Makhdoom Syed Yousuf Raza Gillani tilhører en innflytelsesrik og spirituell Shia-familie i Multan. Hans far stammer fra Syed Musa Pak, en spirituell leder i Multan som opprinnelig kom fra den iranske provinsen Gilan. En av Gillanis tanter på morssiden er konen til Pir Pagaro. Makhdoom Syed Yousaf Raza Gillani er gift og har fire sønner og en datter, Fiza Gillani og et barnebarn. Den eldste sønnen til Yousaf Raza Gillani, Makhdoom Syed Abdul Qadir Gillani, giftet seg med barnebarnet til Pir Pagaro Shah Mardan Shah II den 25. mars 2008 i Karachi.