Tilfeldig utnevnt som kommandant over Englandsarméen ble Desaix snart av Bonaparte overført til ekspedisjonsstyrken han avsatte til felttoget mot Egypt. Det var Desaix' divisjon som fikk møte hoveddelen av mamelukkenes angrep i slaget ved pyramidene, og hans anseelse vokste ytterligere efter seirene over Murad Bey i Øvre Egypt. Blant fellāhene ble han kalt «den rettferdige sultanen». Da Bonaparte overlot befalet til Kléber og forberedte sin retur til Frankrike var Desaix med i det lille selskapet som ble utnevnt for å følge ham tilbake til Frankrike. Av ulike årsaker drøyde det i flere måneder før han kunde slutte seg til Bonaparte.