Makhnos geriljastyrke besto av 50 000 mobile ryttere, ofte støttet av , et lett hestespann med påmontert maskingevær. Under borgerkrigen lyktes Makhno å opprette en anarkistisk rådsrepublikk i det østlige Ukraina. Idéene til Makhno skilte seg klart fra de russiske kommunistenes idéer. Makhno var motstander av alle former for statlig styring, og han forkastet blant annet marxistenes konsept med «proletariatets diktatur». Bolsjevikene anklagde makhnoistene for å bruke brutale metoder til å undertrykke politiske motstandere i republikken, og for å opprette blant annet to hemmelige politistyrker for å knuse opposisjonen.