I september 1981 dannet Roberto D'Aubuisson et nytt høyre politisk parti, kjent som Nationalist Republican Alliance (Arena), for å bekjempe FMLN. En av de mest voldelige hendelsene under borgerkrigen var massakeren i El Mozote, hvor nesten 1000 sivile ble drept under en militær operasjon mot geriljaen. På hele 1980-tallet fortsatte det med voldelige sammenstøt mellom partene.