På begynnelsen av 1990-tallet ble det besluttet å ikke modernisere eller pusse opp skolen, i påvente av en ny storskole i Hamar. I 1993 ble det store endringer etter Reform 94, og skolen mistet fire klasser innen håndverk og industrifag samt én klasse for tilrettelagt opplæring. Landbruksmekanikerlinja ved Ankerskogen ble nedlagt, og elever som ønsket denne utdannelsen måtte søke seg til Våler videregående skole. Fra høsten 2000 skulle det opprettes 15 nye studieplasser i faget «grunnkurs i medier og kommunikasjon» i Hedmark fylke, og både Ankerskogen og Ajer videregående skole var aktuelle undervisningssteder. Det endte opp med at faget ble opprettet ved Ankerskogen videregående skole.