Det har blitt estimert at det fines ca. 3 000-5 000 pygméblåhvaler, men det er vanskelig å skille mellom ikke fullt utvokst sørlig blåhval og denne hvalen. Flere forskere mener at det kan være flere pygméblåhvaler (opp mot 10 000 har blitt antydet) enn både sørlig- og nordlig blåhval tilsammen, men det hersker stor usikkerhet om alle bestandene. I dette ligger det imidlertid at det kanskje er langt færre nordlige- og sørlige blåhvaler enn antatt fram til nå, sidene de samme forskerne oppgir de samme estimatene for totalbestanden av blåhval. Dette er også årsaken til at IUCN ikke kan si noe sikkert om trusselbildet for pygméblåhval. Man har ikke tilstrekkelig med informasjon om bestanden til å si noe sikkert om hvor sårbar den er.