Masaryk-universitetet har pr i dag (2009) omkring studenter og over ansatte. Disse er fordelt på ni fakulteter som består av over 200 avdelinger, institutter og klinikker. I 2008 søkte personer om studieplass, det høyeste søkertallet i Tsjekkia dette året. Pr høsten 2010 studerer et tjuetalls nordmenn ved Masaryk-universitetet.