Han har stilt seg kritisk til at klimaendringene skal være menneskeskapte. Ved en rekke anledninger har Per-Willy Amundsen blitt kritisert for homofobi og homofobiske utsagn, spesielt rettet mot pride-bevegelsen. Han har offentlig avskrevet antirasistiske tiltak og demonstrasjoner som venstre-ekstremistisk tankegods, samtidig som han har vist sympati mot høyreradikale aktivister.