Ved to anledninger har kantoner blitt delt på grunn av religiøse spørsmål: Appenzell ble i 1597 delt i det katolske Appenzell Innerrhoden og det reformerte Appenzell Ausserrhoden. Det katolske Jura rev seg løs fra det ellers overveiende protestantiske Bern i 1978, selv om språklige og politiske aspekter her var like viktige.