Ved bioinformatisk analyse av databaser som beskrevet over sammenfattes gjerne resultatene av en stor mengde biologiske eksperimenter, og bioinformatikkens bidrag kan betraktes som en prosess i etterkant av det eksperimentelle bidraget. I motsatt fall kan for eksempel bioinformatiske verktøy bistå biologer i utforming av eksperimenter, og det bioinformatiske bidraget kan da sees som å komme i forkant av det eksperimentelle. Bioinformatikk har imidlertid også en mer integrert plass i mange typer biologiske eksperimenter, som et uunnværlig verktøy for å gjøre eksperimentene informative. Typisk kan avansert informatikk, statistikk og matematikk være nødvendig for å analysere resultat produsert av et instrument. Dette er for eksempel tilfelle i analyser av mikromatriser, proteinidentifisering ved hjelp av massespektrometri og DNA-sekvensering. DNA-sekvensering er bestemmelse av en DNA sekvens, altså en rekkefølge av nukleotider i en DNA-molekyl eller i et helt genom. På grunn av tekniske restriksjoner er det ikke mulig å bare lese hele sekvensen, som kan inneholder mer en ti milliarder basepar (bp). Flere små biter (mindre enn 1000 bp) av sekvenser er først sekvensert og må så settes sammen. Her brukes noen av de samme teknikker som i sekvenssammenstilling. I dag er det to metoder som er brukt i de flerste sekvenserprosjekter: Sanger-sekvensering og den nyere pyrosekvenseringen.