I de følgende år ble Godske utsendt til Frankrike og til forskjellige tokt i Østersjøen. I 1610 ble han Holmens sjef. Da Kalmarkrigen mot Sverige brøt ut i 1611, var han virksom i Kalmarsund. Høsten 1612 sluttet han et forlik med Lübeck på reden ved Travemünde, for senere å vende svekket tilbake til København etter å ha pådratt seg en sykdom som herjet i flåten. Han døde straks etter ankomst.