Helse- og omsorgsdepartementet (HOD) har det overordnede ansvaret for håndtering av en pandemi i Norge i samarbeid med sine underliggende etater, hvorav Helsedirektoratet og Nasjonalt folkehelseinstitutt (FHI) er de mest sentrale. Dersom en pandemi skulle kreve innsats på tvers av sektorene vil HOD antagelig få et ansvar som lederdepartement. Dette betyr at HOD blir ansvarlig for å koordinere arbeidet mellom berørte departementer og deres sektorer.