Benedikt IX var hverken tilstede ved kirkemøtet eller aksepterte at han var blitt avsatt. Da Clement II døde i oktober 1047 besatte Benedikt Lateranpalasset måneden etter det samme året, men ble drevet ut av tyske soldater i juli 1048. For å fylle maktvakuumet ble biskop Poppo av Brixen valgt som pave under navnet pave Damasus II, og ble anerkjent som det over alt. Benedikt IX nektet å møte i retten anklaget for simoni (kjøp og salg av kirkelige embete) i 1049 og ble deretter bannlyst.