José Rizal var av kinesiskmestizo bakgrunn (av blandet kinesisk og filippinsk avstamning), og var født i Calamba i Laguna av ekteparet Francisco Mercado og Teodora Alonzo. Faren kom fra Biñan i Laguna, moren fra kineserkvarteret Meisic i Santa Cruz, Manila. Hans kinesiske aner gikk langs farslinjen tilbake til Jinjiang nær Quanzhou i Fujian fem generasjoner tidligere.