Flaget er om lag 3,5 kilometer langt mellom Æflatskjæran i Norskehavet og Buværflesa i Vestfjorden og ligger i sin helhet innenfor grensene til landskapsvernområdet Røstøyan. Dybden i Hærnykflaget er stort sett under 20 meter og der er en rekke holmer og skjær.