Bakterier er prokaryoter. Ulikt dyreceller og andre eukaryoter, inneholder bakteriecellene ingen cellekjerne og har sjelden membran-bundet organeller. Likeledes inkluderer begrepet bakterier tradisjonelt alle prokaryoter, den vitenskapelige nomenklaturen etter oppdagelsen av prokaryotisk liv består av to forskjellige typer av organismer som utviklet seg uavhengig av hverandre fra samme stamfar. Disse evolusjonære områdene blir kalt bakterier og archaea.