Naturreservatet ble etablert 27. august 1976 med sikte på å drive reinforsøk, med utplassering av svalbardrein fra 1975 til 1977. Formålet er å verne øya – som er et viktig hekkeområde for blant annet måker, toppskarv og ryper – med dyre- og dyreliv. En kilometer nordøst for Gapøya ligger Gapøyholman naturreservat.