Navassaøya ble først annektert av USA på grunn av de store forekomstene av guano, som ble sendt fra øya til fastlandet og deretter brukt som gjødsel. Etter Den amerikanske borgerkrigen tok slutt i 1865, opprettet Navassa Phosphate Company gruvedrift på øya. Navassa Phosphate Company hadde 140 svarte arbeidere fra Maryland ansatt i gruvene og bygde hus, et varehus, ei smie og en kirke i Lulu Town . Etterhvert ble det også bygget jernbanespor som fraktet guano fra gruvene til havnområdet i Lulu Bay, der det ble sendt med skipet S.S. Romance til Baltimore i Maryland. I 1899 brøt det ut opptøyer blant arbeiderne på øya og fem mennesker ble drept . Et krigsskip hentet 18 av arbeiderne kort tid senere og fraktet dem til Baltimore for tre rettssaker for mord. En organisasjon for svarte arbeidere, Order of Galilean Fisherman, forsvarte mennene i retten. De mente en føderal domstol ikke kunne dømme mennene ettersom øya ikke var under amerikansk suverenitet, men Høyesterett kom med en beslutning den 17. november i 1890, Jones v. United States, som opprettholdt det amerikanske kravet over øya . Tre menn ble dømt til dødsstraff for mord og de planlagte avrettelsene skulle skje i våren 1891. President Benjamin Harrison gjorde derimot om straffene til livsvarig fengsel og nevnte også saken i sin «State of the Union»-tale. Gruvedriften ble kraftig redusert og under Den spansk-amerikanske krigen i 1898 evakuerte Navassa Phosphate Company øya og gikk senere konkurs. Øya ble forlatt i 1901.