Da Bonifacio ble klar over at Rizal var blitt bortført, kom han – i motsetning til de fleste i – til at Filippinene måtte foreta intet mindre enn en væpnet revolusjon for å vinne sin selvstendighet. Den 7. juli 1892 grunnla han derfor Katipunan, et hemmelig revolusjonært selskap som var åpent både for fattigfolk, bønder og middelklasse. Stiftelsesmøtet fant sted i et hus i (nå ) nær (nå ). Blant deltagerne var blant annet Valentin Diaz, Deodato Arellano, Teodoro Plata og Ladislao Diwa.