Den 24. januar 1842 ble Zwijsen utnevnt til titulærbiskop av , og til apostolisk vikar for de små apostoliske vikariatene Grave-Nijmegen og Ravenstein-Megen, og koadjutor for den apostoliske vikar i 's-Hertogenbosch. Den 17. april 1842 ble han ordinert til biskop i kirken St. Dionysius i Tilburg av hjelpebiskopen Cornelius Ludovicus de Wijkerslooth.