Heian-perioden (794–1185) er oppkalt etter byen med samme navn. I begynnelsen lyktes det Kammu-Tenno nok engang å stabilisere det keiserlige herskapet. Familien Fujiwara hadde allikevel mye makt, og sørget gjennom en skreddersydd bryllupspolitikk å få stor innflytelse på det japanske politiske liv. Kaiser Go-Sanjo (1068) brøt herredømmet til Fujiwara, dog til en høy pris. Han gikk til klosteret og regjerte derifra indirekte, en praksis som keiserhuset hadde beholdt, men sterkt innskrenket og også ødelagt mye av keiserhusets gode rykte.