Miles Morales er en helt vanlig tenåring fra Brooklyn som begynner på en ny skole og har vanskeligheter med å passe inn. Livet hans tar en brå vending når han blir bitt av en radioaktiv edderkopp og får edderkopplignende krefter, som det viser seg at han også har problemer med å tilpasse seg. Dette skjer samtidig som den onde Wilson Fisk planlegger å lage en partikkelakselerator som han håper å få tilgang til alternative universer med for å kunne få tilbake familien sin, en maskin som også risikerer å ødelegge hele New York. Dette bringer også flere edderkoppfolk fra andre universer, som etterhvert kommer sammen for å stoppe Fisk. Miles innser at han blir en viktig brikke i planen, men det betyr også at han må lære seg å beherske kreftene sine fortere enn han liker.