Tomás ble minister for marinen i 1944. Han ble valgt inn som president i Republikken Portugal i 1958, og han ble gjenvalgt både i 1965 og 1972. På denne tiden var Portugal styrt av et autoritært regime som ble ledet av den diktatoriske statsministeren António de Oliveira Salazar. På denne tiden var president-rollen i republikken bare en seremoniell rolle uten særlig mye handlefrihet eller makt.