BTR-3 er utrustet med et enkeltmannstårn med en 30 mm maskinkanon, en 7,62 mm mitraljøse, en 30 mm granatkaster og panservernmissiler. Maskinkanonen har 350 skudd i beredskap. Det bæres 2500 skudd til mitraljøsen, og 29 granater er klare til bruk for granatkasteren. 87 granater i tre magasiner á 29 granater bæres i reserve. Seks røykgranatkastere på tårnet lar vogna raskt legge et røykteppe.