Etter at Chávez-regimet startet etterforskning mot Ortega på grunn av hans rolle i streikene, fikk Ortega innvilget asyl av Costa Ricas ambassade den 14. mars 2003. 27. mars samme år forlot han landet. Asylet i Costa Rica ble trukket tilbake 30. mars 2004 for brudd på asylreglene. 1. mars 2005 ble han arrestert i Caracas med falsk identitet.