Den 29. november 2003 utnevnte Johannes Paul II ham til titulærbiskop av Aquipendium og sekretær for det pavelige råd for sosial kommunikasjon. Samtidig tjente han som pavelig reisemarskalk. Han ble bispeviet av kardinal Angelo Sodano den 24. januar 2004 i Peterskirken. Renato Boccardo valgte mottoet («Jeg skammer meg ikke over evangeliet»), som kommer fra Paulus' brev til romerne (Rom 1,16). Den 22. februar 2005 utnevnte Johannes Paul II ham til generalsekretær for Guvernementet i Vatikanstaten. I denne rollen var Boccardo også ansvarlig for den tekniske og logistiske organisering av sedisvakansen i april 2005.