Johan var sønn av Albrekt II av Brandenburg og Mathilde von Groitzsch (1185–1225). Han giftet seg med Sophie av Danmark (1217–1247), datter av Valdemar II og Berengária i 1230 og etter hennes død med Jutta av Sachsen (? –1266), datter av Albrecht I av Sachsen og Agnes av Østerrike (1206–1238).