Han ble generalmajor i 1856 og generalløytnant i 1859, og hadde siden 1850 holdt en rekke kommandoer og deltatt i viktige oppdrag. Prins Wilhelm ble regent i 1857, og i 1859 utnevnte han Roon til medlem av en kommisjon for reformering av hæren. Støttet av Edwin von Manteuffel og Helmuth von Moltke, klarte Roon å få sine planer igjennom i all hovedsak. Han gikk inn for en treårig allmenn verneplikt, og en reservestyrke (Landwehr) for forsvaret av landet mens hæren var opptatt. Ved slutten av 1859, selv om han var hærens yngste generalløytnant, etterfulgte han Bonin som Preussens krigsminister, og to år senere fikk han også ansvaret for marineministeriet.