Etter krigen kom han hjem til Teheran og fikk jobb på Universitetet i Teheran. På slutten av 1940-tallet ble han sjef for den første tekniske avdelingen ved universitetet. I 1951, da Mohammad Mossadegh var statsminister, ble den iranske oljeindustrien, som tidligere var under britisk kontroll, nasjonalisert. Bazargan ble deretter sjef for det nyopprettede National Iranian Oil Company. Han var også viseminister for regjeringen.