Det er en del variasjon i lydsystemene de østersjøfinske språkene i mellom. Alle har rike vokalsystem, men der finsk og livisk har det samme vokalsystemet som svensk, har estisk og de østligste språkene en del andre vokaler, bl.a. /õ/, en bakre, urundet vokal. Karelsk og vepsisk har palatalisering som en viktig prosess, dette er et fenomen de deler med russisk, som de er sterkt påvirket av.