Det kan virke noe underlig at et jernbaneselskap investerte i vannveier i innlandet, men ved den statlige overtakelsen i 1948 eide GWR helt eller delvis 10 kanaler med en samlet lengde på 333 kilometer (208 miles og 41 chains). Kanaldriften gikk med et lite overskudd, men sto bare for en liten brøkdel av selskapets inntekter. Årsaken til den tilsynelatende interessen for kanaler var at eierne av kanalene var sterke motstandere av jernbaneutbygging, siden det ville ødelegge inntektsgrunnlaget deres. Oppkjøp av kanaler var simpelthen en enkel måte å bli kvitt motstandere som ellers ville ha kjempet innbitt mot bygging av nye jernbanelinjer.