De første handelsfaktoriene i landet ble anlagt i 1670- og 1680-årene ved Jamesbukten (sørligste del av Hudson Bay) og ved elvene Churchill og Hayes. De fleste av disse faktorier ble erobret av franske styrker under kong Vilhelms krig og ble kontrollert av franske handelsinteresser 1686–1713. Selskapet hadde imidlertid en betydelig gevinst, som steg betraktelig etter at Frankrike i freden i Utrecht (1713) definitivt avstod alle områder rundt Hudson Bay. Selskapets oppkjøpere og pelsjegere kom tidlig i kontakt med mange grupper av indianere, og selskapets nettverk av handelsstasjoner utgjorde grunnstammen for de senere offisielle myndigheter.