Cotton ble ved siden av John Winthrop, Thomas Hooker og Thomas Shepard en av de mest innflytelsesrike embedsbærere i kolonien og hadde frem til sin død en vesentlig betydning både for New Englands religiøse og verdslige utvikling. Cotton forfektet en utpreget konservativ og streng puritanisme, og var i 1635 blant de viktigste i fordømmelsene først av Anne Hutchinson (som han til å begynne hadde forsvart), og så av Roger Williams.