Rattenhuber ble tatt til fange av sovjetiske soldater den 2. mai 1945 og havnet i krigsfangenskap. Han ble bragt til Sovjetunionen og flyttet rundt mellom forskjellige fengsler i ti år. Rattenhuber ble den 15. februar 1952 dømt av krigsretten i Moskvas militærdistrikt til 25 års fengsel. Under fangenskapet ble han gjentatte ganger forhørt av den sovjetiske sikkerhetstjeneste om Hitlers død, og nedtegnelsene fra disse forhørene er blant de viktigste kilder til Hitlers siste dager.