Andre karakterer som er med i spillet er Meryl Silverburgh, Oberst Campbells niese og en helt fersk soldat stasjonert på Shadow Moses; Dr. Hal Emmerich, sjefsutvikleren av Metal Gear REX; og «Ninjaen», en mystisk kyborg-ninja som verken er Snakes venn eller fiende, men som jobber mot FOXHOUND.