Skolen ble etablert i 1951 for å ersatte sameskolen i Havika i Namsos. Denne ble etablert i 1910 av Norges Samemisjon; det var en skole samer, men uten undervisning på samisk. Da GNS ble etablert var det som en statlig drevet skole; og skolen hadde vært under utredning siden 1938. Lokaliseringen i Hattfjelldal var delvis begrunnet med at det var tilgjengelige lokaler fra krigstiden. Da skolen startet ble det heller ikke her undervist på samisk eller i samiske fag, men toleransen for å la barna snakke samisk i fritiden var større her enn i Havika. Da Åarjel-saemiej skuvle ble åpnet i Snåsa i 1968 var det opprinnelig planen at GNS skulle legges ned, men skolen ble videreført etter ønske fra foreldre med tilknytning til skolen. Et nytt skolebygg ble innviet i 1977.