Etter en lang og vanskelig debatt, kom orgelbyggeren noe motvillig med et forslag til en slags funksjonalistisk utforming, som også ivaretok muligheten til å se rosevinduet fra innsiden. Dette forslaget ble godkjent av Riksantikvaren, og det nye orgelet på 50 registre, tre manual og pedal ble første gang tatt i bruk 1. juledag 1999. I mars 2000 spilte domorganist Erling With Aasgård inn CD-platen for å dokumentere det nye orgelet.