Pontoppidan stod altså ledig på markedet og tilbød nå sin tjeneste som professor i poesi; men da han dertil hadde knyttet den betingelse å være fritatt for prostestillingen ved Kommunitetet. ble hans tilbud ikke antatt. Det han så gjorde var dels å studere videre, og dels som privatdosent holde forelesninger, likesom han i disse år både samlet og utgav noen bøker i forskjellige vitenskaper.