Pandrup hører til Jetsmark sogn, og Jetsmark kirke ligger sør for byen, mellom Pandrup og nabobyen Kås, som Pandrup er nær ved å vokse sammen med. Pandrup har også nesten vokst sammen med Moseby i vest. Kirken har mange kalkmalerier, og i våpenhuset står «Jetsmark-steinen», en runestein som ble funnet ved Bisgård i Pandrup i 1855. Byen er også hjemsted for Pandrup-Birkelse Baptistkirke, som ble innviet i 1931.