Ekeberg var hovedkurator for «PARK» – Momentum 2000 (sammen med Ina Blom, Jakob Fabricius og Paula Toppila). Høsten 2000 var han initiativtaker og første direktør for nysatsingen Oslo Kunsthall. Han var også kurator for utstillingen «Kunst til folket – Riksutstillinger 50 år» i 2003. I perioden 2002–2004 var han kurator og informasjonsleder for nyetablerte Office for Contemporary Art Norway (OCA) og fra 2004 til 2009 var han direktør for Preus Museum, det nasjonale museet for fotografi.