I nesten 200 år etter Kairo ble etablert forble det administrative sentrum av Egypt i Fustat. Men i 1168 satte fatimidene under ledelse av vesir Shawar fyr på Fustat å hindre at Kairo ble tatt av korsfarerne. Egypts hovedstad ble flyttet permanent til Kairo, som til slutt ble utvidet til å omfatte ruinene av Fustat og de tidligere hovedstedene i al-Askar og al-Qatta'i. Selv om brenningen av Fustat lyktes i å beskytte byen Kairo, førte en vedvarende maktkamp mellom Shawar, kong Amalrik I av Jerusalem og Zangidenes general Shirkuh etterhvert til oppløsningen av fatimidenes bosetning.