Fyrstbispedømmets slutt kom med riksdeputasjonsbeslutningen i 1803: Passau høystift ble sekularisert og dets territorium først fordelt mellom Bayern og Salzburg. 1806 falt også den salzburgske (østlige) delen til Bayern. Statusen som eksempt bispedømme tok slutt i 1821, da Passau ble lagt til kirkeprovinsen München-Freising.