Nystø har vært styremedlem og leder for Norske Samers Riksforbund. Han var sametingsrepresentant fra valgkretsene Midt-Troms og Midtre-Nordland i perioden 1993 til 2005 for Norske Samers Riksforbund. Nystø var sametingspresident i perioden 1997 tiil 2005.