MacEntee gjorde et forsøk på å fortsette sin karriere som ingeniør i Belfast, men dette ble avbrutt av den irske uavhengighetskrig. Han gjorde da tjeneste som nestkommanderende for IRAs Belfastbrigade inntil april 1921. Da ble han overført til Dublin for å lede en kampanje mot deling av Irland i forbindelse med valget i mai.