Resten av motstandsbevegelsen nekter imidlertid å følge Ashdowns ordre, og de venter i stedet på signalet fra John. Marcus kommer seg inn på basen for å deaktivere et forsvarssystem, slik at John også kan infiltrere området og løslate menneskelige fanger. Marcus får vite av Skynet at han ble utnyttet av Skynet for å lokke John til området. Når motstandsbevegelsen setter i gang deres planlagte operasjon, kommer John til å bli drept og Skynet sitt mål vil dermed bli oppnådd. Det hemmelige signalet som motstanden mottok tidligere blir avslørt å egentlig komme fra Skynet, og Skynet planlegger å bruke dette signalet for å spore opp og ødelegge basen til motstandslederne. Marcus river ut maskinvare fra kroppen hans som knytter ham til Skynet, og han forsøker å hjelpe John å kjempe mot den nye T-800 Model-101 ​​Terminator.