Men i 1639 ble han fakket i Sendai mens han lå i dekning hjemme hos noen kristne. Han ble sendt til Edo; der møtte han eks-presten Cristóvão Ferreira som allerede hadde avsverget sin kristne tro. Men fader Kibe oppfordret ham sterkt til å vende tilbake til troen. Fader Kibe ble sterkt torturert, men uten å oppgi sin tro. Han klarte til og med å trøste og oppmuntre to andre kristne i «torturhullet» som også ble torturert til døde. Rasende vakter trakk ham derpå opp av gropen og gjennomboret ham med et spyd.