SS opprettet et internt rettssystem 17. oktober 1939 med rettslig suverenitet for tjenestemenn i Waffen SS, Einsatzgruppen og politiavdelinger som tjenestegjorde ved fronten. Tjenestemenn i Waffen SS kunne ikke stilles for Wehrmachts militære domstoler. Det ble opprettet lokale SS-domstoler knyttet til HSSPF-kontorene. Høyeste SS-domstol var i München. Hitler var øverste myndighet og nominerte dommere (som skulle være jurister av utdanning), mens Himmler for det meste utøvde Hitlers myndighet. Dommernes autonomi ble anerkjent, men Himmler kunne benåde, kreve ny behandling og avvise dommer. SS hadde ikke en straffelov og basert seg på den tyske straffeloven av 1871.