Neo-Confucianism er klassisk kategoriseres i to forskjellige skoler tanke. Den mest dominerende av disse skolene var Cheng-Zhu skole, basert på ideene til Cheng Yi, Cheng Hao og Zhu Xi. Jo mindre dominerende, opposisjonelle skolen var Lu-Wang skole, basert på tanker Wang Yangming og Lu Jiuyuan.