Scranton ble en aktiv republikaner i 1950-årene og gjorde seg raskt bemerket av president Dwight D. Eisenhower, som i 1959 utpekte ham til spesialrådgiver for utenriksminister John Foster Dulles og senere for Christian Herter. Scranton var valgt til Representantenes hus fra Pennsylvanias 10. distrikt 1961–1963. Distriktet var overveiende demokratisk, men Scrantons anseelse og familieforbindelser bidro til en klar republikansk valgseier. Han ble raskt kjent som sentrumspolitiker, og støttet mange av president John F. Kennedys sosiale reformer, som borgerrettsarbeidet og fredsinitiativene.