Under andre verdenskrig kom de fleste av de innsatte i Flossenbürg, eller i en av de rundt 100 underleirene, fra de tyskokkuperte områdene i Øst-Europa. De innsatte i Flossenbürg bodde i 16 store trebrakker, og leirens krematorium var i dal rett utenfor leiren. I september 1939 overførte SS rundt politiske fanger til Flossenbürg fra Dachau.