Han blei drept sammen med sin nærmeste familie i en massakre i Katmandus slott. Ifølge den offisielle forklaringa var den skyldige hans egen sønn, kronprins Dipendra, som sjøl blei dødelig såret og døde tre dager seinere uten å ha kommet til bevissthet. Men de fleste trodde at Birendras egen yngre bror, Prins Gyanendra, var den virkelige bakmannen bak massakren, kanskje med hjelp av sin sønn, prins Paras.