Han ble i 2018 av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia funnet skyldig i forbrytelser mot menneskeheten, og dømt til fengsel i ti år. Handlinger han ble dømt for omfattet blant annet hatefull propaganda mot kroater og bosnjaker. Šešelj var tidligere dømt av tribunalet til fengsel i fire år og ni måneder for forakt mot retten, ved å ha avslørt identiteten til aktoratets vitner.