Etter at Taliban tok kontroll over mesteparten av Afghanistan, forble Mazar-e Sharif et støttepunkt for motstandsgruppene i flere år. Mellom mai og juli 1997 prøvde Taliban å ta kontroll over byen, men mislyktes. De lyktes i å ta byen 8. august 1998, det har blitt rapportert at dette førte til et blodbad.