I 1972 ble det vurdert å opprette kirkemusikkutdanning og en 1-årig videreutdanning for lærere men først høsten 1977 ble det igangsatt en 1-årig kirkemusikkutdanning. Etter to år i Tromø ble denne utdanningen flyttet til Bodø, men fortsatt som en del av Nordnorsk Musikkonservatoriums virksomhet. Utdanningen ble lagt ned etter et par år. I 1997 ble det satt i gang et initiativ for å bygge opp et praktisk-kirkelig kompetansesenter i Tromsø. Det førte til opprettelsen av Kirkelig utdanningssenter i nord for å bøte på mangelen på kirkemusikere i landsdelen. I konservatoriets konsertsal var det satt av plass til et orgel som ble innviet i 1999, og senere ble det også bevilget midler til et kirkeorgel plassert i Grønnåsen kirke. Høgskolen bidro med midler til to øveorgler i tillegg til et mobilt lite orgel, og dermed hadde Tromsø nesten fordoblet antallet orgeler. Skolen har i dag utdanningstilbud som gir rett til tittel som kantor i Den Norske Kirke.