Mumien til Thutmose III ble oppdaget i forrådet til Dayr al-Bahri over dødstempelet til Hatshepsut i 1881. Han var blitt gravlagt sammen med andre faraoer fra 18. og 19. dynasti: Ahmose I, Amenhotep I, Thutmose I, Thutmose II, Ramses I, Seti I, Ramses II og Ramses IX, foruten en del faraoer fra 21. dynasti, Pinedjem I, Pinedjem II og Siamun.