En artikkel i i 1996 beskrev Frusciante som «et skjelett dekket med tynn hud». Han var døden nær flere ganger, hovedsakelig på grunn av gjentatte overdoser og blodinfeksjoner. Han oppholdt seg i huset sitt nesten hele tiden, og forlot det sjeldent. På denne tiden utviklet han et vennskap med skuespilleren Johnny Depp og musikeren Gibby Haynes. Sammen lagde de tre en dokumentar kalt «Stuff» som omhandlet Frusciantes liv. Huset hans tok en dag fyr, og brannen ødela mange av Frusciantes gitarer og innspilte sanger. Armene hans ble dekket med stygge sår, som gav ham permanente arr. Disse sårene ble forsterket av det store narkotikaforbruket.