Som følge av statsomveltningen i 1772 forlot Oeder Finanskollegiet. De nye makthaverne ønsket å fjerne ham fra København og tilbød ham en post som stiftamtmand i Bergen. Den avslo han, hvoretter han ble utnevnt til den noe bedre stilling som stiftamtmand i Trondhjem. Han nådde imidlertid aldri å tiltre dette embede. Han ba nemlig i anledning av sin hustrus sykelighet om tillatelse til først å foreta en reise til Tyskland. Men på hjemreisen erfarte han, at general Johan Vibe von der Osten hadde fått embedet, og at han selv skulle forbli i Slesvig eller Holsten, inntil han fikk embede et andet sted. Han reiste imidlertid raskt til København og beklaget seg overfor enkedronning Juliane Marie. Han fikk den beskjed, at diplomatiske forhold hadde gjort en militærpersons ansettelse i embedet nødvendig.