Før dette arbeidet hadde blitt fullført ble han valgt som minister med utstrakte fullmakter til å forhandle en fredsavtale og handelsavtale med Storbritannia og ble igjen sendt til Europa i september 1779. Den franske regjeringen likte derimot ikke utnevnelsen av Adams, og etterpå ble Thomas Jefferson, John Jay og Henry Laurens utnevnt til å samarbeide med Adams på Charles Gravier, Comte de Vergennes sin oppfordring. Siden Jefferson ikke forlot USA for dette oppdraget og Laurens spilte en mindre rolle, var det Jay, Adams og Franklin som spilte de viktigste rollene i forhandlingene. Mot Frankrikes vilje valgte Jay og Adams å bryte instruksjonene de hadde fått, som krevde av dem å «gjøre mest mulig skjult konfidensiell kommunikasjon i alle emner med ministrene av vår generøse allierte, kongen av Frankrike, ikke sette i gang noe i fredsforhandlingene eller våpenstillstand uten deres kjennskap eller samtykke og først og fremst styre dere selv gjennom deres råd og meninger.» I stedet forholdt de seg direkte til de britiske kommisjonærene uten å konsultere de franske ministrene.