Bergen kommune utreder arkipelet for utnyttelse til rekreasjonsområde, enda området er sårbart for inngrep. Ormøyna har gammel skog der hønsehauk hekker. Videre har øyen innslag av edelløvskog og rik sumpskog med flere orkidéarter, som er gode indikatorarter på naturtilstand. Skulle Bergen kommune bygge bro hit fra fastlandet, tilsvarende det som kan bli besluttet for Bønesholmen, ødelegges edelløvskog og bløt sjøbunn i sundet der ærfugl beiter. Bønesholmen huser ingen sjeldne arter, men bidrar til Nordåsvannets naturmangfold og et sammenhengende miljø. Som Ormøyna er den nærmest inngrepsfri, slik at skog og vegetasjon er intakt. Det finnes derfor en rekke fuglearter som hekker på bakken. Disse vil forsvinne dersom rotter, katter og rever kan ta seg dit ved hjelp av en bro. Det hekker makrellterner på skjæret ved Bønesholmen, en sterkt truet rødlisteart. Et havørnpar har også vært innom.