Som kommandant av en bataljon med tungt pansret falanks infanteri, utmerket Perdikkas seg selv under erobringen av Theben i 335 f.Kr. hvor han ble hardt såret. Deretter holdt han en viktig posisjon som hærfører i Aleksanders indiske krigstokt. Da Hefaistion brått døde i 324 f.Kr. ble han forfremmet til hans etterfølger som kommandant av Aleksanders elitekavaleri og (χιλίαρχος; «kommandant av de tusener») som tilsvarte vesir. Også i 324 f.Kr. ved bryllupet som ble feiret i Susa, ble Perdikkas gift med datteren til satrapen av Media, en persisk kvinne ved navn Atropates.