Bacon var en stor tenker. Han foretok et systematisk skille mellom vitenskap og metafysikk (de tingene man må anta før man kan tenke i det hele tatt), og han så klart at vitenskapelige forklaringer i sitt vesen var kausalforklaringer, ikke forklaringer utfra hensikter eller mål. Av spesiell og blivende verdi var hans påvisninger av at observasjon og eksperimenter var avgjørende for tilegnelsen av kunnskap om verden, og hans insistering på at man aldri må glemme de negative eksemplene når konklusjoner trekkes.