I 2005 lot Than Shwe avsette og arrestere landets statsminister, generalløytnanten og lederen for sikkerhetspolitiet, Khin Nyunt, som av mange ble oppfattet som juntaens sterke mann selv om han offisielt hadde en stilling rangert under Than Shwe og Muang Aye, vise senior general. Khin Nyunt ble idømt fengselsstraff på 44 år, i tillegg ble flere av hans slektninger idømt lange fengselsstraffer.