Darwin skulle holde kaptein FitzRoy med selskap ved måltidene, da kapteinens rang hindret ham i å pleie omgang med andre enn gentlemen. FitzRoy valgte den ett år yngre Darwin delvis fordi han mente formen på Darwins nese vitnet om karakter, og delvis fordi Darwin var utdannet teolog. FitzRoys formelle oppdrag var riktignok å kartlegge kysten, men personlig var han mer opptatt av å søke bevis for en bokstavtro tolkning av Bibelens skapelsesberetning. Han var humørsyk med utbrudd av rene raserianfall, som ikke ble mildnet av at Darwin stod fundamentalismen fjernt. De to unge mennene kranglet derfor til stadighet, «noen ganger på grensen til det sinnssyke», mintes Darwin. Skipets forrige kaptein hadde skutt seg gjennom hodet; FitzRoys onkel hadde skåret over halsen på seg ti år tidligere; og FitzRoy selv skulle gjøre det samme, heldigvis først mange år senere. Like etter hjemkomsten sjokkerte han Darwin ved å gifte seg med en kvinne han viste seg å være forlovet med; i løpet av reisens fem år hadde han ikke nevnt hennes eksistens en eneste gang.