På begynnelsen av 1920-tallet begynte NSB arbeider med to tunneler gjennom Gamlebyen. I forkant av dette ble det organisert arkeologiske undersøkelser ledet av Gerhard Fischer. Deler av klosteret ble gravd ut og senere rekonstruert. I 1928 bekostet Oslo kommune en utgravning i klosteret, senere ble det flere mindre utgravninger fram til 1967. Først da var hele klosteret fullstendig undersøkt.