Harald Lindberg ble uteksaminert som lege i 1970. Hans medisinske karriere startet med en generell kirurgisk utdannelse ved Hedmark sentralsjukehus i Elverum fra 1973 til 1979. Etter dette ble han ansatt ved thoraxkirurgisk avdeling på Rikshospitalet i 1979, hvor han senere ledet seksjonen for kirurgisk behandling av medfødt hjertefeil fra 1991.