Bor ble også startstedet for den andre borgerkrigen i Sudan, da den sudanske offiseren Kerubino Kuanyin ledet et opprør i byen i 1983 etter at de sudanske myndighetene erklærte at Sudan skulle være en Sharia-stat, også for befolkningen i sør som ikke var muslimer. Dette førte til etableringen av Det sudanske folks frigjøringsbevegelse og till slutt Sør-Sudans løsrivelse fra Sudan.