Jernbanenettet er statsdrevet og hadde i 2014 en samlet lengde på over 1 800 km, hvorav 767 km var dobbeltsporet og elektrifisert. Jernbanenettet dekker mesteparten av Malayahalvøya, og er forbundet med Thailand. På Borneo finnes jernbane bare i delstaten Sabah. Noen byer, deriblant Kuala Lumpur, har et bybanenett for å avlaste veitrafikken.