Under Wannsee-konferansen, der ledere i det tyske nasjonalsosialistiske partiet NSDAP diskuterte «den endelige løsningen på jødespørsmålet», deltok også Westfalens overpresident Alfred Meyer i egenskap av statssekretær for . I Westfalen startet deportasjonene den 10. desember 1941 med transporter fra Münsterland; en dag etterpå fulgte Bielefeld og Regierungsbezirk Arnsberg. I slutten av mars 1943 var det bare ca. 800 jøder igjen i Westfalen. Dette var primært personer som var beskyttet av blandingsekteskap eller såkalte . Bare et fåtall vendte tilbake etter krigen. Blant disse var Hans Frankenthal fra Schmallenberg, som senere berettet om sine erfaringer, og Paul Spiegel fra Warendorf, som frem til sin død i 2006 var formann for .