Tidlig i januar 1634 ble Andrade utnevnt til visitator for den kinesiske viseprovins innen ordenen, tillike med visitator for ordensprovinsen i Japan. Han døde før han fikk reist og tatt fatt på den oppgaven. Han hadde tenkt å ta seg en tur til Tibet også, muligens for å reise til Kina den veien. Men i Goa var han blitt engasjert av de kirkelige myndigheter i en granskning av en heresianklage mot en portugiser ved navn João Rodrigues. Dennes sønn var i tjenestestaben ved jesuittenes kollegium, og etter alt og dømme forgiftet han det vannet som pater Andrade drakk. Men dette lot seg ikke bevise. Den unge mannen, plettet av mordmistankene, flyktet til Manila.