Samebefolkningen kritiserte prosjektet for å vanskeliggjøre reindrift av rein på våren. De krevde i utgangspunktet kompensasjon i form av områder, ikke penger. I en rapport fra 2008 vurderte eksperter at noen områder påvirker reindrift betydelig (Storheia), mens andre gjør det mindre (Harbaksfjellet). Sentralområdene og lavland betyr mest for reindriften, mens kystområdene brukes som reserveområder i år med mye nedising av de sentrale beiteområdene.