Kubo lever et stille og normalt liv i en liten japansk landsby ved sjøen, helt til en ånd fra fortiden snur livet hans opp ned ved å fyre opp igjen en urgammel vendetta. Dette forårsaker alle slags ødeleggelser mens guder og monstre jager Kubo, som for å overleve må finne en magisk rustning som en gang ble båret av hans avdøde far, en legendarisk samuraikriger.