Partiet har en organisasjonskontinuitet tilbake til glasnosttiden og den konservative valgalliansen «Isamaa» ved de første frie valgene etter Sovjetunionens fall. Flere av partiets tidlige støtter var dissidenter fra sovjettiden. Isamaa stod bak både president Lennart Meri og statsminister Mart Laar, som tilhørte en ny generasjon med unge reformatorer i estisk politikk.