Bastian Balthazar Bux besøker Carl Conrad Coreanders antikvariske bokhandel for å søke råd om heltemot, hvor han oppdager historien om "Den uendelige historie" og han hører en keiserinne som roper etter hjelp fra boken. Bastian tar med seg boken hjem. Auryn-amuletten som det er bilde av på boken faller på magisk vis fra bok-omslaget som Bastian tar med seg, og han blir sendt til Fantasia. Han møter en skapning som heter Nimbly, og han blir gjenforent med Atreyu. Bastian forstår at en styrke kalt "Tomhet" sprer seg over hele Fantasia. Denne kommer fra den onde trollkvinnen Xayide, som ønsker å ta makten over hele Fantasia. Xayides utvikler et apparat kalt Tri-Face som ødelegger ett minne fra Bastians hukommelse hver gang han bruker Auryn-amuletten til å gjennomføre et ønske. Nimbly ble sendt som spion for å overtale Bastian til å komme med forskjellige ønsker frem til Bastian ikke lenger klarer å huske hvorfor han egentlig havnet til Fantasia.