Han var gift med Ingeborg Sørensdatter Friis, datter av slottsskriver Søren Friis. Datteren Elisabeth Munthe ble gift med Christen Paus, borgermester i Bergen. Ludvig Munthe ble gjennom sin datter Abel (1628–1676) som ble gift med magister Peder Lem (1617-1663), morfar til Ludvig Holberg, som ble oppkalt etter ham.