I mars 2016 ble boligen hans ransaket og han ble pågrepet og forhørt i forbindelse med etterforskning av korrupsjon i statsoljeselskapet Petrobras. Etterforskningen var en del av Operação Lava Jato. Politiet mistenkte at Lula skulle ha mottatt returprovisjon. Lula avviste anklager om korrupsjon. Den 9. mars 2016 ble Lula siktet. Etter dette ble han utnevnt til stabssjef for president Rouseff, men en føderal dommer forsøkte å stanse utnevnelsen kort tid etter innsettelsen. Som minister i regjeringen ville Lula hatt beskyttelse fra rettssaker i lavere instanser enn landets høyesterett.