Den ligger i den dypeste delen av et endorheisk bekken nord og øst for Shiraz. Innsjøen består av to bassenger. I nord ligger Tashksjøen og i sør den egentlige Bakhtegansjøen, også kalt Neyriz. De to bassengene er vanligvis adskilt, og det sørligere har saltere vann på grunn av at Tashksjøen tilføres mer ferskvann. Det største tilløpet er elva Kor, som danner et delta mellom de to bassengene. Saliniteten er 13,7–101,6 g/l, og temperaturen varierer fra 15 °C til 45 °C på grunnene.