Kythira har et landareal på 279,593 km². Den er lokalisert på den sørvestlige enden av Egeerhavet, bak Kapp Malea. Det ujevne, kuperte terrenget er resultatet av rådende vinder fra de omliggende havene som har formet kysten til bratte bergknauser med dype bukter. Øya har mange strender av ulik sammensetning og størrelse; kun halvparten av dem kan bli nådd med vei gjennom det fjellrike terrenget på øya.