I åpningskampen for sesongen 2016–17 scoret Etuhu sitt første mål for sesongen, i en 2–0 seier mot Charlton Athletic. I en kamp mot Oldham Athletic 20. august 2016 pådro han seg imidlertid en skade i det 41. minutt og ble byttet ut, da Bury tapte 1–0. Etuhu kom tilbake fra skade mot Chesterfield 24. september 2016, og kom inn som en erstatter i det 85. minutt, i en 2–1 seier. Siden han kom tilbake fra skade, tok han tilbake sin førstelagsplass, og spilte på midtbaneposisjonen innen slutten av året. Etuhu scoret sitt andre mål for sesongen, i et 3–2 tap mot Scunthorpe United 7. januar 2017. Siden februar tilbrakte han resten av sidelinjen resten av sesongen 2016–17 under en ny ledelse av Lee Clark, med spilletid som ble redusert i begynnelsen av året. På slutten av sesongen 2016–17 spilte Etuhu tjueto opptredener og scoret to ganger i alle konkurranser. Etter dette ble han løslatt av Bury.