Ettersom kompaniet samme år hadde overlatt sine territorielle rettigheter til kronen og i den forbindelse Riels opprør brøt ut i 1869, ble Smith utnevnt av Canadas regjering til ekstraordinær kommissær med vide fullmakter til å slå ned opprøret og undersøke de forhold som hadde vært foranledningen. Han løste dette oppdraget med overlegen takt og dyktighet, fungerte en tid deretter som guvernør i Nordvestterritoriet og ble valgt i 1870 til medlem av den nyetablerte provinsen Manitobas første lovgivende forsamling. I 1871 ble han selv en av forsamlingens representanter i dominionparlamentet og samme år regjeringskommissær for Nordvestområdet. I 1872 deltok han i rådet som var opprettet for forvaltningen av dette området.