Med slutten av den siste istiden og den generelle oppvarmingen av klimaet oppstod Jomon-kulturen omkring 11 000 f.Kr., karakterisert av en mesolittisk til neolittisk semi-sedentær jeger-samler-livsstil og tilvirkningen av den tidligst kjente keramikk i verden. En tror at Jomon-befolkninger var forfedrene til proto-japanerne og dagens ainoer.