Yapen var trolig en del av Ny-Guinea i de siste istidene. Vegetasjonen på øya består blant annet av tropisk lavlandsregnskog og montane skoger. Øya er svært kupert, og øyas høyeste punkt ligger . På Yapen finnes det to endemiske fuglearter (svartknoppkeiserdue og grønnryggflueskvett) og en unik kalksteintype og en ultramafisk flora. Alt i alt lever det 147 ulike arter med fugler der. Selv om nesten en tredjedel (32 prosent) av øya er under en eller annen form for beskyttelse, er det stort press på tilflytting dit.