Etter tok Waters styringen over bandets virksomhet. I 1978 presenterte Waters to nye ideer hvorav den ene ble (som ble at tidenes mest solgte album) og den andre . -turneen var bandets mest omfattende produksjon til da. Forholdet mellom Waters og Gilmour begynte etterhvert å bli ganske anstrengt, og etter utgivelsen av i 1983 som Roger Waters styrte absolutt alt på, var forholdet mellom de to ødelagt. Waters forlot formelt Pink Floyd i 1985, men Gilmour, Richard Wright og Nick Mason bestemte seg for å fortsette å gi ut musikk under navnet Pink Floyd. Etter et søksmål fra Waters, ble det i 1986 inngått et forlik som ga Gilmour og de andre lov til å bruke navnet Pink Floyd, mens Waters beholdt alle rettighetene til . Etter dette utgjorde Gilmour og Mason kjernen i bandet, mens Wright ble leid som studiomusiker.