Midt i moderniseringsinnsatsene møtte Amir Kabir interne utfordringer fra Bábí-bevegelsen, som ble ansett som en trussel av det klerikale etablissementet. Han undertrykte Bábí-tilhengerne, noe som førte til konfrontasjoner og massehenrettelser. Henrettelsen av The Báb i 1850 markerte en betydelig hendelse og reflekterte en konflikt mellom Amir Kabirs autoritære reformer og Bábí-bevegelsens ønske om religiøs fornyelse.