Hun var motstander av det Russlandsvennlige Kutsjma-regimet, og bekjentgjorde at hun ville rettsforfølge medlemmer av det gamle regimet for korrupsjon. Den 8. september 2005, ble hun og hennes regjering avsatt av president Jusjtsjenko etter en rekke fratredener sentralt i styringsverket og beskyldninger om korrupsjon. Den 18. desember 2007 ble hun igjen valgt til statsminister i Ukraina. Valget viste et knappest mulig flertall for henne, hun fikk 226 av de 450 stemmene i nasjonalforsamlingen. Mens forholdet mellom president Jusjtsjenko og Tymosjenko har forverret seg, har Tymosjenko forbedret sitt forhold til Russland og statsminister Vladimir Putin.