Ohlendorf ble tiltalt for forbrytelser han 2 år tidligere frivillig hadde innrømmet. Tiltalepunktet om forbrytelser mot menneskeheten var bredt anlagt. Lederne for Einsatzgruppen var både skrivebordsmordere (som utstedte ordrer) og kommandanter for drapsskvadroner i felten. Første punkt i tiltalen gjaldt både utstedelse av ordre om å drepe sivile, og villig medvirkning til de konkrete drapene. Ohlendorf erklærte seg ikke skyldig. Forsvareren argumenterte med at tiltalen for forbrytelser mot menneskeheten var en lov med tilbakevirkende kraft.