Til tross for disse vanskelighetene fødte Isabella sin andre sønn, John, i 1316, men Edvards posisjon var prekær. En tronkrever og bedrager, John Deydras, dukket opp i Oxford og hevdet at han og Edvard var blitt forbyttet ved fødselen, og at den virkelige kongen av England var han selv. Gitt Edvards manglende popularitet fikk ryktene fritt spillerom før Deydras ble behørig henrettet, og synes å ha opprørt Isabella. Hun knyttet sterkere allianse med Lancasters fiende Henry de Beaumont og ved selv å ta en mer dominerende rolle i regjeringen, inkludert å delta i rådsmøtene og anskaffe seg økte landområder. Henry de Beaumonts søster Isabella de Vesci fortsatte å fungere som en nær rådgiver av dronningen. Den skotske hærføreren James Douglas, general hos kong Robert Bruce av Skottland, gjorde et dristig forsøk på å ta Isabella til fange i 1319, og nesten greide det i York. Hun slapp bare såvidt unna. Mistanker ble rettet mot Lancaster, og en av Edvards riddere, Edmund Darel, ble arrestert og anklaget for å ha forrådt hennes lokalisering, men anklagene kunne i all vesentlighet ikke bevises. I 1320 fulgte Isabella ektemannen til Frankrike i et forsøk på å overtale hennes bror Karl IV av Frankrike til å skaffe ny militær støtte for å knuse de engelske baronene.