FD-MS har mange fordeler ved at den kan brukes på alle typer løsemiddler, og bare liten mengde prøve er nødvendig for analyse. I tillegg, siden det er en myk ionisering, vil det produseres et rent massespektrum (veldig begrenset eller ingen fragmentering). Det har også noen ulemper. For eksempel er emitterne skjøre, og bare små og mellomstore molekyler kan analyseres i FD-MS. Dessuten, hvis det var for mye salt, ville det være vanskelig å oppnå stabile ionemisjonsstrømmer. I tillegg er FD-spekteret til en forbindelse mindre reproduserbart enn spektrum fra andre ioniseringsmetoder. FD-metodene er gode for kvalitativ analyse, men mindre egnet for kvantitativ analyse av komplekse blandinger.