Den nasjonale og internasjonale støtten til zapatistaenes sak økte, og i 1996 ble San Andrés-avtalen signert av EZLN og de føderale myndighetene. Avtalen forpliktet partene på grunnleggende respekt for mangfoldet blant urbefolkningen i Chiapas, gav dem rett til å være med på å bestemme utviklingsplaner, få kontroll over administartive og juridiske saker og selvstyre. Forlaget om å implementere avtalen ble akseptert av EZLN, men avvust av president Ernesto Zedillo.