I 2003 stiftet Brees, sammen med sin kone Brittany, Brees Dream Foundation for å støtte kreftpasienter og kreftforskning til minne om Brittanys tante, som døde av kreft. Etter at Brees flyttet til New Orleans begynte stiftelsen også å hjelpe under gjenoppbyggingen etter orkanen Katrina. Stiftelsen støtter også programmer i San Diego i California, hvor Brees vanligvis tilbringer offseason, og West Lafayette, Indiana hvor parets gamle skole, Purdue, ligger, som Brees besøker årlig.