Francisco Guerrero var korgutt i katedralen i Sevilla og fikk den første musikkutdanningen av sin eldre bror Pedro (født 1520), av katedralens kapellmester Pedro Fernández de Castilleja og dels av Cristóbal de Morales. Bare 17 år gammel ble Guerrero i 1546 utnevnt til i katedralen av Jaén.