Den 10. juli 1086 ble han og broren Benedict drept i Sankt Albani kirke i Odense. Året før planla Knut å invadere England med antatt støtte fra sin svigerfar i Flandern og dermed gjenopprette det gamle danske herredømmet over Danelagen. Derfor stevnet han den danske ledingsflåten til fremmøte i Limfjorden. Men selv møtte han ikke, han holdt seg hele sommeren ved sørgrensen som var truet fra tysk side. Ledingsflåtens mannskap sendte kongens bror Oluf Hunger for å si fra om deres misnøye. Knut tolket Olufs handling som et svik, fikk ham pågrepet og sendte ham som fange til sin svigerfar i Flandern. Da det ble høst, var ledingsbøndene tvunget å dra hjem til gårdene sine for å ta seg av gårdsdrift og innhøstning. Da han etterpå forlangte bøter av dem - enda det var han selv som hadde unnlatt å møte - ble det for mye for dem. Bøndene reiste seg i et opprør som begynte i Vendsyssel. Knut så seg nødt å flykte, først til Slesvig og siden til Odense. Der ble han 10. juli 1086 hogd ned i Skt. Albani kirke sammen med sin bror Benedikt og 17 hirdmenn. Oluf Hunger ble deretter hyllet som konge. Men de neste årene slo høsten feil - den påfølgende hungersnød skaffet Oluf hans tilnavn - og mange anså uårene som Guds straff for kongedrapet.<ref>[https://danmarkshistorien.dk/vis/materiale/knud-den-hellige-ca-1042-1086 «Knud den hellige (1042-86)», Knytlingesagaen'' ble også broren Benedict skrinlagt. Den tredje broren, den senere kong Erik Ejegod, kom seg imidlertid unna. Straks etter Knuts død gikk Erik Ejegod i gang med å få ham helgenerklært. Knuts posisjon som Danmarks første helgen medvirket til å få opprettet et eget dansk erkebispedømme, som i 1103/04 ble etablert i Lund i Skåne.