Til tross for at øya har ligget langs viktige handelsrutene i to tusen år har byggingen av en moderne havn blitt utsatt gjentatte ganger inntil siste halvdel av 1900-tallet. I 1933 ble det gjort anstrengelser for å bygge en havn ved landsbyen Agia Pelagia, men finansielle og regjeringsproblemer førte til at det tok tiår før planene ble satt ut i livet. Den var hovedhavnen fram til midten av 1990-tallet (og er siden blitt bygget ut som fergekai for turistanløp). På samme tidsrom begynte utbyggingen av den nye havnen i Diakofti. Stedet var opprinnelig valgt av øyas britiske herskere på 1800-tallet. Havnen ble bygget sammen med en moderne og bredere vei for å kunne ta imot støtte lasteskip og passasjerskip. Havnen i Diakofti har nå faste ruter til og fra Gytheio, Kalamata, Andikythira, Pireus, Kreta & Limassol - Elafonisos.