Hva som betraktes som en del av operativsystemet og hva som er applikasjonsprogramvare forandrer seg over tid. Tidlige operativsystemer var lite annet enn en samling rutiner som håndterte de forskjellige maskinvareenhetene. Etterhvert som forskjellige applikasjoner fikk forskjellige måter å behandle ting som filhåndtering, ble disse standardiserte og ble en del av operativsystemet. Microsoft Windows begynte som et skall som lå over operativsystemet MS-DOS (noe som gjorde Windows til en applikasjon), senere var det Windows som faktisk ble selve operativsystemet etter å ha svelget MS-DOS et sted på veien. På samme måte begynte nettlesere som applikasjoner, mens det i dag er en uklar linje mellom nettleseren og systemet i mange operativsystemer.