Lotus sin far, Hunhow, sender en hevngjerrig leiemorder kalt Stalker til Lua (restene etter jordens måne) for å oppdage dens hemmelighet. Lotus sender Tenno til området for å stoppe Stalker som avslører at Lotus hadde beskyttet et menneske-barn kjent som «Operatøren» som kan kontrollere «warframes» i løpet av spillet. Operatøren var et av flere Orokin-barn som overlevde å bli sendt gjennom Void, men alle de voksne menneskene har alle blitt sprø etter reisen.