Skriftlige kilder omtaler Tartu for første gang i 1030. Tartu var et viktig handelssenter i senmiddelalderen, og byen var medlem av Hansaforbundet. Som ellers i Estland og Latvia hadde den tyske adelen stor innflytelse på kultur, religion, arkitektur, utdannelse og politikk frem til midten av 1900-tallet. Tartus rådhus ble for eksempel bygd av en tysker fra byen Rostock, og universitetets hovedbygning ble bygd av en annen tysk arkitekt. Blant personalet og studentene på universitetet var mange, om ikke de fleste, av tysk opprinnelse. Dette er grunnen til at man fremdeles finner mange statuer av betydelige vitenskapsmenn med tyskklingende navn.