Hans siste betydelige kontrovers var hans forsvar for at Den hellige stol avsatte franske biskoper som han mente hadde nødvendiggjort den nye orden i Frankrike. Hans bok kom også ut på engelsk: . Mange kritiserte boken, men Barruel lot ikke angrepene stå ubesvarte. Hans nye verk involverte ham i en meget utvidet kontrovers da boken ble oversatte til de fleste større språk i Europa. Både venner og uvenner ble involvert i en heftig ordkrig. I London kom det ut tre motsvar og gjendrivelser. Barruel hevdet at hans anliggende var å forsvare kirken. I hans siste år var han opptatt av å skrive et verk som skulle gjendrive det filosofiske systemet til Immanuel Kant. Det ble aldri fullført. Han døde i Paris i 1820.