I er Bowser sjefen over første verden, og oppfører seg helt likt som i . Men når han detter ned i lavaen denne gangen blir han brent til skjelettet, og dør tilsynelatende. Men å bli redusert til bare beinet gjør ikke mye for å stoppe ham, for han dukker opp igjen som sjef i en senere verden som "Dry Bowser". I den siste verdenen har Bowser Jr. samlet opp beinene hans og kaster dem oppi en gryte. Han blir levende igjen og dobbelt så stor, akkurat i tide for den siste sjefskampen.