Mike Phelan begynte sin karriere i Burnley FC, der han signerte lærlingkontrakt i juli 1979, før han fikk proffkontrakt i juli 1980. Han gjorde sin ligadebut i januar 1981 mot Chesterfield FC. Han fikk også ungdomslandskamp for England i denne perioden. Klubben vant 3. divisjon i 1982, og rykket opp. I 1985 rykket klubben ned til 4. divisjon, men da ble Phelan solgt til Norwich City.