Han ble født i Antiokia i datidens Syria (i dag en del av Tyrkia) og var gresk-makedonsk og romersk avstamning. Han var oppkalt etter Ptolemaios II Filadelfos, den andre farao i ptolemeerdynastiet, og Kleopatras hensikt var å gjenskape storheten til det ptolemeiske kongedømme i Egypt og dets tidligere besittelser i det østlige Middelhavet. I slutten av 34 f.Kr. ved den religiøs-politiske donasjonene i Alexandria ble Ptolemaios Philadelphos (i navnet) gjort til hersker av Syria, Fønikia og Kilikia.