Etter at Kazimierz Sabbat måtte trekke seg som eksilpresident i 1989 på grunn av sykdom, ble Kaczorowski utnevnt til hans etterfølger. Allerede noen måneder senere falt kommunistregimet i Folkerepublikken Polen, og folkerepublikken ble avløst av den tredje polske republikk. Lech Wałęsa ble i desember 1990 den første polske presidenten valgt i et fritt valg. Eksilinstitusjonene i London oppløste dermed seg selv, og den 22. desember overrakte Kaczorowski i en seremoni på kongeslottet i Warszawa sine presidentinsignier til Wałęsa.