Fjorden er en del av Natura 2000-område 169 («Havet og kysten mellom Karrebæk Fjord og Knudshoved Odde»), og er både et fuglebeskyttelsesområde, et habitatområde og et ramsarområde. I sør møter fjorden Krageholm Strøm mellom Enø og Gavnø, som fortsetter til Dybsø Fjord, og danner den såkalte sydsjællandske dobbeltkyst.