Deportasjonene ble påbegynt i det nordøstre hjørnet, som lå nærmest Østfronten. Arbeidet i sone I ble planlagt på et møte i Munkacs 12. april ledet av Endre. Til stede var toppledelsen i den sivile administrasjonen for byer og fylker, og ledelsen for politi/gendarmeri i området. Interneringen begynte 16. april. Politiet vekket familiene tidlig om morgenen og ga dem få minutter til å ta med klær og litt mat, før de ble drevet til interneringsleirer og gettoer. Vaktene, som var gendarmer eller politiet, var generelt brutale, og det forekom at internerte ble torturert til å avsløre hvor de hadde gjemt verdisakene. Arbeidet ble 24. april inspisert av Eichmann, Wisliceny og Endre. På denne reisen ble prosedyrene for gjennomføring av deportasjonene finpusset, blant annet opplegg for overføring av jødene til tyskerne i Košice (Kassa). Innenriksminister Andor Jaross informerte i regjeringsmøtet 17. mai 1944 om at deportasjonene var godt i gang.