På grunn av sin store og lange historie er imidlertid Windows-kodebasen ikke spesielt godt tilpasset den desentraliserte strukturen for Linux-utvikling som Git opprinnelig ble laget for å håndtere. Hvert Git-repositorium inneholder en fullstendig historikk for alle filene, noe som viste seg uholdbart for Windows-utviklere, siden kloning av hele repositoriet tar flere timer. Microsoft har arbeidet med et nytt prosjekt kalt Virtual File System for Git (VFSForGit) for å løse disse utfordringene.