Lovatnet består av tre basseng: Det indre bassenget (innenfor sundet) er vel 2 km langt og 35 meter dypt, det midtre bassenget er 5 km langt og 138 meter dypt på det meste, det ytre bassenget er vel 3 km langt og rundt 90 meter dypt. Mellom midtre og ytre basseng er det bratt skråning under vann (mellom Breng og Helsetneset), og mellom midtre og indre basseng er det bratt skråning like utenfor et smalt sund. En tredjedel av nedbørsfeltet er isbre og innsjøen har tilsig fra tre store breelver (Bødalselva, Kjenndalselva og Innigardselva). Innsjøen har en uvanlig flat bunn (på 136-138 meters dyp) noe som tyder på sedimentdannelse over lang tid (trolig 9000 år). Kjenndalselva (med utspring i Kjenndalsbreen) og Innigardselva avgir sedimenter særlig til det indre bassenget, sedimenterer Bødalselva i det midtre bassenget. Brengselva munner ut i det ytre bassenget. I 1950 gikk et steinskred på om lag 1 million m fra Ramnefjell og fylte deler av sundet til det indre bassenget der ble dannet en liten øy.