Bottéro begynte på småseminar i Nice og ble deretter novise i dominikanerordenen i Biarritz i 1931. Han trådte inn i ordenen i 1932 og ble tilknyttet klosteret i Saint-Maximin, der han utdypet sine studier i teologi og metafysikk. Han ble lagt merke til av pater Marie-Joseph Lagrange, grunnleggeren av École biblique de Jérusalem, som styrte ham inn på fagområdene eksegese og arkeologi. Han studerte antikkens filosofi, hebraisk og bibeleksegese i Saint-Maximin, men ble suspendert og sendt til et dominikanerkloster i Paris. Der studerte han akkadisk og sammen med René Labat oversatte han Codex Hammurabi. I 1950 ble han formelt utelukket fra presteskapet.