I Lima ble han anklaget av Inkvisisjonen for å være i besittelse av to magiske ringer og magisk blekk, og at han fulgte Moses' lære. Han sluttet seg til Álvaro de Mendañas ekspedisjon gjennom det sørlige Stillehavet for å finne , og hvis Mendaña hadde fulgt Sarmientos indikasjoner, hadde de nådd New Zealand eller/og Australia, men de oppdaget Salomonøyene i stedet, i 1568.