I 2011 ble han også professor i misjonsteologi ved Institutt for religiøst liv ved Det pavelige universitet i Salamanca og i 2013 kapellan for . I tillegg virket Prado Ayuso fra 2009 til 2016 som internasjonal koordinator for konsortiet av claretianske forlag. I tillegg var han fra 2015 sogneprest for menigheten i Madrid. Han har også vært vikarierende kapellan i menighetene (2003-2011) og (2014-2016) i erkebispedømmet Los Angeles og i erkebispedømmet Chicago (2012-2014) i sommerferier.