Dominikanerne og fransiskanerne mente at jesuittene hadde gått alt for langt og ved sin tilpasningsvilje satt troens renhet i fare. I 1643 sendte de Morales til Roma, og han bevirket til at pave Innocent X fordømte jesuittenes metoder den 12. september 1645. Jesuittene appellerte senere til Roma om å få saken revurdert, og lyktes i å få pave Alexander VII til å gi et dekret som opphevet det førstnevnte.