Jon Sudbø er utdannet cand.odont. i 1989 og cand.med. i 1994. Han fikk toppkarakterer, og var den beste i sitt kull på tannlegestudiet. Fra 1993 arbeidet Sudbø med sitt doktorgradsprosjekt, som ble finansiert av Kreftforeningen, og ble tilknyttet Radiumhospitalet. Han tok den medisinske doktorgrad i 2001. Graden ble senere frakjent.