Skilpaddene møter senere trollkvinnen Renet fra fremtiden, som klarer å gjennomføre tidsreiser til fortiden. Der møter de en yngre versjon av Hamato Yoshi og Oroku Saki, samt Yoshis avdøde kone og Karais mor, Teng Shen. Under en konflikt mellom Yoshi og Saki i en brennende dojo, blir Shen ved et uhell drept av Saki. Saki forlater deretter dojoen og kidnapper Yoshi og Shens baby datter Miwa, og sverger på å oppdra henne som Karai - og la Yoshi dø. Ninja Turtles, sammen med April og Casey, blir reddet av en vennlig robot ved navn professor Honeycutt (også kjent som Fugitoid) som bruker romskipet sitt for å frakte Ninja Turtles, April og Casey til verdensrommet.