Han var eldste sønn (hans tvillingbror Bredo døde 2 år gammel) av den norske adelsmann Bredo von Munthe af Morgenstierne og Anna Dorothea Truelsdatter Smith (1714-1777), og ble i 1765 sekondløytnant i Sjøetaten, mens han i 1769 sammen med broren Caspar Wilhelm, gikk i russisk krigstjeneste. I 1777 var han vendt hjem igjen og ble utnevnt til kapteinløytnant, og året etter overlos og havnemester i Christiansted på St. Croix. Senere samme år ble han forfremmet til kaptein, 1782 til kommandørkaptein og endelig etter hjemkomsten igjen i 1804, til kommandør.