Den siste store oppgraderingen av skolen var ombygging i perioden 2000-2005, med tilhørende arkeologiske utgravninger av kjelleren på Kongsgård. Der har en nå fått innredet tidsriktige rom («Middelalderkjelleren») for bruk av blant annet data. Middelalderemurene ble renset og fuget med kalkmørtel. De fleste rommene er beholdt med kalkmaling. Golvene besto av jordgolv, betong, tre eller skifer. Ved graving under golvet ble det funnet rester av steingolv fra middelalder. Disse er i dag bevart under 30 mm herdet glass. Det ble laget en ny åpning mellom to rom, der åpningen ble tilpasset steinene i muren. Himlingen i middelalderkjelleren er nå laget med furubord, og er kalket. Golvene er nå isolert, og det er lagt inn varmekabler. Biblioteket ligger i fortsettelsen av middelalderkjelleren.