I 1717 ble Muffat utnevnt til kammerorganist av Keiser Karl VI. Han gav keiserens barn musikkundervisning, blant andre den senere keiserinne Maria Theresia. i 1729 ble han utnevnt til andreorganist og i 1741 til hofforganist. Muffat ble i 1764 pensjonert med den anselige årspensjon på 900 Gulden.