Heitmann viste som ung meget store evner. Familien ville at han skulle ta latinskole (Trondheim Katedralskole) og senere studere teologi i København. Men farens store pakkhus i Trondheim brant ned i bybrannen i 1681, og det ruinerte nesten familien. Heldigvis eide de gårder på Helgelandskysten, og Hans Heinrichsøn Heitmann flyttet familien og virksomheten til Sund i Hemnes. Der ble Hans H. Heitmann etter hvert også lensmann. Johan Heitmann tok navigasjonseksamen i Bergen, og vant ry som «den bedste Pilot i Norge». I begynnelsen seilte han på farens skuter i hele området mellom russergrensen og Amsterdam. Senere fikk han kongelig privilegiebrev som «extraordinair commis-capitain». I denne tiden (under Den store nordiske krig) førte han bevæpnede handelsskip – ofte til Spania og Portugal. I en lang periode bodde Johan og hans familie i Kristiania. To ganger brant huset deres ned, og de mistet alt de eide. Likevel må de ha klart seg økonomisk siden sønnene fikk universitetsutdannelse.