I 1503 oppdaget en portugisisk ekspedisjon under ledelse av Gonçalo Coelho at franskmennene gjorde landtog og plyndret området som tilsvarer dagens Brasil. I 1530 organiserte João III koloniseringen av Brasil rundt 15 ('arvelige kapitani-områder'), som ble tilbudt alle de som ville administrere og utforske dem. Det samme året ble en ny ekspedisjon sendt ut under ledelse av Martim Afonso de Souza med ordre om å patruljere hele den brasilianske kysten, kaste ut franskmennene, og grunnlegge de første kolonibyene; São Vicente på kysten, og São Paulo ved høyslettene. Bare to av de 15 opprinnelige kapitania, Pernambuco og São Vicente, opplevde vekst. Da bosettingene ble permanente ble sukkerrør-industrien innført, og den krevde svært mye arbeidskraft. Først ble behovet dekket av indianere, og senere afrikanske slaver. Den første generalguvernøren over Brasil, Tomé de Sousa ble sendt ut i 1549. Han erklærte -systemet for ineffektivt, og grunnla hovedstaden Salvador ved Baía de Todos os Santos. De første jesuittene kom samme år.