Hans far var kjøpmann Jens Nissen og hans mor hustru Anna Elisabeth, født Zoëga. Moren tilhørte en familie som ifølge familieoverleveringen nedstammet fra en italiensk adelsmann som flyktet fra Verona og i 1570 via Mecklenburg endte i Slesvig. Barndomshjemmet var fattig. Allerede som 12-årig kom han hjemmefra og ble opptatt i huset hos sin morbror, prost Zoëga i Møgeltønder. Noen år senere kom han i hjemmet hos en annen morbror Zoëga. Han kom i lære på generalpostkontoret i København, hvor morbroren var hovedkasserer. Samtidig lrste han til studentereksamen på Københavns Universitet.