HAARP har vært et mål for konspirasjonsteoretikere, som hevder at anlegget er i stand til å påvirke været til militære formål. Kommentatorer og vitenskapsfolk sier at tilhengere av denne teorien er uinformert, ettersom påstandene faller langt utenfor hva anlegget er i stand til, og endog utenfor hva som er mulig i henhold til fysikkens lover.