Ved kong Frederiks død i 1588 mistet Brahe sin virksomme velynder, og etterhvert som hans venner i riksrådet døde, viste det seg at de som trådte i deres sted, ikke betraktet ham med velvillige øyne. Det kom også klager på hans væremåte overfor bøndene på Hven. Han flyttet først fra observatoriene i Øresund til København, men i 1597 forlot han Danmark for godt. Han oppholdt seg først i Rostock og senere hos grev Rantzau i Wandsbek nær Hamburg. I Rostock i 1566 mistet han i duell med Manderup Parsberg en del av nesen og bar siden en nese av sølv.