I tillegg gjorde sykdommer som malaria, gulfeber og andre tropiske sykdommer mange arbeidere syke og tusenvis omkom. Det var vanskelig å forhindre flere utbrudd av sykdommene, fordi myggen på den tiden ikke ble sett på som en potensiell smittebærer. Disse forholdene gjorde det umulig å fortsette med en erfaren arbeidsstyrke, da mange av ingeniørene raskt flyktet tilbake til Frankrike. Selv sykehusene var et stort problem, fordi de var yngleplasser for mygg på mange avdelinger.