Befolkningen i Øst-Timor er, i motsetning til majoriteten i Indonesia, katolsk. Ifølge statistikker fra 1992 var omtrent 90 % av befolkningen registrert som katolikker, mens 3 % var registrert som protestanter, 4 % muslimer og 0,5 % hinduer. Det er imidlertid sannsynlig at det innad i disse religionsgruppene også praktiseres animisme blant enkelte av de registrerte medlemmene.