For å benytte biodiesel B100 på et kjøretøy, kreves det at motoren er spesielt tilpasset og godkjent for denne kvaliteten for at garantien på kjøretøyet skal kunne opprettholdes. Det er imidlertid ikke noe problem å kjøre en vanlig dieselmotor på biodiesel så lenge en mekaniker har gått over drivstoffsystemet og sikret at eventuelle detaljer i gummi er skiftet ut. B100 har bedre renseegenskaper enn tradisjonell diesel og vil holde motoren renere innvendig. Biodiesel B100 har dårligere kuldeegenskaper enn vanlig diesel. Ved bruk av biodiesel B100 i perioder med kuldegrader, bør bilen derfor stå i garasje når den ikke er i bruk. Modifikasjoner kan gjøres for å bruke biodiesel eller animalsk/vegetabilsk drivstoff i vinterhalvåret, som for eksempel oppvarming av drivstofftilførsel, enten med elektriske varmeelementer eller ved bruk av varmeveksler/oljekjøler. Man kan også bygge om bilen til å bruke to drivstofftanker, en primærtank med biodiesel og en sekundærtank med fossil diesel, der man lar motoren kjøre og varme opp med konvensjonell diesel og bytter over til biodiesel etter at motoren har nådd optimal driftstemperatur, ved hjelp av ventiler. Slike modifikasjoner er imidlertid ikke lovlig å gjennomføre på biler fra etter 1990.