Willoch ble sterkt kritisert av Israels ambassadør til Norge. I 2006 beskyldte Willoch ambassadøren for å lyve han opp i ansiktet da hun hevdet at de over som ble fordrevet fra Palestina, hadde reist frivillig. «Når en mann skyter en annen, så er det terror. Men når man skyter med raketter inn i boligområder, så er det selvforsvar», uttalte Willoch ironisk. «I det siste året har Israel drept 600 palestinere, mens palestinerne har drept 17 israelere. Da er det rimelig å kreve at den som har drept 17 skal holde opp med terror, og ikke den som har drept 600» fortsatte Willoch ironisk. Den israelske ambassadøren bekyldte Willoch for å bidratt til desinformasjon og for å ha bidratt til at antisemittiske holdninger hadde økt. Willoch tilbakeviste dette med at ambassadøren ikke hadde kunnet påvise desinformasjon i noe av det hadde skrevet. Ambassadøren kritiserte også kongehuset og forfatteren Jostein Gaarder. Utenriksminister Jonas Gahr Støre kalte ambassørens opptreden som upassende.