Hooker ba om et verv i begynnelsen av krigen, men hans første forespørsel ble avslått, muligens på grunn av at han var mislikt av Winfield Scott, hærens øverstkommanderende. Han måtte låne penger for å reise østover fra California. Etter at han bevitnet unionshærens nederlag i det første slaget ved Bull Run, skrev han et brev til president Abraham Lincoln hvor han klaget på den dårlige militære ledelsen av hæren, talte for sine egne kvalifikasjoner og ba igjen om et verv. Han ble utnevnt i august 1861 som brigadegeneral for frivillige med grad fra 17. mai. Han ledet en brigade, så en divisjon, rundt Washington, DC, som del av år organisere og trene den nye Army of the Potomac under generalmajor George B. McClellan.