Etter hvert som konflikten ble skjerpet, prøvde øvrigheten å arrestere Lofthus, mens bøndene stilte opp for ham. Til slutt ble han pågrepet, og sendt til Frederiksvern, og deretter til Drøbak. Han ble videre transportert til Akershus festning, hvor han døde i fangenskap i 1797. De som pågrep Lofthus fikk kongelig påskjønnelse, mens Lofthus fikk straffarbeid på livstid. Han døde etter ti års fangenskap på festningen. Lofthus-saken ble behandlet av juristen Enevold Falsen, far til eidsvollsmannen Christian Magnus Falsen.