Pave Johannes Paul II utnevnte Farrell til sekretær for Det pavelige råd for fremme av kristen enhet den 19. desember 2002 og utnevnte ham til titulærbiskop av . Paven selv bispeviet ham den 6. januar 2003 i Peterskirken; medkonsekratorer var kurieerkebiskopene Leonardo Sandri og Antonio Maria Vegliò. Som sekretær for dette pavelige råd var han visepresident for Kommisjonen for religiøse relasjoner til jødene.