I starten ble BFS finansiert ved hjelp av driftstilskudd fra Bergen og omegnskommunene. I 2003 inngikk BFS en samarbeidsavtale med Høgskolen i Bergen og Haukeland Universitetssykehus om å tilby intensiv behandling av barn med behov for motorisk habilitering. Dette innebar blant annet barn med cerebral parese, Downs syndrom og ryggmargsbrokk.