Zebulon Pike giftet seg med Clarissa Harlow Brown i 1801. De fikk et barn som overlevde barndommen, Clarissa Brown Pike, som senere giftet seg med John Cleves Symmes Harrison, en sønn av president William Henry Harrison. Zebulon Pike døde uten en sønn og uten mannlige arvinger. Et DNA-prosjekt på etternavn til mannlige enkeltindivider med etternavnet Pike, viste at genetiske prøver som ble gitt hadde bortimot 20 prosent var i samme mannlige slektslinje som Zebulon Pike. Denne mannlige linjen nedstammet fra en mannlig stamfar fra 1600- eller 1700-tallet.