Københavns Lufthavne ble grunnlagt av den danske stat i 1925 som Københavns Lufthavnsvæsen, som var navnet helt frem til september 1990. Navneskiftet skjedde som ett ledd i en del-privatisering, som i første omgang betød, at selskapet ble omdannet til et aksjeselskab, men ble til slutt effektuert i 1994, da staten solgte 25% av aksjene i virksomheten. I 1996 og 2000 solgte staten ytterligere henholdsvis 24% og 17% av sine aksjer. Den største aksjonær i selskapet er pr. 2008 australske Macquarie Airports med 53,7% av aksjene, mens transportministeriet fortsatt eier 39,2%. De resterende 7,1% eies av private og institusjonelle investorer i Danmark og utlandet.