Han tilhørte den delen av fagbevegelsen som dannet Verkamannafylkingin i 1994, som følge av misnøye med Javnaðarflokkurin og krisepolitikken etter bankkollapsen. Han hadde ikke vært medlem av Javnaðarflokkurin. Ved valget i juli 1994 ble Magnussen innvalgt på Lagtinget fra Suðurstreymoy. Han ble formann i Lagtingets sosial- og helsekomité, som i 1995 ble Lagtingets velferdskomité.