Prins Christian Frederik ble konservativt oppdratt etter retningslinjene av den tidligere statsråden Ove Høegh-Guldberg, som ble kastet ut av regjeringen med arveprinsen i 1784. Oppveksten var preget av en grundig og bredspektret utdanning hvor han møtte kunstnere og vitenskapsmenn som var knyttet til farens hoff. Han arvet talentene til sin begavede mor, og i en tidlig alder ble hans kjærlighet til naturvitenskap og kunst vekket; de skulle følge ham hele livet. Hans elskverdighet og vakre trekk sies å ha gjort ham veldig populær i København.