Da KRL ble innført i 1997 kom det sterke protester fra blant andre humanister, jøder, muslimer og buddhister, som mente at staten forsøkte å tvinge kristendomsundervisning på skolebarna. En evaluering av faget viste at den begrensede fritaksretten fungerte dårlig i praksis, og syv familier gikk til sak mot staten for å få fullt fritak. De tapte i alle norske rettsinstanser, men fire av familiene anket saken videre til FNs menneskerettighetskomité, og tre til Den europeiske menneskerettsdomstolen. FNs menneskerettighetskomité slo i november 2004 fast at ordningen med delvis fritak fra faget var et brudd på menneskerettighetene. I juni 2005 vedtok Stortinget endringer i faget for å gjøre det mindre forkynnende, blant annet ble navnet endret fra «Kristendomskunnskap med religions- og livssynsorientering» til «Kristendoms- religions- og livssynskunnskap», og koblingen til skolens kristne formålsparagraf ble fjernet.