Det er to internasjonale flyplasser i landet, der den største og mest kjente flyplassen er Ben Gurion internasjonale lufthavn (TLV) som ligger like ved Tel Aviv, destinasjon for de fleste internasjonale flygninger til Israel. Den andre, Ovda lufthavn, ligger lenger sør, i nærheten av Eilat. I tillegg er det flere mindre flyplasser rundt om i landet. Israels største flyselskap er El Al som tidligere var statseid, men som nylig ble privatisert. Fly går fra Israel til Nord-Amerika, Europa, Det fjerne østen og naboland i Midtøsten.