Utover 1940-årene begynte et systematisk massemord i Dachau. Fra oktober 1941 ble sovjetiske krigsfanger deportert til leiren og skutt, minst ifølge Eugen Kogon. Det først og fremst offiserer, komsomol-ledere og partimedlemmer som ble henrettet. Fra januar 1942 førte SS rundt «invalide» fanger til slottet Hartheim ved Linz, hvor de ble gasset i hjel.