Historiografien for denne perioden er omdiskutert av en rekke årsaker. Først er det en strid om anvendelsen av en meget kunstig betegnelse som dekker en meget lang og komplisert epoke i egyptisk historie. Tredje mellomepoke inkluderer lange perioder med stabilitet og framgang som kronisk ustabilitet og generell uro. Selve betegnelsen skygger for dette. For det andre er det betydelige problemer med kronologien som angår flere områder: første er det vanskeligheter med datering som er felles for all egyptisk kronologi, men disse er sammensatt grunnet synkronisme med bibelsk arkeologi (se artikkel Bibelsk kronologi) som også inneholder omstridte dateringer. Til sist er det en del egyptologer og bibelforskere, eksempelvis Kenneth Kitchen eller David Rohl, som har uvanlige, nyskapende, eller kontroversielle teorier om familieforholdene til dynastiene som utgjør denne perioden.