Romanen handler om den britiske jenta Mary, som vokser opp i India. Etter at foreldrene dør av kolera, blir hun sendt til England for å bli tatt hånd om av sin ukjente og mystiske onkel. På Mistletwaith herregård utforsker hun huset og hagen sammen med fetteren Colin og Dickon, en ung gutt som er flink med alt naturen har å by på. Han hjelper Mary og Colin når de begynner å vokse fram den hemmelige hagen. Et hovedtema er naturens sunne innvirkning på fysisk og mental helse, og naturbarnets overlegenhet framfor det innestengte barnet.