Sykehuset ble etablert som Aker Sygehus og Pleiehjem 1. juli 1895, på Tonsen gård i bydel Bjerke. I 1948 ble eierskapet overført til Oslo kommune i forbindelse med at Aker ble innlemmet i Oslo, og sykehuset ble samtidig tilknyttet Det medisinske fakultet ved Universitetet i Oslo som universitetsklinikk. Gaustad sykehus ble en del av Aker sykehus i 1996.