Elleve måneder etter et feilslått ran av Merlaut Hotel, som førte til at niesa hans ble drept i en ulykke, søker hackeren og borgerverneren Aiden Pearce (Noam Jenkins) hevn over de ansvarlige. Ved å bruke en bakdør i Chicagos sentrale operativsystem (ctOS) kan Aiden hacke seg inn i byens elektroniske infrastruktur, hvilket lar ham oppdage informasjon om byens innbyggere med smarttelefonen sin. Leiemorderen, Maurice Vega (Christopher Jacot), gir ikke Aiden informasjon om hvem som bestilte drapet på ham, så han holdes fanget av Aidens partner Jordi Chin (Aaron Douglas) mens Aiden etterforsker saken videre. Når Aiden avslår en forespørsel fra sin tidligere partner Damien Brenks (Daniel Kash) om å finne hackeren som spolerte ranet av Merlaut, kidnapper Damien Aidens søster Nicole (Anne Hopkins). For å redde søstera si går Aiden med på Damiens krav.