Senteret ble først etablert som et prosjekt under Rikstrygdeverket. Fra 2001 var senteret organisert som et statlig kompetansesenter under Sosial- og helsedepartementet, og i 2002 kom Deltasenteret inn i det nyetablerte Sosial- og helsedirektoratet. Fra 2010 ble senteret flyttet til Barne-, ungdoms- og familiedirektoratet (Bufdir), som en egen seksjon. Ved en omorganisering av Bufdir i 2018 ble Deltasenteret helt integrert i direktoratet som , og med det avviklet som et eget senter.