Jørgen Hee ble født i Odense, familien hadde navn etter landsbyen Hee i Ringkjøbing amt og hans far, Jens Hee var prest ved hospitalskirken, mens moren var Else, født Lund. Jørgen Hee ble student i 1729, tok eksamen i 1734 og var deretter huslærer hos general Brockenhuus og av han ble kan kalt til sogneprest i Allerup og Davinde ved Odense, i en alder av 24 år.