Historien følger Kevin Keene, en tenåring fra Northridge i Los Angeles, og hunden hans Duke som blir ført til et annet univers - kjent som Videoland, etter at de blir sugd inn i en virvel, kalt Ultimate Warp Zone som kom fra fjernsynet hans. For å oppfylle en eldgammel profeti, er Kevin bestemt å bli helten "Captain N: The Game Master" og redde Videoland fra onde krefter, som blir ledet av Mother Brain fra en festning kalt Metroid. Når Kevin dukker opp har Mother Brain nesten lyktes i å få kontrollen over hele Videoland. Kevin (som i Videoland er bevæpnet med en Zapper, og en beltespenne formet som en NES-kontroller) og Duke dukker plutselig opp på den andre siden av Ultimate Warp Zone.