Under de muslimske osmanerne (tyrkerne) ble beboerne overgitt til seg selv og kunne fortsatte som kristne, men ble underlagt tung beskatning. Øya ble langsomt avfolket, angrepet av pirater og plaget av pest og sykdom. En stor andel døde av pesten i 1823, men uansett var øya en av de første greske øyene som gjorde opprør mot den osmanske undertrykkelsen og deltok i den greske uavhengighetskrigen i 1824.