Jakob Madssøn var først rektor i Køge på Sjælland, men ble sendt til Bergen omkring 1546, etter at Geble Pederssøn hadde skrevet til biskop Peder Palladius og bedt om å få en dyktig pedagog. Geble Pederssøn hadde nemlig stiftet en latinskole i Bergen. Jakob Madssøn var en tid rektor i Bergen, før han ble utnevnt til sogneprest i Innvik i Nordfjord. Herfra vendte han siden tilbake til Danmark, men omkring 1555 kalte biskop Jon Guttormssøn i Stavanger ham tilbake til Norge for at han skulle bli rektor ved skolen i Stavanger. Omkring 1562 ble han utnevnt til sogneprest i Stavanger domkirke, og i 1565 til medhjelper hos den nye biskopen, den over 80 år gamle Jens Gregerssøn Riber. Biskopen var nemlig for gammel til å skjøtte embetet sitt skikkelig, og lensherre Erik Rosenkrantz på Bergenhus utnevnte derfor Jakob Madssøn til medhjelper og visitator i Stavanger stift. Han døde av pest omkring 1568 under en visitasreise i Valdres.