Chun, da kaptein, ledet en demonstrasjon ved KMA til støtte for 16. mai-kuppet som bragte Park Chung-hee til makt. Chun ble seretter sektetær til kommandanten for Det høyeste råd for nasjonal gjenoppbygging, således direkte under Park. Chun ble forbfremmet til major i 1962, og fikk stadig flere innflytelsesrike venner og kontakter. Hans tjenesteverv ble også stadig viktigere. Han ble i 1963 personalsjef for Korean Central Intelligence Agency (KCIA). I 1969 var han serniorrådgiver fot hærens stabssjef.