De franske såkalte Sahara-felttogene varte fra omtrent 1882 til 1902, og først etter 1900 ble store ørkenområder lagt under fransk kontroll. Sør for fjellene førte de blodige slagene om Laghouat og Touggourt, samt kapituleringen til Beni-M’zab av M'Zab og kapituleringen til Souf til at Algérie nå strekte seg inn i den store ørkenen. Den siste shayken i sørvest som overga seg var Shayk Bouamama i 1902, som da hadde gjort opprør mot franskmennene siden 1882, og det regnes som slutten på motstanden mot selve erobringen av Algerie. En annen viktig episode i denne erobringen av Sahara var massakren av den franske oppdageren Paul Flatters' ekspedisjon i 1881 av tuareger. Slaget ved Tit, hvor den franske løytnant Cottenest beseiret tuareglederen Mohammed Ag Bessa i 1902, regnes som "hevnen" for denne massakren.