Fordi flåden vokste kraftig under Christian 4. var det behov for ordentlige boliger til de menige og deres familier. På Bremerholm var det et lignende kvarter forbeholdt offiserer, også det ble kalt "nyboder", men det ble omdøpt til "skipperboderne" når nybodene fikk sitt navn. Dette boligkvartalet dannet forbilde for de nye nybodene. Den tidligere private indkvarteringen av menige sjøfolk i byen var spredt, tilfeldig og ikke populær.