Beheshti hadde sluttet seg til Ayatollah Khomeini i Najaf i Irak, der sistnevnte var i landflyktighet. Der ble han del av Khomeinis undergronnsbevegelse. Siden begynnelsen av 1960-årene var han således involvert i aktiviteter mot sjahens regime og ble arrestert flere ganger av sjahens hemmelige politi, SAVAK.