Helt frem til 1443 forble byen Danmarks hovedstad og hjemsted for konger og biskoper. Etter hvert forvitret imidlertid byens dominans hurtig. Under reformasjonen, da den katolske kirke gikk under i Danmark, forsvant den siste rest av større betydning for den tidligere så store byen. Likevel fortsatte bruken av Roskilde domkirke som begravelsessted for konger og dronninger.