Den 176,38 km² store Vágar er forholdsvis kompakt i formen, men er ca. 22 km på det lengste i nordvestlig–sørøstlig retning. På det bredeste er øya ca. 12 km. Vágar er adskilt fra Streymoy ved Vestmannasund i øst og fra Mykines ved 4 km brede Mykinesfjørður i vest. Mikkjal á Ryggi har beskrevet Mykinesfjørður som «det verste havstykket på Færøyene». Den 3,5 km lange Sørvágsfjørður skjærer inn i landskapet vestfra.