I juni 1989 brakte et statskupp National Islamic Front til makten, og al-Turabi fikk mer innflytelse. På 1990-tallet ble han ansett som Sudans reelle leder. I 1994 ble en rapport fra Human Rights Watch publisert som fastslo at den sudanske regjeringen praktiserte utbredt og systematisk tortur av politiske fanger. Ikke-muslimske kvinner ble voldtatt, barna ble tatt fra dem og menns testikler ble knust og brent med sigaretter og elektrisk strøm.