Den 7. januar 2004 utnevnte Johannes Paul II biskop Joseph Fred Naumann til koadjutor-erkebiskop for erkebispedømmet. Den 24. februar 2004 bad Keleher menigheter og katolske institusjoner innen erkebispedømmet om ikke lenger å invitere politikere som støttet abortrettigheter til evenementer. Foranledningen var at University of Saint Mary i Leavenworth i Kansas hadde invitert guvernør Kathleen Sebelius, en katolikk som gikk inn for abortrettigheter, til å tale ved et arrangement.