Malheur Countys totale areal er 25 719 km² hvorav 111 km² er vann. I 2000 hadde fylket 31 615 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Vale, fylkets største by er Ontario. Fylket ble grunnlagt i 1887 og har fått sitt navn etter elven Malheur River som renner gjennom området.