Det har flere ganger vært diskutert å legge ned flyplassen, siden Vadsø lufthavn ligger kun 67 km unna og det er betydelig trafikklekkasje dit. I 2002 var det politisk støtte i Stortinget for å stenge den hvis Europavei 75 mellom Vardø og Vadsø ble oppgradert, men dette ble ikke gjennomført. I 2015 leverte Møreforskning en rapport som viste at en eventuell stenging av Vardø lufthavn ville gi få ulemper for passasjerer til og fra Vardø i forhold til den økonomiske støtten som flyplassen mottar. Avinor uttalte at en beslutning om en nedleggelse ikke ville bli tatt før i 2019. På grunn av utfasingen Dash 8, regner Avinor med at det vil bli mangel på tilgjengelige fly for å kunne drive ruter til mindre flyplasser på en økonomisk forsvarlig måte. De mener derfor at alle kortebane-flyplasser må forlenges, stenges eller flys med mindre fly fra 2030. Det er ikke mulig å forlenge dagens rullebane i Vardø.