Overgangsregjeringen ble innsatt 21. desember 1974. MLSTPs visegeneralsekretær, Leonel Mário d'Alva, ble statsminister. Ytterligere én representant fra eksilbevegelsen ble minister, mens Associação Cívica pro-MLSTP fikk tre ministre og Portugal var representert med én. Overgangsregjeirngen var preget av indre splid og det var motsetninger i forholdet til høykommissæren, den tidligere guvernøren António Elísio Capelo Pires Veloso. I Associação Cívica fantes det radikale medlemmer, mens MLSTPs ledelse var preget av moderate krefter. Framtiden til det 250–300 mann sterke Companhia de Caçadores de São Tomé bestående av saotomesiske soldater skapte særlig strid, med krav fra MLSTP om at kompaniet skulle oppløses. Situasjonen roet seg etter at MLSTPs leder Manuel Pinto da Costa ankom São Tomé i midten av mars 1975. Striden mellom moderate og radikale i uavhengighetsbevegelsen endte med seier for de moderate med Manuel Pinto da Costa og Miguel Trovoada i spissen.