Den systematiske utryddelsen av jødene begynte i form av massehenrettelser to dager etter invasjonen av Sovjetunionen (operasjon Barbarossa) 22. juni 1941. Massakrene på sovjetisk område inkludert de baltiske landene ble utført ved skyting av flere som fulgte rett etter fremrykkende tyske militærstyrker (Wehrmacht og Waffen-SS). Den systematiske utryddelsen fortsatte i utryddelsesleirer i det okkuperte Polen, særlig Auschwitz, Treblinka, Sobibór, Bełżec (utryddelsesleir), Kulmhof og Majdanek. I leirene ble jødene avlivet med gass og likene som regel brent. Omkring halvparten av de jødiske ofrene var polske og 1 million var sovjetiske borgere, og de fleste av disse var drept ved utgangen av 1942. Folkemord på jødene og andre folkegrupper foregikk i hovedsak i området som tilsvarer Polen, Hviterussland, Ukraina, Litauen og Latvia. Disse område ble også hardt rammet av undertrykkelsen under Stalin. Holocaust kulminerte med drap på de ungarske jødene i 1944 og evakuering av dødsleirene i det okkuperte Polen til arbeidsleirer i Tyskland (dødsmarsjene) mot slutten av krigen.