Bombeflyene inngikk i Strategic Air Command (SAC), inntil denne ble lagt ned i 1992 og flyene ble overført til Luftkampkommandoen (Air Combat Command, ). Slik forble det frem til februar 2010, da alle B-52 Stratofortress og Northrop Grumman B-2 Spirit ble overført fra ACC til den nylig etablerte Air Force Global Strike Command (AFGSC). Flyets prestasjoner i hastigheter like under lydhastigheten, og de forholdsvis lave driftskostnadene, har gjort at flyet har forblitt i aktiv tjeneste til tross for at det senere har kommet nye bombefly, som for eksempel North American XB-70 Valkyrie, overlydsflyet Rockwell B-1B Lancer og stealthflyet Northrop Grumman B-2 Spirit. B-52 feiret sitt 50-årsjubileum i aktiv tjeneste i 2005. Av andre fly med tilsvarende lang aktiv tjeneste kan nevnes English Electric Canberra, Tupolev Tu-95, Lockheed Martin C-130 Hercules, Boeing KC-135 Stratotanker og Lockheed U-2.) B-52 anvendes også som moderfly for romfartøyer som X-15 og Pegasusraketter.