Den 21. mai 1985, Andreas Papandreou, da statsminister for Hellas, annonserte i en tale på torget foran rådhuset i byen Korfu om opprettelsen av Det joniske universitet. Lærestedet ble opprettet i overensstemmende av presidentordre 83/84 ΦΕΚ 31 Α/20-3-84 sammen med Det egeiske universitet og Universitetet i Thessalia. Universitet åpnet sine dører til studentene i 1985.