I er Ganondorf igjen hovedskurken. År etter Ocarina of Time greide Ganondorf å komme seg løs fra fangenskapet i Sacred Realm, og begynte nok en gang å ta over Hyrule, men denne gangen kom det ingen helt for å stoppe ham. For å redde riket fra Ganon tok tilslutt de tre gudinnene og oversvømte Hyrule. Dette dannet det store havet som dekker verden i Wind Waker. Mye av kraften hans var dessuten forseglet i Mestersverdet, som nå var i Hyrule Castle på bunnen av havet.