Whittaker fikk en undervisningsstilling ved Department of Biology ved Brooklyn College, tilhørende City University of New York i 1954. Denne stillingen hadde han helt frem til 1964. Om somrene reiste han tilbake til Great Smoky Mountains, hvor han utførte et storstilt arbeid med å måle biomasse og produktivitet i skogssamfunnene der. Han var særlig opptatt av å se dette i sammenheng med høyden oppover langs fjellsidene. Han utviklet metoder for å måle produktiviteten hos busker og urter, samt deler av trær og selve stammen. Til grunn for dette målte han volum og telte årringer hos trærne. Denne metodologien er fortsatt i bruk (1990).