Etter at det joniske opprøret ble slått ned og Milet falt i 494 f.Kr., var tiden kommet til å forsøke å legge Athen under seg. Persiske styrker kom til det greske fastland i 490 f.Kr. Athenerne seiret over dem ved Marathon. En liga av bystater ble dannet for å stå imot perserne. I 480 f.Kr. ble Athen angrepet, og store deler av byen ble ødelagt. Ved Thermopylene vant perserne en dyrekjøpt seier mot Sparta. Den neste store trefningen kom ved Salamis, der den greske flåten, under athensk ledelse, slo perserne og senket den persiske flåten. Athen ble beleiret og måtte evakueres to ganger, men i 479 f.Kr. ble perserne slått ved Plataia, og ga opp forsøket på å erobre Hellas. Spartas hegemoni ble overført til Athen, og det var athens som førte krigen til Lilleasia.