Da FSA ikke er en «hemmelig tjeneste», begrenser rettsikkerhetsprinsippet FSAs mandat til å kun gjelde internt i Forsvaret. Derfor må enhver handling som FSA utfører eller pålegg de gir være hjemlet i de alminnelige rettsregler om: Forebyggende sikkerhetstjeneste, lov om forsvarshemmeligheter, militære straffelov og lov om militærpolitimyndighet. Forsvarsdepartementets instruks for sikkerhetstjeneste i Forsvaret Sedvanerett/FSJ Kommandomyndighet til å gi bestemmelser innenfor Forsvaret Internasjonale avtaler og traktater om militær sikkerhet som Norge har tiltrådt gjennom medlemskap i NATO.