FC Nantes har siden dens grunnleggelse hvert en av de større franske fotballklubber. Klubben står med åtte seriemesterskap mellom 1965 til 2001, samt tre cupmesterskap fra 1979 til 2000. Klubben nådde blant annet semifinalespill i Mesterligaen 1995/1996, hvor de til slutt ble slått ut av italienske Juventus med 3–4 sammenlagt. De spilte for øvrig også semifinale i Cupvinnercupen i 1980 mot Valencia CF, som vant sammenlagt og siden vant turneringen dette året. Fra 1992 til 2007 var klubben kjent under navnet , før den byttet til sitt nåværende navn i forkant av 2007/08-sesongen.