I 1983 flyttet han til Berlin for to år for å virke i menigheten . I 1985 ble Ipolt kapellan i i Erfurt. I 1989 ble Wolfgang Ipolt subrregens for Erfurts regionale presteseminar, det sentrale presteutdanneslsessenteret i DDR. Samtidig oppnådde han teologisk embetseksamen i pastoral teologi med en avhandling om katekese i DDR. I 1992 ble Ipolt pastor ved Nordhausen-katedralen.