Etter at han la opp, var Kuiper leder for det lille tyske profflaget Team Stuttgart mellom 1989 og 1990. I 1991 ble han sjef for Telekom-laget. Fra 1992 var han assisterende lagleder for det amerikanske Motorola-laget i fire år. Siden 1997 har han arbeidet for Rabobank og delvis for det nederlandske landslaget.