I løpet av sesongen kastet Manning for 4 557 yards, satte rekord med en passer rating på 121,1 og med 49 touchdownpasninger, og kastet kun ti interceptions. Mannings 2004-sesong ble stemt til den nest beste pasningssesongen noensinne av ESPN i 2013. Han oppnådde dette til tross for at dette var den eneste sesongen i hans karriere hvor han hadde under 500 pasningsforsøk. Han ledet ligaen med 13,6 yards per fullførte pasning og 9,2 yards per pasningsforsøk. Hans prosentandel touchdownpasninger på 9,9% er høyest i NFLs historie. 49 touchdownpasninger i en sesong er tredje flest noensinne, og en passer rating på 121,1 er nest høyest noensinne. Han vant NFL MVP Award med 49 av 50 stemmer, ble utpekt til NFL Offensive Player of the Year og vant en ESPY for Best NFL Player for andre år på rad; Manning vant også en ESY for Best Record-Breaking Performance for sine 49 touchdownpasninger. Colts avsluttet sesongen 12–4 og sikret sin andre AFC South-tittel på rad. Colts satte også en lagrekord med sine 522 poeng. Tre mottakere hadde over 1 000 mottatte yards og minst ti touchdowns i sesongen, som også var en rekord. regnet frem at Manning hadde matematisk sett hatt den beste sesongen noensinne for en quarterback.