Martinus Institutt ledes av et styre, som etter Martinus’ ønske benevnes ”rådet”. Det er rådet, der har det overordnede ansvar for alle Instituttets oppgaver. Rådet består av 5 medlemmer og 2 suppleanter. Ved fratreden supplerer rådet sig selv. Ingen, bortsett fra de rådsmedlemmer Martinus før sin bortgang selv utpekte, kan være suppleant og rådsmedlem i mer enn sammenlagt 7 år. Etter at man er fratrådt kan gjeninntreden ikke finne sted.