Aarflot var teatersjef ved Det Åpne Teater i Oslo fra 1999 til 2008. I denne perioden hadde hun også regiansvar for en rekke produksjoner ved Det Åpne Teater, blant annet for av Niels Fr Dahl (Fringe First 2001, Ibsenprisen 2002), av Wetle Holtan (Ibsenprisen 2003).