Prisen ble opprettet av Europakommisjonen i 2000 og ble oppkalt etter den franske filosofen og matematikeren René Descartes. Forskningsprisen ble tildelt for framragende forskning på tvers av grensene i Europa. Prisen kunne tildeles forskningsgrupper som i samarbeid hadde frambrakt framragende forskningsmessige eller teknologiske resultater innen alle vitenskapelige felt. Descartes-prisen hadde en pengebelønning på 1 425 000 euro.