Da han kom midt i en uvanlig vellykket sesong for Atalanta, var Hateboer i utgangspunktet en reserve for Andrea Conti, en startspiller i høyre vingbackposisjonen i en 3–4–3 formasjon. Hateboer gjorde sin debut for den 19. mars 2017, i en 3–0 seier hjemme mot , der han ga en målgivende pasning. I 2017–18 sesongen, etter at Conti overførte til om sommeren, etablerte han seg som en fast startspiller for laget og spilte også i Europa League for andre gang i karrieren. Den påfølgende sesongen var enda mer vellykket for Hateboer, da han deltok i alle kamper i Serie A og scoret fem mål i konkurransen. Det var også en sterk sesong for Atalanta, da klubben avsluttet på tredjeplass i ligaen og kvalifiserte seg for UEFA Champions League for første gang i klubbens historie.