Den opprinnelige plan var at ATA skulle transportere personell, post og medisiner, men da det var omgående behov for flygere til å gjøre aktiv tjeneste for Royal Air Force (RAF) ble ATA opprettet med personell som ikke kunne gjøre krigstjeneste. 1. mai 1940 hadde ATA tatt over all transport av militærfly fra fabrikker til vedlikeholdsentra for installasjon av maskingevær og annet utstyr. Den 1. august 1941 tok ATA over alle ferjeoppdrag. Dette frigjorde flygere som det ellers var behov for til aktiv krigføring.