To konkurrerende teorier forsøker å forklare opprinnelsen til intron: intron-tidlig (, IE) og intron-sen (, IL) modeller. Ifølge IE-modellen var intron tilstede i de tidligste forfedre til prokaryoter og eukaryoter. Sammen med spleisingsprosessen lettet de rekombinasjon av ekson som representerte proteindomener, altså funksjonelle deler, av proteinene. For å kunne vokse mer effektivt begynte prokaryoter å miste intron, og disse kan dermed nå kun observeres i eukaryoter. IL-teorien foreslår at intron oppsto i eukaryotiske genomer etter at eukaryoter skilte seg fra prokaryoter. Denne modellen forklarer intron med fragmenter av DNA som migrerer mellom organismer. De kalles "transposable" elementer og ble akkumulert i genomer i løpet av evolusjonen.