Som språkforsker er Magga fremfor alt kjent som syntaktiker. Magistergradsavhandlingen hans, «Lokative læt-setninger i samisk», tar opp et klassisk emne i syntaktisk teori, strukturen til eksistensialsetninger og habitivsetninger, som i mange uralske språk har en svært lik struktur. Doktoravhandlingen fra 1986 handlet om strukturen i den samiske verbalfrasen, spesielt samspillet mellom modalverb og infinitiver. Han har også utgitt en sørsamisk grammatikk sammen med sin kone Lajla Mattsson Magga.