Klokken 19.40 var Boeing 727-flyet i luften igjen, med kun Cooper, pilot Scott, andrepilot Rataczak, flyvertinne Mucklow og flymekaniker H.E. Anderson ombord. To F-106 jagerfly fra McChord Air Force Base fulgte etter, et over flyet og et under flyet, uten at Cooper visste det. Etter takeoff sa Cooper at flyvertinne Mucklow skulle slutte seg til resten av flymannskapet i cockpiten, og forbli der med døren lukket. Da hun gikk, observerte Mucklow at Cooper bandt noe rundt livet. Rundt klokken 20.00 blinket et varsellys i cockpiten, noe som indikerte at døren helt bakerst i flyet var åpnet. Etter en stund merket de en stor forskjell i lufttrykket i kabinen.