Da José Rizal grunnla (det filippinske forbund) i 3. juli 1892 ble Bonifacio et av dens første medlemmer. Gruppen mente at veien fremover mor likebehandling og reformer var å bevege Spania til å gjøre Filippinene til en regulær spansk provins slik at filippinerne ble spanske borgere. Bonifacio beundret Rizal, og hadde lest hans nasjonaltsinnede romaner og . var en ikkevoldelig sammenslutning, men spanjolene betraktet den som farlig. Rizal ble umiddelbart og i all hemmelighet arrestert og sendt i indre eksil til det fjerntliggende Dapitan på Mindanao.