Senere på våren ble Rowleys styrke redusert ved at og ble sendt tilbake til England for overhaling. Selv om han nå bare hadde fem fregatter og noen mindre skip, begynte Rowley å forberede en invasjon av Île Bonaparte ved å øke antall tilgjengelige soldater på Rodrigues med mannskap fra Madras. Île Bonaparte var en av de mindre franske basene og hadde svakere forsvar, noe som blant annet skyldtes angrepet mot Saint Paul året før. 24. juni trakk Rowley og tilbake til Rodrigues og samlet Keatings styrke med over 3000 soldater. Rowley møtte resten av eskadren utenfor Bonaparte, og organiserte derfra to landganger 7. juli, på hver side av øyas hovedstad Saint Denis. De britiske landgangsenhetene avanserte raskt mot det franske forsvaret, og tvang øyas guvernør Chrysostôme de Sainte-Suzanne til å overgi seg dagen etter. Det var dagen etter denne operasjonen at kapteinen Matthew Flinders, en oppdagelsesreisende som hadde blitt arrestert av Decaen i Port Napoleon åtte år tidligere og holdt fanget på tross av Napoleons instrukser om å løslate ham, ble satt fri. Flinders kunne gi mye detaljert informasjon om forsvaret på Isle de France som han ga til Rowley og senere Bertie.