Det finnes en rekke teorier om hvordan retten og navnet har oppstått. Carbonara kan være avledet av , som på romersk dialekt betyr eller . Det kunne også ha sammenheng med de hemmelige revolusjonære selskapene på 1800-tallet som kaltes carbonariene. Imidlertid finnes det ingen kilder før andre verdenskrig hvor retten er beskrevet. En annen teori er at retten har oppstått som en fusjon av italiensk spaghetti og amerikansk egg og bacon da Roma ble okkupert av de allierte i 1944.