Danmark okkuperte byen i 1219, og kort tid etter dette bygget man det som har vært den første kirken på dette stedet. I 1229 kom en gruppe danske dominikanermunker fra klosteret i Ribe for å etablere et kloster i Tallinn. De startet også arbeidet med å erstatte den eksisterende trekirken med steinkirken som fremdeles står. Klosteret de etablerte ble rasert i 1233 i en konflikt mellom dansker og lokale herrer, og i den samme prosessen ble kirken gjort til katedral og viet til jomfru Maria.