Etter at hans mor og også hans hustru døde, gikk han tilbake til jesuittene i Shanghai i 1898, og fikk gjenoppta sitt prestelige virke. Fem år etter opprettet han Auroraakademiet , ved jesuittenes gamle stjerneobservatorium i Xujiahui, sentralt i det som er det nåværende bydistriktet Xuhui. Det første årskullet var på 24 studenter, som kom fra forskjellige kinesiske provinser. For Ma symboliserte navnet («soloppgang i øst») den nye begynnelse for Kina som man hadde forhåpninger om, likesom den østlige morgenrøde innvarsler en ny og strålende dag. Akademiet skulle spesialisere seg på å oversette den vestlige litteratur som kunne være tjenlig for Kinas modernisering, og i utviklingen av lærebøker i naturvitenskapene og humaniora til bruk ved kinesiske universiteter. Ett år etter hadde akademiet 106 studenter, og åtte av dem var Hanlin-lærde og over tyve hadde bestått den offisielle byråkrateksamen på provinsnivå . Den 2. september 1905 avskaffet Qing-regjeringen dette konfucianske eksaminasjonssystemet, som hadde bestått i landet i over tusen år.