Den eksisterende kirken erstattet en trekirke fra 1619 reist av Mikhail Romanov, innviet i navnet på til den hellige Jomfru for å feire seieren over polske tropper i 1618. I 1689 ble Fili landsbyen kjøpt av Lev Naryshkin, bror av Natalia Naryshkina og onkel til Peter I. Naryshkins to brødre ble myrdet under Moskva-opprøret i 1682; det antas at Natalia reddet Lev fra samme skjebne, og at Lev Naryshkin lovet å vie kirken til sine avdøde brødre.