Sandys ble i 1943 bemyndiget å lede et prosjekt som gikk ut på å rydde unna eller minimere skadene fra tyske rakettvåpen. Ved Peenemünde lå det i perioden 1937–1943 to rakettforskningsanlegg: Heeresversuchsanstalt eller «Peenemünde-Ost» som utviklet V-2, den andre var «Erprobungsstelle der Luftwaffe Peenemünde-West» som utviklet V-1, en aerodynamisk robot. Sandys klarte å få gjennomslag for bombinger av Peenemünde i 1943, og til å sørge for et kraftig utbygd luftvernsforsvar langs den engelske sørkysten med oppgaven å uskadeliggjøre V-1-raketter.