I 1811 klarte Matamoros å flykte fra fengselet, og samme åtr sluttet han seg til opprørerne under José María Morelos.Han ble forfremmet av ham til obberst og satt til å rekruttere trene opp nye troppestyrker. Han klarte på kort tid å sette opp to kavaleriregimenter, to infanteribataljoner og ett artillerbatteri, i alt styrker på 2000 mann.