De første ukene etter invasjonen var det systematiske drap på voksne jødiske menn. En gang mot slutten av juli 1941 ble dette utvidet til å omfatte alle jøder ved at også kvinner og barn ble drept systematisk, noe som signaliserte at et fullstendig folkemord var i gang. Omfanget og opptrappingen har historikerne rekonstruerte fra dokumenter gjerningsmennene etterlot seg. Det er stadig uklart hvem som ga den opprinnelige ordren om også å drepe kvinner og barn, eksakt når ordren ble gitt og hvordan ordren kom frem til drapskommandoene. De første rapportene om massedrap beskriv ofrene som lokale jødiske menn i militær tjenestedyktig alder og særlig intelligensia i ledende stillinger i lokalsamfunnet. Helt fra begynnelsen var det uklart hvem som skulle henrettes: Den første massakren i Bialystok 27. juni viser at gjerningsmennene hadde små motforestillinger mot å henrette helt harmløse personer. Waffen-SS divisjonen Wiking henrettet i slutten av juni og tidlig juli et stort antall tilfeldige soldater og sivilister som ble ansett som mistenkelige, inkludert 600 jøder i Zboriv i Ukraina. I Brest tidlig i juli henrettet politibataljon 307 og 162. infanteridivisjon 5000 jøder i en "opprydningsaksjon". Til forskjell fra Polen ble massedrapene umiddelbart og direkte knyttet til andre antijødiske tiltak som beslag av eiendom og utskilling av den jødiske befolkningen med spesielle merker på klærne. Flere steder ble de første massedrapene utført av Wehrmacht og senere mer systematiske massedrap utført av Einsatzgruppene.