Medlemsstatene i EU ble i 2002 enige om å opprette byrået som ledd i innsatsen med å utvikle en kultur for overholdelse av reglene i fiskerisektoren i hele Europa. Forordningen som opprettet byrået ble vedtatt i 2005, Rådets forordning (EF) nr. 768/2005, som Community Fisheries Control Agency. Det første styremøtet ble holdt 1. februar 2006, mens en konkret virksomhet var i gang fra 2007. Navnet ble endret i 2010.