FRELIMO-administrasjonen ledet av president Machel ble økonomisk ruinert av RENAMOs opprør. Den militære og diplomatiske ententen med Sovjetunionen kunne ikke lette nasjonens økonomiske elendighet og tørke. Resultatet var at en nølende Machel signerte en ikke-aggresjonspakt med Sør-Afrika, kjent som Nkomati-avtalen. Regjeringen i Pretoria lovet å stanse den økonomisk bistanden til RENAMO i bytte mot at FRELIMOs løfte om å hindre African National Congress (ANC) fra å bruke Mosambik som tilfluktsted i sin kamp mot det hvite minoritetsstyret i Sør-Afrika. Volumet av bistand til RENAMO sank etter Nkomati-avtalen, men dokumenter funnet da et av hovedkvarterene til RENAMO ved Gorongosa ble erobret i august 1985, viste at det fortsatt var kommunikasjon mellom RENAMO og den sørafrikanske regjeringen og at Sør-Afrika fortsatt støttet RENAMO militært.