Han var spesialist i barnesykdommer med doktorgrad i medisin (1914), professor i barnesykdommer (1930), og direktør ved barnesykehuset i Praha 1932-1939 (også omtalt som ved det medisinske fakultetet i Praha). Sammen med sin kone Ottilie (født Eckstein, 1896) flyktet han til Norge 15. mars 1940. Epstein fikk lisens til å arbeide som lege i Norge i september 1939, da han kom til Norge i mars 1940 ble han oppfordret til å søke stillingen som sjef for Rikshospitalets barneklinikk. Han drev tuberkuloseforskning i Oslo til høsten 1942. Epstein ble deportert 26. november med DS «Donau» der han fungerte som skriver ombord. I Auschwitz var han assistent for leirlegene, blant annet Josef Mengele. Ottilie ble gasset og brent rett etter ankomst. På slutten av krigen ble Epstein sammen med andre overlevende i Auschwitz drevet vestover ("dødsmarsjene"), ifølge Kai Feinbergs beretning. Ifølge Mendelsohn var Epstein i Auschwitz-området da leiren ble frigjort.