Biomer i vann deles først opp i enten fersk- eller saltvannssystemer, for ferskvannsbiomer grupperer en videre etter om de er (stillestående vann) eller (strømmende vann, som i en elv). En rekke fysiske egenskaper med vann påvirker tilpasningen og fordelingen av levende organismer, som viskositet (motstanden vannet skaper mot bevegelse), tetthet, gjennomsiktighet, trykk, strømningshastighet, varmeledningsevne og varmekapasitet.