Inntil 1814 var det danske hertugdømmet Slesvig i personalunion med Danmark-Norge, og til 1864 med Danmark, slik at Flensburg hørte til den «kongelige» delen av det danske hertugdømmet. Byen har fremdeles en dansk minoritet av betraktelig størrelse, med eget skolevesen, kirker og bibliotek. Personalunionen med Norge medførte også at en rekke slekter fra Flensburg slo seg ned i Norge, særlig på 1600- og 1700-tallet. De fleste slo seg ned i Trondheim. Av kjente slektsnavn kan nevnes Schøller og Rochmann.