Etter å ha blitt avvist av universitetet søkte Andersen avskjed fra stillingen som lærer for å vie seg til fortsatt polemikk med teologene. I 1902 skrev han en tysk artikkel om nattverden i , og i 1904 ble doktoravhandlingen oversatt til tysk. Andersens arbeid ble rost i flere utenlandske tidsskrifter, og hans venn Anathon Aall forsøkte på dette grunnlaget å få universitetet til å omgjøre sin beslutning. Det historisk-filosofiske fakultetet opprettholdt imidlertid forkastelsen av avhandlingen ved en avstemning i 1909. I stedet ble han ansatt som lektor i latin ved universitetet i 1910. Han fikk også en viss oppreisning ved at den tyske teologen Adolf von Harnack under sitt foredrag i Kristiania i 1910 spesielt fremhevet ham som en betydelig forsker.