Da reformasjonen ble innført i 1537, forsvant kirkens faste inntekter, og midler til videre reparasjoner måtte bevilges av kongen, noe som ytterligere svekket arbeidet. Gjenoppbygningen tok denne gangen ikke sikte på full gjenreisning, men konsentrerte seg om å sette brannruinene i stand som menighetskirke; menigheten ble etablert i 1578. Langkoret var like ødelagt som vestskipet, men oktogonen – kirkens viktigste del – var noenlunde bevart, så koret måtte gjenoppbygges for å binde sammen oktogonen med midttårnet og tverrskipene. Restene av arkaderekkene ble revet, og steinene herfra ble brukt som fyllmasse til nye massive, hvitkalkede innermurer i koret. Samme framgangsmåte ble benyttet da tårnets portaler mot vest og sør (mot de ikke reparerte ruinene) ble murt igjen. Korhvelvet ble erstattet av et flatt tretak. Tårnet var for skadet til en full gjenoppbygning, men fikk i stedet en nesten 70 meter høy bratt tårnhjelm av tre, etterhvert med kobbertekke. Søndre tverrskip ble også etterhvert satt under tak og reparert, først med en tregavl, så med en mer permanent teglsteinsgavl i 1666.