I løpet av 2008–2009-sesongen ble Hanlon likevel erstattet av Ian Murray som fast venstreback i Hibs. Hanlon ble utlånt til St. Johnstone i desember 2008, først for bare én måned. St. Johnstone ønsket å forlenge låneavtalen, men Hibs ville ikke tillate det. Hanlon gikk rett inn på Hibernians førstelag etter at han kom tilbake fra St. Johnstone, men ble satt på benken igjen ikke lenge etter av Mixu Paatelainen, på grunn av en forsvarsfeil som Hanlon gjorde i en kamp mot Kilmarnock.