I motsetning til tradisjonelle MS-teknikker tillater MS / MS-teknikker at masseanalyse kan skje sekvensielt i forskjellige regioner av instrumentene. TQMS følger tandem-i-rom-arrangementet på grunn av ionisering, primær massevalg, kollisjonsindusert dissosiasjon (CID), masseanalyse av fragmenter produsert under CID, og ​​deteksjon som forekommer i separate segmenter av instrumentet. Sektorinstrumenter har en tendens til å overgå TQMS i masseoppløsning og masseområde. Imidlertid har den tredoble kvadrupolen fordelen av å være billigere, enkel å betjene og svært effektiv. Når den brukes i den valgte reaksjonsovervåkingsmodusen, har TQMS overlegen deteksjonsfølsomhet så vel som kvantifisering. Den tredoble kvadrupolen tillater studiet av lavenergi lavmolekylreaksjoner, noe som er nyttig når små molekyler blir analysert.