Fra 1200-tallet prøvde Den tyske orden forgjeves å kristne/erobre Litauen. Utbredelsen av den kristne tro begynte først med personalunionen mellom Polen og Litauen i 1385. To år senere ble det første bispesetet i Litauen opprettet i Vilnius. Žemaitija bispedømme i det vestlige Litauen fulgte i 1417. Begge var suffraganbispedømmer under det polske erkebispedømmet Gniezno. Dette endret seg først med Polens tredje deling i 1795, da Litauen kom til Det russiske keiserdømmet. Vilnius og Žemaitija bispedømme ble først opphevet, men gjenopprettet tre år senere som suffraganer av Mogiljov erkebispedømme. 1864 ble Žemaitijas bispesete flyttet fra Varniai til Kaunas.