Diogenes Laertios skrev at boken var delt inn i tre deler: universet, politikk og teologi, men klassisister har utfordret denne inndelingen. Klassisisten John Burnet har hevdet at man kan «ikke å anta at denne oppdelingen skyldes [Heraklitos] selv; alt vi kan utlede er at verket falt naturlig inn i disse delene da de stoiske kommentatorene tok sine utgaver av det i hånden». Stoikerne delte sin egen filosofi i tre deler: etikk, logikk og fysikk. Den stoiske filosofen Kleanthes delte videre filosofien i dialektikk, retorikk, etikk, politikk, fysikk og teologi, og filologen Karl Deichgräber har hevdet at de tre siste er de samme som den påståtte inndelingen av Heraklitos. Filosofen Paul Schuster har hevdet at splittelsen kom fra , et tapt bibliografisk verk av Kallimakhos.