Jacobs fortsatte sin college-karriere ved Auburn University, sammen med Carnell Williams, Ronnie Brown og Jason Campbell som senere ble plukket opp i første runde av draftet. Jacobs var tredje running back bak Williams og Brown. Han hadde 446 yards og 2 touchdowns på 72 løp i 2003 for Tigers. Etter sesongen var over gikk Jacobs til Southern Illinois, som da var i Division 1-AA. Jacobs hadde ett solid år ved Southern Illinois. Han ledet laget med 150 løp for 992 yards (6,6 per løp) og 19 touchdowns, én under skolens rekord satt av Muhammad Abdulqaadir, som også hadde spilt ved Coffeyville Community College. Jacobs ble utvalgt til All-Americans førstelag av The NFL Draft Report, og All-Gateway Conferences første lag, og ble også utpekt til Gateway Conference Newcomer of the Year. Han ledet conferencen og var rangert som nummer ti i landet på scoringer, med 9,5 poeng per kamp. Jacobs tok imot åtte pasninger for 83 yards (10,4 yards per pasning), returnerte seks kickoffs for 140 yards (23,3 per return), og hadde fem kamper med over 100 yards inkludert sluttspillet.