Fra begynnelsen ble samene koblet opp mot finnene, ettersom det samiske språket åpenbart er nært beslektet med finsk. Da den biologiske antropologien ble utviklet på 1800-tallet ble samene sett på som avvikende fra alle omgivende folkegrupper. Det gav opphavet til en teori om at samene utviklet seg som en isolert gruppe under istiden, da de skulle ha overvintret ved Nordishavet. Teorien er kjent som . Lingvister har forsøkt å finne samenes opphav øst for Volga eller Ural ved å sammenligne språkene, ettersom samisk har språklige likheter med samojediske språk. En annen metode, som antropologer anvendte på 1800-tallet, var å undersøke etnisitet og rase basert på målinger av hodeskaller. Sammen med sosialdarwinistiske tenkemåter ble det spekulert på hvordan samene kunne ha språklige likheter med finner, men ikke ha utviklet seg til samme «høyere kulturelt nivå». Med dette mente en at samene var nomadiske, mens finnene var bofaste. Slike tankemåter ga seg uheldige utslag med nedvurdering av samene som mennesker og deres kultur, noe som først ble endret etter andre verdenskrig.