I 1980 var han ,sammen med Xanana Gusmão, av de to siste overlevende fra den opprinnelige sentralkomiteen i FRETILIN, som førte Øst-Timor til uavhengighet fra Portugal i 1975 og deretter ledet kampen for uavhengighet fra indoneserne. I 1981 reorganiserte Gusmão og Ma'huno motstandskampen under sin ledelse. Ma'huno ble utnevnt til politisk kommissær for Haksolok -regionen (region 3) 3. mars 1981. I 1982 var han en av de ledende deltakerne i Cabalaki-opprøret.