Heftye ble tildelt en rekke ordener og utmerkelser for sitt virke. I 1903 ble han utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden, i 1912 ble han forfremmet til kommandør med stjerne og i 1915 tildelt storkors. Heftye var også kommandør av Dannebrogordenen, ridder av Æreslegionen, Officier de l’Instruction publique, storoffiser av Annams drageorden, kommandør av den greske Frelserens orden, kommandør av den portugisiske Kristusordenen, ridder av den portugisiske Avizordenen og kommandør av den svenske Sverdordenen. Han ble tildelt 2. klasse med stjerne av den prøyssiske Kroneordenen og 4. klasse av Den røde ørns orden.