Da helsen begynte å svikte ham bad han pave Pius X om at det ble utnevnt enten en hjelpebiskop eller en koadjutorbiskop for å avlaste ham. Men det ville ikke paven. Da søkte erkebiskop Keane om å få fratre som erkebiskop av Dubuque, noe paven innvilget den 28. april 1911. Hans etterfølger ble biskop James John Keane. De to var ikke i slekt. Noen lokale katolikker trakk sammenligninger mellom de to; John Keane ble kalt «Sugar» for sitt milde og generøse vesen, mens James Keane fikk tilnavnet «Hickory» for sin strengere fremtoning.