Fjorden har innløp mellom Eldhusodden i nord og Kobbneset i sør. Midt i munningen ligger Vatterøya. Herfra går den 1 kilometer vestover til en utfylling som E10 går over. En ca. 20 meter bred åpning lar vannet passere inn og ut av den indre delen, Vatterfjordpollen, som fortsetter 1,7 kilometer videre vestover.