MSV Duisburg er en av de 16 pionerklubbene som var med da den første bundesligasesongen startet i 1963. Meidericher SV som klubben den gang het, avsluttet denne historiske sesongen på andreplass, og dette er klubbens beste plassering i bundesligaen fram til nå. Duisburg har aldri vunnet den tyske cupen, men har vært i finalen fire ganger, siste gang i 2011. Den beste internasjonale prestasjonen kom i 1979, da klubben nådde semifinalen i UEFA-cupen.