Avbrutt av sine perioder i regjering, satt Abbot i parlamentet fra 1994 frem til 2019, da han tapte setet mot Zali Steggall. I regjeringen til John Howard hadde han flere ministerposter. Fra 1998 til 2003 var han leder for arbeidsdepartementet, under skiftende navn. Fra 2003 til 2007 var han helse- og aldringsminister. Han tok over som leder av partiet i 2009 etter Malcolm Turnbull. Han vant lederstriden med 42 stemmer mot Turnbulls 41. I september 2015 utfordret Turnbull partileder og statsminister Abbott. Turnbull vant med 54 stemmer, mot 44 for Abbott.