Etter å ha blitt funnet, ble manuskriptet solgt til en kjøpmann på svartebørsen. Deretter ble det angivelig stjålet og fraktet til Europa. Eieren skal likevel ha fått det tilbake og solgt det i Sveits i 1983. Derfra ble det fraktet til USA og lagt i en bankboks. Først i 2001 ble restaureringen påbegynt, igjen i Sveits. Det hevdes at manuskriptet var blitt mer ødelagt av årene i bankboksen enn av de 1.700 årene det lå gjemt i den egyptiske ørkenen. I 2001 var interessentene forferdet over å oppdage hvor ødelagt det var blitt siden 1983 – pagineringen manglet og var kanskje fjernet for å ordne sidene på en annen måte, og skape inntrykk av at manuskriptet var mer innholdsrikt. I 2001 utgjorde Judasevangeliet 26 sider og omkring tusen fragmenter. Bortimot 90% kunne restaureres og oversettes. Det ble ikke offentliggjort i 1983, da det ble lagt ut for salg første gangen, men selgeren forlangte en enorm sum, og lot ikke interesserte få studere manuskriptet nærmere. Judasevangeliet var det tredje av fire tekster til salgs, og alle vestlige museer er tilbakeholdne med å kjøpe oldfunn av ukjent opprinnelse. Offentliggjøringen kunne blitt forsinket ytterligere om man ikke, som med Jung-kodeksen, besluttet å skjelne mellom rett til offentliggjøring og det fysiske dokumentet. Teksten er lagt ut på Internet, og får ikke gjengis derfra uten tillatelse. Salget av rettighetene dekket kjøpernes kostnader, og den egyptiske staten ble garantert å få dokumentet tilbake i utbedret tilstand.