Freia ble grunnlagt i 1889 av Olaf Larsen (1867–1920), og kolonialgrossist Fredrik Wilhelm Hjorth Christensen (1851–1923). Larsen hadde eksperimentert med sjokolade en tid. Christensen ordnet med kakaoleverandører og bekostet maskiner og lokaler ved Rodeløkkens Jernstøperi og Mek. Verksted., som var eid av hans slektning Fredrik Hiorth (1851–1923). Freia ble i 1892 kjøpt av Johan Throne Holst (1868–1946). Larsen var fabrikkbestyrer frem til 1898, da han etablerte Olaf Larsens Chokoladefabrik. Holst utviklet etter hvert Freia til den dominerende sjokoladefabrikk i Norge. Freia engasjerte seg både i arbeidsmiljøtiltak og kultur med blant annet Freiaparken og Freia-salen. Siden starten har fabrikken ligget på Johan Throne Holsts plass 1 på Rodeløkka i bydel Grünerløkka i Oslo.