Fra midten av 1990-årene ga Taliban tilflukt for Osama bin Laden, en saudi-araber som kjempet sammen med dem mot sovjeterne og gav ham en base for ham og hans terroristorganisasjoner. FNs sikkerhetsråd sanksjonerte stadig Taliban for disse aktivitetene. Bin Laden stod for både finansiell og politisk støtte til Taliban, i likhet med USA, helt til Talibans forbindelser med og støtte til al-Qaida ble klart. Pakistan og Saudi Arabia støttet også inntil amerikansk press tvang dem til å droppe sin offentlige støtte til Taliban etter 11. september 2001. Bin Laden og hans al-Qaida var beskyldt for å stå bak bombingen av den amerikanske ambassaden i Nairobi og Dar-es-Salaam i 1998, og i august 1998 skjøt USA krysserraketter mot Bin Ladens terrorist-leirer i Afghanistan. Bin Laden og al-Qaida er også beskyldt for å ha stått bak terrorangrepet 11. september 2001 i USA, blant andre kriminelle handlinger.