Ifølge radardata fra det greske forsvaret kom MS804 ut av kurs kort tid etter at flyet hadde kommet inn i den egyptiske flyveinformasjonsregionen (FIR). Flyet befant seg i en marsjhøyde på fot ( meter) da det brått tok en 90 graders sving til venstre, deretter en 360 graders sving til høyre, før det begynte å stupe mot havet. Radarkontakten med flyet opphørte i en høyde på om lag fot ( meter).