Som spiller var Pedersen regnet som en stabil midtbanespiller med en stor rekkevidde og overblikk. Hans prestasjoner for Lillestrøm i perioden mellom 1990 til 1994 gav ham internasjonal anerkjennelse. I 1996 meldte han overgang til Brann, og Frank Strandli gikk motsatt vei som en del av avtalen.