Neusners vitenskapeliga virksomhet var svært omfattende. Generelt sett kretser hans forskning rundt rabbinsk jødedom under de misjnaiske og talmudiske epoker. Han var en pioner hva gjelder tillempningen av formkritikk på rabbinske tekster. Meget av Neusners arbeid har gått ut på å dekonstruere den rådende ansats som så rabbinsk jødedom som en enhetlig religiøs bevegelse innen hvilken de forskjellige rabbinske tekstene ble produsert. Neusner betraktet heller hvert rabbinsk dokumentet som ett enkelt vitnemål som utelukkende kan belyse de mer lokale grener av jødedommen der det respektive dokument vokste frem og hos respektive forfattere. Hans (Chicago, 1981) er det klassiske uttrykk av hans arbeid og det første av mange lignende arbeider om andre dokumenter fra den rabbinske kanon.