Kayanis karriere fortsatte og han ble Director General of Military Operations (DGMO) i Pakistan. Det var i stillingen som DGMO at den intensen perioden i 2001 og 2002 mellom India og Pakistan skjedde. Kayani skal etter det meldingene sa, bare ha sovet noen få timer om natten, da han overvåket hærens mobilisering og forberedelser på grensen.