Ved regnskogen snur elva retning mot sørøst og deretter mot sør til den munner ut i elva Marañón. Pastaza er ikke farbar for ferdsel med større båter enn kano. Den er stri, grunn og full av sandbanker og andre hindringer, samt at den er uberegnelig ved flom. Veien mellom Macas og Puyo krysser elva med ei bru.