I sitt arbeid i Nord-Norge fattet han tidlig interesse for spedalskhet (lepra). I 1854 ble han landets første overlege for spedalske, og hadde sitt virke ved Reitgjerdet pleiestiftelse for spedalske i Trondhjem. Høegh var den første i landet som kunne påvise gjennom epidemiologiske observasjoner at spedalskhet var smittsomt. I 1856 ble det første pasientregisteret for spedalskhet opprettet, etter initiativ fra Høegh. Dette var det første nasjonale pasientregisteret i Norge.