Denne fjorden er relativt ung, i middelalderen var den ikke stort mer enn en vik som i historiske kilder kalles . Scheldes opprinnelige løp og delta var dagens Oosterschelde. Lengre øst, der Hontenisse ligger nå, hadde i middelalderen en elv kalt sitt løp gjennom et myrområde. Honte hadde sitt utløp lenger øst, i Schelde. Takket være flere springfloer som inntraff tidlig i det 12. århundre – eller kanskje så tidlig som i det 9. århundre – ble Schelde og Honte forbundet med hverandre, slik ble fjorden Westerschelde skapt. I århundrene som fulgte ble fjorden stadig bredere og også en kilde til flere oversvømmelser.