Teresa ble i 1571 sendt til Avila for å være priorinne for et ureformert kloster der. Hun ba Johannes om å være åndelig veileder og skriftefar, et oppdrag han hadde fra 1572 til 1577. Han møtte sterk motstand fra de ureformerte karmelittene, som så på reformen som et opprør. De kalte ham en «ulydig og oppsetsig munk», og hadde en tilsvarende karakteristikk av Teresa. I 1577 avviste et generalkapittel i ordenen reformen, og nektet å gi de reformerte husene uavhengighet. Johannes ble da sendt tilbake til sitt opprinnelige kloster i Medina. Han nektet, da hans oppdrag var gitt av den pavelige nuntius, og ikke av ordenen. Provinsialen fikk sendt væpnede menn som 3. desember 1577 brøt opp døren hans, hentet ham og fraktet ham bort. Han ble tatt med til et ureformert kloster i Toledo, hvor han ble satt i enecelle fordi han fortsatt nektet å oppgi reformen.