Etter den nazistiske maktovertagelse forsøkte den katolske kirke å sikre kirkens autonomi med å inngå et konkordat med Tyskland under det nye styre. Til å begynne med var Müller overbevist om at dette rikskonkordatet ville forhindre at katolisismen ville bli utsatt for undertrykkelse, men ble raskt desillusjonert. Han oppfordret kirkeledelsen til åpent å påpeke og fordømme nazistenes brudd på konkordatet og mot andre lovovertredelser.