Favre og Packers fortsatte å dominere NFC i . Han ble utpekt til AP co-MVP med Detroit Lions' running back Barry Sanders, hans tredje tittel på rad. Ved sesongslutt hadde han 3 867 pasningsyards, 35 touchdownpasninger, 16 interceptions og en passer rating på 92,6. Green Bay avsluttet sesongen 13–3 og ble det eneste laget noensinne til å slå seks lag som skulle gå videre til sluttspillet. Green Bay gikk også gjennom sluttspillet for å nå Super Bowl for andre år på rad. Til tross for at de var favorittene til å vinne var det Denver Broncos som tok seieren i Super Bowl XXXII, 31–24 i Qualcomm Stadium i San Diego, som også var slutten på NFCs 13-årige seierrekke i Super Bowl. Favre fullførte 25 av 42 pasninger for 256 yards og tre touchdowns, med én interception og én fumble. Super Bowl XXXII ble Favres siste Super Bowl-kamp.