En tårnversjon, Amiga 4000T, kom også på markedet mot slutten av Amiga 4000s levetid. Denne hadde en 68040/25. En senere utgave av Escom kom med 68060/50. Amiga 4000T hadde AT-formfaktor på hovedkortet, både SCSI og IDE-kontrollere integrert, samt utbyttbare datterkort for både CPU, lyd, grafikk og I/U.