Den politiske ledelsen blir å ha sitt sete i Tromsø. Dette gjelder det nye fylkestinget for Troms og Finnmark, fylkesordføreren, fylkesrådlederen og fylkesrådmannen. Det nye fylkestinget får 57 medlemmer, mot 37 medlemmer i det gamle Troms fylkesting og 35 medlemmer i det gamle Finnmark fylkesting. Fylkesmannen for Troms og Finnmark (statens representant), skal ha sitt sete i Vadsø. Den 1. januar 2019 ble tidligere fylkesmann i Troms, Elisabeth Aspaker, utnevnt til ny fylkesmann. Fellesnemnda skal bestå av 36 medlemmer, 19 fra Troms og 17 fra Finnmark. Lederen i fellesnemnda velges fra Troms.