I oktober 1959 ble Shelby tvunget til å slutte som racerfører, og begynte i stedet som førerinstruktør, samtidig som han startet selskapet Shelby-American. Her designet og bygget han de berømte Cobra-bilene, som ble bygget på et AC-chassis med motor fra Ford. Shelby deltok også i designarbeidet bak noen av de mest kjente bilene fra denne tiden: Ford GT40, de Mustang-baserte Shelby GT350 og Shelby GT500, og selvfølgelig 427 Shelby Cobra. Etterhvert avsluttet Shelby samarbeidet med Ford, og arbeidet i årene som fulgte, med alle de tre store amerikanske bilprodusentene. I senere tid har han blant annet deltatt i utviklingsarbeidet bak Dodge Viper, samt flere andre bilmodeller.