Bompenger finansierer en andel av anlegget og bomstasjonen ligger på Bergsøya. Etter planene skulle det betales bompenger i 20 år fra 1992. Bompengene er lik fergetaksten, slik den var da Krifast åpnet + årlig økning, mens reisetiden ble redusert. I 2012 var bompengeperioden slutt.