Som en del av Dogepalasset ble det anlagt en midlertidig kirke i 828. Det var den første Markuskirken. Den ble i 832 erstattet av en ny kirke på stedet hvor dagens kirke står. I 976 brant den under et opprør. I 978 ble den gjenreist, og igjen i 1063. Den siste danner basis for dagens basilika.