Etter Napoleons seier i slaget ved Jena-Auerstedt i 1806, flyktet Kotzebue til Russland, og bosatte seg på godset sitt i Estland. Fra 1813 virket han som russisk generalkonsul og kulturattaché i Königsberg (dagens Kaliningrad). I 1817 ble han sendt til Weimar for å fungere som politisk observatør for tsaren, og sendte månedlige rapporter om politiske og offentlige hendelser. Denne virksomheten gjorde at han ble mistenkt for å være russisk spion.