Fra 1882 til 1888 var Scharffenberg elev ved Molde latingymnasium og middelskole, hvor han debuterte som skribent i gymnasiastsamfunnets avis. Han gikk ut fra skolen som preseterist og ble medisinstudent ved Rigshospitalet (universitetssykehus i Kristiania), hvor han snart begynte å kjempe for reformer. I 1900 var han lege med amanuensisstilling, bosatt på Mysen hos broren, som var privatpraktiserende lege. Åtte år senere nevnes Scharffenberg med tittelen (i psykiatri).