Medikamentetiketten anbefaler at hydroksyklorokin ikke bør foreskrives til personer med kjent overfølsomhet overfor 4-aminokinolin-forbindelser. Det er en rekke andre kontraindikasjoner og forsiktighet er nødvendig hvis pasienter har visse hjertesykdommer, diabetes eller psoriasis. Som forebyggende medisin mot malaria forekommer det sjelden andre bivirkninger enn magesmerter.