Det viktigste høyere lærestedet er Faisalabads landbruksuniversitet med 35 000 studenter (2021). Det regnes blant Pakistans ledende universiteter. Ytterligere ett offentlig breddeuniversitet med sete i byen har 26 000 studenter (2021). Lahores ingeniør- og teknologifaglige universitet har også en campus i Faisalabad.