Zschäpe ble tiltalt for ti mord, to bombeangrep og 15 overfall og ran. Saken ble ført for Oberlandesgericht München, da fem av de straffbare forhold ble begått i Bayern. Den 11. juli 2018 ble hun dømt til livsvarig fengsel. Tysklands høyesterett for straffesaker Bundesgerichtshof, meddelte 19. august 2021 at Zschäpes anke var forkastet, og at dommen dermed var rettskraftig.