Jakobsen hadde kommet på kant med Carl I. Hagen allerede før han ble formann i Fpu. I 1995, under årsmøtet i Oslo Frp, beskyldte han flere av partiets medlemmer for å være rasister, noe Hagen hadde reagerte kraftig på. Hagens misnøye med Jakobsen kom også til overflaten da landsstyret i Frp gikk mot å ha FpU-formannen i lønnet stilling. Jakobsen mener selv å ha kjørt en konsekvent antirasistisk linje, både før, under og etter valgkampen i 1995.