Aquinas, som på mange områder er helt annerledes enn Augustin, bygger sin teodicé på ham. Thomas drøfter problemet inngående, og finner den samme ontologiske defekten ved det onde. Han definerer det onde som et fravær av det gode (). Det er Thomas som innfører skillet mellom det onde vi selv lider og det vi selv utfører (). Det er altså et skille mellom det moralske onde (onder og lidelse vi kan unngå fordi det ligger under menneskets vilje) og det fysiske onde (onder som i stor grad ligger utenfor menneskets frihet). Det onde bunner i Guds allmektighet, dvs. han kan alt, men vil ikke alt. Gud har begrenset seg ved å gi mennesket fri vilje. Thomas forklarer dermed de moralske onder, men ikke de fysiske onder.