Peterson ble ordinert til prest for erkebispedømmet Boston av hjelpebiskop John Brady den 15. september 1899. Etter to år med å studier i kirkehistorie i Paris og Roma, returnerte Peterson til Boston. Peterson ble utnevnt til fakultetsmedlem i 1911 ved , hvor han underviste i økonomi. Han ble senere utnevnt til rektor, og ble ved seminaret til 1926.