Vatnets naturlige utløp er mot nord til Storelva, men vannføringen fra vatnet har siden 1960-tallet vært overført til Årnesvatna og videre til Matresvassdraget for å benyttes til kraftproduksjon i Matre kraftverk. Skjerjevatnet er ikke regulert, ut over overføringen. Vannet som overføres tilsvarer en middelvannføring på 0,26 m³/s, noe som utgjør 5% av Storelvas vannføring ved munningen i Indre Oppedal.