José Custódio de Faria far, Caetano Vitorino de Faria, var en geistlig og senere revolusjonær med brodd mot kontinentalportugisernes lederskap i portugisisk India. Moren var Rosa Maria de Sousa; hun ble nonne senere i livet. På farssiden skal familien han nedstammet fra brahmanen Antü Shenoi, og det skal også ha vært noe afrikansk blod i Josés årer.