Alkibiades var ikke en av generalene som var involvert i erobringen av Melos i 416–415 f.Kr., men Plutark beskriver ham som tilhenger av dekretet som beseglet skjebnen for Melos, der mennene ble drept og kvinner og barn gjort til slaver. Taleren Andokides hevdet at Alkibiades hadde et barn med en av disse kvinnene som ble slaver.