Fra 1985 til 1988 var Li visedirektør ved Det kinesiske akademi for samfunnsvitenskaps institutt for historie, og ble så dets direktør. Fra 1996 var han direktør for prosjektet for utforskning av de eldste kinesiske sivilisasjoner (Xia–Shang–prosjektet) I august 2003 vendte Li tilbake til sin Tsinghua som professor. Etter 2008 konsentrerte han seg om utfforsknuingen av de da nylig oppdagede Tsinghua-bambustekstene.