Guyot ble i 1839 professor i historie og fysisk geografi ved universitetet i Neuchâtel og satte med Louis Agassiz og Édouard Desor i gang med undersøkelser vedrørende Alpene (, 1848). I 1848 besøkte han Agassiz ved universitetet i Cambridge i Massachusetts og holdt vinteren 1848-49 i Boston en serie forelesninger om forholdet mellom den fysiske geografi og historien. Forelesningene ble i 1849 utgitt under tittelen .