I året 1197 ble det rasert av tyrkiske sunnimuslimer under ledelse av Bakhtiyar Khalji. Boksamlingen ble sagt å omfatte flere hundre tusen bind, og skal ha brent i tre måneder etter at mamelukkene satte fyr på den, ødela klostrene og drev munkene på flukt. Hendelsen var sterkt medvirkende til buddhismens nedgang i India. For studerende av sanskrit og andre indoariske språk, gir denne kulturelle katastrofen forklaringen på hvorfor de indiske originaltekstene til så mange tibetanske og kinesiske oversettelser er gått tapt. I 2006 kunngjorde Singapore, Kina, India, Japan og andre land en plan om å restaurere og fornye det gamle lærestedet under navnet Nalanda International University.