De makedonske myndighetene var også i kontakt med den lokale CIA-stasjonen som igjen kontaktet byråets hovedkvarter i Langley i Virginia. CIA-tjenestemenn kom da til Skopje, og anholdt ham El-MAsri. Senere hevdet El-Masri at de slo ham, tok fra ham klærne, dopet ham ned og gav ham et klyster. Han var da kledd i en bleie og en kjeledress, og ble fløyet til Bagdad, og deretter umiddelbart til et hemmelig CIA-avhørssenter som ligger i Afghanistan. Fra før inneholdt dette senteret fanger fra Pakistan, Tanzania, Jemen og Saudi-Arabia.