Etter andre verdenskrig ble menighetene i Øst-Tyskland lagt under Moskva-patriarkatets nye tyske eparki, som også fikk en vesttysk avlegger i 1960. Frem til 1945, og i Vest-Tyskland frem til 1960, var eparkiet således ansvarlig for alle ortodokse kristne i landet, uavhengig av nasjonalitet. De gresk- og serbisk-ortodokse fikk egne tyske bispedømmer i hhv. 1969 og 1978.