I vintersemesteret 1859/60 opptrådte Mannhardt som privatdosent i tysk mytologi ved Universitetet i Halle. Men problemene sto i kø. I tillegg til astma, svakt hjerte og dårlig rygg, førte også en øyesykdom til at han over lengre perioder måtte holde seg borte fra skrivebordet. Desto mer tid fikk han til å tenke og filosofere over mulige sammenhenger mellom samtidens skikker og førhistoriske atferd.