Balakhna ble grunnlagt i 1474 som . Etter at Khanen av Kazan jevnet den med jorda i 1536 ble det oppført et trefort for å beskytte bosetningen mot videre angrep fra tatarene. De tre påfølgende århundrene blomstret Balakhna som et senter for saltverk og kornhandel. Rundt Russlands urolige tider var den landets tolvte største by.