Fra påsketider 1561 til 1. januar 1562 var han i Macao, som jesuittene var i ferd med å bygge opp som sin base både for misjonene i Japan og i Kina. På denne tid var det allerede mellom 500 og 600 portugisere i Macao. Derfra dro han så til Malakka og tilbake til India.