Øykjeden strekker seg 150 kilometer mellom øyene Yakushima sør i Osumiene og Amami Ōshima, den nordligste blant Amamiøyene. Øyene i arkipelet er forholdsvis små og tynt befolket; syv av de tolv øyene er bebodde. Flere av Tokaraøyene er av vulkansk opprinnelse, og særlig kjent er den aktive vulkanen på øya Suwanosejima. Noen øyer er også dannet av korallrev, bl.a. Kodakarajima.