Universitetet i Firenze utviklet seg fra et som ble opprettet av Den florentinske republikken i 1321. Studiet ble anerkjent av pave Klemens VI i 1349 og ble gitt tillatelse til å tildele akademiske grader. Paven fastsatte videre at det første teologiske fakultet i Italia skulle være i Firenze. Studiestedet ble et keiserlig universitet i 1364, men flyttet til Pisa i 1437 da Lorenzo de' Medici tok kontroll over Firenze. Karl VIII flyttet universitetet tilbake 1497-1515, men det ble likevel flyttet igjen tilbake til Pisa da familien Medici tok tilbake makten.