Fra og med 1. februar 1993 seilte «Estonia» i ordinær rutetrafikk mellom Tallinn i Estland og Stockholm i Sverige, hun var det største fartøyet som førte estisk flagg, og ble ansett som et nasjonalsymbol for landet Estland ettersom hun var navngitt og oppkalt etter sitt land. Cruisefergen ble benyttet i hovedsak av svensker og estere, men også av mange nordmenn. Hun ble operert av det svensk-estiske fergerederiet Estline som chartret cruisefergen fra E. Liini i Tallinn, Estland, og Estline Marine Company Ltd i Nikosia, Kypros, som var de to selskapene som skipet var registrert i. Det svensk-estiske fergerederiet EstLine var svenskeid av det svenske rederiet Nordström & Thulin og var estisk statseid av Estlands regjering via det estiske rederiet Eesti Merelaevandus (internasjonalt kjent som ESCO – Estonian Shipping Company).