I Kina hadde det mandsjuisle Qing-dynastiet i mellomtiden avløst Ming-dynastiet, mn nettopp i det sørlige Kina var det tilhengere av ming-keiserne som regjerte, og jesuittene hadde fra tisligere erklært sin lojalitet overfor ming-keiserne. Da Guangzhou så ble erobret av mandsjuene ble pater Semedo satt i fengsel for en periode - men takket være appeller fra andre jesuitter (særlig Adam Schall von Bell) ble han løslatt.