Som i tidligere -spill, avanserer Link gjennom spillet ved å ta seg inn i templer eller katakomber som er spredt rundt i spillverdenen. På sin vei gjennom katakomben vil Link finne en ny gjenstand som er nødvendig for å forsere resten av templet. Ved slutten av katakomben venter det en tempelfiende (en «boss») som må bekjempes. Når dette er gjort mottar Link et ekstra liv og historien i spillet avanserer.