One Hot Minute ble dårlig mottatt, og bandet skjønte at de måtte få Frusciante tilbake igjen som gitarist. Flea fikk overtalt Frusciante, og bandet kom sterkere tilbake til musikkverdenen med albumet . Fra til idag står Flea fortsatt som et enormt viktig bandmedlem for Red Hot Chili Peppers. Han, sammen med Kiedis, er de eneste band-grunnleggerne igjen. Under Red Hot Chili Peppers' mange konserter, spilte Flea og Frusciante ofte mange instrumentale duetter sammen. Da Frusciante forlot gruppa i 2008, fortalte han at han hadde «lært utrolig mye av Frusciante og er utrolig takknemlig for alt han har gjort for bandet».