Ved kgl.res. av 18. oktober 1856 og 10. november 1860 ble det historiske Tromsø prosti delt, ved at byens domsogn alene utgjorde Tromsø stiftsprosti. Det øvrige forble benevnt og bestod av Balsfjord, Tromsøsund, Karlsø, Lyngen, Skjervø prestegjeld. Ved kgl.res. av 19. mai 1922 endret prostiet navn til . I 1963 ble Tromsøysund prestegjeld overført fra Troms til Tromsø domprosti, hvilket også gjaldt Karlsøy i 1979. Fra 1. januar 1999 er prostiet benevnt .