Manolis Andronikos gjennomførte mange arkeologiske undersøkelser overalt i Hellas, men mest i Veria, Naousa, Kilkis, Khalkidiki og Thessaloniki, men hans viktigste forskninger ble gjort i Vergina. Det største øyeblikket i hans liv fant sted 8. november 1977, da han oppdaget ett av de viktigste arkeologiske funnene i hele det 20. århundre. Da fant han det som kan være graven til Filip II av Makedonia ved Vergina i prefekturet Imathia. Graven han identifiserte som Filips var uåpnet og inneholdt mange uvurderlige gjenstander, som for eksempel den gylne larnaks (gresk: Χρυσή Λάρνακα).