Jax må gjenvinne sine krefter, ved å bli med i en fraksjon. Samtidig forsøker han å finne ut hva som skjedde når flyet hans styrtet, og hvem som egentlig angrep ham. Spilleren kan bruke både sverd og skytevåpen i spillet, og magi blir tilgjengelig etter hvert. Spilleren kan slutte seg til en av tre fraksjoner: Berserkerne som bruker ELEX til magiske formål. Geistlige som bruker stoffet til å drive teknologien deres. Eller den fredløse gjengen.