Patton møtte Trevor Dunn da han gikk på Eureka High School, og sammen startet de bandet Gemini og senere Turd. I 1985 startet de bandet Mr. Bungle sammen med Trey Spruance, Jedd Watts og Theo Lengyel. I 1989 erstattet han Chuck Mosley som vokalist i Faith No More etter at Mosley hadde fått sparken på grunn av rusproblemer. Studioalbumet (1989) ble en suksess, og han benyttet suksessen til å få Mr. Bungle signert til plateselskapet Warner Bros. Mr. Bungle gav ut det eponyme debutalbumet Mr. Bungle i 1991, i 1995 og i 1999.