Under andre verdenskrig gikk firmaet over til å produsere militære våpen. Fra 1941 produserte de nesten bare krigsmateriell. Sauer var sammen med Mauser den viktigste produsenten av Wehrmachts standardgevær Karabiner 98k som ble produsert totalt i over 14 millioner eksemplarer. Firmaet utviklet Sturmgewehr 44 (StG-44) i Suhl som innen krigens slutt hadde blitt produsert i 44 000 eksemplarer. Da krigen sluttet ble produksjonen stoppet og firmaet begynte å gjøre reparasjoner for den sovjetiske okkupasjonsmakten.