Han gjorde sin første kamp for sesongen 23. oktober mot i Champions League, og spilte sentral midtbanespiller. Han scoret sitt første mål i 2007-08 sesongen på straffespark mot CD Alcoyano i Copa del Rey 13. november. Hans første La Liga-mål kom mot , hvor klubben vant 3-0 på Mestalla. Den 20. februar 2007, gjorde han sin kamp nummer 50 i Champions League. I løpet av sesongen spilte Gudjohnsen mange kamper, og endte på 34. Han startet kun 18 av dem, og ble ofte byttet ut under kampene. Han spilte kun 4 hele kamper denne sesongen.