På grunn av den korte veien til Tyrkia, kom det i 2015-2016 mange flyktninger fra Syria til Samos. Det kom i perioder båter med flyktninger hver dag. På Samos ble de registrert og plassert i et lukket mottak, med piggtrådgjerde og vakthold, driftet av politiet og militæret. Innenfor gjerdene bodde de i telt under dårlige forhold. Flere av de internasjonale hjelpeorganisasjonene ga dem rent vann, mat, tepper og hygieneartikler.