Det er uvisst når kristendommen kom til dagens Moldova. Senest fra konsilet i Khalkedon (451) sogna området til patriarkatet av Konstantinopel, hørte altså til den ortodokse kirketradisjonen, men ble i kortere perioder av ungarsk herredømme underlagt katolske biskoper. Fyrstedømmet Moldova, som dagens Moldova utgjorde den østlige delen av, var fra slutten av 1300-tallet et eget bispedømme med sete først i Suceava, senere i Iași (begge i dagens Romania). Det osmanske herredømmet (1512–1812) hadde veldig liten påvirkning på religionsutøvelsen.