Skrzynecki vendte tilbake til Warszawa og begynte forhandlinger med Russland, Preussen og Østerrike, men hæren og den folkelige opinionen var imot ham, og han ble fritatt fra stillingen av Henryk Dembiński, som han fortsatte å tjene under. Etter Warszawas fall sluttet han seg til general Samuel Różyckis tropper og reddet seg til territoriet til bystaten Kraków.