Som biskopens medhjelper arbeidet Jens Nilssøn i nært samarbeid med stattholderen i Norge, Povel Huitfeldt. Sammen med ham ble han av og til innblandet i statlige affærer, som da han i 1576 deltok i avgjørelsen av tiendestriden i Stavanger stift, og i den anledning foretok en reise til Skien, hvor han antakelig møtte Peder Claussøn Friis, den lærde presten fra Agder, som hadde mange interesser til felles med Jens Nilssøn.