SPFL er organisert og driftet som et aksjeselskap og er eid av de 42 medlemsklubbene med hver sin aksje med en stemme hver i saker som angår regelendringer og kontraktsforhold. Klubbene velger et styre på seks personer som er ansvarlig for den daglige driften og ansetter daglig leder, med tittelen (administrerende direktør).