Dalbunnen i Junkerdalen består av sand og grus, og en del stein av ulik størrelse. Dalbunnen er dekket av tynn og mager jord. Junkerdalselva har endret løp flere ganger gjennom dalbunnen, og Helland beskriver at det er flere meandre. Junkerdalsura er trang, og derfor hender det at dalbotnen settes under vann i vårflommen.