Pave Benedikt XVI innvilget den 21. august 2010 innvilget erkebiskop Agbotons førtidlige avskjedssøknad. Det hadde tidligere vært beskyldninger om politiske og økonomiske forbindelser med president Thomas Yayi Bonis regime, moralske problemer, om korrupsjon mot ham i media, og han ble sagt å tilhøre en frimurerlosje. Imidlertid ble påstandene ikke underbygget, verken da eller senere. Videre har det aldri blitt ilagt noen sivil eller strafferettslig sanksjon mot prelaten verken i Benin eller andre steder i verden. Men han ble tvunget av erkebiskop Michael A. Blume, apostolisk nuntius til Benin, til å gi avkall på sitt embete som metropolitanbiskop av Cotonou.