Klubben har vunnet det albanske seriemesterskapet ved én anledning, som var i 1990/1991-sesongen. De har også endt på andreplass ved flere anledninger. Flamurtari Vlorë har også vunnet det albanske cupmesterskapet Kupa e Shqipërisë ved tre anledninger, senest i 2008/2009-sesongen. Klubben vant også den albanske supercupen Superkupa Shqiptare to ganger, i 1990 og i 1991.