Mellom 1694 og 1697 skrev han også , som også først ble publisert i 1704. Boken, som muligens kan karakteriseres som Swifts mesterverk, er en allegorisk fabel, med flere underliggende lignelser bygget inn, men den handler først og fremst om tre sønner som arver hver sin jakke av sin far. Jakkene representerer Englands religiøse retninger, og satiren angrep religiøse ekstremister representert ved romersk katolisisme og kalvinisme. Selv om Swift var anglikaner, ble andre anglikanere opprørte, og dronningen tilgav ham aldri.