I løpet av sin tid som erkebiskop var Eskill flere ganger i konflikt med domkapitlet, blant annet om inntekter. Blant annet ble han anklaget for å ta en større del av kirkens inntekter enn han skulle, på bekostning av domkapitlet. Mye tyder på at Eskill prioriterte sine egne og erkebispesetets økonomiske interesser foran domkapitlets. Under Eskill ble erkebispesetet en sterk økonomisk makt, og kirkens jordegods ble sterkt utvidet.