Gamle kinesiske og russiske kart viser at Issyk-Kul hadde avløp gjennom Tsju fra 1600- til midten av 1800-tallet. Dagens vannspeil ligger på 1607 moh., mens sadelpunktet mot Tsju ligger 1620 moh. Vannivået var altså betydelig høyere, men arealet var ikke mye større på grunn av at breddene er bratte. Fra 1000- til 1300-tallet var derimot vannivået lavere enn i dag, noe som forklarer ruinene som ligger på 3–6 m dybde i innsjøen.