Bouguereaus rykte og popularitet har etter hans død opplevd oppturer og nedturer. Da den abstrakte kunsten var på sitt høydepunkt i mellomkrigstiden, ble hans malerier, sammen med Albert Bierstadt og Frederic Church, sett på som altfor realistiske. Og mange av hans verk ble derfor totalt ignorert av kunstmiljøet. Men da pop-kunst revolusjonen kom i 1960-årene, fikk Bouguereau tilbake noe av sitt gode rykte. Andy Warhol eide selv ett av hans malerier, og Salvador Dalí kalte Bouguereau et geni. Kunstnettsiden har Bouguereau som deres hovedattraksjon og er kjent for å fremheve hans verk. Nettsiden rangerer Bouguereau som en av kunsthistoriens fremste kunstmalere. Bouguereau har hatt flere malerier ved Christie's årlige auksjonshus, og enkelte malerier har nådd flere titalls millioner. Hans dyreste maleri solgt ved en offentlig auksjon er «» solgt for 3,5 millioner amerikanske dollar i år 2000.