Neidhardts musikkhistoriske betydning hviler på hans skrifter om stemming av musikkinstrumenter. Han var talsmann for likesvevende temperatur, fordi han så det som nødvendig å ha uinnskrenkede transponeringsmuligheter til alle tonearter. Synet fikk støtte av blant andre Johann Kuhnau og Johann Mattheson, og ganske spesielt av Andreas Werckmeister, som i det posthumt utgitte skriftet (1707) gjorde krav på å ha vært den første til å fremme dette forslaget, og som takket være «rettskafne personer» som Neidhardt nå følte seg oppmuntret til også å arbeide for en likesvevende temperatur.