Anleggskostnadene ble i 2013 anslått til 19 milliarder, mens kostnadene i 2016 ble anslått til 43 milliarder kroner. Til 2019 var det brukt over 500 millioner kroner til planlegging og til 2021 ventes ytterligere 900 millioner kroner. Hordfast regnes som den dyreste delen av Ferjefri E39-planen. Samfunnsøkonomisk lønnsomhet avhenger av anleggskostnadene for prosjektet (investeringen) og fremtidige kostnader til vedlikehold og oppgradering. Forsker Morten Welde ved TØI skriver at det er stor usikkerhet om kostnadsberegningene, og at kostnadene ved slike prosjekter ofte blir betydelig høyere enn antatt på planleggingstidspunktet. Samferdselsprosjektene opererer med en usikkerhet i kostnadsanslagene på ± 40 %, og Welde mener de fleste prosjektene blir dyrere enn først antatt. Ifølge Norconsult er kostnadsøkninger i norske samferdselsprosjekter ofte et resultat av at ambisjonene for, eller omfanget av, prosjektet økes fra idéstadiet til gjennomføring. Når planlegging og diskusjoner har pågått lenge, er det ifølge Norconsult vanskelig for Stortinget å si nei, selv om kostnadene har økt betraktelig. Ifølge Norconsult kan lave kostnadsanslag i en tidlig fase skyldes ukjente grunnforhold, tiltak for å redusere miljøkonsekvenser og ringvirkninger på sideveinettet.