Systemet består av 24 forskjellige ruter, inkludert tre korte skyttelruter. Hver rute har en egen farge, og identifikasjon som består av et tall eller en bokstav. Fargen bestemmes av rutens trasé gjennom det sentrale Manhattan. Linje G trafikkerer ikke Manhattan i det hele tatt, og har fått en limegrønn farge. De tre skytteltogene (kalt linje S) kjennetegnes av en mørk gråfarge.