Joseph Fesch ble prest i 1785 og allerede 24 år gammel ble han selv erkediakon i hjembyen Ajaccio, men måtte trekke seg etter den franske revolusjon. I likhet med de fleste korsikanere stilte han seg avvisende til revolusjonen og protesterte særlig mot underordningen av den katolske kirke under den franske revolusjonsregjeringen. Hans karriere på første del av 1790-tallet var obskur, men i 1796 ble han generalkrigskommissær for arméen i Italia, kommandert av nevøen Napoleon.