Al-Faruqi bidro betydelig til utviklingen av konseptet helhetlig kunnskap og uttrykte bekymring for sekulariseringen av kunnskap i muslimske samfunn. Han diskuterte "ummahs ubehag" og hevdet at avhengigheten av vestlige sekulære verktøy og metoder førte til en frakobling fra de økologiske og sosiale realitetene i muslimske nasjoner, og ofte overså brudd på islamsk etikk. Han understreket viktigheten av å integrere islamske prinsipper med moderne kunnskap for å møte samtidens utfordringer og opprettholde ummahs etiske integritet.