Stout ble i 1885 medlem av Det akademiske kollegium ved Universitetet i New Zealand og han hadde denne posisjonen frem til sin død i 1930. Fra 1903 til 1923, var han dette universitetets kansler. Han hadde også en fremtredende rolle ved Otago University fra 1891 til 1898. Han spilte en svært viktig rolle i grunnleggelsen av det som i dag heter Victoria University of Wellington. Fra 1929 ble Stout stadig sykere og den 19. juli 1930 døde han i Wellington, i en alder av 86 år.