Den koptisk-ortodokse kirke ble skilt fra storkirken etter at den sammen med flere andre østlige kirker ikke godtok beslutningen om Kristi to naturer i 451. Den koptiske kirkes nåværende overhode, pave Tawadros II av Alexandria, regnes som den 118. kirkeleder etter evangelisten Markus, som ifølge tradisjonen kristnet Egypt.