Den 18. mars 2019 signerte Miami Dolphins Fitzpatrick til en 2-årig kontrakt til en verdi av $11 millioner. Fitzpatrick tok over stillingen som startende quarterback fra Josh Rosen. I sin debut for Dolphins, mot Baltimore Ravens i uke 1, kastet Fitzpatrick for 185 yards, en touchdown og en interception i et 59–10 nederlag. Uken etter mot New England Patriots kastet han kun for 89 yards og ble intercepted tre ganger, hvor to var pick-sixes, før han ble byttet ut med Rosen da Miami tapte 43–0. Etter kampen sa Dolphins' hovedtrener Brian Flores at Fitzpatrick fremdeles kom til å være kampstarter i uke 3 mot Dallas Cowboys, men 19. september, før kampen, ble Rosen utpekt til starter og Fitzpaterick ble plassert på benken.