I Heidelberg fikk Pufendorf verdens første professorat i natur- og folkerett ). Pufendorf fikk i 1668 et professorat ved Lunds universitet i Sverige, og fra 1677 hadde han stilling som kongelig historiograf i Stockholm. I disse årene forfattet han noen av sine filosofiske hovedverk. Han hadde også embetsoppgaver direkte under kongen. Fra 1688 var han kongelig historiograf i Berlin under Friedrich Wilhelm, kurfyrsten av Brandenburg.