I 2000 byttet Ganassi-teamet til Toyota-motorer og chassis fra Lola. Denne kombinasjonen var sterk på ovale baner og i høye hastigheter, men mindre passende for de fleste gatebanene. Toyotas motorer var ikke spesielt driftssikre, og stoppet ofte teamet. Til tross for dette ledet Montoya flere runder enn noen andre, og tok den første seieren med Toyota-motor noensinne. Han var også den mest populære føreren, men i en sesong hvor han ikke fullførte mer enn 60% av løpene klarte han ikke å kjempe om tittelen.