I februar 1920 tilhørte Mikojan politbyrået for sentralkomiteen for Aserbajdsjans kommunistparti. Fra 1926 til 1946 var han etter tur folkekommissar for innen- og utenrikshandel, for forsyninger, for næringsmiddelindustrien og igjen for utenrikshandelen. Fra 1937 til 1946 var han også stedfortredende formann i folkekommissarenes råd (visestatsminister).