Som finansieringsmekanisme for naturmangfoldskonvensjonen støtter GEF både vern og bærekraftig bruk, biosikkerhet, bevaring og bruk av genetiske ressurser. GEF styre forvalter også et midlertidig spesialfond for å få igang ordningen med økonomisk kompensasjon til opprinnelsesland for genressurser ut fra en ny avtale under naturmangfoldkonvensjonen (Nagoya protokollen).