Huset Komnenos frambrakte en rekke forgreninger. Da den keiserlige etterfølger ikke var i bestemt orden, men isteden avhengig av personlig makt og ønskene til ens forgjenger var det innenfor relativt få generasjoner som var i stand til å hevde krav på tronen. Etter Manuel Is regime falt Huset Komnenos inn i konspirasjoner og kuppmakeri som mange av deres forgjengere (og ulike etterkommere innfor familien søkte makt og greide ofte å velte overende foregående slektninger); Alexios II Komnenos var den første Komnenos som etterfulgte som umyndig og styrte i tre år, og hans erobrer og etterfølger Andronikos I Komnenos styrte i to år før veltet overende av familien Angelos under Isak II som selv ble veltet av tronen og blindet av hans egen bror Alexios III. Familien Angelos ble kastet i løpet av det fjerde korstoget i 1204 av en slektning fra familien Doukas.