Imidlertid var en myndig og handlingskraftig kvinne vanskelig å tåle for den mannlige adelen. For å styrke sin posisjon og kronens prestisje og makt, overtalte hun Guntram, som nylig var blitt uten arvinger, til å adoptere Childebert som sin egen sønn og arving. Det gjorde han i 577. I 579 fikk Brunhilda sitt eldste barn, datteren Ingund, da tolv eller tretten år gammel, gift med den vestgotiske prinsen Hermenegild, slik at hennes slekt kom i forbund med kongen i hennes opprinnelige hjemland. Imidlertid nektet Ingund å konvertere til arianismen, og fikk isteden sin ektemann til å konvertere til katolisismen, noe som førte til brudd med hans kongen, og både Ingund og Hermenegild omkom i den påfølgende religiøse krigen som gjorde ende på det vestgotiske kongeriket i Hispania.