Miletos var eldre enn den joniske innvandringen, etter å ha vært bosatt av forskjellige etniske grupper siden neolittisk tid (yngre steinalder). Det ble delvis hellenisert i sen bronsealder av akhaiere, som nå kalles mykenere. De forrige innbyggerne på den tiden snakket et anatoliske språk, forfedre til karerne. Jonerne bosatte seg sammen med dens multikulturelle befolkning under den mykenske perioden mellom bronsealderen og de mørke århundrer i Hellas.