Forløperen til miso kom fra Kina til Japan med buddhistiske munker på 700-tallet. De første århundrene var dette mat forbeholdt eliten i samfunnet. Men i Kamakuraperioden (1185–1333) ble det en viktigere del av kostholdet til krigerklassen (samuraier) og munker ved templer. Under Muromachiperioden (1336–1573) utviklet buddhistiske munker grunnlaget for den metoden som brukes i dag. Etterhvert spredte miso seg til alle samfunnslag, og flere forskjellige typer ble utviklet.