Han ble født ved Allington Castle som den eneste sønn av Thomas Wyatt, den berømte poeten, og Elizabeth Brooke, datter av 8. baron Cobham. Hans far var foruten å være en nyskapende poet også en ambassadør og hoffmann som også var kjent for å ha vært forelsket i Anne Boleyn før kong Henrik VIII av England ble tiltrukket av henne (og deretter gift med). Senere strebet han etter en annen av Henrik VIIIs elskerinner, Mary Shelton. Wyatts mor Elizabeth Brooke var også involvert i en tilsvarende skandale og hans foreldre ble skilt på grunn av hennes åpne utroskap. Hun var en meget tiltrekkende kvinne som i februar 1542 fikk oppmerksomhet fra kongen på en tid da hans femte hustru da satt arrestert i Tower of London i påvente av å bli henrettet. Den keiserlige ambassadør, Eustace Chapuys, rapporterte tilbake til keiseren av Det hellige romerske rike av den tyske nasjon at hun kunne muligens ende opp som dronning av England som Henrik VIIIs sjette hustru, til tross for at hun fortsatt var gift med Wyatt den eldre.