I 1987 kom Atlético Madrid tilbake på banen. Presidentkandidat Jesús Gil kom til enighet om en overgang og vant presidentskapet i Atlético med klar margin med løftene om å hente Futre og den argentinske treneren César Luis Menotti til klubben. I seks sesonger var Futre kaptein og største stjerne for en klubb som under tiden var kjent for hyppige trenerskifter.