I 1785 dro Gruber til Polatsk, en grenseby mellom Den polsk-litauiske samvelde og Det russiske rike for der å slutte seg til jesuittene igjen og bli medlem av ordenen i Russland (der ordenen fremdeles eksisterte). Gruber var der en aktiv ingeniør, kjemiker, arkitekt, maler, mekaniker og lege. Under hans innflytelse ble Jesuittkollegiet i Polatsk et berømt akademi for tekniske vitenskaper.