Kor i samme bredde som skipet og sakristi er oppført i laftet tømmer. Trefigurer på prekestolen antas å være fra slutten av 1600-tallet. Ved skipets vestende er det dåpssakristi oppført i stavverk. Veggtilene er innfelt mellom 10 staver. Kvernes stavkirke er av møretypen kjennetegnet ved mellomstaver i veggene og ved at de i stedet for åpen takstol har takbjelker (ankerbjelker eller beter) tvers over skipet i høyde med stavlegjene og himling festet til disse. Denne konstruksjonen har fellestrekk med vestlandske grindbygg. Kvernes stavkirke er i likhet med Rødven stavkirke avstivet med utvendige skorder (skråstivere) på langveggene og det er usikkert om disse er opprinnelige. En søyle midt i skipet antas å ha understøttet en takrytter satt opp i 1648, søylen har årstallet 1648 innskåret. Det er uvisst om kirken har hatt svalgang. Kirken har ingen innvendige skråbånd til å avstive veggene og ifølge Anders Bugge er de utvendige skordene eller strebebjelkene nødvendige for å støtte bygget. Bygget fikk trolig ny takrytter i 1810. En skipsmodell henger over midtgangen.