Resten av turen brukte han på å utvikle et system som han kunne bruke til å sende meldingene med. Den første versjonen av dette systemet, senere kalt morsealfabetet, besto av streker og punkter slik som vi kjenner det. Dette første alfabetet besto bare av ni forskjellige kombinasjoner. Morse hadde nemlig lært en måte å sende kodemeldinger på ved bruk av de ni sifrene. Først sendte man en melding i denne koden, så dekodet man den til siffer og tilslutt til ord. Denne måten syntes han var litt for innviklet, derfor lagde han et nytt system som besto av en kombinasjon for hver enkelt bokstav i alfabetet. Den bestod av streker og punkter, eller lange pip og korte pip. De vanlige bokstavene var korte sammensetninger av punkt og streker. De bokstavene som ikke var så vanlige å bruke var lengre, for eksempel var «E» en prikk (.) mens «X», en ikke så vanlig bokstav, hadde to streker og to prikker (-..-). Da Morse kom med denne ideen, trodde han at den var ny. Men der tok han feil. Egentlig var det flere forskere og oppfinnere som hadde funnet ut dette før og jobbet med det. Ett eksempel var den anerkjente tyske matematikeren Carl Friedrich Gauss. Han hadde dratt to ledningpar rundt campusområdet for Universitetet i Göttingen, med en mottaker og to sendere i hver ende av ledningene. Man kunne sende informasjon over den ved hjelp av de to senderne. På senderen var det to brytere som hadde hver sin krets. Når man slo på bryteren aktiverte den en elektromagnet i den andre enden av ledningen. Når den ble aktivert dro den en tynn jernplate med en blyant festet på til enten høyre eller venstre. Kombinasjoner av kurver til venstre og kurver til høyre formet bokstavene hele veien fra A til Z. Da Morse kom fram til New York, begynte han å bygge det han kalte en telegraf. Den var hovedsakelig laget av bilderammer, bly, og tre fra et bord. Han syntes at han ikke fikk skikkelig dreis på det, så han bestemte seg for å spørre en som virkelig viste hva han drev med.