Denne skarvearten danner både små og store kolonier, fra 10 til 700 par, men deler ikke kolonien med andre skarvearter. Hekketiden varierer mye med hekkelokaliteten, samlet sett er det så å si året rundt. Hvithalsflekkskarver legger typisk tre egg i kullet, rugetiden er i gjennomsnitt 31 dager og ungene trenger ytterligere mellom 57 og 71, typisk 62 dager til de er flygedyktige. De kan nå levealder på 10 år.