Stolypins familieforbindelser bidro til at han steg temmelig raskt i gradene i det russiske forvantningsapparat. Allerede som 27-åring ledet han lavadelens kammer i Kovno, hovedstaden i den daværende guvernementet Kovno. Etter et ettårig mellomspill som guvernør med sete i den hviterussiske by Grodno ble Stolypin i 1903 guvernør i guvernementet Saratov ved Volga.