Tankene i brønnbåter inneholder vanligvis mellom 15 til 18 prosent fisk. Resten av volumet består av sjøvann. Etter januar 2021 må vannet som pumpes inn desinfiseres ved transport av settefisk og stamfisk. I tillegg må vannet desinfiseres når det slippes ut ved transport av matfisk til et annet oppdrettsanlegg eller til slakteri. Vannet om bord i brønnbåter kan blant annet desinfiseres med ozongass.