Otto III ble født i juni eller juli 980 et sted mellom Aachen og Nijmegen (i dagens Nordrhein-Westfalen) som eneste sønn av keiser Otto II av Det tysk-romerske rike og hans kone Theophania, Otto III var den yngste av parets fire barn. Umiddelbart før Otto IIIs fødsel, hadde hans far gjennomført militære aksjoner mot kong Lothar IV av Frankrike.