Ennin var en munk innenfor Tendai-shū. Han var født i provinsen Shimotsuke. 9 år gammel begynte han å studere under Kōchi (廣知), og 15 år gammel dro han til Hieifjellet og studerte læreboken i buddhistisk meditasjon, , under Saichō (最澄, 767–822). Ennin regnes som grunnleggeren av underskolen Sanmon (山門), som hadde sitt hovedkvarter i Enryaku-ji, på toppen av Hieifjellet.