I perioden november-desember 1995, besøkte Arafat dusinvis av palestinske byer som var evakuert av israelske styrker, inkludert Jenin, Ramallah, al-Bireh, Nablus, Qalqilya og Tulkarem, og erklærte dem for «frigjort». PNA fikk også kontroll over Vestbreddens postvesen i denne perioden. Den 20. januar 1996 ble Arafat valgt til president for PNA, med overveldende 88,2 % av stemmene (motkandidaten var veldedighetsarbeideren Samiha Khalil). Valgkandidatene var få, ettersom Hamas, DFLP og andre opposisjonelle folkebevegelser valgte å boikotte presidentvalget. Arafats overlegne seier sikret Fatah 51 av de 88 mandatene i PLC. Etter utvelgelsen ble Arafat ofte referert til som («president» på arabisk), men selv omtalte han seg som «generalen». I 1997 anklaget PLC ledelsen i PNA for økonomisk vanstyre, noe som førte til at fire medlemmer av Arafats regjering leverte inn oppsigelse. Arafat nektet derimot å fratre sin posisjon.