I perioden 1864–1920 fungerte den også i det alt vesentlige som grense mellom Danmark og Tyskland. I middelalderen kaltes elven for Skodborg Å etter den kongelige borgen Skodborghus, som lå ved et overfartssted sør for Vejen. Det var i århundrer tollgrense ved Kongeå, som skilte Kongeriket Danmark fra Hertugdømmet Slesvig. Kongeå nevnes også i Magnus den godes saga, som , i beskrivelsen av slaget ved Lyrskogshede.