Pontanus var bror av maleren Pieter Isaacsz og vokste opp i Nederland, men besøkte Danmark et par ganger sist på 1500-tallet. Her ble han kjent med Tyge Brahe og Arild Huitfeldt. I 1604 ble han professor ved gymnaset i Harderwijk, og i 1618 ble han utnevnt til kongelig dansk historigraf, med oppgaven å skulle skrive Danmarks historie på latin. Han holdt på med dette arbeidet til sin død, men rakk bare å utgi første del av sin (1631). Verket bygger på Huitfeldts krønike.