I 1990 ble Berntsen fagrådsdirektør for «Rådet for naturvitenskapelig forskning» i Norges almenvitenskapelige forskningsråd (NAVF) med ansvar for systemet som bevilger midler til den naturvitenskpelige grunnforskningen i Norge. Hun medvirket til at informasjonsteknologi ble oppjustert til egen fagdisiplin i NAVF. I 1993 overtok Drude Berntsen stillingen som avdelingsdirektør for Utredningsavdelingen i Rikstrygdeverket med ansvar for statistikk, utredninger og analyser, samt budsjettering av Folketrygden.