Gjennom spesielle geologiske forhold kan ferskvann oppta betydelige mengder med karbondioksid, som vann fra mineralkilder eller i innsjøer i utdødde vulkaner, kalt . I sjeldne tilfeller inntreffer naturkatastrofer på grunn karbondioksid. I 1986 inntraff en katastrofe på Lake Nyos i Kamerun. Innsjøen ligger i et gammelt vulkankrater i Oku-vulkansk område. Et magmakammer strømmet ut i innsjøen, og karbondioksid ble oppløst i vannet slik at det ble mettet. Sannsynligvis forårsaket et jordras at store mengder karbondioksid fra innsjøen ble sluppet ut, noe som drepte omkring 1700 innbyggere og 3500 dyr i omkringliggende landsbyer. I 1984 inntraff en liknende katastrofe ved Lake Monoun der vannet ble mettet med karbondioksid på grunn av en slik hendelse. Under denne spontane frigjøringen av karbondioksid omkom 37 mennesker. Dessuten har Kivusjøen i Sentral-Afrika høye konsentrasjoner av oppløste gasser på dypt vann. Det er anslått at rundt 250 km³ karbondioksid er oppløst i denne innsjøen.