I desember 1896 fulgte han og Ciriaco broren Andres og dennes hustru Gregoria til Cavite på invitasjon fra Cavites provinsleder for revolusjonen, Mariano Alvarez, for å mekle i den voksende konflikten mellom de to rivaliserende fraksjonene i Katipunan i provinsen, ledet av Alvarez og ledet av søskenbarnene Emilio og Baldomero Aguinaldo. Meklingen viste seg å være en tapt sak for Bonifacio-brødrene. Andres Bonifacio, som ble anerkjent som den overordnede leder av revolusjonen og , ble fornærmet og følte seg alvorlig krenket av en Magdalo-offiser. Den revolusjonære ledelse gikk dermed fra Andres Bonifacio over til Emilio Aguinaldo, som ble valgt som president gjennom Tejeros-konvensjonen.