I en kort periode under andre verdenskrig slo FSV Frankfrut og Eintracht Frankfurt seg sammen til Kriegspielgemeinschaft Frankfurt. Dette varte i hovedsak bare i 1944, og i 1945 gikk FSV Frankfurt, via navnet SG Bornheim, tilbake til sitt gamle navn. Etterkrigstiden har FSV Frankfurt stort sett tilbrakt på andre og tredje fotballnivå. Laget rykket opp til 2. Bundesliga i 2008 og spiller også der sesongen 2009/2010.