I senmiddelalderen oppsto det en utbredt folkelig misnøye med den katolske kirke, og fyrstene så at det ikke var til deres fordel å støtte denne. Reformasjonen hadde sitt utgangspunkt i Tyskland hvor særlig Martin Luther var en vesentlig drivkraft. Bevegelsen fikk hurtig stor innflytelse i Danmark, selv om humanister som Poul Helgesen lenge forsøkte å opprettholde en reformbevegelse den katolske kirkes rammer. I de første årene av 1530-tallet ble befolkningen oppmuntret av kongens passivitet til å angripe kloster og kirker. Da Fredrik I døde i 1533 tok et synode (kirkeråd) av biskoper kontrollen over kirkeprovinsen Danmark og nektet å tillate valget av Christian III. Begrunnelsen var at han var for luthersk. Væpnet motstand fra adelen og Lübecks borgmester tvang biskopene til å gi seg og akseptere Christian III som konge.