I 1985 ble Rahmon Nabiyev avsatt som førstesekretær i kommunistpartiet etter en korrupsjonsskandale og Mahkamov ble utpekt til å etterfølge ham. Mahkamovs funksjonstid ble en av de mest turbulente i landets historie. Han kom til makten samtidig med at Mikhail Gorbatsjov innførte perestrojka og glasnost. Under Mahkamovs ledelse opplevde Tadsjikistan en bølge av nasjonalisme som kulminerte med som innførte tadsjikisk som offisielt språk i landet. Loven skapte stor frykt blant den ikke-sentralasiatiske befolkningen, og medførte masseutflytting , spesielt blant russere, jøder og tyskere.