KF Trepça ble startet etter at Kosovokrigen var slutt i 1999 og mange av de kosovoalbanske spillerne forlot den serbiske klubben FK Trepča og startet sin egen klubb. Den nye klubben ble kalt KF Trepça, det albanske navnet på , slik at det var to klubber i byen med det samme navnet, men på forskjellige språk.