Ved Jugoslavias sammenbrudd og Slovenias selvstendighetserklæring i 1991, var Drnovšek sentral i framforhandlingen av avtalen som gjorde at Jugoslavias hær trakk seg tilbake fra slovensk territorium etter en ti dagers krig. Etter Slovenias selvstendighet gikk Drnovšek inn i politikken for partiet Slovenias Liberale Demokrati, som han ble leder for i 1992. Drnovšek var statsminister i Slovenia i to perioder, fra mai 1992 til mai 2000 og igjen fra november 2000 til desember 2002. Han gikk av som partileder i 2002 og ble valgt til Slovenias president i valget i november-desember samme år. Drnovšek satt som president fra desember 2002 til desember 2007.