Hugdahl er Æresdoktor ved Universitetet i Turku (Åbo), Finland, 2009, samt innvalgt som utenlandsk medlem i Det Norske Videnskaps-Akademi 2001, samt innvalgt i Finlands Vitenskapsakademi, 2002, og Academia Europae 2024. Kenneth Hugdahl er to ganger tildelt European Research Council (ERC) Advanced Grant.