Den samoiske krig var den siste betydelige militærhendelsen før Peloponneskrigen. Etter at Thukydid ble sendt i eksil, ble Perikles gjenvalgt som general, det eneste embetet han offisielt hadde, selv om hans innflytelse var så stor at han var statens hersker. Samos var i 440 i krig med Milet om kontrollen over Priene, en antikk by i Jonia ved foten av Mykale. Miletene kom til Athen for å fremme sin sak mot samoerne. Athenerne beordret at de to partene skulle stoppe kampene og legge saken frem for dom i Athen, men samoerne nektet. Perikles svarte med å godkjenne et dekret som sendte en ekspedisjon til Samos som «anklaget folket der, at selv om de fikk ordre om å avbryte sin krig mot miletene, fulgte de ikke ordre.» I et sjøslag beseiret athenerne ledet av Perikles og ni andre generaler styrkene til Samos og innsatte en administrasjon på øya. Da samoene gjorde opprør mot athensk styre, tvang Perikles opprørerne til å kapitulere etter en hard beleiring på åtte måneder som resulterte i betydelig misnøye blant athenske sjømenn. Perikles kuet så et opprør i Bysantium, og da han dro hjem til Athen, gav han en begravelsestale til ære for soldatene som døde i ekspedisjonen.