Lynx reiser sammen med Harle, en mystisk, leken jente som går kledd som en harlekin. Harle ble sendt av «Dragon God» for å skygge Lynx, og en dag stjele Frozen Flame fra Chronopolis. Spillet begynner med Serge i El Nido, en tropisk skjærgård bebodd av gamle innfødte, fastlandskolonister og vesener kalt Demi-mennesker. Serge glir inn i en alternativ dimensjon hvor han druknet på en strand 10 år. Serge klarer å rekruttere en mengde allierte til sin sak. Men underveis oppdager han at universet tidligere hadde delt seg i to dimensjoner: en verden hvor Serge fremdeles lever, og en verden hvor han døde. Lynx klarer å forvise Serge til et merkelig rike, kalt Temporal Vortex.