Som tidligere nevnt blandes prøvene i FAB med et ikke-flyktig miljø (matrise) for å bli analysert. FAB bruker en flytende matriks som blandes med prøven for å gi en prøve ionestrøm som opprettholdes, reduserer skader forårsaket av prøven ved å absorbere påvirkningen fra primærstrålen, og holder prøvemolekylene fra å danne aggregering. Den flytende matrisen, som enhver annen matrise, gir viktigst et medium som fremmer ionisering av prøven. Den mest aksepterte matrisen for denne typen ionisering er glyserol. Å velge riktig matrise for prøven er avgjørende fordi matrisen også kan påvirke graden av fragmentering av prøveionene. Prøven kan deretter introduseres for FAB-analyse. Den normale metoden for å innføre prøve-matriksblandingen er gjennom en innsettingssonde. Prøve-matriksblandingen er plassert på et prøvemål i rustfritt stål på sonden, som deretter plasseres i ionekilden via en vakuumlås. Den alternative metoden for å introdusere prøven er å bruke en enhet som kalles kontinuerlig strømning raskt atombombardement (CF)-FAB.