Marc studerte til å begynne med filosofi og teologi ved universitetet i sin hjemby, i den hensikt å bli prest. Han vokste opp i et åndelig hjem. Moren Sophia var en fast kalvinist, og faren, Wilhelm, var katolikk som hadde vendt seg til protestantismen. Franz Marc og hans bror Paul fikk en protestantisk oppdragelse i et det overveiende katolske Bayern. Wilhelm Marc var en profesjonell landskapsmaler, og underviste ved kunstakademiet i München. Franz Marc trengte dermed ikke, til forskjell fra mange av sine kunstnerkolleger, å utstå noen opposisjon fra sin familie da han valgte å vie seg til kunsten.