Ørkenen består av et ødslig platå med forrevne fjell; høyest av disse er Shayib al Banat på 2187 meter over havet. Nordafor ørkenen ligger Rødehavsfjellene som strekker seg fra Nildalen til Suezbukta. Østørkenens fremste geografiske trekk er den Rødehavets vestlige kystlinje, også omtalt som «Rødehavets Riviera», og Østørkenens fjellkjede som strekker seg langs kysten. Kjente økologiske områder er Wadi Gamal nasjonalpark, fjelltoppen Gebel Elba og Wadi Dib ringkompleks (som er synlig fra verdensrommet).