Colters fortjenester ligger særlig i hans innsats for Lewis-og-Clark-ekpedisjonen, i hans evne til å bygge opp forbindelser til forskjellige indianerstammer, og sin utforskning i så langt uutforskede områder. I 1814 benyttet William Clark skisser av Colter innarbeide på et av de første kartene over den amerikanske Vesten; Colter hadde vært mange steder som Clark ikke var kjent med.