Han var sønn av major Vilhelm Stockfleth til Brahesholm og Krengerup i Fyn (1671–1725) og Maria Dorothea født Charisius (1690–1722). Han ble i 1735 hoffjunker og assessor i Hofretten, 1736 viselandsdommer i Fyn, 1738 virkelig justisråd og fungerende landsdommer sammesteds. I 1744 ble han utnevnt til stiftamtmann i Trondhjems stiftamt og tiltrådte 1745 dette embede. I 1747 ble han assessor i Højesteret, og samme år ble han eier av Søholm i Fyn. I 1750 ble han ridder av Dannebrogordenen. Han døde 25. november samme år i København som siste mann av den rangadelige grenen av slekten Stockfleth som stammet fra biskop Henning Stockfleth. I gravskriften over ham heter det at han hadde en munter sjel i et svakt legeme. Han hadde tydeligvis den kjente dikteren Ambrosius Stub boende på Brahesholm som en slags sekretær i flere år.