I mars 1799 under en ekspedisjon til Egypt ble Dolomieu svært syk og han ble tvunget til å forlate Alexandria og reise tilbake til Frankrike. Under reisen tilbake til Frankrike ble skipet hans fanget i en storm og de søkte tilflukt ved havnen i Taranto i Italia der Dolomieu ble tatt til krigsfange. Byen Taranto var på denne tiden en del av kongeriket De begge Sicilier, som da lå i krig med Frankrike. Dolomieu ble overført til Messina i Sicilia der han ble fengslet under forferdelige forhold, i isolat, for de neste 21 månedene.