Det er fremdeles uroligheter av forskjellige slag i deler av Filippinene. Den kommunistiske er fremdeles aktiv, og i noen områder med stor muslimsk befolkning på Mindanao, er det separatistbevegelser og dessuten gruppen (under ledelse av Khadaffy Janjalani) som spesialiserer seg på kidnappinger for løsepenger samt sprengninger av hus og kirker for å skremme lokalbefolkningen på Mindanao.