Den flamske økonomien fikk en knekk da sørlige Nederlandene ble erobret og skilt fra de nordlige områdene. Tusener av de ledende, protestantiske byborgere flyktet til Holland eller England for å unnslippe inkvisisjonen. Byene forfalt, gresset vokste i gatene i Brugge og Gent, og Antwerpens blomstrende handel ble blokkert av hollenderne som kontrollerte elven Scheldes munninger. Ved freden i Westfalen i 1648 fikk de rett til å stenge Schelde for all skipstrafikk. En strøm av franske hugenotter og belgiske handelsborgere, kombinert med kapitalflukt fra Antwerpen, gjorde nå raskt Amsterdam til Europas ledende handelsby.