I 1987 og 1989 testet han positivt, og etter at karrieren var over innrømmet han å ha brukt kortison og amfetamin, men var etter egne opplysninger en av svært få i som ikke rørte de nye dopingmidlene EPO og veksthormoner. Under klatreetappen opp i Tour de France 1993 følte han seg så sterk at han prøvde seg på et brudd, men opplevde at flere titalls ryttere, også ryttere av hans egen generasjon som tidligere var ham underlegen i fjellene, passerte ham med den største letthet. Etter denne opplevelsen var Fignon tilintetgjort som sykkelproff og la opp sent samme år.