Innen en måned ble Fisher stilt for retten, funnet skyldig i forræderi og dømt til døden den 17. juni 1535. Deretter ble han halshogd. Det var den 22. juni 1535. Kroppen ble gravlagt uten ritualer på Allehelgenskirkegården i Barking, mens hodet ble satt på Tower Bridge og etter to uker kastet i Themsen den 6. juli, da det var Thomas Mores hodes tur til å stilles ut.