Sammen med Harry Connick jr. og Habitat for Humanity er Branford Marsalis med på et prosjekt for å hjelpe å gjenoppbygge New Orleans. Marsalis og Connick kom med ideen om å starte en , for å bringe musikere tilbake til New Orleans etter orkanen Katrina. Dette prosjektet er det største gjenoppbyggingsprosjektet i New Orleans etter orkanen til dags dato (februar 2007). Han har startet plateselskapet Marsalis Music.