Erkebiskop Brogi avsluttet din diplomatiske tjeneste som nuntius den 27. januar 2006 da han ble utnevnt til rådgiver til Statssekreteriatet av pave Benedikt XVI. Pabe Benedikt utnevnte ham til rådgiver også til Kongregasjonen for Østkirkene den 15. september 2007; dette oppdraget hadde han til 2014. Han bodde imidlertid i fransiskanernes hus i Fiesole. Han var visepostulator for helligkåringsprosesser for den toskanske provins av fransiskanerordenen (2006-2017).