Metodologi hører delvis til i den generelle vitenskapsteorien og delvis i teoriene om og i de enkelte vitenskapene. Den generelle delen av metodologien handler om de grunnleggende måtene å oppnå kunnskap på (f.eks. den hypotetisk-deduktive metode, hermeneutikk osv.) i lys av hva kunnskap er og hva en prinsipielt sett kan ha kunnskap om. Teoriene om og i enkeltvitenskapene handler om å utvikle, beskrive og/eller anbefale konkrete metoder til bestemte formål som disse enkeltvitenskapene har.