Roma var også innviklet i borgerkrig, og etter slaget ved Farsalos søkte Pompeius asyl i Egypt. Innledningsvis hadde Potheinos gitt uttykk for å ha akseptert dette, men han fikk Pompeius stukket ned og halshogd den 29. september i år 48 f.Kr. i håp om å vinne Cæsars gunst. Da Cæsar ble presentert for hodet av Pompeius, reagerte han med sorg og avsky, og beordret liket av Pompeius sporet opp for å gi ham en romersk begravelse. Potheinos hadde oversett det faktum at Cæsar hadde innvilget amnesti for sine fiender i borgerkrigen, inkludert Cassius, Cicero og Brutus. Kleopatra brukte Potheinos feilgrep for å vinne Cæsars gunst, og ble etter hvert også hans elskerinne.