Han deltok i arrestasjoner og avhør helt frem til freden. I en rapport av hjemmefronten i september 1944, ble Nilsen ansett som en meget farlig angiver og "nazi-politimann". I en aksjon mot motstandsfolk i Drammensmarka ved Lelangen 12. oktober 1944, kom det til skuddveksling og Nilsen fikk skutt ut tenner og et streifskudd i pannen. Han ble forsøkt likvidert av motstandsbevegelsen ved sitt hjem julen 1944, men slapp unna med mindre skader.