Eupen ble første gang nevnt i 1215. Den var del av Hertugdømmet Limburg og kom dermed senere til Huset Brabant; i 1477 falt hele området til de østerrikske Habsburgere. Til tross for sin tilknytning til de Nederlandene ble Eupen slått til Preussen i 1815 under Wienerkongressen. Etter slutten av første verdenskrig ble det og nabokommunen Malmedy flyttet tilbake til Belgia gjennom Versaillestraktaten.