Krigen og det av von Trotha beordrede folkemordet førte til at 25 000– 00 000 (muligens 65 000) herero, ca 10 000 nama og 1 749 tyskere mistet livet. Tre fjerdedeler av hereroene beregnes å ha dødd. Ettersom opprørerne var blitt beordret å skåne prester, ble disse anklaget for å være medløpere og i bløant tatt i forvaring. En årsak til folkemordet var tyskernes nedsettende syn på mørkhudede.