Sundet utgjør en del av en skarp biogeografisk grenselinje mellom faunaen i Sørøst-Asia og den australske regionen, en skillelinje som blir kalt Wallacelinjen, etter Alfred Russel Wallace som først beskrev den. Biologer mener at det er Lomboksundets store dybde som har holdt dyregruppene på hver side isolerte fra hverandre. Da havnivåene sank i de pleistocene istider, ble Bali, Java og Sumatra forbundet med hverandre og med det asiatiske fastland, slik at de kunne dele den asiatiske faunaen. Men Lombokstredet isolerte Lombok og de øvrige små Sundaøyer mot øst fra det asiatiske fastlandet, og de i stedet ble kolonisert av den australske faunaen.