I 2003 støttet han den amerikansk-ledede invasjonen av Irak i 2003, som sørget for at Saddam Hussein ble styrtet. I debatten om Irak-krigen kritiserte Ahlmark i harde ordelag sin tidligere medarbeider og partikollega Hans Blix, da han var leder for FNs våpeninspektører i Irak.