Grunnet all den uro og strid i Egypt følte Romerriket grunn til å intervenere. Den gjenvunde posisjonen viste seg å bli kortvarig, kun seks måneder, en tid hvor hun ble svært godt likt av folket. Det var romeren Lucius Cornelius Sulla som bestemte at Ptolemaios XI Aleksander II, sønn av Ptolemaios X Aleksander, skulle være hennes medregent. I 80 f.Kr. ble Kleopatra Berenike III tvunget til seg med ham, men etter 18 eller 19 dager drepte han henne. Det viste seg å være et dårlig trekk. Den rasende folkemengden i Alexandria lynsjet ham i raseri over drapet noen dager senere.