Orknøyenes uoffisielle flagg ble til på midten av 1990-tallet og blir lokalt omtalt som (St. Magnuskorset). Det er oppkalt etter Orknøyenes helgen Magnus Orknøyjarl, selv om det ikke foreligger noen historiske forbindelser mellom helgenen og det røde korset på gul bakgrunn. Flagget er gult med et rødt kors, likt de øvrige nordiske flaggene og Kalmarunionens flagg. Fargene er hentet fra Skottlands kongeflagg og det norske riksvåpenet, som et uttrykk for at øyene har røtter fra begge rikene. Flagget har manglet offisiell status fordi Skottlands heraldiske myndighet, Lord Lyon, har ansett det som for likt Ulsters våpen og flagg. På denne bakgrunn ble det i februar-mars 2007 avholdt åpen avstemning om nytt flagg for Orknøyene. Blant de fem forslagene orknøyingene hadde å velge mellom vant et flagg likt Norges, men med gult i stedet for hvitt. Dette fikk 53 prosent av stemmene. Bare 200 personer deltok i avstemningen. Det nye flagget har fått offisiell godkjennelse, både av Lord Lyon og av Orkney Islands Council, den høyeste kommunale myndigheten på Orknøyene.