Biskop Walsh uttrykte, både i embedet og etter at han ble pensjonist, uttrykt personlige oppfatninger på en rekke felter som betraktes som annerledes en offisiell katolsk lære. I november 2009 gikk han inn for drøfting av prestevielse av kvinner, og ved en annen anledning utfordret han kirkens regler som så å si nesten alltid utelukker protestanters mottakelse av katolsk nattverd. Han sa at han aldri hadde sagt til noe medlem av Church of Ireland at de ikke var velkomne til å motta sakramentet i hans kirker.