Da pave Benedikt IX gikk av for annen gang i 1045 var Peter fornøyd, og han skrev til Gregor VI og oppfordret ham til å ta seg av de skandaløse forholdene i kirken i Italia. Det var særlig noen biskoper hvis livsførsel han var kraftig irritert på som ble nevnt. Peter fikk snart vite at Gregor hadde sikret seg pavestolen ved hjelp av bestikkelser, og dermed forsvant tilliten til den nye paven.