Under sjøslagene deltok dette skipet med heder, spesielt under det tredje slaget ved Öland den 26. juli 1566, der det hadde kommet under angrep fra flere allierte skip ifølge de svenske beretninger. Sammen med resten av den svenske flåten hadde «Hercules» brutt kontakten med den allierte flåten og kommet seg til skjærgården ved Blekinge. Da det brøt ut en voldsom storm som utslettet store deler av den dansk-norske og lübeckske flåten utenfor Gotland, måtte svenskene komme seg ut i åpen sjø. Danskene fant senere vrakgods som hadde svensk opprinnelse, og først trodde at den svenske flåten hadde også kommet ut for ulykken i den samme natten.