Men hans rent vitenskapelige verk fortsetter å inspirere forskere. Man kan fremheve hans fra 1866, som ble verdens første lærebok i biologi skrevet på grunnlag av Darwins evolusjonsteori, og hans fra 1874, der Haeckel ved hjelp av sammenlignende anatomi undersøker menneskets opprinnelse i dyreriket og rekonstruerer dets stamhistorie. Man kan også nevne hans i dag mindre leste , et trebinds monumentalverk om hele dyreriket som ble offentliggjort i årene 1894 til 1896.