Da en enda større leir, Treblinka, ble satt opp, hadde Wirth en direkte rolle i reorganiseringen da den første kommandanten, Irmfried Eberl, ble erstattet av Franz Stangl. I Treblinka beordret Wirth SS-mannen Erwin Kainer til å sørge for at slavearbeiderne fjernet en likhaug som lå utenfor gasskamrene. Kainer fortvilte ved synet av et fem meter dypt lag med lik under en dyp saus av blod, larver og avføring, og valgte å skyte seg i stedet.