Han var sønn av gårdbruker Anders Eriksen Kirkflaa og hustru Gjertrud Eriksdatter på Kirkflå (Nordstu) i Flå. Moren kom fra nabogården Flåvollen (Volla). Erik Kirkflaa fikk skjøte på farsgården i 1856. Året etter giftet han seg med Marit Nilsdatter Borten (Oppstu). Erik Kirkflaas søster, Sigrid, var allerede gift med Marits bror, John Borten.