Fra 2004 til 2009 var Nærings- og handelsdepartementet 100 prosent eier av Innovasjon Norge. Våren 2008 vedtok Stortinget, som en del av forvaltningsreformen, at fylkeskommunene ble deleiere av Innovasjon Norge fra 1. januar 2010. Hensikten var å styrke regionenes innflytelse i innovasjons- og næringspolitikken, og sørge for økt koordinering mellom regional og nasjonal politikk.