I tillegg til flystøyen kan en flyplass indirekte generere støy ved at det for eksempel ligger bolighus nær en motorvei som er tilknyttet flyplassen. Ved en stor tysk undersøkelse ble det imidlertid korrigert for slike faktorer. Dokumenterte virkninger av flystøy omfatter: Søvnforstyrrelser, dvs. at folk våkner eller får forringet søvnkvalitet pga. støyen. Konsentrasjonsvansker. Økt risiko for hjerte-/karsykdommer – og dødsfall forårsaket av slike. Et gjennomsnittlig flystøynivå på 60 dB målt utendørs, dvs. langt under faregrensen for hørselstap, medførte 61 % høyere risiko for slike sykdommer hos menn, og 80 % hos kvinner. Ved 55 dB om natten var økningen i risiko henholdsvis 66 og 139 %. Økt stress. Enkelte personer irriterer seg spesielt over flystøy og opplever dermed ofte øket stress og plager, mens naboer har positive assosiasjoner med fly og plages ikke. Økt risiko for arbeidsulykker og trafikkulykker, blant annet fordi en lett blir trett og uopplagt etter søvnforstyrrelser.