Han arbeidet seg også oppover i gradene i den lokale militsen til han ble oberstløytnant i 1772. Han ble forfremmet til brigadegeneral i 1776, så generalmajor før han ble kommandant over alle styrkene i Boston–området. Etter at britene evakuerte Boston, sluttet Lincoln seg til general George Washington i New York og ledet den høyre vingen i slaget ved White Plains. Kort tid etter at han deltok i kamper ved Fort Independence, fikk han stillingen som generalmajor i den kontinentale armé.