Da Den tyske ordens høymester gikk over til protestantismen og opphevet ordensstaten i 1525, ble dette en alvorlig krise for statens bispedømmer. Tallinn bispedømme eksisterte offisielt videre som et fyrstbispedømme under overhøyhet av Det hellige romerske rike av den tyske nasjon, men den siste katolske biskopen (Moritz von Wrangel) gikk av i 1560. Estland ble reformert, bispedømmet fikk 1560–1561 en protestantisk biskop (den dansk-norske prinsen Magnus) og ble så opphevet. Dets territorium tilfalt 1561 Sverige.