På 600-tallet ble Kilikia invadert av muslimske arabere. Araberne greide ikke endelig å fordrive bysantinerne før tidlig på 700-tallet og da ble Kilikia omformet til befestet grensesone av kalifatet. Muslimene holdt landet helt det ble frigjort av den bysantinske keiseren Nikeforos II i 965.