Blant de klubbene St. Pauli har et særlig nært forhold til bør nevnes Celtic FC i Skottland, Bohemians 1905 i Tsjekkia og FC Köln i Tyskland. De norske fotballspillerne Morten Berre, Tore Pedersen, Mats Møller Dæhli, Tore Reginiussen og Leo Skiri Østigård har alle spilt for klubben.