Operatør på Skagen lufthavn er Widerøes Flyveselskap som benytter 100- og 200-versjonene av Dash 8-fly på SKN. Disse tar 39 passasjerer. Ved en forlengelse til 1199 meter vil andre operatører og flytyper kunne trafikkere SKN. Tidligere brukte Widerøe Dash 7 og Twin Otter på disse rutene. Fra Stokmarknes har Widerøe direkte ruter til Bodø og Tromsø og Andenes. I noen år (før Corona pandemien) hadde Widerøe også sommer-ruter direkte til Oslo Gardermoen fra Skagen. En annen hyppig bruker av Stokmarknes lufthavn er Babcock Scandinavian AirAmbulance som har kontrakt med Luftambulansetjenesten HF.