Som alle andre norske flaggermus lever trollflaggermus av insekter. Den jakter i skog og over både ferskvann og hav. Fjærmygg er det viktigste byttet. Arten har en forkjærlighet for trange skjulesteder. Ynglekolonier er påtruffet i hulrom i trær, flaggermus- og fuglekasser og i bygninger (fortrinnsvis bak bekledninger). I sitt vestlige utbredelsesområde er ynglekolonier mest å finne i bygninger. Koloniene består som regel av et par titalls, men unntaksvis opp til 200 dyr .