Miguel Legazpi dro i 1545 til Ny-Spania (Mexico), og arbeidet der i noen år som hovednotarius for Mexico bys byråd og som sivilguvernør. I 1564 fikk han i oppdrag av visekongen, Luis de Velasco, å lede en koloniseringsekspedisjon til de filippinske øyer. Ekspedisjonen fant sted på ordre av kong Filipp II av Spania, som øygruppen var blitt oppkalt etter. Visekongen døde i juli samme år, men Ny-Spanias (høyesterett), som regjerte i påvente av utnevnelsen av en ny visekonge, fullførte forberedelsene.