I løpet av den andre sesongen skjedde det en rekke forandringer i Dons FBI-team: Terry Lake blir forflyttet, og to nye medlemmer slår seg sammen med Don Epps og David Sinclair: Megan Reeves og Colby Granger. Samtididig blir Charlie utfordret angående et av sine mangeårige matematiske arbeid, og begynner arbeidet med en ny teori: kognitiv fremvekstteori. Larry selger hjemmet sitt, og begynner en nesten nomadisk livsstil - samtidig som han blir romantisk involvert med Megan Reeves.