Efter studier i Sveits vendte han tilbake til sin fødeby i 1933, hvor han mottok sin doktorgrad i 1936. Han meldte seg inn i NSDAP i 1933. I 1936 meldte han seg inn i SA, og i 1939 gikk han over til SS. Fra da av gjorde han karriere i Det tredje rike, hovedsakelig ved hjelp av eksperimenter for å måle menneskekroppens reaksjoner på ekstreme belastninger, slik som kulde. I konsentrasjonsleiren Dachau pinte fanger i hjel blant annet ved å åpne hjertene deres uten bruk av narkose, sperre dem inne i undertrykkskamre eller kjøle dem ned til minus 30 grader i basseng med isvann. Til slutt måtte Rascher overføre forsøkene til Auschwitz, siden nabolaget i Dachau klaget over all skrikingen.