Fra sommeren 1992 til sommeren 1996 stilte Yoder seg under en disiplinærstraff fra Indiana-Michigankonferansen av menonittkirken, på grunn av anklager om seksuell uorden. Yoder bekreftet offentlig disse påstandene og ba om unnskyldning for sine handlinger. Da disiplinærsaken ble avsluttet, nødet kirken Yoder til igjen å «bruke sine gaver i skrift og tale».