Europols ledelse er oppnevnt av Rådet for Den europeiske union (justis- og innenriksministrene). Den består for tiden av direktør Max-Peter Ratzel (Tyskland) og visedirektørene Mariano Simancas (Spania), Jens Henrik Højbjerg (Danmark) og Kevin O’Connell (Storbritannia). Ved Europols hovedkvarter er det for tiden 490 ansatte. Av disse er 80 sambandsmenn, som representerer ulike organer for rettshåndhevelse (politi, tollmyndigheter, gendarmerie, utlendingsmyndigheter osv.). Sammen med Europols tjenestemenn, analytikere og andre eksperter sikrer sambandsmennene en effektiv og rask flerspråklig tjeneste 24 timer i døgnet.