I 1939 ble Athletic Madrid slått sammen med Zaragozaklubben Avacion Nacional, og skiftet navn til Athletic Aviacion de Madrid. Avacion Nacional var blitt startet samme året av medlemmer av det spanske flyvåpenet, og var blitt lovet en plass i Primera División for 1939/40-sesongen, for senere å bli nektet dette av det spanske fotballforbundet. Som et kompromiss ble klubben slått sammen med Athletic, som hadde mistet 8 av sine spillere i den spanske borgerkrigen. Den nye klubben ble tildelt en plass i Primera División på bekostning av Real Oviedo, som hadde fått sin hjemmebane ødelagt under borgerkrigen. Klubben vant serien både dette året, og forsvarte tittelen året etter.