Stedet ble stengt i september 2016 for renovasjon til en verdi av €1,1 millioner, delvis finansiert av en bevilgning fra Norge, Island og Liechtenstein via EØS-midler. Det renoverte museum ble innviet av kulturminister Owen Bonnici den 28. april 2017 og inkluderte et nytt system for klimakontroll for Hypogeum foruten også et utvidet besøkssenter. Stedet ble gjenåpnet for besøkende den 15. mai 2017.