Begge regjeringer innførte begrensninger på diverse varer som ble underlagt ekstratoll ved flere anledninger. Tross flere avtaler i 1994 som hadde forsøkt å omgå disse problemene, vedvarte dette. Det hadde vist seg at Eritrea og Etiopia hadde fulgt så forskjellige økonomiske strategier at det var oppstått tilpasningsproblemer. Eritrea gikk inn for en utadrettet markedsorientert økonomimodell med transitthandel og eksport. Etiopia på den andre siden ønsket å utbygge en vesentlig landbruksbasert nasjonaløkonomi basert på lokale produkter, som ble beskyttet med en avgiftspolitikk mot importvarer. Den eritreiske økonomien som i begynnelsen gikk godt, led under den etiopiske avgiftspolitikken som rammet konkurranseevnen for varer fra Eritrea.