Hovedbølet på Lille Ekeberg gård er omgitt av steinalderminner. I middelalderen var Lille Ekeberg på én og samme tid klostereie og del av Oslos takmarker. Etter reformasjonen kom gården under Oslo hospital. I 1837 kom Lille Ekeberg på private hender, og i 1917 ble gården oppkjøpt av Kristiania (Oslo) kommune.