Vassdraget ble vernet mot kraftutbygging i Verneplan I for vassdrag i 1973. Vernet ble hovedsakelig begrunnet med de naturvitenskapelige interessene. Disse er først og fremst knyttet til Sagelvvatnet, som av zoologer anses som meget interessant ornitologisk og en av de rikeste fuglebiotopene i indre deler av Troms. Vatnet er meget næringsrikt, og det har ført til et tallrikt bunndyrsamfunn med et stort antall grupper bunndyr representert. Bunnfaunaen danner igjen næringsgrunnlag for det rike fuglelivet, med mange fuglearter og tett bestand av ender. Berggrunnen i området er kalkholdig, noe som har gitt grobunn for en rik flora med flere sjeldne og interessante planter. Innløpsområdet til Sagelvvatnet er vernet som Sagelvvatn naturreservat, mens elvemunningen inngår i Sørkjosleira naturreservat. Nesten hele nedbørfeltet, bortsett fra fjellområdene i sørvest, ligger under skoggrensen.