Mens De Ruyter hadde vært på tokt, hadde det skjedd mye i republikken De forente Nederlandene. Denne krigen begynte i koloniene et år før den brøt ut i Europa. På vei tilbake til Europa fikk de Ruyter høre om det store nederlaget den nederlandske flåten hadde lidt i slaget ved Lowestoft. Flåten hadde mistet sin øverstkommanderende, Van Wassenaer og man hadde gitt Cornelis Tromp en midlertidig utnevnelse. Raadspensionaris Johan de Witt (republikkens høyeste embedsmann) gikk i mellom, og 11. august ble de Ruyter utnevnt til admiral-løytnant over landets samlede flåte, marinens øverstkommanderende. Innen admiralitetet i Amsterdam delte han denne rangen med fire andre. Tromp og de Witt stod på hver sin side når det gjaldt synet på hvem som skulle være stattholder, Tromp var for å la dette embetet holdes av huset av Oranje – de Witt var mot. Slik fikk de Ruyter i Cornelis Tromp en nestkommanderende som gjorde sitt beste for å adlyde kommando, men som egentlig ikke kunne det, den samme situasjonen som det hadde vært mellom Maarten Tromp og Witte de With.