Fra 1612 innsatte den nye landherren for første gang i hertugdømmet og i Vest Recklinghausen spesielle kommissærer med vidtrekkende fullmakter til å gjennomføre kirkelige motreformer. Den første visitasjonsberetningen viser helt tydelig at det fortsatt fantes protestantiske grupper i området. I 1614 utstedet kurfyrsten også en for hertugdømmet gjeldende religionsordning. I denne ble det gjort klart at ansettelse av embedsmenn var forbundet med at de måtte gjøre seg avhengige av den katolske trosbekjennelse. I tillegg fremmet kurfyrsten utviklingen av betlerordener hvor fattigdomskravet var gjeldende. I 1637 ble Fransiskanerordenens klostre grunnlagt i Attendorn og Geseke. I året 1645 fulgte grunnleggelsen av Kloster Werl, tilhørende Kapusinerordenen. Andre sammenlignbare klostre ble grunnlagt under Maximilian Heinrich av Bayern. Ferdinands regjeringstid var også tiden for grunnleggelsen av Gymnasium Laurentianum og Gymnasium Marianum Seraphicum. I begynnelsen ble Premonstratenserordenen støttet av abbediet Wedinghausen, og til slutt av Fransiskanerordenen. Senere kom også Gymnasium Petrinum Brilon og Gymnasium Antonianum Geseke til. I hans tid inntraff også etableringen av Jesuittmisjonen i Arnsberg.