Pettersen la opp etter sesongen 2002/03, men en trenerkarriere bragte ham tilbake på banen, da i Moss og Øreåsen IL. Dette ble en kortvarig affære da Øreåsen IL rykket direkte ned etter sin første sesong i eliteserien. Han gikk da til Fredrikstad IBK for et samarbeid med Erik Hæren og A-laget. Heller ikke dette ble noen suksess, og begge årene kjempet de mot nedrykk.