I oktober 2004 forhandlet al-Bashir og hans regjering frem til en slutt på den andre sudanesiske borgerkrig, en av de eldste og mest dødelige kriger i det 20. århundre, ved å gi begrenset selvstendighet til Sør-Sudan som da var dominert av Sudan People's Liberation Army (SPLA). Siden den gang har det imidlertid vært en voldelig konflikt i Darfur som har resultert i døden til mellom 200 000 og 400 000 sivile mennesker. I løpet av hans presidentperiode var det flere voldelige kamper mellom Janjaweed-militsen og forskjellige opprørsgrupper i form av en geriljakrig i Darfur-regionen. Borgerkrigen har resultert i at over 2,5 millioner mennesker har blitt fordrevet fra sine egne hjem, og de diplomatiske forbindelsene mellom Sudan og Tsjad har havnet på et krise-nivå.