Ved siden av å være en del av Københavns befestning, inngikk Peblinge og Sortedams Søer også i byens vannforsyning. I årene 1705–27 ble de renset og gravd dypere, og kantene ble rettet til, så de fikk sin nåværende form. Men vannets lange ferd i utette trerør var et problem. En tid ble det klaget på vannet i det fornemme kvarteret rundt Amalienborg, der vannet smakte fælt. Man fant da ut at vannledningen var utett, akkurat der den krysset en kloakkledning med blant annet avløpet fra likhuset på Frederiks Hospital.