Fra 1986 hadde Bjørn Johannessen tjeneste utenlands. Først var han chargé d'affaires, Norads stedlige representant og leder for Norges ambassade i Dhaka, Bangladesh fra april 1986 og fram til februar 1989. Deretter var han sekretær for bistandsminister Kirsti Kolle Grøndahl 1989-90 før han ble underdirektør i Norads avdeling for Asia og Latin-Amerika. Fra juni 1999 var han ministerråd ved Norges ambassade i Islamabad, Pakistan fram til årsskiftet 2001/02, da han ble knyttet til Norges nyåpnete ambassade i Kabul, Afghanistan. Fra februar 2002 og fram til november 2004 ledet han ambassaden.