Kirken lå skråningen ovenfor det som i dag kalles Bryggen, øverst på den tids Breidalmenning, mellom dagens Nikolaikirkeallmenningen og Lindebergsmuget, like nedenfor Forstandersmuget. Bygget var orientert parallelt med Øvregaten med kortveggen mot Nikolaikirkeallmenningen. Det var en typisk romansk steinbygning og var trolig enskipet med rektangulært grunnplan. Kirken hadde et stort vesttårn med samme bredde som skipet. Tårnet kan ha vært båret av pilarer og typiske for slike tårn i Skåne og Danmark var et galleri i andre etasje med åpning mot kirkerommet. Trolig var Nikolaikirkens murverk rikt utstyrt og profilert som de samtidige Mariakirken og Korskirken. Mariakirken er den eneste av Bergens gamle kirker med basilikaform.