Han etterfulgte i 1951 Carl Bugge som direktør for Norges geologiske undersøkelse (NGU), og startet blant andre større undersøkelser i Nord-Norge, som del av Nord-Norgesplanen. Ettersom NGU i 1957–58 skulle flyttes til Trondheim, sa han opp jobben og ble etterfulgt av Harald Bjørlykke. Selv tiltrådte Føyn en lærerstilling ved Aars og Voss skole i Oslo. I 1960 ble han første rektor ved den nybygde Eikeli videregående skole i Bærum. Han fortsatte sine sommerlige ekskursjoner til Finnmark, særskilt Tana, og oppnådde en dr.philos. i 1968. Føyn pensjonerte seg i 1975, men fortsatte som emeritus ved NGU sitt Oslo-kontor. Føyn var også styreformann for Norsk Geografisk Selskap fra 1961.