Etter valget forsøkte Van Buren å forene tilhengerne til Crawford og Jackson og styrket sin kontroll som leder i Senatet. Han var alltid høflig i sin behandling av motstandere og viste ingen bitterhet mot hverken Adams eller Henry Clay og stemte for Clays godkjenning som utenriksminister, til tross for anklagene om den «korrupte avtalen». Samtidig motsatte han seg planene til Adams-Clay for interne forbedringer og nektet å støtte forslaget for en Panama-kongress. Som leder av justiskomiteen førte han frem en rekke tiltak for forbedring av den juridisk prosedyre, og i mai 1826 sluttet han seg til Thomas Hart Benton i presentasjonen av en rapport om utøvende aristokrati. Han deltok ikke i debatten om «Tollavtalen av 1828», men stemte for tiltaket etter instruksjoner fra forsamlingen i New York, en handling som ble brukt mot ham så sent som i presidentvalget i 1844.