I 1627 ble han assisterende skolemester ved latinskolen Earls Colne Grammar School i Earls Colne, en landsby i Essex. Han ble prest, men hans prekener og puritanske syn pådro seg kraftig irritasjon fra de geistlige i den engelske kirke. Erkebiskop William Laud forbød ham å holde gudstjenester. Da Shepards eldste sønn døde, samlet han familien, sin kone og yngre sønn, og forlot England i 1635 til fordel for Den nye verden. Seilasen over Atlanterhavet var tung og lang, før de nådde fram til Massachusetts i Amerika. Hans hustru døde kort tid etter, det samme gjorde hans andre hustru og ytterligere av hans barn, bitre erfaringer som han førte inn, om enn ikke uten vanskeligheter, i perspektivet av sin teologi.