Robert Persons far var yeoman. Sognepresten på hjemstedet, fader John Hayward, var en tidligere munk, og han hjalp Robert slik at han i 1562 ble sendt til høyrere utdannelse ved St Mary Hall i Oxford. Etter at han hadde tatt sin eksamen ble han i 1568 fellow og tutor ved Balliol College i Oxford. Men han kom i konflikt med der, Adam Squire, og likeså med akademikeren og den katolske prest Christopher Bagshaw. Han ble tvunget til å fratre den 13. februar 1574. Det var fremkommet at han var katolikk, og da ble det utilrådelig å forbli.