Jon Voight er født i Yonkers i New York. Han er sønn av Barbara (født Kamp; 1910–1995) og Elmer Voight (født Voytka; 1909–1973), som var en profesjonell golfspiller. Han har to brødre, Barry Voight (født 1937), en tidligere forsker på vulkaner på Pennsylvania State University, og Wesley Voight (født 21. mars 1940), kjent som Chip Taylor, en sanger og låtskriver som blant annet står bak sangene «Wild Thing», innspilt av blant andre The Troggs i 1966, og «Angel of the Morning». Hans besteforeldre på farssiden var slovakiske innvandrere fra Kongedømmet Ungarn, mens hans besteforeldre på morssiden var tyske innvandrere.