Hovedarkitekt for byggverket var Guiniforte Solari. Klosteret ble fullført 1469, mens kirken tok lengre tid. Den nye hertugen, Ludovico Sforza, ønsket at den nye kirken skulle bli Sforza-familiens familiegravsted. Han fikk derfor bygget om korsgangen og apsiden, som ble fullført etter 1490. Det er antatt at Donato Bramante tegnet apsiden.