Innsjøens nedbørfelt er stort, og inkluderer de østlige hellingene til Remutaka- og Tararuafjellene. Wairarapasjøen mottar vann fra flere elver, og var opprinnelig utløpet for elva Ruamahanga. Denne elva rant videre ut i Palliser Bay og Cooksundet ti kilometer mot sør, nær bosetningen Lake Ferry, via det som nå er Onokesjøen. Ruamahanga ble imidlertid omledet i 1960-årene for å redusere faren for flom i jordbruksområdene rundt sjøen. Sjøen dekker nå derfor et betraktelig mindre areal enn den historiske størrelsen på rundt 210 km².