Knapt 14 år gammel begynte han på Universitetet i Königsberg, og han fullførte sin mastergrad seks år seinere. Han fortsatte å studere teologi, men foreleste også i filosofi og matematikk. I 1634 flyttet han til Universitetet i Rostock og fikk en doktortittel i 1637. Deretter flyttet han tilbake til Köningsberg, hvor han ble assessor ved det teologiske fakultetet. Fra 1650 virket Calovius som professor i teologi i Wittenberg, og seinere ble han også superintendent.