Fra 1891 til 1897 studerte Bogajevskij ved St. Petersburgs kunstakademi i klassen til Arkhip Kuindzji. Kunsten til den unge Bogajevskij var lite likt på kunstakademiet, han var sågar forbigående utestengt fra undervisningen for å «mangle talent». Til tross for dette hadde Kuindzji alltid stor tiltro til eleven sin og vernet om han. I 1898 reiste Bogajevskij til Italia og Frankrike. Der fikk han kjennskap til verkene til Claude Lorrain, som han kunngjorde som sin rette læremester. Første utstillingen hans i Moskva fant sted i 1898.