I 1848 var han vitne til at pave Pius IX ble drevet i eksil, tvunget til å flykte fra hovedstaden da den ble invadert av Garibaldis revolusjonære. Den romerske republikk ble proklamert i februar 1849. Republikken var åpent fiendtlig til den katolske kirke, og feiret langfredag med store festlige fyrverkerier på Petersplassen, og desekrerte Peterskirke på Påskesøndag med en sekulær republikansk seiersfest. Pave Pius IX reagerte fra sitt eksil i Gaeta med å ekskommunisere alle aktive deltakere. Trass i farene forbundet med det, nølte ikke Mérode med å lime opp i fullt dagslys ekskommunikasjonsbullen på kirkeportene.