I 1950 vedtok Sikkerhetsrådet (mens Sovjetunionen boikottet rådet) en militærinnsats mot Nord-Korea, noe som gjorde det mulig for USA å støtte seg til FN-mandat under forsvaret av det angrepne Sør-Korea (Koreakrigen). I Stalins øyne plasserte dette Lie entydig på motstandernes side, og han begynte å arbeide for å få Lie avsatt fra sin post.