Juárez ble født i landsbyen San Pablo Guelatao i Oaxaca. Foreldrene var bønder og døde før han fylte fire år. Han arbeidet på kornåkrene og som gjeter inntil han fylte tolv år, men den 17. desember 1818 gikk han til fots til byen Oaxaca for å utdanne seg og få et bedre liv. På det tidspunktet var han analfabet og snakket ikke spansk, kun zapotekisk.