I juli 1942 ble leirens status endret til transittleir. Westerbork var en gigantisk leir med titusenvis av jødiske internerte. Berlin ga kommandanten ordre om å sende et vogntog derfra en gang i uken med rundt tusen passasjerer. I alt gikk 93 transporter østover. Omkring 500 personer overlevde krigen, ingen av dem fra de første transportene, slik at man ikke vet hvordan disse artet seg. Men en observant ansatt ved sykestuen i Westerbork la merke til at det alltid var de samme togvognene som ble brukt; disse gikk i skytteltrafikk mellom Westerbork og et ukjent ankomststed østpå. Dermed kunne de deporterte sende hemmelige beskjeder med vognene som kjørte tomme tilbake til Nederland, og fra da av ble det sørget for forsyninger av mat og drikkevann med transportene, og baljer til bruk som toaletter.