Warrens største problem var Jack the Ripper–saken. Han ble antagelig feilaktig holdt ansvarlig for at jakten på morderen var mislykket, og han stod ovenfor anklager i avisene som ofte var helt uten grunnlag. Han ble anklaget for å ikke klare å tilby belønning for informasjon, selv om han hadde støttet ideen, mens den ble stoppet av innenriksdepartementet. Han ble anklaget for å ikke bruke mange nok politimenn, mens Whitechapel faktisk krydde av dem. Han ble anklaget for å være mer opptatt av å uniformere politimennene enn detektivarbeidet, men det ble ikke vurdert at han lot sine erfarne detektiver gjøre sitt arbeid og sjelden blandet seg inn i deres arbeid. Han ble anklaget for ikke å bruke sporhunder, og da han brukte dem ble han anklaget for å være besatt av dem.