Sommeren 1896 giftet han seg med lærer Karen Grude fra Jæren. Sammen fikk de to barn, Åse Gruda Skard - senere gift med Sigmund Skard - og Paul Gruda Koht. Høsten 1910 flyttet familien inn på Karistua, en enebolig i nasjonal bondestil tegnet av Arnstein Arneberg på Lysaker. Dermed flyttet Koht inn i samme nabolag som Fridtjof Nansen og Lysakerkretsen.