Som manager i Bradford hadde han god suksess, og i hans første sesong vant klubben den engelske 4. divisjonen. Etter at han forlot Bradford var McFarland en periode assisterende manager til Peter Taylor. I april og mai 1984 var han midlertidig manager for klubben før han igjen ble assisterende manager for Arthur Cox. Etter at Cox på grunn av helseproblemer må gi seg som manager overtok Roy McFarland hans jobb den 2. oktober 1993. Han fikk med seg Alan Durban som assistent, og var manager fram til 1995. I hans første sesong tapte klubben 1-2 mot Leicester City i playoff finalen på Wembley, mens de året etter havnet på en niendeplass.