Nikolaus ble oppkalt etter sin far, Niclas Koppernigk, en velhavende kjøpmann og embedsmann, som rundt 1458 hadde flyttet til Toruń fra Kraków i Lille-Polen. Nikolaus' mor, Barbara Watzenrode, var født i en velstående kjøpmannsfamilie som var del av byens patrisierklasse. Etter farens død ble Kopernikus tatt hånd om av sin onkel, Lukas Watzenrode den yngre, fyrstbiskopen av Ermland, som tok seg av hans utdanning og videre karriere. Morsmålet hans var tysk.