Franskmennene ble forvist allerede i 1801 ved osmanske, mamelukkenes og britiske styrker. Det førte til flere år med kaos mens ulike muslimske grupper kjempet om makten, og ut av kaoset var det kommandanten av det albanske regimentet, Muhammad Ali (Kavalali Mehmed Ali Pasha) som i 1805 ble anerkjent av sultanen i Istanbul som hans visekonge i Egypt. Tittelen var politisk fiksjon da den osmansk makt i Egypt var over og Muhammad Ali etablerte et muslimsk herskerdynasti som varte fram til 1952, de siste årene som britisk nikkedukke. Hans hovedmål var militær erobring; han annekterte nordlige Sudan i 1820–1824, Syria i 1833 og tok deler av Arabia og Anatolia, inntil han ble bremset av europeiske makter i 1841, og måtte oppgi de erobrete områdene.