I årene 1936–1947 var Salazar også utenriksminister. Salazars nøytralitetspolitikk under annen verdenskrig sparte landet fra krigens redsler, men hadde også trekk som slo ut økonomisk gunstig for landet: Han lot de allierte makter leie militærstasjonen på Azorene; først britene (i pakt med den gamle anglo-portugisiske allianse fra 1300-tallet) og senere også amerikanerne. På den annen side solgte og eksporterte han metaller og militært materiell til aksemaktene.