Under andre verdenskrig var Müller særlig engasjert i spionasje og kontraspionasje, særlig etter at regimet fikk stadig større mistillit til den militære etterretningen i Abwehr som under admiral Wilhelm Canaris var et sentralt motstandssted mot regimet. I 1942 lyktes Müller å infiltrere nettverket og brukte dette til å gi falske etterretninger til sovjetisk etterretning.