Kambodsjas drenering domineres i praksis av den kambodsjanske delen av Mekong, en av de lengste elvene i Asia med sine 4 500 km og den 10. største elven i verden. En sideelv til Mekong, Tonlé Sap, knytter elva til den store innsjøen i hjertet av Kambodsja som deler navn med denne elva. Vannføringen i Mekong i den tørre årstiden er 15 000 m³ per sekund, mens det resten av året kan komme opp mot på 60 000 m³ per sekund ved Phnom Penh. Nivået i elva kan variere med så mye som 12 meter, noe som forårsaker flom i hele bassenget.