Afonso ble født i Coimbra i Portugal, men som den andre fødte sønn av kong Afonso II var han ikke forventet å arve tronen da hans eldre bror Sancho var kronprins. Afonso levde derfor hovedsakelig i Frankrike, hvor hans stamfar Henrik av Burgund kom fra. Der giftet han seg med Matilda II av Boulogne, arving av Boulogne, og ble således greve av Boulogne, Mortain, Aumale og Dammartin-en-Goële (ved retten til sin kone).