Han tilbrakte 15 år i fengsel for sin lederrolle i Hamas. I 2007 ble al-Aruri arrestert igjen av israelske myndigheter og løslatt i mars 2010, sannsynligvis for sin avgjørende rolle i løslatelsen av den israelske soldaten Gilad Shalit, som var blitt tatt til fange av Hamas i 2006.