Kaido har sagt at ambisjonene til Tema Ico ikke var mulige å fullstendig implementere gjennom maskinvaren til PlayStation 2, og at de til tider kunne glemme noen av kjernereglene innenfor spilldesign i løpet av produksjonen. Et av probelemene som førte til at de ikke kunne bruke en del av arbeidet de hadde lagt ned var variasjonen i kolossene. Ueda hadde i begynnelsen planer om å ha 48 kolosser i «Nico», men dette ble siden redusert til 24 etter hvert som han konkluderte at 48 ikke kom til å være mulig å implementere. Til slutt landet han på 16 grunnet beskymringer om hvis det kom til å bli lagt til flere, så kom ikke spillets kvalitet til å holde ut gjennom de siste. For å luke ut de kolossene de anså som minst viktig, estimerte Team Ico hvor lang på vei hver av dem var implementert og hvor stor overlapp det var i forventet metode som kom til å bli brukt til å beserie de. En tospillermodus var også planlagt, men ble sløyfet grunnet tidsbegrensninger. Døgn og vær skulle også simuleres, med dag og natt og potensiell regn, men dette ble ikke implementert grunnet PlayStation 2s begrensede minnekapasitet. Til tross for vanskeligheter rundt designet gjennom hele produksjonen, bemerket Kaido at teamet klarte å holde kursen til prosjektet i riktig retning ved å bruke «Nico»-demoen som pekepinne.