Ekteskapet med C.G. Wrangel var trolig lykkelig og paret fikk elleve barn, fem sønner og seks døtre. Bare tre døtre overlevde til voksenalder. Etter trettiårskrigens slutt i 1648 levde hun en tid i Nürnberg og bosatte seg siden med ektemannen på hans gods i svensk Pommern. Anna Margareta von Haugwitz var aktiv og fungerte som godseier selv om ektemannen fortsatt var i live. Det ser ut til at hun fikk ansvaret for godsets økonomi og drift av ektemannen, noe som blir merkbart av at de underordnede på godset rettet søknader, klager og brev om forhold på godset til henne og ikke hennes mann. Hun behandlet spørsmål om hvem som skulle få leie forskjellige gårder under godset, men inngrep også i rettsanliggender, og klarte i 1665 å forhindre at en henrettelse av en dragon ble gjennomført i Kristianstad. Von Haugwitz tok også imot forespørsler om å anbefale søknader til ektemannen.