I juni 2004 gikk Mourinho til Chelsea. Han fikk med seg flere medhjelpere fra Porto, og gikk raskt til innkjøp av nye spillere. Fra desember toppet Chelsea ligatabellen og var i sluttspillet i Champions League. I februar 2005 vant klubben ligacupfinalen i Cardiff, der de slo Liverpool F.C. 3–2 etter ekstraomganger.