På 1500- og 1600-tallet foregikk hekseprosessene i Norge. Dette innebar at mange mennesker ble forfulgt og straffet fordi de skal ha drevet med trolldom. Samene slapp heller ikke unna dette. I 1609 kom kong Christian IV med følgende befaling: Det ble ført hekseprosesser i Troms og Finnmark i 1609 og 1610. De fleste sakene handlet om ganding, det vil si abstrakt trolldom som ble sendt gjennom luften; «kaste vondt over folk». Samene kunne også bli tiltalt for å lage uværsknuter; værmagi for å lage dårlig vær, eller for å eie en runebomme. Flere av rettssakene endte med at de tiltalte samene ble brent på bålet for trolldomskriminalitet. Blant samene var det flest menn som ble anklaget for trolldom, mens blant nordmennene var det flest kvinner.