Bader forsøkte å flykte fra sykehuset han ble lagt inn på etter nedskytningen og i løpet av de neste årene gjorde han flere fluktforsøk, så mange at tyskerne truet med å ta fra ham protesene. I august 1942 klarte Bader sammen med fire andre fanger å flykte fra Stalag Luft III, men flukten ble oppdaget og Bader ble fanget etter noen dager. Til sist ble Bader i august 1942 overflyttet til det fluktsikre Colditz slott hvor han ble inntil han og de andre fangene ble frigitt av 1st US Army den 15. april 1945. Bader anmodet raskt om ny flytjeneste, men det ble avslått.