På 1600-tallet var akedemiet et eliteuniversitet som lokket til seg studenter og vitenskapsmenn fra hele Europa. I 1817 ble universitetet stengt. I sovjettiden ble det åpnet en sjøkrigsskole på universitetes grunn. Etter Ukrainas selvstendighet i 1991 ble Kyiv-Mohyla-akademiet åpnet på nytt og utviklet seg raskt til en av Ukrainas ledende utdannelsesinstitusjoner. Akademiet har ca 3500 studenter.