Alexios IV hadde vært medkeiser med tittelen despot under sin far helt fra 1395. De hadde jevnlig ligget i strid om makten og det har virket som om Alexios var ivrig etter å overta keisertittelen. Da faren døde i 1417 kom det anklager mot Alexios for at han skulle ha medvirket til hans død. Han arvet fra sin far en bitter strid med genovesiske handelsmenn om handelrettighetene, og genoveserne hadde bekjempet Trapezunts flåtestyrke og erobret et kloster som de bygde om til en regelrett festning. I 1418 signerte han en fredsavtale og betalte erstatning til genoveserne fram til 1422. En ny strid oppsto i 1425 som varte til 1428. Forholdet til den andre av de store handelsmaktene, venetianerne, var generelt bedre fordi hans far hadde gitt dem større handelsprivilegier.