Den 15. september 1956,0 begynte Tu-104 passasjerflyvninger på Aeroflots ruter Moskva-Omsk-Irkutsk etter stempel-motor Ilyushin Il-14. Flytiden ble redusert fra 13 timer og 50 minutt til 7 timer og 40 minutter, og det nye jetflyet økte dramatisk passasjerkomfort. I 1957 hadde Aeroflot plassert Tu-104 i ruter fra Vnukovo internasjonale lufthavn i Moskva til London, Budapest, København, Beijing, Brussel, Ottawa, Delhi, og Praha. I 1957 ble ČSA Tsjekkoslovakiske Airlines den første og eneste eksportkunden for Tu-104 som satte det inn på ruter til Moskva, Paris og Brussel. ČSA kjøpte seks Tu-104A (fire fabrikknye og to brukte) som ble konfigurert for 81 passasjerer. Tre av disse flyene ble senere avskrevet (ett av disse på grunn av pilotfeil uten omkomne).