Hjartøya er delt inn i to matrikkelgårder med Hjartøy nordre på nordvestsiden mot Foldstranda og Hjartøy søndre på sørøstsiden mot innløpet til Sørfolda. Hjartøy nordre har fra gammelt blitt kalt Ytre Hjartøya eller Ytter-Hjartøya, mens Hjartøy søndre har blitt kalt Indre Hjartøya eller Inner-Hjartøya. På folkemunne har Indre Hjartøya blitt kalt Innergården/Innergarden, mens Ytre Hjartøya (i mindre grad) har blitt kalt Yttergården/Yttergarden. Betegnelsene nordre og søndre kom etter matrikkelen av 1838. Grensen mellom matrikkelgårdene går etter høyeste øya mellom Hjarta i sørvest og Åslunden i nordøst. Av de største holmene hører Måsøya, Svinøya og Småholman til Ytre Hjartøya, mens Helløya tilhører Indre Hjartøya. Den største bebyggelsen er på Ytre Hjartøya.