Behovet for å tenke sikkerhet var fraværende da FTP ble til på 1970-tallet og utvidet på 1980-tallet. Dette problemet er felles for alle de tidlige tjeneste-protokollene i Internettet, som Telnet, SMTP, SNMP, POP og IMAP. Alle data, også brukernavn og passord ved innlogging, blir sendt i klartekst og kan 'sniffes' på nettet med enkle verktøy. I kompatibilitetens navn gjelder dette fortsatt hvis de opprinnelige mekanismene brukes. RFC 2228 spesifiserer FTPS, utvidelser som via TLS/SSL standarden sikrer både autentisering og overføring, og legger til mulighet for autorisering, som tidligere ikke var tilgjengelig i FTP.