Samarin tilhørte en rik adelsslekt i Moskva. Han studerte ved Universitetet i Moskva, der han hadde Mikhail Pogodin som lærer i historie, og tok i 1844 doktorgraden i filosofi på en avhandling om erkebiskop Stefan Javorskij (1658-1722) og hans etterfølger Feofan Prokopovitsj (1681-1736). Både Javorskij og Prokopovitsj var mektige menn i Peter den stores Russland.