Under oppholdet i Norge var Bataljon 99 forlagt på Smestad. Oppgavene var hovedsakelig vakthold, avvæpning og hjemsending av de tyske styrkene. Den 17. oktober 1945 returnerte bataljonen til USA med SS «Bienville». Skipet ankom Boston den 1. november 1945 og Bataljonen ble da offisielt oppløst.