Wagner ble overført til Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD i Norge 13. februar 1941, der han erstattet SS-Hauptsturmführer Walter Kohlrep som leder for referat IV B (Gestapos avdeling for jøde-, frimurer- og kirkesaker). Han hadde to medarbeidere, SS-Untersturmführer Erhard (Harry) Böhm og SS-Untersturmführer Klaus Großmann. Wagner var fra starten i Norge svært ivrig i kartleggingen av norske jøder. I oktober 1941 tok han initiativ overfor det norske Politidepartementet under Jonas Lie til den systematiske registreringen av jøder i Norge.