Flere av metrostasjonene er forholdsvis store med flere innganger over et større område. Dette kan ofte føre til forvirring hos turister og andre som ikke er kjent i byen. Spesielt ved stasjonene Můstek og Muzeum der de forskjellige utgangene er flere minutters gange fra hverandre. Dette problemet har blitt delvis løst med forbedret skilting.