Bygningene og parken rundt ble lite berørt av krigen, og ble for en kortere periode tatt i bruk av Den røde armé etter frigjøringen av Berlin. I årene 1947-1952 ble bygget brukt til opplæringssenter for SPD og 1952-1988 ble det brukt av Neuköllns skoledistrikt. Ved delingen av Berlin ble Wannsee liggende i den amerikanske sektor i Vest-Berlin. Villa Wannsee ble da tatt i bruk som offiserskvarter for den amerikanske hæren. Senere ble den brukt til forskjellige formål bl.a. som feriekoloni, og det ble etterhvert nokså nedslitt og tømt for inventar.