Merton var en varm tilhenger av interreligiøs samforståelse. Han innledet banebrytende dialoger med fremtredende asiatiske åndelige personligheter som blant annet Dalai Lama, den japanske forfatter D. T. Suzuki, den thailandske buddhistmunken Buddhadasa, og den vietnamesiske munken Thich Nhat Hanh, og flere av hans bøker kretset om zen-buddhismen, konfucianismen og taoismen.