I dag har Afrika kontakt med Eurasia og dyr kan utveksle på tvers av disse kontinentene. I tidlig kritt, for 120 millioner år siden hang imidlertid Afrika sammen med Sør-Amerika, og de to kontinentene skilte lag for omkring 105 millioner år siden. Etter dette forble Afrika isolert til for omkring 40 millioner år siden, og i denne perioden utvikler og tilpasser afrodyrene seg til forskjellige økologiske nisjer. For omkring 30 millioner år siden begynte Afrika å kollidere med Eurasia, og siden har disse områdene vært nært sammenknyttet. De fleste av gruppens nålevende representanter finnes fremdeles der, med noen unntak (asiatisk elefant og noen sjøkyr). Afrotheria er imidlertid er relativt artsfattig gruppe i dag.