Skavlan ble utdannet ved katedralskolen i Trondheim, og tok teologisk embetseksamen i 1872. Han arbeidet først som lærer før han i 1877 fikk statsstipend for å forske på Norges historie. Forskningsarbeidet ble utført blant annet ved opphold i Lund og i København. Et viktig verk var blant annet (1882).