I 1531 ble Heinrich Bullinger utnevnt til Zwinglis etterfølger som forstander for kirken i Zürich. Han skapte en varig kirkeforfatning for den reformerte kirken og arbeidet for å bygge ut skolevesenet og ansette dyktige lærere. I 1549 kom han til enighet med Jean Calvin om nattverdsspørsmålet i , som hindret at zwinglianerne og kalvinistene gled fra hverandre. I 1566 utarbeidet Brunninger den andre helvetiske bekjennelsen, som ble tatt i bruk i flere europeiske reformerte kirker og fortsatt er i bruk i Øst-Europa.