Slaget på Det hvite berg markerte slutten av den bøhmiske fasen i tredveårskrigen. Kongedømmet Böhmen kom igjen under Habsburgernes kontroll, og størsteparten av den protestantiske adelen ble tvunget i landflyktighet. Det ble oppnevnt en egen komité for å straffe opprørerne gjennom konfiskasjon av jord og forvisning. Den konfiskerte jorden ble solgt til keiserens støttespillere til svært lave priser. Folkeforflytningen i kjølvannet av disse prosessene ble delvis oppveid av at katolske tyskere flyttet området. Disse katolske innvandrerne kom til å utgjøre det nye aristokratiet i det bøhmiske kongedømmet. Tsjekkiske historikere kaller perioden etter slaget for «den mørke tiden» (), på grunn av de drastiske virkningene av krigen. Innen slutten av tredveårskrigen hadde folketallet i Böhmen falt fra over tre millioner til rundt , antallet gårdsbruk hadde falt fra til , og økonomien var preget av inflasjon og mangel på tilgjengelige penger. Mangelen på arbeidskraft førte også til utnyttelse av tsjekkiske jordarbeidere, som ble tvunget til å bli landbundne.