I november 2006 ble Club Olimpia sin trener Oscar Paulin sparket på grunn av dårlige leder-evner og Cardozo ble ansatt som midlertidig trener for den paraguayanske klubben. Dette var hans første erfaring som trener. I oktober 2009 ble Cardozo ansatt som assistenttrener for klubben Indios de Juarez for 2009-sesongen. Cardozo returnerte til klubben Olimpia Asunción i november 2009 etter trener Carlos Kiese sin avskjed som trener for klubben.