Tiden var også en periode med stor religiøs omveltning. I 1517 startet reformasjonen ved at Martin Luther argumenterte mot kirkens maktmisbruk og mot helgentilbedelser. I Sveits hadde Ulrich Zwingli en annen religiøs protestantisk oppvåkning. Henrik VIII av England erklærte den anglikanske, det vil si engelske, kirken og kronen selvstendig fra Roma i 1533. Etter en rekke kriger i Det tysk-romerske rike ble til slutt lutheranismen godkjent som religion i 1555.