Den midtre delen av Barguzin renner gjennom Barguzindalen, som er 200 km lang og opp til 35 km bred. Dalen går mellom Barguzinfjellene i nordvest og Ikatfjellene i sørøst. Elva svinger seg gjennom dalen og det ligger rester av gamle elvefar og myrlendte kanaler som danner mer enn 1000 små vann. Her ligger også Dzjerga naturreservat med et areal på 2 387 km².