Etter at broren Gotabaya Rajapaksa ble president i november 2019, ble han utnevnt til statsminister. Ved valget i 2020 ledet han Sri Lanka People's Freedom Alliance til valgseier. Rajapaksa ble på nytt tatt i ed som statsminister 9. august 2020. Han trakk seg 9. mai 2022 etter store demonstrasjoner.