Warwicks puritanske forbindelser og sympatier førte til at han ble stadig mer av en outsider ved hoffet, samtidig som han ble oppfattet som positivt innstilt til den politiske opposisjonen til kong Karl I av England, ledet av William Fiennes, 1. vicomte Saye and Sele og sirkelen ved Broughton Castle. Hans puritanisme styrket samtidig hans forbindelse til koloniene i New England, som var preget av nidkjære, religiøse utvandrere fra England som søkte en strengere og «renere» utgave av kristen protestantisme. Warwick gjorde seg til en talsmann for religiøs frihet for puritanerne i Amerika, selv om han ble oppfattet som en del av den presbyterianske fraksjonen i London som forsøkte å komme til en avtale med kongen. I 1628 var han indirekte ansvarlig for at Massachusetts Bay-kolonien fikk særlige rettigheter, og i 1631 sørget han for at «Saybrook-patentet» ble utstedt til Connecticut. Han ble tvunget til å trekke seg som leder for Massachusetts Bay-kompaniet det samme året, men han fortsatte som leder for Somers Isles-kompaniet og Providence Island-kompaniet. Providence Island-kompaniet hadde blitt grunnlagt i 1630, og skjøttet handelsvirksomheten til og fra Old Providence (i dag San Andrés y Providencia) på Mosquitokysten. Hjemme i England var Warwick samtidig en erklært motstander av den nykronede kong Karls ordre om at velstående borgere pliktet å yte kronen et lån. Videre var Warwick imot den kongelige ordren om at det skulle betales såkalte skipspenger (en skatt som Karl I forsøkte å pålegge uten godkjennelse fra parlamentet), og han var dypt uenig med den anglikanske kirkens overhode erkebiskop William Laud, som var en motstander av puritanismen.