I 2014 annonserte Nintendo annonserte at Iwata ikke ville være tilstede på E3 2014 på grunn av helse-relaterte årsaker. Det ble senere avslørt at han ble operert for en svulst i gallegangen. Den 12. juli 2015 annonserte Nintendo at Iwata døde i en alder av 55 på grunn av komplikasjoner med en vekst i gallegangen (trolig gallegangskreft), den 11. juli 2015.