I løpet av det første tiåret av det 21. århundre hadde forbundet en juridisk og lobbytvist med Liga Portuguesa de Clubes de Andebol, en kortvarig uavhengig organisasjon som forsøkte å føre tilsyn med den profesjonelle klubbhåndballen i Portugal. Siden 2008 ble det igjen det eneste styrende organet for håndball i Portugal.