Han ble også funnet skyldig i å ha medvirket til tilretteleggelsen av den storstilte forfølgelse av jøder og polakker. Hans tanker om jødene var mindre brutale enn hans kollegers, men direkte medmenneskelige var de heller ikke. Da man på et tidspunkt stod overfor spørsmålet om hva man skulle gjøre med «halvjødene», var Schlegelberger i mot at de skulle bli deportert slik som «fulljødene». Han engasjerte seg til fordel for «halvjødene», og foreslo i et brev av 4. april 1942 til riksminister og kansellisjef Hans Heinrich Lammers at «halvjødene» skulle stilles foran valget mellom deportasjon eller sterilisering.