I januar 1995 fikk skipet skader på skroget i dårlig vær mellom Stamsund og Svolvær. Hun ble tatt ut av rute og gikk til Harstad for reparasjon. Den 6. august 1997 på sørgående grunnstøtte MS «Harald Jarl» i Risværsund nord for Rørvik og tok inn vann. Hun ble slept til Rørvik der en midlertidig tetting ble utført. Dagen etter ble hun slept til Myklebust mekaniske verksted og fikk skiftet ut 30 tonn stål i bunnen av skroget. Drøyt 3 uker senere var MS «Harald Jarl» tilbake i rute.