Bernardo ble valgt til pave i februar 1145 og tok navnet Eugenius III. Utnevnelsen skyldtes delvis det faktum at ingen andre var særlig ivrige etter å innta en posisjon med plikter som på den tiden var vanskelige og farlige, men hovedsakelig at han var en venn og en elev av Bernhard av Clairvaux, den mest innflytelsesrike geistlige i vestkirken, og en sterk tilhenger av pavens verdslig autoritet. Valget hadde derimot ikke Bernhards godkjennelse. Tvert om var han uenig i valget på grunn av «uskylden og enkelheten» til Eugenius III; men i ettertid dro han fordel av de egenskapene hos den nye paven som han tidligere hadde protestert mot.