I kirkerommet på midtskipsmurene er det kalkmalerier fra 1400-årene. Disse ble oppdaget rundt 1930. Av de kalkmaleriene som er funnet, er Kristi himmelfart, Dødens triumf, Pinseunderet og Korsfestelsen. Det sistnevnte er forholdsvis godt bevart, og det er omtrent hundre år yngre enn de andre, fra 1500-årene. Maleriene er i tildels så dårlig stand at det er vanskelig å se nede fra kirkegulvet. Over korbuen henger et krusifiks som trolig ble plassert der av kjøpmenn i Gullskoen rundt 1550. Sideveggene i skipet har arkadebuer og triforium, men klerestorium mangler. I 1634 fikk Mariakirken 15 legemsstore apostelstatuer med friske farger. Statuene er laget av Søffren Oellssen fra Odense og er av de tolv apostlene, samt Paulus, Moses og døperen Johannes. I kirken finnes det et votivskip, epitafium og en rekke malerier. På 1600-1700-tallet ble veggene dekket med malerier for en stor del epitafier (minnetavler) og mange av disse ble fjernet ved restaureringen i 1860-årene. Maleriene fra den tiden har nordtysk eller nederlandsk preg. Blant annet henger det bilde av kirkens første protestantiske prest Johannes Nyehoff (1548-1573). Lambert van Havens maleri av prestefamilien Lammers er et sentralt verk i vestnorsk kunst på 1600-tallet. Elias Figenschous bilder i kirken representerer tidlig barokk i Bergen. Votivskipet antas å være fra 1610. På gulvet er det gravsteiner over tyske kjøpmenn og prester fra 1500-1700-tallet; steinene ble samlet og lagt i koret på 1930-tallet. Ved sørmuren står en korstol fra 1589 og en bibel trykket i Nürnberg i 1692.