San Salvador ligger ved foten av vulkanen ved samme navn, og har i løpet av historien flere ganger blitt rammet av kraftige jordskjelv. Det kraftigste jordskjelvet, i 1854, ødela byen nesten fullstendig. Det siste jordskjelvet, som fant sted i 2001, forårsaket også betydelige skader. Forstaden ble nesten totalrasert av et jordras.