I 1998 tok Yu doktorgrad i kristen sosialetikk ved Philosophisch-theologische Hochschule Sankt Georgen i Frankfurt am Main (Avhandlingsdtittel: ). I 1999 var han sokneprest i Mok-dong i noen måneder. Fra 1999 til 2008 var Timothy Yu Gyoung-chon professor ved Det katolske universitetet i Korea i Seoul. I 2008 ble Yu direktør for i erkebispedømmet Seoul og også sogneprest i Myeongil-dong.