I løpet av sin karriere med 49ers fullførte Montana 2 929 av 4 600 pasninger for 35 142 yards, med 244 touchdowns og 123 interceptions. Han hadde 35 kamper med minst 300 pasningsyards, inkludert syv hvor han kastet for over 400 yards. I løpet av sin karriere hadde han følgende statistikker: 3 409 fullførte pasninger fra 5 391 forsøk, 273 touchdowns, 193 interceptions og 40 551 pasningsyards. Han hadde også 1 676 yards og 20 touchdowns på løp. Da han pensjonerte seg hadde han en passer rating på 92,3, kun bak etterfølgeren hans hos 49ers Steve Young (96,8). Han har siden blitt forbigått av fem andre spillere, som gir ham en syvendeplass på topplisten. Montana vant også 100 kamper kjappere enn noen annen quarterback før Tom Brady slo rekorden i 2008. Som starter gikk han 117–47. Trøyenummeret hans, #16, ble pensjonert av 39ers 15. desember 1997 under halftime i en kamp mot Denver Broncos under . Montana holdt også rekorden for flest pasningsyards i en Monday Night-kamp med 458 mot Los Angeles Rams i 1989.