Fjorden mottar ferskvann fra Vossos nedbørsfelt på 1500 km, ferskvann/brakkvann på overflaten hindrer sirkulasjon av det tyngre saltvannet under slik at fjordbunnen har lag av organiske sedimenter og saltvannet er oksygenfattig. Forurensinger og annet materialet fraktet av elvene har samlet seg opp og gitt dårlig vannkvalitet. Tysso (eller Tysselvi) faller ut i fjorden gjennom Tyssefossen. Det er utført undersøkelser av hvordan reguleringer i Vosso påvirker laksen og vannkvaliteten i fjorden.