I juli 1203 erobret korsfarerne Konstantinopel, ledet av den venetianske doge Enrico Dandolo. De satte fyr på byen og 20.000 hjemløse mennesker måtte flykte. Den 17. juli fikk endelig Alexios III samlet 17 divisjoner og kunne gå mot korsfarerne. Motet sviktet imidlertid og bysantinerne måtte snu uten å ha kommet i kamp. Alexios III gjemte seg i keiserpalasset, samlet det han hadde igjen av gull og sammen med sin datter Eirene kom han seg i båt over til Debeltos i Trakia. Han etterlot sin kone og sine andre døtre i Konstantinopel. Korsfarerne fikk hentet den blinde, tidligere keiser Isak II, fra sitt fengsel og innsatt ham til keiser på nytt sammen sin sønn Alexios IV. De ble kronet 1. august 1203.