Panchthar er blant de få distrikter i Nepal der hverken hinduisme eller buddhisme er i flertall. Det store innlslaget av andre religioner skyldes kirat-befolkning (spesielt limbu), som dyrker kiranti-religionen. Den kraftige nasjonale limbu-oppvåkninga i distriktet viser seg i at ved folketellinga i 1991 hadde hinduismen formelt ei oppslutning på 57,1 %, i 2001 hadde det gått ned til 34,2 %. Tallet for steig derimot fra 34,7 % til 54,4 %, og antallet buddhister økte med 3,1 %.