Hans Peter Brekke ble født på Brekke i Ørsta og foreldrene hans var gardbruker Hans Henriksen Brekke og Nille Karine Paulsdatter. Han ble konfirmert i Ørsta kirke 27. september 1874 og deretter fikk han undervisning i ca to år ved ”studentfabrikken” til fhv sogneprest Erik Olsen i Kvinnherad, der både Anders Hovden og Bernt Støylen var elever senere. I 1877 reiste han til Kristiania og i 1878 tok han eksamen artium som elev ved "Maribogadens skole" (startet av Peter Qvam). Våren 1879 tok han ”andeneksamen” og senere studerte han ved universitetet, mest språklige og naturvitenskapelige fag, og han fulgte spesielt professor Jens Lieblein forelesninger i egyptologi.