Men i 1999 utfordret han Benjamin Netanyahu som leder av Likud. Skjønt han bare oppnådde 18 prosent av stemmene, kalte n Netanyahu ham i januar 1999 til regjeringen igjen, som forsvarsminister, der han avløste Yitzhak Mordechai. Da Likud tapte valget i 1999, trakk Arens seg atter tilbake fra politikken.