Funn av menneskelige fossiler viser at Filippinene kan ha vært bebodd i flere tusen år. Den opprinnelige befolkningen, som kalles eller s, ser ut til å ha krysset prehistoriske landbroer, og deretter bosatt seg i de matrike skogområdene. Omkring det 11. århundre begynte nye befolkningsgrupper å komme til fra Malayhalvøya, Indonesia, Indokina og Taiwan. Den opprinnelige befolkningen ble presset inn i det indre av landet, eller absorbert gjennom blandingsekteskap.