Tidligere versjoner av GNU Emacs var nummererte «1.x.x», der første siffer betegner versjonen av GNU C. Tallet «1» ble sløyfet etter versjon 1.12 fordi man trodde at det store versjonsnummeret aldri ville forandres. Et nytt tredje versjonsnummer ble tilføyd for å representere mindre forandringer som var gjort av brukersider. Versjon 20.0 var f.eks. en ny versjon, mens versjon 20.0.1 hadde endringer som var foretatt av andre brukere. I den nåværende nummereringsmodellen, brukes et tall med to komponenter for å angi en lansert versjon (f.eks. 22.1), mens utviklingsversjoner har tre komponenter. Versjon 23.0.50 var f.eks. en utviklingsversjon som til slutt ble til versjon 23.1.