Han var født i Akko og var sønn av Badr al-Jamali, en armensk mamelukk. Badr var visir for fatimidene i Kairo fra 1074 til han døde i 1094 da al-Afdal etterfulgte ham. Kalif Ma'ad al-Mustansir Billah døde kort tid etterpå, og al-Afdal utnevnte al-Mustali, et barn, som kalif i stedet for al-Mustalis mye eldre bror, Nizar. Nizar gjorde opprør og ble beseiret i 1095. Hans tilhengere ledet av Hassan-i-Sabah flyktet vestover. Der etablerte Hassan Ismaili-samfunnet, noen ganger feilaktig kalt assassinersekten.