I sin andre sesong hos Inter, hadde Balotelli flere disiplinære problemer, og som utløste handlinger fra Inters daværende manager José Mourinho som ekskluderte han fra førstelaget i den andre halvdelen av januar 2009. Tidligere i sesongen anklaget Mourinho Balotelli for å legge inn for lite innsats på treningen, og sa at «så langt jeg kan bedømme, kan ikke en ung gutt som han tillate seg å trene mindre enn spillere som Figo, Córdoba og Zanetti».