Wærdahl er ansatt som professor i eldre historie ved Institutt for historiske studier (NTNU). Innenfor denne rammen fordeles hennes forskning i hovedsak på to områder: Forholdet mellom Norge og resten av den norrøne verden fra ca. 800-1300 og adelskvinners tilgang på og bruk av makt i senmiddelalderens Norge. Innenfor det senere er fru Inger til Austrått det fremste studieobjektet.