I istidene har havnivået vært lavere slik at øyene vest for wallacelinjen har hatt fastlandsforbindelse med Asia, og Ny-Guinea og Aruøyene har vært forbundet med Australia. Wallacelinjen går langs dype havområder som aldri er blitt tørrlagt. En rekke øyer i Indonesia, samt Øst-Timor, har aldri hatt fastlandsforbindelse med noen av kontinentene. Dette området kalles Wallacea og er en overgangssone med en blanding av arter fra de to økosonene. Området avgrenses i vest av wallacelinjen og i øst av lydekkerlinjen. Weberlinjen er en linje gjennom Wallacea som skiller områdene der henholdsvis indomalayiske og australasiatiske arter er viktigst.