Koch Christensen har innehatt en rekke leder- og styreverv, så vel i akademia som i samfunns- og næringsliv. I perioden 2002-2005 var Koch Christensen leder i Universitets- og høgskolerådet (UHR). Videre har hun vært styreleder i Center for Advanced Study in Theoretical Linguistics (CASTL) fra 2003, styreleder og styremedlem i Nordisk institutt for Asiastudier, samt vært medlem av hovedstyret i Norges forskningsråd. Koch Christensen har videre vært medlem av Nordisk ministerråds styringsgruppe for høyere utdanning (Høgut) og av Norsk språkråds råd og fagnemnd. Koch Christensen har også innehatt styreverv i Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning (NIFES), Festspillene i Bergen, forlaget Gyldendal og Statoil.