Svovelsyren ble oppdaget høsten 2000 etter at hvite flekker av forskjellig størrelse fra noen få centimeter til en halv meter hadde oppstått på skroget. Det viser seg å være salter som dannes på overflaten av treet når sulfater reagerer med oksygen. Det kunne føre til at treet ville sprekke fra innsiden. I 2002 ble mengden svovelsyre i «Vasa» beregnet til over to tonn, og nye hundre kilo dannes hvert år. Man har beregnet at det er nok svovel i skipet til å danne ytterligere fem tonn svovelsyre, noe som vil medføre betydelige skader hvis utviklingen ikke bremses.