Etter at kristendommen ble tillatt på 300-tallet, gikk katakombene ut av bruk. Nå ble de døde gravlagt på kirkegårder. Etter hvert ble katakombene glemt; det er bare Sankt Sebastians katakomber som alltid har vært tilgjengelige, noe som skyldes at inngangen ligger i kirken San Sebastiano utenfor murene. På 800-tallet angrep sarasenere (muslimene) Roma, og de fleste relikvier ble flyttet; dette bidro til at det ikke lenger var noen grunn til å besøke katakombene.