I 1871, 1933, 1966 og 2000 tørket innsjøen helt inn, og det var lite vann i 2003 og 2007. Uttak av vann til irrigasjon oppstrøms i Kor er en trussel mot innsjøen. Myndighetene og miljøaktivister har satt inn tiltak, og det var mye vann i Bakhtegansjøen i 2012.