Jean Sibelius var sønn av legen Christian Gustaf Sibelius, og Maria Charlotta Sibelius (født Borg). Jean var det midterste av parets tre barn. Faren var 44 år gammel da Jean ble født, og moren var 24 år gammel. Den eldste i søskenflokken var datteren Linda. Jean Sibelius' bror var den fire år yngre Christian Sibelius, som ble professor i medisin. Jean ble kalt «Janne» i familien.