Apeørner er monogame standfugler som hekker i solitære par som forsvarer et revir. Hekkingen begynner i september og hunnen legger i oktober–desember. Redet er meget stort, og bygges høyt oppe i trekronene, cirka 30 meter over bakken eller høyere. Redet bygges av hunnfuglen og hannfuglen i fellesskap. Det er gjerne plassert på en epifytisk bregne. Hunnen legger alltid kun ett egg. Inkubasjonstiden er dager. Begge foreldrene ruger, men hunnen er mest aktiv. Avkommet har hvit dun. Apeørn og harpyørn er de to artene som har det lengste mellomstadiet i utviklingen av fjærdrakten. Det tar hele uker (altså dager) før apeørnungen har fått full fjærdrakt, og foreldrene tar seg av ungen i opptil 20 måneder. Mens ungen vokser opp er det hannen som jakter og bringer maten til redet, mens hunnen parterer hannens bytte og gir ungen maten. Paret hekker ikke oftere enn hvert andre, år når ungen overlever. I fangenskap har apeørn overlevd i opp til 42 år. Den antas å være blant de lengstlevende ørnene.