Selv om Theodora og Zoë møtte sammen på møter i Senatet eller i offentlig sammenheng var det klart at de hadde et anstrengt forhold. Zoë var fortsatt sjalu på Theodora og hun hadde ikke noe ønske om å lede imperiet, men hun ville heller ikke tillate Theodora å utøve ledelsen alene. Hoffet delte seg snart i to fraksjoner. Etter to måneder med økt splittelse endret Zoë sin taktikk og giftet seg på nytt, denne gang med Konstantin Monomakos som tok navnet Konstantin IX. Giftermålet skjedde 11. juni 1042 og Konstantin overtok keisermakten. Selv om Theodora og Zoë fortsatt offisielt hadde de samme posisjoner og Theodora fortsatt deltok i formelle sammenhenger, så var i praksis all makt delegert til den nye keiseren. Hun var fortsatt i stand til å utøve en viss innflytelse, som da Johannes evnukken, den tidligere svært innflytelsesrike ministeren og kammerherren under Romanos III, Mikael IV og Mikael V, og som nå levde i eksil, ble pågrepet og blindet.