Få dager etter invasjonen i 1940 krevde den tyske okkupasjonsmakten studenthjemmets vestfløy, og i løpet av mai samme år flyttet Gestapo inn. Hjemmet ble dermed delt i en studentfløy og en Gestapo-fløy. Det hersket en isfront mellom studentene og tyskerne. De spiste samtidig, men satt adskilt uten å veksle ord. Oppholdsrommet ble delt med en skillevegg. Blant studentene ble det ble organisert enkelte illegale grupper og i kjelleren til husfar Jan Jansen, Villa Eika øst for studenthjemmet, ble motstandsavisa redigert. Isfronten tok slutt i mars 1942 da husfar ble avsatt, de ansatte sa opp og samtlige studenter flyttet ut. Okkupasjonsmakten (Organisation Todt) disponerte dermed hele anlegget ut krigen, og lederen , SS-Standartenführer Willi Henne (1907-77), satt på kontoret fra april -42 til mai -45 og administrerte derfra nazistenes byggearbeider i hele Norge, med det reelle hovedansvaret for at ca 17.000 slavearbeidere, særlig russere, serbere og polakker, omkom på norsk jord under umenneskelige forhold, bl.a. under arbeidet med jernbanen i Nord-Norge.