I 1393 nedkjempet Timur muzaffaride-dynastiet og deres (siste) hersker Shah Mansur ble tatt til fange og henrettet. Umar Shaikh ble utnevnt til guvernør i deres område, Fars-provinsen (sør i dagens Iran), og Umars sønn Iskandar Mirza overtok farens posisjon i Fergana. Umar Shaikh klarte ikke å holde denne posisjonen lenge. I 1394 ble han drept av en pil fra den kurdiske festningen Kharmatu i nærheten av Bagdad. Timur selv skal ikke ha vist noen emosjonell reaksjon på sønnens død.