Spidbergs avhandling om nordlyset regnes som en av de aller første vitenskapelige og empirisk baserte studier man har av nordlys. Men han skrev også om malstrømmen i Lofoten (Moskenesstraumen), og om jordskjelv, foruten å utføre kartografiske arbeider. I avhandlingen om jordskjelv fra 1758 beskrev han en rekke jordskjelv i Norge og utlandet, og ga en utførlig beretning om det store jordskjelvet og tsunamien i Holsfjorden i Sylling i Buskerud den 1. november 1755. Han beskrev også tsunamier fra Femunden, Kristiansand, Stavanger og Sverige. Jens Christian Spidberg berørte her også årsakene til jordskjelv, og årsakene til vulkansk aktivitet.