Malaysias landareal er rundt 330 000 km², noe som gjør det til verdens 67. største land. Det er omtrent like stort som Norge uten Svalbard. På fastlandet grenser Malaysia til Thailand i nord og bystaten Singapore via en landfylling over Johorestredet i sør. På Borneo grenser Malaysia til Brunei i nord og Indonesia i sør. Malaysia har også sjøgrenser til Vietnam og Filippinene. Ved det kinesiske kravet om den nistiplede linje har landet også sjøgrense mot Kina, men Malaysia bestrider dette kravet. Landegrensene er i stor grad definert av topografiske barrierer, som elvene Golok og Perlis, som skiller Malaysia fra Thailand. Noen av sjøgrensene i Sørkinahavet er derimot omstridte. Sultanatet Brunei er en enklave omsluttet av den malaysiske delstaten Sarawak, som også deler sultanatet i to. Malaysia er det eneste landet med territorier både på det asiatiske fastlandet og i den sørøstasiatiske øyverdenen. Tanjung Piai på Malayahalvøya er det sørligste punktet på det asiatiske fastlandet. Malayahalvøya skilles fra Sumatra av Malakkastredet.