Al-Bakr kom inn på det irakiske militære akademiet i 1938 etter å ha tilbrakt nesten seks år som lærer på en irakisk primær-skole. I løpet av hans tidlige militære karriere, tok han blant annet del i Rashid Ali-opprøret i 1941. Som følge av dette ble han kort tid senere arrestert, fengslet og pliktig pensjonert fra den irakiske hæren, men han ble gjeninnsatt i 1957.