Emilie Mundt tilbrakte den førstes delen av barndommen på Sorø, der faren, Carl Emil Mundt, var professor ved Sorø Akademi. Faren var medlem av Den Grundlovgivende Rigsforsamling, og Emilie var vant til politiske diskusjoner hjemme. Hun ble tidlig politisk interessert. Da hun var tre år gammel, døde moren, og faren flyttet med barna til København. Emilie ble der skrevet inn på N. Zahles skole. Skolen ble stiftet av Natalie Zahle i 1851, og Emilie fikk, etter datidens forhold, en progressiv pedagogisk kvinneutdannelse. Hun fikk ros av tegnelæreren for sine gode tegneferdigheter, og etter avlagt eksamen som privatlærer i 1861, fortsatte hun som tegne- og skrivelærer ved skolen.