Den første kirken i Vardø ble bygd i 1307 og var den første kirken i Finnmark. Kirken ble bygd omtrent samtidig som Vardøhus festning ble anlagt og lå trolig rundt dagens plassering for kirken. Kirken stod i 404 år fram til den ble revet i 1711. Ny kirke ble innviet i 1714. Denne ble etterhvert flyttet og materialene som var brukt til kirke ble benyttet til boliger i stedet. I 1869 stod en ny kirke klar. Denne var nesten identisk med en kirke bygd i Vadsø noen år tidligere. Kirken ble først skadet under krigen, før den ble brent ned i 1944. Mesteparten av inventaret forsvant, men noe ble reddet ut.