Etter ønsker fra faren startet Hjort medisinutdannelse, men tok senere Fridtjof Nansens råd om å følge sin interesse, og tok doktorgrad i zoologi ved Universitetet i München i 1892. Tilbake i Kristiania ble han konservator ved Det Kongelige Frederiks Universitet 1893 og var dets leder da Kristine Bonnevie overtok i 1900 og for Drøbak forskningsstasjon 1897-1900. Han presset frem byggingen av «Michael Sars» i 1900 som han også ledet på flere tokt, blant andre Michael Sars-ekspedisjonen i Nord-Atlanteren sommeren 1910.