Zachariasen ledet Lagtingets delegasjon til København som forhandlet frem en nyordning av Færøyenes valutaforhold. Han var også sentral i forfatningsstriden. I 1946 gikk færøyingene til folkeavstemning om løsrivelse fra Danmark. Etter at hjemmestyreloven trådte i kraft i 1948, ble Zachariasen visestatsminister i Andrass Samuelsens regjering, som satt fra 1948 til 1950.