Saken om de omstridte territoriene som skulle ha blitt løst av grensekommisjonen, ble forverret i november 2006 ved et møte mellom landene og den internasjonale grensekommisjonen. Man hadde ønsket å stadfeste grensene ved hjelp av FNs kart over de omstridte territoriene, men dette ville ikke begge land gå med på, og dermed boikottet de møtet. Etiopia aksepterte ikke kjennelsen fra april 2002, og Eritrea ønsket at grensen skulle vært markert i forveien.