Skeel søkte erstatning ved å oppdra en mengde adelige gutter og piker i sitt hjem. I 1683 kjøpte hun Selsø, og fra sin far arvet hun Holbækgård, som hun opprettet til stamhus for sin brordatter. I 1698 kjøpte hun sammen med Margrethe Knudsdatter Ulfeldt, Sortebrødregaard i Roskilde med tilhørende gods som de året etter opprettet til Roskilde Adelige Jomfrukloster. Dessuten stiftet hun flere mindre legater, mest til fordel for fattige.