Elva har sitt utspring i Storelvskaret, på nordsida av Piggtinden i den sørlige delen av Lyngsalpan. Den renner først mot vest ned til eidet mellom Lakselvdalen og Balsfjorden, hvor den snur mot nord. Gjennom hele Lakselvdalen renner elva i et stort sett rolig løp, avbrutt av enkelte strykpartier. Den munner ut i Lakselvbukta i Sørfjorden ved bygda Lakselvbukt. De største sideelvene er Trollelva, Rypedalelva, Skulvaelva og Ellenelva.