I april 1945 ble han arrestert i Trieste for våpensalg til partisanene og skulle henrettes. Dietrich Allers (eller Dieter), som hadde erstatet Christian Wirth, løslot Hackenholt trolig fordi han innså at krigen var over hvorpå Hackenholt straks forsvant. Hackenholt ble antatt drept i kamp nær Trieste. Andre meldinger tyder på at han overlevde krigen. Da Einsatz R trakk seg tilbake fra Adriaterhavskysten mot Østerrike skal han ha blitt observert på en av veiene. To SS-kamerater skal ha observert ham i Ingolstadt og broren mente han fikk et glimt av ham nær Gelsenkirchen. Vesttysk politi konkluderte med at Hackenholt kan ha levd under falskt navn i Memmingen-området i Allgäu sør i Tyskland.