Etter en podiumsdiskusjon om fremtiden til Gedenkstätte Berlin-Hohenschönhausen den 14. mars 2006, som ble massivt dominert av 200 tidligere Stasimedarbeidere, har Flierl kommet under sterk kritikk og blitt kraftig fordømt av alle andre politiske partier. Blant Stasimedarbeiderne var den site HVA-sjefen Werner Großmann og den siste Stasisjefen Wolfgang Schwanitz. De tidligere Stasimedarbeiderne kalte ifølge vitner Stasis varetektsfangene for «kriminelle» og «subversive elementer». Kultursenator Flierl skal ikke å tatt til motmæle mot disse utsagnene, og skal sogar ha oppfordret Stasiofrene «til å bevise SED-terroren». Flier fikk motgang fra alle fraksjoner i Berlins palament. Flierl som selv var utsatt for overvåkning gjennom Stasi, innrømmet i kulturutvalget senere at han burde tatt stilling mot Stasimedarbeidernes opptreden.