Kildene til Kongo er i høylandet og fjellene i Riftdalen samt Tanganyikasjøen og Mweru. Elva renner hovedsakelig vestover fra Kisangani rett under Boyomafossen, deretter bøyer den gradvis sørvest, forbi Mbandaka, renner sammen med Ubangi, og inn i Pool Malebo (Stanley Pool). Kinshasa og Brazzaville er på motsatt side av elva ved Pool.