Azuchi-Momoyama- (1568–1600) og Edoperioden (1600–1868) var perioder med japansk isolasjonisme. Tradisjonelle religioner som shintoisme og ny-konfucianisme fikk gode vilkår, mens buddhismen opplevde stagnasjon og tilbakegang. Et unntak var greinen Ōbaku innenfor Zen, som ble grunnlagt i 1661 av Ennin.