Etter en undersøkelse bestilt av pave Frans av den pastorale situasjon i erkebispedømmet Köln og håndteringen av saker om seksuelle overgrep, som så ble foretatt av to apostoliske visitatorer i juni 2021, kunngjorde Den hellige stol den 24. september 2021 at paven ikke aksepterte Puffs avskjedssøknad som hjelpebiskop, ettersom selv om det ble funnet isolerte mangler i hans embetsutøvelse, så dekket han ikke bevisst over noe, eller ignorerte de berørte. Biskop Puff gjenopptok deretter sin tjeneste som hjelpebiskop og uttalte at han ville fortsette å arbeide med pastoral omsorg for hjemløse; hans erfaringer de siste månedene som sjelesørger for dem og på et eldresenter hadde forandret ham innerlig. Han bad om tilgivelse for de forseelser han kunne lastes for, og sa at han ville bestrebe seg på en arbeids- og livsstil som gjorde det lettere for folk å ha tillit til ham. En del av sin lønn ville han gi til et fond for berørte.