Arbeidet trengte dypt ned i Londons geologi. I vest, under Paddington, Bond Street og Tottenham Court Road, krysser tunnelen et lag av 55 millioner år gammel leire, dannet da området var Nordsjøens havbunn. Dette var ideelt å arbeide i, fordi det er sammenhengende og ensartet med et lavt vanninnhold. Lenger øst ble forholdene kompliserte, med lag av sand og grus. Her var det stedvis mye vann, under trykk fra lagene over. Dette satte arbeiderne i fare, og på overflaten var det fare for synkehull. Det ble derfor boret prøvehull fortløpende langs ruten.