Han ble ordinert til katolsk prest den 20. desember 1879 av biskop John Hennessy for bispedømmet Dubuque. Han var den første katolske prest født i Iowa. Han virket i Dubuques menighetssjelesorg, først i Vail og deretter i Marshalltown. I Marshalltown grunnla han til minne om sin bror, Thomas Mathias Lenihan, som hadde tjent som biskop av bispedømmet Cheyenne.