Under andre verdenskrig bombet de allierte byen, med høyest intensitet i februar og mars 1945, som ledet til stor ødeleggelse av Jena. I sammenheng med at byen ble beskutt av amerikansk artilleri 11. april 1945 ble 40 mennesker drept. Den 13. april 1945 okkuperte amerikanske tropper Jena uten stridigheter. Den 1. juli 1945 fulgte overtakelsen av sovjetiske tropper. Under krigen ble 14 prosent av Jena ødelagt og 800 mennesker omkom under luftangrepene.