Påsken 1851 ble Wilhelm Mannhardt innskrevet som student ved Humboldt-Universität zu Berlin. Her studerte han under Jakob Grimm og tok fagene germanske språk, sanskrit og historie. To år senere skiftet han universitet og ble student i Tübingen, hvor han i 1854 med en avhandling over gammeltyske kongsnavn promoverte til den filosofiske doktorgrad.