Høsten 2000 ansettes han som juniortrener i Rosenborg Ballklub. Høsten 2003 tar han, tross tilbud fra SFK Lyn om hovedtrenerjobb, over som 3. trener etter Bjørn Hansen. Etter Nils Arne Eggen ga seg blir Rune assistenten til Per Joar Hansen senhøstes 2004. Etter mye prat om at RBK-spillerne er dårlig trent, og etter at den nye trener Per-Mathias Høgmo tar tilbake Bjørn Hansen som assistent, melder Rune overgang til Haugesund FK fra 2006 for å ta over efter Harald Aabrekk.