Sitka ble hovedstad i det russiske Alaska rundt 1808, og deretter i det amerikanske territoriet Alaska frem til 1906. På midten av 1800-tallet var Sitka en av de viktigste havnebyene langs Stillehavets nordkyst. Under andre verdenskrig var byen beleiret, og det ble bygd en flybase på øya Japonski. Byen fikk eget styre i 1913, og i 1971 ble byen og omlandet slått sammen og fikk felles administrasjon.