Etter at Clarke ga seg i The Sousa Band, flyttet han i 1923 - av helsemessige årsaker - med sin kone Lillian til Long Beach, California. Der virket han som dirigent og pedagog. I California dirigerte Clarke fram til 1943. Han skrev flere lærebøker, som brukes verden over den dag i dag. Clarke ligger begravd i Congressional Cemetery, Washington DC; ved siden av sin meget gode venn John Philip Sousa.