Målet med arbeidet har vært å skape gjensidig forståelse på begge sider av grensen. Prosjektene Barentssekretariatet har finansiert, har lagt grunnlag for tillit, vennskap og økt livskvalitet i Barentsregionen. På denne måten har Barentssekretariatet vært et fredsprosjekt som bidrar til dialog, trygghet og avspenning i nord. Barents­sekretariatet er også et kompetansesenter på norsk-russisk samarbeid og bistår både offentlige og private aktører med hjelp innenfor relaterte tema.