Som jernbanearbeider, var Bjerke involvert i fagforeningen Norsk Jernbaneforbund. Da tidligere formann Ludvik Buland døde i en konsentrasjonsleir i 1945, var Bjerke nær ved å bli valgt til formann på landsmøtet senere samme år, men tapte avstemningen til sosialdemokraten Marius Trana. Valgkomiteen hadde vært enstemmig i sin støtte til Bjerke, men angivelig påvirket Haakon Lie og Trygve Bratteli resultatet til Tranas fordel. Han ble valgt inn i sekretariatet til Landsorganisasjonen i Norge som den eneste kommunisten.