Nestorović startet sin fotballkarriere hos Čelik Zenica i 1985, hvor han spilte 79 seriekamper og scoret 21 mål frem til 1989. Han meldte deretter overgang til FK Rad, hvor han spilte 15 seriekamper på én sesong. Hos FK Rad spilte han også to kamper under UEFA-cupen 1989/90, hvor han scoret et av klubbens to mål mot Olympiakos i første runde (2–3 sammenlagt). Han dro deretter til Kroatia, hvor han skrev under for NK Rijeka i 1990. Her spilte han over 20 seriekamper i 1990/1991-sesongen, før han dro videre til den greske klubben Panserraikos for 1991/1992-sesongen og fikk med seg 19 seriekamper.