I tiden mellom rundt 2001–2003 ble vannkvaliteten rapportert å være utmerket med en oligotrofisk vurdering. Gjeddebestanden er den innfødte irske stammen (irsk: som betyr «irsk gjedde»), ikke den andre europeiske gjeddestammen (irsk: som betyr «rar eller fremmed fisk»). Økologien til Lough Allen, og andre irske vannveier, er fortsatt truet av en form for krøllete vanngress (), sebramusling og angripende arter av ferskvannsmusling eller elvemusling.