Handlingen i er satt 50 år etter hendelsene i Fable II. Spillet er satt i det fiksjonelle kontinentet Albion, som er på vei inn i en ny epoke hvor industri står sentralt. Helten av Bowerstone (rollefiguren man styrte i ) er nå kongen av Albion, men dør, og kongerikets nye konge er hans eldste sønn, Logan, som også er spillerens eldre bror. Noen NPC-er hentyder at Logan har forandret seg i løpet av sine fire år som hersker, at han på et tidspunkt ble en ondskapsfull tyrann. Spilleren starter spillet ved å undersøke om noen rykter om at Logan har fått en borger av Albion henrettet, da dette har ført til at en gruppe med borgere protesterer. Etter at spilleren griper inn, gir Logan spilleren det første av spillets mange moralske valg; man må velge å enten henrette gruppen med protestanter, eller henrette spillerens kjæreste. Uavhengig av hva man velger, flykter spilleren Logans slott med spillerens mentor, Sir Walter Beck, og spillerens butler, Jasper.