Det brukes ulike skrivemåter til navnet på både området og skolen. Da stedsnavnet første gang skulle skrives ned var uttalen «Majorstua» (hunnkjønnsord), men etter de gjeldende skrivereglene i det danske språket ble navnet ført som «Majorstuen». Dette var fordi hunkjønnsord på dansk endte på -en, enda dette i norsk var endinga for hankjønn. Hankjønnsord tok i danske dialekter endinga -i, men hankjønnet har i skriftlig dansk gått ut av bruk slik at hunkjønnets bøying har blitt brukt i et nytt felleskjønn som følgelig har oppstått. Språkreformene i bokmål på 1900-tallet førte med seg en gradvis overgang fra dansk felleskjønn til norsk han- og hunkjønn, og Oslo kommune gjorde på et tidspunkt skrivemåten om til «Majorstua». Kartverket forvalter Sentralt stedsnavnregister i henhold til stadnamnlova og bruker den offisielle skrivemåten som Utdanningsetaten i Oslo benytter, «Majorstuen skole». Variasjon i endingene -a og -en gjenspeiles også i navn på andre virksomheter i området, som bruker begge formene. Uttalen er en identitetsmarkør og skoleeier, Oslo kommune, synes å ha tatt et standpunkt.