Den 28. april 1789, under hjemreisen, ledet Christian et mytteri. Han hadde med seg omkring en tredjedel av mannskapet, som hadde sikret seg skytevåpen under Christians nattevakt. De overrasket Bligh, som ble bundet i sin lugar. Til tross for at mytteristene var i mindretall ser det ikke ut til at de som var lojale mot kapteinen gjorde noen nevneverdig motstand så snart de så at Bligh var bundet, og skipet ble tatt uten blodsutgydelse. Mytteristene satte Bligh og atten mannskapsmedlemmer som var lojale mot ham i en 23 fot (7 m) stor lettbåt, som var så tungt lastet at ripen lå bare noen tommer over vannflaten. De fikk med seg fire sverd, mat og vann for noen dager slik at de kunne nå nærmeste øy, samt en sekstant og et lommeur for navigasjon. De hadde ikke noe kart eller kompass. Fire lojale mannskapsmedlemmer måtte bli igjen på skipet, både fordi de ikke fikk plass i lettbåten og fordi de hadde kunnskaper som var viktige for å kunne føre skipet. Disse fire ble senere sluppet fri på Tahiti.