I 96 f.Kr. beseiret Selevkos VI sin onkel Antiokos IX Kyzikenos som hevn for sin fars død. Imidlertid jevnet kampen seg ut året etterpå da Antiokos XI Epifanes, sønn av Kyzikenos, beseiret Selevkos VI.Han ble nødt til å flykte fra Syria og til Mopsuestia i Kilikia. Der holdt han hoff og etter signende i overdådig stil.