Erkebiskop Quarracino var motstander av politikken ført av president Raúl Alfonsín (1983–1989) og anklaget politikere for korrupsjon, som årsak til «nasjonal fattigdom". Han erkjente imidlertid å være venn av president Carlos Menem (1989–1999) som ble sterkt kritisert av andre kirkeledere (som kardinal Primatesta). Quarracino ønsket velkommen og støttet Carlos Menem amnesti for gjerningsmenn dømt for forbrytelser begått under militærdiktaturet under Menems forgjenger Raúl Alfonsín, som et bidrag til nasjonal forsoning.