Nilsen var sønn av en arbeider. Selv ble han fogd i Senjen og Tromsø fogderi til han i 1822 ble sorenskriver i samme fogderi. Han fikk stor innflytelse for utviklingen av Tromsø som by ved at anslagsvis 36 handelsmenn i distriktet ble pålagt å ta borgerskap i Tromsø og betale skatt dit. Han sørget også for at byen fikk et fengsel. Fra 1837 var han stiftamtskriver i Bergen, der han døde fire år senere.