Roberto D'Aubuisson ble født i Santa Tecla, i departementet La Libertad. Han fullførte det nasjonale militærakademiet i 1963. Etter å ha studert radiokommunikasjon på School of the Americas i 1972 gikk han inn i den militære etterretningstjenesten. Både før og under borgerkrigen, fra 1978 til 1992, kommanderte han tropper som av venstresiden ble anklaget for å være dødsskvadroner.