Rafael begynte som niåring, i 1920, på skole hos jesuittene, men han ble ganske fort syk og måtte avbryte skolegangen for da. Da han igjen ble frisk tok faren han med på en valfart til Zaragoza. Faren skal der ha viet sønnen til jomfru Maria, og Rafael skal ha hatt en særskilt hengivenhet for Maria siden valfarten. I 1921 begynte han igjen på skole, også nå hos jesuittene. Under skolegangen viste han store evner for matematikk og kunst. I 1930 startet han på studier i arkitektur på den tekniske høyskolen i Madrid. Samme år kom han også i kontakt med trappistene, og han ble dypere grepet av religionen.