I likhet med den rendyrkede alternative medisin møtes integrativ medisin med stor skepsis fra fagmiljø for konvensjonell medisin. Andrew Weil ble i 2009 pålagt av amerikanske myndigheter å stanse markedsføringen av et kosttilskudd som ble hevdet å kunne forhindre svineinfluensa. To britiske universitetet tilbød i en kort periode undervisning i integrativ medisin, men etter massiv kritikk ble dette lagt ned.