Satrapi kommer fra en radikal familie som var i opposisjon til sjahens styre, og også etterhvert Ayatollah Khomeini. Da hun var fjorten år gammel sendte foreldrene henne til en pensjonatskole i Wien, der hun gikk i fire år. Fra 1988 til 1996 bodde hun igjen i Iran, der hun studerte visuell kommunikasjon på kunsthøyskolen i Teheran. I 1996 flyttet hun til Frankrike, og ble student på kunsthøyskolen i Strasbourg.