktober 2017 avslørte undersøkelser fra den sicilianske statsadvokaten at Miccichè var anklaget for å ha underslått til sammen tre millioner euro i bispedømmemidler til private formål. Spesielt spektakulær var påstanden om at han i 2008 misbrukte rundt en halv million euro i donasjoner beregnet for bispedømmeorganisasjon for psykisk syke barn for å finansiere kjøpet av en leilighet på 800 000 euro i Roma, som han sa var bispedømmets eiendom, men kun ble brukt privat. Skandalen brøt ut samtidig som Benedikt XVIs tidligere utenriksminister, kardinal Tarcisio Bertone, ble anklaget for lignende økonomiske uregelmessigheter etter at Vatikanets rettsvesen behandlet saken og dømte en av Bertones medarbeidere til et års betinget straff.