På masternivå har Ifi toårige programmer i de samme fem feltene som på bachelornivå. I tillegg har instituttet programmene og , der undervisningen foregår på engelsk og studentene tar deler av studiet i enten Etiopia, Mosambik, Tanzania, Sør-Afrika eller Vietnam. Ifi samarbeider også med Høgskolen i Oslo om masterprogrammet .