Faren, Johan Georg Prahm, var fra Syd-Jylland, men kom til Kongsberg som myntmester. Moren het som pike Christine Elisabeth Zimmermann. Begge foreldrene døde tidlig og Jonas Nicolai Prahm måtte således alt fra barnsben av klare seg på egen hånd. Han var elev av Mauritz Hansen, og var blant det første kullet disipler på Kongsberg skole. Han ble privat dimittert med laud (karakteren 2) til studier ved Universitetet i Christiania i 1833, hvor han tok anneneksamen med haud (karakteren 3) i første semester 1834.