Tshuapas kilde ligger i naturreservatet Sankuru sentralt i landet. Etter et meandrerende nordvestlig og siden vestlig løp flyter Tshuapa sammen med sideelva Lomela like vest for byen Boende. Her skifter den navn til Busira, og beholder dette navnet til den møter sideelva Momboyo. Etter Momboyo kalles elva Ruki den siste korte strekningen før den flyter sammen med Kongo ved byen Mbandaka.