Et nytt charter for den utvidede provinsen Massachusetts Bay ble gitt endelig godkjennelse i England den 16. oktober 1691. Nyheter om utnevnelsen av Phips som ny guvernør nådde Boston i slutten av januar og en kopi av det nye charter nådde Boston den 8. februar 1692. Phips nådde fram til Boston den 14. mai og ble tatt i ed som guvernør to dager senere sammen med viseguvernør William Stoughton. Et av det første den nye guvernøren og rådet gjorde den 27. mai 1692 var den formelle nominasjonen av fylkesdomstolene, sheriffer, og kommisjonen av en («Særskilt rett for avhør og bestemmende») for å håndtere det store antallet mennesker som var «flokket» i fengslene.