Apartheidsystemets ideologi har en historie som kan trekkes tilbake til nederlandske kolonister i 1652 grunnla kappkolonien på sørspissen av Afrika. I 1806 overtok det britiske imperiet, og ut på 1800-tallet trengte både etterkommerne etter de nederlandske kolonistene og engelske immigranter seg inn i hele det området som i dag utgjør Sør-Afrika. Kolonihistorien var blodig. Konfliktlinjene gikk både mellom de to erobrende gruppene, samtidig som de gikk mellom de europeiske kolonistene og de folkegrupper som bodde i områdene fra tidligere, de innfødte. Innen denne konteksten oppsto også rasistiske holdninger, praksiser og etter hvert lovverk som støttet opp under og opprettholdt den europeiskættede befolkningens kontroll over området.