I dalene som går fra nord til sør i landet, renner flere elver som har sitt utløp i Brahmaputra i India, den mektige elva som til slutt munner ut i Bengalbukta. Vannkraft regnes som Bhutans største naturressurs, og man regner med at krafteksport etterhvert vil gi landet et etterlengtet overskudd i utenrikshandelen.