Ellenvatnet er grunt og har en lang og kronglete strandlinje med et stort antall holmer og småøyer. Det ligger sentralt i nasjonalparken, og er parkens største innsjø. Sjøen har utløp mot nord gjennom Ellenelva. Den sørlige delen av innsjøen består først av to store bukter, Parvatnet og Skinnposevatnet, som har forbindelse til resten av sjøen gjennom det smale Ellensundet. Sør for disse igjen ligger Grenseparvatnet og Dagvatnet, som også ligger på samme nivå og er knyttet til resten av Ellenvatnet via smale sund.