I 2015 kunngjorde han sitt kandidatur til presidentvalget året etter. Samme år bekreftet han offentlig sine forbindelser til dødsskvadroner i Davao og sa at dersom han ble president, ville oppimot kriminelle bli drept. Gjeninnføring av dødsstraff (som ble avskaffet i 2006) fremholdt han som et effektivt middel i kriminalitetsbekjempelsen. Duterte gikk inn for en føderalisering av Filippinene, altså overdragelse av en rekke oppgaver fra sentralregjeringen til regionale enheter. Slik mente han at man bedre skulle kunne løse korrupsjon, kriminalitet og Bangsamoro-konflikten. Innen to år av sin presidentperiode ville han i denne hensikt innkalle en lovgivende forsamling. Han kunne tenke seg å oppløse kongressen og danne en «revolusjonsregjering»; alle embedsmenn og offisere burde tilby sin fratreden for å muliggjøre utnevnelse av dyktigere folk.