Luis Morales Reyes fikk en lisensiat i filosofi og teologi fra Det pavelige gregorianske universitet i Roma. Han ble ordinert til prest for bispedømmet Tacámbaro den 2. desember 1962, og arbeidet der blant annet som rådgiver for den kristne familiebevegelsen. Morales tjente senere i bispedømmets pastoralråd.