Organisasjonen omtaler seg selv som nøytral i forhold til spørsmålet om vaksiner, men har siden starten tilkjennegitt en sterk skepsis vaksiner og til myndighetens råd, både på eget nettsted, i trykksaker og i media. Mange av standpunktene har vært begrunnet ut fra den alternative behandlingsmetoden homøopati, og Norges Landsforbund av Homeopraktikere var blant sponsorene da den svenske antroposofiske legen Jackie Schwartz holdt foredrag i Stavanger Forum i 2000. Det har vakt sterke reaksjoner at VoF har organisert såkalte smitteringer der uvaksinerte barn med overlegg ble smittet av barnesykdommer. Organisasjonen har forfektet feiloppfatningen om at barnesykdommer er noe småbarn har godt av å gjennomgå. Organisasjonen hevder også at legemiddelindustrien og helsemyndighetene samarbeider om å holde bivirkninger fra vaksinene skjult.