I nær et halvt århundre hadde Wichern øverste ledelse for den voksende anstalten. Også etter at han i 1857 ble foredragende råd i Preussens evangeliske og i dets ekklesiastikkdepartement, tilbragte han somrene på , som under vintrene ble ledet av hans medhjelpere. Statstjenesten forlot han i 1871 foråt atter helt vie seg til anstalten. To år etter fikk han imidlertid ved sin side der sønnen Johannes Wichern (1845-1914), som under farens langvarige sykdom ble den virkelige leder allerede før dennes død.