Johannes av Brienne dro til Roma, hvor han hadde pave Honorius’ sympati, og ignorerte Fredriks krav om å være konge av Jerusalem. Balian Garnier av Sidon, Simon av Maugastel, erkebiskopen av Tyr, og de andre adelige fra Jerusalem som hadde eskortert Isabella til Brindisi, anerkjente ydmykt Fredrik som deres lovlige konge. Merkbart var dog de som ikke var tilstede var adelsfamilien Ibelin, en av de mest betydningsfull i Jerusalem. Likevel krevde loven – Jerusalems (en samling juridiske avhandlinger på gammelfransk som inneholdt lovene til middelalderens kongerike Jerusalem) – at monarken var bosatt i kongeriket, noe Fredrik ikke gjorde. Fredriks første kongelige resolusjon var å gi nye privilegier til Hermann av Salza og de teutoniske ridderne, og sette dem på lik linje med tempelriddere og johanitterriddere. Thomas av Aquino, keiserens mangeårige rådgiver, erstattet Odo av Montbéliard som kongedømmets .