Junkers konstruerte flere ting, men assosieres oftest med fly og flymotorer. Han studerte ved Technische Hochschule Berlin i Charlottenburg og ved de tekniske høyskolene i Karlsruhe og Aachen. I 1895 grunnla han i Dessau selskapet Junkers & Co. for produksjon av gassapparater. I 1915 utviklet han flyet Junkers J1. 1917-1919 fusjonerte Junkers med Fokker til Junkers-Fokkerwerke AG som ble en del av den tyske rustningsindustrien under første verdenskrig. I 1923 grunnla han Junkers Flugzeug und Motorwerke AG i Dessau.