Alagoas er dominert av lavland, hvor 90 % av delstaten ligger lavere enn 300 meter. Delstaten kan klimamessig deles inn i tre soner: Ved kysten finner et tropisk kystklima, lenger inn finner man en overgangssone som kalles agreste og lengst inne i landet finner man det halvtørre området sertão. Elva São Francisco er den nest største i Brasil, etter Amazonas.