I 1944-1945 bidro Rotta vesentlig til de redningstiltak som de nøytrale ambassader (Portugal, Spania, Sverige, Sveits og Den hellige stol) og Det internasjonale Røde Kors iverksatte i Budapest (initiert av Carl Lutz, og ledet av blant annet Giorgio Perlasca, Friedrich Born, Raoul Wallenberg og Angel Sanz Briz). Som doyen for det diplomatiske korps protesterte han heftig flere ganger mot de ungarske regjeringers deportasjoner av jøder.