En meget stor oppmerksomhet vakte Barrandes teori om de såkalte koloniene, oversiluriske fossiler i undersiluriske lag; den fremkalte en heftig motstand og gav foranledning til en mengde stridsskrifter, av hvilke det imidlertid fremgikk etterhvert at «koloniene» kun er i oversiluriske sjikt, som ved forkastninger er blitt nedsenket i undersiluriske.