I juni 2016 begynte konsernet en omstrukturering fra å ha regionale datterselskaper til å ha driftsformbaserte datterselskaper, i tillegg til at man forenkler Boreal Transport til kun Boreal. Morselskapet forenklet navnet til bare Boreal Norge AS. TIRB og datterselskapet Cominor ble fusjonert med Boreal Transport Sør, som endret navn til Boreal Buss AS, og overtok gjennom fisjonering all ikke-kommersiell busstrafikk i konsernet. Samtidig ble all kommersiell busstrafikk fisjonert over i Boreal Travel. Boreal Bane AS (tidligere Boreal Transport Midt-Norge) ble igjen et rendyrket driftsselskap for Gråkallbanen, mens Boreal Sjø AS (tidligere Boreal Transport Nord) ble et rendyrket rederi.