Philip Ernst var sønn av hertug Christian og Agnes av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Pløn. I 1686 fikk han av den danske konge tildelt en pensjon på 1000 riksdaler som ble fordoblet i 1689 og stadig ble utbetalt i 1693. I 1689 studerte han i Genève og Turin. Den 19. april samme år ble han ved operahusets brann på Sophie Amalienborg i København reddet ut av flammerne av sin hoffmester Limburg (som selv omkom).