Buddha Air opererer innenlandsflyvninger i Nepal, hvor flyselskapet foretar flyvninger mellom landets større byer. I alt flyr Buddha Air fra Katmandu til ni andre destinasjoner: Bhadrapur, Bhairahawa, Bharatpur, Biratnagar, Dhangadhi, Janakpur, Nepalgunj, Pokhara og Simara.