Flere sidelinjer av de habsburgske erkehertugene residerte i Innsbruck. I tillegg var det enkelte tysk-romerske keisere som foretrakk Innsbruck fremfor Wien, deriblant keiser Maximilian I. Under ham ble bl.a. byens kjennemerke til, den sengotiske slottsbalkongen med det gyldne taket (), og hoffkirken ble oppført i renessansestil. Mange andre av byens kirker ble bygget i barokkstil (domkirken, stiftskirken, jesuittkirken m.fl.). Rokokkobygningene i Innsbruck (bl.a. basilikaen, ombyggingen av hoffborgen) ble oppført under keiserinne Maria Theresia.