Komiteen fikk deretter to tilbud om tomter i henholdsvis Vikhammer og ved Heggdalen nord for Ilsvika. Komiteen valgte i november 1894 å kjøpe ut sistnevnte eiendom på 136 dekar for 12 000 kroner. Flere lån fra borgere i byen og en større bevilgning fra Trondhjems Brændevinssamlag på 64 000 kroner gjorde at byggingen kunne komme igang. Det ble oppført en laboratoriebygning, et akvarieanlegg, pumpeanlegg for både ferskvann og sjøvann, et kaianlegg, et vanntårn og to utebasseng og en arbeiderbolig. Anlegget ble innviet ved Bynesveien 46 og Trondhjem biologiske stasjon ble formelt etablert den 3. juli 1900. Stasjonen var fra grunnleggelsen av en selvstendig stiftelse underlagt Undervisningsdepartementet med eget budsjett.