Det er usikkert hvor mange som døde i krigen. I den direkte krigen mellom Frankrike og FLN ble franske soldater og 150 000 av FLNs soldater drept. Franske myndigheter har estimert totalt antall drepte algirere til mens algirere har estimert at 1,5 million algirere ble drept. I tillegg måtte to millioner algeriere flykte til Marokko, Tunisia eller til det algeriske innlandet hvor mange tusen døde av sult og sykdommer. I tillegg drepte FLN store mengder franskvennlige muslimer. Det ble lengde hevdet av ulike organisasjoner for såkalte pied-noirs, altså franskmenn som hadde vært bosatt i Algerie, men forlot landet da koloniherredømmet opphørte, at 150.000 harki-er (medlemmer av en algerisk folkegruppe) ble drept av de nye makthaverne etter 1962. I 2015 ga den franske historikeren Pierre Daum ut en bok med tittelen (norsk: ). Der argumenterte han for at et slikt massedrap aldri fant sted. Selv om harkier som hadde vært i fransk tjeneste ble svært dårlig behandlet, og de som hadde deltatt i mishandlinger, voldtekter o.l. ble henrettet på åpen gate, fortsatte langt de fleste harkier å leve videre i Algerie etter at franskmennene måtte trekke seg ut.