Som dronning var Maria opptatt av religiøse spørsmål. Hun hadde alltid tatt avstand fra sin fars brudd med pavestolen i Roma. Hennes halvbror Edvard hadde etablert protestantismen; Maria ville gå tilbake til katolisismen. England ble forsont med paven, og den katolske kardinal Reginald Pole ble erkebiskop av Canterbury og hennes rådgiver etter at hun fikk hans forgjenger Thomas Cranmer henrettet. Edvards religiøse lover ble avskaffet av Marias første parlament, og flere hundre protestantiske ledere ble henrettet i den marianske forfølgelsen. Mange rike protestanter valgt å gå i eksil, og rundt 800 rømte landet. Den første som ble henrettet etter de nye kjetterlovene var John Rogers (4. februar 1555). Den neste var John Hooper, biskop av Gloucester (9. februar 1555). Forfølgelsene varte uavbrutt i nesten fire år, og 277 personer ble brent på bål.