Ved uavhengigheten forble den britiske monarken landets statsoverhode representert ved en generalguvernør som var fungerende statsoverhode. Ved uavhengigheten fortsatte Pakistan å bruke den britiske Government of India Act (1935) som forfatning inntil landet fikk utarbeidet sin egen grunnlov; dermed fortsatte Pakistan et konstitusjonelt monarki og i samveldet. Jinnah var den første generalguvernøren og som «landsfader» styrte han med særlig autoritet. Jinnahs raskt sviktende helse gjorde at han i praksis ikke var så involvert i styringen av landet som han hadde tenkt. Louis Mountbatten, den siste visekonge av India, skal planlagt å selv bli generalguvernør av Pakistan, men Jinnah ville selv ha dette vervet.