Historisk var Pokhara hovedstad i staten Kaski, som på 1600-tallet var en av de sterkeste blant Chaubisi Raya, de 24 kongedømmer som fantes i denne delen av landet. Pokhara var et viktig sentrum på en av handlelsveiene mellom India og Tibet. Men da gamlebyen brant i 1949 gikk alle viktige historiske bygninger tapt.