X.A.N.A., som har som mål å skaffe seg verdensherredømme, har tatt over superdatamaskinen som har kontroll over Lyoko. X.A.N.A. angriper den virkelige verden ved å aktivere tårn (som regel ett tårn om gangen), som fungerer som en forbindelse mellom Lyoko og den virkelige verden. Hvis gruppen får med Aelita til det aktiverte tårnet (eller tårnene), som er ett av omtrent 40 tårn som er spredt utover Lyokos fire hoveddeler, kan hun deaktivere tårnet/tårnene. Dette vil stanse X.A.N.A.s angrep i den virkelige verden, og deretter kan hun få tilbakestilt superdatamaskinen slik at ingen (bortsett fra de fem ungdommene selv) husker noe av det som skjedde. De fem ungdommene må også passe på at ingen av medelevene eller lærerne blir drept, for selv om tiden stilles tilbake vil dette ikke bringe de døde tilbake til livet igjen. Dessuten må de samtidig ordne opp i sine egne personlige problemer.