Fra 1823 festet staten bort Nakholmen for ti år om gangen. Fra 1843 anla bakermester Hans Fridtz en gård der velhuset ligger i dag, og brukte den gode jorden der fotballbanen i dag ligger. Fra 1850-årene kom et gartneri i drift. I 1865 ble det bygget et toetasjers tømmerhus sør på øya, og dette er fortsatt det eneste huset med rett til å være inngjerdet. Fra svabergene på vestsiden av øya ble det i 1874 tatt ut mye stein til byggingen av Dyna fyr. Fyrlykten ut mot skipsleia ble satt opp i 1898. I 1899 søkte Kristiania kommune om å få bruke Nakholmen til søppelfylling, men fikk avslag fra Aker kommune – som øya lå i. Bare tanken var uforenlig med Aker kommunes nylig vedtatte sunnhetsforskrifter.