Nesten alle slovakiske dødsofre under krigen var jøder. Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til Polen etter en avtale med Tyskland signert mars 1942. President Jozef Tiso holdte han igjen videre deportasjoner da to tredjedeler av landets jøder var deportert til utryddelsels- og konsentrasjonsleirene. I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75-80 % av alle ofre. Flere tusen sigøynere ble deportert til Auschwitz eller drept på annen måte, opptil 7000 ifølge en kilde. I Karpato-Ruthenia var det jødiske innbyggere og disse utgjorde over 15 % av befolkningen i regionen. Karpato-Ruthenia var okkupert av Ungarn og de fleste jødene ble deportert til Auschwitz i mai-juni 1944 under holocaust i Ungarn. I Košice, som ble overført til Ungarn i 1938, bodde det omkring 12000 jøder og disse utgjorde 20 % byens befolkning.