Castilla ble tatt som krigsfange, men klarte å rømme, og dro tilbake til Peru i 1821. Han deserterte fra spanjolenes hær og tilbød seg å bli med San Martín, som skrev han inn i patriothæren med rang som løytnant, den rangen han hadde hatt i den spanske hæren. Da San Martín gikk av som "Perus beskytter" støttet han José de la Riva Agüero, som deretter ble president i 1823.