Etter andre verdenskrig var Seydoux de Clausonne igjen aktiv i utenrikstjenesten. Han ledet utenriksdepartementets Europaavdeling fra 1949 til 1955, før han i 1956 ble ambassadør i Wien. I to perioder var han ambassadør i Bonn, først fra 1958 til 1962 og igjen fra 1965 til 1970.