Han reviderte for tredje og siste gang, skrev en hastig biografi over Wollstonecraft, forberedte en samling av hennes skrifter, og skrev sin andre betydelige roman, , utgitt i 1799. Wollstonecrafts innflytelse på hans egen tenkning har blitt påvist i et bind med essayer, i 1798, og hans siste revisjon av , utgitt på slutten av 1799. Hans biografi over sin hustru, , provoserte fram en storm av kritikk, spesielt hans beskrivelser av Wollstonecrafts ukonvensjonelle seksuelle oppførsel og at han fortalte også at hun hadde forsøkt å begå selvmord to ganger; den slags intime detaljer var uhørte. Flere av hans tidligere bekjentskap gikk imot ham og han ble angrepet i avisene, og hans filosofiske meninger ble parodiert og latterliggjort i romaner, anmeldelser og pamfletter, noe han selv hevet seg over med verdighet.