Malalas ble utdannet i Antiokia, og var antagelig jurist der, men flyttet til Konstantinopel ved et tidspunkt under Justinian I den stores styre (kanskje etter det persiske angrepet og herjingen av Antiokia i 540; alt som er kjent om hans reiser fra hans egen hånd er besøk ved Thessaloniki (i Hellas) og Paneas (i Israel).