Merton College ble grunnlagt i 1264 av Walter de Merton, kansler og biskop av Rochester. Det har hevd på å være det eldste fakultet i Oxford, skjønt dette kravet bestrides av Balliol College og University College. Kjernen i Merton Colleges hevd på å være det eldste fakultet er at fakultet ble utplasset ved sin grunnleggelse. Mertons statuetter dateres tilbake til 1274 mens hverken Balliol eller University College hadde statutter før på 1280-tallet. Merton var også første med å ha et samfunn av lærde og vitenskapsmenn som arbeidet for akademiske formål enn kun et stad hvor de bodde.