Teorien ble først brakt opp av Andreas Schimper i 1883. I 1905 foreslo Konstantin Mereschkowsky muligheten for at kloroplaster opprinnelig var endosymbionter, mens Ivan Wallin i 20-årenenutvidet teorien til også å gjelde for mitrokondrier. Teorien ble først avvist fordi man trodde de ikke hadde DNA, noe som ble motbevist i 1960-årene. Dette førte til at Henry Ris brakte teorien fram i lyset igjen, før Lynn Margulis utdypet og populariserte den rundt 20 år senere.