Midt i dette kaoset døde kong Kristoffer brått, 29. mai 1259. Ryktene ville ha det til at han ble forgiftet av abbed Arnfast fra Ryd kloster på vegne av Jakob Erlandsen. Sønnen og arvingen Erik Klipping var mindreårig, og Margarete ble gjort til regent i hans sted, en posisjon hun hadde i årene 1259–64. Hun fortsatte ektemannens strid med erkebiskop Jakob Erlandsen, Valdemars bror Erik Abelsen som siden ble hertug Erik av Sønderjylland.