Fra 1856 var Mombasa en del av sultanatet Zanzibar. I 1887 forpaktet sultanen kysten av det nåværende Kenya til Imperial British East Africa Company. Fra 1895 var byen og området forvaltet av det britiske Østafrikaprotektoratet. Byens nøkkelposisjon ble styrket da britene i 1901 fikk fullført byggingen av en jernbanelinje som strakk seg fra Mombasa og helt til Uganda.