Precision Air ble etablert i 1991, og starta flyvninger i 1994. Det begynte som et åkersprøytingsfirma, men utvidet virksomheten for å betjene det økende turistmarkedet. De første faste rutene ble åpnet i november 1999. Selskapet var opprinnelig privat eid, men Kenya Airways kjøpte en andel på 49 % for 2 millioner dollar noen uker etter at deres rival South African Airways kjøpte en andel på 49 % i Air Tanzania. De resterende 51 % var eid av Michael Ngaleku Shirima.