Det lyktes Werner Best å få Hitler til å akseptere en regjering under Scavenius, som både ble stats- og utenriksminister. Scavenius stod for en gjennomført samarbeidspolitikk ut fra en oppfatning av at Danmark ikke lot seg forsvare militært, og derfor måtte holde seg inne med overmakten. Han vant tyskernes tillit ved sin blanding av imøtekommenhet som forebyggelse, samt en forhalende forhandlingsteknikk i håp om å beholde mest mulig suverenitet. Scavenius tok selv ansvaret for samarbeidet og stod for sitt valg, men dette vakte i økende grad motvilje i store deler av den danske befolkningen, særlig etter at den tyske krigslykken snudde med nederlaget i Stalingrad. Med den danske generalstreiken i august 1943 («augustopprøret 1943») brøt samarbeidspolitikken sammen. Men i de første krigsårene lyktes hans politikk, og den tyske okkupasjonen forløp mer fredelig i Danmark enn i andre tyskbesatte områder. Intern motstand fikk Scavenius til å true med å gå av.