Winther har publisert 70 vitenskapelige artikler, skrevet 180 kronikker og gitt ut bøkene Klimagåten Antarktis, Norge i Antarktis og barneboken snø, is og klima (alle fra 2008). Han har en rekke verv, blant annet som styreleder for Grid Arendal (2017-2023), nestleder i styret for SALT, styremedlem Tromsø forskningsstiftelse, hovedforfatter i FNs klimapanel, United Nations Global Compact Sustainable Ocean Business Action Platform, World Economic Forum's Friends of Ocean Action, China Council for International Cooperation on Environment and Development, medlem av ekspertgruppen under høynivåpanelet for bærekraftig blå økonomi som ledes av statsminister Jonas Gahr Støre, styremedlem EU Missions på hav, kyst og ferskvann, norsk ekspert til Arktisk råd og Antarktistraktaten, Norges Tekniske Vitenskapsakademi og The Explorers Club.