Svenskene var ikke fornøyd med danskenes stadige krigføring i Schleswig, Holstein, Mecklenburg og Pommern, som forstyrret den svenske eksporten til kontinentet, særlig av jern. Videre vakte sentraliseringen av statsstyret i Danmark mistanke. Det svenske riksrådet ønsket å opprettholde en stor grad av selvstendighet. Unionen begynte å vakle i 1430-årene, og det oppsto væpnede opprør. Engelbrektsopprøret førte til at danske tropper ble jaget ut av Sverige. Erik ble avsatt som svensk og dansk konge i 1439 og ble etterfulgt av den barnløse Kristoffer av Bayern. I maktvakuumet som oppsto etter Kristoffers død i 1448, valgte svenskene Karl Knutsson Bonde som konge i den hensikt å gjenopprette unionen under den svenske kronen. Karl ble også valgt til konge av Norge året etter. Men adelen i Schleswig-Holstein var mer innflytelsesrik enn svenskene og nordmennene til sammen og valgte i stedet Christian I av Oldenburg til dansk konge, og nordmennene gjorde det samme i 1450. I de neste sju tiårene ble unionen preget av krigene mellom Sverige og Danmark om hegemoniet i Norden.