Croke ankom Auckland den 17. desember 1870 i byen Melbourne. I løpet av sine tre år som biskop gjenopprettet han et fast lederskap til et bispedømme etterlatt i uorden av hans forgjenger, biskop Jean-Baptiste François Pompallier. Croke viet noe av sin betydelige personlige formue til å gjenoppbygge bispedømmets økonomi og utnyttet også Aucklands økonomiske vekst etter utviklingen av Thames gullfelt for å fremme sine mål, og sikre at all overskuddsinntekt fra menighet ved Thames og Coromandel ble ført videre til ham, og han innførte et strengere system for søndagskollekten ved . Han utnevnte Walter McDonald til administrator av katedralen.