I 2009 hadde Suh 85 taklinger, 12 sacks, 28 quarterback hurries, 24 taklinger for tap, 10 forsvarte pasninger, 3 blokkerte spark og 1 interception. Han hadde 12 taklinger (syv for tap, en kamprekord for universitetet) og 4,5 sacks i et 13–12 nederlag mot Texas Longhorns i tittelkampen for Big 12, hvor han ble utpekt til MVP. Han hjalp Huskers' forsvar til å bli rangert som nummer en i landet i poeng tillatt (10,4 per kamp), delt andreplass for sacks (44), syvendeplass i forsvar totalt (272 per kamp), niendeplass i forsvar mot løp (93,1 per kamp) og #18 i forsvar mot pasningsspill (178,9 per kamp). Han spilte også i alle fire kvarterene mot Arizona under Holiday Bowl 2009, hvor Nebraska sikert den første shutout-seieren i Holiday Bowls 32 år lange historie, samt den første shoutout-seieren i Nebraska noensinne hadde hatt i en bowl-kamp. Han ble enstemmig utpekt til All-Big 12 førstelag og var Big-12 Defensive Player of the Year. Han ble utpekt til Associated Press College Football Player of the Year, mottok Bill Willis-troféet, Bronko Nagurski-troféet, Chuck Bednarik Award, Lombardi-troféet og Outland-troféet, og ble enstemmig utpekt til All-American i 2009. Han var også en finalist for Lott-troféet, Walter Camp Award og Heisman-troféet.