Resten av serien fokuserer på å avsløre en dobbeltagent som lekker klassifisert informasjon fra Det hvite hus. Olivia og teamet etterforsker saken, etter å ha funnet ut at CIA-direktørens selvmord faktisk var et mord. Olivia blir kjent med kaptein Jake Ballard (spilt av Scott Foley) som arbeider sammen med lederen for B613, Rowan, som beordrer Jake å holde øye med Olivia. Mot slutten av sesongen kommer Mellie Fitz med et ultimatum: enten blir Fitz lojal mot henne, ellers kommer hun til å gå offentlig på nasjonal TV og avslører Fitzs affære med Olivia.