For 9 500 år siden fikk innsjøen Onega, som tidligere hadde drenert til Kvitsjøen, utløp mot Ladoga via elva Svir. En gang mellom 9 500 og 9 100 år siden ble Ladoga en del av Ancylussjøen, det neste ferskvannsstadiet til Østersjøen. Da Ancylussjøen trakk seg tilbake, for ca. 8 800 år siden, ble Ladoga isolert.