Etter valget ble det konflikt om valgresultatet. Ravalomanana hevdet at han allerede i første valgomgang hadde fått over 50 prosent av stemmene, mens Ratsiraka benektet dette og forlangte en annen valgomgang. I februar 2002 utropte Marc Ravalomanana seg selv til president. I april samme år fikk han medhold av grunnlovsdomstolen, Haute Cour Constitutionelle (HCC), og ble dermed lovlig innsatt som landets folkevalgte president av HCC i mai 2002. Ratsiraka forsøkte å kvele hovedstaden ved å sprenge broer og lage veisperringer, men han måtte gi opp og flyktet til Frankrike i juni 2002.