Karl Theodor begynte å gjenoppbygge slottet i 1742. Et lyn ødela andre palassbygninger under gjenoppbyggingen i 1742, noe som førte til at arbeidet ble avbrutt. Heidelberg falt til Storhertugdømmet Baden i 1803. Karl Fredrik, storhertug i Baden, grunnla på nytt universitetet, kalt «Ruperto-Carola» etter sine to grunnleggere. Betydelige lærde gav universitetet snart berømmelse som en «kongelig bolig for intellektet».