Han trakk seg som guvernør i 1951, da han ble oppnevnt til dommer ved U.S. District Court for the District of Columbia av president Harry S. Truman. Youngdahl kom til å spille en rolle i forsvaret av sivile rettigheter under mccarthyismen, og det vakte oppsikt over hele USA da han avviste aktoratets spionanklager mot Owen Lattimore.