Bikop Ahern var områdeansvarlig for Staten Island, og han var pastor i Blessed Sacrament kirke fra 1980 til 1990. Etter å ha nådd obligatorisk pensjonsalder på 75 år, fratrådte Ahern fra embedet som aktiv biskop, den 26. april 1994. Ahren ble ansett som en av de fremste eksperter på Sta Thérèse de Lisieux.