Nanjing skulle vise seg å bli et lite gjennombrudd. Det var i Nanjing at pater Ricci fikk sin antagelig viktigste konvertitt, Xu Guangqi (også kalt Paul Xu), en av de kinesiske katolikkers . I løpet av de kommende 30 år skulle han gjøre mer for katolisismen i Kina enn noen annen konvertert kineser. Pater Ricci ansporet han i hans karriere så han forsøkte seg, etter flere mislykkede forsøk, på statsembedsmannseksamenen. Han bestod med glans, og kom raskt inn i den øverste elite og ble også opptatt i Hanlin-akademiets øverste kretser. Xu Guangqi ble ikke bare mandarin av høyeste klasse; an var en storsekretær – den vel mest sentrale embedsmannstilling i hele Ming-keiserdømmet. Det var også i Nanjing at Ricci døpte enda en av : Li Zhizao (dåpsnavn Leon Li). Han skulle senere stå bak byggingen av den første kirken i Nanjing. Li var også den første høylærde som i 1625 skulle forstå og gjenkjenne påtegnelsene på den nyoppdagede nestorianske stelen i Xian som vitnemål om kristent nærvær i Kina under Tang-dynastiet. (Den tredje av , Yang Tingyun, var ikke Riccis konvertitt, men fant veien til kristendommen gjennom sin venn Li og jesuittmisjonæren Lazzaro Cattaneo.) De tre var alle hengivne det konfucianske tankegods, ennskjønt Li var kritisk til neokonfucianismen. Før de ble døpt hadde deres interesse for buddhismen vært forskjellig; Yang var antagelig den mest interesserte. Men etterpå var alle tre sterke kritikere av buddhismen. Intellektuelt harmoniserte de alle tre kristendommen med konfucianismen. I 1599 kunne pater Ricci melde at misjonen vokste med om lag hundre nydøpte hvert år. Pater Riccis berømmelse steg i Kina, og han fikk stadig flere kontakter, . Hans beherskelse av det kinesiske språk og av den konfucianske filosofi var også så bemerkelsesverdig at han igjen våget å legge veien nordover, til hovedstaden.