Navnet «Gedser» antas å stamme dra det olddanske med betydningen «gedehyrde» (geitegjeter) og . Samlet betyr stednavnet etterfølgende . Ved et kampsted nordøst for Gedser lå der på 1200-tallet en kongsgård ved navn , som tilhørte Valdemar Seier. Allerede på dette tidspunkt var det skipsoverfart til Rostock i nærheten av gården. Det fortelles at isvintrene i 1546 og 1554 var så kalde, at det var mulig å krysse Østersjøen i hestevogn.