Mar Mooken ble av sin forgjenger Thoma Darmo bispeviet og innsatt som metropolitt av India under en seremoni i Bagdad i 1968. Han tok i denne sammenheng sitt bispenavn etter Efraim Syreren. Etterpå var han med på å velge Thoma Darmo til katolikos-patriarken av Østens kirke. Thoma Darmo var dermed blitt motkatolikos til Shimun XXIII, som ledet Østens kirke. Aprem returnerte til India, der han virket som metropolitt for Østens gamle kirke i Malabar med sete i Thrissur.