Parker unngikk å bli involvert i verdslig politikk og ble aldri en del av Elizabeths riksråd. Geistlig politikk ga ham til gjengjeld atskillige vanskeligheter. Noen av de evangelistiske reformatorene ønsket liturgiske endringer og iallfall muligheten til ikke å bære bestemte prestekledninger, hvilket utløste den såkalte gevantkontroversen. Tidlige presbyterianere ville ikke noen biskoper og de konservative ville ikke ha endringer i det hele tatt, men isteden vil gå i motsatt retning. Dronning selv nektet episkopal privilegier inntil hun til slutt anerkjente det som en del av bolverket til den kongelige makt. Til Parkers bestyrtelse nektet dronningen å gi sin godkjenning til hans forsøk på å sikre konformitet innenfor den engelske kirken, som hun forventet at han skulle oppnå dette målet. Parker var etterlatt til dempe den økende puritanske bevegelsen uten større støtte fra parlamentet, forsamlingen eller kronen.