Klimaet er gjennomgående kjølig, en følge av at landet ligger så langt mot nord. Vind fra Østersjøen gjør vintrene fuktige, men fører samtidig til at landet blir spart for de betydelig kaldere luftmassene fra øst. Selv om over halvparten av Estland er oppdyrket eller blir brukt som beitemark, er det fortsatt veldig mye igjen av den naturlige vegetasjonen. Den omfatter blant annet skog, først og fremst gran og en del furu. I lavlandet er det store myrstrekninger. Det finnes et rikt dyreliv, med blant annet hjortedyr, ulv og gaupe.