Byen oppstod rundt Augustenborg slott, bygget i årene etter 1651 av Ernst Günther, et medlem av huset Slesvig-Holsten-Sønderborg-grenen og kadett i det danske kongehuset. Slottet, og senere byen, ble oppkalt etter Ernsts kone Auguste som selv stammet fra det samme fyrstehuset som ham.