Andersen deltok på den antikirkelige fløyen i religionsdebatten i Norge på slutten av 1800-tallet. I 1895 utga han boken , der han angrep Den norske kirkes innflytelse over skolevesenet i Norge. I de neste årene drev han omfattende studier over Det nye testamente, og utga i 1898 en bok der han angrep lutherdommens lære om rettferdiggjørelse. I 1898 leverte han en doktoravhandling om I denne avhandlingen forsøkte han å påvise at nattverden ikke var innstiftet av Jesus, men en senere oppfinnelse. Avhandlingen ble bedømt av det historisk-filosofiske fakultetet ved universitetet i Kristiania. I bedømmelseskomitéen satt filologen P. O. Schjøtt og de to teologene Sigurd Odland og Lyder Brun. De to siste stemte mot godkjennelse, og Andersen fikk derfor ikke doktorgraden. Avhandlingen ble likevel rost av Arne Garborg, og Bjørnstjerne Bjørnson skrev en brosjyre («Natveren seet i Udviklingens Lys», 1903) basert på den.