Elva dannes ved samløpet av tilløpselvene Dávvaeatnu og Rostoeatnu, som begge har utspring fra grenseområdene mot Målselv kommune i Troms fylke i Norge. Elva munner ut i Torneälven rundt 10 km sørøst for Junosuando. De største sideelvene er Pulsujoki, Oaggujohka og Saankijoki. Tettsteder langs Lainioälven er Kangos og Övre Soppero.