Filmens handling finner sted to år etter den forrige. Den fokusere på Peter Parker som strever med å finne balansen mellom tilværelsen som Spider-Man og sitt vanlige liv med personlige utfordringer. Doctor Octopus er alter egoet til vitenskapsmannen Otto Octavius som blir gal etter at et eksperiment feiler og hans kone dør. Ved bruk av sine mekaniske tentakler truer han livene til menneskene i New York.