Bortsett fra en sesong på 1960-tallet spilte Magdeburg kontinuerlig i DDRs øverste liga (Oberliga), men da de østtyske klubbene skulle innlemmes i det vesttyske seriesystemet i 1991 ble Magdeburg en av taperne. I det gjenforente Tyskland fikk bare 2 DDR-klubber plass i Bundesliga og videre 6 i 2. Bundesliga. I den avgjørende sesongen 1990/91 ble Magdeburg bare nummer 10 på tabellen. Magdeburg måtte ut i en kvalifikasjonsturnering om en plass i den nye 2. Bundesliga og da denne gikk tapt ble klubben inlemmet i den tyske amatørligaen (Oberliga Nordost Staffel Mitte). Den gang var dette riktignok det tredje nivået i det tyske ligasystemet, men man hadde 10 parallelle avdelinger som i de første årene etter gjenforeningen måtte kjempe om bare tre ledige plasser i 2. Bundesliga.