En ung FBI-agent Alex Parrish blir hovedmistenkt etter et stort terror-angrep mot Grand Central Terminal. Hun blir derfor arrestert for forræderi. I en rekke tilbakeblikk trener Parrish og hennes med-rekrutter (hver med deres egen grunn for å bli med i FBI) ved FBI-akademiet på Quantico. Dagens tidslinje fokuserer på Parrishs anstrengte forhold til vennene og kollegaene hennes, samtidig som hun er på flukt fra resten av FBI. Samtidig må hun forsøker å bevise sin egen uskyld, selv når enda flere voldelige angrep finner sted. I den andre sesongen har Parrish tilsynelatende fått sparken fra FBI.