Den pakistanske økonomis svake stabilitet ble svekket av krigen mot India, og i 1968 brøt det ut uroer som truet med å slå ut i borgerkrig. Ayub, nå under sterke poluitisk press og dessuten helsemessig svekket, trakk seg tilbake den 25. mars 1969. Han overlot makten til armésjefen Yahya Khan, på et vis som ikke var forfatningskonformt. Yahya satte så forfatningen ut av kraft, og innførte krigsrett.