Kommisjonen opererte ved å la ofre fortelle sine historier og ved å la overgripere innrømme sin skyld, det ble tilbudt amnesti til de som tilstod. De som ikke valgte å stå frem for kommisjonen ville stå ovenfor rettslig forfølgelse dersom myndighetene kunne bevise deres skyld. Men mens noen soldater, politimenn og vanlige borgere tilstod sine forbrytelser, var det få av dem som hadde gitt ordrer eller ledet politiet som stod frem. Statspresident P.W. Botha nektet å møte for kommisjonen. Det har vist seg vanskelig å samle bevis mot disse høyerestående påståtte kriminelle.