Athen har lenge hatt et metrosystem, med en linje fra byen til Pireus. Metroen har blitt sterkt opprustet og fikk to nye linjer i forbindelse med OL. Som i andre antikke byer har dette vært et vanskelig og kostbart arbeid, da man hele tiden støtte på levninger av antikke bygninger. En av linjene er forlenget til flyplassen. I tillegg til metro er det både buss og trikk.