Spesielt i de første episodene forsøker Lincoln å advare Michael om de forskjellige problemene i fengsel, og at han burde være oppmerksom på de andre fangene. Når Michael begynner å avsløre deler av flukt-planen sin, tar Lincoln ofte en skeptisk holdning i de tidligere episodene. Han forsøker å overbevise Michael om nytteløsheten i å forsøke å rømme, og forsøker å overtale ham til å forlate planene - noe Michael nekter å gå med på. Etter hvert som sesongen skrider frem, blir Lincoln forsiktig håpefull om Michaels plan for å hjelpe ham å rømme. I en episode innrømmer Lincoln at han hadde akseptert sin dkjebne, men at Michael har gitt ham håpet tilbake.