Da erkebiskop Johannes døde i 1328 (eller noen år senere) hadde hans 34 års virke i hovedstaden ført til et katolsk fellesskap på flere titusener, med mange kirker, klostre, skoler og andre institusjoner. Bibelen og prestenes bønnebok var også oversatt, skjønt til mongolsk (erobrerfolkets språk) og ikke til kinesisk. Keiseren sendte etter noen år en delegasjon til Roma for å be om en etterfølger for Johannes, da ikke noen var kommet (i virkeligheten hadde paven sendt av sted en, Nikolaus, som synes å ha dødd på veien dit). Paven sendte da biskop Giovanni de Marignolli, som reiste ut fra pavens by Avignon samme år i følge med femti fransiskanere, og var på plass i Khan-balyk i 1342. Med som gave til keiseren hadde han en vestlig stridshest, fremgår det av Yuan-dynastiets annaler. Men Giovanni forble bare i noen få år, 1347 gjorde han vendereis og var tilbake i Avignon i 1353. Ikke lenge etter begynte Yuan-dynastiet å miste grepet om Kina. I 1362 ble den siste katolske biskop av Zaitun, Giacomo da Firenze, drept av de kineserne som hadde grepet makten i byen. I 1369 ble alle kristne, det være seg katolikker eller assyrere, utvist av det kinesiske Ming-dynastiet som nå var kommet til makt.