I midten av 1990-årene var økonomien ute av kontroll. Samtidig fortsatte maktkampen mellom presidentmakten og parlamentet, og det var umulig å få stablet et stabilt parlamentarisk flertall på beina. Finanskrisen i 1998 rammet også Russland hardt, og året etter overrasket Jeltsin verden med å trekke seg tilbake. Den til da ukjente eks-KGB-mannen Vladimir Putin ble midlertidig president, og vant senere også valget i 2000. Fire år senere ble Putin gjenvalgt med overveldende margin. Samtidig uttrykte det internasjonale samfunn bekymring overfor Putins grep for å styrke egen makt på bekostning av andre deler av statsapparatet. President Putin uttalte i en tale i 2005 at «Sovjetunionens sammenbrudd var det 20. århundrets største geopolitiske katastrofe».