Han begynte sitt styre i 95 f.Kr. og året etter han klarte han hevne sin fars død ved beseire sin fetter Selevkos VI Epifanes i Kilikia da Selevkos VI ble brent levende. I 93 f.Kr. okkuperte Antiokos XI Epifanes Antiokia, men ble slått tilbake, beseiret og drept av Antiokos X Eusebes. Han tok kontrollen over den nordlige delen av Syria, men hadde ingen innflytelse over de sørlige hvor Demetrios III Eukairos og Filip I Filadelfos styrte. En gang rundt 89 f.Kr. brøt det ut krig med Partia igjen, og borgerkrigen med Demetrios og Filip fortsatte.