Den femten år gamle prinsen ble kronet den 24. juni i Scone Abbey. Opprørerne som hadde kjempet mot faren ved Sauchieburn skal ha hatt den nye kongen som sin kandidat til tronen, og da Jakob IV fikk vite at han således hadde hatt en indirekte rolle i farens død bestemte han seg for å gjøre bot. Resten av sitt liv bar han i fastetiden en tung cilice, en lenke med skarpe pigger, rundt livet.