Veøyas nedgang som sentrum begynte trolig i middelalderen. Kannikembetet ble oppretthold etter reformasjonen og presten på Veøya avla kannikeden i 1588. Kirkeordningen fra 1589 fastslo at det skulle være 9 kirker «Vedøens» prestegjeld, disse skulle være betjenes av tre prester og Veøy skulle være hovedkirke. Fra 1600-tallet var ikke Veøy-prestene lenger kanniker. På 1600-tallet Veøy kirke inntekter fra 88 gårdsbruk og ble regnet som en av de rikeste i landet, blant annet ga den bidrag til istandsetting av Nidarosdomen. Under det store kirkesalget i 1723 ble Veøy med annekskirker solgt til rådmann Lorents Holst i Trondheim.