Erik gikk til angrep på de kongelige skipene som var nådd fram til kysten av Sjælland og han kunne ta skipene ett etter ett i samlet styrke før Magnus kongesønn hadde kommet til med mesteparten av flåten. Magnus kongesønn fulgte skipene sine inn på det grunne farvannet ved Sejerø, men de ble ringet inn fra alle kanter av Eriks flåte. Hele den kongelige flåten ble tilintetgjort under sjøslaget.