Stavka ble reorganisert to ganger i løpet av invasjonsåret 1941, først 10. juli og derpå 8. august. Begge ganger ble navnet forandret, først til «sentralkommandoen for overkommandoen», og deretter til «sentralkommandoen for den øverste hovedkommandoen», . Både ved oppstart og ved de følgende omorganiseringene var Stavka underlagt tett politisk styring.