Fanon ble stasjonert i Algerie, og herfra sendt over Middelhavet for å ta del i landgangen ved Saint Tropez og frigjøringen av Sør-Frankrike. Han ble såret og dekorert med det franske krigskorset for sitt mot. Det var først her, under felttogene i Frankrike, at Fanon virkelig møtte rasisme på nært hold. Han oppdaget at han for franskmennene først og fremst var «neger», uansett utdannelse, profesjon eller personlige egenskaper. «Når noen liker meg, sier de til meg at det er på tross av min hudfarge. Når de misliker meg, påpeker de at det ikke er på grunn av min hudfarge. Hvordan man enn betrakter det, er jeg fanget i en ond sirkel». Etter krigens slutt i 1946 vendte han tilbake til Martinique, for ett å senere å reise til Frankrike igjen for å studere medisin i Lyon.