I Sengoku- og tidlig Edo-periode var Hirado viktig for utenrikshandelen, særlig med Ming-dynastiets Kina og med nederlenderne. Det var også en katolsk menighet her, men under de forfølgelser av katolikker som kom tidlig på 1600-tallet, og som de kalvinistiske nederlenderne ikke så noen grunn til å motvirke, ble menigheten så godt som utslettet.