Bortsett fra reformene som Angélique Arnauld gikk i gang med i 1608, byr klostrets historie på lite av allmenn interesse før omkring ti år etter stiftelsen (1625) av et datterkloster i forstaden Saint-Jacques i Paris, da klostret kom under innflytelse av Jean Duvergier de Hauranne (1581-1643), abbed i St. Cyran-klosteret, Cornelius Jansens venn og stifter av jansenismen. Duvergier ble fengslet for sin motstand mot kardinal de Richelieu. Han bosatte seg i Port-Royal, som stod tomt etter at nonnene hadde flyttet til Paris. I 1638 bosatte seg der også hans yngre brødre Simon de Séricourt (1611-58) og Louis Isaac (1613-84), bedre kjent under sitt valgte navn Louis-Isaac Lemaistre de Sacy. Atskillige andre likesinnede venner tilkom, slik at tallet på i 1646 var steget til tolv, ikke medregnet korttidsbesøkende som Pascal og andre.