Den 26. januar 2009 ble det klart at Nielsen hadde signert en halvannet års kontrakt med Sportsklubben Brann. Branns spiss Demba-Nyrèn signerte for OB og Odense betalte et beløp som i pressen ble hevdet å være mellom 7 og 8 millioner kroner. I avtalen lå også en overgang for David Nielsen. David Nielsen spilte med draktnummer 10 i Brann.