Hitler ga ordre om at tsjekkerne skulle styre jødesakene selv noe som medførte at den delvis selvstendig tsjekkiske regjeringen under Rudolf Beran nektet jødiske borgere å ha stillinger i næringsliv, offentlig forvaltning og frie yrker. Offentlige områder ble segregert. Dette skjedde på bakgrunn av at riksprotektor Konstantin von Neurath innførte Nürnberglovene i Bøhmen og Mähren. Adolf Eichmann reiste til Praha der han videreførte arbeidet med å presse jødene til å utvandre fra det okkuperte området. Eichmann åpnet 26. juli 1939 sentralkontoret for jødisk utvandring i Praha. Blant annet ble jødiske tsjekkoslovaker satt på båt til Palestina falske innreisetillatelser eller til Sør-Amerika med falske visa. Jøderådet ble presset til skaffe penger for å dekke «flyktningeskatten» som også ubemidlede utreisende jøder ble ilagt. Argentina og Chile tok mot flest flyktninger, mens USA og Canada tok mot et symbolsk antall. Mange land krevde at flyktningene la frem bevis for at de hadde penger nok til å klare seg selv og ikke belaste staten. Eichmann organiserte fra oktober 1941 og ut 1942 deportasjon av de tsjekkiske jødene til Theresienstadt og Auschwitz. I alt ble 80.000-100.000 av landets jøder drept. Tsjekkiske myndigheter var ikke involvert i deportasjonene.