Spilleren skal kontrollerer Murphy Pendleton, en straffedømt som har stukket av fra fengsel. Murphy kan utforske byen til fots, eller ved å bruke de forlatte tunnelbanene som en snarvei til forskjellige deler av byen. Deler av bakhistorien hans kan avsløres gjennom notater eller tilbakeblikk i løpet av spillet. Hemmelige meldinger kan avdekkes ved bruk med en lommelykt av ultrafiolett stråling. Spilleren kan også forme Murphys karakter gjennom en rekke moralske valg som blir presentert gjennom spillet, ved å la karakteren enten handle på eller nekte muligheten til å redde ikke-spillerstyrt spillere.