Tzannetakis tjenestegjorde som marineoffiser, men trakk seg fra dette embetet den 22. april 1967, dagen etter det militært utførte statskuppet som brakte diktatoren Georgios Papadopoulos og hans regime til makten. Tzannetakis ble tatt til fange av diktaturregimet og tilbrakte to år i fengsel mellom 1969 og 1971.