Sebastián Piñera ble født den 1. desember 1949 i Santiago de Chile. Han var tredje barn til José Piñera Carvallo (1917–1991) og hans hustru Magdalena Echenique Rozas (1919–2000). Nlant han forfedre på morssiden er morens tippoldemor Luisa Pinto Garmendia, søster av president Aníbal Pinto Garmendia (1825-1884) og datter av president Francisco Antonio Pinto, og Luisa Garmendia Alurralde, som nedstammet fra den nest siste (keiser) av inkariket, Huayna Capac, død 1527.