Så snart krigen startet, 31. oktober, 1914, beordret Enver alle menn i militær alder å melde seg. Rekrutteringskontorene taklet ikke den enorme pågangen og det oppstod store forsinkelser. Dette gikk også utover landbruket som Det osmanske riket var veldig avhengig av på det tidspunktet. Etter første verdenskrig, som ble en stor katastrofe for Det osmanske riket, flyktet han via Odessa til Tyskland og derfra inn til Russland. I 1919 ble han dømt til døden i Tyrkia for sin rolle under krigen. Han flyttet seg senere til Bukhara i Usbekistan. Der var han på oppdrag fra de russiske myndighetene, hvor han ble sendt for å slå ned det muslimske opprøret som hadde oppstått i Sentral-Asia. Men Enver endte opp med å kjempe med opprørerne mot Russland. Det eksisterer mange teorier og historier om hans død, men ingenting er dokumentert. Det som er fastslått er at han døde i kamp mot Russland i det området som er Tadsjikistan i dag.