En annen forstyrrende faktor i forbindelse med saker om de innfødte var opprøret til khoikhoiene og hereroene i Tysk Sørvest–Afrika. Et stort antall, inkludert noen av de viktigste høvdingene, flyktet i 1904 og de følgende årene inn i britisk territorium, og det ble lagt fram krav i Tyskland om at det ble tatt kontroll over disse flyktningene, men det ble ikke fulgt opp av Kapp–regjeringen. Problemet tok derimot slutt i september 1907 da Morenga, en høvding som var blitt internert av kolonimyndighetene, men hadde flyktet og tatt opp igjen fiendtlighetene mot tyskerne, igjen var på britisk side av grensen. Da han nektet å overgi seg og ble forfulgt av Kapps ridende politi, ble han drept i aksjonen.