Han ble født i Boulogne og tok sin første utdannelse der, og studert siden medisin ved Collège Charlemagne i Paris (1824–1827). Hans ungdomsår hadde vært preget av religiøse grublerier, og mens han studerte medisin leste han samtidig sensualistisk filosofi, eldre og nyere, noe som siden satte spor i hans utvikling og litterære produksjon. I 1828 tjenestegjorde han ved sykehuset St Louis, men hadde siden 1824 bidratt med en rekke artikler i de unge talenters tidsskrift, , den doktrinære liberalismens organ. I 1827 kom han i kontakt med dikterkretsen le Cénacle. Det skjedde via en anmeldelse av Victor Hugos . Denne litterære omgangskrets som strebet etter å redefinere ideene til den begynnende romantiske bevegelsen og striden mot klassisk formalisme. Sainte-Beuve ble en venn av Hugo etter å ha utgitt en vennligsinnete anmeldelse av forfatterens verk, men senere hadde han en affære med Hugos hustru som naturlig nok førte til en avslutning av vennskapet. Pussig nok falt plikten for mottagelsestalen på Hugo da Sainte-Beuve ble gjort til medlem av Det franske akademi i 1845.