Han utgav også en lett bearbeidet versjon av fransiskanerpateren Basile da Glemonas (1648–1704) . Dette gjorde han på oppdrag av keiser Napoleon. Han gjorde imidlertid ikke oppmerksom på at verket ikke var hans eget. Kort etter at det ble utgitt, ble forholdet oppdaget – Guignes hadde ikke gjort særlig mer enn å bruke et annet sorteringssystem (system for oppføring «alfabetisk») enn det pater Basile da Glemona hadde benyttet. Forholdet ble sterkt kritisert av professor Jean-Pierre Abel-Rémusat (1788–1832).