Selv om Foaty er lovpålagt og skrivemåten fastsatt på 1800-tallet av Ordnance Survey of Ireland, er Fota nå mer vanlig i bruk. Opprinnelsen til navnet er usikker. Det kan være av hiberno-norrøn opprinnelse, hvor siste ledd er fra norrønt , «øy»; Donnchadh Ó Corráin foreslår + , «Fotøy», grunngitt i øyas posisjon ved munningen av elven Lee ned fra byen Cork; en del referanser fra middelalderen har en i navnet. Ó Corráin er derimot skeptisk til en del kreative og foreslåtte irsk-gæliske etymologier, som , «torvhus», , «varm gresstorv», og , «råtnet/visnet».