I størstedelen av sin regjeringsperiode holdt Frederik seg på Gottorp slott. Han kom bare til Danmark når det var absolutt nødvendig, og Norge besøkte han aldri. På tross av den strenge håndfestningen lyktes det Frederik å få stor politisk innflytelse. I noen tilfeller truet han med å fraskrive seg tronen til fordel for den landflyktige Christian II, og denne trusselen var virkningsfull.