I 1661 flammet kolonistenes raseri opp mot pater Vieira. De mente at deres egen velstand ville bli truet hvis indianerne ble innrømmet stadig flere rettigheter. Dermed ble pater Vieira og 31 andre jesuittmisjonærer tvunget til å reise tilbake til Portugal. Hans kongelige beskytter Johan var død, og enkelte ved det kongelige hoff fryktet pater Vieiras innflytelse. De sørget derfor at han ble sendt vekk fra hovedstaden og til Porto og deretter til Coimbra. Men han fortsatte med sin refsende forkynnelse, og til slutt pusset de samme hoffkreftene inkvisisjonen (som i høy grad var styrt av verdslige krefter) på ham. Han ble anklaget for heresi. Saken hans varte fra oktober 1665 til desember 1667, og han ble til slutt ilagt forbud mot å undervise, skrive og preke.