Da han i moderne tid ble først gjenoppdaget, var det en teori at han var en eldre bror av sin far og styrte før ham. Som et resultat av denne feiltolkningen er det en del tekster på 1800-tallet som regner Ptolemaios Filometor som «Ptolemaios VII» istedenfor «Ptolemaios VI», og likeledes er oppregningen av samtidige senere ptoleemere feilregnet med ett inntil «Ptolemaios XV Cæsarion» framfor «Ptolemaios XV Cæsarion». Ptolemaios Eupators epitet, som har blitt videreført fra antikken, er uendret, og betyr «av en god far».