Spørsmålet om å gi råd til barn om å være fornøyd med det anatomiske kjønn, eller å oppfordre dem til å fortsette å vise atferd som ikke samsvarer med kjønnsstereotypier - eller for å utforske en transseksuell overgang - er kontroversielt. Noen leger rapporterer at en betydelig andel av barn med kjønnsidentitetsforstyrrelse ikke har slike symptomer senere i livet. Det er en aktiv og voksende bevegelse blant fagfolk som behandler kjønnsdysfori hos barn ved å referere til og forskrive hormoner for å utsette starten av puberteten før barnet er gammelt nok til å foreta en informert beslutning om hvorvidt oppstart av behandling for hormonell kjønnsomdisponering som senere kan føre til kirurgisk kjønnskorrigerende vil være i vedkommendes beste interesse. Det bemerkes imidlertid at en slik blokkering av veksthormoner kan føre til vesentlig skade på muskler og skjelett hvis det gjøres for en lengre periode.