Det finnes ingen kjente detaljer om Shōnagons liv etter år 1017, og det er svært få opptegnelser om henne etter keiserinne Teishis død i år 1000. Ifølge én tradisjon levde hun sine siste år i fattigdom som buddhistisk nonne. En annen tradisjon forteller at hun giftet seg med Fujiwara no Muneyo, guvernøren i Settsu-provinsen, etter at hennes hofftjeneste var avsluttet, og fikk en datter, Koma no Myobu. antas å ha blitt ferdig en gang mellom 1001 og 1010, mens Shōnagon var pensjonist.