Astrakhan ligger i Volgadeltaet, et meget fruktbart område, som tidligere inneholdt hovedstedene til Khazaria og Den gylne horde. Astrakhan selv ble først nevnt av reisende tidlig på 1200-tallet som Xacitarxan. Timur Lenk brente ned byen i 1395. Mellom 1459 og 1556 var Xacitarxan hovedstad i Khanatet Astrakhan. Ruinene av denne middelalderbosetningen er blitt gjenfunnet av arkeologer, 12 km oppstrøms Volga fra vår tids Astrakhan.