Gjennom 1990-årene var partiet preget av opprivende lederstrider. I 1999 ble Bendtsen valgt til formann i den konservative folketingsgruppen og til politisk leder (partileder), som en kompromisskandidat. Bendtsen lyktes med å samle partiet og lede det inn i regjering. Han var økonomi- og næringsminister og visestatsminister i Anders Fogh Rasmussens regjeringer fra 2001 til 2008. Bendtsen gikk av som partileder etter eget ønske i 2008.