Men Den joniske forbund var først og fremst en religiøs organisasjon snarere enn en politisk. Selv om de noen ganger handlet sammen, synes det som at borgerlige interesser og prioriteringer alltid trumfet bredere joniske. De dannet aldri et ekte konføderasjon. Rådet fra Tales av Miletos om å slå seg sammen i en politisk union ble avvist. I inskripsjoner og litterære kilder fra denne perioden identifiserer jonerne seg vanligvis etter sin opprinnelsesby, ikke som «jonere».