Günther, som kom fra en musikalsk familie, studerte først sammenlignende språkvitenskap og germanistikk ved Albert-Ludwigs-Universität i Freiburg, men deltok også på naturvitenskapelige forelesninger om zoologi og geografi. Grunnlaget for sine senere raseteorier fikk han ved å lytte til antropologen Eugen Fischer. Sommersemesteret 1911 tilbrakte han ved Sorbonne i Paris. I 1914, like før første verdenskrig, tok han doktorgrad og vervet seg deretter som frivillig, men da han led av leddrevmatisme, havnet han raskt på sykehus. Under første verdenskrig tjenestegjorde han i Røde Kors.