Etter den fatale dagen hvor monsteret Sin angriper Zanarkand blir Tidus transportert til Spira, en verden ikke helt ulik den Tidus kommer fra. Denne verdenen er også plaget av Sin, monsteret ingen har greid å utslette totalt. I verdenen Spira, i landsbyen Besaid, treffer Tidus Yuna, Wakka, Lulu og Kimahri Ronso. Yuna er en ung kvinne på 17 år som har bestemt seg for å bli en summoner (påkaller). Hennes guardians (voktere) er Wakka – Besaid Aurochs stolte blitzballkaptein, Lulu – Tidligere kjæreste av Wakkas lillebror, nå en magiker, og Kimahri – Tilhører av den stolte klanen Ronso som holder til i Ronsoenes hellige fjell; Mount Gagazet. Han er utvist av rasen sin fordi han var for liten og svak (til deres rase å være). Sammen legger Tidus ut på en reise gjennom Spira med sine nye venner for å følge Yunas' mål: å befri Spira fra det fryktelige monsteret Sin. Gjennom denne reisen lærer Tidus mer om seg selv og hans personlighet endres veldig gjennom spillets gang.