Da Barretts forverrede mentale helse ledet til hans avgang fra bandet i 1968, tok Waters styring over bandets artistiske retning sammen med gitarist og vokalist David Gilmour, som hadde blitt medlem av bandet som en forsterkning og etter hvert som en erstatter for Barrett. Bandet gikk deretter igang med å spille inn sitt neste album, . På dette albumet bidro Waters mer aktivt som låtskriver. Waters skrev «Corporal Clegg», som ble den første Pink Floyd-sangen som berørte temaet krig, som skulle bli et stadig tilbakevendende tema i hans låtskriving. Ifølge Waters var sangen inspirert av farens dødsfall under krigen. Waters skrev også sangen «Set the Controls for the Heart of the Sun», som var første låt med Waters som hovedvokalist og som senere ble et fast innslag på solokonsertene hans i mange år, samt «Let There Be More Light», som ble utgitt som singel i USA.