Denifle var en stor kjenner av middelalderens teologi og universitetsvesen og en ualminnelig lærd mann, og han var også en dyktig arkivar. Han utgav et stort antall skrifter, blant hvilke må nevnes »Das geistliche Leben« (1873), «Der Gottesfreund im Oberland und Nikolaus von Basel« (1875), »Das Buch von der geistlichen Armut» (1877), Susos Skrifter (1876-80), «Taulers Bekehrung» (1879), «Die Universitäten des Mittelalters bis 1400» I (1885), «Specimina palaeographica regestorum romanorum pontificum ab Innocentio III ad Urbanum V» (1888) og «Luther und Lutherthum in der ersten Entwickelung» (1904), hvortil slutter seg «Quellenbelege» (1905).