Et afrikansk prefektur, sentrert i Kartago, ble etablert i april 534, men var på sammenbruddets rand de neste 15 årene, stadig i krig med maurere og opprørere. Området var ikke fullstendig pasifisert før i 548, men opplevde deretter en fredelig tid, og området fikk en oppblomstring. Gjenerobringen av Afrika kostet Østromerriket rundt 100 000 pund med gull.