Grand Harbour var base for Johanitterordenen i 268 år, fra 1530 til 1798. De bosatte seg i byen Birgu og forsterket sine festningsverk, inkludert ombygging av til Fort St. Angelo. I juli 1551 stormet Barbary sjørøvere og osmanske styrker Malta. De landet på Marsamxett og marsjerte mot den store havnen, men angrep ikke, da de fant byen Birgu for godt befestet til å angripe. Selv om dette forsøket var mislykket, klarte den osmanske makt senere å angripe Gozo og erobre Tripoli i det samme slaget. Etter angrepet ble Fort St. Elmo og Fort Saint Michael bygget for å bedre å beskytte havnen for eventuelle fremtidige angrep. Byen Senglea ble også grunnlagt kort tid etterpå.