Etter å ha reist til Sverige 1941 for partiet, ble han i 1942 anholdt og arrestert der. Hans oppdrag i Sverige hadde vært for å bygge opp motstandsbevegelsen i Tyskland. Han ble satt i fengsel etter å ha blitt dømt til ett års straffarbeid ved Stockholms Rådhusrätt for ulovlig etterretningsvirksomhet. Wehner satt blant annet i Falun, Vänersborg og på Långholmen. Han ble under denne tiden ekskludert fra kommunistpartiet.