I 1945 ble han fanget av sovjetiske styrker og fraktet til Sovjetunionen. I 1948 ble han dømt til 25 års fengsel for krigsforbrytelser, men han ble løslatt allerede i 1955 i forbindelse med et fangeutvekslingsprogram mellom Sovjet og Vest-Tyskland. I Tyskland gjenopptok han karrieren som gynekolog, men reaksjoner fra overlevende førte til at han ble arrestert og stilt for retten på nytt i Tyskland. Han hadde på denne tiden blitt alkoholiker og snakket stolt om sine eksperimenter under krigen. Han snakket hånende om overlevende som krevde at tyske myndigheter skulle frata ham legelisensen. Clauberg døde i fengsel før rettssaken kom i gang.