Etter valget i 1998 utnevnte statsminister Göran Persson Lindh til å etterfølge Lena Hjelm-Wallén som utenriksminister i den nye regjeringen. Etter å ha fått innflytelsesrike venner over hele verden som president i den svenske sosialdemokratiske ungdomsforbundet, støttet Lindh ivrig internasjonalt samarbeid gjennom FN og i EU.