Ved gjeninnføringen av religionsfrihet i 1991 fantes det ingen gjenlevende biskoper og ikke noe rekrutteringsgrunnlag. Den økumeniske patriark oppnevnte en gresk metropolitt og i 1992 tre ytterligere greske biskoper. Siden 1998 har igjen tre albanere kunnet vies til biskoper. Den albansk-ortodokse kirke er fremdeles i en oppbyggingsfase med gjenopp- og nybygging av kirker. Den nye katedralen i Tirana stod ferdig i 2011.