John Dolittle er en respektert lege og ungkar, som bor sammen med sin søster Sarah i den lille engelske landsbyen Puddleby-on-the-Marsh. Med årene blir han mer og mer glad i dyr, og husholdningens menasjeri skremmer til slutt vekk hans menneskelige pasienter. Dette fører også til at han taper penger. Men etter å ha lært seg å snakke med alle dyr, blant annet med papegøyen Polynesia, åpner han en veterinær praksis. Inntektene stiger, inntil en krokodille med tannpine rømmer fra sirkus og slår seg til hos doktoren – krokodillens ankomst skremmer ikke bare bort andre dyr og dyreeiere, men fører også til at søsteren hans forlater hjemmet i protest.