I antikken hadde byen en havn ved det sørlige innløpet av en stor bukt. I den samme bukten oppsto det også to andre (av de tradisjonelt tolv) joniske byer: Priene og Myus. Havnen i Miletos var i tillegg beskyttet av en liten øy, Lade. I århundrenes løp ble bukten fylt opp av silt som ble liggende igjen som avleiring etter elven. Priene og Myus mistet deres havner allerede i romersk tid, og Miletos ble en innlandsby. I tidlig kristen tid var alle de tre byene forlatt av innbyggerne da byenes økonomi ble kvalt av mangelen av tilgang til havet. Det er et stort havnemonument der hvor, i henhold til Det nye testamente i Bibelen, apostelen Paulus stoppet på sin sjøreise tilbake til Jerusalem. Han møtte de gamle fra menigheten i Efesos og dro deretter ned til stranden for å si farvel, i henhold til .