Kraków flyplass, (Johannes Paul II lufthavn Kraków-Balice er 11 km vest for byen. Direkte tog dekker ruten mellom Kraków Główny togstasjon og flyplassen hvert 15. minutt. Kapasiteten på flyplassen har vært anslått til 1,3 millioner passasjerer; men i 2007 reiste mer enn 3 millioner via flyplassen, noe som ga den en andel på 15 prosent av alle flypassasjerer i Polen. Passasjerterminalen er under utbygging og blir tilpasset kravene som følger av Schengen-traktaten.