I løpet av sine mange år som fulgte i Edinburgh var han svært opptatt av de sosiale problemene til de fattigere katolikker i byen, og grunnla en lokal avdeling av (CYMS) i 1865, en organisasjon som hadde blitt grunnlagt i Irland av hans onkel, monsignor Richard B. O'Brien (som underviste i All Hallows da Hannan var der). I 1871 ble han ansvarlig prest ved St Patricks. Han gjorde mye for innbyggerne i «Little Ireland», det irske samfunnet i Edinburgh sentrert rundt Cowgate.