I forbindelse med massakren i Bromberg fikk Wehrmacht klar ordre om å ikke hindre Einsatzgruppenes arbeid: General Adolf Strauss klaget da til overkommandoen over at ansvarsforholdene på denne måten ble snudd opp ned. Walther von Brauchitsch, hærens øverstkommanderende, minnet 18. september 1939 hærens kommandanter på at Wehrmacht var eneveldig i de okkuperte områdene og at forsøk på innblanding i militærdomstolene fra partiorganer (det vil si SS) skulle ignoreres. Himmler ga samme dag ordre til sikkerhetspolitet om at polske partisaner skulle henrettes. Under møte med Hitler, Heydrich og Himmler ble Brauchitsch presset til å la Einsatzgruppene drive sin virksomhet. I slutten av september var det stadig tautrekking om ansvarsområder og hva hærens kommandanter skulle informeres om.