I 1858, inspirert av et offentlig foredrag av den svenske forfatteren Frederika Bremer, ga Royer en serie på fire foredrag om logikk som kun var åpne for kvinner. Disse forelesningene ble veldig vellykket. Omtrent på denne tiden begynte hun å møte en gruppe landsforviste franske fritenkere og republikanere i byen. En av disse var Pascal Duprat, en tidligere fransk nestleder som levde i eksil, som lærte statsvitenskap ved Académie de Lausanne (senere universitetet) og redigerte to tidsskrifter. Han var 15 år eldre enn Royer, var gift og hadde et barn. Han skulle senere bli hennes elsker og far til hennes sønn.