Året etter startet klubben bra, men det gikk verre da forsvarsbautaen Rio Ferdinand ble utestengt i åtte måneder for å ha unnlatt å møte til en dopingtest. Mange skylder på Ferdinand for at United ikke vant ligaen denne sesongen. Likevel vant klubben FA-cupfinalen, etter seieren mot Millwall FC, der Van Nistelrooy (2) og Ronaldo sto for målene på Millennium Stadium i Cardiff. I desember måtte Ferguson ha behandling for en uregelmessighet i hjerterytmen, og var borte to dager fra jobb. Ferguson selv dysset ned viktigheten av dette, og mente at hver gang en kjent person oppsøkte lege, havnet dette i media. Managerne Graeme Souness og Gérard Houllier hadde begge hatt hjerteproblemer tidligere, og sendte nå sine hilsner til Ferguson gjennom media, de mente at stressnivået ved å være manager hadde mye av skylden.