Maldonado ligger sørøst i Uruguay. Departementet grenser til Río de la Plata og Atlanterhavet i sør, mot Lavalleja-departementet i nord, mot Rocha-departementet i øst, og mot Canelones-departementet i vest. Det har strender og badebyer. Punta del Este, Punta Ballena og Piriápolis er de viktigste badebyer i departementet.