Lokaltrafikken med tog (S-baner, av tysk S-Bahn, Stadtschnellbahn) er stort sett godt utbygd rundt de største byene. Dette gjelder særlig forbindelsene til og fra sentrum, mens tverrforbindelser ofte mangler selv i de største byene. S-togene fungerer i praksis mest som pendlertog og utgjør en viktig del av det tyskerne kaller Öffentlich Personennahverkehr (ÖPNV), dvs. kollektiv nærtrafikk.