Numerisk systematikk oppsto som retning særlig innenfor botanikken på 1950-tallet, men fikk først sitt store oppsving på 1970-tallet. Den bygget på , en matematisk modell for å beregne likheter mellom artene, uavhengig av om disse likhetene skyldtes felles opphav eller ikke. Modellen er basert på datamaskiners evne til å løse større tallmatriser som kan representere titals forskjellige egenskaper hos et tilsvarende antall arter. Sterkeste ankepunkt som ble rettet mot den rene numeriske systematikken var at system og stamtre ofte ikke vil være sammenfallende fordi man ser bort fra fylogenetikk. Likevel er rene numeriske metoder fortsatt noen ganger i bruk der man har uoversiktlige artskomplekser som eller vil være vanskelige å få orden på, eller for å skille arter.