Under ledelse av daværende ordfører i havnestyret, Lorens Isak Bager og ingeniøren Carl Gottreich Beijer begynte man på 1840-tallet å fylle i områdene vest og øst om pirene. Dessuten ble havnebassenget gjort bredere. Etter ytterligere utvidelser begynte en å utnytte den nyvunne marken for andre formål. I 1856 ble Malmö centralstation innviet og deler av jernbanen mot Lund ble anlagt på utfylt mark øst om havnen. Jernbanen kom til å få en enorm betydning for havnens utvikling da byen blant annet utgjorde sluttpunktet for Södra stambanan. Passasjerene kunne stige av toget og gå rett ombord på fergene i Malmö mot København eller kontinentet. Jernbanen og havnen hadde også fordelen att de ble lagt i et ubebygd område langt fra boligområdene og jordbruk, der det var enkelt å utvide virksomheten med hjelp av nye utfyllinger mot havet, noe som muliggjorde videre utbygging av havnen.