I august 1944 ble Kristoffersen gitt nytt oppdrag i Osloområdet. Han opererte en radiosender fra Ullevål sykehus under dekke av å være lege. En annen radiosender ble drevet fra Krokskogen. I februar 1945 ble Kristoffersen arrestert, torturert og satt som fange på Akershus festning inntil freden kom.