Under andre verdenskrig skrev Stout færre detektivfortellinger, og sluttet seg til Fight for Freedom organisasjonen, og skrev propaganda. Han var vert for tre ukentlige radio show, og koordinerte de frivillige tjenestene til amerikanske forfattere for å styrke krigsinnsatsen. Etter krigen vendte Stout tilbake til å skrive Nero Wolfe romaner og ble gentleman bonde på eiendommen sin ved High Meadows i Brewster, nord for New York City. Han var president for Authors Guild og Mystery Writers of America, som i 1959 ga Stout Grand Master Award — den høyeste utmerkelsen i krimsjangeren.