Glemp kom med flere antisemittiske kommentarer og han hadde gitt tillatelse til et etablering av et nonnekloster i Auschwitz i 1984. I et møte med jødiske ledere i 1991 beklaget han uttalelsene i 1989. Protestene og intervensjon fra Johannes Paul II førte til at nonnene flyttet ut. Glemp antydet at jødene burde beklaget jødiske kommunisters forfølgelse av polske patrioter etter andre verdenskrig. I en seremoni i 2001 ba Glemp om tilgivelse for prester som aksepterte antisemittisme. Glemp selv avviste påstander om antisemittisme.