Ved det tyske angrepet på Norge i april 1940 var Bekeng vernepliktig offiser og tjenestegjorde som nøytralitetsvakt, men skal ha blitt internert fra 12. eller 13. april til 7. juni 1940 for «sin tyskvennlige innstilling». Han ble konstituert som fylkeskontorsjef i Troms an NS-myndighetene i januar 1941. I april samme år ble han tilsatt som fylkeskontorsjef i Finnmark. Han ble innsatt som fylkesmann i Finnmark den 14. juni 1941, etter at hans forgjenger Hans Julius Gabrielsen var blitt arrestert av okkupasjonsmyndighetene. Han var fylkesmann til 1944 da Johan Andreas Lippestad overtok.