Den 5. august 2002 ble han valgt til statsminister på nytt. I 2007 vant han gjenvalg. Han trakk seg i 2011 på grunn av sviktende helse, men forsøkte senere samme år å få tilbake statsministerposten fra Peter O'Neill, noe som ledet til en politisk og konstitusjonell krise, mytteri blant landets militære, og en tilstand med to statsministre før Somare til slutt vek for O'Neill.