Gjennom 1990-årene har unnsluppet dødsdom to ganger, etter å ha blitt anklaget for forræderi, og senere med ran og vold. Han ble hentet fra Uganda av kenyanske sikkerhetsstyrker i 1990, anklaget for forsøk på å kaste Arap Mois ettpartistyre, noe som var høyforræderi. Anklagene ble droppet i 1993, men da ble han på nytt arrestert, anklaget for forsøk på å rane en politistasjon for å få tak i våpen, for å gjennomføre et statskupp mot Arap Moi. Dødsdommen ble, etter internasjonal fordømmelse og protester av aktivister ledet av Koigis egen mor, omgjort til fire års fengsel og stokkeslag på ryggen.