Historien om Vor Frue kirke i Vordingborg og borganleggets kirke er stadig uavklart. Men Margrete må ha stått for den første ombyggingen av Vor Frue kirke i slutten av 1300-tallet. Den kan muligens ha vært tenkt som gravkirke for Valdemar og Margrete. Planen må ha blitt oppgitt for Margrete ønsket senere å bli begravet i Sorø ved siden av sin far hvis sarkofag må ha blitt flyttet til Sorø under Margrete.