I 1090 erobret de sicilianske normannerne øyene, og så fulgte de franske angevinerne, det tyske Hohenstaufen-huset og fra 1287 kongeriket Aragón. De 32 maltesiske adelsfamiliene fører sin opprinnelse tilbake til denne perioden. De eldste «baronene av Djar il Bniet og Buqana» fører sin slekt tilbake til 1090. Mot slutten av 1400-tallet og på 1500-tallet ble Malta utsatt for stadig flere piratangrep av tyrkere og fra Nord-Afrika, og en stor del av befolkningen ble solgt til slaveri i den muslimske verden. I 1551 ble samtlige innbyggere på den mindre øya Gozo, opp mot 6000 mennesker, ført til slaveri til Libya.