I 1551 vendte Aguirre tilbake til Potosí (som da fremdeles var en del av Peru). Han ble her arrestert av dommeren Francisco de Esquivel, som anklaget han for brudd på lovene for beskyttelse av indianerne. Dommeren avviste Aguirres begrunnelser og hans hevding av adelig herkomst, og dømte han til offentlig pisking. Med sin stolthet såret ventet Aguirre til slutten av dommerens mandat. I frykt for Aguirres hevn flyktet dommeren, og endret stadig bosted.