Han var sønn av kjøpmann Bernhard Aagaard og Marie Malene Noodt, som hadde tolv barn. Nicolai Aagaard giftet seg i 1876 med Emma Ulrike Christine Robertson, datter av Charles Robertson d.e. og søster av Nicolai George Robertson, kjøpmenn i handelshuset G. Robertson i Hammerfest. Ekteparet fikk fire barn sammen. Nicolai Aagaard ble også onkel og gudfar til kjøpmann og statsråd Charles Robertson.