Ohlendorf fikk permisjon fra stillingen i RSHA for å lede drapskommandoen. Einsatzgruppene rekrutterte ledere og mannskap fra SD, fra Sicherheitspolizei, fra det vanlige politiet, fra , konsentrasjonsleirvakter og fra Waffen SS. På grunn av sine «fremragende resultater» i Sovjetunionen ble Ohlendorf 9. november 1941 forfremmet til SS-Oberführer.