Fra da av samarbeidet Boece tett med Elphinstone om å opprette det nye universitetet, og fra 1505 ble regulære forelesninger gitt ved King's College. Universitetets struktur var modellert etter de i Paris og Orléans. Boece ble installert som universitetets første bestyrer eller lektor, og ga forelesninger i medisin og teologi.