Da det militære opprøret som startet borgerkrigen fant sted, nektet han å forlate sitt bispedømme. Etter at de sivile vaktene som var stasjonert i Guadalajara dro sin vei, idet det de ble tilkalt av den sivile guvernøren, forble byen i en spent ro. Provinshovedstaden gjorde opprør den 21. juli. Dagen etter inntok en kolonne fra Madrid ledet av oberst Ildefonso Puigdengolas og anarkistiske militanter ledet av Cipriano Mera byen.