I sluttspillet slo 49ers Minnesota Vikings i divisjonsrunden, og spilte på hjemmebane i NFC Championship Game mot Green Bay Packers, som de slo 37–20. 49ers gikk videre til Super Bowl LIV, deres første Super Bowl siden Super Bowl XLVII i 2013, hvor de tapte 20–31 mot Kansas City Chiefs til tross for å ha ledet 20–10 ved begynnelsen av fjerde kvarter.