I alle tilfeller der patogener entrer kroppen, vil et fungerende medfødt immunforsvar øyeblikkelig angripe disse. Dette er «første forsvarslinje» i krigen mot smittsomme sykdommer. I tillegg til det ytre immunforsvaret består den medfødte immuniteten av molekyler som kjenner igjen og skader ikke-egne partikler, og fagocyttene. Fagocyttene dannes i benmargen fra stamceller og vil differensieres til makrofager, monocytter og nøytrofile granulocytter. Disse cellene kjenner igjen ikke-egne celler og også egne celler det er noe galt med (NK-celler, «natural killer»-cells), for eksempel virusinfiserte celler og kreftceller og angriper disse. Den vanligste måten disse cellene angriper på er ved fagocytose, det vil si at de svelger fremmede partikler og bryter dem ned med degraderende enzymer inne i lysosomblærer i cytoplasmaet. Noen av disse cellene tar vare på noen spesielle molekyler fra overflaten av patogenet. Det kan være proteiner eller karbohydratstrukturer. Disse molekylene fraktes til overflaten og presenteres for den andre delen av immunsystemet, det ervervede.