Navnet trakehner kommer av stutteriet Trakehnen i Øst-Preussen (nå Polen), som kong Friedrich Wilhelm 1 av Preussen grunnla i 1732. Til å begynne med kom det tilførsler av blod fra hingster av forskjellige raser, men den viktigste var innfødte Schweiken-hester. Denne rasen var små, sterke arbeidshester med en fjern opprinnelse som hadde eksistert i området siden middelalderen og som hadde fått tilførsler av orientalsk blod så langt tilbake som på 1500-tallet. På Trakehnen-stutteriet ble hestene krysset med importerte arabere og engelske fullblodshester. Stutteriet beholdt selv de beste hestene, mens andre ble solgt til private og statlige stutterier.