Elva har utspring på Bolsjezemelskaja Tundra, og renner først mot nordøst, deretter mot øst, før den etter samløpet med Urerjakha snur mot nordvest. Den munner ut i Petsjorahavet ved landsbyen Tsjornaja, som har navn etter elva. Tsjornajas løp er svært svingete med mange meandere.