Etter en tids forhandlinger, som i virkeligheten var diktat fra fremmedmaktene, undertegnet Qing-keiserdømmet den såkalte Bokserprotokollen, som ila landet svært høye krigsreparasjoner og andre tunge byrder. Krigserstatningene var på sammenlagt på 450 millioner tael av fint sølv (på den tiden verdt ca. 67,5 millioner pund eller 333 millioner US-dollar) med en rente på 4% per år i 39 år. Qing-regjeringen måtte også gå med på at fremmede lands styrker ble stasjonert i Beijing. I tillegg hadde de alliere satt enkekeiserinne Cixi på sin liste over krigsforbrytere. Men etter at provinsialoffiserer som Li Hongzhang og Yuan Shikai hadde forsvart henne med at hun ikke hadde noen kontroll overhodet over hendelsene, ble navnet hennes fjernet. Andre klausuler ila et forbud mot våpenimport til 1903 og handlet om henrettelser av embedsbærere i regjeringsverket som hadde vært innblandet i opprøret.