Ernst Wilhelms eldre bror Ernst Friedrich var en organist og komponist som hadde studert med Gottfried Heinrich Stölzel. Wilhelm gikk på gymnas i Eisenach og Gotha. Han startet opp universitetsstudier ved Universitetet i Jena i 1755, men drev mest med musikk og fikk ansvaret for å lede byens , noe som ga ham anledning til å oppføre egne komposisjoner.