Etter delingen av India sluttet Gilgit Scouts seg til den pakistanske hærens styrker i deres angrep mot styrkene til den tidligere vasallstaten Kashmir og Jammu under den første Kashmirkrigen. Ifølge den britiske majoren William Brow, en gang kommanderende offiser, la Gilgit Scouts en hemmelig plan for å etablere «Republikken Gilgit-Astor(e)» etter at de hadde beseiret de væpnede styrkene til maharajaen av Kashmir den 1. november 1947, men 2. november ble likevel det pakistanske flagget heiset i Gilgit. Etter at krigen var over, drev Gilgit Scouts sin aktivitet som en paramilitær styrke i Gilgit-Baltistan frem til 1975, da styrken ble slått sammen med regimentet Northern Light Infantry.