I mars 2019 ble det kjent at Huffman og skuespiller-kollega Lori Loughlin er blant totalt 50 personer som er siktet for å ha betalt bestikkelser på opptil 6,5 millioner dollar for, blant annet, å få barna sine inn på eliteuniversiteter i USA eller jukse på eksamen. Huffman og ektemannen skal ha betalt dollar forkledd som en veldedig donasjon for å få en annen person til å ta datterens opptaksprøve til college. Hun er siktet for konspirasjon for å begå overføringsbedrageri og «honest services»-bedrageri. Hun ble løslatt etter å ha betalt en kausjon på dollar. Noen dager etter arrestasjonen stengte hun alle kontoene sine på sosiale medier. Huffman og de andre tiltalte i saken har blitt saksøkt av en forelder som hevder at sønnen ikke kom inn på et av universitetene som er involvert som et resultat av svindelen. De saksøkte avkreves 500 milliarder dollar i erstatning. 8. april 2019 gikk Huffman ut i media og sa hun kom til å si seg skyldig etter tiltalen; «» Hun risikerte fengsel i opptil ti år for sin delaktighet i saken.