I 1996 giftet Banderas seg med skuespillerkollega Melanie Griffith etter å ha møtt henne på filmsettet under innspillingen av i 1995. De fikk ett barn sammen og skilte seg i 2015. I 2000 fikk Griffith tatovert Banderas sitt fornavn på overarmen, noe som hun fikk fjernet etter at de flyttet fra hverandre i 2014.