Vrba arbeidet i «Kanada», avdelingen der eiendeler og verdisaker for de som ble gasset ble sortert og videresendt. Hovedjernbanelinjen mellom Wien og Kraków gikk mellom Auschwitz I og Birkenau, og ved et kort sidespor var det en plattform der vognene med deporterte personer ble tømt. Gulvet i godsvognene var dekket av etterlatt bagasje. Han fant i forbindelse med dette arbeidet litt mat som ga ham bedre muligheter til å overleve. Det tok et par timer å rydde et tog. Etter seks måneder ble Vrba flyttet til Auschwitz-Birkenau som var utryddelsesleiren knyttet til Auschwitz-komplekset. Kanada-kommandoen ble opprinnelig innkvartert i blokk 4 i Auschwitz I, i januar 1943 ble den flyttet til blokk 16 i Birkenau.