Etter at tyske styrker okkuperte Ungarn i mars 1944 gikk SS og ungarsk gendarmeri inn i Bačka og deporterte jøder til Auschwitz. I alt ble jøder drept i Bačka under andre verdenskrig, de fleste i Auschwitz i mai-juni 1944. Før 1944 var de drepte i Bačka hovedsakelig voksne menn, men i 1944 økte andelen barn og eldre. I landsbyen Crvenka i Bačka massakrerte tyske styrker 700 jøder den 6. oktober 1944. De hadde vært på tvangsarbeid i kobbergruvene i Bor i Serbia. Gruvene ble evakuert i midten av september da sovjetiske styrker nærmet seg. Kildene anslår at 2500-3000 av Bačkas jøder overlevde krigen.