Eeg-Henriksen var artianer ved krigsutbruddet i 1940, og tok ex.phil. ved Universitetet i Oslo høsten 1940. Deretter begynte han å studere jus samme sted, og tok 1. avdelings eksamen i 1942. Fram til Universitetet i Oslo ble stengt høsten 1943, var han med i det intellektuelle miljøet rundt Arne Næss (som også var med i XU). Også Vilhelm Aubert, den gang jusstudent, var aktiv her, og ledet "Eksportgruppa" i XU. Eeg-Henriksen arbeidet for etterretningsorganisasjonen XU fra 1942, først som vanlig agent. Senere (i 1944) klarte han å komme seg inn i Vidkun Quislings indre sirkel og få stillingen som Finn Størens sekretær i Direktoratet for spesialorientering, som var del av Quislings kanselli, og som etter Statsakten i 1942 flyttet inn på Det kongelige slott. Han fikk da tilgang til hemmeligheter både ved Oslo slott (som Quisling hadde endret navnet til) og ved Gestapo-hovedkvarteret ved Victoria terrasse. Han arbeidet også sammen med Egil Meidell Hopp, senere Arne Bonde, om «Sperretjenesten», et illegalt nettverk med tilknytning til NTB som formidlet sensurert stoff som NTB-ansatte hadde tilgang til videre til de illegale avisene. Eeg-Henriksen beholdt den betrodde stillingen i Quisling-administrasjonen ut krigen, og skal ha sjokkert de tidligere kollegene da han møtte opp etter frigjøringen i uniform som norsk offiser.