Hanishøyene ble gjort krav på av Det osmanske riket, et krav som ble oppgitt av Tyrkia i 1923. Fra da av ble øyene administrert av den italienske kolonien Eritrea fram til 1941. I 1941, etter at de italienske kolonistyrkene hadde overgitt seg, etablerte den britiske hæren Eritrea som et protektorat. Til og med 1970-tallet gjorde Etiopia (som hadde annektert Eritrea) og Jemen krav på øyene. Etiopias interesse for øyene hadde sin bakgrunn i at eritreiske uavhengighetsgrupper brukte Hanishøyene, og den nærliggende Zuqarøya, som base for angrep mot etiopiske militære interesser.