Unge Piraters organisasjonsform består av en enkel og generell struktur. Den øverste makten er landsmøtet, mens sentralstyret står for organisasjonens daglige drift i samarbeid med sekretariatet. Fylkeslag og lokallag står temmelig fritt, så langt de ikke skader Unge Pirater eller bryter med Unge Piraters politikk.