I 1998/99 sesongen fikk 2 røde kort mot henholdsvis og . Suspensjonene gjorde at han gikk glipp av flere viktige kamper. Midtbaneplassen måtte han dele med både Paul Scholes og Roy Keane, men ettersom begge disse var suspendert til Europacupfinalen mot (2-1), fikk Butt spille hele kampen, til strålende kritikker. Allerede i januar 2004 var Butt i samtaler med Birmingham manager Steve Bruce, med tanke på overgang. Grunnen var lite spilletid grunnet høy konkurranse om å komme på laget. Han kjempet da mot spillere som Eric Djemba-Djemba, Kleberson og Darren Fletcher. Overgangen falt i grus p.g.a. familiære omstendigheter (Butt og konen fikk sin førstefødte akkurat da).