Alene, eller sammen med andre, driver Misjonssambandet 36 skoler fra grunnskole- til høgskolenivå. Disse er blant annet Drottningborg, Kvitsund Gymnas, Tryggheim, Lundeneset vidaregåande skole, Nordborg VGS, Fjellhaug, Fjelltun, Fjellheim, Val landbruksskole, Sygna videregående skole, Vestborg vidaregåande skule og flere andre.