Øyene ligger i Luzonstredet. I tillegg til hovedøya, Itbayat, som er den største i Batanes, omfatter kommunen resten av provinsens nordligte øyer, som alle er ganske små og ubebodde. Dette er, frå sør til nord, Di'nem, Siayan, Misanga, Ah'li, og Mavulis - den nordligste av dem alle.