Aalborg kloster ledes av et styre, som består av biskopen av Aalborg stift, statsforvaltningsdirektøren i Nordjyllands statsforvaltning, borgmesteren i Aalborg, sognepresten i Vor Frue Kirke, domprosten i Aalborg domsogn og regionspolitidirektøren i Nordjylland. Siden 1999 har Jens Aa. V. Schulz vært klosterforstander i Aalborg kloster. Klosterforstanderen er kongelig utnevnt, og Aalborg kloster har anledning til å flagge med splittflagg.