Rüütel tok agronomutdannelse, som han fullførte i 1950. Deretter begynte han å arbeide for landbruksetaten på Saaremaa. Fra 1955 til 1957 var han lærer på skolen for landbruksmekanisering i Tartu. Deretter spesialiserte han seg på bufe og ble sjef for forsøksgårder. Samtidig arbeidet studerte han ved Eesti Põllumajanduse Akadeemia, Estlands landbruksakademi, der han ble uteksaminert i 1964. I 1969 ble han rektor ved landbruksakademiet. Han fortsatte sin karriere som forsker.