Hovedfigurene i Evangelion sliter konstant med mellommenneskelig forhold. I tillegg kjemper de med sine indre demoner og lider av traumatiske hendelser som har skjedd tidligere i deres liv. Alt dette skaper komplekse forhold. Hideaki Anno beskriver helten Shinji som en gutt som «krymper fra menneskelig kontakt». Gutten har «overbevist seg selv at han er en totalt unødvendig person, så mye at han ikke en gang klarer å begå selvmord».