Et opprør i Nicaragua i 1979 resulterte i at den USA-støttede diktator Anastasio Somoza Debayle ble styrtet og sendt i eksil. Ortega ble på dette tidspunkt med i juntaen som styrte landet og ble i 1985 valgt til president. Hans presidentperiode kjennetegnes av sosialistisk politikk. Det ble satt i gang alfabetiseringsprogrammer som førte til at analfabetismen sank drastisk. Det ble også igangsatt omfattende nasjonalisering og omfordeling, som førte til at de fattige fikk bedre levekår. Samtidig ble det ikke noe fred under Ortegas styre. Høyreekstreme opprørere kjent som Contras kjempet mot sandinistenes regjering med amerikansk støtte fra 1981.