Etter sitt virke ved finansdepartementet arbeidet Macron ved Institut Montaigne, en næringsliberal tenketank i Paris. Etter at han ble introdusert av Serge Weinberg (tidligere styreformann av La Redoute og forvaltningsrådspresident for Sanofi) og Jacques Attali fikk han i 2008 stilling som investor i investeringsbanken Rothschild & Cie. To år etter ble han partner hos Rothschild. I 2012 var Macron en nøkkelperson for et av årets største transaksjoner, innkjøpet av spedbarnsnæringsdelen av det amerikanske farmasøytiske konsernet Pfizer foretatt av næringsmiddelkonsernet Nestlé for 11,9 milliarder amerikanske dollar.