En siste gang bad Garnet en bønn, innen han ble kastet ut fra stegene med en snare rundt halsen. Garnet døde av hengningen, enten for at de som bevitnet hans henrettelse begynte å trekke ham i bena. eller for at Jakob hadde beordret at han skulle henge til han var død. Hans livløse kropp fikk så gjennomgå resten av straffen. Ingen applauser lød da bøddelen holdt opp fader Garnets hjerte og sa de tradisjonelle ord: «Se en forræders hjerte.» Garnets hode ble satt på en påle på London Bridge, men da hans unormalt bleke ansikt begynte å tiltrekke uvanlig mange beskuere, ble myndighetene nødsaget å snu hodet opp ned slik at ansiktet ble skjult for blikkene.