Etter de kjempende staters tid gikk imidlertid staten Qin i ca. 221 f.Kr. ut som seierherre, samlet alt under himmelen og gjorde Qin Shi Huangdi til Kinas første keiser. Dette dynastiet valgte den strenge lov og straff-ideologien legalisme til statsideologi, brente alle bøker som stred mot legalismens prinsipper og henrettet lærde som kunne forventes å utgjøre en trussel mot dynastiet. Paradoksalt nok varte Qin-dynastiet svært kort, og allerede i 206 f.Kr. regner vi at Han-dynastiet overtok makten i Kina. Det var under dette dynastiet konfusianismen gradvis ble inkludert i statsideologien på bekostning av legalistisk ide. Mannen som først og fremst har æren for det er den lærde Dong Zhongshu som tjente to mektige fyrster i et forent Han-Kina. Dong Zhongshu utviklet konfusianismen på en måte som gjorde at ideene kunne brukes til å legitimere det nye dynastiet i Kina. Undervisningen av Konfusianske tanker ble grunnleggende for utdannelsen av embedsverket, og slik vedvarte det nesten helt til Qing-dynastiets fall i 1911. På 600- og 700-tallet ble det reist templer til ære for Konfutse og hans opprinnelige disipler. Under Song-dynastiet ble det Konfusianske skrift grunnlaget for all undervisning.