Elva har sitt utspring i kommunen Buysscheure i departementet Nord helt nord i Frankrike. Den renner så gjennom Bollezeele, Esquelbecq, Bambecque og etter ca. 30 km krysser den grensa ved Houtkerque. left|thumb I Belgia renner Yser gjennom Diksmuide, og ut i Nordsjøen ved Nieuwpoort.