Fra august 2004 til november 2007 hørte Familiestyrelsen under det senere nedlagte Ministeriet for Familie- og Forbrugeranliggender. I november 2007 fikk den nytiltrådte kirke- og integrasjonsminister Birthe Rønn Hornbech godkjennelse av trossamfunn flyttet fra Kirkeministeriet til Justitsministeriet. Dermed kom området under Familiestyrelsen. Den 3. oktober 2011 ble den overflyttet til Social- og Integrationsministeriet.