Martinskirken er kjent fra historiske kilder første gang Byloven av 1276 som nevner Martinskirkegården. Kirken ble trolig oppført en gang før bybrannen i 1248 da 11 kirker i Bergen gikk med. Den ble i middelalderen omtalt som sognekirke. Kirken er vist på Scholeusstikket fra 1580. Den ble svært skadet ved bybrannen i 1623, trolig også ved brannen i 1413. Kirken ble helt ødelagt i brannen 19. mai 1702.