Han sa videre opp denne jobben i november 2007 for å bli manager for Birmingham City, som spilte i det engelske Premier League på den tiden. Selv om Birmingham rykket ned på slutten av den sesongen, ledet McLeish laget tilbake til Premier League i 2009, avsluttet på niendeplass i 2010, og seier i ligacupen i 2011. Etter Birminghams nedrykk til npower Championship i mai 2011 valgte Alex McLeish å si opp jobben som manager. Søndag den 12. juni 2011 ble det meldt at oppsigelsen skal ha skjedd per e-post til Midlands-klubbens styreformann.