Etter terrorangrepene 11. september 2001 ble McCain en sterk støttespiller for president Bush og talsmann for kraftige militære tiltak. Han støttet sterkt opp om den amerikanskledede krigen i Afghanistan, og gikk i oktober 2001 offentlig inn for at man ikke gikk frem med gradvis sterkere engasjement, men slo til med massiv kraft mot Taliban, også med bakkestyrker.