Huizinga studerte komparativ lingvistikk og sanskrit, før han i 1902 fattet interesse for middelalderens og renessansens kulturhistorie. Han ble professor i generell og nederlandsk historie i 1905. Han underviste ved Universitetet i Groningen og senere Leiden, inntil han ble avsatt av de tyske okkupantene i 1945. Han døde noen få uker før Nederland ble frigjort.