Sanherib (705–681 f.Kr.) etterfulgte Sargon II, og etter å ha regjert direkte en stund, plasserte han sønnen Ashur-nadin-shumi på tronen. Imidlertid fortsatte Merodach-Baladan og hans elamittbeskyttere å agitere mot assyrisk styre uten hell. Nergal-ushezib, en elamitt adelsmann, myrdet den assyriske prinsen og tok selv kortvarig tronen. Dette førte til at den rasende assyriske kongen Sankerib invaderte og underkuer Elam og plyndret Babylon, ødela regionen og i stor grad ødela byen. Han gjorde Nineve til Assyrias hovedstad og satte i gang enorme byggeplaner. Mens han ba til til sin personlige gud Nisrok i Nineve i 681 f.Kr., ble Sankerib myrdet av sine egne sønner i en hoffkonspirasjon. Den nye assyriske kongen Asarhaddon (681–669 f.Kr.) plasserte en marionettkonge Marduk-zakir-shumi II på tronen i Babylon. Marduk-apla-iddina kom imidlertid tilbake fra eksil i Elam, og avsatte Marduk-zakir-shumi, hvorpå Asarhaddon ble tvunget til å angripe og beseire ham. Marduk-apla-iddina flyktet nok en gang til sine herrer i Elam, hvor han døde i eksil i 694 f.Kr.