Mens halvbroren Knut satt på tronen, støttet Erik ham som jarl over Sjælland. Da Knut etter Jyllands opprør flyktet til Fyn, dro Erik Ejegod til halvbroren, men dro videre like før sammenstøtet som endte med at Knut ble drept i Odense i 1086. Halvbroren Oluf Hunger kom deretter på tronen, og Erik Eiegod og hans kone Bodil bosatte seg i Sverige. Men da Oluf døde i 1095, ble Erik valgt til konge og dro tilbake til Danmark.