Tønder døde på gården sin Bremsnes på Nordmøre nyttårsaften 1656. Hans enke fortsatte handelsvirksomheten i Lille-Fosen etter ektemannens død. Det fantes et oljemaleri av Nielssen Tønder i Bremsnes kirke, og der hang det også en stamtavle over Tønder-slekten.