Man vet ikke sikkert når den første kirken på Flå ble bygget. Første sikre skriftlige kilde er Olav Engelbrektssons jordebok fra 1533 hvor Flå kirke nevnes, men det kan ha stått kirke her helt tilbake til 1100-tallet. En antatt grunn til at man mangler kilder for kirkens tidlige historie er at prestegården med kirkedokumenter gikk tapt i en brann på 1600-tallet. I 1345 gikk det et jordras som tettet til elven Gaula, og da dette til slutt brast, ble dalen oversvømmet. Flere kirker ble ifølge historiske beretninger totalskadd i denne flommen, blant disse antar man at Flå kirke var.