Staten ble opprettet gjennom av territoriene til fyrstbispedømmet Regensburg, den frie riksstaden Regensburg samt de tre riksklostrene Niedermünster, Obermünster og St. Emmeram (som alle lå i Regensburg). Samtidig ble erkekansler-, kurfyrste-, og erkebiskoptittelen som var knyttet til Kurmainz, overført til Regensburg. Regensburg ble valgt fordi byen var sete for riksdagen. Eneste innehaver av disse titlene og statsoverhode av Regensburg ble i 1803 Karl Theodor von Dalberg, som i tillegg fikk tildelt tittelen . Dermed var Regensburg det eneste fyrstbispedømmet som overlevde som en kirkelig stat. Planen var at Regensburg skulle bli metropolitanbispedømmet for bispedømmene i Det tysk-romerske rike unntatt Østerrike og Preussen, men riket ble oppløst i 1806. Fyrstedømmet Regensburg under fyrstprimasen Dalberg ble deretter en suveren stat og medlem av Rhinforbundet.