I 1990 opplevde Embraer sin første virkelige krise. Selskapet tok del i utviklingen av en ny regional flytype, utviklet i samarbeid med den argentinske flyprodusenten FMA. Flyet het CBA 123 Vector, og fløy for første gang den 30. juli 1990.Flyet ble dog ikke akseptert på markedet, blant annet på grunn av den høye prisen i forhold til tilsvarende modeller. Flyet var også spesielt dyrt både for Embraer og FMA, da mye ny teknologi måtte utvikles spesielt for flyet. Dette førte til at ikke ett eneste fly ble solgt.