Det katolske fotfestet i Japan setter Blackthorne, en protestant og derfor en kjetter, i en politisk ulempe. Den samme situasjonen bringer ham også i søkelyset til den innflytelsesrike Lord Toranaga, som nærer mistillit til denne fremmede religionen som nå sprer seg over hele Japan. Han konkurrerer med andre samurai-krigsherrer av lignende rang, blant dem katolske konvertitter. Gjennom en tolk avslører Blackthorne senere enkelte overraskende detaljer om de portugisiske handelsmennene og deres jesuitt-overherrer som tvinger Toranaga til å stole på ham. De inngår en svak allianse, til stor fortvilelse for jesuittene.