Dunhuang består av fire storkommuner og seks kommuner: Storkommunen Shazhou (沙州镇), sentrum, fylkesregjeringens sete; Storkommunen Qili (七里镇); Storkommunen Suzhou (肃州镇); Storkommunen Mogao (莫高镇); Kommunen Yangjiaqiao (杨家桥乡); Kommunen Guojiabu (郭家堡乡); Kommunen Lüjiabu (吕家堡乡); Kommunen Zhuanqukou (转渠口乡); Kommunen Huangqu (黄渠乡); Kommunen Nanhu (南湖乡).