Megawati Sukarnoputri stilte som presidentkandidat ved valget i juli 2009, men tapte for sittende president Susilo Bambang Yudhoyono. Sammen med den tredje presidentkandidaten hevdet hun at valget hadde store uregelmessigheter, og krevde at Yudhoyonos valgseier måtte annulleres. I august 2009 ble kravet avvist av Indonesias forfatningsdomstol.