Forsvarets studiesenter ble i 1989 etablert som et sivil-militært prosjekt mellom Troms landforsvar, Kommunene Bardu, Målselv og Sørreisa, Universitetet i Tromsø og Høgskolestyret i Troms. Senteret ble åpnet av forsvarsminister Johan Jørgen Holst den 7. september 1989 og hadde lokaler i Heggelia i Målselv. Studiesenteret ble tatt inn på Statsbudsjettet i desember 1993. Studiesenteret har hatt vekslende organisasjonstilhørighet; Forsvarets overkommando, Distriktskommando Nord-Norge, Brigade Nord og fra 2004 Forsvarets høgskole, avdeling Fokus (Forsvarets kompetanse- og utdanningssenter) som også inkluderer tidligere VO (Voksenopplæringen). Studiesenteret flyttet i 2002 til nye Næringshagen i Målselv.