I 1996 ble det etablert egne fartøyvernsentre. Riksantikvaren utpekte tre nasjonale fartøyvernsentre som skal sikre og videreføre den håndverksmessige kompetansen: Stiftinga Hardanger Fartøyvernsenter (HFS), Norheimsund: nasjonalt fartøyvernsenter for trefartøyer med nasjonalt fagkompetanse på feltene reipslaging, rigging og småbåtbygging. Bredalsholmen Dokk og Fartøyvernsenter, Kristiansand: nasjonalt fartøyvernsenter for verneverdige fartøy bygget i stål, med spesialkompetanse i klinking. Nordnorsk Fartøyvernsenter og Båtmuseum, Gratangen, Sør-Troms: nasjonalt fartøyvernsenter for trefartøyer, med følgende nasjonale fagområder: kunnskap om semidiesel-motorer, skipselektronikk, tekniske installasjoner, nordnorsk og samisk båtbyggertradisjon. De tre nasjonale fartøysentrene ble i 2023 tildelt Europa Nostra-prisen.