Fra 1930 til 1932 hadde Erik Poppe utdanningsstilling ved Sauda sykehus, deretter var han to år ved Vestfold fylkessykehus i Tønsberg og tre år ved Bergens kommunale sykehus før han i 1938 ble reservelege ved Det norske radiumhospital og spesialist i medisinsk radiologi. Fra 1941 var han overlege ved røntgenavdelingen på Tromsø sykehus til han i 1947 kom til Rikshospitalets røntgen-radiumavdeling. I 1950 ble han overlege og dosent i røntgendiagnostikk ved Universitetet i Oslo. Fra 1954 var han så knyttet til Det Norske Radiumhospital som overlege og dosent i stråleterapi ved Universitetet i Oslo. I 1954 ble han professor i stråleterapi.