Kiselalgene opptrer i mange former, både sylindriske, prismeforma og linseforma. Det mest karakteristiske ved kiselalgene er celleveggen, som består av en indre pektinmembran og et ytre kiselskall. Skallet er i to deler, en mindre underdel og en større overdel som slutter om den undre som lokket på en boks. Skallet er gjennomsatt av porer, og gjennom disse kan noen arter sede ut plasmatråder og blir dermed i stand til å bevege seg. Det er vanlig at kiselalgene er kjeda sammen i kolonier.