Men der Nils Arne fortsatte med seriegull, slet Eggen jr med å få Moss ut av nedrykkssumpa. Laget overlevde såvidt i sesong etter sesong frem til 2001. Både klubben og Eggen ble lei av middels plasseringer i Tippeligaen, og den tidligere Molde-treneren Erik Brakstad fikk oppgaven med å overta trenerrollen etter Knut Torbjørn Eggen før 2002-sesongen. Det ble tidlig klart at Moss fikk en tung sesong, og i slutten av august ble det klart at Rune Tangen erstattet Brakstad som trener. Han klarte imidlertid ikke å redde klubben fra nedrykket som fulgte.