Byen er representert innen fotball ved to klubber som spiller i den øverste slovakiske fotballigaen, Corgoň liga. ŠK Slovan Bratislava, grunnlagt i 1919, har sin hjemmebane på stadionet Tehelné pole. ŠK Slovan er den mest suksessrike fotballklubben i slovakisk historie, ettersom det er den eneste klubben fra det tidligere Tsjekkoslovakia som har vunnet den europeiske fotballkonkurransen Cupvinnercupen, i 1969. FC Artmedia Bratislava er den eldste av Bratislavas fotballklubber, grunnlagt i 1898, og har hjemmebane på Štadión Petržalka i Petržalka.