Om BART er fysisk skilt fra annen trafikk, så samvirker systemet selvfølgelig med andre transportmidler. Dette er desto mer nødvendig pga. den store avstanden mellom stasjonene og et utbyggingsmønster (iallfall i forstedene) tilpasset bilismen, slik at en stor del av influensområdet ligger utenfor gangavstand fra stasjonene. Enkelte steder er sporene lagt i midtrabatten på de veldige motorveiene, og helt fra starten har en forsøkt å trekke til seg bilister ved innfartsparkering (Tuma 1979, s. 132), selv om ikke alle stasjoner har denne muligheten. Noen stasjoner har sykkelparkering innenfor et avlåst område for å sikre mot tyverier. Sykler kan medtas unntatt på enkelte strekninger i rushtidene. På enkelte stasjoner finnes perronger med BART-tog på den ene siden og ordinære tog fra Caltrain på den andre. Under selve San Francisco har BART en felles tunnel og stasjoner med bybanen Muni Metro, hvor bybanen går i øverste og BART i nederste etasje. Matebusser bidrar til å øke BARTs trafikkgrunnlag.