Da det oppsto spenninger mellom svarte og farvede, støttet Pétion ofte de farvede. I juni 1799 allierte han seg med general André Rigaud og Jean Pierre Boyer mot Toussaint L'Ouverture i det mislykkede opprøret som har blitt kjent som knivkrigen sør på Haïti. I november hadde opprørerne blitt presset tilbake til den strategisk plasserte sørlige havnebyen Jacmel, og forsvaret av byen ble ledet av . I mars 1800 ble byen inntatt, og dette ble den effektive slutten på knivkrigen. Pétion og de andre farvede lederne gikk så i eksil i Frankrike.