Spillet begynner med at Kyle og Jan blir ansatt av Alliansen for å få tak i planene til Dødsstjernen, Empires romstasjon utstyrt med en super-laser som er i stand til å ødelegge en hel planet på et øyeblikk. Opprørerne klarer å finne en svakhet ved stasjonen, og til slutt ødelegge den. Ett år senere ansetter Alliansen Kyle og Jan igjen, denne gangen for å undersøke et angrep på en av basene deres. Kyles etterforskning avslører Dark Trooper Project, ledet av general Rom Mohc. Oppdraget hans for å stoppe prosjektet tar ham til kloakken under Anoat City, hvor han fanger Moff Rebus - en spesialist som utviklet våpnene som ble brukt av Dark Troopers.