I 1769 ble Scopoli professor for kjemi og metallurgi ved gruveakademiet i Schemnitz (nå Banská Štiavnica, Slovakia), og i 1777 overført til universitetet i Pavia. Han ble en bitter rival av Lazzaro Spallanzani som ble anklaget for å stjele spesimener fra museet i Pavia. Spallanzani ble stilt for retten, og den langvarige rettssaken endte med frifinnelse. Scopoli døde av slag kort tid etter Spallanzanis frifinnelse.