Langt verre var det for katolikkene som fantes innover i landet. De fikk lide fra begge sider. De ble for det meste dårlig behandlet av taipingerne (blant annet for deres «billeddyrkelse»), og flere prester og hundrevis av troende ble drept av dem i Nanjing, Yangzhou, Jinjiang og Hangzhou. For Qing-myndighetene var imidlertid alle katter grå; de så ikke annet enn nyanser mellom katolikker og taipingere og utstedte like så godt antikatolske dekreter. Katolikker ble arrestert enten som taipingere, eller rett og slett for sikkerhets skyld. Antagelig skyldtes myndighetenes henrettelse av en fransk prest i Guangxi i 1856 en slags kobling til taiping. Det var også derfor at korset på Beijings da eneste kirke ble beordret nedtatt.