En folketelling i 1981 viste at den var befolket av 133 mennesker. En folketelling i 1991 viste at befolkningen hadde dalt til 112, men ved ny telling i 2001 hadde den igjen økt til 158 og i 2011 var den steget til 185, 168 av disse bodde i Megálo Chorió, og kun 17 i Mikró Chorió. Kommunen Agathonisi, som også omfatter de ubebodde småøyene Gláros, Kounéli, Nerá, og Psathonísio, har et kombinert landareal på 14,500 km².