Kumaratunga giftet seg med filmstjerne og politiker Vijaya Kumaratunga i 1978. Ektemannen ble myrdet den 16. februar 1988, utenfor sitt hjem, da deres to barn var henholdsvis fem år og syv år. Hennes bror Anura Bandaranaike, som også var politiker, gikk bort i mars 2008.