Etter morens død i 1478 vekslet han i 1479 over til Ferrara, der han begynte på , og i 1480 dro han til Padova og studerte filosofi der. Padova var et sentrum for den italienske averroisme, som Pico nå begynte å ta for seg. I 1483 flyttet han til Firenze og kom der inn i kretsen rundt Lorenzo I de’ Medici, der han ble kjent med blant annet . Marsilio Ficino og Angelo Poliziano.