Warming ble med tiden sterkt engasjert i den gryende naturvernbevegelsen. Han hadde innsett at bekjempelsen av sandflugt og oppdyrkingen av heden – tiltak som han støttet – også medførte en dramatisk tilbakegang for naturens råderom. Han var særlig opptatt av å finne et stort stykke hede som kunne kjøpes av staten og bevares for ettertiden. Han medvirket til at regjeringen ga tilsagn om oppkjøp og han bilte rundt i Jylland sammen med Hedeselskabets skogforvalter og direktør Christian Dalgas for å finne et egnet område. Valget endte med å falle på Borris Hede, som staten kjøpte i 1903, men på betingelse av at hæren kunne anvende området til øvelser. Samtidig ble området fredet ved lov. Warming var den første formann for Naturfredningsrådet.