I løpet av de Klerks periode som president ble apartheid avskaffet i Sør-Afrika og han gikk inn i forhandlingene som førte til at alle landets borgere, inkludert den svarte majoriteten, fikk stemmerett og andre rettigheter på lik linje med de hvite. For dette ble de Klerk ble tildelt Nobels fredspris sammen med Nelson Mandela i 1993. Han ble også tildelt Félix Houphouët-Boigny-fredsprisen i 1991, Fyrsten av Asturias-prisen i 1992 og Mapungubwe-ordenen i gull i 2002.