Sykdommen er trolig ikke direkte genetisk arvelig, men noen mener den har en grad av arvelighet, siden klasehodepine har vært rapportert hos eneggede tvillinger og risikoen for å få klasehodepine 10-dobles når en førstegradsslektning (foreldre, søsken, barn) har det, og den er ikke et uttrykk for en annen underliggende sykdom, men lignende symptomer kan følge av andre sykdommer. Dette må derfor alltid utredes. Blodprøver kan ikke påvise sykdommen, og CT og MRI brukes kun for å utelukke andre underliggende årsaker til smertene.