Sønnen døde i en pestepidemi, og etter det forverret Monteverdis helse seg fort. I anledning åpningen av det første offentlige operahuset i Venezia i 1637 skrev han flere verk for scenen, blant annet (1641) og (1642). Samtidig overvåket han utgivelsen av utvalgte kirkemusikalske verk fra samlingen (1641). Han døde i 1643 i Venezia etter en reise til Cremona og Mantova. Venetianerne ga han en fyrstelig begravelse, og han er gravlagt i kirken hvor det finnes en minneplakett i et av kapellene som flankerer hovedkoret.