En alvorlig sak ble det da noen av elevene i Skálholt viste seg å være i besittelse av kopier av , dvs. gamle trolldomsruner eller magiske figurer. Det ble sagt at noen av smedene som arbeidet med domkirken, kom fra Vestfjordene, som var kjent for å holde gamle trolldomskunster levende. «Uvennens [dvs. djevelens] ugress hadde spredt seg fra Vestfjordene inn på Herrens hveteåker,» het det. Alle elever - islandske embetsmannssønner - som var involvert, ble straks utvist for ett år. Skolens omdømme var truet. Christian 4. hadde lovfestet at enhver ikke-adelig som drev med trolldom, «». Alle eiendeler skulle beslaglegges før landsforvisningen. Og hadde noen oppnådd noe ved hjelp av trolldom, skulle vedkommende halshugges. Ingen vet i dag hvem de utviste elevene var, men en av dem kan godt ha vært Tormod Torfæus. Sveinsson avhørte guttene og fikk bekreftet at de ikke hadde gjort bruk av runene. Han forklarte danske myndigheter at elevene var havnet i denne situasjon av «ren uvitenhet», og fikk dermed lov til å ta de utviste elevene inn på skolen igjen. Ett års utvisning kan forklare at Torfæus brukte seks år på sin utdannelse, som normalt ville tatt fem år.