Barthold Georg Niebuhr var sønn av Carsten Niebuhr, berømt for å bereist Orienten. Faren, som i 1778 basatte seg i Meldorf i Ditmarsken, ble sønnens første lærer og inngjøt ham sine egne omfattende interesser for geografi, historie, statistikk og politikk, likesom han lærte ham begynnelsesgrunnene i flere av de mange språk, som Niebuhr etterhvertn tilegnet seg. Ved sin åpne sans, overordentlige hukommelse og vidunderlige lærenemhet var Niebuhr allerede en rikt utviklet og vidt belest yngling, da han i 1794 gikk til universitetet i Kiel, hvor han studerte i to år. Så avbrøt han studiene og gikk i dansk statstjeneste.