Lee delte hæren sin. Longstreet ble sendt til Hagerstown, mens Jackson fikk ordre om å ta arsenalet ved Harpers Ferry. Dette styrte Lees forsyningslinjer gjennom Shenandoah-dalen. Den var også et fristende mål siden den var nesten umulig å forsvare. McClellan ba om tillatelse fra Washington til å evakuere Harpers Ferre og innlemme dens garnison i hæren, men ønsket hans ble avslått. I slaget ved Harpers Ferry plasserte Jackson artilleriet på høydene over byen, noe som tvang garnisonen på mer enn 12 000 menn til å overgi seg den 15. september. Jackson ledet de fleste av sine menn til å slutte seg til resten av Lees hær. Han etterlot A.P. Hills divisjon til å fullføre okkupasjonen av byen.