Samme vår fikk Folkefronten og kommunister som ønsket estisk uavhengighet flertall ved valget til Det øverste sovjet i Den estiske sosialistiske sovjetrepublikk, som vedtok en overgang til nasjonalt, demokratisk styre. Meri ble utenriksminister i Edgar Savisaars overgangsregjering. Regjeringen var preget av maktkamper og ulike syn på Estlands fremtid. Meris gamle venn Endel Lippmaa hadde, som minister for østpolitikken, ansvar for forholdet til Moskva, men ikke sjelden trådte de inn på hverandres enemerker. Forholdet til Edgar Savisaar, som var utpreget østvendt, var vanskelig.