Pierres far var kjemiprofessoren Victor Auger. Pierre Auger studerte ved École normale supérieure i Paris fra 1919 til 1922, det året som han fullførte agrégation i fysikk. Han begynte deretter ved fysikk og kjemilaboratoriet ved universitetet i Paris (kjent som Sorbonne, i dag delt i flere institusjoner) under ledelse av Jean Perrin for å arbeide med den fotoelektriske effekten.