I biokjemisk nomenklatur refereres endene til hver DNA tråd som «5-enden» og «3-enden». Enzymer leser nukleotidesekvenser alltid i fra «5-enden» til «3-enden». På engelsk kalles endene «five prime» og «three prime». I et vertikalt orientert dobbelheliks, er «3-enden» på den ene tråden nedadgående og «5-enden» på den andre er oppadgående.