Klubben ble dannet 1. juni 2007 og tok over plassen til ASKÖ Pasching, som hadde gått konkurs, i østerriksk Bundesliga. SK Austria tok over dominansen og spillerne til rivalen FC Kärnten da disse rykket ned. I juni 2010 måtte imidlertid også Austria Kärnten erklære seg konkurs. Byen dannet en ny klubb, SK Austria Klagenfurt.