Keiseren hadde store vanskeligheter med samaritaner som nektet å konvertere til kristendommen og gjentatte ganger gjorde opprør. Han påla dem strenge og harde lovpåbud, men kunne ikke forhindre at det førte til fiendtligheter mot kristne i Samaria mot slutten av hans styre. Konsistensen i Justinians religiøse politikk betydde at manikeere også opplevde hard forfølgelse, både landsforvisning og fysisk avstraffelse. I Konstantinopel skjedde det ved en anledning at mange manikeere, etter en streng inkvisisjon, ble henrettet under keiserens personlige nærvær; en del ved brenning, andre ved drukning.