Romanen («Chinmoku», tidligere oversatt til norsk som ) handler om den kristenforfølgelse som satte en stopper for «det kristne århundre» i Japan. Tittelen knytter an til et eldgammelt kristent tema som forekommer endog i Det gamle testamente, nemlig Guds taushet. Endos roman er et japansk teodicé. I året 1638 reiser den unge jesuitt Sebastian Rodrigo til Japan for som prest å gjøre misjonsarbeid i det skjulte. Tortur, korsfestelser, umenneskelige ydmykelser utløser ofte prestens fortvilelse over sitt oppdrag. Det er nemlig Gud som tier.