Ved slutten av krigshandlingene i Europa signerte Jodl Tysklands betingelsesløse kapitulasjon den 7. mai 1945 i Reims, som representant for Karl Dönitz. 23. mai 1945 ble han arrestert sammen med Dönitz og Albert Speer i Flensburg. Deretter ble han internert i Mondorf («Ashcan») i Luxembourg sammen med mange andre prominente offiserer og mistenkte for krigsforbrytelser.