Det humane genomet inneholder mellom 25 og gener. Tilsammen er disse genene opphav til en størrelsesorden av proteiner. Grunnen til det store spriket i disse tallene er at proteinene gjennomgår viktige endringer etter at de er laget, noe som resulterer i at de får endret funksjon. Kunnskap om nøyaktig hvilke proteiner cellen lager (proteomikk) er derfor langt mer relevant enn å vite hvor mye mRNA som produseres fra et bestemt gen, men siden man kun greier å identifisere rundt proteiner, eller rundt 0,2 % av totalen, i et enkelt massespektrometriforsøk, så gir genuttrykksprofilering fortsatt det beste globale bildet i et enkelt forsøk.