Carlos Fuentes ble født av meksikanske foreldre. Hans far var diplomat, og Fuentes tilbrakte derfor store deler av barndommen i flere forskjellige hovedsteder, hovedsakelig i latinamerikanske land. Som ungdom reiste Fuentes tilbake til Mexico, hvor han bodde frem til 1965. Han studerte juss ved universitetet i Mexico, og senere ved Graduate Institute of International and Development Studies i Genève.