Francesco hadde allerede som tiåring blitt lagt merke til ved voldelig adferd. I 1566 ble han straffedømt for et angrep på sin fetter Cesare Cenci, senere ble han rettsforfulgt for ytterlige voldsepisoder av forskjellig slag. Francesco var biseksuell av adferd og siden ungdomstiden bemerket for mange seksuelle overgrep, hvorfor han flere ganger ble anmeldt og arrestert. Alvorlige problemer havdet han i ved sine homoseksuelle utsvevelser, som ble regnet som sodomi og strengt straffet som alvorlig kriminalitet. I 1570 ble han første gang stilt for retten for sodomi. De pengebøter han måtte ut med førte til vesentlig forringelse av formuen. Slik kom forsåvidt en del av de pengesummer som Francescos far hadde underslått, tilbake til den pavelige finanskasse.