Etter Timurs død oppsto arvefølgestrider, men hans sønnesønn Shah Rukh holdt riket samlet og mektig fram til 1447. Etter Shah Rukhs oppsto det på nytt strid om arvefølgen, og Ak Koyunlu-dynastiet styrket seg på timuridenes bekostning mens Timurs rike ble delt og styrt av flere arvtakere, av enkelte benevnt som «timuride-emiratene». På slutten av 1400-tallet ble området invadert av usbekere som gjorde endelig slutt på Timuridriket da de inntok provinshovedstaden Herat i 1506. Usbekerne opprettet Bukhara-khanatet på timuridenes territorium. Den siste av de ledende timuridene, Babur dro med sin hær og etablerte seg i Kabul hvor han bygde opp et nytt maktsentrum. Derfra erobret han store landområder på det indiske subkontinentet og etablerte i 1526 Mogulriket hvor han utropte seg selv til den første stormogul. Timuridene styrte dette riket helt fram til 1858 da det ble innlemmet det i det britiske imperiet.