Øya har vært bosatt siden den mesolittiske perioden, og i løpet av historien har den vært bosatt til forskjellige tider av piktiske og gæliske stammer, norrøne nordboere fra Norge, og spesielt de mektige integrerte norrøn-gæliske klanene MacLeod og MacDonald. Øya ble ansett for å være under norsk overherredømme frem til Perthtraktaten fra 1266, som overførte kontrollen til Skottland. De jakobittiske opprørene på 1700-tallet førte til oppløsningen av klansystemet og senere («Utrenskningen av Høylandet») som erstattet hele samfunn med sauegårder, hvorav noen involverte tvangsutvandringer til fjerne land. Innbyggertallet gikk ned fra over 20 000 på begynnelsen av 1800-tallet til i underkant av 9 000 ved det siste tiåret av 1900-tallet. Skyes befolkning økte med 4 % mellom 1991 og 2001. Omtrent en tredjedel av innbyggerne var gælisktalende i 2001, og selv om antallet er i nedgang, er dette aspektet ved øykulturen fortsatt viktig.