Applikasjonsuavhengighet er noe som skiller Tor-nettverket fra andre anonymitetsnettverk: Tor fungerer på TCP-strømnivået, så alle program som sender trafikk over TCP kan i prinsippet bruke Tor (de må i praksis tillegg støtte SOCKS-mellomtjenere). Slike programmer inkluderer IRC-chat og andre prateprogram (direktemeldinger) og vanlige nettlesere. Ved nettlesing brukes Tor ofte med mellomtjenerne Polipo eller Privoxy. Privoxy gjør i tillegg noe filtrering for å øke personvernet på applikasjonsnivå. Polipo snakker SOCKS-protokollen og HTTP 1.1 for å bedre latenstiden, og er derfor anbefalt brukt med Tor-nettverket av Tor-prosjektet.