Lynch fulgte López under krigshandlingene. Etter at de brasilianske troppene hadde drept López, forsøkte de å ta de sivile medhjelperne deres til fange. López og Lynchs eldste sønn, Juan Francisco, som var 15 år gammel, var sammen med henne. Som oberst i hæren ropte han: («en paraguayansk oberst overgir seg aldri»), hvorpå han ble skutt. Etter dette kastet Lynch seg til bakken og ropte («er dette sivilisasjonen dere har lovet?». Hun gravla så både sin mann og sin sønn med sine egne hender før hun ble tatt til fange.