Det nåværende flagget skriver seg fra 1871, men fargene blått og hvitt går tilbake til flagget for Den mellomamerikanske føderasjon, som fra 1823 av omfattet det som nå er landene Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua og Costa Rica. Alle disse har blått og hvitt i sine flagg. Fargekombinasjonen er basert på Argentinas flagg.