Da Niger ble uavhengig i 1960, ble Saibou overført til den nye nigerske hæren som sersjant. Han gikk så på offiserskole, og i 1969 ble han gjort til kommandant for en enhet i N'guigmi. Etter å ha flyttet til en ny enhet i Agadez, fikk han rangen kaptein. Saibou støttet Kountché i hans statskupp i 1974, og han brakte sine soldater fra Agadez til Niamey. Som belønning ble han forfremmet til major, gjort til minister for den rurale økonomien og klimaet, og 20. november ble han gjort til stabssjef.