Konstitusjonsdomstolen underkjente 4. oktober valgresultatet og slo fast at Milošević skulle fullføre valgperioden som det gjensto ett år av. Etter omfattende protester 5. oktober 2000 med flere hundre tusen demonstranter i Beograds gater og storming av parlamentsbygget og kringkastingshuset gikk Milošević av. Vojislav Kostunica overtok som president. Milošević ble værende i landet og arrestert i begynnelsen av april 2001.