Ved peroral administrasjon av legemidler er det flere forhold i fordøyelseskanalen som kan redusere biotilgjengeligheten. Degradering eller metabolisme av bakterier i tarmkanalen vil kunne redusere mengden tilgjengelig for absorpsjon. Dersom det ikke finnes gode absorpsjonsmekanismer for medikamentet, vil legemiddelet i mindre grad bli tatt opp. Videre kan mat, pH eller andre legemidler bidra til at legemiddelet ikke er så tilgjengelig for absorpsjon. Flere legemidler metaboliseres i tarmveggen og leveren (førstepassasjemetabolisme) før de når systemisk sirkulasjon.