En utfordrer av Demetrios i det gresk Selevkideriket var Aleksander I Balas som skal ha kontakt Jonatan og gitt bedre vilkår for hans lojalitet, inkludert posisjonen som yppersteprest i Jerusalem. Jonatan trakk tilbake sin støtte til Demetrios I Soter og erklærte sin allianse med Aleksander I Balas. Han ble den første i sin familie som ble yppersteprest. Tittelen var ikke bare nominell, men innebar at han ble både den religiøse og militære lederen av sitt folk. Den hellenistiske fraksjonen kunne således ikke lenger vise sin motstand uten alvorlige konsekvenser. Ved Løvhyttefesten i 153 f.Kr. viste Jonatan seg fram i yppersteprestens drakt for første gang.