Cranganore var en velstående og stor by fram til midten av 1300-tallet, da forfallet begynte etter keralakeiseren Cheraman Perumals død. Foranledningen til byens svekkelse var oppbyggingen av en ny havn i nabobyen Cochin i sør. Cranganores handel kom til å flytte dit eller til Calicut i nord. Fra 1523 hadde portugiserne et fort i Cranganore som de hadde gjort til sin regionale hovedstad. Fortet ble erobret i 1661 av hollenderne, som kontrollerte det til 1789, da Tipu Sultan kjøpte det og senere ødela det.