Da rettssaken mot Beloyannis begynte i Athen den 19. oktober 1951. Ble han sammen med 94 andre personer anklaget, hovedsakelig for forrædere og spionasje. En av de tre medlemmene av krigsretten var Georgios Papadopoulos, som i 1967 ble leder for den militære diktatur-regimet som hadde makten i Hellas mellom 1967 og frem til 1974. Beloyannis benektet under rettssaken alle anklager og understreket den patriotiske arten av hans handlinger, både under den anti-nazistiske resistensen i Hellas mellom 1941 og 1944, den britiske intervensjon (1944–1946) og under den greske borgerkrigen (1946–1949).