Rettssaken begynte 14. oktober 1968 i Frankfurt. De fire tiltalte hadde sammenlagt 9 advokater, blant dem Horst Mahler, Otto Schily og professor Ernst Heinitz, tidligere rektor ved Freie Universität Berlin. De tiltalte forholdt seg fullstendig tause og først etter tre dager begynte Gudrun Ensslin å snakke. Hun tilsto at hun selv og Andreas Baader hadde satt fyr på kjøpesentret Kaufhaus Schneider som en protest mot USAs krig i Vietnam. De øvrige to, hevdet hun, var uskyldige. Den 3. oktober 1968 ble alle fire dømt til tre års fengsel for ildspåsettelse.