Prisen ble ikke utdelt i periodene 1949–1960 og 1970–1980. Fram til 1980 var prisen kjent som . I 1998 ble reglene endret slik at Bokhandlerprisen også kan utdeles til forfattere som har fått prisen tidligere. Etter denne vedtektsendringen har fem menn fått prisen to ganger: Lars Saabye Christensen, Erik Fosnes Hansen, Per Petterson, Jo Nesbø og Roy Jacobsen. Tidligere hadde Kristian Kristiansen fått prisen to ganger i 1960-årene. Fra 2008 startet man med til Bokhandlerprisen hvor de 10 bøkene som får flest bokhandlerstemmer i første runde går videre til siste og avgjørende runde.