Hansen begynte som assistentlege ved barneavdelingen på Rikshospitalet i 1976, og var misjonslege i Angola 1977–1980. Etter å ha vært stipendiat ved UiO og Fulbright-stipendiat i USA, ble han overlege i neonatologi ved Rikshospitalet i 1990, avbrutt av nok et opphold i USA.