Ca. 328 døde biskop Alexander, og folket og kleresiet valgte enstemmig Athanasius som ny biskop og dermed patriark for den egyptiske kirke. Hans første gjerning som overhyrde var å reise gjennom den enorme kirkeprovinsen, blant annet til klostrene i Teben. Athanasius var selv asket, og ble derfor tatt hjertelig imot. Under reisen utnevne han også den første biskopen i Etiopia.