Sommeren 1942 fikk Jønland indikasjoner på at han ikke lenger var ønsket som ordfører av NS-styresmaktene. I desember ble han erstattet av Olaf Frich. Jønland ble arrestert av tyskerne 16. august 1943 og sammen med over 1000 andre offiserer sendt til fangeleiren Schildberg i Polen. Senere ble han overført til Luckenwalde, der han satt frem til freden.