Hans hyrdebrev den oktober 1881 som skarpt fordømte Irish National Land Leagues ble så dårlig mottatt at hans hjemkomst fra Roma med den røde kardinalshatt ble så å si neglisjert. De seks årene han var erkebiskop av Dublin var svært vanskelige tider i Irland, med kraftig agitasjon fra Land League og National League, vold og tvangstiltak; hemmelige selskaper stod sterkt i Dublin, det ble begått små og store forbrytelser, som Phoenix Park-mordene. Likesom forgjengeren var kardinal McCabe skeptisk til tidens folkelige bevegelser. Med sin bakgrunn fra bylivets kår hadde han ikke særlig innsikt i forholdene for jordbruksarbeiderne, og han identifiserte seg med Charles Stewart Parnells og Michael Davitts politiske bevegelser. I hyrdebrev og taler posisjonerte han seg mot agitatorene og for styresmaktene og rettsvesenet, med det til følge at nasjonalistenes aviser og talsmenn angrep ham som en «Cattle»-miskop som foretrakk tvang og var en folkets motstander. Han ble truet på livet og måtte til tider ha politibeskyttelse.