Donald og Langbein bruker et «Gummi Ship» for å reise til Traverse Town hvor Sora har ankommet. Sora støter på skyggeskapningene igjen og møter Leon som forklarer at skyggeskapningene er Heartless, vesener som sluker hjerter, og at Keybladet er det eneste våpenet som er i stand til å beseire dem. En mann kalt Ansem, lederen av Leons hjemverden, skal ha studert Heartless. Sora møter Donald og Langbein og de tre bestemmer seg for å reise sammen: Donald og Langein for å finne Mikke, og Sora for å finne Kairi og Riku. De tre drar til flere nivåer som er basert på Disney-filmer og oppdager at Keybladet også låser nøkkelhull; passasjer som Heartless bruker for å ta hjertet til en verden. En gruppe Disney-skurker, ledet av Malefika, oppsøker de syv «Princesses of Heart» for å låse opp nøkkelhullet som fører til «Kingdom Hearts», et lager av kunnskap og makt og kilden til alle hjerter. Denne gruppen inkluderer Riku, som har blitt lovet hjelp med å finne Kairi av Malefika. Hun forteller Riku at Sora har forlatt ham og Kairi til fordel for nye venner og Keybladet. En stadig fiendtligere innstilt Riku finner Kairis kropp, men kan ikke finne hjertet hennes.