Til tross for dette ble han den 3. desember 2004 utnevnt til statsminister i Kosovos regjering. I mars 2005 meddelte han sin avgang som statsminister i grunnet disse anklagene og i påvente av en forventet rettssak i Haag. Han ble avløst som statsminister av Bajram Kosumi, som hadde oppgaven i ett år, til mars 2006. Fra 2007 var Agim Çeku statsminister i Kosovo, men ble avløst av tidligere KLA-leder Hashim Thaçi i desember 2007.