Det var allikevel umulig å etablere seg i Roma, som for en stor del var okkupert av motpavens styrker. Etter bare omkring én uke vendte Viktor tilbake til Monte Cassino, men virket nå som pave derfra. I juni 1087 dro han sjøveien til Roma, og 1. juli 1087 lyktes det ham å ta full kontroll over byen.