Da Soros ble gjenstand for politiske angrep i blant annet Sentral-Europa, ble CEU også mål for kritikk fra høyrenasjonalistiske krefter og motstandere av globalisering. Blant kritikerne var den ungarske statsministeren Viktor Orbán og hans regjering, som ofte omtalte CEU som «Soros-universitetet». I mars 2017 la den ungarske regjeringen fram et lovforslag som skulle innføre nye regler for universiteter i Ungarn drevet av utenlandske aktører, med spesielt strenge regler for aktører fra land utenfor EU. CEU-representanter mente at de nye reglene var spesielt rettet mot CEU.