I Marias siste melding til Babington anerkjente hun hans plan. Walsingham fikk språk- og chiffereksperten Thomas Phelippes til å forfalske et etterskrift der han bad om å få vite identiteten til de seks. Babington mottok dette, men rakk ikke å svare idet han ble arrestert da han forsøkte å få et pass slik at han kunne besøke Filip II. Man fant allikevel de seks navnene, og de ble arrestert den 15. august 1586.