Brooking var i april 2003 midlertidig manager for West Ham United etter at Glenn Roeder hadde pådratt seg hjernesvulst, men lyktes ikke i å flytte klubben fra nedrykksstriden i Premier League. Etter at Roeder fikk sparken kun tre kamper av The Championship ut i 2003/2004-sesongen ble Brooking nok engang hentet inn igjen som midlertidig manager. Han ledet klubben én måned før klubben ansatte Alan Pardew som sin nye manager.