Pelotte ble innlagt på sykehus i kritisk tilstand, med sine slektninger ved sin side, den 30. desember 2009. Han døde 7. januar 2010 på et sykehus i Florida. Begravelsesmessen for biskop Pelotte ble holdt torsdag 14. januar 2010 i i Gallup. Etter hans ønske ble han gravlagt i katedralens krypt.