I 1933 flyktet Emmy fra Tyskland. De nazistiske raselovene forbød henne å undervise ved universitetet. Hun slo seg ned i USA og begynte å undervise ved Bryn Mawr College. Hun døde her under mystiske omstendigheter i 1935. Emmy ble aldri gift, og hun hadde ingen slektninger i USA. Hennes yngre bror, Fritz Noether, flyktet fra det tyske Nazi-regimet til Sovjetunionen i 1934. Han ble skutt for anti-sovjetisk propaganda i 1941.