Når Bowser herjer Yoshi-øyen kommer det en bokånd som heter Hongo og fanger hele øyen mellom sidene til en eventyrbok. Det er bare ved å låse Bowser inne i boken Yoshi kan få Hongo til å slippe resten av øyen fri igjen, så Yoshi må ut på en reise gjennom kapitlene i eventyrboka.