CIAs involvering i general Suhartos maktovertakelse i Indonesia er blant de mindre kjente operasjonene. Den førte til at mellom 500 000 og 1 000 000 indonesiere, i all hovedsak bønder og venstreorienterte, mistet livet. CIA gav blant annet kuppmakerne lister over 5 000 medlemmer i Indonesias kommunistparti, og det amerikanske ambassadepersonellet krysset ut navn på listene etter hvert som partiets medlemmer ble henrettet.