I grevefeiden fra 1534 til 1536 var hans ry som sjømann allerede etablert. Han ble sendt av den danske regjeringen for å assistere Gustav Vasa, som på den tid var alliert med Christian III, i kamp mot Lübeck og den danske tronpretendent grev Christoffer. Peder Skram hjalp med å organisere den svenske flåten i løpet av krigen. Innsatsen reduserte hansaveldets innflytelse i Østersjøområdet, og ved kroningen i 1536 ble Peder Skram adlet som takk for innsatsen. Han fikk også plass i kongens råd og bidro der i kampen mot tysk dominans.