Etter pestepidemien i 1618 utstedet kong Christian IV i 1621 en forordning om institusjonen mellom Amagertorv og Gråbrødretorv som delte den opp i et tukthus og et barnehjem i oppdragende hensikt. Rentemester Christoffer Urne fikk overordnet ansvar, mens en foged stod for den daglige driften. I 1630-årene var opptil 700 personer satt til å behandle ull, silke, lin og bomull. Det var ikke ment som noen straff. Tid var satt av til skolegang og lek. Hensikten var å lære barna et håndverk de kunne leve av. Etter tre år som svenn i tukthuset fikk guttene økonomisk støtte til å etablere seg som frie håndverkere. Barna fikk god og nærende mat, noe Christian 4. jevnlig kontrollerte ved selv å prøvesmake den. Han fikk innrettet et eget kontor i porthuset, som ga navn til nærmeste gate som inntil ca 1850 het Tugthusporten (nå: Niels Hemmingsens gade). Kongen kunne finne på å stille kl 5 om morgenen for å kontrollere at læremestrene også var møtt frem slik de skulle. Trass i legetjenester og medisinsk behandling kunne ikke kongen hindre stor dødelighet blant barna. De mange epidemiene i byen grep raskt om seg der folk bodde tett. I 1618 var barnehjemmet, som da lå i Farvergade, så hardt ramt av pest at man ikke torde annet enn å stenge ned i en periode.