Al-Mamun hadde store vanskeligheter med religiøse splittelser i sin regjeringstid, og forsøkte å få etablere forsoning mellom de ulike religiøse grupperingene. Men mot slutten av sitt liv knyttet han seg til mutazilittene. Han videreutviklet Visdommens hus i Bagdad, som hans far hadde grunnlagt, som sentrum for oversettelse av greske verk. Han sørget også for gode kår for lærde som studerte astronomi, medisin og filosofi. I hans regjeringstid ble en del verker oversatt fra persisk til arabisk ved Visdommens hus.