Utfyllinger i første halvdel av 1800-tallet medførte at vannet ble avgrenset mot nordvest, og således ble Olav Kyrresgate og Christies gate anlagt over det tidligere vannet, som på slutten av 1800-tallet fikk sin karakteristiske åttekantede form som består i dag. I syd ble Strømgaten noe senere anlagt og gikk over Strømbroen. De utfylte arealer har gitt plass til viktige funksjoner og infrastruktur for bysentrum, som ellers kunne ha medført store inngrep og saneringer av den historiske bykjernen rundt Vågen. Sundet til Store Lungegårdsvann ble fylt igjen i 1926, men for å sikre vannkvaliteten går det en underjordisk kanal til Store Lungegårdsvann der det tidligere sundet gikk. Siden begynnelsen av 1980-tallet er vannet stengt av mot sjøen med en tilbakeslagsventil som hindrer saltvannsinntrengning ved flo sjø. Vannstanden holdes på 40 cm over flomålet i Store Lungegårdsvann, og det er en utfordring å tilføre vannet tilstrekkelig med rent ferskvann, spesielt i nedbørfattige perioder.