Heinz Assmann trådte i 1922 inn i den tyske Reichsmarine, ble yrkesoldat og begynte på offiserskarrieren. I 1926 ble han , i 1934 Kapitänleutnant. Han virket så som referent i Reichswehrministerium, og var deretter ved marineakademiet. I 1935 ble navnet Reichsmarine endret til Kriegsmarine (under det tredje rike). I 1938 ble han forfremmet til og admiralstabsoffiser og i 1939 ble han referent ved Oberkommando der Marine.