I 1743 ble Paludan stiftsprost i Christiania, en utnevnelse som ikke har gått upåaktet hen. Den tyske hoffpresten Johannes Bartholomæus Bluhme ville anbefale Paludan til stillingen, mens biskopen på Sjælland (Peder Hersleb) heller ville ha hospitalspresten Ivar Brink. Hersleb gav seinere uttrykk for sin misnøye på denne måten: «». Paludan klarte ikke å ta opp kampen mot herrnhut-presten Johannes Green i Aker, men måtte se at flere og flere menighetslemmer og lærere fant veien til Aker Kirke.