I nåtiden, når visjonene hans begynner å svikte, planlegger Kodai å få sin tidligere kraft tilbake, og igjen ødelegge byens grønne omgivelser. Han fanger to Pokémon, en Zoroark og en Zorua, og frakter dem over havet med Kodais fly på vei til Crown City. Men Zorua bruker kreftene sine til å rømme. Pokémon-trenerne Ash Ketchum, Dawn og Brock oppdager Zorua i en skog rett utenfor byen, og tar den med seg til Crown City for å gjenforene ham med Zoroark. Kodai slipper den fengslede Zoroark løs over byen, og viser henne en video som later som hun holder Zorua som gissel.