Heraklitos, sønn av Blyson, var fra den joniske byen Efesos, en havn ved elven Küçük Menderes («Vesle Meander»), på den vestlige kysten av Anatolia (dagens Tyrkia). På 600-tallet f.Kr. led Efesos, som andre byer i Jonia, under virkningene av både Lydias framvekst under Kroisos (bedre kjent som Krøsus) og hans persiske styrte av Kyros den store ca. 547 f.Kr. Efesos ser ut til å ha dyrket et nært forhold til det persiske riket i ettertid; under undertrykkelsen etter det joniske opprøret av Dareios den store i 494 f.Kr., ble Efesos spart og ble deretter den dominerende greske byen i Jonia. Miletos, hjemmet til de tidligere filosofene, ble tatt erobret og ødelagt.