Seriens første fem sesonger ble hovedsakelig spilt inn i og rundt Vancouver i Canada. Styrerommet hos FBI og Pentagons lager ble spilt inn i nabobyen Burnaby i et kompleks kalt The Knowledge Network. Andre ganger, rom og Mulders kontor hos FBI ble spilt inn hos Canadian Broadcasting Corporations kontor i Vancouver. Disse ble senere bygd som sett hos North Shore Studios. En annen FBI-lobby og Scullys laboratorium ble filmet hos BC Hydros hovedkvarter. Mentalsykehuset ble filmet i Riverview Hospital i en annen naboby, Port Coquitlam, og Knoll Graveyard er Queen Elizabeth Park i Vancouver. Veien til denne parken ble brukt som innspillingssted for scenen der Mulder og Scully finner ut at Peggy er død.