Synagogen ble bygd i 1407 eller 1492, og ble fullstendig herjet og plyndret av tyske nazister under andre verdenskrig. I 1956 begynte en omfattende renovasjon (frem til 1959), som i sin helhet ble finansiert av den polske stat. I dag huser synagogen et museum. Det er en undergren av Krakóws historiske museum.