Fra 1796 sikret Napoléon Bonaparte sitt overherredømme over hele Italia via en rekke satellittstater (Den cisalpinske republikk i Milano, Den liguriske republikken i Genova, og videre). San Marino inngikk handelsavtaler med de nye politiske enhetene, og demonstrerte samtidig sin allianse med Napoleon. San Marino ble anerkjent av Frankrike ved Napoleon i 1797 og andre europeiske land på kongressen i Wien i 1815. Den franske keiseren skal ha vært en beundrer av den lille staten, og tilbød San Marino territoriale utvidelser, noe som ble høflig avvist. At San Marino tok imot tilbudet kom dem senere til gode ved Wienerkongressen 1814–1815, som kom sammen for å regulere og restaurere Europas politiske forhold etter napoleonskrigene. Her ble San Marino ikke betraktet som en alliert av Frankrike.