Historien i spillet dreier seg rundt «Big Shell», en enorm offshore deponeringsplattform som har blitt beleiret av en terroristgruppe som kaller seg Sons of Liberty. De krever en stor sum løsepenger i bytte mot livet til USAs president, og truer med å ødelegge «Big Shell»-fasilitetene og skape en miljøkatastrofe hvis deres krav ikke blir innfridd. Motivene og identitetene til mange av antagonistene og de allierte endres hyppig, idet protagonisten oppdager en rystende konspirasjon konstruert av en maktsterk organisasjon kjent som «the Patriots».