I 1801 giftet Godwin seg med Mary Jane Clairmont, en nabo med to egne barn, Claire og Charles. Hun hadde antagelig aldri vært gift og ønsket seg Godwin for økonomisk stabilitet og legitimitet. Godwin på sin side ønsket opplagt en mor for sine barn. Godwins venner mislikte Clairmont og mente hun var vulgær og uærlig. De var lamslått over at han kunne erstatte Mary Wollstonecraft med henne, og hans to døtre mislikte sin stemor intenst og klaget på at hun foretrakk sine egne barn framfor dem selv. I 1803 ble ekteparets sønn William født og økte familien ytterligere.