Vågnes trente Hareid i 1986 og 1987. Han tok over etter Otto Sundgot som trener for Hødd i 1990, assistert av Kjetil Hasund. Han trakk seg sommeren 1992, etterfulgt av Knut Ertesvåg. Sent i 1993 ble han utnevnt til landslagstrener for U20 jenter, underlagt Åge Steen. I 1995 og 96 var han Norges Fotballforbunds talentsjef i Midt-Norge, og en kort tid G17-ansvarlig i 1997.