Cetina har sitt utspring på nordvestsiden av Dinara nær en liten landsby kalt Cetina, 7 km nord for Vrlika. Den renner 105 km før den munner ut i Adriaterhavet. En stor, kunstig innsjø begynner nær Vrlika, Peručasjøen, som ble dannet av en demning 25 km lenger nede. Cetina renner over de nedre delene av karstsletten Sinj, rundt fjellet Mosor før den munner ut i Adriaterhavet ved byen Omiš.