Mens Otto den store hadde benådet opprørske familiemedlemmer for sine forbrytelser, valgte Otto II en annen politikk. Han håpet i stedet å innordnet den bayerske linjen av ottonianerne under sin keiserlige autoritet. Henrik IIs fire år gamle sønn som også het Henrik ble sendt til Hildesheim for å studere til en geistlig karriere. Det ser ut som om Otto II mente å avslutte de bayerske ottonianernes sekulære kontroll over Bayern. Under en ny hertug ville Bayern forbli et avsidesliggende område av imperiet. Otto II skulle bare besøke hertugdømmet tre ganger i løpet av sin regjeringstid, alle gangene ledsaget av de militære.