Collin giftet seg 9. oktober 1679 med Karen Tønder. Hun var datter av sogneprest i Vår Frue kirke, Ole Christophersen Tønder og Maren Schelderup. Selv om Karen Tønder gjennom sitt ekteskap med Jens Hanssen Collin ble en velstående kvinne, sies hun å ha vært umåtelig pengegjerrig. Etter Collins død i 1708 giftet hun seg med en annen av Trondhjems velstående menn; Abraham Dreyer. Jens Hanssen Collin og Karen Tønder fikk flere barn. Blant dem var magistratspresident Hans Jenssen Collin og Maren Jensdatter Collin.