Balăkov spilte i årene mellom 1988 og 2003 totalt 92 landskamper og scoret 16 mål for . Han var med i den bulgarske troppen under VM i fotball 1994 og VM i fotball 1998, hvor han i førstnevnte turnering var med på å føre laget helt frem til semifinalen. Balăkov var dessuten en del av Bulgarias tropp til EM i fotball 1996.