Fra 1987 til 1995 var han formann i Senatets justiskomité. Han ledet Senatets høringer ved seks nomineringer av høyesterettsdommere, heriblant Clarence Thomas. Professor Anita Hill vitnet for komiteen og anklaget Thomas for seksuell trakassering. Biden stemte imot Thomas, men ble likevel kritisert av feminister for hvordan han og resten av komiteen, som bare bestod av menn, hadde behandlet Hills sak. Biden beklaget senere hvordan høringen hadde utspilt seg, og han bidrog til å få kvinner inn i justiskomiteen.