Det andre lokalvalget som involverte 33 kommuner med rundt 2,4 millioner registrerte velgere fant sted i november 2003. Dette var første gang FRELIMO, RENAMO-UE og uavhengige partier kjempet uten betydelige boikotter. Valgdeltakelsen på 24 % var godt over de 15 % fra det første lokalvalget. FRELIMO vant 28 posisjoner som borgermestre og majoriteten i 29 kommuneforsamlinger, mens RENAMO vant fem posisjoner og majoriteten i 4 forsamlinger. Valget ble utført uten voldelige hendelser. Men perioden umiddelbart etter valgene ble preget av innvendinger om stemme og kandidatregistreringen og stemmetabuleringen, i tillegg til ønsker om større oversikt.