I krigsårene ble det et midlertidig skille mellom stat og kirke. Kirken tok klar avstand fra det nazistiske styret helt fra okkupasjonen 9. april 1940, men det endelige skillet mellom kirke og stat kom ikke før i 1942, da naziledelsen bestemte at Vidkun Quislings utnevnelse til statsoverhode skulle markeres med en festgudstjeneste i Nidarosdomen. Biskopene, ledet av biskop i Oslo Eivind Berggrav, forfattet da hyrdebrevet , der de sa fra seg de statlige delene av embetet. Dette førte til at alle biskopene og enkelte prester ble internert fram til krigsslutt. Rundt 90 % av prestene i Den norske kirke fulgte biskopenes eksempel og brøt med statsmakten. Det lokale kirkelivet ble i liten grad påvirket av dette, da prestene fremdeles utførte kirkelige handlinger som sakramentsforvalting, begravelser og lignende. De plassene man hadde nazistiske prester, holdt folk seg stort sett borte fra kirken, mens kirkesøkningen i de fleste kirker gikk betraktelig opp i krigsårene.