Ellers vekslet byen mellom forskjellige makthavere. Befolkningen talte nederfrankisk eller nederlandsk dialekt, og var politisk tilhørende grevskapet Flandern og senere Huset Burgund, De spanske Nederlandene og England. Til sist ble byen den 27. oktober 1662 solgt for fem millioner av den engelske kong Karl II til den franske kong Ludvig XIV. Deretter fikk byen sterke festningsverker.. På 1600- og 1700-tallet var Dunkerque feste for franske korsarer. På 1800-tallet vokste byen til å ha Frankrikes tredje største havn.