For å starte en betaling må brukeren holde enheten inntil butikkens eller brukerstedets betalingsterminal. For å godkjenne og fullføre en betaling kreves tofaktorautentisering med Apple Touch ID, Face ID eller enhetens sikkerhetskode. Betalinger gjennomført via Apple Pay har omtrent samme beskyttelse mot svindel som fysiske betalingskort, men fordi biometrisk identifisering med Apple Touch ID og Face ID ikke kan kalles tilbake (de er ), er systemet mer risikabelt sammenliknet med for eksempel fysiske betalingskort hvor det er mulig å bytte PIN-kode ved behov.