Umiddelbart etter krigen ble ikke jødene nødvendigvis betraktet som ofre for en særlig urett: Det var først og fremst landet som helhet som ble regnet som offer. Mens det var utenlandske gjerningsmenn sammen med en liten gruppe innenlandske kollaboratører som hadde begått urett mot det slovakiske folket. Overlevende jøder opplevde i en del tilfeller fiendtligheter og vold fra andre innbyggere da de vendte hjem. De måtte også overbevise myndighetene om at de hadde vært lojale mot republikken Tsjekkoslovakia for å unngå ny deportasjon som «tyskere» eller «madjarer» i henhold til Beneš-dekretene. Tyskspråklige innbyggere ble regnet som tyskere ifølge dekretene og sto dermed i fare for å miste statsborgerskap og bli utvist. I de jødiske skolene i Bratislava var det vanlig å bruke tysk som undervisningsspråk. Karpato-Ruthenia ble annektert av Sovjetunionen og mange gjenværende jøder flyttet deretter vestover i Tsjekkoslovakia. I etterkrigstiden ønsket mange jøder å utvandre fra Tsjekkoslovakia, blant annet etter antijødisk voldsbruk i Bratislava og etter kommunistenes maktovertakelse i 1948. I forbindelse med Slánský-prosessen var det en omfattende anti-semittisk kampanje. I juli 1949 var det jøder i Slovakia og av disse hadde registrert seg for utvandring. Ved utgangen av 1949 var det bare noen få tusen jøder igjen i Tsjekkoslovakia.