Senere i 1991 vendte Brawn tilbake til Formel 1 som teknisk direktør for Benetton-teamet, og bidro til lagets to førermesterskap i 1994 og 1995 med Michael Schumacher, og konstruktørmesterskapet i 1995. Brawn ble av store deler av spesialistpressen tillagt stor betydning for disse mesterskapsseirene, spesielt med henblikk på utarbeiding av løpsstrategier.