Etter regimets fall ble Nexhmije Hoxha ekskludert fra ALP i 1991 og arrestert 4. desember 1991. I januar 1993 ble hun dømt til 9 års fengsel for underslag av 750 000 lek og ankeinstansen økte senere straffen til 11 år. Hoxha ble løslatt fra fengsel i januar 1997.