Hans begravelse ble holdt den 31. januar 2008. Det var ledet av Bartholomeus I, patriark Theofilos III av Jerusalem, patriark Theodore II av Alexandria, patriark Daniel i Romania, og tilstede var også erkebiskopen av Kypros, Chrysostomos II og erkebiskopen av America Demetrios. Valget av hans etterfølger som erkebiskop ble gjennomført ved kirkemøtet i Metropolitans i Hellas 7. februar 2008. Til tross for den gjentatte kritikken, viste Erkebiskop Christodoulos å være en av de mest populære erkebiskoper i gresk historie.