Utenom tiåret 1872–1882, som han tilbrakte i Bergen, bodde han resten av livet i Nederland. Da hans ønske om å gjenreise familiens gamle handelshus sammen med broren mislyktes, slo han seg ned i Amsterdam som bylege, og bodde der resten av livet. Da Prahl døde i 1921, ble urnen hans ført til Bergen og satt i familiegraven på St Jakobs kirkegård. Graven er senere slettet.