Zooplankton er små dyr som svømmer dårlig og utgjør tre hovedgrupper: Mikrozooplankton (0,01 mm) er i fjorder med mye elvetilførsel dominert av larvene til virvelløse bentiske dyr. Mesozooplankton (0,1 – 1 mm) er ofte dominert av planteetende hoppekreps (). Makrozooplankton (> 1 cm) domineres av planteetende og øvrige arter krill, dyreetende amfipoder (), , planteetende svarte vingesnegler, dyreetende hvite vingesnegler (liten havengel), og fiskelarver. Krillen er med sine 3 cm den største pelagiske planteeteren på Svalbard. Blant kjøtteterne er den 20 cm lange rosa kamsneglen størst, den livnærer seg på sin mindre fetter . Større makrozooplankton utgjør på sin side en viktig matkilde for unge fisk og sjøfugl.