Hans yngre bror Isak ble truet på livet av keiser Andronikos I, men Isak drepte i et desperat angrep den keiserlige utsendingen, løytnant Stefan Hagiochristophorites, som var utsendt for å arrestere ham. Isak tok deretter tilflukt i kirken Sofia Haga og appellerte til befolkningen om støtte mot den svært upopulære Andronikos. Dette resulterte i et folkelig opprør hvor Andronikos ble avsatt den. 11. september 1185, og dagen etter drept av mobben. Isak ble hyllet som ny keiser, og Alexios var nærmere den keiserlige tronen enn noen gang tidligere.