Etter å ha studert katolsk teologi ble Johannes Scheifes ordinert til prest den 17. desember 1887 av biskop Johannes Bernhard Brinkmann i katedralen i Münster. Deretter arbeidet han som kapellan ved St. Antonius i Tönisberg til 1891 og deretter som kapellan i Duisburg. Den 20. oktober 1898 utnevnte biskop Hermann Jakob Dingelstad ham til rektor for filialkirken i Obermeiderich og 23. februar 1906 til sogneprest i St. Aldegundis i Emmerich am Rhein. I 1919 utnevnte biskop Johannes Poggenburg ham til Münster som katedralkapittel.