En særegen neolittisk steinalderkultur med elementer fra både Anatolia og det greske fastlandet oppstod vest i Egeerhavet før år 4000 f.kr., og var basert på emmerhvete, sauer og geiter, griser og tunfisk. Den spredde seg tilsynelatende med småbåter fra øy til øy. Utgravinger som er gjort i Saliagos og Kefala (på Keos) med funn etter kobberarbeider. Hver av de små øyene i Kykladene kunne ikke opprettholde mer enn et par tusen innbyggere. Skjønt senhelladisk båtmodeller viser at femti menn ved årene kunne bli samlet fra de spredte samfunnene. Da den meget organiserte palasskulturen oppstod på Kreta ble øyene i Kykladene stort sett ubetydelige, bortsett fra Delos, som beholdt sitt rykte fra arkaisk tid av være et hellig sted gjennom antikken og fram til innføringen av kristendommen.