Han var lærer ved Frelsers Sogns Friskole i København, samt lærer i svensk ved Langkjærs Handels- og Sprogakademi, fra 1849. Hammershaimb var sogneprest på Norðurstreymoy 1855–1862, sogneprest på Eysturoy 1862–1878 og prost på Færøyene 1867–1878. Han flyttet så fra Færøyene til det danske Sjælland der han ble prest i Lyderslev 1878–1898.