Etter at han hadde mistet sin unge hustru og sin formue, trådte han og Giacomo della Marca under påverkning fra Bernardinus av Siena i år 1416 inn i fransiskanerordenen. Giovanni da Capistrano henga seg umiddelbart til den strengeste askese, og forsvarte voldsomt den krevende klosterorden. Med tiden ble han presteviet i sin orden, og han hadde da lært seg å preke ved å følge med Bernardinus rundt om. Han gjorde seg kjent både som predikant og som helbreder; det fortelles at han helbredet to tusen syke personer ved en og samme anledning.