Den 4. september 2008 ble han ansatt som hovedtrener i Aalesunds Fotballklubb. Den 8. november 2009 vant han cupen med AaFK, etter at de slo Molde FK på straffer, da ekstraomgangene endte 2–2. Sesongen etter ledet han klubben til en historisk fjerdeplass. I 2011 vant han cupen på ny med Aalesunds FK, etter å ha spilt finalekamp mot . Rekdal fikk etter dette mye skryt blant annet for sine taktiske ferdigheter. Den 11. mars 2011 ble det klart at Rekdal hadde signert ny kontrakt med Aalesund ut året 2013. Den 26. november 2012 fikk Kjetil Rekdal oppsigelse fra stillingen som trener for Aalesund FK.