Det er omvisning i festningsbygget med guiding på flere språk flere ganger om dagen. Det er få synlige rester etter retterstedet og klosteret. En bauta som er reist innenfor murene kan muligens antyde plasseringen av retterstedet. Av klosteret har arkeologiske undersøkelser påvist rester ca. ½ meter under grunnen. Av den stjerneformede festningen fins det rester av murene i det nåværende Lavetthuset, og det er bevart en kasematt fra de gamle vollene, men dette er ikke tilgjengelig for publikum. Tårnet er senere ombygget, og ringmuren har fått tak. Det vi ser i dag er sjøfortets polygonale form fra midten av 1800-tallet. Ved omvisning får publikum vite om Munkholmens historie, mens de får se det fuktige fangehullet, kruttkammeret med sin spesielle akustikk, det som er igjen av Griffenfeldts fengselscelle og toppetasjene i tårnet med rester fra den tyske okkupasjonen. Det finnes også betongfundamenter fra tyskernes kanonstillinger.