Byen ble grunnlagt 5. august 1585 under navnet , og er dermed den tredje eldste byen i Brasil. Den 29. oktober 1585 ble navnet endret til som en hyllest til kong Filip II av Spania i forbindelse med Iberiaunionen. Byen ble okkupert av nederlendere fra 1634 til 1654, og ble den 26. desember 1634 kalt Frederikstadt som en hyllest til prinsen av Oranien, Frederik Henrik. Da byen kom tilbake på portugisiske hender den 1. februar 1654 ble navnet satt tilbake til . I 1817 ble navnet byttet til som igjen ble byttet til dagens navn, João Pessoa, den 4. september 1930 som en hyllest til en paraibansk politiker med samme navn som ble myrdet samme år i Recife.