I juni 1055 møtte Viktor keiseren i Firenze og holdt et råd som igjen satte Leo IXs fordømmelse av presteekteskap, simoni og tap av kirkelig eiendom i kraft. Det følgende året ble han kalt til keiseren, og han var sammen med Henrik III da keiseren døde i Botfeld i Harz 5. oktober 1056. Som verge for Henriks sønn Henrik IV og rådgiver for keiserinne Agnes fikk Viktor nå enorm makt, som han brukte for å opprettholde fred i keiserriket og styrke pavedømmet mot angrep fra adelen. Han døde kort etter sin hjemkomst til Italia den 28. juni 1057 i Arezzo. Han ble etterfulgt av Stefan X (Fredrik av Lothringen).