Andreas Heusler kom fra en gammel borgerfamilie i Basel, Sveits. Han var sønn av Andreas Heusler (1834–1921) og sønnesønn av Andreas Heusler (1802–1868), begge med bakgrunn som jurister, rettshistorikere og politikere. I sin ungdom fikk Heusler strålende karakterer på skolen i Basel og i sine videre studier i Freiburg im Breisgau og Berlin, og oppnådde i 1887 doktorgraden i Freiburg med sin doktoravhandling „Beitrag zum Consonantismus der Mundart von Baselstadt“.