Gajah Mada, rikets framstående og regent fra 1331 til 1364, førte en ekspansjonskrig og utvidet slik rikets makt i de omliggende øyene. Et par år etter Madas død lyktes majapahitstyrker i å innta Palembang og slik ødelegge Shrivijaya. I Majapahitriket begynte islam å øke sin makt og å vinne tilhengere i området. Siden Majahapitrikets makt begynte sin tilbakegang allerede i det fjortende århundre, kunne det muslimske sultanatet Malakka ekspandere. De styrende klassene kunne etter rikets fall dra til Bali, der den hinduistiske kulturen overlevde helt fram til i dag.