Under NM i 2006 forsvarte Okparaebo gullet fra 2005, og satte samtidig ny personlig rekord med 11,70. Dette skjedde i en motvind på 1,5 meter pr sekund. Hun deltok også i junior-VM i friidrett 2006 der hun deltok både på 100 meter og 200 meter. Hun nådde semifinalen på 100 meter, men tiden 11,83 holdt ikke til finaleplass. På 200 meter løp hun på 24,43 i sitt kvalifiseringsheat, som holdt til fjerdeplass i dette heatet, men ikke plass i semifinalen.