I 1841 ble Waligórski ansatt som assistent ved Kanaldirektoratet, der han fem år senere ble direktør. Sammen med Harald Nicolai Storm Wergeland utarbeidet han det første veikartet over Norge i 1847. I 1854–1855 stod han for byggingen av kanalen mellom Moss og Jeløya. Waligórski planla også Norsjø–Skienkanalen, og gjorde ellers en betydelig innsats med hensyn til utbygging av jernbane og regulering av vann og vassdrag. I 1849 ble Waligórski medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab.