Røde Khmer overlevde bare på grunn av kinesisk militærhjelp, men hadde ingen mulighet til å gjenerobre landet. Etterhvert var ikke Røde Khmer lenger vietnamesernes førsteprioritet, her hadde andre mer moderate geriljastyrker tatt over. Selv om Røde Khmer beholdt en begrenset paramilitær makt etter Vietnams tilbaketrekning fra landet, hadde denne ingen reell makt; I 1997 led geriljaen enda et nederlag, da i en kort konflikt med Hun Sens vietnamesisk-støttede privathær.