Heftye ble tildelt en rekke ordener og utmerkelser for sitt virke. Han ble i 1864 utnevnt til ridder av St. Olavs Orden. Heftye var også ridder av Dannebrogordenen, ridder av den franske Æreslegionen, kommandør av 1. klasse av den svenske Vasaordenen, ridder av den svenske Nordstjerneordenen og kommandør av den østerrikske Frans Josef-ordenen.