Først hadde han fremgang i øst, men hans erobringer gikk snart tapt, og da svartedauden begynte å herje i Sverige i 1350, stoppet krigen etter hvert av seg selv, uten noen kjent fredsslutning. Samtidig var Magnus opptatt av å skaffe seg besittelser i Estland og Livland. På grunn av disse planene og den motstanden Magnus hadde vist Novgorodfarerne under den russiske krigen, kom han i et fiendtlig forhold til hansestedene. Han hadde heller ikke noen gang tidligere vist seg særlig vennlig stemt mot dem. Våpenhviler ble inngått med dem, men alltid for korte perioder. Ved disse forhandlingene virket alltid Magnus Erikssons svoger, hertug Albrekt II av Mecklenburg, som fredsmegler.