I mai 2015 ble Deri næringsminister og så var han minister for utvikling av Galilea og Negev. Fra januar 2016 var han dessuten innenriksminister. Da avisene meldte at Yair Netanjahu (sønn av statsminister Benjamin Netanjahu) var forelsket i/sammen med en ikkejødisk norsk kvinne, kommenterte han: Etter en nesten tre års lang undersøkelse i samarbeide med skattemyndighetene anbefalte politiet i november 2018 overfor statsadvokatens kontor at det skulle reises anklage om bedrageri og underslag mot ham. Etter massepanikken på Har Meron i 2021 som kostet 45 mennesker livet, kom det for dagen at Deri hadde gått inn for at alle tilreisende troende måtte gis adgang, til tross for at man visste at stedet ikke var egnet for å motta det ventede antall på inntil 100.000.