Kairo mistet raskt sin framtredende rolle som et omlastningssenter da vestlige Europa oppdaget sjøvegen til India og Kina rundt Afrika. Kairo forble Egypts administrative senter, men fikk en økonomisk stagnasjon i de neste tre århundrene. Egypt hadde seks sultkatastrofer mellom 1687 og 1731. Sulten i 1784 utryddet rundt en sjettedel av befolkningen. Ved den tiden Napoléon Bonapartes franske hær erobret byen i 1798 hadde befolkningen sunket til rundt 200 000.