Jovito Salonga var sønn av en presbyteriansk geistlig. Han studerte rettsvitenskap etter sin grunnskolegang. Under den japanske okkupasjon av Filippinene var han med i motstandssbevegelsen. Han ble tatt til fange og torturert, og dømt til tvangsarbeid av en japansk militær domstol, men ble løslatt i 1943.