Den 5. oktober 1987 ble Sigcau statsminister i Transkei. Imidlertid ble hun 30. desember samme år avsatt i et militærkupp ledet av Bantu Holomisa. Som statsminister overrasket Sigcau med å stille spørsmål ved bantustansystemet og Sør-Afrikas regjering trakk i trådene for å få henne avsatt. Sigcau hevdet at Transkeis «uavhengighet» fra Sør-Afrika kunne omgjøres. Sigcau sørget også for at Transkeis tidligere president Kaiser Matanzima ble arrestert.