Brunhilda var åpenbart en effektiv hersker, men hennes myndige personlighet og det faktum at hun var kvinne, brakte henne i konflikt med adelen, kirken og andre i merovingerslekten. Hennes bitre strid med Fredegund som myrdet hennes søster Galswintha for selv å bli dronning av det frankiske kongeriket Neustria rundt 568, varte fram til Fredegunds død i 597. Fredegund hadde fått Brunhildas ektemann myrdet, og Brunhilda fengslet for en tid. Striden ble videreført av Fredegunds sønn Klotar II som i 613 beseiret Brunhilda i et slag og fikk henne henrettet ved å binde hennes ene hånd og ene fot til halen på en villhest, som trampet henne i hjel da den stormet av gårde i panikk.