Et særtrekk ved edderkoppenes anatomi er at hannenes paringsorganer ikke står i noen forbindelse med kjønnsåpningen. Hannens kjønnsåpning (gonopore) sitter på bakkroppen, mens pedipalpene (munnføttene) er utviklet som paringsorganer. De har blærer for oppbevaring av sperm og ulike organer for å komme fram til hunnens (spermbeholdere). Disse organene kan bli svært innviklede, og siden de kan variere mye fra art til art er de viktige karakterer for å skille de ulike artene. Før paringen overfører hannen sperm fra kjønnsåpningen til palpeorganene. Hunnens kjønnsåpning sitter foran på undersiden av bakkroppen. Den er hos høyere utviklede edderkopper dekket av en plate, kalt epigyn, som også kan være ganske forskjellig mellom artene.