Majoriteten av dødsfallene skyldes smittsomme sykdommer som HIV/AIDS, Malaria, luftveisinfeksjoner og diare. Høye risikofaktorer for dødelighet omfatter feilernæring hos mor og barn, ubeskyttet sex, kontaminert drikkevann, dårlige sanitærforhold og luftforurensning. I 2015 var det 1, 5 mill. HIV smittede i Uganda.