Andre Braugher, den yngste av fire søsken, var sønn av en postfunksjonær og hennes ektemann Floyd Braugher. Han studerte ved Chicagos St. Ignatius College Prep, drevet av jesuittordenen, og ble uteksaminert fra Stanford University med en bachelorgrad i teater i 1984. Braugher gikk deretter på The Juilliard School i New York, hvor han tok eksamen i 1988.