Det finnes en rekke museer i Tomsk viet til ulike tema, særlig kunst, lokal historie og treskjæring. Det finnes også et museum for undertrykkelse, som ligger i KGBs tidligere fangekjeller. Statsuniversitetet i Tomsk har en rekke små museer med utstillinger for arkeologi, paleontologi, zoologi, samt et herbarium og en botanisk hage.