På en av sine reiser dro han helt til St. Helena. Til utpå 1570-tallet tjente Dee som rådgiver for Englands oppdagelsesreisende ved å gi opplæring i navigasjon. Ideologisk gjorde han seg bemerket ved å være den første som brukte begrepet «det britiske imperiet». Det het seg også at John Dee var trollmannen som manet frem imperiet i nærvær av Christopher Marlowe. Dette skulle ha skjedd i et sjamanistisk ritual utført ved «verdens navle», , i det som nå er Mudchute-parken på . Et slikt foretagende krevde et menneskeliv, og Marlowe satte livet til i et slagsmål i en i Deptford i mai 1593.