Klokka 05.12 den 18. april 1906 traff et enormt jordskjelv San Francisco og nordlige California. Bygninger kollapset fra skjelvet, og sprukne gassrør antente branner som spredte seg gjennom byen og brant ukontrollert i dagesvis. Siden vannledningene ikke fungerte forsøkte Presidios artillerimannskaper å sprenge hele kvartaler for å opprette branngater. Mer enn tre fjerdedeler av byen ble ødelagt i jordskjelvet og brannen, blant annet nesten hele sentrum. Samtidige nedtegnelser rapporterte at 498 mennesker mistet livet, men moderne estimater anslår at flere tusen mistet livet. Over halvparten av byens befolkning ble hjemløse. Flyktninger satte opp midlertidige teltleirer i Golden Gate Park, Presidio, strender og andre steder. Mange flyttet permanent til East Bay.