I det sekstende århundre ble ḥafṣidene stadig involvert i maktkampen mellom Spania og Det osmanske rikets korsarer. I 1534 erobret osmanene Tunis og holdt byen i ett år. På grunn av trusselen fra osmanene ble ḥafṣidene en vasallstat under Spania etter 1535. I 1569 erobret osmanene på ny Tunis, og holdt denne gangen byen i fire år. I 1573 gjenerobret Don Juan de Austria byen. Det endte med at den siste kalifen, Muhammad VI, ble ført til Konstantinopel og henrettet for sitt samarbeid med Spania, og på grunn av den osmanske sultanens ønske om å selv ta tittelen kalif siden han nå hadde erobret byene Makkah og al-Madīnah. Ḥafṣide-slekten overlevde osmanenes massakre ved at en sidegren av familien ble ført til Tenerife av spanjolene.