Hun ble administrerende direktør i Norges Rederiforbund i 2002. Denne stillingen hadde hun til januar 2008, da hun sluttet etter at regjeringen bestemte at rederne må betale 67 prosent av sin utsatte skatt på totalt 21 milliarder kroner. Lie fikk blant annet kritikk for sitt standpunkt forut for denne beslutningen, fra daværende styre i Rederiforbundet. Senere fastslo Høyesterett I en plenumsdom av 12. februar 2010 at Regjeringen Stolenbergs pålagte oppgjør av skatteforpliktelsene er i strid med tilbakevirkningsforbudet i Grunnloven § 97. Således vant Lies standpunkt frem i Høyesterett, men hun gikk likevel over i annen virksomhet fra 2008.