Så snart skyggefartøy har levert en last, oppstår spørsmålet om hvordan denne leveransen skal betales. Mange sanksjonerte aktører står overfor utfordringen med å motta betaling på en effektiv måte. Amerikanske og EU sanksjoner kan kraftig begrense bruken av det internasjonale banksystemet (SWIFT) og tilgangen til dollar og euro, de to viktigste valutaene i internasjonal handel. Sanksjonerte land og deres handelspartnere må derfor være oppfinnsomme for å omgå de finansielle aspektene ved et sanksjonsregime. Dette viser at den tiltenkte funksjonen til en skyggeflåte er avhengig av et komplekst lagverk av strategier på land. Skyggeflåter er derfor ofte nært knyttet til ulovlige aktiviteter utover det maritime domenet, som økonomisk og administrativ svindel.