En britiske militærdomstol dømte Schöngarth til døden for drap på en amerikansk krigsfange i Nederland 21. november 1944. Schöngarth ble henrettet 16. mai 1946 i Hameln. Schöngarths ledelse av drapsskvadronen i Lemberg og medvirkning på Wannsee-konferansen var ikke vesentlige punkter ved rettsoppgjøret.