Hun er aktiv pasifist og protesterte høylytt mot den amerikanske krigføringen i Vietnam. I 1964 markerte hun offentlig motstand mot skatter ved å holde tilbake seksti prosent av inntektsskatten fra 1963. I 1964 grunnla hun Institute for the Study of Nonviolence (sammen med sin mentor Sandperl) og oppmuntret til motstand på konsertene. Institute for the Study of Nonviolence ville senere forgrene seg til Resource Center for Nonviolence. miniatyr|Joan Baez, Ostermarsch 1966 I hennes biografi fra 1966, Daybreak, er det meget detaljert opplysninger om hennes liv og hennes antikrigsengasjement. Boken er dedisert til menn som står overfor fengsel for å ha motsatt seg utkallelse til det militære.