I 115 f.Kr. fikk Antiokos IX seg en hær på Kypros da han giftet seg med Kleopatra IV av Egypt, som før hun ble skilt var noen måneder dronning av ptolemeiske Egypt sammen med sin ektemann og bror Ptolemaios IX Lathyros. Antiokos IX kom deretter tilbake til Syria for å kreve tronen fra sin halvbror og fetter Antiokos VIII Grypos, den lovmessige kongen. Han okkuperte den sørlige delen av Syria og i 113 f.Kr. erobret han hovedstaden Antiokia, men Grypos beholdt området Kilikia rett ved. I 112 f.Kr. beseiret Kyzikenos sine motstandere, men samtidig ble Kleopatra IV tatt til fange og drept. I løpet av sommeren det samme året tapte han Antiokia.