Landets jernbane var opprinnelig integrert med Indias. I Indusdalen har det vært vansker å vedlikehold jernbanelinjer og veier på grunn vasstrukken jord og jevnlige oversvømmelser. Ved den store flommen 1973 ble lange strekninger med vei og jernbane ødelagt, og brudd i samferdselen mellom Sind og Punjab. Indus er egnet bare for mindre båter på grunn av skiftende vannstand og mange grunner. Det er jernbaneforbindelse over grensen til Iran. Pakistans jernbaner er bredsporet mens Iran har normalspor.