Yngen er en oligotrof klarvannsjø med 8-9 meter siktdyp. Den kalkholdige berggrunnen gir stabilt høy pH og stor bufferkapasitet mot forsuring. Kalkinnholdet gir også en verdifull flora på de mange øyene. Her finnes en rekke orkidéer som bredflangre, rødflangre og brudespore. Videre finnes trefingersildre, skåresildre, blåveis, skogvikke, skogflatbelg, svartburkne, trollbær og tysbast. Ved Skavnäset i den nordlige delen finnes .