Kurgan er en av de eldste byene i Sibir. Den ble grunnlagt mellom 1659 og 1662 av Timofei Nevesjin, en bonde fra Tjumen, under navnet (russisk: Царёво Городи́ще), men den ble senere kalt (russisk: Курганская Слобода). Byen ble i de påfølgende år utbygd til en festning. Den tjente som grensepost og beskyttet andre russiske bosetninger fra angrep fra nomader. Flere ganger klarte ikke Tsarjovo Gorodisjtsje å stå imot angrepene, og ble plyndret og brent.