CRISPR antas å ha svært mange bruksområder innen forskning, medisin, landbruk og næringsmiddelindustrien. Kreft, HIV, blindhet, arvelige blodsykdommer og andre sykdommer der selve cellene i kroppen trenger behandling, antas å kunne behandles med CRISPR. Planter og sopp kan gis immunitet mot sykdommer eller resistens mot tørke. Melkekyr i USA har fått endret et gen så de ikke får horn. Gen-drivere kan brukes til å gjøre mygg ikke kan spre malaria, eller gjøre mygg infertile og effektivt utrydde hele populasjoner.