Da Lamy ankom Santa Fe den 9. august 1851 ble han ønsket velkommen av territoriets governør James S. Calhoun og mange andre. Men Juan Felipe Ortiz, en spansk prest med ansvar for administrasjonen av den katolske kirke i New Mexico, fortalte Lamy at han og den lokale geistlighet ikke anerkjente hans myndighet og ville forbli tro mot biskop José Antonio Laureano de Zubiría y Escalante av bispedømmet Durango, som hadde besøkt Santa Fe bare noen få måneder tidligere. Lamy skrev til Zubiría og bad ham forklare de endrede ansvarsforhold til prestene i New Mexico. Da han ikke mottok noe svar, reiste han personlig til Durango for å møte Zubiría, og viste ham det pavelige dokument som utnevnte Lamy. I lys av dette gikk biskop Zubiría med på å informere prestene om endringen.