I mellomkrigstiden var han hemmelig organisator i Rhinlandet og Ruhrområdet og ble benyttet som inspektør av kommunistorganisasjoner på forskjellig hold i verden. Under den spanske borgerkrig var Zaisser under navnet general Gómez sjef for de internasjonale brigader. Under annen verdenskrig arbeidet Zaisser i Moskva, blant annet med politisk omskolering av tyske krigsfanger. Han dukket opp i Øst-Tyskland i 1947 og ble i 1949 utdannelsessjef for folkepolitiets militære enheter.