Hellas er for det meste fjellrikt og osmanene kunne ikke erobre hele den greske halvøya siden de hverken skapte et militært eller administrativt nærvær i fjellene. Der eksisterte mange greske fjellklaner over hele halvøya og på øyene. Sfakiotene på Kreta, Souli i Eporos og maniotene på Peloponnes var de mest motstandsdyktige fjellklanene i hele Det osmanske riket. Fra slutten av det 16. århundre frem til det 17. århundre begynte mange grekere å migrere fra fjellene til slettene. Millet-systemet bidro til at en etniske ortodokse grekere holdt sammen ved å segregere de forskjellige folkene innenfor Det osmanske riket basert på religion.