Det fortelles at han var en ivrig jeger som satte de drepte dyrenes hoder opp i et tre midt i byen, noe som plaget Amator, biskopen i Auxerre, som fikk treet hogd ned og trofeene brent. Deretter fryktet han raseriet til guvernøren, som helst ville slå ham i hjel, og flyktet til prefekten Julius som anmodet om få ordinert Germanus ved å gi ham tonsur (kronraking). Det ble innvilget, og da reiste Amator tilbake. Da Germanus kom til kirken ble dørene sperret bak ham og med tvang ble toppet av hodet hans raket for hår, og formelt gjort til diakon. Da Amator døde i 418 ble Germanus ordinert til den neste biskop av Auxerre den 7. juli 418. Hva som var grunnen til hans geistlige karriere er usikkert, men kanskje lå det en personlig opplevelse bak. Hans hustru hadde ikke annet valg enn å gå i kloster og han ga sin formue til kirken. Selv levde han et strengt, asketisk liv og avsto fra vin, salt og olje. Hans utdannelse kom ham til gode i administrasjonen av sitt bispesete, som han tilsynelatende tok fatt i med stort alvor. Han bygde et stort kloster dedikert helgene Kosmas og Damian ved bredden av elven Yonne.