For sin store tanke, at revolusjonen skulle spre seg og frigjøre andre folk fra monarkiets undertrykkelse, arbeidet han for å støtte krigspolitikken, men kom da i konflikt med Robespierre og hans tilhengere. Denne motsetningen gjorde seg stadig mer gjeldende, og i oktober 1792 ble Brissot stengt ute fra jakobinerklubben. Fiendskapet mellom hans tilhengere og berget satte et stadig mer tilspisset preg på debatten i nasjonalforsamlingen. I begynnelsen greide Brissot å hevde seg, men et folkeoppløp den 31. mai 1793 fikk dog konventet til å beslutte å stille Brissot og hans meningsfeller innenfor retten. De ble henrettet den 31. oktober 1793.