Misjoneringsforsøk fra den katolske kirke, men også uenigheter om arveretten førte etter hvert til flere linjer av konkurrerende katolikos-patriarker: Den første splittelsen skjedde i 1552, da Shimun VIII Yohannan Sulaqa ble valgt som motpatriark til Shimun VII Eshuyow. Den førstnevnte lot seg ordinere av pave Julius III, inngikk altså en union med den katolske kirke, flyttet setet til Amid (dagens i Tyrkia) og grunnla «fjellenes patriarkat», også omtalt som «Shimun-linjen» (-linjen). Katolikos-patriarkene i Alqosh ble heretter betegnet som «lavlandets patriarker» og utgjorde «Elijja-linjen» (-linjen). Fjellenes patriarkat brøt senest i 1672 kontakten med den katolske kirke. Shimun XIII Dinkha flyttet setet til Qudshanis (dagens i Tyrkia). Lavlandets patriarkat ble splittet på nytt da biskop Josef I gikk over til katolisismen og lot seg ordinere som kaldeernes patriark av pave Innocens XI i 1681. Dette grunnla den såkalte av patriarker, som nå er kjent som den kaldeiske kirke. Amid (dagens i Tyrkia) ble valgt som sete. Linjen av lavlandets patriarker i Alqosh døde ut med Elijja XIII Eshuyow i 1804. Hans fetter, konkurrent og etterfølger Yohannan VIII Hormizd hadde i 1780 konvertert til katolisismen, og ble i 1830 katolsk-kaldeisk patriark av Babylon. Dermed var lavlandets patriarkat blitt forent med Josef-linjen. Setet for den kaldeiske patriarken ble flyttet til Mosul.