Ved dannelsen av den rødgrønne regjeringen i 2005 ble Lahnstein utnevnt til politisk rådgiver for statsråd Liv Signe Navarsete i Samferdselsdepartementet. I 2007 ble Lahnstein statssekretær i samme departement. I 2010 ble han statssekretær i Utenriksdepartementet, og i 2011 tilbake i Samferdselsdepartementet, og fra 2012 til regjeringens fratreden i 2013 statssekretær ved Statsministerens kontor.