Andronikos hadde i sine tre år på keisertronen konsentrert seg om å svekke aristokratiet, men hadde blitt upopulær i folket også på grunn av sin brutalitet og sitt forfølgelsesvanvidd. Under et fravær fra hovedstaden 11. september 1185 hadde han sendt en offiser, løytnant Stefan Hagiochristophorites, for å arrestere Isak II Angelos, et oldebarn av den tidligere keiser Alexios I Komnenos, som var mistenkt for å ha deltatt i et opprør i Nicaea. Isak drepte offiseren, og red direkte til kirken Hagia Sofia for å beskytte seg. Han appellerte til befolkningen om støtte, og han fikk det. Da Andronikos returnerte til Konstantinopel var han først trygg på at han skulle gjenopprette kontrollen, men han forsto raskt at dette ikke var tilfelle da livgarden nektet å adlyde ham. Han flyktet med sin barnehustru og sin yndlingskonkubine, men ble raskt arrestert. Isak overga ham til mobben og han ble utsatt for deres raseri og bitterhet ved å bli torturert på det grusomste før han døde den 12. september 1185. Da nyheten om keiserens død spredte seg ble også hans sønn og medkeiser Johannes drept av de militære i Trakia.