Det er aldri blitt klarlagt med 100 % sikkerhet hvem som var far til Louise Augusta. Amdisen skriver at det er flere motstridende kilder når det gjelder å kunne fastslå farskapet. Etter at Struensee ble styrtet og Caroline Mathilde arrestert og plassert på Kronborg sammen med Louise Augusta, ville hun ha barnet med seg i eksil og sa til sin forsvarer Peter Uldall at Louise Augusta ikke hadde noen forbindelser med den danske kongefamilien. Det kan allikevel ikke legges vekt på dette utsagnet ettersom hun på det tidspunktet var desperat og prøvde i det lengste å få beholde i det minste det ene barnet sitt. Louise Augusta ble portrettert av maleren Jens Juel rundt 1790 og er svært lik Struensee på dette maleriet uten at dette på noen måte kan tas som bevis for at han var faren.