I 1997 hadde store deler av bevegelsen blitt lammet. Minst 20000 av gruppens medlemmer satt i fangenskap i Egypt og flere tusen var blitt drept av sikkerhetsstyrkene. I juli 1997 meglet Al-Gama'a al-Islamiyya og den egyptiske regjeringen frem et ikkevold initiativ. I avtalen de lagde måtte gruppen formelt gi avkall på vold. Året ettere slapp Egypt 2000 medlemmer av den islamske gruppen ut av fengsel som en del av avtalen som de underskrev i 1997.