Ved parlamentsvalget i 2005 var han blant de fremste mujahideenledere som fikk flest stemmer i sine respektive provinser. Han ble innvalgt til Wolesi Jirga, parlamentets underhus, som representant for folket i Logar-provinsen. I løpet av sin tid i det afghanske parlament ble Mujadedi leder komiteen for legislative anliggender. Han fungerte tidligere også som guvernør for Laghman-provinsen.