I den sørlige bydelen i Boston har delstatspolitiet startet en egen krig mot den irsk-amerikanske mafiaen. Den unge sivilpolitimannen Billy Costigan får i oppdrag å infiltrere mafiaens syndikat, drevet av gangsterbossen Frank Costello. Mens Billy raskt får Costellos tillit, får den hardbarkede unge kriminelle Colin Sullivan, som har infiltrert politikammeret på oppdrag fra Frank Costello, mer og mer makt i spesialetterforskningsavdelingen. Etter som Costigan og Sullivan på hver sin side får mer og mer tillit, nærmer de seg å avsløre hverandres infiltrasjon i fiendens leir, og de starter et kappløp for å avsløre den andres identitet.