Ved å sammenligne forandringer i arvemassen i forskjellige arter kan molekylære ur brukes til å analysere arters slektskapsforhold. Til grunn for metoden ligger teorien om at alt liv på jorden har felles opphav. Derfor har nært beslektede organismer flere likheter i arvemassen sammenlignet med organismer som slektskapsmessig står lengre fra hverandre. Organismer i forskjellige utviklingslinjer akkumulerer mutasjoner i en jevn og noenlunde lik takt. Antallet forandringer som samles opp kan derfor brukes til å bedømme tiden som er gått fra utviklingslinjene skiltes, eller med andre ord: Antallet av forskjellige baser mellom to arter vil angi hvor lenge de har vært separate arter, det vil si noe annet enn den felles opprinnelsen.