Det opprinnelige Fredrikstad prestegjeld ble utskilt fra Borge prestegjeld samtidig med grunnleggelsen i 1567, og omfattet det som nå er Gamlebyen, samt bymarkene mellom Glommas østre bredd og fjorden i syd. Som en følge av byens vekst, ble Glemminge sogn på Glommas vestre (nordre) bredd, overført fra Tune prestegjeld til Fredrikstad prestegjeld i 1685. I 1867 ble de bynære områdene i overført fra Glemmen til Fredrikstad by.