På vårparten 1535 satte hæren over til Fyn hvor Johan Rantzau vant den avgjørende seieren over lübeckerne i slaget ved Øksnebjerg den 11. juni. Omtrent samtidig beseiret en dansk-svensk flåtestyrke under ledelse av Peder Skram Lübecks flåte ved Svendborgsund. Den 29. juli 1536 inntok den 33-årige Christian København, og Danmark var igjen ett rike. Den 12. august 1536 lot kongen tre katolske biskoper arrestere, dels for å fjerne motstanden mot reformasjonen, og dels fordi konfiskasjon av kirkens anselige formue skulle brukes til å betale gjelden til den store hæren av landsknekter. Martin Luther sendte lykkønskninger til kongen. Reformasjonen var dermed gjennomført i Danmark-Norge.