Trombin har flere viktige funksjoner i blodkoaguleringen: Omdanner fibrinogen til fibrin. Aktiverer faktor V som bidrar til at mer trombin dannes. Deler von Willebrands faktor fra faktor VIII som dermed blir aktivert. Sammen med aktiv faktor XII aktiverer trombin faktor XI. Aktiverer faktor XIII som øker stabiliteten hos koaglet. Stimulerer til økt aktivering av trombocyter. Aktivering av protein C som har en hemmende effekt på blodkoaguleringen.