Hilberg underviste ved Hunter College i New York i 1954 og ved University of Mayaguez i Puerto Rico i 1955. Han skal ha blitt presset ut av begge disse jobbene. Rektor ved Hunter College, George Shuster, hadde ifølge Hilberg antisemittiske holdninger. Shuster var i perioden 1950–1951 amerikansk administrator for Bayern (under høykommissær John McCloy), og arbeidet der for å benåde dømte krigsforbrytere.