Hagen startet fotballkarrieren på Ringerike i Hønefoss Ballklubb (daværende Liv/Fossekallen). Etter en uenighet med finansmann Aage Thoresen, daværende klubbinvestor, fikk Hagen sparken og ble lånt ut til Start i 1996 . Hagen signerte for Strømsgodset i 1997 og spilte for Godset til 1999. I Godset opplevde Hagen suksess med angrepstrioen Jostein Flo og Lasse Olsen, og vant cup-sølv og serie-bronse med klubben. Hagen oppnådde kultstatus i Strømsgodset og gikk under kallenavnet Elvis, grunnet sin store begeistring for Elvis Presley. Han meldte overgang til Vålerenga etter Strømsgodsets nedrykk i 1999. Etter sesongen 2001 gikk Rune Hagen tilbake til Strømsgodset. Han forlot klubben igjen foran 2005-sesongen til fordel for danske Herfølge. Overgangen skapte en stor konflikt mellom Hagen og Strømsgodset . Etter spill i dansk fotball signerte Hagen for den greske fotballklubben PAE Ergotelis. Hagen har også vært innom kypriotisk og amerikansk fotball.