Øya består av i hovedsak av fjell/granitt og enkelte strandenger og gressletter. Karakteristiske «klover» skjærer gjennom øya flere steder der det vokser godt med småbusker og trær. Det er registrert mer enn 400 plantearter hvorav flere er truede og sårbare. Øya har et rikt fugleliv og er en rasteplass for trekkfugl. I 1978 ble det opprettet et naturreservat for sjøfugl på øst- og vestsiden av øya med ferdselsforbud deler av sommeren. Siden 1961 har Akerøya Ornitologiske Stasjon drevet registrering av fugl. Øya er fra 26. juni 2009 innlemmet i Ytre Hvaler nasjonalpark.