Senere ble det avholdt årlige konferanser og dette var Rotblats hovedbeskjeftigelse resten av livet. Konferansen hadde deltakelse fra 60 land (inkludert land på begge sider av jernteppet) og alle var der som individer (etter særskilt invitasjon) og ikke representanter for regjeringer eller institusjoner. Pugwash var et dristig tiltak under den kalde krigen. Andrej Sakharov (Sovjetunionen) og tidligere forsvarsminister i USA Robert McNamara var blant deltakerne. Pugwash gjorde viktig forarbeid blant annet til den første prøvestansavtalen (1963) og konvensjonen om biologiske våpen (1972). Pugwash-konferansen fungerte som uoffisiell kanal mellom partene i væpnede konflikter blant annet mellom Henry Kissinger og Nord-Vietnam..