Kongen følte likevel at hun var en trussel mot hans makt, med sine mange tilhengere. Kimpa Vita ble tatt til fange nær sin hjemby av kinlaza-utsendinger som hadde hørt Kimpa Vitas barn gråte. De bragte Kimpa Vita og João Barro for kong Pedro IV der hun skulle stilles for retten for heresi. Det var i Evululu, kongerikets provisoriske hovedstad. Her angret Kimpa Vita sine synder, og bad om å få motta dåpen. Den ble nektet henne, men kirken tillot henne å ble absolvert ved skriftemål. Hun ble brent på bål i 1706, sammen med sitt lille spedbarn som, ifølge henne, var unnfanget ved hennes skytsengel.