Mot slutten av 1800-tallet ble forholdet mellom de to landene i unionen mellom Norge og Sverige stadig kjøligere. Nordmennene var misfornøyde og ønsket uavhengighet. I forberedelse til en eventuell voldelig oppløsning av unionen, ble penger bevilget til et nytt kystforsvar i Norge. I Bergen ble Bergen befestninger med flere fort bygget for å beskytte havnen og marineinstallasjonene på Marineholmen og Wallemsviken fra svenske angrep fra sjøen. Kvarven fort var ett av disse, sammen med Hellen fort og batteriene i Sandviken.