Fartøyene fikk også degaussing mot magnetiske miner, og sjøfolkene fikk utdelt vanntette overlevelsesdrakter til bruk hvis skipet måtte forlates. En viktig del av sikkerheten var strengt hemmelighold av seilingsruter og havner, best uttrykt ved slagordet «Loose lips sink ships». På tross av disse og andre tiltak var tapene store. Av totalt 30 000 norske sjøfolk som seilte for Nortraship mistet minst 3 000 livet under andre verdenskrig. Om lag 500 av Nortraships skip gikk tapt, totalt 1,9 millioner bruttoregistertonn. Med slitasje på skipene ble det anslått at 60 % av handelsflåtens realkapital gikk tapt under andre verdenskrig, mot 18 % totalt i det norske samfunnet.