Både X-48A og B er bygget av komposittmaterialer og drevet av tre jetmotorer. Begge har tre-punkts landingsunderstell med hjul. X-48Bs flyramme er konstruert av karbonfiber og levert av den britiske underleverandøren Lola Composites. Den lette konstruksjonen gjør at flyet er sårbart for vindkast, og flyvninger har blitt kansellert på grunn av vindforholdene. Siden X-48B mangler vertikale halefinner blir sideror-funksjonen erstattet av ror på de vertikale vingefinnene. Hele bakkanten av de buede vingene har også kontrollflater som fungerer som balanseror og høyderor. De ytterste rorene i vingens bakkant kan splittes for å fungere som luftbremser, ikke ulikt spoileron. X-48B er også utstyrt med kollisjonsputer og to fallskjermer i tilfelle tap av kontroll over flyet. Den ene fallskjermen er en liten bremseskjerm for å hjelpe flyet ut av et eventuelt spinn, mens den andre skjermen er større og skal bringe X-48B trygt til bakken i nødsituasjoner. Flyet styres ved hjelp av en vanlig stikke av en pilot og en test-ingeniør i bakkestasjonen. Instrumentdata og videobilder fra et kamera i flyets nese blir kontinuerlig overført til bakkestasjonen.