Den 9. februar 2007 ble Duffy utnevnt til assistentmanager for Peter Grant i Norwich. Da Grant forlot Norwich den 9. oktober, ble Duffy utnevnt til midlertidig manager. Etter at laget tapte for Bristol City, Burnley og WBA, fikk han ikke muligheten til å fortsette over en lengre periode. Duffy forlot Norwich etter at Glenn Roeder ble utnevnt til Norwich-manager den 30. oktober.