Av de store rovdyrene finnes det jerv og kongeørn i Jotunheimen. Det dukker tidvis opp spor fra gaupe i Jotunheimen, men dette er da snakk om enkeltindivider som har vandret opp fra skogområdene utenfor fjellkjeden. Det har historisk vært både brunbjørn og ulv i Jotunheimen, men disse rovdyrene er ikke til stede i dag.