Da de tyrkiske generalene kastet regjeringen i 1980 ble Evren statsoverhode som leder for Tyrkias «nasjonale sikkerhetsråd». I 1982 han også formelt presidenttittelen. I forbindelse med kuppet ble 50 mennesker henrettet og en halv million arrestert, hvorav hundrevis døde i fengsel. Dette gjorde at tyrkiske påtalemyndigheter tok ut tiltale mot den da 95 år gamle Evren i 2012. Han ble i juni 2014 dømt til livsvarig fengsel.