Etter slaget om Frankrike i 1940 ble landet okkupert av det nasjonalsosialistiske Tyskland. Syria-Libanon kom som de fleste andre franske kolonier under Vichy-Frankrikes kontroll. I juni 1941 invaderte australske, britiske og frie franske styrker Syria og Libanon, og etter litt over én måned hadde de i felttoget i Syria og Libanon beseiret de Vichy-lojale styrkene og skaffet seg kontrollen over mandatet. Samme år erklærte de frie franske styrkene Syria begrenset «uavhengig», men det var ikke før den syriske nasjonalforsamlinga 30. november 1943 fjernet grunnlovens paragraf 116, som ga Frankrike veto over alle beslutninger, at Syria fikk en virkelig uavhengighet. Dette sammenfalt med en lignende beslutning i Libanon 8. november, og Frankrike kunne ikke intervenere militært på grunn av britisk okkupasjon. 1. januar 1944 frasa de frie franske styrkene seg sine gjenværende rettigheter i Syria. De siste franske styrkene forlot Syria i april 1946 etter britisk press, og makten ble overtatt av en republikansk regjering.