I september 2001 var den gjenværende motstanden mot Taliban begrenset til Panjshir-provinsen og en liten region i nordøst. Motstanden hadde nå formet Nordalliansen, men kontrollerte mindre enn 5% av landet. Men de holdt fortsatt Afghanistans representasjon i FN ettersom bare tre land i verden anerkjente Taliban-regjeringen. 9. september ble Ahmed Shah Massoud, en helt fra den afghanske motstandskampen mot sovjeterne og Talibans militære hovedfiende, drept av det som antas å være agenter som arbeidet på vegne av Taiban. Etter at Taliban flere ganger nektet å utvise bin Laden og hans gruppe og stoppe deres støttet til internasjonal terrorisme, satte USA og deres koalisjonspartnere i gang en invasjon av Afghanistan 7. oktober 2001.