Han var av bondeslekt som sønn av Niels Joensen og Frederikke Cathrine (Stóra Fredrikka) Zachariasdatter. Han giftet seg med Jacobina (Bina) Maria Jacobsen, datter av bonde og kirkeverge Jacob Johnsen (Jákup í Gomlustovu) i Sandavágur. Deres datter Frederikke ble gift med kjøpmann og lagtingsmann Niclas Niclasen. Etter sin død ble Nielsen etterfulgt i sysselmannsembedet på Vágar av sin sønn Joen Zacharias Nielsen.