Menneskerettighetssituasjonen i Uganda var svært dårlig under Idi Amins diktatur. Landet har fortsatt store problemer med å gjennomføre allmenne menneskerettigheter og i 2008 er det så mange som tretten sikkerhetsorganisasjoner tilknyttet Musevani sitt styre. Noen av disse er kun ansvarlige overfor presidenten, og er ikke ansvarlige overfor parlamentet. Organisasjonene fører saker mot motstandere av regimet, gjennomfører bortførelser, forsvinninger, drap, og opptrer både uavhengig og i samarbeid med andre organisasjoner, og i samarbeid med politiet i Uganda. De er også involvert i brudd på menneskerettighetene er også involvert i forfølgelse av media og den politiske opposisjonen.