Laget har spilt seks sesonger i den nest øverste divisjonen, sist i 1997. De har nådd 4. runde i NM-cupen to ganger (1984 og 1989), begge ganger med tap mot Viking. Laget ble i 2009 klar for 2. divisjon i 2010. Sesongen 2010 endte laget på 5.-plass i 2. div avd. 4. I sesongen 2011 ble laget nr. 12 og rykket ned sammen med Hasle Løren og Skarp. I sesongen 2012 spilte laget 3. divisjon avd. 11, men rykket straks opp igjen til 2. divisjon 2013, avdeling 2. Sesongen 2017 endte Harstad IL på 6. plass i Norsk Tipping-ligaen avdeling 6.