Spilleren må kontrollere hovedpersonen Wario, som må reise gjennom fem forskjellige kontinenter, som hver har opptil 7 ulike nivåer, og beseire en sjef på hvert enkelt nivå. Hovedmålet for alle nivåene er å redde skapninger kjent som Merfles, som er fengslet i små bur som ligger mot slutten av hvert nivå. Å ødelegge et Merfle-bur utløser også en nedtelling, hvor spilleren må tilbake til begynnelsen av nivået før tiden løper helt ut.