Xherdan Shaqiri ble født i Gjilan i Kosovo (i det daværende Jugoslavia) av etnisk albansk familie, som senere flyttet til Basel i Sveits. Som ung startet han sin fotballkarriere i SV Augst og FC Basels ungdomsklubb. Han deltok i U15 Nike Cup-turneringen i 2007, der han ble kåret til den beste spilleren i turneringen. Shaqiri skrev under sin første profesjonelle kontrakt med FC Basel den 2. januar 2009, 17 år gammel.