På 1990-tallet endte stoffmisbruket, og i 1992 gjennomgikk han en levertransplantasjon. 18. mars 2001 døde John Phillips i Los Angeles av hjertesvikt. Han ble gravlagt i en krypt på Forest Cemetery, i nærheten av Palm Springs, California, der han bodde med sin fjerde kone, Farnaz. Han etterlot seg fem barn, Jeffrey, Mackenzie, Chynna, Tamerlane og Bijou, og en stor musikksamling. Hans død kom kort tid etter å ha fullført det nye albumet . Albumet ble utgitt posthumt i august 2001. Det ble ingen suksess.