Elazar ble i hæren etter krigen og gikk over til panserkorpset etter Sinaifelttoget i 1956. Han var nestkommanderende for korpset under Haim Bar-Lev inntil han selv overtok kommandoen over korpset i 1961. Han forble på denne post til 1964, da han ble utnevnt til sjef for Israels Nordkommando, Han bekledte denne post under Seksdagerskrigen og hadde den overordnede ledelse av erobringen av de strategisk viktige Golanhøydene fra Syria på bare to dager. Dette førte til en rask våpenhvile med Syria og avslutning av krigen.