Han var fra 1948 til 1949 personlig medarbeider («høyre hånd») for Konrad Adenauer, i hans verv som president i Det parlamentariske råd. Blankenhorn var selv generalsekretær i CDU i den britiske okkupasjonssonen. Fra 1949-1951 var han leder av forbindelseskontoret i forbundskanslerens kontor til Den allierte høykommisjon. I 1951 ble han leder av politisk avdeling i Tysklands utenriksdepartement, og var den som i praksis bygget opp utenriksdepartementet.