Vassdraget har utspring på fjellplatået Mátduottar, sørvest for Austertana. De to tilløpselvene Dápmotjohka og Lavttajohka møtes i Harrvannet. Harrelva har utløp fra sørenden av vatnet og renner i sørvestlig retning. Rundt to kilometer før munningen snur elva mot nord, og renner parallelt med Tana, med bare en drøyt 100 meter bred landtunge mellom de to elvene.