Til tross for vennskapelig forhold mellom Barnes og det militære, surnet relasjonene etter en endring av kommandoen i 1952, fire år etter Muroc Army Air Base ble Edwards Air Force Base. En grunn til friksjon mellom Barnes og basesjefen var det økning i flyvninger fra Edwards, sammen med en økning i flyvninger på klubbens flystripe. Etter at han overtok ledelsen ved basen, begynte general Albert Boyd, som var en beundrer og venn av Barnes å skjelle henne ut fordi hennes besøkende gjester kom for nær militært luftrom. Anklager dukket opp om at klubben var et bordell, noe Barnes mente var fremsatt fordu hunektet å selge sin ranch til regjeringen for utvidelse av rullebanen. Barnes' vertinner hadde strenge regler, men mange rakket ned på påstandene. På grunn av rykter forbød Force sine tjenestemenn å besøke klubben. Det ødela det meste av dets virksomhet. Siden hun og regjeringen var midt i forhandlinger om å fastsette en rettferdig pris for virksomheten og eiendommen, følte Barnes seg sveket av forbudet. Da regjeringen anla rettssak gikk Barnes til motsøksmål for sjikane, trakassering, ulovlig anskaffelse av landet, og konspirasjon. Ranchen ble ødelagt av brann 13. november 1953, kort tid før søksmålet skulle opp til doms. Barnes endte opp med å bosette seg i nærheten, i Cantil og landet ble kjøpt av Air Force. Den foreslåtte utvidelse av rullebanen ble aldri gjennomført.