Eudoxias innflytelse ble sterkt motarbeidet av Johannes Khrysostomos, økumenisk patriark i Konstantinopel, som mente at hun hadde benyttet seg av sin families formue for å få kontroll over keiseren. Eudoxia benyttet seg av sin innflytelse til å få Chrysostomos avsatt i 404, men hun døde senere det samme år ved en for tidlig fødsel. Hun fødte Arcadius fire barn: tre døtre, Pulcheria, Arcadia og Marina og sønnen Theodosius, som siden ble keiser. Theodosius regjerte sammen med sin far som juniorkeiser og ved Arcadius’ død overtok han riket og ble keiser.