Spenningene utviklet seg snart mellom de ulike greske fraksjonene, noe som førte til to etterfølgende greske borgerkriger. I mellomtiden hadde den osmanske sultanen forhandlet med Muhammad Ali av Egypt som sa seg villig til å sende sin sønn Ibrahim Pasja til Hellas med en hær for å slå ned opprøret. Som gjenytelse skulle Egypt få territorial gevinster i Hellas. Ibrahim gikk i land på Peloponnes med en hær i februar 1825 og fikk straks framgang. Ved slutten av 1825 var det meste av Peloponnes under egyptisk kontroll, og byen Messolonghi, som hadde vært under tyrkisk beleiring siden april 1825, falt i april 1826. Selv om Ibrahim ble beseiret i Manihalvøya, hadde han lyktes å slå ned det mest av Peloponnes og Athen var blitt gjenerobret.