Den siste paragrafen, paragraf tolv, foreskriver at avtalevilkårene skal bli ratifisert av USAs president og ‹‹Japans majestetiske hersker›› innen 18 måneder. På den tiden var shogun Tokugawa Iesada i realiteten den som styrte Japan. Det var utenkelig at keiseren skulle komme i kontakt med utlendinger. Perry sluttet avtalen med shogunens representanter, ledet av fullmaktshavende  og keiser Kōmei ga senere sin tilsutning, om enn noe motvillig. Avtalen ble ratifisert den 21. februar 1855.