I 1932 ble han ordinert til pastor. I 1934 giftet han seg med den kanadiske misjonæren Florence Mackenzie, og de fikk tre døtre. Etter utbruddet av andre kinesisk-japanske krig i 1937 ble situasjonen for utlendinger mer og mer anspent. I 1941 anbefalte den britiske regjering sine borgere om å reise fra Kina, men Liddell ble i Kina mens hans kone og barn dro til Canada. Selv ble han internert av japanerne i 1943, og døde i en interneringsleir i Shandong.