I 1999 ble Pardew manager i Reading. Han snudde laget fra å være et nedrykkslag til opprykkslag. I 2000/01 kom Reading til play-off-finale i Football League Two, men det ble tap for Walsall FC. Neste sesong rykket laget direkte opp i Football League One. I denne ligaen ble de nummer fire, og de tapte i play-off igjen, denne gangen mot Wolverhampton Wanderers.