Dagens Karakumkanal var ikke det første store forsøket på å bringe vann fra Amu-Darja til Karakum. Tidlig på 1950-tallet ble byggingen av (russisk: Главный Туркменский канал – ), som var ment å skulle starte mye lengre nord (nær Nukus, ikke langt fra Aralsjøen), og deretter løpe sørvestover mot Krasnovodsk. Kanalen skulle bruke rundt 25 % av Amu-Darjas vann. Arbeidene ble innstilt etter Stalins død, og den nåværende ruten til Karakumkanalen ble i stedet valgt.