Et par år etter brannen byttet Sture bort tomten, og den ble tatt over av Johanitterordenenen. Ordenen startet bygging av Sankt Johanniskyrkan som ble innviet i 1513 i nærvær av biskop Mats fra Strängnäs. Kirken ble revet etter reformasjonen og kong Gustav Vasa leide ut tomten til håndverkere. Øst for kirken var det en liten kirkegård, og det det finnes opplysninger om at kong Gustav Vasa ødela kirkegården for å få råstoff for salpeterfremstillning.