José Daniel Falla Robles gikk på i Bogotá fra 1964 til 1974. Deretter fullførte han utdannelse i ingeniørfag ved Universidad de los Andes i Bogotá. I 1982 tok han også mastergrad i bedriftsøkonomi. Etter å ha virket som ingeniør i noen år begynte han på San José-seminaret i Bogotá i 1987. Der studerte han filosofi fra 1987 til 1988 og katolsk teologi fra 1989 til 1992.