Frem til 1949 førte han sak blant annet mot tyske næringslivsledere og offentlige tjenestemenn. Alfred Krupp (Krupp-prosessen) og direktørene for I.G. Farben (IG Farbenprosessen) ble frikjent på grunn av mangel på bevis. Flere dommere, leger og SS-offiserer ble dømt, flere av disse ble benådet John J. McCloy.