Det er uenighet om hva som er det endelige målet for økumenikken, ettersom man har forskjellige syn på hva er. For de som ser kirken som en institusjon som er nødvendig for frelse, som katolikker og ortodokse, er målet full enhet innenfor én kirke; for andre er målet gjerne felles nattverdsfeiring, men ikke nødvendigvis en felles kirke.