Skittenelva har utspring fra det lille Skittenelvvatnet (596 moh.), nord for Storfjellet, som danner vannskillet mot Breivikelva i sør. Fra Skittenelvvatnet renner elva mot nord, på østsida av Blånova. På strekningen ned mot Nonsbu, en av Troms Turlags hytter, er den en stri fjellbekk. Ved Nonsbu renner den sammen med to sideelver, en fra Blånova i vest og den andre fra området vest for Nonstinden (Rundfjellet) i øst. Nedenfor Nonsbu avtar fallet i elva og landskapet blir flatere og dominert av myr. Et par kilometer lenger nede blir dalsidene brattere, myrene forsvinner til fordel for bjørkeskog og fallet i elva tiltar. Fra rundt kote 150 har elva gravd seg ned i et juv, som ved Gruggekjelan er bare noen titalls meter bredt. Etterhvert som elva nærmer seg fjorden blir dalen igjen bredere, og elva brer seg ut i flere forgreininger før den munner ut i Grøtsundet ved bygda Skittenelv, som ligger på begge sider av elvemunningen.