Men det ble også reist sak mot ham i Guatemala. Den 10. mai 2013 ble Ríos Montt dømt for folkemord og forbrytelser mot menneskeheten. Han be dømt til 80 års fengsel. Ved domfellelsen sa dommer Iris Yassmin Barrios Aguilar at han var «ansvarlig for planleggingen av folkemord», som hadde gått ut over fremfor alt folkegruppen ixil.