Under Det tredje rike inntok han standpunkt mot det nasjonalsosialistiske regime, og fikk føle faglige ulemper ved flere anledninger, og ikke minst, sette sitt eget liv i fare. Han motarbeidet resolutt arvesunnhetshelsepolitikken som var populær også før naszismen men fikk stort gjennomslag under nazismen der den også ble rasistisk, og dessuten Hutler-regimets tvangssteriliseringer og eutanasipolitikk, etterhvert blant annet ved Aktion T4. I 1938 aktet pave Pius XII å utnevne ham til biskop i Fulda, men kunne ikke realiseres på grunn av motbør fra nasjonalsosialistene.