Flosses anke i en korrupsjonssak fra 1990-tallet ble i juli 2014 avvist av ankeinstansen i Paris og dommen mot ham på fire års betinget fengsel, en bot på euro og tap av politiske verv i tre år ble opprettholdt. De statlige myndighetene i Fransk Polynesia unnlot først å forelegge dommen for Flosse, som anmodet Frankrikes president François Hollande om benådning. Han kunne dermed fortsette som regjeringssjef inntil president Hollande fattet beslutning angående benådningssøknaden. President Hollande avslo benådningssøknaden og den 5. september 2014 ble Flosse fjernet fra makten av den franske høykommissæren. Han ble etterfulgt av Edouard Fritch.