Vassdraget har sine øverste kilder i grenseområdet mellom Enare og Utsjok kommune, hvor en rekke mindre bekker samles i Čárajávrrit-sjøene. Fra Čárajávrrit renner elva, som her kalles , mot sør til Skiehččarasjávri. Fra Skiehččarasjávri renner Skiehččarašjohka mot sørøst, og passerer gjennom flere mindre innsjøer. Den løper sammen med Silisjoki i innsjøen Keskimmäinen Silislompolo, rundt 12 kilometer nordvest for Silisjokis munning i innsjøen Opukasjärvi. Vassdraget har en total lengde på 21,1 kilometer, hvorav selve Skiehččarašjohka er 6,4 kilometer.