Osama bin Laden bodde i Khartoum fra 1991 til 1996 da han ble utvist. Etter flere amerikanske ambassader i Øst-Afrika ble bombet i 1998 mente USA at al-Qaida-grupper med base i Sudan sto bak og 20. august ødela amerikanerne en farmasøytisk bedrift i Nord-Khartoum gjennom et rakett-angrep. Amerikanerne mente bedriften var delvis eid av Bin Laden og at man lagde produkter som kunne benyttes i kjemiske våpen.