Den 4. januar 2000 kom stasjonen i søkelyset ved et togførerbytte da en togulykke ved Åsta lenger sør førte til at et tog fra Trondheim kolliderte med et lokaltog fra Hamar, i det som senere har blitt kalt Åsta-ulykken. I 2002 ble rundt 12 millioner kroner investert i Røros stasjon, som ble åpnet på nytt den 11. oktober samme år samtidig med en markering av 125-årsjubiléet til Rørosbanen.