Balduin tok besittelse av et meget redusert Flandern da hans onkel hadde gitt en stor del, inkludert Artois, som medgift til Balduins søster Isabella av Hainaut ved hennes bryllup med Filip II August av Frankrike, og en annen betydelig del til sin egen hustru. Søsteren Isabella døde i 1190, men kong Filip II August beholdt medgiften på vegne av Isabellas sønn, den framtidige Ludvig VIII av Frankrike. De åtte år av Balduins styre i Flandern var dominert av hans tallrike forsøk på å skaffe seg tilbake en del av dette landet, noe som kulminerte i januar 1200 i avtalen i Péronne hvor Filip II August ga tilbake det meste av Artois.