Noen ganger kan det imidlertid skje at immunforsvaret går til angrep på kroppens egne celler. Det er dette som skjer når mennesker får såkalte autoimmune sykdommer, som for eksempel diabetes (sukkersyke) og revmatisme. Man er ikke helt sikker på årsaken til dette, men man tror at slike situasjoner oppstår når antallet T-celler (en type hvite blodceller) når en viss nedre grense.