Etter at Stefan Effenberg la opp etter sesongen 2001, ble Kahn utnevnt som klubbens nye kaptein. Selv om laget ikke vant noen trofeer, ble Kahn for tredje gang kåret til «Verdens beste keeper». Videre ble han seriemester med Bayern i 2003, 2005, 2006 og 2008, samt cupmester de samme sesongene.