Som ung sjøoffiser deltok han i forsvaret av norskekysten, mot Storbritannias Royal Navy, under Napoleonskrigene (1803–1815). Hele tre ganger ble han tatt til fange av britene og satt i prisonen (norsk-dansk betegnelse på britiske krigsfangeleirer). Han ble en varm norgesvenn, og var skuffet over at Norge ble skilt fra Danmark i 1814. Dahlerup steg i gradene til kontreadmiral i den kongelige danske marine.