Kjempekolibrien har vært vanskelig å plassere systematisk, med de data man har hatt om arten til nå. Noen har valgt å plassere den i sin egen underfamilie (Patagoninae), som her, mens andre har plassert den som en basal art blant typiske kolibrier (Trochilinae). Den systematiske inndelingen må derfor regnes midlertidig.