I 1992 kunne de Klerk, tross økende motstand fra både radikale hvite og svarte grupperinger, holde valg om avskaffelse av apartheid-systemet, et valg der to tredjedelers flertall av den hvite befolkningen stemte for å avskaffe apartheid-styret som deres forfedre selv hadde opprettet. Et attentat i 1993 av militante boernasjonalister under ledelse av AWB-lederen Eugène Terre'Blanche rettet mot forhandlingene i Kempton Park nær Johannesburg kunne heller ikke forhindre en avtale om majoritetsstyre i Sør-Afrika. De første allmenne valgene, der altså den svarte og indiske befolkninga kunne delta på lik linje med de hvite, skulle ifølge avtalen avholdes i april det påfølgende året. I 1993 mottok de Klerk Nobels fredspris i Oslo sammen med Nelson Mandela.