Khora, som egentlig heter for Folegandros (Χώρα Φολεγάνδρου) som øya, er hovedstaden og sete for de lokale myndighetene. Den er lokalisert rundt 3,5 km nordvest for havnebyen Karavostasis, og ligger dramatisk på kanten av en 200 meter klippe over havet. Marco Sañudo var i Khora i 1212 med på å bygge byen som en befestet lokalisering som beskyttelse mot piratangrep. De ytterste husene er eksempelvis bygget sammen og har ingen vinduer vendt utover som en forsvarsmur. Stedet er tilgjengelig gjennom kun to porter. Frøst på slutten av 1700-tallet ebbet faren for angrep ut.