Thioune slet med en skade, og kunne ikke forhindre at Sparta endte på nedrykksplass. På VG-børsen endte han bare på 52.-plass. I både 2006 og 2007 ble Thioune brukt i en rekke forskjellige posisjoner, men særlig mye som spiss og kant i 4-3-3. Thioune var aktuell for en dansk toppserieklubb, men Sparta overtalte han til å bli én sesong til i klubben mot at de blant annet betalte den norske skattegjelden hans.