Madagaskardykkere er utbredt over det meste av Madagaskar og habiterer både midlertidige og permanente vannansamlinger, i høyder fra havnivået og opp mot , men fuglene er hovedsakelig å finne i ferskvann. Arten fortrekker steder med rikelig med vannplanter, spesielt vannliljer i slekten hvite nøkkeroser (). Den er mest vanlig i grunne vannansamlinger, men man finner den også i dypere innsjøer. Den blir også av og til observert i brakkvann og sakterennende elver.