Universitetet (i 1830 kjent som – Det kongelige Aleksander-universitetet) vokste raskt og hadde snart 800 studenter og 50 professorer. Imidlertid var mesterparten av studentene og professorene med i novemberoppstanden mot den russiske okkupasjonsmakten mellom 1830 og 1831, og etter opprørets fall ble universitetet stengt. Det ble på ny åpnet i 1857 under navnet med sete i Staszic-palasset, begrenset til to fakulteter – medisin og farmasi. I 1862 oppstod (Hovedskolen) med fire fakulteter. Som følge av represjoner etter januaroppstanden 1869 ble alle polskspråklige skoler stengt nok en gang. Gjennom sin korte virketid klarte Hovedskolen å utdanne 3 000 studenter, og mange av disse skulle bli ryggraden til den polske intelligensen.