Selv om Bunyan ble ikkekonformist og medlem av en uavhengig baptistkirke, beskrev han seg selv som kun en kristen, og selv om levde i en tid hvor toleransen for religiøse bevegelser utenfor den engelske kirke ikke eksisterte. En av de første baptistprester led martyrdøden, andre som Thomas Helwys døde etter få år i hardt fengselsopphold under Karl 1. Først under Karl 2 kommer en ny lov i 1672 som gir Bunyan anledning til å forkynne uten nye fengselsstraffer. Med en ny felleskristen tidsalder er han blitt husket i den engelske kirke med en mindre festival den 30. august, og i den liturgiske kalender i den amerikanske episkopalkirken den 29. august. Andre kirker i det anglikanske fellesskap, slik som den anglikanske kirke i Australia minnes ham på hans dødsdag den 31. august. Det viktigste er at han er en sentral skikkelse innen den baptistiske del av kristenheten, som i løpet av de neste fire hundre årene vokste fram som en verdensomspennende kirkefamilie.