Dareios fikk høre av Hippias at alkmaeonidene, en mektig athensk familie, var motstandere av Miltiades den yngre, som på den tiden var den fremste politikeren i Athen. Mens de ikke var klar for å hjelpe til med å gjeninnsette Hippias (de hadde hjulpet til med å fjerne ham), trodde de antagelig at en persisk seier var uunngåelig og ønsket å sikre seg en bedre posisjon i det nye politiske regimet som ville følge den persiske erobringen av Athen. Dareios ønsket å dra fordel av denne situasjonen, ved å erobre Athen, noe som ville isolere Sparta og, ved å gi ham de resterende grekerne i Egeerhavet, konsolidere hans kontroll over Jonia. For at atenerne skulle gjøre opprør, måtte to ting skje; befolkningen måtte oppmuntres til å gjøre opprør og den athenske hæren måtte forlate Athen slik at den ikke kunne knuse opprøret.