Makrygiannis pådro seg flere alvorlige sykdommer og skader mens han satt i fengsel, og etter løslatelsen led han blant annet av hallusinasjoner og vedvarende migrene. Hans tilstand ble ikke bedre etter dødsfallet til en av hans yngre sønner som hadde blitt smittet med koleraepidemien som rammet Athen hard i andre halvdel av 1800-tallet.