I 1539, ved starten av den evangelisk-lutherske hertugen Henrik IVs (Henrik den Fromme) regjeringenstid i Sachsen, ble den augsburgske konfesjon innført i hertugdømmet. Zieglers alma mater, Universitetet i Leipzig skulle reformeres, og han ble på nytt anbefalt til et professorat av Philipp Melanchthon, som professor i hebraisk språk. Den tyske teologen og kirkehistorikeren Hermann Jordan (1878–1922), har spekultert i at Melanchthons anbefaling av Ziegler med en påfølgende relokering til Leipzig var etter ønske fra Luther for å benytte seg av hans hebraiske språkkunskap i den første tyske bibeloversettelsen, også kjent som Lutherbibelen. Innen 1540 var Ziegler blitt den ledende akademiske eksperten på hebraisk i Midt-Tyskland, og i 1540 og 1541 bistod han Martin Luther med flere revisjoner av bibelen og oversettelser av det gamle testamente fra hebraisk.