Man spiller som tidligere S.T.A.R.S medlem Jill Valentine i hennes forsøk på å komme seg unna byen Raccoon City, som er i ruiner og full av zombier. I løpet av spillet møter hun tre andre overlevende fra Umbrellas spesialstyrker: Carlos Oliveira, Mikhail Victor, og Nicholai Ginovaef. Mikhail ofrer seg for å redde Jill fra spillets antagonist Nemesis. Et bio-organisk våpen som har gått beserk, og Jill rømmer med Carlos.