Fra 2002 var Listhaug knyttet til Centre for the Study of Civil War ved Institutt for fredsforskning. Han hadde en rekke sentrale posisjoner og tillitsverv i norsk samfunnsforskning. Han var innvalgt i Det norske videnskaps-akademi, Den historisk-filosofiske klasse, Gruppe 10: Sosialøkonomi, sosiologi og statsvitenskap som ett av 16 ordinære medlemmer i denne gruppen. Fra 2004 til 2006 var han medlem av styret for Ludvig Holbergs minnefond.