I første serierunde, i klubbens første sesong i WSL, ledet Stoney United i lagets første Manchester Derby, foran 31 213 tilskuere. United tapte 1-0, men fikk sin revansje i ligacupen seks uker senere, da de slo City, for første gang, 2-0. 8. november 2018 signerte Stoney en kontraktforlengelse, til 2022. Stoney kritiserte regelmessig kvaliteten på dommerstanden i ligaen, hvor hun kalte den «substandard», etter et 1-0 tap mot Chelsea, 17. november 2019. 12. mai 2021 ble det annonsert at Stoney var ferdig som hovedtrener for klubben etter sesongen. Hun og United satt igjen med to fjerdeplass plasseringer på rad i ligaen, hvor de den ene sesongen havnet ett poeng bak Arsenal.