Syv hundre soldater fra Pizarros hær kjempet mot Núñez' underlegne styrke på noen få hundre ved Añaquito. Núñez kjempet tappert, på tross av sin alder, men ble drept i kampene og deretter halshugget. Hodet ble plassert på en stake, og paradert rundt for å klart demonstrere at conquistadorene hadde vunnet og nå hadde kontrollen. I frykt for å miste de amerikanske koloniene valgte kronen å utvanne de nye lovene og gjeninnføre encomienda-systemet.