Juan Borgia, beskrevet som arrogant, ble i 1493 sendt av faren til Spania i politisk øyemed. Hensikten var å befeste en allianse, ved at Juan giftet seg med Maria Enríquez i de Luna og tok hertugdømmet Gandía i besittelse, et hertugdømme som hans eldre halvbror Pedro Luis Borgia hadde arvet i 1488. Maria hadde før vært trolovet med Pedro Luis. Ved det spanske hoff ble Juan ikke særlig velsett; han oppførte seg slett ikke bra, og ble sendt tilbake til Roma i 1496.