Tyskland angrep Polen den 1. september 1939. To og en halv uke senere inntok Sovjetunionen de østre delene av Polen, områder som i dag hører til Hviterussland og Ukraina. Under Stalins utrenskninger ble Belarus sterkt berørt. Med Molotov–Ribbentrop-pakten og delingen av Polen mellom Sovjetunionen og Tyskland i 1939 ble det belarusiske territoriet og befolkningen uvidet med 45 %. Rundt belarusere ble deportert til Sibir. Belarus ble invadert tyske styrker ved invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941. De sovjetiske styrkene ble tatt imot med glede av hviterussere uvitende eller uforstående til masseforfølgelsene under Stalin. Kommunistenes brutalitet ble raskt et faktum for befolkningen, arrestasjoner ble vanlig, ytterlige kulturelle restriksjoner innført og litteratur omskrevet for å passe kommunistpartiet. Ca mennesker ble deportert til arbeidsleirer i Sovjetunionen.