Under den hellenistiske perioden ble Samaria i stor grad delt mellom en hellenisert fraksjon og en religiøst basert fraksjon, ledet av ypperstepresten og basert i rundt Sikem og de rurale områdene rundt. Samaria var et stort selvstyrt område, formelt underlagt Selevkideriket, men det endret seg en gang rundt 113 f.Kr. da den jødiske hasmonske ypperstepresten Johannes Hyrkanos og makkabeernes leder gikk til angrep på samaritanenes tempel og ødela det. Det hadde da eksistert i rundt 200 år. Kun noen få steiner gjenstår i dag.