Som forsvarsminister spilte Cohen en stor rolle i det amerikanske engasjementet i Irak og Kosovo, inklusive fjerningen av Wesley Clark fra sin post som NATO Supreme Allied Commander. Både Operasjon Desert Fox i Irak og Operasjon Allied Force i Kosovo skjedde bare måneder etter at al-Qaida gjennomførte bombeangrepene i 1998 mot de amerikanske ambassadene i Dar-es-Salaam i Tanzania, og Nairobi i Kenya.