Han tolererte misjonærene fra London Missionary Society og benyttet seg av disse, samt besøkende fra europeiske handelsskip, for å styrke sin egen maktposisjon. I 1807 ble han utfordret av andre høvdinger på Tahiti og måtte flykte til Moorea, dit han ble fulgt av misjonæren Henry Nott fra London Missionary Society. Pomare II gjenerobret i 1811 Tahiti fra sin base på Moorea. I 1815 vant han det avgjørende slaget ved Fe'i Pi.