Både FSK og MJK har flere ganger blitt klargjort for å støtte Kystvakten i nasjonal episode- og krisehåndtering grunnet gjentatte hendelser i forbindelse med ulovlig fiske, og aksjoner fra Greenpeace og Sea Shepherd. MJK etablerte en frivillig beredskap i sommerperiodene på 1990-tallet, slik at marinejegere var tilgjengelige og kunne innsettes ved behov for bording, og minst to sesonger var de embarkert Kystvakten. Marinejegerne samarbeidet med Tollvesenet i perioden 1996-1997 slik at undersøkelser kunne bli foretatt som ledd i norsk suverenitetshevdelse til sjøs. Kystvaktloven fra 1997 har gitt Kystvakten begrenset politimyndighet og inspeksjons- og kontrollmyndighet samt rett til å iverksette tvangstiltak. Loven utvidet dessuten rettsområdet slik at Kystvakten fikk myndighet til også å dekke kystfarvannene innenfor territorialgrensen. Forsvarets spesialstyrker støtter Kystvakten ved særlig vanskelige og sensitive oppdrag.