Verket er ikke bevart i fullstendig form og dette har gitt opphav til mange spekulasjoner rundt datering, instrumentering, satsrekkefølge og den ufullendte fugen. Bach-forskeren Christoph Wolff har ved hjelp av verkanalytiske, musikkhistoriske og kildekritiske analyser konkludert med at Bach helt til det siste har holdt satsrekkefølgen åpen. Men han mener også at Bach mest sannsynlig har sett på verket som et lærestykke i kontrapunkt og foretrekker derfor en rekkefølge med stigende kompleksitet. Dette er også den mest vanlige måten å presentere verket på.