Battra ble skapt av jordens livskraft for mange millioner år siden for å forsvare naturen og utslette menneskeheten. Mothra som er menneskenes beskytter, utkjemper en voldsom kamp mot Battra, og vinner. Battra går i dvale, men vekkes av et meteorittnedslag millioner av år senere. Hann flyger til Tokyo for å ta hevn over Mothra. I kampens hete kommer Godzilla. Mothra og Battra må midlertidig alliere seg i kampen mot Godzilla for å både forsvare jorden og menneskeheten.