De to slekten i Valeseguyidae var tidligere klassifisert som en delgruppe (underfamilie) i familiegruppen vindusmygg (Anisopodoidae). Nyere forskning på karakterer i vingeårene, kjønnsorgan, på hodet, leggene og detaljer på brystpartiet, viser at de er søstergruppe med gjødselmygg i overfamilien Scatopsoidea.