Selskapet er kjent for sine 'kreative' gebyrer. Man betaler innsjekkingsgebyr ved selv å printe ut boarding pass. Innsjekkingsgebyret har vært omstridt, siden den er obligatorisk dersom man skal benytte seg av flybilletten. Bestillingssiden tar imidlertid dette gebyret tidlig i prosessen, og alle tilbudsbilletter er uten innsjekkingsgebyr, dermed kan slike billetter markedsføres med lave priser. Med mindre man benytter et forhåndsbetalt Mastercard (disse selges som gavekort i Norge), må man også betale et gebyr når man betaler billetten. Det gebyrfrie alternativet med forhåndsbetalt Mastercard tillater Ryanair å hevde at kortgebyret ikke er obligatorisk, og at man dermed slipper å ta den med i all markedsføring av pris.