Reformasjonen førte til at Johanniter-ordenen mistet alle sine eiendommer i Skandinavia. I England etablerte Henrik VIII Church of England, og oppløste samtidig alle katolske organisasjoner og beslagla deres eiendommer. I Tyskland hadde Balley Brandenburg allerede i 1382 oppnådd en særstilling med stor grad av autonomi innenfor det tyske storprioratet og i ordenen. Gjennom avtalen i Heimbach som inneholder ordenens stiftelsesdokument, fikk ordensbrødrene bl.a. velge sitt eget overhode (). Balley Brandenburg ble nærmest en egen orden innenfor ordenen med sete i Preussen. I motsetning til andre områder der katolisismen ble fordrevet av reformasjonen, førte ikke dette til tap av ordenens eiendommer innenfor Balley Brandenburg. Ordenen knyttet seg nært til den prøyssiske kongefamilien, og siden 1693 har ridderbrødrene valgt sin Herrenmeister blant Hohenzollernes prinser. Nåværende Herrenmeister for Johanniter-ordenen er siden 1999 H.K.H. Oskar Prinz von Preussen.