Så utnevnte keiser Napoleon III, fra sin leir i Châlons-sur-Marne den 17. august til guvernør for Paris. Trochu var populær, mens keiserdømmets popularitet bare sank. Da keiserdømmet brøt sammen 4. september, ble Trochu den alternative landsleder og lot seg utnevne til president av den nasjonale forsvarsregjering. Han forble samtidig generalguvernør i Paris og var også øverstkommanderende for alle væpnede styrker i hovedstadsomrtådet.