Von Praunheim vokste opp som Holger Bernhard Bruno Mischwitzky hos adoptivforeldre i Øst-Berlin. Kunnskapen om at han var adoptivbarn fikk han først i 2000. I 1953 flyktet familien til vesten. Han studerte kunst i Offenbach og Berlin, men avsluttet ingen av studiene. Hans kunstnernavn Rosa von Praunheim viser til den rosa trekant som forfulgte homoseksuelle måtte bære i nazistiske konsentrasjonsleirer og til bydelen Praunheim i Frankfurt am Main. Von Praunheim var inntil 2006 dosent ved høyskolen for fjernsyn og film i Potsdam. Han har regissert ca. 150 filmer (Kort- og spillefilmer). Von Praunheim er en av de mest kjente LHBT-filmskaperne og aktivistene.