Johnston var oppvokst i Sycamore i Illinois og spilte college football for Northwestern Wildcats fra 1957 til 1959. I hans siste sesong på skolelaget i 1959 ledet trener Ara Parseghian Wildcats til et sesongresultat på 6–0 og en nasjonal rangering, med seier over Oklahoma, Iowa, Minnesota, Michigan, Notre Dame og Indiana, før laget tapte de tre siste kampene i sesongen for et sesongresultat på 6–3.