Da dronning Maria I av England tiltrådte i 1553 mistet Gresham popularitet for en tid, og aldermann William Dauntsey erstattet ham i hans stilling, men Dauntseys finansielle trekk viste seg å ikke være like heldige som forgjengerens. Gresham ble raskt gjeninnsatt. Han viste sin nidkjærhet i å tjene dronningen og manifesterte stor dyktighet å reforhandle lån og smugle penger, våpen og utenlandske verdier. Ikke bare ble hans tjenester beholdt gjennom hele hennes regime (1553–1558), men ved siden av hans lønn på tyve shilling i dagpenger mottok han også tilskudd på kirkeeiendommer som tilsvarte en årlig inntekt på 200 pund.