Čiurlionis var den eldste i en søskenflokk på ni barn. I 1878 flyttet familien til Druskininkai der faren arbeidet som kantor. Mellom 1894 og 1899 studerte Čiurlionis ved musikkonservatoriet i Warszawa. Ved århundreskiftet fulgte noen år med komponiststudier i Leipzig og årene 1904 til 1906 studier i tegning i Warszawa.