Øya ligger i overgangen mellom arktisk og borealt klima med relativt milde vintre og kalde somre, med en månedlig middeltemperatur på Midt-Jan som varierer mellom +5 og −6 ℃. Øya ligger i en lavtrykksbane som ofte fører mild luft sørfra. Årsnedbøren varierer med de topografiske forhold, men måles til omkring 700 mm på Midt-Jan. Øya er ofte dekt av tåke, og de omkringliggende havområdene er islagt mellom februar og april.