I november 1940 sendte Beneš en melding til ledelsen for den tsjekkoslovakiske motstandsbevegelsen der han skrev at den tsjekkiske nasjonen også trengte lebensraum, noe som bare kan oppnås ved at sudettyskerne som hadde forrådt Tsjekkoslovakia forlot landet. I meldingen poengterte han samtidig at det er urealistisk å håpe at det er mulig å utslette («vyhladit») 3 millioner tyskere. Beneš var tidlig i krigen beredt til avstå tyskdominerte grenseområder til Tyskland. Personer i motstandsbevegelsen hjemme ønsket fjerning av alle tyskere og ikke noe tap av territorium.