Peña meldte seg inn i Coloradopartiet i oktober 2016 etter at han hadde vært medlem i Authentic Radical Liberal Party (PLRA) siden han var 17 år. Han ble beskyldt for å gjøre dette fordi den daværende president Cartes (fra Coloradopartiet) hadde annonsert at han ville skifte ut regjeringsmedlemmer som ikke var partimedlemmer. Peña kunngjorde at han meldte seg inn på grunn av partiets fokus på å utvikle Paraguay, og han hevdet også at han var i slekt med en av partiets grunnleggere, Jaime Peña.