Humboldtsule hekker bare løselig sesongvis, typisk i september–februar i Peru og januar–februar i Chile. Hekkingen foregår på nakne holmer langs den steinete kysten. Hybridisering med blåfotsule er kjent fra det nordlige Peru, men hendelsene er sjeldne og lokale, siden humboldtsula fortrekker kjøligere temperaturer enn blåfotsula. Hekkingen foregår i enorme fuglekolonier. Redet plasseres på bakken og er i beste fall kun en løs haug av sjøgras, som holdes sammen av guano. Det hender også at fuglene legger egg uten noe rede. Hunnen legger typisk 1–4 egg, i snitt 3. Inkubasjonstiden tar cirka 42 dager. Avkommet har hvitaktig dun. Flygedyktig fjærdrakt oppstår etter cirka 78–105 dager. Avkommet hekker selv når de blir 2–3 år gamle.