På grunn av at Ndongo var blitt svekket etter krigene mot portugiserne og imbangalaene, forsøkte Njinga – i det minste midlertidig – å få til en avtale med portugiserne. Før broren døde, hadde hun gått over til katolisismen og latt seg døpe i Luanda. Nå tillot hun at misjonærer og slavehandlere skulle få tilgang til Ndongo. Da en ny portugisisk guvernør ankom, forverret forholdet seg mellom Ndongo og portugiserne. Etter at Ndongo ga beskyttelse til slaver som var rømt fra portugisiske plantasjer, lyktes portugiserne i å jage Njinga på flukt østover i 1629 og erstatte henne med en hersker, uten makt og mektige allierte, som var gunstigere for dem.