I 1996 vant han presidentvalget for partiet Allianza Liberal, og fra 10. januar 1997 til 10. januar 2002 var han Nicaraguas president. Alemán lyktes med å stimulere økonomien vekst med redusert inflasjon og voksende bruttonasjonalprodukt. Utenlandske direkte investeringer vokste under hans administrasjon, noe som bidro til å bedre Nicaraguas infrastruktur. Under slagordet ledet Alemán en restrukturering av veinettet i hele Nicaragua. I løpet av 1980-årene hadde veiene forfalt i den grad at de mange var dårlig fremkommelige. Alemán igangsatte bygging av flere skoler i landets fattigste regioner.