I tillegg til å være et hjem for noen fuglearter, har Surtsey også blitt brukt til mellomlanding for trekkfugler; spesielt de som trekker mellom De britiske øyer og Island. Arter som har vært observert inkluderer blant annet sangsvane og flere varianter av gås og ravn. Selv om Surtsey ligger øst for hovedtraseen for trekkfugler i området, har øya blitt et hyppig stoppested etterhvert som vegetasjonen har bedret seg.