Elefantfuglene ble utryddet lenge etter at menneskene koloniserte Madagaskar, så man har antatt at forsvinningen har sammenheng med den menneskelige koloniseringen. Jakt, ødeleggelser av habitatet og klimaendringer har blitt nevnt som mulige årsaker, men nå tror mange at det snarere skyldtes overdreven eggsanking (blant annet Richard Attenborough). Dette begrunnes blant annet med at klimaendringene i det sørlige Madagaskar skjedde flere tusen år før menneskene ankom øya og at fuglene var så store og kraftfulle, at mennesker trolig vanskelig kunne jakte på dem i særlig grad. Det er dessuten funnet svært få skjelettrester som viser menneskelig påvirkning, etter redskaper. Mennesker og elefantfugler må dessuten ha sameksistert gjennom lang tid, og det har blitt spekulert i om de siste elefantfuglene kan ha blitt utryddet så sent som på 1500-tallet.