Noen måneder senere, den 12. oktober 1999, forsøkte Sharif å avsette Musharraf mens han fløy hjem fra Sri Lanka. Militæret tok da over makten på flyplassen, slik at generalen kunne lande. De inntok også andre regjeringsbygninger. Deretter ble Musharraf leder, ifølge seg selv motvillig, for nok et pakistansk militærdiktatur.