Hansen tok hovedfag i historie ved Universitetet i Oslo innen ødegårdsprosjektet i 1975. Han har vært historieforsker ved Universitetet i Tromsø siden 1976. Han tok doktorgrad i 1990 på avhandlingen handel og endringer i det samiske samfunn 1550 - 1700. Han ble utnevnt til professor i Tromsø i 1991 og har dessuten vært Professor II i eldre samisk kulturhistorie ved Middelaldersentret ved Universitetet i Oslo fra 1994 til 2002.