Nikolaj Essens foreldre var geheimråd, senator og statssekretær Otto von Essen (1828–1876) og hans hustru Ljubov Drusjinin († 1906). I mer enn to århundrer hadde hans baltisktyske forfedre tjenestegjort i den russiske marinen, og syv av hans forfedre var blitt tildelt utmerkelsen St. Georgsordenen, den høyeste militære utmerkelse i det russiske imperiet.