Etter tre dager med fest lot kong Christian II den 7. november 1520 alle portene til byen bli stengt og utlyste utgangsforbud. Det ble gjennomført en omfattende ransaking og Trolle anklaget en rekk personer for kjetteri (dette er kjent særlig fra Trolles anklageskrift som er bevart). Trolle anklaget Sten Sture, 15 andre personer og Stockholms borgerskap for overgrep mot Troll selv, mot Uppsala domkirke og andre geistelig personer og institusjoner. Blant andre ble biskop Matthias fra Strängnäs og biskop Vincentius fra Skara arrestert samt mange fremstående borgere. En geistelig domstol ble opprettet 8. november og domstolen skulle avgjøre om de anklagede hadde forbrutt seg mot kirkens lov. Kjetterdommen er bevart og kjent som . Tidligere amnesti gjaldt ikke fordi man etter kirkeretten ikke var bundet av avtaler inngått med kjettere. Kort etter dommen ble de anklaged ført til Stortorget. Biskop Jens Beldenak forsøkte å protestere og ble da stanset av Didrik Slagheck. Henrettelsene begynte straks og først med biskopene Matthias og Vincentius som ble halshugget. Fjorten adelsmenn, tre borgermestre, fjorten rådmenn og flere vanlige borgere ble deretter halshugget. Olaus Magnus skrev at 94 personer ble henrettet første dagen. Henrettelsene fortsatte de følgende dagene og blant annet ble en del vanlige folk hengt. Likene ble liggende i tre dager før de ble kjørt til Åsön og brent som kjettere. Samtidig ble Sten Stures lik og liket av en prest gravd opp brent som kjettere. Det ble gjennomført en konsekvent prosess mot kjettere i henhold til kirkens dom. Christina Gyllenstierna unngikk henrettelse, ble fengslet og ført til Danmark sammen med Gustav Vasas mor og søster. I Finland ble Hemming Gadh henrettet. Abbeden og noen munker i Nydala kloster ble druknet av ukjent grunn. I Jönköping ble adelsmannen Lindorm Ribbing og to barn henrettet.