Selv om Thott var en velstående godseier endte han sine dager i stor fattigdom. I 1655 måtte han selge Fårupgård til sin søster Anne Thott, og de andre måtte han etterhvert oppgi på grunn av gjeld. I 1660 ble Thott utnevnt av Kronen til stiftsamtmann over Århus Stift og amtmann over Århus Amt. Fullstendig ruinert mistet han sin amtmannsstilling i 1662. Han levde sine siste dager i stor nød og man vet ikke nøyaktig når han døde, en gang etter 20. november 1674.