I løpet av borgerkrigen lå hans sympatier, som de fleste fra hans hjemsted, hos Pompeius. Hans sønn og sønnesønn (poeten Lucanus) hadde de samme politiske sympatier. Med sin hustru Helvia av Córdoba hadde han tre sønner: L. Annaeus Novatus, adoptert av hans fars venn, retorikeren Junius Gallio, og således kalt L. Junius Gallio; L. Annæus Seneca filosofen, vanligvis kjent som Seneca den yngre, og Annæus Mela, far til poeten Lucanus.