Barcelona vant Primera División og Copa del Rey i 2009, der Messi scoret i finalen, og 6 mål totalt, mens han i Primera División endte på 23 mål totalt. I mesterligafinalen mot scoret han et mål med hodet, i en kamp Barcelona vant 2–0 og sikret seg «The Treble». Messi scoret ni mål og ble turneringens toppscorer. Han endte opp med 38 mål på 52 kamper i alle turneringer. I 2009 vant Messi «Gullballen» og han ble utnevnt til FIFA World Player of the Year. Dette gjorde han med 473 poeng, som er den høyeste poengsummen noensinne. Han vant også med rekordstor differanse til andreplassen, som gikk til Cristiano Ronaldo med 233 poeng. Klubbkamerat i Barcelona, Xavi, kom på tredjeplass med 170 poeng.