Solid Snake må infiltrere den befestede staten Outer Heaven for å ødelegge Metal Gear, en tobeint, gående stridsvogn som kan utskyte atomvåpen. Han får god hjelp av Big Boss og flere folk fra en motstandsgruppe, men det viser seg til slutt at han helt fra starten av har blitt forrådt av en godt bekjent, og at planen var at han skulle feile.