Tilstanden krever som regel ingen behandling hos barn, og cysten går som regel fullstendig tilbake av seg selv. Hvis Baker-cysten ikke gir plager, behandles den vanligvis ikke. Ved sterke smerter kan cysten tappes med en nål, eventuelt opereres bort. I tillegg bør den underliggende årsaken til at cysten oppstår behandles så man unngår tilbakefall.