Etter en middelmådig sesong i 2005 (sjetteplass), var Brann tilbake i toppen i 2006. Klubben var serieleder fra 9. til 21.serierunde, men kunne ikke matche Rosenborgs sluttspurt med ti seire og to uavgjorte på de siste tolv kampene. Det ble dermed sølvmedaljer til Brann, for fjerde gang i klubbens historie. Sesongen ble skjemmet av et meget pinlig tap for det svenske amatørlaget Åtvidabergs FF i UEFA-cupens 2. kvalifiserende runde. Dobbeltoppgjøret endte 4-4 og svenskene avanserte på bortemål.