Martin Munyanyi studerte filosofi fra 1976 til 1978 og teologi fra 1979 til 1983 ved presteseminaret i Chishawasha nær Harare og ble ordinert til prest den 3. september 1983. Han arbeidet opprinnelig i sitt hjembispedømme Gweru i sognene St. Michael, Ascot og St. Alois i Silobela og ved Charles Lwanga Seminary i Chimanimani. Fra 1995 til 1999 underviste han ved Chishawasha Major Seminary, først som viserektor og deretter som rektor. I 2000 ble han utnevnt til rektor for det nye nasjonale filosofiseminaret, St. Augustine's Seminary i Bulawayo. Fra 2003 til 2005 fullførte han en filosofisk doktorgrad ved Det pavelige universitet Urbaniana i Roma.