Japanerne ble til slutt nødt til å trekke seg tilbake, først fra Pyeongyang til Seoul og siden helt til området rundt Busan, hvor de opprettet en rekke leirer og festninger. Japanske kommandanter ønsket å trekke seg og sine soldater ut igjen fra Korea, selv uten å ha nådd mange av sine mål, og fikk dermed tillatelse fra Hideyoshi til å starte forhandlinger med kineserne; koreanerne selv ble holdt utenfor og gikk hele skylden for at Japan og Kina hadde kommet i krig. Forhandlingene var preget av mange misforståelser på begge sider, og ingen av sidene ville strekke seg til å godta den andres fredsbetingelser. Både Japan og Kina ville at den andre parten formelt skulle underkaste seg (eller for Japans del, bli regnet for å være likeverdig), men for begge parter var dette uakseptabelt, og forhandlingene brøt derfor til slutt sammen. Hideyoshi var nødt til å gi opp sitt urealistiske mål om japansk herredømme over Kina og Asia, men ville ikke gi opp tanken om å erobre i alle fall en del av Korea.