Den dømmende myndigheten er uavhengig av både de lovgivende og utøvende myndighetene. Dette gjelder også de sekulære og religiøse domstolene for de forskjellige religionene i Israel. Systemet består av 3 nivåer av domstoler. Dommerne utnevnes av presidenten etter anbefaling fra en offentlig innstillingskomité.