Mickelson er født i San Diego i California og oppvokst i Arizona og San Diego. Han begynte å spille golf i svært ung alder og kopierte sin fars høyrehåndssving mens han sto overfor ham, og fikk derfor venstrehåndssving til tross for å være høyrehendt. Han studerte ved Arizona State University med et golfstipend. I 1990 ble han den første venstrehåndsspilleren til å vinne US Amateur Championship. I løpet av 1991 hadde han vunnet sin første turnering på PGA-touren, Northern Telecom Open, som amatør – den første siden Scott Verplank vant Western Open som amatør i 1985.