I 1967 ble Vanimo hovedstaden i det som senere ble Sandaun-provinsen, den gang . De tidligste sporene etter bosetning finnes vest for Vanimo. De dateres til godt over ti tusen år gamle. Vanimo hadde økonomisk kontakt med Molukkene og Seram siden senest år 250 e.Kr. Havnen i Vanimo ble brukt som et landingssted for handelsekspedisjoner fra de indonesiske prinser og sultaner. De sendte ekspedisjoner langt inn i innlandet for å få tak i den ettertraktede paradisfuglfjæren. Slike jakt- og handelsekspedisjoner fortsatte til begynnelsen av 1900-tallet.