Da populariteten hans sank tok hans kone Johannes Tzimiskes som sin elsker og de la planer for å for å ta livet av Nikeforos. Etter hvert omfattet også konspirasjonen Mikael Bourtzes (den vanærede kommandanten som inntok Antiokia noen måneder tidligere) og hans tjener Theodoros, Leo Balantes og Leo Pediasimos. De sammensvorne klarte å snike seg inn i palasset og tok seg inn i keiserens sovekammer der de drepte ham. Ifølge den samtidige historikeren Leo the Deacon ble liket først mishandlet, deretter kastet ut av vinduet. Senere ble Nikeforos gravlagt i De hellige apostlers kirke i en av marmorsarkofagene som Konstantin den store hadde fått laget seks hundrå tidligere. På en innskrift ved graven hans skal det angivelig ha stått «» (Ώ πλην γυναικός τα δ 'άλλα Νικηφόρος). Historikeren John Julius Norwich bemerker at han nok hadde fortjent et bedre endelikt.