Da de forente provinser var oppstått av motstanden mot religiøs undertrykkelse, fikk borgerne fra begynnelsen av religionsfrihet. Nyheten om denne toleransen bredte seg raskt og medførte at protestanter, jøder, hugenotter og andre religiøst forfulgte fra Spania, Portugal og andre nasjoner – og især fra de spanskbesatte sydprovinsene – strømmet inn i landet. Kalvinismen ble den fremherskende religionen; i begynnelsen av århundret var det imidlertid en strid om predestinasjonslæren mellom remonstranter, tilhengere av Jacob Arminius og kontraremonstranter som fulgte Franciscus Gomarus' lære.