Klosterets bibliotek oppbevarer et stort antall svært verdifulle håndskrifter og codiciler (tilføyelser til testamentene). Dets styrke ligger i greske, koptiske, arabiske, armenske, hebraiske og syriske tekster. For eksempel kommer herfra, et av verdens fremste bibelhåndskrifter. Kun Vatikanets bibliotek har flere manuskripter enn Katarinaklosterets.