Spielrein begynte legestudier ved Universitetet i Zürich i 1905. Spielrein fortsatte som Jungs forskningsassistent, og han veiledet hennes avsluttende avhandling i psykiatri. I 1908 besto hun den første eksamen i medisin, og i 1911 ble hun kvalifisert som psykiater med avhandlingen Betegnelsen schizofreni hadde nylig blitt introdusert av Bleuler. Hun tok den medisinske doktorgraden i 1911, først med Bleuler, deretter med Jung som veileder.