Det var i dette spillet at Marios dinosaurvenn Yoshi først dukket opp. Her dukker Yoshi opp i fire forskjellige farger (grønn, gul, rød og blå) med litt forskjellige egenskaper. Handlingen i spillet går ut på at Mario og Luigi prøver å redde Prinsesse Toadstool og Yoshis venner fra Bowser og hans Koopalings som har kommet tilbake til tross for å ha blitt beseiret i .