Etter at Konstantinopel var blitt erobret og herjet av vestlige korsfarere under det fjerde korstog havnet Skhinousa inn under det nyopprettede hertugdømmet Naxos som ble etablert i 1207 av italienske Marco Sañudo. Etter at den muslimske flåten til Khair ed-Din (også kalt for Barbarossa) erobret Naxos havnet øya inn under Det osmanske rike. I den osmanske perioden var øya stort sett ubebodd ettersom den ikke kunne beskytte seg mot piratangrep.