Den faktiske byggingen av kanalen begynte i forkant av andre verdenskrig (1941–1945), som stoppet arbeidet. Byggingen ble gjenopptatt i 1948, og konstruksjonen fullført i 1952. I denne perioden ble kanalen i all hovedsak bygget av Gulag-fanger som ble innkvartert i flere arbeidsleirer i nærheten, og antall fanger var på topp i 1952 med 100 000.