Araguaias største sideelv er Rio das Mortes, som har sitt utspring i Serra de Sao Jeronymo, nær Cuiabá i Mato Grosso. Andre viktige sideelver er Bonito, Garcas, Cristallino og Tapirape fra vest, og Pitombas, Claro, Vermelho, Tucupa og Chavante fra øst.