Edwin sluttet på skolen som tenåring etter sin fars død, gikk ut i arbeidslivet mens han studerte ved siden. Han studerte jus og fikk advokatbevilling i 1836. Stanton arbeidet som aktor fra 1837 til 1839, og startet deretter eget advokatfirma. I 1847 flyttet han til Pittsburgh og var fra 1849 til 1856 advokat for staten Pennsylvania. Etter at hans første hustru døde i 1844 giftet han seg på nytt i 1856. Han var attourney general for USA fra 1860 til 1861 og ble krigsminister fra 20. januar 1862 til 18. mai 1868.