Tilbake i Eliteserien i 1998 scoret Musæus fire mål for VIF. 1999-sesongen gikk tyngre for Musæus, og etter sesongen ønsket han seg bort fra Vålerenga til fordel for Lyn. Musæus ble imidlertid i Vålerenga, men 2000-sesongen endte nok en gang med nedrykk til 1. divisjon. Etter lite spilletid under trener Kjetil Rekdal i 2001 gikk Musæus til Brann før 2002-sesongen.