Josef Maria Pernter var sønn av godseieren Valentin Pernter. Han gikk på gymnasiene ledet av fransiskanerne og benediktinerne, henholdsvis i Bozen og i Meran. Pernter hadde opprinnelig tenkt seg å bli prest og teolog og inntrådte etter sin matura i Bozen i 1864 i jesuittordenen. Han trådte ut av jesuittordenen i 1877.