Bispedømmets tilknytning til Roma opphørte etter den skotske reformasjonen. Bispesetet fortsatte, unntatt en midlertidig avskaffelse i årene 1638–1661, under episkopal skotske kirke fram til revolusjonen i 1688, og året etter ble bispedømmet endelig avskaffet i 1689. I 1878 etablerte Den katolske kirke i Skottland biskopen på Orknøyene på nytt og øyene ble da underlagt det gjenoppståtte og reformaterte Aberdeen bispedømme.