I 1949 år giftet han seg med Birgitte Löw, men ekteskapet ble oppløst i 1952. Ligeti giftet seg for andre gang i 1952 med psykiateren Vera Spitz. Etter to år ble det en ny skilsmisse, men i 1957 giftet de seg igjen. Sammen med Vera fikk han sønnen Lukas Ligeti.