Cooper var en erfaren sel- og hvalskutekaptein, og ledet flere ekspedisjoner på alle verdenshav. I 1822/23 var han på hvalfangst ved Patagonia med «Andes» under kaptein Maxwell Griffing, i 1825 var han i Kina med «Beaver» under kaptein Frederick W. Depoister, og i 1828–29 var han igjen på hvalfangst ved Patagonia – først med «Argonaut» under kaptein Uriah Sayre, deretter med «Cadmus» under George Howell. I 1830-årene seilte han med fartøyet «Phenix» på hvalfangst i Atlanterhavet. Fra 1842 til 1843 førte han «American» på en fangstekspedisjon som blant annet besøkte Crozetøyene. Fra 1843 til 1846 seilte han som kaptein med «Manhattan» på en hvalekspedisjon til Sør-Atlanteren, Stillehavet, Indiahavet og Okhotskhavet, noe han gjentok fra 1847 til 1850 med «Franklin» og fra 1851 til 1854 med «Levant».