Alejandro Aclan var det tredje av åtte barn født av Geronimo og Emerenciana Aclan. Hans far Geronimo tjenestegjorde som pilot i Philippine Army Air Corps under andre verdenskrig og regnes som krigshelt på Filippinene. Før Aclan begynte på High School, flyttet familien fra Manila til Makati. Mens han gikk på en skole som ble drevet av salesianerne, tenkte han på å bli prest. Etter å ha fullført videregående begynte Aclan på University of Santo Tomas i Manila for å studere medisin, men ble i stedet uteksaminert i 1971 med en grad i medisinsk teknologi.. Etter endt utdanning underviste Aclan ved universitetet i en periode, og begynte deretter å arbeide for selskaper som programmerer og systemanalytiker. Han nådde etter hvert mellomlederstillinger for San Miguel Corporation og Citibank Philippines.