Boris Sjaposjnikov gikk av som sjef for generalstaben i august 1940, offisielt på grunn av dårlig helse, men i realiteten grunnet Stalins misnøye med resultatet av vinterkrigen. Da Tyskland angrep Sovjetunionen ble han gjeninnsatt i stillingen (inntil november 1942) og ble også visekommissær for forsvar, en stilling han hadde inntil helsen forverret seg i 1943. Han hadde stillingen som kommandant for Voroshilov militærakademi inntil sin død i 1945.