Mye av debatten rundt parareptilene skyldes at det er stor usikkerhet rundt hvordan rota amniotenes stamtre egentlig ser ut. Paleontologi og genetikk gir tildels sprikende svar. Selve oppsplittingen av de forskjellige urreptilene i parareptiler, pattedyrliknende krypdyr og diapsider ligger helt tilbake i karbon. Trolig levde gruppen som gav opphav til synapsider og diapsider i tørrere og høyereliknende miljøer, der fossiler sjelden blir avsatt, og opprinnelsen til de to kan ha skjedd så nær hverandre i tid at det ikke har gitt spor som er enkle å finne i genetikken til nålevende dyr, 300 millioner år senere.