Det var på Sicilia at han endret navn til Rafinesque-Schmaltz, ved å henge morens pikenavn på etternavnet. Han ville helst ikke bli tatt for franskmann nå under Napoleonskrigene; han pleide meget kontakt med engelskmennene og ville ikke sette de forbindelsene i fare. I en tid at han var sekretær for den amerikanske konsul på Sicilia.