Makaronesia har bemerkelsesverdig høyt biologisk mangfold, spesielt innenfor grupper som karplanter, leddyr og snegler. Antall endemismer per areal kan sammenlignes med øyer som Hawaii, Galápagos, New Zealand, Ny-Caledonia og Madagaskar. Det finnes mer enn 6200 endemiske arter på et areal på omtrent . De fem øygruppene omfatter 31 større øyer og mange mindre. De fleste endemiske artene forekommer i ei øygruppe, eller bare på ei øy, men noen er delt mellom flere øygrupper. Dette gjelder spesielt Kanariøyene og Madeira som har mange felles arter i laurbærskogene.