Emanuel Villa startet sin profesjonelle fotballkarriere i argentinske Huracán i 2001. I 2003 gikk han til Atlético de Rafaela, men da klubben rykket ned fra den argentinske toppdivisjonen i 2003/04-sesongen valgte han å skrive under Rosario Central sommeren 2004. Etter å ha scoret 18 mål på 43 ligakamper for Rosario i løpet av to sesonger ble meksikanske Atlas hans fjerde klubb i 2006. Etter en sesong for Atlas der han scoret 15 mål på 30 ligakamper signerte han for UAG Tecos i 2007 før han den 4. januar 2008 ble kjøpt for £2 000 000 av den engelske klubben Derby County.