Men samtidig sendte Nelson kurerer avsted med et hvitt flagg som ikke kunne unngås å sees av kronprins Frederik, som overvar slaget fra Citadellets voller. Kurerene avleverte en beskjed hvor Nelson truet med å brenne ned alle tilfangetatte batterier, stykkprammer og blokkskip uten å være i stand til «at redde de tapre danske sjæle, der forsvarede dem». Beskjeden ankom på et tidspunkt hvor en rekke danske skip allerede hadde måttet se seg slått og de var ikke kampdyktige. Da kronprinsen leste brevet, aksepterte han straks en våpenhvile – uten å konsultere de dansk-norske kommandørene Olfert Fischer og Steen Bille.