Det typiske hendelsesforløpet er at en person med en eller flere uvanlige symptomer oppsøker en lege og forteller om sine plager. Legen undersøker gjerne personen klinisk og fremstiller så en hypotese, som kan omhandle én eller flere lignende diagnoser. Listen over sannsynlige diagnoser kalles differensialdiagnoser og er basert på den tilgjengelige informasjonen legen har i øyeblikket. Legen vil videre derfor teste pasienten for å få bekreftet eller avkreftet ulike differensialdiagnoser, inntil hen kan konkluderer med én bestemt diagnose. Testene kan inkludere ulike prøver (for eksempel blodprøver, elektroniske og fysiske tester) og uttesting av medikamenter. Den såkalte indotesten er en sånn medikamentell test, som tester for respons av legemidlet indometacin mot trigeminal-autonome hodepiner. Det kan derfor ta tid å stille riktig diagnose. I kompliserte tilfeller kan det ta flere år å få rett diagnose. I sånne tilfeller behandler gjerne legen pasienten bredt. Når legen har konkludert er diagnosen satt og konkret behandlingen av lidelsen kan ta til.