I november 1538 ble Margarets eldste sønn Henry Pole, 1. baron Montague, en annen sønn og flere slektninger arrestert, tiltalt for høyforræderi. De ble sendt til Tower of London og i januar, med unntak av Geoffrey Pole, ble de henrettet. Ti dager etter at hennes sønner ble arrestert, ble Margaret Pole, til tross for sin høye alder, også arrestert og forhørt av William FitzWilliam, jarl av Southampton, og Thomas Goodrich, biskop av Ely, men disse rapporterte til Cromwell at selv om de hadde «slitt med henne» i mange timer, ville hun ikke ytre et eneste ord. De var derfor tvunget til å konkludere med at enten hadde ikke hennes sønner gjort henne delaktig i sitt «forræderi», eller så var hun «den mest åpenbare forræder som noen gang har levd». I jarl av Southamptons forvaring ble hun sendt til Cowdray Park, nær Midhurst, og utsatt for en rekke ydmykelser.