Deretter ville den japanske keiseren, Meiji, tilta seg all makt, og gav ordre til den franske militærgruppen om å forlate Japan umiddelbart. Men Julen Brunet nektet og bestemte seg for å bli. Han gikk da ut av den franske hær og flyttet til det nordlige Japan med restene av shogunens armeer i håp om å organisere et motangrep. Brunet hjalpe til med å organisere Ezo-republikkens militære styrker under fransk-japansk ledelse, men den ble beseiret av keiserlige styrker.