I desember 1852 ble han midlertidig statsminister og ledet en koalisjonsregjering bestående av både whiger og peelitter. Selv om de var enige i spørsmålet om frihandel og i spørsmålene om reformer innenlands, var hans kabinett, som inneholdt både lord Palmerston og lord John Russell, nødt til å bli uenige i utenrikspolitikken. Aberdeen førte Storbritannia inn i Krimkrigen mot Russland og på samme side som Det osmanske rike etter å ha gitt seg fra press fra deler av sitt kabinett. Palmerston, støttet av Russell, favoriserte en mer aggressiv politikk, og Aberdeen var ikke i stand til å kontrollere Palmerston, og ga etter. Imidlertid ble krigen hans egen politiske nedtur. Da rapportene som ga detaljer om den dårlige politiske og militære ledelsen av krigen måtte Russell gå av. Den 29. januar 1855 fikk et forslag om å utpeke en komite for undersøke hvordan krigen var blitt utført stort flertall. Aberdeen så på flertallet som klar mistillit og gikk av som statsminister.