I innsjøen er det 1 369 øyer og holmer med et totalt areal på 250 km². Totalt tilsigsfelt for sjøen er , og dette omfatter 58 elver som renner inn i innsjøen, hvor de største elvene er Sjuja, Suna, Vodla, Andoma og Vytegra. Utløpet er elva Svir, som var Karelens sørgrense og renner fra Onegas sørvestre bredd til Ladoga, og fortsetter som Neva til Finskebukta.