Ganon sendte da en liten del av sin ånd, trollmannen Agahnim (en prest i den japanske versjonen) til Hyrule. Han styrtet kongen og transporterte vismennenes etterkommere til det såkalte Pyramid of Power (Maktens pyramide) hvor de ble holdt som fanger, til Link klarte å beseire Ganon med Mestersverdet og spesielle sølvpiler. Med Trekraften kunne han deretter gjenoppbygge Hyrule og gjenopplive alle de som Ganon hadde drept.