Nabonidus' bakgrunn er ikke klar. Han forteller selv i sine inskripsjoner at han er av uviktig opprinnelse. Tilsvarende er det sagt at hans mor levde til hun ble meget gammel og kan ha vært tilknyttet tempelet til den akkadiske måneguden Sîn i Harran. I hennes inskripsjoner neves heller ikke hennes opprinnelse.