Mens Staffeldt oppholdt seg ved troppesamlingen i Holsten 1807, inntraff fredsbruddet med England. Han ble da sendt til Altona for å konfiskere engelsk eiendom på stedet, og senere til Sjælland, hvor han fikk i oppdrag å reorganisere landvernet. Den følgende vinter kom han tilbake til Norge, og overtok kommandoen over brigaden samlet ved Larvik. Da krigen brøt ut også med Sverige våren 1808, fikk han kommandoen over venstre fløybrigade, som skulle forsvare grenseovergangene fra Elverum henimot Kongsvinger med omkring 1200 mann. Den svenske vestarméens ytterste høyre flanke under oberst Gahn, som hadde ordre om å rykke frem til Glomma fra det nordlige Värmland, støtte dermed på avdelinger av brigaden Staffeldt. Svenskene rykket over grensen 24. april, men ble omringet og tvunget til å overgi seg følgende dag i defileet ved Trangen. Etter dette kunne Staffeldt trekkes ned mot Kongsvinger med det meste av sine tropper. Her fikk han kommandoen, samtidig med at hans brigade ble forsterket til omkring 3000 mann. Svenskene hadde før Staffeldts ankomst fått god tid til å forskanse sine stillinger øst for Glomma, men Staffeldt forstyrret dem stadig i løpet av mai måned. Kampene førtes med vekslende hell, men svenskene trakk seg tilbake over grensen i begynnelsen av juni, da de var for svake til å vinne noen fordel overfor motstanderne. Staffeldt og hans brigade tiltrakk seg mye oppmerksomhet under denne krigen, og vant stor anerkjennelse. Dette fikk uttrykk i at Staffeldt ble utnevnt til generalmajor samme år, og 1809 til kommandør av Dannebrog.