Misjonen etterfulgte United Nations Good Offices Mission in Afghanistan and Pakistan (UNGOMAP), som var i virksomhet etter Sovjetunionens tilbaketrekning fra Afghanistan i 1988 til mars 1990. FN etablerte United Nations Office for the Coordination of Humanitarian and Economic Assistance Programmes relating to Afghanistan (UNOCA) for å drive humanitært innsats i landet, et arbeid OSGAP støttet politisk. OSGAP var en politisk misjon, men hadde en avdeling av militærrådgivere. Arbeidet ble ledet av en personlig utsending for FNs generalsekretær. To hovedkontor ble etablert, det ene i Kabul i Afghanistan, det andre i Islamabad i Pakistan.