Hilprecht ble Dr. phil. i 1883 med at arbeid om babylonerkongen Nebukadnezars Is fribrev, var 1884—85 professor ved i Davos og 1885—86 repetitør i gammeltestamentlig teologi i Erlangen. Han kom i 1886 til Philadelphia og ble her redaktør av den orientalske acdeling av (til 1904); i 1887 professor i assyriologi ved University of Pennsylvania, og fulgte som assyriolog med den av dette universitetet til Babylon utsendte ekspedisjon 1888—89.