Landets lengste elver er Sava som løper 562 kilometer gjennom Kroatia (total lengde er 947 kilometer), Drava på 505 (med en total lengde på 707 kilometer), Mura 438 kilometer, Kupa 296 kilometer og Donau (kroatisk ) som løper 188 kilometer gjennom Kroatia (elvens totale lengde er km) Una er grenseelv mellom Bosnia-Hercegovina og Kroatia.