Den ble grunnlagt i 1998 av internettgründeren Jeff Arnold. Tidlig i 1999 var det en del av en treveis fusjon med Sapient Health Network (SHN) og Direct Medical Knowledge (DMK). SHN startet i Portland i Oregon i 1996 av Jim Kean, Bill Kelly og Kris Nybakken, som jobbet sammen på et CD-ROM-publiseringsfirma, Creative Multimedia. Senere i 1999 ble WebMD slått sammen med Healtheon, grunnlagt av Netscape Communications-grunnlegger Jim Clark.