I år 6 e.Kr. ble Sikem annektert av den romerske provinsen Syria. En av innbyggerne tilhørte samaritanene som trodde på Jesus da han var to dager i nabolaget, og byen må ha fått besøk av apostlene da de reiste fra Samaria til Jerusalem. Av samaritanene i Sikem var det noen få som tok til våpnene på Gerisim på tiden av opprøret i Galilea (67 e.Kr.). Byen ble sannsynligvis ødelagt ved denne anledningen av Cerealis. I 72 ble en ny by reist, Flavia Neapolis, på ordre av keiser Vespasian rundt to km vest for den gamle. Byens navn, Neapolis, ble til sist forvansket til arabiske Nablus.