Fra 2010-årene har medlemmer av Kvinnegruppa Ottar vært aktive i offentlig debatt om transpersoners rettigheter, der disse særlig har hatt LHBT+-organisasjoner som Fri og Skeiv Ungdom, i tillegg til organisasjoner som Human-Etisk Forbund og Amnesty, som motpoler. Det synet på transpersoner som flere Ottar-medlemmer har gitt uttrykk for offentlig, har blitt kritisert av LHBT+-miljøet for å gi støtte til transekskluderende radikalfeminisme. Ane Stø har uttalt at Ottar ikke er transekskluderende og har presisert at Kvinnegruppa Ottars kvinnebegrep inkluderer transkvinner, og at transkvinner derfor kan være fullverdige medlemmer i Ottar.