I 1898 ble han professor i zoologi og leder for Zoologisk Museum i Breslau (nå Wrocław i Polen). For å kunne samle materialer til sine studier reiste han mye. I 1886 og 1889 reiste han til Arktis og Spitsbergen. Kükenthaløya, mellom Spitbergen og Barentsøya, er oppkalt etter ham. Ettersom han hadde en generell interesse innen zoologi samlet han også andre dyr på reisene sine. Mesteparten av disse endte opp i Frankfurt am Main ved Senckenberg-Museum. De tre siste årene var han syk og han døde åtte år etter de første symptomene på kreft.