Teodosius mistet sin mor, Aelia Eudoxia, i 404. Da hans far Arcadius døde i 408, ble syv år gamle Theodosius keiser. Som hans formynder og regent fungerte den pretorianske prefekt Anthemius, en dyktig administrator som systematiserte kornleveransene fra provinsen Egypt, og på den militære front fikk han avvist angrep fra huneren Uldin. Han utvidet Konstantinopels areal, og i 413 innledet han byggingen av forsvarsmurene langs den nye bygrense, de theodosianske murer som fortsatt står, men det er Anthemius og ikke den dengang 12-årige keiser som fortjener æren for dem.