Etter den nazistiske maktovertagelse i 1933 fikk Philippson undervisningsforbud og i 1938 ble han fratatt sitt pass. I juli 1941 konfiskerte Gestapo familiens hus og i juni 1942 ble han sammen med hustruen Margarete og datteren Dora sendt til konsentrasjonsleiren Theresienstadt. Philippsons vennskap med Sven Hedin medvirket imidlertid til at familien kunne overleve frem til de ble befridd i mai 1945.