En periode var Duque internasjonal rådgiver for tidligere president Álvaro Uribe med oppgaver knyttet til fremme av Colombia utenlands. Mellom 2010 og 2011 arbeidet han for gruppen FNs generalsekretær oppnevnte for å undersøke bordingen av Gaza-konvoien i 2010, der Uribe var et av medlemmene.