Ved hennes siste farbror Karl IVs død i 1328, gjenstod det en rekke forskjellige personer med krav på Frankrikes trone blant slektninger til den siste konge, blant dem Johanna og hennes ektemake. De forskjellige kandidatenes representanter ble samlet for å forhandle og nå frem til et kompromiss. I mai 1328 ble Filip av Valois valgt til konge av Frankrike. Filip hadde imidlertid ingen arverett til den andre riksdel, Navarra, ettersom denne hadde kommet til Frankrike gjennom Johannas farmor. Filip kom fra en annen slektsgren. Navarras generalforsamling tilbød derfor Johanna separat tronen i Navarra og de tilknyttede grevskapene Champagne og Brie. Filip anerkjente Johannas rett til Navarras trone, men fikk henne gjennom forhandlinger til å frasi seg sin rett til grevskapene Brie og Champagne i bytte mot Longueville, Mortain og Angouleme. Johanna forhandlet også frem sin makes rett å bli hennes medregent i Navarra.