I de fleste tilfeller vil en liten andel av befolkningen ikke være immune selv om det er etablert et velfungerende og akseptert vaksineprogram. Nyfødte barn vil ikke være vaksinerte ennå, mens andre ikke kan ta vaksinen grunnet alder, medfødte sykdommer, nedsatt immunforsvar eller lignende. I tillegg vil noen få av dem som vaksineres ikke bli immune fordi ingen vaksiner gir full immunitet hos 100 % av dem som vaksineres. Dersom mange nok vaksineres vil sykdommen ikke ha tilstrekkelig med individer som bærere av smitten, noe som gjør at de som ikke er immune heller ikke utsettes for smitte. Fordi sykdommer smitter ytterst forskjellig vil det også være variasjon når det gjelder hvor stor andel av befolkningen som må vaksineres for å oppnå effektiv flokkimmunitet. De fleste sykdommer ligger i området 85 til 95 %.