Heydrich stolte ikke på tsjekkerne og ville ikke bli operert av en lokal lege og forlangte en kirurg fra Berlin. Heydrich gikk med på å bli operert av en lege fra det tyske sykehuset i Praha; samtidig sendte Hitler og Himmler sine privatleger Karl Gebhardt og Theodor Morell til Praha. Himmler kom på sykebesøk 31. mai og Heydrich var da på bedringens vei. Heydrich ble behandlet med sulfonamider mot infeksjonen. Heydrich døde av sepsis. Med penicillin ville han trolig overlevd. Goebbels skrev 2. juni dagboken sin at tapet av Heydrich vil være en katastrofe. Thomas Mann kalte ham (Hitlers bøddel) da han kommenterte dødsfall på BBC 5. juni.