Omfattende og systematiske drap på jøder begynte blant annet i Litauen dagen etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. I Bukovina og Bessarabia ble jødene massakrert og deretter fordrevet østover etter den rumenske erobringen. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen der drapskommandoene var bemannet av vanlige tyske politifolk, lokalt politi og lokal milits, til dels også av vanlige Wehrmacht-soldater og rumenske styrker. Drapsmetoden var først masseskyting og disse fulgte et relativt fast mønster: Jødene ble samlet sammen og skutt gruppevis i store, klargjorte groper. Det var ofte de dødsdømte selv som måtte grave massegravene og de ble til dels skutt på kanten av graven, dels måtte de selv legge seg ned blant likene. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke var en rask nok eller hemmelig nok metode, og de tok i bruk gassvogner til avliving fra sent i 1941. Skyting var den vanligste metoden på sovjetisk territorium (inkludert Sovjetunionen hadde erobret fra Polen i 1939) også etter at gasskamrene i Generalguvernementet var tatt i bruk. Innen utgangen av 1941 var mellom og jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie». Omkring 1,4 millioner jøder ble drept ved skyting, hovedsakelig på sovjetisk territorium inkludert Baltikum og omkring ble skutt og drept i Polen. I mange tilfeller drepte tyske styrker som ikke var satt opp til formålet jøder uten de ble irettesatt eller straffet for irregulær atferd.