Tidligere eksisterte det flere versjoner av et fotballag i Klagenfurt. Først het laget SK Austria Klagenfurt fra stiftelsesåret 1920. I 1999 skiftet de navn til FC Kärnten fordi Jörg Haider, som ble manager, ønsket et all-kärntensk lag. Det vant cupen og var høyt oppe i serien på tidlig 2000-tall, men laget rykket ned to divisjoner, og ble i 2009 oppløst. I mellomtiden hadde et rivaliserende lag, SK Austria Kärnten, dukket opp, også de fra Klagenfurt. Dette laget lyktes ikke sportslig, og dessuten gikk det konkurs i 2010. Parat sto det nye laget SK Austria Klagenfurt, som hadde blitt dannet i 2007, men som begynte å spille først i 2010. De begynte imidlertid i lavere divisjoner, men fikk likevel økonomiske problemer i 2012. Det er blitt antydet at disse konkursene skyldtes uheldig pengebruk av Jörg Haider og deretter tvil om lønnsomheten i fotballag fra området. Thomas Frigård spilte for FC Kärnten en periode.