Estonian Air hadde også direkteruter fra Oslo lufthavn, Gardermoen og Trondheim lufthavn, Værnes (fra 5. september 2011) til Tallinn lufthavn. Det skandinaviske flyselskapet SAS eide 27 % av selskapet. Fra den 8. november 2015 opphørte alle flyvninger med Estonian Air og selskapet ble slått konkurs.