Mote gikk i 1943 (under annen verdenskrig) inn i U.S. Army Air Force men kunne ikke bli pilotutdannet av medisinske grunner. Ettersom han året før hadde tatt et kurs i kinesisk på college, sendte militæret ham til Harvard University der han studerte kinesisk under John K. Fairbank et års tid. I 1944 sluttet han seg til Office of Strategic Services (forløperen til CIA), og tjenestegjorde i Kina-Burma-India-sektoren til 1946.