Testflygningsprogrammet var plaget av problemer med 747s JT9D-motorene. Problemene omfattet motorstopp, forårsaket av rask endring av gassen, og forstyrrelse på turbinbeslagene etter kort tids bruk. Problemene utsatte 747s levering med flere måneder, og opptil 20 fly strandet ved fabrikken i Everett mens de ventet på motorinstallasjon. Programmet ble forsinket enda mer da et av de fem testflyene ble utsatt for skade i et landingsforsøk på Renton Municipal Airport, flyplassen ved Boeings fabrikk i Renton. Testflyet skulle få testutstyret fjernet og en kabin installert da pilot Ralph C. Cokely feilberegnet den korte rullebanen. Flyets ytre landingsutstyr på høyre side ble revet av, og to motorer ble skadet. Dette hindret ikke Boeing fra å delta med et testfly ved det 28. flystevnet i Paris i midten av 1969, hvor flyet for første gang ble vist for publikum. 747 ble godkjent av FAA i desember 1969, og var dermed klart til å bli satt inn i tjeneste.