Dette var under en vanskelig periode for den katolske kirke i Malaysia. Mange misjonærer, blant dem nonneordenen St. Pauls døtre), ble utvist. Kirken mistet styringsretten over undervisningen på sine mange misjonsskoler. Selv om Chung var malaysisk statsborger, ble han nektet oppholdstillatelse i Sabah. Senere ble hans nærvær i provinsen likevel tolerert, og han klarte etterhvert å mestre utfordringene ganske godt.