Thomas døde 8. februar 1991 av hjertefeil 79 år gammel i Los Angeles, California. To dager tidligere hadde han feiret St. Jude Hospitals 29-årsjubileum og laget en kommersiell film som ble sendt etter hans død. Han ble gravlagt i et mausoleum på området til St. Jude Children's Research Hospital . Cassaniti, hans ektefelle gjennom 55 år ble gravlagt samme sted i juli år 2000.