Med nye versjoner av InDesign kom også nye filformater. Brukerne mislikte sterkt at dokumenter laget i InDesign CS ikke kunne lagres (og åpnes) i tidligere versjoner. Dette ble imidlertid løst i CS2 ved hjelp av et eget utvekslingsformat (.inx). Ved å oppgradere InDesign CS til versjon 3.01 som kom i april 2005 er det mulig å åpne og lese filer fra CS2 som er eksportert i inx-formatet.