Vaher var blant de unge lederne i Res Publica, som i 2001 ble omdannet til et politisk parti. Vaher var med på å rekruttere riksrevisor Juhan Parts som statsministerkandidat. Vaher ble justisminister i Juhan Parts' regjering i 2003. Regjeringen ønsket å forsterke innsatsen mot korrupsjon, men den antikorrupsjonslovgivningen som Vaher la frem, ble ansett for vidtgående. Mest omtalt ble måltallene for hvor mange offentlige tjenestemann som hvert år burde tiltales for korrupsjon. Han ble felt ved mistillitsvotum i Estlands riksdag i 2005, og hele regjeringen gikk av.