Etter den nordiske syvårskrigen ble Huitfeldt sendt til Norge, der han 1570 fikk Brunla len til 1574. I april 1572 ble han dessuten forlent med Akershus len og Tromsø len. 10. mai 1572 ble det utstedt en instruks til ham om at han skulle være stattholder over hele Norge. Han ble pålagt å delta som dommer på lagtingene i Oslo, Bergen og Trondheim. Han skulle ta seg av klager på lensherrer og fogder og føre nøye kontroll med fogdene, sørge for at kongens inntekter kom inn i rett tid, undersøke om krongods hadde kommet på urette hender og føre tilsyn med forvaltningen av kirken. Huitfeldt har trolig medvirket til avsettelsen av den norske kansler Johan Venstermand samme høst; etter dette var det bare stattholderen som hadde en koordinerende oppgave i den norske rettsvesenet.