Vegetasjonen speiler klimaet, og for det meste er det tørr tropeskog, mens regnskog kler vulkanen Mombacho. Også faunaen er rikest rundt vulkanen. Livet i innsjøen er også rikt, blant annet er dette verdens eneste større ferskvannsjø med hai. Haiene svømmer opp Río San Juan og når innsjøen. Det er et forholdsvis rikt fiske i sjøen, men haifisket har blitt forbudt på grunn av svært reduserte bestander.