Emerson ble utdannet ved Harvard University (1821), der han også arbeidet som kelner og assistentlærer, og var deretter rektor for brorens skole i en kort periode. Som sin far (død 1810) tok han utdannelse som prest i den lokale , men sa opp i protest i 1832. Hans senere uttalelse om at Jesus ikke er Gud, vakte bestyrtelse og ateisme-fordømming i 1838. Rundt 1880 var likevel deler av kirkens filosofi positiv til enkelte av Emersons ideer.