Generelt kan Sør-Dakota deles inn i tre landskap: Det østlige Sør-Dakota, det vestlige Sør-Dakota og Black Hills. Skillet mellom øst og vest går ved elven Missouri. Topografien i Black Hills, som lenge ble holdt for å være hellig av indianerne, er så forskjellig fra resten av det vestlige Sør-Dakota at området ofte regnes for seg selv. Når Black Hills regnes sammen med resten av det vestlige Sør-Dakota, kalles de to landskapene vest og øst for Missouri ofte for «West River» og «East River».