Bodøgård og Seines på andre siden av Saltfjorden vokste til å bli storegårder i overgangen til yngre jernalder. Fra disse gårdene kunne innseilingen til hele Salten- og Skjerstadfjorden kontrolleres. Bodøgård var sete for en høvding som var mektigere enn mange andre i Salten. Flere storhauger, rike kvinnegraver og gårdshistorie underbygger at dette var en setegård for en høvding. En kilde fra 1654 forteller at det som hette Kirkhaugen tidligere ble kalt Tinghaugen, noe som kan tyde på at dette også har vært tingsted. I middelalderen var gården en kongsgård, men denne lokale kongen kan ha blitt nedkjempet av en rikskonge og underlagt ham. Rikskongen fikk bygget en kirke, kjent som Bodin kirke, og overførte jorden til den. Senere har Kongene delt opp godset og gitt deler til stormenn som gjorde tjeneste hos ham. Blant annet var det deler rundt Bodøgård som tilhørte erkebispesetet i Nidaros.