Pave Paul IV degraderte ham offentlig, og sperret han inne på Engelsborgen på grunn av mistanke om luthersk heresi i 1557. Men en granskning foretatt av kardinal Michele Ghisleri (den senere pave Pius V) førte til at han i 1559 ble frikjent og gjeninnsatt i kardinalsverdigheten. Kardinal Morone kunne da ha fått sin frihet, men han nektet å forlate fengselet inntil Paul IV offentlig innrømmet sin feilvurdering. Men paven døde kort tid etter uten å ha gjort det.