Angstlidelser og depresjon er de vanligste komorbide tilstandene hos personer med Aspergers syndrom og har tilsammen en forekomst beregnet til 65 %. Depresjon er vanlig hos ungdom og voksne, mens barn har økt sannsynlighet for symptomer knyttet til ADHD. En studie av menn med Aspergers syndrom fant økt forekomst av epilepsi, og høy grad (51 %) av nonverbale lærevansker. Aspergers syndrom er assosiert med tics, Tourettes syndrom og bipolar lidelse. Det stereotype atferdsmønsteret ved Aspergers syndrom har mange likhetstrekk med symptomer på tvangslidelser og tvangspreget personlighetsforstyrrelse. Selv om mange av studiene er basert på pasienter fra en psykiatrisk klinikk og ikke benytter standardiserte mål, virker det rimelig å konkludere med at komorbide tilstander er relativt vanlig.