Valdemar Seier lot Thrugotsen krone den valgte etterfølger Erik Plogpenning. Det lyktes erkebiskopen å få levert tilbake den største del av Bornholm og annet gods, som tidligere var blitt tatt fra Lund erkebispedømme. Da kong Valdemar gjenerobret Estland, måtte Thrugotsen dog finne seg i, at kongen utnevnte en egen biskop i Tallinn. Det var ellers konstant strid mellom kongen og erkebiskopen omkring de kirkelige embeter. Stridighetene fortsatte under kong Erik, og han medvirket sogar i skåningenes opprør over den i 1249 innførte plogskatten. I 1250 kronet han kong Abel, men konflikten mellom konge og kirke fortsatte også her.