I 2023 ble Benestad fratatt sin legeautorisasjon grunnet brudd på helselovgivningens krav til forsvarlighet, informasjonsplikt og journalføring. Avgjørelsen er gjenstand for kontrovers og kommer samtidig med at det har blitt innført innskrenkninger av transpersoners rettigheter, både i Norge og internasjonalt. Disse omfatter blant annet utestengelse av brukerorganisasjonene i utvikling av helsetilbudet for transpersoner og reversering av tilbudet for mennesker under 18 år. Pasienter, som på forhånd ikke fikk beskjed om at deres saker var blitt meldt inn, har stilt seg kritiske til avgjørelsen. Den førte til demonstrasjoner over hele landet og har høstet internasjonal kritikk.