Portugiserne kom til øya Ambon i 1512, og de gjorde den til et militært hovedkvarter og utgangspunkt for katolsk misjon. Ambon ble så erobret av nederlenderne i 1605, og den var nederlandsk koloni med avbrudd til 1949. En engelsk bosetning der ble ødelagt av nederlenderne i 1632. Ambon var under britisk styre fra 1796 til 1802 og deretter fra 1810 til 1814.