I 1667 ble d'Artagnan forfremmet til kapteinløytnant i Musketerene, i praksis kommandant, ettersom den nominelle kapteinen var Kongen. I henhold til hans rang og posisjon kunne han identifiseres ved sin fremtredende burgunder, hvite og svarte livré — fargene til Musketeenes kommanderende offiser. Et annet av d'Artagnans oppdrag var stillingen som guvernør i Lille, som Frankrike erobret i 1667. D'Artagnan var en upopulær guvernør, og lengtet etter å vende tilbake til slagmarken. Han fikk sjansen da Ludvig XIV gikk til krig mot De forente Nederlandene i Den fransk-nederlandske krig. Etter å ha blitt gjeninnkalt til tjeneste ble d'Artagnan drept i kamp den 25. juni 1673, da en muskettkule traff han i halsen under beleiringen av Maastricht. Den franske historikeren Odile Bordaz tror han ble begravet i St. Peter og Paul-kirken i Wolder i Nederland.