Flagget ble designet av Arsène Heitz og Paul Lévy i 1955 for Europarådet som dets symbol, og Europarådet aksepterte at det også ble adoptert av andre organisasjoner. I 1985 adopterte EU, som den gang var Det europeiske fellesskap (EF) som sitt flagg da EF ikke hadde noe flagg. Initiativet ble tatt av Europaparlamentet. Flagget er ikke nevnt i EUs avtaler, dets innlemmelse ble forkastet sammen med Den europeiske unions traktatgrunnlag.