I 1924 ble det opprettet en grensekommisjon som skulle revurdere grensen mellom Fristaten og Nord-Irland. MacNeill ble Fristatens representant i kommisjonen, men gikk av etter at en rapport om kommisjonens forslag ble publisert i en avis, og W.T. Cosgrave kritiserte ham for å ikke ha holdt regjeringen orientert. Mange hadde hatt store forhåpninger om at Fristatens territorium ville vokse betraktelig som følge av kommisjonens anbefalinger, og MacNeill ble sterkt kritisert da det viste seg at Fristaten ville tape territorium. Hele rapporten ble lagt til side, ettersom begge parter følte de ville tape på endringene. MacNeill måtte gå av som minister, og i 1927 tapte han i valget til Dáil.