Den 17. november 2006 valgte Jones på grunn av manglende spilletid for Manchester United å skrive under på en låneavtale med Derby County. Avtalen gikk fram til januar 2007, og Derby hadde også en opsjon i denne avtalen som gjorde at de kunne kjøpe Jones permanent etter endt utlånsperiode. Han spilte sin første kamp for den 18. november 2006 i en ligakamp mot Luton Town, mens hans første mål kom 16. desember 2006 da Derby slo Crystal Palace 1–0. For £1 000 000 ble David Jones 4. januar 2007 Derby-spiller på permanent basis da klubben benyttet seg av klausulen fra låneavtalen. I hans første sesong i Derby spilte han totalt 28 ligakamper og han scoret 6 ligamål. I tillegg spilte han 2 cupkamper og 2 av de 3 playoff-kampene Derby spilte på slutten av sesongen. I den andre semifinalekampen mot Southampton ble han byttet inn i det 86. spilleminutt, mens han i finalen mot West Bromwich Albion ble byttet inn i det 87. spilleminutt.