Tom Coughlin fikk sparken etter 2002-sesongen, etter åtte år med Jaguars og et totalresultat på 68-60 med fire turer til sluttspillet. 2002 var også den siste fulle sesongen for Mark Brunell, som ble byttet ut i den tredje kampen i 2003 til fordel for Byron Leftwich. Brunell hadde samlte opp over 25 000 yards med Jaguars, og blitt invitert til Pro Bowl 3 ganger. I 2002 omorganiserte NFL hver conference inn i fire divisjoner, og Jacksonville Jaguars ble flyttet til AFC South sammen med Indianapolis Colts, Tennessee Titans og det nye laget Houston Texans.