Johan skulle først slå inn på den militære løpebane. Under Napoleonskrigene var Johan feltmarskalk og generaldirektør for ingeniørs- og befestningsvesenet. I september 1800 fikk han, med general Franz von Lauer ved sin side, befalet over den mot Jean Victor Moreau oppsatte østerriksk-bayerske hær, men ble beseiret i slaget ved Hohenlinden den 3. desember sammr år. Under krigen i 1805 førte han befal i Tyrol. Der støttet han opprøret mot Napoleon i 1809 og overtok befalet over den sørlige armé. I Italia seiret han i slaget ved Sacile den 16. april 1809, men led nederlag ved Raab to måneder senere. Eyter at opprøret i Tyrol var slått ned, og på grunn av hans tysk-nasjonale sympatier, ble han forbust å oppholde seg i Tyrol.