Kellee Santiago ble født i Caracas i Venezuela, og ble oppdratt i Richmond i Virginia. Hun begynte å spille videospill i en tidlig alder, og spilte kompetitivt mot broren sin. Et av hennes tidligste spill var , som hun beskrev som «enkelt, men så effektivt og så stemningsfullt». Faren hennes, som var en programvareutvikler, hadde en datamaskin i huset når hun var ung, og oppmuntret Santiago til å bruke den. Hun flyttet til New York når hun var 18 år gammel for å gå på skole ved the Tisch School of the Arts ved New York University, hvor hun ble aktiv i amatørteater. Hun fokuserte på teater ved å lage nye verk, istedenfor å arbeide på gamle verk, og ble veldig interessert i å innlemme hennes digitale verk i teaterverkene hennes. Hun har sagt at dette var fordi hennes far oppmuntret henne til å bruke datamaskiner, så hun hadde mer erfaring enn de andre studentene i gruppene hennes.