Sheppard og teamet hans drar tilbake til Atlantis, tar byen tilbake og dreper også alle asuranerne. Sesongen ender med at menneskene angriper asuranerne som bygger krigsskip. Asuranerne setter inn et motangrep med et sterkt strålevåpen. Ekspedisjonen prøvde å unngå strålen ved å senke hele byen ned i havet, slik som byen var da teamet ankom byen for første gang. Strålen skar imidlertid gjennom havet, og er fortsatt en stor fare for ekspedisjon. Som en siste utvei setter Atlantis i gang motorene som får byen til å fly, slik at de kan flytte byen til en annen planet. De flykter, men like før de hopper i hyperrommet, treffer strålen byen, slik at Dr. Weir blir hardt skadet. Sesongen ender med at stopper opp og byen flyter i rommet med bare 24 timer med energi igjen.