Han har også skrevet en rekke artikler innenfor polarhistorie og vitenskapshistorie. Bones har vært professor ved instituttet siden 2016 og har etter dette vært sentral i to forskingsprosjekt lokalisert til UiT Norges arktiske universitet om Norges stilling under den andre verdskrigen ("In a World of Total War: Norway 1939-45" og "Den andre verdenskrig i nord"). Spesielle forskningsinteresser er Den kalde krigen, Andre verdenskrig og norsk utenrikspolitikks historie. Stian Bones har også arbeidet med Barentssamarbeidet og Norges forhold til Russland og Sovjetunionen.