På slutten av 1600-tallet nådde Det osmanske rikets feilslag også Bosnia og med konklusjonen av den store tyrkiske krig med fredsavtalen av Karlowitz i 1699 gjorde Bosnia igjen til omanernes vestligste provins. De følgende århundrene ble markert av ytterligere militære nederlag, tallrike opprør i Bosnia, og flere utbrudd av pest. Høyporten, tyrkisk Bâb-i-âlî, navnet på den tidligere porten til Topkapipalasset i Istanbul, forsøkte å modernisere Det osmanske rike ble møtt med stor motstand i Bosnia hvor det lokale aristokratiet sto i fare for å miste mye gjennom de foreslåtte reformene. Dette kombinert med frustrasjoner over politiske innrømmelser til de voksende kristne statene i øst, kulminerte i et berømt (skjønt til sist feilslått) opprør av den bosniske adelsmannen Husein Gradaščević i 1831. Beslektede opprør ble slått ned ved 1850, men situasjonen fortsatte å utvikle seg. Senere, ved urolige bønder, brøt Hercegovina-opprøret ut, en omfattende bondeoppstand i 1875. Konflikten spredde seg raskt og kom til å omfattende flere stater på Balkan og europeiske stormaker, og som til slutt tvang osmanene til å avgi statsmakten og administrasjonen til Østerrike-Ungarn i Traktaten i Berlin, 1878.