Før Kalmarkrigen brøt ut, klaget svenske myndigheter over at samer i fjordområdene mellom Tysfjord og Malangen ble flyttet ut til øyene. Kongen befalte fortsatt flytting etter at krigen brøt ut. Hensikten var å unngå svenske skattekrav overfor samene i fjordene. Ute på øyene var det lettere å hevde norsk suverenitet; her vurderte en at svenskene ikke ville forsøke å gjøre seg gjeldende. Bille fikk utvalgte øyboere til å påta seg forsvarsoppgaver. Inne i fjordene der det var lange avstander mellom bebyggelsen, benyttet Bille den brente jords taktikk. Her var det samenes gammer som gikk opp i røyk, dette for at svenske oppkrevere ikke skulle få nytte av dem. Han foreslo for Kongen at samene for fremtiden ikke skulle få lov til å bosette seg i fjordene.