Da kruttkomplottet ble avslørt ble Gerard, i likhet med andre katolske ledere, ettersøkt. Han ble angitt av Robert Catesbys tjener Thomas Bates, men klarte å flykte til Harrowden og så videre til London. Han fikk så økonomisk hjelp fra Elizabeth Vaux og ambassadørene for Flandern og Spania slik at han kunne flykte til kontinentet. Han forlot England samme dag som Henry Garnet ble henrettet.