Etter at han kom tilbake til hjemlandet, underviste Mwakhwawa kort ved i Kachebere. Fra og med 2014 fungerte han som nasjonal direktør for de pavelige misjonsselskapene i Malawi og som kapellan for . Fra 2023 var han også generalvikar for erkebispedømmet Lilongwe. I tillegg var han fra 2014 medlem av erkebispedømmets konsultorkollegium.