Etter krigen bodde han en stund i Sveits før han med familien flyttet til Praha, der han ble en ledende figur i det regjerende kommunistpartiet. Han ble viseutenriksminister i 1948. I 1951 ble han arrestert og tiltalt i den såkalte Slánský-prosessen. Han ble beskyldt for å være sionist, trotskist og titoist og ble dømt til livsvarig fengsel.