Magnetrøreren bruker et roterende magnetfelt som drar en magnetisk rørepinne i bunnen av kolben som står på magnetrørerens plate. Dette får rørepinnen til å spinne raskt rundt i væska i kolben, slik at væska blir omrørt. Det roterende magnetfeltet blir skapt enten av en roterende magnet eller av en rekke fastmonterte elektromagneter. Ettersom glass ikke påvirker magnetfeltet i nevneverdig grad (glass er transparent for magnetisme), og glasskolber (f. eks. erlenmeyerkolber) ofte brukes i laboratorier, fungerer magnetiske rørepinner godt. På den andre siden kan en liten magnetpinne bare røre væsker av mindre volum, typisk begrenset til 3-4 liter. Magnetrøreren arbeider også dårlig i viskøse væsker og tykke suspensjoner.