Byen ble grunnlagt som en utviklingsby i Negrev sammen Sderot i nord, og Ofakim i sør. De første bosetterne var innflyttere fra Marokko og Tunisia. På 1990-tallet kom det ytterligere innflyttere fra Russland og Etiopia. I mange år slet byen med høy arbeidsledighet. Siden 2008 har Netivot vært mål for rakettangrep fra Gaza. I 2012 eksploderte en rakett i nærheten av skole i byen.