Den 3. oktober 1939, få dager etter byens overgivelse til nazistene ble han gjort til leder av det 24 medlemmer store , og han ble gjort ansvarlig for å implementere alle nazistenes ordrer i det jødiske samfunnet i Warszawaghettoen. Jøderådet bestå for en stor del av personer fra velståend sjikt. Heydrich hadde bestemt at jøderådene skulle bestå av rabbinere og andre innflytelsesrike menn, og rådene fikk ansvar for punktlig og nøyaktig iverksetting av okkupasjonsmaktens instrukser. Jøderådet etablerte en egen jødiske ordensvakt (politi) som sto ansvarlig overfor rådet. Czerniaków ble arrestert i november 1940 og april 1941, den andre gangen ble han utsatt for tortur.