Samenes religion ble ansett som avgudsdyrking og trolldom av de pietistiske misjonærene. Misjonærene var spesielt opptatt av å avsløre samisk religiøs praksis, spesielt bruken av runebommer og offerseremonier. Angiveri ble brukt som middel, og i Sverige ble også det ordinære rettsvesenet benyttet for å tvinge frem tilståelser. I denne tiden ble et stort antall runebommer konfiskert, i tillegg til at offerplasser og hellige steder ble ødelagt. Prestene Thomas von Westen (1682–1727) og Jens Kildal (1683–1767)) ledet an i misjonsarbeidet i Nord-Norge.