Ideen til hundeløpet kom i 1989, og i 1990 ble det første løpet med 41 startende arrangert. Dette løpet måtte avbrytes midtveis på grunn av ekstremt mildvær og overvann. De første årene var det Røros Hundeklubb som stod som arrangør. Fra 2001 til 2011 var Femundløpets Venner arrangør, og fra 2012 er det Femundløpet AS som er offisiell arrangør. Lenge gikk løpet i Røros- og Femundstraktene, oftest i forholdsvis øde områder med lite tilgang for publikum.