Faren John Truman var bonde og bufehandler. Familien bodde i Lamar frem til Harry var ti måneder gammel, da de flyttet til en gård i nærheten av Harrisonville, deretter til Belton, og i 1887 til besteforeldrenes 2 400 dekar store gård i Grandview. Da Truman var seks år gammel, flyttet familien til Independence, slik at han kunne begynne ved den presbyterianske kirkens søndagsskole på stedet. Han ble oppdratt som sørstatsbaptist, men skulle bli blant de minst utpreget religiøse presidentene. Truman fikk ingen tradisjonell skolegang før åtteårsalderen, men de offentlige skolene i Independence hadde et godt omdømme. Biografer har beskrevet småbyen som preget av lidelser påført under den amerikanske borgerkrigen, da store deler av Missouris befolkning sympatiserte med Sørstatene. På slutten av 1800-tallet var den en nybyggerlandsby uten innlagt vann og elektrisitet.