Paul Green startet sin profesjonelle fotballkarriere i Doncaster Rovers i august 2001, og han spilte sin første obligatoriske kamp for Doncaster den 19. mars 2002 da de gjorde 2-2 mot Nortwich Victoria i en ligakamp i Conference National. Tre dager senere laget han sitt første ligamål for da de vant 5-2 over Hayes. Totalt scoret Green 2 mål på 8 ligakamper for Doncaster i 2001/02-sesongen, mens han i 2002/03-sesongen scoret 4 ligamål på 29 kamper. I denne sesongen spilte Paul Green også 3 play-off kamper for Doncaster, og han scoret Doncasters første mål de de vant 3-2 over Dagenham & Regbridge i play-off finalen i Conference National.