Han reiste i årene 1930 til 1936 på misjonsreiser i Asia, og lyktes i 1931 å etablere et tilsvarende kloster som Niepokalanów utenfor Nagasaki i Japan. Dette fikk etterhvert både novisiat og presteseminar, og ga ut en japansk utgave av (). Dette klosteret er fortsatt sentralt for den katolske kirke i Japan. Kolbe bygget klosteret på en fjellside som, ifølge shintōistisk tro ikke var det beste stedet for å være i harmoni med naturen. Imidlertid, da atombomben ble sluppet over Nagasaki, ble Kolbes kloster reddet fordi den andre fjellsiden tok av trykket fra eksplosjonen. I midten av 1932 forlot han Japan og reiste til Malabar i India, hvor han grunnla et nytt kloster, men dette ble etter en stund stengt da det ikke kunne avsees noen prester til Malabar.