Arbeidet i leiren ble utført av såkalte Sonderkommandoer, spesialavdelinger satt sammen av jødiske fanger. «Sonderkommando blå» hadde ansvaret for å losse togene, bære vekk bagasjen og rengjøre vognene. «Sonderkommando rød» hadde arbeidet med å få passasjerene til å kle av seg og deretter bringe klærne til lagerområdet. Der var andre fanger – de såkalte «Geldjuden» (pengejødene) – satt til å ta seg av penger, gull, aksjer og juveler. Før de nyankommne ble gasset, ble de undersøkt av Sonderkommandoen for å se om de hadde ytterligere verdier på seg. Sonderkommandoen undersøkte også munnene til de døde for å lete etter gulltenner. Oppgaven med å bære de døde fra gasskammeret til likbålene ble utført av de såkalte «Totenjuden». De hadde også til oppgave å gå gjennom asken og tilintetgjøre gjenkjennelige kroppsdeler. Andre jødiske fanger hadde i oppgave å holde leiren kamuflert fra luften. Alle medlemmene av Sonderkommandoene ble hver dag mishandlet og slått av vaktene i leiren og ofte drept. Nye arbeidere ble valgt ut fra de daglig ankomne transportene og presset inn i Sonderkommandoene.