Megakles’ sønn Kleisthenes var den som fikk veltet tyrannen Hippias, sønn og etterfølger av Peisistratos, i 508 f.Kr. Han klarte å bestikke orakelet i Delfi (som alkmaionidene hadde bidratt økonomisk til oppbyggingen i deres tid i landflyktighet) til å overbevise Sparta om å frigjøre Athen, noe de til slutt motvillig gjorde. En del athenere motsatte seg i begynnelsen Kleisthenes ved at noen fra alkmaionidene var uegnet til å styre Athen grunnet den religiøse forbannelsen. Selv Spartas konge Kleomenes I vendte seg mot Kleisthenes, og han var en tid landsforvist på nytt. Imidlertid ble han kalt tilbake, og han ble deretter ansvarlig for å legge grunnlaget for det athenske demokrati.