Som forsvarssjef under andre verdenskrig ble Hansteen sentral i organiseringen av de norske styrkene i utlandet, koordineringen mellom norske og britiske militære myndigheter og planleggingen av frigjøringen av Norge. I 1944 overtok kronprins Olav som forsvarssjef mens Hansteen ble nestkommanderende, hovedsakelig for å gi overkommandoen mer diplomatisk tyngde.