Det ble etablert som flyselskap i mars 1969 av Safmarine og begynte flyvirksomhet 18. mars 1970. Dets primære klient i 1980-årene var South African Defence Force. Frem til 1990-årene lå virsomheten mest i det lokale og regionale fraktmarkeded. I 1991 begynte de med vedlikehold og nattlige kurérflyvninger før de konsentrerte virksomheten på utleie og charter. I 1998 kjøpte de i 49% aksjepost i Air Contractors i Irland og ble selv kjøpt opp av Imperial Holdings for 40 millioner dollars i desember 1998. I juli 1999 fikk Safair kontroll over National Airways Corporation og Streamline Aviation (et charter- og salgsagentur). Det er i sin helhet eiet av ASL Aviation Group Ltd. som er basert i Dublin, Irland, og er et selskap under det belgiske Compagnie Maritime Belge. Humanitære hjelpeprogrammer har hele tiden vært et nisjemarked. Safair bistår hjelpeorganisasjoner som De forente nasjoner, Verdens matvareprogram og Den internasjonale Røde Kors-komiteen i å levere hårdt tiltrengt humanitær hjelp til rammede regioner på det afrikanske kontinent, såvel som andre deler i verden hvor slik bistand trenges. I 2007 fikk Safair sin IATA Operational Safety Audit (IOSA) godkjennelse.