Klosterskolene ble stengt i de land der reformasjonen vant frem, til forskjell fra katedralskolene som protestantene overtok driften av. Men også noen av klosterskolene fortsatte - da med annen finansiering, naturligvis uten katolske munker eller nonner, men andre og protestantiske lærekrefter. Enkelte av disse institusjonene, særlig i Tyskland, videreførte bruken av den nå misvisende betegnelsen «Klosterschule».