Etter hjemkomsten til England i 1708 etter mange år på sjøen begynte Stuart å studere til en medisinsk grad ved Leiden University, og han ble uteksaminert derfra den 22. juni 1711. Han tjenestegjorde som lege for den britiske hæren for en kortere periode før han returnerte til England. Han ble valgt inn som Fellow of the Royal Society i 1714, og i 1719 ble han den første legen som praktiserte ved Westminster Hospital før han ble overført til St. Jørgens Hospital i 1733. I 1728 ble Stuart valgt inn som Fellow of the Royal College of Physicians. Han pensjonerte seg fra lege-yrket i 1736. I 1740 ble Stuart tildelt Copleymedaljen.