I år 20X5 angriper Space Pirates et forskningsfartøy som eies av Galactic Federation, og de beslaglegger prøver av Metroid-skapninger – de parasittiske livsformene som har blitt oppdaget på en planet kalt SR388. Disse metroidene kan feste seg til enhver organisme, og tappe dens livsenergi for å drepe organismen. Piratene planlegger å gjenskape Metroider ved å utsette dem for betapartikler, og deretter bruke dem som biologiske våpen for å ødelegge alle levende vesener som forsøker å motsette seg piratene. Men Galactic Federation lokaliserer piratenes operasjonsbase, som ligger på planeten Zebes. Føderasjonen angriper planeten, men piratene gjør stor motstand og tvinger etter hvert føderasjonen til å trekke seg tilbake.