Laflaquière er utdannet ved École spéciale militaire de Saint-Cyr. Han har arbeidet i sentral- og departementsforvaltningen i europeisk Frankrike og i oversjøiske områder som Mayotte og Guadeloupe. I 2006 ble han prefekt for departementet Fransk Guyana og i 2009 for departementet Manche. Etter å ha vært høykommissær i Fransk Polynesia i et snaut år, ble det kjent at hans periode utløp 19. august 2013.