Protokollen fastslår at genetiske ressurser er underlagt statens suverenitet, og setter dermed visse skranker for tilgangen til slike ressurser. Det innebærer blant annet at informert samtykke eller godkjennelse og involvering fra urfolket eller lokalsamfunnet skal sikres ved tilgang til genetiske ressurser. Videre fastslås det at fordeler – inkludert økonomiske – som oppnås ved utnyttelse av genetiske ressurser skal deles på rettferdig vis med urfolket eller lokalsamfunnet. Fordelingen bør skje i henhold til en felles avtale. Protokollen sikrer også at urfolks eller lokalsamfunns rettigheter kan håndheves når kunnskapen utnyttes i andre stater.