Hæren, bestående av 800 soldater og 600 avskjedigede soldater braket sammen i kamper i mai 2006. Kampene ble beskrevet som de verste siden løsrivelsen fra Indonesia i 1999. Mer enn 5000 hus ble brent eller ødelagt, hovedsakelig i hovedstaden Dili. 38 mennesker ble drept, der flere av dem ble regelrett henrettet. Regjeringen i Øst-Timor ba om hjelp fra andre nasjoner for å bevare kontrollen i landet, og fredsstyrker fra Australia, New Zealand og den tidligere koloniherren Portugal ble sendt til landet.