Paul Nurse har mottatt en rekke priser foruten Nobelprisen i fysiologi eller medisin. Allerede i 1989 ble han medlem av Royal Society og i 1995 mottok han medalje og ble medarbeider i det amerikanske akademikerforumet National Academy of Sciences. I 1999 ble han utnevnt til Knight Bachelor og derved adlet. Han har deretter rett til å føre tiltaleformen foran sitt navn. Han ble tildelt den franske Æreslegionen i 2002 og mottok Copleymedaljen i 2005. Den 1. desember 2010 ble han utnevnt til formann i Royal Society.