Jos Tharakan ble født i Kerala i India og vokste opp som katolikk av østlig ritus. Etter å ha fullført videregående skole i en alder av 15 år sluttet han seg til kapusinernes orden. I 1989 ble han uteksaminert fra Delhi University med en i økonomi, politikk, engelsk og malayalam. Deretter gikk han på hvor han studerte filosofi og psykologi, ble uteksaminert i 1991 og deretter i teologi fra Capuchin Vidyabhavan i Kerala.