Kirken bevarte gode relasjoner til de andre tomaskristne kirkene. I begynnelsen av 1800-tallet hjalp den uavhengige malabarisk-syriske kirke flere ganger med ordinasjonen av syrisk-ortodokse metropolitter, slik at den apostoliske suksesjonen ble opprettholdt. 1948 opprettet den uavhengige malabarisk-syriske kirke en formell kommunion og nært samarbeid med den anglikanske Mar Thoma-kirken, som også gikk ut fra den syrisk-ortodokse kirke av Malankara. Siden 1989 består også en kommunion med Church of England.