Den 10. august 2009, etter totalt 155 kamper og 59 mål for Bristol Rovers, gjennomførte Lambert en overgang til en verdi av rundt f £1 million til nylig nedrykkede League One-klubb Southampton. Angriperen skåret i debutkampen sin mot Northampton Town den 11. august 2009, og endte opp med å bli klubbens mestskårende spiller i sesongen med totalt 36 mål i alle turneringene. Southampton endte på 7.-plass, trass i en 10 poengs straff på grunn av økonomiproblemer i klubben. Lambert ble igjen tatt med på «PFA Team of the Year for League One», og ble også valgt til «PFA Fans' Player of the Year» prisen i divisjonen. Med sine 31 seriemål, var Lambert mestskårende i de fire øverste divisjonene for 2. sesong på rad.