Symptomene kan være magesmerter i varierende grad, diaré (ev. steatoré), blod og slim i avføringen, uforklarlig feber, hyppige munnsår, luftplager og vekttap. Analfistel kan være første tegn på sykdommen, og gir derfor grunn til å mistenke Crohns sykdom hvis dette oppstår hos yngre mennesker (20-40 år).