Hos Monmouth hadde Merlin egenskaper som sannsiger, profet og ingeniør, Malory gav ham magiske egenskaper i tillegg. Malorys Merlin opptrådte i mange magiske forkledninger, han kom og forsvant uten at noen kunne si hvor fra eller hvor hen. Men også Malory lot Merlin forsvinne ut av sin historie. Da Arthur giftet seg med Gwynevere, kom det samtidig en kvinne som kalte seg Nyneve til Camelot. Merlin forelsket seg umiddelbart i denne kvinnen. Nyneve hadde lite til overs for trollmannens tilnærmelser, men var ikke uvillig til å lære trollmannens kunster. Og da hun hadde lært nok, oppfylte hun Merlins egen profeti om at han skulle begraves levende, ved å stenge ham inne i en hule i Cornwall. Låst inne bak en magisk stein.