I mellomtiden hadde startet på egen hånd i 1991 under ledelse av den eldste Janjalani-broren, Abdurajik. I 1995 hadde de vært aktive i store bombeangrep på Filippinene, og hadde også blitt knyttet til Ramzi Yousef (fra Bombingen av World Trade Center i 1993, bombingen av Philippine Airlines Flight 434 fra 1994 og den feilslåtte Bojinkaoperasjonen i 1995), og også med Jemaah Islamiyah (al-Qaidas Sørøst-Asia-tilknyttede gren ledet av Hambali). På et tidspunkt på begynnelsen av 1990-tallet hadde den yngre broren Khadaffy Janjalani også sluttet seg til , som tenåring, og ble til slutt fengslet av den filippinske regjering.