I 2003 kom også den første endringen på uniformene fra 1996. På både de hvite og grønne skjortene fikk numrene en sort skygge og sølvfarget kant. Stripen på buksene ble endret fra sort-grønn-sort til sort-sølv-sort, og fra en solid sort stripe til en sort og en sølvfarget stripe med en smal hvit stripe mellom dem på de mindattsgrønne buksene. Laget debuterte også en alternativ trøye i 2003 med en grønn (istedenfor sort) skygge på hvite numre med en sølvfarget kant. Dise sorte skjortene har blitt brukt i to hjemmekamper per sesong. I sesongfinalen på hjemmebane i 2003 og 2004 brukte laget grønne bortebukser med sorte skjorter, men tapte begge kampene. Siden da har Eagles kun brukt de sorte trøyene med hvite bukser. Siden de spesielle 75-årsjubileumsuniformene var "alternative" i en kamp i 2007 kunne ikke Eagles bruke de alternative sorte skjortene den sesongen på grunn av ligaens regler. Kombinasjonen kom derimot tilbake under Thanksgiving-kampen i 2008 mot Arizona Cardinals. Fra 2006 til 2013 brukte Eagles kun den alternative sorte trøyen en kamp i sesongen, men brukte dem ikke i 2007, 2010 og 2011. I 2007- og 2010-sesongene brukte Eagles throwback-uniformer istedenfor de sorte for å feire tidligere lag. Laget begynte å bruke sorte sko i 2004.