I 1693 tok Francesco Morosini kommandoen over øya, men hans eneste betydelig handling var å bygge opp igjen festningen som han selv hadde ødelagt under Kretakrigen i 1654, og kostnadene måtte grekerne betale, noe som førte til at det pånytt ble bedt om fornyet venetiansk beskyttelse ved å tilby en årlig tributt. I 1699 ble krigen avsluttet ved engelsk mellomkomst med Karlowitztraktaten. Venezia beholdt besittelsen av de sju joniske øyene foruten Butrinto og Parga, Morea (Peloponnes), Spinalonga og Suda, Tenos, Santa Maura og Egina.