Helsesakene ble lagt til et medisinalkontor i Politidepartementet, bemannet med tre farmasøyter. Professorene ved det medisinske fakultet ble pålagt å ”gå departementet til hånde” for å sikre tilgang til medisinsk fagkyndighet. Byråsjef Jacob Schandorff, som hadde vært sekretær for Sundhedskollegiet, ledet kontoret fra 1815 til sin død i 1842. Byråsjefen hadde adgang til å drøfte sakene direkte med statsråden. I 1819 ble Medisinalkontoret flyttet til Kirkedepartementet. Første lege i medisinalkontoret ble ansatt i 1842, første jurist i 1844.