Man antar den ble opprettet samtidig med Vor Frue Kirkes kapitel i 1209 og kaltes Domskolen eller Vor Frue skole. Ved kongelig resolusjon av 19. september 1817 fikk skolen sitt nåværende navn. Mange bygninger i byen ble skadet under Københavns brann i 1795 og bombardementet i 1807. Som følge av dette ble store deler av København gjenoppbygget i årene etter, og Metropolitanskolen var en av dem. Arkitekt C.F. Hansen arbeidet med prosjektet i perioden 1811–15 og den 23. april 1816 ble den nye skolebygningen innviet. I 2010 ble skolen sammenlagt med under det felles nye navn .