I 2000 ble han tildelt sin første store kamp da han ble utnevnt som finaledommer i League of Ireland Cup mellom Limerick FC og Derry City FC (2–2). Hans første finale i FAI Cup kom i 2003 i kampen mellom Longford Town FC og St Patrick's Athletic FC (2–0). Kelly ble utnevnt til FIFA-dommer i 2002, og har siden da dømt flere internasjonale kamper, i tillegg til Mesterligaen, Europaligaen og kvalifseringskamper både til VM og EM. Hans første internasjonale kamp på seniornivå kom den 5. juni 2004 i en vennskapskamp mellom og (3–1).