Innskuddsgarantien har noen unntak, blant annet omfattes ikke innskudd fra andre kredittinstitusjoner eller fra offentlig myndighet. Innskudd av utbytte ved transaksjoner som etter rettskraftig dom er i strid med lovgivningen om hvitvasking av penger eller finansiering av terrorvirksomhet er heller ikke omfattet av innskuddsgarantien.