Med befolkningsveksten fulgte også en urbanisering, framveksten av flere byer, og bystrukturen som oppsto skulle i stor grad bestå fram til industrialiseringen. De byer som allerede fantes vokste også betydelig. Denne utviklingen fulgte omtrent samme geografiske mønster som den øvrige demografiske utviklingen, der den største tilveksten skjedde i sør og i vest, og i mindre utstrekning i nord og øst. De fleste byene var fortsatt forholdsvis små, spesielt til sammenligning med samtidige storbyer som Córdoba, Konstantinopel og Bagdad. De største byene, Venezia, Milano, Firenze og Paris hadde på det meste innbyggere. Ut over disse var det et antall byer som Brugge, Gent, Lübeck og London som kunne ha mellom og innbyggere, og alle disse lå ved havet eller ved en større elv. De fleste andre byene hadde bare noen hundre til noen tusen innbyggere, og lå da ofte i innlandet. Bybefolkningen forble en minoritet av den totale befolkningen i Europa langt inn i moderne tid, selv om det fantes store lokale variasjoner. I Nord-Italia og Lavlandene kunne bybefolkningen være opp mot hver tredje person, i Sentral-Europa kun på en på tiendedel.