Kunnskapen om hva som skjedde i området før Fredrikstad ble grunnlagt i 1567 er liten, men noe er kjent. Alt fra forhistorisk tid har det bodd mennesker her. Østfold er særdeles rikt på fornminner helt tilbake til eldre steinalder, og området rundt Fredrikstad er ikke noe unntak. I historisk tid er det første vi hører om området øya Isegran, hvor det har vært hevdet at jarlen og sysselmannen Alv Erlingsson hadde et privat borganlegg allerede på 1200-tallet. Øya omtales kort i en islandsk krønike i året 1287. Fra middelalderen vet vi også at det lå to herregårder her ved Glommas utløp, gårdene Sigerstad og Nygård. Sigerstad lå rett ved det som idag er Gamlebyen, mens den nåværende bydelen Cicignon ligger der Nygård lå. Begge var setegårder for mektige norske adelsfamilier i senmiddelalderen, slektene Bolt, Rømer og Galle. Fredrikstad, det som i dag utgjør Gamlebyen, ble anlagt på gården Brubergs grunn, en gård som trolig har inngått i Alv Erlingssons jordegods på slutten av 1200-tallet.