Kladistikk fungerer best dersom man har et stort sett med anatomiske data. Jo flere data, jo større er sannsynligheten for at treet man får ut er korrekt, men samtidig blir det vanskelig å regne på. Metoden har store fordeler, særlig fordi den gjør det mulig å konstruere stamtrær utelukkende ved hjelp av DNA, men den har også enkelte ulemper. En av dem er at fjernliggende grupper kan bli tolket som beslektede (et fenomen kalt ). Et annet problem er at metoden ble utviklet for å sammenlikne nålevende organismer hvor ingen arter er antatt å være stamart til noen annen i datasettet, slik at fossile forfedre og parafyletiske arter ikke kan identifiseres.