Under revolusjonskampene i Pfalz og i Baden sommeren 1849 var Anneke sjef for artilleriet og en av de øverste militære lederne. Etter at opprøret var slått ned, flyktet ekteparet til Frankrike. Fritz Anneke var nå ettersøkt av prøyssiske myndigheter, men også av de revolusjonære. Han ble påstått å ha forrådt dem ved sin flukt fra Rastatt.