Isabella ble av Karl utnevnt til tronfølgerens fremste formynder til hans trettende fødselsdag, noe som gav henne plass i rådet og en sterk stilling der. I 1402 fikk Isabella av Karl fullmakter over statskassen og til være megler og håndtere konflikten mellom Burgund og Orleans. I 1403 ble Isabella formelt Frankrikes regent da hun ble utnevnt til leder av rådsforsamlingen med rett til å innta denne stilling hver gang kongen ble syk. Hun sluttet seg til sin svoger, hertug Ludvig av Orléans, og støttet ham i hans strid mot Johan den uforferdede av Burgund. Ludvig av Orleans var hennes elsker og muligens far til hennes sønn en, senere Karl VII av Frankrike.