En av de mest bemerkelsesverdige hendelsene i Casos akademiske og politiske liv var utnevnelsen som rektor av UNAM for 1944 til 1945. I denne perioden formulerte han den «organiske universitetslov» hvor han etablerte UNAMs selvstyre. Han spilte også en rolle i Secretario de Bienes Nacionales e Inspección Administrativa (som kan oversettes til «Sekretariatet for nasjonale varer og administrative undersøkelser») fra 10. desember 1946 til 31. desember 1948.