Johnson-Thompson fikk bronse i høydehopp ved det engelske skolemesterskapet (English Schools Championships) i 2006, og gull i U15-klassen ved AAA-mesterskapet. Hun vant høydehopp ved det engelske skolemesterskapet i 2007 og ved det åpne engelske mesterskapet (U15). Hun vant femkamp ved det engelske skolemesterskapet i mangekamp og ved det åpne engelske mesterskapet i mangekamp (CE - ), i U15-klassen. Hun vant også femkamp i U15-klassen ved det åpne engelske mesterskapet i mangekamp innendørs.