Den danske marinen hadde sin opprinnelige base i København, men som følge av mobiliseringen hadde fartøyene blitt utstasjonert på forskjellige steder i landet. Marinen besto av 1500 mann og 58 fartøy (2 artilleriskip, 6 torpedobåter, 7 undervannsbåter, 3 mineleggere, 9 minesveipere, 4 inspeksjonsskip samt verksteds- og oppmålingsskip). De fleste skipene var imidlertid gamle og foreldede. De beste fartøyene var de to gamle artilleriskipene «Peder Skram» og «Niels Juel». De mest moderne var tre torpedobåter bygd i begynnelsen av 1930-årene og fire undervannsbåter. Marinen hadde sitt eget flyvåpen (Marinens Flyvevæsen) som besto av to luftflotiljer (på skvadronstørrelse), en av dem utrustet med 13 gamle Heinkel H.E.8 sjøfly med hovedbase i København og en flotilje utrustet med åtte av de eldre Hawker Nimrod Mk. II jagerflyene med base på Avnø.