På eller rett før 16. januar 1945 (natt til 16. januar ifølge Hjeltnes) festet Roy Nilsen fra Milorg og Max Manus fra Kompani Linge ti tidsinnstilte limpet-miner (mine festet med magneter) under vannlinjen på skroget mens skipet lå til kai i Oslo. Meningen var at bomben skulle gå av ute i åpent hav etter at Donau hadde forlatt Oslofjorden, men fordi skipet ble forsinket gikk bomben av før det nådde Drøbak. Da skipet ikke ennå hadde nådd åpen sjø, greide den tyske kapteinen å sette skipet på grunn før hun sank helt. Det var 1500 tyske soldater og 450 hester ombord. Skipet ble stående i 40° vinkel på 40 meters dyp med akterenden ned og halve skroget under vann.