Kildene er uklarervedrørende hans død- I et tilfelle sies det han ble brått syk og døde av gulsott den 7. mai 1812. I felten november 1813 døde John Colter av gulsott. Kroppen ble transportert hjem, men Sally hadde ikke råd til å gi ham en ordentlig begravelse og la liket i stuen, og flyttet selv til sin bror. John Colters kropp ble så liggende i huset helt til 1926. Først da ble hans levninger begrave på en knoll med utsikt over Missourifloden, bed Miller's Landing. Men det er også kilder som mener han døde 22. november 1813.