Det er ingen nødvendig kobling mellom eugenikk og rasisme. Rasebegrepet var nokså flytende rundt 1900 og kunne referere til både nasjoner, etniske grupper eller hele arten (f.eks. «den tyske rase», «den hvite rase», «den menneskelige rase»). Selv begrepet forutsatte derfor ikke nødvendigvis et syn om at noen raser var bedre enn andre, men at en bestemt «rase» – eller hele menneskeheten – skulle beskyttes mot genetisk nedbryting . Dette var eugenikkens opprinnelige anliggende, og mange eugenikere holdt klar distanse til rasistiske forestillinger. Rasesegregeringen i Syd-Afrika hadde f.eks. enkelte eugeniske undertoner, men ble overveiende begrunnet kulturelt og sosialt, siden eugenikk var lite populær blant den sterkt kristne boerbefolkningen.