Ocalan ble den 29. juni 1999 dømt til døden ved hengning for høyforræderi, separatisme og mord. Etter press fra EU avskaffet Tyrkia dødsstraff i fredstid i 2002, slik at Öcalan fikk omgjort straffen til livsvarig fengsel. Han har siden dommen vært den eneste fangen på fengselsøya Imrali i Marmara-havet ved Istanbul. Over soldater vokter ham.