Erling Skakke og Magnus Erlingsson stevnet inn i fjorden og kom overraskende på birkebeinerne, som hadde lagt til ved bryggene. Sverre Sigurdsson beordret sine menn til å rykke opp i byen og vekk fra skipene, som ikke var tømt for eiendeler og forsyninger. Magnus Erlingsson og Erling Skakke rodde opp i Nidelva mens en styrke gikk på land ved Brattøra, der elven munner ut. Det ble en skarp forfølgelse helt til birkebeinerne hadde etablert seg ved Elgeseter og slo tilbake forhastede angrep på deres baktropp. Etter trefningen ble brua over Nidelva, som var for smal, oppgitt av begge parter, og de henga seg til å skyte med piler på hverandre. Etter det trakk birkebeinerne seg opp i fjellene, først til Klæbu og deretter til Gauldalen. Der valgte Sverre å dra vestover til Nidelva med sin hær og oppholdt seg der i minst fire dager i håp om at Erling Skakke hadde feiltolket hans hensikter. Erling Skakke trodde, gjennom forhør av reisende og meldinger fra egne speidere, at Sverre mest sannsynlig var dratt mot Opplandene.