Wildeshausen var i middelalderen underlagt Bremen, men ble i senmiddelalderen underlagt Fyrstbispedømmet Münster. Etter at innbyggerne i Wildeshausen hadde angrepet sognepresten i forbindelse med reformasjonen gikk Münsters regjering inn med militære styrker, henrettet borgermesteren Lickenberg, rev bymuren og reduserte Wildeshausen til et ubetydelig tettsted. Først i 1544 ble det igjen bygget en mindre bymur og Wildeshausen fikk tilbake enkelte byrettigheter. Den oppnådde likevel aldri sin tidligere betydning i de følgende århundrene. Fra 1700 tilhørte Wildeshausen Hertugdømmet Braunschweig-Lüneburg. I 1803 ble Wildeshausen en del av Oldenburg, og i 1946 ble det del av delstaten Niedersachsen.