Tersklene er relativt dype slik at Trondheimsfjorden og Trondheimsleia har god vannforbindelse med Norskehavet utenfor. Dypt vann fra Atlanterhavet renner inn i fjorden om vinteren og sprer seg langs bunnen og fortrenger lettere vann i fjordbassenget. Når vann fra storhavet blandes med fjordvannet kan saltholdigheten komme opp mot 3,48 % (havet har omtrent 3,5 % salt). Innstrømmende vann fra havet har størst tetthet og vil vanligvis fortrenge og løfte opp bassengvann under terskelnivå i fjorden. Vann fra Atlanterhavet er mer oksygenrikt. Om høsten presses Den norske kyststrømmen inn mot kysten og samtidig har fjordvann på middels dyp (over terskler) ofte renn ut av fjorden og erstattes av kystvann; dette fører til at vann i fjordens øvre deler skiftes ut. I flomperioden tilfører elvene en betydelig mengde ferskvann (tilsvarende 5 meter tykt lag dersom fjorden hadde vært avstengt) som danner et tykt brakkvannslag på overflaten; dette brakkvannslaget holder seg ofte hele sommeren. Det er som regel et tydelig skille mellom brakkvann på toppen og helt saltholdig vann under. Om sommeren kan saltholdigheten i overflaten i ytre deler av fjorden være godt under 3,0 % og øke nedover i dypet til nær 3,5 % under 50 eller 100 meter. Store elver renner i flere deler av fjorden slik at brakkvannsjiktet er tydelig i hele fjorden. Vind og tidevann fører til omrøring slik at saltnivået sjelden er under 1,5 % i overflaten sammenlignet med indre deler av Sognefjorden der overflatevannet i perioder er uten salt.