Kostnader for et gap i sekvenssammenstilling deles ofte opp i GOP (gap opening penalty) og GEP (gap extension penalty). Den første står for kostnader for å åpne et gap, den siste står for å forlenge et gap. Det er ofte å forlenge et gap enn å åpne et gap. Dette er fordi mekanismene som forårsaker mutasjoner i evolusjonen kan slette eller sette inn flere sammenhengende basepar på en gang. Det er altså mer sannsynlig at det har skjedd en mutasjon der flere baser har blitt satt inn eller fjernet på en gang enn at det har skjedd mange mutasjoner der en og en har blitt fjernet/lagt til. Verdiene for GOP og GEP settes slik at de best reflekterer dette.