Krigene mellom Persia og Hellas kom til en spille en betydelig rolle i hans liv og karriere. I 490 f.Kr. slåss Aiskhylos og hans bror Kynegeiros for å forsvare Athen mot Dareios I av Persias invaderende asiatiske hær i slaget ved Marathon. Slaget ble avgjort ved at athenerne presset perserne tilbake til deres skip. Kynegeiros skal ifølge én versjon av fortellingen ha dødd av å få hånden kappet av mens han forsøkte å dytte unna et persisk skip kun med hendene. Athenernes seier ble feiret i alle de greske bystatene, og avdøde Kynegeiros ble opphøyd til en gresk helt.