Av uklare grunner valgte han deretter å dra med fly til Praha, der han fikk merke at det var en større oppstand på gang i byens sentrum. Dette satte skrekken i Hanke, som forsøkte å returnere til flyplassen, men veien hit viste seg å være sperret av tsjekkiske partisaner. Kledd som menig SS-soldat sluttet Hanke seg til en mindre avdeling fra 17. SS pansergrenaderdivision. Denne forsøkte å kjempe seg tilbake til Tyskland, men støtte på tsjekkiske partisaner ved Nova Ves. Hanke og hans gruppe ble tatt til fange av dem og plassert i en tsjekkisk krigsfangeleir.