Tokugawa Ieyasu skal også ha vært en ninja, og kontrollerte både Iga og Kōga, da han forente Japan og ble hevet til rangen som Shogun. I en dramatisk flukt gjennom Naras berg etter Odas snikmord, skal Iga-lederen, ninjaen Hattori Hansō ha hjulpet ham og vunnet hans støtte. Den siste kamp, som involverte ninjaer, skulle være beleiringen av Shimabara under Tokugawa-shogunatet. Da shogunatet var blitt stabilisert, ble ninjaene arbeidsløse. Ifølge overleveringene ble noen Oniwabanshū, en halv-hemmelig gruppe av livvakter og etterretningsoffiserer, som arbeidet i Edo-slottet, hvor de holdt øye med den sittende daimyō.