Haugen tok doktorgrad i stokastisk optimering ved NTH i Trondheim i 1991 og mastergrad i operasjonsanalyse ved samme institusjon i 1984. Haugen er kjent for sine forskningsarbeid innen spillteori anvendt på sport. Hans bok (2012) er en oppsummering av mange års arbeid innen dette feltet. Haugen ble professorkompetent i logistikk i 2005 og i sport management (som første nordmann) i 2011.