I 1996 startet Keleher et utdanningsprogram for å bekjempe seksuelle overgrep mot barn i erkebispedømmet og innførte et bakgrunnsspørreskjema for alle som jobber med barn. Keleher etablerte en uavhengig vurderingskomité i 2002 for å undersøke og gi anbefalinger om alle påstander om seksuelle overgrep. I 2003 satte han i gang VIRTUS, et nasjonalt program for forebygging av overgrep mot barn.