Med mer enn 20 universiteter er Puebla landets nest viktigste utdannelsesesentrum. Mange av Mexicos beste universiteter befinner seg her, slik som det statlige universitetet Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP), Universidad de las Américas, Puebla (UDLAP), Tecnológico de Monterrey (ITESM) Puebla Campus, Universidad Iberoamericana (UIA), Puebla Campus, Universidad Anáhuac Puebla Campus og Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (UPAEP).