Hun var fra 1860-årene lærer ved Nissens Pikeskole, landets ledende utdanningsinstitusjon for kvinner. Hun underviste i tysk og naturhistorie og var eneste kvinne i ledelsen som førstelærerinne eller «kvinnelig bestyrer» fra 1885 til 1909. Kvinnesakskvinnen Olga Thinn skrev at det vakte alminnelig oppmerksomhet da hun og hennes mangeårige kollega Ragna Nielsen besluttet seg til å bli lærerinner i 1860-årene. Også hennes venninne og nærmeste nabo i ungdommen, Gina Krog, ble lærer. I 1876 giftet hun seg med skolens bestyrer og eier, teologen Bernhard Cathrinus Pauss. Skolens utdanningstilbud ble betydelig utvidet i de årene de ledet skolen, som etterhvert hadde et komplett løp med «Barnehave – Pigeskole – Gymnasium – Seminar». Henriette Pauss var fra 1880-årene og frem til sin død en av Norges mest kjente skolekvinner.