Berne var gift tre ganger. Hans første kone var Elinor McRae. De giftet seg 1942, fikk to barn sammen, og skilte seg i 1945. I 1949 giftet han seg med Dorothy DeMass Way som han også fikk to barn med før de skilte seg i 1964. Etter å ha opplevd suksess og berømmelse giftet Berne seg for tredje gang, nå med Torre Peterson i 1967. Paret bosatte seg i Carmel i California hvor han skrev sine bøker, men han fortsatte også praksis som psykiater i San Francisco. Han opplevde imidlertid sin tredje skilsmisse tidlig i 1970.