Etter Smiths død ble Rathke direktør for botanisk hage, og han benyttet gasjen etter Flor til «forøkelse av den botaniske haves bibliotek og nasjonalmuseet». Sommerfelt kom sannsynligvis tidlig i konflikt med Rathke. Han kritiserte Rathke for å ikke anskaffe spesiallitteratur til undervisningen i botanikk samt for vanskjøtsel av Botanisk hage. Sommerfelt klaget over at det ikke var ansatt en botaniker til å bestyre hagen. Han mente at dette var årsaken til at navngivingen (etikettene) på plantene var forvirrende, og han nevnte spesielt at en og samme planteart kunne være oppgitt med inntil 17 forskjellige navn. Han påsto at studentene neppe kunne hente noen kunnskap fra hagen. Denne kritikken gjorde Rathke lite velvillig innstilt overfor Sommerfelt.