Byens største helseinstitusjon er Stavanger universitetssjukehus som er Norges fjerde største sykehus i antall opphold og eies av helseforetaket Helse Stavanger. Gamle Stavanger Sykehus er en underavdeling av SUS, men brukes i liten grad til medisinske formål og huser også administrasjonen til Rogaland fylkeskommune.