Som ICRC har Forbundet sitt hovedkvarter i Genève. Det driver også 14 permanente regionale kontorer og har mer enn 60 delegasjoner rundt om i verden. Det juridiske grunnlaget for Forbundets arbeid er dets grunnlov. Den operative ledelsen av Forbundet er sekretariatet, ledet av generalsekretæren. Sekretariatet har støtte fra seks divisjoner merket: Samarbeid og utvikling, Katastrofeledelse og Koordinering, Eksterne Relasjoner, Støttetjenester, Overvåkning og Evaluering og Styring og Planlegging. Styring og Planlegging organiserer deltakelse og samarbeid med ICRC. Forbundets høyeste besluttende organ er Generalforsamlingen som finner sted annethvert år med delegater fra alle de nasjonale foreningene. En av oppgavene til Generalforsamlingen er å velge generalsekretæren. Mellom Generalforsamlingene er det styret som er organisasjonens høyeste organ. Den har myndighet til å ta avgjørelser på vegne av Forbundet på en rekke områder. Styret består av Presidenten og Visepresidentene, formannen i finanskomiteen og 20 valgte representanter fra de nasjonale foreningene. Styret er støttet av de fire avdelingene: Nødhjelp, Ungdom, Helse og samfunnstjenester og Utvikling.