Den 5. juni 1982 ble han ordinert til prest i Hildesheim domkirke. Fra 1982 til 1986 var Bongartz kapellan i i Hildesheim og i Hameln, fra 1986 til 1988 pastor i Hameln og Hemeringen, fra 1988 til 1993 prest i i Hameln, og fra 1993 til 2006 pastor for menigheten i Laatzen. Han var talsmann for presterådet i bispedømmet i mange år og ledet fra 1998 daværende Hannover-Senter/Sør-dekanatet som dekan. I 2006 ble han leder for hovedavdelingen for menneskelige ressurser/sjelesorg ved det bispelige generalvikariat i Hildesheim og domkapitular ved Hildesheim domkirke. Fra 1993 underviste Heinz-Günter Bongartz i homiletikk (prekenundervisning) ved seminarene i Hamburg, Osnabrück og Hildesheim.