Schouboe var sønn av stiftsamtmann Christian de Schouboe og Anna Magdalene Müller, og bror av Oluf Borch de Schouboe. Han ble student i 1801 og i 1804, og var fra 1807 ansatt i Danske kancelli. I 1812 ble han utnevnt til amtmann i Stavanger amt, i 1814 i Lister og Mandal amt og i 1815 i Nedenes amt. Fra 1837 til 1859 var han statssekretær.