En sentral oppgave for Novo Holdings er å være et fundament for virksomheten i Novo Nordisk og Novozymes. Novo Holdings utfører også investeringer, blant annet i selskaper med nytteforskning innen livsvitenskap. Målet er å styrke fondets eiendeler og oppnå avkastning, som kan distribueres av fondet til forskning så vel som humanitære og sosiale formål.