Spesialområder for bevaring, under EUs habitatdirektiv, i grevskapet Kilkenny omfatter Hugginstown Fen sør-vest for landsbyen Ballyhale, The Loughansnær Urlingford, Cullahillfjellet på platået Castlecomer nær Johnstown, Spahill og Clomantagh Hill som utgjør en del av en skråning som forbinder Slieveardagh Hills med Castlecomer Plateau, Galmoy Fennord for Johnstown, nedre del av elven Suir sør for Thurles, strekningene med ferskvanns i elvene Barrow og Nore og Thomastown Quarry, nær Thomastown.