Mato Grosso ble invadert og okkupert av Paraguay under trippelalliansekrigen. Brasil greide til slutt å gjenerobre området, men Paraguay hadde egentlig bare invadert området for å trekke krigen nordover når landet egentlig skulle slåss i Rio de la Plata-regionen, hvor Brasil hadde invadert Uruguay. Brasil og Argentina invaderte Paraguay, og Brasil overdrog større områder fra Paraguay til Mato Grosso. Disse landområdene er idag en del av Mato Grosso du Sul.