Opprinnelig var krigsforsikringen ordnet slik at skader skulle meldes til RFFF, som foretok erstatningsberegningene. Direktoratet gjennomgikk dem, og foretok utbetalingen etter anvisning fra RFFF og etter at Handelsdepartementet (senere Fiskeridepartementet) hadde godkjent skadetaksten. Denne dobbeltbehandlingen var så arbeidskrevende at RFFF fra 31. januar 1946 ble bemyndiget til å forestå det direkte oppgjør med fartøyeierne. Etter den tid hadde altså ikke direktoratet noe med behandlingen av sakene å gjøre.