Samtidig som Boudiaf satt i fransk fangenskap, ble han symbolsk valgt til minister i den algeriske FLN-regjeringen i eksil. Boudiaf ble ikke løslatt fra fransk fangenskap før umiddelbart før uavhengigheten til Algerie i 1962, etter en brutal åtte år lang krig som hadde kostet mer enn 1,5 millioner menneskeliv. Etter landets selvstendighet var FLN plaget av interne konflikter og krangler og organisasjonen ble som splittet inn i flere rivaliserende fraksjoner ettersom de franske styrkene trakk seg ut av landet.