EFTA-sekretariatet som ledes av en generalsekretær, har sitt hovedkvarter i Genève. Det finnes i tillegg tre assisterende generalsekretærer, en i Genève og to i Brussel. Samtlige fire stillinger ansettes av EFTA-rådet og deles mellom medlemslandene. Det finnes per 2021 ca. 90 ansatte i EFTA, hvorav en tredel arbeider i Genève og to tredeler i Brussel og Luxembourg. Kontoret i Luxembourg som samarbeider med EU om statistikkspørsmål.