Fra 1958 til 1966 var Rokkan forskningsleder ved Chr. Michelsens Institutt. I 1966 ble han utnevnt til professor i sosiologi ved Universitetet i Bergen, en stilling han hadde til han døde i 1979. Rokkan sto sentralt i utbyggingen av samfunnsvitenskapen ved Universitetet i Bergen fra midten av 1960-årene. Han bygget opp Sosiologisk institutt og etablerte også sammenlignende politikk som nytt forskningsområde. Året etter hans død ble Institutt for sammenliknende politikk opprettet på grunnlag av forskningsmiljøet han bygget opp ved Sosiologisk institutt. Han var initiativtager til etableringen av Norsk samfunnsvitenskapelig datatjeneste og direktør samme sted fra 1975 til sin død.