Jacobsen var sønn av fisker og småbruker Jacob Andreas Jakobsen (1853–1922) og ektefelle Anne Jensine Nilsen (1866–1947), og kom fra Uløybukt i Nord-Troms. Etter at faren døde mens Nils fortsatt var ungdom overtok han farens fiskebåt, og han hadde fiske som hovednæring fram til han ble stortingsmann. Jacobsen tok eksamen både som skipsfører og fra handelsskole, og de siste åtte årene på sjøen var han skøytefører.