Sin første stilling som prest fikk han der i Zwickau. Der hadde han kontakt med de såkalte (Nikolaus Storch - også ). Det var her Müntzer hadde sin første store konfrontasjon med de kirkelige myndigheter. I 1521 og 1522 ble kløften mellom Luther og Müntzer større og tydeligere, da Müntzer videreutviklet sine sosialevolusjonistiske og spiritualistiske forstillinger og forkastet likesom anabaptistene barnedåp.