Timbuktu, som skulle vokse opp til å bli Malirikets hovedstad, ble grunnlagt av tuaregnomader ved Nigerbuktningen rundt 1100-tallet. En antar at disse nomadene, på sine vandringer over ørkenen, lot slaver være igjen ved Nigerelven for å ta vare på ting som de ikke kunne ta med videre på vandringene. Slavene dyrket jorda og tuaregleirene vokste gradvis opp til å bli en landsby og senere et handelssentrum på grunn av sin strategiske plassering midt mellom to andre viktige handelsbyer, Gao og Djenné. Dermed ble Timbuktu knutepunktet mellom savannens jordbrukere og ørkenens nomader. Både tuareger, maurere, songhayer, fulanier, jøder og arabere fant veien til Timbuktu.