På den tid var det allerede rundt 100 prester i Goa, men – med unntak av fransiskanerne – var de for det meste dårlig utdannet og ikke særlig høyt skattet i befolkningen. Blant de tiltak Frans Xavier foreslo, var for forkynnelsens kvalitet. Opprettelsen av Goa-inkvisisjonen var et forslag hans side. Som kontrast gjorde også Frans Xavier et mer virksomt inntrykk med sin forkynnelse på gatene, hans religiøse prosesjoner gjennom gatene, hans undervisning av katekismen, og hans bønner. Han ble nesten umiddelbart meget effektiv som misjonær.