Bunyan kom fra beskjedne kår. Faren var kjeleflikker, og sønnen gikk en tid på latinskole i Bedford, senere ble han lærling som kjeleflikker. Etter morens død i 1644 var han i parlamentets hær under den engelske borgerkrigen. Selv om han antagelig ikke var direkte involvert i krigshandlinger, opplevde han sannsynligvis krigens grusomheter. Rundt 1648 giftet han seg og livnærte seg fortsatt som kjeleflikker. De følgende årene opplevde han en religiøs krise, og da hans hustru døde en gang rundt 1656 begynte han som omvandrende predikat.