Den 22. juni 1998, etter valget i 1998, ble Tošovský på nytt utpekt som landets sentralbanksjef. I mellomtiden hadde Pavel Kysilka vært fungerende sentralbanksjef. Tošovský trakk seg fra stillingen i slutten av november 2000, og har siden 1. desember 2000 vært styreformann i ved Den internasjonale oppgjørsbanken i Basel i Sveits.