I tråd med familietradisjonen ble Shaftesbury Whig-politiker. Han satt i Underhuset i 1695 til 1698, og da han overtok jarletittelen i 1701 fikk han plass i Overhuset. På grunn av dårlig helse avsluttet han den politiske karrieren allerede med Vilhelm IIIs død i 1702, og konsentrerte seg deretter om filosofiske og litterære sysler.