I 2004 ble Muhammed Dahlan utnevnt av Abbas som innenriksminister med ansvar for koordinering med Israel og satt til 2006, da han ble valgt til PLC for Khan Younis. Som leder for det nasjonale sikkerhetsrådet forberedte Dahlan angivelig et USA-støttet militærkupp mot Hamas-myndighetene på Gaza, men Hamas kom dem i forkjøpet.