Poborský har spilt for klubbene Dynamo České Budějovice, Viktoria Žižkov, Slavia Praha, Manchester United, Benfica, Lazio og Sparta Praha. Han avsluttet karrieren i Dynamo České Budějovice, klubben der han fikk sin profesjonelle debut. Han ble kjøpt til Manchester United med svært godt ry etter et bra EM i 1996, men klarte aldri å leve opp til forventningene, og ble solgt etter en drøy sesong hos de røde.