Pestutbruddenes hyppighet fremgår av listen over de årene København Universitet måtte holde stengt for å hindre smittespredning: 1546–1548, 1553–1554, 1564–1565, 1575–1578, 1592, 1619, 1624–1625, 1629, 1637–1638. I tillegg var et pestutbrudd i 1601–1603 så voldsomt at det i etterkant ble hetende «Den hvite død» (som en motsats til svartedauden, som også fikk sitt eget navn). Under Den hvite død omkom i løpet av ett år femten sogneprester bare på Fyn. Denne epidemien er også nevnt på egne «pesttavler» i flere kirker, som Stavning og Skjern kirke på Vest-Jylland. En av de beste kilder til kunnskap om en epidemi er Perlestikkerbogen fra Nakskov. Til Danmark kom pesten fra Sverige og Baltikum, slik som epidemien som tok livet av en tredjedel av Bornholms befolkning høsten 1653 og brøt ut i København utpå våren 1654, der den tok livet av blant andre legen og vitenskapsmannen Ole Worm. I brev til sønnen Willum 22. juli 1654 fortalte Worm at sykdommen var «heftig», drepte i løpet av fire dager, og symptomene var matthet, frostrier, byller og til sist svarte og gustne flekker i huden. Utpå høsten stilnet den av i hovedstaden, men brøt ut andre steder i Sjælland, der den raste de påfølgende tre år, helt sør til Lolland-Falster.