Jødene slo seg først ned i Nizjyn på begynnelsen av 1800-tallet etter delingen av Polen. I 1897 var 24 % av innbyggerne jøder. En rekke pogromer rammet jødene hardt mellom 1881 og 1905. Da tyskerne trakk seg tilbake våren 1918 utførte den røde armé i tillegg flere pogromer. Under andre verdenskrig ble regionen okkupert av Nazi-Tyskland, som utryddet alle jødene i området. Bare de få som klarte å rømme, overlevde. I 1959 var det omkring 3 % jøder i Nizjyn og i 2005 var det bare omkring 300 jødiske familier i byen.