Hofer flyktet etter dette til Passeiertal, hvor han gjemte seg på en seter. Han ble imidlertid tidlig i 1810 forrådt, arrestert og bragt til Mantova, der han ble stilt for krigsretten og dømt til døden. Napoleon hadde personlig «bestilt» denne dødsdommen. Den 20. februar 1810 ble Andreas Hofer skutt. Hans grav ligger siden 1823 i Innsbrucks hoffkirke.