Fossilt vann kan ha svært høy vannkvalitet. Generelt synker vannkvaliteten nordover mot Middelhavet, fordi grunnen skifter fra kontinental sandstein til marin kalkstein som kan ha et høyt saltinnhold. Vannkvaliteten i Kufra-bassenget er ypperlig, og kvaliteten i Murzuk-bassenget skal være svært god. I de andre bassengene er vannet også egnet til drikkevann, men kvaliteten reduseres nordover.