Den offisielle religionen i landet er Islam. 81,2 % av innbyggerne er muslimer, 9 % er kristne og resten er tilhengere av andre religioner. Bahrain er det landet i den arabiske verden med høyest prosentandel kristne og det eneste med jødisk minoritet. Det er usikkerhet om antall sunnimuslimer og sjiamuslimer i landet, men det antas at sjiamuslimer utgjør 70 %, resten utgjør sunnimuslimer og kristne.