Den 1. september 2006 fusjonerte rådet med Norges Frikirkeråd (opprettet 1902). Det hadde lenge foregått et økt samarbeid mellom de to rådene. Mange kirkesamfunn var medlemmer av tidligere Norges Kristne Råd og Norges Frikirkeråd. Den 31. mars 2006 ble det vedatt å fusjonere.