Klubben ble stiftet i januar 1991 som en overbygningsklubb for Fredericia fF og Fredericia KFUM. Dette etter at begge klubbene hadde innsett at for å få ressursene til å gjøre seg gjeldende i dansk fotball måtte de samarbeide. Klubben startet i Danmarksserien på Nivå 5. I 2002 trakk Fredericia fF seg ut av samarbeidet, men FC Fredericia forble en overbygningsklubb for Fredericia KFUM.