Europeiske emnesentre (ETCer) er konsortier av eksperter som EEA har inngått avtale med for å oppgaver som er vedtatt i EEAs flerårige arbeidsprogram og de årlige arbeidsprogrammene. ETCene blir utpekt av EEAs styre etter en konkurransebasert utvelgelsesprosess i hele Europa og fungerer som en utvidelse av EEA på sitt spesifikke emneområder. Hvert ETC består av en koordinerende organisasjon og spesialiserte partnerorganisasjoner fra miljøforsknings- og informasjonsmiljøet, som kombinerer ressursene sine innenfor sine mer spesifikke ekspertiseområder. ETCene, i samarbeid med Eionet-landene, legger til rette for levering av data og informasjon fra landene og leverer rapporter og andre tjenester til EØS og Eionet.