Han befant seg i Warszawa (der han arbeidet som advokat) da tyske styrker invaderte Polen 1. september 1939 og flyktet fra hovedstaden 6. september. Først flyktet han med tog og deretter til fots gjennom skogene og landsbygda. Han var i bevegelse til november før han kom seg på et tog til familien i området kom under sovjetisk okkupasjon. Han forlot høsten 1939 familien og så foreldrene for siste gang. Lemkin kom til det nøytrale Litauen tidlig i 1940 der det i Vilnius vrimlet av flyktninger. Ifølge selvbiografien var det på denne tiden han bestemte seg for å «vie resten av livet til å gjøre det ulovlig å ødelegge folk».