Frank Aarebrot ble født i Bergen den 19. januar 1947. Han vokste opp som enebarn, med en far som var ingeniør og reisende spesialist i industrivarmeapparater og en hjemmeværende mor. Han gikk på Langhaugen videregående skole. Deretter studerte han på Universitetet i Bergen, der han etter hvert ble vitenskapelig assistent for den kjente samfunnsforskeren Stein Rokkan, som var professor i sammenlignende politikk. I 1969 ble han invitert over til USA av sin tante, og han ble assistent for Rokkan da han gjesteforeleste ved Yale-universitetet. Aarebrot tok sin utdannelse under oppholdet i USA.