Yourcenar ble født Marguerite Antoinette Jeanne Marie Ghislaine Cleenewerck de Crayencour i Brussel i Belgia. Hennes far var Michel Cleenewerck de Crayencour, av borgerlig fransk opphav, og hennes mor var Fernande de Cartier de Marchienne, av belgisk adel. Moren døde ti dager etter at hun ble født. Hun vokste opp hos sin bestemor på farssiden.