Vilhelm IX var sønn av Vilhelm VIII av Akvitania hans tredje hustru Hildegard (Audéarde) av Burgund. Farens to skilsmisser og blodsbåndet med Audéarde gjorde at kirken opprinnelig betraktet sønnen som illegitim, og Vilhelm VIII måtte gjøre en pilegrimsreise til Roma for å søke paven om at det tredje ekteskapet ble godkjent og den nye arvingen gjort legitim.