Han hadde betydelige forleninger: Fra 1538–42 Gjelstrup i Ods herred, 1544–67 Fultofte og Heglinge, 1551–67 Froste herred, 1565–67 Vefre og Høgby i Oxie herred. Etter faren arvet han Krogholm i Skåne, og gjennom sitt ekteskap med fru Gørvel Fadersdatter, ble han en av Danmarks rikeste adelsmenn med gods både i Norge og Sverige. Gørvel Sparre beskrev ekteskapet med Brahe som sitt lykkeligste, og sammen flyttet paret i 1554 til Lund.