Den 31. januar 2008 ble Cox signert av Swindon Town på fast basis, som da var under ledelse av manager Maurice Malpas. Cox fikk sin debut etter overgangen i kampen mot Huddersfield Town FC den 9. februar 2008 (0–1), og fikk sin første scoring i kampen etter mot Cheltenham Town FC. I den påfølgende sesongen scoret Cox tre hattrick for Swindon, og endte opp med 29 mål i 2008/2009-sesongen, noe som gjorde ham til toppscorer i Football League One med samme antall mål som Rickie Lambert fra Bristol Rovers FC. Mot slutten av sesongen fikk Swindon, ifølge BBC, inn to bud på spilleren, hvor det ene var fra Leicester City FC og det andre angivelig var fra Celtic FC, men som begge to ble avslått av klubben.