Ved første verdenskrigs utbrudd ble Zemgals igjen mobilisert, og i første omgang tildelt en infanteridivisjon i den midterste del av det nåværende Latvia, men senere ble han sendt til Finland. Etter sin tilbakekomst til Riga ble Zemgals valgt som formann for byrådet, reelt borgmester, den 23. april 1917. Høsten 1917 valgte Rigas midlertidige byråd Zemgals gjentatte ganger som formann for byrådet. På dette tidspunkt var han aktiv i Latvias radikal-demokratiske parti.