De senere årene har Barentsburg vært rammet av flere store ulykker. Den 29. august 1996 styrtet et fly under innflyging til Longyearbyen, Operafjell-ulykken. I flyet var det 141 mennesker på vei til Barentsburg, alle omkom. 18. september 1997 var det en eksplosjon i gruven med en etterfølgende gruvebrann. 23 gruvearbeidere omkom, 13 fra Russland og 10 fra Ukraina. Den 30. mars 2008 styrtet et russisk helikopter under landing på helikopterbasen til Barentsburg, Heerodden. Tre personer omkom og to personer ble alvorlig skadet. Første halvår 2013 omkom to gruvearbeidere.