Til sjøs fører Gibraltar en serie flagg basert på britiske flaggmodeller. Statsflagget til sjøs er en med en særegen variant av byens våpen i flaggets frie ende. Dette ble innført i 1875. Fra flagget ble innført og fram til 1999 satt våpenmerket i en hvit skive. Dette var også tilfelle for de fleste andre særmerkede britiske flagg for kolonier. Tradisjonen med å sette våpenet på en hvit skive skal skyldes at den britiske marinens offisielle flaggbok, , hadde for vane å vise merkene som satt i flaggene på en rund, hvit bakgrunn. Selv om dette bare var en illustrasjonsteknisk måte å vise merkene, ble det i praksis tolket som at hele skiven skulle være med i flagget. Framstillingen av flaggene ble endret med 1999-utgaven av , da merkede britiske flagg nå ble framstilt med våpenet direkte mot flaggduken. For å bedre muligheten for identifikasjon ble også merkets størrelse økt.