Under et møte med studenter på Kingston University i 1989 uttalte Yusuf Islam at han støttet fatwaen mot Salman Rushdie etter hans . Etter dette ble musikken hans boikottet av en del radiostasjoner. Han har senere sagt at han ble misforstått og at pressen med vilje pisket opp denne kontroversen. I 2000 uttalte han at kommentaren i 1989 bare uttrykte hans forståelse av islams straffebud for blasfemi. I et innlegg i skrev Salman Rushdie at Yusuf Islam forsøkte å omskrive historien. I 2010 kritiserte Rushdie Jon Stewart for å ta med Yusuf Islam i et fjernsynsprogram. Stewart konkluderte etterpå at Yusuf Islam hadde store problemer med å forsøke å forene to ulike verdener.