FFC Frankfurt dominerte stort på begynnelsen av 2000-tallet. Fra og med 1998-sesongen til og med 2003-sesongen vant laget cup og serie hvert år bortsett fra 99-2000-serien, da Duisburg vant. FFC Frankfurt toppet i 2001/2002-sesongen, da de vant serie, cup og UEFA Women's Cup (ved å slå Umeå IK i finalen). De ble også det ledene laget fra Frankfurt, også fordi FSV Frankfurt sakket akterut, og etter hvert ble nedlagt i 2005. Med FSV Frankfurt som stadig dårligere lag, ble det etter hvert et annet rivallag som tok over: Turbine Potsdam. De to og Duisburg kjempet om seier i cup og serie utover 2000-tallet. Rivaliseringen mellom FFC Frankfurt og Turbine Potsdam hadde egentlig startet i 1999, da Turbine Potsdam snudde 0-4 til 4-4, men da Turbine ble et topplag, toppet det seg. Turbine Potsdam vant serien i 2003/04 og 2005/06 og cupen tre år på rad fra 2004 til 2006. FFC Frankfurt fikk imidlertid en anstendig hevn da de vant UEFA Women's Cup mot nettopp Turbine Potsdam i finalen med overlegne 4-0.