Historien finner sted i Aionios, en verden som består av en rekke lokasjoner kjent fra Xenoblade Chronicles og Xenoblade Chronicles 2-spillene. Nasjonene Keves og Agnus er i konstant krig med hverandre. Samfunnet deres er delt inn i forskjellige kolonier. Krigene mellom dem blir utkjempet av konstruerte soldater med kunstig begrenset levetid på 10 år.