Den 13. februar 1565 ankom spanske conquistadorer ledet av Miguel López de Legazpi sammen med augustinermunker under sin prior pater Andrés de Urdaneta. Først hadde de kommet til øya Samar. De gjorde krav på øya for den spanske krone. De kristnet noen av de innfødte og noen etterkommere av spanjoler i Cebu. Etterpå besøkte ekspedisjonen Leyte, Cabalian, Mazaua, Camiguin og Bohol, der den berømte , eller , ble utført mellom Lopez de Legazpi og Bohols hersker Datu Sikatuna den 16. mars 1565. Spanjolene ankom Cebu den 15. april 1565. Der aktet de å få i stand noe med den lokale hersker, Rajah Tupas, men oppdaget at både han og lokalbefolkningen hadde evakuert byen. Rajah Tupas oppsøkte dem i deres leir den 8. mai, festdagen for Den hl Mikaels åpenbaring, da øyene ble erklært som spansk besittelse. Traktaten i Cebu ble formalisert den 3. juli 1565. López de Legazpi gav den nye byen navnet «Villa de San Miguel de Cebú» (senere endret til «Ciudad del Santísimo Nombre de Jesús)». I 1567 ble garnisonen i Cebu forsterket ved ankomstan av 2.100 soldater fra Ny-Spania (Mexico). Den voksende kolonien ble befestet med Fort San Pedro.