Økonomien i regionen er hovedsakelig preget av landbruk. Før Fenland ble drenert var høsting av kurvpil, halvgress og ekstrahering av torv viktig, det samme var fiske etter ål (som bosetningens navn kan være avledet fra) og jakt på villfugler. Byen har vært et senter for lokal keramikkproduksjon for mer enn 700 år, inkludert steingods kalt Babylon. En romersk vei, Akeman Street, går gjennom byen; den sørlige enden er ved Ermine Street nær Wimpole, og dens nordlige ende er ved Brancaster. Det er få spor av den romerske bosetningen finnes i Ely, men det er levninger av romersk bosetning i nærheten ved Little Thetford og Stretham. En rute med hestetransport som eksisterte i 1753 mellom Ely og Cambridge ble forbedret i 1769 som en bomvei. Dagens motorvei A10 følger denne ruten; en sørvestlig omkjøring ved byen ble bygget i 1986. Jernbanestasjonen i Ely ble bygget i 1845 for Fen Line og er i dag et nav for linjer nord til King's Lynn, nordvest til Peterborough, øst til Norwich, sørøst til Ipswich, og sør til Cambridge og London.