Alle togene på SkyLine består av to vogner – den vestlige benyttes av allment publikum og av passasjerer fra Schengen-området, den østlige av transittpassasjerer utenfor Schengen-området. Alle stasjonene har to spor med én plattform i midten og én på utsiden av hvert spor. Når toget stanser, åpnes dørene på den vestlige vognen til den offentlig tilgjengelige plattformen, dørene på den østlige vognen åpnes mot transittområdets plattform. Da SkyTrain formelt faktisk kjører langs Schengen-områdets yttergrense er strekningen delvis inngjerdet med piggtrådsperrer.