Manning ble igjen utpekt til starter i forkant av kampen mot Philadelphia Eagles i uke 14 under etter at Jones pådro seg en skade. I kampen kastet Manning for 203 yards og to touchdowns til nykommer-wide receiver Darius Slayton, mens kampen endte med et tap, 23–17, på overtid. Uken etter, på hjemmebane mot Miami Dolphins, kastet Manning for 283 yards, 2 touchdowns og 3 interceptions, og ledet laget til en 36–20 seier. Da Manning gikk av banen etter kampen fikk han stående applaus etter det som mange trodde kom til å være Elis siste hjemmekamp som startende quarterback. Da Jones returnerte i uke 16 var Mannings sesong over, med 1 042 pasningsyards, seks touchdowns og fem interceptions over fire kamper.