High school-eleven Cody Banks (Frankie Muniz) er på utsiden en helt vanlig tenåringsgutt med helt vanlige problemer – ikke gode nok karakterer, ikke populær nok, strenge foreldre og irriterende lillebror. Men han har en ganske så uvanlig hemmelighet: han er en trent junior-CIA-agent, og nå er han klar for å ta oppdrag. Men oppdraget blir ikke helt som han håpet på: han skal komme tett på den vakre, jevnaldrende Natalie (Hilary Duff), for å komme nærmere å avsløre en konspirasjon som faren hennes muligens er en del av.