Ibsen var den drivende politiske kraft for å få oppgradert utenriksanliggende fra kontor- til avdelingsnivå. I 1899 bevilget Stortinget pengene til utenrikskontor, og Ibsen ble utnevnt som dets første sjef. Ibsens tenkning bar administrative frukter i 1899, da Afdelingen for Udenrigske Sager, Handel og Søfart ble opprettet ved Kgl. Resolusjon av 8. juni, med Ibsen som ekspedisjonssjef. Avdelingen besto, slik Ibsen hadde ønsket, av to kontorer, 1. Utenrikskontor for konsulatvesenet og sjømannssakene, og 2. utenrikskontor for traktat- og grensespørsmål pluss korrespondanse med utenriksdepartementet i Stockholm. Ibsen kunne innkassere nok en politisk og administrativ seier da ikke bare hans avdeling, men hele Indredepartementet som det var en del av, ved Kgl. Resolusjon av 9. september 1902 ble omdøpt til Departementet for udenrigske sager, handel, sjøfart og industri. Dette grepet var upopulært på svensk side, siden det tydet på at Norge hadde tatt et langt steg mot å løsrive seg fra unionens felles utenrikstjeneste med tilhold i Stockholm.