Om Isidor noen gang omfavnet klosterlivet eller ikke er fortsatt et åpent spørsmål, men selv om han kanskje aldri var tilknyttet noen religiøs orden satt han disse høyt. Da han ble utnevnt til biskop konstituerte han seg selv som munkenes beskytter og i 619 erklærte (ekskommunisering) mot enhver geistlig som på noen måte plaget klostrene.