Mutsaerts var også generalvikar for biskop Hurkmans og styrte bispedømmet med fast hånd sammen med en annen hjelpebiskop, hans kollega Jan Liesen, som også var generalvikar. Mutsaerts forble først den eneste generalvikaren under Hurkmans' etterfølger, biskop Gerard de Korte, som ble innsatt i embedet i 2016. Først etter en toårig vakans, der de vanlige presteoppgavene måtte ivaretas internt av den biskoppelige kurie, fylte de Korte embedet som andre-generalvikar i mai 2019.