Paatelainen hadde en spillerkarriere som varte i 20 år. Han spilte for ni forskjellige klubber i fire ulike land. Det meste av hans spillerkarriere fant sted i den skotske ligaen, med Dundee United, Aberdeen, Hibernian, St. Johnstone og St. Mirren. I løpet av et opphold i den engelske klubben Bolton Wanderers ble Paatelainen den første finnen til å spille i Premier League.