Fortalezas historie går tilbake til 1649, da nederlenderne bygde festningen Schoonenbosch på stedet. Senere fordrev portugiserne nederlenderne fra stedet og gav festningen det nye navnet . Rundt festningen, som fremdeles er godt bevart, vokste det frem en liten landsby som nå er blitt til Brasils femte største by. Mottoet til Fortaleza, som vises i våpenskjoldet, er det latinske ordet Fortitudine, som betyr "styrke, verdi, mot".