Karadžić gikk under jorden i 1997 og ble arrestert i en buss i Beograd 18. juli 2008. Den 24. mars 2016 fant Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia Karadžić skyldig i folkemord, forbrytelser mot menneskeheten og krigsforbrytelser. Han ble dømt til 40 års fengsel. Tiltaltes forsvarer meldte etter domsavsigelse at dommen ville bli anket. I mars 2019 ble straffen skjerpet til livsvarig fengsel.