Da kuppet brøt ut, var Che Guevara i El Salvador for å få et nytt visum. Da han returnerte til Guatemala, var det CIA-støttede kuppet i full utvikling under ledelse av Carlos Castillo Armas. Guevara kjempet i flere dager sammen med en bevæpnet gruppe ledet av Guatemalas kommunistiske ungdomsorganisasjon. Han ble imidlertid oppfordret til å behandle sårede og ikke delta direkte i kampene. Like etter anmodet Arbenz-regjeringen sine utenlandske tilhengere om å forlate landet, og etter at Hilda var blitt arrestert, tok Guevara tilflukt i det argentinske konsulatet og kom seg deretter over til Mexico by der han i en periode arbeidet ved sykehuset .