Synoden i Whitby ble holdt i hans dødsår, 664. Dette var en viktig hendelse i britisk kirkehistorie, ettersom det ble avgjort om man skulle følge romersk eller keltisk skikk i landet. Deusdedit var på den romerske siden, som gikk seirende ut av disputten, men ser ikke ut til å ha vært med på synoden fordi han var blitt smittet av pest. Han døde noen måneder senere.