Den 18. desember 1587, da bare 23 år gammel, og ennå ikke prest, ble Frederico Borromeo utnevnt til kardinal av pave Sixtus V og den 14. april 1595 ble han utnevnt til erkebiskop av Milano av pave Klemens VII, med som titteldiakonia. Han vekslet stadig over til nye tittelkirker; til , til og deretter til . I forbindelse med sin prestevielse (1593) ble han tatt opp i klassen av kardinalprester, med som tittelkirke.