Det er først og fremst managerjobbene som har gjort han anerkjent, da spesielt fra tiden i Liverpool FC. Shankly tok over LFC som da lå i andre divisjon i 1959, og førte den tilbake til toppen av engelsk fotball. I løpet av sine 15 år i klubben vant han tre ligamesterskap, FA-cupen to ganger, samt UEFA-cupen, før han i 1974 overraskende gikk av som manager.