I 1393 og 1428 ble byen plyndret av Vitaliebrødrene (tyske sjørøvere) på oppdrag av hanseatene, og da disse reutrnerte for å plyndre byen på ny året etter, ble de møtt av Norges siste leidangsflåte i slaget ved Bergen i 1429. I 1455 stormet og ødela hanseatene Munkeliv kloster, og drepte både høvedsmann og biskop. I 1556–1558 tuktet lensherren Christoffer Valkendorf på Bergenhus hanseatene og håndverkerne i byen.