Hovedinntaket er Niagaraelven (fra Eriesjøen) og utløpet er St. Lawrenceelven. Andre store elver som renner inn i sjøen inkluderer Don River, Humber River, Trent River, Cataraqui River, Genesee River, Oswego River, Black River og Salmon River. Andre geografiske kjennetegn inkluderer Hamilton Harbour; Bay of Quinte; Toronto Islands og Thousand Islands. Bay of Quinte skiller mesteparten av Prince Edward County fra nordkysten bortsett fra en 3 km strekke med land som forbinder den til fastlandet. Den største øya på sjøen er Wolfe Island nær Kingston der sjøen munner ut i St. Lawrenceelven. Den har fergeforbindelse fra både Canada og USA.