Mellom 2002 og 2004 var Hamilton nestleder i undersøkelseskommisjonen for terrorangrepene 11. september 2001 og var derfor medansvarlig for dens 9/11-kommisjonsrapport fra 2004. For dette ble han tildelt Four Freedoms Award i 2005. Han fungerte senere som medformann for Baker Commission, som ble opprettet av kongressen i 2006 for å gi en uavhengig vurdering av situasjonen i Irak og anbefalinger for fremtidige retningslinjer og handlinger.