Tarto ble stadig forhørt og trakassert av myndighetene. I 1984 ble han dømt til 15 år i fangeleir og indre eksil, men forfølgelsen av Tarto og andre baltiske opposisjonelle møtte nå tøffere internasjonal kritikk. Da han ble løslatt under glasnosttiden i 1988, markerte det slutten på den hardeste sovjetiske undertrykkelsen i Estland.