Anslagsvis 20 % av verdens kjente dyrearter, deriblant rundt 210 pattedyrarter, finnes i Malaysia. Over 620 fuglearter har blitt registrert på Malayahalvøya, hvor mange arter i fjellområdene er stedegne. 250 reptilarter og tusener av insektsarter er registrert i landet. Farvannet rundt Sipadan er blant verdens rikeste på korall- og fiskearter. De marine økosystemene er truet av overfiske, forurensende utslipp og fiske med dynamitt.