Den taktiske biten foregår i et bestemt oppdrag ute på hvert område. Oppdragene varierer fra bare å utradere all motsatnd eller en bestemt alien eller gruppe av aliens, til å kidnappe en bestemt alien, ødelegge eller hente et bestemt objekt, eller forsvare et annektert område fra fiendtlige angrep. UFO'en du har til rådighet kan transportere inntil 7 soldater med utstyr. Også i oppdragene er detaljplanlegging en viktig del, ved at du kan kjøre tiden i slow moiton eller pause helt så ofte du vil. Kameraet kan varieres helt fritt i alle vinkler, både fra 1. og 3. persons synsvinkel. Geografien er delt inn i 3 høydenivåer, dvs bakken, 1. "etasje" av plattformer og bunkere/kommandorom, og 2. "etasje" av plattformer, tårn og tak. Det er en vesentlig del av spillet at man skal bruke terrenget og konstruksjoner til å få det nødvendige overtaket over fienden, men ofte er kun utstyret du har den avgjørende faktoren.