Ektemannen Anathon Aall døde i 1943, og Lily Weiser-Aall satt igjen med ansvaret for tre barn. Etter sigende for å sikre familien en viss inntekt lot hun seg i 1943 verve til arbeid for Ahnenerbe, som hun hadde hatt en viss kontakt med like siden 1937. Arbeidet bestod stort sett i å oversette vitenskapelige tekster fra norsk til tysk. Men Lily Weiser-Aall var sterkt antinazistisk orientert. Hun hjalp jøder i fare og motsto presset til å samarbeide da hun ble forhørt av SS.