Forsker Harald Minken ved TØI skriver at det er lite synergi mellom delprosjektene i Ferjefri E39, blant annet fordi størstedelen av trafikken er lokal. Daglig kjører det om lag 60 personbiler og 30 tunge kjøretøyer hele strekningen mellom Bergen og Trondheim. Det er heller ikke særlig synergi mellom Rogfast og Hordfast ifølge Minken. Minken argumenterer derfor for at det har lite for seg å se Ferjefri E39 som et samlet prosjekt, men mener noen av delprosjektene kan være samfunnsøkonomisk gode. Minken foreslår blant annet ulykkesreduserende tiltak og hyppigere ferjeavganger som alternativ satsing. Møreforskning konkluderte med at kryssing av Romsdalsfjorden blir for dyr i forhold til nytten av tiltaket, og anbefaler i stedet forbedring av ferjetilbudet og opprusting av veinettet mellom ferjene.