Den 25. mai 2015 valgte generalkapittelet for hans kongregasjon ham til sin generalsuperior. Han etterfulgdte portugiseren José Ornelas Carvalho, som hadde innehatt embedet i tolv år. Etter Alphons Maria Lellig (1954–1958) var Wilmer den andre tyskeren som ledet kongregasjonen. Generalsuperiorsperioden er på seks år.