Det har hersket stor tvil om dateringen av kirken. Snorre omtaler en massakre på Birkebeinere som hadde søkt tilflukt i Mariakirken under Baglernes angrep på Nidaros i 1206. Omtalen tyder på at kirken var en stavkirke som ble delvis ødelagt i angrepet. Denne kan etter kort tid ha blitt erstattet av en steinkirke, noe som har gjort at Vår Frue kirkes offisielle 800-årsjubileum er satt til 2007.