Økonomen Just Faaland og statsviteren Stein Rokkan utviklet instituttets forskning og ansatte flere forskere i 1950-årene. I 1965 ble Development Action and Research Programme (DERAP) opprettet som et utviklingsøkonomisk prosjekt, og de neste tiårene ble utviklingsspørsmål et av kjerneområdene for CMI. I 1980-årene opprett instituttet et menneskerettighetsprogram som sammen med DERAP ble instituttets to viktigste områder i samfunnsforskning. I 1990-årene ble Christian Michelsen Research (CMR) skilt som en egen institusjon, og CMIs kjerneaktivitet ble samfunnsforskning.