Foreningens øverste organ er en medlemsforsamling (). Medlemsforsamlingen velger et presidium bestående av sju frivillige medlemmer hvorav en leder, en økonomiansvarlig og ytterligere fem medlemmer. Presidiets kjerneoppgaver er å velge en administrativ ledelse eller direksjon (), kontrollere ledelsens arbeid og videreutvikle strategien til Wikimedia Deutschland.