Hans siste år var triste, ikke bare ved at hans nærmeste venner døde, men også av tiltagende skrøpelig helse. Sykdom forhindret ikke med hans litterær arbeid og noen av siste verker er også blant hans beste. Samtidig var han preget av tvil på egne evner, noe mange poeter har opplevd, og hans mange senere revideringer bidro ikke til å gjøre verkene bedre. Mot slutten av 1585 ble hans helse stadig verre, og han synes å ha flyttet rastløst fra den ene til det andre av husene sine i flere måneder. Da slutten kom med store smerter møtte han den resolutt på religiøst vis ved sitt kloster i Saint-Cosme i Tours. Han ble gravlagt i kirken av samme navn den fredag 27. desember.