Willekens spilte en viktig rolle i kirkelivet i Nederlandsk Ostindien under Andre verdenskrig. Som diplomatisk representant for Den hellige stol mæt han diplomatisk immunitet, kunne han ikke bli internert – slik det skjedde med det andre hvite presteskapet. Resultatet ble at kirkeledelsen nesten utelukkende tilfalt ham. Han høstet mye respekt på grunn av sin måte å handle på.