Spanjolene oppdaget Siquijor i 1565 under Miguel Lopez de Legazpis ekspedisjon. Siden da har øya vært under spansk styre. Alle dagens kommunesentra (unntatt Enrique Villanueva) er hvor det ble anlagt katolske menigheter. Den første menigheten, Siquijor, ble opprettet i 1783 og ble administrert av sekulargeistlighet. De årene som fulgte fram til 1877 grunnla munkeordenen augustinerrekollektene menigheter i Larena (Cano-an), Lazi (Tigbawan), San Juan (Makalipay), og Maria (Cangmeniac).