Etter at den serbiske statsministeren Vojislav Kostunica i februar 2005 avviste et montenegrinsk forslag om splittelse av unionen mellom landene, erklærte Đukanović formelt at det ville arbeides konkret for løsrivelse og en montenegrinsk selvstendighetserklæring. Nasjonalforsamlingen ble enig om krav om 55 % ja-stemmer i ende folkeavstemning. I den endelige folkeavstemningen 21. mai 2006 tok montenegrinerne med 55,4 % flertall skrittet ut av unionen med Serbia.