Han startet sin karriere i Næstved IF i 1983. Deretter spilte han for Herfølge BK og B 1903. Han gikk til Brøndby IF, der han vant serien i 1990 og 1991. Da han ble vraket fra laget før semifinalen i UEFA-cupen i 1991 flyttet en skuffet Jensen tilbake til Næstved IF. I 1993 gikk han til Brøndbys erkerival FC København. I cupfinalen i 1995 ble han kåret til banens beste spiller, og klubben vant 5–0 over Akademisk Boldklub. Han avsluttet sin karriere i 1998, etter 138 kamper og 5 mål for FC København.