Andre protokoller angår domstolens interne prosedyrer. Protokoll 11 trådte i kraft 1. november 1998 og erstattet tilleggsprotokollene 2, 3, 5, 8, 9 og 10. Den avskaffet Kommisjonen og gjorde det mulig for klageren å anlegge sin sak direkte fremfor domstolen. Videre endret den domstolens struktur, og gjorde at denne fra da av virket på heltid. Videre ble Ministerkomiteens juridiske oppgaver fjernet.