Han var sønn av bylegen i Magdeburg, Friedrich Simon Morgenstern, og Johanna Katharina Brömme. I 1788 ble han student ved universitetet i Halle, og 1797 ble han utnevnt til ekstraordinær professor i filosofi samme sted. 1798 overtok han et professorat i retorikk og poesi i Danzig, før han 1802 ble professor i retorikk klassisk filologi, estetikk, kunst- og litteraturhistorie ved universitetet i Tartu.