Johannes hadde fått tittelen despot da faren tiltrådte som keiser i 1417. Tittelen ble etter tradisjonen tildelt eldste sønn når han ble utpekt til keiserens etterfølger. Johannes kom imidlertid i konflikt med sine foreldre. Ifølge et innskutt avsnitt i historien til den samtidige greske historikeren Laonikos Chalkokondyles, anklaget han sin mor Theodora for å ha et forhold til en ikke navngitt høyere tjenestemann, en «protovestarios», i riket. Johannes drepte denne påståtte elskeren, og holdt også keiseren og keiserinnen en tid fanget i citadellet, før livvaktene fikk satt dem fri. Johannes flyktet så til Georgia. Etter dette ble Johannes fratatt despot-tittelen, og hans yngre bror Alexander ble utnevnt til despot.