Markasitt blir dannet hydrotermalt, ved at væske renner gjennom vertsbergarten og løser opp enkelte element som igjen blir avsatt når væsken når et metningspunkt. Elementene som blir avsatt kan være Fe og S, som sammen kan danne mineralet markasitt. Markasitt er konsentrert i avgrensede soner, årer, der væske er blitt transportert gjennom vertsbergarten.