Botha døde av et hjerteinfarkt i sitt hjem i Wilderness tirsdag 31. oktober 2006, i en alder av 90 år. Det var da 17 år siden han hadde gått av som regjeringssjef. Budskapet om hans død ble møtt med storsinnethet av mange av hans tidligere motstandere. Nelson Mandela uttalte at «selv om hr. Botha for mange fremstår som et symbol på apartheid, minnes vi ham også for de skritt han tok for å berede grunnen for det som skulle vise seg å bli en fredelig fremforhandlet avtale i landet vårt.» («while to many Mr. Botha will remain a symbol of apartheid, we also remember him for the steps he took to pave the way towards the eventual peacefully negotiated settlement in our country»).