Johannes ble valgt til keiser i 1229 og kronet i Konstantinopel i 1231, men han satte som krav at den mindreårige Balduin II skulle gifte seg med hans datter Marie. Han satte også som krav at selv om Balduin II ble keiser når han nådde myndighetsalderen 20 år, skulle Johannes fortsatt være medkeiser til sin død. Traktaten om dette ble undertegnet i Perugia og ble bekreftet av pave Gregor IX i april 1229 etter flere måneders forhandlinger .