Al Mualim, lederen av broderskapet, gir Altaïr sjansen til å arbeide seg tilbake til sin grad i broderskapet. Altaïr må reise igjennom Det hellige land for å drepe ni kjente personer som startet det tredje korstoget. Hver person har sine egne kunnskaper og teknikker for å forsvare seg mot et attentat, så man må aldri undervurdere dem.