Abernathy begynte på sin profesjonelle karriere i 1950, etter at han ble utnevnt til Personaldirektør ved Alabama State University og senere overtok han stillingen som professor innen samfunnsfag og matematikk. I denne perioden arrangerte han også ett radio show og han ble den første fargede mannen som opptrådte på radio i Montgomery. I februar 1952 ble han kalt inn som Senior Prest i First Baptist Church, som var den aller største kirken for svarte mennesker i Montgomery, Alabama, der han tjenestegjorde som prest i de neste 10 årene.