I 1946 ble Verschuer dømt av en denazifiseringsdomstol til 600 reichsmark i bøter som medløper. I et endelig utsagn den 10. mai 1946 angav Verschuer at hans assistent Josef Mengele mot sin vilje var blitt kommandert til Auschwitz. Mengele hadde ved gjentatte anledninger forgjeves forsøkt å bli forflyttet fra leirtjenesten til fronten. Verschuer bedyret at Mengele hadde forsøkt å være en lege og hjelper for sine pasienter.