Spillet følger Naija, en havfru aktig dame, mens hun utforsker underhavs verdenen Aquaria. Under reisen lærer hun både historien til verdenen og hennes egen fortid. Spillopplevelsen fokuserer på en kombinasjon av svømming, synging og slossing, som Naija kan bruke til å samhandle med verdenen. Naijas sanger kan flytte på ting, ha effekt på planter og dyr og endre hvilken form hun er i. Disse formene har forskjellig egenskaper, som å skyte projektiler på fiender eller gå gjennom gjenstander hun ellers ikke kunne gått gjennom i sin vanelige form.