Øya er oppkalt etter den franske admiralen Nicolas Durand de Villegaignon, hvis tropper okkuperte øya i 1555 og deretter bygde Fort Coligny under et forsøk på å opprette kolonien France Antarctique. Portugisiske tropper overtok øya i 1560. Villegagnonøya har siden 1938 tilhørt den brasilianske marinen.