Engebretsen har hatt postdoktoropphold ved Duke University, forelest ved McGill University, vært forsker ved Helsinki Collegium for Advanced Studies ved Helsingfors universitet, International Institute for Asian Studies i Leiden og Shandonguniversitetet, og førstelektor ved Senter for tverrfaglig kjønnsforskning ved Universitetet i Oslo. Hun ble førsteamanuensis ved Senter for kjønnsstudier ved Universitetet i Stavanger i 2018 og fikk opprykk til professor i kjønnsforskning i 2022. Hun har også vært tilknyttet Amsterdam Research Center for Gender and Sexuality og er gjesteforsker ved Department of Gender Studies ved London School of Economics.