Det største skipet som ble bygd på Hovedøya var «Sophia_Amalia» som var oppkalt etter dronning Sophia Amalia, Fredrik IIIs kone. Skipet ble bestilt av Christian IV som ønsket et skip som var større enn det britiske Sovreign of the Seas. Skipet hadde 108 kanoner og var et av sin tids største orlogsfartøyer. Skipet fikk en karriere uten store begivenheter og ble utrangert i 1680.