Han ble presteviet i 1619 og steg i rang til han i 1627 så ble biskop av Capaccio som den gang var i kongedømmet Napoli. Han ble bispeviet 8. september 1627 av kardinal Cosimo de Torres, med medkonsekreatorene biskop Giuseppe Acquaviva, titularerkebiskop av Thebae, og av Francesco Nappi, biskop av Polignano. Som biskop kom han i konflikt med de lokale fotgardister vedrørende lokal kirkelig jurisdiksjon. Da tvisten eskalerte til væpnet konflikt drepte en i Brancaccios tjeneste en gardekaptein. Visekongen beordret biskopen stilt for retten og denne adlød, og forberedte seg på å reise til Napoli for å avgi forklaring. Men i stedet for å dra til Napoli, flyktet han i en felucca til Roma, og vel fremme søkte han audiens hos pave Urban VIII for å forklare sin side av saken. Pave Urban gikk med på å forsvare biskopen, og en rasende konge av Napoli tok i besittelse alle verdier knyttet til Brancaccios bispesete.