I september 1941 ble Heydrich utnevnt til fungerende protektor for Böhmen-Mähren, formelt som stedfortreder for Konstantin von Neurath, med alle fullmakter. Neurath ble satt til side fordi Hitler mente han ikke var hard nok. Heydrich ble praktisk talt diktator for disse okkuperte områdene og han var fremgansrik som stattholder. Rollen som riksprotektor var fjernere fra maktens sentrum i Berlin. Samtidig sto han direkte ansvarlig overfor Hitler som han fikk direkte adgang til uten å måtte gå via Himmler. Heydrich ankom Praha 27. september for å tiltre embetet og SS' sorte flagg ble heist over byen. Karl Hermann Frank var skuffet over å ikke ha blitt riksprotektor selv, men forble en svært lojal medarbeider for okkupasjonsmakten. Heydrich var på samme tid sjef for RSHA og pendlet mellom Berlin og Praha med tog eller fly 2-3 ganger i uken. I Berlin holdt han tett kontakt med blant andre Goebbels og særlig Herbert Backe.