Byens næringsliv er nært knyttet til forskningsanleggene. Viktige virksomheter er en utstyrs- og maskinfabrikk. Før Sovjetunionens sammenbrudd var MKB Raduga, et selskap som spesialiserer seg på utvikling og produksjon av missilsystemer, en av byens store arbeidsgivere. Den eksisterer fremdeles, men dens betydning er sterkt redusert og byen har som følge av dette hatt et sysselsettingsproblem. Flere mindre industrivirksomheter har imidlertid dukket opp, og nærheten til Moskva gjør at mange kan pendle til arbeidsplasser der. Det er fremlagt planer fra AFK Sistema og andre investorer, inkludert russiske myndigheter, om å bygge en russisk «Silicon Valley» i Dubna, men pr begynnelsen av 2007 har intet arbeid blitt igangsatt.