Under den nye kongen hadde Percy omfattende sivilt og militært ansvar i både den østlige grensen mot Skottland og i nordlige Wales hvor han ble utnevnt til high sheriff av Flintshire i 1399. I nordlige Wales var under økende press som resultat av opprøret til Owain Glyndŵr. I mars 1402 utnevnte Henrik IV Percy til kongelig løytnant i nordlige Wales, og den 14. september 1402 var Percy, hans far og jarlen av Dunbar og March seierrike i slaget ved Homildon Hill. Blant annet tok de Archibald Douglas, 4. jarl av Douglas til fange.