Kjempesoleie vokser i eutrofe vann eller sumper, der den kan vokse så dypt som 0,5 m. Der den vokser, har den ofte med dunkjevleartene, takrør, selsnepe og en rekke starrarter. De biologiske faktorene, som er den største trusselen for kjempesoleie, er da takrør og dunkjevle. Da disse kan lett lage så mye skygge, at kjempesoleiene dør. Men takrør tåler ikke så mye kulde om vinteren, så hovedforekomstene er da på Østlandet. Denne arten er da p.g.a. dette mere truet av klimaendringer.