I 1880, da Ernest var seks år gammel, gav Henry Shackleton opp sitt liv som landeier for å studere medisin ved Trinity College i Dublin, og hele familien flyttet til byen. Fire år senere flyttet familien enda en gang, fra Irland til Sydenham, en del av Londons forsted. Delvis var dette på leting etter bedre faglige utsikter for en nyutdannet lege, men en annen faktor kan ha vært uro for deres anglo-irske herkomst etter de irske nasjonalistenes drap på Lord Frederick Cavendish, den britiske for Irland, i 1882.