De største øyene i kommunen er Nord-Herøy, Sør-Herøy, Tenna, Indre Øksningan, Ytre Øksningan, Staulen og Seløy. Disse er knyttet sammen med bruer. I sør ligger Husvær og Brasøy som har ferjeforbindelse med Herøy og Alstahaug. I sørvest ligger Sandvær og i vest Gåsvær. Kommunen er omgitt av hav i alle retninger, men grenser i nordøst mot Dønna, i sørøst mot Alstahaug, i sørvest mot Vega. Kommunen har ferjeforbindelse til Søvik i Alstahaug og bruforbindelse til Dønna.