Vaglum avla medisinsk embetseksamen i 1962. I 1978 ble han dr.med. Vaglum er spesialist i psykiatri og er utdannet psykoanalytiker. I 1979 ble han utnevnt til professor II i psykiatri ved Ullevål sykehus. I 1985 ble han utnevnt til professor I i medisinske adferdsfag (senere: Medisinsk adferdsvitenskap ved Universitetet i Oslo), en stilling han hadde inntil han ble pensjonert i 2008. Han har deretter vært professor emeritus ved samme institutt. Vaglum var fra 1990 til 1995 dekanus ved Det medisinske fakultet ved Universitetet i Oslo, og fikk Det medisinske fakultets medalje i 1996. I 1993 ble han tildelt Schizofreniprisen (Stavanger). Han har vært leder for Norges forskningsråds program for mental helse 1982-1998. Han var visepresident i The International Society for the Study of Personality Disorders 1997 - 2003. Per Vaglum har forfattet flere lærebøker. I noen kombineres sakprosa og skjønnlitterære virkemidler.