Flyselskapet ble etablert i september 2003. Den ledende investoren er Indigo Partners, et privat amerikansk firma som spesialiserer seg på flytransportinvesteringer. Den første flyturen ble gjort fra Katowice den 19. mai 2004, 19 dager etter at Polen og Ungarn kom inn i EU. Flyselskapet transporterte 250.000 passasjerer i sine første tre og en halv måned, og nesten 1,4 millioner passasjerer i første driftsår. I 2007 fraktet Wizz Air 2,9 millioner passasjerer på sine polske ruter.