Fujairahs klima er fuktigere og mindre varmt enn de fleste andre emiratenes. Hajarfjellene skiller emiratet fra ørkenområdene i vest. Fjellene strekker seg helt ned til kysten, bortsett fra helt i sør. På østkysten vokser mangroveskog, og det er opprettet en del naturreservater på fugleøyer langs den.