Magsaysay var filippiner av delvis ilocano, delvis tagalog-opphav. Han var sønn av smeden Exequiel Magsaysay og lærerinnen Perfecta del Fierro, og ble født i Iba i provinsen Zambales. Han studerte fra 1927 ved University of the Philippines i det som i dag er Quezon City. Der studerte han jus, senere ingeniørfag. Samtidig jobbet han som sjåfør. På grunn av sykdom fullførte han ikke utdanningen. Senere fullførte han imidlertid økonomistudier ved José Rizal College (1928–1932).