I 1959 kritiserte Huang «det store spranget» og folkekommunene, og ble brennemerket som et medlem av en påstått tilknyttet Peng Dehuai da Peng ble refset under Lushankonferansen. Huang ble fratatt alle sine embeder og underkastet granskning. Han ble til dels rehabilitert, men ble senere fordømt og forfulgt av rødegardistene da kulturrevolusjonen brøt ut i 1966.