På tross av sine tidligere planer om å holde seg hjemme, drar Gulliver tilbake på havet, hvor hans mannskap blir fanget av hollandske og japanske pirater i et forsøk på å tvinge dem over på sin side. Gulliver blir forlatt i en liten båt og støter først på en rekke tilsynelatende heslige, misformede skapninger. Like etter møter han en hest, og forstår da at hestene er herskere og de misformede skapningene er mennesker i enkleste form. Gulliver slutter seg til hestene, og begynner å beundre og etterligne houyhnhnmene og deres livsstil. Houyhnhnms har derimot senere en forsamling som utviser Gulliver, i den tro at han er en fare for deres sivilisasjon. Gulliver blir reddet, mot sin vilje, av et portugisisk skip som tar ham med tilbake til England.