Under krigen, som ble kjent som , appellerte Stalins propaganda-apparat med stort hell til sovjetisk patriotisme. Stalin modererte for en periode også mange av undertrykkelsestiltakene, blant annet ble forholdene lettere for den ortodokse kirke som han tidligere hadde prøvd å knekke. Men hånd i hånd med denne nasjonale appell gikk Stalin også hardt til verks mot folkegrupper som han fryktet var eller kunne bli tyskvennlige. Slik ble blant annet krimtatarene, russlandstyskerne (volgatyskere) og tsjetsjenerne tvangsdeportert til tvangsarbeid i Sibir, også til områder der permafrosten umuliggjorde landbruk. Disse folkegruppene hadde enorme tapstall. Det gikk også hardt ut over armenerne og balterne. Blant de deporterte var også nordmenn fra Fiskarhalvøya og tilgrensende områder på Kolahalvøya.