Fra begynnelsen av 1100-tallet vokste Třeboň frem som en landsby langs handelsruten mellom Bøhmen og Østerrike. I 1366 la den adelige Rosenberg-familien (tsjekkisk: Rožmberk) landsbyen under seg, og startet for alvor å utvikle byen med nye festningsverk og et nettverk av fiskedammer fra det tidligere myrlandskapet. Etter tredveårskrigen og flere pestutbrudd gikk byen inn i en nedgangsperiode.