Lincoln skiftet i 2002 navn til , men besluttet etter 2006/2007-sesongen å skifte tilbake til sitt nåværende navn. Klubben har vunnet det gibraltarske seriemesterskapet 18 ganger, og er per 2013 mestvinnende sammen Prince of Wales FC med 18 titler hver. Klubben har også vunnet det nasjonale cupmesterskapet Rock Cup 14 ganger. Klubben har deltatt i Mesterligaen siden 2014/2015.