I Freiburg var Nolte student under Martin Heidegger, som han anerkjente som en stor innflytelse. Fra 1944 og utover var Nolte en nær venn av familien Heidegger, og i 1945 da professoren fryktet å bli arrestert av franskmennene, gav Nolte ham mat og klær til en forsøkt rømning. Eugen Fink var en annen professor som influerte Nolte. Etter 1945 da Nolte mottok sin BA i filosofi ved Freiburg, arbeidet han som en lærer ved et gymnasium (videregående). I 1952 mottok han en doktorgrad i filosofi ved Freiburg for sin tese («Selvfremmedgjøring og dialektikk i tysk idealisme og Marx»).