Mens Pannenberg var i Los Angeles mottok han kallet til et professorat ved det nyopprettede Evangeliske-teologiske fakultet ved Universitetet i München. Der underviste han til han ble emeritert i 1994. Ved siden av å være professor i systematisk teologi var han med på å grunnlegge Institutt for Fundamentalteologi og Økumenikk ved Universitetet i München.