Etter et par måneder ble produksjonen satt igang igjen, og da de allierte fikk nyss om dette, planla de et nytt angrep. 16. november 1943 gikk 143 B-17 bombefly løs på anlegget, men minst 600 av de totalt 711 bombene bommet radikalt. Dette stoppet allikevel produksjonen en liten stund. Leif Tronstad hadde advart mot flybombing fordi hydrogenfabrikken var beskyttet av tykk betong som ville motstå bombene og fordi det var stor fare for sivile tap. Etter bombingen ga tyskerne opp tungtvannsproduksjonen på Vemork.