Friis Nilsen var redaktør i litterær avdeling sakprosa i Cappelen Damm forlag 2003-06. Han stiftet og var daglig leder for forlaget og tenketanken Res Publica i årene 2007-14. Han har vært gjesteforsker ved University of Cambridge 2000-01 og 2014-15. Han var førsteamanuensis ved Internasjonal avdeling med historie, Høyskolen i Lillehammer fra 2015.