Fort Amsterdam ble kompaniets hovedkvarter og sete for forvaltningen av de karibiske koloniene fram til 1791. Til 1645 var Curaçao underlagt Pernambuco, deretter Ny-Amsterdam til 1664, inntil guvernøren for de nederlandske koloniene flytt til Fort Amsterdam i 1674. Han ble assistert av et råd på ni menn, der kompaniet også var representert. I siste instans var Curaçao, Aruba og Bonaire styrt av kompaniets kammer i Amsterdam.