Noth ble født i Dresden i det daværende Kongeriket Sachsen. Han studerte ved universitetene i Erlangen, Rostock, og Leipzig, og underviste selv ved Greifswald og Königsberg. Fra 1939-1941 og 1945-1945 var Noth soldat i løpet av den andre verdenskrig. Etter krigen kunne han igjen bli lærer ved Bonn, Göttingen, Tübingen, Hamburg, og Universitetet i Basel. Han døde i løpet av en forskningsekspedisjon i Negevørkenen i Israel.