På 1980-tallet utviklet universitetet seg til et masseuniversitet, og studenttallet var ved Tysklands gjenforening over 60 000. Som følge av redusering av studieplasser ved Freie Universität og at Humboldt-universitetet igjen ble tilgjengelig, er antallet studenter nå redusert til ca. 31 000 studenter (uten det medisinske fakultetet på sykehuset Charité). Etter gjenforeningen måtte alle ansatte ved østlige universiteter, hvor ansettelsene frem til da hadde skjedd på rent politisk grunnlag, søke stillingene sine på nytt, og de fleste stillingene ved det gamle Humboldt-universitetet ble besatt av personer fra Freie Universität og andre vesttyske universiteter.