Andre gang han var i Norge var i 1237–39. Dette var delvis for å komme unna Island, på grunn av forholdene der under Sturlingtida. Snorre hadde mange fiender på Island på grunn av sin makt og rikdom. Han oppsøkte sin venn Skule, men siden sist hadde Håkon formelt blitt valgt til konge, på riksmøtet i Bergen i 1223. Skule planla et opprør mot Håkon, og siden Snorre støttet Skule, ble han stemplet som forræder. Snorre forlot Norge i 1239, mot kongens forbud. Året etter gikk Skule til åpent opprør mot kongen, men tapte og ble drept. Deretter ga kong Håkon Snorres uvenn og tidligere svigersønn Gissur Þorvaldsson i oppdrag å drepe Snorre. Gissur og en flokk andre menn oppsøkte Snorre på gården Reykholt og drepte ham den 23. september 1241.