Dette spillet er fortsettelsen på eventyret som startet i slutten av , med nye sektorer med mange planeter og måner man kan utforske. I starten av spillet er Ratchet og Clank ikke sammen, og spilleren opptrer tidvis som Ratchet og tidvis som Clank, inntil de to møtes igjen et stykke ut i spillet. Clank befinner seg da i Den store klokken, mens Ratchet forsøker å redde både Clank og resten av galaksen. Spilleren beveger seg fritt mellom sektorer og planeter, og kan utforske mange forskjellige steder med ulik flora og ulike fiender på hvert sted. I spillet samler man Ryno V-deler, gullbolter og zonier.