I 2005 la imidlertid to forskergrupper fram DNA-analyser av X-kromosomet som viste at menneskelige genom inneholder gener som er svært gamle og sannsynligvis hadde sitt opphav i Asia lenge før utvandringen fra Afrika. Forskerne analyserte ikke-kodende DNA fra X-kromosomet hos 659 mennesker fra hele kloden. Stort sett var den genetiske variasjonen på X-kromosomet størst mellom folk fra Afrika., dog med ett unntak: En variant av kromosomet, haplogruppe X (mtDNA), dukket opp i ni individer fra Europa og Asia, men ikke hos noen afrikanere. Forskerne mener å kunne si at denne varianten oppsto for en million år siden. Dermed må vi ha fått det gjennom slektskap med andre menneskearter.