For cirka 65 millioner år siden styrter en meteoritt på jordkloden, utrydder de aller fleste dinosaurene, og universet blir delt i to parallelle dimensjoner. De få overlevende dinosaurene går over i en ny dimensjon, og utvikler seg til en humanoid rase. I nåtiden forlater en mystisk kvinne et stort egg, sammen med en stein, ved et katolsk barnehjem. Men når hun forsøker å forlate stedet, blir hun tatt av King Koopa som krever å vite hva kvinnen gjorde med egget og steinen. Kvinnen blir drept. Egget blir snart klekket ut, og inneholder et spedbarn - en liten jente.