Koalisjonen ble startet i Davos 19. januar 2017 av Erna Solberg og Bill Gates som et resultat av enighet om at en koordinert internasjonale og tverrpolitisk plan trengs for å utvikle vaksiner og forebygge fremtidige epidemier. Tore Godal er omtalt som initiativtaker til CEPI. CEPI ble grunnlagt med penger (4 milliarder NOK) fra Norge, India, Tyskland, Japan, Bill & Melinda Gates Foundation, britiske Wellcome Trust og World Economic Forum. Etter oppstarten har flere forpliktet seg til å støtte, blant annet Storbritannia, Canada, Etiopia og Australia.