Over tid ble også mamlukksoldatene et mektig aristokrati av landeiere og til en grad at de kvittet seg med ajjubide-dynastiet i 1250 og etablerte et mamlukkdynasti. De mektigere mamlukkene ble referert til som . I 250 år kontrollerte mamlukkene alt i Egypt under et militærdiktatur. Egypt utvidet sine områder til Syria og Palestina, slo korsfarerne tilbake og forhindret en mongolsk invasjon i 1260 i slaget ved Ain Jalut. Mamlukkiske Egypt kom til å bli sett på som en beskytter av islam og av Medina og Mekka. Til sist gikk iqta-systemet tilbake og viste seg upålitelig for å understøtte militæret. Jordbruksproduksjonen gikk ned, og dammer og kanaler forfalt. Mamlukkenes tidligere militære dyktighet og teknologi kunne heller ikke holde følge med nye teknologier som geværer og kanoner.