Biskop Schwarz fikk også en kontrovers i fanget ved utnevnelsen av Gerhard Maria Wagner til hjelpebiskop i hans bispedømme. Wagner var kjent for en rekke teologiske standpunkter som en del østerrikere avviste, og det hjalp ikke at han hadde ytret av Hurricane Katrina var en straff for New Orleans' synder. Mange liberale dekaner i Østerrike tok avstand av at Bispekongregasjonen i Roma med Schwarz' støtte hadde rådet paven til denne utnevnelsen. Wagner takket nei til utnevnelsen, etter to uker med massive utmeldelser fra den katolske kirke.