Kubuntu bruker det samme underliggende systemet som Ubuntu. Kubuntu og Ubuntu kan også virke ved siden av hverandre på samme datamaskin ved å installere programvarepakkene og . Kubuntu og Ubuntu deler det samme pakkesystemet (dpkg) og de samme pakkekildene. Kubuntu benytter to oppdateringssystemer. Det første er Advanced Packaging Tool (APT) som også benyttes i Linuxdistribusjonen Debian GNU/Linux. Det andre er programvaren PackageKit som benyttes av blant annet Fedora og som ble introdusert i distribusjonen Fedora 9 «Sulphur».