Donoghue beskrev seg selv om «orthodox Catholic» (orthodox = rettroende) og engasjerte seg mot provosert abort. Han avviste prestevielse av kvinner. Han gikk også ut mot prester som hadde begått seksuelle overgrep. Han initierte migrantprogrammer for afroamerikanske, koreanske og vietnamesiske katolikker.[2] I 1997 startet han gaveaksjonen «Building the Church of Tomorrow» og kunne med 70 millioner US-Dollar støtte katolske skoler i USA og bygge tre grunnskoler og to colleges.