Som EU-parlamentariker oppfordret Tomáš Zdechovský også til videre etterforskning av Andrej Babiš (Tsjekkias statsminister fra 2017), som var mistenkt for å ha svindlet til seg EU-subsidier som var ment for små bedrifter. Disse subsidiene skulle vært brukt til å bygge et konferansesenter kalt Čapí hnízdo, som statsminister Babiš var eier av. Zdechovský henviste også til en påstått interessekonflikt fra Andrej Babiš i å motta EU-tilskudd til Agrofert-gruppen, på grunn av mistanke om at Babiš selv fortsatt er eier.