Ifølge arkeologiske utgravninger skal plassen ha vært bebodd siden før 1000-tallet. På 1200-tallet hadde Snorre Sturlason en av sine gårder der. Etter drapet på Sturlason i 1241, falt eiendommen under kong Håkon Håkonsson og i middelalderen fungerte den som boplass for de øverste norske tjenestemennene i landet, og videre på 1600-tallet for de danske. Dagens hovedbygning ble først oppført i 1761–66. Mellom 1805 og 1846 var Bessastaðir et skolehus der mange av Islands mest kjente personer studerte. I 1867 ble den overtatt av poeten Grímur Thomsen, som bodde der i nesten to årtier.