Pinega har sine kilder øst i Arkhangelsk oblast på 135 moh med de korte (ca. 30 kilometer) kildeelvene og (). Deretter renner den i en bred dal i hovedsakelig nordvestlig retning gjennom taigaen på det nordrussiske lavland, og snur seg på de siste drøye 100 kilometerne i sørvestlig retning, og munner til slutt ut ved landsbyen i Nordre Dvinas nedre løp, på 1 moh, 160 km fra Kvitsjøen.