Etter andre verdenskrig ble flyplassen opprinnelig gitt til Royal Air Force, men de trakk seg raskt tilbake og overlot den til det norske luftforsvaret. Flere skvadroner, deriblant 332, 331 og 337, var stasjonert på Værnes i etterkrigsårene. I 1952 ble Luftforsvarets Flyveskole flyttet til Værnes, men i 1954 stod nye Ørland hovedflystasjon klar, slik at mesteparten av luftforsvaret flyttet dit.