Gaiahypotesen står i grunnlegende konflikt med økologiens konsepter om organismer som konkurrer om å opprettholde sin eksistens. Men kritikerne har fremmet forslag om at en kanskje ikke trenger noen Gaia-hypotese, fordi geokjemiske prosesser kan forklare flere aspekter ved jordsystemet uten at en bringer inn biologiske prosesser. Et annet motargument er at jorden gjennom sin historie har gått gjennom svært store endringer hva angår klima, kontinentaldrift, havstrømmer, innhold av oksygen i atmosfærens og flere andre globale prosesser. For eksempel at hele jordkloden har vært dekket av is og perioder hvor temperaturen har vært mye høyere enn i nyere tid. Kritikere av teorien påpeker at disse forholde ikke tyder på selvregulering som gjør livsbetingelsene særlig gunstige. Til tross for disse innsigelsene og flere andre, fortsetter forskningen på jordsystemet, slik at en stadig får nye innsikter som kan brukes til å teste Gaia-hypotesen.