Emsers oversettelse av Det nye testamente er også kjent. Da den forelå, inndro hertug Georg Luthers Nytestamente fra bruk i Sachsen. Emser forsvarte dette tiltaket med en skarp kritikk av Luthers oversettelse, og ikke minst Luthers forord og kommentarer til tekstene, han forsøkte å påvise 1400 «kjetterske feil og løgner» i Lutherbibelen. På oppdrag av hertugen satte så Emser i gang med å prøve å fortrenge Luthers oversettelse av nytestamentet med sin egen. Han reviderte Luthers oversettelse i lys av Vulgata (den latinske oversettelse) som han betegnet som «den kristne kirkes troverdige tekst», og benyttet også de middelalderske oversettelser til tysk i dette arbeidet. Emsers Nytestamente ble utgitt i 1527 med forord av hertug Georg, og illustrert av Lukas Cranach med motiver fra Åpenbaringsboken. Emser døde senere i 1527, og hans etterfølger som hoffkapellan og rådgiver for hertug Georg av Sachsen ble Johann Cochlaeus, en av Luthers sterkeste motstandere.