Birkebeinerne var kristne, men stod i et motsetningsforhold til makthaverne innenfor kirken, som på denne tiden vokste fram som en maktfaktor i hele Europa. Birkebeinerkongen Sverre Sigurdsson lå i strid med både den norske erkebiskopen Øystein Erlendsson og pave Innocens III – og birkebeinernes fremste motstandere, baglerne, var ledet og støttet av de norske biskopene. Striden bygde på uenighet om kongen eller erkebiskopen skulle bestemme over kirkens gods, embeter og skatteinntekter. Sverre og birkebeinerne ville ha en nasjonal kirke med kongen som overhode, mens biskopene ønsket en selvstendig kirke der erkebiskopen kun stod i underordningsforhold til paven. Sverre anerkjente riktignok at erkebiskopen utnevnte biskopene, men det skulle skje sammen med folket, og Kongen skulle ha et avgjørende ord sammen med erkebiskopen. Andre viktige stridstema vokste fram da erkebiskop Øystein døde og hans ønskede etterfølger Eirik Ivarsson angrep Sverre og birkebeinerne med et klassisk gregoriansk kirkeprogram som hevdet Kirkens makt over Kongens. Særlig etter 1188 gikk striden over i en type maktkamp mellom konge og erkebiskop som mange steder kom i kjølvannet av den opprivende investiturstriden i høymiddelalderens Europa. Slik var utviklingen parallell med forhold i Danmark, hvor Kirke og kongemakt utkjempet mange av de samme konfliktene i paveperioden til Innocens III.