Han døde i 1941, under andre verdenskrig og mens Frankrike var okkupert av Nazi-Tyskland. Bergson skal ha avslått et tilbud fra Vichyregimet om å bli unntatt fra de antisemittiske lover, og det heter i et rykte at han døde som følge av en forkjølelse han skal ha pådratt seg mens han ventet i kø for å bli registrert som jøde.