Frem til andre verdenskrig var Zamboanga City øya Mindanaos handels- og regjeringssentrum. Dens beliggenhet gjorde at den særlig viktig militært. Amerikanerne hadde sitt 43. infanteritegiment stasjonert der, og etter det japanske angrep på Filippinene i desember 1941 ankom de første japanske styrker Zamboanga den 2. mars 1942 og gjorde byen og festningen til et hovedkvarter for forsvaret av området. Guvernør Felipe B. Azcuna flyttet provinsadministrasjonen til Dipolog City, men etter at amerikanerne gjeninntok Zamboanga i 1945 ble byen igjen provinssete.