Zumárraga kom i konflikt med den verdslige makt fordi han protesterte mot det han mente var maktmisbruk, og måtte derfor vende tilbake til Spania i 1532. Skjønt han ble utnevnt til biskop i 1530, ble han ikke bispeviet før 27. april 1533, under dette oppholldet i Spania. Han ble da ordinert i Valladolid av Diego Ribera de Toledo, biskop av Segovia, med titularbiskop Francisco Zamora de Orello av , og Francisco Solís, biskop av Drivasto, som medkonsekrerende.