Det ble etter hvert klart at Frankrike ønsket seg et sammenhengende koloniområde fra Atlanterhavet til Rødehavet, mens Storbritannia ville ha et britisk Afrika fra, i Rhodes ord, Kapp til Kairo. Problemet ble dermed skjæringspunktet. Britene var blitt slått tilbake i 1885 av muslimer i Khartoum på vei nedover Nilen. I 1898 lyktes de å beseire muslimene og fortsatte. Kampen sto om Fashoda, nåværende Kodok i Sør-Sudan. Jean-Baptiste Marchand hadde i en ekspedisjon lyktes i å komme dit først, men Herbert Kitchener og hans briter kom kort tid etter. I det som senere ble kjent som Fashoda-konflikten truet britene med krig, noe som for fransk side kunne medføre at de ville kunne få Tyskland i ryggen. Etter mye krangel valgte Marchand å trekke seg.