Hus ble arrestert da han kom til Konstanz. Den tysk-romerske keiseren Sigismund gjorde en del forsøk på å få satt Hus fri, han fikk blant annet igjennom at Hus skulle få forsvare seg offentlig for konsilet i tre dager, men Sigismund fant fort ut at Hus var en hindring for arbeidet som skulle gjøres på konsilet. Sigismund bad derfor om at Hus ikke skulle bli satt fri før han hadde trukket tilbake alle sine lærdommer. En omfattende kjetterprosess ble igangsatt, som endte med at Hus ble overlatt til den verdslige makten og brent på bålet 6. juli 1415. Rådet som dømte ham, vedtok at alle hans skrifter på latin og tsjekkisk, som få av dem uansett kunne lese, skulle brennes. Etter domsavsigelsen ble hans tonsur fjernet ved at resten av håret hans ble klippet av, og han fikk på seg en høy hatt av papir, påtegnet tre djevler som grep fatt i en ulykkelig sjel. Bøddelen og vaktene dro ham med seg til retterstedet, som lå på veien til Gottlieben, nær våre dagers gassverk. Det stinket grusomt der, siden borgerne brukte stedet til å kaste fra seg døde dyr. På veien passerte Hus kirkegården der hans bøker ble brent. Han bad, mengden stirret, bøddelen slo en rusten kjetting om halsen hans og festet ham til en påle, la to knipper ved under føttene hans og plasserte flere knipper, iblandet strå, rundt kroppen hans opp til haken. En keiserlig delegat bad igjen Hus om å angre. Hus nektet, delegaten klappet hans hånd, og veden ble påtent. Hus begynte å synge høyt, men da flammene blåste inn i ansiktet på ham, bad han stille i stedet inntil han døde. Bødlene knuste knoklene hans og skallen med klubber, fikk sin betaling fra delegaten for den dødes klær og sko (som de normalt fikk selge, men disse skulle brennes for at de ikke skulle bli relikvier for de troende), og lette deretter frem hjertet hans fra bålet. Hus' hjerte ble spiddet og stekt i flammene som var igjen. Endelig ble asken etter ham kostet opp og slengt i den nærliggende Rhinen.