Fermi kontaktet Chien-Shiung Wi, som fant ut at årsaken til problemet var nøytronforgiftning fra xenon-135, som har en halveringstid på 9,2 timer. Fermi, Woods, Donald J. Hughes og John Archibald Wheeler beregnet deretter at xenon-135 absorberte  flere nøytroner enn uran. Heldigvis hadde DuPont-ingeniøren George Graves avveket fra metallaboratoriets opprinnelige tegning, hvor reaktoren hadde  rør i en sirkel, og tilføyd ytterligere 504 rør for å fylle ut hjørnene. Vitenskapsfolkene hadde opprinnelig betraktet disse ekstra rørene som bortkastet tid og penger, men Fermi innså at ved å fylle alle  rørene med uran, ville reaktoren komme opp på den nødvendige effekten og produsere plutonium effektivt. D-reaktoren ble startet opp 17. desember og F-reaktoren 25. februar 1945.