Ved opprettelsen av Nikopolis i Epirus havnet Kérkyra ubemerket i skyggen. Med framveksten av det normanniske kongeriket på Sicilia og de italienske flåtemaktene, ble øya igjen et mål for angrep. I 1081-1085 ble øya holdt av normanneren Robert Guiscard, i 1147-1154 av Roger II av Sicilia. Under sammenbruddet til det senere bysantinske rike, ble øya okkupert av kapere fra Genova i tiden 1197–1207 som igjen ble forvist av republikken Venezia. I 1214-1259 gikk øya videre til de greske despoter i Epirus, og 1267 ble øya besittelsen til huset Anjou i Napoli. Under dette svake styret led øya betraktelig fra ulike angrep og eventyrere, og i 1386 søkte Korfu beskyttelse av republikken Venezia som i 1401 skaffet seg formelt overherredømme over øya og beholdt den fram til den franske okkupasjonen i 1797.