O'Connor gikk på Peabody Laboratory School hvor hun ble uteksaminert i 1942, og begynte deretter på kvinnegymnaset Georgia State College, i dag Georgia College & State University, i et 3 års program og tok en eksamen sosialvitenskap i 1945. Året etter ble hun akseptert ved det prestisjefylte forfatterkurset ved Universitetet i Iowa hvor hun først studerte journalistikk. Mens hun var der møtte hun flere betydningsfulle forfattere og litterater som underviste, blant dem Robert Penn Warren, John Crowe Ransom, Robie Macauley, Austin Warren og Andrew Lytle. Sistnenvte, som i mange år var redaktør av , var en av de første som ble oppmerksom på hennes forfatterskap. Lytle utga senere flere av hennes fortellinger i foruten at han skrev kritiske essayer over hennes arbeid. Leder for forfatterskolen, Paul Engle, var den første som leste og kommenterte de første utkastene til hva som kom til å bli .