Omtrent to millioner mennesker mistet livet på grunn av krigen, hvorav de fleste døde av sult, tørke og sykdom. Fire millioner ble flyktninger i alle fall én gang (og ofte flere) i løpet av krigen. De sivile tapstallene er slik noen av de høyeste siden andre verdenskrig. I 2002 ble Sudan anklaget for folkemord på over to millioner sørsudanske sivile av den USA-amerikanske Sudan Peace Act. Begge sider brukte barnesoldater i sine arméer. SPLA brukte flere titusener barnesoldater under krigens siste fase, og disse ble demobilisert i årene etter fredsavtalen.