Sesongen 2016/17 endte med ny seier i serien for Lyon, der Hegerberg sto for 20 mål. Dette var klubbens tiende seriegull på rad. Lyon vant også cupen etter at de slo Paris Saint-Germain i straffesparkkonkurranse. 1. juni 2017 slo de Paris Saint-Germain i finalen i Champions League, også på straffespark.