Den kubanske kardinal Manuel Arteaga y Betancourt fant tilflukt i nuntiaturet for å unnslippe forfølgelse av Fidel Castros kommunistiske stye i 1961. Etter general Pinochets kupp i Chile kom det også til det pavelige nuntiatur noen som søkte sikkerhet; i 1984 utvirket den apostoliske nuntius Angelo Sodano fritt leide ut av landet og til Ecuador for fire medlemmer av (MIR) som hadde søkt om politisk asyl og hadde søkt tilflukt i nuntiaturet. USA invaderte Panama med styrker for å avsette president Noriega den 20. desember 1989. Da flyktet han til Den Hellige Stols nuntiatur i Panama byen der han etter et par uker gav opp og overgav seg til amerikanerne den 3. januar 1990.