Primera Air opererte vanligvis med tur-returreiser fra sine knutepunkter i Skandinavia til populære feriedestinasjoner langs den europeiske middelhavskysten, Kanariøyene, Azorene, Madeira, Bulgaria og Tyrkia samt vanlige charterflyvninger til praktisk talt alle destinasjoner. Flyselskapet hadde utvalgte sesongreiser både sommer og vinter.I siste del av 2014 lanserte Primera Air ti nye direkteruter fra Island som vinter- og sommerdestinasjoner, nemlig Las Palmas, Tenerife, Alicante, Salzburg, Málaga, Mallorca og Barcelona, Bologna, Kreta og Bodrum. Den 26. oktober 2016 lanserte Primera Air ukentlige avganger fra Göteborg og Malmö til Dubai (Al Maktoum internasjonale lufthavn) og Tenerife samt fra Helsingfors til Fuerteventura og Las Palmas. Etter å ha fått tillatelse til å betjene ruter til USA, startet flyselskapet den 16. november opp en ny rute fra Keflavík til New York (JFK). Senere samme år startet de opp fire nye ukentlige avganger: Aalborg–Las Palmas, København–Billund–Lanzarote, Aarhus–Tenerife og Aalborg–Fuerteventura.I 2015 signerte Primera Air avtaler verdt 30 millioner euro med flere store reisebyråer i Frankrike for å operere en rekke avganger med to flymaskiner fra Charles de Gaulle lufthavn til populære feriedestinasjoner i løpet av sommeren.I februar 2016 ble destinasjoner i Kroatia, Dubrovnik og Pula lagt til rutenettet. Tidlig i mai 2016 startet flyselskapet opp med regelmessige avganger fra Billund lufthavn til Nice og Venezia. Kort tid etter ble også avganger til Antalya lansert. Senere samme år annonserte Primera Air en økning i antall avganger til eksisterende destinasjoner samt nye destinasjoner (Milan og Roma) fra Stockholm for sommersesongen 2017. Senere samme år ble Trieste, Almería og Lamezia lagt til som destinasjoner. Fra 2017, ble det også startet flyvninger til Kalamata, Ponta Delgada og Madeira. Sommeren 2018 startet også selskapet flyvninger fra Riga til Málaga.