I 1936 var han behjelpelig med å skaffe den tyske fysiker Max Born en stilling ved universitetet i Edinburgh da han måtte forlate Tyskland på grunn av nazistenes maktovertagelse. Etter kort tid følte Darwin seg forpliktet til å overta ledelsen av National Physical Laboratory i England. Dermed fikk han en viktig rolle ved igangsettelsen av det britiske programmet for å lage en atombombe. Han forble i denne administrative stillingen til sin avgang i 1949.