Carl Værnet var sønn av gårdeier Peder Jensen og kone Karoline Marie Kirstine Jensen. Han vokste opp på Engbjerggård med sine fire brødre. Han endret etternavnet sitt til Værnet i 1921, da han begynte medisinstudier ved Københavns Universitet. «Doktor Værden lyder bedre enn doktor Jensen!» I studietiden fikk har kontakt med medstudenten Frits Clausen, som senere ble formann for Danmarks nasjonalsosialistiske parti. Værnet meldte seg inn i partiet på 1930-tallet. Han giftet seg i Køge den 4. juli 1937 med Gurli Marie Pitzner f. Brandt.