Den 19. august 2002 spilte Andy Todd sin første kamp for Blackburn, og det skjedde i UEFA-cupen mot det bulgarske laget CSKA Sofia. Hans første ligakamp for kom 9. november 2002 mot Southampton, mens hans første mål for klubben fra Lancashire ble bokført 26. april 2003 i en ligakamp mot Leeds United. Totalt ble det ett ligamål på 12 kamper for Todd i hans første hele sesong som Blackburnspiller. I september 2003 skrev han under på en låneavtale med Burnley, og han debuterte for den 6. september 2003 i en ligakamp mot Stoke City. Etter å ha spilt 7 ligakamper og 1 cupkamp for Burnley returnerte han tilbake til Blackburn i oktober 2003. Nå etablerte han seg i startoppstillingen til der han i siste del av 2003/04-sesongen spilte 19 ligakamper, og i denne sesongen ble han også kåret til årets spiller i Blackburn Rovers. I den påfølgende sesong ble han utnevnt som kaptein av manager Mark Hughes da Barry Ferguson forlot klubben, og også i denne sesongen fikk han utmerkelsen årets spiller i klubben. Da 2004/05-sesongen var over hadde Andy Todd scoret ett mål på 26 ligakamper. I 2005/06-sesongen ble det 2 mål på 22 ligakamper, mens han i 2006/07-sesongen stoppet på 9 ligakamper og 4 cupkamper for Blackburn.