De første europeerne som kom til Aldabra var portugisere i 1511. På den tidspunktene var øya allerede kjent av araberne, som har gitt øya dens navn. Øyene ble brukt som base for pirater, ble fransk besittelse fra 1756. I dag er øyene ubebodd, og den tidligere byen på sørvestspissen huser nå bare forskere og oppsynsmenn.