Bunnefjorden har en terskel på om lag 60 meters dyp mot Oslofjorden i vest (fra Nesoddtangen til Bygdøy) og er mye dypere lenger inne (ca. 150 meter ved Svartskog). Fjorden har i lange perioder, noen ganger over flere år, liten eller ingen vannutskiftning. Vannet er av dårlig kvalitet, spesielt under 50 meters dyp og nær bunnen.