I 1862 ble kirkemurer utgravd og det ble gjort et større myntfunn. Bygningslevninger ble avdekket i 1871 og i 1883 avdekket Wilhelm Berg kulturlag. Augustinerklosteret på Klosterkullen ble undersøkt av Berg i 1891-92. I 1950-åra ble det gjennomført flere arkeologiske undersøkelser. Utenfor byen ble Ragnhildsholmen utgravd i 1881-82, Ytterby gamla kyrka i 1927. Kompletterende undersøkelser på Klosterkullen ble foretatt i 1941. De mest omfattende arkeologiske undersøkelsene var , et stort tverrvitenskapelig prosjekt i årene 1985–94.