Under felttoget i Egypt i 1798/99 flørtet hun med en annen offiser på en sterkt kompromitterende måte. Da truet Bonaparte med å skille seg fra henne, men barna hennes ba ham la være, og han tilga henne omsider og betalte attpåtil den enorme gjelden hun hadde stiftet. For å styrke sin egen stilling, oppmuntret Joséphine til ekteskap mellom sin datter Hortense og sin svoger Louis Bonaparte, Napoleons bror (1802). Ekteskapet ble ulykkelig, men Hortense ble dronning av Holland, og paret fikk tre barn. Den yngste, Charles-Louis-Napoléon Bonaparte, ble den senere Napoleon III.