Abbedissen fikk tilsendt et eksemplar av den nye skikk og orden, med ordre om å opplese den for jomfruene således at det skulle gå ordentlig for seg med reigion, sang i kirken og uenigheter abbedissen og jomfruene i mellom. Margrete fnyste av den nye orden, da hennes makt var blitt betydelig innskrenket gjennom ansettelsen av en særlig regnskapsfører og riksrådenes tilsynsplikt. Hun var heller ikke tilhenger av en gang om uken å skulle forhandle med jomfruene i forhold til uteståender, og nektet pure å etterkomme de nye krav. Klager innløp til kongen, og i 1573 sendte han igjen riksråder til Maribo, denne gang med fullmakt til å avsette den ulydige abbedisse dersom hun ikke ville føye seg. Margrete ga seg, men det oppsto stadig episoder i klosteret som ga næring til folkesnakken.