Da hans forgjenger Qahhor Mahkamov gikk av som landets president ble Aslonov valgt til hans midlertidige etterfølger i kraft av sin stilling som formann for Det øverste sovjet. En av hans første handlinger som landets leder var å signere et vedtak om å forby alle kommunistpartiets aktiviteter på Tadsjikistans territorium og nasjonalisere partiets eiendom. Det tadsjikiske kommunistpartiets kongress vedtok i andre halvdel av september 1991 å kunngjøre at de gikk ut av Sovjetunionens kommunistiske parti (SUKP). Aslonov undertegnet også et dekret som etablerte 9. september som Tadsjikistans uavhengighetsdag. Den 20. september 1991 gikk Aslonov av som medlem av politbyrået og forlot kommunistpartiet. Den 23. september ble Aslonov avsatt av konservative krefter i regjeringen. Partiets sekretær Rahmon Nabiyev ble valgt til president og unntakstilstand ble erklært samme dag. Ett år senere, i november 1992, under starten på den tadsjikiske borgerkrigen som opprørte landet etter Sovjetunionens kollaps, ble Aslonov meldt savnet. Ifølge en kilde var han blitt drept av militante krefter fra den regjeringsvennlige .