Cottage cheese har relativt kort holdbarhet, noe som skyldes at den har gunstige vekstbetingelser for uønskede mikroorganismer. Det er derfor svært viktig med god hygiene under produksjon og pakking. Den vanligste bedervelsesbakterien forbundet med cottage cheese er psykrotrofe bakterier (en type bakterier som kan vokse ved lave temperaturer), men det kan også forekomme vekst av gjær og mugg. Psykrotrofe bakterier inneholder enzymer som bryter ned proteiner og vil føre til ødeleggelse av cottage cheesen. Proteasene kan føre til endret farge, dårlig lukt og dårlig smak. Psykrotrofe bakterier kan føre til økt proteolytisk aktivitet (spalting av proteiner) og resultere i bitter smak. En ubrutt kjølekjede er viktig for holdbarheten, altså at produktene oppbevares kjølig (0-4°C) hele tiden. For å øke holdbarheten kan det tilsettes sorbinsyre eller kaliumsorbat. Disse konserveringsmidlene vil hemme psykrotrofe bakterier og mugg uten å ha innvirkning på smaken.