I perioden 886-912 e.Kr. ble Kefallinia sete for provinsmyndighetene for De joniske øyer. Fra 1082 og fram til 1479 var det normannere eller frankere som dominerte øya. I denne tiden var hovedstaden rundt festningen i Peratata og den fremste havnen var i Argostoli. Politisk var øya etter 1185 en del av kongedømmet Napoli, noe som varte fram til dens siste greve, Leonardo III Tocco, ble beseiret av osmanerne i 1478.