José de Anchietas far var opprinnelig baskisk, og fetter av Ignatius Loyola, grunnleggeren av Jesuittordenen. Som fjortenåring ble José de Anchieta sendt fra hjemmet på Kanariøyene til Coimbra i Portugal for å studere. Han var dypt religiøs, og allerede som syttenåring søkte han opptak ved Universitetet i Coimbra. I 1552 ble han tatt opp i jesuittordenen. Han lærte seg flytende portugisisk og latin mens han var novise i Coimbra, og påla for øvrig seg selv en så rigid askese at ryggraden hans ble skadet for livet.