Slik fortsatte det fram til 1999 da NATO inntok landet. Nå kunne albanerne innta universitetet, mens serberne etablerte et eget universitet ved samme navn med beliggenhet forskjellige steder i Serbia og senere blant annet ï den nordlige, serbiskdominerte delen av byen Mitrovica. Det serbiske universitetet er godkjent av FN i Kosovo under navnet: Universitetet i Mitrovica. Universitetet godtar ikke det nye navnet pålagt.