Slaget markerte et vendepunkt i ptolemeisk historie, blant annet førte det til en voksende innflytelsen fra innfødte egyptere i den ptolemeisk administrasjon og kultur. Seieren bevarte Ptolemaios' kontroll over Koilesyria, men den svake kongen avsto fra å avansere ytterligere inn i Antiokos' rike, selv å gjenerobre Seleukia Pieria. Det ptolemeiske kongedømme fortsatte å bli svekket i de påfølgende årene, belastet av økonomiske problemer og hyppige opprør. Nasjonalfølelser utviklet seg blant de innfødte egyptere som hadde kjempet ved Rafia, og en del brøt ut og etablerte deres eget kongedømme i Øvre Egypt som det ptolemeiske kongedømme først fikk gjenerobret i 185 f.Kr.