Khasbulatov hadde vært en alliert til Jeltsin i hele denne perioden, men de to skilte lag etter Sovjetunionens kollaps i 1991. Under Den russiske konstitusjonelle krisen i 1993 ledet Khasbulatov (sammen med tidligere visepresident Aleksandr Rutskoj) det russiske øverste sovjet i dets maktkamp mot presidenten, som endte med Jeltsins voldelige angrep på og påfølgende oppløsning av parlamentet i oktober 1993.