Ettersom den store og fortsatt voksende moderne byen står umiddelbart på den antikke er det svært vanskelig å finne betydelig rom for arkeologiske undersøkelser, uten store kostnader. Områdene som er mest tilgjengelig for undersøkelser er i nordøst og sørvest, men samtidig bort imot umulig å komme under de romerske lagene. De viktigste resultatene ved Pompeius’ søyle var de som ble oppnådd av Giuseppe Botti, direktør for museet, på slutten av 1800-tallet og begynnelsen av det nye århundret. Her var det flere åpne områder uten bebyggelse og hvor det ble avdekket en større bygning eller en gruppe bygninger, og som kanskje var en del av Serapeion. Rett ved var de omfattende katakombene og kolumbaria (gravhvelv med nisjer). Disse inneholdt et meget bemerkelsesverdig hvelv med merkelige malte relieffer som nå er kunstig opplyst og åpent for publikum. Objekter som ble funnet ved disse undersøkelsene er oppbevart i museet, det mest bemerkelsesverdige er en stor okse laget av basalt, antagelig en gang tilknyttet kulten i Serapeion. Andre katakomber og graver som blitt åpnet er Kom El Shoqafa og Ras El Tin. De tyske undersøkelsene fant levninger av en ptolemeisk søylegang og gater i den nordøstlige delen av byen, men lite annet. Hogarth undersøkte deler av en stor mursteinstruktur under jordhaugen Kom El Deka, som kan ha vært en del av Paneum, Mausolea, eller en romersk festning.