Thomas Seltzer ble født 27. juli 1969 på Hamar av norsk mor og amerikansk far. Slekten på morssiden er fra Ådalsbruk i Løten kommune på Hedmarken. Seltzer-slekta er fra Midland i Texas i USA. Thomas Seltzer vokste opp med en fem år eldre bror i Superior i Wisconsin. Faren Michael Seltzer er professor i sosiologi og ble norsk borger i 2001. Faren var sjømann i utenriksfart da Thomas Seltzer ble født. Familien flyttet til Nesodden i Akershus i 1975, da Thomas Seltzer var seks år gammel. Han gikk på Oslo katedralskole.