Mälaren deles vanligvis inn i delbassenger, og disse er fra vest til øst: Galten, Blacken, Långtarmen, Freden, Västeråsfjärden, Granfjärden, Oknöfjärden, Gripsholmsfjärden, Prästfjärden, Björkfjärden, Ekoln, Gorran & Skarven samt Östra Mälaren.