Ulike teorier blir diskutert om hvordan global oppvarming vil kunne påvirke El Niño. En arbeidsgruppe ledet av den tyske klimaforskeren Mojib Latif studerte dette i 1999. Gruppen kom fram til at økt opptak av varme i havet kan gi en vedvarende senking av termoklinen (et vannlag i havdypet) i den østlige delen av det ekvatoriale Stillehavet. Dette kan skje sammen med en større amplitude (utslag) for El Niño–sørlig oscillasjon og/eller gi hyppigere El Niño-fenomener.