I mai 1650 ble Cromwell kalt tilbake til England for å kommandere en parlamentarisk styrke som invaderte Skottland, og Ireton overtok kommandoen over hæren i Irland med tittelen og makten som til å fullføre erobringen av landet. Dette gjennomførte han med sin sedvanlige energi, og ble kjent like mye for voldsomheten i sine metoder som hans militære dyktighet. Ved midten av 1650 møtte Ireton og hans offiserer to problemer. Det var å erobre de gjenværende byene som ble holdt av det irske forbund og rojalister. Det andre var en eskalerende geriljakrig på landet av irske krigere som angrep hans forsyningstjeneste. Ireton appellerte til den engelske parlamentet om å trykke formildende vilkår for overgivelse for de irske katolikkene i et forsøk på å få en slutt på deres motstand, men da dette ble nektet begynte han en omstendelig prosess på å overvinne de katolske styrkene.