Shenzou 5 gjennomførte 14 runder og landet 21 timer etter oppskyting. Romskipet kom inn i jordens atmosfæren kl 06:04, 16. oktober (lokal tid). Fallskjermene åpnet seg normalt og taikonauten rapporterte at han følte seg fin. Landingen skjedde kl 06:28 (lokal kinesisk tid), bare 4,8 km fra den planlagte landinggsstedet i Indre Mongolia, ifølge opplysninger fra den kinesiske regjeringen. Kretsløps-modulen av romfartøyet ble værende i bane, det fortsatte med automatiserte eksperimenter til 16. mars 2004, og brant opp i atmosfæren 30. mai.