I 1962 skrev han en artikkel i Der Spiegel som var kritisk til det tyske forsvaret, og som utløste den såkalte Spiegelaffæren. Ahlers ble arrestert, mistenkt for landsforræderi, men siden fullstendig renvasket. Han var senere statssekretær for regjeringens pressekontor, og medlem av Forbundsdagen for SPD.