I 1843 byttet universitetet navn til Det nasjonale universitetet, og dagens formelle navn, Det nasjonale og Kapodistrias universitet i Athen, ble vedtatt i 1911 etter at forretningsmannen Ioannis Dombolis, som var en venn av politikeren Ioannis Kapodistrias, skjenket en stor pengesum til etableringen av et universitet til Kapodistrias' ære.