Han studerte medisin i Uppsala og fikk sin spesialutdannelse i patologi ved Ullevål sykehus og Rikshospitalet. Han begynte tidlig med forskning innen hjerte-kar-sykdommer. Spesielt arbeidet han med mekanismer for åreforkalkning og blodpropp. Bruken av blodfortynnende medisin som mange bruker i dag, er i stor grad utviklet på basis av den grunnforskning som Jørgensen publiserte i 1967. Han fikk professor Kreybergs pris for beste norske vitenskapelige arbeid i patologi i 1972.