Utfordringen med å forene forsvarsgrenenes interesser ble derimot snart akutt, og da general Ralph J. Canine overtok ledelsen av AFSA i 1951, ble det igangsatt studier for total reform av signaletterretningen. Det viste seg at det tekniske nivået på etterretningen under Koreakrigen var for svakt, man stod knapt nok på et kvalitetsnivå tilsvarende det man hadde nådd under andre verdenskrig. Konfliktene med forsvarsgrenene, CIA og Utenriksdepartementet ble større. Løsningen i 1952 ble å legge tjenesten direkte under forsvarsministeren, og balansere forsvarsgrenenes makt over fellestjenesten med økt sivil styring og kontroll. Navnet Security Agency ble herved tatt i bruk, og i 1957 fikk NSA sitt første integrerte hovedkvarter i Fort George S. Meade i Maryland.