Landets geografi er mangfoldig, og på enkelte steder ekstremt robust. Fjellryggen Ny-Guineahøylandet, som går langs øya Ny-Guinea, danner det folkerike høylandet som for det meste er dekket av tropisk regnskog. Tett regnskog finnes i lavlandet og kystområder, samt svært store våtmarksområder rundt Sepik og Fly-elven. Dette terrenget har gjort det vanskelig for landet å utvikle infrastrukturen. I noen områder er fly det eneste transportmiddelet. Det høyeste fjellet er Mount Wilhelm på 4509 meter. Papua Ny-Guinea er omgitt av korallrev som er strengt vernet.