Han har i tillegg samarbeidet med en rekke musikere i ulike smågrupper, noe som har resultert i flere albumer og turneer og festivalspillinger i Norge, USA og Europa. Blant musikerne han har samarbeidet med er Peter Brötzmann, Evan Parker, Derek Bailey, Bjørn Kjellemyr, Terje Isungset og William Parker. Det mest langvarige samarbeidet de senere år er dagens utgave av Frode Gjerstad Trio hvor han spiller med trommeslager Paal Nilssen-Love og bassist Øyvind Storesund. Denne besetningen debuterte på Nattjazzen i Bergen i 1999 og har gitt ut fem album.