Rachel Ruysch ble født i Haag og flyttet som treåring med sine foreldre til Amsterdam. Hun fikk sine første leksjoner om botanikk og malekunst av sin far, Frederik Ruysch (1638−1731), en høyt ansett anatomi- og botanikkprofessor i Amsterdam og begynte allerede som 15-åring å studere blomstermaleri hos Willem van Aelst. I tillegg til blomster malte hun denne perioden også reptiler og insekter.