Han studerte katolsk teologi ved det katolske teologiske universitet i Linz og ved Det pavelige gregorianske universitet i Roma, hvor han ble ordinert til prest i 1952. I 1955 mottok Wagner sin doktorgrad fra . Wagners første pastoraltjeneste tok ham til forskjellige menigheter i Oberösterreich. I 1958 ble han sjelesørger for den katolske bygdeungdommen. Med dem grunnla han den østerrikske utviklingstjenesten (ÖED) i 1968.