Sissoko var en nøkkelspiller på Mali sitt lag som nådde semi-finalen i African Cup of Nations 2004. Han spilte samtlige 5 kamper og skåret et mål. Sissoko var også med på laget i fotballturneringen i Sommer-OL 2004, som gikk ut i kvartfinalen etter tap mot . Sissoko har to brødre som også spiller profesjonell fotball i Ibrahim, som spiller for West Bromwich Albion og Abdul som spiller for AJ Auxerre.