Kort tid etter ankomsten til Lehigh ble Alhadeff utnevnt til direktør for avdelingen for biokjemisk vitenskap. Alhadeff opprettet et forskningslaboratorium i Mudd-bygningen og forsket om det biokjemiske grunnlaget for menneskelige sykdommer (på proteinnivå) inkludert cystisk fibrose, fukosidose, diabetes og kreft.