I romersk tid fikk byen en ny oppblomstring. Potideas nedgang er knyttet til hunernes invasjoner som invaderte Makedonia i 540 e.Kr. Til tross for den østromerske keiser Justinian I den store anstrengelser det samme århundre, ble byen etter hvert fullstendig forlatt i henhold til de historiske kildene. Byens festning, som var av stor betydning for å trygge hele halvøya, ble utbedret av Johannes VIII Palaiologos, den nest siste keiseren av Det bysantinske riket, i 1407 og senere av republikken Venezia da de ble gitt byen Thessaloniki i 1423 i et forsøk på forhindre at den ble tatt av de muslimske osmanene, men i 1430 havnet den likevel inn under Det osmanske riket. Det betydde at den ble forlatt og gikk tapt.