Engebretsens forskning og publiseringsvirksomhet er preget av grensekryssing og brobygging mellom ulike vitenskapelige disipliner. Han har utgitt omkring 200 vitenskapelige publikasjoner, herunder artikler i anerkjente vitenskapelige tidsskrifter som , og . Han har også skrevet og redigert flere bøker, blant annet (med Julia Kristeva, Gyldendal, 2010), (med Kristin Heggen) (Universitetsforlaget, 2012) og (Cappelen, 2007). Hans nyeste bok (med Mona Baker), (Cambridge University Press, 2022) analyserer de offentlige kunnskapskontroversene under Koronapandemien og demonstrerer betydningen av språk og fortelling for effektivt folkehelsearbeid.