Bogoriasjøen er, sammen med Nakurusjøen, en av de mest betydningsfulle hekkeplassene for dvergflamingoer i verden. Fuglene kan samle seg der i enorme antall (opp mot har blitt registrert). I senere år har det også inntruffet flere mer eller mindre uforklarlige tilfeller av massedød blant dvergflamingoene ved innsjøen.