Den 13. mars 1878, ble Stout valgt til justisminister i regjeringen til statsminister George Grey. Stout var på denne tiden involvert i en rekke viktige rettsakter mens han samtidig satt som justisminister i regjeringen. Den 25. juli 1878, ble Stout også såkalt «Minister of Lands and Immigration». Han var i tillegg en sterk talsmann for reformer innen landbruket. Den 25. juni 1879 trakk Stout seg både fra sine politiske posisjoner og hans fra hans ministerpost i parlamentet, og han uttalte behovet for å fokusere på hans egen advokat-virksomhet. Hans partner i advokat-praksisen var stadig syk, og suksessen til firmaet hans var viktig for velferden til både Stout og hans familie.