Innimellom reiste Knudsen med pastor C. Hugo Hahn rundt i området til stammene i Betanien og Berseba og skrev dagbøker og rapporter. Siden fotografering fremdeles var ukjent i Sør-Afrika på den tiden, tegnet og malte Knudsen kjente høvdinger, typiske scener og også en rekke hererofolk i Windhoek. Dermed ble han den første europeiske kunstneren som var bosatt i Sørvest-Afrika. Verkene hans ble, med noen få unntak, sendt til misjonærinstituttet i Barmen, hvor de dukket opp i misjonstidsskrifter og fremdeles blir oppbevart i arkivene. De eneste eksemplene på Knudsens kunst som befinner seg i Sør-Afrika, er to khoikhoiportretter som eies av Stellenbosch universitet.