Messi debuterte for 16. oktober 2004 mot , da han kom inn for Deco etter 83 minutter. Han scoret sitt første mål for klubben i hjemmekampen mot Albacete 1. mai 2005. Til sammen ble det 7 kamper og 1 mål i ligaen den sesongen for Messi, samtidig som det ble ligagull.