Loftus oppdaget de gamle gravfeltene ved Warka (det gamle Uruk) under sin tjeneste som geolog ved sir William Fenwick Williams persisk-tyrkiske grensereguleringskommisjon 1849-53, og hjemsendte arkeologiske funn til British Museum. I 1853 ble han utsendt av og ledet utgravninger - de første mer omfattende - i et flertall av de eldste babylonske byer, deriblant Ur i Kaldea, patriarken Abrahams fødeby. De oppgravde levninger ble anbragt på British Museum.