Hirsch' virke som teolog var svært mangfoldig. Han var ekspert på Martin Luther og Søren Kierkegaard, og er også kjent for sine oversettelser av Kierkegaards tekster til tysk. Dessuten var han en kjenner av den tyske idealismen, særlig Fichte. Blant de mest kjente verkene hans er , som utgjør omtrent 2500 sider i fem bind og skildrer utviklingen av den protestantiske teologien fra avslutningen av trettiårskrigen til henimot 1870. Videre beskjeftiget han seg med spørsmål omkring Det nye testamente, slik som evangelienes tradisjonshistorie. Mot slutten av livet skrev han også flere romaner.