I mai og juni 1941 gikk det ut ordre fra Hitlers hovedkvarter om at på østfronten gjaldt ikke de vanlige reglene for behandling av sivile og krigsfanger. De første ukene etter invasjonen av Sovjetunionen ble stort sett bare voksne jødiske menn massakrert. Rapporter fra en av Einsatzgruppene tyder på at drap på alle jøder ble rutine i løpet av juli og gjerningsmenn vitnet etter krigen om at ordren om massedrap også på kvinner og barn ble gitt i slutten av juli 1941. I august var massedrap på jøder et velkjent og vanlig tema i møtereferater fra den tyske toppledelsen i øst. Franz Walter Stahlecker noterte 15. oktober 1941 i sin første rapport om Einsatzgruppene at i henhold til den grunnleggende ordren ble målet om fullstendig fjerning av jødene iverksatt besluttsomt med alle midler. Wehrmachts regler for styrkenes atferd i Sovjetunionen (delt ut før invasjonen) anga «hensynsløse tiltak» (engelsk: ) mot bolsjevikiske hatpredikanter (tysk: ), partisaner, sabotører og jøder – bare jøder var nevnt uten å angi konkrete handlinger som grunnlag for straffeaksjon. Einsatzgruppene samarbeidet med Wehrmacht bak østfronten og Einsatzgruppenes massedrap var trolig ikke mulig uten Wehrmachts aksept eller medvirkning. Hitler hadde den 12. desember 1941 et hemmelig møte i Berlin med topplederne, møtet er kjent fra Goebbels' og Hans Franks notater. Himmler møtte Hitler den 18. desember og noterte at møtet blant annet handlet om jødespørsmålet og at jødene skulle utryddes som partisaner.