Mårhunden har 42 diploide kromosomer (2n = 42) og klassifiseres i gruppen andre canider, sammen med ørehund og grårever. Klassifiseringen er imidlertid omdiskutert. I øyeblikket (2006) anerkjennes seks underarter, men noen forskere har antydet at de to japanske underartene (gjerne kalt tanuki), og , kanskje utgjør en egen art. Dette fordi disse to underartene hadde færre kromosomer enn de kontinentale. De skiller seg dessuten også gjennom både fenotype og atferdsmessige forskjeller. Kromosomtaller for de to japanske underartene er imidlertid også omdiskutert, i det flere studier viser at det er 2n = 42.