Ved det tyske angrepet på Norge 9. april 1940 var DS «Finmarken» i Måløy på sørgående. Hun ble straks rekvirert av den norske marinen, og benyttet til å transportere tropper til Nordfjordeid og deretter skjult i Hyen. De tyske styrkene nærmet seg raskt, og da de inntok Sandane besluttet kaptein Falck å prøve å unnslippe. I tåke og med 7 manns besetning førte han skipet ut fjorden for å prøve å ta seg over til Shetland. DS «Finmarken» hadde ikke nok kull ombord til overfarten, og seilte i stedet nordover. 9. mai 1940 ankom skipet hjemmehavnen Stokmarknes tom for kull. 8. juni gjorde hun et nytt forsøk på å nå Storbritannia, men måtte snu da tyske bombefly gikk til angrep. Da de norske styrkene kapitulerte, lå skipet på verksted i Tromsø for å utbedre skadene hun fikk under flyangrepet. Hurtigruten begynte snart å gå igjen, og DS «Finmarken» seilte nesten uavbrutt gjennom hele krigen. Under tvangsevakueringen av Finnmark høsten 1944 var skipet en kortere periode rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten.