Organisasjonen har regelmessig møtt protester mot transfobi i forbindelse med arrangementene sine, også fra lokale myndigheter som har reagert med å flagge med inkluderende flagg til støtte for demonstrantene mot FiLiA. beskrev organisasjonen som «åpent transfobisk» og «motstander av selve ideen om transpersoners eksistens». Trans Safety Network beskrev FiLiA-konferansen som preget av «en bekymringsfull tendens til anti-trans-ekstremisme, konspirasjonsteorier og trakassering av transpersoner og ikke-binære» og uttalte at «mye av innholdet på hjemmesiden deres vitner om en fiendtlighet til transkvinner [og] konspiratoriske forestillinger», herunder at gruppen fremmer konspirasjonsteorier om George Soros.