Prokaryote gener er ganske enkle i forhold til eukaryotiske gener (se nedenfor). Et prokaryotisk gen koder for bare et protein og det er regulert på en enkel måte. Foran i genet sitter en promotor som signaliserer hvor transkripsjon av genet skal starte. Veldig ofte er flere prokaryotiske gener som koder for proteiner med beslektede funksjoner transkribert sammen. De er gruppert sammen langs DNA-trådene og har en felles promotor. Denne gengruppen kalles operon.