En agent som på vegne av hertug Ercole I av Este vurderte Heinrich Isaac og Josquin med tanke på en ansettelse ved hoffkapellet, skrev i et brev (trolig) fra 1502 til oppdragsgiveren at han så Isaac som den best egnede kandidaten av de to, godmodig og omgjengelig som han var. Dessuten komponerte han svært hurtig. Selv om Josquin riktignok skrev bedre musikk, var ulempen med ham at han bare jobbet når han selv ville og ikke når det ble forventet av ham. Dessuten forlangte han en lønn på hele 200 dukater, mens Isaac bare krevde 120. Hertugen valgte likevel den dyktige, men noe egenrådige Josquin. Oppholdet i Ferrarra er lite dokumentert. Josquin kan reist fra byen på grunn av en truende pestepidemi. Pesten brøt ut i juli 1503, og tidlig i 1505 døde Josquins etterfølger, Jacob Obrecht, i epidemien.