Rundt 1600 ble Clare fjernet fra presidentskapet i Connaught og gjort til et presidentskap i seg selv under jarlen av Thomond. Da Henry O'Brien, 5. jarl av Thomond, døde i 1639, bestemte Lord Deputy (stattholder) Thomas Wentworth, 1. jarl av Strafford at Clare skulle vende tilbake til presidentskapet i Munster, men krigene mellom de tre kongedømmene forsinket dette fram til gjeninnføring av monarkiet etter Oliver Cromwell i 1660.