Ofrene ble tvunget til å legge seg i massegraven med ansiktet ned på de som allerede var drept. Dette var den såkalte sardinmetoden brukt av Friedrich Jeckeln. Det var tilfeller av selvmord og motstand blant de som ventet på å bli henrettet. Massakren i Majdanek ble for det meste gjennomført mens det var dagslys 3. november. Jødene ble skutt og dumpet i massegraver i leirene Majdanek, Trawniki og Poniatowa. Ifølge Konrad Morgens rapport var det bare to eller tre bødler i arbeid ved hver massegrav, og disse skytterne fikk hjelp av to-tre personer som etterfylte magasinene. Erich Mushfeldt eller Jakob Sporrenborg ledet massakren og Hermann Höfle var trolig koordinator for operasjonen.