Fra arrestasjonen i 1941 satt Bandera i den tyske konsentrasjonsleiren Sachsenhausen til september 1944. Hans motstandere har likevel forsøkt å tillegge Bandera ansvaret for de overgrep som ble begått i Ukraina mot sivile fra det sovjetiske sikkerhetspolitiet NKVD (senere KGB), de tyske SS-Einsatzgruppen og OUN mens Bandera satt i konsentrasjonsleir.