Handlingen i Final Fantasy XI foregår i verdenen Vana'diel. Når du starter å spille velger du en figur du vil være. Deretter får du valg angående utseende, navn og hjemby. Etter denne prosessen er ferdig blir du automatisk flyttet til en av serverne, hvis du kjenner noen som allerede spiller kan du imidlertid få en kode, et såkalt «world pass» som kan plassere deg i den du kjenner sin server.