I 1941 ble AOI invadert av allierte styrker, og Etiopia ble selvstendig igjen. Haile Selassie ble gjeninnsatt som keiser. I 1952 bestemte FN at Eritrea skulle gå inn i en føderasjon med Etiopia. Etter at eritreiske frihetskjempere gjorde opprør i starten av 1960-tallet ble landet annektert av Etiopia, dette satte igang en 30 år lang borgerkrig.