BirdLife International anslo i 2006 (basert på litteratur av D. Wilson & J. Eames 2006) den totale populasjonen av keiserhegrer til 50–249 voksne individer, hvorav cirka femti finnes i Bhutan der arten først ble registrert i 1991. Tar man med alle fuglene, uavhengig av alder, ligger populasjonen på 70–400 individer totalt.