Den kraftige motbør han fikk gjorde livet vanskelig for ham, og han overlot administrasjonen av erkebispedømmet til sin koadjutor, erkebiskop Patrick John Ryan, i 1871. Men da Ryan ble gjort til erkebiskop av Philadelphia, det bispedømmet Kenricks egen bror en gang hadde ledet, tok erkebiskop Peter R. Kenrick tilbake den aktive ledelse av erkebispedømmet Saint Louis.