President Abraham Lincoln var blant de som roset Tod for hans lederskap som guvernør under borgerkrigen. Han slet med å mobilisere tilstrekkelige mannskaper til unionshæren, men bidro til krigsinnsatsen på mange områder, styrket Ohios grensevern og sørget for erstatninger til de som likevel ble rammet av John Hunt Morgans plyndringer. Tod greide likevel ikke å holde den skjøre alliansen i Det nasjonale unionparti ved like, og hans lunkene holdning til å avskaffe slaveriet, bidro til at han ikke ble renominert i 1863.