Bryggeriet har flere ganger vært truet av nedleggelse. I 1999 på grunn av eksplosivt salg av øl og mineralvann på boks som skyldes kutt i boksavgiften. Både massiv støtte fra lokalmiljø, Arendals Pilsens Venner og forhandlere, bidro til å reddet bryggeriet. 16 000 underskrifter og trusler om boikott var noen av virkemidlene. I 2003 var det igjen muligheter for nedleggelse, det sto mellom 3 bryggerier, men Arendals Bryggeri trakk igjen det lengste strået etter dialog med konsernet. I 2005 ble grunnavgiften på 91 øre per plastflaske fjernet, og bryggeriet sto igjen i fare for å bli nedlagt, men overlevde atter en gang. I 2009 sto mellom 60 og 80 ansatte i fare om å miste jobben på grunn av økning på 60 prosent i produksjonsavgiften og den vedvarende finanskrisen. Løsningen ble at Arendal kommune i 2009 kjøpte tomten og bryggerianlegget på Stoa for 26,3 millioner kroner, og selve bryggeridriften ble solgt fra Ringnes AS til det nye selskapet Arendals Bryggeri AS, eid av ansatte ved bryggeriet, Arendal kommune og Arendals Næringsråd, som overtok driften. Ringnes AS hadde 20 % eierandeler i det nye selskapet. Senere ble eierandelene samlet på fire hender: Torstein Paulsen, Svein Rannekleiv og en tredje ansatt. Resten av aksjene ble solgt til Jan Sigurd Otterlei som er innehaver av Otterlei Group.