Apollon drepte hennes sønner mens de øvde seg i idretter, inntil den siste ba for sitt liv. Hans søster Artemis drepte Niobes døtre. Apollon og Artemis brukte forgiftede piler for å drepe dem. I noen versjoner av myten ble et antall niobider spart, vanlisvis Kloris. Amphion skal, ved synet av sine døde sønner, enten ha drept seg selv og blitt drept av Apollon etter å ha sverget hevn. En knust Niobe flyktet til fjellet Sipylos i Lilleasia og ble forvandlet til stein mens hun gråt. Hennes tårer dannet elven Achelos. Zevs gjorde menneskene i Theben til stein slik at ingen begravde niobidene før den niende dagen etter deres død, da gudene selv gravla dem.