I juni 1944 beskjeftiget Manhattanprosjektet ca.  personer, hvorav rundt var bygningsarbeidere, var ansatt til å drive anlegget mens var militært personell. Etter hvert som byggeaktiviteten avtok, falt arbeidsstyrken til rundt et år senere, samtidig hadde det militære personellet vokst til . Fremskaffelsen av det nødvendige antall arbeidere, spesielt høyt kvalifiserte arbeider, i konkurranse med andre livsviktige krigstidsprosjekter viste seg å være svært vanskelig. I 1943 fikk Groves en spesiell midlertidig prioritet på arbeidskraft fra . I mars 1944 ga i tillegg War Production Board som War Manpower Commission prosjektet den høyeste prioritet. Manhattanprosjektet omfattet virksomhet i 37 anlegg i 19 delstater. Da Niels Bohr kom til Los Alamos og så omfanget av prosjektet, bemerket han: Der ser dere, jeg sa jo at hele landet måtte gjøres til stor fabrikk for å klare å lage en atombombe.