Padre Pio led under den urett og de feil han ble utsatt for, men forble hele tiden lojal mot kirken og ga aldri uttrykk for noen bitterhet. Så snart han fikk anledning, vendte han all sin oppmerksomhet mot de mennesker som oppsøkte ham for trøst, hjelp og støtte. Blant de som ba om hans hjelp, var den 42 år gamle erkebiskopen Karol Wojtyla som ba Padre Pio om å be i forbønn for den kreftsyke polske legen Wanda Poltawska. Hun var blant dem som mirakuløst ble frisk, og erkebiskop Wojtylas brev om forbønn og takkebrev er bevart. Kort tid etter at Wojtyla var blitt ordinert som prest i 1946, hadde han besøkt Padre Pio som hadde fortalt den 26 år gamle nyutnevnte polske presten at han ville bli valgt til pave, noe som unektelig må ha fortont seg som svært utenkelig. Men da Karol Wojtyla ble utnevnt til pave Johannes Paul II, tok han tidlig initiativ til å starte helligkåringsprosessen av Padre Pio.