Fra januar 1902 til desember 1904, da han frasa seg gjenvalg, satt Astrup i formannskapet i Narvik bystyre. Han var varaordfører i 1902 og 1904 og ordfører i 1903. Fra 1902 til 1905 var Nils Astrup medlem av fylkeslegeutvalget i Nordland, hvor han de to siste årene var formann. I januar 1905 ble han ansatt som bylege i Narvik og som jernbanelege på Ofotbanen. Astrup praktiserte som lege i Narvik frem til 1940. Nils Astrup ble ridder av Vasaordenens 1. klasse i 1903.