Den første kirken i Nedstryn ble kalt Eid kirke etter gården den var bygget på, denne antas å være en stavkirke oppført på 1200-tallet. Gården ble senere kalt for . Rundt 1650 ble det bygget ny korskirke i tømmer. Da biskop Peder Christian Hersleb Kjerschow var på visitas i Nedstryn i 1851 var han av den klare oppfatning at kirken var i så dårlig stand at det måtte bygges en ny. Den gamle kirken ble da revet, og ny kirke ble innviet 6. november 1859 av prost Wilhelm Frimann Koren. Prekestol, døpefont og altertavle fra den gamle korskirken har tidligere befunnet seg på Bergens museum. I mai 2020 kom en kopi av alterfrontalet på plass i kirken. venstre|miniatyr|Det gamle alterfrontalet er å finne på Universitetsmuseet i Bergen, men det finnes kopier i Nedstryn kirke og på Borgarsyssel museum i Sarpsborg.