Silverstone giftet seg med sin mangeårige kjæreste, rockemusikeren og basketballtreneren Christopher Jarecki, i en seremoni ved Lake Tahoe den 11. juni 2005. I 2009 ga Silverstone ut boken , en guide til riktig kosthold og ernæring for veganere som toppet The New York Times' bestselger-liste. Den 14. januar 2011 kunngjorde Silverstone og Jarecki at de ventet sitt første barn sammen. Den 5. mai 2011 fødte Silverstone en gutt som fikk navnet Bear Blu Jarecki. Paret skilte seg i november 2018.