Gamle Uppsala var antagelig en sentralt sted innenfor det forhistoriske maktstrukturen i dagens Svealand. I den eldre jernalder lå stedet nord for en fjord som forente vannstrømmen fra det østlige Attundaland med viken fra Mälaren i sør. Nord fra stranden og Gamle Uppsala rant dagens Fyrisån, hvilket etter en kort trekking av båter åpnet vegen for ferd i Tiundaland. Stedets posisjon tilsvarte Stockholms senere posisjon, et lås mot de indre vannvegene og et religiøst og administrativt handelssentrum med forbindelse mot havet. Etter at domkirken brant ned i 1251 ble det besluttet å flytte erkebispesetet til dagens Uppsala. Overføringen av relikvier skjedde i 1273. Flyttingen minsket Gamle Uppsalas betydning og kan ha hatt begrunnelse i at vannvegene ble endret på grunn av landhevingen.