Baunsgaard var nestformann for Radikal Ungdoms Landforbund 1951-1953 og radikalt folketingsmedlem for Århus amt 1966-1988. Han var formann for den radikale folketingsgruppe 1968-1970 og statsrevisor fra 1975. Som politiker var Bernhard Baunsgaard særlig opptatt av kulturpolitikk, rettspolitikk og skattepolitikk.