Godzilla angriper New York City, og Rodan invaderer Moskva. Mothra går etter Beijing, og Gorosaurus ødelegger Paris, (selv om Baragon ble kreditert for ødeleggelsen) og Manda går til angrep mot London. Disse angrepene blir satt i gang for å trekke oppmerksomheten vekk fra Japan, slik at romvesenene kan få tid til å etablere en hemmelig underjordisk høyborg i nærheten av Mt. Fuji i Japan. FN forsøker å få kontroll over alle monstrene, men Kilaaks frigjør deres hemmelige våpen, kong Ghidorah - en trehodet drage.