Melchior Núnes Barreto var sønn Fernão (Fernam) Nunes Barreto som hadde eiendom i hjembyen Porto. Han hadde fire søstre som ble sendt til et konvent, og tre brødre Gaspar som arvet farens eiendommer; João (Ioam) som ble abbed i Braga og senere biskop i Etiopia; og Affonso som var prest. Mellom 1543 og 1544 inntrådte Melchior i jesuittordenen i Coimbra - han mente at han var blitt bedt om det av Jomfru Maria i en drøm. Hans ønske ble innvilget av pater Peter Faber, en medarbeider til pater Frans Xavier.