I slutten av 1646 gjorde styrkene samlet under den muslimske lederen som i kinesiske kilder er kjent som Mi Layin opprør mot Qing i Ganzhou i dagens Gansu, kjent som Mi Layin-opprøret. Opprøret ble raskt støttet av en annen muslimsk leder med navnet Ding Guodong. Sammen erklærte disse at de ønsket å gjenopprette det beseirede Míng, og okkuperte en rekke byer i Gansu, inkludert provinshovedstaden Lanzhou. Opprørerens vilje til å samarbeide med ikkemuslimske kinesere antyder at de ikke var religiøst motivert, og ikke hadde opprettelsen av en islamistisk stat som sitt mål. Qing-regjeringen sendte fort Shǎnxīs guvernør Meng Qiaofang, en tidligere Míng-embetsmann som hadde gått over til Qing i 1631, for å slå ned opprøret. Både Mi Layin og Ding Guodong ble fanget og drept i 1648, og fram til 1650 ble de muslimske opprørene knust i militære felttog som førte til store tap.