Gjennom sine studier av blomstrende planter, bregner og moser regnes han som en av de betydeligste systematiske botanikere i sin tid. Hooker foretok sine første feltstudier på Island sommeren 1809. I 1814 foretok han senere botaniske reiser til Frankrike, Sveits og Italia. Han ble i 1820 professor ved Universitetet i Glasgow. I 1841 ble han direktør for De kongelige botaniske hager i Kew, som han utvidet kraftig i sin tid. Hooker ble adlet i 1836.