Ján Hirka kom fra en bondefamilie. Han gikk på skole i Abranovce og fra 1936 til 1944 på kirkens gymnasium. Han ble uteksaminert derfra den 3. mai 1944. Så begynte han på seminaret i Prešov og begynte å studere teologi. Hans biskop Pavol Peter Gojdič sendte ham for å studere videre ved det teologiske fakultet ved Karlsuniversitetet i Praha.