McClellan beordret at Keyes' IV Corps skulle bevege seg vest for Glendale og beskytte hærens tilbaketrekning, og Porter skulle bevege seg til det høyereliggende området ved Malvern Hill for å utvikle defensive stillinger. Forsyningstogene fikk ordre om å bevege seg særover mot elva. McClellan dro til Harrison's Landing uten å spesifisere en eksakt tilbaketrekningsrute og uten å utnevne en nestkommanderende. Resten av Syvdagersslaget hadde han ikke direkte kommando over slagene. Gaines' Mill og Unionens retrett over Chickahominy var en psykologisk seier for Konføderasjonen og signaliserte at Richmond var utenfor fare.