Trygve Wyllers forskning spenner over et bredt register fra vitenskapsteoretiske grunnlagsproblemer for teologisk forskning, via arbeider om ulike sider av den kristne omsorgstradisjonen, til filosofisk-teologiske analyser om helse- og sosial faglig arbeid. Wyllers publisering, undervisning og forskningsformidling har blitt møtt med stor interesse i både klassisk teologi og ulike praktiske profesjonsutdannelser. Han har i mange år bidratt med arbeider med et fenomenologisk perspektiv på profesjonsetikken. Et annet bidrag i samme retning er antologien Skam (Oslo 2001) som har kommet til å spille en viktig rolle for den norske og nordiske fagdiskusjonen på feltet.