En av Johannes mest fremtredende motstandere var Theofilus, som var patriark i Alexandria. Han hadde ambisjoner om å innlemme Konstantinopel i sitt patriarkat, og var motstander av utnevnelsen av Johannes. Theofilus var motstander av Origenes' lære, og han beskyldte Johannes for å følge Origenes. Anledningen var at Theofilus hadde irettesatt fire egyptiske munker fordi de godtok Origenes. De flyktet til Konstantinopel, hvor Johannes tok godt imot dem.