De tomaskristne kirkene fører sine røtter tilbake til apostelen Tomas’ misjonering på 50-tallet e.Kr.. Hvis denne legenden stemmer, var de tomaskristne over flere hundre år isolert fra de kristne kirkene i Midtøsten og Europa. På 700-tallet inngikk de en kommunion med katolikos-patriarken av Selevkia-Ktesifon (eller ble kristnet derfra), dvs. ble en del av den assyriske kirke i øst og overtok dennes kaldeiske ritus. Den tomaskristne metropolitten ble heretter utnevnt av den assyriske katolikos-patriarken.