I 1930 ble Buber honorær professor ved Goethe-universitetet i Frankfurt am Main. Han trakk seg fra stillingen i protest i 1933 som en respons på Hitlers maktovertakelse, og arbeidet deretter med jødisk utdannelse under stadig vanskeligere forhold. I 1938 emigrerte han og hans kone fra Tyskland og slo seg ned i Jerusalem, hvor han ble professor ved det hebraiske universitetet og underviste i antropologi og sosiologi. Han deltok i diskusjonen om jødenes problem i Palestina og araberspørsmålet, utfra bibelske, filosofiske og hasidiske verker. Han ble medlem av den moderate Ichud-gruppen, som arbeidet for en tonasjonal stat for arabere og jøder i Palestina. I 1946 publiserte han boken . Bubers uttalte kritikk av israelsk politikk bragte ham tidvis i konflikt med landets ledere, spesielt David Ben-Gurion, Israels første statsminister.