Margaret ble født den 23. mars 1430 ved Pont-à-Mousson i Lorraine, et len i Det tysk-romerske rike øst for Frankrike styrt av en undergrein av de franske kongene, huset Valois-Anjou. Margaret var den nest eldste datteren av René I av Napoli, konge av Napoli, og Isabella, hertuginne av Lorraine. Hun hadde fem brødre og fire søstre, foruten også tre halvsøsken fra hennes fars forhold med sine elskerinner. Hennes far, populært kjent som «den gode kong René» var hertug av Lorraine og av Anjou og ble titulert som konge av Napoli, Sicilia og Jerusalem; han har blitt beskrevet som «en mann med mange kroner, men ingen kongedømmer». Margaret ble døpt i Toul i Lorraine, og i omsorgen til hennes fars gamle barnepike Theophanie la Magine tilbrakte hun de første årene ved festningen Tarascon ved elven Rhône i Provence i sørlige Frankrike, og i den gamle kongelige palasset ved Capua i nærheten av Napoli i kongedømmet Sicilia. Hennes mor tok seg av hennes utdannelse og kan ha arrangert for henne å bli undervist av den lærde Antoine de la Sale, som også underviste hennes brødre. I barndommen var hun kjent som «la petite créature».