Likevel hadde øya en viss grad av selvbestemmelse og generell frihet fram til midten av 100-tallet e.Kr. da uroen i Egeerhavet i form av angrep fra pirater gjentatte ganger rammet øya og førte deler av befolkningen bort i slaveri. I bysantinsk tid i senantikken havnet i dunkelhet, stadig plaget av angrep fra arabere, gotere, tyrkere og andre folk. Blant de få tingene som er kjent om øya i denne epoken er at også jordskjelv rammet øya, fulgt av jevnlige utbrudd av pest og sykdom som utarmet befolkning.