EUs strategi for biodiversitet har utpekt regnskapsføring av naturkapital som et nøkkelredskap for å integrere beslutninger som berører biodiversitet i offentlig og forretningsmessige beslutninger. Hensikten med regnskapssystemet er å dokumentere, oppdage relasjoner og endringer i økosystemene som størrelse og tilstand. Regnskapet skal også påvise samvirke mellom økosystemene og økonomien, i denne sammenhengen vil det si hvor mye menneskelige handlinger påvirker økosystemene og hvor mye de bidrar til samfunnet. Følgende kontoer er del av regnskapssystemet: – regnskap for størrelse av forskjellige økosystemer og endring over tid. – regnskap for karakteristika som pH, næringsstoffer i vassdrag, mengden av organisk karbon i jordsmonn på gressmarker, mengden av forskjellige arter, omfang av fragmentering og så videre. – regnskap for forskjellige tjenester som rekreasjonsmuligheter, beskyttelse av eiendom mot flom. Dette kan måles som flyt av tjenester fra økosystemer til samfunnet i fysiske enheter som antall besøk i naturen per år eller flateareal av områder beskyttet mot flom hvert år. En annen måte å regnskapsføre økosystemtjenester på er å konvertere alle tjenester over til pengeverdier. – regnskap for bestander og endringer av disse. Aktivaverdien er pengeverdien av økosystemtjenestene som forventes fra et økosystem i fremtiden, diskontert til nåverdi.