Motzfeldt ble født inn i familien Motzfeldt i Danmark i 1660, antagelig København, ettersom hans far Peter Motzfeldt var bosatt der. Han ble gift i Jylland i Danmark med Kirstine Hansdatter Schade eller Calundborg. Hun var datter av en rektor i Roskilde, Hans Pedersen Schade eller Calundborg og Bodil Danclefsdotter. Motzfeldt ble gift for andre gang med Anne Sophie von Mühlheim. Han fikk sønnen Peter Jakob Motzfeldt (1699–14. mars 1791) som også ble generalmajor. Motzfeldt døde i Danmark i 1732.