Ved hans avreise for medisinsk behandling i Paris i oktober 2004, hadde Arafat vært under husarrest i bygningen i over to år. Tidlig i november, da det var kjent at han var døden nær, ble flere steder foreslått som mulige gravplasser. Jerusalem var førstevalget, men Israels statsminister Ariel Sharon uttalte at han ikke ville tillate dette; i etterkant av Arafats død den 11. november bestemte derfor de palestinske myndigheter at hans kropp skulle plasseres «midlertidig» i mukatabygget, i påvente av etableringen av en palestinsk stat og overføringen av hans kropp til Klippedomen i Tempelhøyden i Jerusalem. Planene om at Arafat skulle ha kistefremvisning ved mukataen før gravleggelsen ble avlyst, fordi tusenvis av følelsesladde sørgende overveldet de palestinske sikkerhetsstyrkene. Arafat ble gravlagt i mukataen den 12. november 2004, på midlertidig basis. Den 11. november 2007 ble det vist frem og tatt i bruk en større gravstein i Jerusalemstein, som var designet av palestinske arkitekter. Steinens inskripsjon indikerte at Arafats siste hvilested skal bli i Jerusalem, når den først kommer under palestinsk kontroll.