Faraoene fra det første dynasti ble gravlagt i Abydos, blant dem Narmer, grunnleggeren av dynastiet, men også hans etterfølger, Hor-Aha. Det var på denne tiden av Abydosbåtene ble bygget, en flåte på 14 båter som i 2000 ble oppdaget nedgravd i ørkenen. En del faraoer fra det andre dynasti ble også gravlagt i Abydos. Tempelet ble fornyet og utvidet av disse faraoene. Gravinnhegninger, tidligere feiltolket som festningsverker, ble bygget i ørkenen bak byen av tre faraoer fra det andre dynasti. Den mest komplette er den til Khasekhemwy.