Noen land har handelsflagg som helt skiller seg fra nasjonalflagget. Maltas handelsflagg er et malteserkors på rød bakgrunn i en hvit ramme, helt ulikt nasjonalflagget. Også Luxembourgs handelsflagg avviker fullstendig fra nasjonalflagget: Nasjonalflagget er en vannrett trikolor, mens handelsflagget viser en rød løve mot en stripet flaggduk i blått og hvitt. Israels handelslflagg har blå duk med davidsstjernen i en oval ved stangsiden av duken. Saudi Arabia har et særegent handelsflagg bestående av en grønn duk med landets nasjonalflagg i kantonen. Kantonen er avgrenset av en hvit strek, ettersom også nasjonalflagget er grønt. Singapores handelsflagg skiller seg også vesentlig fra nasjonalflagget. Mens nasjonalflagget er delt i rødt over hvitt med stjerner og halvmåne i kantonen, er handelsflagget helrødt og med stjerner og halvmåne satt innenfor en hvit sirkel midt i flagget.