Tchebourkina studerte orgel og musikkvitenskap ved konservatoriet i Moskva fra 1984 og ble uteksaminert i 1992. Samme år begynte hun med støtte fra den franske stat å studere hos Marie-Claire Alain, Michel Chapuis, Louis Robilliard og Harald Vogel. I 1994 tok hun doktorgraden på Olivier Messiaens orgelmusikk.