Angra do Heroísmo er Azorenes eldste by, og fikk bystatus i 1534. Samtidig ble byen av pave Paul III opprettet som bispesete i Angra bispedømme. Byggingen av katedralen begynte i 1570. Den ble sterkt skadet under et jordskjelv i 1980, og i 1982 falt begge tårnene ned. Etter en restaurering ble kirken innviet på ny i 1985.