Hjartøya har av vassdrag kun små bekker og de største av disse er Mølnelva og Gårdselva som begge ligger på nordsida av øya. Det er også en mindre bekk med årsikker vannføring på sørsida av øya ved Innergården. Det eneste tjernet av noen særlig størrelse er Lomtjønna over Innergården som har utløp mot nord til Mølnelva.