Samtidig hadde den finske dataingeniøren Linus Torvalds begynt utviklingen av en operativsystemkjerne. Denne kjernen, kalt Linux, kom på starten av 1990-tallet, og ble utgitt som fri programvare. Dette gjorde at Linux kunne kombineres med GNU-verktøyene til det frie operativsystemet GNU/Linux (i dagligtalen ofte omtalt bare som «Linux»), noe som langt på vei oppfylte Stallmans visjon.