Under krigene mellom korsfarerne og ajjubidene var Deir al-Balah åsted for en strategisk kystfestning kalt som det stadig ble kjempet om. Den ble revet og gjenoppbygd gjentatte ganger av begge sider før den endelig ble revet i 1196. Etter dette vokste byen til å bli en stor landsby langs postruten i mamelukktiden fra 1200-tallet til 1400-tallet, og var bispesete for Den ortodokse kirke i Jerusalem i osmansk tid frem til sent på 1800-tallet.