Selskapet ble etablert i 1987 og var tidligere kjent som Avia. Skyways overtok Salair 15. juli 1991 og Highland Air mars 1997. Skyways inngikk samarbeidsavtale med SAS som i 1998 kjøpte 25% av Skyways. Eierne for Skyways var Salenia (72,7%), SAS (25%) og Janus (2,3%). Selskapet hadde 740 ansatte.