Som del av museets kursendring, der hovedmuseet fokuserer på gresk kultur, ble Benakimuseet for islamsk kunst innviet 27. juli 2004, i tide for de olympiske sommerleker i Athen. Dette museet har også nye gallerier for besøkende, midlertidige utstillinger. Museets utstillingsflate er på mer enn 1000 m², og viser keramikk, leirvarer, gull, treskurd, glassarbeider og tekstiler, figurer av ben, gravsteler (med navn), våpen og rustninger. Museets samlinger sies å rangere blant de mest betydningsfulle på verdensbasis og omfatter mesterverk fra India, Persia, Mesopotamia, Midtøsten, Arabia, Egypt, Nord-Afrika, Sicilia, Spania og Lilleasia. Det omfatter islamsk kunst fra det 7. til det 19. århundre, og har en rik samling av kunst fra Det ottomanske rikets storhetstid på 1500-tallet.