For sin innsats under Upsilon III ble sersjant Munthe-Kaas av kongen i statsråd 2. juli 1943 hedret med Krigskorset med sverd. Innstillingen om tildeling omtalte særlig innsatsen for å redde de to franske og to norske soldatene under operasjonen med den franske ubåten «Junon». Diplomet som medfølger Krigskorset ble besluttet påskrevet «For særlig fortjenstfull innsats i forbinnelse med hemmelig militær virksomhet.» Av Frankrike ble han hedret med utnevnelse til ridder av Æreslegionen og ble tildelt Croix de Guerre med bronsepalme. I 1943 ble han tildelt den britiske Distinguished Service Medal, en utmerkelse han ble dekorert med av First Sea Lord John Cunningham.