Yamamoto skrev en manual for bruk av skipsartilleri som ble standard for hele den keiserlige japanske marinen og han tjenestegjorde som kommandant for den japanske krysseren Naniwa på dens reise fra Elswick til Japan (1885–1886). Etterpå fulgte han forsvarsministeren Kabayama Sukenori på hans tur til USA og Europa i 1887 og 1888. Som kommandant av krysseren Takao, foretok han et konfidensielt oppdrag der han blant annet møtte den Qing-kinesiske general Yuan Shikai i Hanseong (Seoul) i Korea i 1890. Etterpå tok han kommandoen over krigsskipet Takachiho.