Ved sine utsagn i denne retning er Jacobi blitt en av grunnleggerne av den tyske opphøyelse av «Die schöne Seele». Alt innen publisering av sistnevnte skrift hadde Jacobi i anledning av den kjente ateismestrid kunngjort sin innstilling til Johann Gottlieb Fichte i (1799). Han anser dennes radikale idealisme for den rette konsekvens av Kants lære og erkjenner nå ved siden av spinozismen også denne teori som et mulig, eller til og med lengre drever standpunkt innen forstandsfilosofien. Han vender seg i skriftet (1811) skarpt mot Friedrich Schelling, og beskylder ham for en villedende bruk av teistiske uttrykk for panteistiske tanker.