Brečko første landslagserfaring kom med ungdomslandskamper for Slovenia U-17, U-19 og U-21. Han fikk blant annet 15 kamper for Slovenia U21. Brečko fikk sin landslagsdebut på seniornivå i en vennskapskamp mot den 17. november 2004 i Trnava. Han var én av 23 som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.