I slutten av 1980-årene, da Kosovos selvstyre ble tatt bort, ble også universitetet satt under direkte kontroll av Beograd og ikke Priština slik det hadde vært fram til da. Universitetets rektor, Ejup Statovci, ble fengslet etter at han protesterte mot at bygningene ble okkupert og en serber innsatt som rektor. I løpet av noen få år var alt snudd på hodet og nå var det kun serbiske studenter på universitetet. Albanerne satte opp ett eget parallelt universitet som brukte private hjem som undervisningslokaler.