Etter rojalistenes nederlag i slaget ved Marston Moor trakk Walton seg tilbake fra sine forretninger. Han slo seg ned i nærheten av sitt fødested i Stafford hvor han hadde kjøpt noe land. Ved 1650 bodde han på nytt i Clerkenwell. Den første utgaven av hans berømte bok ble utgitt i 1653. Hans andre hustru døde i 1662 og ble gravlagt i Worcester-katedralen hvor det er et monument til hennes minne. En av hans døtre giftet seg med dr. Hawkins, en prebende (en form for pastorat) av Winchester.