Mot slutten av krigen arbeidet Günther for å redde dansker og nordmenn ut av tyske fangeleire. Allerede i 1943 tok han kontakt med Felix Kersten som var Himmlers massør, Mot slutten av 1944 ble det mulig å arbeide mer aktivt for dette, og grev Folke Bernadotte fikk som nestleder i Sveriges Røde Kors ansvaret for aksjonen med de hvite bussene. Etter krigen var han også ansvarlig for den sterkt kritiserte utleveringen av flyktninger fra Baltikom; selv om den ble gjennomført av hans etterfølger.