Vikernes ble også tiltalt for nedbrenningen av Fantoft stavkirke i Bergen. Legdommerne avga kjennelsen ikke skyldig mens fagdommerene avga kjennelsen skyldig. Fagdommerne hevdet at skyldspørsmålet var klart. Selv om fagdommerne mente dette var en feil fra legdommernes side, ville de ikke ta opp saken på nytt. Senere anke til høyere rettsinstans ble avvist. Han ble frifunnet på dette punktet grunnet dissens i lagmannsretten.