I 2008 ble Omer tildelt 2007 Martha Gellhorn Prize for Journalism. I tildelingen ble Omer hedret som «stemmen til de stemmeløse», og hans rapporter ble beskrevet som en «human registrering av urettferdighet pålagt et fellesskap glemt av store deler av verden». Noam Chomsky sa han hadde fulgt Omers arbeid i flere år, og ble glad da han fikk høre om prisen, «en ære som han rikt fortjener», sa han, og fortsatte: «han har fortsatt sitt arbeid med mot og integritet. Det er ingen overdrivelse å si at han kan tjene som en modell for hederlig journalistikk». Han ble i 2009 også tildelt Ossietzky-prisen av Norsk PEN, en gren av P.E.N International. Prisen ble tildelt for «fremragende prestasjoner innen ytringsfrihet». Han ble også gitt hederlig omtale i Puls Medias «20 Top Global Media Figures of 2009».