Etter et opprør ledet av Alois von Reding i 1798 ble noen kantoner slått sammen, noe som reduserte deres antisentralistiske motstand. Uri, Schwyz, Zug og Unterwalden ble kantonen Waldstätten; Glarus og Sarganserland ble kantonen Linth, og Appenzell og Sankt Gallen ble kombinert som kantonen Säntis. På grunn av ustabiliteten og uroen hadde Den helvetiske republikk over seks sammensetninger i løpet av en periode på fire år.