I 1979 ble han utnevnt til minister for helse-, sosial-, industri- og justissaker i Atli Dams tredje regjering. Regjeringen gikk av etter lagtingsvalget i 1980, da Johannesen ble valgt inn på Lagtinget fra Norðoyar. Han ble gjenvalgt frem til 2008. Han satt det meste av tiden i Lagtingets finanskomité.