Joachims ekteskap med Øllegaard Huitfeld var ulykkelig: Øllegaard forelsket seg i den unge don Juan Kai Lykke til Gisselfeld og søkte om skilsmisse i 1654. Det ble ansett at skilsmissen ødela Joachim Gersdorffs ære, og han ble adskillige ganger nektet losji på adelens gods og slott. I 1655 stod Joachim for saken mot Corfitz Ulfeldt, som var anklaget for underslag og landsforræderi. Da Corfitz Ulfeldt tapte saken, gjenvant i samtidens øyne Joachim Gersdorff sin ære.