Skolen, som lå nær Vallø Oljeraffineri og «arbeiderlandsbyen» der, ble da tatt i bruk som kaserne for tyskerne. Elevene flyttet til Presterød og Husvik skoler. Under krigen endret bruken av skolen seg etter behov, og bygget skal også ha huset russiske krigsfanger. Under britenes bombeangrep på Vallø 25. april 1945, da raffineriet, tapetfabrikken og mange hus ble totalskadd og 53 nordmenn ble drept, klarte skolebygningen seg. Etter noe reparasjoner ble rommene omgjort til leiligheter. Bygningen i Glassverksveien 24 har siden 1946 fortsatt som bolig.