En liten minoritet motstandsfolk var også aktive i Westfalen. Deres konfesjonelle binding var et sterkt motiv. Omkring 1 000 prester innenfor den katolske kirke led av vilkårlige arrestasjoner og straffeforfølgelser. Noen av dem ble sendt til utryddelsesleirene, og minst 15 døde der. Også avgangen til overpresident Ferdinand von Lüninck i 1938 og det påfølgende 20. juli-attentatet mot Adolf Hitler i 1944 var religiøst motivert. Biskopen og senere kardinalen av Münster, Clemens August von Galen, ble rikskjent da han i sine prekener fordømte det nasjonalsosialistiske eutanasiprogrammet.