Honduras debuterte i mesterskapssammenheng i CONCACAF's Women's Championship 1998, der det tapte stygt mot Guatemala og spilte uavgjort mot El Salvador. I kvalifiseringen til Gold Cup i 2000 endte Honduras nok en gang sist, bak Guatemala, Costa Rica og Nicaragua. Honduras tapte samtlige kamper, men ingen med så stygge resultat som det mot Guatemala to år tidligere. Også i kvalifiseringen til Gold Cup i 2002 endte Honduras sist, men de tok sin første seier gjennom å slå allerede kvalifiserte Panama i siste kamp.