Etter at Norge hadde kapitulert ble Baardvik med i motstandsarbeid i Steinkjer og Trøndelag, et arbeid som var forbundet med stor fare da motstandsgruppene ble infiltrert av Rinnanbanden. Han fikk i oppdrag å drive etterretning mot det tyske slagskipet «Tirpitz». Sent i september 1942 sørget han for transport for gruppen fra Kompani Linge, som 4. oktober sprengte kompressoranlegget til Fosdalen gruver i Malm i Nord-Trøndelag.