Topdalsfjorden som Ålefjærfjorden er en del av er en terskelfjord. Terskelen går over fjorden med Varoddbrua sør for Ålefjærfjorden og på grunn av mye tilførsel av ferskvann fra både Ålefjærbekken fra Bjåvann innerst i fjorden og Topdalselva har fjorden et ganske lavt saltinnhold. Ved store nedbørsmengder kan man regne innerste delen av Ålefjærfjorden for brakkvann. På grunn av lavt saltinnhold fryser ofte Ålefjærfjorden tidligere på vinteren enn Topdalsfjorden og isen stopper normalt sett ved terskelen ute ved Varoddbrua der saltinnholdet øker og strømmenn er sterkere ved tidevannsendinger.