I 1954 måtte museet igjen forlate sine lokaler, men de fikk plass i Valkendorfsgade da Københavns Bymuseum flyttet derfra. Museet ble gjenåpnet den 15. september 1956 i Valkendorfsgade. Museet holdt til her til 1998, da det flyttet til 3 000 kvm store lokaler i Købmagergade.