He 46 begynte å bli erstattet som rekognoseringsfly av Henschel Hs 126 fra 1938, men var fremdeles i bruk i denne rollen ved utbruddet av den andre verdenskrig og deltok i angrepet på Polen, men var stort sett trukket tilbake fra frontlinjen under felttogene i mai 1940. Ungarske He 46 ble også brukt som rekognoseringsfly i begynnelsen av krigen på østfronten. Fra våren 1943 fikk He 46 en ny rolle som nattangrepsfly på østfronten.