I 1759 ble han sogneprest ved Sankt Hans kirke i Odense og i 1763 forflyttet til Sankt Knuds kirke i samme by. Allerede halvannet år etter, i 1764, kom han til København som Holmens prost og da biskop Bildsøe døde i 1777 ble Jørgen Hee hans etterfølger som biskop i Århus.