Pave Gregor XIII bad i 1576 Bellarmino om å undervise i polemisk teologi på Collegio Romano; han viet elleve år til dette og skrev samtidig , som var datidens mest fullstendige arbeid skrevet til forsvar for den katolske tro mot protestantiske angrep. Han var spiritual ved Collegio Romano fra 1588. Fra hans undervisning av jesuittlekbrødre og studenter utsprang hans (en liten katekisme for barn), og en voksenkatekisme beregnet for lærere, Begge verker var i bruk i århundrer.