Tempelet til Amenhotep IV, som er mer kjent under navnet Akhenaton, ble bygget på et sted lokalisert øst for hovedkomplekset, utenfor murene til Amon-Ras område. Det ble ødelagt med overlegg umiddelbart etter hans død ettersom han hadde tilsidesatt Amons presteskap som hadde tatt kontroll over både farao og Egypt før hans styre. Tempelets navn var (Gempaaten), som betyr noe i retningen av «Solskiven er funnet i guden Atons gods». Gempaaten var antagelig orientert mot nord og synes ikke å ha hatt et tak for således å la offerbordene var direkte kontakt med solguden Atons stråler. I denne bygningen, eller tilknyttet den, var det statuer av Akhenaton i rød granitt og sandstein. Hele templet var av betydelig størrelse, (130 meter x 216 meter), men det ble så fullstendig ødelagt at dets fundament har blitt bortimot utslettet. Presteskapet som igjen kom til makten etter Akhenatons død forsøkte også å utrydde alle spor og alle nedtegnelser etter Akhenaton.