I bokform publiserte Thomsen sitt forskningsarbeid i 1836 i verket , som kom ut på tysk i 1837 og engelsk i 1848. Tanken bak treperiodesystemet ble spredt over Europa. I 1832 ble Thomsen inspektør på i København sammen med Ole Devegge og med P.O. Brøndsted som direktør. Etter hans død i 1842 ble Thomsen direktør for Myntkabinettet.