Den eldste sønnen til Don Facundo, Emilio Bacardi, ble landsforvist fra Cuba på grunn politiske konflikter, og hans eldste sønn var en cubansk uavhengighetsforkjemper i opprørstyrken. Emilios brødre Facundo og José, samt svogeren Henri Schueg, holdt seg i Cuba under krigen. Selskapet led nød, og kvinnene i familien flyktet til Kingston i Jamaica. Etter Uavhengigkrigen og den amerikanske okkupasjonen av Cuba kom drinkene «Cuba libre» og «Daiquiri-cocktail» til verden. Begge to benyttet Bacardi-rom. General Leonard Wood utnevnte i 1899 Emilio Bacardi til borgermester i Santiago.