Miljøprøvebanken eies av Klima - og Miljødepartementet og styres av Miljødirektoratet. Den daglige driften er tillagt CIENS som nasjonal oppgave. Driften gjøres av et konsortium bestående av fire partnere: miljøinstituttene Norsk institutt for vannforskning (NIVA), Norsk institutt for luftforskning (NILU) og Norsk institutt for naturforskning (NINA) samt Universitetet i Oslo. NIVA har prosjektlederansvaret i dette samarbeidet.