Året etter ble han forfremmet til major, og i 1747 kjøpte han Frogner Hovedgård av sin svoger Ulrik Frederik de Cicignon. Her rev han den eldre bebyggelsen og oppførte et nytt gårdsanlegg med fire fløyer rundt en gårdsplass. Den laftede hovedbygningen med ytre kledning av utmurt og pusset bindingsverk sto ferdig til innflytting i 1750. Scheel har antagelig forbygget seg på Frogner, og det kan ha vært grunnen til at han solgte gården med ufullførte bygninger allerede i 1760 til Christiania-kjøpmannen Friderich Clauson.