På denne tiden var bruken av litauisk som skriftspråk forbudt, og hans nevø Antanas Saugaitis deltok i Knygnešiai i undergrunnsbevelselser som smuglet inn litauiske bøker og tidsskrifter. Justinas Staugaitis virket i en rekke menigheter i Litauen og Polen. I Marijampolė grunnla han Žiburysselskapet, og var involvert i grunnleggelsen av en rekke skoler, et aldershjem og et hjem for foreldreløse barn.