Den største elven er Pregolja (russisk: Преголя, tysk: Pregel, litauisk: Prieglius). Den starter ved elveosene av elvene Instrutsj og Angrapa og renner gjennom Kaliningrad og inn i Østersjøen gjennom Wisłalagunen. Under navnet Pregolja er den 123 km, og regnet sammen med Angrapa er den 292 km.