Reservatet har stor betydning som rasteplass for ender og sangsvaner under vårtrekket. I begynnelsen av april kan flokker på mellom 50 og 100 sangsvaner sees i reservatet. I siste halvdel av april kan over 1000 ender søke etter næring i reservatet samtidig. De mest tallrike artene er stokkand, krikkand og kvinand. Brunnakke, toppand og laksand forekommer i mindre antall. Også under høsttrekket raster en del ender i området. Om høsten sees flest vadefugler. Enkeltbekkasin, grønnstilk, rødstilk og myrsnipe er de vanligste artene. Noen sangsvaner og ender kan overvintre i reservatet. Vannstanden i Storsjøen varierer med vannstanden i Glåma. Disse vannstandssvingningene gjør reservatet lite egna til hekking fordi de naturlige reirplassene er oversvømt til langt ut i juni. Øya Engene, blant andre steder i nærheten, er et veldig viktig leveområde for bever. Naturreservatet er også viktig for elg som har trekkvei over Kjølstadnora mellom Belgen og beiteområdet på Ringåsberget. Seimsjøen naturreservat er et viktig rasteområde for; brushane, stjertand, siland, toppand, brunnakke, snadderand, sangsvane, gravand, steinvender, et viktig yngleområde for; brunnakke, makrellterne, knoppsvane, myrsanger, gulsanger, stjertmeis og et viktig beiteområde for fiskeørn.