NATO overtok ansvaret for det internasjonale militære engasjementet på Balkan etter FN i desember 1995, og utvalgt personell fra MJK og FSK løste oppdrag på Balkan i siste halvdel av 1990-årene. Nato organiserte spesialstyrkeoperatørene gjennom Combined Joint Special Operations Task Force (CJSOTF) hovedkvarteret, lokalisert i Sarajevo som del av Stabilisation Force (SFOR) hovedkvarteret, og her tjenestegjorde stabsoffiserer fra begge de norske spesialstyrkene.