Hun var datte av kanslerpresident og kammerherre for Carl Frederik av Slesvig-Holsten-Gottorp, Benedikt von Ahlefeldt (1685–1739) og hans hustru Charlotte Amalia von Reventlow (1695–1722). Marie Elisabeth oppholdt seg noen år som konvenutalinne i Uetersen, et kloster for ugifte adelsdøtre, innen hun ble hoffdame hos prinsesse Louise av Danmark og Norge. Den 10. oktober 1760 giftet hun seg i Uetersen med offiser og godseier Frederik Ahlefeldt (1702–1773) til Langeland und Rixingen.