Brandenburg-institusjonen var et av seks sentre i T4-programmet (fem i Tyskland og ett i Østerrike). Eberl noterte T4-drapene (med angivelse av kjønn og etnistitet) i sin dagbok som ble funnet etter krigen og der fremgår at det var en relativt stor andel var jøder (i strid med Viktor Bracks påstand etter krigen at jøder ikke ble spesielt utvalgt i T4). Han ble sjef i Bernburg og avliving av pasienter med gass begynte der 21. november 1940. Han passet på å lage falske dødsattester og unngikk for eksempel å oppgi tuberkulose som dødsårsak fordi det sjelden gir uventet og plutselig dødsfall. Under T4 ble 9772 pasienter drept i Brandenburg og 8601 i Bernburg.