Etter hjemkomsten i 1846 fikk han posten som sjef for Søkadetakademiet, og i 1847 ble han kaptein; Under Treårskrigen førte van Dockum i 1848 korvetten «Flora» på blokade i Østersjøen, men ble hjemkalt, for som kongevalgt medlem å delta i Den Grundlovgivende Rigsforsamling.