Zenawi fullførte videregående skole i 1972 på Generelt WinGate School i Addis Abeba. Han begynte på det medisinske fakultet ved Addis Abeba University (tidligere kjent som Haile Selassie-universitet), der han studerte i to år før han avbrøt sine studier i 1974 for å delta i Tigrayan People's Liberation Front.