Spillet starter med at Guybrush Threepwood og Elaine Marley returnerer til Mêlée Island fra deres bryllupsreise, som de startet på slutten av . Her oppdager de at Elaine offisielt har blitt erklært død, hennes stilling som guvernør har blitt fratatt og at herskapshuset hennes skal rives. Valget for en ny guvernør er i gang og plutselig presenterer en person ved navnet Charles L. Charles selg selv som den ledende kandidaten.