Busch ble arrestert i Antwerpen i 1940 og deportert til konsentrasjonsleirene St. Cyprien og Gurs i Frankrike. Etter et fluktforsøk ble Busch arrestert av Vichy-Frankrike og gitt over til Gestapo. Busch ble hardt skadet og delvis lammet i ansiktet etter et alliert luftangrep på fengselet hans i 1944. Luftangrepet hadde også reddet Busch fra dødsdommen siden mye av beviset ble ødelagt. Den Røde armé frigjorde fengselet hans Brandenburg-Görden 27. April 1945.