I 1886 skrev han sin tredje symfoni, «avec orgue», dvs. «med orgel», antakelig hans mest berømte verk. Med monumentale symfoniske orgler bygget i Frankrike av Aristide Cavaillé-Coll, den tids største orgelbygger, passer symfonien perfekt inn i det 19. århundres «gigantisme», og står fint ved Eiffeltårnet, verdensutstillingen i Paris i 1889 og begynnelsen på «La Belle Époque». Maestoso-delen i andre sats er et tydelig uttrykk for europeerens tro på seg selv, sin teknologi og sin vitenskap. Saint-Saëns ble ofte kalt «den tyskeste av alle franske komponister», kanskje grunnet sine fantastiske evner til å konstruere melodiske passasjer.