En prinsesse fra et lite land i Himalaya blir besatt av en venusienerånde og flykter fra et fly rett før det eksploderer. Da detta hender faller en meteoritt ned fra himmelen, og med denne meteroitten kommer det trehodede monsteret King Ghidorah, som er ansvarlig for forstyrrelsene på planeten til ånden. På dette tidspunktet angriper ikke Godzilla og Rodan bare Japan, men også hverandre.