Før 2006/2007 sesongen var målet opprykk til League Two, men etter 1 poeng på 6 kamper fikk Rob Newman sparken. Tidligere Nord-Irland spiss Jimmy Quinn (som hadde en kort men god periode som trener for norske Egersund IK våren 2005) ble ansatt til å redde klubben fra nedrykk. Sesongen ble svært vanskelig for Cambridge United, og klubben lå under nedrykkstreken stort sett hele sesongen. En svært god høstsesong, med blant annet ny klubbrekord med 7-0 seier hjemme mot Weymouth FC, reddet klubben fra nedrykk. Etter 1-0 seier mot allerede nedrykkede Tamworth FC i siste serierunde endte Cambridge United opp på 17.-plass. Fire plasser og fire poeng over nedrykk.