Buxtehude skrev også 120 kirkekantater som er bevart. Disse varierte fra solo og generallbass til seksstemmige med stort orkester. Imidlertid er kantatene mest preget av en tidligbarokk stil i tråd med Cavalli og Monteverdi. De har en forenklet harmonikk og sangbare motiver i tråd med det andre prinsipp. Også Scheidt og Schütz har hatt innflytelse på Buxtehude.