Wegener ble stasjonert i det okkuperte Norge i 1940. Her fikk han en ledende stilling i Reichskommissariat, der han ledet en egen spesialavdeling – – som overvåket og assisterte Nasjonal Samling. Wegener anbefalte etterhvert det tyske lederskapet å overlate mer makt til Vidkun Quisling, noe som ledet frem til Statsakten i 1942. I mai 1942 forlot Wegener Norge til fordel for posten som Gauleiter i Weser-Ems.