Koxinga var sønn av den kinesiske handelsmannen og sjørøveren Zheng Zhilong og av den japanske Tagawa Matsu. Han hadde sin tidlige barndom i Japan, til han i syvårsalderen kom til Quanzhou i Fujian-provinsen i Kina. Han studerte ved Nanjing Taixue (Mingdynastiets sentrale keiserlige kollegium).