Da Johannes av Antiokia, patriark av Antiokia, og andre som støttet Nestorius, til sist nådde fram til Efesos, ble de rasende over å høre at Nestorius allerede var blitt fordømt. De samlet seg til sitt eget kirkemøte hvor Kyrillos ble fordømt for kjetteri og avsatt. Begge sider appellerte til keiseren. Theodosius II beordret for Kyrillos’ arrest, men han klarte å slippe unna og kom seg tilbake til Egypt. Derfra fikk han bestukket keiserens hoff og sendte en mobb, ledet av eremitten Dalmatius, til å omringe keiserens palass og skrike ut fornærmelser. Til sist ga keiseren etter og forviste Nestorius til Khargaoasen (Hibis) ute i ørkenen i sørlige Egypt. Nestorius fikk senere reise tilbake til sitt kloster i Antiokia, og levde til minst 450, men datoen for hans død er ikke kjent.