I år 1919 vendte Murnau tilbake til Berlin og begynte å arbeide som filmregissør. Hans første film, , inspirert av Thomas Gainsboroughs maleri med samme motiv, har i likhet med flere andre av Murnaus filmer gått tapt for ettertiden. Med filmen innledet han et fruktbart samarbeide med manusforfatteren Carl Mayer, som skulle skrive manuset til ytterligere seks av Murnaus filmer. Hans mest berømte film fra denne tid er draculafilmatiseringen fra 1922, med Max Schreck i hovedrollen som vampyrgreven. På grunn av problemer med opphavsretten kunne filmen ikke benytte seg av Bram Stokers originaltittel. Murnau ble saksøkt av Stokers enke, tapte saken, og domstolen krevde at alle kopier av filmen skulle ødelegges. Piratversjoner av filmen overlevde imidlertid.