Lullys far, Lorenzo Lulli, var av bondeslekt, mens moren, Caterina del Sera, var datter av en møller. Familien bodde i en bygård i Firenze som sannsynligvis tilhørte Lullys morfar. Begge Lullys søsken døde i barnealder, og sju år gammel var Jean-Baptiste blitt enebarn. Han fikk en svært god utdannelse, den første musikkundervisningen fikk han av en fransiskanermunk.