Mardonios var sønn av Gobryas, en persisk adelsmann som hadde støttet Akamenide-dynastiets prins Dareios I av Persia da denne krevde tronen. Alliansen mellom den nye kongen og hans venn ble knyttet sammen med strategiske ekteskap: Dareios giftet seg med Gobryas’ datter, og Gobryas giftet seg med Dareios’ søster. Mardonios ble svigersønn av Dareios da han giftet seg med Dareios’ datter Artozostra.