Elva har sitt utspring på et platå nær Diamantino. Her møtes flere mindre elver og danner elva Arinos. Denne renner senere sammen med Juruena og danner Alto Tapajós. Elva har dette navnet helt ned til den møter Rio Manoel som kommer fra øst, deretter har elva navnet Tapajós. De øvre delene av elva er dominert av stryk og kraftige strømmer. Elva kan trafikkeres av større båter fra det siste stryket, Maranhão Grande, og ned til Santarém.