I løpet av det nasjonalsosialistiske diktaturets tid holdt Welty til å begynne med forsiktig tilbake; han forsket og publiserte om politisk uskyldige emner. Under andre verdenskrig kom Welty i kontakt med den organiserte motstanden mot regimet gjennom Laurentius Siemer. Siden Siemer selv ikke var sosialetiker, ba han Eberhard Welty om å utvikle maler for diskusjoner. Med ett unntak deltok han aldri personlig på møtene i Kettelerhaus. Siemer presenterte manuskriptene for gruppen og ga dem senere tilbake til Welty for videre behandling. Weltys tilknytning til Kölner-kretsen forble skjult, så han forble urørt etter 20. juli-attentatet.