Året etter utgivelsen av pensjonerte Sprengel seg fra skolen og flytta til Berlin. Han fortsatte sine undersøkelser innen botanikk og klassiske språk og han ga privattimer innen begge fagområder. I 1811 publiserte han en liten bok om nødvendigheten av birøkt for pollinering av frukttrær. Hans siste publiserte verk handlet om hvordan klassiske romerske dikteres tekster har blitt forandra gjennom rekken av kopister og redaktører. C. K. Sprengel døde i Berlin i 1816.