Bougainville ble først bosatt for år siden. Mennesker som brukte austronesiske språk ankom øya for 3- år siden og hadde med seg tamme griser, hunder og kyllinger og steinredskaper av obsidian. Den første europeeren som har dokumentert å ha besøkt øya, var spanjolen Álvaro de Mendaña i 1568. Franskmannen Louis Antoine de Bougainville oppdaget øya i 1768, og kalte den opp etter seg selv.