IUGG avholder generalforsamling hvert fjerde år. Mellom generalforsamlingene ledes unionen av et råd som består av minst ett medlem fra hvert av de deltakende land. Den daglige driften besørges av et kontor som ledes av presidenten. IUGGs president for perioden 2023 til 2027 er Chris Rizos fra Australia. Én nordmann har vært president i IUGG – oseanografen Bjørn Helland-Hansen i perioden 1946 til 1948. Organisasjonen har engelsk og fransk som offisielle språk.