I oktober 1996 valgte Gro Harlem Brundtland å gå av som statsminister, og Faremo ble olje- og energiminister i den nye Jagland-regjeringen. Samme år ble det kjent at Berge Furre hadde blitt overvåket av Politiets overvåkningstjeneste mens han var medlem av Lund-kommisjonen. Faremo måtte ta det politiske ansvaret for dette, som hadde pågått mens hun var justisminister, og gikk av som statsråd den 18. desember 1996. Faremo betegnet hendelsene som førte til hennes avgang som «politisk røvertokt» og skal ha følt seg offentlig ydmyket. Hun tok sin plass på Stortinget, og var nestleder i Stortingets energi- og miljøkomité frem til hun gikk ut av Stortinget i 1997 uten å ha søkt gjenvalg.