Med den italienske okkupasjonen av Albania i begynnelsen av andre verdenskrig i 1939 begynte en vanskelig tid også for den albansk-ortodokse kirke. De italienske okkupantene prøvde å tvangsforene den med den katolske italo-albanske kirka. Okkupasjonen tok slutt, men i 1943 overtok Enver Hoxha makta og gjorde etter hvert Albania til en ateistisk stat. Kirker, klostre (og moskeer) ble stengt og all religionsutøvelse forbudt. Brudd på forbudet med straffet med lange fengselsstraffer. Erkebiskop Damian Kokoneshi ble offentlig skamklipt og døde etter seks års fangenskap i 1973.