Songhairiket nøt god vekst frem til en marokkansk invasjon på slutten av 1500-tallet. Marokkanerne hadde skytevåpen til sin disposisjon og slo Songhairiket. Marokko fant senere ut at de ikke klarte å holde kontrollen over området Songhairiket hadde bestyrt og ble delt opp i mange mindre kongedømmer.