I presidentvalget i 2002 ble Cissé ADEMA-PASJs presidentkandidat. Han fikk nest flest stemmer (21,31 %) og klarte med knapp margin(omkring 4000 stemmer mer enn Keïta) å kvalifisere seg for den andre valgomgangen, der Cissé imidlertid ble beseiret av Amadou Toumani Touré.