Thoresen drev i begynnelsen med trampfart, men gikk etterhvert over til å seile i linjefart. Han var den første norske reder som utvidet rutenettet til utenfor Nordsjøen, og opprettet blant annet linjeforetak på Persiabukten og Øst-Preussen. I 1893 startet han Spanskelinjen, som fikk stor betydning for norsk fiskeeksport og for å bringe spanske varer til Norge. I 1912 startet han Den norske Syd-Amerikalinje sammen med Fred. Olsen & Co., Det Bergenske Dampskibsselskab og Det Nordenfjeldske Dampskibsselskab.