Frihavnen ble etablert av regjeringen som et mottrekk til frihavnen i Hamburg, som hadde åpnet i 1888. Anlegget ble prosjektert av den visjonære havnebyggmesteren, senere havnedirektør H.C.V. Møller etter en idé av ingeniør Holger Hammerich. Havnen som ble drevet på konsesjon fra Indenrigsministeriet som et privat aksjeselskap, , med Isak Glückstadt i spissen, og hadde sine egne forsyningsinstallasjoner, blant annet Frihavnens Elektriske Centralstation, og en intern jernbane, Frihavnsjernbanen. I 1979 ble Kjøbenhavns Frihavns-Aktieselskab omdannet til Københavns Frihavns- og Stevedoreselskab A/S.