Heydrich styre av Riksprotektoratet var økonomisk effektivt og Tsjekkoslovakia sto til sammen for 10 % av industriproduksjonen under tysk kontroll. For å holde den viktige tsjekkiske våpenindustrien i gang, sørget Heydrich for at tsjekkiske arbeidere fikk like god behandling som tyske arbeidere blant annet i form av matrasjoner, tobakk, klær og ferie. Heydrich brukte kombinasjon av gulrot og pisk blant annet ved at arbeiderne i de tsjekkiske våpenfabrikkene fikk større matrasjoner og bedre lønn enn i tyske områder. Heydrich ga gjennom pressen samtidig klar beskjed om at rasjonene ville bli kuttet igjen om de ikke jobbet og holdt fred. Andre tiltak hadde til hensikt å splitte tsjekkerne og korrumpere noen av dem til samarbeid. Heydrich sørget for propaganda som angivelig viste de forferdelige levekårene i Sovjetunionen og dermed hvor heldige tsjekkerne var som ble reddet fra bolsjevismen av Wehrmacht. I november 1941 begynte han sensurere Háchas offentlige taler. Heydrich innsatte 19. januar 1942 en ny tsjekkisk regjering som var redusert til syv ministre som sto direkte ansvarlige overfor riksprotektoren. Statsrådet ledet av Jaroslav Krejčí hadde i praksis bare til oppgave å iverksette ordrer fra Heydrich. Walter Bretsch, minister for arbeid og økonomi, fungerte som Heydrichs informant: Bretsch snakket angivelig ikke tsjekkisk og regjeringen måtte bruke tysk.