Elmar Güthoff er sønn Franz Güthoff og Johanna Güthoff Golüke. Han studerte teologi i Paderborn og München. Han studerte så kirkerett i München og i Roma, og ble doktor i kirkerett i 1992 i Roma. I Linz ble han promovert til Dr. theol. i 1997. Etter i 1999 for kirkerett ved Universitetet i Budapest ble han der privatdosent i 2000. Fra 2001 til 2003 var han ekstraordinær professor i kirkerett i Würzburg.