Den 1. juni 2011 bekreftet og at Neuer kom til å spille for Bayern neste sesong. Neuer skrev under en femårskontrakt som varte til juni 2016. Overgangssummen var på 22 millioner Euro, noe som gjorde Neuer til tidenes nest dyreste keeper, bak Gianluigi Buffon. Sesongen 2012/13 var han med på å vinne The Treble med Bayern München, noe han også var med på å vinne i sesongen 2019/20.