Det er meget sjeldent at det oppstår alvorlige komplikasjoner til ulcerøs kolitt. Hull på tarmen (perforasjon) kan skje, men det er kun hos de mest alvorlig syke som ligger inne på sykehus. Det samme gjelder blodforgiftning. Små blødninger over lengre tid som fører til jernmangel og lav blodprosent, er ikke helt uvanlig. Større akutte blødninger forekommer imidlertid svært sjeldent. Langvarig sykdom (mer enn 10-15 år) medfører en økt risiko for tykktarmskreft hos de pasientene som har hatt utbredt sykdom dvs. at hele tykktarmen har vært betent. Dette er et forhold det må tas hensyn til i oppfølgingen av disse pasientene.