Utryddelse kan også skje på lokalplanet, når en art ikke lenger er å finne i områder den naturlig har tilhørt. Årsakene til dette kan være mange, som at habitatet drastisk endrer karakter. Dette skjer blant annet når store områder blir avskoget, etter nybrott for landbruks- eller bosettingsformål, og etter drenering av våtmarksområder. Fragmentering er også en viktig årsak til utryddelse, noe som gjerne følger av avskoging, nybrott og drenering.