Teodoros II Dukas Laskaris var eneste sønn av keiser Johannes III Dukas Vatatzes og Irene Laskarina, datter av keiser Teodoros I Laskaris og Anna Angelina, en datter av keiser Alexios III Angelos og Euphrosyne Dukaina Kamaterina. Teodoros ble født i slutten av 1221 eller tidlig i 1222, angivelig på samme dag som hans far besteg tronen. Han fikk en god utdannelse og forble interessert i vitenskap og kunst hele livet. I motsetning til tidligere praksis ble Teodoros II ikke kronet til medkeiser sammen sin far selv om han deltok i det politiske liv i regjeringen fra ca. 1241. På faren, keiser Johannes III’s dødsdag 4. november 1254 ble Teodoros hyllet som keiser av hæren og hoffet, men han ble ikke kronet før en ny patriark (Arsenius Autoreianus) var utnevnt i 1255. Tronskiftet i Nikea ble utnyttet av bulgarerne som invaderte Trakia i 1255 under ledelse av den unge og uerfarne tsar Mikael II Asen av Bulgaria. (Tsar Mikael var på det tidspunkt ca 16 år gammel.) Selv om Teodoros først og fremst var en teoretiker, så tok han umiddelbart den militære ledelsen og marsjerte mot bulgarerne og han vant en knusende seier. Under et nytt felttog i 1256 klarte han å få i stand en gunstig fredsavtale som kan ha fremkalt en lederkrise i Bulgaria. Teodoros fulgte opp sin militære suksess med å annektere flere byer i de vestlige områdene (i det nåværende Hellas) og styrket sin posisjon vis-à-vis det rivaliserende bysantinske riket Despotatet Epirus.