En studie fra 2014 tyder på at ekstreme El Niño-hendelser kan dobles i fremtiden på grunn av klimaendringer. Ved hjelp av 20 klimamodeller for å undersøke mulige endringer av El Niño i løpet av de neste 100 årene, antydet forskerne at ekstreme El Niño-hendelser kan forekomme omtrent hvert tiende år i stedet for hver tjuende. En oppsummering fra 2016 peker på at det er stor usikkerhet og at forskningen så langt har gitt motstridende resultater. På den annen side antydes det at El Niño-hendelser og global oppvarming kan ha vekselvirkninger som gir svært alvorlige endringer.