Man hadde større suksess med seg om å berge løse gjenstander, seil, rigg og kanoner. Minst to bergingsmannskap fikk betaling for å ha berget flere kanoner i 1547 og 1549. Til tross for at det første beregningsarbeidet hadde mislykket, var det fremdeles ambisjoner om å få opp «Mary Rose» i 1546. Dette året var en illustrert liste over de engelske krigsskipene utarbeidet, med i denne var skipet fremdeles et av flåtens viktigste fartøyer. For ettertiden het denne bevarte listen Anthonyrullen. Når man oppgav skipet for godt, er ikke kjent. Det kan ha skjedd etter Henrik VIIIs død i januar 1547 eller så sent som i 1549 da de siste kanonene ble berget. I Elisabeth Is regjeringstid var minnet om skipet fremdeles levende, og ifølge en av hennes admiraler, William Monson (1569–1643), kunne man ved århundreskiftet skimte vraket fra vannoverflaten ved ebbe.