Mangnall sluttet i Manchester United og gikk direkte over til Manchester City. Hans siste kamp som ansvarlig for United ble spilt 7. september 1912 - mot nettopp byrivalen Manchester City. Det var allerede kjent at han skulle ta over City og media fokuserte på Mangnalls glede over å tape 0-1 hjemme på Old Trafford. Han var klubbsekretær/manager for Manchester City fra 1912 til 1924, men kun i åtte sesonger på grunn av første verdenskrig.