Rundt 1880 flyttet kgosi Gaborone fra Magaliesberg og bosatte seg i området, som han ga navnet . Ordet «» på setswana betyr bokstavelig talt «det passer ikke dårlig» eller «det er ikke ukledelig». Tidlige europeiske nybyggere kalte stedet «Gaberone's Village» («Gaberones landsby») etter høvding Gaborone av Batlokwa-stammen, som holdt til i dagens Tlokweng like over elva til , der kolonistyresmaktene holdt til. Et av tilnavnene til Gaborone, , er en forkortelse av . Navnet på byen ble seinere forkortet til «Gaberones». I 1890 bygde Cecil Rhodes, gruvedriftsmogul og grunnlegger av gruveselskapet De Beers, en festning for koloniadministrasjonen like over elva for Gaberones, der han blant annet planla Jameson-raidet under boerkrigen. Stedet festningen ble reist ble til dagens Gaborone, mens datidas Gaberones over elva ble til dagens Tlokweng. I 1969 ble navnet på byen endret til «Gaborone».