Eenpalu deltok i den estiske uavhengighetskrigen. Han ble i 1919 medlem av , den grunnlovgivende forsamlingen, som arbeidet fra april 1919 til desember 1920. Han ble deretter innvalgt i Estlands riksdag, , og satt som representant der i hele mellomkrigstiden. I denne perioden hadde Eenpalu en rekke sentrale politiske verv. Han var riksrevisor 1919 til 1920. Han var i tre omganger innenriksminister, først i 1920, deretter 1921–1924 og 1924–1926. I denne posten var Eenpalu sentral i etableringen og oppbygningen av Estlands politivesen. Fra juni 1926 til juli 1932, og igjen fra mai 1933 til august 1934, var Eenpalu formann i . Eenpalu var statseldste, Estlands statsoverhode, fra juli til november 1932.