Windischmann innlot seg i striden om «hermesianismen» og utarbeidet en vurdering som avviste Georg Hermes' teologiske funderinger og slik bidro vesentlig til avvisningen av «heresianismen». Windischmann utgav en rekke skrifter, ikke minst sin avdøde ven Friedrich Schlegels filosofiske forelesninger, og gikk som tilhenger av Würzburg-kretsen rundt Friedrich Wilhelm Joseph Schelling inn for en sammenknytning av romantisk naturfilosofi og medisin. I 1818 ble han også medlem av Leopoldina. Windischmann forfektet ogsdå teorien om den animale magnetisme.