Ved siden av sitt virke som professor, var Jan Brøgger velkjent som konservativ samfunnsdebattant, og var redaktør for magasinet «Kulturelt Perspektiv». Han var leder for stiftelsen Libertas og etterfølgeren Liberalt forskningsinstitutt i en årrekke. Brøgger inntok ofte kontroversielle standpunkter og støttet ofte de upopulære og lite politisk korrekte standpunktene. I hele sitt liv argumenterte han sterkt for sitt syn på familiens rolle som den bærende institusjonen i samfunnet, og mot autoritære bevegelser, særlig på venstresiden i politikken. Brøgger var også frimurer av 10. grad, og ble flere ganger intervjuet om frimureriet i pressen.