Al-Faruqi var en uttalt kritiker av sionisme og så på det som uforenlig med jødedom på grunn av sin nasjonalistiske ideologi. Han argumenterte for at urettferdighetene forårsaket av sionisme krevde at det ble avviklet. Han foreslo at tidligere israelske jøder som tok avstand fra sionisme, kunne leve som et "ummatisk samfunn" innenfor den muslimske verden, og overholdt jødisk lov slik den tolkes av rabbiniske domstoler innenfor en islamsk ramme. Dette understreket hans forpliktelse til en visjon om rettferdighet forankret i islamske prinsipper.