Årsak og kjennetegn til islamofobi er fortsatt et omdiskutert tema. Noen kommentatorer har hevdet at islamofobien har økt som følge av 11. septemberangrepene, spredningen av ISIS-terrorbevegelsen i Irak, og terrorangrepene i Europa og USA, mens andre har hevdet at det er på grunn av økningen av antallet muslimer i USA og Europa. Og noen er slike som stiller spørsmålstegn til begrepets gyldighet. Akademikeren S. Sayyid og Abdoolkarim Vakil understreker at islamofobi er en reaksjon på den unike muslimske identiteten som har oppstått globalt og at tilstedeværelsen av muslimer i seg selv ikke er en årsak av graden til islamofobi i et samfunn. Sayyid og Vakil understreker at det finnes mange slike samfunn der muslimer ikke er bosatt, men mange institusjonaliserte former av islamofobi eksisterer i slike samfunn uansett.