Hans suksess tok derimot av da han ble manager i AS Monaco FC i 1987. I sin første sesong (1987–88) vant laget ligaen og i 1991 vant de den franske cupen. Han signerte flere kvalitetsspillere, blant annet Glenn Hoddle, George Weah og Jürgen Klinsmann. Han signerte også den 23 år gamle Youri Djorkaeff fra RC Strasbourg, som kom på en delt førsteplass om toppscorer-tittelen (med 20 mål) i Wengers siste sesong i klubben. På grunn av sin lojalitet til klubben takket han nei til forespørsler om å lede FC Bayern München og det franske landslaget, men etter en dårlig start på sesongen 1994-95 fikk han likevel sparken i klubben.