Det er registrert over 240 fuglearter i parken. Flodørn er vanlig langs bredden til Karibasjøen. De mange døde trærne (resultat av oppdemmingen) gir ørnen hekkeplasser. Langs vannkanten finnes det iøynefallende bestander av store vadefugler som gråhegre, Goliathegre, Egretthegre og Sadelnebbstork. Loer, vadere og gjess finnes i store antall, og det finnes bestander av vandrefalk, ullhalsstork, afrikagapenebb, langtåvipe og brakksvale for å nevne noen. Matusadona har også betydelige bestander av afrikaslangehals og langhaleskarv. Kolonier med bietere finnes ved elvebredder og i sandsteinsklippene.