Situasjonen kompliseres ytterligere ved at noen av sedimentene består av Alpenes eget erosjonsmaterial. Det vil si at fjellet som ble erodert bort i Alpene, ble sedimentert foran fjellene som såkalt molasse. I senere perioder ble disse sedimentene, som altså består av samme material som noen av de gjenværende fjellkjedene, «overkjørt» av fjelldekkene og/eller selv foldet opp til nye fjellkjeder. Man finner også (spesielt i helvetikum) at terrestriske sedimenter (dvs. dannet på land) som konglomerater kan ligge mellom marine sedimenter (dannet under havoverflaten). Videre forekommer ikke-foldede sedimenter over foldede lag, noe som også tyder på flere adskilte sedimenteringsfaser som var avbrutt av foldeperioder. Dermed utgjør Alpene et lappeteppe av områder med ulike geologiske historier.