I kolonitida het byen Santafé de Bogotá, og ble ofte omtalt kun som Santafé. Etter frigjøringen i 1819 fikk byen tilbake sitt indianske navn, Bogotá. Grunnloven av 1991 endret imidlertid navnet tilbake til Santafé de Bogotá, noe som skapte stor debatt. 18. august 2000 ble det vedtatt å på nytt fjerne «Santafé de» fra navnet, og byens offisielle navn er i dag Bogotá.