Fluoksetin har mye lengre halveringstid (flere døgn) enn andre antidepressiva. Den aktive metabolitten norfluoksetin er i tillegg et SSRI som elimineres enda langsommere fra kroppen (halveringstid 8-9 dager). Selv om den antidepressive effekten er best dersom medikamentet tas hver dag, kan fluoksetin doseres sjeldnere enn andre antidepressiva, og konsekvensen av å hoppe over enkelte doser er mindre. Enkelte psykiatere hevder det er den lange halveringstiden er den vesentligste egenskapen som gjør fluoksetin overlegent andre tradisjonelle antidepressiva. Den langsomme eliminasjonen bidrar også til mindre ubehag i forbindelse med avslutning av behandlingen.