En serie rojalistiske opprør fulgte, og deretter en skotsk invasjon i juli 1648. Alle ble slått ned av parlamentarianerne, som uten å ville det hadde fått en stående hær med stor slagkraft. At Karl I hadde sveket parlamentet ved å forhandle bak dets rygg førte til en debatt om hvorvidt han skulle få komme til makten igjen i det hele tatt. De som støttet monarkiet forsøkte å forhandle med kongen. I Wales skiftet parlamentstropper som ikke hadde fått betalt side, men Cromwell slo raskt ned dette opprøret. Allerede i slaget ved Preston i 1648 ble den siste rojalistiske motstanden knust.