Balzer var aktiv nasjonalsosialist. I sin embedsperiode opprettet han et . I 1939 var han i Eisenach en av grunnleggerne («Institt for utforskning og avskaffelse av swb jødiske innflytelse på det tyske kirkelige liv»). Den 4. april samme åt var han en av underskriverne av en erklæring som betegnet «nasjonalsosialismens kamp mot ethvert kirkelig maktanspråk» og dens «innsats for en verdensanskuelse som passet til det tyske folks egenart» som «fulleldelsen av det verk som den tyske reformator Martin Luther hadde påbegynt.