Høie var 1. vararepresentant til Stortinget 1997–2001, og ble fast representant da Jan Johnsen døde den 8. april 2000. Han overtok Johnsens sete i Stortingets energi- og miljøkomité. I 2001 ble Høie innvalgt på eget mandat, og satt som medlem av Stortingets sosialkomité 2001–2005, medlem av Stortingets kommunal- og forvaltningskomité 2005–2009 og leder i Stortingets helse- og omsorgskomité 2009–2013. Han ble medlem av Høyres arbeidsutvalg i 2008 og 2. nestleder i 2010.