På 1500-tallet, i Martin Luthers tid, ble området protestantisk. Etter en periode som fri by (1561–1581) under det tysk-romerske rike, kom Riga under kontroll av Det polsk-litauiske samveldet. Mellom 1621 og 1710 tilhørte den Sverige og var i denne tiden det svenske rikets største by. Deretter kom den under Russland. Etter den store nordiske krig vokste Riga til en ledende havneby, og senere industriby, innenfor det russiske rike. I 1900 hadde Riga en befolkning på 283 943, og var den nest største byen vest i det russiske imperiet (etter St. Petersburg). Av befolkningen var halvparten latviere, en fjerdedel baltiske tyskere og en sjettedel russere. En folketelling for 1897 viste at byen hadde 282 330 innbyggere. Av disse var 45 % (127 046) latviere, 24 % (67 286) baltiske tyskere, 16 % (44 452) russere og 6 % (16 922) jøder.