Den 4. august 2005, signerte Klavan en treårskontrakt med Eredivisieklubben Heracles Almelo for ca. 1.500.000 kr. Han spilte sin første kamp den 13. august 2005, i en uavgjort 1–1 hjemmekamp mot PSV. Klavan scoret sitt første Eredivisie mål den 31. desember 2006 i en hjemmekamp mot Vitesse som endte 2-2. Han scoret sitt andre mål den 24. august 2007, i et 1–2 tap mot Roda JC. Den 29. desember 2007 signerte Klavan en ny kontrakt med klubben som skulle utvide hans værelse hos klubben frem til 30. juni 2009.