Systematikken for jaguar har vært uklar og omdiskutert. Det har ikke hersket aksept for alle beskrevne underarter. Mammal Species of the World har regnet med ni underarter. K. L. Seymore samlet i 1989 imidlertid arten i kun tre underarter (med fem varianter), nemlig (inkludert varianten ), (inkludert variantene , , og ), og (uten varianter).