Den 8. desember 1922 ble O'Connor og tre andre republikanere som hadde blitt arrestert sammen med ham – Liam Mellows, Richard Barrett og Joe McKelvey &ndash, henrettet ved skyting som represalie for mordet på parlamentsmedlemmet Sean Hales. Henrettelsesordren ble gitt og signert av Kevin O'Higgins, som bare et år i forveien hadde hatt O'Connor som forlover i bryllupet sitt. Dette ble et sterkt symbol på den enorme bitterheten som hadde vokst frem mellom de to fraksjonene.