Sitt aktive liv til tross var Clarke i lange perioder plaget av alvorlig sykdom. Han fikk poliomyelitt i 1959. I 1962 ble han midlertidig lammet etter en ulykke. I 1988 ble han diagnostisert med postpolio-syndrom. Etter dette ble han tvunget til å bruke rullestol. Hans dykkerskole ved Hikkaduwa, sør for Colombo ble ødelagt under tsunamien i desember 2004 men senere gjenoppbygd.