Mysutjernene er sjøer med høyt innhold av kalk som gir høy pH (over 8.0). Det er den kalkrike berggrunnen som er grunnlaget for at slike vann utvikler seg. Kalkfjellet påvirker også vegetasjonen og gir grunnlag for kalkfuruskoger og en rik blomsterflora. Vegetasjonen i disse vannene domineres av kransalger av slekten chara, og de kalles derfor chara-sjøer. Fargen er spesiell, med blågrønne vannmasser i kontrast mot en gulgrå kalkbunn. Vannet er spesielt klart og det medfører at kransalgene i Store Mysutjern vokser helt ned til ni meters dyp.