Som en følge av dette angrepet forverret situasjonen i Punjab seg ytterligere til et anarki med stor framgang for radikaliserte militærbevegelser. Etter flere år med uro og vold i Punjab hadde Khalistan-sympatisørerne i løpet av de første årene på 1990-tallet mistet mye av den støtten de hadde fått i etterkant av angrepet på det gylne tempelet i Amritsar. Den svake, væpnede motstanden mot Indias regjering som fortsatt var å finne i Punjab, ble fort skjøvet til side og ned i undergrunnen. I de følgende årene var det bekymring for påståtte brudd på menneskerettigheter gjort mot radikale sikher fra regjeringens side, og mange menneskerettighetsorganisasjoner var forbudt i Punjab i denne perioden.