Den 3. mars 2004, i sin niende sesong med Capitals, ble Gontsjar byttet til Boston Bruins for Shaone Morrisonn og to draftvalg i NHL Entry Draft 2004. Han avsluttet sesongen med Boston, hadde han samlet opp totalt 58 poeng, og leder over alle backer i ligaen. Mellom 2000 og 2004, noterte Gontsjar mer poeng den noen andre backer med 74 mål og 241 poeng.