Etter nedrykket i 2001 har Fortuna hatt dårlig økonomi, og klubben har blitt truet med konkurs hele fire ganger mellom 2005 og 2012. De sportslige resultatene har også uteblitt, og klubben endte på sisteplass i tre etterfølgende år fra 2004 til 2006, samtidig som den også satte nederlandsk rekord med 28 strake serietap i 2005–06-sesongen. Klubben endte på nedre halvdel av Eerste divisie i ti påfølgende sesonger, og igjen i tre sesonger på rad fra 2015 til 2017. Året etter ble en sterk sesong for Fortuna, som sluttet på andreplass bak Jong Ajax, Ajax' reservelag som ikke hadde lov til å rykke opp.