Området ble annektert av Tyskland 22. mars 1939. Etter den tyske overtakelsen ga gauleiter Erich Koch ordre om at alle jødiske innbyggere måtte forlate byen innen 14 dager. Omkring 9000 jøder flyktet til Litauen og der de to år senere ble innhentet ved den tyske invasjonen av Sovjetunionen. Litauen var annektert av Sovjetunionen som følge av Molotov-Ribbentrop-avtalen. Tyske styrker krysset delelinjen mellom Memelland og de øvrige Litauen 22. juni 1941 ved invasjonen av Sovjetunionen. De første massakrene på jøder skjedde i Gargždai (litt øst for Klaipėda) da tyske styrker og politi henrettet 201 mennesker to dager etter invasjonen. Politi fra Memel deltok i massakrene som innledet Holocaust i Litauen. Det er ikke påvist noen skriftlige ordrer om å drepe alle jødene i de erobrede områdene i øst før Barbarossa ble satt i gang.