Mohtashami ble i 1989 hentet inn av den nye iranske president Ali Akbar Hashemi Rafsanjani i hans regjering. I august 1991 overtok han som leder av det iranske parlaments forsvarskomité. Under den reformorienterte president Muhammed Khatami gikk han for å være hans støttespiller, og var å innordne i den reformorienterte leir.