Etter ny avtale med Sovjetunionen krysset Pattons styrker 5. mai grensen til Tsjekkoslovakia og rykket frem til Budweis, Pilsen og Karlsbad. De tyske styrkene overga seg villig til de amerikanske som erobret Pilsen og stanset rett øst for byen. Imens hadde tsjekkiske partisaner støttet av folkelig oppstand tatt kontroll over sentrale deler av Praha, men ble 6. mai angrepet av tyske styrker rundt byen. De sovjetiske styrkene innledet da sitt angrep én dag tidligere enn planlagt for å bistå partisanene, men ble holdt tilbake av tysk motstand. En divisjon (omkring soldater) av Den russiske frigjøringsarméen ( eller russisk: ) som befant seg i Tsjekkoslovakia hadde skiftet side (mot løfte om å bli værende i landet etter frigjøringen) og rykket inn i Praha for å støtte partisanene. ROA i tysk uniform kjempet mot sine tidligere allierte.