Før sovjetiske styrker trakk seg ut av byen, hadde de lagt ut miner og bomber med tidsinnstilling. Disse begynte å gå av 24. september etter at tyske styrker hadde etablert seg i byen. En rekke bygninger brant ned, og omkring 25 000 ble husløse. Etter rådslaging med kommandant bestemte seg for å skylde på jødene. Hærens propagandaavdeling trykket 27. september opp flere tusen plakater med instruks til byens jøder om å møte på oppgitt sted 29. september klokken 8 om morgenen. Jødene fikk beskjed om å ta med seg penger, verdisaker, dokumenter og varme klær. De fleste antok at jødene skulle forflyttes, og det gikk rykter om at de skulle sendes til Palestina, blant annet fordi oppmøtestedet var nær jernbanen. De sovjetiske jødene hadde lite kjennskap til de anti-jødiske tiltakene i Tyskland og okkuperte områder. En tysk etterretningsoffiser var overrasket over hvor lite jødene visste om nazistiske holdninger. Jødiske menn var i hæren, satt i tysk krigsfangenskap, hadde rømt østover eller gått i dekning på landet. Trolig var det i slutten av september 100 000 jøder i Kyiv, hovedsakelig kvinner, barn, eldre og syke. Det kom fem-seks ganger så mange som tyskerne hadde regnet med.