Den årvåkne Nicolay Nicolaysen var den første som oppdaget hva slags anlegg Kongsgården virkelig var. Undersøkelsene kom først igang i 1952 under ledelse av arkitekt Gerhard Fischer. De pågikk til 1972 og ga sikrere viten om gårdens historie. Oppdraget med restaureringen ble gitt til professor Erling Gjone og gjennomført 1962–1975. Toløpstrappen opp til hallen ble rekonstruert ved Gerhard Fischer etter påtrufne spor og utgravde fragmenter av den underliggende forhallen. Hele nordfløyen ble innredet til representasjonslokaler for Staten, mens og østenfor ble brukt til adkomst og betjenende funksjoner.