Kopternes posisjon begynte å bedre seg tidlig på 1800-tallet under stabiliteten og den økte toleransen under dynastiet til Muhammad Ali. Det koptiske samfunnet ble ikke lenger sett på av den islamske staten som en administrativ enhet og i 1855 ble Jizya-skatten fjernet. Kort tid etter begynte kristne å tjenestegjøre i den egyptiske hæren. Revolusjonen i 1919, den første framvisningen av en egyptisk identitet på grasrotnivå i løpet av flere århundrer, var det første tegn på Egypt som et moderne samfunn med både muslimer og kristne enkeltdeler.