Like før slutten av den andre verdenskrig i april 1945 ble Fierlinger leder i eksil av Den tsjekkoslovakiske regjering og fortsatte i denne posisjonen frem til valget i 1946. Han ble en ledende figur i venstrefløyen av den sosialdemokratiske bevegelsen som søkte den nærest mulige knyttninger til Det tsjekkoslovakiske kommunistpartiet.