Byen ble grunnlagt den 28. oktober 1865 av William B. Howard som Town of Strother. I november 1668 ble byen omdøpt til Town of Lee's Summit. -delen av navnet kom fra at byen lå på det høyeste punktet på jernbanen mellom Kansas City og St. Louis. Det er flere teorier om hva kommer fra. En teori er at navnet kommer fra borgerkrigsgeneralen Robert E. Lee, en annen teori er at navnet kommer fra en av stedets tidligste innbyggere, Dr. Pleasant Lea.