Den 22. januar 1946 ble etableringen av Republikken Mahabad proklamert, og Qazi Muhammed ble valgt til republikkens president. Den 15. desember samme år gjenvant iranske styrker kontroll over området. Qazi Muhammed ble fengslet 18. desember og etter avhør i en iransk militærdomstol ble han dømt til døden for forræderi. Han ble hengt sammen med sin bror, Sadr Qazi, på torget i Mahabad 31. mars 1947.