Vigilius tilhørte en velsituert romersk slekt, ettersom faren Johannes i oppgis å ha vært konsul, og broren, Reparatus, ifølge Prokopius var senator - en av romerske senatorer som ble holdt som gisler av Witiges, men som det lyktes å unnslippe før den ostrogotiske kongen beordret dem henrettet i 537.