Thomas Fincke var sønn av Anna Thorsmede og rådmann Jacob Fincke, en velutdannet mann og elev av Philipp Melanchthon. Etter fullført skolegang på begynte Thomas Fincke på universitetet i Strasbourg i 1577. Her studerte han i fem år, med blant andre og Conrad Dasypodius som lærere. Deretter hadde han i løpet av et år korte opphold ved universitetene i Heidelberg, Jena, Wittenberg og Leipzig. I løpet av denne tiden studerte han matematikk, retorikk og andre filosofiske emner.