Hyde satt i det såkalte lange parlamentet hvor han først tilhørte opposisjonen mot kong Karl I. Han bevegde seg med tiden over på rojalistenes side, støttet den engelske statskirkens sak og motsatte seg henrettelsen av kongens fremste rådgiver, Strafford Thomas Wentworth, jarlen av Strafford. Etter 1641 ble Hyde uformell rådgiver av kongen. Under den engelske borgerkrigen tjenestegjorde Hyde i kongens råd som finansminister. Han var en av de mer sparsommelige profilene i rojalistenes leir. I 1645 hadde hans avstand til kongen økt og han ble utpekt til å våke over prinsen av Wales, den kommende Karl II. Sammen med prinsen flyktet han på kongens ordre til Jersey i 1646.