I 1959-60 praktiserte Målfrid Skard som barnehagelærer. Etter universitetseksamen ble hun så psykolog ved Emma Hjorths Hjem fra 1968 til 1969 og ved Nic. Waals Institutt i Oslo fra 1969 til 1972. Deretter tilbrakte hun et år ved Pennsylvania Psychiatric Hospital i USA. Fra 1973 til 1976 arbeidet hun ved barnepsykiatrisk avdeling ved Ullevål sykehus i Oslo, før hun fra 1976 til 1979 var sjefpsykolog i Helsevernet for psykisk utviklingshemmede i Akershus. Fra 1979 til 1981 var Flekkøy pedagogisk-psykologisk rådgiver for førskolebarn i Bærum kommune.