Det skjedde også vold mot ikkealbanere: UNHCR rapporterte i mars 1999 at over 90 landsbyer i Kosovo med blandet befolkning «har blitt tømt for serbiske innbyggere» og at andre serbere fortsatte å dra vekk, enten for å bli plassert i andre steder i Kosovo eller de flyktet til Serbia. Jugoslavias Røde Kors har beregnet at mer enn ikke-albanske flyktninger hadde behov for hjelp i Kosovo, de fleste av dem var serbere.