I 2013 ble hun med stort flertall valgt til rektor ved Universitetet i Tromsø sammen med prorektorene Kenneth Ruud (forskning/utvikling) og Wenche Jakobsen (utdanning) og tiltrådte 1. august 2013. Husebekk ble gjenvalgt for 4 nye år som rektor ved UiT - Norges arktiske universitet i 2017. Hun var også styreleder ved UiT i denne perioden.