I 1993 ble han direktør for Centre of European Law ved King's College, University of London, en stilling han besatte til 1999. Han gikk deretter over til stillingen som direktør ved British Institute of International and Comparative Law i London, der han var til 2005. Andenes har også vært professor ved University of Leicester, Senior Fellow ved Institute of European and Comparative Law, Oxford University og Senior Research Fellow ved Institute of Advanced Legal Studies, University of London. Han har vært gjesteprofessor ved Sapienza Università di Roma (2002–09), Université libre de Bruxelles, Università degli Studi Roma Tre, Universität Wien, vært ved Université Panthéon-Sorbonne i Paris og har tilbrakt perioder ved Humboldt-Universität zu Berlin. I 2005 var han ved Netherlands Institute for Advanced Study in the Humanities and Social Sciences. Han var direktør ved Norsk senter for menneskerettigheter fra 2007 til 2008.