I november 2022 ble Thomassen presentert som ny hovedtrener for . Han valgte selv å avslutte sitt arbeidsforhold med klubben i juli 2024, for å satse videre i . Thomassen ledet FFK tilbake Eliteserien på første forsøk i 2023, og tok klubben til kvartfinale i cupen, og 5. plass i ligaen før han ga seg.