De siste to tiårene har forskning avdekket flere begrensninger ved monoamin-hypotesen, og teoriens svake evne til å forklare fenomener har blitt diskutert i det psykiatriske miljøet. Intensiv forskning har ikke funnet overbevisende dokumentasjon for en primær dysfunksjon av et bestemt monoamin-system hos pasienter med depressiv lidelse. Medikamentene tianeptin og opipramol har lenge vært kjent for å ha antidepressive egenskaper til tross for at den første ikke hemmer opptaket av serotonin, men tvert imot øker opptaket, og sistnevnte har ingen effekt på monoamin-systemet i det hele tatt.