Anna Dorthea var datter av hertug Federik III og hustru Marie Elisabeth av Sachsen. Den 7. desember 1783 ble hun valgt til coadjutorix i Quedlinburg. Hun etterfulgte Anna Sophia av Hessen-Darmstadt som prinsesse-abbedisse, men allerede i 1684 møtte hun motstand fra Anna Dorothea von Sachsen-Weimar (1657–1704) som, støttet av stiftets beskytter, kurfyrste Johan Georg III av Sachsen, sørget for at sistnevnte overtok abbedissetittelen, med keiserlig sanksjon året etter.