Etter turneen i samband med i 2006-2007 bestemte Frusciante seg nok en gang for å forlate Red Hot Cili Peppers. Denne gangen uten bråk fra de andre medlemmene som godtok og forstod valget. Frusciante sa at hans musikalske interesser hadde ført ham inn i en retning som gjorde at han måtte konsentrere seg om karrieren som soloartist. Hans offisielle avskjed med bandet kom i 2009.