Marinen kommanderes av marinestabssjefen i Forsvarsministeriet. Flåtekommandoen ligger ved Glücksburg i nærheten av Flensburg i Schleswig-Holstein og marinekontoret ligger i Rostock. Flåten omfatter alle typer militære sjøfartøyer, samt fly og helikoptre. Marineskoler, marinebaser og testintallasjoner administreres av marinekontoret. Marinen omfatter 19 000 soldater, i tillegg til ytterligere 6 000 som arbeider i andre deler av forsvarets organisasjon.