Amur-jernbanen var opprinnelig administrert av det russiske kommunikasjonsdepartementet, med kontor i Khabarovsk. Fra 1922 (etter Sovjetunionens opprettelse) ble den administrert av Folkekommissariatet for kommunikasjon. I 1959 ble Amur-jernbanen og Transbajkal-delen av Den transsibirske jernbanen slått sammen og omorganisert til Transbajkal-jernbanen.