I 1239 tok Skule selv kongsnavn på Øretinget, og gikk til åpen krig mot Håkon. Håkon fikk nå utnevnt sin sønn Håkon som samkonge, noe han formelt sett var fra 1240 til sin død i 1257. Skule prøvde å få Knut Håkonsson med seg, men Knut valgte Håkons side og ble oppnevnt til Håkons jarl. I 1240 seiret Håkon over Skule i slaget i Oslo, og senere det samme året ble Skule drept i Nidaros. Etter dette var det ikke lenger noen som kunne true Håkons maktposisjon i Norge, og Skules opprør blir regnet som slutten på borgerkrigstiden i Norge. Som en konsekvens av striden mellom Håkon og Skule ble Snorre Sturlason, som hadde støttet Skule, drept av en av Håkons menn på Island.