I likhet med mange andre amerikanske byer hadde San Francisco en stor produksjonsindustri som ga arbeid til nærmere arbeidstakere i 1969, men nesten alle produksjonsfirmaene hadde forlatt byen til fordel for billigere steder innen 1980-tallet. Per 2014 har San Francisco opplevd noe vekst i denne industrien, med mer enn jobber fordelt på 500 firmaer, en fordobling siden 2011. Byens største arbeidsgiver innen produksjon er Anchor Brewing Company, mens den største etter omsetning er Timbuk2.