I 1595 flyttet han og den nye kona tilbake til familiepalasset. Han skaffet seg et lite ensemble med briljante musikere og bygde opp et musikalsk senter etter mønster fra Ferrara, men beregnet på ham alene. Han forlot sjelden palasset og musikken var hans eneste glede. Det meste av det han skrev ble publisert i Napoli i 1603 og 1611, og de mest intenst kromatiske og vanskelig tilgjengelige verkene hans stammer fra tiden i selvvalgt isolasjon.