Kort tid etter OL i Stockholm, der Thorpe ble hyllet som lekenes største personlighet, ble det avslørt at han hadde spilt et par ferie-baseballkamper i 1909, og at han hadde mottatt en liten pengesum for bryet. Med datidens syn på amatøridrett var denne minimale overtredelsen mer enn nok til å få ham diskvalifisert fra OL og utestengt fra all amatøridrett for alltid.