Etter regjeringens avgang i 1993 valgte Schlüter også å trekke seg som politisk leder og formann i Konservative Folkeparti. Året etter utløp mandatperioden i Folketinget, hvor han ikke søkte gjenvalg, og han ble i stedet valgt til Europaparlamentet med et rekordhøyt stemmetall sommeren 1994. Han var visepresident i parlamentet frem til 1997, og i 1999 gav han seg også her.