Hernæs var innvalgt på Stortinget fra Hedmark i tre valgperioder fra 1993 til 2005. På Stortinget var han medlem av Stortingets forsvarskomité 1993–1997 og 2001–2005, medlem av Stortingets justiskomité 1997–2001 og leder av Stortingets delegasjon til OSSEs parlamentariske forsamling 2001–2005. Fra 2014 til 2017 var han leder for Senior Høyre i Hedmark.