Motstanden mot ideen on evolusjon ved naturlig utvalg kom fra to kilder: en vitenskapelig motstand anført av paleontologen Richard Owen, og religiøs motstand anført av biskopen av Oxford, Samuel Wilberforce. Darwin var ikke spesielt glad i åpne konfrontasjoner. Debattene med motstanderne av teorien sin overlot han derfor stort sett til vennene sine, fremfor alt til Thomas Henry Huxley, som ble kjent som «Darwins vaktbikkje». Han ble også støttet av Chalrles Lyell, som i utgangspunktet hadde vært motstander av teorien, botanikeren Joseph Dalton Hooker og av Wallace. Selv fortsatte Darwin å publisere banebrytende bøker, blant annet om samevolusjon, kunstig og seksuell seleksjon, komparativ etologi, polymorfisme, fysiologi og økologi.