José Enrique startet sin fotball-karriere hos Levante før han ble snappet opp av Valencia. Valencia sendte han på et sesonglangt utlån til Celta Vigo. Når dette oppholdet var over, ble han så signert av Villarreal i 2006 etter flere gode kamper for Celta Vigo. Han hadde en suksessfull 2006-07 sesong hos Villarreal før han ble solgt til Newcastle United.