Det er også vanlig å dele hav og andre vannbaserte miljøer inn i biomer. Her er det blant annet tilgang på oksygen og sollys som er avgjørende. Omtrent 80 % av all solenergi som stråler ned i vannet blir absorbert de første 10 meter ned. Også i havet finnes organismer som omdanner sollys til energi ved fotosyntese. Disse er vannets primærprodusenter, og utgjøres av blant annet vannplanter, alger og blågrønnbakterier. Det finnes en rekke måter å inndele biomer i vann på, for eksempel hav, grunt vann med tareskog og korallrev, strand, overgangsmiljøer (elvemunning, brakkvannsområder, mangroveskoger og våtmarker i ferskvann), elver og innsjøer.