I 2003 oppstod en skandale da Beust gav sin viseborgermester Ronald Schill sparken. Schill outet ham som hevn som homofil og beskyldte ham for å ha utnevnt en mann han hadde et kjærlighetsforhold til, til senator. Uttalelsene fra Schill ble av mange oppfattet som homofobe. Beust avviste beskyldningen om å ha blandet privatliv og politikk. Hans far bekreftet siden at sønnen faktisk var homofil. Ole von Beust anser selv dette som en privatsak, og avstår fra å kommentere spørsmålet.