Ved begynnelsen av fortsettelseskrigen var Heinrichs øverstkommanderende for Karelska armén. I januar 1942 utnevnte Mannerheim han igjen som sjef for generalstaben, en post han holdt til slutten av fortsettelseskrigen. I oktober 1944 ble han utnevnt til øverstkommanderende for generalstaben. Foruten marskalk Mannerheim er Heinrichs den eneste som mottok Mannerheimkorset av 1. klasse, som ble tildelt ham den 31. desember 1944.