Byens historie er tett knyttet til industrikonsernet Bata, en kjent skoprodusent. Under Tomáš Baťas ledelse oppstod det moderne Zlín på første halvdel av 1900-tallet, og byen utviklet seg fra en søvnig småby til en moderne by med (etter datidens standard) hypermoderne arkitektur. Blant annet ligger Tsjekkias høyeste bygning i byen.