Det er flere alternative måter å dele fynbosen i undergrupper. De mange lokale endemismene gjør det vanskelig å sammenligne plantesamfunn fra ulike områder. En eldre klassifikasjon skiller mellom fjellfynbos, grasfynbos og lavlandsfynbos. En nyere klassifikasjon har seks hovedtyper: protea-, lyng-, restio-, kurvplante-, busk- og grasfynbos. Hovedtypene deles igjen i over 60 undertyper.