Den første menigheten ble etablert i Moss i 1877 med Herman Hundere som menighetsvalgt forstander (pastor). Prestene Paul Peter Wettergreen, som ordinerte Hundere ved opprettelsen, og Johan Storm Munch var også sentrale personer. Etableringen skyldtes langvarig misnøye med statskirkens kontroll, prestens autoritet og dominans, samt de tvungne ritualer skriftemål og trosbekjennelse ved konfirmasjon. I løpet av 1877 og 1878 ble det organisert likesinnede frimenigheter i Arendal, Halden, Risør, Kristiansand og Oslo. I 1878 møttes utsendinger fra menighetene hos Wettergreen i Arendal for å etablere Frikirken som et kirkesamfunn, og bestemte den synodiske kirkeordningen. De var inspirert av Den skotske frikirke, som brøt ut av Den skotske kirke i 1843. Viktige forutsetninger for opprettelsen av Frikirken var Dissenterloven av 1845 og opphevelsen av Konventikkelplakaten i 1842. I tillegg bidro vekkelsene ved Gustav Adolf Lammers og Gisle Johnson innenfor Lutherstiftelsen og Indremisjonen.