Aristoteles trodde selv på det guddommelige idet han forklarte verdens endelige årsak som en gud som var den ubevegelige beveger som satte igang naturens prosesser. Selv om rasjonalismen ikke betydde at religionen ble avvist medførte den forandringer i periodens religiøse forestillinger. Den tradisjonelle religion ble til et primitivt motbilde på den rasjonelle filosofi. Dette førte i noen tilfeller til en total avvisning av religion, som hos eksempelvis Epikur og i Kritias drama.