Kort tid etter avsluttede studier, søkte han og ble antatt som deltaker på Shackletons ekspedisjon. I tillegg til sine plikter som skipslege, ble han ansvarlig for ekspedisjonens hunder og fikk også tildelt et eget hundespann. «Endurance» frøs inne i isen og ble senere knust, noe som tvang Shackleton til å føre sitt mannskap over isen til åpent farvann og videre til Elefantøya i livbåtene. Da skipet lå fast i isen, ble Macklins hundespann satt i arbeid. Han bragte tilbake flere seler som hadde blitt skutt for føde, og da mannskapet startet på den lange ferden over isen, ble han og de andre hundespannene sendt tilbake til «Ocean Camp» der skipet hadde blitt skrudd ned for å hente forsyninger. Omsider ble alle hundene skutt, men Macklins spann var det siste som ble avlivet.