New Zealand Companys nybyggere i Port Nicholson, det senere Wellington, bygget opp en ny by under flagget til et selvstendig New Zealand. Som svar på at nybyggerne utropte en republikk, erklærte Hobson 21. mai 1840 britisk suverenitet over hele New Zealand. Dette skjedde til tross for at traktaten ikke hadde et ferdig underskrevet. Han sendte Willoughby Shortland og noen soldater til Port Nicholson den 25. mai 1840, og rådet av bosettere ble oppløst. Deres leder, William Wakefield, reiste senere til Bay of Islands for å avgi troskap til kronen. Hans forslag til å gjøre Port Nicholson hovedstaden ble forkastet til fordel for Hobsons plan for en ny by ved Waitemata Harbour, som skulle bli kalt Auckland etter Jarlen av Auckland.