På tross av sin bakgrunn som offiser under tsaren vant Sjaposjnikov Stalins respekt og tillit. Ironisk nok kan hans status som profesjonell offiser, Sjaposjnikov sluttet seg ikke til kommunistpartiet før i 1930, ha hjulpet han i å unngå Stalins mistenksomhet. Prisen han måtte betale for å overleve under utrenskning av de sovjetiske offiserene var samarbeid i prosessen mot Tukhachevsky og mange andre kolleger. Stalins beundring ble vist ved at han alltid hadde en utgave av Sjaposjnikovs viktigste verk, (Мозг армии), (1929) på sitt skrivebord.