De første årene han hadde som erkebiskop ble dominert av kontroverser der erkebiskopen var en fremtredende skikkelse. Peter Cahensly, en velstående tysk kjøpmann, presenterte en rapport til pave Leo XIII i april 1891 som hevdet at de katolske immigranter i USA forlot troen på grunn av mangel på prester og kirker av deres egne nasjonaliteter. Mange bestred nøyaktigheten av Cahenslys rapport, og en avisredaktør anklaget Katzer for å være «Cahenslys protesjé» og for å «konspirere med fremmede makter.» Katzer benektet disse påstandene og skrev til kardinal Gibbons og sa: Han fikk kardinal Gibbons til å gi ham palliet i en seremoni i august 1891 der Gibbons kraftig fordømte Cahensly og nasjonalisme.