Flekkpetrellen hekker tallrike steder i Antarktis, og noen par hekker så langt nord som Aucklandøyene. Arten er mest utbredt på Den antarktiske halvøy og øyene i Scotiahavet. De hekker også andre steder på det antarktiske kontinent, samt på Sør-Georgia, Ballenyøyene og Kerguelen.