Emmanuel Wamala studerte teologi, filosofi og sosialvitenskaper i Katigondo og Roma, og ble presteviet i 1957. Deretter fulgte fordypningsstudier i Roma, Kampala og ved i South Bend, USA. Fra 1960 til 1981 virket han i bispedømmet Masaka i menigheter og skoler og til sist som generalvikar.