Isaksen kom til klubben etter 2000-sesongen, fra Larvik Turn. Han har landskamper på G17 og G18. Han debuterte for Sandefjord Fotball i cupens første runde mot 3.-divisjonslaget Urædd, 9. mai 2001, med å score ett mål. Samuel Isaksen scoret mot Mandalskameratene på hjemmebane 28. september 2003 ett av tidenes raskeste mål i norsk fotball. Bare 6,5 sekunder etter avspark lå ballen i mål.