To år etter ble han og 24 andre jesuittprester arrestert av Gestapo i Kraków og ført til konsentrasjonsleiren Auschwitz. Seks måneder senere ble de ført til konsentrasjonsleiren ved Dachau utenfor München, etter det ble tysk politikk å konsentrere alle katolske geistlige fortrinnsvis på ett sted blant annet for å motvirke deres virkning på medfanger og de mindre hardbarkede av leirvaktene. Han forble i Dachau resten av annen verdenskrig.