Som BdS i Generalgouvernementet søkte Schöngarth deretter Reinhard Heydrich om fullmakt til å danne ytterligere «Einzatzkommandos» eller «Einsatztruppen» for området Galicja («Galizien»), der det tradisjonelt bodde et særlig høyt antall jøder. I juli 1941 meldte han til Reinhard Heydrich at det da var stasjonert i Lemberg, Brest-Litovsk og Białystok, mens det var avsatt for byene Pinsk, Luzk, Riwne, Kowel, Rawa Ruska, Nawahradak, Baranawitschy og Grodno. Disse enhetene ledet Schöngarth med en liten stab fra Lemberg. De fikk senere navnet «Einsatzkommando zur besonderen Verwendung» og drepte flere tusen mennesker. Enheten ble oppløst høsten 1941.