Fra 1912 til 1929 var Skovgaard-Petersen knyttet til bibelskolen i København som forstander (rektor). I tillegg holdt han bibelforedrag over hele Danmark for å vekke folks lyst til bibellesning. Ved siden av disse gav han ut en rekke bøker for å gi hjelp til forståelse av Bibelen. En rekke av hans bøker ble også oversatt til norsk.