Da ekspedisjonen nærmet seg fjellene fant de flere forlatte indianerleire som de antok hadde tilhørt atsinastammen. Den 3. juli, etter å ha krysset Continental Divide, delte de seg slik at Lewis kunne undersøke Marias River. Lewis’ gruppe møtte den 26. juli noen svartfotindianere som om kvelden forsøkte å stjele våpnene deres. I løpet av den korte kampen ble to av indianerne drept, de eneste som ble drept i løpet av ferden. Gruppen på fire — Lewis, Drouillard og Field-brødrene — flyktet over 160 km på en dag før de slo leir igjen.