Fra 2012 til 2017 var hun avdelingsdirektør i avdeling for kunnskapsutvikling hos Riksantikvaren. I 2017 ble hun direktør for Norsk institutt for kulturminneforskning. Kristin Bakken sitter i styret til Nynorsk kultursentrum, er medlem av Klagenemnda for stadnamnsaker i Språkrådet, er medlem i fagrådet for språksamlingene ved Universitetet i Bergen og er styremedlem i Forskningsinstituttenes fellesarena (FFA).