Pequotene og deres tradisjonelle fiender, mohegaene, var en gang en sosio-politisk enhet. Antropologer og historikere fastholder at en gang før kontakten med de puritanske engelskmennene, ble pequotene splittet i to grupper. De tidligste historikerne om pequotkrigen har også spekulert i om pequotene migrerte fra øvre Hudson-dalen mot det sentrale og østlige Connecticut en gang rundt 1500 og dominert eller eliminert indianerne der.