Danny Blind avsluttet spillerkarrieren og gikk over fra å spille for Ajax til å trene Ajax A1 (klubbens juniorlag). Fra februar 2003 er han dessuten sjef for Ajax' avdeling for skolering av ungdom. Under sin ledelse ble Ajax A1 cupmestere i 2002 og 2004. Han overtok som hovedtrener for Ajax 14. mars 2005, etter at Ronald Koeman sa opp 25. februar 2005.