I 1948 tok det tsjekkoslovakiske kommunistpartiet over makten i Tsjekkoslovakia, og som en erklært motstander av kommunismen ble Korbel tvunget til å forlate sin stilling. Han fikk senere en stilling i en FN-delegasjon til Kashmir, og sendte familien til USA, via London, for å vente på ham når han ankom for å levere sin rapport til FN-hovedkvarteret, som den gangen befant seg i Lake Success i New York. Familien ankom New York City, New York, i november 1948, og slo seg først ned i Great Neck på Long Island. Korbel søkte om politisk asyl med den begrunnelse at han som motstander av kommunismen ville leve i fare i Praha. Med hjelp fra Philip Mosely, professor i russisk ved Columbia University i New York City, fikk Korbel en stilling innenfor ledelsen av institutt fot statsvitenskap ved University of Denver i Denver, Colorado. Der ble han dekanus ved universitetets Josef Korbel School of International Studies, og ble senere lærer for den fremtidige utenriksministeren i USA, Condoleezza Rice.