Afrikanerne har mange forskjellige religiøse trossystemer, hvor kristendom og islam er de mest utbredte. Rundt 46,3 % av alle afrikanerne er kristne og 40,5 % er muslimer. Rundt 11,8 % av afrikanerne følger opprinnelige afrikanske religioner. Et lite antall afrikanere er hinduer eller har jødisk trostradisjon, slik som beta Israel og lemba-stammene.