Selve mikroskopet bygges i Lund, Skåne i Sverige, mens et tilhørende datasenter bygges i København. 35% av utgiftene betales av Sverige, 12,5% av Danmark mens resten blir betalt av de øvrige 15 partnerlandene. De danske og svenske forskningsministrene Sofie Carsten Nielsen og Jan Björklund tok de første spadestikk den 2. september 2014.