På 1990-tallet bestemte klubben seg imidlertid for at de ønsket å spille hjemme i Skottland. De søkte om opptak til den skotske ligaen tre ganger, og i 2002 ble de endelig valgt inn, som erstatning for Airdrieonians, som gikk konkurs. Våren 2005 vant de 3. divisjon (nivå 4), og våren 2006 vant de 2. divisjon på første forsøk. De nådde også den skotske FA-cup-finalen våren 2006, der de tapte for Hearts etter straffesparkkonkurranse. Gretna var den første klubben fra nivå 3 som nådde finalen etter at den skotske ligaen ble utvidet til 3 divisjoner (i dag 4) i 1975.