De neste hundre åra ble Goryeo styrt at militære som Yi Ui-bang, Yi Ui-min og Gyeong Dae-seung og til slutt Choe Chungheon, som i sin periode (1196-1258) etablerte et personlig diktatur. De militære lederne overtok all politisk makt og landets økonomiske ressurser, særlig gjaldt dette Choe-familien. Kongeembedet ble beholdt men fikk bare symbolsk betydning. Ved hjelp av elitestyrken Tobang kontrollerte militærlederne hoffet og kongen.