Fra Mosjøen havn er det fergeforbindelse med flere bygder langs Vefsnfjorden. Havnen er også anløpssted for gods- og frakteskip. Den har både offentlige og privateide kaier. Havnen er Nord-Norges største containerhavn, i tonnasje nesten dobbelt så stor som Bodøs, og derfra sendes skip til Island, kontinentale Europa og Sør-Amerika. Mosjøen Aluminiumsverk har egen havn. På Baustein finnes også småbåthavn med gjestebrygge. En flytebrygge for korttidsanløp ligger ved Sjøgata. Fru Haugans Hotel har egen brygge for sine gjester.