Det er forventet at en stor mengde sudanere vil flytte til og fra Sør-Sudan. En rapport fra Flyktninghjelpen anslår at én million sørsudanere bor i Nord-Sudan. FN har anslått at en flyktningstrøm på 450 000 mennesker vil være håndterbar, mens Flyktninghjelpens rapport anslår at opptil 2,3 millioner vil flytte. Mange av flyktningene vil ikke ha noe hjem og reise til, og Sudan har svært dårlig infrastruktur.