Som trener var Flovik i seks år engasjert i ulike roller hos før han i 2003 avsluttet sin første periode i klubben. Et par år senere begynte Flovik som trener for aldersbestemte landslag hos Norges Fotballforbund. Han sa opp jobben som hovedtrener for Norges G18-landslag i fotball i januar 2014, og ble presentert som ny assistenttrener under Steinar Nilsen i . Da Nilsen høsten 2015 ble sagt opp i klubben overtok Flovik ansvaret for laget, og fikk senere forlenget denne kontrakten.