Katolikkene i de okkuperte områder tilpasset seg, som kinesere i sin alminnelighet, til den nye situasjon under det japanske styre. I noen områder forsøkte katolikker å samarbeide med de nye myndigheter. Erkebiskop Zanin mottok klager om misjonærer som viste sympati for okkupantene. På den annen side, etter at det nær en misjonsstasjon var blitt drept en rekke kinesiske soldater som stod i japansk tjeneste, ble det arrestert om lag seksti katolikker - blant dem en biskop - som japanerne mente hadde vært involvert. De skulle stilles for militærdomstol. Men etter intervensjon fra de franske diplomatiske representanter ble de, nesten alle, løslatt (unntaket var en katolsk prest); betingelsen for løslatelsen var at biskopen, som tidligere hadde nektet å møte de japanske myndigheter, måtte fjernes fra sitt embede. Japanerne internerte misjonærer, og noen av dem ble drept. Erkebiskop Zanin mante til strikt nøytralitet, og bad biskopene om å si til sine prester at de måtte Dette var ikke populært blant dem som gikk inn for noen form for passiv eller aktiv motstander mot invasjonsmakten, og førte til formelle representasjoner fra Chiang Kai-sheks regjering.