Før sesongen startet kunne Basel pryde seg med de to største kjøpene i serien, etter å ha hentet svensken Daniel Majstorovic og japaneren Koji Nakata til klubben, som erstattere til Murat Yakin som la opp, og Patrick Müller som signerte for Olympique lyonnais. De sikret seg også Eduardo, etter et sukeesfullt lån. Julio Hernan Rossi og Christian Gimênez reiste også fra klubben, etter flere flotte sesonger for "RotBlau". Basel kvalifiserte seg ikke for Mesterligaen gruppespill og måtte nøye seg med UEFA cup-spill hvor de kjempet seg videre fra gruppen hvor de møtte Strasbourg, AS Roma, Tromsø og Røde Stjerne. I 32-delsfinalen møtte de AS Monaco som de slo ut med sifrene 2-1. I 16.-delsfinalen møtte de nok en gang Strasbourg, som de slo ut med 4-2 sammenlagt. I kvartfinalen skulle de opp mot britisk motstand i form av Middlesbrough. Den første kampen hjemme på «Joggeli» vant de 2-0, mens i den andre kampen hadde de lenge taket på Middlesbrough, men måtte til slutt se seg tapt etter en sen scoring av Maccarone. Kampen endte til slutt 3-1 til Middlesbrough sin favør, dermed var Basel slått ut med 4-3 sammenlagt.