Prosjektet tar sikte på å tette gapet mellom de to første Star Wars trilogiene. Spillet opptrer som en opprinnelses historie for både samlingen av Opprøreralliansen og starten på den galaktiske borgerkrigen fremstilt i den originale Star Wars trilogien. protagonisten i spillet er Starkiller/Galen Marek, som er den hemmelige lærlingen til Darth Vader. Han har i oppgave å jakte på jedier. Denne oppgaven medfører at han må drepe både rebeller og imperisk personell for å skjule sine handlinger fra Palpatine. Utover i spillet får han mer og mer kontakt med den lysesiden av kraften.