Faren hans var lærer som oppmuntret sin sønn til å lese, og Rex hadde lest hele bibelen to ganger da han var fire år gammel. Han var delstatens stave mester som 13 åring. Stout gikk ved Topeka High School, Kansas, og University of Kansas, Lawrence. Hans søster, Ruth Stout, forfattet flere bøker blant annet med sosiale kommentarer.