I 2000/01-sesongen ble det åtte ligakamper og tre cupkamper på Boertien, og i denne sesongen noterte han seg for sitt første ligamål for Derby. Det skjedde den 16. april 2001 i en kamp mot Leicester City. Året etter etablerte han seg for alvor i Derby og da sesongen var slutt hadde han bokført 32 kamper i Premier League, mens han den påfølgende sesongen stoppet på 42 kamper i Football League Championship. I 2003/04-sesongen spilte Boertien elleve ligakamper for Derby før han i januar 2004 skrev under på en låneavtale med Notts County. Han debuterte for Notts County 24. januar 2004 i en kamp mot Swindon Town, og han stoppet på fem kamper for klubben fra Nottingham før han var tilbake i Derby i februar 2004.