Etter krigen etterfulgte han avdøde Martin Honecker i hans akademiske stillinger ved universitetet i Freiburg. I tillegg til sin virksomhet på universitetet tok Müller for seg sosiale problemer i Freiburg. I 1960 skiftet han over til universitetet i München. Som pensjonist derfra flyttet han tilbake til Freiburg og forsket innen filosofi og teologi.