I 1990 fødte Byamugishas første kone, Kellen, datteren Patience, og begge foreldrene hadde kommet inn på videre studier i Storbritannia. Disse planene ble endret da Kellen fikk brystsmerter i april 1991 og døde en uke senere. Seks måneder senere fant Byamugisha ut at konen hadde dødd som følge av aids.