Kučan vendte i 1986 tilbake til Slovenia der han ble president i Slovenias kommunistliga. Han begynte nå å fremme et program for større politisk deltagelse og frihet. Kučan ble en forkjemper for etniske minoriteters rettigheter, ønsket å bryte ettpartisystemet i Jugoslavia, ville skille parti og stat og ha frie valg.