Boyes politiske karrière begynte da han meldte seg inn i Konservativ Ungdom og Konservative Studerende i 1979. Han var formann i Odense Konservative Studerende 1985–1989. Boye var medlem av Fyns Amtsråd 1990–2006, herav som viseamtsborgermester 1994–2001 og gruppeleder 1998–2001. 1. januar 2002 ble han amtsborgermester og 1. januar 2006 ble han den første borgerlige borgermesteren i Odense siden 1937.