Hans tid som pave var kjennetegnet av relativ fred med romerske myndigheter, men av indre stridigheter blant de kristne i Roma. Enkelte kjetterske bevegelser hadde begynt å få innpass i byen, og blant annet erklærte Eleuterius at ingen mat som egnet seg som menneskeføde skulle foraktes av kristne; dette var sannsynligvis rettet mot manikeerne eller montanistene, som forbød sine medlemmer å spise kjøtt.