Den samtidige historikeren Thukydid beskrev i sitt verk ankomsten av en epidemisk sykdom som begynte i Etiopia, passerte Egypt og Libya, og deretter kom til den greske verden. Epidemien brøt ut i den overbefolkede og trangbodd byen. Athen tapte kanskje bortimot en tredjedel av de menneskene som søkte beskyttelse bak murene. Synet av de brennende gravbålene til athenerne fikk den spartanske hæren til å trekke seg tilbake i frykt for å bli rammet av sykdommen. Pesten drepte mange i Athens infanteri, flere profesjonelle sjøfolk og deres leder Perikles, som døde i løpet av det andre utbruddet i 429 f.Kr. Etter Perikles’ død ble Athen ledet av en rekke inkompetente eller svake ledere. I henhold til Thukydid var det ikke før i 415 f.Kr. at Athens befolkning igjen hadde kommet seg tilstrekkelig til å igangsette den katastrofale militærekspedisjonen mot Sicilia.