Hoels muligheter for praktisk forskning i polområdene under andre verdenskrig ble sterkt begrenset. Han hadde i 1940 blitt professor ved universitetet i Oslo. Hoel ble i 1941 ble utnevnt av okkupasjonsmakten til prorektor og senere rektor ved universitetet i Oslo. Han var sterkt involvert i arbeidet med å hjelpe fengslede studenter og deres pårørende, spesielt de studentene som ble sendt i fangenskap til Tyskland.