Under Kosovokrigen i 1999 ble han tiltalt for forbrytelser mot menneskeheten i Kosovo ved Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia. Halvannet år senere ble han også tiltalt for krigsforbrytelser i Kroatia og Bosnia og folkemord i Bosnia. I 2000 førte massedemonstrasjoner til at han måtte gå av, etter først å ha nektet å akseptere valgnederlaget. Han ble arrestert av jugoslavisk politi etter å ha blitt anklaget for korrupsjon og maktmisbruk den 31. mars 2001. 28. juni samme år ble han utlevert til FN, og satt i varetekt i krigsforbryterdomstolens fengsel i Haag i Nederland mens saken mot ham pågikk.