Til tross for rettmessigheten til arvefølgen kontrollerte Ligaen fortsatt Paris. Den 13. mars 1590 utkjempet Henrik og hans hugenotthær slaget ved Ivry nær Paris mot Ligaens styrker. Dette var et viktig slag og en svært viktig dag i Henriks liv, for nå lå veien åpen til Paris. Henrik beleiret Paris i fire måneder, men hans krigslykke sviktet ham da Ligaen fikk utenlandsk hjelp. Da spanske tropper rykket frem for å hjelpe Ligaen våget ikke Henrik annet enn å trekke hæren sin tilbake. Henrik forstod etterhvert at han ikke ville komme på den franske tronen som protestant. Ifølge tradisjonen skal han ha sagt . I 1593 foretok Henrik en høytidelig overgang til katolisismen i kirken i Saint-Denis utenfor Paris. Etter messen ble han hyllet av folkemengden som fransk konge. Det var katolikkene og ikke hugenottene som hadde flertallet og makten i Frankrike, og etter Henriks konversjon sluttet katolikkene opp om ham i stadig større antall.