Våpenhvileavtalen trer i kraft fra datoen fredsavtalen undertegnes. Ikke alle de stridende gruppene har vært del av fredsforhandlingene, og mange har uttrykt sin misnøye med at de ikke har blitt inkludert og uttalt at de ikke automatisk føler seg bundet av en fredsavtale mellom regjeringen og SPLM/A. Det er også en økning i bevæpnede kriminelle elementer som kan se FN som et fristende mål.