Wahlenberg forsvarte standhaftig Linné-tradisjonen i dens mest begrensede forstand. Hans ønsket aldri å endre grensen for en art satt inn i Linné-systemet og aldri å forlate Linnés seksuelle system i noen detalj. Hans viktigste vitenskapelige arbeider holdes for å være floraer (oppslagsverk for planter) basert på hans reiser, der han redegjorde for Linnés prinsipper. Han holdes for å være blant pionerene innen plantegeografi, og han kan sammenlignes med Alexander von Humboldt.