Etter Venstres seier i hovedstaden i 1894 satt han i flere år i kommunestyret. Han var en innbitt motstander av unionen mellom Sverige og Norge. Hans motstand ga seg utslag særlig i flaggsaken, der han nektet å la sy inn sildesalaten i flagget og solgte rene flagg før unionsoppløsningen. Doblougs kamp for et rent norsk flagg gav ham tilnavnet: flagg-Dobloug. Etter Venstres splittelse fulgte han den liberale fløy, Frisinnede Venstre. Mikkel Dobloug stiftet Polarstjerneordenen i 1894, et hederstegn som ble tildelt radikale på venstrefløyen i norsk politikk fra slutten av 1800-tallet og begynnelsen av 1900-tallet.