Fornminner viser imidlertid at Stockholmsområdet har vært bebodd siden steinalderen. De eldste steinalderfunnene i området er fra 6000 år f.Kr. og mange spor etter menneskelig virksomhet finnes også fra bronsealderen og jernalderen. Det eldste bevarte skriftlige dokumentet som nevner navnet er Birger jarls beskyttelsesbrev for Fogdö kloster fra 1252 og tradisjonelt anses derfor Birger jarl som grunnlegger av byen samme år.