Få dager etter at tyske styrker invaderte Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før), begynte massakrene på landets over jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført etter initiativ av en lokal politisjef i Øst-Preussen uten konkret ordre fra Berlin. Stapo-kontoret i Tilsit hadde mottatt generelle direktiver fra Heinrich Müller, sjefen for Gestapo innenfor RSHA, og disse direktivene var grunnlaget for ordrene utstedt av standartenführer Hans-Joachim Böhme. Stapo-kontoret i Tilsit var involvert i forberedelsene til operasjon Barbarossa, blant annet hadde kontoret fullmakt til å utvide sitt virkeområde over grensen inntil 25 kilometer inn i Litauen. Kontoret fikk tillatelse til å etablere en , og denne krysset grensen like bak Wehrmacht. Massakrene ble kamuflert som «opprydningsaksjoner» eller «straffetiltak» ().