Med fikk Nirvana også oppleve å bli sensurert. Butikk-kjedene Kmart og Wal-Mart nektet å selge albumet, siden det inneholdt den kontroversielle sangen «Rape Me» og hadde et noe kontroversielt cover. Bandet bestemte seg derfor for å lage en «ren» versjon, med nytt cover og «Rape Me» omdøpt til «Waif Me». Musikken var derimot den samme, bortsett fra at «Pennyroyal Tea» var Scott Litts miks. Kurt Cobain ble spurt om hva han syntes om å bli sensurert. Han svarte at de hadde lansert den alternative album-versjonen av hensyn til folk fra små steder, som bare kunne kjøpe musikk hos Kmart og Walmart.