Arroyo gikk imidlertid ikke av som visepresident, og dermed overtok hun presidentvervet den 20. januar 2001, etter at Estrada ble fratatt makten etter fredelige gatedemonstrasjoner. Han ble senere stilt for retten for korrupsjon. Hun ble formelt valgt som president for en full seksårperiode ved valget i 2004, og tatt i ed 30. juni 2004.