Shaare Zedek er lokalisert i et område på 47 000 kvadratmeter mellom nabolagene Bayit VeGan mot sør, Ramat Beit HaKerem mot nord og Herzlfjellet mot sørvest-Jerusalem. Sykehuset har 500 senger og behandler 300 000 pasienter årlig ved sin poliklinikk. Da terroristangrepene i Jerusalem nådde sitt høydepunkt mellom 2001 og 2004, behandlet Shaare Zedek flere ofre enn noe annet sykehus i Israel. Sykehusets traumaenhet, som befinner seg i Weinstock-avdelingen for akuttmedisin i etasjen dedikert Fanya Gottesfeld Heller, er blitt en modell for akuttmedisin og håndtering av storskala masseulykker. Sykehusområdet sto ferdig i 1979. Det består av ti sammenkoblede bygninger med en sentral bygningskonstruksjon på ti etasjer som huser avdelingene med liggepasienter. De tre nederste etasjer er under bakkenivå og er lagt til rette for fortsatt sykehusdrift selv under en krig med fare for rakettangrep. Avdelingen for akuttmedisin, Wohl-anlegget for kirurgi innviet i 2010, apoteket og et bygningsareal til kritiske forsyninger er alle lokalisert i denne undergrunnsdelen av sykehuset. Resten av sykehusanlegget kan evakuere hit om nødvendig. Shaare Zedek er velkjent for sitt storstilte dekontamineringsanlegg (desinfiseringsanlegg) som kan iverksettes i tilfelle terroristangrep. Sykehuset fungerer som et akuttanlegg for stor-Jerusalem i tilfelle kjemisk krigføring. Shaare Zedeks dekontamineringsanlegg har vært en inspirasjon for et sammenlignbart anlegg med hensyn til viktighet og størrelse, nemlig New York Downtown Hospital i USA.