SiO blir ledet av hovedstyret (samme som konsernstyret i andre foretak), som blant annet fastsetter semesteravgiften for alle studenter i Oslo og hvilke tilbud samskipnaden skal tilby studentene. Hovedstyret er det øverste organet i SiO og flertallet i styret består av representanter som blir valgt av Velferdstinget i Oslo, der alle studentdemokratiene ved de tilknyttede lærestedene er representert. I tillegg består styret av representanter fra utdanningsinstitusjonene (vanligvis universitetsdirektørene) og èn representant valgt av de ansatte i studentsamskipnaden.