Fra 788 utgjorde Pustertal en gau i Frankerriket. På denne tiden var dalen fremdeles ladinsktalende i vest og slavisktalende i øst. Gauene ble forvaltet av gaugrever, men lite er kjent om hvem disse var før det 11. århundre, da grevene ble stilt av huset Spanheim. I 1091 ble fyrstbiskopen av Brixen innsatt som Pustertals greve av keiser Henrik IV. I løpet av 1200-tallet klarte grevene av Tirol og Görz å overta mesteparten av fyrstbiskopens territorier. Da dette grevskapet ble delt i 1271, falt Pustertal til den görziske linjen og forble ved denne frem til 1500. Dalen omfattet imidlertid en rekke geistlige enklaver som lå under fyrst(erke)biskopene av Brixen (Assling, Bruneck, Val Badia) respektive Freising (Innichen). Disse kom ikke til Tirol før i 1803.