Etter å ha gått av som minister i mars 1905 ble Strugstad utnevnt til oberst og sjef for det Norske Jegerkorps, og i 1910 ble han forfremmet til generalmajors grad og fikk kommandoen over Trondhjem brigade før han i 1914 ble sjef for generalstaben, og skjøttet denne stillingen «med ro og sikkerhet», ifølge Lindbäck-Larsen, under hele den første verdenskrig. I 1908 var Strugstad leder av komiteen for reorganisering av forsvaret.