I Boones ungdom sto familien hans i sentrum av en kontrovers i kvekermiljøet. Hans foreldre ble i 1742 tvunget til å unnskylde seg offentlig etter at deres eldste barn, Sarah, giftet seg med en såkalt «worldling», eller ikke-kveker, mens hun var synlig gravid. Da Boones eldste bror, Israel, også giftet seg med en ikke-kveker i 1747, støttet Squire Boone sin sønn og ble derfor utstøtt av kvekerne. Hans kone fortsatte derimot å treffe sine barn jevnlig på månedlige møter. Som en mulig konsekvens av denne kontroversen, solgte Squire eiendommen sin i 1750 og tok med seg familien til Nord-Carolina. Daniel Boone gikk aldri i kirken igjen, selv om han anså seg for å være kristen og passet på å få døpt alle barna sine. Familien Boone slo seg omsider ned ved elven Yadkin, i det som er dagens Davie County, omtrent 3 km vest for Mocksville.