Etter reformasjonen fantes det forskjellige herskapsstoler som omtales som pulpiturer, men det har sikkert bare betydd at de var hevet litt over gulvet. Griffenfeld hadde en stol med våpenskjold på og det samme hadde Corfitz Ulfeldt og Leonora Christina. Egentlige pulpiturer omtales først i 1706, men de kan ha vært der lenger. Sannsynligvis utnyttet man plassen over de lave sideskipshvelvingene til høytliggende pulpiturer. Etter brannen argumenterte kirkevergene for å få et øvre pulpitur og sa at de hadde mistet den plassen som hadde vært «over de syndre hvælvinger». I første omgang fikk de kun pulpiturer i et nivå, et gjennomgående på sydsiden og et todelt på hver side av prekestolen, på nordsiden. Først i 1759 ble det tilføyet et øvre pulpitur på sydsiden. En tegning fra perioden mellom Mallings flytting av prekestolen i 1846 og Storcks store ombygging i 1879 viser gjennomgående pulpiturer i to etasjer i begge sideskip. Etter Storcks ombygging er det pulpiturer i et nivå, tilsvarende orgelpulpiturets i begge sideskips fulle lengde. De bæres av tresøyler i klassisk komposittstil, som er plassert ved de åttekantede søylene. Et av fagene på det søndre pulpitur er i dag opptatt av kororgelet (se nedenfor).