Kostnadene forbundet med sprengning av tunneler gjennom fjellene I de sentrale delene av Japan har fått mange til å spekulere på om prosjektet vil bli gjennomført på grunn av manglende lønnsomhet og høye kostnader. I may 2003 ble de totale kostnadene for Chūō Shinkansen anslått til 82,5 milliarder amerikanske dollar. Ved å bruke tysk svevetogteknologi som også benyttes i Kina kan kostnadene reduseres til 30 milliarder dollar per 500 km. Svevetog gjennom kystområdene ved Tōkaidōtraséen ville koste mindre, men føre til støyforurensning når tog går inn i tunneler i høy fart.