Etter at han kom tilbake til hjemlandet, var han prefekt og foreleser ved Telšiai-seminaret frem til 2002. I 2006 mottok Darius Trijonis doktorgrad i moralteologi fra det pavelige akademi Alfonsiana i Roma. Fra 2005 til 2007 var Trijonis viserektor og lærer ved Telšiai-seminaret. I 2006 ble han også foreleser i kateketikk ved Universitetet i Klaipėda. Fra 2007 til 2008 var han studieprefekt ved Telšiai-seminaret.