Det opprinnelige fyret i støpejern ble bygd i perioden 1864–1866, og tent første gang 25. august 1866. Det fyrtårnet var 33 meter høyt. Opprinnelig ble fyrlyset drevet med fettolje, men fra rundt 1875 ble det brukt parafin. Fyret fikk telefon i 1931. Fruholmen fyr var det eneste i Finnmark som ikke var okkupert av tyskerne under 2. verdenskrig, men i november 1944 ble den daværende fyrfamilien tvunget til å evakuere fyret, og fyrstasjonen ble bombet og jevnet med jorden.