Thrasyllos hadde ikke generalembetet i 407–406, men fikk fornyet tillit året etter da Alkibiades og hans politiske sammensvorne mistet makten etter nederlaget i slaget ved Notion. Thrasyllos forble hjemme i den tidlige delen av sin generalperiode, mens Konon, en annen general, dro til Samos for å ta over kommandoen over flåten. Han hadde innledningsvis suksess i sine raid på fiendtlig territorium, men den finansielle støtten som spartanerne fikk fra den persiske prinsen Kyros gjorde at de kunne ekspandere flåten sin til athenerne var tallmessig klart underlegne. Tvunget til å forlate Samos med bare 70 triremer mot spartanernes 170, ble Konon beseiret i slag og innestengt i Mytilene. Han klarte såvidt å få sendt en trirem til Athen med nyhetene om sin knipe.