Invasjonen av Konoha starter under kampen mellom Uchiha Sasuke og Gaara. Shikamaru gjør sitt beste for å holde lav profil, men blir allikevel påtvunget å bli med på teamet som skal følge etter Sasuke som følger etter den ustabile Gaara. Mens de følger etter Sasuke oppdager de at det er ni ninjaer fra Sound Village som er etter dem. Shikamaru konstaterer at disse ni var spesielt trent til dette. De ni ninjaene var antageligvis mye bedre enn dem selv og derfor bestemmer de seg for at en av dem skal prøve å oppholde dem. Shikamaru påtar seg ansvaret å oppholde dem lenge nok til at resten av teamet ta igjen Sasuke. Shikamaru vet at Shadow Imitation er perfekt til å oppholde ninjaene, og legger en plan. Han planter fotspor og fører ninjaene rett inn i en felle. Shikamaru klarer å fange åtte av ninjane i Shadow Imitation teknikken sin, men den niende ninjaen fulgte etter gruppen i tilfelle bakholdsangrep. Shikamaru klarer ikke å produsere nok chakra til å fange den siste, men Asuma kommer til unsettning og redder Shikamaru.