På slutten av høsten krevde Wehrmacht med støtte fra den sivile administratoren Heinrich Lohse at de gjenværende jødene skulle spares. SS motsatte seg opphold i utryddelsesarbeidet, men ga etter for kravet i slutten av november. Konflikten om dette hadde pågått fra september og Wehrmachts ledelse ønsket å utnytte ressursene i erobret område for krigsinnsatsen lenger øst – utsiktene til en rask seier var langt dårligere senhøstes enn sommeren 1941. Alfred Rosenberg sendte 18. desember brev til partene der han poengterte at det ikke skulle tas økonomiske hensyn i jødespørsmålet og at SS hadde siste ordet.