Filsystemet som typisk er fabrikkinstallert på minnepinner er FAT. Dette er det eneste filsystemet som både kan leses og skrives av Windows, Mac OS X og Linux. Man kan bytte filsystem selv ved å formatere minnepinnen. FAT er et gammeldags filsystem som egentlig er særs uegnet for en minnepinne: Skriveslitasjen er systematisk konsentrert i viktige tabeller, noe som reduserer levetiden på flashminnet, og mangelen på journal eller loggbasert skriving gjør minnepinnen sårbar for datatap når den trekkes ut av kontakten under en skriveoperasjon. Begrensningen i filstørrelse på 4 GB begynner også å bli upraktisk etter hvert som det kommer større minnepinner.