Når han vel var pave, var det intet igjen av Vigilius' positive innstilling overfor monofysittismen. I stedet fortsatte Vigilius sine forgjengeres holdning mot monofysirtismen, og han stadfestet avsettelsen av patriarken Anthimus I. Dette ble slått fast med to brev sendt til henholdsvis keiser Justinian I og patriarken Menas av Konstantinopel, hvor han klart støtter beslutningene på konsilene Efesos og Chalkedon.