Tisserant deltok i konklavet 1939, son valgte kardinal Eugenio Pacelli til pave Pius XII. Han vat en av de seks franske kardinalene som deltok i konklavet. Kardinal Tisserant var heftig anti-nazistisk, og i 1939 møtte han Henri Navarre fra de franske hemmelige tjenester og ga sin støtte til alle de katolske nettverkene som beskyttet jødene. Han spilte en ledende rolle som uoffisiell diplomat under andre verdenskrig. Han fordømte Ustasha og fransiskanske presters og munkers medvirken i folkemordet på serbere under den uavhengige staten Kroatia.