Dersom Follobanen reserveres for persontrafikk, vil områdene langs Østfoldbanen kunne oppleve økt støy som følge av økt godstrafikk i området. Spesielt er det uttrykt frykt for at slik støy skal oppstå på nattestid. Fra ulikt hold er derfor muligheten for å kjøre godstrafikk gjennom tunnel i Follobanen trukket fram som et tiltak for bomiljøet i Oppegård, Ski og Oslo Syd.