Han var elev ved en idrettsskole (CYSS) i sin hjemby Nakhodka og begynte sin profesjonelle fotballkarriere med Okean Nakhodka. Senere spilte han for SKA-Energija og Spartak Naltsjik. I desember 2007 skrev Fajzulin under en kontrakt som bindet ham til Zenit St. Petersburg i tre år. Han fornyet i desember 2012 sin kontrakt med Zenit St. Petersburg frem til 2016.