Men snart satte Rekstens anti-nasjonalsosialistiske aktiviteter ham i en svært utsatt stilling, og av frykt for sitt liv, men også for å kunne fortsette å arbeide som skipsreder, valgte han å forlate sine fem mindreårige barn hjemme på Fjøsanger for å reise over til Storbritannia. Derfra dro han videre til New York i den hensikt å være med på å organisere og bygge opp Nortraships virksomhet i USA. Fem av skipene hans var i utlandet, og kunne stilles til disposisjon for de alliertes krigsinnsats. Men det ene av dem, DS «Hadrian» ble internert i juli 1940 i Dakar etter den tysk-franske våpenstillstanden. Senere ble «Hadrian» ført til det frie Sør-Frankrike, men ble der tatt som krigsbytte av tyskerne etter deres invasjon i november 1942. Skipet var i tysk tjeneste frem til det ble senket av sovjetiske fly utenfor Sevastopol 11. mai 1944. Det sjette skipet, DS «Nerva», havnet derimot straks under tyskernes kontroll hjemme i Norge, og gikk senere ned utenfor Rørvik i 1943. Samtlige fire av Rekstens medarbeidere, under ledelse av hans svoger og kontorsjef Rasmus Wilhelmsen (1903–1984), ble værende igjen på Fjøsanger for å ta seg av den hjemlige delen av rederivirksomheten og opprettholdt de daglige kontorrutinene, selv om det etterhvert ble stadig mindre for dem å gjøre.