Selv om kirken ikke ble så hardt rammet fikk bombardementet likevel innflytelse på bygningen, idet Vor Frue Kirke hadde blitt helt ødelagt, og Trinitatis overtok rollen som byens fineste kirke. Den oppfylte ikke helt betingelsene, da man i 1817 ville feire 300–års jubileet for reformasjonen og enkelte ombygninger ble nødvendige.