Müntzers horder ble beseiret den 15. mai nær Frankenhausen (se kartet) av en konføderasjon av fyrstene av Sachsen, Braunschweig, Hessen og Mansfeld. Müntzer ble henrettet. Omtrent samtidig ble oppstanden sør i Tyskland nedkjempet. I Elsass ble bøndene beseiret den 17. mai i slaget ved Zabern (se kart) av hertug Anton av Lothringen. Opprørerne fra Odenwald og Rothenburg ble knust den 2. og 4. juni ved Ingolstadt), og den 7. juni måtte Würzburg kapitulere. I Württemberg ble nedkjempet i slagene ved Sindelfingen og Böblingen (se kart) den 12. juni av den schwabiske liga. Ved Rhinen tok det lenger tid; det siste slaget under bondekrigen stod ved Pfeddersheim (se kart) den 24. juni 1525.