Han tilhørte en hugenottisk familie, og var sønn av apotekeren Louis Henri Fontane. Etter fullført gymnas utdannet også han seg til apoteker. Samtidig begynte han å skrive, og hans første novelle, «Geschwisterliebe», ble publisert i 1839. Dessuten begynte han å skrive for ulike aviser. Etter å ha jobbet ved forskjellige apoteker i ulike byer i dagens østlige Tyskland flyttet han i 1845 til Berlin. Han deltok kort i den tyske revolusjonen 1848/49.