I den andre tørkefasen skal vannmolekyler fjernes som er sterkere bundet til andre bestanddeler i maten. Selve isen er fjernet i første tørkefase. Temperaturen holdes en del høyere enn i den første fasen, og trykket er enda lavere, ned under en hektoPascal. Vanninnholdet på slutten av prosessen er 1-4%, noe som er ekstremt lavt.