Daneels ble gjesteprofessor ved kirkerettsfakultetet ved Det pavelige gregorianske universitet i 1985. I april 1989 utnevnte pave Johannes Paul II ham til kirkelig advokat ved Signatura apostolica, hvor han allerede hadde vært assisterende kirkeadvokat i to år, og konsulent for Det pavelige råd for juridiske tekster. I 1998 ble Daneels utnevnt til den romerske kuries disiplinærkommisjon.