Det neste Thompson gikk løs på, var ulike stoffers evne til å varmeisolere, blant annet eksperimenterte han med pels, ull og fjær. Han fant ut at isoleringsegenskapene til disse naturlige stoffene hang sammen med at de hindret konveksjon av luft. Deretter trakk han den noe uvørene og ukorrekte slutningen at luft, og faktisk alle gasser, var perfekte ikke-ledere av varme. Videre så han på dette som bevis for at Gud finnes, og kjempet for at guddommelig forsyn hadde ordna pels for dyrene på en slik måte at de skulle ha det komfortabelt. Basert på dette arbeidet lagde han matretten Baked Alaska i 1804.