Antijudaismen i den katolske høy- og seinmiddelalderen fortsatte i protestantismen. Kirkereformatoren Martin Luther (1483–1546) spredte jødehat i prekener og skrifter, ikke minst gjennom («Om jødene og deres løgner») og («Om den unevnelige Gud og kristi slekt») fra 1543. Selv om noen har hevdet at Luther hadde et for sin tid uvanlig åpent syn på jødene som likeverdige samtalepartnere, foreslo han blant annet å brenne jødenes hjem, skoler og synagoger.