Under den etniske konflikten mellom singaleserne og tamilerne var den viktige havnebyen åsted for flere blodige sammenstøt mellom regjeringssoldatene og de tamilske opprørerne. I juli 1996 lanserte tamiltigrene et stort angrep på det militære leirkomplekset, som omfattet også den mindre byen, med tilsammen 4 000 tamiltigre under ledelse av Velupillai Prabhakaran. Det første slaget om Mullaittivu sluttet med at hele garnisonen på 1 407 soldater ble utryddet i en stor massakre. Den srilankiske hæren som hadde forsøkt å komme til unnsetning for garnisonen, måtte evakuerte området og dermed tok LTTE over militærbasen og byen.