Lincoln gjør alt han kan for å hjelpe Michael. Han har gått sammen med Gretvchen, Self og Bagwell og de har dratt til Miami for å få tilbake Scylla. Mahone blir også med dem. Samtidig våkner Michael opp i en villa 60 miles vekke fra sivilisasjonen. Der møter han en psykiater som prøver å få Michael til å bli med ”The Company”. I tillegg får han høre, ikke bare at moren jobbet for The Company, men også at hun fortsatt lever. Sara blir kidnappet av Generalens datter, Lisa, som sier hvor Scofield er fanget. Michael rømmer fra det stedet han er fanget, med hjelp fra Sara. Gretchen finner mannen som stjal Scylla, og I hemmelighet lager en plan med han om å fange timet, Lincoln, Self og Bagwell. Når planen går som den skal, bestemmer Gretchen seg for å skifte side igjen og blir skutt av kjøperen, som blir drept av Mahone med en gang. Gretchen blir igjen, skadet, med de døde kroppene når politiet kommer. På slutten av episoden snakker Lincoln med moren sin over telefonen uten å vite at det er henne, og sier at han skal komme etter henne. Moren, Christina Rose Scofield, blir på slutten sett med Scylla i den ene hånden mens hun forteller han at hun akkurat har snakket med sønnen hennes til livvakten sin.