Anthony Fokker var sønn av Herman Fokker, som eide av kaffeplantasje på øya Java. Familien dro tilbake til Nederland i 1894 og bosatte seg i Haarlem. Den tyve år gamle Anthony skulle i 1910 gå på et kurs for bilbygging ved ingeniørskolen i Bingen. Men han innskrev seg i stedet som elev på et kurs for flykonstruksjon i Zahlbach ved Mainz.