Men likevel klarte ikke Jiajing-regjeringen å løse rikets ytre problemer. I nord lyktes det Altan Khan å gjenforene de mongolske stammene og gjøre innfall i Kina. I 1542 plyndret hans tropper en måneds tid i grenseområdene, tok 200.000 kinesere til gisler og stjal en million kister med handelsvarer, og likeledes mange hester. Tusenvis av hus ble brent. I 1550 rykket mongolene helt frem til Beijings porter, men sterke kinesiske styrker der avverget faren og klarte med en del besvær å trenge mongolene tilbake til steppelandet.