Bernal gravde ut mye av Monte Albán. Han begynte opprinnelig som student av Alfonso Caso, og ledet seinere store arkeologiske prosjekter i Teotihuacan. I 1965 gravde han ut Dainzú. Han var direktør for Mexicos Mexicos nasjonale antropologi museum 1962-68 og igjen 1970-77. Han ble tildelt Premio Nacional i 1969. Han var grunnleggende medlem av Third World Academy of Sciences i 1983.