Kirkens første orgel var et 15 stemmers instrument bygd av August Nielsen i Oslo med Ludvig Mathias Lindeman som konsulent. Orglet ble erstattet av et nytt instrument på 39 stemmers og 22 unitstemmer i 1948. Orgelbygger Josef Hilmar Jørgensen bygde dette elektropneumatiske instrumentet, og konsulent var denne gang domorganist Arild Sandvold. Det nåværende orgel på 41 stemmer og tre manualer ble bygd av Rieger Orgelbau og stod ferdig i 2001. Kirkens nåværende organist Tim Collins var konsulent. Åpningskonserten ble spilt av den franske organisten Olivier Latry fra Notre-Dame i Paris.