Etter et kort opphold i Roma ledsaget Cochlaeus kardinal Lorenzo Campeggio til religionsforhandlingene i Nürnberg og Regensburg. Den lutherske bevegelse og Bondekrigen drev ham til Köln i 1525. Der skrev han mot bondeopprører og mot dets inspirator Luther. I 1526 ble han kannik i Mainz og ledsaget erkebiskop Albrecht til Riksdagen i Speyer.