Det økende antallet partisanaksjoner som ble gjennomført i de senere årene av okkupasjonen resulterte i flere henrettelser og represalier mot sivile. Gjennom okkupasjonsårene henrettet Tyskland 21 000 grekere, Bulgaria henrettet 40 000 og Italia henrettet 9 000. Frem til juni 1944 hadde aksemaktene raidet 1339 landsbyer, derav 879, eller 2/3, ble jevnet med jorden. Dette førte til at mer enn en million mennesker ble hjemløse. De fleste anti-partisan operasjonene foregikk i det sentrale Hellas, Vest-Makedonia og den bulgarske okkupasjonssonen.