Så Bourne må reise fra USA, til Frankrike og deretter til Budapest, Ungarn og videre til Island for å hindre Spalkos planer. Samtidig som CIA planlegger å drepe Bourne, ettersom Bourne antas å være ansvarlig for dødsfallene til Conklin og Panov. Spalko leier også en leiemorder, Khan, som også forsøker å spore opp Bourne. Khan blir avslørt for å egentlig være Joshua Webb, sønnen til David Webb fra hans første ekteskap.