Tidlig på 2000-tallet var Transavia først og fremst et charterselskap med et lavprisselskap kalt . For å forsterke samarbeidet mellom Basiq Air og Transavia ble selskapets navn endret til transavia.com den 1. januar 2005. Transavia.com valgte Eindhoven som sin tredje base etter Amsterdam og Rotterdam, og baserte en Boeing 737-800 der fra den 1. november 2006.