Ved Pyreneene-traktaten i 1659 ble grenseprovinsen Roussillon overført til Frankrike, og Carcassonnes militære betydning ble redusert. Dette var begynnelsen på slutten for det stolte Cité. Festningsverkene ble forlatt på 1700-tallet og stein ble tatt fra festningen til bygging av nye konstruksjoner og reparasjoner av gamle. Takene raste sammen, og festningen forfalt kraftig.