Under perestrojka-reformene på 1980-tallet ble det reist krav om at katedralen skulle gjenreises. 7. januar 1995 ble grunnsteinen lagt igjen. Katedralen ble forsøkt gjenoppbygd med størst mulig likhet til det opprinnelige byggverket. 31. desember 1999 ble den første gudstjenesten holdt, med offisiell innvielse 19. august 2000. Et monument over Alexander II sto ferdig utenfor katedralen i 2005.