Høsten 1806 brøt krigen igjen ut, og Bernadotte fikk på ny kommando over I. korps i felttoget mot Preussen. Han skulle samle sine 21 000 mann ved Nürnberg og derfra være fortropp i fremrykkingen mot Leipzig i Sachsen (Preussens allierte) og til sist Berlin. I midten av oktober 1806 tilbakela Bernadottes I. korps 120 km i vanskelig skogsterreng og var langt foran de andre styrkene, noe som ga ham en dårlig utgangsposisjon da Napoléon endret stridsplan. Det ble ikke bedre av at Napoléons stabssjef Berthier ga uklare ordrer og at forholdet mellom marskalkene Davout og Bernadotte, som opererte nær hverandre, ikke var det beste.