Da bad hans overordnede, pater Alessandro Valignano, ham om likevel å reise til Nagasaki i Japan. Han kom dit den 25. juli 1583 og virket der i mange år. Han var viseprovinsial for jesuittenes Kina-Japan-provins fra 1600 til 1611. Den 31. juli 1611, da bud kom om at jesuittordenens ledelse hadde splittet Kina-Japan i hver sin provins, ble pater Pasio den første provinsialen der.