Godefroy Cavaignac deltok i den fransk-tyske krig i 1870-71. Han ble deputert i 1882, og var understatssekreterær for krigsministeriet i Henri Brissons regjering 1885-86. Han blev deretter marine- og koloniminister i Léon Bourgeois' ministerium i 1895-96, og var krigsminister i Brissons ministerium 28. juli-5. oktober 1898.