Fra 1993 til 1996 var Giacomo Morandi sogneprest i Fiorano Modenese, og fra 1996 til 2012 direktør for bispedømmekontoret til hans erkebispedømme for bibelarbeid. Siden 2002 har han også vært kapellan for katolske leger i bispedømmet og siden 2005 biskoppelig vikar for katekese, evangelisering og kultur, senere også dekan for katedralkapittelet i Modena. I november 2010 ble Morandi generalvikar for erkebispedømmet Modena-Nonantola.