Engell ble trukket inn i rikspolitikken på overraskende vis da han i 1982 ble utnevnt til forsvarsminister i Poul Schlüters regjering, noe han var frem til 1987. I 1984 ble han også valgt til Folketinget fra Vestsjællands amtskrets, fra 1990 fra Frederiksborg amtskrets. Engell var partiets gruppeformann 1987–1989 og justisminister 1989–1993. I 1993 gikk Schlüter av som statsminister og partileder som følge av Tamilsaken, og etter et kort mellomspill med Henning Dyremose som politisk leder og Engell som gruppeformann, samlet Engell begge vervene på sin hånd. I 1995 ble han også formann i partiorganisasjonen etter Torben Rechendorff. Engell plasserte seg på partiets høyrefløy, men forente en markant konservatisme med en pragmatisk tilnærming. I 1997 trakk han seg som partileder etter et trafikkuhell forårsaket av fyllekjøring, men fortsatte som gruppeformann frem til valget i 1998. Han spilte en aktiv rolle i den etterfølgende maktkampen mellom Per Stig Møller og Pia Christmas-Møller.