Karlsson deltok i Nordisk mesterskap i terrengløp 2016 i Kristiansand i november 2016. Der kom hun på 13.-plass individuelt, og Sverige fikk bronse i lagkonkurransen. I langrenn vant hun fellesstarten i D18-klassen under Junior-SM i mars, og hun kom på andreplass i sprinten, bak Louise Lindström. Hun vant samtlige åtte renn i Scandic cup 2016/17, og vant klassen D17-18 sammenlagt med 300 poeng.