I mai 2018 forbød NFL spillere i å knele i protest under nasjonalsangen. I et intervju sa president Trump at NGL hadde gjort «the right thing» med de nye reglene. Han la til, «You have to stand proudly for the national anthem or you shouldn’t be playing. You shouldn’t be there. Maybe you shouldn’t be in the country.» Etter at han forlot 49ers i 2016 forble Kaepernick usignert i offseason og treningsleirene i 2017, som førte til anklager om at han hadde blitt svartelistet på grunn av hans politiske holdninger snarere enn hans prestasjoner på banen. I oktober 2017 leverte Kaepernick en klage mot NFL hvor han anklaget ligaens eiere for å samarbeidet om å holde ham ute av ligaen. Den 15. februar 2019 ble det annonserte at Kaepernick hadde inngått et forlik med NFL, og trakk dermed klagemålet.