Klubben ble grunnlagt i 1946 under navnet , som skiftet til nåværende navn i 1951. I 1990 var Connah's Quay Nomads med på å grunnlegge Cymru Alliance (nest øverste nivå), og to år senere var den med på å grunnlegge Welsh Premier League. Klubben har per dags dato ikke vunnet det walisiske seriemesterskapet, men vant det nasjonale ligacupmesterskapet (Welsh League Cup) i 1995/1996.