Walker gikk deretter videre til Bolton Wanderers, hvor han skrev under på en ettårskontrakt. Her var han målvakt i klubbens første europacupkamp mot den bulgarske klubben Lokomotiv Plovdiv i første runde av UEFA-cupen 2005/06. Til tross for dette fikk han ikke tillit som førstelagsmålvakt under manager Sam Allardyce eller hans etterfølger Gary Megson, noe som førte til at klubben og Walker ble enige om å avslutte kontraktsforholdet i desember 2008. Etter dette la Walker opp som aktiv fotballspiller og forsvant fra fotballens rampelys.