Han vokste opp i Færøyenes dansktalende embedsmannsstand som sønn av sysselmann og kanselliråd Gudmund Effersøe og hustru Cathrine Müller på Tvøroyri. Blant hans søsken var agronom og dikter Rasmus Effersøe, folketings- og landstingsmann Oliver Effersøe og amtslege og distriktslege John Effersøe. Han var brorsønn av redaktør og folketingsmann O.P. Effersøe, søstersønn av sysselmann og folketingsmann Hans Christopher Müller, svoger til kjøpmann Niels Juel Mortensen samt morbror til sakfører og lagtingsmann Edward Mitens (Mortensen). Farsslekten var islandsk, hentet sitt navn fra Örfirisey ved Reykjavík, og kom til Færøyene med farfaren, som var regnskapsfører ved den danske monopolhandelen.