Økende motstand mot unionen gjorde unionsmerket upopulært, og «det rene flagg» ble en merkesak for Venstre. Det ble vedtatt av Stortinget i 1892, 1895 og 1898, og ble lovfestet uten kongelig sanksjon 10. desember 1898 og innført 15. desember 1899 for handels- og nasjonalflagget. Samtidig ble det innført et for bruk på statens sivile bygninger, et rent norsk flagg med splitt og tunge. Det grunnlovsfestede orlogsflagget måtte beholde unionsmerket til unionsoppløsningen i 1905. Det rene orlogsflagget uten unionsmerke ble heist 9. juni 1905, like etter at unionen med Sverige var avsluttet. Det svenske flagget beholdt unionsmerket til 1. november 1905.