I mai 1828 ble Taylor kalt tilbake i tjeneste, og var kommandant ved Fort Snelling ved elven Mississippi i Minnesota i ett år, deretter ved Fort Crawford i samme område i ett år. Under opptakten til Black Hawk-krigen i april 1832 ble Taylor forfremmet til oberst i det 1. infanteriregimentet. Hele sommeren lå Taylor i kamp mot indianerhøvdingen Black Hawks styrker, hvorpå indianerne oppgav motstanden mot amerikansk ekspansjon i området. De neste årene forløp forholdsvis fredelig.