Men det flyvende objektet dukker opp, og leter etter genetisk informasjon som bare Godzilla har. UFOen kjemper mot Godzilla, driver monsteret under vann, og lander så for å fylle opp mer energi. Yuji Shinoda, grunnleggeren av GPN, oppdager hemmeligheten til Godzillas regenerative egenskaper. CCI forsøker å ødelegge UFOen med eksplosive ladninger. Men Shinoda, som forsøkte å finne ut mer om romvesenene, blir nesten drept i eksplosjonen. UFOen sender en melding om deres planlagte invasjon, om å skape et nytt imperium på jordkloden. Shinoda avslører at romvesenene er ute etter de regenererende egenskapene som bare finnes i Godzilla sitt DNA, slik at romvesene kan bruke dette til å omforme kroppene deres.