Apolonio Mabini kom fra fattige kår og var sønn av Inocencio Mabini and Dionisia Maranan. Han fikk sin første skolegang i Tanauan i Batangas, under en lærer ved navn Simplicio Avelino. Senere fortsatte han på en skole ledet av den katolske presten Valerio Malabanan. Han studerte deretter ved Colegio de San Juan de Letran i Manila i 1881 og var så i 1882 og 1883 i Bauang. Så returnerte han til Manila og tok et kurs i filosofi 1883–8184. I 1885 og 1887 var han i Lipa i hjemprovinsen Batangas og tok der bakkalaureat og utdannelse til høyskolelærer. Deretter, fra 1888 studerte han jus ved Santo Tomás-universitetet i Manila, hvor han tok juridisk eksamen i 1894.