Paakkunainen ledet kvartetten «Saxperiment» (1989–) som ga ut plate (1997); besetningen var ellers Pentti Lahti, Pertti Päivinen og Janne Murto. Med Gunnel Mauritzson laget han med Gotland-finsk musikk i sammensetning (Musica Nova Helsingfors) 2006; arbeidet avstedkom Lars Gullin-prisen 2001. Han har hatt et langre samarbeid med Nils-Aslak Valkeapää, som har resultert i (1983), (DAT Forlag, 1994).