Mujahedin var rystet av dette nederlaget. Det avslørte deres manglende evne til å koordinere taktiske bevegelser eller logistikk eller til å opprettholde politisk samarbeid. I løpet av de neste tre årene, var de ikke i stand til å overvinne disse begrensningene. Bare et betydelig provinsielt administrasjonssenter, Taloqan, ble erobret og holdt. Mujahedins posisjon i nordøst og rundt Herat ble styrket, men deres manglende evne til å samle store styrker for å overvinne en moderne armé med viljen til å kjempe fra nedgravde posisjoner var klar. En dødelig utveksling av mellomdistanse-raketter ble den primære kampformen, noe som skapte bitterhet blant bybefolkningene og la flere hindre i veien for millioner av flyktninger som ønsket å reise hjem.