Brijuni hadde flere romerske bosettinger i antikken, men fram til slutten av 1800-tallet var øyene først og fremst kjent for sine steinbrudd. Fra middelalderen tilhørte øyene Republikken Venezia, og stein herfra ble brukt til å bygge bygninger og broer i byen. Øyene tilhørte Venezia fram til Napoleon erobret byen i 1797. Etter dette ble øyene del av Napoleons Illyriske provinser.