S-togene skiller seg fra lokaltogene i Norge på flere punkter: Passasjerene kan gratis ta med sykkel på toget. Togene har stillesoner. En undersøkelse viste at 84 % er tilfreds med denne ordningen (stillesoner finnes i en del norske tog, men ikke i lokaltog). S-togenes spor er mer som en tunnelbane Bare S-tog på sporene (flere strekninger i og rundt Oslo har fire spor, men lokaltogene deler fortsatt sine spor med andre tog). Ingen regionaltog eller andre tog på sporene, adskilt system. Tidligere har det vært godstog (med diesel) på enkelte strekninger, spesielt til Frederikssund, men dette skjer ikke lenger. Annet strømsystem enn normal dansk jernbane (mens alle elektriske jernbaner i Norge har ett strømsystem). Høye plattformer. Signalsystemet er typisk for tunnelbaner og ikke samme som for fjernbanen i Danmark. Men det regnes ikke som tunnelbane eller metro av historiske grunner, fordi det er samme eier som jernbanene, de fleste S-baner ble oprinnelig bygget som jernbaner, og fordi det finnes et annet system med navnet metro. I tillegg er hastigheten (opptil 120 km/t) og avstanden mellom stasjonene mer typisk for lokaltog enn for tunnelbaner. S-togene bruker dessuten kontaktledninger og pantograf, mens de fleste tunnelbaner får strøm via en 3. skinne.