Etter praktikum ble han presteviet i Göteborgs stift og tjenestegjorde 1912-20 som videpastor i Ölmevalla församling. Som prest fordypet Nygren sine kunnskaper i filosofi og systematisk teologi. Immanuel Kant og Friedrich Schleiermacher ble flittig studert. For å få full forståelse av deres lære reiste han til Tyskland.