Murray lider av en tilstand kalt delt kneskjell («delt kneskål»), en tilstand der kneskålen forblir i to deler i stedet for å vokse sammen, slik det vanligvis gjør i tidlig barndom. Han ble diagnostisert som 16-åring og måtte da ta pause fra tennisen i ca. et halvt år. Murray tar seg ofte til kneet i kamper og har også måttet trekke seg fra turneringer av samme årsak. Likevel klarer han seg forhodsvis godt takket være ulike behandlinger.