Når flaggermusen flyr sender den ut høyfrekvente lyder (ultralyd) som kalles eller . Lyden støtes ut med vingeslagene, så man kan hevde at små flaggermus, som må slå ofte med vingene, sender ut tettere med skrik enn store flaggermus. Ulike arter bruker også ulike orienteringsskrik, tilpasset sitt miljø. Når lyden reflekteres, danner flaggermusen et bilde ved hjelp av ekkosignalene. Orienteringsskrikene ligger i området , noe som er mer høyfrekvent enn hva mennesker kan oppfatte. De minste artene har de mest frekvente skrikene. Eksempelvis har dvergflaggermus et orienteringsskrik på ca. 55 kHz, mens den større trollflaggermusens skrik ligger på ca. 38 kHz. Flaggermus kan imidlertid i en viss grad endre på (tilpasse) skrikene sine, for eksempel gjennom å gjøre de mer høyfrekvente når den må navigere i vanskelig terreng (eksempelvis i skog), og mer lavfrekvente i lett terreng (eksempelvis over vann). Under søk sender flaggermusen ut orienteringsskrikene i forskjellige retninger ved å vri på hodet, som regel gjennom nesen eller munnen.