Greene var viktig blant de som anbefalte en retrett fra New York og å brenne ned byen slik at britene kanskje ikke kunne bruke den. Han fikk kommandoen over Fort Lee på New Jersey–siden av Hudsonelva. Han etterfulgte general Israel Putnam den 25. oktober 1776 som kommandant av Fort Washington på den andre siden av elva fra Fort Lee. Han fikk ordre fra Washington om å forsvare Fort Washington til det ekstreme, og kongressen vedtok en resolusjon som sa det samme, men senere skrev Washington til ham at han skulle bruke skjønn. Greene gav oberst Magaw som var i umiddelbar kommando, å forsvare stedet til han hørte fra ham igjen og forsterke det for å møte general Howes angrep. Skylden for tapet av fortene ble lagt på Greene, men tilsynelatende uten at han mistet tillit hos Washington som selv tok ansvaret.