Under luftangrepene på Berlin ble Pergamonmuseet sterkt skadet, og mange utstillingsobjekter ble flyttet til sikrere steder. I 1945 ble museet plyndret av sovjetiske styrker og mange objekter sendt til et stort Stalin-museum i Sovjet. I 1958 ble imidlertid det meste gitt tilbake til det daværende DDR. Fremdeles finnes det noen objekter folkerettsstridig i depoter i Russland. Da Sovjetunionen falt sammen, avtalte den nye demokratiske regjeringen i Russland å tilbakelevere alle de stjålne gjenstandene til tyske myndigheter, men prosessen er blitt forsinket av museumsdirektører i St. Petersburg og Moskva og av det russiske parlamentet, Dumaen.