Sønderborglinjen delte seg i tallrike grener. Linjen Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg døde ut i 1931. En annen linje, Schleswig-Holstein-Sonderburg-Glücksburg kom i 1863 på den danske tronen med Christian IX, etter at den eldre, oldenburgske, kongelige linjen døde ut. Hans sønn ble samme år som Georg I konge av Hellas, mens barnebarnet, Carl, ble valgt til konge av Norge under navnet Haakon VII i 1905.