Når Alice våkner opp i Wonderland, må hun reise gjennom en mystisk ny verden for å hente et magisk septer så hun kan stoppe den onde Lord of Time før han skrur tiden frem og forvandler Wonderland til en ufruktbar, livløs gammel verden. Med hjelp fra noen nye venner må Alice også avdekke en ond plan som går ut på at Queen of Hearts tar tilbake tronen.