Universitetet ble grunnlagt under navnet Universitetet i Berlin (Berliner Universität; Alma Mater Berolinensis) i 1810 av den liberale prøyssiske statsmannen, utdannelsesreformatoren og lingvisten Wilhelm von Humboldt. I perioden 1828–1946 bar universitetet navnet Friedrich-Wilhelms-Universität til ære for kong Fredrik Vilhelm III av Preussen.