Forskere antar at slekten skilte lag med for omkring tre millioner år siden. Afrikansk villhund er derfor bare fjernt i slekt med hundedyr som ulver, rever, dingo og tamhund. Villhundens nærmeste nålevende slektninger trodde man var asiatisk villhund og den søramerikanske bushhunden (basert på likheter i den dentale utrustningen), men nyere forskning har antydet at disse trolig er nærmere beslektet med fjellrev og artene i hundeslekten, enn med afrikansk villhund. Morfologiske studier støtter heller ikke et slikt nært slektskap mellom disse artene.