Johnson fortsatte sin sterke interesse med å utgi viktige praktiske medisinske tekster på 1780-tallet og 1790-tallet, og det var i løpet av det førstnevnte tiåret at han produserte sine viktigste verk på dette området. I henhold til hans venn, legen John Aikin, etablerte han bevisst en av sine butikker i «sporene til medisinstudentene ved sykehusene i Borough», hvor de ville være sikre på å se hans varer, og det bidro til å etablere ham som et navn innenfor medisinske utgivelser. Johnson utga verkene til vitenskapsdissentere som han møtte via Priestley og Barbauld, som blant annet Thomas Beddoes og Thomas Young. Han utga også mange av verkene som ble skrevet av medlemmene av det såkalte «månesamfunnet», en uformell vitenskapsforening basert i Midlands som Priestley introduserte ham for. Han fikk trykt industriherren Samuel Galtons bok om fugler for barn og gruppens oversettelse av Carl von Linnés banebrytende bok («Plantenes system», 1774) i 1783. Han utga også verker av James Edward Smith, botanikeren som først han introdusert Linnés system til England.