Klimaet i Jaraguá do Sul er temperert, med en gjennomsnittstemperatur på 21°C. Om somrene stiger temperaturen til over 35°C, noen dager kan den gå over 40°C. Vintrene er ganske kalde til Brasil å være, og har en minimumstemperatur på rundt 12° i månedene juni og juli. Frost er vanlig og forekommer nesten hver vinter. Temperaturer under frysepunktet er svært uvanlig, men dette skjedde sist gang i 14 juli 2000. Den høyeste temperaturen noen gang registrert i Jaraguá do Sul var 42,5°C den 3. januar 1973. Den laveste temperaturen som er mål var 19. juli 1975, da viste termometrene mindre enn -2°C.