IMIs forløper var European Technology Platform on Innovative Medicines som eksistert fra 2005 til 2009. IMI ble fra 2008 til 2013 ble kalt IMI1 og fra 2014 IMI 2 Joint Undertaking (IMI 2 JU). Det regnes av EU som et av unionens byråer, nærmere bestemt «andre organisasjoner» («other organisations»).