Han ble født i Odense, men vokste opp i småbyen Morud på Fyn. Etter Nordfyns Gymnasium i Søndersø studerte han statsvitenskap ved Aarhus Universitet og University of Washington med spesialisering i EU og politisk kommunikasjon. Jørgensen var formann i den sosialdemokratiske studentorganisasjonen Frit Forum i Aarhus 2001–2002. Høsten 2002 var han praktikant i staben til Det europeiske sosialdemokratiske parti. Han har vært ekstern lektor i statsvitenskap ved Aarhus Universitet, Danish Institute for Study Abroad, Institut d'études politiques de Paris, Seattle University og Københavns Universitet.