På dette tidspunktet hadde han et vanskelig forhold til USAs daværende forsvarsminister William Cohen og forsvarssjef Hugh Shelton, noe som førte til en del rykter om at Clark ble tvunget til å pensjonere seg før tiden, til tross for at både han og forsvarsdepartementet uttalte at det kun var normal prosedyre som ledet til at han pensjonerte seg.