I 2006 spredte Den islamistiske rettsunion (ICU), en muslimsk organisasjon med bånd til al-Qaeda, seg raskt i Somalia. Etiopia sendte logistikkstøtte til Somalias føderale overgangsregjeringen for å bekjempe islamistene. Den 20. desember 2006 brøt det ut direkte kamper mellom UCU og den etiopiske hæren. Da islamistene ikke hadde større å stille opp mot den etiopiske hæren trakk de seg tilbake og blandet seg med den generelle befolkningen, og det meste av Somalia som hadde vært besatt av islamistene ble raskt erobret. I januar 2009 trakk de etiopiske styrkene seg ut av Somalia, og etterlot kun en mindre styrke og en mindre styrke fra Somalias overgangsregjering til å opprettholde freden. Religiøse muslimske fundamentalister okkuperte øyeblikkelig de ene av de to tidligere etiopiske militærbasene i Mogadishu.