Den 23. juni 2010, kunngjorde president Obama at han ville nominere general Petraeus til å erstatte tidligere general Stanley A. McChrystal som sjef for de amerikanske styrkene i Afghanistan. Endringen av kommandoen ble gjort på grunn av McChrystals kommentarer angående Obama-administrasjonen og dens politikk i Afghanistan under et personlig intervju med Rolling Stone Magazine.