Unionsstyrkene ble trukket tilbake fra dalen. Jackson sluttet seg til Robert E. Lee på halvøya i syvdagersslaget hvor han leverte en ukarakteristisk svak innsats, kanskje på grunn av strevet i felttoget i Shenandoah. Han hadde fullført oppdraget sitt og holdt 50 000 soldater borte fra McClellan, soldater McClellan sårt hadde trengt. Stonewall Jackson fikk etter sin suksess i Shenandoah det beste ryktet blant soldatene i Konføderasjonen, frem til han ble overgått av Lee, og moralen ble styrket i offentligheten. I et felttog med overraskelser og manøvrer, presset han hæren sin til å tilbakelegge 1040 km på 48 dager med marsjering, og han vant fem betydelige seirer med en styrke på rundt 17 000 mot en samlet fiende på totalt 60 000 soldater.