I noen tilfeller er det umulig å finne slektskap mellom en kjent struktur og proteinsekvensen som ikke har struktur. Da brukes -prediskjon. er latin og brukes i betydningen . Metoder for å gjøre -prediksjon prøver å gjette strukturen kun utfra sekvensen. Noen aminosyrer har en tendens til å forme bestemte sekundærstrukturer, og denne informasjonen kan brukes til å danne et bilde av hvordan sekundærstrukturen i proteinet kan være. Eksisterende proteinstrukturer analyseres stadig for å prøve å finne generelle trekk som gjør dem stabile, og dette kan brukes i gjetningen av strukturer. Prediksjon av proteinstruktur når den eneste informasjonen tilgjengelig er sekvensen er et meget vanskelig problem å løse, og krever store ressurser.