Stagnelius stammet fra presteslekter både på fars- og morssiden. Faren, Magnus Stagnelius, var professor i gresk, en tid sogneprest i Gärdslösa på Öland, siden biskop i Kalmar stift. I 1811 begynte Erik Johan å studere ved Lunds universitet, men i 1812 flyttet han til Uppsala og avla eksamen der i 1814. Han ble ansatt i kanselliet i Stockholm, og levde her inntil sin død i 1823.