Den 9. januar 2016 vant han sitt første skandinavisk cup-renn, da han vant kvalifiseringen i Østersund, i sprint klassisk. Finalerunden ble avlyst på grunn av kulde, og Northug vant dermed dette rennet. Den 31. januar 2016 tok han sammen med Lars Ove Aunli og Petter Northug bronse på NM-stafetten i Tromsø, der han gikk ankeretappen. I Tromsø fikk han også sølv på sprinten i U23-klassen, bak Håvard Solås Taugbøl. Den 3. februar 2016 kom han på 8.-plass i Drammen, på sprint klassisk i verdenscupen. Den 13. Februar 2016 vant han sprint friteknikk under norgescupen i Meråker.