Når fangene skulle henrettes, ble de fortalt at de skulle dusje, så de ble bedt om å kle av seg og legge fra seg alle verdigjenstander. I gasskammeret ble det tømt Zyklon B gjennom ulike luker eller spesialbygde ventilsystemer. Zyklon B var impregnert med hydrogencyanid (blåsyre), som fordamper raskt i kontakt med luft. Gassen, som i store doser er svært hurtigvirkende, dreper ved å hindre blodet i å ta opp oksygen. Etter ca. 30 minutter var alle døde. Umiddelbart etterpå ble spesielle grupper blant fangene (såkalte Sonderkommandoer) satt til å tømme gasskammeret for døde, og flytte likene til krematorieanleggene, der de ble brent. Dette tjente nazistene store penger på fordi fangene samlet gull fra tenner, ringer, smykker osv og dette blei til 5-6kg gull om dagen.