Karlsen er representert på samtidskunstscenen både med tekstilkunst, fotografi, skulptur, performance og som kurator for større prosjekter. Hun arbeidet i starten av sin karriere hovedsakelig med tekstilkunst og bruk av materialer som tovet ull, filt og silke. Hun arbeider i spenningen mellom gammelt og nytt og mellom det nyttige og det estetiske, med et spesielt fokus på nordnorsk kultur og håndverk i dialog med samtidskunstuttrykk. Som grafiker arbeider hun med koldnålsradering. Hennes scenografiske arbeider rommer alt fra scenografi og kostymer til tekst og layout. Hun er brukt på nasjonale scener som Beaivváš Sámi Našunálateáhter, Den Nationale Scene i Bergen, Hålogoland Teater i Tromsø og Det Norske Teatret i Oslo. Hun var også tidlig ute med performancekunst-sjangeren blant annet i samarbeid med de danske grunnleggerne av «Hotel Performa», Kirsten Dehlholm og Willie Flindt.