Peersen var forsvarsminister i Gunnar Knudsens andre regjering fra februar til juni 1919. Han gikk av etter å ha avslørt offentlig at formålet med å styrke garnisonen i Kristiania var innenrikspolitisk. Peersen ble ekskludert fra Venstre ut stortingsperioden i 1931, etter at han stemte mot gruppen og felte Johan Ludwig Mowinckels andre regjering etter den såkalte Lilleborgsaken.