Den 6. september 2018 ble Bolsonaro alvorlig skadet da han ble angrepet med kniv i byen Juiz de Fora. Såret var 12 cm. Han fikk massive indre blødninger, ble nødoperert, og legen oppga at flere organer hadde tatt skade. En meningsmåling som ble foretatt dagen efter attentatet ga Bolsonaro 22 prosent oppslutning, og han ble regnet som en av favorittene under presidentvalget.