Kiprotich deltok i Juniorafrikamesterskapet i friidrett 2009, der han fikk sølv på 3000 meter hinder. Under det ugandiske mesterskapet i terrengløp kom han på tredjeplass på 12 km, og i VM i terrengløp i Jordan kom han på 23.-plass på den samme distansen, og Uganda kom på fjerdeplass i lagkonkurransen. Han kvalifiserte seg ikke til VM i friidrett 2009.