Tilhengere av fylogenetisk nomenklatur hevder at tradisjonell systematikk med sine kategorier ikke setter skarpe grenser for hva som inkluderes i de forskjellige gruppene, og at disse grensene flyttes ettersom når ny forskning endrer stamtreet. De foretrekker den fylogenetiske framgangsmåten, siden selve definisjonen på en gruppe forblir konstant selv om treet endres. Det er imidlertid ingen enighet om hvorvidt slike endringer er vanlige i naturvitenskaper utenfor biologien, og om det er tilfelle, hvorvidt biologi skal følge praksisen i andre vitenskaper. Kjemi har blitt brukt som eksempel.