Celler kan også deles inn i to kategorier etter deres interne struktur: Prokaryote celler er strukturelt enkle. De finnes kun i encellede og koloni-organismer. Prokarioter mangler blant annet mange av organellene som eukariote celler har. Mange av disse oppgavene skjer i plasmamembranen i stedet. DNA-et i prokaryote celler flyter fritt rundt i cytoplasmaet. Eukaryote celler har organeller med sine egne membraner, og en cellekjerne, eller en membran som verner DNA-et i cellen. Encellede eukaryote organismer som amøber og noen sopparter er svært varierte, men det finnes mange former koloni- og flercellede organismer, som planter, dyr og brunalger.