Noonan var 17 år gammel da han seilte fra Seattle som ordinær sjømann ombord på den britiske barken «Crompton». Mellom 1910 og 1915 arbeidet Noonan på minst et dusin skip, steg i gradene til intendantur og båtsmann. Han fortsatte i handelsmarinen gjennom første verdenskrig. Han var offiser på ammunisjonsbåter og hans farefulle seiling under krigen omfattet tre båter som ble senket av ubåter. Etter krigen fortsatte han i handelsflåten og ble kaptein . Noonan giftet seg i 1927 med Josephine Sullivan i Jackson, Mississippi. Etter hvetebrødsdager på Cuba bosatte de seg i New Orleans.