Historien til flyselskapet strekker seg tilbake til 1927. Da blei selskapet Aeroput grunnlagt i Beograd. I 1947 fortsatte det som Jugoslovenski Aerotransport (JAT). Etter at Jugoslavia gikk i oppløsing, ble JAT nasjonalt flyselskap for Serbia og Montenegro og så Serbia. I 2003 byttet JAT navn til Jat Airways.