I årene etter fikk Jon Guttormssøn inntekter fra mange prebender, to prestegjeld og de inntekter som før gikk til underhold av studenter i København. Det kan ha vært kompensasjon for å ha gått av. Han var også i krangel med de andre kannikene om inntekter. De residerende kannikene, kirkens og skolens tjenere klaget over at kanniken Jon Guttormssøn hadde gjort dem stor urett med noe av deres gods. Han hadde avhendet noe, og beholdt noe som om det var hans egen eiendom. Han tok i bruk åkrer og enger ved byen, samt noen grunneiendommer i byen, men som alle kirketjenerne og skoletjener hadde part i (muligens Pedersgjerdet).