Pan Ams ry gjorde selskapet til et mål for terrorister. I et forsøk på å overbevise publikum om at selskapet var trygt å fly med, og for å ta hensyn til brudd på deres egen sikkerhet, utviklet Pan Am sikkerhetssystemet Alert Management Systems i 1986, men dette gjorde lite for å bedre sikkerheten. Problemene ble verre av de økonomiske vanskelighetene som fikk selskapet til å skjære ned på sikkerheten for å unngå å plage passasjerene og miste kunder ved avgang. De amerikanske luftfartsmyndigheter bøtela Pan Am for 19 brudd på sikkerheten, av de totalt 236 bruddene som ble oppdaget blant 29 flyselskap i 1988.