Necaxa ble grunnlagt 21. august 1923. Den fikk navn etter elva Necaxa i Puebla. I perioden 1971–1982 het laget Atlético Español og spilte på Estadio Azteka i Mexico by. I 1982 tok klubben tilbake navnet Necaxa, og holdt til i Mexico by fram til 2003, da eierne besteme seg for å flytte til Aguascalientes og gi klubben en ny identitet på grunn av sviktende publikumstall og tilhengerskare i konkurranse med de andre hovedstadsklubbene. Siden 1988 har klubben vært eid av Televisa.