Zelenkas verk karakteriseres av en avansert bruk av kontrapunktikk, ekstreme krav til spille- og sangteknikk og av stor oppfinnsomhet og innfallsrikdom. Han sidestilles med de aller fremste komponister i sin generasjon, som Johann Sebastian Bach og Georg Friedrich Händel. Zelenka benevnes iblant som «Bachs katolske motstykke».