Han ble demobilisert som major i 1945, og var ansatt som dosent i historie ved Universitetet i Liverpool fra 1946 til 1949. I 1950 ble han ansatt som «Raffles professor» i historie ved det nyetablerte Universitetet i Malaya i Singapore, og mens han var der, startet han en serie særavhandlinger om Malayas historie, den første utgitt i 1960. I midten av 1950-årene engasjerte seg aktivt imot et forslag om deling av universitetet ved å etablere to campuser, en i Kuala Lumpur og en i Singapore. Begge campusene ble likevel etablert. Singapore campus, hvor Parkinson underviste ble senere til Universitetet i Singapore.