Under Andre verdenskrig ledet han erkebispedømmet og den filippinske kirke som helhet gjennom bønner og hemmelig hjelpeinnsats for se trengende, noe som nesten kostet ham livet. Han etablerte i 1942 for å betjene de åndelige og sosiale behov til dem som satt i interneringsleiren inne i (University of Santo Tomas). Han var derfor under konstant overvåking av den keiserlige japanske hær. Etter frigjøringen av Manila i 1945 ledet han filippinske katolikker gjennom gjenoppbyggingen ved å holde moralen høy ved bønn.