Under Uniteds sesongoppkjøring påfølgende sommer, da laget var i Chicago, ble Butt dradd til sides og fortalt om at klubben hadde akseptert et bud fra Newcastle United, og deres manager Sir Bobby Robson. Butt fløy hjem til England alene, og signerte 4-årskontrakten. Det sies at Sir Bobby Robson egentlig ikke ønsket å kjøpe Butt, men at dette ble trumfet igjennom av styreformann Freddie Shepherd. Sesongen 2004-05 startet han ved å spille de 6-7 første kampene før han ble plaget med sin hamstringskade. I løpet av disse ukene var han flere ganger banens beste spiller, og så ut til å bli den perfekte erstatter for Gary Speed (som hadde gått til Bolton Wanderers). På grunn av skaden måtte Butt være ute i ni uker uten å gjøre noenting. Etter dette brukte han resten av sesongen til å bygge seg opp igjen. Han fikk spille semifinalen i FA-cupen mot Manchester United, som endte i 4-1 tap, og fikk mye kritikk fra egen fans etter dette.