Da prins Christian Frederik ble født, var farens eldre halvbror kong Christian VII Danmark-Norges monark, men på grunn av kongens psykiske lidelse var han ikke i stand til å lede regjeringen selv. Fra 1772 hadde arveprins Frederik styrt landet sammen med sin mor, enkedronning Juliane Marie, og deres rådgiver Ove Høegh-Guldberg. I 1784 hadde imidlertid kongens sønn, den unge kronprins Frederik (senere kong Frederik VI), tatt makten i en palassrevolusjon og var nå den egentlige herskeren. I barndommen hans hadde Prins Christian Frederiks familie et anstrengt forhold til kronprins Frederik og hans familie på grunn av denne maktstriden, men etter hvert normaliserte forholdet mellom de to grenene av kongefamilien.