Den tyrkiske flåten besto av 193 fartøyer og var en av de største som var mønstret siden antikken. Flåten ankom 18. mai, men ankret først opp utenfor øya. Tyrkerne ønsket å sette særlig Fort St. Elmo ut av spill for å sikre en havn til flåten. I tillegg til å kontrollere innseilingen til de maltesiske havnene, var dette det minste borgen. Dette viste seg i ettertid å være en pyrrhosseier og en taktisk feil, da borgen gjorde slik langvarig motstand at det tappet de tyrkiske styrkene med 8 000 mann før det falt først etter en måned.