Pahor vant 2. desember 2012 Slovenias presidentvalg. Valget foregikk ved direkte valg og Pahor seiret i andre valgomgang med 67,4 % av stemmene. Den sittende president, 60 år gamle Danilo Türk, fikk 32,6 % av stemmene. Valgdeltakelsen var knappe 42 % av 1,7 millioner stemmeberettigete.