Kristne misjonærer kom til landet i de tyske og belgiske koloniperiodene. Da romersk-katolske misjonærer kom til Rwanda på slutten av 1880-årene, bidro de til teorien om hutuene og tutsienes raseopprinnelse, og at tutsiene var den overlegne rase. Kirken skal ha spilt en viktig rolle i å skape rasemessige konflikter mellom hutuene og tutsiene, delvis fordi hutuene, som utgjorde flertallet av befolkningen, var mer villige til å konvertere. Islam ble introdusert av arabiske elfenben- og slavehandlere fra slutten av 1700-tallet, men religionen ble ikke særlig utbredt i befolkningen. Dette skyldes hovedsakelig at araberne var mer opptatt av handel enn av misjon, og at kristendommen hadde vunnet fotfeste mot slutten av 1800-tallet og ble favorisert av den tyske koloniadministrasjonen. Mange rwandere konverterte til islam etter folkemordet i 1994, blant annet på grunn av katolske og protestantiske lederes rolle i folkemordet.