Heydrich tok Madagaskarplanen på fullt alvor og Hans Frank var lettet over jødene ikke ville bli deportert til Generalguvernementet. Ifølge den tyske historikeren Peter Longerich viste Madagaskarplanen en stadig radikalisering i Heydrichs krets blant annet fordi prosjektet ville innebære enorme dødstall på den ugjestmilde øya. Heydrich holdt liv i planen tidlig på høsten 1940. Ifølge Eichmann lå planen i desember 1940 fortsatt på Heydrichs skrivebord og ventet på godkjenning. Senhøstes 1940 var det klart at planen ikke var gjennomførbar fordi den forutsatte seier over eller fredsavtale med Storbritannia, og planen ble lagt bort.