Freden ble ikke langvarig. Få måneder etter fredsslutningen brøt det på ny ut krig, og tre ganger ble byen med skansen angrepet av svenske styrker, men de ble slått tilbake. Ved freden i København i 1660 kom Trondhjems len tilbake til Norge, men Bohuslen var tapt for alltid. Etter fredsslutningen ble det besluttet å befeste både Fredrikshald og Fredrikstad. Claus von Ahlefeldt og Willem Coucheron utarbeidet planer for festningsverker, og arbeidet ble påbegynt i 1661 under ledelse av lensherre Tønne Huitfeldt. Etter ti år sto anlegget ferdig som et sluttet femkantet anlegg, som fikk navnet Fredriksten etter kongelig vedtak. I 1682 ga stattholder Ulrik Fredrik Gyldenløve ordre om å bygge ut festningen, noe som skulle vare fram til 1700. I denne perioden fikk Fredriksten i grove trekk den framtoning den har i dag.