Næringslivet i byen er først og fremst knyttet til fiskeindustrien, med rederi- og handelsviksomheten J.F. Kjølbro som største aktør. Utskilt fra selskapet finnes også handelsbedriften J.F. Kjølbro Heilsøla. Av andre fiskerivirksomheter kan nevnes foredlingsbedrifter, et røykeri, saltfisklager, fryselager, galvanisering, garn- og snørefremstilling, to slipper og et reparasjonsverft. Et IT-selskap i Klaksvík har spesialisert seg innen styring av industriell fiskeforedling. Byen huser også Færøyenes eneste fabrikant av øl og brus, Föroya Bjór.