I 2006 gikk Elster ut med skarp kritikk mot flere av tildelingene av Holberg-prisen, først i en artikkel i og senere i intervjuer og en kronikk i Aftenposten. Han omtalte prisvinner Julia Kristeva som «en notorisk fransk sjarlatan» og hevdet videre at «det er en åpen hemmelighet at mye franskinspirert forskning innenfor humaniora nærmest kommer i kategorien tull». Mye av Elsters kritikk rettet seg mot norsk forskningspolitikk som Elster anså som provinsiell og preget av for små fagmiljøer til å kunne hevde seg internasjonalt.