Uansett ble det satt i gang en storstilt kampanje for opplæring innenfor mange ulike yrker. Leger, offiserer, ingeniører og offentlige tjenestemenn ble sendt til Frankrike og England for å få utdanning, eller ble undervist av utlendinger i Egypt. Tidligere hadde noen av de tradisjonelle koranskolene gitt noe annen undervisning enn den religiøse, men i stedet for å bygge ut disse skolene satset Muhammad Ali på et system med sekulære skoler som skulle stå for opplæringen av byråkrater og statsansatte. Dette mønsteret med to separate system kom til å danne grunnlaget for senere skoleutbygging, og kanskje var det også med på å danne en viss splittelse i den egyptiske opinionen mellom sekulære og religiøse.