Da kamper brøt ut i Slovenia og Kroatia sommeren 1991, ble det klart ganske tidlig at Bosnia også kom til å bli dratt inn i samme konflikt. Til å begynne med foreslo Izetbegović en løs konføderasjon for å beholde en samlet Bosnia stat og presset sterkt på for en fredelig løsning. Derimot delte han ikke «fred for enhver pris» meningen og sa i februar 1991: Ved starten av 1992 ble det klart at de rivaliserende nasjonalistiske kravene var fundamentalt uforenlig: kroatene og bosnjakne ville ha et uavhengig Bosnia, mens serberne ville bli i et serbisk dominert Jugoslavia. Izetbegović klaget offentlig på at han ble presset til å velge en alliert han i utgangspunktet ikke ville ha, og han sammenlignet dillemmet med å måtte velge mellom leukemi eller kreft.