Misnøye med Wenzels egenrådige styre fikk flere ganger den böhmerske adelen til å gjøre opprør mot kongen. De fikk støtte fra hans bror Sigismund av Ungarn, og lyktes både i 1394 og 1402 å ta ham til fange og tvinge ham til innrømmelser. I 1400 besluttet kurfyrstene å avsette ham som tysk konge til fordel for Ruprecht av Pfalz.