Som følge av Münchenavtalen i 1938 ble grenseregionene til Böhmen, som historisk sett har vært befolket av etniske tyskere (Sudetenland), annektert av Nazi-Tyskland. Dette var den eneste gangen i bøhmisk historie hvor dets territorier ble delt. De gjenværende områdene av Böhmen og Mähren ble deretter annektert av Nazi-Tyskland i 1939 mens slovakisk land ble den adskilte slovakiske republikk, en servil satellittstat av Nazi-Tyskland som eksisterte fra 1939 til 1945. I samme epoke, fra 1939 til 1945, var Böhmen (uten Sudetenland) sammen med Mähren Det tyske protektoratet Böhmen og Mähren (tysk: Reichsprotektorat Böhmen und Mähren).