Fredrikke Lindboe var datter av kirurgen Christian August Egeberg (1809–1874) og Jeanette Marie Broch (1819–1904), søster av komponisten Anna Egeberg (1843–1914) og pianisten Betty Egeberg (1853–1930) og brordatter av komponisten Fredrikke Egeberg (1815–1861). Hun ble 27. mai 1876 gift i Gamle Aker kirke i Christiania med legen Hjalmar Lindboe (1847–1922).