I alle RAS-anlegg må pH-verdien kontrolleres og overvåkes nøye. Det første steget ved nitrifisering i biofilter forbruker alkalitet, som fører til en lavere pH-verdi i tanken. Det er nødvendig å holde pH-verdien på et passende nivå (5,0-9,0 for ferskvannssystemer) hvis levekårene i vanntanken skal være gunstige for livet i den. pH-verdien blir vanligvis opprettholdt ved å tilføre alkalitet til systemet, for eksempel med kalk (CaCO) eller natriumhydroksid (NaOH). En lav ph-verdi vil føre til høye nivåer av karbondioksid (CO) løst ut i vannet, som kan være giftig for fisken. pH-veriden kan også justeres med degassing av CO, som er nødvendig anlegg der oksygenering i stedet for aerasjon brukes for å opprettholde O-nivåene.