Fischer deltok ved seleksjonen av fanger fra innkommende transporter idet de kom ut på perrongen; dette vil si at han delte dem inn etter arbeidsdyktighet eller -udyktighet, og han bestemte dermed over liv og død i Auschwitz-Birkenau, da de arbeidsudyktige ble sendt direkte til gassing eller annen dødsmetode. Han ble stedfortredende standortlege i Auschwitz. I september 1944 ble han etterfulgt som leirlege for Monowitz av Hans Wilhelm König.