Plenumet er styringsorganet for Naturpanelet og er sammensatt av representanter for medlemslandene. Det avholdes møter vanligvis en gang per år. Byrået består av panelets leder, fire nestledere og fem ekstra medlemmer som fører tilsyn med de administrative funksjonene. Tverrfaglig ekspertpanel består av deltakere fra hver av de fem FN-regionene. Disse fører tilsyn med alle vitenskapelige og tekniske funksjoner til panelet. Ekspertgrupper og arbeidsgrupper består av forskere og eksperter som utfører studier og andre vurderinger. Hovedkvarteret for sekretariatet er lagt til Bonn.