Østromerriket tilhørte den ortodokse kirke og hadde, etter det store skisma i 1054 patriarken i Konstantinopel som sitt religiøse overhode. Etter at patriarken hadde nektet å anerkjenne Mikael I som romersk keiser brøt Mikael forbindelsen til patriarken, tilsluttet seg den katolske kirke og anerkjente pave Innocens III som den epireiske kirkens overhode. Under despoten Teodoros ble det igangsatt forfølgelser av jøder i riket. Befolkningen var imidlertid ortodokse kristne og denne formelle overgangen fikk ingen praktisk betydning.