Dette førte til en borgerkrig mellom de to gruppene. Karl IX døde i 1574, og den yngre broren, Henrik III (1551–1589), ble konge. I 1576 ble det gjennomført en fredsavtale som ga hugenottene gode betingelser. Katolikkene dannet Den katolske liga, og de ønsket krig. Henrik III var imidlertid dårlig likt av begge sider. Da broren til Henrik III døde, var det klart at Henrik av Navarra var neste i arverekken. Katolikkene gjorde derfor opprør mot den sittende kongen, som de uansett ikke likte, for å forhindre dette. De jaget kongen ut av Paris, og kongen gikk til Henrik av Navarra for å få hjelp. Sammen beleiret de Paris, men kong Henrik III ble drept i et attentat. Henrik av Navarra ble dermed konge, og lovet å konvertere til katolisismen. Siden katolikkene ikke hadde noen god motkandidat, gikk de med på det. I 1594 ble Henrik kronet til Henrik IV av Frankrike. I 1598 kom Ediktet i Nantes, som ga hugenottene mange rettigheter i enkelte byer og geografiske områder. Dermed var nesten tretti års blodig borgerkrig over.