På 1700-tallet omtales de forskjellige delene av kirkegården med egne navn og de har forskjellig status. Vestre kirkegård lå mellom Helligåndshuset og den vestre muren. Søndre kirkegård mellom kirken og Strøget. Vinkelen mellom koret og bygningene i sydøstre hjørne av området som tilsynelatende alltid har ligget der, kaltes sprøytehuskirkegården. Østre kirkegård var stripen fra korgavlen, langs Lille Helliggeiststræde (nå Niels Hemmingsensgade) opp til Valkendorfgade. Endelig var nordre kirkegård den gamle urtegården og området nord for og fra 1710 dog omtalt som søndre hhv. nordre afdeling. Østre kirkegård var forbeholdt fattigbegravelser, mens sprøytehuskirkegården og nordre avdeling av urtegården var forbeholdt «honette borgerfolk».