Denne kommisjonen laget en ny grunnlov som Bayoya godkjente i 1992. Denne grunnloven at landets styre ikke etnisk med en president og et parlament. Et demokratisk valg ble avholdt i juni 1993 og ble vunnet av hutuen Melchior Ndadaye som opprettet en balansert hutu og tutsi-regjering. Allikevel drepte arméen Ndadaye og Burundi gikk tilbake til borgerkrig. Nesten 150 000 mennesker ble drept i løpet av krigen. Det var flere forsøk på å styre landet, men til og med en koalisjonsregjering under ledelse av Sylvestre Ntibantunganya klarte ikke å stoppe krigføringen.