Six vitnet i rettssaken mot Adolf Eichmann i 1961. Eichmann hadde vært Six' underordnete RSHA avdeling II (avvikende ideologier) i årene 1936–1939. De skal ikke ha hatt et vennskapelig forhold: Six blokkerte Eichmanns ønske om forfremmelse (1936) og ønske om overføring fra Wien til Linz (1938). Eichmann oppfattet Six som Himmlers protege og en streber i jødespørsmålet. Arrestasjonen av Eichmann skapte uro i CIA trolig fordi Eichmann kunne avsløre at amerikansk etterretning hadde forbindelse til en krigsforbryter. Eichmanns forsvarer ønsket Six som vitne og six avga i stedet en forklaring fra Tyskland fordi han risikerte arrestasjon dersom han reiste til Israel. Han ble da omtalt som Professor Dr. Alfred Six, «markedsføringskonsulent». Vitnemålet var i liten grad til fordel for Eichmann fordi Six var mest opptatt av å vise at han selv var uvitende om Eichmanns virke.