Parallelt med det verdslige maktsystem fantes der en geistlig organisasjon, og formelt sett var alle kirker og klostre i hele den katolske kristendom underlagt den romerske pavens myndighet. I høymiddelalderen rådde pavestolen dessuten over så store ressurser og nøt så stor prestisje at flere av periodens paver insisterte på at de også hadde herredømmet over verdslige fyrster. Av den grunn forsøkte de å benytte sin innflytelse politisk. Perioden er derfor også kalt pavenes storhetstid.