Stockholm Vatten tilfører Långsjön 30 liter rent drikkevann per sekund for å forbedre vannkvaliteten, og motvirke algevekst. Huddinge kommune lar overflatevann renne urenset ut i innsjøen, blant annet fra den sterkt trafikkerte Häradsvägen. Noen ganger havner mer eller mindre uuttynnet avløpsvann fra et overbelastet ledningnett direkte i innsjøen. Långsjöns nedbørområde består av om lag 60 prosent bebyggede områder.