Det er to hovedteorier for hvordan redusert heterozygositet kan gi innavlsdepresjon: overdominans og delvis dominans. Overdominanshypotesen bygger på at heterozygoter har høyere fitness (heterozygot fordel) og dermed vil redusert heterozygositet gi avkom med lavere fitness. Delvis dominans-hypotesen baserer seg på at det hos alle individer forekommer dødelige eller skadelige alleler hvis genuttrykk skjules i heterozygot form. Ved innavl øker forekomsten av homozygote loci og individer som er homozygote for de dødelige eller skadelige allelene vil få redusert fitness.