Smetonas-regimet bekjempet fascistiske bevegelser (der den avsatte Voldemaras var involvert) og nasjonalister som var mer ytterliggående enn Smetona selv. Da Litauen overtok Vilnius etter Sovjetunionens okkupasjon av det østlige Polen høsten 1939, innledet den litauiske regjeringen en tvungen «litauisering» av byen noe som gjorde de jødiske og etnisk polske innbyggerne skuffede og sinte. Omtrent 15 000 jøder flyktet nordover fra Polen til Vilnius. Fra Suwałki-området forsøkte tyske styrker å jage jødiske polakker over grensen til Litauen, opp mot 2000 jøder krysset grensen. Mot slutten av 1930-årene innførte polske myndigheter anti-jødiske tiltak i Vilnius.