Fra gammel tid var Helgøy eget kirkesogn. I 1837 ble kommunalt selvstyre innført, og Helgøy fikk i kommunefellesskap med Karlsøy sogn eget selvstyre med egen økonomi. Helgøy vokste som handelssted under Christian Figenschou, og helgøyværingene ble snart misfornøyd med kommunefellesskapet med Karlsøy.