Han er sønn av arbeidsmann Carsten Christoffersen og kommunesekretær Inge Messerschmidt. Foreldrene skilte lag da gutten var halvannet år gammel, og han vokste opp i en arbeiderklassefamilie med moren som eneforsørger for seg og halvsøsken. Moren er lokalpolitiker for Dansk Folkeparti i Frederikssund. Morten Messerschmidt har studentereksamen fra musikkskolen Sankt Annæ Gymnasium i Valby fra 1999 og juridisk embedseksamen fra Københavns Universitet fra 2009. Han var klokker i Islebjerg kirke i Frederikssund 1999–2005.