Klimaet i Sahara har variert kraftig gjennom tidene. Kvartærsvekslinger mellom istider og mellomistidsperioder har medført lange perioder med gunstig klima for livet i Sahara. Etter den siste istiden var det en spesielt gunstig periode mellom 8000 og 5500 f.Kr. I de siste 30 årene har det vært en tendens for at høytrykksbeltet har forskjøvet seg mot sør, med tørke og hungersnød som konsekvens i grenseområdet mellom ørkenen og savanneområdet.