Etter dette forsvinner sporene av Blodfanen, og det er usikkert om den forsatt eksisterer. Fanen kan ha blitt ødelagt da amerikanernes Eighth Air Force bombet «Det brune hus», partihovedkvarteret i München der fanen siden 1931 hadde stått utstilt i en museumsavdeling i første etasje. Flagget kan også ha blitt ødelagt under flytting eller smuglet vekk og siden solgt. En annen teori er at fanen kom bort i mai 1945 da amerikanske soldater på jakt etter «nazisuvenirer» plyndret bygninger og lagre. I så fall kan Blodfanen i dag befinne seg i USA uten at eieren kjenner bakgrunnshistorien.