Burnes ble i 1836 sendt på en politisk misjon til Kabul, til Dost Mohammed, Afghanistans hersker. Der traff han den russiske offiser Vitkevitsj. Han var der med det oppdrag å videreføre den i 1835 innledede tilnærming mellom Afghanistan og Russland. Burnes rådet den britiske generalguvernør i Calcutta, baron Auckland, å støtte Dost Mohammed. Men denne bestemte seg for å følge William Macnaghtens råd og gjeninnsette den tidligere hersker, Shoja Shah. Dette førte til at Burnes ble utvist fra Kabul, og dessuten til utbruddet av den første anglo-afghanske krig.