Pachelbel fikk bare utgitt en samling preludier, fuger og fantasias i sin egen levetid, (Nürnberg 1725). I tillegg er det bevart noen enkeltverk for cembalo og orgel etter ham. Mens hans tidlige stil er preget av farens innflytelse, viser de senere verkene trekk fra overgangsstilen mellom seinbarokk og førklassisisme.