Vassdraget ble i 1973 vernet mot kraftutbygging i Verneplan I for vassdrag. Vernegrunnlaget var vassdraget som en sentral del av et særpreget, arktisk og karrig landskap med utpreget viddekarakter i øvre deler. Elvesystemet utgjør en sentral del av landskapet og preger nedre del med meandrer, myrer og små vann, hvor elveløpsformer, botanikk, landfauna og vannfauna utgjør viktige deler av naturmangfoldet. I tillegg kom Komagelvas betydning for friluftslivet, inkludert jakt og fiske, spesielt etter laks. Komagelva er et anbefalt referansevassdrag og har stor verdi for naturvitenskapelig forskning, spesielt for fagene botanikk og zoologi.