Etter dette trakk General Dostum seg tilbake til sin maktbase i nord, med hovedsete i Mazar-e Sharif. Her konsoliderte han sin makt og etablerte ministat i et område som dekket seks provinser og en befolkning på til sammen fem millioner. Dostums administrasjon skal ha vært effektiv, og mens store deler av Afghanistan lå i ruiner var opplevde Mazar e-Sharif økonomisk vekst. Styret var relativt sekulært og 1800 kvinner skal ha studert ved universitetet i Mazar e-Sharif, mens kvinner i det Taliban-styrte Kabul ble nektet å jobbe eller studere. Dostums administrasjon skal imidlertid også ha blitt kritisert, blant annet for tung skattlegging av innbyggerne og for å ha beordret offentlige henrettelser av kriminelle.