Ekornes representerte Høyre i Møre og Romsdal fylkesting 1999–2003. På Høyres landsmøte i 2002 ble han valgt inn i partiets sentralstyre. Ansgar Gabrielsen, Leif Frode Onarheim og Ivar Kristiansen skaffet et flertall for Ekornes fremfor valgkomiteens foretrukne kandidat. Ekornes gikk ut av sentralstyret i 2006.