Hans far, Mariano Jacinto, døde før Emilio var ferdig med sin skolegang, men moren Josefa Dizon, som var jordmor, tok på seg mer arbeid for å sørge for at han kom seg gjennom studiene. Senere ble han nødt til å bo sammen med sin onkel Don Jose Dizon, som fikk ham inn på kollegiet i Manila. Derfra gikk veien videre til Santo Tomas-universitetet der han studerte jus.