Etter andre verdenskrig bygde Sovjetunionen opp den største minefabrikken i Østersjøområdet på Naissaar. Fram til Estland igjen ble uavhengig i 1991 var øya (i likhet med de fleste andre øyer i Estland) strengt kontrollert område. Naissaar var utilgjengelig for sivile fram til 1990.