I 1961 reiste han til Havanna hvor han ble ønsket velkommen av Casa de las Américas, et samlingspunkt for mange venstreorienterte latinamerikanske forfattere. Dalton vendte i hemmelighet tilbake til El Salvador i 1965, men ble snart tatt til fange. Han ventet på henrettelse i Cojutepeque, men ble mirakuløst reddet. Det var jordskjelv og muren i fengselscellen hans falt ned. Dalton benyttet seg av dette og flyktet. Han gikk inn i en religiøs prosesjon som gikk forbi og klarte å møte sine revolutionære venner som hjalp ham å flykte til Cuba igjen. Han ble deretter sendt til Praha som korrespondent for The International Review. Mens han var i Praha skrev han som er internasjonalt anerkjente. Han produserte også en historisk biografi om Miguel Mármol, en fremtredende kommunist fra El Salvador som hadde deltatt i det salvadoranske bonderopprøret i 1932 og levde i eksil i Praha.