I 1988 mottok Elion Nobelprisen i fysiologi eller medisin, sammen med Hitchings og James W. Black. Andre priser som hun har blitt tildelt, inkluderer, National Medal of Science (1991) og Lifetime Achievement Award (1997). I 1991 ble hun den første amerikanske kvinnen som ble valgt inn i Hall of Fame for nasjonale oppfinnere.