Klubbens røtter går helt tilbake til 29. september 1887, da idrettsforeningene og gikk sammen og stiftet . Klubben endret navn til i 1919, da slo seg sammen med de to andre by-lagene og . Fargene rødt og hvit ble valgt som klubbens farger, som et kompromiss mellom de tre klubbene. HSV kan gjennom hevde at de er Tysklands eldste fotballklubb, noe mange andre klubber er uenige i, i og med at klubben egentlig ble stiftet som en turnklubb, og at det ikke ble spilt fotball i klubben før 1891, da et halvt dusin engelskmenn kom til klubben og introduserte sporten for tyskerne.