På grunn av sitt rykte som en handlingens mann, ble han i 1925 tilbakekalt til aktiv tjeneste av minister Luigi Federzoni. Han ble utnevnt til prefekt av Trapani, og ankom 6. juni samme år. Der var han bare noen måneder, før Benito Mussolini gjorde ham til prefekt av Palermo 20. oktober 1925. Mori fikk embete til å virke over hele Sicilia, med det formål å utrydde mafiaen på øya. Hvilke metoder han brukte var likegyldig. Han trådte i kraft i denne stillingen 22. oktober samme år, og var virkende frem til 1929.