Ved bruk av NMR ser en på hovedsakelig ett grunnstoff. I et molekyl vil grunnstoffene innvirke på hverandre og ved hjelp av NMR kan en finne ut hvordan molekyler er bygd opp. Det er også mulig å se på to eller flere grunnstoff på en gang for å finne ut hvilke som kobler (innvirker) på hverandre. Avhengig av det kjemiske miljøet rundt et proton, vil ulike protoner resonerer med litt ulik frekvens. Samme gjelder for andre grunnstoff. Elektroner skjermer kjernene og på den måten senker de magnetiske feltet rundt et proton, som så trenger lavere energi for å resonerer. Når elektroner frastøtes protonet, blir det mindre skjermet og føler et sterkere magnetisk felt, og derfor høyere frekvens for å resonerer. På denne måten kan NMR gi informasjon om protonetes omgivelser.