Surf rock-pioneren April Orange gjorde en coverversjon i 1984 på EP-platen . Performanceartisten Laurie Anderson siterte sangens åpningslinjer på tittelsporet til sitt album (1982). I realiteten feilsiterte hun dem og endret til og «Everywhere he goes he stays a stranger»Ace Ventura: Naturen kallerSecret Agent ManThe Adventures of Rocky and BullwinkleAustin Powers - Agenten som kom ut av fryserenAustin Powers: International Man of MysteryThen More Than EverBowfinger, for Tremor Records, en innspilling som senere ble samlet på bandets CD, . I 1974 ble sangen spilt inn av Devo i 1979, da det ble utgitt på albumet med et rykkete, sterlt modifisert arrangement og markant endret tekst (sunget av Bob Mothersbaugh). Innspillingen fra 1974 var med i musikkvideo i Devos uavhengige kortfilm . Sangen var en favoritt blant Devos fans og kom med på repertoarlisten i 1977 og fortsatte å være der til 1980 (Den vendte tilbake til repertoarlisten i 2006). Det japanske bandet Polysics gjorde i sin turn en coververversjon av Devos coverversjon i 2000-årene. Exity-videospillet (1987) inneholdt originalversjonens åpningsriff (egentlig digitalisert lyd) som bakgrunnsmusikk i minispillet . En spansk versjon, «Hombre Secreto», fremført av The Plugz, var med i soundtracket til filmen . The Toasters gjorde også en coverversjon av sangen, som var med på albumet (1996) Skuespilleren og sangeren Bruce Willis gjorde en coverversjon av «Secret Agent Man» på sitt album . Sangen åpner med lydene av en bildør som blir åpnet og lukket, fotsteg og et enslig skudd fra et skytevåpen.