Legesønnen Huber studerte jus ved Universität Zürich, og tok doktorgraden i 1872 med avhandlingen . I 1875 var han korrespondent for en avis i Zürich og arbeidet fra 1877 til 1890 som dommer i Appenzell. I 1880 ble han utnevnt til professor i sveitsisk privatrett og forbundsrett (føderal lovgivning) ved Universität Basel og fra 1888 var han professor ved Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg i Tyskland, hvor han underviste i rettshistorie, privatrett, handelsrett, kirkerett og rettsfilosofi. I denne tiden begynte han å samle de enkelte kantonenes (delstatenes) privatrett i et verk på fire bind. I 1892 fikk han i oppdrag av Forbundsrådet (den føderale regjeringen i Sveits) å utvikle en felles privatrettslig kodifikasjon for Sveits. Dette arbeidet ble fullført 1907 og trådte ikraft i 1912.