Ved krigsutbruddet 1940, ble statuene tatt ned fra vestfronten og rosevinduet beskyttet med plankedekke. Okkupasjonsstyret utpekte nazister til å sitte i Tilsynskomitéen, men disse var så inkompetente at de blandet seg lite inn i planene for kirken, og nesten ingen tilsynsmøter ble avholdt. Okkupasjonsstyret var imidlertid lite begeistret for de «jødiske» kongene til kongeetasjen på fronten, så bevilgningene skrumpet inn. Bedre ble det ikke da Gestapo troppet opp hjemme hos Thiis for å arrestere ham en tidlig oktobermorgen i 1942. Thiis var tilfeldigvis i Oslo, fikk tips om hva som skjedde, og klarte å flykte til Sverige. Restaureringsarbeidet ble ytterligere hemmet av materialmangel og tvangsutskrivelse av arbeiderne til arbeidstjeneste. Arbeidet var i ferd med å stoppe helt opp da frigjøringen i 1945 endelig tillot en gradvis normalisering av arbeidet.