Også mellomkirkelige og økumeniske relasjoner ble prioritert høyt av Dinkha. Han hadde gode forbindelser til den katolske kirke og møtte flere ganger paven og den kaldeisk-katolske patriark av Babylon. Etter samtaler med den syrisk-ortodokse patriark av Antiokia Ignatius Zakka I Iwas opphevet de to patriarkene i 1997 de gjensidige bannlysingene, som deres kirker hadde uttalt 1500 år tidligere.