I Jena dannet han – de tre Johann'er – sammen med kollegaene Johann Major og Johann Himmel. Skjønt Gerhard på dette tidspunkt stadig var ganske ung, ble han allerede betraktet som den største (da)levende teolog i det protestantiske Tyskland. I tidens «disputationer» var han alltid protagonist, i diskusjonens sentrum, og man søkte hans råd i alle mulige offentlige og private spørsmål vedrørende religion og moral.