Handelen med Kina ble satt i fare straks etter, da bokseropprøret truet utlendinger og deres eiendom i Kina. Amerikanere og andre vestlige i Beijing ble beleiret; i en åttenasjonsallianse med andre vestlige makter og Japan beordret McKinley 5 000 soldater til byen i juni 1900 for å befri dem. Måneden etter ble de vestlige reddet ut, men flere demokrater i Kongressen var kritiske til at McKinley hadde sendt tropper uten å konsultere den lovgivende forsamlingen. Med dette skapte McKinley en presedens som lot de fleste av etterfølgerne hans ta en tilsvarende styring over militæret. Etter at opprøret var over, understreket USA sine forpliktelser til «den åpne dørs politikk», som ble utgangspunktet for den amerikanske politikken overfor Kina.