Lecters anbefalinger og karakterer gjør at han får turnustid ved Johns Hopkins Hospital hvor han blir uteksaminert i medisin. Han slår seg etter hvert også ned i Baltimore. Han etablerte en psykiatrisk praksis i byen på 1970-tallet og ble en ledende skikkelse i Baltimores sosietetskrets. Han finansierer sin livsstil ved å overtale sine pasienter til å etterlate ham penger i testamentene sine. Han ble verdenskjent som en briljant klinisk psykiater, men han hadde lite til overs for psykologi. Han sa senere at han ikke engang vurderte det som vitenskap og avfeide det som barnslig. Han kommenterte at psykologiske avdelinger var fulle av «radioamatører og utilstrekkelige personligheter».