Lord Mayor klagde på Crowley til erkebiskop Parker, hvilket førte til at både Crowley og en Sayer, som var i kretsen kirken ligger i, ble innkalt til Parker. Crowley sa at han var villig til å gå i fengsel; han ville ikke tillate bruk av cotta, og han ville ikke slutte å preke såfremt han ikke ble avsatt. Parker klargjorde at han såvisst var avsatt, men Crowley forklarte at han kun ville akseptere avsettelse utført av en domstol. Dette var et klart angrep på Parkers autoritet. Crowley ble plasser i husarrest i biskopen av Elys varetekt fra juni til oktober, mens Sayer fikk en bot på hundre pund. Etter at suspensjonstiden var ute holdt Crowley på sine prinsipper, og ble permanent avsatt. Innen 1568–1569 hadde Crowley mistet alle sine embeter og titler i kirken, og vendte tilbake til trykkeribransjen. Parker så at Crowley og andre motstandere hadde så stor støtte at han fryktet for sitt liv, og bad Cecil om å sikre støtte fra regjeringen.