Sommer og høst 1944 ble arbeidsdyktige jøder fra Kaiserwald leir ved Riga overført til Stutthof. Barn og andre som ikke var egnet som arbeidskraft ble skilt ut og drept før de øvrige ble sendt med skip til Danzig. Fra Kaunas konsentrasjonsleir ble 8 000 jøder evakuert med jernbane: kvinner ble forflyttet Stutthof, menn til en underleir av Dachau. Sommeren 1944 fikk leirkommandant i Stutthof, Günther Hoppe, ordre fra SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt om at jødiske fanger skulle drepes innen utgangen av 1944. Et anlegg for avlusing av klær da omgjort til et gasskammer. Fra september 1944 ble grupper på 25-45 personer, hovedsakelig kvinner fra Baltikum og Ungarn, avlivet med Zyklon B. Et ekstra gasskammer ble innredet i en forlatt jernbanevogn. Ved utgangen av 1944 var det gjenlevende i leiren, om lag to tredeler jødiske. De internerte ble fra slutten av 1944 evakuert med jernbane. Kommandant Hoppe beordret full evakuering av leiren 25. januar 1945. Grupper på 1000 fanger ble sendt til fots mot Lauenburg 140 km unna. Omkring en tredjedel av fangene kom frem til Lauenburg. Da sovjetiske styrker kom til Lauenburg i mars fant de 15 000 overlevende etter dødsmarsjen fra Stutthof.