Jon var gift med Birgitta Knutsdatter (nevnt første gang 1322, død før 1395), datter av ridder, riksråd og lagmann Knut Magnusson (nevnt 1304–39) og Cecilia Röriksdatter (nevnt 1320–34). Han etterlot seg minst tre sønner, Ulv, Håkon og Brynjolv, trolig også en fjerde, Ivar. De tre første ble alle riksråd. Datteren Cecilia ble gift med den svenskfødte ridderen og riksråd Ulv Holmgeirsson. Gjennom sønnen Brynjolv stammer den nålevende svenske adelslekten Roos af Hjelmsäter i direkte mannslinje fra Jon.