Mkandawire vokste opp i Sør-Rhodesia og fra 1953 i Nyasaland der han studerte ved Zomba Catholic Secondary School. Som ung journalist engasjerte han seg i selvstendighetsbevegelsen i Nyasaland, men ble i 1965 tvunget i eksil i samband med at landets første president Kamuzu Banda gjorde landet til en ettpartistat. Mkandawire fikk da politisk asyl i Sverige og ble senere svensk statsborger.