I 1218 sendte Djengis Khan en gruppe på minst 100 mann (noen kilder hevder 450) til sjahen for å knytte diplomatiske forbindelser. Muhammed II henrettet alle de mongolske utsendingene for å markere sin forakt for den stigende stormakten. Dsjengis hevnet seg med å sende en styrke på 200 000 mann. I februar 1220 krysset den mongolske arméen Jaxartes. Mongolene stormet Bukhara, Samarkand og kwarezmid-hovedstaden Urgench. Sjahen flyktet og døde noen uker senere på en øy i Kaspihavet.