Etter Ottos død i 1002 ble forholdet til keiserriket forverret. Ottos etterfølger, Henrik II, hadde endret holdningen til Bolesław, da han gikk inn for ekspansjon snarere enn overenskomst med Polen. En rekke konflikter mellom de to rikene førte så til en langvarig spenningstid, delt i tre krigsfaser (1003–1005, 1007–1013, 1015–1018). Krigen tok slutt ved freden i Bautzen i 1018, og Bolesław kom seirende ut av den. Blant annet beholdte han de nyerobrede Milsko og Łużyce, og endte også opp som hertug av Böhmen.