Han var sympatisk innstilt til tanken om evolusjon, og var en av de første som roste Darwins bok. Han hadde blitt sendt et anmeldereksemplar og i hans svar den 18. november 1859 (fire dager før boken kom i salg) hevdet han at han hadde «for lenge siden, fra å sett kryssingen av husdyr og planter, lært å mistro dogmet om artenes stadighet». Darwin la til en utvidet utgave av Kingsleys avsluttende bemerkninger i den neste utgaven av sin bok. Kingsley var påvirket av Frederick Denison Maurice og var venn av mange viktorianske tenkere og forfattere, særlig George MacDonald.