Da Kublai-khan kom til makt i 1260 flyttet han sin hovedstad til Shangdu, og senere til Khanbaliq (Beijing). Karakorum ble redusert til administrativt senter for en fjern provins innen Kublais Yuan-dynasti, grunnlagt i Kina i 1271. Da var byen allerede begynt å bli sammet av rivalisering og strid. I 1298/99 plyndret fyrst Ulus Buqa markedene og kornlagrene. Første del av 1300-tallet så imidlertid en ny oppblomstring. I 1299 ble byen utvidet mot øst, og i 1311 og igjen mellom 1342 til 1346 ble stupatempelet (etter 1346 kjent som Xingyuange 興元閣) fornyet.