I Metal Gear Solid er hun lederen for FOXHOUNDs medisinske stab og en del av støtteenheten som hjelper Solid Snake, blant annet ved å gi ham informasjon om FOXHOUND-medlemmene han møter. Naomi er Gray Foxs adopterte søster, og hun forsøkte å ta hevn på Snake fordi Snake forsøkte å drepe hennes bror. Like før Snake skal ut på sitt oppdrag på «Shadow Moses» i Metal Gear Solid, blir Naomi instruert til å injisere Snake med FOXDIE-viruset. I utgangspunktet var viruset laget for kun å drepe medlemmene av FOXHOUND (som nå var en lovløs organisasjon etter at Liquid Snake tok over) som hadde tatt over fasilitetene på Shadow Moses, men Naomi, hevngjerrig som hun var, modifiserte viruset på ulovlig vis slik at det også skulle ta livet av Snake. Siden hun var usikker på nøyaktig når viruset skulle ta livet av Snake, forteller hun ham at han må leve livet til det fulle i den tid han har igjen. Senere i spillet forstår hun dog at deler av hennes oppfatning av Snake kanskje var litt feilaktige.