I 1469 skjedde det en endring i Helligåndshusets status,da Christian I på egen hånd omdannet institusjonen til et kloster i Helligåndsordenen, noe som ikke vitner om noen større innsikt i ordenens regler. Christian Torkildsen ble innsatt som prior og han fulgte kongen på hans reise til Roma i 1474, hvor de fikk godkjent klosteret av ordenens stormester i San Spirito. Paven tildelte også klosteret avlatsprivilegier, noe som har gitt et vesentlig tilskudd til driften av institusjonen.