Det eksisterer en del kontroverser rundt de fleste borgerfriheter, og for enkelte langt mer enn andre. Eksempler på kontroversielle borgerfriheter er forplantningsrettigheter, samkjønnet ekteskap, og frihet til å erverve og bære våpen. Et annet emne som ofte er debattert i denne sammenhengen er midlertidig opphevelse, eller endring, av visse borgerfriheter i krigs- og krisesituasjoner, inkludert om dette skal være mulig, og i såfall i hvilken grad.