Eckersberg var født i Neder Blåkrog i Sønderjylland, en tettbebyggelse i dagens Aabenraa kommune, som sønn av Henrik Vilhelm Eckersberg og Ingeborg Asmusdatter Nissen. Familien var av tysk avstamning og faren arbeidet som snekker og maler. Ekteparet fikk fem barn hvorav to døde som små, C.W. Eckersberg var den eldste.