Beaufort lærte opp Robert FitzRoy som tok midlertidig kommando over forskningsskipet HMS «Beagle» etter at kapteinen begikk selvmord. Da FitzRoy ble gjeninnsatt som Commander for den berømte andre ekspedisjon med Beagle, anmodet han Beaufort «that a well-educated and scientific gentleman be sought» som deltaker på ekspedisjonen. Beauforts undersøkelser ledet til en invitasjon til Charles Darwin som ved senere oppdagelser formulerte sin evolusjonsteori i verket .