Sommerens storkjøp i 2006 kom fra Tottenham Hotspur og het Michael Carrick. United skulle nå endelig ta opp kampen mot Chelsea. Rooney og Ronaldo hadde utviklet seg til å bli lagspillere, og forsvaret spilte stadig bedre, spesielt på grunn av samspillet mellom Ferdinand og Vidic. Dette ble likevel Ronaldos store sesong, da han ble kåret til både Årets spiller og årets unge spiller blant de andre spillerne i FA Premier League, samt årets spiller blant journalistene. Han scoret hele 17 ligamål fra sin posisjon som venstreving, og ble månedens spiller både i november og desember. I januar til mars hentet Ferguson inn Henrik Larsson på lån. Dette hadde en umiddelbar effekt både på banen og i garderoben. Klubben ønsket å beholde ham etter utlånsperioden, men han ønsket å reise hjem til familien i Sverige. United klarte å holde unna for Chelsea denne sesongen, og vant dermed ligaen igjen, etter tre sesonger uten ligaseier. En etterlengtet seier. I FA-cupen ble det imidlertid 0-1 tap mot Chelsea på den nyåpnede Wembley Stadium. I Europacupen ble det semifinaletap mot AC Milan, etter at United vant hjemmekampen 3-2. På bortebane ble det et skuffende 0-3 tap.