Geithners mors forfedre nedstammet fra Mayflower-innvandrere og tilhørte en familie fra New England. Hennes far, Charles Frederick Moore jr., var visepresident for for Ford Motor Company fra 1952 til 1964, og var rådgiver for president Dwight D. Eisenhower, og for Nelson Rockefeller og George W. Romney da de forsøkte å vinne presidentvalg. Hans onkel, Jonathan Moore, arbeidet i forsvars-, justis- og utenriksdepartementene, og ved De forente nasjoner.