Foran det tyske presidentvalget i 1932, ble Duesterberg nominert av Stahlhelm og DNVP som presidentkandidat, men nasjonalsosialistene ødela alle hans sjanser til å få noen bred oppslutning da de hevdet at han ikke var «av ren arisk herkomst» da en av hans besteforeldre hadde vært jøde. Denne avsløringen gjorde at han fikk en svakt resultat etter første valgomgang 13. mars, med bare 6,8 % av stemmene, og han trakk seg fra det videre valget.