I 2000 NSB Gardermobanens infrastruktur overført til Jernbaneverket, mens NSB Gardermoen fortsatte med selve togkjøringen. Til gjengjeld ble alle investeringskostnadene på banen og togene slettet fra ansvaret til NSB Gardermobanen, og selskapet trengte dermed ikke betale renter på lån. Derimot må Flytoget AS og de andre togoperatørene betale en «kjørevegsavgift» til Jernbaneverket for å få bruke banen, en slags driftsavgift som går til å dekke vedlikeholdet av den. Dette er en vanlig driftsform på jernbanenett i Europa, men Gardermobanen er den eneste banestrekningen i Norge som er organisert på denne måten. Dette skjedde blant annet på bakgrunn av «en omfattende evaluering av hele Gardermoprosjektet i regi av det offentlig oppnevnte Mydske-utvalget.», som høsten 1999 fastslo at «Gardermobanen kan ikke bli bedriftsøkonomisk lønnsom som lovet i Regjeringens forslag fra 1992.» Fra 1. januar 2001 endret NSB Gardermobanen navn til Flytoget AS, men var fortsatt organsiert som et datterselskap av NSB BA. Stortinget bestemte 9. desember 2002 at Flytoget fra 1. januar 2003 skulle omorganiseres til et eget statsaksjeselskap. Selskapet ble først underlagt Samferdselsdepartementet, men ble fra juni 2004 flyttet til Nærings- og handelsdepartementet (nå Nærings- og fiskeridepartementet).