Den 20. juli ble han valgt til Sør-Koreas første president av nasjonalforsamlingen med 180 stemmer, mot 15 stemmer til Kim Gu. Oppslutningen var heller misvisende, idet Rhee ikke var særlig populær. Rhee mistet også støtten fra Koreas demokratiske parti, ettersom han ikke gav noen av dets medlemmer plass i sin regjering. Den 15. august ble det amerikanske militærstyret formelt avløst av Republikken Korea, bedre kjent som Sør-Korea.