I 1981 mottok Zeruneith Georg Brandes-Prisen for boken om Emil Aarestrup, i 1993 fikk han Selskabet for de skiønne og nyttige Videnskabers Pris, i 2002 Holberg-medaljen og i 2004 Søren Gyldendal-prisen. Han har mottatt Statens Kunstfonds hædersydelse siden 2004.