Etter innføring av selvstyre ble hovedstaden i Komorene flyttet fra Dzaoudzi på Mayotte til Moroni på Grande Comore, den største av øyene. Dette bidro til å skiftet maktforholdene til fordel for den største øya på Komorene. Flyttingen av offentlig forvaltning medførte et økonomisk tap for Mayotte. Mens det i den nye hovedstaden vokste fram ønske om uavhengighet, søkte politiske grupper på Mayotte større indre selvstyre for hver enkelt av øyene. Kravet gikk etter hvert sammen med ønske om å bevare båndene til Frankrike.