Med det restaurerte Mestersverdet og the kan Link nå dra tilbake til Hyrule Castle på havbunnen. Men idet han møter Zelda, forsvinner hun i løse lufta foran ham. Ganondorfs stemme taler så gjennom rommet og forklarer at han har kidnappet prinsessen. Med Mestersverdet ødelegger Link barrieren som Ganondorf har satt opp rundt slottet og drar til . Etter å ha nedkjempet fiendene som står i veien for ham, finner han Zelda og Ganondorf, som skaper svære marionettmonstre som Link må kjempe mot. Når disse er beseiret viser Ganondorf seg for Link og erkjenner at Link må være reinkarnasjonen av the . Link forfølger ham så til taket på tårnet. Der forklarer Ganondorf ham hvorfor han ønsket å herske over Hyrule. Han beretter om ørkenen hvor hans fødested lå, der dagens skjærende vind og nattens iskalde pust alltid førte med seg død; i sterk kontrast til Hyrules velsignende marker hvor den kjølige brisen ga folket liv. Han avskydde denne dødens vind og ønsket å styre et rike som ikke ble forpestet av den. Ganondorf kommenterer at det må være skjebnen som har gjort det mulig for ham å samle alle delene av , akkurat som med da han kjempet mot . Plutselig slår han til: raskt som et lyn går han til handling og slår Link bevisstløs. Ganondorf trekker deretter ut de tre Triforce-merkene fra seg selv og de bevisstløse Zelda og Link og kombinerer dem til det fulle . Med det kan han få alle sine ønsker oppfylt. Han kommer deretter med sitt ønske, der han krever at gudene igjen skal føre Hyrule opp til overflaten og blottes for solens lys, og la han herske over det. Men før han rekker å berøre for å få ønsket oppfylt, dukker plutselig Kong Daphnes opp ingensteds fra og berører det først. Han ber gudene om å gi Link og Zelda en fremtid og å la Hyrule en gang for alle bli skylt vekk av havet. Deretter splittes opp igjen og vannet begynner å fosse ned fra havet ovenfra rundt om tårnet.