Først ble en trekirke oppført, hvor Vilhelm i 1203 ble begravet. I 1238 sto den trefløyede korsstenskirken ferdig, dit abbedens jordiske levninger ble flyttet. Snart ble det snakket om jærtegn ved Vilhelms grav, og pilegrimer strømmet til klosteret som etter hvert utviklet seg til Nordens største augustinerkloster. Takket være forbindelsen til biskop Absalon ble Æbelholt rikt, og kunne oppføre et stort firefløyet klosteranlegg i rød murstein omkring en åpen gård. Over refektoriet og kapittelsalen fantes søylebårne hvelvinger. Utenfor selve klosterområdet lå et større hospitalsbygg.