De mest trafikkerte strekningene på E39 (ved Bergen og ved Stavanger) hadde i 2012 over kjøretøyer i døgnet i gjennomsnitt, mens de minst trafikkerte strekningene (Nordmøre, Sogn og Fjordane) hadde 1000 til 1500 kjøretøyer. Trafikken på E39 anslås i 2018 å ligge på 6000– kjøretøyer i døgnet på strekningen Stavanger–Haugesund. Trafikken ventes å ligge på 4000–6000 kjøretøyer mellom Haugesund og Bergen, og inntil 4000 på strekningen Bergen–Ålesund–Orkanger. Det er mer trafikk på noen kortere strekninger rundt Kristiansand, Stavanger, Bergen, Ålesund og Trondheim. På E39 går det omkring 2000 kjøretøyer over den tidligere fylkesgrensa fra Hordaland mot Sognefjorden.