Religion var også et problematisk tema. Karl bekjente seg til den såkalte høyanglikanismen, en sakramental versjon av Den anglikanske kirke. Hans fremste politiske rådgiver, erkebiskop William Laud, delte denne troen. Da Karl i 1633 utnevnte Laud til erkebiskop av Canterbury startet en serie reformer i kirken, i den hensikt å gjøre seremoniene til en viktigere del av gudstjenestelivet. Den første endringen var at trebord ble byttet ut med stenaltere. Puritanerne oppfattet dette som et forsøk på å gjeninnføre katolisismen, og da de klaget fikk Laud dem arrestert. I 1637 fikk John Bastwick, Henry Burton og William Prynne ørene kuttet av for å ha skrevet pamfletter hvor de angrep Lauds syn. Dette var en straff som sjelden ble brukt mot , og det vakte sinne hos mange.