Det har blitt sagt at Hojer kunne takke dronning Anna Sophie for at han ble historiograf, men selv om det var slik var Hojer langt fra en vanlig lykkejeger. Tvertimot ser man at han ved siden av sine forretninger i matrikkelkommisjonen, som en tid førte ham til Norge, ivaretok historiografembedet med stor energi. Hans oppgave var å fortsette de årbøkene over kong Frederik 4.s regjeringshistorie Christoff Heinrich Amthor hadde påbegynt, og han gjorde seg stor umake for å få tak i de nødvendige kildene. For eksempel foretok han i 1723 omfattende arkivundersøkelser i hertugdømmene, og når han hadde fått tak i det nødvendige materiale, brukte han kort tid på resten av arbeidet, slik at det i løpet av åtte år fra hans hånd forelå en rekke skrevne foliobind, hvor kong Frederiks regjeringsårbøker var ført frem til 1711.