Kikonyogo var han med og styre Ugandas økonomi inn i ønonomisk stabilitet. Han jobbet mye med koordinering mellom sentralbanken og Finansdepartementet, og fikk dreid sentralbanken i retning av en strengere finanspolitikk, som ga en mer stabil økonomi. Han var også med og fikk vedtatt reformer som fjernet valutareguleringene, for å få bukt med ulovlig handel med valuta, samt å fjerne styringen av rentenivået slik at bankene selv kan sette utlåns- og innskuddsrentene.