Kongen trengte riksrådets samtykke for å erklære krig, så han truet i stedet med å erklære krig som slesvigsk og holstensk hertug. Dette kunne han gjøre ettersom riksrådet ikke hadde noen makt syd for Kongeåen. Da riksrådet ikke kunne stoppe en krig valgte det å støtte Christian IV og 4. april 1611 erklærte Danmark Sverige krig; Kalmarkrigen var en kjennsgjerning. Den 1. mai gikk den danske kongen over den dansk-svenske grensen ved Blekinge. Etter at Kalmar by var inntatt 27. mai beleiret han selve festningen. Han hadde håpet at de svenske bøndene skulle se på danskene som befriere, men i stedet inngikk en del bønder lokale fredsavtaler eller angrep de danske styrkene. Karl IXs sønn Gustav II Adolf angrep og brente ned den danske festningen Christianopel den 26. juni. Karl IXs angrep på beleiringsstyrken ved Kalmar den 17. juli mislyktes, og 2. august kunne Christian IV innta festningen etter å ha bestukket kommandanten. En dansk okkupasjon av Öland ble slått tilbake av Gustav Adolf i september.