Ginkgo og konglepalmer antas å være hverandres nærmeste slektninger. Blant annet er de de eneste frøplanter som fremdeles har bevegelige sædceller. Anslagene for når de skilte lag varierer. En publikasjon konkluderer med at det skjedde i karbon for 325 millioner år siden, mens en annen kommer frem til rundt midten av perm for 284 millioner år siden. Selve slekten Ginkgo, som i dag bare har en eneste gjenlevende art kjent som tempeltreet, ser ikke ut til å ha forandret seg nevneverdig de siste 270 millioner år.