Bad Company 2 har en historie-drevet enspiller-kampanje. I det meste av fortellingen tar spilleren kontroll over karakteren Preston Marlowe. Handlingen er lagt til nær fremtid under den fiktive andre russisk-amerikanske krigen mellom USA og Russland, sistnevnte støtter en fiktiv latin-amerikanske milits, en opprørsgruppe som opererer i Sør-Amerika. Spillet begynner i oktober 1944, når en gruppe amerikanske soldater skal infiltrere en øy i Japanhavet, dominert av den japanske marine. Soldatene får tak i en japansk forsker som jobbet med et hemmelig våpen, og de amerikanske soldatene unnslipper så vidt fra øya på en ubåt.