Günther ble medlem av Sturmabteilung (SA) i 1928 og i 1929 meldte han seg inn nazistpartiet NSDAP. Han begynte å arbeide for Gestapo i 1935 med tjenestested Erfurt og ble medlem av SS i 1937. I Erfurt arbeidet han sammen med sin yngre bror Rolf Günther med ansvar for organisasjoner, jøder, frimurere og andre «folkeskadelige» grupper. Fra juli 1938 arbeidet de ved det jødiske «utvandringskontoret» i Wien som under Eichmanns ledelse forsøkte å få flest mulig jødiske østerrikere til å forlate landet. Høsten 1941 gjorde den tyske okkupasjonsmakten gettoen Theresienstadt om til en konsentrasjonsleir og mellomstasjon før deportering. Beslutningen ble tatt på et møte mellom Heydrich, Eichmann og Günther. Eichmann ville gjøre leiren til en «mønstergetto».