Spillet begynner med at keiser Buggler gjenoppliver fem nye roboter, for å være hans nye håndlangere, Five Dastardly Bombers. I mellomtiden, på Planet Bomber, bor Bomberman Brothers; åtte roboter skapt for å være universets helter. Men det bare den aller eldste broren, White, som har nødvendig mentalitet og disiplin for å ta på seg denne rollen. Han får ikke sine yngre søsken til å ta oppdragene deres på alvor.