Pretoria ble grunnlagt i 1855 av boerlederen Marthinus Wessel Pretorius, som oppkalte byen etter sin far Andries Pretorius. Den eldre Pretorius var blitt nasjonalhelt for boerne etter sin seier over zuluene i det berømte slaget ved Blood River. Pretoria ble hovedstad i den Den sørafrikanske republikk (ZAR) kort tid etter.