Gjennom utnevningen av Gregor V fikk Otto III større kontroll over kirken enn hans bestefar Otto I hadde hatt flere tiår tidligere. Keiseren gjennomførte sin intensjon om å innskrenke imperiets støtte til den hellige stol (den apostoliske stol) som var blitt utvidet under Otto I. Ifølge utstedt av Otto I i 962 kunne keiseren bare innsette pavelige kandidater på pavestolen. Otto III derimot hadde nominert og insatt sin egen kandidat. Keiseren nektet også å anerkjenne Den konstantinske skjenkelse og hevdet at dette var en forfalskning. Ifølge et dekret angivelig utstedt av den romerske keiser Konstantin den store ble paven innvilget sekulær makt over Vestromerriket. Dette førte til økte spenninger mellom den romerske adelen og kirken som tradisjonelt hadde forbeholdt seg retten til å utnevne paven blant sine egne medlemmer.