Jesuittene i Chiquitanía hadde et sekundært mål, da de i tillegg til sin misjonsgjerning også skulle sikre en mer direkte transportrute til Asunción enn veien via Tucuman og Tarija som dengang ble brukt for å komme i forbindelse med sine misjonærbrødre i Paraguay. Konsekvent ble misjonsstasjonene grunnlagt lenger og lenger øst mot elven Paraguay, og stasjonene sør for Asunción flyttet nærmere elven ved å etablere nye stasjoner lenger nord for derved å unngå de ufremkommelige områdene i Chacoregionen. Selv om Ñuflo de Chaves fulgte en rute gjennom Chaco på en ekspedisjon allerede i 1564, var jesuittenes forsøk på å utforske områdene i 1702, 1703 og 1705 alle mislykkede. De ble stoppet av fiendtlige stammene payaguá og guaycuru, og de ufarbare sumpene i Jarayes.