Gildeskål er en kystkommune og består av både fastland og en rekke øyer. De største øyene er Sandhornøya, Sørarnøya, Nordarnøya, Fugløya, Fleina og Femris samt øygruppa Fleinvær (bl a Sørvær og Mevær). Fastlandet består av en strandslette som går over til fjellområder øst i kommunen. Innsjøen Fellvatnet ligger i kommunen. Kommunesenteret er Inndyr.