Etter å ha etablert seg på 1950-tallet, med spillere som Ole Landaas, Per Johannesen, Hilmar Paulsen og Kurt Myhrvold, rykket laget ved inngangen til 1960-årene ned i 4.divisjon, men var raskt oppe igjen i 3. divisjon. Utover 60-tallet bedret nivået seg noe, med opprykk til 2.divisjon i 1965. I denne perioden fikk også Baune sin første landslagsspiller, nemlig senterløperen Alfred Rønning, som møtte Sverige til landskamp i 1965. Selv om det ble nedrykk i 1966, var dette en stor sesong for Baune, med tre tippekamper og 2-0 seier over Brann på Stadion.