Han medvirket deretter i unionen mellom Storbritannia og Irland i 1800, men la ned sine embeter i Irland i 1801 da kongen nektet å samtykke til en forbedring av katolikkenes stilling på øya. I årene 1801-1802 var Cornwallis britisk fullmektig ved fredsforhandlingene i Amiens, og 1805 ble han for andre gang generalguvernør i Ostindia, men døde der allerede i oktober samme år.