Da øya kom under spansk kontroll igjen, ble Malabo kalt . Byen ble i 1969 valgt som ny hovedstad i landet i stedet for Bata på fastlandet, og i 1973 skiftet byen navn til Malabo, som et ledd i president Francisco Macías Nguema sin plan om å bytte ut europeiske stedsnavn med mer «autentiske» afrikanske navn.