Fra 1615 til 1773 kom rektorene ved Scots College fra Jesuittordenen. Etter at Jesuittordenen ble opphevet av Klemens XIV, ble Scots College administrert av ulike italienske prester fram til 1800, da den skotske sekularpresten Paul MacPherson overtok som rektor, en rolle han skulle inneha i totalt 38 år.. Siden har alle de følgende rektorene komme fra skotske sekularprester.