I 1960 ble Küng professor i teologi ved Eberhard-Karls-Universität i Tübingen. Her var han en kollega og venn av Joseph Ratzinger. I likhet med Ratzinger ble han utnevnt til , ledende teologisk rådgiver, ved det annet Vatikankonsil frem til 1965. Likesom Ratzinger var Küng en innflytelsesrik ekspert der. Küng foreslo noen modeller for kirkelige reformer som så ble antatt av konsilsfedrene, og han ble en prominent medieskikkelse og velkjent teolog, blant annet fordi han ofte lot seg intervjue i engelskspråklige medier.