Tarto var innvalgt i Riigikogu fra de første frie valgene i 1992 og til 2003. Han var også medlem av byrådet (representantskapet) i Tartu i flere perioder og leder i rådet for Estlands forsvarsliga. Han tilhørte først det konservative-kristendemokratiske valgforbundet «Fedreland». I 1994 var Tarto blant dem som brøt ut og dannet Det republikanske og konservative folkepartiet. I 1998 gikk partiet opp i Det moderate folkepartiet, senere Estlands sosialdemokratiske parti. Han meldte seg ut av partiet i 2005, fordi sosialdemokratene i Tallinn stilte fellesliste med Estlands folkeunion, som samlet mange gammelkommunister.