Biodiesel gir mindre utslipp av helseskadelige emner som små partikler (PM), benzen og svovelforbindelser. Tradisjonell biodiesel slipper ut litt mer NOx-gasser, men dette kan lettere renses siden det ikke finnes svovel. Nye produksjonmetoder f.eks. NExBTL-diesel avgir mindre NOx-gasser enn petroleumsdiesel.