Etter å ha blitt besatt av en fremmed makt og ha vært avhengig av utenlandske styrker for beskyttelse, ble Den helvetiske republikken meget upopulær. Dette førte til tunge økonomiske og politiske problemer og flere opprør. I 1813, da den franske krigslykken snudde, etter at Napoleon ble beseiret i Russland og i folkeslaget ved Leipzig, ble den desentraliserte regjeringeformen fra før 1798 gjeninnført. Ved Wienerkongressen i 1815 garanterte datidens stormakter sveitsisk nøytralitet. I praksis gikk Sveits tilbake sine gamle føydale strukturer, skjønt kantonene Sankt Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau, Tessin og Vaud forble frie medlemsstater av forbundet istedenfor deres gamle status som tilknyttede medlemmer eller underlagt områder. Kantonene Wallis, Neuchâtel og Genève, som hadde blitt annektert av Frankrike i 1798, ble igjen innlemmet i Sveits. Landet bestod deretter av 22 kantoner med grenser som fortsatt er gyldige.