Kleopatra II gjorde det beste ut av det ved å gifte seg med den yngre broren Ptolemaios VIII Fyskon det samme året. Om hun også ga sitt samtykke til at Fyskon i 142 f.Kr. også giftet seg med Kleopatras yngre datter og hans niese, Kleopatra III, er mer uvisst. Det er i alle fall sikkert at hun i 131 f.Kr. ledet et opprør mot Fyskon og klarte å fordrive både ham og datteren ut av Egypt. På denne tiden hadde Fyskon myrdet både sin stesønn Ptolemaios VII Neos Filopator og sin egen sønn Ptolemaios Memfites. Det ble sagt at han fikk sin sønn lemlestet og fikk sendt hans hode og føtter til Kleopatra II i Alexandria som fødselsdagspresang.