De tette bestandene av vannhyasint fortrenger naturlig vegetasjon og ødelegger dermed leveområdene til virvelløse dyr, fisker og fugler. Temperatur, pH, biologisk oksygenforbruk og innhold av næringsstoffer reduseres. Av og til forsvinner alt tilgjengelig oksygen så en får massedød av fisk. Bestandene av mygg, snegler og andre smittebærere kan øke slik at det blir mer av sykdommer som malaria, bilharzia, hjernebetennelse, filariasis og kolera.