Wayne Rooney ble født 24. oktober 1985 i bydelen Croxteth i Liverpool. Han er sønn av Tomas Wayne og Jeanette Rooney. Han har to yngre brødre, Greame og John. De gikk alle på Da Le Salle School. Rooney vokste opp som Everton-fan og hans store barndomshelt var Duncan Ferguson. Alle i familien var Everton fans og det var derfor en stor drøm som gikk i oppfyllelse da Rooney begynte å spille for dem.