Instituttet er organisert i syv faglige seksjoner, i tillegg kommer administrasjon og teknisk ansatte. Hoveddelen av Institutt for geofag er å finne i Geologibygningen på Blindern. Flere av seksjonene har imidlertid lokaler andre steder på Blindern: Seksjonen for Jordskorpens prosesser (tidligere GEO-PGP) holder til i Fysikkbygningen, Senter for Planetær Beboelighet (PHAB) som er et Senter for fremragende forskning (SFF) har besøksadresse i ZEB-bygningen, samt at Seksjon for meteorologi og oseanografi (MetOs), holder til i Kristine Bonnevies hus.