Mishima var også politisk aktivist med en egen blanding av høyreradikal nasjonalisme og kulturkonservatisme som kampsaker. Han var også fylt med selvmotsigelser. Han var en ivrig japansk patriot, men unnlot å tjenestegjøre som soldat under den andre verdenskrig ved en falsk legeerklæring. Han var homofil, men giftet seg med en kvinne og skaffet seg på den måten en konvensjonell ytre fasade med barn. Han kritiserte tomheten og materialismen i etterkrigstidens japanske samfunn, og fremmet verdiene til middelalderens Japan og mente at , «samuraienes vei», burde følges på nytt. Han huskes for hans rituelle selvmord ved etter et mislykket forsøk på statskupp kjent som «Mishima-hendelsen».