Charles George Gordon, som da var guvernør over Ekvatorialprovinsen, hørte om Emin og inviterte ham til å bli øverste militærlege i provinsen. Emin ankom dit i mai 1876. Gordon sendte straks Emin på diplomatiske reiser til Buganda og Bunyoro i syd, der han ble populær med sitt beskjedne vesen og sitt flytende luganda.