Follobanen berører kommunene Ski, Oppegård og Oslo direkte. De tre kommunene har detaljregulert hver sine delområder av den valgte traseen gjennom vanlige, kommunale reguleringsplaner. Reguleringsplanen for Oppegård ble godkjent av Oppegård kommune 15. november 2012. Reguleringsplanen for Ski ble godkjent av Ski kommune 5. desember 2012. Reguleringsplanen for Oslo ble godkjent av Oslo kommune 28. august 2013.