Kirkerup var arkitekt for Ingeniørkorpset og ble utnevnt til hofftømrermester i 1775 og hoffarkitekt i 1791. Han var en av Harsdorffs dyktige elever, men led samtidig også i en viss grad under at de fleste oppgaver gikk til læremesteren og ikke til ham selv. Samtidig spente Kirkerups innsats vidt – fra herregårder og lystanlegg til borgerhus og offentlige militærbygninger. Liselund og Næsseslottet er to verk av Kirkerup, og som sammen med Det kinesiske lysthus i Frederiksberg Have er blant hans mest kjente bygninger. Stort sett alle Kirkerups verk som fremdeles eksisterer har blitt fredet.