Selv om Séguier var en klar tilhenger av hoffpartiet under fronden, måtte han avstå fra sin verdighet som storsigillbevarer. Han ledet i 1642 rettassaken mot Henri Coiffier Ruzé d'Effiat, marquis de Cinq-Mars. Han fikk tilbake storsigillbevarervervet allerede i 1656. Han presiderte også den domstolen som dømte Nicolas Fouquet i 1661.