Kort tid etter at han tok makten, begynte Khomeini å oppfordre til lignende islamske revolusjoner i Midtøsten. Den sekulære republikken Irak, ledet av Saddam Hussein, hadde ambisjoner om å okkupere sin oljerike nabo (særlig Khuzestan-provinsen). Hussein antok at Iran var svekket etter revolusjonen og startet det som ble en åtte år lang krig. Den irakiske invasjonen av Iran, støttet av USA for å bygge opp mot ideologisk spredning av islamsk revolusjon i de oljerike statene ved Persiagulfen, styrket Khomeinis stilling og tillot ham å konsolidere og stabilisere sitt lederskap. Under krigen samlet folket i Iran seg rundt Khomeini og hans regime og hans personlige popularitet og makt var ubestridt, da Khomeini oppfordret iranerne til å kjempe for sitt land og religion mot det sekulære Irak.