Fra 2005 er MS «Finnmarken» sammen med MS «Midnatsol» forhåndsrekvirert av Forsvaret som hospitalskip. Forsvaret kom med spesifikasjoner under prosjekteringen og byggingen, og dekte mer-kostnadene. Skipet er selvforsynt med vann og elektrisitet, og avfallshåndteringen skjer ombord, noe som betyr at hun kan være til sjøs i lange perioder av gangen. På ti dagers varsel skal skipet være operativt som flytende feltsykehus. Bildekket skal gjøres om til sykehus, og 70 leger og sykepleiere vil kunne være i arbeid. Som hospitalskip skal MS «Finnmarken» kunne romme 200 senger i tilfelle krig, krise eller katastrofe, nasjonalt eller internasjonalt.