Bouvetøya inngår i det internasjonale miljøovervåkingsprogramet CCAMLR Ecosystem Monitoring System (CEMP) under ledelse av Kommisjonen for bevaring av marine levende ressurser i Antarktis. Forskere fra Norsk Polarinstitutt har regelmessige ekspedisjoner til øya, hvor næringsstrategier hos og utbredelse av pelssel- og pingvinbestandene blir studert. Overvåkingen inngår også i en forskningsavtale mellom Norge og Sør-Afrika. Sist forskere fra Norsk Polarinstitutt besøkte Bouvetøya var i 2001, men i forbindelse med Antarktisekspedisjonen i 2003-2004 var ekspedisjonsmedlemmer fra Norsk Polarinstitutt i land på øya.