I samsvar med familietradisjonen ble Robert og hans yngre bror Archibald forutbestemt for karrierer i de væpnede tjenester. Robert brukte fire år på en lokal dagskole før han ble sendt til Stubbington House School i Stubbington i Hampshire, en spesialskole som forberedte kandidater for opptaksprøver til marinens skoleskip, «Britannia» i Dartmouth. Etter å ha bestått disse eksamenene, begynte Scott sin karriere i marinen som en kadett i 1881, i en alder av 13.