Det var også oppstått usikkerhet i misjonen på grunn av ritestriden. Den striden skulle få ny næring med de nye ordeners komme. Flere av de nye prestene hadde verken jesuittenes humanistiske utdannelse og heller ikke deres lange erfaring med de stedlige forhold. Det er likevel ikke rettferdig å anta at de forfektet avleggse metoder i sitt arbeide, som middelaldermennesker i renessansen. Det er noen ganger blitt hevdet at de spanske ordensfolk og hele den spanske kirke sørget for troens utbredelse ved hjelp av undertrykkelse av lokale religiøse tradisjoner. Men realitetene er langt mer sammensatte.