I 2002 ble han utnevnt av president Gloria Macapagal Arroyo til administrerende direktør for det daværende . Han ble gjenutnevnt av president Benigno Aquino III i desember 2010. Historikeren Benito J. Legarda kritiserte gjenutnevnelsen i Philippine Daily Inquirer som mente at Badoy ikke var kvalifisert. I 2015 krevde noen hans avgang på grunn av Torre de Manila-kontroversen. Badoy ble på sin post til han pensjonerte seg i 2019. Gjennom årene hadde han sett til moderniseringen av historiske steder og museer, og de vellykkede 150-årsjubileer for Jose Rizal, Andres Bonifacio, Apolinario Mabini og Emilio Aguinaldo. Hans embede bistod også faglig og økonomisk til restauring eller rekonstruksjon av historiske kirker ødelagte under jordskjelvet på Bohol i 2013 og tyfonen Haiyan.