José Isidro Guerrero Macías ble presteviet 22. april 1973 i katedralen i Culiacán. Han studerte fra 1967 til 1972 filosofi ved det erkebiskoppelige seminar i Guadalajara, og fra 1978 til 1980 pastoral- og moralteologi ved Det pavelige Lateranuniversitet og Det pavelige akademi Alfonsiana i Roma. Dessuten studerte han sakralerkeologi i Israelo og tok forskjellige kurs for seminarutdannere i regi av Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM).