Fernández studerte filosofi ved Universidad de San Carlos i Guatemala før han begynte på sin militære karriere. Han deltok i militærkuppet som fjernet president Jesús Jiménez fra makten på Costa Rica, i 1870. Han var gift med den ene søsteren til general Tomás Guardia. Oreamuno ble gitt graden generalmajor før han startet sin karriere innen politikken.