Hammarby er første gang nevnt i 1337, da det av Olof Styrbjörnsson (Gren) ble byttet bort til kanniken i Uppsala, Lars Nilsson. Senere var området eid av slektene Läma, Stewardt, Gärffelt og von Friesendorff, og gjennom inngifte av A. Schönberg, som i 1758 solgte godset, det nærliggende Sävja med tilgrensende herligheter, på tilsammen 10 bruk, for 80 000 dalar til Carl von Linné.