Nettsiden er blokkert i flere land, blant annet Italia og Russland. I 2021 blokkerte Verizon nettsiden for sine kunder, men dette kan vært en følgeskade fremfor målrettet blokkering. MangaDex lagde en løsning for Verizon-kunder, men kunne ikke garantere at den kom til å fungere permanent, og anbefalte heller å bytte til en annen internettlevrandør. To indonesiske nettlevrandører blokkerte nettsiden i november 2021. Ifølge en av MangaDex' administratorer hadde Telkom Indonesia utpresset MangaDex, og at indonesiske kunder ikke kom til beholde tilgangen sin til nettsiden hvis MangaDex ikke var villige til å betale for det.