Clonmacnoise ble stort sett forlatt på slutten av 1200-tallet. I dag omfatter stedet ni kirker i ruiner, en festning, to runde tårn og et stort antall utskårne steinkors og korsheller. Den irske regjeringens etat Office of Public Works forvalter den bevarte ruinen. Et tolkesenter med audiovisuell presentasjon er åpent for publikum, kirkegården er i bruk og gudstjenester finner sted i et moderne kapell.