Da Maria I tiltrådte ble han løslatt og gjeninnsatt som biskop av Worcester. Han ble også utnevnt til president for rådet for Scottish Marshes og Wales. I 1555 ble han erkebiskop av York, og gjorde mye for å gjenopprette økonomien der. Etter Gardiners død ble han utnevnt til rikskansler, antagelig etter Reginald Poles anbefaling; Pole og Heath mislikte begge den spanske fløyen i England. I motsetning til Pole var Heath ikke interessert i å drive aktiv forfølgelse av protestanter, og ingen ble brent i hans bispedømme. Samtidig hadde han liten innflytelse på dronning Marias kirkepolitikk.