Núñez ankom Nombre de Dios på kysten av Panama 10. januar 1544, og herfra reiste han videre til Panama by. Han etterlot Audienciaen i Panama og seilte videre mot Peru, der han ankom Tumbes 14. mars 1544. Derfra dro han videre til Trujillo, hvor han fikk en høytidelig mottakelse, og videre til La Barranca.