McKeans gjesteopptredener i TV omfatter inkluderer , , , , , og . Han hadde stemmen til Henrys fetter i , der David Lander hadde Henrys stemme. I 1998 hadde han gjesteopptreden i i episoden "Dreamland", hvor hans karakter Morris Fletcher bytter kropp protagonisten Fox Mulder. Rollen var en suksess og ble gjentatt i "Three of a Kind" (1999), en episode som fokuserte på de gjenvendende karakterene i . Skikkelsene fikk en kortvarig spin-off serie i 2001, før de gjenoppsto i ’ siste episode, kalt "Jump the Shark". McKean hadde en rolle som bandleder Adrian Van Horhees i Martin Shorts serie, . I 2003 hadde han en gjesterolle som Perry White i , en Superman-prequel hvor McKeans ektefelle Annette O’Toole også hadde en rolle, som Martha Kent.