Marie Fredriksson var yngst av fem barn til landpostbudet Gösta Fredriksson (1914–1981) og fabrikkarbeideren Inez, født Hoffert (1922–1998). Hun vokste delvis opp i Östra Ljungby i Skåne, men flyttet senere til Halmstad. Mellom 1975 og 1977 gikk hun på musikklinjen på Fridhems folkhögskola i Svalöv.