På 1500-tallet ble Malabarkysten misjonert av portugisiske jesuitter, og de tomaskristne ble i 1534 innlemmet i den romersk-katolske kirkens hierarki. Fra 1599 tilhørte de det (latinske) Angamaly erkebispedømme. Den romersk-katolske kirkens manglende respekt for de lokalene liturgiske særegenhetene førte i 1653 til at de fleste tomaskristne forlot den katolske kirke og gjorde sin til metropolitt. Imidlertid returnerte mange tomaskristne til den katolske kirke i 1662. Dette var opphavet til , men også til det tomaskristne skismaet. De resterende tomaskristne inngikk nemlig i 1665 en union med den syrisk-ortodokse kirke og overtok dennes antiokenske ritus, noe som ga opphav til . miniatyr|Skjematisk oversikt over de ulike tomaskristne kirkenes «evolusjon» Disse to kirkene har i tidens løp gitt opphav til de resterende av dagens tomaskristne samfunn: 1772 løste seg fra den syrisk-ortodokse kirke av Malankara og inngikk samarbeid med både orientalske ortodokse kirker og den anglikanske kirke. 1814 gikk en delgruppe av den syro-malabariske katolske kirke (på nytt) over til den assyriske kirke i øst og utgjør i dag dennes . 1864 løste seg fra den syrisk-ortodokse kirke av Malankara og inngikk en union med den anglikanske kirke. 1912 løste seg fra den syrisk-ortodokse kirke av Malankara og ble i 1975 anerkjent som autokefal av de andre orientalske ortodokse kirker. 1932 løste seg fra den malankarisk-ortodoks-syriske kirke og inngikk en union med den katolske kirke. 1961 løste den seg fra Mar Thoma-kirken.