Fairley ble utdannet ved University of Melbourne, før han sluttet seg til Australian Army Medical Corps i 1915. Han forsket på en epidemi av hjernehinnebetennelse som forekom i hærens treningsleirer flere steder i Australia. Fairley var med på å utvikle tester og behandling for forskjellige alvorlige sykdommer. I mellomkrigstiden ble han mest kjent som en ekspert på tropiske sykdommer og medisin for disse. Fairley var tilbake i den australske hæren under den andre verdenskrig. Han mottok Buchananmedaljen i 1957 for hans prestasjoner innenfor medisinsk vitenskap.