Bisjkek ligger ligger 800 moh., like utenfor nordsiden av fjellkjeden Ala-Too, som er en forlengelse av fjellkjeden Tian Shan. Disse fjellene er opp til meter høye og gir et spektakulært bakteppe til byen. Nord for byen ligger en fruktbar og bølgende steppe seg langt nordover til nabolandet Kasakhstan. Tsju-elven går igjennom det meste av området.