Demobiliseringen utgjorde et enormt problem for Los Alamos som opplevde en regelrett talentflukt. Det var svært mye som gjenstod å gjøre. Bombene som ble brukt under Hiroshima og Nagasaki var rene laboratorieeksemplarer, og det manglet mye for å gjøre de enklere, sikrere og mer pålitelige. Det skulle utvikles implosjonsmetoder til uranbomber i stedet for den uøkonomiske kanonmetoden, og det var behov for blandede uran-plutoium-kjerner nå som det var knapphet på plutonium på grunn av reaktorproblemene. Usikkerheten om laboratoriets fremtid gjordet imidlertid vanskelig å få folk til å bli værende. Oppenheimer vendte tilbake til sin jobb ved University of California og Groves utpekte Norris Bradbury som midlertidig erstatning. Rent faktisk kom Bradbury til å bli i denne stillingen de neste 25 årene. Groves forsøkte å bekjempe utilfredsheten, som kom av mangelen på bekvemmeligheter, med et byggeprogram som omfattet en forbedret vannforsyning, tre hundre hus og fritidsfasiliteter.