Han aksepterte en stilling som professor i genetikk og flyttet til University College i London hvor han tilbrakte mesteparten av sin senere akademiske karriere. Fire år senere ble han den første professor i biometri ved University College London. Haldane leverte mange bidrag til human genetikk og han var en av de tre store forskerne som utviklet den matematiske teorien for populasjonsgenetikk. I 1952 mottok han en Darwin-medalje fra det britiske Royal Society. I 1956 ble han tildelt Huxley Memorial Medal of the Royal Anthropological Institute. Blant sine mange andre priser, ble han også tildelt en Feltrinelli Prize, en æresdoktorat innen vitenskap, et Honorary Fellowship ved New College, samt at han ble tildelt en Kimber Award fra US National Academy of Sciences. Han ble fra Linnean Society of London tildelt den prestisjetunge Darwin-Wallace Medal i 1958.