San Pedro studerte ved gikk inn i jesuittordenens novisiat ved i Sagua la Grande, i Cienfuegos i Cuba den 7. desember 1941. Etter to års novisiat studerte han gresk og latin i Havana og i Salamanca i Spania, der han tok mastergrad i klassisk litteratur. Så fulgte tre års filosofi ved i Spania. San Pedro ble sendt til Manila på Filippinene for å studere mandarin, tagalog og vietnamesisk. Der underviste han samtidig i sosialfag og latin. San Pedro studerte også teologi i Baguio på Filippinene.