Kommisærordren og Barbarossa-dekretet ble sentrale under slaget om Moskva vinteren 1941–1942, tusener av sovjetiske sivile og krigsfanger ble hver dag myrdet av tyske soldater. Halders strategi førte til svært store tap for , og han ble fratatt kommandoen og pensjonert i 1942 pga sin motstand mot et angrep på Stalingrad. Etter 20. juli-attentatet i 1944 ble Halder arrestert av Gestapo og fengslet. Han var ikke involvert i attentatet, men hadde tidligere deltatt i kupplaner mot Hitler.