I deler av biologien har dessuten overenskomster en stor betydning: Systematikken og fylogenetikken benytter seg av både nomotetisk vitenskap (f.eks. molekylære klokker), idiografisk vitenskap (rekonstruksjon av slektskapsforhold) og overenskomster (klassifikasjon, kategorisering og nomenklatur). Overenskomster er nødvendigvis skjønnsbaserte og ikke testbare. Dermed er de ikke vitenskap, men kan likevel være en forutsetning for vitenskapelige aktiviteter. Mange opphetede debatter i systematiske fagtidsskrifter hadde sitt utspring i at debattantene ikke evnet å skille mellom nomotetisk vitenskap, idiografisk vitenskap og skjønnsbaserte overenskomster. Hva som er menneskets søstergruppe (bare sjimpansene, eller både sjimpansen og gorillaen) er f.eks. et vitenskapelig spørsmål (et idiografisk sådant). Om mennesket «bare» fortjener sin egen «slekt» eller sin egen «underfamilie» eller sågar «familie» i systematikken, er derimot en nokså vilkårlig overenskomst.