I januar 1998 utnevnte Bondevik-regjeringa Rød-Larsen til ambassadør med ansvar for fredsforhandlingene i Midtøsten. Høsten 1999 ble han utnevnt til visegeneralsekretær i FN, FNs spesialkoordinator for fredsprosessen i Midtøsten og generalsekretærens representant overfor PLO og den palestinske selvstyremyndigheten.