Petrić kom på fjerdeplass på den sveitsiske toppscorerlisten sesongen 2005-06, med 15 mål på 31 kamper. Den samme sesongen spilte han også for FC Basel i alle deres 12 kamper i UEFA-cupen, og scoret tre mål før klubben ble slått ut av engelske Middlesbrough i kvartfinalen. Han fortsatte sitt gode spill for FC Basel i sesongen 2006–07. Han avsluttet sesongen 2006/07 som toppscorer i ligaen med 19 mål.