Jacobsen stiftet flere store legater, bl.a. Ny Carlsbergfondet i 1902, og skjenket tallrike skulpturer, bl.a. Den lille Havfrue, til København. Av andre folkegaver kan nevnes Ny Carlsberg Glyptotek og Jesuskirken i Valby. Bryggeren bygget opp en betydelig kunstsamling, som han skjenket offentligheten i 1888. Carl Jacobsen brakte en stor samling av antikke egyptiske, greske, etruskiske og romerske kunstgjenstander til Danmark, og disse kan ses på Glyptoteket i dag.