Ved innføringen av parlamentarisk styreform i Nord-Trøndelag fylkeskommune i 2003 ble Bratli medlem av fylkesrådet, som ble ledet av Alf Daniel Moen. Bratli var fylkesråd for samferdsel, næring og miljø 2003–2007, så fylkesråd for regional utvikling, næring og internasjonale spørsmål 2007–2009.