Thrasyllos fortsatte å inneha embetet som strategos i flere år i et antall felttog. Senere i 410 ledet han en athensk flåte i et angrep på opprørsbyer på Lesbos. Men ved å gjøre dette, lot han den spartanske admiralen Mindaros slippe forbi seg inn i Hellespont med den spartanske flåten i det historikeren Donald Kagan regnes som en feil i strategisk vurdering. Thrasyllos forfulgte Mindaros med sin flåte og sluttet seg til andre athenske avdelinger ved Sestos. Derfra seilte athenerne, nå med Thrasybulos som øverste kommandant, inn i Hellespont og beseiret Mindaros' flåte i slaget ved Kynossema og gjorde slutt på den umiddelbare krisen. Thrasyllos ledet en flanke i flåten i slaget, noe han også gjorde i den senere athenske seieren i slaget ved Abydos. Han ble så sendt på andre oppdrag. Etter at han hadde dratt, knuste Thrasybulos, Theramenes og Alkibiades Mindaros og hans flåte i slaget ved Kyzikos.