Hans bispedømme havnet i tyskokkupert og til og med forbudt sone (Atlanterhavskysten) fra juni 1940. Biskop Vansteenberghe publiserte en protest på forsiden av bispedømmets bulletin den 20. september 1942, mot deportering av jøder, likesom en rekke andre biskoper i Frankrike - som Pierre Gerlier, Jules Saliège, Jean-Joseph Moussaron, Jean Delay og Pierre-Marie Théas. (Vansteenberghe hadde selv ordinert sistnevnte biskop den 3. oktober 1940.) Okkupasjonsmyndighetene forbød da bispedømmets bulletin og overvåket så biskopen. hans generalvikar M.-E. Daguzan ble deportert til konsentrasjonsleiren Dachau i Tyskland..