Etter at faren døde i 1946, ble hun aktiv i stammens politiske liv og hun blei i 1951 den andre kvinna som valgtes inn i stammerådet, som nasjonalrådet het den gang. Hun blei valgt inn i helse- og velferdskomiteen og var medlem av denne i 27 år. Wauneka arbeidde først mest med tuberkulosebekjempelse, men etter hvert blei også helsa til gravide og nyfødte viktig. Hun lagde ei engelsk–navajo ordbok for moderne medisinske teknikker, for eksempel vaksinering. Hun hadde ukentlige radiosendinger på navajo, der hun forklarte hvordan moderne medisin kan bidra til bedre helse.