Nicholas Noyes den yngre var den andre sønn av Nicholas og Mary Noyes, født i 1647, ugift, utdannet fra Harvard i 1667, prest ved Haddam i Connecticut i 13 år, feltprest for Connecticut-regimentet under de store massakrene i sumpene i kong Philips krig i 1675. Han ble ordinert som prest ved Salem den 14. november 1683 hvor han tjenestegjorde sammen med den aldrende presten John Higginson.