Etter en kirkeordinans i 1539 ble katedralskolene omdannet til latinskoler. Skolegang var fortsatt kun for de utvalgte, dvs. bare gutter av overklassen, ikke for almuen. De som hadde mulighet, sendte gjerne barna til skoler i utlandet, ofte til skoler drevet av jesuittene. Etter at reformasjonen var innført i Norge, var ikke dette populært blant myndighetene, fordi mange av de unge mennene som ble utdannet ved slike skoler, ble katolikker og arbeidet for motreformasjon i Norge og Norden, for eksempel Christoffer Hjort og Laurids Nielsen. På begynnelsen av 1600-tallet ble det utstedt forbud mot at menn med jesuittisk utdannelse fikk embeter i kirken eller skolen. I 1607 kom en ny norsk kirkeordinans, som slo fast at skolen skulle lære opp barna i den rette tro, og gjør dem til flittige og rettskafne mennesker. På denne måten skulle skolen disiplinere allmuen.