Imidlertid ble hans grad gitt som planlagt da det kongelige råd (Privy Council) blandet seg inn på Marlowes vegne, og ga ham anerkjennelse for hans «trofaste handlemåte» og «gode tjeneste» for dronningen. Hva Marlowes tjeneste innebar ble ikke utdypet av rådet, men dets brev til myndighetene i Cambridge har ført til mange spekulasjoner, hovedsakelig teorien om at Marlowe fungerte som en spion som arbeidet for Francis Walsinghams såkalte hemmelige tjenester. Det er dog ingen direkte bevis som støtter denne teorien, skjønt rådets brev i seg selv er bevis for at Marlowe hadde tjenestegjort for de engelske myndighetene i et eller annet forhold.