Da han og hans medarbeidere måtte fastslå at State Department vedvarende forsinket utbetalinger ment til jødiske hjelpeorganisasjoner og at de underslo nyheter og jødeutryddelser i Europa, ble han med på å forfatte rapporten . Finansminister Morgenthau fremla en skjerpet versjon av den for president Roosevelt, og han sluttet seg til forslaget om å opprette en selvstendig myndighet med vidtgående fullmakter til hjelp til jøder. Slik kom han i forkjøpet et parlamentarisk initiativ utgått fra Bergsongruppen. I januar 1944 opprettet presidenten slik War Refugee Board (WRB), og Pehle ble utnevnt til dets direktør. Han fremla Auschwitzprotokollene den 8. november 1944 for Krigsdepartementet og bad forgjeves om USA skulle bombardere tilintetgjørelsesleiren Auschwitz-Birkenau; tidligere hadde han med en viss skepsis fremlagt slike planer for Krigsdepartementet.