Nedbøren i Isjims tilsigsfelt kommer i all hovedsak om vinteren, som snø. Elva fryser til i begynnelsen av november, og blir under isen til april–mai. Vårflommen har sitt maksimum i mai–juni. I elvas nedre løp kan den bli opp til 15 km bred under flomtoppen. Middelvannføringen 215 km fra munningen er 56,3 m³/s, maksimum 686 m³/s.