Johan Fredrik Marnburg var gift med Erna f. Nedland (* 1901 † 1967). De hadde barna John Christian (* 1922 † 2003), Wencke Louise (* 1923 † 1982), Johan Fredrik (* 1925 † 2015), Magdalen Katharine (* 1927 † 2013), og Sigvard (* 1932) som er en anerkjent billedkunstner og tegner.