Konstantin von Neurath var «riksprotektor» fra 15. mars 1939. I 1941 ble Reinhard Heydrich stedfortreder for Neurath, med alle fullmakter. Heydrich styrte landet med jernhånd, og etter attentatet mot ham i mai 1942, ble landsbyen Lidice utsatt for gjengjeldelse. Landsbyens 192 voksne menn ble henrettet, kvinner og barn ble deportert og landsbyen ble revet. I 1939 bodde 118 000 jøder i landet; av disse ble 78 154 ble drept av okkupasjonsmakten. I tillegg til jødene ble ytterligere flere hundre tsjekkoslovaker henrettet under Heydrichs styre. Omkring 90 % av jødene og 50 % av roma ble deportert av okkupasjonsmakten.