Dohnányi arbeidet i Hamburg Senatet for en kort tid, og i 1929, begynte en karriere i Tysklands justisdepartement, fungerte som konsulent med tittelen aktor for flere justisstatsråder. I 1934 ble tittelen endret til ("regjeringsrådgiver"). I 1932 var han adjutant for Erwin Bumke, den Keiserlige Hoff President (. (På denne tiden var Tyskland fortsatt offisielt det tyske Riket, ). I denne stilling førte han samtidig Preussen's sak mot Imperiet, som Preussen hadde snekert etter , Franz von Papen's oppløsning av den prøyssiske sosial-demokratiske regjeringen gjennom en nødsresolusjon i 1932. Som rådgiver for Franz Gürtner fra 1934-38 ble Dohnányi kjent med Adolf Hitler, Josef Goebbels, Heinrich Himmler og Hermann Göring. Han hadde tilgang til justisdepartementet mest hemmelige dokumenter.