Ved å ligge så nær Nildeltaet og kysten av Middelhavet har Damanhur et tørt klima, eller varmt ørkenklima (Köppen: BWh), i henhold til Köppens klimaklassifisering. Det er moderert ved vinder som kommer inn fra Middelhavet, typisk for kysten. Byen får nedbør gjennom vinteren, men sjeldent regn i andre sesonger. Hagl og frost er ikke ukjent i vintermånedene.