Det var forslag om å droppe atombomben på Tokyo, hovedstaden i Japan, men bekymringer rundt Tokyos kulturarv endret planen. Den 10.–11. mai 1945 anbefalte «målkomitéen» ved Los Alamos, ledet av J. Robert Oppenheimer, Kyoto, Hiroshima, Yokohama, og arsenalet Kokura som mulige mål. 6. august 1945, ble et uran-basert våpen, «Little Boy», sluppet løs over den japanske byen Hiroshima. Tre dager senere, ble et plutonium-basert våpen, «Fat Man», sluppet over byen Nagasaki. Bombene drepte minst hundretusen japanere totalt, de fleste av dem sivile, med varme-, stråling-, og spreng-effekter.