Den koptisk katolske kirke (orientalsk katolsk) er liten. Den blir ledet av en patriark av Alexandria. Theodoros II ble valgt til patriark av Alexandria og hele Afrika den 9. oktober 2004. Den katolske kirke har generelt liten tilstedeværelse i Egypt, og blir ledet av patriarkene i Alexandria, Antiokia og Jerusalem. Det er også en gresk-ortodoks patriark av Alexandria. En liten protestantisk og anglikansk menighet eksisterer også.