I 1042 var det åpenbart at keiser Mikael IV var døende. Hans bror, Johannes evnukken, som var ivrig etter å beholde makten, tvang Zoë til å adoptere Mikael Kalafates som var sønn av Mikael IV’s (og Johannes’) søster. Den 10. desember 1041 døde Mikael IV. Hans nevø ble straks kronet som keiser Mikael V. Den unge Mikael kom raskt på kant med Johannes evnukken og forviste ham til klosteret i Monobatae. Han ble senere blindet og deportert til øya Lesbos hvor han døde i mai 1043. Zoë ble sendt til klosteret i Büyükada, den største av Prinseøyene i Marmarahavet etter å ha blitt beskyld for å ha planlagt drap på keiseren. Forvisningen av den legitime arvingen til det makedonske dynastiet førte imidlertid til et folkelig opprør i Konstantinopel. Mikael prøvde å beholde makten ved å hente Zoë tilbake til Konstantinopel, men den 19. april 1042 ble han avsatt og Zoë ble gjeninnsatt som keiserinne. Opprørerne krevde også at hennes søster Theodora ble innsatt som medkeiserinne, og hun ble hentet tilbake fra klosteret Petrion og kronet. Etter kroningen stormet opprørerne keiserpalasset og tvang Mikael V til å flykte til et kloster.