Han besøkte Washington og Moskva i 1943. Til Moskva formidlet han Romanias tilbud om våpenstillstand. Tross sin plassering i London og dermed orientering mot Vesten stod Beneš også på vennskapelig fot med Sovjetunionens leder Josef Stalin. I 1943 undertegnet han en avtale med Sovjetunionen om vennskap og bistand trolig fordi han forutså at Tsjekkoslovakia ville bli befridd fra øst.