Universitetet ble grunnlagt i 1911 med skadeserstatningspenger som den kinesiske regjering måtte betale til USA etter bokseropprøret. Til å begynne med var Tsinghua en forberedelsesskole for kinesiske studenter som skulle sendes av regjeringen til studier i USA. Foruten navnet Tsinghua førte det også navnet (美國賠款學校, ).