ECMO benyttes innen behandlingen av nyfødte med alvorlig nedsatt lungefunksjon. Behandlingen er omtrent 75 % effektiv i å redde den nyfødtes liv. Nyfødte under 2 kg kan ikke settes på ECMO, hvilket utelukker behandlingen for de fleste premature babyer. Unntaket er nyfødte som mangler fullstendig fungerende luftorganer eller andre fødselsdefekter, dog overlevelsesandelen synker ned mot 33 %.