Ved den ny krigs utbrudd ledsaget han i august oberst Poul Beenfeldt til hans post som Kommandant av Kronborg og vendte deretter tilbake for å ta del i Københavns forsvar. Dette gikk imidlertid ikke uten store fortredeligheter for ham. Han skal ha ivret mot de tallrike utfall ved beleiringens begynnelse og ville ha troppene skånet, inntil en riktig storm gikk for seg. Nå kom den tidligere mistillit til ham frem på nytt i voldsom form, det lød hånsord imot ham på gatene og på volden, ja endog beskyldninger for landsforræderi. Som bitter fiende hadde han nu også fått Ulrik Christian Gyldenløve, og da han en dag nevnte at kongen ikke måtte utsette sitt liv for fare, kom det til et heftig sammenstøt med kongssønnen og til en utfordring. Urup klagde nu til Frederik 3. og ba ham ta sine forholdsregler, noe han også gjorde etter mellomkomst med Rigsrådet.