Under andre verdenskrig ledet han det tyske firmaet «Anton Flettner, Flugzeugbau GmbH» som bygde helikoptre. Han hadde kontakt med Heinrich Himmler om helikopterutviklingen. Flettners kone, Lydia Freudenberg Flettner, var jøde. Himmler sørget for at en lavere tysk offiser med soldater eskorterte henne og hennes familie til Sverige der hun var resten av krigen.