Bosnia-Hercegovina har et variert klima der værforholdene kan endre seg mye over korte avstander. Lavtrykk i Middelhavet pøser mild og fuktig luft inn mot fjellene om vinteren, og vestsiden er et av de våteste områdene av Europa. Enkelte steder langs vestsiden av De dinariske alper kan få 4 000 mm nedbør i løpet av et år, mens kystbyene bare får omtrent 1 000 mm. Midtsommers er det stort sett bare sol, og de indre områdene kan få svært høye temperaturer. Mostar, ved Neretva, er en av de varmeste byene i Europa.