I sesongen 2012-13 fikk han sin første kamp først i en vennskapskamp mot Bayern Leverkusen 12. august 2012. Hans første reelle kamp kom så først 14 dager senere, da han startet i 2-2 kampen hjemme mot . Han tilbrakte så flere kamper på benken, før han igjen fikk starte i Europaligaen mot BSC Young Boys 20. september, der han også skåret et av målene i 5-2 seieren. Coates var et stykke ned på rangstigen i Liverpool denne sesongen, og fikk bare et fåtalls kamper, noe som fikk manager Brendan Rodgers til å uttale i januar 2013 at «Det har vært vanskelig for ham å få kamper, og det beste for Sebastian ville være å gå ut og få kamper». Etter å ha startet 4. rundekampen der Liverpool ble slått ut av FA-cupen av Oldham fra League One, var Coates en av spillerne som fikk flengende offentlig kritikk etterpå av Rodgers.