Bovim valgte å trekke seg som rektor høsten 2019, to år før åremålsperioden var omme, etter å ha informert NTNUs styre om at han innledet et forhold til en av sine kolleger. Begge satt i NTNUs ledergruppe, og et eksternt advokatfirma ble innleid for å vurdere eventuelle habilitetsproblemer. Bovim ba imidlertid styret om å få slutte som rektor allerede før konklusjonen fra firmaet forelå.