Regentparet fikk dele sin tid mellom Navarra og sine franske riksbesittelser, og de foretakk begge å bo i Frankrike ettersom de kjente seg fremmede for Navarras språk og kultur. De forlot Navarra i 1330, og kom tilbake bare én gang sammen: 1336-37. Da Johannas make døde i 1343 ble hun Navarras eneste regent. Hun planla da å besøke riket, men hundreårskrigen gjorde det nødvendig å bie og forsvare de franske besittelser. Johanna var Navarras dronning til sin død (som offer for svartedauden).