Da den tyske invasjonen av Norge startet i april 1940 oppholdt Christie seg i Sverige. Han tok seg inn i Norge, hvor han sluttet seg til de norske styrkene og deltok i kampene ved Kongsvinger, sammen med blant annen Leif Larsen, som nestkommanderede i Kompani Benckert. Etter at de norske styrkene i Sør-Norge hadde kapitulert, tok han seg via Sverige til Nord-Norge. Der ble han teknisk sjef for de norske flyvåpnene. Da også de norske styrkene i Nord-Norge kapitulerte 7. juni 1940, var Johan Koren Christie blant de norske offiserene som fulgte kong Haakon VII til Storbritannia.