Karl V fikk sine undersåtter til bosette seg på øya på nytt og fikk bygd en massiv bymur på toppen av murene av oldtidens greske akropolis i 1556. Murene utgjorde en sterk festning som står den dag i dag. Den ble et trygt sted for befolkning for trusselen av et nytt angrep. Mens disse murene beskyttet denne byen, var resten av øya fortsatt utsatt for plyndring, og bortføring av befolkningen til slaveri i muslimske land. Denne trusselen opphørte ikke før piratvirksomheten ble utradert før på 1800-tallet.