Haldenvassdraget går i retning mot sør gjennom kommunen. Landskapet domineres av de langstrakte innsjøene Rødenessjøen og Øymarksjøen. Ørjeelva mellom de to sjøene ble kanalisert i 1860, og her ligger kommunesenteret Ørje. Rundt sjøene er de beste jordbruksområdene, og ellers er Marker en av Østfolds viktigste skogbrukskommuner med store skogsområder. I sørvest, mot grensa til Rakkestad, går åsene opp i høyder mot 327 meter (Linnekleppen).