Få år etter maktovertagelsen var instituttet blitt en sentral premissleverandør for nazistenes rasepolitikk ved å gi den en vitenskapelig legitimasjon i byråkratiet og befolkningen. På internasjonale møter forsvarte instituttets ansatte denne politikken og tvangssteriliseringen som etterhvert ble satt i gang. De var med på å begrunne utformingen av Nürnberglovene og la til rette for de senere massedrapene i Aktion T4. Dette skjedde gjennom skriftlige utredninger samt utdannelse av et stort antall ansatte i sykehus, institusjoner og rettsinstanser som skulle praktisere de nye raselovene. Fischer selv var nå blitt helt på linje med myndighetene og ble medlem av NSDAP i 1940. Frem til sin naturlige avgang i 1942 nøt han stor respekt og beundring både av kollegaer og politiske myndigheter.