In November 2010, ble Rafferty innlagt på The Royal Bournemouth Hospital hvor han ble behandlet for problemer med flere organer. Raffertys helseproblemer bedret seg for en kort stund, og legene mente at han ville bli bra igjen. Rafferty døde av problemer med leveren hjemme hos datteren Martha i Stroud, Gloucestershire 4. januar 2011, 63 år gammel.