Den 12. mai 1983 ble han utnevnt til titulærbiskop av Capreae og hjelpebiskop i Los Angeles. I 1984 reiste han tilbake til Los Angeles, og virket blant annet som hjelpebiskop. 1. juli 1986 ble han utnevnt til erkebiskop av Portland i Oregon, og ble der i ni år. 17. august 1995 ble han så utnevnt til koadjutorerkebiskop av San Francisco. Da erkebiskopen i oktober samme år gikk av ble han dermed den nye overhyrde for San Francisco. Han tiltrådte 27. desember samme år.