Ved siden av å ha grunnlagt Emmaüs og for sitt virke under annen verdenskrig, er han også kjent for noen kontroverser. Han var en personlig venn av filosofen Roger Garaudy, som ble kjent skyldig i holocaustbenektelse. Og noen har kritisert ham for hans støtte til homofil adopsjon. Abbé Pierre hadde også sterke vennskapsbånd til den kontroversielle og meget progressive franske katolske biskopen Jacques Gaillot, som ble løst fra sitt embede på grunn av sin embedsførsel og sine standpunkter.