Benckert ble etter tilbakekomsten til Sverige igjen svensk militær. Under andre verdenskrig tjenestegjorde han som beredskapskompanisjef i Stockholms skjærgård. I de siste dagene av andre verdenskrig ble han utnevnt til kompanisjef i Norgesbataljonen, en gruppe svenske frivillige som mobiliserte for å støtte norske myndigheter dersom de tyske styrkene i Norge nektet å overgi seg.