Etter hvert begynte man å forstå at begravelser i kirken var forbundet med smittefare, og praksisen ble forbudt i 1805. Gravkjellerne i Vår Frue kirke har etter dette ikke vært benyttet, og mange av dem ble ødelagt ved innlegging av varmeanlegg i 1853 og 1902. Etter restaureringsarbeidene fra 1880-tallet er noen av kjellerne ikke lenger tilgjengelige. Man har derfor ikke full oversikt over hvor mange gravkjellere eller kister som finnes i dag, spesielt under den østlige delen av kirken.