Det viktigste japanske hangarskipsbaserte angrepsflyet var Aichi D3A stupbomber (alliert kallenavn «Val»), og Nakajima B5N torpedo- og bombefly (alliert kallenavn «Kate»). Det viktigste hangarskipsbaserte jagerflyet var det raske og svært manøvrerbare Mitsubishi A6M (alliert kallenavn «Zero»). Av en rekke grunner hadde produksjonen av Val blitt kraftig redusert, mens produksjonen av Kate hadde stoppet helt, og som følge av det var det ingen fly tilgjengelig for å erstatte tap. I tillegg hadde mange av flyene som ble brukt i juni 1942 vært i kamp siden sent i november 1941. Selv om de var godt vedlikeholdt, var mange av de nesten slitt ut og ble stadig mindre pålitelige. Dette førte til at alle hangarskipene i Kido Butai hadde færre fly enn de vanligvis var oppsatt med, med færre reservedeler om bord.