Vadsø har daglig anløp til Vadsøya av Hurtigruta på sin nordgående rute. E75 forbinder Vadsø med Vardø i øst og med E6 i Varangerbotn. Fra Ørtangen går det bru til Vadsøya, der det var sildoljefabrikk fram til 2013. Tre kilometer øst for Vadsø sentrum ligger Vadsø lufthavn.