Fiskeørnen bygger vanligvis kvistreir helt i toppen av en stor, glattstammet furu, men kan også velge en toppknekt gran eller bjørk, eller til og med i toppen av en høyspentmast. Hunnen legger 2–4 hvite egg med rødbrune flekker. Rugetiden er 35–38 døgn. Ungene er flygedyktige etter 8–10 uker, i Sør-Norge rundt 25. juli, i Finnmark omkring 15. august. Den hekker helt nær vann.