Fra 1. desember 1936 til 15. november 1937 var han stabssjef for 2. flåte i den keiserlige japanske flåten. Mikawa tjenestegjorde ved flåtens generalstab og overkommandoen fra 1937 til 1939, og vendte deretter til sjøs igjen for å lede en rekke eskadrer, først kryssere, og senere slagskip. Han ble forfremmet til viseadmiral 15. november 1940.