I nyere tid har FTP fått flere modi. Opprinnelig ble datakanalen som etableres for hver transaksjon, åpnet og lukket av serveren. Dette kalles 'aktiv modus'. Med introduksjonen av brannmurer som stenger for 'tilfeldige' forbindelser utenfra, og NAT-protokollen, som muliggjør mange nettklienter på samme Internett-adresse, er dette ikke lenger mulig. Derfor ble 'passiv modus' introdusert, der rollene er byttet og klienten har ansvaret for datakanalen. Den praktiske forskjellen er imidlertid minimal og siden NAT og brannmurer er så utbredte, er passiv modus i dag standard for de fleste FTP klient-implementasjoner.