I 2005 tok Courtois med Michele Rabbia og Marilyn Crispell for å spille i Bamako med sin egen trio. Han var involvert med Henri Texiers i opptak av musikken til filmen av Bertrand Tavernier. I 2006 initierte han en ny kvartett med Jeanne Lagt, Marc Baron og François Merville. I 2008 ga han ut albumet med Ze Jam Afane.