Ingen autografe manuskripter er bevart, derimot minst 16 ulike håndskrevne kopier, hvorav fem fra Bachs levetid. Den eldste, som inneholder en tidlig, to takter kortere versjon av fantasien, stammer fra Bach-eleven Johann Tobias Krebs og ble nedskrevet i 1717, altså rundt tiden verket ble komponert. To kopier fra 1730 omfatter også fugen; det antas at kopistene er Gottfried Grünewald eller Christoph Graupner. En kopi av dobbeltverket stammer fra Johann Friedrich Agricolas hånd og er fra perioden 1738–1740. Johann Gottfried Müthel kopierte fantasien i 1750 fra sistnevnte, og Johann Nikolaus Forkel kopierte hele verket i 1800. De første trykte utgavene – Franz Anton Hoffmeister (1802) og Friedrich Konrad Griepenkerl (1819) – er bygd på disse to håndskriftene. Detaljer i håndskriftene avviker fra hverandre på en måte som ikke kan tilbakeføres til en felles grunnform, derfor antas det at Bach skrev og distribuerte ulike varianter av verket.