Republikken ble proklamert i 1894. Året etter gjorde monarkistene opprør, men mislyktes etter harde kamper med republikkens tropper. Etterpå ble Lili'uokalani stilt for retten, anklaget for høyforræderi, fordi hun hadde visst om oppstanden og støttet den. Hun ble en tid holdt fengslet i det kongelige Iolani-slottet, men satt senere i husarrest i privatresidensen. I 1896 ble hun frigitt av republikkens regjering. Regjeringen lyktes endelig 7. juni 1898 i å få USA til å annektere Hawaii som et . Samtidig ble alt tidligere kronland konfiskert. Lili'uokalani førte gjennom mange år en forgjeves juridisk strid for å få erstatning, men måtte nøye seg med en statspensjon. Hun foretok i den forbindelse flere reiser til USA for å tale sin egen og Hawaii-folkets sak hos myndighetene.