Byrået for dokumentasjon og utredning av det kommunistiske politiets forbrytelser i Tsjekkia (tsjekkisk: UDV) anklaget Štrougal for at han, i sin funksjon i 1965, hindret utredning av forbrytelser utført av den kommunistiske statens sikkerhetsmyndigheter i 1948 og 1949. Domstolen i Praha løslot ham i 2002 på grunn av bevismangel.