Under sin belgiske militærtjeneste arbeidet Janssen ved Universität zu Köln i under J. Schuller. Janssen grunnla i 1953 sitt eget laboratorium med et lån fra faren på over 50.000 belgiske franc. Dette ble begynnelsen på Janssen Pharmaceutica. I 1953 utviklet han også sitt første medikament ambucetamid, et spasmolytikum som viste seg særlig effektiv for linding av menstruasjonssmerter.