Under sine år som senator satt John Edwards i senatets etterretningskomite, og i justiskomiteen. Men den enkeltavstemningen som trolig har hatt mest å si for hans videre politiske karriere, er resolusjonen fra høsten 2002 som gav president George W. Bush rett til å ty til alle nødvendige midler mot Irak, og som senere ble brukt som grunnlag for å erklære Irak krig, den 20. mars 2003. Edwards var en av dem som argumenterte sterkt for forslaget i Senatet, men han var i ettertid beklaget sin offentlige holdning i denne saken. Edwards skrev en kronikk i den liberale avisen The Washington Post i 2005, der han beklaget sin stemmegivning. Kampen om å bli Demokratenes presidentkandidat i 2008 har hittil handlet mye om hva de forskjellige kandidatene har ment og mener om situasjonen i Irak, og Edwards har, i forlengelsen av den offentlige beklagelsen, krevet at Demokratene i Kongressen vedtar å stoppe finansieringen av krigføringen. For dette har han mottatt mye kritikk, fra både republikanere og demokrater. Den republikanske kritikken går ut på at dette ville sende et signal til irakiske opprørere og til al-Qa'ida om at USA lar seg presse til nederlag, mens kritikken fra egne rekker i hovedsak har handlet om at det er uansvarlig av Edwards å kritisere sine tidligere kolleger i Kongressen for handlingslammelse, når han selv av erfaring vet hvor vanskelig det er å nå bindende enighet (i Senatet trengs 60 stemmer, mens Demokratene i dag sitter med 51 representanter, inkludert to uavhengige). Edwards kritiseres også for å komme med forslag som han ikke selv trenger å ta ansvaret for i Senatet.