Gruppen returnerer til Alexandria, og Garnet blir kronet til dronning. Etter det angriper Kuja Alexandria med Bahamut. Eiko og Garnet tilkaller den legendariske eidolenen Alexander, som holder til innenfor Alexandrias kongelige slott. Alexander sprer vingene sine ut av slottet og beskytter det fra Bahamuts kraftfulle angrep. Til slutt overmanner Alexander Bahamut. Kuja prøver å få kontroll på Alexander med hjelp av Invincible, men blir hindret av en mystisk gammel mann kalt Garland, som ødelgger Alexander og deler av Alexandria. Kuja, som fortsatt er innstilt på å mestre en kraftfull eidolon for å bekjempe Garland, begynner å fokusere på Eiko. Gruppen finner Kujas tilholdssted, Desert Palace, og planlegger et angrep. Men Kuja setter dem i fengsel og rømmer med Eiko for å trekke ut eidolonene hennes. Under uttrekkingsforsøket, bruker Eikos vokter-Moogle, Mog, Trance for å forvandle seg til sin ekte form, eidolonen Madeen, og stopper prosessen. Etter at Kuja lærer om kreftene til Trance, rømmer han for å fremme sitt mål om å bekjempe Garland. Gruppen redder Eiko og finner også Hilda, som forvandler Cid tilbake til menneskeform. Han er dermed i stand til å utforme et luftskip for gruppen som ikke trenger å bruke Mist som drivstoff.