Fitzpatricks funksjonstid falt også sammen med den anti-katolske Know Nothing-bevegelsen. Han begjærte ordfører Josiah Quincy jr. om å la katolske prester besøke døende innsatte på Deer Island, og protesterte da katolikker enten ble tvunget til å betale en ekstraskatt eller direkte avvist ved kjøp av kirkegravtomter. Den 14. mars 1859 pisket en ansatt ved en offentlig skole i Boston en katolsk gutt fordi han nektet å resitere de ti bud fra en protestantisk bibel. Fitzpatrick sendte inn en sterk klage til og oppfordret foreldrene til å saksøke dem. Som et resultat av denne hendelsen ble flere katolske lekmenn og en prest inntatt i komiteen. Prester, som Johannes Bapst fra Ellsworth, ble tjæret og rullet i fjær, og kirker ble brent i Dorchester, Manchester og Bath. Fitzpatrick advarte katolikker om å holde seg til ikke-voldelige former for motstand mot denne diskrimineringen, for at de ikke skulle fyre opp under Know Nothing-bevegelsen.