Han praktiserte også vajrayana, og anså Dorje Shugden som en av Gelugskolens mange beskyttere. Således kom han i konflikt med den 14. Dalai Lama. Fra 1990-årene besøkte han Kina flere ganger. Han ble godt behandlet av kinesiske myndigheter, og ifølge Dalai Lamas krets ble han brukt som et redskap i den kinesiske politiske propaganda mot Dalai Lama; Lama Tseta beskyldte ham til og med for «å prøve å myrde Dalai Lama».