Noen mener at ninjaene var bønder som under Japans føydale struktur ikke hadde tillatelse til å studere samuraienes sverdteknikker. Det er likevel sannsynlig at ninjaene stammet fra ulike sosiale kaster. Man tror likevel at de fleste kom fra den laveste kasten, men det er ikke stor sannsynlighet for at populærkulturens ninjaer skulle ha eksistert i føydaltidens Japan.