Han skrev kontrakt med 7. mars 2008 og fikk sin eliteseriedebut 5. juni 2008 mot Hamarkameratene. Carlsen signerte 13. februar 2009 en lånekontrakt med Aalesunds FK. Lånet ble forlenget for 2010 sesongen, fordi klubbene ikke kunne bli enige om en overgangssum. Før 2011-sesongen ble overgangen gjennomført på permanent basis. I sin debut for AaFK 15. mars 2009 mot Tromsø IL scoret han AaFKs mål i en kamp som endte 1-1.