Stoney ble Manchester Uniteds første trener, og trente dem fra juni 2018 til mai 2021. I den første sesongen vant United Championship og rykket opp til WSL. 14. juli 2021 ble det kjent at Stoney skulle bli hovedtrener for det nyopprettete laget San Diego Wave i NWSL, som først begynte å spille kamper i 2022. Etter syv kamper uten seier, fikk Stoney sparken.