Nell-Breuning kunne ikke offentliggjøre noe fra 1936 til det nasjonalsosialistiske Tyskland var nedkjempet i 1945. I 1944 ble han dømt til to års tukthus for angivelig valutasvindel. Han fikk ikke anledning til å delta som sakkyndig teolog under andre Vatikankonsil i 1960-årene, ettersom hans orden anså at han var for gammel til det. Han døde i Frankfurt i en alder av 101 år.