Tsju springer ut fra de nordlige kirgisiske fjellkjedene vest i Tian Shan. Den renner mot Issyk-Kul, men når aldri nærmere denne innsjøen enn seks kilometer. I stedet snur Tsju i nordvestlig retning og inn i den smale Boomravinen. Deretter renner den ut i den relativt flate Tsjudalen, der den kirgisiske hovedstaden Bisjkek og den kasakhstanske byen Sju ligger. Mye av vannet i Tsju blir brukt til vanning i Tsjudalen, både på den kirgisiske og den kasakhstanske siden.