Under Henriks regjering kunne Cranmer drive gjennom de reformer som gradvis ledet til en nyordning for kirken i England. I 1538 fordømte han John Lamberts læresetninger, der Lambert fornektet realpresensen i nattverden. Lambert ble brent på bål. Cranmer motsatte seg også kong Henriks , som gjentok kravet om sølibat for prester. Selv var jo Cranmer gift. Artiklene, også kalt «pisken med seks snerter» fikk biskopene Latimer og Shaxton til å trekke seg. Cranmer vurderte det samme, men valgte å bli sittende. Typisk nok tilla han seg selv de verste motiver for dette, men var også motivert av pliktfølelse. Det var ikke til hjelp for kampsaken hans, kirkereformen, hvis han trakk seg.