Kunnskapssenteret var et forvaltningsorgan underlagt Helsedirektoratet. Virksomheten var regulert i vedtekter fastsatt av Helse- og omsorgsdepartementet. Kunnskapssenteret hadde ingen myndighetsfunksjoner og kunne ikke instrueres i faglige spørsmål. Kunnskapssenteret bestemte selv sin arbeidsform og kunne fritt formidle og offentliggjøre sitt arbeid. Kunnskapssenterets første direktør var John-Arne Røttingen. Magne Nylenna var direktør ved innlemmingen i Folkehelseinstituttet.