Annette Lu har vært en tydeligere talsmann for taiwansk selvstendighet enn president Chen Shui-bian, og er derfor blitt sterkere angrepet enn ham både av regjeringen av Folkerepublikken Kina (som kaller henne «nasjonens avskum») og av taiwanske tilhengere av Kinas enhet og fremtidige gjenforening. Hun har ofte syntes å være på kant med presidenten, og har offentlig klaget over å bli satt på sidespor eller ble betraktet som en regjeringens «blomsterpotte».