Etter utbruddet av andre verdenskrig ble Waterhouse i 1941 forfremmet til orlogskaptein. I desember samme år fikk han fartøyskommando over jageren HMS «Viscount». Her ledet han blant annet i august 1942 en norsk styrke av korvetter under jakt på tyske undervannsbåter i Atlanterhavet. Innsatsen ble belønnet med det norske Krigskorset med sverd, vedtatt i statsråd 13. november 1942.