Marcus Paus ble født den 14. oktober 1979 i Oslo, og er sønn av visesangeren Ole Paus og den tidligere popstjernen Anne-Karine Strøm som ble kjent som barnestjerne i 1960-årene og som senere representerte Norge tre ganger i Eurovision Song Contest. Han tilhører «skiensgrenen» av slekten Paus og er barnebarn av general Ole (Otto Cicin von) Paus og oldebarn av eventyreren og konsul i Wien Thorleif (von) Paus og Ella Stein som hadde østerriksk-jødisk bakgrunn; hennes familie konverterte fra jødedom til katolisisme i hennes barndom, og hun ble siden protestant. Paus-slekten hadde siden begynnelsen av 1600-tallet tilhørt «embetsaristokratiet» av prester og jurister som styrte Øvre Telemark og stammer fra prosten Peder Povelsson Paus (1590–1653) som huskes gjennom minnediktet (1653); Marcus Paus' familiegren etablerte seg mot slutten av 1700-tallet som byborgere og skipsredere i Skien og under den industrielle revolusjon som stålmagnater som eide mye av industrien ved Akerselva i Christiania. Hans tippoldefar, industrimagnaten Ole Paus, var fetter til Henrik Ibsen.