Under den annen verdenskrig omgjorde japanerne universitetsområdet til konsentrasjonsleir for sivilister, utlendinger og krigsfanger, Santo Tomás interneringsleir. Blant fangene var mannskapet fra det norske lasteskipet MS «Ravnaas» fra Arendal. Skipet ble bombet av japanske fly da det passerte Filippinene på vei fra India til USA.