I 1997 ble han valgt til underhuset, der han var representant til 2007. I årene 2000 til 2002 var han også gjesteprofessor i konflikthåndtering ved Paul H. Nitze School of Advanced International Studies i Bologna. Koenders var bistandsminister fra 2007 til 2010. Fra 2011 til 2013 var han spesialrepresentant for FNs generalsekretær og sjef for FN i Elfenbenskysten. Deretter var han fra juli 2013 til oktober 2014 undergeneralsekretær i FN og politisk leder for den fredsbevarende styrken MINUSMA i Mali.