Rundt 1550 hadde Zwin blitt så grunn at den ikke lengre var farbar. Senere ble en kanal gravet fra Sluis til Brugge. I løpet av åttiårskrigen hadde Sluis blitt erobret tre ganger – i 1576 av hollenderne, i 1587 av spanjolene og i 1604 var hollenderne igjen herrer over byen.