Ugly Kid Joe spilte sangen på albumet Green Day har spilt en coverversjon av sangen på forskjellige konserter. Therapy? har spilt sangen som en åpening til konsertene, noe som vanligvis leder til deres egen sang "Potato Junkie". Trivium spilte «Master of Puppets» på albumet , som en hyllest til bandet. Sangen var også med på gjen-utgivelsen av albumet . Trivium spiller også denne sangen regelmessig på sine konserter Primus har også spilt denne sangen flere ganger på sine konserter. Sum 41 spilte sangen på MTV Icon gallaen i 2003. Dream Theater coveret denne sangen og resten av albumet som en hyllest til Metallica. Det finske metal bandet Apocalyptica spilte en coverversjon av sangen på albumet Anthrax brukte et kort segment av Master of Puppets i deres sang «I'm the Man».