Selv eide hun halvparten av Vallø (Vester Vallø), mens den annen halvpart (Øster Vallø) tilhørte hennes eldre søster Birgitte Rosenkrantz (d. 1592), enke etter riksråd Peder Bille til Svanholm (d. 1580). Etter morens død i 1586 arvet Mette Rosenkrantz også Totterupholm (Rosendal). Gjennom den store arv og sin sterke personlighet, kom hun til å innta en fremragende stilling i samtiden.