På grunn av hennes status som mulig tronarving var det mye snakk om et passende ekteskap for henne i barndommen. For Den katolske kirke var det ønskelig at hun giftet seg med et medlem av huset Savoia. Det ble foreslått ekteskap med Rainuto Farnese, eldste sønn av Alexander Farnese og Maria av Portugal. Det skal ha vært paven som stod bak dette. Men han bestemte seg etter hvert for å få henne gift med sin bror, en kardinal som ble avsatt slik at han kunne gifte seg. Heller ikke dette kom det noe ut av. Et problem med planene er at ingen visste om Arbella var katolikk eller protestant; hun røpet ikke dette, og enhver som snakket med henne trodde at hun hadde samme tro som dem selv.