På 1950-tallet ble Hoovers motvilje mot å bruke FBIs ressurser på å bekjempe mafiaen en sak i amerikanske medier etter at reporteren Jack Anderson avslørte den enorme makten organisert kriminalitet hadde i USA. Denne kriminaliteten hadde Hoover i årevis omtalt som mindre viktig og overvurdert. Hoovers svar til Anderson var å trakassere ham helt til han selv døde i 1972. Hoover har også blitt beskyldt for å prøve å sette ut rykter om medlemmer av borgerrettighetsbevegelsen. Hans angivelige behandling av skuespillerinnen Jean Seberg og Martin Luther King jr. er eksempler på dette.