Fotball på høyt nivå ble innstilt under andre verdenskrig (1939–45), men Manchester United fortsatte å delta i deltids regionale konkurranser. Old Trafford ble alvorlig skadet under et tysk luftangrep på Manchester tidlig om morgenen 11. mars 1941. Det tok åtte år å gjenoppbygge stadionet, og frem til 1949 delte United bane med nabolaget Manchester City på Maine Road.