Nantong består av to bydistrikter, fire byfylker og to fylker: Bydistriktet Chongchuan (崇川区), 215 km², 670 000 innbyggere; Bydistriktet Gangzha (港闸区), 134 km², 180 000 innbyggere; Bydistriktet Tongzhou (通州区), 1 343 km², 1,27 mill. innbyggere; Byfylket Haimen (海门市), 1 148 km², 1,02 mill. innbyggere; Byfylket Qidong (启东市), 1 191 km², 1,13 mill. innbyggere; Byfylket Rugao (如皋市), 1 531 km², 1,43 mill. innbyggere; Fylket Rudong (如东县), 1 872 km², 1,08 mill. innbyggere; Fylket Hai'an (海安县), 1 110 km², 960 000 innbyggere.