President Aptidon gikk av som president i 1999 i en alder av 83 år etter å ha blitt valgt til en femte periode i 1997. Han ble etterfulgt av sin nevø Ismaïl Omar Guelleh. Ved presidentvalget i april 2005 ble Guelleh gjenvalgt for en ny 6-års-periode. Det samme skjedde i 2011.