Da Grant var 17 år nominerte kongressmannen Thomas L. Hamer ham til en plass ved United States Military Academy (USMA) i West Point i New York. Hamer hadde feilaktig skrevet hans navn som «Ulysses S. Grant of Ohio». Ved West Point tok han dette navnet med kun en initial. Hans klengenavn blant medstudentene ved akademiet ble «Sam», da hans initialer «U.S.» også stod for «Uncle Sam». «S»-en var, ifølge Grant, ikke en forkortelse for noe, selv om Hamer hadde brukt den som en forkortelse av morens pikenavn Simpson. Grants utnevnelse til West Point var tilrettelagt som et resultat av familiens innflytelse, mens Grant selv senere mintes «et militært liv hadde ingen sjarm for meg». Grant var omtrent bare 155 cm høy og veide 53 kg da han startet ved West Point. Grant uttalte senere at han var slapp i sine studier, men fikk over gjennomsnittet karakterer i matematikk og geologi. Grant var rolig av natur, og han etablerte et par nære vennskap ved West Point, inkludert Frederick Tracy Dent og Rufus Ingalls. Mens han ikke hadde stor fremgang i sine faglige studier, studerte han under den romantiske kunstneren Robert Walter Weir og produserte ni kunstverk som har overlevd. Han etablerte også et rykte som en uredd og dreven rytter, som også satte en rekord i høydehopp som sto i nesten 25 år. Grant ble uteksaminert i 1843, som 21. beste i en klasse på 39. Han var glad for at han kunne forlate West Point, og planen var å forbli i tjeneste kun i plikttiden. På tross av sine utmerkede rytterkunnskaper ble han ikke knyttet til kavaleriet, da utnevninger hadde mer med klasserang å gjøre enn dyktighet. Grant ble i stedet tildelt posisjonen som en regional kvartermester med ansvar for forsyninger og utstyr for 4th Infantry Regiment, med graden andreløytnant.