Agha Muhammed Khan ble myrdet i 1797 i byen Sjusja, tre dager etter at styrkene hans hadde erobret byen. Kronikøren Hasan-e Fasa'i's beskrev drapet i verket med tittelen . Ifølge ham brøt det ut en krangel mellom en georgisk tjener ved navn Sadegh Gorji og sjahens kammertjener Khodadad-e Esfahani. De begynte å skrike til hverandre, og Agha Muhammad Khan ble rasende og ga ordre om at de begge skulle henrettes øyeblikkelig. Men denne hendelsen inntraff på en fredagskveld, og siden det dermed var en helligdag ifølge islamsk lov, var det ikke lov å ta liv. Sjahen omgjorde derfor beslutningen, og bestemte at henrettelsene skulle finne sted et døgn senere. I mellomtiden lot ham dem gå tilbake til sine respektive gjøremål – de ble hverken lagt i lenker eller bevoktet på noen måte. Av erfaring visste de at Agha Muhammed Khan ikke ombestemte seg når han først hadde gitt en ordre. Utsiktene til den visse død ga dem mot til å ta sin skjebne i egne hender. De fikk en annen kammertjener ved navn Abbas-e Mazandarani med seg, og da sjahen hadde falt i søvn, tok de seg inn i sjahens paviljong bevæpnet med kniv og dolk, og drepte ham mens han sov.