Johannes var den yngste av grev Erard II av Brienne og Agnes av Mont faucons fire sønner.. Den samtidige historikeren George Akropolite betegnet ham i 1231 som «umåtelig gammel» og anslo at han var født rundt 1150. Ingen andre forfattere i det 13. århundre beskrev Johannes som en gammel mann. Hans far henviste til Johannes’ brødre som «barn» i 1177. Moderne historikere er enige om at Johannes ble født etter 1168, sannsynligvis i 1170-årene.