Han var en uekte sønn av den skotske godseier John Cunningham, som fikk sin sønn naturalisert i 1596. Det har vært tvil om hvem som var hans mor. Noen mener imidlertid at moren var Agnes Campbell, født i 1557; hun var ugift og kun 18 år gammel da hun fikk John. Hun var datter av Matthew Campbell, 9. laird av Loudoun, som døde i april 1594 i Skottland, og hans hustru Isobel Drummond.