USAs geologiske undersøkelser (USGS) definerer San Juan-øyene som øygruppen nord for Juan de Fucasundet, vest for Rosario-sundet, øst for Haro-sundet og sør for det rundt 23 km lange sundet Boundary Pass. I nord lå det åpne vannene av Georgiasundet. Alle disse vannene er innenfor havet Salish Sea. USGS' definisjon av øygruppen sammenfaller med fylket San Juan County. De øyene som ikke er San Juan County er heller ikke en del av San Juan-øyene, i henhold til USGS.