Alexandre de Rhodes' familiebakgrunn var spansk (fra landsbyen Calatayud i Aragón) og marrano (jødisk). Slekten var silkehandlere i flere generasjoner. Hans familie hadde flyktet fra den spanske inkvisisjon og tatt tilflukt i Avignon, den gang en pavelig by og del av Kirkestaten, Dit var det mange spanske jøder som hadde begitt seg for å unnslippe tvangstiltak av forskjellige slag. Familien konverterte til katolisismen, og Alexandres far bestemte seg for å endre på deres etternavn fra til , deretter til og til slutt til .