Begrepet kan spores tilbake til medieteorien på 1960-tallet og tenkere som Marshall McLuhan. McLuhan foreslo å se på mediene som utgjørende miljøer eller økologier. Begrepet fikk et visst gjennomslag med Neil Postmans kritiske studier av det moderne massemenesket på sent 1960- og 1970-tall, og kan også kobles til tenkere som Gregory Bateson (for eksempel Steps to an Ecology of Mind, 1972). I dag brukes begrepet av flere tenkere, for eksempel John Durham Peters, Matthew Fuller, Jussi Parikka, med det formål å beskrive og analsysere komplekse sammenhenger mellom medier, artefakter, landskap og mennesker. Undersøkelsesobjekt for medieøkologien er alt fra droner, piratradio, bøker, billedkunst, poesi og serverhaller. Som analytisk begrep har termen blitt aktualisert i takt med at den digitalt baserte infrastrukturen har vokst frem de siste tiårene.