Han vokste opp i Morristown. Etter bachelorgrad med laud i offentlig politikk ved Princeton University i 1958 mottok han stipend for å studere filosofi, politikk og økonomi ved University of Oxford. Han har doktorgrad i statsvitenskap fra Harvard University fra 1964. Siden 1964 har Nye vært vitenskapelig ansatt ved Harvard University, der han er professor ved fakultetet John F. Kennedy School of Government. Han har tidligere vært underdirektør og dekan ved fakultetet.