Kommisjonen skal arbeide til beste for EU som en helhet, og skal ikke motta instruksjoner fra medlemslandene. Europaparlamentet kan avsette Kommisjonen ved å vedta et mistillitsforslag med to tredjedels flertall. Den har aldri brukt denne makten, men truet med det overfor Santer-kommisjonen i 1999, som da gikk av frivillig.