Han har vært involvert i en rekke skandaler og tilløp til sådanne, og blitt beskyldt for blant annet skatteunndragelser, eiendomskjøp i sin sønns navn, ulovlig overvåkning, hemmeligholdelse, diskriminering av buddhister, å blande religion og politikk, foruten nepotisme med hensyn til broren Lee Sang-deuk. Lee har også blitt knyttet til selskapet BBK, hvor eieren Kim Kyung-joon er siktet for børsmanipulasjon og grovt underslag, men Kim har frafalt sine tidligere anklager mot Lee. I 2008 demonstrerte mange mot at Lee opphevet forbudet mot import av amerikansk storfekjøtt, som man fryktet inneholdt smitte til kugalskap. Regjeringen har vært svært upopulær i lang tid, og Ny verdens seier i parlamentsvalget 2012 ble derfor regnet som overraskende. Misnøyen var også mye av grunnen til reorganiseringen av Det store nasjonalpartiet og navnebyttet til , «Ny verden», på nyåret i 2012. Lee var mest populær midt i presidentperioden, og fikk støtte fra over halvparten av de spurte i meningsmålinger i januar 2010.