Sammen med Viktor Orbán grunnla Molnár Fidesz (Fiatal Demokraták Szövetsége) som var et antikommunistisk ungdomsparti som representerte opposisjonen i Ungarn. Partiet var lenge landets mest populære politiske parti og fikk mye å si for demokratiseringsprosessen i Ungarn. Dr. Péter Molnár var en av lederne i FIDESZ i 1989, og mottok Raftoprisen på vegne av organisasjonen. Partiet har i senere tid beveget seg i en annen retning, og Péter Molnár har trukket seg ut av partiet.