Det er to hovedtrusler mot selve innsjøen. For det første synker vannivået og var i 2000 3 m lavere enn i 1920. Årsakene til dette er ukjente, men både klimaendringer, tektonisk aktivitet og vanning i jordbruket kan spille en rolle. Den andre trusselen er forurensning. Økt bruk av gjødsel i jordbruket og urensede utslipp av spillvann fra bebyggelse og turiststeder fører til eutrofiering. Industrien forurenser også innsjøen. En særlig farlig hendelse skjedde i 1998 da en lastebil veltet og slapp ut 1762 kg natriumcyanid fra en gullgruve. De gamle urangruvene ved sørbredden er en potensiell fare.