Under opprøret i Makedonia i 2001 hvor etniske albanere angrep sikkerhetsstyrkene var Xhaferi høyere offiser i hæren og var stasjonert i Tetovo som er et senter for den albanske minoriteten i landet. Den 28. april, dagen for massakren i Vejce var han i tjeneste som befal. Noen dager senere deserterte han og sluttet seg til Makedonias nasjonale frigjøringsarme (NLA), en albansk opprørsgruppe som kjempet mot Republikken Makedonia, og han ble øverstkommanderende for den 116. brigade under pseudonymet etter sin fødeby. Han fikk senere amnesti i henhold til Ohrid-avtalen fra 2001.