Etter at admiral Darlan ble myrdet, ble Giraud hans etterfølger med alliert støtte. Dette skjedde gjennom en serie av konsultasjoner mellom Giraud og de Gaulle. De Gaulle ønsket å satse på en politisk stilling i Frankrike og ble enige om å ha Giraud som øverstkommanderende, som den mer militært kvalifiserte av de to. Det er sannsynlig at han beordret at mange franske motstandsledere som hadde hjulpet Eisenhowers tropper å bli arrestert, uten noen protest fra Roosevelts representant, Robert Murphy. Giraud tok del i Casablanca-konferansen, med Roosevelt, Churchill og de Gaulle, i januar 1943. Senere, etter svært vanskelige forhandlinger, aksepterte Giraud å undertrykke de rasistiske lover, og å frigjøre Vichy-fanger fra den forferdelige søralgeriske konsentrasjonsleirene. Henri Giraud og Charles de Gaulle ble da medpresidenter i Comité français de la Libération Nationale og de frie franske styrker. Giraud ønsket å fjerne alle rasistiske lover umiddelbart, men var bare Cremieux-dekretet ble umiddelbart restaurert av general de Gaulle. De Gaulle konsoliderte sin politiske posisjon på bekostning av Giraud fordi han var mer oppdatert med den politiske situasjonen.