Universitetet ble grunnlagt i 1419 uten teologisk fakultet, men med pavelig bulle fra pave Martin V, av hertugene Johann II av Mecklenburg-Stargard og Albrecht IV av Mecklenburg-Schwerin og rådet i hansestaden Rostock. Den festlige åpningen fant sted 10. november 1419. På grunn av heretiske strømninger forble universitetet likevel frem til 1432 uten teologisk fakultet.