Klimaet i Alta er noe imellom kyst- og innlandsklima. Om vinteren blir det en sjelden gang under −25 °C, og om sommeren sjelden over 25 °C. Somrene kan være uvanlig varme for steder så langt nord, og noen dager i månedsskiftet juli-august er det gjennomsnittlig varmere i Alta enn i Trondheim. Sammenliknet med andre steder lenger sør er det særlig våren som er kald og kommer sent. Middeltemperatur for januar er −8,7 °C, for juli 13,4 °C, og for hele året 1,3 °C på Alta lufthavn. Det faller 400 mm nedbør i et normalt år, altså litt over halvparten så mye som i Oslo.