Etter sin pensjonering fra University College fortsatte Newman å bo i London i noen år, og flyttet deretter til Clifton, og så til slutt til Weston-super-Mare, der han døde i 1897. Han hadde vært blind i fem år før sin død, men var ellers på høyden fysisk og intellektuelt. Skjønt han for det meste av sitt liv hadde stått for og kjempet for en slags rasjonell-mystisk agnostisisme, vendte han i høy alder tilbake til Church of England.