Under den kalde krigen konsentrerte Kystkommandoen seg om anti-ubåtoppgaver. Den oppfattede hovedtrusselen var fartøyer fra den sovjetiske marinen og andre flåter fra Warszawapakten. I 1969 ble Kystkommandoen innlemmet i den nyopprettede («Angrepskommandoen»), som også hadde absorbert de tidligere bombefly-, jager- og signalkommandoene og senere også absorbert , den tidligere transportkommandoen.