Selv om flyet hadde en sikkerhetskurve godt over gjennomsnittet, hadde flytypen ti store uhell mellom 1949 og 1954, hvor tre 36-B, tre 36-D og fire 36-H krasjet. B-36 var også involvert i to såkalte , som er et amerikansk begrep for kjernefysiske våpen som er blitt mistet, avfyrt eller gått av ved et uhell. Det er elleve kjente tilfeller av våpen som har blitt borte fra USAs kjernefysiske arsenal. Flyet B-36B med produksjonsnummeret 44-92075 stod for den første tapet av et amerikansk atomvåpen da det den 22. mai 1957 mistet en Mk. 17 hydrogenbombe i et øde område, i det flyet drev nedstigning til flybasen Kirtland Air Force Base i Albuquerque i New Mexico. Bomben var ikke ladet og bare den konvensjonelle utløseren detonerte. Disse episodene var hemmeligstemplede i flere tiår.