Han skiftet parti etter at Det republikanske parti fikk flertall i Kongressen midtveis i president Bill Clintons første periode. Før dette hadde Shelby i mange år tilhørt en gruppe sørstatsdemokrater som samarbeidet med president Ronald Reagan om blant annet forsvarspolitikken. Shelby ble gjenvalgt til Senatet som republikaner i 1998, og har ikke møtt noen motkandidat av betydning i valg siden. Han var formann i Senatets komité for etterretningstjenesten 1997–2001 og Senatets komité for bankvirksomhet, bolig og byplanlegging 2003–2007.