Selv om han synes å ha påbegynt en uferdig grav ved Abydos i Øvre Egypt, ble Djoser til sist gravlagt i sin berømte pyramide ved Saqqara i Nedre Egypt. Ettersom Khasekhemwy, en farao fra andre dynasti, var den siste farao som ble gravlagt ved Abydos, har en del egyptologer tolket dette som at endringen til en mer nordlig hovedstad var fullført ved Djosers tid.