Letsie er utdannet ved grunnskoler i Lesotho og Storbritannia. I 1977 begynte han sin videregående utdannelse ved Ampleforth College i Storbritannia, der han fullførte i 1980. Han studerte deretter i fire år ved National University of Lesotho, der han i 1984 avla bachelorgrad i rettsvitenskap.