Gjennomsnittlig er det kun salt i verdens innsjøer, men variasjonen er stor. Innsjøer i ørkener har ofte svært høyt saltinnhold, i noen tilfeller større enn i havet. Oksygeninnholdet er også meget variabelt, spesielt har innsjøer med mye omrøring og lite næring mye oksygen i vannet. Derimot kan innsjøer med høy biologisk produksjon vært helt uten oksygen, stort sett avhengig av sesongvariasjoner og om vannet er lagdelt.