Cranston er gift med Robin Dearden, som han møtte på settet til serien (1984). De har en datter, Taylor Dearden Cranston (født 1993). Han er en ivrig fan av Los Angeles Dodgers. Da han mottok sin tredje Emmy Award som beste hovedrolleinnehaver i en dramaserie, takket han sin kone og datter og fortalte dem at han «elsket dem mer enn baseball». Han er bosatt i Albuquerque, New Mexico.