Wii U kommer med flere forbedrede nettfunksjoner sammenliknet med tidligere maskiner fra Nintendo. Det gamle friendcode-systemet som var brukt på Wii og 3DS er nå byttet ut med Nintendo Network ID som lar spilleren lage en personlig brukerkonto. Det er mulig å registrere opp til 12 brukere på hver konsoll og hver bruker har egne lagringsfiler og annet innhold som bare denne brukeren har tilgang til. Det er mulig å registrere opp til 100 venner på hver brukerkonto.