Ikke bare morfologiske egenskaper kan være homologe. Det samme gjelder selvfølgelig for gener, for fysiologiske funksjoner (f.eks. åndedrett) og til og med atferd. For eksempel brukes bananflua som modellorganisme for enkelte hjerte- og karsykdommer, fordi mange av funksjonene i sirkulasjonssystemet nødvendigvis har fellestrekk med sirkulasjonssystemet hos virveldyr.