Våren 334 f.Kr. hadde den arvingen, Aleksander den store, selv blitt akseptert som leder av Korinth-ligaen. Han invaderte Lilleasia i spissen for en samlet gresk armé og stod nesten umiddelbart ansikt til ansikt med og nedkjempet en tallmessig overlegen persisk styrke ved slaget om Granicuselven. I 333 f.Kr. tok Dareios kontrollen over hæren personlig mot den greske kongen, men hans mye større hær ble utflanket og slått i slaget ved Issos og Dareios ble tvunget til å flykte og etterlot sin stridsvogn, sin leir og sin familie som ble tatt av Aleksander. I 331 f.Kr. døde Dareios sin søster-kone Statira, som ellers hadde blitt tatt godt vare om, i fangenskap, visstnok i barselseng. Etter å ha nedslått Dareios sine fredsforslag, slo Aleksander ham igjen i september i slaget om Gaugamela. Da hans fører av stridsvognen ble drept, ble Dareios slått over ende, noe som satte i gang en generell flukt da hans tropper fikk panikk over det de trodde var kongens død. Dareios flyktet så til Ecbatana for å reise en fjerde armé mens Aleksander tok Babylon, Susa og den persiske hovedstaden Persepolis.