Rae studerte medisin i Edinburgh og startet sin virksomhet som lege ved Hudson's Bay Company i Canada. Han ble sendt til Moose Factory i Ontario, selskapets nest eldste handelsstasjon i landet, på en øy i en elv litt før utløpet i Hudsonbukta, og var der i ti år. Han virket blant europeere og innfødte (indianere, inuitter) ansatte, og tilpasset seg selv; ble både utholdende og veltilpasset - som med kyndig bruk av truger. Han kunne livnære seg fra naturen som en innfødt, og ble i stand til å reise lange avstander med lite utstyr og få ledsagere.