Japans hvalforskningsprogram har gjenstått som kontroversiell, da grupper som ønsker en sterk grad av beskyttelse av hvaler og anti-hvalfangstnasjoner som USA og Australia holder fast ved at antallet hvaler som blir drept er mye større enn det som trengs til vitenskapelige formål. Kritikerne av dette programmet har også hevdet at det egentlig bare fungerer som et skalkeskjul for å forsyne det indre japanske markedet med hvalkjøtt. For å imøtekomme slike påstander har japanske myndigheter fremhevet at hvalfangst for vitenskapelige formål er godkjent under IWC-reguleringer, og at disse reguleringene dessuten spesifikt ber om at hvalkjøttet blir utnyttet fullt ut etter forskningsarbeidet er utført. Videre har japanske myndigheter uttalt at det er hyklersk og inkonsistent å hevde at forskningsmateriale om hvalbestand er unøyaktig og utilstrekkelig i forbindelse med kommersiell hvalfangst, samtidig som å hevde at forskningshvalfangst er unødvendig.