I 458 f.Kr. reiste han tilbake til Sicilia for siste gang og besøkte byen Gela, der han døde i 456 eller 455 f.Kr. Det er blitt hevdet at han ble drept av en skilpadde som falt ned fra himmelen etter å ha blitt sluppet av en ørn, men det er nok en apokryf fortelling. Aiskhylos’ var så respektert av athenerne at etter sin død var hans tragedier de eneste som det var tillatt å sette opp på nytt i de påfølgende dramatevlingene. Hans sønner Euforion og Euæon og hans nevø Filokles ble også dramatikere.