Den neste store katastrofe fant sted under bokseropprøret i år 1900, da den anti-imperialistiske Yihetuanbevegelsen (eller ) rykket inn i Beijing. Det fulgte drap, beleiringer og ødeleggelser. Størsteparten av encyklopedien gikk tapt i forbindelse med en brann i Hanlin-akademiet, som lå rett inntil den beleirede britiske legasjon i legasjonsområdet i Beijing, men en del er bevart fordi diplomater og andre utlendinger som kom til, plyndret biblioteket. Etter at fremmedmaktene (England, USA, Tyskland, Frankrike, med flere) sendte militære styrker, forsvant det meste av de resterende bind til utlandet som bytte for griske skattejegere. En del av disse er senere endt på museer og i private samlinger over store deler av verden.