Perserne var alarmert av disse athenske suksessene, sluttet å støtte de allierte og begynte å støtte Sparta. Denne deserteringen tvang de allierte til å søke fred. Antalkidasfreden, vanligvis kjent som kongefreden, ble signert i 387 f.Kr. og gjorde slutt på krigen. Denne avtalen erklærte at Persia skulle kontrollere hele Jonia og at alle andre greske byer skulle være uavhengige. Sparta skulle være vokteren for denne freden med makt til å gjennomføre dens klausuler. Effekten av krigen ble derfor at Persia etablerte sin evne til å blande seg effektivt inn i gresk politikk og sikret Spartas hegemoniske stilling i det greske politiske system.