Spillets handling tar sted 3000 år før den originale Star Wars sagaen skapt av George Lucas og er en semi-oppfølger til spillene Star Wars: Knights of the Old Republic og Star Wars: Knights of the Old Republic II: The Sith Lords. Etter flere år med krig skapes det midlertidig fred mellom Den Galaktiske Republikken og Sithenes Imperiet. Det er her spilleren blir sluppet inn i en periode preget av kald krig mellom de to galaktiske supermaktene. Spilleren får valget om å spille som en av åtte roller og hvilke side de vil kjempe for.