I motsetning til storebroren I.M. Pauss, som ble skipsreder, slo Bernhard Pauss inn på en akademisk løpebane. Han gikk på Drammens latinskole og tok examen artium med laud i 1857; han var ved denne skolen fra 1855 et av de 18 medlemmene av det hemmelige gymnasiesamfunnet Silentium, en forløper til Fraternitas. I 1857 flyttet han til Christiania og studerte teologi ved Det Kongelige Frederiks Universitet. Han ble cand.theol. i 1865. Som student arbeidet han 1860–1862 som lærer ved Christiania Borgerskole, og deretter en periode som huslærer. Våren 1867 tok han praktisk-teologisk eksamen som kvalifiserte for prestetjeneste i statskirken. Han kom likevel til å få sitt virke i skolevesenet; i hans levetid var det universitetsutdannede teologer som inntok lederstillingene i skolevesenet.