Både Kari Vogt og Maria Dzielska mener at det var et politisk mord, og at motivet er å finne i en maktkamp mellom biskop Kyrill og keiserens prefekt Orestes. Kyrill ble biskop i Alexandria i 412, og like etter ble Orestes utnevnt som keiserens for Alexandria og Egypt. Orestes var kristen og venn av Hypatia. Trolig spurte han henne også om råd i politiske spørsmål.