Etter studier i Logroño og Zaragoza ble han presteviet i Zaragoza den 28. mars 1925. Han dro til Madrid i 1927 for å ta doktorgrad i jus. Den 2. oktober 1928 grunnla han Opus Dei som katolsk legbevegelse. Undertrykkelse av religion og massakrer av prester utført av republikanere under den spanske borgerkrig tvang ham til å skjule seg, selv om han risikerte livet for å virke som prest for troende katolikker. Da borgerkrigen endte i 1939 kunne han omsider gjenoppta sine studier i Madrid, hvor han tok den juridiske doktorgrad.