Alexios' siste år var også preget av usikkerhet om hvem som skulle etterfølge ham. Han hadde kronet sin sønn Johannes II Komnenos til medkeiser fem år gammel i 1092, men Johannes' mor, Irene Dukaina ønsket å endre dette til fordel for sin datter Anna og Annas ektemann, Nikeforos Bryennios. Bryennios hadde blitt gjort til Caesar og mottok den nylig opprettede tittelen («æret fremfor alt»), og han forble lojal mot både Alexios og Johannes. Intrigene til Irene og Anna preget til og med Alexios' siste timer.