David Fabricius var sønn av en smed i Esens. Lite er kjent om hans barndom og ungdom. Han gikk på latinskolen i Norden og formodentlig i Braunschweig. Han sa senere at Heinrich Lampadius († 1583) i Braunschweig hadde undervist ham i astronomi og matematikk. Etter skoleavslutningen studerte han fomodentlig i Helmstedt.