Da revolusjonstribunalet ble opprettet 10. mars 1793 ble Fouquier-Tinville utnevnt til offentlig anklager. Dette embedet beholdt han til 28. juli 1794. Sammen med Maximilien de Robespierre omfunksjonerte det til et av revolusjonens hovedinstrumenter. Utad bar det en maske av uavhengighet og ubestikkelighet, men i virkeligheten fulgte det i sine anklager de til enhver tid fremherskende politiske vinder. Men Fouquier-Tinville innrettet seg ikke slik at han personlig dro noen fordeler av sin stilling.