President Mahamadou Issoufou utnevnte i april 2016 Ben Omar til minister for høyskoler, forskning og innovasjon under statsminister Brigi Rafini. I april 2017 oppstod det studenturoligheter, og én student mistet livet da politiet grep inn med makt. Etterpå måtte Mohamed Ben Omar fratre fra ministeriet. Han byttet plass med Yahouza Sadissou og ble så minister dor sysselsetting, arbeid og sosial sikkerhet.