Rumenske og tyske myndigheter ble 30. august 1941 enige om en administrativ ordning for Transnistria, underlagt, men adskilt fra Romania. Professor Gheorghe Alexianu ble innsatt som rumensk guvernør for området, som ikke ble formelt annektert. Transnistria ble ikke oppfattet som en del av Romania, og det var uklart hva formålet med okkupasjonen var. Transnistria hadde både en militær og sivil administrasjon.