Den 21. juli 1188 nådde Saladin frem til murene i Latakia og tvang frem en kapitulering hos korsfarerne to dager senere. På den tiden hadde byen blitt en godt befestet og rik by. Saladin utpekte emir Sunkur al-Kilati som guvernør og ga byen en sterk muslimsk garnison. Guy de Lusignan, kongen i Jerusalem som ble tatt til fange i slaget ved Hattin, satt visstnok fanget i Latakia for løsepenger. I august 1190 hadde Saladin revet ned havnen for å hindre at den ble erobret igjen av det tredje korstoget. Etter et mislykket forsøk, klarte Bohemond II å ta byen for en kort stund i 1197, men trakk seg tilbake etter kort tid. Igjen under muslimsk kontroll, ble byen bygd opp tilbake og festningen restaurert. Frankerne i Tripoli og Johanittarordenen prøvde flere ganger å angripe byen, men mislyktes. Tidlig på 1200-tallet ble en stor moské, Masjid al-Kabir, bygd.