I sine senere år var Said mest kjent for å være en kritiker både av Israel og de palestinske selvstyremyndighetene med Yasir Arafat i spissen. Fra 1977 var han medlem av Det palestinske nasjonalrådet, men forlot dette i 1991 i protest mot Arafats allianse med Saddam Hussein. Opprinnelig var Said en talsperson for en tostatsløsning, men gikk etter hvert inn for en enstatsløsning fordi han ble stadig mer overbevist om at en tostatsløsning var umulig, både politisk og moralsk. Rettferdighet for palestinerne – både overfor israelerne og sine egne ledere – var hans mest nærliggende politiske kampsak, men den var bare en del av hans store prosjekt, som var en kompromissløs kamp for en global humanisme. Said ble en krass kritiker av Oslo-prosessen, med den konsekvensen at bøkene hans ble forbudt av de palestinske myndighetene. I 2002 var Said med på å danne Nasjonalt Initiativ for Palestina (PNI) som tok avstand både fra al-Fatah/PLOs autoritære styre og ettergivenhet overfor Israel og Hamas' fundamentalisme. Ved valget i 2006 fikk PNI to representanter i det palestinske parlamentet. Han markerte seg som en av palestinernes fremste talsmenn i USA.