Ifølge Anthony Bryer angret Johannes senere at han hadde latt sin far drepe, og en av indikasjonene som Bryer anfører er at han bygget et frittstående gravsted utenfor Panagia Chrysokephalos-katedralen hvor han flyttet sin fars levninger. En tyrkisk tradisjon forteller om at graven er bygd over en tyrkisk helt under beleiringen av Trapezunt i 1461, og graven har derfor blitt spart under herredømmet til osmanene. I 1916, under den russiske okkupasjonen av området under Første verdenskrig ble graven undersøkt av Fyodor Uspensky som fant levninger av to personer oppå hverandre. Det eldste skjelettet ble av Uspensky identifisert som Alexios.