De to artene ble først skilt på bakgrunn av de forskjellige ekkolokaliserings-ropene. Tusseflaggermus har et rop på ca. 45 kHz, mens dvergflaggermusen bruker omkring 55 kHz. Etter at disse flaggermusene ble delt opp i to arter, har man funnet et antall andre forskjeller i utseende, habitat og etevaner.