Pizarro signerte en fireårs kontrakt med Internazionale Milano F.C. den 14. juli 2005, for en overgangssum på 12 millioner euro og 50% av rettene til spilleren Goran Pandev. På den tiden hevdet Pizarro at han ville pensjonere seg mens han spilte i -skjorten, men han klarte aldri å etablere seg på førstelaget til Milan-klubben.