Selv om Percy hadde høyere sosial rang enn noen av de andre første kolonistene ble han innledningsvis nektet et sete i Virginias råd. Uansett tok han ledelsen i koloniens første år, deltok i ekspedisjonen til fossen i elven James River i mai og juni 1607. Høsten 1607 stilte han seg på siden til Edward Maria Wingfield, president i kolonien, som senere ble avsatt av John Ratcliffe, Gabriel Archer, og John Smith. Fra slutten av 1607 og fram til høsten 1609 hadde Percy liten makt i Jamestown, men fungerte som Smiths underordnede.