Klippene rundt sjøen har mindre betydning for vannfugler, og tilbyr egnede hekkeplasser for bare tre arter: storskarv, siland og gulbeingråmåke. Steinkysten tjener også som hvilested for måker og strandsniper. Rullesteinstrendene finnes spesielt på sørøst-kysten og frekventeres ofte av migrerende vadefugler. Sandstrender er ikke så vanlig i Bajkalsjøen, men de finnes ved elvedeltaer og blir besøkt av forskjellige vadefugler, hovedsakelig snipefugler, loer og rovterne. Saltsjøene i området blir vanligvis unngått av andre vannfugler, men rustanden hekker her. Harlekinand og fjellbekkasin trives ved bekker. De store elvene blir generelt lite brukt av vannfugler i sommerhalvåret, men innsjøens utløp i Angara, som vanligvis ikke fryser helt om vinteren, gjør det mulig for enkelte arter av ender å overvintre; spesielt gjelder dette kvinand og laksand. Marskland og myrer blir brukt som hekkesteder for ulike arter av ender, vadefugler, måker og terner. Sivskoger forekommer lokalt i større elvedeltaer, og er habitat for sothøne og noen andearter. I de høye grantrærne på taigaen rundt innsjøen kan lappfiskand og kvinand hekke i huller i trærne.