Bakterier, ofte i kombinasjon med mugg- og gjærsopp har blitt brukt i over tusen år til fremstilling av gjæret mat som ost, soyasaus, surkål, eddik og yoghurt. Bakterier blir brukt til å bryte ned avfall på grunn av deres ferdighet til å bryte ned en stor variasjon av organisk materiale. Bakteriene har også den muligheten at de kan bryte ned hydrokarboner i petroleumsprodukter og blir ofte benyttet til å rydde opp i oljesøl. Kunstgjødsel ble brukt på strender i Prince William-sundet i et forsøk på å påskynde vekst av en naturlig voksende bakterie etter det beryktede -oljesølet i 1989. Dette var effektivt på de strendene som ikke var for tilsølet med olje. Bakterier blir også brukt til å bryte ned andre farlige kjemikalier. De er også viktig innen kjemisk industri i produksjon av rene kjemikalier som blir brukt innen legemidler eller kjemikalier brukt i landbruket.