Den senere tid (2001–) tok han del i turneen «Directions in Music» med Herbie Hancock piano, Roy Hargrove trompet, Brian Blade trommer og John Patitucci bass, de gjestet Moldejazz 2002. Han ga ut fra Kongsberg Jazzfestival (2000). Videre var han hovedgjest ved Moldejazz 2003 der han innledet et lengre samarbeid med Farmers Market, samt spilte med Urban Connection. Han døde av leukemi. Brecker bidro til anslagsvis 900 utgivelser, og mottok elleve Grammy-priser.