Biskopen av Lublin, Piotr Kałwa, ordinerte ham til prest for bispedømmet Lublin den 19. april 1959. Karpiński fullførte sine bibelstudier ved Det katolske universitet i Lublin og fortsatte studiene i Roma ved Det pavelige bibelinstitutt. Fra 1971 til 1985 arbeidet han i Roma i Den pavelige kommisjon for pastoral omsorg for migranter og omreisende.