Under den tyske okkupasjonen av Norge sluttet Hanssen seg til Nasjonal Samling. Det ga ham stillingen som sogneprest i Den norske kirke (som Hanssen ikke var medlem av) i Hvaler. Etter den andre verdenskrig ble Hanssen dømt for landssvik i 1948 under landssvikoppgjøret. Han ble dømt til et års fengsel og ti års tap av sivile rettigheter. Hanssen døde i 1960.