Den 28. november 1843 utnevnte pave Gregor XVI ham til biskop av Charleston i Sørstatene. Den gang omfattet bispedømmet delstatene Georgia, Sør-Carolina og Nord-Carolina. Biskopen av Cincinnati, John Baptist Purcell, bispeviet ham den 19. mars 1844 i katedralen St. Peter in Chains i Cincinnati; medkonsekratorer var biskop av Pittsburgh, Michael O'Connor S.J. og biskop av Nashville, Richard Pius Miles, O.P.