Hans mest kjente verk er det såkalte Bernsteinrommet. Det ble bygget fra 1701 og i 1716 gitt i gave av den prøyssiske kongen til den russiske tsar Peter den store. Fra 1702 til 1704 var Schlüter direktør for Akademie der Künste. To år senere falt han imidlertid i unåde på grunn av manglende fundamentering av mynttårnet i byslottet, og ble gitt avskjed som hoffbyggmester. Han fortsatte imidlertid å virke som hoffbilledhugger. Hans fremste rytterstatue var statuen av «den store kurfyrsten» på Lange Brücke ved byslottet, som han hugget i 1708 og idag står ved Schloss Charlottenburg.