Alternativt har en del historikere identifisert Ptolemaios Neos Filopator med Ptolemaios Memfites, en sønn av Ptolemaios VIII Fyskon og Kleopatra II (hun var faktisk gift med begge brødrene sine i tur). Også denne sønnen ble myrdet av Fyskon, da en gang rundt 132/131 f.Kr. etter at Kleopatra II hadde forsøkt å avsette Fyskon og utrope sin sønn til konge. Andre historikere har pekt på en rekke mindre medregenter som alle het Ptolemaios i henhold til tradisjonen for ptolemeerdynastiet. Christopher Bennetts oppslagsverk («Kongelig egyptisk genealogi») har gitt detaljer for den faglige debatten om denne figurens identitet og har forslått at navnet «Neos Filopator» var et kultnavn for Ptolemaios Memfites, den siden så skjebnesvangre sønnen til Ptolemaios VIII Fyskon.