Hovedparten av delene til «Little Boy» ble avskipet fra San Francisco om bord i krysseren USS «Indianapolis» den 16. juli, og ankom Tinian 26. juli. Fire dager senere ble skipet senket av en japansk ubåt. De resterende delene, som blant annet bestod av seks uran-235-ringer, ble transportert med tre C-54 Skymasters fra 509th Group's 320th Troop Carrier Squadron. To samlinger til «Fat Man» ble transportert til Tinian med spesielt tilpassede B-29 fra 509th Composite Group. Den første plutoniumkjernen ble sendt med en egen C-54.