Da kongene av Israel flyttet først til Tirsa og deretter til Samaria, mistet Sikem sin betydning, og det blir ikke hørt noe fra den før etter at Jerusalem falt 587 f.Kr. Hendelsene er som er knyttet til restaureringen kom igjen til å gi den betydning. Da Nehemja på sitt andre besøk til Jerusalem utviste sønnesønnen til ypperstepresten Eljasjib, som nektet å skille seg fra sin «utenlandske» hustru, datteren av horonitten Sanballat. og med var det mange jøder, prester og andre som fulgte opprørerne og de dro til Sikem. Et skismatisk tempel ble deretter reist på fjellet Gerisim og således ble Sikem den hellige byen for samaritanene. Disse, som ble etterlatt uantastet da ortodokse jøder forfulgt under Selevkiderikets Antiokos IV Epifanes, tok imot hver eneste overløper som kom til dem fra Jerusalem, inntil byen falt en gang rundt 128 f.Kr. for Johannes Hyrkanos og deres tempel ble ødelagt.