I 1591 invaderte Marokko Songhairiket under Ahmad al-Mansur fra Saadidynastiet for å sikre seg gullfeltene i Sahel. I slaget ved Tondibi ble hæren fra Songhairiket beseiret. Marokkanerne erobret Djenne, Gao, og Timbuktu, men de var ikke i stand til å dominere hele regionen. Askiya Nuhu og songhaihæren omgrupperte ved Dendi i hjertet av sitt rike, og drev geriljakrig mot marokkanerne, særlig deres ressurser da de var avhengig av forsyninger fra Marokko. Songhai ble fragmentert i flere stater i løpet av 1600-tallet.