Selv om Marie alltid hadde vært veldig populær hos misjonsfolket hadde hun synspunkter som bøle møtt med skepsis. Ikke alle likte Marie Monsens likestillingsarbeid (og misjonsfeminisme), og den sterke posisjonen hun fikk hos misjonsfolket. I Kinamisjonsforbundet var det vanlig at kvinnelige misjonærer fikk tale på misjonsmøtene, men dette ble likevel tungt å bære for enkelte tilknyttet forbundet. Motstanden toppet seg da hun i 1935 tok gjendåp, sannsynligvis i Den frie evangeliske forsamling i Bergen, etter å ha sluttet som misjonær. I spørsmålet om vanndåpen og åndsdåp var hun kommet frem til overbevisninger som avvek fra tradisjonell luthersk lære. Etter det fikk hun ikke mange oppdrag fra arbeidsgiveren Norsk Luthersk Misjonssamband.Hun fortsatte å jobbe som forbeder og forfatter, frem til sin død i 1962.