Karl VI gav Isabella fullmakt til å agere i hans og tronfølgerens sted i hans sykdomsperioder, noe som gav henne plass i rådsforsamlingen. I 1393 ble Isabella utnevnt til kongebarnas formynder sammen med de kongelige hertuger Burgund Berry, Bourbon og hennes bror Ludvig av Bayern, mens Ludvig av Orleans fikk posten som regent eller hode for regentrådet. Orleans' stilling som regent førte til en konflikt med kongens onkel Burgund, som hadde sittet i formynderrådet under kongens umyndighet.