Vannspissmusa er verken truet globalt eller nasjonalt. Den er oppført på Bernkonvensjonens liste III. Næringsfattige, sure vannsystemer ser ut til å utelukke forekomst av arten. Sur nedbør er derfor en trussel. Forurensning av vann fører til fattigere makrofauna og gjør forurenset vann til uegnet jaktbiotop. Skjøtsel og kanalisering av vassdrag fører til tap av egnet habitat. Å unngå forsuring og forurensning sammen med ivaretakelse av naturlige bekkeløp vil tjene artens forekomst.