Emanuel Mohn ble født i Bergen inn i en ungeflokk som etter hvert ble på 13 barn. Foreldrene var kjøbmand Albert Henrik Mohn (1811–1894) og Adelaide (Ida) Augusta Charlotte Neumann (1814–1864). Familien tilhørte byens velstående borgerskap. Broren Christian Joachim startet ett av Bergens første buekorps, Dræggens, i 1856, og Emanuel var også med der. Eldstebroren Henrik malte buekorpsets første fane.