Perus flagg stammer fra tiden omkring uavhengighetskampen mot Spania på 1820-tallet. Det første nasjonalflagget ble skapt i 1820 da frigjøringshelten José de San Martín marsjerte fra Argentina via Chile til Peru med sin Andeshær. San Martín skapte da et diagonalstripet flagg i fargene rødt og hvitt, og med våpenskjold i midten. Fargene rødt og hvitt skal etter legenden ha vært motivert av synet av en flamingoflokk som lettet. I mars 1822 ble et annet flagg tatt i bruk av uavhengighetstilhengere. Dette var vannrett delt i rødt over hvitt over rødt og hadde tegningen av en sol i midten. Solsymbolet har forankring i inkasivilisasjonen, men er også et frihetssymbol som på omtrent samme tid ble innført i flaggene for Argentina og Uruguay.