På grunn av en skade gikk han glipp av det meste av 2002-2003-sesongen. Høsten 2003 spilte han i avgjørende kvalifiseringskamper til Euro 2004 for Polen. Dessverre klarte ikke Polen kvalifiseringen og 1. FC Nürnberg var ute av stand til å bli i Bundesliga. Derfor gikk Krzynowek til Bundesliga-klubben Bayer Leverkusen. I 2004-2005-sesongen var han en av de markante spillerne for klubben, og trioen Krzynowek, Andriy Voronin, og Dimitar Berbatov tiltrakk seg oppmerksomhet fra mange europeiske toppklubber. Bayer Leverkusen spilte også meget godt i Champions League, hvor de slo ut klubber som Real Madrid og AS Roma. Krzynowek scoret tre mål, ett av målene ble scoret mot Real Madrid, og ble omtalt som et av de vakreste i dette årets turnering.