Den valgte instituttlederen, tidligere kalt bestyrer, er instituttets øverste leder. Arbeidet med administrative oppgaver ledes i det daglige av en kontorsjef. Som et rådgivende organ for ledelsen finnes Instituttrådet. Ved siden av dette organiseres forskningsarbeidet på forskjellige måter, for eksempel med fag- og forskergrupper. Instituttleder i 2019 er professor John Asland.