Inntog til Vaspurakan av de seldsjukkiske tyrkerne startet i 1050-årene. Etter seieren deres i slaget ved Manzikert ble det mange lokale muslimske ledere som ahlatshahene og ajjubidene (1207). I en periode på 20 år var Van underlagt det anatoliske seldsjuksultanatet før det ble erobret av mongolene. På 1300-tallet ble Van styrt av Kara Koyunlu-tyrkere, og senere av timuridene.