I 1962 kom Ne Win til makta gjennom et kupp. Han gikk inn for å slå ned på opprøret, og innen slutten av 1963 var over 2000 kommunister blitt fengslet. Dette markerte slutten på partiets storhetstid, selv om medlemmene fortsatte kampen ved å gå under jorden og utføre større og mindre enkeltaksjoner. Imidlertid lyktes det ikke partiet i å reetablere seg, og innen 1989 hadde de fleste lederne dratt i eksil til Kina.