Etter kuppet ble han utnevnt til provisorisk konsul, og fulge nå Bonaparte. Ved ikrafttredelsen av konstitusjonen av år VIII ble Ducos umiddelbart medlem av senatet og dets visepresident. I 1808 ble han greve, og 1815 under de hundre dagene pair. Han ble landsforvist i 1816, etter at han i konventet hadde stemt for Ludvig XVIs henrettelse. Han døde i Ulm.