Han ble lenge ansett som en medisiner som hadde vært motstander av nazismen og nazistenes rasehygieneprogram, men fra 2013 har det blitt publisert flere artikler og også en bok der det beskrives hvordan Asperger sørget for at små barn ble innlagt på institusjoner der han må ha visst at de med stor sannsynlighet ville bli avlivet. På bakgrunn av denne nye kunnskapen har begrepet «Aspergers syndrom» blitt problematisert.