Men overveielser om den strategiske betydning av værobservasjonene, blant annet for konvoitransporten til Murmansk, gjorde at man ønsket å starte virksomheten igjen. Året etter, i 1941, returnerte mannskapet sammen med soldater fra den norske brigaden i Skottland. På det meste talte styrken 52 mann. Det ble ikke gjort forsøk fra tysk side på å landsette tropper på øya, men tyske fly og ubåter avla flere ganger Jan Mayen visitter for å rekognosere samt skaffe seg værobservasjoner. Unntaksvis skjøt tyske fly mot menn og anlegg på bakken, men uten at større skade ble gjort, slik at mannskapet kunne levere meteorologiske data gjennom hele krigen.