Den malankarisk-ortodoks-syriske kirke går tilbake på den syrisk-ortodokse kirke av Malankara, som ble styrt av egne, indiske , som var underordnet den syrisk-ortodokse patriark av Antiokia. I begynnelsen av 1900-tallet økte spenningene mellom de indiske menighetene og patriarken, siden en del av de indiske prestene ikke følte sine interesser godt nok ivaretatt av patriarken. På grunn av stridighetene ble metropolitten Mar Dionysios VI i 1911 ekskommunisert av den syrisk-ortodokse patriarken. Dermed var samfunnet del i en fraksjon som var trofast mot patriarken, og en fraksjon som fulgte den ekskommuniserte Dionysios. På hans initiativ ble tittelen , som den syrisk-ortodokse kirke hadde avskaffet i 1860, gjenopplivet, og i 1912 ble Baselios Paulose I innsatt som den første Østens katolikos i India. Østens katolikos ble ansett som likestilt med patriarken i Antiokia, ikke underordnet ham – et klart brudd med den syrisk-ortodokse kirke.