I 1990-91-sesongen ble Bayern München med i Bundesliga. Oppholdet i gruppe sør ble imidlertid kort, allerede i andre sesong rykket Bayern München ned til Bayernliga. De ble der fram til årtusenskiftet, da de rykket opp, og de har vært i Bundesliga siden. De første åtte sesongene var Bayern München en middelhavsfarer med halvparten av sesongene på fjerdeplass og resten spredt utover de følgende plassene. Bayerns andre sesong etter comebacket var de fattige fire poeng (og en del mål) unna andreplassen, men de var ikke reelt nær medaljeplassen før 2007-08-sesongen, da de var ett plussmål unna tredjeplassen til 1. FFC Turbine Potsdam. Det var til gjengjeld 15 poeng opp til andreplassen.