Kolbotn ansatte Dan Eggen som ny trener før 2009-sesongen, og tok medalje igjen tross at mange spillere hadde forsvunnet. Etter halvspilt serie ble de omtalt som sesongens overraskelse av lokalavisen, etter at laget ledet med ett poeng foran Røa. Laget fortsatte med fem strake seire, men tapte 0–3 for Klepp hjemme i siste serierunde før EM-pausen. Tre dager senere tapte laget også kvartfinalen i cupen, men de var fortsatt ett av tre lag som kjempet om seriemesterskapet. Kolbotn tapte imidlertid både for Røa og Stabæk, og endte dermed på tredjeplass. Isabell Herlovsen, klubbens toppscorer i 2009 og den eneste faste landslagsspilleren i klubben denne sesongen, meldte sammen med målvakt Christine Colombo Nilsen overgang til Lyon etter sesongen. Klubben mistet ellers flere profilerte spillere etter 2009: Miriam Mumtaz (sluttet), Nora Holstad Berge og Ingrid Schjelderup (FC Linköping), Thora Helgadottir (LdB Malmö) og Kristine Lindblom (Jitex).