Nazityskland okkuperte Ungarn den 19. mars 1944, og umiddelbart innfant seg i Budapest. Kommandoenheten bestod av omkring 200–300 mann og ble ledet av Eichmanns mest erfarne og betrodde medarbeidere, blant andre Franz Abromeit, Anton Brunner, Theodor Dannecker, Richard Hartenberger, Otto Hunsche, Hermann Krumey, Franz Novak, Siegfried Seidl og Dieter Wisliceny. Da Nazityskland besatte Ungarn fantes det cirka 750 000 jøder i landet. Sammen med den ungarske regjeringen, ledet av statsminister Döme Sztójay, tvang Sondereinsatzkommando Eichmann 437 000 jøder til gettoen og deporterte dem så i omganger til Auschwitz-Birkenau, der omkring tre fjerdedeler av dem ble gasset ved ankomsten. De øverste ansvarlige for Auschwitz-Birkenau var på dette tidspunkt Rudolf Höss, Richard Baer og Arthur Liebehenschel.