Apoteket ligger i klosteret i tilknytning til Santa Maria Novella, som er en av Firenzes kirker. Apoteket har sine røtter tilbake til 1221, da en gruppe dominikanerprester flyttet dit og begynte å dyrke urter til medisinsk bruk. Offisielt regnes imidlertid 1612 å være det året apoteket ble grunnlagt.