Nasjonen havnet nesten umiddelbart i borgerkrig som involverte ulike fraksjoner som bekjempet hverandre. Disse fraksjonene ble ofte preget av stammetilhørigheter. Emomali Rahmonov var den første lederen av nasjonen, og han hersker fortsatt. Han har blitt beskyldt for etnisk rensing mot andre etniske grupper i løpet av borgerkrigen. I 1997 ble en våpenhvile inngått mellom Rahmonov og opposisjonspartier (Forent Tadsjiksk Opposisjon). Fredelige valg ble holdt i 1999, men de ble rapportert av opposisjonen som urettferdige, og Rahmonov ble gjenvalgt nesten enstemmig. Russiske tropper er fortsatt stasjonert i sørlige Tadsjikistan, for å bevokte grensen mot Afghanistan. Etter terrorangrepet 11. september 2001 har også amerikanske tropper vært stasjonert i landet.