Skipene nådde Brasils kyster og gjorde et stopp i Rio de Janeiro-bukta. Deretter seilte de videre til de kom til den dype bukta som i dag heter Rio de la Plata. Her lette Magellan etter den passasjen som han kjente til var avmerket på portugisiske kart (som for øvrig var hemmeligstemplede og godt bevoktede i et eget arkiv). Men kartografene som hadde avmerket denne passasjen på 35 grader sør hadde tatt feil. Magellans skip endte opp med å seile opp to store elver som vi i dag kjenner som elvene Paraná og Uruguay. I over to uker forsøkte han forgjeves å finne «passasjen». Men Magellan gav ikke opp. Han fortsatte med sin flåte videre sørover i håp om å finne en annen passasje, og søkte i alle bukter, som det er mange av langs Patagoniakysten.