Ideen bak NORDEFCO antas å ha kommet frem gjennom samtaler mellom den svenske generalen (ÖB) Håkan Syrén og den norske generalen Sverre Diesen. Thorvald Stoltenberg's rapport fra 2009 på temaet utenriks- og sikkerhetspolitikk innenfor det nordiske samarbeidet skal også ha vært et viktig bidrag for hvilke muligheter som lå til grunn for et tettere samarbeid på dette området.