Maurer ble født inn i en bondefamilie i Zürcher Oberland. Han utdannet seg til regnskapsfører før han fra 1994 til 2008 var direktør i bondelaget i Zürich. Han var deretter president for foreningen for sveitsiske grønnsaksdyrkere inntil han ble valgt til medlem av Forbundsrådet. Han har tjenestegjort i den sveitsiske hæren med rang som major.