Kirken skal ha blitt grunnlagt av kong Øystein Magnusson som også skal ha grunnlagt Munkeliv kloster tvers over Vågen. Kirken nevnes første gang i Heimskringla (Snorres kongesagaer) omkring 1160. Det er den første Bergens-kirken som nevnes i sagaene (i forbindelse med hendelser i 1160), Olavskirken, Mariakirken, Allehelgenskirken, Korskirken og Peterskirken nevnes 20 år senere. I Håkon Herdebreis saga (del 12) omtales «Nikolaskirken» i forbindelse med stridigheter mellom Erling Skakke og Gregorius. Snorre nevner kirker i forbindelse med hendelser i 1135 uten navngi disse, det er mulig at dette var Nikolaikirken.