Motstandshæren til Manco Inka syntes å skulle lykkes med å gjenerobre kontrollen over Inkariket, og en periode var det bare byene Lima og Cuzco som var på spanjolenes hender. Også byene var under sterkt press. Men ryktet om Inkarikets rikdommer hadde kommet mange flere conquistadorer for øret, og de kom strømmende i hundretall nordfra. De kom til Pizarro i Lima og tilbød sine tjenester, og i 1537 lyktes det dem å knuse Manco Capac og hans hær i et voldsomt slag utenfor Lima og drive dem opp i fjellene for godt. Inkariket var i Pizarros og hans venners hender.