Han var barnebarn av komponisten Francesco Malipiero, og studerte med Marco Enrico Bossi. Studiene ble avbrutt og Malipiero fortsatte med studier av Claudio Monteverdi og Girolamo Frescobaldi på egen hånd. I 1904 gjenopptok han studiene med Bossi, og ble etter eksamen assistent for den blinde komponisten Antonio Smareglia. Han var professor ved konservatoriet i Parma 1921-1924. Fra 1932 var han professor ved Venice Liceo Musicale, som han ledet fra 1939 til 1952. Fra 1926 til 1942 arbeidet han med samlet utgave av Monteverdis verker. Etter 1952 arbeidet han med å utgi Vivaldis konserter.