Av vokalmusikk skrev Kerll omtrent 15 messer og noen operaer, hvorav bare en, et jesuittdrama, er bevart; ellers komponerte han en rekke instrumentale verk, spesielt betydelige er komposisjonene for klaviaturinstrumenter der han representerte sin tids høydepunkt. Hans ofte virtuose orgel- og cembalomusikk er sterkt influert av italiensk musikk.