Kong Henrik III foreslo Suidger som pave da Gregor VI abdiserte i desember 1046. Navnet Klemens tok han på forslag av Henrik III, som mente at det passet på hans personlighet: Det latinske betyr . Slik var han sikkert sett fra keiserens side, men navnet røper dermed også at han var svært ettergivende i forhold til keiserens ønsker. En særegenhet ved hans pontifikat var at han forsatte som biskop i Bamberg, det vil si, at han regjerte både Roma og sitt gamle bispedømme.