Senterpartiet var på midten av 1960-tallet ennå ikke blitt et entydig «nei»-parti i EF-saken, og Borten uttalte selv at han hadde et «moderat» syn på spørsmålet om norsk medlemskap. Sentrale Senterparti-folk som Jon Leirfall og Hans Borgen hadde lenge kjempet internt for en uforsonlig nei-linje, og på andre halvdel av 1960-tallet hadde de fått flertallet i partiet og stortingsgruppen med seg. Høyre og mesteparten av Venstre var imidlertid sterke EF-tilhengere. Dette satte statsminister Borten i en vanskelig posisjon, og han ble nødt til å være bevisst vag når han uttalte seg offentlig. Den vanskelige balansegangen i EF-spørsmålet førte til at han fikk mye kritikk i den borgerlige pressen for å være utydelig og halvhjertet i Europa-politikken. EF-motstanden i Senterpartiet bare vokste med tiden, og da sterke krefter i partiet vurderte å avvise hele søknaden om EF-medlemskap alt før forhandlingene var startet truet det hele regjeringssamarbeidets eksistens. På tross av at Borten selv var blitt EF-skeptiker med årene fikk han Senterpartiet med på et kompromiss. Partiet gikk med på å gå inn i forhandlinger med EF med det forbehold at Norge skulle få føre en nasjonal jordbrukspolitikk.