Kopterne hadde harde tider under styret til de østromerske herskerne. Melkite-patriarkene, som ble utpekt av keiserne som både åndelige og politiske guvernører, massakrerte befolkningen ettersom de ble sett på som kjettere. Mange egyptere ble torturert og endte i martyrdom framfor å akseptere beslutningen fra Kalkedon. En av de mest berømte egyptiske martyrer fra denne perioden er Sankt Samuel bekjenneren.