Etter avsluttet utdannelse arbeidet han i flere år ved Televerkets forskningsinstitutt (TF) (1979–1988), han arbeidet også som forsker ved TF i perioden 1991–1992. I løpet av den første perioden var han gjesteforsker (Visiting Scientist) ved IBM Almaden Research Center i California (1985–1986). Da Televerket ble omgjort til aksjeselskapet Telenor ASA i 1995, engasjerte Fløisbonn seg, blant annet gjennom en aviskronikk og i møte med myndighetene, for å sørge for at offentlige midler til teleforskning ikke skulle bli borte.