Samtidig oppsto det nye problemer i Egypt. Misfornøyde med det nye skattesystemet gjorde egypterne opprør og utropte Domitius Domitianus som deres keiser. Diokletian besluttet å ta seg av opprøreren mens han sendte friske tropper til Galerius fra Donau for enda en krig mot perserne. Diokletian slo ned det egyptiske opprøret i løpet av høsten 297, skjønt storbyen Alexandria fortsatte opprøret under Aurelius Achilleus. Etter en langvarig beleiring i løpet av vintermånedene erobret han byen og straffet innbyggerne våren 298 og reiste en triumfsøyle på en høyde i byen.