Området rundt Kopčany var mellom 600-tallet og 1000-tallet del av borgområdet ved Mikulčice rett over grensen til Tsjekkia, dette var et av sentrene i tidligmiddelalderimperiet Stormähren. St. Margaretkirken i Kopčany stammer fra 900-tallet og er del av det samme kulturlandskapet som borgområdet i Mikulčice. I 2007 ble kirken lagt til i den allerede eksisterene UNESCO verdensarvlistenominasjonen for borgområdet i Mikulčice.