Et annet kammer, som ligner på det forskerne oppdaget i Colorado, blir også funnet på en avsidesliggende øy. Men forskerne Al og Rudi Gunn som oppdaget kammeret blir angrepet av samme gruppe som de forskerne i Colorado ble angrepet av. I mellomtiden er Dirk Pitt om bord på en isbryter i Antarktis, på leting etter det forlatte handelsskipet fra 1770-tallet og den andre hodeskallen. De oppdager også en sunket tysk ubåt som har vært savnet helt siden 1945. Om bord på ubåten oppdager Pitt en død kvinnelig offiser. Begge hodeskallene blir overlevert til NUMA for videre studier og analyser, og det utvikles en hypotese om at hodeskallene opprinnelig kommer fra Atlantis. Hodeskallene undersøkes, og inne skallene blir det oppdaget geometrisk eksakte jordkloder - imidlertid er kontinentene og kystlinjene forskjellige fra dagens klode.