Da Bondevik overtok formannsvervet i KrF etter Kåre Kristiansen i april 1983, myket landsmøtet opp KrFs holdning til et mulig regjeringssamarbeid med Høyre. Da høyreregjeringen til Kåre Willochs regjering i 1983 ble utvidet med KrF og Senterpartiet, ble Bondevik utnevnt som kirke- og undervisningsminister. Fra høsten 1985 til regjeringen gikk av i mai 1986, var han også statsministerens stedfortreder.