Et annet hormon som skilles ut fra skjoldkjertelen er kalsitonin. Dette er med på reguleringen av kalsiumnivået i blodet. De parafollikulære cellene i kjertelen produserer kalsitonin ved høyt nivå av kalsium i blodet (hyperkalsemi). Kalsitonin stimulerer opptak av kalsium i benvev, i motsetning til parathyreoideahormonet (PTH) som frisetter kalsium fra benvev. Forøvrig ser kalsitonin ut til å spille en langt mindre rolle enn PTH ettersom kalsiumreguleringen holder seg normal ved fjerning av skjoldkjertelen, men ikke ved fjerning av parathyreoideakjertlene.