Fem år etter at byggearbeidet startet opp, ble den dobbelsporede 1,3 kilometer lange gjennom Bergen Hill i Jersey City åpnet 6. februar 1861. Tunnelen ble finansiert av NY&E og bygd av Long Dock Company. Long Dock Company sto også for byggingen av Eries nye jernbaneterminal i Jersey City. Kostnadene for tunnelen kom opp i nesten 2 millioner dollar. Med Bergen Tunnel og den nye terminalen hadde New York & Erie Railroad nå direkte forbindelse til en saltvannshavn med tilhørende gods- og passasjer-fasiliteter nær New York.