Forening for kjønnsforskning i Norge ble stiftet i 2002, og Hovden var den første lederen. I tillegg fungerte hun i perioden 2004–2005 som nestleder. Hun var leder for forskningsgruppen om «Women and Development in Rural Regions» i 20 år. Hun har også ledet regionale, nasjonale og internasjonale forskningsprosjekter.