Etter farens død i 1699 arvet han Nordborg med gårdene på Als, mens den yngre bror Christian Carl (1674–1706) fikk Søbygård på Ærø. Da sistnevnte inngikk et ikke-standsmessig ekteskap, fikk Joachim Frederik ham til gi avkall på sin arv så lenge Joachim Frederiks mannlige linje eksisterte.