I påvente av en amerikansk annektering av Republikken Texas ble Taylor sendt til Fort Jesup i Louisiana i april 1844. Han ble beordret til å forsvare seg mot ethvert forsøk fra Mexico på å gjenvinne territoriet. I juli 1845 var annekteringen nært forestående, og president James Knox Polk gav Taylor i oppdrag å gå inn i det omstridte grenseområdet mellom Texas og Mexico. Taylors styrker ble forlagt til Corpus Christi, hvor de frem til mars 1846 ventet på et meksikansk angrep.