Genetisk fingeravtrykk er brukt i rettsvitenskap, for å sammenligne to prøver av blod, hår, spytt eller sæd fra mistenkte. Det har også ledet til flere exonerations av tidligere dømte mistenkte. Det er også brukt i identifisering av human remains, farskap, matching organdonorer, studie av populasjoner av ville dyr og å fastslå opprinnelsen eller sammensetningen til matvarer. Det er også brukt for å generere hypoteser om mønsteret av human diaspora i forhistorisk tid.