Under et kolerautbrudd i 1833 vakte Flagets omsorg for de rammede av alle klasser og trosbekjennelser generell beundring. I 1834 mottok han en ny koadjutorbiskop, Guy Ignatius Chabrat, S.S., som Flaget selv hadde rekruttert fra et sulpicianerseminar i Frankrike i 1811 og deretter ordinert. Året etter reiste Flaget til Europa, der han forble til 1839. Ved avreisen hadde han opprettet fire høyskoler, et stort barnehjem og sykehjem, elleve akademier for jenter og innført tre kongregasjoner ordenssøstre og fire mannsordener.