Biografer antar at Bacon ble utdannet hjemme i sine yngre år på grunn av sin dårlige helse (som plaget ham hele livet), hvor han ble undervist av John Walsall, som var utdannet ved Oxford og som hadde en sterk dragning mot puritanismen. Han startet på Trinity College ved University of Cambridge, den 5. april 1573 i en alder av kun tolv, hvor han bodde i tre år sammen med sin eldre bror Anthony under privatundervisningen til doktor John Whitgift, den fremtidige erkebiskop av Canterbury.