Ghulam Sarwar Nasjer Khan, Kharoti-khanen så på Hektmatyar som en begavet ung mann og sendte ham til en militærskole og videre til Kabul Universitet der han tok ingeniørutdanning i 1968 og fikk kallenavnet «Ingeniør Hekmatyar» blant sine tilhengere. Etter at han reiste tilbake til Kunduz, ble han fengslet av Nasjer i flere dager. Det var Hekmatyars far som ba Nasjer Khan å gjøre dette for å straffe gutten for å ha kommunistiske sympatier. På denne tiden viste Hekmatyar ingen tegn til religiøs fundamentalisme. Han var opptatt av motstandsaktivisme mot datids kongen Zahir Shah Khan, og samtidig fulgte han den religjøse aktivisten Niazi, som hadde dannet en ungmuslimsk gruppe ved Kabuls universitetet i 1960-årene. I 1972 drepte han en maoistisk student etter en politisk konfrontasjon. Han ble funnet skyldig og satt i fengsel for to år. Under Daouds kupp (1973) rømte han fra fengselet til Pakistan, hvor han ble rekruttert til Pakistans etterretningsorganisasjonen.