Fra 2016/17-sesongen ble Horngacher ansatt som hovedtrener for det polske landslaget, etter at Lukasz Kruczek sluttet som følge av dårlige resultater forrige sesong. I sin første sesong tok Polen sin første lagseier i verdenscupen i Klingenthal 3. desember 2016, og avsluttet sesongen med å vinne nasjonscupen med Polen, noe de også klarte i 2018/19-sesongen. Siden har Horngacher bidratt til at Polen har blitt en av verdens største hoppnasjoner, resultatmessig. I mars 2019 ble det kjent at han skulle ta over som hovedtrener for det tyske landslaget fra 2019/20-sesongen, etter at den velkjente østerrikske treneren Werner Schuster ga seg. Horngacher ble erstattet av tsjekkiske Michal Doležal fra 2019/20-sesongen. Han vant også nasjonscupen i sin første sesong med de tyske hopperne, og ble med det første trener som vinner nasjonscupen to år på rad med ulike landslag.