Universitetet flyttet rundt flere ganger. Det flyttet til Macao i 1900 for å unnslippe repressive tiltak iscenesatt av Qing-regjeringen. Det var tilbake i Guangzhou i 1904. Under krigen mot Japan måtte det flytte på seg flere ganger i 1930- og 1940-årene. I 1937 var det havnet i Hongkong ettersom japanerne okkuperte Guangzhou, og i 1942 til Shaoguan i det nordlige Guangdong, de japanerne okkuperte Hongkong. Etter annen verdenskrig kunne det endelig vende tilbake til Guangzhou.