Elizabeths første år som katolikk (1805-08) i New York var preget av skuffelser og fiaskoer. Hun var forlatt av venner og slektninger, og var i en desperat økonomisk stilling. For å forsørge seg selv og sine barn hadde hun startet en pensjonatskole i New York, et akademi for unge kvinner, noe som var vanlig for enker av sosial anseelse den gang. Men hennes konversjon til katolisismen skapte en storm av raseri fra protestanter i New York, og hennes familie og deres mektige venner forsøkte å få henne utvist fra byen. Som nyheten om hennes konversjon spredte seg, trakk de fleste foreldrene sine døtre ut av akademiet, på grunn av tidens anti-katolske stemning, og skolen måtte stenge.