Under ottomansk styre begynte etniske albanere fra høylandet å slå seg ned på flatlandet samtidig som serbiske føydalherrer trakk nordover. I 1690 utvandret den serbisk ortodokse patriarken i Peć og stor deler av de etniske serberne i Kosovo (kildene oppgir både personer og familier) til det daværende Ungarn innenfor Habsburgmonarkiet. Denne utvandringen medvirket til at det serbiske tyngdepunktet ble flyttet nordover. Samtidig slo flere etniske albanere seg ned i Kosovo slik at området på denne tiden fikk albansk flertall. Dagens forskning har ikke funnet bevis for dette og mener at det er manipulering og oppfinnelse av historie. Etnisk serbere som ble assimilert til den albanske gruppen og konverterte til islam medvirket også til den demografiske forskyvningen. Folkevandringen skjedde under Den store tyrkiske krig da Habsburgernes styrker inntok Beograd, Niš, Kosovo og Skopje i 1689 og ble drevet tilbake av sultanen året etter. Habsburgerne kontrollerte Kosovo i to måneder vinteren 1689-1690, og ottomanske styrker gikk til motangrep og drev habsburgske styrker tilbake til Novi Pazar og Niš fra januar 1690. Omstendighetene ellers er omstridt og utgjør deler av grunnlaget for både serbisk og albansk nasjonalisme. Det er uklart om patriarken og andre som forlot Kosovo hadde alliert seg med habsburgerne eller om de bare fryktet konsekvensene av ottomansk gjenerobring i 1690.