Mikrobiell kvalitet kan påvirkes av mange faktorer som blant annet ystemelkas kvalitet, varmebehandling av melka og kontaminering underveis i ystingen og saltingen. I mozzarella er det flere faktorer og prosesstrinn som reduserer mikrobiell aktivitet i osten. Kommersiell mozzarella produseres for det meste av pasteurisert melk. Det tilsettes en syrekultur til ystemelka som har som oppgave å syrne melka og gi en rask reduksjon av pH. Den lave pH-verdien gir ugunstige vekstforhold for uønskede mikroorganismer. Skolding av ostemassen medfører at det tilsettes vann med høy temperatur (omkring 75 til 85 °C) noe som vil hemme proteolytisk aktivitet. Strekkeprosessen innebærer en vasking og bearbeiding av ostemassen som vil vaske vekk melkesyre, koagulant og andre mikroorganismer som befinner seg i ostens vann. Noe enzym vil bli innesluttet i ostemassen under henstand og fermentering og kan påvirke teksturen ved økt proteolyse under modning. Det vil dermed kunne oppstå noen kvalitetsendringer under lagring av osten.