Gaborone er senteret for næringslivet i landet. Hovedkontorene til en rekke viktige finansinstitusjoner ligger i byen, deriblant Botswanas bank, Bank Gaborone, BancABC og Botswana Stock Exchange, i tillegg til hovedkontorene til flyselskapet Air Botswana, forbrukerrådet Consumer Watchdog, telekommunikasjonsselskapet og internettleverandøren Botswana Telecommunications Corporation, og gruveselskapet Debswana, et samarbeidsforetak mellom De Beers og den botswanske regjeringa. Samarbeidsorganisasjonen for det sørlige Afrika har sine hovedkontorer i Gaborone. Organisasjonen ble stiftet i 1980 og arbeider for økonomisk samarbeid og utvikling og for å redusere avhengigheten av Sør-Afrika.