Han var formann i presidiet i Det tadsjikiske øverste sovjet, det vil si statsoverhode, fra 12. april til 30. november 1990. Som en del av reformene som Gorbatsjov gjennomførte, ble han av Det øverste sovjet utnevnt til Tadsjikistans første president fra 30. november 1990. I august 1991 støttet han det mislykkede kuppforsøket i Sovjetunionen i 1991 og det førte til hans fall fra makten da demonstranter tok til gatene og krevde hans avgang. Han trakk seg som president og førstesekretær 31. august 1991.