Grensetvisten mellom New Mexico og Texas stod uløst da Taylor tiltrådte. New Mexico var et føderalt territorium, men Texas fremmet territorialkrav i Santa Fe-traktene, i strid med hva befolkningen i området ønsket. Taylor tok parti med New Mexico og ønsket å beholde det som et føderalt territorium, men gikk til slutt inn for å gjøre New Mexico til en delstat på sikt, for å dempe slaveridebatten i Kongressen. New Mexico og Arizona ble administrert samlet som New Mexico-territoriet frem til de ble opptatt som delstater i 1912. Lengre nord ønsket mormonske nybyggere å etablere en egen delstat med utgangspunkt i dagens Utah. Taylors regjering vurderte å slå sammen Utah med California, men endte i stedet med å opprette Utah-territoriet. For å forsikre mormonene om deres religionsfrihet, lovte Taylor at de ville nyte en viss autonomi fra Kongressen, selv som et føderalt territorium.