Båten ble senket under andre verdenskrig av en torpedo 11. april 1940. Skipet var da på vei fra Bremen i Tyskland til Oslo med krigsmateriell, soldater og 150 hester. Det var den britiske ubåten «Triad» som stod bak torpederingen, og de sendte avgårde kun en torpedo. Det ble organisert tauing av båten for å berge lasten, men ved inngangen til Larviksfjorden gikk de på et skjær og kom seg ikke videre. Lysbombedropp fra engelske fly gjorde at bergingen måtte utsettes. Lederbåten i konvoien fant «Jonia» igjen morgenen etter angrepet; den fløt da fortsatt. To mann ble plassert om bord på «Jonia», som like etter fikk slagside og sank i løpet av 40 sekunder.