Fra 1986 til 1988 var Samuel Kleda kapellan ved lycéet i Kaélé, og sogneprest. Han varrektor for guttesemiar i Guider fra 1988 til 1994. I 1994 ble Kleda sendt til Roma for videre studier ved Det pavelige Bibelinstitutt, som han fullførte i 1998 med en doktorgrad i eksegese. Samuel Kleda ble deretter foreleser ved presteseminaret i Maroua.