Portnoy har sagt at hans største påvirkninger er trommeslageren til bandet Rush, Neil Peart, og gitaristen Frank Zappa. Andre favoritter er trommeslagerne Terry Bozzio, Vinnie Colaiuta, Peter Criss, Simon Phillips, John Bonham, Keith Moon, Ringo Starr, Phil Collins og Bill Bruford, og bandene The Beatles, Queen, Yes, Genesis, Rush, Pink Floyd, Muse, Metallica, Jellyfish, Iron Maiden, KISS, Phish, Deep Purple, Radiohead, Umphrey's McGee, U2 og Jane's Addiction.