Sønnene Niels Gregers Stolt-Nielsen (født 1965) og Jacob B. Stolt-Nielsen (født 1963) er i dag i ledelsen. Datteren Lise (født 1959) ble gift med fast food-distributøren John Victor Holten fra Kristiansund, mens datteren Siri (født 1958) er London-bosatt kunstner og i sentralstyret for Human Rights Watch.