Det kan være svært krevende å diagnostisere SUNCT/SUNA, men lidelsen er distinkt i forhold til både CH og PH. Om allmennleger mistenker trigeminal-autonome hodepiner så bør pasienten raskest mulig henvises til en nevrolog som er spesialist i hodepine, om andre årsaker til hodepinen er blitt utelukket og magnetresonanstomografi (MR) er negativ.