Deretter fulgte en kamp mellom Raymond og patriarken. Raymond var misfornøyd med den hyllest til keiseren som han var tvunget til å gi, og den tvilsomme troverdighet til patriarkens valg var et håndgrep for opposisjonen. Til slutten var den Raymond som trakk det lengste strået, og patriarken ble avsatt i 1139. I 1142 kom Johannes II Komnenos tilbake, men Raymond nektet å anerkjenne eller fornye sin tidligere underkastelse, og keiseren var ikke stand til å gjøre noe med det, skjønt han herjet og brent nabolandet til Antiokia. Året etter ble Johannes II Komnenos erstattet av Manuel I Komnenos og Raymond krevde en del byer i Kilikia, men møtte sin overmann. Manuel I tvang ham til en ydmykende besøk i Konstantinopel hvor han måtte fornye sin hyllest og love å anerkjenne en gresk patriark.