Johannes Bugenhagen ble ved atskillige anledninger kalt til andre steder for å lede det nye kirkevesenets organisasjon. Han er alene eller hovedsakelig forfatter til en lang rekke kirkeordninger: Braunschweig fra 1528, Hamburg fra 1529, Lübeck fra 1531, Pommern fra 1534, Holstein fra 1542, Braunschweig-Wolfenbüttel fra 1543.