Ved sin fars død i 629 arvet Dagobert kongerikene Neustria og Burgund. Hans halvbror Charibert II, sønn av Sikhilde, gjorde krav på Neustria, men Dagobert motsatte seg ham. Sichildes bror Brodulf klagde inn avgjørelsen på vegne av sin unge nevø, og Dagobert fikk truet halvbroren til å overta et mindre område, Aquitaine, som en form for «trøstepremie» og ledet deretter mordet på Charibert, og senere også hans sønn Chilperik myrdet i 632. Deretter ble både Burgund og Aquitaine lagt inn under hans styre igjen. Det forente Frankerriket førte til at han ble den mektigste merovingerkongen på mange år og den mest respekterte herskeren i Vest-Europa. I 631 førte Dagobert en stor hær mot Samo, slavernes hersker, men hæren ble beseiret ved Wogastisburg, i henhold til .