Foreningen ble stiftet 19. mai 1919 som , og hadde som formål å fremme interessen for vitenskapelig arbeid innen pediatri. Stiftelsen skjedde under en bankett på Grand Hotel i anledning Axel Johannessens 70-årsdag, og selskapet holdt sitt første møte på Rikshospitalets barneavdeling i oktober samme år. Axel Johannessen var professor ved Det Kongelige Frederiks Universitet og grunnlegger av pediatrifaget ved universitetet. Han ble selskapets første formann. Norsk Pediatrisk Selskap var opprinnelig en frittstående organisasjon, men etablerte senere samarbeid med Den norske lægeforening og ble en spesialforening innen lægeforeningen i 1928.