O'Rahilly var kjent for hans til tider kontroversielle teorier på irsk historie. I hans bok (, første gang utgitt 1946,) utviklet han en modell for irsk forhistorie basert på kritisk lesning av tidlig irske litterære kilder hvor han beskrev fire prinsipielle innvandringsbølger (se Tidlig irsk historie). I en forelesning, som ble utgitt i 1942, foreslo han det hadde eksistert hele to utgaver av Irlands store skytshelgen, Sankt Patrick av Irland. Forslaget vekket nasjonal indignasjon da man fikk en følelse av at om det ble konsesjon for teorien om Patricker ville det utilbørlig lede til en teori det ikke eksisterte Patrick.