Wara tilhørte den liberale fløyen i partiet, og kom etter hvert i konflikt med Hagen, Fridtjof Frank Gundersen, Jan Simonsen og Finn Thoresen som tilhørte den konservative/populistiske fløyen. I 1992 dalte oppslutningen til partiet, noe som gjorde at den mer populistiske siden, ledet an av Jan Simonsen, ville spille sterkere på innvandring. Den liberale fløyen ønsket ikke dette og dermed økte konfliktnivået mellom partene. På samme tid ble det konflikt mellom Wara og Hagen på grunn av EØS-avtalen. Striden endte med at Wara ble vraket som sekretær i stortingsgruppen. Finn Thoresen meldte seg ut av partiet i protest mot liberalistene. Han mente at Wara og Pål Atle Skjervengen benyttet Frp for å skape sine karrierer. Wara ble i denne striden regnet inn under det som ble kalt «Skjervengen/Wara-fløyen» i partiet. Høsten 1992 meddelte han at han aktet å gå av som nestleder, og sa også samtidig nei til gjenvalg på Stortinget. Han meldte seg ut av ungdomspartiet sommeren 1994, mye på grunn av den splittelsen som oppstod på landsmøtet på Bolkesjø. I 2006 uttrykte Hagen at han ønsket Wara «inn i varmen» igjen.