Etter frifinnelsen i krigsrettssaken fortsatte Bligh sin karriere i Royal Navy. I 1797 ble han igjen utsatt for mytteri. Mannskapene på flere skip gjorde opprør mot dårlig lønn og tvunget tjeneste under Spitheadmytteriet. Mytteristene fikk i dette tilfellet gjennomslag for noen av sine krav. Under Nore-mytteriet ble han igjen rammet; dette mytteriet dreide seg om fordelingen av prisepenger og om brutal behandling på skipene. Ingen av mytteristenes krav ved Noremytteriet ble innfridd. Det er viktig å merke seg at ingen av disse to mytteriene skyldte Bligh spesifikt, det var generell misnøye som utløste dem, og han var en av flere kapteiner som ble rammet. Under et av mytteriene ble Bligh klar over at hans kallenavn blant mannskapene var «that Bounty Bastard».