Den innførte rovfisken gjørs har ført til at to opprinnelige fiskearter, og , er helt borte fra innsjøen. To andre arter, og er sterkt truet, men bestanden av har tatt seg opp etter at gjørs ble borte. var endemisk for innsjøen og levde pelagisk. Den er nå globalt utryddet. er også endemisk for Eğirdirsjøen, men lever i kilder som er delvis adskilt fra innsjøen og har foreløpig overlevd. finnes fortsatt andre steder i Anatolia.