Sultan Andriantsoly solgte i 1841 Mayotte til Frankrike, som konkurrerte med Storbritannia om kontrollen over de mindre øyene i området. Portugal var etablert i Mosambik, men landets innflytelse i regionen var avtagende. Traktaten om overdragelse til Frankrike ble undertegnet 25. april 1841. Den ble ratifisert av Frankrike i februar 1843. Frankrike etablerte også kontroll over Grande Comore, Moheli og Anjouan og i 1886 ble Komorene et fransk protektorat. Først ble øygruppa styrt av guvernøren av Mayotte, men fra 1908 ble den gjort til koloni og underlagt guvernøren av Madagaskar.