Da Beatrice d'Este fant ut om forholdet deres var Ludovico forlegen til å be Cecilia forlate Porta Giovia, hertugdømmets sete. Hun ble først plassert i palasset Castello dal Verme og fikk deretter gitt et palass i Carmagnola i 1492 da hun giftet seg med greve Ludovico Carminati de' Brambilla, kjent som «Il Bergamino». Hun fødte sin ektemann fire barn. Etter at både hennes ektefelle og sønn (1514–1515), trakk hun seg tilbake til San Giovanni i Croce, et slott i nærheten av Cremona.