Det er bred enighet blant skipshistorikerne om at djunken opprinnelige hadde sine aner fra en flåtekonstruksjon som egentlig var en plattform av tømmerstykker eller bambusstykker slått sammen til et skrog som deretter ble utbygget med nyere teknologi som innføring av planker tilverket fra trevirke. Byggingen av en djunke i dagens Kina tok sitt preg av denne bakgrunnen ved at man hadde alltid startet med bunnpartiet. Et fremtredende trekk ved djunkene var den indre oppdelingen av skroget inn i skotter som egentlige var massive spanter av hardved lagt på bunnpartiet og langs skipssidene, deretter oppspiket planker som delte underskroget på tvers og langs. Ikke alle varianter av djunken hadde vanntette avdelinger, men de største og havgående djunker som Pechili-djunken og Foochow-djunken kunne ha et stort antall skotter.