Etter at Washington nektet å søke en nye periode i 1796, ble Adams valgt til president og beseiret Thomas Jefferson. Selv om Alexander Hamilton og andre føderalister hadde bedt om like stemmer skulle gis i valgmannsforsamlingen for Adams og Thomas Pinckney, delvis for å hindre Jefferson i å bli visepresident, klarte Jefferson faktisk å bli nummer to og ble visepresident. Dette var første gang at presidenten og visepresidenten var medlemmer i motstående politiske partier. Den eneste andre gangen dette har skjedd var da Abraham Lincoln, en republikaner, nominerte Andrew Johnson, en demokrat, som sin visepresident i 1864.