Fatimidene mistet igjen regionen, til korsfarerne opprettet kongeriket Jerusalem (mellom 1099 og 1291). Deres kontroll over Jerusalem, og det meste av Palestina, varte nesten et helt århundre, frem til nederlaget mot Saladin og hans styrker i år 1187. Deretter ble det meste av Palestina kontrollert av Ajjubidedynastiet, bortsett fra årene 1229–1244, da Jerusalem og andre områder ble gjenerobret av Det andre kongeriket Jerusalem, som da ble kontrollert fra Akko (1191–1291). Til tross for senere korstog var ikke frankerne lenger noen betydelig makt i regionen. Det fjerde korstoget, som ikke nådde Palestina, førte direkte til det bysantinske rikets tilbakegang. Dette reduserte dramatisk kristen innflytelse i hele regionen.