I 2015 inngikk Avinor avtale med Universitetet i Bergen (UiB) om overdragelse av Lønningen gård. Avtalen var en konsekvens av at Flesland lufthavn skulle bygges ut, og at lystgården dermed måtte flyttes. Avinor bekostet flyttingen; hele hovedbygningen ble demontert og midlertidig lagret på Frekhaug. Avtalen med UiB innebar at Avinor også skulle betale gjenreisningen på universitetets grunn, nærmere bestemt ved De botaniske hager på Milde i Fana bydel i Bergen. I tillegg til at hovedbygningen skulle gjenoppbygges på Milde, forpliktet Avinor seg til å anlegge et hageanlegg lik hagen på den opprinnelige Lønningen lystgård. Universitetet på sin side forpliktet seg til å ta vare på Lønningen lystgård i all overskuelig fremtid. UiBs forvaltningsansvar ble lagt til Universitetsmuseet. Lønningen lystgård skulle stå ferdig høsten 2017.