Fougner giftet seg i 1909 med Dagny Karen Ann Collett (1888-1974), kalt Karen. De fikk fem barn: Berit Fougner (f. 1910); Sven Fougner (f. 1911); Arne Fougner (f. 1913); Sissel Karen Ingeborg Fougner (f. 1916- ); og Knut Axel Backe Fougner (f. 1919). Han er gravlagt på Vår Frelsers gravlund.