Et annet felt det ble satset kraftig på var flåten. Både Napoleons invasjon i 1798 og britenes overlegne flåtemakt etter seieren over den franske flåten i Abuqir-bukta viste Mohammad Ali at en sterk egyptisk flåtemakt var viktig for å kunne stå imot militært press utenfra. I tillegg var ekspansjonsplanene hans avhengige av å kunne holde kontroll både oppover Nilen, over det østlige Middelhavet og over Rødehavet, samtidig som den merkantilistiske økonomiske politikken virket best med både sterk handels- og krigsflåte. Libanesisk tømmer og greske sjøfolk ble importert i stor stil, og skipsbygging ble satt i gang i kystbyene.