Phantom Hourglass introduserer et stort fangehull sentralt i spillets historie, i dette tilfellet Temple of the Ocean King. Link må besøke tempelet flere ganger i løpet av spillets historie. Gjennom hele spillet har tempelet en forbannelse plassert på seg som drenerer Links liv når han er der inne. Men etter å ha fått Phantom Hourglass, er Link i stand til å utforske hele tempelet uten å bli påvirket av forbannelsen i en begrenset periode. I tillegg til forbannelsen må Link også slåss mot Phantoms, en ny type fiende som utelukkende finnes i tempelet. Etter hvert som Link kommer seg gjennom spillet, er han i stand til å få tilgang til dypere nivåer av tempelet - og holde seg i tempelet lenger.