Ptolemaios IX Lathyros forsøkte i Egypt å gjenoppbygge sin posisjon som konge og farao. Han besøkte Memfis og gjenopprettet orden i Thebais. Selv om det Egypt han hadde arvet var svekket av interne opprør og år med avhengighet til Roma, forsøkte han å utvikle en uavhengig egyptisk utenrikspolitikk ved å ikke støtte romerske hærtokt i Hellas og Anatolia, men han døde uten å makte å løfte Egypt politisk til stabilitet og tidligere tyngde. Hans sønn Ptolemaios XII Auletes var født utenfor ekteskap med en egyptisk kvinne, og det ble Kleopatra Berenike III, hans datter med Kleopatra Selene I, som overtok Egypts trone.