Kirkelyden i Karasjok sognet fra gammelt av til Kautokeino sogn. Karasjok gamle kirke ble bygget i tre og oppført i 1807, og var da annekssogn til Kautokeino prestegjeld. Ved kgl.res. av 19. mars 1813 ble Kautokeino og Afjuvarre slått sammen med Kistrand for å danne Kistrand og Karasjok sognekall. Ved kgl.res. av 30. januar 1851 ble Kautokeino igjen skilt fra Kistrand som eget sognekall, mens Karasjok fortsatt skulle være annekssogn under Kistrand.