Raleighs innflytelse ble kraftig utvidet da han ble en av Elisabeths ledere for spionene, sammen med Francis Walsingham og var hovedsakelig ansvarlig for å ha avslørt Babington-komplottet (1586), et katolsk komplott for å avsette Elisabeth og erstatte henne med Maria Stuart, dronning av Skottland. Resultatet av dette var at Elisabeth gav Raleigh en eiendom på 160 km² i Irland. Maria ble dratt inn i Babington-konspirasjonen og ble i etterkant henrettet i 1587.