Han tilhørte en NS-familie fra Porsgrunn og var medlem av Nasjonal Samling fra 1933. Det samme var hans bror Thorvald Thronsen, som ble frontkjemper og en periode stabssjef i Hirden, fire andre søsken og begge foreldrene. John Thronsen var i 1936 redaktør av bladet . I oktober 1940 ble han som 28-åring utnevnt til riksøkonomisjef for NS, en rikslederstilling for finanser og forvaltning i partiet og særorganisasjonene. Våren 1943 ble han anklaget for korrupsjon. Flertallet i en undersøkelseskommisjon som var nedsatt av Quisling, kom til at at det ikke forelå tilstrekkelig bevis til å reise tiltale mot ham, men Thronsen måtte likevel forlate sine verv i NS. Under rettsoppgjøret etter krigen påsto Thronsen at korrupsjonssaken var en hevnaksjon fra statspolitisjef Karl Marthinsen og riksadvokat Jørgen Nordvik som Thronsen tidligerer hadde anmeldt for tyveri. Saken kunne også ha hatt politiske årsaker. Thronsen arbeidet nært med Albert Viljam Hagelin, innenriksminister i Quislings regjering, fra 1930-tallet til mars 1943, da Hagelin ble anklaget for korrupsjon. Thronsen var Hagelins stedfortreder som fungerende fylkesfører i Stor-Oslo fylkesorganisasjon av NS fra våren 1941 til våren 1943. John Thronsens fall var også en viktig grunn til at broren Thorvald Thronsen måtte forlate Hirden.