Han etterfulgte general William Howley Goodenough som øverstkommanderende i Sør-Afrika i 1898 med den lokale graden generalløytnant. For en kort periode (desember 1898–februar 1899), under fraværet til Alfred Milner som var i England, fungerte han som høykommissær og guvernør for Kappkolonien. I denne posisjonen, og etter sin militære erfaring, uttrykte han syn på mulighetene for krig som ikke var godt likt av regjeringen i Storbritannia. Som konsekvens av dette ble han beordret hjem for å lede det vestlige distriktet og holdt denne posten til 1905. Han holdt også kommandoen i Aldershot i en kort periode i 1900–01. Butler ble forfremmet til generalløytnant i 1900 og fortsatte sin karriere før han forlot kongens tjeneste i 1905.