Thor Heyerdahl var leder for utgravningene i Tucume 1988–1994, i et samarbeid mellom Kon-Tiki Museet og Instituto Nacional de Cultura Peru. Utgravningene begynte 28. august 1988 og innbefattet en rekke internasjonale arkeologer, tolv peruanske arkeologstudenter samt mellom 50 og 100 landsbyfolk. Man gjorde blant annet funn av krukker, menneskeknokler, førkoloniale kunstgjenstander, tempelstrukturer, åreblad, barnegraver, 23 skjeletter av veversker, sølvgjenstander, mumier med mer. Flere av funnene, ikke minst tempelfresker og motiver på kunstgjenstander, bekrefter at før-inkakulturene i denne delen av Peru var sterkt sjøorienterte. I samband med utgravningene kjøpte Heyerdahl en tomt på 80 mål i utkanten av landsbyen. Villaen bar navnet Casa Kon-Tiki.