I starten av spillet ser vi G-Man snakke til Gordon Freeman i et surrealistisk syn. Han plasserer så Gordon Freeman på toget på vei inn til City 17. De andre passasjerene blir en smule forvirret av Gordon Freemans plutselige ankomst, men lager ikke noe oppstyr rundt dette. Når toget kommer til holdeplassen i City 17 går Gordon av toget og fortsetter gjennom en sikkerhetssjekk voktet av Civil Protection (aka CP, Anticivils)-styrker. En vakt tar Gordon med inn på et avhørsrom, og vi får en ekkel følelse av hva som kommer til å skje. Det er mye blod på gulvet og i en tannlege-lignende stol, spesielt i hode-høyde. Vakten tar av seg masken og det viser seg å være hans gamle kollega Barney Calhoun. Han hjelper Gordon Freeman til Dr.Isaac Kleiners laboratorium. Her møter han på den kvinnelige hovedrollen i serien; Alyx Vance. Dr. Kleiner hjelper Gordon inn i teleportør så de kan sende ham trykt til Black Mesa sammen med Alyx. Dessverre finner kjeledyret til Kleiner ut at det vil sabotere planene deres og Freeman teleporteres raskt til forskjellige områder som Dr. Breens kontor, sjefen for jorden på vegne av Combinene. Freeman må komme seg ut av City 17 på en annen måte og sloss seg gjennom kanalsystemet, med hjelp fra de menneskelige motstandskjemperne. Disse ser på Gordon som frelseren deres og de er villige til å gi sitt liv for å beskytte ham.