Motstanden mot genoveserne var fortsatt sterk, og i 1745 startet motstandskampen igjen, denne gang under François Gaffori. Han ble myrdet i 1753, men motstandskampen ble overtatt av Pasquale Paoli, en korsikaner som inntil da hadde levd i eksil i Napoli. Han lyktes med å drive ut genoveserne i 1755, og øya ble erklært som selvstendig republikk med Paoli som president. Corte ble valgt som hovedstad, der også et universitet ble etablert i 1763. Øya fikk Europas første demokratiske grunnlov, der også kvinnene fikk stemmerett. Utdanning og skolegang ble høyt prioritert.