Ordenens betydning som maktfaktor ble redusert etter at ordensriddernes sølibatforpliktelse ble opphevet i 1540. Ordenslivet falt samtidig bort. Alcantaraordenen ble etter dette et system av privilegier under kongemaktens kontroll, der 37 slott og landsbyer kunne tildeles adelige som belønning.