De katolske monarkene igangsatte en politikk for å oppnå religiøs og nasjonal enhet. Jødene hadde siden 1300-tallet havnet i økende grad av diskriminering og forfølgelse. Det kristne hatet, aktivt oppmuntret av flere paver, som Klemens VII og Benedikt XIII, førte til grusomheter som ble utført med den beste samvittighet. «Den ugjennomsiktige blandingen av pengegriskhet og religiøs ekstase sikret suksessen». De anonyme anklagene under inkvisisjonen forvandlet Spania til en totalitær stat. De religiøse minoritetene ble forsvarsløse og rettsløse. I Sevilla alene ble 700 kjettere brent på bålet i løpet av sju år. Flere av de mest bestialske og sadistiske forfølgerne av jødene ble senere den katolske kirkens offisielle helgener, som Vincent Ferrer og Pedro de Arbues.