Liverpoolmanager Bob Paisley utnevnte i sesongen 1981/1982 sesongen Graeme Souness som ny Liverpoolkaptein, til stor skuffelse for Thompson. Han fortsatte imidlertid å spille fast i forsvaret og var med å vinne ligaen både i 1981/1982 sesongen og 1982/1983 sesongen i tillegg til de nevnte ligacuptriumfene i de samme sesongene.