De tidligste bosetningene i dette området er datert så langt tilbake som 700 f.Kr. Den eldste delen av byen er landsbyen Wiebelskirchen nord for byens sentrum. Landsbyen er registrert i skriftlig materiale så tidlig som 765 e.Kr og er dermed det eldste kristne navn i byen ("Kirche" betyr kirke). Navnet "Neunkirchen" er registrert første gang i 1281.