Da den jugoslaviske hæren trakk seg ut av området høsten 1993, ble Krajina-republikken stadig mer presset av den kroatiske hæren, og Milosević gikk med på å sende Arkans paramilitære styrker til unnsetning på anmodning fra Krajina-republikkens «statsminister» Goran Hadžić. Da sistnevnte ble avsatt i 1994 av «president» Milan Martic, fungerte han som fylkesguvernør i Šibenik-Knin med hovedkvarter i byen Knin. I august 1995 rykket kroatiske styrker inn i Krajina og inntok byen Knin, anført av general Ante Gotovina og politioffiseren Mladen Markač. Krigsforbrytelser fra både serbisk og kroatisk hold utført i og rundt Knin, har blitt påtalt og dømt. Etter krigene vendte de fleste kroatene tilbake til Knin, og også mange serbere har gjort det etter 2000. I dag er det nasjonalistiske kroatiske partiet HDZ størst i kommunen, etterfulgt av det kroatisk-serbiske partiet SDSS.