I 1792 drepte et pestutbrudd store deler av befolkningen og mange flyttet vekk for å unngå å bli syke. For en tid ble byen fullstendig forlatt, men i slutten av 1700-tallet hadde øye ny fremgang og dens skip drev handel med fjerntliggende land som Frankrike, Spania og også Nord- og Sør-Amerika. Napoléon Bonaparte overrakte øya et stort kandelaber i sølv til katedralen som en gest av takknemlighet for Hydras rolle i å bryte den britiske blokaden og frakte mat til Frankrike og Europa.