Hans siste store offentlige tjeneste var et oppdrag i Egypt fra desember 1919 til mars 1920 etter at det brøt ut alvorlige opptøyer der. Milner skulle gi anbefalinger om britisk–egyptiske relasjoner, spesifikt hvordan det britiske protektoratet som ble opprettet i 1915 kunne forsones med Zaghlul Pashas krav om selvstyre. Rapporten til Milner–kommisjonen la grunnlaget for en avtale som varte i en rekke år.