I 996 dro Otto III til Italia for å kreve titlene konge av Italia og keiser av det tysk-romerske rike, som hadde stått ubesatt siden Otto II døde i 983. Otto III forsøkte også å gjenetablere imperiets kontroll over byen Roma, som hadde gjort opprør under ledelse av den romerske patrisier Johannes Crescentius Momentanus (Crescentius II), og gjennom det også kontroll med pavekirken. Da han ble kronet som keiser, slo Otto III ned den romerske opprør og innsatte sin fetter Bruno av Kärnten som pave Gregor V, den første paven av tysk avstamning. Johannes Crescentius ble benådet av keiseren, men etter at keiseren forlot Roma gjorde han igjen opprør, avsatte Gregor V og satte inn sin motpave Johannes XVI. Otto III kom tilbake til byen i 998, gjeninnsatte Gregor V, og henrettet både Johannes Crescentius og Johannes XVI. Da Gregor V døde i 999, satte Otto III inn Sylvester II som ny pave. Gjennom sine handlinger styrket Otto III imperiets kontroll over den katolske kirken.