Politisk var han lojal mot keiseren og gav mange ekstraordinære privilegier til kirker og klostre i det tysk-romerske rike. En av hans første handlinger som pave var å krone Otto til keiser 21. mai 996. Sammen holdt de en synode noen få dager etter Ottos kroning, hvor Arnulf fikk tilbake bispedømmet Reims, og Gerbert (den fremtidige pave Sylvester II) ble fordømt som inntrenger. Robert II av Frankrike, som hadde insistert på sin rett til selv å utnevne biskoper, ble tvunget til å gi seg.