Da sandflukten begynte i det 16. århundre, ble det imidlertid stadig vanskeligere og vanskeligere for menigheten å grave seg frem til kirken når det skulle være gudstjeneste. Kampen mot sanden varte inntil 1795, da kirken ble nedlagt etter ordre fra kong Christian VII. Selve kirkeskipet ble revet ned og benyttet i andre byggeprosjekter, men tårnet ble skånet og brukt som sjømerke.