Hydroksyklorokin er brukt for å behandle systemisk lupus erythematosus, revmatiske lidelser som rheumatoid arthritis, porphyria cutanea tarda og q-feber og noen typer av malaria. Det betraktes som førstelinje-behandling for systemisk lupus erythematosus. Visse typer av malaria, resistente stammer og kompliserte tilfeller som krever forskjellige eller tilleggsmedisinering.