Hagen arbeidet både ved Universitetet i Oslo, og Vitenskapsmuseet i Trondheim. Hans viktigste arbeidsplass var likevel Statens viltundersøkelser, der han var leder fra 1955 til 1977. I 1937 deltok han i den norske vitenskapelige ekspedisjonen til Tristan da Cunha i den sørlige delen av Atlanterhavet. Materialet fra denne ekspedisjonen ble brukt i hans doktoravhandling .