De viktigste utgravningene begynte i 1905 under ledelse av tyske Heinrich Kohl og Carl Watzinger. Det ble fortsatt av fransiskanerne Vendelin von Benden (1905–1915) og Gaudenzio Orfali (1921–1926). Utgravningene resulterte i oppdagelsen av to offentlige bygninger, synagogen som ble delvis restaurert av Orfali, og en åttekantet kirke. Senere, i 1968, ble den vestlige delen av stedet undersøkt, den delen som var eid av fransiskanerordenen. Undersøkelsen ble satt i gang av Corbo og Stanislao Loffreda med finansiell støtte av de italienske myndigheter. I løpet av denne fasen ble et hus oppdaget som det ble hevdet tilhørte apostelen Peter. Det lå i et nabolag av byen fra 100-tallet e.Kr. Disse utgravningene har fortsatt med en del publisering så nylig som 2003.