I 2003 byttet han lag til Team Gerolsteiner, i det som ble hans siste sesong før han la opp. Etter dette ble han en av sportsdirektørene i laget. Dette var en stilling han hadde frem til mai 2007. Da ble det klart at flere av T-Mobiles ryttere hadde brukt EPO på midten av 90-tallet, og 23. mai innrømmet Bölts at også han brukte EPO og veksthormoner i 1996 og 1997. Som en følge av dette gikk han av som sportsdirektør 24. mai.