Værnes er Norges tredje største flyplass, med direkte flyvninger til flere innenlands og enda flere internasjonale destinasjoner, inkludert flere daglige avganger til blant annet Amsterdam, København og Stockholm. Charterflyvninger tilbys regelmessig også til en rekke destinasjoner. En god del av innenlandstrafikken kommer fra Værnes' rolle som regionalt nav for Namdalen og Helgeland, med mange flyvninger med Dash 8 fly operert av Widerøe. Den viktigste ruten går til Oslo, med opptil 29 daglige avganger hver vei med Boeing 737-fly. Denne ruten er Norges mest trafikkerte flyrute (22,4 avganger i gjennomsnitt daglig i 2022) og blant de fem travleste i Europa, målt i antall passasjerer.