Krüger var sønn av en anhaltsk embedsmann, og kom gjennom ornitologen Johann Friedrich Naumann fra nabolandsbyen Ziebigk tidlig i berøring med dyremaleri. I sin skoletid i Dessau kom han i kontakt med landskapsmaleren Karl Kolbe den eldre. Krüger studerte 1812–1813 ved Berlins kunstakademi og utviklet senere på egen hånd sine ferdigheter i naturtegning.