McNary var en progressiv politiker, men forble i Det republikanske parti da mange progressive gikk til Det demokratiske parti for å støtte Oswald West. I den sosiale og politiske reformperioden i USA fra 1890- til 1920-årene, ofte kalt «den progressive perioden», støttet han kongressrepresentant William Simon U'Rens forslag om blant annet primærvalg og direktevalg av senatorer. McNary var også tilhenger av offentlig kraftutbygging. Etter at West ble valgt til guvernør, oppnevnte han McNary som juridisk spesialrådgiver for Oregons jernbanekommisjon. Han benyttet stillingen til å arbeide for lavere passasjer- og godspriser. I mellomtiden pleide McNary sine tillitspregede bånd til både progressive og konservative fraksjoner blant republikanerne.