I 1999 ble de tre kulturhistoriske universitetsmuseene i Oslo, Universitetets Oldsaksamling, Etnografisk museum og Myntkabinettet, slått sammen i det nyopprettede Kulturhistorisk museum. Mikkelsen var direktør for dette i perioden 1999-2011; fra 2011 til 2013 var Rane Willerslev direktør. Fra februar 2014 overtok Håkon Glørstad som direktør.