På Helligtrekongersdag i 1941, da han var sognevikar i Kronburg-Illerbeuren, ble han arrestert i prestegården og bragt til varetektsfengselet i Augsburg. Derfra ble han i november 1941 sendt til KZ Dachau. Derfra ble han, under henvisning til de nazistiske myndighetenes såkalte Aktion 14f13-bestemmelse, sendt til NS-Tötungsanstalt Hartheim i Schloss Hartheim ved Alkoven i nærheten av Linz i Oberösterreich, og drept i gasskammeret der den 10. august 1942.