Flaggspørsmålet er fortsatt svært sensitivt, ettersom særlig republikanere benytter sine valgte posisjoner til å heise Irlands trikolor på offentlige bygninger. Unionistene viser på sin side til at avtalen anerkjenner Nord-Irland som en del av Det forente kongerike slik at det britiske flagget skal være det eneste som brukes av myndighetene. På offentlige flaggstenger brukes Union Jack, men også dette kan til tider skape kontroverser.