Ooijer skrev kontrakt med Ajax som 12-åring i 1986, men klarte aldri å spille seg inn på førstelaget. I 1994 gikk derfor turen videre til FC Volendam på utlån, før det ble permanent overgang til Roda JC året etter. I Roda befestet han seg som et av lagets sentrale spillere, og dette førte til at storklubben PSV Eindhoven ble interessert i hans tjenester. Midtveis i 1997/98 sesongen signerte Ooijer for PSV, og han har etter dette vært en sentral brikke i lagets forsvar i over åtte sesonger, noe som etter hvert førte til at han spilte seg inn på landslaget.