Engelbert forsøkte å styrke makten over Köln ved å angripe patrisierne. Han mislyktes, og i 1263 ble han tatt til fange i 20 dager, før han ble bortvist fra byen i 1268. Da fikk han bygget en bolig i Bonn. I 1266 lovet han jødene i Köln rettferdig behandling og at de fikk fritt bruke deres gravplass i Bonner Straße. Etter nederlaget i slaget ved Zülpich den 17. oktober 1267, ble Engelbert fengslet frem til den 16. april 1271 i Burg Nideggen, slottet til grev Wilhelm von Jülich, som var alliert med Köln. Ved hjelp av en forræder ble det gravd en gang under bymuren den 15. oktober 1268 på vegne av erkebiskopen. Natten mellom 14. og 15. oktober 1268 fant et angrep mot patrisierfamilien Overstolzen sted, og da forsøkte erkebiskopens menn å trenge inn i byen. Planen ble imidlertid forpurret, og byen Köln beholdt sin uavhengighet.