Høyer forsket innenfor bærekraftig utvikling, bærekraftig byplanlegging, mobilitet og transport, og energi og miljø. Høyer var med på å stifte i 2008, en organisasjon som bidrar til debatten om bærekraftig utvikling og global oppvarming. Han var talsmann for bruk av «føre-var»-prinsippet i miljøforvaltningen. Høyer var en meget benyttet foreleser og debattant innen miljø, energi og bærekraftig utvikling.