I slutten av 2006 trakk han tilbake sitt presidentkandidatur, da alle opinionsmålinger pekte på Ségolène Royal som den sosialisten med størst sjanser til å bli valgt til Frankrikes president i 2007. Fabius tilhører partiets venstreside og har ofte befunnet seg i opposisjon mot majoritetsgrupperingen, først mot Lionel Jospin og senere mot François Hollande.