Julius Weizsäcker tok sin habilisasjon i 1859 og virket som privatdosent i Tübingen før han i 1860 ble medarbeider ved den historiske kommisjon i München. I 1864 ble han professor i Erlangen, 1867 i Tübingen, 1872 i Strassburg, 1876 i Göttingen og 1881 i Berlin.