I 1932 fikk Fianna Fáil for første gang regjeringsmakten. MacEntee ble da finansminister. Partiet hadde en proteksjonistisk innstilling, og det ble innført høyere toll på 43 vareslag. Dette førte til reaksjoner fra den britiske regjeringen, som i sin tur utløste nye irske reaksjoner. Dermed startet den anglo-irsk handelskrig, som endte i 1938 da MacEntee og andre politikere signerte en traktat med britene.