Khatiwada begynte å jobbe i sentralbanken i 1983, som forskningsassistent. Han steg etterhvert i gradene, og ble administrerende direktør i 2001. Han forlot sentralbanken i november 2002, for å jobbe for Nepals Nasjonale Planleggingskommisjon (National Planning Commission – NPC). Her koordinerte han regjeringens utviklingsprogrammer, og ledet flere arbeidsgrupper for bl.a. skattereformer, bensinpriser, rehabilitering av ulønnsom industri og privatiseringer. Han jobbet for NPC fram til juni 2005.