Sibir Airlines ble grunnlagt i mai 1992 i Ob, en mindre by i nærheten av Novosibirsk. Selskapet er en etterfølger av det tidligere (russisk: Толмачевский объединенный авиаотряд), som var en lokal underavdeling av Aeroflot. Tolmatsjevo forenede flygruppe kan dateres tilbake til 12. juli 1957, hvor den startet med flyvninger fra Moskva til Novosibirsk. Selskapets første internasjonale flyvning gikk i 1991 til Harbin i Kina. I 1994 sluttet selskapet seg IATA og samme år ble selskapet privatisert og omdannet til aksjeselskap og åpnet også den første internasjonale rute fra Novosibirsk til Frankfurt i Tyskland.