Jochum fortsatte å tjene i Hamburg frem til 1949, deretter forlot han byen da den nylig rekonstituerte Bayerischer Rundfunk utnevnte ham til førstedirigent for sitt nye orkester, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks. For å bygge orkesteret «rekrutterte Jochum høyt kvalifiserte musikere», inkludert Koeckert-kvartetten som «strykernes kjerne». Jochum forble orkestersjef frem til 1961 og foretok mange innspillinger, mest for Deutsche Grammophon.