På sitt løp sørøstover fra Mali får elva tilløp fra flere sideelver, men mister også mer vann gjennom fordamping. Vannføringen inn i Nigeria ble estimert til 25 km³/år før 1980-tallet og til 13,5 km³/år på 1980-tallet. Den viktigste sideelva til Niger i Nigeria er Benue, som løper sammen med Niger ved Lokoja. Den totale vannføringen fra sideelver i Nigeria er seks ganger høyere enn elvas vannføring når den renner inn i Nigeria, og vannføringen nær munningen av elva er 177,0 km³/år før 1980-tallet og 147,3 km³/år på 1980-tallet.