Man antar at kisiifolket, i likhet med andre bantu-snakkende grupper, kommer fra Kongo (i dag kjent som Den demokratiske republikken Kongo. Man tror at de migrerte på grunn av overbefolkning, lite mat, interne konflikter og begrensede muligheter for jordbruk. Da disse gruppene migrerte fra Kongo, ble de splittet i ulike grupper, hvor kisii-folket endte opp i dagens Nyanza-provins i nærheten av Victoriasjøen.