Etter syv år i menighetspastoralt arbeide, tok han lisensiat i kanonisk rett fra Det pavelige universitet Urbaniana i Roma i 1997. Etter hjemkomsten ble han generalvikar for erkebispedømmet Karachi og samtidig rektor for gutteseminaret og professor ved i Karachi. Han var også bispedømmedommer og medlem av konsultorkollegiet og erkebispedømmets presteråd. I 2014 ble biskop Andrew Francis av Multan alvorlig skadet i en bilulykket, og fikk fratre sitt embete. I løpet av den ni måneder lange vakansen der, var fader Benny Mario Travas apostolisk administrator av bispedømmet Multan frem til han selv ble utnevnt til biskop der.