Amato ble viet til prest i 1967. Han tilhørte ordenen Salesianerne av Don Bosco. Amato studerte filosofi og teologi og fikk lisensiatgrad i filosofi fra Det pavelige salesianeruniversitetet og doktorgrad i teologi fra Det pavelige gregorianauniversitetet. Han arbeidet for Det pavelige råd for fremme av kristen enhet i Hellas og undervist i teologi ved Det pavelige salesianeruniversitetet.