To måneder etter Jaltakonferansens avslutning, da de vestallierte hadde akseptert at den sovjetrussiske anneksjon av det vestlige Ukraina høsten 1939 (på et tidspunkt at Hitler og Stalin samarbeidet) skulle stå ved lag, ble imidlertid Slipyj arrestert den 11. april 1945, satt fengslet i Lviv, Kyiv og Moskva, dømt til seks års strengt tvangsarbeid og så deportert til fangeleir i Sibir. Dette var ett blant mange tiltak for å undertrykke den ukrainske katolske kirke.