Størstedelen av Manitoba består av grunnfjellsplatå med barskog, som går over i tundra i nord. Området dreneres av elvene Nelson og Churchill, som renner ut i Hudson Bay. Det høyeste punktet er Baldy Mountain som stiger 832 meter over havet, og ligger nær grensen til Saskatchewan. Den sørlig delen av Manitoba er flat og fruktbar. Klimaet er kontinentalt med varme somrer og svært kalde vintrer.