I 1938 begynte han sine prestestudier ved Jinans katolske presteseminar og ble presteviet i 1943. Zong begynte sin prestetjeneste i en landsbymenighet, men ble generalvikar for bispedømmet Zhoucun i 1949. Da kommunistene vant makten i landet samme år, begynte snart en urolig tid med utrenskninger, fengslinger og andre forfølgelser. De prestene som etterhvert var villige til å fungere på den nye regjerings premisser, og bryte båndet med Vatikanet, fikk opprette Den kinesiske patriotiske katolske forening. Foreningen var sterkt kontrollert av myndighetene.