I 1534 overtok Bagge kommandoen over en fane, en militærenhet på omtrent 500 mann og deltok i Grevefeiden til lands og til sjøs med heder, da svenskene støttet den ene tronpretendent i den danske borgerkrigen, hertug Christian av Holstein. Etter byen Halmstad var inntatt av svenskene, overtok Bagge befalet da motparten straks lagt ham og byen under beleiring. Bagge klarte å holde ut fram til januar 1535, da unnsetningstyrker kom fram og tvunget de dansk-lybske styrkene på retrett. I sommeren 1535 ble Bagge fartøysjef om bord på skipet «Kamperman», der man utmerket seg for gode lederegenskaper og dyktighet i løpet av årets sjøtoget.