Kort tid før krigen endte, erstattet Shah Mahmud sin eldre bror som statsminister, og ledet landet i en periode med stor endring i både intern og ekstern politikk. Blant annet ledet han gjennomføringen av Helmand-dalsprosjektet, et kooperativt vanningforsøk som trakk Afghanistan inn i ett tettere forhold med USA som finansierte mye av arbeidet. Han stod også for åpningen av forholdet til den nyopprettede staten Pakistan, som arvet pashtoene fra den tidligere britisk-styrte siden av Durand-linjen. Pashtoene ønsket en uavhengig eller autonom stat som inkluderte pashto-språklige i Pakistan. Denne saken ville ha en betydelig innvirkning på afghansk politikk, i tillegg til Shah Mahmuds politiske liberalisering av landet.