Johans tilknytning til Polen førte til en uforsonlig konflikt mellom han og Erik, som mistenkte at Johan konspirerte med Polen-Litauen. I august 1563 ble Johan tatt til fange etter å ha vært beleiret på Åbo slott i et par uker. Katarina fulgte av egen fri vilje med Johan i fangenskap i Sverige på Gripsholms slott.