Jevgenij Sjaposjnikov ble utnevnt fra begynnelsen til øverstkommanderende for SUS militære styrker, som i praksis var Sovjetunionens militærmakt ettersom de enkelte landene ennå ikke hadde bygget opp egne militære styrker. Da Boris Jeltsin ble russisk forsvarsminister den 7. mai 1992 ble Sjaposjnikov og hans stab kastet ut fra forsvarsministeriet og generalstabsbygningene og gitt kontorer i den tidligere Warszawapaktens hovedkvarter på Leningradskij Prospekt 41 i de nordre utkantene av Moskva. Sjaposjnikov gikk av i juni 1993.