Raúl kardinal Silva Henríquez ble i oktober 1962 president for Caritas Internationalis. Samme år tok han del i andre Vatikankonsil, som pågikk til 1965. Han deltok i pavevalget i 1963, og representerte i tiden etter på flere ganger paven ved mange funksjoner som pavelig legat. Raúl kardinal Silva Henríquez mottok i 1971 Den latinamerikanske jødiske kongress' menneskerettighetspris.