I den senere delen av regjeringstiden delte Ivan riket i to. I delen kalt stod Ivans menn for en blodig utrenskning der adelens makt ble knust. Denne kampanjen kulminerte i Massakren i Novgorod i 1570. Urolighetene, i kombinasjon med militære tap, epidemier og dårlige avlinger svekket Russland i så stor grad at Krim-tartarene kunne herje det sentrale Russland og brenne ned Moskva i 1571. I 1572 oppgav Ivan systemet med .