På 1800-tallet, mens indianere ble fordrevet fra sine landområder og sperret inne i reservater, ble Boone ofte fremstilt som en stereotypi av en krakilsk, indianerhatende nybygger som på den tiden var populær. I John A. McClungs bok (1832), for eksempel, ble Boone fremstilt som en mann som lengtet etter «villmannskrigens store spenning». Boone fikk rykte på seg for å forakte indianere og for å ha drept massevis av disse «villmennene». Den virkelige Boone mislikte derimot blodsutgytelse. Ifølge historikeren John Bakeless finnes det ikke noe bevis for at Boone skal ha drept indianere, i motsetning til andre nybyggere på den tiden. Boone fortalte en gang sin sønn Nathan at han var sikker på å ha drept bare én indianer, under slaget ved Blue Licks, selv om han antok at flere kunne ha dødd av hans kuler i andre slag. Selv om Boone hadde mistet to sønner i kriger mot indianere, var det gjensidig respekt mellom indianerne og ham selv. I Missouri dro Boone faktisk ofte på jakt med shawneene som hadde fanget og adoptert ham noen tiår tidligere. Et par forfattere fra 1800-tallet betraktet Boones sympati for indianerne som en karakterbrist, og forandret derfor hans uttalelser for å tilpasse dem til de eksisterende samtidige holdninger.