I 1547 døde kong Henrik, og ble etterfulgt av Edvard VI. Edvard var Englands første protestantiske monark; hans innførte protestantiske skikker i kirken, blant annet bruken av Thomas Cranmers nye . Maria hadde holdt trofast på sin katolske overbevisning og utfordret den nye ordningen ved å holde katolsk messe i sitt eget kapell. Hun ba sin slektning og tidligere forlovede keiser Karl V om å utøve diplomatisk press for å sikre henne retten til å praktisere sine troshandlinger slik hun selv ønsket. Karl truet med krig mot England om Lady Marias religiøse frihet ble krenket og hun ble igjen tillatt å be privat. Religiøse uoverensstemmelser skulle derimot fortsette å være et problem mellom kong Edvard og Maria. Da Maria var i trettiårene var hun til stede ved en sammenkomst i jula 1550 sammen med Elizabeth og Edvard. Den tretten år gamle Edvard refset henne da i hele hoffets påhør for å ignorere hans lover om gudsdyrkelse, og konfrontasjonen endte med at både Edvard og Mary brøt ut i gråt.