Aafia Siddiqui kom inn i USA med et studentvisum i 1990 og hun skulle ta både lavere og høyere utdannelse. Hun slo seg ned i Massachusetts og studerte ved Massachusetts Institute of Technology. Hun mottok sin doktorgrad i nevrovitenskap fra Brandeis University i 2001. Siddiqui ble beskrevet som en hengiven muslim som var engasjert i islamsk veldedighetsarbeid.