Hans foreldre er ukjente, men han var visstnok brorsønn av prioren i Antvorskov kloster, mester Niels Andersen Foss. Anders Foss studerte i København, Rostock og Leiden, og hadde også et opphold i Frankrike. Mester Nils ansatte ham som rektor ved klosterskolen i Antvorskov. Foss tok magistergraden i 1564 i København. Etter 1570 ble han sogneprest i Stege på Møn. Her kom han i konflikt med en av de mektigste adelsmenn i området.