Samarbeidsrådets viktigste organ er som består av to personer fra hvert medlemssamfunn. Medlemmer i STL som er paraplyorganisasjoner har inntil tre representanter og én vara hver, hvorav én representant med stemmerett. En særegenhet sammenlignet med tilsvarende organisasjoner i andre land er at majoritetssamfunnet Den norske kirke (v/ Mellomkirkelig råd) deltar i arbeidet på lik linje med minoritetssamfunnene, og en annen særegenhet er at et sekulært livssyn er representert i et slikt organ (gjennom Human-Etisk Forbund).