Under OL i Torino i 2006 var hun med på å ta niendeplass på stafetten og 11.-plass på 30 km fristil, fellesstart. Hun ble nummer 12 i Tour de Ski 2006/07 og tok en sjette- og en sjuendeplass i enkeltrenn. Den 16. februar 2007 tok hun andreplass på 10 km fristil i Changchun, kun slått av tsjekkiske Kateřina Neumannová. Sesongen 2006/07 har også vært Philippots beste med tanke på verdenscupplassering sammenlagt, og hun ble nummer 18.