På grunn av den høye anseelse Den tyske orden nøt godt av, ønsket enkelte av de ordensbrødre som var gått over enten til den lutherske reformasjon eller til den kalvinistiske reformasjon å forbli ordensmedlemmer. Slik oppstod den ekstraordinære situasjon at den katolske høymester (som stormesteren nå foretrakk å kalle seg) ledet en katolsk orden som også omfattet noen protestantiske riddere og geistlige. Denne fasen i ordenens historie kalles «den trekonfesjonelle tid».