I tillegg hadde universitetene rett til å gi og håndheve egne regelverk i indre saker. De var underlagt paven og var derfor i mindre grad styrt av verdslige ledere og makthensyn. De var organisert som laug, og de første universitetene i Bologna og Salerno tilbød rene yrkesutdannelser knyttet til legenes og juristenes laug. Dette forklarer betegnelser som «amanuensis» (= håndlanger) og «magister» (= mester) som fremdeles er i bruk. I Bologna hadde noen menn helt av seg selv, uten befaling eller tillatelse, begynt å arbeide med romerretten. Den ene var Irnerius (ca. 1055–1125), som snart ble viden kjent som foreleser. Samtidig begynte Gratian (ca. 1100–1158) å forelese om kirkens rettsregler, som han samlet i en oversiktlig fremstilling. Menn fra hele Europa, ofte med adelig bakgrunn, strømmet nå til Bologna, men måtte av hensyn til rettsvern, pris- og boligforhold organisere seg. Slike sammenslutninger av studenter ble på latin kalt for , og lederen for . Da keiser Frederik Barbarossa i 1158 ved lov tok dem under sitt rettsvern, var det tatt et viktig skritt frem mot selvstendighet for disse sammenslutningene. I Bologna gjorde de selv avtaler med bystyret og professorene, og styrte de praktiske forholdene.