Struensee har også blitt tillagt ansvaret for å ha avskaffet en rekke hevdvunne helligdager ved helligdagsreformen av 1770. Men i virkeligheten var denne beslutningen tatt før hans maktovertakelse. Det var en sak som kirken hadde godkjent, og som kun hadde ligget og ventet på kongelig bekreftelse. Men ettersom det var Struensee som godkjente avskaffelsen, ble han tillagt hele ansvaret, og denne reformen er i ettertid ofte benevnt som .