Nikolaj fikk en grundig militærutdannelse under ledelse av general Gregorij Danilovitsj og ble av denne og den hellige russiske synodes overprokurator Konstantin Pobedonostsev påvirket i panslavistisk og i mystisk religiøs retning. Fra Pobedonostsev fikk den unge Nikolaj innprentet at han som keiser av Guds nåde hadde et hellig oppdrag om å bevare monarkiet og den ortodokse tro.