Selv om Ludvig var en from mann kom han snart i en voldelig konflikt med pave Innocent II. I 1141 ble erkebiskopsetet i Bourges ledig, og kongen fremmet en av sin kanslere, Cadurc, som kandidat mens han la ned veto mot en annen, egnet kandidat, Pierre de la Châtre, som omgående ble valgt av Bourges' geistlige og innviet av paven. Ludvig skal etter sigende ha låst Bourges' byporter for den nye biskopen. Paven husket lignende forsøk fra Vilhelm X på å forvise Innocents tilhengere fra Poitou og erstatte dem med kongetro prester, la skylden på Eleonore, og sa at Ludvig bare var et barn og burde bli lært manérer. Rasende sverget Ludvig på relikvier at så lenge han levde skulle Pierre aldri få slippe inn i Bourges. Dette førte til interdikt på kongens landområder og Pierre de la Chatre ble gitt tilflukt hos Theobald II, greve av Champagne.