Etter Ekvatorial-Guineas uavhengighet 12. oktober 1965 ble onkelen Francisco Macías Nguema alenehersker, etter å ha utmanøvrert alle konkurrenter. Obiang ble utnevnt til øverstkommanderende for militæret i regionen rundt hovedstaden Malabo og guvernør i Bioko. Han var også sjef for det beryktede Black Beach-fengselet, viseforsvarsminister og fra 1975 øverstkommanderende for hæren.