Straks kardinal Giovanni Maria ble valgt til pave i 1550 - som Julius III, var en av hans første embedshandlinger å kreere Innocenzo til kardinaldiakon (30. mai 1550), selv om han bare var 18 år, og gjorde ham til kardinalnepote, med som tittelkirke. (Senere ble han også kardinaldiakon til 1562-1564, 1564-1568, og til 1568-1577).