Cæsarion ble født i Alexandria i Egypt i 47 f.Kr. Hans mor Kleopatra insisterte på at han var sønn av Julius Cæsar. Det ble sagt at Cæsarion hadde arvet Cæsars utseende og væremåte, men Cæsar selv anerkjente ham tilsynelatende aldri offisielt. Uansett må Cæsar ha tillatt at han benyttet hans navn. En moderne biografi over Kleopatra har skrevet at «det er umulig i dag å avgjøre Cæsars faktiske reaksjon.» Kleopatra sammenlignet også sitt forhold til sin sønn med den egyptiske gudinnen Isis og Cæsarion tilsvarende med Isis' guddommelige barn Horus. Saken ble omtvistet da Cæsar adoptivsønn Augustus kom i konflikt med Kleopatra. hans tilhenger Gaius Oppius skrev en pamflett som forsøkte å bevise at Cæsar aldri kunne ha hatt farskap til Cæsarion.