Ubåten er mest kjent for bragden i innledningen til andre verdenskrig, da hun 14. oktober 1939 snek seg inn i Storbritannias viktigste flåtebase Scapa Flow og senket slagskipet HMS «Royal Oak» som lå fortøyd der. I den vågale operasjonen avfyrte «U 47» tre torpedoer. HMS Royal Oak kantret og sank i løpet av 15 minutter. 833 britiske sjømenn ble drept i angrepet. Britene trodde først at eksplosjonene var forårsaket av sabotasje. Da man senere innså at det var et ubåtangrep og sperret havnen var det for sent. «U 47» var allerede på vei hjem mot Tyskland.