Hos Lipsius modnet ideen om å skrive en bok om de mirakuløse hendelsene i den lille byen i Hainaut. Han ble støttet og hjulpet av forskjellige kontaktpersoner som lot ham få tilgang til kildemateriale, og når traktaten ble utgitt av Plantijn i 1604 fikk den en god mottagelse i de spanske Nederlandene, mens mottagelsen i de nordlige Nederlandene og Tyskland var mindre positiv. Etter sigende skrev han den i løpet av ti dager, når man leser den kan man få inntrykk av at den er skrevet på kort tid. Med denne utgivelsen ble han Halles første historieskriver. I 1605 kom en oppfølger, denne gangen om miraklene som skjedde rundt . Disse fromme publikasjonene ble hans siste, han døde i sitt hjem i Leuven natten mellom 24. og 25. mars 1606. Han ble begravet i Minderbroederskirken i Leuven. Tretten år senere, 11. september 1619 døde hans kone Anna Vande Calster. Hun ble begravet ved siden av ham i Minderbroederskirken. Justus Lipsius etterlot seg ingen barn. Hans søster Marias barnebarn, en tretten år gammel gutt, arvet biblioteket hans.