Phantom Works er idag organisert i grupper som driver med det som kalles «avanserte systemer» og «avanserte teknologi». Den første gruppen fokuserer på spesifikke forretningsområder og utvikler nye konsepter og prosjekter for Boeing. Den andre gruppen fokuserer i større grad på teknologi som kan benyttes innfor eksisterende produksjon, som eksempelvis for å kutte kostnader, utnytte nye og bedre materialer og liknende innenfor hele konsernet.