Alexios var eldste sønn til Manuel Komnenos (født 1145) og var sønnesønn til keiser Andronikos I Komnenos som regjerte i Konstantinopel fra 1183 til 1185. I 1170-årene hadde Andronikos søkt tilflukt hos kong Georg III av Georgia, og han var guvernør i den daværende provinsen Pontos. Pontos var kjerneområdet for det senere Trapezunt-riket. I 1180 fikk Andronikos beskjed om at hans fetter, keiser Manuel I Komnenos var død, og han samlet en hær og marsjerte Mot Konstantinopel for å kreve keisertronen. Hans regjeringstid var turbulent, og han ble i 1185 avsatt og drept mens hans sønn Manuel ble blindet. Manuel døde sannsynligvis etter mishandlingen.