I starten av 2013-14 sesongen vant BVB Supercupen 4-2 over Bayern og tok sitt første Supercup-trofé. ligaen ble en gjentagelse hvor Bayern vant 19 poeng foran BVB. Bayern vant også cupen 2-0 da lagene møttes i finalen. Lagene møttes i Supercupen igjen og Bayern vant også denne 2-0 over BVB. I Mesterligaen vant de gruppespillet, men røk de ut i kvartfinalen mot Real Madrid 2-3 sammenlagt. Kontrakten til en av BVBs beste spillere, Lewandowski går ut til sommeren 2014 og høsten 2013 ble det klart at også han går til Bayern.