Da Kuomintang-regjeringen flyktet fra Nanjing og den kommunistiske Folkets frigjøringshær rykket inn i hovedstaden, forble Stuart ved ambassaden i Nanjing. Han gjorde sitt for å opprettholde det amerikanske nærvær og engasjement i Kina, og arbeidet blant annet gjennom kontakt med et Yenching-utdannet medlem av militærrådet i Nanjing, Huang Hua.