Natten mellom 18. og 19. april 1042 ble Mikaels adoptivmor og medkeiser Zoë forvist, og Mikael ble enekeiser. Da dette ble kunngjort på morgenen gjorde folket opprør, og keiserpalasset ble omringet av folk som krevde Zoë tilbake på tronen. Dette kravet ble oppfylt, og Zoë ble gjeninnsatt sammen med sin søster Theodora etter at de to hadde bilagt sine interne stridigheter. Den 20. april erklærte Theodora keiseren for avsatt, og han flyktet til Stoudion-klosteret sammen med sin onkel. På tross av at han hadde avgitt munkeløftet ble han arrestert, blindet og kastrert. Han døde som munk 24. august 1042.