Samme år fullførte han «Dyrenes karneval» som fikk sin uroppføring 9. mars 1886. Dette verket er svært populært i dag, men Saint-Saëns forbød fulle framføringer av det like etter premieren, og tillot kun én av satsene, , et stykke for cello og piano, å bli utgitt i hans levetid. Han skrev også seks preludier og fuger for orgel, tre i op. 99 og tre i op. 109, hvor det mest framførte er preludium og fuge i Ess-dur, op. 99, nr. 3.