I 1983 opphørte direktoratets dobbelstilling, og det ble igjen et rent fagdirektorat. Det ble opprettet en helseavdeling i Sosialdepartementet. Fagkontorene ble nedlagt og erstattet av fem avdelinger. Begrunnelsen fra Willochregjeringen var den økte betydning prioritering, lovgivning, finansieringsordninger og beslektede politiske spørsmål hadde fått med den sterke utbyggingen av helsetjenesten. Desentralisering av driftsansvar til kommuner og fylkeskommuner begrunnet også at ”sentralledelsen for helsevesenet” ble omorganisert. Helsedirektør Torbjørn Mork var sterkt uenig i reformen. Helsedirektoratet ble styrket bemanningsmessig høsten 1984 etter en offentlig konflikt med departementsledelsen.