Tidlig i 1069 ble den nylig innsatte normanniske jarlen av Northumbria, Robert Comine, og flere hundre av hans soldater massakrert ved Durham, noe som utløste et omfattende opprør i Northumbria. Festningsherren i York, Robert fitzRichard, ble beseiret og drept, og opprørerne beleiret den normanniske borgen i York. Vilhelm skyndte seg nordover med en hær og beseiret opprørerne utenfor York. Han forfulgte dem inn i byen, massakrerte innbyggerne og knuste det som var igjen av opprøret. Han bygget enda en festning i York, forsterket de normanniske styrkene i Northumbria, og dro deretter sørover igjen. Et påfølgende lokalt opprør ble knust av garnisonen i York. Haralds sønner rettet et nytt herjingstokt mot England fra sin base i Irland, men ble beseiret i Devon av normanniske styrker under ledelse av grev Brian, en sønn av Eudes, greve av Penthièvre.