Dessuten var han rådgiver for den belgiske konge Leopold II hva gjaldt den første fase av hans kolonipolitikk i Fristaten Kongo. I september 1891 tok kong Leopold II som personlig besittelse alt herreløst land i Kongo. Hans stadig mer usmakelige metoder ved anskaffelsen av elfenbein ble i noen grad kjent omtrent til samme tid. Begge de to forhold mishaget systatsminisdter Beernaert, som brukte sin innflytelse dor å få moderert kongen.