Identifiseringen av skipet førte til stor interesse fra allmennheten og gjorde de bergede gjenstandene meget ettertraktet på antikvitetsmarkedet. Ettersom teknikken for å konservere gjenstander som hadde ligger under vann i lang tid ennå ikke var utviklet, ble mange av disse gjenstandene ødelagt. Et stort antall gjenstander ble likevel dokumentert i blyantsskisser og akvareller som fremdeles finnes. John Deane avsluttet bergningsarbeidet i 1836, men vendte tilbake til arbeidet på «Mary Rose» i 1840 med nye og mer destruktive metoder. Med utrangerte granathylstre fylt med krutt sprengte Deane seg inn i deler av vraket. Granatfragmenter og rester av sprengkratere ble funnet under utgravningene i 1970-årene, men det er ikke bevis for at Deane hadde klart å trenge gjennom lagene som beskyttet restene av skroget.