Elva springer ut fra den nordvestre hellingen av Mount Tongariro sentralt på Nordøya. De første 60 kilometerne følger den en nordvestlig retning, før den vender sørover ved småbyen Taumarunui. Den mest spektakulære delen av elva er strekningen mellom Whakahoro og Pipiriki, der den passerer en rekke trange juv gjennom et av Nordøyas største områder av uberørt skog. Mye av dette området er del av Whanganui nasjonalpark. Det er også en rekke stryk på denne strekningen, og det er populært å padle med kajakk mellom Taumarunui og Pipiriki. Whanganui er New Zealands lengst farbare elv; helt opp til Taumarunui.