I dag huskes Jens Nilssøn mest for «visitasbøkene», som er en viktig kilde for historikere, folklorister, språkhistorikere og kanskje spesielt lokalhistorikere. Som reiseskildrer appellerte han til H. O. Christophersen, som fulgte i bispens fotspor i flere av turskildringene sine fra 1960- og 1970-tallet. I 1951 fikk han en gate, Biskop Jens Nilssøns gate, oppkalt etter seg på Etterstad i Oslo.