Det største vassdraget i Hurum er Sagenevassdraget, som begynner i Hurums største innsjø, Sandungen, og renner i sørlig retning gjennom Sandungendalen, Rødbyvannet og Sagenedalen til utløpet i Sagenebukta i Ytre Oslofjord. Nord for Rødbyvannet har elva et meandrert løp, mens strekningen mellom Rødbyvannet og Sagene går gjennom ei trang bekkekløft. Nest størst er Tofteelva, som får vann fra ei rekke større og mindre vann i innlandet, blant annet Langvannet, Rødvannet og Røskestadvannet, og renner i sørlig retning mot utløpet i Toftebukta i Oslofjorden. Elva er lagt i rør gjennom industriområdet til forhenværende Tofte Cellulosefabrikk i den nederste delen av elveløpet. Også Sætreelva er et betydelig vassdrag, som renner fra Mørkvannet i nordøstlig retning mot utløpet i Sætrepollen i Oslofjorden.