Regissør Robert Altman fikk med seg Stowe i filmen Short Cuts i 1993, hvor hun ga en av hennes mest kritikerroste forestillinger på TV-skjermen som kona til en tvangsmessig og utro politimann, spilt av Tim Robbins. Det følgende året, var hun en blind musiker i thrilleren Blink, med Aidan Quinn. (Fjorten år tidligere, hadde hun en gjesterolle som blind maler i Huset på prærien). Året etter det, var hun en sympatisk psykiater i science-fiction filmen Twelve Monkeys. Stowe utsatte sin skuespillerkarriere til 1996 for å konsentrere seg om morsrollen. I 1998 kom hun tilbake med The Proposition, og The General's Daughter som kom ut i 1999.