Eduard Khil var gift med Zoja, og paret har en sønn, Dmitrij (født 2. juni 1963). Eduard Khil fikk også et barnebarn som også heter Eduard. Khil møtte Zoja i juli 1958 ved Leningrad-konservatoriet, der han sang, mens hun danset. Etterpå dro de på turné sammen. De giftet seg 1. desember samme høst.