Bocos Merino var deretter claretianernes provinsial i Castilla til 1985, før han ble medlem av claretianernes generalråd. Fra 1991 til 2003 var Bocos Merino generalsuperior for claretianerne. Han deltok også på den niende ordinære generalforsamling av biskopssynoden om konsekrert liv (1994) og den andre spesialforsamling for Europa (1999).