Han fikk opplæring av faren som var kirkemaler, men studerte seinere historiemaleri ved kunstakademiet i München under innflytelse av landsmannen Franz Defregger og den franske maleren Jean-François Millet. I 1899 flyttet han til Wien. Etter 1900 utviklet Egger-Lienz sin formelle kunststil i en ekspressiv, monumental retning påvirket av den sveitsiske symbolisten og jugendmaleren Ferdinand Hodler. 1911-1912 var han professor ved kunstskolen i Weimar og tjente seinere som krigsmaler under den første verdenskrig. I 1918 takket han nei til et professorat ved akademiet i Wien og slo seg ned i Sør-Tirol.