Den dagen kong Christian fylte 34 år, 12. august 1537, ble han og dronning Dorothea kronet i Vor Frue kirke i København. Dette var i katolsk tid en kirkelig handling foretatt av erkebiskopen, men selv om det gamle ritualet ble fulgt, hadde det nå fått luthersk innhold. Kroningsseremonien ble ledet av Johannes Bugenhagen, som ikke var biskop, og den foregikk heller ikke på latin som før, men fremdeles på et fremmedspråk, kongens morsmål tysk. 2. september 1537 signerte kongen kirkeordinansen som Bugenhagen hadde med seg i utkast da han kom fra Wittenberg sommeren 1537. I 1539 ble den oversatt til dansk av Peder Palladius og vedtatt av riksrådet etter enkelte endringer. I Rigsarkivet finnes et vraket utkast til Kirkeordinansen av 1537, der det fremgår at kommisjonen hadde foreslått at også adelen skulle pålegges kirkeskatt. Kansellisekretæren Jesper Brochmand streket dette ut og skrev at adelen etter eget forlangende skulle beholde sin tiendefrihet, men betale prestene «». Kongens formue vokste enormt etter at biskopenes eiendommer ble inndratt, og i tillegg kom kongetienden. Og i 49 jyske herreder fikk de opprørerne som var selveiere, beslaglagt eiendommene sine, og festebønder måtte betale store bøter.