En tidligere prest, som underviste ved skolen, ble anklaget for seksuelle overgrep mot studenter mellom 1987 og 1995. Det yngste offeret skal ha vært en gutt på 12 år. En annen prest som var ansatt ved Stonyhurst College mellom 1972 og 1979 ble arrestert i november 2009, for å ha mishandlet en 13 år gammel gutt over en periode på tre år. Men saken ble henlagt ett år senere.