I anerkjennelse for hans tjeneste for kronen, ble Bourke først utnevnt til viseguvernør av det østlige distriktet i Kappkolonien før han etterfulgte Ralph Darling som guvernør i New South Wales i 1831. Bourke viste seg å være en dyktig, men kontroversiell, guvernør. Han var forferdet over de overdrevne straffene som ble gitt til straffangene og gav ut magistratsloven som begrenset dommen som en magistrat kunne gi til 50 piskeslag. Tidligere var det ingen grenser. Rasende magistrater og arbeidsgivere henvendte seg til kronen mot denne innblandingen i deres lovmessige rettigheter i frykt for at en reduksjon i straffene ville føre til mindre respekt hos straffangene.