Elias Khoury vokste opp i Beirut i det overveiende kristne distriktet Ashrafieh i en gresk-ortodoks familie. Han begynte å lese den libanesiske forfatteren Jurji Zaydans verker i en alder av åtte år, som han senere sa hadde lært ham mer om islam og hans arabiske bakgrunn. Senere ble Khoury interessert i klassisk arabisk litteratur, russiske romaner av Pusjkin og Tsjekhov, og modernistisk litteratur.