Bodø er et regionalt havneknutepunkt, både for gods- og passasjertrafikk. Bodø har hurtigbåtforbindelse til Bliksvær, Givær, Landegode, Helligvær, Steigen, Gildeskål, Svolvær og Sandnessjøen. Hurtigruta ankommer Bodø to ganger i døgnet, klokka 01:30 på sørgående skip og 12:30 på nordgående skip. Fergeforbindelsene fra Bodøterminalen går som riksvei 80, og har destinasjonene Røst, Værøy og Moskenes. Ellers er det fergeforbindelse over Mistfjorden mellom Festvåg og Misten, på fylkesvei 834 mot Kjerringøy som fra 2012 er betjent av en ferge med kapasitet på 50 personbiler.