Obandos holdning til sandinistene endret seg dramatisk tidlig på 1980-tallet; han ble etterhvert den kraftigste motstemmen i landet mot deres revolusjonsregjering. Han avviste den såkalte «folkets kirke» (radikal geistlighet som støttet frigjøringsteologi), og nedla forbud mot (en messeliturgi utviklet av dem for nicaraguanske bønder). Han krevde respekt for den katolske kirkelovs bestemmelse at geistligheten ikke skulle påta seg borgerlige myndighetsoppgaver.