Teologisk fakultet ble åpnet 1562 som en jesuittskole i 1766, og universitetet brukte bygninger fra jesuittkirken i (det opprinnelige universitetet). I 1924 åpnet hovedbygningen og universitetsbiblioteket. 1969 ble det vitenskapelige fakultetet og fakultetet for konstruksjon i Hotting vest åpnet. I 1976 begynte byggingen av «Geiwi-tårnet» for det tidligere fakultetet for filosofi, et tillegg til hovedbygningen. 1997 Det samfunnsvitenskapelige fakultet (bygget i den tidligere Fenner-brakken) ble åpnet. 2012 Senter for kjemi og biomedisin ble åpnet. 2023 ble Ágnes-Heller-huset åpnet. Flere universitetsklinikker ved det medisinske universitetet i området ble tyrolske nasjonale sykehus.