World 4 og World 6 har også et tredje nivå på Airship-sjefen, hvor spilleren må slåss mot Bowser Jr. for å komme seg videre til neste verden. I tillegg til vanlige nivåer finnes det også «Toad Houses» spredt over hele kartet hvor spilleren kan spille et kort minispill for å tjene ekstra liv, eller få tak i forskjellige gjenstander. Spilleren begynner med fem liv, men flere liv kan oppnås ved å samle mynter, plukke opp spesielle sopp, eller spille forskjellige minispill mellom de vanlige nivåene. Å miste et liv gjør at spilleren må tilbake til et tidligere område av kartet. Å miste samtlige liv resulterer i Game Over - og dette tvinger spilleren til å begynne ved Marios aller siste lagringspunkt.