Vegetasjonen i Simpsonørkenen består i all hovedsak av hovedsakelig av gressarter som og forskjellige arter av slekten triodia (spinifex), som vokser mellom og delvis langs sidene på sanddynene. Relativt vanlige er også mulgatrær, en type akasiebusker. Når en av områdets sjeldne regnskurer viser seg dukker det opp en overflod av ville blomster. Langs elveleiene vokser også eukalyptustrær.