De tre rutene til Nordlandsekspressen har vært gjenstand for en konstant og langvarig debatt blant lokalbefolking og -politikere i sambandenes berørte kommuner og anløpssteder, spesielt med tanke på passasjer- og lastekapasitet, seilingstid, forslag om nedleggelse av anløpssteder og skipenes ankomstid til Bodø.