Straks etter ble både demning og mølle tatt av flom. Anlegget ble gjenoppbygget og skiftet eier. I et par generasjoner var det hos firmaet Peter Larsen & Co. Bakke Mølle var en sentral bedrift i Nydalen, og i en periode på 1800-tallet sto Bakke Mølle i fellesskap med Nydalens Compagnie og Christiania Spigerverk for driften av den bruksskolen som ble drevet for arbeiderungene i dalen.