Da mesteparten av opposisjonen i Serbia kom sammen for å danne "Zajedno"-alliansen i 1996, ble aldri Kostunica mere enn et halvveis aktivt medlem av koalisjonen. Han deltok stort sett ikke i noen av massedemonstrasjonene sent i 1996 og tidlig i 1997 som hjalp til å få President Milosevic til å akseptere opposisjonens uventede valgseier i de største byene i Serbia.