Gezer ble først identifisert i 1871 av den franske arkeologen Charles Simon Clermont-Ganneau. Dette ble etterfulgt av utgravninger tidlig i det 20. århundre av den irske arkeologen R. A. S. Macalister på vegne av Palestine Exploration Fund. Deretter fulgte utgravninger av en felles ekspedisjon fra i Jerusalem og i perioden 1964–1976, og deretter team fra University of Arizona i 1984 og 1990. Siden har utgravingene blitt videreført av team fra (Fort Worth i USA) og ved .