I januar 1951 da Flesch ble kremert ga anatomisk institutt beskjed til Anneliese Zechmeister, mor til hans datter Gerd Reidun som var født under krigen. Mor og datter var da flyttet til Vest-Berlin (de to bosatte seg senere i Spania). I 1954 var urnen hos hans kone Ursula Richter, som satte den ned på familiens gravsted i Øst-Berlin, selv om hun var overbevist om at mannen var i live og engasjert av vest-alliert etterretning. Hun og Flesch hadde tvillingsønnene Tilo og Udo, født i 1943. Tilo Flesch lette senere etter sin fars grav, men da var kirkegården nedlagt.