Nicaragua har varme og fuktige lavereliggende områder i øst. Det er mye nedbør året rundt, og på sørøstkysten kommer det ofte svært store nedbørsmengder om sommeren med 2500–3750 mm i løpet av et år. Dette området er et av de våteste i Mellom-Amerika. Orkaner er en stor risiko på østkysten av Nicaragua, særlig fra september og inn i november. De nordvestlige høyereliggende områdene er litt kjøligere og har mindre fukt. De vestlige områdene, inkludert Managua, har mer trykkende forhold. Her er det regntid på sommeren, men med en markert i juli og august, da det kommer lite regn. Perioden fra desember og ut april er også svært tørr. I desember og januar er det ofte vindfulle og noe kjøligere dager.