Alteret er utført i Lorentz Petersen Sweys verksted i Amsterdam. Det er utformet som en antikk tempelgavl. De store søylene har joniske kapiteler, mens de små har korintiske. Ved takfoten står to obelisker med kuler på toppen. Evangelistene Markus og Matteus har bustete hår og skjegg, slik de vanligvis fremstilles i gresk-ortodokse kirker. Over dem ses de michelangelo-inspirerte Lukas og Johannes. Lukas ligger avslappet og tenkende, mens den profetiske Johannes ser fremover og oppad. Til sist krones alteret av det som er temaet for Trefoldighetskirken, nemlig lyset, gleden og seieren.