I 1935 ble han emeritert, men fortsatte med undervisning til 1940. Grunnen til denne lange overgangsvirksomheten var spørsmålet om etterfølger: Sommerfeld favoriserte Werner Heisenberg som sin etterfølger, men støtte på motstand fra representanter for det politiske fagmiljøet , som til slutt fikk drevet gjennom sin  – etter Sommerfelds oppfatning dårligste av alle de fremsatte – kandidater: Wilhelm Müller.