På 1800-tallet ble Krasnojarsk sentrum for de sibirske kosakker. I 1822 fikk stedet bystatus og var blitt hovedstad i Jenisejs militærdistrikt. På slutten av 1800-tallet hadde Krasnojarsk flere manufakturer og jernbanefabrikker. Under Tsarrussland ble også mange politiske dissidenter ført til byen i eksil.