I Patapon får spilleren rollen som en guddom tilbedt av en antropomorf hær kjent som Patapons. Patapon-landsbyen fungerer som et viktig knutepunkt gjennom hele spillet, og lar spilleren blant annet gjenopplive falne tropper, velge nye oppdrag, eller spille minispill. Før hvert oppdrag kan spilleren velge opptil tre forskjellige enheter for kamp. Det finnes seks mulige enheter å velge mellom: Tateponene med skjold og sverd, de spyd-svingende Yaripons, Yumiponene som slåss med pil og bue, de lanse-svingende Kibaponsene med kavaleri, de tunge kølle-svingende Dekaponsene, eller de Tuba-svingende Megapons. Hver enhet kan bruke maksimalt tre eller seks tropper, avhengig av type.