Mullans internasjonale gjennomgbrudd kom i Ken Loach's 1998 film hvor Mullan spiller en tidligere alkoholiker som strever med å komme tilbake til hverdagen. Hans tolkning av Joe ga Mullan pris for beste mannlige skuespiller i Filmfestivalen i Cannes. Senere spilte Mullan i Brad Andersons psykologiske/overnaturlige thrilleren fra 2001. I 2002 skrev og regisserte Mullan den kontroversielle filmen , basert på livene til en rekke kvinner ved et irsk katolsk kloster. Kvinnene var plassert i klosteret for at de skulle bli befridd for sine synder, men metoden lignet mer på slaveri. De ble tvunget til hardt, ulønnet arbeid og var utsatt for både fysisk avstraffelser, fornedrelser go seksuelt misbruk. Filmen ble, naturlig nok, ikke spesielt godt mottatt av den katolske kirken. Den vant imidlertid en rekke priser, blant annet en Gulløve under Filmfestivalen i Venezia.