Etter flukten fra Phnom Penh blir Duch degradert av «bror nummer 2», Noun Chea for at han har etterlatt bevis. Han tar dekknavnet Hang Pin, kjøper seg et jordstykke og begynner igjen å undervise som lærer. I 1995 blir han overfalt av ukjente gjerningsmenn i sitt hjem, trolig av Pol Pots folk. Hans kone blir drept og selv blir han såret. Han selger eiendelene sine og får hjelp til å flykte med sine barn til Svay Chek College. Kort tid etter blir han introdusert for Cristopher LaPel, en protestantisk pastor og førstegenerasjons kristen. Han begynner å gå på møtene hans og lytte til LaPels forkynnelse, og ber snart om å bli 1996. Han begynner å forkynne og etablerer en menighet i landsbyen der han bor. I 1998 blir Hang Pin gjenkjent og velger å flykte. Året etter blir han igjen gjenkjent, denne gangen av den irske fotojournalisten Nic Dunlop, som får lov å lage et intervju med ham. Ifølge Dunlop sa Khek Ieu da at «Det er Guds vilje at dere er kommet. Jeg har gjort fryktelige ting. Nå er det på tide å ta ansvar.» Få dager etter publiseringen velger Duch å overgi seg til myndighetene.