Hvorvidt skilpaddene hører hjemme blant parareptilene var lenge et stridsspørsmål, men nyere forskning tyder på at skilpadder er sekundert anapside, det vil si at det hele skalletaket hos skilpadder, særlig havskilpadder er et trekk de hatr utviklet fra en diapsid konfigurasjon, og at skilpaddene muligens er en type archosaurer eller søstergruppen til archosaurene.