I 1913 ble Egede-Nissen innvalgt i bystyret i Stavanger, og i 1916 ble han valgt til ordfører, et verv han beholdt til 1919. Ordførerperioden var imidlertid ikke problemfri, blant annet ble han bøtelagt for sin ledende rolle i generalstreiken som ble avholdt til støtte for den russiske revolusjon i 1919. En periode var han også formann for Stavanger Orkesterforening. I 1918 ble han valgt inn i Arbeiderpartiets ledelse, og i 1921 ble han på nytt valgt inn på Stortinget. I 1918 dro han også til Russland, der han møtte Lenin og også deltok på et møte for å legge grunnen for opprettelsen av Komintern. Ved partisplittelsen i 1923 fulgte Egede-Nissen mindretallet og ble medlem av NKP. Motstanden mot Peder Furubotn og hans venstre-linje – Egede-Nissen var for eksempel en av to som stemte mot hans kandidatur som partisekretær på stiftelseslandsmøtet – bidro imidlertid at han ble skjøvet ut i periferien i partiet. Han skulle for øvrig i 1945 bli den eneste i partiledelsen som gikk mot Furubotns kandidatur som partisekretær.