Imidlertid ble de tre medlemslandene enige om å jobbe videre med mulighetene for et framtidig samarbeid. Disse møtene resulterte i at presidentene Daniel arap Moi i Kenya, Ali Hassan Mwinyi i Tanzania og Yoweri Museveni i Uganda senere undertegnet en avtale som sikret etableringen av , 30. november 1993. Avtalen ble signert i Arusha i Tanzania. En prosess med re-integrasjon ble innledet, med programmer for samarbeid innen politiske, økonomiske, sosiale og kulturelle områder, forskning og teknologi, forsvar, sikkerhet, juridiske og rettslige saksområder. Dette samarbeidet var i drift fra 14. mars 1996, da Sekretariatet for den Permanente Tresidige Kommisjonen (Secretariat of the Permanent Tripartite Commission) startet sin virksomhet i Arusha i Tanzania.