Deportasjonene førte til at Estlands etnisk-språklige minoriteter, unntatt russere, ble nært utslettet. Folkegrupper som baltiske tyskere og jøder var særlig utsatt på grunn av sin sosiale status, mens estlandssvensker ble ansett av sovjetstaten for å være upålitelige. Samtidig førte en stor tilflytting av russere til at etniske estlenderes andel av befolkningen sank fra 88–90 % i 1944 til 61,5 % i 1989.