Mens pater Schall i Beijing straks tilpasset seg de nye maktforhold, tok det tid før maktskiftet fant sted nedover mot sør og sørøst i Kina. En rekke Ming-pretendenter gjorde motstand mot de fremrykkende mandsjuene. Noen av jesuittene i de sørlige landsdeler kom ikke bare i berøring med dem, men ble også knyttet til deres hoff.