Den danske flåten hadde gjennom mange år forfalt, og Adelers hovedoppgave ble å lede et stort nybygningsprogram. Han tegnet og konstruerte selv orlogsskip basert på sine erfaringer fra Nederland og Venezia. Flere av dem var galleier etter mønster fra Middelhavet. Mellom 1663 og 1675 ledet han byggingen av rundt 30 nye orlogsfartøyer.