Túpac Amaru II ble tatt til fange i 1781 og henrettet etter å ha sett henrettelsene familien sin og noen av kapteinene sine. Men de indianske opprørene fortsatte, ledet av broren Diego Christobal Túpac Amaru III. Samtidig ble det forbudt å identifisere seg som "inka." I 1782 ble det våpenhvile, som senere ble brutt, og Diego ble forvist fra Perú.