Mikkeller er delvis et såkalt nomadebryggeri, det vil si at det ikke eier egne bryggerilokaler, men leier bryggeutstyr på andre bryggerier. Bryggeriet har brygget øl i blant annet Danmark, Norge, Belgia, Storbritannia og USA. I Norge har de brygget hos Nøgne Ø og Lervig Aktiebryggeri. I 2014 kjøpte Mikkeller opp det gamle bryggeriet til AleSmith Brewing i San Diego og har brygget øl der under bryggerinavnet «Mikkeller Brewing SD». I 2017 bygger de også et bryggeri og en restaurant på arenaen til New York Mets, Citi Field. Der vil de brygge under navnet «Mikkeller Brewing NYC».