Kahlo døde den 13. juli 1954 av blodpropp i lungene. Det har vært spekulasjoner om årsaken var sykdom eller om det var et selvmord. Asken hennes er satt i en førkolumbisk urne som er stilt ut i det tidligere hjemmet hennes La Casa Azul (Det blå huset) i Coyoacán, som ble gjort om til et museum som også stiller ut mange av verkene hennes. Hennes verker er i USA beskyttet av en fagforening (eller organisasjon) for billedkunstnere, Artists Rights Society.