Året derpå vendte han tilbake til Roma og deltok i konklaven. Grunnet innblanding fra verdslige herskere, og kardinalenes neglisjering av bestemmelsem om deres pålagte isolasjon fra den ytre verden under pavevalgte, ført til at denne konklaven ble det lengste på 1500-tallet. Etter en nær fire måneder lang konklave ble han valgt til pave og tok navnet Pius IV. Med navnet Pius (=de) mente han å avgrense seg mot sin forgjengers rigorøse politikk.