I 1942 ble Mutsaerts utnevnt til koadjutor-biskop av 's-Hertogenbosch, msgr. Arnold Frans Diepen. I mars 1943 etterfulgte han ham som ordinarie biskop. Etter Andre verdenskrig viet Wilhelmus Mutsaerts seg til restaureringer av de ødelagte kirker i bispedømmet, og få normalisert og fornyet det kirkelige liv. Msgr. Mutsaerts ble etterfulgt i 1960 av msgr. Wilhelmus Marinus Bekkers.