De allierte la til grunn kollektivt ansvar hos tyskerne for andre verdenskrig og holocaust. Pius tok motsatt standpunkt og fremholdt, blant annet i en radiotale i juni 1945 om «gode tyskere», at tyskerne ikke hadde kollektivt ansvar. Pavens standpunkt og uttalelser hadde stor betydning i Tyskland der det store flertallet kunne hevde at de var uskyldige. Pius hadde det på det tidspunktet et intakt omdømme. De tyske biskopene avviste kollektivt ansvar i sin uttalelse i Fulda i 1945. Pius hevdet upresist at tyske katolikker «helhjertet» motarbeidet Hitler. Clemens August von Galen, biskop av Münster, kritiserte, i forståelse med Pius, Nürnbergprosessen som han mente ikke handlet om lov og rett, men om de alliertes ødeleggelse av tyskernes gode navn og rykte. De tyske biskopene fulgte etter og argumenterte for at rettsoppgjøret manglet legitimitet og drev lobbyvirksomhet overfor general Lucius D. Clay og høykommissær John J. McCloy for å få frigitt alle dømte krigsforbrytere. Hjelpebiskop Johann Neuhäusler i München ville også at Oswald Pohl og Otto Ohlendorf skulle benådes. Vatikanet forsøkte i 1948 å få Clay til å oppheve alle dødsdommer. Aloisius Joseph Muench, pavens utsending i Tyskland, advarte Vatikanet om at paven med denne lobbyvirksomheten havnet i partnerskap med krigsforbrytere og gamle nazister.