Parafyletiske grupper kan dukke opp i systematikken når de forskjellige artene i en gruppe samles i undergrupper basert på anatomiske særtrekk. Noen ganger vil man da sitte igjen med en liten rest av arter hvis eneste kjennetegn er at de ikke hører hjemme i noen annen. Slike grupper vil ofte være rene oppsamlingstaxon og er nesten alltid parafyletiske, hvis de da ikke er polyfyletiske.