Da han kom tilbake til Lyon i 177 eller 178 var menigheten uten prest og biskop. Den 90 år gamle Pothinus hadde lidd martyrdøden sammen med en rekke andre kristne. Menigheten valgte Ireneus som sin nye biskop. Forfølgelsen hadde da roet seg ned, og de omkring 20 år han virket som biskop var nokså fredelige.