Wanké gikk inn i det nigerske militæret, hvor han avanserte til majors grad. 9. april 1999 ledet han et statskupp hvor president Ibrahim Baré Maïnassara, som selv hadde tatt makta i et kupp, ble styrtet og myrdet. De to følgende dagene var det mye politisk usikkerhet i landet, siden statsministeren Ibrahim Hassane Mayaki og flere andre kunne kreve stillingen som president. 11. april krevde Wanké denne stillingen, som leder for en overgangsregjering som lovet å holde valg senere samme år.