I sesongen 2006/2007 etablerte Gómez seg som en av Bundesligas toppscorere. Han brakk imidlertid hånden i mars 2007 og røk et korsbånd i det venstre kneet. Han gjorde comeback i mai, og scoret umiddelbart etter at han kom inn fra reservebenken. I denne kampen vant VfB 3-2 over Bochum, og hadde dermed ledelsen med to poengs margin før siste serierunde. Der vant de hjemme mot Energie Cottbus, og ble dermed tyske mestre. Etter sesongen ble han kåret til Årets spiller i Tyskland for 2007. I juli 2007 forlenget Gómez kontrakten med Stuttgart til 2012.