Etter hvert som Alexios styrket sin posisjon kunne han vende seg mot den mektige Niketas Scholares som måtte flykte til Kerasous (nåværende Giresun) i juni 1354. Her samlet han en flåte bestående av en galei og elleve mindre fartøy og dro mot Trapezunt i mars 1355. Alexios slo angrepet tilbake og dro mot Kerasous hvor han inntok byen. Han inntok også Niketas befestning Kenchrina og tok Niketas og hans lojale aristokratiske støttespillere til fange. Niketas ble ført til Trapezunt hvor han døde i 1360.