Etter de første sprede kampene våren 1979 hadde Khomeini konsolidert sin maktovertakelse etter flere uker med blodige, og dels opprørende utrenskninger, indre strid, innskrenkelse av rettigheter på de fleste felt i sommeren. Etter å ha utnevnt seg til øverstkommanderende for de iranske styrkene beordret han 19. august alminnelig mobilisering mot den kurdiske oppstanden og erklærte jihad mot kurderne, som var betegnet som gudløse og vantro ved at disse er sunnimuslimsk. Sammen med de iranske styrkene sendte han sin bøddel, den sjiamuslimske geistlige Saqeh Khalkhali, som i løpet av to uker henrettet over 200 kurdiske menn etter standrettsdom.