Opprinnelsen og den systematiske stillingen til muflonen er omdiskutert. Man antok tidligere at den forekom naturlig på Korsika og Sardinia, og den ble ofte regnet som en egen art, . De eldste funnene på Korsika og Sardinia er bare 7000 år gamle, noe som tyder på muflonen ble innført av mennesker og nedstammer fra primitive tamsauer. Ville sauer forekom på det europeiske fastlandet i yngre pleistocen, men det ser ikke ut til at muflonen nedstammer fra dem.