Gregor av Valencia ble av den neste generalvisuperioren, pater Everard Mercurian, sendt til Tyskland og utnevnt til professor ved universitetet i Dillingen (1573–1574) i Bayern der han i september 1573 tok lisensiatsgraden og i oktober 1575 promoverte til doktor, og så ved universitetet i Ingolstadt (1575–1597) der han underviste i skolastisk teologi. Han var medlem av jesuittkollegiet i Ingolstadt mens han underviste ved universitetet i byen. I løpet av sine 17 år der ble han en fremragende kjenner også av tyske forhold. Han fratrådte sin lærestol i 1592 til sin disippel Jakob Gretser, men fortsatte tidvis med foreelesninger frem til 1597 og var også høyskolens dekan.