Ved presidentvalget i 2013 stilte han mot Horacio Cartes fra Coloradopartiet. De to kandidatene la i valgkampen vekt på å bringe Paraguay tilbake til den regionale organisasjonen Mercosur, som landet ble utestengt fra etter at president Fernando Lugo i 2012 ble avsatt i en riksrettssak. Andre viktige saker, som begge kandidatene stilte seg bak, var jordreform, utbygging av flyplasser og landeveger, samt effektivisering av statsselskaper og offentlig sektor. Alegre fikk 36,8 % av stemmene i valget og tapte for Cartes med 45,9 %.