Som skoleelev var Jörg Baberowski med i maoistorganisasjonen Kommunistischer Bund Westdeutschland, men han tok senere avstand fra sine holdninger i ungdomstiden. Han studerte historie og filosofi ved Universität Göttingen fra 1982 til 1988. Som student lærte han også russisk, og han skrev hovedfagsoppgave om «politisk rettspleie» i de sene årene av det russiske keiserriket.