I 1998 ble Walter Weller ble tildelt æresbevisningen det store Sølvkors for fortjenestefull innsats for republikken Østerrike, en ære som tidligere er tildelt Herbert von Karajan. Han har også blitt tildelt Beethoven Society- medaljen i Østerrike samt Mozart Interpretation Award i Salzburg. I 1999 ble han tildelt medalje fra Cambrigde Biografisk Senter som blir delt ut til ”Outstanding People of the 20th Century”.