Hooker tilbød seg å trekke seg i en krangel om bruken av styrkene som forsvarte garnisonen i Harpers Ferry. Abraham Lincoln og øverstkommanderende Henry W. Halleck som lette etter en unnskyldning for å bli kvitt ham, aksepterte umiddelbart. De erstattet ham tidlig om morgenen den 28. juni med generalmajor George Gordon Meade som på den tiden ledet V Corps.