Hans reformer var ikke allment aksepterte, og etter hans død ble hans monumenter demontert og skjult, hans statuer ble ødelagt og hans navn ble fjernet fra kongelistene. Oldtidens egyptiske religion ble gradvis gjeninnført, og etter en del etterfølgende regenter uten noen klar arverett til tronen, overtok det 19. egyptiske dynasti. De diskrediterte Akhnaton og hans umiddelbare etterfølgere, og omtalte Aknaton som «fienden» eller «den kriminelle» i sine nedtegnelser.