Etableringen var en reaksjon på sosialistblokkens fall og ideen om å starte et universitet med fokus på utfordringene som fulgte av demokratisering og et åpent samfunn hadde oppstått våren 1989 blant akademikere i flere sentraleuropeiske land, f.eks. en serie forelesninger i Dubrovnik i det tidligere Jugoslavia i april 1989. Det ble gjort forsøk på å starte universitetet i Bratislava i daværende Tsjekkoslovakia i 1989/1990, men prosjektet ble skrinlagt på grunn av motstand fra nasjonalistiske tsjekkoslovakiske politikere. Rett etter etableringen i 1991 var hoveddelen av selskapet lokalisert i Praha, Tsjekkoslovakia, men etter uenigheter mellom Soros og den tsjekkiske regjeringen, spesielt statsminister Václav Klaus, flyttet selskapet til Budapest i Ungarn.