Navnet på landet antas å stamme fra navnet på elven Bosna som renner gjennom det bosniske hjertet. Ifølge filolog Anton Mayer kan navnet Bosna stamme fra illyrisk , som igjen kan stamme fra den urindoeuropeiske roten , som har betydningen «det rennende vannet». Ifølge den engelske middelalderforskeren William Miller, tilpasset de slaviske nybyggerne i Bosnia den latinske betegnelsen til sitt eget formspråk ved å kalle elven Bosna og seg selv for bosnjaker.