Han trådte som sekstenåring inn i fransiskanerordenen i deres konvent i Los Angeles i Spania. I 1521 fikk han pavens tillatelse til å reise til misjonene i Amerika sammen med fader Glapion, som var Karl Vs skriftefar. Glapion døde samme år og da ble ikke reisen noe av. I stedet ble Quiñones valgt til høye embeder i sin orden i Spania, og så til generalminister i Roma (1523–1527).