Gobat var i 1892 president for den fjerde kongress i Den Interparlamentariske Union i Bern. Kongressen vedtok Bern som hovedsete og Gobat ble ansatt som direktør i Det interparlamentariske byrå. Han ble i stillingen i sju år. I 1902 ble han belønnet med Nobels fredspris for sin «eminente praktiske administrasjon av Den interparlamentariske union».