Imidlertid er det noen ulemper forbundet med YSZ som anodemateriale. Ni grovdannelse, karbonavsetning, reduksjon-oksidasjon ustabilitet og svovelforgiftning er de viktigste hindringene som begrenser den langsiktige stabiliteten til Ni-YSZ. Ni grovhet refererer til utviklingen av Ni-partikler i dopet i YSZ blir større i kornstørrelse, noe som reduserer overflatearealet for den katalytiske reaksjonen. Karbonavsetning forekommer når karbonatomer, dannet ved hydrokarbonpyrolyse eller CO-proporsjonering, avsettes på den Ni-katalytiske overflaten. Kullavsetning blir viktig, spesielt når hydrokarbondrivstoff brukes, dvs. metan, syngas. Den høye driftstemperaturen til SOFC og det oksiderende miljøet letter oksidasjonen av Ni-katalysator gjennom reaksjon. Oksidasjonsreaksjonen av Ni reduserer den elektrokatalytiske aktiviteten og ledningsevnen. Videre forårsaker tetthetsforskjellen mellom Ni og NiO volumendring på anodeoverflaten, noe som potensielt kan føre til mekanisk svikt. Svovelforgiftning oppstår når drivstoff som naturgass, bensin eller diesel brukes. Igjen, på grunn av den høye affiniteten mellom svovelforbindelser og metallkatalysatoren, kan selv de minste urenheter av svovelforbindelser i matestrømmen deaktivere Ni-katalysatoren på YSZ-overflaten.