Den 16. juli 1979, ga den da 65 år gamle Ahmed Hassan al-Bakr seg som president, angivelig på grunn av sin stadig skrantende helse og Saddam Hussein overtok dermed presidentembetet i et trekk som ble viden betraktet som en formalitet. Det blir vanligvis antatt, basert på beretninger fra flere vitner, at Saddam tvang presidenten til å gå av etter gjentatte trusler om at han ellers ville bli fjernet med makt. Kort tid senere ga Saddam ordre om å henrette flere topp-medlemmer av Baath-partiet etter mistanker om at de drev med spionasje til fordel for vestlige land med USA i spissen.