Følgelig, etter å ha herjet kysten og innlandet i og på Cuba satte Morgan kursen for Panama. Han gjenerobret øya Santa Catalina den 15. desember 1670 og den 27. desember hadde han også tatt festningen Chagres med det resultat at rundt 300 av garnisonen ble drept. Med 1400 mann dro han oppover elva Chagres og kom fram til byen Panama den 18. januar 1671, beseiret en mye større styrke enn sin egen og tok byen. Tyvgodset ble sagt å ha oversteget 100 000 pund av datidens valuta. Berømmelsen fra dette vågestykket ble opphevet av den sedvanlige herjingen og grusomhetene som hans mannskap utførte på den vergeløse byen.