Politisk var Althusser kritisk til Nikita Khrusjtsjovs avstalinisering i Sovjetunionen, og han snudde seg dermed i retning av Kina og Mao Zedong. Støtten han uttrykte til kulturrevolusjonen i Kina fikk ham nesten ekskludert fra partiet. Han var også en markant kritiker av eurokommunismen som utviklet seg i partiet, og i 1978 publiserte han et omfattende angrep på partiet i avisa Le Monde. Året etter søkte han audiens hos paven, uten å lykkes. I 1983 ble han erklært for å være tilstrekkelig frisk og slapp ut av den psykiatriske behandlingen han var dømt til etter mordet på kona. Etter dette levde han et tilbaketrukket liv før han døde av hjertestans i 1990.