Fra 1757 til 1762 arbeidet han som lærer for grev Hieronymus Ferdinand Rudolf von Mannsfeld, som senere ble en keiserlig og kongelig keiserlig landbruksminister. I 1762 ble han rektor for ordenshøyskolen som var nyopprettet i Praha på hans initiativ. Han hadde embetet til 1778. Dobner var en representant for den katolske opplysningstiden og en av grunnleggerne av kritisk historieskrivning i Böhmen. Som patriot var han interessert i objektiv vitenskap. Han forsøkte å skille sann tradisjon fra fiksjon, en vanskelig oppgave som ofte brakte ham i konflikt med tradisjonalister og aristokrater.