Ikke bare fikk han være i fred, han ble kort etter samme år som første europeer president for Det keiserlige matematiske direktorat (ofte kalt det astronomiske direktorat, ettersom dette var dets primære beskjeftigelse). Dette instituttet ble deretter (med det korte avbrudd som straks nevnes) under jesuittisk ledelse helt til 1744. Mellom 1651 og 1661 var han i tillegg en av de viktigste av mandsjukeiseren Shunzhis rådgivere. Shunzhi-keiseren var meget opptatt av lærdom, og også for impulser fra utlandet. Schall fikk etterhvert ikke bare gi ham råd innenfor astronomi og teknologi, men også om hvordan han burde styre sitt rike. Shunzhi gjorde Schall til sin personlige rådgiver og gav ham fri adgang til hvor han ville i palasset. Den unge keiseren kalte ham sin «bestefar». I 1658 forfremmet han til og med Schall til .