Lippmaa inntok et radikalt, nasjonalt standpunkt om å gjenopprette Estlands uavhengighet fra tiden før 1940, etter et prinsipp om rettslig kontinuitet. Han brukte et uttrykk fra romerretten, , som ble med i uavhengighetserklæringen i 1990. Det året ble han også valgt inn i Den estiske kongressen, som hevdet rettslig kontinuitet og utfordret legitimiteten til de sovjetiske statsorganene.