San Juan er idag et viktig transportknutepunkt i Karibia for gods, flytrafikk og sjøfart og har en blomstrende cruisetrafikk. Samtidig er San Juan øyas industrielle, finansielle og kulturelle sentrum. Den er hovedstad og sentrum i ett storbyområde som omfatter Bayamón, Carolina, Guaynabo, Cataño, Toa Baja och Trujillo Alto. Hele dette området utgjør en befolkning på ca. to millioner innbyggere. Dette innebærer att omtrent halvparten av Puerto Ricos befolkning bor og arbeider innenfor dette storby-området. San Juan betjenes av Luis Muñoz Marín internasjonale lufthavn.