Det motsatte av en El Niño-episode er kjent som La Niña. I dette tilfellet blir de konvektive cellene over det vestlige Stillehavet forsterket, noe som fører til kaldere vintre enn normalt i Nord-Amerika, og økt syklon- og tyfonaktivitet i Sørøst-Asia og Øst-Australia. Dette fører til økt oppvelling av kaldt vann fra havdypet og mer intens oppstigning av luft nær overflaten i nærheten av Sør-Amerika. Dette kan føre til tørke i Sør-Amerika, mens fiskere her kan nyte godt av økt fiskebestand som følge av mer næringsrikt vann i havet.