Einar Musæus Høigård ble i 1934 gift med cand.mag. Elfrida Glomnes (1906–1984), datter av grosserer Mathias Glomnes (1869–1956) og Samuline Skrede (1870–1957). Einar Musæus Høigård var far til fire barn: lege Berit Hovig (født Høigård), lektor Tore Høigård, arkeolog Ellen Høigård Hofseth og kriminolog Cecilie Høigård.