Den regimetro protestantiske Tre-selv-kirken ble også rammet. Den ble forbudt, dens institusjoner og kirkebygninger ble stengt og mange ganger ramponert, og en god del av deres tro tjenere fikk merke utrenskningsterroren på kroppen. Kulturrevolusjonens mest uregjerlige periode var forsåvidt over tidlig på 1970-tallet, og regimet begynte å pleie sitt ansikt utad. Den protestantiske kirkeleder K. H. Ting, som hadde vært en av lederne av den nå nedlagte protestantiske bevegelsen, ble fra 1973 gitt anledning til å motta kirkelige besøk fra utlandet og fremstå som en representant for kinesisk protestantisme.