Konsulens sommerbolig Birkelunden på Frei utenfor Kristiansund hadde til daglig også gått under navnet «Lunden». Marie Knudtzon finansierte kjøpet ved salg av sitt barndomshjem Ulleberg gods i Larvik samt salg av arvegods etter at morfarens enke Caroline Knudtzon var død i 1935. Da dominikanerordenene i 1939 søkte myndighetene om tillatelse til å opprette nonnekloster på eiendommen, motsatte daværende biskop i Den norske kirke Eivind Berggrav seg dette. Han mente det ville være splittende og fremmed med et kloster befolket av utenlandske nonner tilhørende en annen konfesjon enn den lutherske, og fremholdt også at klosteret ville være underlagt en fremmed makt, nemlig paven i Roma. Etableringen av klosteret ble deretter også forsinket av krigen. I 1951 ble klosteret formelt grunnlagt, men først i 1959 ble endelig klosteret etablert og i 1963 ble de siste gårdsbygningene revet for å gi plass til Lunden klosterkirke.