I 1889 giftet hun seg med Fridtjof Nansen som nettopp hadde fått godkjent sin avhandling om slimålens nervesystem. På sin siste konsert i 1899 framførte hun . De flyttet i 1901 til Polhøgda i Lysaker, tegnet av hennes fetter Hjalmar Welhaven. Der fikk hun sønnen Odd Nansen samme år.