Estiske og russiske forhandlere oppnådde i 1996 enighet om hovedpunktene for en grenseavtale mellom de to landene. I november 1996 ga de to landenes utenriksministre også sin tilslutning, men enigheten viste seg ikke å bli endelig. Etter nye forhandlinger ble grenseavtalen fullført i 1999. Den 18. mai 2005 undertegnet Estlands utenriksminister Urmas Paet og hans russiske kollega Sergej Lavrov «Treaty between the Government of the Republic of Estonia and the Government of the Russian Federation on the Estonian-Russian border» og «Treaty between the Government of the Republic of Estonia and the Government of the Russian Federation on the Delimitation of the Maritime Zones in the Gulf of Finland and the Gulf of Narva» i Moskva. Riigikogu, det estiske parlamentet, ratifiserte avtalen 20. juni 2005 og Estlands president Arnold Rüütel kunngjorde ratifikasjonen den 22. juni 2005.