Den egyptiske marinen var bare delvis involvert i serien av konflikter med Israel. Under Suezkrisen i 1956 var egyptiske jagere og torpedobåter i kamp med større britiske fartøyer i et trekk som tok til sikte å undergrave amfibieoperasjonene til Storbritannia og Frankrike. Den egyptiske blokaden av skip i Tiranstredet som seilte i retning Israel var bakgrunn for krigen som brøt ut i juni 1967, men Egypts marine spilte bare en mindre rolle i konflikten sett under ett. Sjøforsvarets mest betydelige handlinger fant sted 21. oktober 1967, noen måneder etter våpenhvilen, da en egyptisk missilbåt klarte å senke en av Israels to jagere i egyptisk farvann utenfor Port Said. Med dette ble det egyptiske sjøforsvaret historiens første marine som klarte å senke et skip ved hjelp av antiskip-missiler. Det var en rask missilbåt i Komar-klassen som senket den israelske jageren INS «Eilat» med to direkte treff. Dette var en milepæl i moderne krigføring på sjøen, og for første gang at antiskip-missilene viste sitt potensial ved å senke jageren 17 km fra Port Said.