Columbias økonomi er dominert av utdannings-, helse- og forsikringssektoren. Det finnes også flere jobber i delstatsforvaltningen og i den føderale statsmakten både i Columbia og i delstatshovedstaden Jefferson City en halvtimes pendletur unna. University of Missouri er den største arbeidsgiveren i byen med klart flest ansatte. Byen hadde i 2004 et BNP på 5,84 milliarder dollar, noe som utgjør 2,9 % av delstatens totale BNP. Byen har dermed et høyere bruttonasjonalprodukt enn Bahamas. Forsikringsselskapene Shelter Insurance og Columbia Insurance Group har begge sine hovedkontorer i byen. Det er 3 høyere utdanningsinstitusjoner som er lokalisert i byen. Columbia College og Stephens College er begge høyere utdanningsinstitusjoner som er lokalisert i byen i tillegg til University of Missouri.