Historien finner sted cirka åtte måneder etter at Sonic beseiret Dr. Robotnik. Men Robotnik stikker av, og ønsker nå hevn mot Sonic, sammen med sin nye håndlanger Knuckles the Echidna. Sonic blir reddet av Miles Prower, en antropomorf rev som idoliserer ham og kommer for å advare ham mot Robotnik og Knuckles.