Som tidligere ble festningen fortsatt brukt som sted for kongehyllinger, stendermøter og leilighetsvis som kongebolig, i tillegg til å ivareta militære funksjoner. Men etter hvert ble de representative oppgavene mindre viktige, særlig etter at Norge mistet de fleste av sine egne riksinstitusjoner ved innføringen av eneveldet i 1660. Utover på 1600- og 1700-tallet ble de representative bygningene stadig mer umoderne og vedlikeholdet ble forsømt. Festningens preg av å være utelukkende en militær installasjon ble tydeligere. Det eneste sivile innslaget gjennom 1700-årene var Overhoffretten. De militære anleggene ble opprustet mot slutten av 1600-tallet og fram mot 1750, da de ytre forsvarsverkene ble forsterket. Etter en bybrann i 1686 ble vollene rundt byen nedlagt, mens Akershus til gjengjeld ble utvidet på bekostning av bybebyggelsen. Store og mektige steinkledde voller med fremskytende bastioner gikk rundt hele festningen som opptok et nesten like stort areal som hele byen Christiania.