I 1924 ble han kalt til Berlin som president for Physikalisch-Technische Reichsanstalt (PTR) etter Walther Nernst. Dette prestisjetunge, eksperimentelle instituttet var i 1887 grunnlagt av Hermann von Helmholtz og Werner von Siemens. Paschen ga også forelesninger ved Universitetet i Berlin. Han ble brått avsatt i mars 1933 da han nektet instituttet å feire Hitlers maktovertagelse med hakekorsflagg. Hans etterfølger som president var Johannes Stark som støttet det nye regimet. Paschen måtte forlate sin stilling ved PTR, men fikk likevel lov til å tilbringe noen får år i sitt laboratorium selv om omstendighetene var blitt vanskelige. Under krigen ble hans bolig i Charlottenburg i Berlin bombet og gikk opp i flammer med alle hans eiendeler. Han flyttet til en datter i Potsdam hvor han døde i 1947.