Zeja ble grunnlagt i 1879 som en bosetning under navnet (russisk: Зе́йский Склад, norsk; ) pga. oppdagelsen av gullforekomster i elva Zejas nedslagsfelt. I 1906 ble navnet endret til (russisk: Зе́я-При́стань, norsk; ). I 1913 fikk byen nok en gang nytt navn, og ble denne gangen omgjort til Zeja, navnet byen innehar den dag i dag.