Taraki kom etter hvert i konflikt med Amin. Han ble myrdet i september 1979 i et internt kupp i det afghanske kommunistpartiet. Omstendighetene omkring mordet er uklare og ingen er blitt gjort ansvarlige. Men de ukjente gjerningsmenn kan ha begått drapet ved hjelp av en pute. Amin tok deretter over som president.