Å anvende begrepet politisk religion på alle tilfeller av totalitære fenomener er omstridt. Dette gjelder særlig de som tar utgangspunkt i religion, slik som islamisme. Et alternativ er å operere med begrepet politisert religion, forstått som en politisk ideologi som legitimerer seg med tradisjonelle religioner. På den måten får man frem at politiske religioner og politiserte religioner har ulike utgangspunkt. Den ene er sekulær, mens den andre er tradisjonelt religiøst.