Byen blomstret som et handelssentrum frem til trettiårskrigen (1618–1648). Den svenske hæren til Gustav Adolf beleiret og tok byen, som ble tatt tilbake av den katolske ligaen i 1631. Det finnes mange rapporter som sier at de katolske styrkene tok livet av mange svenske og skotske soldater etter at de overga seg. Senere, ifølge den skotske lykkeridderen Robert Munro, skal svenskene ha gjort det samme da de uten nåde tok livet av overlevende med ropet «Neubrandenburg!». Byen spilte derfor en rolle i å brutalisere en av historiens allerede mest brutale kriger.