Etter det tyske angrepet på Sovjetunionen sommeren 1941 fikk Kirkenes rolle som forsyningshavn for tyske styrker på Murmanskfronten. Tyske styrker gikk til angrep på Sovjetunionen gjennom Petsamo 29. juni 1941. Okkupasjonsmakten anla en rekke befestninger eller støttepunkter langs Finnmarkskysten i tilfelle sovjetisk/alliert landgang. Det var støttepunkter ved Grense Jakobselv, Kobbholmen, Lille Jarfjordnes, Tårnet, Myrslett og Elvenes. Ved Munkelv-Neiden-Sandtangen var det sperrestillinger for opptil en bataljon (disse ble særlig viktig ved retretten i 1944). Det ble også lagt vei over Korpfjellet til Petsamo. Allerede høsten 1940 ble satt opp et lite kanonbatteri som kunne sperre Neidenfjorden og innløpet til Korsfjorden. På Bugøya og på Kiberg var det batterier som sammen dekket Varangerfjorden. Ved blant annet Nyrud og Holmfoss var det lagre med forsyninger til fronten. Ved Svanvik var det hovedkvarter for en divisjon. Disse støttepunktene dannet et ytre forsvar rundt Kirkenes. Mellom Kjelmøya og Holmengrålandet var flere minefelter, og rett før retretten ble Reinøysundet og Bøkfjorden minelagt. På Kjelmøya var det et batteri med 24 cm kanoner, feltartilleri og luftvern. Ved Oksebåsnes var det en kanonstilling og ved Rødberget et delvis ferdigstilt torpedobatteri. På Reinøy og Leirpollen var det luftvernkanoner. Inne på selve havna i Kirkenes var det en stilling med 15 cm kanoner på Prestøya og noen mindre kanoner på Haganes. Det var underjordiske anlegg på Haganes, Storhaugen, Prestelia, Jernbanelia og ved Turisthotellet. Luftvernet omfattet 30 kanoner og til selve forsvaret av Kirkenes var det avsatt 2000 til 2500 mann. Utbyggingen av Høybuktmoen begynte i 1941, flyplassen spilte en rolle både ved angrep på konvoiene til Murmansk og ved kampene om Murmansk. Kirkenes hadde en viktig strategisk rolle som forsyningsbase for den tyske hæren og som støttepunkt for fly og marine. I og rundt Kirkenes var det reist brakkeleirer med plass til store styrker. Ved Hesseng-Bjørnelvdal var det lagret 9-12 måneders forsyninger for opp mot 100.000 soldater. Mye av arbeidet ble utført av sovjetiske krigsfanger, samt noen arresterte norske lærere fra sommeren 1942. Tyske forsyninger kom i konvoi til Kirkenes og ble raskt angrepet av sovjetiske fly.