Mursi har lenge arbeidet innen Det muslimske brorskapet i Egypt. Han ble valgt inn i det egyptiske parlamentet i 2000. I parlamentsvalget 2005 ble han ikke valgt inn, noe Det muslimske brorskapet hevdet skyldtes valgfusk. Etter den egyptiske revolusjonen i 2011 har Mursi ledet det nyopprettede Frihets- og rettferdighetspartiet som har tette bånd til brorskapet.