Nattøgler kan minne om gekkoer, men den nyeste forskningen tyder på at firfisler, tejuer, skinker og belteøgler er de nærmeste slektningene. Også innenfor familien har slektskapsforholdene vært uklare. Utfra morfologiske trekk kan en tro at er en basal gruppe, men genetiske data viser at cubanattøglen skilte lag med de andre artene allerede i sen kritt. Denne arten blir derfor plassert i en egen underfamilie Cricosaurinae, og de to andre slektene i underfamilien Xantusiinae. Den fossile slekten er kjent fra paleocen og eocen, og regnes til Xantusiinae.