Fra 1989 til 1991 var han medlem av Jógvan Sundsteins andre regjering med ansvar for finans-, havbruks- og kommunalpolitiske saker. Bankkrisen på Færøyene rammet øysamfunnet hardt, og Johannesen måtte som finansminister stå for kraftige nedskjæringer i offentlige budsjetter og store skatteøkninger.