Da Granvelle ble erkebiskop av Mechelen, ble Morillon hans generalvikar, og handlet på erkebiskopens vegne ved privilegert kommunikasjon, og ved å håndheve den pavelige fordømmelse av Michael Baius' teologi. Erkebiskop Granvelle var ofte fraværende, og mye av det praktiske ansvar for å kunngjøre og implementere dekretene fra Tridentinerkonsilet falt på Morillon, som dessuten gjorte sitt for ytterligere å spredningen pv protestantismen ved å forsone dets tilhengere med Kirken. Han grunnla presteseminarer i Brussel i 1570 og i Mechelen i 1574. Han organiserte også provinsielle og bispedømmesynoder.