Tittelen som keiser i Vesten antydet anerkjennelse fra paven. Etter hvert som pavedømmets makt vokste i løpet av middelalderen, kom paver og keisere i konflikt om kirkeadministrasjonen. Den mest kjente og bitre konflikten var investiturstriden, utkjempet på 1000-tallet mellom keiser Henrik IV og pave Gregor VII.