Han studerte ved Universitetet i Zürich og søkte om sveitsisk statsborgerskap. Jogiches søkte kontakt med marxisten Georgij Plekhanov, som også var i landflyktighet. To år etter kom han imidlertid såpass på kant med ham at det førte til en rettsprosess innad i partiet. Plekhanovs tilhengere angrep Jogiches på det skarpeste, og også Friedrich Engels ytret seg negativt om ham i et brev.