Regjeringen i Asmara, som var opprettet fra det nye partiet PFDJ, var konfrontert med meget begrensede økonomiske ressurser i et ødelagt land etter tiår med krig. I begynnelsen hadde begge land et godt forhold med økonomisk samarbeidsvilje, men dette ble forsuret over årene fordi det var et meget nært og intenst, nesten broderlig forhold mellom Afwerki og Zenaki som meget raskt var preget av konkurranse og historiske som følelsesmessige motsetninger. Bakgrunnen for disse motsetninger kom av grunnleggende ideologiske forskjeller mellom ledelsene i EPLF og TPLF fra 1980-tallet. TPLF ble betraktet som den minste parten som hadde fått militær opplæring og støtte fra den eritreiske EPLF som stadige minnet sine tigrayske kolleger om dette i ettertiden. Med et så nært forhold ble de meste alminnelige motsetninger og forviklinger mellom partene forstørret med større politisk tyngde enn vanlig, og vennskapet ble gradvis uthult i løpet av årene etter 1993.