De overlevende pipilene flyktet opp i fjellene og derfra drev de lenge geriljakrig mot spanjolene som fortsatte å okkupere byen Cuscatlán. Spanjolene hadde problem med geriljakrigene og Alvarado var dessuten plaget av et sår i sitt ben etter en pil som hadde truffet ham under den første invasjonen. Spanjolene trakk seg tillbake til Maya-byene i Guatemala.