Hovedguddommen for Heliopolis var guden Atum som ble dyrket i et eget tempel kjent under navnet Per-Aat (; «Store Hus») og Per-Atum (; «Tempel [bokstavelig «Huset»] til Atum»). Byen var også opprinnelig stedet for dyrkelsen av Ennead, men senere da Horus fikk økt betydning skiftet fokuset til solguden Ra eller Ra-harakhty (bokstavelig «Ra, (som er) Horus av de to horisonter»). I løpet av Amarna-perioden da farao Akhenaton introduserte en monoteistisk gudedyrkelse av Aten, guddommeliggjort i en solskive og bygget et tempel her kalt Wetjes Aten (; «Opphøyde solskiven»). Steinblokker fra dette tempelet har senere blitt brukt for å bygge bymurene til middelalderens Kairo og kan bli sett i noen av gatene i dagens Kairo. Kulten rundt av oksen Mnevis, en kroppsliggjøring av guden Ra, hadde sitt senter her, og hadde en seremoniell gravsted nord for byen.