Den 28. mars 1995 ble Fürer valgt til biskop av St. Gallen, og den 29. mars 1995 ble valget bekreftet av pave Johannes Paul II. Han ble bispeviet av sin forgjenger, biskop Otmar Mäder i juni 1995. Medkonsekrator var biskopene Henri Salina, abbed av Saint-Maurice, og Karl Lehmann, biskop av Mainz.