Byen oppstod på 1300-tallet, men sin egentlige betydning fikk den først på 1500-tallet, i takt med sildefiskets økende betydning. Nibe nevnes som kjøpstad i 1536. I 1551 befalte kong Christian 3 at det skulle bygges en salterbod, hvor de kongelige saltere kunne bo. De skulle kjøpe opp sild til slottene og marinens skip. I hele senmiddelalderen gikk byen opp og ned med det danske sildefisket. Nibe fikk et særlig sterkt oppsving gjennom sildefisket fra 1680-årene. I 1727 ga Kong Frederik 4 fulle kjøpstadsprivilegier til Nibe.