Øst for de sentrale høylandene ligger Jordandalen, som er en del av den 6500 km lange Riftdalen. I Israel er Riftdalen dominert av Jordanelva, Genesaretsjøen og Dødehavet. Jordan, Israels største elv (322 km), har sitt opphav i elvene Dan, Banias og Hasbani, i nærheten av Hermonfjellet i Antilibanon. Videre går den sørover gjennom den uttørrede Huladalen, og flyter ut i Genesaretsjøen. Genesaretsjøen har et areal på 165 km², og ligger, avhengig av årstider og regnfall, rundt 213 meter lavere enn havet. Med en vannkapasitet på rundt 3 kubikkilometer, er sjøen Israels nasjonale vanntransportørs hovedreservoar. Jordanelva fortsetter fra den sørlige enden av Genesaretsjøen, hvor den utgjør grensen mellom Vestbredden og Jordan, til den renner ut i det saltholdige Dødehavet. Dødehavets areal er på1020 km², og 420 m under havet, hvilket gjør den til det laveste punktet på Jorda. Sør for Dødehavet fortsetter Riftdalen 170 km, inn i Nahal HaArava (Wadi al Arabah), som ikke har permanent vannførsel, og ned til Akababukten.