Mikkelsen ble tilknyttet NRK i 2000, men ble ikke fast ansatt før i 2010. I februar 2006 kom Mikkelsen med dokumentarfilmen , hvor han fulgte amerikanernes forsøk på å bygge opp en irakisk hær. Filmen er vist i flere europeiske land, land i Vest-Asia og Japan. Høsten 2006 var han reporter i den NRK-sendte -dokumentaren , som var en beretning om krigen i Libanon sommeren 2006. Han har vært stasjonert i Paris som såkalt stringer. Han tok over som NRKs korrespondent i Vest-Asia i august 2011.