Høsten 1997 foreslo Østfold Industrioffensiv og Næringslivets Hovedorganisasjon at det burde være sivil rutetrafikk fra Rygge flystasjon. Etter at de fremla rapporten hvor det ble tilrådet å etablere sivil trafikk på Rygge (juni 2002), begynte arbeidene med å anlegge lufthavnen i mai 2006. Terminalbygningen ble utformet av Hille Melbye Arkitekter.