Som barn bodde Larsen noen få år hos slektninger i Danmark, muligens på Jylland. Selv om hun stakk seg ut blant danskene med sin blandede bakgrunn, hadde hun gode minner fra oppholdet. Da hun kom tilbake til Chicago ble hun innskrevet på en stor, offentlig skole. Etter hvert som det ble stadig flere svarte innbyggere i byen begynte det også å bli større segregering og rasemotsetninger i nabolagene der innvandrerbefolkningen slo seg ned. Nella Larsens mor mente at også jenter skulle ha utdanning, og støttet datteren da hun ville begynne på Fisk University, som var et universitet for afrikansk-amerikanere i Nashville, Tennessee. I studieåret 1907–1908 var Larsen for første gang del av et svart fellesskap, men hun var fortsatt en outsider i forhold til de fleste av medstudentene, som var født og oppvokst i Sørstatene. Nella Larsens biograf George B. Hutchinson oppdaget at hun hadde blitt utvist fra Fisk fordi hun på en eller annen måte hadde overtrådt universitetets strenge kodeks for hvordan en student skulle kle seg og te seg. Larsen dro til Danmark og ble der i fire nye år; da hun deretter vendte tilbake til USA fikk hun problemer med å tilpasse seg det amerikanske samfunnet.