Det vidstrakte området Indre Finnmark som i 1673 ble eget sognekall, omfattet Kautokeino hovedsogn og Afjuvarre annekssogn. Dette "fellesområdet" som siden middelalderen hadde vært et delt skattland hvor Sverige utøvet den geistlige virksomheten, sognet opprinnelig til Torne lappmark i Sverige. Området var i verdslig henseende like mye dansk-norsk som svensk territorium. I 1641 kom den første svenske presten Johannes Torneaus til Kautokeino som oppholdt seg på stedet i noen tid. Han fikk oppført en prestestue som var det første huset i Kautokeino, og det ble brukt både som kirke og tinghus, i tillegg til hans families beboelse. I 1695 besluttet svenske myndigheter at det skulle oppføres en kirke i Kautokeino for å fremme misjonsvirksomheten blant . Det var strid om hvor denne skulle plasseres, enkelte ivret for at kirken skulle legges til Afjuvarre, men slik gikk det ikke. Svenskekongen Karl XII hadde bevilget penger til oppføringen av kirke, og den fikk følgelig navnet og ble innviet 11. februar 1703. Kautokeino gamle kirke ble ansett som et staselig kirkebygg, som bortsett fra det lille ortodokse kapellet i Neiden fra 1500-tallet, var det eldste gudshuset i Finnmark. Den forble således et landemerke inntil nedbrenningen av Finnmark begått av tyskerne høsten 1944.