De vanligste grunnene for en koloskopi-undersøkelse er mistanke om kreft, polypper og betennelsestilstander (inflammatorisk tarmsykdom). Undersøkelsen krever at tarmen er godt tømt før undersøkelsen. I noen tilfeller føres koloskopet (spesialvideokameraet) også noen centimeter opp i siste del av tynntarmen (terminale ileum). Vurderingen av tarmen skjer ut fra videobildet og fra vevsprøver (biopsier) som tas på ulike steder i tarmen.