Problemene begynte tidlig på 1990-tallet da de første valgene i republikkene ble holdt. I Bosnia ble resultatet tre dominerende etnisk-baserte partier som dannet en løs koalisjon for å fordrive det jugoslaviske kommunistpartiet. Som leder av det største partiet ble Alija Izetbegović president i Bosnia. Izetbegović ble kontroversielt fengslet i 1983 for utgivelsen av «Islamsk deklarasjon», og da han ble sluppet fri i 1990 dannet han det politiske partiet SDA som ønsket å beholde Bosnia som en multietnisk stat. Han gikk mer eller mindre bort fra sine tidligere meninger om islamsk dominering og ideologi. Serberne brukte hans bok som et verktøy for å fremstille ham som en nasjonalist.