I løpet av 1600-tallet ble denne splittelsen mellom en protestantisk landholdende minoritet og en katolsk majoritet fratatt landeiendommer intensivert, og konflikten mellom dem skulle bli et tilbakevendende tema i irsk historie. Dominansen over Irland av den protestantiske herredømmet ble forsterket etter to perioder med religiøs krig, de irske forbundskrigene i 1641–1652 og vilhelmskrigen i 1689–1691. Den politiske makten hvilte deretter nesten utelukkende i hendene på en protestantisk minoritet, mens katolikker og medlemmer av avvikende protestantiske kirkesamfunn led alvorlige politiske og økonomiske nød under straffelovene (; en rekke lover pålagt i et forsøk på å tvinge irske katolikker og i mindre grad protestantiske dissentere og kvekere til å akseptere den etablerte anglikanske irske kirken).