Det finnes fortsatt noen som ikke anerkjenner nordlig klippehopperpingvin som en egen art. Den er nært beslektet med sørlig klippehopperpingvin (), men ble foreslått separert fra denne i 2006. Den har siden blitt gradvis mer akseptert som en egen art blant forskere, herunder også av WoRMS og BirdLife International. Ny forskning antyder dessuten nå (2011) at også sørlig klippehopperpingvin og østlig klippehopperpingvin er så forskjellige at de bør separeres som distinkte arter.