Siden grunnleggelsen av Thor Steinar har firmaet brukt to logoer. Mye av kontroversen rundt klesmerket dreier seg om deres første logo som ikke er i bruk lenger. Den logo bestod av en kombinasjon av runene Tiwaz og Sowilo som tilsammen blir en bind-rune. Det vil si runetegnene for bokstavene T og S satt sammen. Denne kombinasjonen ble også benyttet av 2. SS-divisjon «Das Reich» under andre verdenskrig. Thor Steinar forkaster de kontroversielle tolkningene av denne logoen, som de siden har endret til en ukontroversiell logo. Produsenten slår tilbake og påpeker symbolbruken er en hyllest til historiske Norge. Den nye logo er et stort kryss (bokstav X) på et våpenskjold. Runeskrift i seg selv er ikke kontroversielt, men i Tyskland er runeskrift et anspent tema for noen nazistiske miljøer bruker runer i sine logoer.