Samtidig dukket en ny protestantisk retning opp med Jean Calvin, kjent som kalvinismen (skottene kalte seg presbyterianere). Kalvinister ville ha en stelvstendig kirke, og mente at folks skjebne var forutbestemt, slik at kirkens enerett på tilgivelse og frelse ble uinteressant. Kalvinismen og lutheranismen kom under angrep da Motreformasjonen samlet katolikkene i en retning som var mer dogmatisk innen både tro og levnet. Forfølgelse av kalvinister, også kjent som hugenotter, i Frankrike medførte at landet gikk inn i en borgerkrig med flere blodbad før hugenottene fikk rettigheter i 1598. I England var kampen mellom katolisisme og anglikansime utspilt fra monarkenes side, fra Henrik VIIIs brutale fremferd mot katolikker til eldstedatter Marias brutale fremferd mot ikke-katolikker kort tid etterpå. Under dronning Elizabeth I roet det seg. I 1618 gikk de religiøse konfliktene over i Tredveårskrigen, den siste store religionskrigen. Etter forskjellige trefninger over mesteparten av Nord-, Sentral- og Vest-Europa, ble etter hvert Nederland og kalvinismen begge anerkjent, Sverige fikk drastisk utvidet sine områder og Det tysk-romerske rike ble en svært løs konføderasjon med svært internt selvstendige stater.