Stavkirken på stedet ble revet i 1648 fordi den var i dårlig stand og ble erstattet av en korskirke som brant ned i 1709 etter lynnedslag. Nesten alt inventaret gikk tapt i 1709. En ny kirke var ferdig i 1712, og det er uklart om dette var en langkirke eller korskirke med 51 stoler. Kongen solgte i 1725 Aukra kirke til Erik Must for 625 riksdaler. Salget inngikk i det store kirkesalget i 1720-årene da kongen var i pengenød etter den store nordiske krig. Etter to år solgte Erik Must kirken til en gruppe bønder for samme pris. Lynet slo ned i tårnet 19. desember 1772 og kirken brant ned til grunnen, en kalk, en disk, vengene på altertavla og et antemensale ble reddet. Antemnesalet er merket med året 1712 og oppbevares i Romsdalsmuseet.