I den andre halvdelen av det 23. århundre (stjernedato 7412,6, ca. år 2272) blir en fremmed kraft, i form av en sky, funnet i klingonsk rom. Det viser seg at den er på vei mot jorden. Skyen tilintetgjør tre klingonske skip og en av Stjerneflåtens romstasjoner. Stjerneflåten bestemmer seg for å sende romskipet USS «Enterprise» for å stanse skyen, selv om det betyr at utbedringene av skipet må ferdiggjøres før tiden og testes underveis.