Befolkningssammensetningen i de britiske områdene på Borneo var også annerledes enn på Malayahalvøya, med ulike urfolksgrupper som talte mange forskjellige språk. Malayiske politikere så imidlertid på disse som tilhørende samme etniske gruppe som malayene og regnet med at disse ville hjelpe til å balansere Singapores økte bidrag av kinesere. Planene ble først avvist av politiske ledere på Borneo. Frykten var at unionen ville bli dominert av Malayahalvøya og folk derfra. Abdul Rahman og Lee Kuan Yew lykkes likevel å overtale de politiske lederne i Sarawak og Britisk Nord-Borneo og i januar 1962 ga regjeringene der sin støtte til planene om å utvide forbundsstaten. Dette skjedde etter at det ble tatt særlige hensyn til de nye delstatene. Det ble gitt garantier for lokal kontroll med innvandring. Engelsk ble anerkjent som delstatsspråk til bruk i skolen og forvaltningen. En egen føderal forvaltning ble etablert for de nye delstatene. Lokale religioner ble anerkjent. Urfolkene og andre lokal befolkningsgrupper fikk spesielle rettigheter. Videre ble det avsatt økonomiske midler til utvikling av Sarawak og Britisk Nord-Borneo, som skiftet navn til Sabah ved inntreden i den nye unionen. Etter at disse innrømmelsene ble gitt, vant de unionsvennlige regjeringspartiene i Sarawak og Britisk Nord-Borneo valgene i 1963.