Han ble forrådt etter en ny prestevielse, og arrestert den 10. august 1958. I interneringsleiren Ruzyně, nær Prahas lufthavn, ble han forhørt og torturert, og den 6. januar 1960 dømt til ni års fengsel for agitasjon av folket. Mot slutten av 1962 ble han og medfangene biskop Ján Vojtaššák og biskop Stanislav Zela satt i isolasjon.