Paisiello ble en tid i Wien, og traff i 1784 Mozart for andre gang. Vel tilbake i Italia slo Paisiello seg ned i Napoli og ble leder for kong Ferdinand IVs hoffkapell. Da revolusjonen brøt ut i 1799 holdt han seg på god fot med den republikanske regjeringen og beholdt kapellmesterposten, nå som direktør ved nasjonalmusikken. Dermed falt han i unåde hos kongen da denne etter to år vendte tilbake til makten, og måtte vente en stund til han ble tatt til nåde igjen.