Han var guru og åndelig rådgiver for herskeren over Mongolveldet og den første keiser av Yuandynastiet, Kublai-khan. Det var Phagpa som fikk Kublai Khan til å konvertere til den tibetanske buddhismen og Phagpa rettferdiggjorde mongolenes styre ved å framstille den mongolske keiser som en , en universell buddhistisk konge som regjerer velvillig over hele verden.