Den 14. mars 1605, elleve dager etter pave Klemens VIIIs død, innledet 62 kardinaler konklavet for å velge neste pave. Fremtredende blant de som ble ansett som var den store historiker kardinal Cesare Baronius og den berømte jesuittiske teolog (og senere helligkårede) kardinal Robert Bellarmin. Men Pietro Aldobrandini, lederen av det italienske parti blant kardinalene, alliert med de franske kardinaler, fikk sørget for tilstrekkelig flertall for Medici - mot den spanske komge Filip IIIs klare ønske. Kong Henrik IV av Frankrike sies å ha brukt 300.000 écu for å fremme Alessandros kandidatur.