Laget kom til semifinalen i cupvinnercupen i 2005/2006-sesongen. Sesongen etter kom Gjerpen på tredjeplass i serien, ble slått ut i semifinalen i sluttspillet, og nådde kvartfinalen i cupvinnercupen. I 2008/2009-sesongen tapte laget igjen semifinalen i cupvinnercupen.