Han giftet seg senere med Helen Spurway. Haldane ble sosialist under første verdenskrig og han støttet den spanske republikken under den spanske borgerkrigen i 1930-årene, før han ble kommunist og han meldte seg inn i Communist Party of Great Britain. Han brøt med dette partiet i 1950 og ble da en eksplisitt kritiker av det kommunistiske regimet i Sovjetunionen. Men han beundret fremdeles diktatoren Josef Stalin, og beskrev ham i 1962 som «en veldig stor mann som gjorde en veldig god jobb som statsleder».