Kristjánssons karriere som håndballtrener startet i Skjern Håndbold, hvor han trente klubben først som Anders Dahl Nielsens assistenttrener, og senere som hovedtrener for klubben. Kristjánsson flyttet tilbake til Island i 2007, og tok over som trener for Haukar Hafnarfjörður. Han ble i klubben fram til 2012, med unntak av et kortere opphold i tyske TSV Hannover-Burgdorf, hvor han ble sparket midt i sesongen. Haukar vant den islandske håndballserien de tre sesongene før Kristjánsson dro til TSV Hannover-Burgdorf, samt sesongen etter.