Maria Stuart fikk smertelig erfare svakhetene ved et monoalfabetisk substitusjonschiffer. Hun ville styrte den engelske dronningen Elizabeth. Meldingene mellom Mary og hennes tilhengere ble oppdaget. Ved hjelp av frekvensanalyse lyktes det Thomas Phelippes å dechifrere meldingene og konspirasjonen ble oppdaget. I 1587 ble hun og hennes tilhengere, torturert og halshugd.