Tradisjonelt sett er bosnjaker muslimer. Men det er allikevel en del som er ateister, agnotister og deister. Dette er stort sett som en følge av moderne påvirkninger og kommunismen i perioden 1945 – 1992. Før krigene på Balkan hadde ca. 10 % av bosnjaker tilhørighet til en av disse tre. I dag er en overveldende 97 % bosnjaker Sunnimuslimer. Sufisme har også hatt en viktig rolle historisk sett.