Hoover klarer å få Goldman kvalifisert for utvisning fra USA, og skaper samtidig presedens for utvisning på grunnlag av påstander om radikal konspirasjon. Etter flere slike raid mot mistenkte radikale grupper, mister Palmer jobben som justisminister. Hans etterfølger, Harlan F. Stone, utnevner Hoover til direktør for FBI. Filmen følger deretter J. Edgar Hoover i hans personlige og profesjonelle karriere i løpet av de neste tiårene. Inkludert etterforskningen av kidnappingen av barnet til Charles Lindbergh som får nasjonal oppmerksomhet, og president Herbert Hoover gir FBI i oppgave å etterforske saken. Dette fører etter hvert til arrestasjon av Bruno Richard Hauptmann for kidnappingen og drapet på Lindbergh-barnet. Senere forsøker Hoover å presse Martin Luther King, Jr. til å avvise Nobels fredspris, og sender ham et brev som truer med å avsløre hans utroskap. King aksepterer likevel fredsprisen.