Korsfarerne la byen under en lengre beleiring hvor korsfarerne selv mistet mange menn på grunn av mangel på mat og vann rundt Jerusalem. Da korsfarerne nådde byen, var det bare rundt 12 000 menn inkludert 1 500 kavalerister igjen. De stod ovenfor en tilsynelatende umulig oppgave, men motet deres steg da en prest som het Peter Desiderius hevdet å ha hatt et guddommelig syn som instruerte dem til å faste og så marsjere i barfot prosesjon rundt bymurene. Etter dette skulle byen falle i løpet av ni dager. Synet fulgte det bibelske eksemplet til Josva i beleiringen av Jeriko. 8. juli 1099 utførte korsfarerne prosesjonen slik Desiserius instruerte. De genovesiske styrkene ledet av kommandanten Guglielmo Embriaco hadde tidligere demontert skipene som genoveserne kom til Det hellige land med. Embriaco brukte skipenes treverk, laget noen beleiringstårn og korsfarerne klarte å avgjøre beleiringen syv dager senere, den 15. juli, ved å bryte ned seksjoner av muren og gå inn i byen. Noen korsfarere gikk også inn gjennom den tidligere porten til pilegrimene.