Chiroptera (flaggermus, som er ei monofyletisk gruppe) har til nå vært delt inn i to underordener, basert på størrelse; Microchiroptera (småflaggermus) og Megachiroptera (flygehunder). Nye molekylære beviser antyder imidlertid at dette kan være feil. Megachiroptera og fem andre familier, som tidligere ble definert til Microchiroptera (Rhinopomatidae, Rhinolophidae, Hipposideridae, Craseonycteridae, og Megadermatidae), har blitt forslått inkludert i en ny underorden kalt Yinpterochiroptera. Resterende familier i Microchiroptera plasseres i Yangochiroptera.