NAVSTAR krever svært nøyaktige tidsberegninger. For at GPS-systemet skal virke, er det nødvendig å ta hensyn til relativistisk tidsforskyvning, et fenomen forbundet med relativitetsteorien, både den spesielle og den generelle. I korte trekk går dette ut på at ett sekund for en observatør på jorden, ikke er den samme tidslengden som ett sekund for en satellitt med enorm fart i bane rundt jorden – eller omvendt. Dermed blir beregningen av tidspunkt og tidsforskjeller enda mer komplisert, og noe man absolutt må ta hensyn til i beregningen av posisjon. GPS er derfor et håndfast bevis for at de relativistiske bevegelses­ligningene er korrekte. Fordi tid kan angis så nøyaktig med GPS, kan satellittene også brukes til å styre klokker.