Han forlot Hudderfield i 1943 og året etter ble han ny manager i Derby County som var managerløs etter at George Jobey var blitt tvunget til å gi seg. Ted Magner hadde suksess som Derbymanager med seier i Midland Cup i 1944/45 og vinner av Football League North som var en uformell liga som ble arrangert i krigsårene. Da FA-cupen startet opp igjen i 1946 ledet Magner Derby County fram til 4. runde før han forlot England i februar 1946 for å jobbe utenlands.