Scavenius var utenriksminister under hele første verdenskrig og spilte hovedrollen i bestrebelsene på å få de krigførende parter til å akseptere den danske nøytralitetspolitikk og dermed holde Danmark utenfor krigen. Det medførte beskyldninger om å helle mot Tyskland og gjorde ham ille tålt i nasjonale kretser. Dette kom sterkt til uttrykk etter Tysklands nederlag, fordi han advarte mot å benytte de gunstige konjunkturer til å innlemme en tallrik tysk befolkning i det danske rike. I forbindelse med Genforeningen i 1920 holdt han derfor strengt på nasjonalitetsprinsippet. Flensburg skulle kun være dansk dersom et flertall av flensborgerne gav uttrykk for ønske om det. Det skjedde ikke, og etter press fra nasjonalistiske kretser forlangte kong Christian X at statsminister Zahle skulle oppløse riksdagen og utskrive nyvalg. Zahles vegring mot dette utløste hans avgang og den såkalte påskekrisen.