Da Leopold døde i 1632, var deres eldste sønn bare fire år, slik at Claudia overtok regjeringen av Tirol frem til 1646. Sammen med keiserne Ferdinand II og III fortsatte hun også som regent av Vorderösterreich. Claudia utviste stor statsmannskunst i denne vanskelige tiden, som var preget av trettiårskrigens uroligheter. Hun bygget på den ene siden flere festninger for å avverge svenske angrep mot Tirol. På den andre siden klarte hun å utvide sine vorderösterrikske besittelser på bekostning av hertugdømmet Württemberg. Disse måtte hun imidlertid returnere ved freden i Westfalen.