Under hele Chaplins karriere eksisterte det en viss grad av kontrovers knyttet til påstander i nasjonalsosialistisk propaganda på 1930- og 1940-tallet hvor han høylytt ble portrettert som jødisk og påstander om at han egentlig het Karl Tonstein. Kontroversene støttet seg på artikler publisert i USA, og på slutten av 1940-tallet forsøkte også FBIs etterforskere å bevise at han hadde jødisk opprinnelse. Det finnes ingen dokumenterte bevis på jødisk nedstamming for Chaplin. Gjennom hele sitt offentlige liv nektet han å tilbakevise eller bekrefte påstandene, ved å si at premissene for dette ville uansett være å spille direkte inn i hendene på antisemittene. Selv om han var døpt i Den engelske kirke, betraktet han seg selv som agnostiker.