Hun tilbrakte sine første leveår i Milano, der faren residerte som visekonge av Italia. Etter Napoleons abdikasjon dro familien til Bayern og søkte tilflukt hos Amélies bestefar. Denne eleverte den 14. november 1817 hennes far til hertug av Leuchtenberg og fyrste av Eichstätt, slik at familien skulle ha inntekter å leve av. Samtidig frasa foreldrene seg navnet Beauharnais, for å dempe den åpenbare forbindelsen til Napoleon, som var falt i unåde, og bosatte seg med barna i München, i Palais Leuchtenberg i München. Der tilbrakte Amélie resten av barndomsårene.