Den første kirken på Fedje ble bygget i 1659. Før den tid hadde det stått et korhus, trolig der kirken står i dag. Fedje hørte da til Lindås kirkesogn og sogneprest her i 1636 var Lytich Hansen Ovenstad. Han nevnte korhuset for første gang dette året og omtalte det som «æld gammelt» og at det var mer likt «et fæhuus» enn en kirke. Alterringen skal ha gitt rom for fem-seks mennesker om de knelte tett rundt presten, og nattverden måtte han dele ut «med indkorted Arm», fordi det var så trangt om plassen. Den siste gudstjenesten i dette korhuset ble holdt 24. april 1659, tredje søndag etter påske, før det ble revet.