I juli 1767 ankom spanske soldater for å utføre kong Karl IIs ordre om å utvise jesuittene fra Mexico. Sammen med rundt femti andre jesuitter ble Rapicani eskortert til en kirke i Mátape, nær Hermosillo. Derfra tok soldatene dem til Guaymas, gjennom Tepic, og til Guadalajara. Man som mange andre av jesuittene overlevde ikke Rapicani reisen; han døde den 3. september 1768, i Ixtlán del Río.