Han studerte engelsk og fransk i Kairo og derefter politikk i Augsburg. Frem til slutten av 2009 forsket og underviste Abdel-Samad ved instituttet for jødisk historie og kultur ved Universitetet i München. Han er blitt kjent som en profilert kritiker av islam, og i juni 2013 beskyldte han blant annet Det muslimske brorskapet i Egypt for å være en fascistisk bevegelse, ennvidere mente han at «fascismen har sin rot i Islams tilblivelseshistorie.» Dette førte til at det på egyptisk fjernsyn ble oppfordret til drap på Abdel-Samad, siden dette kunne tolkes som en fornærmelse mot profeten Muhammed.