Fra 1670 gikk Biber i tjeneste hos erkebiskop Max Gandolph Graf von Kuenburg i Salzburg hvor han i 1678 ble visekapellmester og rundt 1684 kapellmester. Biber ble i denne stillingen resten av sitt liv. I 1715 overtok sønnen Carl Heinrich Biber (1681–1749) kapellmesterposten som faren hadde hatt.