Raimundo Panikkar var sønn av en hinduisk far av kshtriyakasten og en høyt utdannet katalansk mor. Etter jesuittskole studerte han kjemi og filosofi ved universiteter i Barcelona, Bonn og Madrid, samt katolsk teologi i Madrid og Roma. Han har tre doktorgrader: Fra Universitetet i Madrid dr.fil. (1945) og doktor i naturvitenskap (1958), samt ved Lateranuniversitetet i Roma dr.theol. (1961).