I 2005 skrev han under på en kontrakt som trener- og spillerutvikler i Vålerenga Fotball. Denne stillingen hadde han frem til 31. desember 2012. I Vålerenga arbeidet Jacobsen tett med profilerte spillere som Joshua King, Håvard Nielsen, Nicolai Næss, Mohammed Fellah, Harmeet Singh, Ghayas Zahid, Amin Nouri, Alexander Mathisen, Glenn Roberts m.fl.