De fleste av Beni Hasan-gravene ble senere herjet. En del ble uleselige av herskere som fulgte. Ødeleggelse av gravkamrene var skjebnen til mange monumenter i århundre som fulgte faraoiske Egypt. Gravene ble gjort om til boliger, benyttet som steintak for å hendte tilhogd stein, eller bevisst ødelagt av tidlige kristne og muslimer.