Den ble grunnlagt etter lovvedtak av 24. april 1868, ettersom det var behov for en ny havn i området. I 1868 var det bare en liten landsby på stedet med 30 innbyggere. Esbjerg ble anlagt som statlig havn til erstatning for Altona som ble tysk etter den andre slesvigske krig. Danmarks landbruksprodukter ble tidligere eksportert via Altona. Esbjerg vokste raskt til en verdens største fiskerihavner.