Etter endt medisinutdannelse arbeidet Giammattei som lege, fra 1981 som sykehussjef. Fra 1983 arbeidet han med beredskapsplanlegging i landets helsedirektorat og var i tillegg med i arbeidet for internt fordrevne som følge av borgerkrigen i landet. Fra 1982 til 1986 var han dessuten også konsulent for Organización Panamericana de la Salud (OPS).