Erik Munk hadde én søster, Anna Munk (død 1602), gift med borgermester Frederik Kristensen i Aalborg, som i noen år under Erik Munks fangenskap tok seg av hans barn. Selv giftet Munk seg aldri, men fikk to sønner utenfor ekteskap med Anna Bartholomæidatter, omtalt som en mørk skjønnhet muligvis av jødisk ætt, datter av en bartskjær i Helsingør. Den eldste sønnen, Niels Munk (død 1614), ble russisk tolk på den kongelige orlogsstasjonen Bremerholm i København. Den yngste var sjøfareren og oppdageren Jens Munk.