Han satt som visepresident under forgjengeren Arnoldo Alemán. 6. november 2001 slo han sandinisten Daniel Ortega i presidentvalget. Han ble innsatt 10. januar 2002. Da han ble valgt var han medlem av partiet Partido Liberal Constitucionalista (Det liberale konstitusjonspartiet), men etter at han satte i gang en anti-korrupsjonskampanje mot sin forgjenger, som ble dømt til 20 år i fengsel, ble han støtt ut, og startet sitt eget parti, Allianse for republikken.