I forbindelse med oppløsningen av Det tyske rike i 1806 skiftet kanselliet navn til Slesvig-Holstenske Kancelli, og etter Lauenborgs innlemmelse i det danske monarkiet i 1816 til Slesvig-Holsten-Lauenborgske Kancelli. Ved systemskiftet i 1849 ble kanselliet opphevet. Den innenrikspolitiske avdelingens oppgaver ble fra 1851/52 ivaretatt av ministeriene for Slesvig på den ene siden og Holsten og Lauenborg på den andre.