Jan van Riebeeck ba deretter om å bli overflyttet til Nederland, noe som ble innvilget. Han reiste via Batavia som han ankom på slutten av 1665. Ved ankomst ble han forfremmet til «sekretær for guvernør-generalen og de indiske rådene» (ned.: secretaris van de gouverneur-generaal en de raden van Indië) i Batavia. Dette er en av de mest ærerike posisjonene noen kan inneha i kompaniets tjeneste. Denne posisjonen bekledde han frem til han døde 18. januar 1677. 10. mars 1667 giftet han seg med Maria Scipio, i januar 1670 får de sønnen Joan.