Fra 1999 til 2005 spilte Rodgers for Shrewsbury Town. Her fikk han hele 176 kamper for klubben, og scoret 64 mål. Han ble raskt en publikumsfavoritt, mye pga. sin spillestil og at han var målfarlig. Mens han spilte for Shrewsbury kom det rykter om at klubben hadde fått et tilbud på 6 millioner kroner (600 000£) fra Southampton.