Bydeler som omkranser Shinjuku er Chiyoda i øst, Bunkyo og Toshima i nord, Nakano i vest, og Shibuya og Minato i sør. Det høyeste punktet i Shinjuku er Hakone Hill (44,6m) i Toyama Koen, øst for stasjonene Takadanobaba og Shin-Okubo.