I midten av desember 1550 ble Hooper satt i husarrest. Han skrev og utgav da . Hooper presenterte dette verket som noe som ikke hadde med kontroversen å gjøre, men det var tydelig et forsøk på å rettferdiggjøre seg selv utformet som en trosbekjennelse i 21 artikler. Han fordømte anabaptisme og vektla lydighet mot verdslige myndigheter, selv om selve verket var en form for ulydighet da det ble utgitt uten godkjenning. På grunn av publikasjonen og vedvarende ulydighet ble han satt i Thomas Cranmers varetekt i Lambeth Palace i to uker av rådet den 13. januar 1551. I denne perioden besøkte Pietro Martiere Vermigli ham tre ganger for å overtale ham til å innrette seg. Han lyktes ikke, noe han tilskrev en annen besøker, antagelig John a Lasco.