Afwerki ble sendt til Prins Makonnen videregående skole i Asmara, hvor han ble uteksaminert i 1965. Han fortsatte utdanningen på Haile Selassie Universitetet i Addis Abeba mellom 1965–66, og studerte for å bli ingeniør. På slutten av 1966 forlot han sine ingeniørstudier i Addis Abeba og reiste til Kassala i Sudan, hvor han sluttet seg til Den eritreiske frigjøringsfront (DEFF) i eksil.