Lynch skrev deretter under på en kontrakt for Hull City i juli 2005. Han pådro seg uheldigvis en kneskade i det første minuttet av sin Hull City-debut i august 2005 mot QPR. Etter at han var tilbake fra skade i sin første kamp mot Coventry ble han også utvist. Han fikk totalt 16 ligakamper for Hull i 2005/2006–sesongen, før han på slutten av sesongen ble satt på overgangslisten av lagets manager Peter Taylor.