Mellom 1955 og 1958 ble Caetano betegnet som nummer to i kommandokjeden til regimet etter Antonio Salazar. Han ble tildelt mange oppgaver og satt med flere forskjellige embeter i løpet av diktatur-regimet før han etter den forrige diktatorens alvorlige hjerneslag ble utvalgt til bli den neste portugisiske statsministeren.