Valg til den nye kongressen ble avholdt over hele Sovjetunionen i mars og april 1989. Som generalsekretær i kommunistpartiet kunne Gorbatsjov bli tvunget til å trekke seg når som helst hvis sterke nok krefter i partiet gikk inn for det. Siden mange av reformene var upopulære i partiet gikk Gorbatsjov inn for å samle makten i en ny stilling kalt «president av Sovjetunionen». Dette vervet skulle være uavhengig av kommunistpartiet og sovjetene (rådene). Den 15. mars 1990 ble Gorbatsjov valgt som landets første utøvende president. Samtidig ble grunnloven endret slik at SUKP mistet politisk makt.