Timothy Geithner var sønn av Peter Franz Geithner og Deborah Moore. Den tysk-amerikanske faren var direktør for Ford Foundations Asia-program i New York i 1990-årene, etter å ha arbeidet for United States Agency for International Development i Zambia og Zimbabwe. Tidlig på 1980-tallet hadde Geithners far hatt tilsynet med Ford Foundations mikrofinansprogrammer i Indonesia som var blitt utviklet av Ann Dunham Soetoro, Barack Obamas mor, og de møttes i det minste én gang i Jakarta. Geithners farfar, Paul Herman Geithner (1902–1972), immigrerte med sine foreldre til USA i 1908 fra Zeulenroda i Tyskland.