Under forhør i Polen hevdet Bühler at hans arbeid i Generalguvernementet var rent teknisk og helt upolitisk. Dommeren avviste Bühlers forklaring fordi det ikke fantes noen bevis som støttet den. Bühler antok under forhør at Wannsee-protokollen ikke ville bli funnet og senere (da protokollen var funnet) kunne dommeren konfrontere Bühler med hans egne ord fra protokollen. Bühler hevdet at Hitler ved hadde gitt ordre om at jødene skulle bosettes i det nordlige Russland og at dette var eneste tema under Wannsee-konferansen. Aktor viste til Hans Franks tale den 16. desember 1941 der det ble snakket åpent om utryddelse. Bühler hevdet at han bare ønsket å få bosatt jødene så raskt som mulig slik at de slapp de vanskelige forholdene i Generalguvernementet. Tiltaledokumentet mot Bühler ble fremlagt i mai 1948 og var 200 sider langt; bevisene var på sider og fylte 139 arkivbokser noe som trolig er den mest omfattende dokumentasjonen av den tyske okkupasjonen av Generalguvernementet. NTN fant Bühler skyldig i forbrytelser mot freden, krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten; bevis for hans medansvar for forfølgelse og utryddelse av polakker og jøder var for en stor del basert på deltakelse i Wannsee-konferansen. Bühler ble henrettet i august 1948 i Krakow.