Otto von Habsburg ble gravlagt 16. juli 2011 i Kapusinerkrypten etter rekviemmesse i Stefansdomen. Legeme og hjerte gravlegges etter gammel tradisjon separat. Hjertet ble stedt til hvile i Pannonhalma i Ungarn. Den nest siste begravelsen fant sted 12. januar 2008, da Karl Ludwig av Østerrike (1918–2007), sønn av keiser Karl I av Østerrike-Ungarn, ble bisatt.