Ved siden av stormesteren, har ordenen siden innstiftelsen hatt en kansler, som har stått i spissen for ordenens administrasjon. Mens ordenskansleren først var involvert i de fleste sider av administrasjonen, har dette endret seg slik at ordenskansleren nå er leder for ordensrådet som vurderer forslag om tildeling. Fram til unionsoppløsningen var ordenskansleren den norske statsminister i Stockholm. Etter unionsoppløsningen og fram til 1914, da det ble etablert et eget ordensråd, var statsministeren i Oslo ordenskansler. Ved opprettelsen av ordensrådet ble embetet som ordenskansler skilt fra statsministerposten og det ble bestemt at statsråder ikke kunne være medlemmer av ordensrådet. Ordenskansleren fikk en tidsbegrenset funksjonstid. Denne var opprinnelig satt til to år, men ble forlenget til seks år.