Biskop Theophilos, likesom sine forgjengere, var i utgangspunktet positiv til Origenes. I 399 ytret han seg offentlig mot den antropomorfisme som noen munker representerte i sin teologi, og søkte i dette støtte i Origenes teologi. Rundt 399/400 vendte han seg imidlertid bort fra den origenistiske lære, forordnet et kirkeforbud mot å lese Origenes' skrifter i Egypt, og fikk munker som fulgte Origenes' lære utvist fra Egypt, blant demt Johannes Cassianus (ca 340-435), som så kom seg til Rhônedalen og grunnla de første klostre der.