Under «den lange marsjen» kommanderte Zhu sammen med Zhang Guotao den vestlige forgreningen av Den røde armé, som bare klarte å trekke seg ut av provinsen Sichuan med det aller største besvær. Zhu ledet (under Maos politiske lederskap) gjenoppbygningen av den kommunistiske hæren i Yan'an. Under den andre kinesisk-japanske krig (1937–1945) og i den kinesiske borgerkrigs avsluttende fase fra 1945 til 1949 var Zhu kommunisthærens øverstkommanderende. Etter 1945 ble han øverstkommanderende for Folkets frigjøringshær, og var samtidig visepresident for KKP.