Like etter at Estland ble uavhengig fra Sovjetunionen i 1991, ble han blant lederskikkelsene i Det estiske samlingspartiet, som for en stor del bestod av «reformkommunister» fra glasnost og perestrojka. Han var stedfortredende industri- og energiminister i overgangsregjeringene. Ved de første frie parlamentsvalgene i 1992 ble Sinijärv leder for Samlingspartiets valgforbund «Trygt hjem», som ble sittende i opposisjon til Mart Laars høyreregjering. Sinijärv var formann i Riigikogus utenrikskomité fra 1992 til 1993.