Profeten gir ordre om at våpenet skal leveres til Jennifer. Under en militær operasjon mot Dread Reservation, ledet av oberst Brendan, blir profeten skutt. Det blir avslørt at profeten er en surrogat som blir kontrollert av ingen ringere enn Dr. Canter. Tom drar hjem til Dr. Canter hvor han oppdager at doktoren ikke bare kontrollerer Profeten, men han kontrollerer surrogaten til Jennifer også. Ved hjelp av Jennifer sin surrogat i FBI-hovedkvarteret, bruker Dr. Canter våpenet for å drepe Stone før han fortsetter å laste opp viruset som skal ødelegge alle surrogatene og drepe operatørene deres. Canter kobler seg fra Jennifers surrogat, før han svelger en cyanid-pille. Tom tar kontroll over Jennifers surrogat og med bistand fra surrogat-nettverkets systemansvarlig, Bobby Saunders, klarer Tom å isolerere viruset slik at alle operatørene overlever. Tom kan velge mellom å enten ødelegge alle surrogater, eller kun avbryte opplastingen av viruset. Tom bestemmer seg for å la viruset ødelegge alle surrogater over hele verden. Folk kommer ut av sine hjem uten surrogatene sine, forvirret og redde. Tom går hjem og deler en følelsesmessig omfavnelse med Maggie i hennes virkelige form. Filmen avsluttes med bilder av ødelagte surrogater over hele verden, og hvordan menneskene nå må klare seg «på egen hånd» igjen.