For de siste tiårene av sitt liv var Ramses II i det store og hele forkrøplet med åreforkalkning og gikk lut med en pukkelrygg, men en nyere undersøkelse utelukket Bekhterevs sykdom som en mulig årsak til faraos artritt. Et betydelig hull i faraos kjevebein ble oppdaget. Forskerne observerte "«en abscess (byll) ved hans tenner (som) var seriøs nok til å ha ført til død ved infeksjon, skjønt dette kan ikke bli bestemt med sikkerhet. Mikroskopisk undersøkelse av hårrøttene viste at den opprinnelige hårfargen var en gang rød, noe som tyder på at han kom fra en familie av rødhårete. Dette har mer enn kosmetisk betydning da folk med rødt hår i oldtidens Egypt ble assosiert med guden Set, den som drepte guden Osiris, og navnet på Ramses' far, Seti I, betyr «den som tilhører Set». Etter at Ramses' mumie kom tilbake til Egypt ble den besøkt av daværende president Anwar Sadat og hans hustru.