I Shah Rukhs siste år som hersker startet Sultan Muhammed et opprør i de vestlige provinsene i Timuridriket. Shah Rukh klarte å stanse opprøret i 1446 og tok mange av opprørerne til fange, men Sultan Muhammad klarte å flykte til Luristan-provinsen vest i dagens Iran. Da Shah Rukh døde i 1447 dro Sultan Muhammad tilbake og skaffet seg kontroll over det sentrale Persia. Ved siden av sin halvbror Abul-Qasim Babur Mirza som hadde kontrollen over Stor-Khorasan og sin onkel Ulugh Beg som styrte i Transoxiana var Sultan Muhammad nå en av de tre ledende timuridene i det splittede riket.