Christoffer Hjort var sønn av prost Rasmus Hjort i Tønsberg. Under sine studier fikk han inntekten av et prebende i Oslo. 1596 var han hos Tyge Brahe på Hven. Han ervervet magistergraden utenlands, og etter hjemkomsten ble han, da han hadde gode forbindelser, sogneprest i Aker og slottsprest på Akershus.