Thutmose satte også i gang byggeprosjekter sør for hovedtempelet mellom helligdommen til Amon og tempelet til Mut. Umiddelbart sør for hovedtempelet bygde han sjuende pylon ved nord-sør-veien som hadde ankomst til tempelet mellom fjerde og femte pyloner. Det ble bygget for bruk under hans jubileum og ble dekorert med scener og inskripsjoner om hans beseirete fiender. Han plasserte kongelige kjempestatuer på begge sider av pylonen og plasserte ytterligere to obelisker på sørsiden foran inngangsporten. Sokkelen til den østlige obelisken står fortsatt, men den vestlige obelisken ble transport til hippodromen i Konstantinopel, som nevnt over. Lengre sør langs veien ferdigstilte han den åttende pylon, som Hatshepsut allerede hadde påbegynt. Øst for veien fikk han gravd opp og dannet en hellig innsjø på rundt 76 ganger 122 meter, og plasserte en annen barkhelligdom i alabast i nærheten. Han beordret de kongelige kunstnere til avbilde hans omfattende samlinger av fauna og flora i hans botaniske hage. Her ble den guddommelige skapelses- og fornyelseskraften bekreftes magisk og kultisk i forbindelse med den kongelige skapelsesgarantien, og som framgår i de mange framstillingene av flora og fauna.