Brussels Airlines ble til gjennom fusjonen mellom SN Brussels Airlines (SNBA) og Virgin Express. Den 12. april 2005 signerte SN Airholding, selskapet bak SNBA, en avtale med Richard Branson som ga selskapet kontroll over Virgin Express. 31. mars 2006 kunngjorde SNBA og Virgin Express at de fusjonerer og blir til ett selskap. 7. november 2006 kunngjorde de det nye navnet, Brussels Airlines, på en pressekonferanse på Brussel lufthavn. Brussels Airlines startet sine flyvninger 25. mars 2007.