Dagens by Iraklio ble grunnlagt i 824 av sarasenere (muslimer) som hadde blitt forvist fra al-Andalus (dagens Spania) av emir Al-Hakam I og hadde tatt over øya fra Det bysantinske rike, og døpt om byen til ربض الخندق, («Festningsgraven»). Sarasenere lot havnen være en frihavn for pirater og banditter som angrep skipsfarten til særlig Østromerriket i Egeerhavet.