Arkeologiske utgravninger daterer beboelsen tilbake til hallstattperioden og quadiperioden. På 800-tallet ble det bygd et stormährisk slott her. Svätý Jur ble første gang nevnt i skriftlige kilder i 1209 og mottok byrettigheter i 1299. Den ble en kongelig friby i kongedømmet Ungarn i 1647. På tross av bygningen av en bymur mellom 1603 og 1664 ble Svätý Jur ødelagt av det osmanske rikes styrker i 1663. De osmanske tropper ødela likeledes Det hvite slott (slovakisk: ), som hadde vært et viktig administrativt senter til da.