Emanuel Linderholm ble født inn i den smålandske vekkelsesbevegelsen. Han hadde mange søsken i oppveksten, som var preget av fattigdom. Gjennom venners omsorg fikk Linderholm da han var 20 år mulighet til å flytte til Uppsala og han tok «studenten» da han var 25. Han ble deretter skrevet inn på Uppsala universitet, der han tok teologisk-filosofisk eksamen i 1898, ble teologie kandidat i 1905 og teologie licentiat i 1908. Han kom i kontakt med den nye historisk-kritiske eksegesen som student funder Erik Stave, som da var en autoritet på Det gamle testamentet, og dette ledet Linderholm til fordypende studier i kirkehistorie. I 1911 disputerte han med en avhandling om Sven Rosén og pietismen og ble dosent samme år.