Ikke bare ble Goikoetxeas første sesong hos Barcelona kronet med lagets første seriemesterskap på seks år, Real Madrids Emilio Butragueño uttalte at Goikoetxea var den spilleren som var avgjørende for at ligagullet gikk til Barcelona. 12. september 1990 fikk Goikoetxea sin landslagsdebut for Spania som venstre ving i en 3–0 seier over Brasil. Mens han opplevde en glimrende sesong på klubbnivå etablerte han seg samtidig på landslagsnivå. Barcelonas president Josep Lluís Núñez belønnet hans imponerende start i klubben med solid lønnsøkning og en kontraktsforlengelse til 1994.