I 2001 fulgte han opp med å skrive med Owen Wilson og Gene Hackman, denne gangen sammen med David Veloz. Penn regidebuterte i 2004 med skrekkomedien , som han også skrev selv, sammen med Werner Herzog. Deretter var han manusforfatter i (2004). Så vendte han tilbake som regissør og manusforfatter med komedien , som hadde Woody Harrelson og David Cross i to av hovedrollene.