Josef Karel Matocha ble presteviet i 1914. Han studerte filosofi og teologi i universitetet i Olomouc og deretter ved Det pavelige universitet Gregoriana i Roma. Etter å ha tatt doktorgrad i teologi habiliterte han seg, og underviste fra 1931 til 1939, og fra 1945 til 1948 kristen filosofi og dogmatikk ved Det teologiske fakultet i Olomouc, hvis høyskoledekan han var to ganger.