Tidevann kan skape sterke strømmer i trange sund mellom hovedfjorden og fjordarmene. Sund som er så smale at det tar lang tid å fylle og tømme fjordarmen fører til forsinket tidevann og mindre tidevannsforskjeller. Strømmen til Borgenfjorden kan komme opp i 9 knop og fartøy kan passere bare når det er flo i Borgenfjorden og flo i Borgenfjorden er over 2 timer etter flo i hovedfjorden med en tidevannsforskjell på 90 cm. Tidevannsforskjellen i hovedfjorden er gjennomsnittlig 1,8 meter. Trondheimsfjorden har flere holmer som blir landfaste ved fjære, blant annet Steinviksholmen. Der tidevannet møter utstrømmende vann fra de store elvene blir det mindre avstand mellom skarpe bølgetopper noe som kan være vanskelig for små båter.