Under covid-19-pandemien har Aarstad tatt til orde for at myndighetenes tiltak for smittevern har vært feilslått, og at vaksinene ikke har hatt effekt, men derimot gitt et betydelig antall alvorlige bivirkninger. I juni 2022 skrev han et innlegg i Dagens Medisin der han problematiserte at covid-19-assosierte sykehusinnleggelser ikke lenger blir relatert til vaksinasjonsstatus. I februar 2023 offentliggjorde han en preprint av en studie han hadde gjennomført sammen med sin kollega Olav Andreas Kvitastein, hvor de mente å ha funnet at land med høy vaksinedekning også hadde høy overdødelighet. Studien har blitt møtt med kritikk fra fagpersoner innen epidemiologi som har uttalt at studiedesignet ikke er egnet for å kunne trekke konklusjoner om vaksinenes effekt.