Innsjøen ble dannet for rundt 2 300 år siden av et stort sprekkutbrudd der det flommet ut basaltisk lava. Lavaen strømmet ned Laxárdalurdalen til sletten Aðaldalur i lavlandet, der lavaen til slutt rant ut i Atlanterhavet rundt 50 km fra Mývatn. Kraterrekken som ble dannet på toppen av sprekken er kalt Þrengslaborgir (eller Lúdentarborgir) og har ofte blitt brukt som et skoleeksemepel på denne typen vulkansk aktivitet. I tiden rundt utbruddet fantes det en stor innsjø i området, noe som er forløperen til dagens Mývatn. Når den glødene laven kom i kontakt med innsjøen ble noen av de vasstrukne sedimentene liggende igjen under lavaen. De påfølgende dampeksplosjonene rev lavaen i småbiter som ble kastet opp i luften sammen med deler av innsjøen.