De første skriftrullene ble offentliggjort i 1954. Fra 1961 har en vitenskapelig publisering pågått i et bokserie som ved avslutningen i 2009 omfattet 40 bind: . Publiseringen gikk langsomt de første årene, både fordi den innledende fasen med organiseringen av fragmentene nødvendigvis måtte ta tid, og fordi den første forskergruppen var underbemannet og lite samarbeidsrettede overfor kolleger. Den påfallende langsomme publiseringen ga opphav til flere konspirasjonsteorier, som at Vatikanet følte kristendommens trosgrunnlag truet av det Qumran-tekstene kunne avsløre. Debatten førte til at arbeidet ble reorganisert i 1991/92, med en ny og større forskergruppe ledet av Emanuel Tov, og utgivelse av alle fragmentene på mikrofilm og CD-rom.