Når bakterien spinner flagellene sine mot klokken, svømmer den i motsatt retning enn den flagellene peker mot. Når den spinner flagellene med klokken, skifter den til en tilfeldig annen retning. Flagellene drives ofte av såkalt PMF, . Dette innebærer at den får energi fra protoner som går gjennom cellemembranen ved flagellenes basalkropp. Noen bakterier i basiske miljøer har en flagell som drives av natrium-ioner.