Johannes Prassek vokste opp i bydelen Barmbek i Hamburg, i en arbeiderklassefamilie. Faren var murer og stammet fra Schlesien, moren hadde konvertert til katolisismen, kom fra Mecklenburg. Han slet med å finansiere sin teologiske utdannelse. Prestestudiene gjorde han ved Philosophisch-theologische Hochschule Sankt Georgen i Frankfurt am Main og deretter i Münster.