Noen katolske prester lot seg overtale til å fortsette som prester etter reformasjonen, mens andre gikk av. Biskopene ble erstattet med lutherske superintendenter. Man gav ordre om at de gamle skikkene skulle opprettholdes, for at det ikke skulle bli «forskrekkelse eller uenighet blant den fattige, simple og uforstandige allmue». Slik ble protestantismen forsiktig innført de første årene. Senere utnevnte kongen mer luthersk rettroende prester og biskoper, mange av dem danske. Utover på 1500-tallet kom myndighetene til å slå hardt ned på dem som drev med såkalt vranglære (dvs. forkynte katolsk lære).