Ved opprettelsen ble Troms Folkemuseum og samlingene ved Tromsø bymuseum tatt opp i den nye stiftelsen. I tillegg til hovedbygningen i sentrum av Tromsø, eier museet to friluftsanlegg med til sammen 24 antikvariske bygg som inngår i sommersesongens formidlingsprogram. Samlingenes omfang og innhold gjenspeiler derfor Tromsø og omegns museumshistorie fra 1950-tallet og framover. De to friluftsanleggene inkluderer Folkeparken (tidligere Troms Folkemuseum) på Tromsøya og Straumen gård i Straumsbukta på Kvaløya.