Dagen etter ble det innledet en beleiring av det befestede tilfluktsstedet Palaiokastro ute på et nes utenfor den inntatte byen. Over fem hundre forsvarere og flyktninger hadde søkt tilflukt der for de tyrkiske styrkene. Utover dagen ble forsvaret meget sterkt svekket under angrepene, og i slutten kom en ødeleggende eksplosjon som drepte alle gjenværende i det befestede stedet. Historien bak denne nå sagnomsuste begivenheten dessverre nok er ikke kjent med rimelige sikkerhet for ettertiden, at det er flere versjoner om hvordan det kan ha foregått. Kruttkammeret skal ha blitt satt i fyr av de gjenværende forsvarerne under det siste angrepet som hadde brutt gjennom forsvarsverkene. Før dette hendt, skulle ett hvitt flagg med mottoet «Frihet eller Døden» ha blitt heist til topps. Minst 2 000 tyrkiske soldater er sagt å ha stormet festningen under det siste angrepet. En fransk offiser som hørte og så eksplosjonen sammenlignet det med et vulkansk utbrudd man tidligere hadde bevitnet. Mannen som er sagt å ha tent på kruttkammeret, skulle være Antonios Vratsanos.