Antagelig vokste Foix frem rundt et kapell bygd under Karl den store og som senere utviklet seg til et kloster. Opprinnelig tilhørte området hertugdømmet Aquitania. Senere ble det del av grevskapet Carcassonne. På 1000-tallet ble Foix selv et grevskap. utgjorde sammen med Couserans og Donézan et kathar-område. Foix' murer kunne motstå angrep fra kortsridderne. I dette område raste albigenserkrigene særlig kraftig. I 1229 var krigen over, og greven av Foix ble vasall under den franske krone. Ved arv ble imidlertid byen del av Béarn, som varvasall under Navarra. Men i 1607 ble også Béarn igjen understilt den franske konge.