Utfordringene er ikke over selv om den tredimensjonale strukturen til et protein er kjent. Alle proteiner er noe fleksible og kan i varierende grad endre form og funksjon. Prinsipper fra fysikk og kjemi om hvordan molekyler beveger seg blir derfor brukt til å modellere proteiner. Målet med dette kan være å finne ut hvor mye et protein kan bevege seg, til hvordan disse bevegelsene kan arte seg. I tillegg modelleres ofte interaksjonen mellom ulike proteiner eller mellom proteiner og molekyler de interagerer med. I medisinsk forskning brukes dette for å finne nye medisiner. Modelleringen brukes da for å finne gode kandidatstoffer som kan brukes i eksperimenter. Dette gjør medisinsk forskning mindre dyr, ettersom det er billigere og raskere å modellere enn å utføre eksperimenter.