Van Buren ble født i Kinderhook i delstaten New York, 30 km sør for Albany. Hans tipp-tipp-oldefar Cornelis kom til den nye verden i 1631 fra Nederland. Martins far var Abraham van Buren (17. februar 1737–8. april 1817), bonde og populær vertshuseier. Hans mor var Maria Hoes (27. februar 1743–16. februar 1817) som også hadde barn fra et tidligere ekteskap.