Innenfor jordbruk er blant annet ris, bananer og mais viktige produkter. Tømmerhogst og gruvedrift er andre næringsveier. Det utvinnes gull, platina og sølv i departementet. Chocó har flere nasjonalparker: Parque Nacional Los Katíos (grenser opp mot nasjonalparken Parque Darién i Panama), Parque Nacional Utría og Parque Nacional Tatamá.