Midwayøyene ble oppdaget av den amerikanske kapteinen N.C. Middlebrooks den 5. juli 1859. Øyene fikk derfor først navnet Middlebrook Islands og Brook Islands, og ble annektert av USA gjennom Guano Islands Act fra 1859. Øyene ble formelt en del av USA den 28. august 1867, da kaptein William Reynolds ombord USS Lackawanna (AO-40) fra den amerikanske marinen kom til øyene. Midwayøyene var dermed de første stillehavsøyene under amerikansk suverenitet og ble administrert av Marinen.