Han bidro flittig som kontroversforfatter og besvarte de fleste an samtidens protestantiske publikasjoner. Hans viktigste skrift av dette slag, som var skrevet spesielt med tanke på den tyske situasjon, er boken (, 1585, Ingolstadt). Der utlegger han pavens ufeilbarlighet, og hans formuleringer skulle stå seg så godt at da første vatikankonsil formulerte sin definisjon, var deler ordrett overtatt fra pater Gregors verk. I hans tid i Ingolstadt valgte den der i 1587 studerende senere kurfyrst Maximilian I ham til skriftefar og sjelesørger. Også hans far Wilhelm V innhentet ofte råd fra den kjente teologen. Det gjaldt for eksempel stridsspørsmålet om det til tross for kanoniske renteforbud i visse tilfeller kunne være rett å ta renter. Pater Gregor reiste derfor i 1581 adammen med ordensprovinsial Paul Hoffäus (1522–1608) til Roma for å delta i ordensinterne drøftelser om saken. Pater Gregor kom til den slutning at det ville være tillatelig med en 5% rente på en lånekapital på grunnlag av en gjensidig oppsigelig renteavtale.