Fra 1985 til 1989, spilte Koenig en fast rolle som Richard "Boner" Stabone, bestevennen til Kirk Camerons karakter Mike Seaver i de fire første sesongene av ABC sitcom-serien Growing Pains. I samme periode hadde han også gjesteroller i flere episoder av forskjellige andre sitcoms som f.eks. My Sister Sam og My Two Dads samt dramaserien 21 Jump Street. På begynnelsen av 1990-tallet ga han en stemme til den animerte serien GI Joe som karakterene Ambush og Night Creeper Leader, og han hadde en mindre rolle som figuren Tumak i 1993, i Star Trek: Deep Space Nine, i episoden "Sanctuary".