Frederik II overtok Frederiksborg slott (dengang Hillerødsholm slott) fra Herluf Trolle i 1560. Kongen gikk snart i gang med ombygging og nybygging på de tre holmene som utgjorde slottsområdet. Man vet derfor at det var byggeaktivitet allerede i 1561, men hva som var ombygging av Trolles bygninger og hva som var nybygg er det tvil om. Den kirken Frederik II bygget står ikke lenger, men man har funnet plasseringen. Første gang kirken omtales er 13. desember 1562, da kongen ber domkapitlet i Roskilde om å sende messe- og alterklær til kirken på Frederiksborg.