Venøs blodpropp i form av dyp venetrombose eller lungeemboli er en alvorlig bivirkning av p-pille bruk. Risikoen for blodpropp varierer fra merke til merke. Risikoen for at kvinner, som ikke bruker p-piller eller er gravid, får blodpropp er antatt å være ca. 0,02 % av kvinner i året, sammenlignet med en risiko på 0,05 % for kvinner som er gravide. Ved bruk av p-piller som inneholder noretisteron, norgestimat eller levonorgestrel (f.eks. Microgynon) har en risiko på mellom 0,05 % til 0,07 % kvinner i året, mens kombinasjonspillene som inneholder drospirenon (f.eks Yasmin) er risikoen for blodpropp mellom 0,09 % til 0,12 % kvinner i året. Personer med arvelig hyperkoagulabilitet bør ikke bruke p-piller med østrogen, men minipille kan være et alternativ.