Fra april 1940 til mars 1945 var Müller leder for hovedavdelingen for folkeopplysning og propaganda ved , den tyske sivile administrasjonen som styrte det norske embetsverket under krigen under ledelse av rikskommissær Josef Terboven, med rang som «ministerialråd» og fra 1943 som «ministerialdirigent». I denne rollen hadde han ansvar for spørsmål som gjaldt bl.a. presse, kulturlivet og informasjon. Müller hadde graden , den første generalstabsgraden (tilsvarer «oberst»), i og , den laveste offisersgraden (tilsvarer fenrik), i Waffen-SS.<ref>besonders strammer alter KämpferSpruchkammerentlastet'' («avlastet»), dvs. ansett for å ta avstand fra nasjonalsosialismen.