Ħal-Saflieni Hypogeum er en labyrint på tre nivåer av mange underjordiske ganger, haller og nisjer. Det øverste nivået ligger nære dagens gatenivå. De to nedre nivåene er under bakken. Gangene har blitt gravd ut av kalksteinen med stein og beinredskaper ned til en dybde av 10,6 meter og i løpet av omtrent 1300 år stadig utvidet. Hypogeum omfatter totalt omkring 500 m². Vegger og tak er enkelte steder utsmykket med okerfargede malerier.