Dronning Pomare IV ble forsøkt tvunget til å akseptere protektoratet, men overlot ikke regjeringen til franskmennene. Da du Petit-Thouars i november 1843 satte inn militærmakt for å overta Tahiti, flyktet dronning Pomare til Raiatea. Mellom 1843 og 1847 ble det utkjempet krig mellom tahitierne og franskmennene. Til slutt inngikk dronning Pomare en avtale med Frankrike og Storbritannia som godtok Tahiti som protektorat, mot at Huahine, Bora Bora og Raiatea fikk sin uavhengighet garantert.