Alleyn døde i november 1626 og ble gravlagt i kapellet i den skolen som han hadde grunnlagt. Hans gravstein har satt dødsdatoen til 21., men det er grunn til å tro at det egentlig skjedde den 25. I 1610 var Alleyn medlem av et styre av voktere av Southwark-katedralen, og det er et minnevindu for ham i katedralen. Et portrett av skuespilleren henger i Dulwichs billedgalleri.