En felles komite for utpeking av mål ble dannet av Manhattanprosjektet og USAAF for å finne ut hvilke japanske byer som skulle være mål for atombombene. Komiteen anbefalte byene Kokura, Hiroshima, Niigata og Kyoto. Her grep krigsminister Henry L. Stimson inn og ga beskjed om at han ville ta avgjørelsen om målene, og at han ikke ville tillate bombing av Kyoto på grunn av byens historiske og religiøse betydning. Groves bad derfor Arnold om å fjerne Kyoto ikke bare fra listen over mål for atombomber, men også som mål for konvensjonelt bombardement. En av erstatningene for Kyoto var Nagasaki.