Den nye republikken hadde flere problemer fra fødselen av. I henhold til første punkt i konstitusjonen skulle den være «forent og aristokratisk», original tekst: , . Adelen på øyene var levningene av det venetianske aristokratiet som sto i motsetning til det store flertallet av greske bønder. Det var også en religiøs dimensjon; mens det var enighet om faren av å slippe til muslimsk innflytelse, sto den italienske katolske adelen i et motsetningsforhold til den gresk-ortodokse landsbygda. Russerne så på seg selv som beskytter av den ortodokse tro og bidro til å forsterke indignasjonen og forbitrelsen mot adelen som igjen var favorisert av den osmanske rike. Det var stor uro og flere bondeopprør. Til sist ble russerne bedt om slå ned på opptøyene, hvilket var i overensstemmelse med avtalen om felles beskyttelse med osmanene. Med en sterk russisk garnison på Korfu og med hæravdelinger på de andre øyene, ble spenningen dempet, men republikken ble samtidig underlagt okkupasjon av Russland.