Etter 1989, da kommunismen falt og de kirkelige forhold kunne normaliseres, så imidlertid den offisielle kirke på noen hemmelige ordinasjoner med tvil og ba om en ny, såkalt betinget ordinasjon for prester som var blitt presteviet under omstendigheter man var usikker på. Ugifte prester kunne da slutte seg til den romersk-katolske kirke av vestlig (latinsk) ritus, gifte prester kunne tjenestegjøre i den gresk-katolske kirke. Men Jan Kofroň ønsket seg ikke en slik løsning.