Etter avlagt embetseksamen begynte Jensen som arbeidsmarkedsforsker ved Aalborg Universitetscenter i 1986. Han hadde vært aktiv i Danmarks Socialdemokratiske Ungdom fra 1977 og hadde fremover en rekke verv, først i ungdomsorganisasjonen og deretter både i fagbevegelsen og i Socialdemokraterne, i årene 1993-1994 var han også med i styret for Danmarks Nationalbank.