Holmen var hovedbase for den danske flåten fra 1690 til 1993. Etter andre verdenskrig, ble det bygget to flåtestasjoner i henholdsvis Korsør og Frederikshavn, men selv om flere aktiviteter flyttet ut til disse, bevarte Holmen sin status. I 1991 ble Orlogsværftet stengt og i de påfølgende årene flyttet flere og flere aktiviteter ut fra Holmen. 1. mai 1993 ble Flådestation København offisielt nedlagt og skiftet status til marinestasjon. Marinestasjonens aktiviteter er i dag konsentrert på Nyholm. Inntil sommeren 2006 hadde Søværnets Materielkommando (SMK) aktiviteter på Arsenaløen, men bygningene er overtatt av Forsvarskommandoen og SMKs aktiviteter er flyttet til Ballerup.