Enda en invasjon av Alarek ble forhindret i 408 av Stilicho da han fikk senatet til å betale 4 000 pund i gull for å få goterne til å forlate Italia. Honorius var i mellomtiden i Bononia på vei fra Ravenna til Ticinum (Pavia) da nyheten om at hans bror Arcadius hadde dødd den 1. mai 408. Han planla først å reise til Konstantinopel for å bidra til overgangen til sin nevø og Arcadius’ etterfølger Theodosius II. Innkalt til Ravenna for råd, Stilicho rådet Honorius fra å reise, og besluttet å reise selv. I hans fravær fikk en minister ved navn Olympius tillit hos Honorius. Keiseren var blitt 23 år og antagelig blitt trett av å bli styrt av den dominerende Stilicho. Han fikk høre rykter om at Stilicho planla å gifte sin egen sønn med Honorius’ nå 18 år gamle søster Galla Placidia, oppfostret i Stilichos hjem. Det kunne være et forsøk på keisertronen, ikke for Stilicho selv som var halvt germaner, men for sin sønn, forsterket med en keiserlig hustru. Honorius lyttet også til rådgivere rundt ham som anklaget Stilicho for forræderi. Da Stilicho kom tilbake ble han raskt anklaget og arrestert, og den 22. august 408 ble Stilicho, ennå ikke femti år, henrettet i Ravenna.