Wissowa gikk på skole i Breslau og studerte ved Universität Breslau og Ludwig-Maximilians-Universität München. Han tok doktorgraden i Breslau i 1880 og habiliterte seg samme sted i 1882. I 1886 ble han utnevnt til professor ved Universität Marburg og i 1895 fikk han en lærestol ved Universität Halle.