Den hellige ligaens øverstkommanderende Don Juan hadde samlet sine flåtestyrker i Messinastredet den 10. september, relativt sent på året, og seilte over til Korfu den 16. september. Han hadde valgt å søke et oppgjør med den osmanske krigsflåten istedenfor å seile til Kypros for å unnsette de beleirede byene Nicosia og Famagusta. Værforholdene på østre middelhavet om høsten og vinteren ville ha forhindret den store ekspedisjonen fra å komme fram til øya langt fra nærmeste vennligssinnende havnested. Den osmanske flåtens øverstkommanderende, Ali pasja, hadde fått ordre om å stoppe og ødelegge den kristne fellesflåten om den skulle krysse det joniske havet. Ali pasja ønsket å gå i vinterkvarter, og hadde allerede utpekt Lepanto som den fremtidige basen for sine flåtestyrkene som for øyeblikket krysset langs den balkanske kysten helt til Dalmatia i nord.