I 1643 vendte han tilbake til København og tog magistergraden, hvorpå det ble ham tilbudt å bli professor i poesi og samtidig prost ved Kommuniteter. Men dette hedrende tilbud avslo han fordi han håpet å komme på en ny utenlandsreise, nemlig som hovmester for en ung adelsmann. Da imidlertid denne, for hvem Pontoppidan hadde vært veileder under hans opphold i Sorø, neste år gav seg i krigstjeneste, ble reisen ikke til noe.