Med sin andre kone, Eudokia Makrembolitissa, hadde han 2 sønner: Leo Diogenes, født i 1069, og i henhold til Anna Komnena medkeiser i farens regjeringstid. Under Alexios I Komnenos fikk han ulike oppgaver i palasset. Han døde under Alexios’ krig mot petsjenegerne i 1087. Nikeforos Diogenes, født i 1070.