På tross av flere gode resultater ble flere av Johnsens år som finansminister preget av parlamentarisk motstand, med flere seriøse mistillitsforslag. I den siste saken ble Johnsen reddet med 83 mot 80 stemmer, takket være fire utbrytere fra Fremskrittspartiet. Da Gro Harlem Brundtland gikk av som statsminister i 1996, ble Johnsen avløst av Jens Stoltenberg som finansminister i Thorbjørn Jaglands regjering.