Kirken ble stukket i brann av svenskene i forbindelse med angrepet i 1523. Etter reformasjonen ble den så forfallen at den ikke kunne repareres og ble derfor revet i 1542. Senere, da byen ble flyttet etter bybrannen 1624, ble området tildekket og brukt som jordbruksareal. Utgravninger ble gjennomført i 1867 under ledelse av Nicolay Nicolaysen, i 1935 under ledelse av Gerhard Fischer og i 1961–1963 under ledelse av Håkon Christie.