Da Robert F. Kennedy ble myrdet i 1968, antok Warren at Richard Nixon ville vinne presidentvalget og utnevne en konservativ dommer, og han ønsket derfor å gå av med pensjon før den tid. President Lyndon B. Johnson nominerte høyesterettsdommer Abe Fortas til å etterfølge Warren. Senatet kunne ikke stille seg bak Fortas, som stod Johnson nært og hadde en del kritisable økonomiske bindinger. Dette tvang Warren til å bli på sin post til etter presidentvalget, og han måtte ta sin rival Nixon i ed som president. Warren pensjonerte seg senere samme år, og han ble etterfulgt av den konservative Warren Burger.