I august 2009 ble han trener for NSF Region Sør. Sesongen 2010/11 var han og Lasse Sætre trenere for skøyteforbundets talentgruppe som de også hadde den påfølgende sesongen 2011/12, men da var han i tillegg trener for Team 2014-gruppa sammen med Edel Therese Høiseth. Denne trenerfordelingen i forbundet fortsatte i sesongen 2012/13 for Skarli. OL-sesongen 2013/14 ble han forfremmet til assisterende trener for Jarle Pedersen til elitegruppa i Norges Skøyteforbund. Og da Pedersen ikke fikk signaler fra forbundet om fornyet kontrakt med skøyteforbundet, sa han opp en snau måned før kontrakten var over, slik at forbundet uansett måtte finne en ny landslagstrener for kommende sesong (2014/15). Og da skøyteforbundet og Gerard Kemkers ikke ble enig om trenermodellen i Norges Skøyteforbund og etter påtrykk fra Olympiatoppen med ønske om en norsk landslagstrener på skøyter, ble Skarli valgt.