Amfibier har vanskelig for å krysse åpent hav, og i Makaronesia finnes bare fire arter som er innført av mennesker. Søreuropeisk løvfrosk finnes på Kanariøyene og Madeira. Den er svært vanlig i bananplantasjene på Kanariøyene. Arten hører naturlig hjemme i sørvestlige Europa og nordvestlige Afrika. Iberisk latterfrosk finnes på Kanariøyene, Madeira og Azorene, og er innført fra sørvestlige Europa. På Gran Canaria finnes nordafrikansk latterfrosk fra Nord-Afrika. På Kapp Verde finnes leopardpadde fra det afrikanske fastlandet.