Marianne Koch Knudsen har først og fremst arbeidet i redaksjonen i Gyldendals barne- og ungdomsbokavdeling, der hun også har vært sjef. Hun har sammen med flere forfattere og redaktører stått for flere bokserier, oversettelser og utgivelser av bøker for barn og unge. Hun har blant annet vært medansvarlig for forlagets bokverk , som fikk Grafills Bokkunstpris i 1995, og for flere oversettelser av Ole Brumm.