En ny terminalbygning stod ferdig i 1965, men snart ble det kapasitetsproblemer, hovedsakelig på grunn av nye charterflyvninger til sydligere strøk. På slutten av 1970-tallet ble en ny taxibane bygd, og i 1982 åpnet enda en ny terminal. Men den ble også snart for liten, og den nye terminal A åpnet i 1994, sammen med en ny taxibane i 1999. Utenriksflyvninger blir nå fløyet fra den gamle terminalen, som nå heter terminal B, og som ble renovert i 2005. Jernbanestasjonen Værnes holdeplass ble åpnet i 1994. Et nytt tårn ble tatt i bruk i 2005. Etter flere tiår med duopol på ruten til Oslo mellom SAS og Braathens, startet lavprisselskapet Color Air flyvninger til hovedstaden i 1998. Dette førte til en svært aggressiv priskrig mellom aktørene, med oppimot 50 daglige avganger hver vei mellom de to byene, noe som gjorde ruten til en av de ti største innenriksrutene i Europa. Men flyselskapet gikk snart konkurs, og noen år senere kjøpte SAS Braathens, og de ble fusjonert til SAS Braathens. I 2003 begynte Norwegian Air Shuttle å konkurrere på den samme ruten.