Takket være Malling-Hansen, ble også overdødeligheten blant de døvstumme drastisk redusert. I Døveinstituttets første år, fra 1824 til 1839, døde hele 31% av barna i løpet av sitt opphold ved Instituttet, først og fremst av lungesykdommer. Malling-Hansen innså at den viktigste faktoren for å holde barna friske, var å utvide arealet i klasserommene, slik at det ble flere kubikkmeter luft pr barn, og han tok i bruk et langt større areal til undervisningslokaler, samtidig som han utbedret og utvidet utearealene slik at elevene kunne delta i hagearbeid og få mer fritid i frisk luft. I Malling-Hansens periode, ble etter hvert dødeligheten på instituttet lavere enn hos tilsvarende grupper av hørende barn. Og barna sto nå opp kl. 6 i stedet for kl. 5 som tidligere.