BART er i drift ca. kl. 4-24. De fire nattetimene er systemet stengt for vedlikehold. Avgangsfrekvensen tilsvarer omtrent T-banen i Oslo. Hver rute har stort sett avganger hvert kvarter det meste av driftsdøgnet på hverdager (med 20-minutters avganger kveld og helg). I tillegg finnes en rushtidsrute på en kortere strekning. Det meste av linjenettet betjenes av flere ruter, og i rushtidene har enkelte stasjoner 20 avganger per time i rushretningen. Hver vogn har 64-68 sitteplasser og ca. 80 ståplasser. Andelen sitteplasser er høy til tunnelbane å være – enda et eksempel på at BART funksjonelt er mer av et lokaltognett enn en T-bane. Togene kjøres med 3-10 vogner. En linje har altså en teoretisk kapasitet på nærmere 30 000 passasjerer (hvorav ca. 13 000 sitteplasser) per time og retning. Foreløpig finnes ikke nok materiell til å utnytte kapasiteten helt, og som ved alle kollektivsystemer er det svært dyrt å anskaffe materiell som er i bruk bare noen få timer i døgnet. Vognparten består av ca. 670 vogner. 59 av de eldste vognene (bygget i 1968–71) er fortsatt i bruk. (Hertwig 2010). BART er ment å være godt sikret mot jordskjelv. Det store skjelvet i 1989 ødela veibroen over bukten for lange tider, likeså flere motorveier. Derimot var BART i drift igjen allerede seks timer etter skjelvet (Hertwig 2010).