I perioden 1987-2003 laget gruppen flere store låter, og igjen økte den internasjonale anerkjennelsen. Mange artister laget coverversjoner av deres låter, og gruppen ble hedret på mange forskjellige måter. Blant annet ble Bee Gees i 1997 innvilget i Rock and Roll Hall of Fame. Den 12. januar 2003 døde Maurice Gibb brått, og med det var i realiteten Bee Gees aktive karriere over. De to gjenlevende brødrene hadde enkelte opptredener sammen etter dette, men det var bare ved noen få tilfeller frem til Robin Gibbs død i 2012.