Thrugot ble gift med Torgunna Vagnsdatter, datter av Vagn Åkesson og Ingeborg Torkelsdatter. Hans datter var Bodil Thrugotsdatter som ble gift med kong Erik Eiegod. Han også minst to sønner, Astrad Thrugotsson og Svend Thrugotsson, begge knyttet til Erik den helliges hird. Fra Svend nedstammer de senere mektige biskopene i Lund. Han var far til Asser og farfar til Eskil. Også historikeren Sven Aggesen tilhørte slekten som Eskils nevø.