I 1802 ble hun endelig akseptert av det augustinske Agnetenberg-klosteret i Dülmen, og året etter avla hun sine klosterløfter. Hun deltok ivrig i klosterlivet og tok gjerne tungt arbeid og kjedelige oppgaver. Noen av nonnene var skeptiske til henne, og likte ikke at hun var så streng når det gjaldt reglene. De anså henne som en hykler. Hun var ofte syk i den tiden hun var i klosteret. I 1811 ble klosteret nedlagt etter ordre fra Napoleon, som ville sekularisere Europa. Emmerick begynte å arbeide som husholderske for en prest i Dülmen. Hun ble snart syk og sengeliggende igjen, så hennes yngre søster måtte overta som husholderske. I denne perioden begynte Emmerick å få synlige stigmata og hadde store smerter. Sårene lot seg ikke skjule, og en ung lege, Franz Wesener, som hadde hørt om stigmataene, besøkte henne for å avsløre det han mente var svindel. Han ble så opptatt av henne at han ble hennes trofaste, uselviske og hjelpsomme venn de neste elleve årene. Han skrev detaljerte dagboknotater om møtene deres og det hun fortalte om åpenbaringer, sår og smerter. Etter Emmericks død publiserte han dagboken.