Han fungerte som SA stabssjef fra oktober 1929 til desember 1930, og tok over effektiv kontroll over SA noen få måneder i kjølvannet av Stennesputschet frem til Ernst Röhm overtok som stabssjef tidlig i januar 1931. I januar 1931 ledet Wagener NSDAPs politisk-økonomiske avdeling, og i september 1932 ble han utnevnt til Hitlers personlige økonomiske rådgiver. Hitler utnevnte ham til rikskommissær for økonomi fra april til juni 1933. Det var egentlig i slutten av 1930 og tidlig i 1931 at Wagener fikk satt sitt merke på nasjonalsosialistisk økonomisk tenkning.