På 1600-tallet var universitetet kjent for Simon Dach og hans krets av diktere. På 1700-tallet virket Immanuel Kant som professor og senere rektor ved universitetet. Kant forlot aldri Königsberg, og hans grav ligger på universitetsområdet. Albertinas botaniske hage ble åpnet i 1811. To år senere etablerte astronomen Friedrich Bessel sitt observatorium ved siden av den botaniske hagen. Andre berømte vitenskapsmenn som virket ved universitetet i det 19. århundre var filosofen Johann Gottlieb Fichte (1806–07), biologen Karl Ernst von Baer (1817–34), matematikerne Carl Gustav Jacobi (1829–42), mineralogen Franz Ernst Neumann (1828–76), og fysikeren Hermann von Helmholtz (1849–55).