Etter reformasjonen var kirken i Norge lenge temmelig uensartet ettersom de ulike landsdelene og bygdene i forskjellig grad innførte de nye skikkene. Jens Nilssøn ivret for at Palladius' alterbok skulle innføres overalt i stiftet og formante allmuen til å forkaste gamle skikker som han anså som overtro, slik som feiringen av kjørmesse. På de mange visitasreisene sine hadde han god anledning til å følge med på hvordan det sto til ute i bygdene.