Nyttårsaften 2006 vant Bjørgen det aller første rennet, sprint fristil, i nyskapningen Tour de Ski. Til tross for at hun ble nummer to i verdenscupen, ble også 2007 et skuffende år for Bjørgen. Hun vant to verdenscuprenn, men var ikke i form i VM i Sapporo og kom hjem uten individuelle medaljer. I et forsøk på forbedring foran neste sesong gikk Bjørgen etter denne sesongen tilbake til den tidligere landslagstreneren Svein Tore Samdal som sin personlige trener mens Egil Kristiansen, som da hadde vært landslagstrener ett år, fortsatte som landslagstrener.