Økonomien i kolonitiden begrenset seg til eksport av jordbruksvarer som bomull og kaffe. I motsetning til Kenya forble antallet europeiske innflyttere lite, så landbruksmetodene ble preget av den lokale kunnskap. Etter byggingen av jernbanen gjennom de britiske koloniene, flyttet mange asiater til Uganda. De har i etterkant stått for en stor del av handelen og industrialiseringen i Uganda.