Cruise har vært gift tre ganger med forskjellige skuespillerkolleger. Etter sitt første ekteskap med Mimi Rogers var han gift med Nicole Kidman fra 1990 til de skilte seg i 2001. Den 18. november 2006 giftet han seg med Katie Holmes. Sammen har de datteren Suri. Cruise og Holms skilte seg sommeren 2012.