Balăkov startet sin spillerkarriere i den lokale klubben Etar Veliko Tarnovo i 1982, før han i 1991 dro på et lengre utenlandsopphold hos den portugisiske klubben Sporting Lisboa. I 1995 dro han videre til VfB Stuttgart, hvor han blant annet var med på vinne UEFA Intertoto Cup to ganger (2000 og 2002) samt DFB-Pokal i 1997. Han la opp som aktiv fotballspiller i 2003 etter å ha spilt over 230 seriekamper for Stuttgart.