St. Franciskus Xaverius menighet ble etablert i Arendal i 1911; to år senere var det oppstart for St. Franciskus skole. I 1932 ble det bygget hospital på tomten, og skolen hadde da midlertidig tilhold i Arendal rådhus. I 1936 stod den nye St. Franciskus skole ferdig, og i 1962 utvidet menigheten skoledriften med førskole i skolens underetasje. I 1997 overlot St. Franciskus Xaveriussøstrene—bedre kjent som —klosteret (søsterhjemmet) til skolen, og de resterende nonnene flyttet til Maria Minde i Bergen. Med større lokaler vokste antallet elever, og i 1999 var det 65 elever fordelt på 1–7. klasse.