I spillet kontrollerer man rollefiguren Aiden Pearce, en borgerverner som kan hacke seg inn i diverse elektronikk som er koblet opp mot byens sentrale operativsystem (ctOS), noe som lar spilleren løse oppgaver på forskjellige måter. Hackingen gjøres med Aidens smarttelefon, som har forskjellige applikasjoner som kan brukes til å få informasjon om byens innbyggere, og til å oppdage og stanse kriminalitet. Med telefonen kan spillerne hacke NPC-ers telefoner for å få tilgang til bankkontoer, samt låse opp nye biler, våpen og musikk, eller hacke for eksempel trafikklys for å forårsake kollisjoner. Spilleren får også informasjon om sivile, og kan lytte til telefonsamtaler og lese tekstmeldinger som sendes av sivile. Man kan også hacke tog og sikkerhetsbarrierer og stenge av strømmen til hele byen.