I mellomtiden muterer Shredder den russiske våpen-selgeren Ivan Steranko og hans eneste kjente medhjelper, den høyteknologiske mester-tyven Anton Zeck. De får kallenavnene Bebop og Rocksteady. Skilpaddene møter også en nylig grunnlagt mutant-gruppe kalt Mighty Mutanimals. Denne gruppen blir støttet av deres menneskelige allierte Jack J. Kurtzman. Sammen må Ninja Turtles og Might Mutanimals forsøke å forvise Kraang tilbake til Dimension X, og frigjøre New York.