Fra 1939 av kom andre ønsker enn raskere tog i forgrunnen. Troppetransporter og frakt av militærmateriell ble jernbanens hovedoppgaver under andre verdenskrig. Etter krigen lå Japan og mye av Europa i ruiner. Ikke minst gjaldt dette jernbanenettet – dels fordi jernbaner, knutepunkter og broer var viktige mål for fiendtlige bombefly, sabotører og partisaner – på østfronten også fordi både sovjeterne og tyskerne ødela jernbanene etter seg under tilbaketrekningen. Og i løpet av krigen omfattet østfronten de veldige områdene mellom Moskva, Volgograd (Stalingrad) og Kaukasus i øst – og Berlin og Wien i vest.