Han var fra en adelig familie i Northumbria, og reiste til klosteret Rathmelsigi i Irland. Klosteret er ikke identifisert, men kan være det samme som ruinen Mellifont ved Droghede. Han studerte der sammen med blant annet Willibrord av Utrecht og Wigbert av Fritzlar. Hans ledsager hjemmefra, Aetheltun, omkom under pesten i 664, og Egbert ble selv syk. Han avla et løfte om frivillig eksil dersom han overlevde.