Flagget av 2007 erstatter et tidligere uoffisielt flagg bestående av et rødt nordisk kors på gul duk. Dette uoffisielle flagget ble til på midten av 1990-tallet og blr lokalt omtalt som St. Magnuskorset. Det var oppkalt etter Orknøyenes helgen Magnus Orknøyjarl, selv om det ikke foreligger noen historiske forbindelser mellom helgenen og det røde korset på gul bakgrunn. Flaggets gule og røde farger ble hentet fra Skottlands kongeflagg og det norske riksvåpenet, som et uttrykk for at øyene har røtter fra begge rikene. Flagget manglet offisiell status fordi Skottlands heraldiske myndighet, Lord Lyon King of Arms, anså det som for likt Ulsters våpen og flagg.