Under den eritreiske selvstendighetskrigen var Nakfa hovedbasen for opprørsgruppen, Det eritreiske folks frigjøringsfront. Under krigen ble Nakfa bombet til hele byen lå i ruiner, og bare moskeen sto igjen. Andre ting som sykehus, fabrikker, radiostasjoner og college ble bygd under bakken av opprørerne i Eritrea. Byen er fortsatt omringet av kratere.