Spillet er lagt til den fiktive dystopiske undervannsbyen Rapture, åtte år etter handlingen i . Spilleren tar på seg rollen som Subject Delta, som er en Big Daddy, et plasmidforbedret menneske som er kirurisk sammenbundet i en stor dykkerdrakt. Man tar for seg å slåss gjennom nivåer med splicers, den psykotiske befolkningen i byen, ved hjelp av diverse våpen, genetiske modifikasjoner og evner. Spillet har også en handlingsdrevet flerspillermodus kalt Fall of Rapture, som er satt til borgerkrigen i Rapture i 1959, altså før handlingen i det første spillet i serien.