Etter at araberoppstanden slo feil i Palestina, og etter utbruddet av Andre verdenskrig flyktet Salama i oktober 1939 via Beirut og Damaskus til Bagdad, sammen med Jerusalems stormufti Haj Amin al-Husseini, Arab Higher Committee-medlemmene Jamal al-Husayni, Rafiq al-Tamimi og opprørslederne Fawzi al-Qawuqji og Arif Abd al-Razzaq. Mens han var i Damaskus i 1939 skal Salama ifølge britiske nedtegnelser gjengitt av israelerne ha tatt indirekte kontakt britene som han hadde kjempet mot, og tilbudt dem sine tjenester i å fakke hans tidligere kampfeller, og britene skal ha avslått tilbudet.