Biber fikk sin musikkutdannelse ved et jesuittkollegium i Troppau i tsjekkiske Schlesien. Her ble han kjent med trompetisten Pavel Josef Vejvanovský som senere ble kapellmester hos erkebiskopen i Kremsier. Antakelig fikk Biber ytterligere undervisning hos Johann Heinrich Schmelzer eller hoffkapellmester Antonio Bertali i Wien, men dette er ikke sikkert. Bibers første komposisjon stammer fra 1663, en for sopran, fiolin, gambe og orgel.