I løpet av 1990-tallet ble det klart at hvaler er nært beslektet med klovdyrene. Nøyaktig hvordan slektskapsforholdet mellom de hvalene og klovdyrene ser ut er foreløpig usikkert. Fossilfunn og genetikk peker i flere retninger, og drøvtyggerne eller flodhester kan være nærmere beslektet med hvaler enn noen av dem er med de øvrige klovdyrene.