Den siste klubben Pearce spilte for var Manchester City, der han var spillende trener en sesong. Han tok over som trener i klubben etter at Kevin Keegan forlot City of Manchester Stadium. Hans første sesong som trener startet lovende, men på slutten av sesongen tapte laget ni av ti kamper og plasseringen ble deretter. Pearce fikk sparken i City 14. mai 2007, dagen etter at ligaen var over.