Han ble arrestert av tysk sikkerhetspoliti i september 1940 og ble sterkt mishandlet i Møllergata 19. Han satt fra mars 1941 i en leir i Åneby i Hakadal. Leirkommandanten Herman Koch i Åneby plaget særlig Bernstein. I Åneby-leiren satt også Moritz Rabinowitz og Einar Nathan. Bernstein ble sluppet fri 16. desember og arrestert på nytt i mai 1942 på grunn av «utfordrende opptreden» overfor okkupasjonsmakten. På Grini gikk han under navnet «redaktøren», også der ble han mishandlet. Senere var han på slavearbeid i Kvænangen. Han ble deportert med MS «Monte Rosa», mens hans kone ble deportert med Donau 26. november. Ifølge International Tracing Service i Bad Arolsen døde Bernstein 21. januar 1943. Hans kone ble drept ved ankomst til Auschwitz. Barna var i sikkerhet i England og USA.