Eisenstein drev en klinikk i Chicago frem til han ble slått konkurs etter en rettssak hvor klinikken ble dømt til å betale 30 millioner dollar i erstatning til foreldre av barn som hadde dødd etter alvorlige tilfeller av feilbehandlinger. Eisenstein var også en skarp motstander av vaksiner. Han støttet Andrew Wakefields hypotese om at vaksiner kunne utløse autisme, og drev et konsept for behandling av autister etter modell fra Mark Geier som i 2011 ble fratatt sin legelisens.