Han ble av ex-Atlético Madrid-spiller Demis Nikolaidis anbefalt å gå til Atlético. Seitaridis ble utvist i det 44. minutt av debuten for klubben i åpningskampen av sesongen borte mot Racing Santander 27. august. Seitaridis scoret sitt første mål for Atletico den 21. juli 2007 i en kamp mot Gloria Bistriţa i Intertoto-cupen 21. juli 2007. I november 2007 skadet Seitaridis akillesen i en kamp mot UD Almería, noe som betydde at han måtte opereres og han fikk et seks måneders avbrekk. Han gjorde comeback i 2-1 borteseieren over Sevilla FC. Seitaridis startet 2008-09-sesongen med en 4-0 seier over Málaga CF. Han ble skadet og var ute i tre kamper før han vendte tilbake i førsteoppstillingen til Atlético Madrids Champions League-kamp mot PSV.