Innsjø smådøgnflue finnes i små bekker og større elver med rennende vann. Den er den eneste norske arten i slekten som også lever i innsjøer. Den lever mesteparten av sitt liv som larver eller nymfer. Eggene slippes av hunnen ned på vannoverflaten. De synker straks til bunnen. Nymfene lever nedgravd i bunnmaterialet, i mudder og sand på bunnen. De spiser små partikler av organisk materiale, som alger, planterester eller råtnende planter. Men også av andre mindre dyr. I Norge har den vanligvis et nymfestadium på 1 år.