Slik Mariager kirke fremstår i dag er den en beskjeden bygning sammenlignet med dens opprinnelige utforming. Etter at klosteret ble lagt ned ble kirken alminnelig sognekirke for Mariager by. Vedlikeholdet av den store kirken var en for stor oppgave for den lille kjøpstaden, og kirken forfalt. I 1788-89 ble det gjennomført en radikal redkusjon og oppussing av bygningen ved Horsens-arkitekten Anders Kruuse. Hele kirkens østlige del ble revet og erstattet av et lite, lavt kor. I 1931-33 forhøyet man det lille koret.