Ødeleggelsen av klosteret i 1589 tilintetgjorde så godt som alle dets ressurser. Klosterets egentlige eksistens strakk seg således kun fra 1556 til 1589, altså 33 år. Men klosteret ble ikke strøket av ma­trikkelen, og det ble forsøkt gjen­opprettet noen ganger. En gang i nærheten av Kola i 1619, og her bodde det 13 munker i 1701, men "opplysningstiden" hadde gjort sitt inntog i Russland under keiserinne Katarina II og Anna som ønsket å svekke kirken i forhold til staten. Og klostrene var kirkens forposter og det religiøse livets sentra. Derfor ble over en tredjedel (ca. 450) av alle klostre i Russland stengt, deriblant også "Nye Kola Petsjenga-klosteret" i 1764. På stedet for det opprinnelige klosteret ble det reist en kirke til minne om hellige Trifon, og over hans grav ble det bygget en kirke til ære for "Kristi innbærelse i tempelet".