Dette førte til at Comenius først måtte gå under jorden, og senere rømme landet. Han flyktet først til Leszno i Polen-Litauen, hvor han arbeidet ved et gymnas og fikk ansvaret for de böhmiske og mähriske kirkene. Videre oppholdt han seg i Transylvania, kongeriket Ungarn, de forente Nederlandene, England og Sverige. Landflyktigheten rammet både ham selv, hans familie og hans menighet.