Som barn viste han uvanlige evner, etter konfirmasjonsforberedelsene ble han tildelt kongens premie for kunnskap og flid. Etter lærerseminar på Stord gikk han på Heltbergs studentfabrikk i Oslo. På Stord hadde han sogneprest Claus Daae som førstelærer og Daae skal ha hatt stor innflytelse på unge Skaar. Blant kullkameratene på Heltberg var Emil Stang, Ernst Sars og Lorentz Dietrichson. Ved Universitetet i Christiania ble han påvirket av Carl Paul Caspari og særlig av Gisle Johnson. Samtidig med teologiske studier underviste han ved en pikeskole.