Det er flere fotballstadioner i og rundt Gaborone, blant andre SSKB Stadium, Mochudi Stadium og Botswana National Stadium. Det finnes også tallrike fotballag som representerer Gaborone, som Botswana Defence Force XI, Gaborone United, Notwane FC, Police XI, Township Rollers og Uniao Flamengo Santos FC, der sistnevnte er fra den nærliggende byen Gabane. Alle disse spiller i den botswanske toppserien Botswana Premier League. Det botswanske herrelandslaget i fotball spiller på Botswana National Stadium, men har aldri kvalifisert seg til et verdensmesterskap, selv om de kvalifiserte seg til Afrikamesterskapet i 2012, som ble holdt i Gabon i januar.