Bodrog dannes ved samløpet mellom elvene Ondava og Latorica, og renner derfra i sørvestlig retning. Elva krysser grensa mellom Slovakia og Ungarn, hvor den utgjør det laveste punktet i Slovakia (94,3 moh). Den renner videre mot sørvest gjennom det ungarske fylket Borsod-Abaúj-Zemplén, til den munner ut i Tisza ved Tokaj. Den ungarske byen Sárospatak ligger ved elva.