Pasienter med atypisk HUS har en dårlig langsiktig prognose. Opptil 79 % av pasienter med atypisk HUS dør eller får permanent nyreskade innen 3 år til tross for støttebehandling. Nyretransplantasjon for atypisk HUS-pasienter med ESRD vurderes sjelden på grunn av en høy forekomst av tilbakefall av sykdommen og graftsvikt hos opptil 90 % av pasienter ved ny TMA. Følgelig vil de fleste pasienter med atypisk HUS med ESRD gjennomgå kronisk dialyse, som er assosiert med dårlig prognose. Kombinert lever-/nyretransplantasjon har vært forsøkt hos pasienter med atypisk HUS, selv om denne komplekse prosedyren har en høy dødelighet (ett av to tilfeller).