Fra 1100-tallet begynte Clunys betydelige finansielle problemer, hovedsakelig på grunn av byggingen av det tredje kloster. Veldedighet gitt til de fattige økte utgiftene. Klosterets innflytelse ble gradvis svekket mens andre religiøse klosterordener hadde framgang, først cistercienserordenen og deretter tiggermunkene på 1200-tallet. Svak ledelse av eiendommene og uvillighet til å la datterselskap betale årlige skatt bidro også til å minske Clunys inntekter.