Fjorden har innløp fra Norskehavet mellom Øksenvågen i vest og Meldalsholmen ved Kristiansund i øst. Kristiansund by ligger på østsiden av fjorden. Like innenfor innløpet går Brunsvikbukta inn til Brunsvika på Kirklandet og litt lenger sør går Sørsundet inn til sentrum av byen på nordsiden av øyen Innlandet. Mellom Innlandet og Frei, som inntil 2008 var egen kommune, ligger Bolgsvaet. På Frei går Møstavågen inn til bygden Møst.