Imidlertid var ikke Jansen bare opptatt av teologi, men hadde også politiske drømmer: Han håpet på at et Flandern skulle bli frigjort fra det spanske styre, etter Nederlands eksepel. For å dempe de uunngåelige vanskene med spanjolene skrev han under pseudonymet «Armacanus» den politiske pamflett I den fordømte han den kardinal Richelieus lumske politikk, som fikk i stand en pakt med kalvinister for å skade det katolske Habsburg.