Til tross for god form og popularitet blant Leicester-fansen takket han ja til tilbudet fra manager Osvaldo Ardiles om å signere en kontrakt med Newcastle United FC midtveis i 1991/1992-sesongen. Newcastle var da på nedre halvdel av tabellen i andredivisjon, men forhindret nedrykk som følge av Kellys ti scoringer. Sesongen etter var Newcastle i toppen av tabellen, og med hans 25 seriemål endte klubben på førsteplass og rykket opp til Premier League. Hans siste kamp for Newcastle ble også sesongens siste seriekamp mot gamleklubben Leicester City, hvor Kelly og den fremtidige storscoreren Andy Cole vartet opp med to hat-trick hver.