I 1867 ble han ansvarlig for de katolske skolene i bispedømmet, og jobbet direkte under biskop Laurence Bonaventure Sheil. Han var redaktør for flere tidsskrifter, hvorav minst ett var kime til krangel innad i bispedømmet. Han ble forflyttet i 1871, og jobbet fram til 1883 flere steder i Australia. I denne perioden grunnla han også ordenen Sisters of Perpetual Adoration og kom i en uløselig konflikt med Mary MacKillop.