Deretter reiste Almagro og Pizarro videre sørover sammen. Forholdet mellom de to allierte var nå dårlig, men så lenge de befant seg i fiendeland måtte de holde sammen. Underveis motsto de flere angrep fra inkastyrker, og inntok hovedstaden Cusco. Her utropte de en ny inkahersker, Manco Inca Yupanqi, Huascars nevø, som imidlertid ble holdt i fangenskap på samme måte som Atahualpa ble. Av rikdommene de hadde ervervet seg, ble kongens rettmessige femtedel sendt til Spania under tilsyn av Fernando Pizarro. Da Fernando Pizarro kom tilbake i 1534, hadde han med seg en ny tittel til Almagro; som plaster på såret var han utnevnt som Adelantado av Chile, et land lenger sør som visstnok også skulle være rikt.