Mange sveitsene motsatte seg de nye, «progressive» ideene, spesielt i de sentrale delene av landet. Noen av de mer kontroversielle aspektene ved det nye regimet begrenset religionsfriheten, noe som opprørte mange av de religiøse. Det oppsto en del opprør, mest kjent i kantonen Nidwalden, men myndighetene knuste opprørerne og byer og landsbyer ble brent av franske tropper.