Ut fra sammenlagtplassering i verdenscupen var Northug en av favorittene i Tour de Ski 2008/09, men det var mange renn i klassisk, noe som ikke passet ham så bra. Men han gjorde det bedre i klassiskrennene enn forventet. Northug tok en etappeseier og ble nummer to sammenlagt, etter Dario Cologna, og han tok også over andreplassen i verdenscupen sammenlagt.