Han har en mindre rolle i . Her er Peach blitt kidnappet igjen, men ikke av Bowser. Dette liker han dårlig, og tar opp jakten etter henne og Krystallstjernene sammen med Kammy. Innimellom kapitlene er Bowser spillbar, og må noen ganger ta seg gjennom parodier av de gamle brettene. Uheldigvis henger han alltid et kapittel bak Mario og har ingen peiling på hva som egentlig foregår. Mot slutten av spillet er Mario i hovedskurken Grodus' vold, før Bowser plutselig detter gjennom taket og klemmer ham flat. Han er begeistret over å kunne slå en svekket Mario, men taper nok igjen.