Per 1. september 2010 hadde Halden fengsel 224 plasser i bruk fordelt på avdelingene A (56 plasser), B (84 plasser) og C (84 plasser). Avdeling A er en mottaksavdeling, mens avdelingene B og C er boenhetsavdelinger med henholdsvis 10 eller 12 innsatte. Her har de innsatte felles stue/kjøkken/oppholdsrom.