De diplomatiske forbindelser mellom Eritrea og Djibouti ble brutt på grunn av beskyldninger under den eritreisk-etiopiske krigen fra Eritrea om at Djibouti støttet Etiopia. Samtidige anklaget Djibouti sitt naboland for å støtte den afar-dominerte opprørsbevegelsen i landet som hadde vært i en krig med regjeringen i årene mellom 1991 og 2001. De diplomatiske forbindelsene ble gjenopprettet i 2000, men som med Sudan hadde forholdet blitt anstrengt og forsuret med en del mistro mot hverandre.