I januar 2017 ble Kjetil Knutsen ansatt i Bodø/Glimt, som Aasmund Bjørkans assistenttrener. Etter et suverent opprykk fra OBOS-Ligaen i 2017, tok Knutsen over som hovedtrener samtidig som Bjørkan gikk over i en rolle som sportslig leder før 2018-sesongen. I sin første sesong som hovedtrener i Eliteserien ledet Knutsen laget til en 11.-plass i 2018-sesongen. Før 2019-sesongen var Glimt spådd en tøff sesong i bunnen av tabellen og av flere på nedrykksplass. Under ledelse av Knutsen overrasket laget alle og tok sølv i Eliteserien, klubbens første medalje på 16 år. Han ble kåret til Årets trener i Eliteserien for bragden.