Idet det etter Hubert Walters død var oppstått en tvist om valget av hans etterfølger som erkebiskop av Canterbury, og de både stridende partiers kandidater i Roma søkte pavens bekreftelse, kasserte Innocens' begges valg, og klarte å få munkene som var kommet fra Canterbury til Roma å istedet velge Langton, som derpå ble bispeviet av paven til sitt nye embede, i Viterbo den 17. juni 1207. Da kong Johan nektet å anerkjenne Langton som erkebiskop, utferdiget paven et interdikt mot England i 1208, og under den pågående striden erklærte paven at kongen hadde mistet sin rett til å sitte på tronen (Johan «uten land»); deretter ga paven Filip August av Frankrike i oppdrag å utføre avsetningsdommen (1212). Langton oppholdt seg disse årene i cistercienserklosteret Pontigny, nær Sens, og arbeidet – uten å gi avkall på kirkens krav – iherdig for en fredelig løsning.