I Øst-Europa fulgte utviklingen et noe annet spor. For det første hadde man ikke innført primogenitur, det vil si at titler tilfalt den eldste sønnen til en monark. Dette medførte at landområder ble jevnt fordelt mellom alle sønner. For hver generasjon ble da områdene stadig mindre, noe som til tider førte til borgerkrig mellom grådige sønner. Kirken hadde ikke den samme samlende rollen i øst som den hadde i vest. Dette skyldtes delvis at «kirken» var både katolsk og ortodoks, og den ortodokse ble delt i forskjellige varianter. I tillegg hadde mange katolikker støttet angrepet på Konstantinopel under det fjerde korstog, noe som falt mange ortodokse østeuropeere så tungt for hjertet at de så på katolikkene som forrædere mot den kristne sak. I Böhmen gjorde teologen Jan Hus opprør på begynnelsen av 1400-tallet. Han ble gitt løfte om sikkerhet på vei til et møte med den katolske kirken i 1415, men ble allikevel henrettet. Dette førte til at tsjekkerne gjennomførte et kraftig opprør som kirken aldri lyktes å slå ned. De måtte i stedet i 1434 akseptere tsjekkernes rett til å praktisere sin variant av katolisismen.