Borgerkrigen tok slutt i 1996 med en fredsavtale framforhandlet av FN der Norge og Spania var involvert. Dette ledet til en demobilisering av geriljastyrkene. I løpet av borgerkrigen var mer enn 450 maya-landsbyer blitt ødelagt og over 1 million mennesker blitt flyktninger. Over 200 000 personer, hovedsakelig maya, var blitt drept. Sannhetskommisjonen som ble opprettet slår fast at Staten Guatemala deltok i folkemord mot bestemte etniske grupper under borgerkrigen. I 1999 erklærte Bill Clinton at USA hadde handlet feil ved å støtte de militære styrkene som under borgerkrigen hadde deltatt i brutale drap på sivilbefolkningen. FNs rapporter har avdekket at 93 % av bruddene på menneskerettighetene under borgerkrigen ble foretatt av hæren eller av paramilitære grupper.