Embrace, som MacKaye tok initiativet til etter Minor Threats sammenbrudd i 1984, markerer imidlertid en merkbar overgang. Bandet, som ga ut en LP, regnes av mange som selve fundamentet for emo-musikken. I 1987 startet han opp Fugazi der han opprinnelig bare ville være gitarist. Siden imidlertid bandet hadde problemer med å finne en tilfredsstillende gitarist, endte MacKaye opp også som vokalist. Gjennom sine utgivelser har bandet vist en stadig evne til å utvikle seg, selv om punken helt klart ligger i bunnen. Fugazi eksisterer fortsatt, men har ifølge medlemmenes egne utsagn «gått i dvale». Siden 2001 har han også spilt med bandet The Evens. MacKaye har også gitt ut plater med bandene Egg Hunt og Pailhead.