Hans far drev et vellykket konditori og hans mor var leder for et varehus. Seel mistenkte at hans homoseksualitet skyldtes den undertrykkende katolske moralen i familien hans, som forbød ham å vise interesse for jenter på hans alder i hans tidlige tenår. Han skal ha funnet det vanskelig å forsone seg med og akseptere sin homofili. Seel ble arrestert av nazistene den 3. mai 1941. I fengselet var det ingen solidaritet for de homofile fangene som hadde den laveste rangen blant alle fangene. Den 6. november 1941 etter flere måneder med sult, mishandling og tvangsarbeid, ble Seel satt fri uten noen form for forklaring og gjort til tysk statsborger. Den 15. oktober 1942 ble Seel meldt inn i Wehrmacht mot sin vilje. I den tyske hæren måtte de kjempe sammen med sine fiender mot menneskene de støttet. En partisan skal ha knust kjeven hans, og som følge av dette mistet Seel alle tennene. Seel ble deretter sendt til Berlin og fikk en administrativ stilling.