For bekjempelse av er det bare anadrom strekning (så lang opp laksen kan vandre) av vassdraget som behandles. Rotenon transporteres over tid med elva til sjø, hvor fortynning og nedbrytning gjør at effekten opphører. For å bekjempe fremmede fiskearter i innlandet er det mulig å avgifte rotenon for å hindre fiskedød nedstrøms behandlingsområdet, som følge av at rotenonholdig vann blir ført med bekker nedover i vassdraget.