Kommandoen ble lagt ned i 2014 og avløst av Værnsfælles Forsvarskommando. I 2018 gjenoppsto Forsvarskommandoen, med ialt ca. ansatte underlagt. Den består av to staber og fem kommandoer: Hærkommandoen, Søværnskommandoen, Flyverkommandoen, Arktisk Kommando, Specialoperationskommandoen, Operationsstaben, Udviklings- og Planlægningsstaben, Ledelsessekretariatet og Økonomidivisionen. Dessuten sorterer Forsvarsakademiet, Forsvarets Sanitetstjeneste og Forsvarets Hovedværksteder under Forsvarskommandoen.