Som folkevalgt var han varamedlem av Verdal kommunestyre 1984–1987, Nord-Trøndelag fylkesting 1988–1991 og Trondheim bystyre 1992–1995. Han var stortingsrepresentant for Nord-Trøndelag 1997–2005, medlem av Stortingets kirke-, utdannings- og forskningskomité hele perioden (nestleder 1997–2001) samt leder av Stortingets delegasjon til Nordisk råd i 2003. Etter tiden på Stortinget var Lyngstad styremedlem i RUSfri fra 2006, politisk rådgiver for KrFs stortingsgruppe 2006–2007 og direktør for den diakonale Lukasstiftelsen fra 2007.