Den 14. januar 1905 i hennes Nob Hill herskapshus i San Francisco drakk Stanford mineralvann som smakte bittert. Hun tvang seg straks til å kaste opp vannet, og da både hennes hushjelp og sekretær var enige om at flaskevannet smakte rart, sendte de det til et apotek for å bli analysert. Funnet kom tilbake et par uker senere og det viste at vannet var blitt forgiftet med en dødelig dose av stryknin. Stanford flyttet ut av sitt hus, sverget på aldri å vende tilbake. Elizabeth Richmond, hushjelpen var under mistanke (hun hadde tidligere jobbet i Storbritannia, og hadde visstnok kost seg med Stanfords andre ansatte med historier om engelske aristokrater som var blitt forgiftet av sine tjenere). Detektiv Harry Morse ble diskret bedt om å granske saken. Detektiven satte Richmond under overvåkning og spurte apoteker i Bay-området om mulige mistenkelige kjøp av stryknin, men fant ingen. Detektiven fikk vite at Stanfords hus var et drivhus av smålig ansattes sjalusi og intriger, men var ikke i stand til å komme opp med bevis som pekte mot en gjerningsmann eller motiv for et forsøk på forgiftning. Deprimert av den overbevisning om at en ukjent hadde forsøkt å drepe henne, reiste Stanford kort tid etterpå, bestemte seg for å seile til Hawaii med planer om å fortsette videre til Japan. Stanford forlot San Francisco for Honolulu 15. februar 1905.