Drottseten Krister Nilsson (Vasa) arbeidet imidlertid for at unionen skulle opprettsholdes og at kong Erik skulle tilbakekalles. Etter at misnøyen hadde utviklet seg til et åpent opprør, lyktes det for Karl Knutsson å fange og ydmyke sine motstandere. Da hertug Kristoffer av Bayern ble valgt til konge av Danmark, skjønte Karl Knutsson at han ikke lenger kunne stå imot unionspartiet. Som vilkår for å anerkjenne Kristoffer som konge i 1440 krevde han å få hele Finland og Öland, foruten Svartsjö len. Karl Knutsson kom riktignok aldri til å få fullt herredømme over alle disse store områdene. Krister Nilsson ville ikke avstå Viborg, og i 1441 tok kongen fra ham Åbo slott. Han tapte etterhvert den gunst han i begynnelsen hadde vunnet hos kongen, som hadde utnevnt ham til drottsete. Fra 1441 og i resten av Kristoffers regjeringstid oppholdt han seg nesten utelukkende i Finland. Kun en gang var han i Sverige da han i 1446 deltok i Gotlandstoget og på Svartsjö feiret sin datter Kristinas bryllup med Erik Eriksson (Gyllenstierna).