Sammen med Qishn med omland på fastlandet utgjorde Sokotra Mahra-sultanatet, grunnlagt på 1500-tallet. I 1880 ble sultanatet med Sokotra formelt et protektorat under Storbritannia. Da Sør-Jemen ble uavhengig i 1967, fulgte Sokotra med og ble del av den nye selvstendige staten. I 1990 ble Jemen samlet ved at Sør-Jemen og Nord-Jemen ble forent.