Windows 3.0 var ikke tilgjengelig i å såkalt kjørbar versjon, run-time, hvilket var tilfelle med dens forgjengere. Grunnet begrenset bruk av Windows i seg selv ble en del programvare, eksempelvis skriveprogrammet Ami Pro, sendt ut med en kjørbar utgave av Windows som da bare kunne ha det ene programmet. Dette systemet ble ikke lenger støttet etter 31. desember 2001.