Isidor opplevde tyrkernes erobring av byen den 29. mai 1453, og unngikk angivelig døden ved å kle opp et lik i hans røde kardinalsgevanter. Tyrkerne skal ha hogd av dets hode og ført det i triumf gjennom gatene. Den ekte kardinalen ble tatt til fange som en ubetydelig slave og sendt til Lilleasia. Der kom han seg unna og kom tilbake til Roma.