Den 29. august 1498 satte Vasco da Gama seil for tilbaketuren. Pga. den alvorlige situasjonen han anså seg å være i, ignorerte han den lokale kunnskapen om mønsteret til monsunvindene, som fortsatt blåste mot øst, og vanskeliggjorde kryssingen vestover. Å krysse Indiahavet med monsunvinden til India hadde tatt Gamas skip kun 23 dager, mens reisen vest over havet, mot vinden, tok hele 132 dager, og Gama kom til Malindi først den 7. januar 1499. Under denne kryssingen døde nær halvparten av mannskapet av skjørbuk, og de øvrige var også rammet av sykdommen. Kun to av hans fire skip klarte å komme seg tilbake til Portugal, hvor de ankom henholdsvis i juli og august 1499. Broren Paulo da Gama døde da de kom til Azorene, mens Vasco da Gama kom tilbake til Portugal i august 1499 og ble rikt belønnet som mannen som hadde virkeliggjort en drøm som det hadde tatt åtti år å virkeliggjøre. Da Gama fikk tittelen «admiral av de indiske hav», og hans føydale rettigheter til Sines ble bekreftet.