I det nordvestlige tårnet innredet Johan III sin praktfulle audienssal med koppergulv, kalt . Kopperet i gulvet ble senere benyttet for å betale Älvsborgs løsen. Mellom de nordvestre og nordøstre tårnene ble det oppført en smal korridor oppe på nordre lengdens takrygg over blant annet slottskirken. Den ble kalt . Den gikk mellom og Johan IIIs gemals, Katarina Jagellonicas, katolske kapell som ble innredet i det nordøstre tårnet. I tillegg fikk Johan III forhøyet midtårnet med to etasjer (det hadde også blitt forhøyet av Gustav Vasa som bestykket det med kanoner).