Pave Paul VI utnevnte fader Gijsen til biskop av Roermond den 20. januar 1973. Dette skjedde mot de nederllandske biskopers vilje, fremfor alt mot kardinal Bernard Jan Alfrinks. Reaksjonene var sterke. Liberale nederlandske katolikker i bispedømmet Limburg var rasende, og uttrykte dette og i massemedia. Blant hans snart kommende kolleger var han en ukjent faktor. Kardinal Alfrink dro til og med til Roma for å bestride utnevnelsen, men ble i stedet fortalt at han måtte være med på bispevielsen av Gijsen.