Da Christian I døde, ble regjeringsmakten nok en gang delt mellom sønnene Hans og Frederik. Det førte til delingen i 1490, som fikk konsekvenser for Sønderjylland. Fellesregjeringen opphørte i Slesvig etter 1713, da den gottorpske del av Slesvig ble erobret av den danske kongen, Frederik IV, under den store nordiske krig. Dansk kontroll over Slesvig og Holstein ble stadfestet ved Freden i Frederiksborg. Det er uklart om Holstein på 1600-1700-tallet hadde en selvstendig folkerettslig stilling. Slesvig hadde fra gammelt vært et len under den danske krone, mens Holstein var tilsluttet den tysk-romerske rike. Den danske kongen var i Holstein keiserens lensmann som kunne holdes ansvarlig ved hoffretten i Wien og ved rikskammerretten i Wetzlar, dette hadde vesentlig betydning for enevoldskongens maktkamp med de mektige godseierne i Holstein. Den danske kongen overtok i 1773 den gottorpske del av Holstein mot å avgi Oldenburg-Delmenhorst til gottorpene, og hele Holstein var med det under den danske kongen.