Institutt for fredsforskning finansieres hovedsakelig gjennom basisbevilgning og prosjektmidler fra Norges forskningsråd og bevilgninger fra Utenriksdepartementet og Forsvarsdepartementet. Instituttet får også midler fra internasjonale organisasjoner som EU og Verdensbanken, og fra private aktører. Fra 2003 til 2012 var PRIO vertskap for Senter for borgerkrigsstudier (CSCW), et senter for fremragende forskning finansiert av forskningsrådet.