Miljøgifter som ikke brytes ned eller som brytes ned svært sakte i havet skaper spesielle problemer. Eksempler på persistente giftstoffer (organiske miljøgifter som har alvorlige helse- og miljøeffekter) er PCB (PCB), DDT, TBT, plantevernmidler, furaner, dioksiner, fenoler, radioaktivt avfall og PFAS. Noen giftstoffer kan akkumuleres i vevet til mange arter av akvatisk liv ved . De er også kjent for å samle seg i bentiske miljøer, som elvemunninger og slam.