Det var store stridigheter mellom klanene under borgerkrigene på 1640-tallet. Imidlertid foretrakk høvdingene og lederne i økende grad på denne tiden å bilegge lokale uenigheter ved å søke tilflukt i loven. Etter at monarkiet ble restaurert i 1660, minsket stridighetene mellom klanene betydelig. Den siste klanfeiden som førte til krig og kamp, og som ikke var en del av borgerkrig var slaget ved Mulroy den 4. august 1688. Den ble utkjempet mellom klan Mackintosh som hadde støtte av regjeringstropper under Kenneth Mackenzie av Suddie mot klan MacDonald av Keppoch som hadde støtte fra klan Cameron. Årsaken var omstridt landområder i Braes av Lochaber.