Innsjøen er forbundet med Rossfjorden og Malangen gjennom Rossfjordstraumen og et flere kilometer bredt tidevannsområde. Rossfjordvatnet er en brakkvannspoll og såkalt meromiktisk innsjø. Det vil si at den har ferskvann i overflaten, mens vannet dypere ned er salt. Vannmassene dypere enn 10–15 meter skiftes ikke ut, er uten oksygen, har stort innhold av sulfid under 15 meters dyp og de eneste livsformene som klarer seg er enkelte bakterier.