Flores slet med å finne et lag på profesjonelt nivå. I 1958 ble han kuttet av Canadian Football Leagues Calgary Stampeders, og spilte deretter for det semiprofesjonelle laget Bakersfield Spoilers. Han signerte også med National Football Leagues (NFL) Washington Redskins i 1959, men ble igjen kuttet. I 1960 fikk Flores endelig plass som quarterback for Oakland Raiders i American Football League i lagets, og ligaens, debutsesong i 1960. Han ble utpekt til kampstarter tidlig samme sesong og ble dermed den første latinamerikanske startende quarterbacken i profesjonell amerikansk fotball.