Kort etter at faren ble statsminister, inntrådte Moltke 1763 som deputert i det nyopprettede General-Krigsdirektoriet sammen med Peter Elias von Gähler, som han hadde vært elev av. I sin karakteristikk av Direktoriets medlemmer sier U A. Holstein om Moltke, at han er " og . Omtrent samtidig ble Moltke kommandør for begge gardeavdelinger. Men allerede 1765 fratrådte han som deputert, men årsaken var neppe uoverensstemmelse med den daværende makthaver, Claude Louis de Saint-Germain; for både under denne og under rivalen Karl av Hessen og senere under Struensee fikk Moltke forskjellige æres- og tillitsverv.