Seip har hovedfag i sosiologi fra Universitetet i Oslo i 1976 med en på en undersøkelse om kvinners psykiske helse Hun ble ansatt i Sosialdepartementet i 1980 hvor hun steg i gradene til byråsjef i 1987, ekspedisjonssjef i sosialavdelingen i 1999 og departementsråd i januar 2001. Fra 2002 til 2003 var hun departementsråd i Arbeids- og administrasjonsdepartementet, som fra 2004 ble omorganisert til Arbeids- og sosialdepartementet. Fra omdøpt 2006 kalt Arbeids- og inkluderingsdepartementet og igjen omdøpt Arbeids- og sosialdepartementet. Seip har tidligere særlig arbeidet med forvaltning av statens rusmiddelpolitikk og i senere år NAV-reformen. Fra 2018 er hun styreleder i Vinmonopolet. Ellen Seip er gift med direktør Osmund Kaldheim i Husbanken. Han var tidligere direktør i Integrerings- og mangfoldsdirektoratet, noe som medførte stillingsomplasseringer på grunn av habilitetssituasjoner.