Hidalgo ble pågrepet av den spanske kolonimakten den 21. mars 1811. Han ble da funnet skyldig i forræderi av en spansk militær domstol og han ble henrettet ved skyting den 30. juli 1811 klokken 7 om morgenen. Da han stod foran eksekusjonspelotongen plasserte Hidalgo sin høyre hånd over hjertet sitt for å vise hvor han ville skytes. Han nektet også å bruke et bind for øynene.