Inntil begynnelsen av 1970-tallet var planktoneteren den viktigste fisken i innsjøen. Den fantes ned til over 100 m dyp og hadde en maksimal lengde på 16,5 cm og en vekt på 60 g. Arten er ikke så vanlig lenger. finnes både i elver og i selve Issyk-Kul. Det er to former i innsjøen, en som gyter i innsjøen om vinteren og en mindre form som gyter i elver om sommeren. Arten hadde stor betydning i fisket fram 1970-tallet. Snøkarpen er en alteter som kan bli 70 cm lang og 8 kg. Den gyter på steingrunn på grunt vann nær vannplanter. Den hadde tidligere litt økonomisk betydning.