Som sin far, var junior Cooke leder av , en fraksjon i Massachusetts som motsatte seg inngrep av kongelige embetsmenn i Kolonienes rettigheter nedfelt i Massachusetts Charter. Som sådan var han involvert i kontroversielle tvister med flere Koloniguvernører. Da Huset valgt Cooke som sin President i 1720, oppløste Governor' Samuel Shute Huset og innkalte til nye valg. Cooke og Huset insisterte på retten til å velge sin egen President til ingen nytte.