Motzfeldt var statsråd i det såkalte Sibbern/Birch/Motzfeldt-ministeriet og sjef for både Postdepartementet og Marinedepartementet fra 18. august 1860 til 31. oktober samme år. Deretter var han medlem av statsrådsavdelingen i Stockholm frem til 30. september 1861, avbrutt av to uker i august da han var medlem av interimsregjeringen som styrte under kongens sykdom. Fra 1. oktober 1861 til 1. desember samme år var han sjef for det nyopprettede Marine- og postdepartementet. Han måtte gå ut av regjeringen samtidig med Christian Birch-Reichenwald og Hans Christian Petersen etter stattholdersaken i 1861. Han gikk da ut av politikken for en tid og kjøpte gården Vestmanrød i Borre, hvor han bodde.