Han var hjelpeprest i Uranienborg menighet i Oslo fra 1939, residerende kapellan i Elverum fra 1946, prest i Frogner i Oslo fra 1953 og studentprest i Oslo fra 1960. Fra 1954 til 1964 var han også formann i Oslo Indremisjon. I 1961 ble Johnson rektor ved Det praktisk-teologiske seminar ved Universitetet i Oslo.