Prytz var blitt utnevnt av Quisling til finansminister fra 9. april, uten å tiltre og uten å ha gitt sitt samtykke. På grunn av krigshandlingen fikk Prytz (som befant seg i Trøndelag) kjennskap til Quislings proklamasjon via omveier. Ifølge Magne Skodvin var Prytz skeptisk til Quisling-regjeringen av 9. april og ville heller støtte en regjering ledet av Ragnar Skancke. Det var snakk om at Prytz og Skancke sammen skulle forsøke å komme seg til Oslo for å bidra til en tyskvennlig regjering. Prytz var moderat av natur og gikk ikke godt sammen med den pågående og tyskvennlige Hagelin. Som NS-utnevnt fylkesmann i Trondheim gikk han overraskende mot den tiltagende antisemittismen i NS. Som finansminister forsøkte han å stanse okkupasjonsmaktens tapping av Norges Bank. Høsten 1944 forsøkte han å få regjeringen med på krav om fredsavtale med Tyskland. Han døde av kreft før freden i 1945, etterlot seg enke og barn samt har flere etterkommere.