I januar 1520 reiste Eck til Roma på pavens invitasjon og fremla for ham sitt siste verk (Ingolstadt, 1520). I Roma prøvde han å få den romerske kurie til å gjenoppta den kirkelige læreprosess mot Luther. Det førte til at pave Leo X den 15. juni 1520 undertegnet bullen som fordømte 41 setninger fra Luthers skrifter og truet med ekskommunikasjon dersom ikke Luther tilbakekalte dem. Sammen med Girolamo Aleandro hadde Eck selv vært med på å utforme bullen.