På grunn av den nye religiøse verden etter reformasjonen ble den katolske kirke tvunget til å innrette seg med flere kristne kirker på en helt annen måte enn tidligere. Protestantismen var ikke noe den kunne fjerne ved å anklage den for kjetteri. Derfor trengte den katolske kirken å fornye seg institusjonelt og teologisk. Disse to reformene innenfor kirken gjør at en kan snakke om en konfesjonalisering på 1500- og 1600-tallet. Konsilet spilte en stor rolle når det gjaldt disse reformene.