Familien hadde sin opprinnelse i Paflagonia, kanskje også fra festningen Kastamonu, et navn som er en mulig forvansking av Castra Comnenus. Huset Komnenos som bysantinske keisere ble grunnlagt av Isak I Komnenos, en («den krigslike») fra øst under keiser Mikael VI Stratiotikos. I 1057 ledet Isak et kupp mot Michael og ble proklamert keiser. Imidlertid kom ikke hans dynasti til full makt før tiltredelsen av Alexios I Komnenos, Isaks nevø, i 1081. På denne tiden synes etterkommere av alle de tidligere østromerske dynastiet å ha forsvunnet fra riket, som de betydningsfulle familiene Sclerus og Argyrus. Etterkommere av disse keiserne levde i utlandet, inngiftet i kongelige familier i Russland, Frankrike, Tyskland, Polen, Ungarn og Serbia. I den forstand var det lettere for Huset Komnenos å gripe og beholde tronen.