Foreldrene ønsket at Diabelli skulle bli prest, og i 1796 startet han på latinskolen i München. For å avslutte sine teologistudier, studerte han året 1800 ved cistersienserklosteret Raitenhaslach. Diabelli komponerte likevel videre, og arbeidene hans gjorde Michael Haydn oppmerksom på ham. Haydn gav Diabelli undervisning og hjalp ham fram.