Vācietis startet sin karriere hos Det russiske keiserdømme i 1891. Under første verdenskrig var han en av kommandanter, med rangen oberst, som sluttet seg til Vladimir Lenins bolsjeviker etter oktoberrevolusjonen og den etterfølgende russiske borgerkrigen. Fra april 1918 var han kommandanten for -divisjonen. Fra juli til september 1918 kommanderte han østfronten av den russiske bprgerkrigen. Han ble deretter Den røde armés første øverstkommanderende, som leder for det revolusjonære militærrådet, 4. september 1918 til 8. juli 1919, hvor han blant annet ga orderen om å starte Den sovjetiske vestoffensiven. I juli ble han arrestert etter falske anklager om at han var medlem i den motrevolusjonære hvite armé, men ble løslatt kort tid senere.