Det meste av Bayonetta 2 foregår ved det fiktive hellige fjellet Fimbulventr, og den nærliggende byen Noatun - som ligger i Midtøsten. Hovedpersonen Bayonetta reiser til fjellet for å finne i forsøk på redde sin venninne Jeanne. Tilbakevendende karakterer inkluderer blant annet Rodin, som forsyner Bayonetta med kraftige våpen. Og Luka, en journalist som gir Bayonetta verdifull informasjon. Når byen deres blir angrepet, slår Bayonetta seg sammen med en heks og venninne Jeanne. På et tips fra informanten Luka, går Bayonetta til fjellet Fimbulventr, i byen Noatun, som huser en inngang til Inferno.