Knudsen tjenestegjorde først som feltprest i Troms før han ble kallskapellan i Malangen og senere sogneprest i Balsfjord. Ved et tilfelle søkte han jobb som sokneprest i Jostedalen i Sogn, men valgte å trekke søknaden som følge av menighetsrådet der ville nektet ham å bruke alkoholholdig vin i nattverden.