Ved valget i 2001 gikk Venstre tilbake til 3,9 % og falt dermed på ny under sperregrensen, men fikk likevel to stortingsrepresentanter, og deltok nå i Bondeviks andre regjering, med tre statsråder. Venstre fikk med dette flere statsråder enn stortingsrepresentanter. Stortingsvalget i 2005 ble det beste valget for Venstre siden 1969 med 5,9 % oppslutning, og partiet fikk ti stortingsrepresentanter. På tross av Venstres fremgang falt regjeringen, og Venstre havnet i opposisjon. Ved kommunestyrevalget 2007 opprettholdt partiet 2005-resultatet, og fikk 5,9 % oppslutning. Venstre og FrP har et turbulent forhold, og før valget i 2009 valgte Sponheim og Venstre å nekte å støtte eller delta i en regjering der FrP var med. De borgerlige fikk gjennom hele valgkampen problemer med å svare for seg ved spørsmål om hvordan en borgerlig regjering ville se ut. Venstre tapte mest på beskyldningene om kaos på borgerlig side, og ved stortingsvalget 2009 fikk Venstre 3,9 % oppslutning, og partiet falt på ny under sperregrensen, og fikk kun to representanter. Som følge av det dårlige valgresultatet meddelte Sponheim at han gikk av som leder av partiet.