I september avsatte Stalin Budjonnyj og erstattet ham med Semjon Timosjenko. Budjonnyj fikk befalet over den sovjetiske reservefronten (september-oktober 1941), ble øverstkommanderende for troppene i Nord-Kaukasus (april-mai 1942), ble kommandant over Nord-Kaukasusfronten (mai-august 1942) og fikk kommandoen over det avleggse sovjetiske kavaleriet (fra 1943). Selv om han var ansvarlig (til tross for at han handlet på ordre fra Stalin) for noen av Sovjetunionens mest katastrofale tap i andre verdenskrig, sto han fortsatt under Stalins beskyttelse og fikk ingen straff. Etter krigen ble han tillatt å pensjonere seg som Helt av Sovjetunionen. Han døde i 1973. Han etterlot seg memoarer i fem bind, hvor han beskrev de stormfulle årene under borgerkrigen, så vel som dagliglivet i første kavaleriarme.