Pilecki studerte kunstmaling ved universitetet i Vilnius en periode før han ga opp i de urolige årene etter første verdenskrig. Fra 1922 til 1924 studerte han landbruksfag ved universitetet i Poznan. Han tok over driften av familiens gård, Sukurcze nær Lida (nå i Belarus), i 1924 da faren ble syk. Gården var forfallen og hadde rundt 2000 dekar hvete. Han giftet seg med Maria Ostrowska i 1931 og de fikk to barn.