Den franske overhøyheten møtte sterk motstand fra forskjellige nivåer i samfunnet, også fra Nguyễn-dynastiets herskere. Flere var aktive i anti-fransk motstandsarbeid. Keiser Hàm Nghi var bare i tenårene da han forlot det keiserlige palass i Huế i 1885 og startet motstandsbevegelsen Cần Vương («Redd kongen»). Han ble tatt i 1888 og sendt i eksil i Fransk Algerie. Senere ble også keiserne Thành Thái (1907) og sønnen Duy Tân (1916) sendt i eksil til den franske øya Réunion i Indiahavet 800 km øst for Madagaskar på grunn av anti-fransk motstandsarbeid.