Booth startet sin fotballkarriere hos sin hjemklubb Aberdeen i 1988. Han etablerte seg raskt på førstelaget og bidro til at Aberdeen kjempet om seriemesterskapet i Scottish Premier League under 1990/1991-sesongen, samt spilte klubben frem til finalen i Scottish League Cup i 1995/1996-sesongen, som klubben vant etter å ha slått Dundee FC. Etter å ha spilt over 160 seriekamper og bidratt med over 40 seriemål over ni år dro Booth på en fri overgang til den tyske klubben Borussia Dortmund i juni 1997.