Zdeněk Fierlinger fungert senere som visestatsminister fra 1948 til 1953, minister for statens kontor for religiøse anliggender fra 1951 til 1953, leder av nasjonalforsamlingen fra 15. oktober 1953 til 23. juni 1964 og minister med ansvar for staten. Han forble medlem av sentralkomiteen inntil 1966. I 1968 var blant annet en av hans siste offentlige handlinger å lede en delegasjon i protest utenfor den sovjetiske ambassaden.