Giovanni Cheli ble etter vanlig katolsk presteutdannelse presteviet den 21. juni 1942 for bispedømmet Asti, av dets biskop Umberto Rossi. Han ble ungdomsprest for Den katolske aksjon, og dosent ved presteseminaret i sitt hjembispedømme. Etter fordypningsstudier ble han lisensiat i teologi og doktor i kirkerett.