I august 1986 blei han et av grunnleggingsmedlemmene og økonomipolitisk leder i det hutudominerte partiet Front pour la Démocratie au Burundi (FRODEBU). Partiet fikk makta i presidentvalget i 1993, og endte med det en lang periode med dominans fra tutsiminoriteten og Union pour le Progrès national (UPRONA). Den nye presidenten, Melchior Ndadaye, utnvente Ntaryamira til landbruksminister.