Utrecht er velkjent for sine institusjoner innen høyere utdanning. Den mest fremtredende av disse er Universitetet i Utrecht (opprettet 1636), Nederlands største universitet med 26 787 studenter (per 2004). Universitetet er delvis situert i sentrum og delvis i campus-området Uithof på østsiden av byen. Ifølge en rangering laget av Jiaotonguniversitetet i Shanghai fra 2008 er det verdens 47. beste universitet . I Utrecht finnes også det mye mindre Humanistisk Universitet (estimert til noen få hundre studenter).