Learys bok «The Psychedelic Experience» var det som påvirket John Lennon til å skrive sangen «Tomorrow Never Knows» på The Beatles' album Revolver. Leary rekrutterte ved en anledning John Lennon til å skrive en temasang til hans valgkampanje for å bli guvernør i California (som ble avbrutt av hans fengselsdom), noe som inspirerte Lennon til å lage «Come Together», som Lennon selv siden gjorde hevd på. Leary var også til stede da Lennon og hans kone Yoko Ono spilte inn under en av sine bed-ins i Montreal og blir nevnt i sangteksten. Leary var det eksplisitte subjektet i Moody Blues-sangen «Legend of a Mind», som minnet ham med ordene, «Timothy Leary's dead. No, no, no, no he's outside looking in.» I begynnelsen avskydde Leary den strofen, men hadde siden humoristisk sans nok til å adoptere «Legend of a Mind» som sitt musikalske tema når han var på forelesningsturneer på ulike universiteter for å skape blest om NASA-vitenskapsmannen Gerard O'Neills innovative planer om å bygge en gigantisk Edens hage-liknende orbiterende mini-jordklode ved anvendelse av eksisterende teknologi og råmaterialer fra månen. left|350px|thumbnail|Tim Leary og venner spiller inn Give Peace a Chance Fotografi av Roy Kerwood En rekke andre musikalske grupper har beundret og blitt påvirket av Leary, inkludert det progressive metal-bandet Tool, metal-bandet Nevermore, Marcy Playground og Dog Fashion Disco. Nevermore nevner Leary i sine tekster og kalte ett av sine album «The Politics of Ecstasy» (etter Leary bok med samme navn). Det psykedeliske trancebandet Infected Mushroom brukte et lydklipp av Leary som sier «Tune in, turn on, and drop out» i en sang. Leary hadde en cameo-opptreden i «STUFF», en kortfilm regissert av Johnny Depp og Gibson Haynes som handler om Red Hot Chili Peppers-gitaristen John Frusciante. er også med i «Gila Copter» fra -albumet av Revolting Cocks og er også med i videoen til «Cracking Up». Leary er med i Suicidal Tendencies' video «Possessed to Skate» der han spiller faren. Han blir også nevnt i sangen «The Seeker» av The Who: «I asked Timothy Leary/ But he couldn't help me either». Timothy Leary blir nevnt i The Magnetic Fields sin sang «Technical (You're So)» fra albumet .