Kantonen San José har et areal på 44,6 km². Den ligger nord i provinsen med samme navn, og grenser til provinsen Heredia (kantonene Belén, Heredia og Santo Domingo), og kantonene Tibás og Goicoechea i provinsen San José i nord; til Montes de Oca og Curridabat i øst; og til Desamparados, Alajuelita og Escazú i sør. San Josés storbyområde dekker et mye større areal enn selve kantonen, 2 044 km², og omfatter alle de tilgrensende kantonene i tillegg til byer som Alajuela, Cartago og Heredia.