Den 28. mars 2005 ble øya rammet på nytt, av et jordskjelv som antas å ha beslektet årsak som jordskjelvet i 2004, som hadde sitt episenter omtrent på samme sted nordøst for øya. Flere hundre bygninger ble jevnet med jorden. En talsmann for katastrofesenteret i området antar at over 1 000 har omkommet på Nias, og Indonesias visepresident Jusuf Kalla uttalte noen timer etter skjelvet at man kunne regne med 1–2 000 omkomne på øya. Han understreket samtidig at anslaget er basert på antallet ødelagte bygninger, og ikke på antall bekreftet omkommet.