Opprinnelig skulle Betuweruten ha kostet totalt 1 milliard euro, dette har i mellomtiden økt til 4,7 milliarder. Havnebanen kostet 1,7 milliard, og delen som ble lagt langs riksvei A15 kom på 2,8 milliarder euro. Mens de politiske diskusjonene ble ført, økte kostnadene blant annet fordi det opprinnelige budsjettet var satt for lavt og fordi man måtte innpasse jernbanelinjen best mulig i omgivelsene.