Diagnosen settes som oftest når barnet er mellom fire og elleve år. En omfattende vurdering vil inkludere et tverrfaglig team som observerer barnet i ulike situasjoner,. En vurdering av nervesystemet bør inngå, så vel som testing av kognisjon, psykomotorisk funksjon, verbale og nonverbale styrker og svakheter, læringsstil og selvstendighet. Forsinket eller feil diagnose kan gi vanskeligheter både for enkeltpersoner og familier, som for eksempel feilmedisinering som forverrer problemene. Barn med Aspergers syndrom kan ofte først bli feildiagnostisert med hyperkinetisk forstyrrelse (ADHD). Hos voksne er det vanskeligere å stille diagnosen ettersom de diagnostiske kriteriene er laget for barn, og symptomene på Aspergers syndrom endres med alderen. Diagnostikk av voksne krever nøyaktig klinisk undersøkelse og grundig anamnese og informasjon om atferd i barndommen bør innhentes både fra personen det gjelder og de som bodde sammen med ham eller henne. Tilstander som må vurderes differensialdiagnostisk er andre lidelser i autismespekteret, schizofreni, ADHD, tvangslidelse, depresjon, nonverbale lærevansker, Tourettes syndrom, og bipolar lidelse.