Ettersom store deler av det russiske angrepet er slått tilbake prøver TF141 å pågripe Makarov og lokalisere spor som beviser hans innblanding i flyplass-massakren. De deler seg opp i to enheter, der det ene laget, bestående av Captain John Price og John «Soap» MacTavish, drar til en forlatt flykirkegård i Afghanistan hvor det pågår intense kamper mellom amerikanske og russiske styrker. Samtidig drar Gary «Roach» Sanderson og Simon «Ghost» Riley drar til en villa i Aserbajdsjan. Der blir de møtt av et bakhold, men klarer å overta kontrollen over villaen til slutt. De finner ut at stedet har nesten all informasjon som Makarov har samlet på og prøver å laste informasjonen ned på en bærbar enhet. Mens filene lastes ned må de forsvare bygningen fra russiske forsterkninger. Etterhvert som kampene pågår mister Roach og Ghost alle sine medsoldater fra Task Force 141, og må evakuere til et rendezvous hvor de blir plukket opp av selveste General Shepherd med stor helikopter-eskorte. Under oppdraget har de samtaler med Captain Price og Soap, for å lytte til hverandres framgang. Når Roach og Ghost evakuerer fra villaen blir de også bedt om total radiotaushet fra Captain Price og Soap, ettersom de er i en krevende fase i sitt eget oppdrag.