Etter seirene i kvalifiseringsrundene og første runde ble Brann trukket i gruppe D sammen med franske Rennes, tyske Hamburg, kroatiske Dinamo Zagreb og sveitsiske Basel. I denne utgaven av UEFA-cupen spilte lagene kun én gang mot hverandre, to på hjemmebane og to på bortebane. Brann endte opp på tredjeplass på tabellen etter å ha slått Zagreb og spilt uavgjort mot Rennes. De ble til slutt trukket mot Everton i 32.-delsfinalen, som de tapte 8-0 sammenlagt etter to kamper som ble spilt i 2008.