To år etter at Dreyfus var blitt sendt til straffeleiren ble det klart at en annen fransk offiser var den skyldige, men at offiserer med høyere rang hadde underslått disse bevisene for å få Dreyfus dømt. I 1898 ble Dreyfus-saken behandlet i kassasjonsretten, som erklærte dommen ugyldig. Dreyfus fikk komme tilbake til Frankrike, men ble i 1899 funnet skyldig i en ny krigsrett. Dette vakte sterke reaksjoner, og han ble nesten umiddelbart benådet av republikkens president, Émile Loubet, og sluppet fri fra fengselet. Forfatteren Émile Zola bidro med sin berømte avisartikkel «J'accuse» (Jeg anklager) til at Dreyfus etter lang tid fikk oppreisning.