Etter å ha vært ute av rampelyset i åtte år (han sier i intervju at han ikke så en eneste fotballkamp på syv år), kom Keegan tilbake til fotballen i 1992 da han ble utnevnt som manager i Newcastle. Nok en gang ledet han klubben til opprykk, men han klarte ikke å oppfylle klubbens ambisjoner om ligamesterskap. I 1995/96 sesongen rotet Newcastle bort en ledelse på 12 poeng til Manchester United, slik at laget kun ble nummer to. Året etter kjøpte han Alan Shearer for at laget nå skulle vinne gull. Men i januar 1997 trakk han seg fra jobben på grunn av manglende motivasjon. Han hadde senere en kort periode som manager for , som har førte opp til den nest øverste divisjonen i England. Senere ble engelsk landslagstrener i 1999.