På et Landsstyremøte i 1993 reiste flere lokallag forslag om en ny ledelse og ny desentralisert struktur for organisasjon. De mente at organisasjonen sentralt var svak. Medlemstallet hadde to år på rad vært for lav til å få statsstøtte. Mange lokallag gikk da sammen om en ny desentralisert ledelse, med Arbeidsutvalg både i Oslo, Haugesund/ Karmøy og Tromsø. Etter et fall i medlemstallet fra 1991 og etter at det ikke ble rapportert inn medlemmer for 1992, fikk ikke organisasjonen utbetalt statsstøtte i 1993. Det ble gjort et stort arbeid med medlemsverving høsten 1993 for å få tilbake statsstøtten. Flere i den tidligere ledelsen har senere hevdet at et miljø med tilhørighet på ytterste venstre fløy var i ferd med å «kuppe» organisasjonen. Ifølge Dagens Næringsliv overtok personer som var aktive innenfor AKP, en rekke sentrale verv i organisasjonen. Den tidligere ledelsen i SOS Rasisme gav uttrykk for at det skjedde en organisert kampanje fra dette miljøet for å ta over organisasjonen.