Kokosøya har en jevn, tett og frodig tropisk fuktig skog. Den er den eneste øya i det østlige Stillehavet dekket av tropisk regnskog. Tåkeskogen i høyereliggende områder er også unik i det østlige Stillehavet. Øya har aldri vært forbundet med noe kontinent, så flora og fauna har utviklet seg ved spredning over lang avstand fra Amerika. Øya har derfor også mange forekomster av endemiske arter.