Han tilhørte adelsslekten Bille, og var sønn av riksråd Steen Basse Bille og Margrethe Clausdatter Rønnov. Han var bror til erkebiskop Torbern Bille og fetter til statsmannen Eske Bille. I 1528 ble han lensherre på Båhus slott og medlem av det norske Riksrådet, siden også av det danske. Han deltok i Stockholms blodbad og sto sammen med Søren Norby for arrestasjonene av den svenske adel. Frederik Is regjering satte pris på Claus Bille, og Billeslekten fikk i denne perioden større politisk makt og innflytelse enn noen andre adelsslekter.