Pitoni begynte å studere musikk i Roma som femåring, åtte år gammel var han korsanger i kirken S. Giovanni de Fiorentini, senere ved SS. Apostoli. Til hans senere lærere regnes Francesco Foggia. I 1673 ble Pitoni kapellmester i Monterotondo og 1674 i Assisi. Der fordypet han seg i Palestrinas verker. Året etter var han ved kollegiatskirken S. Marco i Roma, hvor han virket til sin død. Samtidig var han aktiv ved andre romerske kirker, eksempelvis ved S. Apollinare, kirken til Collegium Germanicum, fra 1692 som organist og fra 1696 som kapellmester i S. Lorenzo i Damaso, fra 1708 til 1719 i S. Giovanni i Laterano, deretter ved Cappella Giulia i Peterskirken.