Det har gått tre år, og Brand og Agnes har fått en sønn, Alf. Men klimaet i dalen er usunt, og gutten er syk. Mens Brand sliter med et vanskelig valg, skal han bli i bygda som prest eller reise bort for å berge sønnens liv, ligger også moren hans for døden. Og her kommer den gamle konflikten fram igjen. Brand vet at morens formue er skaffet på tvilsomt vis, og vil ikke ha den. Han krever av moren at hun skal skjenke alt til de fattige. Moren nekter fordi hun vil skjenke alt til sønnen. Dermed kan ikke Brand for sin samvittighets skyld gi henne syndsforlatelse på dødsleiet. Denne konflikten følges gjennom hele akten. Imens kommer doktoren ut og stiller et ultimatum: Enten må Brand reise mot sør med Alf, eller så dør gutten. Brand ønsker mest av alt å reise, men bygda krever ham som prest. Han har nesten bestemt seg for å bryte opp da Gerd viser seg, og påpeker at når presten reiser, vil mørkemaktene rå i bygda. Dette gjør utslaget for Brand, men han lar Agnes velge for seg. Hun forstår Brands kval, men stiller seg og sønnen som offer for Brands sak. De velger å bli i bygda.