Etter at hockeykarrieren var over, var han med på å starte NISO, og ble med det en av Norges mest nyskapende og kontroversielle fagforeningsledere. Han behandlet over 1500 saker for enkeltspillere i tiden 1995 - 2003. Kun tre havnet i retten. Andersen ledet utøvernes første streik i 2002, og samlet fotballproffene i Norge i forhold til inngåelse av ny kommersiell avtale med Norges Fotballforbund i 2000. Han fikk Fredrikstadprisen Plankebærer´n i 2000 for på en positiv måte sette Fredrikstad på kartet nasjonalt. Han fikk NISOs ærespris under NISO gallaen 2003. Andersen satt som visepresident i FIFPro i tiden 2001-2004. Han er medforfatter til boken Da fagbevegelsen inntok idretten.