Sammenlignet med regnskogen i Amazonas har Pantanal fått lite oppmerksomhet. Området er imidlertid en viktig fersk- og grunnvannskilde for områdene rundt, samt at biodiversiteten er stor. Dette inkluderer 650 ulike fugleslag og 250 ulike fiskeslag. Deler av Pantanal er beskyttet, slik som nasjonalparken Pantanal Matogrossense i Brasil. Til tross for dette er området truet av utbygging og av uttørking.