Under andre verdenskrig ble en stor del av byen, inkludert den historiske (steinbro) (bygd av Katarina II av Russland i 1776-1778) over Emajõgi, ødelagt av sovjetiske styrker, delvis i 1941 og nesten fullstendig i 1944. Tartu var en lukket by – som hovedkvarteret til den russiske vestlige luftflåten – under det meste av den sovjetiske okkupasjonen.