I juni 1996 skrev Gill toårskontrakt med den nyopprykkede Bundesliga-klubben . I tysk fotball gjorde Gill en god figur. Etter å ha vært lansert som aktuell for landslaget en rekke ganger, ble han i november 1996 innkalt til landslaget for første gang. Da han i januar 1997 fikk sin landslagsdebut mot , ble han den første seniorlandslagsspilleren fra Grimstad. Fire måneder senere spilte han andre omgang for Norge i hjemmeseieren 4-2 over på Ullevaal stadion. I oktober 1997 spilte han hele landskampen mot uten å bli satt på prøve i en kamp som endte målløs. Fram mot uttaket av Norges tropp til VM-sluttspillet i 1998 var Gill en utfordrer til førstevalget Frode Grodås. I konkurransen om plassen mellom stengene hadde Gill fordelen av at han spilte fast på klubbnivå for Duisburg, mens Grodås ikke oppnådde spilletid verken for eller den sesongen. I mars 1998 gjorde Gill et dårlig inntrykk i en landskamp mot . Da troppen til sluttspillet ble offentliggjort, var Thomas Gills navn ikke inkludert. Gill spilte aldri på landslaget igjen.