Zhu ble født i Shanghai den 30. oktober 1868 til en fiskerfamilie. Hans forfedreshjem var Qingpu fylke i Jiangsu-provinsen. En av hans forfedre, Ma Tingluan (kinesisk: 马廷鸾) var statsminister under det sørlige Song. Familien deres hadde vært katolsk siden Mingdynastiets tid. Hans mor Ma Jianshu (马健淑) var storesøster til Ma Xiangbo, grunnleggeren av Fudan-universitetet.