Helt fra begynnelsen var økonomien basert på handel og småindustri, og dette setter fortsatt sitt preg på byen. I dag er det særlig grafisk industri som setter preg på det økonomiske liv, foruten næringsmiddel- og verkstedsindustri. I Monaryggen like nord for Mysen er det store sand- og grustak med tilhørende betongindustri. I den gamle Trollullfabrikken har Østfoldmuseene innredet sentralmagasin for lokalmuseene i fylket. Mysen er sete for Heggen og Frøland tingrett, og Mysen videregående skole, tidligere Indre Østfold videregående ligger her. Mysen har også Momarken travbane, fengsel, frisbeegolfpark og et fotballag i 3. divisjon (Mysen IF). Her var også i en årrekke etter krigen den årlige Røde Kors-messen Momarkedet. Rett ovenfor og øst for tettbebyggelsen ligger Høytorp fort, som nå er kommunalt friareal.