De neste årene rykket Alloa Athletic flere ganger opp og ned mellom nivå 2 og 3. Da ligaen ble omstrukturert til fire divisjoner i 1994, rykket klubben ned i nye Third Division (nivå 4). Flere opp- og nedrykk fulgte, og klubben rykket foreløpig siste gang ned fra nivå 2 i 2003.