I den tilsvarende gravkrypten på sørsiden ble grevinne Elisabeth Helene von Vieregg bisatt i 1704, sammen med den lille sønnen hun fikk med Frederik IV. Da man innredet en lavere trapp til tårnet i 1889-90, kapslet man de to kistene inn i rommets østside. I 1932-33, da Nebelongs kapell ble offer for Christianhavns Gymnasiums arealudvidelse, ble tårntrappen endret tilbake, og rommet reetablert, nå som likkapell, noe det har vært siden. I forbindelse med restaureringen i 2006-09 ble Viereggs to kister den 22. juni 2007 flyttet inn i kirken og begravet igjen under det nye betonggulvet.