Lillienskiold var gift første gang med Margrethe Jonasdatter (d. før 1654), datter av sogneprest til Korskirken i Bergen og prost i Nordhordland, Jonas Pedersen og hustru Anne Jensdatter Mechelborg. Sammen fikk de seks barn, deriblant Hans H. Lilienskiold. Etter ektefellens død giftet han seg med Anne Jensdatter (d. før 1675), enke etter lagmann i Bergen Peder Nielsen (Hjerman) (d. 1634). Lillienskiold døde selv 1681, og ble begravet ved domkirken i Bergen. Datteren Anna blev omkring 1666 gift med Jens Toller Rosenheim.