Tim Howard signerte for Manchester United i 2003, midt i MLS-sesongen. Han erstattet den franske landslagskeeperen Fabien Barthez som klubbens førstekeeper. Han startet veldig bra i Manchester United med å redde den avgjørende straffen i FA Community Shield mot Arsenal FC. Men senere i sesongen mistet Howard formen. Det hele startet med tabben som gav et mål til F.C. Porto, et mål som sendte United ut av Mesterligaen. Etter en hvileperiode fikk Howard tilbake keeperplassen til fordel for Roy Carroll foran FA Cup-finalen i 2004. Howard fikk dermed også, som første amerikaner, vinnermedalje i turneringen. Howard ble også tatt ut på årets lag, kåret av PFA, i sin første sesong i Manchester United. Han var eneste United-spiller på laget. I hans andre sesong i Manchester United delte han keeperplassen med Carroll, etter at flere store feil begått av begge spillerne gjorde det umulig for Sir Alex Ferguson å velge mellom de to.