Sesongen 1999/2000 endte også med to titler for Favalli. Han fikk med seg sitt første seriemesterskap, i tillegg til at han vant cupen nok en gang. Favalli fikk også med seg et tredje cup-gull med Lazio i 2004, da som kaptein. Etter tolv suksessfylte år og over 400 kamper i Lazio, bestemte den angrepsvillige backen seg for å prøve noe nytt. Han bestemte seg for å ta turen til Milano og Internazionale.