Under overgangen fra apartheid til demokrati, inntok hun en langt mindre forsonende holdning enn mannen mot de hvite tidligere makthaverne. Det 38 år gamle ekteskapet endte med separasjon i april 1992 og skilsmisse i mars 1996. Hun tok deretter etternavnet Madikizela-Mandela. Hun ble utnevnt til viseminister for kunst, kultur, vitenskap og teknologi i den første regjeringen etter apartheidstyret (mai 1994), men måtte gå av elleve måneder senere etter beskyldninger om korrupsjon.