Deportasjonene fra Thessaloniki pågikk fra 15. mars til 10. august 1943. Fra mars til mai gikk det dver tredje dag gikk et tog med omkring 2.000 personer til Auschwitz og 46.091 ble deportert i perioden. Av disse var omkring 45.200 fra selve Thessaloniki og noen hundre fra andre byer i området. Det første toget gikk 15. mars med 2400 innbyggere fra Baron Hirsch-gettoen, en slum ved jernbanestasjonen. De ble stuet inn i 40 godsvogner som ble forseglet. Fem dager senere ankom toget Auschwitz hvor de arbeidsdyktige ble skilt fra og de øvrige 1791 (inkludert barna) straks ble avlivet i gasskammeret. I midten av mai ble det en pause i deportasjonene da de militære trengte arbeidskraften. Italienske representanter i Thessaloniki motarbeidet tysk arbeid med deportasjoner blant annet ved å protestere mot deportasjon av italienske borgere og hjalp personer å unnslippe deportasjon ved blant annet å gi dem falske dokumenter.