Sjeptytskyj fikk sin utdannelse først i hjemmet, og deretter i Kraków. Etter sine eksamener begynte han å tjenestegjøre i den østerriksk-ungarske armé. Men etter noen måneder ble han syk, og ble nødt til å oppgi denne karriereveien. Istedet studerte han juss i Kraków og Breslau, og fikk doktorgraden i 1888. I løpet av sine studier besøkte han Italia, der han ble mottatt i audiens av pave Leo XIII i Vatikanpalasset. Han besøkte også Kyiv i det ukrainske kjerneområdet, som den gang var under tzarrussisk styre, og der møtte han noen av tidens mest prominente ukrainske personligheter. Han besøkte Bosnia i 1908 for å establere Apostol vikariat for katolikker av østlig ritus der, og i Moskva og Petersburg (1907-1908) og Belarus (1912) for å hjelpe å establere katolsk kirke av østlig ritus.