Six ble i Einsatzgruppen-prosessen dømt til 20 års fengsel. Straffen ble like etter satt ned til 10 år og han ble sluppet ut av fengsel i 1952. Six var en av 24 tiltalte i denne prosessen som ble ført av amerikanske okkupasjonsmyndigheter. Han var tiltalt for medlemskap i en kriminell organisasjon, mishandling av krigsfanger og av sivile i okkupert område, ødeleggelser uten militært formål og massemord. Six hevdet i retten at han ikke hadde noe i mot jøder. Det fremkom for eksempel at han anså krystallnatten som en skam og en skandale, men bare fordi Hitler selv ikke hadde gitt direkte ordre.