I juni 1942 ble han deportert til Majdanek. Han møtte der den eldre broren Sammy og dette var siste gangen Rudolf Vrba så broren. I Majdanek ble han satt til byggearbeid. To uker senere ble han overført til Auschwitz I (hovedleiren i Auschwitz-komplekset) der de ankom 30. juni og han ble tatovert med fangenummer 44070.