Storerkebispedømmet Ernakulam-Angamaly tapte tilsvarende 11 millioner euro på grunn av spekulative, mislykkede eiendomsavtaler i byen Kochi, arrangementer som Alencherry skal ha inngått utenom de medansvarlige kirkekomiter og økonomiske rådgivere. Synoden i for den syromalabarske kirke trakk deretter tilbake Alencherrys ledelse av de administrative og økonomiske anliggender i storerkebispedømmet i begynnelsen av februar 2018 og overførte disse kompetansene til hjelpebiskop Sebastian Adayanthrath. Synoden begrenset Alencherry til pastorale og liturgiske oppgaver. Presterådet ba pave Frans om å se nærmere på eiendomstransaksjonene.