Etter godkjenning fikk Heinkel produksjonsoppdraget den 15. september 1944, og allerede 69 dager senere, 6. desember 1944, fløy den første prototypen. Den styrtet imidlertid på grunn av materialsvikt ettersom det under planleggingen hadde vært forsøkt å klare seg i mest mulig grad uten knappe materialer som aluminium. Vingene og deler av skroget var derfor konstruert av tre. Materialsvikten fortsatte å være et problem med He 162. Til slutt ble det fastsatt en fartsgrense på 600 km/t. He 162 var også utstyrt med katapultsete, som på grunn av maskinens svakheter ble benyttet ganske ofte. Første gangen flyet var i kamp skjedde den 26. april 1945, og den førte angivelig til en nedskytning. På grunn av krigssituasjonen nådde bare noen få maskiner frem til fronten. Omkring 50 maskiner ble etter kapitulasjonen erobret av britene på militærflyplassen Leck/Schleswig.