I 1598 ble mesteparten av Khorasan underlagt iransk overhøyhet for godt, da safavidene erobret det meste av det østlige Iran. I kortere perioder var imidlertid mindre deler i nord og sør underlagt usbekisk og indisk herredømme. I 1748 ble det pashtunske Durrani-dynasti grunnlagt i Khorasan. Deres emirer kalte seg herskere av Khorasan, og de ble opphavet til den senere staten Afghanistan.