I lang tid slet Lyn med økonomien, og var mange ganger nær konkurs. I 1999 ble klubben reddet ved at finansmannen Atle Brynestad kjøpte den for en symbolsk sum. Elitelaget ble organisert som et aksjeselskap ved navn «FC Lyn Oslo AS», eid av investeringsselskapet «CG Holding AS». Året etter at Brynestad ble eier, rykket Lyn opp.