I den andre sesongen dukker Theo Galavan opp i Gotham City for å drepe Bruce Wayne på vegne av St. Dumas-ordenen. James Gordon blir anklaget for drap av Edward Nygma, og ved Arkham Asylum driver professor Hugo Strange en rekke uortodokse eksperimenter i et hemmelig anlegg kalt Indian Hill. Der forvandler hans de innsatte til monstre, på vegne av den mystiske Owls Court. I den tredje sesongen begynner James Gordon som dusørjeger, og forsøker å spore opp alle Indian Hill-monstrene. Jervis Tetch truer Gothams sikkerhet med et dødelig virus. Samtidig blir Bruce Wayne oppsøkt av lederen for Court of Owls, som gir ham beskjed om å oppsøke Ra's al Ghul for å fullføre resten av opplæringen hans.