Benenson ble AIs første generalsekretær, men måtte trå tilbake av helsegrunner i 1964. Han gikk da inn i en nyopprettet rådgiverstilling. I 1966 rettet han anklager om upassende oppførsel mot andre i ledersjiktet. Det ble satt sammen en undersøkelseskommisjon i Helsingør i Danmark i 1967. Den avviste at det var noe i anklagene. Benenson trakk seg deretter fra AI. Han var aldri aktiv i organisasjonen igjen. Han ble imidlertid etter hvert personlig forsonet med folk i ledersjiktet, blant annet med Seán MacBride. Han var medlem av den katolske fredsorganisasjonen Pax Christi, og fortsatte å støtte andre kampanjer for fred og menneskerettigheter.