Morales trådte inn i dominikanerordenen i meget ung alder og ble sendt til Filippinene. Derfra ble han i 1633 sendt med en gruppe andre dominikanerprester til ordenens misjonsprosjekt i Kina, i provinsen Fujian. Her tok han aktivt del i kontroversen mellom jesuittene på den ene side og dominikanerne og fransiskanerne på den annen om kinesiske katolikkers adgang til å delta i kinesiske tradisjonelle riter.