Ellertsen tok juridisk embetseksamen ved Universitetet i Oslo våren 1982. Fra 1982 til 1987 var han ansatt i Helseavdelingen i Sosialdepartementet. Fra 1987 til 1993 jobbet han i Finansavdelingen i Finansdepartementet og senere Helseavdelingen i Sosial- og helsedepartementet. Fra 1994 til 2008 jobbet han i Avdeling for videregående opplæring (senere omdøpt Opplæringsavdelingen) i Kunnskapsdepartementet. I perioden 1. januar 2009 til 31. desember 2014 var han direktør i Vox, nasjonalt fagorgan for kompetansepolitikk.