Kongen utnevnte i 2011 Lekven til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden «for medisinsk forskning og utdanning.» I 2001 ble han tildelt Søren Falch og øienlege Sigurd Falchs pris for fremragende lederskap innen medisinsk forskning og i 2007 fikk han Orkidéprisen fra foreningen Leger i vitenskapelige stillinger.