I 1590-årene fikk Trondheim fornyet sine kjøpstadsprivilegier av kongen, og all eksport fra lenet – Trøndelag og Møre – skulle forvaltes av kjøpmenn i Trondheim. Trondheim hadde tollfri eksport av trelast og mineraler, og tollfri import av korn. På slutten av 1500-tallet fikk norsk trelast større betydning som eksportvare. Skogene i Mellom-Europa begynte å bli uthugget, og oppgangssagen rasjonaliserte produksjonen av sagbord. Fiskeinnsiget ved Trøndelagskysten var også meget godt frem mot midten av 1600-tallet. Da særlig sildefisket avtok, var bergverkene på Kvikne, på Røros, på Løkken og i Mostadmarka allerede godt i gang. Handelsprivilegier og tilgang til ettertraktede eksportvarer trakk utenlandske kjøpmenn til Trondheim. Noen av de første kjente var nederlenderne Johan (Jean) de Noquer, Herman Momme og Levin Levinsen, som drev sagbruk og trelasteksport til hjemlandet fra Romsdalen og Trøndelag. Noquer bosatte seg i byen og ble utnevnt til toller i 1620. Wessel-slekten kan også ha kommet til Trondheim fra Nederlandene i denne perioden. Noen engelskmenn gjorde seg også bemerket, som Alexander Samson og Henry Sommerscales (eller Henrich Sommerschield, ofte bare kalt «Henrik engelskmann»). Begge ble rådmenn og borgermestre i byen. Selv om mye av skipsfarten etter hvert ble overtatt av britiske skip, opprettholdt Trondheim god kontakt med Nederlandene.