Fra 1963 til 2008 var han kansler i Vilkaviškis bispedurie . Fra 8. august 1963 underviste han i kirkerett ved Vilkaviškis-seminaret i tolv år. Krikščiūnas arbeidet med Litauens implementeringsutfordringer vedrørende beslutningene fattet under Det andre Vatikankonsil. Fra 1969 til 2003 var han generalvikar for erkebispedømmet Kaunas. Fra 1973 til 2007 var han professor og kansler ved det teologiske seminar der.