Höjer innrettet sin forskning mot utenrikspolitikk og nyere historie. Etter ett par arbeider med emner fra Bismarcktidens internasjonale politikk disputerte han på en avhandling om (1935). Spesielt for Höjer som historiker var en minutiøs grundighet i kildeforskningen, ett mangesidig hensynstakende til ulike faktorer i et hendelseforløp, ett balansert omdømme og en konsis fremstilling. En sentral plass i hans produksjon inntar biografien om Karl XIV Johan (3 bind, 1939-1960), svensk historisk litteraturs mest monumentale verk i sitt slag.