Spor av maling har blitt funnet på mange skulpturer og andre deler av skipet. Alle skulpturene ble opprinnelig malt i lyse og livlige farger, i noen tilfeller forsterket med bladgull. Sider av gallionen, den utstikkende plattformen under baugsprydet som skjøt ut fra forstavnen, relingen, taket på låringsgallerier og bakgrunnen på akterspeilet var rødmalt med skulpturene i naturlige farger. Tidligere antok man at bakgrunnsfargen var blå, og at de fleste skulpturene var helt forgylt, som vist på illustrasjoner av «Vasa» for bøker, tidsskrifter og malerier fram til 1990-årene. På slutten av 1990-årene ble bakgrunnsfargen revidert til rød på illustrasjoner og reproduksjoner av skipet. De malte skulpturene på «Vasa» representerer blant de siste rester etter den middelalderske skulpturtradisjonen, med sin hang til glorete farger, før barokken med forgylte skulpturer overtok.