Hundre år senere brøt Córdoba-kalifatet sammen og al-Andalus fragmenterte i en rekke såkalte Taifa kongedømmer. Disse var i stadig konflikt med hverandre og ble lett bytte for de kristne kongedømmene. Den kristne , «gjenerobring», skjøt dermed fart. Denne utviklingen ble bremset av to invasjoner fra Marokko, først almoravidene og så almohadene, men ingen av disse dynastiene klarte på sikt å ta tilbake nevneverdige områder. Da Almohade-kalifatet brøt sammen på 1200-tallet kollapset også al-Andalus som for det meste ble erobret av de kristne. Kun kongedømmet Granada sto tilbake som en siste muslimsk bastion, men måtte ofte betale tributt til Castilla. På sikt ble presset også her for sterkt. Granada falt i 1492.