Fjorden har tilsig av ferskvann fra tre større elver og flere små bekker, med Nesttunvassdraget som det viktigste. Nedbørsfeltet er ca. 86 km², hvorav ca. 12 km² er via Sælevatnet. Relativt stort tilskudd av ferskvann og det trange innløpet gir fjordvannet et lavt saltinnhold, fra 3–10 ‰ (vår og høst) til 21–27 ‰ (sommer og vinter) i overflatevannet, stigende fra 26 til 31 ‰ mellom 10 til 40 m dybde.