Notes : Kvalifiseringsrunde : Første runde : Andre runde Note 1:Partizani Tirana ble overført til Mesterligaen 2016/2017, 2. kvalifiseringsrunde som følge av at KF Skënderbeu Korçë ble ekskludert UEFA for kampfiksing. Partizani Tiranas mostander, Slovan Bratislava, gikk direkte til andre kvalifiseringsrunde. Note 2:Skënderbeu Korçë var kvalifisert for Mesterligaens andre kvalifiseringsrunde som følge av at de vant Kategoria Superiore 2015-16, men ble ekskludert av UEFA for kampfiksing. De anket avgjørelsen til Den internasjonale voldgiftsretten for sport, og UEFA gikk da med på å suspendere ekskluderingen og Skënderbeu Korçë var med på trekningen av andre runde. Den endelige beslutningen om utestengelse av Skënderbeu Korçë ble fattet av Den internasjonale voldgiftsretten for sport 6. juli 2016, før andre runde skulle spilles. PLassen ble da overført til aget som ble nummer 2, Partizani Tirana.