Mange CFS-pasienter har også, eller synes å ha, andre medisinske problemer eller relaterte diagnoser. Komorbid fibromyalgi er vanlig, der bare pasienter med fibromyalgi viser unormal smerterespons. Fibromyalgi forekommer hos en stor andel av CFS-pasienter i tiden mellom sykdomsutbrudd og det andre året, og enkelte forskere antyder at fibromyalgi og CFS er beslektet. Som tidligere nevnt, har mange CFS-rammede også symptomer på irritabel tarm syndrom, temporomandibulære leddsmerter, hodepine inklusive migrene, og andre former for muskelsmerter. Personer med CFS har betydelig høyere forekomst av stemningslidelser enn den øvrige befolkningen. Nedsatt stemningsleie er en vanlig reaksjon på tap forårsaket av kronisk sykdom, hvilket i noen tilfeller kan utvikle seg til å bli en komorbid situasjonsbestemt depresjon. Sammenlignet med den øvrige befolkningen, har mannlige CFS-pasienter større sannsynlighet for å oppleve kronisk bekkensmertesyndrom (CP/CPP), og kvinnelige CFS-pasienter har også større sannsynlighet for å oppleve kroniske bekkensmerter. CFS er vesentlig vanligere hos kvinner med endometriose sammenlignet med kvinner i den øvrige befolkningen i USA.