Under Napoleon den førstes protektorat av Rhinforbundet (1806–1813), opplevde Börne bedrede rettigheter for jødene. Han fikk i 1811 stilling i politiets administrasjon (Oberpolizeidirektorat). Etter opphevelsen av Rhinforbundet, ble jødene i 1815 fratatt de rettighetene nylig hadde fått. Etter at franskmennene hadde trukket seg ut, mistet han også sin stilling. Det var «fordi jeg var jøde» ga han uttrykk for. Han ble i 1818 av myndighetene også nektet å bruke sitt navn Ludwig Börne, som han hadde tatt for ikke å skremme vekk ikke-jødiske lesere. Samme år gikk han også over til kristendommen, men var fortsatt sterkt knyttet til sitt jødiske oppvekstmiljø.