På det tidspunkt ble ulykken forårsaket av to samtidige årsaker. Først kjølvannet av en dampbåt som navigerte på sjøen i nærheten av området hvor Transaereo akselererte, det ble antatt at dampbåten hadde uheldige virkninger på omgivelsene idet avgangen skulle skje, ettersom vannturbulenser kunne forstyrre flybåtens bevegelser på vannoverflaten. For det andre, testpilot Semprini ble beskyldt for å ha holdt tilbake i et forsøk på vinne høyde, mens han skal ha utført korrigerende manøvreringer, for eksempel å senke nesen for å få fart. En annen teori antyder den nevnte båt var en ferge fullastet med passasjerer og Semprini (som bare utførte taksing, for han mente ikke å ta av før Caproni hadde ankommet), var plutselig tvunget til å ta av, til tross for manglende fart, for å unngå en kollisjon. I henhold til nyere teorier om årsaken til ulykken var trolig at de sandsekker som hadde vært plassert i flyet for å simulere vekten av passasjerer; ikke å hadde vært festet til sitteplassene, og kan ha skled bakover i skroget under avgangen. Med halen tynget ned av denne ekstra belastningen, ble flyet ukontrollerbar og nesen løftet mer og mer opp i været inntil Transaereo steilet og voldsomt traff vannet med halen først. miniatyr|De bevarte fragmenter av støttebein og den nedre fremre delen av de viktigste hull, utstilt på Gianni Caproni Museum of Aeronautics miniatyr|Mer bevarte fragmenter (en del av en av truss-lenser og en av de hydrofoiler) er utstilt på Volandia. Fordi fotografen var med i samme bil som Caproni, eksisterer ingen bilder av avgangen eller havariet, men mange bilder ble tatt av vraket. Flybåten ble påført store skader i ulykken, men de bakre to tredjedeler av skroget og midtre- og aktre vingesett var nesten intakt. Transaereo måtte taues til land, hvilken utløst nye skader. Den ble tauet over innsjøen av en båt som kan ha vært den samme som den som hadde forstyrret avgangen, og den ble skadet ytterligere under tauingen: En betydelig mengde vann lekket inn i skroget og skroget var delvis under vann, mens de sentrale og akter vingesettene fikk skader og var delvis kollapset i vannet. Muligheten for å reparere Transaereo etter å ha fått oversikt på skadeomfatningen var ansett for å være tvilsomme. Etter ulykken var bare de metalliske deler og motorer fortsatt brukbare. Nesten alt av tre måtte bygges om. Kostnadene av reparasjoner, i henhold til Caproni, ville beløpe seg til en tredjedel av den totale kostnaden for å bygge prototypen, og han tvilte på at selskapets ressurser ville være tilstrekkelig til å bære en slik økonomisk innsats.