I 599, da Teodebert var blitt myndig, var forholdet mellom ham og hans viljesterke farmor blitt vanskelig, og han forviste henne fra sitt hoff. Hun dro da til Burgund og til Teoderik, som ønsket henne velkommen. I kraft av sin erfaring og autoritet grep hun straks styringen. Ett av målene var å få kontroll over Austrasia igjen. De fornærmelser som Brunhilda mottok fra sin tidligere trellkvinne Bilichild som Teodebert giftet seg med i 668 til tross for motstand fra biskop Leodegar, har antagelig styrket hennes beslutning om å unngå samme situasjon, alternativt risikoen for at Teoderik giftet seg med en kvinne hun ikke kunne kontrollere. Teoderik beholdt et godt forhold til sin farmor hele livet; et brev fra pave Gregor I (epistel 13,9) priste ham for hans støtte til sin farmor. Han giftet seg ikke, men fikk barn med friller, noe som ga Brunhilda større kontroll over kandidatene som kunne etterfølge ham, siden frillers avkom var en kvantitativ sikrere måte å sikre en mannlig arving på, enn et ekteskap med en eneste legitim hustru. En mannlig arving var vesentlig for at Brunhilda skulle beholde makten.