Siden det amerikanske flyet som fløy Snake over den sovjetiske grensen ble oppdaget, gir Sovjetunionen USA skylden for atomangrepet, og begge landene er på grensen til å starte en atomkrig. USAs president Lyndon B. Johnson og Sovjetunionens statsminister Nikita Khrusjtsjov blir under en hemmelig konferanse enige om å bevise USAs uskyld og gjenopprette freden, og USA blir med på å stoppe Volgins lovløse fraksjon, ødelegge det stjålne supervåpenet Shagohod og drepe den amerikanske avhopperen The Boss.