Året etter angrep hertugen av Wellington med en stor og vel organisert hær. Den britiskdominerte koalisjonsarméen tvang Joseph og Jourdan til å ta opp kampen ved Vitoria, den 21. juni 1813. Etter det avgjørende franske nederlaget, som resulterte i tapt fransk herredømme over Spania, ble Jourdan ikke gitt noen nye viktige kommandoposter før keiserrikets undergang. Han fulgte restaurasjonen i Frankrike og selv om han igjen sluttet seg til Napoleon under de hundre dagene og ledet en mindre armé, så sluttet han seg igjen til Bourbonerne etter slaget ved Waterloo. Jordan nektet å være medlem av retten som dømte marskalk Michel Ney til døden. Han ble utnevnt til greve, Pair av Frankrike i 1819 og guvernør av Grenoble i 1816. Politisk var han en fremtredende motstander av de reaksjonære rojalistene og støttet julirevolusjonen i 1830. Etter denne hendelsen var han noen dager fransk utenriksminister og ble deretter guvernør for Les Invalides hvor han tilbrakte sine siste år. Jourdan døde i Paris den 23. november 1833 og ble begravet i Les Invalides.