Candolle oppdaget at planter har en nær-24-timers syklus i konstant lys, noe som tilsier at en intern biologiske klokke eksisterer blant planter. I 1796 flyttet Candolle til Paris etter å ha mottatt invitasjon fra den franske geologen Déodat Gratet de Dolomieu. Candolles botaniske karriere begynte med hjelp fra René Louiche Desfontaines, som anbefalte Candolle for arbeide med herbariet til Charles Louis L'Héritier de Brutelle sommeren 1798. Den posisjonen forhøyet Candolle sitt omdømme for omverdenen. Candolle etablerte sitt første genus, Senebiera, i 1799.