Musikken i ble komponert av Nintendos hovedkomponist, Koji Kondo. Den er påvirket av forskjellige musikkstiler, som for eksempel den tegneserieaktige musikken i Kokiri Forest og den spanske flamencomusikken i Gerudo Valley. Musikken til spillet ble gitt ut i Japan den 18. desember 1998 og inneholdt 82 lydspor. Musikken fra har hatt betydelig innvirkning på senere spillmusikklåter i -serien ved at senere spill i serien har inneholdt nye versjoner av melodiene. Lydsporet til som inneholder flere av sangene fra , er et eksempel på det. Musikken i ble godt mottatt av en del kritikere, og GameSpot anser lydsporet som ett av de «ti beste videospill-lydsporene noensinne».