Hun returnerte senere til US Navy hvor hun arbeidet med valideringsprogramvare for programmeringsspråket COBOL og dens kompilator. COBOL ble definert av CODASYL komiteen som utvidet hennes FLOW-MATIC språk med noen ideer fra IBMs tilsvarende programmeringsspråk, COMTRAN. Det var hennes ide at programmer kunne bli skrevet i et språk som var nærmere engelsk enn maskinkode eller programmeringsspråk som var tett opp til maskinkode (slik som assemblerkode) som var det normale på den tiden. Det kan godt sies at COBOL var basert i stor grad på hennes filosofi.