I 1943 hadde det blitt dannet motstandsorganisasjoner i leiren. Disse organisasjonene hjalp noen få fanger med å unnslippe; disse flyktningene tok med seg bevis for utryddelsen i leiren, slik som drapet på hundretusenvis av jøder transportert fra Ungarn mellom mai og juli 1944. 7. oktober 1944 gjorde Sonderkommando i Birkenau Kommando III opprør. De angrep SS med improviserte våpen: steiner, økser, hammere, annet verktøy og hjemmelagde granater. Vaktene ble overrasket og overmannet. Sonderkommandoen sprengte Krematorium IV med sprengstoff smuglet inn fra våpenfabrikken av kvinnelige fanger. Opprørerne fikk støtte av Birkenau Kommando I fra Krematorium II, som også overmannet sine voktere og brøt ut av anlegget. Hundrevis av fanger unnslapp, men alle ble snart fanget og henrettet sammen med andre som deltok i opprøret. De ødelagte krematoriene ble aldri gjenoppbygd.