Bredo Morgenstierne har en lang rekke politikere, jurister, akademikere og kunstnere blant sine etterkommere. Han var svigerfar til høyesterettsassessor Claus Winter Hjelm, høyesterettsjustitiarius Peder Carl Lasson og statsminister Frederik Stang. Han var farfar til universitetsrektor Bredo Henrik von Munthe af Morgenstierne og morfar til statsminister Emil Stang, oldefar til arkitekt Christian Morgenstierne, jurist Otto von Munthe af Morgenstierne, diplomat Wilhelm von Munthe af Morgenstierne, språkforsker Georg Valentin von Munthe af Morgenstierne, Oda Krohg, Bokken Lasson og Høyre-formann Fredrik Stang d.y., og tipp-tipp-oldefar til visesanger Ole Paus.