I år 1880 ble han sendt til Egypt for å starte et arkeologisk institutt, , som den franske regjering ville opprette etter forbilder i Roma og Athen. Allerede i 1881 fikk han overta posten som i Egypt, en befatning som han avsa seg sommeren 1886. Maspero ble i 1883 medlem av Institut de France.