I (1652) argumenterte han for at det antikke egyptiske språk måtte være det språk som Adam og Eva talte, for at Hermes Trismegistos og Moses var en og samme person, og at de egyptiske hieroglyfer var okkulte symboler som ikke kan oversettes ordrett men må oppfattes allegorisk, og at dermed deres sanne betydning var forbeholdt de særlig innviede. Han medvirket ved oppsettelsen av obelisker i Roma og er ansvarlig for tilføyelsen av noen tegn som man i dag anser som meningsløse eller meningsvridende, jamfør hans (1650). Også i 1676 skriver han i sin om mumiebevaring og tolkning av hieroglyfer. Selv om hans utgangspunkt for tolkningen av gammelegyptiske tekster hvilte på noen fundamentale feiloppfatninger, viste det seg likevel at hans forskning på området skulle bli banebrytende. Kircher trodde selv at hieroglyfene kunne danne et alfabet, og trakk sammenligninger til det greske alfabet. Hans funn ble senere benyttet av Jean-François Champollion som hadde mer hell med seg ved tolkningen av dette gammelegyptiske språket.