Den 16. februar 1933 tildelte den amerikanske Kongressen ham posthumt Distinguished Flying Cross «for ekstraordinær prestasjon som en pioner sivil flyver, og for hans betydelige bidrag til utviklingen av luftfarten i USAs marine» En utstilling av tidligere marinefly ved Naval Air Station i Norfolk i Virginia bærer Elys navn, og en granittmarkør ved Newport News, Virginia, markerer stedet hvor Ely gjorde sine historiske flyvninger i 1911, og minner om hans bidrag til den militære luftfart og sjøforsvaret spesielt.