Eksarkatet ble grunnlagt av patriark Tikhon av Moskva i 1921 som . På grunn av det ateistiske regimet i Sovjetunionen brøt administrasjonens metropolitt Evlogij i 1927 med den russisk-ortodokse kirke. Etter å ha bedt den økumeniske patriark av Konstantinopel om beskyttelse, ble eksarkatet i 1931 tatt inn under Konstantinopels kirkelige jurisdiksjon. Eksarkene har fra 1960 hatt rang som erkebiskoper.