I 1999 ble deler av Uninetts virksomhet skilt ut som eget selskap, Uninett FAS (Felles Administrative Systemer). FAS skulle utvikle tekniske løsninger for effektiv drift av administrative tjenester for UH-sektoren. I 2002 og 2003 ble ytterligere to datterselskap etablert, Uninett ABC og Uninett Norid. ABC skulle bruke Uninetts kompetanse og erfaring til nettutbygging til de øvrige utdanningsinstiusjonene i Norge, med vekt på grunnskolen og de videregående skolene. Norid skulle videreføre administrasjonen av domenenavn under .no-domenet. Datterselskapet Uninett Sigma, ble opprettet i 2004. Sigma har senere endret navn til Uninett Sigma2, og koordinerer tungregning og lagring i UH-sektoren.