Nystedt mottok St. Olavs Orden av 1. klasse i 1966, og ble forfremmet til kommandør i 2005. Han mottok også en rekke andre priser og utmerkelser, blant annet var han æresmedlem av Foreningen norske kordirigenter (Fonoko). I 2005 ble han hedret med en rekke jubileumskonserter i anledning sin 90-årsdag. Han ga samme år ut boken på Norsk Musikkforlag. De fleste av hans verk er utgitt på Norsk Musikkforlag, og en rekke er spilt inn og gitt ut i inn- og utland. Plassen foran Torshov kirke fikk i 2016 navnet Knut Nystedts plass.