I årene som fulgte, knyttet hun nære bånd til huset Habsburg. Blant annet giftet Margretes sønn Meinhard III seg med hertuginne Margarete av Østerrike. Dennes bror, hertug Rudolf IV, oppnådde i 1359 at pave Innocent VI opphevet bannlysingen. Margrete innsatte også Rudolf IV som sin arving etter at mannen Ludvig og sønnen Meinhard hadde dødd i hhv. 1361 og 1363. Før Tirol på denne måten ble overlatt til habsburgerne, innhentet Margrete folkets tillatelse. Dette er en av de første dokumenterte illustrasjonene på den sterke stillingen borger- og bondestanden hadde i Tirol. Ludvigs bayerske slektninger (huset Wittelsbach) gjorde imidlertid også krav på Tirol, men ble avfunnet med en pengesum av habsburgerne. Margrete flyttet etter sin abdikasjon til Wien, hvor hun døde i 1369.