Jørgensen er diplomingeniør i økonomi fra Universität Karlsruhe (1988). Han har også en Dr.scient.-grad fra Universitetet i Oslo, der han disputerte med avhandlingen «Empirical studies of software maintenance» i 1994. Jørgensen arbeidet som seniorforsker i Telenor Research and Development fra 1989 til 1998, før han gikk over i Storebrand. Han ble førsteamanuensis ved Institutt for Informatikk i 1996, og professor ved Simula i 2001.