Jones var tilbake for -kampen mot Chicago Bears i uke 7, men etter å ikke ha sikret en første down på sine to første drives og en interception på lagets tredje drive ble han benket til fordel for Zappe. Patriots tapte kampen 33–14. Til tross for at han ble tatt av banen stilte Jones til start i neste ukes kamp mot New York Jets, hvor han fullførte 24 av 35 pasninger for 194 yards, en touchdown og en interception. Han kastet også en interception som ble returnert for en touchdown av cornerback Michael Carter II, men en røffing mot passeren på defensive end John Franklin-Myers nullet ut scoringen. I en seier over Indianapolis Colts i uke 9 fullførte han 20 av 30 pasninger for 147 yards og en touchdown, hans første kamp på syv uker uten en interception. Under en kamp mot Minnesota Vikings på Thanksgiving satte Jones en personlig rekord med 382 pasningsyards. Han kastet også to touchdownpasninger, men Patriots tapte kampen 33–26.