Området ble styrt av thrakere fram til det ble annektert av Kongeriket Makedonia. Det makedonske styret varte fram til revolusjonen i rundt 310 f.Kr., da det ble en del av Selevkidriket, som ble fram til om lag år 90 f.Kr. Det ble så en del av Romerriket og provinsen Thrate fram til år 395, da det ble en del av Østromerriket fram til 1400-tallet. Goterne invaderte området og kort tid etter ble det invadert av slavere. Det ble så en del av Det osmanske riket. Området klarte ikke å løsrive seg fra tyrkerne under den greske selvstendighetskrigen. Det moderne prefekturet ble invadert av Bulgaria under balkankrigene og annektert av landet. Området ble først en del av Hellas etter den første verdenskrigen, i 1920. Under den gresk-tyrkiske krigen 1919-1922 flyktet mange grekere til området fra tyrkiske område i Lilleasia. Etter den andre verdenskrigen og den greske borgerkrigen måtte store deler av prefekturet bygget opp igjen. Økonomien bedret seg, men mange innbyggere flyttet til større byer i Hellas og utenlands i årene som fulgte.