Men når Tyskland overgir seg under andre verdenskrig, begynner noen av prosjektets forskere å stille spørsmål ved atombombens betydning. Prosjektet fortsetter imidlertid uansett, og Trinityprøvesprengningen finner sted i juli 1945. Testen viser seg snart å være vellykket, og USAs president Harry S. Truman tar beslutningen om å slippe atombomber over Hiroshima og Nagasaki i Japan. Men de enorme ødeleggelsen forårsaket av disse bombingene blir møtt med avsky fra Oppenheimer. Men Truman misliker Oppenheimers følelsesmessige tilstand, og oppfatter dette som en svakhet. På et tidspunkt diskuterer Oppenheimer og den anerkjente fysikeren Albert Einstein de vidtrekkende implikasjonene av atomvåpen, og den store kunnskapsbyrden de bærer.