Til tross for de etnisk norske bodøværingenes forbedrede leveforhold, gikk det heller dårligere for de samiske bodøværingene. Det ble dårlig med plass til reindrift, og flere samer måtte starte med jordbruk langs kysten og dalsidene, der det var ledig jord. Dette skyldes en diskriminerende og rasistisk holding til samene fra de etnisk norskes hold, og samene fikk kun de dårligste jordbruksområdene. Samene i Bodøs jordbruksrevolusjon førte til en sterk fornorsking, og samene ble mer og mer etnisk norske. De få som fortsatt drev med reindrift møtte en ny utfordring ved krigens slutt, nemlig at den eldgamle syklusen deres der de krysset svenskegrensen ble forbudt ved lov. Men samene fikk rettighetene tilbake, etter den såkalte Lappekodisillen den .