I 1996, etter at SpaceGodzilla døde, reiser Miki Saegusa fra FNs Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) til Birth Island for å undersøke Godzilla og Little Godzilla, bare for å finne hele øya ødelagt og begge monstrene har forsvunnet. Ikke lenge etterpå dukker Godzilla opp igjen i Hong Kong, kroppen er dekket av glødende lava-lignende utslett. Japans forsvar ansetter høyskole-student Kenkichi Yamane, barnebarnet til Dr. Kyohei Yamane, i forsøk på å løse mysteriet om Godzilla.