J.D. forsøker i mellomtiden å skape et nytt forhold til Elliot, men han får senere romantiske følelser for Jamie - som allerede er gift med en av sykehusets pasienter som ligger i koma. I løpet av den tredje sesongen har J.D. fremdeles romantiske følelser for Elliot. Men han innleder likevel et forhold til Jordans søster Danni, men hun sliter allerede med følelser for hennes tidligere kjæreste. Turk og Carla er nå forlovet, og planlegger bryllup sammen. Turk, sammen med Dr. Todd og de andre kirurgene, må samtidig håndtere en ny kirurg Grace Miller, som misliker Turk. Dr. Cox og Jordan har det bra med forholdet og sønnen deres Jack, selv om Cox etter hvert utvikler følelser for Dr. Miller.