Spillet starter like etter The Legend of Zelda, rundt Links 16-årsdag, helten fra det forrige spillet. Han legger merke til at han har fått et merkelig symbol på hans venstre hånd. Link tar kontakt med Impa (prinsesse Zeldas tjener og beskytter), som forteller han : For lenge siden bodde det en konge i Hyrule som hadde én datter og én sønn. Det var meningen at sønnen skulle arve kongens Triforce etter hans død, men den ble delt i biter og spredd rundt landet. Han fikk så vite at prinsesse Zelda visste hvor bitene befant seg, men nektet å fortelle han det. Prinsen valgte så å sende en trollmann som skulle få Zelda til å fortelle ham hvor bitene befant seg. Men da han også feilet ble han så sint at han kastet en forbannelse over henne som gjorde at hun sovnet. Trollmannen døde så, og prinsen ble etterlatt i sorg. Han flyttet Zelda til en seng i den nordre delen av slottet, i håp om at hun en dag skulle våkne. Prinsen beordret etter dette alle kongelige kvinner til å bli døpt Zelda. Etter å ha blitt fortalt historien av Impa setter Link av gårde for å redde prinsessen. Samtidig blir Link jaget av Ganons medsammensvorne, som søker å gjenopplive ham fra hans nederlag fra det forrige spillet ved å bruke Links blod. Siden Ganon ble beseiret i det forrige spillet, er han ikke med i dette spillet.