Etter oktoberrevolusjonen ble hun arrestert i sitt hjem den 28. november, med Fjodor Kokosjkin, Andrej Ivanovitsj Sjingarev og prins Pavel Dolgorukov. De hadde planlagt en antibolsjevikisk demonstrasjon til neste dag. Så ble Sofia Panina stilt for retten av revolusjonstribunalet for Petrograd-sovjetet den 10. desember 1917. Dette var den første politiske skueprosess overhodet under det nye bolsjevikiske styre. Hun ble anklaget for å ha underslått 93.000 rubler fra undervisningsministeriet, noe hun benektet. Rettssaken gikk ikke som smurt. Blant annet uttrykte noen av dommerne at de ikke trodde på hennes skyld. Tribunalet fant henne likevel skyldig i «opposisjon mot folkets myndighet» og bestemte at hun skulle «returnere» pengene til undervisningskommissariatet. I lys av hennes tidligere mange velgjerninger ble straffen ikke mer enn offentlig irettesettelse. Etter rettssaken nektet hun å overlevere noen penger, og ble ført tilbake til fengselet der hun forble inntil hennes venner hadde betalt de 93.000 rubler.