Ved siden av nasjonalflagget har Malaysia egne handelsflagg og orlogsflagg, begge etter britisk mønster. Handelsflagget er en med nasjonalflagget i kantonen. Orlogsflagget har nasjonalflagget i hvit duk, men det har naturlig nok ikke kors slik den britiske opprinnelig har. Malaysias orlogsflagg har i stedet et blått emblem i flaggets frie ende. dette består av et anker og korslagte tradisjonelle våpen.