Beneš gikk av som president 5. oktober 1938 etter tysk press og gikk i eksil i London. I mars 1939 ga president Emil Hácha etter for tysk press og den slovakiske delen av republikken ble skilt fra Böhmen og Mähren, som Tyskland straks okkuperte og opprettet Riksprotektoratet Böhmen-Mähren. Mange etniske tsjekkere ble fordrevet fra det annekterte Sudetenland. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen.