I 1668 ga guvernøren av Jamaica, Sir Thomas Modyford, ham oppdraget å ta noen spanske fanger på Cuba for å kunne avsløre noen detaljer om et truende angrep mot Jamaica. Med ti skip og til sammen 500 mann gikk Morgan i land på Cuba, erobret og herjet Puerto Principe, og seilte deretter mot den befestede og godt voktede byen Puerto Bello i Panama. Det er sagt at Morgans menn benyttet jesuitter som de hadde tatt til fange som menneskelige skjold da de erobret det tredje og den aller vanskeligste festningen. Den spanske guvernøren av Panama ble forskrekket av den dristige ekspedisjonen og forsøkte forgjeves å tvinge inntrengerne ut, og til slutt klarte Morgan å presse ut en løslatelsessum for å forlate stedet.