Sly later som han har hukommelsestap, for å være sammen med kjæresten sin Carmelita. Murray deltar i forskjellige kappløp med racer-bilen sin. Bentley og Penelope forsøker å bygge en tidsmaskin. Imidlertid begynner flere ord å forsvinne fra sidene til Thievius Raccoonus, og Penelope forsvinner. Så Bentley forsøker å samle resten av gjengen igjen for å etterforske hva som foregår, og finne ut hvem som er ansvarlig. De foretar en tidsreise i Japan, hvor de redder Rioichi Cooper - en ninja og oppfinneren av sushi. Etter et oppgjør med El Jefe, en cubansk militær-strateg som allerede hadde styrtet flere mindre land og solgt disse landområdene til høystbydende, blir Rioichis stokk stjålet.