Mascherano debuterte for Merseyside-laget 24. februar 2007 mot Sheffield United i en kamp de røde vant 4-0. Mascherano fortsatte sesongen ved å spille en viktig rolle i Liverpool sine kamper i utslagsrundene i Mesterligaen 2006/2007. Det endte med finale mot AC Milan, der Mascherano spilte 78 minutt før han ble byttet ut med Peter Crouch.