Guløyepingvinen er monogam, og sammen med skogpingvinen den eneste pingvinarten som hekker parvis solitært eller i små, løse grupper der redene bygges utenfor øyesyn for andre hekkende par. Som oftest i et relativt grøntbevokst habitat. Begge foreldrene bidrar likt til ruging og ungepass.