Han ble igjen anklaget for å være kalvinist, denne gangen av Sorbonnen, og flyktet i 1535 til dronning Marguerite av Navarra og videre fra henne til hertuginne Renée i Ferrara, hvor han gikk over til protestantismen. Siden dro han til Venezia og i 1536 tilbake til Frankrike, hvor han hadde kongens beskyttelse inntil 1542, da han igjen fikk Sorbonne på nakken, denne gangen med en oversettelse av Davids salmer. Dette gjorde at han måtte flykte til Genève og derfra videre til Torino.