Mot slutten av 1970-tallet splittet WUO i to fraksjoner, May 19 Coalition og Prairie Fire Collective. Dohrn og ektemannen Bill Ayers tilhørte den sistnevnte gruppen som ønsket å forlate livet under jorden. Medlemmene i May 19 Coalition forble under jorden. I 1980 overga Dohrn og Ayers seg til politiet etter 11 år på rømmen. De fleste av tiltalepunktene måtte droppes på grunn av myndighetens lovbrudd i jakten på WUO-medlemmene. Dohrn forble fri, men med prøvetid. Etter å ha nektet å vitne mot tidligere WUO-medlem Susan Rosenberg som var tiltalt for væpnet ran, måtte Dohrn sone litt under ett år i fengsel.