Etter en endring av kommandoen i 1952 kom Barnes i konflikt med United States Air Force. Luftforsvaret som planla for fremtidens luftfart besluttet at det var nødvendig å bygge en ny, superlang rullebane for å imøtekomme de nye fly som ble planlagt til å bruke atomkraft. Denne rullebanen ville gå direkte over hennes ranch. Air Force tilbød henne først en pris for hennes ranch som var veldig nær prisen på ubebygd land. Hun ba om en bedre pris som gjenspeilet de faktiske kostnadene ved å kjøpe nytt land og etablere ny virksomhet, men midt under en revurderingen anklaget basens ledelse henne for å drive en restaurant med dårlig rykte. Effekten av selv det minste hint om utilbørlig opptreden førte til at hennes restaurant havnet utenfor den den grensen hvor militært personell kunne oppholde seg, og verdien på eiendommen hennes falt.