Pujol ble født i Barcelona i Catalonia, Spania, 14. februar 1914 (eller muligens 28. februar 1912). Hans far, Joan Pujol, var en katalaner som eide en fargefabrikk. Moren, Mercedes Guijarro García, var fra den andalusiske byen Motril i provinsen Granada. Han var det tredje av fire barn. Syv år gammel ble Pujol sendt til en kostskole i Valldemia tjue mil fra Barcelona. Der ble han de neste fire årene. Elevene hadde lov til å ferdes utenfor skolen på søndager bare dersom de hadde besøk, så hans far tok turen hver uke.