Landet har navn etter de to øyene. São Tomé er oppkalt etter apostelen Tomas fordi portugiserne oppdaget øya på denne helgenens festdag, 21. desember, i 1471. Portugiserne kalte først naboøya Santo Antaõ. Den ble senere omdøpt til Príncipe til ære for prins Johan, som senere ble kong Johan III (regjerte 1521–1557). «Príncipe» er portugisisk for «prins». Prinsen fikk en tidel av inntektene fra øyas sukkerproduksjon.