I tillegg car Carl Czerny også musikkteoretiker. Han skrev en , og var en av de aller første redaktører av en samleutgave av Bachs verker (men ettersom edisjonspraksisen ble satt spørsmålstegn ved, ble prosjektet snart avsluttet). Han oversatte fire omfangsrike komposisjonstraktater av Anton Reicha: (4 bind, 1832) og (1839). Hans utgave av Das Wohltemperierte Klavier av J. S. Bach er kommet i en rekke opplag.