I 1995 brøt det ut borgerkrig mellom PUK og KDP. KDP fikk støtte fra Bagdad, mens PUK fikk støtte fra Iran. USA forhandlet fram en våpenhvile som trådte i kraft i 1998. Deretter var regionen delt i to; KDP styrte provinsene Dohuk og Arbil, mens PUK styrte den folkerike Suleimania-provinsen.