Universitetet har i mange hundre år vært et av Europas fremste universiteter, og dets betydning økte samtidig med Sveriges utvikling til en stormakt på slutten av 1500-tallet. Takket være en stor donasjon fra kong Gustav II Adolf av Sverige ble universitetet sikret en god økonomisk situasjon. Uppsala universitet har også en viktig plass i svensk kultur og identitet, slik som historie, litteratur og musikk. Mange av tradisjonene innen den akademiske kulturen i Sverige stammer fra Uppsala. Universitetet deler noen særtrekk, slik som de fjorten tradisjonsrike «studentnasjonene», med Lunds universitet (grunnlagt 1666).