Hovedstaden er styrt av et byråd (mongolsk: Иргэдийн Төлөөлөгчдийн Хурал, , «Innbyggerrepresentativenes Khural») med førti medlemmer, valgt hvert fjerde år. Byrådet utpeker borgermesteren. Ulan Bator er organisatorisk uavhengig av provinsen som omgir den, Tov aimag, og blir derfor styrt som en selvstendig administrativ enhet på høyeste nivå.