Det var også en viss overlapping mellom antroposofi og nazisme. Rudolf Hess var bl.a. en ivrig tilhenger av biodynamisk jordbruk. Etter hans flukt til Storbritannia i 1941, ble Waldorfskolene stengt og antroposofisk litteratur beslaglagt. Etterhvert ble mange antroposofer sendt til konsentrasjonsleire.