Som forsker jobbet Hønneland i en årrekke med spørsmål knyttet til internasjonal havforvaltning, russisk politikk og norsk-russiske relasjoner. Han var rangert som den mest publiserte forskeren i norsk instituttsektor, og innenfor norsk samfunnsvitenskap generelt, i perioden 2012-2016. Han står bak en lang rekke vitenskapelige publikasjoner, og flere av hans bøker har blitt utgitt i nye utgaver og oversatt, blant annet til kinesisk og russisk. Blant bøkene hans finner vi (Palgrave, 2010), (Bloomsbury, 2016) og (Bloomsbury, 2017).