Coraline oppdager at foreldrene hennes er savnet, og innser at de har blitt kidnappet av Beldam. Coraline vender tilbake til den andre verden for å redde foreldrene sine. Men hun blir narret av Beldam, som låser døren og svelger nøkkelen. Etter råd fra den svarte katten foreslår Coraline et spill: Hvis Coraline klarer å finne spøkelsens øyne og foreldrene hennes, vil de alle gå fri. Hvis hun ikke klarer dette skal Coraline forbli i den andre verdenen for alltid, og la Beldam å sy knapper over øynene hennes. Spøkelsene av de andre barna advarer henne om at selv om Coraline vinner, vil Beldam aldri slippe henne løs. Coraline lurer Beldam til å låse opp portalen. Samtidig som Beldam er distrahert, finner den svarte katten foreldrene til Coraline. Men alle sammen må deretter komme seg over til den virkelige verden, og frigjøre spøkelsene av alle barna som i årenes løp har blitt fanget i den andre verden.