Malcolm Christie debuterte for 8. februar 2003 i en ligakamp mot Liverpool, mens hans første mål for klubben kom 22. februar 2003 da de slo Sunderland 3-1 i en ligakamp på Stadium of Light. Totalt fikk han med seg 12 ligakamper, og 4 ligamål, i siste del av 2002/03-sesongen for Middlesbrough. Etter å ha spilt 10 ligakamper og laget 1 ligamål i første del av 2003/04-sesongen brakk Christie foten på trening, og denne skaden sørget for at det ikke ble mer spilletid på han i siste del av denne sesongen. Han slet med å bli helt restituert av skaden og først i februar 2005 var han tilbake i ligakampsammenheng for klubben fra North Yorkshire. Kun fire dager senere, i en ligakamp mot Blackburn Rovers, ble han nok en gang skadet og sommeren 2005 fikk han nok et beinbrudd. Christie var tilbake for Middlesbrough i april 2006, og på slutten 2005/06-sesongen fikk han med seg 6 ligakamper for .