Habibie satte i gang reformer som skulle forandre det tidligere diktaturet til et mer demokratisk styre. Han tillot fagforeninger, begynte med demokratiske valg og løslot politiske fanger. Hans beslutning om å tillate en folkeavstemning i Øst-Timor om områdets uavhengighet kom overraskende både på de indonesiske væpnede styrker og på internasjonale kritikere av okkupasjonen av Øst-Timor som hadde pågått siden 1975 og kostet livet til nær en fjerdedel av den tidligere portugisiske kolonien.