Middelburgs historie går tilbake til før det 9. århundre. Den nevnes først som den midtre (ned. ) av tre borger som ble bygget på øyen Walcheren. Dette ble bevist takket være funn under utgravninger som fant sted etter at byen ble ødelagt i 1940. Borgen var enten bygget som forsvar mot vikingene, eller bygget av viking-kongen Harald som fikk Walcheren som lån av keiser Lothar I i 841.