Isaksen har jobbet som lærer i musikk i forskjellige skoleslag, inkludert grunnskole, ungdomsskole og kulturskole. Han var tilsatt som lektor i musikk ved Alta videregående skole, høgskolelektor ved Høgskolen i Finnmark, og fra 2007 har han vært tilsatt ved Musikkonservatoriet ved UiT–Norges arktiske universitet. Som førstelektor i musikkpedagogiske fag underviser han i emner knyttet til musikkpedagogikk, musikkdidaktikk og musikkestetikk. Isaksens faglige interesser inkluderer barn og unges rett til deltakelse i ulike musikalske kontekster, kvalitet i kulturskolen og spørsmål knyttet til musikk og kjønn. I tillegg dirigerer han Tromsø Akademiske Kvinnekor (TAKk), som han har dirigert siden 2010. Isaksen har tidligere vært dirigent og musikalsk leder for blant annet Sandøysund blandakor, Det Norske Mannskor av 1995 og Kammerpien.