Prosjektet ble planlagt fram til 2001, men stoppet i 2002 på grunn av oppdaging av korrupsjon. Et britisk konsulentselskap som arbeidet for et Veidekke-ledet konsortium ble i 2002 satt under etterforskning for korrupsjon Det amerikanske selskapet AES trakk seg fra prosjektet i 2003, i 2005 ble et nytt prosjekt i regi av konsortiet Bujagali Energy Limited godkjent i Verdensbanken. I 2008 ble utbyggingen gjenopptatt. Det har vært protester mot utbyggingen, som gir en oversvømming som førte til flytting av minst 8 700 personer fram til 2001.