Aboulker kom til London i mai 1943 og sluttet seg til frie franske styrkene. I oktober samme år ble han i hemmelighet sendt til det okkuperte Frankrike, som ansvarlig for organiseringen av helsetjenesten innen den franske motstandsbevegelsen. Han organiserte samtidig flere operasjoner mot tyskerne og sørget for fallskjermhopping med kirurgisk utstyr til Frankrike. Han var tilbake i London i juni 1944 og returnerte så til Alger, hvor han hadde sin egen medisinske skole.