Hamburg vokste økonomisk under Trettiårskrigen, da byen var nøytral og beskyttet av omfattende festningsanlegg. Hamburg opprettholdt handelsforbindelser med all parter under Trettiårskrigen og fungerte som betalingssentral og finanssentrum. Nederland, Spania og Portugal, samt Russland via Arkhangelsk, var viktige handelspartnere. Utover på 1600-tallet ble Frankrike også en viktig handelspartner. På 1600-tallet gikk raffinert sukker forbi øl som byens viktigste eksportvare. I år 1700 hadde byen rundt 60.000 innbyggere. Fra slutten av 1700-tallet begynte Hamburg å handle med landene i Amerika som hadde blitt uavhengige fra de europeiske kolonimaktene. Handel med de tidligere britiske koloniene i Nord-Amerika begynte i 1783. Hamburg gikk inn i en økonomisk nedgang i forbindelse med Napoleons okkupasjon av byen (1806-1814) og handelsblokaden i forbindelse med Napoleonskrigene. Fra 1820 begynte handel på de tidligere spanske og portugisiske koloniene i Sør- og Mellom-Amerika. Midt på 1800-tallet var Hamburg verdens nest største handelsby (målt i volum) etter London. Under Det tyske keiserrike fikk Hamburg økonomisk støtte til å anlegge en stor frihavn noe som førte til at havnearbeiderne måtte flytte til ytre bydeler. Frihavnen åpnet i 1888 og stimulerte til ny industrietablering innenfor matvarer, kaffe, oljeraffinering og gummiproduksjon. Rundt 1900 hadde Hamburg (med en befolkning på over 600.000) blitt Tysklands nest største industriby og viktigste havn, nær 5 % av verdenshandelen ble da lastet om i Hamburg. HAPAG, den gangen verdens største rederi, hadde hovedkontor i Hamburg. Inntil 1800-tallet var havnen stort sett naturlig og ble i løpet av århundret utvidet og modernisert med anlegg av kaier og lagerhus.