Lynch gikk gradene i ungdomsakademiet til United og etablerte seg siden som juniorspiller og reservelagsspiller for klubben. Han fikk en førstelagsopptreden mot Deportivo de La Coruña i en kamp i UEFA Champions League i mars 2003, hvor han uheldigvis skåret et selvmål. Mens han var i Manchester United ble han også lånt ut til den skotske klubben St. Johnstone i 2001, hvor han noterte seg for 20 ligakamper.