Det var keiserinne Anna som i 1618 testamentarisk etablerte krypten. Byggingen av den barokke krypten ble innledet i 1622 og tok 11 år. Etter ferdigstillingen i 1633 ble sarkofagene til keiserinne Anna og den tysk-romerske keiser Matthias av Det tysk-romerske rike overført til krypten.