Det var favorittseiere i alle kvartfinalene, og semifinalene sto mellom regjerende verdensmestere og , og og vertsnasjonen . I en reprise på semifinalen fra 1984 vant Frankrike 2–1 over Portugal på Golden goal. Zinedine Zidane scoret vinnermålet på straffespark, etter en situasjon som førte til at flere av de portugisiske spillerne gikk til angrep på dommeren, noe som førte til langvarige suspensjoner av tre portugisiske spillere. I den andre semifinalen vant Italia på straffesparkkonkurranse over Nederland. Italia spilte nesten hele kampen med 10 mann etter at Gianluca Zambrotta ble utvist tidlig i første omgang. Nederland bommet på to straffespark i løpet av kampen, og deretter på tre av fire straffespark i straffekonkurransen.