Huden har få kjertler, sammenlignet med amfibier og pattedyr. Selv om huden er tørr, gjør ofte skjellene at den glinser, og føles glatt. Hvis det finnes hudkjertler, sitter de som regel på lårene, preanalt, eller i kloakkåpningen. Noen snoker kan skille ut illeluktende sekret fra kloakkåpningen for å skremme bort rovdyr. Mange skjellkrypdyr er svært fargerike, og somme kan raskt skifte farge. De ulike fargene har betydning i forbindelse med kamuflasje, beskyttelse mot ultrafiolett stråling, regulering av kroppstemperatur, samspill med andre individer, og kjønnsforskjeller.