Lederne for Einsatzgruppene bestemt i stor grad operasjonene selv basert på generelle direktiver og ikke konkrete instrukser fra overordnete. Heydrich besøkte styrkene i felten, men detaljer om tid og sted er stort sett ikke kjent. Etter krigen fortalte Lothar Beutel og Ernst Gerke at det ikke ble gitt en konkret ordre om å drepe den polske intelligensiaen, istedet bekreftet Heydrich og Himmler at det var innenfor det generelle oppdraget om å pasifisere det erobrede området. Et unntak var Einsatzgruppe z.b.V. som fikk klare instrukser fra Himmler om å bekjempe "polske bander" hensynsløst, henrettelser skulle utføres og polakker tatt med våpen skulle henrettes på stedet.