Navnet Rothes kommer fra tilknytningene jarlene av Rothes (uttales ) fra Leslie-familien fra nordøstlige Skottland. Denne familien eide historisk mye av landområdene som byen Glenrothes har blitt bygd på, og har også gitt sitt navn til den tilstøtende landsbyen Leslie. Første ledd i bynavnet er Glen kommer fra det skotsk-gæliske ordet i betydningen «dal». Det ble gitt for å forhindre forveksling med byen Rothes i Moray, og for å reflektere lokaliseringen av byen innenfor dalen av elven Leven.