Final Fantasy VII: Crisis Core tar sted før hovedspillet Final Fantasy VII. Hovedpersonen er Zack, en kjent figur også fra hovedspillet. Final Fantasy VII: Crisis Core forklarer mye av forhistorien som leder opp til starten av Final Fantasy VII. Andre kjente hovedpersoner fra Final Fantasy VII som Sephiroth, Cloud og Aerith er ofte å sees i Crisis Core og spiller en viktig rolle.