Bare tre måneder etter sin prestevielse ble han valgt til biskop av Ortona i 1570, da pave Pius V gjenopprettet dette historiske bispesetet ved Adriaterhavet. Det var hans onkel, Scipio, som bispeviet ham. De fleste av de katolske biskoper som lever i dag kan føre sin apostoliske suksesjon tilbake til kardinal Rebiba, forut for ham blekner rekken tilbake til apostlenes tid.