De første innbyggerne på stedet var premonstratenmunker i et kloster ved bredden av innsjøen (ca. 1240). Selve byen Neubrandenburg ble grunnlagt i 1248 da markgreven av Brandenburg valgte å bygge en by i de nordlige delene av lenet sitt. I 1292 ble byen og det omkringliggende området en del av Mecklenburg.