I UEFA-cupen kom Basel i gruppe med Hamburg SV, Stade Rennais FC, SK Brann og NK Dinamo Zagreb. Basel kom seg videre fra gruppen, på 2.-plass bak Hamburg SV, og ble trukket opp mot Sporting Clube de Portugal i 32 delsfinalen, etter at de hadde endt på tredjeplass i sin Mesterligaen gruppe. Basel tapte første kamp hjemme på St. Jakobspark 2-0 etter at Costanzo ble skadet. Costanzo var fortsatt skadet i neste kamp, og Basel tapte kampen i Portugal 3-0. Hjemme i Sveits kunne Basel feire "the double", etter å ha slått Bellinzona 4-1 i cupfinalen, og etter å ha slått serietoer Young Boys hjemme på St. Jakobspark i siste serierunde. Dette var klubben sitt første seriegull siden 2005.