I årene 1999 til 2002 kom ned og opprykk nr. 3 og 4. I 2004 klarte man igjen å ble 5. og kvalifiserte seg igjen til UEFA-cupen, men hadde ikke særlig hell der og neste sesong endte igjen med nedrykk og igjen direkte opprykk. Mellom 2006 og 2010 forble VFL i 1. Bundesliga, men kjempet hele tiden mot nedrykk som ble et faktum i mai 2010.