Flatberg var i mange år en sentral del av den norske miljøbevegelsen. Fra protestene mot utbygging av Mardøla (1971), via verv som generalsekretær i Norges Naturvernforbund (1978–1980) til arbeidet som informasjonsleder i Folkeaksjonen mot utbygging av Alta-Kautokeinovassdraget (1981–1982). For arbeidet i Folkeaksjonen mot utbygging av Alta-Kautokeinovassdraget ble Flatberg dømt for brudd på Oppviglerparagrafen. Flatberg var en av initiativtakerne til dannelsen av Samarbeidskontoret for frie Vassdragsverngrupper.