Fjordenes hydrologi er preget av at de ofte er lang i forhold til bredden, ofte dypere enn havet utenfor med en terskel som hindrer vannutskifting, og med god tilførsel av ferskvann fra elver innerst i fjorden. For eksempel har Sognefjorden et langt hovedbasseng på mer enn 1000 meters dyp, mens terskelen ved munningen er på 100 til 200 meter. Ferskvann fra elvene har normalt markert effekt på vannet i overflaten, under de øverste meter med brakkvann er saltholdinnholdet som i havet utenfor. Regulerte vassdrag har mindre svingninger i vannføringen med mer avløp om vinteren og mindre under snøsmeltingen våren. Kystene er generelt rikere på liv enn fjordene, blant annet avtar mengden dyreplankton innover i de lange fjordene. Ferskvann fører med seg næring i form av matjord og mineraler samt avrenning fra landbruk og kloakk. Fjordene, særlig i Nord-Norge, kan være viktige oppvekstområder for sild, torsk og hyse.