Bonny var opprinnelig professor i kirkehistorie, ekklesiologi, økumenikk og spiritualitet ved bispedømmet Brugges seminar, og arkivar ved seminaret. Han var dekan ved det teologiske fakultet (1985-1991) og spiritual (1991-1997). Han var også involvert i det teologiske akademiet i bispedømmet Brugge og i ungdomsarbeid og ungdomspastoral. Han var en av grunnleggerne av l'Arche-samfunnet i Moerkerke. Som styreleder for bispedømmekommisjonen for økumenikk i bispedømmet Brugge var han ansvarlig for økumenisk 'brorskap' mellom bispedømmet Brugge, det anglikanske bispedømmet Lincoln (UK) og det katolske bispedømmet Nottingham (UK). Han var også medlem av den nasjonale kommisjonen for økumenikk og den nasjonale underkomiteen for forholdet mellom den katolske kirke og de ortodokse kirkene. Han var medlem og nestleder i presterådet i bispedømmet Brugge.