Jan de Baen ble født i Haarlem. Foreldrene døde da han var barn og han flyttet derfor til onkelen Hinderk Pyman (eller Piemans) som bodde i Emden. Jan de Baen fikk sin første undervisning av onkelen som selv var maler. I årene 1645 til 1648 bodde De Baen i Amsterdam hvor han var elev av maleren Jacob Adriaensz Backer.