Landsbyen Abashiri ble grunnlagt i 1872. Den er oppkalt etter distriktet Abashiri. I 1875 ble Abashiri og de nærliggende landsbyene Kitami, Isani og Nikuribake slått sammen til én by. I 1915 ble også landsbyene Notoro og Mokoto slått sammen med Abashiri.