Han ble med i det nystiftede Parti nigérien pour la démocratie et le socialisme-Tarayya (PNDS-Tarayya). Da offiseren Ibrahim Baré Maïnassara kom til makten i 1996 ved et militærkupp, var Ben Omar blant en av hans kritikere, men sluttet seg så likevel til hans parti Rassemblement pour la Démocratie et le Progrès-Jama’a (RDP-Jama’a). Baré Maïnassara døde i 1999 under et militærkupp, hvorpå demokratiet ble gjenopprettet.