Nordøst i fylket renner Glomma og sideelven Vorma inn fra Innlandet, før Vorma renner ut i Glomma i Nes kommune. Glomma fortsetter deretter sin ferd nedover gjennom en rekke kommuner før den til slutt når sitt utløp i Fredrikstad. Vorma kommer fra Mjøsa, som også tildels ligger i Viken. Glomma utvider seg til innsjøen Øyeren ved Fetsund, hvor også Nitelva og Leira har sine utløp. Øyerens utløp er igjen til Glomma, som fortsetter nedover mot Østfold-områdene. Nederst i elveløpet omslutter Glomma Tunøya (82 km) og Rolvsøy (60 km), som danner Vikens største øyer, begge relativt tett befolket. Sarpsborg sentrum samt større deler av de omliggende områdene ligger på Tunøya, mens en betydelig del av Fredrikstads befolkning og næringsområder ligger på Rolvsøy. Av saltvannsøyer er Kirkøy i Hvaler størst, med et areal på 30 km. Raet strekker seg inn fra Sverige og igjennom Indre Østfold, før det krysser Oslofjorden ved Moss. Raet demmer opp innsjøene Vansjø, Vestvannet, Tunevannet, Isesjøen og Femsjøen. I nærheten finnes næringsrike jordbrukslandskap og mot nord og øst i Indre Østfold er det jordbruksbygder med store skog- og myrstrekninger, som også strekker seg nordover til Follo og Romerike.