Vannkvaliteten har også vært et problem. Byen Kaunas, med en befolkning på rundt 400 000, fikk ikke et vannrenseanlegg før i 1999. Før dette ble kloakken tømt direkte ut i elven Neman. Forurensningen av elver og innsjøer er en arv etter Sovjetregimets likegyldighet til miljøspørsmål. Flere strender, som ved det velkjente feriestedet Palanga, stenges med jevne mellomrom fordi vannet er forurenset. Mange skoger er dessuten skadet som følge av sur nedbør.