Han var feltprest fra 1961 til 1962 og arbeidet deretter som landsungdomssekretær i Indremisjonsselskapet fra 1962 til 1968. Fra 1968 til 1975 var han forlagssjef i Lutherstiftelsen. Deretter var Prestegård generalsekretær i Indremisjonsselskapet fra 1975 til 1987. Prestegård var forstander ved Menighetssøsterhjemmet (nå Diakonova) fra 1987 til 2005.