Keiseren døde under en av sine turer i Øst-Kina, den 10. september 210 f. Kr. i palasset i Shaqiu prefekturet (沙丘 平台). Ifølge de nedtegnede skriftene fra denne tiden døde han av å svelge kvikksølvpiller som hadde blitt produsert av hoffets forskere og leger og som inneholdt alt for mye kvikksølv. Ironisk nok, var disse pillene ment å gjøre Qin Shi Huang udødelig.