Salvatnet ble skilt fra havet omkring 1000 år f.Kr. og saltvannet i det 50 meter dypeste laget antas å ha blitt værende siden Salvatnet var en fjord med saltvann. I den dypeste delen av innsjøen inneholder vannet 2,9 % salt (mot 3,5 % i gjennomsnittlig sjøvann). Dette skyldes landhevning etter istiden. I de dypeste lagene (under 400 meter) er innsjøen uten oksygen i vannet. Grensen mellom (dype oksygenfattig og salte lag) og er skarp. Den langsomme gjennomstrømmingen er trolig en av flere årsaker til liten omrøring og utskifting av det dypeste vannet. Den marine grensen i området er på om lag 150 meter.