Under Satsuma-opprøret i 1877, i en alder av 44 år, døde Kido av en sykdom som hadde plaget ham i lang tid. Kidos dagbok avslører en intens intern konflikt mellom hans lojalitet til sitt domene, Chōshū, og en større interesse for landet. Han skrev ofte om at han måtte kjempe mot rykter i hjemstedet om at han hadde forrådt hans gamle venner. Ideen om en samlet japansk nasjon var fortsatt en relativ ny ide i Japan og størstedelen av samuraiene brydde seg mer om å sikre rettigheter for sitt eget domene.