På dette tidspunktet ble Árbenz-regjeringen overbevist om at et USA-initiert kupp var under planlegging, og omtrent samtidig ga Eisenhower-administrasjonen klarsignal til CIA om å iverksette kuppet. Kodenavnet for operasjonen var PBSUCCESS, og den tok sikte på å styrte Árbenz. Etter spredte kamphandlinger der den unge og ennå ukjente Che Guevara deltok på Árbenz' side, valgte Árbenz-regjeringen å trekke seg etter at CIA-kontrollerte fly hadde bombet festningen Matamoros og flere av Árbenz' troppetransporter. Árbenz gikk av 27. juni 1954 og ble tvunget på flukt etter først å ha søkt tilflukt i den meksikanske ambassaden.