Fitzpatrick var en restricted free agent i offseason i 2008 og signerte en 1-årig tender for Bengals 17. april. Etter at startende quarterback Carson Palmer pådro seg en albueskade fikk Fitzpatrick sin første start for Bengals 28. september 2008 mot Cleveland Browns. Han var lagleder i både pasningsyards og yards på løp i kampen, som Bengals tapte 20–12. Palmer var tilbake uken etter mot Dallas Cowboys, men måtte igjen stå over den neste kampen med en sår albue. Den 12. oktober var Fitzpatrick kampstarter mot New York Jets, og beholdt stillingen ut sesongen.