Pedersen bidro med 19 salmer i en salmesamling Claus Mortensen gav ut i 1529. Salmene hans utgjorde et eget avsnitt i samlingen, og dette avsnittet ble innledet med en fordansket utgave av Martin Luthers salme over de ti bud. Senere ble ytterligere tre salmer av Pedersen utgitt i 1554 av Palladius. I de norske salmebøkene og er det med en salme Pedersen oversatte fra tysk i 1529.