Problemene for Komarov begynte like etter oppskyting da et av solcellepanelene på romskipet ikke ville folde seg ut, noe som førte til underskudd på elektrisk strøm ombord. Videre problemer med orienterings-detektorer kompliserte manøvreringen av romskipet. På det 13. omløpet, var det automatiske stabiliseringssystemet fullstendig dødt, og det manuelle systemet fungerte bare delvis. På dette tidspunktet hadde det andre mannskapet på tre modifisert sitt oppdrag, og forberedte seg på å reparere solcellepanelene på Sojuz 1.