Edgar Savisaars foreldre, Elmar og Marie, var småbrukere i Vastse-Kuuste. Sommeren 1949 ble de arrestert av sovjetiske myndigheter, ettersom de motsatte seg tvangskollektiviseringen av jordbruket. Edgar Savisaar ble derfor født i kvinnefengselet i Harku. Moren ble løslatt under et amnesti i 1950, mens faren sonet frem til 1952.