I 1761 publiserte han planen for , hvis første 10 hefter med 600 tavler han sto for i 1761-71. Det vakte uvilje i visse kretser, at et slikt verv var overdratt til en utlending, blant annet fordi noen mente, at det var dyktige og passende innfødte krefter, som J. T. Holmskjold. Men den dyktige måte på hvilken arbeidet ble iverksatt bragte klagene til å forstumme. Flora Danicas senere utgiver J. W. Hornemann erklærte, at «Forventningerne til den hallerske discipel var store, og de blev ikke skuffede». Hornemann beklagede , "at denne virksomme og dygtige mand så tidligt forlod den bane, han så hæderligt havde påbegyndt".