Etter Abachas plutselige død i senere i 1998 ble det gjennomført frie valg i 1999. Olusegun Obasanjo vant med klar margin, og han ble også gjenvalgt fire år etter. Konstitusjonen hindrer presidenten i Nigeria å sitte over tre perioder, og forsøk på å endre dette ble blokkert av parlamentet i 2006. Valget i april 2007 ble derfor vunnet av presidenten Obasanjos utvalgte etterfølger, Mr Yar'Adua fra samme parti (Folkets demokratiske parti), som ifølge de offisielle slo den nærmeste motkandidaten Muhammadu Buhari med 24 638 063 stemmer mot 6 605 299. Det har kommet protester mot valgresultatet.