Halden har en rekke vernede områder. Tranemosen naturreservat er et myrområde sørøst i Halden kommune. Området domineres av flatmyr, stedvis furumyrskog og enkelte myrpytter. Mot fastmarka i nord er det en tydelig sone med noe rikere vegetasjon. Brattås naturreservat ligger øst for Femsjøen og nord for Stenselva. Nesten hele området er en gammel brannflate etter en skogbrann i 1911. Formålet med fredningen er blant annet å følge vegetasjonsutviklingen i et område hvor det ikke er foretatt inngrep etter brann. Prestebakkefjella naturreservat ligger 3 kilometer øst for Prestebakke kirke. Prestebakkemosen er Østfolds største sammenhengende myrområde.