Gagarins forfatterskap var svært omfattende; mange av hans artikler utkom først i tidsskrifter og ble senere sammenstilt og utgitt i bokform. Som polemiker var Gagarin grundsig, og hans arbeid som religiøs propagandist var av betydning. Hans hovedinteresse var å vinne Russland for den katolske tro. I samarbeid med pater Daniel grunnla Gagarin i 1856 tidsskriftet Etudes de théologie, de philosophie et d'histoire (senere kalt , 1862); han etablerte «Œuvre de Prop. des Sts. Cyrille et Méthode» (1858) for å fremme kiekens enhet, og bidro til «Contemporain», «"Univers», «Ami de la Religion», «Précis historiques», «Correspondant», «Revue des questions historiques» og andre tidsskrifter.