Opisthokontas stamart var encellet og levde for cirka 1,5 milliarder år siden. Fylogenetiske analyser har også plassert flere nålevende encellede organismer i gruppen. Av disse står krageflagellater nærmest dyr, mens mikrosporidier har vist seg å høre til soppene. De andre gruppene har ikke blitt sikkert plassert i Opisthokontas stamtre ennå. Mesomycetozoa (tummelsykesoppen m.m.) kan være krageflagellatenes nærmeste slektning, mens ser ut til å være søstergruppen til alle de øvrige Opisthokonta.