Etter endt karriere som spiller var Per Morten Haugen sportslig leder i Fredrikstad FK før han tok over som hovedtrener for Moss i oktober 2008. Det skulle vise seg å bli en dårlig avtale for begge parter. Grunnet sportslig katastrofe og stort press fra supporterne, trakk han seg som hovedtrener på høstparten 2010 – og trådte inn i stillingen som sportslig leder. Haugen ansatte tidligere keepertrener Erik Holtan som hovedtrener ut sesongen, som endte med nedrykk til andredivisjon. Holtan annonserte at han ikke ble med laget ned i andredivisjon, og Per Morten Haugen brukte den siste tiden av sitt tid i Moss til å få Tor Thodesen som klubbens nye hovedtrener, før han avsluttet arbeidsforholdet med klubben 1. desember 2010.