To jesuittprester, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) og Francisco Garupe (Adam Driver), drar i det syttende århundret til Japan som under Tokugawa-shōgunatet har forbudt katolisismen og nesten all utenlandsk kontakt. Der blir de vitner til at japanske kristne blir forfulgt av landets styresmakter som ønsker å renske Japan for all vestlig innflytelse. Etterhvert skilles prestene, og Rodrigues drar til landsbygda mens han lurer på hvorfor Gud forblir taus mens Hans barn lider.