Oppdrag med utfordringer uten enkle svar var realiteten for marinejegerne i skarpe oppdrag, og fra 2000-tallet prioriterte MJK akademisk utdanning med bakgrunn i kravene til oppdragene som ble gjennomført i internasjonale operasjoner. Kravene til spesialoperasjonene var også preget av intellektuelle krav til ukonvensjonell tenking og MJK utviklet derfor et eget, operativt rettet akademisk program. Fra 2004 ble det for tidligere instruktører og troppsledelsen ved MJK mulig å gjennomføre Langkurs maritime operasjoner (LMOPS) ved KNM Tordenskjold, Haakonsvern, og deler av denne utdannelsen foregikk ved Joint Special Operations University og US Air Force Special Operations School i USA. I 2005 fikk første marinejeger en bachelorutdanning som var skreddersydd for spesiaoperasjoner på Sjøkrigsskolen, dels ved å følge kystjegerlinjen og dels ved flere spesialstyrke-relaterte kurs i USA, og fra 2007 fikk Sjøkrigsskolen egen bachelorutdanning for marinejegerne hvor tredje og siste skoleår i sin helhet ble siktet inn på spesialoperasjoner. I 2005 var gjennomsnittsalderen ved avdelingen oppunder 30 år (og denne fortsatte å øke frem mot minimum 2012).