Cranmers foreldre Thomas og Agnes Cranmer tilhørte lavadelen og etterlot seg bare tilstrekkelig mye jord til at deres eldste sønn kunne leve av den. Dermed var Cranmer og hans yngre bror henvist til en karriere i kirken. Etter å ha blitt utsatt for en «en helt overordentlig streng og grusom skolelærer», som Cranmer siden fastholdt hadde gjort ham usikker og selvutslettende for resten av livet, kom han til Cambridge i 1503.