På vei tilbake til skipet blir Samus beordret til å overlate resten av etterforskningen til føderasjonen, som planlegger å fange SA-X til militære formål. Vitende om at X vel infisere de ankommende føderasjonstroppene og absorbere deres kunnskaper om romfart til å ta over hele universet, bestemmer Samus seg for å ødelegge det biologiske romstasjonslaberatoriet. Selv om datamaskinen har til hensikt å sperre henne inne, skifter den mening etter at Samus kaller den for «Adam». Datamaskinen foreslår å endre kursen til Stasjonen til en kollisjonskurs med SR388 og ødelegge planeten og alle X-parasittene. På vei for å aktivere motorene, konfronterer Samus en SA-X og bekjemper den. Hun setter deretter BRL-Stasjonen på kollisjonskurs med SR388. Mens hun gjør klar for avreise fra stasjonen blir hun stoppet av en Omega-metroid. Denne metroiden holder på å overrumple Samus, før hun blir reddet av den nylig bekjempede SA-Xen. Samus absorberer kjernen til denne SA-Xen og får tilbake sine tidligere oppgraderinger. Hun bruker sin nylig gjenopprettede is-Stråle til å ødelegge Omega-metroiden. Skipet hennes ankommer, styrt av Etocoonene og Dachorasen, og de unnslipper før romstasjonen kolliderer med planeten.