Nasjonalist-hovedstaden Nanjing stod for tur i desember. Den kinesiske hæren hadde ikke klart å omorganisere seg etter flukten fra Shanghai, og de forberedte forsvarsverkene rundt hovedstaden var ikke bemannet. Mange kinesiske soldater deserterte, mens den militære ledelsen flyktet. Panikken spredte seg til sivilbefolkningen, og da japanerne med sine tunge våpen trengte inn i byen utviklet det seg til et blodbad som fikk navnet «Voldtekten av Nanjing». Sykehusene var åsted for noen av de mest brutale hendelsene da de ble raidet av japanske soldater: Pasientene ble hakket og stukket til døde, kroppsdeler ble slått i stykker med klubber, og sykepleierne ble voldtatt. I løpet av måneden var titusenvis av kinesiske menn i stridsdyktig alder massakrert, mens tilsvarende antall unge kvinner og jenter ble voldtatt og drept. Alt i alt ble så mange som kinesiske sivile massakrert i forbindelse med japanernes erobring av Nanjing.