Byen ble grunnlagt i det 7. århundret. Siden 818 var den sete for et rikskloster, som senere fikk status som fyrsteabbedi. Abbeden av St. Gallen var altså samtidig riksfyrste av Det tysk-romerske rike. Abbediet var den største grunneieren i området. I anerkjennelse av abbediets historiske betydning ble St. Gallen i 1847 gjort til bispesete. St. Gallen har tradisjonelt vært ansett som en skredderby, med spesielt tiltrekning på overklassene rundt om i Europa.