De første arkeologiske funnene i Prizren er datert til bronsealderen. Byen blir tradisjonelt forbundet med den romerske byen Theranda. Men nyere arkeologiske etterforskning viser at Suva Reka mest sannsynlig er Theranda. På 600-tallet bygget keiser Justinian av Det østromerske riket en rekke borger. Procopius nevner en borg med navnet Prizren i som en av dem.