Den 6. juni 1992 brant kirken nesten ned til grunnen i løpet av en halv time. Bygget var overtent da brannvesenet kom frem 2 minutter etter varsling, og 20 brannmenn hadde ikke mulighet til å redde kirken. Brannen var trolig påtent. Det som stod igjen, var rester av skjelettet, uten noen bæreevne. Varg Vikernes ble tiltalt for å stå bak brannen. I en rettssak i 1994 ble Vikernes dømt for flere andre forhold, inkludert kirkebranner, men retten konkluderte med at bevisene mot ham ikke holdt når det gjaldt brannen i Fantoft stavkirke.