Shinji mistet sin mor i en ulykke under kontakt-eksperimentet mellom henne og Evangelion enhet 01 da Shinji var fire år gammel. Faren hans, Gendo Ikari, begynte etter morens død å løsrive seg fra Shinji og 4 dager senere ble Shinji sendt bort for å bo sammen med en lærer, mens Gendo dro avsted. Ti år senere, ved handlingens begynnelse, sender Gendo et brev til Shinji hvor han ber om et møte. Til Shinjis skuffelse finner han ut at Gendo har andre planer enn å fortsette fra der de brøt av. Han vil at Shinji skal bli pilot for en av de bio-mekaniske Evangelion-enhetene, nemlig Evangelion enhet 01. Shinji blir venner med Toji Suzuhara og Kenzuke Aida etter at de har sett terroren ved å være Evangelion pilot førstehand. Tidligere hadde Toji slått ned Shinji, da hans yngre søster ble skadet under et «Engle»-angrep. I tillegg oppstår det et elsk/hat-forhold mellom han og Asuka. Samtidig sliter Shinji med en frykt for fysisk og nær psykisk kontakt med andre mennesker, i frykt for å oppleve mer smerte. I den engelske dubben er det Spike Spencer som står for stemmen. I den japanske dubben er det Megumi Ogata som har stemmen.