Schulz var gift to ganger. Første gangen han giftet seg var i april 1951, med Joyce Halverson (ikke i slekt med Schulzs mor Dena Halverson). De fikk fem barn sammen, men skilte seg i 1972. I september 1973 giftet han seg på nytt, da med Jean Forsyth Clyde, som han var gift med resten av sitt liv.