Han ble vitenskapelig assistent og senere adjunkt ved universitetets institutt for nyere historie, i 1964 amanuensis og lektor ved instituttet for statsvitenskap. I 1969 ble han professor. Han var overbibliotekar ved Statsbiblioteket i Århus 1984–1986. Som historiker arbeidet Clausen især med metode og Sønderjyllands historie i første halvdel av 1800-tallet. Ottar Dahl og Clausen tok initiativet til de nordiske metodekonferansene, avholdt fra 1965.