Etter farbroren Assers død i 1137 overtok Eskil, etter stridigheter med kongen, erkebispesetet. Dette skjedde med støtte fra Bodilsen. Eskil satt som erkebiskop i 40 år, og var i denne perioden en forkjemper for de gregorianske kirkeidealene med kirkens herredømme over staten. Håndhevelsen av kirkens makt gjorde at han havnet i strid med både Svend Grathe og Valdemar den store, da sistnevnte anerkjente motpaven Viktor IV. Eskil dro i protest 7 år i landflyktighet. Da han var uheldig og ble tatt til fange i Burgund, og det ble fremsatt krav om løsepenger, skrev han hjem at han ikke skulle løskjøpes. Heller ville han miste livet, for om en biskop «», skrev han. Til sist kom det til forsoning med kongen. Eskil kronet Valdemars syv år gamle sønn Knud til konge, og skrinla hans far Knud Lavard som helgen. Til gjengjeld anla kongen flere klostre, deriblant johannitterklosteret Antvorskov som hjem for krigsveteraner. Både den sjællandske og skånske kirkeloven ble vedtatt, slik at biskopen sikret seg en tredjedel av tienden, mens resten gikk til prester og kirkebygg.