Konya nådde høydepunktet i velde og rikdom mellom 1205 og 1239 da sultanene kontrollerte hele Anatolia, Armenia, deler av Midtøsten foruten Krim. I 1219 ble byen fylt av flyktninger fra Khoresm-riket i Persia. Da flyktet unna de fremadstormende mongolene som hadde nedkjempet sjahen av Khoresm, Muhammad II. I 1243 ble også Konya erobret av mongolene. Byen forble hovedstad for en tyrkisk marionettstat under den mongolske krigsherre Möngke Khan.