Arrangementet gav den spanske krone, og i forlengelsen av den, de koloniale myndigheter betydelig myndighet i kirkelige anliggender. Utnevnelser biskoper og til sentrale prestestillinger måtte i regelen godkjennes av de borgerlige myndigheter. Forholdet mellom kirke og stat ble meget tett på denne måten, ettersom myndighetene i stor grad kunne sikre seg at den kirkelige øvrighet bestod av personer som de kunne samarbeide med.