Det var da de grunnla Leland Stanford Junior University til deres sønn's ære. Universitetet åpnet i 1891. Etter at Leland døde 21. juni 1893 overtok Jane kontrollen av universitetet. Universitetet led av alvorlige økonomiske problemer etter Lelands død, og styret tok til orde for en midlertidig stenging av universitetet før skatt og juridiske problemene kunne løses, men hun insisterte på at det fortsatt skulle være i drift. Inntil boet ble oppgjort i skifteretten i 1898, betalte for universitetet fra sine personlige ressurser (som enke fikk hun ti dollar per måned, mens boet var i skifteretten, og hun forsøkte også å selge sine personlige juveler).Som den gjenværende grunnlegger fikk hun en stor del av den juridiske kontroll over universitetet til sin død, selv om hun ga styret større myndighet etter 1. juni 1903.