I desember 1998, under Primakovs regjering, ble Skatteinspeksjonen reorganisert, og hans stilling opphørte, men han ble umiddelbart utnevnt til stillingen som sjef for Skattevesenet i St. Petersburg. 23. juli 1999 ble Zubkov utnevnt til viseskatteminister i Russland for den nordvestre regionen. Etter noen få dager ble han også utpekt som sjef for Skattedirektoratet for St. Petersburg og Leningrad oblast sine avdelinger av Skattedirektoratet.