Benjamin og Henriette Wegner var foreldre til seks barn, hvorav fem vokste opp. Den eldste sønnen Johan Wegner (1830–1893) var trelasthandler og senere byfogd i Larvik, og var gift med Blanca Bretteville, datter av statsminister Christian Zetlitz Bretteville; den andre sønnen Benjamin Wegner (1833–1911) var trelasthandler og gift med Henriette Vibe, datter av professor Frederik Ludvig Vibe; den tredje sønnen Egmont Wegner (1835–1843) døde som barn; den eldste datteren Sophie Wegner (1838–1906) var gift med oberst og adjutant for kong Karl IV Hans Jacob Nørregaard; den yngste datteren Anna Wegner (1841–1918) var gift med skolemannen Bernhard Pauss; den yngste sønnen George Wegner (1847–1881) var høyesterettsadvokat og døde 33 år gammel av tuberkulose i Australia.