Etter mongolene ble styrket som makthavere i Kina på 1300-tallet forble Yunnan til å begynne med rolig og ble latt i fred. Det var først i 1382 at Ming-styrkene rykket inn, og den lokale mongolerprinsen Basalawarmi begikk selvmord. Som del av Ming-dynastiets stabilisering av sitt overherredømme forflyttet de mot slutten av 1300-tallet flere millioner uønskede kinesiske elementer fra områdene rundt Nanjing til Yunnan, særlig til Kunming. Med opprettelsen av militærkolonier steg den kinesiske befolkningsandelen raskt. Kineserne foretrakk dalene og slettene, slik at de lokale folkeslagene ble nødt til å trekke opp i fjellstrøkene. Men ikke desto mindre forble den sørlige delen av provinsen relativt autonom – se Sipsongpanna.