Innen tidlig 1906 hadde Scott forhørt seg med RGS om muligheten for finansiering av en fremtidig antarktisekspedisjon. Det var derfor dårlig nytt for han at Ernest Shackleton hadde kunngjort sine egne planer om å dra til «Discoverys» gamle base i McMurdo-sundet i et forsøk på å nå polpunktet derfra. Scott hevdet, i det første av en serie brev til Shackleton, at området rundt McMurdo-sundet var hans eget «arbeidsfelt» som han hadde førsterett på frem til han selv valgte å gi de opp, og at Shackleton derfor skulle arbeide fra et helt annet område. I dette ble han sterkt støttet av «Discoverys» tidligere zoolog, Edward Wilson, som hevdet at Scotts rettigheter strakk seg til hele Rosshavssektoren. Dette nektet Shackleton først å innrømme, men for å få avsluttet uenigheten gikk han til slutt med på det. I et brev til Scott datert 17. mai 1907 gikk Shackelton med på å arbeide øst for 170° W-meridianen og dermed unngå alle områdene som tilhørte «Discovery».