Etter å ha tatt eksamen ved Shortridge i 1940 begynte Vonnegut ved Cornell University i Ithaca i delstaten New York. Han ønsket å studere humanistiske fag eller bli arkitekt som sin far, men hans far og sin bror, en forsker, henstilte ham inntrengende om å studere et «nyttig fag». Av den grunn studerte Vonnegut biokjemi, men han hadde liten dyktighet på dette området og var preget av likegyldighet til faget.