Bononcini skrev vokal- og instrumentalmusikk for ulike besetninger; i instrumentalmusikken skilte han tydelig mellom - og -stilen. Ved å gruppere dansestykker (han skrev rundt 150 av dem) skapte han kammersonateformen (op.4, op.9, op.7, op.12). På kirkesonate-området gav han den eksisterende canzonesonaten en fast form med flere satser. De 29 triosonatene danner gjennom satsform, sangbarhet og kraftfulle klangfarge et viktig trinn i utviklingen mot Arcangelo Corellis stil. Enkelte av sontatene krever skordatur. I Bononcinis vokalverk dominerer solostemmen, mens instrumentalakkompagnementet er tydelig underordnet. Bononcini var også musikkskribent.