Frankrike gjør krav på en 200 nautisk mil eksklusiv økonomisk sone rundt Juan de Nova (et havområde på totalt 61 050 km², men som i øst og vest overlapper med tilsvarende sone for henholdsvis Madagaskar og Mosambik, og derfor vil kreve bilaterale grenseforhandlinger). De franske sørterritorier (, T.A.A.F.) – deriblant Juan de Nova – ble tidligere administrert fra Paris av en «administrateur supérieur», men er siden 2004 ledet av en «préfet», med hovedkvarter i Saint-Pierre, Réunion. Også Madagaskar krever suverenitet over Juan de Nova. Øya har en liten fransk garnison med tropper fra Réunion, en meteorologisk stasjon, og besøkes dessuten av forskere.