På en pressekonferanse 19. november 2013, ble Joackim Jørgensen presentert som Vikingspiller. Jørgensen skrev under på en kontrakt som strekker seg ut 2016-sesongen. Spilleren fikk sin debut i Tippeligaen for Viking i 1. runde, borte mot Rosenborg BK 29. mars 2014, i en kamp som endte 2 - 2. Jørgensen spilte totalt 27 kamper i sin debutsesong for klubben. Jørgensen scoret sitt første mål for klubben i en 4 - 2 seier mot Vålerenga Fotball på Ullevaal Stadion 13. september 2015. Spilleren spilte totalt 23 kamper igjennom 2015-sesongen, og bidro både fra midtbaneposisjon og ifra midtforsvaret. Laget var lenge med i medaljekampen, men endte til slutt på en 5.-plass. I forkant av 2016-sesongen startet det tidlig med spekulasjoner om at Jørgensen som var på utgående kontrakt, ville forlate klubben etter endt sesong. August 2016 ble det meldt i medier at spilleren var klar for en overgang til den moldovske klubben Sheriff Tiraspol, men etter å ha besøkt klubben og kikket på forholdene, ombesemte Jørgensen seg, og vendte dermed tilbake til Stavanger. Jørgensen spilte totalt 23 kamper for klubben i gjennom 2016-sesongen, derav 20 fra start. Etter at midtstopper Anthony J. Soares dro til danske AGF Fodbold midtveis i sesongen, spilte Jørgensen for det meste som makker til Karol Mets i midtforsvaret.