I 1805 ble han professor ved Universitetet i Erlangen, men flyktet året etter til Königsberg på grunn av Napoleons invasjon. Fichte vendte tilbake til Berlin i 1807 og holdt mellom 1807 og 1808 sine berømte taler til den tyske nasjon, . Han mente at nasjonal splittelse hadde gjort landet til offer for Napoleons herjinger. Fichte regnes derfor som en av grunnleggerne av den tyske nasjonalismen.