Henry Gundersen ble arrestert av tyskerne 13. februar 1945 som følge av at 2 Gestapo offiserer avbrøt et møte i motstandsbevegelsen i Storm Willads Weinholdts hjem. Weinholdt og Frank Olsen ble arrestert, mens Adolf Bogstad ble drept. Gundersen og flere andre ble også arrestert. Han ble dømt til døden den 15. mars av en SS domstol der Siegfried Wolfgang Fehmer var aktor. Henry Gundersen ble skutt på Akershus festning 17. mars 1945. Dette var den nest siste gangen nordmenn ble henrettet av tyskerne under krigen. Den siste var en som ble henrettet for desertering den 19. april.