Unguja og de omkringliggende øyene er delt i tre regioner: Unguja Kusini (Sør-Zanzibar) med regionhovedstaden Koani, Unguja Kaskazini (Nord-Zanzibar) med regionhovedstaden Mkokotoni), og Unguja Mjini Magharibi (Vest-Zanzibar) med regionhovedstaden Zanzibar by).