Widerøe ble i Tyskland frem til 1932. Da ante han Hitlers påvirkning av forholdene i Tyskland og vendte tilbake til Norge og arbeidet for NEBB. Hans bror Viggo Widerøe involverte seg i motstandsarbeidet under krigen og deltok i evakuering av flyktninger til England. Viggo ble tatt og fikk ti års tukthus i Tyskland. Sommeren 1943 ble Rolf oppsøkt på arbeidsplassen av 2–3 tyske offiserer fra Luftwaffe. Han ble «invitert» til å ta opp arbeidet med betatron for tyskerne. Til gjengjeld skulle de arbeide for at broren kunne få en kortere straff. Formelt fortsatte han i NEBB, familien ble i Norge mens han selv flyttet til en hybeltilværelse i Hamburg. Her startet han utviklingen av en 15 MeV betatron. Arbeidet ble for en stor del utført uten nær kontakt med tyske myndigheter. Tyskernes interesse bunnet i et håp om å kunne utvikle et strålevåpen mot innkommende fly, noe de aldri lyktes med.