Den sjette sesongen begynner ett år etter avslutningen av den femte sesongen, med Dean som lever et litt lykkelig liv sammen med Lisa og Ben. Når en følelsesløs Sam vender tilbake til Dean, blir Dean tvunget til å forlate sitt nye liv og jobbe sammen med sin oppstandne bestefar Samuel - for å fange Alpha-monstre for Crowley. Denne gangen får ikke brødrene noe hjelp fra Castiel, fordi Castiel er alt for opptatt av en borgerkrig i himmelen mot erkeengelen Raphael.