Hunsaker ble født i Iowa, men vokste opp i Michigan, for å studere ved skoler i Detroit og Saginaw hvor hans far var utga en avis. Han begynte ved De forente staters marineakademi og gikk ut i 1908 som beste elev. Mens han forsatt var i uniform studerte han maritim arkitektur ved MIT og fikk sin mastergrad i 1912. Han opplevde å se Louis Blériot fly over Boston havn. Det inspirerte ham til å ta opp studiet om luftmotstand og flyvning etter å ha lest Gustave Eiffels studie: Han skrev til forfatteren og fikk invitasjon til Paris for å se på flybygging i Frankrike. Han reiste tilbake til USA og ved MIT fikk han oppgaven med å utvikle et passende kurs i aerodynamikk. Han bygde den første vindtunnel ved MIT og var instruktør der i årene 1914-16.