Santon dro til Inter som 14-åring, fra Ravenna. Han var i utgangspunktet ving, men ble snart flyttet ned til en mer defensiv rolle. Etter å ha hjulpet Inters U-20-lag å vinne 2006–07 U-20-serien, ble han kalt opp til førstelagets treningsleir i Syd-Tirol før 2008–09-sesongen.