Noe senere fikk København status som hovedstad av Erik av Pommern og byen vokste i størrelse. Kirken ble gjort til kongens hovedkirke. Den hadde vært benyttet av kongene tidligere. I 1363 fant et kongelig bryllup mellom Valdemar Atterdags datter Margrete og den norske kongen Håkon den VI sted her. Men kongekroningene som startet i 1170 hadde det inntil da vært tradisjon for å foreta i forskjellige kirker i landet. Kristoffer av Bayerns kroning i 1443 fant f.eks. sted i Ribe domkirke. Dronningen hans, Dorothea av Brandenburg, ble etter vielsen i 1445 den første som noensinne ble kronet i Vor Frue kirke. Hun fikk til og med oppleve det igjen fire år senere da hun som enkedronning ble viet i kirken til Christian I i 1449 med påfølgende kroning av dem begge.