Som barn tilbrakte Balduin IV mye av sin oppvekst i Jerusalem med sin far, og det var her at en av farens rådgivere for første gang mistenkte at daværende prins Balduin led av en alvorlig sykdom. Under lek med venner prøvde de å skade hverandre og det ble lagt merke til at Balduin IV ikke merket smerte, men sykdommen spedalskhet ble ikke helt bekreftet før noen år senere. Da han kom i puberteten, akselererte dette sykdommens utfoldelse og utviklet seg raskt inn i sin mest alvorligste og dødeligste form. Sykdommen som plaget ham i hele hans voksne liv og i svært stor grad forstyrret hans kongegjerning, angrep huden og nerver og gjorde ham delvis blind og ikke i stand til å gå, og resulterte i at han til slutt måtte gi tapt for sykdommen i 1185. Ifølge bevarte skrifter skal kongen ha sovnet stille inn i det kongelige palass i Jerusalem.