Ifølge et øyenvitne ble det ca. klokken 09.40 hørt en fjern, rumlende lyd, ikke ulik torden, tett etterfulgt av rystelser som var så kraftige at byens kirkeklokker ble satt i bevegelse. 1. november markerte feiringen av allehelgensdag og mange mennesker hadde på dette tidspunktet samlet seg til messe, blant annet i den gamle katedralen og i St.Antonio-kirken. Disse og andre strømmet rundt om i byen ut mellom bygningene. Etter et kort opphold ankom et nytt og langt kraftigere skjelv som veltet bygninger over hele Lisboa, men som særlig gikk utover havneområdet ved utløpet av elven Tejo. Av de som hadde flokket seg sammen utenfor kirkene og på gatene ble mange begravd under de styrtende bygningene. Noen minutter senere begynte et tredje skjelv, angivelig så kraftig at man tydelig kunne se at grunnen under Lisboa hevet seg. Flere mindre etterskjelv fulgte de nærmeste dagene, men det var de tre hovedskjelvene – som alle fant sted i løpet av ca. femten minutter – som gjorde størst skade. Når det hele var over hadde omtrent 17 000 av de anslagsvis 20 000 bygningene i Lisboa kollapset.