Til tross for rojalistenes sterke stilling i Perú var det også der flere opprør mot det rojalistiske styre. I 1812 var det -opprør i Huánuco, hvor en forsøkte å opprette en junta, og i Cusco var det opprør i både 1814 og 1816. Disse opprørene mottok støtte fra Buenos Aires' arméer, men ble likevel slått ned av rojalistene.