Innerkraniet er formet som en eske og er åpent på toppen. Nederst mot ryggsiden av dyret er det en åpning for ryggnerven, . Gulvet i boksen har flere parrede åpninger langs midnlinjen for hjernenervene. I den fremre veggen sitter et svampaktig bein (silbeinet hos pattedyr) som gir åpning for luktenerven. Alle knoklene i denne strukturen dannes av celler fra neuralkammen under fosterutviklingen. Hos en del beinfisk og firbeinte virveldyr er innerkaniet dekket av et lokk (skalletaket) av hudbein, mens hos kjeveløs fisk og bruskfisk danner innerkraniet en serie utløpere som omslutter øyne og nese.