Med de siste traktatene ble dørene åpnet for de protestantiske misjonærer som ventet i traktatbyene til å trenge innover i landet. For det første ble antallet traktatsbyer forøket, og noen av de nye byene var elvebyer, som Hankou, Jiujiang og Zhenjiang. Flere slike innlandsbyer ble lagt til fortløpende, helt frem til Qing-dynastiets fall. For det andre ble det organisert misjonsarbeid for det øvrige innlandet. Viktigst i denne sammenheng ble den britiske misjonæren Hudson Taylor, som i 1865 opprettet . I tillegg til det arbeidet som ble foretatt i egen regi, bidro selskapet til å utpeke og fordele nye misjonsområder til andre misjonsselskaper som fulgte deres eksempel.