Khmelnytskyj gikk i 1654 i forbund med Aleksej I av Russland ved Perejaslav-traktaten. I russisk og sovjetisk fremstilling dreide dette seg om «gjenforening» av russere og ukrainere, og ble i 1954 feiret med å overføre Krim til den ukrainske sovjetrepublikken. I 150 år etter Perejaslav-traktaten beholdt kosakkene selvstyre innenfor det russiske riket. Under Ivan Masepas ledelse gjorde kosakkene opprør i 1708 og fikk støtte av Karl den 12. som ble slått av tsar Peter den stores hær ved Poltava (Slaget ved Poltava). I russisk fremstilling er Masepa en forræder, mens i ukrainsk fremstilling er han en frihetskjemper. Katarina den store oppløste de selvstyrte kosakk-samfunnene i 1775 etter kosakkopprør ledet av Jemeljan Pugatsjov. Katarina innførte livegenskap etter russisk mønster i Ukraina i 1773. Historien om kosakkene ble brukt av ukrainske nasjonalister i Vest-Ukraina under perestrojka.