Hun var datter av Frederik Christian I av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Augustenborg og Charlotte Amalie Vilhelmine av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Pløn. Moren døde da hun var seks år gammel, og hun ble oppdratt sammen med sine brødre. Grunnet en skjevhet i ryggen var det ingen gifteplaner for prinsesse Louise, i stedet levet hun som farens favoritt og forgudet av sine brødre.