Innen årets utgang ble «Johannesgruppen» på Vor Frue kirke stilt opp, og i pinsen 1839 kom marmoreksemplarene av Kristus og 10 av de 12 apostlene på plass – Andreas og Thaddæus var fortsatt ikke avlevert, ettersom kunstneren ønsket å omarbeide dem. Det meste av sommeren og høsten tilbrakte Thorvaldsen som baron Stampes gjest på herregården Nysø, hvor Christine Stampe hadde fått bygget et atelier til ham. Der utførte han blant annet sin egen portrettstatue «Thorvaldsen støttende sig til Haabet», samt skissene til relieffrisene for Vor Frue kirke og til en statue av Christian IV.