Som en siste utvei bestemmer forbundet seg for å sende en enkelt dusørjeger for å komme seg inn på piratenes base og ødelegge Mother Brain, den biomekaniske livsformen som kontrollerer piratenes festning og dens forsvar. Samus Aran blir valgt til å gjennomføre dette oppdraget. Samus lander snart med romskipet sitt på overflaten av Zebes, og utforsker planeten, reiser gjennom planetens huler, oppdager oppgraderinger som missiler, energi-tanker og forskjellige våpen som kan brukes til å bli kvitt de fremmede skapningene som kommer i veien for spilleren. Underveis må spilleren også slåss mot Kraid og Ridley, og beseirer dem begge. Til slutt dreper Samus Aran alle Metroidene, og finne Mother Brain som også må ødelegges. Til slutt kommer en tidsbestemt bombe til å gå av for å ødelegge hele hulen, og Samus må komme seg vekk før bomben eksploderer.