Disse reformene gikk mot Marys ønsker for ordenen, og hun skrev et brev til biskopen der hun gav uttrykk for sine bekymringer rundt reformene han innførte. 22. september 1871 møtte biskopen uannonsert opp i søstrenes hus i full bispeskrud med mitra og stav. Foran alle søstrene erklærte han der at Mary var ekskommunisert for ulydighet og opprørskhet og at alle som hadde mer med henne å gjøre ville få samme straff. Dette førte til at ordenen nesten gikk helt i oppløsning og mesteparten av skolene deres ble nedlagt. På dette tidspunktet var det 85 katolske skoler i bispedømmet. 35 av dem ble drevet av Marys orden.