Blant de mange utmerkelsene Waltz mottok for sitt virke kan nevnes Heinz Eulau-prisen (1990) for beste vitenskapelige artikkel, James Madison-prisen (1999) for utmerkede akademiske bidrag til statsvitenskapen samt en ærespris for fremragende akademiske bidrag til internasjonale sikkerhetsstudier (2010). Han mottok James Madison-prisen for «Nuclear Myths and Political Realities», som ble trykt i .