Etter krigen forsøkte Globocnik å skjule seg i fjellet sør for Klagenfurt. Der ble han funnet av britiske styrker og begikk selvmord med en cyanidkapsel rett etter arrestasjonen 31. mai 1945. Hos en av veteranene fant Gitta Sereny et fotografi som tydelig viste liket av Globocnik omgitt av SS-mennene Hermann Höfle, Georg Michalsen og Karl Helletsberger som ble arrestert sammen med Globocnik. I løpet av krigen endret han navnet fra det polskklingende Michalczyk til Michalsen. Før krigen hadde han arbeidet som regnskapsfører Oppeln og han gikk inn i SS i 1932.