Det følgende århundret ble Ivrea en fri kommune, men dette tok slutt i de første tiårene på 1200-tallet. I 1238 la Frederick II av Sicilia byen under sine domener. Senere ble det strid mellom biskopene, markien av Monserrato og Huset Savoia om makten i byen. I 1356 tok Amadeus VI av Savoia makten i Ivrea. Med unntak av en kort periode under fransk styre på slutten av 1500-tallet, forble Ivrea under Huset Savoia fram til 1800. 26. mai dette året ankom Napoléon Bonaparte byen med sine seierrike tropper og Ivrea var under hans styre fram til 1814, da styret hans falt.