Sesong 9 hadde premiere i USA 23. september 2013, og er den aller siste sesongen. Med unntak av den aller siste episoden, finner hele sesongen sted i de 56 timene frem til Barney og Robins bryllup. Det kommer også frem at Teds fremtidige barn heter Penny og Luke. I sesongavslutningen blir det avslørt at etter tre års ekteskap tar Barney og Robin ut skilsmisse. Barney blir far til et barn unnfanget gjennom en one night stand. Marshall får jobb som dommer, og han og Lily får tre barn sammen. Teds kone heter Tracy og dør av sykdom i 2024, seks år før Ted forteller sine barn hele historien om hvordan de møtte hverandre. Når han er ferdig med historien bestemmer Ted seg (på oppfordring fra sine barn) å be Robin ut på stevnemøte.