Etter administrasjon av en intravenøs dose av propofol skjer det en rask likevektsfordeling av konsentrasjonen mellom blod og hjernevev -noe som forklarer den raske effekten. I den første distribusjonsfasen elimineres propofol raskt, med en halveringstid på 2-4 minutter. Denne fasen følges av en fase der halveringstiden er 30-60 minutter, og til slutt en tregere fase der propofolet redistribueres fra vev som har mindre blodgjennomstrømning. Eliminasjonsratene hos voksne varierer fra 21 til 29 ml/kg/minutt. Propofol metaboliseres hovedsakelig i leveren, og metabolittene skilles ut gjennom nyrene.