Lobato bodde i Soibada til han tok utdanning i Dare. Senere ble han lærer i Dili. Han var en av grunnleggerne av FRETILIN. Etter uavhengigheten i 1975 ble Lobato Øst-Timors første statsminister. I desember 1978 ble Lobato tatt til fange av indonesiske styrker, og døde etter å ha blitt skutt i magen. I senere tid har Lobato blitt en nasjonalhelt i Øst-Timor, og landets nasjonalflyplass, Presidente Nicolau Lobato internasjonale lufthavn, er kalt opp etter han.