Denne sesongen bygger videre på den første. Hovedpersonene i Adventure har blitt eldre, og det er nye hovedpersoner, Davis Motomiya, Yolie Inoue og Cody Hida. Starten av serien handler om hovedpersonene, og den onde digimon keiseren som lager kontrolltårn og kontrollerer digimon. Etter en del episoder blir han til slutt beseiret i episode 22. Da hovedpersonene kom tilbake til digi-verdenen kunne ikke digimonene digimere på et mystisk vis, rett etter klarte digimonene å digimere til deres mester form. I episode 24 møter de en merkelig dame som kan forvandle digimon-keiserens sorte kontrolltårn til en digimon. Den damen viste seg og kalte seg Arukenimon. Etter hvert blir de andre hovedpersonene med digimon-keiseren for å slå ondskapen. I episode 30 skaper Arukenimon en veldig kraftig digimon med 100 kontrolltårn. Sluttresultatet er en ond-utseende versjon av Wargreymon: Blackwargreymon, og til slutt MaloMyotismon, den digimerte formen til en av hovedskurkene i Digimon Adventure; nemlig Myotismon.