De laterale halscystene stammer fra en anomali i 2. gjellebue. Gjellebuene er ulike «lag» eller nivåer menneskekroppen utvikler seg i. Noen anatomiske strukturer oppstår i ett nivå, men flytter seg senere bort fra dette. Den "gangen" som oppstår under flyttingen (kalt fistelgang) skal normalt lukke seg etterpå. Cyster oppstår når gangen ikke har lukket seg skikkelig igjen etter flytting.