Kleopatra IV ble gift med sin bror Ptolemaios IX Lathyros en gang rundt 119-118 f.Kr. mens han var fortsatt prins. Det er mulig at Kleopatra IV er mor til Ptolemaios XII Auletes og Ptolemaios av Kypros, men det er også mulig at disse to var barn av en navnløs elskerinne av Auletes.