I de erobrede områdene bak de regulære hærstyrkene gikk fem (senere syv) til verks. Disse «innsatsenhetene» fra SS var underlagt Heydrich og hadde til oppgave å eliminere fiender av okkupasjonsmakten og skyte gisler som gjengjeldelse i tilfelle aksjoner mot okkupasjonen. Enhetene samlet opp politisk «uønskede» polakker (i landets elite) som ble henrettet på stedet eller satt i konsentrasjonsleir. Einsatzgruppene i Polen besto av tilsammen rundt 2000 mann fra Sipo, kriminalpolitiet og Gestapo under Heydrichs ledelse og underlagt RSHA. Enhetene ble etablert i forbindelse med planleggingen av invasjonen og skulle i nært samarbeid med Wehrmacht pasifisere de okkuperte områdene. Einsatzgruppene i Polen telegraferte regelmessig til rapporter til et eget kontor hos SD-Hauptamt/RSHA, under ledelse av Werner Best. Sammenfatninger utarbeidet i RSHA i Berlin utelot detaljer om massakrer og skjulte hva som var Einsatzgruppenes egentlige formål.