Laget Astana-Würth ble nektet start da for mange av utøverne var mistenkt for doping til at de kunne stille eget lag. De fire individuelle rytterne Ivan Basso (CSC), Jan Ullrich (TMO), Oscar Sevilla (TMO) og Francisco Mancebo (A2R) ble også nektet start i forbindelse med skandalen. I ettertid har det vist seg at vinneren av Tour de France 2006, Floyd Landis, avla positiv dopingprøve etter 17. etappe, slik at han nå risikerer å miste tittelen.