Den nye kirken fikk status som kollegiatkirke – kirke med et kollegium av geistlige – til Roskilde domkirke og ble utstyrt med et stort presteskap: dekan, kanniker og vikarer. Det ble også knyttet en domskole til kirken. Etter reformasjonen i 1536 ble domskolene overtatt av staten og døpt om til latinskoler.