For Fenerbahçe bekledte Gérson Caçapa en mer offensiv midtbanerolle, hvilket ga seg utslag i målprotokollen. Gérson Caçapa spilte to sesonger på utlån til Fenerbahçe. Den første scoret han 9 mål på 26 seriekamper for et lag som endte på andreplass på tabellen. Fasiten for hans andre sesong i klubben ble hele 11 mål på 29 seriekamper til tross for at laget endte året på en skuffende femteplass.