På Vatikanets oppfordring dro han etter at hans superiorperiode var omme i 1948 tilbake til Kina, der han ble leder for Det katolske sentralbyrå i Shanghai med koordineringsansvar for misjonene over hele landet. Kort etter at kommunistene kom til makten i 1949 ble alle utenlandske geistlige forsøkt presset og plaget til å forlate landet. Regjeringen beordret biskop Walshs byrå stengt i 1951. Men han lot være å reise fra landet. Han sa at «det å tåle noe uleilighet i min alder er ingen ting. Dessuten er jeg blitt lut lei av å bli herset med på grunn av min religion».