Utenom sjølve Musvær består øygruppa av ei rekke øyer og holmer, noen av de største er Smaløya, Gammelgårdsholmen, Landholmen, Sommarøya og Bukkøya. De mindre øyene har alle høyeste punkt mellom omtrent 10 og 20 moh. Mellom Gammelgårdsholmen og Smaløya går Smaløysundet, mellom Gammelgårdsholmen og Musvær (øya) ligger Mushola.