Flydubai opererer fra Dubai og har sitt hovedkvarter i Terminal 2 på Dubais internasjonale lufthavn. For å møte den økende trafikk og søsterselskapets ekspansjon på Dubais internasjonale lufthavn, har Flyddubai intensjoner om å trafikkere den nye Al Maktoum International Airport i Dubai World Center i Jebel Ali. fra 25. okttober (2015). Selskapet vil starte med 70 flyvninger per uke til Amman, Beirut, Chittagong, Doha, Kathmandu, Kuwait og Muscat fra den nye flyplassen.