På holmene finnes jordsmonn flekkvis, ofte med små matter med ulike urte- og gressarter som er tilpasset de ustabile forholdene på holmene. Her finnes rester av atlantisk kystlynghei som tidligere utgjorde et felles kulturlandskap langs Europas atlanterhavskyst. Brakkvannsdelta finnes ved Nidelvas utløp og er et rikt og produktivt økosystem med ulike typer våtmark. Nasjonalparken har et rikt fugleliv, med store mengder fugler som raster og søker etter mat. Her finnes flere store hekkekolonier, særlig stormåke og storskarv, men også kolonier av fiskemåke som er nær truet, og makrellterne som er klassifisert som sårbar på Norsk rødliste for arter, 2015.