Samtidig fortsatte krigen med perserne. Egypt gjorde opprør under Inaros og Amyrtaios i 460 f.Kr. som ba Athen om hjelp. Perikles ledet 200 skip, opprinnelig tiltenkt et angrep på Kypros, til deres hjelp ene og alene fordi det ville skade Persia. Persias bilde var allerede skadet da de ikke klarte å erobre grekerne, og Perikles ønsket å forsterke dette. Etter fire års krigføring derimot, ble opprøret beseiret av generalen Megabyzos som tok store deler av den athenske styrken til fange. Restene av styrken unnslapp til Kyrene og returnerte derfra hjem.