Omstendighetene rundt bok 2 er vesentlig vanskeligere å slå fast, dels fordi det ikke finnes et fullstendig originalmanuskript. Det eksisterer en avskrift av Bachs elev Johann Christoph Altnikol fra 1744 og en ufullstendig bevart originalhåndskrift (den såkalte «Londonautografen») som dateres til 1740/1742. I WTK II tok Bach i bruk eldre komposisjoner i enda større grad enn i WTK I. Betegnelsen «del 2» skyldes at Altnikol skrev dette på sin avskrift, og det er dermed relativt sannsynlig at Bach brukte den samme benevnelsen.