Den 9. oktober 2020 testet Erekat positivt for COVID-19. Han var i høyrisikogruppwen ettersom han hadde hatt en lungetranplantasjon i 2017. Den 18. oktober 2020 ble han bragt til det israelske Hadassah Ein Karem-hospitalet i Jerusalem i kritisk tilstand. Erekat døde av komplikasjoner fra COVID-19 den 10. november 2020.