Kongeriket Sverige sikret seg i 1629 kontroll over hele Estland. Svensketiden var en fremgangsrik periode hvor det blant annet ble etablert et universitet i Dorpat (dagens Tartu). Etter sitt nederlag i den store nordiske krig måtte Sverige ved freden i Nystad i 1721 avstå Estland til Russland. Gjennom hele denne periode nøt de tyske baltiske ridderne og adelskap godt av en høy grad av indre selvstyre og administrasjonsspråket var tysk.