Allerede fra middeladeren var Vatne eget kirkesogn med kirke på gården Vatne. Kirkesognet er nevnt i Aslak Bolts Jordebok ca. 1430. Vatne var annekssogn under Borgund sogn fram til 1848 da det ble utskilt som eget sogn sammen med Skodje. En ny Vatne kirke som lå mer sentalt i forhold til båttrafikk ble bygd på gården Osgotten ("Gøten") i 1868.