Den dempende effekten av zopiklon på sentralnervesystemet kan forsterkes av benzodiazepiner, barbiturater, enkelte typer analgetika, neuroleptika, sederende anthistaminer, anestetika og av alkohol. Zopiklon metaboliseres av cytokrom P450-systemet (CYP 3A4 og CYP 2C8) og kan derfor interagere med stoffer som enten induserer eller hemmer enzymet. Erytromycin hemmer enzymet og gir økt konsentrasjon av zopiklon (80%). Rifampicin induserer enzymet og gir nedsatt konsentrasjon av zopiklon (80-90%). Grapefruktjuice hemmer CYP 3A4 og gir trolig derfor en økt konsentrasjon av zopiklon.