Maria Josepa ble født som erkehertuginne av Østerrike, som det eldste barn av Josef I av Det tysk-romerske rike og Wilhelmina Amalia av Braunschweig. I regjeringstiden til hennes bestemor, signerte hennes far og onkel et dekret som gjorde den eldste datteren til Josef I til arving av Habsburgs besittelser, dersom han og hans yngre bror ikke fødte en sønn. I regjeringstiden til deres onkel Karl VI av Det tysk-romerske rike, ble likevel hun og hennes søster utelukket fra vervet til fordel for deres kusine Maria Teresia av Østerrike gjennom den pragmatiske sanksjon av 1713.