Anna Seghers var det eneste barnet til kunsthandleren Isidor Reiling og hans kone Hedwig (født Fult). Familien bekjente seg til ortodoks jødedom. Den mest benyttede bok i hjemmet var allikevel Luthers bibel. Anna gikk fra 1907 på en privatskole, deretter på en høyere pikeskole fra 1910. I første verdenskrig bidro hun med krigshjelp. I 1920 tok hun eksamen artium og studerte senere i Köln og Heidelberg, der hun fordypet seg i historie, kunsthistorie og sinologi. I 1924 gikk hun ut fra Heidelberg universitet med en doktoravhandling om jøden og jødedommen i Rembrandts verk.