Han spilte for Strasbourg før han flyttet til Marseille i 2003. Det var en overraskende overgang, fordi Beye hadde funnet seg så godt til rette i byen, og han var meget populær blant fansen. I Marseille etablerte han seg som en av de beste forsvarerne i den franske toppdivisjonen. Beye finner seg best til rette på høyresiden, men kan også spille som midtstopper dersom det er aktuelt.