Bortsett fra gjenoppbyggingsbyrået for Jugoslavia er ingen av byråene nedlagt. Kommisjonen har foreslått nedleggelser, men ikke fått medhold i Europaparlamentet og Rådet. Situasjonen er en annen for forvaltningsorganene. Kommisjonen har rett til å nedlegge dem uten samtykke fra andre institusjoner, og har flere ganger omrokert disse byråenes ansvarsområder.