Den 22. juni 1904 ble Michael utnevnt av til rektor ved i Salamanca i Spania. Under hans ledelse gjenopprettet han skolens eldgamle glans og ære, hvoretter han ble slått til ridder av kong Alfonso XIII av Spania, som ble hans nære venn. Hans ry som en fremtredende pedagog og administrator løftet ham opp i det katolske hierarki. Han fungerte som rektor ved til han dro til USA i 1911. Hans bror fader Denis J. O'Doherty skulle senere etterfølge ham som rektor i Salamanca.