Vallottis hovedverk er (Om den moderne musikkens vitenskapelige teori og praksis). Hans musikkhistoriske betydning hviler hovedsalelig som navnebærer av Vallottistemming, en temperering han rett nokk ikke fant opp, men som han var den første til å dokumentere. Stemmingen er svært utbredt i dagens historiske oppføringspraksis.