Rutesamarbeid er blitt kritisert fra forbrukerorganisasjoner og offentlige myndigheter siden avtalene ikke er transparente for passasjerene. Den reisende velger gjerne en lettvint og rask løsning, mens alternativer ofte kan kjøpes til en lavere pris. For kunden er non-stop- eller one-stop-forbindelser den mest tidseffektive løsningen. Alliansenes rutesamarbeid vil kunne gi dårligere løsninger både tidsmessig og økonomisk.