Ulykkeligvis for Smeaton ble hans samtaler med dronningen hurtig rapportert til Thomas Cromwell, en av kong Henrik VIIIs rådgivere, som konspirerte en plan for å kvitte seg med Anne Boleyn på kongens ordre ettersom hun ikke hadde skaffet ham en arving. Smeaton ble arrestert den 30. april av Cromwell. Ingen merket i begynnelsen at Smeaton var borte. Cromwell fraktet musikeren til sitt hus i Stepney og skal der ha torturert ham. Det er dog mer sannsynlig at han ble torturert da han kom til Tower of London da man ikke kjenner til at Cromwells hus hadde torturinstrumenter. Den ikke spesielt pålitelig har oppgitt at Smeaton ble torturert med tau med knuter om øynene. Tidlig om morgenen den 1. mai ble han sendt til Tower of London og hvor han angivelig ble torturert i fire timer og da «tilsto» han at han var dronningens elsker. Imidlertid var tilståelsen ikke i overensstemmelse med faktaene. Smeaton kan ikke ha hatt et forhold til dronningen den 13. mai 1535 ved Greenwich da hun da var i Richmond. Han oppga også navn på flere av Annes allierte som også ble arrestert. Etterpå ble han plassert i en celle på festningen.