På Nyholm anla man beddinger til bygging av orlogsskip og det første skipet som ble sjøsatt derfra var «Dannebrog» i 1692. Skipet sprang forøvrig i luften den 4. oktober 1710 under kamp mot svenskene i slaget i Køge bukt. Etter hvert flyttet byggingen av alle store skip til Nyholm. På Gammelholm ble det bygget mindre skip, men flåten opprettholdt aktiviteter i området helt frem til midten av 1800-tallet.