Listen over fordelene med biopesticider er lang og i første øyekast meget overtalende. Biopesticidene er mindre toksiske enn konvensjonelle pesticider. De berører oftest kun målorganismen og nært beslektede organismer, dette i kontrast til konvensjonelt, bredspektrede pesticider som kan påføre skade på organismer så forskjellige som fugler, insekter og pattedyr. Biopesticidene er ofte effektive i små doser som ofte brytes lett ned igjen slik at en unngår i stor grad forurensningsproblemene konvensjonelle pesticider forårsaker. Det ser ut til at biopesticider utgjør en mindre fare enn konvensjonelle pesticider, derimot kreves det stor kunnskap om hvordan å behandle skadedyrene med biopesticider: US Environmental Protection Agency (etbl. 1970).