I 229 ble øya erobret av illyrerne fra Balkan, men ble raskt reddet av en romersk flåte og forble en romersk flåtebase fram til minst år 189 f.Kr. På denne tiden ble styrt av en prefekt (antagelig nominert av konsulene). I 148 f.Kr. ble øya administrativt underlagt den romerske provinsen Makedonia. I år 31 f.Kr. benyttet Octavianus (senere kjent som Augustus) som base i krigføringen mot Marcus Antonius. Fra 336 e.Kr. og framover ble Kérkyra styrt av Østromerriket. Etter den endelige delingen av Romerriket i to i 395 forble Kérkyra under Østromerriket, kjent senere som Det bysantinske rike.