Skjervøy kommune har landgrense i sørvest (på Uløya) til Nordreisa kommune, og grenser for øvrig, over de omliggende fjorder og hav, i øst mot Kvænangen og Loppa, i vest mot Lyngen og Karlsøy. Skjervøy kommune er utelukkende en øykommune og omfatter øyene Skjervøya, Kågen, Arnøya, Uløya, Laukøya, Haukøya, Hakkstein, Vorterøya og Follesøyene. Høyeste punkt i kommunen er Store Kågtinden, 1229,7 moh.