Da krigen i 1700 brøt ut i mars 1700 ble orlogsflåten utrustet for krig og i mai var den klar under Gyldenløves ledelse. Denne ble kjennetegnet av forsiktighet, dugelige ledelse og rask reaksjon. Slik klarte de å unngå en militær katastrofe da den engelsk-nederlandske flåten kom til Øresund. Da Danmark under den store nordiske krig erklærte Sverige krig i 1709, dro den svenske flåten mot København, men den danske flåten lyktes i å stoppe et svensk angrep mot byen fra sjøsiden. Gyldenløves avhengighet av erfaren hjelp viste seg å være en ulempe da han i mangel på annet måtte ta kontakt med sin halvbror for råd. Dette var med på å gjøre hans oppgave nær umulig.