Universitetet ble etablert i 1964, og var først kjent under navnet «Université Officielle du Bujumbura» (U.O.B.). Dette var en sammenslåing av tre andre institusjoner: Agronomisk Institutt i Ruanda-Urundi, Pères Jésuites' Institutt for Psykologi og Bujumburas Vitenskapelige Institutt.