Under slaveopprøret på St. Domingue (våre dagers Haiti) led Napoleon større tap enn ved Waterloo, og den franske statskassen ble tømt. I hemmelighet fratok han mulattene deres rettigheter som likeverdige og gjeninnførte slaveriet og slavehandelen, som den franske revolusjon hadde avskaffet. Da dette ble kjent, grep opprørerne igjen til våpen. Den franske generalen som skulle nedkjempe dem, rigget til historiens første gasskammer ved å stue svarte og mulatter inn i lasterommet på et skip og brenne svovel der hele natten igjennom. Om morgenen ble likene slengt over bord og flere fanger stuet inn. Napoleon holdt opprørslederen Toussaint L'Ouverture isolert i Fort de Joux, en festning fra 800-tallet i Jurafjellene. Der døde Toussaint 7. april 1803 etter ti måneders fangenskap, men hans død kostet Napoleon fotfestet i Amerika. I stedet for å utbygge sitt imperium i Louisiana slik han hadde planlagt, solgte han området til USA for femten millioner dollars. De seirende slavene kunne 1. januar 1804 proklamere republikken Haiti.