Henrik VIII av Englands oppløsning av klostrene i England midt på 1500-tallet forårsaket en betydelig endring i universitetets læreområder, fra et fokus på kanonisk rett, til matematikk, bibelstudier og de klassiske kunster. Cambridge beveget seg samtidig bort fra katolisismen, og produserte flere protestantiske tenkere og maktpersoner, bl.a. Oliver Cromwell, leder av parlamentarierne under den engelske borgerkrigen.