Nisyros er vannfattige på grunn av mangel på grunnvannsressurser og lite nedbør. Den årlige vannbehovet er om lag 100.000 m³. Det meste kommer fra den eneste drikkevannskilden øst på øya ved klosteret Kyra Panagia, men mengden herfra er ubetydelig. Problemet har blitt løst i det siste med cisterner for lagring av nedbør, også i dag har mange husholdninger sisterner. Transport med tankskip fra fastlandet eller fra Rhodos har høye kostnader og førte til at i 1991 ble det bygget et anlegg for avsalting av sjøvann. I 2002 ble det igangsetting en omvendt osmosesystem for avsalting av sjøvann med en daglig kapasitet på 340 m³.