Gentoo er bygd rundt installerings- og oppdateringssystemet Portage. Man installerer programmer ved å skrive etterfulgt av navnet på programmet man skal installere. Portage bruker ikke programpakker som rpm eller deb, men -filer som inneholder instruksjoner for hvor Portage skal laste ned kildekode, hvordan det skal kompileres, samt filavhengigheter. Ved å skrive , oppdateres hele systemet unntatt kjernen. Bortsett fra Portage er ingen ting standard i en Gentoo-installasjon, brukeren må sette det hele sammen selv.