I 1945 (i en alder av 16 år) ble Francis tiltatt for å drepe en apotek-eier i St. Martinville. Drapet på apotek-eieren forble uløst i ni måneder, frem til august 1945 da Francis ble arrestert i Texas, i forbindelse med en urelatert kriminell hendelse. Til tross for to separate skriftlige tilståelser, erklærte seg Francis ikke skyldig under rettssaken mot ham. Han ble dømt til døden og forsøkt henrettet i den elektriske stol i 1946. Vitner til at dødsstraffen ble forsøkt gjennomført rapporterte at Francis hadde skreket at han ikke hadde fått puste. Det viste seg senere at den elektriske stolen hadde blitt koblet til feil av en beruset fangevokter, og Francis ble henrettet året etter. Willie Francis var gjenstand for en dokumentarfilm fra 2006 med tittelen som ble skrevet og regissert av filmskaperen Allan Durand.