Etter at Filippinene kom under spansk herredømme i 1587 fryktet den japanske regjering imidlertid at den europeiske innflytelse kunne komme til å bli for sterk. Derfor bestemte Toyotomi Hideyoshi at alle utlendinger måtte forlate Japan. Men da han samtidig var interessert i gode handelsforbindelser med Portugal, fikk misjonærene fortsette sitt virke.