Motreformasjonen ble ledet av kardinalen Carlo Borromeo. Han grunnla i Milano et eget seminar for å utdanne katolske, sveitsiske prester. Under motreformasjonen fikk de katolske kantonene en mektig alliert i den spanske regenten Filip II. I 1586 dannet de katolske kantonene alliansen (tysk: ), som innebar at de allierte kantonene inngikk en felles forsvarspakt mot indre og ytre fiender samt forsikret å holde fast på den katolske troen. Politisk vant katolisismen en seier da Bern måtte avgi Chablais og Pays de Gex til Savoia i 1567. Katolikkenes posisjon var sterk, men den ble brutt i 1712 i en religionskrig mot de protestantiske kantonene.