Carl ble født i en tid da det ennå var forholdsvis uvanlig å ha etternavn. Carls far het opprinnelig Nils Ingemarsson, der Ingemarsson var et patronym, ikke et slektsnavn. Da Nils skrev seg inn ved Lunds universitet, trengte han imidlertid et etternavn, og laget seg da et slektsnavn som var inspirert av det store lindetreet som stod på hans familiegård. Han latiniserte det svenske ordet til Linnaeus (som delvis også ble skrevet Linnæus).