Den unge Ellen har trolig i perioder måttet ta seg av den daglige driften av ektemannens danske eiendommer, når Ludvig Munk besøkte de norske len. I 1602 ble hun enke, og fra da av stod hun for driften helt alene. Fem år senere giftet hun seg på nytt med lensmannen på Odensegård, den 50 år gamle Knud Rud til Sandholt. Ellen knyttet dermed igjen forbindelser til adelens høyeste lag. I 1611 ble hun imidlertid enke for annen gang, og kastet seg med stor energi over godsdrift, oppkjøp av gods og utbygginger. Det har gitt henne et image som en hard forretningskvinne, og hun ble i sin samtid den største godseieren på Fyn.