Men Bourke fortsatte å skape kontroverser innenfor kolonien ved å bekjempe umenneskelig behandling mot straffangene. Han begrenset antallet straffanger som hver arbeidsgiver kunne ha til 70. Han gav også rettigheter til frisatte straffanger som å tillate dem å skaffe seg eiendom og jurytjeneste. Det har blitt hevdet at avskaffelsen av straffetransporten til Australia i 1840 kan tillegges Bourkes handlinger.