Kråkerøy ILs største avdelinger er fotball og håndball. Håndballagene spiller sine hjemmekamper i Blomsterøyhallen, som ligger vis-à-vis Kråkerøy ungdomsskole. Kvinnelaget ligger i 2019 i 4. divisjon, mens 18-årslaget spiller på nivå B. Fotballagene spiller i utgangspunktet sine hjemmekamper på Kråkerøy stadion, men grunnet problemer med omlegging til kunstgress, har hovedlaget spilt sine kamper på Fredrikstad stadion i slutten av 2017-sesongen, samt hele 2018- og 19-sesongene. A-lag herrer ligger i 2019 i Norsk Tipping-ligaen, avdeling 1, mens G19-laget ligger i Interkrets B.