Først etter kongens død i 1656 ble Trinitatis kirke på den motsatte side av Købmagergade innviet. Den skulle ikke brukes som sognekirke, men som universitets- og studenterkirke. Den tok etterhvert over for den gamle regenskirkens funksjon. Av samme grunn ble kirken, i stedet for det for menigmanns vanskelig gjennomskuelige navn «Trinitatis», oftere kalt Regenskirken.