Ved Vatikankonsilet viste han seg først som motstander til dogmet om pavelig ufeilbarlighet, og det gav ham problemer fra de ultramontane. Han betraktet domatiseringen som inopportun og endog risikabel, men gav med seg samme dagen som dogmet ble definert. Han kom fra det hele ydmyket, men renvasket fra anklagene rettet mot ham. I alle fall beholdt han Pius IXs aktelse, som han fulgte i hans frivillige eksil innenfor Vatikanets murer, etter at Roma ble okkupert av piemontesiske styrker (1870). Han forlot bare det selvpålagte «fangenskap» for å bekjempe den piemontesiske regjerings pretensjonrt på eller for ta del i Giovanni Battista de Rossis arbeide med utgravningene av Tor Marancino, som førte til oppdagelsene av den eldre Petronillabasilikaen.