Christian Kjærs første ekteskap var med balletdanserinnen Fritzy Koch, med henne fikk han sønnen Philip. I 1988 giftet Kjær seg med Janni Spies som da tok sin manns etternavn. Sammen fikk de datteren Michala og sønnen Christopher. Ekteskapet varte i 20 år, og ble i 2008 oppløst. I 2014 giftet han seg med den 27 år yngre Susan Astani.