I slutten av mars 1944 ble han av Ernst Kaltenbrunner (eller av Heinrich Himmler selv) kalt tilbake til Sicherheitspolizei. I midten av 1944 flyttet Schöngarth til Den Haag i Nederland («Reichskommissariat Niederlande»), der han fra 1. juni 1944 var BdS hos rikskommissæren for de okkuperte nederlandske områder – Arthur Seyß-Inquart – som etterfølger etter Erich Naumann. I Nederland gjennopptok han kontakten med sin venn Pieter Menten. Hans umiddelbare overordnede var generalkommissæren for sikkerhetsvesenet, HSSPF Hanns Rauter, som på grunn av sin sterke stilling og sin pågående marginalisering av Seyß-Inquart var den sentrale nazistiske skikkelse i det okkuperte Nederland.