Habré konsoliderte sitt diktatur gjennom et maktsystem basert på korrupsjon og vold, og anslagsvis 40 000 mennesker er blitt drept under hans styre. Presidenten favoriserte sin egen etniske gruppe dazaene, og diskriminerte zaghawaene, som var hans tidligere allierte. I 1990 ble han styrtet av sin general Idriss Déby.