Tidligere var Nakskov kjent for sine mange skipsverft. På slutten av 1800-tallet etablerte den lokale forretningsmannen H. N. Andersen sjøtransportselskapet ØK (), som ble et verdensomspennende foretak. Nakskov er fortsatt en sjøfartsby, men har også mye industrivirksomhet. Blant annet ble havregrynsfabrikken OTA anlagt her; fabrikken eies idag av Nakskov Mill Foods. Også Nakskov Sukkerfabrik er en stor arbeidsgiver. Blant byens moderne, høyteknologiske virksomheter finner man Ortofon, Alfa Laval og MHI Vestas Offshore Vind. Tradisjonelt har Lolland-Falster vært Danmarks ubetinget største sukkerproduksjonsområde, ettersom det er svært gode forhold for dyrkning av sukkerroer i området. I dag kan man studere historien om egnens sukkerproduksjon på Danmarks Sukkermuseum, som åpnet dørene i Nakskov i 1999.