København ble beleiret under grevefeiden i 1535–1536 og man fikk da erfaring for at Københavns slott var foreldet som militæranlegg. Christian III startet på å bygge om slottet fra festningsverk til fyrsteresidens. Ombyggingene fortsatte under de etterfølgende kongene og resulterte til slutt i at slottet fikk et noe rotet og tilfeldig utseende.