Enkelte temaer er omstridt innen miljøbevegelsen – for eksempel biodrivstoff, hvor en finner både tilhengere og motstandere eller iallfall skeptikere. Også i EU-debatten (se ovenfor) og i spørsmålet om vindkraft finnes ulike oppfatninger blant miljøvernere. Omdiskutert er også spørsmålet om hvordan og hvorvidt miljøvernet bør organisere: Egne organisasjoner, forsøk på å gjøre de politiske partiene mer miljøvennlige, danne egne miljøpartier (jf. Miljøpartiet De Grønne, eller ikke organisere seg overhodet.