I 2006 lanserte Audi en helt ny racer, Audi R10 TDI, som var den første dieselbilen som noen gang har deltatt på Le Mans. Kristensen vant ikke i 2006, men det gjorde allikevel Audi med førere som Biela, Werner og Pirro bak rattet. Disse vant også i 2007. Men i 2008 kom Kristensen sterkt tilbake og vant sammen med Allan McNish og Rinaldo «Dindo» Capello i det som har blitt kalt tidenes løp. Peugeot hadde nettopp kommet ut med sin nye prototyperacer, som var raskere enn Audi sin bil, men pga. Audi sin strålende taktikk og gode førere vant Audi vel fortjent. Siden 2008 har han ikke vunnet Le Mans. I 2012 deltok Kristensen, McNish og Capello, som har kjørt sammen i 7 år, i den splitter nye Audi R18 E-tron quattro, som er den første hybrid-bilen i Le Mans. De vant heller ikke i år, men Audi vant allikevel med Marcel Fässler, André Lotterer og Benoît Tréluyer. Igen i 2013 vandt Tom 24 timers løbet på Le Mans sammen med Allan Mc Nish og Luic Duval Og med 3.-plassen i Shang Hai sikret trioen seg verdensmesterskapet i Wec så nå kan han endelig kalle seg verdensmester.