Skirbekk har arbeidet mest med kultursosiologiske emner, med vekt på moderne ideologier og utbredte fortolkningsformer. Et gjennomgangstema i hans arbeider har vært spørsmålet om samtidige kulturformer er egnet for å strukturere de utfordringer som moderne samfunn stiller mennesker overfor. Han har befattet seg med spesifikke emner som nasjonalitet, kulturkonflikt, innvandring, familiestruktur, moralproblematikk, reproduksjon, innholdsanalyser og ideologitilknytning av mediestoff. Han har også deltatt i samfunnsdebatten og hevdet blant annet i 2004 at Norge og Europa vil få muslimsk flertall i 2100 om noe ikke gjøres med det europeiske reproduksjonsmønsteret.