Roger Beaussart stod på listen over tolv mistenkte biskoper, opprettet av den franske komité for nasjonal frigjøring i september 1943, men var ikke lenger medtatt på den i juli 1944. Etter en avtale mellom pave Pius XII og general de Gaulle ble han en av de fire biskopene i Frankrike som ble avskjediget fra sine embeder på slutten av andre verdenskrig; de andre var Henri-Édouard Dutoit, biskop av Arras, François-Louis Auvity, biskop av Mende, og Florent du Bois de La Villerabel, erkebiskop av Aix-en-Provence. Han innsendte leverte til slutt sin fratredelsesbrev i juli 1945.