Frem til 1985 var altså Dr. Martens sykehus en frittstående økonomisk og administrativ institusjon. Men det var en faglig nær relasjon med Sandviken sykehus. I 1985 ble sykehuset kjøpt av Hordaland fylkeskommune og integrert i Sandviken sykehus som avdeling IV. Staten overtok eierskapet i 2002. Bergen Byarkiv oppbevarer arkivet etter Dr. Martens sykehus. Hordaland fylkesarkiv oppbevarer også arkivmateriale etter Dr. Martens.