Flaskestarr kan forveksles med sennegras som har klart gulere og klarere grønn bladfarge (sees best på avstand), og «W-formet» bladtverrsnitt. Sennegras vokser ofte i samme områder som flaskestarr. Blant de starrartene som tilhører sumpplantene er det bare disse to som har oppsvulmete fruktgjemmer.