Etter 1300-tallet opplevde den egyptiske kirke en nedgang i ånd og antall. Det osmanske rikets dominans over Egypt på begynnelsen av 1500-tallet synes å ha akselerert nedgangen. Produksjonen av koptiske skrifter minsket til en ubetydelighet, noe som var en indikasjon på at koptiske bøker ikke lenger var i bruk i kirken. Tradisjonen gjorde at koptisk fortsatt var i bruk i liturgien, men i mindre utstrekning enn før. En tysk reisende ved navn Vansleb konkluderte etter å ha observert en gammel mann snakke koptisk at når denne mannen døde ville språket dø med ham. Observasjonen var kanskje ikke helt nøyaktig, men ga en indikasjon på at egyptisk-arabisk hadde erstattet koptisk som talespråk blant egyptiske kristne.