Uenighet innen Akademiet har i de senere årene ført til at flere medlemmer har forlatt det aktive arbeidet i Akademiet. I 1989 forlot tre medlemmer arbeidet, delvis med kobling til Salman Rushdie-saken. Våren 2018 forlot et antall medlemmer arbeidet i Akademiet som en følge av at det ble oppdaget brudd på taushetsplikten og innhabilitetsproblemer samt meningsforskjeller vedrørende håndteringen av dette, i samme omgang fratrådte også den permanente sekretæren.