Siden antiepileptika brukes over lange tidsperioder, er det vesentlig at bivirkningene minimeres. Bivirkningene varierer fra medikament til medikament. Særlig for barbituratene og benzodiazepinene er mental påvirkning et problem dessuten er benzodiazepiner (spesielt Diazepam) mest brukt i akutte tilfeller, men både Nitrazepam (Apodorm/Mogadon) og Klonazepam (Rivotril) er begge godkjent for bruk mot forskjellige former for epilepsi. Benzodiazepiner generelt er relativt trygt rent fysisk sett og har få alvorlige bivirkninger, men slike medikamenter har et visst ruspotensial og er populære i rus-miljøene. Dessuten er benzodiazepiner meget vanedannende ved bruk over lengre perioder (mer enn 4-8 uker).