Ved konsentrasjoner i bruk oppfører triklosan seg som en biocid med multiple cytoplasmatiske og membranmål. Ved lavere konsentrasjonen oppfører triklosan seg bakteriostatisk og det er observert at det angriper bakterier hovedsakelig ved å hemme fettsyresyntesen. Triklosan binder seg til bakterielle enoyl-acyl bæreproteinreduktase-enzym (ENR), som er kryptert av genet FabI. Denne bindingen øker enzymenes tiltrekning for nikotinamid-adeninnukleotid (NAD). Dette resulterer i dannelsen av et stabilt trefoldig kompleks av ENR-NAD-triklosan, som ikke er i stand til å delta i fettsyresyntese. Fettsyre er nødvendig for å reprodusere og å bygge cellemembraner. Mennesker har ikke et ENR-enzym og blir derfor ikke berørt. Noen bakterielle arter kan utvikle lavnivå-resistente til triklosan på grunn av FabI-mutasjoner som senker effekten av triklosan på ENR-NAD-binding, som vist i and . En annen måte som disse bakteriene kan få lavnivå-resistanse til triklosan er å overfremstille . Noen bakterier har naturlig resistans til triklosan som som har multimedisinsutstrømningspumper som pumper triklosan ut av cellen. Andre bakterier, slik som noen av -slekten, har alternative -gener som triklosan ikke binder seg til og derfor er de mindre mottakelige.