Far til Kobelius, pastoren August Kobelius, var en innflytter fra Landshut. Moren var datter av (død 1683), som var organist i Weißenfels og som ga Kobelius den første musikkundervisningen. Senere studerte Kobelius hos Johann Christian Schieferdecker og komposisjon hos Johann Philipp Krieger da han var kapellmester ved hoffet i Weißenfels. I studietiden foretok Kobelius lange reiser som førte ham helt til Venezia. I 1702 fikk han stillingen som organist ved St. Jacobi i Sangerhausen i konkurranse med den 17 år gamle Johann Sebastian Bach. Byrådet gikk inn for Bach, men hertug Johann Georg av Sachsen-Weißenfels overstyrte og tilbød Kobelius posten.