Stone var en stor tilhenger av å bruke samfunnsfaglige metoder i historiefaget. Han hevdet at bruk av kvantitative metoder til å samle data kan føre til nyttige generaliseringer om ulike tidsperioder. Men Stone argumenterte aldri for å skape såkalte historiske lover på den måten Karl Marx eller Arnold J. Toynbee gjorde. Det lengste en kunne gå, hevdet Stone, var å lage generaliseringer om et bestemt hundreår. Stone var svært interessert i å studere mentaliteten hos mennesker i den tidligmoderne tida langs retninglinjene til Annalesskolen, men Stone avviste Fernand Braudels geografiske teorier som for forenklende. Langs de samme linjene var Stone glad i å kombinere historie med antropologi og brukte såkalt «tykk beskrivelse», på et vis som minner om Clifford Geertz.