Antonis Nikopolidis startet sesongen 2003/04 veldig bra, og det ble nærmest møtt med vantro da han avslo en ny kontrakt med klubben ved juletider. Senere kom det frem at han hadde kommet til muntlig enighet om en kontrakt med erkerivalen Olympiakos. Etter dette ble han benket resten av sesongen, og da han løftet pokalen ved sesongslutt ble han pepet på av mesteparten av Panathinaikos-fansen på grunn av sitt noe uetiske valg.