Faren til John Wallis var prest i Ashford i Kent. Han lærte seg tidlig både latin, gresk og hebraisk. Interessen for matematikk fikk han ved å lese en bok om aritmetikk som tilhørte hans eldre bror. Som 16-åring begynte han å studere teologi ved Universitetet i Cambridge. Da matematikk på den tiden ikke var betraktet av særlig betydning, fulgte han forelesninger i mange andre felt og da spesielt legevitenskap. Etter å ha mottatt en MA-grad i 1640, fikk han mindre stillinger som prest forskjellige steder.