Da rugby-ligaen startet spilte Exeter lenger nede i divisjonene. På 1990-tallet ble klubben semi-profesjonell og endret navn i 1999 fra Exeter Rugby Club til Exeter Chiefs; et navn de ble referert til allerede på 1930-tallet. I 2006 mens de spilte i nest-øverste divisjon bygde de et nytt stadion, Sandy Park. De kom på fjerdeplass og to ganger andreplass i serien de neste årene, kun slått av lag som hadde rykket ned fra øverste divisjon. I 2009-10 sesongen ble det innført kvalifiseringsspill mellom de fire beste lagene og Exeter slo Bristol Rugby sammenlagt over to kamper og rykket opp til Premiership Rugby for første gang. I sin første sesong kom de på åttendeplass i ligaen og kom til kvartfinalen i European Challenge Cup hvor de tapte mot Stade Français fra Paris. Neste sesong kom de på femteplass og ble med i Heineken Cup, men endte på tredjeplass i gruppespillet og kom ikke videre til sluttspillet.