På grunn av at kildekoden til WinMX aldri ble sluppet av Frontcode, er det ikke blitt laget en alternativ klient med full støtte for WinMX-nettverket WinMX Peer Network (WPN). Det er også enkelte små mangler og feil i WinMX som ikke kan bli rettet, og enkelte egenskaper og endringer i protokollen som ikke kan bli gjort. Blant annet støtter ikke WinMX eller protokollen overføring av større filer enn 4,294,967,296 byte (4GB). Det er mulig å overføre filer større enn dette, men om filoverføringen blir avbrutt etter denne grensen er nådd, er det ikke mulig å fortsette filen på grunn av at protokollen vil anse filen som ferdig nedlastet. Dette er den største ulempen WinMX har, men programmerere er fortsatt aktive. Det diskuteres mye om det skal lage en ny klient til nettverket, og denne klienten vil i så fall kunne utvikles til å støtte ting den nåværende klienten ikke støtter.