Han giftet han seg i 1854 med Jensine Wilhelmine Øwre (1828–1908) fra Ålesund. Hun var datter av apotekeren Peder Jalles Øwre og Karen (født Spliid Møller) Øwre. Ekteparet Johnsen etablerte seg i Kristiansund i 1854. De fikk fjorten barn, hvorav tretten vokste opp. Christian Johnsen startet forretning som klippfiskeksportør i Kristiansund, og hans gamle arbeidsgiver Gurtubay ble en av hans faste kunder.