Siden han var blitt hyllet av hertugdømmenes stender, ble brødrene hans dog utfordret til å gi ham en del av hertugdømmene. For å unngå dette overdro kongen ham bispedømmet Slesvig med Svabsted, først som koadjutor (medhjelper). I 1549 inngikk han i Assens en avtale med sine brødre om å gi avkall på all rett til hertugdømmene både for ham selv, men også for hans mannlige etterkommere. Da Slesvigs første evangeliske biskop etter reformasjonen – Tilemann van Hussen – døde i 1551, tiltrådte Frederik som fyrstbiskop. I 1552 oppnådde han også å bli administrator av det katolske bispedømme Hildesheim.