I motsetningen til Clausens rasjonalisme var Magnús særdeles kritisk til Hans Lassen Martensen spekulative teologi som han brutalt angrep i ulike skrifter fra 1844 og til 1850. Hans hovedpoeng var troen var basert på fornuften, og at . Martensen nektet å gå inn i en polemikk med Magnús og forble stille og svarte aldri på utfallene.