Lisa Paus ble født i Rheine og vokste opp i Emsbüren nordvest i Tyskland, rett ved grensen til Nederland. Faren Hermann Paus (1932–2022) var ingeniør og grunnlegger og eier av fabrikken med samme navn, som bygger spesialkjøretøy for gruveindustrien og som med rundt 250 ansatte er hjørnesteinsbedriften i Emsbüren. Etter abitur i 1987 hadde hun et frivillig opphold som assistent ved barnehagen St. Elisabeth i Hamburg. I 1988 startet hun studier i samfunnsøkonomi og politikk ved Freie Uninversität i Berlin, med hovedvekt på offentlige finanser og finansvirksomhet. Hennes hovedfagsoppgave dreide seg om landbrukspolitikk i EU. Hun gikk i 1995 inn i Bündnis 90/Die Grünen.