En annen stor anskaffelseskostnad er våpen til flyene. Norge har foreløpig anskaffet/bestilt tre forskjellige typer våpen i fire leveranser, AMRAAM C7 (2017), AMRAAM C-8/D (2022), Small Diameter Bomb II (2023) og JSM (2021). De amerikanske våpnene har en noe ukjent pris da Defense Security Cooperation Agency (DSCA) kun oppgir en maksimalpris og at det virkelige prisen ofte er en god del lavere. Innkjøpsprisen av JSM er cirka 4 milliarder kroner og utviklingskostnaden av JSM er oppgitt til 8,2 milliarder norske kroner. Andre kostnader er nye og oppgradert bygningsmasse på Ørland og Evenes, nye shelter, opplæring og konvertering av flyvere fra f-16 til f-35, samt en del andre kostnader. Noen våpen for f-16 kan videreføres og brukes på f-35.