Verneområdet ble opprettet for å ta vare på helheten i et strømrikt sund med en rik fauna med flere arter svamper og koraller. Innenfor området er den grunneste kjente forekomsten av øyekorall i verden. Øyekorallen lever som regel på dyp fra 100 meter og nedover, i Skarnsundet marine verneområde eksisterer det forekomster på 37 meters dybde.