Kythira er ikke nevnt i skriftlige kilder for århundrene etter at øya ble kristnet. Den bysantinske innflytelsen ble svekket på slutten av 600-tallet og øyavar antagelig både utsatt for slaviske stammer som herjet det greske fastlandet og arabiske pirater på jakt etter slaver. Arkeologiske spor antyder at øya ble bortimot forlatt rundt 700 e.Kr.