Han grunnla Collegio Clementino i Roma for utdannelse av de høyere samfunnsklasser, og for å utdanne skotter til å returnere som prester til hjemlandet. Han engasjerte seg ofte personlig i hva som lå på hans bord, slik for eksempel i kontroversen mellom jesuitter og dominikanere, og i ekteskapssaken mellom Henrik IV av Frankrike og Margareta av Valois.