I en alder av 16 år debuterte Molina som profesjonell fotballspiller for den colombianske fotballklubben Envigado. Senere ble han overført til klubben Independiente Santa Fe. Etter en alvorlig skade kom ikke Molina tilbake på banen før i 2002, hvor han spilte for Independiente Medellín. Her ledet han klubben til dens første nasjonale mesterskap på 45 år. Sammenlagt ble dette det tredje mesterskapet for Independiente Medellín.