Mandag 16. februar 1981 arrangerte Folkeaksjonen mot utbygging av Alta-Kautokeino vassdraget fakkeltog i Kautokeino, med omtrent 250 deltagere. Motdemonstranter prøvde å hindre fakkeltoget, blant annet ved å sperre veien med biler og kaste en røykbombe inn i toget. Ingen mennesker kom til skade, og det kom ikke til videre konfrontasjoner mellom grupperingene. Tirsdag 3. mars 1981 gikk kommunestyret inn for å likestille Guovdageaidnu og Kautokeino som stedsnavn. Tidligere hadde navnet kun vært Kautokeino. Flertallet i kommunestyret var knappest mulig, med 10 mot 9 stemmer. Mindretallet mente at det offisielle navnet fortsatt skulle være Kautokeino, men at det burde åpnes for å bruke samiske stedsnavn i kommunen. Det nye kulturhuset og miljøbygget ble åpnet lørdag 13. juni 1981. Bygningen huset en kinosal/teatersal, folkebiblioteket I Kautokeino, Nordisk samisk institutt og Samisk utdanningsråd. Bygget kostet totalt 18 millioner kroner i 1981, tilsvarende 68 millioner i 2022. Beaivváš Sámi Našunálateáhter ble etablert i Kautokeino i 1981, og ble lokalisert i det nye kulturhuset og miljøbygget. Det nye reinslakteriet ble åpnet fredag 11. desember 1981 av landbruksminister Johan C. Løken. Slakteriet kostet 32 millioner i 1981, tilsvarende 120 millioner kroner i 2022. I februar 1982 avsa Høyesterett en enstemmig dom om at statens vedtak om å bygge ut Alta-Kautokeinovassdraget var gyldig. (Se også: Alta-konflikten) I 1985 åpnet det finske industriselskapet Outokumpu Oy sin andre driftsperiode av gruvene i Biedjovággi. I 1987 åpnet Alta kraftverk, med vannmagasin i Virdnejávri i Kautokeino kommune. 1. januar 1988 ble operasjonssenteret ved Luftforsvarets stasjon i Kautokeino lagt ned. Antall ansatte ble redusert fra 63 til 21. Antallet vernepliktige soldater i Kautokeino hadde ligget på omtrent 40 personer, slik at stasjonen hadde bestått av omtrent 100 personer totalt før omorganiseringen. Forsvaret flyttet ut fra bygningsmassen i Kautokeino sentrum. Bygningene ble senere overtatt av Samisk høgskole. Høsten 1988 ble Ellen Inga O. Hætta den første kvinnelige ordføreren i Kautokeino. I 1989 ble Ole Henrik Magga fra Kautokeino den første sametingspresidenten i Norge. Samisk høgskole åpnet den 1. november 1989.