I 1892 overtok Bergen kommune Manufakturhuset fra staten. Bygningen ble brukt som lokaler for Lungegården skole fram til 1936. Etter andre verdenskrig har huset vært brukt til offentlige kontorer, blant annet av Etat for plan og geodata. I dag disponeres bygget av seksjonene til byrådsavdeling for barnehage, skole og idrett i Bergen kommune. Manufakturhuset har direkte gangforbindelse til felleskantinen i Bergen rådhus.