Nasjonalparken ligger i kommunene Fredrikstad og Hvaler; og den erstatter de fire tidligere sjøfuglreservatene Akerøya, Heia, Møren og Søndre Søster. Parken ligger like øst for Færder nasjonalpark, og grenser i sør til den svenske Kosterhavet nationalpark som ble opprettet samtidig.