Dvergfalken velger seg et territorium av en viss størrelse avhengig av fødetilgangen i området. På Island kan dvergfalken ha et territorium på ca. 35 km². Dvergfalken vil helst hekke oppe i utilgjengelige bratte fjellsider, men den bygger ikke redet sitt selv. Hvis den finner et gammelt kråke- eller ravnerede på et passende sted, tar dvergfalken gjerne over dette. Den kan også legge eggene sine direkte på en bar klippehylle, uten noe form for rede. Eggleggingen begynner som regel i mai måned, og de legger ofte 4 egg, selv om 3 til 6 egg også er observert. Eggene er ca. 40 mm lange og rødbrune med tettsittende mørkere prikker. Rugetiden er ca. 4 uker, og ungene er flygeklare etter knappe 4 uker.