Tamrotter har flere fargevarianter. I laboratoriesammenheng forekommer rotter relativt hyppig i Pink Eyed White (PEW/albino). Da vil fargen være hvit og øynene vil mangle pigment og derfor være rosa. Wistar, Sprague-Dawley og Fisher 344 er vanlige albinoraser. PEW rotter har svært dårlig syn og er lysømfindtlige. Hooded er en variant som har hvit kropp og farge på hode/rygg. Linjene lister, Long-Evans og PVG er de vanligste lablinjene som kommer i hooded. Sannsynligvis stammer de fleste hoodedrotter opprinnelig fra et avlsprogram i 1915, utført av forskerne Long og Evans. De frambrakte fargevarianten gjennom å krysse hvite hunnrotter av linjen Wistar med en vill hannrotte fra Agoutifarget. Agouti er den fargen som er mest naturlig for en rotte å ha, og det er den fargen man vil kunne finne på ville rotter. Mange andre fargevarianter er også blitt avlet fram, blant annet Russian Blue Agouti (bilde), fawn, blue, cinnamon, buff, burmese, siamese osv. Det er også kommet mange mutasjoner som påvirker pels, som f.eks rex (krøllete pels og værhår) eller fuzz (nesten hårløs med spredt "dun"). Dessverre innebærer mange av disse mutasjonene helseproblemer. Hårløse rotter sliter ofte med øyeproblemer, og mange av dem vil ha store problemer med å amme ungene sine på grunn av lav melkeproduksjon og mangel på brystvorter.