Padovano publiserte en motettebok, en messebok og to madrigalbøker, men er mest kjent for sin instrumentalmusikk. Han var en av de første som komponerte ricercarer, en tidlig form for fuger. Mest kjent er han for sine toccataer, de første eksemplene på toccataer i den moderne betydningen, dvs en improvisatorisk, svært ornamentert komposisjon. De inneholdt vanligvis imiterende passasjer mellom improvisatoriske avdelinger og endringer i taktart fra dobbel til trippel takt slik det senere gjøres i den venetianske skolen.