Hans ledelse av jesuittene i Portugal var ikke særlig god, og det ble klaget på ham til ordensledelsen i Roma. Det førte til at han ble tilbakekalt dit, og – etter eget ønske – gransket og stilt for den ordensinterne retten i 1544. Hans tre dommere fant ham skyldig i «eksesser og manglende lydighet». Pater Ignatius av Loyola omplasserte ham til andre oppgaver i Italia og senere i Spania. Pater Rodrigues forsøkte iherdig å få kjennelsen mot seg omgjort, men uten hell, selv om han hadde mobilisert en rekke støttespillere. Etterhvert gav han opp.