Ved presidentvalget i Slovenia i 2017 ble han gjenvalgt som president for fem år, etter andre valgomgang. I først valgomgang fikk Pahor 47,1 % av stemmene, mens Marjan Šarec fikk 25 % som nummer to. I andre valgomgang fikk Pahor 52,9 % etter at 99,99 % av stemmene var opptalt. Hans motkandidat Šarec fikk 47,1 %. Valgdeltakelsen var 41,7 % av de stemmeberettigede.