I sitt faglige virke har Selle særlig konsentrert seg om norsk politikk. Studiet av sivilsamfunnet og frivillige organisasjoners offentlige rolle har utgjort et tyngdepunkt i hans forskning. Han har også beskjeftiget seg med velferdspolitikk. Selle har videre studert samisk politikk i Norge og utviklingen av den samiske del av det norske politiske systemet. I årene 1998–2003 var Selle en del av forskningsledelsen for Makt- og demokratiutredningen.