I årene etter krigen strammet Sargsian sitt grep om Armenias væpnede styrker og etablerte seg selv i praksis som diktator. Etter først å ha gitt sterkt støtte til president Ter-Petrosyan slik at han beholdt makten, tvang han presidenten til å gå av 1998 på grunn av at han ga etter i forhandlingene med Nagorno-Karabakh. Sargsian hjalp da statsminister Robert Kocharyan til å bli valgt til president.