I 1537 ble Naxos angrepet av den muslimske osmanske flåten ledet av piraten Khair ed-Din, kalt for Barbarossa, som okkuperte øya og tvang beboerne til å betale skatt til Det osmanske rike. Med tiden fikk beboerne beholde sin religiøse overbevisning. Så lenge osmanerne fikk sine skatter var de hovedsakelig fornøyd. Svært få tyrkere bosatte seg på Naxos og direkte tyrkisk innflytelse var begrenset. I osmansk tid var øya referert til som .