Santander har fuktig klima. Luftfuktigheten er relativt høy hele året og når opp over 90 % noen ganger. Gjennomsnittstemperaturene varierer mellom 25°C om sommeren til 10°C om vinteren. Maksimumstemperatur på 37,4°C ble målt 31. august 2009, mens det ble registrert en minimumstemperatur på ÷5,4 °C 21. januar 1957.