Massedrap i spesielt anlagte leirer som Treblinka pågikk i stor skala først i Generalguvernementet, etter hvert også i fangeleiren Auschwitz som ble utvidet med et stort drapsanlegg. I Auschwitz ble fanger avlivet med Zyklon B. Det tyske regimet tok trolig den prinsipielle beslutningen om å drepe alle jødene høsten eller i desember 1941. Wannsee-konferansen, som skulle samordne det allerede pågående folkemordet, ble avholdt i januar 1942.