I 1999 besluttet regjeringen i Peru å privatisere store deler av jernbanenettet. Stasjonene og sporet er fortsatt statens eiendom, men drift og vedlikehold blir overlatt til privateide selskaper. Konsesjonen på FCC gikk til et konsortium ledet av transport-konsernet Railroad Development Corporation med hovedkontor i Pittsburgh i Pennsylvania, USA. Konsortiumet består også av de peruanske selskapene , , og . Konsesjonen på 30 år ble i juli 1999 gitt til konsortiets datterselskap (FVCA), mens selve togdriften blir utført av (FCCA). I september samme år tok FVCA over driftsansvaret. I 2006 ble passasjertog re-introdusert på strekningen Lima - Huancayo. Disse togene er rettet mot turistmarkedet og går bare i sommersesongen med omtrent én avgang tur/retur i måneden. Siden 2005 har FCCA på enkelte modifiserte lokomotiver gjort forsøk med å bruke naturgass som drivstoff. Når lokomotivet trenger maksimal trekkraft, sjaltes motoren over på ren dieseldrift, mens på flatere partier benyttes den billigere naturgassen.