I den sørligste del av Minneapolis ligger Minneapolis-Saint Paul International Airport, som danner et triangel mot Minneapolis i nordvest og St. Paul i nordøst. Flyplassen har to terminaler som ligger i forstaden Bloomington og har direkteforbindelser til blant annet Amsterdam, London, Paris og Reykjavík i Europa, i tillegg til byer i USA og Canada. Flyselskapene Northwest Airlines og Sun Country Airlines har sine hovedkvarter ved flyplassen. Icelandair flyr Keflavik internasjonale lufthavn-Minneapolis-St.Paul International Airport i sommerhalvåret.