Jordan hadde giftet seg i 1930 og fikk to sønner. Hele sitt liv var han en ivrig debattant. I 1942 mottok han Max Planck-medaljen for sitt vitenskapelige arbeid, mens han i etterkrigstiden engasjerte seg i tysk politikk på høyresiden. Han var medlem av Bundestag i perioden 1957-1961 for CDU og argumenterte for at Tyskland måtte bevæpnes med atomvåpen. Dette skapte strid med hans gamle kollegaer Max Born og Werner Heisenberg.