Ulcerøs kolitt har et meget individuelt varierende forløp. Enkelte pasienter har over lang tid (flere år) ingen eller helt ubetydelige plager, mens hos andre er sykdommen forbundet med mye sykelighet. De fleste pasientene vil nok oppleve et forløp med vekselvis gode og dårligere perioder. Forløpet avhenger av sykdommens alvorlighetsgrad og hvordan pasienten reagerer på den behandlingen som blir gitt. Ytre faktorer som psykisk stress og belastninger har trolig også betydning.