Da slaget startet, nektet fremdeles mange av de joniske skipene å angripe perserne. 49 skip fra Samos forlot linjen da de innså dette. Denne hendelsen førte til at de 70 skipene fra Lesbos også dro sin vei og en kjedereaksjon fulgte ettersom andre skip også trakk seg tilbake. Dionysios' skip flyktet da de innså at slaget var tapt. Resten av den greske flåten ble tilintetgjort, og Milet overgav seg kort tid etterpå.