Krokodillevoktere regnes i hovedsak som standfugler, men kortere lokale migrasjoner i forbindelse med vann-nivåene er vanlig. Lengre migrasjoner er heller ikke uvanlig, som fra Etiopia til Sudan (). I Nigeria og Tsjad gjør arten irregulære forflytninger nordover under regntiden i mai–oktober, da elvene flommer over. Man tenker seg også et lignende scenario i Sierra Leone i juni–november, men her er datagrunnlaget mangelfullt for å kunne si noe konkret. I den grad arten migrerer, gjør den det i flokker på opp til 60 individer.