Frem til 1989 spilte han 35 kamper, og kronet sin siste sesong i klubben med sitt andre seriemesterskap og cupmesterskap. Ved årsskiftet til 1989 skrev Thern en profesjonell kontrakt med Malmö under forutsetning av at klubben lot ham gå når et tilbud kom fra utlandet som han kunne akseptere. , og meldte sin interesse før Thern ble klar for fra 15. august 1989 for en overgangssum på syv millioner kroner. I den portugisiske storklubben ble han en av mange suksessfulle skandinaviske spillere på denne tiden, sammen med Michael Manniche (1983–1987), Mats Magnusson (1987–1992), Glenn Strömberg (1982–1984) og Stefan Schwarz (1990–1994). Også Sven-Göran Eriksson var trener for Benfica i perioden 1982 til 1984. I 1989 ble Thern også stemt frem som årets svenske fotballspiller og tildelt Guldbollen.