Hyrkanos ble gjeninnsatt som yppersteprest, men ikke som konge. Den politiske kontrollen ønsket romerne å beholde selv og deres interesser ble representert av Antipatros som selv hadde sin egen familien som fremste målsetning. I 47 f.Kr. ga Julius Cæsar en del politisk autoritet til Hyrkanos ved å utpeke ham til etnark (stattholder). Det hadde dog liten praktisk effekt da Hyrkanos måtte støtte seg på Antipatros for det meste. Hyrkanos' udyktighet og svakhet var så åpenbar at da han forsøkte å forsvare Antipatros' sønn Herodes, som han tidligere hadde reddet fra sanhedrin (det store rådet), jødenes fremste politiske og religiøse råd i gresk-romersk tid, overfor Marcus Antonius, fjernet romeren hans nominelle politiske makt og hans tittel som etnark.