Feilberg hadde i 1860 giftet seg med Louise Anna v. Nutzhorn (født 6. juli 1831). Hun var datter av praktiserende lege i København Ditlev Andersen v. Nutzhorn og Charlotte Cathrine (født Feilberg). Etter den dansk-tyske krig, (også omtalt som den andre slesvigske krig), falt Feilberg, som danske, i unåde hos de nye, tyske makthaverne og ble i mai 1864 avsatt fra sitt embete. Dermed fulgte noen vanskelige og trange år. En tid var han konstitueret kateket – hjelpeprest, som underviste skolebarn i Vor Frue Kirke i Odense, og førstelærer ved byens betalende borgerskole. Omsider fikk han så mye ro i sinnet etter krigsbegivenhetene, at han på nytt følte seg istand til å søke nytt presteembete. I 1869 ble han utnevnt til sokneprest for Brørup-Lindeknud i Ribe stift. Herfra ble han i 1876 forflyttet til Darum-Bramminge i samme stift.