Alexander og Fanny misliker sterkt sin nye stefar, som tvinger dem til å bo i den kalde og spartanske bispegården. Her må de følge husets strenge ordre til punkt og prikke, og de blir straffet hardt for alle overtredelser. Emilie innser at hun ikke skulle ha giftet seg med biskopen, men det er for sent. Bryter hun ekteskapet, vil barna etter loven overleveres til ham. Men bestemor Helenas kjæreste, den jødiske kjøpmannen Isak (Erland Josephson) har en plan for hvordan han kan få Emilie, Fanny og Alexander vekk fra fangenskapet – ved bruk av svart magi.