I tidlig nytid ble inkvisisjonsembeter institusjonalisert av statsmaktene i Spania og i Portugal, og slik fikk man varige storinkvisitorembeter. Man hadde hatt lignende institusjoner i Europa siden 1200-tallet, og inkvisisjonene som ble opprettet på Den iberiske halvøy på 1400-tallet og 1500-tallet var i utgangspunktet utformet etter modell av disse foreleggene.