Blackfish har blitt nominert til en rekke priser siden den kom ut i januar 2013. I begynnelsen av 2013 vant den «beste dokumenentarfilm». Denne prisen ble gitt av WAFCA Award. Den vant også «beste dokumentar» og beste dokumentarfilm på Sierra Award i juli 2013. Den har også blitt nominert til åtte andre priser for «beste dokumentar».