En annen form for endokarditt er den såkalte sykehuserhvervede endokarditten som innebærer at diagnosen endokarditt stilles hos en pasient som har vært innlagt i sykehus innen siste måned. Denne infeksjonen er vanligvis forårsaket av IV-katetere, TPN-linjer, innleggelse av pacemaker og andre invasive inngrep.