Howe returnerte til Bournemouth som trener for ungdomslaget da klubben ansatte Jimmy Quinn som manager. Quinn fikk sparken 31. desember 2008 og Howe tok midlertidig over som manager. Klubben tapte sine første to kamper, begge på bortebane, men Howe fikk jobben permanent 19. januar 2009 og klarte å føre klubben til en trygg ligaplassering i League Two på tross av at klubben måtte starte sesongen med 17 minuspoeng.