Schönerer var sønn av jernbaneforretningsmannen Matthias Schönerer (1807 – 1881) og bror til Alexandrine Schönerer. Han studerte landbruk i Tübingen i Tyskland fra 1861, ved landbruksakademiet i Hohenheim til 1863, og fra 1863 til 1865 den høyere landbruksvitenskapelige skole i Ungarisch-Altenburg. Fra 1869 forvaltet han familiegodset i Rosenau ved Zwettl, der han bygde opp et mønstervirke innen landbruket.