Dr. Yoshida fra FNs sikkerhetsråd beordrer kaptein Yamabe og mannskapet på romskipet hans, Moonlight SY-3, å undersøke Ogasawara-området. De oppdager at forskerne, ledet av Dr. Otani, har blitt kontrollerte slaver av en fremmed rase som identifiserer seg som Kilaaks, som avslører at de har kontroll over monstrene. Deres leder krever at hele menneskeheten overgir seg, eller møte fullstendig utslettelse.