Klagebehandlingen i KOFA starter med at en klager bringer en sak inn for KOFA. KOFA sender så denne klagen over til den offentlige enhet som er innklaget. Denne har etter mottak av klagen plikt til å gi en tilbakemelding på hvorvidt kontraktsinngåelse vil avventes til KOFA har ferdigbehandlet saken ev. til en bestemt fremtidig dato og inngi tilsvar. Når tilsvaret er mottatt av klager, har denne vanligvis en rett til å inngi sine kommentarer til dette. Når disse er mottatt av innklagede, har denne så vanligvis en rett til å komme med sine ev. sluttkommentarer. Etter dette anses saken som regel klar til behandling, men sekretariatet vil ta kontakt med partene dersom det er behov for ytterligere opplysninger eller dokumentasjon. Når saken tas til realitetsbehandling vil den saksbehandleren som har saken gjennomgå klagen sammen med gruppeleder og ev. sekretariatsleder og utarbeide utkast til avgjørelse. Dersom saken skal avvises gjør sekretariatet som regel dette selv. Hvis ikke fremmes saken til nemndsbehandling, dvs. til endelig avgjørelse av 3 eller 5 nemndsmedlemmer. 5 nemndsmedlemmer (stornemnd) benyttes i de mest prinsipielle sakene. Når avgjørelsen er endelig sendes den til partene og publiseres på KOFAs hjemmeside.