Små elver og bekker flyter gjennom nasjonalparken, inkludert Pećka Bistrica i Rugovakløften. I tillegg finnes Kosovos høyeste punkt, Đeravica (2657 m.), og noen små innsjøer som og i parken. De største byene og viktigste handelssentrene for området er Peja, Deçan, Junik.