Banja Luka er et av de viktigste transportknutepunkter på Balkan og har hatt meget turbulent historie. Byen ved navnet Banja Luka er første gang nevnt i et dokument datert 6. februar 1494 av Vladislav II av Böhmen, men byen stammer tilbake til romertiden, en tid den gamle festningen Kastel i byens sentrum stammer fra. Byen var på denne tiden en del av den romerske provinsen Illyricum og lå på den viktige romerske veien mellom Dalmatia og Pannonia.