På 1500-tallet da Durrow-klosteret ble oppløst, havnet boken i privat eie. Den ble lånt og studert av James Ussher, antagelig da han var biskop av Meath i tiden 1621–1623. Boken klarte å overleve denne perioden til tross for minst en seksjon av den ble senket ned i vann av en bonde som hadde til hensikt å framstille «hellig vann» for å kurere sine kuer. En gang i tiden mellom 1661 til 1682 ble den gitt til biblioteket ved Trinity College sammen med av Henry Jones da denne var biskop av Meath. Det var på denne tiden at relikvieskrinet for boken og dens omslag gikk tapt under okkupasjonen av soldater i 1689.