Etter krigen ble Eberl enkemann for annen gang og fortsatte å praktisere medisin i Blaubeuren nær Ulm hvor han giftet seg på nytt. Eberl brukt sitt virkelige navn, men holdt sin virksomhet i T4 og i Treblinka skjult. I 1947 ble Eberl avslørt da tidligere internerte nevnte ham. Han ble arrestert i januar 1948. Han hengte seg i cellen 15. februar 1948 i Ulm i den amerikanske okkupasjonssonen. Ifølge Webb ble Eberl etterforsket for sin virksomhet i T4, mens hans arbeid i Treblinka var ukjent på den tiden.