Under oppholdet i Wittenberg i 1523–24, sluttet Hans Tausen seg til reformasjonen. Han ble i 1525 sendt til Viborg som predikant. Her ble han først fengslet og siden utstøtt av sin egen klosterorden, men kongen tok ham i forsvar, og han ble kongelig kapellan i Viborg. Med kongens beskyttelse opprettet han en luthersk presteskole i Viborg fra 1526, sammen med Jørgen Jensen Sadolin. Han fikk lov til å holde prekener i Gråbrødreklosterets kirke, hvor de også sang lutherske salmer.