Bakstad studerte kjemi ved Universitetet i Oslo (UiO), med fokus på organisk syntese og studier av de kjemiske egenskapene til forskjellige organiske forbindelser., og tok hovedfag i organisk kjemi under veiledning av professor Lars Skattebøl. Bakstad var blant annet medforfatter av en avhandlig om modellsubstanser mot malaria. Deretter tok han doktorgrad, PhD, i cyclopropaner og karbenkjemi ved Universitetet i Tromsø med professor Leiv K. Sydnes, hvor han studerte ringåpningsreaksjoner av halogenerte cyclopropaner. Han syntetiserte også en metabolitt av neuroleptika chlorpromazine. Senere ble han ansatt i en postdoktorstilling under professor Kjell Undheim ved UiO, og deretter fikk han en postdoktorstilling ved The Free University of Amsterdam i Nederland under professor Ludger A. Wessjohann.