Ockham ble værende i München frem til sin død, og skrev en rekke avhandlinger som støttet Ludvig i hans kritikk av pavestolen i Avignon. Etter at Michele av Cesena døde i 1342, ble Ockham leder for den lille gruppen av fransiskanske dissidenter som levde i eksil hos keiseren. Ockham døde den 10. april 1347, like før svartedauden brøt ut. Han ble offisielt rehabilitert av pave Innocens VI i 1359.