Welhaven var også sentral i gjenoppbygningen av overvåkningstjenesten etter krigen. Like etter freden hadde vestlige etterretningstjenester og ulike hjemmefrontsgrupper fritt spillerom, og det var Welhaven som fikk justisminister O.C. Gundersen med på å legge den nye overvåkningstjenesten under politimesteren i Oslos kontroll.