Charbonnier gikk gradene hos Auxerre. Etter å ha hjulpet Auxerre vinne den nasjonale franske juniorturneringen Coupe Gambardella i både 1985 og 1986, skrev han proffkontrakt med klubben i 1987. Han tilbragte en rekke sesonger som reserve for Auxerres faste målvakt Bruno Martini. Ligadebuten for Auxerre fikk Charbonnier i juli 1988 i en hjemmeseier over Laval. I skyggen av daværende landslagsmålvakt Martini, lot sjansene vente på seg. Charbonnier spilte sin andre ligakamp for Auxerre først i januar 1992.