Njinga kom til makten I Ndongo rundt år 1624, da hennes bror, kongen Mbande a ngola, døde under mystiske omstendigheter. Landet var da i en alvorlig krise, utløst i 1618 av et vellykket portugisisk fremstøt ledet av hærføreren Louis Mendes De Vasconcellos. I prosessen ble den kongelige residensen erobret, og mange Ndongo-ledere og -høvdinger ble henrettet. En etterfølgende tørke og hungersnød svekket landet ytterligere.