Althussers filosofi, som fremfor alt reflekteres i verkene Å lese kapitalen, skrevet sammen med Étienne Balibar, Lenin og filosofien og For Marx, er basert på en forståelse av at Karl Marx i 1845–1846 gjennomgikk det Althusser kalte for et . Dette bruddet innebar at Marx brøt med Hegels tenking til fordel for et vitenskapelig syn på historien. I denne fortolkningen av Marx blir motsetningsforholdet mellom subjekt og objekt opphevet, og Althusser inntar en posisjon der han forkaster enhver idé om at det er mulig å forklare en produksjonsmåte eller et akkumulasjonsregime uten å undersøke hvordan dette har oppstått. Derfor kan heller ikke marxistisk økonomisk teori sammenlignes med andre økonomiske teorier. Han forkaster også det rigide skillet mellom basis og overbygning, som har en sentral posisjon innen mange marxistiske retninger. Tvert imot legger han heller vekt på økonomisk, ideologisk og politisk praksis som sammen utgjør en helhet som ikke kan skilles.