Kabuls fall markerte begynnelsen på Talibans sammenbrudd over hele landet. Innen 24 timer var alle de afghanske provinsene langs grensen til Iran, heriblant byen Herat, falt. Lokale Pashtun-kommandører og krigsherrer hadde overtatt makten i det nordøstlige Afghanistan, herunder nøkkelbyen Jalalabad. De siste gjenværende talibantropper i nord (som primært bestod av pakistanske frivillige) falt tilbake til den nordlige byen Kunduz for å holde stand der. Den 16. november ble Talibans siste tilholdssted i det nordlige Afghanistan beleiret av Nordalliansen. Omkring talibansoldater, ledet av utenlandske kombatanter, nektet å overgi seg, og fortsatte en ferilsk motstand. Samtidig var Taliban blitt drevet tilbake til sitt maktsentrum i det sørøstlige Afghanistan, omkring Kandahar.