Skolen ble etablert få år etter bygrunnleggelsen i 1641, men ble katedralskole først i forbindelse med at bispesetet ble flyttet fra Stavanger til Kristiansand i 1682, og dermed langt senere enn de øvrige norske katedralskolene i Oslo, Hamar, Trondheim, Bergen og Stavanger – som var blitt grunnlagt i middelalderen. Skolen lå først ved Kristiansand domkirke, i den såkalte Latinskolen (fra 1734). På 1930-tallet ble skolen utvidet med en ny bygning i Kirkegaten. Etter å ha hatt tilhold i Kvadraturen i nesten 300 år, flyttet skolen inn i nybygde lokaler på Spicheren på 1970-tallet.