Som deltaker i Napoléons hundre dagers styre etter at han først hadde abdisert, ble Thibaudeau nødt til å flykte ut av landet etter slaget ved Waterloo og ved den andre restaurasjonen i Frankrike for å unngå å bli dømt som kongemorder. Han dro til Lausanne og i løpet av sin landflyktighet bodde han i Wien, Praha, Augsburg og Brussel. Han tilbrakte tiden med å skrive flere større historiske verker. Julirevolusjonen i 1830 gjorde det mulig for ham å reise tilbake til Frankrike, og han levde lenge nok til å bli medlem av det keiserlige senatet under Det andre franske keiserdømme. I 1852 ble han utnevnt av Napoleon III til senator.