Han ble gift 12. mai 1845 med Edvarda Margrethe Qvale (1807–1880) fra Vega i Nordland, datter av sogneprest Andreas Qvale. Hun var enke og hadde i sitt første ekteskap vært gift med cand.med. Lauritz Johannes Irgens (1807–1837), sønn av eidsvollsmannen Lars Johannes Irgens og bror av marineminister Nils Christian Irgens. Christian og Edvarda hadde en datter, Edvarda Margrethe Paus (1847–1903), som i 1870 ble gift med major og brigadelege Jørgen Magnus Grønn (1843–1914). De hadde ingen barn.