Sillekens ble den første biskopen av Ketapang den 2. april 1962 som et resultat av opphøyelsen av det apostoliske prefekturet i Ketapang til bispedømme. Erkebiskopen av Djakarta, Adrianus Djajasepoetra S.J., ordinerte ham til biskop den 17. juni samme år; medkonsekratorer var erkebiskopen av Pontianak, Herculanus Joannes Maria van der Burgt O.F.M.Cap., og biskopen av Sintang, Lambertus van Kessel S.M.M. Gabriel Sillekens valgte mottoet Amen. Han deltok i alle fire sesjonene til Det andre Vatikankonsilet.