Selv om Hindenburg hadde overtatt Vilhelms rolle som den militært øverstkommanderende, hadde Vilhelm fortsatt en innflytelse over politiske utnevnelser, da hans samtykke var nødvendig før større endringer også i den militære ledelsen kunne gjennomføres. Vilhelm støttet avsettelsen av Moltke i september 1914 og at Erich von Falkenhayn ble hans erstatter. I 1917 besluttet Hindenburg og Ludendorff at Bethman ikke lenger var akseptabel for dem som rikskansler, og ba Vilhelm om å utnevne en annen. Da de ble spurt om hvem de kunne akseptere, foreslo de Georg Michaelis, en relativ lav embetsmann som var ansvarlig for distribusjon av korn fra Preussen under krigen, og som hadde besøkt det militære hovedkvarter noen uker i forveien. Vilhelm kjente ham ikke, men aksepterte forslaget. Dette var på mange måter keiserdømmets sammenbrudd. Michaelis måtte gå av få måneder senere, da Riksdagen opplevde ham som en marionett for Hindenburg og Ludendorff. Keiserens støtte var helt smuldret bort mot slutten av krigen, både innen hæren, den sivile forvaltningen og i den tyske opinionen. Den amerikanske presidenten Woodrow Wilson gjorde det klart at keiseren ikke var en aktuell forhandlingsmotpart.