Prosjektet ble startet som et resultat av mange års forskning og utredning i regi av US Department of Energy. I 1988 ble the National Center for Human Genome Research dannet som en underavdeling hos National Institute of Health i USA. Prosjektet ble først formelt startet i 1990 med et budsjett på 3 milliarder dollar, og en tidsramme på 15 år. Prosjektet ble dannet som et internasjonalt konsortium med økonomisk støtte og genetikere fra Kina, Frankrike, Tyskland, Japan og Storbritannia.