Jakob II måtte imidlertid under sitt styre kjempe for en bredere religiøse toleranse hvor de som delte hans religion, katolikkene, kunne blomstre — en posisjon som var , «avskyelig», for konservative anglikanere. Jakobs forsøk på å benytte den regjeringskontrollerte kirken til å fremme politikk som underminerte kirken egen unike status i staten, førte til at en del toryer støttet den ærerike revolusjon i 1688. Resultatet var en konge etablert utelukkende av parlamentet, og underlagt lovlig kontroll etablert av parlamentet. Nettopp de samme prinsippene som toryene hadde var avskyelige. Toryene eneste trøst var monarkene som ble valgt var nær hovedlinjen av etterfølgelse — nederlandske Vilhelm III av Oranien var Jakob IIs nevø, og Vilhelms hustru Maria II av England var Jakobs eldste datter. Toleransloven av 1689 ga også rettigheter til protestantiske dissenter som hittil hadde vært ukjente, mens fjerningen av et stort antall biskoper som nektet å sverge lydighet til de nye monarkene tillot regjeringen å stable bispestyret med biskoper som var enig i whigenes politikk. I begge disse sakene feilet toryene, men både monarkiet og statskirken ble bevart.