I 1806 ble striden opptrappet. Napoleon erklærte at ettersom han var keiser, var paven hans undersått, og at han forventet seg at paven ville gripe inn mot Napoleons motstandere som oppholdt seg i Kirkestaten. Paven protesterte diplomatisk, men tydelig mot begge deler, og unnlot å ta stilling for noen av partene i Napoleonskrigene.