Kommunen er dominert av de to fjordene Balsfjorden og Malangen. Rundt fjordene er slake, fruktbare lier som gir gode forhold for jordbruk. De sørlige delen av kommunen, mot Målselv, har mange store vatn: Sagelvvatnet, Josefvatnet, Indre og Ytre Fiskelausvatnet, Takvatnet og Fjellfrøsvatnet. Østover fører Balsfjordeidet over til Storfjord. Nord for dette eidet ligger de sørligste fjellene i Lyngsalpan hvor den meter høye Piggtinden står på grensepunktet mellom Balsfjord, Tromsø og Storfjord kommuner. Helt i sørøst ligger Tamokdalen, omkranset av de massive fjellene som er karakteristisk for Indre Troms.