I Bukovina og Bessarabia ble jødiske innbyggere massakrert etter at Romania i 1941 gjenerobret områdene fra Sovjetunionen. De overlevende jødene ble deportert til det okkuperte Transnistria der en stor del døde av sult og sykdom eller ble massakrert. En betydelig del av de innfødte jødene i Transnistria ble massakrert av den rumenske og tyske okkupasjonsmakten eller døde av sult og sykdom. Jødene i det rumenske kjerneområdet (særlig Valakia) og det sørlige Transilvania ble forfulgt av regimet, men ikke forsøkt utryddet.