Ved lagtingsvalget i 1946 fikk partiet igjen to representanter, som tilfeldigvis også var brødre, Símun Petur Zachariasen fra Norðoyar og Louis Zachariasen fra Suðurstreymoy. Sjálvstýrisflokkurin stilte for eneste gang fellesliste med et annet parti, Javnaðarflokkurin. Javnaðarflokkurin var motstandere av en løsrivelse som kunne forringe færøyingenes levestandard, men felleslister var nødvendig for å oppnå representasjon. Dette var rett etter folkeavstemningen om færøysk selvstendighet, og situasjonen gjorde at partiet fikk større innflytelse enn det noen gang hadde tatt tidligere. Færøyenes hjemmestyrelov av 1948 var et resultat av et tverrpolitisk samarbeid på Lagtinget mellom representanter fra blant andre Sjálvstýrisflokkurin og Fólkaflokkurin.