Etter 1999/2000-sesongen ble han lånt ut til Agios Nikolaos i de lavere greske divisjonene, og fikk etter dette mer respekt fra klubbens president Lampros Maris, som Kyrgiakos ser på som sin andre far. Han ble hos Agios Nikolaos i to år. Skader på de andre midtstopperne i Panathinaikos like før tredje kvalifiseringsrunde mot SK Slavia Praha i Mesterligaen 2000/2001 gjorde at han returnerte til Paiania og ble fast på laget.