Parker, som Cranmer, avslo invitasjonen. Han var blitt påvirket av reformatorer ved Cambridge og etter at Anne Boleyn ble kronet som dronning ble han hennes prest. Via dronningen ble han utpekt som dekanus ved læreanstalten i Stoke-by-Clare i 1535. Hugh Latimer skrev til ham det samme året og ba ham om innfri de forventninger som man forventet av hans evner. I 1537 ble han utpekt som prest for kong Henrik VIII av England, og allerede året etter ble han truet med rettsforfølgelse, men biskopen av Dover rapporterte til Thomas Cromwell at Parker «hadde alltid hatt god vurdering og satte Guds ord etter beste evne. For dette lider han andres nag».