De første årene var Ferdinand II en ganske populær konge. Etter å ha besteget tronen gav han et amnesti og gav nye regler for finansvesenet. Han avskjediget upopulære embedsmenn, opphevet de tyngende jaktprivilegiene, slapp kornhandelen fri, forbedret hæren og interesserte seg sterkt for offentlige byggeprosjekter.