Før 2016-sesongen tok han over som hovedtrener i nettopp Start. I Pedersens første sesong rykket de ned fra Eliteserien. Året etter var de med i toppen av 1. divisjon, og laget lå på andreplass da Pedersen i september 2017 fikk sparken. Pedersen var kritisk til den sportslige ledelsen og uenig i begrunnelsen til at han fikk sparken da laget lå på opprykksplass med fem kamper igjen av sesongen.