Valkendorf hadde teologisk utdannelse fra Tyskland, og omkring 1490 ble han ansatt i det danske kanselli. Senere ble han kansler, og fulgte med den senere kong Christian II til Norge, da han ble sendt dit som visekonge. Valkendorf var en av Christians mest betrodde menn og fremste rådgivere. Han ble som Christians favoritt utnevnt til erkebiskop av Nidaros i 1510 etter erkebiskop Gautes død, og dermed sikret Christian seg stor innflytelse over den norske kirke.