På grunn av sin funksjonshemning tok MacDermott i liten grad del i kampene under opprøret, men han var hele tiden ved hovedkvarteret i General Post Office. Etter overgivelsen klarte han nesten å unngå å bli gjenkjent gjennom å blande seg med en stor gruppe fanger, men han ble tilslutt pågrepet. Det ser ut til at han da allerede var dømt til døden in absentia som en av de som hadde signert påskeproklamasjonen. Henrettelsen ble utført ved skyting den 12. mai 1916. Den britiske offiseren som hadde gjenkjent ham ble senere skutt ned og drept i Cork på ordre fra Michael Collins under den irske uavhengighetskrig.