Som sognekirke forble kirkens økonomi anstrengt gjennom hele 1700-tallet, og kirken måtte skaffe seg ekstrainntekter ved at fornemme borgere fikk sette inn lukkede stoler i korveggene, såkalte pulpiturer. Likeledes ble en del kapeller murt igjen og leid ut som gravkammer for velstående borgere. Kirken ble utvidet med gravkjellere og etterhvert ble også ruinen av vestskipet tatt i bruk som gravplass – mer enn 600 lik fikk således plass i Nidarosdomen og måtte fjernes under restaureringen.