I 1555 overtok han sin fars medlemskap i handelsvirksomheten . Samme år ble han arrestert og anklaget for å ha stilt horoskoper, først for dronning Maria, og deretter oppdaget Marias spioner at han hadde kontaktet hennes halvsøster prinsesse Elizabeth og gjort det samme for henne. Dette ble tolket som et forsøk på politisk oppvigleri, og mens han satt fengslet, ble han ytterligere oppskaket da hans fredelige medfange Bartlett Green ble hentet ut for å brennes på bål. Selv ble Dee løslatt, men saken satte skrekk i ham. Dee ble stilt for Stjernekammeret, en engelsk overdomstol, og for den katolske biskop Edmund Bonner til religiøs undersøkelse. Det ser ut til at han faktisk sluttet vennskap med biskop Bonner som behandlet andre med slik grusomhet. Det er blitt stilt spørsmål om Dee kom seg unna ved selv å gå i tjeneste som spion. Navnet hans ble iallfall fjernet fra listen over martyrer i John Foxes .