Selv ønsket hun en enkel begravelse og å begraves med den enkle innskriften «D.O.M. Christina levde i 63 år», men Alexander VIII lot henne i stedet ligge fire dager på i Riario-palasset. Fra kirken Santa Maria in Valicella gikk så begravelsesprosesjonen til Peterskirken. Christina var balsamert og dekket av hvit brokade, en sølvmaske, forgylt krone og septer. Hun ble lagt i en tredobbel kiste, først en av sypress, en av bly og så en av trevirke. Hennes innvoller lå i en høy urne, som sammen med kisten ble plassert i kirkekrypten blant pavene. Hun er den ene av bare to kvinner som er gravlagt i Peterskirken. Kisten stod etterhvert nedstøvet og langt på vei glemt i et hjørne, før den på 1900-tallet ble flyttet til en ny marmorsarkofag med en ny og lengre innskrift etter initiativ fra pavelig kammerherre Christopher Tostrup Paus.