Under luftangrepene på Mainz i andre verdenskrig ble St. Stephan hardt skadet. Klokkene ble også ødelagt i det store luftangrepet på Mainz 27. februar 1945. Det store vesttårnet måtte da restaureres i en komplisert prosess. Hvelvene i skipet og koret ble imidlertid ikke restaurert og er nå erstattet av et flatt tretak.