Helt fra starten overtok Sunnmøre Museum flere gamle bruksbåter. For å ta vare på denne etter hvert store båtsamlingen ble det i 1955 reist fire sammenhengende båthaller. I 2009 rådet museet over vel 40 båter. De fleste er gamle bruksbåter av sunnmørsbåttypen og møringsbåttypen. Man finner også nyere båter, og båter fra andre distrikter.