Gil Tamayo var deretter kapellan i flere landlige menigheter i ni år før han ble uteksaminert fra Universitetet i Navarra med en grad i informasjonsvitenskap. I 1992 ble han sjef for pressekontoret for erkebispedømmet Mérida-Badajoz. Fra 1998 til 2011 var Gil Tamayo direktør for sekretariatet for kommisjonen for sosial kommunikasjon i Den spanske bispekonferanse. José María Gil Tamayo var generalsekretær for den spanske bispekonferanse i fem år fra 20. november 2013.