I begynnelsen av den andre intifadaen ble gruppen et sentralt mål for Israel. Gruppens styrke og evne til å utføre komplekse og dødelige angrep overrasket mange observatører. Al-Qassam-brigadene opererte flere celler på Vestbredden, men de fleste av dem ble ødelagt innen 2004 etter mange operasjoner av de israelske forsvarsstyrkene (IDF) i regionen. Derimot beholdt Hamas en sterk tilstedeværelse i Gazastripen.