Snake og laget hans dreper etter hvert flere av de ledende skikkelsene i FOX-enheten, og kommer etter hvert frem til Genes gjestehus. Snake får vite mye rart underveis. Cunningham, mannen som torturerte ham i starten av spillet, jobber egentlig for Pentagon og ønsket å få Snake til å presse Gene til å skyte ut en atomrakett mot Sovjetunionen for å sverte CIAs rykte og for å forlenge den kalde krigen. Gene var faktisk klar over denne planen fra starten av, takket være informasjon fra Ocelot. Det Gene egentlig ønsket seg var å skyte ut atomraketten mot USA for å ødelegge «the Philosophers» og etablere sin egen militærstat, «Army's Heaven». Etter at Gene blir slått, gir han Snake alt av midler, utstyr, personell og informasjon han hadde samlet for å opprette Army's Heaven. Etter dette hylles Snake for sine handlnger, og han oppretter FOXHOUND etterpå. Ellers dreper Ocelot CIAs direktør og stjeler dokumenter som inneholder identitetene til «the Philosophers» med intensjon om å drepe dem.