Medisinerne strevde med å forstå hva pesten var for en slags sykdom. Men jesuittpresten pater Athanasius Kircher kom inn på rett spor: I sitt verk fra 1658 påpekte han nærværet av «små ormer» i blodet og konkluderte dermed at sykdommen skyldes mikroorganismer. Han var den første som erkjente betydningen av «små vesener» for spredningen av sykdommen. Konklusjonen var korrekt, selv om det han så i mikroskopet sannsynligvis var røde eller hvite blodlegemer. Pater Kircher gikk også inn for hygieniske tiltak som isolasjon, karantene, brenning av de sykes klær, og bruk av ansiktsmasker for å hemme pestens videre spredning.