Etter at han kom tilbake, introduserte Calvin nye former for kirkestyre og liturgi, til tross for motstand fra flere mektige familier i byen som prøvde å dempe hans autoritet. I løpet av denne perioden ankom Miguel Serveto til Genève, en spanjol som både katolikker og protestanter oppfattet å ha et kjettersk syn på treenigheten. Han ble fordømt av Calvin og brent til døde på bålet for kjetteri av bystyret. Etter en tilstrømning av støttende flyktninger og nyvalg til bystyret, ble Calvins motstandere tvunget ut. Calvin brukte sine siste år på å fremme reformasjonen både i Genève og i hele Europa. Varig innflytelse fikk kalvinismen først og fremst i Nederland og England, hvor dens puritanske livsholdning skulle prege kulturlivet i senere tid.