Flere steder helt ut mot kysten vokser det mangroveskog, spesielt langs nordkysten. Ved lavlandet i nord finnes det også tropisk regnskog. Ved stillehavskysten er det en mer tørkepreget vegetasjon. Der finnes det løvfellende skog og skogsavanner øst for Nicoyahalvøya. På høylandet vokser det gran og furu, men når man kommer over 2500 meter over havet går vegetasjonen over i gressletter. Flere steder i landet finnes det våtmarker, og i havet finnes det korallrev. I tillegg finnes det over 1000 orkidéarter og 800 bregner.