Talene og samtalene som dette evangeliet inneholder ser ut til å være opptatt av temaer knyttet til debatten mellom kirker og synagoger på tidspunktet for tilblivelsen. Det er verdt å legge merke til at i Johannes ser fellesskapet ut til å definere seg først og fremst i motsetning til jødedommen, snarere enn som en del av et bredere kristent fellesskap. Selv om kristendommen startet som en bevegelse innen jødedommen, ble trosretningen gradvis atskilt fra jødedommen på grunn av gjensidig opposisjon mellom de to religionene.