Tilbake i Berlin, ble Eichmann av Himmler plassert i det betydningsløse kontoret for «kamp mot kirkene». Mot slutten av krigen forsøkte han å gå i dekning i Østerrike og Bayern. Han ble arrestert av amerikanske styrker uten at identiteten hans ble avslørt. Eichmann rømte fra alliert varetekt samtidig som Nürnbergprosessen pågikk. Han holdt seg i dekning nord i Tyskland inntil han i 1950 rømte til Argentina via Italia og medhjelpere der. Familien kom til Argentina etter et par år. De levde der i relativt beskjedne kår inntil han ble funnet og sikkert identifisert utenfor Buenos Aires av den israelske etterretningstjenesten Mossad i 1960. Mossad tok Eichmann til fange og førte ham i hemmelighet ut av landet og til Israel.