Da kalif al-Mutawakkil i ca. 848 hørte at imāmen var beskjeftiget med opprørske aktiviteter, sendte han en mann av sted til Medina for å ledsage imamen til Sāmarrāʿ. I denne sammenheng vites det at ʿAlī al-Naqī vant kalifens respekt, og ble derfor skånet fra at bli forulempet. Men han blev ikke desto mindre holdt under overvåkning.