Fra 1154 til 1168 gikk besittelsen av landsbyen til en Eberto som etablerte den første føydale kontrollen over landsbyen. Deretter ble Roberto di Pietrapertos i 1179 landherre av Craco. I 1276 ble et universitet etablert i byen. I løpet av 1200-tallet ble også en festning, nå et karakteristisk landemerke i landskapet, bygd under ledelse av Attendolo Sforza. I 1293 under Federico II ble byborgen et fengsel. Ved 1400-tallet var det etablert fire palasser i byen: Palazzo Maronna i nærheten av tårnet, Palazzo Grossi i nærheten av den store kirken, Palazzo Carbone på eiendommen Rigirones, og Palazzo Simonetti.