Ved lagtingsvalget i 1994 ble Javnaðarflokkurin halvert. Petersen måtte gå av som regjeringssjef, men ble valgt til lagtingsformann. Hun fortsatte også som partileder. I 1995 ble hun utfordret av Jóannes Eidesgaard om lederskapet i Javnaðarflokkurin, men ble sittende. Hun trådte til side under det påfølgende landsmøtet i 1996. Som partileder hadde hun arbeidet for en fornyelse av partiets program og for å aktivisere flere av de kvinnelige medlemmene.