Når man i middelalderens Europa snakket om en "fløyte" mente man en middelaldersk blokkfløyte. Tverrfløyten kom fra Asia, via det bysantinske riket, til Tyskland og senere Frankrike. For å skille den fra "fløyten" (blokkfløyten) ble de kalt "tyske fløyter", og etter hvert skulle den mer og mer fortrenge blokkfløyten. Renessansen førte til betydelige endringer i fløytedesign. De var fortsatt instrumenter i ett stykke med en sylindrisk boring laget av tre, men boringen ble mye smalere og fingerhullene ble mindre og delte i to grupper. Disse designendringene forbedret spillet i de øvre registrene. Rundt 1670 begynte franske instrumentmakere å lage fløyter i tre deler og senere rundt 1720 i fire deler. De fikk også konisk boring, noe som gjorde at fløyten kunne stemmes med andre instrumenter ved hjelp av glideleddene. Det var en "klassiske perioden" innen musikk med komponister som Mozart, Beethoven og Hayden. Det var tiden for større orkestre, og fløyten var med. I 1847 patenterte sølvsmeden, fløytisten og komponisten Theobald Boehm et klaffsystem på fløytene han laget. Både klaffene, hullplassering og dimensjonene er veldig like den moderne tverrfløyten. Han laget også fløyter i forskjellige metallegeringer istedenfor tre.