Etter flere år med arbeid og studier som sjømann, tok Prien de nødvendige eksamener, fikk sitt styrmannssertifikat og operatørsertifikat for radio. Han mønstret på sin første seilas som offiser, og ble fjerde styrmann på passasjerskipet San Francisco fra Hamburg. Han hadde knapt begynt sin tjeneste da skipet kolliderte med et annet fartøy, Karlsruhe, i tett tåke i skipskanalen nær Hoheweg fyr.