Pater Frans ble skutt med to skudd i hodet 7. april 2014, 75 år gammel. Han skal ha blitt tatt i sitt hjem i klosteret og skutt utenfor. Ifølge guvernøren i Homs-guvernement, Talal al-Barazi, ble han drept av personer i tilknytning til An-Nuṣrah-fronten. Han var den andre utenlandske jesuitten som ble et offer som følge av borgerkrigen i Syria, etter Paolo Dall'Oglio ble kidnappet 2013. En talsmann for Vatikanet uttrykte stor smerte over pater Frans' død, ifølge BBC, og den nederlandske utenriksministeren Frans Timmermans kalte drapet på ham «feigt».