Lothar Popp var sønn av en underordnet bayersk jernbaneformann. Han var katolikk og trådte senere ut av kirken. Han gikk på folkeskole og var senere kjøpmannshjelper i Augsburg. 16 år gammel forlot han hjemmet, og fra 1904 til 1914 var han arbeider og dagligvarehandler i Hamburg. Han brødfødte moren, ettersom faren døde tidlig.