Heidelberg er en av de få tyske storbyer som klarte seg gjennom den andre verdenskrigens bombinger uten nevneverdige skader. Dette kan skyldes at Heidelberg hverken var et industrielt senter eller transportsenter, og at det dermed ikke hadde noen strategisk verdi å bombe i byen, og allierte luftangrep ble konsentrert om de nærliggende industrielle byene Mannheim og Ludwigshafen. Takket være kirurgen Karl Heinrich Bauer og filosofen Karl Jaspers ble universitetet gjenåpnet i 1945.