Selve skroget hadde fire nivåer, delt med tre dekk. Terminologien for skipsdekk på denne tid var ennå ikke standardisert, så publikasjoner fra Mary Rose Trust inneholder ikke dagens vanlige termer. Like over kjølen og under vannlinjen lå kjøkkenet, eller kabyssen, på underste dekk, der maten ble tilberedt for besetningen. Aktenfor kabyssen er det funnet en nedsenkning i midten av kjølsvinet. Dette er antakelig spor etter mastefoten til stormasten, helt i bunnen av skipet. Ved siden var en fordypning for lensepumpen. Mellom spantene i nederste dekk ble det lagt ballast og en del av skipets forsyninger, for å sikre stabiliteten. mini|Restene av «Mary Rose»s skrog. Man kan tydelig se samtlige dekk og det som er igjen av det nederste dekket i akterkastellet.