Næringslivet i Finnøy er sterkt preget av primærnæringene. Tradisjonelt har det blitt drevet småskala jordbruk kombinert med noe fiske. I dag er gårdsbrukene større og de fleste drives nokså rasjonelt. Kommunen har en betydelig produksjon av melk, egg og fjærfe, svinekjøtt og oppdrettsfisk. Siden 1930-tallet har det blitt drevet dyrking av tomater i drivhus. I dag står kommunen for en betydelig del av denne produksjonen i Norge. En periode hadde de fleste gårdsbrukene drivhus, nå er produksjonen konsentrert om færre og større enheter. Tidligere var det et meieri på Finnøy, men dette er nå nedlagd. Øyene har noen verksteder og noen bedrifter innen bygg og anlegg, småindustri (blant annet landbruksutstyr-bedriften Agromiljø) og noe småskala satsing på turisme. Det fantes en videregående skole, Rygjabø vidaregåande skule, på Judaberg med utdanninger innen havbruk og fiskerifag, men denne virksomheten er nå flyttet til Strand. Rederiet L. Rødne og Sønner har sitt hovedkvarter på Kyrkjøy i Sjernarøyane.