Da den amerikanske borgerkrigen brøt ut ble dette viktig for Roots sanger og han begynte å skrive krigssanger. Han skrev sanger som «The First Gun is Fired», «Just Before the Battle, Mother», «Just After the Battle», «Tramp, Tramp, Tramp», «On, On, On the Boys Came Marching», «The Vacant Chair» og ikke minst det musikkstykket han er mest kjent for «The Battle Cry of Freedom».