Tidlig på 1950-tallet, altså like etter annen verdenskrig og med den kalde krigen som bakteppe, begynte de uformelle samtaler og møter mellom ulike europeiske kirker som senere skulle bli formalisert i KEK. Sammenslutningen oppstod i erkjennelsen av at man bodde på et splittet og herjet kontinent, og hovedtanken var å arbeide for internasjonal forståelse og å bygge bro mellom kirkene i Øst-Europa og Vest-Europa, som ble skilt med Jernteppet. Dette gav seg blant annet utslag som at KEKs generalforsamling i 1964 ble avholdt ombord på et skip utenfor Bornholm – for å forbigå alle visumproblemer og sørge for at representanter fra alle medlemslandene skulle kunne delta. De senere tiår, og særlig etter jernteppets fall, har KEK i stadig økende grad rettet fokus mot andre former for brobygging: Mellom minoritets- og majoritetskirker, mellom kvinner og menn og mellom kristne og mennesker med en annen tro. I samarbeid med Den katolske kirke i Europa er det også arrangert en rekke økumeniske møter – som i 2001 munnet ut i fellesdokumentet . Både KEKs medlemskirker og Den katolske kirke har oppfordret alle sine menigheter i Europa til å benytte seg av dette økumeniske skriftet på lokalt plan.