Spilleren skal kontrollere en Pokémon Ranger bosatt i Fiore-regionen, som skal fange flest mulig Pokémon. Regionens navn stammer fra det italienske navnet for blomst. Spillets historie er beskrevet i 10 hoved-oppdrag med tre under-oppdrag. Den eneste Pokémon som reiser permanent med spilleren er en «Minun» hvis spilleren velger den mannlige helten, eller en «Plusle» hvis spilleren velger den kvinnelige helten.