Tre hundre år etter hennes død beleiret en av Elisabeths mange etterkommere, landgreve Filip av Hessen, en leder for den protestantiske reformasjonen og en av Martin Luthers viktigste tilhengere, kirken i Marburg og krevde at ordensridderne skulle utlevere Elisabeths relikvier, for at de skulle fjernes og dermed få slutt på pilegrimsreisene til Marburg. Filip tok også det kronede agatbeger der Elisabeths hode lå, men gav den tilbake den etter at han var blitt fengslet av den tysk-romerske keiser. Begeret ble senere røvet bort av de svenske styrker under trettiårskrigen og er deretter å beskue på Historiska museet i Stockholm. Elisabeths skalle og noen av hennes ben kan beskues i Sankt Elisabeths kloster i Wien. Noen relikter finnes også fortsatt i Marburg.