Da Hermann Göring ble statsminister i Preussen utnevnte han Diels til sjef for det nye prøyssiske statspolitiet, som først ble kalt departement 1A, og senere ble omdøpt til Geheime Staatspolizei (Gestapo). Gestapo hadde ansvaret for de politiske fangene, og etter riksdagsbrannen hadde han en sentral rolle som leder for avhørene av den senere dødsdømte Marinus van der Lubbe, som fikk skylden for ildspåsettelsen.