I 1693 fikk han tjeneste ved siden av Manabe Akifusa som rådgiver i Tokugawashogunatet og for Tokugawa Ienobu. Han skulle etterhvert overskygge de offisielle Hayashi-rådgiverne, og ble den fremste konfucianske rådgiveren hos Ienobu og Tokugawa Ietsugu. Visse av Hakusekis forslag ble fortsatt fulgt etter Ienobus død, men da den sjette shogun, Tokugawa Ietsugu, døde, og Tokugawa Yoshimunes regjeringstid ble innledet, forlot han sin post og innledet sin karriere som produktiv forfatter innen japansk historie og vesterlandskunnskap.