Året etter slo hans lag Bayern FC Bordeaux 5-1 sammenlagt i finalen i UEFA-cupen. Den påfølgende sesongen, 1996/1997 ble suksessrik da klubben hentet hjem både serie- og cup-trofeet. I tillegg ble også Kahn for andre gang i sin karriere så langt, tildelt prisen for årets beste keeper i Bundesliga.