Soekarno-Hatta internasjonale flyplass (CGK) er den viktigste flyplassen i Jakarta, og Indonesias hovedport til omverden. Den blir benyttet av både private og kommersielle flyfraktere og kopler Jakarta med andre indonesiske byer og internasjonale reisemål. Den er Indonesias travleste flyplass med over 47 millioner passasjerer årlig. Den andre flyplassen, Halim Perdanakusuma internasjonale flyplass (HLP) betjener mest private flygninger samt fly med regjeringsmedlemmer og presidenten.