Lopez ble postert til de pavelige representasjoner i Madagaskar, Filippinene og India, og virket også i Den romerske kurie. Fra 1998 var han assessor for seksjonen for generelle anliggender i Statssekretariatet i Vatikanet. I dette embede var han i nesten fem år som stedfortreder for de daværende substitutter kardinal Giovanni Battista Re og kardinal Leonardo Sandri.