Fra mars 2020 har pandemien covid-19 satt sitt preg på utviklingen. Madagaskar var tidlig med å stenge ned landet, flytrafikk og båtanløp. Munnbind ble påbudt. Presidenten gjorde seg også til entusiastisk talsmann for en gassisk urtemedisin som skulle være effektiv mot viruset og markedsførte den også overfor andre afrikanske stater, uten at Verdens helseorganisasjon (WHO) kunne gå god for den. Nedstengingen fikk snart store økonomiske konsekvenser. Turistindustrien kollapset, transportsektoren stoppet opp og folk i den uformelle sektor som lever av gatesalg og småindustri ble hardt rammet, og feiringen av det storslåtte 60-årsjubileet for uavhengigheten måtte utsettes. Men det gamle dronningpalasset på Antananarivos høyeste topp er blitt rekonstruert etter brannen i 1995 og åpnet som nasjonalt museum.