Rundt 2001/02 klarte Jourgensen å få kontroll over narkotikaproblemene sine, og med ga Ministry ut sin tyngste og mest brutale plate siden . Kort tid etter forlot Barker bandet fordi han ville prioritere familien. Bandets 2004-album var bandets mest politiske til da, og inneholder krass kritikk av George W. Bush. Denne ble fulgt opp av albumet fra 2006 der Bush anklages for på forhånd å ha kjent til Terrorangrepet 11. september 2001. Musikalsk har Ministrys siste utgivelser gått i retning av mer støy og improvisasjon.