Hun var datter av Ptolemaios VI Filometor og Kleopatra II. Ved hennes far var død i 145 f.Kr. giftet moren Kleopatra II seg med sin bror Ptolemaios VIII Fyskon, men uten å skille seg fra Kleopatra II, giftet Fyskon seg med Kleopatra III. Det førte til uro og borgerkrig som Kleopatra IIIs sønner arvet. Kleopatra III fødte to sønner og tre døtre.