Før det fjerde korstog var Epirus en fjern og obskur region uten spesiell betydning, men da latinerne opprettet sitt katolske rike flyktet mange grekere fra både Konstantinopel og Thessaloniki til Epirus. Mikael beskyttet flyktningene og fikk en høy status blant dem. Flyktningene, mange av dem ledende personer fra Østromerriket, samlet seg i stor grad i byen Ioannina, selv om Arta var hovedstaden i riket. Mikael utropte seg selv til guvernør av theme Nikopolis i Epirus og markerte opposisjon til Bonifatius. Patriarken av Konstantinopel, Johannes X Kamateros anerkjente ikke Mikael som noe legitimt (øst-)romersk overhode, men støttet i stedet Teodoros I Laskaris som hadde flyktet østover etter okkupasjonen og utropt seg til keiser i Keiserriket Nikea. Mikael anerkjente da den katolske kirken og pave Innocens III som den epireiske kirkens overhode.