Den tredje aga khanen, ofte bare kalt Aga Khan, var Sultan Mohamed Shah (1877–1957). Han var aktiv i indisk og pakistansk selvstendighetskamp og var med på å grunnlegge All India Muslim League i 1906. I 1918 ga han ut . I 1937-38 var han president for Folkeforbundet. Sønnesønnen Sjah Karim al Husseini ble utpekt til ny Aga Khan og den 49. imamen etter at farfaren døde i 1957.