Andreas Faye har etterlatt seg et rikholdig arkiv som inneholder omfattende korrespondanse, manuskripter (Fayes egne og andres), avskrifter og kildeutdrag m.m innenfor emnene teologi, folkeminneforskning, filosofi og historie. Det meste av materialet ble innkjøpt til Riksarkivet i 1870. Fra arkivet er serien som omhandler Norges historie i det 19. århundre digitalisert.