Kommunen består av hoveddalføret Bardudalen med sidedalene Sørdalen, Østerdalen og Nedre Bardu, samt Salangsdalen som ikke er en del av hoveddalføret. Store skogområder med vidstrakte furumoer i hoveddalføret og bjørkeskog i dalsidene, og vidstrakte fjellområder mot svenskegrensen. Troms' største innsjø, Altevatnet ligger i kommunen. Leinavatnet strekker seg helt til Sverige, og drenerer til Altevatnet og kommunens viktigste vassdrag, Barduelva. Høyeste fjell er Rohkunborri ( ( m.o.h.). Rohkunborri nasjonalpark, etablert i 2011, ligger i sin helhet i kommunen, og utgjør 21,1 % av kommunens areal.