Etter at Mussolini ble styrtet i 1943 ble de allierte soldater riktig nok løslatt fra leirene, men tok snart etter kontrollen, og slik stod de i fare for å bli tatt til fange på nytt. De italienske jøder kom også i akutt fare i og med den tyske okkupasjon. Mange krigsflyktninger vendte seg til O’Flaherty, som så begynte å organisere en hemmelig organisasjon for å hjelpe slike trengende i sikkerhet i klostre, kirkelige bygninger, gårdsbruk og privathus. Slik kunne ikke minst mange jøder redde livet. Et av de første skjulestedene var rett ved siden av det lokale SS-hovedkvarteret.