På klubbnivå startet Batistuta karrieren i hjemlandet for Newell's Old Boys i 1987. Korte opphold i storklubbene River Plate og Boca Juniors fulgte, før han i 1991 ble solgt til italienske ACF Fiorentina. Batistuta spilte ni sesonger i Fiorentina, hvor han ble intet mindre enn en folkehelt. Han scoret 168 mål på 269 seriekamper for Firenze-klubben, og da han ble solgt til AS Roma sommeren 2000 skapte det opptøyer blant misfornøyde Fiorentina-fans.