Aristagoras sammenkalte et råd av ledende borgere i Miletos og la frem planene for et opprør i 499 f.Kr. De støttet til slutt alle sammen idéen om opprør, med unntak av historikeren Hekataios. Aristagoras som allerede hadde sendt soldater for å arrestere lederne i Mylasa, Termera og Mytilene, la ned sitt persiske guvernørskap, og byen adopterte en demokratisk styreform.