Deretter flyttet hun til København, hvor hun i årene 1805–9 bekledte stillingen som hoffmesterinne hos prinsessene Juliane Sophie og Louise Charlotte, fra 1810 samme stilling hos arveprinsesse Caroline. Hun var en avholdt personlighet ved hoffet, og omgikkes både Baggesen og Oehlenschläger, hvis dikt hun oversatte. Hennes egen diktning utkom i 1796 under tittelen: «Amaliens poetische Versuche». Amalie Münster endte sitt liv på Frederiksberg slott i 1814 ved å henge seg i en gardinsnor.