Byen ble erobret av Israel i seksdagerskrigen. Etter 27 år med israelsk okkupasjon, ble Deir al-Balah den første byen som kom under palestinsk selvstyre i 1994. Etter utbruddet av Den andre intifadaen i 2000 ble byen ofte utsatt for angrep fra den israelske hær som hevdet at målet var å stoppe Qassamraketter fra å bli avfyrt derfra og inn i Israel. Byen er blitt beskrevet som en «høyborg» for Hamas som i 2005 hadde 13 av 15 seter i byparlamentet.