I 1904 ble Steiner utpekt av Annie Besant til leder av den esoteriske seksjon, den indre krets i Teosofisk Samfunn i Tyskland og Østerrike. Den tyske seksjonen i Teosofisk Samfunn vokste raskt under Steiners ledelse, samtidig som han fortsatte sin foredragsvirksomhet i store deler av Europa over temaet åndsvitenskap. I denne perioden utviklet Steiner sin egen tilnærming, og byttet i stor grad ut Madame Blavatskys terminologi med sin egen. Han bygget sin lære på vestlige esoteriske og filosofiske tradisjoner, med sterke innslag av gnostisisme og rosenkors-mystikk.