Da han kom tilbake til sitt bispedømme, ble han utnevnt av Angel Lagdameo, andre biskop av Dumaguete, til rektor ved . Senere ble han generalvikar (1989). Han ble også sogneprest i Bacong (1997). Da Lagdameo innkalte den første bispedømmesynoden i Dumaguete (1992), overlot han oppgaven som president til Cortes. Disse administrative funksjonene i bispedømmet ga Cortes en uvurderlig mulighet til å være delegat til to historiske kirkelige begivenheter i den filippinske kirke, Filippinenes andre plenumsråd (1991) og (2001).