Thaçi ble født i Burojë i Skenderaj-kommunen, nordvest av Drenica-dalen i Kosovo. Etter at han gikk ut fra skolen, studerte han videre ved Universitetet i Zürich, om sørøsteuropeisk historie og internasjonale relasjoner. I løpet av årene på universitetet var han en av de albanske studentlederne der, og den første studentlederen av det parallelle albanske Universitetet i Prishtina som brøt ut i 1989 (og organisert tidlig på 1990-tallet) fra det virkelige universitetet på grunn av kosovoalbansk boikott av Milosevics nye politiske status på Kosovo.