Gallagher vervet seg til United States Navy i 1999. Han ble deployert til utlandet åtte ganger, inkludert Irak-krigen og krigen i Afghanistan. Han fikk opplæring som sanitetssoldat, skarpskytter, og som eksplosivekspert. Han var tilknyttet til en avdeling i U.S. Marine Corps før han ble tatt opp ved opplæringsprogrammet «BUDS» for å bli Navy SEAL i 2005. I løpet av tjenesten ble han dekorert for tapperhet flere ganger, blant annet to Bronze Star. Han fikk positive evalueringer fra sine overordnede i Navy SEALs og fungerte som instruktør for rekrutter. Gallagher går under kallenavnet «Blade» blant andre froskemenn i U.S. Navy.