I sitt andre år i 1960 vant Green Bay NFL Western Conference for første gang siden 1944. Seieren, sammen med hans da velkjente personlige tro, førte til at Green Bay-samfunnet gav ham kallenavnet «The Pope». Lombardi ledet Packers til NFL Championship Game 1960 mot Philadelphia Eagles. Før tittelkampen hadde Lombardi et møte med Wellington mara og fortalte ham at han ikke kom til å ta stillingen som Giants' hovedtrener, som han først hadde blitt tilbudt etter 1959-sesongen. På kampens siste play, i et drive som ville ha sikret seieren, ble Packers stanset et par yards fra mållinjen. Lombardi fikk sitt første, og eneste, nederlag i mesterskapskampen. Etter kampen og etter at pressen hadde forlatt garderoben fortalte Lombardi laget sitt, «This will never happen again. You will never lose another championship.» I senere år som Packers' trener gjorde Lombardi et poeng av å kjefte på sine running backs dersom de ikke klarte å score når de var en yard fra mål, noe han så på som personlig kritikk som han skulle få hevn for. Han ledet Packers til seier i lagets ni neste sluttspillkamper, en seierrekke som ikke ble gjentatt før Bill Belichick vant ti strake fra 2002 til 2006 med New England. Packers slo Giants for sin første NFL-tittel i 1961 (37–0 i Green Bay) og 1962 (16–7 i Yankee Stadium), som skulle bli de to første av fem titler i løpet av Lombardis syv år som hovedtrener. Etter seieren i 1962 ringte USAs president John F. Kennedy Lombardi og spurte han om han kunne «come back to Army and coach again.» Kennedy fikk et klart nei fra Lombardi. Hans eneste andre nederlag i sluttspillet kom mot St. Louis Cardinals i Playoff Bowl for tredjeplass etter 1964 (offisielt sett på som en vennskapskamp).