I 1997 ble museets direktør James S. Snyder, tidligere underdirektør for Museet for moderne kunst i New York, utnevnt til ny museumsdirektør for Israel Museum. Snyder ledet en omfattende oppgradering av museumsbygningene, og 100 millioner dollar gikk med til ombygging av museet og som økte dets galleriplass til det dobbelte. Den fornyede museet åpnet den 26. juli 2010. En integrert komponent av Israel Museums område og dets fornyelsesprosess var en fullstendig rekonstruksjon og nyinstallering av dets tre vinger for samlingene med Arkeologi, Kunstgjenstander, Jødisk kunst og liv, hver av dem nå sentralt tilgjengelig via en ny inngangspaviljong. De nye galleriene gjør det mulig for besøkende å navigere intuitivt gjennom museets encyklopediske samlinger ved å følge en tidslinje av materiell kultur fra forhistorisk tid i Midtøsten og til samtidskunst fra verden over.