Pave Johannes Paul II utnevnte ham til biskop av Dili 27. februar 2004. Biskopen av Baucau, Basílio do Nascimento, som ledet bispedømmet Dili som apostolisk administrator fra 2002 til da Silva tiltrådte, bispeviet ham den 2. mai samme år. Medkonsekratorer var erkebiskopen av Kupang, Peter Turang, og hjelpebiskop Tomás Pedro Barbosa da Silva Nunes fra Lisboa. Nesten 30.000 deltok ved bispevielsen ved katedralen i Dili. Blant dem var sekretæren ved det apostoliske nuntiatur i Indonesia, msgr. Novatus Rugambwa, predidenten i Øst-Timor Xanana Gusmão, statsminister Mari Alkatiri, regjerinmgsministre og utenlandske sendemenn.