Byens første kirke ble bygget i treverk på 1100-tallet, den var 13 meter lang og sto midt i det som nå er Frederiksberggade, foran nr. 25. Den var oppkalt etter Sankt Clemens. Oppå stolpene etter denne første Clemenskirken ligger fundamentet til den neste Clemenskirken, som var 25 meter lang og bygget av stein. Den rakk bort under der Frederiksberggade nr. 36 ligger i dag.