Selv hevdet Allen at han ikke var Zodiac-morderen. I et intervju med ham, spurte journalisten flere ganger om han var Zodiac og om han var klar til å tilstå. Allen hevdet han ikke hadde noe med dette å gjøre. Lloyd Cunningham, en pensjonert håndskriftekspert fra politiet som jobbet i flere tiår med Zodiac-saken, har uttalt at «de ga meg bananbokser som var fulle av Allens håndskrift. Ingen av dem var så mye som i nærheten av Zodiacs». Heller ikke DNA funnet på konvoluttene (fra Zodiac-brevene) stemte overens med Arthur Leigh Allens DNA-profil.