Kirken var fra starten av anlagt med kirkegård på alle sider, men med største del av arealet øst for bygningen. Kirkegården var delt i to av den stien som forbant Købmagergade med den daværende Springgade og samtidig ga adgang til den sydvestre portalen, som var kirkens hovedinngang inntil 1817. Det var murer mot de omkringliggende gatene og muren mot Landemærket gikk så tett forbi kirkens nordøstre hjørne, at den smale delen av kirkegården som lå nord for kirken, nærmest var avskåret fra resten og den har så vidt man vet aldri vært brukt til begravelser. Derimot lå det fra 1697 inntil brannen i 1728 en klokkerbolig på området på hjørnet mot Købmagergade. Da man i 1798 oppførte de ovennevnte butikkene ble området enda mindre og i 1817 da man «vendte» kirken, ble resten sløyfet.