Ringen av fjell som omgir innsjøen, er brutt i Boomravinen der elva Tsju renner ut mot nord. Tsju renner i sitt øvre løp mot Issyk-Kul, men snur så mot ravinen bare seks kilometer fra sjøen. Kutemalda-rennen forbinder Tsju og Issyk-Kul, og når det er flom i Tsju, hender det at vann renner inn i innsjøen. Med en dybde på 668 m er Issyk-Kul den sjuende dypeste innsjøen i verden, og den er den ellevte største innsjøen etter volum.