Gjenoksygenering av vannet i anlegget er helt nødvendig for å kunne ha høy tetthet av fisk i tanken. Fisk trenger oksygen for å kunne metabolisere maten og vokse seg store. Det samme gjelder bakteriekulturene i biofilteret. Nedgående oksygennivåer som følger av at nitrat blir dannet, kan bli håndtert på to vis, aerasjon og oksygenering. Ved aerasjon blir luft pumpet gjennom et verktøy som gjør at det dannes bobler i vannsøylen, som fører til et stort overfalteområde der oksygen kan løses ut i vannet. På grunn av at gassen løses ut sakte i vann, samtidig som det trengs et høyt lufttrykk for å lage små bobler blir denne metoden ansett som ineffektiv. I stedet blir vannet oksygenert ved å pumpe rent oksygen inn i det. Flere framgangsmåter blir benyttet for å sørge for at alt av oksygen løses ut i vannet under oksygeneringen. Nøyaktige utregninger og vurderinger trengs for å vite hva som er oksygenbehovet for det gitte systemet, og at behovet må håndteres med passende utstyr for oksygenering eller aerasjon.