Protokollen gjør det i tillegg mulig for Den europeiske union (etter ratifikasjon av Lisboa-traktaten) å tiltre EMK på lik linje med Europarådets 47 medlemsstater. EMK vil dermed bli bindende for alle EUs institusjoner, herunder EU-domstolen, og EUs innbyggere ville dermed kunne klage EU inn for EMD dersom de mener at EU har krenket deres menneskerettigheter ved utøvelse av EU-retten. Dette vil også innebære at EU utnevner en egen dommer til EMD.