Kunstkammeret ble oppløst i 1825 og samlingene overført til de nyopprettede spesialmuseene. Dette var et oppgjør med renessansens idé om altfavnende samlinger til fordel for en moderne anskuelse av verden oppdelt i forskjellige vitenskaper. Mange av de forskjellige museene som overtok de kultur-, kunst- og naturhistoriske samlingene, danner i dag grunnstammen i flere av de store museene, som f.eks. Nationalmuseet, Rosenborg slott, Statens Museum for Kunst, Det Nationalhistoriske Museum på Frederiksborg Slot og Zoologisk Museum.