Klubben deltok i Mesterligaen i 2003/2004-sesongen. CSKA vant UEFA-cupen i 2004/2005 med 3-1 over Sporting Lisboa. Finalen ble spilt på Sportings hjemmebane, Estadio Jose Alvalade, men det gjorde ikke CSKA mye. Sporting tok ledelsen, men i annen omgang scoret CSKA tre ganger og snudde kampen. Dette var første gang et russisk lag vant en av Europacupene.