John McAfee ble født i Cinderford i Forest of Dean i Gloucestershire i Storbritannia, på en amerikansk base (for ), til en amerikansk far som var stasjonert der, og en britisk mor. Hans oppvekst var for det meste i Salem i delstaten Virginia i USA. McAfee sa at han følte seg vel så mye britisk som amerikansk. Faren var en voldelig alkoholiker, og da John var 15 år gammel begikk han selvmord ved å skyte seg.