Men hans krigserfaringer fra to verdenskriger gjorde at han satte ut ordre om ikke å gå til motangrep da styrkene fra Warszawapakten invaderte landet i august. Til tross for påbud fra Leonid Bresjnev nektet han å utpeke en såkalt bonde-arbeider-regjering og fikk Sovjetunionen til å løslate Dubček og regjeringsmedlemmene som hadde blitt bortført til Sovjetunionen. I dette truet han, krigshelten og Helt av Sovjetunionen, med å skyte seg i hodet i Brezjnevs nærvær om de ikke ble løslatt. Men han kunne uansett ikke forhindre okkupasjonen eller at de såkalte Moskvaprotokollene ble undertegnet, som innebær en de facto kapitulering og at det såkalte midlertidige troppenærværet ble permanent, og stoppe de politiske reformprosessene.