Johan Gadolin var sønn av Jakob Gadolin og Elisabeth Browallius, datter av Johan Browallius og Elisabeth (Kippius) Ehrenholm. I 1775 begynte han å studere kjemi, først i Åbo og siden, under Torbern Bergmans ledelse, i Uppsala, hvor han i 1782 ble utnevnt til . Han var nær venn med Johan Gottlieb Gahn og Carl Wilhelm Scheele.