Borgerkrigen i Afghanistan var geriljakrig og en utmattelseskrig mellom regjeringen og mujahedin. Den kostet begge sider mye. Mange afghanere, kanskje så mange som fem millioner, eller en fjerdedel av landets befolkning, flyktet til Pakistan og Iran hvor de organiserte seg i geriljagrupper for å slå tilbake mot Sovjetunionen og regjeringsstyrker inne i Afghanistan. Andre forble i Afghanistan og dannet også kampgrupper. Kanskje den mest nevneverdige ble ledet av Ahmed Shah Massoud i den nordøstre delen av Afghanistan. Disse forskjellige gruppene ble støttet med midler til å kjøpe våpen, først og fremst fra USA, Saudi-Arabia, Folkerepublikken Kina og Egypt. Til tross for høye tap på begge sider fortsatte presset å stige på Sovjetunionen, særlig etter at USA sendte inn FIM-92 Stinger luftvern-raketter som reduserte i betydelig grad effektiviteten til den sovjetiske luftstøtten.