Đakovo nevnes første gang i en kilde fra 1239, som gave fra fyrst Koloman av Halicz (sønn av kong Andreas II av Ungarn) til den bosniske katolske biskop Ponsa, slik at han og hans etterfølgere biskoper av Vrhbosna (Bosnia) ble herskere av Đakovo. Đakovo er i dag et viktig bispesete for det katolske erkebispedømme Đakovo-Osijek. Byen omtalres opp gjennom historien ved mange navnevarianter: , og .