Det er også mulig å bruke det samme målet på slektskap på tvers av arter. I dette tilfellet bruker man samtlige artens gener, ikke bare de som varierer innen arten. Metoden som brukes i dette tilfellet, er vanligvis såkalt DNA–DNA-hybridisering. Ved denne metoden måler man hvor like DNA-strengene fra de respektive artene er. Man må imidlertid være klar over at ikke nødvendigvis er ensbetydende med .