Taungoo-kongenes make ble utfordret av opprør i flere byer og fornyede portugisiske invasjoner, og trakk seg tilbake fra det sørlige Burma og grunnla et nytt dynasti i Ava, eller . Bayinnaungs sønnesønn Anaukpetlun forente nok en gang Burma i 1613 og beseiret portugiserne i deres forsøk på å overta landet, men over tid ble riket desintegrert. Anaukpetluns etterfølger Thalun gjenoppbygde det krigsherjede landet, og ut ifra Thaluns omsetting i 1635 har kongedømmets befolkning blitt anslått til to millioner.