Han stilte til valg som president mot sin stedfortredende regjeringssjef Francisco Macías Nguema i september 1968, men ble slått av Macías i andre valgomgang. Da Ekvatorial-Guinea ble uavhengig 12. oktober samme år, ble Macías president. Ved parlamentsvalget som fant sted samtidig med presidentvalget fikk Ondó Edus parti MUNGE 10 av 35 mandater.