Til tross for at utestengelsen er funnet lovstridig, og Karlsen har fått tilbake oppgavene som fengselslege, fastholder forbundsleder Bjørkli at det er uaktuelt for de ansatte i Tromsø fengsel å samarbeide med Karlsen. Betjentene i Tromsø fengsel vedtar i et allmøte at han ikke er ønsket tilbake på jobb i fengselet. Tromsø kommune er unnvikende og bidrar ikke til å løse konflikten. Høsten 2009 gjenopptar Karlsen likevel sin jobb som fengselslege. Eidissen fratrer samtidig stillingen som fengselsleder.