Kinaros er en del av Natura 2000, et miljønettverk innen EU som skal beskytte og bevare biologisk mangfold, for område GM 4220012 (Nordlige Amorgos, Kinaros, Levitha, Mavria og Glaros; Βόρεια Αμοργός και Κύναρο, Λέβιθα, Μαυριά και Γλάρος). Årsaken er tilstedeværelsen av munkesel, skilpaddearten og ormarten . Det er også klassifisert som et viktig fugleområde (, IBA) med blant annet eleonorafalk og middelhavsmåke.