Hele IMOs generalforsamling møter hvert andre år. Mellom disse generalforsamlingene holder et råd, som består av 40 medlemsland som stemt inn av generalforsamlingen, møter og styrer IMO og dets oppgaver. Det tekniske arbeider av IMO blir gjort av komiteene. Sekretariatet består av 300 internasjonale sivile arbeidere som blir ledet av generalsekretæren.