Etter slaget var Margaret helt nedbrutt, og ble først sendt til Wallingford Castle og deretter overført til langt sikrere Tower of London. Henrik Vi ble også satt inn i Tower igjen, og i kjølvannet av Tewkesbury døde han natten til 21. mai, men årsaken til hans død er ukjent. I fem år ble hun værende fange, men behandlet med respekt. I 1472 ble Margaret gitt i varetekten til sin tidligere terne ved hoffet, Alice Chaucer, hertuginne av Suffolk, som var et barnebarn av poeten Geoffrey Chaucer. Margaret ble værende her inntil Ludvig XI av Frankrike betalte henne fri og hun kom til Frankrike den 29. februar 1476.