Etter proklamasjonen av Den demokratiske folkerepublikken Korea (Nord-Korea) i 1948, ble Choi øverstkommanderende for landets væpnede styrker. Han var nestkommanderende (under Kim Il-sung) under hele Koreakrigen og frem til våpenhvileavtalen i 1953. Choi ble pensjonert fra militæret med visemarskalks grad i 1972. I mellomtiden var han Nord-Koreas forsvarsminister 1953–1957 og president i Den øverste folkeforsamlingens presidium 1957–1972. I det siste vervet fungerte han som seremoniell statsleder.