Prøver av virus (RaTG13) fra flaggermusen "Rhinolophus sinicus" samsvarer 96% med SARS-CoV-2, og virus fra skjelldyr samsvarer 92%. Viruset fra flaggermus mangler en type binding (RBD) som gjør at smitte til menneske er usannsynlig, mens skjelldyr-viruset har denne bindingen. Katter og ildere kan også smittes av virus med denne bindingen. Det ble derfor antatt at SARS-CoV-2 enten er en kombinasjon av disse to virusene, eller at skjelldyrviruset er det som har smittet videre til mennesket via en annen kilde. I februar 2021 viste en studie at flaggermus og skjelldyr i Thailand også hadde varianter av nesten samme virus (RacCS203), noe som gjør det sannsynlig at flaggermus andre steder kan ha andre varianter, og at flaggermus fra hvor som helst i regionen kan være opphav til viruset som har smittet mennesker. I mars 2021 uttalte medlem i WHOs etterforskningsgruppe, Peter Daszak, at gårder sør i Kina som driver oppdrett av ville dyr sannsynligvis er opphavet til viruset.