Jágr ble utsatt for flere skader under Vinter-OL i 2006 i Torino. Han ble skadet etter en fulltreffer fra Jarkko Ruutu i kampen mot Finland, hvilket krevde at øyebrynet måtte sys med flere sting. Men skaden var ikke så alvorlig som det først virket, og Jágr var i stand til å spille i de følgende kampene. Han klarte ikke å fullføre bronsemedalje-spillet på grunn av muskelskader, men til tross for disse problemene vant Jágr den andre OL-medaljen i sin karriere – denne gangen bronse.