Gesner begynte med høyere studier ved i Zürich hvor han han begynte på Fraumünsterkirkens seminar og studerte latinske klassiskere. Han imponerte sine lærere i såpass stor grad at noen av dem, blant annet Oswald Myconius og Heinrich Bullinger, hjalp ham med midler for å fortsette sin utdannelse ved universiteter som Strasbourg og Bourges (1532–1533). En av lærerne fungerte faktisk som en fosterfar for ham etter hans egentlige far ble drept i slaget ved Kappel i 1531, en væpnet konflikt mellom protestanter og katolikker. Etter farens død forlot han Zürich og reiste til Strasbourg. Her utvidet Gesner sin kunnskap i gamle språk ved å studere hebraisk ved universitetet. I 1535 fordrev religiøse uroligheter ham tilbake til Zürich hvor han kom til å inngå et forhastet og uklokt ekteskap. Hans venner kom han igjen til hjelp og gjorde det mulig for ham i 1536 å studere ved Basel.