Mather var venn med flere av dommerne under hekseprosessene i Salem i 1692 og ga dem rådet å legge vekt på såkalte spektrale (åndelige) bevis, det vil si det som de personene som ble ansett for å ha blitt utsatt for hekseri så i sin syner, men som var usynlig for andre mennesker. Da Mather senere skrev om rettssaken i sin bok forsvarte han domstolens opptreden, til tross for at opposisjonen stort sett var motstander av den. I forsøkte han derimot å nedtone sin rolle i saken.