Som en liberal tenker i utenrikspolitikken har Nye blitt kalt motstykket til den konservative Harvard University-kollegaen Samuel P. Huntington. Nye har vært tilknyttet stabene til de demokratiske presidentene Jimmy Carter og Bill Clinton. I perioden 1977–1979 var Nye assisterende viseutenriksminister for sikkerhetshjelp, forskning og teknologi, og ledet Det nasjonale sikkerhetsrådets gruppe for ikke-spredning av atomvåpen. Han var formann i Det nasjonale etterretningsrådet 1993–1994 og assisterende forsvarsminister for internasjonale sikkerhetsspørsmål 1994–1995.