Link blir sterkere og mottar nye egenskaper ved å samle gjenstander og våpen i katakomber eller i oververdenen. Det er ikke nødvendig å samle alle gjenstander og våpen, og inneholder flere valgfrie oppdrag. Et eksempel på det er et sideoppdrag hvor Link gir bort diverse gjenstander som han ikke kan bruke mot nye gjenstander fra andre figurer, som til slutt resulterer i at han mottar sverdet Biggoron Sword. En annen valgfri søken går ut på at Link skaffer seg hesten Epona, som han kan bruke til å reise raskere gjennom Hyrule Field. Han kan imidlertid bare anvende piler som våpen mens han rir på Epona. Link får en okarina ved begynnelsen av spillet, som senere blir erstattet med «Ocarina of Time». Gjennom spillet lærer Link tolv melodier som blir brukt til å løse musikkbaserte oppgaver og å teleportere. Ocarina of Time brukes også til å motta Master Sword i Temple of Time. Når Link trekker sverdet fra sokkelen, transporteres han syv år inn i fremtiden og blir voksen. Den yngre og eldre versjonen av Link har forskjellige egenskaper. For eksempel kan bare den eldre Link bruke Fairy Bow, og bare den yngre Link kan passere gjennom visse små passasjer. Link kan reise mellom de to tidsperiodene ved å sette tilbake og trekke sverdet fra sokkelen.