Den 5. august 1524 sa det norske riksrådet med blant Johan Kruckow opp troskapen mot kong Christian II og slo fast at de var klar til å velge en ny konge. Den 23. august 1524 valgte riksrådet, herunder Johan Kruckow, Frederik I til Norge konge. Etter dette reiste Kruckow til Riberhus i Danmark. Den 24. november 1524 skrev kong Fredrik I sammen med riksrådet, inkludert Johan Kruckow, at kongen ville håndheve riksrådets recess og håndfestning (en slags grunnlov). Kruckow er omtalt sist av sju riksråder. Det ble strid mellom kong Fredrik I og det norske riksrådet om hvem som skulle ha kontrollen over Akershus festning. Kongen ville ha inn danske adelsmenn i stillingen, mens det norske riksrådet ville ha nordmenn.