Mot slutten av sin regjeringstid ble Domitian svært paranoid, noe som kan ha sine røtter i behandlingen han fikk av sin far. Hans far gav ham store ansvarsområde, men han ble aldri satt til noe viktig uten overvåkning. Hans paranoia var antageligvis medskyldig i de nærmest sykelige ettervirkningene av Antonius Saturnius korte opprør i år 89. Domitian satte i gang massive arrestasjoner, henrettelser, og beslagleggelser av eiendom. Til slutt gikk det så langt at hans nærmeste familie, venner og rådgivere ikke lenger følte seg trygge, noe som førte til at han ble drept i 96. Mordet skal ha blitt arrangert av hans argeste motstandere i Senatet, Stephanus, medlemmer av pretorianergarden og keiserinnen Domitia Longina.