Etter å ha spilt 4 sesonger i CF Pachuca meldte han overgang til CD Guadalajara i 2016, der han spilte i et og et halvt år. Pizarro var en viktig bidragsyter på laget som vant klubbens 12 ligatittel, i tillegg til Clausura 2017 Copa MX og 2018 CONCACAF Champions League.