Andre miljøproblemer er luftforurensning. Nesten 75 % av den estiske luftforurensningen kommer fra to oljeskiferbaserte varmekraftverk som er i drift nær Narva. Gruvedriften etter oljeskifer nordøst i Estland etterlot også gigantiske hauger med kalkstein. Nær byen Sillamäe, der det tidligere lå et atomkraftverk, ble 1 200 tonn med uran og 750 tonn thorium dumpet i Finskebukta. Dette skal ha skapt alvorlige helseproblemer for innbyggerne i området.