I januar 1919 ble han første president (rektor) for Yenchinguniversitetet i Beijing. Han klarte på kort tid å gjøre universitetet til et av landets aller fremste, og til flaggskipet bland protestantiske utdannelsesinstitusjoner i Kina. Han knyttet bånd med Harvard University, noe som i 1928 førte til opprettelsen av Harvard-Yenching Institute, som skulle spilte en fremtredende rolle i kulturutveksling mellom USA og Kina. Han inngikk også samarbeidsavtaler med Princeton University, Wellesley College og University of Missouri. Stuart støttet den kinesiske nasjonalisme. Han så med velvilje på de studenter og lærere ved Yenching som deltok i 4. mai-bevegelsen (1919–1921) og 30. mai-bevegelsen (1925). Han var også tilhenger av Nordekspedisjonen (1926–1927) som hamlet opp med krigsherreveldet i Beijing. Han stilte seg i spissen for en studentdemonstrasjon mot den japanske maktovertakelse i Mandsjuria (1937). Han knyttet bånd med ledere i Kuomintang, særlig med Chiang Kai-shek, som talte samme kinesiske dialekt som ham selv, men også med kommunistledere som var blitt uteksaminert fra Yenching. Han anbefalte USA å bistå Kina under krigen 1937-1941. Etter angrepet på Pearl Harbor satte japanerne Stuart i fengsel i Beijing, og der forble han i tre år og åtte måneder, fra desember 1941 til august 1945.