På 1960-tallet gikk det en bølge av avkolonisering over Afrika og svært mange av de europeiske koloniene i Afrika ble selvstendige. Dette var også aktuelt for Fransk Somaliland. Samtidig ble området gjort krav på av både Etiopia og det nylig selvstendige (og konstruerte) Somalia. Etter folkeavstemning i 1967 ble forslagene forkastet. Isteden forble området under fransk kontroll, med utvidet indre selvstyre under navnet Afar- og Issa-territoriet. Opposisjonspartiet Ligue populaire africaine pour l'Indépendence (LPAI) presset med støtte fra Somalia på for selvstendighet. Ti år senere, i 1977, ble det igjen holdt folkeavstemning om selvstendighet. Et stort flertall var da for dette, og området ble selvstendig under navnet Djibouti.