Han flyktet til Sydney (Australia) og arbeidet ved Universitetet i New South Wales en periode. Ramos-Horta fungerte som talsmann for motstandsbevegelsen, og gjennom å grunnlegge The Revolutionary Front for an Independet East Timor (FRETILIN) kjempet han mot okkupasjonsmakten Indonesia. I 1993 ble Raftoprisen gitt til det timoresiske folk, representert ved Ramos-Horta. I 1996 mottok han Nobels fredspris sammen med biskop Carlos Filipe Ximenes Belo for sitt arbeide for menneskerettigheter i hjemlandet.