Martin Frobisher var yngste sønn blant de fem barna til Barnard og Margaret Frobisher fra Yorkshire i England. Familien nedstammet fra John Frobysler (født omkring 1255) som hadde skotsk herkomst og som kjempet for kong Edvard I i den walisiske krigen og fikk derfor landområde i Chirk i Flintshire i nord Wales.