I motsetning til andre fartøystyper i Korea er konstruksjonen på en panokseon ment som et flerdekks fartøy. Det første dekket, som var lukket som beskyttelse mot fiendtlige prosjektiler, var for roere som kunne ro med årene gjennom åpninger. På det øverste og åpne dekket ble soldatene og artilleristene med sitt artilleri stasjonert høyt over vannlinjen. På midten av dekket ble det reist en observasjonsplattform, som også kunne brukes som kommandobro for befalhaveren.