De alvorligste bruddene på menneskerettighetene fant imidlertid sted i siste del av krigen da regimet gjennomførte en klar folkemordspolitikk mot den kurdiske befolkningen i det nordøstlige Irak. I løpet av 1988 ble 100 000 til 200 000 kurdere drept, og tusenvis av landsbyer rasert. Opprørsstyrkene og sivile landsbyer ble angrepet med giftgass, og 16. mars 1988 mistet rundt 5 000 mennesker livet da byen Halabja ble angrepet med gass.