Kirkebygget var opprinnelig, i Hansaforbundets storhetstid, i bruk som . Gjestehuset hadde en separat festsal på plassen foran den nåværende kirken. Gudstjenestene ble holdt i et eget kapell i den nærliggende Storkyrkan. I forbindelse med reformasjonen ble Sankta Gertruds gjestehus inndratt til Kronen, og kom etter hvert til å bli brukt til gudstjenester. På 1570-tallet ble gjestehuset bygget om til kirke. Gjestehusets kjellerhvelv finnes fortsatt bevart under den nåværende kirken. I 1613–1618 ble kirkens første tårn bygget etter tegninger av arkitekt Hubert de Besche.