Han ble student ved Københavns Universitet rundt 1607–08 under navnet Johannes Paulli[nus] Asloensis. Som hjemvendt hører ved Oslo domskole ble han valgt som første sanger av biskop Niels Clausen Senning 11. mai 1609, og sang i likhet med broren alt. I 1616 tok han baccalaurgraden ved Københavns Universitet og ble øverste hører ved domskolen i Oslo. Han ble kort etter kapellan ved Oslo domkirke. Sent i året 1622 ble han valgt til sogneprest i Fredrikstad som etterfølger etter Anders Flor, og avla sin embetsed for biskopen 22. januar 1623. Hans Paus var gift to ganger; Finne-Grønn anførte i to artikler i i 1910 at hans første ektefelle «høyst sannsynlig» var datter av borgermester i Oslo Anders Nilssøn (bror av biskop Jens Nilssøn), men modifiserte dette i sin bok . Hans Paus var i andre ekteskap gift med Ingeborg Lemmich (død 1696), datter av tingskriver i Onsø og senere handelsmann i Fredrikstad Hans Henningsen Lemmich; Ingeborg hadde i sitt første ekteskap vært gift med den velstående handelsmann i Fredrikstad Oluf Holck og bragte med seg en større formue.