Disse årene var også vanskelige av andre grunner: Mandsjuene nord for Den kinesiske mur ble en stadig større plage, og Li Zhizao engasjerte seg i å arbeidet med å forbedre det nasjonale forsvar. Også på dette området kom han i kontakt med jesuittene: Han var en av dem som fikk innført kanoner fra Macao og som fikk satt keiseren på den idé å invitere jesuitten Adam Schall til hovedstaden, ettersom kanoner som man mente han hadde konstruert og kommandert i den lille portugisisk-styrte byen hadde spilt en viktig rolle i å slå tilbake hollendernes angrep der.