Billy Davies overtok som manager for Motherwell i oktober 1998, og han hadde den jobben fram til 18. september 2001 da han fikk sparken etter at klubben hadde hatt svake resultater i en periode. I august 2004 overtok han som manager for Preston North End etter at han tidligere han jobbet som assistentmanager, til Craig Brown, i klubben. I løpet av hans to sesonger i Preston kvalifiserte klubben seg til Playoff i begge sesongene. I 2004/05 tapte klubben finalen mot West Ham United, mens de i 2005/06 tapte semifinalen mot Leeds United.