HKV består av fire større avdelinger: Ledningsstaben, Produktionsledningen, Insatsledningen og Militära underrättelse- och säkerhetstjänsten. Videre er der ytterligere enheter for mer administrative oppgaver: Personalstaben, Ekonomistaben, Juridiska staben, Informationsstaben, Internrevisionen, Säkerhetsinspektionen, Generalläkaren og Högkvartersavdelningen.