Bobadilla var medlem av Calatravaordenen og ble i 1499 utnevnt av kong Ferdinand og dronning Isabella til å etterfølge Christopher Columbus som den andre guvernør over Vest-India, Spanias nye territorier i Amerika. Da han kom til Santo Domingo, Hispaniola i august 1500, opprettholdt de Bobadilla anklagene om vanstyre som var kommet mot Columbus og hans brødre Bartolomeus og Diego og fikk ham sendt tilbake til Spania i lenker.