I 1990 gjorde Alfonso sin profesjonelle debut med Real Madrid, uten at han greide å score. De første årene ble han satt i skyggen av Emilio Butragueño og Iván Zamorano, og kom som oftest inn i kamper som innbytter. I 1994/95 hjalp han Real Madrid med å vinne La Liga, hans første og eneste seriemesterskap som spiller.