Wesleyanske misjonærer kom til Tonga i 1797. Misjonsvirksomheten fikk gjennombrudd i 1834, med omvendelsen til mannen som senere ble Tongas konge. I 1885 brøt kong George Tupou I med Wesleyan Mission og grunnla et selvstendig kirkesamfunn kalt Free Church of Tonga (FCT). Dette kirkesamfunnet gikk i 1924 sammen med Free Wesleyan Church og ble til Free Wesleyan Church of Tonga (FWCT), med kongen som kirkens overhode. FWCT har engasjert seg i skoledrift. Siden 1990 har kirken hatt kvinnelige prester. I 1931 tilhørte 58 % av befolkningen i Tonga Free Wesleyan Church of Tonga. Medlemskap i kirken har gått ned, blant annet som følge av utvandring og vekst i andre kirkesamfunn.