I 1989 reiste Đinđić tilbake til Jugoslavia for å begynne i en undervisningsstilling ved Universitetet i Novi Sad, og sammen med andre dissidenter grunnla han partiet Demokratska stranka (DS) (Det demokratiske partiet). Han ble leder for partiets styre i 1990 og ble valgt inn i Serbias parlament samme år.