Under keiser Yongles (1402–1424) regjeringstid begynte byggingen av en mur i den østligste enden av dynastiets territorium ved Liaodong for å beskytte området øst for Liao He elven. Muren ble bygget i flere etapper og sto ferdig i 1479. Muren i området nordvest for Beijing mellom Xuanhua og den viktige militærbyen Datong begynte man å bygge i 1399 og ble deretter forsterket i 1413 og igjen i 1484. Da ikke minst på grunn av de kinesiske tapene ved Tumu-krisen i 1449. Parallelle murer ble også bygget, murene i disse områdene var stort sett pakket jord supplert med grøfter. På grunn av den økende trusselen fra den mongolske lederen Altan Khan, som hadde etablert et hovedkvarter i Hohhot like nord for den nordlige svingen av Huang He elven, fortsatte Ming-dynastiet å bygge murer på 1540-tallet nord for Datong og Xuanhua. Denne muren var en dobbel barriere og strakte seg fra den nordøstlige svingen av Huang He og i en bue over Datong for å møtes nær Juyong-passet nord for Beijing. Selv disse murene var på denne tiden hovedsakelig jordvoller. I 1550 klarte Altan Khan å ri rundt den østlige enden av muren og plyndret og brente forstedene til Beijing. For å lukke dette gapet i hovedstadens forsvar ble det fra 1551 bygget en sammenhengende mur fra Juyong-passet til Shanhai-passet. Strekningen rundt Beijing ble delvis bygget på rester etter den tidligere kinesiske muren fra Nordlige Qi. Denne muren ble renovert, utvidet og supplert med mange vakttårn i 1567–1572 under ledelse av general Qi Jiguang. Det var i løpet av denne tiden muren i nærheten av Beijing fikk det karakteristiske mursteinsutseendet med tårn og skyteskår som den kinesiske mur er kjent for i dag.