Yarkand er det lengste tilløpet til elva Tarim, og har sitt utspring i Karakorum-passet mot grensen til Kashmir. Derfra renner den i nordvestlig retning gjennom høyfjellene, og renner deretter ned i den vestligste delen av Tarimbekkenet. Den passerer gjennom byen Yarkand, som ligger på 1 270 meters høyde og er oppkalt etter elva, og derfra mot nordøst gjennom den nordvestlige delen av ørkenen Taklamakan, hvor Yarkand løper sammen med elva Kashgar (Kaxgar). Etter samløpet renner elva videre mot nordøst, og rundt 370 km lengre nede, sør for byen Aksu renner Yarkand sammen med elvene Aksu og Khotan (Hotan), og danner ved dette samløpet elva Tarim.