FIS var i utgangspunktet et ikke-voldelig parti, men det fikk støtte fra en rekke ulike grupperinger, blant annet militante islamske organisasjoner. Flere slike grupper sto på 1990-tallet for voldshandlinger som kan ha krevd så mange som menneskeliv. Voldsaksjonene fra islamistiske grupper var spesielt utbredte på midten av 1990-tallet og avtok mot slutten av årtiet og etter sekelskiftet. Flere væpnede grupperinger sto bak voldskampanjen som først ble rettet mot utenlandske borgere, algirske intellektuelle og offentlige tjenestemenn, og etterhvert i tiltagande grad også mot andre borgere. Men også statens maktapparat – framfor alt sikkerhetsstyrkene – ble anklaget for voldshandlinger. Blant annet skal de ha vært ansvarlige for forsvinningen av et betydelig antall mennesker. Fremvoksten av den væpnede islamistiske motstanden mot Algeries sekulære regime kan spores tilbake til den militære tradisjonen fra frigjøringskrigen på 1950-tallet. De første, små gruppene så dagens lys tidlig på 1980-tallet, men det var først etter islamistenes valgseier i 1990 og det innstilte parlamentsvalget året etter at den væpnede opposisjonen vokste fram. Til å begynne med manifesterte motstanden mot regjeringen seg i omfattende demonstrasjoner i storbyene. Regjeringens overgrep mot FIS og andre islamske grupper begynte på alvor med arrestasjoner av en rekke sentrale FIS-ledere i januar–mars 1991 – deriblant valgte ordførere og medlemmer av parlamentet – samt omkring ti tusen partimedlemmer. Partiet ble forbudt den 3. mars 1991. Myndighetene førte en politikk som også på andre områder begrenset borgerrettighetene, blant annet i form av innskrenket presse- og organisasjonsfrihet.