Etter det korte oppholdet i Norge 1939-1940 ledet han i noen måneder etterretningstjenestens avdeling for Skandinavia/Norge, han ble etterfulgt av J.B. Newill som også hadde vært i Norge 9. april. Newill ble i sin tur etterfulgt av Eric Welsh. Fra 1941 til 1942 ledet Foley avhørene av Rudolf Hess, Hitlers stedfortreder som på egen hånd hadde reist med fly til Storbritannia. Foley konkluderte etterhvert med at Hess visste lite og at han ikke var mentalt frisk. I september 1940 skrev Albrecht Haushofer til Hertug av Hamilton og foreslo et møte i Lisboa. I januar 1941 reiste Foley sammen med Reid til Lisboa, trolig for å vurdere om henvendelsen fra Haushofer kunne danne grunnlaget for en hemmelig operasjon. Katharine (Kay) Foleys etterlatte dagbøker kaster lys over denne underlige episoden i andre verdenskrig. I 1942 tok Foley over ledelsen av MI6 «double-cross» avdeling. Ifølge Kramish var Foley en av dem som vurderte om den såkalte Oslorapporten var ekte.