Eva Lundgren vokste opp i et religiøst miljø ved Flekkefjord. Faren var anleggsarbeider, mens moren kom fra borgerlige forhold. Hun utdannet seg som lærer og arbeidet fire år som lærer i grunnskolen. Deretter studerte hun ved Religionsvitenskapelig institutt ved Universitetet i Bergen og tok hovedfag i religionsvitenskap i 1978 med oppgaven . Hun fikk deretter et femårig forskningsstipend ved universitetet. I 1982 publiserte hun og disputerte i 1985 ved Universitetet i Bergen med . Etter dette har hennes forskning primært handlet om vold, seksualitet og religion, med særlig vekt på vold mot kvinner.