Peter Doherty ble født den 12. mars 1979 i Hexham, England. Foreldrene er Jacqueline (Michels), av jødisk avstamning, og Peter John Doherty, an irsk avstamning. Han fikk en katolsk oppdragelse, og vokste opp på forskjellige militære garnisoner, på grunn av hans fars arbeid som offiser i det britiske forsvaret, og bodde blant annet Catterick, Belfast, Tyskland, Bedworth, Dorset og Larnaca, sammen med moren, en barnepike og sine to søstre, Amy Jo og Emily. Doherty var nummer to av de tre barna. Han var akademisk sett suksessfull, i en alder av 16 år vant han en poesikonkurranse, og vant en tur til Russland organisert av the British Council og ble også tilbudt en plass ved Oxford University, som han takket nei til. Etter fullført utdannelse flyttet han til sin bestemors leilighet i London, hvor han sa han var skjebnebestemt å være, og der han jobbet med å fylle graver på Willesden kirkegård. Han gikk på samme tid på Queen Mary, en del av the University of London, for å studere engelsk litteratur, men han forlot kurset etter et år. Etter å ha forlatt universitetet, flyttet han inn i en leilighet i London, sammen med venn og musiker Carl Barât, som hadde vart en klassekamerat av Dohertys eldre søster ved Brunel University. miniatyr|Peter Doherty og Carl Barat i 2016.