Rekdal tok avgangseksamen som sykepleier i 1984. Senere begynte han å sine universitetsstudier, og etter å ha studert iraqw-folket i det nordlige Tanzania i 18 måneder vendte han i 1990 hjem til Norge for å fullføre studiene. Høsten 1992 tok han cand.polit.-graden i sosialantropologi ved Universitetet i Bergen, og i 1999 tok han doktorgraden (dr.polit.) samme sted.