Bratislava er sete for det største universitetet, Comenius universitet, med 27 771 studenter, det største tekniske universitet, Det slovakiske universitet for teknologi med 18 473 studenter, og de eldste kunstskolene, Vysoká škola múzických umení v Bratislave og Vysoká škola výtvarných umení v Bratislave, i Slovakia. I tillegg ligger flere institusjoner for høyere utdannelse her, som det offentlige Universitetet for økonomi og det første private universitet i Slovakia, Seattle byuniversitet. Til sammen er det rundt 56 000 som studerer ved universiteter i Bratislava.