Kristendommens historie i området rundt dagens Passau går tilbake til omkring år 300, da de første romerske innbyggerne lot seg døpe. Den hellige St. Florian, vandrebiskopen St. Valentin og St. Severin levde den gang i Passau. Selve bispedømmet ble grunnlagt i år 739 av Bonifatius. Fra 798 lå det som suffraganbispedømme under Salzburg erkebispedømme.