Pelsen er rikelig, tett, tykk og elastisk. Den danner manke rundt halsen og frambrystet (kraftigere hos hanner). Kortere behåring på hodet og framsiden av lemmene. Underullen er tett, myk, kort og kompakt. Det er underulla som holder hunden tørr og varm. Fargen skal være hvit eller kremfarget, eller hvit og såkalt bisquit (hvitt bunnfarge med svake lys brune områder). Blant oppdrettere og eiere i Norge har det de siste årene vært diskutert hvor lang samojedhundens ytre pels skal være. De som driver mest med utstilling, vil gjerne at pelsen skal være noe lengre enn dem som bruker hunden aktivt i for eksempel hundespann. Problemet med for lang pels er ising, og at hunden fort blir for varm ved hard fysisk aktivitet.