Han vokste opp i Aarhus som sønn av Heinrich Hans Behnke og Birgit Behnke, som begge var næringsdrivende. Han er lillebror til Kim Behnke, som også har vært folketingsmann. Tom Behnke gikk i lære som skogsarbeider før han avtjente verneplikten og tok sersjantkurset ved Trænregimentet på Aalborg Kaserner. Fra 1987 til 1991 gikk han Politiskolen i København. Han ble deretter ansatt som politiassistent.