CIA var aktive i oppbyggingen av Mujahedin allerede i god tid før Sovjetunionens invasjon av Afghanistan i 1979, og Sovjet hevdet også at denne støtten var grunnen til at de invaderte. Etter invasjonen startet CIA og Pakistans ISI (Inter Services Intelligence) den største "hemmelige" operasjonen i CIA sin historie. Målet var å la geriljabevegelser tvinge Sovjet til et nederlag à la den supermakten USA fikk i Vietnam. I løpet av krigen ble mer enn 100 000 radikale mujahedinkrigere fra 40 islamske land rekruttert og lært opp via ISI (finansiert av CIA). På slutten av 1980-tallet forsynte CIA den afghanske motstandsbevegelsen med bærbare Stinger-raketter, noe som i sterk grad bidro til at den sovjetiske okkupasjonsmakten i Afghanistan mistet herredømmet i luften. Strategien lyktes og russerne trakk seg ut i 1989.