Ndayizeye var av hutu-avstamning. Han ble utnevnt til president i Burundi den 30. april 2003, etter å ha sittet som visepresident i de foregående 18 månedene. Ndayizeye satt som president frem til han ble erstattet av Pierre Nkurunziza den 26. august 2005. I hans regjeringstid, prøvde Ndayizeye å bygge en bro over gapet mellom hutu- og tutsi-minoriteten blant folket i Burundi gjennom samarbeid med andre presidenter i regionen, f.eks. Yoweri Museveni i Uganda og Benjamin Mkapa i Tanzania.