Det antas at Neptuns mørke flekker oppstår i troposfæren ved lavere høyder enn de lyse skystrukturene, slik at de vises som hull i de øvre skydekkene. Ettersom de er stabile strukturer som kan vedvare i flere måneder, antas det at de er virvelstrukturer. Lysere og vedvarende metanskyer som dannes rundt tropopauselaget, blir ofte forbundet med mørke flekker. Det er også observert at noen tidligere mørke skyer fortsetter å eksistere som sykloner selv om de ikke lenger er synlige som mørke strukturer. Mørke flekker kan forsvinne når de vandrer for nær ekvator eller eventuelt gjennom en annen ukjent mekanisme.