POP3 begynner ved at klienten oppretter en TCP-tilkobling til en mailserver gjennom port 110. Etter dette går POP3 gjennom tre faser: Autorisering, transaksjon og oppdatering. Autorisering. Bruker sender brukernavn og passord for å autentisere seg mot serveren. Transaksjon. Bruker mottar meldinger som ligger på serveren. Bruker kan markere meldinger som skal slettes i denne fasen. Oppdatering. Foregår etter at brukeren aktivt har avsluttet økten. POP3 sletter de meldinger som er markert til sletting.