Republikken ble opprettet formelt den 18. mai 1899, da Fortaleza de Pilar overgav seg til Zamboangas revolusjonære regjering under ledelse av general Alvarez. Den 23. mai 1899 forlot spanjolene Zamboanga, etter ført å ha brent ned husene i byen i forakt for beboernes opprør mot dem.