Sebree ble senere utnevnt som fungerende guvernør i Amerikansk Samoa. Han fungerte i denne stillingen for bare et år før han vendte tilbake til Fastlands-USA. I 1907 ble han forfremmet til kontreadmiral og gitt kommandoen over Pathfinder-ekspedisjonen rundt den søramerikanske kysten før han senere ble utnevnt til kommandør av 2. divisjon av Stillehavsflåten og deretter ble han kommandør for hele flåten. Han pensjonerte seg i 1910 og døde tolv år senere. To geografiske trekk i Alaska-Sebree Peak og Sebree Island er blitt oppkalt etter admiral Sebree.