Som statsminister la Deakin det legale grunnlaget for de australske myndighetene. Han utvidet den australske høyesteretten, utvidet Royal Australian Navy og etablerte australsk kontroll over Papua. Som motvekt mot et arbeiderparti i vekst slo han sammen sitt Protectionist Party med Joseph Cooks Free Trade Party for å danne Commonwealth Liberal Party, forgjengeren til dagens Liberal Party of Australia.