Mens tidligere spill i serien kun hadde en enkel helsemåler, holder styr på skader over hele kroppen. For eksempel kan et langt fall brekke Snakes bein, som vil gjøre ham tregere helt til skaden leges skikkelig ved hjelp av bandasje. Hvis skadene ikke behandles, vil ikke Snake kunne fylle helsemåleren helt på en stund.