Den 24. april 1866 ble han utnevnt til etterfølger etter Clement Smyth som biskop av Dubuque i Iowa. Han ble bispeviet den 30. september samme år i i Dubuque av erkebiskopen av Saint Louis, Peter Richard Kenrick; medkonsekratorer var John Martin Henni, biskop av Milwaukee, og James Duggan, biskop av Chicago.