Etter angrepet på Norge i 1940 kom han som og Himmlers spesielle utsending til Norge for å ivareta sikkerheten til norske – dvs. «germanske» – kulturskatter. Hans første oppdrag var å sikre framdriften av utgravningene av Raknehaugen på Romerike. Planen var at undersøkelsene skulle drives videre i tysk regi og med tyske midler, men dette ble avverget ved en snarrådig inngripen av Anton Wilhelm Brøgger. Brøgger måtte imidlertid godta at Vikingskipshuset på Bygdøy ble ekstra bombesikret under ledelse av Jankuhn. Jankuhn ville ikke ha noe med «den jødiske kunsthistorikeren og arkitekten» Harry Fett å gjøre, og foresto at han ble fjernet som riksantikvar og erstattet med en «pålitelig nordmann» som riksantikvar.