Hutchings ble igjen assistent under Jewell, nå hos Wigan Athletic i 2001. I mai 2007, overtok han som manager etter Jewell for andre gang. Wigan fikk en imponerende start på sesongen og lå på topp av tabellen en kort periode i august. Etter 6 tap på rad ble imidlertid Hutchings sparket 5. november 2007, nesten 7 år etter at han fikk sparken i Bradford. Klubben lå da under nedrykkstreken etter 12 kamper. Hans siste kamp for klubben var et 2-0 tap mot Chelsea.