I perioden 1961 til 1991 hadde den tidlige italienske kolonien Eritrea utkjempet en lang krig for uavhengighet med det større nabolandet Etiopia i sør, som ble sluttført med en militær seier som bidro sterkt til å velte Mengistu Haile Mariams «Derg-styre» i Addis Abeba i 1991. Sluttkonklusjonen på den langvarige frigjøringskampen kom med en folkeavstemning og fredelig separasjon i 1993. I den etiopiske hovedstaden hadde den politiske fellesfronten EPRDF med den tigrayske TPLF organisasjonen i spissen overtatt den politiske makten etter kollapsen av det forrige regimet. Forholdet mellom tidligere fiender ble avløst av et nært og vennskapelig forhold mellom de to regjeringer i Asmara og Addis Abeba som begge var nære allierte med få unntak siden 1976. TPLF med hovedvekten av deres politiske bakgrunn i den nordlige provinsen Tigray skulle etter hvert bli den ledende politiske faktoren for det nye regimet under ledelse av statsminister Meles Zenawi. I Eritrea overtok EPLFs politiske ledelse med Isaias Afewerki makten. Etter uavhengigheten kom de to regjeringene i konflikt med hverandre over en rekke territoriale og økonomiske spørsmål, spesielt over valuta- og handelsspørsmål ettersom Eritrea med den viktige havna Assab var et transittland (transitt betyr ) mellom Etiopia og resten av verden.