Størst makt i riket fikk imidlertid Sultan Husayn Bayqara. Etter Abu Sa'id s død marsjerte han igjen mot Herat som han beleiret og endelig tok kontroll over 24. mars 1469. Han fikk dermed makten over hele Khorasan-provinsen. Abu Sa'id s sønner prøvde å gå imot ham, men ga opp forsøket da de så at Husayn hadde full kontroll i provinsen, og at også de overlevende troppene fra Abu Sa'ids hær hadde sluttet seg til ham.