Fram til tidlig på 1900-tallet ble kommersielle laster som skulle videre oppover elva hovedsakelig fraktet i store flatbunnede, seilførende lektere kalt «Mersey Flats». Disse kunne føre last opp til Howley Wharf i Warrington og (via Sankey Canal) til St Helens. Motoriserte lektere fortsatte leveranser til fabrikker ved elva i Warrington i hvert fall til 1970-tallet. Nå til dags er det imidlertid bare fritidsbåter og yachter som bruker den øvre delen av estuaret og tidevannssonen, og flere seilingklubber er hjemmehørende på denne strekningen av elva. På de fleste høyvann kan havgående yachter med mastene hevet seile så langt oppstrøms som til Fiddlers Ferry rundt 5 km nedstrøms fra Warrington, hvor det er en liten marina med tilgang til elva via en elvesluse. Selv om de fleste elvefartøyer kan seile videre oppover elva til Howley Weir, så finnes det ingen kaiplasser og ingen fortøyningsmuligheter der. Båter som kan bæres eller dras kan gå helt opp til Woolston. Sperren for båttrafikk videre herfra er juridisk, i og med at elva herfra deler løp med Manchester Ship Canal de neste 7 kilometrene opp til Irlam.