Joseph Bonanno ble født i Castellammare del Golfo på Sicilia. I 1906 flyttet han og familien til USA, hvor de bosatte seg i Brooklyn der faren drev en bar/restaurant. Familien returnerte til Italia i 1911 på grunn av familieproblemer. Noen år senere, i 1915, døde faren, og så moren i 1920. Joseph ble da etterlatt foreldreløs i en alder av 15 år. Året etter begynte han å studere.