Han ble kjøpt opp av Scunthorpe United FC for rundt £50 000 for å bringe ham til klubben på permanent basis. Leeds akseptert tilbudet, og den 14. februar 2005, sluttet Keogh i klubben som han hadde startet sesongen med. Keogh gjorde seg virkelig bemerket sammen med denne klubben i 2005/2006-sesongen, og han scoret til sammen 38 mål for Scunthorpe United.