Müller antok selv å ha levert et arbeide som normalt ville bli funnet på ortodoksiens vektskål; men Andreas Gottlob Rudelbach påviste snart i en rekke åpenbare eller skjulte kjetterier i det. Det må påpekes at den store kirkekampen hadde brutt ut i disse årene. Dette var en bevegelse som Müller i høy grad var imot og som han helst – hvis det hadde vært mulig – ville holde seg utenfor. Så meget mer overraskende var det derfor at han etter biskop Münters død i 1830 mottok Poul Christian Stemanns tilbud om å overta Sjællands bispestol.