I 2002 ble også Miðflokkurin tatt med i regjeringskoalisjonen, til tross for sitt avvikende syn i selvstyrespørsmålet. I gjennom regjeringens tid var, foruten Hoydal, Páll á Reynatúgvu, Karsten Hansen, Annlis Bjarkhamar og Annita á Fríðriksmørk inn som ministre for partiet. I 2004 ble en bok med detaljer om Kallsbergs fortid som regnskapsfører utgitt, og Tjóðveldisflokkurin utløste en regjeringskrise som gjorde at Kallsberg måtte skrive ut nyvalg allerede samme år. Valgresultatet bød på liten forandring, og for Tjóðveldisflokkurin en liten tilbakegang, men det samme antallet mandater. Partiet gikk i opposisjon, og Hoydal tok over som gruppeformann etter Heini O. Heinesen.