I 1623 ble Tokugawa Iemitsu tredje shogun av Tokugawashogunatet. Fra denne stund tok den japanske regjering sikte på å fullstendig knuse kristendommen i landet. I de første månedene av hans regjeringstid ble hundrevis av japanske kristne og en rekke misjonærer drept. Beryktet ble den store autodafé i Edo, dagens Tokyo, der en dag femti misjonærer og japanske kristne ble satt på stake. Pater Ferreira, som liksom alle de andre måtte arbeide under jorden, samlet inn øyenvitneskildringer og skrev rapport om dette til sine overordnede. Fra det året forfattet han årlige rapporter som gjennom underjordiske nettverk nådde portugisiske handelsmenn som smuglet dem ut av landet.