Fortet ble opprettet for å beskytte en handelspost i begynnelsen av det 17. århundre. Handelsposten ble stiftet ved landsbyen Parmirbo (senere Paramaribo) av nederlendere. I 1651 ble fortet erobret av engelskmenn og oppkalt etter Lord Willoughby, . En styrke zeelandere, under ledelse av Abraham Crijnssen gjenerobret fortet og handelsposten i 1667, og oppkalte det etter området de kom fra, , mens handelsposten fikk navnet etter byen Middelburg. Dette navnet ble aldri utbredt, den lokale befolkningen i landet kalte stedet ganske enkelt (fort). Fort Zeelandia ble etterhvert utvidet med fem bastioner, og etter at franskmennene hadde angrepet en del av plantasjene rundt fortet med hell i 1712 ble et nytt fort bygget på den andre siden av elven i Commewijne. Dette fikk navnet Fort Nieuw-Amsterdam, og overtok fort Zeelandias rolle, Zeelandia ble brukt til kaserne og senere fengsel.