Historien finner sted i Oddworld. Mudokons er en art med en rik historie og kultur som sakte har blitt forvandlet til saktmodige, lydige slaver. Dette gjør at mange Mudokons som ble født i fangenskap er helt uvitende om deres egen fortid. Glukkonene er en art som begjærer makt og penger, men de mangler moral, og de har etablert store industrier som har fratatt Oddworld en rekke naturressurser. Sligs har kommet seg ut av slaveri ved villig tjenestegjøre som vakter eller jegere for Glukkons. Spillet fokuserer stort sett på Abe, en Mudokon-slave. Munnen hans ble sydd igjen, muligens for å forhindre ham fra a lage bråk. Under eventyret hans får Abe selskap av Elum, en sta men lojal assistent.