Etter at Schleswig-Holstein gikk tapt for Danmark i 1867, og hertugdømmene ble en provins under Prøyssen, fikk flagget i blått, hvitt og rødt fortsatt ingen offisiell anerkjennelse. Da Schleswig-Holstein ble omdannet til et forbundsland i Forbundsrepublikken Tyskland, ble imidlertid flagget etter en tid hentet fram igjen og gjort til delstatens offisielle flagg. I 1949 fikk Schleswig-Holstein sin forfatning, men ble det ikke nevnt noe om delstatens symboler. Først 18. januar 1957 ble delstatssymbolene for Schleswig-Holstein fastsatt. Her fastsettes flagget til blått over hvitt over rødt i forholdet 3:5. Statsflagget har i midten av flaggduken Schleswig-Holsteins våpen. Dette er en kombinasjon av Schleswigs løver og Holsteins «nesleblad», et symbolsk uttrykk for de politiske aspirasjonene om to landsdeler som skal være forent til evig tid.