For Mexico var konsekvensene av krigen katastrofale (Miller, 2006). Krigen var utkjempet på meksikansk territorium, og man må anta at den meksikanske sivilbefolkningen ble hardt rammet. Pålitelige tall for drepte og skadede sivile finnes ikke i de undersøkte kildene, men man kan anta at det var snakk om betydelige antall. Infrastruktur som bygninger, havner og veier var sterkt skadet. Videre var all økonomisk aktivitet sterkt rammet, og utskrivning av soldater rammet landbruk og gruvedrift spesielt hardt. Krigen forårsaket også voldsomme omveltninger i meksikansk politikk og sentraladministrasjon; landet hadde sju presidenter og 10 utenriksministre i løpet av de to årene krigen varte. Den politiske uroen under og etter krigen førte etter hvert til en ny borgerkrig i perioden 1857 – 1861.