Under den nigerianske borgerkrigen, var Mohammed general-kommandant i den nigerianske hæren. I kjølvannet av hæravdelingene som Mohammed kommanderte kom det etter hvert frem stadig flere historier om kvinner som var blitt utsatt for voldtekt og deretter drept. Disse hendelsene skal ha funnet sted under borgerkrigen, men Mohammed benektet standhaftig alle disse påstandene, men han innrømmet etter krigen at hans tropper kan ha blitt revet med. Mohammed var kraftig imot regimet til Johnson Aguiyi-Ironsi som hadde tatt over makten i landet gjennom et statskupp i 1966.