De gjenoppliver Megatron som deretter reiser til en av Saturns måner, hvor han gjenforenes med sin nestkommanderende, Starscream - og deres herre, The Fallen. I mellomtiden begynner Sam Witwicky (spilt av Shia LaBeouf) ved college. Men han blir forfulgt og forført av Alice, en Decepticon Pretender som utgir seg for en annen student. De ønsker at Sam skal føre Decepticons til en ny Energon-kilde. I mellomtiden lander NEST-styrker og Autobots i nærheten av Pyramidekomplekset ved Giza og blir angrepet av en stor styrke fra Decepticons.