Marit Slagsvold vokste opp i Oslo og er datter av tannlege og professor Olav Kristoffer Slagsvold fra Romedal og Britt (Bitten) Berg-Pettersen fra Narvik. Morfaren Carl Berg-Pettersen eide skipsverkstedet Narvik Mek. Verksted. Hun er yngst av fire søsken, og er søster av psykolog, dr.philos. Britt Slagsvold. Hun ble gift med ungdomskjæresten Jonas Gahr Støre i Flosta kirke i 1988, og de har tre barn. Slagsvold har vært aktiv i miljøet rundt Rudolf Steinerskolen i Oslo, der barna gikk. Hennes farsslekt kommer fra gården Slagsvold i Hedmark, og hun er tremenning til moren til Sp-leder Trygve Slagsvold Vedum.