Reformasjonen fikk imidlertid heller ikke i Skottland et fullstendig folkelig gjennombrudd, og til tross for religiøs forfølgelse besto det katolske områder særlig i de keltiske områdene i kystområdene i nordøst, i deler av Banffshire, på Hebridene og i de nordligere delene av det skotske høylandet. Særlig viktige katolske områder var De skotsk-gæliske områdene har vært både katolske og protestantiske i moderne tid, med de katolske skotsk-gæliske områdene har særlig vært Barra, South Uist og Moidart. Utenfor disse områdene var det også en del skotske adelsmenn og landeiere som forble katolikker til tross for det politiske presset, samt noen viktige konvertitter fra kalvinismen, som John Ogilvie (1569–1615), som ble ordinert som prest 1610, men ble fem år senere ble henrettet ved hengning, trekking og kvartering i Glasgow for katolsk misjonering.