Regierungsbezirk Magdeburg ble opprettet i Provinsen Sachsen i 1815, sammen med regierungsbezirk Erfurt og regierungsbezirk Merseburg. I 1947 ble den innlemmet i Den tyske demokratiske republikk (DDR), og under forvaltningsreformen i DDR i 1952 ble den i hovedsak erstattet av Bezirk Magdeburg. Etter Tysklands gjenforening i 1990 ble Regierungsbezirk Magdeburg gjenopprettet i delstaten Sachsen-Anhalt, hvor den eksisterte frem til 1. januar 2004. Da ble det tidligere regjeringspresidiet erstattet av et Landsforvaltningsamt med hovedsete i byen Halle ved elven Saale.