Imidlertid kom det i 1497 til åpent brudd mellom Jakob Ulfsson og Sten Sture. Jakob Ulfsson og det øvrige riksrådet avsatte Sture fra riksforstanderposten; denne beleiret Jakob Ulfsson på hans slott Stäket, men en dansk hær brakte erkebiskopen hjelp. I det hele tatt lettedes ved disse begivenheter i høy grad Kong Hans’ bestigelse av den svenske trone. Senere ble Jakob Ulfsson og Sten Sture atter forsonet.