Den har utspring på nordsida av Midthaugen på Jakobselvvidda på Varangerhalvøya. Den renner først mot nordøst og øst ned til Jakobselvkroken, hvor elva meanderer i stille loner gjennom store myr- og vierskogområder. Etter Jakobselvkroken snur elva mot sør og renner sørover mot Varangerfjorden gjennom et vidt dalføre, med store hei- og myrstrekninger.