Ljungberg er født og oppvokst i Umeå, men for å spille fotball på høyt nivå måtte hun til nabobyen Skellefteå, der Sunnanå BK tilhørte midtsjiktet i Damallsvenskan. Ljungberg var delaktig i at laget hevet seg til rett under medaljestriden i de fire årene hun spilte der. Under tiden i Sunnanå fikk hun også tillit på landslaget, og hun debuterte i en landskamp mot Spania i 1996. Da Umeå IK rykket opp for annen gang i 1998, og denne gangen satset på å bli det beste laget i Damallsvenskan, forlot Ljungberg Sunnanå, som rykket ned sesongen etter, til fordel for laget fra hjembyen.