Hønneland er født i Harstad og oppvokst i Mandal. Han har Forsvarets russiskkurs, og er PhD (dr.polit.) i statsvitenskap fra Universitetet i Oslo og har også en LL.M.-grad i havrett fra UiT Norges arktiske universitet. Han ble tildelt professorkompetanse i 2004 og har vært professor II ved flere norske universiteter og gjesteforsker ved flere utenlandske akademiske institusjoner.