På denne tiden ble Lindley kjent med botanikeren William Jackson Hooker som lot ham bruke sitt botaniske bibliotek og som introduserte ham for Joseph Banks som tilbød ham jobb som assistent for sitt herbarium. Hans første utgivelse kom i 1819, en oversettelse av av den franske botanikeren Louis Claude Richard. I 1820 utga en sin egen bok, , med beskrivelser av nye arter og tegninger gjort av ham selv. Allerede året etter kom , og . Begge var bidrag til Linnéselskapet i London.