Jesuittordenen bekreftet den 2. desember 2022 at Rupnik hadde blitt gjenstand for en kirkerettslig prosess de foregående månedene etter anmodning fra Dikasteriet for troslæren. I 2021 hadde dikasteriet mottatt en klage fra flere nonner om overgrep i 1995. Ifølge medieoppslag har minst ni, muligens opptil tjue, kvinner vært ofre for Rupnik gjennom årene. Han skal blant annet ha overtalt to nonner at de ville etterligne Den Hellige Treenighet når de hadde trekantsex. Jesuittene utnevnte deretter et medlem fra et annet ordenssamfunn som ekstern etterforsker, mens det ble ilagt sikkerhetsbegrensninger på Rupnik, som å bli forbudt å høre skrifemål, fungere som en åndelig veileder, lede retretter og delta i offentlige aktiviteter uten tillatelse fra sin overordnede. Da Dikasteriet mottok resultatet av etterforskningen, henla den saken: ifølge kanonisk lov har en sak en foreldelsesfrist på 20 år, mens anklagene mot Rupnik gjaldt en periode som lå nesten 30 år tilbake i tid.