Tannleger og odontologiske eksperter var til å begynne med skeptiske til Invisalign og produktets påståtte egenskaper. Skepsisen var stor spesielt ettersom grunnleggeren ikke hadde noen erfaring å vise til, eller utdannelse innen odontologi å vise til. I år 2000 planla Align Technology å bruke 31 millioner dollar på en markedsføring som bl.a New York Times hevdet ville bli en av de mest aggressive markedsførinskampanjene noensinne sett innen tannhelse. Tidlig på 2000-tallet brukte selskapet nesten alle pengene sine på markedsføring og reklame. Selskapet tapte ca. 18 millioner dollar hvert år, og befant seg i en kritisk fase. Grunnleggerne Wirth og Chichsti trakk seg fra selskapet i henholdsvis 2001 og 2003 etter lengre tids uenighet med styret. Markedsføringskostnadene ble så kuttet til ca. En tredjedel av sin opprinnelige størrelse.