Etter at det ble fremsatt alvorlige anklager mot erkebiskopen om seksuelle overgrep, rettet fra flere hold i mai 2016, suspenderte pave Frans ham den 6. juni. Paven utnevnte først sekretæren for Kongregasjonen for folkenes evangelisering, den hongkongfødte erkebiskop Savio Hon Tai-Fai, til apostolisk administrator . Senere, den 31. oktober 2016, ble den amerikanske Michael Jude Byrnes utnevnt til koadjutor med utvidede fullmakter. I februar 2017 startet en kirkerettslig rettssak i første instans som undersøkte anklagene mot Apuron i Guam. Tribunalet, sammensatt av Troskongregasjonen, bestod av fem biskoper; den presiderende dommer var tidligere prefekt for Signatura Apostolica, kardinal Raymond Leo Burke. I mars 2018 fratok domstolen Apuron hans erkebiskoppelige myndighet, og forbød ham å bo på territoriet til sitt tidligere erkebispedømme.