Han var også en meget sterk baneløper. Under VM 1987 i Roma var han blant favorittene på 5000 meter, etter at han hadde vunnet sitt forsøksheat. I finalen tok Ngugi ledelsen etter ca. 2000 meter, men på den siste runden ble han forbiløpt av flere løpere, og endte til slutt på en skuffende 12.-plass.