Afaia (gresk Ἀφαία) var en gresk gudinne som ble dyrket utelukkende ved denne helligdommen. Afaia betyr noe i retningen av «ikke mørk» eller «den som forsvinner» og som lokal guddom ble hun knyttet til fruktbarhet og jordbrukssyklusene, men da øya kom inn under Athens overherredømme ble Afaia en synkretisk guddom som ble identifisert med gudinnene Athene, Artemis og med nymfen Britomartis innen 100-tallet e.Kr. i henhold til geografen Pausanias.