I 1948 ble det første interterritoriale samarbeidet mellom Kenya (som da var britisk koloni), Uganda (som da var britisk protektorat) og Tanganyika-territoriet formalisert. Da ble etablert. Dette var en tollunion, med felles toll, valuta og porto, og behandlet også felles tjenester innen transport og kommunikasjon, forskning og utdanning. Da medlemslandene ble uavhengige land ble disse integrerte oppgavene rekonstituert, og East African High Commission ble erstattet av , som mange observatører trodde ville føre til en politisk føderasjon mellom de tre områdene. Den nye organisasjonen fikk problemer på grunn av mangel på felles planlegging og finanspolitikk, separate politiske retningslinjer, og Kenyas dominerende økonomiske stilling. I 1967 ble derfor East African Common Services Organisation erstattet av . Dette organet hadde som mål å styrke båndene mellom medlemmene gjennom et felles marked, felles tolltariff og en rekke offentlige tjenester for å oppnå balansert økonomisk vekst i regionen.