Som et resultat av problemer, svakheter og et generelt dårlig rykte innad i NSB med El 17, ble det allerede på begynnelsen av 1990-tallet vurdert utrangering av lokomotivtypen. Likevel ble ikke typen erstattet før i 1996 da nyanskaffelsen av El 18 gjorde det mulig å fase ut blant annet 17 2226 samt flytte de øvrige lokomotivene fra hovedlinjene og over til togene på Vestfoldbanen og Gjøvikbanen. I 1998 ble for øvrig to lokomotiver fra den siste serien levert i 1987 satt i drift på Flåmsbana, som erstatning for El 11, med ett lokomotiv i hver ende av en vognstamme bestående av seks B3–personvogner. I 2000 ble et nytt togsett av den andre serien bygget om og overført til Flåmsbana og samme år ble også 17 2221 hensatt. Etter denne perioden ble bruken av El 17 begrenset til Gjøvikbanen, hvor også lokomotivene fra Flåmsbana ble observert enkelte ganger. Kjøringen på Flåmsbana pågikk helt fram til 2016.