Kirken ble bygget mellom 1689 og 1694 i form av et gresk kors, med korte, avrundede annex, faktisk er det to kirker: en vinterkirke, Forbønnskirken i kjelleren, og en uoppvarmet sommerkirke over den. Alle beskrivelser ble tapt i en brann i 1712, og dermed er det eksakte året for ferdigstillelse ukjent, samt navn på arkitekten og entreprenører (med unntak av ikonmalerne Karp Zolotaryov og Kirill Ulanov). Både Natalia og Peter var hyppige gjester i Fili og donerte penger til kirken. I det 18. århundre var den utstyrt med en klokke, tatt fra Narva.