I 1645 sverget hetmantet troskap til Storfyrstedømmet Moskva under rådet i Perejaslav (), samtidig som de var en del av Det polsk-litauiske samvelde. En regional folkeavstemning gjorde at regionen kom inn under beskyttelse av den russiske staten. Andrusovo-traktaten fra 1667 satte grensene mellom de polske og russiske statene, og delte hetmantatet i to. Denne delingen førte til borgerkrig i Ukraina mellom forskjellige kosakker som varte til slutten av 1600-tallet. På 1700-tallet var området til hetmantatet begrenset til Venstrebreddsukraina. I 1764 ble selvstyret til kosakkstaten og hetmanatstillingen avskaffet av Katarina II av Russland.