Etter at Amin ble styrtet og Yoweri Museveni kom til makten, trakk han inn i bushen en stund og bygde opp og ledet en opprørsgruppe dom opererte i det østlige Uganda - Force Obote Back Again (FOBA). Han motiverte senere dette med sitt og manges sinne mot Musevenis National Resistance Army. Hva gjaldt ham selv, hadde det konfiskert hans privateiendom i landet. I 1992 oppløste han opprørsgruppen, som hadde bestått av for det meste unge opprørere. Og snart etter vendte han tilbake til vanlig politikk.