Staupitz var av saksisk adelsslekt. I 1490 inntrådte han i tiggermunkordenen augustinereremittene i München, og ble i 1497 prior for deres kloster i Tübingen. I 1500 ble han doktor i (bibelteologi) i München. Da kurfyrst Fredrik den vise opprettet universitetet i Wittenberg i 1502, rekrutterte han Staupitz for å hjelpe med å bygge det opp etter mønster fra universitetet i Tübingen. Mellom 1502 og 1512 var Staupitz professor i bibelteologi og det teologiske fakultetets første dekanus, og i 1512 lot han Luther overta lærestolen i bibelteologi.