Han sto nær den neste algeriske presidenten, Chadli Bendjedic. Belkheir var ansatt som generalsekretær i det politiske formannskapet, og som leder for den algeriske regjeringen, samtidig som han steg i de militære gradene. Fra 18. oktober 1991 til den 19. juli 1992, etter at det første frie valget ble gjennomført i Algerie, ble Belkheir utnevnt til innenriksminister av presidenten. Men, i 1992, var Belkheir en av mange som var misfornøyde med resultatet av det siste valget, og Belkheir hjalp til under det militære statskuppet som avsatte president Chadli Bendjedid og som annullerte valget. Dette var starten på den algeriske borgerkrigen.