I 1574 gikk Diruta inn i minorittklosteret i Correggio der han studerte orgel hos Batista Capuani og hos sine ordensbrødre Claudio Merulo, Gioseffo Zarlino og Costanzo Porta i Venezia og Ravenna. Diruta var først virksom i Venezia og ble i 1597 domorganist i Chioggia og 1609 i Gubbio.