Sesongen 2000–01 var ganske lik den foregående i ligaen, Arsenal endte ti poeng bak Manchester United, og kampen om tittelen hadde så godt som vært over siden februar da Arsenal tapte 6-1 på Old Trafford. Da laget var tidlig ute av kampen om serien så prioriterte laget cupene og Europa, i FA-cupen kom Arsenal til finalen etter å ha slått ut Tottenham i semifinalen. I finalen på Millenium Stadium i Cardiff møtte de Liverpool. Arsenal dominerte det meste av kampen, og ble snytt for et mål etter at forsvareren Stephane Henchoz hadde stoppet en ball på målstreken med armen uten at Arsenal ble tildømt straffespark, Arsenal tok til slutt ledelsen 1-0 etter at mål av Fredrik Ljungberg men slapp inn to mål mot slutten av kampen, begge laget av Michael Owen. I Champions League nådde Arsenal kvartfinalen (første gang siden 1972 i den turneringen), bare for å bli slått ut på bortemåls-regelen av Valencia, som kom til finalen det året.