For å få ost av god kvalitet må melken ha god mikrobiell kvalitet. Hygienen i fjøset er derfor av største betydning for melkekvaliteten. Et godt utgangspunkt er å holde kyrne rene og friske. Før melkingen er det viktig å vaske jurene godt. Fôret må være uten bakteriesporer som kan overføres til melka, og utstyret som brukes for melking må vaskes og desinfiseres for å drepe bakterier. Etter melking skal melken kjøles hurtig ned på gårdstanken. Nedkjøling av melk dreper imidlertid ikke bakterier, og kan ikke kompensere for dårlig hygiene.