I indre del av Hardangerfjorden varierer saltinnholdet i overflaten mellom 3 % i januar-februar og 1 % i juni-august i takt med vannføringen i Eio, Kinso, Opo og Tysso. Regulerte vassdrag har mindre svingninger i vannføringen med mer avløp om vinteren og mindre under snøsmeltingen våren. Den dype Bolstadfjorden har en terskel på bare 1,5 meter og ferskvann/brakkvann på overflaten hindrer de tyngre saltvannet å sirkulere slik at det blir oksygenfattig.