Mark Zuckerberg kommer fra et foreldrehjem som praktiserer jødedom, men ser seg selv som ateist, skjønt med tiden med noen modifikasjoner. Hans mor var Karen (født Kempner), psykiater, og faren Edward Zuckerberg, tannlege. Hans forfedre kom fra Tyskland, Østerrike og Polen. Han vokste opp i småbyen Dobbs Ferry i delstaten New York. Zuckerberg kan både lese og skrive på fem språk: engelsk, fransk, latin, klassisk gresk og hebraisk. Han taler også litt kinesisk.