Einar Gelius vokste opp i både Arendal og Stavanger. Som 13 åring gjorde han seg bemerket da han vant en stilkonkurranse om byens kirker i forbindelse med Arendals byjubileum i 1973. Da han var 18 år gammel begynte han å studere juss ved Universitetet i Oslo, før han droppet ut av jusstudiene etter to og et halvt år. Han studerte deretter teologi, først i Stavanger, så ved Det teologiske fakultet (UiO). Årsaken til byttet var i stor grad kirkekampen mot apartheidlovene i Sør-Afrika på slutten av 1970-årene. Under studiene skrev Gelius hovedfagsoppgave om svart teologi og frigjøringsteologi. Han studerte både ved Misjonshøgskolen i Stavanger og ved Universitetet i Oslo. Han tok teologisk embetseksamen ved sistnevnte lærested i 1985.