Handlingen i begynner i en ukjent skog, muligens Lost Woods fra . Link rir på sin hest Epona for å lete etter noen som han skilte lag med etter hendelsene som fant sted i (muligens feen Navi). Link og hesten blir utsatt for et bakholdsangrep av Skull Kid som har på seg en rar maske med pigger (Majora's Mask). Skull Kid har et følge som består av to feer ved navn «Tatl» og «Tael». Link blir frastjålet ocarinaen sin, og Epona blir tatt fra ham. I et forsøk på å gjenvinne hesten sin, havner Link ved en hule der han plutselig blir forvandlet til en «Deku Scrub». Tatl blir separert fra sin bror og Skull Kid, og blir nødt til å slå seg sammen med Link og hjelper ham med å få tilbake sin menneskelige skikkelse.