Heydrichs omdømme som en effektiv bekjemper av regimets fiender var avgjørende for at Martin Bormann, Hitlers sekretær, anbefalte ham overfor Hitler som riksprotektor for Böhmen og Mähren. På grunnlag av informasjon innsamlet av hans agenter ga Heydrich klart inntrykk av at Neurath ikke hadde kontroll over situasjonen i riksprotektoratet. På grunn av økende motstandsaktivitet (ifølge Heydrich) og fallende produksjon i den viktige tsjekkiske våpenindustrien bestemte Hitler seg for å erstatte Neurath i slutten av september 1941. Neurath ble offisielt sykmeldt på ubestemt tid.