Ordningen er hjemlet i skatteloven og administreres av Norges forskningsråd. Søknadene til SkatteFUNN har problemstillinger innenfor alle fagområder, men et SkatteFUNN-prosjekt må alltid være målrettet og avgrenset og handle om å utvikle en ny eller forbedret vare, tjeneste eller produksjonsprosess som er til nytte for bedriften.