Som 18-åring begynte han å studere på Trinity College ved Universitetet i Cambridge. På den tiden var Trinity preget av teoriene til Aristoteles, men Newton foretrakk mer moderne filosofer som Descartes. Han leste også arbeidene til astronomene Galilei, Kopernikus og Kepler. Newton blandet seg fort med de mer etablerte studentene, og han leste det han selv ville når han hadde mulighet for det. Matematikken tok over for de mer «matnyttige» jusstudiene, og en av professorene, Isaac Barrow (1630–1677), så etter hvert hvilket geni han hadde fått som elev.