Historisk har oversvømmelser vært et stort problem for St. Petersburg, som er oppført rundt Nevas estuar. Noen oversvømmelser har vært forårsaket av økt vannføring fra Neva i forbindelse med snøsmelting, men de fleste har kommet fra stormfloer fra Nevabukta. En oversvømmelse er i St. Petersburg definert som en situasjon der vannet stiger 160 cm over en definert referansedatum for vannivået i Østersjøen som svarer omtrent til det gjennomsnittlige havnivået ved Kronsjtadt. 295 slike oversvømmelser har blitt registrert siden byen ble grunnlagt i 1703 og frem til 2002. De største var i 1824 (421 cm), 1924 (380 cm), 1777 (321 cm), 1955 (293 cm) og 1975 (281 cm).