FNs sanksjoner mot Libya og vedvarende forhandlinger med Libyas daværende leder Muammar al-Gaddafi sikret utlevering av de siktede den 5. april 1999. De siktede ble overlatt til skotsk politi via Nederland, som ble valgt som nøytral grunn. 31. januar 2001 ble Megrahi dømt for drap av en rett bestående av tre skotske dommere, og han ble dømt til 27 års fengsel. Fhimah ble frikjent. Megrahis anke mot dommen ble forkastet 14. mars 2002, og en ytterligere anke til Den europeiske menneskerettsdomstolen ble erklært ugyldig i juli 2003. Han sonet straffen i Greenock fengsel utenfor Glasgow, der han fortsatte å bedyre sin uskyld. Den 20. august 2009 ble hans soning avbrutt av helsemessige årsaker, han ble så utvist og tilbakesendt til Libya.