Han døde 1. juli 1502 i en orkan som ødela 20 av de 31 skipene i konvoien, inkludert flaggskipet i Monastredet da de skulle returnere til Spania. Mellom de overlevende skipene var Aguja, det dårligste skipet i konvoien og skipet som fraktet gullet Columbus hadde eid, noe som førte til spekulasjoner om at Columbus på magisk vis hadde skapt stormen som en hevngjerning mot ham.