Etter endt spillerkarriere i 1993, ble Groener ansatt som trener av den nederlandske klubben HAKA/E&O Emmen. Der ble han til 1996, da han flyttet til Tyskland og tok over trenerjobben i TV Emsdetten. I 2002 ble han ansatt som landslagssjef for det nederlandske herrelandslaget. Foran 2006/07-sesongen dro han tilbake til Tyskland, hvor han trente SG HBR Ludwigsburg.