På Linux kan Mplayer styres fullstendig fra kommandolinja, slik at bare filmvinduet synes. Det er også mulig å bruke et ekstra grafisk vindu til å styre med, men da bruker programmet lengre tid på å starte opp. Uansett kan man bruke knappene på tastaturet til å styre de vanligste funksjonene, som framover/bakover (piltastene), fullskjerm/ikke_fullskjerm (f), endre lydstyrke osv. Man kan også dra filmvinduet til ønsket størrelse med musa.