Etter oppfordring fra et samlet Storting, ble han i april 1997 oppnevnt av Sosial- og helsedepartementet til å lede et utvalg («Aarbakke-utvalget») for å utrede ulike sider ved alternativ medisin. Utvalgets rapport resulterte i NOU 1998:21. Utvalgets arbeid ledet også til opphevelse av «Kvakksalverloven» fra 1936, og gjorde at alternativ medisinsk virksomhet ble tatt inn i Lov om helsepersonell.