Etter Nikolas IIs død deltok Peter også ved pavevalget 1061, hvor Alexander II ble valgt. Alexander hadde samarbeidet med Peter om reformer i Nord-Italia. En motpave, Honorius (II) ble også utnevnt, med støtte fra den tysk-romerske keiseren. Peters lange argumentasjon som ble lest opp for et konsil i Augsburg bidro sterkt til at Honorius i 1072 mistet keiserens støtte og måtte trekke seg.