Men under Livlandskrigen ble det slutt. I 1558 gjorde Gotthard Kettler, den siste stormester for Den livlandiske orden klosteranlegget om til festning, og oppløste klosterfellesskapet året etter. Men forgjeves. I 1561 kom Padise klosterfestning under svensk overhøyhet. Dets forsvarsverker ble så forsterket ved Anders målares forsorg, og det tjente en fremtredende rolle som befestning under de påfølgende urolige årtiendene. Anlegget ble erobret av russerne i 1576 og atter ble det forsterket, men ble beleiret av svenskene og etter ødeleggende bombardement gitt tilbake til dem i 1580, og ble igjen forsterket i begynnelsen av 1600-tallet. Selve klosterfellesskapet var ble oppløst i 1559, og håp om at lykken skulle vende nok en gang, var svunnet. Området var da kommet under fast protestantisk herredømme.