Vasilij-katedralen skiller seg fra de fleste andre kirkebygg med de fargerike utvendige løkkuplene. Innvendig skiller den seg også fra de fleste andre kirkebygg, og i stedet for et stort kirkerom består den av en labyrint av trange ganger med flere små kapeller innimellom. Alt i alt inneholder kirken ti kapeller, hver med sin egen kuppel over, som man kan se fra utsiden.