Etter flere avhør av Gestapo ble han deportert av tyskerne den 6. mai 1941 til Frankrike sammen med ti andre geistlige, hvor Lucien-Sidroine Lebrun, biskopen av bispedømmet Autun, betrodde ham de presteløse menighetene og . Der tok Lommel seg også av luxembourgske motstandsfolk som hadde gjemt seg i området.