Lee Kuan Yew var eldste barn av Lee Chin Koon og Chua Jim Neo på 92 Kampong Java Road i Singapore, vokste opp i et romslig ett-etasjes hus. Som barn var Lee sterkt influert av britisk kultur, delvis på grunn av hans farfar, Lee Hoon Leong, som hadde gitt sine sønner engelsk utdannelse. Hans farfar gav ham navnet «Harry» utover hans kinesiske navn Kuan Yew.