Begge foreldrene døde i løpet av barndommen hans, først faren, som etterlot seg en betydelig formue, og da Holberg var ti år gammel, mistet han også moren. Før morens død hadde familien også mistet store rikdommer i en brann som herjet flere bygninger i Bergen, men moren etterlot seg allikevel en liten formue bestående av jordegods til sine seks barn. I 1695 flyttet Holberg inn hos sin formynder, onkelen Peder Lem, som sendte ham på latinskolen (Katedralskolen).