I et gavebrev fra 1529, overdrar Frederik I bl.a. Tårnby kirke til Københanvs universitet. Dette har ikke betydd noe videre for kirkens forkynnelse. Det har snarere vært en foranstaltning som kunne bidra til universitetets stendig skrantende økonomi. Kirken ble i universitetets eie fram 1934, hvoretter den gikk over til selveie.