Året etter ble han ordenens generalsuperior. I de 24 år som Beckx leder jesuitterordenen, ble ordenens medlemstall fordoblet, og ble det opprettet nye ordensprovinser i Irland, Frankrike, Spania, Portugal og Amerika. Jesuittene gjorde seg også mer gjeldende i protestantiske områder, og fikk i det hele tatt en større gjennomslagskraft - noe som også kunne tilskrives pater Beckx' lederskap. Men samtidig ble jesuittene fordrevet fra flere land.