I Molde ble Stavrum en desto større suksess. I 1994 ble han klubbens toppscorer, da Molde rykket opp i Eliteserien igjen etter én sesong på nest høyeste nivå. Molde ble også cupmestere denne sesongen. Året etter scoret Stavrum 16 Tippeligamål da Molde, anført av «de tre S'ene» (Stavrum, Solskjær og Sundgot) tok sølv i serien.