Republikken sendte bud etter en pavelig delegasjon for å stille Savonarola for retten, og alle hans tilhengere ble avsatt fra sine ledende stillinger. Den 22. mai 1498 ble han dømt til døden, hengt og deretter brent sammen med sine to nærmeste medhjelpere Silvestro Maruffi og Domenico de Pescia.