Bortsett fra debutsesongen 1991, ble Skammelsrud seriemester i hver eneste sesong som Rosenborg-spiller. Han var en nøkkelspiller i klubbens Mesterligaeventyr på siste halvdel av 1990-tallet fra sin posisjon som defensiv midtbanespiller. Skammelsrud hadde også et kort opphold i den tyske klubben Bayer Leverkusen vinteren 1998, men returnerte til Trondheim etter bare noen måneder av familiære årsaker.