Dessverre kom våpenhvileavtalen for sent både for den norske hæren og den svenske Vestarméen, som begge ble hardt rammet av sykdommer som spredte seg østfra og inn i grensetraktene, der flere tusener oppholdt seg under elendige forhold i flere måneder. Den norske felthæren på til sammen ca. 17 000 mann hadde i mars 1809 8 777 mann på lasaretter. Av disse døde 1 200; bare mellom april og september 1808 døde 700. Den verste tiden var høsten og vinteren 1808 da halvparten av soldatene i felthæren var syke.