I sin innenrikspolitikk støttet Mikael ikonoklasmen samtidig som han forsiktig oppmuntret til forsoning med ikonodulene som han sluttet å forfølge, og også tillot å vende tilbake fra eksil. Dette inkluderte blant andre patriarken Nikeforos I av Konstantinopel og abbed Theodore av Stoudios. Disse klarte imidlertid ikke å påvirke keiseren til å forlate den ikonoklastiske troen. En av de få som ble forfulgt av keiseren var den framtidige patriarken Methodios I av Konstantinopel. De siste årene av hans regjeringstid ble preget av to store militære nederlag som kom til å prege riket i lang tid. Det var starten av den muslimske erobringen av Sicilia og sarasenernes erobring av Kreta. Innenlands støttet og styrket Mikael gjenopptakelsen av ikonoklasmen som var gjeninnført av Leo V.