Fra 1865 og fremover steg Prendergast i gradene og han ble tildelt en rekke nasjonale roller i New Zealand. Han satt som medlem av parlamentet og regjeringsadvokat, før han ble utnevnt til høyesterettsjustitiarius i april 1875 for New Zealand, noe som førte til at han ble adlet av den britiske dronningen i november 1881. I 1865 ble Prendergast utnevnt som medlem av parlamentet til den lovgivende forsamlingen, det daværende overhuset i det newzealandske parlamentet.