I 1998 ble Brun-Pedersen ansatt som pressesjef i Human-Etisk Forbund og han har gjennom denne stillingen deltatt i flere debatter vedrørende statsreligion og livssyn. Han har selv bakgrunn fra pinsebevegelsen, men brøt med bevegelsen i ungdomsårene. Han hadde stillingen som pressesjef frem til han gikk av med pensjon i 2021.