I løpet av 1997 viste det seg at han var mer enn et 'lagmedlem', blant annet deltok han i et rykk under Tour de France og senere samme år vant han både temporittet og sammenlagt under Ronde van Nederland. Dessverre signaliserte dette også starten på mange skader. Dekker mistet en stor del av sesongen i 1998 på grunn av en hamstringskade, og i 1999 ble han nektet han å delta i VM i landeveissykling i Verona. En test 9. oktober viste at hans blod hadde en hematokrittverdi på 52.