I mai 1996 presset landets myndigheter ham ut av Sudan etter drapsforsøket på Mubarak i 1995 og FN-sanksjoner i januar 1996. Bin Laden reiste da på nytt til Afghanistan sammen med flere hundre mujahedin. På den tiden var Taliban i ferd med å konsolidere sin makt i landet. Bin Laden lovpriste Taliban som den eneste rene islamske stat. Han fortsatte å støtte muslimske bevegelser blant annet i Tsjetsjenia, i det vestlige Kina og i Kashmir.