President Chissano vant presidentvalget med en margin på 4 prosentpoeng over RENAMO-koalisjonsunionens (RENAMO-UE) kandidat, Afonso Dhlakama, og begynte sin femårsperiode i januar 2000. FRELIMO øket sitt flertall i nasjonalforsamlingen med 133 av de 250 setene. RENAMO-UE vant 116 seter, en var uavhengig og ingen tredje partier var representert.