Duncan spiller for NBA-klubben San Antonio Spurs, som han har representert helt siden han ankom ligaen i 1997. Sesongen 1997/98 ble han kåret til årets førsteårsspiller, og tatt ut på årets lag. Han har også blitt tatt ut på årets lag i NBA hver eneste sesong frem til i dag. I 2002 og 2003 ble han kåret til ligaens beste spiller, og han har vært med på å vinne fire NBA-finaler i sin karriere.