Han fikk cand.med. 1982 og dr.med. året efter på avhandlingen , hvorpå han 1984–85 var ved Texas Medical Center i Houston. Fra 1988 jobbet han ved Institutt for medisinsk biokjemi ved Universitetet i Oslo, først som førsteamanuensis, og fra 1992 som professor. Jahnsen var også laboratorieleder ved det genteknologiske laboratorium på Rikshospitalet. Hans forskergruppe med ti medlemmer hadde i 1991, som den første i verden, kartlagt åtte bestemte gener.