Fordi japansk kultur er såpass annerledes fra vestlig, er også temaer og historier veldig forskjellige. Ettersom manga er såpass populært i Japan finnes det manga for nesten ethvert tema, alt fra livet i en kontorjobb til livet som sjørøver. Mange er også skrevet ut ifra hendelser eller perioder i japansk historie (for eksempel Kozure Ōkami), eller futuristiske plot som i Akira. Det finnes svært få basert på historiske perioder i europeisk kultur, her er Berserk (basert på Europa i middelalderen) en velkjent tittel. Axis Powers Hetalia er en annen serie som på en humoristisk måte, og med personer til å representere verdens land, tar for seg mye av verdenshistorien, men for det meste første og annen verdenskrig. Bøker, spill og filmer er også blitt gjort om til manga, kjente titler her er Pokemon og The Legend of Zelda (basert på spillene med samme navn) og Vagabond (basert på boken Miyamoto Musashi av Eiji Yoshikawa).