I 1975, etter at Portugal trakk sine tropper vekk fra Øst-Timor og Fretilin-bevegelsen tok makten i landet, beordret Suharto en invasjon av landet. Senere ble en regjering innsatt av den indonesiske regjeringen på øyen, denne ba så om at Indonesia skulle annektere landet. Det ble estimert at omtrent 200 000 mennesker, grovt sett ⅓ av befolkningen, ble drept av indonesiske soldater eller tilhørende milits-styrker. 15. juli 1976 ble Øst-Timor provinsen Timor Timur, som den forble til den ble overført til FN-kontroll i 1999.