FreeBSD har en samling av tusenvis av programmer som utvikles av tredjepart utenfor selve prosjektet. Nettlesere som FireFox, Opera og Chrome, e-post-klienter som Mozilla Thunderbird, office-pakker som OpenOffice, etc er eksempler på dette. Generelt kan man si at prosjektet selv ikke utvikler disse programmene, men utvikler rammeverket som gjør at programmene kan installeres, kalt Ports Collection. Programmer kan enten installeres ved å kompilere kildekoden hvis lisensen som er tilknyttet programmet tillater dette (dette kalles «porter», eller «ports» på engelsk), eller som forhåndskompilerte, binære programmer (kalt «pakker», eller «packages» på engelsk). Ports Collection støtter de siste utgavene av STABLE og CURRENT. Eldre utgaver støttes ikke, og fungerer kanskje ikke med en oppdatert Ports Collection.