I tillegg til å trekke seg inn i skallet for å forsvare seg mot fiender, kan gulmudderskilpadden slippe ut en illeluktende moskusduft fra to par kjertler under ryggskjoldet. Iblant biter den også. Den har svært kraftige kjever som knuser byttedyr som snegler, insekter og rumpetroll med. Den er hovedsakelig dagaktiv og oppholder seg for det meste i grunne, sakteflytende vannveier på grassmark. Midt på sommeren søker den ly mot varmen i bisamrottebol eller under bladstrø. I de kalde delene av biotopen går den i vinterdvale.