Weinlig var født i Dresden, og ble øvet musikalsk av sin onkel Christian Ehregott Weinlig, og fra Stanislao Mattei i Bologna, hvor han var medlem av Accademia Filarmonica di Bologna. Fra 1814 til 1817 jobbet han som kantor for Kreuzkirche i Dresden. I 1823 ble han Thomaskantor i Leipzig, en stilling han beholdt helt til sin død.