En tredje og nyere type CID-fragmentering er høyenergi kollisjonell dissosiasjon (HCD). HCD er en CID-teknikk som er spesifikk for orbitrap massespektrometre der fragmentering foregår utenfor ionefellen, det skjer i HCD-cellen (i noen instrumenter kalt "ion routing multipole"). HCD er en fragmentering av felle-typen som har vist seg å ha egenskaper av bjelketypen. Fritt tilgjengelige storskala høyoppløselige tandem massespektrometri databaser eksisterer (f.eks. METLIN med 850 000 molekylære standarder hver med eksperimentelle CID MS/MS data), og brukes vanligvis for å lette identifikasjon av små molekyler.