Anna Midelfart har hatt en rekke verv innen universitetsmiljøet, Den norske legeforening og Norges forskningsråd. I 1993 var hun prodekan ved Det medisinske fakultet. Hun grunnla i 1990 yrkesforeningen Leger i vitenskapelige stillinger (LVS) under Den norske legeforening. Hun ble tildelt Orkidéprisen av LVS i 2010, og ble utnevnt til æresmedlem i 2017. Hun ble i 2017 tildelt Hjalmar Schiøtz' minnemedalje fra Norsk oftalmologisk forening, som hun også har ledet.