De indianske språka i landet snakkes av små minoritetsgrupper, og flere av dem er trua av utryddelse. De to største er bribri og cabécar, begge med flere tusen brukere. Maleku har i overkant av 200 brukere. På 1700-tallet døde chorotega og huetar ut, mens rama og térraba ble borte på 1900-tallet. Ngäbere (også kjent som guaymí) døde ut i Costa Rica, men snakkes fortsatt av indianere i Panama, og guaimíene i Costa Rica er med hjelp fra disse i ferd med å prøve å lære seg det opprinnelige språket sitt igjen. Boruca har sannsynligvis ikke lenger noen morsmålsbrukere, og regnes av mange som utdødd. Borucaene får imidlertid undervisning i boruca på skolen, i et forsøk på å gjenopplive språket. Bribri, cabécar og maleku har en svak nedgang i antall talere. Hovedårsaken til det fallende antallet brukere av de indianske språka er spanskens dominerende posisjon i samfunnet. Rundt Cerro Chirripó, sør i landet, er de eneste områdene hvor det fortsatt fins enkelte enspråklige talere av indianske språk. Det undervises i indianske språk i 20 indianske områder av i overkant av hundre lærere.