Poopósjøens område ligger høyt over havet i den østlige delen av departementet Oruro. Tilførselen av vann har hovedsakelig kommet fra elva Desaguadero som kommer fra Titicacasjøen. Vannet har drenert ut fra sjøen til saltsletta Salar de Coipasa og så fordampet. Siden Poopósjøen lå så høyt over havet og var så grunn (normalt mindre enn 3 meter dyp), var den veldig sårbar for endringer i nedbørsmengder og andre klimaforandringer. Vannivået i Poopósjøen var av stor betydning, siden sjøen var et viktig stoppested for trekkfugler, blant andre flamingoer.