Med unntak av mygg, hadde Gibraltars cisterner andre betydelige hygieniske problemer. Vannet som ble lagret var ufiltrert og var ofte lokalisert ved områder som kjøkken, utedo og områder med husdyr som fjærkre. Gibraltars koloni av berberaper bidro til problemene med avføring på hustakene og i cisternene. Vannet var tilsynelatende friskt, men i virkeligheten tenderte cisternene til å samle opp uhygieniske avfall av mange typer.