Thomsons musikalske karriere begynte i august 1969, da han ble med i et lokalt Glasgow-band, . I september 1971 begynte han å spille med The Alan Bown Set hvor han arbeidet en kort periode sammen med sin fremtidige Supertramp-kollega John Helliwell. I februar 1972 møtte Thomson Supertramp og endte med å spille med bandet på flere konserter som en midlertidig stand-in. I 1973 ble Thomson medlem av Supertramp som bassist og han hjalp også til med forretningsledelse sammen med Dave Margereson. Han overtalte også John Helliwell til å bli med i bandet.