Vannet i Kjøsnesfjorden er påvirket av Jostedalsbreen og Kjøsnesfjorden stor for over en ¼ av tilsiget til innsjøen. Hele innsjøen har et volum på 3548 millioner m av dette utgjør Kjøsnesfjorden 472 millioner m. Jølstravatnet har et samlet nedbørsfelt på 384 km av dette 85 km knyttet til Kjøsnesfjorden og 23 km er breoverflate. Den gjennomsnittlige årlige vannføringen er 927 millioner m. Temperaturen om sommeren er lavest i Kjøsnesfjorden og høyest lengst vest. De først 1500 årene etter istiden hadde Jølstravatnet også utløp nordover til Breimsvatnet; etter landheving ble Skei vannskille mellom Nordfjord og Førdefjorden.