Navnet Trondheimsfjorden skriver seg trolig fra som var det eldre navnet på området, og ikke fra det yngre bynavnet. Fjorden omtales med dette navnet i blant annet Snorre Sturlasons saga om Harald Hardråde. Leddet henger sammen med verbet og kan bety innfart eller gjennomfart. Trondheimsfjorden som helhet omfatter strekninger eller delområder med egne navn. Beitstadfjorden omtales dels som en egen fjord.