Etter Hieronymus Emsers død overtok Cochlaeus hans stilling som hoffkapellan og rådgiver for hertug Georg av Sachsen, som han forsvarte mot et angrep fra Luther på grunnlag av en falsk anklage om en allianse med de katolske fyrster i Breslau (Otto von Pack-affæren). I 1530 arbeidet han sammen hertug Georg for å tilbakevise Confessio Augustana, og rettet senere det bitre skrivet mot dette bekjennelsesskriftets forfatter, Melanchthon. På grunn av en pamflett mot Henrik VIII av England ble han i 1535 overført til domkapittelet i Meissen.