Indiana-territoret ble etablert gjennom en lov i Kongressen og undertegnet av president John Adams 7. mai 1800, og iverksatt 4. juli samme år. Det var det første nye territoriet som ble etabert på grunnlag av landområdet fra Nordvest-territoriet, som hadde blitt organisert i 1787 gjennom Nordvest-forordningen. Territoriet var opprinnelig på km², men ble redusert to ganger gjennom utskillelsen og etableringen av nye territorier (Michiganterritoriet og Illinois-territoriet).