Dyrelivet i og rundt Michigansjøen er typisk for den tempererte delen av Nord-Amerika. Fiskefaunaen minner mye om den vi finner i deler av Europa, eksempelvis i de store lavlandssjøene på Østlandet. Enkelte arter, som vår norske gjedde, har sirkumpolar utbredelse og finnes både i Eurasia og i Nord-Amerika. Andre finnes bare i Nord-Amerika, men har slektninger hos oss. Til dem hører støren Acipenser fulvescens, som både bukten og stedet Sturgeon Bay er oppkalt etter. Andre er kanadarøya (i USA kalt «lake trout»), som er satt ut i Norge – og muskellungen eller muskien, en større slektning av vår gjedde. Muskellungen er nærmest en nasjonalfisk i Wisconsin. For øvrig er det mange fiskeslag i Michigansjøen som er desimert eller nærmest utryddet på grunn av forurensninger og invasjon av fremmede arter.