Bjørnøya naturreservat ble opprettet 16. august 2002. Fredningen omfatter hele øya med unntak av et mindre landareal. Sysselmesteren på Svalbard er forvaltningsmyndighet og har oppsynsansvaret i naturreservatet. Forskningsaktivitet på øya er noe økende, dels som en følge av de nye fredningsbestemmelsene.