Etter å ha tilbragt ett år på reservelaget til Bordeaux signerte han i 2006 sin første profesjonelle kontrakt og bandt seg til klubben i tre år. Obertan ble deretter tatt opp på førstelaget for 2006/2007–sesongen og gitt trøyen med nummer 26. Han fikk sin seriedebut i Ligue 1 den 30. september 2006 mot Valenciennes i en alder av 17 år. Obertan skåret sitt første mål den 22. april 2007 i en 2–1-seier mot Saint-Étienne, og han fikk totalt 17 kamper den sesongen.