Hun meddelte 10. februar 2020 at hun ville gå av som partileder og heller ikke stille til valg som kanslerkandidat. Beslutningen om å fratre ble satt i sammenheng med at hun ikke klarte å overtale delstatspartiet i Thüringen til å skrive ut nyvalg. Under en hemmelig avstemning i Thüringens landdag, var FDPs Thomas Kemmerich valgt til ministerpresident, med CDUs og viste det seg, AfDs stemmer. Moderpartiet CDU kunne ikke akseptere at CDU medvirket til å velge en ministerpresident med nødvendige stemmer fra AfD. Kramp-Karrenbauer klarte hverken å unngå at situasjon oppsto eller få delstatspartiet til umiddelbart å gå inn for nyvalg, noe som ble sterkt kritisert. Hun ble 16. januar 2021 etterfulgt av Armin Laschet som partileder.