Da den amerikanske borgerkrigen brøt ut i 1861, begynte slavesystemet og økonomien i det sørlige Maryland der Mudd bodde, å kollapse ganske raskt. Etter få år med borgerkrig i USA ble slaveriet avskaffet i delstaten Maryland. Noe som gjorde det vanskelig for småbønder som Mudd å betjene sine plantasjer. Som et resultat av dette valgte Mudd å selge plantasjen sin, og dette gjorde ham mer avhengig av sin medisinske praksis. En av dem som kunne vært interessert i å kjøpe eiendommen og jordlappen hans, var en 26 år gammel skuespiller ved navn John Wilkes Booth.