Det har også i noen tid eksistert en hypotese om at sirkadianrytmen i seg selv er sterkt involvert i CH, noe en test av forskeren Carmen Fourier og hennes kolleger (2018) delvis bekrefter. I så måte mistenker man et gen kalt oreksin (hypokretin) reseptor 2 (HCRTR2), som blant annet er implisert under søvn, narkolepsi og hypothalamusfunksjoner. En teori er, at en dysfunksjon i hypothalamus fører til at halspusåren utvider seg, noe som fører til press på trillingnerven og utløser smertesignalene.