Det er påvist bosetninger helt tilbake til vikingtiden på Eidsøra. Dette ble kjent i forbindelse med utgravingene av kavlvegen som gikk fra Eidsøra til Eidsvåg. Kavlvegen var en veg av furustokker som vikingene drog skipene sine på, da i hovedsak for å unngå vanskelig sjø ved Hustadvika. Ellers er det rimelig å anta at Eidsøra var en del av Fosnakulturen, noe som sammen med flere fangstgroper og gravrøyser vitner om steinalderbosetninger. Ellers har gårder som Talset og Myrset navn med det norrøne i seg. Dette er pekere mot at gårdene eksisterte i rundt år 1000. Kombinerer man dette kirke- og skatteregister som nevner et stort antall gårder allerede fra 1500 og 1600-tallet, kan vi trygt anta at det har vært betydelige bosetninger på Eidsøra i lang tid. Det faktum at vikingene tok seg bryet med å bygge en kavlveg over eidet sier oss at Eidsøra må ha vært en viktig ferdelsåre så lenge båter har seilt langs norskekysten. Vi vet at Eidsøra var et knutepunkt for reisende på begynnelsen av 1900-tallet og vi kan trygt anta at det har vært det i lang tid. Også dette bidrar til å kunne fastslå at Eidsøra har vært bebodd i lang tid. En stor del av næringen til fjordbygdene på indre-Nordmøre har på 17-1800-tallet bestått i å levere tømmer til skipsverftene i Kristiansund. Det virker sannsynlig at også Eidsøra har vært en del av denne næringen. Rundt starten av 1900-tallet hadde Eidsøra butikker, ferge som gikk over fjorden, skole og postkontor. Lettere industri, i form av tønnefabrikk og produksjon av sildolje, fant man ved Meisal Bruk på Meisalstranda og ved Ytterøra på Eidsøra. Gradvis har alle disse forsvunnet. Postkontoret ble nedlagt på midten av 1990-tallet, mens skolen til tross for store protester ble nedlagt i 2000. I dag er de gamle skolelokalene oppusset og brukes av Farmen Friluftsbarnehage.