Skjønt han klart la vekt på ekklesiastisk autoritet, var Manning av en mykere stil enn forgjengeren. Mot slutten av McIntyres tid oppstod det spenninger, dels med presteskapet og sels med minoritetsgrupper. Manning fortalte senere at det første han gjorde som ny erkebiskop var å gjøre det klart at han var kommet for å lytte til folk. Han startet egen sjelesorg rettet mot afro-amerikanere, , opprettet presteråd for å gi presteskapet større andel i ledelsen av erkebispedømmet, og et råd for legfolk fra menighetene som også gav dem mer innflytelse. Kort etter at han ble erkebiskop, forlot flertallet av ordenssøstrene tilknyttet Sisters of the Immaculate Heart of Mary, som hadde ligget i strid med McIntyre, det kosekrerte ordensliv og grunnla et legfellesskap.