I 1857 fikk han et professorat ved universitetet i Jena, men fant seg ikke helt til rette blant de konservative Jena-professorene. I 1861 ble han imidlertid venner med Ernst Haeckel. Med ham kunne han diskutere evolusjonsteoretiske og naturvitenskapelige spørsmål. Han arbeidet her på tre større verker: , og («Grammatikk over det baltoslaviske urspråket»). Han ble imidlertid avbrutt av en tidlig død i 1868, 47 år gammel.