Etter at tyskerne kapitulerte 8. mai 1945 ble flyplassen først overtatt av Royal Air Force og deretter av det norske Luftforsvaret. Flere skadroner, deriblant 332, 331 og 337, var stasjonert på Værnes i etterkrigsårene. I 1952 ble Luftforsvarets flygeskole flyttet til Værnes. I 1954, da Ørland hovedflystasjon var ferdig, ble mesteparten av Luftforsvarets aktivitet flyttet dit.