Thebens autoritet minsket senere, og Amun ble likestilt med Ra. Mut ble likestilt med Hathor, kugudinnen og mor til Horus, og som hadde blitt identifisert som Ras hustru. Følgelig da Ra ble likestilt Atum ble også Enneaden, en gruppe på ni guddommer som ble dyrket i byen Heliopolis, absorbert på samme vis. Da Mut-Hathor ble identifisert med Isis (enten som Isis-Hathor eller Mut-Isis-Nekhbet), den viktigste gudinnen i Enneaden, og beskytter av dronningen. Enneaden viste seg å være en langt mer suksessfull identitet og den sammensatte triaden av Mut, Hathor, og Isis ble kjent som Isis alene, en kult som kom til å vare inn i 600-tallet e.Kr. og spredte seg over hele den romerske verden, til Hellas, Roma og så langt som til Britannia.