Seks år senere bor James, som nå går under navnet Logan, i Canada sammen med kjæresten hans Kayla Silverfox. Han er tømmerhugger, hun er lærer, og de har et flott hus i den canadiske ødemarken. Stryker og Agent Zero besøker Logan i arbeidstiden, og Stryker forteller ham at Wade og Bradley er døde, og at han tror at noen går spesifikt etter de gamle medlemmene av Team X. Logan nekter å bli med Stryker en gang til, men etter at han finner Kaylas blodige lik i skogen, finner han Victor i en bar, og de begynner å slåss - Logan taper. Etter dette oppsøker han Stryker, og han forklarer Logan at Victor har vendt seg mot Team X, og tilbyr Logan en måte å gjøre ham sterk nok til å ta hevn på Victor, og bruker drapet på Kayla som enda et argument for å gjøre dette. Logan går med på en smertefull operasjon som forsterker skjelettet hans med adamantium, et uforgjengelig metall. Etter at operasjonen er ferdig, prøver Stryker å bedra Logan ved å gi ordre om at minnene hans skal slettes, men Logan klarer å rømme. Et snilt, eldre ektepar lar ham sove hos dem en natt, men de blir drept av Agent Zero dagen etter. Logan dreper Zero, og sverger så på at han skal drepe Stryker og Victor.