Den 5. mars 2005 spilte Craig Fagan sin første kamp for Hull i en ligakamp mot Tranmere Rovers. Fagan startet på benken, ble byttet inn i det 60. spilleminutt og scoret Hulls tredje mål i det 69. spilleminutt i denne kampen som Hull til slutt vant 3-1. Totalt spilte Fagan 12 ligakamper og scoret 4 ligamål på slutten av 2004/05-sesongen for , og klubben endte til slutt på 2.-plass i Football League One og rykket dermed direkte opp til Football League Championship. I 2005/06-sesongen fikk han bokført 41 ligakamper og 5 ligamål for klubben fra East Riding of Yorkshire, mens han i første del av 2006/07-sesongen spilte 27 ligakamper og scoret 6 ligamål for Hull før han i januar 2007 ble kjøpt av Derby County for £750 000.