Byen har sitt nevn etter U.S. Armys fort som lå her og som inngikk i vernet ved det man kalte . Dette fortet bestofd fra 1842 til det ble nedlagt i 1853. Det var oppkalt etter general Winfield Scott. Den sivile bosetningen ble organisert kort etter: Nybyggere kjøpte de forlatte bygningene i 1855 og resten av stedet ble organisert i 1857.the buildings were purchased by local settlers at a government auction in 1855. The community of Fort Scott was laid out in 1857.