Klosteret ble totalt ødelagt av en alvorlig brann ved inngangen til det nye året 1407, hvor også noen av munkene omkom i brannen. Etter kort tid ble klostret bygget opp igjen, nå større og vakrere enn før. Det nye klosteret ble Stockholms største og det spilte en viss politisk rolle. Det var Karl Knutsson (Bonde) som var Rikshøvedsmann under Engelbrektsupproret 1436, og han ble valgt av Sten Sture den eldste, nå for andre gang til regntskap i 1501.