Fra 1919 til 1924 var han engelsklærer for Kinas siste keiser Pu Yi (keiser fra 1908 til 1912), og bragte ham i nærmere kontakt med vestlig tankegods. Johnston og Isabel Ingram, som var datter av en amerikansk protestantisk misjonær og var privatlærer for keiserinne Wan Rong, var de første utlendinger etter jesuittpater Adam Schall på 1600-tallet som ble innvilget adgang i det indre hoffområdet i Den forbudte by under Qing-dynastiet. Johnston ble gitt høye keiserlige titler, og bodde både i Den forbudte by og i det nye sommerpalasset.