Det ble utkjempet to borgerkriger mellom de reformerte og de katolske kantonene, de såkalte Kappelerkrigene (tysk: ), først i 1529 og deretter 1531. I den siste falt Zwingli på slagmarken. Freden som fulgte løste den religiøse konflikten på den måten at hver kanton på selvstendig vis kunne bestemme sin egen trostilhørighet.