Prinze giftet seg med skuespillerinnen Sarah Michelle Gellar den 1. september 2002 i Puerto Vallarta i Jalisco i sørvest i Mexico. Paret hadde møtt hverandre flere år tidligere, under produksjonen av filmen som kom ut i 1997. Det ble rapportert av at Prinze og hans kone fikk datteren Charlotte Grace Prinze den 19. september 2009. I september 2012 fikk de sønnen Rocky James Prinze.