Sørvestdelen av øya ligger øst for øya Leyte. Mellom de to øyrne går det inntil to kilometer trange San Juanico-sundet. Sambandet mellom de to øyene går over den 2 160 meter lange San Juanico-brua. Sør for Samar er Leytebukta. San Bernardino-sundet skiller nordvestspissen av Samar fra Bicol-halvøya på øya Luzon. Østkysten av Samar vender mot Stillehavet.