Grevskapet Wexford ga sterk støtte til Det irske forbund i løpet av 1640-tallet. Forbundet hadde flåte av kapere som var basert i havnen til Wexford by, bestående av sjømenn fra Flandern og Spania samt lokale menn. Fartøyene deres angrep engelsk parlamentarisk skipsfart, og ga noe av inntektene til forbundets regjeringen i Kilkenny. Som et resultat ble byen plyndret av de engelske parlamentarikerne under Oliver Cromwells erobringen av Irland i 1649. Mange av innbyggerne ble drept og mye av byen ble brent. I 1659 ble Solomon Richards utnevnt til guvernør, men han ble avskjediget og fengslet etter restaureringen av monarkiet det neste året.