Mot slutten av 1950-tallet fokuserte han på bilderegi ved teateroppsetninger og tok opptak av flere scenestykker, ofte under Leopold Lindtbergs regi. Deriblant finner en klassikere som Wilhelm Tell, Don Carlos og Maria Stuart. I tillegg laget han flere lystspill med Hans-Joachim Kulenkampff. Stöger avsluttet filmkarrieren sin i 1961 og underviste samme år ved Institut für Theaterwissenschaft. Noen måneder senere døde han i nærheten av Wien.