Heikel var fra 1889 til 1892 dosent i finsk etnografi i Helsingfors, ble i 1893 intendant ved Den arkeologiske kommisjonen og 1917 for det etnografiske museet på Fölisön, som han skapte. Mellom 1883 og 1886 og mellom 1889 og 1893 foretok han omfattende etnografiske og arkeologiske forskningsferder til finsk-ugriske stammer i Russland.