I 1878 deltok han i stiftelsen av Christiania Roklub (sammen med tre andre), og noe senere «Konsul Axel Heibergs og Fabrikkeier Hans B. Fasmers fond» (i 1915 overført til Nansenfondet). Det Norske Pengelotteri ble også etablert av ham. De to statuene av Henrik Ibsen og Bjørnstjerne Bjørnson ved Nationaltheatret er finansiert av Heiberg.