Den 1. januar 2005 kjøpte Arsenal, som allerede hadde ivorianeren Kolo Touré i stallen, Eboué for £1.54 mill. (Mimosa-Akademiet er ledet av franskmannen Jean-Marc Guillou, en nær venn av Arsenalmanager Arsene Wenger.) Emmanuel underskrev en fireårskontrakt. Debuten hans kom i FA Cup kampen mot Stoke, bare noen få dager etter at han signerte. Tross kamper i cupene, fikk han bare et innhopp i Premier League den sesongen.