Johannes Suhr ble biskop på et svært kritisk tidspunkt. Andre verdenskrigs utbrudd og den tyske okkupasjon av Danmark skapte vanskelige forhold for den katolske kirke i landet. Det lyktes dog Suhr å lede bispedømmet på en slik måte at de store problemer man stod overfor, både økonomisk og holdningsmessig, ble løst uten store ulykker for den danske katolske kirke og for landet.