Mordechai Vanunu ble i 2001 utnevnt til æresdoktor ved universitetet i Tromsø. Han har blitt nominert til Nobels fredspris hvert år fra 1988 til 2004, og mottok i 1987 . I desember 2004 ble han valgt til rektor ved universitetet i Glasgow (Skottland), en ren æresstilling som tidligere har vært tildelt en rekke fremstående britiske politikere, bl.a. statsministrene Benjamin Disraeli og Arthur Balfour. I 2005 mottok Vanunu Folkets Fredspris i Norge.