Hartnett ble født den 21. juli 1978 i Saint Paul i Minnesota, og ble for det meste oppdratt av sin far Daniel Hartnett, og sin stemor Molly. Han har tre yngre søsken, Jessica, Jake og Joe. Hartnett vokste opp i Saint Paul i Minnesota, og gikk på Nativity of Our Lord Catholic Grade School, der han spilte Huckleberry Finn i et skoleteaterstykke i åttende klasse. Han ble uteksaminert fra high school i 1996. Hans første jobb var på en Mr. Movies (en videokiosk) i Saint Paul. Senere gikk han på college i New York.