Udåden med Ankarette Twynyho var dessuten uakseptabel for Edvard IV som var bestemt på å frigjøre domstolene fra adelens innblanding og hadde ikke noe annet valg å foreta en streng aksjon mot sin bror. Om Clarence hadde vist anger og kastet seg for kongens nåde kunne han kanskje ha sluppet unna med en mild dom. Isteden sendte han brev til Ludvig XI av Frankrike for å søke hjelp. Ved høsten 1477 hadde Edvard IV mistet all tålmodighet med sin vanskelige bror. I domstolen ble Clarence anklaget for forræderi mot kongen, dog uten selv å være tilstede. Edvard reiste selv anklagen mot sin bror, og krevde at parlamentet vedtok en lov mot Clarence, erklærte at han var skyldig i «unaturlig, motbydelig forræderi», noe som ble forverret av at han var kongens bror som skyldte ham lojalitet og kjærlighet. Som følge av hans dom ble han «privat henrettet» i Tower den 18. februar 1478, i henhold til tradisjonen i Bowyer Tower. Ikke lenge etter spredte ryktet at han hadde blitt druknet i tønne med Malmsey-vin.