Han mottok umiddelbart sitt misjonssendelse til Setchouan i Kina. Frankrike under Napoleon III stadfestet på dette tidspunkt seg som vernemakt for de katolske misjoner i Kina. Eugène Coupat ble sendt til i Ou-mien-chan i distriktet Kiongtchéou, der han bygde et oratorium, og fire år senere gav biskop Pinchon ham ansvaret for Su-lin, en region som var svært urolig etter en antikristen forfølgelse. Takket være sine diplomatiske egenskaper fikk han respekt fra mandarinene, og gjenoppbygde misjonene der.