Hun var datter av hertug Johann Georg av Sachsen-Weißenfels (1677–1712) og Friederike Elisabeth von Sachsen-Eisenach (1669–1730). 22 år gammel giftet hun seg den 20. september 1730 med den 75-årige hertug av Kurland, Ferdinand Kettler (1655–1737). Ekteskapet var barnløst. Etter at ektemannen døde i 1737, flyttet Johanna Magdalena tilbake først til Weißenfels, senere til Leipzig. Hennes sarkofag står i slottskapellet på Neu-Augustusburg.