Tilbake som kommandant ledet Lysandros den spartanske flåten mot Hellespont. Den athenske flåten fulgte ham dit. I 404 f.Kr. samlet athenerne sine gjenværende skip ved Aegospotami, i nærheten av Trakiske Khersonese. Konon ledet den athenske flåten og i det påfølgende slaget ved Aigospotamoi fikk Sparta seieren. Den athenske flåten ble ødelagt. Konon rømte til Kypros, men krigen var i virkeligheten vunnet da Athen ikke lenger hadde tilgang på korn fra Lesbos. Lysandros' styrker dro til Bosporos og erobret både Bysants og Khalkedon. Alle athenere der ble forvist. Også Lesbos ble erobret.