I 1836 ble han beordret til Australia og ankom Hobart den 5. august 1836 og Sydney 18 dager senere. Den 18. september 1836 forlot Port Phillip District (senere Melbourne) for å bringe kaptein Lonsdale og andre tjenestemenn til den nye kolonien. I løpet av de neste tre månedene utførte Hobson og hans offiserer en grundig kartlegging av Port Phillip, der den nordlige del av denne, etter anbefaling av guvernør Sir Richard Bourke, ble kalt Hobson's Bay, etter Hobson. Hans skip var involvert i opprettelsen av Williamstown. Han ble tilbudt stillingen som av Bombay Marine med en lønn på 2000 pund per år, men han hadde en forkjærlighet for Australia og var en kandidat til guvernør i Port Phillip, selv om lønnen ikke var forventet å være mer enn 800 pund per år.