Likesom mange asiatiske land var Singapore ikke immunt mot korrupsjon. Lee så dette som en trussel, og innførte lover som gav myndigheten for korrupsjonsetterforskning, (CPIB), større makt til å foreta arrestasjoner, ransake, innkalle vitner og undersøke bankkontoer og skatteerklæringer for mistenkte personer og deres familier. Med Lees støtte fikk CPIB autorisasjon til om nødvendig å undersøke samtlige tjenestemenn eller ministre. Flere ministre ble senere tiltalte for korrupsjon.