Holden er styremedlem styret i NTNU fra 2009 til 2013 og styreleder for Abelfondet fra 2010 til 2014. Han er medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi. Han ble valgt til sekretær for (IMU) for perioden 2015–2018. I perioden 2019–2022 er han generalsekretær for unionen.