Etterpå virket han som rådgiver for republikanerne, og ble politisk kommentator i offentligheten. I 2005 gav president Bush ham det uformelle oppdrag å hjelpe den høyesterettsnominerte dommer John Roberts ved sine forberedelser til senatshøringene. Thompson var også tilknyttet American Enterprise Institute, en tankesmie i Washington, DC som beskjeftiger seg med sikkerhets- og utenriksspørsmål.