Hver episode av fulgte eventyrene til helten Link og Prinsesse Zelda som beskyttet kongedømmet Hyrule fra en ond trollmann kalt Ganon. De fleste episodene bestod av Ganon (eller hans undersåtter) som enten prøvde å kapre Triforce of Wisdom fra Zelda, kidnappe Zelda i egen person, eller bruke en eller annen ond plan til å bekjempe Hyrule.