Flaggstangen i den vestlige enden av Sixtus batteriet bærer Rigets Flag, altså Danmarks offisielle suverenitetsflagg, som har vaiet her siden 1788. Tidligere vaiet flagget fra Kastellet og enda tidligere fra Kronborg. Flagget følger ikke reglene i det alminnelige flaggreglement. Det settes f.eks. kun på halv stang langfredag samt ved kongens eller dronningens død. Utover dette kan kongehuset bestemme at flaget skal settes på halv, hvilket senest skjedde, da Christian X i 1941 beordret flagget på halv, da Danmark ble tvunget til å utlevere 6 torpedobåter til tyskerne.