Keisertronen ble først tilbudt og avvist av Enrico Dandolo, doge av Venezia. Valget sto da mellom Balduin og den nominelle lederen av korstoget, Bonifatius av Montferrat. Mens Boniface ble betraktet som det mest sannsynlige valget, på grunn av hans tidligere forbindelser med det bysantinske hoffet, var Balduin en ung, høvisk, from og rettskaffen, en av de få som tolket sin korsfarered bokstavelig. Med støtte fra Venezia ble han valgt den 9. mai 1204, og kronet den 16. mai i Hagia Sofia ved en seremoni som fulgte bysantinsk praksis tett. I løpet av hans kroning bar Balduin en meget rik juvel som hadde blitt kjøpt av den bysantinske keiser Manuel I Komnenos for 62 000 sølvmark. Balduins hustru Marie, som ikke visste om disse hendelsene, hadde seilt fra Akko. Der skulle hun få vite om sin ektemanns utnevnelse som keiser, men hun døde i august 1204 før hun møtte ham.