Ved dette tidspunkt oppga Cæsar sine planer om å annektere Egypt og isteden støttet han Kleopatras krav på tronen. Etter at Mithridates løftet beleiringen av Alexandria, beseiret Cæsar hæren til Ptolemaios i slaget ved Nilen og lot den unge Ptolemaios drukne i den samme elven. Deretter lot han Kleopatra gjeninnsettes på Egypts trone, men med hennes enda yngre bror Ptolemaios XIV som medregent. Da Cæsar forlot Egypt stasjonerte han en romersk okkupasjonshær på tre legioner under kommando av Rufio.