Conwy Castle forfalt igjen i begynnelsen av det 17. århundre. Karl I solgte det til Edward Conway i 1627 for £100, og Edwards sønn, som også het Edward, arvet ruinen i 1631. I 1642 brøt den engelske borgerkrigen ut mellom rojalistene og parlamentianerne. John Williams, Erkebiskop av York, tok kontroll over borgen på vegne av kongen, og begynte og reparere og utstyre den for egen regning. I 1645 ble Sir John Owen utnevnt til kommandant på borgen, noe som førte til en bitter feide mellom de to mennene. Erkebiskopen gikk over til rundhodene, byen Conwy falt i august 1646 og i november tok til slutt general Thomas Mytton selve borgen etter en lang beleiring.