De seirende moheganene og narragansettene møttes i september ved domstolen i Cobbecticut og ble enige om fordelingen av pequotene og deres land. Avtalen, kjente som den første Hartford-traktaten, ble signert 21. september 1638. Pequotene som hadde overlevd krigen og folkemordet ved Mystic ble distribuert som slaver til moheganene, narragansettene og metoakene. Videre beslagla kolonistene pequotenes land ved å hevde en «rettferdig krig» og forsøkte å fjerne pequotene ved å erklære dem utryddet og gjorde det til en kriminell handling å nevne navnet pequot. De få pequotene som klarte å unngå døden, slaveri på De vestindiske øyer eller slaveri i puritanske hjem i Massachusetts Bay, Plymouth eller Connecticut, ble senere hentet fra fangenskap fra moheganene og gitt reservater i Connecticut.