Vinterpelsen blir tykk, ullen og er svært varmeisolerende i nordlige strøk, mens sommerpelsen er tynn og glatt. Bunnfargen i er rødbrun om sommeren og gråhvit om vinteren, noe som gir gaupa god kamuflasje. Fargen varierer imidlertid gjerne med det habitat dyra lever i. Noen steder blir den mer gulbrun enn rødbrun. Buken er hvit eller svært lys, og kroppen dekket med et antall mer eller mindre tydelige mørkere flekker. Flekkmønsteret gir opphav til de tre pelsvariantene. Gaupa har også hvite markeringer under haken og på nedre del av kinnene. Kinnene har dessuten lengre behåring (kinnskjegg). Baksiden av ørene har sort behåring med en hvit flekk på nedre halvdelen. Øretuppene har sorte hårdusker. Labbene er svært store i forhold til dyrets størrelse, spesielt på varianter som lever i snørike områder. Den korte halen har sort behåring på den ytre halvdelen.