Umiddelbart etterpå ble han biskop i Iglesia Anglicana del Cono Sur de América. Flertallet av bispedømmet hans i Pittsburgh fulgte sin biskop og forlot ææEpiscopal Church of the United States of Americaææ og sluttet seg til . Dermed delte bispedømmet i Pittsburgh seg. Den 7. november 2008 ble Duncan gjenvalgt til biskop av dette nye bispedømme i Pittsburgh, som ble en del av (ACNA) i 2009.