I 1997 ble han hentet til Notts County som manager for å redde dem fra nedrykk, men det endte opp med at klubben vant ligaen det året. Han ble på Meadow Lane frem til 1999, da han ble ansatt av klubben han spilte flest kamper for som spiller – Bolton Wanderers. Med den klubben rykket han opp til Premier League i sesongen 2000-2001. Da skulle ha ny trener sommeren 2006 var Allardyce en av de største kandidatene, men jobben gikk til Steve McClaren.