Johan VI ble født i Lisboa i 1767 som sønn av Peter III av Portugal og dronning Maria I av Portugal. Han var i begynnelsen en (prins, men ikke arving til tronen) av Portugal, og ble først kronprins da hans eldre bror José døde i 1788 av kopper 27 år gammel. Før han tiltrådte den portugisiske tronen hadde han titlene som hertug av Braganza og hertug av Beja, foruten også fyrste av Brasil. Han tjenestegjorde, fra 1799, som prinsregent av Portugal (og senere, fra 1815, som prinsregent av det forente kongerike Portugal, Brasil og Algarve), grunnet hans mor mentale sykdom. Til sist etterfulgte han sin mor som monark av det portugisiske imperiet, men uten noen endring i hans autoritet ettersom han som regent allerede hadde absolutt makt.