Fliflet var datter av advokat og sorenskriver Nils Fliflet (1838–1907) og Alhed F. Agersborg (1845–1932). Elise Fliflet var i 1910 huslærer for barna til sogneprest Hans Wraamann Domaas på Biri. Hun tok examen artium i 1914 før hun i 1916 tok lærerprøven ved Oslo Lærerskole. Hun hadde kortere engasjementer ved Larvik kommunale høiere almenskole og Slemdal middelskole før hun fra 1918 ble ansatt ved Gjøvik kommunale høiere almenskole. Hun arbeidet der frem til hun gikk av med pensjon i 1963.