Regen munner ut i Donau ved Regensburg. Elven er seilbar kun de siste 440 metrene. Like før munningen kommer Europakanalen inn fra høyre bredd. Kanalen har tatt av fra Donau to kilometer ovenfor. Det er kun strekningen mellom kanalmunningen og Regens munning i Donau ved Niebelungenbrücke som regnes som Bundeswasserstrasse, dvs nasjonal vannverts transportvei. Da målingen av Donau skjer fra munningen mot kilden, regnes Bundeswasserstrasse Regen fra 2379,24 til 2378,82 «Donaukilometer».