De kromatografiske metodene kan deles inn i væskekromatografi (LC, HPLC) og gasskromatografi (GC) som de to dominerende, men omfatter også bl.a. papirkromatografi, tynnsjiktkromatografi (TLC), gelelektroforese (GE) og kapillærelektroforese (CE). Væske-, papir- og tynnsjiktkromatografi brukes for analyse av ikke-flyktige komponenter i vandige eller organiske løsninger, mens gasskromatografi brukes for analyse av gasser samt flyktige komponenter i (organiske) løsninger. Gelelektroforese og kapillærelektroforese brukes for analyse av elektrisk ladde komponenter i vandige løsninger.