Etter dette flyttet han til Egypt og bosatte seg i Fustat, der han virket som lege for storvesir Alfadhil og/eller sultan Saladin av Egypt. I Egypt skrev han det meste av verket sitt, inkludert . Moshe ben Maimón døde i Fustat i Egypt den 13. desember 1204. Deretter ble hans levninger fraktet til nedre Galilea og ble gravlagt i Tiberias i Israel.