I løpet av borgerkrigene mellom Ptolemaios VIII Fyskon og hans mor Kleopatra II, tidsrommet 132-127 f.Kr., levde Ptolemaios Lathyros med sin mor Kleopatra III og øvrige familiemedlemmer på Kypros. I henhold til den kongelige skikk i Egypt ble Ptolemaios Lathyros gift med sin søster Kleopatra IVpå Kypros, noe som må tolkes som en forberedelse av en gang å overta tronen i Egypt som den eldste sønn. Senere ble han gjort til guvernør av Kypros.