I Lyell sitt andre bind, som ble sendt ut til Darwin, ble det argumentert mot evolusjonisme, og artsmangfold og -distribusjon ble beskrevet som et resultat av «sentra for skapelse». Han funderte på det han observerte og ideene hans gikk ut over teoriene til Lyell. I Argentina oppdaget han to variasjoner av nanduer som hadde separate, men overlappende, territorier. På Galápagosarkipelet samlet han spottefugler og la merke til at de var forskjellige avhengig av hvilken øy de kom fra. Guvernøren på Floreana fortalte at han kunne si hvilken øy skilpadder kom fra utfra utseende, men trodde at dyrene var importert av buccaneers. I Australia tenkte Darwin at to så forskjellige skapninger som pungdyret rottekenguruer og nebbdyr måtte hatt to adskilte Skapere.