Hutton begynte å studere jus ved universitetet i hjembyen, og fikk i studietida en lidenskapelig dragning mot naturvitenskapelig forskning. I stedet for å fullføre advokatutdanninga, bestemte han seg for å satse på medisin, som han syntes lå nærmere favorittfaget kjemi. Han studerte så medisin i Edinburgh i tre år, og fullførte deretter studiet i Paris. I 1749 tok han en doktorgrad i medisin i Leiden i Nederland.