En folketelling i desember 1940 oppga at Republikken Slovakia hadde jødiske borgere. Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til Polen etter en avtale med Tyskland signert mars 1942. Hlinkagarden og slovakisk frivillig SS internerte jøder i leirer før de ble fraktet til grensen til Generalguvernementet og overlatt til tysk SS. Da president Jozef Tiso fikk kjennskap til at de deporterte jødiske slovakene ble utryddet holdte han igjen videre deportasjoner. Fra mars til oktober 1942 ble to tredjedeler av landets jøder deportert. Ytterligere etter den mislykkede oppstanden høsten 1944, om lag halvparten av disse overlevde.