I 540 f.Kr. vendte Nabonid tilbake og sto overfor en ny maktbalanse; de tidligere mektige mederne og lyderne var blitt beseiret av perserne som etterpå skulle regjere i hele Midtøsten. Høsten 539 f.Kr. nedkjempet perserkongen Kyros den babylonske hæren ved Opis og marsjerte videre ned til Sippar. Byen ble erobret 10. oktober. Nabonid flyktet, og allerede to dager senere marsjerte den persiske hæren inn i Babylon uten kamp. Troppene omringet Marduks tempel og sørget for at nyttårsfestens religiøse seremonier som foregikk i tempelet ikke ble forstyrret.