Nippur, som med sin beliggenhet 30 km nord for Isin lå mye lenger nord enn tilfellet var med Uruk, skilte seg på sin side ut gjennom sin status som Mesopotamias hellige by, der den øverste guden i det sumeriske og akkadiske panteonet, Enlil, hadde sitt tempel. Kontroll over Nippur innebar derfor mye politiske prestisje, og kongen som ble anerkjent av byens presteskap kunne tradisjonelt påberope seg tittelen «konge av Sumer og Akkad», som indikerte en symbolsk overhøyhet over hele den regionen som etter hvert skulle bli kalt Babylonia. Det er derfor naturlig at Nippur ville være et attraktiv mål for Gungunum, og man har også flere sterke indisier i tillegg til den ovennevnte henvisningen til Enlil som tyder på at han lyktes å fravriste den hellige byen fra Isins kontroll. Blant annet har man en kongeinnskripsjon fra bare et par år etter kampanjen mot Malgium der Gungunum påberoper seg tittelen «konge av Sumer og Akkad» (mens han tidligere hadde nøyd seg med tittelen «konge av Ur»), samtidig som to årsnavn fra det samme tidsrommet refererer til en serie byggearbeider på steder som alle har blitt tentativt plassert like i nærheten av Nippur. I tillegg har man funnet kopier i Nippur av en hymne skrevet av Gungunum som beskriver hvordan standarden til Urs bygud Nanna ledet en prosesjon med offergaver inn i Enlils tempel, noe som viser at kongen av Larsa hadde nok innflytelse i byen til å få sine hymner tatt opp i Nippur-presteskapets religiøse kanon.