I begynnelsen av 2005–06-sesongen skiftet PSG trener og Cana ble nedprioritert. Dette fikk ham til å flytte til Sør-Frankrike for å spille for Marseille. Her hadde han fast plass i startelleveren helt fra starten av. Han scoret også vinnermålet i sin første kamp mellom sin nye klubb (Marseille) og hans tidligere klubb (PSG). Cana ble etterhvert også lagets kaptein siden den tidligere kapteinen Habib Beye forlot klubben til fordel for Newcastle United i løpet av sommeren 2007.