Hele Mølen, unntatt ei båthavn i sørvest på ca. 30 dekar, er siden 1977 verna som Mølen naturreservat. Øya har en svært verneverdig edelløvsskog, med særlig store innslag av lind, og mange varmekjære arter av karplanter. Den er en kjernelokalitet for den norske bestanden av misteltein. Øya er også et viktig hekkeområde for flere sjøfuglarter, og det er ferdselsforbud på deler av øya i hekkesesongen mellom 15. april og 15. juli. Telting og bålbrenning er begrensa til et lite friområde ved båthavna. Det er båndtvang for hunder hele året på hele øya.