Selskapet opererer ordinære ruter mellom flere byer i Russland, og har også ruter til destinasjoner utenfor Russland, blant annet til Tromsø, Luleå og Rovaniemi fra Arkhangelsk og Murmansk. Nordavia bruker idag Boeing 737-300, Boeing 737-500, Antonov An-24RV samt at Taymir Airlines flyr Boeing 737-800NG og ATR 42.