I tiden som fulgte var det vanskelig å drive misjonsarbeid i Kina, ettersom Mao Zedongs styrker etterhvert la under seg hele Fastlands-Kina. Folkerepublikken Kina ble opprettet i 1949, og Søster Annie ble på den tid fengslet to ganger; i 1949 og 1950. I 1951 måtte hun forlate Kina. Etter kommunistenes seier ble det umulig å fortsette som utenlandsk misjonær i Kina.