EF Salzburg ble grunnlagt i 1995 gjennom sammenslåing av klubbene Morzg EF og EF Tiefenbach. EF Morzg hadde etter konkursen i den tidligere klubben Salzburg EF i 1988 overtatt en rekke av denne klubbens tidligere unge spillerne. Kort tid etter fusjonen av Morzg EF og EF Tiefenbach ble firmaet Kaindl den nye klubben EF Salzburgs første hovedsponsor, og klubben skiftet da navn til EC Kaindl Salzburg.