Etter dette fulgte noen svake år sportslig for MFK, og i 1947 ble det nedrykk fra 1.divisjon til 2. divisjon. Laget spilte seg imidlertid opp igjen i 1948. Etter år med plasseringer midt på tabellen ble laget østlandsmester i Landsdelsserien i 1953, og rykket dermed opp til Hovedserien – dagens Tippeligaen. Det ble imidlertid bare et år i Hovedserien for MFK denne gangen, klubben led mange nederlag, og rykket ned i Landsdelsserien igjen.