John Fogerty ble født i Berkeley, California, og vokste opp i El Cerrito, California, den tredje av fem gutter, sønner av Galen Robert og Edith Lucile Fogerty. Hans far var født i Iowa og jobbet som Linotype operatør for i California. Lucile Fogerty var fra Great Falls, Montana. John gikk først på en katolsk skole, the School of the Madeleine, i Berkeley, California. I sine memoarer, "Fortunate Son", var Fogerty kritisk når det gjaldt skolen og fortalte at når han ble tissetrengt i klassen fikk han ikke lov til å gå til toalettet når han spurte, og gjorde derfor ofte buksa våt og ble nødt til å sitte i klasserommet med sine våte bukser.