Magnus Svensson startet sin karriere i Vinbergs IF, som han var med på å få opp fra svenske 6. divisjon til 2. divisjon, innen han ble hentet av Halmstads BK i 1994. Han debuterte i Allsvenskan samme år, som 25-åring, og ble umiddelbart en hit og klart førstevalg på A-laget. I 1995 vant han den svenske cupen i fotball med klubben og Allsvenskan i 1997.