Béchamp ble født i Bassing i Frankrike i 1816 som sønn av en møller. Han bodde i București i Romania fra han var 7 til 18 sammen med en onkel som jobbet på kontoret hos den franske ambassadøren. Han fikk sin utdannelse ved Universitetet i Strasbourg, tok doctor scientiarum i 1853 og medisinsk doktorgrad i 1856, og drev et apotek i byen. I 1854 ble han utnevnt til professor i kjemi ved Universitetet i Strasbourg, en stilling tidligere besatt av Louis Pasteur.