I 1584 seilte Sarmiento de Gamboa til Europa, men han ble tatt til fange av en engelsk flåte under Sir Walter Raleigh og ført til England hvor han ble presentert for dronning Elizabeth I av England. De hadde en samtale på latin, som var deres eneste felles språk, og til tross for Spanias offisielle linje med å holde all navigeringsinformasjon hemmelig, delte han kartene sine med de britiske kartografene. Hun ga ham et «letter of Peace» som han skulle levere til Kong Filip II av Spania. Han forlot England og på vei tilbake til Spania han ble tatt til fange av de franske hugenottene. Han ble holdt i fangenskap til 1588. I løpet av den tiden bygde Spania opp den spanske Armada og angrep den engelske flåten. Om dronning Elizabeths «Letter of Peace»" hadde blitt levert i tide til Spania, hadde det kanskje ikke blitt krig. I mellomtiden ble hans koloni oppløst og folkene omkom gradvis av sult; en av de overlevende ble reddet av Cavendish' flåte i 1587, og en annen av Meriche i 1589. Etter at han slapp ut av fangenskapet, skrev Sarmiento de Gamboa en beretning om sine erfaringer og anklaget Flores til kong Filip II, men det later til at anklagen ble neglisjert.