Kommisjonen ble opprettet i 1972, og president Kim Il-sung var dens selvskrevne formann frem til 1992. Kim Jong-il, som hadde blitt øverstkommanderende for Den koreanske folkearmé i 1991, overtok som formann i kommisjonen i 1993. I 1998 ble kommisjonen opphøyet til landets viktigste militære organ. Etter Kim Jong-ils død i desember 2011 ble lederposisjonen overført til hans sønn, Kim Jong-un, som tok tittelen «førsteformann». Våren 2012 ble Kim Jong-il erklært «evig formann» i kommisjonen og «evig generalsekretær» i Koreas arbeiderparti.