Da han etter 25 års tjeneste ble innvilget avskjed fra utenrikstjenesten av helsegrunner i en alder av 47 år, hadde han altså etablert for seg et betydelig ry som sinolog. Dette ry gjorde at han, trass i manglende formelle kvalifikasjoner, endte opp i en av de mest eleverte akademiske stillinger England hadde å by på innen kinaforskningen. I Cambridge hadde lærestolen for Kinastudier stått ubesatt i to år, siden Giles' gamle sjef og motstander, Sir Thomas Wade, hadde avgått med døden. Den 3. desember 1897 etterfulgte han således Thomas Wade på lærestolen for sinologi ved University of Cambridge. Utnevnelsen var enstemmig.