Under krigen var det svært vanskelig å få dekket pasientenes grunnleggende behov slik som mat, varme, tilsyn og pleie. Krigsårene var preget av mangel på koks og ved, matmangel og årlig kosthold, sykdom, økning av dødsfall og stor utbytting av og mangel på personale. I 1942 var det 130 pasienter. Johnsen ble grunnet sykdom borte fra arbeidet vinteren 1943/44, ansvaret for institusjonen ble da tatt over av hans assistent overpleier og diakon Eidem.