Mihdhar ble født i Saudi-Arabia og kjempet i krigen i Bosnia på 1990-tallet. Han var også utdannet ved treningsleirene til Al-Qaida på 1990-tallet. Tidlig i 1999 reiste han til Afghanistan der han som en erfaren og respektert jihadist var en av de første som ble valgt ut av Osama bin Laden til å delta i angrepene på USA den 11. september 2001. Mihdhar ankom California sammen med kapreren Nawaf al-Hazmi i januar 2000. På dette tidspunktet var Central Intelligence Agency (CIA) klar over Mihdhar muligens var en trussel mot rikets sikkerhet, og han ble fotografert i Malaysia med et annet høyststående medlem av Al-Qaida som var involvert i bombingen av det amerikanske skipet USS «Cole». CIA informerte ikke Federal Bureau of Investigation (FBI) da de fant ut at Mihdhar og Hazmi hadde kommet inn i USA, og Mihdhar ble ikke satt på noen overvåkningsliste før i slutten av august 2001.