Hæren, som først nå var i kamp mot opprørerne, fikk i praksis frie hender til å bruke tortur og terror for å skaffe informasjon og bryte ned motstand. Nepal blei et land der «forsvinninger» og voldtekt blei vanlige militære virkemidler. Det viste seg å ramme en mengde fattigfolk på landsbygda som ikke hadde noe med maoistene å gjøre.