Jensen ble arrestert 24. februar 2014 og suspendert fra tjenesten. Han ble også varetektsfengslet frem til 30. juni 2014 i forbindelse med etterforskningen av narkotikanettverket ledet av Gjermund Cappelen, i det som senere ble kjent som Cappelen–Jensen-saken. Jensen ble tiltalt for grov korrupsjon og narkotikakriminalitet i februar 2016. Jensen slapp ut av varetekt 30. juni 2014 og satt deler av tiden i full isolasjon.