I 2007–2009 satt han i den regjeringsoppnevnte Personvernkommisjonen, som hadde som oppgave å foreta en utredning om personvernet i det digitale samfunn. Innføring av EUs datalagringsdirektiv var et av de vesentlige tema som ble drøftet. Han ble kjent for allmennheten gjennom debatten som fulgte i media, om anonymitet og lagringstid for trafikkdata på Internett. Mange fryktet at direktivet ville svekke personvernet, mens andre, blant annet Fløisbonn, hevdet det motsatte, med bakgrunn i at etterforskning av kriminalitet på Internett ville bli umulig, dersom man ikke hadde elektroniske spor.