Maldini debuterte for AC Milan som 16-åring, 20. januar 1985, og var fast på laget sesongen etter. Milan er den eneste klubben Maldini noen gang har spilt for, og i løpet av sin over 20 år lange karriere på San Siro har han vært med på å vinne sju italienske ligamesterskap, og har vunnet den gjeveste Europacupen fem ganger.