Kollegiets forløperinstitusjon var vokst frem som en opprinnelig svært beskjeden skole. Det var jesuittenes regionale leder pater Alessandro Valignano som etter samråd med jesuittene som misjonerte i Japan i 1592 tok initiativet til opprettelsen av kollegiet og til at det måtte ha universitetsrang. Hans primære mål var å ha en institusjon i Øst-Asia som kunne utdanne japanere til prester og forberede europeiske prester til prestetjeneste i Japan. Macao var en tryggere beliggenhet enn Japan, der man følte seg mindre trygg på de vekslende makthaveres innstillig til misjonen. Men universitetskollegiet tjente også lignende funksjon for jesuittenes kinamisjon.