For å holde seg konkurransedyktig med andre selskap, begynte Pan Am med innenlandsruter i USA. Etter flere mislykkede forsøk for å få tillatelse kom dereguleringen og Pan Am kunne endelig begynne flygninger mellom sine amerikanske hovedflyplasser i 1979. Men dereguleringen skadet likevel Pan Am fordi Pan Am hadde ikke noen innenlandsruter fra før, et resultat av Juan Trippes fokus på å dominere de lange internasjonale rutene. I mellomtiden begynte andre selskap, som tidligere hadde betjent innenriksmarkedet, å konkurrere med Pan Am også på de internasjonale rutene.