Senere gikk veien til Macao, der han virket ti måneder (1578–1579). Kontakten inn i Kina derfra var vanskelig; faktisk var det generelt forbudt for utlendinger å reise inn i landet. Ikke desto mindre var det allerede i 1565 fem tusen kinesiske kristne i byen. Pater Valignano ble meget fortørnet over å måtte fastslå at jesuittene i byen brukte mer tid på å betjene de ni hundre portugisere i kolonien fremfor å ta seg av kineserne. Han kom til Japan 25. juli 1579. Så fulgte mange år i en rekke ledende stillinger i jesuittordenens ledelse i Østen, med stadige reiser mellom India (Goa, Cochin), Kina (Macao) og Japan.