SG Flensburg-Handewitt skaffet seg sitt første store trofé med EHF-cupen 1996/1997 ved å beseire danske Virum-Sorgenfri HK 52–42 sammenlagt i finalen. Tre påfølgende DHB-Pokal-titler (2003/04 vs TUSEM Essen, 2004/05 vs HSV Hamburg og 2005/06 vs THW Kiel) fulgte, og det samme gjorde suksess i ligaen, med en mesterskapsseier i 2003/04-sesongen. Flensburg beseiret HSG Nordhorn-Lingen på Flens-Arena i runde 33 for å sikre sin aller første tittel med et spill til overs. Den slovenske klubben RK Celje forhindret imidlertid et tredje trofé det året for SG ved å vinne EHF Champions League-finalen 2003-04 mot dem. I ligakampanjene 2004-05 og 2005-06 endte Flensburg på andreplass bak THW Kiel. I 2007 tapte SG nok en gang Champions League-finalen, denne gangen ble de beseiret av «Landesderby»-rivalene THW Kiel.