Junkerdalen ligger i regnskygge i forhold til Svartisen, og har et forholdsvis varmt og tørt sommerklima. Klimaet og gunstig berggrunn har gitt livsgrunnlag til svært mange plantearter. Plantelivet i de østlige delene ble allerede i 1928 fredet som Junkerdalen-Balvatnet plantefredningsfelt. Junkerdal nasjonalpark ble vedtatt i 2004 og omfatter områder i Junkerdalen og Balvatnet i Fauske kommune. I nasjonalparken finnes en rekke fjellområder med planter med stor botanisk rikdom. Flere av vegetasjonstypene er generelt sjeldne, så som kantlynghei og reinrosehei med lapprose. Mange av plantene i nasjonalparken finnes ellers bare lengre nord, eller på andre kontinenter. Noen av de spesielle plantene er grønlandsstarr, bergjunker, fjellvalmue, halvkulerublom, svartbakkestjerne og fjellsolblom. Andre sjeldne planter i nasjonalparken er høgfjellsklokke, sølvkattefot, brannmyrklegg og lodnemyrklegg.