Åpningen for iverksettelse av marin gruvedrift er omdiskutert og flere miljøorganisasjoner er skeptiske på grunn av de uvisse miljømessige konsekvensene. Feltet er i rask utvikling, og flere miljøorganisasjoner og fagpersoner synes det går for raskt. Med lite forskning og et sårbart økosystem er havbunnen en risiko å starte gruvedrift på. WWF er for eksempel redd for at dyre og plantelivet i havet og på havbunnen skal ødelegges av utvinning. Havforskningsinstituttet (HI) har utalt seg om stor kunnskapsmangel for økosystemene på havbunnen, spesielt når det kommer til dyphavet og havbunnen der. Spesielt sier HI at det mangler mye kunnskap og modeller for partikkelspredning, mikrobiologiske forhold, sårbare bunnhabitater, bunnfisk, fisk og sjøpattedyr. Ettersom teknologien for utvinning mest sannsynlig vil føre til partikkelutslipp både på havbunnen og i fritt i vannmassene, antar HI at havbunnen der utvinningen skjer kun vil etterlates med slam og stein. Dette vil si at eventuelle bunndyrfauna ikke vil kunne overleve.