I 1549 og 1550 arbeidet han på en samling salmemelodier hvor de fleste tekstene var oversatt av Clément Marot og Théodore de Bèze. I hvilken grad han var komponist, arrangør eller samler var usikkert før en lenge savnet utgave av Genève-psalteret kom til biblioteket ved Rutgers University. I en note til leseren spesifiserer Bourgeois nøyaktig hva hans forgjengere har gjort, hva han har forandret og hva som er hans egne bidrag. Han er en av de tre «hovedkomponistene» til melodiene i Genève-psalteret.