Etter Stortingets beslutning hadde Indredepartementet fra 1860 ansvar for «de praktisk-videnskabelige fiskeriundersøgelser vedkommende saltvandsfiskerierne». Disse ble ledet av stipendiatene Jonas Axel Boeck som utredet silda frem til sin død i 1873, og Georg Ossian Sars som først hadde torskeansvaret, så overtok silda frem til 1893 da Johan Hjort overtok. Alt ble i 1900 flyttet til Bergen der Hjort ble leder og i 1902-03 måtte håndtere «hvalstriden» der hundrevis av rasende fiskere stormet en hvalstasjon i Mehamn; fiskerne mente at hvalen hjalp dem ved å ”syne” hvor det var lodde. Fra 1906 hadde det navnet Fiskeridirektoratet og Hjort fikk tittelen fiskeridirektør. Han ga seg i 1916 etter uenigheter med regjeringen som hadde offentliggjort en fiskeriavtale inngått med Storbritannia.