Han ble født i Roskilde på Sjælland som sønn av Axel Knudsen Urne (d. 1577) og dennes andre hustru Birte Rud (d. 1573). Han gikk i skole hos teologen Niels Hemmingsen, gikk to år på Herlufsholm og deretter i Nykjøbing skole. Etter å ha tjent hos flere godseiere, dro han 18 år gammel hjem og overtok sin fedrene gård, hvoretter han giftet seg med Margrethe Eilersdatter Grubbe (d. 1654).