Lejeune studerte ved og tok doktorgraden i 1940. Han var elev av Antoine Meillet og Joseph Vendryes og spesialiserte seg i historisk fonetikk og gammelgresk. Han underviste først ved universitetet i Poitiers, før han ble professor i komparativ grammatikk ved universitetet i Bordeaux i 1941. Fra 1947 var han studiedirektør for sammenlignende indoeuropeisk språkvitenskap ved , og professor i lingvistikk ved Sorbonne-universitetet fra 1951 til 1955.