Etter jordskjelvet ble en ny biskop utnevnt. Det var Hugh de Burgundy fra Avalon i Frankrike, siden kjent som Sankt Hugh av Lincoln. Han begynte en omfattende gjenoppbygging og utvidelse. Gjenoppbygningen begynte med kortet (St Hugh's Choir) og det østlige tverrskipet (transept) mellom 1192 og 1210. Det sentrale midtskipet ble deretter bygget i tidlig engelsk gotisk stil. Lincolnkatedralen ble preget av en annet arkitektonisk nyvinning på denne tiden – spissbuer, strebepilarer og ribbehvelv. Det gjorde det mulig å gi støtte for større vinduer. Det er tretten klokker i det sørvestlige tårnet, to i det nordvestlige tårnet, og fem i det sentrale tårnet (inkludert «Great Tom»). I tillegg til den store kirkeklokken, «Great Tom of Lincoln», er en kvarttimes slagverksklokke som ble installert tidlig på 1800-tallet.