I løpet av de napoleonske kriger ble Tirol 1805 okkupert av Bayerne, som var Napoleons forbundsfeller. Etter kontraktsbrudd fra Bayerns side (bl.a. innskrenking av folkets medbestemmelsesrett) gjorde tirolerne i 1809 opprør under Andreas Hofer. Tre ganger klarte de å påføre bayerske og franske tropper nederlag i slagene ved Bergisel og befri landet fra okkupasjonsmakten. Tirolerne tapte imidlertid det fjerde slaget. Dette resulterte i at Hofer ble henrettet og Tirol delt opp mellom Bayern (Nord-Tirol), Italia (Syd-Tirol og Trentino) og De illyriske provinser (Øst-Tirol).