Ved sin tilbakekomst til Valladolid innehadde han Vesper-lærestolen ved universitetet der, før han dro til Paris for å fortsette studiene sine ved universitetet der. Der ble han kjent med Ignatius av Loyola. Ignatius overbeviste ham om at han burde fullføre høyere teologistudier, og kunne også ordne det slik for ham at han ble professor for filosofi ved College de Calvi ved siden av Sorbonne.