Den 16. august 2012 signerte han under på en treårskontrakt med den nederlandske klubben etter at klubben kom til enighet med Lokeren. Finnbogason debuterte for Heerenveen med to scoringer hjemme mot storklubben Ajax Amsterdam (2–2) og endte opp som den tredje mestscorende i Eredivisie i 2012/2013-sesongen med sine 24 seriemål.