Chargers vant én AFL-tittel i 1963 og nådde sluttspillet i AFL fem ganger, og mesterskapskampen fire ganger før de ble med i NFL i 1970 etter sammenslåingen. I de 43 årene siden har Chargers nådd sluttspillet 15 ganger, og AFC Championship game 4 ganger. I 1994 vant Chargers sitt eneste AFC Championship, og møtte San Francisco 49er i Super Bowl XXIX, hvor de tapte 49–26. Chargers har åtte spillere og én trener i Pro Football Hall of Fame i Canton, Ohio: wide receiver Lance Alworth (1962–1970), defensive end Fred Dean (1975–1981), quarterback Dan Fouts (1973–1987), hovedtrener–general manager Sid Gillman (1960–1969, 1971), wide receiver Charlie Joiner (1976–1986), offensive lineman Ron Mix (1960–1969), tight end Kellen Winslow (1979–1987), linebacker Junior Seau (1990–2002), og running back LaDainian Tomlinson (2001–2009).