Hanlon spilte for den velkjente ungdomsklubben i Edinburgh, Hutchison Vale på ungdomslagsnivå, sammen med bl.a. den fremtidige Hibs-lagkameraten Danny Galbraith. Hanlon var angripende midtbanespiller og scoret mange mål i aldersbestemt fotball, men ble omskolert til forsvarsspiller etter at han signerte for Hibs. Han spilte sin første seniorkamp for Hibs den 12. januar 2008, mot Inverness Caledonian Thistle i den skotske FA-cupen, på grunn av skader for spillerne David Murphy og Lewis Stevenson. Hanlon spilte jevnlig for Hibs i løpet av de neste seks månedene, og han skrev deretter under på en femårskontrakt med klubben.