Tilbake i sitt hjemland Kappadokia gjenopptok Gregor sitt embede som biskop av Nazianzos. Han tilbragte de neste år med å imøtegå lokale apollinaristiske kjetterne og kjempet tidvis med sin dårlige helse. Han begynte å skrive , sitt selvbiografiske dikt. Sent i 383 var hans helse et for stort hinder for ham til å kunne gjennomføre sine biskoppelige sysler. Etter å ha innsatt Eulalios på bispestolen i Nazianzos trakk han seg tilbake til ensomheten i Arianzum. Etter fem fredfulle år der med familien på hans slektseiendom søde han den 25. januar 389.