I 1408 ble Burgund benådet av Karl VI etter en prosess i Paris ledet av Jean Petit. Isabella førte da tronfølgeren til Melun, og Karl VI opphevet benådningen av Burgund. I 1409 gav Karl tronfølgeren retten til å regjere i Isabellas fravær. Ved Freden i Chartres i 1409 ble Burgund og Orleans (da representert av den nye hertugen av Orleans) offisielt forsonet. Men krigen fortsatte. Isabella sluttet seg til sin tidligere motstander, Johan av Burgund, med hvem hun opprettholdt en allianse mellom 1409 og 1413, og deretter med Armagnac mellom 1413 og 1415. Hun gjorde i 1409 Burgund tll tronfølgerens beskytter. Samtidig kom det til en bryllupsallianse mellom Frankrike og Burgund, mellom Burgunds sønn og Isabellas datter: i forhandlingene hevdet hun tydelig familiens hierarki og rett til tronen. Parisuniversitetet erklærte også at alle stridende parter var utestengte fra rådsforsamlingen.