Han ville ikke stille til gjenvalg som president i 2014, men ble året etter gjenvalgt til senator. Hans kone Lucia Topolansky ble oppnevnt til visepresident mellom 2017 og 2019 under Tabaré Vázquez. Mujica ble gjenvalgt for en ny senatsperiode fra 2020, men trakk seg den 20. oktober 2020 fra vervet; Alejandro Sánchez rykket opp fra underhuset for å fylle mandatet.