Borneo er delt mellom tre stater. Hoveddelen er indonesisk, og omfatter de fire provinsene Øst-Kalimantan, Sør-Kalimantan, Vest-Kalimantan og Sentral-Kalimantan. I nord er de to malaysiske provinsene Sabah og Sarawak og utenfor kysten det føderale territoriet Labuan. Midt på nordkysten er også det selvstendige sultanatet Brunei.