I 2013 mottok Gunnhilde Høyer Aust-Agder fylkeskommunes kunstnerstipend på deling, sammen med tekstilkunstner Elin Igland. Hun har mottatt stipend fra Billedkunstnernes Vederlagsfond (2011, 2015 og 2017), Norske Grafikeres fond (2010) og Bildende Kunstneres Hjelpefond (2010).