Kong Sverre Sigurdsson overdro rundt 1190 stedet til Johanitterordenen, og et hospital eller pleiehjem for gamle hirdmenn ble anlagt. Klostertiden varte frem til 1532. Klosterets kirke var viet til Johannes Døperen, og klosteranlegget var det eneste Johanitterordenen hadde i Norge. Ordenens opprinnelige formål var å bidra med omsorg for syke og nødstedte pilegrimer i Det hellige land. Men virksomheten fikk etter hvert en militær side; i løpet av 1100-tallet bygde de opp militære eliteavdelinger som var med på å forsvare korsfarerstatene sammen med andre korsfarerordener, som tempelridderne. De trengte en base for å skaffe seg ressurser og kom til å grunnlegge hus i hele Vest-Europa. I Norge drev johanitterne utelukkende humanitært arbeid.