Dusknoir åpner deretter et dimensjonalt hull for å ta Grovyle tilbake til fremtiden. Men griper plutselig tak i spilleren og hans Pokemon, og drar dem inn i tidsportalen hans. Spilleren og en Pokemon våkner senere opp i et fengsel som ligger i fremtiden. Grovyle avslører at Dusknoir var en skurk sendt til nåtiden, for å fange spilleren og hans følgesvenn. Spilleren må derfor komme seg tilbake tin sin egen nåtid, og samtidig forsøke å forandre fremtiden for å slette Grovyle fra sin eksistens.