Selv om de hadde hatt sine uenigheter, var Malenkov i 1953 blant dem som gikk mot henrettelsen av Lavrenti Berija. Han var også kritisk til atompolitikken og den ensidige satsingen på tungindustri som Khrusjtsjov var blant de varmeste forsvarerne av. Dette førte til at han i 1955 ble tvunget til å gå av som statsminister, og to år senere mistet han også plassen sin i politbyråets etterfølger, presidiet.