Kjerneprogramvaren i R kjører et programmeringsspråk som særlig egnet for operasjoner på datasett (vanligvis todimensjonale med rader og kolonner, såkalte «»). R er svært fleksibelt, spesielt på grunn av tilgjengeligheten tilleggsprogramvare, såkalte «R-pakker», som kan legges til basisprogramvaren. Ved hjelp R-pakker, som deles gjennom programvarearkivet CRAN, kan R utvides til å gi støtte for et svært stort antall funksjoner for analyse, datamanipulasjon og visualisering. R-pakker legger til rette for å skreddersy sin installasjon av R. Over 15000 R-pakker med tilhørende dokumentasjon og datasett er gjort tilgjengelig gjennom CRAN.