Thomas Wegners foreldre var kongelig translatør Valentin Wegner og Christiane Sørensdatter (født Wendelboe). Han gikk først på skole i sin fødeby, senere i Christiania. 1721 ble han kapellan i Stavanger, og etter å ha tjent som sådan i 10 år, drog han til København, fikk preke for Christian VI, ble sjelesørger for prinsesse Sofie Hedvig av Danmark og fikk 1731 Spjellerups kall på Sjælland; herfra ble han 1732 eller 1733 forflyttet til Vemmetofte. Da prinsessen var død 1735, søkte han bort og ble samme år sogneprest til Ås, den gang et dårlig kall. Her satt han i 16 år, til 1751, da han hadde den lykke å få være vert for Frederik V, som forhørte seg om hans liv og forhold og lovet ham det første ledige embede, som passet for ham. Han ble da samme år stiftsprost i Christiania, hvor hans virksomhet må ha vært meget stille, siden hans samtidige, slottsprest Otto Holmboe, i sin dagbok kun nevner hans ankomst og hans død. Han har åpenbart vært av den pietistiske tids tilbakeholdne og stillferdige menn. Et legat til de fattige bærer hans og hans hustrus minne. Han ble gift 1724 med Sara Godtzen (1692–1768).