Ferguson har vært landslagskaptein for Skottland hele 27 ganger. Han ledet laget til et av de beste resultatene i moderne fotballhistorie, da de slo de tidligere verdensmestrene 1-0 på Parc des Princes i Paris den 12. september 2007. Dette kompletterte en dobbel av 1-0 seire mot franskmennene i løpet av kvalifiseringskampene i Fotball-EM 2008.