I 1581 ble Scone underlagt i det nye jarldømmet Gowrie, opprettet for William Ruthven. Sistnevnte ble ble fratatt tittelen og senere halshogd etter Gowrie-konspirasjonen i 1600 der Ruthvens gjorde et forsøk på å drepe kong Jakob VI. Som en konsekvens av Ruthvens fiasko og bortgang, ble Scone i 1606 gitt til David Murray fra Gospertie, den nyopprettede Lord Scone, som i 1621 ble forfremmet til vicomte Stormont. Innenfor sognet var det på 1600-tallet en kvinne ved navn Bessie Wright som drev med håndspåleggelse og påståtte helbredelser. Hun ble anklaget for å være heks, første gang i 1611 og siste gang i 1628, men ble aldri brent, i motsetninger til mange andre anklagde kvinner i Skottland på denne tiden, men forsvant ut av de historiske opptegnelsene.