Mangel på fast blekk som skulle hindre valgfusk førte til at valget ble kontroversielt. Etter undersøkelser gjort av FN, erklærte den nasjonale valgkommisjonen Karzai som vinner 3. november, med 55,4% av stemmene. Dette tilsvarer 4,3 millioner av de totalt 8,1 millioner stemmene. Det er antatt at Karzai lurte til seg mellom 1 million og 1,5 millioner stemmer under valget.