Biblioteket inneholdt særlig bøker om naturhistorie, militærvesen, teknikk og landbruk. Ved Classens død besto det av ca. 20000 bind, og i midten av 1800-tallet var samlingen øket til ca. 30000 bind. Det var det tredjestørste bibliotek i København, kun overgått av Det Kongelige Bibliotek og Københavns Universitetsbibliotek. I 1867 ble det slått sammen med Københavns Universitetsbibliotek, og kom til å hete . I forbindelse med sammenslåingen ble bøkene om landbruk overført til biblioteket ved Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole.