I 1284 klarte Theodora med støtte fra den georgiske kong David VI Narin å overta keisermakten fra sin halvbror, keiser Johannes II Megas Komnenos. Johannes II kan muligens ha søkt tilflukt i befestningen Tripolis i regionen Pontos ved svartehavskysten. Kort tid etter maktovertakelsen (i 1285) ble hun igjen beseiret av Johannes som gjenvant tronen, men hun regjerte lenge nok til å ha slått egne mynter. Etter henne finnes eksempler på både «aspron»-mynter i sølv og «nomisma»-mynter i bronse.