Knud Kristensen ble valgt til ny formann i Venstre etter Madsen-Mygdal i 1941, og under andre verdenskrig var Venstre et av de store partiene i samlingsregjeringen. Det første valget etter krigen, i oktober 1945, gav fremgang for Venstre, og Knud Kristensen dannet en mindretallsregjering. Kristensen måtte gå av etter to år, da han fikk Folketinget mot seg i det sydslesvigske spørsmål. I etterkrigstiden klarte partiet å få et grep om velgerne i København-området, spesielt idet mange konservative velgere stemte Venstre på grunn av Sydslesvig-politikken.