Religiøs tilhørighet følger i stor grad etniske skillelinjer. Myndighetenes definisjon av etniske malayer forutsetter at de er sunnimuslimer, snakker det malayiske språket, praktiserer malayiske skikker, og har slekt fra Malaysia, Brunei eller Singapore. Ved folketellingen i 2010 identifiserte 83,6 % av de malaysiske kineserne seg som buddhister, med betydelige taoistiske og kristne minoriteter. 86,2 % av de malaysiske inderne identifiserte seg som hinduer, med betydelige kristne og muslimske minoriteter. Ikke-malayiske fordelte seg stort sett mellom kristendom (46,5 %) og islam (40,4 %).