På 1800-tallet var det rundt 125 skip og 10 000 sjøfolk på Hydra. Herskapshusene til kapteinene som omkranser havnen er et vitnemål til den velstand som skipsfarten skaffet øya. På den tiden da den greske frigjøringskrigen mot den osmanske undertrykkelsen begynte i 1821 var det rundt 16 000 innbyggere. I løpet av krigen gikk handelsflåten, sammen med den til Psara og Spetses, inn i krigen og greide å bryte kontrollen over den østlige delen av Egeerhavet fra Det osmanske rike.