Etter å ha blitt tatt til fange av amerikanerne etter andre verdenskrig ble Naumann stilt for retten i Nürnberg under Einsatzgruppenprosessen. Han uttalte flere ganger under prosessen at han ikke så noe galt i det Einsatzgruppen hadde gjort. Da han ble spurt om han så noe moralsk galt i Adolf Hitlers ordre, svarte han at han «anså dekretet for å være rett fordi det var en del av vårt mål med krigen, og derfor nødvendig».