I 2015 blir jorden invadert fra verdensrommet, og en multinasjonal paramilitær organisasjon, , får oppgaven med å beskytte jorden. X-COM må samle verdens fremste forskere og soldater, og spilleren må lede gruppen i konflikt med en utenomjordisk fiende som er teknologisk overlegen. Nedskutte romskip, obduksjon av døde romvesner og etterhvert forhør av levende romvesner fører til at X-COMs forskere gjør store sprang fremover.