Han fortsatte i Innstranden til laget var oppe i 2. divisjon i 2005 sesongen. Det endte med nedrykk til 3. divisjon, samme år som Bodø/Glimt rykket ned fra Tippeligaen til Adeccoligaen. Jacobsen ble ansett som Innstrandens beste spiller og etter å ha prøvespilt for Glimt i desember 2005 ble han tilbudt kontrakt.