Fugloy har et relativt temperert kystklima, sterkt påvirket av Atlanterhavet. Dette gir milde vintre, kjølige somre og en gjennomsnittlig årstemperatur på 6,9 °C, en av de høyeste på Færøyene. Gjennomsnittlig årlig nedbør ligger på 1 040 mm, blant de laveste på Færøyene.