Den 25. april 1585 ble han satt i Beauchamp Tower i Tower of London. Det ble aldri bevist at han var skyldig i høyforræderi, men han ble sittende i Tower i ti år inntil han bukket under for dysenteri. Mens han lå for døden bad han dronningen om å få lov til å treffe sin kone og sønnen, som hadde blitt født mens han var fengslet. Dronningen svarte at dersom han gikk tilbake til den anglikanske tro kunne han få lov til dette. Arundel nektet, og døde alene i Tower. Han ble umiddelbart etter proklamert å være en katolsk martyr.