Anna ble født den 11. mai 1366 i Praha. Hun var den eldste datteren av keiser Karl IV og hans fjerde hustru, Elisabet av Pommern. Det meste av hennes barndom ble tilbrakt i Pražský hrad, borgen i Praha i den nylig omformede og framgangsrike byen Praha. Keiser Karl hadde bygget nye distrikter foruten også St. Vitus-katedralen og et universitet. Antagelig ble Anna oppfostret av sin halvbror Wenzel ved hoffet, og hvor hun fikk sin utdannelse og hvor lærte blant annet tysk, tsjekkisk og latin. Antagelig var hun vitne til det storslagne i den keiserlige seremoni.