Armfelt flyktet før dommen til Kaluga i Russland og oppholdt seg der i årene 1794-1797, i årene 1797-1799 bodde han i Dresden og Berlin og i Schlesien og Böhmen i årene 1799-1802. Etter at Gustav IV Adolf hadde blitt myndig ble dødsdommen omgjort i 1799 og Armfelt ble Sveriges minister i Wien årene 1800-1802. Deretter var han militærkommandant over svenske Vorpommern og fra mars 1808 øverstkommanderende ved Västra armén som skulle operere mot Norge i krigen mot Frankrike 1804-1810. I august samme år ble Armfelt uventet frabeordret kommandoen og fristilt inntil etter statskuppet mot kong Gustav IV Adolf året etter, i mars 1809. Armfelt ble etter statskuppet president i krigskollegium og en af rikets herrar.