Fredrik Stenman fikk sine første landskamper for Sverige U21 i 2003, og spilte tilsammen 26 U21-landskamper frem til 2005. Året etter fikk han sin første A-landskamp for i en kamp mot den 25. mai 2006. Han ble deretter tatt med i den svenske troppen til VM i fotball 2006 av landslagstrener Lars Lagerbäck, men fikk ikke spille noen kamper. Han står med totalt tre A-landskamper for Sverige.