Da hun giftet seg med den trinidadiske menneskerettighetsaktivisten og Black Panthers-lederen Stokely Carmichael i 1968, skapte dette en del kontrovers i USA og både platekontrakter og turneer ble kansellert. Etter dette flyttet paret til Guinea, hvor de ble nære venner med president Ahmed Sékou Touré og hans hustru. Hun ble erklært uønsket i USA i 1970-årene. Makeba skilte seg fra Carmichael i 1973, og fortsatte å opptre hovedsakelig i Afrika, Sør-Amerika og Europa. Hun ble valgt som Guineas delegat til FN, og for sitt arbeid fikk hun Dag Hammarskjölds fredspris i 1986.