En sentral begivenhet i Pfitzners liv var den franske annektering av Alsace — og dermed Strasbourg — etter første verdenskrig. Det kostet Pfitzner levebrødet. I 1919–1920 var han leder for Münchens Filharmoniske Orkester. Men som femtiåring levde han i armod. Dette forherdet visse vanskelige personlighetstrekk hos ham: en elitisme som drev ham til å mene at han hadde rett til på grunn av hans yngre års bidrag til tysk kunst og harde arbeid, en beryktet sosial klossethet og manglende takt, en sterk oppfatning av at hans musikk var miskjent og misforstått, at hans venner dannet så å si kultiske grupper rundt ham, en belærende tone, og en følelse av at han var blitt personlig krenket av Tysklands fiender. Hans bitterhet og kulturelle pessimisme ble mer aksentuert i 1920-årene med hustruens død i 1926, og sønnen Pauls sykdom.