Josef Stangl ble født som sønn av advokaten Cosmas Stangl og hans hustru Margaretha (f. Scheubert), hadde fem søsken og gikk på en en-klasses landsbyskole i Heidenheim og fra 1916 på ; under første verdenskrig, der faren tok del som offiser, gikk han på et gymnasium i Bamberg. På grunn av de dårlige reiseforbindelsene bodde Stangl i kirkehjemmet i Bamberg.