Ved EM i friidrett innendørs 2009 i Torino greide han 5,70 i kvalifiseringsrunden, men bare 5,61 i finalen. Dette holdt til 7.-plass. Han landsmann Renaud Lavillenie vant gullet, med ny personlig rekord på 5,81. I august deltok han ved VM i friidrett 2009 i Berlin. Der greide han både 5,80 og 5,85 i første forsøk, og fikk VM-sølv bak Steven Hooker. Mesnils høyde var sesongbeste for hans del.