Han ble amerikansk statsborger i 1948 og fransk i 1958. Ernst hadde bosatt seg i Paris i 1921 og oppholdt seg 1941–1948 i USA. Ved utbruddet av andre verdenskrig ble han i 1939 internert noen uker som tysker. Da Tyskland okkuperte Frankrike ble han arrestert av Gestapo og rømte og flyktet til USA med hjelp fra Peggy Guggenheim som han giftet seg med. Guggenheim-familien var jødisk og hun var i fare i Frankrike. Flukten gikk via Marseille og Lisboa i det nøytrale Portugal. Hennes onkel etablerte Solomon R. Guggenheim Foundation og hun medvirket selv til Guggenheimmuseet i Venezia.