Han ble født i København som sønn av generalpostdirektør Frederik Christian Danneskiold-Samsøe og Frederikke Louise von Kleist (1747–1814). Faren døde da han var 3 1/2 år gammel, hvorfor han i 1785 fikk den senere dikter og prest Christen Andersen Lund som veileder. I 1792 tiltrådte han som mindreårig styrelsen av grevskapet Samsøe og overdirektoraret for Gisselfeld kloster, hvor han medvirket til å lette bøndenes stilling. 30. november 1795 ektet han Johanne Henriette Valentine Kaas, datter av admiral Frederik Cristian Kaas (1727–1804) og Edele Sofie Kaas (1746–1800).