Erkebiskop Twardowski døde i Lwow den 22. november 1944 som et resultat av hjertesykdom og lungebetennelse forårsaket av en forkjølelse mens han deltok i begravelsen til erkebiskop Andrzej Szeptycki (5. november 1944). Ifølge hans testamente ble han gravlagt i krypten til kirken Vår Frue av Ostra Brama (Vår Frue kirke av Morgengryets port), og hjertet ble plassert i veggen til klosterkoret til karmelittklosteret i Lwow. Etter de sovjetiske myndighetenes skjendelse av Vår Frue kirke av Morgengryets port, ble liket flyttet i perioden 1947/1948 til krypten i kjelleren til metropolitanbasilikaen i Lwow.