Montenegro lyktes i å holde seg helt utenfor krigene i Jugoslavia 1992–95, hovedsakelig gjennom å støtte fortsatt union med Serbia. En folkeavstemning i 1992 godkjente opprettelsen av unionen under navnet Den føderale republikken Jugoslavia. Men snart krevdes en vanskeligere balansegang, landets ledelse måtte både støtte Serbia for å unngå krig, og samtidig markere tilstrekkelig avstand for å unngå vestlig intervensjon. I denne perioden måtte landet utholde internasjonale sanksjoner. NATO-bombingen av Serbia rammet i en viss grad også Montenegro i 1999, selv om landets ledelse på det tidspunktet var erklærte tilhengere av løsrivelse fra Serbia.