Hardanger len stod i særstilling innen Bergenhus hovedlen ettersom Hardanger sysle, senere Hardanger fogderi ble slått sammen med Halsnøy kloster og forlent til i all hovedsak danske adelsmenn som vanligvis satt i Danmark. Lenet ble bestyrt av en lokal fogd eller sysselmann, mens lensherren selv sjelden eller aldri satte sin fot i lenet. På Halsnøy klostergods var det store og gode hus, hvor lensherrene bodde dersom de styrte lenet selv, eller fogden om lensstyringen var forpaktet til ham.