Gainsborough Trinitys «storhetstid» var perioden fra 1896 til 1912 da klubben spilte i The Football League. De hadde tidligere spilt i Midland League, en liga de returnerte til etter at de ikke ble gjenvalgt til Football League i 1912 og spilte i fram til ligaen ble nedlagt i 1960. Da ligaen gjenoppsto som Midland Counties League i 1961, ble klubben med i denne etter en sesong i Yorkshire League. I 1968 var de med på å etablere Northern Premier League hvor de spilte fram til 2004. I 2004 ble klubben medlem av Conference North, som skiftet navn til National League North i 2016.