Sammen med andre opposisjonelle AUFere gikk Egge i 1941 over til Norges Kommunistiske Ungdomsforbund. Etter at NKUs leder Ørnulf Slåttelid ble fengslet av okkupasjonsmakten, ble Egge utpekt til leder for NKUs organisasjonsapparat og dermed reell leder for organisasjonen. Han ble også valgt til organisasjonssekretær i NKPs partiledelse. I 1943 dro han til Skriulægret, en base i Øystre Slidre som i realiteten ble kontrollert av NKP. Han unnslapp da tyskerne i 1944 tok leiren og virket frem til krigens slutt under jorda i Oslo.