Nürnberglovene ble innført straks etter okkupasjonen. Jøder kunne emigrere fra protektoratet inntil september 1939 da krigen begynte. Adolf Eichmann, Heydrichs ekspert på jødesaker, hadde tilsyn med politikken overfor jødene i protektoratet. I 1930 var det registrert jødiske borgere av Bøhmen og Mähren.