Rittet fant sted mot starten av andre verdenskrig, og det var allerede uroligheter rundt om i Europa. Italia, Tyskland og Spania sendte derfor ikke noen lag til rittet i 1939. Tittelforsvareren fra Italia, Gino Bartali, fikk derfor ikke mulighet til å forsvare sin tittel. Dette skulle bli den siste Touren på åtte år. Den neste ble holdt i 1947, flere år etter andre verdenskrig.