San Juan ble grunnlagt i 1508 av den spanske conquistadoren Juan Ponce de León, på ordre av den spanske kong Ferdinand. Han ble den første utnevnte guvernøren av Puerto Rico etter kongelig dekret. Den opprinnelige bosetningen hans ligger i dag i nabokommunen til San Juan, Guaynabo, på stedet Caparra. Her står fortsatt grunnmuren av festningsverker og steinhuset som han fikk bygget til sin kone og fire barn.