Det avsluttet ikke problemene for Margaret og Maximilian: Nederlandene mislikte hans styre over området. I 1488 ble tatt til fange av borgerne i Brugge, og ble først satt fri da han under tvang gikk med på omfattende innrømmelser. Året etter ble kalt tilbake til Østerrike av sin far, keiser Fredrik III av Det tysk-romerske rike; Burgund ble etterlatt til å bli styrt av Margaret og det burgundiske bo, som sammen også overtok formynderskapet av unge hertug Filip, skjønt Maximilian beholdt en fjern interesse for landet og sine barn.