Kommisjonen består av tre deler. «Rådet» er den besluttende delen av kommisjonen, som ber om og handler etter råd fra sine «forvaltningskomiteer», som igjen fremmer forslag til forvaltning av sjøpattedyrbestanden i regionen, og fra «vitenskapskomiteen» som gjennomgår aktuell vitenskapelig litteratur og utfører sin egen vitenskapelige forskning.