Europeiske sykdommer og slavearbeidet under det spanske kolonistyret utryddet de cubanske indianerne (tainoer) som egen etnisk folkegruppe. Siden noen spanske soldater fikk barn med indianerkvinner – blant annet som følge av voldtekter – finnes likevel i dag en mindre folkegruppe som kan betegnes som mestiser. Denne gruppen stammer imidlertid i hovedsak fra indianere som cubanske landeiere importerte fra Mexico etter at slaveriet i 1865 ble forbudt i USA. Dermed opphørte også den cubanske importen av afrikanske slaver fra sørstatene i USA.