Mongolkaie er nær beslektet med ”vanlig” europeisk kaie (). Sammen danner disse to artene underslekten og noen autoriteter skiller ut disse to artene fra slekten og plasserer dem i en egen slekt .Andre autoriteter klassifiserer isteden mongolkaie som en underart av kaie. Det er imidlertid vanligst å betrakte de to som ulike arter og plassere dem i slekten slik vi har gjort her. Man deler ikke inn mongolkaie i underarter, men det fins to fargevarianter – se nedenfor. Det latinske navnet kommer fra Dauria-regionen øst for Bajkalsjøen i Sibir.