Opphavet til kondrulene er ikke kjent. En teori går ut på at de ble dannet gjennom avkjøing av smeltete dråper som ble til ved kollisjoner mellom asteroider, eller gjennom direkte kondensasjon fra en gass. Alternativt kan de ha blitt til gjennom smelting og størkning av små støvkorn i tåka som solsystemet ble dannet ut ifra.