Røde Khmer er særlig husket for de massemordene som regimet igangsatte. Rundt 500 000 mennesker ble henrettet. I tillegg døde mange av sult, tortur, tvangsarbeid, drap i konsentrasjonsleirer og selvmord. Hensikten med massemordene var å utrydde alle «fiender av revolusjonen». Totalt døde anslagsvis to millioner av landets åtte millioner innbyggere som følge av det totalitære styret.