Både anslagene over tap av menneskeliv og hvor mange som var med i den tyrkiske styrken, er usikre. Men Malteserordenen mistet en tredjedel av sine riddere og Malta mistet tilsvarende en tredjedel av sin befolkning. Det øvrige Europa så imidlertid hvor viktig denne seireren var for dem, og hvilken strategiske betydning Malta hadde, slik at midler til gjenoppbygging strømmet inn til øya. Dette gjorde det mulig for Valette å starte oppbygging av den befestede byen Valletta (oppkalt etter Valette) på Mt. Sciberras. Byen ble bygget slik at tyrkerne ikke kunne ta denne posisjonen igjen. Valette døde imidlertid i 1568, slik at han ikke fikk se byen ferdig.