Sesong 3, lagt til tre år senere, begynner klokken 13:00. Jack må infiltrere et meksikansk narkotika-kartell som ønsker å få tak i et dødelig virus som de ønsker å spre videre. Samtidig forsøker USAs president David Palmer å håndtere en potensiell personlig skandale, som kan koste ham hele presidentskapet. Sesong 4, lagt til 18 måneder senere, begynner klokken 07.00. Jack Bauer må redde livet til hans nye sjef, USAs nye forsvarsminister James Heller, og Hellers datter Audrey Raines (som Jack er romantisk involvert med) når de blir kidnappet av en gruppe terrorister. Habib Marwan bruker imidlertid dette som for å sette i gang ytterligere angrep mot Amerika. Jack blir derfor tvunget til å bruke uortodokse metoder for å forhindre dette, noe som resulterer i en rekke langsiktige konsekvenser for både Jack og for USA.