I USAs katolske bispekonferanse tjente Anthony Michael Pilla i den administrative komite (1981–1984), finanskomiteen (1983) og (1985). Fra 1981 til 1982 var han representant for biskopene i Region IV (Ohio og Michigan) og i 1986 leder av ad hoc-komiteen for videreføring av det pastorale arbeid i forretningslivet. Etter å ha tjent som kasserer fra 1990 til 1992, fungerte Pilla som visepresident fra 1992 til 1995 og til slutt som president fra 14. november 1995 til november 1998, for USAs biskopskonferanse. I tillegg var Pilla medlem av den pavelige kommisjon for kirkens kulturarv.