Unikt for Negev-regionen er de kraterlignende -sirklene; Makhtesh Ramon, Makhtesh Gadol og Makhtesh Katan. Negev er også inndelt i fem økologiske regioner: Nordlige, vestlige og sentrale Negev, høyplatået og Arabadalen. Det nordlige Negev har en nedbørmengde på 300 mm årlig, og jorda er derfor fruktbar her. Vestlige Negev har en nedbørmengde på 250 mm pr. år, med lys jord med noe sand i. Det sentrale Negev har en årlig nedbør på 200 mm, og er karakterisert av ugjennomtrengelig jord, slik at lite vann trenger igjennom, slik at mesteparten forblir på overflaten, hvor det blant annet forårsaker jorderosjon. Høyplatåområdet, som er en del av Ramat HaNegev, er mellom 370 og 520 meter over havet, med ekstreme temperaturer både sommer og vinter. Området har en nedbør på 100 mm pr. år, med dårlig og delvis saltholdig jord. Arabahdalen ved grensen til Jordan strekker seg 180 km, fra Dødehavet i nord til Eilat i sør, og er veldig tørr, med kun 50 mm nedbør årlig.