I 1935 ble han arrestert i forbindelse med «saken om den store tysk-russiske ordboken», sammen med en gruppe av intellektuelle fra Moskva. Han ble forvist til Omsk, og flyttet i 1940 til Kursk, hvor han ble professor. I fengselet og i forvisningen fortsatte han å arbeide på «Metodologien». Mot slutten av året gransket han med nøyaktige metoder i sammenlinging med vestlige middelalderepos. Han ble evakuert til Sarapul ved Kama i 1941, hvor han døde av tuberkulose.