Pater Werner overlevde fangetiden, og fikk i 1954 vende tilbake til det som da var sovjetrepublikken Estland. Returen var underlagt strenge betingelser, og med forbud mot å utøve prestelige funksjoner. I tøværsperioden under Nikita Khrusjtsjov fikk han igjen lov til å virke som prest, noe han gjerne gjorde så lenge helsen hans, som var svekket av den lange fengselsperioden, tillot det. Også hans propsjekt med oversettelser av deler av Bibelen, led under hans svekkelse. Han døde i 1961.