Gjengen i Mystery Inc. har vært adskilt i to år og gått i hver sine retninger etter mye krangling innad. Men da de får en invitasjon til Spooky Island, gjenforenes Fred (Freddie Prinze jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard), Velma (Linda Cardellini) og Scooby (stemme fra Neil Fanning) atter en gang – uten å vite det selv. Men de finner ut at de må slå seg sammen igjen for å løse et nytt mysterium på oppstår på øya, og monstere står som alltid i fokus når gjengen er i aksjon.