Etter at det kom til brudd mellom Sovjetunionen og Nazi-Tyskland i 1941 skjedde en stor eskalasjon av etnisk rensing av folkegrupper i Sovjetunionen som Stalin mistenkte for å være illojale mot Sovjetunionen. Folkegrupper som ble utsatt for sovjetiske deportasjoner i 1930- og tidlig i 1940-årene før sluttfasen av andre verdenskrig var polakker (1939–1941 og 1944–1945), rumenere (1941 og 1944–1953), litauere, latviere, estere (1941 og 1945–1949), volgatyskere (1941–1945), Ingermanlandsfinner (1929–1931 og 1935–1939), finner i Karelen (1940–1941, 1944), krimtatatarer, krimgrekere (1944) og kaukasiske grekere (1949–50), kalmukker, balkarer, karatjsaiere, mesjetiske tyrkere, karapakker, koreanere (1930–1937), tsjetsjenere og ingusjer (1944).