Ekvatorialprovinsen ble etablert av Samuel Baker i 1870. Charles George Gordon tok over som guvernør i 1874, etterfulgt av Emin Pasha i 1878. Det muslimske opprøret på 1880-tallet gjorde slutt på ideen om modellstaten, og Ekvatorialprovinsen opphørte å være under egyptisk herredømme i 1889. Blant senere britiske guvernører kan nevnes Martin Parr. Viktige bosetninger i Ekvatorialprovinsen omfattet Lado, Gondokoro, Dufile og Wadelai. De to siste ligger i den delen av Ekvatorialprovinsen som nå tilhører Uganda.