Som minister for utenrikssaker, utdanning, justis, offentlig bistand og religiøse anliggender, var Castro Madriz den mest innflytelsesrike skikkelse i regjeringen til sin svoger, president Próspero Fernández (1882–1885), og han var i stor grad ansvarlig for den antiklerikale lovgivningen vedtatt under den regjeringen. Han var delaktig i utvisningen av biskop Bernardo Augusto Thiel fra landet.