Årsaken til syndromet kan være koblet opp til en mutasjon i genet KMT2A på kromosom 11q.23.3. Dette genet er viktig i regulering til andre gener. Genet påviket kromatin-mediert transkripsojon og er samme utfall som andre syndromer med lignende trekk som Cornelia de Langes syndrom og Coffin-Siris syndrom. KMT2A-genet omfatter nervesystemet, hjertet, nyrer, mage/tarm lever og imunnsystemet, men organmisdannelser er likevel ikke vanlig ved syndromet.