Amon-Ra beholdt sin fremste betydning i den egyptiske gudeverden gjennom hele Det nye rike, bortsett fra unntaksepoken med den monoteistiske atonismen under farao Akhnaton. Amon-Ra beholdt i denne perioden, fra 16. til 11. århundre f.Kr., posisjonen som en transcendental (uavhengig av det materielle universet), selvskapende skapergud. Han var en egyptisk nasjonalgud, den som kjempet for de fattige eller vanskeligstilte og sentral for personlig fromhet. Hans posisjon som gudenes konge utviklet seg til noe bortimot monoteisme hvor andre guder ble manifestasjoner av ham. Sammen med Osiris og Isis er Amon-Ra den egyptiske guden som er best dokumentert i nedtegnelsene.