Barrieren er blitt fordømt av store deler av det internasjonale samfunnet, særlig fordi den legger beslag på palestinske arealer, hva som gjør det vanskelig for palestinere å bevege seg og splitter noen landsbyer. Mange ser den også som et instrument for å sikre Israel permanent kontroll over enkelte deler av Vestbredden. Mot seks stemmer (Israel, USA, Mikronesia, Australia, Palau og Marshalløyene) fordømte FNs hovedforsamling de deler av traseen som bygges på områder okkupert i 1967, og den Internasjonale domstolen i Haag (ICJ) har gitt en rådgivende uttalelse om at barrieren i disse områdene er i strid med folkeretten. Barrierens trasé har også skapt debatt innad i Israel. Sommeren 2004 bestemte israelsk høyesterett at deler av traseen nord for Jerusalem måtte endres, da den opprinnelige planen ville ha skapt for store problemer for palestinerne.