En gravhaug på Steinneset tyder på at stedet har vært bebodd siden jernalderen. Siden de tidligste nedskrivningene på 1500-tallet, har Aubøsund vært husmannsplass tilhørende garden på Aubø. Kart fra 1857 tyder på at stedet tidligere ble kalt Uböhagen. Fra rundt 1868 ble det startet med handel og sildesalteri ved Mariavigen. I 1913 ble ny butikk ved kaien bygget, og det gamle sildesalteriet er blitt tatt i bruk som naust. Siden den tid har det i Aubøsund også vært både landhandel, pelsdyrfarm, hønsegård, telefonsentral, skole, bensinstasjon og småbåtmarina. På nordvestsiden av sundet har det også vært både meieri, pensjonat, bank, bibliotek og kino.