I 1972 ble det dannet en hutuorganisasjon under navnet Umugambwe w'Abakozi b'Uburundi eller Burundis arbeiderparti (UBU). Denne gjennomførte systematiske angrep på etniske tutsier med det erklærte mål å utrydde hele gruppen. Militærregimet svarte med represalier mot hutuer i stor skala. Det totale dødstallet har aldri blitt bekreftet, men anslag for begge voldsbølgene sammen skal ligge på over 100 000, med et tilsvarende antall asylsøkere i Tanzania og Rwanda. I ledet en annen tutsioberst, Jean-Baptiste Bagaza, et blodløst kupp og gjennomførte forskjelluge reformer. En ny grunnlov som holdt Burundi som en ettpartistat, ble fremlagt i 1981. I august 1984 ble Bagaza valgt som statsoverhode. I sitt styre undertrykte han politiske motstandere og kuttet ned på religionsfriheten.