Bouboulina ble født i et fengsel i Konstantinopel. Hun var datter av Stavrianos Pinotsis, en kaptein fra øya Hydra, og hans kone Skevo. Osmanene hadde fengslet faren Pinotsis fordi han hadde deltatt i den mislykkede Orlof-revolusjonen mellom 1769 og 1770 mot det osmanske regimet. Hennes far døde kort tid etterpå, og moren og barnet hennes flyttet tilbake til Hydra. Fire år senere, da hennes mor giftet seg Dimitrios Lazarou-Orlof, flyttet de til øya Spetses. Bouboulina hadde åtte halvsøsken.