Selskapet var også med på flere humanitære flygninger. Pan Am sto for 650 turer mellom Vest-Tyskland og Vest-Berlin, først med DC-6 maskiner og så med Boeing 727 fly. Pan Am fløy også R&R (Rest & Recreation, eller Hvile og Fritid) turer under Vietnamkrigen. Disse avgangene fraktet amerikansk personell til permisjoner i Hongkong, Tokyo og andre asiatiske byer.