Det lot seg ikke forhindre at Innitzer ble en stadig mer omstridt figur etterhvert som man reflekterte mer og mer over førkrigsårene. Han ble klandret for en vaklende og politisk naiv holdning til nazistene i begynnelsen av 1938. Hans ukritiske holdning til Dollfuss' stenderstat under de forutgående år var også en belastning som bidro til å fremmedgjøre ham i befolkningen.