Selskapet ble stiftet 1. juli 2001 med trafikkselskapet Movia som hovedaksjonær. Denne stiftet samtidig selskapet Lokalbanen A/S til å forestå drift og vedlikehold mens HL fungerte som eier av strekninger og tog. 1. januar 2009 ble det foretatt en omorganisering hvor HL ble datterselskap av Lokalbanen. Samtidig ble Østbanen overdratt til det da opprettede selskapet Regionstog A/S.