Patriarken (også kalt paven) i Den koptisk-ortodokse kirke må ikke forveksles med patriarken i Den koptiske katolske kirke, eller patriarken i Den ortodokse kirke i Alexandria, en kirke som utgjør en del av den ortodokse kirke. Videre må den koptisk-ortodokse pave (og patriark) selvsagt ikke forveksles med den romersk-katolske pave.