Burtenshaw returnerte senere til Arsenal som trener og talentspeider, og var midlertidig manager mellom mars og mai 1986, etter at Don Howe forlot klubben. Arsenal kom på sjuendeplass den sesongen, og han fortsatte som trener i klubben etter at George Graham ble utnevnt som manager sommeren samme året. Hans tid i klubben ble overskygget av innrømmelsen av å ha tatt i mot penger i sammenheng med signeringen av John Jensen. Den samme skandalen førte til at George Grahan fikk sparken som manager i Arsenal. Burtenshaw fikk en bot på £ 10 000 av den engelske FA.