Alfonso López Trujillo kom fra en fremstående familie, med en far som har hatt høye stillinger i den colombianske riksrevisjonen, en bror som har vært regjeringsmedlem og en slektning som har vært biskop. Han flyttet i ung alder til Bogotá, og fikk sin utdannelse ved Det nasjonale universitetet der. Han fortsatt så sine studier ved Angelicum i Roma, hvor han tok en doktorgrad i filosofi.