Det historiske Senjens og Tromsø provsti ble delt i to omkring år 1750. Jens Schelderup, sogneprest i Sand, som ifølge Erlandsen var prost i Senja fra 1749 til 1751, var trolig den første prosten i Senja etter delingen av det opprinnelige prostiet. Han nevnes som prost i Senja i forbindelse med et skifte i 1750. Kgl.res. av 17. august 1859 bestemte at Senjens Provsti fra 1. januar 1860 skulle deles i to ved at Trondenes Provsti ble opprettet med prestegjeldene i Kvæfjord, Trondenæs og Ibestad, mens bibeholdt Berg, Tranø, Lenvik og Maalselven. Ved kgl.res. 19. mai 1922 ble det fastsatt at skrivemåten skulle forandres fra Senjens til . Indre Troms prosti ble 1. januar 2020 innlemmet i Senja prosti.