Borgerkrigen mellom UNITA og MPLA fortsatte til 10. januar 1989 da Cuba begynte å trekke sine styrker tilbake. I løpet av mye av denne tiden, kontrollerte UNITA store deler av det indre av landet og ble støttet av amerikanske ressurser og sørafrikanske tropper. På lignende vis ble titusenvis av cubanske tropper værende til støtte for MPLA, og kjempet ofte mot sørafrikanerne ved fronten. I 1988 ble Sør-Afrika og Cuba enige om å trekke alle sine utenlandske styrker ut fra Angola, etter at slaget ved Cuito Cuanavale endte med at begge parter erklærte seg selv som seirende. Avtalen hadde forbindelser til forhandlinger om Namibias uavhengighet. Året etter ble en våpenhvile fremforhandlet av atten afrikanske nasjoner. Dette førte til Bicesse-avtalen i 1991 som staket ut kursen for en valgprosess for et demokratisk Angola under overoppsyn av FN. UNITAs Savimbi klarte ikke å vinne første runde av presidentvalget i 1992, han fikk 40% mot Dos Santos sine 49%, noe som betydde omvalg. Savimbi kalte valget ugyldig og gikk tilbake til krigen. En annen fredsavtale, Lusaka-protokollen, ble fremforhandlet i Lusaka, Zambia, og underskrevet 20. november 1994.