Etter at Neill fikk sparken som manager 3. desember 1983, så tok Howe over som manager. På tross av at han brakte inn unge spillere som Tony Adams, Davis Rocastle og Niall Quinn, oppnådde ikke klubben bedre plasseringer enn nummer 6 og 7 i ligaen. Etter bare to år i jobben trakk Howe seg 22. mars 1986 kort tid etter Arsenals kamp mot Coventry City, etter at ryktene begynte å sirkulere om at styret ønsket å erstatte han med Terry Venables. Til slutt var det George Graham som etterfulgte han.