Det er ikke kjent når Isabella ble født. En del har kommet med ulike forslag, som 1270 eller 1285 eller 1287. Hun var datter av Donnchadh III, jarl av Fife (også anglifisert som Duncan), og Johanna de Clare, datter av engelske Gilbert de Clare, 6. jarl av Hertford og samtidig 7. jarl av Gloucester (død 1295). Faren var en av Skottlands verger (, voktere) med ansvar for å føre tilsyn med den skotske regjering i fravær av kongen. Han hadde i 1284 sluttet seg til andre skotske adelsmenn som anerkjente Margaret av Norge som den siste arvingen av blod til Aleksander III.