Når plasseringen av selve ryggraden er utført, gjenstår fortsatt plasseringen av sidekjedene i aminosyrene. Funksjonen til et protein er nesten alltid avhengig av hvordan sidekjedene er plassert og jobber sammen. Det er ikke alltid nødvendig å finne en god plassering for alle sidekjedene, men de som er involvert i funksjonen til proteinet, som oftest i proteinets overflate, er viktige å få på plass. En kompliserende faktor her er at sidekjeder er fleksible og kan ha flere konformasjoner.