Landskapet er formet av isbreene under siste istid og erosjon etter dette. Fjellandskapet deles i tre daler i et Y-mønster ved at elvene Valira d'Orient og Valira del Nord møtes og danner Gran Valira. Dalene åpner seg i retning sør mot Catalonia. Hovedelven Gran Valira er største elv og renner sørover gjennom hovedstaden Andorra la Vella. Elven renner inn i Spania på Andorras laveste punkt, 870 m over havet. Den største innsjøen er Juclar, 0,29 km² stor. En annen viktig innsjø er Engolasters.