Filekovič startet sin fotballkarriere hos den lokale klubben Olimpija Ljubljana i 1997, hvor han spilte i underkant av 60 kamper frem til 1999 da han dro videre til Maribor. Hos Maribor spilte han rundt 120 kamper frem til 2003, da han meldte overgang til kroatiske Hajduk Split. Etter kun syv seriekamper på én sesong dro han videre til den greske klubben Ergotelis i 2005.