Ekberg begynte å dømme fotball for barndomsklubben Torns IF i en alder av 13 år, men begynte på sin profesjonelle dommerkarriere i 2003 og fikk sine første kamper i Superettan på andre nivå i 2007. Han fikk sin debut i Allsvenskan under 2009-sesongen i kampen mellom Gefle IF og Helsingborgs IF den 19. juli 2009 (0–2), og ble dermed den hittil yngste hoveddommer gjennom tidene i landets øverste divisjon i en alder av 24 år og seks måneder. I 2013 ble han av Sveriges fotballforbund (SvFF) kåret til årets dommer i svensk fotball, og samme år ble han utnevnt til FIFA-dommer.