I 1753 og 1754 gikk Pontoppidan gjennom de offentlige regnskapene med argusøyne. Ved Manufakturhuset og De sjøfarendes fattighus avdekket han store underslag og prøvde å få pengene tilbake. Som biskop kom han også i konflikt med enkelte prester i Bergen stift. Den ene, Gerdt Geelmuyden på Os sør for Bergen, kranglet med kapellanene om embedsinntektene. Geelmuydens griskhet var så stor at Pontoppidan faktisk fryktet for hans sjel. Et annet problem var sognepresten i Nykirken, Mathias Albert Haberdorff, «en raa, umedgjørlig mand», beryktet for å æreskjelle sine sognebarn fra prekestolen. Pontoppidan var til sist så lei Geelmuyden og Haberdorff at han ga beskjed om at all kontakt skulle gå via prosten.