Da nyheten om traktaten med franskmennene nådde Napoli og provinsene gjorde opprør, og motstod fienden med desperat tapperhet, tross dårlig bevæpning og disiplin. I mellomtiden vokste jakobinske og republikanske partier sterkt, og borgerkrig brøt ut. Den 20. januar 1799 erobret republikanerne festningen Castel Sant'Elmo, og tillot franskmennene å entre byen. Totalt døde omtrent 8000 napolitanere og 1000 franskmenn.