Fra 2007, etter å ha pensjonert seg fra romfartøyoperasjoner, fungerte hun som visedirektør for Johnson Space Center, og hjalp til med å administrere og lede Astronautkontoret og luftfartøy-operasjoner. 1. januar 2013 ble Ochoa den første latinamerikanske og andre kvinnelige direktøren for Johnson Space Center.