Wimbledon rykket ned fra Premier League i 2000, og etter tre sesonger på nest høyeste nivå i England, med stadig svakere resultater, forlot Andersen det synkende skipet i 2003, da han signerte for danske Aalborg. I september 2005 ble han kjøpt av Brøndby. Han slet med skader i Brøndby, og spilte ingen kamper det siste året av kontrakten. Sommeren 2008 la han opp.