Borgerkrigen endte med at kommunistene tok kontroll over det kinesiske fastland og grunnla Folkerepublikken Kina i 1949, mens Kuomintang-regjeringen trakk seg tilbake til Taiwan. Konfrontasjonen mellom de to makter utspilte seg rett foran Fujians kyster. Provinsen var relativt avskåret fra det øvrige Kina på grunn av de vanskelige kommunikasjonene, (i 1960-årene skal man ha kommet over landsbyer i fjellene der folk ikke visste at Qing-dynastiet var blitt styrtet). Frem til anlegget av en jernbanelinje (åpning i 1956) ble det ikke foretatt noen større investeringer i provinsen. Fujian ble like fullt hardt rammet av den feilslåtte næringspolitiske satsingen kalt og av kulturrevolusjonen.