Keyser ble 25. august 1860 Ridder av Sankt Olavs Orden «for fortjenstlig Embedsvirksomhed». Han var medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab i Trondheim (1843) og av Det Norske Videnskaps-Akademi i Kristiania (1858). I 1870 ble hans marmorbyste av Olaf Glosimodt, utført etter innsamling blant bibliotekets lånere, plassert i bibliotekets utlånsavdeling. Hans boksamling ble sammen samlingen etter broren historiker Rudolf Keyser testamentert til UB.