I 1099 okkuperte de kristne hærene til det første korstog, ledet av Godfred av Bouillon, som da hadde blitt forlatt av de arabiske muslimene. Korsfarerne befestet byen og utbedret havnen. Som området rundt, ble byen raskt viktig både som den fremste ankomsten for forsyninger sjøvegen til kongeriket Jerusalem. Jaffa ble erobret av den muslimske hærføreren Saladin i 1192, men raskt gjenerobret av engelske Rikard Løvehjerte som utbedret dens forsvarsanlegg. I 1223 bidro den tysk-romerske keiser Fredrik II også til forsterke festningsanlegget. Korsfarernes tid ble avsluttet i 1268 da Mamelukk-sultanatets sultan Baibars erobret byen, ødela havnen og raserte forsvarsanleggene. I 1336 da et nytt korstog ble planlagt, fikk Al-Nasir Muhammad havnen ødelagt ytterligere for å forhindre frankerne fra å gå i land her. Av samme grunn ble både byen og havnen ødelagt av muslimene i 1345. På 1500-tallet ble Jaffa erobret av Det osmanske rike og ble administrert som en landsby innenfor sandsjaket (administrasjonen) Gaza.