Ved utbruddet av andre verdenskrig hadde Kosztrzyn 24 000 innbyggere, hvor majoriteten var tysk avstamming. Men, på grunn av allierte luftangrep på jernbanen og lokale fabrikker ble nesten 95% av bygningene ødelagt (samt alle 32 byens fabrikker) og byen vanligvis ble forlatt. Forstaden Alt-Drewitz (moderne Drzewice, en av Kostrzyns bykommuner) inneholdt en krigsfangeleir ved Stalag III-C Alt-Drewitz, som blir brukt mest for fransk, sovjetisk, og italiensk fanger av krigen. Fra 1943–1959 huset byen også et stor antall tvangsarbeidere i en teltleir underlagt Sachsenhausen konsentrasjonsleir. Etter krigen ble den ødelagte byen lagt under polsk administrasjon ved Potsdamkonferansen, og den tyske befolkningen ble fordrevet vestover. Skjønt byen gradvist ble gjenoppbygd, forble sentrale deler av byen i ruiner. Den delen av byen som lå på den vestlige bredden av Oder forble i Tyskland og er nå Kustrin-Kietz.