Nattjazz avvikler de fleste konsertene innendørs på USF Verftet der flere scener er i bruk, ellers benyttes den åpne plassen foran USF Verftet til større utendørs konserter. Tidligere har deler av de tilstøtende Kjødehallene vært benyttet og festivalen har også fra tid til annen samarbeidsprosjekter med f.eks. Festspillene i Bergen i Grieghallen. Inne på USF Verftet benyttes normalt 4 scener og publikum kjøper adgang til huset, ikke til enkeltkonserter. De 4 scenene som er i bruk varierer i kapasitet fra omtrent 70 til 700 personer. Noen lokaler er satt opp med sitteplasser, andre primært med ståplasser. I tillegg er det tilrettelagt områder hvor publikum kan slappe av og følge med hva som skjer på de ulike scenene vha intern-TV. Det er normalt flere artister på hver scene i løpet av en kveld.