Et er en partikkel i en atomkjerne. Protonet er positivt ladd og består av to up-kvarker og en down-kvark. Antall protoner i kjernen bestemmer atomnummeret og derigjennom hvilket grunnstoff dette gjelder. Det er bare i hydrogenatomet at kjernen har akkurat ett proton, mens f. eks. helium har kjerner med to protoner. I grunnstoffer, isolert sett, er antallet protoner og elektroner like store. Disse har motsatte ladninger slik at atomet da samlet er nøytralt. Ikke isolert sett prøver atomet å oppnå oktettregelen, og gjør protontallet og elektrontallet ulikt. Protontallet er sammen med nøytrontallet, nukleontallet. Det er anslått at det finnes omkring protoner i universet. Protoner har antipartikler.