Lipsius hadde mistet store deler av sin nærmeste familie: Maria, hans eneste søster, døde i 1583. Hennes mann, Cornelius Back, ble overfalt og drept av røvere i Zoniënskogen i 1587. Deres sønn, Jan-Baptist Back, vervet seg mot Lipsius' vilje ved Brussels borgervern og ble drept i tjeneste. Den eneste gjenlevende slektningen var niesen Françoise Back.