I 400 nådde Stilicho toppen av sin karriere da han ble valgt til konsul. Selv om embetet i seg selv var symbolsk var det et svært synlig tegn på keiserlig gunst og hadde stor prestisjemessig verdi. Allerede neste år begynte derimot problemene å tårne seg opp. Etter Stilichos felttog mot visigoterne i 397 hadde Arcadius utnevnt Alarik til . Dermed hadde Østromerriket offisielt godtatt visigoternes tilstedeværelse i disse traktene, men i 401 valgte Alarik allikevel å flytte visigoterne inn i Italia. Vinteren samme år var Stilicho nord i Raetia og Noricum for å ta hånd om alanske og vandalske plyndringstokt, men også for å rekruttere nye tropper. Påsken 402 beseiret Stilicho Alarik i et slag ved Pollentia. Alarik ble tvunget til å trekke seg tilbake til Dalmatia. Stilicho hadde lyktes å beskytte Italia, men hadde for tredje gang mislykkes å eliminere visigoterne som en trussel mot Roma.