Frem til 1993 het komiteen Kirke- og undervisningskomiteen, og komiteen forberedte saker til Kirke- og undervisningsdepartementet. Departementsstrukturen for kirke-, kultur- og utdanningsaker ble endret flere ganger på 80-, 90- og 00-tallet, og det var primært kirkesaker som ble flyttet rundt. Fra 1993 het komiteen Kirke-, utdannings- og forskningskomiteen. Det skjedde etter endring i departementsstrukturen i 1991, da gikk kirkesakene tilbake, fra det som fra 1991 het Kulturdepartementet, til Kirke-, utdannings- og forskningsdepartementet. I 2002 ble kirkesaker flyttet tilbake til Kulturdepartementet, og Kirke-, utdannings- og forskningsdepartementet byttet navn til Kunnskapsdepartementet i 2006.