I 1505 ble byen okkupert av usbeker, som fem år senere ble kastet ut av Ismail Khan, grunnleggeren av safavidedynastiet i Persia. Det var i hans periode at en stor dam ble gjenoppbygd ved floden Murghab av en persisk adelsmann, og bosetningen som vokste frem i området med irrigasjonskanalene ble kjent som , et navn funnet i noen 1800-tallstekster. Merv forble under persernes kontroll til 1787, da byen ble inntatt av emiren av Bokhara. Syv år senere raserte Bokhara byen til grunnen, rev dammen og forvandlet distriktet til ødemark. Da Sir Alexander Burnes krysset landet i 1832, hadde Khiva herredømme over Merv. Omkring denne tid ble tekketurkmenere, bosatt i Hari Rud, tvunget av perserne til å flytte nordover. Khivanerne bekjempet Tekkes utbredelse, men til slutt, omkring 1856, ble de sistnevnte en overveldende makt i landet, og forble det til Russland okkuperte oasen i 1883.