Karl II ble kronet på kroningsstedet Scone Abbey, hvor Skjebnesteinen var, i 1651, men innen et år kom den engelske borgerkrigen til Perth med Oliver Cromwell. Byen falt og ble herjet. Cromwell etablerte et citadell og en festning ved South Inch. Disse ble ødelagt i 1661, kort tid etter at Cromwell døde. Perth støttet jakobineropprøret og ble okkuperte av tilhengerne i 1689, 1715 og 1745.