I mellomtiden tenker Squall på personlige problemer, pågående hendelser, som for eksempel at Headmaster Cid utnevnte ham som SeeDs nye leder, og hans økende tiltrekning til Rinoa. Idet gruppen utforsker Trabia Gardens ruiner, får de vite at alle unntatt Rinoa ble oppdratt, sammen med Seifer og Ellone, i et barnehjem som ble ledet av Edea. Senere utviklet de amnesi på grunn av deres bruk av Guardian Forces. Det blir også avslørt at Cid og Edea etablerte Garden hovedsakelig for å bekjempe korrupte trollkvinner. Etter avsløringene kriger styrkene til Balamb Garden mot Galbadia-hæren, som henholdsvis blir ledet av Squall og Seifer, over barnehjemmet. Balamb bekjemper Galbadia, og spilleren får vite at Edea kun er et motvillig redskap som er blitt besatt av «Ultimecia», en mektig trollkvinne fra fremtiden som ønsker å presse tiden sammen inn i ett øyeblikk. Det er derfor hun leter etter Ellone. Edea taper en avgjørende kamp mot SeeD og etter det overfører Ultimecia sine krefter til Rinoa. Edea overlever, men Rinoa går inn i en koma. Squall blir besatt av å vekke henne og drar til Esthar for å finne Ellone, da han tror hun kan redde Rinoa.