Ignatjev er utdannet fra Statsuniversitetet i Moskva, og tok doktorgraden i 1980. Han underviste deretter ved ulike handelshøyskoler, før han ble statssekretær i det russiske finansdepartementet. Han hadde deretter flere ledende stillinger i det russiske statsapparatet, deriblant rådgiver for president Boris Jeltsin. Han overtok jobben som sentralbanksjef i 2002 etter Viktor Gerasjtsjenko, og ble utnevnt til nye perioder som dette i 2005 og 2009. Han er den første russiske sentralbanksjefen som har fått tre perioder i stillingen.