Flyplassen åpna i 1999, og er den sist åpna svenske flyplassen som har regulær rutetrafikk. Rullebanen ble forlenga fra 1500 til 2300 meter i 2007, hvilket muliggjør trafikk med større fly. Flyruten Pajala-Luleå ble fram til 29.10.2011 operert av Barents AirLink.