Miljøbyråets styre har en representant for hver av medlemslandenes regjering, en representant for Europakommisjonen og to representanter utpekt av Europaparlamentet. Arbeidet understøttes av en vitenskapkomité, emnesentere kontrahert til konsortier av forskningsinstitusjoner, hvert medlemslands knutepunkt og oppnevnte nasjonale ressurssentre.