Bagge overtok befalet over den svenske flåten etter krigsutbruddet, og seilte først ut til sjøs tidlig i september 1563 med 38 skip for å oppsøke den dansk-lybske fellesflåten. Slaget ved Gotska Sandön sluttet uavgjort, men Bagge var blitt tvunget tilbake til sine baser i Dalarö av Peder Skram som beholdte herredømmet til sjøs i resten av året. Bagge måtte tåle bitende kritikk av kongen, som bestemte seg for å gi ham en siste sjanse for det neste årets sjøtoget.