Folket på Samos greide med hell og dyktighet å slå tilbake tre osmanske forsøk på å gjenerobre øya: sommeren 1821, i juli 1824 da de greske sjøslagene ved Samos og ved Gerontas avverget trusselen, og på nytt igjen sommeren 1826. I 1828 ble øya formelt en den del av den første hellenistiske stat (begynnelsen på staten Hellas) under guvernør Ioannis Kapodistrias, da som en del av provinsen Østlige Sporades, men Londonprotokollen av 1830 (en avtale mellom stormaktene Storbritannia, Frankrike og Russland) som etablerte Hellas som en egen stat, ekskluderte Samos fra grensene til Hellas.