Etter Wilhelm IIs død den 16. november 1797 var Wöllners politiske karriere over. Den 11. mars 1798 ble han avskjediget og bodde på sine eiendommer i Brandenburg, deriblant på landeiendommen Groß-Rietz som han hadde kjøpt i 1790. Der døde han i en alder av 68 år den 10. september 1800.