På denne tiden hadde Margaret hatt flere personlige tragedier. Hennes bror, hertugen av Clarence, hadde blitt henrettet av Edvard IV i 1478; Edvard selv hadde død av sykdom i 1483 og til sist, hennes yngre bror Rikard III, som hadde tatt tronen etter å ha ryddet av veien sine to nevøer, ble i 1485 drept i slaget ved Bosworth Field i lederen for huset Lancaster, Henrik Tudor, jarl av Richmond, en fetter og nevø av Henrik VI. Med Rikards død var huset York død ut i direkte mannlig linje. Henrik Tudor giftet seg med en datter av Edvard IV, Elizabeth of York, således formelt forene de to stridene dynastiene York og Lancaster. Margaret var uansett en standhaftig tilhenger av enhver som var villig til å utfordre Tudor, og støttet både Lambert Simnel og Perkin Warbeck, to bedragere som forsøkte å piske opp folkelige opprør, og Margaret var villig til å anerkjenne Warbeck som sin nevø, den yngre sønnen av Edvard IV, Richard av Shrewsbury, 1. hertug av York, som hadde forsvunnet, antagelig myrdet i 1483. Warbeck ble fengslet i Tower of London og siden henrettet av Henrik VII, men han kunne ikke gjøre noe med Margaret så lenge hun var beskyttet av Maximilian.