Fra og med juni 1941 ble mange baltisktyskere og andre innen eliten i Latvia utsatt for forfølgelse. Ifølge venner og familie hadde Steen Giebelhausen aldri vist noen politisk tendens, og han forholdt seg rolig til okkupasjonen. Likevel ble han i juni 1941 arrestert av NKVD og ført til Riga sentralfengsel, hvor han sammen med 98 andre sivilister ble torturert og henrettet uten dom. Hendelsen ble vidt omtalt i den sensurerte pressen i Norge og Danmark.