Ellers finnes ei rekke seler og hvaler i havområdene rundt Madeira. Viktigst å nevne er nok middelhavsmunkeselen (), på portugisisk (sjøulv). Disse var det opprinnelig overflod av, men jakt har gjort den svært utryddingstrua. På verdensbasis antas bestanden å være på under 500 individer, av disse holder rundt 20 til ved Desertasøyene.