Holocaust i Riksprotektoratet ble innledet med at Heydrich kom til Praha som fungerende riksprotektor. Heydrich instruerte 1. oktober de jødiske menighetene om på nytt å registrere enhver jøde; Heydrich stolte ikke på registreringen under Neuraths «slappe» regime. Heydrich annonserte offentlig 11. oktober at målet var å bosette jødene utenfor Europa så raskt som mulig; 15. oktober begynte deportasjonene fra Praha med opp til 1000 personer daglig.