Nikolić er tidligere medlem av Srpska radikalna stranka (), der han også tjente som utøvende leder og parlamentarisk leder i en periode etter at partiets leder, Vojislav Šešelj, ble stilt til retten for krigsforbrytelser ved Krigsforbryterdomstolen for det tidligere Jugoslavia. Som partileder arbeidet Nikolić for at partiet skulle bli mer opptatt av økonomiske og sosiale problemstillinger fremfor militant nasjonalisme. Han holdt posten 23. februar 2003 til 6. september 2008, da han trakk seg etter en uenighet med Šešelj om Serbias forhold til EU. Nikolić dannet da partiet Serbias progressive parti og fikk med seg en del partimedlemmer fra SRS.