Etter Litauens uavhengighet i 1918 ble , basert på samlingene fra og Litauens vitenskapsforening. Lederen for denne var Jonas Basanavičius, en av underskriverne av Litauens uavhengighetserklæring. Etter 1919 ble Vilnius en del av Polen og museumsvirksomheten ble inkorporert i Vilnius universitet.