Dausset ble innrullert i den franske hæren da den andre verdenskrig brøt ut og han ble sendt til Nord-Italia for et år. Da han kom tilbake til Paris i 1940, studerte han til sin medisinske eksamen som han bestod. Kort tid etter å ha tatt alle sine nødvendige medisinske eksamener, sluttet Dausset seg til de frie franske styrkene i Nord-Afrika som en ambulanse-arbeider. Han var opprinnelig stasjonert i Marokko, men ble senere sendt til det mer aktive Tunisia. Der måtte han blant annet utføre mange blodoverføringer på sårede soldater. Da verdenskrigen var avviklet, returnerte Dausset tilbake til Paris, der han jobbet i den regionale blodtransfusjonen ved Saint-Antoine Hospital.