I 1522 ble Hammershus erobret av lübeckerne, men fra 1576 var Hammershus tilbake til den danske kongens eie. Hammershus forfalt og ble i ettertiden betraktet som en ikke-tidsmessig festning. I 1645 ble borgen erobret av general Albrecht von Wallenstein. Ved Roskildefreden i 1658 fikk svenskene også Bornholm og de innsatte Johan Printzenskiöld som guvernør. Bornholmske opprørere ledet av Jens Pedersen Kofoed slo ham ihjel i Rønne og erobret dagen etter borgen. Deretter ble øya tilbudt til den danske konge.