Kongen ble også forbundet med mange særskilte guddommer. Han ble direkte identifisert med Horus, som representerte kongeverdigheten i seg selv, og han ble samtidig sett på som en sønn av Ra, som styrte og regulerte naturen slik farao styrte og regulerte samfunnet. Under det nye rike var ble også assosiert med Amon, den øverste kraft i kosmsos. Ved sin død ble farao fullstendig guddommeliggjort. I denne tilstanden ble han direkte identifisert med Ra, og ble også forbundet med Osiris, guden for død og gjenfødsel, og den mytologiske faren til Horus. Mange gravtempler ble dedikert til dyrkelsen av avdøde faraoer som guder.