Morgans helse var bortimot ødelagt av drikking og utsvevende liv og det tok til slutt livet av ham. Han døde rik på gods, øyensynlig av tuberkulose, men uten barn. Han ble gitt en helts begravelse ved salutt fra skipene i havnen og fra festningen Fort Charles. Hans hustru Mary arvet ham. Fire år senere, i 1692, ødela et jordskjelv Port Royal, inkludert gravlunden og Morgans grav.