Danson og hans første kone, Randy Gosch giftet seg i 1970 og tok ut skilsmisse fem år senere. Danson giftet seg med sin andre kone Casey Coates i 1977. I 1979, mens hun fødte deres første barn, fikk Coates et slag, og Danson tilbrakte de kommende årene med å ta seg av henne. Paret adopterte senere en datter. Danson hadde en affære med Whoopi Goldberg som førte til skilsmisse mellom paret i 1993. Dette var en av Hollywoods dyreste skilsmisser gjennom tidene og skal angivelig ha kostet Danson minst 30 millioner dollar.