Hun var datter av kongelig livlege (hoffmedicus) Poul Moth (se Moth) og Ida Dorothea Bureneus. Hennes far hadde vært den senere kong Christian Vs lærer, var livlege for Frederik III og ble i 1670 livlege for Christian V. Han døde imidlertid noen måneder senere. Etter dette arbeidet Sophie Amalies mor iherdig for at den 16 år gamle datteren skulle vekke den 24 år gamle kongens interesse, noe hun etterhvert lyktes med.