Topeka ble grunnlagt i 1854 av slaverimotstandere fra øst, og fikk formell bystatus i 1857. På 1850-tallet lå Topeka på Oregon-stien som mange pionerer brukte på veien mot vest. Da Kansas ble delstat i 1861, ble Topeka utpekt som delstatshovedstad. Etter den amerikanske borgerkrigen fikk økonomien og folketallet i Topeka et sterkt oppsving frem til 1889 da det ble et krakk som førte til økonomisk depresjon på 1890-tallet.