Senere ble det avholdt årlige konferanser og andre møter. Konferansen hadde deltakelse fra 60 land (inkludert land på begge sider av jernteppet) og alle var der som individer og ikke representanter for regjeringer eller institusjoner. Deltakelse var bare etter spesiell invitasjon og Pugwash var et dristig tiltak under den kalde krigen. Andrej Sakharov (Sovjetunionen) og Frank von Hippel (fysiker fra USA) var blant deltakerne. Pugwash gjorde viktig forarbeid blant annet til den første prøvestansavtalen (1963) og konvensjonen om biologiske våpen (1972). Pugwash-konferansen fungerte som uoffisiell kanal mellom partene i væpnede konflikter blant annet mellom Henry Kissinger og Nord-Vietnam. Rotblat var siste gjenlevende av de medvirkende til manifestet. Rotblat deltok på alle Pugwash-konferanser til og med 2004 (han var da godt over 90 år gammel). I 1997 ledet Rotblat den 40. Pugwash-konferansen på Lillehammer, til da hadde det bli avholdt 229 møter og seminarer i 40 land.