Etter en overbevisende seier over Jacksonville Jaguars i uke 17 ble Jones den første quarterbacken utenom Brady til å sikre en tur til sluttspillet for Patriots siden 1998. Han satte også lagrekorden for touchdownpasninger i en nykommersesong med 21, en rekord som tidligere ble satt av Jim Plunkett i 1971. Jones avsluttet sesongen med 3 801 pasningsyards, 22 touchdowns og en prosentandel fullførte pasninger på 67,6 % som var høyest blant alle de nye quarterbackene i 2021. Jones var også den eneste nye quarterbacken i 2021 som både hadde et positivt sesongresultat og sikret en tur til sluttspillet. Jones ble den første nykommerquarterbacken til å stille til start i en sluttspillkamp noensinne da Patriots tapte 47–17 mot Buffalo Bills i wildcardrunden.