Effektiviteten til fotoner med forskjellige bølgelengder avhenger av absorpsjonsspektrene til fotosyntetiske pigmenter i organismen. Klorofyll absorberer lys i de fiolettblå og røde delene av spekteret, mens tilbehørspigmenter også fanger opp andre bølgelengder. Fykobiliner av røde alger absorberer blågrønt lys som trenger dypere inn i vann enn rødt lys, slik at de kan fotosyntetisere på dypt vann. Hver absorberte foton forårsaker dannelsen av et eksiton (et elektron som er eksitert til en høyere energitilstand) i pigmentmolekylet. Eksitonets energi overføres til et klorofyllmolekyl (P680, hvor P står for pigment og 680 for dets absorpsjonsmaksimum som er ved 680 nm) i reaksjonssenteret til fotosystem II via resonansenergioverføring. P680 kan også absorbere et foton direkte med en passende bølgelengde.