Allerede i september måtte han forlate klosteret igjen. Den spanske borgerkrigen hadde da brutt ut, og han ble innkalt til den nasjonalistiske hæren. Han var bare i hæren i noen måneder før han ble erklært udugelig og kunne vende tilbake til klosteret. Der ble helsen hans stadig verre, og siden hans overordnede mente at han snart ville dø ble han sendt hjem igjen. Rafael ville gjerne dø i klosteret, og fikk derfor vende tilbake til klosteret for godt 15. desember 1937. Han fikk på dødsleiet avlegge løftene som trappistoblat, og fikk også munkenes ordensdrakt som hederstegn av abbeden. han døde i klosteret San Isidro de Dueñas 26. april 1938, og ble gravlagt på klosterets kirkegård.