Nat Lofthouse kom til Bolton i september 1939 og debuterte i mars 1941 i en kamp mot Bury. Bolton vant 5–1 og Lofthouse scoret to mål. Debuten i ligaen kom ikke før etter krigen, ettersom den engelske ligaen var suspendert under krigen, og ikke startet opp igjen før sesongen 1946/47. Lofthouse' offisielle debut for Bolton var derfor 21. august 1946 i en ligakamp mot Chelsea, hvor han scoret to mål, men hvor Bolton likevel tapte 3–4. I 1953 tapte han FA-cupfinalen mot Blackpool, men i 1958 var han på vinnerlaget, og scoret begge målene da Bolton slo Manchester United 2–0 i finalen.