Selv om Luther hadde overlevd mye på grunn av beskyttelse fra viktige fyrster, skyldtes det også i de første årene at det var en vanskelig prosess å velge ny keiser. Paven støttet Frans I (1494–1547) som ny keiser, men ville ikke påvirke valget ved å gå hardt ut. Det ble ikke Frans I, men Karl V (1500–1558), som ble konge. Han var allerede konge av Spania, og eide også områder i Burgund og Flandern, i tillegg til Amerika, med mer. Karl V var motsetningsfylt, da han både var sterkt katolsk, men også sterkt humanistisk.