Ved den tiden han kom seg tilbake til England var opprøret kokende blant adelen. William var en av de få som forble lojal til kong Johan. I borgerkrigen som ble utløst i året etter at ble signert var William en av lederne av kongens hær i sør. Etter at den franske prinsen Ludvig, den senere kong Ludvig VIII, gikk i land i England som en alliert av opprørerne gikk William Longespée over på hans side. Antagelig mente han at Johans sak var tapt.