Garnets akademiske karriere ble imidlertid forkortet da fader Robert Persons bad ham om å vende tilbake til England, noe jesuittordenens generalsuperior pater Claudio Aquaviva til å begynne med nektet å gå med på. Tidlig i juli 1586 ankom fader Garnet til England og begynte sitt misjonærsarbeide kort deretter. Han ble kjent med katolikkenes undertrykte livssituasjon i England, men valgte selv en passiv linje til problemene. Da flere tenkte konspirasjoner mot kong Jakob I av England ble oppdaget tidlig på 1600-tallet, oppfordret Garnet Englands katolikker til ikke å gripe til vold mot den sittende konge. Han møtte lederen for kruttkonspirasjonen, Robert Catesby, noen ganger på sommeren 1605, men han var uvitende om hans plan å snikmyrde kong Jakob. Det var ikke før jesuitten Oswald Tesimond den 24. juli samme år avslørte planene for Garnet at han forstod hva som var på gang. Informasjonen fra Tesimond var etter det Garnet var overbevist om imidlertid under taushetsplikt, og Garnet så seg ikke fri til å dele denne informasjon til noen. I stedet bad han paven om å formane alle katolikker om ikke å gi seg inn i noe voldelig opprør mot Jakob.