Meldahl var en mann med makt og en omdiskutert person som på mange måter hadde den samme posisjon som overbygningsdirektør og akademidirektør C.F. Hansen et halvt århundre tidligere. For de unge nasjonalromantiske arkitektene i kretsen rundt Hans J. Holm, Martin Nyrop, P.V. Jensen Klint og Ulrik Plesner ble han oppfattet som en bakstreversk figur. De mente at han motarbeidet personlig kreativitet i arkitektarbeidet med sin akademiske insistering på å kopiere fortidens stilarter og på den korrekte gjengivelse av fortidens stilmotiver. Det er også påfallende at mange av arkitektene rundt 1900 valgte akademiutdannelsen helt bort (f.eks. Jensen Klint) og hadde en annen utdannelsesmessig bakgrunn. De flokket seg i stedet rundt Johan Daniel Herholdt, som underviste på Den Polytekniske Læreanstalt, og som forfektet en materialbruk med vekt på teglstensornamentikk og upusset murverk. Dette sto i skarp kontrast til Meldahl-fløyens begeistring for pussede fasader og stukk.