En annen viktig faktor var at mongolene hadde vanskjøttet jordbruket: Langs Den gule flod hadde de forsømt vedlikeholdet av kanaler og diker, irrigasjonsprosjekter var blitt oppgitt, og resultatet ble store oversvømmelser. Mot slutten av Yuan-tiden rådet det derfor kaotiske tilstander i jordbruket. Da flere hundre tusen bønder ble utkommanderte til å reparere dikene langs Den gule flod, brøt det ut opprør mot de mongolske herskerne. Det kom til et hankinesisk opprør mot Yuan-dynastiet som drev mongolene tilbake til de mongolske stepper. Etter hvert utkrystalliserte det seg en ledergruppe, , ledet av Zhu Yuanzhang. De ble hjulpet av et gammelt, hemmelig selskap intellektuelle som ble kalt . Opprøret lyktes, og Ming-dynastiet ble etablert i Nanjing i 1368. Zhu Yuanzhang tok navnet Hongwu som sitt herskernavn. Ming-dynastiets keisere tilhørte alle slekten Zhu.