Reichskommissariat Ostland var oppdelt i fire underlagte regioner/enheter (Generalbezirke), Estland, Lettland, Litauen og Weißruthenien. Disse enhetene ble ledet av en Generalkommissær. De tre baltiske landene var videre inndelt i distrikter (Kreisgebiete) som var gruppert i hoveddistrikt (Hauptgebiete). Weißruthenien (Hviterussland) var derimot bare inndelt i hoveddistrikter. Den lokale administrasjonen av Ostland var ledet av Rikskommissær Hinrich Lohse. Under ham var det et administrativt hierarki bestående av Generalkommissærer, Hauptkommissærer og Gebietskommissærer. Det administrative sentrum var lokalisert i Riga.