Johan Fritzner ble født på gården Myren på Askøy som sønn av tollbetjent Werner Fritzner og Cecilie Cathrine Christie. Han ble satt i skole i Bergen, hvor faren fikk stilling som overtollbetjent. 16 år gammel ble han student ved Christiania Universitet. Han studerte teologi, skjønt hans interesser allerede fra barndommen av var filologiske og historiske. Det sies at han allerede i sin skoletid stadig arbeidet med språklige og historiske samlinger, idet han allerede dengang begynte å gjøre opptegnelser til fremtidig bruk. Hans hovedinteresse vendte seg fra studietiden til nordiske språk og nordisk historie, særlig kulturhistorie. Ved begynnelsen av sommerferiene pleide han å vandre fra Christiania til Bergen, og om høsten foreta en lignende vandring tilbake. Overalt på sin vei gjorde han opptegnelser; han samlet folkeskikker, sagn og eventyr, men gjorde også mange iakttagelser om det levende folkespråket. Han kom derfor tidlig til den erkjennelse, at de norske dialektene var den levende utvikling av det samme språk, som han kjente fra den gamle islandsk-norske litteratur.