I nyere tid er det Luftforsvaret som har hatt sitt virke i Stavern. Befal-, sanitet, sjåfør og MP-utdanningen har ligget her. Etter 2002 har Justissektorens kurs- og øvingssenter (JKØ) brukt store deler av Fredriksvern Verft som kurs- og øvingsområde. Fra 2004 har Utrykningspolitiet (UP) hatt sin hovedbase i de gamle forlegningene på verftet. Fra 2010 av etablerte Politihøgskolen seg med egen avdeling i Stavern.