Noe som fulgte Morgenstern helt fra ungdomsårene, var tuberkulose. Den ble han heller aldri kvitt, og mot slutten av livet var han stadig oftere på ulike sanatorier og i sydligere strøk sammen med sin kone. Det var også dette han døde av da han, dødssyk, reiste rundt i Sveits 1914 for å finne et sanatorium, men ingen ville ta imot ham. Han døde hos en privatperson, og urnen med hans aske ble satt i det første Goetheanum. Først for noen få år siden ble den gravlagt samtidig med bl.a. Steiners urne. Morgenstern insisterte på ikke å bli kalt syk; sykdommen var for ham i en viss forstand nyttig og ønskelig den også.