Alberto Fujimori ble født i Lima av japanske foreldre som var fra Kumamoto, men hadde flyttet til Peru i 1934. Hans foreldre søkte det japanske konsulatet om å få beholde barnets japanske statsborgerskap. Alberto Fujimori fikk sin grunnutdannelse ved , , og tok videre utdannelse ved i Lima. Han fortsatte å studere ved Universidad Nacional Agraria La Molina i 1957 og tok eksamen i 1961, som nummer én i sin klasse. Han underviste så ett år i matematikk. I 1964 fortsatte han å studere fysikk ved universitetet i Strasbourg i Frankrike. Med et stipend studerte han så ved University of Wisconsin i USA hvor han fikk en mastergrad i matematikk i 1969. Som en anerkjennelse av hans akademiske meritter ble han tilbudt en stilling ved Universidad Nacional Agraria, i 1984 ble han så rektor der, en stilling han holdt til 1989. I 1987 ble Fujimori også leder for kommisjonen av universitetsrektorer. Fra 1987 til 1989 ledet han også et TV-show kalt som ble sendt på Perus statseide kanal 7.