Til tross for at spanjolene fant ut at Bolívar nærmet seg, tvilte de på at Bolívars hær kunne klare reisen, og de ble derfor overrasket da Bolívars lille hær kom ut fra fjellene. Bolívar gjenoppbygde styrkene sine ved å utskrive verneplikt til lokalbefolkningen. Gjennom en rekke slag ryddet den republikanske hæren sin vei til hovedstaden. Først vant de slaget på Pantano de Vargas 25. juli, hvor Bolívar avskar en større rojalistisk styrke som forsøkte å nå den dårlig forsvarte hovedstaden. Deretter vant de slaget ved Boyacá, hvor størsteparten av rojalisthæren overga seg til Bolívar 7. august 1819. Etter å ha mottatt nyhetene, flyktet visekongen Juan José de Sámano y Uribarri og resten av fra hovedstaden og forlot dermed størstedelen av skattekammeret. 10. august inntok Bolívar Bogotá.