I 1986 pådro Montana seg en seriøs ryggskade i første uke av seriespillet. Skaden var på en ryggvirvel i Montanas nedre rygg, og han måtte inn for operasjon umiddelbart. Skaden var så seriøs at Montanas leger mente at han burde vurdere å pensjonere seg. Den 15. september ble Montana plassert på injured reserves; han var derimot tilbake i den aktive spillerstallen 6. november samme år. I sin første kamp tilbake kastet Montana for 270 yards og tre touchdowns i 49ers' 43–17 seier over St. Louis Cardinals. Montana spilte kun i åtte kamper i sesongen, og kastet flere interceptions enn touchdownpasninger for første og siste gang i sin karriere. 49ers avsluttet sesongen 10–5–1. Montana vant, sammen med Minnesota Vikings quarterback Tommy Kramer, NFL Comeback Player of the Year i 1986.