Handlingen til filmen er lagt noen år etter hendelsesforløpet i fra 1980. Clark Kent/Supermann/Kal-El har vært borte fra jorden i fem år. Når han kommer tilbake til jorden har mye blitt forandret. Hans store kjærlighet Lois Lane har gått videre i livet og giftet seg. Verden ser ut til å greie seg uten Supermann. I mellomtiden er skurken Lex Luthor sluppet fri fra fengselet og har dratt for å finne Supermanns borg, kalt ensomhetsborgen, hvor han lærer om Supermanns opphav. Han stjeler avansert teknologi som han bruker til å lage et nytt kontinent og setter USA under oversvømmelse. Det ser ut til at verden trenger mannen av stål nok en gang.