Sekretariat er fysisk plassert i organisasjonens hovedkontor i Paris. Det er sekretariatet, under generaldirektørens direksjon, som rent praktisk sørger for implementeringen av programmer vedtatt på generalkonferansene. Sekretariatet er således organisasjonens utøvende organ. Hovedansvaret for gjennomføringen av det vedtatte program ligger hos generaldirektøren.