Det hadde vært foretatt en rekke utredninger fra 1960-årene og framover, som alle konkluderte med at et framtidig flymuseum burde ligge på Østlandet. I 1987 hadde prosessen kommet så langt at det ble foreslått byggestart på Kjeller samme høst. En gruppe krigsveteraner startet også en innsamling på Forsvarsdepartementets anmodning. Våren 1989 tok Bodø kommune et initiativ for å trekke flymuseet til byen. Da Stortinget i 1992 vedtok å flytte samlingen til Luftforsvarsmuseet i Bodø, kom det til en voldsom debatt. To foreninger ble etablert, senere gikk de sammen til Flysamlingen Gardermoen, Venneforeningen. I 1993 ble Stiftelsen Militærhistorisk Forum Østlandet opprettet. Etter noen års drakamp om flyene fra gamle hangar D, besluttet Stortinget i 1997 å bevilge nesten 73 millioner kroner til bygget som fra mai 2000 har huset Forsvarets flysamling på Gardermoen. Fra 1. januar 2010 til 31. desember 2014 var Flysamlingen underlagt Akershusmuseet.