Christopher Lee var sønn av oberstløytnant Geoffrey Trollope Lee (1879–1941), fra 60th King's Royal Rifle Corps, og hans hustru, grevinne Estelle Marie (født Carandini di Sarzano) (1889–1981). Lee tilhørte på morssiden en gammel adelig italiensk slekt med navnet Carandini. Hans foreldre skilte seg da Christopher Lee var seks år gammel, og moren giftet seg senere med en onkel av Ian Fleming, forfatteren som skrev bøkene om James Bond.