CVS lagrer versjonsdataene i RCS-filer og er derfor basert på enkle filer. Dette fører til begrensninger som at filer ikke kan skifte navn uten at det gjøres manuelt i depotet, noe som forstyrrer historien. En slettet fil kan ikke gjenoppstå som en ny fil med egen historie, den vil alltid arve versjonshistorien til den tidligere filen med samme navn. CVS har ikke mulighet til atomisk innlegging (commit). Ved konflikt(er) under innlegging av mange filer samtidig kan dette føre til at kun en del av filene blir lagt inn i depotet, noe som kan føre til ustabilitet i kildekodebasen. Inneholder ikke støtte for metadata, ekstra informasjon som kan lagres sammen med revisjonen eller elementet som legges inn.