I 1921 ble han monsignor, men dette opphørte å gjelde senere, etter pave Benedikt XVs død. Fra 1921 til 1923 var han sekretær for den nye slovakiske biskopen i Nitra, Karol Kmeťko. I samme periode pådro Tiso seg to fellende dommer for hets, som resulterte i et kort fengselsstraff for nasjonalistisk politisk agitasjon. Kmeťko avskjediget ham som sekretær i 1923, men beholdt ham som professor i teologi. I 1924 forlot han Nitra for å bli sogneprest og deretter dekan av Bánovce nad Bebravou.