Men i 1604 ble Bürgi overtalt til å flytte til Praha hvor han ble ansatt som keiserlig urmaker. På den tiden befant også Kepler seg ved hoffet som keiserlig matematiker og var midt i sitt arbeid med å etablere sine lover for planetenes bevegelser. Dette arbeidet krevde meget nøyaktige, numeriske beregninger og Bürgi kunne bistå med dette som assistent for Kepler.