Audley støttet Henrik VIIIs skilsmisse fra Katarina av Aragón og hans nye ekteskap med Anne Boleyn. Han presiderte under rettssaken mot Fisher og More i 1535, hvor hans oppførsel og hans åpenbare intensjon om å sikre en fellende dom har blitt kritisert av enkelte. Året etter tok han del i rettssaken mot Anne Boleyn og hennes påståtte elskere. Audley var til stede under henrettelsen i Tower of London, og han anbefalte en ny tronfølgelov for parlamentet slik at Jane Seymours barn med kongen ville bli arveberettiget mens Annes datter Elizabeth ble erklært uektefødt.