I de senere år ble bygningene brukt som depot for flåtestasjonen, og i dag er det innredet leiligheter i den Søndre Magasinbygning. Dette kan blant annet sees i den danske TV-serien . Den Nordre Magasinbygning benyttes av arkitektskolen. Mellom de to bygningene var det opprinnelig en portal, som tilsvarer den som er mellom Kuglegårdens bygninger, men denne portalen er for lengst revet. Som flere andre bygninger på Holmen er også disse bygningene tegnet av Philip de Lange, som imidlertid døde innen han fikk se bygningene ferdige.