Honshu er ca. lang, mellom 50 og 230 km bred, og avskåret fra det asiatiske fastlandet i vest av Japanhavet, mens Stillehavet ligger mot øst. Mot nord avskjærer Tsugarusundet øya fra Hokkaidō, mens Innlandshavet mot sørøst og Kanmonsundet avskjærer Honshu fra øyene Shikoku og Kyushu.