I 1898 flyttet ekteparet til Johannesburg av helsemessige årsaker. I kjølvannet av Jameson-raidet ble de sett på som forkjemperne for den republikanske saken i møte med den uunngåelige krigen mellom boere og briter. Schreiner prøvde å overtale sørafrikanske tjenestemenn til å vende seg bort fra krigens vei, og da det mislyktes, skrev hun i et forsøk på å åpne den engelske offentlighetens øyne for realiteten i situasjonen. Dette var like mislykket, men Schreiner var uforferdet. Gjennom hele krigen fortsatte hun å forsvare boernes interesser og argumentere for fred, selv om hun led fysisk og psykisk og all hennes innsats bare møtte latterliggjøring. Hennes bror William Philip Schreiner, som var statsminister i Kappkolonien fra 1899 til 1902, støttet hennes syn, og agiterte også for dette. Som et middel til distraksjon etter latterliggjøringen begynte hun å omarbeide boken hun hadde startet på i England til , som er det tydeligste dokumentet fra hennes hånd når det gjelder hennes bekymringer for sosialisme og likestilling. Drevet av sin profetiske visjon om et ikke-rasistisk, ikke-seksistisk Sør-Afrika, bodde Schreiner under boerkrigen i den lille landsbyen Hanover, praktisk talt en britisk hærleir.