I juni 1982, mens Mirza Nasir Ahmad var i Islamabad, Pakistan, opplevde han et kraftig hjerteinfarkt. Han gikk bort den 9. juni 1982, kl. 12:45 på ettermiddag. Hans legeme ble fraktet til Rabwah hvor han ble gravlagt i Bahishti Maqbara, en gravlund etablert av Ahmadiyya muslimsk trossamfunn. Etter utvelgelsen av Mirza Tahir Ahmad som den fjerde kalifen, Khalifatul Masih IV, ledet Mirza Tahir Ahmad hans begravelsesbønn i Rabwah.