I 1666 ble flaggskipet «De Zeven Provinciën» tatt i bruk, og fra dette skipet kommanderte han flåten da den beseiret engelskmennene i det firedagers sjøslaget som fant sted mellom 11. og 14. juni 1666. Under dette slaget mistet Nederland 4 skip, mens England mistet 10. Nederland tapte det følgende slaget, det todagers sjøslaget, og tapet førte til en reell splittelse mellom de Ruyter og Tromp. Under en mindre trefning senere samme år ble de Ruyter alvorlig syk etter at han hadde pustet inn røyk fra brennende lunter. Det var en periode usikkert om han kom til å overleve, men han frisknet nok til slik at han kunne gjenoppta rollen som flåtens øverstkommanderende. På denne tiden var Tromp falt helt i unåde.