I 1641 ble hovedstaden i Mähren flyttet permanent fra Olomouc til Brno. Under tredveårskrigen motstod byen to svenske beleiringer (1643 og 1645) under sin militære leder Louis Raduit de Souches, og gav på denne måten den østerrikske keiseren muligheten til å omdisponere sine armeer og motstå de svenske angrepene.