Alfred Nilsen var ved krigens utbrudd ordfører i Tromsø, og tok initiativ til produksjon av et stort antall hvite kamuflasjedrakter til norske soldater. I 1941 fikk han sparken som ordfører, da han nektet å undertegne en støtteerklæring om det tyske angrepet på Sovjetunionen. Frem til høsten 1943 var han dypt involvert i etterretningsarbeid, og fikk sine oppdrag fra og rapporterte til Secret Intelligence Service (MI6) i London. Han hadde blant annet hovedansvaret for å kartlegge forsvaret av Tirpitz før det vellykkede angrepet med miniubåter i Altafjorden (Operation Source). I 1943 måtte han rømme til Sverige og ble der ansatt ved Den norske legasjonen i Stockholm, med spesielt ansvar for etterretningsstasjonen «Kari» ved Leinavatn.