I et trippel kvadrupol massespektrometer er det tre kvadrupoler. Den første kvadrupolen betegnet "Q1" kan fungere som et massefilter og overfører et valgt ion og akselererer det mot "Q2" som kalles en kollisjonscelle. Trykket i Q2 er høyere og ionene kolliderer med nøytral gass i kollisjonscellen og er fragmentert av CID. Fragmentene blir deretter akselerert ut av kollisjonscellen og går inn i Q3 som skanner gjennom masseområdet, og analyserer de resulterende fragmentene (når de treffer en detektor). Dette produserer et massespektrum av CID-fragmentene som strukturell informasjon eller identitet kan oppnås fra. Mange andre eksperimenter ved bruk av CID på en trippel kvadrupol eksisterer, slik som forløperionskanninger som bestemmer hvor et spesifikt fragment kom fra i stedet for hvilke fragmenter som produseres av et gitt molekyl.