Ved sin teologiske tenkning åpnet Zizioulas muligheten for en ny begynnelse i den økumeniske dialog som ikke begrenser seg til å håndtere konkrete dissenser innen lærespørsmål, men starter mye mer fundamentalt og dermed indirekte også involverer spørsmål om teologisk hermeneutikk. Eukaristisk ekklesiologi muliggjør en ny måte å se på forståelsen av kirken; det har brakt diskusjonen mellom katolisisme og ortodoksi fra å konsentrere seg om spørsmål om kirkestruktur (pavedømmet, uniater) til et grunnleggende nivå der en avtale fundamentalt sett er mye mer lovende. Zizioulas var den ortodokse medpresident for den offisielle dialogkommisjon mellom de to kirkene fra og med 2006.