Balduin II ble født i Konstantinopel og var faktisk den eneste latinske keiseren som ble født der. Han var yngste sønn av Yolanda av Flandern og Peter II av Courtenay. Yolanda var søster av de to første keiserne i det latinske riket, Balduin I og Henrik, og Peter II var keiser etter dem. Balduin II’s eldre bror Robert var keiser frem til sin død i 1228, og Balduin II var 11 år da han overtok.