Operasjon Antrhopoid, drapet på Heydrich, ble godkjent av den tsjekkiske regjeringen i eksil. František Moravec startet planleggingen av operasjonen og valgte et dusin tsjekkiske menn til å trene i Storbritannia. Jozef Gabčík og Karel Svoboda ble valgt ut til å gjennomføre operasjonen, men Svoboda ble skadet under trening og byttet ut med Jan Kubiš. Gabčík og Kubiš fløy sammen med syv andre soldater 28 Desember 1941. Det ble gjort mange ulike planer om hvordan attentatet på Heydrich skulle skje, men endte med å forsøke å ta livet til Heydrich i Praha. Heydrich kjørte alltid rundt i en Mercedes uten tak. Gabčík og Kubiš klarte å kaste en granat som landet ved siden av bilen og førte til store skader på Heydrich. Syv dager etter eksplosjonen døde Heydrich på sykehuset. Det var enda ikke funnet gjerningsmennene til operasjonen når massakren i Lidice skjedde. Det ble et stort press på den tsjekkiske befolkningen når det kom trusler fra Hitler. Dette gjorde at informasjon om motstandsbevegelsen og de som deltok på operasjon Antrhopoid ble delt med SS soldater. De hadde gjemt seg i Karel Boromejsky kirken som var dedikert til Cyril og Methodius helgenene. 25 Oktober ble de funnet og gjemte seg i Krypten i Kirken. Etter en kamp døde alle de tsjekkiske som gjemte seg i kirken. I dag er det et museum under kirken, hvor en kan se krypten som de døde i.