Republikken Makedonias selvstendighetsprosess var preget av diplomatisk strid, ikke bare med Rest-Jugoslavia, men særlig med nabolandet Hellas over landets navn. Den makedonske navnekonflikten gjorde at landet i internasjonale sammenhenger og i internasjonale organisasjoner ble kalt (engelsk forkortelse: ). Dette hadde sin bakgrunn i at Republikken Makedonia utgjorde kun rundt 38 % av arealet til det historiske området oldtidens Makedonia. Landets navn ble derfor omstridt, fordi spesielt i Hellas, fant det misvisende. Hellas forsøkte å hindre EU-landenes anerkjennelse av den nye staten om den fikk navnet Makedonia. Hellas mente også at flagget med Vergina-stjernen og 16 stråler var hentet fra antikkens Makedonia. I 1994 stengte Hellas havnen i Thessaloniki for trafikk til og fra Makedonia. Etter internasjonal megling åpnet Hellas havnen i 1995. Makedonia endret symbolet i flagget til en sol og tok i grunnloven inn en bestemmelse om at landet ikke har territorielle krav overfor nabolandene. Navnet «Makedonia» brukes også som navn på et område som ikke følger landegrensene: Republikken Makedonia, den greske provinsen Makedonia (med Thessaloniki) og Pirin-Makedonia i det vestlige Bulgaria. De språklige grensene mellom serbisk, makedonsk og bulgarsk er gradvise og uklare. I forbindelse med Balkan-krigene, oppløsningen av det ottomanske riket og første verdenskrig ble grensene endret flere ganger. Området som utgjør Nord-Makedonia har ikke en gammel statsdannelse å vise til. I mellomkrigstiden ble området også omtalt som Sør-Serbia. Under andre verdenskrig var et kortvarig bulgarsk styre i Nord-Makedonia med tysk støtte. Den makedonsk-ortodokse kirke ble utskilt fra den serbisk-ortodokse kirken i 1967. Mange grekere oppfattet også denne bruken av navnet Makedonia som krenkende, og hevdet at Makedonia er et historisk gresk, ikke slavisk område, og at mesteparten av Makedonia ligger i Hellas. Fra gresk side ble derfor landet omtalt som «Skopje», etter hovedstaden. Nord-Makedonia har også ligget i strid med Hellas om andre spørsmål knyttet til denne problematikken.