Haplotype må ikke forveksles med genotype. En organismes haplotype i et kromosom følger ikke automatisk av organismens genotype. I et tilfelle med en diploid organisme hvor man ser på to loci med to alleler hver, vil det være umulig å avgjøre kromosomenes haplotype basert kun på genotypen hvis organismen er heterozygot ved begge loci. Hvis organismen er homozygot ved en eller begge loci, vil det derimot være mulig å avgjøre kromosomenes haplotype.