Nissen var sekretær i Trondhjems Historiske Forening fra 1979 til 1996. Han var medlem av Utvalget for merking av historiske bygninger i Trondheim (oppnevnt av Trondhjems Historiske Forening) i perioden 1994–2006. Videre var han medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab, og var generalsekretær ved Selskabets Akademi 1996–2001 og visegeneralsekretær ved Selskabet 2002–2007.