I andre kvalifiseringsrunde deltok de to vinnerne fra første kvalifiseringsrunde sammen med 32 seriemestere fra de nasjonale ligaene som er rangert fra 17-49 (unntatt Liechtenstein). Dette utgjorde totalt 34 lag, og de 17 vinnerne over to kamper avanserte til tredje kvalifiseringsrunde. Kampene ble trukket 24. juni og ble spilt 16.-17. juli, med returkamper 23.-24. juli 2013. Lagene som ble slått ut i andre kvalifiseringsrunde fikk en økonomisk kompensasjon på euro .