Webanalyse-tjenesten styrer også prosessen med å tilordne en cookie til brukeren. En slik cookie kan identifisere den brukeren gjennom besøket, samt når brukeren vender tilbake. Cookies må imidlertid aksepteres av brukeren/klienten, og akseptanseraten for cookies varierer veldig mellom ulike nettsteder, og dette kan påvirke kvaliteten på de innsamlede data og rapportene.