Walsingham sørget for at det ble åpnet en kommunikasjonslinje mellom ham selv og dobbeltagenten Gilbert Gifford, en avhopper fra et katolsk presteseminar. I juli 1586 leverte Gifford sin første beskjed fra Maria til Babington. Brevet fra dronningen fortalte at det var rapportert at hun hadde støttespillere i Paris. Babington svarte at han hadde hundre følgesvenner som ville hjelpe ham med å sette Maria fri, og at det var seks personlige venner av ham som ville foreta selve aksjonen. Han avslørte sine egne følelser overfor Elizabeth idet han kalte henne en usurpator. Han skrev også at han var fri fra lojalitet overfor Elizabeth på grunn av pavens ekskommunikasjon av henne.