Nansensenteret ble etablert i samarbeid med Universitetet i Bergen og de to private aktørene Tenneco Oil i Stavanger, og GC Rieber fra Bergen. Sistnevnte huset senteret gratis de første årene. Første senterleder var professor Ola M. Johannessen (født 1938) som satt 1986 til 2010. Det nye G. C. Rieber Klimainstitutt ble etablert i 1996 med dr. scient. Helge Drange (født 1965) som instituttleder. Med 25 millioner kroner i pengegave fra Trond Mohn åpnet man i 2004 , oppkalt etter meteorolog og oseanograf Henrik Mohn (1835–1916; bror til Mohns bestefar) og oseanograf Harald Ulrik Sverdrup (1888–1957). Senteret har fire områder de forsker på: klimamodeller overvåkning av Arktis og havområder (se sjøis) oseanografisk modellering (av havstrømmer) og sosio-økonomiske sider ved miljø og klima. Nansensenteret ble i 2005 nominert til EU sin Descartes-pris for prosjektet . Ny direktør i 2010 etter Johannessen ble Stein Sandven, som var professor ved Universitetssenteret på Svalbard. Etter en kort periode fra januar 2012 med Peter M. Haugan som direktør er Sandven fra august 2012 konstituert senterleder.