Han returnerte i 1847 til Sør-Afrika som guvernør av Kappkolonien og høykommissær, for å ta seg av vanskelighetene han hadde forutsett elleve år tidligere. Han tok kommandoen over et felttog for å ta seg av misfornøyde boere i Orange River Sovereignty og utkjemper slaget ved Boomplaats den 29. august 1848. I desember 1850 brøt det ut krig med xhosaene og noen av khoikhoiene. Smith fikk for lite styrker fra England, og selv om hans gjennomføring av operasjonene fikk anerkjennelse av hertugen av Wellington og andre militære autoriteter, kalte lord Grey ham tilbake i 1852 i en sending som aldri ble lagt frem for dronningen, før xhosaene og khoikhoiene var fullstendig kuet. Han protesterte sterkt mot å oppgi Orange River Sovereignty til boerne, noe som ble gjort to år etter at han dro, og han fremmet aktivt å gi Kappkolonien en ansvarlig regjering.