Toppskarv er kjent fra kvartære forekomster langs kysten av Atlanterhavet, Middelhavet og Svartehavet. Den ble inntil ganske nylig (2018) regnet til slekten , men den ble flyttet til den monotypiske slekten med bakgrunn i en studie publisert av Kennedy & Spencer (2014). Arten har ingen nære slektninger i skarvefamilien, men er trolig søstergruppen til en amerikansk klade bestående av de to slektene og .