Kursk var sete for et mindre fyrstedømme, og ble plyndret av kiptsjaker på 1100- og 1200-tallet, og ble ødelagt av Batu Khan rundt 1237. Byen ble gjennoppbygd senest i 1283. Kursk ble en del av Storfyrstedømmet Moskva i 1508, som dets sørlige grenseprovins. Den var et viktig senter for kornhandelen med Ukraina og var åsted for et viktig marked, som fant sted hvert år ved murene til klosteret til Vår Frue av Kursk.