Bruun-Hanssen ble i 2020 utnevnt til kommandør med stjerne av St. Olavs Orden for embetsfortjeneste. Han er innehaver av Forsvarets hederskors, Forsvarsmedaljen med laurbærgren, Politimedaljen med laurbærgren, Heimevernets fortjenstmedalje, Forsvarsmedaljen med to stjerner og Sjøforsvarets vernedyktighetsmedalje med tre stjerner. I 2016 ble Bruun-Hanssen tildelt Kong Harald Vs jubileumsmedalje 1991–2016.