Midtkoloniene var den religiøst mangfoldige delen av Det britiske imperiet, med en høy toleransegrad. Penn-familien var kvekere, og kolonien ble en yndet destinasjon for denne gruppen, samt tyske lutheranere, tyske reformerte, samt mindre sekter som mennonitter, amish, og herrnhuter, for ikke å nevne skotsk-irske presbyterianere. De nederlandske reformerte stod sterk i Øvre New York og New Jersey, og kongregasjonalister var viktige i Long Island. Den første store vekkelsen vitaliserte religiøsiteten, og hjalp til med å stimulere vekst i kongregasjonalist-, metodist- og baptistkirken. Ikke britiske kolonister inkluderte nederlandske kalvinister, svenske lutheranere, pfalziske mennonitter, og amish.