Embryologi var ett av fagområdene som la grunnlaget for utviklingen av evolusjonsteorien. Erasmus Darwin, var i Zoönomia (1794) en av de første som foreslo at fugler og pattedyr kunen være beslektet på grunnlag av embryologien. Likheten mellom tidlige fostre hos forskjellige virveldyr ledet den tyske biologen Ernst Haeckel til å formulere den såkalte biogenetiske lov i 1866: .