Så snart Kaiten ble sluppet fra moderfartøyet fulgte den ved hjelp av gyrokompasset en forhåndsinnstilt kurs med en dybde på 6 meter, på et forhåndsinnstilt tidspunkt ville den så gå til overflaten og piloten kunne ta over kontrollen. Å finne målet i neddykket tilstand på egen hånd kunne være svært vanskelig, og Kaiten var også svært vanskelig å manøvrere. Mange gikk til bunns fordi piloten mistet kontrollen over fartøyet.