Den 3. juli 1651 giftet Fauconberg seg med Mildred, datter av Nicholas, 2. vicomte Castleton. Hun døde den 8. mai 1656. Den 18. november 1657 giftet han seg med Mary Cromwell, den tredje datteren av Oliver Cromwell. Hun overlevde sin ektefelle med tretten år og døde den 14. mars 1713.