Etter Kon-Tiki-ekspedisjonen var han bosatt i Lima i Peru til 1970, hvor han arbeidet som leder for fiskeriprosjekter og rådgiver i fryseteknikk for bl.a. W.R. Grace & Co og Atlas. Watzinger var blant annet leder for en norskeid fiskemelfabrikk i Pisagua i Nord-Chile med eksport av fiskemel til USA og Europa. 1952 ble Watzinger tildelt Orden al Mérito por Servicios Distinguidos av Perus utenriksdepartement.