Den franske oppdagelsesreisende René Caillié var første europeer som besøkte Timbuktu og som klarte å vende tilbake til Europa. Utkledd som muslim nådde han byen 20. april 1828. For oppdagelsen mottok han en pris fra Société de Géographie i Paris. Den tyske oppdagelsesreisende Heinrich Barth besøkte Timbuktu i 1853 og var i byen i én måned og senere sju måneder i en tuaregleir. Som en del av kolonitiden ble Timbuktu annektert av Frankrike. Den franske marine kom opp Niger i 1893. Timbuktu ble en del av Fransk Sudan, som i 1960 ble landet Mali.