Francisco Borgia, som var generalsuperior, døde rett før ordenens tredje generalkongregasjon skulle tre sammen. Pave Gregor XIII, som var en god venn av jesuittordenen, uttrykte sitt ønske om at ordenen skulle velge en ny leder som ikke var spanjol. Slik ble det til at pater Mercurian ble Jesu Selskaps første ikke-spanske ordensgeneral.