Da han i 1913 ble konstituert amtmann i Nordland, forlot han Lofoten og flyttet til Bodø. I 1916 ble han fast ansatt som amtmann. Også i Bodø fant Pedersen en rekke verv å la seg engasjere av i tillegg til sitt embete. Han ble medlem av kontrollkommisjonen for Rønvik sinnssykeasyl fra 1917 til 1922, medlem av styret for Norges Bank fra 1918 til 1922 og styremedlem for Glomfjord kraftanlegg fra 1920.