Organisasjonen har flere forskjellige merkinger innad, herunder økologisk merking. For å kunne kalle produkter for økologiske i Norge, må man produsere disse i henhold til Debio-sertifiseringen. Debio har fysiske inspeksjoner i alle steg av produksjonen hvert år. Her vil bedriften være pålagt å gi Debio full oversikt over produksjonsprosessen, inkludert regnskap og andre relevante bilag. Dette er en ordning som er laget i samarbeid med Mattilsynet. Debio-sertifiseringen reguleres av «forskrift om økologisk produksjon og merking av økologiske landbruksprodukter, akvakulturprodukter, næringsmidler og fôr (økologiforskriften)».