Under andre verdenskrig overlevde familien bombingen av Tokyo i et underjordisk tilfluktsrom. Senere flyktet Isoko Ono med barna ut på landet med alt de eide på en trekkvogn. Under flukten måtte de overleve ved å tigge mat. Faren ble igjen i Tokyo og ble internert som krigsfange i en leir i Kina. Hele familien overlevde krigen og flyttet senere, i 1953, til Scarsdale, New York, hvor Yoko studerte poesi og musikk på Sarah Lawrence College, etter at hun hadde gått ett år på Gakushuin-universitetet, der hun var den første kvinnen som ble tatt opp på filosofifakultetet.