Inndelingen følger Heritage & Seiffert (2022). Sjøkyr deles inn i to familier, manatfamilien og dugongfamilien. Den største forskjellen mellom de to familiene er skalleformen, som er mer avrundet hos manatene, og halen, som deler seg i to hos dugongene, men ikke hos manatene. Manatene er også noe mer strømlinjeformet enn de runde dugongene. Til gruppen sjøkyr regnes også de to utdødde familiene Protosirenidae og Prorastomidae.