I 1945 kom Barbie tilbake til familien sin. Ettersom han var etterlyst under navnet «Barbier», var han utenfor for mistanke og kunne bosette seg i Marburg i huset der brødrene Grimm hadde bodd. Han utga seg for å være student, mens han i virkeligheten levde af å forfalske rasjoneringskort og andre dokumenter, samt svartebørshandel med kaffe og sigaretter. I august 1946 ble han gjenkjent av en tysk kvinne i en jeep, og den amerikanske sjåføren beordret ham inn i jeepen. I Marburgs smale gater måtte jeepen sette farten ned da sporvognen kjørte forbi. Barbie benyttet sjansen til å hoppe av og flykte ned en sidegate. På en tur til Hamburg ble han arrestert av britene, men klarte å dirke opp låsen i celledøren og flykte. Han rakk til Kassel i tide til sin sønn Klaus-Jörgs fødsel 11. desember 1946. 7. november 1949 sendte den franske ambassaden i Washington DC en note til det amerikanske utenriksdepartement med krav om at «». Amerikanerne trakk ut tiden, mens Barbie ble innlosjert på hemmelig adresse i Augsburg med kone og to barn. Mot slutten av 1950 fant CIC dog en løsning i «rottelinjen», en evakueringsrute til Mellom- og Søramerika, driftet av CIC til hjelp for sovjetiske avhoppere, samt tystere som hadde gitt USA nyttige opplysninger. «Rottelinjen» ble normalt ikke brukt til å hjelpe nazister, selv om den ble drevet av den kroatiske krigsforbryteren Krunoslav Draganović; men 25. januar 1951 fikk Barbie og hans familie klarsignal til avreise. Hans nye identitet var som «Klaus Altmann». Ved grensen til Italia oppdaget en toller at det var noe galt med papirene, men Barbie ba for seg: «» Tolleren slapp ham dermed forbi, og 23. mars gikk familien om bord i det italienske skipet «Corrientes» på vei fra Genova til Buenos Aires.