I mars 1888 fikk Scott sin eksamen for sub-løytnant, med fire førsteklasses sertifikater av fem mulige. Karrieren gikk jevnt fremover med tjeneste på en rekke skip og forfremmelse til løytnant i 1889. Etter en lang periode i utenlandske farvann, søkte han i 1891 for et to års torpedotreningskurs på «Vernon», et viktig steg i hans karriere. Han gikk ut med førsteklasses sertifikater i både den teoretiske og praktiske delen. Sommeren 1893 hadde han kommandoen over en torpedobåt og førte den på grunn. For dette fikk han en mild irettesettelse.