I Norge finnes arten nordover til Trøndelag. Oftest jakter arten like over vannflaten, men vannflaggermus kan også jakte i skog. Den foretrekker stillestående vann og unngår strie elver. Den finnes også i saltvann med lav promille salt og er vanlig nær elvemunninger og i trange fjorder med brakkvann i overflatelaget. Ynglekolonier legges i flere ulike habitater, som hule trær, bergsprekker, steinbroer m.fl. Den blir sjelden påvist i bygninger.