Alterpartiet består av alter, prekestol og orgel og er bygget mot veggen i vestre korsarm. Utkastet til dette var ved den dansk-tyske billedhuggeren Johann Friedrich Hännel og det har en del likhetstrekk med Christians kirke i København. På hver side av alteret og prekestolen er det søyler som bærer orgelgalleriet ovenfor. En del av arbeidet med dette ble gjort av Rantzau, mens Henrik Bech sto for ornamentikken og skulpturene. Maleriene er ved Johan Diderich von Dram og Niels Thaanning.