Tross sin suksess oppnådde hans arbeide lenge liten anerkjennelse blant andre leger. Hans studenter holdt rensligheten for unødvendig, og leger ville ikke gå med på at de selv forårsaket sykdom. Etter en intrige iscenesatt av hans sjef, som følte seg forbigått, måtte Semmelweis i 1849 forlate klinikken.