Jaguars avsluttet sesongen 5–11, og Bortles ledet igjen ligaen i sacks (51) og interceptions (18). Bortles hadde også noen lyspunkt i sesongen. Han satte sesongrekorder for laget i touchdownpasninger (35), pasningsyards (4 428), fullførte pasninger (355) og pasningsforsøk (606). Hans 90-yard touchdownpasning til Allen Robinson i uke 16 var den lengste i NFL i sesongen. Han hadde en passer rating over 80 i elleve kamper, og kastet en touchdownpasning i Jaguars' femten første kamper i 2015, en lagrekord. Etter å ikke ha kastet touchdowns i sesongfinalen delte han andreplass med Eli Manning, Cam Newton og Carson Palmer, bak Tom Bradys 36. Han var også nummer syv i NFL med 4 428 pasningsyards, bak Drew Brees, Philip Rivers, Brady, Palmer, Matt Ryan, og Manning. Han var rangert osm #56 på NFL Top 100 Players of 2016.