Fra 1943 samarbeidet Hagn nært med Hans Schwalm, den tyske representanten for Heinrich Himmlers Forschungs- und Lehrgemeinschaft das Ahnenerbe i Norge. Ahnenerbe var en del av SS, og drev med antropologisk og kulturhistorisk «forskning» på den ariske rasen. Organisasjonen var meget opptatt av den gamle norske bondekulturen, og Hagn som var ekspert på kirkemalere og stavkirker, var derfor en naturlig samarbeidspartner. I 1943 var han reiseleder for en kommisjon av Ahnenerbe-forskere på studietur rundt om i Sør-Norge. Hagn var i denne perioden permittert fra sin stilling i Riksantikvariatet.