Han var født og oppvokst på øya Batalden utenfor Florø. Han ble født med cerebral parese, og hadde endel problemer i oppveksten på grunn av det; blant annet ble han nektet skolegang fordi de lokale myndighetene trodde at han var psykisk utviklingshemmet. Da han var tenåring oppdaget soknepresten at han var en begavet gutt, og anbefalte ham til spesialskolen «Arbeidsskole for Vanføre» i Oslo (nå Sophies Minde). Annanias Batalden begynte ved Sophies Minde i 1909. Ved skolen lærte han blant annet å bruke føttene til veving, maling og snekkeroppgaver, siden hendene ikke kunne benyttes på grunn av cerebral paresen.