I 1998 instruerte Vatikanet ham om å ekskommunisere en prest som blant annet lot lekfolk forrette sakramenter som krever prestevielse; presten fikk sin menighetsassistent Mary Ramerman til å delta ved alteret under messen i prestelignende gevandter. Presten, James Callan, hadde også velsignet homoseksuelle parforhold, og invitert ikke-katolikker til å motta nattverden. Saken fikk stor oppmerksomhet, og overraskelse fra noe hold som fremholdt biskopen selv var kjent som utpreget liberal. Pave Benedikt XVI innvilget hans alderbetingede avskjedsøknad den 21. september 2012.