Byen ble bygd som en festning etter ordre fra Ivan IV i 1574. Den var til å begynne med oppkalt etter høyden den lå på; . Lokale innbyggere begynte imidlertid å kalle byen , som betyr «liten» på tyrkiske språk, og navnet ble hengende ved byen. I 1802 ble Ufa hovedbyen i Basjkiria.