I 132 eller 131 f.Kr. tilspisset den politiske situasjonen seg. Samtidig som en innfødt egypter kalt Harsiesi gjorde opprør, brøt det ut borgerkrig mellom Ptolemaios Fyskon og Kleopatra III på den ene siden og Kleopatra II på den andre siden. Folket i Alexandria gjorde opprør og satt det kongelige palasset i brann. Fyskon og Kleopatra III flyktet til Kypros med sine barn. Tilbake i Egypt fikk Kleopatra II sin sønn Ptolemaios Memfites utropt til konge. Disse hendelsene er uklare, selv identiteten til Memfites, som hevdes å være en sønn Kleopatra II fikk med Ptolemaios Fyskon, men sistnevnte skal ha fått tak på gutten, drept ham, og sendt til hodet og hendene av den døde gutten tilbake til Kleopatra II.