Alle øyene i Makaronesia er av vulkansk opprinnelse. De fleste øyene ligger over ulike varmepunkter på den afrikanske kontinentalplaten, unntatt Azorene som ligger på trippelpunktet der de afrikanske, nordamerikanske og eurasiske kontinentalplatene møtes. Den eldste øya er Selvagem Grande, som maksimalt er 27 millioner år, men det kan ha vært store øyer i området i en periode på opptil 60 millioner år. Alle stadier i utviklingen av varmepunktøyer finnes: undersjøiske vulkaner som ennå ikke stikker opp av havet, øyer med aktive vulkaner og høye fjell, lave øyer uten aktive vulkaner og guyoter, altså øyer som er sunket under havflaten, men som stikker opp som fjell fra dyphavsslettene.