Innsjøen er om lag 6 meter på det dypeste, og mesteparten er mindre enn 4 meter dypt. Områder som er mindre enn 3 meter dype, er fullstendig dekket av vannliljer, mens mye av de sumpete breddene er bevokst med papyrus og vannhyasint. Papyrusen danner også flytende øyer som driver mellom de små, permanente øyene. Rundt innsjøen finnes store våtmarker fôret av et komplekst system av bekker og elver. Kwaniasjøen, tett forbundet med Kyogasjøen, er mindre, men dypere.