Historisk sett var den viktigste faktoren i tilbakegangen til stumpneshorn ukontrollert jakt i kolonitiden, men nå er krypskyting etter hornet deres den primære trusselen. Stumpneshornet er spesielt utsatt for jakt fordi det er et stort og relativt lite aggressivt dyr med svært dårlig syn og generelt lever i flokker.