Det høyloftede gravkammeret der Humayuns kenotaf er plassert, er omgitt av fire oktagonale kamre i to etasjer. Disse kamrene har er sammenbundet av buehvelvede passasjer med mindre kamre imellom, og dette tyder på at bygningen opprinnelig var ment som et dynastisk mausoleum. Konstruksjonen med i alt åtte sidekamre gjør det mulig å bevege seg i krets rundt hoved-kenotafen, noe som er vanlig praksis i sufismen og dessuten kan sees i mange keiserlige mogulske mausoleer. Men denne konstruksjonen gjenspeiler også forståelsen av Paradiset i den islamske verdensoppfattelsen. Hvert av hovedkamrene er i sin tur omgitt av åtte mindre kamre, og følgen er at den symmetriske grunnplanen over byggverket består av i alt 124 hvelvede kamre. Det står kenotafer i en rekke av de mindre kamrene, til minne om andre medlemmer av den mogulske kongefamilien eller mogulhoffet. Blant annet finner vi kenotafen til Humayuns enke Hamida Begum her. Hele komplekset inneholder i alt over 100 graver.