I pilot-episoden forlater USS Voyager romstasjonen Deep Space Nine på et oppdrag inn i det forræderske Badlands. De leter etter et savnet romskip som ble pilotert av et team av Maquis-opprørere - som Voyagers sikkerhetsoffiser, Vulcan-løytnanten Tuvok, i all hemmelighet har infiltrert. Mens de er i Badlands, blir «USS Voyager» omsluttet av en kraftig energi-bølge som dreper flere av mannskapet, skader romskipet og strander mer enn 70 000 lysår fra Jordkloden.