Organisasjonskomiteen til lekene ble ledet av tidligere statsminister Yoshirō Mori. I tillegg hadde olympisk- og paralympisk minister Seiko Hashimoto det overordnede ansvaret ovenfor japanske myndigheter. Mori måtte trekke seg som leder av sommerlekene i februar 2021, etter at han hadde kommet med nedsettende kommentarer om kvinner i styrer, og Seiko Hashimoto overtok denne stillingen 18. februar 2021.