Den 19. april 1894 gifta Ernst Ludvig seg med sitt søskenbarn, prinsesse Victoria Melita av Sachsen-Coburg-Gotha i Coburg etter oppfordring fra deres felles bestemor, dronning Viktoria. Det blei ikke et lykkelig ekteskap, det blei antatt at han var homofil. De fikk to barn, en datter, Elisabeth, født i 1895, som døde av tyfoidfeber åtte år gammel, og en stillefødt sønn, den 25. mai 1900. Paret skilte seg 21. desember 1901.