Inntrengende plante- og dyrearter er et problem. Antallet fremmede karplanter er mer enn dobbelt så stort som antallet arter hjemmehørende på øyene. 70 av de fremmede artene er inntrengende. ble introdusert som prydtre på Tahiti i 1937, har fortrengt skogsvegetasjonen som tidligere fantes og dekker nå to tredeler av øya. Det store mangfoldet av stedegne sneglearter er truet av den introduserte sneglen . Denne arten ble introdusert fra Florida for å bekjempe en annen introdusert art, men har utryddet 57 lokale sneglearter i slekten . Den giftige mauren sprer seg på Tahiti. Det treetende insektet spredte seg fra 1988. Det ble fryktet at spredningen ville få både sosiale og økonomiske konsekvenser og det ble satt i gang et utryddingsprogram for å få kontroll på utbredelsen. Introduserte pattedyr som rotter, katter, hunder og griser har spredd seg i høyereliggende strøk på vulkanøyene. Her har geite- og sauehold ført til nedbeiting.