Murphy Pendleton har sittet fengslet i flere år før spillet begynner. Når han skal fraktes til et annet fengsel krasjer kjøretøyet han sitter i, og Murphy bestemmer seg for å flykte. Han kommer seg til byen Silent Hill, men det han ikke vet er at byen trekker til seg psyken til alle som besøker området, og danner alternative versjoner fra deres ubevisste sinn, mentale tilstand og tanker.