I 1584 ble Henrik av Navarra den nærmeste arving til den franske trone. Det hersket neppe noen tvil om Henriks formelle rett til å være tronfølger, men politisk stilte det seg annerledes. Katolikkene med Den katolske liga i spissen ønsket ikke hugenotten som konge. I 1585 sluttet kong Henrik III en avtale med lederen for Den katolske liga – Henrik av Guise – og utstedte et edikt som satte alle hugenotter utenfor loven. Etter dette brøt det ut ny borgerkrig i landet. I 1587 vant Henrik av Navarra en viktig seier over en katolsk hær i et slag ved Coutras. Likevel hadde Ligaen fremdeles stor makt og folkelig oppslutning. Henrik III ønsket imidlertid hevn over Henrik av Guise etter at den sistnevnte hadde fått stor makt og ydmyket kongen. I 1588 lot kongen Henrik av Guise drepe. Henrik III og Henrik av Navarra sluttet så forbund i kampen mot Ligaen, men Henrik III skulle ikke leve lenge. Han ble snikmyrdet av en munk i 1589. Dermed var Henrik av Navarra arving av Frankrikes trone.