Veistrekningen går hovedsakelig langs Vestlandet mellom Klettkrysset utenfor Trondheim i nord og Kristiansand. E39 har omkring 90 tunneler, og over 6 prosent av veiens samlede lengde er i tunnel. I E39 inngår nå syv fjordkryssinger med ferje. Etter åpningen av Kvivsvegen i 2012 har E39 syv ferjesamband. Billettprisene for liten personbil for strekningen samlet var i 2012 på 700 kroner, og 5000 kroner for tunge kjøretøyer.