Av hans verker, som skal ha utgjort 400 bøker, er kun noen få titler bevart. Hans hovedmål i å skrive dem var å gjøre filosofien til sin læremester Karneades kjent, og han avvek ikke fra læremesterens oppfatninger. Kleitomakos fortsatte å bo i Athen til slutten av livet sitt, men han fortsatte å sette stor pris på sin opprinnelige hjemland, og da Kartago ble erobret i 146 f.Kr. skrev han et verk for å trøste sine ulykkelige landsmenn. Dette verket, som Cicero sier at han hadde lest, ble tatt fra en forelesning av Karneades, og hadde til hensikt å vise den trøst som filosofi kan gi selv under de største ulykker. Hans verker ble høyt verdsatt av Cicero, som baserte deler av det til sine egne , , og på et verk av Kleitomakos som han kaller for («Om å holde tilbake samtykke»).