Den 6. juni 1915 ble erkebiskop Scher arrestert under den osmanske kristenforfølgelse, men klarte etter kort tid å flykte med assistanse fra ikkekatolske venner. Men en uke etter ble han oppdaget mens han var på vei mot Mosul. Da han nektet å gå over til islam, ble han skutt. Han ble halshugget, og hodet bragt til guvernøren. Schers residens, Jakobs-klosteret ved Seert (som senere ble skolebygning), ble plyndret; bibblioteket og vitenskapelige etterlatenskaper ble spredt for alle vinder eller ødelagt. Nitten manuskriper fra hans samling var i sikkerhet fordi de allerede var blitt donert til Bibliothèque nationale de France (BnF) i Paris. Andre verdifulle ting var angivelig blitt gravd ned i kister og lærsekker; de er ikke blitt funnet.