Bogense ligger i Bogense kirkesogn. I byen ligger Bogense Kirke, som egentlig heter Sankt Nicolaj Kirke. Kirken ligger helt ute ved kysten. I motsetning til de fleste andre danske kirker har den tårnet mot øst. Årsaken er at tårnet er et påbygg fra rundt 1450; den romanske kirken hadde til da bare bestått av et kirkeskip og et kor, og ettersom kirken lå rett ved en skrent ned mot kystlinjen, var det ikke mulig å følge vanlig praksis og bygge tårnet i kirkens vestende.