Statsministeren Hideki Tojo utnevnte Kishi til minister for handel og industri i 1941, og var under krigen viseminister for materiellforsyning og minister uten portefølje med ansvar for krigsmobilisering. Frem til 1948 satt Kishi fengslet av amerikanerne som mistenkt i krigsforbrytelser. I motsetning til Hideki Tojo (og flere andre japanske regjeringsmedlemmer), ble Kishi sluppet ut fra Sugamo-fengsel og han ble aldri siktet eller stilt for Den internasjonale militærdomstolen for Det fjerne østen.