Melchior Miguel Carneiro trådte inn i jesuittordenen den 25. april 1543. Hen ble i 1551 utnevnt til den første rektor for kollegiet i Évora, og kort etter overført til rektoratet for kollegiet i Lisboa. I 1553, da pater Simão Rodrigues, ordenens første provinsial i Portugal, ble kalt til Roma for å svare på anklager som var blitt rettet mot hans styremåte, utså visitatoren, Nadal, Carneiro til en ledsager for ham.