Marten Toonder ble kjent med tegneserier gjennom comics som faren, sjøkaptein Marten Toonder Sr., tok med hjem fra USA. Etter at han hadde avsluttet skolegangen ved «Hogereburgerschool», en skole som kan sammenlignes med gymnaset, reiste han med faren til Argentina, og der møtte han i 1931 tegneserietegneren Dante Quinterno som arbeidet for Disney. Quinterno inspirerte Toonder til selv å tegne tegneserier, og da han kom tilbake til Rotterdam begynte Toonder ved kunstakademiet i Rotterdam. Han sluttet igjen etter kort tid.