Einsatzgruppen ble dannet på initiativ av Sicherheitsdienst og RSHA. De første gruppene ble satt inn under erobringen av Østerrike og Tsjekkoslovakia. Hensikten med Einsatzgruppen var at de skulle ta seg inn i okkuperte områder, sikre viktige dokumenter og eliminere eventuelle problematiske personer. I disse to landene var oppgavene til Einsatzgruppen å bemanne administrasjonen med nasjonalsosialister og etablere lokale konsentrasjonsleire.