Kristne står for høyst 0,1 % av befolkningen og det er bare én kirke som er akseptert av myndighetene. Den ligger i den italienske ambassaden i Kabul. Antageligvis er det mange «underjordiske kirker» i Afghanistan. Hele Bibelen er oversatt til dari og Det nye testamentet er oversatt til pashto. Myndighetene i Afghanistan nekter afghanske statsborgere å være kristne, og dersom noen konverterer kan de risikere dødsstraff. Hvis en afghaner ikke går i moskéen ofte blir det med en gang satt mistanke om at personen har konvertert. Afghanistan har fengselsstraff på to år for homofili, med mulighet for dødsstraff.