Ved sammenbruddet til den italienske fascismen i 1943 tok Tyskland kontroll over øya. Den 14. september 1943 ble Korfu bombet av Luftwaffe som ødela kirker, boliger, hele bykvartaler, særlig det jødiske kvarteret Evraiki, og en rekke betydningsfulle bygninger, blant annet det joniske parlament, kommuneteateret, biblioteket og andre. Italienerne kapitulerte og øya ble okkupert av tyskere. Korfu bys ordfører på denne tiden, Kollas, var en kjent kollaboratør og ulike antisemittiske lover ble vedtatt av nasjonalsosialistene. Tidlig i juni 1944, mens de allierte bombet Korfu som en avledning fra landgangen i Normandie, samlet Gestapo sammen jødene i byen, fengslet dem midlertidig i den gamle festningen Palaio Frourio, og den 10. juni ble de sendt til Auschwitz hvor de aller fleste ble myrdet. Rundt to hundre ut av en jødisk befolkning på 1900 slapp unna utryddelsen. Mange blant lokalbefolkningen skaffet beskyttelse og tilfluktssted til de 200 jøder som greide å slippe unna nasjonalsosialistene. En framstående del av gamlebyen er fortsatt kalt for (Εβραική, i betydningen «Jødekvarteret») i anerkjennelse av det jødiske bidraget og fortsatt tilstedeværelse i Korfu by. En aktiv synagoge (Συναγωγή) med rundt 65 medlemmer (hvorav flere fortsatt snakker det gamle språket) er en integrert del av Evraiki. Den 18. april 2011 ble den jødiske synagogen forsøkt brent ned, men brannen ble slukket og det var ingen ofre.