Den katolske kirke og Vatikanet har ikke tatt noe offisielt standpunkt i forhold til GMO. Vatikanets livs-akademi arrangerte i 2009 en studie-uke der deltagerne konkluderte med et "forsiktig ja". Vatikanets livs-akademi er restriktive og sier at GMO må undersøkes sak for sak, men at det ikke er mot Guds vilje. På lokalt plan har biskoper i Brasil og på Filippinene kalt markedsføring av GMO moralsk uansvarlig. Pave Benedict XVI fordømte genetisk modifikasjon av mennesker.