Artens tilbakegang i Europa skjedde parallelt med effektiviseringen av skog- og jordbruk fra midten av 1800-tallet. Mange steder i Europa der svartstorken tidigere var vanlig, er den idag forsvunnet eller uvanlig som hekkefugl. Men ettersom arten har en svært stor utbredelse og omfatter anslagsvis mellom 32000-44000 individer så kategoriseres den av IUCNs trusselkriterier som livskraftig(LC). I et område fra Estland til Polen antar man at det finnes omkring 3 000 par, og at populasjonen vokser.