Som museumsmann bidro Nielsen til å forme sentrale institusjoner som Etnografisk museum og Norsk folkemuseum. Særlig var Yngvar Nielsen opptatt av å samle inn drakter, draktdeler og smykker og bygge opp en nasjonaletnografisk samling. I 1906 overtok Norsk folkemuseum mer enn gjenstander fra universitetets etnografiske samlinger; de aller fleste hadde kommet til Etnografisk museum ved Yngvar Nielsens hjelp. Nielsen var en meget aktiv skribent og i perioder tilknyttet politiske redaksjon som lederskribent. Under kampen om parlamentarismen, som han var motstander av, var han en av de mest markante folketalerne og debattantene. Yngvar Nielsen var mangeårig medlem av Høyres sentralstyre (1884–1898). Han var sterk tilhenger av unionen med Sverige.