Alice blir til slutt fortalt at dronningen av Eventyrland fremdeles lever - til tross for hennes tidligere nederlag mot Alice. Ved dronningens slott oppdager Alice dronningens sanne form. Dronningen avslører at en ukjent enhet som kalles for Dollmaker har overtatt kommandoen over Infernal Train, og nå forsøker å ødelegge Wonderland. Når hun kommer seg tilbake til London, begynner Alice å huske tidligere minner fra en tidligere brann, og hun innser at Dr. Bumby også var der. Doktoren var ansvarlig for at søsteren og resten av familien til Alice døde i en brann. Alice kommer til den konklusjon at Dr. Bumby forsøker å ødelegge alle minner fra brannen fra hodet hennes. Rasende ønsker Alice å konfrontere både Dr. Bumby i den virkelige verden, og Dr. Bumbys motstykke i Wonderland - Doll Maker.