Han var sønn av Otte Thygesen Brahe og Beate Clausdatter Bille samt bror til Tycho Brahe, Sophie Brahe samt Steen Brahe til Knudstrup. Sin første undervisning fikk han i Aalborg hvor faren var lensmann. Siden tjente han hos Peder Bille til Svanholm, og endelig gikk han i tjeneste hos forskjellige utenlandske herrer som grev Johan av Nassau (bror til prinsen av Oranien) og grev Günther af Schwarzburg.