Michelsen startet sin A-lagskarrière i Clausenengen, hvor han spilte sammen med blant andre Trond Andersen og Ole Gunnar Solskjær. Han gikk fra Clausenengen til Stabæk i 1999, og ble klubbens toppscorer i eliteserien i 2000-sesongen med 11 mål. Etter Stabæk gikk turen til Moss hvor han var kaptein de siste sesongene. Han signerte deretter for Kristiansund BK, og ble spilleklar for klubben foran 2008-sesongen. Etter 2013-sesongen la han opp som spiller og ble hovedtrener fra og med 2014 til han fikk sparken den 25. august 2023.