I 1806 var Jørgensen tilbake i England. Året etter besøkte han familien i København, der krigen mellom Frankrike og Storbritannia i september 1807 skulle få dramatiske konsekvenser, både for Danmark-Norge og for Jørgensen. Etter flåteranet i 1807 ble Jørgensen, til tross for sin vennlige innstilling til England og skepsis til Danmark-Norges nye allianse med Frankrike, kaptein på kaperen i desember 1807. I februar 1808 seilte mot kysten av Yorkshire og ble der tatt av 2. mars. Skipet ble brakt til England og mannskapet tatt som krigsfanger. Jørgensen satt først som krigsfange i Yarmouth, men ble brakt til London for avhør og deretter sluppet fri på vilkår av at han ikke forlot landet.