Kirkens nåværende hvelv ble bygget inn rundt 1450. I 1935 ble det funnet en byggesten ved sydveggen i koret og på den står det: «I det herrens år 14.. mens Mads Amunsøn var abbed, blev der bygget loft over Sankt Mariæ kirke på Guds holm». Mads Amunsøn er nevnt som abbed i 1453.