Naturreservatet inneholder mange av Gibraltars viktige naturhistoriske steder, inkludert grotter som St Michael's Cave med dens mange stalagmitter og stalaktitter. Denne grotten ble første gang skriftlig omtalt av den romerske geografen Pomponius Mela i 40 e.Kr., og mange kilder har omtalt den siden. Den har blitt en viktig turistattraksjon. Konserter blir holdt i dens hovedkammer. Forbes' Quarry er stedet hvor levninger av neandertalere ble oppdaget i 1848. Som navnet antyder var det et opprinnelig steinbrudd og hvor man oppdaget en kalksteingrotte med de viktige forhistoriske funnene. Hodet av en neandertaler av hunkjønn, kalt for «Gibraltar 1», var det første som ble funnet. Hodeskaller av andre neandertalere har også blitt funnet i grotten Devil's Tower Cave på nordsiden av Gibraltarklippen. Det er mulig at en del av de aller siste neandertalere gjorde grottene til Gibraltar til sine hjem før de døde ut for 30 000 år siden.