Da den amerikanske uavhengighetskrig begynte i 1775 erklærte stammen seg nøytral, men ble allikevel invadert av den kontinentale hær under ledelse av Goose van Schaick den 21. april 1779 i en militær ekspedisjon kjent som Van Schaick-ekspedisjonen. Dette viste seg å være fatalt for stammen, som ble drevet fra sitt land, som nå fullt og helt ble overtatt av det nyoppståtte USA. De fleste onondagafolk flyktet til Canada, hvor mange stadig bor den dag i dag, selv om en del er flyttet tilbake til et onondagareservat opstået i deres gamle hjemland.