Flagget er et av Europas eldste, og er basert på emblemet til kantonen Schwyz, som er et rødt flagg med et lite gresk kors i det ene hjørnet. Som merke for edsforbundet kan det hvite korset mot rød bakgrunn dokumenteres første gang i 1339. Det ble da benyttet på uniformer under slaget ved Laupen. Offisiell fastsettelse kom imidlertid først i 1814, da korset ble innført i konføderasjonens segl. Året etter, i 1815, ble det hvite korset på rødt gjort til offisielt kjennetegn som armbind for soldater i hæren. I forbindelse med den nye grunnloven i 1848 vedtok regjeringen det hvite korset på rødt som flagg også for den nye . Detaljer angående flaggets utseende ble vedtatt 12. desember 1889. Inntil da rådet det ulike oppfatninger om korsets dimensjoner i forhold til flaggduken.