I 1979 ble han også formann for Den litauiske bispekonferanse. Som leder av bispekonferansen mynne han med betydelige diplomatiske ferdigheter overfor Sovjetunionen, bidra til at Den hellige stols innsats førte til at biskop Vincentas Sladkevičius fikk vende tilbake til sitt bispedømme etter 24 års eksil, og fikk utnevnt tre nye biskoper for Litauen: I 1982 Antanas Vaičius, i 1984 Juozas Preikšas, og i 1986 Vladislovas Michelevičius.