Han var medlem av det tanzaniske enhetspartiet Chama Cha Mapinduzi (CCM). Siden slutten av 1980-tallet har Lowassa fungert i forskjellige ministerstillinger, og fungert som minister for vann og kvegdrift fra 2000 til 2005. Fra 1990 var han også medlem av det tanzaniske parlamentet. – I 1997 ble han utnevnt til minister ved visepresidentens kontor med porrteføljen for miljø og fattigdom.