Etter at USA hadde overtatt festningen ble navnet endret til Fort Marion. Strukturert ble lite gjort. Mange lagerrom ble omgjort til fengselsceller på grunn av de tunge dørene og vinduene med gitter. En del av vollgraven ble omgjort til et kanonbatteri som en del av det amerikanske kystforsvaret. I løpet av den andre seminolekrigen ble Osceola holdt fengslet i festningen i 1837. Mange andre indianere ble holdt fanger i festningen i flere år.