Fonda studerte skuespillerkunst i farens hjemby Omaha i Nebraska, hvor han gikk på University of Nebraska Omaha og senere begynte i teatergruppen Omaha Community Playhouse, hvor både faren og Marlon Brando hadde begynt sine karrièrer. Fonda fikk senere engasjementer på teatre i Broadway i New York hvor han gjorde seg bemerket i oppsetningen før han dro til Hollywood for å delta i film.