I 103 f.Kr. sendte Ptolemaios X Aleksander sin sønn Aleksander, da et spedbarn, til Kos i Egeerhavet, antagelig for trygg bevaring, og invaderte selv Judea og videre inn Selevkideriket som da var preget av dynastiske borgerkriger. Han nådde fram til Damaskus før han snudde og vendte hjem igjen. Broren Lathyros benyttet Kypros som base for å erobre tilbake sin plass på den egyptiske tronen. I 102 f.Kr. invaderte han Egypt, men den 20. februar ble hans hær beseiret av den egyptiske hæren til Kleopatra III i nærheten av Pelusium. Det er fortsatt moren som til syvende og sist hadde det siste bestemmende ordet i Egypt. Den 26. oktober 101 f.Kr. beordret Aleksander moren drept. Deretter fortsatte han som enekonge av Egypt.