Guvernøren, koloniens øverste myndighet og kronens representant, fører eget flagg etter samme modell som øvrige guvernører i britiske besittelser. Det vil si det britiske unionsflagget med koloniens våpenskjold omgitt av en krans i midten. Flagget benyttes av den britiske høykommissæren (ambassadøren) i New Zealand, som også fungerer som Pitcairnøyenes guvernør.