Allegro inngikk fra 1953 i den internasjonale forskergruppen på syv personer som studerte Dødehavsrullene. Fra å ha vært kristen gikk han under studiet av rullene over til å bli ateist. Allegro havnet i feider med resten av forskergruppen da han ble frustrert over at deres arbeide ikke ble publisert og gav på egen hånd ut flere bøker om rullene. Konflikten kulminerte i at Allegro ble utestengt fra tilgang til rullene av den øvrige gruppen, men den førte også til at rullene etterhvert ble gjort tilgjengelige for allmenheten.