Arafats evne til å tilpasse seg nye taktiske og politiske situasjoner, ble muligens satt på prøve av organisasjonene Hamas og Islamsk Jihads fremvekst. Dette var islamske grupper som gikk mot Israels eksistens, og som tok i bruk nye taktikker som selvmordsbombing, ofte mot ikke-militære mål som kjøpesentre og kinoer, for å gjøre mest mulig psykologisk skade og ta flest mulige sivile liv. På 1990-tallet så disse gruppene ut til å vanskeliggjøre Arafats arbeid med å opprettholde en samlet, sekulær og nasjonalistisk organisasjon hvis mål var å danne en egen stat. Arafat så ikke ut til å ha noen innflytelse eller kontroll over disse gruppene, som aktivt kjempet imot Fatah. Enkelte hevder også at Arafat godtok deres handlinger for å legge mer press på Israel.