Mange av husene på Charlottenlund ble under krigen beslaglagt av tyskerne. Ved Sjøvegen på Nedre Charlottenlund ble det oppført bolighus for tyske marineoffiserer, som etter krigen ble satt i stand til sivile boliger. I likhet med husene i Persaunet leir ble bebyggelsen bygd i en stil og plassert slik at det skulle bli vanskelig for allierte fly å skille dem fra de øvrige sivile bygningene i Trondheim og Strinda. Et bunkeranlegg, «Empfangsanlage Nordblitz», ble oppført på Charlottenlund i perioden 1940–1945 som kommandoplass for den tyske marinen (Kriegsmarine). Bunkeren ble også benyttet som sentral mottaksstasjon for militær etterretning, blant annet meteorologiske observasjoner om is- og værforholdene i Nordishavet og radarobservasjoner.