Før folkeavstemningen om Storbritannias EU-medlemskap 2016 tok Sunak til orde for å gå ut av EU (Brexit). Samme år skrev han en rapport som anbefalte opprettelsen av frihavner etter Brexit, for senteret for politiske studier, en thatcheristisk tankesmie. Sunak ble gjenvalgt ved parlamentsvalget 2017 med 36 458 stemmer (63,9 prosent).