Nintendo bedret det anstrengte forholdet sitt til tredjeparts spillutgivere denne generasjonen. Square Enix ga ut sine første spill for Nintendo siden 1996 (deriblant Final Fantasy: Crystal Cronicles). Namco støttet konsollen bl. a med spillene Soul Calibur II, Tales of Symphonia, Donkey Konga og Star Fox: Assault. Capcom ble en viktig samarbeidspartner og bidro bl. a med to nye Resident Evil-spill (RE Zero og RE 4), i tillegg til en nyversjon av det første Resident Evil. Sega støttet konsollen med mange spill, blant dem flere spill i Sonic-serien. Nintendo kjøpte spillstudioet Silicon Knights (kjent for bl. a Eternal Darkness), og tok utgangspunkt i restene av Iguana Entertainment da de dannet Retro Studios (som ga ut Metroid Prime 1 og 2 for GameCube). Britiske Rare utviklet kun ett spill for GC (Star Fox Advenures), før Nintendo solgte studioet til Microsoft i 2003.