Sanader konsentrerte seg nå om å slå Ivica Račan og hans venstre-senter koalisjon ved valget i Kroatia i 2003. HDZ klarte ikke å vinne absolutt flertall. Etter valgseieren ba presidenten Sanander om å danne regjering 9. desember 2003. I forhandlingene etter valget sikret Sanader seg støtte fra etnisk minioritetsparti, nemlig det Kroatiske pensjonistpartiet og Det uavhengige demokratiske serbiske parti. Nasjonalforsamlingen godkjente Sanander endelig 23. desember 2003. Sanander ble dermed den første serbisk-ættede statsministeren i det nye Kroatia etter Kroatia-krigen ble avsluttet.