Karls engelske parlament bestemte lover kjent som Clarendon-loven, formet for styrke posisjonen til den gjenetablerte engelske kirke. Karl samtykket til denne loven selv om han selv støttet en politikk som innebar religiøs toleranse, eksempelvis overfor katolikker. Den mest betydelige utenrikspolitiske saken i Karls tidligste år var den andre anglo-nederlandske krig.