Sidekjedene fra aminosyrene vil enten stikke opp fra eller ned fra planet som dannes av flaket. Annenhver sidekjede stikker opp, og den andre er rettet nedover. Sidekjedene langs samme tråd har derfor lite eller ingen interaksjoner med hverandre, siden avstanden mellom dem er stor. Sidekjeder i ulike tråder kan lettere ha interaksjoner, siden de ligger ganske nær hverandre. Tyrosin, fenylalanin, tryptofan, treonin, valin og isoleucin finnes ofte i midten av et β-flak, mens prolin gjerne finnes i trådene på i enden av flaket.