Flensburg stasjon er et jernbaneknutepunkt og spiller en viktig rolle i den internasjonale trafikken mellom Skandinavia og Tyskland. Den opprinnelige stasjonen ble åpnet i 1854 da jernbanelinjen til Tønning ble tatt i bruk, den lå omtrent der hvor rutebilstasjonen ligger i dag. Stasjonen flyttet til sin nåværende plassering i 1927.