Braithwaites aktive militærtjeneste ble avsluttet i 1993, men han sluttet seg umiddelbart til U.S. Navy Reserve. Han fortsatte å utføre ulike kommunikasjonsoppgaver til han gikk av med pensjon i 2011. Hans opprykk til kontreadmiral (OF6) ble godkjent av Senatet i juni 2007.