Utover senantikken økte imidlertid spenningen mellom paven i Roma og den økumeniske patriark, som endte med det store skisma og at begge patriarkene bannlyste hverandre i 1054. Etter at korsfarerne erobret Konstantinopel i 1204 og innsatte en latinsk patriark av Konstantinopel, levde de økumeniske patriarkene i eksil i Nikea frem til 1261. Etter den osmanske erobringen av Konstantinopel ble patriarken i 1454 gjort til leder ( eller ) for alle ortodokse kristne, dvs. ikke bare de greske, men også bl.a. de bulgarske, georgiske og serbiske. Samtidig kunne de osmanske myndighetene inn- og avsette patriarken.