Allerede på 1300-tallet anla de russiske prinsene av Pskov en grensefestning i den eldgamle landsbyen Izborsk (estisk: ), øst i Setumaa. Den tyske biskopen av Tartu anla en tilsvarende festning i Vastseliina, vest i Setumaa-landskapet. Byen Petsjory ble grunnlagt på 1500-tallet som en posad nær det befestede Pskovo-Petsjerskijklosteret (Petseriklosteret) fra 1473, og utviklet seg snart til et viktig handelssted. Klosteret ble etter hvert et av den russiske kirkens viktigste. Under Ivan den grusomme var Petsjory en viktig grensefestning som delte Setumaa. Det var stadig strid om området og festningsbyen ble beleiret gjentatte ganger: Stefan Batorys plyndret bosetningen under beleiringen av Pskov under Livlandskrigen i 1581, og byen ble stormet av enten svenske eller polske styrker i 1592, 1611, 1615, 1630 og fra 1655 til 1657.