Britene bygget et skipsverft, lagerhus og et hospital på Malta. Selv om malteserordenen krevde Malta tilbake, beholdt britene sitt grep om øyene og Paris-traktaten av 1814 fastslo britisk overherredømme over øyene. En britisk guvernør ble installert på Malta, men Malta beholdt sine rettighetskrav og religionsfrihet ble akseptert.