Lise Lindbæk var datter av historiker Johannes Peder Lindbæk og lærer, forfatter og filmsensor Sofie Aubert Lindbæk. Faren var kjenner av danske kirkelige forhold i den katolske førreformatoriske tid og var krigskorrespondent under første verdenskrig. Lindæk var barnebarn av professor Ludvig Mariboe Benjamin Aubert og forfatter Elise Aubert, niese av dommer Bille Aubert og tante til Jannik Lindbæk og Peter Lindbæk.