Den mann store Orpo-styrken deltok i internering og massedrap på jøder særlig bak østfronten etter invasjonen av Sovjetunionen sommeren 1941 i regi av . Orpo internerte og deporterte jødiske nederlendere til utryddelsesleirene i øst. Daluege var selv ved fronten sammen med Heydrich i juni 1941 da massakrene begynte i Litauen og Hviterussland. Han hadde i 1942 graden . Etter likvideringen av Reinhard Heydrich det året ble han fungerende riksprotektor i Böhmen og Mähren. Han gikk av som protektor i 1943 på grunn av sykdom. Dette var et område hvor det var mye motstand mot den tyske okkupasjonen, og i likhet med Heydrich hadde Daluege en brutal fremferd mot både partisaner og sivile.