Etter en pause fra politikken var han tilbake som statsråd i Indredepartementet i Emil Stangs andre regjering fra 2. mai 1893. Før dette hadde Thorne vært aktuell som ny statsminister under regjeringskrisen våren 1892, og med krav om handlekraft og klarere linjer overfor kong Oscar fikk Thorne umiddelbart mer appell enn Emil Stang. Han måtte imidlertid innse at Stangs posisjon var for sterk. Johannes Steens første regjering trakk sin avskjedssøknad tilbake, men ett år senere var regjeringens avgang uunngåelig da den tok opp konsulatsaken på nytt, og Stang kunne danne sin andre regjering. Allerede i august 1893 søkte Thorne om avskjed, støtt over at Stang på regjeringens vegne avgav en erklæring om konsulatbevilgningen uten å konsultere ham, men overtalelser fra kong Oscar fikk ham til å trekke avskjedssøknaden tilbake. Da Thorne kom i uoverensbestemmelse med resten av regjeringen angående jernbanespørsmålet, fikk han innvilget sin avskjedssøknad den 2. mars 1894, full av bitterhet og forakt for «Stang og hans Kreaturer».