I 1534 kom han tilbake til Mexico, hvor han kastet seg inn i arbeidet med å utvikle skoler som og , der de fremstående indianerfamiliers sønner fikk undervisning. Han grunnla hospitalet og grunnla i 1539 koloniens første trykkeri. Fra 1536 til 1543 var Zumárraga inkvisitor, og engasjerte seg da for ødeleggelsen av indianertemplene.