Jesse innleder et forhold til sin husverts datter, Jane (Krysten Ritter), en tidligere heroinbruker på rehabilitering. Når Walter ringer Jesse med en avtale om å bli kvitt alle 17 kiloene metamfetamin samtidig, svarer ikke Jesse. Walter bryter seg så inn hos Jesse for å hente metamfetaminen. Walter fullfører handelen, og når han returnerer, blir han vitne til at Jane blir kvalt i sitt eget oppkast mens hun er høy på heroin, men han griper ikke inn, og hun dør. I forbindelse med dette går Walter glipp av fødselen til sin datter, Holly. Når Jesse våkner, og finner Jane død, blir han sønderknust. I sesongavslutningen blir Skyler, Walters kone, så mistenksom over Walters mange forsvinninger, og ber ham til slutt pakke sakene sine og forlate huset. Sesongen avsluttes med at Janes far, Donald, er på jobb som flygeleder. Han er så distrahert over tapet av datteren at han ved et uhell fører to fly inn i hverandre, og de styrter over byen.