En stor brann i 1554 ødela 75 % av byen, men i 1560 var byen bygd opp igjen med hjelp fra Vilhelm I av Oranien. Under åttiårskrigen skiftet Eindhoven eiere mellom nederlenderne og spanjolene flere ganger frem til 1583 da spanske styrker rev ned bymurene. Eindhoven ble ikke en del av Nederland før 1629. Under den franske okkupasjonen led Eindhoven igjen og mange bygg ble ødelagt av de invaderende styrkene. Eindhoven forble en liten by frem til begynnelsen av den industrielle revolusjonen.