Etter å ha fått 25,4 % av stemmene og nest størst oppslutning i første valgomgang ved presidentvalget i 1986, som Diogo de Freitas do Amaral vant med 46,3 %, gikk Soares seirende ut av andre valgomgang. Han fikk da 51,2 % av stemmene. I 1991 ble han gjenvalgt til presidentembetet i første valgomgang med en oppslutning på 70,4 %. Soares var den første presidenten med sivil bakgrunn i den tredje republikk.