Med starten av den tyske offensiven den 6. april ble situasjonen raskt forvandret om til det verste for den greske marinen. Det tyske Luftwaffe straks tok luftherredømme, og dermed omgjorde den nordlige del av Egeerhavet til et meget farefullt sted for de allierte krigsskipene. Etter mindre enn en uke måtte det greske flaggskipet «Averof» 12. april sette kurs for Alexandria fra Thessaloniki. Det fungerende flaggskipet, destroyeren «Georgios I» som hadde ledet operasjonene under krigen, ble meget sterkt skadet av de tyske bombene.