Etter den kommunistiske seier i 1949 overtok Ye Qun rollen som Lin Biaos sekretær. Hun kom etterhvert aktivt inn i politikken, og støttet i 1965 Lin Biao i bestrebelsene på å bringe Luo Ruiqing, Folkets frigjøringshærs generalstabssjef, til fall. I denne forbindelse ble hun i desember 1965 med på et møte i politbyrået, selv om hun på det tidspunkt ikke var medlem av det. Hun fikk ordet tre ganger og talte i sammenlagt ti timer om Luo Ruiqings «overtredelser» mot maoismens tankegods.