Elisabeth Schwarzhaupt var datter av overskoleråd Wilhelm Schwarzhaupt, som fra 1918 til 1933 var medlem av den prøyssiske landdag for det liberale DVP. Hennes mor stammet fra en velhavende handelsslekt. Elisabeth Schwarzhaupt var forlovet med en jødisk lege, som på grunn av yrkesforbud emigrerte til Sveits og senere USA.