I tillegg til sine plikter som nuntius, ble han også apostolisk administrator for Estland i Tallinn/Reval den 15. april 1992. Siden den stedlige katolske kirkeleders, erkebiskop Eduard Profittlich, S.J. arrestasjon (27. juni 1941) ble Justo Mullor García den som videreførte ledelsen av det apostoliske administrasjon Estland. Erkebiskop Profittlich var da død (i sovjetisk fangenskap i 22. februar 1942), noe man hadde antatt men som man først på denne tid fikk sikrere informasjon om; så langt var Profittlich fortsatt blitt ført som kirkens «forhindrede» overhyrde.