For å forhindre et utbrudd av de norske fartøyene innen avgjørelsen i domstolene gav sjefen for den svenske marinen, admiral Fabian Tamm, en hemmelig ordre den 28. september 1941. Denne innebar at de norske fartøyene skulle stoppes av svenske militære om de, på vei ut av havnen, ikke hadde lagt bi senest på høyde med marinebasen Nya Varvet.