Crysis foregår i en konstruert fremtid hvor et gammelt utenomjordisk romskip blir oppdaget under jorden på en øy utenfor Nord-Korea. Etter at koreanerne har tatt kontroll over området og nekter å gi informasjon til utenomverden, blir oppdraget til hovedkarakteren fra det amerikanske Delta Force å infiltrere øya og skaffe etterretning om situasjonen. I første omgangen er koreanerne fienden, men senere må begge de militære styrkene slå seg sammen for å bekjempe en større utenjomjordisk trussel.