Oppenheimer møter også biolog og tidligere kommunist Katherine Puening, som han senere gifter seg med. General Leslie Groves henvender seg til Oppenheimer, og ber om hans engasjement i utviklingen av atombomben, kjent som Manhattanprosjektet, men først etter at Oppenheimer har forsikret om at han ikke har noen sympatier for kommunismen. Oppenheimer setter snart sammen et team av forskere for å lage atombomben og gjennomfører tester i Los Alamos, New Mexico. Han håper at dette kan redde verden, til tross for hans bekymringer om de potensielle globale konsekvensene. Det skal spesielt ha vært nazistene, og deres antisemittisme, som skal ha drevet den jødiske Oppenheimer.