Bø slet i starten av sesongen, men tok sin første verdenscupseier for sesongen i Ruhpolding i januar 2016. Et par uker senere i Antholz tok han for første gang en pallplass i et verdenscuprenn uten å vinne, en tredjeplass. I februar vant han sin 10. verdenscupseier på sprinten i Presque Isle, og fulgte opp med en andreplass på jaktstarten.