Etter etableringen av Institute of St Joseph i 1875 ved Mary MacKillop, og etter Sr. Teresa MacDonalds død i 1877, provinsialen i Bathurst, ville ikke Quinn tillate at en annen provinsial ble utnevnt som ikke rapporterte til ham. Han instruerte søstrene om å forlate Bathurst idet han nektet å akseptere MacKillops sentrale styring ved instituttet, hvor hun hadde rollen som generalsuperior.