Den 9. april 1940 var det garnisonert omkring 400 mann på kasernen. I kasernens flaggtårn ble det oppstilt et luftvernsrekylgevær som åpnet ild mot tre tyske fly som fløy lavt hen over kasernen. I november 1942 forlot den danske hær Sønderborg kaserne etter ordre fra Wehrmacht. Kasernen og sersjantskolens funksjoner flyttet midlertidig til Næstved. Den 15. november 1942 overtok Wehrmacht offisielt kasernen, som overveiende ble benyttet av Kriegsmarine som sjømineskole og til øvelser i avskytning av torpedoer. Den 9. mai 1945 rykket 20 frihetskjempere inn på kasernen og avvæpnet de resterende tyske styrker. Den 22. mai etablerte frihetskjemperne en syv mann stor vaktstyrke på kasernen og den 22. juli ble de avløst av danske styrker hvoretter splittflagget igjen kunne heises over kasernen.