Pygmésnipa hekker på tundra, og ved moselagte områder nært ferskvann. Hunnen legger fire egg i et grunt rede laget av gress og mose. Som hos sandsnipa deltar begge kjønn i ruginga, og hunnen forlater redet rett før eggene klekker. Ungene fôrer seg selv, og klarer å fly etter 2 uker.