Under den røde terroren våren og sommeren 1919 begynte bolsjevikene å ta kontroll over Kiev. Mange fra middelklassen og medlemmer av det gamle regimet ble tatt til fange, og flere ble skutt og drept. I frykt for sitt liv bestemte Vernadskij seg for å ta med familien til en forskningsstasjon i Starosele ved Dnipro, ikke langt fra byen Vysjhorod. De oppholdt seg der noen måneder, før de reiste videre til Krim. Her underviste han en tid ved universitetet i Simferopol, og da rektoren døde av tyfus i 1920, ble Vernadskij valgt til etterfølger. Han fikk snart beskjed om at bolsjevikene ønsket ham og familien til Moskva.