Ved presidentvalget i 1968, der han stilte mot ambassadør Gunnar Thoroddsen, lå han først under på meningsmålingene. Motkandidaten hadde først 70 prosent oppslutning på målingene, men Kristján Eldjárn vant valget med 65,6 % av stemmene, i et valg der valgdeltakelsen lå på hele 92,2 %. Han ble gjenvalgt uten motkandidat i 1972 og 1976.