Han var sønn av teolog og kartograf Melchior Ramus (1646–1693) som var lektor ved Katedralskolen i Trondheim, og Anne Kyhn. Etter farens død, sendte moren Johan til Bergen katedralskole, hvor han ble uteksaminert sammen med den jamnaldrende Ludvig Holberg (1684–1754) i 1702. Skolen var forresten gått med i bybrannen i det året.