Han startet sin profesjonelle karriere i FC Utrecht i 1998 som 19-åring. Kuyt etablerte seg raskt på førstelaget, men ble mest brukt som ving, da Utrecht foretrakk serbiske Igor Gluščević som spiss. Dette fortsatte helt til 2002-03-sesongen da Foeke Booy ble ny manager for Utrecht. Booy valgte Kuyt som lagets spiss i hele sesongen, og Kuyt svarte med hele 20 ligamål. Utrecht kom også til den nederlandske cupfinalen, der laget slo storfavoritten Feyenoord 4-1, med Kuyt som en av målskårerne, og han ble også valgt til cupfinalens beste spiller. Ved sesongens slutt ble så Kuyt solgt til Feyenoord for 1 million £.