I 1961 ble den sosialistiske organisasjonen 'Frente Sandinista de Liberación Nacional' (FSLN), kjent som Sandinistene, stiftet. De drev geriljakrigføring mot regimet, uten særlig suksess gjennom hele 1960-tallet. I 1972 ble Managua rammet av et stort jordskjelv som gjorde omfattende skader. Nødhjelp kom fra utlandet, men Somoza sørget for at oppbyggingen av byen ble gjort av hans egne selskaper; noe som førte til økt motstand mot regimet, og økt støtte til FSLN. En blodig borgerkrig brøt ut, som endte med at Somoza og andre medlemmer av regimet flyktet til USA (hvor han ble nektet innreise og derfor dro videre til Paraguay) og at opprørerne fikk makten i 1979. En midlertidig junta med sandinistlederen Daniel Ortega i spissen ble satt opp.