Kardinal Etchegaray ble i stor grad benyttet som pavelig spesialutsending ved særlig alvorlige internasjonale kriser. Pave Johannes Paul II sendte ham blant annet på freds- og formidleroppdrag til det beleirede Sarajevo, til det borgerkrigsrammede Mosambik, det beleirede Betlehem (krisen i Fødselskirken), og i 2003 til Irak.