Strandli ble 13. februar 1942 tatt til fange av tyskerne og sendt til Møllergata 19, der han ble utsatt for tortur fordi han nektet å igangsette bygging for det nazistiske styret. Der satt fra februar til 31. mars 1942, for så å ende opp på Grini konsentrasjonsleir (fangenummer 2330) frem til 13. mars 1945. På Grini deltok han i en indre krets av Ap-tilknyttede politikere. Høsten 1944 ble han en del av komiteen i et etterkrigsparti som besto av Einar Gerhardsen (leder), Olaf Fredrik Watnebryn, Olaf Solumsmoen, Gunvald Engelstad, Arnoldus Kongerø og Strandli selv. Han skal så ha blitt flyttet til Mysen fangeleir, hvor det var planlagt gasskamre og utrydning. Da krigen tok slutt, ble også Martin Strandli satt fri, og fortsatte med byggingen av leiligheter og hus til folket i Oslo som administrerende direktør i OBOS og hovedkasserer i Bygningsindustriarbeiderforbundet for andre gang.