I frykt for sitt liv flyktet han igjen sammen med 21 mann, 14 kvinner og seks barn på vei tilbake til reservatet. Mens Geronimo var på flukt, ble general Crook erstattet av general Nelson A. Miles. Nok en gang, på grunn av stort press, overgav Geronimo seg til slutt til general Miles 4. september 1886 i Skeleton Canyon sør i Arizona. Denne overgivelsen satte punktum for U.S. Army sin krig mot indianerne i USA, og Geronimo og hans apacher ble de siste «ville indianere» i amerikansk historie.