Da Kigali ble inntatt av den tutsi-dominerte geriljaen RPF 19. juli 1994, flyktet Ruggiu til Zaïre og senere til Tanzania, for til slutt å slå seg ned i Mombasa i Kenya der han konverterte til islam og endret fornavn til Omar. Han ble arrestert i juli 1997 og stilt for retten for Det internasjonale tribunalet for Rwanda i Tanzania og ble anklaget for blant annet «oppvigling til folkemord» og forbrytelser mot menneskeheten. Han erkjente forbrytelsene i retten ved å si: «Jeg medgir at det virkelig var et folkemord som jeg dessverre deltok i».