Bratislava blomstret opp i det 18. århundre, da Maria Teresia av Østerrike styrte, og byen ble den største og mest innflytelsesrike byen i det området som i dag utgjør Slovakia og Ungarn. Innbyggertallet ble tredoblet, og mange nye palasser, klostre, herregårder og gater ble bygd. Byen ble et senter for det sosiale og kulturelle livet i området. Men allerede under styre til Maria Theresias sønn, Josef II, ble byen svekket, spesielt i 1783, da Stefanskronen ble flyttet til Wien, i et forsøk på å styrke båndet mellom Østerrike og Ungarn. Mange sentrale funksjoner ble etter det flyttet til Buda, og en del av adelen flyttet derfor også. De første avisene i Ungarn og Slovakia ble utgitt her, først i 1780 og deretter i 1783. I løpet av det 18. århundre ble byen også et senter for den slovakiske nasjonalbevegelsen.