I fordøyelsessystemet dannes peptider når enzymer spalter proteinene i maten. Hvis man har en enzymdefekt, det vil si at et av fordøyelsesenzymene mangler eller ikke fungerer, kan man bli ute av stand til å bryte ned visse peptider. Disse kan skade tarmen, for eksempel ved cøliaki, eller tas opp i blodet og skape diverse problemer. Slike tilstander kalles matintoleranse, i motsetning til allergi som er et immunologisk fenomen.