Ubåtkommandant kaptein Vladimir Konovalov gav angrepsordren ca. kl 23.52, og «Goya» sank på under syv minutter. Bare 172 passasjerer overlevde. Det nøyaktige antall omkomne er uvisst, fordi man avsluttet passasjerlisten etter at 7 000 var kommet med. Deretter hadde flere hundre stormet skipet. Sovjetunionen benektet lenge å ha senket skipet.