Under annen verdenskrig ble han den 6. juni 1942, etter de tsjekkiske partisaners drap av sen stedfortredende riksprotektor Reinhard Heydrich, arrestert av Gestapo sammen med den senere kardinal Josef Beran, fengslet i Pankracfengselet i Praha, og deretter internert i konsentrasjonsleirene Theresienstadt (Terezín i Böhmen), Mauthausen i Østerrike og Dachau nær München. Det ble tysk politikk å konsentrere alle katolske geistlige fortrinnsvis på ett sted, Dachau, blant annet for å motvirke deres virkning på medfanger og de mindre hardbarkede av leirvaktene. Da Gestapo sendte ham til nye konsentrasjonsleirer, markerte de på oversendelsespapirene at det ikke forelå noe ønske om at han skulle få skånsom behandling: Bokstavene stod for – retur uønsket.