I 1924 og 1925 var Endicott ledende i arbeidet med å forene metodistene, kongregasjonalistene og presbyterianerne i én kirke – United Church of Canada i 1925. Han var moderator for denne nye kirke fra 1926 til 1928. Han var også leder for kirkens misjonsstyre til han gikk i pensjon i 1937 og forble en ledende skikkelse innen kirken til sin død.