Under en lengre periode fra 1970- til 1990-tallet ble det planlagt et tredje spor for å øke togkapasiteten gjennom flaskehalsen ved Gamla stan. Planene ble på 1990-tallet lagt til side til fordel for to nye spor i tunnel, kalt Citybanan. Den sistnevnte løsningen gir mye høyere kapasitet og et bedre framtidsperspektiv. Dessuten er området mellom Gamla stan og Riddarholmen historisk sensitivt og av riksinteresse, med blant annet Riddarholmskyrkan. Tredje sporet ble igjen diskutert på nytt i 2006 etter maktskiftet i Stockholm rådhus, delvis på grunn av kraftig økende kostnader for Citybanan, men de ble snart lagt bort igjen. Det som finnes igjen av «Tredje sporet» er en påbegynt viadukt over Söder Mälarstrand samt rundt 300 meter ferdig tunnel under kvarteret Överkikaren.