Minnet etter Rathenau ble under Weimarrepublikken markert med en rekke plaketter og andre minnesmerker, inntil nasjonalsosialistene tok skritt for å skjule dem. Etter 1945 ble han i DDR (Øst-Tyskland) tatt til inntekt for en tysk-sovjetisk forståelse, med grunnlag i hans betydning for inngåelse av Rapalloavtalen. Noen egentlig analyse av hans liv ble ikke gjennomført. Hans overklassebakgrunn, virksomhet som mesén, industrialist eller jødiske opphav ble ikke nevnt. Også under DDR ble minnesmerker over Rathenau fjernet. I Forbundsrepublikken Tyskland (vest) ble han i sterkere grad minnet som offer for fanatisk antisemittisme og politisk ekstremisme. Det som i vest ikke ble gitt oppmerksomhet var bakgrunnen for mordet på Rathenau. Det er hevdet at slike undersøkelser ville bragt i dagen en kontinuitet i den konservative og høyreorienterte juridiske elite fra Weimarrepublikken, videre inn i den nasjonalsosialistiske tid og til og med den første tid av Forbundsrepublikken Tyskland.