Østersjøen er et havøkosystem som i likhet med mange andre er sterkt påvirket av mennesker, blant annet gjennom jordbruk og fiske. Noen problemer som har fått spesiell oppmerksomhet de siste tiårene er overgjødsling, overfiske og miljøgifter. Det er samtidig et grunt hav med mye brakkvann med lav vanngjennomstrømning og et relativt lite antall arter, noe som gjør det til et spesielt følsomt og sårbart økosystem.