Togfonden DK er kritisert blant annet av opposisjonen for å bygge på et for usikkert økonomisk grunnlag og for å forringe vilkårene for investorene i Nordsjøen. Endvidere er det påpekt at den samfunnsøkonomiske forrentning av elektrifiseringen mellom Vejle og Struer og mellom Aalborg og Frederikshavn er for lav. Herudover er togplanen kritisert for ikke i tilstrekkelig grad å tilgodese byene i Trekantsområdet med superlyntog. I januar 2015 vurderte Tænketanken Kraka at der manglet 18 milliarder kroner i finansieringen av prosjektet på grunn av den lave oljeprisen.