Mar Shimun XXIII var nevøen til sine to forgjengere Shimun XXI og XXII (ifølge den nye nummereringen). Etter sin yngste onkels død i 1920 ble han som 12-åring utnevnt til katolikos-patriark i en flytkningleir i Baquba i Irak, og var dermed sitt folks åndelige og politiske overhode. Til å begynne med fungerte metropolittene av Rustaqa (Khnanisho X) og Malabar (Abimalek Timotheus) som åndelige stedfortredere, og hans far og tante som politiske stedfortredere.