Fustvatnet er naturlig delt inn i tre deler. Litlvatnet, Storvatnet og Risnesvatnet. Litlvatnet ligger i nordenden av innsjøen, Risnesvatnet i sørvestenden og resten av innsjøen går som Storvatnet. Omtrent midt i innsjøen mellom Myrnes og Aspnes ligger Granholmen som er Fustvatnets eneste øy. Det dypeste punktet ligger ved Hestskardbergene mellom Myrnes og Risnes som ligger på sørsiden av Fustvatnet.