Mens MOSE sine støttespillere sier at den kan håndtere trusselen om stigende vannstand fra global oppvarming, har andre tvilt på at prosjektet kan møte denne utfordringen. Luigi D’Alpaos, professor i hydraulikk, skrev at "MOSE er foreldet og filosofien er feil". Han mener problemet er at når det skal håndtere det stigende have, kan de bare gjøre det ved å heve slusene så ofte at de ville fungere som en "nesten permanent vegg". Dette ville i sin tur ødelegge lagunens sirkulasjon med Adriaterhavet. Venezias lagune ville blitt et "stillestående basseng med alger og avfall".