Erkebispedømmet Freiburg ligger langs Rhinens øvre løp, og vest for floden ligger Alsace, som etter den tyske invasjon av Frankrike igjen var blitt tysk (Elsaß) og innlemmet i det tredje rike. Gröber var svært urolig over hva som var i ferd med å skje med bispedømmet Straßburgs berømte katedral. Etter litt frem og tilbake avgjorde Hitler at den katolske gudstjeneste skulle forbys der, og at kirken skulle omgjøres til et nasjonalt minnesmerke, slik Bormann hadde foreslått for riksminister Lammers allerede den 25. juli 1940. Gröber vendte seg til kirkeminister Hanns Kerrl den 14. januar 1941 om at domkirken ikke måtte tas fra katolikkene, men hans appell vant intet gehør.