Fra 2014 til 2020 var han fylkesråd for samferdsel og miljø i Troms fylkeskommune. Han fikk i januar 2014 fritak fra vervet som ordfører i Salangen kommune, som han hadde hatt siden 1999. Prestbakmo ble fylkesråd etter en parlamentarisk krise i fylkesrådet til Pia Svensgård (Ap) høsten 2013. Fylkesrådet Svensgård besto av partiene Ap, H og Krf, som høsten 2013 la fram forslag om å sentralisere den videregående skolestrukturen som innebar nedleggelse av flere videregående skoler, samt si nei til bygging av blant annet Bjarkøyforbindelsene. Dette resulterte i at Svensgård sitt fylkesråd gikk i oppløsning. Det nye fylkesrådet besto av blant annet H, Sp, V og Frp og med Line Fusdahl (H) som fylkesrådsleder og Ivar B Prestbakmo (Sp) som fylkesråd for samferdsel og miljø og fylkesrådets nestleder. Dette fylkesrådet fredet de videregående skolene i fylket og fortsatte planene om bygging av Bjarkøyforbindelsene. Etter fylkestingsvalget i 2015 inngikk Sp og V samarbeid med Ap og Krf i fylkesrådet med Cecilie Myrseth (Ap) som fylkesrådsleder. Prestbakmo fortsatte som Senterpartiets fylkesråd og nestleder i fylkesrådet. I juni 2017 gikk Myrseth av som fylksrådsleder da hun stilte til valg til Stortinget for Ap. I det påfølgende fylkesrådet med Willy Ørnebakk (Ap) som fylkesrådsleder, fortsatte Prestbakkmo som fylkesråd for samferdsel og miljø og som fylkesrådets nestleder.