Fra midten av 1950-tallet levde Eltschkner under konstant tilsyn fra statssikkerhetstjenesten, først i Mikulov og senere i Brno, hvor han nesten blind døde av alvorlig syk i en alder av over åtti år. Med samtykke fra statsmyndighetene ble han levninger overført til Praha og gravlagt der på St. Margaret-kirkegården ved Břevnov-klosteret i Praha-distriktet med samme navn.