Ettersom Claypole aldri hadde hatt noen lederstilling eller hadde gjort handlinger som var vanskelige for det nye styret da monarkiet ble gjeninnført, ble Claypole en av de som ble gitt generell benådning. Fram til hennes død i 1665 ga Claypole ly for Elizabeth Cromwell, sin svigermor. En del år senere var han mistenkt for å ha deltatt i et komplott mot kongen, men det synes ikke å ha medført riktighet. Han ble arrestert i juni 1678 og sendt til Tower of London, men ble siden løslatt. Historien har intet å fortelle om ham etter dette, men han vendte antagelig tilbake til sitt gods i Northamptonshire.