Med et falskt løfte om benådning lurte lord Bellomont Kidd til Boston, der han ble arrestert 6. juli 1699. Hans kone ble også arrestert. Deretter ble Kidd sendt til England og siktet, først for mord på en av mannskapet, så sammen med andre for piratvirksomhet. Han skulle spørres ut av parlamentet i London, assistert av to forsvarere. Rettssaken startet 8. mai 1701 i Old Bailey og strakte seg over to dager. Kidd ble funnet skyldig i begge anklagene, og dømt til å henges i - «Henrettelsesdokken» i bydelen Wapping i London. Vitnene mot ham var to medlemmer av mannskapet hans, men ingen andre vitner kunne heller fremskaffes, som dommeren sa til Kidds protester. Kidd håpet på en benådning, og de andre som ble dømt sammen med ham, ble faktisk benådet, unntatt iren Darby Mullins. 23. mai ble de hentet i Newgate-fengselet; til kapellanens forargelse hadde Kidd drukket. Ved lavvann kl. 17 nådde de Henrettelsesdokken nedenfor Wappings gamle trapp, der galgen for pirater stod. Kidd talte til mengden, og ba alle skipsførere om å ta lærdom av hans skjebne. Etter hengningen ble de døde lenket fast og latt tilbake, til tre tidevann hadde skyllet over dem.