En rekke observasjoner av dyr i aktivitet i vinterhalvåret (oktober-april) tyder på at arten også i løpet av det siste tiåret overvintrer i Sverige . Samtidig blir det observert – til dels store mengder – storflaggermus som forlater sørkysten av Sverige i en sørlig retning . Videre viser gjenfunn av svenske storflaggermus i Tyskland (ved Kiel og Dresden) at arten i hvert fall delvis overvintrer på kontinentet .