Huitfeldt ble gift første gang den 22. september 1752 i Christiansborg slottskirke med hoffrøken Sophie Hedevig von Linstow (1731–1753). Annen gang 5. juni 1756 med Charlotte Emerentia "Emerentze" Raben (21. september 1731 – 26. april 1798). Med sistnevnte fikk han flere barn.