Han gikk på Joseph Eastham's High School, Worsley. Han hadde en stor kjærlighet for fjernsyn og en ambisjon om å spille for favorittklubben Manchester United. Men 19 år gammel fant han ut at han var en bedre skuespiller enn fotballspiller. Eccleston gikk videre ved Central School of Speech and Drama. 25 år gammel fikk Eccleston sin debut som skuespiller i en produksjon av ved Bristol Old Vic. Da han ble uten arbeid etter å ha avsluttet utdanningen sin, tok Eccleston flere ulike jobber; i et supermarket, på en byggeplass og som en modell for en kunstner.