Imidlertid forble byen til guden Amon-Ra og Teben forble den religiøse hovedstaden i Egypt fram til den greske perioden. Amon, den fremste guddommen, ble dyrket sammen med sin hustru Mut og deres sønn Khonsu, måneguden. Med framveksten av Teben som Egypts hovedstad ble prestisjen til den lokale guden Amon tilsvarende, og ble deretter knyttet til og sammensmeltet med solguden Ra, således skapte en ny «gudenes konge, Amon-Ra. Hans store tempel ved Karnak, rett nord for Teben, ble det aller viktigste tempel i Egypt helt fram til slutten av antikken.