Finlandiahuset har vært plaget av noen konstruksjonsfeil. De 3 cm tynne marmorskivene fikk bølgeform og ble vridd. På 1990-tallet ble man nødt til å skifte ut platene, fordi det også var en fare for at de kunne løsne og falle av. Det ble vurdert å bruke hvit finsk granitt til erstatning, men Museiverket og Alvar Aalto-selskapet mente at dette ville være i strid med byggets arkitektur. Ny, tykkere marmor ble montert i 1998, men pr 2006 ble det rapportert at problemet hadde kommet tilbake. Flere av Aaltos andre marmorkledte bygninger i Helsingfors er berørt av det samme problemet.