I 1989 ble han president for Det pavelige rådet for fremme av kristen enhet, en stilling han hadde til han gikk av på grunn av høy alder i 2001. I 1999 var kardinal Cassidy sammen med Det lutherske verdensforbund ansvarlig for publikasjonen av , som ble ansett i vide kretser som en økomenisk milepæl mellom katolikker og lutheranere. Da han senere reflekterte på dette, sa Cassidy at dette var den ene ting han med trygghet ville fremlegge til sitt forsvar på dommedag.