Freud røykte sigarer mesteparten av sitt liv, selv etter å ha fått fjernet deler av kjeven på grunn av kreft. Han fortsatte å røyke frem til sin død 23. september 1939. Han røykte en hel boks med sigarer daglig. Etter å ha fått munnkreft (karsinom) i 1923 i en alder av 67, gjennomgikk han over 30 kirurgiske inngrep og stråling for å behandle sykdommen. Da han fikk diagnosen i 1923 forventet man at han ikke leve mer enn fem år. Etterhvert måtte han bruke en protese for å snakke og spise. De siste fem årene led han i tillegg av endokarditt. Freud tok mot pasienter til noen uker før han døde. Til slutt holdt han ikke lenger ut smerten forårsaket av kreftsykdommen. Han ba sin personlige lege besøke ham i hjemme i London, ett år etter at han var flyttet dit. Freud hadde avtalt med legen at han skulle få hjelp til å avslutte livet ved dødelig kreftsykdom. Freuds død ble gjennomført ved en lege-administrert morfin-overdose. Freud døde 23. september 1939 i London i Storbritannia.