På nyåret 2003 var regjeringen under press fra USA om å delta militært i Irak, noe regjeringen var imot. 7. februar uttrykte den amerikanske ambassadøren offisiell misnøye overfor utenriksminister Petersen grunnet manglende norsk støtte. Regjeringen bestemte 10. februar 2003 å deployere en spesialstyrke til OEF i Afghanistan for andre gang, og hovedårsaken var å hindre ledig kapasitet til andre operasjoner slik at Norge unngikk en vanskelig situasjon dersom USA fortsatte å be om norsk militær deltakelse i Irak. Spesialstyrkebidraget skulle vare tre måneder. Det var spesielt kostbart å opprettholde det norske kampflybidraget i Afghanistan, noe som bidro til at dette ble avsluttet våren 2003. Norge videreførte sin støtte ved at Norge overtok ledelsen av en regulær Battle Group i Kabul, og 21. mai 2003 besluttet i tillegg regjeringen å avløse FSK med MJK slik at det forble norske spesialstyrker i Afghanistan ut september 2003. Samlet sett ville dette synliggjøre Norge i alliansen, selv om F-16-flyene returnerte til Norge.