I 1627, 40 år gammel, giftet Scheidt seg med Helena Magdalena Keller. De fikk syv barn, men bare to overlevde en pestepidemi i 1636. Etter at tjenesteherren flyktet fra Albrecht von Wallensteins tropper i 1628, ble Scheidt arbeidsløs. Det ble da opprettet en skreddersydd stilling for ham som (musikdirektør) ved tre store kirker i Halle by.