Filekovič fikk sin landslagsdebut for i en vennskapskamp mot den 21. august 2002. Han har siden fått ytterligere 13 kamper, henholdsvis syv kamper i 2005, to kamper i 2007 og to kamper i 2009. Filekovič var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.