Etter Sovjetunionens fall var Zenit tilbake i øverste divisjon i Russland i en sesong i 1992. Siden 1996 har klubben spilt kontinuerlig i øverste divisjon. Zenit vant den russiske cupen i 1999 og 2003 og spilte finale i 2002, og de tok medalje i serien i 2001 og 2003. I 2005 ble de nummer 6 i serien, og de nådde semifinalen i cupen våren 2005/06.