Spesialkommisjonens mandat ble gitt av Sikkerhetsrådet ved resolusjon 687 av 3. april 1991. Den fikk i oppdrag å påse at Irak ødela sine lagre av kjemiske og biologiske våpen, masseødeleggelsesvåpen og langdistanseraketter. Samarbeidet mellom Irak og UNSCOM var vanskelig, da irakiske myndigheter ikke oppfylte forpliktelsene nedfelt av FN. Nedrustningen tok derfor lengre tid en forutsatt.