I oppveksten var Johan omgitt av mange av Europas store tenkere. Blant sine lærere hadde han jesuittene Francisco da Cruz, João Seco og Luís Gonzaga - sistnevnte var ansvarlig for utdannelsen av alle kong Peters barn. Han sørget for at de ble eksponert for militære fag, politikk, astronomi, nautiske studier, matematikk og historie. Senere fikk han også opplæring av diplomaten Luís da Cunha.