Alexander døde pinsemorgen 13. mai 1627 i Sønderborg. Han ble begravet i gravkapellet på Sønderborg slott. Dagen før sin død hadde han gjort testamente og her fastsatt, at hans hustru skulle sitte i uskiftet bo for å få gjelden betalt. Den eldste sønn, Hans Christian, arvet hele lenet, men forble inntil videre ugift. Enkehertuginne Dorothea forestod da også hertugdømmet i de følgende trange krigsår, men var ikke i stand til å nedbetale gjelden, som tvert imot stadig vokste. Hun gikk derfor inn på, at brødrene 17. desember 1633 sluttet en arveoverenskomst, etter hvilken Hans Christian tiltrådte hertugdømmet med betydelige forpliktelser til sin mor og søsken. Dorothea døde 5. juli 1639 (født 25. august 1579).