Blackley har siden jobbet i flere klubber sammen med Paul Sturrock, inkludert St Johnstone, Dundee United, Plymouth Argyle to ganger, Sheffield Wednesday og Swindon Town. Hans spesialitet har vært å arbeide med forsvarsspillerne, der han har kunnet dele sine erfaringer fra en 17 år lang spillerkarriere. Blackley var en del av den suksessfulle trenertrioen sammen med Paul Sturrock og Kevin Summerfield som gjorde at de opplevde fire opprykk i løpet av seks sesonger. Blackley og Summerfield forlot Plymouth i oktober 2009 etter at de hadde fått vite at kontraktene deres, som løp ut 2009-2010-sesongen, ikke ville bli fornyet.