I 1932 ble Liu Shaoqi partisekretretær i provinsen Fujian. To år etter var han med under den lange marsjen og støttet Mao Zedong under Zunyi-konferansen. I 1936 var han partisekretær i Nord-Kina og ledet de antijapanske bevegelser der. Han ble valgt til kommunistpartiets generalsekretær i 1943 (nummer-to-stillingen etter partiformannen, dvs. Mao). I den kinesiske borgerkrigs avgjørende fase var han partiets nestformann. Han var også president for Den sentrale partiskole.