Nils Arne Eggen var gift og fikk tre barn. Hans kone Karin Pauline Eggen tapte kampen mot kreft i 2011, i en alder av 71. De hadde vært gift i 53 år. Hans eldste sønn, Knut Torbjørn Eggen, var også fotballspiller og -trener. Han var oppkalt etter sin bestefar Knut og sin onkel Torbjørn. Hans to andre barn heter Kristin og Trygve. Han var også bestefar til Ranheim-spilleren Christian Eggen Rismark og Lars Eggen Rismark som spiller for Kolstad Håndball.