Hepburns far ble stadig mer fraværende og begynte etter hvert å vise interesse for fascistisk politikk. I 1935 forlot han familien uten forvarsel, og Hepburn har senere sagt at dette gjorde uutslettelig inntrykk på henne. Senere tok Hepburns mor med seg Hepburn og hennes halvbrødre tilbake til eiendommen i Arnhem, og morens søknad om skilsmisse ble innvilget. Hepburn gikk deretter på en privatskole i Elham i det engelske grevskapet Kent. Hun gjenopptok kontakten med faren i 1960-årene da ektefellen Mel Ferrer sporet han opp i Dublin. Hepburn forsørget faren sin til han døde i 1980.