Under Annen verdenskrig invaderte nazistene Jugoslavia og overførte Prizren til den italienske marionettstaten Albania. Da Italia hadde inngått våenhvile med de allierte i 1943, ble områdene til den italienske marionettstaten Albania gjort om til en tysk marionettstat. Den etniske albanske SS-divisjonen «Skanderbeg» hadde hovedkvarter i Prizren. I 1944 ble tyskerne drevet ut av området.