I desember 1261 ble den unge nikeiske keiser Johannes IV Laskaris blindet og forvist til et kloster slik at han ble uskikket til å være keiser. Mikael VIII fikk også raskt giftet bort hans tre søstre til to italienere og en bulgarsk adelsmann slik at deres etterkommere ikke skulle bli noen trussel for hans egne etterkommere til keisertronen. Mikael prøvde å holde dette hemmelig, men ryktet lekket etter hvert ut og patriarken i Konstatinopel, Arsenios Autoreianos, ekskommuniserte Mikael VIII. Denne bannlysningen ble opphevet seks år senere, i 1268, da Josef I av Konstatinopel ble utnevnt til ny patriark.