Uttrykket til mange gener reguleres også etter at transkripsjonen til protein er gjennomført, og en økning i konsentrasjonen av mRNA er derfor ikke ensbetydende med økt genuttrykk. Like fullt måles ofte mRNA-konsentrasjonene. Dette gjøres som regel ved hjelp av Northern blotting, qPCR (quantitative real-time polymerase chain reaction) eller DNA mikromatriser. Dersom man kun er interessert i noen få bestemte gener kan man bruke Northern blot eller qPCR, mens mikromatrisene viser genuttrykket for alle genene til en organisme på en gang. De to siste teknologiene sies å kunne gi absolutte tall for mengde mRNA, selv om de ikke vil kunne gi et eksakt tall for antall kopier av de forskjellige molekylene i cellen.