John Godall startet sin fotballkarriere i skotske Kilmarnock Athletic i 1880. Tre år senere gikk han til Great Lever, og han spilte for Great Lever fram til 1885 da han skrev under for Preston North End. Da The Football League startet i 1888/89 sesongen ble Goodall klubbens toppscorer da Preston vant ligaen. I mai 1889 signerte han for Derby County, og han ble i denne klubben fram til 1899.