Laget begynte i 1990 som Montpellier-Le-Crès som en sammenslåing av lagene RC Paillade og Entente Cressoise. Montpellier-Le Crès klatret oppover divisjonssystemet til de i 1997 greide å rykke opp til Division 1. Der ble de stadig bedre og mer etablert. I 2001 ble laget lagt inn under Montpelier HSC, og har vært der siden. I 2003/04 sesongen vant Montpelier serien, og de gjentok bedriften i den påfølgende sesongen. I de siste årene har Montpelier konkurrert med FCF Juvisy om hvem som er det nest beste laget etter Olympique lyonnais. I cupen har det gått bedre, der har Montpelier vunnet tre ganger de siste fire årene. Montpellier kom på andreplass i 2008/09-sesongen, og kvalifiserte seg dermed til Mesterligaen i fotball for kvinner 2009/2010, der de slo ut Bayern München i åttedelsfinalen. I kvartfinalen ledet de 2-0 over Umeå med fem minutter igjen, men ble likevel slått ut på bortemålsregelen etter at Umeå scoret de nødvendige to målene. Serien 2009/10 ble også en skuffelse, med fire tap og en fjerdeplass, og laget tapte hele 0-5 for Paris SG i cupfinalen.