Men også B-cellene har en viktig rolle i det spesifikke immunforsvaret: De produserer plasmaceller som i sin tur produserer antistoffer. Antistoffer har foruten egenskaper som å nøytralisere toksiner fra bakterier, evnen til å feste seg på mikroorganismene og hjelper slik fagocytose av dem. Man kan si at antistoffene fungerer som flagg som viser hvilke celler som skal spises opp av fagocytter.