Byen nådde sitt høydepunkt på 1100-tallet, da befolkningstallet nådde om lag 200 000. Den fungerte som Egypts administrative sentrum fram til dens egen vesir, Shawar, lot brenne ned byen for å forhindre at rikdommene dens skulle falle i hendene på de invaderende korstogssoldatene. Det som var igjen av byen, ble seinere slått sammen med det nærliggende Kairo, som hadde blitt grunnlagt nord for Fustat år 969, da de tunisiske fatimidene erobra regionen og grunnla den nye byen som et kongelig område for kalifen. Området lå seinere ubrukt i hundrevis av år og ble brukt som søppeldynge.