De senere grevene av Dillingen slo seg ned i Donaudalen i det 10. århundre, og anla en borg som etter hvert kom til å gi opphav til Dillingens sentrum. I 1258 tilfalt byen Høystiftet Augsburg, og var senest fra det 15. århundre av og fram til sekulariseringen i 1803 residensby for biskopene av Augsburg. I 1551 ble Dillingen universitet grunnlagt av kardinal Otto Truchsess von Waldburg. Universitetet ble senere omgjort til et for utdanning av katolske teologer, som i sin tur ble til i 1923.