Nanjō studerte klassiske kinesiske tekster og buddhisme i sin barndom før han ble sendt til Europa i 1876 for å studere sanskrit og indisk filosofi fra europeiske lærde, deriblant Max Müller, som han studerte under i England. Der møtte han den kinesiske buddhisten Yang Wenhui, som han hjalp til med tilegne seg omkring tre hundre kinesisk buddhistiske tekster som hadde gått tapt i Kina for å trykkes på nytt i trykkeriet i Nanjing. Han vendte tilbake til Japan i 1884 og var professor eller overhode på tallrike buddhistiske seminarer og universiteter inntil sin død.