Santorini er en gresk øy i Egeerhavet. I 1627 f.Kr. opplevde øya en gigantisk vulkansk eksplosjon som skapte store flodbølger og ødela mange av de kystnære sivilisasjonene ved Middelhavet. Denne versjonen stemmer ikke med Platons versjon av Atlantis' fall, ved at, f.eks., Santorini ligger langt ifra Herakles' klipper. Det er allikevel mulig at den voldsomme naturkatastrofen kan ha gitt opphav til legender som senere har inspirert historiefortellere og filosofer som Platon. Et vulkanutbrudd av en viss størrelse vil bringe med seg rystelser i form av jordskjelv – noe havguden Poseidon ble ansett for å være ansvarlig for – og det virker sannsynlig at en slik naturkatastrofe kan ha gitt folk i nærliggende områder den oppfatningen at de hadde mistet gudenes gunst, slik legenden om Atlantis også beskriver.