I 1892 ble han gift med Emma Lohmeyer, datter av en medisinprofessor og kirurg fra Göttingen. I ekteskapet fikk han døtrene Hildegard, Edith og Angela og sønnene Rudolf og Gustav. I 1899 anskaffet Nernst seg den første privatbilen i Göttingen. En lidenskap for Nernst var jakt.