Ernesto Geisel gjennomgikk militærutdannelse og var blant de beste elevene ved militærakademiene i Porto Alegre og Rio de Janeiro. I 1930 ble han forfremmet til til førsteløytnant og samme år støttet han Getúlio Dornelles Vargas militærkupp. I 1945 var Geisel med på å styrte Vargas ved et nytt militærkupp, og han ble deretter generalsekreterær ved det nasjonale sikkerhetsråd og så militærattaché ved den brasilianske ambassaden i Uruguay.