Vernadskij var politisk aktiv og arbeidet blant annet for avvikling av tsarregimet. Han var samtidig en åpen kritiker av marxismen. Selv da Josef Stalins utrenskninger var på sitt høydepunkt (den store terroren), var ikke Vernadskij redd for å forsvare dem som kom på kant med styresmaktene. Til tross for dette opplevde han ingen reaksjoner fra myndighetene, noe som trolig skyldtes hans høye posisjon i det vitenskapelige samfunnet. Dessuten var han ikke kjent som noen intrigemaker. Så lenge han utdannet nye vitenskapsfolk til nytte for samfunnet og tilførte landet prestisje innen forskning, så styresmaktene gjennom fingrene med hans avvikende oppfatninger. I 1943 ble han tildelt Stalin-prisen.