Unionen var i utgangspunktet omstridt, og særlig i kong Karl Johans regjeringstid oppsto ofte strid mellom kongen og Stortinget. Viktige stridsspørsmål var kravet om at Norge måtte bære en forholdsmessig del av den felles dansk-norske statsgjeld, spørsmålet om gjenopprettelse av adel i Norge, kongens vetorett, stattholderstriden og symbolsaker som kongens titulatur, rikenes flagg og våpen. Etter en relativt forsonlig periode i skandinavismens tid under kong Oscar I ble unionen igjen omstridt etter 1860, i en periode med økende nasjonalisme. Enkelte svenske historikere og politikere mente at Sverige hadde overhøyhet, mens oppfatningen i Norge var at unionen var inngått mellom to likestilte stater. Striden om flaggsaken og statsrådsaken skapte problemer både internt i, og mellom de to landene. Mot slutten av unionen var konsulatsaken av avgjørende betydning for forholdet mellom de to landene, og ble kimen til bruddet i 1905.