I juni 1922 tok han sammen med Rory O'Connor, Joe McKelvey, Richard Barrett og omkring 200 andre republikanere kontroll over Four Courts i Dublin. Det tok en tid før Fristatens myndigheter grep inn, men da bygningen ble utsatt for artilleriild måtte IRA-medlemmene overgi seg etter to dager. Mellows hadde en mulighet til å flykte sammen med Ernie O'Malley, men valgte å ikke gjøre dette.