I middelalderkilder omtales den bare som bekken eller elva, så navnet Skolebekken er yngre. Navnet har vært diskutert, men har trolig sin forklaring i allmueskolen som lå i bakken opp mot Domkirkeplassen øst for Domkirken. På 1700-tallet delte en skattelistene opp i områder. Det ble da skilt mellom Bekken og Skolebekken, der Bekken omtales rett før Skolebekken. Trolig het bekken på 1700-tallet Skolebekken øverst og Bekken nederst.