Shaheen ble født og oppvokst i Clairton, et lite tettsted utenfor Pittsburgh i Pennsylvania. Hans foreldre var immigranter fra Libanon, fra de kristne befolkningsgrupper der. Etter college gikk han inn i militæret. Deretter flyttet han til Tyskland hvor han arbeidet for den amerikanske regjeringen i tre år. Han fortsatte deretter sin utdanning og tok forløpende en mastergrad og en doktorgrad.