Baccio d'Agnolo gjorde også utkast til Villa Borghese og Bartolini-palasset, samt andre store palasser og villaer. Bartolini-palasset var det første huset som ble gitt frontispisekolonner til dørene og vinduene, tidligere begrenset til kirken; han ble latterliggjort av florentinerne for denne nyskapning. Et annet mye beundret arbeide var kampanilen til kirken Santo Spirito. Hans arbeidsverksted var tilholdsstedet til de mest berømte kunstnere på den tiden, Michelangelo, Andrea Sansovino, brødrene Antonio da Sangallo den eldre og Giuliano da Sangallo, og den unge Rafael. Han døde i 1543, og forlot tre sønner, alle arkitekten, der den mest kjente var Giuliano D'Agnolo.