Aquino studerte økonomi ved Ateneo de Manila University, og måtte etterpå sammen med sine foreldre og søstre dra i eksil til Boston i USA. Etter at faren ble myrdet vad ankomst fra sitt eksil på Manila internasjonale lufthavn i august 1983, vendte Noynoy tilbake til Filippinene, men var til å begynne med ikke aktiv på den politiske arena.