Studenter og teologistudenter fra både sør og nord spilte en avgjørende rolle i alle stadier av borgerrettsbevegelsen. Kirker og studentledede bevegelser utviklet egne organisatoriske strukturer for å opprettholde momentumet i kampen. Den Sørlige kristne lederskapskonferansen (SCLC), grunnlagt i 1957, koordinerte protester og skaffet midler, særlig fra kilder i nord, for å støtte lokale aksjoner og trene nye svarte ledere. Studentenes ikkevoldelige koordinasjonskomité (SNCC), også grunnlagt i 1957, utviklet en «fengsel-uten-kausjon»-strategi som styrket motstandsarbeidet. SNCCs hovedfokus var å organisere sitt-ned-kampanjer, frihetspassasjerer, stemmeregistreringskampanjer og andre protestaktiviteter. Disse nye gruppene samarbeidet ofte med etablerte organisasjoner som Nasjonalforbundet for de fargedes interesser (NAACP), grunnlagt i 1909, Kongressen for raselikhet (CORE), grunnlagt i 1942, og Nasjonal urban liga. NAACP, under ledelse av Roy Wilkins, spilte en sentral rolle i å gi juridisk bistand til fengslede demonstranter, hjelpe med kausjon, og fortsette rettslige utfordringer mot segregering og diskriminering. CORE, kjent for å ha startet frihetspassasjer-bevegelsen i 1961, samarbeidet nært med SNCC, og COREs leder, James Farmer, ble senere utøvende sekretær i SNCC.