Reyes kom fra Sevilla FC til Arsenal FC 27. januar 2004 og debuterte mot Manchester City FC. Han vant ett ligagull og ett FA-cupgull. Han ble den første spanske ligamester i engelsk fotball. Deretter gikk han i 2006 til Real Madrid CF på lån. Han scoret det første målet i første kamp. Real Madrid vant ligaen, og Reyes spilte 30 kamper. Reyes ble 30. juli 2007 solgt til Atlético Madrid.