Under den første verdenskrig måtte han den 26. juli 1915 forlate sitt bispesete på grunn av de harde kampene mellom italienere og østerrikere; han kunne ikke vende tilbake før i mars 1918. Etter den 11. februar 1929, etter undertegnelsen Lateranoverenskomsten, trengte italieniseringen seg også sterkere inn på det kirkelige område. Erkebiskop Sedej, som var markant motstander av den italienske avnasjonaliseringspolitikk overfor slovenere og kroater, ble stadig satt under press av regimet. Han ble avsatt den 23. oktober 1931, i en alder av 77 år, og bare en måned senere, den 28. november,døde han brått i Gorizia.