Høyere utdanning i Somalia er i det 21. århundre hovedsakelig privat drevet. Flere universiteter i landet, inkludert Mogadishu Universitet, har blitt scoret blant de 100 beste universitetene i Afrika til tross for det harde miljøet, som har blitt hyllet som en triumf for grasrot-initiativer. Andre universiteter tilbyr også høyere utdanning i Sør-Somalia inkludert Benadir University, Somalia National University, Kismayo University og University of Gedo. I Somaliland drives Amoud University, Universitetet i Hargeisa, Somaliland University of Technology og Burao University.