Mye av forskningen skjer ved å sammenligne ulikheter mellom kromosomer og protein- og DNA-sekvenser fra ulike arter ved hjelp av bioinformatiske metoder. Målet er å finne ut hvordan evolusjonære endringer i form og funksjon (fenotypiske endringer) oppstår gjennom endringer av gener og de delene av DNA som styrer når gener blir uttrykt (som enhancer- og promotor_(genetikk). En måte å studere dette på er ved å se på ulikheter når det gjelder hvor et gen uttrykkes i forskjellige organismer, og på hvilket steg i utviklingen.