Mens Sør-Afrika på grunn av apartheidpolitikken ble stadig mer isolert, kostet landets innblanding i kriger rundt om i det sørlige Afrika enorme summer. I mai 1988, da den kalde krigen gikk mot sin avslutning, ble det avholdt en konferanse i Moskva der det ble avtalt at Sovjetunionen skulle avbryte sin militære bistand til Angola og Cuba og trekke sine styrker av landet etter at Sør-Afrika hadde forlatt Sørvest-Afrika. I 1989 ble FNs fredsbevarende styrker UNTAG dannet, og hadde til oppgave å overvåke demokratiske valg i Namibia. Mindre kamper mellom SWAPO og sørafrikanske tropper fortsatte i løpet av året. Apartheidsystemet i Namibia ble avskaffet og demokratiske valg avholdt i november 1989 som, tross i den sørafrikanske regjerings støtte til at minst syv partier skulle stille opp i opposisjon til SWAPO, allikevel ble vunnet av SWAPO med 57 % av stemmene. SWAPOs partileder Sam Nujoma ble i mars 1990 Namibias første president.