Klara var født i Assisi, men da befolkningen gjorde opprør mot hertugen i 1198, rømte familien til Assisis byrival Perugia til situasjonen kom mer under kontroll. Hennes far var en meget rik adelig ridder, mens moren var dypt religiøs, og både deres eldste datter Klara og de to yngre søstrene Katarina og Beatrice delte morens fromhet. Det sies at Klara under måltidene gjemte unna mat som kunne gis til de fattige eller til Frans av Assisi og andre medlemmer av hans gruppe.