Biskop Resen hadde brukt sine krefter på å forsvare den lutherske læren mot angrep fra reformert side. Brochmand brukte sine krefter på å kjempe mot Den romersk-katolske kirken. Da han begynte å forelese i teologi ved universitetet i Kjøbenhavn, startet katolikkene en skjult misjon i Danmark. De hemmelige utsendingene ble avslørt og utvist fra landet, men Brochmand fortsatte sine angrep mot papistiske villfarelser. han ønsket at den akademiske ungdommen skulle opplyses og bli klar over alle kontroverspunkter. Allerede i de første forelesningene, som i det vesentlige var utleggelser av mosebøkene og Det nye testamentet, er det polemiske element sterkt fremtredende og særlig rettet mot katolikker, arminianere og socinianere.