Protagonisten i spillet er Solid Snake, et nytt medlem i FOXHOUND, en spesialenhet underlagt det amerikanske forsvaret, som blir sendt på sitt første oppdrag. Han får hjelp over radio av hans sjef, Big Boss, som gir ham informasjon og råd om oppdragsmålene og ulike gjenstander. I tillegg kan Snake få hjelp av den lokale motstandsgruppen, hvor Schneider gir informasjon om hvor viktige gjenstander befinner seg; Diane gir råd om hvordan man skal overliste bossene; og Jennifer, som hjelper Snake som en agent på innsiden. Blant gislene Snake redder, finner man Gray Fox, en FOXHOUND-agent som ble fanget under et tidligere oppdrag; Dr. Pettrovich, vitenskapsmannen som utviklet Metal Gear-våpenet; og doktorens datter, Ellen, som ble kidnappet for å utpresse hennes far.