Henrettelsen av Manuel var enestående i Trapezunts historie, han var den eneste av fire keisere som ble henrettet etter avsettelsen, de tre andre nøyde man seg med å utvise. Det var også uvanlig å henrette mindreårige. Selv den hensynsløse keiser Mikael VIII Palaiologos nøyde seg med å blinde den avsatte og fengslede Johannes IV Laskaris som var omtrent på Manuels alder. Det at Andronikos III hadde drept sine to brødre kan ha påvirket Basileios til å beordre henrettelsen.