Stavkirken ble trolig bygget rundt år 1200. Første skriftlige kilde som viser til en kirke i Tønjum, er fra 1305, da en sira Gudleik i Tønjum er nevnt. Etter at kirken hadde rast sammen, ble det funnet rundt 150 brakteater. De eldste av dem var fra perioden 1205–1263.