Et nytt spor for Secure Digital-kort brukes til ekstern lagring av bilder og kan også brukes som lagringsplass for nedlastet programvare og avspilling av AAC-lyd. Sporet for å sette inn GBA-spill er nå borte, dermed fjernes konsollens bakoverkompatibilitet og dens kompatibilitet med tilbehør som krever GBA-sporet, som Nintendo DS Rumble Pak; samt Guitar Hero: On Tour, og Guitar Hero: On Tour Decades grep, som kreves for disse spillene. Fjerning av bakoverkompatibilitet forhindrer også at spill som Pokémon Diamond og Pearl får tilgang til lagrede data lagret på GBA-spill. DSi har 256 MB internt flashminne. Bilder tatt ved hjelp av DSi kan synkroniseres til Nintendo Wiis Photo Channel. Alle eksisterende flashkort til Nintendo DS og DS Lite er inkompatible med DSi, men DSi kompatibel flashcards blir nå produsert – det første ble opprettet av Acekard. Enten de er låst ute av fremtidige hardwareoppdateringer fortsatt å bli sett.