Krigen er i ettertid blitt gransket av en internasjonal sannhetskommisjon oppnevnt av FNs generalsekretær, for å avdekke brudd på menneskerettighetene. Kommisjonen fremmet en rekke anbefalinger, som det var regjeringen i El Salvador som måtte iverksette. Men ytterst få av anbefalingene ble gjennomført.