I februar 1940 ble Amilakhvari tilknyttet 2. alpejegerbataljon. Han ble, som en del av Fremmedlegionens 13. halvbrigade i det franske ekspedisjonskorpset, i april 1940 sendt til Norge for å møte de tyske invasjonsstyrkene ved Narvik. I slaget om Narvik ledet han 2. bataljon. For sin innsats i slaget om Narvik ble Amilakhvari av kongen i statsråd 20. mars 1942 tildelt det norske Krigskorset med sverd. Innstillingen omtalte Amilakhvari som «likeså glimrende ved sin iver som ved sine tekniske kunnskaper.» Sammen med de franske styrkene ble Amilakhvari etter slaget om Narvik trukket tilbake til Bretagne, dit han ankom 16. juni 1940. Tre dager la han, sammen med andre offiserer, ut mot Storbritannia via Jersey for å melde seg for De frie franske styrker under general Charles de Gaulles ledelse.