Nikolaj Dubinin ble født som den yngste av to barn i en familie av intelligentsiaen i det som senere ble kalt Den sørlige føderasjonskrets. Hans farsslekt var lokale russisk-ortodokse, mens hans morsslekt var katolikker i Hviterussisk SSR. Ifølge hviterussiske regler for blandede ekteskap skulle han som andre barn i familien blitt døpt katolsk; likevel ble han «urettmessig» døpt i en ortodoks kirke tilhørende Moskva-patriarkatet, akkurat som sin eldre søster.