Moe var hovedtrener i Træff fra 1999 til 2002. Under Moes periode i Træff laget i 2. divisjon, nivå 3 i norsk fotball, men rykket ned til 3. divisjon under hans siste sesong som trener i klubben. Moe ble deretter en del av trenerteamet i Molde Fotballklubb i 2005, hvor han har vært ansatt siden, med unntak av andre halvdel av 2011-sesongen da han tok over hovedtreneransvaret i Kristiansund Ballklubb.