Hovedfordelene med loggfilanalyse over merking av websider er som følger: Webserveren produserer allerede loggfiler, så rådata er umiddelbart tilgjengelig. Innsamling av data via merking av sider, krever endringer på nettstedet. Dataene er på selskapets egne servere og er i standard format, heller enn proprietært format. Dette gjør det enklere å skifte analyseprogram senere, bruke flere ulike programmer og å analysere historiske data med et nytt program. Løsninger for merking av sider medfører at man låser seg til en leverandør (eng. vendor lock-in). Loggfiler inneholder informasjon om besøk av søkeroboter. Selv om disse besøkene ikke bør rapporteres som en del av menneskelig aktivitet, gir de nyttig informasjon til bruk i søkemotoroptimalisering (eng. search engine optimization). Loggfiler krever ingen ekstra DNS-oppslag, og krever dermed ikke noen ekstra kall mot server som kan resultere i forsinkelser eller sidevisninger som ikke blir talt. En webserver lagrer alle dens transaksjoner/kall på en pålitelig måte. Merking av websider klarer ikke alltid å registrere alle transaksjoner, og årsakene er flere: Sidemerking avhenger av at den besøkendes nettleser samarbeider, noe en del nettlesere ikke gjør (blant annet fordi JavaScript ikke er skrudd på, eller at host-filen ikke tillater forespørsler mot enkelte servere). Noen sider blir ikke merket, enten ved en forglemmelse, eller at det blir oversett blant alle andre merkinger på samme side Noen sider lar seg rett og slett ikke merke. Eksempler på dette kan være statiske PDF-dokumenter eller sider som er generert av en applikasjon hvor merking ikke kan inkluderes i den genererte siden.