Šimundža startet trenerkarrieren som ungdomstrener i Železničar Maribor, hvor han selv startet fotballkarrieren som ung spiller. I 2008 ble han assistenttrener for Maribor, som ble trent av Darko Milanič. Han var en del av Maribors trenerapparat fram til 2011, da han ble hovedttrener for Mura 05. Šimundža gjorde en innsats for klubben, som gikk fra å være nedrykkskandidat til å kvalifisere seg til kvalifiseringen av en av UEFAs kontinentale turneringer som tredje beste lag i serien.