Man hører om Munkholmen i Snorre, der den heter Nidarholm og ble brukt som rettersted på 900-tallet. I 1028 ble Nidarholm Mariakloster, Norges eldste kjente kloster, etablert på øya. Benediktinerklosteret var i virksomhet fram til reformasjonen. På 1600-tallet ble navnet Munkholmen tatt i bruk, og Munckholm festning ble anlagt. Deler av festningen er i dag en severdighet. Festningen ble brukt som statsfengsel, og den mest kjente fangen som satt der, var Peder Schumacher Griffenfeld. Den franske forfatteren Victor Hugo skrev romanen om hans fangenskap her. Under andre verdenskrig bygde tyskerne faste luftvernstillinger på Munkholmen.