Hyde var ikke delaktig i Karls forsøk på å gjenerobre tronen fra lordprotektoren Oliver Cromwell i årene 1649 og 1651. I denne tiden begynte Hyde å skrive borgerkrigens historie. I 1651 ble han gjenforent med kongen i hans landflyktighet og ble på nytt hans viktigste rådgiver. I 1658 ble han utnevnt til rikskansler av kongen. Da monarkiet ble gjenopprettet i 1660 fulgte Hyde med kongen tilbake til England og fortsatte i posisjonen som rikskansler. Han kom den kongelige familien nær ved at hans datter Anne Hyde ble gift med kongens bror Jakob Stuart, som senere skulle bli den neste kongen av England.