Presidenten er folkevalgt, og holder til i den gamle hovedstaden Cetinje. Han er ansvarlig for hærstyrkene og deler av utenrikspolitikken, og utnevner forsvarets toppledelse. Fra 1990 til 1998 var den Milošević-vennlige SNP-lederen Momir Bulatović president, men i valg i 1998 tapte han mot Milo Đukanović fra partiet DPS. To valg etter 2000 ble underkjent fordi mindre enn halvparten av velgerne deltok, men presidentvalgene 11. mai 2003 og 8. april 2008 var gyldige, og begge ga seier til den sittende presidenten, Filip Vujanović fra DPS.