Jobben som spurtopptrekker gjorde at Fagnini tok svært få seire, men han har to store triumfer fra Giro d'Italia 1998. På den 20. etappen vant han spurten i et stort brudd som klarte å holde å holde unna for hovedfeltet, mens seieren på den 22. etappen kom som en direkte følge av at Cipollini hadde brutt tidligere i Giroen. Dermed satset Saeco på ham i massespurtene, og han takket for tilliten ved å vinne sin andre etappeseier. Dette året vant han også Intergiro-trøyen, som man samler poeng til gjennom innlagte spurter på etappene.