Prisen finansieres over statsbudsjettet, og administreres av Universitetet i Bergen på oppdrag fra Kunnskapsdepartementet. Universitetet i Bergen utnevner Holbergstyret, som består av en styreleder og fem styremedlemmer. Minst en av styremedlemmene skal til enhver tid skal ha sin institusjonelle forankring utenfor universitets- og høgskolesektoren. Styreleder og styremedlemmer velges for en periode på fire år og kan gjenvelges en gang. Holbergstyret består av Jørgen Magnus Sejersted (styreleder, Universitetet i Bergen), Knut Olav Åmås (Fritt Ord), Lise Rye (Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet), Hans Petter Graver (Universitetet i Oslo), Siv Ellen Kraft (Universitetet i Tromsø) og Torkild Hovde Lyngstad (Universitetet i Oslo).