Swigert ble i april 1966 tatt ut som en av 19 nye astronauter. Han var medlem av reservemannskapet for Apollo 7-, Apollo 11- og Apollo 13-ferdene. 72 timer før starten av Apollo 13-ferden erstattet han Thomas Mattingly som pilot for kommandomodulen, etter at Mattingly hadde fått røde hunder.