I 2003 ble videreutviklingen av X-45A til X-45B kansellert, og arbeidet fortsatte i stedet på X-45C. 18. november 2004 mottok Boeing den første motoren til X-45C som fabrikken skulle bygge 3 eksemplarer av. Jomfruturen var planlagt til begynnelsen av 2007, men budsjettkutt førte til kanselleringen av C-versjonene i 2006. Marinen var fortsatt interessert i prosjektet, og Boeing modifiserte designen av X-45C for å tilpasse flyet til hangarskip-operasjoner. Denne versjonen fikk navnet X-45N, men tapte konkurransen om kontrakten. En fullskalamodell av X-45C ble bygd, men ingen flyvedyktige eksemplarer ble ferdigstilt.