I 1519 ble Stuttgart rammet av hungersnød, borgerkrig og pest. Fra november dette året og til våren 1521 tilbrakte Reuchlin som professor i hebraisk og gresk ved tildels i Ingolstadt, og delvis i Tübingen. Han hadde fått et høyt omdømme både som intellektuell og som menneske. Han berørte aldri direkte reformasjonens ideer, men gjennom sine grammatikalske studier og arbeid i gresk og hebraisk gagnet han i høy grad reformasjonens sak. Våren 1522 følte den aldrende lærd det nødvendig å besøke badene ved Liebenzell, og der ble han smittet med gulsott som også ble hans død, 30. juni 1522. Hans navn innenfor filologien var da så stort at det var kun hans yngre samtidige, Erasmus av Rotterdam, som kunne ta opp arven.