Da det kom til fredsslutning måtte Sverige oppgi alle sine krav om skatter fra sjøsamene. Dermed kunne de heller ikke kreve noen overhøyhet til kysten i Nord-Norge. Etter Kalmarkrigen kom hele området med sjøsamer fra Helgeland til Varanger under kontroll av Danmark-Norge. Samene i kystområdene ble deretter oppført i skattelistene, manntallet, i bøteregistrene og kirkebøkene. Fra nå av skulle sjøsamene i de såkalte , det vil si fjordområder der de var nesten eneste befolkning, betale . Samer ute på øyene sammen med norske fiskerbønder skulle fra da av betale vanlig landskatt og leidang. Historikerne mener at dette er de første omfattende tiltak for assimilasjon av samene.