I 1662 var økonomien blitt såpass bedret at man rev tårnfoten for å bygge et nytt solid tårn i massiv mur. Stein til dette ble tatt fra Reinskloster, hyllingsstolen på Domkirkegården og særlig fra vestskipet i Nidarosdomen, som hadde ligget som ruin siden brannen i 1531. Første etasje i det nye tårnet sto ferdig i 1665. På grunn av finansieringsvansker måtte man da ta en pause. Planen var fortsatt å fullføre tårnet og endog bygge ut kirken til en korskirke med armer mot syd og nord. Dette ville ha gitt kirken en form typisk for andre større barokkirker i Norge, som Vår Frelsers kirke i Oslo.