I mars 1659 brøt Boym på nytt opp mot Kina. Av de åtte prestene han tok med seg som misjonærer, overlevde bare fire den lange reisen. I Goa fikk han vite at det stod dårlig til med Yongli, og trass i kongens anvisninger nektet de portugisiske myndigheter ham i å fortsette reisen tilbake til Kina. Macao-handelen måtte ikke settes i fare.