Et tidligere flagg for Agino-Burjatsk hadde et gult felt med -merket på stangsiden av en ordinær russisk trikolor. Flagget ble innført 10. desember 1996 da flaggloven ble publisert i avisen . Dagen etter ble flagget offisielt heist for første gang. Det ble endret i 2001 etter at russiske myndigheter ønsket å gå bort fra at føderasjonssubjekter benytter føderasjonens symboler i sine flagg og våpen.