Pupienus hadde minst tre barn. Hans eldste sønn, Tiberius Clodius Pupienus Pulcher Maximus, var en en gang rundt 235, og var , beskytter, av byen Tibur utenfor Roma. Hans yngste sønn, Marcus Pupienus Africanus Maximus, var i 236 som kollega av keiser Maximinus Thrax. Disse konsulskap innenfor familien på tvers av styrene til Alexander Severus og Maximinus Thrax viser at familien hadde innflytelse og sto høyt på rangstigen. Pupienus hadde også en datter ved navn Pupiena Sextia Paulina Cethegilla, og som var gift med Marcus Ulpius Eubiotus Leurus, også romersk konsul.