Jon og broren Sigurd tilhørte de mektigste slektene i Norge. De var dattersønner av kong Håkon Magnusson, og gjennom faren Havtore tilhørte de Sudrheimætten (Sørum-ætten), en mektig slekt på Romerike som trolig var etterkommere av Bård Guttormsson på Rein, og kanskje også Harald Gille. Dermed var Jon og broren av kongsslekt også på farssiden. Da faren Havtore døde, arvet Jon, som trolig var den eldste av brødrene, gården Skea på Romerrike som hovedgård, med flere eiendommer i Solør og Odalen. I tillegg til gårdene på Romerrike fikk Jon også flere eiendommer i Østfold, blant annet hovegårdene Borregård i Tune og Huseby i Onsøy.