Han bad om at henrettelsen skulle skje ved skyting, men hans ønske ble avslått i likhet med de andres. Jodl ble hengt den 16. oktober 1946. Hans siste ord var «Mine hilsener til deg, mitt Tyskland». Han gikk dermed i døden uten å ha gitt noen ytre erkjennelse av å ha begått forbrytelser. I stedet oppfattet han seg som et offer i en tragedie.