Ledelsen i luftfartsministeriet var hardhendt mot Udet, og han begynte å misbruke medisinen Pervitin. I oktober 1941 deltok Udet for siste gang på et møte i luftfartsministeriet. Om morgenen den 17. november 1941 begikk han selvmord ved å skyte seg selv. Saken ble holdt skjult for offentligheten, og den offisielle dødsårsaken ble gitt til å være «omkommet i flyulykke». Udet fikk heltebegravelse med deltagelse av Hitler og andre overordnede i det nasjonalsosialistiske styret.