Peder Paus var gift i 1. ekteskap med Cathrine Medea Maj Hermansdatter (død 1736) fra Danmark, datter av sogneprest i Ølsted på Sjælland Herman Arentsen (1647–98) og Gundel Sørensdatter May. Herman var sønn av den kjente topografen, rådmann i København mm. Arent Berntsen, mens Gundel var datter av magister, prost og sogneprest i Holbæk Søren Nielsen May og Catharina Motzfeldt, som igjen var datter av vinhandler og stadskaptein i København Peter Motzfeldt (1584–1650). Svigermoren Gundel May var bl.a. kusine til statsmannen Peder Griffenfeld. I 2. ekteskap var Peder Paus gift med sin kusine Hedvig Coldevin Corneliusdatter Paus (1711–1771), datter av hans forgjenger som sorenskriver Cornelius Paus og Valborg Rafn.