I Sverige kom misjoneringen ikke ordentlig i gang før etter reformasjonen, men først med kong Karl IX (1550–1611) ble kirken rundt 1600 mer permanent organisert i samenes områder. Et tiltak var etableringen av to skoler for utdanning av samegutter, først i Piteå i 1614, deretter i Lycksele i 1631. På denne tiden ble det også laget samiskspråklige skolebøker. Det ble bygget små kapeller i Piteå og Luleå lappmarker sendt på 1500-tallet, senere ble det satt opp kapeller på samenes vinterbosteder i Lycksele, Hetta, Jukkasjärvi, Arvidsjaur og Arjeplog, samt i forbindelse med gruvevirksomheten i Nasafjellet. Andreas Petri Lundius (omtrent 1595–1665) var den første samiske presten i Sverige. Han ble tilsatt som pastor i Arvidsjaur i 1640.