Etter endt skolegang studerte Pérez katolsk teologi ved Ávilas seminarer (i Arenas de San Pedro og i selve Ávila) fra 1955 til 1967, og ble ordinert til prest den 18. februar 1967. Han studerte så ved Det pavelige universitet Gregoriana, der han fok doktorgrad i 1972. Han studerte også i Vest-Tyskland.