Jon Larsen inngikk sitt første ekteskap med Marit Olsdatter, som han fikk datteren Marit Jonsdatter (1798–1883) sammen med. Han inngikk sitt annet ekteskap med Anne Arntsdatter, og paret fikk datteren Marit Jonsdatter (1823–) og sønnen Lars Jonsen (1830–). Forøvrig hadde Anne Arntsdatter sønnen Arnt Matias Kristoffersen (1821–) fra et forhold med klokker Kristoffer Olsen. Arnt Kristoffersen flyttet senere til Steiro i Alstahaug, hvor han ble bonde og ordfører.