Sentralbanken har sitt opphav i Banque de Madagascar, etablert i 1925, som hadde ansvaret for utstedelse av gassisk franc (valutakode MGF). Gassisk franc var valutaen på Madagaskar fra 1925 til 2005. I 1945 ble Banque de Madagascar et des Comores etablert, og det ble etablert en felles valuta med Komorene; madagaskar-komorisk franc (valutakode XMCF).