Johann Evangelist Müller ble prestviet den 29. juni 1903. Fra oktober 1903 var han prefekt ved presteseminaret i Freising. Hans promosjonsstudium til doktorgrad tok han fra 1908 til 1911 ved det pavelige universitet Gregoriana i Roma; for en tid av studietiden i Roma var han viserektor ved Collegio Teutonico di Santa Maria dell'Anima. Fra 1911 vat han sjelesørger i erkebispedømmet München og Freising, og da blant annet som organisasjonsbygger av den katolske ungdomsomsorgsforening. I 1919 utnevnte erkebiskopen, kardinal Michael von Faulhaber, ham til domkapitular i München.