Grottaferrata har også hatt sine bosetninger, og det var i 1004 at munker fra Calabria etablerte et basiliansk kloster, nettopp på ruinene av en romersk villa fra de tuskulanske tider. Den var viet deres helt St. Nils (910–1005), som døde snart og ble etterfulgt av St. Bartolomeo den yngre (981–1055). Klosteret stod ferdig i 1024 og her gravla man den avsatte pave Benedikt IX (1012–56) som var sønn av den tuskulanske grev Alberik III. Dette utviklet seg til det man i nyere tid kaller , viet Maria.