Den opprinnelige versjonen av flagget inneholdt tre grønne stjerner og stammer fra året 1963, da Irak, Egypt og Syria forsøkte å grunnlegge en forent arabisk republikk. Selv om unionsforhandlingene strandet ble stjernene beholdt. Innskriften «Allahu Akbar» ble føyet til i 1991, og håndskriften skal være Saddam Husseins egen. Det skjedde som en del av en kampanje der Hussein, som ledet et sekulært styre som var forhatt av islamister, forsøkte å fremstille seg som en troende muslim. Under Saddam Husseins styre ble stjernenes symbolikk offisielt endret slik at de tilsvarte Ba'athpartiets parole «enhet, frihet, solidaritet». På grunn av flaggets tilknytning til Saddam Husseins styre, ble flagget oppfattet som kontroversielt. Stilen i innskriften ble endret i 2004, men gjennom stjernenes symbolikk ble flagget fortsatt oppfattet som for nært knyttet til Ba'athpartiet til at det ble akseptert i Kurdistan, der selvstyremyndighetene nektet å heise flagget. Dette var bakgrunnen for at stjernene i 2008 ble tatt bort.