Ian Khama var eldste sønn og annet barn av Seretse Khama (1921–1980), som var president fra 1966 til 1980, og hans hustru Ruth Williams Khama. Han ble født i Chertsey i England, i en periode da faren var i eksil i Storbritannia på grunn av sin motstand mot koloniregjeringen og det fremvokstende apartheid-styresett i Sør-Afrika som voldet ham besvær idet han hadde giftet seg med en hvit kvinne.