Biskop Franz Josef Rudiger ville helst ha Doppelbauer til sin etterfølger, men i stedet ble det en annen og Doppelbauer ble så raskt sendt tilbake til Roma der han var rektor ved . Han rakk å grunnlegge en skole for tyskspråklige barn i Roma før han den 17. desember 1888 ble nominert av keiseren til biskop av Linz etter biskop Ernest Maria Müllers tidlige død.