Harboe fikk stillingen og reiste sommeren 1741. Etter åtte ukers seilas kom han til Hólar, hvor bispestolen den gang var ledig. Han kalte straks sammen til et møte med prestene for å sette seg inn i forholdene, og neste vår begynte han å visitere kirkene. Tidligere rektor i Skálholt, Jón Thorkelsson, fungerte som tolk og sekretær under hele reisen.