I tiden etter hekseprosessene ble Mathers omdømme ikke forbedret av hans engasjement og tilknytning til rettssakene, heller ikke av at han senere nektet å fordømme hendelsene. Hans vegring mot å ta avstand fra justismordene var sannsynlig knyttet til hans langvarige vennskap med de involverte dommerne. Han ble også sterkt angrepet, også ærekrenket, av Robert Calef i dennes hardt kritiske kampskrift . Increase Mather demonstrerte mot boken ved å la den offentlige brenne ved Harvard.