Etter 1994 fikk ble det nedsatt en sannhets- og forsoningskommisjon som under ledelse av Desmond Tutu, skulle kartlegge overtredelser av menneskerettighetene og andre forbrytelser, herunder voldsbruk, som hadde funnet sted under og av apartheidregimet. Kommisjonen fikk også myndighet til å gi voldsutøvere amnesti for sine handlinger, og de fleste ledere og aktive fra begge sider av konflikten ble innkalt for å forklare seg for kommisjonen. Botha var en av de mest prominente personene som nektet å forklare seg, og han ble kjent skyldig for å ha stått bak flere voldshandlinger – der bombingen av hovedkvarterene til South African Council of Churches i 1986 var det mest åpenbare. På grunn av sin fremskredne alder og stilling blant mange sørafrikanere, fikk han likevel en relativt mild straff; syv års betinget fengsel.