Det har blitt funnet graver i Hammerfest, som kan dateres tilbake til steinalderen. I 1684 fikk Hammerfest sin første kirke og prest. Folketallet var da på rundt 60 personer. Byen beliggenhet gjorde at byen var et viktig sted for fiske og ishavsfangst, men mistet handelsretten etter befaling av kong Frederik V av Danmark-Norge. Dette fører til at Russland begynner å sende skip med korn til Hammerfest, den såkalte pomorhandelen. 17. juli 1789 fikk byen kjøpstadsrettigheter ved et kongelig dekret av Christian VII av Danmark-Norge. Hammerfest får sin første lege i 1792.