Sur nedbør fører til forringelse av økosystemene. Sur nedbør, og syrer fra humus i myrer, kan bidra til at vannets surhetsgrad blir så lav at de levende organismene i vannet slutter å yngle eller i verste fall dør ut. Elvemusling er en viktig indikatorart på vannkvaliteten i de vassdrag der arten finnes, men den er alt utryddet mange steder. Andre steder har yngelproduksjonen opphørt. Yngel tåler forsurning av vannet i mindre grad enn voksne individer. Enkelte arter er dessuten mer sårbare enn andre. Ørreten er for eksempel mer følsom enn abbor. Viktige næringsdyr for fisk kan forsvinne om pH-verdien blir liggende under 6,0. Ved lavere pH enn 4,7 klarer ofte ikke ørretyngelen å vokse opp. I Sør-Norge har ørretbestander gått tapt som følge av forsuringen. Agderfylkene har hatt de største bestandstapene. Telemark og Rogaland hadde også omfattende skader. Det er påvist skadde eller tapte røyebestander.