Hoepner var sønn av legen Kurt Hoepner og hustruen Elisabeth. Da han var fire år gammel flyttet familien til Charlottenburg-Wilmersdorf i Berlin. I 1893 begynte han på Kaiserin-Augusta-Gymnasium, hvor han tok abitur i 1905. I juni 1909 gikk han inn i den prøyssiske hæren som fahnenjunker.