Først i 1960-61 ble man klar over at thalidomid var et teratogen i fosterutviklingen. Det mest vanlige var utvikling av dysmeli (manglende armer/ben) eller fokomeli (korte armer/ben), særlig dersom medikamentet ble tatt de første 25 til 50 dagene av graviditeten. Rundt 10 000–15 000 barn ble affisert av thalidomid, av disse ca. 12 000 med fødselsdefekter. Bare 8 000 ble mer enn ett år gammel, men de fleste av disse er fremdeles i live med funksjonhemming forårsaket av legemiddelet. I 2003 siterte WHO dokumententasjon på at skadene kan bli overført til neste generasjon gjennom DNA, men dette er omstridt.