Området rundt Dundee har vært kontinuerlig bosatt siden steinalderen (mesolittisk tid. En kjøkkenmødding fra denne tiden ble avdekket under arbeid på havnen i 1879, og det ble avdekket flint, trekull og en steinøks. Det er også bevis på piktisk bosetning som begynte i jernalderen, blant annet i form av piktiske steinmonumenter. Mens det er rikelige bevis og spor etter menneskelig besetning i oldtiden, kom Dundees suksess og vekst som havneby uten tvil som et resultat av charter gitt av kong Vilhelm I av Skottland, som ga Dundee til sin yngre bror, David (senere jarl av Huntingdon) på slutten av 1100-tallet. Byens situasjonen og dens fremme av jarl David som et handelssenter førte til en periode med velstand og vekst. Jarledømmet ble gitt videre til Davids etterkommere, blant dem var Johan Balliol. Byen ble en kongelig burgh ved Johans kroning som skotsk konge i 1292. Byen og dens festning ble okkupert av engelske styrker i flere år under den første uavhengighetskrigen, men ble gjenerobret av Robert Bruce tidlig i 1312. De opprinnelige charterne som burgh gikk tapt under okkupasjonen og ble deretter fornyet av Bruce i 1327.