Til tross for sin unge alder fikk Ching-kuo en stor betydning for sin far under den andre kinesisk-japanske krig, som brøt ut i 1937. I 1939 ble Ching-kuo særskilt kommisjonær (行署專員) for Gannan-prefekturet sør i Jiangxi-provinsen, et område som tidligere hadde vært kontrollert av den kinesiske sovjetrepublikk. Fram til 1945 gjennomførte han og Kuomintangs ungdomskorps en rekke reformer der for å forbedre den sosiale situasjon i området. Han forbød blant annet røyking, hasardspill og prostitusjon og arbeidet for å utjevne de sosiale forskjellene i Gannan. Disse reformer ble kjent som «ny giv i Gannan» (贛南新政) og fremstod som et alternativ til Kuomintangs styre på annet hold i landet som var kjent for sin korrupsjon.