Lysforholdene varierer fra mørk blå, brun og i noen tilfeller rødt, noe som avgjøres av kjemiske og biologiske forhold. Innsjøer med høy primærproduksjon har oftest dypt grønt lys. Når vannet i en innsjø er varmt oppstår lagdeling av vannmassene, slik at de øverste delene får høy temperatur, mens det lenger ned er vesentlig kjøligere.