Under president Máximo Santos' tid (1882–1886) oppstod det konflikter mellom kirke og stat, som kulminerte i 1885 med loven om obligatorisk borgerlig ekteskap, en som til og med innførte fengselsstraff for presten som ledet religiøs feiring uten forhåndsvarsel, og klosterloven, som gjorde etablering av nye klosterhus avhengig av autorisasjon fra utøvende myndigheter etablerte ulike former for intervensjon fra myndighetene innen ordenssamfunnes indre liv. Parallelt med denne konfrontasjonen med regjeringen fant det sted en annen ideologisk konfrontasjon smellom katolikker og rasjonalister, som allerede hadde begynt på Jacinto Veras tid.