Ulempen ved pelletsovner er at bruken krever elektrisitet, og en pelletsovn kan derfor ikke nyttes som alternativ oppvarming om strømmen skulle bli borte med mindre den er utstyrt med nødstrømsløsninger. Pelletsovner krever mer vedlikehold enn andre typer ovner for å opprettholde virkningsgraden. Typisk rengjøringsintervall er én gang pr uke ved konstant bruk.