Fra begynnelsen av 1990-tallet publiserte Tunander arbeider om militær strategi, «confidence-building», regionbygging og USAs militære strategier. Han ledet en nordisk forskningsgruppe, «Et nytt Europa», fra midten av 1980-tallet, i samarbeid med professor Ole Wæver, grunnleggeren av Københavnskolen om Internasjonale relasjoner og med senere forsvars- og utenriksminister Espen Barth Eide og professor Iver B. Neumann, forskningssjef ved Norsk utenrikspolitisk institutt. Sammen med diplomaten Sverre Jervell utviklet gruppen begrep for samarbeid i Østersjøregionen og den senere Barentsregionen. Professor Robert Bathurst (PRIO og U.S. Naval Postgraduate School) og Tunander tok initiativ til norsk-russiske dialogseminarer tidlig på 1990-tallet. I 1993-94 var han sammen med Olav Schram Stokke redaktør for den første boken om Barentsregionen, , med bidrag av bl.a. utenriksministrerne Johan Jørgen Holst og Andrej Kosyrev og med forord av Thorvald Stoltenberg. Tunander skrev artikler om Nord-Europa og nordisk samarbeid. Han skrev og redigerte to svenske bøker om makt, identitet og territorium, og var medredaktør for (1997). Flere av disse forskningsprosjektene ble utført på oppdrag for Utenriksdepartementet og Forsvarsdepartementet i Norge. Etter 2000 arrangerte Tunander nordisk-kinesiske dialogkonferanser, som et samarbeid mellom Kinas Utenrikspolitiske institutt og de nordiske utenrikspolitiske instituttene og fredsforskningsinstituttene.