I tolerante Leiden fikk menigheten den religionsfrihet de ønsket, men det nederlandske samfunn var fremmedartet. Scrooby hadde vært et lite jordbrukssamfunn, mens Leiden var en blomstrende og pulserende industrielt samfunn, og tempoet var fremmedartet for separatistene. Selv om deres menighet var tett sammensveiset, begynte deres barn å snakke nederlandsk og ta til seg nederlandske skikker. Deres sønner tjenestegjorde i den nederlandske hæren. Men de følte seg ikke fri fra den trykket til den engelske kronen: i 1618, etter at William Brewster hadde publisert kommentarer som meget kritisk til kongen av England og den engelske kirke, kom engelske myndigheter til Leiden for å arrestere ham. Selv om Brewster unnslapp arrestasjon, sporet hendelsene menigheten til å komme seg enda lengre unna England.