Den 9. desember 1942 ble Marino Nilsson likvidert etter ordre fra Henry Rinnan. Under rettsaka mot Rinnan kom det fram at han hadde bestemt seg for å kvitte seg med Nilsson, som kunne virke arrogant og kanskje gjennomskuelig. Rinnan sendte to av sine farligste agenter, Karl Dolmen og Arild Hjulstad Østby, til Ålesund med ordre om å drepe Nilsson. Ifølge Rinnans egen forklaring til politiet i 1945 ble Nilsson slått i hodet og dumpet i sjøen ved Storneskaia i Ålesund.Liket ble ikke funnet før i oktober 1943, da en dykker oppdaget det innpakket og hodeløst under kaia. Nilssons død markerte slutten på hans karriere som infiltratør for Gestapo og Rinnan-banden.