Clifford endret ikke på det ledelsessystem som McNamara hadde innført ved The Pentagon, og lot for det meste den assisterende forsvarsminister Paul H. Nitze ivareta den interne administrasjon. Clifford gjorde ikke noe for å avvike fra McNamaras politikk og programmer i saker som atomvåpenstrategi, NATO og militærassistanse, men han gikk inn for det antiballistiske missilsystemet som McNamara bare hadde gitt lunken støtte til. Clifford ville utplassere systemet, og gikk inn for at Kongressen bevilget midler til dette. Han mente at én viktig følge av etableringen av Sentinel ville være å motivere Sovjetunionen til å begynne med rustningsbegrensningssamtaler med USA. Før Clifford fratrådte hadde Johnson-administrasjonen foretatt forberedelser til de forhandlingene som i 1972 skulle munne ut i Anti-Ballistic Missile Treaty.