Noen regner også jazz-fusion som en undersjanger av progressiv rock fordi fusion ofte er preget av rock. De to sjangrene prog rock og jazz-fusion har betydelig overlapp, jazz-fusion utviklet seg på slutten av 1960-tallet da musikere kombinerte jazzharmoni og improvisasjon med prog, funk og R&B. De tidlige artistene under sjangeren som Miles Davis, Weather Report, The Mahavishnu Orchestra, Soft Machine og Colosseum hadde tydelige trekk fra prog. Men også prog band som for eksempel Gentel Giant, Caravan, The Mars Volta, The Nice, Yes og King Crimson hadde inspirasjon fra jazz-fusion eller jazz. Skillet mellom jazz-fusion og prog er flytende og om et band hører hjemme i den ene eller andre sjangeren er det ofte uenighet om. Ofte blir de omtalt i begge sjangere. På lister som tidsskrift gir ut over progressiv rock band, eller album, finner man ofte også band som helt klart hører hjemme i jazz- fusion sjangeren.