Men Benito hadde arvet farens hat mot tradisjonell religion, især mot katolisismen, og var også blitt temmelig stri. Da han var ti år gammel måtte skoleprestene tvinge den hylende protesterende Benito inn til skolemessen. Etter en serie med episoder ble han i 1894 straffet med å bli tilbakestilt fra fjerde til andre klasse; han hadde blant annet kastet stein på menigheten under messen, kastet et blekkhus mot en lærer, og knivstukket en medelev i hånden. Denne straffen gjorde at foreldrene fant det tjenlig å ta ham ut av skolen.