Etter avsluttet karriere ble Schuster trener. Etter varierende resultater i begynnelsen av trenergjerningen gjorde han suksess i den spanske klubben Getafe i perioden 2005–2007. Sommeren 2007 etterfulgte han Fabio Capello som trener i Real Madrid etter at Capello hadde fått sparken. Han har hatt suksess i storklubben, de vant blant annet den spanske ligaen i 2008. 9. desember 2007 ble Bernd Schuster avskjediget, grunnet svake resultater.