Etter at halvbroren hans, kong Mutara III Rudahigwa, døde under mystiske omstendigheter den 25. juli 1959, ble det kunngjort den 28. juli at Kigeli ville etterfølge ham som kong Kigeli V Ndahindurwa. Selv om han var gift, hadde Kigelis avdøde halvbror ingen barn. Omstendighetene rundt hans brå død førte til rykter om at det dreide seg om drap. Kigelis utnevnelse kom som en overraskelse for den belgiske administrasjonen, som ikke var involvert i utvelgelsen av ham, og som beskrev begivenheten som et statskupp.