Han var Japans fungerende statsminister i 1901 og statsminister 1906–1908 og i 1911–1912. Saionji mente at det keiserlige hoff skulle vernes, og at det ikke skulle delta direkte i regjeringsutøvelse. Dette var et av områder der han fikk motbør fra nasjonalistene i hæren, som håpet at keiseren ville ta del i japansk politikk direkte og på den måte svekke både parlament og kabinett. Nasjonalister anklaget ham også for å være «globalist».