Byen ble en kongelig residens etter at Sjesjonk I, den første herskeren av det 22. dynasti, ble farao i 943 f.Kr. Bubastis var på sin fremste tid under dette dynastiet og i det 23 dynasti. Byen fikk tilbakegang etter den persiske erobringen av Kambyses II i 525 f.Kr., hvilket førte til en slutt på det 26. dynasti og begynnelsen på det persiske akamenidedynastiet.