I 1607 ble hovedstaden flyttet til Havanna fra Santiago de Cuba, og gjennom hele det 17. århundre vokste Havannas betydning som handels- og havneby. Skipene som kom med varer til Havanna fra resten av Latin-Amerika og som dro videre til Spania, seilte i konvoier beskyttet av spanske militære fartøyer. Varene omfattet gull og sølv fra især Mexico, alpakkaull fra Andesfjellene, smaragder fra Colombia, mahogni fra Cuba og Guatemala, lær fra gryende kvegfarmer i Mexico og på Cuba, krydder, mais, cassava, tekstilfarger, tobakk og kakao.