Nafpaktos ligger ved en bukt på nordkysten av Korintbukta, 3 km vest for munningen av elven Mornos. Havnen er tilgjengelig kun for småbåter. Den er 9 km nordøst for Antirrio, 18 km nordøst for Patras, 35 km øst for Messolonghi og 45 km sørøst for Agrinio. Den gresk riksvegen 48/E65 (Antirrio-Nafpaktos-Delfi-Lebadeia) går nord for byen.