Mens han drev med biokjemisk laboratoriearbeid ble Pirsig urolig fordi det alltid fantes mer enn én fungerende hypotese som kunne forklare et gitt fenomen. Antallet slike hypoteser så ut til å være nærmest ubegrenset. Han klarte ikke å forsone seg med dette, og for ham virket det som om hele den vitenskapelige innsatsen på et vis stoppet opp. Dette spørsmålet plaget ham i så stor grad at han til slutt ble utestengt på grunn av dårlige karakterer.