Fra 1992 til 1993 var Japarov leder for avdelingen for ungdomspolitikk ved ved president Askar Akajevs kontor. Mellom oktober 1993 og april 1995 var han generalsekretær i Kirgisistans sosialdemokratiske parti. Fra 1995 til 1996 var han rådgiver for første visestatsminister. Han hadde også flere andre ledende verv knyttet til statens administrasjon.