I Ibrahim Babangidas presidentperiode fungerte Nwachukwu først som arbeidsminister mellom 1986 og 1987, og overtok deretter stillingen som utenriksminister etter Bolaji Akinyemi i desember 1987. Denne stillingen hadde til desember 1989, da han ble erstattet av Rilwanu Lukman. I løpet av sin periode i 1988 deltok han på utenriksministermøtet til Commonwealth of Nations i Lusaka. Deretter, mellom januar og september 1990, var han generaldirektør for 1. divisjon. I september 1990 overtok han igjen stillingen som utenriksminister fra Lukman og hadde denne stillingen til januar 1993, da han ved overgangen til sivilt styre ble avløst av Matthew Mbu.