Mange land krever at matvarer med genmodifiserte ingredienser skal merkes. 64 land krever at alle matvarer som inneholder GMO må merkes, mens andre har mere begrensede eller frivillige merkeordninger. I USA der slik merking ikke er innført har forbrukerorganisasjoner mobilisert for å innføre merking, men bare lyktes i enkelte delstater. Manglende standarder og forskjellige oppfatninger av hvordan merking skal gjennomføres er en utfordring i forhold til internasjonal handel med GMO-produkter. Norge har et tett samarbeid med EU om merking og godkjenning av GMO-produkter.