I 545 returnerte Belisarius til Italia hvor han oppdaget at situasjonen hadde forandret seg radikalt. Erarik var drept og den pro-romerske fraksjonen av den gotiske eliten var kastet. I 541 hadde østgoterne valgt den nye lederen Totila. Denne gotiske nasjonalisten og brilliante kommandanten hadde tatt tilbake hele det nordlige Italia og til og med drevet bysantinerne ut av Roma. Belisarius gikk på offensiven, lurte Totila til å gi opp Roma i prosessen, men tapte så igjen etter at en sjalu Justinian, redd for makten til Belisarius, nektet å gi ham forsyninger og forsterkninger. Belisarius var tvunget til å gå på defensiven og i 548 erstattet Justinian ham med evnukken og generalen Narses som han stolte mer på.