I årene 1669–75 var Ahnen amtmann i Bratsberg. Han fikk denne stillingen da han var 63 år, men arbeidet da ikke lenger med samme intensitet som han hadde gjort i Nord-Norge. Det var gjerne naturlig at han ønsket seg dit, siden han fra før hadde mye jordegods i Vestfold, Buskerud og Bratsberg. Han fikk også her en fast lønn på 500 riksdaler per år. Ahnen var i sin tid i Bratsberg mye fraværende. Han hadde etter tidens skikk en fullmektig til ta seg av de daglige administrative gjøremål.