Hun var prorektor med ansvar for forskning, ph.d.-utdanningen og forskningsetikk ved samme institusjon i årene 2017–2021, og dekan for Det humanistiske fakultet i årene 2013–2017. Som rektor og prorektor har Hagen markert seg som en stemme for de forskningstunge breddeuniversitetene, den akademiske friheten og forskernes arbeidsvilkår.