Han tok avstand fra skriftene til kirkefaderen Origenes fra Alexandria etter at disse var blitt oversatt til latin. Dette ble nok fremskyndet av at han våren 400 fikk et brev fra patriarken av Alexandria, Theofilos, som beklaget seg over alt det onde Origenes' skrifter skulle ha ført med seg. Videre var disse også fordømt i Egypt. Anastasius innkalte da til en synode som fordømte Origenes' skrifter. Like etter sluttet også keiseren seg til dette vedtaket.Som sin forgjenger pave Siricius gjorde Anastasius mye for å oppretholde et godt forhold til biskopen i Thessalonika, slik at prefekturet Illyria ble værende under den romerske kirkes innflytelse. Pave Anastasius brevvekslet også med biskopene i Nord-Afrika. De ønsket tillatelse til å gi donatistiske geistlige adgang til embeder, ettersom det var mangel på prester, men dette fikk ikke støtte fra paven. Anastasius innførte forbud mot at personer med kroppslig lyte fikk tre inn i geistligheten, og dessuten ordningen med at menigheten under gudstjenesten skulle stå oppreist under opplesningen av evangeliet.