Oppholdet i Rosenborg ble en blandet opplevelse for Koné. I konkurranse med Steffen Iversen fikk han bare én kamp fra start i 2006-sesongen. 2007-sesongen ble preget av en skade som ødela sesongen fram til sommeren. Han kom imidlertid tilbake, og i august måned scoret han 9 mål på 8 kamper. Resten av sesongen spilte han fra start av i alle kampene. Også i Champions League markerte han seg, der han scoret 6 mål på 8 kamper.