Det tredje trinnet var implementering av MultifunC i 5 norske og 2 svenske enheter. I denne fasen skulle teoretiske beskrivelser overføres til praksis. Implementeringen har tatt hensyn til og fulgt implementeringsforskning, spesielt forskning utført av Dean Fixen. I Norge ble implementeringen ledet av psykolog Tore Andreassen. I Sverige ble implementeringen ledet av psykolog Martin Larden. Implementeringen startet i begge land i 2005. Modellen er senere også implementert i Danmark.