Plantelivet er ytterst sparsomt og avgrenset til sør og vest. Også dyrelivet er begrenset, for eksempel har Auyuittuq nasjonalpark bare 11 dyrearter, og Nettling Lake har bare tre fiskearter, bl.a. røye. Viktigst er grønlandskaribu, storkobbe, ringsel (også i Nettling Lake), isbjørn, arktisk ulv, fjellrev, polarhare og lemen. Om sommeren kan Baffinøya også få besøk av narhval, hvithval (Beluga), hvalross og grønlandssel.