Den administrative regionen besto av departementene Doubs, Haute-Saône, Jura og Territoire de Belfort. Hovedstaden var Besançon. Andre større byer er Belfort og Montbéliard. Regionen hadde i 2010 i underkant av 1,2 millioner innbyggere. Regionene Bourgogne og Franche-Comté ble fra 1. januar 2016 slått sammen til en ny region med navnet Bourgogne-Franche-Comté.