Som leder av det høyreradikale Nasjonalistpartiet, ble han valgt til justisminister i 1961, under statsminister Verwoerd. Da Verwoerd ble myrdet i 1966 ble Vorster valgt som erstatning av Nasjonalistpartiet. Han fortsatte Verwoerds innføring av apartheid, og i 1968 fjernet han de fire setene i parlamentet som var reservert for representanter valgt inn av fargede velgere.