I mai 2011 tok Sudan kontroll over Abyei, en omstridt oljerik region i grenseområdet, ved hjelp av en styrke på 5000 soldater. I løpet av tre dager med kamper med sørsudanesiske styrker var regionen overtatt. Sudans begrunnelse bak angrepet var et bakholdsangrep utført av Sør-Sudan hvor 22 sudanesiske soldater mistet livet. Sudans offensiv i Abyei inkluderte artilleriangrep, bombing og bruk av stridsvogner, og innledende rapporter indikerte at så mange som 20 000 mennesker var blitt drevet på flukt av kamphandlingene. Blodige kamper fant sted i byen, hvor tre kropper senere ble identifisert som sørsudanesiske soldater. Interimregjeringen i Sør-Sudan erklærte invasjonen som en krigshandling, og FN sendte en utsending til Khartoum for å megle i konflikten. Sør-Sudan rapporterte senere at dets styrker hadde trukket seg ut av Abyei, og landets president Salva Kiir erklærte at man ikke ville gå til krig over det omstridte området. En avtale ble nådd den 20. juni, hvor demilitarisering av det omstridte området var hovedelement. Etiopiske FN-styrker ble deretter plassert i det betente grenseområdet fra og med den 27. juni for å påse at avtalen ble holdt.