Det oppstod flere problemer på begynnelsen av den tredje sesongen i 1965. Lambert hadde forlatt serien og ble erstattet av John Wiles, som ikke kom godt overens med Hartnell. Hartnell hadde også problemer med å huske replikkene sine fordi han led av aterosklerose som senere skulle forårsake hans død. Wiles og Tosh fant på at de skulle skrive Hartnell ut av serien i historien ved å gjøre Doktoren usynlig for en del av historien og deretter la en annen skuespiller spille ham etter at han ble synlig igjen. Wiles fikk ikke lov til å bytte ut Hartnell av den nye sjefen for serier, Gerald Savory. Wiles hadde også håpet at han kunne gjøre andre store forandringer, slik som å introdusere en følgesvenn som prater cockney (noe som ble forbydd fordi alle følgesvennene skulle prate «BBC-engelsk»). Han fratrådte stillingen raskt etterpå angivelig fordi han fant ut at han ville få sparken på slutten av sesongen. Tosh forlot også sin stilling av prinsipp.