Vltava har sitt utspring i to kildeelver: Teplá Vltava («Varme Vltava»), som regnes som hovedkilden, i nærheten av Kvilda i Šumava (Böhmerwald); og Studená Vltava («Kalde Vltava») nær Haidmühle i Bayerischer Wald, hvor den også mottar små sideelver fra Bayern. Menší Vltavice («Lille Vltava») er en sideelv på høyre side av Vltava, men regnes ikke blant kildeelvene. Řasnice eller Travnatá Vltava («Gressdekkede Vltava») er en sideelv til Teplá Vltava.