Klimaet i Lagos ligner det i resten av sødre Nigeria. Det er to regnperioder, kraftigst i april–juli og svakere i oktober–november. Det er også en kortere tørkeperiode i august–september og en lengre i desember–mars. Månedlig regnfall er i mai–juli over 300 mm, i august–september 75 mm og i januar 35 mm. Den längre torrperioden er åtföljd av Harmattanvinder fra Sahara som i desember-februar kan bli veldig sterke. Middeltemperaturen er i januar 27 ℃ og i juli 25 ℃. Gjennomsnittlig er mars den varmeste måneden med en middeltemperatur på 29 ℃. Juli er den kaldeste måneden.