Rundt 1365 beskrev den franske kronikøren Jean Froissart Edinburgh som hovedstaden i Skottland og Jakob III av Skottland (1451–1488) refererte til den som «den viktigste burgh i vårt kongerike». Til tross for ødeleggelsen som ble påført av et engelsk angrep i 1544 kom byen seg langsomt, og var senter for hendelsene under den skotske reformasjonen og 1600-tallets krig med covenanters. I 1582 ble Edinburghs byråd gitt et kongelig charter av kong Jakob VI av Skottland som ga tillatelse for etableringen av et universitetet; grunnlagt som Tounis College (dvs Town's College), en institusjon som utviklet seg til Universitetet i Edinburgh, og som bidro til den sentrale intellektuelle rollen som Edinburgh fikk i de påfølgende århundrene.