I 1468 var han involvert i et komplott mot kongen, og havnet i fangenskap i Tower of London. Han slapp ut etter kort tid, antageligvis ved hjelp av innflytelsen hans svigerbror – Richard Neville, 16. jarl av Warwick – hadde hos kongen. Senere tok John del i Warwicks opprør mot kong Edvard, men da de ble beseiret og Warwick drept i slaget ved Barnet i 1371 flyktet John fra landet. Etter et angrep på den engelske kysten i 1473 ble han igjen tatt til fange og fengslet nær Calais, men klarte å flykte i 1484.