I august 1942 ble Alexander og Bernard Montgomery sendt til Nord-Afrika for å avløse general Claude Auchinleck. Alexander var øverstkommanderende for de allierte styrkene i Midtøsten og var slik Montgomerys overordnede ved kampene der. De kom begge vel overens og løste i fellesskap oppgavene slik at det tyske Afrikakorpset kapitulerte den 12. april 1943 for de da forente styrkene fra ørkenkrigen og de framrykkende styrkene etter Operation Torch.