Etter å ha startet sesongen med et nederlag mot Iowa Hawkeyes ledet Roethlisberger Miami RedHawks ubeseiret gjennom sesongen i MAC, 12 seiere på rad og en rangering som #10 i Associated Press sin toppliste, samt en 49–28 seier over Louisville i GMAC Bowl. Ved sesongslutt ledet han sin conference med 343 fullførte pasninger, 4 486 pasningsyards og 37 touchdownpasninger, og satte skolerekorder i alle tre kategoriene. Han ble utpekt til MAC Offensive Player of the Year for 2003-sesongen.