Pytagoreerne betraktet Pytagoras i en mellomstilling mellom gudene og menneskene, en framstilling som kanskje Pytagoras selv har bidratt til å forsterke. Ofte understrekes en forbindelse mellom Pytagoras og guden Apollon. Pytagoras' omtale av Troja-helten Euforbos som en tidligere inkarnasjon, er også blitt forklart med denne heltens nære samarbeid med Apollon. Også den mytologiske Orfeus er ofte nevnt som en lærer for Pytagoras.