Otto IIIs fetter Henrik II, hertug av Bayern, hadde blitt avsatt som hertug av Otto II i 976 etter at han hadde mislyktes i et opprør og var blitt fengslet i Utrecht. Etter Otto IIs død ble Henrik løslatt fra fengselet. Som Otto IIIs nærmeste mannlige slektning i det ottonianske dynastiet hevdet Henrik II regentretten over sin nyfødte fetter. Warin, erkebiskopen av Köln, ga Henrik regentskapet uten særlig motstand. Bare Otto IIIs mor, Theophania, protesterte sammen med Ottos bestemor, keiserinne Adelaide av Italia, og hans tante, abbedisse Matilda av Quedlinburg. Adelaide og Matilda var imidlertid i Italia og ute av stand til å fremme sine interesser.