Etter at Laura Palmers drapsmann blir avslørt dreier fokuset gradvis mot den sinnssyke og geniale eks-agenten Windom Earle og hans djevelske planer om å skaffe seg innpass i det myteomspunnede stedet The Black Lodge, et okkult sted som befinner seg et «sted» i Twin Peaks skog og som enkelte beskriver som «ondskapen i skogen».