Bayer var ansatt ved Den Kongelige Porcelænsfabrik i perioden 1776–1802. Hans hovedverk er de opprinnelige dekorasjonene av det -deler store serviset «Flora Danica», som ble tatt opp i den danske Kulturkanonen i 2006. Serviset var opprinnelig tenkt som gave til tsarina Katarina II av Russland, men hun døde før det var ferdig. Serviset ble derfor værende i Danmark, der det nå befinner seg stort sett intakt på Rosenborg slott i København.