Travolta giftet seg med skuespillerinnen Kelly Preston i 1991, og var gift med henne til hun døde i 2020. De har datteren Ella Bleu (født 2000) og Benjamin født 2010; deres sønn Jett (født 1992) døde 2. januar 2009 i en alder av 16, av et anfall under en familieferie. Han led av Kawasakis sykdom, som kan resultere i varierte smertefulle bivirkninger som anfall og i noen tilfeller hjerteproblemer.