Benedikt var i pakt med den katolske kirkes avvisning av nattverdsfellesskap med protestantiske kirkesamfunn før enighet var nådd ikke bare om nattverdteologien men om ekklesiologien. Mellom den katolske kirke og en rekke protestantiske kirkesamfunn skiller også spørsmål som synet på prestedømmets karakter, skilsmisse, sølibatet, tradisjonen som normativ og delvis også homofilt samliv. Valget av Ratzinger som pave ble mottatt med stor glede og entusiasme blant konservative katolikker, mens liberale uttrykte skuffelse over manglende utsikt til endringer på en rekke områder som abort, prevensjon, gjengifte etter skilsmisse, prestenes sølibat, homoseksuelle forbindelser. Kort etter pavevalget ble det av Associated Press lagt merke til at valget av den tyske pave ble mer positivt mottatt i Polen enn i Tyskland.