Under dekket av at hun var på en diplomatisk reise til Frankrike, innledet Isabella et utenomekteskapelig forhold med Roger Mortimer, og de to ble enige om å få avsatt Edvard og utkonkurrert Despenser-familien. Dronningen reiste tilbake til England med liten hær av leiesoldater i 1326, forflyttet seg raskt over England. Kongens hær forlot ham, Isabella avsatte ham og ble regent på vegne av sin sønn Edvard III. Etter at Edvard II ble drept, var det mange som mente at Isabella var den som sto bak. Regimet til Isabella og Mortimer begynte å smuldre, delvis grunnet hennes overdådige pengebruk, men også ettersom dronning avviklet diplomatisk de langvarige krigene med Skottland da mange ville heller ha en militær løsning.