Fiskefaunaen i Amazonas er sentrum for artmangfoldet av neotropiske fisker, dvs. ferskvannsfisker i Mellom- og Sør-Amerika, hvor det er kjente arter. Oksehaien har blitt observert opp i Amazonas, ved Iquitos i Peru. Arapaima, som i Brasil kalles (), er en av verdens største ferskvannsfisker, med en maksimal lengde på over 4,5 meter og vekt opp til . En annen av Amazonas' ferskvannsfisker er i beintungefiskfamilien, så som sølvarowana (), som også er en rovfisk og veldig lik arapaima, men som bare blir 1,2 meter lang. Også til stede i stort antall er den notoriske pirayaen, en kjøttetende fisk som samles i store stimer og som kan angripe husdyr og endog mennesker. Det finnes mellom 30 til 60 forskjellige pirayaarter, men bare noe få av disse er kjent for å angripe mennesker, hvorav den mest kjente er rødbukpiraya (). Candirú er et antall parasittiske, snyltemaller som alle er hjemmehørende i Amazonas. Elektrisk ål og mer enn 100 svakt elektriske fiskearter (gymnotiformes) finnes også i Amazonasbekkenet.