I 1939 kunne Sveits' forsvar samle seg til menn, cirka 20 % av landets arbeidsstyrke. Antallet mobiliserte soldater var ved et tidspunkt . Sveits' millitære utstyr derimot var ikke like moderne som det tyske. I mai 1040 beordret han en undersøkelse av 124 millitæroffiserer var mistenkte for å ha sympati for nazismen. Etter slaget om Frankrike oppdaget Tyskland at Sveits og Frankrike hadde samarbeidet i sitt forsvar mot Tyskland. 4. oktober 1939 beordret Guisan hæren til Limmatlinjen (Sargans–Zürich–Villigen–Gempen), for å forsvare Sveits i tilfellet Tyskland ville prøve å invadere Frankrike ved å gå sør rundt Maginotlinjen.