Bacon studerte ved Harvard University, hvor han blant annet var klassekamerat med den fremtidige presidenten Theodore Roosevelt. Etter å ha blitt uteksaminert i 1880 dro han verden rundt før han vendte hjem og startet på en suksessfull forretningskarriere. Han giftet seg i 1883 med Martha Waldron Cowdin som han året etter fikk tre sønner og en datter sammen med. Etter at han var etablert med sin forretningskarriere i Boston begynte han å arbeide for J.P. Morgan & Co., hvor han var med på å grunnlegge både U.S. Steel og Northern Securities Company. Presset som lå i denne jobben slet for øvrig så mye på nervene til Bacon at han forlot selskapet i 1903.