Men i 36 f.Kr. hadde Herodes overvunnet sin far Antipatros med romersk hjelp, men han fryktet at Hyrkanos ville få Partia til å støtte seg til å gjenerobre Judeas trone. Han inviterte derfor den tidligere ypperstepresten til Jerusalem, noe Hyrkanos aksepterte og Herodes tok imot med alle former for respekt, ga ham førsteplassen ved sitt bord og lot ham sitte i statsrådet. I 30 f.Kr. anklaget Herodes ham for å ha konspirert med nabateerne og fikk ham henrettet.