Tomo Vukšić studerte filosofi og katolsk teologi ved presteseminaret i Sarajevo. Erkebiskopen av Vrhbosna, Marko Jozinović, diakonviet ham 3. desember 1979 for bispedømmet Mostar-Duvno, og biskopen av Mostar-Duvno, Petar Čule, presteviet ham 29. juni 1980.