Tross manglende musikkutdannelse fikk Berggreen viktige stillinger i København. Fra 1838 var han organist ved Trinitatis kirke og i 1843 ble han sanglærer ved Metropolitanskolen. Samme år stiftet han Håndværker-Sangforeningen, noe som ga støtet til de mange liknende sangforeninger i Danmark. I 1859 ble han utnevnt til , en post han innehadde til kort tid før sin død.