Værøy har ca. 500 registrerte kjøretøy og 22 km offentlig vei. Det er i tillegg fergeforbindelse til Bodø, Moskenes og Røst. Værøy har i tillegg en egen helikopterhavn på Sørland, med to daglige avganger til Bodø og som er Norges eneste regulære helikopterrute. Øya hadde tidligere egen flyplass på Nordland, Værøy lufthavn, men den ble avviklet etter Værøy-ulykken i 1990, der fem mennesker mistet livet. Flyplassen ble stengt på grunn av beliggenheten og på grunn av vanskelige vindforhold.