Under MPLAs aller første partikongress som ble avholdt i desember 1977, ble Eduardo dos Santos gjenvalgt til sentral­komiteen og polit­byrået. I desember 1978 ble dos Santos flyttet fra stillingen som visestatsminister i regjeringen og innsatt som minister for planlegging. Dos Santos hadde sittet som visepresident under Angolas første president, Agostinho Neto. Da Neto døde i embetet ble José Eduardo dos Santos valgt inn som president i MPLA den 20. september 1979, og han overtok som president for Angola og som øverstkommanderende for det angolske militæret den 21. september 1979.