Human-Etisk Forbund engasjerer seg for minoriteters menneskerettigheter som del av den humanistiske filosofien. HEF har engasjert seg mot rasisme, transfobi, homofobi, antisemittisme, islamofobi og hatefulle holdninger mot, konspirasjonsteorier om og diskriminering som rammer minoritetsgrupper generelt. HEF har blant annet satt fokus på «den alarmerende samlende kraften i det økende hatet og radikaliseringen rettet mot transpersoner». Landsstyret i HEF har uttalt at «å støtte transpersoner er humanisme i praksis».