I januar 1875 kom hun tilbake til Australia. Med seg hadde hun da bøker og utstyr til skolene og klosterbiblioteket, to prester og 15 irske postulanter. I mars ble ordenens første generalkapittel holdt i Adelaide, og Mary ble enstemmig valgt til den første . Selv ikke med godkjenning fra Roma forsvant den interne motstanden i kirken. I 1877 hadde ordenen rundt 40 skoler i og rundt Adelaide. De mange skolene som ble opprettet gjorde at hun kom i konflikter med biskoper som ville ha bispedømmekontrollerte skoler i stedet for skoler kontrollert av en orden.