Militære katastrofer fortsatt i de neste årene. I 1697 gjennomførte prins Eugene av Savoia et meget vellykket raid som endte i en nedbrenning av Sarajevo. Den store tyrkiske krigen endte i 1699 med Karlowitz-avtalen. Til tross for denne avtalen, som innebar at Det osmanske rike avga blant annet Ungarn, Transilvania og Slavonia, oppstod nok en krig mellom partene sent på 1710-tallet. Denne gangen endte det i 1718 med Passarowitz-traktaten som resulterte i nok en bølge av muslimske flyktninger inn i Bosnia. Dette til tross for at Det osmanske rike fikk igjen noe av de tapte områdene.