Den 21. mars 2016 rapporterte nyhetsmedia om økt splittelsen i organisasjonen forårsaket av eksklusjonen av visse medlemmer i dets landsråd holdt i løpet av helgen. Samme dag utgav Bjørn en artikkel i der han uttalte at han var blant de tre aktuelle medlemmene. På KUs landsråd stemte, ifølge Bjørn selv, rundt 140 for og 112 mot hans eksklusjon. Etter Mikkel Bjørns valg til Folkevalgt i 2022, viste det seg at en av de viktigste årsakene til eksklusjonen var ytringer om den europeiske migrasjonskrisen 2015.