Gjennom beslutning i 1989 og 1990 ble båndene til Svenska kyrkan styrket, og siden da blir EFS sine predikanter/pastorer presteviet etter kirkens ordning. Disse får vanligvis sin utdanning på Johannelunds teologiska högskola, grunnlagt i Stockholm i 1862 som EFS Missionsinstitut, siden 1970 lokalisert til Uppsala like ved Heidenstams torg i bydelen Löten. Siden tidlig åttitall har også prester for tjeneste i Svenska kyrkan blitt utdannet her.