Marinos siste seier i NFL kom på bortebane i sluttspillet, og var hans 36. comebackseier, da Dolphins slo Seattle Seahawks 20–17 den 9. januar 2000 i den siste amerikansk fotballkampen i Seattle Kingdome. I neste runde, borte mot Jacksonville Jaguars den 16. januar, tapte Dolphins 62–7. Målforskjellen på 55 poeng var den største i AFC-sluttspillets historie. Marino ble erstattet av reserven Damon Huard etter én serie i andre halvdel, men avsluttet den først halvdelen positivt med en 80-yard drive som endte med en 20-yard touchdownpasning til receiver Oronde Gadsden med 20 sekunder igjen. Kampen markerte også slutten på Jimmy Johnsons karriere som trener; dagen etter annonserte han at han skulle pensjonere seg.