Den 27. april 1971 utnevnte pave Paul VI Harris til biskop i bispedømmet Austin og titulærbiskop av . Da biskop Louis Joseph Reicher trakk seg tilbake den 15. november 1971, ble Harris automatisk biskop av Austin. Under hans embetsperiode økte bispedømmet i katolsk befolkning, men strevde med gjentatte økonomiske vanskeligheter.