I 2005 blei det offentlig kjent at det hadde brutt ut en skarp politisk konflikt mellom Prachanda og Babuam Bhattarai. Bhattarai kritiserte bl.a. Prachanda for autoritær lederstil og for persondyrkelse i partiet, og kritiserte politikken han førte på viktige områder. Prachanda svarte med skarp personlig og politisk kritikk av Bhattarai.