Et enkelt vurderingsskjema er for eksempel: +1 for en «match», -1 for en «mismatch», og -2 for et gap [av lengde 1] (straff for innsetting eller delesjon). Scoringfunksjoner kan være mye mer kompliserte og detaljerte, siden to elementer som ikke er identiske kan være mer eller mindre liknende. betyr i denne sammenhengen at man prøver å finne en verdi for sannsynligheten for at et bestemt par av elementer opprinnelig var identiske, men at de har endret seg gjennom evolusjonen. Derfor bruker man en såkalt scoring eller likhetsmatrise. Der finnes en score for hvert par av aminosyrer eller nukleotider som kan være både positiv eller negativ. For identiske elementer er scoren høy, for liknende elementer mindre, og svært forskjellige elementer har en negativ score. Vanlige scoringsmatriser er PAM 250 (for nukleotider) eller BLOSUM. Den siste er brukt i BLAST algoritmen.