Kommandoen over begge flåter skiftet hender etter Notion. På grunn av begrensninger i betingelsene til navarken, ble Lysander erstattet av Kallikratidas. På athensk side dro fallet til Alkibiades med seg hans venner Thrasybolos og Theramenes, og kommandoen gikk over til Konon. I løpet av det neste året, støtte flåtene sammen to ganger, først i et slag hvor Kallikratidas med dobbelt så mange skip som Konon, beseiret athenerne og fanget dem i Mytilene. En athensk unnsetningsflåte beseiret og drepte så Kallikratidas i slaget ved Arginusai. Denne athenske seiren viste seg meningsløs for i 405 returnerte Lysander til en uoffisiell kommando og ødela den athenske flåten i slaget ved Aigospotamoi som gjorde slutt på krigen.