Reformasjonen gjorde sitt inntog i Konstanz i 1520-årene, ledet av Ambrosius Blarer, og like etter erklærte byen seg offisielt for protestantisk. Biskopen ble da midlertidig flyttet til Meersburg, en liten by på den andre siden av innsjøen. Byen fulgte først Confessio Tetrapolitana, og så Confessio Augustana. I 1548 gjorde Keiser Karl V byen fredløs gjennom en såkalt riksakt («Reichsacht»), og byen måtte overgi seg til Erkehertugdømmet Østerrike (Huset Habsburg). Konstanz mistet dermed sin status som fri riksstad.