Oberst Scott planla og ledet erobringen av Fort George i mai 1813 på den canadiske siden av Niagara-elva. Operasjonen som brukte landganger over Niagara og på kysten av Ontariosjøen, tvang britene til å oppgi fortet. Det var en av de best planlagte og gjennomførte operasjonene i krigen. Scott ble forfremmet til midlertidig brigadegeneral i mars 1814. Han ledet den første brigaden til den amerikanske hæren i Niagara-felttoget i juli 1814 og vant en betydelig seier i slaget ved Chippewa. Han ble såret under det blodige slaget ved Lundy's Lane sammen med den amerikanske kommandanten, generalmajor Jacob Brown og den britisk/canadiske kommandanten, generalløytnant Gordon Drummond. Scotts sår fra Lundy's Lane var så alvorlige at han ikke kom tilbake i aktiv tjeneste i resten av krigen.