Fulham vant andre divisjon sesongen 1948–49 og var endelig klar for toppdivisjonen. De klarte bare tre sesonger på øverste nivå før de rykket ned i 1952 og brukte sju sesonger på å komme opp igjen. I den tiden kom laget til nok en semifinale i FA-cupen som de tapte i 1957–58. 1960-årene blir regnet som et av de beste tiårene for klubben hvor de holdt seg i ni sesonger og hadde svært talentfulle spillere som klubblegenden Johnny Haynes, verdensmester fra 1966 MBE George Cohen, Alan Mullery og sir Bobby Robson.