Erik Johan Jessen var sønn av geistlig assessor i Rendsburgs Consistorium Benedictus Johannes Jessen-Schardeböll (1670–1712) og hustru Dorothea Elisabeth Eilers (1686–1721) som var prest i Jevenstedt, og studerte først teologi, før han i 1732 dro til Jena for å studere rettsvitenskap.