Diplomatiet i 1899 og gjennomføringen av krigen hadde ført til en stor endring i holdningen til det liberale partiet i England ovenfor Milner som Leonard Henry Courtney til og med karakteriserte som «et tapt sinn». En voldsom agitasjon for at han skulle kalles tilbake ble organisert, noe som også Henry Campbell-Bannerman sluttet seg til, men uten suksess, og i august returnerte han til Sør–Afrika hvor han kastet seg ut i den enorme oppgaven av å omforme administrasjonen. I fredsforhandlingene sluttet han seg til lord Kitchener, og han skrev utkastet til overgivelsesbetingelsene som ble signert i Pretoria den 31. mai 1902. Han ble den 1. juli gjort til vicomte i anerkjennelse for sine tjenester.