Fra 1525 ble rettet beskyldninger om hekseri og trolldom i en rekke daler i Pyreneene som synes å ha oppstått grunnet bakteppet av de siste krigene. Det ble fulgt opp med innblanding fra den nylig opprettete eller reformerte institusjoner, i først hånd kongelige tribunaler og den spanske inkvisisjonen, en institusjon opprettet av den katolske kirke for å bekjempe alt hva som ble oppfattet som kjetteri og avvik fra den rette tro. Det første til en kjede av prosesser for å dømme i anklager om kjetteri og hekseri. Opphisset av religionskrigene (og siden også de franske religionskrigene), foruten striden om Navarra, førte bølgen av forfølgelser til et hysterisk toppunkt i 1609–1611 med baskiske heksedomstoler på begge side av den fransk-spanske grensen. Det var den største enkelthendelsen av denne typen forfølgelser i historien og ved slutten før det ebbet ut hadde rundt tilfeller blitt undersøkt av inkvisisjonen.