Regionen var under persisk kontroll rundt 390 f.Kr., da den persiske satrapen avgjorde en grensetvist mellom Miletos og Myous. Sparta, Athen og de andre greske fastlandsstatene anerkjente formelt persisk besittelse av Jonia og de andre greske byene i Anatolia under kongefreden i 387 f.Kr. I denne perioden var Jonia et eget satrapi, snarere enn en del av Lydia – den eneste gangen i regionens historie som dannet en administrativ enhet. Joniske byer ser ut til å ha beholdt en betydelig grad av selsstyre som varte fram til Aleksander den store erobet Anatolia i 335 f.Kr.