Barghouti returnerte til Vestbredden i 1994 etter Oslo-avtalen, og støttet opp om fredsprosessen, selv om han etter Interimsavtalen var tvilende til om Israel ville følge opp suksessive land for fred-avtaler. I 1996 ble han innvalgt til Palestinas lovgivende forsamling for Fatah i distriktet Ramallah. Populære kampsaker var offentlig korrupsjon og overgrep fra Arafats egne sikkerhetsstyrker. Samtidig knyttet han bånd til israelske politikere og fredsbevegelsen der.