Fylkene er videre inndelt i bykommuner og landkommuner/herreder (), uten at det er noen administrativ forskjell på disse. Totalt har Estland 79 kommuner (per oktober 2017), 15 bykommuner og 64 landkommuner. Noen av bykommunene, slik som Tallinn er videre inndelt i bydeler/distrikter ().