Det sivile styret ble likevel opprettholdt av det såkalte departementsjefsstyret helt fram til frigjøringen den 5. mai 1945. De to siste krigsårene vokste det fram en motstandsbevegelse som hindret den tyske krigføringen nok til at Danmark ved krigens avslutning ble betraktet som en alliert. Det ble også til fordel for Danmark at landet maktet å redde mesteparten av de danske jødene over til Sverige, slik at de unngikk å bli deportert og drept i konsentrasjonsleirer i Tyskland.