Etter et banebrytende skrift, (1825), og en avhandling om makedonere (1825) og det veldig forfeilede arbeidet som ble prisbelønt av prøyssiske vitenskapsakademiet (1828; nytt opplag, bearbeidet av W. Deecke, 1877). Han utgav videre det innholdsrike verket (1830; tredje opplag, med tillegg av Welcker, 1848; et fjerde, uforandret opplag i 1878), det første systematiske arbeidet i sitt slag, som ble ende mer anvendt fra 1832 i K. Oesterley illustrerte billedverk , som Müller redigerte fram til sin død.