Mysen består av 6 % protein, myseproteinene består i hovedsak av de to proteinene β-lactoglobulin og α-lactalbumin. Små mengder blodserumalbumin og immunoglobuliner samt spormengder av for eksempel laktoferrin er også å finne. Mange av disse proteinene har attraktive ernæringsmessige, funksjonelle og også i noen tilfeller farmasøytiske egenskaper. Flere metoder benyttes for å utvinne disse proteinene, en kan også isolere enkeltproteiner. Myseproteinkonsentrater (WPC) produseres ved hjelp av ultrafiltrering, og de kan produseres med en proteinkonsentrasjon på 30-80 %. Disse konsentratene har gode funksjonelle egenskaper og benyttes som ingrediens i geleer, skum og emulsjoner.