I likhet med de fleste Linuxdistribusjoner, andre Unix-lignende operativsystemer og de fleste avarter av UNIX, benyttet Ubuntu i utgangspunktet vindussystemet X som vindussystem. Av juridiske årsaker (patentlovgivning og immaterialrett) benyttet mange andre distribusjoner i begynnelsen XFree86, som var en fri implementasjon av vindussystemet X. Dette var for eksempel tilfelle med Fedora Core 1 «Yarrow», de første versjonene av SUSE Linux, Slackware før versjon 10.0 og versjonene av Debian som gikk forut for Debian 3.1 «Sarge».