Klimaet i Tuxtla Gutiérrez karakteriseres som varmt og middels fuktig med sommerregn. Årsmiddeltemperaturen ligger på 25,6 C. Den varme årstida strekker seg fra februar til september, med de høyeste temperaturmålingene fra april til andre uka i mai. De laveste temperaturene måles i desember. Årsmiddelnedbøren ligger på nesten 900 mm, og nesten alt dette regnet faller normalt mellom mai og den andre uka i oktober, og de fuktigste månedene er juni og september. I september og oktober kan det regne sammenhengende i over 24 timer som følge av tropiske orkaner som treffer Mexicos østkyst, men som ikke anretter ødeleggelser i Chiapas.