Under okkupasjonen gikk Vedaa inn i motstandskampen. Han ble med i Kompani Linge og fikk oppdrag i det okkuperte Norge. Vedaa deltok i Operasjon Carhampton. Han kom deretter til Sverige og vendte i januar 1944 tilbake til Norge for å delta i Operasjon Throstle. Operasjonen hadde som mål å bygge opp Milorgs distrikt D11 i Østfold. Han deltok i planleggingen av vellykkede sabotasjeaksjoner mot Rygge flyplass og et drivstofflager for undervannsbåter ved Son. Aksjonen mot drivstofflageret ble av britene betraktet som et spesielt viktig militært resultat. På grunn av tuberkulose avsluttet Vedaa sitt arbeid i Østfold og ble sendt til Sverige, der han ble innlagt på sykehus.