Byen ble grunnlagt i år 1751 av Panah Ali Khan som en borg for å forsvare Karabakh. Grunnet sin strategiske plassering på en høyde med bare én vei som fører til og fra holdt den stand lenge, men måtte til sist kapitulere og ble innlemmet i det russiske imperium i 1805. Ved en folketelling i 1823 bodde det ca. aserbajdsjanske (cirka 68%) og 474 armenske (cirka 31%) familier i byen. Byens befolkning vokste raskt, spesielt den armenske delen og rett før første verdenskrig var den armenske befolkningens andel 70%. Før 1920 fantes det 22 aviser i Sjusja (ikke alle samtidig), av disse var 20 på armensk, 2 på russisk og ingen på aserbajdsjansk. I 1918 ble Sjusja en del av den uavhengige republikken Aserbajdsjan, som oppsto i kjølvannet av oktoberrevolusjonen. I 1920 startet en dels etnisk betinget krig, som av mange forskere regnes som en del av det armenske folkmordet. Denne gjorde det lett for den Røde armé å gjenerobre hele regionen og byen ble en del av Sovjetunionen. Krigen mellom Armenia og Aserbajdsjan om Nagorno-Karabakh på 1990-tallet kan sees på som et forsøk på revansje for hendelsene på begynnelsen av 1920-tallet. Den 9. mai 1992 inntok armenske styrker Sjusja. Byen har hatt en dramatisk tilbakegang siden 1917, da den hadde innbyggere. I 1989 var innbyggertallet sunket til , og i 2015 var det bare rundt igjen. Sjusja er per i dag sete for Karabachs bispedømme i den armenske apostoliske kirke.