Å skrive hele navnet på aminosyrene er upraktisk, særlig dersom man skal gjengi proteinsekvenser på flere hundre aminosyrer. Derfor har det blitt utviklet et system av enkeltbokstaver for hver aminosyre, i tillegg til forkortelser på tre bokstaver. For de vanligste aminosyrene er forbokstaven brukt. For de av syrene med lik forbokstav er som regel en bokstav som står i nærheten i alfabetet brukt. Forkortelsene er gjengitt etter det fulle navnet under.