Erobringen av inkariket var et prosjekt igangsatt som et samarbeid mellom Pizarro og Diego de Almagro, som under erobringen i alle sammenhenger hadde kommet til kort i forhold til Pizarro. Almagro krevde til slutt sin del av byttet i 1535, og Inkariket ble i realiteten delt i to, der Almagro hersket i Cuzco. Men dette kunne ikke vedvare, og i et slag utenfor Cuzco i 1538 gjorde Pizarro det av med sin rival. Men i 1541 slo dette tilbake. Mens han sov i sitt hus i Lima, trengte Almagros sønn og hans venner inn til ham, og et sverdhugg i halsen, og deretter en rekke hugg drepte ham. Pizarro ble stedt til hvile i Lima, hvor hans legeme fremdeles kan sees i en glasskiste.