Han ble utnevnt til apostolisk delegat til Mexico den 10. oktober 1929 av pave Pius XI. Cristerokrigen, et opprør mot regjeringens undertrykkelse av den katolske kirke, tok slutt, men år med konflikt om løsningen fulgte. I sin nye rolle ledet Ruiz de meksikanske biskopene på linje med pave Pius, som motsatte seg opprøret, men slet med regjeringens vedvarende anti-klerikalisme. Ruiz representerte kirken i vanskelige forhandlinger med regjeringen mens han kjempet mot instruksjoner og uttalelser fra Roma.