Fra 1974 arbeidet Pfahls i det nye bayerske miljøverndepartementetet og i 1976 ble han parlamentarisk sekretær i Det bayerske statskanselli, hvor Franz-Josef Strauss oppdaget ham og gjorde ham til sin personlige sekretær da han ble statsminister i 1978. Fra 1981 var Pfahls sjef for statsministerens kontor, og i 1982 ble han sjef for den såkalte «Grundsatzabteilung» i statskanselliet.