I februar 1948 stengte Tsjekkoslovakias nye kommunistiske skole den jesuittskolen han gikk på, og arresterte hans lærere. Esterka og to andre menn flyktet fra Tsjekoslovakia til Østerrike den 15. juni 1957der han levde i flyktningeleiren Glassenbach nær Salzburg i tre måneder. Hab flyttet debere til Roma og begynte ved Lateranuniversitetet, med bosted .