Hans Eggertsen Stockfleth var født i Haderslev og trolig eldst av barna. Han kom til Norge før sine foreldrene i 1629, trolig også før han ble fogd i 1628. Han ble gift med (d. 1660), datter av borgermester Karsten Mechlenburg (d. 1618) i Haderslev og kona Margrethe Schnell (1574–1647), som var halvsøster til Nils Toller og søster av Willum Mechlenburg på Bragernes. Etterkommere er ikke kjent.