Aguilar ble profesjonell i 1999. Han kvalifiserte seg for Europatouren i 2006 som den andre chilenske golfspilleren. Men Aguilar hadde for dårlige resultater til å beholde kortet da sesongen var over, så i 2007 måtte han spille på Challenge Tour. Der vant han i 2007 to turneringer. Dermed var han igjen klar for Europatouren i 2008, der han i februar vant Indonesia Open.