Da tsarens tropper ankom på 1860-tallet var området delt inn i to khanater, Kokand og Khiva, og emiratet Bukhara. Da den såkalte silkeveien mistet sin viktige stilling etter at sjøveien til Asia hadde blitt oppdaget, ble Sentral-Asia en bakevje, lite eksponert for verden utenfor. En følge av dette var at områdets ulike riker utviklet seg lite. Den øverste leder var emiren eller khanen med bortimot ubegrenset makt. Han var igjen nært alliert med mullaene som, spesielt i Khiva og Bukhara, overvåket et strengt religiøst samfunn basert på en føydal samfunnsstruktur, med livegne og vasaller under emiren/khanen. Kulturelt har området vært et skjæringspunkt mellom den tyrkiske og den persiske verden. Over tid kom de tyrkiske gruppene i flertall, mens persisk forble likevel hoff- og administrasjonsspråk. Fra tiden rundt Amir Timur ble det tyrkiske skriftspråket Tsjagatai skapt, som fungerte som litteraturspråk helt frem til 1920. Ved russernes erobring bestod befolkningen i dagens Usbekistan hovedsakelig av tre hovedgrupper; den persisktalende befolkningen, etterkommerne av Shaybanis invasjon og den opprinnelige tyrkisktalende befolkningen (altså før Shaybanis invasjon). Både blant den fastboende og den nomadiske befolkningen eksisterte persisk og tyrkisktalende om hverandre og språk fungerte i liten grad som identitetsmarkør: Flerspråklighet var heller normen enn unntaket.