Faren, Gottfried Keiser, var organist i Teuchern fra 1671, men i 1674/75 forlot han familien og byen for ukjent mål. Moren, Agnes Dorothee von Etzdorff, datter av en forarmet adelsmann, oppfostret sannsynligvis sine to sønner som alenemor. Keiser fikk fra 1685 en grundig musikalsk utdannelse ved den velrenommerte . Lærere var blant andre Johann Schelle, sannsynligvis også etterfølgeren Johann Kuhnau, som var Johann Sebastian Bachs umiddelbare forgjenger i kantorposten ved Thomasskolen.