Allerede da han var 16 år ble han medlem i den sionistiske organisasjonen Betar som blant annet ordnet med at jøder kunne flytte til Palestina. I 1939 ble han organisasjonens leder. Etter den tyske innmarsjen i Polen i september 1939 flyktet Begin fra Warszawa til Vilnius som ble besatt av Sovjetunionen. Begin ble fengslet av sovjetiske myndigheter og satt i 1940-1941 i fangeleir i blant annet Sibir, hovedsakelig i Tomsk.