I tårnet hang byklokken og det var brannvakt etter byloven av 1276. Kirken lå så høyt at man fra tårnet hadde utsikt over hele byen. To mann skulle om natten holde brannvakt i tårnet i tillegg til seks vektere som i grupper på to patruljerte området mellom Mariakirken og Domkirken. Tårnet i Nikolaikirken hadde egen ildslokkingsklokke til å varsle om brann. Klokken ble til daglig brukt til å varsle dagens og da skulle ilden slukkes i byens ildsteder og det var straffbart å fyre før neste morgen. Lagmannen brukte klokkene til å varsle at han gikk med lovboken til bylagtinget. Det forfalne bygget er synlig på Scholeusstikket fra 1580, der det ifølge Knut Helle feilaktig er angitt som Halvardskirken. Absalon Pedersøn Beyer skrev i 1567 at Nikolaikirken var sognekirke for nordmenn på Bryggesiden, og at den forfalt da nordmenn flyttet til Strandsiden.