Possevino ble trukket ut av kirkelig diplomatisk tjeneste av jesuittgeneralen Claudio Acquaviva som mente at han var for «politisk», og sendt fra Roma til Padova, som var venetiansk territorium. Der, fra 1586 og frem til sin død, forfattet han viktige verker av motreformatorisk karakter, som og , og andre og mer kontroversorienterte skrifter under psevdonym. Etter det pavelige interdikt av 1606 mot Venezia ble Possevino sammen med de øvrige jesuitter der utvist fra Den venetianske republikk. Han ble sendt til Ferrara, der han døde i 1611.