I februar 1980 ble han dømt til 83 års fengsel for mordet på en soldat (livstids fengsel) og for å ha skutt og såret en annen (fjorten års fengsel) samt for en rekke terrorangrep over en periode på seks år. Sikkerhetsstyrkene beskrev ham som «fullstendig fanatisk» og «en hensynsløs morder», mens republikanere omtalte ham som «fryktløs og aktiv». Etter hans død kom det i forbindelse med en utleveringssak mot Dominic McGlinchey frem at man hadde funnet Hughes' fingeravtrykk også i en bil som ble brukt ved drapet på den 77 år gamle protestantiske kvinnen Hester McMullan i Toomebridge i 1977.