Meri ble våren 1990 valgt inn i ledelsen for Den estiske kongressen, som utfordret legitimiteten til de sovjetiske statsorganene. Kongressen mente at Estland hadde blitt annektert av Sovjetunionen i strid med folkeretten i 1940 og at førkrigsrepublikken skulle gjenopprettes, etter et prinsipp om rettslig kontinuitet. Lennart Meri kunne derfor også fremholde overfor sine internasjonale kontakter at Estland ikke behøvde noen ny anerkjennelse som uavhengig stat.