Stewarts stemme har også vært med i flere animerte filmer, inklusive , , , , og på de engelske dubbede versjonene av de japanske anime-filmene av Hayao Miyazaki og . Han hadde også stemmen som grisen Napoleon i en tv-filmatisering av George Orwells , samt en gjesterolle i -episoden «Homer the Great» som karakteren Number One. Han har fortsatt å spille rollen som CIA Deputy Director Avery Bullock (både stemme og likhet brukes på denne rollefiguren) i den animerte tv-serien , samt flere opptredener på (både som Capt. Picard og som erstatning for Peter Griffins stemme). I 2006, hadde Stewart stemmen til Bambis far, The Great Prince of the Forest i Disneyfilmen . Stewart mente det var en ære å gjøre det.