Som tredjesist i sesongens Bundesliga skulle Energie Cottbus spille to playoff-kamper mot nummer tre fra 2. Bundesliga, som var 1. FC Nürnberg. Nürnberg vant kampene med henholdsvis 3-0 og 2-0 og sikret seg dermed sammen med de to øverstplasserte i 2. Bundesliga, SC Freiburg og 1. FSV Mainz 05, opprykk til 1. Bundesliga i 2009-10-sesongen, mens Cottbus måtte rykke ned sammen med Karlsruhe og Bielefeld.