Selv om opprørerne var generelt antivestlige, var de altså i særlig grad antikristne, og det er klart at den kristne tro var et selvstendig hatobjekt, ikke kun en følgevirkning. De fleste dødsofre var kinesiske kristne (mest katolikker; dem var det flest av også, for provinsen Zhili var et hovedområde for kinesisk katolisisme). Det gikk også svært hardt ut over utenlandske misjonærer. og mistet flest folk blant de protestantiske misjonsselskap, med særlig mange misjonærdrap i Baoding (Zhili) og Taiyuan (Shanxi). Historiske kildeskrifter viser hinsides all tvil at det var et rent anti-kristent hat som drev «bokserne» til å slakte ned de kinesere som var blitt kristne.