I april 1941 invaderte Tyskland Jugoslavia og bombarderte Sarajevo. På dette tidspunktet bodde det omkring jøder i Sarajevo. Disse, sammen med sigøynere og serbere, ble forfulgt av det kroatiske ustasjaregimet og mange ble sendt til konsentrasjonsleirer. Jugoslaviske partisaner, ledet av Josip Broz Tito, frigjorde Sarajevo 6. april 1945.