Som ung var han Sten Sture den yngres ombud i Roma, og i 1523 ble han valgt til erkebiskop i Uppsala, skjønt uten å få den nye pave Klemens VIIs godkjennelse før 6. mai 1524, et år etter utnevnelsen, og dette med det forbehold at paven ville undersøke forgjengerens skjebne. Sannheten var også den at Johannes Magnus ikke fulgte en helt klar linje i kampen mot lutherdommen; dels var han god venn med Gustav Vasa, dels tiltalte utsiktene til en nasjonalkirke hans fedrelandskjærlighet. Hans Brask krevde at han skulle innføre inkvisisjonen i 1524, men Johannes Magnus kom til landsmennenes og kongens forsvar.