Shatner har vært gift fire ganger: til Gloria Rand fra 1956 til 1969, med Marcy Lafferty fra 1973 til 1994, Nerine Kidd fra 1997 til 1999, og sin nåværende kone Elizabeth Martin som han giftet seg med i 2001. Shatner har tre døtre: Leslie Carol (født 1958), Lisabeth Mary (født 1960), og Melanie (født 1964), fra sitt ekteskap med Rand. Han er svigerfar til Joel Gretsch, som er gift med Melanie, og som har barnebarna Kaya og Willow.