Han fikk sin debut for sitt lokale lag 16. mai 1990 som innbytter mot i en 2. divisjonskamp. Han spilte fire kamper og scoret ett mål for Mjølner før han i midtveis i 1990-sesongen skiftet til 3.-divisjonsklubben for å studere fysikk ved Universitetet i Tromsø. I 1992 scoret han 15 mål for Mjølner som hadde hans far Terje Skarsfjord som trener. De rakk opp til 1. divisjon fotball for menn 1993, der de såvidt klarer seg med 11 mål av Rune. Så flytter han sørover.