Klaveness hadde alltid vært interessert i statskirkens organisasjon, og 1908 ble han formann i Norges første offentlige Kirkekommisjon. Han fikk dermed mulighet til å prege det kirkelige reformarbeidet. Han holdt fast på det gamle reformprogrammet om at statskirken skulle organiseres av staten, og han avviste «den frie folkekirke», et prinsipp om at kirken organiserer seg selv med statens tillatelse. Som formann i Kirkekommisjonen la Klaveness ned et omfattende arbeid, da han selv skrev alle flertallsinnstillingene.