I oktober 2008 gikk Flynn på utlån til Wrexham frem til januar 2009. Skader gjorde at Flynn ikke fikk spille for den walisiske klubben den første perioden han var utlånt. Han debuterte først 26. desember mot Barrow, og det samtidig klart at utlånet ble forlenget først ut januar, før det senere ble forlenget til 26. april 2009.