Landets viktigste handelspartnere er Kina og Russland, og Mongolias økonomi er sterkt påvirket av nabolandenes. I 2006 gikk 68,4 % av Mongolias eksport til Kina, mens 29,8 % av Mongolias samlede import kom fra Kina. Mongolia importerer omtrent 95 % av sine petroleumsprodukter og en betydelig andel elektrisitet fra Russland, noe som gjør landet sårbart overfor prisstigning. Den mongolske børsen, etablert i 1991 i Ulan Bator, er verdens minste børs målt etter markedskapitalisering. Mongolia er siden 1997 medlem av Verdens handelsorganisasjon, og har uttrykt ønske om økt deltakelse i handelen internt i Asia.