I 2001, i det første valget etter at hans to presidentperioder gikk ut, lanserte han seg selv for parlamentsvalg igjen, men var ikke blant de 30 representantene til Teheran som ble valgt. Vokterrådet diskvalifiserte så mange stemmer og klarte å få ham valgt inn som den 30. kandidaten. Han ble medlem av parlamentet igjen, men trakk seg før han ble tatt i ed. Han forklarte at hans grunn var at han ønsket å «kunne tjene folket bedre i andre poster». Rafsanjani er for tiden formann i det praktiske meklingsrådet, som løser utøvende saker mellom parlamentet og vokterrådet og råder øverste leder i saker med nasjonal politikk. Han er også nestformann i ekspertrådet, rådet som velger den øverste leder.