Slovakia erklærte seg som autonomt (selvstendig) område 6. oktober 1938. Tsjekkoslovakia ble, under navnet Tsjekko-Slovakia, en føderal stat som resultat av München-avtalen. I løpet av vinteren presset Tyskland på for nye innrømmelser blant at Tsjekkoslovakias hær skulle trappes ned til en vaktstyrke, at den antityske bevegelsen i landet skulle undertrykkes og at tyske kjøretøy skulle få fritt leide gjennom landet. I begynnelsen av mars 1939 skapte separatister uroligheter i Karpato-Ruthenia og i Slovakia delvis tilskyndet av den etnisk tyske minoriteten og av det tyske utenriksdepartementet. Separatistene i Ruthenia ble oppildnet av ungarske myndigheter. Regjeringen i Praha svarte med å gi den tsjekkiske generalen Prchala alle fullmakter i Karpato-Ruthenia (6. mars) mens Tiso ble avsatt som Slovakias leder og slovakiske separatister (blant annet Ďurčanský og Tuka) ble arrestert (10. mars). Karel Sidor ble innsatt som statsminister etter Tiso og presidenten innførte unntakstilstand i Slovakia. Hlinkagarden og den tyske minoriteten innledet samtidig et væpnet opprør. Tiso reiste 13. mars til Berlin for å få Hitlers støtte og returnerte dagen etter. Tyske myndigheter la samtidig sterkt press på sentralregjeringen i Praha om å godkjenne Slovakias uavhengighet. Praha gikk med på kravet og 14. mars reiste president Emil Hácha til Berlin der han ble utsatt for et voldsomt press om gå med på tysk kontroll over hele Bøhmen og Mähren. Den østligste delen av Tsjekkoslovakia ble Karpato-Ruthenia, en autonom region (på linje med Slovakia) under navnet Karpato-Ukraina. Ved den oppløsningen av Tsjekkoslovakia 15. mars 1939 ble området okkupert av Ungarn og gjort til regionen Kárpátalja.