Kongregasjonen ble opprettet 2. august 1564 for å sikre en korrekt tolkning og håndheving av bestemmelsene fra Tridentinerkonsilet. Den het da («Den hellige kardinalskongregasjon for tolkning av Tridentinerkonsilet»). Den fikk senere navnet Kongregasjonen for konsilet, og hadde dette helt til 1967, da Paul VI omdøpte den til Kongregasjonen for kleresiet. Gregor XIII utvidet arbeidsområdet til også å gjelde bestemmelser fra lokale konsiler og synoder, og til å generelt gjelde implementeringen av bestemmelser fra Tridentinerkonsilet. Etter hvert ble det meste av oppgaven med tolkning av konsilbestemmelser overført til andre kongregasjoner, men den beholdt altså allikevel sitt navn frem til etter andre Vatikankonsil.