Byen ble grunnlagt i 1866 som landsbyen . På grunn av dens fordelaktige geografiske beliggenhet der hvor transportveiene fra Primorjes sørlige områder møttes gjennomgikk landsbyen en rask vekst fra 1870-tallet av, og ble til et handelssenter. Landsbyens rolle økte etter at Ussurijsk-jernbanen ble bygget. I 1898 fikk Nikolskoje innvilget bystatus. Ved begynnelsen på 1900-tallet nådde byens befolkning 15 000, og den årlige handelsomsetningen i byen tilsvarte 3 millioner rubler. Etter Den russisk-japanske krig i 1904-1905 ble Nikolsk et av de viktigste kommersielle og økonomiske sentrene i Russlands fjerne østen. I 1913 var byen nummer fire i befolkning, etter Vladivostok, Blagovesjtsjensk og Khabarovsk. Bedrifter for behandling av jordbruksprodukter ble startet opp, slik som kornmøller, meierier, såpekokerier og garverier, så vel som makaroni- og pølsefabrikker og bryggerier. Mursteinsfabrikker, steinbrudd og sagbruk dukket også opp i byen.