Hernández begynte å spille for Chivas Coros, et lavere divisjonslag i Tepic, Nayarit i 2005/06 sesongen. Han gjorde sin debut for Chivas i 2006 i en seier over Necaxa på Estadio Jalisco. Med stillingen ved 3-0, kom Hernández inn for Omar Bravo i det 82. minutt. Fem minutter senere scoret han 4-0 målet. Det var hans eneste mål på syv kamper i 2006/07-sesongen. Han spilte ytterlige seks kamper i 2007/08 uten scoring. Hernández spilte ti kamper i 2008 uten scoring, men han scoret fire mål på femten kamper i 2009. Han startet 2010 med åtte mål på fem kamper. Hans siste kamp var mot Manchester United, der han spilte halve kampen for Guadalajara og scoret etter 8 minutter. Han byttet drakt i pausen og spilte for Manchester United i andre omgang. Guadalajara vant til slutt 3-2 over Manchester United.