I oktober 1941 kunngjorde Heydrich en ambisjon om fullstendig germanisering av protektoratet, og slo fast at mange tsjekkere måtte bli tyske slik at tsjekkernes nasjonale særpreg etterhvert ville forsvinne og smelte sammen med det tyske. Heydrich anslo at halvparten av tsjekkerne skulle bli tyske, resten skulle steriliseres eller fjernes. Han ville ha slutt på at personene selv kunne velge etnisitet, i stedet skulle såkalte raseeksperter ta beslutningen basert på objektive kjennetegn. Såkalte (legitimasjonskort) ble distribuert, og befolkningen ble ved hjelp av disse delt i «germaniserbare» og «ikke-germaniserbare» tsjekkere. Heydrichs kriterier for inndeling av befolkningen var uklare og førte til forvirring og tautrekking. Tidligere (april 1940) hadde tyske myndigheter bestemt at ekteskap mellom tsjekkere og etnisk krevde særskilt tillatelse. Under Neuraths styre ble i oktober 1940 ulike planer drøftet blant annet deportering av alle tsjekkere til et foreløpig ukjent sted og forflytning av omkring halvparten samtidig med assimilering av den gjenværende halvparten. Hitler foretrakk assimilering av omkring halvparte og høsten 1941 skisserte Heydrich etnisk rensing i tidligere uprøvd omfang. Antropologen Karl Valentin Müller mente at tsjekkerne hadde en stor andel tysk blod som hadde blitt forurenset av slavisk blod; Müller anslo i rapport til Heydrich at 50 % av tsjekkerne hadde verdifullt tysk blod.