Biblioteket ble grunnlagt samtidig med legeforeningen i Hamburg den 2. januar 1816 av dr. Johann Chaufepié, og åpnet i 1817 et offentlig utlån i Johannisstraße. Biblioteket hadde en forsiktig start i et leseværelse, men vokste til over 10 000 bind i løpet av de første 25 år. På denne tiden var det svært rikt på både engelske og tyske verker og skaffet seg blant annet en fyldig samling litteratur om kolera, gulfeber og andre infeksjonssykdommer.