Etter den tyske gjenforening flyktet Honecker til en sovjetisk militærbase i det østlige Tyskland og derfra til Sovjetunionen. Men etter Sovjetunionens oppløsning ønsket ikke den nye demokratiske regjeringen i Russland å gi ham beskyttelse, og han ble i 1992 utlevert til Tyskland. Der ble han stilt for retten av tyske myndigheter for landsforræderi og for forbrytelser begått under den kalde krigen, bl.a. drap på 172 tyskere som forsøkte å flykte til Vesten. Han ble benådet og løslatt i 1993 som følge av at han led av langt fremskreden kreft. Han døde av sykdommen i Chile året etter.