Etter Beijingmøtet ble Wu gjort til regjeringskommissar for kirken og til en visepresident for folkets konsultative råd. Han stiftet så den bevegelse som skulle bli alment kjent som Tre-selv-kirken, ved hjelp av ovennevnte manifest som (det ble hevdet) etterhvert ble undertegnet av 400.000 protestanter. Etter utbruddet av Koreakrigen foresto Wu organiseringen av . Wu Yaozong var en ledende skikkelse i denne organiserte strukturen som dette senere på året førte til («Tre-Selv-kirken») med sete i Shanghai. Alle de forskjellige protestantiske trossamfunn skulle legges inn under denne.