Det høyeste punktet på øya er øst på øya som er 210 meter over havet, på vestsiden ligger som er 149 moh. Midt på øya er det en grunn dal tvers over øya. Med unntak av sørsida er kysten av Canna bratt med mange klipper, også frittstående klippesøyler helt eller delvis omgitt av sjøvann (engelsk «stack»). Kjente klippeformasjoner er søylene Iorcail, Dùn Beag og Dùn Mòr, og Compass Hill lengst øst på øya. Compass Hill har sitt navn fordi den er dannet av tuff med så høyt jerninnhold at det kan påvirke kompassene i skip som seiler forbi. Berggrunnen på øya er i hovedsak basalt lavastein. Sør for øya, mellom Canna og Hyskeir ligger skjærene Humla og An-Stèid.