Johannes IX fordømte på en synode i Roma sergianerne, utferdiget bestemmelser vedrørrnde konsekreringen av utnevnte paver, og anerkjente Lambert av Spoleto som keiser. Under sitt pontifikat holdt han flere andre synoder, der han også fordømte Stefan VIIs avsettelse av flere prester, og de fikk tilbake sine embeder. Johannes beordret at både kirkelige og sivile myndigheter skulle forhindre at den barbariske skikk å plyndre biskops- og pavepalass ved dødsfall ble bekjempet.