Harte begynte sin aktive karriere hos Home Farm FC, men meldte overgang til den engelske klubben Leeds United i 1995. Der spilte han i ni sesonger og spilte sammen med sin onkel og landslagskollega Gary Kelly. Hans posisjon som venstreback ble utfordret i 2000 etter at klubben kjøpte inn Dominic Matteo, men sistnevnte ble omskolert til midtstopper og Harte beholdt dermed plassen. Han bidro sterkt til Leeds' europacupspill like etter årtusenskiftet, hvor han blant annet scoret på frispark mot Deportivo La Coruña i kvartfinalen i Mesterligaen. Siden Leeds rykket ned til The Championship og fikk økonomiske vanskeligheter i 2004, så aksepterte klubben bud både på han og flere andre spillere.