Kjønnsidentitetslidelse hos barn rapporteres vanligvis som «alltid å ha vært der» siden barndommen i mange tilfeller, og er ansett som klinisk forskjellig fra kjønnsidentitetsforstyrrelser som vises i ungdomsårene eller voksen alder, som av noen har blitt beskrevet som gradvis intensivert over tid. Siden mange kulturer sterkt avviser kjønnsatferd som går på tvers av tradisjonelle roller, resulterer det ofte i betydelige problemer for de berørte personer og deres pårørende. I mange tilfeller beskrives også et sterkt ubehag som stammer fra følelsen av at kroppen er «feil» utviklet eller ment å være annerledes. Det ble kalt «Kjønnsdysfori» og på engelsk ble det kalt "Gender dysphoria".