Da Cæsar ble romersk diktator for andre gang, ble Antonius gjort til («herre over hestene»), diktatorens hovedoffiser, og i denne egenskapen ble han i Italia som halvøyas administrator i 47 f.Kr. mens Cæsar bekjempet de siste av slekten til Pompeius som hadde søkt tilflukt i provinsen Afrika. Antonius' egenskaper som administrator var langt svakere enn hans evner som general, og han benyttet seg av de mest overdrevne virkemidler, i henhold Cicero slik denne framstilte det i sitt verk . I 46 f.Kr. synes det som om Antonius ble fornærmet ettersom Cæsar insisterte på betaling for de eiendommene som hadde tilhørt Pompeius og som han angivelig hadde kjøpt, men som han faktisk bare hadde lagt beslag på. Konflikt oppstod, og som ved andre anledninger forsøkte Antonius å løse den med vold. Hundrevis av borgere ble drept, og Roma selv lå på kanten av kaos. Cæsar var svært lite begeistret med hele affæren og fjernet Antonius fra alle formelle politiske posisjoner. De to mennene så hverandre ikke på to år. Den kjølige adskillelsen ble dog ikke varig, og Antonius møtte diktatoren ved Narbo (i dag Narbonne) i 45 f.Kr. og avviste forslaget fra Gaius Trebonius om å bli med i konspirasjonen mot Cæsar som allerede var i oppløp. Det kom til full forsoning i 44 f.Kr. da Antonius ble valgt til konsul for Cæsars femte tid.