I oktober 1658 ble Mathias med 17 skjærbåter sendt inn mot Bohuslenskysten for å hjelpe til med å erobre Marstrand. Han nevnes da og senere under krigen som «kommanderende over skjærgårdflotiljen», noen steder også som «Admiral over den norske Skjærgårdsflåte». Hans omsorg for troppenes proviantering under krigen, da han selv led store tap, omtales med ros. Også under Gyldenløvefeiden var han i tjeneste og ble som «Admiral over Galejerne og Skjærbaadene» utkommandert både i 1675 og 1676.