Som junior ledet Rodgers Cal til et sesongresultat på 10–1, rangert innen topp fem ved slutten av seriespillet, hvor det eneste nederlaget var 23–17 mot #1 USC. I kampen satte Rodgers en skolerekord for flest fullførte pasninger på rad med 26, og tangerte en NCAA-rekord med 23 fullførte pasninger på rad i én kamp. Han satte en skolerekord i enkeltkamper for prosent fullførte pasninter med 85,3%. Rodgers holder skolens karriererekord for lavest prosentandel av pasninger intercepted med 1,95%. Rodgers' prestasjoner hadde gjort det mulig for Golden Bears til å få en kampvinnende touchdown på first and goal med 1:47 igjen. På første play bommet han med pasningen. På andre ble han sacked av Manuel Wright. Etter en timeout og nok en pasningsbom stopped USC Cals run play, og sikret seieren. Rodgers kommenterte senere at det var "frustrating that we couldn't get the job done." Totalt avsluttet han 2004-sesongen med 2 566 pasningsyards, 24 touchdowns og 8 interceptions. Med en prosentandel fullførte pasninger på 66,1% ledet han Pac-10.