Mellom 1116 og 1895 var øya lokaliteten til Catholicosate of Aghtamar av den Armenian Apostolic Church. Khachatur III, som døde i 1895, var den siste Catholicos av Aght'amar. I april 1915, under det armenske folkemordet, ble munkene av Aght'amar drept, katedralen ranet og klosterets bygninger ble ødelagt.