Nesten samtidig med sammenslåingen til én nasjonal liga, skiftet dominansen fra Siegen til Frankfurt-lagene FSV Frankfurt og SG Praunheim (senere 1. FFC Frankfurt). Skiftet dem imellom sammenfalt med overgangen til Birgit Prinz fra FSV til 1. FFC Frankfurt. Sistnevnte lag dominerte Bundesligaen i senere tid med syv mesterskap på tolv sesonger, og er det eneste laget som har spilt alle 19 sesongene i den øverste ligaen, men ble bare nummer fire i 2009 og klarte heller ikke å ta tittelen i 2010. Turbine Potsdam har tatt over hegemoniet med tre titler på rad, til sammen fem; Potsdam, som var den sterke klubben i Øst-Tyskland, har bygget et lag rundt U-landslagsspillere og spissen Anja Mittag. Duisburg har også én tittel, i 2000, og har vært blant de tre beste hvert eneste år unntatt ett siden 1993/94. De manglet ett poeng på å slå Potsdam i 2008/09, men ble bare nummer tre i en rekordjevn serie.