Klemens VI fortsatte sine forgjengeres kamp mot Ludvig IV av Bayern. Han fornyet prosessen mot Ludvig i 1343 og bannlyste ham i 1346 samt oppfordret kurfyrstene til å gå til valg av ny keiser. De utropte Karl IV av Det tysk-romerske rike til ny keiser. Klemens trosset alle råd om å forlate Avignon, som han i 1348 kjøpte av dronning Johanna I av Napoli. På den annen side lyktes han i 1347 med å styrte Cola di Rienzos velde i Roma.