Da Jesualdo Ferreira ble manager i Porto i 2006, signaliserte dette vendepunktet i Alves' karriere. Han fikk mange kamper og dannet et bunnsolid midtstopperpar med den brasilianske landslagsspilleren Pepe. Han spilte en imponerende sesong og var en av grunnene til at Porto vant sitt andre portugisiske mesterskap på rad.