I 1968 kom Ba'athpartiet til makten gjennom et nytt offiserskupp. Partiet satte inn en av Saddam Husseins slektninger Ahmad Hasan al-Bakr som president, mens Saddam ble visepresident og nestleder for landets viktigste maktorgan: Det revolusjonære kommandorådet. Etter mønster fra sine sovjetiske allierte, innførte Saddam et system av hemmelige tjenester, som med grenseløs brutalitet sikret regimets overlevelse. President al-Bakr var gammel med svak helse og i liten stand til å utføre sine plikter, og da han gikk av i 1979 overtok Saddam Hussein presidentskapet. Hussein fulgte opp den formelle maktovertagelsen med å ta livet av eller fengsle sine rivaler innen partiet.