Strugstad tilhørte den delen av Venstre som gikk sammen med Høyre og utgjorde Samlingspartiet ved stortingsvalget i 1903. Han kom noe i skyggen av Georg Stang, og den nye regjeringens program var å løse unionsspørsmålene med Sverige ved forhandling alene. Strugstad advarte i 1904 mot å avskaffe repetisjonsøvelsene og andre nedskjæringer, men måtte følge Stortingets vedtak. Etter forhandlingsbruddet med svenskene i mars 1905 tilhørte Strugstad «den fraksjon av regjeringen som holdt på ‘den lange lovlinje’, og han advarte i spesialkomiteen mot å fremtvinge unionens oppløsning, særlig på et tidspunkt da Sverige på grunn av den russisk-japanske krig hadde frie hender overfor Norge», skrev militærhistoriker og offiser Odd Lindbäck-Larsen.