Under den franske revolusjon ble Barthélemy arrestert i september 1793 som medlem av aristokratiet, og holdt fengslet i noen dager. Men straks Comité de salut public fikk vite om arrestasjonen av hertuginnen de Choiseul, gav de ordre om hans umiddelbare løslatelse. Senere samme år ble han utnevnt til bibliotekar for Bibliothèque Nationale. Han takket nei til dette, men fortsatte å ha ansvaret for mynter og medaljer.