Atmosfæren inneholder også vann, metan (), hydrogensulfid (), ammoniakk og fosfin (). Disse stoffene er fraværende under 10 bar. Det betyr at atmosfæren inneholder grunnstoffene karbon, nitrogen, svovel og muligens oksygen med en faktor på 2–4 relativt til solen. Ulike forklaringer på forekomsten av karbon, nitrogen og andre grunnstoffer har blitt foreslått. Den førende forklaringen er at Jupiter fanget isete planetesimaler i de senere stadiene av akkresjonen. Forekomsten av karbonisotopene C og C er 0,0108 ± 0,0005 mot 0,011 på solen.