Assimileringen startet allerede på 1700-tallet, med en klart teologisk og religiøs motivasjon. På 1800-tallet fikk politikken et mer sosialdarwinistisk og nasjonalistisk preg, der samer og samisk kultur ble ansett som primitive og fremmede som måtte underordnes den siviliserte norske majoritetskulturen, under framveksten av nasjonalstaten Norge. Mot slutten av 1800-tallet og begynnelsen av 1900-tallet ble assimileringspolitikken også sterkere begrunnet og motivert av utenriks- og sikkerhetspolitiske hensyn. Det dreide seg om myndighetenes frykt for en finsk ekspansjon i nordområdene, ofte omtalt som «den finske fare». I perioden 1890–1940 ble frenologi, som er en teori om sammenheng mellom kranieform og sjelsegenskaper, brukt i studiet av både nordmenn og samer. For samenes del skjedde det ved fjerning og måling av skjelettmateriale i samiske graver. Dette raseideologiske perspektivet på samer og andre, mistet etter 1945 mye av sin ideologiske kraft. Etter andre verdenskrig vokste den moderne norske velferdsstaten fram. I denne perioden ble assimileringspolitikken gjerne forklart med hensynet til det samiske folkets velferd og sosiale utvikling.