Etiopia og Eritrea mobiliserte på nytt sine tropper langs grensen, slik at det hadde oppstått ny frykt for at de to landene kunne vende tilbake til krig i 2006. Allerede i 7. desember 2005 hadde UNMEE og de eritreiske myndighetene kommet på kollisjonskurs med hverandre etter det var sendt ut ordre om at samtidige medlemmer av UNMEE med adresse i USA, Canada, Europa og Russland skulle forlate landet innen ti dager. UNMEEs patruljering med helikoptre ble forbudt, og etter hvert klarte ikke de fredsbevarende troppene å fullføre sine oppdrag om å observere bevegelser på begge sider av grensen. Spenningen mellom de to landene ble ikke redusert, og til tross for fredsavtalen var faren for en ny krig ikke minsket. Begge land har vært anklaget for å støtte dissenter og væpnede opposisjonsgrupper mot hverandre, Asmara ble den ledende allierte for organisasjoner i motsetningsforhold mot Zenawis regjering dominert av EPRDF-fraksjonen. Addis Abeba ble også anklaget for å ha gitt støtte til opprørere i opposisjon mot den eritreiske regjeringen.