De store rivaliseringer mellom Gottorperne og kongen av Danmark-Norge, gikk utenom August Frederiks lille land, hvor han levde en fredelig tilværelse. Han hadde dog en svak helse, og etter å ha pådratt seg forkjølese under en jakt på Femern, døde han plutselig natten til den 2. oktober 1705. Samme dag som han døde, tok brorsønnen Christian August slottet i Eutin og dagen etter Bispegården og Domkirken i besittelse. Han ble dermed Lübecks neste fyrstebiskop.