Det norske navnet Kautokeino og det finske/kvenske ‘’Koutokeino’’er lånt fra samisk.. Betydningen «midtveis» kan også komme av avstanden mellom Tornedalselva eller Ounasjoki via Palojoki til Finnmarkskysten, eller at det fra gammelt av var den midtre vegen mellom Finland og Ishavet. Forleddet er brukt i namn som «fjellet i midten» og «flytteleia i midten», og navnet finnes også i sørsamisk «midtveis». Det finnes også andre teorier om opprinnelsen til navnet, blant annet at det viser til et sted der det vokser sennegras.