Da øya Basilan i 1948 ble utskilt som egen provins, mistet Zamboanga City så meget av sitt areal at den ikke lenger var «verdens største by» (etter flateinnhold), som den hadde vært siden 1912. Men den forble provinshovedstad i en provins som omfattet det meste av Zamboangaahalvøya. Den 5. juni 1952 ble provinsen Zamboanga delt i provinsene Zamboanga del Sur med Pagadian City og Zamboanga del Norte med Dipolog City som sine respektive hovedsteder. Zamboanga City er tilregnet Zamboanga Sur, men er reelt frittstående.