Etter krigen ble Nanjing igjen sete for Republikken Kina. Den kinesiske borgerkrig mellom republikken og kommunistene brøt ut på nytt, og etter viktige kommunistiske seirer i nord i Mandsjuria ble Jiangsu en viktig krigsskueplass. De avgjørende slagene under Huaihaifelttoget ble utkjempet i det nordlige Jiangsu. Den endte med Kuomintangstyrkenes nederlag, og kommunistene ble istand til å krysse Yangtze og innta Nanjing. Kuomintang flyktet sørover og endte til slutt opp på Taiwan. Der etablerte de sin midlertidige – men nokså varige – regjeringshovedstad i Taipei, men holdt fast ved at den formelle og rettelige hovedstad var Nanjing.