I 2012 kom Rygg tilbake til Lyn etter tre sesonger i Strømmen IF. Jonas Rygg var Lyns kaptein før han ble spillende assistentrener i 2014. I juni 2014 overtok han stillingen som hovedtrener for klubben. Med seg som assistenttrenere hadde han Egil Olsen og Viggo Strømme.