Merckx ledet det belgiske landslagets verdensmesterskap i elleve år, mellom 1986 og 1996. Han fungerte som sdirektør for Tour of Flanders i en kort periode. Han sponset midlertidig et utviklingsteam for ungdom med CGER Bank, et team som inneholdt sønnen Axel. Han hjalp til med å organisere Grand Prix Eddy Merckx, som startet som et individuelt tidsrittarrangement som kun ble invitert til, og som senere ble et tidsrittarrangement for to personer. Arrangementet foldet seg etter 2004 på grunn av rytteres manglende interesse.