Selv om systemet for overlevering hadde blitt laget av Walsingham kjente han ikke koden. Hans agenter måtte derfor avkode meldingene. Dette skjedde ved å prøve og feile, og er et av de eldste kjente eksemplene på systematisk bruk av frekvensanalyse. Denne metoden baserer seg på at i ethvert språk opptrer bokstaver med en viss hyppighet, og ved statistisk analyse kan man identifisere de mest sannsynlige kandidatene for et kodesymbol. Deretter gjetter man på andre deler av innholdet inntil man finner betydningen av alle symboler. Etter at chifferet var identifisert kunne agentene lett lese meldingene samme dag som de ble kopiert.