De seks underartene varierer noe i størrelse og fjærdrakt. En undersøkelse fra 2015 av mtDNA viser et distinkt skille mellom kongeørner i det nordlige Europa, det kontinentale Asia, Japan og Nord-Amerika på den ene siden (Holarktis), og det sentrale og sørlige Europa på den andre siden. Det antyder at kongeørn kan ha overlevd siste istid i to reproduktive isolerte refugier (ett i Asia og ett sør for Alpene i middelhavsregionen).