Utenfor Faiyum var Kom Ombo-templet i sørlige Egypt det største kultsenteret for Sobek, særskilt under den ptolemeiske og romerske tiden. Kom Ombo er lokalisert rundt 48 km nord for Aswan og ble bygd under den gresk-romerske perioden (332 f.Kr. – 395 e.Kr.). Tempelet på dette stedet ble kalt for Per-Sobek, det vil si «Huset til Sobek».