Ivar Rooth giftet seg 1931 med Ingrid Söderlind (1899–1996). Datteren Ellen, født 1937, giftet seg i 1961 med juristen Johan Lind. Sønnen Gösta Rooth (1918-2008) var lege og pioner innen feltet perinatal medisin. Sønnen Lars Rooth (1921-2012) konverterte til katolisismen og ble prest i jesuittordenen og var ansvarlig for Vatikanradioens skandinaviske sendinger.