Stiftelsen hadde i nyere tid likviditetsproblemer knyttet til driften og var derfor knyttet tett opp mot Trondheim kommune og underlagt kommunens boligstiftelse for trygdeboliger. Tildeling av stiftelsens 27 leiligheter ved St. Jørgens hus ble derfor foretatt etter samme kriterier som de kommunale omsorgsboligene. Stiftelsen hadde mot slutten ingen ansatte og styret ble oppnevnt av formannskapet, mens Trondheim kommune stod for driften av bygningsmassen. St. Jørgens stiftelse ble likvidert 25. juli 2009.