I første runde av presidentvalget, avholdt 5. mars 2006, vant Boni 32 prosent av stemmene, mens hans nærmeste utfordrer, Adrien Houngbédji, oppnådde 25 prosent. I andre valgrunde mellom Boni og Houngbédji vant Boni med nesten 75 prosent av stemmene. Boni ble gjenvalgt i 2011 med 53,18 prosent av stemmene i første runde – nok til at andre valgomgang ikke var nødvendig. Han er den første presidenten som har vunnet et valg gjennom bare én valgomgang siden demokratiet ble gjeninnført i landet i 1991.