Tadsjikistan er dekket av fjellkjeder som Pamir i øst som har noen av de høyeste fjellene i verden utenfor Himalaya, og mer enn femti prosent av landet ligger mer enn 3000 moh. Totalt utgjør fjellområdene 93 % av Tadsjikistan. Det høyeste fjellet er Pik Ismail Samani (7 495 meter over havet), som også var det høyeste fjellet i det tidligere Sovjetunionen. Andre større fjellområder er Zaravshan, Hissar og Alay. Laveste punkt er 300 meter over havet ved elven Syr-Darja.