I 1861 begynte Eis å studere for prestetjeneste ved i Milwaukee i Wisconsin. På grunn av den amerikanske borgerkrig sendte biskop Frederic Baraga Eis for å studere filosofi og teologi i stedet ved i Joliette i provinsen Quebec i Canada.[5] I løpet av de siste årene på Joliette underviste han i engelsk, matematikk og handel.