Struensees første problem var hvordan han skulle innordne sin egen, på daværende tidspunkt, noe uformelle makt i den eksisterende administrasjonen. Det rådet som i første rekke stod for den gamle styreformen, var Gehejmekonseilet. Det besto først og fremst av aristokratiske tyskere, og tross sin opprinnelige bestemmelse som kun en rådgivende forsamling, var det her makten egentlig lå i de periodene kongen ikke var i stand til å styre. Struensee prøvde først å kontrollere dette ved å innsette personer som han mente å kunne styre selv, bl.a. grev Rantzau, som hadde vært behjelpelig på Struensees vei mot makten.