Den grunn han angav i pressekonferansen daten før avskjedssøknaden ble levert, var blant manglende støtte for Japans oppdrag i Afghanistan, og at hans personlige tap av popularitet var til hinder for å få vedtatt en ny antiterrorlov. Fra hans parti ble det sagt at Abe dessuten slet med helsen. Den 26. september 2007 ble Abe offisielt avløst som statsminister av sin partifelle Yasuo Fukuda.