Etter et knapt år var selvstyret over, for den 17. mars 1900 landsatte amerikanerne styrker i Tagbilaran for å overta kontrollen under Den filippinsk-amerikanske krig. Boholanoene organiserte seg til motstand. De blodige kampene pågikk i flere måneder. Den 23. desember 1900 overgav boholanerne seg.