Biotopvernområdet dekker holmene Geitøya, Flatøya, Lomøya med Nordre, Midtre og Søndre Lomøyskjæret, Smalskjæret og Gåseskjæret i Væleren og en sone på rundt hver holme. Sør for Søndre Lomøyskjæret, mot Høgøya, går grensen for verneområdet midt i sundet. Vest for Gåseskjæret, mot fastlandet, går grensen for verneområdet midt i sundet.