Travis har også en sekundær modus kalt "Dark Side" hvor spilleren får tilgang et super-kraftig trekk avhengig av hvilke symboler som er stilt opp, alt fra en hastighetsøkning til å drepe alle fiender på skjermen umiddelbart. Etter å ha møtt Sylvia Christel, godtar Travis en kontrakt for å drepe Helter Skelter, også kjent som "the Drifter" og han kommer i kontakt med United Assassins Association, en organisasjon for leiemordere. Samtidig ønsker Travis å hevne seg på sin halv-søster, Jeane, som tidligere myrdet begge foreldrene hans.