I arbeidene fra tiden etter 1968 rettet han oppmerksomheten mot forholdet mellom makt og kunnskap. Selv beskrev han sin metode fra denne tiden som genealogi, et begrep han hentet fra Nietzsche. Undersøkelsene om makt og kunnskap var konsentrert om institusjoner som siden starten av 1800-tallet har påvist en særlig slående kombinasjon av maktutøvelse og kunnskapsproduksjon, som fengselet, psykiatrien og retten. I sine siste større arbeider undersøkte Foucault den menneskelige seksualiteten som et sted der makt og kunnskap møttes i en særlig intim forbindelse. I bind to og tre av viser han hvordan seksualiteten i antikken hadde vært et område der mennesket var forventet å gjøre et arbeid på, eller utøve en styring av, seg selv (gjennom det han kalte «selvteknologier»). Denne selvstyringen, formulert gjennom etikken, ble et sentralt tema i den siste delen av forfatterskapet hans.