I 1988 ble NFH omorganisert og inkorporert i Universitetet i Tromsø. NFH var i en årrekke organisert som et fakultet under ved UiT Norges arktiske universitet. NFH hadde våren 2022 til sammen 145 ansatte årsverk og 400 studenter, og ca 50 doktorgradsstudenter. Til og med våren 2022 har NFH uteksaminert nær 1500 kandidater på hovedfags-, master- og doktorgradsnivå. Etter omorganisering ble NFH en enhet under det nye Fakultet for biovitenskap, fiskeri og økonomi (åpnet 1. august 2009).