I gjennomføringen, som regel går i parallelltonearten, blir også temaene presentert i de forskjellige stemmene etter tur, men her blir det tematiske materialet gjerne behandlet mye friere. Her forekommer gjerne stretto, eller trangføring, som vil si at nye temainnsatser kommer før den forrige stemmen er ferdig med temaet. Etter gjennomføringen kommer et nytt interlud som modulerer til en ny toneart. En fuge kan ha flere gjennomføringsdeler, skilt fra hverandre ved mellomspill, divertimentos eller episoder, i fri form.