Eckersberg var gift tre ganger. I den tiden han gikk på Akademiet hadde han truffet Christine Rebecca født Hyssing og sammen fikk de sønnen Erling i 1808. Paret giftet seg 1. juli 1810. Erling Eckersberg fulgte siden delvis i farens fotspor; han utdannet seg ved Kunstakademiet og gjorde karriere som kobberstikker.