Det er noe verre å slette en node fra det binære søketreet. Om noden man vil slette er en bladnode, kan den slettes umiddelbart. Om noden man vi lette bare har ett barn, kan man slette den og la foreldrenoden til den man slettet peke på barnenoden til noden man slettet. Om noden man vil slette har to barn, må man erstatte noden man sletter, men det minste barnet i høyre subtre, og rekursivt slette noden man flytter opp.