Gjennom hele sitt liv var Mather en standhaftig puritaner, og motsatte seg alt som åpent var motstridende til, gjensidig utelukkende, eller mulig «distraherende» fra sin religiøse overbevisning. Han støttet undertrykkelsen av rusdrikk, unødvendig arbeid på søndager og skrytende, luksuriøse klær. Han var innledningsvis imot «halvveispakten», en form for delvis medlemskap i kirken som ble opprettet i New England i 1662 grunnet frykt for at folk ble mindre religiøse enn førstegenerasjons pilegrimer, men senere støttet han det. Han trodde fast på Guds direkte involvering i hverdagslivet gjennom været, politiske situasjoner, angrep fra indianere, brann, oversvømmelser og lignede. Alt dette var symptomer på Guds misnøye eller straff for syndere.