Ettersom Horvitz' studier beveget seg utover 60-tallet, følte han et behov for å gjøre noe «viktig», og delvis av egen interesse, delvis egget frem av en venn, begynte han å interessere seg for biologi. Han søkte på MIT, Harvard og Stanford, og kom inn på alle tre. For å variere, dro han til Harvard. I sommeren i 1968, mellom han ble ferdig uteksaminert ved MIT og han begynte ved Harvard, var Horvitz med på en protest mot Vietnamkrigen i Chicago. Hans opplevelser under protesten, der Nasjonalgarden tok i bruk vold og tåregass, og Chicagos borgermesters hets mot anti-Vietnam-protesterende gjorde et uslettelig inntrykk på Horvitz, som sa at han «skammet seg over sin by og sitt land».