Vassdraget har sine kilder mellom Korgåsen i vest og vannskillet mot Neidenvassdraget, langs grensa mot Sør-Varanger kommune, i øst. Herfra renner de tre kildeelvene Juggejohka, Njoaskejohka og Beaskajohka, som samles i Dierggejávri, vassdragets største innsjø. Fra nordenden av Dierggejávri renner Reppenelva rett mot nord, og passerer gjennom en rekke små innsjøer i en åpen dal kledt med bjørkeskog. Ved Áidneluoppal smalner hoveddalen inn og får preg av elvejuv, før den på den nederste strekningen igjen blir noe videre. På de siste 700 metrene har elva et fall på over 50 meter og danner en rekke stryk og små fosser.