Et endelig dødsstøt mot unionen kom med Kosovokrigen fra 24. mars 1999. Đukanović erklærte at Montenegro ikke var en del av konflikten i Kosovo, men enkelte strategiske mål ble likevel bombet av NATO. På dette tidspunktet var økonomiske reformer allerede godt i gang, teleselskapet Promonte ble ytterligere delprivatisert fra 1996, da norske Telenor gikk inn på eiersiden i «pausen» mellom Bosniakrigen og Kosovokrigen.