I Segerstams omfattende diskografi inngår, foruten mange egne verk, blant annet alle Jean Sibelius, Carl Nielsens og Gustav Mahlers symfonier, likesom verk av senere komponister som Einojuhani Rautavaara, John Corigliano og Christopher Rouse. En plate av ham ble av kåret til Disc of the Year 2006.