Hans sentrale verk er 23 symfonier, men han komponerte også instrumentalkonserter, kammermusikk, messer og andre sekulære korverk. Hans mest kjente verk er , som ble funnet 1909 i Jena universitetsbibliotek. Den ble først tilskrevet den unge Beethoven av oppdageren, musikkviteren og teolog Fritz Stein, fordi det sto på stemmen til den andre fiolinen . Denne antakelsen var støttet gjennom et utsagn av Beethoven at han holdt på å skrive en symfoni i C-dur med symfoni nr. 97 av Joseph Haydn som forbilde, og symfonien som ble funnet i Jena viste faktisk likheter med dette London-verket av Haydn. Så symfonien ble spilt i et halvt århundre under Beethovens navn. Max Reger arrangerte denne symfonien for firhendig piano. Musikkforskere gransket verket: det var omstridt om det virkelig var Beethoven som hadde skrevet symfonien, men alle var enige om at den generelt hadde en høy kvalitet. Først i 1968 ble det bevist at symfonien var et verk av Witt.