I 1744 ble Heltzen gift med Kirstine Elieson, også hun fra en fremstående Christiania-slekt. Hun døde imidlertid allerede i 1753. Heltzen giftet seg på nytt i 1760, da med den 17 år gamle fra Christiania. I 1761 fikk de datteren , men hun døde senere samme år. Sønnen ble født i 1762, men i 1763 døde både fru Heltzen og sønnen.