I Auschwitz ble de mishandlet av SS-menn, tyske sivile og såkalte . Polske fanger forfremmet til ledende kapo omtalte Pilecki foraktlig som eks-polakker. Pilecki hadde fangenummer 4859 og ved hjelp av fangenummer ble tildelt kronologisk er det mulig å fastslå hvor mange fra hver «kohort» som var i live på et gitt tidspunkt. Etter to år var 10 % av Pileckis gruppe i live. Pileckis gode fysikk medvirket trolig til at han overlevde. I tillegg lykkes han å skaffe seg spesielle oppgaver der han unnslapp den mest brutale behandlingen. De spesielle oppgavene ga ham relativt stor bevegelsesfrihet og han bygget opp et nettverk av kontakter i leiren. På denne tiden var Auschwitz hovedsakelig en leir for polsk fanger.