Michaelsen bodde på Schæffergården til 1940. Han ville skjenke Schæffergården til staten med henblikk på å opprette et "institut til udforskning af sygdommes årsager". Staten tok imot gaven, men opprettet ikke instituttet. Ernst Michaelsen døde i 1943, 70 år gammel. I 1945 ble den tomme Schæffergården fredet.