Opposisjonen mot danskekongen vokste raskt, og han ble tvunget til å flykte fra Sverige. Etter hvert brøt også hanseatene forbindelsene med Christians regime. Også i Danmark spredte opprøret seg mot kongen. Hertug Fredrik ledet opprøret der, med støtte fra hanseatene Lübeck og Christian flyktet i 1523 fra Danmark. Etter å ha mislykket med våpenmakt å gjenerobre kronen ble han arrestert i København i 1532. Fram til sin død 77 år gammel i 1559 satt han fengslet. Det var en bitter slutt for en mann som i 1520 var Nordens herre.