Da Rotblat kom til Los Alamos var prinsippene for en uranbombe veletablert og produksjon av bomben var avhengig av anriking av tilstrekkelig mengde uran-235. Samtidig pågikk det utvikling av en plutoniumbombe. Los Alamos var paradis for fysikere noterte Rotblat, på grunn av de ubegrensede ressursene som ble stilt til rådighet og samarbeid med verdens fremste fysikere. Han var konstant i tvil om prosjektet og sin egen medvirkning. Han fortalte senere at han bidro lite til prosjektet.