Flyet forlot Boston klokken 07:59. Ombord hadde flyet 81 passasjerer og liter flybensin. Rett før flyvertene gjorde seg klare til kabinservering, reiste brødrene Wail og Waleed Alsheri seg fra sine førsteklassesseter. De gikk opp til en flyvertene som de stakk med kniv. Deretter reiste Atta seg fra sete 8D og gikk fram mot cockpiten. En passasjer som satt på raden bak Atta prøvde å stanse ham, men ble knivstukket, mest sannsynlig av Satam Alsuqami. De fem kaprerne tok seg inn i cockpiten og overmannet mannskapet som besto av Tom McGuinness og kaptein John Ogonowski. Klokken 08:46 lokal tid styrte Atta sin Boeing 767 inn i nordsiden av det nordre tårnet av verdens handelsenter (World Trade Center) i New York. Tårnet kollapset 102 minutter senere, klokken 10:28.