Systemøkologi dreier seg om økosystemers oppbygning og funksjon. Samfunns- og systemøkologi inngår tett i hverandre. En kan skille samfunnsøkologi fra systemøkologi ved at systemøkologien er fokusert på hvordan økosystemer påvirkes av de livløse (abiotiske) faktorene i miljøet. I praksis er det ikke mulig å studere et biologisk samfunn uten å ta hensyn til både miljøet og samfunnsøkologi. I systemøkologi er en ikke opptatt av arter, men av størrelser som biomasse, energiflyt og næringskjeder. Spesielt er en opptatt av menneskelig påvirkning av økosystemer, som kan føre til endring av kretsløpene for næringsstoffer, vann og så videre.