Det er antatt at Ptolemaios ble sammen med sin bror i 103 f.Kr. sendt til øya Kos i Egeerhavet for å være trygg for stridighetene i Egypt. Han ble våren 88 f.Kr. tatt til fange av Mitridates VI av det greske riket Pontos. Det var et gyllent fangenskap ved hoffet til Mitridates’ hoff. Han ble etter hvert forlovet med Mitridates’ datter, enten Mithridatis eller Nyssa I år 80 f.Kr. dro han tilbake til Egypt sammen med sin bror uten at det ble inngått noe ekteskap i Pontos.