I 1368 opphørte forbindelsen mellom Tibet og Yuan Dynastiet (Mongolene). En serie geistlige og verdslige fyrster fulgte hverandre inntil overhodet for den religiøse ordenen Gelug, Dalai Lama, med hjelp av den mongolske fyrsten Gushri Khan overtok den verdslige makt 1642 og ble landets statsoverhode. I 1653 var Dalai Lama i Beijing, der det ikke-kinesiske mandsjudynasti hadde makten fra 1644. Etter mønster fra mongolertiden ble Dalai Lama nå betraktet som keiserens religiøse lærer, mens keiseren skulle være hans beskytter.