Ved krigens slutt ble Reinecke tatt til fange av britene. Han ble senere avhørt som vitne under Nürnbergprosessen mot hovedkrigsforbryterne. I saken mot SS som organisasjon vitnet han den 6. august 1946 om Allgemeine SS, Waffen-SS og sikkerhetspolitiet. Reinecke rapporterte særlig om SS-etterforskninger mot medlemmer av KZ-leirpersonalet. Han ble ekskludert fra sine studentforeninger.