En økologisk akvakulturproduksjon skal komme fra dyr som er blitt oppdrettet på økologiske driftsenheter helt fra fødsel/klekking. Det er her for eksempel krav for at lusebekjempelse blant laks skal bekjempes fortrinns vis med leppefisk, ferskvann, saltvann eller natriumkloridløsninger for å skåne laksen. Det er også regler for fisketetthet i merdene. For konvensjonell oppdrettslaks ligger grensen på 25 kg fisk per kubikk, mens for økologisk laks er grensen redusert til 10 kg per kubikk. Dette fører både til mindre miljøbelastning rundt anlegget, og kan være med på å forårsake både stress og atferd som finnebiting eller andre skader. Laksen har også større mulighet for å danne stim i merden.