Orgelet i Skien kirke er et av landets største, med over 5000 piper og 70 stemmer. Det opprinnelige orgelet ble bygget i 1894 av Olsen & Jørgensens orgelfabrik i Oslo, men ble skiftet ut i 1954 med et nytt fra J. H. Jørgensens orgelfabrikk, som senere har blitt utbygd og modernisert. Det nye orgelet har ingen støtter i gallerigulvet, men er hengt opp i kraftige wirer. Selve fasaden på orgelet er tegnet av arkitekt Wilhelm Swensen.