Etter 1350-tallet engasjerte skolastikken seg i spissfindige spekulasjoner rundt spørsmål som hvor Gud befant seg før skapelsen, og om en mus som spiser av en oblat, får i seg noe av Kristi legeme; om avklippet hår og negler får noen andel i oppstandelsen, og om hvordan Kristus kunne bli menneske i jomfru Marias livmor. Religiøse sinn vendte seg i stedet mot mystikken, andre mot humanismen med sin fordypelse i antikkens kultur, og mot reformasjonen som tok teologien tilbake til Bibelens ordlyd.