Han jobbet deretter i administrative stillinger blant annet i Landbruksdepartementet og Statistisk Sentralbyrå. Senere ønsket han å komme tilbake i prestestilling og var kandidat til en stilling iu Majorstuen menighet. Oslo bispedømmeråd ønsket å ansette Jens Torstein Olsen som kapellan i Majorstuen prestegjeld. Mindretallet i Oslo bispedømmeråd anket vedtaket inn til Kirke-, utdannings- og forskningsdepartementet. Departementet hadde samme konklusjon som Oslo bispedømmeråd i denne saken og ansatte Jens Torstein Olsen som kapellan i Majorstuen prestegjeld i Oslo 13. juli 2000. I tillegg til bispedømmerådet gikk et flertal i menighetsrådet og både prosten og biskopen i Oslo inn for å ansette Jens Torstein Olsen., og han ble ansatt som kapellan i Majorstuen prestegjeld i Oslo 13. juli 2000.