Begrepet matriseassistert laserdesorpsjonsionisering (MALDI) ble laget i 1985 av Franz Hillenkamp, ​​Michael Karas og deres kolleger. Disse forskerne fant at aminosyren alanin kunne bli ionisert lettere hvis den ble blandet med aminosyren tryptofan og bestrålt med en pulserende laser på 266 nm. Tryptofanen absorberte laserenergien og hjalp til med å ionisere den ikke-absorberende alaninen. Peptider opp til 2843 Da peptidet melittin kan ioniseres når de blandes med denne typen "matrise". Gjennombruddet for laser desorpsjon ionisering med store molekyler kom i 1987 da Koichi Tanaka fra Shimadzu Corporation og hans medarbeidere brukte det de kalte "ultrafint metal plus væskematriks metoden" som kombinerte 30 nm store koboltpartikler i glyserol med en nitrogen laser på 337 nm for ionisering. Ved å bruke denne laser- og matrisekombinasjonen var Tanaka i stand til å ionisere biomolekyler så store som 34 472 Da. Proteinet karboksypeptidase-A. Tanaka mottok en fjerdedel av Nobelprisen i kjemi i 2002 for å ha demonstrert at et protein kan ioniseres med riktig kombinasjon av laserbølgelengde og matrise. Karas og Hillenkamp var deretter i stand til å ionisere det 67 kDa store proteinet albumin ved hjelp av en nikotinsyrematrise og en 266 nm laser. Ytterligere forbedringer ved bruk av en 355 nm laser og kanelsyrederivatene ferulinsyre, koffeinsyre og sinapinsyre som matrise kom i 1989. Tilgjengeligheten av små og relativt billige nitrogenlasere som opererte ved 337 nm bølgelengde ble introdusert på begynnelsen av 1990-tallet som ga de første kommersielle instrumentene. Dette førte MALDI til et økende antall forskere. I dag brukes for det meste organiske matriser til MALDI massespektrometri.