Kirken har sin opprinnelse i kirkeunionen i Brest i 1596, da tidligere ortodokse kristne aksepterte paven som overhode. Gjennom undertrykkelsen i Det russiske riket hadde de fleste tilhengere returnert til ortodoks kristendom innen utgangen av 1800-tallet. I mellomkrigstiden lå de siste belarusisk-katolske menighetene i det østlige Polen, der paven opprettet et kortvarig belarusisk-katolsk eksarkat i 1940. Da disse områdene etter andre verdenskrig falt til Sovjetunionen, ble kirken også her tvangsforent med den russisk-ortodokse kirke.