Rasen ble utviklet i Wasilla i Alaska under midten av 1970-tallet av Linda S. Spurlin etter at hun observerte et resultat av en tilfeldig paring av en alaskan husky og en ukjent liten hund. Hun avlet disse hundene privat før hun gjorde dem allment kjent 1988. Alaskan klee kai ble offisielt anerkjent av den amerikanske Rare Breed Association (Arba) i 1995 og av United Kennel Club (UKC) 1. januar 1997.