Melhus kirkelige fellesråd tilhører Gauldal prosti i Nidaros bispedømme. Den norske kirke har fire menigheter (kirkesogn) i Melhus kommune, og hver av dem har sin kirke. Det er Flå, Horg, Hølonda og Melhus menigheter. I Hølonda menighet står også Kolbrandstad stavkirke, som eies av et privat lag.