Einarsen er særlig kjent for sitt arbeid med mobbing, destruktiv ledelse og konflikthåndtering. Han ledet forskningsgruppen for arbeidsmiljø, ledelse og konflikt (FALK) ved Universitetet i Bergen fra 2005. Sammen med Professor Helge Hoel og Advokat Harald Pedersen står han bak metoden Faktaundersøkelse, en metode som skal benyttes i saker som angår klager eller varsel på mobbing, trakassering, destruktiv ledelse og diskriminering i arbeidslivet. Sammen med Professor Helge Hoel har han også utviklet Negative acts questioanire (NAQ), som er verdens mest benyttet måleinstrument for å måle opplevelser av mobbing og trakassering i arbeidslivet. Einarsen har publisert mer enn 150 vitenskapelig artikler i internasjonale tidsskrifte, over 50 bokkapitler og utgitt en rekke bøker, herunder Seksuell trakassering (1993); Mobbing og harde personkonflikter (1994); Ledelse på godt og vondt (2002; 2015), Det gode arbeidsmiljø (2000; 2011; 2021); Den dyktige medarbeider (2005, 2016); Håndtering av konflikter og trakassering i arbeidslivet: Jus og Psykolog (2007; 2017; 2021), Faktaundersøkelse: Arbeidsmetodikk i vanskelige arbeidsmiljøsaker (2016). Boken om faktaundersøkelse kom i en svensk utgave i 2020. Einarsen har også vært medredaktør til flere internasjonale antologier om mobbing og trakassering i arbeidslivet (2003; 2011; 2020), herunder Bullying and harassment: Theory, research and practice (2020).