I sørøst kunne de japanske sjørøvere og andre pirater gjøre nærmest hva de ville langs kystene. Det førte til stor smugling ved hjelp av kinesiske mellommenn og piratene til Japan, der kinesiske varer var svært etterspurte. Regjeringen klarte ikke å kontrollere kystene. Som reaksjon forordnet keiseren i 1525 at alle djunker med mer enn tre master skulle ødelegges, i 1550 bestemte han i Hai jin-dekretet like godt at all utenrikshandel skulle opphøre. Men disse direktivene ble så godt som helt ignorert, slik at smuglingen til Japan fortsatte. I 1555 trengte til og med en gruppe på bare 70 japanske pirater seg helt opp til Nanjing og plyndret uforstyrret i regionen i to og en halv måned. I 1560 gikk 6.000 japanere i land i Fujian og utplyndret hele provinsen. Det var først Jiajing-keiserens etterfølger, Longqing-keiseren, som klarte å ta tak i disse problemene på en effektiv måte, og han legaliserte igjen utenrikshandelen.