Robert Enkes to år gamle datter døde av en medfødt hjertefeil i 2006. I mai 2009 adopterte han og hans kone en to måneder gammel pike. Enke tok sitt eget liv 10. november 2009. Kona sa i et møte med Hannover 96 at Robert Enke led av depresjoner. Robert Enkes kiste ble båret ut av AWD Arena 15. november 2009.