Martinus Beijerinck Beijerinckvar den yngste av fire barn av Derk Beijerinck og Jeannette Henriëtte van Slogteren. Han vokste opp i Amsterdam, Naarden, Leiden og Haarlem. I Haarlem møtte han amatørbotanikeren Frederik Willem van Eeden, dom tok ham med på botaniske vandringer. Der utviklet han også et vennskap med barna i familien De Leeuw, blant dem Geertruida Carelsen (født Amy De Leeuw).