Det finnes svært lite informasjon om religionens tilbakegang. Keiser Theodosius den stores forordning i år 394 gjorde hedenskap ulovlig. Den offisielle anerkjennelsen av Mithras-kulten i hæren opphørte på samme tid, men det er ingen annen informasjon om hvilken effekt forordningen hadde. Mithras-kulten kan ha overlevd i enkelte fjerne steder i Romerriket, som eksempelvis i Alpene og i Vogesene i Gallia og andre steder til langt ut på 500-tallet.