Gjennom å utforske «The Ark» og stille spørsmål, eller undersøke bevis som kan gi ledetråder, er en del av etterforskningen. I løpet av spillet kan spilleren også få tilgang til «Astral Plane» et inter-dimensjonalt område hvor de må krysse farlig terreng, fikse logiske gåter og kjempe mot forskjellige fiender. Neuron-medlemmer kan bruke «Legion» som kommer i forskjellige former, og har ulike evner som brukes til å løse puslespill eller bekjempe fiender. Spilleren begynner spillet med sverd-legionen, og fanger de andre fire «legioner» i løpet av spillet. Legioner kan byttes når som helst i løpet av kampene.