Hovedpersonen Lyra Belacqua og hennes daimon Pantalaimon reiser til Svalbard for å befri vennen Roger, som er bortført av , en organisasjon som symboliserer alle dogmatiske organisasjoner. Magisteriet utfører ondartede eksperimenter med barna for å lære mer om «støv» (engelsk «dust»), et materiale som de tror er viktig. Handlingen fører dem i kontakt med , hekser og (især Jorek, som blir en nær venn av Lyra).