Chalmers var i besittelse av stor organisasjonsevne, og oppgjorde planer om omfattende sosiale reformer og organiserte under sin virksomhet i Glasgow en effektivere og personligere fattigomsorg enn dittil. På grunn av atskillige misforhold vendte Chalmers seg mot patronatsretten. Da forhandlingene med regjeringen ikke førte til noen resultater, trådte Chalmers og hans tilhengere ut av nasjonalkirken og dannet i 1843 . Frikirken avstod fra alle kirker, prestelønninger med mer, men under Chalmers ledelse ble innen noen få år dens nyorganisasjon fullbyrdet.