Jan Fredrik Andresen ble 28. september 2012 utnevnt til direktør i Statens helsetilsyn for en periode på seks år, og tiltrådte i november samme år. I november 2018 ble han utnevnt for en ny seksårsperiode, men gikk av i mai 2023 for å lede endringer i helseforvaltningen som spesialrådgiver i Helse- og omsorgsdepartementet.