Musikken deres er tungt påvirket av band som The Pogues, Johnny Cash og The Dubliners og har mange referanser til religion, kjærlighet og festing. De varierer fra punkrock, som "piratlåtene", "Salty Dog", "Drunken Lullabies", og "Seven Deadly sins", eller de utfordrende "What's Left of the Flag", og "Rebels of the Sacred Heart" til de mer melankolske som "Far Away Boys", "The Son Never Shines (On Closed Doors)", eller "Death Valley Queen". De drivende kreftene bak musikken tenderer til å være Kings særegne stemme og Regans maniske fiolinspill. Før Flogging Molly ble til, var King vokalist for bandet Fastway, et åtti-/nittitallsband i heavy metal-genren, som også besto av Motörhead-gitarist Eddie Clarke.