Han gikk inn i NSDAP allerede i 1921, og han møtte Adolf Hitler i 1928. Fra begynnelsen av 1930-årene var han gauleiter for Hitlerjugend i Baden. Wankel hadde imidlertid sine sympatier på partiets venstrefløy, under ledelse av Gregor Strasser. Han gikk ut av partiet i 1932 etter uenighet med partiledelsen i Baden og anklaget denne for korrupsjon. Etter den nasjonalsosialistiske maktovertakelsen i 1933 ble han arrestert og satt fengslet i seks måneder, til han ble løslatt etter at forretningsmannen og en av de viktigste av partiets finansierer, Wilhelm Keppler, hadde grepet inn.