Etter å ha ansatt John Lynch som general manager og Kyle Shanahan som hovedtrener startet 49ers 2017-sesongen med ni tap på rad. I løpet av denne tapsrekken byttet de til seg quarterback Jimmy Garoppolo fra New England Patriots. Etter en seier over New York Giants og ett tap mot Seattle Seahawks ble Garoppolo utpekt til starter etter at nykommeren C. J. Beathard ble skadet. Med Garoppolo vant de sine fem neste kamper, og avsluttet sesongen 6–10. Etter sesongen signerte Garoppolo en 5-årig kontraktforlengelse verdt $137,5 millioner, som gjorde han til den best betalte spilleren i NFLs historie. Under en kamp mot Kansas City Chiefs i tredje uke revnet Garoppolos ACL, som førte til at han ble plassert på benken ut -sesongen.