I 1987 mikset Zappa Hot Rats på nytt for CD. «Willie the Pimp» er redigert forskjellig under introduksjonen og gitarsoloen. «The Gumbo Variations» er 4 minutter lenger og inneholder en introduksjon og en saksofonsolo som ikke var med på vinylutgaven. Piano og fløyte som var gravlagt i miksen på «Little Umbrellas» er mer markant på CD-utgaven. Andre forskjeller er den totale atmosfæren og dynamikken. En remaster fra 2008 av den originale miksen ble benyttet for en audiofil LP-utgave som kom i 12009 og for en nyutgivelse på CD i 2012.