Men så tok Kangxi-keiseren personlig over hærledelsen. Kangxi klarte å samle sine krefter mot opprørerne og satte inn dyktige generaler som etterhvert klarte å knuse opprørerne. Den verste krisen ble dempet da Shang Kexi erklærte sin lojalitet overfor mandsjuene, og dermed fikk ikke opprørerne tatt kontrollen over provinsen Guangdong. Videre mislyktes Wan Sangui i å vinne de mandsju-skeptiske mandariner for aktivt opprør. Det var også av avgjørende betydning at rikets økonomisk viktigste region, Jiangnan, forble på Qing-styrets side. Det gav keiseren de fornødne økonomiske ressurser til å rekruttere og lønne større styrker og til å utstyre dem rikelig med det artilleri som pater Verbiest hadde utviklet. Hånd i hånd med det militære felttog ble det også tatt i bruk propaganda: Man lovet amnesti til befolkningen i de provinser som var blitt dratt inn i opprøret. Da Wan Sangui døde i 1678, var opprøret i virkeligheten så godt som slått.