I var han den første quarterbacken draftet av Houston Oilers’ historie. Han delte stillingen med George Blanda i 1960 og 1961, to år der Oilers vant ligatittelen. I 1961 kastet Lee for 457 yards mot Boston Patriots, en daværende AFL-rekord, og satte nok en ligarekord med en 98-yard touchdown til Willard Dewveall mot Chargers. Lee og Blanda kastet samlet 38 touchdowns for Oilers i 1961. Lee spilte i alle kampene til Oilers mellom 1961 og 1963.