Den første Nykirken ble innviet 18. september 1621, reist på restene av den gamle erkebispegården i Bergen. Kongen hadde siden reformasjonen forsøkt å selge erkebispegården, men da ingen ville kjøpe den, ble deler av tomten i 1618 gitt til borgerne i Bergen slik at de kunne bygge en kirke. Denne kirken brant i 1660 og 1756. Murene i den nåværende kirken er identisk med den kirken som ble reist i 1756-63 etter Johan Joachim Reichborns tegninger. På grunn av økonomi ble Reichborns planlagte spir sløyfet til fordel for en lav tårnhjelm.