Gibraltar ble deretter en viktig marinebase for den kongelige britiske marine og spilte en betydelig rolle i slaget ved Trafalgar. Dets strategiske verdi økte med åpningen av Suezkanalen da den kontrollerte en viktig sjørute mellom Storbritannia og kolonier som India og Australia. I løpet av den andre verdenskrig ble de sivile beboerne av Gibraltar evakuert og fjellet, The Rock, ble omdannet til en festning. En flyplass ble bygget over en sivil veddeløpsbane. Gibraltars kanoner kontrollert inngangen til Middelhavet, men planer fra Tyskland om å erobre The Rock, kodenavn «Operasjon Felix», senere navngitt «Llona», ble forhindret av Spanias motvilje mot tyske soldater på spansk jord. Tysklands admiral Wilhelm Canaris, leder av Abwehr, gikk i hemmelighet i mot planene, og da Hitler sendte Canaris for å forhandle med Franco skal sistnevnte i hemmelighet ha rådet Franco om at det var tåpelig av ham å delta eller samarbeide med aksemaktene. Franco krevde ublutt for hans samarbeid og oppførte sperringer i betong på veiene som førte til Pyreneene.