Skipets hjemmehavn er Naval Station Norfolk i Virginia. «Harry S. Truman»s første oppgave var i operasjonen Southern Watch fra 28. november til 23. mai 2003. Hangarskipet ble med i Southern Watch 5. desember og deltok så i invasjonen i Irak for så å returnere hjem 23. mai 2003. Skipet dro til Persiabukten igjen i oktober 2004, og returnerte til Norfolk i mars 2005.