I 1999 kom herrelaget på 4.-plass i 4. divisjon avd. 2, og hadde bare en gradvis framgang fram til de i 2001 kom på andreplass og rykket opp til 3. divisjon. Der forble de en middelhavsfarer fram til de i 2005 vant serien, men tapte opprykkskampen mot Askøy. Siden det har Voss tilhørt den øvre delen av 3. divisjon uten helt å klare opprykk. I 2010 vant FBK Voss avdelingen sin, men tapte opprykkskampene mot Austevoll. I 2013, rykket klubbens herrelag ned i 4. divisjon.