En flaskehalseffekt kan utløses av mange ting, for eksempel et jordskjelv, oversvømmelser, branner, tørke, krig, jakt, sykdom og lignende. Første verdenskrig- og andre verdenskrig var for eksempel flaskehalshendelser for mange hunderaser, siden flere døde ut som følge av krigene. Andre fikk endret sitt biologiske mangfold som følge av at rasen nesten døde ut, og måtte gjenoppbygges med basis i et svært begrenset antall overlevende eksemplarer. De overlevende danner i så fall grunnlaget for det videre arvematerialet, som vil være begrenset i forhold til det opprinnelige.