Man tror at Mixco Viejo var hovedstaden i kongeriket Poqomam, som opprinnelig het Saqik'ajol Nimakaqapek. Byen hadde omtrent 10 000 innbyggere på det meste, på begynnelsen av 1500-tallet. Mixco Viejo ble erobra og ødelagt av spanjolen Pedro de Alvarado i 1525 etter en tre måneder lang beleiring.