Etter nasjonalsosialistenes maktovertakelse i 1933 valgte Hilferding, på bakgrunn av sin politiske- og jødiske bakgrunn, å forlate landet og flyttet til Sveits. Etter den tyske innmarsjen i Tsjekkoslovakia i 1939 flyttet SPDs styre (kalt Sopade) til Paris. Da tyskerne angrep Frankrike flyktet Hilferding sammen med Rudolf Breitscheid til Marseille som på det tidspunkt fremdeles var fritt. Vichy-regjeringen utstedte nødvisum til Hilferding for USA, men han ble likevel utlevert til Gestapo. Han ble sterkt mishandlet under transporten til Paris. Han døde i Gestapos fengsel i Paris, forøvrig under uklare omstendigheter.