De to sønnene Trygve Nissen og Heinrich Nissen overtok ledelsen av firmaet i 1920. Ishavsbruket på Fuglenes i Hammerfest var et innholdsrikt anlegg, og herfra ble ishavskutene utrustet for avgang fra medio mars med retur første halvdel av mai. Ishavskutene var «Wildflower» og «Sælen» 1910, «Venus», «Altenfjorden», «Drott» fra 1906, «Veiding» bygget i 1918 og innkjøpt i 1923. «Lillan», som den aller nyeste ble bygget for rederiet i 1935. Brukets arbeidsformann helt til evakueringen var bødker Rudolf J.M.Olsen. Han bodde rett ovenfor bruket og var Hammerfests sist arbeidende bødker. Under krigen ble det store anlegget med kaier og pakkhus brent og slettet med jorden. Heinrich Nissen hadde evakuert til Bjarkøy og fortsatte virksomheten delvis derfra. Dette førte til at firmaet ble delt i 1947, og Heinrich overtok ishavsrederiet unntatt ishavskuta M/S «Veiding». Broren Trygve ble i Hammerfest og fortsatte virksomhet her under eget navn, Trygve Nissen AS. Firmaet hadde etter krigen i tillegg virksomhet i Tufjord, Gjesvær, Kjøllefjord, Dyfjord og Mehamn. Krigen førte altså til oppdeling av Feddersen & Nissen og at den store ishavsflåten og ishavsbruket til Feddersen & Nissen på Fuglenes ikke ble gjenoppbygd, med dette ble flere generasjoners ishavsdrift borte fra ishavsbyen Hammerfest historie.