Barn og gravide kvinner ble hardest rammet. Spedbarnsdødeligheten er betydelig høyere i Karakalpakstan og Kzyl-Orda oblast enn i andre deler av Usbekistan og Kasakhstan, og langt høyere enn i Russland. I tillegg er det et stigende antall misdannelser og handikap hos nyfødte barn, samt dødfødsler og komplikasjoner under svangerskap. Som de viktigste årsakene fremheves forurensede næringsmidler og høye forekomster av plantevernmidler i morsmelken, og 30 % av barnedødeligheten kan tilbakeføres til akutte tarmsykdommer. I Karakalpakstan sør for Aralsjøen lider 99 % av gravide kvinner og 91 % av kvinner i fruktbar alder av anemi, forårsaket av høye nivåer av insektmidler som hindrer kroppens evne til å oppta jern. Saltstøvet i lufta fører også til mange luftveis- og øyesykdommer, og i 1989 hadde minst 6 av 10 personer, voksne som barn, et sykdomsbilde. Det er anslått at de helsemessige konsekvensene av uttørkingen av Aralsjøen i størrelse kan sammenlignes med Tsjernobylulykken.