I desember 1554 ble det vedtatt lover mot heresi, og henrettelsene fulgte raskt. Den 29. januar 1555 ble Hooper, John Rogers, Rowland Taylor og andre dømt av Gardiner. Hooper ble sendt til Gloucester, hvor han ble brent på bålet den 9. februar. Han beholdt sin overbevisning og sitt mot til det siste.