Spillet starter i de rolige og fredelige omgivelsene rundt Spiral Mountain. Banjo og Kazooie sover uvitende om hva som er i ferd med å skje. Høyt oppe i sitt tårn overseende Spiral Mountain har Gruntilda konstruert en maskin som stjeler andres skjønnhet. Hun ser i sin trolldomsgryte (Dingpot) og finner sitt mål, Tooty. Hun setter seg på sopelimen og flyr ned for å fange henne. Etter en slåsskamp mellom henne og Tooty får hun til slutt fanget henne. Inne har akkurat Banjo og Kazooie våknet og de løper ut for å undersøke. Der får de vite av muldvarpen Bottles (Glugge) hva som har skjedd og setter i vei etter henne.