Tidlig om morgenen den 6. august 2008, ble Abdallahi avsatt som president i et statskupp utført av en gruppe høytstående militære offiserer. Flere politikere og tjenestemenn, deriblant statsminister og innenriksminister, ble også fjernet fra sine stillinger, og Abdallahi ble satt i husarrest, i et ublodig kupp. En militærjunta tok over makten i landet.