Fra 1989 til 1991 var Kisljak stedfortredende direktør for avdelingen for internasjonale organisasjoner i det sovjetiske utenriksministerium. Deretter var han i to år stedfortredende direktør for avdelingen for internasjonalt vitenskapelig og teknisk samarbeid i det russiske utenriksministerium, til han i 1993 ble utnevnt til direktør for samme avdeling. I 1995 ble Kisljak direktør for avdelingen for sikkerhet og nedrustning i det russiske utenriksministerium.