Gekkoene har vært gjennom en serie systematiske oppryddinger. De egentlige gekkoene utgjør nå familien Gekkonidae. De ble tidligere regnet til underfamilien Gekkoninae i en mer omfattende familie Gekkonidae. De andre underfamiliene regnes nå til andre familier, og mange arter fra gamle Gekkoninae er flyttet til de nyopprettede familiene Sphaerodactylidae og Phyllodactylidae.