Botanisk sett er området er møtested for arter fra det nordlige Arktis, det østlige Sibir og mer sørlige planter. De små løvskogene i området er blant de nordligste i verden. Kalkrikt fjell og jordsmonn nord i området gir frodige lommer med sjeldne arter. Den mest kjente planten er likevel den rasmarkstilknyttete og svevelignende altaihaukeskjegg , som ble gjenfunnet inne i nasjonalparken i 2008. Den hadde da vært regnet som utdødd i Norge siden 1943.