En annen flyvning, etter forslag fra professor Henry, gikk fra Cincinnati og skulle gå til østkysten. Til denne turen brukte han en mindre ballong «Enterprise». Hans ballong tok av tidlig morgen den 19. april 1861, to dager etter at Virginia hadde løsrevet seg fra Unionen. Flyturen gikk ikke etter planen og han havnet i Unionville, Sør-Carolina der han ble satt i husarrest som en Yankee-spion. Etter å ha etablert sin identitet som vitenskapsmann fikk han lov til å vende hjem, der det lå beskjed fra sekretær for finansdepartementet Salmon P. Chase, om å komme til Washington med sin ballong. Den amerikanske borgerkrigen endte permanent Lowes forsøk på en transatlantisk flyvning.