Da en av de luthersk utdannede Promnitzdøtrene i 1724 giftet seg med den reformerte fyrsten August Ludwig von Anhalt-Köthen hble Allendorf med som deres personlige sjelesørger til Köthen. I løpet av de to tiårene han tilbrakte der skrev han flere bøker med kirkesanger, blant dem den pietistiske i 1736. Etter at fyrstinnen døde dro han i 1750 som prest til Wernigerode og derfra i 1755 til nabobyen Nöschenrode. Fra slutten av 1759 jobbet han som prest i St. Ulrich i Halle (Saale), hvor han også underviste ved et luthersk gymnas.