Kirken omtales første gang i 1346 som viet til Peter og Paulus. Et forbilde har vært Maria kirke i Lübeck. I middeladeren styrtet det første tårn ned og siden har kirken vært utsatt for flere ødeleggelser. Spiret stammer fra 1890. På samme sted sto tidligere en mindre kirke, omtalt første gang i 1269 og viet til Sankt Nikolai. I katolsk tid sto Sankt Petri sterk politisk og økonomisk, den eide f.eks. 1/6 av alle eiendommer i Malmø.