Margarete var datter og arving av Ludvig II av Flandern (Louis de Mâle), greve av Flandern, greve av Nevers, og greve av Rethel (1346–1384); og hans hustru Margarete av Brabant. Via hans mor Margarete av Frankrike var Ludvig også greve av Burgund og greve av Artois (1382–1384).