I det post-sovjetiske Russland bryter det ut borgerkrig som følge av konflikten i Tsjetsjenia. Militære tropper som er lojale til Vladimir Radchenko, en ultranasjonalist, har tatt kontroll over en militærbase som kan avfyre atomraketter, og de truer med atomkrig dersom amerikanske eller russiske myndigheter prøver å konfrontere ham. Atomubåten USS Alabama i US Navy, blir sendt for å være tilgjengelig med sine missiler dersom Radchenko prøver å fyre sine raketter mot USA. Kaptein Frank Ramsey (Gene Hackman) er øverste sjef, og en av få ubåt-kapteiner i den amerikanske marinen som har reell kamperfaring. Som sin nye nestkommanderende velger han Ron Hunter (Denzel Washington), som har omfattende utdannelse i militærhistorie og militærtaktikk, men ingen kamperfaring.