Namsen drenerer sørlige del av Børgefjell Nasjonalpark. Nordligste kilde er Nordre Biseggvatnet mellom Måsskardfjellet og Biseggen i Grane kommune, som renner ut i Namsvatnet gjennom Kjukkelelva, Gjengelen og Storelva. Også Virmavassdraget drenerer deler av Børgefjell. Nord for vannskillet dreneres Børgefjell til Vefsna. I nordøst er vannskillet ved Orvatnet ved svenskegrensen i Røyrvik kommune. Sanddøla, med sideelva Luru, drenerer deler av kommunene Lierne og Snåsa, og dermed Blåfjella- Skjækerfjella Nasjonalpark. Her går vannskillet mot Snåsavatnet i sør. Vannskillet mot øst går mot nedbørsfeltet til Ångermanälven på svensk side.