Fra 2006 satt hun som leder i Arbeidernes Kommunistparti, inntil partiet 10. mars 2007 sammen med Rød Valgallianse dannet det nye partiet Rødt. Hun ble da nestleder i Rødt, sammen med Ana Lopez Taylor. Baltzersen gikk ut av partiledelsen på landsmøtet i mai 2010. Fra 2017 er hun redaktør av tidsskriftet (tidligere ).