I tillegg til fremmedorganismer som kan være ønskelige for å oppnå en gitt kvalitet, kan ost også inneholde en rekke uønskede organismer. Noen uønskede organismer kan være helseskadelige, det gjelder for eksempel Listeria monocytogenes i ost, og toksiner fra Staphylococcus aureus (gule stafylokokker) i melk. Andre organismer kan være uønsket uten at de er helseskadelige, for eksempel fordi de vil forringe ostekvaliteten og derfor påføre produsenten økonomisk tap.