Johnsen var trener for Follo, som spilte i 1. divisjon i 2006, frem til 10. november 2006 da han trakk seg som trener, delvis grunnet lagets nedrykk til 2. divisjon. Han var så toppspillerutvikler for tippeligalaget Lillestrøm SK og ble trener da Tom Nordlie fikk sparken derfra i 2008. I slutten av 2011 ble han ansatt som trener for Strømmen i Adeccoligaen.