I januar 2012 var han akkurat kommet tilbake fra et langt skadeavbrekk, da han klarte å bli kjørt over av sin egen bil. Banega skulle fylle drivstoff og glemte å sette på håndbrekket, og bilen begynte derfor å trille. Dette førte til flere måneder på sidelinjen med brukket ankel. Han returnerte på fotballbanen mot slutten av 2012. I Valencia brukes et 4-2-3-1 system, med to dyptliggende midtbanespillere, en defensiv og en offensiv. Den offensive har vært Banegas, men fikk i 2012/2013-sesongen hard konkurranse fra landsmannen Tino Costa.