Tegetthoff fikk sin første kommando som sjef på skonnerten «Elisabeth» i 1854. Dette var under den intensive omleggingen til dampdrevne fartøyer i den østerrikske marinen som også Tegetthoff var et sterk tilhenger av. I 1855 ble han sjef for hjuldamperen «Taurus», og patruljerte ved Donaus munning ved Sulina under Krimkrigen. Dette medførte at han gjorde seg positivt bemerket overfor erkehertug Fredinand Maximilian av Østerrike, som da var (øverstkommanderende for marinen). Tegetthoff ble utnevnt til i 1857, og han tjenestegjorde på en halvoffisiell vitenskapelig ekspedisjon til Rødehavet. Etter å ha vist særlig gode diplomatiske og organisatoriske evner, ble han i desember 1857 utnevnt til stabsoffiser. Det følgende året ble han skipssjef på den nye korvetten «Erzherzog Friedrich» som seilte på kysten av Marokko, hvor det på den tiden var stor indre uro.