Etter Borgerdydskolen i 1826 var han lærer i noen år, så instituttbestyrer i København i 1832, og tok teologisk embedseksamen i 1834. Det gikk noen år før han fikk et kall som sogneprest på Suðuroy på Færøyene. Både han og hustruen var skeptiske, men de ble oppmuntret av hans far, ettersom de var unge og «kunne forsøke sine krefter blant de halvville innfødte der oppe», som Samuel F. Samuelsen skrev i sine memoarer. De var ille til mote da de nærmet seg Færøyene, og «hun styrtet hen til sin mann og skjulte sitt ansikt ved hans bryst». Først da de ble hilset velkomne av losen, «våget hun å se opp og ble straks forbauset over mannens åpne, ærlige og vennlige vesen», og de fant seg raskt godt til rette på øyene. Samuelsens mor ble venninne med prestefruen. Jørgensen ble sogneprest på Eysturoy i 1843 og prost på Færøyene i 1849.