I 1987 skjedde neste omorganisering, da verket ble en statlig, forretningsbasert virksomhet (affärsverk) og fikk nye inndelinger. I begynnelsen av 2000-tallet ble myndigheten «Handelsflottans Kultur- och Fritidsråd» (HKF) lagt ned og virksomheten ble overtatt av Sjöfartsverket. Dette innfatter blant annet Svenska sjömansbiblioteket. Den første januar 2009 ble Sjöfartsinspektionen overført fra Sjöfartsverket til den nye myndigheten Transportstyrelsen.