Det finnes ulike teorier om årsaken til undergangen til mochesivilisasjonen. Klimatiske studier har vist at det forekom en klimatisk katastrofe mellom år 550 og 600. Først ble kysten rammet av en 30 år lang periode med flom og regn (en stor El Niño). Dette ble etterfulgt av en tørkeperiode på 30 år eller mer. Det er boringer av iskjerner fra isbreer i Andes som har avdekt dette. Nyere oppdagelser av den nordamerikanske arkeologen Tom Dillehay viser at sivilisasjonen overlevde så lenge som til år 650, og at bosetninger etter det var opptatt av livsopphold og defensivt arbeid. Ettersom det ikke er funnet tegn på fremmede invasjoner, peker dette i retning av at sivilisasjonen gikk i oppløsning innenfra etter en urolig periode, som ble etterfulgt av klimatiske forandringer.