Heuss tenkte etter nasjonalsosialistenes maktovertakelse aldri på å emigrere, selv om han fikk råd i den retning. Han fortsatte fra 1933 å utgi inntil han i 1936 fikk publikasjonsforbud. I en ufrivillig tilbaketrukket tilværelse viet Heuss seg til å skrive biografier. I 1937 skrev han en biografi over Friedrich Naumann, i 1939 over arkitekten Hans Poelzig (1869-1936), i 1940 over zoologen Anton Dohrn (1840-1909) og i 1942 over kjemikeren Justus von Liebig. I 1941 ble Heuss ansatt som journalist i den liberale Frankfurter Zeitung, hvor han særlig skrev historiske og kulturpolitiske artikler. I 1942 fikk avisen forbud mot å trykke noe av Heuss. Ikke alle aviser bøyde seg for forbudet, men lot ham skrive under pseudonymet og forkortelsen .