Mellom oppdragene må spilleren prioritere hva det skal forskes på og hva som skal bygges. Begrensede finanser, lokaler og bemanning gjør det utfordrende å prioritere. De underjordiske basen må også utvides etterhvert som organisasjonen vokser. Situasjoner rundt i forskjellige deler av verden øker frykten og reduserer støtten til X-COM, så hvilke oppdrag man velger og hvordan de utføres påvirker landenes tillit til X-COM. Blir det ille nok trekker nasjonene seg ut av prosjektet.