MJO varierer mye fra år til år, og man kan ha lange perioder med stor aktivitet etterfulgt av år med svake svingninger. Denne variasjonen er koblet opp til El Niño-syklusen (ENSO). I Stillehavet har man ofte kraftig MJO-aktivitet 6–12 måneder før El Niño er på sitt kraftigste, mens MJO-aktiviteten er liten under La Niña-årene. Langs resten av ekvator er det interne dynamiske forhold i atmosfæren som virker inn på den årlige variasjonen av MJO.