Som student av lavere grad var han en sky lesehest med få venner. Akademikeren Benjamin Jowett merket seg hans potensial og tilbød ham privatundervisning. I Jowetts klasser var imidlertid Pater en skuffelse. Han tok (studiet av klassikerne) i 1862. Som gutt han omfavnet tanken om å gå inn i kirken, men ved universitetet hadde hans tro på kristendommen blitt rystet og tenkte deretter å bli en prest i den unitariske kirke, men til tross for hans tiltrekkelse for kirkens rituelle og estetiske elementer, mistet han interessen for troen og oppga prestegjerningen. Etter utedannelsen ble han ved Oxford og underviste i klassiskerne og filosofi for private studenter. Hans år med lesning og studier betalte seg: han ble tilbudt et medlemskap ved Brasenose College i Oxford på grunnlag av hans egenskap å forelese i moderne tysk filosofi og han slo seg ned med tanke på en akademisk karriere.