Under andre verdenskrig havnet Zachariassen på okkupasjonsmaktens side og som politiker for Nasjonal Samling ble han oppnevnt som ordfører i Brevik i 1942. I Nordisk Tidende ble han i 1943 omtalt som en «relativt moderat nazist» Ved krigens slutt ble han arrestert og satt i forvaring sammen med sin kone og datter. Senere ble han av Brevik bystyre pålagt å betale erstatning på 30.554,28 kroner for tiden han hadde vært ordfører. Hans ektefelle hadde vært økonomileder for NS sitt lokallag i Brevik, og hun ble i 1946 dømt til 21 dagers fengsel og 500 kroner i bot.