Columba forlot Irland i 563. Senere ble det hevdet at dette var en botshandling for hans ansvar i et blodig slag to år tidligere. Det hadde oppstått en krangel med Finnian av Moville om eiendomsretten til en avskrift Columba hadde gjort av Finnians kopi av Hieronymus' psalter uten å ha innhentet tillatelse til dette. Kong Díarmait mac Cerbaill av Tara tok parti for Finnian, og i etterkant krenket han Columba videre ved å beordre en av munkens følgesvenner henrettet, attpåtil en prins. Columba skal da ha egget O'Neill-klanen til strid. I slaget ved Cúl Dreimne vant O'Neill-klanen; 3 000 falt i slaget. Historien oppsto en tid etter at Columba var død, og andre kilder oppgir at han egentlig forlot Irland enten fordi han ville være en «pilegrim for Kristus», eller fordi han ville hjelpe irer i utlandet. Hans sjelesørger, Molaise fra Devenish, påla ham den vanlige boten for å ha forårsaket kamp, nemlig eksil. Molaise skal ha bedt Columba om å forlate Irland for å omvende like mange sjeler som var omkommet ved Cúl Dreimne.