I 1973 ble han myrdet i Guineas hovedstad Conakry, der han bodde. Mordet ble begått av hans egne. I 1972 hadde Cabral begynt å danne en folkeforsamling som forberedelse av den antatt snarlige uavhengighet fra portugiserne, og en tidligere rival i PAIGC som fortsatt sterkt misfornøyd, Inocêncio Cani, slo seg sammen med en likesinnet og skjøt og drepte Cabral den 20. januar 1973. Tanken hadde vært å ta Cabral til fange og kuppe lederskapet, men da de fikk problemer med det, ble det skutt i stedet.