Xerxes I av Persia okkuperte den i 480 f.Kr. Byen gikk senere inn i det athenske sjøforbundet, ledet av Athen, men gikk ut i 424 f.Kr. Som et resultat beleiret den athenske demagogen og strategos Kleon byen i 422 f.Kr. Imidlertid var han en dårlig strateg og utførte beleiringen lite effektivt; såpass dårlig at han ble hånet av komedieforfatteren Aristofanes i stykket . Kleon døde det samme året som beleiringen i slaget ved Amfipolis. Senere, under peloponneskrigen gikk Stageira inn i krigen på Spartas side mot Athen.