Flere helsespørsmål er av interesse hos bostonterrierne: grå stær (både unge og voksne hunder), cherry eye (utposning rundt øynene), utglidende kneskåler, døvhet, hjerteflimmer og allergier. Krumning av ryggen, forårsaket av problemer med bakbenas knær, som igjen fører til at hunden lener seg fremover på forbena. Dette kan også bare være en strukturell feil med liten konsekvens for hunden.