Det ble antatt at han med letthet ville vinne gjenvalg, men han døde tidlig i valgkampen i en flyulykke i provinsen Cebu. Den 16. mars 1957 dro han med fly til Cebu for å holde en tale ved en utdanningsinstitusjon. Da han skulle tilbake til Manila om kvelden, gikk han om bord i presidentflyet, Mt. Pinatubo, men det ble meldt savnet neste morgen. Flyet hadde krasjet i fjellene rett nord for Cebu, og alle utenom én ombord døde. Dagen etter tiltrådte hans visepresident Carlos P. Garcia presidentembedet.