Med nesten 200 beskrevne arter, inkludert mer enn 160 endemiske, er Bajkalsjøen sentrum for et mangfold av akvatiske ferskvanns-fåbørstemakker. Et mindre antall andre ferskvannsleddormer er kjent: 13 arter av igler (Hirudinea) og 4 flerbørstemarker. Flere hundre arter av rundormer er kjent fra innsjøen, men en stor andel av disse er ikke beskrevet. Det er mer enn 140 endemiske arter av flatormer (Plathelminthes) i Bajkalsjøen, hvor de forekommer på et bredt spekter av bunntyper. De fleste av flatormene er rovdyr. De opptrer ofte svært tallrike i grunne farvann, der de vanligvis er mindre enn 2 cm lange, men i de dypere delene av sjøen kan den største, , nå opp til 30 cm når den er utstrakt.