Mestre begynte som kapellan ved katedralen i Mar del Plata. I 2000 ble han sendt til Buenos Aires for videre studier, hvor han i 2001 studerte ved Det pavelige katolske universitet i Argentina under Luis Heriberto Rivas og skrev lisensiatsarbeidet . I tillegg til studiene var han sjelesørger i sognet i Buenos Aires og fra 2000 til 2006 var han ansvarlig for bibelske emner i for Den argentinske bispekonferanse.