Han ble statsminister i Transvaal den 4. mars 1907. Sammen med en annen boerkrigshelt, Jan Smuts, dannet han South African Party, eller SAP. Botha ble vidt utbredt sett på som for forsonende med Storbritannia og stod ovenfor opprør innenfra eget parti og fra opposisjonen under James Barry Munnik Hertzogs Nasjonalistparti. Da Sør-Afrika fikk status som dominion i 1910, ble Botha den første statsministeren i Unionen Sør-Afrika.