I Washington fikk Jordan først en jobb som klubbmedeier og direktør i klubben. Han fikk en meget omfattende lederstilling, men vurderingen av han i denne rollen har vært blandet. Sommeren 2001 ga Jordan hint om at han hadde lyst til å starte å spille igjen, og i september ble det offisielt: Han vendte tilbake som aktiv spiller, og lovet å gi sin spillerlønn til ofrene for terrorangrepet 11. september 2001.