Men framgangen ble avløst av tilbakegang, og til tross for offensive satsinger falt opplaget fra 1994. Politisk utviklet avisen seg samtidig i en retning som falt i dårlig jord hos hovedeieren AKP og hos en del av «kjerneleserne». Avisen ble også kritisert for å være for intellektuell og for tung. I 1996–1997 ble den økonomiske situasjonen katastrofal, og valget sto mellom konkurs og nedskjæringer i staben. I 1997 resulterte uenighetene i åpen konflikt mellom redaksjon og eiere. Avisens redaktør Paul Bjerke ble avsatt. Som ny redaktør ble forfatteren Jon Michelet ansatt. Nesten hele redaksjonen forlot . Konflikten førte til at enda flere lesere forlot avisen. Fra 1994 til 1998 mistet den en tredjedel av sine lesere. Opplaget var nede i i 1999, nær grensen for å miste statsstøtten.