I Roma startet han også å arbeide i sirkelen rundt Michelangelo og de ble venner. Michelangelo brukte sin innflytelse hos pave Paul III til å sikre Daniele oppdrag og stillingen som bestyrer over verkene i Vatikanet, som han hadde inntil pavens død. Michelangelo skaffet også skisser som Daniele baserte noen av sine malerier, spesielt hans serie av fresker i Orsini-kapellet i Santissima Trinità dei Monti, i forbindelse med oppdraget Daniele fikk i desember 1541.