Pugatsjovopprøret hadde en langvarig effekt på Russland. Mens Katarina II prøvde å reformere den provinsielle administrasjonen, så medførte opprørets redsler at hun skrinla planer om andre reformer, spesielt forsøk på å frigjøre Russlands livegne og serfer. Hennes regime ble etterhvert preget av økende konservativisme.