I 1812 ble Agardh utnevnt til Lunds universitets professorat i statsøkonomi og botanikk. Han har vært beskrevet som den første betydelige økonom i dette professoratet siden det ble opprettet i 1750. Under botaniske studiereiser fulgte han i 1820 forelesningene til Jean Baptiste Say i Paris. Ved overgangen til 1830-tallet dreide Agardhs sitt forskningsfokus stadig mer over mot statsøkonomien. Agardh var sterkt influert av de klassiske økonomene. I 1929 utgav han den akademiske avhandlingen , og publiserte i 1831 i tidsskriftet Svea en avhandling . Han kritiserte Adam Smith for å ha tilegnet staten en altfor passiv rolle i økonomien. Agardh mente at staten aktivt skulle stimulere økonomisk vekst, bekjempe fattigdom og arbeidsløshet.