På grunn av farens formue var han økonomisk sikret. Derfor var han ikke avhengig av å inngå musikalske kompromisser. Men han hadde i mange år problemer med å få sin musikk oppført. Hans venn Guy Ropartz, siden 1894 leder av konservatoriet i Nancy, oppførte flere av verkene hans og Magnard ga en konsert på egen regning i 1899. Fra 1902 begynte han å gi ut sine komposisjoner selv (opus 8 til opus 20). På grunn av dette gikk mange manuskripter tapt da huset hans brant i 1914. I Dreyfus-saken stilte Magnard seg på siden av Zola, og komponerte i denne anledningen orkesterstykket (1902). miniatyr|Ruinene av Magnards eiendom i Baron etter brannen 1914 Ved begynnelsen av Første verdenskrig sendte Magnard sin kone og deres to døtrene til et trygt sted mens han ble igjen på eiendommen i Baron. Da en tysk rekogniseringsenhet kom ditt, skjøt han på dem og drepte en soldat. Soldatene skjøt tilbake og satte huset i brann. Magnard omkom i brannen og liket hans kunne ikke identifiseres i ruinene senere. Brannen ødela Magnards upubliserte manuskripter, for eksempel hans opera , to akter fra operaen og en sangsyklus. Ropartz, som hadde oppført operaen i 1908, har rekonstruert de tapte to aktene fra erindringen sin og oppførte operaen flere ganger igjen etter 1931.