Hans tronfølge ble proklamert av hans far Alp Arslan allerede under en slektsforsamling i 1066, da forskjellige stattholderposter i Østen ble fordelt. Etterfølgelsesretten ble i første linje bestridt av hans onkel Qawurd († 1073/4), som påberopte seg retten selv ettersom han var familiens eldste. Hans krav bestod helt til han ble nedkjempet i et tredagers slag ved Karadsj nær byen Hamadan (enten i april 1073 eller i januar 1074 - her spriker kildene). Slaget ble nærmest en svenneprøve for Malik sjah, for Qawurd vant stor sympati blant Malik sjahs styrker, slik at et åpent opprør truet. En nøkkelrolle i hendelsesforløpet spilte Malik sjahs atabeg, dem erfarne vesiren Nizam al-Mulk, hvis raske handling sikret at kalifen og provinsen Khorasan anerkjente Malik sjahs krav. Han anbefalte også at Qawurd ble henrettet.