Etter utbruddet av andre verdenskrig emigrerte Milhaud med sin kone til USA, og ble lærer ved Mills College i Oakland, hvor han virket til 1971. Etter krigen hadde han også en komposisjonsklasse ved konservatoriet i Paris (til 1972). Han underviste i denne tiden vekselvis ett år på hvert kontinent. Han hadde så forskjellige studenter som jazzmusikeren Dave Brubeck, minimalisten Steve Reich, symfonikeren Allan Pettersson og avantgardistene Karlheinz Stockhausen, Larry Austin og Iannis Xenakis.