Elva er omtrent 55 km lang målt fra Styggevatnet i nord. Elva har et nedbørfelt på ca 863 km². nedbørfeltet har en middelhøyde på 1250 moh., og kun 10 % av nedbørfeltet ligger under 500 moh. På grunn av det høytliggende nedbørfeltet og at vannet er en stor andel brevann, er Jostedøla en kald elv med en middeltemperatur på 6 °C om sommeren og 0 °C om vinteren, men det kan være store svingninger i løpet av et døgn.