Den mest utbredte alternative behandlingen av borreliose er langvarig antibiotikabehandling. Denne behandlingen er i vitenskapelige studier vist å gi en signifikant bedring mens behandlingen pågår, men når den avsluttes kommer symptomene tilbake. Dette skyldes at mange antibiotikatyper har en anti-inflammatorisk effekt og dermed forbigående kan dempe symptomer. Det er ikke vitenskapelig dekning for at langvarig antibiotikabehandling virker bedre enn kortvarige kurer. I 2016 ble det publisert en studie hvor man på pasientene hadde testet 12 ukers antibiotikabehandling etter at de hadde gjennomgått en vanlig antibiotikakur på 2 uker. Studien viste ingen effekt av behandlingen sammenlignet med placebo. De alvorlige bivirkningene slik behandling kan medføre gjør at praksisen stort sett frarådes. Det er rapportert om dødsfall knyttet til denne typen behandling , og Statens helsetilsyn har også advart mot denne typen diagnostikk og behandling. I tillegg til at behandlingen er farlig for den enkelte pasient er overbehandling med antibiotika også en trussel for folkehelsen fordi det medfører fare for utvikling av resistente bakterier. Ettersom langvarig antibiotikabehandling av borreliose ikke er en anerkjent behandling, dekkes dette som regel ikke av helsemyndigheter eller helseforsikringer, noe som også kan bli svært kostbart for pasientene.