Koadjutor-erkebiskopen av Melbourne, Justin Daniel Simonds, ordinerte ham til prest 27. juli 1958 ved St. Patrick's Cathedral i Melbourne. Deakin virket som sjelesørger i Moonee Ponds; St Patricks katedral; Box Hill; Glen Iris og Mount Eliza. I 1987 ble Deakin utnevnt til generalvikar for erkebispedømmet.