Handlingen når man spiller som sovjeterne begynner med at spilleren snakker med Alexander Romanov angående den oppkommene invasjonen av USA. Spilleren leder dermed en invasjon av Washington, D.C. og ødelegger Pentagon. Enda en sovjetisk invasjon i Florida blir gjort for å ødelegge den amerikanske marine. Selv om spilleren er nesten fullstendig ansvarlig for disse seirerne, går all kreditten til øverstkommanderende i det sovjetiske militæret, General Vladimir. Mens Vladimir er i Moskva og feirer, anbefaler Yuri, Romanovs rådgiver, at spilleren skal ta over New York med en , et apparat som kan kontrollere tankene til folket i hele byer. Spilleren følger Yuris råd, og drar til New York. Etter å ha tatt over en av de alliertes forskningslaboratorier, setter spilleren opp en Psychic Beacon og tar over byen.