Ved rettsoppgjøret etter krigen hevdet Veesenmeyer at da han ankom Budapest var Eichmann og hans assistenter allerede i gang med å gjennomføre folkemordet på jødene og at han ikke kunne gjøre noe for å stanse dem. Det var Veesenmeyer som gjennom det føyelige Sztójay-regimet sikret samarbeidet med de sivile myndigheter, noe som var avgjørende for å gjennomføre deportasjonene til Auschwitz. Veesenmeyer var nøye med å informere Ribbentrop og få hans godkjenning for alle tiltak. Veesenmeyer ble forbløffet over hvor raskt den ungarske regjeringen innførte antijødiske tiltak etter okkupasjonen.