Fjorden har innløp mellom Hamneneset i nord og Vågøya i sør. Like øst for Hamneneset ligger bygda Tornes og på nordsiden litt lenger inne ligger Elnesvågen, som er administrasjonssenteret i kommunen. Sør for Elnesvågen ligger en rekke småøyer midt i fjorden. Disse er Ålvaren, Nordøya, Langøya, Forøya, Svinøya, Beøya, Langholmen og Kjerringholmen. Sørøst for Beøya ligger innløpet til Malmefjorden, som strekker seg inn til bygda med samme navn.