Utendørs bidro Rupp til at Oregon satte ny NCAA-rekord på 4 x en mile, den 10. mai. Rupp (3.58,93) løp siste etappe, og sammen Matt Centrowitz (3.59,53), Andrew Wheating (3.59,60) og Shadrack Kiptoo-Biwott (4.05,21) slo de den gamle rekorden med litt over et sekund, med tiden 16.03,24. Etter at Oregon forsvarte sin Pac-10 tittel, vant Rupp 5.000 og 10.000 meter ved NCAA-mesterskapet, Divisjon I, utendørs 2009. I alt mottok Rupp 14 æresbevisninger ved Oregon, og vant 5 individuelle mesterskap, et stafettmesterskap, 2 NCAA-titler for lag og en bane NCAA-tittel innendørs for lag.