Da dykkerturismen vokste, ønsket utbyggere å bygge ut hoteller på Klein Bonaire, men like før århundreskiftet ble øyen kjøpt og beskyttet mot utbygging av øyområdet Bonaire med hjelp av Nederland, World Wide Fund for Nature og andre naturvernere. Fra 2001 er Klein Bonaire et ved lov beskyttet naturområde som dagturister og dykkere kan nå med båt.