Under opptakten til Karl X Gustavs andre danske krig i årene 1657–1660, som var del av en større konflikt kjent som Karl Gustav-krigene, ble Ahnen den 9. mars 1657 oppnevnt som generalkommissær (militær øverstkommanderende) for det nordenfjelske, først sammen med kansler for Norge Ove Bjelke (1611–1674) og senere sammen med offiseren Jørgen Bjelke (1621–1696). I denne forbindelsen vurderte Ahnen muligheten for et norsk angrep fra Nordland mot Sverige. Sommeren 1657 ble Helgelands, Saltens og Senjens kompani satt opp, krigsskip satt i beredskap og Ahnen etablerte vakthold ved svenskegrensen.