Presidentvalget i 2001 ble vunnet av hans visepresident, Enrique Bolaños. Han ble innsatt 10. januar 2002. Etter at han hadde etablert seg, satte han i gang en anti-korrupsjonsgranskning av sin forgjenger. Og i desember 2003 ble Alemán dømt til tyve års fengsel for underslag av 10 millioner dollar fra statskassen.