Sørenden av Gapøya var tidligere bebodd, men øya er nå fraflyttet. Nord for Gapøya ligger Gapøyholman; Storholmen og noen mindre holmer. Størstedelen av Gapøya er i dag vernet som naturreservat, under navnet Gapøya naturreservat. Gapøyholman er også vernet. På Gapøyholman er det forbudt å gå i land mellom 1. mai og 15. juli.