Den tredje sesongen starter med at Elisabeth og Reddington er på flukt fra amerikanske myndigheter – og fra FBIs Task Force. Den første delen av sesongen viser hvordan «The Cabal» forsøker å få tak i Elisabeth og Reddington, og samtidig prøver å renvaske Elisabeth for hennes tidligere handlinger. «The Cabal» blir representert av den hensynsløse direktøren for National Clandestine Service: Peter Kotsiopulos. Sesongen introduserer også Susan «Scottie» Hargrave (spilt av Famke Janssen), moren til Tom Keen, Mattias Solomon og Nez Rowan – de er på sin side sentrale rollefigurer i spin-off-serien , der Tom Keen og Scottie Hargrave er hovedfigurene.