Etter skilsmissen fra Tamara Geva, giftet og skilte Balanchine seg enda tre ganger, alle med dansere: Vera Zorina (desember 1938 – 1946), Maria Tallchief (1946 – 1952), Tanaquil Le Clercq (1952 – 1969), og Alexandra Danilova (1926 – 1933). Han etterlot seg ingen barn.