Få dager etter at tyske styrker invaderte Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før) begynte massakrene på landets over jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført etter initiativ av en lokal politisjef i Øst-Preussen uten konkret ordre fra Berlin. I Iași (tysk: ), Romania, var det også massedrap på sivile jøder de første dagene etter at Operasjon Barbarossa var i gang. Massakrene i Iaşi hadde i mer preg av lite koordinert og mer tilfeldige aksjoner der jøder ofte ble drept på stedet når soldater fant dem, mens massakrene i Litauen i hovedsak var mer metodiske og i skjul for offentligheten ved at jødene ble dumpet i massegraver.