Elisabeth hadde opprinnelig blitt forlovet med Filips sønn Don Carlos, men politiske forviklinger hadde uventet gjort det nødvendig med ekteskap med Filip i stedet. Hennes forhold til sin problemfylte stesønn Don Carlos var varmt og vennlig. Til tross for rapporter om hans gradvise bisarre oppførsel var Don Carlos alltid vennlig mot henne. Da det til slutt ble nødvendig for Filip å stenge ham inn (noe som kort tid etter førte til prinsens bortgang) skal Elisabeth ha grått i dagevis.