Montagnier mente at COVID-19-pandemien var menneskeskapt i et laboratorium, som indikert av den unaturlige tilstedeværelsen av elementer av HIV og malaria i genomet til det nye koronaviruset SARS-CoV-2. En «industriell» ulykke måtte ha funnet sted ved Wuhan institutt for virologis laboriatorier, der man hadde spesialisert seg på koronavirus siden 2000-årene. Ifølge en faktasjekk fra det tyske forskningssenter i 2020, motsier mange publikasjoner hans avhandling, og andre kjente forskere har kritisert søkemetodikken hans. Spesielt er gensekvensene som er inkriminert av Montagnier så korte at sannsynligheten for å finne dem i andre organismer var stor.