Rundt 50 km nedenfor sine kildeområder løper Pamir- og Wakhanelvene sammen og danner elva Pjandzj. Pjandzj renner først mot sørvest, før den ved byen Eshkashem snur mot nord gjennom Hindu Kush. Elva renner mellom høye fjell i en dyp og kløftlignende dal. Etter rundt 200 km bøyer Pjandzj gradvis først mot nordvest, før den senere igjen renner i sørvestlig retning, til den løper sammen med sin største sideelv, Vakhsj. Den endrer ved samløpet navn til Amu-Darja, og dette markerer også overgangen fra den trange Pjandzjdalen til det brede og åpne dalføret til Amu-Darja.