Filmen starter der den første slapp. Taylor og Nova er ut i ørkenen på jakt etter flere mennesker. De blir de utsatt for noen mystiske fenomen i «den forbudt sone» og Taylor forsvinner plutselig sporløst mens han undersøker et av dem. I et desperat forsøk på å finne hjelp fortsetter Nova videre ut i ørkenen, og støter etter hvert på en annen astronaut, John Brent. Brent er en kollega av Taylor som var sendt ut i rommet i håp om å finne og redde Taylor og hans mannskap. Brent følger med Nova tilbake til apekolonien hvor han treffer Zira og Cornelius som hjelper også ham med nyttige tips om hvor han kan finne Taylor. Det viser seg at Taylor forsvant i en underjordisk by som består av restene av New York – i år 3955. Byen er befolket av avanserte mennesker med overnaturlige evner og som tilber en atombombe som gud. Samtidig med dette planlegger gorillaene et storstilt angrep på byen.