Vinteren 1825-26 begynte Løvenørns helse å svikte; han sa derfor fra seg en del virksomheter, men fortsatte sin yndlingsvirksomhet på Sjøkartarkivet. Her gjorde han ferdig 60 prosjekter med sjøkart og tilhørende farvannbeskriveleser, helt fra det nordligste Island til de sørligste danske farvann. Mens han holdt på med dette arbeidet døde han. Løvenørn ble husket som en nobel personlighet og en usedvanlig dyktig mann.