I et tilbakeblikk fra barndommen løper Bruce Wayne fra foreldrenes begravelse. Han faller ned i en hule, hvor en virvel av flaggermus løfter ham tilbake til overflaten. Tilbake i nåtiden, 18 måneder etter konflikten mellom Superman og General Zod i Metropolis (som fant sted i Man of Steel fra 2013) har Superman blitt en kontroversiell figur. Bruce Wayne er en milliardær som har operert i Gotham City som Batman de siste tjue årene. Etter å personlig ha vært vitne til alt kaoset på grunn av konflikten mellom Supermann og General Zod, ser Batman på Supermann som en eksistensiell trussel mot menneskeheten. Etter å ha lært om Batmans form for rettferdighet, forsøker Clark Kent (Supermans sivile identitet) å avsløre ham via en rekke artikler i avisen han arbeider; Daily Planet.