Den 14. april 1390 styrtet Johannes VII sin bestefar Johannes V av tronen og satt med makten i fem måneder før Johannes V med hjelp av sin sønn Manuel II Palaiologos og venetianerne gjenvant makten. Johannes VII søkte tilflukt hos den osmanske sultan Bayezid I som hjalp ham tilbake til Selymbria der hans far hadde hersket. Hans forhold til keiser Manuel II (Manuels far, Johannes V, døde i februar 1391) ble etter hvert bedre, og Andronikos var sannsynligvis på et tidspunkt igjen aktuell som tronarving ettersom Manuel på ennå ikke hadde egne sønner. I 1399, etter at osmanene under Bayezid I hadde beleiret Konstantinopel i fem år, måtte Manuel II igjen be om militær hjelp i Vest-Europa. Han overlot styret til sønnen og regenten Johannes VII, som prøvde å demme opp mot tyrkerne og håpet på et mirakel. Og miraklet skjedde, i form av at en enorm styrke av mongoler under ledelse av emiren Timur Lenk stormet inn i Det osmanske rike og slo sultan Bayezids styrker i slaget ved Ankara den 28. juli 1402. Sultanen selv ble tatt til fange, og døde senere i fangenskap. Om mongolene hadde fortsatt kampen mot osmanene kunne dette fått store følger for utviklingen, men Timur Lenk trakk seg i stedet tilbake til sitt hovedkvarter i Samarkand og rettet senere sine angrep østover, mot Kina.