Fjorden er en terskelfjord med et dyp på 488 meter på det dypeste. Den dypeste terskelen i Stjernsundet er på ca. 250 m, noe som gir god utskiftning av bunnvann i fjordsystemet. Sammenlignet med andre terskelfjorder i Norge har Altafjorden god utskiftning av vann. Den store tilførselen av ferskvann fra elvene påvirker strømforhold i fjorden, i tillegg til tidevann og vind.