Siste år Da Napoli ble besatt av franske tropper, tok Cimarosa komposisjonsoppdrag for de nye makthaverne, og etter at de hadde trukket seg tilbake og bourbonerne igjen satt med makten, ble han i likhet med andre kollaboratører dømt til døden. Innflytelsesrike beundrere fikk imidlertid dommen mildnet til forvisning, så Cimarosa begav seg ut på reise i retning St. Petersburg. Men helsa var ødelagt, og han døde i 1801 under et opphold Venezia, etter lengre tids problemer med tykktarmsinflammasjon. Det ble framsatt spekulasjoner om at hans motstandere skulle ha forgiftet ham, men påstandene tilbakevist etter formelle undersøkelser. Cimarosa arbeidet helt fram til det siste og etterlot seg den ufullendte operaen .