Han ble etter krigen utnevnt til biskop av Litomĕřice, den 27. september 1947, og bispeviet i Praha den 16. november av den apostoliske nuntius, erkebiskop Xavier Ritter, i november. De tsjekkoslovakiske kommunister begynte en innbitt forfølgelse av Den katolske kirke, og biskop Trochta var blant de mange som fikk føle det.