Som en del av North America and West Indies Station tok «Challenger» i 1862 del i operasjonene mot Mexico, inkludert okkupasjonen av Vera Cruz. Det ble flaggskipet til Australia Station i 1866 og i 1868 ble det gjort straffeoperasjoner mot noen folk på Fiji for å hevne mordet på en misjonær og noen av hjelperne hans. Skipet dro ut fra Australian Station sent i 1870.