Basenji regnes generelt som en sunn hunderase. Det er imidlertid kjent at rasen kan være utsatt for fanconis syndrom (FS), oppkalt etter Guido Fanconi (1892–1979), en medfødt eller ervervet defekt i nyrenes tubulusfunksjoner som gir økt tap av fosfat, natrium, kalium, bikarbonat, aminosyrer og eventuelt også glukose i urinen. Det anbefales ikke å avle på hunder som lider av FS.