Regensburg var fra 600-tallet residensby for de bayerske hertugene. I denne perioden ble byen oppsøkt av flere vandrebiskoper. Den mest kjente var St. Emmeram, som ble en av byens skytshelgener. Det regulære bispedømmet med setet i byen ble grunnlagt av Bonifatius i 739. Det hadde opprinnelig en enorm utstrekning, siden det i tillegg til Bayern også omfattet Böhmen og Mähren. Regensburgs metropolitanerkebispedømme var Salzburg. Biskopene av Regensburg var frem til 900-tallet samtidig abbeder av St. Emmeram kloster. 973 ble Böhmen og Mähren skilt ut som Prag bispedømme.