Med kjemisk filter mener man stort sett aktivt kull som fjerner skadelige kjemiske substanser som tungmetaller og rester etter medisinering. Det er også mulig å filtrere med torvsubstanser for å endre egenskapene til vannet. Med torv kan pH-verdien senkes til et sted rundt 6, ofte med den bivirkningen at vannet får en mørkerød jordfarge som mange akvarister setter pris på. Filtrering med torv gjøres for å etterligne spesielle biotoper med surt vann.