I 1942 ble han fengslet for sin rolle i Oppgi India-kampanjen (). Han ble sluppet ut etter 32 måneder. I juli 1946 dannet han Indias første regjering, i en situasjon hvor den All-indiske muslimske ligas opposisjon økte. Ligaens kamp for en egen stat førte til dannelsen av et selvstendig Pakistan i 1947.