Isaac har etterlatt seg en rik arv, med messer, motetter, sanger og instrumentale stykker. Messene hans kjennetegnes av en stor besetning og lange melodilinjer, sangene hans er ofte lekne og har en verdslig karakter. I nyere tid har mange ensembler som spiller musikk fra den tiden revurdert hans musikk, og han sammenlignes stadig oftere med Josquin des Prez. Verd å melde er blant annet motettene ; , ; (som ble skrevet for et politisk møte mellom den østerrikske kardinal Lang og Pave Leo X) og .