Etter at anstalten ble oppløst i 1798 ved den franske okkupasjon av landet, ble Zschokke regjeringskommissar i Unterwalden og tilbake der raskt den gamle ordning, hvorpå hans fullmakt ble utvidet til Uri, Schwyz og Zug. I samme egenskap reorganiserte han i 1800 det italienske Sveits. Under en kortere tilforordning som regjeringskommissari i Basel avstyrte han et truende opprør. Han ble i 1804 innsatt i overstyret for skogs- og bergvesenet i Aargau, fikk borgerskap der og ble i 1814 innvalgt i det lovstiftende kantonalrådet. Zschokke virket innlytelserikt og i god ånd også ved sine utgivelser. Han ble overøst med offentlige oppdrag, mens man fra noen hold utmalte ham som revolusjonær og fritenker.