I den tredje sesongen avsløres det mer om maskinen, ettersom den i økende grad kommuniserer med, assisterer og til og med kontrollerer enkelte av handlingene til Finch og resten av teamet. Carter blir senere myrdet, og i sorg over hennes død forlater Reese resten av laget for en kortere periode. Laget må også slåss mot Vigilance, en voldelig organisasjon dedikert til å sikre befolkningens privatliv. I løpet av den tredje sesong avsløres eksistensen av en program-kode for å skape en annen kunstig intelligens – kalt Samaritan. Dette programmet skiller seg fra «maskinen» ved at den er villig til å fjerne personer som blir sett på som forstyrrende for lov og orden, før disse menneskene har begått noen eventuell kriminell aktivitet. Finch og resten av laget må derfor arbeide i skjul som følge av Samaritan. De fortsetter å arbeide med forskjellige saker. Men de må også unngå å bli oppdaget av Samaritan, som mangler de restriksjonene og perspektivet som Finch bygde inn i sin egen Maskin. Samaritan kan blant annet manipulere NSA, forandre politiske valg, utløser børs-krasj, dreper personer som blir sett på som trusler, kjøper nyttige selskaper, og bygger opp en organisasjon for å støtte programmets egne formål.