Hele kommunen ligger i Troms. Den grenser til Senja i nordøst, Andøy ute i Andfjorden i nordvest, Kvæfjord i vest og Tjeldsund i sør. I sørøst forbinder Tjeldsundbrua Hinnøya med Skånland i Tjeldsund og fastlandet over Tjeldsundet, og i øst ligger Vågsfjorden hvor Harstad grenser til Ibestad. Harstad sentrum ligger på den nordøstlige delen av Hinnøya og er øyas eneste by. Sætertinden er Harstads høyeste fjell med sine 1094,7 meter over havet og ligger ovenfor Sandtorg, helt sør i kommunen. På Grytøya ligger Nona, som er 1012 meter høyt.