Zoghby var en av de mest aktive østkirkelige katolske biskopene som deltok på Det andre Vatikankonsil. Mens noen av iniativervar pastorale av natur, var en god del økumeniske, med fokus på de orientalske leer ortodokse østkirker og deres forhold til vestlig kristendom. Zoghbys innsats var med på å forme konsilsdokumentet , selv om det til hans skuffelse etter hans oppfatning ikke i tilstrekkelig grad imøtekom behovene til de østlige katolske kirker eller bygge bro mellom ortodoksi og katolisisme. Mens oppmuntret østlige katolikker til å opprettholde sine tradisjoner og verdier, mente Zoghby at vendte det blinde øye til muligheten for ekte interkommunion ().