En del interne uroligheter falt også i denne perioden: Reformasjonen og motreformasjonen førte til dels til blodige sammenstøt (bl.a. 1531), mens f.eks. delingen av Appenzell i en katolsk og en protestantisk halvkanton i 1597 gikk fredelig for seg. Fra 1712 dominerte de reformerte kantonene.