De katolske biskopers protester mot nazistiske tiltak fortsatte også i krigsårene, og erkebiskop Gröber var en av de mest kraftfulle. Noen naivitet om nazismens intensjoner er det vanskelig å spore: Allerede den 17. oktober 1940 gav han uttrykk for sin frykt for at «etter krigen ville kirkene bli ryddet av veien». Dette var på et tidligere tidspunkt enn det er belagt kildefaste utsagn fra Hitlers egen side om en planlagt «endelig løsning» for katolisismen etter krigen.