Novgorod hadde slått tilbake angrepene fra ridderne av Den tyske orden og Sverdbroderordenen, og svenske angrep, og unngikk ødeleggelser under den mongolske invasjonen. Men under den andre verdenskrig havnet Novgorod i frontlinjen, og ble okkupert av tyske styrker den 15. august 1941. De historiske minnesmerkene ble systematisk ødelagt. Da den røde armeen befridde byen 20. januar 1944 sto kun 40 av de opprinnelig 2536 steinbygningene igjen. Store mengder kunst- og kirkeskatter var også blitt «bragt i sikkerhet» til Tyskland. Amerikanerne sendte det de fant og kunne identifisere tilbake fra det okkuperte Tyskland i slutten av 1940-årene, men meget er ikke kommet til rette.