Etter hvert gikk Wilkie over til å male historiske bilder og portretter. Best kjent av historiemaleriene er ; andre er og . Blant portrettene hans utmerker seg fremstillingene av kong Georg, dronning Victoria, lady Lyndhurst, sir James MacGregor, hertugen av Wellington og landskapsmaleren Thomas Daniell. Hans portretter var i regelen vel utført hva gjaldt det samlede inntrykk, men det ble sagt at selve ansiktene ikke traff så godt. Han lyktes sjelden i å fremstille de portretterte på deres beste, og især de kvinnelige portretterte var sjeldent tilfredse med resultatet.