Fra 1815 bodde Aubert med sin familie på området til Akershus festning. Under denne tiden la han grunnen til oppmålingen av Norge sør for Nordland amt (fylke) og også til oppmålingen av Nordlands kyst. Han deltok også i det kulturelle livet i Kristiania, bl.a. som initiativtaker til Den foreløbige Tegneskole, Norges første kunsthåndverksskole, som etter flere navneforandringer i dag er en del av Kunsthøgskolen i Oslo. Han underviste der selv i arkitektur.