Bandet ble etablert som et planlagt sideprosjekt av Helloween-medlemmene Roland Grapow og Uli Kusch pluss produsenten Roy Z. I 2001 ble både Roland Grapow og Uli Kusch sparket fra Helloween, og bestemte seg derfor å satse på Masterplan som et hovedband. De fikk med seg Janne Warman fra Children of Bodom på keyboard og Russell Allen fra Symphony X som vokalist. Allen ble senere erstattet av norske Jørn Lande, fordi de trengte en vokalist som kunne satse på bandet, og ikke bare ha det som et sideprosjekt. Janne Warman var egentlig et midlertidig medlem som ble erstattet med Axel Mackenrott fra Gamma Ray før de ga ut noen utgivelser. 11. mai 2006 forlot Lande bandet på grunn av kreative forskjeller. Noen måneder senere forlot også Uli Kusch Masterplan. I 2009 ble det kjent at Lande var tilbake som vokalist i bandet, og i november 2012 ble det annonsert at Rick Altzi og Jari Kainulainen vil erstatte Jorn Lande og Jan Eckert på det kommende albumet.