Manchester City kunngjorde 14. juni 2013 at Manuel Pellegrini tok over jobben som manager i den engelske Premier League-klubben. Han ble dermed første chilener som manager for en klubb i Premier League, og den femte ikke-europeer til samme bragden. Pellegrini mottok prisen som månedens beste manager for desember, kun seks måneder etter hans overtakelse. 2. mars 2014 fikk han sin første store tittel i europeisk fotball når Manchester City vant ligacupen på Wembley Stadium etter å ha slått Sunderland 3-1 i finalen. Samme sesong ble Manchester City kronet til vinnere av Premier League. Pellegrini ble historiens første ikke-europeer som førte sitt lag til å vinne den engelske ligatittelen. På deadline day 1. februar 2016, ble det klart at Manuel Pellegrini ville bli erstattet av Pep Guardiola Juni 2016.