Andrés Bonifacio, da 34 år gammel, ble stilt for en militærdomstol i Maragondon, Cavite. Han og broren Procopio ble holdt fanget i stenkirken i Maragondon. Han ble anklaget for forræderi og for kuppforsøk. Ett vitne sverget under ed på at Bonifactio hadde tilbudt ham ti peso for å drepe Aguinaldo. Noen versjoner av rettssaken mener at Bonifacio ikke ble innrømmet full anledning til å forsvare seg. Den 8. mai ble han og hans bror dømt til døden.