Da Martin Luther døde i 1546 etterlot han seg Katharina i en vanskelig finansiell situasjon. Hun ble bedt om å flytte ut av klosteret med de barna som ennå bodde hjemme. Til å begynne med nektet hun, men da Den schmalkaldiske krig brøt ut, forlot hun ikke bare hjemmet, men også Wittenberg, og flyktet til Magdeburg. I 1547 måtte hun under lignende omstendigheter flykte videre til Braunschweig. I juli det året, da krigen ebbet ut, kunne hun til slutt vende tilbake til Wittenberg. Men både klosterbygningene og landegodset var ødelagt, og de hadde ikke økonomi til å bo der. Takket være gaver fra to reformatoriske fyrster kunne hun bo godt i Wittenberg frem til 1552, men da blusset pesten opp på nytt, samtidig som avlingen slo feil. Hun dro avsted til Torgau, men ved byporten kom vognen hennes opp i en stygg trafikkulykke. Katharina pådro seg skader som kort tid etter førte til hennes død.