Den ble deretter overtatt av SS som som drev gjennom deportasjoner i stort tempo. Det ble gjennomført ca. 5000 politisk eller rasistisk motiverte deportasjoner fra Fossoli til leirene Auschwitz-Birkenau, Buchenwald, Bergen-Belsen, Mauthausen og Ravensbrück, frem til august samme år. Det var i alt det minste åtte togtransporter, hvorav fem til Auschwitz.