Ettersom Afula lå i nærheten av Vestbredden, var byen et mål for terrorister i løpet av Oslo-fredsprosessen og den andre intifada. En bilbombe fra Hamas førte 6. april 1994 til at fem mennesker døde. Afula var også målet for et selvmordsangrep på en buss ved Afulas busstasjon 5. mai 2002, da én person døde og flere ble skadet. Den 19. mai 2003 ble Afulas bombet. Tre personer ble drept, mens 70 ble skadet. Angrepet ble gjennomført av det palestinske Islamsk Jihad og Fatah-bevegelsens .