Friedrich Seyler var sønn av magister Friedrich Seyler (1603–1676), rektor for gymnaset i Basel og tidligere sogneprest i kantonen St. Gallen. Han ble gift i 1672 med Elisabeth Socin, datter av dommer og rådsherre i Basel samt gesandt til det franske hoff Abel Socin og Maria Hummel. De var foreldre til dr.theol. og sogneprest i Liestal Abel Seyler (1684–1767) og besteforeldre til den berømte teaterdirektøren Abel Seyler.