Spillet baserer seg rundt hendelsene etter Assassin's Creed III, hvor Desmond Miles ofret livet sitt for å redde jorden fra den kommende katastrofen, solstormen. I tillegg slapp han fri Juno, en kvinne fra den første siviliasjonen. Spilleren tar rollen som en ansatt hos Abstergo Entertainment, et selskap med målet å gi Animus-tilgang til hele verden. Spillerens oppgave er å forske på minnene til Edward Kenway, en ung mann som dro til Karibien på jakt etter rikdommer. Edward fikk jobben som en kaper for den engelske marinen, men siden England og Spania signerte en kontrakt som gjorde kaperne arbeidsløse, gikk han over til piratskap. I begynnelsen av spillet er skipet som Edward arbeider ombord på angrepet av et ukjent skip. På det andre skipet får Edward et glimt av en skikkelse ikledd blå klær og en hette, en Assassin. Styrmannen faller, og Edward får oppgaven å styre skipet. Skipet hans klarer å bekjempe det fiendtlige skipet, men før han kan feire, er kruttmagasinet på vei til å gå i lufta. Edward får ordre om å komme seg inn og slukke flammene, men før han kommer så langt er kapteinen drept av snikmorderen. Snikmorderen skal akkurat til å angripe Edward, da magasinet går i lufta, og han og Edward faller i vannet. Edward kommer seg på land i Cape Bonavista, og idet han ser opp i lufta på måkene over seg, drar en skadet Assassin seg opp på stranda. De har en kort samtale der snikmorderen sier han må komme seg til Havana, Edward spøker med at han kan jo bare bygge et nytt skip, og snikmorderen sier han kan betale Edward for hjelpen. Edward liker lyden av penger, men da han prøver å nappe dem til seg, drar snikmorderen en pistol opp og peker på Edward. Men pistolen klikker, grunnet vått krutt, og han kaster den fra seg mens han stikker inn i jungelen. Edward følger etter ham, blir angrepet og dreper ham. Når Edward leter gjennom lommene hans, finner han et brev fra en guvernør Torres av Havana. Brevet nevner noe om en betaling for en gjenstand som snikmorderen skulle ta med seg, Det Edward ikke vet er at denne Torres-fyren er en Tempelridder, og mannen han drepte var en forræder av snikmorderne. Han tar på seg klærne til snikmorderen og bestemmer seg for å dra til Havana for å motta betalingen. Men før Edward kommer så langt, hører han et skudd. Det er engelske soldater som angriper en kjøpmann de tror er pirat, Edward hjelper til og dreper alle soldatene, før han introduserer seg for kjøpmannen som Duncan Walpole, navnet til snikmorderen, på vei til Havana for et hemmelig oppdrag for kongen av England. Kjøpmannen blir litt mistenksom, men tillater Edward passasje.