Töpfer var fra 1972 medlem av CDU. Han var formann for CDUs lokallag i Saarbrücken fra 1977 til 1979, og medlem av delstatsstyret i CDU. Fra 1987 til 1989 var han formann for CDU i Rhein-Hunsrück, og fra 1989 til 1998 medlem av CDUs føderale styre og fra 1992 til 1998 også CDUs presidium (sentralstyre). Fra 1990 til 1995 var han formann for CDU i Saarland. Han var CDUs statsministerkandidat i Saarland i 1990 og 1994, men tapte begge ganger for Oskar Lafontaine.