Som sønn av den framtidige farao Thutmose IV (som var sønn av Amenhotep II) og Mutemwiya, en hustru av lavere status, ble Amenhotep III født en gang rundt 1388 f.Kr. Han var medlem av et dynasti som hadde styrt Egypt i bortimot 150 år siden styret til Thutmose I. Det er en myte om Amenhoteps guddommelige fødsel som er avbildet i tempelet i Luxor, og hvor han ble unnfanget av Amon som har gått til Mutemwiya i formen av Thutmose IV.