I studietiden var han lite politisk aktiv, men deltok i studentdemonstrasjoner mot president Juan Perón. I 1951, mens han ennå studerte medisin, reiste den 23-årige Guevara og hans 29-årige kamerat, Alberto Granado, gjennom deler av Sør-Amerika, en reise som tok flere måneder og formet hans politiske synspunkter. Den førte Guevara, som kom fra middelklassen, i nær kontakt med fattigdommen og undertrykkelsen blant landarbeidere, urbefolkning, arbeidere og fattigbønder i Latin-Amerika.