Kong Bolesław ble da rasende og beordret noen av soldatene sine til å drepe biskopen. Soldatene nektet å drepe biskopen under messen; kong Bolesław løp deretter selv inn i St. Michaels kirke på Skałka-høyden og stakk biskop Stanislaus i hjel med sitt sverd. Dette skjedde ved alteret i Krakóws Michaelskirke den 11. april 1079.