I 1160 ble byen bispesete. I 1188 mistet Henrik Løve byen, og Lübeck kom under Det tysk-romerske rike. Deretter var Lübeck under Danmark fra 1203 til 1225, men kom i 1226 på nytt under keiseren. Dette førte til en styrking av det lybske byrådet, som på egen hånd hadde inngått en handelsavtale med Hamburg, avgjort spørsmål om toll, og stått for overdragelse av tomter i byen. Dermed kunne byrådet kontrollere hvem som fikk råderett over bytomter, og medfølgende rettigheter og plikter. Lübeck regnes som det fremste eksempelet på en selvstendig bystat i middelalderens Nord-Europa.