Laynez var en pavelig teolog under hver av Tridentinerkonsilets tre perioder. Han var en av pave Paul IIIs teologer under konsilet, og spilte da en særlig viktig rolle. Han var en av de skarpeste debattantene, under anvisninger fra kardinal Marcello Cervini, den senere pave Marcellus II. Han engasjerte seg kraftig for pavens primat, sedvanen å gi nattverden til lekfolket under én skikkelse, og mot åpningen av bønnehus for protestanter.