Harlan ble etter krigen stilt for retten to ganger for sitt bidrag til naziregimet. Tiltalen omhandlet og forbrytelser mot menneskeheten. Han ble frikjent i begge tilfeller. Han ble i 1949 frikjent av en tysk domstol i Hamburg og dommen ble opprettholdt av den britisk okkupasjonsmyndigheten. Frifinnelsen var kontroversiell blant annet fordi dommeren ved den tyske domstolen, Walter Fritz Tyrolf, selv hadde vært medlem av NSDAP (nazistenes parti). Tyrolf hadde som dommer for naziregimet dømt folk til døden for småtyveri og for . Leni Riefenstahl ble ikke tiltalt. Harlan var en innflytelsesrik figur i det tredje riket og han ble ofte nevnt i Goebbels' dagbok. Harlan holdt resten av livet fast ved at han var et hjelpeløst offer for «djevelen» Goebbels' kulturpolitikk.