Da landgreve Moritz gikk over til kalvinismen ble også universitetets bekjennelse endret, noe som førte til at mange lutherske professorer dro til det nye lutherske universitetet i Giessen. Da Marburg i 1624 for et kortere tidsrom falt til det lutherske Hessen-Darmstadt ble universitetet mellom 1625 og 1649 slått sammen med universitetet i Giessen og deretter stengt.