Hovedelementene i forsvaret er tre overkommandoer kalt Maritime Command, Land Force Command og Air Command, som på mange måter tilsvarer henholdsvis marinen, hæren og flyvåpenet i andre militærvesen. Gjennom en omorganisering i 2006 ble i tillegg tre nye kommandoer opprettet: Canada Command, med ansvar for operasjoner på det canadiske territorium; Canadian Expeditionary Force Command, med ansvar for operasjoner i utlandet; og Canadian Special Operations Command, med ansvar for landets spesialstyrker.