Versjon 2 to ble introdusert sammen med Mac OS X v10.4 "Tiger" 29. april 2005. Fra og med denne versjonen blir E-post meldingene lagret i et lukket format kontrollert av Apple med en enkelt melding pr. fil. Hver fil har filendelsen .emlx. Meldingen er organisert slik for å gjøre det mulig å indeksere ved hjelp av Spotlight.