Ieroklis Stoltidis gjorde sin debut for det greske seniorlandslaget i 1999, og spilte alle kampene i Athen-OL 2004. Til tross for i en årrekke å ha vært en av ligaens bedre spillere, valgte Otto Rehhagel å utelate Stoltidis til EM-troppen samme år, så vel som til alle kampene i kvalifiseringen til VM i 2006 og EM i 2008. Etter flere års spekulasjon i media, valgte Rehhagel å inkludere Stoltidis til en vennskapskamp mot Tsjekkia i februar 2008. Men ifølge Stoltidis kom denne oppkallingen for sent, og uttalte respektfullt dette i greske medier: «Jeg er ikke lenger i en alder hvor jeg kan holde et høyt nivå på alle fronter. Jeg vil forsikre fansen om at hvis denne oppkallingen hadde kommet tidligere i karrieren, hadde jeg takket ja med glede».