Francisco Orozco y Jiménez var barn til José María Orozco Cepeda og Mariana Jiménez Fernández. Han ble døpt i menigheten El Sagrario i La Luz i Guanajuato, av sin onkel Ignacio Origel med navnet . Han påbegynte sine studier i hjemlandet, rundt 1870; deretter i Jacona, i 1874; senere, i Roma, i 1876. Han var ved Collegio Pio Latino og studerte ved Det pavelige universitet Gregoriana.