Spillets historie er sentrert rundt Mario når han forsøker å gjenvinne de syv Star Spirits, som er forseglet av spillets antagonist Bowser og hans assistent, Kammy Koopa. Spilleren kontrollerer karakteren Mario, som kan hoppe og bruke en hammer for å overvinne fysiske hindringer plassert i spillets over-verden. Mange av spillets gåter og grenser er basert på ferdighetene til Mario og hans forskjellige partnere, som hver har en spesialisert ferdighet som kreves for progresjon i spillet.