Manuel Fettner deltok i junior-VM i 2001, 2002 og 2003. Han ble juniorverdensmester for lag i Sollefteå i 2003, og nummer 2 i Karpacz i 2001 og Schonach i 2002, samt i den individuelle konkurransen i 2001. I vinter-Universiaden 2005 tok han gull individuelt både i storbakken i Innsbruck og normalbakken i Seefeld, og i 2007 vant han lagkonkurransen i Pragelato.