Da faren hadde mange barn, ble hennes arv mere beskjeden. Utover et stort antall festegårder mottok hun sammen med sin bror Albert Gøye herregården Clausholm ved Randers i Jylland. Alberts kone Anne Rosenkrantz og Elline kom til å strides over denne gården i flere år, således at kong Frederik II tilsist grep inn. Elline opprettholdt tett kontakt med søsteren Birgitte Gøye, med hvem hun hadde felles åndelige interesser.