Hisøy er 7,99 km² stor og som øy ganske spesiell ved at den har elveløp og en innsjø på innsiden, og fjorder og hav på motsatt side. Nidelvas to utløp, innsjøen Hølen, Arendals havnebasseng, Galtesund og Havsøysund, er farvann som grenser mot Hisøy. Torungene, Havsøya og Gjervoldsøy, tilhører Hisøy, og alle har bevaringsverdig bebyggelse. Høyeste naturlige punkt er 99,2 moh der vanntårnet Furukongen er plassert i nærheten.