Det var aldri meningen at X-43-flyene skulle reddes etter flyvningene, og alle test-data ble derfor kontinuerlig overført til en bakkestasjon. Scramjet er en ramjet som har supersonisk lufthastighet i brennkammeret. X-43s scramjet-motor brukte hydrogen i gassform som drivstoff. Siden scramjetmotoren ikke fungerer ved lave hastigheter, ble X-43 påmontert en Pegasus bærerakett, og bragt opp i luften av NASAs NB-52B moderfly. Etter at ekvipasjen var frigjort fra moderflyet, startet Pegasus-raketten og bragte X-43 opp i tilstrekkelig høy hastighet til at scramjet-motoren kunne startes. X-43 og Pegasus skilte lag, og scramjeten ble startet. Etter omkring 10 sekunder brenntid stoppet motoren, og X-43 begynte på nedstigningen før det til slutt styrtet i havet.