Etter 1740 forsvant Amo sporløst fra Jena, inntil han sju år seinere dukket opp hos Det nederlandske vestindiske kompani med ønske om å returnere til Afrika. Amo forlot Rotterdam 20. desember 1746, og skipet nådde den ghanesiske kysten i januar 1747. Bakgrunnen for Amos ønske om å forlate Europa er sannsynligvis at han ble utsatt for en tiltakende rasisme og sosial isolasjon etterhvert som mentorer og venner døde. Eksempelvis ble han utsatt for en hetskampanje etter å ha fridd til en «frøken Astrine». Kampanjen kulminerte i et rasistisk smededikt av Johann Ernst Philippi, som var retorikkprofessor i Halle.