Bygården hans i København skulle jevnes med jorden, og en skamstøtte settes på tomten. Selv skulle han henrettes om han ble pågrepet, hodet satt på stake og kroppen parteres. Om ikke dette ble av, skulle han henrettes på en billedstøtte. 13. november fant en symbolsk henrettelse sted på slottsplassen, der en figur av ham ble henrettet, stoppet med råtnende innvoller fra slaktedyr som veltet ut. Den levende Corfitz var på flukt ned gjennom Europa, og kom på slutten av 1663 til Basel der han og fire av sønnene bosatte seg hemmelig, etter hvert i småbyen Riehen. Verst var det for ham at konen var arrestert, for «», skrev han til en venn. Et falskt rykte om at danske agenter var på sporet av ham, fikk ham til å sende bort sønnene og flykte i en liten båt ut på elven Aare mellm Basel og Neuenburg, der han døde uten å være gjenkjent. Han ble gravlagt i et fransiskanerkloster i Neuenburg under falskt navn, men barna fikk ham senere flyttet til et annet gravsted; ingen vet hvor.