Transport til og fra Sisimiut kan gjøres til byens flyplass, men kun mindre fly kan lande her. Det går regelmessige flyavganger til bl.a. Nuuk. Reiser ut fra Grønland rutes til Kangerlussuaq lufthavn som ikke ligger så langt unna. Sisimiut besøkes flere ganger i uken av kystbåten fra Arctic Umiaq Line, som pendler mellom de ulike byene på vestkysten.