Etter at Lukas døde mistet brødrene mer og mer sin særegne karakter, og nærmet seg lutheranerne (blant annet skrev Martin Luther et forord til ) og siden de reformertes lære. I 1548 måtte mange brødre emigrere på grunn av nye forfølgelser til Polen og Hertugdømmet Preussen. Med Confessio Bohemica i 1575 ble de også tolerert i Böhmen.