Lynch vervet seg militæret den 5. april 1916 i en alder av 18 år. Under første verdenskrig var han utstasjonert i Frankrike, der han blant annet deltok i slaget ved Somme og i Flandern. Han deltok også i kamphandlingene i skyttergravene på vestfronten mellom 1916 og 1919. Lynch ble såret av granatsplinter i to separate hendelser, men holdt seg likevel ved frontlinjen selv om han var skadet. Den 1. oktober 1917 ble Lynch så hardt skadet han han pådro seg flere beinskader. Han ble derfor sendt til medisinsk rehabilitering i Storbritannia, der han oppholdt seg de neste seks måneder.