Det er flere utfordringer med denne teknologien: Reformingreaksjonen krever høye temperaturer, noe som gjør den langsom å starte opp og krever dyre høytemperaturmaterialer. Svovelforbindelser i bensinen forgifter visse katalysatorer og gjør det vanskelig å kjøre denne type system fra ordinær bensin. Enkelte nye teknologier har løst denne utfordringen med svoveltolerante katalysatorer. Karbonmonoksid (CO) som dannes i reaktoren, forgifter brenselcellen og gjør det nødvendig å inkludere komplekse systemer for fjerning av CO. Termodynamisk effektivitet av prosessen er mellom 70% og 85% (LHV basis), avhengig av renheten til hydrogenproduktet. Det største problemet for reformerbaserte systemer er brenselcellen selv med hensyn til både kostnad og levetid. Katalysatoren brukt i vanlige polymer-elektrolytt-membran brenselceller som er mest anvendelig til transportformål, er svært sensitiv til overskudd av karbonmonoksid i bensinen, som enkelte reformere ikke klarer å fjerne i tilstrekkelig grad. Membraner blir forgiftet av karbonmonoksid og ytelsen nedsettes. Katalysatorer er ofte veldig dyre.