Under krigen produserte BMW over 30 000 eksemplarer av sin 801-flymotor. Fra 1942 startet man også produksjon av raketter, og dette er hovedgrunnen til at BMW ble tvunget til å demontere sine fabrikker etter krigsslutt. BMWs fabrikk i München ble bombet til ruiner i 1944–45, og var frem til da en viktig del av Tysklands krigsproduksjon.