Fildes tjenestegjorde som løytnant i Royal Naval Volunteer Reserve og var stasjonert på Royal Naval Hospital Haslar under første verdenskrig. I 1919 ble han utnevnt til til offiser i Den britiske imperieordenen. Etter å ha jobbet på London Hospital som bakteriologassistent, flyttet han i 1934 for å jobbe på Middlesex Hospital. Han ble valgt til fellow i Royal Society i 1934. I 1940 hjalp han Donald D. Woods med å oppdage hvordan sulfonamider virker. I 1940 ble Fildes satt i spissen for en nyopprettet avdeling, Biologiavdelingen, Porton (BDP) i Porton Down for å studere de defensive implikasjonene av et bakterieangrep og bygde der opp et team av mikrobiologer for å studere bruken av biologiske våpen, inkludert miltbrann og botulinumtoksin. Et tidlig prosjekt var å lage et lager med en million miltbrannimpregnerte storfekaker som skulle brukes i et mulig gjengjeldelsesangrep. I 1942 utførte gruppen tester av et miltbrannbiovåpen utviklet på Porton Down på Gruinard Island i Skottland. Han bisto også med miltbrannstammeundersøkelsene på Gruinard Island, ved å utføre obduksjon på kroppene til miltbranneksponerte sauer, for å avgjøre om de hadde dødd som et direkte resultat av miltbrannforgiftning. Dette arbeidet produserte verdens første fungerende miltbrannbombe sommeren 1942.