Det armenske kongedømmet Kilikia ble i 1375 erobret av mamelukkene, men katolikatet fikk bestå. Katolikos av Kilikia fungerte etter dette sågar som en verdslig fyrste for armenerne i Kilikia. 1517 kom Kilikia til Det osmanske rike. De osmanske sultanene gjorde den armenske patriarken av Konstantinopel til de armenske kristnes politiske leder (selv om han hadde lavere rang enn en katolikos).