I Skottland begynte Willock å holde prekener og i 1559 ble han lyst fredløs. Hans popularitet gjorde at denne dommen ikke hadde noen effekt, og som John Knox’ stedfortredende prest ved St Giles' Cathedral i Edinburgh administrerte han kirkesamfunnet for første gang i henhold til den reformerte troen. Han var således til stadig frustrasjon og irritasjon for regenten som forsøkte å gjenopprette den katolske troens autoritet i Skottland. Willock var en av fire prester som ble valgt av konventet av oktober 1559 til å sitte i regjeringens råd, og han ble en av de som ble utpekt til å sammenstille (en veiledning om religiøs og etisk livsførsel) (1560).