I 1938 ble han forfluttet til i New York City. Året etter ble han katedralens administrator, og den oppgaven hadde han til han gikk i pensjon i 1969. Under Flannellys ledelse ble det gjennomført en rekke endringer i : Nytt alter, et rosevindu, forbedringer av orgelet, ferdistilling av katedralens fem skulpturdekorerte bronsedører mot Fifth Avenue. I august 1948 feiret han requiemmessen for avdøde Babe Ruth, en viden kjent baseballspiller.