Fra 1843 var han major i armeen, forfremmet til oberstløytnant og bataljonssjef i 1850. Heyerdahl var fra 1840 til 1847 inspeksjonsoffiser Den militære høyskole (etablert 1817) på Akershus festning. I 1836 ble han med i sentralkommisjonen for landets befestningsvæsen.