Når det gjelder riksdagens komitéarbeid, utmerket Ygeman seg som leder i miljø- og landbrukskomiteen i perioden 2006 til 2010. Før dette var han blant annet nestleder i bostedskomiteen 2002 til 2006, og medlem i samme komiteen fra 1998 til 2002. Mellom 2010 og 2014 var Ygeman leder for trafikkomiteen.