På grunn av dødsfallene på Heysel Stadion var engelske klubber utestengt fra spill i Europacupene. Dette var årsaken til Kendall forlot Everton til fordel for Athletic Bilbao. Dette var ingen stor suksess og i 1989 var han tilbake på øyriket. Nå som manager for Manchester City. I november 1990 inntok han managerstolen i Everton for andre gang, men nå var magien borte og etter tre magre år trakk han seg fra stillingen i 1993.