På 300-tallet f.Kr. ble Egypt et hellenistisk kongedømme under ptolemeerdynastiet (305–30 f.Kr.), som tok faraos rolle. De opprettholdt den tradisjonelle religionen og fortsatte bygging eller restaureringen av templer. Det ptolemeiske kongedømmets greske herskerklasse identifisert mange av de egyptiske guddommene med sine egne. Fra denne krysskulturelle synkretisme oppsto Serapis, en gud som kombinerte Osiris og Apis med karaktertrekk fra greske guddommer, og som ble meget populær blant den greske befolkningen i Egypt. Uansett forble de to trossystemer i stor grad adskilt, og egyptiske guddommer forble egyptiske.