I Nordisk mesterskap i friidrett innendørs 2016 (Nordic Indoor Match) i Växjö vant Warholm 200 meter, og kom på fjerdeplass i lengdehopp. Han deltok også på Norges lag som vant 4 × 400 meter stafett. Han vant 400 meter i UM innendørs 2016, og han vant 200 meter, 400 meter og lengdehopp i NM i friidrett innendørs 2016.