Berg advarte også tidlig mot nazismen, mest aktivt med taler og foredrag etter en reise i Tsjekkoslovakia våren 1938. Da krigen kom til Norge, ble Berg med i motstandsarbeidet. Han ble tatt av Rinnanbanden, og satt i fangenskap fra 4. desember 1942 til frigjøringen i 1945. Den lengste tiden satt han på Grini. Bergs bøker var forbudt under krigen, og nazimyndighetene stengte Tiden Norsk forlag i 1940. Bøkene hans havnet "på indeks", og ble fjernet fra forlag, bokhandler og biblioteker.