I 1843 begynte Mendel på sin utdannelse til å bli prest. Etter anbefaling fra sin fysikklærer Friedrich Franz trådte han inn i det augustinske korherreklosteret St. Thomas-abbediet i Brünn. Der tok han ved opptakelsen klosternavnet . Han ble presteviet i 1847. I 1851 dro han til universitetet i Wien for å studere etter sponsing fra abbed C.F. Napp. I Wien var hans fysikkprofessor Christian Doppler, og hans lærer i planteanatomi og -fysiologi var Franz Unger.