PC-DOS var en tilpasset utgave av MS-DOS frem til 1993, da IBM og Microsoft avsluttet sitt samarbeid. MS-DOS 6.0 ble lansert i mars 1993, mens IBM fortsatte å utvikle PC-DOS uavhengig og lanserte i juni samme år. Denne versjonen fjernet QBasic og erstattet MS-DOS Editor med en ny teksteditor, E.