I 1997 solgte Larry Livermore sin aksjeandel i selskapet til sin trofaste medarbeider Chris Appelgren. Appelgren har i senere tid blitt beskyldt for dårlige lederegenskaper og dårlig økonomisk kontroll. Både ansatte og artister har klaget over å ikke få utbetalt penger til avtalt tid. I tillegg har plateselskapet fått rykte på seg for å prøve å opptre som et kommersielt plateselskap med tilsvarende budsjett til tross for at selskapet er et uavhengig plateselskap med tilsvarende budsjett. Det er også stilt spørsmål med hvordan alle millionene de har tjent på Green Days suksess kunne ha blitt sløst bort.