På Vincennes etablerte fader Flaget, i tillegg til det sjelesørgeriske arbeidet, en skole og et bibliotek i kirken (nå ), de eldste utdanningsinstitusjonene i Indiana. På Vincennes tjente han katolikkene i det lille sognet. Også her pleiet han de syke da det i 1793 brøt ut kopper blant nybyggerne og miamistammen som bodde i de samme områder. Flaget ble selv syk, men ble frisk.