Oppskytingen hadde vært utsatt flere måneder på grunn av endringer i designet. Det hadde vært tenkt at Shenzhou 3 skulle bruke et nytt interiør-design, men gjennomføringsproblemer betød at en vendte tilbake til den forrige utgaven. Raketten og romfartøyet ble rullet ut på oppskytingsrampen i mars 2002. Oppskytingen av Shenzhou 3 ble observert av flere fremstående kinesiske politikere og militære.