Det finnes svært lite sikker informasjon om Torquemadas personlige liv, men desto flere spekulasjoner. I løpet av de femten år han ledet den spanske inkvisisjon vokste denne institusjonen fra å ha et eneste tribunal i landet, i Sevilla, til et landsomspennende nettverk med to dusin domssteder. Den spanske inkvisisjon skulle snart berøre livene til så godt som hver eneste borger i landet.