På denne tiden hadde nederlenderne bygget seg opp i Nagasaki og det lyktes dem å overbevise shogunen om at de bare var interessert i handel og ikke misjonsvirksomhet. I 1644 fikk nederlenderne en egen øy, Hirado, utenfor Nagasaki. I 1720 ble forbudet mot nederlandske bøker opphevet, og det førte til at hundrevis av japanske lærde strømmet til Nagasaki for å studere , «hollandsk lærdom». Frem til 1855 var dette Japans eneste kontakt med omverdenen.