Den 21. juni 2018 ble det kjent at pave Frans hadde forbudt kardinalen å utføre offentlige prestelige oppgaver, etter at Vatikanet hadde gransket beskyldinger om ham om at han 45 år tidligere, som prest, hadde begått seksuelle overgrep, og funnet beskyldningene troverdige og substansielt graverende. Sommeren 2018 meldte den amerikanske journalisten Rod Dreher under påberopelse av rettsdokumenter og egne undersøkelser at McCarrick hadde utnyttet sin makt som biskop og erkebiskop systematisk overfor ham understilte seminarister.