I 1006 vet man at Khotan var kontrollert av muslimen Yūsuf Qadr Khān, som var bror eller nevø av den muslimske hersker av Kashgar og Balasagun. Mellom 1006 og 1165, etter at den falt til karakitaiene, var den del av Karakhanidkhanatet og ble med tiden en muslimsk stat.