Organisasjonen kontakter henne, og forteller at det hele opprinnelig var hennes egen idé. Men at hun ikke husker noe av dette skyldes et stoff som ble gitt henne og også var en del av planen deres. Litt etter litt lærer hun mer om sin egen fortid. Hun møter også broren Roman sin og stemoren hennes, som er leder for Sandstorm. Hun kaller seg Shepherd og hun hadde oppdratt de foreldreløse Jane og Roman, og trene dem om til å bli mordere. Tilsynelatende er de kriminelle, men Sandstorm har lenge avdekket saker hvor CIA og FBI ikke har fulgt gjeldende lov og opptrer kriminelt. Derfor ønsker Sandstorm å bekjempe myndighetenes urettferdighet og korrupsjon. Snart vet ikke kvinnen lenger hvem som er de snille og hvem de slemme er - og hvem hun burde stole på. Hun blir en uvillig dobbeltagent, for både FBI og Sandstorm. Det viser seg at Sandstorm har en hemmelig undercover-agent hos FBI, og Sandstorm oppdager at hun er lojal mot FBI. Roman kan ikke få seg til å skyte søsteren sin fordi hun ikke er trofast om dem, så Shepherd kommer til å drepe dem begge. De klarer å rømme og hun injiserer Roman med det samme stoffet som gjorde at hun mistet hukommelsen i begynnelsen av TV-serien. Han husker derfor nesten ingenting, men han tror imidlertid at det var Shepherd som tok fra ham hukommelsen. Roman begynner deretter med å hjelpe FBI, og bekjempe Sandstorm. Men terroristene er alltid et skritt foran dem, og det storstilte terror-angrepet er nært forestående.