Morales ble sett på som en av Europas beste komponister rundt midten av 1500-tallet. Han skrev nesten bare vokal kirkemusikk, riktignok kan enkelte framføringer ha blitt akkompagnert av instrumenter. Han skrev mange messer, noen av dem er svært vanskelige å framføre og sannsynligvis skrevet for pavens kor. Videre skrev han over 100 motetter, 18 tonesettinger av Marias lovsang og minst fem av Klagesangene. I våre dager er magnificatene hans mest framførte verk.