Mikroorganismer finnes nesten overalt på jorden der det er flytende vann, også i jordens indre. De reproduserer seg både raskt og i store mengder. Kombinasjonen av høy mutasjonsrate og horisontal genoverføring gjør dem svært tilpasningsdyktige og i stand til å overleve i nye miljøer, endog i verdensrommet. De utgjør en viktig del av jordens økosystem. Imidlertid finnes det også mange mikroorganismer som er patogene (sykdomsfremkallende).