Motstandskampen fortsatte imidlertid i avsidesliggende områder, og i 1813 møttes en riksforsamling i byen Chilpancingo i Guerrero for å bli enige om en grunnlov for den framtidige staten. Her ble blant annet kravet om opphevelse av slaveriet fremmet. Den nye lederen for motstanden var Jose Maria Morelos y Pavon, som ble skutt i Ecatepec i 1815.