Den totale kostnaden for hele utbyggingen ble i 2016 anslått til 340 milliarder kroner (382 milliarder kroner i 2020). Kostnader, samfunnsøkonomisk lønnsomhet, usikkert trafikkgrunnlag, miljøspørsmål, sikkerhet og usikker teknisk gjennomføring gjør prosjektet politisk omstridt. Transportnæringen er skeptisk til lange og dype tunneler. Gevinsten av ferjeavløsning for hele strekningen samlet er uklar. De tekniske løsningene for noen av fjordkryssingene er per 2022 ikke ferdig utviklet. Statens vegvesen hadde til 2020 brukt 2 milliarder i planlegging av ferjefri E39. Deler av den innsparte reisetiden er venting på ferjekaien, og etater som SINTEF og Transportøkonomisk institutt har fremholdt at denne innsparingen langt på vei kan oppnås med hyppigere ferjeavganger.