Ebers stammet fra det berlinske jødiske storborgerskap. Begge foreldre var konvertert til kristendommen. Georg ble av sin mor sendt til Keilhau ved Rudolstadt til en oppdragelsesanstalt for gutter. Ettersom man der ikke kunne avlegge , gikk han fra 1852 på gymnasiet i Cottbus. På grunn av en forbindelse han hadde til en skuespillerinne måtte han forlate gymnaset og fikk ikke tatt før i 1857 i Quedlinburg.