Torquemada regnes som en av grunnleggerne av den katolske ekklesiologi, særlig på grunn av hans verk . Her beskriver han Kirkens natur og mysterium, det romerske primat, konsilene, skisma og heresi. Som teolog befattet han seg også med andre teologiske spørsmål, som det geistlige embedes struktur og med noen spørsmål innen mariologien.