I 1991, etter at en demokratisk grunnlov trådte i kraft, henvendte Mongolia seg til Vatikanet med et ønske om å etablere diplomatiske forbindelser og ba den katolske kirke om hjelp til å bygge landet deres; landet inviterte også uttrykkelig Pavestolen om å sende misjonærer. Den 19. april 1992 ble Padilla utnevnt til superior for den katolske nygrunnleggelse i Ulaanbaatar, og han reiste til sitt nye post den 10. juli 1992.