Wagner ble tildelt en rekke ordener og utmerkelser. I 1974 ble han tildelt stort fortjenstkors av Forbundsrepublikken Tysklands fortjenstorden (tilsvarende kommandør). Han ble i 2005 forfremmet til stort fortjenstkors med stjerne (tilsvarende kommandør med stjerne) og ble i 2009 tildelt stort fortjenstkors med stjerne og skulderbånd (tilsvarende storkors). I 1961 ble han hedret med Den bayerske fortjenstorden og i 1984 ble han utnevnt til medlem av Den bayerske Maximiliansorden for vitenskap og kunst. Wagner ble i 1984 utnevnt til kommandør av den franske Ordenen for kunst og litteratur.