Som en del av sitt arbeidsområde skal EFSA forbedre samarbeidet innen mattrygghet i Europa. EFSA har opprettet flere faglige nettverk som skal bistå i arbeidet og bidra til faglig samarbeid og utveksling av informasjon på tvers av landegrensene. Advisory Forum og EFSA Communication Expert Network (CEN) er plattformer der de nasjonale mattrygghetsmyndighetene fra alle de 28 EU medlemslandene, Island og Norge, samt med observatorer fra Sveits og EU kandidatlandene møtes. Disse såkalte Focal Points har også ansvar å kommunisere med forskningsinstitutter og andre stakeholders. Oppgaven til Advisory Forumet er a hjelpe med deling av vitenskapelig informasjon og eksperter, gi råd innen temaer som samarbeid, vitenskapelige prosjekter, fremme trening innen risikoanalyser og å fremme EFSAs vitenskapelige synlighet i medlemslandene. VKM er norsk kontaktpunkt for EFSA, og VKMs direktør er fast norsk representant i EFSAs rådgivende organ, Advisory Forum . EFSA har også opprettet faglige nettverk innen en rekke fagområder for å fremme samarbeid .