Arenas spilte for University of Arizona i to sesonger før han ble trukket opp til NBA. I disse to sesongene scoret han 1105 poeng og ble dermed den 25. spilleren på scoringslistene til colleget. Han scoret i gjennomsnitt 15,8 poeng per kamp på de 70 kampene som han spilte. I tillegg tok han 3,8 returer per kamp og ga 2,2 målgivende pasninger per kamp.