Mange primærkilder om Fotios' liv er skrevet at folk som var fiendlig innstilt til ham fordi han lå i skarp strid med pavekirken og ble også erklært illegitim av pave Mikael I i 863. De samtidige kildene kan derfor sprike ut fra forfatterens syn og kirkelige tilknytning. Fotios' far het Sergios og var – keiserlig livvakt. Skal man tro Symeon Magister var hans mor en tidligere nonne som hadde rømt fra klosteret. Det er derfor spekulert i om Fotios kan ha vært av utenomekteskapelig byrd.