Balto, som er halvt ulv, halvt husky, får valper med den vakre, ren-rasede huskyen, Jenna. Alle valpene ser ut som hunder, unntatt Aleu (uttales Alu), som ser ut som en ulv. Seks uker etter at valpene ble født skal valpene gis bort. Men Aleu den eneste som ikke får et nytt hjem, og vokser derfor opp sammen med foreldrene sine. Ett år senere dreper en jeger nesten Aleu, og Balto blir tvunget til å fortelle hvordan folk ser på henne: som en ulv. Hun blir rasende og reiser ut i verden, for å finne ut hvem hun virkelig er. Men farer og mystiske gåter lurer rundt alle svinger. Aleu finner snart tilflukt i en hule, hvor hun møter en mus som heter Muru. Det blir senere avslørt at Muru er Aleus åndelige veileder.