Hysteriet om Savonarola ble så stort at han ble en politisk trussel, og pave Alexander VI bannlyste ham og truet med å sette hele Firenze under interdikt. Savonarola svarte paven med heftige anklager mot den katolske kirke. En dom ved ild for å bevise Savonarolas guddommelige mandat ble en fiasko, og den folkelige mening vendte seg mot ham. De herskende i byen forente seg, og Savonarola ble arrestert og under tortur ble han tvunget til å innrømme at hans profetier var løgn. Den 23. mai 1498 ble han med to andre munker fordømt, hengt og brent på torget i Firenze. Hans tilhengerne, , forsøkte å holde hans sak levende, men Medicifamilien, ved hjelp av paven, brøt ned bevegelsen.