Under den andre verdenskrig, og den nazistiske okkupasjonen av Litauen som begynte med invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941, ble Kretingas jødiske befolkning nesten utryddet. Massakrene i Kretinga var blant de første i den systematiske utryddelsen av Europas jøder. Tyskerne fikk bistand fra etniske litauere hvorav noen hadde flyktet til Tyskland etter den sovjetiske maktovertakelsen i 1940. I Gargždai, Kretinga og Palanga ble likene dumpet i eksisterende hull eller groper i terrenget som de som skulle henrettes hadde gravd. En rekke på ti menn ble stilt på kanten av gropen og den neste gruppen på ti menn måtte da sørge for at alle likene fra forrige runde havnet i massegraven. Den sovjetiske okkupasjonen i 1945 førte til ytterligere reduksjoner i befolkningen, da folk flyktet til vest. De som flyktet vestover og ble fanget ble ofte deportert til Sibir.