Med unntak av Tobyl, Esil, og Ertis er alle Kasakhstans elver del av et elvesystem inne i landet. Enten renner de til isolerte vann og innsjøer (som Kaspihavet) eller de forsvinner inn i steppene og ørknene i Sentral- og Sør-Kasakhstan. Mange av elvene og innsjøene er sesongavhengige, de fordamper om sommeren. De tre største innsjøene er Balkhasjsjøen, en innsjø i øst som er delvis ferskvann og delvis saltvann, og Kaspihavet og Aralsjøen, som begge ligger delvis inne i Kasakhstan.