Etter at han ble styrtet av Nguesso bodde Lissouba i eksil i London. Han var fast bestemt på å reise tilbake til Kongo for å delta presidentvalget i 2002. Men i desember 2001 ble han stilt for retten i Brazzaville og dømt til 30 år i fengsel for forræderi og korrupsjon. Så for å unngå å havne i fengsel ble han boende i Storbritannia.