Zakynthos har form som et pilhode hvor spissen, Kapp Skinari, peker nordvest. Den vestlige halvdelen er fjellrikt platå, og sørvestkysten består hovedsakelig av bratte klipper. Den østlige halvdelen er tett befolket på et fruktbart platå med lange sandstrender, avbrutt av flere isolert høyder, mest kjent er Bochali som stiger over byen, og halvøya Vasilikos i nordøst. Halvøya Vassilikos i nord og Maratia i sør lukker inn den brede og grunne bukta Laganas ved den sørøstlige delen av øya.