Da Khyentse var syv år gammel ble det oppdaget at han var den tredje inkarnasjonen av den betydningsfulle reformatoren Jamyang Khyentse Wangpo. Fram til han ble 12 år, studerte han ved -klosteret i Gangtok i den indiske delstaten Sikkim. Siden, fram til han ble 23, mottok han undervisning fra flere andre fremtredende mestere, blant dem Dalai Lama og hans egen bestefar , samt .