Bakong nøt sin status som statstempel for Angkor i bare få år. Mot slutten av det 9. århundre flyttet Indravarmans sønn og etterfølger Yasovarman I hovedstaden fra Hariharalaya til området nord for Siem Reap, nå kalt Angkor Thom, hvor han grunnla den nye byen Yasodharapura og laget et nytt tempelfjell kalt Bakheng.