I 1979 ble behovet for et nordnorsk kunstmuseum utredet av Norsk kulturråd. Nordnorsk Kulturråd, Universitetet i Tromsø, Riksgalleriet og Nasjonalgalleriet stod bak initiativet. Museets leder ved åpningen 17. mars 1988 var Frode Haverkamp, og siden har Anne Aaserud, Knut Ljøgodt , Jérémie Michael McGowan og Katya García-Antón hatt stillingen.