Å kombinere planter og fisk i et RAS-anlegg kalles for akvaponikk. I et slikt system blir ammoniakken fra fisken både gjort om til nitrat og også fjernet av planter i vannet. I et akvaponikk-anlegg vil fisken effektivt gjødsle plantene, som altså gjør dette til et lukket system der veldig lite avfall blir dannet mens nødvendige tilskudd blir minimert. Fordelen med akvaponikk er at man kan høste og selge avlinger. Det finnes motstridende syn på hvor bærekraftig og trygt avfallet i RAS-anlegget er til å gro planter ved akvaponikk. Framtidige justeringer og oppgraderinger til operasjonelle RAS-farmer til delvis kommersielle akvaponiske anlegg bør ikke bli hindret av næringsmangel eller tvil om tryggheten ved å bruke avfallet til fisken som næring. Å gi insentiver til å bruke avfallet fra RAS-oppdrett til delvis kommersiell akvaponikk blir oppmuntret av flere. Næringen fra avfallsvannet og slammet i RAS er trygt og effektivt til å gjødsle planter ved akvaponikk.