Han satt i en celle på 2 x 3 m, nesten uten lys, og fikk verken lese eller skrive, feire messe eller snakke med andre. Han ble utsatt for harde forhør, og ble pisket offentlig i kapittelhuset tre ganger i uken etter ordre fra Hieronymus Tostado, som var karmelittenes generalvikar i Spania og rådgiver for den spanske inkvisisjonen. Hans helse var allerede dårlig, og han døde derfor nesten av behandlingen. Piskingen gav arr som han bar resten av livet.