Gundersen startet sin fotballkarriere i Flisa IL, hvor han spilte frem til 2002. Han debuterte for A-laget til Flisa i en alder av 15 år i 2001, hvor han fikk sitt innhopp i fjerdedivisjon. Hans debutsesong ble kronet med toppscorertittelen for klubben, noe som tiltrakk seg oppmerksomhet fra større klubber.