Den 31. august 2006 ble Bakke klar for Brann. Han skrev under en kontrakt med varighet 1½ år, som senere ble forlenget med ytterligere to år. Etter at Martin Andresen forlot Brann etter gullsesongen, ble Bakke valgt til kaptein for laget. Bakke hadde kontrakt med bergensklubben ut 2010-sesongen og gikk deretter tilbake til Sogndal hvor han avsluttet karrieren.