Françoise de Foix var datter av Jean de Foix, Vicomte de Lautrec, og Jeanne d'Aydie. Hennes farfars bror, Gaston IV de Foix, var gift med dronning Eleonora av Navarra; Leonoras søster var mor til Frankrikes dronning Anna av Bretagne, noe som gjorde Françoise de Foix til Anne av Bretagnes tremenning.