Fra 1414 til 1418 var Konstanz skueplass for Konstanz-konsilet. Da den frie riksbyen Konstanz ble reformert i 1526, ble bispesetet flyttet fra Konstanz til Meersburg. Domkapitelet returnerte til Konstanz i 1548, etter at byen hadde blitt innlemmet i Vorderösterreich og gjenkatolisert av habsburgerne. Da Det tysk-romerske rikets geistlige områder ble sekularisert i 1803, falt høystiftet Konstanz til Baden.