Fra 1972 til 1974 var Turner president i Naval War College, før han ble utnevnt til kommandør av United States Second Fleet med ansvaret for Atlanterhavet fra Nordpolen til Karibien. I 1977 ble han av president Jimmy Carter (tidligere klassekamerat ved Naval Academy) utnevnt til ny direktør for Central Intelligence Agency (CIA). Etter denne perioden bedrev Turner tiden som forfatter samtidig som han hadde flere verv i amerikanske konserner, blant annet i Monsanto.