Klubben har vunnet det albanske seriemesterskapet ved tre ganger, senest i 2011/2012-sesongen. De har også endt på andreplass ved flere anledninger. Skënderbeu Korçë har også deltatt i finalen i det albanske cupmesterskapet Kupa e Shqipërisë ved fire anledninger. Klubben har også spilt finale i den albanske supercupen Superkupa Shqiptare to ganger.