Robert Knox ble født i 1793 i Edinburgh som det åttende barn til Maria (født Scherer) og Robert Knox (d. 1812), lærer i matematikk og naturfilosofi ved Heriot's Hospital i Edinburgh. Som spedbarn pådro han seg kopper, noe som ødela hans venstre øye og vansiret ansiktet. Han ble utdannet ved Royal High School, der han huskes som en «okse» som banket sine samtidige, både mentalt og korporlig og fikk Lord Provosts gullmedalje sitt siste år på skolen.