Milošević ble 11. mars 2006 funnet død på cellen i Haag. Han hadde hatt hjerteproblemer og høyt blodtrykk, og obduksjonen viste at han døde av hjerteinfarkt. Han hadde blitt nektet å reise til Moskva for legebehandling fordi krigsforbryterdomstolen anså det som sannsynlig at han ville flykte. FNs sjefsanklager Carla del Ponte beklaget Miloševićs død fordi hans ofre dermed ikke fikk se ham dømt.