I desember 2011 ble Andersen pågrepet og siktet for medvirkning til skatteunndragelse i forbindelse med den estiske spilleren Raio Piirojas opphold i Fredrikstad Fotballklubb. 19. juli 2012 fikk Andersen medhold i Pressens Faglige Utvalg (PFU) i sin klage mot Aftenpostens omtale av ham i skattesaken, mens en parallell klage rettet mot Fredrikstad Blad, VG og Dagbladet ble løst i minnelighet. I april 2013 tok Andersen ut stevning mot Aftenposten og krevde i overkant av 3,5 millioner kroner i erstatning. 29. august 2013 ble Aftenposten frifunnet, men Morgan Andersen anket dommen. I februar 2014 ble siktelsen mot Morgan Andersen i skatteunndragelses-saken frafalt.