James Darrell Edwards III fra New York City Police Department blir sendt for å etterforske et ran i en leilighet. Etter å ha desarmert en bombe og oppdaget at innbruddstyven er en romvesen, blir Edwards oppsøkt av Agent K, et medlem av organisasjonen Men in Black, som overvåker alle utenomjordiske som lever på jorden. Agent K kan se hvor dyktig Edwards er, og rekrutterer han ham. Edwards går deretter under kallenavnet Agent J. I sitt første møte hos Men in Black orienterer sjefen deres Zed om at de har mistet kontakten med en MIB-divisjon som ligger i Artic. Han sender derfor en av agentene for å undersøke saken, hvor spilleren får velge mellom agentene J, K eller L. Etter å ha innsett at menneskene i Artic lider av vrangforestillinger og en merkelig influensa, oppdager spilleren et hemmelig romvesen-laboratorium under Artic-basen. Men laboratoriumet destruerer seg selv, og spilleren klarer å rømme i tide.