Ryktet hans fortsatte å vokse i 2000/01-sesongen, og andre klubber var interessert i å hente ham. Men sommeren 2001 begynte Carr å få problemer med kneet sitt, og han måtte opereres. Operasjonen ble foretatt i september samme år. Han var ikke på banen i en eneste kamp i 2001/02-sesongen og han gikk også glipp av VM 2002. Det var ikke før i oktober 2003 at Carr var tilbake i trening og frisk. Etter hvert som han fant formen igjen, begynte andre klubber igjen å vise interesse for ham. Han var linket til Manchester United, men også Newcastle United var interesserte.