Jugoslavia ble i mars 1941 tvunget til å samarbeide med aksemaktene og Tyskland invaderte 6. april etter et motrevolusjon, og landet gikk i oppløsning som stat. I 1941 var det jøder i landet medregnet noen tusen flyktninger fra blant annet Italia. Jødene bodde særlig i hovedbyene Beograd, Zagreb og Sarajevo. Det var generelt lite antisemittisme i landet før krigen. Etter tysk press innførte myndighetene enkelte antijødiske lover. Ustasja-regimet i Kroatia medvirket i massedrapene og innen våren 1943 var de fleste jødene i Kroatia drept. I Serbia ble jødene drept av tyske enheter blant annet med gassvogner i Sajmište konsentrasjonsleir. Adriaterhavskysten var kontrollert av Italia og der overlevde de fleste.