Utbruddet av den nordiske krigen i 1709 førte til forstyrrelser i Hojers studieplan. Av økonomiske årsaker måtte han tenke på å dra hjem. Dog fikk han mulighet til et opphold ved Universitetet i Wittenberg. Fra hjemmet gjorde han forskjellige reiser, alltid med et åpent øye for det politiske og sosiale livets forskjellige forhold og både hjemme og ute sysselsatte han seg med studier av forskjellig slag. I 1713 kom han til København, som han forøvrig sannsynligvis hadde besøkt også tidligere, og i juni 1714 ble han immatrikulert ved Københavns Universitet. Nesten tilfeldig ble han av geheimeråd Johan Georg Holstein ansatt som lærer for dennes to yngre sønner, og med dette knyttet han seg til Danmark for resten av livet. Ved flid og dyktighet vant Hojer snart stor aktelse i det holsteinske hus, noe som senere ble av stor betydning for ham som vern mot de heftige angrep som hans noe fremfusende og selvbevisste brudd med vanlige synspunkt utsatte ham for. Hojer var rik på reformatoriske ideer, hadde lyst til å gjøre seg gjeldende og komme seg frem i samfunnet. Et forsøk han i 1717 gjorde på å bli professor i medisin ved Københavns Universitet mislykkes, da kongens livlege, justisråd, dr.med. Johannes de Buchwald, en mann som var gammel nok til å være Hojers far, gikk seirende ut av konkurransen om jobben. Et positivt utfall av konkurransen for Hojer var dog at han fikk tillatelse til å praktisere som lege etter dette, til tross for at han ikke var ferdig med legeutdannelsen. Kort etter reiste han til universitetet i Helmstedt med sine adelige elever. Her stiftet han nære bekjentskaper med flere av tidens vitenskapelige berømtheter, men etter et års tid dro han tilbake til København i håp om å få en ansettelse i statens tjeneste. Det gikk imidlertid ikke så lett, delvis fordi han samtidig kom i to stygge, litterære feider, som nær hadde ødelagt fremtidsutsiktene hans.