Den 18. desember 1998 erklærte Clinton-administrasjonen og EU seg fornøyd med begge siders gjennomføring av første fase av avtalen. Den 7. februar 1999 døde kong Hussein av Jordan, Likud-regjeringen hadde falt i januar, og statsminister Netanyahu besluttet å fryse implementeringen inntil nyvalg kunne holdes. Dermed stoppet implementeringen opp etter at Israel bare hadde trukket seg tilbake fra 2 % av de 13 % av de såkalte C-områdene som avtalen forutsatte. Samtidig ga fortsatt utbygging av bosetninger en tiltakende Bantustanisering som svekket de økonomiske utsiktene for en palestinsk stat. På palestinsk side fortsatte menneskerettsbrudd mens demokratiseringsarbeidet stanset opp. Året etter ble forhandlingene tatt opp igjen i Camp David. Etter at forhandlingene feilet, ledet palestinske aksjoner og israelske mottiltak, inkludert senere statsminister Ariel Sharons besøk til Al-Aqsa-moskeen, til utbruddet av den andre intifada. Siden har Wye-avtalens betingelser og mål ligget døde.