Harpviken har siden 1995 vært tilknyttet PRIO i Oslo som seniorforsker, med lengre prosjekter knyttet til sikkerhet i Sør-Afrika, flukt fra Afghanistan og bistand til samfunn rammet av landmineproblemet. 2004–05 var han programleder for (CPRB) ved PRIO, og 2005–09 instituttets nestleder. Harpviken har videre utført konsulentoppdrag for en rekke internasjonale organisasjoner og bistandsorganisasjoner. 1. juli 2009 tok han over direktørposten i PRIO etter Stein Tønnesson, og Inger Skjelsbæk overtok som nestleder.