Konfliktene om Nord-Norge tar imidlertid ikke slutt, men blir stadig verre i første del av 1600-tallet. Svenske myndigheter gjør stadige fremstøtt for å få etablert seg i landsdelen. Det kommer svenske skatteinnkrevere inn på norsk territorium, og svenskene planla blant annet laksefiske og bygging av en kirke i Tysfjord. Striden om Nordkalotten, sammen med andre stridigheter, førte til krigen mellom Danmark-Norge og Sverige i 1611.