Gregor var utmattet og urolig for at han kunne miste biskopenes og keiserens tillit. Snarere enn å ivre for sin sak og riskere splid valgte han å fratre sin post: Konsiliet ble overrasket av hans fratreden og hans dramatiske tale til Theodosios der han bad om å fris fra sine oppdrag. Keiseren ble rørt av hans ord, og applauderte og godtok fratredenen. Konsilet bad ham være med på en avskjedsseremoni. Gregor grep anledningen til å holde en siste tale (Or. 42) og begav seg deretter avsted.