I filmen The phantom ruins in the depths of the earth har Shikamaru overtatt hovedrollen som vanligvis tilhører Sasuke. Han er sammen med Naruto Uzumaki og Sakura Haruno. Handlingen går ut på at den onde Haido gir seg ut for å ønske å lage en fredelig verden, men i virkeligheten ødelegger han alt han kommer over. Filmen starter med at Gaara sammen med Kankuro og resten av Sand Landsbyen møter noen mystiske soldater som vil ødelegge dem. Når vi møter Shimamaru, Sakura og Naruto blir også de angrepet av soldater i rustning. De møter også kort tid etterpå Temujin som også kjemper mot de mystiske soldatene. Naruto blir skilt fra resten av laget sammen med Temujin samt at de blir slått i svime. Naruto vokner i en karavane som ledes av Kahiko. I filmen er Shikamaru den første som oppdager at det brukes menneskesjeler som ga sine liv i den beste tro om fred i verden, men sjelene deres ble i stedet brukt til de mystiske soldatene. Med hjelp av Kankuro klarer tilslutt Shikamaru, Naruto og Sakura å ødelegge slottet til Haido.