Fernando Vérgez Alzaga gikk inn i og avla sine evige løfter den 25. desember 1965. Den 26. november 1969 ble han presteviet. Den 1. august 1972 begynte han sin tjeneste for Den hellige stol ved Kongregasjonen for institutter for konsekrert liv og selskaper for apostolisk liv, og fra 1984 ved Det pavelige råd for lekfolket. Fra 1975 var han privatsekretær for kardinal Eduardo Francisco Pironio, og det vedvarte i 23 år. I juni 2004 ble han utnevnt til kontorsjef for Den hellige stols internettkontor for Amministrazione del Patrimonio della Sede Apostolica (APSA) og i februar 2008 til direktør for telekommunikasjonskontoret i guvernementet i Vatikanbyen.