Mayotte ble i 1841 solgt til Frankrike av sultan Andriantsoly. I 1886 kom de andre øyene på Komorene under Frankrike som protektorat. Da det i 1974 ble holdt folkeavstemning om uavhengighet for Komorene, ble det flertall for dette på alle øyene, med unntak av Mayotte. I en ny folkeavstemning, i april 1976, stemte 99,4 % av velgerne for fortsatt tilknytning til Frankrike. I en folkeavstemning holdt i 2009 gikk 95,2% av velgerne inn for at Mayotte skulle bli et fransk oversjøisk departement. Dette skjedde 31. mars 2011, men med en overgangsperiode på 20–25 år for å innføre alle rettslige og sosiale systemer som gjelder i Frankrike. Komorene hevder fremdeles suverenitet over øya. Verken FN eller Den afrikanske union har anerkjent splittelsen av Komorene.