Ved føderasjonen i 1901 ble embetet som generalguvernør opprettet, samtidig som guvernørembetene i de seks delstatene ble beholdt. Kronen var på denne måten direkte representert på begge nivåer. Generalguvernøren var både kronens og den britiske regjeringens representant i landet. Etter at Australia ved imperiekonferansen i 1926 fikk bekreftet sin autonome status, og fikk selvråderett over innenrikssaker så vel som utenrikspolitikk, gikk generalguvernøren over til å bli utelukkende kronens representant. De første generalguvernørene var som regel britiske adelsmenn, utnevnt etter råd fra regjeringen i London. I 1931 ble dette endret og den australske regjeringen overtok retten til å gi majesteten råd om hvem som burde utnevnes til embetet. Neste steg var utnevnelsen av australiere til posten som generalguvernør, noe som skjedde samme år da Isaac Isaacs ble den første australskfødte innehaver av embetet. Prosessen som ga kronen et større australsk preg gikk raskere for generalguvernørinstitusjonen enn for delstatsguvernørene, som formelt ble utnevnt av dronningen etter råd fra Storbritannias regjering helt til 1986, da ble vedtatt i likelydende form av parlamentene i Australia, de seks delstatene og Storbritannia.