Som statsminister gjennomførte han en vellykket skattereform. Men hans skepsis mot USA førte også til et brudd med Europa og USA under NATOs invasjon av Kosovo i 1999, som til slutt isolerte Russland som forsvarer av det tidligere Jugoslavia. I 1999 ledet han den russiske delegasjonen som hadde møter med Slobodan Milošević. Den 12. mai 1999 ble han avskjediget av Boris Jeltsin.