Progresjon gjennom Paper Mario er avhengig av samspill med spillets ikke-spillbare karakterer, som ofte kan gi ledetråder eller andre opplysninger om neste begivenhet i historien. Spillet i "Mushroom Kingdom" begynner når Mario og Luigi mottar en invitasjon fra Peach til fest ved et stort slott. Men Bowser angriper slottet hennes i løpet av festen, overmanner Mario med sin uovervinnelighet som Bowser oppnådde ved å stjele Star Rod og fengsle de syv Star Spirits. Mario blir kastet vekk fra slottet, og lander i Goomba Village - hvor han blir hjulpet av Goombario og hans familie. Mario og Goombario finner veien til Shooting Star Summit, hvor de svekkede syv Star Spirits ber Mario stoppe Bowser.