Ved tilbakekomsten til Russland ble Sjisjkin medlem av Det keiserlige kunstakademiet i St. Petersburg og virket som professor i kunstmaling fra 1873 til 1898. Samtidig ledet han klassen som drev med landskapsmaling ved den høyere kunstskolen i St. Petersburg. Han deltok i flere utstillinger ved Kunstakademiet i St. Petersburg og den stor-russiske utstillingen i Moskva i 1882, i Nizjnij Novgorod (1896), og på verdensutstillingene i Paris i 1867 og 1878, og Wien i 1873.