Nyholmen fyr er fyret like ved festningen, som ligger rett ved innseilingen til Bodø havnebasseng. Fyret ble opprettet i 1875 under navnet . Fyret ble nedlagt i 1907 etter endringer i Bodø havn, og har siden blitt stående som et minnesmerke på Bodø. Fyret ble fredet i 1999 og ble overrakt til Fortidsminneforeningen i Nordland i 1987, som foreningens eneste eiendom i Nordland.