I lys av kardinal František Tomášeks mer fremskredne alderdom (1899–1992), klarte den katolske kirke under det kommunistiske regime å gjøre det slik at Lebeda ble utnevnt til hjelpebiskop i Praha. Utnevnelsen av biskoper i 1988 (Antonín Liška, Jan Lebeda, Ján Sokol) var den første etter mange år som lot seg fremforhandle mellom stat og kirke. Den ble sett på som et kompromiss mellom det kirken trengte og det kommunistregimet kunne tillate.