Landsbyen ble etablert som en militærutpost tilknyttet Nahal i 1980, og ble demilitarisert da den ble overført til sivile boligformål i 1984 til 15 pionerfamilier. I 1993 ble status endret til 'bysamfunn'. Nisanit fungerte også som en satellittkommunal avdeling av regionrådet for de tre bosetningene på den nordlige Gazastripen. Navnet på byen er den hebraiske oversettelse av den art av haukskjeggblomsten som er utbredt i områdets sanddyner om våren.