Før invasjonen av Sovjetunionen i 1941 ble Jeckeln, Erich von dem Bach-Zelewski og Hans-Adolf Prützmann utpekt til øverste ledere for SS og politi (HSSPF) henholdsvis i sør, i midten og i nord av de okkuperte sovjetiske områder. Utnevnelsen innebar at de var blant Himmlers nærmeste og mest betrodde medarbeidere. De hadde ansvar for orden og sikkerhet i de erobrede områdene. Sammen med Einsatzgruppene A, B, C og D hadde de ansvar for masseskytinger som sommeren og høsten 1941 utviklet seg til systematisk massedrap særlig på jøder. Einsatzgruppene var i utgangspunktet sikkerhetsstyrker som skulle eliminere alle som ble ansett som en trussel mot tyskerne sikkerhet og mot oppbygging av det tyske herrevelde i øst. Med Jeckelns oppfordring reiste Einsatzgruppene rundt i Ukraina og på Krim og drev massedrap fra august til desember 1941. Enheter fra Wehrmacht støttet og medvirket i massakrene på jøder. I månedsskifet juli-august 1941 drepte Jeckelns styrker 7000 menn, kvinner og barn. Himmler kalte 12. august Jeckeln til sitt hovedkvarter og forklarte irritert at tempoet var for lavt. Etter møtet trappet Jeckeln opp drapstakten.