Noe av inventaret fra Mariakirken er i dag å finne andre steder. Alterbildet (malt i 1569) fant veien til Andebu kirke (men er senere erstattet), og selve altertavlen (skåret av Jens Jølsen i 1764) er tatt i bruk i domkirken med et maleri fra 1770 og enkelte rekonstruerte figurer. Et annet bilde fra Mariakirken (fra 1600-tallet) henger i domkirkens kor, og domkirkens eldste klokke (fra 1530) er også fra Mariakirken. Dessuten finnes det gjenstander fra den i Slottsfjellsmuseet.