Paleet ble istandsatt og møblert som kongelig residens til den planlagte kroningen av kong Oscar I og dronning Josefine i 1844-45. Kroningen av kong Haakon VII og dronning Maud i 1906 har også satt spor etter seg i inventaret. En oppussing ble også foretatt til signingen av kong Olav V i 1958. Etter Kongeskiftet i 1991 ble det satt i verk en utviklingsplan for Stiftsgården og den totale renoveringen ble ferdigstilt til Trondheims 1000-årsfeiring i 1997. I perioden mellom 1958 og 1991 var det ingen oppusningsprosjekter og arbeidene utført før signingen i 1958 var svært omfattende. Mye av det opprinnelige interiøret ble fjernet og erstattet med moderne skandinavisk design. Utviklingsprosjekter ble gjort i samarbeid mellom Statsbygg, Riksantikvaren og Slottet, og omfattet blant annet oppussing av vaktmesterbolig og garderober og oppgradering av gjestesuiter, kongelige stuer og soveværelser. Det ble lagt vekt på å få tilbake det opprinnelige preget. I årene etter 1997 ble også kjøkkenet totalrenovert.