I 1981 ble Dean byttet til San Francisco 49ers etter et brudd i kontraktforhandlingene med Chargers' eiere. Han klaget på at han var den dårligst betalte defensive linemanen i sitt sjette år i 1980, og at lønnen hans var under gjennomsnittet for alle defensive linemen. Dean argumenterte at han hadde den samme lønnen som svigerbroren, som var en lastebilsjåfør. Dean, som originalt skulle tjene $75 000 det året, fikk en kontrakt med 49ers verdt $150 000 samme år. Chargers' forsvar ble ikke det samme siden, og Don "Air" Coryells Chargers er nå best kjent for et pasningsorientert angrep som scoret mye, men med et forsvar som hindret dem i å nå et Super Bowl. I 2013 beskrev at Chargers byttet bort Dean som «perhaps the biggest blunder in franchise history». «I can't say how much it affected us, because we did make it to the AFC championship game,» sa Johnson om Chargers uten Dean. «But I could say if we had more pass rush from the corner, it might've been different».