I juni 1982 gikk Israel, under Sharons ledelse, til angrep på PLO i Libanon. Det endte med at lederskapet i PLO måtte flykte til Tunisia. Den episoden under Libanon-krigen som er blitt mest kjent, er at kristne falangister gikk til angrep på palestinere i flyktningleirene Sabra og Shatila og drepte flere hundre. Ingen har beskyldt Israel for å ha deltatt i massakrene. Men det har vært mange beskyldninger mot Israel i alminnelighet og Ariel Sharon i særdeleshet for å ha godtatt stilltiende og/eller ikke ha brydd seg tilstrekkelig om å stanse massakrene. En kommisjon (Kahan-kommisjonen) som ble nedsatt i Israel for å granske saken, konkluderte med at Sharon hadde et «indirekte ansvar» for det som skjedde, og fikk ham avsatt som forsvarsminister.