Eiendommen ble dannet i 1640-årene av Bengt Uggla og tilhørte senere adelsslektene Hierta og Taube. I 1758 ble Näsbyholm omdannet til et stamhus eid av adelsslekten af Billbergh. I 1809 ble Näsbyholm overtatt av adelsslekten Nauckhoff, som eide gården til 1900-tallet. I dag eies Näsbyholms säteri av Greger Paus, sønn av godseier Herman Paus til Herresta og grevinne Tatiana Tolstoy; Herresta ligger også i Strängnäs kommune, drøyt 20 kilometer fra Näsbyholm, og eies av Greger Paus' nevø Fredric Paus. Greger Paus' farfar var grosserer i Oslo Carl Ludvig Paus, sønn av skipsreder i Skien Christopher Blom Paus.