Bosetningen ble grunnlagt i 1839 av tsjerkesogai-armenere under navnet (russisk: Армя́нский ау́л). Navnet ble endret til Armavir i 1848 etter Armenias gamle hovedstad, og den fikk bystatus i 1914. Under den russiske borgerkrigen i 1918–1920 fant det sted mange brutale kamper ved byen. Taman-armeens militære kampanje sluttet i Armavir i 1918. Sovjetisk autoritet ble etablert i Armavir i mars 1920. Under andre verdenskrig var byen okkupert av den tyske arme, og den ble frigjort i januar 1943.