De to italienske rørlegger-brødrene Mario og Luigi må undersøke et kloakksystem etter at en rekke merkelige skapninger har begynt å dukke opp i kloakken. Målet med spillet er å beseire alle motstanderne som dukker opp på hvert nivå. Hvert nivå består av en rekke plattformer med rør i hvert hjørne av skjermen, sammen med en gjenstand kalt en POW-blokk i midten av plattformen. Spillet har også et poeng-system, og fortsetter helt til spilleren mister alle livene sine.