Hyper-X-programmet gikk over åtte år, og kostet omkring 230 millioner USD. Aeronautics Research Mission Directorate i Washington D.C. sto for prosjektstyringen, mens NASAs Dryden Flight Research Center ved Edwards Air Force Base, California, sto for byggingen og selve testflyvningene. Langley Research Center i Hampton, Virginia hadde ansvaret for utviklingen av den nødvendige hypersoniske teknologien. Ingen X-43 er bevart.