Ordenens overhode er stormesteren, som velges på livstid. Stormesteren bistås av Det suverene råd, som velges av Generalkapittelet, ordenens lovgivende forsamling. Generalkapittelet møtes hvert femte år; på hvert møte velges alle medlemmene av Det suverene råd. Rådet består av seks medlemmer og fire embetsmenn: Storkommandøren, storkansellisten, storhospitalleren og forvalteren av hovedkassen. Storkommandøren er ordenens øverste religiøse embetsmann og fungerer som interimsfullmektig når stormesterens embete er ledig. Storkansellisten har ansvar for administrasjonen av ordenen. Storhospitalleren koordinerer ordenens humanitære og veldedige virksomhet. Forvalteren av hovedkassen er ordenens finanssjef.