Museveni har maktet å stabilisere store deler av Uganda, men LRA (Herrens motstandsarme) og regjeringsstyrkene kriger i nord. Denne krigen har pågått siden Museveni overtok, og brer seg nå (2006) også over i nabolandene Sudan og Kongo. Norske Redd Barna har karakterisert situasjonen i Nord-Uganda som «verdens verste systematiserte overgrep mot barn», og FN karakteriserer Nord-Uganda som en av verdens oversette humanitære katastrofer. 1,6 millioner mennesker er drevet på flukt men LRA og regjeringsstyrkene fortsetter kampene. Halvparten av Uganda sitt statsbudsjett kommer fra utenlandsk bistand. Direkte budsjettstøtte over flere år har ikke maktet å forhindre at over 10 millioner ugandere lever i absolutt fattigdom. Direkte statsstøtte benyttes i Uganda, et land som herjes av borgerkrig, og som i tillegg er gjennomsyret av korrupsjon.