Den østlige delen av kongedømmet (Partium og Transilvania) ble først et uavhengig fyrstedømme, men ble gradvis tvunget inn under tyrkisk styre som en vasallstat av Det osmanske riket. De sentrale delene (det meste av dagens Ungarn), inkludert hovedstaden Buda, ble en osmansk provins. Det meste av landet var herjet og ødelagt av stadig krigføring. De fleste små bosetninger forsvant. Bønder som nå bodde i den osmanske provinsen kunne bare overleve hvis de underkastet seg større bosetninger, kjent som Khaz-byer, som var eid direkte av sultanen. De muslimske tyrkerne stilte seg likegyldige til hvilken av de forskjellige retningene innen kristendommen deres ungarske undersåtter bekjente seg til. Av den grunn ble de fleste ungarere som levde under osmansk styre protestanter, hovedsakelig kalvinister, da den habsburgske motreformasjonen ikke hadde innflytelse i disse områdene.