Skjærsjøen samler vann naturlig fra de store innsjøene i Nordmarka blant annet Bjørnsjøen, Helgeren, Hakkloa og Store Sandungen. Hovedtilløpet er Bjørnsjøelva, som kommer fra Bjørnsjøen (337 moh.) via juvet . I tillegg er det lagt rør i fjellet fra Øyungen, slik at også denne tømmer til Skjærsjøen.