I 1957 ble det opprettet administrasjonskontor i landsbyen Pensiangan, underlagt Interior Residency Administration i Keningau i Britisk Nord-Borneo. Den 1. januar 1964 ble Pensiangan opprettet som et malaysisk distrikt, og i 1974 ble administrasjonen flyttet til Nabawan. I desember 2004 endret distriktet navn fra Pensiangan til Nabawan.