I gjennomsnitt når isen en tykkelse på 0,4 til 1,2 meter, men på enkelte steder med skruis kan den være over 2 meter. I løpet av denne perioden er temperaturen langsomt stigende på økende dybder i sjøen, og er kaldest i nærheten av den isdekkede overflaten (ca. 0 °C) og når omtrent 3,5–3,8 °C ved en dybde på 200-250 meter. Etter at overflateisen bryter opp, blir overflatevannet langsomt oppvarmet av solen, og i juni blir det øvre ca. 300 meter tykke vannlaget homoterm (samme temperatur i hele) på grunn av vannblanding. Solen fortsetter å varme opp overflatelaget, og på toppnivået i august kan det nå opp til ca. 16 °C i hoveddelene av sjøen og 20 °C i grunne bukter i den sørlige halvparten av innsjøen. I løpet av denne tiden er mønsteret invertert i forhold til vinter og vår, da vanntemperaturen faller med økende dybde. Etter hvert som høsten begynner, faller overflatetemperaturen igjen, og en andre homotermisk periode i de øvre ca. 300 meter opptrer i november. I de dypeste delene av sjøen, fra ca. 300 meter og dypere, er temperaturen svært stabil, med 3,1–3,4 °C, og bare mindre årlige variasjoner. På enkelte steder har man funnet hydrotermale skorsteiner med vann som kan være ca. 50 °C. Disse er for det meste i dypt vann, men lokalt har de også blitt funnet i relativt grunt vann. De har svært liten effekt på sjøtemperaturen på grunn av det store volumet til innsjøen.