Lindros ble draftet som nummer en av Quebec Nordiques i NHL Entry Draft 1991. På tre sesonger i juniorligaen Ontario Hockey League (OHL) gjorde han 97 mål og 119 assist på 95 kamper og ledet Oshawa Generals til en Memorial Cup-seier i 1990. Han vant Red Tilson Trophy som den mest fremragende spilleren i OHL, og ble også kåret til Årets CHL-spiller. Han fikk snart ryktet om at han var «The Next One»", den nye canadiske superstjernen etter Wayne Gretzky og Mario Lemieux.