Etter patriark Pimens død i 1990 var Filaret én av tre kandidater (og forhåndsfavoritt) til patriarken av Moskva og hele Russland, men tapte valget mot metropolitt Aleksej av Leningrad. Filaret stilte seg deretter i spissen for bevegelsen for å få oppretta en selvstendig kirke i et selvstendig Ukraina. Et kirkemøte i 1991, der alle ukrainske bispedømmer og klostre var representert, vedtok enstemmig at den ukrainske kirka skulle bli autokefal, og Filaret dens primas. Den russisk-ortodokse kirke behandla den ukrainske søknaden om autokefali på et bispemøte i 1992, men avslo den. På det samme møtet ble Filaret anklaga for diverse forhold som gjorde ham uskikka som biskop (bl.a. samboerskap), og han gikk med på å trekke seg.