Etter folkeskolen tok Målfrid framhaldsskolen i Oslo og gymnas på Stabekk. Hun fikk Særdeles tilfredsstillende i husstell, ble aktiv speiderleder i KFUK og Norgesmester i høydehopp, fikk diplom i «svartsaum» og ble leder for elevrådet på skolen. Hun tok artium i 1956 og S i Aarhus i Danmark i 1959. Til eksamen skrev hun om (Dansk Pædagogisk Tidsskrift, 1, 1960). Hun endret etternavnet til «Grude Flekkøy» i 1962 og ble cand.psychol. med klinisk og utviklingspsykologi ved Universitetet i Oslo i 1967 og spesialist i klinisk psykologi i 1973. Hun tok doktorgraden ved Universitetet i Gent, Belgia i 1991.