Hitlers privatkanselli ledet administreringen av T4. Avdeling IV (folkehelse) i innenriksdepartementet var det eneste statlige organ involvert. Kort etter Knauer-saken begynte planlegging ved en gruppe med Karl Brandt, barnelegen Werner Catel, psykiateren Hans Heinze, barnelegen Ernst Wentzler og øyelegen Hellmuth Unger. Programmet ble regnet som en statshemmelighet og det var straffbart å avsløre detaljer til utenforstående. Relasjonen til Hitlers privatkanselli (tysk: KdF) ble omstendelig kamuflert blant annet ved at det ble opprettet en falsk . Hefelmann og Richard von Hegener brukte pesudonymet "Dr. Klein" i skriftlig korrespondanse; også andre medvirkende brukte falske navn. Brack brukte kodenavnet Jennerwein. Hemmeligholdet skyldes trolig frykt for reaksjoner og Hitler og hans folk var fullt klar over at programmet var i strid med landets moralske og juridiske tradisjoner.