Bedriften Heineken ble opprettet 15. februar 1863 da den 22-årige Gerard Adriaan Heineken kjøpte bryggeriet i Amsterdam. I 1873 ble navnet forandret til og i 1874 ble selskapets andre bryggeri åpnet i Rotterdam. I 1886 flyttet bryggeriet i Amsterdam inn i nybygde lokaler, og samme år ble «Heineken A-gist» (no.: Heineken A-gjær) utviklet av Dr. Elion, som var en av Louis Pasteurs elever. Denne gjærsoppen er fremdeles en av basisingrediensene for Heinekens eget øl-merke. I 1887 gikk bedriften over til å produsere undergjæret øl.