Holten ble tildelt ærestittelen «virkelig kammerråd» i 1854 og frasa seg den i 1871. I 1876 ble han utnevnt til kammerherre. Han var ridder av Dannebrogordenen fra 1857 og kommandør av 2. klasse av samme orden fra 1892. Han ble også tildelt Dannebrogordenens hederstegn i 1891.