USA utøvde sterk innflytelse i Mellom-Amerika gjennom «dollarimperialisme», militære intervensjoner og de panamerikanske konferansene. Clayton–Bulwer-avtalen av 1850 forbød USA og Storbritannia å hevde kontroll over en fremtidig kanal i Mellom-Amerika. Den spansk-amerikanske krigen hadde bevist ulempene med en marine fordelt på to hav, uten å ha noen sjøveis forbindelse nærmere enn Kapp Horn. Idet USA ble mer økonomisk og militært involvert i Asia, ble en kanal desto mer påkrevet, og McKinley ønsket å reforhandle den gamle avtalen. Hay og Julian Pauncefote, Storbritannias ambassadør til USA, ble enige om at en fremtidig kanal kunne være under amerikansk kontroll, så lenge den var åpen for all skipstrafikk og ikke befestet. McKinley var fornøyd, men Senatet krevde at USA måtte få befeste kanalen. Hay var forlegen og leverte sin avskjedssøknad, men McKinley avslo den og bad ham fortsette forhandlingene i tråd med Senatets ønsker. Det lyktes han med, og Hay–Pauncefote-avtalen ble ratifisert av begge parter, men ikke før McKinleys død.