Samtidig organiserte en annen tidligere tjenestemann ved Le-hoffet, Nguyễn Kim et opprør mot Mạc-styret og hjalp kong Lê Trang Tông til å gjenopprette et styre i Thanh Hóa-området. Slik brøt det ut en borgerkrig mellom det nordlige styret til Mac-dynastiet og det gjenopprettede Le-styret i sør. Nguyễn Kim kontrollerte den sørlige delen av Đại Việt (fra Thanh Hoa i sør) og Mac-dynastiet kontrollerte den nordligste delen, inkludert Đông Kinh (Hanoi). Da Nguyễn Kim ble drept i 1545 overtok svigersønnen Trịnh Kiểm den militære kontrollen.