De senere årene la Fehlis seg på en mildere linje enn Terboven, og i flere tilfeller saboterte Fehlis' ordre. Kjente tilfeller er aksjonen mot studentene i november 1943 og planene om terroraksjon i Nordmarka i påsken 1945. Årsakene er ukjente, men det er antatt at han innså at det tredje rike ville gå under og at han planla for et sivilt liv etter krigen. Da Terboven foreslo en selvmordspakt, avslo han denne.