Umiddelbart etter at han ble valgt til pave, kronet Klemens Henrik til tysk-romersk keiser. Alt dette ble møtt med kritikk fra mange hold, selv om Klemens' pontifikat medførte en rekke forbedringer. Noen av dem var resultater av den synode han gjennomførte i Roma tidlig 104, blant annet gjennom dekreter som forbød simoni. En disputt mellom bispesetene Ravenna, Milano og Aquileia om hvilken som skelle ha presedens, ble avgjort i Ravennas favør. Et annet problem som slet på kirken, var striden om presteekteskap (nikolaittismen).