Da Smith forlot kolonien i september 1609 tok Percy presidentskapet i kolonien. Imidlertid fratok hans jevnlige sykdom ham fra å fungere i posisjonen og overlot pliktene til Ratcliffe, Archer, og kaptein John Martin. Det var i Percys tid at kolonien led gjennom sin hungerperiode vinteren 1609-1610. «Nå begynte alle oss ved James Town å føle den skarpe prikken av sult som ingen mann kan virkelig beskrive, unntatt han som har smakt bitterheten derav,» mintes han senere. Percy fikk utrettet svært lite som president, annet enn å beordre reisningen av Fort Algernon ved Old Point Comfort. Da sir Thomas Gates kom i mai 1610 var Percy lykkelig over å overføre kontrollen av kolonien til ham.