Da Afghanistans demokratiske folkeparti kom til makten etter et militærkupp i 1978, erklærte det nye regimet PYO-ledede, maoistiske bevegelsen som sin fiende nummer én. Alle mennesker som hadde tilknytning til den maoistiske bevegelsen ble arrestert og drept vilkårlig. Tusenvis av maoister og deres allierte ble drept. De lederløse restene av den maoistiske bevegelsen dannet flere organisasjoner for å kjempe mot regimet og motstå Sovjetunionens invasjon av Afghanistan. Under den afghansk-sovjetiske krig spilte maoist-tilknyttede organisasjonene en avgjørende rolle i å mobilisere folket. I denne perioden skapte noen kommunistiske organisasjoner tettere bånd til islamske mujahedin-grupper som de tidligere hadde kjempet mot.