Under Johan IIIs katolskvennlige politikk opprettholdt Katarina gode forbindelser med monarken og Katarina Jagellonica. Det omtales at hun pleide å samtale med kongen på promenader i klosterhagen. I 1575 fikk klosteret under henne tillatelse til å oppta nye medlemmer igjen. Hennes brev til paven fra 1580 er fortsatt bevarte. Hun uttrykker der sin uro over at det da kun var to klostre igjen i Sverige, og at Vadstena kun hadde to katolske prester; tre år senere bare én. I 1580 visiterte pavens utsending Antonio Possevino klosteret, som da ble reformert etter den katolske kirkes nye bestemmelser, og Gylta avla da sin priorinne den tridentiske ed av 1564. I 1587 tok hun imot besøk av monarken og tronfølgeren, hvorved den første høytidelige katolske messe siden reformasjonen ble feiret. I 1592 ble det innrettet en katolsk presteskole av Anders Magnusson.