Østersjøens østre kystområder var de siste deler av Europa som ble kristnet av Den romersk-katolske kirke. I 1193 kalte pave Celestine III på et korstog mot hedninger i Nord-Europa. Dette korstoget sammenlignes ofte til korstoget til frankerne og Karl den store. Derimot ble ikke dette korstoget offisielt kunngjort før 1197 eller 1198, men den første referansen til korstoget er i et brev av pave Innocens III. På starten av 1200-tallet erobret tyske korsfarere fra Gotland, og de nordre delene av Det tysk-romerske rike, livlandske og latviske landområder langs elvene Daugava og Gauja. Festningen Riga (hovedstad i dagens Latvia) ble etablert i 1201, og i 1202 ble De livlandske sverdbrødrene dannet som en gren av Tempelridderordenen. I 1218 gav pave Honorius III kong Valdemar II av Danmark frie tøyler til å annektere så mye land han kunne erobre i Estland. I tillegg besøkte Albert av Riga, leder for korsfarerne som sloss mot esterne fra sør, den tyske kongen Filip av Schwaben, og spurte om tillatelse til å angripe esterne fra nord. De siste som ble underlagt og kristnet var øselerne, kuronierne og semgallerne.