Spilleren blir også ledsaget av en kunstig intelligens, som kan gi spilleren forskjellige hint eller innspill underveis. Når en skatt blir oppdaget, må en Pikmin bære alt sammen tilbake til skipet - hvor skatten skal plasseres i skipets lasterom, og dens verdi skal beregnes. I tillegg til å utforske overflaten finnes det grotter spredt over hele landskapet som spilleren kan gå inn i. Grotter inneholder også flere skatter og motstandere spredt over forskjellige under-nivåer. Når spilleren er inne i en grotte, går ikke tiden på overflaten på grunn av en tidssprang forårsaket av et sterkt geomagnetisk felt. Dette lar spilleren utforske grottene i en ikke-bestemt periode før solnedgang. Grotter kan også inneholde større og sterkere motstandere, som ved nederlag ofte tildeler skatter som kan gi spilleren nye krefter.