De største og mest kjente elvene i New York er Hudsonelva, Mohawkelva og Geneseelva. Hudson starter i Hendersonsjøen i Adirondackfjellene og munner ut i Upper New York Bay. Elva danner også grensen mellom New York og New Jersey ved bydelene Bronx og Manhattan i New York City. Mohawk starter ved Ava i Oneida County og munner ut i Hudsonelva ved Albany. Genesee starter i Pennsylvania, New Yorks nabostat, og renner nordover og munner ut i Ontariosjøen ved byen Rochester nord i New York.