Det svært lave antallet henger sammen med DDR-statens antisemittiske politikk i 1950-årene. Politikken fikk betegnelsen «anti-kosmpolittisme» og inngikk i bølgen av utrenskinger, deportasjoner og henrettelser i de andre landene i den sovjetiske innflytelsessfæren i årene før Stalins død, slik som Slánský-prosessen i Tsjekkoslovakia 1952/53. Mennesker som tilbragte nazi-tiden i vestlig eksil var særlig utsatt. De ble muligens anklaget for samarbeid med vesten og stemplet som verktøy for imperialismen. Sentralkomitemedlemmet Paul Merker ble i 1950 arrestert og beskyldt for å være fransk agent og de jødiske menighetenes hovedkontor ble ransaket. Merker ble rehabilitert først i 1956. I januar 1953 flyktet Julius Meyer, medlem av SED, representant i Volkskammer og president for forbundet av de jødiske menighetene i DDR, til Vest-Tyskland. Han hadde overlevd Auschwitz og Ravensbrück og ledet siden 1949 Berlins jødiske menighet sammen med Heinz Galinski.