Klubben ble stiftet i New York i 1883 under navnet New York Gothams, og byttet navn til New York Giants i 1885. Hjemmekampene i denne perioden ble spilt på fire forskjellige baner på Upper Manhattan som alle ble kalt Polo Grounds. I tre tiår fra 1902 ble klubben ledet av John McGraw, og de tok sine tre første World Series titler i denne perioden. Laget tok enda to titler før de flyttet fra New York til San Francsico i 1957 og tok dagens navn, San Francisco Giants. En midlertidig bane ble brukt i noen år før Candlestick Park i Bayview Heigts-området et stykke sør for sentrum var klar til bruk i 1960. I 2000 tok laget i bruk sin nåværende stadion, AT&T Park, som ligger i South of Market. Adressen, 24 Willie Mays Plaza, er oppkalt etter en av tidenes største baseballspillere, Willie Mays, som spilte for Giants fra 1951 til 1972. Det gikk mange år før laget vant World Series i San Francisco, og det skjedde ikke før i 2010 da de slo Texas Rangers. San Francisco Giants vant også World Series i 2012 etter å hå slått Detroit Tigers og i 2014 mot Kansas City Royals.