To karbonatomer oksideres til CO, og energien fra disse reaksjonene lagres som ATP, NADH og FADH. NADH og FADH er koenzymer (molekyler som aktiverer eller forbedrer enzymer)som lagrer energi og firgjør den når den trengs. I og med at det under glykolysen dannes to pyruvatmolekyler av ett glukosemolekyl, vil syklusen gå to ganger for hvert påbegynt glukosemolekyl.