I tillegg til hans forskning var William Morgan en ordinert prest, og var blitt ordinert i 1568 av biskopen av Ely. Hans første deltidsutnevnelse var i sognet Llanbadarn Fawr i 1572; han flyttet senere til Welshpool (i nærheten av den engelske grense) i 1575 og deretter til Llanrhaeadr-ym-Mochnant i 1578, da i full stilling.