I 2006 ble Spencer ansatt som assistent for Dominic Kinnear i den amerikanske klubben Houston Dynamo, og var med på å vinne MLS-cupen både i 2006 og i 2007. I 2011 ble han ansatt som ny trener for Portland Timbers, hvor han utmerket seg som en intensiv og hardtarbeidende trener med fokus på angrepsfotball.