Reinhard Heydrich ble 27. mai 1942 utsatt for et attentat i Praha, og døde 4. juli. Drapet medførte storstilte represalier, under ledelse av Kurt Daluege. Henrettelser skjedde uten lov og dom, og herjingene kulminerte med utslettelsen av to landsbyer, Lidice og Lezaky. Lidices 192 voksne menn ble henrettet, mens kvinner og barn ble deportert og landsbyen ble revet. I 1939 bodde 118 000 jøder i landet; av disse ble 78 154 ble drept av okkupasjonsmakten. I tillegg til jødene ble ytterligere flere hundre tsjekkoslovaker henrettet under Heydrichs styre.