I løpet av den sjette sesongen har J.D. og de andre karakterene blitt mer voksne og ansvarsfulle, og må fylle de forskjellige rollene som kreves av dem. Turk og Carla blir foreldre, når Carla føder datteren Isabella. Elliot planlegger bryllupet sitt med Keith, selv om J.D. og Elliott fremdeles har romantiske følelser for hverandre. I sesong sju sliter J.D. og Elliot nok en gang med følelsene deres for hverandre, til tross for at Elliot snart skal gifte seg med Keith. I tillegg har J.D. fått en sønn sammen med Kim. Vaktmesteren ved sykehuset har også fått en ny kjæreste. Samtidig er sjefen Bob Kelsos jobb i fare når han fyller 65 år, og ifølge sykehusets regelverk burde gå av med pensjon. Dan, broren til J.D. vender også tilbake til byen.