Humboldtsulene ernærer seg tett ved kysten, i kaldt næringsrikt vann som bringes til overflaten av Humboldtstrømmen. Arten stupdykker etter stimfisk. Vanligvis jakter humboldtsuler føden i grupper på 30–40 individer eller flere, ofte også sammen med andre sjøfugler. På menyen står blant annet anchoveta og chilesardin (), samt noe stillehavsmakrell og annen fisk. Kommersielt overfiske førte til krasj i bestanden av anchoveta i 1972, men humboldtsulene ser ut til å ha blitt mindre påvirket enn mange andre fugler. Fisken fanges med det dolkelignende nebbet, typisk på 4,3 m dyp (maksimum dybde er cirka 10 m).