Tidlig i det 16.århundret ble Babur, en etterkommer av Timur Lenk på farssiden og fra Djengis Khan på morssiden, drevet ut av sin fars kongedømme i Ferghana-dalen (som dekker dagens Usbekistan, Tadsjikistan og Kirgisistan) av shaybani usbekere som hadde revet Samarkand fra timuridene. Etter flere mislykkede forsøk på å ta tilbake Ferghana og Samarkand, gikk Babur over Amu-Darja og tok Kabul fra den siste av dets mongolske herskere i 1504. I sin invasjon av India i 1526 nedkjempet Baburs armé på 12 000 en mindre mobil styrke på 100 000 i det første slaget ved Panipar, omtrent 45 km nordvest av Delhi. Selv om setet til det store mugalriket han grunnla var i India, stresset Baburs memoarer hans kjærlighet for Kabul, både som et kommersielt strategisk senter men også som en vakker høylandsby med et «ekstremt herlig» klima.