Morgenstierne ble student i 1832 og i 1840. Allerede i 1835 ble han ansatt som kopist i Finansdepartementet. Fra 1846 arbeidet han i det nye Indredepartementet, hvor han fra 1847 var fullmektig og fra 1850 byråsjef. I 1853 ble han utnevnt til assessor i Christiania stiftsoverrett, og i 1864 ble han amtmann i Stavanger amt. Han beholdt dette embetet til sin død.