Etter lange forhandlinger og mange henstillinger klarte Olaus Petris venner å få ham løslatt mot kausjon. Dommen ble senere omgjort til bøter, og senere ble han tatt til nåde igjen. I 1542 ble han skoleinspektør ogi 1543 til sogneprest for Storkyrkan i Stockholm der han også ble gravlagt etter at han døde. I 1898 ble det reist en statue av ham foran Storkyrkan.