Kokands eksistens har vært kjent siden 900-tallet, under navnet Khavakend og ble ofte nevnt av reisende med karavanrutene mellom India og Kina. Mongolske styrker ødela byen på 1200-tallet. Dagens by begynte som en befestning i 1732, på ruinene av et eldre fort. I 1740 ble det hovedstaden i et usbekisk fyrstedømme, Khanatet Kokand, og det var det religiøse senteret i Ferganadalen, med over 300 moskeer.