Baez har også vært fremtredende i kampen for homofile og lesbiske rettigheter. I 1978 opptrådte hun på flere konserter for å stoppe Briggs Initiative (California Proposition 6), som foreslo å forby alle homofile å undervise i de offentlige skolene i California. Senere samme år deltok hun i minnemarsjer for det myrdede bystyremedlemmet i San Francisco, Harvey Milk, som var åpent homofil.