Tilbake i Sovjetunionen underviste Eisenstein på filmskolen VGIK i Moskva. I 1935 begynte han arbeidet med sin første lydfilm, men denne ble aldri ferdigstilt. Senere fikk han i oppdrag å regissere filmen , om den russiske nasjonalhelten Aleksander Nevskij. Filmen fikk en positiv mottakelse både i hjemlandet og utenlands. Hans neste historiske film var om den første russiske tsar, Ivan IV. Filmen kom ut i 1944, og var i utgangspunktet tenkt som den første filmen i en trilogi. Filmen ble godt likt av Stalin og Eisenstein fikk Stalinprisen og laget en oppfølger. Denne ble ikke like godt mottatt og ble først sluppet i 1958, ti år etter Eisensteins død. Materialet til den tredje filmen i trilogien ble konfiskert.