Mellom april 1941 og oktober 1944 var Athen okkupert, først av Italia og senere Tyskland og Bulgaria. I 1941 ble Castoriadis medlem av kommunistpartiet (KKE) bare for å forlate dette partiet mindre enn ett år senere for å bli aktiv trotskist. Dette var risikabelt, da de greske trotskistene ble forfulgt av det stalinistisk orienterte kommunistpartiet så vel som av Gestapo. Da stalinistene forsøkte å gjøre statskupp ved krigens slutt, oppsto en farlig situasjon for Castoriadis og andre kritikere.