Kris Commons startet sin profesjonelle fotballkarriere i Stoke City der han skrev under på sin første kontrakt da han fylte 17 år i august 2000. Han spilte ingen obligatoriske kamper for Stoke i 2000/01-sesongen, men han fikk sin debut for den 16. oktober 2001 da Stoke tapte 3-2 for Blackpool i Football League Trophy. Dette ble hans eneste kamp for Stoke i den sesongen, men i den påfølgende sesongen spilte han sine første ligakamper, og scoret sitt første ligamål for klubben fra Staffordshire. Ligadebuten kom 10. august 2002 mot Sheffield Wednesday, mens hans første ligascoring kom den 26. august 2002 i en kamp mot Norwich City. Totalt ble det 1 mål på 8 ligakamper for Commons i 2002/03-sesongen, og etter å ha notert seg for 4 ligamål på 33 kamper i 2003/04-sesongen ble han solgt for £300 000 til Nottingham Forest den 1. juli 2004.