Aall ble også utnevnt til leder av Quisling-regimets Granskningskommisjonen av 1943 som skulle søke å avsløre kongens og regjeringens angivelige dobbeltspill før 9. april 1940, da man mente at nøytraliteten ble brutt ved underhåndskontakter med Storbritannia. Også kongehusets arvefølge og dronning Mauds påståtte infertilitet skulle undersøkes. Kommisjonens oppdrag ble aldri fullført. Aall mistet etter hvert tiltroen til NS-styret og meldte seg ut av partiet i 1944.