Eddy var et konkurransebarn og spilte flere idretter, inkludert basketball, fotball, bordtennis og boksing, sistnevnte der han vant noen lokale bokseturneringer. Han spilte til og med gresstennis for det lokale juniorlaget. Merckx hevdet imidlertid at han visste at han ønsket å bli syklist i en alder av fire, og at hans første minne var en krasj på sykkelen da han var på samme alder. Merckx begynte å sykle i en alder av tre eller fire og syklet til skolen hver dag, fra åtte år. Merckx ville imitere sykkelidolet hans Stan Ockers med vennene sine når de syklet sammen.