Hos de fleste dyr setter lys i gang en kjedereaksjon av enzymer, hormoner og neuroreseptorer som regulerer blant annet dyrets søvnsyklus. Det er mulig at pinealøyet har vært del av dette systemet. Hos de nålevende broøglene som fortsatt har pinealøye, virker signaler fra dette på dyrets døgnrytmer. Signaler fra pinealøyet er også med på å styre reguleringen av kroppsvarme hos kaldblodige dyr. Hos pattedyrenes umiddelbare forfedre forsvant pinealøyet, og pattedyr mangler åpning for pinealøyet i hodeskallen. Øyets indre strukturer eksisterer imidlertid. Denne har en funksjon i regulering av døgnrytmene og får informasjon om lys/mørke fra melanopsinholdige ganglieceller i netthinnen.