De franske flåtestyrker på sin side ble nesten fullstendig knust av den britiske flåte under admiral Horatio Nelson i sjøslaget ved Abukir (1.-2. august 1798), også kalt slaget ved Nilen. Bare to av de 15 franske skipene kom seg unna, og kunne ikke lenger støtte Napoleon med beskyttelse av hans troppetransportskip. Britene fikk på nytt kontrollen over Middelhavet, og gjenerobret Malta.