Naturlig forekommende helium består av 2 stabile isotoper: (0,000137 %) og (99,999863 %). I tillegg er 6 ustabile (og dermed radioaktive) isotoper kjent. De mest stabile av disse er med halveringstid 806,7 ms og med halveringstid 119,0 ms. Alle de resterende isotopene har halveringstider kortere enn 1 nanosekund.