Det finnes flere interessante museer i byen, blant annet Revolusjonsmuseet (Museu da Revolução), Nasjonalmuseet for Kunst (Museu Nacional de Arte), Mosambiks Naturhistoriske museum (Museu de História Natural de Moçambique, i en særpreget bygning fra 1911), Geologisk museum og det Nasjonale Pengemuseet (Museu Nacional da Moeda i , "Det gule huset" - som angivelig er Maputos eldste hus). Festningsverket er også et sentralt historisk monument selv om selve bygget kun er fra 1940, men bygd på plassen for den opprinnelige festningen fra 1782. Inne på festningsområdet oppbevares noen av de gamle koloniherrenes statuer som preget bybildet i kolonitiden, bl.a. statue av offiseren Mouzinho de Albuquerque. Også det stjerneformede mausoléet på Helteplassen på vei fra flyplassen til sentrum er et viktig nasjonalmonument. Her ligger levningene til heltene fra frigjøringskampen mot kolonimakten Portugal (1964-1974). Et gjenværende kolonialt monument er minnesmerket over de døde fra første verdenskrig, på Arbeiderplassen foran jernbanestasjonen.