Magnetopausen er grensen som deler den tette og kjøligere plasmaen fra solvinden fra det varmere og mindre tette plasmaet fra Jupiters magnetosfære. Avstanden fra magnetopausen til sentrum av planeten er fra 45 til 100· (hvor =  km er Jupiters radius) ved det subsolare punkt – det ufikserte punktet på overflaten hvor solen tilsynelatende står rett over hodet på en observatør. Posisjonen for magnetopausen avhenger av trykket fra solvinden, som igjen avhenger av solaktiviteten. Foran magnetopausen, i en avstand fra 80–130 · fra planetens sentrum, ligger buesjokket, en bølgelignende forstyrrelse i solvinden forårsaket av kollisjonen med magnetosfæren. Regionen mellom buesjokket og magnetopausen kalles magnetosheath.