Vignolas viktigste arbeider er: Villa Giulia for Pave Julius III, i Rome (1550 – 1553) Villa Farnese i Caprarola (1559 – 1573) Villa Lante i Bagnaia (1566 -), inklusive hageanlegget Chiesa del Gesù i Roma (1568 -) ’’Church of the Angels’’ i Assisi Sant'Andrea in Via Flaminia i Roma, den første kirken som hadde en oval dom.