IBEAC hadde kontroll over et område på 639 000 km på østkysten av Afrika, med senter på 39° øst og ekvator. Fra 1890 hadde det også kontroll over Uganda. 1. juli 1895 ble administrasjonen av Britisk Øst-Afrika ble overført til utenriksdepartementet, og i 1896 ble også administrasjonen over Uganda overført dit.