Områdene rundt Munkelva har stor zoologisk og botanisk interesse. Ved elvemunningen er det funnet sjeldne planter som finnmarksnøkleblom og finnmarkssaltgras. I Munkefjorden utenfor elvemunningen strekker et sammenhengende våtmarks- og gruntvannsområde seg utover til Neidenelvas deltaområde. Hele dette området er vernet som Neiden- og Munkefjord naturreservat. Området er et viktig rasteområde for våtmarksfugler, og de store strandengene har en interessant vegetasjon med stort innslag av arktiske og østlige planter.