I 1942 gikk han ut av regjeringen. Etter den tyske okkupasjon av Ungarn i mars 1944 var han den 12. mai 1944 ned på embedsinnsettelsen av den nye overgespan i Komitat Fejér, Árpád Toldi, i Székesfehérvár; ved denne anledning kunngjorde László Baky, innenriksstatssekretær i den nye regjering Döme Sztójay, at alle Ungarns jøder skulle deporteres. Fra mars til juli 1944 ble over 437.000 jøder sendt til Auschwitz. Da regjeringen Géza Lakatos og riksforvalter Miklós Horthy i oktober 1944 begynte med hemmelige våpenstillstandsforhandlinger med de allierte, tilhørte Hóman til eksekutivkomiteen for en 138-medlemmers parlamentarikergruppe som forsøkte å forhildre dette, og heller støttet det av den tyske ambassadør Edmund Veesenmayers lanserte statskupp. Han var videre med som regjeringsrådgiver fo den marionetteregjeringen som så ble innsatt, under ledelse av Pilkorsbevegelsens Ferenc Szálasi. Det nye styre bidro til krigens forlengelse og satte i gang (den sommeren 1944 avbrutte) deportasjonen av jøder fra landet. Det gjenstod mange jøder i Budapest som nå ble brutalt forfulgt.