Setet for katolikatet ble flyttet flere ganger (485 til Dvin, 927 til Aghtamar, 947 til Argina, 992 til Ani). Etter kongerikets fall i 1045 forlot katolikos og mange armenere Armenia og utvandret til det armenske kongedømmet Kilikia i dagens Tyrkia. Også her ble setet flyttet flere ganger, men lå fra 1293 i hovedstaden Sis.