Heydrich døde 4. juni av skadene ved et attentat i Praha 27. mai 1942. Ved massakren i Lidice ble alle menn i landsbyen Lidice henrettet og landsbyen jevnet med jorden som hevn for Heydrichs død. Heydrichs åtte måneder som leder i Praha og tiden etter attentatet minnes som en særlig mørk tid i moderne tsjekkisk historie. Himmler tok selv over ledelsen av RSHA inntil Ernst Kaltenbrunner kom inn som sjef for RSHA i januar 1943. Kurt Daluege fungerte som protektor sommeren 1942 etter Heydrichs død.