Han drev et regime med politisk undertrykkelse og drap på personer som drev med progressiv motstand mot regimet hans. I de siste dagene av hans presidentperiode, ble han fjernet fra makten ved et statskupp som var ledet av general Efrain Rios Montt som deretter utnevnte seg selv til president og han var ansvarlig for noen av de verste overgrepene mot sivile i Guatemalas 36 år lange borgerkrig.