Gusenbauer gikk 1966 til 1970 på folkeskolen i Ybbs an der Donau og fra 1970 til 1978 gikk han på gymnas i Wieselburg. Deretter begynte han først å studere rettsvitenskap på Universitetet i Wien, men fikk senere interesse for statsvitenskap og filosofi. I 1987 fikk han doktorgrad i Wien.