De tror at dette kan være en av de største mysteriene som menneskeheten kan avdekke. I løpet av reisen får spilleren muligheten til å bli med i ulike fraksjoner som er spredt over hele Settled Systems - inkludert blant annet UC Vanguard, en frivillig styrke dedikert til å beskytte United Colonies-rommet. Eller Freestar Rangers, som forsvarer innbyggerne i Freestar Collektive.