Byen León ble grunnlagt i 1524 av Francisco Hernández de Córdoba, conquistadoren som erobret Nicaragua, omtrent 30 km fra stedet der byen ligger nå, ved sjøen Xolotlán (Managuasjøen), under vulkanen Momotombo. I 1610 ble imidlertid byen flyttet etter et jordskjelv og et vulkanutbrudd som i stor grad ødela gamle León. Byen ble flyttet til (eller inntil) en av urinnvånernes landsbyer, Subtiava. I dag er ruinene av det første León kjent som , gamle Leon.