Allen County er et av få fylker i USA som har grense til hele ni andre fylker: mot Noble County i nordvest, DeKalb County i nordøst, Adams County i sørøst, Wells County og Huntington County i sørvest og mot Whitley County i vest. Det har også grense mot delstaten Ohio, Defiance County i nordøst, Paulding County i øst og mot Van Wert County i sørøst.