Til tross for en fin amatørkarriere var ikke Ballan særlig ettertraktet hos profflagene. I hans første sesong fungerte han som domestique (hjelperytter) for Romans Vainsteins og Gianluca Bortolami, og det var ikke før i 2005 sesongen at Ballan fikk muligheten til å satse på topp-plasseringer i vårklassikerne og på etapper i større ritt. Sent i 2005 sesongen tok han sin første ProTour seier etter å ha vunnet den 4. etappen av Eneco Tour of Benelux.