I 1702 fikk Philidor ansvaret for kongens musikkbibliotek, og samtidig kongelig privilegium til å publisere sine komposisjoner. Fram til i dag danner hans rikholdige, omhyggelig oppbygde samling grunnstammen i Versailles' musikkbibliotek og nasjonalbibliotekets musikksamling. Den omfangsrike samlingen omfatter hoffoperaer, balletter, instrumentalmusikk og kirkemusikk fra hele 1600-tallet, dels i form av autografe manuskripter, dels i Philidors håndskrift. Allerede i hans egen levetid var samlingen oppe i mer enn ennå ikke trykte håndskrifter, deriblant alle verkene til Jean-Baptiste Lully og vokalmusikken til Michel-Richard Delalande.