Etter hjemkomsten forsøkte Petrus Legge å unngå åpne konfrontasjoner med naziregimet. Imidlertid kom han under kritikk fra NSDAP på grunn av pastorale formaninger til lokalmenighetene i sitt hyrdebrev den 15. september 1939. I dette hyrdebrevet hadde han tydeliggjort sin avvisning av krigen som da akkurat var brutt ut. Som «folkforræder» ble han utsatt for overvåking, avhør og trusler fra Gestapo. Også i de påfølgende årene forsøkte han med stort personlig engasjement gjennom pastorale ord og religiøse instrukser i menighetene i bispedømmet hans med henvisning til Bibelen å være meget klare over motsetningene mellom Guds rike» som Jesus Kristus haadde lovet sine disipler, og «Satans rike» - katolikkene i hans bispedømme kunne forså at det siste passet godt på det nasjonalsosialistiske «Tredje rike».