Hun fikk syv eller åtte barn. Giovanni Borgia (1498-1548), antatt å være sønn av Lucrezia og En dødfødt datter 5. september 1507. Ercole II d'Este (1508–1559). Ippolito II d'Este (1509–1572), kardinal. Alessandro d'Este (født april 1514, død 10. juli 1516). Eleonora d'Este (født 3. juli 1515, død 15. juli 1575), nonne. Francesco d'Este (født 1. november 1516, død 22. februar 1578). En dødfødt datter 21. juni 1519.