I løpet av 1990-tallet ble det gradvis anerkjent at det endosymbiotiske opptaket av blågrønnalger sannsynligvis bare skjedde én gang. Man forstår det likevel slik at endosymbiotiske hendelser også forekom med hele eukaryoter med primære kloroplaster. Det betyr at en eukaryot organisme uten kloroplast «slukte» en annen eukaryot organisme med kloroplast. Man mener dette er opphav til algegrupper med «sekundære» og «tertiære» kloroplaster.