Området rundt dagens Kairo, spesielt Memfis, hadde lenge vært et samlingspunkt for oldtidens Egypt på grunn av sin strategiske beliggenhet like oppstrøms fra Nildeltaet. Opphavet til den moderne byen spores likevel som regel tilbake til en rekke bosetninger i det første årtusen. Rundt begynnelsen av det 4. århundre, mens Memphis fortsatte å avta i betydning, etablert romerne en festningsby langs østbredden av Nilen. Denne festningen, kjent som Babylon, står i dag som den eldste strukturen i byen. Den ligger også ved kjernen av det koptisk-ortodokse samfunnet, som skiltes fra den romerske og bysantinske kirken på slutten av det fjerde århundre. Mange av Kairos eldste koptiske kirker, inkludert Den hengende kirken, er plassert langs festningsmurene i en del av byen kjent som koptiske Kairo.