Etter å ha blitt ført til Dublin Castle ble Markiewicz sendt videre til Kilmainham fengsel. Hun var den eneste av de 70 kvinnelige fangene som ble satt i isolat. Under krigsrettsaken sa hun til retten: «Jeg gjorde det som var rett, og jeg står for det». Hun kunne dermed ikke unngå å bli dømt. Dommen var først døden, men general Maxwell omgjorde den til livsvarig fengsel «på grunn av fangens kjønn». Markiewicz' svar var: «Jeg skulle ønske dere hadde hatt anstendighet til å skyte meg».