Haugen debuterte i Tippeligaen mot 3. november 2013. I forkant av 2014 sesongen ble Haugen sett på som en utfordrer til mer etablerte Trond Erik Bertelsen på venstreback. Spilleren fikk 22 kamper i Tippeligaen for klubben i løpet av sesongen. Med mer spilletid økte også interessen fra andre klubber, august 2014 la Molde FK inn bud på spilleren, men Viking ønsket ikke å selge sin unge lokale spiller. Viking valgte videre å tilby ny kontrakt til Haugen, men spilleren valgte å takke nei til en forlengelse. 2. oktober 2015 ble det offentliggjort at Viking og Haugen likevel hadde blitt enig om en forlengelse av kontrakten. Haugen knyttet seg dermed til klubben frem til og med 2018-sesongen. Haugen spilte samtlige 30 kamper for klubben i løpet av 2015-sesongen. Laget var lenge med i medaljestriden, men endte tilslutt på en 5.-plass. Mai 2016 ble det i media spekulert i om at flere utenlandske klubber ønsket Haugens tjenester. Den tyske 2. Bundesliga klubben 1860 München, samt én klubb fra Nederland ble nevnt i forbindelse med spilleren. Vikings vanskelige økonomiske situasjon tilsa at klubben ville takke ja, om det skulle komme et seriøst bud på venstrebacken. Kristoffer Haugen spilte totalt 26 kamper for klubben i Tippeligaen igjennom 2016-sesongen, og bidro i tillegg med 4 målgivende pasninger.Like før overgansvinduet stengte 31. mars 2017, la Vålerenga inn et bud som ble spekulert i å ligge på rundt 2 millioner kroner på venstrebacken. Viking avslo budet, og Haugen spilte første serierunde mot nettopp Vålerenga på Ullevaal Stadion 3. april 2017. Etter endt 2017-sesong, og nedrykket til OBOS-ligaen, ble det klart at Haugen ønsket nye utfordringer.