Tradisjonelt har dette vært etter organismenes likhetstrekk. I de senere årene har mange systematikere hoppet over klassifikasjonen og konsentrert seg om organismenes slektskap. Et system som utelukkende bygger på slektskap, vil «definerer gruppene selv». Kjenner man til stamtreet, trenger man ikke å grupper, fordi man allerede har dem. Hver gren i stamtreet tilsvarer en monofyletisk gruppe.