Apollo Quiboloy ble født i 1950 i hellingene nedenfor Filippinenes og Mindanaos høyeste fjell, Mount Apo, i den delen som vender mot Davao City. Han er den yngste av ni barn av kapampangaene Jose Qui-boloy og María Carreon. Begge foreldrene kom fra Lubao i Pampanga og hadde migrert til Davao etter annen verdenskrig i søken etter bedre arbeid.