Testflyvningene indikerte at flyet hadde stabilitetsproblemer i høye hastigheter, og i et forsøk på bøte på dette, ble to vertikale finner montert under buken på bakre del av skroget. Disse ble testet da flyvningene ble gjenopptatt i mai 1958. Joseph Walker forlot X-1E-programmet og ble erstattet av John McKay som gjennomførte 2 utsjekksflyvninger i september 1958. Flyet ble nå brukt til å teste motor-modifikasjoner og nye typer drivstoff. Trykket i brennkamrene ble økt, og lengre dyser ble installert, noe som økte motorens skyvekraft. Det var forventet at modifikasjonene på motoren og det nye drivstoffet kalt «U-Deta» ville gi X-1E en toppfart på nærmere Mach 3. Etter McKays femte flyvning den 6. november 1958 ble flyet satt på bakken for inspeksjon og installasjon av et nytt katapultsete. Røntgenundersøkelser avdekket en sprekk i veggen på drivstofftanken. Kostnadene forbundet med å reparere tanken, samt vissheten om at eksperimentflyet North American X-15 snart ville være operativt, gjorde at programmet ble avsluttet. De resterende testflyvningene ble utført av Lockheed F-104 Starfightere, mens X-1E ble satt på utstilling utenfor NASAs ved Edwards Air Force Base i California, USA. X-1E hadde totalt gjennomført 26 flyvninger.