Puerto Ricos politiske system er basert på maktfordelingsprinsippet. Den utøvende makten ledes av guvernøren, mens den lovgivende makten ligger i et parlament med to kamre: senatet og representantenes hus. Senatet ledes av senatets president, og representanthuset ledes av speaker. Den dømmende makten ligger hos Puerto Ricos høyesterett. Guvernøren og lovgiverne velges gjennom offentlige valg hvert fjerde år, mens dommerne utnevnes av guvernøren og godkjennes av senatet, etter amerikansk statsskikk.