I 1992 flyttet familien til Neymar til bestemoren i São Vicente. Der bodde Neymar sammen med faren, moren og søsteren i ett og samme rom. I 2003 flyttet familien til Santos. Samme år startet han på ungdomslaget til Santos Futebol Clube. Da han fylte 17 år, skrev Neymar kontrakt med førstelaget til Santos, og fikk sin debut for klubben den 7. mars 2009. Han scoret totalt 54 mål på 102 kamper i Santos.