Siden begynnelsen av 1990-årene har det pågått et stort prosjekt for å gjenopprette den naturlige tilstanden til elven. For kloakken blir det bygget store underjordiske rørledninger langs hele Emscher. Den første delen som skal tilbake til den naturlige tilstanden er i byen Dortmund. Det totale prosjektet koster flere milliarder euro og skal være ferdig innen år 2020.