Dolphins forble et bra lagt i seks år etter at Shula pensjonerte seg under Jimmy Johnson og Dave Wannstedt, men har siden 2002 og spesielt siden 2004 slitt, med kun to turer til sluttspillet i løpet av atten sesonger. Om det ikke hadde vært for deres seier mot Baltimore Ravens på overtid i 2007 hadde Dolphins blitt det første laget til å gå en sesong uten en seier, ett år før Detroit Lions gikk et helt seriespill på 16 kamper uten en seier. Den samme sesongen ble Dolphins det første laget i NFLs historie til å vinne sin divisjon etter å ha avsluttet forrige sesong 1–15, som frem til 2020-sesongen var den siste gangen et annet lag enn New England Patriots vant divisjonstittelen i AFC East. Siden 2000 har Dolphins nådd sluttspillet fem ganger, men aldri lenger enn wildcardrunden.