Det var resultatet av Münchenavtalen i 1938 som fikk Beneš til å gå i eksil. Etter tysk press måtte han trekke seg fra posten som president den 5. oktober, uten å utnevne en etterfølger. Han reiste til USA og begynte arbeid ved universitetet i Chicago og reiste i juli 1939 til Storbritannia. I London bodde han på 26 Gwendolen Avenue SW15. Her organiserte han en eksilregjering med Jan Šrámek som statsminister og seg selv som president etter at Storbritannia hadde anerkjent den tsjekkoslovakiske eksilregjeringen. I 1941 ble eksilregjeringen anerkjent av USA, Sovjetunionen og Kina. Beneš butøvde vide fullmakter fra 15. oktober 1940 på grunnlag av nødrett.