Marais var sønn av skomakeren Vincent Marais og vokste opp i beskjedne kår. Etter morens død i 1666 ble Marin korgutt i St. Germain-l'Auxerrois. Onkelen Louis Marais var kapellan i denne kirken og François Couperin «le Grand» var orkesterleder. Kjente medelever var Michel-Richard Delalande og Jean-Francois Lalouette. Sistnevnte var noe eldre enn Marin, og hjalp ham senere med å få tjeneste ved Ludvig XIVs hoff. Sannsynligvis hadde Marais allerede lært å spille gambe, for da han i 1672 kom i stemmeskiftet og måtte forlate koret, fikk han undervisning av tidens mest kjente gambister, Nicolas Hotman og den hemmelighetsfulle Monsieur de Sainte-Colombe, og de tok sannsynligvis ikke nybegynnere.