Myndighetene i Danmark-Norge og Sverige-Finland gjorde i 1590-årene en stor innsats for å få oversikt over den samiske befolkningen, deres næringsveier og mulighet for skattlegging. Statenes forvaltning og militære ble også styrket. I Sverige ble det opprettet et eget stattholderembete for Lappmarken, og spesielle fogder skulle ha oppsyn med laksefiske i Altaelva og Tana. Videre ble det etablert kirker der samene hold til, ikke bare i innlandet, men også på kysten i Alta og Tysfjord. Dansk-norske myndigheter ville forhindre dette, og ett mottrekk var å få reist en kirke i Tysfjord.