Kristensens først stilling var ved Kongsberg våpenfabrikk hvor han arbeidet en kort tid før han fikk en ny stilling for prosjektet med bygging av Bandak–Norsjøkanalen. I 1891 ble han ingeniørassistent ved kanalvesenets hovedkontor i Kristiania, og i 1895 ble han avdelingsingeniør og sjef for den nyopprettede hydrologiske avdelingen. I 1898 og 1901 foretok han studiereiser utenlandsk, den første reisen for å se på andre lands administrasjon av offentlige hydrologiske avdelinger. Reisen i 1901 for å se på store kraftanlegg i Italia og Sveits. Det var for hans overordnede kanaldirektør Gunnar Sætren opprettet den hydrologiske avdelingen.