Stridigheter i Bysants gav Vigilius en del problemer i embedet. Blant annet utstedte Justinian et dekret som fordømte forskjellige Origenes-retninger som kjetteri, og et edikt som fordømte De tre kapitler. Disse handlinger ble generelt bifalt i den østlige kirke, men i den vestlige del ble de betraktet som urettmessige og farlige, fordi de trakk oppmerksomheten fra beslutningene på konsilet i Chalkedon. Vigilius nektet å anerkjenne ediktet og ble av Justinian kalt til Konstantinopel for å få løst problemene.