I 1569 hadde den spanske bosettingen i Cebu blitt viktig som en trygg havn for skip fra Mexico og som et utgangspunkt for videre utforsking av øyriket. Små ekspedisjoner ledet av Juan de Salcedo dro til Mindoro og Luzon, der han og Martín de Goiti spilte en ledende rolle i underkastelsen av kongedømmene Tundun og Seludong i 1570. Ett år etter forlot López de Legazpi Cebu for å drøfte en fredsavtale med de besirede rajahene. En avtale mellom conquistadorer og tajaher om å danne et byråd la grunnen for en ny kristen bosetting i det muromkransede Intramuros over de raserte restene av det islamske Manila, som inntil da hadde vært en vassalstat under Sultanatet Brunei.