Jackson forsøkt å omgå de føderale styrkenes flanker, men var hindret av Milroys brigade på fire regimenter under det fire timer lange angrepet som først stoppet etter det ble mørkt. I ly av natten og morgenen retirerte de føderale styrkene langs veien mot Franklin, startet flere skogbrann mens regimentet 73. Ohio holdt stand langs elven og siden trakk seg ut som baktropp. Etter retretten var oppdaget av sørstatssoldatene, tok Jackson opp forfølgelse og kom inn i trefninger med Schencks brigade som hadde stoppet på et høydedrag for å beskytte Milroys brigade den 9. mai. Det var et blodig slag ved McDowell, unionen mistet 259 mann (34 døde, 220 sårede, 5 savnede) mot konføderasjonens tap på 420 mann (116 døde, 300 sårede, 4 savnede). Det var sjeldent at forsvareren mistet flere menn enn angriperen. Jackson den 9. mai nektet å gå til angrep på Schencks brigade, og fortsatte forfølgelsen etter de føderale styrkene i flere dager fram til byen Franklin 70 km nordvest for Staunton, deretter marsjerte han tilbake til Shenandoah-dalen den 15. mai. Mens han var oppe i fjellene, forsøkt Ewell å sortere ut instruksene han hadde gått fra Jackson og Johnston. Ewell fikk ordre den 13. mai fra Jackson om å forfølge og angripe Banks hvis han skulle retirere fra Strasburg, men Johnston som kommanderte hovedarméen meddelte fra at om Banks skulle ut av dalen for å slutte seg til McDowell, så må Ewell tilbake til hovedarméen ved Richmond. Shields med hans divisjon hadde forlatt dalen, og Ewell visste ikke hvilken ordre han skulle følge. Jackson hadde kommet tilbake til dalen, reiste sin leir mellom Staunton og Harrisonburg den 18. mai.