Imidlertid falt sammensvergelsen raskt sammen grunnet indre motsetninger. Basiliskos tok tronen for seg selv, og fikk Verinas elsker og kandidat Patricius drept. Han tillot også pøblene i Konstantinopel til å drepe alle isaurianere som de kom over, en episode som ødela hans tilknytning med den isaurianske generalene Illus og Trocundes. Basiliskos utpekte sin nevø Armatus til , noe som gjorde Theodoric Strabo til en fiende. Ettersom Zenon ikke hadde etterlatt penger ble Basiliskos tvunget til å pålegge store skatter. Til sist gjorde han kirken til en fiende ved å støtte monofysittismen. Folket i hovedstaden ønsket å gi ham skylden for en stor brann som brente ned flere deler av byen. Med hemmelig støtte fra senatet, og med hjelp av bestikkelser betalt av Zenon aksepterte Illus å skifte side og slå sin hær sammen med Zenon, og sammen marsjerte de mot Konstantinopel. Basiliskos forsøkte å skaffe eg folkelig støtte og en sendte en annen hær mot Zenon under ledelse av sin nevø Armatus. Zenon lyktes å bestikke også Armatus og lovte å bekrefte hans posisjon som for livet og lovte å forfremme hans sønn (også ved navn Basiliskos) til rangen som . Armatus' hær forhindret således ikke at Zenons soldater marsjerte mot Konstantinopel, og uten støtte fra Theodoric Strabo og hans hær var Basiliskos' skjebne forseglet. Han flyktet med sin familie til den store kirken Hagia Sophia. I august 476 beleiret Zenon Konstantinopel. Senatet åpnet byens porter og tillot den avsatte keiseren igjen å ta tronen. Basiliskos flyktet til en helligdom i en kirke, men ble forrådt av patriarken Acacius. Basiliskos overga seg selv og sin familie til keiseren under løftet fra Zenon at de ikke skulle bli skadet. Basiliskos og familien hans ble sendt til festning i Cappadocia, hvor Zenon fikk dem innestengt i en tørr cisterne hvor de døde.