Den viktigste lokale arten for fiskeriet er bajkalomul (), en endemisk sikart. Den blir fanget, røkt, og så solgt på markeder rundt innsjøen. Også en annen endemisk sikart lever i sjøen, . Svart bajkalharr (), hvit bajkalharr (), og bajkalstør er andre viktige arter med kommersiell verdi. De er også endemiske arter.