I 1988 fikk Gorbatsjov gjennom at det for å styrke de demokratiske organene skulle holdes et delvis fritt valg våren etter. I mars 1989 ble han valgt til den nye Folkekongressen for Sovjetunionen (russisk: Съезд народных депутатов СССР) med 89 % av stemmene fra velgerne i Moskva. Myndighetene hadde forsøkt å hindre ham å stille til valg. Jeltsin ble populær ved blant annet å stå i kø i butikken sammen med vanlige folk og klage over dårlig vareutvalg. Fra Folkekongressen ble han valgt inn som fast representant i Det øverste sovjet. I mai 1990 ble han formann i RSFSRs øverste sovjet. Han forlot kommunistpartiet på den 28. kongressen sommeren 1990. I juni 1990 fikk han gjennom at Russlands lover skulle ha rang foran Sovjetunionens lover.