Green River ble oppløst i 1988. Gossard var deretter med på å starte Mother Love Bonesammen med de tidligere Green River-medlemmene Jeff Ament og Bruce Fairweather. Også Mother Love Bone hadde en kortvarig karriere. Bandet ble oppløst etter vokalist Andy Woods død i 1990. Senere samme år var Gossard med på å gjenopplive Pearl Jam, også denne gangen sammen med Jeff Ament.