Islam er den dominerende religionen blant majoriteten av den albanske, bosnjakiske, goraniske og tyrkiske befolkningen, og hos noen av Romani-folket. Den serbiske befolkningen, estimert til til personer, er hovedsakelig serbisk-ortodokse. Anslagsvis 3 prosent av de etniske albanerne er romersk-katolske. Katolske samfunn er konserterte rundt de katolske kirkene i Prizren, Klina, og Gjakova. Protestanter utgjør mindre enn én prosent av befolkningen, og er stort lokalisert i byer, med de fleste finnes i Prishtina. Der finnes ingen synagoger eller jødiske institusjoner, og det er kun to kjente familier med jødisk avstamning. Antallet ateister eller de som ikke praktiserer noen religion er vanskelig å bestemme, og estimater er stort sett ikke troverdige. I grunnloven som er vedtatt den 9. april 2008, artikkel 8 heter det at Republikken Kosovo er sekulær, og at staten skal forholde seg nøytral i religiøse anliggender. Sekulariteten i Kosovo viser seg bl.a. gjennom et fobud mot hijab i grunnskolen (forbudet gjelder ikke ved høyere utdannings institusjoner da man har nådd myndig alder).