Ialá, som styrte på en stadig mer autoritær måte, utsatte gjentatte ganger parlamentsvalget som var planlagt for 2003. Den 14. september 2003 ble Ialá styrtet av stabssjefen for hæren, Veríssimo Correia Seabra. Han ble først varetektsfengslet, og deretter satt i husarrest. Han måtte formelt gi avkall på presidentskapet og love fem års avhold fra politikken.