Nycz ble presteviet 20. mai 1973, og tok doktorgraden i teologi ved Det katolske universitetet i Lublin. Han arbeidet først i administrasjonen i erkebispedømmet Kraków, og ble i 1981 tilknyttet sjelesorgen i Skawina. I 1987 ble han så utnevnt til subregens ved presteseminaret i Kraków.