Uten pomp og prakt ble hun den 24. oktober 1667 gift på Glückstadt slott med hertug Christian Albrecht – som del av fredstraktaten (Glückstadtforliket) mellom Danmark-Norge og Slesvig-Holsten-Gottorp. Ekteskapet ble ikke overraskende ulykkelig, hvor Frederikke Amalie ofte følte seg klemt mellom ektemannens politikk og broren Christian V. Hun ble behandlet dårlig, skjønt Christian Albrecht viste henne den ære å navngi paviljongen i Gottorps slottspark etter henne.