Fatimidene var seldsjukkenes motsetning. Seldsjukkene støttet og beskyttet kalifen i Bagdad, av sunni-tradisjonen og Profetens etterfølger, mens fadimidene av sjia-tradisjon erobret Nord-Afrika fra abbasidene og fikk seg deretter erklært kalifer i opposisjon til abbasidene religiøse hegemoni. I 10. århundre kontrollerte de Syrias middelhavskyst, men seldsjukkene tok det fra dem i løpet av 11. århundre. Senere lå de i strid om Syria. I 1098 benyttet fatimidene seg av at seldsjukkene bekjempet korsfarerne og beleiret Antiokia, til å gjenerobre det vestlige Syria inkludert Jerusalem. De sendte til og med tilbud til korsfarerne om allianse for å gjenerobre Antiokia, men korsfarerne nektet. Korsfarernes mål var Jerusalem, og den byen ville ikke fatimidene oppgi. I tiåret som fulgte nederlaget i 1099 forsøkte egypterne flere ganger å invadere Kongeriket Jerusalem uten å lykkes. Deretter henfalt fatimide-kalifatet til dekadanse, og vesirene gjorde opprør for å ta makten.