Vinteren 1941-1942 ble 1300 tsjekkere sendt til Mauthausen og nær 1500 sendt til Auschwitz anklaget for politisk virksomhet. Det patriotiske idrettsforbundet Sokol ble oppløst og 1,1 milliarder kroner av forbundets midler beslaglagt. UVOD, den samordnete motstandsbevegelsen, ble nesten helt lammet og det ble slutt på streiker og gå-sakte-aksjoner. Statsminister Alois Eliáš ble arrestert (Heydrich kjente til at han kommuniserte med UVOD). Eliáš og Otakar Klapka (borgermester i Praha) ble dømt til døden. President Hácha ba om nåde for Eliáš: Hitler utsatte henrettelsen for å beholde Eliáš som gissel.