Etter et halvt århundre i kaos ble det vestlige Tyrkia gjenforent av lyderne, hvis første konge var Gyges (ca. 680–644 f.Kr.). En av hans etterfølgere Alyattes II (ca. 600–560 f.Kr.), bygde en omfattende festning på en høyde nær bymuren. Da Lydia ble erobret av den persiske kongen Kyros den store og dets siste konge, Krøsus, ble drept i 547, tok en persisk garnison over festningen. Gordion ble da innlemmet i satrapien Stor-Frygia. Garnisonen ble der fram til de siste månedene i 334 f.Kr. da den makedonske kommandøren Parmenion erobret byen. I løpet av vinteren sluttet hans konge, Aleksander den store, seg til ham.