Med de østlige grenser sikret planla Stefan en kristen allianse med Moskva mot osmanerne. Men med de urolige tider i Russland kom han til å stå uten russisk partner, og et forslag om en personalunion med moskovittene falt til jorden ved av hans plutselige død den 12. desember 1586 i Hrodna slott. (Obduksjonen av Stefan Báthory var den første som ble gjennomført i Øst-Europa. Báthory ble først begravd i Hrodna / Grodno).