Men etter hvert grodde forskjellige uenige fraksjoner frem. De tre viktigste spillbare figurene i Final Fantasy X-2 heter Yuna, Rikku, og Paine og alle tre var medlemmer av en gruppe kalt Gullwings. Spillets aller viktigste antagonist kalles for Shuyin. Men voksende uenighet og konflikter mellom alle de forskjellige fraksjonene i Spira forverres av forsvinningen av deres ledere, Baralai, Nooj og Gippal.