Etter noen omflakkende år, bl.a. med studier på ulike læresteder i Europa, ble Patrizi i 1547 immatrikulert ved universitetet i Padova. Hensikten var å studere medisin, men han var snart i gang med å studere aristotelisk filosofi. Allerede i studietida ble han platoniker og var resten av livet en skarp kritiker av aristotelismen.