Squire var et av de opprinnelige medlemmene i The Stone Roses frem til han forlot bandet den 1. april 1996. Hans avgjørelse førte til en dyp konflikt med barndomsvennen og vokalisten i bandet, Ian Brown, og de to snakket ikke sammen igjen før de støtte på hverandre under begravelsen til Manis mor i 2011.