EASO ledes av et styre som er sammensatt av ett medlem fra hvert av EUs medlemsland og to fra Europakommisjonen. EASO ble etablert ved en forordning i 2010, som også åpnet for at EØS-landene kunne delta i samarbeidet. Hvert av EØS-landene har en observatør i styret. Det samme har FNs høykommissær for flyktninger. Styret holder vanligvis møter tre til fire ganger i året. Administrasjonen ledes av en direktør.