I 1958, etter fallet til diktatoren Marcos Pérez Jiménez, returnerte Pérez tilbake til Venezuela. Han var innenriksminister og justisminister fra 1959 til 1964 og han gjorde seg bemerket som en tøff statsråd og skarpsindig politiker som klarte å nøytralisere små, forstyrrende og radikale grupper fra høyresiden og opprør fra venstre vingen opprør, sistnevnte var i stor grad påvirket og finansiert fra Cuba.