Preussen overtok hele Schleswig-Holstein etter den østerriksk-prøyssiske krig to år senere, i 1866 og byen ble en integrert del av kongeriket Preussen innenfor Provinsen Schleswig-Holstein. Da hertugdømmene ble integrert i Preussen i 1867 sørget Bismarck for at Altona ble værende utenfor tollgrensen. Rundt 1880 ble tollgrensen mellom Hamburg og Altona fjernet, og Hamburg med omland ble innlemmet i tollunionen. Etter dette var Bremen den eneste frihavnen i imperiet.