Det ble bestemt å skille stat og kirke, samt tillate skilsmisse, og dette førte til at Den katolske kirke i Spania, som tradisjonelt også hadde vært en sentral, konservativ politisk faktor i landet, aktivt motarbeidet det nye regimet. Denne striden førte til at regjeringen utviste kardinal Pedro Segura Saenz og Mateo Múgica, biskop av Vitoria, etter at Segura i slutten av april hadde sendt ut et hyrdebrev som fordømte den nye regjeringen.