Fra 1. januar 2003 ble prosjektet en nasjonal miljøsertifiseringsordning driftet av Stiftelsen Miljøfyrtårn med hovedsete i Kristiansand. Professor Kari Djupdal fra Handelshøgskolen i Bodø, disputerte 4. desember 2013 fra sin doktorgradsavhandling og undersøkte i hvilken grad miljøfyrtårnsertifisering hadde innvirkning på private bedrifter.