Den 4. november 2012 ble Tawadros valgt til overhode for den koptiske kirke, som den 118. i kirkens paverekke, og ved en seremoni den 18. november 2012 ble han innsatt som patriark av Alexandria. Innsettelsen fant sted i Sankt-Markuskatedralen i Kairo - denne kirke er ved siden av Sankt-Markus-katedralen i Alexandria er den koptiske paves sete.