Klubben som vinner Fortuna Liga blir slovakisk mester, og får muligheten til å representere Slovakia i Mesterligaen gjennom at laget går inn i andre kvalifiseringsrunde. Med grunnlag i Slovakias UEFA-ranking får ikke sølvvinneren en kvalifiseringsplass i Mesterligaen, men klubbene som ender på henholdsvis andre- og tredjelass i serien går automatisk til kvalifiseringsspill i Europaligaen. Det siste laget ved seriens slutt blir degradert til nivå to (2. slovenská futbalová liga), og erstattes med denne seriens divisjonsvinner.