Hodet til hans balsamerte legeme gikk tapt etter revolusjonære herjet Klosterkirken Saint-Denis og skjendet graven hans i 1793. Et balsamert hode, påstått å tilhøre det til Henrik IV, har blitt formidlet mellom private samlere siden. Den franske journalisten Stephane Gabet fulgte ledetråder som førte tilbake til en skalle som lå på loftet til en pensjonert skatteoppkrever, Jacques Bellanger, i januar 2010. I henhold til Gabet kjøpte et ektepar hodet på en auksjon i Paris tidlig på 1900-tallet, og Bellanger kjøpte det fra fruen i 1955. I 2010 gjorde en flerfaglig gruppe forskere, ledet av Philippe Charlier, en kriminalteknisk og medisinsk undersøkelse ved Raymond Poincarés universitetshospital i Garches, og konkluderte med at det faktisk var det tapte hodet til Henrik IV. Identifiseringen ble gjort med en kombinasjon av antropologiske, paleopatologiske, radiologiske og kriminaltekniske metoder. Hodeskallen hadde en lys brun farge og var i utmerket tilstand. En skade rett over det ene neseboret, et hull i den høyre øreflipp som indikerte lang tids bruk av en ørering, og et leget sår i ansiktet, noe kongen kunne ha fått fra et mordforsøk, var blant de ting som bidro til identifiseringen av skallen. Karbondatering ga en grov datering mellom 1450 og 1650, noe som er innenfor årene av Henrik IVs død i 1610. Imidlertid greide ikke forskningsgruppen å avdekke uforurenset mitokondrielt DNA fra hodet slik at det var ikke mulig å sammenligne med andre levninger av kongen eller hans etterkommere. Hodet vil bli gravlagt Klosterkirken Saint-Denis etter en nasjonal messe og gravleggelse i løpet av 2011.