Kirken ble gjenoppbygd av materialer fra den gamle stavkirken, og trolig andre nedrevne stavkirker fra dalen. Den gamle sørportalen og en del skurd fra den opprinnelige stavkirken er også benyttet i den nye kirken, blant annet en del utskårne veggplanker. Vågå kirke har mange likhetstrekk med den tapte Hof stavkirke i Solør.