Etter borgerkrigens slutt i 1939 returnerte Marías til videre utdannelse. I 1941, da han var i tyveårene, ga han ut sin første bok, (norsk: ). Aguilera var elev av den spanske filosofen José Ortega y Gasset. Marías' doktoravhandling ble forkastet av universitetet og den ble overlevert til politiet, på grunn av hans inkludering av flere kritiske meninger om diktatoren Francisco Franco og hans regime. Som en konsekvens av sine skrifter ble Aguilera i en kort periode fengslet, og da han endelig ble løslatt, ble han utestengt fra videre skriving. Men hans tidligere litterære verker solgte fremdeles mye, og straffen skadet ikke hans levebrød.