Katolikos-tittelen går tilbake på den assyriske biskopen av Selevkia-Ktesifon, som fra 300-tallet ble omtalt som . Den syrisk-ortodokse kirke videreførte tittelen inntil 1860. Den malankarisk-ortodoks-syriske kirke gjeninnførte tittelen i 1912 og løste seg dermed fra den syrisk-ortodokse kirke, som ikke anerkjente tittelens nye innehavere som rettmessige etterfølgere. Den syrisk-ortodokse kirkens synode gjeninnførte tittelen i 1964, i en periode da de to kirkene var gjenforent (1958–1975). Også etter det endelige bruddet mellom kirkene i 1975 ble tittelen videreført, men endret til i 2002.