En konkret sak som vakte debatt, var avgjørelsen om å fravike gevinstbeskatning ved fusjonen mellom Aker og RGI, som særlig ville kunne være gunstig for Kjell Inge Røkke. Stoltenberg måtte som finansminister ta stilling til flere saker som angikk norsk bankstruktur. Den største saken gjaldt fusjon mellom Kreditkassen (med staten som største aksjonær) og Storebrand. Fusjonsplanen var støttet av Stoltenberg, men ble avvist av Kjell Inge Røkke og Jens P. Heyerdahl (Orkla), som hadde store aksjeposter i Storebrand. Fusjonen ble dermed ikke noe av. En forventet fusjon mellom Postbanken og Kommunalbanken ble det heller ikke noe av.