Grytehullsjøene på Romerike har trekk både fra kalksjøer og rike kulturlandskapssjøer, men skiller seg ut ved spesielle fysisk-kjemiske forhold. De er bl.a. karakterisert ved (i) beliggenhet i moreneområder med sand/silt, (ii) stor grunnvannspåvirkning, en del har (iii) stor vannstandsvariasjon, og en del har (iv) jern- og fosforrikt, stagnerende bunnvann som ikke blandes. Enkelte synes også å være naturlig relativt næringsrike med naturlige algeoppblomstringer som kan gjøre det vanskelig å vurdere grad av menneskelig påvirkning.