Kirk, Spock og Dr. McCoy er på ferie på jorden, nærmere bestemt i villmarka og dermed langt unna alt som har med stjerneskip og romferd å gjøre. Men idyllen blir brutt da de blir informert om at en vulcanier ved navn Sybok har tatt kontroll over planeten Nimbus III. Dette i håp om at de respektive rasene skal komme sine artsfeller til unnsetning. Blant gislene er en klingoner, en romulaner og en terransk konsul fra Føderasjonen. I denne forbindelse blir kaptein Kirk og resten av hans følge hentet opp til Enterprise, for å få nærmere innsikt i hva som er det egentlig målet til den desperate vulcanieren – og redde ut gislene. Sybok klarer å utnytte situasjonen til å kapre Enterprise for deretter å sette kursen mot sitt lenge etterlengtede mål. Det viser seg at Sybok i et helt liv har vært besatt av tanken på å finne en myteomspunnet planet kalt Shaka-Ri which, en planet som skal være opphav til alt liv og som befinner seg utenfor «The Great Barrier».