Vanunu blir av mange menneskerettighetsgrupper ansett som en samvittighetsfange og ofte sammenlignet med den tyske pasifisten Carl von Ossietzky. I Israel er synet på Vanunu motsatt. Shimon Peres uttalte i forbindelse med løslatelsen at «Vanunu forrådte sitt land og fikk en rettferdig straff». Etter at det ble kjent at Vanunu uttalte at «vi trenger ikke en jødisk stat, det må være en palestinsk stat», ble han enda mer upopulær i Israel. De fleste israelere ser på ham som en forræder.