I 1999 var partiet nær ved å splittes i forbindelse med partiledelsens og Stortingsgruppas støtte til NATOs krig mot Jugoslavia (Kosovokrigen), og blant andre den tidligere stortingsrepresentanten Reidar T. Larsen forlot partiet i forbindelse med denne saken. Debatten i SV hadde sine paralleller i flere andre europeiske venstrepartier. Samtidig markerte standpunktet partiet endte opp med på Jugoslaviakrigen et skifte i partiets utenrikspolitikk, gjennom en støtte til NATO som partiet ble dannet for å bekjempe, og til norsk offisiell utenrikspolitikk.