Under senmiddelalderen var det en rekke religiøse kriger i Europa som hadde som mål om ikke bare å beseire, men også å eliminere fienden. Myndighetene i det kristne Europa anså ofte utryddelsen av kjettere og hedninger som ønskelig. Eksempler på slike kriger er blant annet albigenserkorstoget fra 1200-tallet i Languedoc i sørlige Frankrike og de nordlige korstogene i regionen øst for Østersjøen. På spørsmål fra en korsfarer om hvordan man kan skille mellom katolikkene og katarene etter den planlagte erobringen (1209) av byen Béziers, svarte den pavelige legaten Arnaud Amalric angivelig: «Drep dem alle, Gud vil kjenne sine egne».