Ole Worm var også en engasjert oldtidsforsker, og utgav i 1643 , en samling bilder av runesteiner og runeinnskrifter. Han bygget opp et stort museum, . Hoveddelen av samlingen var fra mineral-, plante- og dyreriket, men det var også antikvariske gjenstander, kunstgjenstander og etnografika. Etter hans død inngikk samlingen i det danske . Her finner man en figur fra det gamle Egypt, så vel som et relikviegjemme i bergkrystall, som Worm hadde fått i 1634 av en pasient, en svensk offiser som hadde tatt det som krigsbytte i tredveårskrigen.