I 1940, da Tyskland invaderte Norge som en del av andre verdenskrig og den norske kongefamilien og regjeringen flyktet fra landet, ble Schei spesielt bedt om å bli i Norge, hvor han fortsatte som direktør for forsyning og rasjonering til 1945. Som embetsmann var Schei en av mange som arbeidet gjennom hele krigen uten å bli favorisert av de nye nazimyndighetene. I tillegg var Schei engasjert i den norske motstandsbevegelsen som en hemmelig medlem av Hjemmefrontens Ledelse. Han ble kortvarig fengslet i Akershus festning i 1944 og overlevde også et attentat. Carl Platou fortsatte også i sin stilling, men ble til slutt fengslet for sitt hemmelige motstandsarbeid. Hans svigerfar, Ingolf Elster Christensen, ble leder av Administrasjonsrådet, som ble avviklet i september 1940.