I løpet av hans tid på tronen opprettet Peribsen et administrativt senter kalt for «Skattekammerets hvite hus» foruten også en ny kongelig residens kalt for «Beskyttelse av Nubty», lokalisert i nærheten av Kom Ombo («Nubty» var gammelegyptisk for Naqada). De administrative titlene til skriverne, seglbærerne og tilsynslederne ble justert for å tilsvare den delte byråkratiske statsadministrasjonen. Eksempelvis ble titler som «kongens segler» ble endret til «segler av kongen av Øvre Egypt». Den byråkratiske reformen kan indikere et forsøk fra Peribsen for å begrense makten til disse myndighetspersoner, ytterligere bevis på en oppsvulmet og uhåndterlig statsadministrasjon under Nynetjer.