Etter krigen sa han nei til å bli kommandant fordi han ikke anså seg selv god nok og dessuten fryktet problemer med Witte de With og Johan Evertsen dersom ansiennitetsprinsippet ikke ble fulgt, selv om Johan de Witt gjorde det klart hvor gjerne man så at han tok imot tilbudet. Jacob van Wassenaer Obdam ble da den nye kommandanten, og De Ruyter forble i marinens tjeneste, selv om han avslo muligheten til å bli van Wassenaer Obdams nestkommanderende. Den 2. mars 1654 ble han utnevnt til viseadmiral i Amsterdams admiralitet.