Allerede ved de første valgene til Folketinget etter Danmarks Riges Grundlov i 1849 stilte han som kandidat på Færøyene, men ble ikke valgt. I 1852 prøvde han igjen å bli valgt, men tapte igjen mot sakfører Niels Christopher Winther. Først da Winther i 1858 frivillig oppgav kandidaturet sitt, ble Müller valgt inn i Folketinget. Ved de to følgende valg holdt han kretsen, men i 1864 ble han slått av folkeskolelærer Johannes Petersen. Så ble han valgt i 1865 ved et suppleringsvalg til Landstinget, hvor han ble slått i 1886. I 1887 ble Müller igjen valgt til Folketinget, hvor han satt til 1890. Når ikke et spesielt færøysk forhold ble diskutert, lot Müller kun sjelden høre fra seg.