Hun var eldste datter av Ernst Ludwig av Pommern (1545-1592) og Sophie Hedwig von Braunschweig-Wolfenbüttel (1561-1631). Den 5. mars 1604 ble hun på slottet i Loitz forlovet med den avdelte hertugen Hans Adolf av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Nordborg, men døde av en forkjølelse innen bryllupet stod. Hedwig Maria er begravet i St. Petri fyrstekapel i Wolgast.