Etter at stedet havnet i føderale hender ble Jamestown et møtested for rømte slaver som brant ned Ambler-huset, en plantasje fra det 18. århundre som sammen med den gamle kirken var de få gjenværende tegnene på Jamestown. Da Allen sendte menn for å vurdere skadene sent i 1862, ble de drept av tidligere slaver. Hovedsakelig hadde ikke Jamestown en aktiv rolle i borgerkrigen, selv om begge sider brukte den til avledningsmanøvrer.