Mellom Pan Am og Panagra var det avtalt at Pan Am skulle operere flyvninger mellom US og østkysten av Sør-Amerika, mens Panagra skulle betjene byene på vestkysten (Colombia, Ecuador, Bolivia, Paraguay, Chile, Peru og Buenos Aires). Etter 36 år med et vellykket samarbeide besluttet likevel Pan Ams president i 1965, Juan Trippe, at det var på tide å avslutte og solgte sin 50% eierandel i Panagra til Braniff International Airways. Panagra sluttet seg sammen med Braniff International og tok Braniffs navn i mars 1967. Braniff opererte med hell alle Panagras ruter til Sør-Amerika med de nye DC-8 frem til 1982, da Braniff gikk konkurs. Rutene på Sør-Amerika ble kjøpt opp av Eastern Air Lines som fortsatte å operere med sine egne piloter, men beholdt Panagras bakkepersonell og kabinpersonale. Da også Eastern måtte melde pass og gikk konkurs i tidlig på 1990-tallet ble rutene kjøpt opp og operert av American Airlines frem til i dag.