Da den sovjetiske okkupasjonsmakten slo sammen SPD og SED, ble Friedrich Ebert junior i 1946 en av delstatslederne i SED, medlem av partiets representantskap (tysk: Vorstand), senere sentralkomiteen og fra 1949 politbyrået i SEDs sentralkomite. Fra 1946 til 1967 var han overborgermester i Øst-Berlin. Ebert var medlem av Statsrådet fra 1960 til sin død i 1979. Han var dets nestformann fra 1971 til 1979 og fungerende formann 1. august – 3. oktober 1973.