Yaris ble lansert i 1999 med en 4-sylindret VVT-i motor på 1,0 liter som utviklet 68 HK. Yaris Verso kom sent samme år med en 1,3 liters motor på 86 HK. Denne motoren ble også tilgjengelig på Yaris. I 2001 kom Yaris T-Sport med en 1,5 liters bensinmotor med 106 HK. I 2002 ble en D-4D turbodieselmotor på 1,4 liter og effekt på 75 HK tilgjengelig for Yaris og Yaris Verso. I 2003 gjennomgikk modellen en ansiktsløftning og motorene ble modifisert.