Etter primærreformeren kommer sekundærreformeren, der det blir lagt til luft. Her kommer nitrogenet inn i gassen, og den blir med videre i prosessen uten at det skjer noe med den: den er allerede på formen N, slik vi ønsker. Hydrogen og karbonmonoksid reagerer med oksygenet i lufta og forbrenner, og det dannes i første omgang vann og karbondioksid respektivt. Etter forbrenningen reagerer mer metan med vann og det dannes mer hydrogengass; karbonmonoksid reagerer med vann og danner mer karbondioksid. I tillegg til oksygen og nitrogen kommer det inn litt argongass som bare blir med i hele prosessen som en blindpassasjer.