Etter å ha bodd 14 år i Trondhjem, forlot Suhm byen med sin familie 1765 for å ta bolig i København. Anledningen var at det var kommet til brudd mellom ham og hans hustrus onkel, Thomas Angell, hvilket førte til at sistnevnte testamenterte sin formue til velgjørende øyemed. Suhm kjøpte en anselig gård i Pustervig med rom for hans allerede betydelige boksamling. Han ble 1769 konferensråd, 1774 kammerherre og 1789 kongelig historiograf. 11. juli 1788 døde Suhms hustru Karen Angell. Få måneder etter hennes død (18. oktober 1788) giftet Suhm seg på ny med Christiane Becker. Med henne fikk han en datter, Petra Friderica Christiane Suhm, den 17. januar 1779 – fire måneder etter sin egen død.