Den nye rådstuen ble oppført omkring år 1300-15. Den lå midt på Bryggen, ved Nikolaikirkeallmenningen, hvor også torget lå. Rådstuen var i bruk til 1560-årene. Christoffer Valkendorf var lensherre på Bergenhus fra 1556 til 1560. Etter at Valkendorf ankom Bergen ble det begått flere uoppklarte mord i noen av byens mange bordeller. Valkendorf fikk revet en rekke av bordellene, og i stor grad avviklet hanseatenes privilegier og monopol i Bergen. De tyske håndverkerne ble tvunget til å overholde norsk lov og fikk valget mellom å sverge troskapsed til kongen eller reise. I 1559 måtte 59 tyske håndverkere reise. I 1560-årene ble Bergens maktsentrum gradvis flyttet fra Tyskebryggen til dagens plassering, ved Christoffer Valkendorfs tidligere privatbolig på Rådstuplass, det som i dag kalles det gamle rådhuset.