De ble gift den 29. august 1189 ved Marlborough Castle i Wiltshire. Johan overtok jarledømmet Gloucester i hennes rett. Det var et ulikt ekteskap; selv for hva som vanlig på denne tiden, ble Isabella gift mens hun var svært ung, 14 eller 15 år gammel. Erkebiskop Baldwin erklærte deres ikke gyldig grunnet blodsslektskap (de var tremenninger som etterkommere av kong Henrik I av England) og la deres land og eiendommer under interdikt. Dette ble fjernet av pave Klemens III, som ga dispensasjon, men forbød paret fra å ha seksuelt forhold. Erkebiskop Baldwin døde året etter.