I juni 1855 utnevnte Fitzpatrick pastor James Augustine Healy, den første afroamerikaneren som ble ordinert til prest, til første kansler i Boston bispedømme. Under den amerikanske borgerkrig (1861–1865) støttet han president Abraham Lincoln og Unionen, og gjorde en særlig innsats for å fremskaffe katolske kapellaner til Massachusetts-regimentene. Han besøkte Belgia i 1862 av det han hevdet var helsemessige årsaker; men andre (blant annet Ambrose Dudley Mann og Henry Shelton Sanford) mente at han arbeidet for Unionens sak i Europa. Bispedømmeavisen erklærte, «Boston deltar i den glede som gjennomsyrer hele landet» da general Robert E. Lee overga seg til generalløytnant Ulysses S. Grant ved Appomattox Court House.