Mendes vokste opp i Pickering, en forstad til Toronto, Ontario, Canada.. Han er sønn av Karen Rayment og Manuel Mendes. Familien er av portugisisk og britisk opphav. Shawn Mendes har en lillesøster som heter Aaliyah. En av Mendes' bestevenner er sangeren Camila Cabello. De to møttes da de lagde sangen som kom ut i 2015.