For en tid var Balduins skjebne uviss, og i mellomtiden hadde hans bror Henrik tatt over regentskapet. Ikke før på midten av juli var det fastlagt med sikkerhet at Balduin var død. Omstendighetene om hans død er ikke nøyaktig kjent. Det synes som at han først ble behandlet godt som et verdifullt gissel, men drept av den bulgarske monarken i et plutselig raseriutbrudd, kanskje som en konsekvens av et opprør i Filippopolis (Plovdiv) som hadde kommet på franskmennenes hender. I henhold til en bulgarsk legende hadde Balduin selv vært årsak til sin skjebne ved et forsøk på å forføre Kaloyans hustru. Historikeren Georgios Akropolites har rapportert at tsaren hadde fått Balduins kranium gjort om til et drikkebeger, noe som også hadde skjedd med keiser Nikeforos I fire hundre år tidligere. Uansett hva som er riktig, tsar Kaloyan skrev til pave Innocens III og fortalte at Balduin døde i fengsel. Et tårn i Tsarevets-festningen i middelalderens bulgarske hovedstad Veliko Tarnovo, er fortsatt kalt for «Balduin tårn»; etter sigende var det dette tårnet hvor han ble holdt fengslet.