I 355 nektet Liberius, sammen med blant andre Eusebius av Vercelli, Dionysius av Milano, Hilarius av Poitiers og Lucifer av Cagliari, å skrive under på fordømmelsen av Athanasius etter et konsil i Milano hvor keiseren tvang gjennom sin vilje. Keiseren forviste Liberius til Thrakia, og erkediakonen Felix II ble valgt til ny pave. Det var lenge tvil rundt hvilken status de hadde, men man kom med tiden til at Liberius var ulovlig avsatt, og at Felix dermed var ulovlig valgt og må regnes som motpave. Felix fikk ingen støtte fra folket i Roma, hvilket gjorde hans oppgave vanskelig.