Stills sluttet på University of Florida for å satse på en karriere i musikk tidlig på 1960-tallet. Fram til 1966 spilte Stills i en rekke mindre vellykkede band, blant dem the Continentals, hvor også den fremtidige gitaristen i The Eagles Don Felder var med. Stills endte opp i en ni-medlems vokalharmonigruppe som het the Cafe Au Go Go. I 1966 var han på audition for å bli med i gruppa The Monkees, men ble avvist blant annet på grunn at han allerede da begynte å bli tynn i håret og ville virke for gammel, samt at engasjementet ville komme i konflikt med den kontrakten han allerede var underlagt. Hans gamle romkamerat Peter Tork ble tatt opp.