I mars 1998 gikk SRS i koalisjon med Socijalistička Partija Srbije (SPS), og Nikolić ble visepresident i Serbia, og ved slutten av 1999 også visepresident i det tidligere Jugoslavia. Nikolić deltok i det serbiske presidentvalget i 2000, og ble nr. 3 bak Vojislav Koštunica og Slobodan Milošević.