Forholdet mellom kong Håkon og svigerfaren Skule ble stadig dårligere, og i 1236 fikk Arnbjørn i oppdrag av Håkon å forsvare Viken og Opplandene mot Skule. I 1240 var Arnbjørn den som gav jarlsnavn til Knut Håkonsson, på oppdrag fra kongen. Sammen skulle Arnbjørn og Knut verge Viken mot vårbelgene, Skules menn. Arnbjørn var en av lederne for birkebeinerne da de tapte mot vårbelgene i slaget ved Låke.