Med unntak av kystsletten langs Beauforthavet i nord, er det meste av Yukon en del av Kordillerene, og terrenget preges av fjellkjeder, platåer og elvedaler. Som det meste av Kordillerene, er Yukon sammensatt av et mangfoldig utvalg av bergarter, som i stor grad har blitt påvirket av folding, forkastninger og metamorfose under forskjellige deformasjonshendelser de siste 190 millioner årene. I øst finnes foldede sedimentære bergarter dannet i paleozoisk og mesozoisk tid. Den midtre delen inkluderer sedimentære, metamorfe og vulkanske bergarter som ble dannet fra prekambrisk til mesozoisk tid, mens plutonske mesozoiske og tertiære granitter utgjør kjernen i den vestlige sektoren.