Fra mai 2013 tok ISIS et fastere grep om byen, på bekostning av Den frie syriske armé og Al-Nusra. ISIS foretar ofte henrettelser på offentlige plasser i byen av alawitter eller mistenkte støttespillere til Bashar al-Assad. De har også angrepet og vandalisert kirker som den armensk-katolske Martyrkirken, som siden er blitt omgjort til hovedkvarter for ISIS. De kristne i Ar-Raqqah, som før borgerkrigen startet utgjorde omkring 10% av befolkningen, har stort sett flyktet fra byen.