I 1894 ble Bødtker opptatt i Den Norske Store Landsloge, og fra 1923 frem til sin død var han Den Norske Frimurerordens stormester. Bødtker var æresmedlem av Den Danske Store Landsloge og ridder av den svenske Carl XIIIs orden. Han var også medlem av Svenska Krigsvetenskaps-akademien.