Vadsø prestegjeld var lenge delt i to sogn, Vadsø og Nesseby, og ved kgl.res. 31. januar 1846 ble sistnevnte utskilt som Nesseby prestegjeld, med Tana sogn, som lå under Lebesby, som annekssogn. Kgl.res. av 18. mars 1857 gav tillatelse til å oppføre en kirke på sydsiden av Varangerfjorden, og distriktet omkring fjorden ble utskilt som eget Sør-Varanger sogn. Ved kgl.res. av 30. mai 1864 ble dette kirkesogn utskilt til et eget Sør-Varanger prestegjeld. Kgl.res. av 27. februar 1864 fastsatte grensen mellom Nesseby og Vadsø på begge sider av Varangerfjorden.