Jacques de Morgans far Eugène, aogså kalt de Morgan, var en ingeniør innen mineralogien. Han interesserte seg for entomologi og prehistorie. Hans sønner var Henry og Jacques. Begge ble senere også aktive i feltarbeide, og gravde i Campigny nær Rouen med faren. I farens selskap ble Jacques kjent med Gabriel de Mortillet, som var tilknytter Museet for nasjonale oldtidssaker i Saint-Germain, under deres utforsking av merovingergravfelter, og slik ble han introdusert for hvordan utgravde artefakter katalogiseres. Jacques' mål var å bli geolog, som sin far.