Dagens Pakistan deler sin historie med India (se Indias historie). Området ligger mellom Midtøsten og Indusdalens silvilisasjon og grenser til Sentral-Asia. I antikken ble Pakistan erobret av mange grupper, blant andre perserne, grekere, gresk-baktrianere, kushaner, hunere og skytere. Pakistan er delvis separert fra resten av subkontinentet av Kutchranden og den 800 km lange Thar-ørkenen, derfor gikk ikke mange av disse gruppene inn i moderne India. I vesten ble «India» lenge brukt som fellesbetegnelse for hele det store området fra Iran til Kina, inkludert Indonesia og Filippinene. Pakistan regnes naturgeografisk med i det indiske subkontinentet.