Johnsen startet sin karriere som liten gutt i Fotballklubben Eika Krapfoss, etter hvert i Moss, og ble senere proff i Bayern München. I 1989 gikk han til engelske Chelsea, hvor han spilte i åtte år. I 1994 pådro han seg tidenes raskeste gule kort i en FA-cup-finale da han etter 27 sekunder taklet Ryan Giggs i knehøyde. Han ble engelsk cupmester i 1997. Senere samme år returnerte han til norsk fotball og Rosenborg. Han avsluttet spillerkarrieren i Strømsgodset.