I åpningskampen i VM-sluttspillet i 1990 gjorde Pumpido en svak innsats på Francois Omam-Biyiks heading som førte til kampens eneste mål da Argentina overraskende tapte for . I Argentinas andre gruppespillskamp, mot , pådro Pumpido seg et benbrudd i kollisjon med lagkamerat Julio Olarticoechea, som satte ham på sidelinjen resten av turneringen. Siden andrevalget Luis Islas var blitt utelatt fra troppen som følge av at han satte garantert spilletid som krav for sin deltakelse, fikk Sergio Goycochea plassen mellom stengene. Goycochea presterte over all forventning og fikk, med bl.a flere strafferedninger, mye av æren for at Argentina gikk hele veien til finalen, hvor laget tapte mot .