Senere under det mongolske Yuan-dynastiet fra 1200-tallet fikk Kina en stor innvandring av muslimer fra Sentral-Asia, hvorav de aller fleste var persisk- eller tyrkisktalende. Mange ble ansatt i høyere stillinger i Yuan-administrasjonen som ingeniører, skatteoppkrevere, astronomer og matematikere. Muslimene fikk en høy posisjon i samfunnet; de ble en slags mellommenn og definert inn i et hierarki og en sosial posisjon mellom mongolene og kineserne. De fikk derfor ofte en slags bufferfunksjon for de herskende mongolene, og muslimene ble derfor også ofte upopulære blant kinesere flest ettersom de fungerte som skatteoppkrevere og myndighetspersoner. Fra denne tiden begynte muslimer å bli etablert i Kina. En av grunnene var også at mange var tvangsforflyttet av Djenghis Khan og ikke hadde muligheter for kontakt eller å vende hjem igjen. Allikevel viser historiske kilder implisitt at muslimene ble ansett som definitivt utenlandske og ikke-kinesiske. De var på ingen måte ansett som innfødte, men var sett på som fremmede av den kinesiske majoritet.