Fra tidlig 1960-tallet hevdet Sainte-Marie å være født i Piapot Cree-reservatet i Qu'Appelle-dalen i den kanadiske provinsen Saskatchewan, og senere adoptert og oppvokst i USA i Maine og i Wakefield i Massachusetts; men i 2023 avdekket at hun er født i USA, ikke i Canada, og er av europeisk avstamning. Allerede i 1964 gjorde farbroren hennes, Arthur Santamaria, offentlig kjent at Buffy Sainte-Marie «ikke har noe indiansk blod i seg». Hennes bror Alan prøvde også å si fra om sin søsters faktiske identitet i et brev fra 1972, der han påpekte at det var feil å bruke henne som talskvinne for indianernes sak. I i 1975 ble Alan spurt av en produsent om han faktisk var indoamerikaner, ettersom han så ut som en hvit mann. Alan klargjorde at hele familien var av europeisk opphav og ikke hadde noe indiansk blod i seg. Han mottok da et brev som truet ham med rettsforfølgelse fordi «». Dette skal ha vært vedlagt et håndskrevet brev fra Sainte-Marie der hun truet sin bror med å anklage ham offentlig for å ha misbrukt henne seksuelt da hun var barn, om han noen gang omtalte hennes avstamning igjen. Navajo-journalisten Jacqueline Keeler var aktiv i arbeidet med å avsløre Buffy Sainte-Marie og har tidligere avslørt flere som har latt som de var av indiansk avstamning, som Rachel Dolezal, Ward Churchill som endte med å bli utvist fra universitetet i Colorado, Rebecca Roanhorse og Sacheen Littlefeather.