Kvinnelaget fulgte strømmen av tyske kvinnelag som hadde brutt fra herrelaget, og i 2000 ble laget selvstendig under det nye navnet FFC Brauweiler Pulheim. En nysignering ble den gamle Grün-Weiss spiller og landslagskaptein Silke Rottenberg. I sin første sesong under det nye navnet ble det en 4.-plass. Laget ble imidlertid dårligere, og i 2003-04-sesongen rykket de ned. Laget rykket rett opp igjen, og greide seg såvidt i første sesong etter opprykket, men i 2006-07-sesongen hadde laget, så godt som uten stjerner, ingen mulighet, og gikk gjennom sesongen uten å ta et eneste poeng. Det ble nok et nedrykk sesongen etter, men Brauweiler rykket opp til den nest øverste divisjonen igjen.