Fagfellevurdering gjennomføres ved at manuskriptet blir sendt til vanligvis minst to forskere som jobber i samme fagfelt, og som skal vurdere manuskriptet. Disse fagfellene skriver så tilbake til utgiveren, påpeker eventuelle feil og svakheter og kommer med en anbefaling om manuskriptet skal trykkes eller ikke. Forfatteren får så enten avslag, beskjed om å rette opp feil og forbedre manuskriptet, eller manuskriptet blir antatt. Fagfellene som har vurdert manuskriptet, forblir vanligvis anonyme overfor forfatteren (det vil si med mindre fagfellene selv eksplisitt gir avkall på anonymiteten sin).