Peña ble valgt til president 30. april 2023 etter å ha fått 43,9% av stemmene. (I Paraguay avgjøres presidentvalget etter en valgrunde.) Han ble gratulert av avtroppende president Mario Abdi Benítez, Brasils president Luiz Inácio Lula da Silva og Argentinas president Alberto Fernández. Etter valgseieren la han vekt på å skape samarbeid for å møte landets økonomiske utfordringer. Han ble tatt i ed som president 15. august 2023.