Hva som særlig står igjen etter Filon er den allegoriske fortolkning, en lesemåte som forsøkte å avdekke tekstens skjulte dybdemening under overflatemeningen, noe som sto sentralt i hans pedagogiske fortolkning av jødedommens skrifter for grekere. Senere fikk denne metoden utbredt anvendelse hos de kristne kirkefedrene, Klemens av Alexandria og ikke minst dennes elev Origenes. Ved å tolke Det gamle testamente allegorisk kunne det tilpasses et rent kristnet budskap. Også Augustin av Hippo benyttet seg av den allegoriske metode.