På begynnelsen av 1800-tallet begynte britiske misjonærer å misjonere for den anglikanske kirke. Deres ideer fant også gjenklang hos enkelte tomaskristne. Da metropolitten Mathews Mar Athanasius prøvde å gjennomføre reformasjonen i den syrisk-ortodokse kirke av Malankara, ble han ekskommunisert i 1864. Han fortsatte imidlertid å virke som biskop og grunnla dermed den anglikanske Mar Thoma-kirken. Dennes selvstendighet ble stadfestet i en rettssak i 1888.