I år 639 ble en arabisk hær på 4 000 mann sendt mot Egypt, og året etter ble den forsterket med ytterligere 12 000 mann, og beseiret en bysantinsk hær i slaget om Heliopolis. Araberne marsjerte deretter nordover mot den viktige havnebyen Alexandria som ble overgitt ved en fredsavtale signert den 8. november 641. Ved utgangen av året var hele Egypt besatt av arabere. En del av befolkningen var i begynnelsen ikke fiendtlig innstilt til de fremmede, ettersom de ikke hadde gode erfaringer med de østromerske styremaktene. Under arabisk styre fikk befolkningen lov til å fortsette å være kristne under beskyttelse av den islamske Shari'a-loven. I bytte mot penger og mat var egypterne fritatt militærtjeneste, og kunne praktisere sin religion.