Spilleren og dens motstandere skal blant annet bygge opp baser, samle inn forskjellige ressurser, lage en hær, og deretter beseire motstanderne sine ved å utslette de andres enheter, og enten fange eller ødelegge fiendtlige baser. Spilleren må gjennomføre oppdrag over tre forskjellige områder: i Nord-Amerika, Europa og i Nord-Afrika. En rekke av disse oppdragene inkluderer også valgfrie side-oppdrag som kan gjennomføres for ekstra bonus. Tiberian Sun foregår innenfor en alternativ tidslinje som involverer to fiendtlige fraksjoner - Global Defense Initiative (GDI) og Brotherhood of Nod. Tiberium har blitt et alvorlig problem for verden siden den dukket opp på 1990-tallet, og dette førte til den første Tiberium-krigen.