Jensen har etter 2000 vært særlig opptatt av Danmarks rolle i krigen mot terror og i særdeleshet landets militære engasjement i Afghanistan. Han omtalte dokumentarfilmen (2010) som en politisk bombe. Sammen med Anders Hammer utgav han i 2016 reportasjeboka . Boka er basert på forfatternes opplevelser i Afghanistan gjennom to perioder.