Francisco de Ávilas studieløp begynte ved jesuittenes kollegium i Cuzco og fortsatte ved det dominikanerledede Real y Pontificia Universidad de San Marcos i Lima (1592). Han ble presteviet i 1596 kirken San Francisco i Lima, og tok bakkalaureat i teologi året etter. Han tok også lisensiatsgrad (1600) og så doktorgrad i teologi.