Kgl.res. 05.08.1816 ble Moss, Onsøy, Rygge, Råde, Tune og Våler skilt ut som Vestre Borgesyssel prosti. Kgl.res. 14.10.1882 bestemte at Glemmen skulle skilles ut fra Fredrikstad og delte byen i Vestre og Østre Fredrikstad fra 01.01.1883. Kgl.res. 11.05.1909 bestemte at Kråkerøy med virkning fra 01.07.1909 skulle utskilles fra Glemmen som et eget prestegjeld. Lov av 10.05.1968 om deling av Oslo bispedømme, ble det opprettet et Borg bispedømme bestående av Østfold og Akershus fylker med unntak av Asker og Bærum kommuner. Kgl.res. 25.06.1971 med virkning fra 01.01.1973 ble det foretatt endinger i prostiinndelingen i Borg bispedømme. Nedre Borgesyssel prosti opphørte, og de prestegjeldene som hadde ligget under prostiet gikk inn i to nye prostier, Fredrikstad domprosti og Sarpsborg prosti.