Patriark Mstyslav døde allerede året etter, hvorpå de to kirkene som hadde vært under hans ledelse, igjen brøt med hverandre. Volodymyr Romanjuk ble ny patriark av den ukrainsk-ortodokse kirke (Kyiv-patriarkatet), og Filaret fortsatte som hans stedfortreder. Etter Volodymyrs død i 1995 ble Filaret valgt til den tredje . Den russisk-ortodokse synoden ekskommuniserte Filaret i 1997 for «skismatisk virksomhet». Den ukrainsk-ortodokse kirke (Kyiv-patriarkatet) anser denne beslutninga, som degraderinga fem år tidligere, for ugyldig.