Ansvaret for Henriks oppdragelse ble gikk til Inés Lasso de la Vega, hustru til Juan Niño. Som barn fikk han undervisning fra Diego de Anaya Maldonado, biskop av Tui-Vigo, som senere ble erkebiskop av Sevilla. Hans lærer var Juan Hurtado de Mendoza el Limpio og hans skriftefar var dominikanerpresten Alonso de Cusanza, som senere ble biskop av Salamanca og León.