Skjeie satt i forskergruppen til Makt- og demokratiutredningen 1998–2003, og tok dissens på konklusjonen med en egen særuttalelse. I 2010 ble hun utnevnt av regjeringen til leder for Likestillingsutvalget, som blant annet foreslo opprettelsen av et likestillingsdirektorat. Hun var fra 2016 medlem av Norges kvinnelobbys ekspertutvalg for kvinne- og likestillingspolitikk. Hun var også medlem av regjeringens karantenenemnd, som avgjør spørsmål om karantene og saksforbud for tidligere statsråder, statssekretærer og politiske rådgivere.