Mikael II grep nå muligheten og returnerte til Epirus, tilsynelatende med lokalbefolkningens støtte, og overtok makten etter onkelen. Manuel ble nødt til å anerkjenne sin nevø som despot i Epirus, og Mikael sikret seg også støtte fra det lokale aristokratiet ved å gifte seg med Theodora Petraliphaina. Han etablerte også et godt forhold til det bysantinske eksilriket Keiserriket Nikea. I 1238 besøkte patriarken Germanus II av Konstantinopel Epirus, og i 1249 ble Mikael II formelt anerkjent av Nikeas keiser Johannes III Dukas Vatatzes.