Tunnelen har også en arm til Flatholmen. Avkjørselen til Flatholmen er kun tilgjengelig dersom man kommer fra Ålesundssiden. Kommer man fra Ellingsøya må man først ut av tunnelens åpning på Ålesundssiden, og deretter inn igjen. Tunnelarmen mot Flathomen er skiltet med navnet Akslatunnelen.