DNA-analyser har vist at eriskay-ponniene er de siste overlevende levninger av de opprinnelige innfødte ponniene på de ytre vestlige øyene i Skottland. Fram til midten av 1800-tallet var ponnier av Western Isles-type eksisterte på alle øyene, men en prosess med å innføre andre raser for å «forbedre» rasen endret situasjonen drastisk, hvor kun Eriskays avsides beliggenhet har forhindret at rasen har forsvunnet, men kun tyvetalls dyr gjenstår.