Toivo Jürgenson var næringsminister fra 1994 til 1995, da valgforbundet ble splittet, og deretter partileder for Fedrelandsunionen fra 1995 til 1998. Han var transportminister fra 1999 til 2002, da han hadde ansvaret for å delprivatisere jernbaneselskapet Eesti Raudtee. Han trådte ut av Riigikogu ved valget i 2003.