Boulangers mistro mot det parlamentariske system ble imidlertid stadig tydeligere, og både fra venstre- og høyrehold hadde man en kritisk holdning til Boulanger. Etter at Goblets regjering falt, ble Boulanger forflyttet til en armékommando på landsbygden. Uten permisjon besøkte han imidlertid flere ganger Paris, hadde treff med rojalistiske agenter og møtte prins Napoleon i Sveits. Av denne grunn ble han i 1888 avskjediget fra sin generalsbestalling.