De mest kjente ruinene fra middelalderen, som nå ligger under vann i Issyk-Kul, er Koi-Sary i øst og «Timurs palass» ved nordbredden. Koi-Sary skriver seg fra det 10. til det 12. århundre. Etter mongolinvasjonen forfalt landsbyen, og rundt 1500 ble den fraflyttet og oversvømt.