Albumet fra 1988 var Ministrys første album i den genren de senere skulle bli kjent for. På denne tiden var Ministry igjen blitt et band, og flere album fulgte. De fikk også en hit på MTV med «Jesus Built my Hotrod» fra i 1992, som også fikk platina-plate. Etter dette albumet støtte bandet imidlertid på problemer. Jef Ward, som hadde turnert med bandet og spilt med Jourgensen og Barker i Lard tok livet sitt på grunn av narkotika-problemer i 1993, og også bandet var sterkt hemmet av eget narkotikabruk, som blant annet medførte flere fengselsopphold. i 1996 kom imidlertid , og selv om den totalt solgte dårligere enn forgjengerne, nådde den 19.-plass på Billboards albumliste, Ministrys beste plassering til dags dato. Jourgensen har selv også uttalt at er den plata han er mest fornøyd med.