Kaunas internasjonale flyplass ble åpnet i 1988 da flygingen ble flyttet fra S. Dariaus til S. Girėno aerodromas, en annen flyplass nær Kaunas. Da landet fikk selvstendighet i 1991, fikk den status som . I 1996 ble den medlem i Airports Council International (ACI).