Samme år fikk han imidlertid en tjeneste som kapellmester i San Giovanni in Laterano, som var Romas domkirke. På denne post etterfulgte han Orlando di Lasso. Tjenesten var vel ansett, men den innebar trangere forhold hva gjelder kunstnerisk arbeid. Dette er sannsynligvis årsaken til at han i 1560 skiftet over til en kapellmestertjeneste i Santa Maria Maggiore, samme kirke som han som barn hadde vært korgutt i. I 1566 skiftet han på nytt tjeneste til en mindre vel betalt lærertjeneste ved jesuittenes nylig grunnlagte presteseminar i Roma. Eventuelt hadde skiftet å gjøre med at hans sønner fikk gå som frielever ved seminarets internat. Det kan også tenkes at han foretrakk å arbeide for jesuittene som var mer vidsynte, eller i det minste mer pragmatiske hva gjaldt musikkens rolle i kirken.