Etter at Nazi-Tyskland invaderte Norge i 1940, fortsatte gruvedriften under tysk administrasjon fram til januar 1942. Kirkenes og områdene langs jernbanen og ved gruven ble brukt til å lagre materiale for . For å få bedre kapasitet til å sende ut militært materiell ble det i 1942 bygget en 2.5 km lang sidebane til Haganes. Denne ble kalt (tysk:) og ble ferdigstilt i 1943, men ble revet etter krigen. Tyskerne etablert også , som ble brukt under og rett etter krigen. Fra våren 1944 beordret tyske myndigheter at gruvedrift skulle fortsette, og tildelte to damplokomotiv og tretti malmvogner til banen. Det ble også bygget et nytt depot for de tyske lokomotivene.