Prosjektet for opprettelsen av den botaniske hagen ble utarbeidet på 1930-tallet av Stefan Rogowicz, som var direktør i Plantacje Miejskie («Byplantasjene»). Den 19. september 1946 ble et område på 1,3 hektar overgitt Den botaniske hage etter initiativ av professorene Jan Muszyński og Jakub Mowszowicz. På dette området oppstod Hagen for helseplanter. I 1967 begynte anleggingen av hele hagen etter tegninger av ingeniøren Henryk Tomaszewski.