Portugals flagg fyller funksjonene som nasjonalflagg, handelsflagg,statsflagg både til sjøs og på land, samt orlogsflagg til sjøs. Sjøforsvaret fører etter dette Portugals flagg på samme måte som landets sivile handelsskip. Orlogsgjøsen er kvadratisk og har riksvåpenet på rødt felt med grønn ramme rundt. Portugals landmilitære styrker fører eget flagg, delt i like brede grønne og røde felter, og med en større versjon av riksvåpenet i midten.