Når faren døde i 1720 ble Johan Ihre foreldreløs og måtte bo hos sin bestefar, erkebiskop Mattias Steuchius. Han ble filosofie magister ved Uppsala universitet i 1730, og studerte utenlands i 1730–1733, blant annet i Oxford, London og Paris. I 1734 ble han utnevnt til dosent i Uppsala, og i 1735 til vise bibliotekar ved universitetsbiblioteket der. I 1737 ble han professor i latinsk poesi, samt i 1738 og til sin død professor skytteanus. Den 24. juli 1755 ble han valgt inn i Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien, og var fra 1756 kanselliråd Ihre var også sekretær i Kongelige Vetenskapssocieteten.