Bosnias maktdelings system brøt fort sammen da de etniske spenningene økte etter krigen i Kroatia brøt ut mellom serbere og kroater. Til tross for at Izetbegović bare skulle være president ett år ifølge grunnloven ble denne perioden utvidet på grunn av «ekstraordinære omstendigheter» først ved en utsettelse. Senere i krigen ble hele denne ordningen forlatt da de serbiske og kroatiske partiene forlot regjeringen, til tross for at mange individuelle serbere og kroater fortsatte å jobbe og kjempe for den.