Hun ble 12. juni 2015 utnevnt av Kongen i statsråd til administrerende direktør i Statistisk sentralbyrå, og tiltrådte embetet 1. september samme år.. Under Meyers ledelse har SSB foreslått å erstatte økonomiske prognosemodeller som SSB selv har utviklet siste tiår. I 2016 satte hun ned et utvalg som i januar 2017 foreslo å redusere forskingsavdelinga i SSB fra rundt 80 ansatte til 25–35 ved å flytte en del av de ansatte til statistikkavdelingen. Finansavisen omtalte prosessen som «Vingeklipper SSB-forskning». Som følge av en konflikt med Finansdepartementet knyttet til omorganiseringen av forskningsavdelingen valgte Meyer å fratre sin stilling 13. november 2017. Hun gikk deretter tilbake til stillingen som professor ved Norges handelshøyskole.