Moskeens første arkitekt var Husayn Fahmi Pasha al-Mi'mar, som var en fjern slektning av det dynastiet som Muhammad Ali hadde grunnlagt i 1803. Han døde imidlertid i den første byggefasen, og etter at khediv Ismail Pasja abdiserte i 1880 ble byggearbeidene stanset. Khushayar Hanim selv døde i 1885, og arbeidet med moskeen ble første startet opp på nytt i 1905, da khediv Abbas Hilmi II beordret byggingen fullført. Denne gangen var det den østerriksk-ungarske arkitekten Max Herz som ledet arbeidet; han var for øvrig formann for Komiteen for konservering av arabiske monumenter i Kairo (engelsk: ).