Teofilius Matulionis var det andre av tre barn til Jurgis Matulionis (1833–1911) og Ona Juočepytė (1851–9. mai 1877); hans to brødre var Jonas (1871–1920) og Juozas (1875–1955). Etter at moren døde, giftet faren seg på nytt i 1877 eller tidlig i 1878 med Onas Savickaitė, og han og hans andre kone fikk syv barn.