I 1964 ble bykommunen Tromsø slått sammen med nabokommunene Tromsøysund, Hillesøy og Ullsfjord og fikk sin nåværende utstrekning. På dette tidspunktet hadde kommunen ca. 32 000 innbyggere. Siden 1964 har byens befolkning blitt mer enn fordoblet. Flyplassen i Tromsø ble åpnet i 1964. Tromsdalen kirke, «Ishavskatedralen», ble innviet 1965. 1969 var storbrannen i Tromsø. Samtlige trebrygger og 25 hus ble totalskadd i brannen. 1970 bodde det 28 882 personer i Tromsø Byens universitet ble vedtatt opprettet i 1968 og åpnet i 1972.