Allen var også senator, og var minister i mange år: finans- og planleggingsminister 1992-93, minister for planlegging og offentlig tjenesteyting 1993-95, deretter finans- og planleggingsminister igjen fra 1995, en posisjon han ble gjenvalgt til i 1997. I 2000 ble hans departement omgjort slik at han ble kun finansminister, men departementet fikk da også ansvaret for privatiseringen, samt kontakten med The Bahamas Telecommunications Corporation, Verdipapirsentralen og Cable Bahamas, Bahamas' største kabel-TV-selskap.