I Isfjorden ligger nasjonalparkene Nordre Isfjorden og Sassen-Bünsow Land, fuglereservatene Boheman, Gåsøyane og Kapp Linné, samt geotopverneområdet Festningen. Begge nasjonalparkene og geotopverneområdet ble opprettet 26. september 2003, mens de tre fuglereservatene ble opprettet 1. juni 1973. Opprettelsen av nasjonalparkene har som formål å .