Etter krigen var Brandstorp en kort periode tilbake i , før han fra 1. juli 1947 ble utnevnt til oberst og sjef for den nyopprettede Forsvarets velferdstjeneste. Han var også aktiv i en lang rekke utvalg i etterkrigsårene, og han var medlem i det sentrale granskingsråd i 1945–1946, formann i komiteen for utredning av velferds- og opplysningstjenesten i 1946, formann i komiteen for utredning av tillitsmannssystemet i Forsvaret i 1947, og medlem av komiteen som vurderte opprettelsen av det norske fredskorps i 1960.