I februar 1942 ble Klugmann plassert i seksjon for operasjoner i Jugoslavia som etterretningsoffiser og koordinasjon, basert i Kairo i Egypt. Han ble kritisk til den serbiske rojalistlederen general Draza Mihailovic som var den fremste mottaker av britisk støtte til motstandsbevegelsen i Jugoslavia. Klugmanns rapporter påvirket oppfatningen til de britiske myndighetene og hans forfremmelser gikk raskt og han ble til sist major med ansvar for å orientere og rettelede agenter på oppdrag.