Før og noen år etter opprettelsen av staten Israel, mente Leibowitz at staten skulle arbeide for å følge jødisk lov, Halacha. Han ble etterhvert stadig mer kritisk mot sittende regjeringers politiske linjer og endret sitt syn fullstendig. Han fornektet etterhvert at Israel hadde noen jødisk religiøs betydning. Leibowitz var blant de første israelske intellektuelle som etter landets seier i Seksdagerskrigen hevdet at om Israel holdt fast ved områdene de hadde okkupert så ville det undergrave landets moralske stilling.