Pave Frans utnevnte ham den 13. mai 2013 til titulærerkebiskop av , forsatt som rektor for Det pavelige katolske universitet i Argentina. Dette var en av pave Frans' første bispeutnevnelser, og den første av en argentiner (pave Frans var blitt valgt den 13. mars samme år). Víctor Manuel Fernández ble bispeviet av erkebiskopen av Buenos Aires, Mario Aurelio Poli, den 15. juni samme år. Medkonsekratorer var erkebiskopen av Santa Fe de la Vera Cruz, José María Arancedo, og erkebiskopen av Corrientes, Andrés Stanovnik OFMCap, og biskopen av Villa de la Concepción del Río Cuarto, Eduardo Eliseo Martín, og biskopen av Quilmes, Carlos José Tissera.