Alej har sitt utspring i de nordvestligste utløperne av Altajfjellene i Kasakhstan nær grensen til Russland. Elva løper sterkt meanderende over steppene i Altaj kraj, og munner ut i Ob ved Ust-Aleika sør for Barnaul. Før munningen er elva rundt 70 m bred og 1,5 m dyp. Middelvannføringen ved Khabasino, 46 km før munningen er 33,8 m³/s (minimum i februar: 3,5 m³/s, maksimum i mai: 144 m³/s). Alej er frosset over fra november til april.