Etter å ha blitt approbert av Minho tok han del i den portugisiske nasjons general- og ekstraordinære Cortes, og ble den første president for denne forsamlingen. På denne tid (1821-1825) løsrev brasilianerne fra Portugal. På grunn av sin lojalitet til Portugal, forble han på tidspunktet for Brasils uavhengighet i metropolitanbispedømmet sitt.