Ved sitt bekjentskap med den polske greve Jan Potocki, som arbeidet for det russiske utenriksministerium, ble han anbefalt som professor ved det nye orientalske akademi i Vilna. Klaproth ble i 1804 adjunkt i orientalsk filologi og litteratur i Petersburg. Året etter ble han med en russisk sendeferd til Kina ledet av grev Jurij Aleksandrovitsj Golovkin, og fikk rikelig utbytte av reisen for sin språkforskning, selv om ferden knapt hadde rukket over grensen til Mongolia før man måtte gjøre vendereis.