Kjemisk sett er transfett bygget opp av de samme grunnstoffene som ikke-transfett, men molekylene har forskjellig form. Utgangspunktet er umettet fett som herdes ved at man addererer hydrogengass til dobbeltbindingene. I et molekyl med dobbeltbindinger kan hydrogenatomene befinne seg enten på samme side – cis, eller hver sin side – trans, av dobbeltbindingen.