Hitler og Himmler avlyste eller utsatte prosjektet samtidig som de første transportene gikk. SDs kontorer i Wien og Ostrava ble informert, men Eichmann ville ikke stanse transportene. I Wien drev Alois Brunner og Hans Günther deportasjoner som om de var i gang med fullstendig fjerning av byens jøder, men måtte stanse da hæren trengte all tilgjengelig transportkapasitet. De mange tusen jødene ved Nisko ble overlatt til seg selv og hadde blant annet vansker med å få tak over hodet. SS og politi jaget en del over delelinjen til sovjetisk område. Da væreforholdene om vinteren ble verre fikk jødene lov til å skaffe hjelp fra Lublin.