I Egypt og på Sinai-halvøya foretok de betydelige arkeologiske og fysiske undersøkelser inntil september 1762, da de entret et skip i Suez for å reise til den sydlige delen av Arabia. Ekspedisjonen ankom Loheia 29. desember og reiste over land til Mokka. 25. mai 1763 døde von Haven her, sannsynligvis av malaria. Kort tid etter, 11. juli, døde også Peter Forsskål.