NKLMs hovedoppgave er å bidra til nasjonal og internasjonal faglig utvikling innen kommunal legevaktmedisin og overgrepsmottak. Dette innebærer å etablere nødvendige nasjonale faglige standarder og å bidra til og delta i forskning innen fagfeltet. NKLM har etablert og kvalitetssikrer registre innen norsk legevakt. En sentral oppgave er å sikre nasjonal kompetansebygging og spredning av kunnskap om legevakt, blant annet gjennom undervisning, både i grunn-, etter og videreutdanning. Senteret gir råd og faglig støtte til legevakter og kommuner vedrørende organisering og drift av legevakt, og bidrar til råd, høringssvar og utredninger til Helsedirektoratet og Helse- og omsorgsdepartementet.