Etter at spanske conquistadorer hadde erobret den sørlige delen av inkariket satte de inn et erobringstokt mot Ecuador fra sør med assistanse fra styrker fra cañari, og Quito falt i 1534. Området kom inn under visekongedømmet Peru. På 1600-tallet opplevde økonomien i landet framgang ved å bruke innfødte som arbeidskraft i tekstilindustrien.