Etter Estlands uavhengighet (1918) oppfylte patriark Tikhon av Moskva ønsket til det estiske presteskapet, og oppretta i 1920 Tallinn eparki som en autonom delkirke av den russisk-ortodokse. Aleksandr Paulus ble innsatt som første metropolitt. På grunn av Sovjetunionens undertrykkelse av den russisk-ortodokse kirke, som også innebar Tikhons arrestasjon, henvendte den estiske ortodokse kirke seg til den økumeniske patriark i Konstantinopel om hjelp. Den økumeniske patriark bekrefta i 1923 den estiske kirkes autonomi under hans overhøyhet. Kirka oppretta to nye bispeseter i Narva og Petseri og tok i 1926 navnet .