Det første frie valget på nasjonalforsamling skulle ha blitt avholdt i juni 1991, men ble innstilt etter en rekke voldsomme sammenstøt mellom politi og FIS-tilhengere. President Chadli satte inn hæren for å gjenopprette lov og orden, innførte unntakstilstand og utsatte valget til desember. I valgets første omgang vant FIS en klar seier foran (FFS) og FLN; FIS fikk 188 plasser i den 450 plasser store nasjonalforsamlingen mot bare 16 for FLN og 26 for FFS. Til sammen 49 partier deltok i valget, som var todelt, og før den andre omgangen, i januar 1992, var utgangspunktet at FIS bare trengte 28 mandater til for å få majoritet. Utsiktene til et Algerie styrt som et teokrati av fundamentalistiske muslimer, og deres plan om å innføre islamsk lovgivning, fikk hæren og FLNs indre kjerne til å gripe inn før den andre valgomgangen. I januar 1992 kungjorde president Chadli, etter press fra forsvarets ledelse, at han gikk av. Deretter gikk regjeringen, og grunnloven ble opphevet. Nasjonalforsamlingen hadde allerede blitt oppløst. Et sikkerhetsråd ble satt til å styre landet, og dette rådet avlyste den andre valgomgangen og satte inn et råd å styre landet, ledet av Mohammad Boudiaf. I juni 1992 ble han myrdet, og ble etterfulgt av Ali Kafi som leder for rådet. 1994 ble forsvarsministern, general Liamine Zeroual, utnevnt til ny president. Samme år satte militærrådet inn et nasjonalt overgangsråd som skulle fungere som nasjonalforsamling; det ble imidlertid boikottet av de største partiene, inklusive FIS og FLN.