Ved at øya lå like langt fra både det norske som det skotske kongedømmenes maktsentre var innbyggernes vant til å være uavhengige og ønsket ikke å bli dominert av Skottland. Skye var delt mellom en rekke klaner, de mest betydningsfulle var klan MacDonald og klan McLeod, begge med norrøne aner, som i de nest århundrene kriget om makten. MacDonald fikk etter hvert overtaket og forsvarte seg mot den skotske tronen inntil 1462 da lorden av øyene, John MacDonald, overga landområdene til kong Jakob IV av Skottland. Fra midten av 1400-tallet kom store mengder gæliske innflyttere til øya og norrønt språk ble ikke lenger dominerende og døde ut til fordel for skotsk gælisk språk, hvilket fortsatt snakkes.