Simon lærte illumineringskunsten i faren Alexander (1444–1519), i hans verksted i Gent. Fra år 1500 begynte han å arbeide selvstendig, og ble i i 1508 opptatt i bokmalerlauget i Brugge. Han slo seg imidlertid ikke ned i Brugge før i 1519, men bodde og arbeidet hos sin far, som døde i 1519. Allerede i den tiden da han ble opplært av faren ble han godt fortrolig med andre bokmaleres verker, som sin senere samarbeidspartner Gerard Horenbout. Senest 1525 var Simon Bening å betrakte som den aller mest berømte innen bokmalerhåndverket i Europa.