Det brøyt ut full borgerkrig da de liberale, som på den tida regjerte landet etter å ha avsatt Antonio López de Santa Anna, begynte å innføre ei rekke lover for å begrense innflytelsen til den katolske kirka og militæret, særlig kirka. Konservativ motstand mot dette leda til Tacubaya-planen, som ødela for president Ignacio Comonfort. De liberale flytta da statsforvaltninga til Veracruz. De konservative kontrollerte Mexico by og store deler av det sentrale Mexico, og de øvrige delstatene valgte side mellom de konservative og de liberale. De liberale hadde mindre militær erfaring, og tapte de fleste av de første slaga, men krigslykka vendte da de konservative to ganger mislyktes med å innta Veracruz. De liberale fortsatte deretter å vinne fram til den konservative kapitulasjonen i desember 1860. Da de konservative styrkene tapte krigen, fortsatte geriljaaktiviteten ute på landsbygda de kommende åra, og de konservative inngikk så en samarbeidsavtale med franske styrker om å sette inn Maximilian som keiser av Mexico under den franske intervensjonen i Mexico.