På 1970-tallet kom det fram en ny hypotese, delvis basert på Ortons teorier, om at dysleksi stammer fra en feil i fonologisk prosessering eller vansker med å gjenkjenne at muntlige ord består av diskrete fonemer. (For eksempel består ordet APE av lydene [a], [p] og [e]). Personer med dysleksi skal derfor ha vansker med å forbinde disse lydene med bokstaver. Nøkkelstudier av fonologisk forstyrrelse-hypotesen inkluderer funnet at den tydeligste måten å forutse leseevne på barn i skolealder er fonetisk bevisstgjørelse, og at fonetisk bevisstgjørelse kan forbedre avkodingsevnen hos barn med lesevansker.