Den 27. september 1852 ble Anton Frenzel utnevnt til hjelpebiskop i bispedømmet Warmia og titulærbiskop av . Biskop Joseph Ambrosius Geritz av Ermland bispeviet ham den 6. august 1853 i Pelplin. Før dette, under informasjonsprosessen før sin bispevielse, hadde han gått bort fra tesene han hadde tatt til orde for i 1817. I sitt andre skrift om samme spørsmål, utgitt i 1863, om spørsmålet om ekteskapets uoppløselighet var et dogme, bekreftet han det.