I oktober 1887 fikk Trobec i oppdrag å organisere og lede et nytt sogn, St. Agnes-kirken, for tysktalende immigranter i Saint Paul. Dette krevde å bygge en ny kirke, skole, kloster og prestegård. Trobec nedla hjørnesteinen for kirken i november 1887 og den ble innviet av erkebiskop John Ireland i september 1888.[7] Sogneskolen åpnet også dørene i 1888, under ledelse av . I 1897 krevde sognets fortsatte vekst en større kirke. Byggingen av en ny bygning begynte i april 1897, men Trobec fikk en ny avtale før han kunne se den fullført.