Han søkte om å bli sendt på misjonsoppdrag. Vaz kom til Ceylon under den nederlandske okkupasjon, da nederlenderne innførte kalvinismes som offisiell religion etter å ha overtatt etter portugiserne. Pater Josef Vaz reiste rundt om på øya for å bringe eukaristien de katolske sakramenter til hemmelige grupper av katolikker. Senere under sitt virke var han i stand til å finne tilflukt i kongedømmet Kandy og der kunne han virke fritt. Innen sin død hadde han klart å gjenreise den katolske kirke på øya.