I 1853 slo han seg ned på landsbygden og studerte bondeforholdene. Våren 1859 ble Samarin invitert til å delta som ekspertmedlem i komiteen som ble nedsatt for å utarbeide lovforslaget til loven om livegenskapets opphevelse. Han flyttet til St. Petersburg sommeren 1859 for å delta i dette arbeidet, men vurderte snart å trekke seg fordi han var uenig med komiteens mer konservative medlemmer. Han ble overtalt til å fortsette i komiteen, og ble værende inntil lovforslaget ble fremlagt i oktober 1860. Underveis i arbeidet fikk han et nervøst sammenbrudd som førte til et tre måneder langt sykefravær. De indre motsetningene i komiteen var en stor påkjenning for alle komitémedlemmene, men Samarins sammenbrudd skyldtes også komiteens store arbeidsmengde. Som en av komiteens dyktigste skribenter ble Samarin i særlig grad offer for et stort arbeidspress. Reformen som opphevet det russiske livegenskapet ble vedtatt 19. februar 1861, og Samarin var en av hovedarkitektene bak den nye loven. Etter at loven var vedtatt, deltok han i arbeidet med å sette reformen ut i livet. Dette ble en ny periode som trakk store veksler på hans arbeidskapasitet. Sommeren 1863 anså han at han hadde fullført oppdraget, og han trakk seg på nytt tilbake fra offentlige verv.