Mindoro var særlig hardt rammet av militærets kampanje for å eliminere politisk opposisjon. Øya fungerte i perioden 2001-2004 som laboratorium for elimineringsstrategien. 45 mennesker ble drept, blant dem prester, lokalpolitikere, ungdomsledere og andre. Flere mennesker ble drevet på flukt, særlig blant urfolksgruppen Mangyan. Idag er det lite synlig politisk aktivitet. Myndighetene har imidlertid ikke lyktes med å knuse all opposisjon. De har heller ikke lyktes i å knuse geriljaen (NPA) på øya.