Etter at han hadde lagt frem sin plan ble Bergenhus amt delt i to amter, nemlig Søndre Bergenhus amt og Nordre Bergenhus amt, den 19. september 1763. Den kongelige forordningen om oppdelingen var underskrevet av Kong Fredrik VI. Knagenhjelm ble så amtmann i Nordre Bergenhus amt og tok bolig på Kaupanger Hovedgård, ved Sognefjorden, sør i amtet. Cicignon fortsatte som amtmann for Søndre Bergenhus. Kaupanger Hovedgård var på denne tid eid av hans mor. Han var amtmann for Nordre Bergenhus i bare åtte år, og den 18. februar 1771 fikk han Nordlands amt som nytt virkested. Historikerne har lurt på hvorfor han forlot amtet etter så kort tid og to teorier er lagt frem.