I 1951 ble DKNVS Museet omgjort til stiftelse, underlagt lov om stiftelser. Museet hadde dermed en annen legal forankring enn akademidelen av DKNVS. Museet hadde på dette tidspunkt vitenskapelig ansatte innenfor naturvitenskap og arkeologi. I 1949 var Trondhjem biologiske stasjon blitt tilknyttet museet. Marinbiologisk forskning ble deretter en viktig del av museets forskningsaktivitet.