Den 16. september 1965 utnevnte pave Paul VI ham til titulærerkebiskop av og koadjutor av erkebispedømmet New York, akjønt uten etterfølgelseserett. Da erkebiskop Spellman døde i desember 1967, utnevnte paven ham til apostolisk administrator av erkebispedømmet. Til tider ble han holdt frem som toppkandidat til erkebispestolen. I mars 1968 ble istedet hjelpebiskop Terence Cooke utnevnt til erkebiskop.