I 1992 ble Sarpsborg kommune kraftig utvidet gjennom en kommunesammenslåing av de tidligere kommunene Sarpsborg, Tune, Varteig og Skjeberg. Dette synliggjorde i større grad enn tidligere Sarpsborgs størrelse, da bare drøyt 10 000 innbyggere bodde i den tidligere Sarpsborg kommune som stoppet like utenfor bykjernen, og dermed ikke omfattet de mange boligfeltene som var bygget ut i Tune og Skjeberg i etterkrigstiden. Etter kommunesammenslåingen er noen av de viktigste begivenhetene i Sarpsborg etableringen av Quality Hotel & Badeland i 2000 og ombyggingen av E6 gjennom Sarpsborg til motorvei, som åpnet i 2008. I 2015 ble Østfolds sentralsykehus flyttet fra Fredrikstad til Kalnes utenfor Sarpsborg, og i 2016 feiret Sarpsborg 1000 år. I 2018 deltok Sarpsborg 08 i Europa League, som første klubb fra Østlandet i et gruppespill i Europa.