Han var delegat til PAIGCs femte kongress i desember 1991, og i det første flerpartivalget, avholdt i 1994, ble han valgt inn i Guinea-Bissaus nasjonale folkeforsamling fra det 26. valgdistrikt. I 1996 ble han valgt til første visepresident for den nasjonale folkeforsamling, annensekretær for den interparlamentariske komité for Den vestafrikanske økonomiske og monetære union, og visepresident for den interparlamentariske komité i Den vestafrikanske økonomiske og monetære union. I den nasjonale folkeforsamling var han også leder av komiteen for økonomiske anliggender og president for administrasjonsrådet. På PAIGCs sjette kongress i mai 1998 ble Gomes valgt inn i partiets politbyrå, og på partiets tredje ekstraordinære kongress i september 1999 ble han gjenvalgt til politbyrået og ble også partiets sekretær for utenriksrelasjoner og internasjonalt samarbeid.