Vitenskap er i seg selv ikke religiøs, og den ble ikke forvrengt av den orfiske mystikken hos Pythagoras. Pytagoreernes musikkinteresse kan godt skyldes deres askese, men de oppdaget også tallforholdene i det som vi kaller for toneinterevallene. Av de tallmessige forholdene i musikken fant de fram til en matematisk forestilling om harmoni i betydningen likevekt. Det går videre til forestillingen om den gylne middelveg i livsstilsfilosofien, og i læren om de fire temperaturer. Alt dette har sin bakgrunn hos Pythagoras, og som senere dukker opp hos Platon. «Alle ting er tall», skal Pythagoras ha sagt, og innenfor geometrien skal han ha oppdaget den berømte setningen om at kvadratet på hypotenusen er lik summen av kvadratene på de to andre sidene. I sin verdensforklaring bygger han direkte på milesierne og kombinerte det med sine teorier om tall. Det er pytagoreernes interesse for tall som ga opphav til det som siden ble kalt for idélæren, eller teorien om universaliene. Når en matematiker beviser en setning om triangler, snakker han om den figur som ikke er tegnet, men som finnes i hans bevissthet. Det er en sondering mellom hva som sanses og hva som oppfattes, noe som senere fikk betydning for både teologien og filosofien.