På 1600-tallet ble mikroskopet oppfunnet og banet dermed vei for en mindre revolusjon innenfor faget. For eksempel så man for første gang små encellede dyr, bakterier og sædceller. Mikroskopet spilte en viktig rolle i diskusjonene rundt livets opprinnelse, og om hvorvidt liv kunne oppsto spontant. Diskusjonen fortsatte helt opp til Louis Pasteurs forsøk på 1800-tallet og Charles Darwins utgivelse av i 1859. Evolusjonsteorien ble utviklet av Charles Darwin og var drivkraften i fremskrittene som ble gjort innen biologi de påfølgende årene.