Charles Chaput var et av tre barn til Joseph og Marian Helen ( DeMarais) Chaput. Faren var fransk-kanadier og nedstammet fra den franske helgenkongen Ludvig IX av Frankrike. Moren var indianer fra stammen Prairie Band Potawatomi; hans mormor var den siste i familien som bodde i et indianerreservat. Charles Chaput ble inkorporert i stammen i ung alder, og tok navnet (Rustling Wind). Hans fulle potawatominavn blir , og hans sioux-navn er . Han sluttet seg til kapusinerordenen i 1965. Etter sin teologiske utdannelse studerte han filosofi ved i Herman i Pennsylvania, og psykologi ved Catholic University of America i Washington D.C. og utdanning ved i Washington D.C.