Han ble fengslet etter konsilet i Konstanz i 1415. Ifølge historikeren Edward Gibbon ble Johannes XXIII siktet for sjørøveri, mord, voldtekt, sodomi og incest. Dette må sees i lys av det politiske klimaet, og de fleste anklagene var antagelig ikke ekte, men ble fremmet i stedet for mer kompliserte politiske anklager.