Maria og Filip II av Spania giftet seg den 25. juli 1554 i Winchesterkatedralen, bare to dager etter at paret hadde hatt sitt første møte. Filip kunne ikke engelsk, så de samtalte på en blanding av spansk, fransk og latin. Ifølge ekteskapsavtalen skulle Filip få tittelen , alle offisielle dokumenter (inkludert Parlamentets lover) skulle bli utstedt i begges navn, og så lenge Maria levde skulle parlamentet sammenkalles i begge monarkenes navn. Dersom Filips far ble part i en krig skulle England ikke være forpliktet til å gå inn i krigen på hans side, og Filip hadde ikke myndighet til å utnevne utenlandske borgere til embetsmenn i England uten sin gemalinnes samtykke. Selv om han på papiret nå var konge av England, hadde Filip i virkeligheten ingen makt over landet. For å gi sønnen en rang som kunne måle seg med Marias, gjorde Karl V den vordende brudgommen til konge av Napoli og overførte også til ham pretensjonen til tittelen konge av Jerusalem. Dermed ble Maria dronning av Napoli og i navnet også dronning av Jerusalem da hun giftet seg med Filip.