I Stockholm tar blant annet Stockholm Vatten regelmessig prøver på et stort antall kontrollpunkter i innsjøer, og Stockholm Vatten utfører også vannvernsforebyggende tiltak. Bornsjön i kommunene Botkyrka og Salem eies og ivaretas av Stockholm Vatten. Innsjøen er en drikkevannsreserve, og er også tiltenkt å brukes dersom Mälaren skulle bli forurenset. Stockholm Vatten har også del i , som ble satt av for å forbedre Stockholms miljø og forhindre nye miljøproblem i å oppstå i framtiden. Stockholm bys politiske ledelse satte i juni 2003 av en miiliard svenske kroner til formålet. Fordelingen av milliarden er for bakkesanering (ca 32 %), innsjøer og elver (ca 28 %) og andre miljøprosjekt (ca 40 %).