Krenz måtte gå av en knapp måned senere da SED-regimet brøt sammen. På vårparten ble det gjennomført frie valg som førte til at de demokratiske partiene (de borgerlige og sosialdemokratene) tok over makten, og innledet prosessen som førte til Tysklands gjenforening samme år. Etter gjenforeningen ble Krenz stilt for retten for medvirkning til drap på flyktninger og ble dømt til seks og et halvt års fengsel. Han ble løslatt på prøve i 2003 etter knapt fire års soning.