Den danske orlogsflåten seilte mye til Vestindia for å markere dansk tilstedeværelse og suverenitet. Etterhvert som kolonien ble veletablert, ble besøkene fra orlogsflåten sjeldnere, inntil staten overtok ansvaret for kolonien i 1755. Flåten ble som regel sendt over til Vestindia i urolige perioder, slik som under Den franske og indianske krig (1756–63), Den amerikanske uavhengighetskrigen (1776–83), Revolusjonskrigene (1792–1802) og under Napoleonskrigene (1800–15). Fra 1818 til 1864 var orlogsflåtens aktivitet i Dansk Vestindia mer omfattende enn i noen annen periode, og i de fleste av disse årene var det stasjonert to danske krigsskip på øyene. Det siste danske orlogsskip i Dansk Vestindia var krysserkorvetten «Valkyrien», som seilte over til kolonien i 1915. Skipssjefen, kommandørkaptein Henri Konow, overtok som konstituert generalguvernør og var den som offisielt overleverte Dansk Vestindia til USA i 1917.