Den startet med kvalifiseringsrunder den 4. september 2008, og ble avsluttet med en dobbeltfinale den 16. og 22. mai 2009. I finalen vant FCR 2001 Duisburg 6-0 borte og spilte 1-1 hjemme mot Zvezda 2005 Perm, og med et 7–1-seier sammenlagt, vant Duisburg sin første UEFA-Cup-tittel.