I årene 1933 og 1934 underviste Kirkpatrick ved Mozarteum i Salzburg. I 1937 gjorde et stipend ham i stand til å foreta en omfattende og musikkvitenskapelig sett ambisjonsrik reise gjennom hele Europa, der han også fikk anledning til å studere gamle musikkinststrumenter. I 1940 underviste Kirkpatrick ved Yale University i USA, og gav der ut en ny verkfortegnelse over Domenico Scarlattis som avløste den foreldede katalogen til Alessandro Longo.