Før begynnelsen av 1990-årene var det vanlig praksis for legen som utførte prosedyren å foreskrive en antibiotikakur for å forhindre infeksjon. Siden den gang vil mange urologer bestille en urindyrkning som en del av pre-operativ forberedelse. Avhengig av resultatene av testing og andre omstendigheter, kan legen velge å foreskrive en 10 til 14 dagers antibiotikakur eller annen anti-infeksjonsbehandling, som påbegynnes 3 dager før cystoskopi skal utføres, da dette kan lindre betennelse av urinrøret før prosedyren. Denne praksisen kan gi en ekstra fordel ved å hindre at en utilsiktet infeksjon oppstår under prosedyren. Fullføring av hele antibiotikabehandlingen reduserer muligheten for at bakteriene blir resistente mot antibiotikumet / anti-infeksjonsmiddelet.