Johnson var gift tre ganger. Hans første kone var Alice Love Mason, som han giftet seg med i Trinity Church i Brooklyn Heights i 1919. Mason var redaktør i . Ekteparet fikk datteren Marjorie 16. juli 1920. Mason og Johnson ble skilt samme året. Johnson giftet seg med Marion Byrnes, som også var ansatt i , i 1927. Ekteparet fikk datteren Nora Johnson i 1933. Byrnes og Johnson ble skilt i 1938.