Etter å styrtet Idi Amin i april 1979 kom det en ny regjering i Uganda, dannet under ledelse av Yusuf Lule. UNLA bli dermed den nye nasjonale hæren i Uganda. Ledelsen av den nye regjeringen var til tider noe ustabil, med indre stridigheter som førte til at Yusuf Lule ble fortrengt fra partiet i juni 1979, etter bare noen få måneder ved makten.