Under den første engelsk-nederlandske krig var han kommandør, og fra 1. mai 1652 fikk han midlertidig rangen schout-bij-nacht som senere tilsvarer . Under krigens siste slag, slaget ved Ter Heijde (1653), sank skipet hans, og Kees Evertsen ble holdt som krigsfange i tre måneder. 14. mars 1654 ble den midlertidige forfremmelsen gjort varig, Evertsen ble utnevnt til . Under den nordiske krigen (1655–1661) i tjente han under Michiel Adriaenszoon de Ruyter og var med da Nyborg ble tatt tilbake fra svenskene i 1659. Fra midten av 1661 og frem til januar 1663 tjente han fremdeles under de Ruyter. Han var den tredje høyeste offiseren i middelhavsflåten under aksjonene mot Tunis og Alger.