Under den andre verdenskrig var Frederik Prytz fylkesmann i Sør-Trøndelag og sjef for Finansdepartementet i perioden 1942–1944. I 1943 satte Prytz Statistisk sentralbyrå i gang innsamling av opplysninger om krigens kostnader for Norge. Dette skulle danne grunnlag for krav om krigserstatning fra Storbritannia. Per von Hirsch overtok som finansminister da Prytz døde. Han var «anglofil» og hadde kjennskap til jødenes skjebne etter deportasjonen, trolig ved at han hørte på BBC. Prytz var frimurer og fikk i 1940 beskjed av Quisling om å melde seg ut. I Quislings regjering var han trolig Quislings nærmest fortrolige rådgiver og var en bitter personlig motstander av Hagelin som frontet en nasjonalistisk linje innad i regjeringen. Prytz og Finn Støren hadde planer om norsk ekspansjon østover i Nord-Russland og arbeidet for disse planene i Berlin i 1941. I juli 1941 hadde Hitler, uten at Prytz kjente til det, allerede bestemt at Kolahalvøya skulle være Terbovens ansvar.