Han giftet seg med Veronica Nell Fraser-Phipps (1920–2005), en katolikk, i 1946. Hun var datter av det den 16. lord Lovat og enke etter sjøhelten løytnant Alan Phipps, som ble drept på land i Leros i 1943. Sir Fitzroy og Lady Maclean fikk to sønner: Charles Edward (født 1946) og Alexander James Simon Aeneas (født 1949), som vokste opp i morens tro.