Med athensk hjelp ledet Aristagoras angrepet på Sardis, den persiske hovedstaden i Jonia. Men da det joniske opprøret til slutt ble slått ned og Histaios var gjeninnsatt som tyrann, flyktet Aristagoras til Thrakia hvor han forsøkte å etablere en koloni ved elven Strymon på samme sted som den senere athenske kolonien Amfipolis. Han ble drept av trakerne mens han angrep en av de trakiske nabolandsbyene.