Mot slutten av 1800-tallet økte interessen for å varsle endringer i klima (på grunn av matproduksjon) i India og Australia. Charles Todd oppdaget i 1893 at tørke oppstod på samme tid i India og Australia, og i 1924 gav Gilbert Walker (som Walkersirkulasjonen er oppkalt etter) navn til uttrykket «sørlig oscillasjon». Gjennom det meste av 1900-tallet ble El Niño sett på som et lokalt fenomen, men etter hendelsen i 1982-83 fikk fenomenet mye større fokus i vitenskapelige miljøer. I de siste 50 årene har man forsket mye på hvordan fenomenet blir påvirket, og selv påvirker globale vind- og værsystemer. Man har også forsøkt å finne en måte å beregne når fenomenet vil vise seg neste gang, og hvor omfattende det da vil opptre.