Mens han bodde i Christiania fortsatte Rhodius sin forfattervirksomhet, idet han skrev om sjelevandring, og sto i brevveksling med samtidige danske lærde som Ole Worm og Thomas Bartholin d.e.. Som lege deltok han blant annet under Hannibalsfeiden og i pesten i Christiania i 1654, og forsøkte å anleggen en medisinsk-botansisk hage.