I april 1940 ble Danmark angrepet av Tyskland. Hilbert ivaretok danske sivile myndigheters interesser så lenge Færøyene var avskåret fra resten av Danmark. Færøyene lot seg besette av Storbritannia, som på sin side unngikk å blande seg inn i forholdet mellom Færøyene og Danmark. Amtmann Hilbert og Landsnevndin ledet den sivile administrasjonen, men hadde en høylytt selvstyreopposisjon i Lagtinget. Hilbert måtte samtidig forholde seg lojal til den danske regjeringen, som var bundet av «samarbeidspolitikken». Hilbert gikk av som amtmann etter frigjøringen.