Sør-Dakota er en utpreget jordbruksstat med det sjette største jordbruksarealet i USA. Gårdsbrukene er relativt store. Med 3,7 millioner storfe er staten blant de største kjøttprodusentene i USA, svineproduksjonen er også stor, i tillegg dyrkes betydelig hvete, mais og soyabønner. Sør-Dakota har også en stor næringsmiddelindustri med blant annet matvareforedling og fremstilling av bioetanol til innblanding i drivstoff.