Stoltenberg fikk sin første statsrådspost høsten 1993, da han overtok ledelsen av Nærings- og energidepartementet etablert samme år, i Gro Harlem Brundtlands tredje regjering. En viktig oppgave var å avklare Norges forhold til EU når det gjaldt oljepolitikken. Unionen var i ferd med å utvikle et oljedirektiv, og det var forhandlinger om hvordan dette – med grunnlag i EØS-avtalen – skulle implementeres i Norge, som var områdets eneste store oljeproduserende land med de særlige interesser dette medførte. Stoltenberg og regjeringen valgte å ikke kreve unntak fra oljedirektivet. I stedet ble regjeringen enig med EU om et spesielt tillegg til den norske tiltredelseserklæringen til Maastricht-traktaten. Stoltenberg mente at dette ville være en tryggere og mer varig løsning enn unntak fra et direktiv som senere kunne endres.