Miljøet i seg selv er også dynamisk fordi fysiske prosesser endrer jordens egenskaper over tid. En kan si at livet i seg selv gir miljøendringer. Fordi andre organismer er en del av hvert individs miljø, kan endringer i artsfordelinger i stor grad endre økologiske interaksjoner i et samfunn. Tap av en innfødt art eller introduksjon av en fremmed art kan svekke overlevelsesevnen til andre organismer. På en enda større skala har organismer over svært lang tid endret naturmiljøet drastisk. Fritt oksygen (O) var ikke til stede i jordens tidlige atmosfære. Utvikling av de første encellede organismer førte til stor produksjon av oksygen, noe som over mange hundre millioner år førte til at gassen ble en viktig bestanddel av atmosfæren. I dagens atmosfære kontrollerer plantelivet en stor del av energi- og vannstrømmene mellom land og atmosfære.