I 1837 kjøpte han fiskeværene Ona og Lyngvær. Han drev handle med klippfisk, tørrfisk, tran, rogn og saltet sild. Blant annet solgte han tørrfisk og saltfisk til det indre Østland og rogn til Frankrike. Han satt 32 år i styret Landhusholdningsselskapet og stiftet Myrdyrkingsselskapet hvor han var første formann. Møller var venstremann og politisk radikal og tilhenger av allmenn stemmerett og republikk. Svigersønnen Schneider var redaktør og innehaver av som til tider fungerte som Møllers talerør. Han var havnekommissær 1838-1858, direktør i Sparebanken 1848-1858 og medlem av formannskapet 1848-1958. I 1858 fikk han økonomiske problemer og ble satt under administrasjon av skifteretten. På 1850-1860-tallet var det økonomiske vanskelige tider for Møller. Han forhandlet med Johan Jebsen (bror av Peter Jebsen) som vurderte Moldeelva som grunnlag for en bomullsfabrikk på stedet. En ingeniør kom på besøk for å gjøre oppmålinger. Brødrene Jebsen kjøpte Bergsdalselva og anla der Dale Fabrikker. I 1872 anla han en guanomølle (fiskemelfabrikk) nedert i Moldeelva, denne eksporterte godt til første verdenskrig. Guanomøllen avga sterk lukt. I 1875 satte han igang Elvebakken Tændstikkefabrikk. Møller var flittig skribent og skrev om myrdyrking, forholdene i fiskeværene, jernbane og om sildefiske. Artiklene hans ble publisert i Aftenposten, Kristianiaposten og Romsdals Budstikke (til dels uten signatur).