På slutten av 90-tallet synes det som om Mitridates møtte interne politiske vanskeligheter. Om vinteren 93-92 gjorde hans nevø Sinatrukes opprør i området Susiana, øst i Mesopotamia, i dagens iranske provins Khuzestan. Han utropte seg selv til konge og holdt regionen fram til 88-87 f.Kr. da Mitridates' arvtager Gotarzes I (antagelig sønn av en ukjent bror av Mitridates) tvang ham til flykt inn i sentralasiatiske steppene. Sinatrukes klarte å komme tilbake og ta den partiske tronen i 77-76 f.Kr. ved hjelp av sakeriske leiesoldater. Mitridates overlevde ikke usurpatoren og døde 91 f.Kr. De siste årene av hans styre er usikre og myntforskere har kalt det for den «mørke tidsalder» i partisk historie.