Hansaforbundet, under Lübecks ledelse, utkjempet flere kriger mot Danmark med varierende grav av suksess. Mens Lübeck og Hansaforbundet vant i 1435 og 1512, tapte Lübeck da den ble involvert i Grevefeiden, en borgerkrig som herjet Danmark fra 1534 til 1536. Lübeck ble også del av Det schmalkaldiske forbund. Etter tapet i grevefeiden begynte Lübeck makts nedgang. Lübeck forble nøytal i tredveårskrigen, men med krigens ødeleggelser og den nye transatlantiske orienteringen av europeisk handel mistet Hansaforbundet, og dermed Lübeck, sin betydning. Etter -oppløsingen av Hansaforbundet i 1669 forble Lübeck en viktig handelsby i Østersjøen.