Han var sønn av sogneprest Matthäus Schwegler (1793–1839) og Friedericke Henriette Pestell. Etter å ha vært elev ved latinskolen i Schwäbisch Hall og seminaret i Schöntal studerte han filologi under Friedrich Theodor Vischer og teologi under Ferdinand Christian Baur, Christian Friedrich Schmid og Isaak August Dorner ved Universitetet i Tübingen. Han fikk doktorgraden i 1841 for en avhandling . Samme år skaffet han seg et navn med den kirkehistoriske avhandlingen («Montanismen og den kristne kirken i det 2. århundre»). Fra 1843 var han privatdosent i filosofi og filologi.