Heidenau var en by i Kreis Pirna fra 1952 til 1990, og i Landkreis Pirna fra 1990 til 1994. Fra 1. august 1994 frem til 1. august 2008 var byen innlemmet i Landkreis Sächsische Schweiz, og siden 1. august 2008 har byen vært en del av Landkreis Sächsische Schweiz-Osterzgebirge.