Ca 70 % av befolkningen er medlemmer av Den norske kirke i Tromsø by. Kulturelt og religiøst er domprostiet utpreget folkekirkelig. Det er også menigheter og bygder preget av den læstadianske bevegelsen, særlig lyngenretningen, men også førstefødte læstadianere har egen forsamling i Tromsø. De kristne organisasjonene står tradisjonelt sett forholdsvis svakt i Tromsø by, selv om for eksempel Normisjon (tidligere Indremisjonen) har en lang historie i byen.