Y-aksen til et massespektrum representerer ioners signalintensitet. Ved bruk av tellerdetektorer måles intensiteten ofte i tellinger per sekund (forkortelsen fra engelsk counts per second, cps brukes ofte). Ved bruk av analog deteksjonselektronikk måles intensiteten vanligvis i volt. I FTICR og Orbitrap er frekvensdomenesignalet (y-aksen) relatert til effekten (~ amplitude kvadrert) til signalets sinusbølge (ofte redusert til en rms-effekt); imidlertid er aksen vanligvis ikke merket som sådan av mange grunner. I de fleste former for massespektrometri representerer ikke ionestrømmen målt av spektrometeret nøyaktig relativ overflod, men korrelerer løst med den. Derfor er det vanlig å merke y-aksen med "vilkårlige enheter".