Sør-Sudan er medlem av FN, Den afrikanske union, og Fellesmarkedet for det østlige og sørlige Afrika. Sør-Sudan planlegger å slutte seg til Samveldet av nasjoner, Det østafrikanske fellesskap, Det internasjonale pengefondet, og Verdensbanken. Landet kan få fullt medlemskap i Den arabiske liga om det skulle ønske det, men det kan også heller komme til å søke om observatørstatus. Landet ble med i UNESCO 3. november 2011. 25. november 2011, ble landet offisielt med i Intergovernmental Authority on Development (IGAD), en regional gruppering for stater i Øst-Afrika.