Han ble født i landsbyen Gatuyaini i Nyeri District, og var den yngste sønnen av kikuyu-bonden Kibaki Gĩthĩnji og Teresia Wanjikũ. Han ble døpt av italienske misjonærer i sin ungdom, men brukte det navnet sjelden. Han tilhørte Kenyas største etniske gruppe, kikuyuene, som utgjør 22% av befolkningen.