Bastidas var alvorlig såret, men overlevde angrepet. Men skadene tvang ham til å forsøke å komme seg til Santo Domingo for å få behandling, ettersom det ikke var tatt med noen lege til kolonien. Dårlig vær førte skipet hans ut av kurs, og han havnet på Cuba, der han døde av sine skader. Hans sønn, erkebiskop Rodrigo de Bastidas, bragte senere hans levninger fra Cuba til Santo Domingo, der han ble gravlagt ved La Catedral Primada.