Det typiske er at stasjonærfasen er av upolar karakter (partikler med alkankjeder bundet til, typisk C18) og mobilfasen er av polar karakter (vandig løsning med innblanding av vannløselige løsemidler, f.eks. metanol eller acetonitril). Dette kalles omvendt fase væskekromatografi. Hvis stasjonærfasen er polar (typisk silicapartikler) og mobilfasen upolar/lite polar (ikke-vandig løsning) så kalles det normal fase væskekromatografi. Omvendt fase er det klart mest anvendte og er enklest å håndtere.