Lipsius levde og arbeidet i en meget urolig tid. Åttiårskrigen og inkvisisjonen var i full gang, og det var store motsetninger mellom katolikkene på den ene siden og protestantene, som var delt i kalvinister og lutheranere, på den andre. Han valgte å ta standpunkt mot åttiårskrigen, siden han konkluderte at tyranni var bedre enn krig og opprør. Justus Lipsius ble født i den katolske delen av Nederlandene, men konverterte til protestantismen da han skulle arbeide i Jena. Senere, da han vendte tilbake til Leuven, konverterte han tilbake til katolisismen. Han arbeidet som professor i den lutherske byen Jena i Thüringen, i den kalvinistiske byen Leiden og i den katolske byen Leuven i de spanske Nederlandene.