Delstatsmyndighetene i Sør-Dakota følger den samme maktfordelingen som på føderalt nivå med en utøvende, lovgivende og dømmende makt. Oppbygningen og maktfordelingen er bestemt av Sør-Dakotas grunnlov. Grunnloven kan endres av et flertall i begge kamrene i delstatsforsamlingen, eller ved borgerinitiativ.