Etter at de trakk seg tilbake, befant de innfødte kongene i Teben seg fanget mellom de kanaanittiske hyksosene som styrte i nord og hyksosenes nubiske allierte, kongedømmet Kusj, sør for Egypt. Etter år som en vasallstat klarte Teben til sist å samle nok styrke til å utfordre hyksosene i en konflikt som varte i mer enn 30 år, fram til 1550 f.Kr. Faraoene Seqenenre Tao II og Kamose greide til sist å beseire nubierne sør for Egypt, men greide ikke å beseire hyksosene. Den oppgaven falt på Kamoses etterfølger Ahmose I som med en rekke suksessfulle militære kampanjer utraderte hyksosenes tilstedeværelse i Egypt. Han etablerte et nytt dynasti. I det nye rike som fulgte ble militæret en sentral prioritet for faraoene som søkte å ekspandere og utvide Egypts grenser og forsøke å få overherredømme i Midtøsten.