Shanghai er en av verdens travleste havner. Fra gammelt av har havnen langs elven Huangpu – både inne ved byens sentrum og ute ved dens utløp i Yangze – vært blant Kinas viktigste, både for oversjøisk sjøtransport, elvefart og kanaltransport. Byen har dessuten konstruert en ny og moderne havn et stykke ute i Hangzhoubukten.