Svært lite er kjent fra Maltas historie i de fire århundrene etter år 400 e.Kr. Perioden var preget av stor uro etter Vestromerrikets sammenbrudd. Middelhavet var dominert av pirater som forstyrret handelen, og Nord-Afrika var preget av krig, uro og folkevandringer. Selv Italia ble herjet. Antagelig gikk Malta inn i en nedgangsperiode med minsket produksjon og handel. På midten av 500-tallet ble de ulike landområdene under Østromerriket organisert i en rekke militære provinser kalt .