Men etter morgenmessen den 20. september 1918, da Padre Pio ba for at krigen skulle ta slutt foran et krusifiks, besvimte han og våknet med stigmata i hendene og føttene, sammen med et sår han allerede hadde i venstre side. Snaue to måneder tidligere hadde han fått et syv cm sår i siden med en blødning som ikke ville stoppe.