Han etablerte seg etter hvert som fransk eksilleder, i opposisjon til Petains «regjering» som hadde tatt sete i Vichy, ettersom Paris var under tysk militær administrasjon. Han flyttet sitt hovedkvarter fra London til Algerie og førte sin egen politikk derfra. Mot slutten av krigen deltok han i den allierte invasjonen av Frankrike, og kalte tilbake de 200 franske forbindelsesoffiserene som skulle lede operasjonen, fordi han var sint over at de allierte soldatene hadde med seg franske pengesedler utstedt uten hans tillatelse. De allierte hadde ikke informert ham om invasjonen før 4. juni.