Yonai ble tvunget til å gå av som statsminister den 21. juli 1940 hovedsakelig på grunn av det sterke presset fra den keiserlige japanske hæren som støttet tyskerne. Yonai var visestatsminister samtidig som han var marineminister under regjeringen til statsminister Kuniaki Koiso fra den 22. juli 1944. Yonai forble marineminister under administrasjon til statsminister Kantarō Suzuki. I de siste ukene før Japans kapitulasjon, tok han parti med statsminister Suzuki og utenriksminister Shigenori Togo og støttet Potsdam-erklæringen i opposisjon til krigsministeren Korechika Anami, stabssjef Soemu Toyoda og generalen Yoshijirō Umezu.