I 1979 ble hun gruppesekretær for Senterpartiets stortingsgruppe, noe hun ble værende som inntil 1985. I mellomtiden var hun leder i Oslo Senterparti 1980–1983, medlem i Senterpartiets prinsipprogramkomite 1982–1983 og leder i Senterpartiets organisasjonsutvalg 1984–1985. Enger var også nestleder i partiet fra 1983 og frem til hun ble leder i 1991. I 1985 ble hun innvalgt på Stortinget fra Akershus, og ble gjenvalgt inntil hun frasa seg gjenvalg i 2001. Under hennes ledelse posisjonerte Senterpartiet seg som det fremste nei-partiet i forkant av folkeavstemningen om norsk EU-medlemskap i 1994. Stortingsvalget 1993 ble partiets beste noensinne med 16,7 % av stemmene, og Senterpartiet ble nest størst på Stortinget med 32 mandater, om lag en tredobling fra forrige periode. Mediene gav henne tilnavnet «Nei-dronningen».