Theodosius I lot Jupitertemplet ødelegge, og oppførte så en kirke på alterplassen. Allerede i 634 inntok araberne Baalbek, og de bygde om tempelet til en festning. Mongolene inntok og raserte Baalbek i 1260; også jordskjelv har bidratt til ødeleggelser og forfall, særlig et jordskjelv i 1759. En tysk arkeologisk ekspedisjon gravde i tiden rundt 1900 ut ruinene.