I 1994 slapp Dream Theater sitt tredje album, . Det var på dette albumet Moore inkluderte sin signatursang, en ballade ved navn Space-Dye Vest. Space-Dye Vest omhandler en sorgtynget mann som forelsker seg i en fremmed som modellerer en vest, mens han blar gjennom et blad. Men rett før albumet ble sluppet, annonserte Moore at han sluttet i bandet for å fokusere på sin egen musikalske karriere. Trommeslager Mike Portnoy fortalte at Moore lenge hadde virket reservert ovenfor de andre bandmedlemmene, og var mere interessert i uavhengigheten som kom ved å jobbe for seg selv, i motsetning til å spille i et band. Han flyttet til Santa Fe i New Mexico for å begynne arbeidet på et soloalbum. Dream Theater har mange ganger senere tilbudt han å spille på gjenforeningskonserter og liknende, men Moore har hver gang sagt at han foretrekker å se fremover fremfor bakover.