Som trener har han hatt flere jobber i både hjemlandet Argentina og i Paraguay. Han ble seriemester i Paraguay med i 2002, 2003 og 2006, og med Cerro Porteño i 2004. I 2007 ble han landslagstrener for , som han samme året ledet til kvartfinalene i Copa América. Han presterte så å føre Paraguay til VM-sluttspillet i 2010, og året derpå til finaletap i Copa América.