Etter det japanske angrepet på Pearl Harbor den 7. desember 1941 var han medlem av kommisjonen som gransket hæren og marinens sjefer som hadde vært stasjonert på Hawaii under det japanske angrepet på marinebasen der. I januar 1942 ble McNarney forfremmet til generalmajor og utnevnt til medlem av krigsdepartementet.