Ekteparet fikk en sønn, Bernhard, i 1855. Ektemannen gikk opp i arbeidet, og Johanna Spyri mistrivdes i ekteskapet. Både ektemannen Johann og sønnen Bernhard døde i 1884. Som enke skriver hun flere barnebøker, og etablerer et vennskap med forfatteren Conrad Ferdinand Meyer.