På ny seilte de la Cosa ut med Ojeda i 1502. Denne gangen var de begge blitt utnevnt til guvernører av hvert sitt område av de kystene de tidligere hadde utforsket. De la Cosa hadde fått tildelt Urabá-bukta og Darién, der han forsøkte å opprette en koloni. Begge måtte etter kort tid gi opp hvert sitt prosjekt. Mens Ojeda ble sendt i unåde tilbake til Spania, fortsatte de la Cosa sine seilaser i De vestindiske øyer, bl.a. til Jamaica, og oppholdt seg en stund i Santo Domingo. Her ble han i 1504 oppsøkt av Ojeda, som hadde lyktes med å komme seg over Atlanteren igjen. Sammen la de nye planer om å vende tilbake til kystene i sør, og returnerte til Spania for på ny å be om privilegier.