Ganondorf besetter Zelda, slår Midna bevisstløs og går i kamp med Link. Etter å ha blitt beseiret, bruker Midna igjen, denne gang til å eksorsisere Ganondorf fra Zeldas kropp. Han forvandler seg så til Ganon, et enormt beist. Link beseirer ham igjen og Ganons kropp ødelegges. Samtidig overføres Zeldas livskraft fra Midna tilbake til Zeldas kropp, noe som gjenoppliver henne. Men idet det virker som kampen er over, stiger Ganondorfs flammende sjel opp. Midna teleporterer Link og Zelda ut av slottet til og forsøker å knuse Ganondorfs sjel ved hjelp av .