Mot slutten av 1939 hadde Halder oppsyn med planene for invasjonsplanene for Frankrike, BeNeLux-landene og Balkan. I august 1940 begynte han planleggingen av den tyske invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. Halder ble sentral i radikaliseringen av den tyske krigføringen på østfronten ettersom hans stab utarbeidet både den såkalte kommissærordren og Barbarossa-dekretet, som tillot tyske styrker å henrette sovjetiske innbyggere uten å risikere straff, noe som førte til en rekke krigsforbrytelser. Sommeren 1941 var Halder engasjert i en utstrakt diskusjon med Hitler om videre strategi for felttoget.