Men så rykket tyske styrker inn. Under Tysklands okkupasjon av Ukraina i 1918 ble Petljura leder i den all-ukrainske landsunionen. Samme år ble han utnevnt til leder for opprørshæren mot tyskerne, og senere mot både bolsjevikene og Den hvite armé. I 1919 ble han skjøvet tilbake av Anton Denikins hvite armé.