Watzenrode tok seg av sine foreldreløse to nevøer og to nieser. Katharina giftet kjøpmannen og byråden Barthel Gertner, om Barbara ble nonne i benediktinerordenen. Watzenrode sendte brødrene Nicolaus (Copernicus) og Andreas til studier ved Krakówakademiet og Italia (Bologna, Padova, Ferrara). Etter studiene assisterte Copernicus sin onkel i administrasjonen; han var hans nærmeste rådgiver og hans personlige lege.