Det fins mange måter å dele inn de eukaryote organismene på. De fleste av disse forteller imidlertid veldig lite om gruppenes innbyrdes slektskapsforhold. Én mulig inndeling, som for tiden er nokså populær i lærebøker, er i fire «riker», de tre flercellede gruppene dyr, planter og sopp samt en overveiende encellet gruppe, protoktister («Protoctista»).