Klæboe var juniortrener i Moss Fotballklubb fra 2004. Foran 2007-sesongen ble han forfremmet til toppspillerutvikler i Moss. I september 2008 ble han midlertidig hovedtrener i Moss, etter at Geir Bakke var ferdig i klubben. Klæboe ledet laget ut sesongen i 1. divisjon, før han gikk over i en rolle som assistenttrener før 2009-sesongen. Han ga seg i Moss i august 2010.