Mehmeti spilte første kamp i Allsvenskan for Malmö FF 31. mars 2008, mot IFK Göteborg. Første kamp med scoring kom mot Kalmar FF, hvor han snudde kampen med to scoringer i kampens sluttminutter. I 2009-sesongen startet Mehmeti få kamper, men scoret fem mål som innbytter i løpet av sesongen. I 2010-sesongen startet Mehmeti i 23 av 30 kamper for Malmö FF. Han ble lagets toppscorer da Malmö FF vant Allsvenskan, og hadde 14 scoringer for klubben, hvorav elleve i serien. 2011-sesongen ble ikke like suksessrik som den han hadde året før. Med skadeproblemer og en kontrakt som var i ferd med å utløpe, scoret Mehmeti fire mål på 21 spilte kamper. Mehmeti fornyet ikke kontrakten med Malmö FF.