Johan II døde i 1495, 40 år gammel, uten legitime arvinger. Gitt det hat som den portugisiske adelen hadde til ham, kan hypotesen om et forgiftet glass ikke bli utelukket. Før han døde hadde Johan II valgt Manuel I av Viseu, hertug av Beja, sin fetter og svoger, til å bli sin etterfølger.