Når Samus kommer til bevissthet, oppdager hun at en eksplosjon har foregått på romstasjonen. Hun blir sendt dit for å etterforske, og blir veiledet av datamaskinen på stasjonen, som hun kaller opp etter hennes tidligere kommanderende offiser, Adam Malkovich. Snart etter hennes ankomst finner Samus ut at X har infisert stasjonen med hjelp av «SA-X» en X-parasitt som etterligner en fullt armert Samus Aran med alle oppgraderinger. Samus klarer såvidt å rømme i fra «SA-X» i flere tilfeller mens hun utforsker BRL-Stasjonen. Ved å bruke datarommene og bekjempe store skapninger som er blitt infisert av X får hun tilbake alle oppgraderingene sine. Senere oppdager hun en lab full av metroider. SA-X opp og i et forsøk på å ødelegge Metroidene, noe som aktiveres selvødeleggelsessekvensen til laboratoriet. Samus overlever, men laboratoriet blir skutt ut i rommet og eksploderer. Etter at Samus oppdager dette, sperrer datamaskinen henne inne for å ha ignorert ordre, og innrømmer at den galaktiske føderasjonen i hemmelighet hadde brukt labben til å avle frem metroider. Den innrømmer også SA-X også greier å reprodusere seg selv aseksuelt via kloning; og råder Samus å forlate stasjonen.