Tidlig kristnet liv på Patmos har imidlertid bare så vidt overlevd muslimske angrep og plyndring fra 600- til 800-tallet. I løpet av denne perioden ble den store basilika ødelagt. I 1088 ga den bysantinske keiseren Alexios I Komnenos munken Hosios Kristodoulos full kontroll over øya foruten også tillatelse til å bygge et kloster. Kristodoulos hadde blitt tvunget til å flykte fra Anatolia for å unngå forfølgelse fra muslimske tyrkere, først til Kos og andre øyer, og til sist til Patmos. Byggingen begynte i 1101.