Fra 1939 til slutten av annen verdenskrig utgjorde den historisk østerrikske delen, altså de tsjekkiske kronlanden, det tyske protektoratet Böhmen-Mähren, mens Republikken Slovakia ble en egen stat i allianse med Hitler. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen. Også andre tsjekkoslovakiske borgere gikk okkupasjonsmaktens ærend. Blant de sudettyske kollaboratørene var den anti-tsjekkiske Karl Hermann Frank. Den tsjekkoslovakiske motstandsbevegelsen rapporterte allerede i 1939 at tsjekkerne fikk et stadig mer radikalt syn på sudettyskerne og at «nasjonen bare overlever på håpet om hevn». Mange sudettyskeres støtte til okkupantene styrket tsjekkernes oppfatning om at sudettyskerne ikke hadde rett til å bo på tsjekkisk jord. Etter opprettelsen av protektoratet tillot Storbritannia at Tsjekkoslovakias gullbeholdning i Bank of England ble overført til protektoratet og marionettregjeringen i Slovakia fikk etablere et konsulat i London.