Etter at den eritreiske uavhengigheten ble oppnådd, de facto i 1991 og de ​​jure etter en folkeavstemning i 1993, ble Afewerki landets første statsoverhode. I de første årene av sin administrasjon i denne nye delstatsregjeringen, ble institusjonene i regjeringen satt på plass. Dette inkluderte en omfattende omlegging av strukturer, og omhandlet blant annet et folkevalgt, lokalt rettssystem samt utvidelsen av utdanningssystemet til så mange regioner som mulig.