Etter reformasjonen ba danskekongen Frederik 2. norsk geistlighet om å fare varsomt frem når de fjernet utstyr fra kirkene, særlig helgenbilder. Biskop Skielderup fór derfor frem med lempe, men i 1568 kom den nidkjære lutheraner Jørgen Lykke til Bergen som medlem av en kontrollkommisjon fra København. Lykke ble opprørt over alle helgenbildene som fortsatt stod fremme i Bergen, og må ha skremt Skielderup, for 1. juni 1569 kom det innkalling til kirkemøte hvor det ble vedtatt å fjerne helgenbildene, bortsett fra de som stod på høyalterne. Men senere så Skielderup noen kvinner bøye kne for slike helgenbilder, og i romjulen 1570 fikk han derfor fjernet helgenbildene som hørte til på domkirkens høyalter, på to nær. Borgermesteren og byrådet ble svært forarget over at biskopen ikke hadde diskutert saken først, og han sendte Absalon Beyer for å avgi en redegjørelse. Responsen var at det ikke ble aktuelt å overvære gudstjenester i domkirken før biskopen hadde fjernet alle helgenbilder fra altrene i andre kirker i Bergen. Nå hardnet det slik til mellom verdslige og geistlige myndigheter at det kom en utsending fra København for å megle. Men helgenbildene kom aldri tilbake, og i 1575 ble Anne Pedersdatter anklaget for trolldom. Da ble hun frikjent, men i 1590 ble hun anklaget igjen, og det fremstår som en hevnakt fordi hennes avdøde mann hadde støttet biskop Skielderup under billedstriden i Bergen.