Atkinson vokste opp på Windwardøyene i Karibia. Han tok utdanning i London og hadde sin turnustjeneste ved St. Thomas' Hospital. I 1908 ble han militærlege i Royal Navy, basert ved marinenhospitalet i Gosport i Hampshire. Han var først og fremst forsker, og hadde publisert en artikkel om gonoréisk revmatisme da han ble utpekt til ekspedisjonslege og parasittolog på Scotts sydpolsekspedisjon.