Doohan hadde i mange år et dårlig forhold til medspiller William Shatner, han og George Takei anklaget Shatner for å være vanskelig å arbeide med. I 2004 DVD settet, så det ut til at Shatner hadde begravd stridsøksen med Takei, men sprekken mellom Shatner og Doohan var verre å fikse. På 1990-tallet gjorde Shatner flere forsøk på å gjøre opp med Doohan, men uten suksess i lang tid; men en artikkel i Associated Press publisert da Doohan gjorde sin siste opptreden på en -konvensjon sent i august 2004, sa at Doohan hadde tilgitt Shatner og de hadde fikset forholdet sitt. Det er mulig at deres fornyet vennskap var resultatet av at Shatner bekymring over Doohan, som hadde blitt syk av Alzheimers.