Peterson vokste opp i Fairview i Alberta. Han tok bachelorgraden i statsvitenskap i 1982 og mastergrad i psykologi i 1984 ved University of Alberta. Han tok doktorgraden i klinisk psykologi ved McGill University i 1991. Han forble postdoktor ved McGill inntil han ble førsteamanuensis ved Harvard University. Han fikk et professorat ved University of Toronto i 1998.