Filisternes opprinnelse er blitt debattert av forskere. Det er ikke nok informasjon om filisternes opprinnelige språk til å relatere det til noe annet språk. og relatert tradisjon har differensiert de opprinnelige filisterne i tiden til Abraham som ble kalt for avvittere og senere ble erobret av kaftorene som erstattet dem. Det er teoretisert at de senere filisterne hadde sin opprinnelse fra «havfolkene» som er like mystiske i sitt opphav.