Keiser Manuel gjorde Isaak til guvernør av Isauria og byen Tarsus som ligger i dagens østlige Tyrkia. Her startet han en krig med Det armenske kongedømmet Kilikia og han ble selv tatt til fange av fienden. Da keiser Manuel hadde i mellomtiden død (1180) var det svært få som brydde seg om Isaaks skjebne, og han forble fange i en lang tid. Ettersom han allerede på Kypros var gift med en armensk prinsesse kan hans fangenskap muligens ikke ha vært helt hardt.