Flere moderne psykologer, filosofer og vitenskapsfolk stiller spørsmål ved det empiriske grunnlaget for det kollektivt ubevisste. Noen kritiserer begrepet som for spekulativt eller mangelfullt vitenskapelig fundert, mens andre forsøker å knytte Jungs ideer til innsikter fra evolusjonspsykologi, kognitiv vitenskap og nevrobiologi. Her argumenterer man for at universelle mønstre i menneskers persepsjon, emosjon og adferd kan ha biologisk eller evolusjonær forankring.