Henderson mistet sitt sete i parlamentet i det såkalte «kupongvalget» den 14. desember 1918, et valg som ble skrevet ut under 24 timer etter krigens slutt og som resulterte i en stor seier for en koalisjon ledet av Lloyd George. Henderson ble gjeninnvalgt i parlamentet i et ettervalg i 1919, og ble Labours sjefsinnpisker. Imidlertid mistet han setet igjen i 1922, men kom inn igjen gjennom et nytt ettervalg i Newcastle East. Dette setet mistet han i 1923, men ble gjeninnvalgt etter å ha vunnet et ettervalg i Burnley.