Da Maria I kom til makten satt Thomas Howard, 3. hertug av Norfolk og andre statsfanger av høy rang sammen med Gardiner i Tower. Da dronningen kom til London for første gang etter tiltredelsen slapp hun dem alle fri. Gardiner ble gjeninnsatt som biskop av Winchester, og utnevnt til rikskansler. Han fikk æren av å sette kronen på Marias hode under kroningsseremonien, og han åpnet hennes første parlament. I en periode etter kroningen var han hennes fremste rådgiver.