Shredder får vite om Kraangs tilstedeværelse gjennom sin adopterte datter Karai, og inngår en allianse med romvesenene for å ødelegge deres felles motstandere i Hamato-klanen. Skilpaddene oppdager senere at Kraang kom til jordkloden fra Dimensjon X, og bygde deres hovedkvarter med en organisasjon som heter TCRI. De planlegger å bruke mutagenet, og et sett med Kraang-lignende krefter som April ble født med, for å konvertere Jordkloden til en planet bedre egnet til deres formål. Skilpaddene klarer å redde Kirby, men Kraang invaderer New York.