Metroid-skapningene blir møtt i forskjellige utviklingsstadier ksly original, alfa, gamma, Zeta eller Omega. En rekke moduler er plassert rundt om på planeten, som lar spilleren lagre fremgangen før de kan fortsette videre. Spillet inneholder to våpen som er nye i Metroid-serien: Spazer Laser Beam med tre deler, og en Plasma Beam, som går tvers gjennom motstandere når de blir skutt.