Han var gift med Marie Jacobine Meyer (1826–1895), datter av trelasthandler Jacob Peter Meyer og Ingeborg Marie Barth Muus. De var foreldre til Helga Thomasdatter Heftye (1848–1849), Johannes Th. Heftye (1849–1907), Ingeborg Marie Heftye (1852–1894), Anne Christine Thomasdatter Heftye (1858–1917), Thomas Th. Heftye (1860–1921) og Jacob Meyer Th. Heftye (1863–ukjent) .