Den 2. april 2009 sluttet erkebiskop Hughes seg en voksende skare av katolske biskoper som beklaget at det katolske University of Notre Dame hadde bestemt seg for å tildele president Barack Obama aet æresdoktorat i en større seremoni i mai 2009. Bakgrunnen var Obamas fremme av provosert abort og andre standpunkter ansett å være i strid med den katolske kirkes lære.