Gjellerup var på nytt sosialdemokratenes gruppeleder i Folketinget i årene 2002–2005. Hun var medlem av Folketinget til 20. februar 2007. Hun forlot da politikken for å arbeide som leder av politisk avdeling i Danmarks Jurist- og Økonomforbund. I 2014 ble hun leder for det nyopprettede Center for Offentlig Innovation.