Størstedelen av Filonovs verk ble tatt vare på av søsteren hans, Jevdokija N. Glebova. Hu lagret maleriene i Det russiske muséets arkiv og med tiden donerte hun dem som gave. Utstillinger av Filonovs verk var lenge forbudt. I 1967 ble det gitt tillatelse til en utstilling i Novosibirsk av Filonovs kunst. I 1988 ga Det russiske muséet grønt lys for Filonov-verk til samlingene sine. Den aller første internasjonale utstillingen av arbeidet hans ble holdt i Paris i 1989–90.