Andrewes likte å bevege seg blant folk, fant tid til å bli medlem av et samfunn eller klubb for oldtidsforskning hvor Walter Raleigh, Philip Sidney, Burleigh, Arundel, Herbert'ene, Saville, Stow, og Camden også var medlemmer. Dronning Elisabeth forfremmet han ikke videre av den grunn av hans opposisjon til overdragelsen av kirkelige avgifter. I 1598 avslo han bispedømmene Ely og Salisbury på grunn av de vilkår som var knyttet til posisjonene. Den 23. november 1600 ga han en kontroversiell preken om rettferdiggjøring, og året etter ble han utpekt til domprost av Westminster og ga mye oppmerksomhet til skolen der.