Svalbard kirke er i en særstilling, da fleste norske kirker eies av menighetene i Den norske kirke og kommunene som har ansvar for drift og vedlikehold. Kirken på Svalbard er eid av staten, finansiert over budsjettet til Justis- og politidepartementets polaravdeling og bygningen forvaltes av Statsbygg (den eneste kirken i Statsbyggs eiendomsportefølje). Biskopen i Nord-Hålogaland har tilsyn med kirkens virksomhet og har arbeidsgiveransvaret, men på alle andre områder ligger Svalbard menighet under Stortinget og Justis- og politidepartementet.