Særlig nedre del av elva med brakkvannsområdet i Iddefjorden er fiskerik. Elva har sin egen laksestamme, og det er også ål her. Ålefisket hadde tidligere stor betydning, men ålen er nå fredet. Laksefisket er fortsatt godt, og natt til 16. mai 2008 fisket Jim-Arne Olsen fra Sarpsborg en 17,7 kg stor laks i Berbyelva. Fisken var 117 cm lang, og hevdes å være den største laksen som er fisket med stang i Østfold, i hvert fall etter at Arbeidernes Jeger- og Fiskerforening i Halden begynte å føre statistikk og forvalte elvas ressurser på 1980-tallet.