Adolf Eichmanns kontor var ikke informert om transporten før Hellmuth Reinhard sendte telegram til Gestapo i Stettin etter at skipet var lagt fra kai. Eichmann fikk raskt satt opp godsvogner. «Donau» ble på grunn av dårlig vær liggende utenfor den mørklagte København mens lysene på svensk side var godt synlig. Flere skal ha vurdert å hoppe i vannet og legge på svøm, enkelte ble holdt tilbake med makt. Skipet kom til Stettin kvelden 30. november. Fra Stettin ble de deporterte fraktet til tilintetgjørelsesleiren Auschwitz med tog, der de ankom 1. desember. De fikk ikke mat eller vann underveis. 186 arbeidsføre menn ble skilt ut, kun ni av disse overlevde. 116 arbeidsuføre menn, 188 kvinner og 42 barn ble drept. Vitnemålene etterlater ikke tvil om at alle kvinner fra «Donau» ble drept i gasskammeret rett etter ankomst Auschwitz. Ifølge Feinberg ble kvinner og barn gasset få minutter etter ankomst.