Han ble gift 1899 med Märta Abenius (1881–1932. Med henne hadde han tre barn: Dora (1899–1990), Tom (f. 1900) og Mikael (1903–1931). I årene 1901–07 bodde familien i Observatoriegatan 6 i Vasastan. Etter 1906 vekslet Söderberg mellom å bo i København, Stockholm og Frederiksberg. I august 1907 møtte han danske Emelie Voss i Mölle i Skåne; de fikk en datter Betty (1910–1986) i München. Etter Söderbergs skilsmisse i februar 1917 giftet han og Emelie Voss seg i rådhuset i København den 23. august. De bosatte seg i Allégade 15A i Frederiksberg, hvor de bodde til desember 1938. Deretter bodde de noen år i Nørre Farimagsgade 1. I begynnelsen av 1941 flyttet de til Øster Søgade 96; datteren Betty og hennes familie bodde i nabohuset. Söderberg er begravet på Vestre Kirkegård i København. I sine senere år beskjeftiget han seg med religionshistorie og politiske spørsmål; spesielt engasjerte han seg mot fascismen.