Partiet ble grunnlagt i 1945 som etterfølger av Bayerische Volkspartei, som ble oppløst i 1933. Av historiske årsaker er den bayerske utgaven av unionen beholdt som et eget parti, og CDU driver ingen politisk virksomhet her. Det betyr ikke at samarbeidet mellom de to er uten problemer, eller at det ikke finnes ideologiske forskjeller.