Herzog tok del i utgravningene ved Tel Hazor og Tel Megiddo sammen med Yigael Yadin, og ved utgravningene ved Tel Arad og Tel Be'er Sheva sammen med Yohanan Aharoni. Han ledet av utgravningene ved Tel Beer Sheba, Tel Michal og Tel Gerisa, og i 1997 begynte han en ny undersøkelse ved Tel Yafo (oldtidens Jaffa).