Kort etter ankomsten i Lhasa ble pater Desideri mottatt i audiens av den mongolske hersker over Tibet, Lajang (Wylie: ) Khan, som gav ham tillatelse til å leie et hus i Lhasa og til å utøve og preke kristen tro. Etter å ha lest Desideris første verk på tibetansk, om den katolske læres grunnleggende sannheter, rådet Lajang Khan han til å forbedre sin tibetansk og til å sette seg inn i tibetanske buddhistiske religiøse og filosofiske litteratur. Så fulgte noen måneders intense studier ved Sera-klosteret, et av de tre store læreseter innen den politisk orienterte Gelukpa. Der studerte og debatterte han med tibetanske munker og lærde, og ble gitt tillatelse til å innrette et kristent kapell i sitt værelse. Han lærte seg språket, som inntil da var ukjent for europeere, og ble en iherdig student av tibetansk kultur.