Hennes foreldre var Ptolemaios IX Lathyros og Kleopatra Selene I. Hennes far var i dynastisk strid med sin bror Ptolemaios X Aleksander om den egyptiske tronen, og i oktober 107 f.Kr. ble faren Lathyros nødt til å flykte fra Egypt og til Kypros. Aleksander ble da medregent av Egypt sammen med den viljesterke moren Kleopatra III. Bak seg etterlot Lathyros sin hustru og søster Kleopatra Selene I og familien, inkludert Kleopatra Berenike III. I 101 f.Kr. giftet onkelen Aleksander seg med henne, og samme år, den 26. oktober, beordret Aleksander moren Kleopatra III drept. Deretter fortsatte han som enekonge av Egypt. I 88 f.Kr. var misnøyen så stor i Alexandria at byborgerne forviste ham og han flyktet til Myra i Lykia for å samle seg en hær. I hans fravær kom Ptolemaios IX Lathyros på tronen igjen. Samtidig mistet Kleopatra Berenike III sin posisjon som dronning av Egypt. Aleksander ble derimot drept i slag på Kypros samme år som han flyktet. Imidlertid døde faren i slutten av 81 f.Kr. og atter ble hun dronning.