I 1938 etablerte Putnam et nytt forlag i California, George Palmer Putnam Inc. Med USAs inntreden i andre verdenskrig i 1941, sluttet Putnam seg til aktiv militærtjeneste i en etterretningsenhet. Han vervet seg som kaptein og steg til majors rang i 1942. I 1945 ble han og «Jeannie» skilt; hun slet med «utilstrekkelighet». Kort tid senere giftet han seg på nytt, nå med Margaret Havilland og sammen drev de Stove Pipe Wells resort i Death Valley, California.