Brunpelikanen jakter først og fremst på fisk i havet ved kysten. Den dykker med hodet først for å fange fisk. Vannet blir deretter tømt ut av nebbsekken, som kan romme 13 liter, før fisken svelges. Det hender at måker prøver å stjele fisken ut av nebbet til pelikanen mens den tømmer ut vannet.