Matthäus avsluttet landslagskarrieren med sitt fjerde EM-sluttspill i 2000. Han forlot Bayern München samme år, og avsluttet karrieren med en halv sesong i den amerikanske klubben New York/New Jersey MetroStars. Han har senere vært trener for , og ble i januar 2006 ansatt som trener i den brasilianske klubben Atletico Paranaense.