I begynnelsen av 2006-sesongen var Clayton tilbake til nivået han spilte på i 2004. I et 27–0 nederlag mot Baltimore Ravens 10. september tok Clayton imot 3 pasninger for 34 yards i en kamp hvor Buccaneers' angrepsrekke slet kraftig. Mot Cincinnati Bengals 15. oktober 2006 tok han imot seks pasninger for 55 yards og en touchdown. Touchdownpasningen, som ble kastet av Bruce Gradkwoski, kom med kun sekunder igjen av kampen, og sikret sesongens første seier for Buccaneers. Clayton skulle derimot ende opp med å pådra seg nok en skade, og ble plassert på injured reserve i sesongens fire siste kamper.