Omtrent samtidig med sin landslagsdebut ble Hagen solgt fra Vålerenga til den russiske klubben FK Zenit i St. Petersburg for ca. 8 millioner kroner. I 2005 spilte Hagen 28 seriekamper for Zenit, og fikk 12 gule kort. I januar 2006 ble han valgt til visekaptein av laget.