I reformasjonstiden forfalt kirken mer og mer inntil Godslev Budde fikk Frederik IIs tillatelse til å rive ned korsarmene for å skaffe reparasjonsmateriale til den øvrige kirken. En sten over norddøren med Frederik IVs speilmonogram og årstallet 1722 markerer kanskje bygningens siste større rest. Siden da er den blitt pietetsfullt vedlikeholdt av skiftende eiere. I 1862 gravde Nationalmuseet frem fundamenter av korsarmene og korkapellet. En del er også tilbakeført fra Godslev Buddes gård Rødslet ved Limfjorden, som sannsynligvis stammer fra Børglum. Rødslet gård ble revet av tyskerne under andre verdenskrig.