I Kweilin, Kina i 1932, hjelper Newt Scamander en Qilin - en magisk skapning som kan se inn i ens sjel så vel som i fremtiden - med å føde. Men Gellert Grindelwalds håndlangere, ledet av Credence Barebone, angriper og dreper Qilinen og kidnapper den nyfødte. Grindelwald tar deretter livet av skapningen for å utnytte dyrets evner. Men uten at de visste det, hadde Qilin født tvillinger, og Newt klarte å redde denne. Albus Dumbledore ønsker å rekruttere Newt, broren Theseus, læreren Lally Hicks, den senegalesisk-franske trollmannen Yusuf Kama, den amerikanske No-Maj Jacob Kowalski og Newts assistent Bunty Broadacre for å hindre Grindelwalds planer om verdensherredømme.