Edvard ble tatt til fange som følge av slaget, og holdt som fange. Eleanore ble samtidig gitt husarrest i Westminster Palace. Imidlertid greide Edvard å rømme fra fangenskapet, og ved Montforts påfølgende nederlag og død i slaget ved Evesham i august 1265, hvor Edvard ledet de rojalistiske styrkene, var innbyrdeskrigen over. Edvard tok deretter en ledende rolle i å reformere regjeringen, og Eleanore sto framtredende ved hans side. Hennes posisjon ble sterkt forbedret da hun etter flere døtre som levde i kort tid, endelig født en sønn, John, den 13. juli 1266, og deretter enda en sønn våren 1268, Henry, før hun i juni 1269 fødte en frisk datter, Eleanore, den senere grevinne av Bar.