SID-teknikken er også anvendelig for ion-mobilitets massespektrometri (IM-MS). Tre forskjellige metoder for denne teknikken inkluderer analyse av karakterisering av topologi, tilkobling mellom enheter og graden av utfolding for proteinstruktur. Analyse av proteinstruktur utfolder seg er den mest brukte anvendelsen av SID-teknikken. For ion-mobilitets massespektrometri (IM-MS) brukes SID for dissosiasjon av kildeaktiverte forløpere til tre forskjellige typer proteinkomplekser: C-reaktivt protein (CRP), transthyretin (TTR) og concanavalin A (Con A) . Denne metoden brukes til å observere utfoldingsgraden for hvert av disse kompleksene. For denne observasjonen viste SID forløperionenes strukturer som eksisterer før kollisjonen med overflaten. IM-MS bruker SID som et direkte mål på konformasjonen for hvert proteines underenhet.