Med Perigune, datter av røveren Sinis som Thesevs hadde tatt livet av, hadde han sønnen Melanippos. Med amasonen Antiope (eller amasonedronningen Hippolyta) hadde han sønnen Hippolytos. Med sin kone Faidra, datter av kong Minos, hadde han to sønner, Demofon og Acamas. I enkelte kilder er Thesevs utlagt som far til Klytaimnestras datter Ifigeneia, men de fleste kilder oppgir ektemannen Agamemnon som far.