Hosseini ble født i Kabul, Afghanistan. Hans far jobbet i det afghanske utenriksdepartement og hans mor var lærer i Kabul. I 1970 flyttet familien til Teheran i Iran, der faren jobbet i den afghanske ambassaden. I 1976 fikk Khaled Hosseinis far jobb i Paris. Etter den sovjetiske invasjonen kunne de ikke vende tilbake til hjemlandet sitt. De fikk oppholdstillatelse i USA og ankom landet uten noen av sine eiendeler. Den tidligere så velstående familien var plutselig tvunget til å motta offentlig støtte. I 1993 var Khaled ferdig utdannet lege.