Arraoyo var økonomiprofessor da hun gikk inn i politikken i 1987. Hun ble engasjert av president Corazon C. Aquino, og begynte som og for Handels- og industridepartementet. Etter en tid som senator fra 1992 til 1998 ble hun valgt til visepresident for Joseph E. Estrada, selv om hun hadde vært presidentkandidat for et parti som opponerte mot Estradas parti. Etter at Estrada ble beskyldt for korrupsjon, trakk hun seg fra sin stilling som (det vil si statsråd) for Sosialvelferds- og utviklingsdepartementet. Hun sluttet seg så til den voksende opposisjon som krevde at Estrada ble stilt for riksrett.