Tondo har hatt fast bosetning siden før 900-tallet, og den første omtalen man vet om var i en inskripsjon på en kobberplate fra 21. april 900. Tondo fikk etterhvert en stor kinesisk befolkning med innvandrere og deres etterkommere primært fra Fujian i Kina. I den spanske kolonitiden var Tondo også en provins, også kalt Manila, og en av de første provinsene som i 1896 gjorde opprør mot Spania under den filippinske revolusjon. I 1911 reorganiserte amerikanerne de filippinske provinsene, og provinsen Tondo forsvant. Dens byer ble overført til provinsene Rizal og Bulacan. Idag er Tondo kun et distrikt i Manila.