Utvidelsen av selskapet fortsatte på 1990-tallet, hvor Copa Airlines utvidet sitt nettverk til flyplasser i Argentina, Chile, Cuba, Peru, Mexico samt flere andre latinamerikanske land. Den 19. mai 1998 kjøpte Continental Airlines 49% av aksjene i Copa Airlines, noe som resulterte i en omfattende markedsføring og tilhørighet til flyalliansen SkyTeam.