F-106 var utstyrt med Hughes MA-1 integrerte ildledningssystem, som var tilkoblet et halvautomatisk bakkekontrollnettverk, noe som gjorde det mulig å styre flyet fra mannskap på bakken. Det var bevæpnet med fire Hughes AIM-4 Falcon luft-til-luft missiler, som var plassert i interne våpenrom under flykroppen, sammen med en enkelt AIR-2 kjernefysisk rakett, som var ment for å skytes mot fiendtlige bombeflyformasjoner. MA-1 systemet viste seg å være ekstremt besværlig og ble oppgradert mer enn 60 ganger i løpet av tjenestetiden.