Først utgitt 17. juli 1999, M.U.G.E.N var originalt lagd for MS-DOS. Utviklingen av DOS-versjonen stoppet når de gikk over til Linux-plattformen i november 2001. .Under en kort periode hadde Elecbyte et ønske om donasjoner på nettsiden for å kunne få tak i en Windows compiler for å lage en M.U.G.E.N-versjon til Windows. Men gruppen som holdt på å utvikle dette stoppet prosjektet i 2003 og la ned nettsiden. Senere dukket det opp spekulasjoner rettet mot en lekkasje gjort offentlig om en privat Windows-basert M.U.G.E.N. beta som var blitt gitt til de som hadde donert.