Som trener ledet han Drøbak/Frogn fra 2003 til 2005, før han tok over Bodø/Glimt etter daværende trener Ola Haldorsen da klubben rykket ned fra Tippeligaen i 2005. Sammen med Erik Hoftun (som allerede var spiller i klubben) kjempet de lenge om opprykk, men den første sesongen i Adeccoligaen ble vanskelig for Bodø/Glimt. Ved sesongslutt 2006 havnet de på 5.-plass. Langt unna opprykk. Etter 2006-sesongen trengte både Bergersen og Hoftun betenkningstid før de takket ja til å fortsette som trenere for klubben. I 2007-sesongen endte Bodø Glimt på en kvalifiseringsplass til Tippeligaen. Odd Grenland ble slått i begge kampene og Bodø Glimt ble klar for Tippeligaspill i 2008-sesongen.