Årene 1981 til 1983 var han på oppdrag av pave Johannes Paul II, sammen med pater Paolo Dezza, kommissarisk ledelse for jesuittordenen. De hadde omfattende fullmakter, slik at ordensministeren pater Pedro Arrupe etter sitt alvorlige slag, ikke lenger utøvde noen myndighet. Først da ordenen den 13. september 1983 valgte pater Peter Hans Kolvenbach til sin 29. ordensgeneral ble han og pater Dezza løst fra oppgaven.