Rumenske styrker begynte deportasjoner noen uker etter at de tok kontroll over områdene. Jødene ble først flyttet til transittleirer inne i Bessarabia. Rumenske styrker begynte deporteringen av jøder over Dnestr i juli og august 1941. Wehrmacht protesterte fordi deportasjonen forstyrret de militære operasjonene og Einsatzgruppe D var allerede i gang med å drepe lokale jøder i Transnistria. Omtrent som nådde østbredden ble drevet tilbake til vestsiden av elven og flere tusen mistet livet eller ble myrdet underveis. De overlevende ble internert i leirer og deportert til Transnistria fra september/oktober 1941 til januar 1942. Sult og sykdom førte til at en stor andel i disse leirene døde. Deportasjoner fortsatte til oktober 1942.