Henri Maspero hadde jødisk opphav. Han var sønn av egyptologen Gaston Maspero, og halvbror til sinologen Georges Maspero. Etter begynnende studier og forskning i egyptologi med sin far i Egypt vendte Henri Maspero tilbake til Frankrike og studerte jus, og så kinesisk og andre østasiatiske språk under Édouard Chavannes.