Hver episode er delt inn i tre deler. Den første og siste delen av episoden er "ekte" film, spilt inn i et studio som skulle illustrere Mariobrødrenes rørleggerverksted i Brooklyn. I disse sekvensene må Mario og Luigi løse ett eller annet slags problem, ofte får de også besøk av en gjest. Gjesten er vanligvis en tv-kjendis som Nedra Volz, Norman Fell, Donna Douglas, Eve Plumb, Vanna White, Jim Lange, Danica McKellar, Nicole Eggert, Clare Carey og Brian Bonsall eller sportsmenn som Lyle Alzado, Magic Johnson, Roddy Piper og Sgt. Slaughter. Den midterste sekvensen er tegnefilm som handlet om Mario og Luigi som sammen med Prinsessen og Toad jaktet på Kong Koopa i forskjellige settinger. Mario og vennene hans klarer alltid å stanse Koopas planer, men Koopa klarer også alltid å stikke av på slutten. Ofte (men ikke alltid) har disse animerte sekvensene en løs tilknytning til temaet i -delen av episoden. Albano og Wells ga også stemmer til Mariobrødrene i disse sekvensene, øvrige roller ble stemmegitt av forskjellige stemmeskuespillere, de fleste fra Canada.