Agnes giftet seg med kong Henrik III av Tyskland i november 1043 i Ingelheimer Kaiserpfalz, og hun var hans andre kone etter at Gunhild av Danmark (datter av den danske kong Knut den mektige) hadde dødd av malaria i 1038. Dette ekteskapet bidro til å styrke forholdet mellom det tysk-romerske imperium og hertugdømmet i vest og å øke Henriks innflytelse. Agnes var, som sin mann, dypt religiøs, og hennes familie hadde grunnlagt det høyt ansette Cluny-klosteret. Abbeden der Hugo av Cluny (Hugo den store) var også gudfar for sønnen Henrik IV.