Widerøe har ruter til 6 flyplasser fra Vardø, som betjenes med til sammen fire flygninger om dagen, der alle enten starter eller slutter i Kirkenes eller Tromsø. Både i Tromsø og i Kirkenes er det korresponderende avganger til resten av landet. Rutene er anbudsruter som er subsidiert av Samferdselsdepartementet, som også bestemmer avgangstidene. I 2019 reiste 29 724 passasjerer gjennom lufthavnen. Vardø lufthavn, Svartnes betjener i hovedsak Vardø kommune og brukes primært til reiser til og fra kommunen. På grunn av nærheten til den Vadsø, og den mye større Kirkenes lufthavn (som har direkte fly fra Oslo) er det en omfattende trafikklekkasje til disse to stedene. 53% av alle reisene til og fra Vardø reiser via Vardø, mens 19 % benytter Vadsø og 16 % benytter Kirkenes. 49 % av passasjerene som reiser gjennom Vardø lufthavn, kommer til og fra Oslo og utlandet, og 13 % kommer til og fra Tromsø, 18 % fra Kirkenes og 20 % fra andre steder i Finnmark.