NOKUT ble opprettet av Stortinget i 2002 og startet virksomheten 1. januar 2003. Bakgrunnen for opprettingen av NOKUT var i behandlingen av . Myndighetene mente det var behov for å kunne kontrollere om institusjonene holdt det nivået de skulle. NOKUT har imidlertid fått kritikk for å godkjenne utdannelser basert på pseudovitenskap.