Bouvetøya er det eneste landfaste området i et stort havområde og er viktig for dyregrupper som er avhengig av land i perioder av sin livssyklus. Sel, pingviner og andre sjøfugl er helt avhengig av et fast underlag for gjennomføring av reproduksjon, pels- og fjærskifte. De grunne områdene rundt øya med undersjøiske fjelltopper og rygger skaper omrøring og strømninger i vannmassene som gir gunstige vekstvilkår for planteplankton som større dyr, som krill er avhengig av. Den antarktiske krillen utgjør verdens største enkeltarts biomasse og er et viktig ledd i det antarktiske økosystemet.