Pasienter med autoimmune sykdommer har en høy prevalens for å utvikle andre autoimmune sykdommer. Personer med diabetes type 1 har spesielt økt risiko for å utvikle skjoldbruskkjertelproblemer. Rundt 20 % av personer med diabetes type 1 har (lavt stoffskifte) eller (høyt stoffskifte), ofte forårsaket av eller . Rundt 2–11 % av personer med diabetes type 1 utvikler cøliaki. De som var yngre når de fikk diabetes-diagnosen, og hvite mennesker, har større sannsynlighet enn andre. I de fleste tilfeller med cøliaki finnes det ingen fordøyelsessymptomer, eller symptomene blir feilaktig antatt å skyldes dårlig blodsukkerregulering, gastroparese, eller diabetisk nevropati. I de fleste tilfeller diagnostiseres cøliaki etter diabetes type 1 er oppdaget hos pasienten. Sammenhengen mellom cøliaki og diabetes type 1 øker risikoen for komplikasjoner, som diabetisk retinopati og dødelighet.