Håbrekke var leder i Sør-Trøndelag KrFU 1992–1994 og leder i KrFU på landsplan 1996–1999. Under Kjell Magne Bondeviks andre regjering var Håbrekke politisk rådgiver og statssekretær for statsråd Einar Steensnæs i Olje- og energidepartementet 2001–2004 og statssekretær for statsråd Knut Arild Hareide i Miljøverndepartementet 2004–2005. Håbrekke var medlem av Kristelig Folkepartis sentralstyre 2003–2009. Han var innvalgt på Stortinget fra Sør-Trøndelag på et utjevningsmandat 2009–2013, og satt i Stortingets familie- og kulturkomité. Partiet mistet sitt mandat i 2013. Ved stortingsvalget i 2017 var han medlem av riksvalgstyret.