Barnet deltok kun i regions-cuper under andre verdenskrig før serien startet igjen i 1945/46. Klubben vant Athenian League på ny i 1946/47 og i 1947/48. Sesongen 1946/47 ble toppet med en cuptittel i FA Amateur Cup etter en 3-2 seier mot Bishop Auckland FC på Stamford Bridge. Barnet nådde en ny finale i cupen i 1948/49, men tapte mot Leytonstone FC.