Kirken ble reelt selvstendig fra det økumeniske patriarkatet i 1448. Den ble anerkjent som et eget patriarkat i 1589 gjennom et dekret av den økumeniske patriark Jeremias II. Den fikk da tildelt den femte høyeste æresrang (bak Jerusalem, men foran de eldre patriarkatene i Georgia, Bulgaria og Serbia). Etter Konstaninopels erobring gjennom muslimene (1453) så den russiske kirke seg selv som den egentlige bevareren av den ortodokse tro. Moskva ble i denne perioden omtalt som «Det tredje Roma» (etter Roma og Konstantinopel).