Suharto ble født i en æra med nederlandsk kolonistyre i Indonesia, i Kemusuk, en del av den større landsbyen Godean, 15 kilometer vest for Yogyakarta, i det sentrale Java. Etter å ha unnsluppet en plagsom barndom, vervet han seg som offiser på et nederlandsk militærakademi på en tid da Indonesia kom med i flere konflikter, blant annet 2. verdenskrig og den indonesiske revolusjonen.