Thomas Kingos far, Hans Thomsen Kingo, kom som toåring fra Crail i Skottland til Danmark. Familien måtte da endre det skotske etternavnet sitt, , til Kingo. Thomas Kingos mor Karen Sørensdatter kom fra en gårdbrukerfamilie ved Slangerup. Kingos far var «tapetserer», dvs. en som vevde gobeliner, møbelstoff og stoff til finkjoler, regnet som et lønnsomt håndverk. Sønnen begynte på Slangerup latinskole, men ble forflyttet til Christian 4. nye latinskole i Hillerød da det ble oppdaget at 16-åringen hadde gjort en jente gravid.