Kapillærelektroforese er en separasjonsteknikk som bruker høyt elektrisk felt for å produsere elektroosmotisk strømning for separasjon av ioner. Analytikere migrerer fra den ene enden av kapillær til den andre basert på ladning, viskositet og størrelse. Jo høyere det elektriske feltet er, større er mobiliteten. Massespektrometri er en analytisk teknikk som identifiserer kjemiske specier avhengig av forholdet mellom masse og ladning. I løpet av prosessen vil en ionkilde konvertere molekyler som kommer fra CE til ioner som deretter kan manipuleres ved hjelp av elektrisk og magnetisk felt. De separerte ionene blir deretter målt ved hjelp av en detektor. Det største problemet når kobling av CE til MS oppstår på grunn av utilstrekkelig forståelse av grunnleggende prosesser når to teknikker er grensesnitt. Separasjonen og deteksjonen av analytter kan forbedres med bedre grensesnitt. CE har blitt koblet til MS ved hjelp av forskjellige ioniseringsteknikker som FAB, ESI, MALDI, APCI og DESI. Den mest brukte ioniseringsteknikken er ESI.