František Lízna stammet fra en bondefamilie fra Karpatoukraina og ble født i Jevíčko. Han gjorde sin militærtjeneste ved PTP i landsdelen Slovakia. På grunn av hans aktiviteter ble han flere ganger forsømt av de statlige kommunistiske mundigheter, og fengslet, blant annet for ødelleggelse av det sovjetiske flagg (1960), og forsøk på landeflukt (1964). Han arbeidet som sosialarbeider i Velehrad, der han sluttet seg til jesuittordenen i 1968.