Mtwara har god tilknytning til resten av landet, tatt i betraktning at den ligger såpass avsides. Det er en asfaltert vei til Lindi i nord, og delvis asfalterte veier til Masasi og Newala i vest. A19 går mellom Mtwara i øst og Mbamba Bay ved kysten av Malawisjøen i vest. Mtwara lufthavn har en asfaltert rullebane som kan ta imot passasjerfly, og Air Tanzania flyr herfra til Julius Nyerere internasjonale lufthavn i Dar-es-Salaam. Det går også ferge mellom Mtwara og Dar-es-Salaam, en tur som tar rundt 24 timer. Bygging av en asfaltert vei som knytter sammen Dar-es-Salaam, Lindi og Mtwara er i arbeid, og inkluderer en bro over elva Rufiji. Mtwara fungerer også som knutepunkt for den økende turismen i nabobyen Mikindani. Det er også planer om en jernbaneforbindelse til Lindi og gruver i Mchuchuma og Liganga.