Straks sjansen bød seg, flyttet han til universitetet i Louvain, den gang ansett som Europas beste, der Agrippa hadde vært. Dee var sterkt påvirket av Agrippas tanker om at magi og alkymi ikke skulle forbindes med djevelsk praksis, slik man gjorde i England, men en praktisk hjelp for den som søkte Gud. Den gang ble matematikk knyttet til magi, med Pythagoras som en magiker eller profet ut fra tanken om en skjult verden rundt tallenes skjulte verdi.