Pave Alexander VII sendte derpå karmelittiske misjonærer for å forhandle med de tomaskristne om en gjenopptagelse av samarbeidet. 1659 opprettet paven et eget apostolisk vikariat, , som var uavhengig av det portugisiske hierarkiet (dvs. erkebiskopen av Cranganore og metropolitten i Goa) og i stedet direkte underlagt Den hellige stol. 1662 vendte omtrent halvparten av de tomaskristne tilbake til den katolske kirke, noe som ga opphav til den syro-malabariske kirke, som bruker den opprinnelige østsyriske ritus, men aksepterer paven som åndelig overhode. Resten av de tomaskristne inngikk i 1665 en union med den syrisk-ortodokse kirke (se den syrisk-ortodokse kirke av Malankara).