Russerne under general Skobelov erobret byen i 1876 etter hard motstand. Byen var i 1898 sentrum for et opprør ledet av en ishan av naqshbandiordenen, Madali. Opprøret ble brutalt slått ned av russerne etter tre dagers harde kamper. I 1899 nådde jernbanen byen og en russifiseringsprosess skjøt fart. I 1902 ble Andijon rammet av et stort jordskjelv som krevde minst 4500 menneskeliv og ødela store deler av gamlebyen.