Rådet skrev 10. juni 1941 et brev, stilet til H. M. Kongen og sendt over «kapteinen på Shetland». De ønsket regjeringen Nygaardsvolds offisielle anerkjennelse av Milorgs virksomhet i Norge. Videre henviste de til et , med direkte ansvar overfor Kongen, som skulle avgjøre når organisasjonen skulle tre i aksjon. Rapporten ble først behandlet av general Carl Gustav Fleischer (sjef for Hærens overkommando), som påla Rognes å diskutere saken med SOE. Dette ledet til et direktiv fra SOE til Rådet, datert 17. juli 1941, som ble godkjent av general Fleischer og utenriksminister Trygve Lie. Regjeringen oppfattet referansen til et innenlandsk styre som et mistillitsvotum, og dette førte til en periode med et anstrengt forhold mellom regjeringen og Milorg. Den 20. november 1941 ble Milorg anerkjent av Regjeringen og lagt under Hærens overkommando (HOK). Forholdet mellom Milorg og de britiske myndigheter/SOE var fortsatt spent, men ble utbedret i et møte 6.-17. februar 1942 i Stockholm der Rognes representerte HOK. Ulike misforståelser ble ryddet av veien, og Rognes hadde «bidratt ikke så lite til å dempe motsetningene».