Etter at deltakerantallet hadde ligget mellom 1000 og 2000 på 1970-tallet, økte deltakelsen kraftig på 1980-tallet, med en topp i 1986 da 9858 deltakere fra hele Sovjetunionen fullførte hovedklassen. Etter at Sovjetunionen gikk i oppløsning, sank deltakelsen kraftig, men har siden gradvis økt igjen, og nådde i 2013 8010 til sammen for 63 km- og 31 km-klassene. Arrangementskomiteen for Tartu Maraton stiftet i 1991 Club Tartu Maraton, som siden har stått ansvarlig for Tartu Maraton og det sidearrangementer.