President Houphouët-Boigny hadde alltid forsøkt å unngå konflikter mellom de mange etniske gruppene i landet, men Bédié fulgte ikke denne politiske linjen. Dette gikk særlig utover etniske grupper nord i landet. Også religiøst skiller det muslimske nord seg fra det katolske sør. Et stort antall innvandrere fra omkringliggende land (anslagsvis en tredel av befolkningen) reiste krav om politiske rettigheter, og avvisningen av Outtaras kandidatur i presidentvalget i 1995 var et viktig eksempel på hvordan immigranter og deres barn ikke ble likebehandlet med innfødte ivorianere. De økende motsetningene i Elfenbenskysten førte til et ublodig militært kupp i 1999, og general Robert Guéï overtok ledelsen i landet. Bédié gikk i eksil i Frankrike, og Elfenbenskysten gikk inn i en dyp økonomisk krise.