På 1890-tallet var Nicolaysen upopulær blant medisinstudentene. Kullene i 1891, 1898 og 1899 leverte klage mot ham. Han ble beskyldt for partiskhet ved eksamen, for å behandle studentene ufint, og for manglende hygiene ved operasjonene han gjennomførte. 6. februar 1899 skrev den nytutdannede medisineren Johan Scharffenberg et brev til ham, hvor han oppfordret ham til å søke avskjed. Nicolaysen offentliggjorde brevet i og avviste at han ville trekke seg. Scharffenberg utga da pamfletten (del II ble aldri utgitt), hvor han hevdet at Nicolaysens vitenskapelige produksjon og kunnskap var mangelfull, at han tok for lett på hygienen ved operasjoner, og at han ikke hadde utarbeidet noen undervisningsplan for studentene. Scharffenberg sendte også et eksemplar til Kirke- og undervisningsdepartementet, og ba departementet anse det som en klage. Departementet ba da det akademiske kollegiet uttale seg om påstandene. Kollegiet svarte at pamfletten besto av overdrivelser, og ville ikke foreta seg noe. I stedet ba departementet Riksadvokaten vurdere om det burde reises tiltale mot Scharffenberg for ærekrenkelser. Etter forundersøkelser i saken endte det med at Riksadvokaten i 1901 besluttet å ikke reise tiltale.