Svanerne er ofte identifisert som soanes omtalt av den greske geografen Strabo, som plasserte dem mer eller mindre i det området som i dag bebos av svanere. Landsdelen var knyttet til det kolkhiske riket og dets etterfølger, kongedømmet Lazika (Egrisi) inntil 552 AD da svanerne dro nytte av den laziske krigen, forkastet denne forbindelsen og gikk over til perserne. Bysantinerne ønsket området. De visste at dersom de kunne sikre fjellovergangene i området, kunne de avverge persiske angrep på grenseområdene i Lazika. Da krigen var over (562 AD), ble Svaneti igjen en del av Lazika. Deretter ble området med i det abkhasiske kongeriket for så å danne en forent monarki som ble innlemmet i det georgiske kongedømmet tidlig på 1000-tallet. Svaneti ble et hertugdømme (saeristavo) innenfor kongedømmet og ble styrt av en hertug (eristavi). Områdets ortodokse kultur blomstret spesielt i Georgias gullalder under Dronning Tamar (r. 1184-1213), som ble respektert nesten som en gudinne blant svanerne. Legenden sier at hertugdømmet årlig ble beæret med et besøk av Tamar. Svanerne har i århundrer vært kjent for å være tøffe krigere. Deres krigsfane ble kalt Lemi (Løve) grunnet dens form. Mongolene nådde aldri Svaneti, og for en tid, ble området en trygg, kulturell oase. Etter den endelige oppløsningen av det georgiske kongedømmet på 1460-tallet, brøt det ut kamper for å få kontroll over området. Deler av Øvre Svaneti dannet et uavhengig rike under prins Dadesjkeliani, en gren av Gelovani-familien, mens Nedre Svaneti, opprinnelig styrt av Gelovani prinsene, ble midlertidig erobret av de mingrelske prinsene Dadiani. Stilt ovenfor indre konflikter undertegnet prins Tsiok Dadesjkeliani av Svaneti en protektoratavtale med det russiske imperiet 26. november 1833. Avtalen betød en betydelig grad av autonomi fram til 1857 da Russland utnyttet en dynastifeide i Svaneti og effektivt gjorde slutt på rikets autonomi. I 1875 strammet russerne grepet om Svaneti ved å innføre ekstra skatter. Det brøt ut protester. Russland satte inn tropper i området. Trass i at den russiske hær led store tap, klarte avdelinger i den russiske hær til slutt å kjempe ned opprørerne og brant i 1876 ned til grunnen bygda Khalde. Som en del av det russiske guvernementet i Kutaisl, ble Svaneti delt inn i to fylker eller raion – Mestia (tidligere Sethi) og Lentekhi – i sovjettiden. Den antisovjetiske svanske opprøret fant sted i området i 1921 – uten suksess. I 1987 ødela snøras mange hjem og tok livet av sytti, for det meste skoleelever. I kjølvannet av dette vedtok Sentralkomiteen i det sovjetiske kommunistpartiet og den sovjetiske regjeringen å flytte 2500 familier til områder i den østlige delen av Georgia (til Marneuli, Tetritskaro, Bolnisi, Sagarejo, Gardabani, Dmanisi, Kaspi,Tskaltubo, Khoni, Ozurgeti og Lanchkhuti raionene). Sovjetunionens oppløsning og den påfølgende borgerkrigen skapte alvorlige sosio-økonomiske problem i området. Mens den svanske befolkningen i århundrer hadde maktet å takle de tøffe forholdene de levde under høyt til fjells, har de to siste tiår og hyppige naturkatastrofer – oversvømmelser og jordras ført til at mange har flyttet fra fjellområdet. Området ble et sikkert gjemmested for kriminelle som truet lokale innbyggere og reisende. Først etter at større operasjoner utført av georgiske spesialstyrker i mars 2004 kom situasjonen under kontroll. I dag anses Svaneti for å være et trygt sted å bo og feriere.