Kirken ble plassert mellom «Bådsmandboderne», dvs Nyboder og den nye vollen. Den skulle betjene sjøfolk, i hvertfall de som bodde i Nyboder og avlaste Holmens kirke. I begynnelsen ble den omtalt under forskjellige navn, blant annet , eller . Det siste navnet skyldtes kirkens tolvkantede form. I 1641 fastslo kongen at kirken skulle hete , men i de påfølgende århundrene ble den latiniserte formen dét navnet man kjenner kirken under.