Influensa A-virus finnes i motsetning til B og C hos en rekke arter. Influensa A-virus kan videre deles inn i subtyper alt etter hvilke varianter av overflateproteinene Hemagglutinin (H) og Neuraminidase (N) viruset har. Det er idag kjent 16 ulike typer av Hemagglutinin (H1-16) og 9 ulike typer av Neuraminidase (N1-9). Alle disse variantene finnes hos ville fugler, i første rekke vannlevende fugler som ender. Hos mennesker finnes i dag to varianter som kalles H3N2 og H1N1. Varianten H5N1 finnes hovedsakelig hos fugler, men har smittet mennesker i noen hundre tilfeller.