Han satt i styret for Polyteknisk Forening 1908–13 og i byens formannskap 1911–13. Bjerknes var ivrig friluftsmann, blant de første som tok i bruk Nordmarka for rekreasjon og skigåing. Ernst ble nummer fire i den første 5-mila i Kollen (Husebyrennet, 1888). Han utga også et par bøker om sin oppvekst og unge år i Oslo.