Det at trossamfunnet er militærnektere og nekter å hilse nasjonale flagg har brakt dem i konflikt med enkelte styresmakter. Som en følge av dette har Jehovas vitner blitt forfulgt, og deres aktiviteter forbudt, i enkelte land. Det at Jehovas vitner over tid har utfordret nasjonale restriksjoner på sitt arbeid, har hatt innflytelse på lovgivning relatert til borgerrettigheter i en rekke land.