Han var sønn av en prinsesse i Quito og inkaen Huayana Capac. Inkaen hadde inngått et allianse-ekteskap for å knytte kongen av Quito til seg og på den måten innlemme kongedømmet i Inkariket. Huayana trivdes så godt i Quito at han ble værende der, og Atahualpa ble kongens favorittsønn. Dette mislikte hoffet i Cuzco sterkt. De mente inkaen sviktet sin rolle som solens sønn ved ikke å være i Cuzco, den hellige hovedstad, og mente også at Atahualpa ikke var ektefødt arving av inkaen, da det bare var barn av bror og søster som var ektefødte og rettmessige arvinger. I Cuzco bodde den rettmessige arving av tronen; Huascar.