St. Johnstone FC regner offisielt stiftelsesåret sitt til 1884, da noen medlemmer av St. Johnstone Cricket Club begynte å spille fotball etter at cricketsesongen var over. Men nyere undersøkelser har vist at det offisielle stiftelsesmøtet til fotballklubben ble holdt først 24. februar 1885, og klubbens første kamp ble spilt 7. mars samme år. Navnet St. Johnstone kommer av Perths skytshelgen Johannes Døperen, på engelsk St. John. Perth er St. Johns by (på skotsk «St. John's toun»), og dermed ble navnet St. Johnstone.