I 1612 ble han ved kirken St. Botolph i Boston i Lincolnshire. Han ble som prest der etterhvert en av de mest innflytelsesrike puritanske predikanter i hele England. Konflikten mellom puritanerne og den etablerte anglikanske kirke eskalerte etter utnevnelsen av William Laud til erkebiskop av Canterbury i 1633.