I perioden 1900-1909 ble det foretatt en omfattende restaurering av St. Bendts kirke under ledelse av arkitekt H.B. Storck. Kirken ble gjenskapt som en middelalderkirke. Storck satte selvstendige tak på sideskipene og sidekapellenes fire apsiser ble gjenoppført slik de hadde vært tidligere. Tårnmurene fra 1500-tallet ble benyttet som utgangspunkt for å reise pyramidespiret. Pyramidespiret har klare røtter til Fjenneslev kirkes tvillingtårn, hvor Storck hadde gjenskapt spiret i 1898.