Etter at MacFarlane forlot Hibs, hadde han en periode som manager for Meadowbank Thistle mellom 1978 og 1980. MacFarlane drev også en bokhandlerforretning i Edinburgh og var jevnlig å se på kamp på Easter Road. Han var i tillegg en ivrig golfspiller og karaokesanger. MacFarlane døde på sykehus om morgenen den 11. mars 2010, etter "kort tid med sykdom".