Hamarøys to største innsjøer er Forsvatnet og Reinoksvatnet og det høyeste punktet er Bjørntoppen (på lulesamisk Biernatjåhkkå; 1520 meter) som ligger på grensen til Narvik.. Inntil sammenslåingen med Tysfjords sørside i 2020 var det 1 517 meter høye Gasskatjåhkkå kommunens høyeste fjell.