Historien begynner med en oppsummering av slutten av den første filmen, hvor Willard Stiles ble drept av rottene sine etter at han forsøkte å drepe både rottene og Ben. Politiet kommer til området, og oppdager at Willard nå er død. To politibetjenter oppholder seg i Stiles-hjemmet hvor en av dem blir angrepet og drept av noen rotter, og den andre betjenten oppdager deretter kroppen hans. Etterforsker Clift Kirtland beordrer å utrydde alle rottene. Men Ben overhører dette, og advarer de andre rottene. Sammen går Ben og de andre rottene ned i kloakken.