I det samme året ble Edvard IV og hans bror, hertugen av Gloucester, tvunget til å flykte fra England da deres bror, hertugen av Clarence, og hans svigerfar, jarlen av Warwick, gjorde opprør og fordrev kongen. Karl av Burgund ble tvunget til å gå i forbønn på vegne for sin svoger, og beordret handelsstanden i London til å sverge lojalitet til Edvard under trusselen at de ville miste sine handelsrettigheter i Burgund, en trussel som var virkningsfull. Året etter ble Margaret etterlatt i fortvilelse da Clarence og Warwick støttet en franskfinansiert Lancaster-invasjon av England. Sammen med sin mor Cecily Neville, enkedronning av York, forsøkte hun å forsone Clarence og Edvard IV, men opprøret fortsatte og den 2. oktober 1470 kom huset Lancaster tilbake til makten og Edvard IV måtte flykte til Margaret og Karl i Burgund.