Klubben kom seg gjennom gruppespillet i UEFA-cupen den påfølgende sesongen, men Bayer Leverkusen ble akkurat for sterke, vant 3–2 sammenlagt, i utslagsrunden. De slo også ut Luton, Everton, Manchester City og Arsenal før de møtte Chelsea i semifinalen i FA-cupen. Blackburn hang godt med, og det måtte ekstraomganger til for at Chelsea skulle få seiersmålet. En tiendeplass i ligaen gjorde at det ble en sesong på det jevne. Men Rovers deltok i Intertoto-cupen den påfølgende sommeren, og sikret seg gjennom den ny deltakelse i UEFA-cupen.