I 1940, etter at de sovjetiske okkupasjonsmyndighetene konfiskerte bispepalasset, slo han seg ned i Vilkaviškis prestegård, hvor han bodde til slutten av andre verdenskrig. I 1944 flyttet han fra Vilkaviškis til Šunskis, og i 1946 til Marijampole. Han nektet å publisere de sovjetiske myndigheters appell, og oppfordret de litauiske partisanene til å komme frem fra undergrunnen.