Marguerite var datter av Karl av Orléans, grev av Angoulême, og Louise av Savoia. Hennes far var en direkte etterkommer av Karl V av Frankrike, og hadde en hevd på den franske tronen i tilfelle både Karl VIII av Frankrike og den antatte arvingen, Louis, hertug av Orléans, feilet i å produsere en mannlig arving. I 1491 giftet Karl seg med den 12-årige Louise av Savoia, datter av Marguerite av Bourbon, søster av hertugen av Beaujeu, betraktet som en av de mest intelligente kvinner i Frankrike. Louise døpte hennes førstefødte «Marguerite», på norsk «Margrete», etter hennes bestemor på morsiden, Marguerite av Bourbon.