I løpet av den kalde krigen hadde Grønland en viktig strategisk betydning, og kontrollerte deler av de sovjetiske arktiske havnene og Atlanterhavet som helhet for uten å være en base for å observere eventuelle rakettangrep over arktisk mot det amerikanske fastlandet. I 1951 ble Kauffmann-overenskomsten erstattet av en ny. Flyplassen Thule Air Base ved Thule (nå Qaanaaq) i nordvest ble gjort til en helårsbase. I 1953 tvang Danmark flere inuittfamilier til å flytte fra sine hjem da basen skulle utvides. På grunn av dette har basen vært et konfliktområde mellom de danske myndighetene og inuittene. Denne motsetningen økte ytterligere da det den 21. januar 1968 var en nukleær hendelse: en B-52 Stratofortress som fraktet fire hydrogenbomber krasjet i nærheten av basen og lekket store mengder av plutonium utover isen. Selv om en god del av plutonium ble samlet er det mange innfødt som fortsatt vitner om deformasjoner på dyrelivet.