I sin selvbiografi antydet Bowien så vidt at nasjonalsosialistenes "maktovertakelse" var grunnen til at han ikke kom tilbake til Tyskland – politikken ga ham "nye kvaler" hver eneste dag. «Det lå et skrik bak maleriene jeg laget på den tiden. Havet kunne ikke bli vilt nok, bølgene ikke mørke nok.» Som følge av Wehrmachts okkupasjon av Nederland ble han fengslet i tre dager i Alkmaar. Da kan på grunn av den politiske situasjonen ikke lenger kunne tjene penger, var det med tungt hjerte han reiste tilbake til Tyskland. Han etterlot 35 av verkene sine i varetekt hos en kunsthandler i Den Haag, hvoretter de gikk tapt. Han reiste først et halvt år til familien Heinen i Solingen, der han vinteren 1942 lagde en rekke akvareller med bymotiver, den siste syklusen med malerier av byen før den ble ødelagt i november 1944.