Integrativ bioinformatikk forsøker å avhjelpe dette problemet. Feltet er nærmere informatikk og datateknologien enn biologien i denne sammenheng. Integrativ bioinformatikk beskjeftiger seg med å: undersøke og evaluere nye datateknologier for bruk i bioinformatikkfeltet modifisere eksisterende, og utvikle nye integreringsteknologier utvikle felles datamodeller og dataformater for å lette integrering utvikle såkalte ontologier for bioinformatikkrelaterte områder (ontologien er en formell representasjon av et sett av begreper innenfor et domene). Ontologier gjør det mulig for dataprogrammer å 'forstå' data som er annotert med ontologibegrep.