IM-MS-teknikken kan brukes til å analysere komplekse blandinger basert på forskjellige mobiliteter i et elektrisk felt. Gassfase-ionstrukturen kan studeres ved bruk av IM-MS gjennom måling av CCS og sammenligning med CCS av standardprøver eller CCS beregnet fra molekylær modellering. Signal/støy-forholdet er åpenbart forbedret fordi støyen kan skilles fysisk med signal i IM-MS. I tillegg kan isomerer skilles fra hverandre hvis formene er forskjellige. Toppkapasiteten til IM-MS er mye større enn MS, slik at flere forbindelser kan bli funnet og analysert. Denne karakteren er veldig kritisk for -omics-studie som krever analyse av så mange forbindelser som mulig i et enkelt løp. Den har blitt brukt i påvisning av kjemiske krigsmidler, påvisning av eksplosiver, i proteomikk for analyse av proteiner, peptider, medikamentlignende molekyler og nanopartikler. Nylig har mikroskala FAIMS blitt integrert med elektrosprayionisering MS og væskekromatografi MS for raskt å skille ioner i millisekunder før masseanalyse. Bruken av mikroskala FAIMS i elektrosprayionisering MS og væskekromatografi MS kan forbedre toppkapasiteten og signal-til-støy for en rekke applikasjoner, inkludert proteomikk og farmasøytisk analyse.