I 2006 trappet Citroën ned fabrikkstøtten, ettersom de skulle utvikle den nye Citroën C4 i forkant av 2007-sesongen. Han kjørte derfor for privat-teamet Kronos Total Citroën. Dette hindret ikke Loeb i å ta sin tredje strake tittel, til tross for at han måtte stå over de siste fire rundene grunnet brukket arm, etter en terrengsykkel-ulykke. Han vant til slutt VM ett poeng foran Grönholm, etter at Grönholm mistet sjansen når han ble nr. 5 i Rally Australia. Loeb vant åtte av de 12 løpene han kjørte, og tok andreplass i de resterende fire.