Store deler av Vilhelms regime ble benyttet til strid med kirken. Etter at Lanfranc døde utsatte og forhalte han å utnevne en ny biskop mens han i mellomtiden innkrevde de geistlige inntekter, noe som var ment å være beskyttet for kirken, og for dette ble han sterkt kritisert. I panikken da han var svært syk i 1093 ble en ny italiensk-normanner gjort til erkebiskop av Canterbury, Anselm av Bec, den største teologen i sin generasjon. Utnevnelsen førte til et stort fiendskap mellom kirken og staten. Anselm var en sterkere tilhenger av gregorianske reformer enn Lanfranc hadde vært. Vilhelm og Anselm var uenige om en rekke kirkelige spørsmål, og det engelske presteskapet som var avhengig av kongen for sine posisjoner var ute av stand til å støtte erkebiskopen offentlig. Vilhelm innkalte til et råd ved Rockingham i 1095 for bringe Anselm under hælen, men denne appellerte til Roma.