I en kartlegging av 800 puertoriceres DNA hadde 61 % mitokondrisk DNA fra en indiansk kvinnelig stammor, 27 % fra en afrikansk og 12 % fra en europeisk. Motsatt hadde 70 % av mennene et Y-kromosom fra en europeisk forfar, 20 % fra en afrikansk og mindre enn 10 % fra en indiansk. Ettersom disse undersøkelsene kun viser avstamning i enten mannslinjen eller kvinnelinjen, kan de ikke fortelle med sikkerhet nøyaktig hvor stor andel av europeisk og afrikansk opprinnelse noen har.