Lynch studerte ved Indigo Society School i Georgetown før han ble sendt til England, hvor han studerte ved Eton College og Gonville & Caius College, Cambridge. Han studerte juss ved Middle Temple i London. Lynch kom tilbake til USA i 1772. Hans stefar var guvernør William Moultrie. Han var kompanisjef i 1. South Carolina regiment i 1775 før han ble valgt inn i Den kontinentale kongress. Lynch ble syk på slutten av 1779 og han seilte sammen med sin kone til Vestindia. Skipet de seilte med forsvant på havet i en storm og ble aldri funnet igjen.