For å frakte vann til byen ble det gravd en tunnel som er 1 063 meter lang på 500-tallet f.Kr. Eupalinos’ tunnel er den andre kjente tunnelen i historien som ble gravd fra begge ender og den første med en metodisk tilnærming for å klare det.<ref name="worldheritagesite"> «Pythagoreion and Heraion of Samos», World Heritage SiteamfistomonHekatompedon'', ἑκατόμπεδος, fra fraἑκατόν, «hundre» og πούς, «fot». Det vil si ca 30 meter. Det er ukjent om dette tempelet var omgitt av en peristyl av søyler, men det var nyskapende ved å være det første tempel som en dobbel rad med søyler i fronten. Dette tempelet ble erstattet av et nytt, et av de første enorme joniske templene, men som kun sto i tiår før det ble ødelagt av et jordskjelv. Etter dette ble et nytt tempel bygget i tidsrommet 535-522 f.Kr. med den største gulvflate for noe kjent gresk tempel, bygget omtrent 40 meter lenger vest. Dens storstilt struktur målte 55,16 ganger 108,63 meter og omgitt av peristyl med 155 søyler, et av de eldste med den nye jonisk søyleorden, rundt 20 meter høye.