Han ankom Manila den 25. juni 1635. Som generalguvernør var han stadig i konflikt med erkebiskopen av Manila og kirkens folk i det øvrige. Det begynte med det samme: Særlig alvorlig stormet det rundt den nye biskopen av Nueva Caceres, den meksikanske augustineren Francisco Zamudio. Erkebiskop Hernando Guerrero av Manila tok avstand fra Zamudios disposisjoner og prøvde å annullere dem. Det hele var en del av en innviklet strid der det også dreide seg om ordensgeistlighet mot sekulargeistlighet. Generalguvernøren, som også av andre grunner var i konflikt med erkebiskopen, sendte tilslutt erkebiskopen i eksil til landsbyen Mariveles sør på Bataan-halvøya. Det var ikke særlig langt unna, og erkebiskopen hadde rukket å utnevne en dominikaner til midlertidig stattholder for erkebispedømmet før han reiste. Ettersom generalguvernøren skyndte seg å utnevne biskop Zamudio, og man begynte å ekskommunisere hverandre, var den katolske kirke på øyene truet av skisma.