Etter at søsknene Scholl ble henrettet i februar 1943 ble Hirzel arrestert. I en ny prosess i Volksgerichtshof ble hun sammen med Kurt Huber, Willi Graf og Alexander Schmorell dømt til døden av Roland Freisler. Dommen ble etterpå omstøtt, fordi det ikke fantes bevis for at hun hadde hatt noen befatning med utdelingen av løpesedler.