Elvene på Kreta omfatter elven Ieropotamos, Koiliaris, Anapodiaris, Almiros, og Megas Potamos. Det er kun to innsjøer med ferskvann: Kournasvannet og Agiavannet, som begge er i regionen Khaniá, den vestligste delen av øya. Voulismeni ved kysten og liggende ved landsbyen Aghios Nikolaos var tidligere en innsjø med ferskvann, men er i dag knyttet til havet.