Et vannkraftverk har ingen utslipp som er skadelige for miljøet, men representerer allikevel et stort inngrep i naturen. I et globalt miljøperspektiv er derfor vannkraft sett på mer som enn løsning enn et problem, derimot kommer vannkraftutbygging i konflikt med klassisk naturvern. Klassisk naturvern dreier seg om naturfredning og bevaring, det være seg områder eller arter. Et vannkraftverk endrer vannføringen i et vassdrag i betydelig grad, reguleringsdammer setter nye arealer under vann og representere fysiske stengsler for fisk og dyr. Gyteforholdene for fisk blir påvirket på flere forskjellige måter, og i flere norske elver får dette store konsekvenser for blant annet laksebestanden.