Under militærdiktaturet til Gustavo Rojas Pinillas fra 1953 til 1957 var Betancur medlem av den grunnlovgivende forsamlingen. Der bestred han rettmessigheten av Rojas Pinillas presidentskap og engasjerte seg for den konservative politikeren Laureano Gómez. Dette førte til at han i en tid ble satt i fengsel.