Port Nelson fikk navn av Thomas Button som overvintret der i 1612. Den 15. august 1612 da kaptein Thomas Button lette etter en havn på vestkysten av Hudsonbukta hvor han kunne få reparert skader som båten hadde fått i en kraftig storm fant han munningen av en stor elv som han kalte Port Nelson, etter navnet til kapteinen på sitt skip. Kapteinen ble gravlagt der.