Allerede under felttoget i Norge i 1940 merket Vikna krigen. 1. mai 1940 ble Rørvik bombet av tyske fly, som så ut til å ha radio-, telefon- og telegrafstasjonene der som sine viktigste mål. Fem personer ble skadet i angrepet. 86 hus ble påført materielle skader, hvorav 6 ble totalskadet. I dagene etterpå ble befolkningen evakuert. Det tyske marine artilleriet bygde ut tre kystbatteri i Vikna, og Rørvik ble hovedkvarter for en kystartillerigruppe. Vikna ble et av de stedene der nordmenn som virket som agenter for det britiske Secret Intelligence Service ble landsatt. En lokal motstandsgruppe ble infiltrert av Rinnanbanden. I september 1944 ble over 40 personer arrestert av Gestapo i den såkalte Vikna-affæren. En mann som ikke tilhørte motstandsgruppen, ble torturert til døde og to ble skutt.