Dessuten var ferjestedet Harpers Ferry føderale territorium etter den vestlige delen av Virginia hadde brutt seg ut som for å være i unionen. Som en grensestat var motstanden mot brudd med unionen sterk i de vestlige countyene av Virigina, og under et folkemøte den 11. juni i Wheeling valgt lojalistene å opprette en ny delstatsforsamling, dermed skilt seg fra moderstaten. Guvernør William Dennison i Ohio sendt tropper ledet av general McClellan i sommeren inn i Vest-Virginia, hvor de fordrevet de konfødererte troppene ut av det fjellendte landskapet. Gjennom den nye delstaten som formelt ble opptatt i unionen 23. mai 1862, gikk den viktige The Baltimore and Ohio Raidroad jernbanen, selve livsnerven mellom hovedstaden og Midtvesten. Denne jernbanen krysset Potomac-elven ved Harpers Ferry vestover mot Cincinnati og nordvestover mot Pittsburgh.