Den tredje etappen mellom Lergravsparken og Københavns flyplass ble planlagt på demning med kun få passasjer for fotgjengere. Det førte til sterk kritikk fra beboerne i området, som krevde nedgraving av banen eller flere passasjer. Dette ble kun i en liten grad imøtekommet, hvilket førte til at protestene fortsatte. Banen ble imidlertid bygget, men rett før innvielsen anla naboene i en sak mot , som tidligere hadde godkjent byggeplanene. Naturklagenævnet ble senere frikjent ved Østre Landsret.