Prosjektet opplevde en krise tidlig i 2012. Fra 2005 til 2011 hadde kun 13 bind blitt produsert. Det vil si to til tre bind årlig, mot de seks årlige utgivelsene som var planlagt. Kostnadene for hvert bind ble store og det ble vurdert om det ville bli nødvendig å redusere prosjektet. Våren 2012 ble det gjort en utredning på oppdreg av regjeringen, om Nationalnyckeln og det svenske artprojektet. Den 18. juni var utredningen klar, der det konkluderes med at kunnskapsspredningen i prosjektet (Svenska artsprosjektet) foreslås å gjøres digitalt og at Nationalnyckeln opphører som bokverk. Samt at det årlige tilskuddet reduseres med 20 millioner svenske kroner.