I 2007 var han leder av Rødt Tønsberg. Mærøe satt i AKPs sentralstyre fra 2004 til partiets nedleggelse i forbindelse med sammenglåingen med RV og dannelsen av Rødt i 2007, og var fra 2006 til 2007 faglig ansvarlig i AKPs sentralstyre sammen med Johan Petter Andresen.