Etter noen få år med urolig fred brøt yorkistenes opprør ut igjen, og John Neville kjempet sammen med sin far og eldre bror Thomas i slaget ved Blore Heath i september 1459. Selv om jarlen av Salisbury jagde lancasterne ble begge hans sønner tatt til fange, og John og Thomas tilbrakte det neste året i fengsel i Chester Castle. Som følge av hans løslatelse i 1460 tok han del i York-regjeringen. Hans far og bror døde i slag rett etter julen 1460 og i februar året etter kjempet John, nå opphøyd til tittelen lord Montagu, sammen med Warwick mot lancasterne igjen ved St Albans. John ble på nytt tatt til fange og satt fri før hans fetter Edvard, Yorks sønn, vant en avgjørende seier i slaget ved Towton i 1461, og ble konge av England som Edvard IV.