Pedersen hadde sitt gjennombrudd i Tippeliga-klubben Tromsø IL, og scoret syv mål i 2004-sesongen, før han signerte for Blackburn etter bare halve sesongen unnagjort i august. Han ble solgt av Tromsø IL for 1,5 millioner pund. Blackburn kjøpte Pedersen for å fylle tomrommet etter Damien Duff, som i juli 2003 gikk til Chelsea F.C.. Det er hevdet at klubber som Manchester United F.C., Aston Villa F.C. og Tottenham Hotspur F.C. også var interessert i å kjøpe Pedersen. Rosenborg var også svært interessert i å kjøpe Pedersen etter hans gjennombrudd, men hadde lite å stille opp med da Blackburn kom med et tilbud.