Jensons doktoravhandling (revidert og utgitt i 1963 som ) ble ferdiggjort i Basel, med Barths anerkjennelse. Etter å ha fullført doktorgraden vendte Jenson tilbake til Luther College, hvor han fortsatte å arbeide med Barths teologi, samtidig som han utviklet en interesse i Hegels filosofi. Ikke alle blant det vitenskapelige personale ved afdelingen for religion ved Luther College var komfortabel med Jensons teologiske liberalisme, og disse tok sterk avstand fra hans åpenhet overfor bibelkritikk og evolusjon (biologi). Da universitetet ikke lyktes med å få Jenson til å slutte, sa en rekke professorer ved avdeling for religion og avdeling for biologi opp sine stillinger i protest. Fra 1960 til 1966 var Jenson med til å bygge opp en ny religionsavdeling ved universitetet, og han ble spesielt involvert i utviklingen av en ny avdeling for filosofi. I løpet av disse år skrev han (1967), som kritiserte sterk den amerikanske religiøse kulturen på 1960-tallet.