Den 23. april 2016 ble han midlertidig suspendert for doping etter å fått i seg et fettforbrennende middel. Sakho forklarte at han hadde fått i seg stoffet ved et uhell. Sakho ble 7 juli 2016 frikjent av et panel fra UEFA valgte å droppe anklagene. Saken fikk en lengre behandlingstid enn normalt, da det fettforbrennende stoffet ikke sto på dopinglisten. Det førte til at UEFA beordret sitt disiplinærutvalg om å undersøke om stoffet skal være på Wada-listen eller ikke, noe som igjen har ført til at saken tok lengre tid enn forventet. Under saken ble han også suspendert fra samtlige klubb- og landslagskamper. Det endte med at Sakho ikke kunne spille finalen i Europaligaen med Liverpool, en finale de tapte 3-1.