I 2018 deltok hun i det første landsmøtet i det nystiftede liberale partiet Progresívne Slovensko. Hun ble valgt som en av flere nestledere. Čaputová nevnte i den forbindelse utdanning og helsevesen som hovedsaker, men også miljøvern og justispolitikk. Čaputová har også kamp mot korrupsjon som en viktig sak.