Bunnforholdene er mangearta, men lavtvannsområdene blir generelt dominert av sandbunn og de dypere områdene av store mengder av silt og leire. I mindre områder finnes dessuten steinrev, muslingbanker og blottlagt grunnfjell. Visse steder i Køge Bugt finnes nunataker av undergrunnens kalk. Mellom Amager og Malmö ligger en gammel randmorene kalt Drogden Sill, hvor vanndybden ikke overstiger 10 meter. Denne terskelen blir i stor grad styrt av vanngjennomstrømningen.