Det meste av byen ble ødelagt under andre verdenskrig, men viktige deler av havna ble spart slik at de allierte hadde en brukbar havn for forsyninger etter krigen. Under de alliertes okkupasjon av Tyskland etter krigen var Bremerhaven en enklave styrt av USA i den britiske okkupasjonssonen i Nord-Tyskland. I 1947 ble byen en del av delstaten Bremen, og skiftet navn fra Wesermünde til Bremerhaven. Ved siden av Bremen by utgjør Bremenhaven en av de to kommunene i delstaten Bremen.