Cavalli returnerte til Venezia i 1662. Han var så nedbrutt av nederlagene i Paris at han uttalte at han var ferdig med å skrive operaer, men når alt kom til alt ble det ytterligere seks operaer fram til 1673. I 1665 ble Cavalli førsteorganist i Markuskirken etter at Massimiliano Neri reiste til Bonn. i San Marco ble han først i 1668, etter at Giovanni Rovetta døde. Cavalli beholdt posten som kapellmester ved Markuskirken til sin død. I 1669 komponerte Cavalli for teateret i Piacenza. Mot slutten av livet skrev han bare kirkemusikk, blant annet et rekviem til sin egen gravferd. Cavalli er gravlagt i San Lorenzo-kirken.