Edouard Louis Joseph Merckx ble født i Meensel-Kiezegem, i Brabant i Belgia 17. juni 1945 til Jules Merckx og Jenny Pittomvils. Merckx var den førstefødte i familien. I september 1946 flyttet familien til Sint-Pieters-Woluwe, i Brussel, Belgia for å overta en dagligvarebutikk som hadde vært ute for utleie. I mai 1948 fødte Jenny tvillinger: en gutt, Michel, og en jente, Micheline. Som barn var Eddy hyperaktiv og lekte alltid ute.