Han var en av etterkommerne av Jean-René Bönickhausen, som hadde emigrert fra den tyske byen Nettersheim og bosatt seg i Paris i begynnelsen av 1700-tallet. Familienavnet Eiffel stammer fra fjellkjeden Eifel i Tyskland, som er hvor familien kom fra. Selv om familien alltid brukte navnet Eiffel, ble han døpt som Gustave Bonickhausen dit Eiffel, og navnet hans ble ikke formelt endret til Eiffel før i 1880.