Henryk Mieczysław Jagodziński gikk inn i Den hellige stols diplomatiske tjeneste den 1. juli 2001. Etter opplæring ved Det pavelige diplomatakademi virket han ved nuntiaturene i Hviterussland (2001-2005) og Kroatia (2005-2008), i seksjonen for forholdet til stater ved Statssekretariatet (2008-2015) og ved nuntiaturet i India (2015–2018). Senere var han ved nuntiaturet i Bosnia-Hercegovina.