Weber ble født 2. august 1870 i Oerlinghausen ved Bielefeld som Marianne Schnittger. Faren var lege, men hadde psykiske lidelser. Etter morens død i 1873 flyttet hun inn hos sin bestemor i Lemgo. I Lemgo gikk hun til 1887 på høyere pikeskole, og bodde deretter i to år på et pikepensjonat i Hannover. Etter å ha vendt tilbake i Oerlinghausen, bodde hun hos en tante.