Den 16. desember 2009 vedtok Meland kommune at Flatøy skule skulle legges ned fra 1. august 2010; forslaget ble støttet av 21 mot seks stemmer i formannskapet. Én av de mest sentrale grunnene for å legge ned skolen var for å spare penger, da kommunen kunne spare ca. to millioner kroner. Elevene fra Flatøy blir fra høsten 2010 sendt til Sagstad skule på Frekhaug. Forslaget om nedlegging skapte debatt i Meland kommune.