Etter at krigen var i gang, deltok Hoepner allerede i en ny konspirasjon i oktober/november 1939, som også inkluderte personer fra toppnivåene i og overkommandoen (OKH). Etter Frankrikes fall i 1940 avtok imidlertid frykten i Hoepners miljøer for at Hitlers ekspansive politikk ville føre Tyskland i ulykke. Men etter at Operasjon Barbarossa stoppet opp ved utkanten av Moskva, og Hoepner selv ydmykende fikk sparken fra , vokste hans motvilje mot Hitler.