Startpunktet til en ny HPV-infeksjon er begrenset til basalcellene av flerlaget epitel, da dette er det eneste stedet viruset kan repliseres. Infeksjonsprosessen er treg, og det tar 12-24 timer før traskripsjonen av virusgenomet starter. HPV-infeksjoner har ikke vist seg å være lytiske; i stedet vil viruskopier spres fra infiserte celler til datterceller under celledeling, og fra en død og nedbrutt infisert celle til nye, friske celler.