Det er gitt en rekke forskrifter til loven, og i forskrift om administrasjonen av 21. november 1980 ble det fastsatt at Sysselmannen på Svalbard inntil videre skulle tjenestegjør som sysselmann på Jan Mayen, med samme «forretningsområde» som i Svalbardloven, unntatt forretningene som politimester, notarius publicus og hjelpedommer. Denne ordning ble endret høsten 1994, slik at arbeidsoppgavene fra 1. januar 1995 ligger til fylkesmannen (senere statsforvalteren) i Nordland, men uten at Jan Mayen er del av noe fylke eller selv er gjort til noe fylke. Siden 2021 er det Justis- og beredskapsdepartementet som har det overordnede budsjettansvaret for Jan Mayen. Salten tingrett er førsteinstansdomstol for Jan Mayen.