Carlos Manuel de Céspedes d.y. var sønn av Carlos Manuel de Céspedes del Castillo som var svært sentral i den cubanske uavhengighetskrigen mot Spania. Hans mor var Ana María de Quesada y Loinaz. Han ble født i New York, og frem til 1885 ble han utdannet i New York. Han studerte videre i Tyskland og i Frankrike. I Paris avsluttet han med studier i diplomati og internasjonal rett.