Etter denne sesongen gikk det nedover med 1860. Klubben hadde store strukturelle problemer. Pålegget om at personer som var belastet fra nazidiktaturet ikke kunne ha verv som styremedlem eller funksjonær førte åpenbart til at altfor få kompetente personer kunne overta ansvar i klubben. Penger var også et problem. Klubbene i München greide ikke i samme grad som kubber fra konkurrerende byer å dra i land sponsoravtaler med næringslivet. Selv om fotballen i Tyskland var en amatørsport fram til 1948 og deretter en halvprofesjonell idrett der spillerne maksimalt hadde lov til å tjene 320 DM i måneden ble det betalt betydelige beløp under bordet. 1860 var også den første tyske klubben som fikk føle at det fantes en økonomisk mye mer attraktiv liga i Italia. I oktober 1949 forlot klubbens toppspiller Ludwig Janda som første tyske italiaproff München med kurs for Padova.