En stor vitenskapelig studie med helt genom viser at, miniatur xoloitzcuintle ikke danner en felles klade med de to større variantene, men heller en egen basal klade i denne grenen av treet. Studien viser videre, at xoloitzcuintle trolig er nærmest beslektet med peruviansk nakenhund (som forventet), men også at chinook, picard og schäferhund tilhører samme gren og er nært beslektet.