Karel Otčenášek var sønn av en hjulmakermester. Fra 1931 gikk han på det erkebiskoppelige gymnasium i Praha og begynte å studere teologi i Hradec Králové i 1939. Før krigen brøt ut ble han av biskop Mořic Pícha sendt til Roma for å studere. Der var han ved det pavelige kollegium Nepomucenum og tok lisensgrad i teologi ved det pavelige Lateranuniversitet.