Han ble presteviet 1. november 1850 for erkebispedømmet Saint Louis av erkebiskop Peter Richard Kenrick. Fader Hennessy fikk først sognetjeneste i New Madrid i Missouri, og så i i Gravois. Så ble han presteseminarprofessor og så president ved Carondelet, og i 1858 ble han sendt til Pavestolen som erkebiskop Kenricks representant. Fra 1860 til 1866 var han sogneprest for katedralmenigheten i St. Joseph.