Eva Kjer Hansen var medlem av Venstres Ungdoms landsstyre 1982-85 og hadde i samme periode en rekke tillitsverv i partiet. Hun var medlem av Europabevægelsens repræsentantskab i Sønderjylland fra 1983. I 1985 ble hun Venstres folketingskandidat i Haderslev krets, fra 1990 i Kolding krets og siden 2007 i Kolding sydkrets.