Til slutt drar hele gruppen til krateret hvor de slåss mot Sephiroth. De vinner og Holy utløses. På grunn av meteorens nærhet til planeten klarer ikke Holy å stoppe den alene. Midgar var meteorens mål og den blir derfor nesten helt knust. Livsstrømmen, som sendes av Aeris' ånd, kommer ut av planeten og hjelper Holy med å ødelegge meteoren. Spillet slutter med en epilog som viser ruinene av Midgar 500 år senere. Landskapet som var øde på grunn av Shinra er nå fullt av dyr og planter.