Ene Ergma var medlem av Estlands riksforsamling Riigikogu fra 2003 til 2015, som representant for Res Publica og senere Fedreland. Hun var Riigikogus president fra 2003 til 2006 og fra 2007 til 2014. Ergma ivret sterkt for et estisk EU-medlemskap foran folkeavstemningen i 2003, og «kombinerte en formidabel intelligens med en jordnær stil som tiltalte mange estlendere», slik to utenlandske journalister observerte det.