Full religionsfrihet har vært garantert siden 1874, med unntak av forbudet mot jesuitter. Forbudet mot jesuitter ble ikke opphevet før ved folkeavstemning i 1973. Føderal lovgivning forbyr diskriminering og forskjellsbehandling på grunnlag av religion. Sveitsere er generelt svært tolerante overfor andres religion, selv om motstand mot innvandring og internasjonal islamistisk terrorisme har ført til en viss grad av intoleranse overfor landets muslimske mindretall.