Fofana startet fotballkarrieren for klubben ASEC Mimosas, hvor han spilte fra han var femten til han var atten år. Han forlot så hjemlandet til fordel for spill i fransk 2. divisjon med i 1984. Hans fire mål på 22 kamper for Cannes fanget oppmerksomheten til naboklubben AS Monaco, som hentet ham til fyrstedømmet i 1985. Der ble han i 1988 fransk seriemester, og i 1991 hjalp han laget vinne Coupe de France med finaleseier over Marseille. Han hadde spilt over 200 kamper for Monaco da han forlot klubben for i 1993. Han spilte to sesonger for Bordeaux. Deretter fulgte opphold hos Kayserispor i Tyrkia, Al-Nassr i Saudi-Arabia og Cruz Azul i Mexico før han avsluttet fotballkarrieren 31 år gammel i 1997.