I 1944 flyktet Tubin med sin kone og to sønner til Sverige fra et Estland som nå var okkupert av Sovjetunionen. Året etter fikk han jobb ved Drottningholms slottsteater, hvor hans primære oppgave var å restaurerte barokkoperaer og -balletter for framførelse ved teateret. På denne tiden modnes Tubins komposisjonsstil, og han avslutter i 1946 sin symfoni nr. 5, som kom til å bli det mest fremførte verket i Tubins levetid med over 50 framførelser verden over. Andre viktige verker fra denne tiden er pianosonate nr. 2, (1950), og symfoni nr. 6 (1953–54). Tubins musikk ble lenge forbudt framført i Estland av de lokale kommunistiske myndighetene. Men i 1959 ble hans symfoni nr. 5 framført i Tallinn, og i 1961 besøkte han selv Estland for første gang siden 1944. Senere opprettet Tubin et samarbeid med bl.a. Estlands nasjonalopera, , som resulterte i operaene (1967) og (1971). Sistnevnte ble imidlertid ikke fremført før i 1979 p.g.a. Sovjetunionens strenge kulturpolitikk.