Da Spania også tapte mot under kvalifisering til EM i fotball 2000 i september samme år, fikk Clemente sparken. Dette beviste et paradoks hos Spania, for på tross av at Spania under Clemente hadde kommet til kvartfinalen for første gang i VM siden 1934, og til tross for at Spania under Clemente hadde konsekvent gått videre fra gruppespillet bortsett fra i 1998, var man ubønnhørlige mot treneren. Clemente hadde selv tro på særlig 1994-landslaget, og han uttalte i november 2011 at laget han hadde i 1994 «var i stand til å slå dagens» og at han syntes Barcelonas spillestil var kjedelig.