Ombyggingen skjedde på og var topphemmelig. «Goldenfelds» drivstofftanker fikk øket kapasiteten fra i overkant av 1 200 tonn til 3 000 tonn. Vanntankene ble økt til 1 200 tonn og kull-lageret ble øket til 1 000 tonn. Det ble installert flere mannskapsrom, fengsel, kjølerom og hønsehus. Avstandsmåleren ble gjemt i dagtanken for ferskvann over styrehuset. Som kamuflasje ble alle kanoner gjemt bak tunge stålluker i skutesiden som kunne åpnes på et øyeblikk med et håndtak. Skorsteinen og noen av mastene var teleskopiske. På dette viset ville Atlantis fremstå som et skip i handelsflåten.