På 1990-tallet var det en del uheldige helserelaterte saker for Forsvaret, for eksempel utarmet uran på Balkan, og «Kvikk»-saken. Problemet besto i at Forsvaret ikke hadde komplette registre over hvem som hadde vært utsatt for de ulike eksponeringene. Forsvarets helseregister ble opprettet for å kunne ta vare på relevante data, og for å ha hjemmel til å koble dem med andre registre. De første datainnsamlingene til Forsvarets helseregister var årlige spørreundersøkelser om helse og arbeidsmiljø til alle ansatte. Disse ble drevet med konsesjon fra Datatilsynet. I september 2005 ble registerets forskrift godkjent av Kongen i statsråd, og i april 2006 ble forskriften satt i kraft.