Elizabeth Seton møtte sterk motstand fra sine episkopale venner og slektninger, og Mr. Hobart (senere anglikansk biskop) som hadde stor innflytelse over henne, gjorde alt han kunne for å avskrekke henne fra å bli katolikk. Men Elizabeth fastet og ba om opplysning, Etter grundig undervisning ble hun tatt opp i Den katolske Kirke den 14. mars 1805 ved å avlegge trosbekjennelsen for fader Matthew O’Brien (1758-1815) i i Barclay Street på Nedre Manhattan i New York, den eneste katolske kirken i byen etter at de anti-katolske lovene var blitt opphevet noen år tidligere. To uker etter, den 25. mars, mottok hun sin første kommunion, og hun ble fermet på pinsedag 1806 av biskop John Carroll av Baltimore (1735-1815), den eneste katolske biskop i nasjonen, og senere erkebiskop.