Fra midten av 100-tallet e.Kr. begynte kristendommen å slå rot i Egypt hvor den ble sett på som enda en religiøs kult som kunne bli akseptert. Imidlertid var kristendommen en kompromissløs religion som søkte å konvertere folk fra både den gamle egyptiske religionen og den gresk-romerske religionen, og truet således Egypts gamle tradisjoner. Det førte til forfølgelse av konvertitter og kulminerte i den store utrenskingen til keiser Diokletian som begynte i 303, men endte med kristendommen vant. I 391 innførte den kristne keiser Theodosius lovgivning som forbød ikke-kristne ritualer og stengte de gamle templene. Alexandria ble åsted for store opptøyer og forfølgelser av ulike ikke-kristne og hedninger. Både offentlige som private religiøse billeder ble ødelagt. Som en konsekvens gikk Egypts innfødte og opprinnelige religiøse kultur inn en nedgang. Mens den innfødte befolkningen fortsatte snakke egyptisk, gikk kunnskapen i å lese egyptiske hieroglyfer gradvis tilbake etter hvert som det ble stadig færre prester og prestinner. Templene ble tidvis konvertert til kirker, ødelagt eller forlatt i ørkenen.