Almagro skyndte seg etter, men da han ankom Cajamarca, fant han at Pizarro allerede hadde tatt Atahualpa til fange og fått ham til å fylle et av palassets rom med gull og ett med sølv mot løfte om å bli sluppet fri. Almagro forlangte at gullet og sølvet skulle fordeles likt mellom Pizarro og Almagro og begge parters menn, men det nektet Pizarro; det var han og hans menn som hadde gjort grovarbeidet, og da skulle de ha mest. Almagro og hans menn skulle få 1/10. Almagro var rasende. Han svarte med å nekte Pizarro å løslate Atahualpa. Han fikk også høre at landet hadde vært igjennom en borgerkrig, og at Atahualpas motstander, broren Huascar, hadde blitt tatt til fange like før de hvites ankomst, i tillegg til at Huascar var den rettmessige arving til tronen. Almagro øynet en sjanse til å vinne spillet om makten, og sendte noen av sine ryttere sørover til stedet Huascar ble holdt som fange for å befri ham og utrope ham som hersker. Men Atahualpa fikk høre om Almagros planer, og var raskere med å sende beskjed sørover. Da rytterne ankom fangeleiren, var Huascar drept. Almagro ble igjen tatt ved nesen. Han var rasende, og forlangte at Atahualpa skulle dømmes for brodermord, flerkoneri og incest. (Han var etter inkaenes tradisjon gift med sin egen søster). Han ble stilt for en spansk domstol, og ble dømt til døden og garrotert.