Jean Laffitte gikk på Université Toulouse-I og oppnådde et diplom i statsvitenskap i 1973. Han fullførte noen kurs ved University of Cambridge i 1979 og ved Universitetet i Salamanca i 1980. I 1984 startet Laffitte på Det pavelige franske seminar i Roma. Han studerte katolsk teologi og filosofi ved Det pavelige gregorianske universitet. Jean Laffitte tok i katolsk teologi og filosofi i 1988.