Hans rykte som en stor taler med stor styrke og klarhet og som en trygg og ærlig statsmann skaffet ham i 1896 formannskapet i Senatet, og i februar 1899 ble han utnevnt til president av republikken som Félix Faures etterfølger. Han ble valgt inn med 483 stemmer mot 279 som ble registrert på Jules Méline, hans eneste seriøse konkurrent til president-embetet. I 1899 benådet Loubet Alfred Dreyfus. Han satt også som statsminister i 1892.