Nedkvitne har etter 2011 vært aktiv i universitets- og forskningsdebatt, både gjennom faglige bidrag og diskusjon i media. Han har blant annet kritisert store satsinger på såkalt «fremragende forskning» i humaniora. Han har også stilt spørsmål ved pengebruken på det nye senteret for livsvitenskap ved UiO.