Senere vender Zack tilbake til sitt eget hovedkvarteret, som nå er under angrep av Genesis. Underveis allierer Zack seg med Angeal, som har utviklet tvil om hans og Genesis sine handlinger. Angeal, Zack og Sephiroth beskytter hovedkvarteret, samtidig som Angeal konfronterer Genesis - før begge to forsvinner. Zack blir deretter beordret til å undersøke Modeoheim, hvor Genesis har blitt oppdaget igjen. Underveis møter Zack en annen infanterist ved navn Cloud, og de blir snart gode venner.