Tidligere var byen administrativt senter for hele Kivu-regionen, men mistet noe av sin status som følge av veksten i Goma. Etter folkemordet i Rwanda, flyktet Hutuer og mange medlemmer av den tidligere hutu-ledede regjeringen. Flyktningleirene rundt Goma og Bukavu ble åsted for hutu-opprør fra leirene mot den nye tutsi-regjeringen i Rwanda. I november 1996 ved starten av den første krigen i Kongo, angrep rwandiske regjeringsstyrker hutu-leirene, samt styrkene til den daværende regjeringen i Zaire som hadde tillatt opprøret. Den rwandiske regjeringen støttet opprørerne i Zaire ledet av Laurent Kabila som styrtet regjeringen i Kinshasa med deres hjelp, for deretter å komme på kant med dem, noe som førte til den andre krigen i Kongo. Rwanda støttet opprørerne i (RCD) mot Kabila. RCD ble dominert av banyamulengene (tutsier fra Rwanda), og Bukavu ble i likhet med resten av Sud-Kivu kontrollert av RCD. Det oppsto sporadiske kamper mellom opprørere og regjeringsstyrker og deres allierte, blant andre hutu-militsen Mayi-Mayi, særlig i 1998 og 2004.