Fjorden har innløp mellom Balsnesodden i vest og Ytre Berg i øst et lite stykke sør for Tromsø. Vestover fra Balsnesodden går Straumsfjorden vestover langs sørsida av Kvaløya. Mellom Ramfjordneset og bygda Andersdal på vestsida litt sør for munningen går Ramfjorden østover. Den er den eneste fjordarmen til Balsfjorden. Tvers over fjorden for Andersdal ligger Kobbevågen og litt lenger inn i fjorden går den inn i Balsfjord kommune.