I 2001 godkjente det amerikanske FDA (tilsynsmyndighet for matvarer og legemidler) forskning på MDMA til pasienter som lider av Posttraumatisk stresslidelse. I mars 2004 utstedte DEA sine første tillatelser til innehav av Schedule I-stoff til dem som utfører forskning i henhold til FDAs godkjenning. Flere av studiene har fått støtte med såvel finansiering, godkjenningsprosess og metodeutvikling ifra Multidisciplinary Association for Psychedelic Studies (MAPS – flerfaglig forening for psykedeliske studier). De preliminære resultatene fra disse studiene er konsistente med arkiverte lovhøringer i DEA og WHO, samt tre publiserte studier av MDMA-assistert psykoterapi før både forskningsmedikamentet MDMA og rusmiddelet ecstasy ble forbudt i 1986. Det er imidlertid en rekke metodiske utfordringer med kliniske studier på MDMA-assistert psykoterapi, bl.a. med såkalt "blinding" av pasientene som inngår i studiene, hvilke behandlingsbetingelser man sammenligner MDMA-assistert psykoterapi med, hvilke pasienter som rekrutteres inn i disse kliniske studiene m.fl. Nordmannen Pål-Ørjan Johansen forsket på bruk av MDMA i medisinskkontrollert sammenheng, hvor MDMA blir brukt for å hjelpe den psykoterapeutiske prosessen for pasienter som ikke har fått hjelp av tidligere behandling. I de følgende årene arbeidet han sammen med sin ektefelle og kollega Teri Krebs for å påvise at det ikke kunne påvises at bruk av psykedelika medførte psykiske problemer hos brukeren. Dette forskningsarbeidet ble i 2015 kraftig kritisert av fagfeller nasjonalt og internasjonalt. NTNU presiserte i en pressemelding i september 2015 at Johansen og Krebs ikke lenger var tilknyttet NTNU.