Viruset ble for første gang isolert i april 1947, fra en rhesusape som forskere hadde plassert i et bur i Zika-skogen, i Uganda. Det første dokumenterte utbruddet blant mennesker fant sted i 2007 i Mikronesia. I løpet av 2014 spredte viruset seg østover over Stillehavet til Fransk Polynesia, videre til Påskeøya, for så å fortsette til Sør-Amerika, Sentral-Amerika og Karibia i løpet av 2015. Utbruddet ble klassifisert som en pandemi. I januar 2016 ble det publisert rapporter om eventuelle koblinger mellom zikavirusinfeksjon og alvorlige komplikasjoner i foster hos gravide. Det antas at viruset kan forårsake mikrokefali hos nyfødte barn, dersom mødrene var smittet under graviditeten. Sammenhengen mellom viruset, komplikasjonene og eventuell risiko er (per februar 2016) ikke helt kartlagt, og utredning pågår. Den 15. januar publiserte USAs nasjonale folkehelsemyndighet Centers for Disease Control and Prevention (CDC) reiseråd angående de berørte landene, som anbefalte gravide kvinner å utsette reiser til disse. Lignende råd er publisert av flere andre land.