Heydrich var sjef for RSHA og samtidig stedfortredende riksprotektor for Böhmen-Mähren. Ernst Kaltenbrunner overtok RSHA da Heydrich ble drept av tsjekkiske partisaner i 1942. Fra 1939 var Adolf Eichmann leder for Gestapos kontor for jødesaker. RSHAs ansvar for jødespørsmålets endelige løsning fremgår av et brev fra Hermann Göring til Heydrich 31. juli 1941.