I løpet av sesong tre, avsløres det hva som skjedde etter at Nathan ikke klarer å produsere formelen ferdig. Etter ødeleggelsen av Primatech og Pinehearst, det rivaliserende selskapet til Primatech, forsøker alle karakterene å leve mest mulig normale liv. Sylar dreper Nathan i en intens duell. Men fordi Nathan også var en fremtredende politisk aktør, blir Matt Parkman (spilt av Greg Grunberg) som har makt over folks hukommelse, instruert om å endre Sylars hukommelse slik at Sylar kan tro at han er Nathan og overta hans plass. I den forbindelse bruker han Sylars nye krefter til å endre form. og tar på seg Nathans utseende. Men dette får også en negativ bivirkning, som får Sylars bevissthet til å bli fanget i Matt Parkmans kropp og sinn.