I august 2009 beklaget Sheehan de angrep som noen av hans bispekolleger rettet mot University of Notre Dame for å invitere president Barack Obama til å gi tale ved åpningen av studieåret og for å tildele ham en honorær akademisk grad. Sheehan sa også at katolikkene risikerte å isolere seg selv fra resten av landet, og at det å nekte å samtale med en politiker eller nekte å gi vedkommende den helliuge kommunion på grunn av meningsfortorskjell om en enkelsak, var kontraproduktivt.