I Jerusalem ble Vanunu stilt for retten for brudd på taushetsplikten. På Yitzak Rabins hemmelige ordre tapte Vanunu dermed muligheten for en rettferdig saksgang. Domstolen fikk beskjed om kun å ta stilling til om han hadde brutt sin taushetsplikt, uten å diskutere hans motiver, eller om opplysningene hans overhodet var korrekte. Staten slapp dermed å bevise om han hadde røpet noe til skade for Israel. Det var nok til domfellelse å finne ham skyldig i å ha brutt taushetsplikten. For dette ble han idømt 18 års fengsel, mens Rabin ble tildelt Nobels fredspris i 1994.