Et alternativ til tradisjonell religion ble tilbudt av hellenistisk filosofi. Det mest utbredte av de filosofiske systemene var stoismen som lærte at livet skulle bli levd i henhold til den rasjonelle orden som stoikerne mente styrte universet; mennesker måtte akseptere deres skjebne i henhold til den guddommelige vilje, og ulike handlinger skulle bli utført for deres egen indre verdi. Stoismens hovedrival var epikurismen som lærte at universet var underlagt de tilfeldige bevegelsene til atomer, og at livet burde bli levd for å oppnå psykologisk tilfredsstillelse og fravær av smerte og ubehag. Andre filosofier som kynismen som uttrykte forakt for konvensjoner og sedvane, og materielle besittelser. Platons Akademi og den peripatetiske skole, som studerte verkene til henholdsvis Platon og Aristoteles, blomstret også.