I de nærmeste månedene ble Mabini presset av politiske problemer, slik som å forhandle om å få til en avslutning på stridighetene mellom filippinerne og de amerikanske styrkene, som hadde blitt igjen på Filippinene etter krigen. Etter at det mislyktes å inngå en suksessfull avtale med den amerikanske hæren om våpenhvile, ble det første skudd avfyrt under Den filippinsk-amerikanske krigen 4. februar 1899. Den revolusjonære regjeringen ble tvunget til å forlate Malalos og flytte administrasjonssetet fra sted til sted. Mabini, som ble presset av sine politiske motstandere og som ikke hadde lykkes i å stanse det tiltagende geriljaopprøret, overgav seg til amerikanerne 7. mai 1899.