En viktig grunn til at han falt ut av landslaget var skadeproblemer, og i 1994 gikk han hjem til Odd igjen, der han bidro til å få klubben opp i 1. divisjon, før han året etter dro tilbake til Viking. Da kontrakten med Viking utløp ved utgangen av oktober 1996, skrev han 1. november 1996 under for skotske , der han var med å ta cupsølv, før han sommeren 1999 for tredje gang dro til Odd, som nå var havnet i Tippeligaen. Her var han med å vinne cupen i 2000, og gjorde seg bemerket ved å vise frem sin leopardmønstrede tanga foran TV-kameraene etter at seieren var et faktum. Klubben ville imidlertid ikke gi Pedersen ny kontrakt etter sesongen 2002, og etter å ha skrevet et offentlig bred der han kritiserte Odd-ledelsen etter noter dro han til Danmark for å finne en klubb der. Det klarte han ikke, og dro derfor til Pors Grenland som da spilte i 2. divisjon. Her var han med på opprykket til 1. divisjon i 2003, og var en viktig brikke for klubben i 1. divisjon både i 2004 og 2005, da han ga seg på grunn av ryggproblemer. Fra sommeren 2006 spilte han imidlertid fotball igjen, dog på et langt lavere nivå.