Ballyet påkalte deretter den franske konges beskyttelse, og fikk embedet som fransk konsul i Bagdad den 8. mai 1741. Tilknyttet dette var (etter hans forgjenger Varlets død) kontoret som han benyttet som biskop av Babylon-Baghdad, som han ble ordinert til 21. desember 1743 av biskop Paul Alphéran de Bussan i katedralen på Malta. Han ble på Malta til oktober 1741 og nådde tilbake til Bagdad igjen den 5. juli 1746, etter å ha krysset eller reist gjennom Syria, Libanonfjellene og Aleppo.