I instituttet lærte Bakhita å kjenne den kristne Gud Da fru Michieli vendte tilbake fra Afrika etter ti måneder, kom hun for å hente datteren og Bakhita. Men da fikk hun et sjokk, for Josefina, som hun fortsatt betraktet som sin eiendom, ga med uvanlig fasthet og mot uttrykk for at hun ville bli hos Canossasøstrene og tjene Gud. Fru Michieli ble sint over dette, og superioren skjønte at her måtte det høyere autoriteter til, så hun hentet patriarken og kongens stattholder. De erklærte at siden slaveri var illegalt i Italia, var Bakhita fri til å foreta sine egne valg.