Einsatzgruppene samarbeidet med Wehrmacht bak østfronten. Det var ikke opplagt at Wehrmacht ville være samarbeidsvillig. Flere rapporter fra Einsatzgruppe B viser til samarbeid med Wehrmacht. For eksempel 19. juli 1941 at de «var helt enige om videre aktiviteter» etter diskusjon mellom Max von Schenckendorff (kommandant for Hærgruppe Midt) og Erich von dem Bach-Zelewski. Einsatzkommando 8 hadde et særlig godt samarbeid med relevante enheter i Wehrmacht. Franz Walter Stahlecker sjef for Einsatzgruppe A samarbeidet nært med Wehrmacht. Arthur Nebe noterte at alle avdelinger av Wehrmacht anerkjente og støttet Nebes Einsatzgruppes aktiviteter. Wehrmachts (hemmelige militærpoliti) hadde bidratt med styrker til massakrer i Nebes regi.