Jihlavas kilde ligger på Det böhmisk-mähriske høylandet vest for landsbyen Jihlávka, noen få meter under det europeiske hovedvannskillet. Løpet går hovedsakelig i nordøstlig retning til byen Jihlava og svinger herfra mot sørøst. Etter 181 kilometer renner Jihlava nær Ivaň inn i Svratka, bare noen få meter fra Svratkas samløp med Thaya-reservoaret .