Etter den tyske anneksjonen av Bøhmen måtte han som sosialdemokrat emigrere. Han reiste først til Polen, og etter utbruddet av annen verdenskrig til London. Her representerte han sudettyskerne i den tsjekkoslovakiske eksilregjeringen. Hans arbeid for den tyske minoritetens rettigheter i Tsjekkoslovakia førte til et skarpt motsetningsforhold mellom Jaksch og Edvard Beneš. Hans arbeid for å få Beneš fra hans fordrivelsesplaner lyktes ikke. Planen om fordrivelse kom som et sjokk på sudettyskerne i eksil og på Jaksch. Jaksch hadde siden mai 1941 holdt flere taler på BBCs tyskspråklige sending og appellerte der til sudettyskerne om å være lojale mot Tsjekkoslovakia og stå i mot nazistene.