Det permanente magnetiske momentet skjærer en del av rommet rundt Ganymedes og lager en tynn magnetosfære innebygd i Jupiters – den er eneste kjente måne i solsystemet med magnetosfære. Diameteren til magnetosfæren er 4–5  ( =  km). Magnetosfæren har en region av lukkede feltlinjer under 30° bredde hvor ladete partikler (elektroner og ioner) fanges og lager et strålingsbelte. Den viktigste ionearten er enkeltionisert oksygen – – som passer godt med den tynne atmosfæren av oksygen. I polkappeområdene, ved breddegrader høyere enn 30°, er feltlinjene åpne og forbinder Ganymedes med Jupiters ionosfære. I disse områdene har energetiske elektroner blitt oppdaget (titalls og hundretalls av kiloelektronvolt) som kan forårsake auroraene rundt polene. I tillegg faller tunge ioner kontinuerlig ned på poloverflaten og formørker isen.