Bemerkelsesverdig nok klarte universitetet å virke i hele kommunisttiden fra 1944 til 1989. Det var det eneste uavhengige katolske universitet i øst-blokken. Gitt at kommunistregimene søkte totalt monopol over alle undervisningsinstitusjoner, ble opprettholdelsen av universitetets uavhengighet en enorm oppnåelse. Således var det katolske universitetet i Lublin en av de fremste bastionene i kampen mot kommunistregimet i Folkerepublikken Polen.