Aukrust ble født 2. oktober 1886 i Lom, på gården Aukrust. Hans foreldre var Olav Olsen Aukrust (1851–1931) og Marit Paalsdatter Andvord (1864–1936). Han var bror av lyrikeren Olav Aukrust og politikeren Paal O. Aukrust. Sønnene Odd Aukrust og Kjell Aukrust ble henholdsvis forskningsdirektør og forfatter.