I 1882 overtar Iver Holter som dirigent etter Grieg, og i hans periode oppføres bl.a. Bachs Matteuspasjonen i Norge for første gang. I perioden til Johan Halvorsen (1893-1899) introduseres komponister som Dvořák og Sibelius for bergenserne. Orkesteret sliter imidlertid økonomisk på slutten av 1800-tallet, og i 1889 gis det ingen konserter. Dessuten får Harmonien konkurranse fra et konkurrerende musikkselskap, «Musikkforeningen», dirigert av Sigurd Lie. Og da den store musikkfesten arrangeres i Bergen i 1898 velger Grieg til manges forargelse å heller invitere Concertgebouw-orkesteret fra Amsterdam enn å bruke Harmonien.