Bogd Khan vokste opp i en tibetansk familie og ble offisielt utpekt av Panchen Lama og Dalai Lama til å innta tittelen som jebtsundamba khutuktu. Han ble sendt til Urga, eldre navn for hovedstaden i ytre Mongolia, Ulan Bator, og der levde han resten av livet. Den gangen var Mongolia underlagt det mandsjuriske/kinesiske Qing-dynastiet og Bogd Khan ble sett på som en leder som skulle samle og frigjøre Mongolia.