Institusjonen ble ledet av en såkalt (generalinkvisitor). Den siste av dem ble utnevnt i 1792. Systemet ble også brukt som en slags folketelling, og selv etter at kristendommen ikke utgjorde noen trussel lenger (mot midten av det 17. århundre), fortsatte opptellingen de fleste steder til slutten av Tokugawa-perioden, og noen steder helt til den første folkeoptellingen fant sted i det moderne Japan i 1872.