I likhet med Nilen og vår hjemlige Glomma, har Nigerfloden et innlandsdelta, for dennes vedkommende kalt Massina, som ligger i den sentrale delen av Mali og dannes som følge av at landskapet her er svært flatt og fallet i elva følgelig er svært lite. Resultatet er et nettverk av elvegreiner, sumper og store innsjøer. De sesongmessige flommene gjør deltaet svært produktivt både for fiske og jordbruk. På grunn av fordamping og infiltrasjon i grunnen mister elva nesten to tredjedeler av sin vannføring i innlandsdeltaet mellom Ségou og Timbuktu. Vannet fra sideelva Bani, som munner ut i deltaet ved Mopti, er ikke nok til å kompensere for dette. Det er estimert at elva i gjennomsnitt mister rundt 31 km³ vann per år i deltaet, men dette varierer betydelig fra år til år.