De uavhengige hadde sitt høydepunkt i tiden mellom 1642 og 1660, i perioden under den engelske borgerkrigen og tiden under Oliver Cromwells protektorat, da den parlamentariske hæren ble en forkjemper for frihet for uavhengige religiøse oppfatninger mot anglikanisme eller katolisisme til rojalistene, og samtidig den presbyterianisme som parlamentet favoriserte. Borgerkrigen kan således også oppfattes som en religionskrig. De uavhengige kjempet for religionsfrihet for alle ikke-katolikker, inkludert jøder som ble invertert tilbake til England etter å ha vært forvist i 350 år. De slåss også for fullstendig skille mellom kirke og stat.