Etter å ha reist gjennom flere verdener og slåss mot blant annet Koopalings, Bowser Jr. og Kamek the Magikoopa, kommer de endelig frem til Bowsers slott. Bowser kan beseires, men kan også bli umiddelbart gjenopplivet av Kamek, som kaster en magisk trylleformel som kan forvandle Bowser til et gigantisk monster. Bowser følger deretter etter Mario og de andre, og ødelegger alt i hans vei, for å kidnappe prinsessen igjen.