I 1944 tiltok angrep fra jugoslaviske partisaner. Jugoslaviske partisaner drepte Wirth i et bakhold da han kjørte i åpen bil i nærheten av Fiume eller Trieste 25. eller 26. mai 1944 (ved Hrpelje i dagens Slovenia). Oberhauser tok da over som kommandant for San Sabba mens Dietrich Allers tok over kommandoen for Aktion R på Adriaterhavskysten. Stangl trodde at toppledelsen ga dem farlige oppdrag for å bli kvitte dem. De fleste av Wirths medarbeidere overlevde krigen. Noen ble internert av de allierte og sluppet fri etter kort tid.