Engebretsen har blant annet rettet oppmerksomheten mot det tiltagende kravet om kunnskapstranslasjon innen medisin og helse. Med utgangspunkt i teorier om translasjonsprosesser hentet fra blant annet humaniora og samfunnsfag har han utforsket og utviklet metoder for hvordan forskningskunnskap innrulleres i politisk og klinisk virksomhet.