Doctor Neo Cortex, er en sprø forsker som også ønsker å vinne hele konkurransen for sine egne onde formål. Cortex har en håndlanger ved navn Doctor N. Gin, og hans niese Nina. Spillet introduserer også ett par nye spillbare figurer. Blant annet Ebenezer Von Clutch, en forvirret tysk cyborg, og racerbil-sjåfør Pasadena O'Possum fra Texas.