Jones signerte for Manchester United som junior den 2. juli 2001, og han spilte seg inn på U18-laget mot slutten av 2002. Etterhvert ble han kaptein på laget som spilte seg helt fram til finalen i juniorturneringen FA Youth Cup i april 2003. En 2–0 seier over Middlesbrough i returkampen av finalen gjorde at David Jones kunne løfte troféet på Old Trafford. Totalt fikk Jones 18 kamper, og scoret ett mål, før 2002/03-sesongen var over.