I 1844 ble Alcock utnevnt til britisk konsul i Fuzhou i Kina, en av de traktathavner som i 1842 i og med Nanjingtraktaten ble åpnet av Qing-dynastiet for europeere. Alcock kom her i en situasjon som satte ham i et helt nytt forholds til de kinesiske myndigheter. Han tjenestegjorde i Fuzhou i 18 måneder, med ankomst i mars 1845 (hans hustru kom kort tid etter, da han hadde funnet en passende residens,og hans svigerinne Emma S. Bacon og svigermor Mrs. Bacon kom ett år etter). Han klarte å gjenopprette den fornødne fred og orden som var blitt forstyrret under opiumskrigen.