I 1533 ble han gjort til rektor av St Salvator's College ved University of St Andrews som da var det mest betydningsfulle lærested i Skottland og som trakk til seg menn som John Knox og George Buchanan. Mair savnet Paris dog; «når jeg var i Skottland tenkte jeg ofte på hvordan jeg kunne dra tilbake til Paris og undervise som jeg pleide og høre disputter». Han døde i 1550 (kanskje også på 1. mai), og da var hans verker lest over hele Europa og hans navn æret overalt inntil reformasjonens stormer kom til feide alt vekk, iallfall i hans eget land, hvor han ble avvist som gammel metodelære.