Trekjølskilpadder er kjent for sin evne til å hybridisere med andre medlemmer av Batagurskilpadder (familie Geoemydidae), selv med arter som de bare er fjern beslektet med. En foreslått art med betegnelse har vist seg å være basert på en hybrid av en trekjølskilpaddehann og en asiatisk gul sumpskilpadde (). I fangenskap er det kjent hybrider med , , og japansk sumpskilpadde ().