Han var bror til oftalmologen Hjalmar August Schiøtz (1850–1927), som han også studerte og jobbet sammen med i forskning, blant annet i utviklingen av tonometeret (1905). Deres foreldre var bankkasserer Søren Gabriel Schiøtz (1804–56) og Marie Dorothea Christiane Lange (1807–52). Han var onkel til historikeren Johannes Henrik Schiøtz (1884–1957).