I 1622 tapte den protestantiske Fredrik V av Pfalz Heidelberg til Johann Tserclaes Tilly som representerte Den katolske liga, og Maximilian I av Bayern. Som en følge av dette overførte Maximilian det pfalziske biblioteket til paven. Allatius fikk i oppdrag å ta seg av transporten av bøkene og håndskriftene, en karavane på 200 muldyr over Alpene til Roma, der biblioteket ble inkorporert i Vatikanbiblioteket. Storparten av dette bibliotek inngår fortsatt i Vatikanets boksamlinger. Allatius beholdt selv tolv av kistene med verdifulle bøker for seg selv.