Ideen til ekspedisjonen kom allerede i 1783 fra Thomas Jefferson, og da han i 1801 ble USAs president, beordret han sin privatsekretær Meriwether Lewis (1774–1809) å utrede forutsetningene for en slik ekspedisjon. Kongressens godkjennelse for en første plan ble stemt igjennom den 18. januar 1803. Som et ledd i den store planen gjennomførte USA den 30. april samme år kjøpet av Louisiana fra Frankrike, og noen uker etter denne handelen skaffet Jefferson en sum på 2 500 dollar fra kongressen for å utruste en ekspedisjon mot Stillehavet. Da kongressen bevilget pengene, ble Lewis utsett til ekspedisjonens leder, og han skaffet for sikkerhets skyld ytterligere en leder, barndomsvennen William Clark (1770–1838). De rekrutterte sammen ekspedisjonens deltagere. Som Clark, var de fleste yrkesmilitære.