Nomenklatur-kommisjonene for botanikk, zoologi, mykologi og mikrobiologi har gitt temmelig detaljerte retningslinjer for hvordan homonymer skal håndteres, uttrykt i såkalte koder, regelbøker. Som en hovedregel har det først publiserte navnet prioritet, og er eller skal være det gjeldende. Nyere homonymer (junior-homonymer) må dermed endres. Det skilles mellom primære junior-homonymer (der navnet var et homonym i det øyeblikk det ble publisert) og sekundære junior-homonymer, som er fremkommet senere, vanligvis ved at arter blir flyttet mellom slekter. Primære junior-homonymer er permanent ugyldige navn, mens sekundære homonymer kan bli gyldige igjen, dersom for eksempel arten blir flyttet bort fra slekten der det var en homonymi-situasjon.