Spilleren skal påta seg rollen som kommandør Shepard, en soldat som må forhindre en annen korrupt agent som samarbeider med en utenomjordisk invasjon fra en annen galakse. Spillet krever at spilleren klarer å gjennomføre en rekke oppdrag som blant annet involverer romfart, kamp mellom andre tropper og kjøretøy, og interaksjon med andre spiller-figurer.