Som menneskerettsorientert forening la dermed NKL, i likhet med sine søsterorganisasjoner internasjonalt, fra etableringen til grunn at rasisme, homofobi, transfobi m.v. er uforenlig med formålet om å arbeide for alle jenters og kvinners menneskerettigheter, og at det er viktig å arbeide helhetlig for alle jenter og kvinner. NKL har engasjert seg i minoritetskvinners situasjon, bl.a. i forbindelse med innstramningstiltak i utlendingslovgivningen. Medlem av NKLs ekspertutvalg Helga Eggebø var en av forskerne bak rapporten , som dokumenterte at transpersoner er særlig utsatt for diskriminering.