Henrik Wergeland var eldste barn av Nicolai Wergeland og Alette Dorothea, født Thaulow. I dåpspapirene hans er navnet angitt som , men senere tok slekten i bruk navnet Wergeland med W. Faren var født Niels Lassesen, men latiniserte siden fornavnet, og tok navnet Vergeland etter en onkel. Blant Henriks søsken var søsteren Camilla Collett og broren, generalmajor Oscar Wergeland. Nicolai Wergeland var av bondeslekt fra Verklandsgårdene i Brekke i Sogn. Han hadde også aner fra Sunnmøre og Hordaland. Thaulowene var en dansk embetsmannsslekt som slo seg ned i Norge på 1600-tallet. Alettes mor Jacobine Chrystie var datter av Andrew Chrystie, en innvandrer fra Skottland. Også Jacobines mor var skotte. Nicolai og Alette fikk tilsammen fem barn. Henrik ble oppkalt etter morfaren, Henrik Arnold Thaulow, som var byskriver, kunstsamler og stifter av Det dramatiske Selskab i Kristiansand i 1787.