Pemberton var innestengt med mengder av uspiselige forsyninger og lite mat. Den dårlige dietten viste seg på de konfødererte soldatene. På slutten av juni var halvparten syke eller innlagt på sykehus. Skjørbuk, malaria, dysenteri, diaré og andre sykdommer gjorde innhogg i rekkene deres. Minst en innbygger i byen måtte holde seg våken om natten for å holde sultende soldater ute av kjøkkenhagen. De kontinuerlige granatnedslagene brydde ham ikke så mye som mangelen på mat. Ettersom beleiringen fortsatte ble det sett stadig færre hester, muldyr og hunder i Vicksburg. Skolær ble en siste mulighet for mange voksne.