Flyselskapet ble grunnlagt i november 2001 og startet sin virksomhet den 13. februar 2002 men en innenriksflyvning mellom Bratislava og Košice. SkyEurope ble grunnlagt av Alain Skowronek og Christian Mandl, og ble finansiert av EBRD, ABN AMRO og EU–donasjoner. Selskapet har rundt 850 ansatte. Det er også medlem av European Low Fares Airline Association.