Miyun består av to subdistrikter, 17 storkommuner og en nasjonalitetskommune: Subdistriktet Gulou (鼓楼街道); Subdistriktet Guoyuan (果园街道); Storkommunen Miyun (密云镇), hovedsete for fylket; Storkommunen Xiwengzhuang (溪翁庄镇); Storkommunen Xitiangezhuang (西田各庄镇); Storkommunen Shilipu (十里堡镇); Storkommunen Henanzhai (河南寨镇); Storkommunen Jugezhuang (巨各庄镇); Storkommunen Mujiayu (穆家峪镇); Storkommunen Taishitun (太师屯镇); Storkommunen Gaoling (高岭镇); Storkommunen Bulaotun (不老屯镇); Storkommunen Fengjiayu (冯家峪镇); Storkommunen Gubeikou (古北口镇); Storkommunen Dachengzi (大城子镇); Storkommunen Dongshaoqu (东邵渠镇); Storkommunen Beizhuang (北庄镇); Storkommunen Xinchengzi (新城子镇); Storkommunen Shicheng (石城镇); Nasjonalitetskommunen Datanying for mandsjuer og mongoler (檀营满族蒙古族乡).