Han var sønn av Haaken C. Mathiesen (1827–1913) og Anna Sophie Josephine Larpent (1833–1863), og bror av Christian Pierre Mathiesen. Familien eide Linderud gård og trelastfirmaet Tostrup & Mathiesen, senere Mathiesen Eidsvold Værk, med større skogeiendommer i Eidsvoll- og Hurdaltraktene. Familien kjøpte Eidsvoll Verk i 1893, og fra 1895 ble Haaken L. Mathiesen eneeier av Mathiesen Eidsvold Værk. Han var også blant grunnleggerne av Orkla (selskap) i 1904 og investerte i Sydvaranger og Store Norske Spitsbergen Kulkompani.