Havariundersøkelsen som ble publisert i 1997 fastslo at den direkte årsaken til ulykken var svikt i låsene på baugporten som gikk i stykker under belastninger av bølgene. Da porten brakk løs fra skipet dro den med seg rampen som dekket for åpningen til bildekket bak baugporten. Dette førte til at vann trengte inn på bildekket, noe som destabiliserte skipet og satte i gang en katastrofal kjede av hendelser som førte til at skipet kantret over og sank. Det ble i 2005 slått fast at det ble fraktet militært utstyr med «Estonia» på to tidligere datoer i september 1994. I en TV-serie fra 2020 forteller to av de overlevende at de så et militært transportkjøretøy kjøre om bord på «Estonia» kvelden før havariet. I TV-serien dokumenteres et fire meter høyt hull i skipssiden på styrbord side – siden som ligger ned – noe som sådde tvil om den offisielle forklaringen på at skipet sank.