Edvard Beneš ble født som sønn av en bonde i den lille landsbyen Kožlany i nærheten av Rakovník, omkring 60 km vest for Praha. Han tilbrakte mye av sin barndom i Vinohrady-distriktet i Praha, hvor han gikk på en skole mellom 1896 og 1904. Etter å ha studert filosofi ved Karlsuniversitetet i Praha reiste han til Paris for å studere ved Sorbonne og ved den uavhengige skolen for statsvitenskap . I 1908 mottok han en doktorgrad i rettsvitenskap i Dijon, hvoretter han underviste et par år ved den tsjekkiske handelshøyskolen i Praha. Etter at han i 1912 hadde tatt sin filosofieksamen, ble han lektor i sosiologi på Karlsuniversitetet. Han var også involvert i speiderbevegelsen.