I 1980 hadde hun opptredener i Blackadder der hun spilte mot Rowan Atkinson. Hun var en av de opprinnelige skuespillerne i London-produksjonen av musikalen Wicked i 2006 der hun spilte karakteren Madame Morrible der hun spilte mot Idina Menzel, en rolle som hun også spilte på Broadway-teateret i 2008. Margolyes gjentok sin rolle som professor Sprout i filmen Harry Potter og dødstalismanene – del 2 som kom ut i 2011. Hun hadde en rolle i BBC-dokumentaren University Challenge: The Story So Far..