I tillegg til problemene deres i Kina, var utviklingen i Europa heller ikke positiv for dem. Jesuittordenen ble forvist fra Frankrike i 1764. Amiot klarte da, ved hjelp av Henri Bertin, den franske statsminister som han korresponderte med, å sikre videre finansiering for de franske jesuitters virke i Beijing fra den franske konge personlig. Ni år etter, i 1773, opphevet pave Klemens XIV jesuittordenen. For å berge det som lot seg berge av jesuittenes misjon i Kina, klarte pater Amiot til å få vincentinerordenen til å overta deres virke. Men alt dette ble på nytt kullkasted av den franske revolusjon i 1789.