Han beseiret sittende guvernør William Stratton i 1960 års guvernørsvalg i Illinois. Kerner ble gjenvalgt i 1964. Motkandidaten var den gangen en moderat republikaner, Charles H. Percy, som to år etter ble valgt til USAs senat. USAs president, Lyndon B. Johnson, utnevnte i 1968 Kerner til en føderal domstol.