Joseph Klausner vokste opp i en liten landsby sørvest for Vilna (Vilnius). Hans familie forlot i benynnelsen av på 1900-årene Litauen, og slo seg ned i Odessa ved Svartehavet. Der ble han var aktiv i byens vitenskapelige, litterære og sionistiske kretser. Han var en engasjert sionist som kjente Theodor Herzl, personlig og deltok i 1897 på den første sionistkongress i Basel.