Mye av motstanden mot vaksiner skyldes irrasjonell frykt for det unaturlige, ofte med rot i myter om alternativ behandling. Isolert sett er det et riktig resonnement at sykdom er naturlig og at vaksiner er kunstig immunisering, men skal man følge analogien må man kutte ut stort sett all helsebehandling. Eksempelvis vil det naturlige for barn som blir født for tidlig være at de dør, men en rekke moderne medisinske tiltak gjør at de fleste overlever. Behandlingen går altså ut på å forhindre det naturlige, altså alvorlig sykdom og død. Det naturens gang at millioner av barn dør årlig av barnesykdommer i utviklingsland, dødsfall som ville ha vært unngått dersom alle barn i disse hadde mottatt "unaturlig" forebyggende behandling i form av vaksinering.