I 2004 spilte Vėtra i Intertoto Cupen og tok seg helt til tredje runde. I 2005 gikk det ikke fullt så bra, og klubben ble slått ut etter å ha tapt begge de to kampene i første runde mot CFR Cluj fra Romania. I 2006 ble klubben slått ut av Shelbourne FC i andre runde. I 2007 kom klubben nok en gang til tredje runde hvor de tapte for Blackburn Rovers FC.