Heyerdahl skrev mange bøker og artikler om sine ekspedisjoner og funn. Han ledet også flere arkeologiske utgravninger på Galápagosøyene, Påskeøya, Maldivene, Tucume i Peru, Güímar på Tenerife og Azov i Russland. Heyerdahl fikk flere æresdoktorgrader og andre priser, deriblant Royal Geographical Societys gullmedalje. Han var statsstipendiat fra 1984. Han ble utnevnt til kommandør av St. Olavs Orden i 1951, kommandør med stjerne av St. Olavs Orden i 1970 og fikk ordenens høyeste grad, storkorset av St. Olavs Orden i 1987. I kontrast til æresbevisningene står kritikken fra akademisk hold. De færreste av hans teorier vant frem i fagmiljøene, og hans teorier ble kritisert for å være pseudovitenskapelige og bygge på selektiv kildebruk.