Peter Rusnák var sønn av en gresk-katolsk prest. Under kommunistregimet i Tsjekkoslovakia ble familien trakassert av statlige myndigheter. Peter Rusnák fullførte sine teologistudier ved det katolske universitetet i Bratislava, som også var det eneste katolske fakultetet i den slovakiske landshalvdel under den kommunistiske tid i Tsjekkoslovakia.