William Allen studerte først i Oxford og sluttet seg etter adskillig vakling til katolisismen, hvoretter han gjorde dens gjeninnføring i England til sin livsoppgave. I 1561 avsluttet han sine teologiske studier ved universitetet i Louvain og returnerte i 1562 til England, der han holdt seg i skjul på det ene gjemmested etter det andre og over alt egget sine meningsfrender til urokkelig å holde fast på den gamle tro.