Sent i 1906 vendte Murphy tilbake til Amerika, da hans medbrødre valgte ham til deres provinsial. Deretter grunnla han – senere kjent som – i Cornwells Heights nær Philadelphia, og konstruerte den i en stil som minner om et Oxford-college. I løpet av den tiden fornyet fader Murphy sitt bekjentskap med Katharine Drexel og oppmuntret aktivt hans menighet til å ta del i hennes menigheter og prosjekter.