Den 15. november 1988 kunngjorde PLO den uavhengige staten Palestina. I sine taler 13. og 15. desember aksepterte Arafat resolusjon 242 fra FNs sikkerhetsråd, som proklamerte Israels «rett til å eksistere i fred og sikkerhet», og forkastet «terrorisme i alle dens former, inkludert statsterrorisme». Arafats kursendring ble mottatt med bifall av den amerikanske regjeringen, som lenge hadde insistert på at resolusjonen var utgangspunktet for offisielle diskusjoner mellom USA og PLO. Arafats uttalelser indikerte et skifte vekk fra ett av PLOs primærmål – Israels undergang – og mot opprettelsen av to separate entiteter: en israelsk stat innenfor grønn linje og en arabisk stat på Vestbredden og Gazastripen. Den 2. april 1989 ble Arafat valgt til president over den proklamerte staten Palestina av sentralrådet i det palestinske nasjonalrådet (PNC), PLOs styreorgan.