Ved en søppelplass gjemmer restene av The Foot og The Shredders, ledet av deres nestkommanderende Tatsu, seg. Journalist April O`Neil intervjuer professor Jordan Perry fra Techno Global Research Industries (TGRI) om en mulig lekkasje av giftig avfall. Han forsikrer April om at alt er i orden, men samtidig oppdager forskerne i bedriften deres mutasjoner på grunn av denne lekkasjen. Freddy, en spion fra The Foot, oppdager dette og rapporterer videre til resten av gjengen. The Foot kidnapper professor Perry. I tillegg blir det problemer innad blant Mutant Ninja Turtles når Raphael krangler med Leonardo, og bryter løs fra gruppen. Men Michelangelo oppdager en forlatt t-banestasjon, og anser dette som et nytt perfekt gjemmested for gjengen deres.