Guy Scott ble født i 1944 i Nord-Rhodesia (dagens Zambia) til foreldre med britisk opphav; hans aner er skotske og engelske. Hans far, Alec Scott, var en lege som hadde emigrert til Nord-Rhodesia fra Glasgow i Skottland i 1927 for å arbeide for Cecil Rhodes' jernbaner, mens moren Grace var innvandret fra England i 1940. Scotts bror er forskeren Alexander «Sandy» Scott, som i 2014 mottok fra Fisheries Society of the British Isles for sin fiskeriforskning. I 1950-årene var hans far parlamentsmedlem for Føderasjonen Rhodesia og Nyasaland, som representant for Lusaka. Guy Scotts senere politiske engasjement var inspirert av faren, som var en alliert med zambiske nasjonalister og hadde grunnlagt en rekke aviser som gikk inn for uavhengighet.