Senere samme år (1992) ble Koole utnevnt til professor ved universitetet i Leiden. Hans undersøkelser er generelt sett rettet mot nederlandsk politikk og hvordan Vest-Europas politiske partier fungerer sett fra en historisk-institusjonalistisk vinkel. I denne perioden arbeidet han, blant annet som ved Center for European Studies ved Harvard University og Central European University i Praha, og som ved Netherlands Institute for Advanced Studies in the Humanities and Social Sciences. Fra 1994 til 1996 satt han i styret for Faculteit der Sociale Wetenschappen (fakultetet for sosial vitenskap) i Leiden, med hovedansvar for vitenskap og research. I 1999 ledet han PvdAs program-komité ved fylkestingsvalget (Provinciale Staten) i Zuid-Holland.