Fra mai 1882 til juli 1891 var Alcock tilsynsrådspresident for North Borneo Chartered Company. Således spilte han en viktig rolle i den prosess som førte til at området Sabah (da kalt Nord-Borneo) havnet under den britiske krone. Opprinnelig hadde området tilhørt dels Sultanatet Brunei og dels Sultanatet Sulu. I 1865 hadde den amerikanske konsul i Brunei, Charles Lee Moses, fra sultanen av Brunei en tiårs konsesjon for forvaltningen av territoriet Nord-Borneo. Dette var imidlertid rett etter den amerikanske borgerkrig og USA hadde ingen lyst til å etablere noen asiatiske kolonier. Dermed solgte Moses konsesjonen til det Hongkong-baserte . Da dette selskapet fikk økonomiske vanskeligheter overdro de rettighetene til konsulen for Østerrike-Ungarn i Hongkong, baron von Overbeck. Von Overbeck klarte å utvirke en fornyelse av tiårsoppdraget fra Temenggong (sultanen) av Brunei, og oppnådde den 22. januar 1878 en lignende overenskomst med sultanen av Sulu. For å kunne finansiere sine planer for Nord-Borneo fikk Overbeck finansiell støtte fra brødrene Alfred og Edward Dent. Imidlertid klarte ikke Overbeck å utøve myndighet over området. Von Overbeck trakk seg til slutt ut i 1880, og overlot kontrollen til Alfred Dent. Dent ble støttet av sir Rutherford Alcock og av admiral Sir Harry Keppel.