Marats fiender, som også befant seg blant revolusjonstilhengerne, mislikte hans hatefulle retorikk. En ung pike fra Caen, Charlotte Corday, ble mottatt av ham mens han lå i badekaret, der hun drepte ham med kniv. Hun ble henrettet i giljotinen, og Marat var nå revolusjonsmartyr og ble stedt til hvile under stor høytidelighet i Panthéon. Men stemningen vendte seg raskt. Robespierre og hans terrorvelde falt i 1794, og allerede året efter ble Marats lik fjernet fra Panthéon.