Kontraindikasjoner spiller en viktig rolle når behandlingsmetode skal velges. Det er en av årsakene til at pasientene i sin helhet undersøkes systematisk, selv om lidelsen i seg selv kan være strengt begrenset. Hensikten er å ikke bruke medikamenter og behandlingsformer som kan føre til utilsiktede effekter, som for eksempel et virkestoff som eten forsterker eller forminsker effekten av et annet virkestoff.