Nibali startet også Vuelta a España, hvor han delte ledelsen av Astana med Fabio Aru, den endelige vinneren av Vueltaen. På den andre etappen ble imidlertid Nibali fanget av en stor krasj og ble tvunget til å jage hardt for å komme tilbake til pelotonen. Under jakten holdt han fast i lagbilen, drevet av lagets Alexander Shefer, og ble trukket opp mot hovedgruppen. Både Nibali og Shefer ble diskvalifisert fra løpet etter etappen, og laget ble også bøtelagt. Løpslederen uttalte at han beklaget rytterens "beklagelige holdning". Nibali ga senere ut en uttalelse via Facebook hvor han ba om unnskyldning for handlingene sine.