De viktigste arbeidsområdene til Fiskebåt er: Bi- og multilaterale fiskeriavtaler, som blant annet omfatter reguleringer av fisket i internasjonalt farvann og nasjonale reguleringer av fiskeriene, blant annet fordeling av kvoteandeler mellom grupper. Andre arbeidsområder er næringsøkonomiske saker (skatter og avgifter mv.) og rekruttering til yrkene i havfiskeflåten, blant annet utdanningsspørsmål.