Likheten med andre mellomamerikanske flagg skyldes at landene Honduras, El Salvador og Nicaragua, sammen med Guatemala og Costa Rica, fra 1823 utgjorde unionen Den mellomamerikanske føderasjon. Unionen førte fra starten nettopp blått, hvitt og blått i sitt flagg. Honduras' flagg kan dermed føre sin historie tilbake til 1823, men det ble først formelt vedtatt 9. januar 1866. De fem stjernene i Honduras' flagg representerer de fem landene som en gang utgjorde føderasjonen.