Magasinkraftverk er ofte kostbare i anleggelse, med store investeringsbehov knyttet til oppdemming, røranlegg og kraftstasjon. Anlegget får lang nedskrivingstid og fører dessuten til oppdemminger som kan gi økologisk uønsket oversvømming av tidligere tørt land og biotoper. Oppdemmingen kan redusere elvers vannføring og dermed påvirke økologien, fruktbarheten og livsforholdene generelt nedenfor anlegget.