I 1920 gikk han inn i politikken og gjorde et mislykket forsøk på å bli republikanernes presidentkandidat i 1920. President Warren G. Harding utnevnte han til nærings- og handelsminister i 1920. Hoover beholdt posten frem til 1928, til tross for at Calvin Coolidge tok over som president etter Hardings død i 1923.