De to sjøoperative amfibiegeværkompaniene består av en stab/trentropp, tre amfibiegeværgrupper samt en amfibieunderstøttelsestropp. Kompaniene er bataljonens manøverkompanier og anvendes først og fremst for å løse markstridsoppgaver. Kompaniene har egen mulighet til understøttelse i form av granatkastere og RB17 fra understøttelsestroppen. Kompaniene forflyttes med stridsbåter samt gruppebåter.