Inntil 1830 var Mohéli en del av Ndzuwenie-sultanatet, som også hersket over naboøya Anjouan. I 1830 ble øya overtatt av utvandrere fra Madagaskar, og i 1886 gjorde Frankrike Mohéli til et protektorat. I 1909 annekterte Frankrike øya og gjorde slutt på sultanatet.