Filippinerne praktiserte fra gammelt av naturreligioner. Filippinene drev handel med indere og kinesere siden middelalderen. De stiftet etterhvert kontakt med folk i nærliggende områder som introduserte islam. Noen av dem stiftet også bekjentskap med buddhismen. I sør innførte de muslimske innvandrerne et styre med rajaer og sultaner. Et landområde ble underlagt Brunei. Mesteparten av landet ble imidlertid fortsatt styrt av høvdinger.