I løpet av 1188 begynte en av Owain Gwynedds sønnesønner, Llywelyn ap Iorwerth, å utfordre sine onkler og i løpet av slutten av 1100-tallet hadde han greid å få kontroll over Gwynedd. Llywelyn, som senere ble kjent som Llywelyn den store, fortsatte inntil han ble herskeren over det meste av hele Wales. Da han døde i 1240 ble kongedømmet overført til hans sønn Dafydd ap Llywelyn som døde uten en arving i 1246, og kongedømmet ble igjen delt mellom sønnene til en annen sønn av Llywelyn den store, Gruffydd ap Llywelyn Fawr. En av disse, Llywelyn ap Gruffydd, klarte til slutt å beseire sine brødre og ble konge over Gwynedd og senere også over andre deler av Wales.