Under osmansk styre kom Samos (på osmansk tyrkisk kalt Sisam) under administrasjon av eyalet, vanligvis som en del av sanjak Rhodos framfor å være en egen distriktprovins. Lokalt var de osmanske myndighetene representert av en som hadde ansvaret for å samle inn skatt. Det osmanske styret ble avbrutt under den russisk-tyrkiske krig (1768–1774) og øya var under russisk kontroll i 1771–1774.