Lincoln som ønsket å knuse Jackson en gang for alle, dirigerte tre arméer mot Shenandoah-dalen for å fange den konfødererte Army of Valley i en felle. Fremont skulle til Harrisonburg fra Vest-Virginia for å avskåre Jacksons forsyningslinjen nedover dalen. Banks skulle krysse Potomac på nytt og forfølge Jackson hvis han skulle rykke oppover dalen. Shields fra McDowells korpset skulle rykke mot Front Royal for å angripe og forfølge Jacksons kolonne langs landevegene, og deretter omringe Jacksons arméen mot styrkene fra Vest-Virginia. Dessverre for Lincoln skulle det vise seg at planen for å omringe og tilintetgjøre sørstatshæren i dalen var komplisert med behov for synkroniserte bevegelser av separate arméer. McDowell ønsket å marsjere sørover til McClellan, men sendte brigadegeneral James Shields med hans divisjon og generalmajor Edward O. C. Ord med en andre divisjon østover til dalen. Men det egentlige problemet for Lincoln var general John C. Fremont som hadde vist seg å være en upålitelig hærfører i Missouri i sommeren 1861, som ikke klarte å takle utfordringene oppe i Allegheny-fjellene. Istedenfor å marsjere øst til Harrisonburg, valgt han en mindre vanskelig rute for sitt felttog med 15 000 mann til nord mot Moorefield på den andre siden av Shenandoah-fjellet, derfra lå en veg ved Cedar Creek til Strasburg i dalen. På grunn av de store avstandene oppe i fjellene ønsket Fremont ikke å miste kontakt med sine styrkene i Vest-Virginia, og en divisjon på tre brigader i sørvestre Virginia under brigadegeneral Cox måtte trekkes ut i sikkerheten. Så snart Cox ble kjent med nederlaget ved Winchester, begynte han retretten.