Mishima avsluttet sin planlagte tale etter kun noen få minutter, ropte «Lenge leve keiseren!», vendte tilbake til kommandantens kontor og begikk seppuku. Den rituelle handlingen var å presse et kort sverd, tradisjonelt en tantō, inn i buken, og trekke bladet fra venstre mot høyre for skjære opp maven. I sin fortelling hadde Mishima gitt et morbid løfte om sitt eget seppuku, og begikk sitt rituelle selvmord slik han hadde forestilt seg det og således eksemplifisere den militære ånd som hæren selv hadde mislyktes å opprettholde. I dette ritualet stakk han seg med dolk ved å benytte begge hender til å presse den inn i seg selv, snittet opp maven og tømte sine egne innvoller ut som «en masse av blodige slanger».