Det har blitt fremsatt en rekke beskyldninger om bruk av tortur mot fangene, blant annet av Amnesty International, Røde Kors og av fangenes advokater. Offisielle uttalelser fra Pentagon fremholder at fangebehandlingen ikke bryter med internasjonal lov, mens en intern rapport fra den amerikanske marinen bekrefter bruk av tortur. Det fremholdes at torturen ikke er utført av US Navy, som driver basen, men av spesialgrupper fra USAs etterretningsorganisasjoner. Det fremholdes også at ordrene om å utføre tortur har blitt gitt fra «høyt nivå i Washington», og at de blant annet var godkjent av USAs forsvarsminister Donald Rumsfeld. I rapporten fremholdes det at bruddene på folkeretten etter all sannsynlighet opphørte etter 15. januar 2003. Røde Kors, Amnesty, Human Rights Watch, fangenes advokater og løslatte fanger mener at det har skjedd brudd på folkeretten også etter dette.