Svakheten til Muhammeds styre i Khorasan førte til at tahiridenes styre der tok slutt. Saffaridenes Yaqub marsjerte i 873 mot Muhammeds hovedstad, Neyshabur. Muhammed nektet å flykte og ble tatt til fange av saffaridene. I tre år forble han fanget, men ble satt fri av kalifens styrker etter at saffaridene ble beseiret i slaget ved Dair al-Aqul i 876. Etter at han ble satt fri, gav kalifen ham guvernørskapet i Khorasan igjen, men Muhammed fikk aldri tilbake sin autoritet i området. Flere anti-saffaridiske partisaner i Khorasan, som Ahmad al-Khujistani og Rafi ibn Laith, plasserte Muhammeds navn i områder som de klarte å kontrollere, men Muhammed utøvde aldri reell autoritet der.