Marinedepartementet forble derimot fast bestemt på ideen om å åpne Mississippi. Departementet under assisterende marineminister Gustavus Vasa Fox bestemte seg tidlig for at New Orleans kunne erobres av en marineekspedisjon fra Mexicogulfen, og så ville alle andre byer som grenset til elva falle fremfor å utsettes for bombardement. Oppgaven med å ta New Orleans ble gitt til kaptein (senere admiral) David Glasgow Farragut som fulgte sine egne planer for slaget. Han førte flåten sin forbi fortene som beskyttet byen fra sør om natten 24. april 1862 og tvang byen til å overgi seg. Etter å ha reparert skipene sine fra skadene de fikk mens de passerte fortene, sendte han dem opp langs elva hvor de lyktes i å få overgivelsen til Baton Rouge og Natchez. Rekken med enkle erobringer tok slett ved Vicksburg, siden Konføderasjonens stilling der lå på små klipper som var høye nok til å gjøre dem uinntagelige for marinens kanoner på den tiden.