Teodoros gjorde seg bemerket under latinernes beleiring av Konstantinopel under Det fjerde korstog 1203-1204. Han ble igjen i byen helt til latinerne hadde brutt gjennom forsvaret og trengt inn, men flyktet så sammen sin kone over Bosporus samtidig som hans bror Konstantin Laskaris ble utropt til keiser av de gjenværende forsvarerne som hadde samlet seg i Hagia Sofia. Teodoros etablerte seg i Nikea i provinsen Bitynia hvor han ble leder for sine landsmenn som hadde flyktet fra Konstantinopel.