Gwen og Kevin drar på universitetet, og Ben gleder seg til å jobbe alene. Men Max har andre planer. Han gir han en ny partner med navn Rook Blonko. Ben blir jaget av Khyber Jegeren, som sender hunder etter han som kan forvandle seg til rovdyr versjoner av Bens romvesener. Men med en ny Omnitrix med ti nye romvesener med seg kan Ben stoppe han, bare han har Rook med seg. Unge Ben kjemper mot den onde Malware som vil ha Omnitrixen og Azmuth.