Stridens klimaks fant sted 1881 da chilenerne okkuperte Lima. Konflikten gikk da over til å bli en geriljakrig, fordi sivilbefolkningen mobiliserte og gjorde motstand sammen med restene av Perus hær. Felttoget i Breña var ganske suksessfull, sett fra motstandsbevegelsens side, men det endret ikke utfallet av krigen. Etter Perus nederlag i slaget ved Huamachuco, undertegnet Chile og Peru Ancón traktaten, den 20. oktober 1883. Bolivia undertegnet en avtale om våpenstillstand med Chile i 1884.