I 1647 ble han sendt til Mexico og i 1648 til Filippinene. Der underviste han i teologi i Manila, ved Santo Tomás-universitetet. Navarrete var en av de få europeere på den tid til å besøke kailifolkets område på vestkysten av Sulawesi; han nedtegnet noen av de mest presise av de tidlige skildringer derfra, og også av Minahasahalvøya. Fra Filippinene ble han i 1658 sendt til Macao i Kina.