Thern fikk sin landslagsdebut for den 14. oktober 1987 i en vennskapskamp mot . Hans første landslagsturnering var Sommer-OL i Seoul i 1988. Han deltok deretter i VM i fotball 1990, som ble arrangert i Italia, men dette mesterskapet ble for Sveriges del betegnet som fiasko da de tapte alle de innledende gruppekampene mot henholdsvis , og . Sverige gjorde det likevel bedre under EM i fotball 1992 arrangert på hjemmebane, da landslaget spilte seg til en plass i semifinalen som de tapte mot .