I det 15. århundre var universitetet i Rostock et av de største tyske universiteter, med mellom 400 og 500 studenter, særlig fra Holland, Skandinavia og Baltikum. På grunn av politisk uro måtte universitetet, etter kirkelig press, mellom 1437 og 1443 flytte til Greifswald. Mellom 1487 og 1488 hadde universitetet sitt sete i Lübeck.