I 1534 fikk Alvarado høre om rikdommene i Peru. Han la ut på en ekspedisjon sørover til Andes-regionen for å erobre provinsen Quito. Da han kom fram fant han at området allerede var under kontroll av Francisco Pizarros løytnant Sebastian de Benalcazar. De to ekspedisjonstyrkene kom nesten i kamp med hverandre. Det endte med at Alvarado overlot det meste av sine skip, hester og ammunisjon, og mesteparten av sine menn, for en relativt beskjeden sum med penger, og Alvarado dro så tilbake til Guatemala.