Fra 20. april 1945 var Stumfpegger til stede i Førerbunkeren i Berlin. Han bodde der på to rom på det nedre nivået, i tilknytning til Hitlers private del av bunkeren. Han tok også hånd om andre i bunkeren; blant annet stelte han 28. april foten til Robert Ritter von Greim, som hadde blitt såret da han fløy inn til Berlin.