Det har bodd mennesker i dalen fra lang tid tilbake. Komsakulturen er spor etter mennesker som bodde ved Komsafjellet i dalen fra ca. 7500-4000 f.kr. Det er også funnet helleristninger i Hjemmeluft, på Amtmannsnes og på Komsa som stammer fra ca. 5000 f.kr - Kr. f. Samene har brukt dalen sommerstid i århundrer. Først på slutten av 1500-tallet begynte de første å bo hele året i dalen. I 1578 ble det registrert tre skattemenn (skattebetalere) som hadde vinterboplass i Altadalen. Det var Oluf Nielsen, Sarfe Kviversen og Ener Arnesen. I starten måtte disse betale både russeskatt, skatt til den svenske kongen (Karl IX) og den dansk-norske kongen (Christian IV). Inntektene fra laksefisket var en stor del av grunnen for den store interessen fra de forskjellige kongene. I forbindelse med Kalmarkrigen i 1611 skulle striden avgjøres. Chrisitan IV bygde flere fort langs kysten av Finnmark for å forsterke posisjonen. En svensk fogd dro mot Alta med ca. 150 mann for å befeste dalen, men disse kom aldri fram. Kalmarkrigen ble utkjempet i sør Sverige uten at noe slag om Alta fant sted. De svenske planene med å befeste Finnmark ble oppgitt da Karl IX døde på slutten av 1611.