Under den tyske okkupasjonen beveget Nielsen seg i utkanten av NS, uten noen gang å gå formelt inn i partiet. Han pleiet kontakt med sine gamle venner i den radikale nazistiske fløy, hvorav mange hadde funnet et politisk tilholdssted i Germanske-SS Norge, og han støttet aktivt opp om den pangermanske opposisjonen i NS.