General Álvarez' styre ble kort på grunn av at Isidro Midel, kommandanten av Tetuan, en barrio av Zamboanga, samarbeidet med amerikanerne i bytte mot å få overta presidentvervet med sin kohort Datu Mandi. Han besørget så at major Melanio Calixto ble drept. Calixto var fungerende kommandant i Zamboanga mens Álvarez var på et besøk til øya Basilan for å rekruttere flere styrker. Den 16. november 1899 heiste Midel det hvite flagg over Fort Pilar for å signaliserte at de amerikanske okkupasjonsstyrker at det var fritt frem for dem å rykke inn i festningen når de så ville. Dermed var Álvarez' regjering styrtet. Álvarez og hans forbundsfeller måtte flykte til småbyen Mercedes ikke langt unna, og deretter til Basilan, og der gikk de i skjul. I desember 1899 kom kaptein Pratt fra det amerikanske 23. infanteri til Zamboanga og tok over Fort Pilar. Deretter ble den unge republikk et amerikansk protektorat, eller en marionettregjering med Midel som marionettpresident for om lag seksten måneder.