I 1886 ble han med ett kjent blant offentligheten, da han begynte å skrive om historie. Han la fram at de mytologiske, tsjekkiske diktene i håndskrift, , som man mente stammet fra den tidlige middelalder, i virkeligheten måtte stamme fra begynnelsen av 1800-tallet. Han mente at en moderne nasjon ikke kunne påberope seg en oppfunnet historie. Masaryk var nærmest forhatt av innflytelsesrike folk med sterk tro på at diktene var ekte middelalderdikt. I den såkalte Hilsner-rettssaken forsvarte Masaryk offentlig den jødiske tiltalte, som var anklaget for ritualmord. I kjølvannet av rettssaken fikk også Masaryk mye hat rettet mot seg.