Spilleren kontrollerer Captain Olimar, et romvesen fra planeten Hocotate, som har strandet på en fremmed planet hvor han møter skapninger kjent som «pikmin». Historien begynner når Olimar får innvilget en intergalaktisk ferie i verdensrommet. Under hans fly-tur treffer imidlertid en komet romfartøyet hans, S.S. Dolphin, som deretter trekkes inn i et tyngdekraft-felt til en fremmed planet. Deler av romskipet faller av, når det stuper til bakken og styrter. Når han kommer tilbake til bevissthet, oppdager Olimar at planetens atmosfære inneholder veldig høye nivåer av giftig oksygen - og han kan bare bli på planeten i bare tretti dager før livsstøtte-systemet hans slutter å fungere.