I løpet av 1990-tallet nådde Fulham bunnen sportslig, men klarte å reise seg mesterlig. Klubbens laveste ligaplassering kom i 1996 da de havnet på 17. plass på nivå 4 (totalt 91. plass av alle lag). Micky Adams ble spillende trener etter nevnte sesong og laget ryddet direkte opp. Millionæren Mohammed Al-Fayed kjøpte klubben sommeren 1997. Adams gikk videre til og Ray Wilkins ble nye hovedtrener med Kevin Keegan som . Laget kom på femte plass på nivå tre i 1998 og skulle spille play-off, men Wilkins fikk sparken og Keegan overtok. De tapte 1–2 sammenlagt mot . Neste sesong ledet Keegan laget til opprykk på en suveren måte, laget tok hele 110 poeng av 138 mulige. Keegan sluttet deretter for å bli trener for Englands landslag, og veteranspilleren Paul Bracewell overtok ledelsen i Fulham.