I 1892 ble han stemmeberettiget i Trondhjem som følge av en byutvidelse mot Singsaker og Lademoen. 1894 lot han seg nominere til Stortinget fra Trondhjem og Levanger for partiet Venstre. Hagerup-Lyngvær, kjent som «murer Hagerup», sanket nok stemmer til å vinne et mandat, men partiet Høyre, særlig med organet og varaordfører Baard Iversen i spissen, fant ut om Hagerup-Lyngværs fortid. Tidligere straffedømte var den gang ikke valgbare, og Hagerup-Lyngvær ble på ny anmeldt. Han hadde aldri søkt om såkalt æresoppreisning, en ordning som ble innført i 1884. Plassen på Stortinget ble han følgelig fradømt. Rettssaken mot ham ble senere en viktig begrunnelse for å oppheve bestemmelsen. Hagerup-Lyngvær ble leder for Venstres manntallskontor i byen, der man sørget for at arbeidere med høy nok inntekt fikk avlagt ed for magistraten og gitt stemmerett. Ved de påfølgende stortingsvalgene valgte byen utelukkende radikale venstremenn, og etterhvert fikk Venstre også flertall i bystyret. I 1904 meldte Hagerup-Lyngvær seg inn i Arbeiderpartiet og ble innvalgt i bystyret og formannskapet for dette partiet.