Jacob Fabricius var sønn av bakermester og medlem av Hundertmänner-Kollegium i Rostock, Heinrich Schmidt og hans kone Dorothea (født Wulf). Han var elev ved sin hjembys Große Stadtschule, og fikk undervisning av Nathan Chyträus. Fabricius var også elev av Lucas Lossius ved skolen i Lüneburg. I 1595 begynte han et studium ved Universitetet i Rostock. Deretter var han i fire år elev av astronomen Tycho Brahe ved hans observatorium Uranienborg på den danske øya Ven, før han gjorde en studiereise til Nederland og England. Endelig var Fabricius magister og Poeta laureatus i Leipzig.