Duterte innførte i mai 2017 militær unntakstilstand i hele Mindanao-øygruppen, og opphevet samtidig habeas corpus-prinsippet i området, som del i konflikten med moro-opprørerne. Dette ble opptakten til Marawi-krisen, en beleiring av byen Marawi som varte i fem måneder. Selv om den filippinske staten har erklært seier over opprørerne, gjelder unntakstilstanden fortsatt ved utgangen av 2018.