I 1930 forlot han Disneys studio etter en uoverensstemmelse med Walt Disney. Han var blitt tilbudt økonomisk støtte av forretningsmannen Pat Powers, så han kunne åpne sitt eget animasjonsstudio samme år. Her laget og utga han mange filmer om figuren «Flip the Frog». Han utviklet også sitt eget multiplankamera i 1934. I motsetning til Lotte Reinigers multiplankamera, som hadde glassplatene montert over hverandre, hadde Iwerks kamera glassplater stående bak hverandre med ulik avstand fra kameraet. Iwerks kamera ble brukt i flere Disney-filmer etter at han kom tilbake dit i 1940, som tekniker, ingeniør og oppfinner.