I juni 1999, bare 17 dager før bryllupet med Deng, ble han skilt fra sin andre ektefelle, estlandskfødte Anna Tõrv. Skilsmissen var bitter, og Tõrv mottok et skilsmisseoppgjør på omkring 200 millioner amerikanske dollar. Tõrv hadde giftet seg med Murdoch i 1967, de møttes da hun jobbet som journalist i avisen The News. Sammen fikk de tre barn, Elisabeth Murdoch (22. august 1968), Lachlan Murdoch (8. september 1971) og James Murdoch (13. desember 1972).