Mangel på midler gjorde det vanskelig for den unge Keyser å få utdannelse, men han ble cand.philos. i Fredriksborg i 1766 og hadde så forskjellige lærerstillinger. 1 1777 fikk han på anbefaling fra biskop Christian Schmidt stillingen som residerende kapellan i Ullensaker. Fra 1791 var han fengselsprest i Oslo, og fra 1795 var han slottsprest og sokneprest i Aker. 1 1805 ble han biskop i Kristianssand. I sin bispetid var han imidlertid svært syk, og fikk ikke utrettet mye.