Saksofonen har tyve fingerhull som er dekket av et klaffesystem. Klaffene er normalt dekket av kunststoff (originalt dyreskinn) på innsiden. Knotter av filt og kork gjør at mekanikken ikke skader instrumentkroppen og bråker. Selv de minste forskyvninger i klaffesystemet kan gjøre saksofonen utett og vanskelig å spille på. Dette gjør saksofonen til et komplisert instrument å vedlikeholde og å reparere.