De påfølgende omveltninger som hans sønn Akhenatons reformiver satte i gang kom til å ryste den gamle tryggheten i dens fundamenter og fremmet det åpne spørsmålet om en farao var mer mektig enn den eksisterende orden som representert av Amon-prestene og deres tallrike tempeleiendommer. Akhenaton flyttet selv hovedstaden vekk fra Teben for å bryte innflytelsen til det mektige Amontempelet og opphøyde Aton som sitt egen foretrukne guddom. Akhenaton flyttet den egyptiske hovedstaden til et nytt sted kalt Akhetaton i betydningen «Atons horisont», men stedet kalles i dag for Amarna.