I det Mario, Luigi, Yellow Toad og Blue Toad skal feire bursdag for Princess Peach i slottet hennes, dukker det plutselig opp en stor kake. Bowser Jr. og hans håndlangere Koopalings dukker opp fra kaken - og kidnapper Princess Peach. Kaken blir umiddelbart lastet om bord på Bowsers luftskip. Luftskipet tar av, men Mario, Luigi og Toads tar umiddelbart opp jakten for å redde prinsessen.