I den siste halvdelen av 330 f.Kr. ble Filotas anklaget for å konspirere mot Aleksander. Han hadde vært emne for tilsvarende rykter tidligere i Egypt, men denne gangen var det langt mer alvorlig. Da hadde Aleksander overhørt det. Denne gangen var det solide bevis på at soldater hadde forsøkt å drepe kongen, og anklagene mot Filotas ble tatt alvorlig. Først ville Aleksander tilgi Filotas, men den neste dagen ble anklagene fornyet av Koenos og Krateros, begge ledere av falanksen. Koinos var Filotas' svoger. I løpet av natten ble Filotas arrestert. Neste dag ble det ført rettssak, ledet av Aleksander selv.