I 1282 døde også keiser Mikael VIII i Konstantinopel, og med både ham og Karl I ute av bildet ble også den bitre striden mellom den ortodokse og den katolske kirken bilagt. Mikaels etterfølger, Andronikos II Palaiologos gjeninnførte den ortodokse troen i Bysants, og Nikeforos startet nå forhandlinger via sin kone Anna som var Andronikos’ kusine, og Epiros ble nå Konstantinopels allierte. Anna startet også et ambisiøst prosjekt med å få parets datter Thamar gift med Mikael IX Palaiologos, Andronikos’ sænn og medkeiser. Dette lyktes ikke, men Anna fikk likevel keiseren til å anerkjenne sønnen Thomas I Komnenos Dukas som despot i Epirus i 1290.