I 1793 førte Telfords gode rykte til at han ble utnevnt til å lede konstruksjonen av Ellesmerekanalen, som gikk fra jernverkene og kullgruvene i Wrexham via Ellesmere til Chesterkanalen og deretter ut i elven Mersey. Arbeidet medførte blant annet byggingen av en akvedukt over elven Dee i Wales. Pontcysyllteakvedukten ble bygget med en ny tekning, der støpejernsplater ble festet i stein. Den kjente kanalingeniøren William Jessop var involvert i prosjektet, og hadde et overordnet ansvar, men prosjektet ble nesten fullstendig lagt i Telfords hender.