Klara ledet klosteret i 41 år, og selv om hun var mye syk de siste årene, gjorde hun dette med stor dyktighet. Det vil være galt å tolke hennes fromhet og strenghet som uttrykk for mangel på medfølelse og omsorg, tvert imot sa hun at dette ikke måtte overdrives slik at helsen ikke ble ødelagt. Hun viste en stor omsorg som sine medsøstre i klosteret, men forlot aldri dette. Hun skrev selv en ny klosterregel og denne ble godkjent av pave Innocens IV i 1253, men gjeldende kun for -klosteret. Denne regelen med godkjenningsbullen ble funnet i 1893. Det var også denne paven selv som ga Klara sakramentet på dødsleiet, to dager etter at han hadde godkjent Klaras klosterregler, den 11. august 1253.