Den katolske kirke reagerte med en motreformasjon, initiert av konsilet i Trient, og med en ny ordensbevegelse, jesuittene. Sistnevnte ble opprettet i 1541, og som tidvis ble betegnet som «Guds soldater» og med det formål å bekjempe protestanter og kjettere. Nord-Europa, med unntak av Irland, Polen og Litauen, ble preget av protestantismen, mens det sørlige Europa forble katolske. Sentral-Europa ble et område preget av bitter konflikt, noe som kulminerte i Tredveårskrigen.