Etter at de tyske styrkene hadde trukket seg tilbake ble det plassert eller sendt ut såkalte jaktkommandoer eller jaktpatruljer (tysk: ). Disse små tysk styrkene opererte i området mellom Lyngen og Tana på jakt etter nordmenn som hadde gjemt seg. I et par tilfeller kom disse i kamp med de norske styrkene som patruljerte i området. I Kistrand lå det helt fram til april 1945 en styrke på 30 mann. Riksveg 50 var til dels ødelagt og minelagt, og snøoverbyggene var nedbrent. Jaktkommandoene i evakuert område hadde dermed kontakt med hovedstyrken bare sjøveien. Den mest fremskutte posisjonen var «Adlerhorst» ved Porsangerfjorden. Hauglid skriver at det gjentatte ganger var sammenstøt mellom jaktkommandoene og norske streifpatruljer som beveget seg inn i ingenmannsland. Noen nordmenn falt eller ble tatt til fange i disse trefningene. De tyske jaktkommandoene besto til dels av SS-soldater forsterket med norske frontkjempere som også fungerte som kjentmenn. De omkring 1000 overvintrerne på Sørøya ble jaget fra sted til sted av tyske patruljer. En tropp norske soldater under ledelse av kaptein Johan Godø ble landsatt på Sørøya for å hjelpe befolkningen. General Rendulic skal ha oppfattet soldatene på Sørøya som forberedelse til alliert landgang i Finnmark. Tyske skip fortsatte å patruljere kysten av Finnmark etter tilbaketrekkingen. Lasteskipet «Iddefjord» ble angrepet i Kirkenes havn av tysk ubåt 9. februar 1945.