Men Nilsen ville også ha dukketeater på repertoaret. Han knyttet til seg ekteparet Jane Mykle og Agnar Mykle, som siden 1948 hadde drevet sitt eget dukketeater. Etter to sesonger besluttet ekteparet Mykle å konsentrere seg om sitt eget dukketeaterprosjekt, og Julian Strøm ble den nye lederen for Folketeatrets dukketeater. Da Folketeatret ble slått sammen med Det Nye Teater i 1959, fulgte dukketeatret med over i nydannelsen Oslo Nye Teater.