I perioden 1933–1945 ble akademiet, som alle tyske institusjoner, offer for , en lov som det nasjonalsosialistiske regimet utstedte i april 1933, to måneder etter at Adolf Hitler kom til makten. Som en følge av dette, ble jødiske ansatte oppsagt, likeså politiske motstandere av regimet. Albert Einstein trakk seg før loven ble satt ut i livet, og Max Planck, akademiets president, ble tvunget til å gå ut og offentlig støtte nasjonalsosialismen. Selv om motstanden den første tiden hadde vært stor, ble flere av forskerne etterhvert villige medarbeidere for nazistene. Nye statutter i 1938 omorganiserte akademiet i henhold til «førerprinsippet», Führerprinzip. Dette førte til at Max Planck sa opp i protest.