Under Napoléon Bonaparte ble en nordlig fløy parallell til påbegynt, og samlingen vokste ytterligere via erobringer fra franskokkuperte områder. Som følge av krigføringen i Egypt i 1798–1801 utpekte Napoléon museets første direktør, Dominique Vivant Denon. Som hyllest til Napoléon selv ble museet omdøpt til «Musée Napoléon» i 1803, og nye ervervelser av spanske, østerrikske, nederlandske, og italienske verker kom til, enten som tyvegods eller grunnet egne avtaler som Tolentino-traktaten, en fredsavtale som pave Pius VI ble tvunget til å undertegne etter den seierrike franske invasjon i Nord-Italia. Etter det franske nederlaget i slaget ved Waterloo forsøkte de tidligere eierne av kunstverkene å få dem tilbake. Administratorene i Louvre var lite villige til å samarbeide, og skjulte mange verker i deres private samlinger. Som svar sende utenlandske makter sendebud til London for å søke støtte og hjelp, og mange objekter ble levert tilbake, selv en del som hadde vært restaurert ved Louvre. I 1815 kom Ludvig XVIII endelig til enighet med Italia for å beholde slike kunstobjekter som Veroneses som ble byttet for en Le Brun eller tilbakekjøp fra Albani-samlingen.