Innocens IIIs maktkamper med europeiske konger har sin bakgrunn i hendelsene under investiturstriden (1097-1122). Gjennom middelalderen hadde mange konger lagt seg opp i bispe- og pavevalgene, og den tyske keiseren hadde flere ganger nominert egne pavekandidater, under henvisning til den urkirkelige doktrinen om at paven skulle velges av «Romas befolkning og geistlige». En situasjon med to rivaliserende motpaver i 1059 førte året etter til at pave Nikolas II erklærte at pavevalg skulle foretas av kardinalkollegiet alene. Pave Nikolas innstiftet en høyere domsmyndighet (kurien), og den neste paven Gregor VII dikterte 27 teser om kirkens totale og absolutte overhøyhet over den verdslige makt . Pave Gregors bannlysing av alle fyrster som la seg opp i pave- og bispevalg, førte til åpen strid med keiser Henrik IV inntil et kompromiss ble inngått i 1122 ved keiser Henriks kanossagang. Men Gregors teser om kirkens absolutte overhøyhet over den verdslige makt levde videre internt i kirken blant de såkalte «gregorianerne», og Innocens posisjonerte seg som deres anfører fra første stund.