Et chiffersystem hvor flere tegn representerer et tegn, kalles polyalfabetisk. Den franske diplomaten Vigenère (1523–1596), introduserte det polyalfabetiske substitusjonschifferet. Dette var en kraftig forbedring i forhold til krypteringsmetodene som eksisterte. Faktisk ble metoden brukt under andre verdenskrig og som reserveløsning i dag. Likevel ble den ikke brukt i alle sammenhenger fordi den var langsommere og vanskeligere i bruk.