På dette tidspunkt var menigheten liten og det ble vedtatt å flytte den til den nærliggende Sankt Jørgenbjerg kirke. I en periode ble den benyttet som lasarett for spanske soldater som var innkvartert i Roskilde for deretter å bli solgt til en privatmann. Han fikk revet ned våpenhus, kor og tårn og brukte skipet som pakkhus.