Skálholt består kun av en relativt stor kirke og noen få hus, men har uansett hatt en stor betydning for Islands historie. Siden 1056 og fram til 1785 var Skálholt det ene av to bispeseter på øya. Det andre setet var Hólar som ble grunnlagt i 1106 for nordlige Island. Stedet Skálholt overlevde reformasjonen i 1550, men ikke den siste katolske erkebiskopen, Jón Arason av Hólar, som ble henrettet på Skálholt sammen med sine to sønner. Etter 1796 ble bispesetet flyttet til Reykjavík.