Etter Hitlers selvmord ble Keitel en del av Karl Dönitz' kortlivede «Flensburg-regjering». Albert Speer var der også. Han mente at Keitels smisking mot Dönitz var det samme som han bedrev mot Adolf Hitler. 8. mai 1945 ble han autorisert av Dönitz til å undertegne den tyske kapitulasjonen med Den røde armé i Berlin. Dagen før hadde Alfred Jodl undertegnet en tilsvarende avtale med vestmaktene i Reims.