I flere tiår etter den andre verdenskrig ble opplysninger om hans bragder og skjebne hemmeligholdt av det polske kommunist-regimet. Det ble i 1950- og 1970-årene gjort forsøk på å få Pilecki renvasket. Den siste henvendelsen under kommunistregimet var i juli 1989, men lederen for den militære påtalemakten avviste gjenopptakelse. Historien ble offentlig kjent først etter regimeskiftet i 1989. Pilecki ble rehabilitert i oktober 1990 av den første regjeringen etter kommunisttiden, og dommen mot Pilecki ble kjent ugyldig av Polens høyesterett. I 2003 ble det innledet sak mot Czesław Łapiński (født 1912) som hadde vært oberstløytnant i hæren og aktor i saken mot Pilecki; Łapiński ble anklaget for å ha ført sak mot Pilecki på falske premisser. Łapiński døde i 2004 før saken ble fullført. Józef Garliński omtalte Pilecki i boken (1975).