Republikken Slovakia var det første landet som i stor skala sendte sine egne innbyggere til dødsleirene og Republikken Slovakia betalte Tyskland for å ta i mot de deporterte jødene. Transporten fra Slovakia gikk til tilintetgjørelsesleirer (særlig Majdanek, Auschwitz og Sobibór) i Generalguvernementet i det okkuperte Polen. Omkring 300 av de rundt 60.000 deporterte overlevde. Blant de overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Nesten alle slovakiske dødsofre under krigen var jøder.