Hansen møtte sin kommende hustru Henriette Georgine Lie i hjemmet i Wien hos Constanze Mozart og hennes samlever og siden andre ektefelle, den danske diplomaten Georg Nikolaus von Nissen. Hans og Henriette ble gift den 27. februar 1803 i Wien. Parets førstefødte, Constantin Hansen, ble oppkalt etter Constanze Mozart, som også sto fadder til ham. Constantin Hansen ble en av 1800-tallets store navn i dansk malerkunst.