Waldhufen ligger i den sentrale delen av kretsen, omkring 8 km sør for Niesky og 12 km vest for Görlitz. Den befinner seg mellom Königshain-fjellene i sør og Hede- og innsjølandskapet i Oberlausitz i nord. Landskapet er for det meste preget av bølgende åser. Waldhufen grenser til Tallsperre Quitzdorf ved distriktene Jänkendorf og Diehsa.