Kort tid før perserkrigene synes det som om Paros var blitt besittelse av Naxos. I den første krigen mot Persia (490 f.Kr.) allierte Paros seg med perserne og sendte en trirem til Marathon som persisk støtte. Som hevn ble øyas hovedstad beleiret av en athensk flåte under ledelse av Miltiades den yngre som krevde en bot på 100 talenter. Men byen gjorde heftig motstand, og athenerne ga opp etter 26 dager etter å ha herjet hele øya, men ikke greid å innta byen. Det var tempel for Demeter Tesmoforos på Paros som Miltiades fikk det sår i foten fra som til sist drepte ham, antagelig av koldbrann. Ved hjelp av en inskripsjon ble det i moderne tid mulig å identifisere tempelstedet; det lå slik Herodotos hadde antydet på en lav høyde nedenfor byens grenser.