Nybø startet sin prestegjerning som hjelpeprest i Selje i perioden 1930 - 1936, hvorpå han var konstituert sogneprest samme sted i perioden 1936 - 1938. Han var sogneprest i Vanylven fra 1939 til 1974. Han var prost i Sunnmøre prosti fra 1964 til 1974.