Flere sikkerhetsanstaltninger ble tatt i bruk da Tsjikatilo ble fengslet. Voldelige og spesielt seksuelle og voldelige handlinger overfor barn er svært tabu i de fleste fengsler. Innsatte som er beskyldt for å voldta eller drepe barn er i de fleste fengsler sett på som kasteløse, og får status som «fritt vilt» og blir som regel utsatt for fysisk og seksuell mishandling eller drap av medfanger. At slektninger av enkelte av Tsjikatilos ofre jobbet i det russiske fengselssystemet kompliserte situasjonen betraktelig.