Senere får FBI nyss om en terrortrussel, og en buss blir bombet. FBI arresterer en mann som heter Samir Nazhde som innrømmer å ha signert visumsøknaden til en selvmordsbomber, men han har signert mange søknader om studentvisum i sin jobb som foreleser. Elise Kraft insisterer på at Samir er ikke en terrorist, og at hans frihet er avgjørende for den videre etterforskningen. Terroraksjonene begynner å eskalere. Ett overfylt teater blir bombet, og senere blir FBIs kontor i New York ødelagt med over 600 omkomne. Til tross for innvendinger erklærer USAs president unntakstilstand, og det amerikanske militæret under ledelse av generalmajor William Devereaux (Bruce Willis), stenger av hele Brooklyn i et forsøk på å finne de resterende terrorcellene.