Men på dette kritiske tidspunktet begynte den peloponnesiske linjen å bryte opp i uorden ettersom skip brøt ut av linjen for å forfølge individuelle athenske fartøyer. Da han så dette, snudde Thrasybulos sine skip og angrep spartanernes venstre flanke. Etter å ha spredt disse skipene, angrep athenernes høyre flanke det peloponnesiske sentrum som var uorganisert og spredte også dem. Siracuserne til høyre så resten av flåten i flukt, oppgav sitt angrep på den athenske venstre flanke og flyktet også. Det trange stredet sikret at peloponneserne hadde kort vei til sikkerhet, begrenset skadene som athenerne kunne påføre dem, men da dagen var slutt, hadde de erobret 21 spartanske skip mot de 15 som spartanerne erobret tidlig i kampene. Athenerne satte opp et minnesmerke ved Cynossema og la inn til Sestos, mens peloponneserne satte kursen for Abydos.