Etter sin prestevielse var Wisaksono først kapellan i St. Joseph i Kediri, før han ble lærer og økonom ved gutteseminaret St. Vincent de Paul i Blitar i 1983. I 1988 ble han sendt til Filippinene for doktorgradsstudier, hvor han i 1991 arbeidet ved De La Salle University i Manila med Marita Bernardo som veileder på avhandlingen «Forholdet mellom selvtillit og internalisering av prestelige kallsverdier blant vincentinske teologistudenter og internalisering av prestekallets verdier hos vincentinske teologistudenter».