I Spania ble han hilst velkommen av erkebiskop av Sarajevo Ivan Šarić. Franco tok også mot Juan Peron og inviterte den ukrainske fascisten Stepan Bandera til å slå seg ned i landet (Bandera besøkte Spania og avslo tilbudet fra Franco). Pavelić hadde ikke en nær personlig relasjon til Franco. I Spania levde han stille og forsøkte å unngå offentlighetens søkelys. Pavelić hadde diabetes og hadde derfor problemer med å hele skadene etter attentatet. Skadene Pavelić fikk i attentatet medvirket til dødsfallet. Han ble operert av tyske kirurger på det tyske sykehuset i Madrid i november 1959 og døde seks uker senere. På dødsleiet uttrykte han ønske om at ustasja skulle fortsette kampen for uavhengighet for Kroatia. Dødsfallet ble bredt omtalt i vestlig presse.