De vanligste måtene å diagnostisere Babesia på er ved bruk av antistoffer (IFA IgM og IgG), PCR av blod for å påvise Babesia DNA, eller FISH-test som er en type blodutstryk for direkte påvisning av selve Babesia-parasitten i blodceller. Kliniske symptomer må det også tas hensyn til. Ved få Babesia parasitter i blodet, noe som ofte er tilfelle hos personer med normalt immunforsvar, sier medisinlitteraturen at det kan være nødvendig å studere blodfilm med direkte mikroskopi (gimsa-stain) over flere dager på rad, for å ha god sjanse til å påvise infeksjon.