Til tross for at Alija Izetbegović hadde stor tro på mujahedinene, var de ikke populære blant majoriteten av bosnjakene, som er moderate muslimer. Mujadedinene ble snarere et uromoment og en politisk risiko. Etter hvert mistet bosnierne kontrollen over mujadedinene, både politisk og militært. Det er ubekreftete meldinger om at de ble støttet og styrt fra deres hjemland. Mujadedinene var del av de 4., 7., og 8. Muslimski brigader stasjonert rundt Zenica i sentral-Bosnia. Disse tok del i paramilitære aktiviteter med bla. (Svarte svaner). De gikk over i ABiH 3. og 7. korps, og fortsatte som separate grupper. Det er anslått at det var ca. 25 slike grupper.