Conger ankom på post i juli 1898 og ble i stillingen frem til 1905 og således under det dramatiske bokseropprøret, da han opplevde beleiringen av legasjonsområdet i Beijing sommeren 1900. Sensasjonssøkende amerikanske aviser meldte tidlig med store overskrifter at Conger var «uten tvil død», sammen med stab bestående av H. G. Squires, William E. Bainbridge og Fleming D. Cheshire og likesom alle andre utlendinger i Beijing. Amerikanerne og andre vestlige hadde i virkeligheten trukket seg inn i diplomatområdet og der ble de beleiret i 55 dager, inntil åttenasjonsalliansen kom dem til unnsetning med en styrke på 20.000 mann. Utlendinger og kinesiske kristne i andre områder av den kinesiske hovedstaden, særlig rundt den mer intenst truede katolske domkirken, ble reddet kort tid etter. Under et hjembesøk i USA i 1901 ble han hyllet som en helt, og vendte så tilbake til Kina.