Schlegel var sønn av en messingsmed. Faren samlet på sommerfugler, og vekket Hermanns interesse for naturen. Et funn av et våkereir førte til at han ble interessert i fugler, og til at han traff Christian Ludwig Brehm. Etter å ha arbeidet for faren en periode, drog han til Wien. I 1824 fulgte Schlegel forelesninger av Johann Jakob Heckel og Leopold Fitzinger. Et anbefalingsbrev fra Brehm førte til at han ble ansatt ved Naturhistorisches Museum.