Den 22. januar 1557 ble det i et kongebrev skrevet at Jon Guttormssøn hadde sagt fra seg embetet som superintendent, i et annen kongebrev av 10. juni 1557 står det at Jon var avsatt. Peder Claussøn Friis skrev at Jon Guttormssøn ble avsatt. Absalon Pedersson Beyer skrev at Jon Guttormssøn hadde blitt klagd på og hadde forsømt sitt kall, og at han sa opp embetet sitt i København.