I 2017–18 gikk Ebner glipp av uke 1 og 2 med en skulderskade. Den 27. november 2017 ble Ebner plassert på injured reserve etter å ha revnet korsbånd på et vellykket fake punt i en seier over Miami Dolphins i uke 12, som førte til at han kun spilte ni kamper i sesongen. I de ni kampene hadde han åtte taklinger på special teams, og ledet laget før han ble skadet. Patriots nådde Super Bowl LII uten Ebner, hvor de tapte 41–33 mot Philadelphia Eagles.