Etter at Irland ble selvstendig i 1921 krysset flere av GNRs viktigste linjer den nye internasjonale grensen. Økt veibygging og opprettelsen av flyforbindelse mellom Dublin og Belfast bidro til nedgang i passasjertallet, og i 1947 lanserte GNR ekspresstoget mellom de to hovedstedene i et forsøk på å reversere utviklingen. Ekspresstogsatsingen genererte imidlertid ikke noe overskudd, og ble avsluttet i 1951. I 1952 måtte regjeringene i Nord-Irland og Irland gå sammen om å dekke selskapets underskudd, og i 1953 ble selskapet nasjonalisert i et samarbeid mellom de to regjeringene. Great Northern Railway Board (GNRB) ble opprettet for å drive jernbaneselskapet videre. I 1957 ble mange av jernbanestrekningene nedlagt, og i 1958 ble Great Northern Railway Board oppløst etter økende underskudd, og rullende materiell ble fordelt mellom transportmyndighetene i Nord-Irland og Irland. Mange av de resterende jernbanelinjene ble nedlagt kort tid etter, men GNRs hovedlinje mellom Dublin og Belfast er i 2015 fremdeles i bruk.