Fram til begynnelsen av 1970-tallet ble dårlig renset avløpsvann sluppet ut i Trehörningen. Forurensningen ble med til Magelungen via Ågestasjön og Norrån, og fosfornivået i Magelungen var svært høyt. Siden den gangen har verdiene av fosfor sunket kraftig, mengden planktonalger har blitt betydelig mindre, og siktdybden har økt. Innsjøens næringsinnhold er imidlertid fortsatt høyt, og blågrønne alger er vanlige på sommeren. Mot slutten av sommeren kan oksygenmangel forekomme i bunnvannet i den dype, sørøstlige delen av innsjøen. Verdiene av metaller, PAH og PCB er lave til moderate i hele Magelungen.