Etter en lang forbredelsesperiode begynte produskjonen i september 2003. Sony ga prosjektet med utviklingstid, finansiering og kreativ frihet sammenlignet med , ettersom de annerkjente at hadde vært en suksess. Kaido og Ueda ønsket også å utvide produksjonen gjennom å ansette flere folk. De var særdeles interesserte i kunstspesialister og gjorde ønsket sitt kjent gjennom den japanske fagmedier og jungeltelegrafen. Utifra cirka 500 søkere, ble ti ansatt til å arbeide på spillet, men Ueda menta at bare en eller to av søkerene faktisk oppfylte kriteriene hans, ettersom han forventet at enhver side til spillet skulle være så godt utformet som mulig. Kaido var beskymret i løpet av produksjonen om Team Ico faktisk kom til å møte fristene som var lagt opp til dem og at budsjettet skulle strekke til, samtidig som de faktisk skulle ha muligheten til å skape det Ueda siktet mot.