I 1981 byttet Allofs lag til 1. FC Köln, der han fortsatte med sin sterke målscoringrate. i UEFA-cupen scoret han ni mål på ni kamper for Köln som for andre gang i Allofs karriere tapte finalen, denne gangen mot Real Madrid. Dette var i 1986, den nest siste sesongen for Allofs i Köln. Han og broren spilte deretter sammen for Olympique de Marseille før Klaus Allofs dro til Bordeaux i en sesong. Deretter ble det tre sesonger i Werder Bremen, der han endelig vant en finale i en europeisk cup da Werder Bremen slo AS Monaco 2-0. Allofs scoret også i kampen.