Margrete ble gift med Henrik i 1572. Under bryllupsfestlighetene inntraff den såkalte Bartolomeusnatten natten til 24. august. Hendelsen er også kjent som . Under bryllupsfesten utførte katolikkene en storstilt massakre på hugenottene som ble drept i tusenvis i Paris og resten av Frankrike. Ekteparet ble tatt til fange og kunne ikke forlate Paris før i 1578. Samme år kom de til Navarras hovedstad Pau.