Ríos Montt er mest kjent for sitt militære regime på begynnelsen av 1980-tallet, og for å ha vært ansvarlig for noen av de verste overgrepene i Guatemalas 36 år lange borgerkrig. Krigen endte med en fredsavtale i 1996. Denne borgerkrigen satte venstreorienterte opprørsgrupper mot hæren, med store mengder sivile som ble fanget i kryssild. Minst guatemalanere ble drept under denne konflikten, noe som gjør den til en av Latin-Amerikas mest voldelige kriger i moderne historie.