Generalkommissaren avsatte den provisoriske regjeringen 13. august 1941 og medlemmene av den provisoriske regjeringen avslo å delta i det nazikontrollerte «rådet» ledet av general Petras Kubiliūnas. Den tyske administrasjonen av Litauen var delt i fem distrikter med en kommissær i hvert: Hans Hingst (Vilnius by), Horst Wulff (Vilnius omland), Hans Gewecke (Šiauliai), Hans Kramer (Kaunas by) og Karl Lentzen (Kaunas omland). Den tyske administrasjonen besto av 600 tjenestemenn der beslutningene ble tatt, men de ble iverksatt av litauiske tjenestemenn på lavere nivå. Okkupasjonsmakten hadde ikke nok personell til å bemanne administrasjon og var avhengige av lokale tjenestemenn. Hvert litauisk departement ble ledet av en som var litauer. Disse lederne av departementene var stort sett fra det litauiske nasjonalistpartiet, en sterkt høyreorientert og ytterliggående antisemittisk gruppe. I mars 1942 ble en stripe land i Hviterussland administrativt lagt under generalkommissaren for Litauen, dette området hadde en jødisk befolkning på omkring 6000.