Abalkin ble utnevnt til direktør ved Instituttet for økonomi ved Sovjetunionens akademi for vitenskap i 1986. Abalkin var medlem av det øverste sovjet i Sovjetunionen med spesielt ansvar for økonomiske anliggender. Abalkin arbeidet senere som rådgiver for president Mikhail Gorbatsjov og senere for Boris Jeltsin da han var president. Under styret til president Mikhail Gorbatsjov var Abalkin en av de store forkjemperne for en rask økonomisk reform.