Lesothos første nasjonalflagg ble første gang heist 4. oktober 1966, på Lesothos uavhengighetsdag. Det dominerende partiet ved uavhengigheten var Basotho National Party (BNP) under ledelse av Leabua Jonathan, som ble landets første statsminister. På bakgrunn av forslag til flagg utarbeidet av den britiske arkitekten Peter Hancock, valgte Jonathan det som ble Lesothos første nasjonalflagg. Flaggets farger var identisk med partifargene til BNP. Nasjonalflagget var dominert av et blått felt hvorpå var plassert en stråhatt, et nasjonalsymbol, i hvitt. Ved stangen fantes det smale striper av grønt og rødt.