EFTA-rådet (EFTA Council) er organisasjonens høyeste organ og sammensatt av representanter fra hvert av medlemslandene. To ganger i året møtes rådet på ministernivå og åtte ganger på ambassadørnivå. Ambassadørene er ledere av medlemslandenes faste delegasjoner til EFTA. Beslutninger i rådet tas ved konsensus. Formannskapet går på omgang mellom EFTAs medlemsland og varer i seks måneder.