Siden minst tidlig dynastisk tid har stedet vært et viktig sted og religiøst sentrum med tempel for fruktbarhetsguden Min. Ved slutten av det gamle rike (rundt 2686-2181 f.Kr.) ble stedet hovedstad for 5. nome («De to falker») i Øvre Egypt. Koptos var utreisested for ekspedisjoner for steinbryting og gruvedrift til Østørkenen. Stedets nærhet til Rødehavet, via ruten langs Wadi Hammamat, gjorde stedet i oldtiden til et viktig , handelssted, for handel mellom India, Punt, Arabia Felix og nordover. Byen var fortsatt viktig under ptolemeiske og romersk tid, men siden forfalt byen da dens betydning ebbet ut. Den er nå, i 2017, kun en landsbyen med 1534 innbyggere.