Jens Nilssøns liv som biskop i Oslo er ikke rikt på begivenheter, men året 1589 dannet et uventet unntak ettersom det dette året ble holdt kongelig bryllup i byen. Prinsesse Anna av Danmark, Christian IVs søster, var forlovet med kong Jakob VI av Skottland, men ble på grunn av stormer hindret på veien over til Skottland. Hun søkte derfor inn til Oslo, hvor også kong Jakob innfant seg for å holde bryllup så snart som mulig. Som byens biskop var Jens Nilssøn en sentral person ved det kongelige besøket. Han holdt en latinsk tale under bryllupet, ble mottatt i personlig audiens hos kong Jakob, og er en av de mest fremtredende personlighetene i en gammel beretning om bryllupet, trolig skrevet av dronning Annas hoffpredikant. Han var naturligvis også til stede ved kong Christian IVs hylling på Akershus i 1591.