Da Aristagoras, leder av Miletos, holdt råd i byen med de ledende jonere for å organisere et opprør mot persisk styre, forsøkte Hekataios forgjeves å fraråde sine landsmenn fra dette. I 494 f.Kr. da de beseirede jonere ble nødt til forhandle om sine betingelser var Hekataios en av sendemennene til den persiske satrap Artafernes som han klarte å overtale til gjeninnføre forfatningen for de joniske byene. Hekataios kalles også for logograf, det vil si at han er den første kjente greske historiker, Herodotos' forgjenger. Han var en av de første klassiske forfatterne som nevnte folket , kelterne. Han danner overgangen til den egentlige historieskrivningen i den grad ved at han forsøkte å skille mellom legender og virkelighet.