Kommunen består ellers av om lag 20 % paleo-proterozoisk grunnfjell fra 1 870 – 1 790 millioner år før vår tid. Disse dypbergartene sør og øst på Andøya størknet raskt, i løpet av de 10 millioner årene fram til 1 790 millioner år siden, og stammer fra mantelen. Magmaen strømmet oppover og blandet seg delvis med arkeisk grunnfjell, og størknet allerede ganske dypt nede i jordskorpa. De vanligste bergartene i denne strukturen er mangeritt og charnoctitt.