Antonescus regime spilte en betydelig rolle i holocaust og fulgte i en mindre omfatning den nazistiske fremgangsmåten med undertrykkelse, forfølgelse og massakre av jøder og sigøynere, hovedsakelig i de østlige områdene som Romania tok tilbake eller okkuperte fra Sovjetunionen (Transnistria) og i Moldova. I henhold til en internasjonal kommisjonsrapport som ble offenliggjort av den rumenske regjeringen i november 2004, var Antonescus fascistiske regjering ansvarlig for mord i ulike former, innbefattet deportasjon til konsentrasjonsleirer og henrettelser utført av den rumenske hæren, politiet og den tyske Einsatzgruppen, på mellom 280 000 til 380 000 jøder i Romania og i krigssonene i Bessarabia, Bukovina og Transnistria.