Ettersom Germanische Leitstelle arbeidet etter Heinrich Himmler og SS' pangermanske ideologi, hadde de et anstrengt forhold til Vidkun Quisling og NS-ledelsen. Pangermanismen hadde som endelig mål å samle hele den germanske rasen i ett stort rike. Quisling så på denne ideologien som en trussel mos NS' mer nasjonalistiske ideologi.