Masaryk greide tross utgangspunktet å få seg videre utdanning, ved gymnaset i Brünn (nåværende Brno) og Wien. Deretter, studerte han filosofi i Wien (sammen med Franz Brentano) og i Leipzig (sammen med Wilhelm Wundt) fra 1872 til 1876. I 1879 ble han dosent i Wien. I 1882 ble han utnevnt til professor i filosofi, og fra 1897 hadde han fast stilling i Praha. Året etter grunnla han tidsskriftet , med fokus på tsjekkisk kultur og vitenskap.