Ifølge nylige funn gjort av kirgisiske og kinesiske historikere, dateres kirgisisk historie tilbake til 201 f.Kr. De tidligste forfedrene til det kirgisiske folket, som en antar er av tyrkisk opprinnelse, levde i den nordøstlige delen av det som nå er Mongolia. Senere migrerte noen av disse stammene til regionen som i dag er sørlige Sibir og slo seg ned langs Jenisej, hvor de levde fra det 6. århundret til det 8. århundret. De spredte seg over Tuva-regionen i Russland og forble der til mongolene begynte å røre på seg i det 13. århundret, da kirgiserne migrerte sørover. I det 12. århundret ble islam den dominerende religionen i regionen. De fleste kirgiserne er sunnimuslimer av Hanafi-retningen.