I nord grenser Sajanfjellene til Det sentralsibirske platå, i øst til Angara og Bajkalsjøen, i sør til Tannu-Ola fjellene, i vest til Altajfjellene og i nordvest går fjellene over i Det vestsibirske lavland. Sør før Sajanfjellene ligger republikken Tuva, og i nord republikken Khakasia og Krasnojarsk kraj.