Selv om Polygon har oppnådd betydelig suksess, har det også møtt utfordringer og kritikk. Noen kritikere påpeker at det er avhengig av Ethereums sikkerhetsmodell og ikke tilbyr den samme desentraliseringsnivået som Ethereum. Andre utfordringer inkluderer behovet for kontinuerlig oppdatering og forbedring av teknologien for å møte kravene fra et raskt voksende økosystem.