Frederik seilte fra Brindisi i juni 1228, men paven så ikke på dette som at keiseren overholdt sitt korstogsløfte, men som en provokasjon. Som ekskommunisert kunne ikke keiseren lede et korstog, og ble dermed ekskommunisert for andre gang. Frederik ankom det hellige land, men tempelridderordenen og andre nølte med å tilby støtte til en som nå var dobbelt bannlyst. Imidlertid var korstogshæren en liten armé i seg selv, så keiser Fredrik fremforhandlet en avtale med sultan Al-Kamil, underskrevet i februar 1229, der Jerusalem, Nasaret, Bethlehem og en liten kyststripe ble tilbakeført til kongeriket Jerusalem.