Nesten umiddelbart etter Burke og Hare-saken, begynte Royal College of Surgeons of Edinburgh å forfølge ham. I juni 1831 avsatte de ham som kurator det muséet han hadde foreslått og grunnlagt. I det samme året ble han nødt til å trekke seg fra hæren og fikk ikke videre tjeneste i Kappkolonien. Dette fjernet hans siste kilde til en garantert inntekt, men heldigvis ble forelesningene hans mer populære enn noen gang med en rekord 504 studenter. Hans skole flyttet til større lokaler i Old Surgeons' Hall i 1833, men hans forelesninger mistet studenter etter at University of Edinburgh etablerte sin egen anatomiklasse på midten av 1830-tallet. Knox fortsatte å kjøpe kadavre for sine disseksjonklasser fra slike folk som ble kjent som «Black Bull Man», men i 1832 kom Anatomiloven som gjorde organer mer tilgjengelig for alle anatomer, og hans konkurransefortrinn ble borte.