León var provinshovedstad i , etablert i 1878, og i Provincia de Nicaragua y Costa Rica, som eksisterte fra 1812 til 1814, og igjen fra 1820 til 1821. I 1821 ble uavhengighetsakten for Nicaragua og Costa Rica fra Spania erklært 11. oktober 1821. León ble så hovedstad i delstaten Nicaragua, som inngikk i Den sentralamerikanske føderasjonen. I 1838 trakk så Nicaragua seg ut av føderasjonen, og León ble hovedstad. I noen år vekslet León og Granada på å ha hovedstadsstatusen, alt etter hvem som satt ved makten, de liberale (León) eller de konservative (Granada). Dette ble løst da Managua ble erklært som hovedstad i 1858.