I 1859 ble han personellkapellan hos sognepresten i Stokke, Hans Christian Ross. Han ble også formann i Stokke misjonsforening. Han tok også initiativet til misjonsfellesforeningen for Jarlsberg og Larviks amt. Müller stod i spissen for et nidkjært og oppsøkende misjonsarbeid, som samlet mange tilhørere på møtene og førte til «en ganske alvorlig og gjennomgripende vekkelse» i distriktet.