Bakayoko kunngjorde 6. april 2020 at han hadde testet positivt for covid-19. 17. april ble det annonsert at statsministeren var frisk igjen. Bakayoko testet positiv for covid-19 ved mer enn tre forskjellige anledninger mellom april 2020 og februar 2021. Han hadde også malaria. Ifølge det tyske radio- og fjernsynssiden Deutsche Welle ble Bakayoko tatt hånd om ved Universitetssykehussenteret (CHU) i Freiburg 6. mars 2021. Han skulle være under kreftbehandling og var ifølge tyske medier i «kritisk tilstand». Bakayoko døde 10. mars 2021.