Da hun var rektor i 2023 publiserte hun et leserinnlegg i , der hun kritiserte to av NTNUs egne forskere for å ha «en retorikk og en diskusjonsform jeg ikke kan stå inne for». Senere mediedekning i universitetsavisen viste utstrakt kontakt mellom Borg, NHOs leder Anniken Hauglie og en direktør ved Norsk Industri i forkant av innsendingen av avisinnlegget. Borg beklaget i få dager senere at hun hadde kritisert forskernes ordvalg, samtidig som hun understreket at NTNUs forskere hadde full ytrings- og forskningsfrihet. Hennes intensjon hadde vært å sørge for et godt debattklima i kontroversielle saker, hevdet Borg. 15. desember 2023 meddelte hun universitetsstyret, i et ekstraordinært møte, at hun gikk av som rektor med umiddelbar virkning.