Da Universitetet i Trondheim ble etablert i 1968, ble museets bibliotek og museumssamlinger del av universitetets virksomhet. I 1984 overtok Staten biblioteket og samlingene. DKNVS beholdt en fondskapital og en landeiendom som forvaltes av en stiftelse. Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab besto deretter av Stiftelsen og Selskabet.