Spillet er det første kanoniske utflukt av -serien til en håndholdt konsoll, hvor historien følger hendelsene fra Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Spillet er satt til Sør-Amerika i 1970, seks år etter hendelsene i , og følger utnyttelsen av Naked Snake etter at hans tidligere enhet, FOX, ble lovløse. Spillet skildrer også opprettelsen av FOXHOUND og the Patriots, samt inspirasjonen og forløpet til militærstaten Outer Heaven.