I 1894 giftet han seg med Florette Seligman (1870–1937), datter av James Seligman, en partner i firmaet J & W Seligman. De hadde tre døtre sammen. Den mellomste datteren, Marguerite "Peggy" Guggenheim (1898-1979), ble en ivrig kunstsamler og kunstmesén. Hennes hjem i Venezia er i dag det velrenommerte kunstmuseet Peggy Guggenheim Collection.