Selv om Wollstonecraft og Imlay levde lykkelig sammen for en kort tid både før og etter at Fanny ble født forlot Imlay Wollstonecraft i Frankrike midt under den franske revolusjonen. I et forsøk på å knytte forholdet sammen igjen reiste hun til Norden på en forretningsreise for ham hvor hun tok med seg den ett år gamle datteren. Imidlertid var forholdet ikke til å redde og Wollstonecraft forsøkte to ganger å ta livet av seg i fortvilelse. Etter å ha møtt, blitt forelsket i og giftet seg med filosofen William Godwin døde hun av komplikasjoner fra en fødsel i 1797, etterlot Fanny i Godwins omsorg, sammen med deres felles barn Mary Wollstonecraft Godwin (den framtidige forfatteren av romanen ).