De siste årene av sin akademiske karriere engasjerte Strunecká seg sterkt i miljøer som forfekter konspirasjonsteorier om bl.a. vaksiner, covid-19 og autisme. Hennes tidligere arbeidsgiver Charles University valgte derfor å suspendere hennes e-postkonto og publisere en redegjørelse om at påstandene som Strunecká spredte.