Som studentpolitiker i Øst-Pakistan ble Mujib kjent som en karismatisk og kraftfull politisk taler i Awami League. Han var talsmann for sosialisme og ble derfor populær fordi han talte mot etnisk og institusjonell diskriminering av bengalene. Han krevde økt selvstyre for provinsen Øst-Pakistan og ble en kraftig motstander av militærstyret til Ayub Khan. Da spenningen rundt debatten om forholdet mellom Vest-Pakistan og Øst-Pakistan var på sitt sterkeste, trakk Mujib opp en sekspunktsplan for selvstyre som ble sett på som separatisme i Vest-Pakistan. Han ble tiltalt for påstått konspirasjon med Indias regjering i 1968, men ble ikke dømt. Trass i at han ledet sitt parti til en stor seier i valget i 1970, ble han ikke bedt om å danne regjering.