I likhet med de andre øyene i området har Lepsøya bratte klipper som stuper ned i havet mot nord og vest. I sør og øst er øya flatere og det er her det meste av bebyggelsen finnes. Fjellformasjonen i nord-vest deler dønningene fra havet inn mot Haramsfjorden og Vigrafjorden. Videre sør ligger fjellet Storhaugen (289 moh.). Terrenget er noe flatere før det reiser seg mot øyas høyeste fjell, Goaldet, som strekker seg . Like nord for toppen ligger det lille tjernet Kortjørna. Sør for Goaldet ligger en stor slette som er benyttet til dyrket mark sammen med områdene på østsiden.