De siste ti årene har regjeringen i Beijing videreført en kinesifiseringspolitikk som kan minne om politikken i Tibet – sivile han-kinsere oppfordres til å slå seg ned i Xinjiang-provinsen. Motstanden mot den hardhendte kinesiske politikken er bred, men ytrer seg også gjennom radikale islamske grupper som Øst- Turkestans Islamske Bevegelse (ETIM). Høsten 2001 ble 22 uighurer satt i fangenskap i Guantanamo i forbindelse med arrestasjoner i Afghanistan. Organisasjonen ETIM står på FNs terroristliste. Framveksten av radikal islam i Sentral-Asia har motivert Beijing til å øke politi- og militærnærværet, og søke sikkerhetssamarbeid med Russland og de sentralasiatiske landene gjennom den såkalte Shanghai-gruppen.