Pfeiffer oppdaget i 1892 det han identifiserte som influensabasillen, haemophilus influenzae, eller så trodde både han og forskningsmiljøene i flere tiår. Senere, en tid etter spanskesykens herjinger, først i 1933, skulle det vise seg at influensa er en virussykdom. Hans oppdagelse var imidlertid oppsiktsvekkende og banebrytende på andre måter, ved at det var første gang at en basille var blitt så grundig undersøkt og beskrevet.