Selskapet blei oppretta i 1990 da Rīgas Autobusu Fabrika (RAF) bestemte seg for å begynne med flytransport. Formålet var å frakte komponenter og reservedeler for minibussproduksjon fra ulike deler av Sovjetunionen. Selskapets første fly var en Antonov An-26 og den første flyginga gikk fra Riga til Nizjnij Novgorod og tilbake i august 1991. I 1994 blei flyvirksomheten skilt ut som et eget aksjeselskap og i 1999 var prosessen med å privatisere selskapet fullført. RAF-Avia begynte å fly for andre kunder. I 2000 fikk det sin første Antonov An-74. To Saab 340 i fraktversjon blei anskaffa i 2005 og 2006. Passasjertransporten til selskapet starta i 2015.