De siste 18 km av Murchisonelva, fra Murchison House Ford til munningen, er estuarisk, og består av en sekvens av lange sandbanker og grunne bassenger stort sett mindre enn en meter dype. Munningen er permanent åpen mot havet, så blir konstant påvirket av tidevannet og tilsig av salt sjøvann. Når gjennomstrømningen i elva er lav akkumulerer elvemunningen sedimenter fra havet og elveløpet innsnevres, disse sedimentene fraktes tilbake til havet i perioder med høy gjennomstrømning. Kombinert med at høy vannføring også bringer sedimenter til elvemunningen fra lenger oppe i elva er vannet gjerne grumsete.