Etter krigen gjenopptok Honecker aktiviteten i KPD under ledelse av Walter Ulbricht, og i 1946 ble han en av de første medlemmene i SED, som ble dannet av sammenslåingen av KPD og SPD i den sovjetiske okkupasjonssonen. Etter SEDs valgseier i oktober 1946 tok Honecker plass i SEDs lederskap i den første østtyske etterkrigsregjeringen, Deutscher Volkkongress. DDR ble proklamert 7. oktober 1949 med en ny konstitusjon, laget med Sovjetunionen som forbilde. Honecker var kandidatsmedlem for sekretariatet i sentralkomiteen i 1950, og i 1958 ble han fullt medlem av politbyrået i SED. Han var også leder for FDJ fra 1946 til 1955. Han giftet seg i 1953 med Margot Feist, som lenge var skoleminister i DDR.