Han var på morssiden en nevø til pave Marcellus II, og stammet fra en fattig adelsfamilie, faren var Vincenzo Bellarmino og moren Cinzia Cervini. Som gutt lærte han seg Virgil utenat ogakrev dikt på italiensk og latin. En av hans hymner, om Maria Magdalena, er blitt medtatt i Breviarium Romanum.