Innsjøen er har en avlang form, i retning nord-sør. Den er 33 kilometer lang og opptil 14 kilometer bred, med et areal på . Den ligger 117 meter over havet. Innsjøen er grunn, med en største dybde på 5,4 meter. Den har en gjørmete bunn og myrlendte bredder, og fryser til fra november til mai. Flere elver renner inn i sjøen fra sør, hvorav den største er Svid som kommer fra innsjøen Vozje i Vologda oblast. Latsja har utløp mot nord gjennom elva Onega. Fem kilometer nedstrøms fra utløpet ligger den gamle byen Kargopol.