Boris Hansen ble tidlig involvert i den kommunistledede delen av motstandsarbeidet i Oslo. Den 19. mai 1942 ble han arrestert under Gestapos aksjon mot partiledelsen, som da holdt til på Grorud. Hansen ble forhørt under tortur på Møllergata 19. Etter en tid i celle på Møllergata, kom han til Grini, og i april 1943 til Sachsenhausen. Han ble dømt til døden, men dommen ble på grunn av ung alder omgjort til livsvarig. Seinere satt han i Natzweiler og Dachau, der han ble hentet av de hvite bussene i 1945. Edith Breiby, som senere skulle ble hans kone, ble arrestert i samme Gestapo-aksjon. Også hun satt på Grini, deretter i Ravensbrück. Boris Hansens mor og stefar endte sine liv i tyske konsentrasjonsleirer, hun i Auschwitz, han i Neuengamme. Hansens biologiske far var i landflyktighet i Sverige.