Fra 1554, etter at James Hamilton, annen jarl av Arran, hadde sagt fra seg regentskapet, styrte Maria Skottland for sin datter, dronningen, som hadde blitt sendt til Frankrike for å bli oppdratt med sin fremtidige ektemann, Henrik IIs sønn. Maria forhørte seg alltid med sine to mektige brødre i Frankrike – Karl, kardinal av Lorraine og Frans, hertug av Guise, slik at Skottland og Frankrike arbeidet i samforståelse utad. Hennes franskorienterte politikk gav henne fiender såvel blant skotske protestanter som den skotske adelen. Hun ble avsatt i 1559 og døde året etter i Edinburgh. Hennes legeme ble bragt til Frankrike og gravlagt i Reims.