Mikrofytobentos omfatter mikroskopiske alger og andre protister, og tilværelsen nede i mudderbunnen har den fordelen at den forhindrer at strømmer og turbulens fører mikroorganismene utover fjorden og enda lengre ned i dypet hvor det er for lite lys til at autotroft liv kan overleve. Den stadige avsetningen av døde pelagiske organismer fra vannsøylen, gir liv til bakterier på havbunnen som omsetter de døde organismene til næringsstoffer. Bakteriene og mikroorganismene gir grunnlag for autotrofiske kiselalger som kan observeres som olivengrønne dekker på steiner og fjordbunn, eller på tidevannsflater. Akkurat som i vannsøylen, vil også bunnlevende kiselalger ( sp.) utskille polysakkarider som gir mat for mikrober, som i sin tur spises av flagellater, som i sin tur spises av flimmerdyr (ciliater) og dinoflagellater (0,1 mm).