Da det ikke fantes utsikter til å få noe ordinært professorat, reiste Mannhardt i 1862 like godt hjem til foreldre i Gdańsk. Her ble han i 1863 bibliotekar ved Danziger Stadtbibliothek, en stilling som inntil hans død skulle bli hans hovedbeskjeftigelse. Samme år kom en publikasjon der han viet seg til den politiske virkelighet. Påvirket av den rådende krigshissing i forkant av den Schleswig-holsteinske krig, reiste han spørsmålet og argumenterte for sine synspunkter vedrørende retten til å vegre seg mot såkalt forsvarstjeneste.