De pavelige universitetene følger det europeiske gradssystemet, og tilbyr de akademiske gradene bachelor-, lisensiat- og doktorgrad. De ekklesiologiske gradene kan være en forutsetning for å få visse posisjoner innen den katolske kirke, da særlig biskopene blir rekruttert blant de prestene som har doktorgrad fra et pavelig universitet innen teologi eller kirkerett. Geistlige ved de kirkelige domstolene må minst ha lisensiatgraden inne kirkerett.