I Athen måtte den oligarkiske styresmakten som hadde styrt siden 411, gi plass for et gjeninnsatt demokrati innen få måneder etter slaget. En ekspedisjonsstyrke under Thrasyllos var forberedt på å slutte seg til styrkene i Hellespont. Men denne styrken dro ikke før et år etter slaget, og selv om athenerne til slutt tok tilbake Bysantium og igjen begynte å kreve inn skatt fra Khalkedon, brukte de egentlig aldri fordelen som Kyzikos hadde gitt dem. Dette skyldtes hovedsakelig manglende økonomisk evne. Selv etter seieren var den athenske økonomien for hardt presset til å støtte offensive operasjoner i stor skala. Imens gjenoppbygget spartanerne raskt flåten sin med persiske midler, og ville fortsette å undergrave den athenske fordelen. Athen ville komme til å vinne enda et sjøslag i krigen, ved Arginusai, og deres nederlag ved Aigospotamoi i 405 ville gjøre slutt på krigen. Kyzikos, selv om det var en dramatisk seier, milsyktes i å føre til en varende fordel for den athenske siden og utsatte bare utfallet av krigen.