Trafigura har vært involvert i flere politiske og miljømessige skandaler. Firmaet var involvert i korrupsjonsskandalen rundt Iraks Olje for mat-program under embargoen mellom den første og den andre Irak-krigen. Firmaet stod også bak giftutslippet på Elfenbenskysten i 2006, som førte til 15 dødsfall og at mer enn 100 000 ble syke. Firmaet stod også bak ulovlig vasking av coker bensin ved Vest Tank i Sløvåg i Sogn og Fjordane, som førte til Vest Tank-ulykken i 2007.