Werner ble gift med Gladys Nina Ravenshaw (1886–1922) i 1911 i Hongkong. Hun var datter av generalløytnant Charles Withers Ravenshaw, tidligere britisk resident i Nepal. I 1919 adopterte de en pike i spedbarnsalderen, Pamela, i Beijing. Mellom 1943 og 1945 var Werner internert av japanerne i Weihsien Civilian Assembly Camp, The Weihsien Compound, i Shandong.