I 1472 ble fyrstedømmet og byen solgt til Wettinslekten. Under hertug Henrik den fromme (1539–41) utbredte reformasjonen seg. Kurfyrst Moritz av Sachsen overlot Sagan i 1549 til den bøhmiske kongen Ferdinand I. I 1627 kom den legendariske Albrecht von Wallenstein i besittelse av byen. På invitasjon fra Wallenstein virket den berømte astronomen og matematikeren Johannes Kepler i byen mellom 1627 og 1630, og monterte den aller første lynavlederstangen i Europa. Byens viktigste kultur- og vitenskapssentrum var klosteret til Augustinerordenen.