Longstreet var den eneste av de fremste konfødererte offiserene som ble scalawag og sluttet seg til det republikanske partiet under rekonstruksjonen. Han støttet Grants presidentkandidatur i 1868, var til stede på hans innsettelsesseremonier og ble seks dager senere utnevnt som tollinspektør i New Orleans. For disse handlingene mistet han støtte blant mange i sør. Hans gamle venne Harvey Hill skrev til en avis at «vår scalawag er den lokale spedalske i samfunnet.» I motsetning til nordlige carpetbagger, skrev Hill, er Longstreet «innfødt, noe som er så mye verre.» Den republikanske guvernøren i Louisiana utnevnte Longstreet til generaladjutant i delstatsmilitsen, og i 1872 ble han generalmajor i ledelsen for alle militser og statspolitistyrker i New Orleans. I opptøyene i 1874 i protest mot uregelmessigheter i valget, red Longstreet for å møte protestantene, men ble dratt ned av hesten, truffet av en rikosjetterende kule og tatt til fange. Føderale styrker måtte gjenopprette ro og orden. Longstreets bruk av afro-amerikanske styrker under urolighetene økte fordømmelsene fra sørstatsfolkene.