Det nåværende systemet ble etablert av Meiji-regjeringen i 1871 og er kjent som avskaffelsen av Han-systemet. Selv om det i begynnelsen fantes over 300 provinser, ble antallet redusert til 47 i 1888. Den lokale selvstyreloven fra 1947 ga mer politisk makt til prefekturene, og åpnet for lokalt valgte guvernører. I 2003 foreslo statsminister Koizumi Junichiro at regjeringen skulle sammenslå de nåværende prefekturene til rundt 10 regionale stater. Planen innebar at hver region skulle ha større selvstyre enn de nåværende prefekturene.