Den tredje splittelsen oppstod i 1912, da en delgruppe av kirken ville ha et overhode som var likestilt med, ikke underordnet, patriarken av Antiokia. Denne grupperingen antok på 1930-tallet navnet og ble ledet av den forhenværende syrisk-ortodokse metropolitten Mar Dionysius VI, som hadde blitt ekskommunisert i 1911. Uenigheten eskalerte i 1912 ved at utbrytergrupperingen oppnevnte en Østens katolikos som sitt overhode. Etter forsøk på forsoning ble kirkene gjenforent i 1958, men i 1975 oppstod det endelige bruddet.