Den 23. april 1794 ble han henrettet i guillotinen etter å ha sett en stor del av sin familie og venneskare bli henrettet utelukkende på grunn av deres tilknytning til ham selv. Bare noen få år etter hans død begynte biografer å portrettere Malesherbes som en romantisk skikkelse som ble en av s uskyldige ofre.