Da Magnus Carlsen vant verdensmesterskapet i sjakk i november , var Carlsen svært ordknapp på spørsmål om hvem som var med i hans team av sekundanter. Først etter at seieren var i boks ble det avslørt at Hammer hadde vært Carlsens eneste sekundant. Dette vakte stor oppsikt blant presse og sjakkeksperter, og ble karakterisert som en sensasjon. Mens Carlsen og resten av støtteapparatet var i Chennai, satt Hammer som en del av et team hjemme i Norge og analyserte partiene i all hemmelighet. Kommunikasjonen foregikk via Skype. Etter VM-seieren ga Carlsen Hammer litt av æren for suksessen: «Jon Ludvig har gjort en kjempejobb. Han har fullstendig stengt igjen for Anand med hvit, og det har vunnet matchen for meg.» I returoppgjøret i Sotsji året etter var Hammer igjen sekundant for Carlsen, men denne gang ikke like hemmelig, og som en del av et team ledet av dansken Peter Heine Nielsen.