Etter Romerrikets fall på 400-tallet ble Marseille erobret gjentatte ganger av vestgoterne, østgoterne, frankere og Kongeriket Burgund. Etter at karolingerne gav byrettigheter til det nedkjørte Marseille, begynte den å ta seg opp igjen. Erobring gjennom maurerne og normannerne på 800-tallet var tilbakeslag. Da byen kom under greven av Provence på 900-tallet fortsatte oppgangen, selv om Marseille alltid bevarte sin trang til uavhengighet. Marseilles strategiske posisjon gjorde den ofte til utgangspunkt og mål for militæraksjoner utover århundrene. Pesten rammet havnebyen hardt, særlig i 1348-1361 og 1720/1721.