Fra 1988 oppfordret Madariaga til en sivil og ikke-voldelig løsning på konflikten i Baskerland. I 1995 meldte Madariaga seg ut av Herri Batasuna etter at ETA tok livet av Partido Popular-politikeren Gregorio Ordóñez. Senere ble han medlem av, og stilte til valg for, det pasifistiske baskiske nasjonalistpartiet Aralar.