Store gatedemonstrasjoner i juni 1991 førte til politisk krise som endte med at Ratsiraka måtte gå av. Det uavhengige Kirkerådet ledet en nasjonal kongress som gav landet en ny grunnlov 19. august 1992. Dermed kom den tredje republikk og Albert Zafy ble valgt til ny president 10. februar 1993. Men Zafy ble avsatt på konsitusjonelt grunnlag i juli 1996 av nasjonalforsamlingen og landet ble kastet inn i en ny krise. Ved presidentvalget i slutten av året gjorde Didier Ratsiraka comeback. Han gjeninnførte presidentstyret og reviderte grunnloven slik at han ikke risikerte at nasjonalforsamlingen skulle gå mot ham. Alt lå til rette for at han skulle bli gjenvalgt i desember 2001, etter en regulær femårsperiode. Men han ble utfordret av Antananarivos borgermester, Marc Ravalomanana. Ravalomanana var en dynamisk forretningsmann som hadde slått seg opp på meieridrift og næringsmiddelproduksjon.