I januar 1798 gav kronprins Frederik ordre om å beskytte handelsskip med krigsskip. I desember 1800 dannet kronprinsen et væpnet nøytralitetsforbund med Russland og Sverige. Dette førte til at britene våren 1801 sendte en ny flåtestyrke mot Danmark, der de nedkjempet den dansk-norske flåten i slaget på Københavns red. Etter dette gikk nøytralitetsforbundet i oppløsning, og kronprinsen oppgav alt som kunne provosere britene. Fra 1805 oppholdt kronprinsen seg i Kiel, som den gangen var en del av Danmark, som ble hans residensby. Der var også den danske hæren på grensevakt for å opprettholde nøytraliteten.