Gjenoppbyggingen av Burundi startet i praksis opp etter 2006. FN la ned sine fredsbevarende styrker og fokuserte heller innsatsen på å hjelpe til med gjenoppbyggingen. For å nå målet om økonomisk rekonstruksjon gjenopplivet Rwanda, Den demokratiske republikk Kongo og Burundi den økonomiske organisasjonen The Great Lakes Countries Economic Community. I tillegg ble Burundi, sammen med Rwanda, med i Det østafrikanske fellesskap i 2007.