Han var den yngste sønnen til Antiokos VIII Grypos, og hans eldre brødre var følgende: Selevkos VI Epifanes, Antiokos XI Epifanes, Filip I Filadelfos, og Demetrios III Eukairos. Antiokos XII grep kontrollen over byen Damaskus da hans bror Demetrios III ble tatt til fange av parterne. Tre år senere invaderte han Judea, men drept i kamp mot nabateerne.