Khristophor Araratov ble født inn i en adelig familie i 1876 i Tbilisi. Hans far, Karapet Avetikovitsj Araratov, var oberstløytnant i den russiske hæren. Araratov begynte sin militære utdannelse som kadett i Tblisi før han begynte ved en artilleri-skole i St. Petersburg. i St. Petersburg ble Araratov anerkjent som en av tre beste studentene, og dette ga ham den militære graden fenrik og han fikk lov til velge plassering av hans videre militære tjeneste.