I 1629 ble Scheidemann farens etterfølger som organist ved Katharinenkirche, en post han selv beholdt sin død. Scheidemann fikk stor betydning i Hamburgs musikkliv og ble regnet som en fremragende orgelmester. Han var en mye brukt orgelekspert og prøvespilte tallrike orgler i det nordtyske området. Hans mest betydelige elev var Johann Adam Reincken, som overtok orgelposten ved Katharinenkirche etter Scheidemanns død.