Stasjonen ble opprettet 15. juli 1884 som Vækkerø stoppested. 15. august 1890 skiftet den navn til Bestum, og 1. september 1922 til Bestun. Fra mellomkrigstiden verserte det planer om å bygge en ringbane mellom Bestun og Grefsen som skulle spille en vesentlig rolle i den sammenhengen. Planene ble aldri satt ut i livet, og Oslotunnelen ble bygget som vest-øst-forbindelse i stedet.