Innsjøen er kun 84 meter på det dypeste med en gjennomsnittsdybde på 40 meter, men er den syvende største ferskvannsjøen i verden ut fra volum, og inneholder vann. Innsjøen har et nedbørfelt på . 80 prosent av innsjøens vannmasse stammer fra nedbør, mens de resterende 20 prosentene stammer fra ulike andre tilsig, blant annet elvene Kagera (størst) og Mara. Den drenerer til elvene Hvite Nil, som kilden til den lengste grenen av Nilen, og Katonga. Innsjøen ligger på et elevert platå i den vestlige delen av Riftdalen, cirka Victoriasjøen har en kystlinje på 3 440 km og mer enn 3 000 øyer, og mange er bosatt der. Dette gjelder blant annet Sseseøyene i Uganda, en større øygruppe i den nordvestlige delen av innsjøen, som også trekker til seg stadig flere turister.