Boediono var fra 1997 til 1998 viaepresident for den indonesiske sentralbank Bank Indonesia og deretter minister for landutvikling fra 1998 til oktober 1999. I 2001 utnevnte president Megawati Sukarnoputri han til finansminister i hennes regjering. President Susilo Bambang Yudhoyono gjorde ham til økonomiminister ved en kabinettsnyordning i 2005. I 2008 ble han valgt til president for Bank Indonesia.