Innen sitt prelatur i Amazonasområdet viet Dom Joaquim seg ikke bare til evangelisering, med opprettelse av menigheter, men ble også med , med radioskoler og et fjernundervisningsprogram. Ved å følge Paulo Freires metode, bidro prelaturet til dannelsen av lokalsamfunn og ledere. Som biskop støttet han også dannelsen av fagforeninger og kooperativer over hele prelaturets territorium. Han implementerte retningslinjene fra Det andre Vatikankonsil, og investerte i opplæring av lekfolk. Han ledet og prelaturets forfattet et verk om Tefés apostoliske prefektur/prelaturs historie og ledet det ukentlige radioprogrammet .