Regjeringen i Nanjing organiserte statsforvaltningen i fem avdelinger (). De to viktigste yuan var som stod for den daglige driften av landet, mens bestemte den overordnede politiske linjen. De tre andre yuan var den dømmende makt, det statlige kontoret for eksaminasjon for nye statstjenestemenn, og avdelingen for kontroll av embetsverket. Statens høyeste embete var formelt sett presidentembetet, stort sett besatt vekselvis av Sun Yat-sens politiske arvtagere Wang Jingwei og Hu Hanmin. Dessuten ble tidligere krigsherrer passivisert ved å få titler i de forskjellige yuanene. Likevel var det Kuomintang som satt med den reelle makten, og partihovedkvarteret var mye større enn bygningene til de utøvende og lovgivende yuan. Chiang Kai-shek var hele tiden partiets sterke mann, selv om han lenge nøyde seg med tittelen «formann for nasjonalregjeringen». Det var først fra 1935 at Chiang formelt ble president i den utøvende yuan.