I senantikken og tidlig middelalder i folkevandringstiden var det to nye svebiske stammer som dukket opp vest for Böhmen i sørlige Tyskland: alamannerne og bavarere (latin: Baiuvarii). Sistnevnte ga navn til Bayern (latin: ). Mange svebiske stammer fra regionen Böhmen deltok i folkevandringene vestover, noen bosatte seg så langt unna som Spania og Portugal. Det var også stammer som forflyttet seg østover, vandaler og alanere. Andre grupper igjen bevegde seg sørover mot Pannonia. Den siste kjente omtalen av kongeriket til markomannerne er om en dronning ved navn Fritigil på 300-tallet. Det er antatt at hun levde i eller nær Pannonia. Svebiske langobarder, som i flere generasjoner hadde bevegd seg fra Østersjøen via Elben og Pannonia til nordlige Italia, er nedtegnet i , langobardernes historie, for en tid tilbrakt ved «Bainaib», et uklart sted som kanskje kan identifiseres som Böhmen.