Mikrobiomer ble oppdaget i stor grad gjennom fremskritt innenfor molekylærgenetikk, som har avdekket et stort mangfold av mikrobielle biomer på jorden. Oseaniske mikrobiomer spiller en betydelig rolle i den økologiske biokjemien i verdens hav. Enda en kategori mikroskopisk biom, er det -biomet, som består av mikroorganismer i sprekker og porøse porer i undergrunnen flere kilometer under jordoverflaten. Først på begynnelsen av 1990-årene begynte en å utforske dette biomet, som ikke passer inn i noen av systemene for klassifisering. I tillegg har flere forskere laget kategoriseringer for de menneskeskapte biomene, for eksempel kulturlandskap, landsbyer, skog og utmark.