Assosiasjonen med giljotinen var såpass plagsomt og pinlig for Guillotins familie at de søkte den franske regjering om at den kunne få et annet navn. Da regjeringen avslo, endret de isteden familienavnet. Ved en tilfeldighet ble en person ved navn Guillotin henrettet med giljotin, også en lege, men hetende J.M.V. Guillotin og var fra Lyon. Denne tilfeldigheten er antagelig årsaken til det feilaktige ryktet at Guillotin selv ble henrettet med giljotin, men det er ikke riktig. I virkeligheten levde han ganske lenge etter revolusjonen i Paris og døde i 1814 av naturlige årsaker. Han er gravlagt i gravlunden Père-Lachaise i Paris.