I desember 2007 opplyste Bondevik at han hadde vært utsatt for trusler, trakassering, karikering og offentlig utskjelling fra motstandere av hans motstand mot å ordinere homofilt samlevende til prester. To ganger dreide det seg om drapstrusler. Han hadde ikke anmeldt noen av forholdene, som hadde skjedd over flere år og før det siste kirkemøtet.