Andre større bruksområder inkluderer medisin og kjemisk industri, hvor peroksider blir brukt i ulike syntesereaksjoner eller oppstår som et intermediat. Med en årlig produksjon på over to millioner tonn, er hydrogenperoksid det økonomisk mest betydningsfulle peroksidet. Mange peroksider er ustabile og farlige substanser; de kan ikke lagres og blir kun syntetetisert for umiddelbar bruk.