L'Engle ble alvorlig skadet i en bilulykke i 1991, men ble frisk nok til å besøke Antarktis i 1992. Hennes sønn Bion Franklin døde den 17. desember 1999. I hennes siste år var hun ikke i stand til å reise eller undervise på grunn av beinskjørhet, og særlig også ett at hun fikk hemorrhagisk hjerneslag i 2002. Hun oppga også sin tidligere foredragsvirksomhet og seminarer. Noen få samlinger av hennes tidligere arbeider, en del ikke tidligere utgitt, kom etter 2001.