Kort tid etter at Alex McLeish ble utnevnt til manager i 1998, rykket Hibernian ned til First Division, men sikret seg opprykk på første forsøk til SPL i 1999. Hibs hadde en god sesong i 2000–01, da de utfordret Old Firm helt fram til jul, og til slutt ble nummer tre i ligaen. Hibs nådde også helt til den skotske FA-cupfinalen for første gang på 22 år, men tapte 3–0 for Celtic F.C. på Hampden Park. McLeish dro så videre til Rangers i desember 2001; og kapteinen Franck Sauzée ble utnevnt til ny manager, selv om han ikke hadde noen tidligere erfaring som trener eller manager. Deretter fulgte en katastrofalt dårlig periode for Hibernian i serien, som trakk laget ned i en nedrykkskamp, og det førte til at Franck Sauzée ble sparket i februar 2002. Sauzée hadde da vært manager i bare 69 dager.