Giovanni Coppiano døde i Guayaquil den 5. april 2020 i en alder av 54 år av komplikasjoner som følge av COVID-19. På grunn av at helsesystemet i Guayaquil brøt sammen da pandemien var på det verste i Guayaquil, var han ikke i stand til å få behandlingsplass på sykehus.