Weinberger hevdet selv at han hadde vært motstander av å selge TOW-våpen til Iran, men det ble senere klart at han hadde spilt en aktiv rolle i å få salget gjennomført. Saken begynte å bli rullet opp i offentligheten i november 1986, og ble etter hvert kjent som Iran-Contra-affæren. Ettersom Weinberger flere ganger hadde avgitt falsk forklaring under den uavhengige Iran-Contra-komiteens arbeide, ble det reist tiltale mot ham. I alt fjorten personer i Reagan-administrasjonen ble tiltalt i saken, og Weinberger gikk av som forsvarsminister.