Sydney Ferries, en statlig eid organisasjon, har en rekke pendler og turistferger i Sydney Harbour og opp langs elven Parramatta River. Sydney Ferries opererer ni ruter, med omtrent 14 millioner passasjerer hvert år. Fergene opererer ut fra Circular Quay Ferry Terminal, med vanlige passasjerferger til en rekke bydeler og både vanlige passasjerferger og hurtiggående katamaraner til bydelen Manly. Sydney Ferries har også sightseeing-cruise for turister. Flere mindre aktører driver passasjerferger til øyer og bydeler andre steder i Sydney, og ved Sydneys ytterkanter finnes også bilferger som krysser blant annet elven Hawkesbury River.