Den store synagogen i Vilnius ble på slutten av 1500-tallet sentrum for den voksende jødiske befolkningen. I 1633 ble gettoen utvidet og jødene fikk tillatelse til å drive handel og visse håndverksfag. Jødene fikk lov å bo i bestemte gater. Under pogromene i 1592 og 1635 ble synagogen ødelagt og flere tusen jøder ble drept eller fordrevet.