Da han kom tilbake fra Egypt, bosatte han seg i Paris og ble den 16. januar 1802 utnevnt av Napoleon til , som var knyttet til den militære rang tilkommende en . Fra 10. mars 1803 var Jacotin dosent vedr i Fontainebleau. Der samarbeidet han blant annet også med general Nicolas Antoine Sanson (1756–1824), og på hans forslag ble Jacotin den 23. november 1808 gjort til .