Hebda ble så kalt til den romerske kurie og fra 1996 til 2009 virket han ved Det pavelige råd for tolkningen av lovtekster. Frav2003 var han undsersekretær for dette pavelige rådet. Han var også assisterende spiriual ved Pontifical North American College og skriftefar for Missionaries of Charity. Han bodde på Villa Stritch, en ersidens for amerikanske prester som arbeidet for Den hellige stol.