Verdenscupsesongen 2019/20 startet med suveren seier til Klæbo på sprint klassisk i Ruka, og han vant minitouren i Ruka sammenlagt. Han vant sprinten i Davos i fristil før jul. Klæbo kom på 3.- plass sammenlagt i Tour de Ski 2019/20 bak Aleksandr Bolsjunov og Sergej Ustjugov.