Under Ahmad (1382–1410) kom det til strid mot Timur Lenk, som erobret Bagdad i 1393 og underkastet seg Irak. Ahmad kunne i 1395, med de egyptiske mamelukkenes støtte, igjen kunne rykke inn i Bagdad. Men i 1401 ble byen atter erobret av Timur Lenk, og denne gangen grundigere ødelagt Riktignok lyktes det jalayiridene å vende tilbake til Bagdad etter Timur Lenks død. Men det var også andre problemer: «Svartfårtyrkerne» (Qara Qoyunlu-turkmenerne) var opprørske. Til en viss grad kunne Jalayiridesultanatet gjenopprettes, men bare i sør, i landet rundt Basra. Jalayiridene ble til slutt eliminert av Qara Qoyunluene i 1432.