Med statsomveltningen i 1660 ble Danske Kanselli ett av flere regjeringskontorer eller kollegier. Hvert kollegium fikk ansvar for sitt saksområde og ekspederte sine brev selv. Danske Kanselli kom heretter til å behandle saker som gjaldt rettsvesen, kirke og skole og sosiale spørsmål. I tillegg kom en del næringslivs- og kjøpstadsaker, samt visse saksområder i tilknytning til forsvar og militærvesen. Forordning 19.1.1661 fastsatte saksfordelingen mellom Danske Kanselli og Rentekammeret, og denne ble nærmere presisert i patent 10.3.1700.