Blant annet på grunn av den manglende urtextversjonen finnes det i dag utgaver med store forskjeller med hensyn på artikulasjon, notasjon av flerklanger (som akkorder eller forslag og ornamentikk). Det er tildels også forskjeller i taktangivelser (alla breve eller 4/4), på noen steder til og med ulik tonehøyde. I Suite Is Menuett II er for eksempel 3. takts siste tone i noen utgaver E, i andre Ess.