Måløy ligger godt skjermet mot vær og vind. I gamle tider satt ofte båter værfast her og ventet på å seile videre forbi Stad. I dag har Måløy daglige anløp av Hurtigruten. Det går også ekspressbuss til Oslo og ekspressbåt til Bergen flere ganger om dagen. Fra terminalen i sentrum går skyssbåten MS «Øyglimt» 1–3 ganger daglig til øya Silda. På strekningen Måløy–Oldeide går bilferja MF «Hornelen» 6–11 ganger daglig. På noen av avgangene går hun innom Husevågøy ved behov.