Austronesiske folkegrupper kalt malayo-polynesiere, bosatte seg på Cebu og resten av de filippinske øyer for om lag 30 000 år siden. De fleste av dagens cebuanoer er av malayo-polynesisk opphav. De tidlige cebuanoer utviklet sjøfartskulturer lignende de mikronesiske folk. Men ettersom de var nærmere det asiatiske fastlandet bedrev de også handel med Japan og Okinawa, India, Kina, Malaysia, Indonesia, Thailand og Sri Lanka.