Haneborg Hansen ble født på Lysaker utenfor Kristiania som sønn av prest, cand. theol Julius Hansen fra Hvaler og Aurora Laurine Haneborg (Haneborg). Begge foreldrene var av bondeslekt, faren kom fra gården Kjølholt på Kirkøy, Hvaler, og moren fra Haneborg på Aurskog. Faren var en periode vikarierende sogneprest i Gamle Aker i Oslo. På farssiden var han nevø av stortingsmannen fra Venstre Ole Kristian Hansen (Kjølholdt).