Aller har sitt utspring nordvest på Magdeburger Börde i Sachsen-Anhalt, renner mot nordvest og dreier vest ved Oebisfelde på grensen til Niedersachsen (dvs på grensen mellom tidligere Øst- og Vest-Tyskland). Her følger elven den såkalte (istids-elvedal eller urstrømdal), det vil si en av de nordeuropeiske rennene i landskapet som ble skapt av innlandsisen i siste istid, og som ga støtet til øst-vest-rennende smeltevannselver i varmeperioden etter istiden. Aller dreier igjen inn i en ny og eldre urstrømdal mot nordvest ved Wolfsburg, via Celle og Verden an der Aller, hvor den ett par kilometer vestover munner ut i Weser fra øst. I det nedre løpet har elveleiet endret seg utallige ganger gjennom de siste årtusener og århundrer.