Scientific Linux ble lansert den 10. mai 2004. Distribusjonen ble laget som et samarbeidsprosjekt mellom to laboratorier for partikkelfysikk: (Fermilab) i nærheten av byen Chicago i Illinois i USA og CERN i Genève i Sveits. Distribusjonen ble videreutviklet av Fermilab, CERN, det tyske nasjonale forskningssenteret (DESY) som driver partikkelakseleratorer (syklotroner) og av den tekniske høyskolen i Sveits.