Brunnsvikens med tiden forverrede vannsituasjon ble berget ved at man i 1863 sprengte en kanal (Ålkistan), og man skapte på den måten en åpen forbindelse med Østersjøen igjen. Samtidig ble innsjøens vannivå senket med ca 1,25 meter, noe som medførte at en del parkkanaler i Hagaparken og Tivoliparken gikk tapt. Vannivået i Hammarby sjö ble senket med nesten fem meter da fartøyskanalen gjennom Danvikstull og Hammarbyslussen ble bygget på 1920-tallet.