I hele sin virksomhet ivret Hans Bagger for en streng luthersk rettroenhet, og for at Danmark-Norge skulle være et rent luthersk land. Da katolikkene forsøkte å få innpass i landet, stod Hans Bagger i spissen for motstanden. Han brevvekslet med kardinal Albani, som seinere ble Clemens XI. Han motarbeidet også de reformerte.