Presidentens suksessrike kamp mot opprørerne ble dog kritisert for massive brudd på menneskerettighetene. Kritikerne hevdet at de fleste ofrene for hærens kampanje var fattige mennesker i fjellene, «campesinos», som kom i kryssild mellom hæren og opprørerne. Den endelige rapporten til Perus «sannhets- og forsoningskomite» viste at de fleste overgrep mellom 1980 – 1995 var begått av «Sendero Luminoso». De væpnede styrkene hadde imidlertid også ødelagt landsbyer og myrdet «campesinos» de mistenkte for å støtte opprørerne. Ifølge rapporten hadde flertallet av dødsfall fra hærens aksjoner skjedd under de to foregående presidentene. Fujimoris strategi for å kvele opprøret reduserte antallet døde; hærens fokus ble på å fjerne støtte for opprørerne, med utbygging av infrastruktur i fjellområdene.