Hans militære begavelse viste seg under hans tjenestegjøring i Rhen-armén, og han steg raskt i gradene og gikk fra underløytnant til brigadegeneral på sju måneder.Brigadegeneral ble han etter sin innsats ved Wissembourg 1793, og året etter utnevnte Victor Moreau ham til divisjonsgeneral for hans innsats i felttogene i 1794. Ved felttoget i 1795 fikk han kommando over Jean-Baptiste Jourdans høyre flanke, og under Moreaus invasjon av Bayern året etter hadde han en like betydningsfull kommando. Under retretten som fulgte erkehertug Karls seire ved Amberg og Würzburg hadde Desaix kommando over Moreaus baktropp, og senere holdt han i to måneder den strategisk viktig befestningen ved Kehl mot en overlegen østerriksk styrke. Fremgangen gjorde at han ble omtalt som tidens mest kjente franske generaler, blant navn som Napoleon Bonaparte, Jean-Baptiste Jourdan, Lazare Hoche, François-Séverin Marceau og Jean-Baptiste Kléber. Når våpenhvilen i Leoben 1797 avbrøt krigen reiste Desaix til Italia for å treffe Bonaparte. De to generalene kom bra overens, og Desaix fikk tidlig del i Bonapartes planer om et felttog til Egypt.