Kongressen godkjente også domstolslovene av 1789 som etablerte hele den føderale dømmende makten. På den tiden sørget loven for en høyesterett av seks dommere, tre regionsdomstoler og 13 distriktsdomstoler. Den opprettet også embetene til USAs marshal-tjeneste, vise-marshal og distriktsaktorer. I tillegg etablerte den høyesterett som mekler i alle uenigheter mellom statene og den føderale styresmakten i saker hvor føderale og statlige lover var i konflikt.