I 1793 ble han sendt til Grenoble og Lyon och agerte der som kommissar med stor voldsomhet. Som medlem av Velferdskomiteen gjorde han ved sine anklager at mange ble ført til giljotinen. Fra april 1794 var han nasjonalkonventets president. Amar sluttet seg snart til Robespierres fiender og bidrog i høy grad til at han ble styrtet og henrettet.