Aristobulos mistet tålmodigheten med Pompeius' sendrektighet og forlot den romerske leiren i et utbrudd av raseri og dro til festningen i Alexandrion, tidvis referert til som Sartaba, som var reist av hasmoneerne på et fjell mellom Skytopolis og Jerusalem. Pompeius fulgte etter, sammen med Marcus Antonius, leder for kavaleriet, og forlangte at han overga seg og festningen. Aristobulos kapitulerte, og dro direkte videre til Jerusalem for å forbedre videre motstand der. Da Pompeius kom etter sviktet motet og han møtte Pompeius i hans leir og lovte gull og overgivelse av Jerusalem. Pompeius tok den jødiske kongen til fange sammen med hans sønn og sendte Aulus Gabinius for å ta Jerusalem i sin besittelse. Imidlertid var ikke byens innbyggere villige til å åpne sine porter for romerne. Romerne beleiret og erobret byen med makt, og gjorde store ødelegger på både byen og tempelet.