SPS ble dannet som en valgallianse av uavhengige partier og politiske bevegelser før det russiske parlamentsvalget i 1999, og ble forbundet med markedsliberalisme, privatisering og politikken fra de såkalte unge reformatorene i 1990-årene, Anatolij Tsjubajs, Boris Nemtsov og Jegor Gajdar. Unionen fikk 8,3 % av stemmene ved dette valget. Den 20. mai 2000 ble det stiftet som politisk parti. De første medlemmene av det øverste rådet i partiet var Jegor Gajdar, Sergej Kirijenko, Boris Nemtsov, Irina Khakamada og Anatolij Tsjubajs. Kirijenko og Gajdar hadde vært statsministre i Russland under president Boris Jeltsin, og Nemtsov og Tsjubajs hadde også hatt høye regjeringsposisjoner under de økonomiske reformene i 1990-årene. I desember 2001 ble Nemtsov valgt til leder av partiet, med Khakamada, Gajdar og Tsjubajs i andre ledende stillinger.