Jonsdorf ligger fordelt i flere daler i Zittauer Gebirge direkte mot grensen til det nordlige Böhmen i Tsjekkia. Stedet er omkranset av en rekke fjell som for eksempel Buchberg og Jonsberg. Den sørøstlige delen, som utgjør Felsenstadt og åsene i Nonnenfelsen, er et naturvernområde. Jonsdorf er anerkjent som et statlig kursted.