Initiativet til Operasjon Condor kom fra den chilenske generalen Augusto Pinochet, som hadde ledet militærkuppet mot den folkevalgte sosialistiske presidenten Salvador Allende den 11. september 1973. Med støtte fra den amerikanske etterretningsorganisasjonen CIA ble det organisert en multinasjonal terrororganisasjon med navnet Operasjon Condor. Organisasjonen skulle også forfølge venstreorienterte som flyktet fra Sør-Amerika til USA eller Europa. Med i organisasjonen var representanter fra USA, Chile, Argentina, Bolivia, Brasil, Paraguay og Uruguay.