I 1814 dro Clapperton til Canada der han blant annet ble forfremmet til løytnant, og han ble tildelt kommandoen av en britisk skonnert som seilte på de kanadiske innsjøer. I 1817 vendte Clapperton tilbake til Storbritannia med halv lønn. I 1820 bosatte Clapperton seg i Edinburgh, der han snart ble kjent med Walter Oudney, en oppdagelsesreisende, som vekket hans interesse for oppdagelsesreiser til Afrika. Clapperton ble av britiske myndigheter sendt til Afrika for å prøve å bryte ned den franske dominans som etter hvert hadde vokst frem i store deler av Afrika. Hugh Clapperton bodde i Afrika fra 1822 og hadde rang som kommandør i den britiske marinen. Clapperton var bosatt i Afrika helt frem til han døde i 1827. På disse fem årene utforsket han store deler av områdene mellom elven Niger og Tsjadsjøen.