Custis tjenstgjorde som adjutant for Washington under beleiringen av Yorktown. Imidlertid, Custis fikk (tyfus eller en lignende sykdom) i Yorktown. Kort tid etter overlevering av Cornwallis døde Custis 5. november 1781, i New Kent County i Eltham, i hjemmet til oberst og fru Burwell Bassett, svoger og søster av Martha Washington. Han ble gravlagt i familiens grav i nærheten av Queen 's Creek i York County, i nærheten av Williamsburg, Virginia.