Opprinnelsen til navnet Harestua er noe usikker. I 1667 nevnes stedet «Harstuen» som en rydningsplass mens matrikkelen fra 1723 skriver «Harrestuen». På et kart av V. Langen fra 1740 kalles vannet «Harstuevand». Stedsnavnforskeren Oluf Rygh mente at navnet rett og slett kommer fra ordene «hare» og «stue».. Filologen Gustav Indrebø hevdet imidlertid at navnet muligens kommer fra det norrøne , der første ledd av navnet kan være folkenavnet , som også finnes i navnet Hadeland. Navnet på Harestuvannet er en relativt ny konstruksjon. Det opprinnelige navnet var «Nitjusjor», altså Nittesjøen - fra ordet nita- som på gammelnorsk betød «å støte sammen», og som kanskje siktet til at vannet topper seg under jevnt raskt løp. Dette har igjen gitt navn til elva Nitelva og tettstedet Nittedal.