Det var alternative planer om å kapre et tolvte passasjerfly og benytte dette i stedet for et småfly, antagelig på grunn av Manila-cellens voksende frustrasjon med eksplosiver. Det var farefullt å utprøve eksplosiver i en leilighet, og det økte oppdagelsesrisikoen. Khalid Sheik Mohammed var antagelig den som så på den alternative planen.