Ved siden av handelsmenn fra Kina og andre asiatiske områder oppdaget europeerne Japan på 1500-tallet, først portugiserne senere spanjolene. Med disse kom misjonærer, som ga kristendommen fotfeste, særlig blant bøndene. Etterhvert oppfattet daimyōene dette som trussel mot bøndenes hengivenhet til dem, og fra omtrent 1612 slo den tidligere åpenheten om til en økende undertrykkelse. Etter av kristne samurai mot shogunatet i 1637-38 ble kristendommen forbudt og alle utlendinger ble utvist med unntak av noen nederlandske og kinesiske handelsmenn, som måtte holde seg til den kunstige (og dermed ikke ekte japanske) øya Dejima i Nagasaki bukten. Landet var i de nærmeste 200 år bortimot komplett isolert fra resten av verden.