Canal du Midi var den første kanalen som hadde passasje igjennom en tunnel. Malpastunnelen er en 173 meter lang og går under en ås ved Enserune. Den ble gravet ut i 1679, og er et symbol på Pierre-Paul Riquets stahet. Da utbyggingen av kanalen nådde Enserune, oppdaget han til sin skuffelse at under noen meter med veldig hard stein besto grunnen av løs og smuldrende sandstein. Den franske finansministeren Colbert ble raskt alarmert om situasjonen, og arbeidet ble stanset. Hele prosjektet var truet, og Colbert annonserte en befaring for å bestemme prosjektets framtid. Riquet beordret likevel at arbeidet skulle fortsette i hemmelighet, til tross for risikoen for at tunnelen skulle kollapse. På mindre enn åtte dager ble tunnelen utgravd, støttet opp av en betonghvelving fra ende til ende. Under befaringen kunne Riquet vise fram tunnelen i lyset fra fakler. Tunnelen fikk navnet , som betyr «dårlig passasje». Malpastunnelen er 6 meter høy og 8,5 meter bred.