Den 25. november begynte de tilfangetagne talibansoldatene å bli samlet sammen i fortet Qala-i-Jangi nær Mazār-e Sharīf. Noen av fangene angrep vaktene, erobret deres våpen og åpnet ild. Dette startet et større fangeopprør blant 600 fanger, som snart inntok den sørlige delen av fortet. Fortet stammet fra middelalderen, men hadde et våpenlager med håndvåpen, som snart ble erobret av fangene. En amerikansk CIA-offiser, John Michael Spann, som var i gang med å avhøre fanger, ble drept, og var den første drepte amerikaneren i Afghanistan-krigen. Opprøret ble først slått ned etter syv dager med voldsomme kamper mellom fangene og en blanding av britiske spesialstyrker fra , amerikanske og tropper fra Nordalliansen. AC-130-fly og andre luftstøttefly beskjøt ved flere anledninger fortet. Kun 86 av de mange hundre av talibanfangene overlevde, og omkring 50 soldater fra Nordalliansen ble drept. Det har siden vært kritikk av den brutaliteten fangeopprøret ble nedkjempet med. Det knuste fangeopprøret markerte slutten på kamphandlingene i det nordlige Afghanistan, hvor krigsherrer fra Nordalliansen nå satt sikkert på makten.