I (1889) fortalte Mortensson at han ikke likte byjenter. I 1894 giftet han seg likevel med lærerinnen Karen Nilsen, født i 1866 i Tvedestrand som datter av telegrafbestyrer Christian Laurits Nilsen og Josine Berdine Ingvardsen. Hun ble en god støtte for Mortensson. De fikk tre barn sammen.