Pavel Chekov og kaptein Clark Terrell leter etter en livløs planet om bord på USS «Reliant», som er tenkt som et teststed for Project Genesis, en innretning som reorganiserer materie på et sub-atomisk nivå, og gjør livløse omgivelser til noe som kan opprette og støtte liv. De stråler seg ned på en passende planet, Ceti Alpha VI, og blir deretter raskt fanget av "Khan Noonien Singh" og hans menn. Khan og hans følgesvenner er genetisk-endrede flyktninger fra det 20. århundret. De har vært holdt i kunstig dvale i verdensrommet, der de ble funnet av og daværende Captain Kirk (i 1967 -episoden "Space Seed"). Etter at Khan prøvde å drepe mannskapet på og stjele romskipet, ble de forvist til Ceti Alpha V. Planeten ble livløs etter en supernova og endringer i banen. De fleste av Khans følgesvenner døde, inklusive hans kone, og på grunn av dette skylder Khan på Kirk for alt som har skjedd. Khan bruker et slags dyr til å tanke-kontrollere Chekov og Terrell og tvinger dem til å avsløre hva oppdraget deres er, og hvor admiral Kirk holder til.