Handlingen begynner i slottet i Mushroom Kingdom, hvor Prinsesse Peach skal ta imot en ambassadør fra Beanbean Kingdom. Når ambassadøren ankommer slottet viser det seg at det er den onde heksen Cackletta i forkledning. Godt hjulpet av sin assistent Fawful, presterer hun å stjele Prinsesse Peach sin stemme og erstatter den med et eksplosivt vokabular. Mario og Luigi er ikke sene om å komme prinsessen og hennes hoff til unnseting, men bedrageren og hennes medhjelper har allerede forsvunnet. Sammen med Bowser, som egentlig hadde tenkt å kidnappe prinsessen, drar de etter Cackletta og Fawful til det ukjente og mystiske Beanbean Kingdom for å få tilbake stemmen til prinsessen.