Historien til SVA går tilbake til opprettelsen av en paramilitær organisasjon, Resguardo, for å beskytte tobakkmonopolet til Tabacalera, det eldste tobakkselskapet i verden, som ble dannet i 1636. Primæroppgaven til Resguardo var å beskytte monopolet som staten utøvet for tobakk gjennom bekjempelse av smugling, siden tobakkhandel var en av de fremste inntektskildene til det spanske kongelige skattkammeret mellom de 17. og 18. århundrer. SVAs nyere historie begynner i 1944 med etableringen av Servicio Especial de Vigilancia Marítima y Terrestre de Tabacalera S.A., som håndhevet tobakkmonopolet. På grunn av manglende effektivitet ble oppgavene i 1954 overført til det spanske finsnsministeriet, som omorganiserte etaten og opprettet Servicio Especial de Vigilancia Fiscal, som bestod av militært og sivilt personell. I 1982 ble etaten igjen omorganisert til SVA og ansvarsområdet ble utvidet til å omfatte etterforskning av økonomisk kriminalitet og narkotika.