I sitt naturlige utbredelsesområde graver østmarkmusa store gangsystemer i bakken (på samme måte som markmus og fjellmarkmus). På Svalbard er dette normalt ikke mulig på grunn av tele store deler av året, og fordi opptint jord om sommeren ofte er vasstrukken. I området ved Fuglefjella lever den derfor særlig inne i steinurer. Her er den beskyttet mot sin eneste naturlige fiende på Svalbard, polarreven, og til en viss grad mot det barske klimaet.