De første 747-100 ble bygd med seks vinduer på øvre dekk (tre på hver side) for å tilfredsstille salongområdene. Senere, da flyselskaper begynte å bruke øvre dekk for førsteklassepassasjerenes seter istedenfor salonger, tilbød Boeing en modifisert versjon med 10 vinduer. Noen ble ombygget med de nye modifikasjonene. -100 var utstyrt med Pratt & Whitney JT9D-3A motorer. Ingen transportversjoner ble utviklet av denne versjonen av Boeing, men noen 747-100 har likevel blitt ombygget til transportfly. Det første flyet var ferdig i 1969 og få år sener hadde SAS et fly i tjeneste. Totalt ble det bygget 167 fly.