Stedsnavnet Løgstør er trolig en forvanskning av (ør = grus), «grusstranden ved Løgsted», en landsby i området. Løgstør vokste frem på bakgrunn av sildefisket, og omtales i skriftlige kilder fra 1500-tallet. I 1785 ga Christian 7. tillatelse til tre årlige markeder på stedet. I årene 1857-61 gravde tyske arbeidere ved håndkraft den 4 km lange kanalen som ble innviet av kong Frederik 7. i 1861. Importvarer ble skipet vestover, mens sild, korn og andre jordbruksprodukter ble fraktet østover for salg i Ålborg og Norge.