Jan Thomas Hansen (Pål Sverre Hagen), en ung mann dømt for et drap på en 4 år gammel gutt, har sonet ferdig sine åtte år i fengsel. Der lærte han å spille orgel, og trakterte dette instrumentet fast på søndagsgudstjenestene. Jan Thomas forsøker nå å starte et nytt liv og søker på en jobb som organist i Paulus kirke. I kirken møter Jan Thomas alenemoren Anna, som har en sønn på omtrent 4 år. De to får et nært forhold, og Jan Thomas velger å ikke fortelle henne om fortiden sin. Samtidig som Jan Thomas har begynt som organist, finner moren til den døde gutten, Agnes (Trine Dyrholm), ut at Jan Thomas har sluppet ut av fengselet, og livet hennes blir satt på hodet. Dette er den andre hovedpersonen filmen følger, og historiene blir etter hvert flettet sammen.