Diosdado P. Macapagal var sønn av forfatteren Urbano Macapagal, som skrev på det regionale språket kapampangan, og hans hustru Romana Pangan. Han var deres tredje av fem barn. Familien var fattig. Diosdado var en fjern etterkommer etter Don Juan Macapagal, fyrste av Tondo, som var oldebarn av den siste regjerende lakan av kongeriket Tondo, Lakan Dula.