Johannesburg betjenes av OR Tambo internasjonale lufthavn (tidligere ) for både innenriks og internasjonale flyvninger. Andre flyplasser rundt byen er Rand lufthavn, Grand Central lufthavn, og Lanseria. Rand lufthavn ligger i Germiston, og er en liten flystripe som mest brukes av private. Flyplassen var også hjem til South African Airways' første Boeing 747 Classic, the Lebombo, som nå er luftfartsmuseum. Grand Central ligger i Midrand og betjener for det meste private fly. Lanseria lufthavn brukes til kommersiell trafikk til Cape Town, Botswana, og Sun City.