Etter annen verdenskrig holdt hans styrker (sammen med titusener av tidligere japanske styrker) skansen mot kommunistene under den kinesiske borgerkrig, og forsøkte å rydde kommunistene av veien i Shanxi i den første slike kampanje støttet av Chiang Kai-shek. Men Yans styrker, som både var tallmessig og teknologisk overlegne kommunistene, klarte ikke denne oppgaven. Kommunistene under Liu Bocheng og Deng Xiaoping klarte å knuse 13 av Yans sterkeste divisjoner på under en måned under Shandongfelttoget. Dette styrket Maos hånd under fredsforhandlingene i Chongqing og økte kommunistenes prestisje og støtte blant kineserne. Noe annet som bidro til at kommunistene ble mer populære i Shanxi var at Yan begynte å reversere de reformer han hadde innført under den sino-japanske krig. Dette var for Yan midlertidige tiltak for å overleve under presset fra japanerne; nå ville han oppheve skattelettelsene for de lavere klasser, bønder og forretningsfolk.