Kerner ble senere felt i en bestikkelsesskandale som stammet fra hans tid som guvernør. Som anklager i Kerners rettergang fungerte den senere guvernør James R. Thompson. Kerner fratrådte i 1974 sitt dommerembede og han ble dømt til en treårig fengselsstraff. Han ble løslatt tidlig da det ble klart at han led av uhelbredelig kreft.