I 1898 trakk han seg helt tilbake fra politikken for å helt vie seg til historisk forfatterskap. I 1897 utkom de to første delene av hans , som førte til at han ble innvalgt i Det franske akademi. Hanotaux utgav og redigerte senere (4 bind, 1903-06), (1911), og (17 bind, 1915-26). Under hans ledelse utkom også samleverket (1921-30).