Han var ansatt av det nederlandske fotballforbundet da de spilte i VM i fotball 1990 og ble med til mesterskapet selv om det var Leo Beenhakker som var trener. Beenhakker fikk jobben rett før mesterskapet da treneren som førte dem der, Thijs Libregts, fikk sparken. Laget tapte 2-1 mot Vest-Tyskland i åttendedelsfinalen og Beenhakker fikk sparken. Denne kampen huskes kanskje best for episoden da Frank Rijkaard spyttet flere ganger på Rudi Völler og begge spillerne ble utvist. Michels overtok som trener igjen og førte dem til EM i fotball 1992 og helt til semi-finalen hvor de tapte på straffespark mot Danmark. Dette ble Michels' siste kamp som trener da han trakk seg etter turneringen.