SOS Rasismes høyeste organ var Landsmøtet (LM). Dette ble normalt avholdt annethvert år, og består av delegater valgt fra lokallagene i organisasjonen. Landsmøtet vedtok blant annet vedtekter, arbeidsplan og prinsipprogram og utpeker et Landsstyre (LS), bestående av et Arbeidsutvalg (AU) og et Økonomiutvalg (ØU). Landsstyret var det høyeste organet mellom Landsmøtene, og Arbeidsutvalget er det høyeste organet mellom to Landsstyremøter.