Ved krigsutbruddet den 9. april 1940 var fartøyet stasjonert i Øst-Finnmark, under 3. sjøforsvarsdistrikts Finnmarksavdeling. Fartøyet var her en del av Norges forsvar, inntil evakueringsordre for sjøforsvarets fartøyer ble gitt 7. juni samme år. «Fridtjof Nansen» med sjef Fredrik Lie Vogt (født 30. november 1895) ble liggende i Tromsø for å transportere utenriksminister Halvdan Koht som ventet svar på regjeringens forslag til demarkasjonslinje i Narvik. Hun avgikk Tromsø klokken 15.00 8. juni for Storbritannia. Ombord var også blant andre kommanderende admiral Henry Diesen, hans datter Unni Diesen og Gerd Egede-Nissen. 12. juni kom «Fridtjof Nansen» frem til Tórshavn på Færøyene. Fartøyet gikk siden i konvoi sammen med flere norske trålere til Storbritannia og ankom Edinburgh 18. juni 1940. Hun ble siden oppgradert i Storbritannia og ble fra 21. september 1940 stasjonert på Island.