Keough hadde en bror, Benjamin (Ben) Storm Keough (født 21. oktober 1992, død 12. juli 2020), og har to halvsøstre, tvillingene Finley Aaron Love Lockwood og Harper Vivienne Ann Lockwood (født 7. oktober 2008). Keoughs onkel, Navarone Garibaldi (hennes mors halvbror, født 1. mars 1987), er to år eldre enn henne. Som stefar har hun hatt Michael Jackson, Nicolas Cage og Michael Lockwood (altså som følge av hennes mors ekteskap).