Store mengder sedimenter i havmiljøet er skadelig. Finkornet sediment er mer skadelig enn grovkornet. Sedimenter reduserer mengden sollys som når ned under vann og kan dermed hemme fotosyntesen for organismene. Redusert lys kan hemme veksten eller drepe sjøgress, tang og tare, og kan til slutt begrave dem. Sediment reduserer sikten under vann der mange dyr må kunne se for å jakte på byttet sitt. For eksempel kan ikke seler og pingviner finne og fange byttet sitt hvis havet er «tåkete». En annen problemstilling er at flimmerhår og gjeller til dyr som hjertemuslinger og blåskjell tettes igjen. I et sunt økosystem renser slike dyr vannet ved å fjerne sediment og binde det til havbunnen. Sedimenter frakter også forurensninger som fosfor, miljøgifter, bakterier, legemidler og metaller rundt i havmiljøet.