Da Bayern igjen ble samlet i 1506 ble München hovedstad i det samlede hertugdømmet og ble utover på 1500-tallet et senter for Motreformasjonen og Renessansen. Hoffet i München ble et senter for kunst og kultur, som knyttet til seg komponister som blant andre Orlando di Lasso, Heinrich Schütz, og senere Wolfgang Amadeus Mozart og Richard Wagner. Den katolske liga ble stiftet i byen i 1609.