Etter tre år i Beijing reiste Marignolli over land og sjø til Sørindia, der han ankom Kollam (Quilon) palmesøndag 1348. Har fant han en latinsk kirkemenighet, som han betjente i ett år og fire måneder. Han utsmykket deres kirke med malerier før han reise videre. Dessuten reiste han en marmorsøyle med et kors, med indisk og latinsk innskrift, det pavelige og sitt eget våpen. Dette kunne bevitnes så sent som i 1662 av den nederlandske geistlige Philipp Baldaeus, men da - 200 år etter - ble den lokalt tilskrevet apostelen Thomas.