Hans-Emil Lidén antar at Korskirken og Mariakirken var byens opprinnelige hovedkirker. Begge ble etter normen orientert øst-vest, de ble bygget på et frittliggende, fremskutt og flatt område ved Vågen. De hadde store kirkegårder og øvrig bebyggelse og ferdsel innrettet seg etter kirkebyggene. Til sammenligning var Peterskirken liten, med liten kirkegård, tilpasset bebyggelse, eiendomsgrenser og gaten, og ikke orientert øst-vest. Bernt Lorentzen antok at byens opprinnelige kjerneområde var ved Mariakirken og vokste langs Øvregaten og Bryggen mot Vågsbunnen med Korskirken, mens forskning av Narve Bjørgo og Knut Helle tyder på byen vokste frem på disse to stedene samtidig. Olavskirkens rolle i denne sammenhengen er uklar og den ifølge Lidén kan opprinnelig ha vært reist som privatkirke; ved reformasjonen ble Olavskirken domkirke og sognekirke. Nikolaikirken kan også ha hatt rolle som hovedkirke og hadde en offisiell status sentralt i den daværende byen.