Wagenseil skrev messer, tre oratorier, åtte operaer, serenader, kantater, ca. 100 symfonier, konserter, kammermusikk (kvartetter, trios, divertimenti) og klaversonater. Lite ble publisert. I likhet med Matthias Georg Monn og Carl Ditters von Dittersdorf tilhører han den wienske førklassisismen. I sine over hundre symfonier viser han et slektskap med den tidlige Joseph Haydn og mannheimerskolen.