Bowmore er det nest eldste destilleriet i Skottland og Islays første. I 1852 ble Bowmore overtatt av William & James Mutter, og i løpet av 1880-årene ble Bowmore det nest største destilleri i Skottland målt i produksjon. I 1925 overtok firmaet Sherrif’s Bowmore Distillery eierskapet til Bowmore. En periode på 1930-tallet samt under andre verdenskrig var Bowmore stengt. I 1950 ble Bowmore overtatt av William Grigor & Sons Ltd, før det i 1963 ble solgt til Stanley P. Morrison. I 1994 gikk Bowmore inn i det japanske drikkevarefirmaet Suntory Alliance.