Den første tiden gikk med til å rive ned de delene av ruinen som ikke skulle brukes igjen og den 15. november 1907 ble grunnstenen lagt. Deretter begynte murerarbeidet, men det betydde ikke at prosjektet var fastlagt. Dels kom det noen teknisk betingede endringer som f.eks. overdekningen av ruinene fra Københavns slott, oppføringen av en felles varmesentral og tilpasninger av trafikkforholdene. Men de mest synlige endringene kom fra Thorvald Jørgensen selv, hvor særlig tre beslutninger endret vesentlig på bygningens utseende. De karakteristiske buede fremspringene mot slottsplassen ble føyd til, fasadebekledningen ble endret fra puss til granitt og taket endret fra valmtak til mansardtak. Stilen endte med å bli mer utpreget nybarokk og bygningens tyngde og soliditet skulle understreke slottets betydning som rikets politiske midtpunkt.