Denne utviklingen ble avbrutt en gang rundt 499 f.Kr. i krigen mot Perserriket. I denne krigen ble øyene for en kortere tid erobret og underkastet perserne. I tiden etter persernes nederlag for Athen i 478 f.Kr. gikk byene inn i det athenske sjøforbundet. Som navnet indikerer, dominert og ledet av Athen. Da peloponneskrigen brøt ut mellom Athen og Sparta og deres respektive allierte i 431 f.Kr., forholdt øyene seg hovedsakelig nøytrale til tross for at de fortsatt var medlemmer av forbundet.