I Norge var pavens ståsted representert gjennom baglerne, et borgerkrigsparti dannet i 1196 av biskop Nikolas av Oslo, og biskop Eirik Ivarson i Stavanger, som i 1188 ble erkebiskop i Nidaros. Baglerne var nært forbundet med kirken, og deres aktive periode sammenfalt nesten nøyaktig med Innocens III. Biskop Nikolas og erkebiskop Eirik var blant de mest sentrale personene både innenfor baglerpartiet og i motstanden mot kong Sverre. Sverre ønsket at kirken skulle stå delt under biskopenes og kongens ledelse, mens biskopene forfektet Kirkens selvstendighet og overhøyhet over bispevalg, indre domssaker, kirkeskatt og myndighet over gårds- og slottskirker. Pave Innocens lyste Sverre i bann etter et klagebrev fra erkebiskop Eirik. På dødsleiet rådet imidlertid Sverre sønnen Håkon Sverresson til å forlike seg med kirken, noe han gjorde. Dermed kunne baglerne akseptere Håkon Sverresson som konge. I et pavebrev fra 1204 bebreidet pave Innocens erkebiskop Eirik for egenmektig å ha løst kong Sverre og andre fra det bann de hadde pådratt seg ved å støtte kongen. Paven uttrykket likevel sin glede over Håkons imøtekommenhet.