I sesongen 1978/1979 fikk Thompson en ny partner i Liverpoolforsvaret i Alan Hansen, siden Emlyn Hughes hadde forlatt Liverpool til fordel for Wolverhampton Wanderers FC på slutten av 1979. Dette gjorde at Thompson ble utnevnt til kaptein. Og han fikk muligheten til å heve ligatittelen på slutten av sesongen, en bedrift han fikk gjøre om igjen sesongen etter (1979/1980-sesongen), i det Liverpool på det tidspunkt vant sitt 12. ligamesterskap.