Bruken av Si 204D var hovedsakelig i B- og C-skoler (avanserte skoler) og av FÜG 1. De ble brukt som taxifly for mannskap som hadde leverte andre fly til fronten. Si 204 A fløy hovedsakelig med radiokommunikasjonsskvadroner og transport av høyere offiserer, men også med flyskoler.