I perioden 1899–1904 bedrev hun også fjellklatring i Alpene. Hun nådde toppen av både La Meije og Mont Blanc, og stakk ut ti nye ruter og oppstigninger i de bernesiske alper. En av alpetoppene i , den 2632 m høye Gertrudspitze, er oppkalt etter henne; hun hadde besteget den i 1901 sammen med fjellførerne Ulrich og Heinrich Fuhrer. Hun måtte imidlertid avbryte sin bestigning av Finsteraarhorn i august 1902 på grunn av væromslag som blant annet bragte med seg snø, hagl og lyn. Hun måtte tilbringe «forty eight hours on the rope» med sine fjellførere. De måtte klamre seg til fjellveggen under skrekkelige forhold som nesten kostet henne livet.