Fowler debuterte på Liverpools førstelag høsten 1993, og oppnådde umiddelbar heltestatus ved å score alle fem målene i sin hjemmedebut, i en kamp hvor Liverpool vant 5-0 over Fulham FC. Han ble raskt fast på laget, og dannet et av Premier Leagues beste spisspar sammen med Ian Rush, og senere Stan Collymore. På sine fire første sesonger i Liverpool scoret Fowler over 100 mål for klubben. Han scoret blant annet hat-trick på fire minutter i en kamp mot Arsenal FC 28. august 1994, det er den raskeste hat-trick i FA Premier Leagues historie.