Med nyhetene om Barcelonas fall 26. januar 1939 og Azañas avgang som republikkens president bestemte Besteiro seg for å prøve å finne en måte å oppnå fred på og å stoppe motstanden mot nasjonalistene. Han kontaktet oberst Segismundo Casado og erklærte 5. mars opprettelsen av en nasjonal forsvarsjunta (). Dette førte til at omtrent 2000 mennesker ble drept i opprøret mot regjeringa til Juan Negrín og dens kommunistparti-allierte.