Norge kvalifiserte seg til EM i 2000 uten Eggen på laget, men da Ronny Johnsen og Erik Hoftun måtte melde forfall på grunn av skade, ble Eggen tatt ut i EM-troppen. Han gjorde en svært god innsats i sluttspillet, og var sterkt bidragsytende til at Norge bare slapp inn ett mål i turneringen. Likevel ble han nok en gang satt ut av laget etter EM-sluttspillet, og fikk bare noen få kamper til for landslaget.