I 1993 solgte Waterstone kjeden til konkurrenten WH Smith, som solgte videre til HMV-gruppa, som fra før eide bokkjeden Dillons. Mange av Dillons tidligere utsalg ble omdøpt til Waterstone's, bl.a. den i Gower Street. Tim Waterstone satt en periode som styreformann i HMV. Han var kritisk til det han så på som kommersialisering og ensidig markedstilpasning i Waterstone's under HMV, og prøvde i 2001 å kjøpe tilbake selskapet, men ble i stedet pressa ut av styret.