Da Howard Kendall ble ansatt som ny manager i november 1990 fikk Nevin mindre spilletid, dels på grunn av en åpenlys krangel mellom de to, dels på grunn av kjøp av kantspillerne Robert Warzycha og Mark Ward. På begynnelsen av 1990-tallet spilte Nevin på lån hos Tranmere Rovers FC på nivå to, før han i 1992 signerte permanent kontrakt med klubben. Nevin var med på å spille klubben til playoffspill i tre sammenhengende sesonger (1992–1995), men endte utslått i semifinalene alle tre ganger. Etter å ha spilt i underkant av 200 seriekamper for Tranmere frem til 1997, bestemte han seg for å returnere til Skottland.