Før VM 2006 ble han tysk landslagskeeper, ettersom Jürgen Klinsmann vraket Oliver Kahn. Tyskland vant bronse i dette mesterskapet. Arsene Wenger valgte Manuel Almunia som førstelagskeeper istedenfor Lehmann i hans siste sesong i klubben. Lehmann ble også med i Tysklands tropp i EM i fotball 2008 som førstekeeper. Tyskland vant sølv i dette mesterskapet.