Carl Deichmans foreldre var Bartholomæus Deichman og Else Rosenmeyer. Begge var født i Danmark, men emigrerte etterhvert til Norge, hvor de levde resten av livet. Faren var stiftsprost, og ble senere biskop av Christiania. Bartholomæus Deichman og Else Rosenmeyer fikk seks barn, tre jenter og tre gutter. Den ene datteren giftet seg med Herman Leopoldus Løvenskiold, og de etterlot seg en stor etterslekt. Herman Løvenskiold eide forøvrig Borgestad gård, hvor Carls mor tilbragte sine siste år.