Kommandoen skal kunne oppstille et operativt hovedkvarter som kan innsette danske og internasjonale spesialstyrker i internasjonale operasjoner og virke på operativt nivå. Den 25. juni 2015 ble Frømandskorpset og Jægerkorpset underlagt kommandoen. Specialoperationskommandoen og Jægerkorpset har fysisk tilhold hver sitt sted på Flyvestation Aalborg, mens Frømandskorpset holder til på Flådestation Kongsøre.