Mesopotamias islamisering på 600-tallet førte ikke til noen vesentlig endring: Østens kirke forble et tolerert mindretall, men måtte akseptere noen innskrenkninger og høyere skatter. Likevel opplevde den fra 600- til 1300-tallet en usedvanlig blomstringstid, da den omfattet opptil 27 metropolitanseter og over to hundre bispedømmer mellom Middelhavet i vest og Gulehavet i øst, Mongolia i nord og Sumatra i sør. Langs hele silkeveien lå assyriske bispeseter (f.eks. i Samarkand, Tasjkent, Bukhara, Kashgar). Selv om kirken i hele dens utbredelsesområde utgjorde en religiøs minoritet, hadde den flere millioner tilhengere.