Wegener ble medlem av NSDAP i 1930 og Sturmabteilung (SA) i 1931. Han hadde flere forskjellige politiske og administrative verv i den nasjonalsosialistiske bevegelsen på 1930-tallet, blant annet som Gauleiter i Mark Brandenburg. I 1940 meldte han overgang fra SA til SS, og han deltok senere i krigshandlingene under felttoget på Balkan i Leibstandarte-SS Adolf Hitler. Han fikk graden i 1944.