Estland måtte, i motsetning til land som Polen, bygge opp sitt forsvar fra bunnen av. Man var opptatt av å distansere seg fra Sovjethæren, noe som blant annet medførte at forsvarsdepartementet de første årene var besatt med utelukkende sivilt personell. Deres manglende erfaring, sammen med en forestilling i offiserskorpset om at det var politikernes skyld at den første republikken falt uten et skudd, medførte problemer med militær/sivilt samarbeid de første årene. Samtidig var Nato-integrasjon et viktig mål, og både Nato og EU la press på estiske myndigheter for å ha fastere sivil kontroll over forsvarsmakten.