John Comyn (den sorte) døde ved Lochindorb Castle i 1302. Etter kroningen av Robert Bruce i 1306 brøt det løs en bitter borgerkrig mellom Bruces fraksjon og Comyn-fraksjonen. Borgerkrigen endte med at huset Comyn ble fullstendig utradert. John Comyn (den sorte)s sønnesønn, John Comyn IV, som hadde vokst opp i England, deltok på engelsk side ved slaget ved Bannockburn i 1314 hvor han ble drept av Robert Bruces hær. Han var den siste gjenlevende Comyn, og ættens mektige posisjon i Skottlands historie var med hans fall på slagmarken over.