I april 2000 var det 259 ansatte. Flåten bestod av én Fokker F28-4000 som fløy på Abidjan, Aioun el Atrouss, Atar, Bamako, Banjul, Casablanca, Dakar, Kiffa, Las Palmas, Ne Nouadhibou, Nouakchott, Tidjikja og Zouerate. På denne tiden hadde Air Afrique en 20% deltakelse i flyselskapet. På midten av 2000 økte det Pan-afrikanske flyselskapet sin eierandel til 32 På grunn sikkerhetsbekymringer stengte Storbritannia Air Mauritanie fra å fly inn i landets luftrom i januar 2004. Blant andre operatører ble Air Mauritanie svartelistet på grunn av svikt i det mauritanianske luftfartsverket som ikke var i samsvar med ICAO - standarder. Den økonomiske situasjonen til flyselskapet fikk en bratt nedgang i 2005 da krisen tvang regjeringen til å erstatte selskapets direktør. Det ble rapportert i august 2006 at Royal Air Maroc ville overta en majoritetsandel (51%) i selskapet og effektivt ta over ledelsen. På denne tiden var de største aksjonærer assuransedelskapet (40%), , , og . Men i desember2006 opprettet regjeringen i Mauritania en annen operatør, Mauritania Airways med hjelp fra det private Mauritanian investor og Tunisair, som ble den største aksjonæren (51%) i det nyopprettede selskapet.