Det søndre sideskipet er forlenget med et fag mot øst, noe som har forkortet koret til to fag og rundingen. Utvidelsen ble foretatt rundt 1650 (og ikke som tidligere ment etter brannen i 1728): Det lå en gravkrypt under faget, og dens historie kan føres tilbake til 1678, hvor den lå innenfor kirkemurene. En kilde fra 1654 forteller at døpefonten ble flyttet til dette hjørnet i forbindelse med at Helligaandshuset ble omdannet til gravkapell. Den nye muren er ikke forbundet med våpenhuset.