Huppenkothen ble medlem av NSDAP og Allgemeine-SS i 1933. Han var i 1937 sjef for Stapostelle (Staatspolizeileitstelle) Lüneburg. Etter Tysklands invasjon av Polen den 1. september 1939 ble Huppenkothen stedfortredende kommandant for Einsatzgruppe I under Bruno Streckenbach. Huppenkothen fungerte som forbindelseoffiser mellom Einsatzgruppen (enheter som forfulgte jødene i øst) og 14. armé.