I forhold til en grafbasert beregningsprosedyre er SMILES en streng som fremkommer ved å skrive ut symbolnodene man støter på i dybde-først-søk trevandring gjennom en kjemisk graf. Den kjemiske grafen blir først trimmet for å fjerne hydrogenatomer og sykluser brytes opp for å gjøre grafen om til et omspennende tre. Der sykluser har blitt brutt blir numeriske suffiksmerkelapper inkludert for å angi de tilkoplete nodene. Parenteser blir brukt for å angi punkter hvor treet forgrener seg.