Athen kunne ikke overse konflikten, særskilt siden den ene parten var svak og den andre sterk. Da samierne nektet å avslutte sine angrep på Miletos, som ba Athen om hjelp, måtte Athen involverte seg på Miletos’ side for å ta kontroll over konflikten ved å innta Samos, kastet ut den oligarkiske regjeringen, og satte opp en egen militær garnison. Oligarkene kom imidlertid tilbake med persisk militær støtte.