Estland er med i 181 internasjonale organisasjoner, blant andre BIS, CBSS, Europarådet, EAPC, EBRD, ECE, EU (medlem fra 1. mai 2004), OECD, FAO, IAEA, IBRD, ICAO, ICRM, IFC, IFRCS, IHO, ILO, IMF, International Maritime Organization, Interpol, IOC, IOM (observatør), ISO (korspondent), ITU, ITUC, NATO, OPCW, OSCE, PFP, UN, UNCTAD, UNESCO, UNMIBH, UNMIK, UNTSO, UPU, WCO, WEU (assosiert medlem), WHO, WIPO, WMO, WTO.