I april 1912, da den antarktiske vinteren i anmarsj, var det klart for alle på ekspedisjonen at sydpolgruppen hadde omkommet. Edward Atkinson tok kommando over ekspedisjonen og Cherry-Garrard fortsatte med zoologisk arbeid. Det vitenskapelige arbeidet fortsatte gjennom vinteren og først i oktobet 1912 satte en gruppe ledet av Atkinson og som blant annet bestod av Cherry-Garrard og Tryggve Gran sydover for å fastslå skjebnen til sydpolgruppen. Den 12. november 1912 ble teltet med likene av Scott, Wilson og Bowers funnet, sammen med dagbøkene og flere brev. På sleden var fremdeles steinprøver som gruppen hadde dratt med seg fra fastlandet lenger inne. Cherry-Garrard var dypt preget av gruppens skjebne, særlig på grunn av dødsfallene til Wilson og Bowers, som han hadde vært med til Cape Crozier.