Han vokste opp i Vardø og Mosjøen som sønn av infanterikaptein og senere oberst Johannes Skaar og hustru Gudrun Rian. Biskop Johannes Nilssøn Skaar var hans oldefar på farssiden. Carl Skaar giftet seg med Helga Brandtzæg, datter av kjøpmann og væreier Birger Brandtzæg på Abelvær.