Vinteren 1944-45 var Tromsø domkirke brukt som husly for flyktninger fra Finnmark, og daværende sokneprest Johannes Wember lot derfor Den norske kirke holde gudstjeneste i Vår Frue. Under bybrannen 14. mai 1969, da Arbeiderforeningens hus (der Kulturhuset i Tromsø står nå) brant ned, ble Vår Frue skumlagt for å hindre spredning. Tross vannskader overlevde derfor kirken brannen.