I 1992, etter hendelsene i Godzilla vs. King Ghidorah, opprettet De forente nasjoner et Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) for å stoppe Godzilla. Deres militære gren, G-Force, redder Kong Ghidorahs levninger. De bruker to anti-Godzilla maskiner som heter Garuda og Mechagodzilla. To år senere, på oppdrag ved Adona Island, kommer et japansk team over noe de trodde var et stort Pteranodon-egg. Men egget avgir et telepatisk signal som tiltrekker seg monstrene Godzilla og Rodan.