Ved 1200-tallet begynte kristne Nubia å få tilbakegang. Monarkiets autoritet ble underminert av kirken og adelen. Arabiske beduinstammer begynte å infiltrere landet og førte til ytterligere uro. Fakirer, såkalte hellige menn som praktiserte sufisme, innførte islam til Nubia. Ved 1366 hadde Nubia blitt oppdelt i små lenriker og ble da invadert av mamelukker fra Egypt. I løpet av 1400-tallet strømmet det inn arabere i landet som blandet seg med den lokale befolkningen. Omgivelsene ble etter hvert preget av arabisk kultur, språk og religiøs praksis. Ved 1500-tallet var Makuria og Nobadia underkastet islam. På 1500-tallet ledet Abdallah Jamma en arabisk sammenslutning som ødela Soba, hovedstaden i Alodia, den siste del av kristne Nubia. Senere falt Alodia for sultanatet Sannar.