Rundt to tredjedeler av landet er i Karpatene, nærmere bestemt Vest-Karpatene. Karpatene begynner ved Lillekarpatene i vest og fyller opp de nordlige og sentrale delene av landet. Blant de viktigste fjellene er De hvite Karpatene, Fatra-fjellene, Tatrafjellene, De slovakiske malmfjellene og Vihorlat.