Mannskapet på den nye amerikanske missilubåten «Archelon» blir truffet av et ukjent virus. Kommandoen må ta stilling til å fjerne ubåten fra tjeneste, og sende hele mannskapet i karantene. Årsaken til sykdommen blir oppdaget å være en lekkasje, på grunn av et av stridshodene. Det ser ikke ut til å finnes noen behandlinger, og mannskapet blir nødt til å befinne seg på ubåten frem til en motgift kan bli oppdaget. Symptomene på viruset ligner spedalskhet, og i likhet med spedalskhet varer sykdommen lenge. Som et resultat må "Archelon" være i karantene i omtrent tre år.