I middelalderen var det en liten aul kalt Kyzyl-Yar der den moderne Melitopol ble grunnlagt. I juli 1769 bygde russiske kommandanter en redutt. I 1784 ønsket Katarina II å opprette en provins i landområdet som hun hadde vunnet tilbale og det ble grunnlagt en by det samme året nær redutten ved Molotsjna. I 1816 fikk bosetningen status som og het Novoalekandrovka. I 1842 fikk den bystatus.