Stridighetene nådde også EU og Europaparlamentet. Slovenia var på denne tiden på vei til å bli EU-medlem, men debatten omkring Sestre fikk EU-representater til å spørre om landet egentlig var klar for medlemskap i unionen. «Jeg ble veldig sjokkert da jeg fikk vite at det nok en gang er debatt i Slovenia omkring seksuelle minoriteter. At temaet homofiles rettigheter dukker opp bekrefter for oss at Slovenia kanskje ennå ikke er klar for EU-medlemskap», sa Lousewies van der Laan i Europaparlamentets komité for offentlige og sivile rettigheter til slovensk tv.