Islendingen kom til Lyn fra Keflavik foran 2005–sesongen. I løpet av sine to og et halvt år i Lyn har Gislason spilt 80 obligatoriske kamper og scoret 14 mål for Lyn. Målene som han kanskje huskes best for, var vinnermålet mot Rosenborg i 2005, den sene utligningen mot Lillestrøm i 2006 og hans hat–trick hjemme mot Brann i 2007.