Denne gangen tok han med seg ti andre engelskmenn, seks av dem var offiserer. Ekspedisjonen var svært godt utrustet, bl.a. med et stort våpenlager som delvis skulle overlates til Emin Pasha. Den besto av 805 personer da den startet oppover Kongofloden våren 1887, inkludert Tippu Tip og 96 av hans følge. Stanley fikk snart et stort problem: Det manglet båter til å frakte hele følget og forsyningene opp til Ekvatorialprovinsen raskt nok. Han bestemte derfor 22. april å splitte ekspedisjonen i to, en baktropp skulle passe mesteparten av forsyningene ved en sideelv til floden, mens en fortropp skulle bevege seg raskt mot Albertsjøen der han regnet med å treffe Emin. Tippu Tip fikk i oppdrag å skaffe bærere til baktroppen slik at den kunne følge etter til Albertsjøen. En av de engelske offiserene, major Barttelot, skulle kommandere baktroppen.