Feininger var representert med tegninger på de årlige kunstutstillingene i 1901, 1902 og 1903, men begynte som kunstmaler først som 36-åring. Han hadde til da arbeidet som kommersiell karikaturtegner i tjue år for ulike aviser og blader i USA og Tyskland. Som kunstner ble han medlem av Berliner Sezession i 1909 og knyttet til ekspresjonist-gruppa Die Brücke, Blaue Reiter-kretsen fra 1913, Novembergruppe og Gruppe 1919. I 1924 dannet han gruppa Die Blaue Vier sammen med Vasilij Kandinskij, Paul Klee og Alexej von Javlenskij. Han var også med på Bauhaus-manifestet i 1919, der han blant annet dekorerte omslaget med en ekspresjonistisk «katedral», og ble leder for trykkeriet og lærer ved Bauhaus i Weimar, en skole for arkitektur og anvendt kunst fra 1919 til 1933. Da det tyske nazistpartiet NSDAP kom til makta i 1933, ble Bauhaus-skolen stengt og tilværelsen vanskelig for Feininger og kona, som delvis var av jødisk herkomst. De flyttet til USA etter at nazistene stemplet bildene hans som Entartete Kunst, det vil si «utartet» og mindreverdig kunst, i 1936, like før den beryktede utstillinga i München året etter. Lyonel feiningers kubistiske arkitekturmotiver fikk stor betydning for den geometriske malerkunsten etter andre verdenskrig.