I den følgende måneden gjorde Cromwell ikke lenger motstand. Den franske ambassadøren tilbød væpnet støtte, men han tok ikke imot dette tilbudet. Det er mulig at han i denne perioden de facto var i husarrest. Den 25. mai, etter at det nye parlamentet hadde tilbudt seg å betale hans gjeld og gi ham en pensjon, leverte han inn et formelt skriv om sin avgang som Lord Protector. Han bodde i Whitehall til juli, men ble da tvunget av parlamentet til å vende tilbake til Hursley.