Han giftet seg der med Charlotte Hirsch, Jeckeln hevdet senere at han etter hvert oppdaget at Hirsch-familien var jødisk. Etter at paret hadde fått tre barn sammen, forlot han Charlotte, og nektet å betale det barnebidraget som retten påla ham. Charlotte klaget til NSDAPs leder Adolf Hitler i 1932. Til dette svarte Heinrich Himmler at Jeckeln tjente for lite til å betale barnebidrag. Jeckeln fremstilte senere dette som at han var god tysker, lurt i en felle av jøder. Han fremstilte Charlottes far som særlig grisk. Det mislykte ekteskapet medvirket trolig til å styrke Jeckelns antisemittisme.