Etter talibans fall ble det stengte museet gjenåpnet i 2003, man hadde da fått pengestøtte fra USA til å reparere bygningene og til drift de første årene. Ved gjenåpningen fraktet man tilbake mesteparten av gjenstandene oppbevart i Storbritannia og Frankrike. Det er anslått at museet i dag har ca. 23% av alle gjenstandene de hadde i 1994. Tallet er imidlertid sakte økende siden det ofte oppdages at det forsøkes å selge objekter stjålet fra museet og disse mange ganger blir tilbakeført. De stjålne myntene solgt i Norge er det aldri blitt gjort forsøk på å tilbakeføre til museet.