Nicholas Marcus Fernando gikk på katolsk skole i Munnakkara og St. Mary's College i Negombo. Patriarken av Cilicia og pro-prefekt for Congregatio de Propaganda Fide, kardinal Grégoire-Pierre XV Agagianian, presteviet ham den 20. desember 1959 til prest for erkebispedømmet Colombo på Ceylon. Han var blant annet rektor ved St. Aloysius Minor Seminary (1965-1973).