I 1990 ble han valgt inn som folkerepresentant i Tadsjikistans høyesterett. President Rahmon Nabiyev fratrådte sin stilling i august 1992, fordi han fryktet for sitt liv under de store protestene mot regjeringen. Akbarsho Iskandarov, som var talsmann for Sovjetunionen, tok over som fungerende president, men trakk seg i november i et forsøk på å redusere uroen i befolkningen. Rahmonov var da talsmann for parlamentet, og tok over som regjeringssjef.