Et annet eksempel på Hoovers opptatthet av undergravende virksomhet er Venona-prosjektet. FBI arvet dette førkrigs-samarbeidsprosjektet med britene som gikk ut på å overvåke sovjetiske agenter i Storbritannia og USA. Hoover holdt informasjon hentet ut av dette prosjektet (USAs største hemmelighet innenfor kontraspionasje) innelåst i en safe på sitt kontor. Han informerte hverken Truman, hans justisminister McGraith eller de to statssekretærene Dean Acheson og general George Marshall mens disse satt ved makten. Hoover informerte først CIA om Venona-prosjektet i 1952.