Under andre verdenskrig var han i Genève og arbeidet for norske krigsfanger i Tyskland, blant annet for besetningsmedlemmene fra Kvarstadbåtene. Han representerte også Norge i det internasjonale Røde Kors, fra 1942 til 1946. Anker arbeidet i De forente nasjoner fra 1946 til 1948, blant annet som sekretær for FNs granskningskommisjon i Samoa i 1947. Han var deretter ekspedisjonssjef i Utenriksdepartementet fra 1948 til 1951, og han var også rådgiver for Norges delegasjon til De forente nasjoner.