I august 1943 ble Berlin bombet kraftig av allierte fly hvorpå evakuering av det historiske materialet til et tryggere sted. De jødiske tvangsarbeiderne arbeidet opp til 14-16 timer i døgnet med å fylle lastebiler og vokte dem om natten. Innen sommeren 1944 var en stor del av bøkene flyttet til flere forskjellige lagersteder. De fleste «Hebraica»-bøkene ble sendt til Theresienstadt der internerte med kunnskaper i hebraisk fikk i oppgave å klassifisere og katalogføre bøkene. De gjenværende bøkene i Berlin ble konfiskert av sovjetiske styrker (på grunn av lite vakthold ble et stort antall bøker stjålet fra det sovjetiske lageret), sovjetiske myndigheter tok med seg bare et lite utvalg. I juli 1945 kom amerikanske styrker til Berlin og Ernst Grumach overtalte en amerikansk offiser til å ta hånd om gjenværende bøkene, hvorpå de resterende bøkene ble overført til et amerikansk lager i Offenbach og fra dette lageret ble i sin tur 77.000 bøker gitt til en jødisk kulturorganisasjon.