Pius IX ble oppfattet som politisk liberal. Men begivenhetene to år etter at han ble pave, var skjellsettende. I 1848 utbrøt et opprør i Roma, hvorved Kirkestatens justisminister Pellegrino Rossi ble myrdet i all offentlighet. Paven ble nødsaget til å stenge seg inne på Quirinalet, som ble satt under beskytning, hvorved en av pavens prelater ble drept idet han stod ved et vindu. Med hjelp av bayerske og franske diplomater flyktet paven fra Quirinalet og Roma til Gaeta. Den 9. februar 1849 ble det utropt en demokratisk republikk i Roma. Med hjelp av Frankrike kunne paven slå ned den nyopprettede staten, og returnerte så til Roma i 1850. Hadde paven tidligere vært liberal, var han det ikke etter dette.