På denne tiden lå det også flere andre institusjoner for høyere utdanning i Amsterdam, eksempelvis Collegium Chirugicum, som utdannet kirurger og andre institusjoner som ga teologiske kurs for remonstranter og mennonitter. Amsterdam hadde høy grad av religionsfrihet, noe som tillot etableringen av disse institusjonene. Studenter ved Colegium Chirugicum og de teologiske institusjonene deltok regelmessig i undervisning på .