Cranmers brudd med Den hellige stol ble stadig mer tydelig, og i 1538 ble det bekreftet da han beordret at helgenskrinet til St. Thomas Becket skulle ødelegges. Under Edward VI avskaffet han messefeiringen. Selv om han opprinnelig ble innsatt som katolsk erkebiskop regner derfor Den katolske kirke Canterbury som vakant fra 1533 til 1556.