Konflikten mellom Nilsen og styret startet for alvor da han i 2014 skrev en svært kritisk kommentar om Vladimir Putins Russland og hvordan dette påvirket Barentssamarbeidet. Russiske myndigheter reagerte sterkt på kommentaren. Dette førte til en intern utredning og debatt i Barentssekretariatet og BarentsObserver om å underlegge tidsskriftet Redaktørplakaten.