Da den økumeniske patriark i 1996 på nytt bekrefta den estiske apostoliske kirkes autonomi under hans overvhøyhet, førte dette til kraftige protester fra patriark Aleksij II av Moskva (som selv var estisk, og fra 1961 til 1986 hadde vært russisk-ortodoks epark av Tallinn). I tre måneder brøt han kommunionen med den gresk-ortodokse kirke. Konflikten ble løst gjennom et kompromiss: Hver menighet skulle selv kunne velge hvilken av de to kirkene den ville tilhøre. Et flertall på 54 av 84 menigheter, men med mindretallet av medlemmene, valgte å bli del av den estiske apostoliske ortodokse kirke. De resterende 30 menighetene, som omfattet flertallet av medlemmene, ble del av Moskva-patriarkatets estisk-ortodokse kirke.