De dansk-norske krigene på 1600-tallet slet hardt på krongodset. Rundt 1663 ble kong Frederik III nødt til å selge eller pantsette over halvparten av sitt krongods for å dekke statlig gjeld, til en pris godt under vanlig takst. Muligheten for kjøp ble ikke offentliggjort, og et salg kunne oppfattes som innsidehandel, i den forstand at de velbeslåtte kjøpere agerte i et lukket marked. Etter overtagelsen mistet mange av arbeiderne (bønder og leilendinger) anledningen til videre arbeid på godset. Enkelte tidligere krongods ble igjen krongods på 1700-tallet. Etter eneveldets avskaffelse i Danmark i 1848–1849 ble nest alt krongods overført til den danske stat.