For narkolepsipasienter er lengden og rekkefølgen av søvnstadiene, NREM og REM-søvn forstyrret. REM-søvn, som vanligvis kommer etter en første fase med NREM-søvn, kan komme helt i starten av søvnen. Det kan være mange uheldige følger av at hjernen ikke går igjennom søvnstadiene i vanlig rekkefølge.