Thomas Skoglund debuterte i eliteserien for Fet IL som senere ble slått sammen med Fjellhamar til Romerike Håndball. I 2006 gikk han så til Haslum Håndballklubb og før sesongen 2008/2009 til GOG Svendborg TGI i Håndboldligaen i Danmark. Han gikk til Team Tvis Holstebro da GOG Svendborg TGI gikk konkurs i februar 2010. Sommeren 2012 vendte han hjem til Norge og Lillestrøm Topphåndball.