Stasjonen ligger ved Ølsemagle nord for Køge, på begge sider av Køge Bugt Motorveien. På østsiden ligger S-togstrekningen Køge Bugt-banen, hvor det er to spor med hver sin sideliggende plattform. På vestsiden ligger København-Ringsted-banen med to mellomplattformer ved to sidespor og med to gjennomgående spor i midten. Fra stasjonen er det sporforbindelse til Køge stasjon, forbindelsen er imidlertid ikke satt i drift. En bro over motorveien forbinder de to delene av stasjonen.