Kirkens opprinnelige alter var viet til Skt. Nikolai. Dette skyldtes at Skt. Nikolais relikvier ble overført til det nye alterets relikviegjemme ved innvielsen på begynnelsen av 1300-tallet . Den nåværende altertavle i tre er fra 1611, ca. 15 m høy og er en av Nordeuropas største. Den består av fire bilder plassert over hverandre omgitt av arkitektonisk oppbyggede treskjæringer og dansk tekst. Nederste bilde viser Nattverden flankert av treskulpturene Moses til venstre og Johannes Døperen til høyre. Andre etasje viser korsfestelsen og er omgitt av to våpenskjold hvis skjoldholdere til venstre er de danske og til høyre to kvinnefigurer. Skjoldene er overmalt med et svensk kongemonogram. Tredje etasje viser Kristi himmelfart og er omgitt av de fire evangelister. Det øverste bildet viser Jahvenavnet, flankert av Peter og Paulus. Helt øverst ses Kristus med seiersfanen. Altertavlens skaper er snekkeren Henrik Könnicke i samarbeide med billedhuggerne Statius Otto og Jacob Kremberg. Maleriene er utført av Peiter Hartmann.