Det finnes flere versjoner av det som skjedde. Noen sier at sersjanten var nervøs og måtte tvinges inn i skolebygningen. Andre sier at sersjanten nektet å se Guevara i øynene, og at han deretter skjøt Guevara i halsen. Versjonen som får mest støtte er at Guevara ble skutt flere ganger i beina og i kroppen for å unngå skader i ansiktet som kunne forhindre identifisering. Det sies også at Che Guevara hadde noen siste ord til sin bøddel. Det påstås at han skal ha sagt: «Jeg ser at du er kommet hit for å drepe meg. Men så skyt da, din kujon, du kommer bare til å drepe en mann». Mario Terán har allikevel aldri bekreftet dette utsagnet, og var attpåtil alene med Che Guevara under henrettelsen.