På grunn av endrede rammebetingelser for offentlige tilskudd, for lav studenttilgang og derav anstrengt økonomi i Baptistenes Teologiske Seminar vedtok Det Norske Baptistsamfunn å gå sammen med pinsebevegelsens Pentekostalt Senter for Ledelse og Teologi for å etablere Høyskolen for ledelse og teologi. Baptistenes teologiske seminar ble etablert i 1910. Skolen hadde på det tidspunktet godkjennelse som høyskole med undervisning og eksamensrett på bachelornivå. Kai Tore Bakke var den siste rektoren ved Baptistenes Teologiske Seminar, og ble også den første rektoren ved HLT. I dag er Karl Inge Tangen rektor. Peder A. Eidberg var ansatt ved Baptistenes Teologiske Seminar fra 1960 til 2002 og var i 11 år rektor. Eidberg er den læreren som har vært ansatt lengst tid ved Baptistenes Teologiske Seminar.