Den 26. juli 2009 kom gruppen i konflikt med regjeringen i delstaten Bauchi under en demonstrasjon, og politiet arresterte flere medlemmer av gruppen som de mistenkte for å planlegge et attentat. Dagen etterpå satte Boko Haram-aktivister flere kirker, en politistasjon, et tollvesenkontor og et fengsel i Borno i brann. Regjeringen svarte med en massiv militær offensiv, og omkring 700 mennesker ble drept under den fem dager lange krigen, deriblant høytstående medlemmer. Yusuf forsøkte å flykte, men ble innhentet og pågrepet.