Ilič startet sin fotballkarriere i den lokale klubben NK Olimpija Ljubljana, hvor han gikk gradvis gjennom akademiet før han fikk sin debut for klubben i 2003 mot FC Koper. Etter at Olimpija fikk økonomiske problemer forlot han klubben i januar 2005 og dro videre til NK Domžale, hvor han kun spilte i 18 måneder. I januar 2007 ble han lånt ut til spanske Real Betis, og ble samtidig den første sloveneren som spilte for klubben. Hans første kamp for Betis kom i kvartfinalen i den spanske cupen mot rivalen Sevilla FC.