Northug ble i januar 2006 norgesmester på 30 km dobbel jaktstart etter å ha slått Frode Estil i spurten. Dagen etter gikk han ankeretappen for Strindheim IL på NM-stafetten. Igjen var han involvert i et spurtoppgjør, og sikret gullet foran Tore Ruud Hofstad fra Lillehammer Skiklub. Til tross for disse resultatene fikk han ikke plass i den norske troppen til Vinter-OL 2006.