Den 11. september 1185, i løpet av keiserens fravær fra hovedstaden, dro keiserens løytnant Stephanos Hagiochristophorites ut for å arrestere Isak, men Isak forsvarte seg ved å drepe ham og tok deretter tilflukt i den store kirken Hagia Sofia. Andronikos, som på mange måter en dyktig keiser, var uansett forhatt for sin grusomhet og for å undertrykke adelen. Isak appellerte til allmuen, og det oppsto opptøyer som spredte seg raskt over hele byen. Da Andronikos kom tilbake oppdaget han at han hadde mistet sin støtte hos folk flest, og at Isak hadde blitt utropt til keiser. Andronikos forsøkte å flykte sjøvegen, men ble tatt til fange. Isak overlot ham til folket og den avsatte keiseren ble drept den 12. september 1185.