Anne Mortimer ble født den 27. desember 1390 ved New Forest i grevskapet Westmeath, som var en del av hennes familiens irske eiendommer, som den eldste av de fire barna til Roger Mortimer, 4. jarl av March og hans hustru Alianore Holland, grevinne av March (også omtalt som Eleanor). Hun hadde to brødre, Edmund Mortimer, 5. jarl av March og Roger (1393-ca. 1413), og en søster med lignende navn som hun selv, Eleanor, som giftet seg med Edward de Courtenay, men fikk ikke barn.