Organisasjonen ble stiftet i 1946 for å bistå flyktninger i Europa etter den andre verdenskrig, under navnet Europahjelpen. Den allerede eksisterende organisasjonen Nansenhjelp ble den gang integrert i Europahjelpen. Organisasjonen har senere hatt navnene Det Norske Flyktningeråd og Flyktningerådet, før den i 2005 skiftet navn til Flyktninghjelpen.