Brees startet 2013-sesongen med 357 yards, to touchdowns og én interception i en 23–17 seier over Atlanta Falcons. I en 38–17 seier mot Miami Dolphins på hjemmebane i uke 4 hadde han 413 pasningsyards og fire touchdowns, og ble utpekt til NFC Offensive Player of the Week. I uke 10, da Saints slo Dallas Cowboys 49–17, hadde han 392 pasningsyards og fire touchdowns, og fikk sin andre NFC Offensive Player of the Week-tittel. To uker senere, i uke 12, forbigikk Brees Warren Moon på topplisten for pasningsyards i en karriere med 49 566. I uke 14 ble Brees den kjappeste, og femte, spilleren til å nå 50 000 pasningsyards. Han gjorde det med 183 kamper, og nådde 50 000 på en pasning til Jimmy Graham i fjerde kvarter av en 31–13 seier mot Carolina Panthers 8. desember, hvor han kastet fire touchdowns. I sesongavslutningen i uke 17, en 42–17 seier over Tampa Bay Buccaneers, hadde han 381 pasningsyards og fire touchdowns, som vant ham sin tredje NFC Offensive Player of the Week-tittel for 2013-sesongen. Han forlenget også sin NFL-rekord med seks sesonger på rad med minst 30 touchdownpasninger og 4 000 pasningsyards, o ghadde sin tredje sesong på rad med 5 000 yards og åttende på rad med 4 000 pasningsyards. For sine prestasjoner i sesongen ble han utvalgt til sitt åttende Pro Bowl. Saints avsluttet seriespillet 11–5 og hadde en knapp seier over Philadelphia Eagles i Wild Card-runden, men tapte mot Seattle Seahawks, som gikk videre til å vinne Super Bowl XLVIII, i divisjonsrunden. Han ble rangert som #6 på NFL Top 100 Players of 2014.