I 1990 var det 12 ferjer langs veien. Flere ferjesamband har tidligere blitt erstattet av bruer og tunneler. Rennfast ga i 1992 fastlandsforbindelse til øyene i Boknafjorden og inngår i E39. Nordhordlandsbrua fra 1994 og fjordkryssingene i forbindelse med Krifast fra 1992 inngår blant annet i E39. Begge disse tidligere prosjektene omfatter flytebruer, de eneste i Norge. Nordhordlandsbrua er landets nest lengste. Bømlafjordtunnelen fra 2000 var verdens nest dypeste undersjøiske tunnel da den ble åpnet. Regjeringen Solberg gikk inn for å legge E39 om Hareid (dagens fylkesvei 653 og fylkesvei 61) der Eiksundtunnelen i 2008 erstattet en ferge.