Målet med hvert nivå er å komme frem til mål-flagget på slutten av hvert nivå, samtidig som spilleren må unngå fiender og andre hindringer. Bowser, The Koopalings, Kamek, Boom Boom og Bowser Jr. er spillets viktigste antagonister. Nabbit er en ny antagonist som de forsøker å finne igjen, etter han stjal en gjenstand fra Toad. Når Nabbit blir fanget, belønner Toad denne gjenstanden til spilleren.