Etter sin ankomst til Kina den 24. juli 1699 i Amoy virket Foucquet som misjonær i provinsen Jiangxi og i byene Nanzhang og Fuzhou. Han kom relativt raskt inn i kretsen av figurister rundt pater Joachim Bouvet, en krets som fungerte som et lite vitenskapelig-missiologisk privatakademi etter kinesisk forbilde. Pater Foucqets spesialområde var taoismen og hvordan den kunne tolkes i lys av kristendommen. I 1711 ble han etter Bouvets ønske kalt til Beijing for å bistå ham i studiet av det klassiske konfucianske verket . Samtidig arbeidet han for Kangxi-keiseren, og forfattet et antall astronomiske og matematiske traktater på hans oppdrag.