Under den tyske okkupasjonen 1940–45 ble universitetet satt under styre av den NS-utnevnte rektoren, polarforsker Adolf Hoel, mens den valgte rektoren Didrik Arup Seip ble fengslet. En rekke studenter deltok i motstandsarbeid, og etter et branntilløp i universitetets aula beordret den tyske rikskommissær Terboven universitetet stengt og studentene arrestert. En rekke studenter og lærere satt i tysk fangenskap til krigens slutt. Flere årskull mistet undervisningen under krigen, og dette førte til at uvanlig store kull startet på universitetet i 1946, med dertil betydelig nyansettelse av vitenskapelig personale. En av dem som fikk sjansen som ung foreleser dette året, var filosofen Arne Næss.