Fra 2000 til 2006 var Fernández Artime provinsial i ordensprovinsen León. Fra 2009 til 2013 ledet han salesianernes sørlige argentinske ordensprovins med base i Buenos Aires; der samarbeidet han erkebiskopen av Buenos Aires, Jorge Mario Bergoglio. Den 23. desember 2013 ble Fernández Artime utnevnt til provinsial i den sørspanske ordensprovinsen , med base i Sevilla.