I juli 1688 gikk Morosini, som nå var valgt til den nye Dogen av Venezia i land ved Khalkída (Negroponte) og beleiret byen. Venetianerne hadde samlet en stor styrke, 13 000 soldater og i tillegg 10 000 mann i flåten, mot den osmanske garnisonen på 6000 mann, som ga de hård kamp. Den venetianske flåten klarte ikke å lage en effektiv blokade av byen, slik at styrkene til Ismail Pasha, over Evripossundet, klarte å frakte forsyninger til den beleirede borgen. Venetianerne og deres allierte ble påført store tap, særlig fra et nytt pestutbrudd, blant annet general Königsmarck, som døde av pesten den 15. september. Etter et siste angrep den 12. oktober, som ble et kostbart nederlag, måtte Morosini innse at han var slått. Den 20. oktober, forlot den venetianske arméen, som hadde tapt rundt 9 000 mann. Nederlaget ved Negropont fikk store følger for den venetianske leiren. De gjenværende tyske leiesoldatene forlot området tidlig i november. Morosini prøvde et mislykket angrep på Monemvasia i 1689, men den skrantende helsen hans tvang han tilbake til Venezia kort tid etter. Dette markerte slutten på det venetianske herredømmet.