Flagget ble til i 1881 og ble først brukt som flagget til den estiske studentforeningen ved Universitetet i Tartu. Flagget ble første gang brukt 29. september 1881 da vedtok fargene som sine. Etter påtrykk fra tyske studentforeninger ble både og flagget nektet anerkjennelse. Flagget ble deretter overtatt av den estiske universitetsstudentforening og antatt som deres flagg i Otepää 4. juli 1884. Denne datoen anses for det estiske nasjonalflaggets fødselsdag. Flagget ble etterhvert assosiert med estisk nasjonalisme og ble benyttet av estere i selve Estland, men også i Russland og i utvandrermiljøer i USA.