Alvarado var igjen som øverstkommanderende i Tenochtitlán da Hernán Cortés ble tvunget til å forlate byen for å konfrontere Pánfilo de Narváez, som var blitt sendt ut fra Cuba med 1000 mann for å arrestere Cortés. Som øverstbefalende kommanderte han sine menn til å utføre massakren på Danseplassen, der hundrevis av dansende unge menn ble slaktet ned. Massakren førte til et voldsomt opprør, der spanjolene måtte barrikadere seg i kong Mocezuma IIs palass. Da Cortés kom tilbake med forsterkninger etter å ha vunnet sine spanske forfølgere over på sin side, var det en by i kaos som møtte ham og hans menn.