I sesongen 2006–07 mistet Wade tilsammen 31 kamper på grunn av diverse skader. Allikevel ble han valgt til sin tredje All-Star-kamp på rad og ble utnevnt til NBAs tredjelag. Med det ble han den første Guarden som har kommet med på et All-NBA-lag etter å ha vært borte i 31 kamper eller mer, siden Pete Maravich fra Utah Jazz kom med på NBAs andrelag i sesongen 1977-78. Selv med Wades flotte spill slet Miami Heat tidlig i sesongen, spesielt med skader, og hadde en rekord på 20 seire og 25 tap den 1. februar 2007. Heldigvis for Miami kom både spiller Shaquille O'Neal og trener Pat Riley, tilbake etter respektive lår- og kneoperasjoner, og det ble forventet at Miami Heat kom til å reise seg mot slutten av sesongen. Derimot, halveis inn i en kamp mot Houston Rockets den 21. februar 2007, prøvde Wade å stjele ballen fra motspiller Shane Battier, men i stedet for å ta ballen klarte Wade å sette venstreskulderen sin ut av ledd, og måtte ha hjelp for å komme seg av banen. Etter skaden hadde Wade et valg, enten kunne han prøve å rehabilitere skulderen, eller så kunne han få skulderen operert, noe som ville holde han utenfor banen resten av sesongen. Wade annonserte at han skulle vente med operasjon til etter sesongen, og at han i stedet ville prøve å rehabilitere skulderen så han kunne hjelpe laget i Playoffs. Etter 23 kamper på sidelinjen returnerte Wade tilbake mot Charlotte Bobcats. Wade brukte en svart skulderstøtte for å beskytte skulderen sin, han spilte 27 minutter mot Bobcats og scoret 12 poeng og fikk 8 målgivende. Kampen endte 111-103 til Bobcats. Wade fikk i gjennomsnitt 27.4 poeng, 7.5 målgivende, 4.7 rebounds og 2.1 stjelinger per kamp mens han traff på 50 % av skuddene sine, i tillegg fullførte han sesongen som nummer én i PER (Player Efficiency Rating).