Håkon Haugli møtte fast på Stortinget for Oslo Arbeiderparti som vararepresentant for Jens Stoltenberg i perioden 2009–2013. Han var først medlem av Kommunal- og forvaltningskomiteen og Arbeiderpartiets boligpolitiske talsmann. Han ble så 2. nestleder i Helse- og omsorgskomiteen og partiets helsepolitiske talsmann. I hele stortingsperioden var han en av Norges fem faste medlemmer i Europarådets parlamentarikerforsamling. I 2011 var han medlem av Stortingets delegasjon til FNs generalforsamling.