Etter at han ble uteksaminert fra skolen i hjembyen, studerte Flores ingeniørfag i et år ved det jesuittdrevne Ateneo de Manila-universitetet på Filippinene, og ble uteksaminert med utmerkelse. I 1940 begynte han på i Manila. Under andre verdenskrig ble han internert av japanerne i noen tid sammen med andre amerikanere.