Tre vernede villmarksområder, sentrert rundt saltsjøene Lake Hope, Lake Callabonna og Lake Frome ligger helt eller delvis i Strzeleckiørkenen. En stor del av ørkenen er bevart innenfor Strzelecki Regional Reserve i Sør-Australia. I øst ligger deler av ørkenen innenfor Sturt nasjonalpark. En bestand av den truede hoppemusarten (engelsk: ) har tilhold i ørkenen.