Allerede i 1990 hadde Shigeru Miyamoto fått ideen om å lage et -spill i 3D, og dette var samtidig som han arbeidet med spillet . Han utviklet flesteparten av konseptene mens Super NES ennå dominerte og ville først gjøre til et spill for denne konsollen. Til slutt bestemte han seg likevel for å utvikle det til Nintendo 64 grunnet dens bedre tekniske spesifikasjoner. Det tok utviklingsteamet tre år å mestre de nye mulighetene som oppsto med Nintendo 64, og ytterligere to år å utvikle selve spillet. var det første spillet Miyamoto regisserte siden han ble forfremmet i sin stilling i Nintendo i 1980-årene.