Elvas lengde er 10,3 kilometer, fra nordligste vannskille sør for Borgenhaugen og Hafslund hovedgård i Sarpsborg. Elva renner sør og sørøstover gjennom områder med dyrket mark, vest for Skjeberg kirke og Skjeberg stasjon, og renner ut i våtmarksområdet Salta, en del av Skjebergkilen naturreservat, der elva nå krysses av E6. Her opptar Skjebergbekken en sidebekk, Guslundbekken, som kommer fra skog og jorder opp mot Rokkeveien (Skjeberg - Halden).