I 1901 ble Benois utnevnt til leder for sceneutformingen i Mariinskij-teatret. Etter dette viet han størsteparten av sin tid til teatermaling, -dekorasjon med videre. Kostymene og kulissene til Ballets Russes' oppsetninger av (1909), (1910), og (1911) er betraktet som hans største prestasjoner. Selv om han i hovedsak arbeidet i lag med Djagilev og Ballets Russes, samarbeidet han på samme tid med Moskva kunstteater og andre kjente teatre i Europa.