Det gis fritak for avgiften for bl.a. utslipp fra fartøy som går i direkte fart mellom norsk og utenlandsk havn, luftfartøy som går i direkte fart mellom norsk og utenlandsk lufthavn, fartøy som brukes til fiske og fangst i fjerne farvann samt utslippskilder omfattet av miljøavtale med staten om gjennomføring av NO-reduserende tiltak i samsvar med et fastsatt miljømål.