Partiet ble grunnlagt i Damaskus i 1940 av Michel Aflaq, som var kristen og tilhørte den ortodokse kirke i Antiokia, og Salah al-Din al-Bitar, som var sunnimuslim. Det har senere etablert seg i en rekke arabiske stater — eksempelvis Libanon, Jemen, Jordan og Sudan — men uten å oppnå politisk makt i andre land enn Syria og Irak. Etter kuppet i 1963 har partiet sittet alene ved makten i Syria. I 1963 grep Ba'athpartiet makten også i Irak, men ble styrtet etter få måneder. I 1968 kom partiet tilbake i maktposisjon og ble sittende til 2003, da USA innledet krigen i Irak. Etter dette har partiet vært forbudt i Irak.