Øyene i Egeerhavet kan deles inn i sju grupper: Trakiahavgruppen, den østegeiske gruppen, de nordre Sporadene, Kykladene, De saroniske øyer, Dodekanesene og Kreta. Ordet «arkipel» ble opprinnelig brukt på disse øygruppene. Mange av øyene eller øygruppene i Egeerhavet er forlengelser av fjellkjeder på fastlandet. En fjellkjede danner i forlengelsen Khíos, en annen går over Euboia (nå ) og danner Samos, mens en tredje fjellkjede går gjennom Peloponnes og Kreta til Rhodos og skiller Egeerhavet fra Middelhavet.