Air Calédonie flyr til destinasjoner nord på Grande-Terre, nærmere bestemt kommunene Koné, Touho, Koumac og Bélep, samt til Loyautéøyene og Île des Pins. Fra februar 2014 består selskapets flyflåte av tre ATR 72 og én ATR 42. Trafikken mellom øyene i Loyautéøyene foretas av maskiner fra Air Loyauté. I perioden mars 2013 til april 2014 fraktet selskapet passasjerer.