Den 8. april 1940 ankom «Jan Wellem» Narvik fra Basis Nord med dieselolje. Den ble der inspisert av den norske marines «Senja». Undersøkelsen avslørte at skipet også førte store proviantforsyninger. Dagen etter startet det tyske angrepet på Norge, og under slaget om Narvik ble de norske panserskipene «Norge» og «Eidsvold» senket i Narvik havn med store tap av menneskeliv. I dagene som fulgte ble ti tyske jagere og to ubåter senket i Ofotfjorden i allierte angrep, og den 28. april ble «Jan Wellem» senket av britene. Hun ble senere hevet og reparert, og ble fra 1943 benyttet som oljelager. Under evakueringen av Memelland i 1945 ble hun igjen skadet, og ble slept til Kiel der hun fungerte som bølgebryter.