I 1537 dømte han opprørere fra Lincolnshire og Yorkshire til døden for høyforræderi. Den 29. november 1538 ble han utnevnt til baron Audley av Walden, og kort tid etter var han under rettssakene mot Henry Pole, 1. baron Montagu og Henry Courtenay, 1. marki av Exeter. I 1539 ble han kongens redskap ved innføringen av religiøs enhet og bidro til å få vedtatt , til tross for at han personlig ønsket en protestantisk reformasjon.