Han hadde i alt 14 barn, hvorav 8 vokste opp og overlevde ham. Hans tre sønner Ove (1611–1674), Henrik (1615–1683) og Jørgen (1621–1696) hadde alle tre fremtredende stillinger. Forøvrig døtrene (1612–74) (hvis ætling er den svenske politikeren Carl Bildt), (1616-58?), , (1624–52) og . Også den norske politikeren Anniken Huitfeldt er en av ætlingene til Jens Bjelke.