Tsjekkia ligger midt i Sentral-Europa og grenser til Østerrike i sør, Tyskland i vest og nordvest, Polen i nordøst og Slovakia i sørøst. Landet har et variert landskap og er hovedsakelig delt inn i de to områdene Böhmen og Mähren. Böhmen i vest er et område som blir drenert av elven Labe (Elbe) og dennes sideelver, som Vltava og Ohře. Böhmen er omringet av lave fjell, som for eksempel Sudetene. Krkonoše er en del av Sudetene, og her finnes det høyeste punktet i landet, Sněžka, på meter. Mähren, den østlige delen, er også forholdsvis åslendt og blir hovedsakelig drenert av elven Morava, men elven Odra (Oder) har også sitt utspring her. Vannet fra Tsjekkia renner ut i tre forskjellige hav: Nordsjøen (Elbe), Østersjøen (Oder) og Svartehavet (Morava via Donau).