En annen stat som ble styrt av shaibanidene var Sibir-khanatet, hvis siste khan Kuchum ble avsatt av russerne i 1598. Han flyktet til Bukhara, men hans sønner og sønnesønner ble tatt av tsaren og sendt til Moskva, hvor de til slutt tok etternavnet Sibirskij. Bortsett fra denne berømte grenen, bad flere andre adelsfamilier fra Kirgisistan og Kasakhstan (for eksempel prins Valikhanov) de keiserlige russiske myndighetene om å anerkjenne sin shaibanid-opprinnelse, men forgjeves.