Perko har også en rekke andre samarbeid, som i utgivelsen (1999), der de medvirkende er Anders Bergcrantz trumpet, Mikael Långbacka trombone, og saksofonensemblet Jukka Perko, Eero Koivistoinen og Pertti Päivinen saksofon. Perko var sentral i et skandinavisk kirkemusikalsk prosjekt (2002), der han med Pekka Pohjola, Jukka Linkola og Arttu Takalo har utgitt (2002) delvis under ledelse av dirigent John Storgårds. Under Vytautas Lukocius ble verket fremført av Kringkastingsorkestret på Oslo Internasjonale Kirkemusikkfestival 2006. Han har vært aktiv med Trondheim Jazzorkester (2005), medlem av Lars Gullin Tribute (2004, 2005) og turnert med Hallgeir Pedersen og Bernt Rosengren (2006). Han kan bl.a oppleves på trompetist, Tore Johansens utgivelse "Like That" (Gemini Records, 2005).