Da Socialdemokratene overtok regjeringsmakten i 2014 ble Ygeman utnevnt til den gjenopprettede innenriksministerposten i Stefan Löfvens regjering. Ygeman var statsråd i tre år, og gikk av 27. juli 2017 etter at det ble avdekket kritikkverdige forhold om håndtering av IT-sikkerhet ved Transportstyrelsen.