Avraham Burg vendte tilbake til politikken i 1999, og ble valgt inn i Knesset på Ehud Baraks liste Et Israel. Samme år ble han valgt til ordførende leder i Knesset, en stilling han hadde frem til 2003. Etter president Ezer Weizmans avgang, ble han i en kort periode fungerende president i Israel i 2000. Da Ehud Barak tapte valget i 2001, prøvde Burg uten hell å velges som Arbeiderpartiets leder. Han beholdt likevel sitt sete i Knesset under valget i 2003.