I 1220 ble de islamske landene i Sentral-Asia overkjørt av arméene til den mongolske erobreren Djengis Khan (ca. 1155–1227), som la mange sivilisasjoner i grus og skapte et imperium som strakte seg fra Kina til Kaspihavet. Men han klarte ikke ødelegge islams styrke i Sentral-Asia. Mot slutten av det 13.århundret hadde Dsjengis Khans etterkommere selv blitt muslimer. Fra Dsjengis Khans død i 1227 til Timur Lenk i 1380-årene gikk Sentral-Asia gjennom en periode med fragmentering.