Etter erkebiskop Hyacinthe-Louis de Quélens død, ble Affre den neste erkebiskop av Paris, senere i 1840. Han var i kirkelig forstand gallikaner, vendte seg i spørsmålet om undervisningfrihet mot kong Louis-Philippe I. Men selv om vasr motstander av kongens regjering, aksepterte han opprettelsen av den andre republikk i 1848. Han ville ikke involvere seg politisk, og konsentrerte sin oppmerksomhet for sjelesorgen. Han opprettet en rekke nye menigheter i byens fattige arbeiderklasseområder. Blant dem var Ménilmontant, Plaisance, Petit-Montrouge, Maison-Blanche, Petit-Gentilly, Notre-Dame de la Gare, Billancourt og Gros-Caillou.