På 1700-tallet begynte Russland å vise økende interesse for Sentral-Asia, og området rundt Aralsjøen havnet i løpet av 17- og 1800-tallet gradvis under russisk herredømme. Med det russiske styret fulgte også russisk innvandring og bosetning, som ved Aralsjøen spesielt var konsentrert til de to havnebyene Aralsk i nord og Mujnak i sør. Etter den russiske revolusjon ble Sentral-Asia inndelt i sovjetrepublikker etter etniske skillelinjer, og Aralsjøen ble delt mellom Kasakhstan i nord og Usbekistan i sør. Denne grensa ble også beholdt da de tidligere sovjetrepublikkene ble uavhengige stater i 1991.