Fra 1992 til 1995, da bosniakrigen raste, gjorde han tjeneste i Det kroatiske forsvarsråd. I 1996 ble han involvert i de NATO-ledede våpenreduksjonsprogram. Bešlić tok del i opprettelsen av forsvarsdepartementet for Føderasjonen Bosnia-Hercegovina og arbeidet så i dette departementets avdeling for teknikk og logistikk.