Under reformasjonen forble Nord-Østerrike katolsk, mens blant adelige i Kärnten og de andre landene i indre Østerrike var det flere som konverterte til protestantismen etter at Maximilian II tok over ansvaret for området. Kort tid kom likevel motreformasjonen, og Kärnten ble igjen katolsk. Protestantismen ble også hardt motarbeidet av erkehertug Ferdinand, som senere ble keiser Ferdinand II. Ferdinand II hadde sterk militærmakt, og mens tredveårskrigen ikke ble noen større suksess for Ferdinand II og hans etterfølgere i Det tysk-romerske rike, medførte det at erkehertugdømmet, som da Kärnten var del av, ble nær rensket for protestantisme og i større grad under erkehertugens kontroll.