Han blei arrestert av egyptiske myndigheter for å ha publisert innlegg på bloggen sin som ble ansett for å være antireligiøs og sårende mot daværende president Hosni Mubarak. I hjembyen Alexandria, den 22. februar 2007, ble Amer dømt til tre års fengsel for å opptrådt krenkende mot Islam, for oppvigleri, og ett år for å ha opptrådt krenkende mot president Hosni Mubarak. Han var den første blogger i Egypt som ble arrestert utelukkende på grunnlag av det han hadde skrevet. Han ble sluppet ut av fengselet 17. november 2010.