Jørgensen ble hentet til IF Elfsborg av tidligere Stabæk-trener Jörgen Lennartsson i forkant av 2012-sesongen. Jørgensen var tiltenkt en defensiv midtbanerolle i Elfsborg, men skader i troppen og hard konkurranse om midtbaneplassene førte til at han spilte mest i midtforsvaret. Joackim Jørgensen ble seriemester med klubben i 2012. I den påfølgende mesterliga-kvalifiseringen røk Elfsborg ut i 3. runde, etter å ha blitt slått ut 1-0 sammenlagt av skotske Celtic FC. Jørgensen ble byttet inn etter 86 minutter i det første oppgjøret på Celtic Park, men var ubenyttet reserve i returoppgjøret hjemme på Borås Arena. Elfsborg endte på 6.-plass i den hjemlige serien i 2013, og klarte dermed ikke å forsvare ligatittelen fra sesongen før.