Han vokste opp på Østre Arnstad som sønn av gårdbruker Ola Petersen Arnstad og hustru Marit Johnsdatter Hammer. John var nest eldste gutt i en søskenflokk på ti. Han giftet seg i 1863 med Eli Johnsdatter Hollan og overtok hennes slektsgård, Østre Hollan på Skatval. Paret fikk åtte barn sammen, hvorav fire nådde voksen alder, deriblant Skatvals varaordfører Olav Arnstad og ordfører John Arnstad. De ble også besteforeldre til stortingsmann Johan A. Vikan.