På slutten av 48 f.Kr. ble Cæsar igjen utpekt til diktator, men kun for ett år. Etterpå ha tilbrakt de første månedene av 47 f.Kr. i Egypt dro han til Midtøsten og videre nordover til Svartehavet hvor han angrep kongen av Pontos. Hans seier var så rask og ødeleggende at han hånte Pompeius' tidligere seire over slike ynkelige motstandere. Deretter dro han tilbake til Afrika for å ta et oppgjør med Pompeius' tidligere støttespillere fra senatet. Han fikk raskt en betydelig seier i 46 f.Kr. over Cato den yngre, som deretter begikk selvmord. Etter denne seieren ble Cæsar igjen utpekt til diktator, og da for ti år. Likevel greide Pompeius' sønner å slippe unna og rømte til Spania. Cæsar fulgte nådeløst etter og beseiret de siste levningene av opposisjonen i slaget ved Munda i mars 45 f.Kr. I løpet av denne tiden ble Cæsar valgt til sin tredje og fjerde periode som konsul i 46 f.Kr. og 45 f.Kr. (den siste gangen uten en kollega).