Lindros nektet å spille for Nordiques og ble til slutt tradet til Philadelphia Flyers i juni 1992 i bytte mot en pakke med spillere og draftvalg som inkluderte Peter Forsberg. Han begynte sin NHL-karriere i 1992/93-sesongen hvor han raskt ble prakteksemplet på en power forward, som snittet mer enn ett poeng per kamp. Hans hardhendte og fysiske spillestil førte til at han mistet betydelig tid med skader, og han hadde mange problemer med hjernerystelse i løpet av karrieren. Lindros vant Hart Memorial Trophy som ligaens mest verdifulle spiller og Lester B. Pearson Award som den mest fremragende spilleren etter den forkortede lockout-sesongen 1994/95. Han ledet Flyers til Stanley Cup-finale i 1997, som de tapte til Detroit Red Wings etter fire kamper.