Byen ble grunnlagt på 1100-tallet, og ble etterhvert en viktig handelsby. Jaisalmer lå aldri direkte under Mogulriket eller Britisk India, men var et uavhengig fyrstedømme. Byen gikk inn i India ved Indias uavhengighet fra Storbritannia, men utskillelsen av Pakistan gjorde at Jaisalmer ble liggende i bakleksa ikke langt unna grensen.