Rafael er mest kjent for sine Madonna-malerier som «den sixtinske Madonna» og bilder av den hellige familie samt de store fresker i Vatikanet. Av maleriene i Vatikanet er «La scuola di Atene» og «La Disputa del Sacramento» særlig godt kjent. Begge er store bueformede fresker; den første av antikkens filosofer rundt Platon og Aristoteles, og den andre av jødiske skriftlærde som flokket rundt Jesus. De fleste av Rafaels verker befinner seg i Vatikanpalasset.