Den 2. august 2010 annonserte Stabæk Fotball at Lennartson ville ta over som hovedtrener for Jan Jönsson fra og med 1. januar 2011. Lennartssons første Tippeligaseier med Stabæk kom i kampen mot Jan Jönssons nye klubb, Rosenborg, 3. april 2011. Stabæk vant bortekampen 1-2. Jørgen Lennartsson valgte å forlate Stabæk etter 2011-sesongen på grunn av omstendighetene rundt Nadderud Stadion og mulighetene for en fireårskontrakt med den svenske toppklubben, IF Elfsborg.