I 2005-06 startet Mustafa en prosess med å reformere valgsystemet i PUK, for å gjøre denne prosessen mer demokratisk, blant annet ved å få slutt på nepotismen, det vil si at slekt og venner prioriteres. Han ønsket også å øke muligheten for yngre krefter til å bli politisk aktive i kurdisk politikk. Denne prosessen mislyktes imidlertid, på grunn av stor motstand i andre deler av organisasjonen (bl.a. Jalal Talabani). På grunn av dette trakk han seg fra sin stilling i desember 2006.