Området hvor Churchill ligger var opprinnelig befolket av diverse urfolk som dene- og creefolk. Europeere ankom for første gang området i 1619 da en dansk ekspedisjon ledet av Jens Munk overvintret i nærheten av der hvor Churchill senere ville ligge. Kun tre av de 64 ekspedisjonsmedlemmene overlevde vinteren, og seilte tilbake til Danmark i skipet «Lamprenen», det ene av ekspedisjonens to skip. I 1964 fant danske arkeologer restene etter det etterlatte skipet, fregatten «Enhjørningen», på mudderflatene noen kilometer fra Churchillelvas munning.