Etter Struensees fall ble han av de nye makthaverne tiltenkt en ny rolle som statsråd. Han har da blant annet deltatt i forhandlingene om Forordningen av 13. februar 1772. Det antas at Thott stod bak to viktige paragrafer i den nye forordningen. Han foreslo at fra nå skulle utenriksministeren ha fast plass i statsrådet. Videre gikk han inn for at «». Dette siste tyder på at han stort sett var enig i den dansk-nasjonale retning, som kjennetegnet regjeringen under den såkalte «guldbergske tid».