Våren 1896 sluttet Hunt seg til vennen Grenfell i Faijum, den historiske byen Oxyrhynchus (nåtidens Al Bahnasa), i midtre delen av Egypt for å gjennomføre utgravninger i regi av Egypt Exploration Society. Kort tid deretter gjorde de begge de første funnene av Oxyrhynchus papyri-samlingen. Her viste det seg å være noen av de aller eldste avskrifter av Det nye testamente, Septuaginta og av apokryfe skrifter. Det var også rikholdige funn av utenombibelske kategorier, blant annet til den tid ukjente verker av kjente klassiske forfattere. Mesteparten av funnene var av dokumenterende tekster som regninger, lister, kjøpsoppdrag og så videre.