Siden 1084 hadde motpave Klemens (III) sittet i Roma, og dette ble en utfordring for Urban II. Klemens hadde allerede vært årsak til at det tok et halvt år å velge ny pave. Urban hadde selv ledet synoden som bannlyste motpaven, som var alliert med den tysk-romerske keiseren Henrik IV. Gjennom å avholde en rekke synoder, en av dem i Roma, klarte Urban å få støtte fra mange biskoper for sitt reformarbeid, og kunne derfor fortsette striden mot keiseren og motpaven.