I Norge drev han sagbruk og tømmerhandel, og ble derigjennom en velstående mann. Han eide også godset Huthloh i Niedersachsen. Johan Frederik von Marschalck døde på Bergenhus den 16. mars 1679. Kanslerembedet hadde etter innføringen av eneveldet mistet en del av sin betydning, og ble ikke gjenbesatt etter von Marschalcks død. Slekten utdøde i Norden med hans barn.