Schmidthuber meldte seg inn i NSDAP og SA i 1933 og SS i 1935. Under andre verdenskrig ledet han SS-styrker i anti-partisankrigføring i Kosovo som kommandør av 21. Waffen-bergdivisjon av SS Skanderbeg (1. albanske). Fra januar 1945 og frem til kapitulasjonen i mai 1945 ledet han 7. SS-frivillige-bergdivisjon «Prinz Eugen» i anti-partisankrigføring i Jugoslavia.