Deretter ble han guvernør i byen og deltok følgende år i felttoget til Syria, der han vant flere seire og beskyttet beleiringen av S:t Jean d'Acre. Da Bonaparte forlot Egypt overtok Kléber 22. august 1799 befalet under høyst vanskelige omstendigheter. Mange mente at de under utgravninger var blitt forbannet av gamle guder og ånder, samt forgiftet og myrdet av den lokale beduinstamme Khawalid under utgravninger vest for pyramidene.