Etter selvstendighetskrigen gjorde kreolsamfunnets forskjellige konflikter, særlig ambisjoner, landet organisering særs vanskelig. I løpet av de første 75 selvstendige åra, ble kun tre sivile presidenter: Manuel Pardo, Nicolás de Piérola og Francisco García Calderón. Etter splittelsen av Alto Perú i 1815, ble Republikken Bolivia grunnlagt. I 1837 ble Perú-Bolivia-konføderasjonen etablert, men den ble oppløst to år senere grunnet chilensk militærintervensjon.