Denne stillheten irriterte Magnús så voldsomt at han skrev et brev til kong Christian Frederik hvor han mente heftig at Martensen ikke kunne unnskyldes, at han var «uærlig og æreløs» og krevde at Martensen ble fratatt sin professorstilling ved universitet. Magnús mente at den akademiske ungdommen lot seg rive med og ble forført av denne «forskruede Theologi» ved denne «afgjort politisk liberale». Hans anklager mot Martensen var både ukontrollerte og grove, og på samme tid angrep han regjeringens påståtte enevelde. Denne dristige henvendelsen fra Magnús' side ble tatt ille opp, og generalfiskalen fikk ordre om å anlegge sak mot ham. Mens denne prosessen sto på, døde Christian Frederik, og med den nye forfatningen av Danmarks Riges Grundlov ble det utsendt en generelt amnesti som også Magnús kom til å nyte godt av.