Czaja mente at gjenforeningen av Forbundsrepublikken Tyskland og DDR ikke var noen fullstendig tysk gjenforening, slik som forutsatt av den tyske grunnloven av 1949, ettersom østområdene ikke var inkludert. Den 12. juni 1990 stemte han sammen med flere CDU/CSU-fraksjonskolleger «av folkerettslige grunner og på grunn av krenkelsen av det tyske folks selvbestemmelsesrett» mot å anerkjenne Oder-Neisse-linjen som tysk østgrense. 5. september 1990 stemte han sammen med fraksjonskolleger mot loven om å forberede et «fellestysk valg», fordi tyske statsborgere på den andre siden av Oder og Neisse ikke ble tildelt noen stemmerett og fordi det derfor ikke dreide seg om et fellestysk valg. 20. september 1990 stemte han sammen med fraksjonskollega Gerhard Dewitz mot gjenforeningstraktaten, med begrunnelsen at den skapte «forfatningsstridig forfatningsrett». 5. oktober 1990 stemte han sammen med Dewitz mot «2+4-traktaten» som avsluttet annen verdenskrig, fordi traktaten ikke tok hensyn til østtyskernes selvbestemmelsesrett. I september 1990 forsøkte han sammen med fraksjonskolleger å få den tyske forfatningsdomstolen til å stanse gjenforeningsprosessen fordi grunnloven av 1949 som foreskrev gjenforening i grensene fra 1937 ble krenket.