Zwilgmeyer ble under landssvikoppgjøret dømt til 3,5 års tvangsarbeid, fradømt retten til å arbeide som prest og inndragelse av 1.500 kr. Retten til å praktisere som prest fikk han etter hvert tilbake, men gjorde ikke bruk av den. Han arbeidet lenge som lektor i Arendal, Trondheim og Sarpsborg.