SpaceGodzilla reiser deretter mot Japan, og Godzilla følger etter. Kort tid senere blir Miki bortført av Yakuza, og ført til deres base i Fukuoka fordi de ønsker å ta kontroll over Godzilla. Miki blir reddet før SpaceGodzilla dukker opp. M.O.G.U.E.R.A. kommer for å bekjempe SpaceGodzilla, men blir raskt slått tilbake. Det blir oppdaget at SpaceGodzilla forsøker å transformere jordens kjerne til en energi som SpaceGodzilla kan absorbere. Men dette kommer til å drepe hele planeten.