Makrygiannis klarte å slå tilbake flere voldsomme angrep mot Odeon av Herodes Atticus den 7. oktober, og under forsvaret av Akropolis, vedvarende han alvorlig skadet opptil flere ganger, hovedsakelig i hodet og nakken. Disse skadene plaget ham for resten av hans liv, men de var ikke så alvorlige at legene kunne nekte ham i å ta del i den siste fasen av krigen. Våren 1827 deltok han i slagene ved Pireus og slaget ved Analatos.