Nzapalainga vokste opp i fattige kår. Faren hans var analfabet. Etter å ha møtt den nederlandske ordenpresten Leon van den Wildenberg, begynte han på gutteseminar i Bangassou. Han finansierte studiene med vikariat som kokk og mekaniker. Deretter studerte han filosofi ved -seminaret i Otélé og katolsk teologi ved spiritanernes seminar i Libreville i Gabon.