Christian måtte føre flere kriger mot de andre arveberettigede til hertugdømmet Sønderjylland. For å finansiere disse krigene måtte han både ta opp lån og utskrive nye skatter i Skåne i det som nå er Sverige, og følgelig brøt det i 1464 ut opprør i Sverige. Svenskene kalte tilbake Karl Knutsson, som igjen ble kronet til konge. Etter Karl Knutssons død i 1470 forsøkte Christian igjen å gjenvinne Sverige, men led et knusende nederlag den 10. oktober 1471 i slaget ved Brunkeberg. Christian var selv nær ved å bli drept. Ved den etterfølgende fredsslutning ble det bestemt at man ved voldgift skulle finne ut av hvordan Christian I kunne gjeninnsettes som svensk konge. Det skjedde aldri, og i stedet valgte det svenske riksrådet Sten Sture som riksforstander.