Etter nederlaget i slaget ved Svensksund i 1789 ledet af Klercker reparasjonsarbeidene i Lovisa og allerede etter en måned var skärgårdsflottan klar for kamp. Vinteren 1789-1790 var han sjef for Sveaborgs eskader, han organiserte bygging av flere nye fartøy og bidro til at skärgårdsflottan var vesentlig styrket våren 1790. I fredsårene var af Klercker kommandant på Sveaborg i perioden 1791-1795 og 1797-1801 samtidig med sitt arbeide med forsvarsplan for Finland.