Etter Karl Vs abdikasjon overtok Ferdinand som tysk-romersk keiser fra 1556 til sin død. Han hersket over den såkalt europeiske del av det tysk-romerske rike (Østerrike, Böhmen og deler av Tyskland). Karl hadde akseptert at hans sønn Filipp ikke inngikk den tyske arvefølge; verdigheten gikk til Ferdinands eldste sønn Maximilian (1527–1576).