I tillegg forsøkte Bramhall å forsvare den engelske kirke mot angrep fra den romersk-katolske kirke. I 1653 gikk han til motangrep på Théophile Brachet de la Milletières gjentakelse av doktrinen om transsubstansiasjon med et svar som gjentok rettferdiggjørelsen av den anglikanske kirkens doktrine om realpresens (virkelig tilstedeværelse). Han angrep også ultramontanistene i Frankrike. Bramhalls (, 1654) ble besvart av den titulære biskopen av Khalkedon. Bramhall ga sitt gjensvar med i 1656 hvor han ber om at må leve lenge nok til å oppleve den dagen da alle kristne igjen ble forent.