I 1741 ble Linné professor i botanikk, medisin og kjemi i Uppsala. Han fortsatte med sin reisevirksomhet i Sverige, og oppmuntret sine studenter til å foreta reiser utenlands for å samle inn materiale av ukjente plante- og dyrearter. Hans arbeid med å klassifisere disse artene fortsatte også for fullt, og resulterte i en rekke bøker. Den viktigste boken ved siden av , og den mest omfattende av alle, var uten tvil hans . Denne bokens første utgave kom ut i 1753 og inneholdt beskrivelser av samtlige kjente plantearter. I tillegg nedtegnet han sine taksonomiske metoder i blant annet (1751), og forfattet lærebøker i farmakologi og mineralogi.