Elvas kilde er i Cañada de las Fuentes (landsbyen Quesada i fjellene Sierra de Cazorla. Den flyter gjennom Córdoba og Sevilla og ender ved fiskelandsbyen Bonanza i havnebyen Sanlúcar de Barrameda hvor den flyter ut i Cádizbukta i Atlanterhavet. Myrene og marsklandet i lavlandet ved elvens utløp er kjent som Las Marismas og grenser mot nasjonalparken Doñana.