Thierry bidro til en kritisk forskning av de kommunale institusjoner. De siste årene av hans liv var skygget av hjemlig sorg og sykdom. I 1844 mistet han sin hustru, Julie de Querengal, som hadde vært en dyktig og selvoppofrende samarbeidspartner til hans studier. Revolusjonen i 1848 ga ham et endelig slag ved å velte regimet til de , hvis triumf han hyllet og rettferdiggjort som det nødvendige resultatet av utviklingen av Frankrikes historie. Han begynte å oppgi den strenge rasjonalisme som hittil hadde skilt fra den katolske tro. Da katolske forfattere hadde kritisert de «historiske feil» i hans skrifter lovte han å korrigere dem, og den siste utgaven av hans ble hans harde dom over Vatikanstaten fjernet. Selv om han ikke forsaket sine liberale venner begynte han å søke selskapet med prester, og rett før han døde synes det som om han overveide å gå tilbake til kirken. Han døde i Paris i 1856.