CIA fortsatte også sitt engasjement i Latin-Amerika. Tidlig på 1960-tallet gjennomførte CIA operasjoner for å hindre at Salvador Allende ble gjenvalgt i Chile. Da Allende ble valgt i 1970, ble CIA med på planleggingen av statskuppet som styrtet ham fra makten. Den 11. september 1973 overtok den USA-vennlige diktatoren Augusto Pinochet makten. I løpet av hans diktatur ble over 27 000 mennesker fengslet og torturert. Over 3 000 ble drept.