Mange nytteplanter vokser naturlig i Atenco, deriblant mais, tomat, bønner, opuntia, chayote, agave, sapote, solsikke, julestjerne, gresskar og forskjellige chilityper. Mye av den naturlige floraen står i fare for å forsvinne, særlig på grunn av uttørkinga av innsjøen og mindre vann i elvene. Det er også importert en rekke planter fra andre områder som har tilpassa seg forholda i Atenco, blant annet sitrusfrukter, druer, avokado, plommer og pærer.