Midna er en mystisk skapning som hjelper Link med å bryte ut av sitt fangenskap og stanse tussmørket som sprer seg gjennom Hyrule. Av utseende ligner hun på en smådjevel (en på engelsk) og hun bærer en merkverdig hjelm rundt hodet som dekker det ene øye hennes (det høyre i Wii-versjonen av spillet, og det motsatte i GameCube-versjonen). Det viser seg senere at hun er et vesen av tussmørket, en såkalt , etterkommere av en gruppe trollmenn som en gang i fortiden forsøkte å ta kontroll over The Fused Shadows'', men blir på en eller annen måte overvunnet (spilleren får ikke se hvordan) og Ganondorf dukker opp foran Link og Zelda i Hyrule Field på en sort hest. Zelda vil tilkalle Hyrules lysånder, som skjenker henne de kraftige lyspilene. Link må deretter utkjempe en duell til hest hvor Zelda vil forsøke og treffe Ganondorf med en lyspil slik at Link kan ri opp mot ham på Epona og hogge mot ham med Mestersverdet. Når dette er gjort nok ganger, vil Ganondorf falle av hesten.