Utover på 1700-tallet fikk byen en langsom vekst igjen, særlig etter at den spanske dominansen opphørte. Det var på denne tiden en stor byggevirksomhet som i dag utgjør byens historiske sentrum. Men i 1799 ble byen en del av den Napoleon-kontrollerte statsdannelsen, det medisinske instituttet ble stengt og en rekke av byens religiøse liv ble undertrykket.