Etter oppløsningen av Sovjetunionen har litauernes medvirkning til holocaust vært et ikke-tema. Litauiske historikere har erkjent det som skjedde, men har avskrevet de litauiske medløperne som utskudd, kriminelle og fylliker, og lagt ansvar på den nazistiske okkupasjonsmakten. I 1991 begynte Litauen å rehabilitere enkelte litauere dømt som krigsforbrytere (blant annet ved medvirkning til massemord på jøder) av sovjetiske domstoler etter andre verdenskrig. Målet var dels å undergrave legitimiteten til det sovjetiske styret i Litauen etter andre verdenskrig. I det uavhengige Litauen ble omkring 1000 litauere dømt av sovjetiske myndigheter som nazikollaboratører raskt rehabilitert, etter internasjonale protester ble beslutningen reversert.