Laget forbedret på fjorårets sesongresultat på 3–13 med et sesongresultat på 7–9 og sikret divisjonstittelen i NFC East for første gang siden 2015. De ble det tredje laget i ligaens historie til å vinne en divisjon med et negativt sesongresultat, etter Seattle Seahawks i 2010 og Carolina Panthers i 2014. De tapte mot de eventuelle Super Bowl-vinnerne Tampa Bay Buccaneers i wildcardrunden av sluttspillet 23–31, og ble det første laget til å tape en sluttspillkamp etter å ha hatt en tapende sesong i seriespillet samme år. Alex Smith ble utpekt NFL Comeback Player of the Year og defensive end Chase Young, som laget draftet i første runde av NFLs draft i 2020, ble utpekt Defensive Rookie of the Year.