I middelalderen delte Messenia skjebne med resten av Peloponnes. Påfallende minner om disse konfliktene er ruinene av middelalderske festninger ved Kalamata, Asine (nå kalt Korone), Methone og Pylos. Messenia ble en del av Det bysantinske rike ved Romerrikets oppløsning på 400-tallet.