I 1954 begynte Mexicana de Aviación direkteflyvninger mellom Tijuana og Mexico by. Flyplassen ble stiftet som aksjeselskap i 1965 under president Gustavo Diaz Ordaz' nasjonale plan for flyplasser og ble innviet og ledet av Gilberto Valenzuela Ezquerro, minister for offentlige arbeider (Secretario de Obras Publicas). Ettersom flere mennesker kom og slo seg ned i Tijuana i 1960-årene ble etterspørselen etter flyreiser økt.