Agrippa ble igjen tilkalt for å ta kommandoen over flåten da krigen med Antonius og Kleopatra brøt ut. Han erobret den strategisk viktige byen Methone på den sørvestlige delen av Peloponnes, seilte deretter nordover, herjet den greske kysten og erobret hva romerne kalte Corcyra (dagens Karfu). Octavianus brakte deretter sine styrker til Corcyra og omgjorde øya til sine marinebase. Antonius trakk opp sine skip og tropper ved Actium på den greske vestkysten i Akarnania hvor Octavianus møtte ham. Agrippa beseiret i mellomtiden Antonius’ allierte Quintus Nasidius i sjøslag ved Patræ (dagens Patras). Dio Cassius har fortalt at da Agrippa forflyttet seg for å slå sine styrker sammen med Octavianus i nærheten av Actium, møtte han Gaius Sosius, en av Antonius’ hærførere, som var i ferd med overraskelseangrep på skvadronen til Lucius Tarius, en tilhenger av Octavianus. Agrippas uventede ankomst endret utgangen på dette slaget.