Utgravningen ble sluttført i løpet av sommersesongen, men Brøgger hadde kommet skjevt ut med Jankuhn og okkupasjonsmakten. Etter et foredrag i Norsk arkeologisk selskap samme høst hvor Jankuhn var til stede, fikk Brøgger forbud mot å uttale seg offentlig. Ved tyskernes aksjon mot Universitetet høsten 1941 ble både Brøgger og Grieg arrestert. Grieg slapp ut etter et kort opphold i fengsel, mens Brøgger ble sittende på Grini fangeleir ett års tid.