Etter en fredsavtale i januar 2003 sluttet Soro seg til regjeringen og fikk rollen som kommunikasjonsdirektør og minister i april 2003. Den 28. desember 2005 ble Soro utnevnt til minister for gjenoppbygging og reintegrering i regjeringen til statsminister Charles Konan Banny. Med denne stillingen ble han den nest høyeste medlemmet av regjeringen etter statsministeren. Han deltok imidlertid ikke på et eneste regjeringsmøte i denne stillingen før den 15. mars 2006.