Panenka var en offensiv midtbanespiller kjent for sin utsøkte pasnings- og frisparkteknikk. Han spilte for Bohemians Praha i Tsjekkoslovakia i store deler av karrieren sin. Han spilte aldersbestemt fotball der fra 1959, og ble i klubben helt fram til 1981. Da gikk han til Rapid Wien i Østerrike, hvor han ble seriemester to ganger og cupmester en gang. I 1985 gikk han til VSE St. Pölten hvor han spilte to sesonger. Helt på tampen av sin karriere spilte han i lavere divisjoner i Østerrike, for klubbene Slovan Wien, ASV Hohenau og Kleinwiesendorf. Han la skoene på hylla i 1993. Panenka arbeider i dag som president i fotballklubben Bohemians 1905 i Praha.