Comebacket hans kom så sent som i november 2002 neste sesong, etter 8 måneder på sidelinjen. Det startet tungt, men etter hvert kom Pirès tilbake i form. 14 mål på 20 starter i serien, pluss et hat-trick i 6-1-seieren over Southampton i slutten av sesongen, i en kamp der Jermanine Pennant, også midtbanespiller, scoret de andre tre. I februar ble han også kåret til månedens spiller, og han ble matchvinner i FA-cup-finalen, også mot Southampton, den 17. mai 2003. Dette ble den eneste triumfen for Arsenal med betydning denne sesongen, etter at de tapte seriegullet med en dårlig sluttspurt.