Jomini var således opptatt da de franske styrkene trakk seg tilbake fra Moskva og opprøret i Preussen gjorde at Tyskland ble det sentrale krigsområdet. Han sluttet seg igjen til marskalk Ney og deltok i slaget ved Lützen. Som stabssjef for Neys korps gjorde han en viktig innsats på fransk side før og under slaget ved Bautzen og ble deretter anbefalt for opprykk til grad som divisjonsgeneral. Napoleons stabssjef Berthier var imidlertid negativ, han fjernet Jominis navn fra listen, satte han i arrest og kritiserte han i offisielle ordre for å ikke å ha levert visse stabsrapporter han hadde blitt bedt om.