Striden mellom Miletos og Samos brøt ut i full konflikt under den lelantinske krig på 600-tallet f.Kr. På denne tiden frambrakte samoserne i nyvinning gresk marinekrig, bruken av trirem. Resultatet av denne konflikten var at Miletos bekreftet sitt herredømme i de østlige havene, men på 500-tallet hadde Samos posisjon som øy beskyttet dem mot persisk aggresjon mens derimot Miletos ble angrepet. I tiden rundt 535 f.Kr., da det eksisterende oligarki ble veltet av tyrannen Polykrates, hadde Samos nådd høydepunktet i sin vekst og framgang. Dens flåte ikke bare beskyttet mot invasjon, men hersket over Egeerhavet. Byen var blitt utsmykket av offentlige arbeider, og dens skulptører, metallarbeidere og ingeniører hadde høyt omdømme.