Trygve Wyller var en av to kandidater til rektorvalget ved Universitetet i Oslo i 2009. Den andre var professor i medisin Ole Petter Ottersen. Wyller stilte sammen med prorektorkandidat Guro Valen, som er professor i medisin, og viserektorkandidat Arne Bugge Amundsen, som er leder for institutt for kulturstudium og orientalske språk (IKOS). Wyller tapte valget med 35 mot 65 prosent av stemmene.