Jakutsk ble grunnlagt i 1632 som et kosakkfort, men det vokste ikke til en by før etter oppdagelsen av store reserver av gull og andre mineraler på 1880- og 1890-tallet. Disse reservene ble ekstensivt utbygget gjennom industrialiseringen under Stalin. Den raske veksten av tvangsarbeidsleirer i Sibir bidro også til Jakutsks utvikling.