Jørgensen fortsatte sine botaniske studier, fra 1898 med stipendier fra Bergen Museum, og fra 1914 som statsstipendiat. Han skrev florageografiske studier fra flere steder hvor han oppholdt seg. Han skrev omfattende avhandlinger om levermoser (Hepatophyta) og øyentrøst (). Ettersom Bergen Museum arbeidet med marin flora, ble Jørgensen engasjert i dette arbeidet, og han utga etterhvert flere taksonomiske studier om plankton, blant annet som han utga sammen med av Ole Nordgaard i 1905. Innenfor det lettere faglige forfatterskap var han også redaktør for flere utgaver av og , begge opprinnelig utgitt av H.L. Sørensen.