Evnen til å angripe alle fremmede stoffer innebærer en risiko for også å angripe seg selv. At organismen ikke reagerer med immunrespons mot sine egne bestanddeler, kalles , og styres av MHC-molekyler . Om det blir feil i denne viktige evne å skjelne mellom fremmede og kroppens egne substanser kan det føre til en autoimmun sykdom.