Stadig flere rumenske soldater ble sendt til østfronten, mens reservister og gendarmerie ble stasjonert i Transnistria. Den rumenske vaktstyrken i Transnistria var ikke spesielt kvalifisert som soldater eller politifolk. På grunn av den pågående krigen i øst var vaktstyrken i stor grad overlatt til seg selv uten noen klare retningslinjer for behandlingen av de deporterte jødene. Transnistria ble et ingenmannsland der de rumenske tjenestemennene i stor grad kunne gjøre det de ville. En betydelig del av de innfødte jødene i Transnistria ble massakrert av den rumenske og tyske okkupasjonsmakten eller døde av sult og sykdom. En av de største enkeltmassakrene var i Odessa 22. til 24. oktober 1941, da flere titusen ble drept på få dager.