Paterson var skotte og kom fra fattigslige kår på landet. Han flyttet tidlig til England på grunn av religiøse forfølgelser, sannsynligvis til Bristol, og derifra som 17-åring videre til Boston i Massachusetts Der giftet han seg med Elizabeth Turner, enken etter en presbyteriansk predikant. Derfra gikk veien til Bahamaøyene og til Mellom-Amerika, og underveis skapte han seg en stor formue.