Harpyørnene bygger rede i trekronene på store trær, vanligvis 25–55 meter over bakken (i Guyana og Ecuador 50–75 m over bakken). Arten legger vanligvis kun 2 egg (3–4 unntaksvis) og hekker normalt annethvert år. Inkubasjonstiden er typisk 56 dager (64 i fangenskap). Hannen jakter og mora tar seg av ungen. Normalt får hannen bare komme ombord i reiret når han bringer mat. Ungen får voksen fjærdrakt da den er omkring 6 måneder gammel. Ungfugler holder seg imidlertid innenfor en radius på 100 m fra redet til de er minst 15 måneder gamle, og noe lenger unna fram til de er omkring 30 måneder.