På grunn av ektefellens helseproblemer fungerte Eugénie i perioder som regent og hun anses som medansvarlig for politikken som førte til krigen med Preussen i 1870. Etter keiserdømmets fall i september samme år flyktet Eugénie og familien til England. Ektefellen døde i 1873 og tre år etter mistet hun sønnen i krigshandlinger i Afrika.