Skolens historie kan føres helt tilbake til 1701 da i København begynte utdannelsen av sjøoffiserer til den dansk-norske fellesflåten. ble åpnet på Marinens hovedstasjon Fredriksvern (Stavern) 27. oktober 1817. Senere ble sjøkrigsskolen overført til Horten samtidig som Marinens hovedbase ble etablert der i 1864. Her foregikk undervisningen frem til krigsutbruddet 9. april 1940.