Han ble presset til å vitne mot Marie Antoinette den 14. oktober, men nektet. Den 13. november ble han ført fram for det revolusjonære tribunal i Paris, anklaget som «kongevenn og voldelig undertrykker av folkets frihet» og raske dømt til døden dagen etter. Han ble henrettet ved giljotinering på Champ-de-Mars den 12. november. Stedet ble utvalgt spesielt som symbol på hans forræderi av den «demokratiske bevegelse». Han ble tvunget til å utstå frysende regn og fornærmende tilropene fra folkemengden. Det er blitt fortalt at da en som spottet ham ropte («Skjelver du, Bailly?»), skal han stoisk ha svart, («Ja, men det er fordi det er så kaldt»). Det er sagt at han møtte døden med rolig verdighet etter ulykksalig å ha delt entusiasmen til sin tidsalder, men hadde ingen andel i dens forbrytelser.