Eli og Peyton Manning var frivillige etter orkanen Katrina. Brødrene hjalp til med forsyning av vann, Gatorade, morsmelkerstatning, pimpstein og puter til New Orleans. Etter å ha besøkt University of Mississippi Medical Center Blair E. Batson Hospital for Children startet Eli en 5-årig kampanje i 2007 for å samle inn $2,5 millioner for byggingen av "The Eli Manning Children's Clinics" ved barnesykehuset. I 2007 sa Manning, "I am humbled by the work they do and am honored to make this five-year commitment to help raise funds to build this state-of-the-art clinic that will serve Mississippi families for years to come." Faren hans, Archie Manning samlet også inn penger til støtte for gjenoppbyggingen etter Katrina.