Borgermesteren, med sete på Primats palass, er byens øverste leder og er valgt for en fireårsperiode. Den nåværende borgermesteren er Andrej Ďurkovský, som vant valget i 2006 som kandidat for KDH–SDKÚ-koalisjonen og er i sin andre periode som borgmester. Byrådet er byens lovgivende organ, som er ansvarlig for bl.a. budsjettet, byplanleggingen, vedlikeholding av veinettet, utdannelse og kultur. Rådet møtes vanligvis en gang i måneden og består av 80 medlemmer valgt for fire år av gangen i samme periode som borgermesteren. Mange av rådets beslutninger blir utført av kommisjonen etter rådets retningslinjer. Byens styre består av 28 medlemmer, herunder borgermesteren og hans parlamentsmedlemmer, bydelsborgermestre og oppimot 10 byrådsmedlemmer. Styret er en ledende og overvåkende enhet av byrådet, og spiller rollen som borgermesterens rådgiver.