Den er viktig havne- og industriby ved munningen av Kielkanalen og elven Elben ved Nordsjøen. Økonomien har vært knyttet til sjøfart siden åpningen av Kielkanalen, som har en rekke sluser ved byen. Havnen i Brunsbüttel er den viktigste på Schleswig-Holsteins vestkyst. I 2012 hadde havnen en tonnasje på nærmere 11,5 millioner tonn.