Ikke alle panteister mener at vi har fri vilje. Determinisme er spesielt utbredt blant naturalistiske panteister. Individuelle tolkninger av panteisme kan si noe om hva fri vilje og/eller determinisme er, og om det eksisterer, men panteisme i seg selv forutsetter ikke det ene eller det andre. Spørsmålet er imidlertid mye diskutert, som i mange andre religioner og filosofier.