Bacchiglione er forurenset og vannet er ikke lenger mulig å bruke som drikkevannskilde. Uavgrenset bruk av dyregjødsel i nedbørfeltet er hovedårsaken til forurensningen. Siden Bacchiglione renner forbi den industrielle delen av Vicenza, kommer det også mye forurensning fra dette området. Som en følge av dette problemet advarer lokalbefolkningen mot bading og svømming i elven.