Han ble da satt fri på grunn av løftet fra den britiske regjeringen om å oppgi forsøk på å intervenere i intern politikk i Afghanistan. Da han returnerte fra Hindustan, ble Dost Mohammed mottatt i triumf i Kabul, og han satte i gang med å gjenbygge sin autoritet. Fra 1846 fornyet han sin fiendtlige politikk mot britene og allierte seg med sikhene. Men etter hans alliertes nederlag ved Gujarat 21. februar 1849, forlot han sine idéer og ledet sine tropper tilbake til Afghanistan. I 1850 erobret han Balkh, og i 1854 fikk han kontroll over de sørlige afghanske stammene ved å erobre Kandahar.