Han ble utnevnt til kardinal av pave Paul III den 9. desember 1539, og dette ble publisert den 2. desember 1541. Dette satte den portugisiske konge lite pris på, og prøvde å forby ham å benytte seg av kardinalsverdigheten. Han mistet også sine kirkelige embedsinntekter i Portugal, og ble "denaturalisert". Kongen forbød alle portugisere fra å ha omgang eller korrespondanse med ham.