Johannes har ingen direkte omtale av Jesu dåp, men han siterer døperen Johannes' beskrivelse av nedstigningen til Den hellige ånd som en due, slik det skjer ved Jesu dåp i de synoptiske evangeliene. Store synoptiske taler av Jesus mangler, slik som bergprekenen og profetien på Oljeberget, og demonutdrivelser er aldri nevnt som i synoptikerne. Johannes lister aldri opp alle de tolv disiplene, og navngir minst en disippel, Natanael, som ikke nevnes hos synoptikerne. Tomas er gitt en personlighet utover et rent navn, beskrevet gjennom fortellingen om hans tvil på Jesu oppstandelse.