Siden 1999 har Bekkby jobbet med marin biologi og økologi, geografiske informasjonssystemer (GIS), land-/sjøskapsøkologi, landskapsøkologiske indekser, skalaeffekter, geofysisk og økologisk (arter, habitater og biodiversitet) romlig prediktiv modellering, modellseleksjon, modellvalidering og ressursseleksjonsfunksjoner. Bekkbys mest sentrale arbeider omhandler studier av tareskogens struktur og økologiske funksjon, modellering av utbredelse og referansetilstand for ålegras og tareskog (stortare, , og sukkertare, ), modellering av arters utbredelse langs geofysiske gradienter og analyse og modellering av biodiversitet på bløtbunn.