Den gresk-ortodokse kirke er representert i Tyskland med en rekke bispedømmer som er underlagt to forskjellige patriarkater: Det økumeniske patriarkatets bispedømmet Tyskland med sete i Bonn. Det ble etablert i 1969 og har rundt 70 menigheter. Antiokia-patriarkatets bispedømmet Europa med sete i Paris. Det ble etablert i 2000 og har 18 menigheter i Tyskland.