SEAPOP organiseres og driftes av personell fra Norsk institutt for naturforskning (NINA) og Norsk polarinstitutt, mens det har blitt finansiert av Klima- og miljødepartementet, Olje- og energidepartementet og Norsk olje og gass. Styringsgruppen består av representanter fra Miljødirektoratet (leder), Kystverket, Miljødirektoratet, Norsk olje og gass, Sjøfartsdirektoratet, Oljedirektoratet, og Fiskeridirektoratet. I tillegg har representanter fra både Havforskningsinstituttet, NINA og Norsk polarinstitutt status som observatører og rådgivere i styringsgruppen.