Muhsfeldt ble arrestert av amerikanske styrker og for drap på fanger i Flossenbürg konsentrasjonsleir. Han dømt til livsvarig fengsel 23. januar 1947. Han ble deretter utlevert til Polen i henhold til avtalen om at naziforbrytere skulle stilles for retten i det landet der forbrytelsene ble begått. I Polen avga han en omfattende forklaring om Josef Mengeles eksperimenter. I Auschwitzprosessen ble han dømt til døden 22. desember 1947 og hengt 28. januar 1948.