I 1861 innledet det Rheinische Missionsgesellschaft med misjonering på Batak-høylandet på Sumatra i Nederlandsk Ostindia. Kirken hadde pr 2016 rundt 4,6 millioner medlemmer, og er således en av verdens største lutherske kirker. HKBP ledes av Ompui Ephorus Willem Simarmata. Kirken er medlem av Det lutherske verdensforbund, av Christian Conference of Asia, av Kirkenes Verdensråd og av Vereinten Evangelische Mission (VEM).