Den 27. juni 1726 inntraff den helt store katastrofen da en brann la store deler av Viborg i aske. Av domkirken sto bare murene tilbake. De høye spirene som prydet tårnene dengang, falt ned og knuste hvelvingene. Kirken ble gjenoppbygget i barokkstil av byggmester Claus Stallknecht fra Altona, men i de følgende årene viste det seg at murverket hadde tatt mer skade enn opprinnelig antatt. I 1850-årene begynte murene å gli fra hverandre og hvelvingene slo revner og i 1862 måtte kirken stenges.