I 1984 ble Beckenbauer landslagstrener, og ledet laget til finalen i VM i fotball 1986, der det tapte for , og vant VM i fotball 1990 etter å ha slått Argentina 1–0 i finalen. Etter VM-seieren gikk Beckenbauer av som landslagssjef. Beckenbauer, Mário Zagallo og Didier Deschamps er de eneste som har vunnet VM i fotball både som spiller og som landslagssjef.