Etter at Sovjetunionen trakk seg ut av landet i 1989, og spesielt etter at FN-styrken ble oppløst i 1990, forstod mange, inkludert Najibullah selv, at den daværende regjering ikke kom til å vare for alltid. Han klarte imidlertid å slå ned et kupp som ble ledet av hans forsvarsminister Shahnawaz Tanai i 1990 og dempet sin personlige politiske kontroll for å få mer støtte. Kuppforsøket i 1990 var ikke et mujahedin-kuppforsøk, men var begått av Khalq-lojalister. Ifølge den afghanske politikeren Halimzai, som var med i kuppet, hadde Tanai hatt samtaler med Mohammed Zahir Ofoq, lederen av et lite kommunistparti, noen måneder tidligere der de prøvde å finne en strategi for kuppet.