I forbindelse med utbyggingen av Follobanen oppgraderes stasjonen, og byggestart var i 2010. Stasjonen skal bli et moderne knutepunkt i Ski sentrum, og bygges ut i flere trinn. Tilgjengeligheten skal bedres, og stasjonen får blant annet seks spor med nye plattformer, nytt servicebygg samt gjennomgang fra øst til vest. Den vestlige siden av nye Ski stasjon åpnet i august 2020. Den nye stasjonen ble ferdigstilt i 2022, med offisiell åpning torsdag 11. august 2022.