Louis Bonaparte utnevnte Janssens som generalsekretær for krigsdepartementet da han kom tilbake. Han hadde en rekke høyere administrative poster i kongeriket til Louis Napoleon abdiserte og Frankrike annekterte Nederlandene i 1810. 11. november 1810 ble han utnevnt som generalguvernør i territoriet som før annekteringen avr kjent som Nederlandsk Østindia og erstattet Herman Willem Daendels. Han ankom i Batavia på Java den 15. mai 1811 og involverte seg umiddelbart i forsøkene på å styrke koloniens forsvar. Java trakk fordel av en større andel nederlandske og franske soldater, i tillegg til bedre forsvarsverk, sammenlignet med Kappkolonien. Men den britiske invasjonsstyrken ankom kort tid etter, den 30. juli, ledet av Samuel Auchmuty.