Blant hans første handlinger som keiser var avsettelsen av den ortodokse patriarken Kyros i Konstantinopel, til fordel for Johannes (Ioanes) VI, et medlem av hans egen sekt. Han innkalte også til et «» av de østromerske biskopene for å avskaffe kanoniseringene fra det sjette økumeniske konsil i Konstantinopel. Som svar nektet den romerske kirken å anerkjenne den nye keiseren og hans patriark. I mellomtiden hadde khan Tervel av Bulgaria plyndret Konstantinopel i 712. Da Filippikus overførte militære styrker fra Opsikion theme til Balkan, rykket umajjadene under ledelse av al-Walid I inn i det militært svekkede Lilleasia.