Mot slutten av krigen var Mengele utstasjonert ved konsentrasjonsleiren Gross-Rosen. I april 1945 kledde han seg ut som menig infanterist og ble tatt til fange av amerikanerne. Han ble holdt i en liten stund ved en krigsfangeleir i Nürnberg. Amerikanerne brydde seg ikke stort om ham, siden de ikke visste hvem han var. Kort tid etter ble han satt fri.