Mens enkeltarbeider, for eksempel , er nokså tradisjonelle, er mange, særlig altertavlene, uvanlig fargerike og bisarre med motiver bygd på religiøs symbolisme og populære legender. Detaljer i bildene kan knyttes til religiøse tresnitt og trykk i samtida. Han har også malt realistiske sjangerbilder. Stilmessig kan figurene hans likne de man finner hos flamske kunstnere som brødrene Hubert og Jan van Eyck og Virgo inter Virgines-mesteren, men Bosch overrasker med et fantastisk og skremmende bildespråk.