Høsten 1896 flyttet McNary sørover til California for å studere ved Stanford University. Han studerte jus, økonomi, naturvitenskap og historie, og arbeidet som servitør for å betale husleien. Året etter ble han bedt av familien om å komme hjem til Oregon. Hjemme fortsatte han å studere jus under veiledning av broren John og Samuel L. Hayden. Han fikk advokatbevilling i 1898. Brødrene praktiserte som advokater sammen i forretningen McNary & McNary i Salem, mens John også var assisterende offentlig anklager i Marion County. På denne tiden kjøpte Charles L. McNary tilbake familiens gamle gård, og holdt den i slektens eie. Han var president i handelskammeret i Salem 1909–1911, og var med på å etablere en interesseorganisasjon for fruktbøndene i distriktet i 1909.