Seriens egentlige handling begynner i år 2015, 15 år etter katastrofen. Det er to avslutninger til NGE. Den første avslutningen (episode 25 og 26 av TV-serien) unngår så å si all handling og fokuserer bare på utviklingen av figurene. Filmen oppsummerer alt som har skjedd i TV-serien og viser de 10-20 første minuttene av . I tillegg inneholder «Death and Rebirth» også et par ekstra slettede scener som ikke var med i TV-serien. Den andre avslutningen i «End of Evangelion» erstatter den første avslutningen. Filmen er mer handlingsdrevet og leder alt til en apokalyptisk avslutning.