Det som avgjorde grensekonflikten var Kalmarkrigen som varte fra 1611 til 1613, med den etterfølgende Freden i Knærød. Selv om krigen mellom Danmark-Norge og Sverige handlet om grensene på Nordkalotten, skjedde den militære konflikten i Sør- og Midt-Skandinavia. Krigen ende med at Danmark-Norge ble den seirende part, og fikk uinnskrenket rettighet til kysten og fjordene i Nord-Norge. Sjøsamene ble etter dette regnet som nordmenn. Grenselinjene i innlandet kom en ikke til enighet om, heller ikke i de senere krigene som fulgte på 1600-tallet. Dermed ble samene i disse områdene fortsatt skattet av begge statene. Enighet om disse grensene greide en ikke å bli enige om før lang ut på 1700-tallet. Etter 1613 var kyst- og fjordområdene i Finnmark for første gang kun underlagt dansk-norske myndigheter.