Jørgensen var instituttleder i 1993–1995 og seksjonsleder for seksjon landskapsarkitektur 1996–2007. Han satt i styrene for Stiftelsen Norsk Arkitekturmuseum og Stiftelsen Norsk Form og var styremedlem i ECLAS (European Council of Landscape Architecture Schools). Han var også styremedlem i Erasmus-nettverket Le:Notre. Han var grunnlegger og redaktør av det internasjonale tidsskriftet .