Etter at hun hadde møtt Joseph Goebbels utviklet det seg et heftig kjærlighetsforhold mellom dem, som også ble offentlig kjent. Goebbels ønsket å skille seg fra sin kone Magda til fordel for Baarová. Men etter bønn fra Magda grep Adolf Hitler inn og fikk Goebbels til å redde ekteskapet. Hitler intervenerte 16. august 1938 og irettesatte sin minister, og sa til ham at i lys av hans «perfekte ekteskap» såvel som til den planlagte tyske innmarsj i Tsjekkoslovakias Sudetenland, var hans forhold til en tsjekkisk skuespillerinne en umulighet. Lidia Baarová ble fortalt av Berlins politisjef Wolf-Heinrich von Helldorff at hun hadde å avbryte sitt forhold til Goebbels øyeblikkelig. Etter dette fikk Baarová ikke flere engasjementer i Tyskland.