Navnet Bagamoyo kommer fra swahili «Bwaga-Moyo», som betyr «legg ned hjertet ditt». Dette oppsto enten fordi slavefølgene fra innlandet nådde kysten her («gi opp alt håp») eller fordi bærerne i elfenbenshandelen til de store sjøene endelig kunne hvile («ta av din tunge bør og hvil»).