Nilsen ble 9. november 1992 klar for låneopphold hos fram til sesongslutt sommeren 1993. Den tyske klubben, som på tidspunktet lå nest nederst på Bundesliga-tabellen, hadde blitt tipset om Nilsen av sin tidligere spiller Anders Giske. Nilsen slet til tider med å få spilletid på et Köln-lag som avsluttet sesongen på tolvte plass i den tyske toppdivisjonen.