Perm-trias-utryddelsen påvirket dem forholdsvis lite, men i siste del av mesozoikum var det bare en orden igjen, Nautilida. De delte havene med sine fjerne slektninger, ammonittene. Kritt-paleogen-utryddelsen førte til ammonittene døde ut, og Nautiloidea blomstret opp igjen for en periode. Etter hvert som klimaet på jorda ble kaldere i neogen, ble de mindre tallrike, og det er nå bare seks arter igjen.