Ligaen ble grunnlagt av 12 klubber, og var en rival til The Football League, som hadde startet i 1888-89. Begge disse ligaene hadde 12 medlemmer. Football Alliance dekket et tilsvarende område som Football League; Midlands til Nordvest-England, men også videre øst til Sheffield, Grimsby og Sunderland. Sheffield Wednesday ble den første ligamesteren.