Jaguaren jakter på alt som finnes innenfor dens territorium, men kanskje helst på mellomstore og store byttedyr. Hva som er hovedføden kan variere fra område til område. Yndlingsbyttet er imidlertid navlesvin (pekari) og flodsvin (verdens største gnager) der disse finnes. Andre steder kan det være beltedyr, men det er også vanlig at jaguaren tar lokale hjorteslag, tapirer, aguti, paka og apekatter. Amazonasjaguaren fanger også fisk, frosk, skilpadder og små kaimaner. Faktisk er mer enn 85 arter kjent for å stå på jaguarens diett.