Vanligste bivirkning av spinalpunksjon er en spesiell form for hodepine, kalt eller , som skyldes at trykket i sentralnervesystemet forbigående er noe nedsatt. Hodepinen er typisk verre når man er oppe og lindres når man legger seg. Årsaken er som regel at det lekker spinalvæske fra stikkstedet og ut i vevet omkring slik at trykket ikke kommer helt opp i normalt nivå etter undersøkelsen. Det finnes en enkel måte å tette hullet på – ved å ta en blodprøve og sette inn pasientens eget blod i epiduralrommet på stikkstedet. Da går hodepinen raskt over. Men i de aller fleste tilfeller går den over av seg selv etter noen dager.