Bowen lider av kardiovaskulær tilstand bradykardi: hennes vanlige hjerterytme er under normal. Som et resultat har hun hatt pacemaker siden begynnelsen av tjueårene. Bowen giftet seg med Scott Phillips, en eiendomsinvestor og programvareutvikler, 9. september 2004. De har tre sønner, den førstefødte i april 2007, og tvillinger født i mai 2009, som hun var synlig gravid med da hun spilte inn piloten for . Hun er en selverklært «lav protestant». I februar 2018 søkte hun om skilsmisse fra Phillips. Den ble ferdigstilt 13. september 2018.