Men dronning Elizabeth sender en hær til Skottland, for å bli kvitt Mary Stuart. Hun tilbyr også Mary å søke tilflukt i England, noe som egentlig er en felle ment for å arrestere Mary og holde henne borte fra Skottlands trone. I mellomtiden hadde Mary Stuart giftet seg med Lord Bothwell, som allerede hadde skilt seg fra Johanna Gordon. Men bryllupet deres blir avbrutt når de engelske soldatene dukker opp under veiledning av Jacob Stuart, dronningens halvbror, som også presenterer hemmelige kjærlighetsbrev som Mary Stuart hadde sendt til Bothwell når hun fremdeles var gift med sin forrige ektemann. Lord Bothwell står derfor overfor valget om å stå ved Mary Stuarts side og bli henrettet, eller fornekte henne. Han vender seg derfor bort fra sin kone, men den forræderske Jacob Stuart dømmer ham fremdeles til døden. Historien hopper deretter frem til når Mary blir ledet til å bli henrettet av engelskmennene.