I juli kom Leonard Grey, 1. viscount Grane, fra England som den nye visekonge av Irland. Thomas som ikke hadde fått den overveldende støtten han hadde håpet på og etter hvert måtte han konstatere at hans hær smeltet og at hans allierte underkastet seg den engelske kronen den ene etter den andre. Han innså at opprøret var nederlagsdømt og gikk inn i forhandlinger med Leonard Grey. Denne ønsket ikke å forlenge konflikten lengre enn høyst nødvendig og garanterte for Thomas FitzGeralds personlige trygghet og overtalte ham til underkaste seg kongens nåde betingelsesløst. Dette løftet var ikke verdt mye straks Thomas var i London hvor han øyeblikkelig ble plassert i Tower of London. Da Irland var blitt fullstendig pasifisert ble han i 1537 sammen med sine fem onkler hengt, trukket og kvartert ved Tyburn.