Konrad Heiden var sønn av Lina Deutschmann og Johannes Heiden i München. Faren var funksjonær og sognet til sosialdemokratene, og ble arbeidersekretær og byforordnet i Frankfurt am Main. Moren var av jødisk slekt. Heiden hadde deler av sin ungdomstid i Frankfurt am Main. I mai 1905 ble foreldrene skilt. I september 1906 døde moren. Konrad Heiden gikk på middelskole i Frankfurt fra 1908 til 1910, og deretter samme sted fra 1911 på 1919 gymnasiet. I januar 1916 døde også faren. Fra da bodde han hos forskjellige pleiefamilier.