Priser og kostnader er ofte ikke sammenlignbare mellom flytyper og også mellom forskjellige land som kjøper F-35, i tillegg kan beregninger av kostnader endre seg over tid. Det er flere grunner til dette, det viktigste er at det ikke finnes en standard måte å beregne kostnader på, selv mellom land som kjøper samme flytype. I USA beregner de forskjellige våpengrenene (Flyvåpenet, Marinen og Marinekorpset), kostnader på forskjellige måter. En annen viktig faktor er bruk av nåverdi og reelle valutaer som da inneholder inflasjon.