Den opprinnelige organisasjonen ble etablert i 1978, og stiftelsen ble opprettet i 1984 under navnet «Alternativ til abort». I 2003 tok stiftelsen navnet Amathea, i forbindelse med starten på et omfattende endrings- og utviklingsarbeid i organisasjonen. Stiftelsen skulle ikke lenger bygge på sitt opprinnelige formål og verdisyn, og har fra den gang vært politisk og religiøs uavhengig organisasjon.