Kalvinisten Pierre Jurieu, som i likhet med Bayle oppholdt seg som flyktning i Rotterdam, regnet Bayles toleranse som uforenlig med protestantismens sak. Spesielt Bayles forsonlige holdning overfor Ludvig XIVs antikalvinistiske styre falt Jurieu tungt for brystet. De to tidligere kollegene og vennene ble involvert i en bitter krangel om teologiske stridsspørsmål, og i 1693 ble Bayle fratatt posten ved .