Etter å ha avlagt examen artium ved Bergen katedralskole, studerte Vahl botanikk ved København universitet og i Uppsala under Carl von Linné. Han redigerte fasc. XVI-XXI (1787–1799), I-III (1790–1794), I-IV (1796–1807) og I-II (1804–1805). Han foreleste ved Botanisk have i København fra 1779 til 1782.