I mars 1839 gikk de britiske troppene under sir Willoughby Cotton gjennom Bolan-passet og den 26. april nådde hæren Kandahar. Sjah Shuja ble proklamert emir, og gikk inn i Kabul den 7. august, mens Dost Mohammed søkte tilflukt i de ville Hindu Kush. Tette fulgt av britene ble Dost drevet til det ekstreme og den 4. november 1840 overga han seg som fange. Han forble i fangenskap gjennom den britiske okkupasjonen, gjennom den forferdelige tilbaketrekningen av okkupasjonsarméen i januar 1842 og inntil Kabul ble gjenerobret høsten 1842.