Blant skipene som museet eier er skoleskipet SS «Svanen», som fortsatt er i drift. Tidligere eide museet også Roald Amundsens polarskip «Gjøa», men i mai 2009 inngikk man en avtale hvor Frammuseet overtok Gjøa. Ny museumsbygning/vernebygg for "Gjøa" ble reist i 2012 i tilknytning til Fram-bygget, og åpnet for publikum sommeren 2013.