Prins Tamino får i oppdrag av Nattens dronning å befri hennes datter Pamina fra den onde trollmannen Sarastro. Med seg får han fuglefangeren Papageno. Etterhvert kommer det frem at det er Nattens dronning som er ond, og ikke Sarastro, og Tamino gjennomgår forskjellige prøver for å bli tatt opp i Sarastros hellige broderskap.