Francis Kovitvanit var fra 1979 til 1981 viserektor ved presteseminaret St. Josef i Sam Phran. I 1981 ble han sendt for høyere studier til Gregoriana i Roma. Fra 1983 til 1989 var han rektor for presteseminaret i Nakhon Ratchasima. Francis Kovitvanit ble i 1989 undersekretær for Den thailandske bispekonferanse. Fra 1992 til 2000 var han rektor for det nasjonale presteseminar i Sam Phran.