Presidentens morder, løytnant Lembarek Boumaârafi, ble sagt å ha fungert som en enslig bevæpnet mann på grunn av hans fundamentalistisk islamistiske sympatier. Morderen ble dømt til døden i en lukket rettssak i 1995, men dommen mot ham ble aldri fullbyrdet. Mordet har, ikke overraskende, vært gjenstand for betydelig kontrovers og er i årenes løp blitt for mange vidt forskjellige konspirasjonsteorier, med mange av disse teoriene antyder på at Boudiaf faktisk ble myrdet av det militære etablissement.