I antikken tilhørte byen regionen Thebais, på østbredden av Nilen, og ble hovedstad av det første i Øvre Egypt under farao Ptolemaios VI Filometor. Før dets navn ble endret til Ombos var stedet kjent som («Sobeks land») etter regionens krokodillegud Sobek. Dets navn Ombos («Gullbyen») henviser til byen var et viktig handelssenter mellom Egypt og Nubia hvor ikke bare gull ble handlet, men også elefanter som fraktet inn fra Etiopia. De var viktige for faraos hær.