Etter at tyskerne invaderte Norge i april 1940 tok Margaretakyrkans menighet med sogneprest Weebe i spissen ansvaret for å motta og distribuere hjelpesendinger fra Svenska Norgehjälpen. Weebe hadde svensk diplomatstatus, og dette lettet hans muligheter til å forestå hjelpearbeidet. Kirken ble også benyttet som serveringssted; mange tusen barn fikk hver dag utdelt sin porsjon «svenskesuppe». På hverdager kunne opptil syv tusen barn være innom for å spise suppe. Etter krigen fikk kirken forært nye kirkevinduer fra barna og deres familier som takk for bespisningen. Disse vinduene ble ødelagt under bombeattentatet i Regjeringskvartalet 22. juli 2011.