Den franske viseadmiral Abel Aubert du Petit-Thouars grep inn til fordel for de franske, katolske misjonærene. I 1842 tok han Tahiti med de nærmeste Selskapsøyene og Marquesasøyene i besittelse for Frankrike. Øyene ble gjort til fransk protektorat og i 1843 ble Armand Joseph Bruat Frankrikes første guvernør. I 1844 ble Gambierøyene gjort til fransk protektorat. Frankrikes videre ekspansjon støtte mot britiske, amerikanske og tyske interesser. Îles Sous-le-Vent, med Bora Bora, Huahine og Raiatea, beholdt sin uavhengighet, garantert av traktater mellom Frankrike og Storbritannia.