Hele Tofteholmen på 118 dekar er verna for ta vare på øyas flora, fauna og geologi. Deler av Tofteholmen består av bergarten gabbro, samt sedimentære bergarter, som ved forvitring gir et godt jordsmonn for planter. Øya har en av mest varierte forekomstene av karplanter, lavarter og insekter i Norge. Den er også et viktig hekkeområde for sjøfugl.