Muslimske herskere forble i kontroll av Egypt i de neste seks århundrene med Kairo som sete for kalifatet under fatimidene. Ved slutten av ajjubidedynastiet, tok mamelukkene over. De var opprinnelig tyrkiske slavesoldater som dannet en herskerklasse i Egypt fra 1250 til 1517. Fra denne tiden ble Egypt underlagt en annen muslimsk herskerklasse, osmanere, og Egypt ble da en provins i Det osmanske rike. På midten av 1300-tallet drepte svartedauden rundt 40 prosent av landets befolkning.