Den 16. januar 1943 fløy det siste Ca.309 fra Tripoli til Den italienske halvøya, avsluttet flytypens historie på Libya hvor alle førkrigstidens eksempler (78 kjøpt i tre serier) hadde vært utstasjonert siden 1938, bare 27 fly var tilbake etter de første tre krigsårene. De allierte verdsatte flyets egenskaper som et velegnet transportfly i krevende omgivelser som på Sahara-ørkenen, og hadde benyttet flyvedyktige Ca.309 for egne regning.