Et annet poeng i debatten er ruten som løperen tok. Der er to utganger fra slagmarken. En er mot sør som følger dagens Marathonos avenue som går gjennom Pikermi over passet til Stavros Agias Paraskevis og ned dagens Messogeion avenue til Athen. Etter de antikke veiene er denne på 40,8 km, men er i dag noe lengre siden den er tilpasset trafikk til og fra Mesogeia. Den andre er mot nord over dagens landsby Vranas, opp det relativt høye fjellpasset mot dagens Dionyssos og dagens nordlige drabantbyer til Athen. Denne er 34,5 km lang. Det er mer sannsynlig at løperen fulgte den sikrere, kortere, men tyngre nordlige rute fremfor den sørlige som var lengre og usikker. For det første maratonet undet sommer-OL 1896 ble den sørlige ruten valgt, antagelig fordi den var datidens hovedvei mellom Marathon og Athen. Løpet ble vunnet av grekeren Spyros Loues som siden han var lokal, visste at han måtte spare på kreftene til passet Stavros Agias Paraskevis i motsetning til sine utenlandske konkurrenter som ikke kjente terrenget og oppgav løpet der. Løpet er i dag på 42,195 km. Denne lengden ble fastsatt under sommer-OL 1908 siden den britiske kongefamilien ønsket å stå på balkongen til palasset og se løperne starte.