Elva har utspring fra Øyvasskaret på Bufjellet, hvor den heter Reinåselva og renner mot sør til Lille Trøsevatnet (103 moh). Her begynner selve Trøseelva, som renner ut av vatnet mot nordvest ned til Store Trøsevatnet (75 moh.). En knapp kilometer nedenfor Store Trøsevatnet løper den sammen med Jarelva. Etter samløpet snur elva mot sørvest og fortsetter til munningen i Trøsen, tre kilometer øst for kommunesenteret Evenskjer.