Rafiq meldte seg inn i Unge Høyre i 1992. Hun var 1. nestleder i Sentrum Unge Høyre 1992–1995, ansatt i Oslo Høyre som valgkampsekretær i 1995, 1999 og 2001 samt medlem av Oslo bystyre 1995–2001. Hun var Oslos første kvinnelige bystyrerepresentant av pakistansk herkomst da hun ble innvalgt som 20-åring. Allerede i 1996 var hun på tale som kandidat til Stortinget. Rafiq var innvalgt på Stortinget fra Oslo 2001–2005 og ble således Norges første faste stortingsrepresentant med ikke-vestlig innvandrerbakgrunn. Athar Ali og Shahbaz Tariq hadde tidligere møtt som vararepresentanter. Med dette ble hun også den første innvandrerkvinnen. I denne perioden var hun medlem av Stortingets familie-, kultur- og administrasjonskomité. Siden 2005 har hun vært vararepresentant til Stortinget.