Hovedflyplassen i Yukon er Erik Nielsen Whitehorse internasjonale lufthavn i Whitehorse. Flyplassen ble bygd mellom 1940 og 1941 av det føderale transportdepartementet, og ble overført til Royal Canadian Air Force (RCAF) i 1942, som drev den fram til 1968, da den igjen ble sivil flyplass. Flyplassen har direkteflygninger til Vancouver, Kelowna, Calgary, Edmonton, Yellowknife, Inuvik, Ottawa, Dawson City, Old Crow og Frankfurt. I 2017 benyttet passasjerer seg av Erik Nielsen Whitehorse internasjonale lufthavn.