Hammerstein døde 65 år gammel av mavekreft den 23. august 1960, i sitt hjem Highland Farm i Doylestown i Pennsylvania. Like før hadde hatt urpremiere på Broadway. Den siste sangen han skrev var «Edelweiss», som ble lagt til nær slutten av andre akten i løpet av prøvene. Dette er ikke en østerriksk sang, men ble skrevet spesielt for musikalen. Etter hans død ble også laget i en filmversjon som ble en suksess og som vant Oscar for beste film i 1965.