Vikingen Helgi Magri Eyvindarson slo seg ned på stedet i det niende århundre e.Kr. Den første historiske kilden som nevner Akureyri er en domsavsigelse fra 1562 der en kvinne ble dømt for utroskap. På 1600-tallet slo danske handelsfolk seg ned i Akureyri, i hovedsak på grunn av den gode naturlige havnen og godt jordbruksland i området. Danskene bodde dog ikke i Akureyri hele året. Om vinteren ble husene låst og handelsmennene reiste hjem. I 1778 ble det permanent bosetning i Akureyri, og åtte år senere gav kongen av Danmark (på den tiden også konge over Island) stedet kommunestatus, sammen med fem andre steder. Kongen håpet å bedre islendingenes levevilkår, for til da hadde endanå ikke Island hatt urbane sentre. Det hjalp imidlertid ikke for Akureyri; stedet økte ikke fra sitt innbyggertall på 12.