Bondevik har mottatt en rekke ordener og utmerkelser. Han er innehaver av storkors av St. Olavs Orden (2004), storkors av Den guatemalske quetzalordenen (1990), storkors av den estiske Terra Mariana-korsets orden (2002), storkors av Republikken Italias fortjenstorden (2004) og storkors av Den portugisiske fortjenstorden (2004). I 2016 ble han tildelt Kong Harald Vs jubileumsmedalje 1991–2016.