Han var sønn av Axel Axelsen Brahe og Anne Lavesdatter Brock, og studerte i sin ungdom i Tyskland. I 1532 ble han hoffsinde og i 1534 deltok han i Slaget ved Øksnebjerg hvor han fikk hesten skutt under seg, og ble såret på nesen av et spydhugg. I 1539 var han fodermarsk, og i 1552 ble han medlem av Rigsrådet. Under Syvårskrigen ledet han i 1563 den skånske, sjællandske og fynske adelen. I årene 1564–65 var han krigskommissær sammen med de skånske adelsmennene Peder Bille og Steen Rosensparre.