Al-Husseini ble født cirka 1897 som sønn av Mohammad Tahir al-Husayni. Faren var på dette tidspunktet mufti av Jerusalem og en prominent, tidlig motstander av sionismen. Familien var den rike og mektige al-Husseini-familien, som eide store landeiendommer i det sørlige Palestina, i området rundt Jerusalem. Tretten familiemedlemmer hadde vært ordførere av Jerusalem i årene 1864–1920. Hans halvbror, Kamil al-Husayni, var også mufti av Jerusalem fram til 1921, og som Haj Amin al-Husseini etterfulgte i vervet.