I 1990/91 nådde United Ligacupfinalen, men tapte for Sheffield Wednesday, som ble ledet av «Big» Ron Atkinson. I ligaen gikk det bedre denne sesongen, og klubben endte på 6.-plass. Kritikerne mente fremdeles at Ferguson ikke kunne klare å lede laget til seier i ligaen. Den 19 år gamle venstrevingen Lee Sharpe slo igjennom denne sesongen, blant annet med et hat-trick borte mot Arsenal i Ligacupen. Dette året fikk engelske lag for første gang på fem år delta i Europacupen igjen. United vant sammenlagt mot Wrexham, Pecsi Muncas, Montpellier og Legia Warszawa i Cupvinnercupen. I finalen ventet FC Barcelona med blant annet Ronald Koeman på laget. Denne maikvelden i Rotterdam var Mark Hughes i storform og scoret 2 mål før Koeman reduserte. De siste minuttene var enveiskjøring mot Uniteds mål, men laget holdt unna og vant en historisk seier. Etter kampen uttalte Ferguson at laget var godt nok til å vinne ligagull påfølgende sesong.