Nuon Chea ble født av kinesisk-kambodsjanske foreldre. Nuons far het Lao Liv og drev med handel og dyrket mais. Moren het Dos Peanh og var skredder. Ifølge et intervju med en japansk forsker i 2003 sa Nuon Chea at Liv var kineser, mens Peanh var datter av en kinesisk innvandrer fra Shantou og hans khmer-hustru.