Bokens største mangel lå uten tvil i at arvelæren enda ikke var blitt kjent. Darwins viste egenskaper gikk i arv i naturen, men var ikke i stand til å forklare . Darwin var nøye med å påpeke dette og annet han anså som svakheter og uløste sider ved sin teori. Dermed var hans fremgangsmåte i overraskende stor grad i overensstemmelse med dagens syn på vitenskapsteori (jf. falsifikasjonisme).