Kirkens oppfatning og Tyndalls prinsipper var ikke forenelige. Heldigvis for Tyndall trengte han ikke å gå i strid om dette i Storbritannia, og heller ikke i de fleste andre land. I England, der Tyndale bodde, var den dominerende Church of England delt i synet på den nye vitenskapelige innsikten, med sentrale personer på begge sider. Selv i Italia ble Huxley og Darwin tildelt æresmedaljer. Men i Irland var majoriteten av befolkningen i Tyndalls levetid lojale mot de katolske doktriner, dette synet vokste også sterkere politisk. Det ville ha vært bortkastet for Tyndall å debattere med irske katolikker. Imidlertid var Tyndall mellom 1886 og 1893 aktiv i debatten i England, der det ble diskutert om en skulle gi katolikkene i Irland mer frihet til å gå sin egen vei. Som de aller fleste irsk-fødte vitenskapsmenn på 1800-tallet var også han imot Irish Home Rule movement (Hjemmestyre-bevegelsen). Han hadde sterke synspunkter om dette som ble publisert i aviser og brosjyrer. Et eksempel er en debattartikkel i den 27. desember 1890, hvor han anså prester og katolisismen som «hjertet og sjelen til denne bevegelsen» og skrev at plassering av den ikke-katolske minoriteten under innflytelse av «prestehordene» ville være «en usigelig forbrytelse». Han prøvde uten hell å få Storbritannias fremste vitenskapssamfunn til å fordømme det irske hjemmestyrets forslag som etter hans syn stride mot interessene til vitenskapen.