Madeira var også til en viss grad merka av uro på portugisisk nasjonsnivå. Under kongefamiliens eksil i Brasil, gjorde hæren statskupp og innført en relativt liberal grunnlov. Da Johan 6. vendte tilbake i 1821, godtok han denne grunnloven. Etter hans død greip imidlertid yngstesønnen Miguel makta og erklærte seg som eneveldig konge. Dette førte til store stridigheter, også militært – og til tider med britisk innblanding, mellom miguelittene og de liberale.