Den andre perioden av krigen varte fra januar til november 1919. Først var de hvite hærens framrykking fra sør (under Denikin), øst (under Koltsjak) og nordvest (under Judenitsj) vellykket, og tvang den røde hæren og dens allierte tilbake på alle tre fronter. I juli 1919 fikk den røde hæren igjen et tilbakeslag etter et mange enheter på Krim som deserterte og gikk over til den anarkistiske opprørshæren under Nestor Makhno, noe som gjorde det mulig for anarkistiske styrker å konsolidere makten i Ukraina. Lev Trotskij reformerte snart den røde arméen og inngikk den første av to militære allianser med anarkistene. I juni møtte den røde arméen først Koltsjaks framrykning. Etter en rekke kamper, støttet av en offensiv fra en opprørshær mot de hvite forsyningslinjer, beseiret den røde arméen Denikins og Judenitsjs hærer i oktober og november.