På denne tiden rådet det en større religiøs og filosofisk konflikt på universitet angående averroismen, en radikal form av Aristoteles’ ideer. En hovedtese var at det er én sannhet, men det er to måter å nå den på, gjennom filosofi og gjennom religion. At han lærte Aristoteles’ ideer i originalform uten å sette den i en åpenbar kristen sammenheng opprørte de konservative, noe som er gjenspeiles i hans avhandling (ca. 1269–1270) hvor han stort sett overser teologi. Sigerius fremmet fornuft framfor tro, og selv om han var påvirket av Thomas Aquinas ble han involvert i en rekke uforsonlige debatter med kirken som hevdet at han lærte «en dobbel sannhet». Det betydde at ved å si at én ting kunne være sant gjennom fornuft, og at det absolutt motsatte kunne være sant gjennom tro. Ettersom Sigerius var en skolastiker, en som forsøkte å systematisere troslæren ved hjelp av Aristoteles logikk, betydde det at han antagelig ikke lærte doble sannheter, men forsøkte å finne en forsoning mellom tro og fornuft.