Kirken har en lang og innviklet historie. Den har seks dokumenterte bygningsfaser. Et av problemene har vært at den er bygget på ustabil grunn. Kirken var ukjent til 1860 da den greske arkitekten gjorde Vesten oppmerksom på den. Av historien kan nevnes at den ble utsatt for et jordskjelv i 1894 og restaurert i 1898 til keiser Wilhelm IIs besøk. I 1929 begynte restaureringsarbeidet, og den ble nasjonalt monument i 1945. Dette førte til at en ønsket om å sette kirken i skikkelig stand. Oppdraget ble gitt til i 1947, og han arbeidet her til sin død i 1950. Da overtok , og han arbeidet i kirken til 1958. Underwood har foretatt en systematisk dokumentasjon av kirken og publisert materialet i et 4-binds verk om kirken. Det fjerde bindet er et dokumentarbind hvor de fleste av de ledende forskerne innen bysantinsk kunst har skrevet sitt bidrag. Arbeidet er ført videre av i 1987. Kirken består idag av hovedkirke, to narthex og parecclesion.