MPU-401 kan operere i to forskjellige moduser, normal modus og UART-modus. Normal modus forsyner vertssystemet med en 8-spors sekvenser, MIDI-klokke utgang, SYNC 24-signals utgang, TAPE SYNC og metronom. Som et resultat av disse funksjonene, er denne modusen ofte kalt «intelligent modus» (intelligent mode). UART reduserer MPU-401 til et enkelt relé for inn- og utgående MIDI-data.