Japanerne hadde liten erfaring med å hanskes med en så stor styrke (hele Nord-Kyūshū hadde blitt mobilisert), og først hadde mongolenes styrke framgang. Det hadde gått omtrent femti år siden den siste større konflikten i Japan (Jōkyū-krigen; keiser Go-Tobas tilhengeres opprør i 1221), noe som resulterte i at ingen japanske hærførere hadde tilstrekkelig erfaring med å lede store hærstyrker. I tillegg baserte den vanlige krigføringsarten i det føydale Japan seg på former for mann-mot-mann-dueller, også i større slag. Mongolene var i besittelse av fremmede våpen, som inkluderte overlegne langdistansevåpen (protogranater), og hadde derfor en klar fordel i landkrig. Den japanske styrken i Hakatabukta trengte tid til å vente på forsterkninger, som de trengte for å overvelde de mongolske styrkene. Rundt midnatt førte en kraftig storm til at de mongolske skipskapteinene foreslo at landstyrken gikk tilbake ombord på skipene for å unngå at soldatene ble strandet på japansk jord. Ved daggry var det bare et par skip som ikke hadde forlatt kysten. De som hadde det ble ødelagt av stormen. Enkelte nedtegnelser anslår at 200 mongolske skip ble ødelagt. De små japanske båtene var også mye raskere og manøvrerbare enn mongolenes skip, og derfor klarte japanerne å borde de gjenværende mongolske skipene.