Teorien bak probiotika er at kroppen inneholder en mikroøkologi av mikrober som kan komme i økologisk ubalanse, i likhet med økologien ellers. Om bakteriefloraen er ute av balanse, vil bakterier som samarbeider godt med kroppen synke i antall og gi plass til «dårlige» bakterier. Disse er parasitter og skader helsen. Om man da bruker et probiotikum, vil en større mengder «gode» bakterier overvelde parasittene og gjenopprette en sunn økologi i tarmen.