Hun var datter av skipsfører og proprietær Søren Christianssøn Paus (1745–1797) og Kristine Bøyeson (1758–1828), datter av kjøpmann Realf Bøyesen Ording og Mette Grubbe, som tilhørte en skipper- og kjøpmannsslekt i Telemark. Maren Fransisca var barnebarn av sogneprest Christian Sørenssøn Paus i Sauherad. Etter at faren døde på sjøen i 1797 ble hun og hennes søster tatt opp i huset hos deres tante Christiane Elisabeth Bøyesen gift 2. gang med Jacob Aall (onkel til eidsvollsmannen med samme navn), og vokste opp på Borgestad gård i Skien. Hun tilhørte en familie som har en ukjent tilknytning til den mest kjente slekten Paus, men muligvis har fått navnet gjennom oppkalling etter denne.