I Roma er tre av Chigis kunstneriske bestillingsoppdrag som involverte Rafael de mest fremstående minner som han huskes ved: Et kapell i kirken Santa Maria della Pace; hans gravkapell - Chigi-kapellet i kirken Santa Maria del Popolo; og forstadsvillaen som siden 1579 har båret navnet . Dette var hans egen villa ved bredden av Tiberen, i Trastevere, skjønt den er nå oppkalt etter sine senere eiere: Villa Farnesina. Agostino Chigi lot den sienesiske maleren Baldassare Peruzzi (da uten arkitekterfaring) tegne villaen. Sebastiano del Piombo, Giovanni da Udine, Giulio Romano, Sodoma og Rafael dekorerte den. Her skapte Rafael fresken . I denne villaen arrangerte Agostino Chigi overdådige sekskapeligheter. For å vise sin forakt for penger skal han etter sigende latt alt sølvtøy slenge i Tiberen etter selskapene - skjønt tjenerskapet passet på berge det ved hemmelige nett drapert nedenfor vinduene. Villaen kalt på Chigis tid var både bankbygg og residens. Dette var annerledes enn hvordan Romas øvrige bankierer innrettet seg; de residerte normalt i en annenetasje - en - direkte over men uten forbindelse til deres på gateplan.