På slutten av det tyske rikets okkupasjon av Estland tok enhetene fra Omakaitse over ansvaret for de større byene i landet slik at de kunne proklamere uavhengighet i Estland. Omakaitse ble lagt ned i 1940, men ble etablert igjen i 1941. Organisasjonen sto under tysk kommando mellom 1941 og 1944. Under den andre verdenskrig eksisterte Omakaitse på Østfronten fra 3. juli 1941 frem til 1944. Omakaitse var en unik organisasjon under den andre verdenskrig. I Latvia, som ellers delte felles skjebne med Estland på mange måter, var det ingen organisasjon av denne typen.