Kleopatra Tryfaena er et historisk problem da det er minst to, kanskje tre, ptolemeiske kvinner ved navn Kleopatra Tryfaena. Det innebærer mulige forvekslinger. Det er en Tryfaena som var datter av Ptolemaios VIII Fyskon. Det var også en Kleopatra V Tryfaena, som har blitt gitt nummeret V av moderne forskere, og som er bekreftet gift med Ptolemaios XII Auletes, men som deretter forsvinner uforklarlig ut av de historiske opptegnelsene. Til sist er det en Kleopatra Tryfaena, som denne artikkelen handler om, som var en (antatt) datter av nevnte Kleopatra V Tryfaena. Hun er i moderne tid gitt tallet VI og opptrer som Kleopatra VI Tryfaena.