I år 9 var Varus øst ved Weser med tre legioner (XVII, XVIII og XIX) da han hørte om uro lenger vest. Han marsjerte vestover for å slå ned opprøret, som ifølge den romerske historikeren Cassius Dio var satt i scene for å lokke Varus inn i et bakhold. Varus og de tre legionene, ca. 20 000 mann, marsjerte inn i et bakhold nær Osnabrück i Tyskland, der de ble fullstendig utslettet av en germansk hær under ledelse av Arminius i slaget ved Teutoburgerskogen, et av de mest avgjørende slag i europeisk historie. Etter slaget identifiserte germanerne Varus lik, skar av hodet og sendte det til Marboduus, da de håpet dette ville få ham til å slå seg sammen med dem i opprøret mot romerne. Marboduus sendte Varus’ hode til Roma, der Augustus lot det begrave på familiegravstedet. Romerske historikere har i stor grad lagt skylden for tapet i Teutoburgerskogen på Varus. Velleius Paterculus, som fulgte Tiberius og formodentlig kjente Tiberius, Varus og Arminius personlig, beskriver ham som treg, glad i luksus og nærmest naiv i forhold til germanerne. På den annen side kunne Varus vise til gode resultater i Syria, og Augustus valgte å sende ham til en viktig grense som den germanske. Germanerne hadde en annen bosetning og organisering enn gallerne, som gjorde Germania vanskeligere å erobre, og det som fra germanernes side var god forsvarsstrategi (unngå konfrontasjon i åpent lende, små raske angrep i terreng som passet germanerne), så for romerne ut som feighet og svakhet.