Aleksander den stores ødeleggelse av Theben i 335 ser ut til å ha fjernet all politisk energi fra boioterne. De førte aldri igjen en uavhengig politikk, men fulgte ledelsen til beskyttende makter. Den militære treningen og organiseringen fortsatte, men folket virket ute av stand til å beskytte sine grenser, og landet ble mer enn noen gang «danseområdet til Ares». De var innrullert i det aitoliske forbundet rundt 245, men Boiotia var lojalt mot Makedonia og støttet deres senere konger mot Roma. Roma oppløste forbundet som ble gjenopplivet under Augustus og slått sammen med de andre sentrale greske føderasjonene i den akhaiske synoden. Dødsstøttet til landets velstand ble gitt av ødeleggelsene under første mithridatiske krig.