Charles startet karrieren på seniornivå i 1988 med Esporte Clube Bahia på et lag som overraskende endte året med å vinne det brasilianske seriemesterskapet. I 1989 etablerte han seg på laget i en sesong han scoret tretten mål. Charles markerte seg som en spiss som kompenserte for manglende hurtighet med god plasseringsevne og god ballkontroll.