I tillegg til de militære tiltakene i forbindelse med krigen mot Sverige, videreførte Rosenkrantz arbeid som var påbegynt av forgjengeren, Christoffer Valkendorf, for å begrense hanseatenes makt i Bergen. Han var ansvarlig for utbedringen av forsvarsverkene på Bergenhus festning, der han fikk bygd Rosenkrantztårnet, et viktig landemerke i byen i dag.