I tillegg til vanlige motstandere, møter Samus to sjefer, Kraid og Ridley, som må beseires for å komme seg videre. Vanlige motstandere gir vanligvis litt ekstra energi eller ammunisjon når de blir ødelagt, og spilleren kan øke Samus sin bæreevne ved å finne lagringstanker eller beseire fiendtlige sjefer. Når Kraid og Ridley begge blir beseiret, kan spilleren omsider åpne veien til det siste området og konfrontere Mother Brain.