I 1818 avslo Sailer den prøyssiske regjerings tilbud om å få ham nominert til erkebispestolen i Köln. I 1819 nominerte den bayerske regjering ham til biskop av Augsburg, men nominasjonen ble ikke godtatt i Roma. Men i 1821 ble han kannik ved domkapittelet i Regensburg, i 1822 hjelpebiskop der og koadjutor-biskop med etterfølgelsesrett, i 1825 domprost, og i 1829 biskop av Regenburg.