Rothesay var fortsatt betydningsfull på 1600-tallet da det ble holdt for kong Karl I av England og deretter av Oliver Cromwell. Da ‘rundhodene’, tilhengerne av parlamentarismen under den engelske borgerkrigen, forlot festningen i 1659 ødela de delvis festningen. Noen få år etter under opprøret i 1685 ble festningen satt i brann av høylendere fra Argyll. Bygningen ble etterlatt forlatt inntil 1816 da marki av Bute begynte å restaurere den. Under den tredje marki av Bute ble murverket bygget opp og inn i 1900 ble den store hallen ved porten rekonstruert. Festningen ble overført til staten i 1961 og er nå administrert av foreningen Historic Scotland.