I 1991 etablerte han lakseoppdrettselskapet SalMar, idet han overtok et konkursbo bestående av én konsesjon for lakseoppdrett og et slaktings- og bearbeidingsanlegg. Kverva AS ble etablert som et investeringsselskap. SalMar ble notert på Oslo Børs i 2007, og har hovedkontor på småstedet Kverva på Frøya. Witzøe var konserndirektør for industri og salg i SalMar frem til 2019, da SalMars satsing på havbaserte oppdrettsmerder ble skilt ut i et eget selskap, ledet av daværende konsernsjef, og Witzøe overtok selv som konsernsjef. Han eier A-aksjene i holdingselskapet, men har overdratt B-aksjene til sønnen Gustav Magnar Witzøe.