Ifølge William Heinesen kunne mange av Jacobsens sykeopphold tilskrives overanstrengelse. Den stadig tilbakevendende tuberkulosen gjorde at Jacobsen ble arbeidsufør hyppigere og i lengre perioder enn før, og etter nærmere ett års sykeleie døde han ved Veljefjord Sanatorium i 1938, knapt 37 år gammel.