Tjue år i fremtiden sprer et utbrudd av influensa blant hunder seg over hele den (fiktive) byen Megasaki. Denne sykdommen kan også være smittsom for mennesker. Byens autoritære ordfører, Kenji Kobayashi, ratifiserer et offisielt dekret som forviser alle hunder til Trash Island, som umiddelbart blir godkjent til tross for kraftig motstand fra professor Watanabe - ordførerens politiske motstander, som uttaler at han er nær ved å skape en fungerende vaksine.