Muirchertach var sønn av Toirdhealbhach Ua Briain, den tidligere Dál Cais-konge av Munster og i praksis overkonge av Irland. Hans mor var Derbforgaill, datter av of Tadhg Mac Giolla Pádraig av Osraige, som også født Muirchertachs bror Tadhg. I 1086 døde hans far og Munster ble delt mellom hans tre sønner: Tadhg, Muirchertach og Diarmait. Tadhg døde kort tid etter, og Muirchertach fikk forvist broren Diarmait fra Munster for således å ha være konge alene.