Organisasjonens øverste organ er landsmøtet, som samles hvert fjerde år. Nasjonalforeningen for folkehelsens øverste organ utenom landsmøtet er landsstyret, og når landsstyret ikke er samlet er det sentralstyret. Siden juni 2022 har Marit Brandt Lågøyr vært leder av sentralstyret.