Med et introduksjonsbrev fra naturforskeren Johann Friedrich Blumenbach til Joseph Banks reiste han til England, der Banks og andre medlemmer av African Association aksepterte hans tilbud i 1809 om å lede en ekspedisjon for å oppdage kilden til elven Niger. Som forberedelse studerte han arabisk ved University of Cambridge en kort periode, før han reiste til Malta i mars 1809 og samme høst til Aleppo i Syria for å lære arabisk og studere islamsk rett. Burckhardt mente oppdagelsesreisen ville bli lettere om han fremstod overbevisende som muslim. Han tok navnet Sheikh Ibrahim Ibn Abdallah, ble flytende i arabisk i løpet av to år og tilegnet seg en omfattende kunnskap om islam.