I mellomtiden hadde Emins soldater gjort opprør og tatt Emin og en av Stanleys offiserer til fange. Dermed brast Stanleys håp om å bruke dem til å opprette britisk herredømme i Sentral-Afrika. Emin og offiseren klarte å unnslippe, og 10. april 1889 brøt redningsekspedisjonen leir og startet ferden mot østkysten, den hadde da vokst til 1330 personer. På veien så og kartla Stanley Ruwenzorifjellene som første hvite mann, og han fastslo også at Edvardsjøen er en separat innsjø (han hadde sett vannet i 1875, men trodd det var en bukt av Albertsjøen. Denne er også en av kildene til Nilen). Som på mange tidligere ekspedisjoner måtte også denne slåss med lokale innbyggere for å nå frem.