Boone County ble opprettet av den østlige delen av Carroll County. I motsetningen til hva mange mener, er fylket ikke navngitt etter Daniel Boone. Dets opprinnelige navn var Boon, navngitt slik grunnet at beboerne menet eller håpet at stedet ville bli en «boon» (nyttig, velsignelse) til alle som bosatte seg her. E'en i navnet ble lagt til senere.