Elvas kilde ligger i kommunen Mouthe i Vest-Jurafjellene. Doubs flyter først i nordøstlig retning ved Jurafjellene og danner grensen mellom Sveits og Frankrike i 40 kilometer. I nærheten av Montbéliard snur retningen mot sørvest til den munner ut i Saône ved Verdun-sur-le-Doubs om lag 20 kilometer nordøst for Chalon-sur-Saône.