I 899 tok Quarmatianerne over Bahrains hovedstad. Quarmatianerne var en fare for den islamske verden, men i 1076 ble de slått en gang for alle av al-Hasa-dynastiet. De tok kontrollen over Bahrain helt til 1235, da herskerne over Fars i en kort periode hadde kontrollen over landet. I 1253 tok Usfirderne kontroll over det østlige Arabia, inkludert Bahrain. I 1330 ble øyene betalt i skatt til herskerne av Hormuz.