Han ble presteviet i Osnabrück i 1937; Hamburg var den gang del av det katolske bispedømmet Osnabrück. Han ble kapellan i Wittenburg, og i 1939 flyttet til Lübeck, også som kapellan, ved Jesu-Hjertekirken der. Han ble en populær prest der både ved sine prekener og sitt ungdomsarbeide. Han ble betraktet som karaktersterk og modig. Blant de ungdommer som den asketiske Prassek var med på å prege var den senere filosof Hans Blumenberg.