Sesongen fortsatte der den forrige avsluttet. Walter og Jesse har blitt kidnappet av langeren Tuco etter samarbeidet med DEA (narkotikapolitiet) ble oppdaget. Tuco planlegger å bruke Walter og Jesse i et komplott som blant annet innebærer en meksikansk lab. I en dramatisk kamp klarer Walter og Jesse å skyte Tuco, og forlater ham for å dø. Det de ikke vet er at Hank har klart å spore opp Jesses bil, og det leder ham rett til dem, men de klarer å holde seg ute av syne. Hank møter en meget beruset og skadeskutt Tuco. Hank dreper Tuco etter en skuddveksling, og Jesse mister pengene sine i bilen etter at DEA konfiskerer den, og han er blakk. Jesse blir igjen samarbeidspartner med Walter, og de fortsetter å produsere metamfetamin.