I 1891 vedtok den tredje fredskongressen i Roma å opprette et internasjonalt fredsbyrå i Bern, hvis oppgave var å koordinere aktivitetene til alle de tilknyttede organisasjonene. Fra begynnelsen av 1800-tallet, og spesielt etter 1870, dukket det opp mange lokale og nasjonale foreninger med et pasifistisk og internasjonalt kall, og et kommunikasjonsmiddel mellom organisasjonene ble nødvendig for å sette dem i stand til bedre å koordinere sine handlinger. Élie Ducommun tok på seg ledelsen av hovedkvarteret til Det internasjonale fredsbyrå i Bern på frivillig basis fra 1891, til hans død som generalsekretær. I denne egenskap publiserte han en rekke bidrag for fredssamfunn og internasjonale kongresser, for eksempel propaganda til fordel for Haagkonferansen i 1899, skrev opprop om forfølgelsen av armenere i Det osmanske rike og begjæringer til det sveitsiske forbundsrådet og USAs president for mekling i Boerkrigen (1898–1902).