Atomer blir representert med standardforkortelsen for grunnstoffene, i klammer, slik som [Au] for gull. Hydroksid-anionet er [OH-]. Klammer kan utelates for den «organiske undergruppen» til B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br og I. Alle andre grunnstoffer må omsluttes med klammer. Dersom klammene utelates vil det korrekte antall implisitte hydrogenatomer antas; for eksempel vil SMILES for vann være kun O og for etanol CCO.