I 2005 ble han forfremmet til kommandør av St. Olavs Orden for sin innsats for norsk musikkliv. I 2004 ble han utnevnt til æresmedlem av Foreningen for Norske Kordirigenter (Fonoko) og i 1992 mottok han Fritt Ords Honnørpris for "nyskapende virke innen kirkelig kunst." I 2013 ble det startet en kirkemusikkfestival i Fredrikstad i Egil Hovlands ånd, kalt Egil Hovland-festivalen.