Eberl var selv tilstede i gasskammerets forværelse i forbindelse med avliving av pasienter. Han beroliget de syke og kamuflerte hva som egentlig foregikk, og styrte til dels selv gasskranene. Eberl var nøye med å kontrollere at personer som ble sendt inn i gasskammeret var de samme som oppført på listen fra Berlin. Eberl gjorde ikke noen skikkelig undersøkelse av pasientene og som regel ble de sendt rett i gasskammeret.