På reisens gang ble størstedelen av besetningen rammet av sykdommer, fremfor alt skjørbuk, og derfor ble Bouvet tvunget til å avbryte reisen. Ekspedisjonen satte kurs østover for å ta seg til Kapp det gode håp der de ankom den 24. februar, og den 24. juni 1739, etter fire måneder, nådde de atter Lorient.