Protagonisten i spillet er en ung agent ved navn Raiden. Han får hjelp av hans overordnede, Obersten, og Rosemary, hans kjæreste. Blant de allierte under oppdraget finner man løytnant Pliskin, en Navy SEAL med en mystisk bakgrunn som gir Raiden informasjon om fasilitetene som senere blir avslørt å være den påståtte terroristen Solid Snake ; Peter Stillman, en bombeekspert fra NYPD; Otacon, en dataspesialist, og en kyborg-ninja som imiterer Gray Fox' personlighet, men som kaller seg selv «Mr. X».