Hennes ekteskap var også konfliktfylt. Det var perioder med ro og ømhet, men Henriks stadige sidesprang opprørte Anne, og hun reagerte med tårer og raseri for hver ny elskerinne. Henrik på sin side fant hennes meninger om religion og politikk irriterende, og han så på hennes manglende evne til å gi ham en sønn som forræderi. Hennes andre graviditet endte i en spontanabort sommeren 1534.