På grunn av skadeproblemer spilte Kruys kun fire kamper i sin første sesong for klubben. I 2009, som skulle bli Kruys beste sesong for Malmö FF, spilte han 13 kamper, men han slet fortsatt med skader. I 2010-sesongen hadde Kruys igjen problemer med skader, og spilte kun fire kamper denne sesongen. Tidlig i 2011 fikk Kruys tillatelse fra klubben til å se etter en ny klubb for å få påbegynt karrieren igjen.