NCIS: New Orleans følger en fiktivt gruppe agenter, tilhørende Naval Criminal Investigative Service (NCIS) som vanligvis opererer fra New Orleans, Louisiana. De blir ledet av spesialagent Dwayne Cassius Pride (spilt av Scott Bakula) og fokuserer hovedsakelig på forbrytelser som involverer personell i United States Navy eller United States Marine Corps. Deres territorium spenner fra Mississippi-elven til Texas Panhandle.