Annan begynte å arbeide i Verdens helseorganisasjon i 1962. I 1996 ble han valgt til generalsekretær i De forente nasjoner, en stilling han ble innsatt i 1. januar 1997. I 2001 ble han gjenvalgt for en ny periode som FNs øverste leder. Han satt perioden ut, til 31. desember 2006.