Middelalderbyen Oslo utviklet seg i første omgang på strandsletta mellom Alna og Klosterelva (Hovinbekken). Ruinene av blant annet den gamle Kongsgården ligger i nærheten av Alnas utløp, delvis under NSBs gamle lokomotivverksted. Saxegården, som fortsatt eksisterer som eiendom, var blant gårdene som ble etablert langsmed Alna, og som hadde sjøbod i elva sammen med Bispegården og andre stormannsgårder. Mot slutten av 1200-tallet begynte utvidelsen av Oslo å gjøre seg gjeldende også på sørøstsida av Alna.