Ifølge vitenskapelige undersøkelser foretatt i USA under William R. Maples ledelse, savnet man levningene etter Anastasia og av hennes bror Aleksej. En annen undersøkelse av levningene, foretatt i Russland, kom derimot frem til konklusjonen at det ikke var Anastasias, men hennes søster Marias levninger som manglet. De to savnede barna ble imidlertid funnet senere og ble identifisert i 2008. Aleksejs og Anastasias levninger hadde genomgått en hard behandling, man hadde forsøkt å brenne dem og ødelegge dem med syre. Dette førte ikke frem, og til slutt ble levningene gravd ned. Etter kommunismens fall fikk Nikolaj II og hans familie den 17. juli 1998 sine kirkelige begravelser i St. Petersburg.