Det tsjekkiske nederlaget ble fulgt av tiltak som sikret habsburgernes autoritet og den katolske kirkens dominans. Mange tsjekkiske adelige ble henrettet, en stor andel gikk i landflyktighet og deres eiendommer konfiskert. Et stort antall tsjekkiske og tyske protestanter gikk også i landflyktighet. I 1622 ble Karlsuniversitetet slått sammen med Jesuittakademiet, og hele utdanningssystemet ble underlagt jesuittisk kontroll. I 1624 ble alle prester som ikke var katolikker utvist ved kongelig bestemmelse. I 1627 ble det etablert et legalt grunnlag for et habsburgsk enevelde da alt tsjekkisk landområder ble erklært arvelige eiendommer av Huset Habsburg.