Det tyske regimet iverksatte en brutal okkupasjon helt fra begynnelsen av felttoget i Polen og Einsatzgruppene spilte der en viktig rolle. I de erobrede områdene bak de regulære hærstyrkene gikk fem (senere syv) til verks. Disse «innsatsenhetene» fra SS var underlagt Heydrich og hadde til oppgave å eliminere fiender av okkupasjonsmakten og skyte gisler som gjengjeldelse i tilfelle aksjoner mot okkupasjonen. Enhetene samlet opp politisk «uønskede» polakker (i landets elite) som ble henrettet på stedet eller satt i konsentrasjonsleir. I løpet av september ble minst mennesker henrettet, hovedsakelig av Einsatzgruppene, dels av den tyske hæren og milits av etniske tyskere. Innen utgangen av 1939 var mellom og sivile polakker drept i massehenrettelser.