Christer Fuglesang begynte sine studier i teknisk fysikk ved Kungliga tekniska högskolan i 1975 og ble sivilingeniør 1981. Han gjennomgikk videregående studier i eksperimentell partikkelfysikk ved Stockholms universitet, gikk ut i 1987 og ble foreleser i 1991. I 1989 ble han ved CERN.