I 1948 tok kommunistpartiet makten i februarkuppet. Rudolf Slánský ble dermed den nest mektigste mannen i landet bak president Gottwald. To år senere anklaget Gottwald to av Slánskýs nære medarbeidere, Otto Šling og Bedřich Reicin, for å ha forbrutt seg mot kommunistpartiet, og Slánský hadde ikke tilstrekkelig innflytelse til å bekjempe anklagene. Han ble også anklaget for økonomiske og industrielle problemer, noe som kostet ham folkelig støtte.