De siste år av sitt liv led Hubbard under sviktende helse, blant annet kronisk pancreatitt. Han levde i skjul for myndighetene på en ranch i nærheten av Creston i California, og ble rammet av et slag den 17. januar 1986. Han døde en uke senere. Scientologi-lederne kunngjorde at kroppen hans var blitt til hinder for innsatsens hans, slik at han hadde bestemt seg for å «kvitte seg med kroppen» for å fortsette sin forskning på en annen planet, noe han hadde lært seg å gjøre «uten å trenge en kropp».