Senteret ble besluttet opprettet i Stortingsproposisjon 1 (2004–2005) Før dette hadde det vært arbeidet i flere år fra personer med nær tilknytning til miljøer med interesse for maritim medisin, slik som Radio Medico i Bergen, Norsk Forening for Maritim Medisin, Saniteten i Sjøforsvaret og Fylkeslegen i Rogaland og Hordaland.