Roma var allerede nokså irritert over den måten Portugal lot de rent egennyttige politiske hensyn bestemme hvem som skulle bli biskoper, og det var ofte snevre portugisiske handelsinteresser som avgjorde hvor bispesetene skulle ligge. Det spanske patronatssystemet ble ikke utøvet like ekstremt. Derimot er det ikke riktig at de spanske misjoner var mer åpen overfor kulturell tilpasning til de lokale seder. Selv om bildet innen de portugisiske misjoner er svært sammensatt, var det her de mest grensesprengende kulturåpne misjonsmetoder ble utviklet og gjennomført.