Den ble opprinnelig oppført i Tjørnuvík, men her fant man den i 1850 i så dårlig forfatning at man bestemte seg for å rive den ned og bygge en ny. I Saksun ble man ikke særlig tilfreds med å måtte være med å bygge en kirke som de sjelden hadde anledning til å bruke. De bestemte seg dermed for å ha sin egen. 12. desember 1853 sendte derfor sogneprest Carl Wilhelm Prytz en forespørsel fra kongsbonden i Saksun til kong Frederik VII om å få lov til å bygge sin egen kirke i Saksun. 12. januar 1855 gav kongen tillatelse til at det ble bygget nye kirker i Saksun og Haldarsvík, og at den gamle kirken i Tjørnuvík ble revet. På Færøyene bestemte man seg for å flytte Tjørnuvíks gamle kirke til Saksun. 29. mars 1856 skrev sogneprest i Norðurstreymoy, V.U. Hammershaimb, til amtmannen at man hadde startet med grunnarbeidet til kirken i Saksun. 14. november 1857 skrev han at kirken snart var gjenoppbygd, og at Saksun skulle skilles ut som eget kirkesogn med virkning fra 1. januar 1858.