Etter dermed å ha blitt frarøvet sin eneste grunn til å holde maska i Konoha, ble Orochimaru mindre diskret med bortførelser og eksperimenter, noe som førte til at den tredje oppdaget hva han drev med. Orochimaru ga ham da muligheten til å drepe ham, noe den tredje ikke fikk seg til å gjøre. Orochimaru flyktet, men Jiraiya, som betraktet ham som en kjær venn, forsøkte å overtale ham til å bli i Konoha. Orochimaru avslo og vendte ryggen til Konoha for alltid, bærende på et dypt hat ovenfor sitt tidligere hjem.