Bykommunen ligger rundt Kotzeboesundet og nordover langs kysten av Tsjutsjerhavet til Kivalinalagunen. I den østlige delen ligger Schwatka- og Sheklukshukfjellene. Det totale arealet er kvadratkilometer, hvorav km² er vann og km² land. Nasjonalparken Kobuk Valley og deler av Gates of the Arctic nasjonalpark ligger i Northwest Arctic Borough.