Under den ingermanlandske krigen ble en del av Ladogas bredd okkupert av Sverige. Ved Stolbovotraktaten i 1617 ble den nordre og vestre breddet avstått av Russland til Sverige. Etter den store nordiske krig ble området ved freden i Nystad tilbakeført til Russland. Senere, i 1812–1940 var sjøen delt mellom Finland og Russland. I henhold til betingelsene i freden i Tartu var militarisering av sjøen strengt begrenset. Imidlertid hadde både Sovjetunionen og Finland flotiljer i Ladoga. Etter vinterkrigen (1939–1940) ble Ladoga, som tidligere var delt med Finland, en rent sovjetisk innsjø.