Etter et opphold i Roma 1667-1670 dro han igjen til Siam, der han sammen med Louis Laneau ble mottatt under store æresbevisninger av kongen, som gav dem religionsfrihet. På veien videre mot Kina i 1674 kom han uforutsett til Manila, der han ble arrestert av spanjolene og tvunget til å returnere til Europa. Under sitt neste Romaopphold begynte Pallu en heftig kampanje mot jesuittene og mot Spanias og Portugals patronatsrettigheter i Det fjerne østen. Dette førte til to pavelige dekreter i 1678 og 1679 som forordnet at alle misjonærer i padroadoområdene der skulle avlegge lydighetsløfte overfor de apostoliske vikarer som Roma utnevnte.