Flaggermuskasser er også gunstig å henge opp hvis man har en uønsket flaggermuskoloni i et hus. De trange spalterommene føles tryggere enn et åpent loft, så det kan motivere flaggermusene til å flytte ut av huset og over i kassa. Der kan de dessuten lett observeres fra undersiden av kassa og opp i spalterommene.