Johannes III Dukas Vatatzes ble gift første gang med Irene Laskarina, datter av hans forgjenger Teodoros I Laskaris i 1212. De hadde en sønn, den fremtidige keiser Teodoros II Dukas Laskaris. Irene falt senere av en hest og ble så alvorlig skadet at hun var ute av stand til å få flere barn. Irene trakk seg tilbake til et kloster, tok navnet Eugenia, og døde der i 1239.