Sjøtransporten har alltid vært viktig i Istanbul – både mellom de ulike delene av den historiske byen og mellom byen og forstedene. Åpninga av Bosporosbrua erstatta til en viss grad båttrafikken over Bosporos. Men på grunn av bilkøer og et utilstrekkelig banenett er sjøtransporten fortsatt viktig for trafikkavviklinga i Istanbul. Hovedterminalene for de tradisjonelle hvite båtene er Eminönü på sørsida og Karaköy på nordsida av Det gylne horn. Det er to selskaper som trafikkerer Det gylne horn og Bosporos med tradisjonelle båter; det kommunale TML og det private Turyol.