Det er imidlertid gode grunner til å tvile på denne redegjørelsen til Josefus. Han forteller andre steder at fariseerne ikke vokste i makt før fram til styret til dronning Salome Alexandra. Myntene som ble preget under Hyrkanos antyder at han ikke hadde fullstendig sekulær autoritet. Denne redegjørelsen representerer et stykke fariseisk unnskyldning grunnet Josefus' egen fariseiske bakgrunn, og kan således representere en historisk oppfinnelse i den hensikt å høyne fariseernes status under det hasmoneiske dynastiets fremste tid. Det var antagelig spenninger grunnet de religiøse og sekulære lederrollene som Hyrkanos hadde, men det er vanskelig å anta at Josefus' fortelling er en nøyaktig beskrivelse av forholdet mellom Hyrkanos, fariseerne og saddukerne på denne tiden.