Den andre sesongen sentrerer rundt en annen kult, ledet av Lily Gray (spilt av Connie Nielsen) og de to tvilling-sønnene hennes Mark og Luke Gray (begge spilt av Sam Underwood) samtidig som de begynner å komme med en rekke offentlige uttalelser, i forsøk på å lokke Joe Carroll ut av gjemmestedet sitt - samtidig som resten av verden tror at Carroll er død. Weston blir på nytt rekruttert av spesialagent Mendez fra FBI, for å skaffe mer informasjon om den nye kulten. Men Hardy og hans nies Max Hardy (spilt av Jessica Stroup) har samtidig deres egne planer.