Owen hadde en tendens til å støtte ortodokse vitenskapsmenn og de rådende forholdene. Han er kjent for sin motstand mot Darwins evolusjonsteori, og brukte store deler av slutten av sin karrière i disputt med Thomas Huxley, Darwins ivrigste støttespiller. Selv om denne konservative elitismen til slutt brakte ham i vanry som vitenskapsmann, tiltrakk han seg en rekke mektige venner fra eliten. Kongefamilien ga ham en hytte i Richmond Park, og Robert Peel satte ham på Civil List.