Magnussen var i mer enn to tiår sentral i det politiske bildet i Moss. Han var medlem av formannskapet og bystyret fra 1910 til 1933, ordfører fra 1922 til 1925 og varaordfører i 1916–1918 og 1930–1933. Han hadde i denne tiden en lang rekke kommunale verv, som medlem av skolestyret, fattigstyret, kretssykekassen, ferjekomiteen Horten-Moss av 1928, Det nordiske postsekretariat (en perode som formann), Riksretten (1926-1927), Rådmennenes permanente utvalg (fra 1936) og direksjonen ved Våk skolehjem.