I juni 2003 ble det utstedt en FN-basert arrestordre på Taylor for krigsforbrytelser. FN mener at Taylor skapte og støttet RUF-opprøreren i Sierra Leone, som ble anklaget for en lang rekke grusomheter, inklusive bruken av barnesoldater. Påtalemyndigheten sa også at Taylors regjering hadde skjult medlemmer i Al-Qaida som var etterlyste i forbindelse med terroraksjonene i 1988 mot de amerikanske ambassadene i Kenya og Tanzania.