I løpet av 1000-tallet ble de relative gode forholdene mellom de arabiske herskerne av Egypt og kirken drastisk endret da Hakem b'Amr Allah kom til makten. Hans voldelige humørsvigninger sendte kristne ut i periodiske forfølgelser, hvor kirker ble stengt for opp til to år om gangen, og hvor deres språk ble forbudt å bruke. Denne perioden varte likevel ikke lenge, men åpnet døren var ytterligere nedgang for det koptisk språket. I løpet av den samme perioden startet Europa og deres korsfarere krig mot de muslimske herskerne i Midtøsten i den hensikt å sikre de hellige stedene. Korsfarernes tilstedværelse i området sendte bølger av forfølgelse og undertrykkelse mot kristne og koptisk språk i Egypt. Introduksjonen av litterært arabisk på 1100-tallet av patriark Gabriel ibn Turaik var sannsynligvis et forsøkt på å vise muslimene at innfødte kristne i Egypt var forskjellig fra den fiende de slåss mot.