I 2003 blei han anklaga for å ha tatt imot en bestikkelse på 110 millioner nepalske rupi (om lag 10 millioner norske kroner) fra en entreprenør. I november 2006 blei han frikjent i denne saka på grunn av mangel på bevis. Vanlige pressekommentarer var at dette ikke beviste at Khdaka var uskyldig.