Guden Almalexia har kontrollert Morrowind i tusenvis av år, sammen med sine med-guder Vivec og Sotha Sil, som kaller seg Tribunal - og de blir tilbedt av hele Dark Elf-folket. Etter at karakteren har gjennomført et side-oppdrag, angriper plutselig en gruppe mekaniske skapninger, kalt Fabricants, Plaza Brindisi Dorom. Skapningene dukker opp fra en statue, og etter angrepet deres avsløres det en hemmelig passasje til en Dwemer-ruin. Fordi skapningene er mekaniske, mistenkes det først at den hemmelighetsfulle guden Sotha Sil står bak dette angrepet. Karakteren må deretter undersøke ruinene, og gjennomføre enda flere side-oppdrag, for å rekonstruere Nerevars tapte sverd - kalt Trueflame. Etter å ha anskaffet sverdet, blir karakteren sendt til Clockwork City for å angripe Sotha Sil.