I 1997 ble Knudsen vigslet til biskop for «Strandebarm prosti av Den norske kirke i eksil», et initiativ fra en rekke prester i Den norske kirke (deriblant Ludvig Nessa, Per Kørner og Olav Berg Lyngmo) som hevdet å ikke lenger kunne ha tillit til sine egne biskoper, heriblant Lyngmos biskop Ola Steinholt, som hadde uttrykt offentlig støtte til likekjønnet samliv.