Tross flere oppturer var både 90- og 2000-tallet preget av vel så mange skuffelser for De Palmas del. Den største av dem kom med adapsjonen av Tom Wolfes The Bonfire of the Vanities, som kun spilte inn en tredjedel av de totale produksjonskostnadene på 47 millioner dollar. De Palma møtte også kraftig motbør for filmen Redacted i 2007, som kritiserte USAs involvering i Irak-krigen og påståtte grusomheter som hadde blitt begått der.