Målet med å forberede en prøve er å lage en suspensjon av enkle partikler som kan passere gjennom systemet uten å forstyrre eller blokkere væskegjennomstrømningen. Partikler som kan analyseres kan være individuelle celler, organeller eller organvev. En suspensjon av enkle partikler laget av biologisk materiale kan variere fra å være veldig enkelt til å være frustrerende vanskelig, Kroppsvæsker, spesielt blod, inneholder allerede enkeltceller som kan bli farget med et fargestoff og prosessert direkte i flowcytometeret. I en blodprøve kan man bruke et fargestoff som heter thiazole orange for å analysere og telle retikulocytter. Fast vev er mye vanskeligere å analysere ved hjelp av flowcytometri da det kreves at vevet løses helt opp i individuelle celler før metoden kan tas i bruk. Ved store vev fragmenter eller celleklumper kan en risikere å tette tubene i apparatet. En teknikk som løsner celler fra en type vev kan mislykkes helt i en annen type vev. En generell metode er å bruke kollagenase for nedbrytning av vevet til enkeltceller.