Av Los Glaciares nasjonalpark er om lag 30 % helt dekt av isbreer og kan deles inn i to deler der hver av delene er korrespondert med den ene av de to langstrakte store innsjøene som delvis omslutter parken. Argentinosjøen, som er stor og den største i Argentina, ligger ganske langt sør i parken, mens Viedmasjøen, som er på rundt , ligger i nord. Utløpene fra disse innsjøene samles i Santa Cruz-elven som renner ned til Puerto Santa Cruz ved Atlanterhavet. Mellom de to halvdelene ligger det en sone som heter Zona Centro og er stengt for turister.