FBI åpnet en etterforskning av Flynn den 16. august 2016 på bakgrunn av hans rolle som utenrikspolitisk rådgiver i Trump-kampanjen, hans kjente forbindelser til russiske statlige entiteter, samt at han hadde reist til Russland i desember 2015. Målet for etterforskningen var opprinnelig å avgjøre hvorvidt Flynn ble styrt av, eller koordinerte aktiviteter med russiske myndigheter, men ble senere endret til å dreie seg om å ha avgitt falsk forklaring til offentlige tjenestemenn.