I 1989 ble han sekretær for Nicaraguas bispekonferanse, og så dens president fra 1991 til 1993, 1997 til 1999 og i 2005, og dens visepresident fra 1999 til 2002 og fra 2011. Han var initiator for anerkjennelsen av katedralen i León som UNESCO-verdensarv.