Utover 1998 begynte sivile kosovoalbanere å flykte over grensene til Albania og Makedonia fra områdene hvor kampene mellom UÇK og serbiske sikkerhetsstyrker var hardest. Det var flere hundre tusen internt fordrevne. På sensommeren 1998 kontrollerte UÇK store deler av Kosovo. Richard Holbrooke, Clintons spesialutsending, organiserte møter mellom Rugova og Milosevic sommeren 1998 uten resultat. NATO forberedte styrkeoppbygging til bruk i Kosovo. NATO-rådet vedtok 13. oktober 1998 at alliansen kunne bruke militærmakt mot Jugoslavia også uten vedtak i Sikkerhetsrådet. «Holbrooke-avtalen» av 13. oktober 1998 slo fast at Jugoslavias territorielle integritet og suverenitet måtte respekteres. Milošević gikk i avtalen med på å trekke tilbake serbiske sikkerhetsstyrker og utplassering av 2000 sivile observatører fra OSSE.