Den 27. september 2006 ble Krajišnik dømt til 27 års fengsel for forbrytelser mot menneskeheten under krigen i Bosnia 1992–1995. Ifølge domstolen var det klarlagt at Krajišnik anførte en etnisk rensning av Bosnias muslimer og kroater sammen med Karadžić og Ratko Mladić. I den bosnisk-hercegovinske landsdelen av Bosnia-Hercegovina og i Kroatia uttrykte flere likevel skuffelse, idet han ble frikjent fra anklagen om folkemord. I annen rettsinstans ble dommen redusert til 20 år.