Muhammad Ali av Egypt erobret Sudan i 1822 og anla Khartoum. Hans sønn Ibrahim Pasja flyttet Egypts grenser helt til nærheten av Victoriasjøen. En voksende misnøye med den egyptiske innflytelsen, høye skatter og krav om at slaveriet skulle avskaffes førte fram til mahdistopprøret under Muhammad Ahmad i 1882. Mahdiststaten ble senere styrtet i 1898 av Egypt og Storbritannia. Ifølge et traktat av 19. januar 1899 ble forvaltningen av landet sør for 22. breddegrad ned til Uganda og Belgisk Kongo håndtert av Egypt og Storbritannia i fellesskap, under navnet Anglo-egyptisk Sudan.