Som medarbeider ved Nationalmuseets historiske avdeling deltok Løffler fra 1868 i undersøkelsen av de kirkelige monumentene. I den forbindelse var han særlig i perioden 1897—1900 nært knyttet til museet, undersøkte kirkebygg, medvirket ved og for en stor del ledet de store utgravningsarbeidene (Vitskøl, Søborg).