I kjølvannet av fødselen til deres sønn, den framtidige Jakob VI, var etterfølgen til den skotske tronen sikret; og i 1566 og tidlig i 1567 synes det som om Darnley og Maria var nær en forsoning da hun hyppig ble sett i hans kammer. Men Darnley var upopulær og lunefull og fornærmet mange som kunne ha blitt hans naturlige støttespillere. Maria ble frustrert over at han insisterte på han skulle bli gitt til konge med lik rett til å regjere som sin dronning. Det var også en del bevis på at han var smittet av syfilis.