Prosjektet kan ha blitt stanset fordi det ikke fantes transportmidler for en så omfattende forflytning, blant annet fordi hæren la beslag på transportkapasitet for å flytte styrker vestover. Behov for transportkapasitet til forflytning av etnisk polske fra Danzig/Vestpreussen til Generalguvernementet kan ha medvirket til at Nisko-prosjektet ble stanset. Deportasjoner fra Danzig-området og Warthegau fortsatte for å germanisere området og gi plass til etnisk tyske fra sovjetisk-kontrollerte baltiske stater. Himmler trengte plass i Danzig-området og Wartheland til etnisk tyske som kom østfra, mens deportasjoner fra Wien og Ostrava ikke bidro til å løse boligbehov for tilflyttende etnisk tyske. Militære hensyn ved et fremtidig angrep på Sovjetunionen kan ha spilt en rolle for at det ble avblåst.