Giovanni Florio vokste opp talende italiensk med sin far og muligens flytende engelsk med sin mor. Hans far kan ha lært ham fransk og tysk i tillegg. Senere i sine skrifter indikerte Florio at han kjente til andre språk som spansk, latin, gresk og hebraisk, foruten dialektspråkene i Toscana og Napoli. Da han var syv år gammel ble han sendt til Tübingen i Tyskland for å leve og bli utdannet av den protestantiske teologen Pier Paolo Vergerio, opprinnelig fra venetianske Capodistria og som hadde også levd i sveitsiske Bregaglia. Senere begynte Giovanni som ung mann på et universitet i Tyskland før han reiste tilbake til England, muligens sammen med sin mor, da Elisabeth I var blitt engelsk (protestantisk) dronning, tidlig på 1570-tallet. Han da fått en omfattende protestantisk og humanistisk utdannelse.