Taliban reorganiserte og gjenoppbygget gradvis sine styrker i løpet av vinteren og forberedte seg på en sommeroffensiv. De etablerte nye operasjonsformer, hvor de samlet seg i grupper på omkring 50 mann og angrep isolerte forposter og konvoier. Deretter brøt de opp til mindre grupper på 5-10 mann for å unnvike forfølgelse av koalisjonstroppene. I denne strategien ble de internasjonale styrkene kun angrepet indirekte med RPG-raketter og veisidebomber. For å koordinere denne strategien utpekte Mullah Omar et ti-mann stort råd med ham selv som leder. Det ble opprettet fem operasjonssoner med deres egne ansvarlige ledere, for eksempel Mullah Dadullah som stod for operasjonene i Zabol-provinsen. Al-Qaidas tropper i det østlige Afghanistan hadde en mer aggressiv strategi hvor de gikk målrettet etter de amerikanske troppene og forsøkte å fange dem i bakholdsangrep.