Fakultetet har sine røtter i Det filosofiske fakultet, et av universitetets fire opprinnelige fakulteter, som rommet alle andre fag enn teologi, jus og medisin i tradisjonen fra middelalderens universiteter (sammenlign det filosofiske fakultet). I 1861 ble Det filosofiske fakultet delt i Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet og Det historisk-filosofiske fakultet. I 1963 ble Det samfunnsvitenskapelige fakultet skilt ut fra Det historisk-filosofiske fakultet. Det historisk-filosofiske fakultet endret navn til Det humanistiske fakultet i januar 2005.