Moderne innvandring til Sudan nådde sin topp tidlig på 1800-tallet, og de har generelt vært tolerant velkommen der. Det ble imidlertid forstyrret av et tiår med forfølgelse under styret sudanske Mahdiyya mot slutten av 1800-tallet. Som et resultat av denne forfølgelsen ble mange av dem tvunget til oppgi kristendommen, med tvang bli muslimer og gifte seg med innfødte sudansere. Den anglo-egyptiske invasjonen i 1898 ga kopterne større religiøs og økonomisk frihet, og de kunne få økte posisjoner som kunstnere og drive handel, bankvirksomhet, ingeniørkunst, medisin og siviltjeneste. Ved sin dyktighet i forretning og administrasjon gjorde dem til en privilegert minoritet. Tilbakevending til militant islam på midten av 1960-tallet og påfølgende krav fra radikale muslimer om en islamistisk lovgivning tvang kopterne til å gå i opposisjon mot et religiøst styre.