I januar 1882 ble Finnmark rammet av en orkan som påførte kirken betydelige skader. Det ble derfor satt i gang en omfattende restaurering sommeren 1883. En ny oppussing ble satt i gang i 1928. Under andre verdenskrig ble kirkebygget rekvirert av tyske styrker, og det ble påført store ødeleggelser innvendig. Kirken ble imidlertid ikke brent da tyskerne trakk seg tilbake. Sivile som hadde flyktet og som fant sine hus nedbrent da de vendte tilbake måtte for en kort periode ta inn i kirken inntil de fikk satt opp provisoriske overnattingssteder.