I 1940 skulle korpset ta i bruk sin nye fane, men krigen satte en stopper for det. De klarte likevel å gjennomføre seks konserter det året. I september 1940 fikk de lov av tyske og norske myndigheter å marsjere spillende gjennom Arendals gater, ikledd sine hvite og blå uniformer. Det var satt opp et norsk, tysk og amerikansk program og de spilte bl.a. den kjente marsjen «Alte Kameraden». Fra våren 1943 måtte de imidlertid øve i hemmelighet. Først med Jens M. Scharff som instruktør og da Scharff måtte rømme til Sverige overtok Karl Rosén. Da freden kom kunne de endelig ta i bruk sin nye fane 17. mai 1945 og delta i seiersrusen med musikk og fanfarer.