Imens har Gruntilda og søstrene hennes dratt til deres nye slott, hvor søstrene har bygd en stor maskin kalt B.O.B. (Big-O-Blaster). Denne maskinen kan avfyre en stråle for å suge opp livskraft fra planter, skapninger og områder. Som straff for å ha gitt Banjo en «jiggy», avfyrer de en stråle mot Jinjo-kongen, som fører til at palasset blir livløst og grått, mens kongen selv blir forvandlet til en zombie. Når Banjo og Kazooie endelig når frem til slottet og vinner den store quizzen Gruntilda har forberedt, får de tilgang til maskinen. De setter den da i revers, og redder både kong Jingaling og Bottles. Deretter må de ta seg av heksa. Når Gruntilda er overvunnet, er en hodeskalle det eneste som er igjen av henne. Banjo og Kazooie lar henne bli igjen på toppen av slottet og drar hjem til Spiral Mountain.