Etter 1532 beholdt Bretagne en viss grad av skattemessig og regulert selvstyre som ble definert av États de Bretagne til tross for en tidsmessig bølge av kongelig enevelde. Bretagne forble også som en helhet sterk katolsk i løpet av perioden med hugenotter og den franske religionskrigen, skjønt protestantisme fikk et fotfest i Nantes og noen få andre steder. Fra 1590–1598 under krigen med den katolske liga forsøkte Philippe Emmanuel (Bretagnes guvernør og ektefelle av grevinne Penthièvre) å få seg selv erklært hertug av Bretagne, og allierte seg med Filip II av Spania. Sistnevnte overveide på den andre side å etablere sin datter Isabella som overhode av et rekonstituert Bretagne. Henrik IV fikk Philippe Emmanuel til ærefullt å overgi seg.