Det er per 29. desember 2007 uklart hva som drepte Bhutto. På kvelden 27. desember ble det meldt at hun hadde blitt skutt i nakken og brystet idet hun satte seg inn i en bil, men dagen etter drapet meldte innenriksdepartementet i Pakistan at Bhutto ikke ble drept av et skudd, men av et kraniebrudd etter at hun slo hodet i et håndtak på soltaket til bilen da hun dukket for skuddene. Bhuttos nærmeste medarbeidere avviste denne forklaringen som «løgn», og fastholdt at Bhutto ble truffet av to kuler. Andre meldinger fra regjeringen meldte at Bhutto var blitt drept av fragmenter fra bombeeksplosjonen, mens en lege meldte at hun hadde et stort sår på den ene siden av hodet. En av Bhuttos egne hjelpere stod frem og sa at hun hadde sett et kulehull i Bhuttos hode da hun vasket liket i forkant av begravelsen.