Preston giftet seg med John Travolta i 1991. De har datteren Ella Bleu (født 2000); deres sønn Jett (født 1992) døde 2. januar 2009 i en alder av 16 år, av et anfall på en familieferie. Han hadde Kawasakis sykdom, som kan resultere i varierte smertefulle bivirkninger som anfall og i noen tilfeller hjerteproblemer.