Jupiters troposfære inneholder en komplisert skystruktur. De øvre skyene som ligger i trykkområdet 0,6–0,9 bar består av is av ammoniakk. Under disse skyene av ammoniakkis antas det at det finnes skyer av ammoniumhydrosulfid eller ammoniumsulfid (mellom 1–2 bar) og vann (3–7 bar). Skyer av metan finnes ikke siden temperaturen er for høy til at det kan kondensere. De vannholdige skyene danner det tetteste skylaget og har den sterkeste påvirkningen på atmosfærens dynamikk. Dette er et resultat av høyere fordampningsvarme for vann og høyere vannforekomst i forhold til ammoniakk og hydrogensulfid (det er mer av oksygen enn både nitrogen og svovel). Over hovedskylagene ligger ulike troposfæriske og stratosfæriske dislag ved henholdsvis 200–500 mbar og 10–100 mbar. Sistnevnte består av tunge polyaromatiserte hydrokarboner eller hydrazin som er generert fra metan i den øvre stratosfæren (1–100 μbar) under påvirkning av solens ultrafiolette stråling (UV).