Sjef Sjøforsvarets nærmeste overordnede er forsvarssjefen. Sjef Sjøforsvaret har et helhetlig ansvar for å styrkeprodusere, styrkegenerere og vedlikeholde egen styrkestruktur, herunder ansvaret for sine taktiske kommandoer. De taktiske sjefene tildeles operativ kommandomyndighet direkte fra sjef Forsvarets operative hovedkvarter. Videre er sjef Sjøforsvaret fagansvarlig for sjømilitær virksomhet i Norge.