Etter en stund begynte Sauron å befolke Moria med sine tilhengere, for det meste troll og orker, og at denne skrekken som hadde drevet dvergene fra stedet faktisk var en av Morgoths balroger. I 2799 av det tredje tidevervet ble slaget av Azanulbizar utkjempet ved og på Morias østport, og dvergene var suksessfulle i å drive vekk Saurons tilhengere, men våget ikke å gå inn i frykt for balrogen. Flere generasjoner senere dro Balin, som hadde vært en del av følget som dor til Erebor sammen med hobbiten Bilbo Lommelun for å gjenvinne Smaugs skatt, ledet en ny gruppe dverger til Moria og gjenåpnet byen. Til å begynne med gikk alt bra, men etter noen år ble dette nye samfunnet angrepet og ødelagt av orker og liknende vesener.