Manusforfatter David Twohy tok over etter Red, og han skulle ta utgangspunkt i Gibsons manuskript. Twohy flyttet settingen til en fengselsplanet, som ble brukt til ulovlige eksperimenter på romvesener for bruk i biologisk krigføring. Harlin mente at handlingen begynte å ligne for mye på de forrige filmene og var dessuten lei av den langvarige prosessen. Han forlot prosjektet, og Fox tilbød han i stedet. Fox' daværende president Joe Roth ble tilsendt Twohys manus og reagerte sterkt på at Ellen Ripley ble fjernet fra historien. Sigourney Weaver, som spilte rollefiguren i de forrige filmene, ble oppringt og takket ja til å delta i en ny film. Twohy bearbeidet manuset sitt, denne gangen med Ellen Ripley som hovedperson.