I år 1600 mistet Lykkeby sine køpstadsprivilegier, fordi Christian IV ville styrke den nyanlagte festningsbyen Christianopel. I 1601 befalte kongen at Lykkeby slott skulle rives ned, og stenene brukes til å forsterke befestningen av Christianopel. Den årlige markedsdag ble også flyttet til den nye by. I 1636 beskrives byen som et magert fiskeleie.