På slutten av 1300-tallet ble sideskipene forhøyet og fikk dermed samme høyde som midtskipet. Kirken fikk i det store og hele mer utseende av en hallkirke. Etter denne ombyggingen ble kirken gjeninnviet til Hippolytus. Mellom 1425 og 1440 ble det sentrale kirkeskipet også forhøyet slik at kirken igjen fikk en mer tradisjonell basilika-form.