Fjordenes hydrologi er preget av at de ofte er lang i forhold til bredden, ofte dypere enn havet utenfor med en terskel som hemmer vannutskifting, og med god tilførsel av ferskvann fra elver innerst i fjorden er det til dels brakkvann på overflaten. Kystene er generelt rikere på liv enn fjordene, blant annet avtar mengden dyreplankton innover i de lange fjordene. Fjordene, særlig i Nord-Norge, kan være viktige oppvekstområder for sild, torsk og hyse.