Despereaux (Matthew Broderick) er en eksentrisk mus som tenker på seg selv mer som en gentleman, som ikke løper fra katter når de kommer, og som foretrekker å lese bøker fremfor å tygge på sidene på den. Én dag møter han prinsesse Pea (Emma Watson), et menneske som er den eneste som ser ham for den han er. Despereaux er bestemt på å komme tilbake til henne, men det han ikke vet er at han starter en kjedereaksjon av hendelser, siden mus har spesielle leveregler og ikke egentlig skal ha kontakt med mennesker.