I juni 2020 rapporterte Romerikes Blad at hun var siktet for grov korrupsjon basert på et anonymt varsel i september 2019. Saken ble sagt å være knyttet til et utbyggingsprosjekt. I desember 2020 ble Thorkildsen tiltalt for grov korrupsjon av påtalemyndigheten i Norge. Hun ble suspendert som ordfører frem til straffesaken er avgjort. Økokrim påsto 1½ år fengsel. I oktober 2021 ble hun frikjent i Romerike og Glåmdal tingrett, men Økokrim anket dommen. I juli 2022 ble hun også frifunnet av lagmannsretten.