Bangui ligger langs den nordlige bredden av elven Ubangi like nedenfor en rekke stryk som begrenser skipsfart oppover elven, på den sørlige grensen. Den farbare Ubangi-elven svinger sørover nedenfor Bangui og flyter sammen med elven Kongo like sør for Ekvator, nær Brazzaville. Elven markerer grensen mellom Den sentralafrikanske republikk og Den demokratiske republikken Kongo. Den kongolesiske byen Zongo ligger på den andre siden av elven, overfor Bangui.