Navnet «Mulelven» henspiller kanskje på omfattende langs elven frem til 1900-tallet. På 1200-tallet kaltes dalen Mulelven rant nedover , eller . Elven kan tilsvarende ha hett , eller . En annen forklaring er at fjellsiden ved Mulelven sett fra innseilingen til Bergen har en form som kan minne om en dyremule.