Som minister gjorde Blehr det klart at han ønsket et selvstendig Norge under Quislings ledelse, og han motsatte seg gang på gang krav fra okkupasjonsmakten av økonomisk art. Det var i stor grad hans fortjeneste at norske kirkeklokker ikke ble utlevert til tyskerne. Denne nasjonalistiske holdningen gjorde at han ble en torn i øyet på Josef Terboven, og han ble også motarbeidet av krefter i NS-ledelsen. Sommeren 1944 ble han presset ut av regjeringen.