De som har foreslått den multiregionale hypotese for menneskelig utvikling har lenge antatt at europeerne nedstammet fra neandertalere. Andre forskere mener at neandertalere kan ha forplantet seg med moderne mennesker. I 1997 klarte forskere å trekke ut mitokondrielt DNA fra en 40 000 år gammel prøve fra en neandertaler. Ved sammenligning med menneskelig DNA var sekvensene betydelig forskjellig, noe som indikerer at basert på mitokondrielt DNA nedstammer dagens europeerne ikke fra neandertalere, og at det ikke har skjedd forplantning som har gitt avkom med neandertalere. En del forskere har fortsatt å søke autosomal DNA for spor av kryssblanding fra neandertalere. Noen få alleler fra en del autosomale gener som H2 allel av MAPT-genen har blitt foreslått ettersom disse er kun funnet blant europeere. Imidlertid i fraværet av autosomal DNA fra en neandertaler har fått noen forskerne til å konkludere at denne hypotesen er spekulativ. Det er heller ikke funnet skjeletter som viser sammenblanding av neandertalere og mennesker .