Etter hvert som det ble farligere å oppholde seg der flyttet konen Esther og barna til bydelen Talbiyeh, mens Agnon ble værende. Selv om Israel erklærte seg selvstendig i den 14. mai 1948 fortsatte kampene en stund til, og Agnon så seg til slutt nødt til å flytte til en leilighet i bydelen Rehavia. Han fortsatte å skrive gjennom hele krigen. Familiens hus i Talpiot ble truffet av artilleri og måtte gjennomgå omfattende reparasjoner i etterkant. I februar 1949 reiste Gershom Sholem til USA på sabbatsår, og Agnon og familien flyttet midlertidig inn i huset hans. I oktober 1949 kunne de flytte tilbake til sitt eget hus.