Frank ble dømt for drapet på en av sine fabrikkarbeidere, den tretten år gamle Mary Phagan. Hun skal ha blitt kvalt den 26. april 1913, og ble funnet død neste morgen. Frank var angivelig den siste personen som hadde sett henne i live. Det skal etter sigende ha vært jubel i gatene da Frank ble funnet skyldig og dømt til døden. En del av Franks forsvar var å forsøke å få en uskyldig mann av afrikansk opprinnelse tiltalt for saken, og å få en annen mann av afrikansk opprinnelse, som var vitne til hendelsen, drept. Anti-Defamation League (ADL) ble opprettet for å få Frank frikjent, uavhengig av om han var skyldig eller ikke. Alle hans appeller om frifinnelse mislyktes, men guvernør John M. Slaton mente at Frank muligens var blitt utsatt for justismord, så han forandret dødsdommen til livsvarig fengsel. Dette ble ikke godt mottatt av lokalbefolkningen. mennesker skal ha marsjert gatelangs i protest mot omgjøringen av dødsdommen, og to måneder senere ble Frank kidnappet fra fengselet av en gruppe væpnede menn som kalte seg «Knights of Mary Phagan». Frank ble bundet på hender og føtter, kjørt et godt stykke vekk fra fengselet, og hengt i et tre i nærheten av huset hvor Mary Phagan hadde bodd.