På 800-tallet ble Sicilia erobret av muslimske arabere, og snart begynte sarasenske pirater å herjet over Tyrrenhavet, noe som fikk dramatiske effekter for Lipari. I år 839 drepte araberne det meste av befolkningen. Relikviene ble flyttet i sikkerhet til Benevento, og Lipari ble til sist fullstendig forlatt. I mellom 1060 og 1090 klarte normannere å erobre Sicilia tilbake fra araberne, og det ble igjen mulig å bo sikkert på Lipari. Bispesetet på Lipari ble gjenopprettet i 1131.