Hentze-slekten nedstammer fra hans oldefar, sogneprest og prost Peter Hentze på Sandur. Jóhan Hentze var sønn av lagtingsmann Jóan Petur Hentze og hustru Marin Katrina Johannesen, sønnesønn av sysselmann Johan Michael Hentze den eldre, brorsønn av sakfører Gregers Johan Hentze og fetter av kunstmaler Gudmund Hentze. Han giftet seg med Marianne Petersen fra Heygsgarður på Sandur. Deres eldste sønn Jóan Petur Hentze ble i sin tur far til sakfører, lagtingsmann og minister Demmus Hentze.