Området omkring det som i dag heter Maputo-bukta ble utforsket av den portugisiske handelsmannen Lourenço Marques i 1544. Det ble etablert en handelsstasjon der i 1782 og et fort i 1787, med navnet Lourenço Marques. I 1877 fikk denne status som tettsted, og 10. november 1887 fikk stedet bystatus. Denne datoen anses som etableringsdatoen for Maputo by, slik at 120-årsjubileet ble feiret i 2007. Bygging av jernbane til Pretoria i Sør-Afrika i 1895 bidro til befolkningsvekst i byen. Det daværende overtok som landets hovedstad i 1898 etter Ilha de Moçambique. Byen skiftet navn til Maputo 3. februar 1976, året etter landets selvstendighet i 1975. Navnet er hentet fra en av de fem elvene som renner ut i Maputobukta, og som lengst sør utgjør noe av grensen med Sør-Afrika. Navnet ble brukt av FRELIMO i et slagord under frigjøringskrigen, der det het at de skulle "" – med referanse til grensene (og grense-elvene) lengst nord og sør i landet. Opprinnelig kommer navnet fra kong M'pfumo eller Maputo, som regjerte i området sør for Maputo-bukta noe før 1800.