Aristoteles ble i 339 f.Kr. av kong Filip II av Makedonia bedt om å lede oppdragelsen av hans sønn Aleksander, senere kjent som Aleksander den store. Denne utdanningen av Aleksander foregikk i tre år. Man finner dog få eller ingen spor av Aristoteles' filosofi i Aleksanders senere politikk. Athens befolkning var fiendtlig innstilt overfor Makedonia, og da Aleksander den store døde, fryktet Aristoteles at hans nære forhold til det makedonske kongehus kunne føre til uheldige konsekvenser for ham selv, og han flyktet derfor fra byen. Aristoteles ville ikke «la Athen forsynde seg mot filosofien en gang til», sa han, med åpenbar henvisning til Sokrates' skjebne.