Som nyutnevnt erkebiskop havnet Gustav Trolle i konflikt med Sten Sture den yngre om Almarestäket. Trolle hadde et brev fra paven som understreket at eiendommene rundt Stäket tilhørte erkebiskopen, men Sten Sture forsvarte sin rett i egenskap av riksforstander til å fordele og ikke minst inndra len. Følgen var at lenet ble inndratt og Sten Sture innledet i 1516 en beleiring av Stäket med hjelp av tyske leiesoldater.