På grunn av sitt nasjonalistiske engasjement ble han sett på med mer mistenksomhet av den britiske regjeringen og dens representanter i Dublin enn de andre og mindre politisk orienterte irske biskopene. Etter skandalen rundt Parnells affære med Katharine O'Shea, hustruen til hans partikollega William O'Shea, trakk erkebiskop Croke seg fra aktiv deltakelse i politikk.