Anleggingen av en ny have startet i 1871 med J.C. Jacobsen som leder av byggekomiteen og ble avsluttet i 1874. H.A. Flindt utformet haven som fremdeles utgjør den nåværende Botanisk Have. Jacobsen var pådriver for å få reist Palmehuset som han tegnet selv i samarbeid med arkitekt F.E. Kerrn etter inspirasjon fra drivhuset i Royal Botanic Gardens i Kew og Krystallpalasset i London.