Holocaust, massedrap særlig på jøder, begynte samtidig med invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. Den første fasen av holocaust, også omtalt som «geværkulenes holocaust» (engelsk: , tysk: ), foregikk i de erobrede områdene bak østfronten. Det er mye som tyder på at invasjonen av Sovjetunionen var en utløsende faktor for holocaust. Nazistene var besatt av ideen om å ødelegge den sovjetiske kommunismen, en ide som mange østeuropeere hadde til felles med nazistene. Nasjonalister i Latvia, Litauen, Hviterussland og Ukraina utnyttet den første tiden etter «frigjøringen» til å massakrere jøder som ble ansett som forbundet med bolsjevismen. I ettertid, blant annet ved rettsoppgjøret, ble det vist til en om utryddelse av jødene etter invasjonen av Sovjetunionen. Dersom en slik ordre ble gitt, var den trolig abstrakt og generell. Det har også blitt henvist til en politiinstruks om å henrette jøder i partiet og statsapparatet, sabotører, propagandamakere, snikskyttere etc. Det er uklart om denne ordren fra Berlin utløste drapene på alle jøder.