Før mai 1944 hadde Moll forskjellige oppgaver i Auschwitz. I mai 1944 arbeidet han i Gleiwitz da Rudolf Höß 9. mai 1944 utnevnte ham til sjef for krematoriene og for brenning av lik i den perioden da jøder fra Ungarn ankom Auschwitz. Moll sørget for å grave store groper til kremering under åpen himmel fordi han var forberedt på at krematoriene ville få for lite kapasitet. la lik og trestokker lagvis til toppen av gropene. Moll sørget for at gropene ble laget med noe fall slik at fett fra likene kunne følge spesielt utformede renner og mate flammene. Likbålene kunne med denne teknikken brenne kontinuerlig i over ett døgn i strekk. I enkelte tilfeller skal Moll ha kastet levende spedbarn inn i flammene. Moll tok i bruk bunker 2 (senere kalt bunker V) som en tid hadde vært ute av drift som gasskammer til avliving av fanger. Bunker 2 var opprinnelig gårdsbygninger som SS våren 1942 hadde tatt i bruk som gasskammer. Bunker V hadde ikke ventilasjonssystem og kapasiteten var derfor begrenset til 300 personer daglig.