I 1688 sendte selskapet fem skip til bukten. To dro til den gjenværende stasjonen i York Factory, og ett gjenoppbygde Rupert House som franskmennene hadde satt i brann, mens de to siste dro til Fort Albany på vestkysten av James Bay. De hadde instrukser om å gjenopprette den engelske handelen og skulle ikke benytte makt mot franskmennene, med mindre franskmennene gjorde dette først.