Dronning Elizabeth hadde tilkalt Dee i 1562 da det ble funnet en voksdukke av henne i London Inn Fields, med en nål stukket i brystet. Ingen var i tvil om at dette var ment som skademagi, og Dee ble satt til å hindre den. Nå utnevnte hun ham til en post ved i Manchester, der hans kone døde av pest. Manchester var ikke stort mer enn en landsby, og stillingen ga ikke stort å leve av. Hans nye «seer», Bartholomew Hickman, mottok syner av erkeengelen Rafael som kom med trøstende budskap om at Dee en gang ville avdekke de hemmelighetene han søkte. Det tidligere prestelærestedet var reetablert som en protestantisk institusjon ved kongelig charter i 1578. Imidlertid hadde Dee liten kontroll over lærestedets medlemmer som skal ha foraktet eller holdt ham for narr. I begynnelsen av sin tjenestetid ble han konsultert om syv barn som tilsynelatende var blitt besatt av djevelen, men han viste liten interesse for saken, og lot de involverte konsultere hans fortsatt omfattende bibliotek.