Kommandoen brukte luft- og sjøenheter for å frakte kommandosoldatene til forskjellige mål og deretter hente dem tilbake. Det var dermed en struktur for koordinering og kommando av kombinerte våpen. Admiral of the Fleet Roger Keyes var den første direktøren, fra 17. juli 1940 til 27. oktober 1941. Han ble først erstattet av Lord Louis Mountbatten, som ledet kommandoen i et år. Han ble deretter etterfulgt av generalmajor Robert Laycock (oktober 1943 – 1947).