I tsar-tiden ble universitetet gjenåpnet som (1893-1918, russisk ). I 1919 ble universitetet gjenåpnet som et nasjonalt estisk universitet. I sovjettiden (1940-1941 og 1944-1989) ble universitetet etter sovjetisk modell kalt «Tartu statlige universitet» (estisk Tartu Riiklik Ülikool, TRÜ). Under den tyske okkupasjonen (1941–1944) fungerte universitetet under navnet (estisk Eesti Omavalitsuse Tartu Ülikool).