Under krigshandlingene som fant sted i Haugsbygd under andre verdenskrig brente tyskerne hotellet til grunnen 16. april 1940. Søstrene Kronborg gjenreiste imidlertid hotellet. Den tyske okkupasjonsmakten opprettet mødrehjem på Klækken Hotell i 1942. Det ble drevet av den tyske, nazistiske velferdsorganisasjonen Lebensborn. Hotellet ble da fødehjem for ugifte, norske mødre når faren var SS-mann eller tysk soldat. Hotelldriften åpnet igjen i 1945, og stedet ble drevet videre av søstrene Kronborg fram til 1969, da det ble solgt til ekteparet Ruth og Finn Carlsen, hvis sønn Finn-Ove Carlsen fortsatt eier og driver hotellet.