Han ble senere det året valgt som generalsekretær i KANU. Siden Moi, presidenten og partiformannen, ikke kunne stille for en tredje termin på grunn av grunnloven, trodde en at Raila skulle manøvre seg i posisjon som KANU sin presidentkandidat. Men i 2002 støttet imidlertid Moi Uhuru Kenyatta – sønnen til Kenyas første president Jomo Kenyatta i stedet for Odinga . Moi ba offentlig Raila og andre om å støtte Uhuru.