I Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia var han anklaget for krigsforbrytelser i Bosnia-krigen. Praljak overga seg til tribunalet i 2004. I 2013 ble han dømt til 20 års fengsel for krigsforbrytelser. Denne dommen ble anket, og i 2017 skulle resultatet av ankegangen bekjentgjøres.