Lengst øst i fjorden ligger de små øyene Herøya, som har gitt navn til både kommunen og fjorden, og Nautøya, hvor fjorden krysses av riksvei 654 via Herøybrua. Midt i Herøyfjorden ligger den fraflyttede øygruppen Flåvær, som er noen små øyer med et fyrtårn og noen feriehus. På sørsiden av Herøyfjorden ligger Moltustranda, og på andre siden ligger Eggesbønes.