Forberedelsene til Unionens felttog gikk ikke som smurt, og det virket som Halleck var mer bekymret for sitt forhold til øverstkommanderende George B. McClellan enn med å forstå at konføderasjonshæren var delt og kunne beseires. Han klarte heller ikke bli enig med sin kollega, Buell som nå var i Nashville, om en felles handlingskurs. Han sendte Grant opp Tennessee mens Buell ble værende i Nashville. 11. mars utnevnte Lincoln Halleck som øverstkommanderende for alle styrker fra Missouri-elva til Knoxville. Dermed var den hardt tiltrengte enheten i kommandoen oppnådd, og Halleck gav Buell ordre om å slutte seg til Grants styrker ved Pittsburg Landing ved Tennessee.