Ved innføringen av det kommunale selvstyret på Færøyene i 1872 ble hele øya en del av Eysturoyar prestagjalds kommuna. Fra slutten av 1800-tallet og til midten av 1900-tallet ble stadig flere sogn utskilt som egne kommuner. I 1967 ble Nes kommuna delt, så den nordlige delen ble opprettet som Runavíkar kommuna. I 2005 ble kommunene Skála, Elduvík og Oyndarfjørður med til sammen 985 innbyggere innlemmet i Runavíkar kommuna. Funningur innledet et interkommunalt samarbeid med Runavík, og gikk endelig inn i kommunen med sine 72 innbyggere i 2009.