Ahmad Sanjar slet med å begrense opprørene til karakhanidene opprør i Transoxiana, ghuridene i Afghanistan og qarlukkene i dagens Kirgisistan, i tillegg til karakitaienes nomadeinvasjon i øst. De fremadrykkende karakitaiene beseiret først de østre karakhanidene, før de slo ned de vestre karakhanidene, som var vasaller av seldsjukkene i Khujand. Karakhanidene henvendte seg til deres overherre seldsjukkene for å få assistanse, hvortil Sanjar svarte med å personlig lede en armé mot karakitaiene. Sanjars armé ble derimot påført et avgjørende tap av Yulu Dashis horder i slaget ved Qatwan den 9. september 1141. Selv om Sanjar maktet å flykte helskinnet ble mange i hans nære familie, inkludert hans kone, tatt til fange i kjølvannet av slaget. Som et resultat av Sanjars fiasko i å håndtere trusselen i øst mistet Seldsjukkriket alle sine østre provinser fram til elven Syr-Darja, og overherredømmet over de vestre karakhanidene ble overtatt av Kara-Kitai, også kjent som «Vest-Liao» i kinesisk historiografi.