År 1846 mottok han kallet til det av Fredrik Vilhelm IV opprettede såkalte tysk-engelske bispedømme i Jerusalem - et felles bispedømme for anglikanere, lutheranere og kalvinister. Han ble den andre biskopen der, etter Michael Salomo Alexander. Biskop Gobat grunnla flere menigheter og virket der blant annet for skolevesenet og gav impulser til en omfattende tysk skolevirksomhet og karitativ virksomhet i Palestina, Jerusalem, Betlehem, Jaffa, Nablus og Nasaret.