Den føderale regjeringen spiller den viktigste rollen i finansieringen av jernbaneninfrastrukturen. Den finansierer storprosjektene, SBB-infrastrukturen og jernbaneinfrastrukturen til noen private jernbaner (hovedsakelig den transalpinske Lötschbergbanen). Resten av den private jernbaneinfrastrukturen finansieres av regjeringen i samarbeid med kantonene. I utbyggingsprosjekter i urbane områder (for eksempel Tram Bern West, Glattalbahn, M2 i Lausanne) bidrar regjeringen med opptil 50 %.