Som erkebiskop av Paderborn i 1930-årene protesterte Klein mot den anti-kristne propaganda bedrevet av nazistene. Dokumenter forberedt av det amerikanske Office of Strategic Services (OSS) og fremlagt som bevismateriale i Nürnbergprosessene viser at nazistene var tilbakeholdne med å ta livet av tyske kirkeledere fordi de ikke ønsket å skape martyrer. Men katolske ledere ble ikke desto mindre ofte gjenstand for vold eller for trusler om vold, særlig forvoldt av SA, SS eller Hitlerjugend. En rekke tilfeller ble løftet frem av OSS, blant dem ett rettet mot erkebiskop Klein av Paderborn, som var 74 år ved sin død.