I 1899 ble Dreyfus hentet tilbake til Frankrike og en ny rettssak. Den intense politiske og juridiske skandalen hadde splittet det franske samfunnet mellom de som støttet Dreyfus, nå kalt for «dreyfusarder», som Anatole France, Henri Poincaré og Georges Clemenceau, og de som fordømte ham, «anti-dreyfusardene», slik som blant annet Édouard Drumont, utgiver av den ekstremt antisemittiske avisen . Utfallet av den nye rettssaken var at Dreyfus igjen ble kjent og ble dømt til ti års fengsel, men han ble snart benådet og løslatt. Etterhvert ble det bevist at anklagene mot Alfred Dreyfus var ubegrunnet og at det franske militæret hadde dekket den virkelige skyldige. I 1906 ble Dreyfus frikjent for alle anklager og gjeninnsatt i den franske hæren som major, men uten erstatning for de tapte årene i fengsel. Han tjenestegjorde gjennom hele første verdenskrig.