Keyser ble i 1820 ansatt som amanuensis Universitetsbiblioteket, hvor han begynte å arbeidet i utlånet. Samtidig var han lærer i latin ved flere skoler. Da Georg Sverdrup sluttet i 1845 overtok Keyser stillingen som sjef. Keyser gikk av med pensjon i 1863, men fortsatte å arbeide på biblioteket. Da Paul Botten-Hansen døde i 1869 fungerte Keyser på nytt som sjef i et halvt år.