Spilleren skylles i land på grunn av en storm, og blir oppdaget av en redd Pokémon. De slår seg samen for å redde spillerens utstyr fra en gjeng mobbere. Spilleren, som har mistet sin hukommelse, forsøker å finne igjen sin egen identitet. Spilleren opplever å få visjoner om fremtiden eller fortiden. Myndighetene varsler om at en kriminell ved navn Grovyle har stjålet gjenstander kalt Time Gears, som stabiliserer strømmen av tid i hver region og får tid til å stoppe når gjenstanden blir stjålet. Spilleren og hans partner forsøker å arrestere Grovyle, men blir slått ut.