Under første verdenskrig flyttet Funk til USA hvor han ble statsborger i 1920, men kom tilbake til Polen igjen i 1923. I årene 1923-1927 var han direktør for det Statlige Hygieneinstitutt i Warszawa, og arbeidet blant annet med isoleringen av hormonet insulin. Han forsket på effektene av vitamin B1 på karbohydratomsetningen og var den første til å isolere nikotinsyre (vitamin B3). Han fant Polen for politisk ustabilt og flyttet i 1927 til Paris hvor han startet sitt eget forskningsinstitutt Casa Biochemica. I 1927 reiste han til Paris, hvor han drev med undersøkelser på hormoner. I 1939, etter utbruddet av andre verdenskrig, emigrerte han til USA. Mot slutten av sitt liv forsket han på årsakene til kreft. I 1940 startet han Funk Foundation for Medical Research i USA.