Han ble presteviet i 1953. I 1956 tok han doktorgrad i teologi med en avhandling om den historiske utvikling av læren om . Han var deretter kapellan ved Mariakirken i Bern i fire år, og ble i 1960 generalsekretær for med sete i Luzern. I 1966 gikk Otto Wüst i tjeneste for bispedømmeledelsen til bispedømmet Basel, først som rektor for seminaret i Solothurn, og to år senere som bispedømmets personalsjef.