Etter uavhengigheten 13. august 1960 ble Dacko midlertidig president i republikken (14. august 1960 – 12. desember 1960), og deretter, med aktiv støtte fra Frankrike mot hans rival Abel Goumba, den første presidenten i Den sentralafrikanske republikk (12. desember 1960 – 31. desember 1965). I 1960 tjente han også som president for konferansen for statsministrene i Ekvatorial-Afrika.