Bakgrunnen for at dette området ble valgt som åsted for så omfattende misgjerninger, var at Sovjetunionen i 1940 hadde gravd flere store runde groper i skogsområdet ved Ponary (også kalt Panieriai), langs jernbanelinjen til Vilnius, for å sette opp drivstofftanker til en planlagt flyplass. Gropene ble forlatt ved den tyske invasjonen og deretter brukt som massegraver.