Magnilla og naboelva Lona ble vernet mot kraftutbygging under Supplering av Verneplan for vassdrag i 2005. De nordligste delene av nedbørfeltet ligger innenfor Forollhogna nasjonalpark, og i tilknytning til nasjonalparken ble også Magnilldalen-Busjødalen landskapsvernområde opprettet.