Ísafjörður var et av seks handelssteder på Island som fikk kjøpstadsretter i 1786 (de andre var Reykjavík, Grundarfjörður, Akureyri, Seyðisfjörður og Vestmannaeyjar), men mista de igjen sammen med de andre bortsett fra Reykjavík. Byen fikk igjen rettene i 1866. Byen og nabokommunen Eyrarhreppur ble slått sammen 3. oktober 1971, under navnet Ísafjarðarkaupstaðar.