Kanji-tegnene for Fujifjellet, 富 og 士, betyr «rikdom» og «noen med høy status», men disse regner man med er ateji, tegn som ble valgt i senere tid ettersom de ligner på uttalen av navnet på fjellet. Navnet «Fuji» har uklart opphav, og det har vært foreslått flere etymologier opp gjennom årene, som «rikdom», «udødelig», «uten like» eller «rett som en risplante». Ettersom det siste tegnet 山 kan leses som «yama» har man i Vesten utviklet en tradisjon med å kalla fjellet Fujiyama, men dette er ikke korrekt på japansk.