I sitt verk (1524 – om den frie vilje), analyserer han det han oppfattet som åpenbare lutherske overdrivelser hva gjelder den menneskelige frihets begrensninger. Luther tok dette meget ille opp og svarte med skriftet (1525 – om den trellbundne vilje), der han ikke bare angrep Erasmus' verk, men også Erasmus personlig, og hevdet at Erasmus ikke var kristen.