Den 20. mai 2015 ble Francesco Montenegro valgt av generalforsamlingen til den italienske bispekonferanse til å lede Kommisjonen for velferd og helse. Dette innebar også formannskapet i Caritas i Italia, som han innehadde til begynnelsen av 2020. Kardinal Montenegro ledet Caritas i Italia fra 2003 til 2008. Han ledet også det biskoppelige spesialistkontoret for migrasjonsspørsmål «Fondazione Migrantes».