Man vet ikke nøyaktig når waitahapingvinen døde ut, men det har blitt antydet at det kan ha skjedd mellom år 1300 og 1500 e.Kr. Årsaken er at polynesierne (og rottene) invaderte New Zealand omkring år 1280, og man antar at arten kan ha blitt jaktet til utryddelse av maoriske nybyggere i tiden etter at de ankom.