Da Johan Sverdrup skulle danne Norges første parlamentariske regjering i 1884, ønsket han Jakob Sverdrup som kirkeminister. Han fikk sterk støtte fra moderate og lavkirkelige venstremenn på Sør- og Vestlandet, men kong Oscar II ville ikke ha Jakob Sverdrup som kirkestatsråd. Han måtte derfor nøye seg med en ministerpost ved statsrådsavdelingen i Stockholm. Sverdrup overtok likevel som kirkeminister etter Elias Blix 1. august 1885.