Så snart han var blitt pave forsøkte Urban å starte et nytt korstog mot Konstantinopel for å gjenopprette det latinske riket som hadde gått tapt et par uker før han tiltrådte som pave. Men vanskelighetene i hans nærområde var altfor store til at han skulle kunne gjennomføre denne planen. Manfred var i hele pontifikatet en svoren fiende, ikke uten fremgang, og hadde ghibellinerne og sarasenerne med seg. Guelferne led mange militære nederlag mot ghibellinerna i Urbans pontifikat, og Kirkestaten mistet blant annet Lucca på grunn av dette.