Cirka seksti år senere, i år 2005, oppdager den multi-nasjonale antiterror-enheten Rainbow Six å etterforske en rekke angrep fra ny-fascistiske terrorister mot sør-amerikanske olje-interesser og europeiske finansinstitusjoner. Skvadronen blir sendt ut for å oppdage hvor disse terroristene egentlig befinner seg, og finne ut hvem som står bak alle disse hendelsene. Rainbow Six sporer etter hvert opp kilden til angrepene til Argentina, hvor den kroatisk-fødte milliardæren og forretningsmannen Nikola Gospić og den høyreekstreme argentinske president-kandidaten Alvaro Gutierrez viser seg å være involvert.