Også utdannelsesvesenet ble grundig reformert. Under Wilhelm von Humboldt oppstod i 1810 Universität Berlin, i 1811 Schlesische Friedrich-Wilhelms-Universität i Breslau og under Altensteins ledelse Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität i Bonn. Fredrik Vilhelm forsøkte også å skape kirkelig enhet blant protestantene i Preussen.