Snowdonias betydning i forbindelse med vern av dyrelivet i området reflekteres ved at nesten 20% av nasjonalparkens totale areal er vernet ved lov av Storbritannia og EU. Halvparten av det arealet ble vernet av regjeringen som spesielt viktig verneområde under EUs habitatdirektiv. Sjeldne pattedyr i parken inkluderer oter, ilder, og villgeit, mens mår ikke har blitt observert på mange år. Sjeldne fugler inkluderer ravn, vandrefalk, fiskeørn, dvergfalk og glente.