KUN ble opprettet i 1997, og de første studentene begynte i 1999. Gunnar Stålsett, dengang rektor ved Det praktisk-teologiske seminar i Oslo, var en av grunnleggerne av KUN sammen med Ole Mjøs, biskop Ola Steinholt og Anne Dalheim. Formålet med å opprette KUN var å bidra til økt kirkelig rekruttering i landsdelen, samt ha en nordnorsk profil på utdanningen. Det tverrfaglige var et tredje poeng. Både hadde det sin egen verdi, samtidig som det gjorde rekrutteringsgrunnlaget større. Det var også viktig å skape et fullt teologistudium ved Universitetet i Tromsø. Dette ble virkeliggjort sammen med Institutt for historie og religionsvitenskap ved Universitetet i Tromsø, som ble opprettet få år før KUN (den gang het dette Institutt for religionsvitenskap). KUN ble først opprettet som et prosjekt, men ble ganske raskt permanentisert (2003). KUNs første rektor var Kjell Riise. Deretter har Hallgeir Elstad vært rektor, mens Kristin Stang Meløe over flere år fungerte som rektor.Fra 2005 til 2017 var Stig Lægdene rektor. Førsteamanuensis Bernd Krupka fungerer som rektor fra sommeren 2017.