Den klart største innsjøen er Sørvágsvatn (3,57 km²) på Vágar. Sørvágsvatn drenerer i havet gjennom den 30 m høye Bøsdalafossur, som er fossen med størst vannføring i øyriket. Nest største innsjø er Fjallavatn (1,03 km²), dernest følger Sandsvatn (0,82 km²) og Toftavatn (0,51 km²). Ferskvann utgjør 0,5 % av øyenes flateinnhold.