I 1990 endret organisasjonen navn til , som organisasjonen het frem til 1. januar 2012, da navnet ble tatt i bruk. I 2001 gikk organisasjonen i formelt partnerskap med den internasjonale organisasjonen Christian Solidarity Worldwide, som har hovedkontor i London. I 2003 var Stefanusalliansen med å starte opp nyhetsbyrået Forum 18 News Service. Navnet henspiller på Menneskerettighetserklæringens artikkel 18 om religionsfrihet. Byrået følger tett trosfrihetssituasjonen i Øst-Europa, Sentral-Asia og Russland.