Fra 1945 til 1947 var Erik Poppe medlem av bystyret i Tromsø. Et år var han også formann i Tromsø krets av Norges Røde Kors. Fra 1951 til 1954 var han formann i Norsk forening for medisinsk radiologi, fra 1950 til 54 var han styremedlem i Det Norske Radiumhospital. Fra 1950 var han medlem i Den norske legeforenings kreftkomite. Fra 1954 var han medlem av forskningsutvalget i Landsforeningen mot kreft og fra 1956 styremedlem. Fra 1956 var han også medlem av Statens råd i strålehygieniske spørsmål.