Jakob Hassler var sønn av organisten Isaak Hassler fra Nürnberg og bror av den mer kjente komponisten Hans Leo Hassler. Sannsynligvis fikk han som sin bror utdanning i Venezia. Han var først i aktivitet hos Fuggerne, deretter i Hechingen hos Eitel Friedrich von Hohenzollern og endelig ved hoffet i Praha. Keiser Rudolf II av Det tysk-romerske rike adlet ham og brødrene Hans Leo og Kaspar i 1595.