Prokaryoter regnes innenfor dagens systematikk som samlebetegnelse for to av tre hovedgrupper av levende organismer, hvor bakterier og arkebakterier utgjør prokaryotene, og den tredje gruppen av eukaryoter siden gir opphav til protister, planter, sopp og dyr. En del forskning godkjenner ikke splitten mellom arkebakterier og ekte bakterier som egne «riker», og foretrekker å operere med en enkelt bakterierike: Monera.