Noen måneder etter falt Berlinmuren. Hun ble da snart medlem av Partei des Demokratischen Sozialismus (PDS), som var en av forløperne for Die Linke. PDS vedtok i 2001 at dødsofrene ved Muren ikke kunne rettferdiggjøres. Bare Wagenknecht stemte imot. Hennes argument var at partiet i sin historieskrivning, ikke skulle la seg diktere av SPD.