I Sverige åpnet det seg politiske muligheter for å trekke seg permanent ut av unionen. I 1523 ble Gustav Vasa valgt til svensk konge, og under hans ledelse førte svenskene det som senere ble kalt den svenske frigjøringskrigen, og vant sin uavhengighet, slik at Kalmarunionen i praksis ble oppløst. På sitt største strakte Kalmarunionen seg over ca. 3 000 000 kvadratkilometer, noe som gjorde den større enn både Kievriket og det senere Storfyrstedømmet Moskva. Unionen var derfor en av Europas største stater i flatemål. Da den ble oppløst, hadde den (med små avbrudd) vart i 126 år.