Klubben fortsatte å streve for å komme tilbake til ligaen, og samtidig involvere lokalbefolkningen. Ungdomssatsingen deres ser ut til å være en suksess, og etter en 5.-plass i 2006/07 sesongen kom Exeter til kvalifiseringsfinalen. De tapte for Morecambe på Wembley den 20. mai, 2-1 etter å ha tatt en tidlig 1-0-ledelse. Sesongen 2007/08 ble det fjerdeplass i Conference og opprykk etter å ha vunnet kvalifiseringsfinalen med 1-0 over Cambridge United. Dermed spilte Exeter City i League Two i 2008/2009-sesongen. De rykka opp til League One etter å ha kommet på andreplass denne sesongen.