En rekke medikamenter kan brukes som profylakser for migrene. Disse deles gjerne inn i gradene A–C, etter hvor verdifulle (anbefalingsnivå basert på graden av vitenskapelig kunnskapsgrunnlag) de regnes å være. Legen vil derfor typisk teste ut effekten av A før B, og B før C. Føring av hodepinedagbok er viktig for å kunne dokumentere effekten av medikamentene, herunder også eventuelle bivirkninger (som gjerne må påregnes). Det er vanlig at pasientene følges tett opp av legen når medikamentelle profylakser prøves ut.