Han var fra 1992 til 1997 medlem av Den internasjonale teologkommisjon. Fra 1995 var Ladaria konsultor for Kongregasjonen for Troslæren. I 2004 ble han av pave Johannes Paul II utnevnt til etterfølger etter den senere kardinal Georges Cottier som generalsekretær for Den internasjonale teologkommisjon.