Da Arafat returnerte til universitetet, begynte han å studere byggeteknikk og var president for Den Palestinske Studentunion (GUPS) fra 1952 til 1956. I sine første år som president for unionen, ble universitetet omdøpt til Universitetet i Kairo etter at et kupp anført av bevegelsen «de frie offiserer» hadde styrtet Kong Faruk I fra tronen. På dette tidspunktet hadde Arafat tatt avgangseksamen med bachelorgrad i byggeteknikk for å bli bygningsingeniør, og han ble innkalt til tjeneste for å kjempe med egyptiske styrker under Suezkrisen. Han deltok likevel ikke i krigføringen. Senere samme året, på en konferanse i Praha, kledde han seg i et helhvitt palestinaskjerf – forskjellig fra det rutete som han senere tok i bruk i Kuwait, som ble hans kjennemerke.