Ved Lampsakos ble Thrasyllos' styrker først avslått av styrkene som hadde deltatt ved Kynossema og Abydos som tvang dem til å slå opp en egen leir. Spenningen mellom gruppene ble til slutt oppløst etter at athenerne angrep Abydos, hvor Thrasyllos ledet 30 skip. Athenerne beseiret en persisk hær i slaget, men kunne ikke ta byen. Den nyforente athenske hæren klarte derimot å ta tilbake Khalkedon, Bysantium og andre byer i Hellespont sommeren 408. Thrasyllos ledet avdelinger i flere operasjoner i denne perioden. Han dro så tilbake til Athen sammen med det meste av flåten og dens kommandanter. I Athen gjorde Alkibiades sin triumferende retur til byen som hadde sendt ham i eksil.