Ohrid erkebispedømmet mista etter hvert flere bispedømmer blant annet til den nygrunnlagte bulgarsk-ortodokse kirke, det serbisk-ortodokse erkebispedømmet Peć og det økumeniske patriarkat. På slutten av 1200-tallet omfatta Ohrids kirkeprovins bare elleve bispedømmer. Erkebispedømmets status som autokefal kirke ble derimot bevart både under bulgarsk (fra 1198), serbisk (fra 1334) og osmansk styre (fra ca. 1400).