De fargede øynene til mange fuglearter skyldes nærvær av andre pigmenter, som pteridiner, puriner og karotenoider. Genetikken for øyefarge er komplisert, og farge bestemmes av flere gener. Så langt har så mange som 15 gener vært assosiert med arv av øyenfarge. Tidligere tro på at blå øyenfarge er et enkelt recessivt trekk har vist seg å være feil. Genetikken i øyenfarge er så kompleks at nesten alle foreldre-barn-kombinasjoner kan forekomme.