Sesongen 2016/17 innledet Eliassen med en 6.-plass på 15 km klassisk under den nasjonale sesongåpningen på Beitostølen i november, 45 sekunder bak vinneren, Didrik Tønseth fra Byåsen IL. Deretter vant han det første rennet i Visma Ski Classics 2016/17, prologen på 10 km i sveitsiske Pontresina. Helga derpå, i italienske La Sgambeda, førte han an de fleste av de 35 km, men ble slått i spurten av de to andre i utbrytertrioen, Tord Asle Gjerdalen og Ilja Tsjernousov.