Fra 1945 til 1949 var hun aktiv i NKP. Hun ble valgt til partisekretær og arbeidet ved partikontoret. Hennes daværende mann Arne Taraldsen var tegner for NKPs avis . I januar 1950 var imidlertid Eli Aanjesen blant dem som ble ekskludert fra partiet i det dramatiske Furubotn-oppgjøret.