Stowes puritanske religiøse tro dukker opp i romanens avsluttende og overordnede tema, som er en utforskning av kristendommens natur og viser hvordan hun føler at kristen teologi er fundamentalt uforenlig med slaveri. Dette temaet er mest synlig når Tom oppfordrer St. Clare til å «se bort til Jesus» etter døden til Clares elskede datter Eva. Etter at Tom dør, lovpriser George Shelby Tom ved å si «hvilken ting det er å være kristen.» Fordi kristne tema spiller en så stor rolle i – og fordi Stowes hyppige bruk av direkte autorære interjeksjoner på religion og tro – tar romanen ofte «form av en preken».