Yngvar Nielsens viktigste verk som historiker er kanskje biografien over Eidsvollsmannen Herman Wedel Jarlsberg: , utgitt 1901–02. Andre betydelige historiske avhandlinger er , utgitt 1872, , to bind, 1882 og 1886, og , utgitt 1882–92. Han utga sine erindringer i fire bind: En , 1910, , 1912, , 1913, , 1915.