Etter at opprørerne hadde overgitt seg ble Plunkett fengslet i Kilmainham fengsel. Han ble stilt for en krigsrett og dømt til døden. Noen timer før henrettelsen giftet han seg i fengselskapellet med Grace Gifford, en katolsk konvertitt fra en protestantisk familie. Hennes søster Muriel hadde konvertert året før og giftet seg med Plunketts venn MacDonagh, som også ble henrettet etter opprøret. Plunkett ble henrettet ved skyting i fengselet.