Men mens Aristagoras forberedte seg for felttoget, klarte han å fornærme Megabates, og admiralen informerte innbyggerne på Naxos i det skjulte om den kommende invasjonen. Resultatet var at da flåten ankom, ble den møtt av uventede forberedelser og motstand. Det mislykkede felttoget ble tvunget til å trekke seg tilbake i 499 f.Kr. etter fire måneder.