Rustadmyra ble dannet for 8000–9000 år siden i den eldre steinalder, en tørr og varm periode etter istiden. Havet stod maksimalt 200 meter høyere enn i dag, Rustadmyras fjellgrunn lå cirka 80–90 meter under daværende havflate. For 6000–8000 år siden ble Glåmdalen med Glomma dannet. Gjennom hele perioden ble det dannet avsetninger av masser under vann på Rustadmyra. Undergrunnsmateriale ble undersøkt av Det norske jord- og myrselskap i 1985, og er beskrevet som relativt finkornet sandig silt. Over dette ble det dannet et sumplandskap med starr, siv og grasmyr og etter hvert hvitmose. En ren høymosemyr er trebar på grunn av mangel på næring. Veksten av torv på Rustadmyra har vært cirka 3 meter på 6000 år, gjennomsnittlig ½ millimeter per år.