Den 5. juli 2022 signerte Malacia en fireårskontrakt med Premier League-klubben Manchester United, med muligheten for ett ekstra år. United betalte Feyenoord en innledende avgift på €15 millioner (£13 millioner), med ytterligere €2 millioner (£1.7 millioner) i tillegg, for å gjøre Malacia til klubbens første signering under manageren Erik ten Hag. To dager senere ble det bekreftet at han skulle bære draktnummer 12, sist brukt av Chris Smalling. Den 7. august debuterte Malacia for klubben som innbytter i en 2–1 hjemmetap mot i Premier League. Den 22. august 2022 startet Malacia for første gang for United i en 2–1 seier mot . Den 26. februar 2023 var han med i United-troppen som vant EFL Cup-finalen 2–0 mot , hans første trofé med klubben.