Etter Munks egne opplysninger tjente han i sin ungdom som leiesoldat i Frankrike, sannsynligvis på hugenottisk side i en krig mot det katolske Spania. I Varberg oppdaget den daværende lensherren, Erik Rosenkrantz, Erik Munks talenter og tok ham med til Bergen, da Rosenkrantz senere ble lensherre i Bergenhus. I 1560 utnevnte Rosenkrantz ham til slottsfogd på Vardøhus, som på denne tid lå under Bergenhus len. I forbindelse med økende engelsk og nederlandsk handelstrafikk på Kvitsjøen var festningen mot pynten av Nordishavet i ferd med å bli en viktig bastion for å hevde dansk-norsk suverenitet over nordområdene, og hvor Munk både da og senere kom til å spille en sentral rolle.