Fra 1850 var han lektor og i 1854 overtok han professoratet i metallurgi og bergfabriklære efter den tyske Theodor Scheerer (1813–1875), selv om han Emil ikke publiserte nevneverdig. Emil var i 1857 blant de som stiftet Det Norske Videnskaps-Akademi. Fra 1861 ble hans enhet skilt ut som det nye Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet og Emil var fra 1862 bestyrer av det metallurgiske laboratorium. Etter å ha gitt seg i 1885 flyttet han til Kongsberg der sønnen bodde og døde av bronkitt.