I 1572 tok byen nederlendernes side i krigen mot det spanske styret og spilte en viktig rolle i åttiårskrigen. Byen ble beleiret fra mai til oktober 1574 av spanjolene, men ved å rive hull i dikene rundt byen kunne man seile skip med forsyninger inn til den oversvømte byen. Som takk for den heroiske innsatsen ble Universitetet i Leiden grunnlagt av Vilhelm I av Orange i 1575.