Balboa Park er for tiden den mest trafikkerte BART-stasjonen utenfor «downtown» i San Francisco, med overgang til syv San Francisco Muni bussruter og tre Muni Metro linjer. Stasjonen blir også brukt av passasjerer som kommer med bil fra Interstate 280, en av hovedinnfartsveiene til San Francisco. Stasjonen er den sydligste i BART-systemet som passasjerer kan bruke ved hjelp av et SF Muni FastPass (som er gyldig for reiser utelukkende innenfor San Francisco). I 2011 ble en ny inngang åpnet nord for stasjonen for å gi lettere adgang til San Francisco City College.