Etter 1956 gikk Hills akademiske karriere framover. Hans forskning på engelsk historie på 1600-tallet ble i omfattende grad kjent og anerkjent. Det var også det samme året hans første akademiske bok ble utgitt, . Forskningen var basert på studiet av skriftlige kilder tilgjengelig i biblioteket Bodleian Library og på sekundære arbeider som var blitt gjort av andre historikere framfor forskning i tilgjengelige arkiver. I 1965 ble Hill valgt til rektor av Balliol College, en posisjon han holdt fra 1965 til 1978 da han pensjonerte seg (han ble erstattet av Anthony Kenny). Blant hans studenter var Brian Manning som kom til å utvikle en forståelse av den engelske revolusjon.