Erich Christian Werlauff var sønn av den norskfødte koffardikaptein Jens Werlauff (død 1786) og Wilhelmine Frederike Wirth (død 1804). Han ble student med utmerkelse i 1796 og tok juridisk embetseksamen med laud i 1802. Alt i 1800 hadde han besvart en historisk prisoppgave og var i 1798 blitt custos ved lesesalen i Det Kongelige Bibliotek. Ved dette biblioteket skulle han bli værende helt til 1861. Han rykket opp til annensekretær i 1805, til førstesekretær i 1814, til bibliotekar i 1823 og til overbibliotekar i 1829. Samtidig var han blitt knyttet til Københavns Universitet. Etter å ha tatt den filosofiske doktorgrad i 1808 ble han i 1810 adjunkt ved universitetet og skulle forelese over nordisk historie og oldsaker. I 1812 ble han ekstraordinær professor og i 1828 ordinær professor. Han var universitetets rektor 1836–37. Stillingen ved universitetet beholdt han helt til sin døde, men han var fra 1852 fritatt for å holde forelesninger.