Burns gikk til Southampton for £50 000 i 1972. Skadeproblemene fortsatte imidlertid for Burns, og han forble andrevalg bak Joe Kirkup om venstrebackplassen i klubben. Mot slutten av sesongen mistet han plassen for Steve Mills. Burns endte på 21 seriekamper for klubben, før han flyttet tilbake til Lancashire.