Juan Borgia ble født i Roma som sønn av kardinalen Rodrigo Borgia som senere ble valgte til pave med navnet Alexander VI. Juan Borgias mor var Vanozza Cattanei av Huset Candia da hun fortsatt var gift med Domenico da Rignano. Kardinalen hadde etterhvert også tre andre uekte barn; Cesare, Lucrezia og Gioffre.