Drift av Flussschifferkirche og tilhørende pongtong koster ca. 70 000 euro i året. I desember 2006 ble det offentliggjort at driften ikke lengre var sikret som følge av økonomiske problemer i kirkekretsen Alt-Hamburg. Det økonomiske ansvaret ble derfor overtatt av en privat forening i 2007. Kirken er ikke lengre selvstendig sognekirke, men den har fortsatt gudstjenester, som nå ivaretas på frivillig basis av forskjellige prester.