En tredje form for sekularisering kan sies å være de endringer som skjer av og innenfor religionene selv under påvirkning fra de to nevnte sekulariseringsprosessene, for de forskjellige religioners teologiske og dogmatiske posisjoner og praksiser forandres også. Viktige elementer i denne prosessen ser ut til å være en aksept av religionens reduserte forklaringskraft, en konsesjon til vitenskapens forklaringer av verden, ved en understreking av at religionen ikke (lenger) pretenderer å forklare (den fysiske) virkeligheten. Videre synes det å utvikles en større aksept for livssynsmessig pluralisme slik at den «egne» religionen blir noe mer åpen for ulike tolkninger og også ses som et av mange religiøse uttrykk. Ofte kombineres en slik oppfatning med den teologiske posisjon at mange, om ikke alle, religioner er forskjellige måter å forstå den samme guden på. I dette ligger en utvikling av større religiøs toleranse og et argument for interreligiøs dialog.