Ca. 1445, da Sultan Husayn var syv eller åtte år, døde hans far. Faren hadde ingen stor posisjon blant timuridene, så Husayn tok etter hvert navnet Bayqara etter sin mer framstående bestefar. Han gikk i 1452 i tjeneste hos sin eldre fetter Abul-Qasim Babur Mirza som styrte i Herat. Abul-Qasim var mindre dyktig som hersker, han styrte dårlig og gikk til krig mot Abu Sa’id Mirza som styrte i Samarkand. Husayn forlot Abul-Qasim og skaffet seg sin egen styrke. Han tok kontroll over byen Gorgan etter å ha beseiret Ak Koyunlu-guvernøren Ḥosayn Beg Saʿdli.. Deretter sluttet han seg til Abu Sa’id som hadde sitt hovedsete i Samarkand.