Skyss ble etablert som en egen enhet i Samferdselsavdelinga i Hordaland fylkeskommune i november 2007. Med virkning fra 1. januar 2008 avviklet Samferdselsdepartementet forsøksordningen for Bergen kommune, der kommunen i perioden 2004-2007 selv hadde ansvar for kollektivtrafikken. Ansvaret for busstrafikken i Bergen ble dermed også lagt inn under Skyss.