På dette tidspunktet kom den beseirede romerske generalen Pompeius til Egypt for å søke tilflukt fra sin rival Julius Cæsar. Til å begynne med lot Ptolemaios og Pothinus som om de aksepterte hans forespørsel, men den 29. september 48 f.Kr. myrdet Pothinus generalen personlig i håp om å vinne Caesars gunst da den seirende generalen ankom. Da Caesar kom ble han møtt med hodet til sin avdøde rival og tidligere allierte, men skal reagert med avsky i stedet for å ha blitt fornøyd. Kleopatra viste seg å lykkes bedre i å vinne Caesar sin gunst og ble hans elsker. Caesar ordnet henrettelsen av Pothinus og den offisielle tilbakekomsten på tronen for Kleopatra, selv om hun aldri offisielt abdiserte, og hennes ekteskap med Ptolemaios.