Etter krigen ble det klart at Marineholmens begrensede areal, samt endringen i trusselbildet, var ødeleggende for dens nytteverdi som marinebase. Det ble besluttet å bygge marinens hovedbase, Haakonsvern, ved Mathopen i daværende Laksevåg kommune like utenfor Bergen. Siste flagghal på Marineholmen var den 4. mai 1962. På den tiden var dette landets eldste marinestasjon i drift.