Fordi spilleren kan kontrollere både Olimar og Louie samtidig, kan spilleren ha disse karakterene adskilt med deres egne Pikmin-horder og gjennomføre en rekke forskjellige oppgaver på kartet samtidig. Selv om spilleren kan samle et ubegrenset antall Pikmin, er bare opp til 100 Pikmin tillatt på kartet til enhver tid. De forskjellige Pikmin-fargene indikerer deres immunitet mot farer de møter. Fordi Pikmin er små og svake, kan de lett drepes av farer eller fortæres av motstandere. Spilleren begynner hver morgen ved soloppgang, og må gjennomføre en rekke oppgaver og samle alle bortkomne Pikmin før solnedgang. Alle Pikmin som blir etterlatt ved solnedgang, går umiddelbart tapt for grusomme nattlige rovdyr.