I oktober 2021, mens han var på reise i Albania, ble han angivelig erklært persona non grata av greske myndigheter og nektet å reise tilbake inn i Hellas. Nişanyan selv uttalte at greske myndigheter «av hensyn til rikets sikkerhet» nektet å gi ham innsyn i hva som var årsaken til denne avgjørelsen. Selv mente han at årsaken var at han hadde publisert en forskningsrapport om bulgarske og tyrkiske stedsnavn i det nordlige Hellas. Den 7. januar avsa en gresk domstol en kjennelse som gikk ut på at myndighetene pliktet å løslate Nisanyan, men at han på sin side pliktet å forlate Tyrkia innen 14 dager. Den armenske ambassaden i Hellas skal deretter ha uttalt at Nişanyan var blitt pålagt av den greske domstolen å forlate Hellas frivillig innen 15 dager; ambassaden tilføyde at som armensk statsborger «kan han reise til Armenia hvis han ønsker det».