Inspirasjonen fra de mange forskjellige musikkstilene medførte at The Beatles benyttet seg av andre instrumenter enn de tradisjonelle. De var tidlig ute med sitar på «Norwegian Wood (This Bird Has Flown)», og inspirerte mange til å følge etter. Bruk av instrumenter som man vanligvis finner i klassisk musikk, ble også naturlige for dem, som strykere i «Yesterday» og «Eleanor Rigby», der McCartney er tillagt å ha spilt en viktig rolle i å tette gapet mellom klassisk og popmusikk og å gjøre bruk av strykeinstrumenter populært igjen. De inkluderte også cembalo på «Fixing a Hole» (og indirekte på «In My Life»), og var igjen tidlig ute med det som etter hvert ble en utvikling for dette instrumentet. De benyttet seg også av pikkolotrompet på «Penny Lane», waldhorn på «Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band» og fløyte på «You've Got to Hide Your Love Away». I tillegg brukte de mer avanserte instrumenter som primitiv synthesizer, bassmunnspill, mellotron og damporgel.