I januar 2012 ble Kirk rammet av slag, og deltok ikke i senatarbeidet resten av året. Slaget rammet høyre del av hjernen, og Kirk måtte lære seg å gå på nytt. Han var tilbake 3. januar 2013, og ble møtt til jubel på trappen til U.S. Capitol av blant andre visepresident Joe Biden og flere av kongresskollegene.