Den vestlige delen av imperiet, inkludert Aserbajdsjan og Mesopotamia var fortsatt utenfor hans kontroll. Disse områdene ble holdt av Qara Yosuf som ledet det Oghuz-tyrkiske Kara Koyunlu-dynastiet. Qara Yosuf hadde beseiret og drept Shah Rukhs bror Miran Shah i Aserbajdsjan flere år tidligere og hadde kontroll over flere viktige byer i området, som Bagdad, Qazvin og Diyarbakır. Forholdet til Kara Koyunlu forble uavklart i lang tid. Shah Rukh gjorde flere både politiske og militære framstøt, men uten å lykkes.