Athenerne fryktet hevnen til de seirende spartanerne og stålsatte seg for å holde ut, men deres sak var håpløs. Etter en beleiring overgav byen seg i mars 404 f.Kr. Murene rundt byen ble revet, og en oligarkisk spartavennlig regjering ble innsatt, de tretti tyrannenes regime. Den spartanske seieren ved Aegospotami markerte slutten på 27 år med krig, plasserte Sparta i en posisjon av fullstendig dominans i hele den greske verden og etablerte en politisk orden som ville vare i mer enn tretti år.