Han ble biskop av Modena i 1529 i en alder av tyve år. Utnevnelsen ble forsøkt forhindret av Ippolito II d'Este som mente at stillingen var blitt lovet ham. Han fikk hertug Alfonso av Ferrara til å innta bispestolen med makt, og konfiskerte alle dens inntektsbringende rettigheter. Paven bad imidlertid keiser Karl V om hjelp i 1531 og klarte således året etter å få Morone på plass i Modena mot at Morone betalte d'Este en årlig pensjon på 400 dukater.