I 1755 vendte han tilbake til Korsika for å lede motstanden mot Genova, og ble assistert av Carlo Maria Buonaparte, Napoléon Bonapartes far. Den 13. juli 1755 ble Paoli utnevnt til «nasjonens general». Han klarte å befri en stor del av øya fra Genovas herredømme, og erstattet dette med et styre basert på demokrati og Montesquieus teorier: med maktfordelingsprinsippet og folkesuverenitetsprinsippet. Som «nasjonens general» tok han selv ledelsen, og ble omskrevet i rosende ordelag av blant annet Jean-Jacques Rousseau og Voltaire. Skotten James Boswell publiserte en rapport fra sitt besøk på øya, der han beskriver den som et naturlig paradis, og skildrer Paoli som en mytisk helt som strider mot tyranniet. Under Paolis styre ble Corte øyas hovedstad, og han grunnla der et universitet.