Brønnbåter har rom, tanker, eller «brønner» hvor friskt sjøvann sirkulerer, slik at fisken kan føres levende fra oppdrettsanlegg til fiskemottak. Vanligvis har brønnbåter to brønner som er adskilt midt i båten. Vannet sirkuleres ved hjelp av båtens fart gjennom vannet og inntak fremme i brønnen hvor vann blir presset inn og ventiler i akterkant hvor vannet blir presset/sugd ut. Laks og ørret kan også føres i såkalt «lukket system». Det vil si at man ikke sirkulerer med nytt vann, men at brønnen er lukket og vannet resirkuleres ved hjelp av et pumpesystem hvor det tilsettes oksygen til vannet, som er svært viktig for fisken. Fiskens oksygenopptak avhenger blant annet av stresstoleranse, vanntemperatur, vannets pH-verdi og konsentrasjonen av karbondioksid (CO) i vannet. Ved lukket transport er det viktig at man lufter ut CO som dannes. Dette gjøres ved hjelp av et eget system hvor vannet pumpes opp i en «luftekasse» der vannet piskes opp og CO frigjøres. I Skottland stilles det strengere krav til brønnbåtene med hensyn til lukkede transporter og båter med slik teknologi benyttes i hovedsak der. Lukkede system har lavere risiko for smittespredning.