Etter latinlinjen ved Bergen katedralskole tok han bifag i norsk ved Universitetet i Bergen i 1957, teologisk embedseksamen ved Universitetet i Oslo i 1962 og praktikum i 1963. I 1971 tok han doktorgraden i teologi, og i mellomtiden virket han som universitetsstipendiat i Oslo og Tübingen, marineprest ved Haakonsvern samt universitetslektor ved Det teologiske fakultet i Oslo. I sin doktoravhandling, som han skrev på tysk med tittelen , tok Lønning opp Det nye testamentets rolle som kanon.