Bahonar var født i Kerman. Han var en prest som ble fengslet for motarbeiding av regjeringen i 1960-årene. Han hadde ikke vært aktiv innen politikken lenge før revolusjonen, men var medforfatter i bøker i islamske studier. Men etter revolusjonen ble han et grunnleggende medlem av det islamske republikkpartiet, og et opprinnelig medlem av revolusjonsrådet i Iran. Han ble valgt til utdanningsminister da Muhammed Ali Rajai var statsminister i mars 1981, og fortsatte arbeidet med å rense iranske universiteter for amerikansk og europeisk innflytelse, i det som ble kjent som . Da Rajai ble president 4. august 1981, valgte han Bahonar som sin statsminister.