Fra 1976 til 1981 studerte Merk jus og statsvitenskap ved Ludwig-Maximilians-Universität i München. Sin praksistid tilbragte hun i Landshut og Regensburg, før hun i 1984 avla sin annen juridiske statseksamen. Samme år ble hun medlem av CSU og ble sekretær i det bayerske innenriksministeriet.