Det spilles noen kamper i Wartime South West Regional League med det som kan samles sammen av spillere og tidligere spillere, men County Ground blir rekvirert som fangeleir i 1940 og det spilles ikke flere kamper. Tre spillere, Alan Fowler, William Imre og Dennis Olney blir drept mens de tjenestegjorde under krigen. Manager Neil Harris dør i England bare 46 år gammel i 1940. Etter krigen er Swindon Town svært redusert og hele 50 spillere blir brukt i løpet av sesongen 1945-46. Da serien kommer ordentlig i gang i 1946-47, overrasker laget med en fjerdeplass, gode resultater i cupen året etterpå og nok en fjerdeplass sesongen etter det igjen.