Konserveringen av «Mary Rose» og gjenstandene som ble funnet under utgravningene og bergningen var et sentralt emne helt fra prosjektets start. Mange gjenstander som var velbevarert, spesielt disse som hadde vært innelukket i sedimenter, kunne lett ødelegges når de ble hentet opp i et oksygenrikt miljø. For å redde de mange gjenstander for ettertiden måtte arkeologer og konservatorer samarbeide. For å forhindre nedbrytning på kort sikt før man kunne begynne med den aktive konservering, ble funnene lagt i såkalt passiv forvaring, etter det materiale gjenstanden bestod av. Små tregjenstander ble forseglet i plastposer for å holde dem fuktige mens deler av skipets konstruksjon og andre tregjenstander ble lagt i åpne vannbad. Mikroorganismer som kunne nedbryte tre ble bekjempet med forskjellige metoder som oppbevaring ved lav temperatur eller behandling med kjemikalier, med de større gjenstander ble damsnegler brukt for å ta bort disse organismer, mens de lot treverket i fred.