Etter at han la opp som spiller, var han Åge Hareides assistenttrener på i 2003–2006, før han ble Start-trener. Etter dårlig resultat for klubben i sesongen 2007 og interne faglig uenighet, trakk Bjørnebye seg som trener for Start. Sommeren 2007 ble det kjent at det var interne stridigheter i Start, der Bjørnebye var faglig uenig med deler av sitt støtteapparat.