I 2019 stilte hun som kandidat i presidentvalget. Čaputová fikk 40,5 % av stemmene i første valgomgang, mot 18,7 % for rivalen Maroš Šefčovič. De to gikk videre til andre og avgjørende valgomgang 30. mars. Čaputovás kandidatur fikk støtte fra avtroppende president Andrej Kiska. Hun vant andre valgomgang med 58,4 % av stemmene.