Pizarro nådde Perus kyst i 1527, men returnerte til Spania for å få kongelig tillatelse til å erobre området med dets rike høykultur. Da han kom tilbake i 1532 var Inkariket i borgerkrig mellom de to brødrene Huáscar og Atahualpa. Samtidig hadde sykdommer som europeerne hadde ført med seg, særlig kopper, allerede desimert befolkningen betydelig. På kort tid lyktes det Pizarro å ta kontroll over hele Inkariket, og hele Peru var i 1538 under «conquistador»enes kontroll. Det ble et visekongedømme i 1542 med Lima som hovedstad. Inkaene var likevel enda ikke helt beseiret; ikke før 1572 var den åpne motstanden nedkjempet i det geografisk uoversiktelige landet. Større eller mindre opprør var likevel hyppig i hele kolonitiden. Etterhvert ble Peru til det spanske administrasjonssenteret for det meste av det søramerikanske kontinentet. Ved siden av sin administratiive betydning var landet produsent av gull, sølv og tekstiler som ble eksportert til Spania.