Ikonografien for taket har blitt tolket forskjellig i århundrenes løp, og en del tolkninger har blitt tilbakevis eller tolket på nytt av moderne forskning, men del elementer, som identiteten til figurene i lunettene og spandrillene, har holdt stand mot tolkning. Moderne forskere har også forsøkt, ennå uten hell, å bestemme en skriftlig kilde for takets teologiske program, og har forsøkt å finne ut om det helt eller delvis var tenkt ut av kunstneren selv, som både var kyndig i Bibelen og var en intellektuell. Det er også av interesse for en del moderne forskere om hvilken grad Michelangelos egen åndelige og psykologiske tilstand er reflektert i ikonografien og takets kunstneriske uttrykk. En slik spekulasjon er at Michelangelo var slitt mellom homofilt begjær og lidenskapelig kristen tro.