I 1644 dro Henrietta Maria til Frankrike med sine barn for å slippe unna krigen i England. Kong Karl ble henrettet av parlamentet i 1649, og han død etterlot Henrietta Maria bortimot nødlidende og i sjokk. I økende grad fokuserte hun på sin katolske tro og på sine barn, særlig Henrietta (som hun kalte for Minette), Jakob og Henry. Henrietta Maria forsøkte å få konvertert både Jakob og Henry til katolisismen, hennes forsøk med Henry gjorde både rojalister i landflyktighet og Karl II rasende. Henrietta ble imidlertid oppdratt som katolsk. I 1651 hadde Henrietta Maria grunnlagt et kloster ved Chaillot i 16. arrondissement i Paris og hun bodde der for det meste av 1650-tallet.