Før europeernes ankomst fantes det ikke noen fellesbetegnelse for øyene som utgjør Cookøyene. Briten James Cook ga Manuae, den første atollen han fant i området, navnet Hervey. Misjonærene benyttet betegnelsen Hervey-øyene om de nærliggende øyene. Navnet Cookøyene stammer fra atlaset over Stillehavet utgitt i 1824–1835 i St. Petersburg av Adam Johann von Krusenstern. Det omfattet bare de sørlige øyene. Først etter at New Zealand overtok herredømmet over øyene kom navnet i bruk for alle de 15 øyene. På engelsk er navnet Cook Islands, på rarotongansk Kūki 'Āirani.