Selv om Begaj er partipolitisk uavhengig ble han nominert av regjeringspartiet Albanias sosialistiske parti som dets presidentkandidat i presidentvalgets fjerde valgomgang. Han ble valgt av nasjonalforsamlingen 4. juni 2022 med 78 stemmer. 4 stemte imot, og 1 avholdende. 57 parlamentsmedlemmer fra opposisjonen boikottet valget fordi de mente det var uregelmessigheter i nominasjonsprosessen. Han ble tatt i ed som president 24. juli 2022.