PMC Desperado Enforcement LLC. er spillets viktigste antagonist. De nskter å destabilisere fredelige nasjoner og holde konflikten opp, slik at de kan tjene mest mulig penger på krigsøkonomien. Raiden blir også nødt til å infiltrere utbryter-staten Abkhasia etter å ha fått vite at Desperado leder et militærkupp der. Han planlegger å fange Andrey Dolzaev, en tsjetsjensk ekstremist som leder disse styrkene, for å tvinge Desperado til å avslutte oppdraget deres. Men Dolzaev begår heller selvmord ved å sprenge en oljetank han står på.