I 1972 giftet Thijs van Leer seg med Rosalie Peters. Sammen fikk de to barn: datteren Bella og sønnen Banten. Ekteskapet endte med skilsmisse på begynnelsen av 1980-tallet. Han giftet seg deretter med Thea van der Kaay, ekskone til Ruud Jacobs som var produsent på flere av hans soloalbum, men etter tjue år ble også de skilt. Sammen fikk de tre barn: Eva, Berenice og sønnen Ruben. For tiden bor Van Leer i Lathum, Nederland med sin tredje kone, Annelies Lommen.