Kritikk mot nytte-kostnadsanalyser er gjerne rettet mot de underliggende velferdsøkonomiske forutsetningene. En innvending er problematikken rundt det å lage en velferdsfunksjon som fanger opp samfunnets preferanse, som beskrevet ovenfor. John Gowdy kritiserer løsningen med å bruke Kaldor-Hicks-kriteriet istedenfor; hans argument er at det ikke er teoretisk forsvarlig å vurdere samfunnets velferd uten å sammenligne nytten mellom individer. Brukes Kaldor-Hicks-kriteriet som beslutningsregel uten å ta hensyn til fordeling i tillegg, ender man opp med å legge mest vekt på dem som har høyest inntekt, siden disse har høyere betalingsvillighet enn dem med lav inntekt. Gowdy viser også til John Chipman og James Moore, som i en artikkel fra 1978 konkluderer med at «vi kan ikke komme med anbefalinger om politikk annet enn på basis av verdivurderinger, og disse verdivurderingene bør uttrykkes eksplisitt.» Et argument mot dette igjen er at fordelingsmessige hensyn isteden bør adresseres via skatter og stønader.