Hardt vær, mangel på vann og angrep fra algonquian-indianere ødela nesten kolonien, og i desember 1607, ble Smith tatt til fange og ført frem for den lokale høvdingen, Powhatan. Selv om han fryktet for sitt liv, ble Smith etter hvert gjort til en underordnet høvding av stammen og gav senere æren for dette delvis til høvdingens datter, Pocahontas, som var rundt elleve til tretten år på den tiden. Han sa at hun kastet seg over ham for å hindre at han ble henrettet, men det er betydelig usikkerhet rundt denne fortellingen.