På grunn av det nazistiske holocaust kom mange jødiske vitenskapsfolk som flyktninger til det daværende britiske mandatområdet i Palestina, og universitetet vokste betydelig. Under Uavhengighetskrigen 1948–1949 havnet universitetsbygningene i den jordanskkontrollerte delen av Jerusalem, og undervisnings- og forskningsvirksomheten måtte flyttes. Det ble bygget to nye campuser i den vestlige delen av Jerusalem, og . Først i 1967, da de israelske styrkene tok kontroll over hele Jerusalem, ble universitetets opprinnelige campus på Skopusberget gjenåpnet, og siden utvidet. Den er nå universitetets sentrum.