William Kvist kom til en av FC Københavns moderklubber KB fra Thorsager, hvor han hadde spilt i to år etter skiftet fra sin første klubb, Thorsager Rønde IF. Han spilte alle sine ungdomsår for KB og FCKs andrelag, før han i 2004 ble tatt opp til FCKs A-lag. Etter å ha spilte en rekke treningskamper, debuterte han for FCKs A-lag i en superligakamp mot FC Nordsjælland den 23. april 2005, da han ble byttet inn som høyreback.