Spartanerne tenkte senere at et fritt, demokratisk Athen ville bli farlig for spartansk makt og forsøkte å gjeninnsette tyrannen. Hippias hadde flyktet til Persia, og perserne truet med å angripe Athen dersom de ikke aksepterte Hippias. Men athenerne foretrakk å forbli demokratisk til tross for trusselen fra Persia. Kort tid etter dette, begynte det joniske opprøret. Det ble slått ned i 494 f.Kr., men Dareios I av Persia var bestemt på å straffe Athen for deres rolle i opprøret. I 490 f.Kr. ledet Hippias som fremdeles var i persernes tjeneste, Dareios til Marathon. Ifølge Herodot, hadde Hippias en drøm om at perserne ville bli beseiret, og de ble beseiret i slaget ved Maraton selv om mange historiske tekster hevder at Hippias så jærtegn for seier for begge sider.