Det portugisiske opprøret var ikke det eneste problemet til hennes tiltredelse til tronen. Mange adelige i Portugal som tilhørte den pro-kastiljanske fraksjonen anerkjente også hennes ektemann, kong Johan I av Castilla, som deres monark ved å innrømme seg som vasall og lydighet, eksempelvis Lopo Gomes de Lira i Minho. Johan I av Castilla, slik som det kan bli lest i hans testamente datert 21. juli 1385, i Celorico da Beira, identifiserte seg selv som konge av Portugal og som mulig eier av kongedømmet, og uttrykte at om han døde før sin hustru, burde paven avgjøre om Beatrix eller hennes sønn (det vil si stesønn) Henrik III av Castilla burde bli hersker av Portugal.