Fuchs ble sjokkert da Sovjetunionen inngikk en ikke-angrepspakt med Tyskland. Som tysk statsborger i Storbritannia ble Fuchs regnet som og internert da krigen brøt ut og forflytte til Quebec, Canada. Flere talt Fuchs sak, blant andre Max Born, og fremholdt at Fuchs var en ivrig anti-nazist. Han ble sluppet fri i desember 1940 etter klarering. Da Fuchs kom tilbake ble han invitert til Birmingham av Rudolf Peierls som hadde hørt mye bra om Fuchs. Peierls hadde vært politisk aktiv som student i Tyskland og at det var bakgrunnen for flukten.