Under folkemordet i Rwanda ble Kageraelva beryktet for TV-bildene av massakrerte mennesker drivende langs elva, som ved brua over Rusumofallene, hvor bildene viste flyktninger som rømte fra landet mens likene fløt forbi under brua. Ettersom Kagera drenerer hele Rwanda, unntatt områdene lengst mot vest, ble alle likene som hadde blitt dumpet i elver over hele landet etterhvert ført ned til Kagera, og deretter helt ned til Victoriasjøen, over 200 kilometer nedstrøms fra Rwanda. Dette førte i sin tur til at det ble erklært unntakstilstand rundt utløpet i Victoriasjøen i Uganda, hvor likene til slutt endte opp.