Da Christofer Columbus kom til Puerto Rico på sin andre reise til den nye verden, var øya befolket av taino-indianere. Disse kalte øya for Borikén. Spanjolene ga øya navnet San Juan Bautista til minne om Johannes Døperen. Senere endret de navnet til Puerto Rico, som betyr rik havn. Puerto Ricos første guvernør var Juan Ponce de León.