I 2003 fikk Guzmán tatt opp saken sin for ny behandling, og i 2006 ble han igjen dømt til livsvarig fengsel for terrorisme. Også hans livsledsager og nestleder for den maoistiske terrororganisasjonen, Elena Iparraguirre, ble idømt livsvarig fengsel. Guzmán ble i tillegg dømt til å betale erstatning til de pårørende til ofrene for Lysende stis massakre i Lucanamarca i 1983, der Lysende sti myrdet 69 bønder, derav 20 barn, med macheter.