Michael Andrew Fox er sønn av skuespillerinnen og kontorassistenten Phyllis Fox (født Piper) og politimannen William Fox, som også hadde bakgrunn i Canadas forsvar. I hans oppvekstår flyttet familien mye rundt i Canada på grunn av farens arbeid. Da faren gikk av med pensjon i 1971, flyttet familien til en forstad til Vancouver i British Columbia. Michael J. Fox gikk på Burnaby Central Secondary School; i ettertid har skolens teatersal blitt oppkalt etter ham.