I 1257 ble området nedenfor borgen samlet som en administrativ enhet under Ottokar II av Böhmen med privilegier som kongeby. Ottokar innbød en rekke tyskere til byen, og en stor del av dem bosatte seg i Malá Strana. Derfor ble Malá Strana opp gjennom middelalderen det område av byen,hvor flest etniske tyskere bodde. Der fantes også en rekke store palasser tilhørende adelen, mens borgerskapet og de böhmiske tsjekkere primært bodde på østsiden av Vltava.