Under annen verdenskrig fikk Goldschmidt som jøde problemer med okkupasjonsmakten. Han ble arrestert 25. oktober 1942, og satt en stund i Bredtveit fengsel og senere i Berg. Den 26. november 1942 var han kommet ombord på DS «Donau» for å bli deportert sammen med andre jøder fra Norge. Plutselig ble han sendt på land igjen og satt fri.