Ved siden av studiene av terrorisme har Engene også skrevet flere artikler om vitenskapsfilosofen Karl Popper. Jan Oskar Engene er også en av Norges fremste forskere i faget vexillologi. Han var fra 2000 redaktør for tidsskriftet Nordisk Flaggkontakt, utgitt av Nordisk Flaggselskap til siste nummer 53 ble trykt høsten 2011. Engene var selv en av de fremste bidragsyter til tidsskriftet.