Et lik som ble antatt å være Prabhakarans ble funnet av hæren i Sri Lanka den 17. mai 2009. Meldingene om han var død eller ikke, vekslet i tiden etter den første meldingen, men den 18. mai bekreftet srilankiske regjeringskilder at Prabhakaran var funnet død. Han skal ha blitt skutt under kamper med fremrykkende regjeringsstyrker. Tre andre tamilske opprørsledere og Prabhakarans sønn ble også funnet drept, ifølge regjeringen. Et bilde av liket ble offentliggjort av myndighetene den 19. mai, selv om tamilgeriljaen fremdeles hevdet at han var i live. Sønnen til Prabhakaran, Charles Anthony, var også blant de døde som var identifisert, ifølge myndighetene.