Fem år etter opprettelsen av Dikasteriet for integral menneskelig utvikling og etter en evaluering sommeren 2021, reorganiserte pave Frans ledelsen av denne kurieorganet med virkning fra 1. januar 2022. På dette tidspunkt ble kardinal Peter Turkson løst fra embedet som prefekt og etterfulgt «ad interim» av Czerny. Den 23. april samme år ble kardinal Czerny utnevnt av pave Frans til prefekt for dikasteriet.