I 2000 ble det utskrevet en arkitektkonkurranse, som ble vunnet av kölneren Oswald Matthias Ungers. Komplekset skal opprustes etter hans planer. Ettersom de innebærer relativt store endringer i komplekset, som stort sett har stått uforandret siden 1930, er planene svært omstridte. Det bestående inngangsbygget i Ehrenhof fra 80-tallet skal erstattes, og det skal bygges en fjerde fløy i syd, hvor det nå er åpent. Forbindelsen til de andre museene skal følge en på sokler. Også dette er omstridt, både på grunn av kostnadene og det pedagogiske konseptet. Saneringsarbeidene har foregått siden 2008. En total stengning av museet er ikke aktuelt.