Skaarup var nominert til Folketinget fra Århus' vestre og søndre kretser for Fremskridtspartiet 1988–1997, hvoretter hun gikk inn i Dansk Folkeparti. Hun var medlem av Århus amtsråd 1990–2001 og medlem av Århus byråd 1994–1998. I 1998 ble hun valgt til Folketinget fra Vejle amtskrets, etter å ha blitt nominert fra Kolding krets. Deretter var hun valgt fra Århus amtskrets 2001–2007, og satt i hele perioden som formann i Folketingets helseutvalg. Skaarup var medlem av Københavns borgerrepresentasjon 2010–2013 og styremedlem i Metroselskabet. Hun har hatt tillitsverv i Det Etiske Råd og Kræftens Bekæmpelse.