De største byene langs Limfjorden er Aalborg (inkludert Nørresundby), Skive, Thisted og Nykøbing. Ved den vestlige munningen ligger fiskerihavnen Thyborøn. Største øy er Mors. Det fins broer ved Oddesund, et bare 500 meter bredt farvann som skiller Thy fra det jyske fastlandet, Sallingsund, Vilsund, Aggersund og i Aalborg, en demning ved Virksund, en motorveistunnel ved Aalborg samt flere små ferger.