Ved klosteret oppdager spilleren graven etter Tihocan, en annen hersker over Atlantis. Etter å ha fått tak i begge delene av Scion, får Lara Croft en visjon som avslører at den tredje og siste delen av Scion var skjult i Egypt etter at den tredje atlantiske herskeren - en forræder som brukte gjenstanden til å skape en ny rase av mutanter - ble fanget av Tihocan og Qualopec. Men på vei gjennom Egypt til den tapte byen Khamoon, blir det en konfrontasjon mellom Lara Croft og Larson - som blir drept. Lara blir deretter tatt i bakhold av Jacqueline Natla, som forsøker å stjele Scion å gjennomføre hennes egne planer.