Serien fortsetter som pasientprotokoller fra 1852 til 1891. Disse inneholder fortløpende innførsler av innkomne pasienter med løpenummer. Først i protokollene er et alfabetisk register over pasientene, så følger informasjon om personalia, levevei, diagnose, tidspunkt for innleggelse/utskriving og rekvirent, dvs. hvem som betalte kurpenger for pasienters opphold. Rekvirent kunne være kommuner, amt, fattigkommisjoner og en sjelden gang privatpersoner/pårørende. Pasientprotokollene, som varierte en del over tid i skjemaoppsettet, ble ført av tilsynslegen og undertegnet av kontrollkommisjonen.