DMT-Trondheim var det av samtlige jødiske samfunn i Norden som ble hardest rammet av nazistenes jødeforfølgelser, målt i andel drepte medlemmer. Da krigen kom, hadde menigheten 300 medlemmer, og over halvparten av dem ble drept i konsentrasjonsleirene. Synagogen ble tatt i bruk av den tyske krigsmakt, og var sterkt ramponert da freden kom. Først i 1947 var synagogen blitt såpass restaurert at det var mulig å ta den i bruk som synagoge igjen. Ledelsen i Trondheim metodistkirke tok under hele krigen vare på alle viktige bøker og dokumenter som tilhørte byens jødiske forsamling. Slik ble blant annet torah-rullene bevart. Metodistkirken stilte også et værelse til rådighet for byens jøder etter at synagogen ble okkupert av tyskerne, slik at byens jøder i hemmelighet kunne samles til gudstjenester.