Junínsjøen er en grunn ferskvannsinnsjø med et største dyp på cirka . Den er omkranset av akvatisk vegetasjon, spesielt arter i sivfamilien (Juncaceae), som på enkelte steder kan strekke seg hele ut fra land. Innsjøen har et rikt utvalg av ulike fiskesorter. Lokal gruvevirksomhet i tilløpet til innsjøen har imidlertid ført til forurensning av vannkvaliteten siden oppstarten i 1933. Et lokalt vannkraftverk har dessuten medført store variasjoner i vannstanden (på opp mot 7 m), noe som har ført til at mange fugler, som lever av og med innsjøen, i senere tiår har mislyktes med årskullene, med dertil tildels store og katastrofale følger for populasjonene. Dette gjelder spesielt junindykker (), som er en flygeudyktig dykkerfugl som er absolutt endemisk for Junínsjøen og for det meste er å finne i sørenden av innsjøen, men det har også vært kritisk for arter som juninrikse og juninkurvfugl ().