Pave Frans innvilget den 9. januar 2021 hans førtidige avskjedssøknad, som han hadde sendt allerede sommeren 2020 med angivelse av helsegrunner. Han hadde vært innlagt på sykehus for covid-19. I oktober 2022 ble det kjent at Santier også trakk seg fordi han i 1990-årene hadde misbrukt to menn seksuelt og åndelig ved voyeurisme, noe han selv hadde innrømmet var tilfelle. For seksualdeliktene hadde Troskongregasjonen ilagt ham «et liv i bønn og bot». Personene det gjaldt gav avkall på å reise anklage mot ham. Senere i oktober 2022 ble det rettet nye anklager mot biskopen.