På grunn av dens naturlige ly og dens dybde var havinnløpet en viktig flåtehavn. I oktober 1798, rett før utbruddet av napoleonskrigene, ble en fransk flåte som fraktet den irske nasjonalisten Wolfe Tone fra de forente irerne, pluss tropper for å hjelpe til i opprøret i 1798 oppdaget. Det ble deretter beseiret i et sjøslag ved inngangen til Lough Swilly. Deretter ble Wolfe Tone tatt til fange og tatt i land ved Buncrana på østsiden av Swilly.