Frilansjournalisten Kerstin Lundell påstår i sin bok at selskapet har vært delaktig i forbrytelser mot menneskeheten som drap ved skyting, nedbrenning av landsbyer med mer. Folkemordet utført av sudanske regjeringsstyrker resulterte i døde og fordrevne. Massakrene startet i området etter at Lundin Oil hadde inngått økonomisk partnerskap med den sudanske regjeringen om oljeutvinning i området. Den 8. juni 2010 publiserte European Coalition on Oil in Sudan rapporten , som oppfordrer Sverige, Østerrike og Malaysia til å undersøke om selskapene , OMV og Petronas har forbrutt seg mot internasjonal rett i perioden 1997-2003. Dette resulterte igjen i at den svenske påtalemyndigheten startet etterforskning av Lundin Petroleum i 2011. I 2011 ble to svenske journalister dømt for angivelig terrorvirksomhet i Etiopia. Men ifølge media var deres oppdrag i landet å granske et selskap med bånd til Lundin Petroleum. Samtidig kom det kritikk mot Sveriges utenriksminister Carl Bildt for at han hadde gjort for lite for å bistå de to svenskene. Det ble også antydet at hans tidligere koblinger til Lundin Petroleum gjorde det viktig for ham å stå på god fot med myndighetene i Etiopia. Fra norsk side har blant annet SV tatt til orde for at Oljefondet, som har investert i Lundin Petroleum, bør reagere og at Lundin Petroleum inntil videre ikke bør tildeles nye blokker på norsk sokkel. I 2018 bestemte den svenske regjeringen at det skulle tas ut tiltale mot Lundin Energy for folkemordet i Sudan.