Da Gustav Vasa i 1521 brøt med Kalmarunionen og Sverige ble selvstendig ble borgen Tre Kronor landets mest fornemme kongeresidens. Gustav Vasa forsynte borgen med et ytre forsvarsbelte og Johan III skapte borgen om til et praktfullt renessanseslott med elegante gavler. Det som ble oppført var; en ny kongeleilighet (mellom Norrström og Storkyrkan) i en ny rad inntil den gamle økonomigårdens vestmur mellom og inklusive porttårnet (det sydvestlige tårnet) og det nordvestlige tårnet; en helt ny rad med rikssal ved den vestlige muren i den gamle høyborgen (mot Storkyrkan til); og en ny slottskirke mot Norrström som utgjorde den ena østlige halvparten av en ny lengde ved økonomigårdens nordmur. En del av denne kirken lå også under det nordøstlige tårnet.