I 1982 konverterte Garaudy til islam, og begynte å kritisere det gamle og Det nye testamente. Som muslim tok han navnet Ragaa og ble en framtredende muslimsk kommentator. Han ble en sterk motstander av Israel og tilsvarende tilhenger av den palestinske saken. Han giftet seg med Salma Taji Farouki. Garaudy skrev mer enn femti bøker, hovedsakelig om politisk filosofi og marxisme. I 1996 utga Garaudy sin mest kontroversielle bok, , senere oversatt til engelsk som . I argumentasjonen mot staten Israel bedrev han Holocaust-benektelse, selv om han senere hevdet at han ikke støttet nazistenes metoder. Ettersom boka inneholdt Holocaust-benektelse, hvilket er en forbrytelse i Frankrike, ble den fradømt ytterligere utgivelse. Garaudy ble også bøtelagt og gitt fengselsstraff. I denne tiden fikk han betydelig støtte fra den islamske verden, særlig fra Iran hvor 160 medlemmer av det iranske parlament signerte et opprop til hans støtte. Irans president Muhammed Khatami beskrev Garaudy som en «tenker» og en «troende» som ble forfulgt for å utgi en bok som var «ubehagelig for Vesten».