Han satt sin første periode i Stortingets energi- og miljøkomité. Fra 1997 til 1999 var han leder i Stortingets næringskomité og nestleder i Senterpartiet. I 1999 overtok han som leder i Senterpartiet og ble kommunalminister i Kjell Magne Bondeviks sentrumsregjering. Enoksen var mot å stille kabinettsspørsmål på gasskraftsaken i 2000, men regjeringen gjorde det og måtte gå av. Tilbake på Stortinget overtok han også ledelsen av Senterpartiets stortingsgruppe. Han gikk av som partileder i 2003 og som stortingsrepresentant i 2005.