Både det faste og det flytende avfallet til fisken må håndteres, og dette gjøres ved å samle opp avfallet og skylle det ut av systemet. Ved å fjerne avfallet vil veksten av baktererier, oksygenbehovet og sannsynligheten for sykdom reduseres. Den enkleste måten å fjerne fast avfall på er ved å ha et avsetningsbad der den relative hastigheten til vannet er tregt, så avfallspartiklene til fisken blir oppsamlet i denne gropen. Når avsetningsbadet er i bunnen av tanken vil det være lett å spyle eller suge ut avfallet. Dog er ikke dette hensiktsmessig for RAS-anlegg når målet er å minimere klimaavtrykket. RAS-anlegg pleier vanligvis å benytte seg av et sandfilter eller partikkelfilter som det faste avfallet kan feste seg til, og som periodevis kan spyles rene.