Inter signerte kontrakt med Ronaldo den neste sesongen, og Ronaldo bidro til at klubben vant UEFA-cupen 1997/1998. I november 1999, under en serie A-kamp mot , skadet Ronaldo kneet stygt og måtte tas ut av kampen. Først i april 2000 var han tilbake på banen, i en kamp mot , men etter bare seks minutter på banen skadet han kneet sitt for andre gang i karrieren.