Bach betraktet seg selv først og fremst som en musikkforsker som skapte musikkvitenskapelige verk. Slik Bach så det var kjernepunktet for musikkvitenskapen det gamle aristoteliske prinsippet om kunst som etterligning av naturen. For Bach ligger kunsten mellom den virkelige verden – naturen – og Gud som skaper orden i den virkelige verden. Den musikalske harmoni står i forhold til naturens orden og dens guddommelige opprinnelse. Drømmen om vitenskapenes enhet interesserte Bach like mye som det interesserte tidens ledende tenkere, og han fulgte sin egen empiriske vei idet han «med kunstferdighet utøvet harmonienes mest skjulte hemmeligheter» gjennom å flytte og oppheve de til da kjente grensene for komposisjon og utøvelse når det gjelder musikkens dimensjon og detaljgrad.