Fra 1929 til 1935 bodde Slánský på skjkult adresse på grunn av kommunistpartiets illegale status. I 1935, da partiet ble tillatt å delta i politikken, ble både han og Gottwald valgt til nasjonalforsamlingen. Deres adgang ble imidlertid stanset da Tsjekkoslovakia blr oppdelt av Münchenavtalen i 1938. Da Tyskland okkuperte Sudetenland i oktober 1938 flyktet Slánský, sammen med en stor del av det tsjekkoslovakiske kommunistpartiets ledere til Sovjetunionen.