Darlan sikret marinens støtte til våpenhvilen, samtidig som han forsikret britene om at den franske flåten ikke ville bli brukt mot dem. Han utstedte også hemmelige ordre om å senke den franske flåten, dersom tyskerne forsøkte å ta dem. Til tross for dette fryktet Storbritannia at den franske flåten ville falle i hendene på tyskerne. I Operation Catapult den 3. juli 1940 ble den franske flåten ødelagt av Royal Navy ved Mers El Kébir, og omkring 1.300 franske sjøfolk omkom. Det bidrog i stor grad til Darlans anglofobi, men han ville likevel ikke overlate marinefartøyer til tyskerne.