Tre av Jaco Pastorius' fire barn er musikere. Tvillingene Felix og Julius Pastorius (født 9. juni 1982) fra Jacos andre ekteskap med Ingrid Horn-Müller er henholdsvis bassist og tommeslager. Datteren Mary Pastorius (født 9. desember 1970) fra hans første ekteskap med Tracey Lee, er vokalist og frontfigur i gruppa Queen Mary. Hun er diagnostisert med samme bipolar lidelse som sin far, som ifølge henne selv, er medfødt.