Benedict og Boas hadde et nært forhold, og hun omtalte ham ofte som «papa Franz». Da Boas døde i 1942 skrev Benedict hans nekrolog. Benedict hadde et også tett vennskap med lingvisten Edward Sapir som også var Boas' elev og med hvem hun delte interessen for lyrikk. Sapir og Benedict var derutover hver især romantisk involvert med Margaret Mead, Benedicts og Boas' felles elev. Mead og Benedict gjorde mye for å skjule sitt innbyrdes forhold og der finnes ingen bilder av dem sammen, men fra deres korrespondanse forstår man at de elsket hverandre høyt og at forholdet også var seksuelt. Lois W. Banner, forfatter av biografier om både Mead og Benedict har argumentert for at Benedict med tiden kom til å anse seg selv for å være homoseksuell, mens Mead aldri la seg fast på en bestemt seksuell identitet. Benedict hadde også forskjellige åpne forhold med både menn og kvinner, men la seg til sist fast på monogame forhold med kvinner.