Elva har utspring fra et lite vatn på Tverrfjellet, like ved vannskillet mot Finnvikelva. Den renner først mot nordvest, deretter nordøst gjennom Jodalen. I enden av Jodalen snur elva igjen mot nordvest og renner gjennom Rakkfjordmyran, et omfattende våtmarksområde sør og øst for Rakkfjordvatnet (1,5 moh.) Sideelva Kristendalselva, som drenerer den østlige delen av nedbørfeltet, renner også over myrområdet og ut i Rakkfjordvatnet. Mesteparten av Rakkfjordmyran og den øverste delen av Rakkfjordvatnet er vernet som Rakkfjordmyran naturreservat. En mindre del av Dankarvågvatn naturreservat, som verner et tilstøtende våtmarksområde, ligger også i Rakkfjordelvas nedbørfelt. Elva munner ut i Rakkneskjosen, som er den innerste delen av Rakkfjorden på sørsida av Kvalsundet. Fylkesvei 65 passerer forbi elva like ved munningen.