Han ble konfirmert 22. mai 1803 i Frederiksberg slottskirke sammen med sine to søstre prinsesse Juliane Sophie og prinsesse Louise Charlotte. Halvannet år senere, 7. desember 1805, døde også barnas far, arveprins Frederik, 52 år gammel, og den nitten år gamle prins Christian Frederik overtok sin fars plass i arvefølgen og de to residensene Levetzaus palé og Sorgenfri slott. Da kong Christian VII også døde 13. mars 1808, ble fetteren kronprins Frederik konge av Danmark og Norge. Siden den nye kongen ikke hadde noen sønner, var prins Christian Frederik etter 1808 ifølge Kongeloven nærmeste arving til tronen.