Han var sønn av kjøpmann Hølje (Helge) Andersen Scheen og hustru Karen Sofie Winther i Risør. Han gikk Drammens lærde skole i seks år og tok artium i 1828, filosofikum som preseterist i 1829 og teologisk embedseksamen med laud i 1833. I 1835 ble han utnevnt til residerende kapellan i Vestnes og Sylte sogn i Veøy prestegjeld og kom dit sammen med sin hustru, Marie Sophie Elise Wleügel, datter av tollkasserer og postmester Jens Reimert Wleügel i Risør. De fikk fire barn før hun døde i 1844.