Maximilian Emanuel etterfulgte faren sin som kyrfyrst i 1679. Han deltok i 1683 i den store tyrkiske krig utenfor Wien, utmerket seg de følgende årene ved Gran, Buda, Mohács og Beograd, og ble i 1690 den keiserlige general ved Rhinen og kjempet hver etterfølgende sommer helt til freden i Rijswijk (1697) ved Rhinen, i Italia eller i De spanske Nederlandene, hvor han var guvernør fra 1691. I 1698 ble sønnen hans med Maria Antonia av Østerrike, kurfyrsten Joseph Ferdinand, gjennom testamente innsatt som arvtaker av hele det spanske monarkiet, men den unge prinsen døde den 6. februar 1699, og dermed sluttet de strålende utsiktene for familien. I mellomtiden hadde Maximilian Emanuel i 1694 giftet seg med datter til polske kongen Johan III Sobieski, Theresa Kunigunda.