Selv etter at demokratiet ble innført i begge land på begynnelsen av 1990-tallet, klarte partiene i utgangspunktet å holde på regjeringsmakten. I Guinea-Bissau mistet PAIGC makten da president João Bernardo Vieira ble styrtet i mai 1999, men vant parlamentsvalget i mars 2004 under Carlos Gomes Júnior og så ble statsminister. PAIGC-kandidaten Malam Bacai Sanhá tapte stikkvalget for presidentskapet i juli 2005 mot eks-president Vieira, som stilte som en uavhengig kandidat og dermed kunne gjeninnta embetet igjen den 1. oktober 2005. Etter den forrige regjerings fratreden utnevnte Vieira den tidligere første visepresidenten i PAIGC Aristides Gomes til ny statsminister den 2. november 2005. I oktober var Gomes en av 14 parlamentarikere som forlot PAIGC-fraksjonen, som tidligere bestod av 45 varamedlemmer.