På 1600-tallet kom de første hvalfangerne til det stedet som i dag er Qeqertarsuaq. De lagde en fast plass for å ankre opp her, og på dette grunnlaget ble Godhavn etablert som koloni i 1773. Målet for denne kolonien var bl.a. å sikre danske interesser i hvalfangsten i området, samt å overvintre her for kunne starte hvalfangst så tidlig som mulig om våren. Allerede i 1738, 45 år før etableringen av kolonien, var det 200 innbyggere på øya Disko. Utbyttet herfra varierte veldig, fra kun 4 hvaler i 1777 til 247 tønner hvalspekk i 1801.