Trolig ble den prekolumbianske byen Xallapan grunnlagt i 1313. Dette skjedde ved at de fire landsbyene grodde sammen og danna én by. I 1519 overnatta Hernán Cortés i Xalapa på vei mot Tenochtitlan. I 1555 ble fransiskanerklosteret fullført, som var det nest viktigste av sitt slag i Ny-Spania. I 1772 ble katedralen påbegynt. I 1784 ble Ny-Spanias første luftballong sendt til værs i Xalapa. I 1791 fikk endelig Xalapa fulle byrettigheter, og fikk samtidig byvåpen, og det første byrådet trådte sammen i 1795. Fra 1824 av er Xalapa hovedstad i delstaten Veracruz. I 1843 ble Coleguio Nacional de Xalapa grunnlagt, i dag byens ledende høyskole. Den «interoseaniske jernbanelinja» mellom Veracruz by og Mexico by ble åpna i 1901, med Xalapa som stoppested. Mexicos første streik fant sted i Xalapa i 1905.