I den første perioden var han i stadig konflikt med statsminister Mário Soares som ifølge grunnloven sto ansvarlig overfor både presidenten og parlamentet. Etter å ha avsatt Soares' regjering i 1978 begynte Ramalho Eanes å utnevne partiløse regjeringer bestående av teknokrater. Etter at tre teknokratregjeringer ble felt etter kort tid, utlyste presidenten nyvalg i 1979. Soares tilga aldri at han ble avsatt i 1978. De politiske urolighetene endte med grunnlovsendring i 1982 der statsministeren ble ansvarlig bare overfor parlamentet og ikke kunne avsettes av presidenten dersom statsministeren hadde parlamentets tillit. Ramalho Eanes var mot denne grunnlovsendringen, men hadde ikke anledning til å legge ned veto mot grunnlovsendringer.