Etter ødeleggelsen av Oslo i 1567 ble det Jens Nilssøns oppgave å gjenreise domkirken (Hallvardskirken), bispegården, skolen og kannikgården. Med dette arbeidet gikk det sakte. Først i 1589 var arbeidet på bispegården ferdig. Det var antakelig også Jens Nilssøn som tok initiativet til gjenoppføringen av Oslo hospital.