Kongressen autoriserte også opprettelsen av en liten kontinental marine 13. oktober 1775. marinen sjøsatte aldri linjeskip, derfor ble de små fartøyene primært brukt i plyndring av handelsskip. 22. desember 1775 ble Esek Hopkins utnevnt til øverstkommanderende. Med sin lille flåte ledet Hopkins den første betydelige marineaksjonen til den kontinentale marinen tidlig i mars 1776 mot Nassau, Bahamas, hvor lagre av hardt tiltrengt krutt ble tatt for bruk i den kontinentale armé. 6. april traff skvadronen uten å lykkes på HMS som hadde 20 kanoner i det første betydelige sjøslaget til marinen. Kaptein John Paul Jones dukket snart opp som den første velkjente marinehelten da han erobret HMS 24. april 1778, den første seieren for noe amerikansk militærfartøy i britisk farvann. Han erobret også HMS 23. september 1779 mens han ledet USS .