I oktober 1517 sendte Martin Luther sine berømte 95 teser mot avlatshandelen og et ledsagende brev til erkebiskopen der han protesterte mot Tetzels framferd, og kritiserte instruksjonsboken. Luthers kritikk av boken ble avvist, etter at Albrecht hadde forelagt dem for sine rådgivere i Aschaffenburg og for professorene ved universitetet i Mainz. Den enstemmige oppfatning var at instruksene i instruksjonsboken var både kloke og oppbyggelige, og at tesene var av kjettersk karakter, og at man burde iverksette en læreprosess mot Luther. Erkebiskopen verdiget ikke Luther noen tilbakemelding, men innklaget Luther til Roma, der det i juni 1518 ble innledet en teologisk granskning rettet mot ham.