Jarle Aarbakke har vært leder for «ekspertgruppen for nordområdene», nedsatt av regjeringen Stoltenberg II. Ledelsen av regjeringens ekspertutvalg for nordområdene skjedde i tett samarbeid med utenriksminister Jonas Gahr Støre, og avtrykket av arbeidet finnes i regjeringens nordområdestrategi, presentert i Tromsø 1. desember 2006, senere i Nordområdemeldingen fra regjeringen Stoltenberg II november 2011. Noen konkrete resultater har vært Regjeringens strategi for marin bioprospektering, BarentsWatch til Tromsø og Vardø, Regionale forskningsfond, og Barents 2020-midler på årlige statsbudsjetter med føringer til bruk i Nord-Norge. Nytt isgående havforskningsfartøy, nytt teknologibygg ved UiT, nytt MHII-bygg ved UiT. Det strategiske samarbeidet mellom Universitetet i Tromsø, Umeå universitet og Northern Federal Arctic University (NarFu) i Arkhangelsk og Uleåborgs universitet er også et resultat av dette arbeidet.