I 1972 deltok Baader i fem bombeangrep som drepte fire og såret over 50, samt i en rekke bankran i Vest-Tyskland. Han var på det tidspunktet en av Tysklands mest ettersøkte terrorister. 1. juni 1972 ble han, sammen med RAF-medlemmene Jan-Carl Raspe og Holger Meins, arrestert etter en skuddveksling i Frankfurt. 28. april 1977 ble han, etter en rettssak som hadde vart i nesten to år, dømt til livsvarig fengsel.