Honecker giftet seg med Edith Baumann i 1950 og skilte seg fra henne i 1953. De hadde en datter, Erika (f. 1950). I 1953 giftet han seg med Margot Feist og forble gift med henne til sin død. De hadde en datter, Sonja, født i 1952. Margot Honecker var i mer enn 20 år skoleminister i DDR.