I mai og juni 1941 gikk det ut ordre fra Hitlers hovedkvarter om at på østfronten gjaldt ikke de vanlige reglene for behandling av sivile og krigsfanger. Ifølge Overy handlet ikke Orpo-bataljonenes drapsskvadroner i strid med instrukser. De første ordrene fra Himmler og Heydrich til Einsatzgruppene nevnte rensing av områdene for uønskede elementer og jødene var ikke nevnt spesielt. Heydrich sendte 2. juli 1941 (etter invasjonen) ut en skriftlig ordre om at jøder med verv i kommunistpartiet eller stillinger i staten skulle skytes. Senere i juli kan det ha vært sendt ut en formell (muntlig) ordre om å utvide massedrapene til alle jøder. Rapporter fra en av Einsatzgruppene tyder på at drap på alle jøder ble rutine i løpet av juli. I august var massedrap på jøder et velkjent og vanlig tema i møtereferater fra den tyske toppledelsen i øst. Wehrmachts regler for styrkenes atferd i Sovjetunionen (delt ut før invasjonen) anga «hensynsløse tiltak» (engelsk: ) mot bolsjevikiske hatpredikanter (tysk: ), partisaner, sabotører og jøder - bare jøder var nevnt uten å angi konkrete handlinger som grunnlag for straffeaksjon. Trolig forestilte ikke hærens øverste offiserer hvor omfattende aksjonene mot jødene ville bli. Etter hvert ble Einsatzgruppenes forbrytelser tydelige i hærens rapporter. I løpet av høsten var hærens offiser godt kjent med hva som foregikk og en del offiserer var svært oppbragt. Flere av «aksjonene» (masseskyting) mot jøder tiltrakk seg mange tilskuere fra hærens enheter i nærheten. I et tilfelle fikk marinepersonell i en baltisk havn landlov for å se på jødeaksjonen.