Geoghan ble forflyttet til forskjellige menigheter innen erkebispedømmet, også etter å ha gjennomgått behandling på i Silver Spring i Maryland mot homoseksuell pedofili, med erkebiskopens, kardinal Bernard Laws, samtykke. I slutten av 1990-årene og begynnelsen av 2000-tallet ble skandalene knyttet til håndteringen avslørt for en bredere almenghet, og kardinal Law måtte fratre. Geoghan ble i 1998 laisert, stilt for Massachusetts' domstoler for seksuelle overgrep og i 2002 dømt til ni til ti års fengel i , et høysikkerhetsfengsel i Shirley i Massachusetts. Året derpå ble Geoghan myrdet i i sin celle av en annen fange, Joseph Druce (født 1965), som sonet en livsvarig fengselsstraff uten mulighet til løslatelse.