Thompson var gift tre ganger, der den mest kjent var hennes andre mann Sinclair Lewis. I 1923 hun giftet hun seg med sin første mann, ungarske Joseph Bard, de ble skilt i 1927. Hun giftet seg med Lewis i 1928, og kjøpte et hus i Vermont. De fikk en sønn, Michael Lewis, født i 1930. Paret skilte seg i 1942. Hun giftet seg med sin tredje ektemann, artisten, Maxim Kopf, i 1945, og de forble gift til Kopf døde i 1958.