I mens hadde Anakin tapt for Obi-Wan, og blitt stygt forbrent i en lavaelv, på planeten Mustafar. Men han holdt ut lenge nok til at Palpatine fikk reddet ham, og reparert den ødelagte kroppen med cyberteknikk. Anakin ble da omgjort til en cyborg; mer maskin enn mann. Ved slutten av Star Wars Episode III: Sithene tar hevn sa Yoda til Obi-Wan at han hadde hatt kontakt med Qui-Gons ånd, og at han hadde lært hemmeligheten til udødelighet av ham og gav den videre til Obi-Wan. Han var også sentral i beslutningen om hva som skjedde med Padmés og Anakins barn. Han sa at det var best at barna ble holdt skjult for Darth Vader og Keiseren, ved å skille dem. Derfor ble de sendt langt unna hverandre. Yoda dro til planeten Dagobah, hvor han levde sine siste år. Dit kom den unge jedien Luke Skywalker for å bli trent opp til jediridder. Yoda bestemte seg til slutt for å ta oppgaven med å lære han opp, selv om han var i sterk tvil. Yoda døde 4 år etter slaget ved Yavin. Likevel dukket han opp under feiringen da Imperiet ble tilintentgjort, som et Kraftspøkelse, sammen med Obi-Wan og Anakin Skywalker.