Bare uker etter at Cole hadde returnert fra deltagelse i VM-sluttspillet i 2006, ble han skadet i sesongoppkjøringen.. I januar 2007 ble Cole operert for et stressbrudd i foten, som han fikk sent på året i 2006. Cole returnerte for Chelsea til den første kampen i kvartfinalen i Mesterligaen mot Valencia. Han startet for Chelsea i seieren over Manchester United i FA-cup finalen den 19. mai 2007, men ble byttet ut i pausen. Cole fikk på grunn av sine skadeproblemer bare 14 seriekamper denne sesongen, og sju kamper i Mesterligaen. Hans laveste antall kamper så langt i karrieren hos Chelsea.