Allerede i 13-årsalderen ble Franzén student ved Kungliga Akademien i Åbo til tross for at faren helst så ham gå i slektens fotspor. Det han opplevde og lærte på universitetet gjorde at han bare kortvarig forsøkte å følge farens ønske. I 1790 begav han seg til Uppsala universitet der han studerte Immanuel Kant og Daniel Boëthius. Tilbake i Åbo disputerte han i 1791 med som gjorde at han ble utnevnt til dosent året etter. I 1793 debuterte han som poet i . Samme år utgav han .