Under den store nordiske krig (1700–1721) hadde skjærgårdsflåten base i Fredrikstad fra 1709. Den stod under kommando av admiral Peter Wessel Tordenskiold (1690–1720). Halden var ladested under Fredrikstad frem til 1665, og Moss var ladested under Fredrikstad fra 1670 til 1720. Gleng var en del av Fredrikstad fra 1567 til 1825, mens den øvrige delen av Sarpsborg var en del av Fredrikstad frem til 1839. Gjenopprettelsen av Sarpsborg skjedde delvis på Fredrikstads bekostning.