Fra 1970 var Mortensen ansatt ved Musikkonservatoriet i Oslo, der han ble landets første professor i komposisjon (1973). Han etterfulgte dessuten Pauline Hall som leder av Ny Musikk (1961-1964, 1966-1967), en viktig forening for å fremme samtidsmusikken. Mortensen var senere direktør for Rikskonsertene, samt musikkritiker i Dagbladet.