Selv om det råder stor usikkerhet om deres forfall, ble de til slutt invadert av mykenere fra fastlandet. Deres invasjon fant sted rundt 1400 f.Kr., og sammen med det minoiske utbruddet, var det et sannsynlig scenario for slutten på den minoiske sivilisasjon. Ifølge denne teorien ble den minoiske flåten og havnene ødelagt i en slik grad at de ikke kunne repareres av enorme bølger fra Middelhavet. Mulige klimatiske endringer påvirket avlingene i mange år som igjen ville ha ført til hungersnød og sosialt sammenbrudd. Den mykenske invasjonen fullførte det siste kapittelet i en sivilisasjon som blomstret i rundt 1600 år.