I 1979 dannet han sammen med barnepsykiater Mogens Lund og sosialrådgiver Lis Keiser Kempler Instituttet i Danmark, som primært utdanner familierådgivere og familieterapeuter. Han var leder av instituttet frem til 2004. Han arbeidet dessuten – på frivillig basis – med barn, unge og familier i flyktningleirer under krigen i det tidligere Jugoslavia. I 2005 stiftet han FamilyLab International og i årene etter dette lokale organisasjoner i en rekke land, inklusive Norge. Frem til 2013 var Juul aktiv som veileder, rådgiver og terapeut i store deler av Europa. Han var også i en periode ansatt i norske aviser som og , hvor han tok imot spørsmål fra lesere om barn og familieliv.