Paulo Wanchopes første kamp for City var mot Charlton Athletic den 19. august 2000, og fire dager senere scoret han sine første mål for City da han noterte seg for 3 klubbens fire mål da laget vant 4-2 over Sunderland. Han ble værende i fire sesonger i klubben fra Manchester før han sommeren 2004 gikk til spanske Málaga for £500 000. Han spilte kun en sesong i Spania før han returnerte til sin moderklubb i Costa Rica, Club Sport Herediano, i juli 2005.