Da Estland var under russisk styre, ble havnen brukt som marinebase. Etter 1870, da den baltiske jernbane mellom Tallinn og Paldiski åpnet, og sentralbanestasjonen lå rett sør for Kalamaja, ble området bygd ut med industri og arbeiderboliger. Trehusene er for en stor del er bevart, og Kalamaja er senere blitt gentrifisert, som et kunstnerstrøk.