I romersk tid ble byen og hele øya fra midten av 100-tallet f.Kr. en del av den romerske provinsen Asia, og selv om ingen høyere myndighetspersoner tok bolig på øya, ble Thera etter hvert relativt framgangsrik grunnet betydelige byggeprosjekter og at byens borgere greide å inneha høyere posisjoner, blant annet to ganger posisjonen som provinsiell yppersteprest.