Seriemester meldte sin interesse, men budet deres ble avslått av Middlesbrough. Samtidig søkte å fylle tomrommet etterlatt i midtforsvaret etter avgangen til Paul McGrath. Da vant signaturen til Glenn Hysén, satte Manchester Uniteds manager Alex Ferguson som prioritet å sikre seg Pallister. Middlesbrough hadde kort tid i forveien avslått et bud fra Liverpool på Pallister da Ferguson like etter sesongstart tok kontakt med Teesside-klubben. Manchester United så for seg en overgangssum på £1,6 millioner. Etter harde forhandlinger landet partene på en overgangssum på £2,3 millioner, hvilket på tidspunktet var den høyeste summen betalt av en britisk klubb for en forsvarsspiller og den høyeste overgangssummen mellom to britiske klubber. Kontrakten Pallister signerte hadde varighet på seks år.