Thackeray stiftet Shiv Sena i 1966. Basisen for partiet var at Thackeray mente at det kulturelle presset utenfra på Maharashtra var for stort. Som Shiv Sena-leder har han blant annet gått hardt ut mot muslimsk innvandring til byen, har blitt anklaget for å fyre opp under de anti-muslimske opptøyene som kostet nesten tusen mennesker livet i 1992–93. Han har også uttalt at han er en fan av Hitler og sagt at når «muslimer i India oppfører seg som jødene gjorde i Tyskland, så må India takle muslimene på samme måte som Hitler-Tyskland behandlet jødene».