Mens han underviste på denne skolen, innså han behovet for en lærebok i geografi. Hans amerikanske geografi, utgitt i 1789, var også ment å utvikle en nasjonalfølelse i det fortsatt unge USA. Han fikk hjelp til å lage kartene av sin yngre sønn Sidney Edwards Morse (1794–1871). Den eldste sønnen, den fremtidige oppfinneren Samuel F. B. Morse (1791–1872), viet seg til maleri - skjønt ble mer kjent som telegrafpionér.