Epirus ble under Mikaels styre et tilflukssted og et motstandssenter mot de latinske korsfarerne. Ifølge noen kilder skal Mikael ha ledet kamper mot korsfarerne på Peloponnes, mens andre kilder hevder at han innledet forhandlinger med pave Innocens III, og fått istand avtaler med Venezia og Det latinske riket i Konstantinopel. Under forhandlingene med pavekirken skal han ha lagt fram forslag om en gjenforening av den ortodokse og den katolske kirke. Kirkesamfunnene hadde vært splittet siden det store skisma i 1054.