Filippinerhavet utgjør ei egen litosfæreplate – Filippinerplaten – som blir presset under Eurasiaplaten. Ved denne kollisjonen dannes den rekka av vulkanøyer fra Halmahera i sør til Honshu i nord som er havets avgrensning mot vest. Samtidig dukker Stillehavsplaten under Filippinerplaten og danner blant annet øyene Palau, Guam, Marianene og rekka av japanske øyer fra Iwo Jima til Honshu. Det er dyphavsgroper på begge sider av Filippinerhavet – bl.a. Filippinergropa mot Filippinene og Marianegropa ved Marianene.