Han tok makten i landet etter drapet på oberst Carlos Castillo Armas som tidligere hadde sittet med makten i landet. På grunn av hans autokratiske styre og hans sterke bånd til USA, ledet en gruppe yngre offiserer et opprør mot myndighetene i 1960. Selv om opprøret ble slått kraftig ned på med en gang det begynte, gikk de overlevende offiserene i dekning i utlandet og de var med på grunnleggelsen av den revolusjonære bevegelsen Movimiento Revolucionario 13 Noviembre, noe som markerte starten på en 36 år lang geriljakrig mot myndighetene i Guatemala.