Nakholmen var klostergods inntil kongen overtok kirkens og klostrenes eiendommer etter reformasjonen. I 1716 brukte kong Karl XII Nakholmen som skjul under sitt angrep på Akershus festning. Svenske soldater som falt i angrepet, skal være begravet på øya. I 1809 ble det bygget en stokkekonstruksjon med mast på høyden sydvest på øya. Dette var en av en kjede med optisk telegraf som skulle varsle om fremmede skip under Napoleonskrigene.