I januar 1944 ble Stumpff Luftwaffenbefehlshaber Mitte, senere benevnt som Luftflotte Reich og var ansvarlig for forsvaret av Tyskland mot allierte bombefly. Den 9. mai 1945 var Stumpff tilstede som representant for Luftwaffe (i Robert Ritter von Greims sted) ved undertegnelsen av Tysklands betingelsesløse kapitulasjon i det sovjetiske hovedkvarteret Berlin (sammen med general Wilhelm Keitel). Josef Stalin insisterte på at kapitulasjonsdokumentene skulle signeres i det sovjetiske hovedkvarteret i Berlin (Karlshorst), etter at det allerede var signert i Reims. Stumpf og Keitel signerte etter midnatt 9. mai, vel en time etter at all tysk motstand skulle opphøre 8. mai klokken 23.01.