Etter at Malayas statsminister Tunku Abdul Rahman i 1961 foreslo dannelsen av en føderasjon som skulle omfatte Malaya, Singapore, Sabah, Sarawak og Brunei, begynte Lee å propagere for en forening med Malaysia for å slutt på det britiske kolonialstyret. En folkeavstemning ble holdt 1. september 1962, der 70% av velgerne stemte for hans forslag. Lee knyste så de prokommunistiske grupperingene som kraftig motsatte seg sammenslåelsen og som ble hevdet å være innblandet i samfunnsomstyrtende virksomhet.