Den 4. september 2015 ble Rune Jakobsen utnevnt til sjef for Forsvarets operative hovedkvarter og generalløytnant i Hæren. Han tiltråtde 7. oktober 2015, og fikk da ansvaret for alle norske militære operasjoner i inn- og utland; han var dessuten forsvarssjefens fremste rådgiver innenfor operative spørsmål.