Watson har særlig forsket på utvikling av kjernefysiske og konvensjonelle våpen, politisk vold og forholdet mellom sivilsamfunn og militæret i den tredje verden. Andre forskningsområder inkluderer militært engasjement i mellomstatlige spørsmål og hvilken effekt de har på forholdet mellom sivilsamfunnet og militæret i Kina.