Det første spillet i serien, utgitt på Nintendo DS i Japan, 2007, og lokalisert andre steder i 2008. Layton og hans unge assistent, Luke, er invitert til den lille landsbyen St. Mystere, av familien til Baron Augustus Reinhold, for å finne ut hemmeligheten bak hans siste vilje og testament, der han erklærte at den som finner Det Gyldne Eple, som er gjemt innenfor landsbyens murer, får hele hans formue. Da de entrer landsbyen, er de begge klare over at den nysgjerrige landsbyen inneholder flere hemmeligheter enn de trodde. De løser over 130 gåter for å finne ut sannheten om St. Mystere.