Noen av de viktigste jernbaneselskapene (og strekningene) utenom SBB er: BLS AG: Opererer Lötschbergbanen og S-Bahn Bern, samt noen linjer i Berner Oberland, Oberaargau, Emmental og Luzerner Hinterland (transport og infrastruktur er ikke identisk). Schweizerische Südostbahn: Opererer normalsporede strekninger i regionene ved Bodensjøen, Toggenburg og Schwyz, samt Voralpenexpress fra St. Gallen til Luzern. Rhätische Bahn: Opererer smalsporet jernbane i Graubünden. Matterhorn-Gotthard-Bahn: Smalsporet bane fra Zermatt til Disentis via Andermatt. Montreux-Berner Oberland-Bahn: Smalsporbane fra Genfersjøen i Berner Oberland. Zentralbahn: Opererer Brünigbahn og Engelbergbahn.