I 2013 mottok han den nasjonale SOR-prisen av Samordningsrådet for sitt arbeid med å sette utviklingshemmedes levekår i Norge på dagsorden. I 2021, ble Jens Petter Gitlesen tildelt UiOs menneskerettighetspris – Lisl og Leo Eitingers fond, for sitt arbeid for utviklingshemmedes menneskerettigheter og levekår, spesielt hans arbeid for å få Norge til å inkorporere FNs konvensjon om rettighetene til mennesker med nedsatt funksjonsevne i norsk lov. I juni 2023 ble Jens Petter Gitlesen hedret med Uloba sin ærespris Post mortem.