Hulemaleriene i («den nordre, blå hulen») i Khovd-provinsen og («den hvite hulen») i Bajankhongor-provinsen er blant Mongolias viktigste steder fra den den paleolittiske perioden. Bosetninger i forbindelse med gårdsdrift fra neolittisk tid har blitt funnet i den østlige Dornod-provinsen. Funn fra det vestlige Mongolia fra samme periode tyder bare på midlertidige bosetninger av jegere og fiskere. Befolkningen i Mongolia i kobberalderen har blitt beskrevet som orientalsk i øst og kaukasisk i vest.