Knut kom tilbake til Norge i 1500, og i denne forbindelse sørget han for å markere seg som slektning av Håkon 5., ved å gi over godset sitt i Hallingdal til Mariakirken i Oslo for et år. Her lå kong Håkon begravet, men også flere av Knuts forfedre. Dette markerte begynnelsen på åpent opprør mot kong Hans i Danmark. Samtidig agiterte Svante Nilsson for oppstand i Sverige sammen med Sten Sture. Knut reiste tilbake til Sverige i 1501, og klaget den danske forvaltningen inn for Sten Sture på herredagen i Stockholm. Det er ikke usannsynlig at de gjorde felles sak mot danskekongen. Samtidige dokumenter peker i retning av at Knut Alvsson, i egenskap av Norges største godseier, gjorde sin sak til en nasjonal sak.