Klimaet er svært mildt, hvilket betyr at det er mulig å dyrke blomster som spirer betraktelig tidligere enn på fastlandet. Dette har ført til at øyenes viktigste jordbruksprodukt er avskårne blomster, spesielt påskeliljer. Samtidig ligger øyene utsatt for vinterstormer fra Atlanterhavet. Dette fører til at det kan være store forskjeller i vegetasjon på en og samme øy. Mest tydelig er dette på Tresco, der Abbey Gardens med sitt subtropiske klima er en frodig oase på den beskyttede sørsiden av øya, mens det på nordsiden bare vokser lyng.