Columbus sørget nå for etableringen av "repartimento", senere kalt "encomienda"; et formynderskap, der spanjolene ble tildelt eneretten på bruken av arbeidskraften i "sitt" område, i bytte mot at de kristnet de innfødte. Denne politikken skjerpet utnyttelsen av indianerne som slaver betydelig. I mange tilfeller slet indianerne seg til døde, i andre tilfeller døde de av de nye sykdommene spanjolene brakte med seg, eller av underernæring. Overslag på innbyggertall før Columbus kom dit varierer mye. Thomas Cook beregnet antallet tainoer i Hispanola i 1493 til å være 8 millioner, dette er det høyeste overslaget, og trolig for høyt. Bartolomé de las Casas viste i en senere bok til en folketelling i 1496, som gav et overslag på ca. 3 millioner tainoer. Nyere populasjonsanslag, bygget på sannsynlighetsberegning utfra erfaringer fra primitive jakt- og agrarsamfunns behov for landareal for overlevelse, viser at et mer sannsynlig folketall må ha vært rundt 350 000. En spansk folketelling i 1514, 22 år etter de hvite ankomst, viste da kun 22 000 tainoer, og i 1542 ble det talt kun 200 av dem. I siste halvdel av 1500-tallet er det ingen andre spor etter tainoene enn visse genetiske trekk i deler av befolkningen gjennom mestizisering.