Med slike forhold ble bondeopprør naturlig nok tallrike, og selv innbyggerne i Moskva gjorde opprør mot Romanovene i 1648, 1662 og 1682. Den klart største bondeoppstanden i sekstenhundretallets Europa var i 1667, da de frie nybyggerne i det sydlige Russland, kosakkene, reagerte mot sentralmakten. Samtidig flyktet livegne bønder fra sine herrer og sluttet seg til opprøret. Kosakklederen Stenka Rasin ledet styrkene sine opp Volga og fikk med seg stadig flere på å kaste de lokale makthaverne. Tsarens styrker greide endelig å få bukt med opprøret i 1670, og året etter ble Stenka tatt til fange og henrettet. Likevel tok det ikke mer enn én generasjon før bøndene gjorde oppgjør igjen. Opprøret i Astrakhan i 1707–1709 ble til slutt slått ned, med det resultat at myndighetene strammet inn kontrollen over kosakkene.