Natt til 4. februar gikk amerikanske tropper gikk til angrep på filippinske styrker i og rundt Manila. Da erklærte Aguinaldo krig mot USA. Regjeringen måtte flykte nordover, og i november måtte de oppgi regulær krig og gikk over til geriljametoder. Aguinaldo ledet motstandskampen mot de overlegne amerikanske okkupantene inntil han ble tatt til fange i et amerikansk angrep mot hans hemmelige hovedkvarter i Palanan i provinsen Isabela den 23. mars 1901 av general Frederick Funstons styrker. Han aksepterte et tilbud om å unngå henrettelse dersom han avla lojalitetsed til USA.