I mars 1985 gikk Case til Southampton for å erstatte Steve Williams, som gikk til Arsenal. Han overvant snart enhver tvil om sin overgang med knallharde taklinger, og ble utnevnt kaptein for laget av den nye manageren Chris Nicholl i sesongen etter. I sin første hele sesong i klubben, nådde de seminfinalen i FA-cupen, etter å ha slått Case sin tidligere klubb Brighton. Southampton tapte i semifinalen mot nok en tidligere klubb til Case, nemlig Liverpool FC.