Custer ble utnevnt til sekondløytnant i 2. kavaleriregiment og sluttet seg umiddelbart til sitt regiment ved det første slaget ved Bull Run, hvor kommandanten Winfield Scott satte ham til å overlevere beskjeder til generalmajor Irvin McDowell. Etter slaget ble han overført til 5. kavaleriregiment, hvor han tjenestegjorde i løpet av de første dagene av nordstatenes offensiv i det nordøstlige Virginia i 1862.