I 1207 kom øya, som de fleste i Kykladene, under styret til Ghizzi-dynastiet. Deres siste hersker, Georgios Ghizzi, overga øya 100 år senere til republikken Venezia. I 1537 ble Mykonos, som mange andre av øyene i Kykladene, erobret av Det osmanske rike. Den muslimske okkupasjonen varte fram til den greske uavhengighetskrigen begynte i 1824. Mykonos var sterkt deltagende til den endelige frigjøringen i 1830. Siden 1950-tallet har turisme dominert øyas økonomi.