Med okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom flere millioner jøder under tysk herredømme. Fra høsten 1939 begynte tyske myndigheter å deportere jøder fra Danzig, Vest-Preussen, Poznan og Schlesien til Generalguvernementet. Polske jøder i alderen 14 til 60 år ble satt til tvangsarbeid. Jødene ble stuet sammen i gettoer der det i Warszawagettoen (etablert oktober 1940) alene var flere jøder enn i Tyskland. Jødene ble isolert i gettoer omgitt av gjerder og de fikk bare med seg noen få personlige eiendeler. Før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 pågikk det ikke systematisk utryddelse av jøder i Polen.