Det er flere store elver og innsjøer i Kosovo. De største elvene er Beli Drim (Hvite Drin), som munner ut i Adriaterhavet og sideelven dens Erenik, samt Sitnica, Ibar og Binačka Morava som drenerer til Svartehavet via Donau og Lepenac som flyter til Egeerhavet. De største innsjøene er Gazivoda (380 millioner m³) i nordvest, Radonic (113 millioner m³) i sørvest, Batlava (40 millioner m³) og Badovac (26 millioner m³) i nordøst.