De fleste oppdragene består av kamper, men enkelte oppdrag innebærer at spilleren må samhandle med andre figurer under besøk til de forskjellige bosetningene. Hver gang spilleren opparbeider seg nok erfaring, kan spilleren og andre medlemmer på laget få «Squad Points» som de kan brukes til å utvikle krefter for Shepard eller lag-medlemmene. Spillerens primære transportmåte er et stjerneskip som fungerer, som også fungerer som Shepards operasjonsbase. Om bord på skipet kan spilleren samhandle med de andre medlemmene på laget, tilpasse spillerens rustning, reise til forskjellige planeter, eller skanne planeter for å finne ut hva slags mineraler (eller andre ressurser) som eksisterer der. Disse ressursene kan spilleren bruke for å skaffe en rekke oppgraderinger i spillet, blant annet styrke spillerens helse, eller utvide skipets drivstoff-kapasitet.