UNRWA ble etablert etter den arabisk-israelske krigen i 1948 av FNs generalforsamling, gjennom resolusjon 302 av 8. desember 1949. Som følge av UNRWAs eksistens gjelder ikke Flyktningkonvensjonen av 1951 for palestinere: Avsnitt 1(D) stipulerer at et individ som mottar beskyttelse fra en annen FN-organisasjon, i dette tilfelle UNRWA, ikke anerkjennes som flyktninger etter flyktningkonvensjonen.