Etter at Billy Wright fikk sparken som manager i 1966, ble Mee overraskende spurt om å ta over som manager, noe som sannsynligvis også overrasket han selv. Mee ba om en klausul i kontrakten som gav han mulighet til å gå tilbake til stillingen som fysioterapeut i klubben, hvis han ikke skulle fungere med han som manager de første tolv månedene. Mee rekrutterte Dave Sexton og Don Howe som sine assistenter, slik at de skulle veie opp for hans egne taktiske mangler.