Et næringsfattig berggrunn og et tørt og kaldt innlandsklima fører til en fattig og glissen vegetasjon i store deler av Femundsmarka. Kortvokste og krokete kraggfuruer preger det åpne landskapet, mens man i nordlige områder av marka finner områder med bjørkeskog. Skoggrensen ligger på 800-900 moh. Det er lite bunnvegetasjonen og store områder består for det meste av lav. I våtmarksområdene finner man både torvmyr, rismyr og grasmyr. I Femundsmarka nasjonalpark finner man også forekomster av sjelden ulvelav.