Senere, på 1550-tallet rammet en tornado Grand Harbour, drepte 600 personer og ødela en hel flåte med skip Området var åsted for mye av kampene under den Store Beleiringen av Malta i 1565 da osmanene forsøkte å stoppe å Order of St John, men ble til slutt slått. Etter beleiringen ble hovedstaden Valletta bygget på Sciberras-halvøya på nordvestkysten av havnen. Over år ble flere festningsanlegg og bosetninger grunnlagt i Grand Harbour, inkludert Fort Ricasoli og byene Floriana og Cospicua. miniatyr|Ny dock bygget i 1867 Under den franske okkupasjonen av Malta ble havnen blokkert av maltesiske opprørere på land og Royal Navy fra sjøen. Franskmennene kapitulerte tilslutt i september 1800 og Malta ble et Britisk protektorat, senere en koloni. Under det Britiske kolonistyret ble havnen en strategisk base for Royal Navy og base for Middelhavsflåten. miniatyr|HMS i havn under den Allierte invasjonen av Sicilia. Hele området ble sterkt bombet under den andre beleiringen av Malta i andre verdenskrig. Havna og militære installasjoner rundt havnen var legitime mål for Aksemaktens bombefly. Imidlertid, en utilsiktet skade ødela mye av Valletta og de tre byene og førte til store sivile tap. miniatyr|NATO- skip i havnen 1967. Malta Dockyard er fortsatt aktiv, men etter at britiske militære har forlatt havnen har den mistet mye av sin militære betydning. En betydelig del av Maltas kommersielle frakt håndteres nå av den nye Frihavnen på Kalafrana, slik at havnen er mye roligere enn den var i første halvdel av det 20. århundre.