Panis hadde potensial til en stor sesong i 1997, da han kjørte for Alain Prost, som hadde kjøpt Ligier. På Bridgestone-dekk tok han dekkselskapets første pallplassering i Brasil. Han lå på en andreplass i Argentina, men måtte imidlertid bryte løpet. Etter 6 løp lå han på tredjeplass i mesterskapet takket være enda en pallplassering, med andreplass i Spania. Han lå an til å kunne vinne det løpet, men havnet i trafikk over syv runder, hvor han tapte over 6 sekunder til løpslederen Jacques Villeneuve. Sesongen hans fikk imidlertid en brå slutt da han i Canada brakk begge beina i en ulykke i høy hastighet, og han gikk på grunn av dette glipp av de neste syv løpene. Plassen hans i laget ble overtatt av Jarno Trulli, fram til han returnerte til de siste tre løpene i sesongen. Han kom på sjetteplass i Luxembourg, og til tross for at han gikk glipp av nesten halve sesongen, endte han på niendeplass i førermesterskapet med 16 poeng.