Ut over 90-tallet dannet det seg et nettverk av Sharia-domstoler (ICU, Unionen av islamske domstoler), som oppnådde stadig mer makt i landet. USA mente imidlertid at dette nettverket hadde forbindelser til Al-Qaida, og at det skulte deltakere fra bombeangrepene mot amerikanske ambassader i Afrika på slutten av 90-tallet. Med den begrunnelsen har USA arbeidet aktivt for at islamistene ikke skal få etablere en stat. Det har samtidig blitt påpekt at Somalia, etter geologenes beregninger, sitter på store oljeresurser, og at landet derfor har strategisk betydning for USA.