I det samme året, 1933, besvangret han en ugift pike og fikk en datter, Hildegard, med Hildegard Auer. Skjærtorsdag i 1936 giftet han seg med Franziska Schwaninger (1913-2013), en dypt religiøs kvinne. Etter bryllupet reiste brudeparet på en pilegrimsreise til Roma for å besøke de hellige steder og delta på en generalaudiens med pave Pius XI (1922-39). Inspirert av sin kone begynte Jägerstätter nå et dypere liv. Ektefellene ba sammen, og Bibelen ble hverdagslesning. Franz' fromhet ble stadig dypere med daglig messe, hyppig mottak av eukaristien og daglig religiøs lektyre. Han foretok hyppige valfarter til Altötting og overrasket i det hele tatt alle med sin nye levemåte.