Doktorgradens historie i Danmark-Norge går tilbake til grunnleggelsen av Københavns Universitet i 1479; de opprinnelige doktorgradene er dr. theol., dr. juris og dr. med. Etter etableringen av Det Kongelige Frederiks Universitet i 1811 brukte universitetet doktorgradsforskriftene fra Københavns Universitet de første årene, og etter at egne norske forskrifter kom på plass fortsatte systemet i høy grad å være identisk med det danske. Ordningen med en «filosofisk doktorgrad» slik man kjenner den i dag, med det sentrale kjennetegnet at man gjennomfører et større forskningsarbeid, stammer fra den humboldtske universitetstradisjonen i Tyskland, og ble i løpet av 1800-tallet tatt i bruk i en rekke andre land i varierende form. Både Danmark og Norge innførte graden (forkortet dr. phil. og dr. philos.) i 1824 (i Norge ble den første gang tildelt i 1847). Graden erstattet den historiske magistergraden som øverste grad ved det filosofiske fakultet. Dr. philos. ble mest brukt innen de fagene som tradisjonelt hørte under det filosofiske fakultet (alt annet enn teologi, jus og medisin), men kan tildeles innen alle fag. Ulikt Tyskland hadde man ikke i Danmark og Norge et nivå over doktorgraden (habilitasjon), og den filosofiske doktorgraden i Danmark og Norge ble dermed heller sammenlignbar med den tyske habilitasjonen (den danske dr. phil.-graden oversettes ofte som ). Den norske dr. philos.-graden «holder et nivå som svarer til krav ved ansettelser i professorater» og regnes som en høyere doktorgrad enn andre doktorgrader.