Spillets hovedhistorie starter ti år etter krigen mot "the Dread Lords" styrer Dregin imperiet og deres allierte Yor verden. De fleste andre er utryddet eller er undertykte. I 2242 returnerer en flåte med avansert teknogi for å frigjøre jorden, og gjennom tre oppdrag skal man frigjøre planeten Arcea, hådtere Thalan imperiet og nedkjempe Dregin-styrkene i solsystemet.