I 2009 ble han nominert av kardinal Jorge Bergoglio til rektot for det pavelige universitet i Argentina. Da skal Troskongregasjonen bremset det hele ved å stille spørsmål ved ortodoksien i elementer å finne Fernández’ blant teologiske arbeider. Fernández hadde på dette tidspunkt en meget stor bibliografi, og noen var i grensefeltet mellom teologi/bibelteologi og selvhjelp i forskjellige relasjoner. En bok som særlig stakk ut (og som nå sjelden er å finne på offisielle opplistinger av hans forfatterskap), er fra 1995 (Helbred meg med ditt kyss - Om kunsten å kysse). I 2011 ble han til slutt rektor. Fra 2011 til 2018 var han rektor for Det pavelige katolske universitet i Argentina. Først den 9. mai 2018 fikk han en etterfølger som rektor, Miguel Ángel Schiavone.