I 42 f.Kr. kjempet Agrippa antagelig sammen med Octavianus og Markus Antonius i slaget ved Filippi. Etter at de hadde kommet tilbake til Roma spilte han en betydelig rolle i Octavianus’ krig mot Lucius Antonius og Fulvia Antonia, henholdsvis broren og hustruen til Markus Antonius, en krig som begynte i 41 f.Kr. og endte i erobringen av byen Perusia i 40 f.Kr. Imidlertid forble Salvidienus den fremste generalen til Octavianus på denne tiden.