Skolen ble kjent på 1800- og tidlig 1900-tallet for dets forsvar for kalvinistisk presbyterianisme og utviklingen av skoleretningen Princeton Theology. Senere ble skolen scene for en fundamentalistisk-modernistisk strid. Striden, som gikk blant annet ut på betydningen av læren, førte til at den konservative fløy brøt ut og dannet Westminster Theological Seminary (i Philadelphia), som ble ledet av John Gresham Machen.