I 1990 var han med på å grunnlegge Movement for Freedom and Justice, og var organisasjonens første leder. Forbudet mot politiske partier i landet ble opphevet i 1992 og i presidentvalget samme år var Boahen New Patriotic Partys kandidat. Han tapte for Jerry Rawlings, men fikk 30,4 % av stemmene. På grunn av misnøye med påstått valgfusk i dette valget boikottet Boahen det neste presidentvalget. John Kufour var da kandidat for New Patriotic Party, og gjorde det noe bedre enn Boahen med 39,6 %. I 1998 prøvde Boahen å bli partiets presidentkandidat igjen, men Kufour ble i stedet valgt, og vant til slutt valget og ble president.