Deuba fikk derfor oppleve å to ganger på 3 år bli avsatt av kong Gyanendra gjennom statskupp. Han blei det siste ofre for kongens framstøt for å avskaffe parlamentarisk demokrati i Nepal, etter at han sjøl hadde vært en viktig hjelper i de første fasene av Gyanendras kamp mot demorkatiet.