Hooper var den første biskopen som ble henrettet fordi han tilhørte den ekstreme reformfløyen i England. Han var skeptisk til noen av Jean Calvins tidlige skrifter, men støttet fra 1549, et kompromiss mellom zwinglianere og kalvinister i Sveits, og forsøkte å utbre denne formen for kristendom i England. Han syn påvirket elisabethanske puritanere sterkt, og mange av hans verker kom i nye utgaver.