Borgerkrigen førte til at selskapet fikk problemer med finansene, men Ewing forsto at regjeringen ville være interessert i å oppmuntre selskaper til å bygge en transkontinental jernbane. Forsyninger og militære styrker ville kunne forflyttes mye raskere med jernbane enn med hest og kjerre. LP&W bedrev aktiv lobbyvirksomhet i Washington for at deres jernbanetrasé skulle bli valgt som hovedlinje for den transkontinentale jernbanen. 1. juli 1862 ble loven «Pacific Railway Act» vedtatt med løfte om økonomisk støtte for å bygge en jernbanelinje og telegraflinje fra vestbredden av elven Missouri til stillehavskysten. Selskapene som var omfattet av loven, ville få tildelt 26 kvadratkilometer land og 16 000 dollar i statsobligasjonslån for hver fullførte mile (1,609 km) med skinnegang (avregnet etter hver 40. mile godkjent spor). LP&Ws trasé ble imidlertid ikke valgt som hovedlinje, men selskapet ble allikevel omfattet av loven for å bygge en sidelinje fra stedet elvene Kansas og Missouri møtes (ved Kansas City) til øst-enden av hovedlinjen som skulle bygges av det nyopprettede selskapet Union Pacific Railroad (UP).