Fylogenetikkens mål er å rekonstruere «livets tre» i størst mulig detalj. Man vil neppe få klarlagt samtlige forgreninger i livets tre. Grunnen til dette er at man må basere seg på evolusjonære forskjeller som har oppstått i artene mellom disse forgreningene. I tilfeller der det har gått forholdsvis kort tid mellom oppgreningene, kan det derfor være umulig å rekonstruere den nøyaktige rekkefølgen i etterkant.