Klubben spilte seg også fram til semifinale i cupen i , og , men forsatt skulle det ikke lykkes å nå finalen. Kvartfinalen mot i skapte kontrovers da Start protesterte på Moldes bruk av Martin Andresen. Protesten ble tatt til følge, og til tross for at Molde vant kampen med 4-3 fikk Start plass i semifinalen.