Applikasjonen ble kritisert for å misbruke brukernes personvern i 2019. I brukervilkårene til FaceApps står det at de ikke tar eierskap over noe av innholdet man laster opp via applikasjonen. Samtidig står det at brukerne tillater andre å publisere, dele og lagre bilder og annet innhold. Både Datatilsynet og Forbrukertilsynet ønsket å etterforske saken. Ifølge datatilsynet brukes biometri til å bekrefte identiteten på lik linje med fingeravtrykk og mener at applikasjonen kan misbrukes til å stjele brukeres identitet. Datatilsynet mente også at selskapet bak applikasjonen kan bruke bildene til reklamer.