Mot slutten av 1979 steg spenningen igjen i El Salvador. Regjeringen under general Carlos Romero begikk flere menneskerettighetsbrudd, noe som førte til at landets romersk-katolsk prester nå åpent tok til orde mot urettferdighetene. I oktober 1979 ble Romero kastet i et nytt militærkupp. Dette kuppet og mordet på erkebiskop Óscar Romero markerer begynnelsen på borgerkrigen.