Clausewitz gikk tilbake til den prøyssiske hæren igjen i 1815, og han ble snart utnevnt til stabssjef for Johann von Thielmanns 3. korps. I denne stillingen gjorde han tjeneste i slaget ved Ligny og i slaget ved Wavre i 1815. Prøysserne ble slått ved slaget om Ligny, som ligger sør for Mont-Saint-Jean og landsbyen Waterloo. Hæren som slo dem ble personlig ledet av Napoleon. Det var Napoleons manglende evne til å faktisk ødelegge de prøyssiske styrkene ved dette slaget, som førte til hans tap noen dager senere i slaget ved Waterloo.