Arkeologisk forskning indikerer at Japan allerede hadde vært bebodd av tidlige mennesker for minst 35 000 år siden, i den sen-paleolitiske perioden. I løpet av gjentatte istider de siste millioner årene var Japan regelmessig tilsluttet det asiatiske kontinentet gjennom landbroer (Sakhalin i nord, og antakelig Kyushu i sør), noe som gjorde det lett for mennesker, dyr og planter å spre seg til den japanske øygruppen fra området som nå utgjør Kina og Korea.