Den 4. januar 2012 signerte Reus for moderklubben Borussia Dortmund for en sum på omtrent 17,1 millioner euro (127 millioner norske kroner). Avtalten gjorde at Reus ble Dortmund-spiller ut 2017-sesongen. Reus skal angivelig ha avslått et tilbud fra Bayern München samtidig som han skrev under for Dortmund. Reus uttalte seg følgende om overgangen, «Jeg har bestemt meg for å ta det neste steget i min karriere til neste sesong. Jeg ønsker å spille for en klubb som er tittelutfordrer og samtidig garanterer meg Mesterligaspill. Jeg ser denne muligheten i Dortmund.» Reus ble offisielt Dortmund-spiller på nytt 1. juli 2012.