Han spilte 101 kamper for Kilmarnock og scoret 29 mål på fire år. Han scoret sitt første mål for Kilmarnock i 2-2 kampen mot Hearts i 2005. I 2005/2006 sesongen ble han kåret til årets unge spiller i Skottland. I januar 2007 scoret Naismith sitt første Hat-trick i en CIS cup-kamp mot Falkirk hvor Kilmarnock vant 3-0 til slutt. Han ble også kåret til årets unge spiller i Skottland i 2006/2007 sesongen.