Weir fikk sin landslagsdebut for i en kamp mot i mai 1997. Han ble tatt ut i troppen til VM i fotball 1998 av landslagstrener Craig Brown, og fikk spille to gruppespillkamper mot henholdsvis og , hvor han i førstnevnte kamp kom inn som innbytter for Colin Calderwood. Han trakk seg fra landslaget under kvalifiseringen til EM i fotball 2004 etter å ha blitt kritisert av landslagstrener Berti Vogts, men kom tilbake i 2004 da Walter Smith tok over rollen som landslagssjef. I september 2010 ble han tidenes eldste skotske landslagsspiller da han i en alder av 40 år spilte en EM-kvalifiseringskamp mot . Weir fikk totalt 69 landskamper og ett mål for Skottland frem til han ga seg med landslagfotball mot slutten av 2010.