På vestsiden av fjorden ligger Stabbursdalen nasjonalpark. Stabbursnes naturreservat innehar et av Nordens største trekkfuglområder med mange sjeldne fuglearter. Reinøya naturreservat er vernet for sin spesielle flora og geologiske formasjoner, Skoganvarre naturreservat forr sin gamle furuskog, mens Børselvosen og Viekker naturreservater er vernet for sine unike våtmarksområder.