Innenfor selve Nildalen var skip og prammer viktige militære elementer. Skip var vitale for forsyninger for styrkene. Nilen hadde ingen vadesteder slik at prammer måtte brukes for å krysse elven. Dominans over elven viste seg ofte nødvendig for å beleire byer, som i den egyptiske erobringen av hovedstaden til hyksosene, Avaris. Egypt hadde ingen marine til å kjempe sjøslag før i den sene perioden. Men et slag som involverte skip fant sted ved kysten i det 12. århundre f.Kr. mellom Ramses III og havfolkene.