Hvert helseforetak ledes av et styre og en administrerende direktør oppnevnt av styret i det regionale helseforetaket. Det er de regionale helseforetakene som selv fastsetter hvordan de ønsker å fordele tjenesteytelsen mellom sine underliggende helseforetak. Organiseringen av disse og arbeidsdelingen mellom dem kan derfor endres på kort tid.