Etter å ha vendt tilbake til Japan, startet Yukio Hatoyama på en akademisk karriere ved Tōkyō Kōgyō Daigaku, det prestisjefylte teknologiske institutt i Tokyo. Han flyttet senere til det private Senshu-universitetet i Tokyo, en beslutning som kan ha hatt sammenheng med økende politiske ambisjoner. Som ansatt ved det offentlige Tokyos teknologiske institutt hadde han forbud mot å drive politikk, noe som ikke var tilfelle ved et privatuniversitet.