Domstolen behandler som hovedregel saker etter staten Bosnia-Hercegovinas lover, til forskjell fra delstatenes (entitetenes) lover. Den behandler også saker som gjelder vedtak gjort av Bosnia-Hercegovinas institusjoner og andre organer med ansvar for offentlige oppgaver, for eksempel saker om grenser mellom delstater og andre politiske enheter i landet, og brudd på valglover.