Magnus Nilssen ble for første gang valgt inn i Kristiania bystyre i 1901, og fikk totalt syv perioder i bystyret og formannskapet. Han fikk ni perioder på Stortinget, først valgt inn i enmannskretsen Oslo (Gamlebyen) 1907–1921, før han igjen satt 1928–1945. Han var Lagtingspresident 1919–1921 og Stortingets visepresident 1935–1945.