Innenfor andre fagfelter som fysiologi og paleontologi har kladistikken enkelte begrensninger. I fysiologien vil man for eksempel ha bruk for fisk som en systematisk enhet, og paleotologien kjenner man ofte dyregrupper ut fra få og fragmentariske funn som gjør det vanskelig å avgjøre nøyaktig hvem som er stamfar til hva. Mange dyregrupper er definert ut fra anatomiske detaljer (pattedyr er for eksempel er definert ut fra øreknoklene), som gjør det vanskelig å operere med gode monofyletiske enheter.