Pave Stefan IX ble valgt i 1057. Han hentet Peter til Roma, og kreerte ham til kardinalbiskop av Ostia, mot Peters vilje. Peter måtte tilslutt trues med ekskommunikasjon for å få ham til å akseptere utnevnelsen. 30. november 1057 ble han kardinalbiskop og samtidig administrator for Gubbio bispedømme. I Fonte Avellana ble Johannes av Lodi utnevnt til ny prior, og det var han som skrev den viktigste biografien om Peter.