Under andre verdenskrig, i 1940, ble skolen rekvirert til sykehus. Skolen hadde ingen aktivitet under krigen, kun et kurs vinteren 1941-42 i Meldal ble arrangert. Høsten 1947 ble skolen igjen frigitt til skolebruk, og Fredly kunne gjenoppta driften. Elevtallet var mer moderat de første årene etter krigen, blant annet fordi andre skoler var etablert, og Fredly måtte fornye bygningsmassen. De hadde derfor ikke fulle klasser de første årene. Skolen investerte i et nytt verkstedbygg, og det gamle verkstedbygget ble omgjort til et internat for gutter. Fra midten av 1950-tallet økte elevtallet igjen, og 1960- og 70-tallet var generelt en «gullalder» for folkehøyskolene i Norge.