Etter krigen stilte Shipstead seg kritisk til etableringen av FN. Han var avvisende til ideen om overnasjonalitet, og han fryktet at FN kunne bli et verktøy for stormaktene til å dominere småstater. Henrik Shipstead og William Langer var de eneste senatorene som stemte imot å ratifisere FN-pakten, mens Hiram Johnson, som også hadde uttalt seg imot, ikke var til stede under avstemningen. Denne stemmegivningen beseglet Shipsteads politiske fremtid, ettersom internasjonalister og representanter for en aktivistisk utenrikspolitikk, som Harold Stassen, Edward Thye og Joseph H. Ball, på dette tidspunktet hadde tatt kontrollen i Det republikanske parti i Minnesota, og satte makt bak å få ham ut. Thye vant over Shipstead med klar margin den republikanske nominasjonen i 1946. tolket valgresultatet slik at «isolasjonismen, selv i de midtvestlige landbruksstrøk, er øyensynlig på retur og snart en saga blott». Shipstead anså seg heretter som ferdig med politikk.