Han utga to studioalbum med bandet Cacophony sammen med gitaristen Marty Friedman, som var med i Megadeth i 1990-1999. Da Becker var 20 år gammel, ble han invitert til å bli med i bandet til den tidligere Van Halen-vokalisten David Lee Roth. I forkant av en turné begynte han å føle seg svak i armer og ben. Han ble kort tid senere diagnostisert med nervesykdommen amyotrofisk lateralsklerose (ALS). Han måtte gi opp gitarlivet og er nå fullstendig lam. Jason Becker fikk beskjed om at han ville dø om 5 år, noe som ikke har funnet sted. Tilstanden har vært stabil siden 1997, noe som er svært sjeldent med ALS. Mentalt sett er han fullstendig klar. Etter å ha mistet førligheten i armer og ben, og i tillegg hodet og haken, komponerer han fortsatt musikk med hjelp av avansert teknisk utstyr som lar ham skrive ved hjelp av øyebevegelser og med hjelp fra faren.