Utfallet av saken var bestemt på forhånd. 59 kommissærer (dommere) fant ham skyldig i høyforræderi og beskrev ham i dommen som en «tyrann, forræder, morder og samfunnsfiende». Han ble halshugget på et skafott foran Banqueting House i Palace of Whitehall den 30. januar 1649.