I 1991 fikk Hildegard Goss-Mayr den japanske Niwano-prisen og i 2009 Pacem in Terris Award fra det katolske bispedømmet i Davenport, Iowa. I 1988 ble hun utnevnt til æresdoktor i «divinity» ved Kalamazoo, Michigan. Hun er nå ærespresident i IFOR.