Leda opprør fra februar 1996 som førte til Nepals borgerkrig 1996 - 2006. Opprørene hadde kontroll over mesteparten av landet fra slutten av 1990-tallet, og NKP(M) blei kanskje i løpet av borgerkrigen Nepals største og sterkeste parti. Borgerkrigen tok slutt i slutten av april 2006 etter seieren i demokratirevolusjonen Jana Andolan 2006. NKP(M) underskreiv den formelle fredsslutninga med regjeringa i november 2006.