Den moderne Bushehr ble grunnlagt i 1736 av kong Nadir Shah. Men byens historie går tilbake til den sassanidiske tiden, da den var en viktig havneby for den persiske handelsflåten. I Rishehr, rett sør for den nåværende byen finnes det rester etter en forhistorisk elamitisk bosetning. På 500-tallet ble Bushehr et viktig sentrum for iranske nestorianere i det sassanidiske riket.