I 1588 kom han tilbake og ble misjonær i Mogulriket. I 1598 ledsaget han pater Jerome Xavier (1549–1617) til stormogul Akbar den stores hoff i Lahore - stormogolen hadde selv invitert jesuittene stil sitt hoff. Han dro så i 1601 tilbake for en tid i Goa og så dro han til Agra.