Det har også vært uttrykt skepsis mot den sentraliseringen av pasientjournaler som en kjernejournal medfører. Man har vært bekymret for at en slik bred tilgjengeliggjøring kan føre til at sensitive personopplysninger om ting som seksuelle forhold, rusmidler og psykiatriske diagnoser tilgjengeliggjøres for uvedkommende eller brukes på en måte som pasienten ikke ønsker, og for at pasienten dermed ikke lenger skal våge å fortelle ting som kan være nødvendige for å få riktig behandling til legen. Legeforeningen har vært blant de som har uttrykt skepsis til en sentralisering av pasientjournalene. For Legeforeningen har det vært viktig å opprettholde tilliten mellom pasient og lege.