Fem år gammel ble hun skysset av sted til det svenske hoffet for å bli oppfostret der, enda forholdet mellom Danmark og Sverige da var svært spent. Og allerede etter ett år sendte kong Christian bud på datteren igjen, men det skyldtes at han var på vei ut av forholdet til moren hennes og ville ha de felles barna rundt seg. 16 år gammel ble Elisabeth Augusta gift med befalingsmannen på Kalundborg slott, senere riksråd Hans Lindenov. Ekteparet fikk et barn: Sophie Amalie Lindenov, enda ekteskapet gikk svært dårlig. Elisabeth Augusta lå i tillegg i stadig konflikt med sine søsken.