Negotin nevnes i skriftlige kilder i 1530, men navnet kan også være av eldre, keltisk opprinnelse. Sammensetningen av de keltiske ordene og blir festning. En annen teori går ut på at navnet betyr markedsplass, jfr det spanske ordet , som også forekommer i navnet til den makedonske byen Negotino. Ifølge en tredje teori har navnet en slavisk opprinnelse. Det urslaviske ordet betyr omsorg og suffikset "-ota//-otina" betyr , med andre ord et sted for retrett og rehabilitering.