Etter spillerkarrieren tok Wagstaff en mastergrad i utdannelse på Utah State University. Etter en periode som lærer og fotballtrener på Pocatello High og Idaho Falls High ble han ansatt som defensive coordinator av Boise State University. Han ble deretter ansatt som defensive backs coach av Los Angeles Rams i 1973. I 1978 tok han en trenerstilling med Buffalo Bills, før han gikk til San Diego Chargers i 1981. Etter trenerkarrieren flyttet Wagstaff tilbake til Idaho og deretter til Kenai i Alaska, hvor han ble hovedtrener i amerikansk fotball på Kenai Central High School. Wagstaff døde 28. september 2010.