Etter andre verdenskrig spilte Bayern i den sydtyske ligaen, som var en av de fem regionale divisjonene i Vest-Tyskland. Fra etableringen av den sydtyske ligaen i 1947, til starten på dagens tyske toppdivisjon, Bundesligaen i 1963, var nivået i klubben kun middelmådig. Deres største prestasjon i denne tiden var tredje og fjerdeplasser i ligaen. De rykket til og med ned til 2. divisjon i 1956-sesongen, den første og eneste gangen dette har skjedd.