Gjennom Verneplan III for vassdrag ble vassdraget varig vernet mot framtidig kraftutbygging, og vernet er senere styrket gjennom etableringen av Reisa nasjonalpark. Før vernevedtakene var det dog gjennomført en del mindre inngrep i vassdraget. I Kildalselva, ei sideelv som munner ut like ved Storslett, ble Kildalen kraftverk utbygd på slutten av 1950-tallet, og på 1960-tallet ble den øvre delen av Mollešjohka ble overført til Aboelva i Kvænangen i forbindelse med utbyggingen av Kvænangsbotn kraftverk, noe som reduserte vannføringen i Mollisfossen med rundt 15%.