I 1990 ble Mesjkov valgt til nestleder i det øverste rådet på Krim (republikkets parlament). Der ble han medgründer av partiet RDK (Republican Crimean Movement). I 1994 ledet han valgblokken «Russland» for det republikanske presidentvalget, hvor han lett beseiret Mykola Bahrov i andre runde. Mykola Bahrov var på den tiden leder av Det øverste rådet på Krim. I den andre runden av presidentvalget på Krim i 1994 vant Mesjkov 72,9 % og ble valgt til eneste president i republikken.