Payne-Best var sønn av en lege som var barnebarn av den indisk maharaja. Etter et naturvitenskapelig studium i London arbeidet Payne-Best som kjøpmann. Han spilte fiolin, og i 1908 dro han til musikkakademiet i Lausanne videre studier. Deretter studerte han økonomi ved Universitetet i München og parallelt med det studerte han musikkvitenskap ved byens konservatorium. I 1913 tok han slutteksamen fra begge læresteder.