Det opprinnelige AirTran ble opprettet som et lite selskap i 1993, da under navnet Conquest Sun Airlines. Selskapet skiftet navn til AirTran etter en overtakelse i 1994. AirTran ble opprettet etter at et annet lavprisflyselskap, ValuJet, kjøpte det opp i 1997. Selv om det var ValuJet som var oppkjøperen, gikk det fusjonerte selskapet under navnet AirTran siden navnet ValuJet var blitt en belastning etter en katastrofal flystyrt (ValuJet rute 592) i Florida 11. mai 1996.