I 391 provoserte biskop Theophilus hedenske fraksjoner ved å ødelegge templer og avsløre knepene som ble brukte for å lure folk til å tro at gudene talte gjennom de hule tempelstatuene. Dette førte til at flere nyplatonske professorer gjorde opprør og forskanset seg i Serapis. Etter at keiseren hadde gitt dem fritt leide, ble murene rundt ødelagt slik at templet ikke lenger kunne brukes som festning.