I august 51 f.Kr. hadde forholdet mellom Kleopatra og Ptolemaios XIII brutt fullstendig sammen. Hun fjernet hans navn fra offisielle dokumenter og hennes ansikt opptrådte alene på mynter, noe som var på tvers av den ptolemeiske tradisjon for kvinnelige herskere om å være underlagt en mannlig medhersker. I 50 f.Kr. kom Kleopatra i alvorlig konflikt med , de mektige romerske troppene som Aulus Gabinius hadde etterlatt i Egypt for å beskytte Auletes etter at han hadde gjenerobret tronen i 55 f.Kr. Da noen av disse soldatene drepte sønnene til den romerske guvernøren av Syria, Marcus Calpurnius Bibulus, da de kom for å be om hjelp fra soldatene mot partierne på vegne av deres far. Kleopatra overleverte morderne i kjettinger til Bibulus, og deretter ble gabinianierne bitre fiender av dronningen. Denne konflikten var en av hovedårsakene til Kleopatras tap av makt kort tid etterpå. Det eneveldige styret til Kleopatra ble til sist avsluttet av en klikk motstandere i hoffet, ledet av evnukken Potheinos, sammen med den halv greske generalen Akillas og Theodotos fra Khíos. Rundt 48 f.Kr. ble Kleopatra yngre bror Ptolemaios XIII gjort til enehersker av Egypt.