Nanometer brukes for å måle ulike materialer helt nede på atomært nivå. Atomet med minst størrelse, heliumatomer, har en diameter på 0,14 nanometer. Et DNA-molekyl har en diameter på 2 nanometer. Dessuten er nanometer egnet som enhet for måling av bølgelengder av synlig lys, ultrafiolett stråling, gammastråler og annet. Synlig lys har en bølgelengde på litt under 400 til omkring 700 nm.