Kjernen i overdragelsen av Gelug-tradisjonen ligger i Atishas Mahayana-lære og i dens forening av praksis i sutra og tantra. Tsongkhapa sammenfattet Mahayana-læren fra de store indiske mestrene Nagarjuna og Asanga i verket . Tsongkhapa førte sammen den tantriske læren av Guhyasamja, Chakrasamvara og Yamantaka i Gelug-tradisjonen. Han var en viktig person, som Atisha har vært i overdragelsen av Kalachakra-tantraen i Tibet også.