Etter krigen fortsatte Weisteen sin militære karriere, først som skvadronsjef for 332 skvadron på Værnes flystasjon. Han utdannet seg ved Royal Air Force Staff College i 1950–51 og ved Forsvarets høgskole i 1959. Han tjenestegjorde blant annet som sjef ved 334 skvadron (1948), ved Værnes flystasjon (1953) og ved Luftforsvarets stasjon Reitan (1963). I 1956 var han ved SHAPE i Paris. I 1971 ble han sjef for operasjonsstaben ved Forsvarets overkommando Sør-Norge, der han også avsluttet sin karriere i Luftforsvaret i 1981. Han var oberst fra 1963, og i 1970–1972 var han overadjutant hos Kongen.