Lombardi ble uteksaminert fra åttende klasse da han var 15 år gammel i 1928. Han begynte deretter på Cathedral Preparatory Seminary, en del av Cathedral College of the Immaculate Conception, i Brooklyn, et 6-årig sekundærprogram for å bli katolsk prest. Ved Cathedral spilte han på skolens baseball- og basketballag, men prestasjonsnivået hans ble hindret av dårlig syn og svake atletiske evner. Til tross for at det brøt skolens regler fortsatte han å spille amerikansk fotball utenfor campus gjennom sin studietid på Cathedral. Etter å ha fullført fire år bestemte han seg for at han ikke ville bli prest. Han begynte på St. Francis Preparatory high school høsten 1932. Her ble han et av oppstartsmedlemmene av fraternitiet Omega Gamma Delta. Han tid som fullback på Terriers' amerikansk fotballag vant ham en plass på All-City-laget.