På 1790-tallet allierte Johnson seg med de som støttet den franske revolusjonen, og han utga deretter et økende antall politiske pamfletter foruten , en fremtredende tidsskrift som ga britiske reformtilhengere en stemme i den offentlige debatten. I 1799 ble han tiltalt på anklagen for opprørsk ærekrenkelse etter å ha utgitt en pamflett av den unitariske presten Gilbert Wakefield. Etter å ha sittet seks måneder i fengsel, dog under relativt gode forhold, utga Johnson færre politiske verker, men han var fortsatt ganske suksessfull. I det siste tiåret av hans karriere søkte han ikke like mange nye forfattere, men vendte seg mer mot å utgi samlede verker av konvensjonelle forfattere som blant annet William Shakespeare.