Domstolen i Bosnia-Hercegovina ble opprettet i 2002. Den er en domstol som dømmer på øverste føderale nivå, det vil si Bosnia-Hercegovina. Domstolen har en avdeling for strafferett og en avdeling for forvaltningsrett, samt en ankeavdeling. Strafferettsavdelingen behandler større saker som krigsforbrytersaker, korrupsjonssaker og organisert kriminalitet. Forvaltningsavdelingen behandler saker i tvistespørsmål mellom entitetene og i saker etter valglovene. Ankeavdelingen behandler anker over dommer avgjort i de to øvrige avdelingene. Domstolen behandler ikke anker over dommer avsagt i entitetene.