Species 2000 begynte som et felles program mellom CODATA (International Council for Science: Committee on Data for Science and Technology), IUBS (International Union of Biological Sciences) og IUMS (International Union of Microbiological Societies) på begynnelsen av 1990-tallet. I 1996 ble atten taksonomiske databaseorganisasjoner enige om å konvertere Species 2000 til en juridisk enhet, som et redskap til å utvikle det globale Species 2000-programmet.