Særlig utsatte er planter knyttet til baserik berggrunn, fordi disse har små muligheter for ekspansjon oppover i fjellet der berggrunnen over 1500-1600 moh i Sør-Norge, og over 1000-1200 moh i Nord-Norge, jamt over er basefattig. Sibirnattfiol vokser på åpen, berglendt mark med spredte trær rundt skoggrensa, slik at en heving av skoggrensa og en fortetting av skogen vil være en trussel for arten på sikt. Skrede et al. (2018) oppgir også hyppigere jordskred som et resultat av klimaendringer, som en trussel mot arten. Sibirnattfiol vurderes i 2021 som sterkt truet (EN) i henhold til B-kriteriet, på grunn av et svært lite forekomstareal i kombinasjon med en kraftig fragmentert utbredelse, og med pågående nedgang i populasjonsstørrelse, forekomstareal og habitatkvalitet.