I 1795 ble Franzén ansatt av Fredrika Bremers far Carl Fredrik Bremer, med hvem han gjorde reiser i Europa, noe som på den tiden bare var mulig for de virkelig rike. Han ble redaktør for og i 1796 fikk han en stilling som bibliotekar i Åbo der han snart gjorde akademisk karriere som professor i idéhistorie (1798), historie og praktisk filosofi (1801). Som professor var han også inspektør for Nylands Nation fra 1800 til 1811. Han fant på denne tiden ut at filosofien hans hadde sprunget ut av hans religiøse overbevisning, noe som førte til at han lot seg ordinere i 1803.