Saussures botaniske studier førte ham til å foreta en rekke lange reiser i de sveitsiske Alpene og fra 1773 og fremover rettet han mye av sin oppmerksomhet til geologi og fysikk i denne regionen. Dette arbeidet sørget for en større kartlegging av topografien i de snøhvite delene av de sveitsiske Alpene, og den har tiltrukket seg turistenes oppmerksomhet til steder som Chamonix og Zermatt. I 1760 besøkte Saussure området rundt Chamonix i Frankrike og han tilbød en større pengebelønning til det første mennesket som klarte å komme seg til toppen av fjellet Mont Blanc.