Den 31. oktober 1936 utnevnte pave Pius XI ham til den første biskopen i det nystiftede bispedømmet San Diego i California. Biskopen av Saint Joseph, Charles Hubert Le Blond, ordinerte ham til biskop den 21. desember samme år; medkonsekratorer var Gerald Thomas Bergan, biskop av Des Moines, og Francis Joseph Monaghan, koadjutorbiskop av Ogdensburg. Buddy ble innsatt i sitt embede den 3. februar 1937.