NGS tapte i de første årene etter 1993 svært mange medlemskoler til NEO. Fra 1995 stabiliserte medlemstallene seg og de to organisasjonene var jevnstore. I 1995 gikk NGS' landsmøte inn for å innlede forhandlinger om sammenslåing, men NEO krevde at dets organisasjonsstruktur skulle bestå i en ny sammenslått organisasjon. Først i 1999 ble organisasjonene enige om å slå seg sammen, blant annet etter alvorlige økonomiske problemer i NEO i årene før. Resultatet ble Elevorganisasjonen, en ny, felles interesseorganisasjon for elever i videregående opplæring i Norge.