Botnhamn er som gård nevnt i historiske kilder ca. 1370, under navnet Stufunes. Gården har en rekke arkeologiske funn fra stein-, jern- og middelalder, og den mest kjente av disse er den såkalte sølvskatten fra Botnhamn fra rundt år 1000. Plassen har trolig vært en del av et høvdingerike lokalisert på begge sider av ytre Malangen. På 1600-tallet var Botn lensmannsgård i Balstad tingsted. Gjennom etablering av handelsvirksomhet på slutten av 1800-tallet, vokste Botnhamn fram til å bli et sentrum i Hillesøy.