Laidoner ble født i Viiratsi, Estland, da en del av Det russiske keiserdømmet. Som gutt jobbet han som gjeter om sommeren og gikk på menighetsskolen resten av året. I 1901 meldte han seg frivillig til hæren. Han ble først stasjonert i Kaunas i Litauen i et infanteriregiment. I 1902 begynte han på militærakademiet i Vilnius, hvor han også møtte sin framtidige polske kone Maria. I 1909 fortsatte Laidoner sin militære utdannelse ved Nikolai militærakademi i St. Petersburg.