Vadsø ble fra slutten av fra 1930-årene og fram til midten av 1940-årene betjent av en sjøflyrute fløyet av Widerøe og Det Norske Luftfartselskap. Planlegging av en lufthavn startet i midten av 1960-årene, og den sto ferdig i 1974. Den ble opprinnelig brukt både av Widerøe og etterhvert Norving, sistnevnte til Båtsfjord og til luftambulanseflyvninger. Flyplassen ble utvidet i 1984, i forbindelse med at Widerøe skulle begynne å bruke sine nye de Havilland Canada Dash 7-fly. Rutene til og fra Vadsø har siden 1. april 1997 vært konsesjonsruter med støtte fra Samferdselsdepartementet.