Innad i kirken var MacKillop en kontroversiell figur, delvis på grunn av sitt samarbeid med fader Woods. Kontroversene nådde et høydepunkt da hun i 1871 ble ekskommunisert av biskop Sheil, og nonnene i ordenen hennes fikk forbud mot å ha kontakt med henne. Ekskommunikasjonen ble opphevet av Sheil på hans dødsleie, og hun ble også frifunnet av en granskning fra Vatikanet.