Totalt finnes det 21 hekkende sjøfuglarter i Stockholms vannområder. Mest artsrik er Magelungen og Flaten, hvor henholdsvis 19 og 13 arter ble registrert 1994. Utover alminnelige arter har man ved Flaten og i Kyrksjön to rødlistede arter, storlom og horndykker.