Neißeaue ligger i den østlige delen av kretsen i et skogrikt område i Neißetal, ca. 10 km nord for Görlitz og 10 km sørøst for Niesky. Mellom stedene Deschka og Zentendorf utgjør deler av elven Neiße den østligste delen av Tyskland. På polsk side grenser kommunen mot kommunen Pieńsk.