Han gjorde også rask karriere i kirken. Han ble utnevnt til erkebiskop av Narbonne den 20. oktober 1581 (med pavelig dispens på grunn av sin unge alder), kardinal den 12. desember 1583 (da bare 21 år), med som tittelkirke, erkebiskop av Toulouse den 4. november 1588, og erkebiskop av Rouen den 1. desember 1604.