Emil ble i 1879 gift med Inga Marie Caroline Sundt (1853–1881) som var datter av fabrikkeier Johan Lauritz Sundt (1828–89) av Sundt (slekt) og Mathiane Trepka (1825–1901). Emil og Ingas datter Harriet Emilie von Trepka Rode (1880–1967) var gift med senere riksantikvar Harry Fett (1875–1962). Sønnen Johan Lauritz Sundt Rode (1881) ble overrettssakfører. Etter Ingas død i 1881 giftet Emil seg igjen i 1884 i Frankfurt am Main med sin svigerinnen Ragna Louise Drejer Sundt (1857–1909) som heller ikke ble gammel. De ble foreldre til idrettslederen Leif Sundt Rode (1885–1967). Emil og Ragna stiftet i 1909 «Doktor Emil Rode og hustru Ragna Rodes legat».