Oppstanden mot Tisos regime begynte 29. august 1944 etter at sovjetiske styrker rykket inn i Transkarpatia. Oppstanden ble utløst av at Tiso ville tillate Wehrmacht å rykke inn i landet for å møte de sovjetiske styrkene. Opprørsstyrkene ble dannet av store deler av slovakiske hæren og kommunistiske partisaner. Tyske styrker gjenopptok deportasjon av jøder til Auschwitz, Theresienstadt og Tyskland. I tillegg ble flere tusen jøder som hadde gått i dekning eller deltok i opprøret drept av tyske styrker og Hlinkagarden. De tyske styrkene i landet fikk forsterkninger (blant annet «Dirlewanger SS-brigaden») som slo ned opprøret i oktober 1944 etter harde kamper. Himmler utnevnte SS-Obergruppenführer Gottlob Berger til sjef for de tyske styrkene i Slovakia, mens sturmbannführer Hermann Höfle, en av lederne for Aksjon Reinhardt, ble høytstående SS-leder. Sicherheitsdienst etablerte dessuten Einsatzgruppe H tidlig i september for å jakte på slovakiske partisaner og gjenværende jøder. I april 1945 hadde sovjetiske styrker frigjort hele Slovakia og avanserte videre inn i Mähren. Gustáv Husák var en av lederne av oppstanden i Slovakia.