Under Johan III og Sigismund vokste imidlertid aristokratiets makt så sterkt at det truet kongens styringsrett. Aristokratiet forsøkte å utvide rådets innflytelse og håpet å kunne gjenopprettet styringsstruktur men ble beseiret av hertug Karl. Riksrådet ble rekonstruert i 1602, i overensstemmelse med landsloven skulle rådet kun gi kongen råd, men kongen var ikke pliktig å følge de.