I slutten av mars var Wisliceny en tur til Athen for forklare statsminister Konstantinos Logothetopoulos om gjennomføring av de antijødiske tiltakene i landet. Britisk etterretning kjente til dette fordi telegramutveksling (blant annet med Eichmann) om saken ble fanget opp. I slutten av september 1943 sendte Eichmann Wisliceny til Athen for å få fart på deportasjonene der. Eichmann var misfornøyd med fremdriften i Hellas og erstattet i februar 1944 Wisliceny med SS-Hauptsturmführer Anton Burger for å få deportert de gjenværende jødene så raskt som mulig. Jøder i Athen, Ioánnina og andre ble samlet sammen 24. mars og et tog med 5000 mennesker ble sendt til Auschwitz 2. april. Interneringen av 1850 jøder i Ioánnina ble fotografert av propagandakompaniet. Burger var lojal mot Eichmann og overkjørte de som forsøkte å hindre ham i oppdraget. Burger gikk utenom kommandolinjen og konfererte direkte med Eichmann i stedet for den lokale SS-lederen. I mai 1944 fikk Burger i oppdrag av Eichmann å få fart på deportasjonene fra den tidligere italienske okkupasjonssonen. Jødiske innbyggere på øyene ble deportert til slutt. I slutten av juni 1944 ble 1800 jøder fra Korfu deportert til Auschwitz. På dette tidspunktet hadde de allierte tatt kontroll over Roma. I juli ble 1650 jøder på Rhodos sendt til Auschwitz. Den tyske okkupasjonen av Hellas sluttet i oktober 1944.