Khamenei har også vært en svært omstridt person, både i Iran og internasjonalt. Hans regime har blitt kritisert for alvorlige menneskerettighetsbrudd, særlig i forhold til undertrykkelsen av politisk dissens og forfølgelsen av etniske og religiøse minoriteter, inkludert kurdere, bahá’íer og arabere. Videre har han blitt anklaget for å stå bak en rekke alvorlige handlinger mot regimekritikere, noe som har bidratt til å styrke bildet av ham som en autoritær leder.