Magadan er svært isolert. Den nærmeste større byen er Jakutsk, 2000 km unna via en vei uten fast dekke, som er best brukt om vinteren, spesielt ettersom det ikke er noen bru over elva Lena ved Jakutsk (alternativene er ferge fra Nizjnij Bestjakh om sommeren, når resten av veien kan være uframkommelig på grunn av oversvømmelse, eller over isen om vinteren).