Beslutningen ble umiddelbart omstridt, og særlig Marit Nybakk (Ap) uttalte seg i mot. Inge Lønning (H) og Siv Jensen (FrP) stilte seg også svært kritisk til vedtaket, og hevdet blant annet at flytting ikke bare ville gå ut over forskningen på høyskolen, men også ut over av andre høyskoler i Norge. Nybakk mente at dette var den største utflyttingen siden Gardermoen flyplass og at det ville gå ut over mattryggheten i Norge. Motstanden var særlig stor innenfor Oslo Ap, hvor også Jan Bøhler reagerte sterkt og hevdet at dette var en «hjemmeseier for Åslaug Haga, som bor kun et par kilometer fra Universitetet for miljø- og biovitenskap». Bøhler uttalte videre at han hadde vanskelig for å tro at regjeringen ville gå imot et samlet forskningsmiljø, som ønsket å slå høgskolen sammen med Universitetet i Oslo.