Beslutningen om å bygge en protonakselerator for kjernefysisk forskning ble tatt av Sovjetunionens regjering i 1946. Beliggenheten ved dagens Dubna ble valgt på grunn av dens avstand fra Moskva og nærheten til Ivankovo vannkraftverk. Den vitenskapelige lederen for prosjektet var Igor Kurtsjatov. Den administrative lederen av prosjektet, herunder bygging av en bosetning, en vei og en jernbane til Moskva var NKVD-sjefen Lavrentij Berija. Arbeidet ble for en stor del gjennomført ved bruk av straffarbeid av Gulag-fanger). Etter tre år med intensivt arbeid ble akseleratoren satt i drift 13. desember 1949.