Albrecht engasjerte forsvarere av katolisismen i sine bispedømmer. I 1541 oppfordret Albrecht keiser Karl V til å gripe til våpen mot protestantene. I Speyer og Regensburg møtte han den fremstående jesuitten Peter Faber og innbød ham i 1542 til å virke i Mainz. Fra da av var han en venn av den nye ordenen (jesuittordenen ble opprettet i 1540).