Det ble gjort flere forsøk på statskupp mot Rios Montt mens han satt som president. Ett av disse ble gjennomført av daværende forsvarsminister og senere president Óscar Humberto Mejía Victores. Dette kuppet prøvde han å rettferdiggjøre ved å erklære at den guatemalanske regjeringen var blitt misbrukt av religiøse fanatikere i en årrekke, og at han måtte utføre statskuppet for å redde landet fra undergangen. Victores var senere en av dem som ble anklaget for forbrytelser mot menneskeheten sammen med Rios Montt.