Han var den andre sønnen av Ralph Botevile fra Stretton i Shropshire og Ann Higgons, datter av John Higgons. Broren het Thomas. William Thynne giftet seg to ganger, andre gang med Anne Bond, datter av William Bond. De fikk en sønn sammen, Francis Thynne (ca. 1545–1608). Etter hans død giftet hustruen seg to ganger til og døde en gang før 1572.