Han var i Seoul da nordkoreanske militære styrker invaderte Sør-Korea i juni 1950 og inntok byen. Monsignor Byrne hadde i forkant av dette bedt alle utenlandske prester flykte sørover. Selv tok han ikke imot den amerikanske ambassadens tilbud om hjelp til å forlate byen, men ble igjen for å gi åndelig hjelp til de gjenværende koreanske prestene og troende.