I 1989 ble Joseph Ferrario beskyldt for et seksuelt overgrep, og dette førte til en anmeldelse i 1991. Saken ble avvist av retten. Blant hans hardeste kritikere var noen tilhengere av erkebiskop Marcel Lefebvres St. Pius X-broderskap. Biskop Ferrario ekskommuniserte seks av dem i 1991. Kardinal Joseph Ratzinger, som var prefekt for Kongregasjonen for Troslæren, reverserte dette senere i et dekret av 28. juni 1993, ettersom Vatikanet underkjente at de hadde gått i skisma.