Fra 1865 til 1869 arbeidet Pasteur med sykdommer hos silkeormer. Alle silkeproduserende land bortsett fra Japan opplevde på denne tiden at silkeormer døde eller ikke spann kokonger, og hadde store tap. Gjennom flere opphold i Alès sør i Frankrike studerte han den nye sykdommen og den tidligere kjente . Selv om Pasteur gjorde flere feilslutninger i arbeidet – han regnet de to sykdommene for å være den samme, og avviste at den kunne være forårsaket av parasitter slik andre forskere hadde foreslått – klarte han å finne løsninger mot begge. Pasteur skilte etterhvert mellom den dysenterilignende flacherien og andre infeksjoner. Han fant også ut at denne sykdommen kunne ha ulike årsaker – mikrobe eller ikke-mikrobe. Den førstnevnte formen er blitt kjent som «flacherie de Pasteur» eller «ekte flacherie».