Spilleren tar kontroll over Mario, Peach, Bowser eller Luigi og styrer dem gjennom plattformverdener. Mario har den unike egenskapen å kunne veksle mellom 2D og 3D, slik at han kan se hemmeligheter og bevege seg på nye måter. Peach kan sveve i luften med sin paraply, Bowser kan spy flammer og Luigi som kan hoppe ekstremt høyt. Super Paper Mario spilles ved å holde Wii Remoten vannrett, som for eksempel i Excite Truck. I noen tilfeller må man bevege på kontrollen, for eksempel å riste for å gjøre et ild-angrep.