Han ble som den eneste kvalifiserte kandidat og dermed uten motstand, utnevnt til president i Republikken Singapore den 18. august 1999. Den 12. juli 2005, kunngjorde Nathan at han søkte gjenvalg som president. Han leverte en kvalifisert søknad til komiteen som avgjorde kandidater til presidentvalget. I august 2005 kunngjorde komiteen at de andre tre søkerne som også ville bli presidenter hadde blitt avvist som ikke kvalifiserte søkere. Nathan kom tilbake uten motstand på nominasjonsdagen den 17. august 2005. Han ble tatt i ed for sin andre periode i presidentembetet 1. september 2005.