Trass i sine religiøse reformer var Cromwell en god venn og støtte for dronning Katarinas datter, den katolske prinsesse Maria. Han klarte ikke å overtale kongen til å la piken få besøke sin mor da moren lå på dødsleiet, men han lyktes i å sikre henne et rimelig livsopphold. Til sist gikk det rykter om at de to tenkte å gifte seg. Cromwell var allerede over femti; Maria bare 21, og ingenting tyder på at han var noe annet enn en farsfigur hun støttet seg til, og som hadde vernet henne mot den biologiske faren - kongens - vrede. Men da lady Beauchamp bar sin førstefødte til dåpen, var dronning Jane, hendes stedatter prinsesse Maria og Thomas Cromwell gudforeldre; og da Cromwells sønn Gregory selv ble far, sendte prinsesse Maria gave både til dåpsbarnet og til jordmoren.