Den 19. august 2002 ble han utpekt til starter for -sesongen over Doug Flutie. Brees startet alle 16 kampene i sesongen for Chargers, som hadde en sterk start på sesongen, 6–1, men avsluttet sesongen med 2 seiere i de 9 siste kampene og avsluttet 8–8. Han avsluttet 2002-sesongen med 3 284 pasningsyards, 17 touchdowns og 16 interceptions.