I 1998 forlot McCoist Rangers, og avsluttet karrieren med tre sesonger i Kilmarnock FC. Han la opp som spiller sommeren 2001, og han begynte som ekspertkommentator for den britiske TV-kanalen ITV. Han ble ansatt som assistent under Walter Smith i 2004 da Smith var trener for Skottlands landslag, og ble i 2007 med som assistent i Rangers da Smith gjorde comeback etter at Paul Le Guen sa opp etter et halvt år i klubben.