Handlingen i «Super Mario Land 2» finner sted umiddelbart etter hendelsene fra Super Mario Land. Samtidig som Mario er bortreist, setter en misunnelig tidligere bekjent ved navn Wario en ond trylleformel over hele Marios private øy, Mario Land, og hjernevasker hele befolkningen i området. Dette får alle innbyggerne til å tro at Wario er deres egentlige herre, og at Mario er deres fiende. Warios motiv bak dette plutselige angrepet var å ta kontroll over Marios slott, fordi han ønsker sitt eget enorme palass.