Under militærdiktaturet kunne Câmara først virke nesten uten forstyrrelse under president Castelo Branco. Câmara engasjerte seg nasjonalt og internasjonalt for ikkevoldelige sosial- og landreformer til fordel for utbyttede småbønder i Brasil og andre land. Han startet «aksjonen for fred og rettferdighet» og et selvhjelpsprogram for bønder. Virksomheten skapte opposisjon fra høyrekonservativt hold. Etter at Artur da Costa e Silva ble president i 1968, ble det et tiltagende trykk mot «den røde biskop». Flere attentater ble gjennomført mot ham; hans sekretær, fader Antonio Peirera Neto, ble skutt. I en tale den 26. mai 1970 i Palais des Sports i Paris for 10 000 tilhørere brennemerket han torturen av politisk opposisjonelle i hjemlandet. Etter sin hjemkomst til Brasil sørget militærregjeringen for at han ble ignorert av den nasjonale presse. Dette vedvarte til 1983, de militærdiktaturet var forbi.