Selv om RŽD går i overskudd sett i et helhetlig perspektiv var det nødvendig med en omorganisering av styret i selskapet, ettersom statens og selskapets funksjoner var tapsbringende som følge av dårlig teknisk struktur og organisering med kryssubsidiering. Dette banet veien for en strukturreform for jernbanen som er innrettet etter andre jernbanereformer. Denne omorganiseringen vil skje i tre faser i tidsrommet 2001-2010.