Han ble tatt i ed som president 1. mars 1911. Han var en pragmatisk liberal politiker som så på seg selv som populist, og han innførte flere sosiale og økonomiske reformer. I 1912 etablerte han El Salvadors nasjonalgarde som skulle motarbeide opposisjonen mot ham og støtte jordeierne som var hans allierte. Araujo kritiserte sterkt USAs intervensjon i Nicaragua.