Khan mottok under vern av den tidligere sovjetiske president Mikhail Gorbatsjov; Indias tredje høyeste sivile hedersbevisning Padma Bhushan i januar 2000; , presentert av Moder Teresa, og Rajiv Gandhi National Sadbhavana Award (2009). Han ble tildelt Padma Vibhushan, Indias tredje høyeste sivile hedersbevisning, i januar 2021.