Port-Royal var høyt aktet for nonnenes strenge livsførsel som skyldtes at klosteret var påvirket av Cornelius Jansens bevegelse. Jansenismen ønsket å gjenopprette kirken slik den mente den var før skolastikken vant frem, en kirke slik Augustin ønsket den. Men jesuittene hadde jansenistene sterkt mistenkt for kjetteri, og da Jansens bok ble utgitt posthumt i 1640, forverret forholdet seg. Port-Royals forsvarer var «moder Angéliques» bror, teologen Antoine Arnauld, men for vanlige folk smeltet nok klosteret, Arnaulds teologi og familien Arnaulds interesser noe sammen.