Justus Jonas assisterte Martin Luther da han oversatte Bibelen fra gresk til tysk. Han oversatte flere skrifter av Luther og Philipp Melanchthon, og skrev dessuten kommentarer til apostelhistorien. Blant hans øvrige verker er ("argumenter for presteekteskap", 1523). Han oversatte også apologien til Confessio Augustana, som ble en del av konkordieboken i 1580.