Marcus Junius Brutus Caepio ble født i år 85.F.Kr (nøyaktig dato er ikke funnet). Han var sønn av Servilia (senere Cæsars elskerinne) og Marcus Junius Brutus den eldre (død 77 f.Kr). Marcus Junius Brutus den eldre var en romersk politiker som aldri nådde toppen. Han ble drept av Pompeius under opprøret ledet av Marcus Aemilius Lepidus. Senere ble Brutus adoptert av Quintus Servilius Caepio. Brutus tok da navnet Quintus Caepio Brutus. Han fikk sin utdannelse av sin onkel Marcus Porcius Cato Uticencis (også kjent som Cato den yngre). Cato var en av de største tilhengere av den konservative fraksjonen i den romersk politikk. Brutus' retoriske ferdigheter og engasjement for filosofi ble godt kjent.