Jesuittene som hadde fulgt med Gamas ekspedisjon inn i Etiopia og satt opp deres hovedkvarter ved Fremona i nordlige Etiopia i nærheten av Adwa. Jesuittene ble enten undertrykt eller oversett, men ikke direkte utvist av de etiopiske myndighetene. På begynnelsen av 1600-tallet kom fader Pedro Páez til Fremona, en mann med store diplomatiske emner, og fikk etter hvert stor innflytelse ved keiserens hoff, og fikk også keiseren over på sin egen tro. Páez ledet reisningen av flere kirker, palasser og broer flere steder i landet og utførte mye nyttig arbeid. Hans etterfølger Alfonso Mendez var av en annen, mindre diplomatisk støpning, og klarte å fornærme både etiopiere og europeere. Da keiser Susenyos døde og hans sønn Fasilides overtok tronen i 1633 ble jesuittene formelt utvist fra riket.