I embedet som militær-generalvikar forsøkte han å videreføre den henrettede presten José Burgos' arbeide med å filippinisere den katolske kirke på Filippinene. Han offentliggjorde en rekke manifester som oppfordret det filippinske presteskap til å organisere seg og overta styringen med kirken i landet. På den tid var alle biskoper og så godt som samtlige sogneprester spanjoler. I 1899 anklaget kirken ham for å anstifte til opprør, hvorpå han ble ekskommunisert fra Den katolske kirke.