ECD produserer signifikant forskjellige typer fragmentioner (selv om primært c- og z-type, er b-ioner blitt identifisert i ECD) enn andre MS/MS-fragmenteringsmetoder som elektron-løsrivelse dissosiasjon (EDD) (primært a og x-typer), kollisjonsindusert dissosiasjon (CID) (primært b og y-type) og infrarød multifoton dissosiasjon. CID og IRMPD introduserer intern vibrasjonsenergi på en eller annen måte, forårsaker tap av endringer etter translasjon under fragmentering. I ECD observeres unike fragmenter (og komplementære til CID), og evnen til å fragmentere hele makromolekyler effektivt har vært lovende.