Men til tross for en viss grad av demokrati i den etter-revolusjonistiske politiske strukturen, har bruddene på menneskerettighetene under det teokratiske regimet vært like brutale som under monarkiet. Tortur, fengsling av avvikere og mord på prominente kritikere er vanlig. Undertrykkingen av kvinner og religiøse minoriteter, særlig medlemmene av Bahai-troen, har vært vanlig siden revolusjonen da deres tro har blitt erklært for gudsbespottende. Mer enn 200 bahaier har blitt henrettet eller drept, hundrevis har blitt fengslet og titusenvis har blitt fratatt jobber, pensjoner, forretninger og utdanningsmuligheter. Alle bahaienes nasjonale administrative strukturer har blitt forbudt av styresmaktene, og hellige steder, templer og gravplasser har blitt konfiskert, vandalisert eller ødelagt.