Etter storbrannen besluttet Forsvaret etterhvert at Nidaros Domkirkes Restaureringsarbeider skulle overta forvaltningen av Erkebispegården. I 1987 ble anlegget overført fra Forsvaret, etter 301 års sammenhengende militært eierskap. I overføringsavtalen ble det bestemt at Forsvaret skal disponere de lokalene de på det tidspunkt hadde i gården, til evig tid. I 1990 gjenåpnet daværende kronprins Harald Hjemmefrontmuseet i tredje etasje i Rustkammeret. Da hadde toppetasjen, og de øvrige utstillingene, gjennomgått en omfattende renovering.