Flere av de store oppdagelsesreisende kom til Filippinene, deriblant Ferdinand Magellan i 1521. Filippinene kom under spanjolenes innflytelse. To av øyene fikk navnet i 1543 etter Filip II av Spania, som da var prins. Siden kom det navnet til å bli brukt om alle øyene. Det var også Filip II som sørget for at koloniseringen av øyene ble godt organisert. I 1571 ble Manila grunnlagt. Filippinene kom da til å bli sete for viktig handelsvirksomhet. Krydder og andre høyt verdsatte varer ble omsatt i stort omfang.