Yan gav Chiang Kai-shek skylden for at ting gikk dårlig, men det må sies at han selv også hadde nektet å motta militær støtte fra Chiang fordi han var redd for at Chiang skulle få kontrollen over «hans» Shanxi. Under de senere kamper mot kommunistene led Yans styrker enorme tap, igjen til tross for numerisk og teknologisk overlegenhet. På 18 måneder falt 300.000 av hans soldater. Dette var et slag som Yan ikke kunne komme seg etter, og det var også med på å besegle Kuomintangregjeringens skjebne. Yan holdt fremdeles Taiyuan, noe som vant tid for Kuomintangstyrkene. Men til slutt tapte han også der; Taiyuan falt til kommunistene i april 1949.