De senere pandyaene styrte fra ca. 1216 til 1345 og gikk inn i deres storhetstid på midten av 1200-tallet under kongene Maravarman Sundara Pandyan II og Jatavarman Sundara Pandyan, som ekspanderte inn i teluguområdene og invaderte og erobret Kalinga og deler av Sri Lanka. Riket hadde også omfattende handelsforbindelser med det sørøstasiatiske sjøfartstriket Srivijaya og dets etterfølgere. I løpet av sin historie var pandyaene stadig i konflikt med pallavaene, cholaene, hoysalaene og til slutt de invaderende muhammedanske styrkene fra Delhisultanatet. Pandyariket gikk til slutt under på grunn av opprettelsen av Madurai-sultanatet på begynnelsen av det fjortende århundre.