Det var store flommer i 1904, 1940, 1958, 1965, 1990 og 1998. I 1904 og 1940 ble de laveste delene av byen Whanganui oversvømt. Siden 1972 er noe av Whanganuis kildevann blitt ledet nordover til elva Waikato, som en del av et vannkraftprosjekt.