Det er oppført i Skattematrikkelen 1647 som i Wærnøe Closters lehn. Moss fikk egen kapellan i 1720, og i 1790 ble Moss kirke utskilt fra Rygge sogn som eget kirkesogn. Ved kgl.res. av 7. mai 1790 ble Rygge prestegjeld delt ved at Mosse prestegjeld ble utskilt og omfattet byen Moss og landsognet (Jeløy).