I sin tid i Aberdeen, takket Ferguson nei til managerjobb i Wolves, Rangers, Barcelona, Arsenal og Tottenham Hotspur (som han seriøst vurderte). Da muligheten til å lede Manchester United kom, tok det ikke lang tid før Ferguson ble enig med styreformannen i United, Martin Edwards. Ferguson overtok etter Ron Atkinson som manager for Manchester United. Men som Ferguson selv sier i boken «6 years at United», kan ingen manager i hele verden være forberedt på en slik utfordring. Det tok ham 3–4 år å skjønne politikken, kravene, presset og forventningene i og rundt klubben. Han overtok managerjobben 6. november 1986, men ifølge Ron Atkinsons selvbiografi «Big Ron», hadde spillet for å få Ferguson som manager pågått i kulissene helt siden sommeren samme året. Hovedpersonen selv har aldri kommentert dette offentlig. Faktum er uansett at styreformann Martin Edwards sparket Atkinson tidlig på morgenen, og to timer senere var han på vei til Aberdeen med privatfly for å hente Ferguson til signering og pressekonferanse.