Korea var nå delt og forholdet mellom de to koreanske statene ble stadig mer konfliktfylt. De sovjetiske styrkene ble trukket tilbake i 1948, og i Nord-Korea presset en på for at de amerikanske styrkene skulle trekkes ut av Sør-Korea. Rhee på sin side ønsket å knytte tettere bånd til USA mot fiendestatene Japan og Nord-Korea. Samtaler om normalisering av forholdet til Japan ble gjennomført, men uten særlig resultat. I mellomtiden mottok den sørkoreanske regjeringen enorme pengesummer i amerikansk støtte, i enkelte tilfeller like mye som nasjonalbudsjettet alene. Nasjonalistregjeringen i Seoul fortsatte i mange tilfeller med det amerikanske militærstyrets politikk. Antikommunisten Rhee arbeidet blant annet med å «fjerne kommunisme» fra Sør-Korea, som i praksis betydde at man fjernet all politisk opposisjon. For eksempel ble Koreas kommunistparti og en provisorisk regjering kjent som Folkerepublikken Korea forbudt. Han lot landets sikkerhetspoliti, ledet av den fanatiske antikommunisten Kim Chang-ryong, oppspore og torturere personer som var mistenkt for å være kommunister eller nordkoreanske spioner. Den brutale utgangen av Jeju-massakren i 1948, hvor mellom 14 000 og 60 000 personer ble drept under en oppstand blant venstreorienterte, ble oversett. Det ble også opprøret i Suncheon og Yeosu.