Perry var leder for den amerikanske sjøoffisersutdannelsen, og grunnla marineakademiet i Brooklyn. Det var først og fremst hans fortjeneste at den amerikanske marinen tok i bruk dampkraft; han konstruerte dampfregatter med propeller, var en tid sjef for artilleriskolen ved Sandy Hook og senere verftssjef. Han gjennomførte betydelige forbedringer i fyrvesenet ved USAs kyster.