Han ble rekruttert til misjonsoppgaven i India av kong Frederik IV av Danmark. Kongen hadde forgjeves forsøkt å finne dansker til oppgaven, men den danske lutherske kirke mente at det var formastelig å drive misjon i folkeslag som de etter son teologiske forståelse anså som å ha hørt evangeliet på apostolisk tid men avvist det. Ziegenbalg hadde en helt annen innstilling. Selv om han og hans assistent, Heinrich Plütschau, en annen tysk pietist fra Halle-kretsen, kom på kongens bud og oppdrag den 9. juli 1706, måtte han arbeide under stor motstand fra Det danske ostindiske kompani, som i likhet med øvrige handelskompanier mente at det ville være best for fortjenesten å unnlate seg å risikere den strid som kunne medfølge å blande seg i den lokale kultur og religion. I en kort periode ble han til og med fengslet av kolonimakten for sitt misjonsarbeide.