I Kairo, og langs Nildalen, er klimaet et ørkenklima ( i henhold til Köppen), men ofte med høy luftfuktighet på grunn av elvedalens påvirkning. Stormer kan være hyppige, og disse bringer støv og sand fra Sahara inn i byen i løpet av månedene mars og april. Maksimumstemperaturene om vinteren varierer fra 19 °C til 29 °C på dagtid, mens de om natten faller til under 11 °C, og ofte så lavt som 5 °C. Om sommeren overstiger sjelden temperaturene 40 °C, og gjennomsnittlig minimumstemperatur om natten ligger på 20 °C. Nedbørsmengden er sparsom, men plutselige regnskyll kan medføre kraftig flom.