Rotblat var en av to fysikere som forlot Los Alamos (Felix Bloch forlot Los Alamos etter kort tid av uklare grunner) og trolig den eneste som tok stilling til prosjektet på den måten. For Chadwick og britiske myndigheter var det pinlig at han ville forlate prosjektet. Amerikansk etterretning hadde en mappe som angivelig viste at Rotblat var upålitelig og trolig en spion; mange detaljer i mappen ble lett tilbakevist og Rotblat fikk tillatelse til å dra. Han hadde brutt reglene ved Los Alamos ved å reise til Santa Fe for å besøke en venn. Rotblat gjorde ikke noe vesentlig bidrag til Manhattanprosjektet. Han hadde forbud mot å snakke om prosjektet med noen inkludert begrunnelsen for å forlate prosjektet. Spionasjemistanken mot Rotblat kan skyldes at kontraspionasjen forvekslet ham med spionen Klaus Fuchs.