Som det nordligste området av Chile har Arica og Parinacota-regionen vært sentrum i en langvarig strid mellom Chile og Peru. Opprinnelig var området, sammen med Tarapacá-regionen, en region i Peru, mens Antofagasta-regionen hørte til Bolivia. Under salpeterkrigen (1879–83) erobret Chile disse to områdene, og med Ancóntraktaten, som ble inngått mellom Peru og Chile i 1883 ble det formelt besluttet at Tarapacá-regionen skulle tilhøre Chile. I tillegg forble Tacna og Arica okkupert av Chile i en tiårsperiode, hvoretter de to områdenes tilhørighet skulle bestemmes gjennom en folkeavstemning.