Bhutto jobbet for en hardere og mer aggressiv holdning overfor India over Kashmir-konflikten, samt andre saker. En trefning skjedde i august 1965 mellom indiske og pakistanske tropper på grensen som var fremforhandlet av FN. Pakistan håpte å støtte et opprør i indisk-Kashmir mot India. Etter at pakistanske infiltratører ble oppdaget inne på indisk territorium, startet India en større militær operasjon i Kashmir og Punjab. Etter at krigen brøt ut, holdt Bhutto en ildfull tale i FNs sikkerhetsråd, der han fordømte India for aggresjon og erklærte at «» før han rev i stykker noe papir og stormet ut. Etter to uker med harde kamper, ble begge nasjoner utsatt for sterkt politisk press fra USA, Storbritannia og Sovjetunionen og gikk med på en FN-overvåket våpenhvile. Konflikten forble uavgjort.