Dette var en forfølgelsestid for de kristne i Kina, og noen reise inn i landet kunne det ikke bli tale om med det første. Dette gav misjonærene rikelig med tid til å konsentrerer seg om det kinesiske språk. Helt uventet ble han og de andre jesuittene kastet ut i kamphandlinger mens de oppholdt seg i Macao: Byen ble i 1522 blokkert og så utsatt for et militært angrep fra nederlandske kalvinister, som kom med en styrke på 13 skip under ledelse av kaptein Cornelis Reijersen. Macaos havn var godt forsvart, men et flankeangrep mot Macaohalvøyas lettere forsvarte østside av nederlandske styrker (med noen japanere, bandanesere og malayer) viste seg å være en nesten vellykket taktikk. Pater Schall og andre jesuitter hjalp de portugisiske styrker med å slå tilbake angrepet. De bemannet kanoner på toppen av citadellet Fortaleza da Guia og avfyrte kanonsalver mot angriperne. Et skudd, avfyrt fra et annet fort i byen ved St. Paulskirken, traff et nederlandsk ammunisjonsdepot og den påfølgende eksplosjon stanset deres angrep. Da de forsøkte seg litt senere på en annen høyde, ble de slått tilbake av macanesiske og afrikanske (muligens fra Madagaskar) rekrutter i portugisisk tjeneste. Nederlenderne måtte trekke seg tilbake med store tap – flere hundre døde – og uten sin kaptein, som var tatt til fange av pater Schall.