Spillet handler om unggutten Razputin (ofte forkortet «Raz»), som har overnaturlige psykiske evner og rømmer fra et sirkus for å snike seg inn i en sommerleir for folk med like evner. Her håper han å kunne bli en «Psychonaut». Etter hvert oppdager han at noen i leiren legger skumle planer som bare han kan forpurre. Som Psychonaut-lærling må han komme seg inn i tankene til forskjellige karakterer i spillet for å hjelpe disse med å forsone seg med noe de frykter eller minner fra fortiden, slik at han kan få hjelp av dem og fortsette sin ferd. Underveis lærer Raz nye triks som kan benyttes både til å fortære fiender og å løse gåter.