Pygmédykkere hekker året rundt i tropisk sone. i Texas har hekkingen en topp i tidsrommet 15. april–30. august. Reiret plasseres på en plattform i dypt vann og forankres i vegetasjonen. Plattformen kan være flytende eller også stå direkte på bunnen. Hunnen legger normalt med dagers intervall. Inkubasjonen tar cirka 21 dager, og klekkingen er synkron. I de første 3–4 dagene blir kyllingene båret på ryggen til en av foreldrene, som faktisk kan dykke med inntil fire kyllinger på ryggen. Reiret benyttes som nattlig plattform av hunnen og kyllingene de første dagene. Det er ikke kjent når avkommet blir flygedyktig.