Naser Khaders far er av palestinsk opprinnelse, og kom til Tyskland og senere til Danmark som fremmedarbeider. Moren er syrisk. Hele familien kom til Danmark i 1974 og ble danske statsborgere. Han ble ferdig utdannet cand.polit. fra Københavns Universitet i 1993 og cand.theol. fra samme universitet i 2015. Han har også studert retorikk, kommunikasjon og Midtøsten-studier ved Aarhus Universitet og Odense Universitet. Han har blant annet vært arabisk tolk, konsulent for DR og Dansk Almennyttigt Boligselskab (DAB), ledet sitt eget radioprogram på DR, og forsket på Midtøsten ved den amerikanske tankesmien Hudson Institute. Khader har skrevet flere artikler og bøker.