Emser ble presteviet en gang før 1502, og ledsaget kardinal Peraudi som personlig kapellan da kardinalen reiste som pavelig legat rundt i Tyskland og forkynte jubelavlaten og oppfordret til kamp mot tyrkerne. I 1504 holdt Emser humanistiske forelesninger ved universitetet i Erfurt over Reuchlins , og hadde også Luther blant sine studenter. Han ble ansett som en glitrende foreleser i Erfurt og blir betraktet som en av den klassiske humanismes pionerer i Tyskland. Men senere i Leipzig ble hans klassiske forelesninger møtt med mer likegyldighet. Emser slo dermed inn på en nytt spor. Tidlig i 1505 promoverte han i Leipzig til i teologi, senere tok han også lisensiat i jus.