Hækkerup spilte en vesentlig rolle i det sosialdemokratiske ungdomsarbeidet fra midten av 30-årene, særlig som en ledende debattant og idéutvikler på det utenrikspolitiske området. Han hadde posten som formann for DSU 1946–1952 og som generalsekretær for den internasjonale ungsosialdemokratiske organisasjonen IUSY 1946–1951. I denne perioden grunnla han – på basis av smertelige personlige erfaringer med Sovjetunionens maktovertagelser i de østeuropeiske landene – en stålsatt antikommunisme, som blant annet gjorde ham til en svoren NATO-tilhenger og talsmann for et tett samarbeid med USA.