Så tidlig som i 1959 sies det at Guevara bidro til å organisere revolusjonære aktivitet i utlandet, først i Panama og deretter i Den dominikanske republikk (ledet av Henry Fuerte «El Argelino» og Enrique Jiménez Moya), som ble styrt av en av datidens blodigste diktator i Latin-Amerika, Rafael Leónidas Trujillo. I et av disse revolusjonsforsøkene omkom Camilo Cienfuegos’ rådgiver, Ramón López (Nené). Noen mener derfor at revolusjonsforsøkene må ha blitt initiert eller støttet av folk som stod Camilo Cienfuegos svært nært, og at Che Guevara nok spilte en mer tilbaketrukket rolle. I 1960 losset det franske skipet La Coubre ammunisjon i havnen i Havanna. En eksplosjon om bord i skipet skadet mange mennesker og Guevara – som var på vei til sin jobb i Nasjonalbanken – kom til og ga førstehjelp. Like etter inntraff en ny og langt mer voldsom eksplosjon. I alt 75 mennesker ble drept og over 200 skadd. Det er uklart om eksplosjonene var et uhell eller en terroraksjon. De som hevder at eksplosjonene skyldtes en terroraksjon, legger ansvaret på CIA og deres agent William Alexander Morgan.