Den politikken Innocens IV deretter fulgte skiller seg fordelaktig ut fra politikken de andre Avignon-pavene hadde ført. Han fikk gjennomført en rekke nødvendige reformer i administreringen av kirkens affærer. Sammen med kardinal Albornoz og den romerske politikeren Cola di Rienzi arbeidet han for å gjenopprette orden i Roma. I 1355 ble Karl IV (1346–78) kronet i Roma med Innocens' tillatelse etter at Karl hadde sverget på at han skulle forlate byen samme dag som kroningsseremonien var gjennomført.