Geithamsens status som truet eller livskraftig er ikke vurdert av IUCN. Mange steder i Tyskland og ellers i Mellom-Europa er den blitt sjelden pga. tap av habitat (mangel på hule trær) og at mennesker ødelegger bolene. Siden 1987 har geithamsen vært fredet i Tyskland. I Sverige stod den på rødlisten en periode frem til 2000. For øvrig varierer bestandsstørrelsen mye fra år til år, og særlig lengst nord i utbredelsesområdet trenger den tørre og varme somrer for å trives.