Visentene overlevde andre verdenskrig, men krigen førte med seg lignende skader i skogen som den første verdenskrigen. I 1939 ble etniske polakker i området deportert til fjerntliggende deler av Sovjetunionen, og erstattet med sovjetiske skogarbeidere. I 1941 ble skogen imidlertid okkupert av tyskerne, og de sovjetiske innbyggerne ble også fordrevet. Hermann Göring planla å skape verdens største jaktreservat her. Fra juli 1941 ble skogen et gjemmested for polske og sovjetiske partisaner. De tyske myndighetene organiserte massemord på folk som ble mistenkt for samarbeid med motstandsbevegelsen. I juli 1944 ble området befridd av Den røde armé, men tyskerne rakk å sprenge den historiske Białowieża-herregården i luften.