Det gamle Oslo ble rammet av gjentatte branner. Blant annet ble byen plyndret og brent av hertug Erik av Södermanland i 1308. Den ennå uferdige festningen stod imot beleiringen, og byen ble gjenreist på de gamle tomtene. Under svartedauden ble innbyggertallet redusert med omkring en tredjedel. I unionstiden med Danmark mistet byen sin status og stagnerte økonomisk. Reformasjonen reduserte kirkens betydning som økonomisk maktfaktor, og tapet av arbeidsplasser bidro til byens tilbakegang. Reformasjonen gjorde de fleste av byens mange kirker og klostre overflødige, og de ble derfor stående til forfall og plyndring etter bybrannene.