Elven Awash flyter inn i saltsjøen, som er uten utløp. Abbésjøen ligger i sentrum av Afartriangelet (Afardepresjonen), hvor tre jordplater møtes (Afar trippelpunkt). Fra midten av trianglet blir de tre platene skjøvet fra hverandre med ulike hastigheter. På den nordvestlige bredden ligger fjellet (1 069 moh.), en sovende vulkan. Langs de sørvestlige og sørlige breddene strekker store saltleier seg, 10 kilometer brede. Foruten vann fra elva Awash forsynes innsjøen av to sesongvariende wadier, Oleldere og Abuna Merekes, som krysser saltfeltene og flyter inn i sjøen fra vest og sør.