I april 2002 overgav Ojdanić seg til krigsforbryterdomstolen i Haag hvor Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia anklaget han for forbrytelser mot menneskeheten. Rettssaken startet i 2006, og Ojdanić erklærte seg «ikke skyldig» etter tiltalen. Han ble i 2009 dømt til 15 års fengsel for forbrytelser mot menneskeheten. Han ble løslatt i 2013, etter å ha sonet 2/3 av straffen. Ojdanic døde i Serbia i 2020, 79 år.