Handlingen begynner med Gina Cross og Colette Green som ankommer Anomalous Materials Labs ved Black Mesa, og møter Dr. Keller. Men det nyeste forsøket deres forårsaker massiv skade på anlegget, og teleporterer fremmede skapninger til laboratoriumet deres. Keller og Rosenberg blir enige om at Black Mesa ikke kan håndtere situasjonen alene, og bestemmer seg for å få tak i militær støtte. Dr. Rosenberg sender et nødsignal til militæret. Imidlertid blir militæret beordret til å ta hånd om situasjonen, og drepe alle ansatte ved anlegget.