Wallace ble i stedet utpekt til handelsminister i 1945. Han ble avskjediget fra den posten i september 1946 av Truman, som nå hadde overtatt etter den avdøde Roosevelt, da Wallace var motstander av den nye regjeringens harde linje mot Sovjet. Noen dager tidligere, den 12. september, hadde Wallace også holdt en oppsiktsvekkende tale i Madison Square Garden der han ga et helt annet syn på hvordan politikken overfor Sovjet skulle bedrives enn det utenriksministeren James F. Byrnes sto for. Truman hadde lest deler av talen og godkjent den på forhånd. Presidenten følte seg derfor ganske skamfull for måten han hadde håndtert hendelsen på.