Gjennom 1990-årene støttet Wilhjelm langt på vei den sosialdemokratiske miljøvernminister Svend Aukens linje. Fra 2000 til 2001 ledet Wilhjelm et regjeringsoppnevnt utvalg som utredet tilstanden for Danmarks natur og en handlingsplan for biologisk mangfold og forslag til hvordan jordbruket, skogbruket og fiskeriene kunne unngå forringelse av naturen. Wilhjelm-utvalget overleverte i 2001 sin rapport, . Primærnæringene stilte seg langt på vei bak planen, og opprettelsen av nasjonalparker ble tatt til følge av Auken, men resten av arbeidet ble i stor grad lagt til side av Anders Fogh Rasmussens regjering etter 2001.