Jagtkaptajnen utgjør således et forbindelsesledd mellom monarken og Marinen, og fungerer som Kongehusets rådgiver i maritime spørsmål. Jagtkaptajnen arbeider både for Kongehuset og som selvstendig institusjon under Forsvarsministeriet. I forbindelse med det sistnevnte løser Jagtkaptajnen en rekke oppgaver for Forsvaret generelt.