I november 1928 giftet Morton seg med sparkepiken Mabel Bertrand i Gary, Indiana og flyttet til New York City hvor han fortsatte sine innspillinger for Victor. Hans pianosoloer og trioinnspillinger er høyt ansett, men bandinnspillingene hans lider sammenlignet med opptakene fra Chicago der Morton kunne få tak i mange store musikere fra New Orleans som medspillere. Selv om han spilte inn plater med store musikere som klarinettistene Omer Simeon, George Baquet, Albert Nicholas, Wilton Crawley, Barney Bigard, Lorenzo Tio og Artie Shaw, trompetistene Bubber Miley, Johnny Dunn og Henry "Red" Allen, saksofonistene Sidney Bechet, Paul Barnes og Bud Freeman, bassisten Pops Foster og trommeslagerne Paul Barbarin, Cozy Cole og Zutty Singleton hadde Morton generelt problemer med å finne musikere som ville spille hans jazzstil og innspillingene fra New York lagde aldri noen hit. På grunn av den store depresjonen og nesten-kollapsen til fonografplateindustrien, ble ikke Mortons platekontrakt fornyet av Victor i 1931. Morton fortsatte å spille mindre fremgangsrikt i New York, og hadde en kort periode et radioprogram i 1934. Deretter ble han redusert til å dra på turné med et band i en omreisende varieté, mens komposisjonene hans ble spilt inn av Fletcher Henderson, Benny Goodman og andre, men han mottok aldri royalties fra disse innspillingene. Han endte opp i Washington D.C. der folkloristen Alan Lomax hørte han spille solopiano i en kneipe i et afro-amerikansk nabolag, denne skiftet navn ofte og hadde navn som "The Music Box", "Blue Moon Inn" og "Jungle Club". (Morton var også ansvarlig for seremonier, leder og bartender i denne klubben).