Knudsen har embetseksamen i sykepleievitenskap fra Universitetet i Oslo, og han fikk deretter førstestillingskompetanse innen krisehåndtering og psykologisk forsvar. Knudsen har gjennomgått stabskurs og sjefskurs ved Forsvarets skole i etterretnings- og sikkerhetstjeneste. Han gjennomførte NATO Defense College i Roma i 2010.