Forskningsbasens generelle område er delt inn i tre ulike hovedområder, som hver består av flere tilfeldig plasserte rom og ganger. Spilleren kan definere hva slags form forskningsbasen skal ha ved å skrive inn spesielle «generasjonsfrø» (fra engelsk: ) fra hovedmenyen, som derfra bestemmer rommenes plassering gjennom spillet. De tre hovedområdene i spillet vil separeres fra hverandre ved spesielle låste dører kalt , som spilleren kan låse opp ved å aktivere spesielle knapper eller spaker.