I Slovakia vokste motstanden mot deportasjonene i 1942. Biskoper i den katolske kirke i landet og Vatikanet protesterte mot de antijødiske tiltakene, to lutherske biskoper protesterte offentlig i mai 1942. Flere regjeringsmedlemmer og presidenten i parlamentet var motstandere av deportasjonene. De gikk rykter om at jødene ikke kom levende fra deportasjonen blant annet fra øyenvitner som hadde rømt fra leirene i Polen og kom tilbake til Slovakia.