To år senere tok Antigonos Mattathias, nevø av Hyrcanus II, tronen fra sin onkel ved hjelp av partierne. I år 40 f.Kr. ble de østlige delene av Romerriket invadert av Partia. Herodes flyktet til Roma for å be romerne om å gjeninnsette ham på tronen. Det romerske senatet utnevnte ham til «jødenes konge». Josefus plasserer dette i året til konsulembetet til Calvinus og Pollio (40 f.Kr.), men den greske historikeren Appian av Alexandria tidfester det til år 39 f.Kr. Herodes seilte tilbake til Judea for å vinne kongedømmet fra Antigonus og på samme tid giftet han seg med en niese av Antigonus, en tenåring ved navn Mariamne (kalt for Mariamne I for å skille henne fra andre med samme navn) i et forsøk på å sikre seg et krav på tronen og skaffe seg gunst og velvilje hos jødene. Imidlertid hadde Herodes en hustru fra før, Doris, og en sønn på tre år kalt Antipatros. Han valgte da å forvise Doris og sønnen.