Før det ble noe av dette ble Johannes alvorlig syk, og han fikk ordre om å forlate La Peñuela. Han fikk valget mellom det bekvemme klosteret i Baeza, eller et kloster i Ubeda hvor den andre munken han hadde refset i Sevilla, pater Frans, nå var prior. Han valgte Ubeda. Sykdommen ble verre under reisen, og han ådro seg en betennelse i det ene benet. I tillegg behandlet prioren ham på en umenneskelig måte, blant annet ved å bytte ut en sykepleier som behandlet ham godt, og ved å nekte ham vanlig mat. Provinsialen fikk høre om dette, og ga prioren en kraftig reprimande.