Fyrtårnet ble demontert og ute av drift siden 29. august 1996. Utenriksdepartementet overførte autoriteten over øya til innenriksdepartementet den 16. januar 1997. En forskningsekspedisjon fra den ideelle organisasjonen Ocean Conservancy i Washington D.C. besøkte øya i 1998 og beskrev øya som "et unikt reservat av biologisk mangfold" . Den 3. desember 1999 fikk etaten U.S. Fish and Wildlife Service administrasjon over øya og utnevnte den til et vernet viltreservat, kjent som Navassa Island National Wildlife Refuge. For å besøke øya må en derfor søke om bevilling fra kontoret til U.S. Fish and Wildlife Service i Boquerón på Puerto Rico . Fiskere fra Haiti bor derimot på øya i perioder av året.