Wau bispedømme er landets eldste katolske jurisdiksjon. Den ble opprettet i 1913 som et apostolisk prefektur under navnet . Det hadde blitt utskilt fra det apostoliske vikariatet Sentral-Afrika (med sete i Khartoum) og omfattet også deler av Uganda. Prefekturet ble opphøyet til apostolisk vikariat i 1917 og ga mellom 1923 og 1955 opphav til flere jurisdiksjoner i Sør-Sudan og Nord-Uganda.