Første gangen hazaraere ble nevnt var av Babur tidlig på 1500-tallet, og senere av historikeren Shah Abbas fra safaviddynastiet. Det er kjent at de konverterte til sjiaislam på 1500-tallet og begynnelsen av 1600-tallet, det vil si i løpet av safavid-perioden. Mannlige hazaraere ble rekruttert til hæren av Ahmad Shah Durrain i det 18. århundre. Noen mener at i midten av det 18. århundret ble hazaraere tvunget til å forlate Helmand og Arghandab-distriktet i Kandaharprovinsen. Under den andre perioden av Dost Mohammad Khan i det 19. århundre ble hazaraere fra Hazarajat ilagt høye skatter. Men de fleste klarte å opprettholde sin autonomi fram til undertrykkelsen fra Abdur Rahman Khan som begynte sent i det 19. århundre. Da Gandomak-traktaten ble signert og den Andre anglo-afghanske krig var over i 1880, satte Abdur Rahman Khan seg som mål å ta kontroll over Hazarajat og Kafiristan. Han startet flere svertekampanjer mot hazarafolket i Hazarajat fordi de begikk opprør mot ham, noe som førte til grusomheter. Den sørlige delen av Hazarajat ble spart, da de aksepterte ham som hersker, mens den andre delen av Hazarajat nektet å se på Abdur Rahman som hersker og støttet i stedet hans onkel, Sher Ali Khan. Som et svar på dette startet Abdur Rahman en krig mot stammelederne som nektet å anerkjenne ham som hersker. Abdur Rahman arresterte Syed Jafar, lederen for Sheikh Ali Hazarastammen, og fengslet ham i Mazar-e-Sharif.