I 1993 reiste Mohamed flere ganger til Afrika, der han skal ha kartlagt vestlige ambassader i Afrika som Al-Qaida senere bombet eller prøvde å bombe. Etter terrorangrepene i Kenya og Tanzania 7. august 1998 ble Mohamed arrestert 10. september 1998 og satt under tiltale i mai 1999. I oktober 2000 erklærte Mohamed seg skyldig etter tiltalen i deltagelse av sammensvergelse for å drepe amerikanske statsborgere og for å ødelegge amerikanske eiendommer både innenfor og utenfor USA.