Etter at han ble uteksaminert fra i 1963, begynte Bernard Genoud på bispedømmeseminaret i Freiburg og studerte teologi og filosofi under blant andre Charles Journet, Pierre Mamie og Gabriel Bullet. Samtidig fullførte han fløytestudier ved konservatoriet i Lausanne og underviste ved lærerhøyskolen. Han ble ordinert til prest den 22. juni 1968.