Spania og Portugal trekker i 1750 opp grensene mellom landenes områder i Sør-Amerika. Hensikten var å bestemme hva som skulle gjøres med de landområdene som den mektige jesuittordenen eide. Etter at en jesuittprest lider martyrdøden inne i jungelen, drar Fader Gabriel (Jeremy Irons) inn for å ta kontakt med indianerne som sto bak gjerningen. De er kjent for å være brutale, men ved hjelp av takt og toner klarer han å bli venner med dem.