Han ble i 1671 prokansler ved universitetet og hadde denne stilling frem til den skånske krigs utbrudd. Winstrups troskap mot de nye svenske herrer var utenfor all tvil, men Karl XI hadde allikevel sterke betenkeligheter ved Winstrups lojalitet, og det var alltid mange svensker som virket for å avsette Winstrup fra biskopsembedet. Det mislykkedes imidlertid og den gamle danske biskop beholdt sitt embede til sin død den 28. desember 1679.