Mekanisk avlusning er en mindre benyttet metode, spesielt brukt på fartøy som primært blir benyttet til behandling av lus hos fisk. Metodens popularitet øker stadig. Lusen blir fjernet mekanisk fra fisken med roterende børster, spyling eller trykkluft. Den blir pumpet om bord i skipet, sendt gjennom et rørsystem, før den blir sluppet tilbake i merden. Mekanisk avlusning er en av metodene for avlusning som rammer fisken hardest med tanke på stress og dødelighet. Dette er blant annet fordi større og mer lus trenger hardere spyling / børsting for å fjernes. Fisken tåler heller ikke mer enn en mekanisk lusebehandling.