Over 3 000 forskjellige enzymer er blitt påvist og beskrevet. De første kjente enzymene, for eksempel pepsin, fikk spesielle navn. Etter hvert ble det vanlig å gi enzymet navn etter substratet og legge til endelsen -ase. Eksempler på noen enzymer som følger denne navnsettingsmetoden er urease, lipase og laktase. Lipase og laktase er fordøyelsesenzymer, der lipase spalter lipider og laktase spalter disakkaridet laktose.