Elva har utspring i Mendebofjellene i Etiopia, øst for Awassa og Yirga Alem, hvor elvas kilde blir holdt hellig av både Sidamo og Arsi Oromo-folkene. Derfra renner den først mot øst, deretter sørøst gjennom det sørøstlige Etiopia, og passerer etter 920 km over grensa til Somalia. Den snur nå gradvis i en mere sørlig retning mot hovedstaden Mogadishu. Rundt 20 km nord for byen snur elva mot sørvest, og renner parallelt med Benadirkysten ved Indiahavet, hvor elva til slutt forsvinner i et sumpområde. Ved sterke regnfall rekker den, etter rundt 900 km innenfor Somalia, fram til munningen i elva Juba, som kort tid etter munner ut i Indiahavet.