Ved siden av originaltrykket, som i det minste fram til Contrapunctus 12 gjenfinnes i Bachs håndskrift og dermed må kunne anses som pålitelig, eksisterer det ytterligere en tidlig versjon, den såkalte , som mangler noen av satsene og presenterer dem i en noe annen rekkefølge. Fordi rekkefølgen på enkeltsatsene er forskjellig i de to kildene, utviklet det seg en forestilling om at det er ukjent hvilken rekkefølge Bach så for seg. Resultatet ble fullstendig vilkårlige oppstillinger, gjerne i Graesers tradisjon.