Under okkupasjonen av Norge av Nazi-Tyskland ble Frank fengslet i Møllergata 19 fra juni til juli 1941, deretter i Grini fangeleir fra 12. september 1941 til 26. november 1942. Han ble arrestert for tredje gang i juni 1944; etter en måned i Åkebergveien ble han fengslet på Grini fra juli til august 1944. Han hadde forsøkt å forhindre at Norges Handelsstands Forbund ble overtatt av nazistene. Hans organisasjon var en av førtitre som protesterte mot nazifiseringsforsøkene 15. mai 1941, i et brev adressert direkte til Reichskommissar Josef Terboven. Denne protesten fra de 43 ble møtt med harde reaksjoner; innen 12. juni 1941 var en arrestordre utstedt på Franks medundertegner fra Norges Handelsstands Forbund, Erling Steen. Den 18. juni ble seks andre protestanter arrestert, inkludert Frank.