I september 2018, i forbindelse med påstander om tildekning og hindring av etterforskningen av seksuelle overgrepssaker i den katolske kirke i Chile, sikret chilenske rettsmyndigheter e-poster sendt av biskop Ramos og de chilenske kardinaler Ricardo Ezzati, den sittende erkebiskop av Santiago, og Francisco Errázuriz, hans forgjenger. I januar 2019 var Ramos Pérez en del av delegasjonen av chilenske biskoper, sammen med sin erkebiskop kardinal Ezzati av Santiago, presidenten for den chilenske bispekonferansen Santiago Silva Retamales, erkebiskop René Osvaldo Rebolledo Salinas (La Serena) og biskop Juan Ignacio González Errázuriz (San Bernardo) reiste til Roma på et ekstraordinært besøk for å informere pave Frans om utviklingen av den chilenske overgrepsskandalen.