Petsjora har sine kilder på meters høyde i sørøst Komi i de nordlige Uralfjellene, og i begynnelsen flyter elva hovedsakelig i fjellandskap mot sørvest. Ved bosettingen vender den mot nord gjennom . Etter at den møter sideelva Usa, svinger Petsjora mot vest, og senere mot nord igjen. Her har elva nådd en bredde på 2 kilometer, og er omgitt av store flomsletter.