Enda et nytt aspekt ved spillet er at man er nødt til å stole på naturlig flora og fauna for å overleve. Dette kommer til uttrykk gjennom utholdenhetsmåleren som konstant synker gjennom spillet. Greier man ikke å fylle måleren ved å spise vil det ha en skadelig effekt på spillbarheten, som redusert evne til å sikte våpenet, eller å bli oppdaget fordi det rumler høylytt i Snakes mage. Mat kan oppbevares i Snakes sekk til det trengs, men noen typer mat råtner over tid, og å konsumere råtten mat kan resultere i at Snake får mageknipe som igjen fører til at utholdenhetsmåleren synker raskere.