Han hadde på dette tidspunkt beveget seg over til et unitaristisk standpunkt, og en avvisning av de bibelske mirakler og i praksis alle overnaturlige beveggrunner. Dette førte til at han ble gjenstand for spottegloser fra pietisten Friedrich Karl von Möser og fra Goethe og et krav om offentlig avvisning av sine idéer eller bli avsatt fra embedet. Bahrdt valgte frivillig å forlate embedet, idet han uttalte at han «heller ville tigge i gatene med hustru og barn, enn å gi prestene og teologene en slik triumf».