Etter sin makes død i 1548 bosatte Bona seg i Masovia, der hun levde i åtte år. Hun ble i 1551 anklaget for å ha forgiftet sin svigerdatter, dronning Barbara Radziwiłł. I 1556 vendte Bona tilbake til Italia, der hon bosatte seg i sitt eget hertugdømme Bari som regjerende hertuginne. Hun døde året derpå etter å ha blitt forgiftet av Gian Lorenzo Pappacod på ordre av Filip II av Spania, som ville slippe å betale den gjeld han hadde til henne.