De første utgravninger ble utført i årene 1891 og 1893 av en tysk arkeologisk gruppe ledet av Carl Humann og hvor Pergamonalteret ble oppdaget. Undersøkelsene varte i 21 måneder og avdekket delvis teateret, tempelet for Artemis, agora, tempelet for Zevs og prytaneion. Nye undersøkelser kom i gang nær hundre år senere. Det skjedde i 1984 ved Orhan Bingöl fra Universitetet i Ankara og tyrkiske kulturmyndighetene.