Den hyppigst brukte prosedyren kalles Den alminnelige lovgivningsprosedyre, tidligere kalt medbestemmelsesprosedyren. Prosedyren følges i over 90% av rettsaktene. I henhold til Lisboa-traktaten som trådte i kraft 1. desember 2009 ble medbestemmelsesprosedyrens område utvidet slik at nær alle rettsakter vedtas etter denne prosedyren. Dersom Ministerrådet med kvalifisert flertall har vedtatt Kommisjonens direktivforslag, kan Europaparlamentet med absolutt flertall foreslå endringer eller legge ned veto. Dersom Ministerrådet ikke godkjenner Europaparlamentets endringsforslag, nedsettes det et forliksutvalg. Direktivforslaget blir ikke vedtatt dersom forliksutvalgets forliksforslag ikke får kvalifisert flertall fra Ministerrådet og alminnelig flertall fra Europaparlamentet.