Under et møte mellom president Roosevelt, Vannevar Bush og visepresident Henry A. Wallace 9. oktober 1941, godkjente presidenten atomprogrammet. Til å lede programmet nedsatte han en overordnet politisk gruppe bestående av ham selv, selv om han aldri deltok i noen møter, Wallace, Bush, Conant, krigsminister Henry L. Stimson og hærens øverstkommanderende, general George Marshall. Roosevelt valgte å la hæren styre prosjektet fremfor marinen, fordi hæren hadde mest erfaring med styring av storstilte prosjekter. Han gikk også inn for å koordinere innsatsen med britene, og den 11. oktober sendte han en meddelelse til statsminister Winston Churchill hvor han foreslo at de skulle skrive sammen om atomspørsmål.