Kaepernick startet college-karrieren sin i 2007 ved Nevada som reserve, og spilte i 11 av lagets 13 kamper. Han avsluttet sesongen med nitten touchdownpasninger, tre interceptions og 2 175 pasningsyards og 53,8% fullførte pasninger. Kaepernick hadde også 593 yards og seks touchdowns på løp i sesongen, som Nevada Wolf Pack avsluttet 6–7.