Etter noen år med hjemmeundervisning av en guvernante, ble Gertrude Bell og broren Maurice sendt på hver sin pensjonatskole for videre skolegang. Gertrude gikk først på Queen's College i London, og i 1888 begynte hun som student ved Lady Margaret Hall ved Oxford University. Da var hun 18 år gammel. Historie var et av de få fagene som kvinner hadde adgang til å studere den gang. Hun spesialiserte seg innen moderne historie, og ble den første kvinnen som ble uteksaminert med first class honours degree i historie.