Emmas ekteskap med Lothar var preget av fiendtlighetene mellom hennes mann og hennes halvbror, keiser Otto II, med gjensidige invasjoner i den andres territorium og forsøk på å destabilisere den andre. Lothars bror Karl lot seg bruke i disse konfliktene. De siste årene av Emma og Lothars ekteskap, etter 980, var det oppnådd fred mellom Lothar og hans svigerfamilie og da Otto II døde i 983, ble Lothar verge for den unge kong Otto III.