I september 1820 ankom General José de San Martín Trujillo, og intendanten i Trujillo by José Bernardo de Tagle sluttet seg til frigjøringsbevegelsen. 24. desember samme år erklærte han ( tilsvarer region i kolonien) som uavhengig av Spania og heiste nasjonalflagget i byen. Dette ble starten på det avgjørende felttoget i den peruanske uavhengighetskrigen som endte med frigjøring fra Spania i 1824. Under Salpeterkrigen mot Chile mellom 1879 og 1883 ble Trujillo spart for krigshandlinger, men mange av byens innbyggere deltok i kampene for Perus selvstendighet.