Etter tre sesonger i Start ble han i 1991 hentet til Strømsgodset av tidligere Tor Røste Fossen. Han gikk mye skadet i starten og fikk lite spilletid den første sesongen, som endte med nedrykk og cupgull for Godset. Isaksen ble toppscorer i Strømsgodset i Tippeligaen i 1993, 1995 og 1996. Oppholdet i Drammen inneholdt også cupfinale i 1993 og et nytt nedrykk i 1994. Isaksen oppnådde legendestatus i Drammen da han scoret det avgjørende målet mot Start i siste serierunde i 1996, en scoring som gjorde at SIF berget plassen i Eliteserien på målforskjell. Dette var det siste han gjorde i Strømsgodset før han returnerte til nettopp Start. Her ble han klubbens toppscorer to år på rad før han la opp i løpet av 1999-sesongen.