Omkring 16. mai flyttet statsrådene med følge til Tromsø hvor de satte opp departementenes administrasjon i Bispegården. Ved statsråd 18. mai ble Forsvarets Overkommando opprettet med Ruge som midlertidig forsvarssjef og detaljene om utformingen av Nortraship ferdige. Tiden i Tromsø ble brukt på en rekke sivile saker innenfor de forskjellige departementenes områder. Regjeringen hadde kontrollene over radiosendere i Tromsø, Bodø og Vadsø, senderen i Bodø gikk tapt under bombingen. I Tromsø fremførte Nordahl Grieg, som kom sammen med gullet, sitt dikt 17 mai 1940 over radio.