Byen Jujuy ble grunnlagt i 1593 som et knutepunkt på ruta mellom San Miguel de Tucumán og sølvgruvene i Potosí, Bolivia. Byen hadde sin storhetstid i den spanske koloniperioden. Etter Argentinas uavhengighet i 1816 sank statusen og byen ble kun regnet som en provinshovedstad fjernt fra Buenos Aires.