Prinsesse Louise Charlotte ble født 30. oktober 1789 på Christiansborg slott, det danske kongehusets hovedslott på Slotsholmen i det sentrale København. Hennes foreldre var arveprins Frederik og Sophie Frederikke, prinsesse og hertuginne av Mecklenburg-Schwerin. Faren hennes var en yngre sønn av kong Frederik V av Danmark og Norge, mens moren var datter av hertug Ludvig av Mecklenburg-Schwerin. Ved fødselen hadde hun to eldre søsken, prins Christian Frederik (som ble konge i Norge i 1814 og konge av Danmark som Christian VIII i 1839) og prinsesse Juliane Sophie. Hon fikk senere en yngre bror, prins Frederik Ferdinand.