Han vendte tilbake til Bologna og ble første medlem. I 1673 ble han akademiets leder. Fra 1675 til 1680 var han cellist i kapellet ved San Petronio. Deretter oppholdt han seg i Venezia, der han hadde fått i oppdrag å skrive operaen , men døde kort tid etter at første akt var ferdig. Operaen ble fullført av Gian Domenico Partenio. Franceschinis venner bekostet oppføringen av et av Giovanni Legrenzis rekviem i 25. januar 1681.