Et moderat Pakistan ble en viktig samarbeidspartner for USA og allierte etter angrepene på World Trade Center i New York og Pentagon i Washington i 2001, og de to landene samarbeidet om angrep i islamistiske stammeområder ved grensen til Afghanistan. Samarbeidet har fått mange islamister til å se på Musharraf som en forræder, og han har vært utsatt for flere attentater.