Byen ble grunnlagt av Niassa-kompaniet i 1904 som på halvøyas sørvestlige tupp og har vokst rundt en havn. Den er oppkalt etter en portugisisk dronning. Byen er kjent for sin portugisiske kolonitidsarkitektur. Den ble gitt det nye navnet Pemba da portugisernes styre tok slutt, i 1975.