Selv om de mange italienske biskoper som hadde ledsaget Johannes XXIII støttet dennes legitimitet, ble han selv mer og mer skeptisk til konsilet. Delvis som følge av et heftig og anonymt karakterangrep på ham fra en italiensk kilde, lovet han den 2. mars 1415 å abdisere. Han måtte også sverge på ikke å forlate Konstanz. Men for å kunne beholde sin pavelige makt flyktet han i stedet i hemmelighet fra byen natten 20./21. mars, forkledt som stallknekt, og tok tilflukt i Schaffhausen, et område understilt hans venn Fredrik, fyrste av Østerrike-Tirol. Senere dro han videre til Freiburg. Hertug Fredrik støttet Johannes fordi han skyldte ham noe: Paven hadde hjulpet den alltid pengelende hertug ved i oktober 1414 utnevne ham til den romerske kirkes øverste feltkaptein, med en årsgasje på 6000 gullgylden. Kong Sigismund ble opprørt over pavens flukt. Uten en pave var konsilet ikke lenger beslutningsdyktig.