I 1618 ble han avsatt til fordel for hans mye yngre nevø Osman II (1618–1622), men etter han ble drept ble igjen Mustafa I sultan og ble der i ett år. Han ble avsatt og fengslet av Osman II sin bror Murat IV (1623 – 1640). Mustafa I døde 16 år senere.