Som datter av kong Henrik II av Frankrike og Katharina de' Medici var Margrete søster til kongene Frans II, Karl IX og Henrik III av Frankrike, og til Elisabeth som var dronning av Spania, gift med Filip II. Hennes far arrangerte ekteskap for henne med en fjern slektning, kong Henrik III av Navarra, og hun ble da dronning av Navarra i 1572. I 1589, etter alle hennes brødre hadde dødd uten arvinger, ble Margretes ektemann Henrik, som var den eldste arving på mannssiden arving til Frankrikes trone ("Prince du sang"), og etterfulgte som kong Henrik IV av Frankrike, den første konge av Huset Bourbon. Hun ble således dronning av Frankrike som hans hustru.