Ståle Wikshåland var med på å grunnlegge prosjektet Norsk musikkarv på 2000-tallet, i et samarbeid med en rekke høyere norske musikkinstitusjoner. De siste årene viet han seg mer og mer til studier av barokken og musikalsk retorikk. Sammen med operasjef Per Boye Hansen initierte han et samarbeid mellom Institutt for musikkvitenskap og Den Norske Opera & Ballett, med studentundervisning og internasjonale seminarer knyttet tett opp til produksjon og framføringer ved Operaen.