Etter angrepet på Sovjetunionen i juni 1941 ble store deler av Luftwaffe omdisponert til Østfronten. Fra sommeren 1941 hadde Luftflotte 5 også ansvar for Nord-Finland. Hovedkvarteret ble flyttet til Kemi i Nord-Finland. De ble først satt inn mot allierte konvoier til Murmansk og Arkhangelsk, og senere mot Murmansk-banen og andre landmål. Noen få bombeoppdrag mot De britiske øyer ble flydd fra norske baser, men dette tilhørte sjeldenhetene. I november 1943 ble Stumpff avløst av general Kammhuber, og hovedkvarteret ble samtidig flyttet tilbake til Oslo. I oktober 1944 ble Luftflotte 5 oppløst da hele Luftwaffe ble omorganisert.