Den andre intifadaen var mer enn den første organisert av PLO og utviklet seg til en krigstilstand mellom De palestinske selvstyremyndighetene og Israel. Opprøret brøt ut i protest mot opposisjonsleder Ariel Sharons omstridte besøk på Tempelhøyden i Jerusalem, der al-Aqsa-moskeen ligger. Mens den første intifada sprang ut fra oppdemmet frustrasjon mot okkupasjon og undertrykking, var den andre intifada en reaksjon på de sterke begrensninger som ble lagt for utviklingen av en palestinsk stat – og følgelig langt på vei en kamp mot okkupasjon og for selvstendighet. Flere palestinske aktører tok del i opprøret, og særlig Hamas spilte en mer fremtredende rolle enn før, bl.a. med rakettangrep mot mål i Israel.