En av de mange reformene hans var å undergrave autoriteten til de tradisjonelle klanene og dynastiene. Kapodistrias anså disse klanene og dynastiene for å være en del av den ubrukelige arven fra en svunnen gresk tid og var foreldet. Men han undervurderte den politiske og militære styrken til klanen capetanei som hadde ledet det greske opprøret mot Tyrkia i 1821, og som hadde en lederrolle i den post-revolusjonære greske regjeringen.