I den senere delen av Tokugawa-perioden var det flere lærde som samlet seg om læren kokugaku (国学), studie av nasjonen. De ville dra fokuset bort fra Kina og dens originale filosofier som konfusianismen og buddhismen. Disse lærde fremmet nasjonale verdier og shintotilbedelse. De hadde stor påvirkning på Meijirestaurasjonen for shinto sin fremtidige rolle for staten og samfunnet.