Newton, som var antitrianist, ville rense kristendommen for mystikk, som han jevnførte med uvitenhet og overtro, og forvandle den til et logisk, mekanisk system. I hans verdensbilde var naturen passiv, med Gud som eneste kilde til aktivitet, selve den guddommelige «Mechanick» – mekaniker. Newton mente han førte bevis for Guds eksistens ved å påpeke at himmellegemenes tyngdekraft skulle ha trukket dem sammen til én kjempemessig masse, men at «et tenkende vesen» i stedet plasserte dem spredt i universet for å hindre dette. Professor i arabisk ved Oxford, Edward Pococke, fortalte Newton at det latinske (= gud) var avledet av det arabiske (= herre), noe Newton tolket dithen at Guds fremste attributt ikke var , slik Descartes hevdet, men . Newton mente at Gud blir synlig for oss gjennom vår iakttagelse av verden. Et forklaringsproblem dukket opp fordi han anså universet som uendelig og uforanderlig, for hvor var da Gud i systemet? Newton tenkte seg at Gud ikke skapte verden gjennom en viljesakt, men at verden eksisterer som en nødvendig følge av at Gud er overalt – han utgjør det rom og den tid vi eksisterer i.