Presidenten er øverstkommanderende for Cubas forsvar (Fuerzas Armadas Revolucionarias, FAR) og formann av Det nasjonale forsvarsrådet. Som forsvarssjef har presidenten myndighet til å kunne omorganisere forsvaret og som forsvarsrådets leder er presidenten pliktig til å utnevne «Forsvarsrådets visepresident». Gitt denne myndigheten kan presidenten foreslå for statsrådet eller nasjonalforsamlingen å erklære krig eller krigstilstand. Videre kan presidenten beordre en mobilisering av de væpnede styrker om situasjonen krever det, samt å erklære en unntakstilstand eller en katastrofesituasjon i henhold til grunnloven, med underretning om avgjørelsen til nasjonalforsamlingen eller statsrådet ved første mulighet. Presidenten kan utnevne, forfremme og avsette lederne av militære institusjoner i henhold til fastsatte prosedyrer.