Universitetet i Rochester ble opprettet i 1850 som baptiststøttet institusjon. Drivkraften for å opprette et høyere lærested kom hovedsakelig fra den lille byen Hamilton i New York, som har vært hjem for Colgate-universitet siden 1819. I 1848 planla Baptist Education Society å flytte Colgate, som da var kjent som Madison-universitet, til byen Rochester, men ble hindret av at det ble reist sak. Dissentere fra Colgates tillitsmannsstyre, fakulteter og studenter grunnla Universitetet i Rochester, mottok et charter fra Delstatsuniversitet i New York den 31. januar 1850. Kurs ble igangsatt i november, og med rundt 60 studenter som ble innskrevet, inkludert 28 som ble overført fra Madison.