Det første tutsikongedømmet skal ha blitt opprettet av kong Gihanga omkring 1090, men det finnes ingen bevis på at han faktisk eksisterte. Den tidligste formen for sosial organisering i området var klaner (). Fra 1400-tallet begynte klanene å samle seg til kongeriker, og innen 1700 eksisterte rundt åtte kongeriker i dagens Rwanda. Et av disse var Kongeriket Rwanda, styrt av tutsi-klanen nyiginya, som ble stadig mer dominerende fra midten av 1700-tallet. Riket nådde sin største utstrekning i løpet av 1800-tallet under kong Kigeli Rwabugiri, som erobret flere mindre stater og utvidet kongeriket mot vest og nord. Kongen innførte flere administrative reformer som førte til at forskjellene vokste mellom hutu- og tutsibefolkningen. Disse inkluderte , et system med tvangsarbeid som hutuene måtte utføre for å få tilgang til landområder som hadde blitt beslaglagt fra dem, og , der hutuer hadde muligheten til å benytte seg av kveg tilhørende tutsier i bytte mot økonomiske og personlige tjenester.