Fraværet av minimale par for et gitt par foner vil likevel ikke alltid bety at de tilhører det samme fonemet. De kan være altfor ulike fonetisk for at det skal være tenkelig at de oppfattes som den samme lyden. For eksempel har norsk ingen minimale par for de lydene (som i ) og (som i ), men de er så ulike at de regnes som separate fonemer. Det kan også være "nær minimale par" eller andre data som viser at de som snakker språket oppfatter to lyder som vesentlig forskjellige selv om ingen eksakte minimale par eksisterer i ordforrådet.