I Sovjet-tiden lå en ubåtbase i Paldiski. Det siste russiske krigsskipet forlot byen i august 1994, men først i september 1995 overga russerne kontrollen over atomreaktoren den russiske marinen hadde etablert der. I Sovjet-tiden hadde byen et folketall på ca. 16 000. Etter at de russiske militære forlot byen, sank folketallet kraftig. Ikke bare flyttet mange russere derfra, men mange estlendere flyttet også, på grunn av at havneområdet i Paldiski er forurenset av radioaktivt avfall. Av den grunn er det selv i dag flertall av russiske innbyggere i byen.