Med London-protokollen av 1829 ble Skhinousa som de andre øyene i Kykladene en del av den nye greske staten. Hovedsakelig flyttet folk fra Amorgos til øya på midten av 1800-tallet, men ved begynnelsen av 1900-tallet var det mange som forlot øya til fordel for Athen. Under den andre verdenskrig ble Skhinousa først okkupert av fascistiske Italia i årene 1941-1943, og da Italia kapitulerte ble den fra 1944 til krigens slutt okkupert av styrker fra det nasjonalsosialistiske Tyskland.