Thomson fikk sin høyere utdannelse ved Universitetet i Edinburgh. Mens han studerte der fikk han utgitt noen av sine dikt. Disse diktene handlet hovedsakelig om Jed Valley, hans barndoms dal. Planene for ham var en karriere i kirken, men han oppgav teologien fordi prekenene hans ble kritiserte for å være for blomstrende.