Sekretæren har ansvar for å føre protokollen, og å underskrive den sammen med Stortingets president. I praksis fører en valgt sekretær protokollen bare under Stortingets konstituering, høytidelige åpning og under møter for lukkede dører. Det er også den valgte sekretæren som undertegner vedtak om endringer eller tillegg til Grunnloven. Under vanlige møter i Stortinget er det en medarbeider fra Stortingets administrasjon som er sekretær. Dette ble innført i 1974 som en midlertidig ordning, men er ikke senere blitt formalisert.