Etter å ha bestått eksamenen som i England er kjent som «11-plus», kunne han begynne på grammar school. Han gikk på Royal Grammar School High Wycombe fra 1954 til 1962. Han forlot skolen med toppkarakter i matematikk, fysikk og kjemi. Resultatene var så gode at han fikk et stipend til å studere realfag ved Jesus College i Cambridge, i tillegg til et statlig stipend. Scruton skriver at han ble utvist fra skolen kort tid etter, da rektor fant skolens scene i brann, og en halvnaken jente som forsøkte å slukke den, under ett av Scrutons stykker. Da han fortalte familien at han hadde fått plass ved Cambridge, sluttet faren å snakke med ham.