I 1995 ble fergedriften utskilt fra DSB og i 1997 endredes navnet på rederiet til Scandlines. Det danske selskap ble sammenslått med Deutsche Bahns sin ferge divisjon Deutsche Fährgesellschaft Ostsee GmbH (DFO) ble slått sammen til Scandferries Holding GmbH 21. august 1998. Varemerke Scandlines ble deretter lansert på rederiets ruter mellom Tyskland og Skandinavia. Sweferry ble solgt til Stena Line i 1999. I 2001 kjøpte Stena også konkurrenten på ruten Helsingborg–Helsingör, HH-Ferries.