Hans sivile navn var Christos Paraskevaidis. Da han var to år gammel, flyttet familien til Athen for å unnslippe tysk og bulgarsk okkupasjon av hjemsted under den andre verdenskrig. Hans far returnerte senere til hjembyen Xanthi etter verdenskrigen der han begynte å jobbe for byens ordfører. Christodoulos gikk på high school i den romersk-katolske Marist Leonteion Lyceum i Athen. Han studerte senere juss ved universitetet i Athen, derfra ble han uteksaminert i 1962, etter å ha blitt ordinert til diakon for den ortodokse kirken i 1961.