De arabiske palestinerne hadde vært i konflikt med de jødiske palestinerne og opprettelsen av den israelske staten i 1948, og i 1964, tre år før seksdagerskrigen, ble PLO, Palestine Liberation Organization, opprettet. Organisasjonens opprinnelige mål var å frigjøre Palestina, og å utslette staten Israel. I første omgang innebar dette geriljakrig fra det jordansk-okkuperte Vestbredden. Da området falt ut av jordanernes hender, fortsatte PLO kampen fra østbredden av Jordan-elva, hvor de i 1968 utkjempet det velkjente slaget om Karameh med israelske styrker. Militsens tilstedeværelse i Jordan førte til slutt til borgerkrig i landet, kjent blant palestinere som sorte september i Jordan. Til tross for en syrisk inngripen på palestinernes side ble konflikten vunnet av det jordanske kongehuset, og PLO ble kastet ut av landet.