Yaqub Beg var ikke spesielt populær blant sine undersåtter, og påtvang dem høye skatter og styrkte tyrannisk over dem. Det er ukjent hvordan Yaqub ble drept; noen mener han ble drept i kamper med kineserne, andre at han begikk selvmord eller hadde slag. Historikeren Musa Sayrami hevdet at han ble forgiftet 30. mai 1877 i Korla av den tidligere lokale herskeren Niyaz Hakim Bek, etter sistnevnte hadde sammensverget seg med kinesiske styrker i Dzungaria. En kilde hevder av graven hans ble rasert av kinesiske soldater i 1878.