Den 13. juni 1980, hans 26-årsdag, ble han presteviet i Kölnerdomen. Han var deretter kapellan ved i Kaarst fram til slutten av 1983. I de påfølgende seks årene var ungdomssjelesorgen sentralt i hans virke. Han var opprinnelig stadsungdomspastor og BDKJ-president i bydekanatet i Neuss. Fra 1. april 1984 arbeidet Koch som universitetsprest ved Heinrich Heine-universitetet i Düsseldorf og var samtidig subsidiar ved i Düsseldorf.