Hans opprinnelige navn var Meyer Robert Schkolnick. Som tenåring opptrådte han som tryllekunstner i barneselskap og kalte seg da Robert K. Merlin. Navnet var etter trollmannen hos kong Arthur. Senere endret han navnet til Robert K. Merton og byttet offisielt ut fødenavnet Schkolnick da han begynte å studere. Med engelskklingende navn og uten offisiell jødisk identitet fremsto han på den tiden som en (hvit angelsaksisk protestant, en betegnelse for den dominerende sosiale gruppen i USA). Merton tok sin første universitetsutdanning ved Temple University, et college for ubemidlede i Philadelphia.