Aguinaldo ble så valgt til borgermester av hjemstedet, og tiltrådte den 1. januar 1895. Ved midnatt samme dag ble han opptatt i frimurerordenen, som tiltrakk seg mange nasjonalister. På den tid tjente en ingen annen lønn utover 3 % av de skatter han klarte å inndrive. frame|right|Katipunans revolusjonsflagg Innen april 1895 sluttet han seg også til Katipunan-brorskapet, et hemmelig selskap grunnlagt og ledet av Andres Bonifacio, og som hadde som mål å utdrive spanjolene og vinne nasjonal selvstendighet. Navnet Katipunan er kortversjonen av selskapets fullstendige navn på tagalog: (omtrent: «Den høyeste og mest respektable forening av folkets barn»), hvilket forklarer forkortelsen «KKK».