FBI er organisert med et hovedkvarter i Washington D.C., 56 lokalkontorer, 400 satellittkontorer og 23 utenlandskontorer. Hovedkvarteret, lokalisert i J. Edgar Hoover-bygningen, er inndelt i et antall stabskontorer og 5 direktorater: Etterretning, Kontraterrorisme–Kontraetterretning, Kriminaletterforskning, Politibistand og Administrasjon.