Da den romerske hærføreren Julius Cæsar ankom Egypt i 48 f.Kr. forsøkte han å mekle mellom de ulike dynastiske kravene til søsknene. Han gjorde Arsinoe IV sammen med den aller yngste broren Ptolemaios XIV til medregenter av Kypros (noe som ikke førte fram). Men da Kleopatra klarte å snike seg inn i palasset, inntullet i et teppe, og ført fram for ham, ble Cæsar sjarmert og deretter forført. Han stilte seg på Kleopatras side, mens Arsinoe IV må ha fått frykt for sin søster og den romerske makten. Hun flyktet fra hovedstaden sammen med sin mentor, evnukken Ganymedes, og slo seg sammen med den egyptiske hæren ledet av Akillas som da beleiret Alexandria. Akillas presenterte henne som dronning av Egypt som et alternativ til Cæsars favoritt Kleopatra. I midten av november eller tidlig i september samme år ble hun erklært medregent med den andre broren Ptolemaios XIII i opposisjon til Kleopatra.