Etter bare én sesong i tysk seriefotball gikk ferden videre til den italienske storklubben i 1997. Under Luigi Simonis ledelse, spilte han hele kampen for klubben fra Milano da laget vant UEFA Cupen i 1998 med seier over i finalen. Zé Elias maktet aldri å etablere seg på laget. Etter to sesonger ble han i 1999 solgt til sammen med Gianluca Pagliuca og Nicola Ventola.