Etter sandinistenes maktovertakelse i Nicaragua 20. juli 1979 ble Pastora stedfortredende innenriksminister (under Tomás Borge), senere viseforsvarsminister (under Humberto Ortega), og var beskjeftiget med oppbyggelsen av de sandinistiske folkemilitsene. Det kom stadig til meningsforskjeller mellom ham og Ortega. I juli 1981 gikk han av som viseforsvarsminister og dro frivillig i eksil. Han dro omkring for blant annet å støtte frigjøringsgrupper i andre land, som ORPA i Guatemala.