Waqa ble valgt inn i parlamentet i valget mai 2003, sammen med blant annet Kinza Clodumar, fra valgkretsen Boe. Under Ludwig Scotty var Waqa innenriks- og utdanningsminister, men måtte gå av da Scottys regjering ble offer for et mistillitsforslag fra René Harris. Han forble imidlertid medlem av parlamentet.