EEG har flere begrensninger. Elektrodene på hodebunnen er ikke følsomme nok til fange opp spenninger på små felter på hjernens overflate. For at nevronene skal generere et utslag i EEG må, må to kriterier være oppfylt. For det første må nevronene være orientert slik at det elektriske feltet nevronene produserer ved aktivitet når ut gjennom det ytre hjernevevet, hjernehinner og skallen. For det andre må disse nevronene være av et viss antall for at det feltstyrken på det genererte elektriske felt er sterkt nok til å bli målt. Det kan heller ikke påvises om en aktivitet er forårsaket av nevrotransmittere som kan være hemmende, modererende eller aktiverende.