Isnes spilte aldersbestemt fotball i Vestli før han ble hentet til Skeid. Han debuterte i Eliteserien for Skeid borte mot Molde i juli 1997. De neste sesongene spilte Isnes for Skeid i Eliteserien og 1. divisjon, frem til han på høsten 2003 gikk på utlån til Oslo Øst. Før 2004-sesongen gikk han til Lørenskog i 2. divisjon, der ble han en viktig spiller og ble etterhvert også utnevnt til kaptein. Isnes ble mot slutten av sin aktive karriere også spillende assistenttrener. Han la opp som fotballspiller etter 2012-sesongen.