Innvendig har basilikaen 24 søyler av gresk marmor. Over søylene er det fresker av noen av erkebiskopene i Ravenna. En mosaikk av sankt Apollinare som står i en grønn eng med tolv lam i preger apsisen. Dette kan tolkes som kristus og de tolv apostlene. Over Apollinare er det et stort kors. På sidene av korset finner vi profeten Elias og Moses.