Hinkler ble født i Bundaberg, Queensland, i en invandrerfamilie fra Preussen. I sin ungdom konstruerte han og fløy to glidefly på strendene nær sitt hjemsted. Han fikk deretter jobb som mekaniker hos en omreisende amerikaner som hadde et Bleriot monoplan som ble brukt på oppvisninger. Bert møtte ham under en oppvisning i Bundaberg. I 1913 reiste han til England og fikk arbeide hos Sopwith Aviation Company. Dette ble Hinklers start på en karriere som flyver.