Mekong renner i Kambodsja sørover fra grensen mot Laos til et punkt litt sør for Kratie, hvor den svinger vestover i ca. 50 km og deretter snur mot sørvest til Phnom Penh. Før Kratie går elven gjennom en del stryk, men fra Kampong Cham blir terrenget flatere. Her oversvømmes områder langs elva fra juni til november, vannet bryter da gjennom de naturlige dikene som har bygget seg opp langs elva. I Phnom Penh møter Mekong tre andre store vassdrag på et punkt kalt (fire ansikter). Mekong renner inn fra nordøst og Tonle Sap, som kommer fra Tonle Sap-sjøen, renner inn fra nordvest. De deler seg i to parallelle elveløp, det ene fortstter som Mekong, det endre får navnet Bassac. Disse renner uavhengig av hverandre gjennom deltaflater i Kambodsja og Vietnam og tømmes i Sør-Kinahavet.