Ikke så godt kjent som hans forleggervirksomhet er Matthäus Merian intensive befatning med religiøse spørsmål, og hans gudstro var en sterk motivator for hans virke. Det dreide seg da om Den Hellife Ånds kraft i den enkeltes liv, og ikke så meget Kirke, Bibel og sakramenter. Han skrev i 1637 med utgangspunkt i 1 Kor|: I dette samme sinn gestaltet han sitt personlige våpen og sin forlagssignet, med devisen og storken som våpendyr.