Prosjektets kostnader frem til 1. oktober 1945 var på 1,845 milliarder dollar, tilsvarende mindre enn 9 dagers krigsutgifter, og da AEC overtok styringen 1. januar 1947 var summen oppe i 2,191 milliarder dollar. De samlede bevilgningene var på 2,4 milliarder dollar. Over 90 % av utgiftene gikk til bygging av anlegg og fremstilling av spaltbart materiale, mens mindre enn 10 % ble brukt på utvikling og fremstilling av bombene.