Etter krigen ble han sendt til Paris, hvor han ble uteksaminert fra École spéciale militaire de Saint-Cyr. Da han kom hjem ble han forfremmet til general. Żymierski tjenestegjorde i Warszawa som assisterende sjef for administrasjon av den polske hæren. Under det polske kuppet i 1926 kjempet han på den tapende regjeringens side. I 1927 ble han stilt for krigsrett og funnet skyldig etter flere kontroversielle anklager om bestikkelser og underslag, og han ble degradert til menig soldat av første klasse. Han ble utvist fra hæren og dømt til fem års fengsel.