Lepsius var leder for det tyske arkeologiske institutt i Roma fra 1867 til 1880. Fra 1873 til sin død i 1884 var han sjef for det kongelige bibliotek i Berlin. Han var redaktør for . Som redaktørr gav han typografen Ferdinand Theinhardt i oppdrag å utforme det første typesnittet for hieroglyfer, som kalles Theinhardt og som fortsatt benyttes.