Selskapet var også ansvarlig for den ulovlige opiumshandelen med Kina mot Qing-keiserens vilje. Denne smuglervirksomheten førte til opiumskrigene mellom 1834 og 1860. Som et resultat av selskapets seier i den første opiumskrigen ble Hongkong etablert. Selskapet hadde flere kriger og konflikter med omkringliggende asiatiske land. Den vanskeligste var trolig de tre anglo-afghanske krigene mellom 1839 og 1919 mot Afghanistan, som de ikke lyktes å beseire.