I mai 2023 kunngjorde Noboa sitt kandidatur til presidentvalget som skulle holdes i 2023 etter at presidenten hadde oppløst nasjonalforsamlingen. Noboa stilte for valgalliansen Den nasjonale demokratiske aksjon (, ADN). Han gikk videre til andre valgomgang sammen med kandidaten Luisa González fra Folkets revolusjonsbevegelse (, MRC) som fikk flest stemmer i første valgomgang. I andre valgomgang 15. oktober 2023 fikk Noboa 52% av stemmene.