Selv om MacDonagh kommanderte en av de største enhetene under opprøret var det lite kamper ved hans posisjon, ettersom britene lett kunne gå utenom for å nå de mer sentrale posisjonene. Den 30. april overgav han seg etter ordre fra opprørsledelsen, selv om bataljonen var rede til å fortsette kampen. Han ble stilt for krigsrett og dømt til døden. Henrettelsen ved skyting fant sted 3. mai 1916; MacDonagh var 38 år gammel.