Fra begynnelsen av sin regjeringstid forsøkte Fath-Ali Shah å framstille seg selv som en from konge i øynene til sjiamuslimske lærde og gikk så langt som å erklære sitt monarki som en stedfortreder for . Under hans regjeringstid fikk Isfahan igjen bildet av den religiøse hovedstaden i Iran, og regjeringen lot sjiamuslimske lærde fritt forfølge religiøse minoriteter. Sufiene led mest. Fath-Ali Shah påtok seg ansvaret for å lede deres forfølgelse; på måter som å beordre "kvelning" av Sufi-ledere i Tabriz.