Inja har sitt utspring i et høydedrag i den sentrale delen av Kuznetsk-bekkenet, på 300 moh, og renner deretter gjennom Kemerovo oblast i en hovedsakelig vestlig retning, senere Novosibirsk oblast, og munner til slutt i Ob, kun 5 km sørøst for sentrum av byen Novosibirsk, på 92 moh.