Mat skal ikke inneholde mikroorganismer, toksiner eller metabolitter i mengder som innebærer en uakseptabel helserisiko. Eksempler på mikroorganismer som utgjør en helserisiko er som kan vokse på overflaten av ost (spesielt i ost ystet av upasteurisert melk), og toksiner fra bakterien som kan vokse i melk. Diverse ufarlige organismer kan også være uønsket av økonomiske grunner fordi forringelse gir produkttap og svekket omdømme for produsenten.