I akvariet brukes ofte javamose i akvarier med yngel, småfisk eller ferskvannsreker. Her gir javamosen skjul for småfisk og yngel som ellers ville blitt spist av de større fiskene i akvariet. Det brukes også mye javamose i oppdrettakvarier ettersom mange fisk legger egg blant mosen. Når eggene i mosen klekker vil dessuten javamosen fungere som matfat til yngel, da både alger og bakterier vokser på mosen.