Klubbens største meritter er kongepokal i Fotball-NM fra 1983 og seriemesterskap i 1. divisjon fra 1987. Moss FK har kvalifisert seg for Europacup tre ganger, der de møtte 1. FC Magdeburg over to kamper i 1980, Bayern München over to kamper i 1984, og Real Madrid CF over to kamper i 1988.