En stund så det ut som om de greske bystatene hadde skaffet seg sin uavhengighet, men i realiteten hadde de ingen mulighet til å stå imot makten til Persia, og nå snudde det seg i mot dem. Kypros var den første som ble knust, og etterpå ble de fleste andre byene langs kysten lagt under beleiring. På dette tidspunktet oppgav Aristagoras opprøret og flyktet til Thrakia.