Baskisk språk har ord for domestiserte dyr og planter, noe som kan antyde at forfedrene til baskerne kom til Aquitaine med den neolittiske kulturen, bondesteinalderen. Det bryter med teorien om at de var en overlevning fra en eldre paleolittisk befolkning. En årsak til denne teorien er at den oppsto kom før genetikken og da kun blodtyper kunne sammenlignes. Baskernes høye andel av blodtypen rhesus negativ sammen med deres isolerte språk gjorde dem kandidat for denne opphavsteorien. Genetikken har derimot forskningsresultater som mitokondrielt DNA (mtDNA) og Y-kromosom (Y-DNA). Den mest vanlige vesteuropeiske haplogruppe av Y-DNA er er like sterkt representert hos baskerne som hos deres naboer. Dens underavdeling , karakteristisk for Frankrike og De britiske øyer, er funnet hos omtrentlig 20 prosent av baskiske menn, og en sjeldnere undergruppe, er funnet hos 17 prosent av baskiske menn og kun spredte tilfeller over resten av Iberia og sørlige Frankrike. Det er hva som er forventet fra en tid med liten folkebevegelse ut av dette området. Fra utgikk og dens er vanlig i Iberia. oppsto sannsynligvis i den baskiske befolkningen fra en iberisk bakgrunn delt med folk som snakket andre språk.