Som nykommer spilte Ebner i 15 kamper i seriespillet og begge kampene i sluttspillet, og var nummer to på laget i taklinger på special teams (17) og snaps på special teams (297, eller 61%). Han spilte også 36 snaps som safety. I løpet av to kamper i sluttspillet hadde han én takling. Ebner fortsatte å i hovedsak spille på special teams for New England i 2013, med noen snaps på forsvar. Han spilte i 15 kamper i seriespillet hvor han hadde ni taklinger og plukket opp to fumbles, og spilte i to kamper i sluttspillet. I Patriots' seier over Denver Broncos i uke 12 plukket Ebner opp en muffed punt som traff Broncos' cornerback Tony Carter, som gjorde det mulig for Stephen Gostkowski å sparke et kampvinnende field goal, og avsluttet et comeback på 24 poeng som da var en lagrekord.