Etter Abu Sa’ids død i 1469 ble riket delt mellom hans fire sønner. Hans eldste sønn Sultan Ahmed Mirza overtok de sentrale delene av riket (Transoxiana) med hovedsete i Samarkand. Broren Sultan Mahmud Mirza overtok styret i Badakhshan, de østlige deler av dagens Afghanistan som Abu Sa’id hadde invadert. Den tredje av Abu Sa’ids sønner, Ulugh Beg II, styrte Ghazni-provinsen og byen Kabul, mens den fjerde av sønnene, Umar Shaik Mirza ble hersker i Fergana. Størst makt i riket fikk imidlertid en av prinsene som ikke var sønn av Abu Sa’id, nemlig Sultan Husayn Bayqara, som styrte provinsen Khorasan (i dagens Iran) fra den viktige og sentrale byen Herat.