Port Elizabeth lufthavn (IATA-flyplasskode , ICAO flyplasskode ) betjener byen, men er ikke en internasjonal flyplass. Internasjonale besøkende til byen som ern en av Sør–Afrikas største turistmål, må fly til enten Johannesburg eller Cape Town og så ta innenriksruter til Port Elizabeth. I forberedelse for VM i fotball 2010 blir rullebanen forlenget med tanke på å ta imot internasjonale ruter.