Invasjon av sebramusling fører til store endringer i de akvatiske økosystemene. Den opptrer i så store mengder at den fortrenger andre arter. Filtreringen er så effektiv at de fysiske egenskapene til vannforekomstene endres. Den gjør også skade ved å tette igjen utslippsledninger og inntak for kjølevann. I Fremmedartslista regnes sebramusling som en dørstokkart, og den er plassert i kategorien . Arten er tatt med i Verdens naturvernunions liste over de 100 mest skadelige invaderende artene i verden.