Først etter opprykket til øverste divisjon i 1958 greide Dunfermline Athletic å etablere seg blant de beste. 1960-tallet ble klubbens beste periode. I ligaen ble de nummer 3 (av 18 lag) i 1965 og 1969, men dette ble overgått av cupmesterskapene i 1961 (2-0 mot Celtic) og 1968 (3-1 over Heart of Midlothian).