Selv om Furtwängler betraktet seg som en apolitisk kunstner og aldri var medlem av NSDAP, fikk han etter andre verdenskrig forbud mot å dirigere. Han gjennomgikk avnazifiseringsprosess både i Tyskland og Østerrike. I 1947 frikjente en avnazifiseringsdomstol ham, i høy grad takket være gode skussmål av den «entartete» komponisten Paul Hindemith, de jødiske musikerne Yehudi Menuhin og Szymon Goldberg og hans mangeårige sekretær Berta Geissmar, også hun jøde. Den 25. mai 1947 dirigerte han Berlinfilharmonikerne i sin første offentlige konsert etter krigen, men stillingen som sjefdirigent ved Berlinfilharmonikerne fikk han tilbake først i 1952. Han fortsatte å dirigere internasjonalt etter at oppgjøret med nazitiden var avsluttet. I 1951 ble festspillene i Bayreuth gjenopptatt og han dirigerte der blant annet Beethovens 9. symfoni.