Under eneveldet av 1660 var byens styre ledet av et kollegium av embedsmenn, magistraten. Magistraten var underlagt stiftamtmannen og hadde ansvaret for å forvalte byens materiell, økonomi og offentlige stiftelser. «De eligerte menn» var et utvalg av borgere, som regel grossister i Søgaden, valgt av og blant de som hadde borgerbrev, som etter hvert fikk mange oppgaver i forvaltningen, især av byens finanser. I begynnelsen var magistraten avvisende til at de eligerte menn skulle revidere magistratens regnskaper, men i 1787 ble det endelig bestemt ved reskript (kongelig forordning) at de eligerte menn skulle anvise byens utgifter. Innen administrasjonen fantes det også en rekke komiteer og kommisjoner, for eksempel en fattigkommisjon og en skolekommisjon.