Margrete var fremdeles aktiv i bakgrunnen og trakk i trådene, frem til hun ble akutt syk om kvelden 27. oktober 1412 på et skip i Flensburgfjorden. Hun døde samme natt, trolig av pest. Først ble hun ført til Sorø, der hun hadde gravlagt både sin far og sin sønn, slik at man antok at hun selv ønsket å gravlegges der. Men året etter sørget kong Erik for en staselig kirkefest i forbindelse med at hun ble flyttet til Roskilde domkirke, der hun fremdeles ligger. Det var hennes begravelse her som har gitt domkirken en særstilling blant Danmarks øvrige kirker. Heretter ble Roskilde domkirke stedet for kongekroninger og kongelige begravelser, men unntak av Filippa og Erik, som ble gravlagt andre steder.