Skjækra ble vernet mot kraftutbygging i Verneplan III for vassdrag i 1986, mens resten av Verdalsvassdraget ble vernet under Supplering av Verneplan for vassdrag i 2005. Den øvre delen av elva ligger innenfor Blåfjella-Skjækerfjella nasjonalpark, mens utløpet fra Skjækervatnet er en del av Skjækra landskapsvernområde.