Men småfyrstene forente nå sine krefter og Luther oppmuntret dem i deres forehavende å slå ned opprøret. I april hadde han gått inn for fred og skjelnet mellom berettigede og uberettigede krav. Nå forandret han mening. Thomas Münzers og Heinrich Pfeifers fanatiske horder spredte ødeleggelse i Thüringen med ild og sverd, og la øde klostrene i Harz-området og i Thüringer Wald (Michaelstein, Ilsenburg, Walkenried, Kelbra, Donndorf, Rossleben, Memleben, og Reinhardsbrunn).