Howden ligger ved hovedveien A614, skjønt byen i seg selv har blitt omgått, men den ligger nær motorveiene M62 og M18, nær Goole som ligger på motsatt side av elven Ouse. Byen er knyttet til jernbanenettet med egen stasjon, som ligger i nordlige Howden og er knyttet til byene Leeds, Selby, London og Hull.