Værlaget ved og rundt Michigansjøen er til tider svært urolig. Stormer forekommer hele året, særlig i forbindelse med sterke kaldfrontpassasjer. Da skipsfarten på sjøen tok seg opp for alvor utover 1800-tallet, førte dette til mange forlis og havarier. Etter hvert har blant annet mer pålitelige stormvarsler redusert faren for slike ulykker. Kraftige tornadoer forekommer i trakten ved Chicago og langs østbredden, særlig på den sørlige delen; i nord og langs vestbredden er de sjeldnere.