Kölns dominikanere stod på Pfefferkorns side; humanistene på Reuchlins. Reuchlins motstandere ble satirisk uthengt i kampskriftet Hoogstraten hadde ikke tatt del i kontroversens innledende fase, men at hans sympati i saken var med Reuchlins motstandere kan avleses av hans vennskap med Pfefferkorn. Hoogstraten var utvilsomt til en viss grad også under innflytelse av universitetenes avvisende holdning til jødiske bøker. I sin egenskap som inkvisitor innkalte Hoogstraten den 15. september 1513 Reuchlin til å innfinne seg innen seks dager for den kirkelige domstolen i Mainz, for å svare på anklagen om at han favoriserte jødisk anti-kristen litteratur. Reuchlin kom ikke og appellerte i stedet til Roma. Pave Leo X bemyndiget biskopen av Speyer til å felle avgjørelse i saken. Imens sørget Hoogstraten for at Reuchlins (som han hadde forfattet som svar på Pfefferkorns ) ble offentlig brent i Köln.