Det er mange ord (substrat) i samiske som kommer fra det utdødde paleo-europeiske språket. Dette språket kan ha blitt brukt av samenes forfedre helt til år 500 etter vår tidsregning. Det er påvist at ordene konsentrerer seg om bestemte områder som topografi, biologi og begreper og tanker innen kultur. Det er for eksempel mye mer ord fra paleo-europeiske for jakt og fiske; enn det er tilsvarende lånord av uralsk opprinnelse i samisk. Det er en betydelig mengde navn på topografi som er uforståelige på moderne samisk. Vi vet ikke om det paleo-europeiske språket var beslektet med uralsk, men ingenting tyder på dette. Ante Aikio mente det trolig var en betydelig kulturell kontinuitet mellom de tidligste jegerne, fangstfolket og de moderne samene.