Nilsen var i en rekke år kioskinnehaver i Mehamn, og han har arbeidet som AFIS-fullmektig ved Mehamn lufthavn. I desember 2024 ble han ansatt som kommunedirektør i Gamvik. Nilsen døde 31. desember 2024, kort tid etter ansettelsen, og ble 61 år gammel.