Mens Fredrik krysset elven Salef (dagens Göksu) i Taurusfjellene den 10. juni 1190, skled Fredericks hest og kastet ham mot steinene; han druknet da i elven. Det var et enormt tilbakeslag for korstoget. Etter dette vendte mye av hæren hans tilbake til Tyskland sjøveien i påvente av det kommende keiserlige valget. Keiserens sønn, Fredrik av Schwaben, ledet de resterende 5000 menn til Antiokia ved Orontes. Der ble keiserens kropp kokt for å fjerne kjøttet, som deretter ble gravlagt i St. Peters kirke; hans bein ble lagt i en pose for å fortsette korstoget. I Antiokia ble imidlertid den tyske hæren ytterligere redusert av sykdom og feber. Unge Fredrik måtte be om hjelp fra sin slektning Konrad av Montferrat for å føre ham trygt til Akko via Tyr, hvor farens bein ble gravlagt. Mens den keiserlige hæren ikke nådde målet om å erobre Jerusalem, erobret den hovedstaden i det seldsjukkiske tyrkiske Rum-sultanatet og hadde påført tyrkiske styrker betydelig skade, med mer enn 9000 tyrkiske soldater drept i alle slag og trefninger til sammen.