Margarete ble født en gang i 1230 som datter til fyrst Sambor II av Pommern fra den herskende familien i Vendern i dagens Kaschubisch og hans hustru Mechtild av Mecklenburg. Foreldrene hadde et fyrstedømme i Gdańsk Pommern. Hennes besteforeldre på morssiden var Heinrich Burwin II av Mecklenburg, fyrste i Rostock, og hans hustru Christine fra Sverige, muligvis en datter av kong Sverker den yngre og oppkalt etter sin mormor Christine Stigsdatter. Margarete kan ha fått sitt fornavn, den gang sjeldent i nordlige Tyskland og Polen, til ære for sine slektninger på morssiden i Sverige. I Norden var navnet kjent fra blant andre Margrete Fredkulla (1085–1135), Margrethe Knudsdatter (ca 1129-) og Margrete Eriksdatter (1155–1209).