Flere landsbyer i Somalia, som ligger så langt som 4.500 km fra jordskjelvets episenter, ble skylt vekk av enorme bølger. Det meste av skaden fant sted i området Puntland, en landsdel som er kontrollert av militiagrupper som ikke samarbeider med makthaverne i Mogadishu. Særlig Ras Hafun 1.150 km nordøst for Mogadishu ble rammet. Landsbyene Beyla, Garacad, Muduy og Nugaal i Puntland ble ødelagt.