Hughes spilte i sin aktive karriere både midtstopper, høyreback eller venstreback, samt overalt på midtbanen. Fra 1997 til 2005 spilte han for Newcastle United FC. Den 20. mai 2005 ble Hughes solgt til Premier League-klubben Aston Villa FC. Den 27. juni 2007 ble Hughes annonsert som en ny spiller for den engelske klubben Fulham, hvor han spilte i sju sesonger.