Det er fare for at endret vannføring påvirker sammensetningen av stein og grus i elvebunnen, altså det som kalles substrat når det danner livsområde for organismer og dyr. Et heterogent bunnsubstrat er positivt fordi det gir mange hullrom av forskjellig størrelse i bunnen. Kornfordelingen i substratet er bestemt av vannføring/vannhastighet. På sikt vil derfor en vassdragsregulering påvirke kornfordelingen og substratets beskaffenhet. Bunndyrene kan tilpasse seg endringene i substratet. For laksunger kan dette bety at kvaliteten på næringen endres. Siden årsyngel av laks og eldre laksunger spiser forskjellig bytte, kan endringene i næringen være positiv eller negativ for laksungene avhengig av deres livsstadium. Småkornet substrat favoriserer små livsformer, mens større dyr får færre tilholdsteder.