Grunnloven etablerte en blanding av en presidentmodell med en regjering ledet av presidenten som er både statssjef, regjeringssjef og øverstkommanderende for de væpnede styrkene. Grunnloven etablerte også en nasjonal lovgivning og en lovgivende forsamling som består av to kamre, en direkte valgt forsamling og et annetkammer med representanter fra de ti delstatene. John Garang, stifteren av SPLA/M, var den første presidenten i det selvstyrte Sør-Sudan fram til sin død 30. juli 2005. Garangs nestkommanderende Salva Kiir Mayardit ble da tatt i ed som visepresident i Sudan og president i Sør-Sudan 11. august 2005. Riek Machar erstattet ham som visepresident for Sør-Sudan.