Spilleren skal kontrollere hovedpersonen Samus Aran på den fiktive planeten SR388. Spilleren kan bruke Samus sine våpen til å bli kvitt Metroid-skapninger, og bruker en detektor som kan vise antall «Metroider» som er igjen i hvert område. Når alle skapningene er eliminert, oppstår det et jordskjelv og planetens lava-nivåer synker, slik at Samus kan reise dypere gjennom tunnelene.