Fra juni 1933 var Stuckart statssekretær i det prøyssiske vitenskapsministeriet, i 1934 statssekretær i ministeriet for vitenskap, ut- og folkedannelse, i 1935 statssekretær i riksinnriksministeriet og ansvarlig for den juridiske utformingen av Nürnberglovene. Stuckart representerte innenriksminister Wilhelm Frick ved Wannseekonferansen i januar 1942, der den tyske ledelsen diskuterte «den endelige løsningen på jødespørsmålet».