Etter å ha spilt spiss i FK Lofoten i en årrekke gikk Hans Jørgen Andersen til Aalesund FK i 2001. Etter 2002-sesongen gikk Hans Jørgen Andersen til Bodø/Glimt hvor han var med å vinne sølv i Tippeligaen og cupen i 2003-sesongen.