Med Bledsoe som startende quarterback åpnet Patriots sesongen med et nederlag, 23–17, på bortebane mot Cincinnati Bengals. I sesongens andre kamp og Patriots' første hjemmekamp den 23. september møtte de divisjonsrivalene i AFC East New York Jets. Bledsoe startet kampen; etter en takling fra Jets' linebacker Mo Lewis i fjerde kvarter måtte han tas av banen med indre blødninger. Brady avsluttet kampen for Patriots og fullførte fem av ti pasninger for 46 yards, men Jets holdt ledelsen ut kampen og vant 10–3, mens Patriots falt til 0–2 på tabellen. Brady ble valgt som starter i sesongens tredje kamp, mot Indianapolis Colts. I sine to første kamper som starter klarte ikke Brady å imponere, med en passer rating på 79,6 og 58,7 da Patriots slo Colts 44–13 og tapte 30–10 mot Miami Dolphins.