Rupert kommenterte neste hele Bibelen. Dogmatiske, ordensrettslige eller hagiografiske emner berørte han bare i noen mindre skrifter. Særlig popularitet fikk hans frelseshistoriske epos . Den allegoriske og typologiske utlegning av Den hellige Skrift nådde et høydepunkt med Rupert av Deutz. Hans kommentar til profeten Esekiel ble det teologiske grunnlaget for maleriene av kirken i Schwarzrheindorf.