I 1641 ble han lensherre på Silkeborg, og fikk deretter Trondhjems len i årene 1642–56. Som øverste i Trondhjem, forsvarte han Jemtland og Herjedalen i krigen mot Sverige. Da Vår Frue i samme by brant ned i 1651, bidro Urne med 200 riksdaler til gjenoppbyggingen.