Den 6. juni 1991 ble han utnevnt til titulærbiskop av og hjelpebiskop i Rottenburg-Stuttgart av pave Johannes Paul II. Den 31. august 1991 ble han ordinert til biskop av Walter Kasper i Rottenburgs katedral . Medkonsekratorer var hjelpebiskopene Bernhard Rieger og Franz Josef Kuhnle. Han ble biskoppelig vikar og var fram til 2004 ansvarlig for preste- og teologisk opplæring samt trosopplæring for prestetjeneste. I 1999/2000 ledet han også bispedømmet som bispedømmeadministrator. I 2004 ble han leder for avdeling for liturgi, kunst, kirkemusikk, arkitektur og monumentbevaring. Johannes Kreidler var også katedraldekan frem til juli 2015 og var -medlem uten stemmerett i kunstforeningen i Rottenburg-Stuttgart bispedømme.