Margareta besøkte Nederlandene i 1555 for å overlate sin sønn til sin bror, og i 1558 for sin fars begravelse. Hun ble i 1559 utnevnt til Spanias guvernør i Nederlandene av sin bror Filip II av Spania. Hennes utnevnelse ble møtt med opposisjon fra adelen som helst hadde villet velge kandidat selv.