I 2018 stilte Waltz til guvernørvalg, et valg han vant. 7. januar 2019 ble han innsatt som guvernør. I 2020 uttalte han seg, som guvernør i staten, om drapet på George Floyd og sa han ønsket rettferdighet. Opptøyene som fulgte drapet fikk president Donald Trump til å si at «When the looting starts, the shooting starts», noe Walz kalte «lite hjelpsomt». I et telefonmøte med flere guvernører roste Trump Walz for hans håndtering av opptøyene. Walz tok etter dette initiativ til nye regler for politiet i staten, noe han ikke fikk gjennomslag for i første omgang, men som ble vedtatt senere.