Arktisk Kommando er fysisk plassert på to primære lokaliteter: Nuuk: Hovedkvarter med 36 sivile og militære ansatte plassert i Royal Greenlands tidligere domisil. Thorshavn: Forbindelseselement Færøerne (FEF) leier seg inn i samme bygning som blir benyttet av MRCC Tórshavn/Tórshavn Radio og den færøyske beredskapsstyrelsen Tilbúgvingarstovnur Føroya.