Mann har også forska på El Niño og klimaendringer i et tusenårsperspektiv og på hvordan en kan forutsi klimaets respons på menneskelige pådriv. Han mener det er viktig å kunne nedskalere prediksjonene til mindre geografiske områder, ettersom det er vanskelig for folk flest å forholde seg til globale eller hemisfæriske gjennomsnitt.