Han var 1898—1900 leder av universitetets fjerde ekspedisjon. Han fikk i 1893 av den osmanske regjering overdratt vervet å ordne de av amerikanske ekspedisjoner ved Nippur funn av babylonske oldsaker som var avgitt til museet i Konstantinopel. En stor del av disse oldsaker skjenket Sultanen Hilprecht personlig som takk for hans fortjenstfulle arbeid. Han gav det igjen til universitetsmuseet i Philadelphia. Hilprecht ble i 1895 Dr. theol. der og 1897 Dr. jur. ved Princeton University. Han hadde allerede i 1883 udgitt (1883) og var siden en av hovedutgiverne av de mange innskrifter, som var blitt funnet i Nippur. Hilprecht utgav (1893—96); (1894); (1903); (1907); (1898); med A.T. Clay (1898).