Einsatzkommando H internerte jødiske slovaker i Sered konsentrasjonsleir. SS deporterte fra september 1944 deporterte 8000 jøder til Auschwitz, 2700 til Sachsenhausen og 1600 til Theresienstadt. Et stort antall av disse døde under transport, i leirene eller i dødsmarsjene på slutten av krigen da leirene i Polen ble evakuert. Eichmann sendte den rutinerte SS-Obersturmbannführer Alois Brunner til Bratislava for å lede arbeidet. Tyskernes jakt på de gjenværende jødene fortsatte mens sovjetiske styrker nærmet seg landets grenser. De jødiske slovakene deportert høsten 1944 var blant de siste som ble sendt gjennom drapsanlegget i Auschwitz. Himmler ga trolig ordre om å innstille bruken av gasskammeret i månedsskiftet oktober/november. Riving av krematoriene begynte i slutten av november.