Den 1. juli 2012 ble Bezák etter beslutning av pave Benedikt XVI fjernet fra sitt embede. Bakgrunnen for dette forble i det store og hele uklar; Bezák sa under gudstjeneste at Vatikanet hadde rettet «alvorlige beskyldninger» mot ham og forbudt ham å snakke med media.Men det antas generelt en sammenheng med Bezáks økonomiske disposisjoner og hans anklager mot sin forgjenger erkebiskop Ján Sokol og den resulterende apostoliske visitasjon. Større deler av befolkningen sympatiserte sterkt med Bezák. En begjæring med rundt 12.000 underskrifter mot avskjedigelsen ble sendt til Roma.