Etter å ha skjult lyset, slettet en sorgtynget Agent K sin egen hukommelse for å fortrenge sin tristhet og være helt sikker at han aldri kunne avsløre lysets egentlige skjulested. Men Agent K kan fremdeles ikke huske hvor han gjemte Lyset, eller hvordan Lyset egentlig ser ut. Han husker bare at lyset må returnere til Zartha snart, ellers kommer både jordkloden og Zartha til å bli fullstendig ødelagt. Senere oppdager agentene at Laura er blitt tatt til fange av Serleena. Sammen med ormene angriper de MIB-hovedkvarteret, og frigjør Laura og alle de andre MIB-agentene.