Loftus ble sittende på Akershus festning resten av livet. I 1792 ble han dømt til festningsarbeid på livstid. Fengselscellen hans var i Barakkenes nordre fløy. Samtidig ble tretten andre som var med i uroen dømt til kortere straffer. 13. juni 1797 døde han av slag. Han ble gravlagt anonymt på Krist kirkegård i Oslo.