Den tredje store feilen var å bli innblandet i en disputt med kirken om utnevnelsen av ny erkebiskop av Canterbury. Da Johan forsøkte å påtvinge munkene sin kandidat, appellerte de til pave Innocens III som overkjørte begge kandidatene og utpekte den lærde teologen Stephen Langton til posten. Johan nektet å anerkjenne Langton, og i 1209 satte paven hele landet under interdikt. Først i 1213 ga kongen etter.