I november samme år møtte Coetzee Mandela på Volks Hospital i Cape Town hvor Mandela ble behandlet for prostata. Dette var det første av en rekke møter mellom ham og regjeringen som la grunnlaget for framtidig kontakt og forhandlinger. I 1988 ble Mandela separert fra resten av senior-fangene, og plassert i husarrest i en forholdsvis luksuriøs enebolig ved Victor Verster-fengselet, egentlig bygget for fangevoktere. Her fikk han tilgang til nyheter og informasjon utenfra, han fikk en personlig sekretær og kokk, og dessuten muligheter for besøk av venner og familie. Mandela ble kjørt rundt på guidede turer til byer og steder i nærheten av fengselet, for å forberede ham på den forestående løslatelsen. Han fikk snart også møte representanter for fagbevegelsen COSATU og for United Democratic Front, den lokale offisielle paraplybevegelsen mot apartheidregimet. Det ble, ukjent for myndighetene opprettet hemmelig kontakt mellom ham og ANCs eksilleder Oliver Tambo. Mandela møtte president Botha direkte i 1989 da han ble invitert til presidentens bolig på te. Samtidig nektet Botha å frigi Mandela og legalisere ANC og kommunistpartiet betingelsesløst, og volden og undertrykkelsen ble stadig mer brutal utenfor fengselet. Fra 1985 innførte Botha unntakstilstand over hele landet, samtidig som ANC kom opp med det berømte slagordet "Make South Africa ungovernable".