Runavík er den yngste bebyggelsen ved Skálafjørður, og ble grunnlagt av nybyggeren Hans Tausen i 1916, men fikk ikke navnet Runavík før i 1938. I 1967 ble Runavíkar kommuna utskilt fra Nes kommuna. I 2005 ble Elduvíkar kommuna, Oyndarfjarðar kommuna og Skála kommuna innlemmet i kommunen, og senere også Funnings kommuna i 2009.