Saban ble deretter en assistenttrener for Tampa Bay Storm i Arena Football League. To år senere ble han utnevnt til trener for ligaens nyeste lag, Milwaukee Mustangs, men fikk sparken etter en sesongstart på 0–4. Lagets general manager hadde et ønske om å være kompetetive, og mente at klubben «trengte noen endringer». Ikke lenge etter han fikk sparken fikk han en jobb med å assistere fotballprogrammet ved Alfred State College, en to-årig teknologiskole sørøst for Buffalo. I 1995 ble han den første hovedtreneren for fotballprogrammet ved SUNY Canton, hvor han ble værende i seks sesonger. Laget i Canton fant umiddelbart suksess, med et sesongresultat på 7–0 i 1995 og et sammenlagtresultat på 34–16 under Saban. Skolen oppkalte fotballbanen etter Saban sent på 1990-tallet.