Mursi ble Frihets- og rettferdighetspartiets presidentkandidat i april 2012, etter at partiets opprinnelige kandidat, Muḥammad Ḫairat Saʿd aš-Šāṭir, ikke ble godkjent av den egyptiske valgkommisjonen. I første valgomgang av presidentvalget (23.–24. mai) fikk Mursi størst andel av stemmene med 24,8 % og gikk videre til annen valgomgang (16.–17. juni) hvor han møtte tidligere statsminister Aḥmad Šafīq. Han vant andre omgang med 51,7 % av stemmene og ble innsatt som president 30. juni 2012.