Soares ble 13. desember 2016 innlagt på Hospital da Cruz Vermelha. Han døde den 7. januar 2017. Regjeringen erklærte tre dagers landesorg. Kisten ble fraktet på hestevogn gjennom Lisboas gater ved gravferden 10. januar 2017. Til stede ved begravelsen var blant andre Felipe VI, Michel Temer, Lionel Jospin, Jose Sarney og Felipe Gonzalez.