Etter at han ankom Boston den 16. desember 1776, nådde uenighetene til Jones med autoritetene et nytt nivå. Kommandanten begynte å krangle med kommodor Hopkins mens de var i havnen. Jones mente at Hopkins la hinder i veien for hans forfremmelse og snakket nedsettende om hans planer for felttog. Resultatet av dette og andre frustrasjoner var at Jones ble gitt en mindre kommando, den nylig bygde «Ranger» (18 kanoners fregatt), den 14. juni 1777, samme dag som det nye flagget ble vedtatt.