Innsjøen har et gjennomsnittlig areal på 4190 km² (kan variere fra 4000 til 4400 km²), hvorav 3030 km² i Russland og 1160 km² i Kina. Khankasjøen er egentlig to innsjøer, adskilt med en 10 m sandrygg. Innsjøbreddene er sumppregete, unntatt i nordvest.