I slutten av 90-årene, trakk Hughes seg mer eller mindre tilbake for å tilbringe mer tid med familien, samt drive et gårdsbruk i Illinois. Han regisserte sin siste film i 1991 og var produsent siste gang i 2001. Han fortsatte imidlertid som manusforfatter under psevdonymet Edmond Dantès. Hans siste manusoppdrag var på filmkomedien fra 2008.