Ferskvannstilførselen er størst ved snøsmeltingen i mai-juni og om høsten. En stor del av nedbørsfeltene ligger i fjellet der nedbøren blir lagret som snø til våren. Om vinteren har derfor mange fjorder normalt saltinnhold helt til overflaten, mens det om våren og forsommeren er en kraftig tilførsel av ferskvann. I områder med mye nedbør om høsten vil også dette komme som ferskvann til fjorden. I områder med vesentlig tilførsel av smeltevann fra isbreer vil saltholdigheten i overflaten være lav også på ettersommeren. I indre del av Hardangerfjorden varierer saltinnholdet i overflaten mellom 3 % i januar-februar og 1 % i juni-august i takt med vannføringen i Eio, Kinso, Opo og Tysso.