Det ser ut til at han var basert i Palos i hvert fall fram til tiden for Columbus' første reise i 1492, men i 1495 bodde han i Moguer like ved. Etter den økonomiske svikten til hans ekspedisjon i 1499–1500 ser det ut til at han senest i 1502 flyttet til Sevilla. Han kan ha flyttet dit for å slippe unna kreditorer. Historikeren Juan Gil, som forsket på Pinzón' familieliv, fant sterke indisier på at hans første hustru etterlot seg et herskapshus i Triana, på motsatt side av elva fra Sevilla. Dette var hennes egen eiendom, ikke hans, og ble arvet av deres døtre.