Det ble antatt at ved delingen av landet var rundt 16 % av den totale befolkningen i det daværende Sudan er kristne, mens muslimene utgjorde rundt 62 %. De resterende 22 % praktiserer tradisjonelle religioner. Den kristne befolkningen er konsentrert i sør, slik at andelen kristne i Sør-Sudan er rundt halvparten av befolkningen der. Disse skal på midten av 2000-tallet ha utgjort 2,6 millioner. Siden skal antall katolikker ha økt til rundt 3 millioner.