Reformasjonens grunnleggere var opptatt av augustinske tanker, og både Luther og Calvin studerte Augustins skifter. Augustin var det viktigste patristisk kilden for reformasjonen. I løpet av denne religiøse oppsvulmingen raste den tyske bondekrigen (1524–1525) over de bayerske, thüringske og schwabiske fyrstedømmene, inkludert en elitestyrke på noen hundre mann som ble kalt for «Den svarte hop» (Schwarzer Haufen) til Florian Geyer, en ridder fra Giebelstadt som slo seg sammen med bøndene i et generelt raseri mot det katolske hierarki. Tankene til Zwingli og Luther hadde påvirket predikanter i de regionene hvor bondeoppstanden raste, og av tekster som de såkalte «tolv artikler». Hvor disse artiklene kom fra og hvem forfatteren var er uklart, men i dem ble bøndenes krav for første gang enhetlig formulert. De var økonomiske, sosiale og religiøse. Luther selv fordømte oppstanden i ulike skrifter. Zwingli og Luthers allierte Philipp Melanchthon støttet heller ikke oppstanden, som bøndene til sist tapte. Rundt 75 000 til 100 000 bønder var blitt drept mot slutten av krigen.