I 1877 giftet han seg med Alice Stopford, selv historiker, særlig i irsk historie, og ble senere også nasjonalist og arbeidet for irsk selvstendighet. I løpet av 1870-tallet led Green av alvorlige lungeproblemer. Hans hustru hjalp ham å utføre og til slutt fullførte hans verk om den normanniske erobringen av England da hans ødelagte helse fratok ham stadig mer av arbeidet i løpet av hans siste år.