Han hadde nå en større vitenskapelig innflytelse, og han bidro til at mange viktige funn ble gjort ved undersøkelser i Nildalen. Blant de mest bemerkelsesverdige kan nevnes den store samling kongelige mumier fra det 18. dynasti som ble funnet i Dayr al-Bahri. I 1887 flyttet Maspero til Frankrike og gjenopptok sin universitetstjeneste, men dro i 1899 atter til Egypten som .