Åren 1892-97 var han direktør for de egyptiske samlinger i Louvre;det kunne han kombinere med at han i I 1892 ble direktør for kedivens egyptiske museum i Ghiseh og til generaldirektør for utgravningene i Egypt, hvilken stilling han fratrådte i 1897. Man skylder de Morgan mange høyst viktige funn, således oppdagelsen av flere graver fra det 12. egyptiske dynasti, deriblant en kongegrav og to prinsessegravee med de fortrinnligste gull- og juvelsaker som noen sinne er blitt funnet i Egypt. De ble funnet i 1894 av ham ved Dashur 36 km sør for fra Kairo og er beskrevne i hans (1895).