Kirkflaa var politisk oppvakt, og sluttet seg i 1860-årene til bondevennene anført av Søren Jaabæk. Kirkflaa stod allerede tidlig i 1880-årene i opposisjon til Johan Sverdrups ledelse av Venstre. Kirkflaa var valgmann for Melhus prestegjeld ved flere stortingsvalg. Under valgmannstinget for stortingsvalget i 1882 organiserte de moderate venstremennene i Søndre Trondhjems amt (Sør-Trøndelag) seg i en egen gruppe, som kom til å bli kjent som «Kirkflaapartiet». Senere kom Kirkflaa og mange av hans meningsfeller til å stå nærmere Høyre, ettersom de ikke delte Moderate Venstres ønske om å utvide stemmeretten. I 1885 regnet venstreorganet omkring 20 av 31 ordførere i amtet til «Kirkflaapartiet». Han var selv på tale som stortingskandidat.