I 2016, da senator David Vitter valgte å ikke stille til gjenvalg, stilte Kennedy nok en gang til valg for senatet. Han var først i primærvalget og slo demokraten Foster Campbell med 61 % av stemmene mot Campbells 39 % i runoffvalget i desember. Han ble tatt i ed 3. januar 2017. Kennedy var en av de åtte republikanske senatorene som protesterte mot godkjenningen av resultatet av presidentvalget i 2020.