Perlmutter har vært både positiv og kritisk til bruk av vaksinering. Mens han på den éne siden har anerkjent at vaksinasjon som konsept er viktig for å unngå spredning av infeksjonssykdommer, har han også uttalt at innholdet av kvikksølvforbindelsen thiomersal kan skade barns hjerner. Han anbefaler derfor foreldre å ikke la sine barn få vaksiner dersom de inneholder thiomersal, og han mener også at vaksinasjonsprogrammet er en så stor belastning for barnets immunforsvar at det må spres utover et lengre tidsrom.