Det indonesisske militære satte i gang skremselstiltak, tildels voldelige, i Øst-Timor forut for avstemningen. Habibie avviste det internasjonale selskaps krav om at en FN-styrke skulle settes inn i Øst-Timor. Sikkerheten skulle tas hånd om av de indonesiske væpnede styrker.