Eugenikk ble ikke begrunnet i ett, men i flere ulike verdisett, som varierte mellom land og over tid. De mest fremtredende begrunnelsene var utilitaristisk: Forbedrede arveanlegg i fremtidige generasjoner medfører en økning i den totale menneskelige velferd og lykke; økonomisk: Samfunnet sparer penger ved å redusere antallet personer som trenger plass på institusjon; rasistisk: «Høytstående» raser bevares fra «degenerasjon»; medisinsk: Utviklingshemmede eller syke mennesker (og deres pårørende) spares for lidelser.