Flakstad kirke er første gang nevnt i skriftlige kilder i 1413. Ei kirke på Flakstad ble bygd i 1430. Den ble ødelagt av storm på 1700-tallet. Den nye kirka ble bygd av tømmer fra Russland. Den ble bygd utenpå den gamle kirka. Ei av lysekronene i kirka kommer også fra Russland. Flere av gjenstandene i dagens kirke stammer fra den gamle kirka, deriblant to lysekroner, altertavla og prekestolen.