Etter at den spanske overhøyheten i Napoli var over, utnevnte den østerrikske visekongen, kardinal Vincenzo Grimani, Scarlatti til kapellmester ved . Dette skjedde 1. desember 1708 og allerede i januar året etter oppførte Scarlatti sin nye opera . Denne andre perioden som kapellmester i Napoli ble preget av en rekke glitrende, påkostede operaer oppført ved Teatro San Bartolomeo. Av operaer som kom i denne perioden ble den aller største suksessen, mens ettertidens favoritt er (1721). Scarlatti begynte å interessere seg for instrumentalmusikk ganske sent i livet, i juni 1715 startet han å skrive på sine 12 og skrev sannsynligvis på samme tid annen orkester- og klaviaturmusikk.