Etter at Taliban-regjeringen falt i slutten av 2001, ble Mujadedi guvernør i Logar-provinsen. I samme periode tjente han også som midlertidig militærkommandant i Afghanistans forsvar. Han ble da kreditert for å opprettholde lov og orden, forene folket ved bruk av shura og ved å avvæpne ulovlige militser. I oktober 2002 ble han erstattet med Nordalliansens Abdul Malik Hamwar som guvernør i Logar. Denne utskiftningen ble antatt å være resultat av uoverensstemmelser mellom guvernør Mujadidi og innenriksminister Yunus Qanuni.