I tidlig fosterstadium skjer en selektiv fjerning av epigenetiske modifikasjoner. Dette sikrer at cellene kan gjenopprette sin pluripotens og utvikle seg til ulike celletyper. Ikke alle epigenetiske markører fjernes – imprintede gener og viktige regulatoriske sekvenser bevarer sine modifikasjoner. Differensiering fører til nye mønstre av metylering og genregulering, som opprettholder spesifikke cellefunksjoner. Enkelte miljøpåvirkninger kan imidlertid føre til arvelige epigenetiske endringer over generasjoner.