I 1990 var Eintracht Wolfsburg et av de grunnleggende medlemmene av Bundesliga. De endte i regionalgruppe Nord, der de var middelhavsfarer, og mot slutten rett over nedrykksstreken. I kvalifiseringen til felles Bundesliga tapte Eintracht mot blant andre Turbine Potsdam, og rykket ned. Ettersom klubben ble slått konkurs uansett, dro fotballspillerne til Wendschotter SV. I den nest øverste divisjonen var de knusende overlegne. De tapte én kamp (0–1), og fikk 121–1 i målforskjell. Tilbake i Bundesliga begynte de som før, først med midt på tabellen, og så nedover. I 2003 ble kvinnelaget overdratt til VfL Wolfsburg. Dette medførte imidlertid ingen øyeblikkelig sportslig suksess, og i andre sesong med ny klubb rykket laget ned. Laget rykket rett opp, og har siden holdt seg midt på tabellen.