Mikael Ymers far, Yemer Wondwosen, flyktet fra Etiopia til Sverige i 1987 på grunn av krigen mot Eritrea. Han kom til Skara hvor han traff Kelemework, som også kom fra Etiopia. Paret fikk tre sønner, og Mikael Ymer er nest eldst. I 2012 flyttet familien fra Skara til Bromma for at brødrene skulle gå på tennisakademiet Good to great og bli trent av blant andre Magnus Norman.