Motzfeldt mottok en rekke ordener og utmerkelser for sitt virke. Han var kommandør av 1. grad av . Motzfeldt ble i 1989 hedret med , Grønlands hjemmestyres fortjenstmedalje, i gull. I 1986 ble han utnevnt til kommandør med stjerne av . Motzfeldt var også innehaver av , , og den belgiske . Han var dessuten æresdoktor ved University of Alaska fra 1985.