Libya var også involvert i til tider voldsomme territorielle konflikter med nabolandet Tsjad om området Aouzou, som Libya okkuperte i 1973. Denne disputten førte etterhvert til en libysk invasjon av landet, og en konflikt som først fikk sin slutt ved en våpenhvile i 1987. Konflikten ble avsluttet fredelig i juni 1994, da Libya trakk sine tropper tilbake fra Tsjad i full overensstemmelse med en dom fra Den internasjonale domstolen 13. februar 1994.