Kasein består av et ganske stort antall prolin-peptider som ikke virker på hverandre. Det er heller ingen disulfidbroer. Som resultat av dette har kasein relativt lite tertiærstruktur. Dermed denaturerer det heller ikke særlig lett. En annen konsekvens er at hydrofobe grupper havner på utsiden av proteinet og gjør det uløselig i vann. Kasein finnes i melk som store aggregater som kalles kaseinmiceller som er i suspensjon i melka. Kaseinmicellene inneholder også kolloidalt kalsiumfosfat(CCP) som binder micella sammen. Ved reduksjon av pH løses CCP opp, og går ut i serum i melka.