Ruoslahti er utdannet ved Helsingfors universitet, der han avla doktorgrad i 1967. Han forsket så ved California Institute of Technology, før han vendte tilbake til Finland for å arbeide ved Helsingfors universitet og Universitetet i Turku. I 1979 begynte han ved Sanford-Burnham Medical Research Institute i California og var fra 1989 til 2002 instituttets sjef.