Universitetet har tradisjonelt hatt et sterkt nærvær i området rundt Uppsala domkirke, og selv om universitetet på grunn av plassmangel siden slutten av 1800-tallet har måttet bygge ut i andre deler av byen, dominerer det fremdeles den historiske bykjernen og setter dermed sitt preg på Uppsala som universitetsby. Rundt en fjerdedel av Uppsalas innybyggere har sitt virke ved universitetet. Universitetsbiblioteket, Carolina Rediviva, er Sveriges eldste bibliotek.