I denne perioden gjorde en ung korsikaner, Napoléon Bonaparte, lynkarriere i hæren. Napoléon ledet Frankrike til mange militære seiere i perioden frem mot 1799, da han sørget for å kaste det sittende styret (kalt Direktoriet) og i praksis gjøre slutt på republikken ved å opprette det såkalte Konsulatet i et statskupp. Konsulatet varte imidlertid ikke lenge, og Napoléon ble snart Frankrikes diktator.