Som utenriksminister ble Czernins hovedmål å sikre en kompromissfred, samtidig som avtalene med Tyskland ble overholdt. Han oppdaget imidlertid raskt at Østerrike-Ungarns økende avhengighet av Tyskland utelukket en uavhengig utenrikspolitikk. Mens han motstrebende godtok behovet for å gjenoppta uinnskrenket ubåtkrig i februar 1917, så brukte han mye tid det året på å forsøke å overtale tyske politiske og militære ledere om nødvendigheten av en fredsavtale basert på kompromisser.