Rødgaupa antas å ha utvikla seg fra den eurasiske gaupa, som kom til Nord-Amerika via Beringlandbrua under pleistocen, med stamfedre som ankom allerede for 2,6 millioner år siden. Den første koloniseringsbølga av gauper forflytta seg til den sørlige delen av Nord-Amerika, som snart ble skåret av fra de nordlige delene av isbreer. Denne populasjonen utvikla seg til den moderne rødgaupa for ca. år siden. En andre populasjon ankom fra Asia og bosatte seg i de nordlige delene. Denne utvikla seg til den moderne kanadiske gaupa. Hybridisering mellom rødgaupe og kanadisk gaupe kan iblant forekomme.