I 1799 ble Hugues sendt til Fransk Guyana av det franske konsulatet, der han var ansvarlig for lovgivning, arbeidskraft og slaveri. Han forble en viktig administrator helt frem til han ble tvunget tilbake til Frankrike av en provinsiell manøver av Napoleonskrigene, da Portugal invaderte den franske kolonien og flere andre øyer i Karibia.