I 1991 ble bevegelsen splittet i to fraksjoner: John Garangs SPLA-Torit og Riek Machars SPLA-Nasir, som skiftet navn til SPLA-United i 1993 og South Sudan Independence Movement/Army (SSIM/A) i 1994. Skillet gikk dels etter etniske linjer. SPLA-Torit sto sterkest blant dinkaene, mens nuerne i større grad støttet SPLA-Nasir/SSLM/SSIM. Splittelsen førte til en svekkelse av SPLA, og mindre fraksjoner som Carabino Kuany Bols SPLA Bahr-al-Ghazal ble også opprettet. Riek og Garang ble gjenforent i et styrket SPLA/M i januar 2002.