I 1718 ble han tilsidesatt av kongen som geheimeråd og sendt til det tyske hertugdømmet Oldenburg der han kom til å bevise seg som en klok og dyktig leder for lokalbefolkningen som året før hadde opplevd alvorlige oversvømmelser. Katastrofen Weihnachtsflut i desember 1717 rammet hele nordsjøskysten fra Jylland til Nederland med opptil 11 500 dødsofre hvorav 1 700 i hertugdømmet Oldenburg. Sehested fikk gjennomført flere tiltak og var med på å systematisere et nettverk av diker mot fremtidige oversvømmelseskatastrofer, som ble avsluttet i 1725.