Panaji var opprinnelig en forstad til Gamle Goa, men på grunn av problemer med epidemier flyttet visekongen av Portugisisk India hit i 1759. I 1843 ble Panaji offisielt hovedstad i Goa. Den opprinnelige byen Goa ble da kjent som «Gamle Goa», mens Panaji ble kalt «Nye Goa».