I begynnelsen var Pytagoras og disiplene hans høyt respektert, og Porfyrios beretter at flere av dem fikk politisk ansvar i byer i Magna Graecia. Gradvis oppsto det imidlertid misunnelse og fiendskap, der aristokraten Cylon fra Kroton skal ha vært en drivende kraft i motstanden mot Pytagoras. Cylon ville først bli en følger av Pytagoras, men ble avvist: Pytagoras ble i antikken sett på som oppdageren av fysiognomikk, sammenhengen mellom karakter og utseende, og Pytagoras skal på et dette grunnlag ha avvist Cylon. Dette aksepterte ikke Cylon, som ville ha hevn og startet et opprør mot Pytagoras.