Da delegasjonen forlot Trapezunt kom det til opprør ledet av en mann ved navn Papadoupoulos. Ifølge historikeren Finlay fikk opprørerne kontroll over citadellet og tok Johannes til fange. Finlay har ikke påvist at bysantinerne sto bak opprøret, men han mener det likevel er en viss sannsynlighet for at Mikael hadde en finger med i spillet. Formålet synes å ha vært å få Johannes til å endre syn i saken.