I juni 1863 solgte Ewing og de andre i styret seg ut av selskapet som ble omdøpt Union Pacific Railway, Eastern Division (UPED) for å bedre gjenspeile de økte ambisjonene. Navnelikheten til tross, UPED var et selvstendig selskap uten noen bånd til Union Pacific Railroad. Byggingen av linjen fra Wyandotte ved Kansas City startet i 1863. I 1864 var de første 40 miles av sporet ferdig til Lawrence. Angrep fra indianere og infiltratører fra sørstatshæren var en stadig kilde til forsinkelser, men i 1866 var krigen over, og linjen var ferdig til Junction City. USAs myndigheter godkjente endringer i trasévalget slik at linjeleggingen fortsatte over Smoky Hills før det dreide nordover til et punkt vestenfor Fort Kearney på UPs linje (som var det opprinnelige målet). Sommeren 1868 var sporet ferdig til en teltleir som ble kalt Sheridan. Dette var forbi 101. lengdegrad som var den vestlige grensen for å få økonomisk støtte fra myndighetene. Her stoppet arbeidet opp på grunn av pengemangel.