Etter utbruddet av annen verdenskrig tjenestegjorde Weizsäcker i hæren, til slutt som kaptein i reserven. Sammen med broren Heinrich var han blant de første som krysset grensen til Polen 1. september 1939, broren ble drept dagen etter, og Richard begravde ham med sine egne hender. Han ble tildelt jernkorset av første klasse for sin innsats på østfronten der han ble såret tre ganger.