Han kom på kant med lokale musikkautoriteter og ble 3. desember 1551 fenglset for å ha forandret melodien til noen velkjente salmer uten å ha tillatelse. Bourgeois ble sluppet fri etter at Jean Calvin intervenerte personlig, men kontroversen fortsatte. De som allerede hadde lært melodiene hadde ikke noe ønske om å lære nye versjoner og byens råd beordret instruksjonene Bourgeois hadde laget for sangere brent fordi de mente de var forvirrende. Kort etter hendelsen forlot Bourgeois Genève for godt. Han slo seg ned i Lyon, ansettelsen i Genève ble avsluttet og hans kone fulgte nølende etter ham til Lyon.