Først og fremst er «FM 2006» en sesongoppdatering for «FM 2005», men inneholder også diverse småjusteringer og forbedringer. Disse endringere inkluderer team-talk, forenkling av treningene samt en FAQ-database innlagt i spillet. Videre er spillet selvsagt oppdatert hva gjelder de ulike klubbenes spillerstaller og så videre, alt ved hjelp av spillets mange researchere. Databasen oppdateres vanligvis to ganger for hver utgave av spillet. Den første kommer sammen med spillet når du kjøper det, mens den andre finner sted etter at transfervinduet stenger i januar.