Som en religiøs domstol ble inkvisisjonen drevet av kirkelige myndigheter. Når en person var dømt for heresi, ble hen overlevert til sekulære myndigheter for å bli straffet. Straffene varierte fra offentlig ydmykelse (personen ble kledd i og måtte gå i prosesjon gjennom byen) til brenning på bål. De som bekjente sin anger ble henrettet med garotte før brenningen, mens de som ikke bekjente ble brent levende. Personer som ble dømt ble brent symbolsk, ved at en dukke ble plassert på bålet. Straffene ble eksekvert under offentlige seremonier, kjent som , «troshandling».