Spilleren må velge å kjempe på amerikansk eller japansk side. Fra en gruppe på fire flygere velger spilleren hvem som skal fly det neste oppdraget, og pilotene får nye ferdigheter som følge av erfaring. Ettersom tiden går får man også nye fly som er raskere, tåler mer, flyr høyere eller manøvrerer bedre, samt at en flyger kan få spesielt utstyr til sitt fly. Pacific Skies skiller seg fra det første spillet i serien ved at det har flere kart, flere manøvre samt at hver pilot kan ha flere fly.