Ekkerøya er mest kjent for den store kolonien av krykkje som holder til i fuglefjellet på sørsida av halvøya. Krykkjebestanden på Ekkerøy ble i 1979 anslått til hekkende par, og bestanden har etter alt å dømme økt siden da. Men det er et rikt fugleliv også ellers på halvøya, som i den grunne bukta på nordsida, langs fjæra, og på platået oppe på halvøya. Det er registrert en rekke hekkende arter i reservatet, blant annet ravn, ærfugl, brushane, tyvjo, rødnebbterne, steinskvett, lappiplerke, skjærpiplerke, heipiplerke, linerle, tjeld og steinvender. Svømmesniper ses både i fjæra og i små dammer. Stelleranda, som hekker i Sibir, kan ses rundt Ekkerøya hele året, men i størst antall om vinteren fram til april–mai. Den arktiske praktærfuglen, havørn, skarv, teist, alke, storlom og smålom forekommer jevnlig i området. Sommerstid kan også islom og gulnebblom nokså ofte ses rundt Ekkerøya. Sandstrendene rett utenfor reservatet huser mengder av vadere i trekktida, som myrsnipe, lappspove, sandlo og sandløper.