Yousaf Raza Gillani ble arrestert 11. februar 2001 under mistanke fra National Accountability Bureau (NAB), regjeringens anti-korrupsjonsbyrå etablert i 1999, etter påstander om misbruk av autoritet mens han var president i nasjonalforsamlingen. Han ble anklaget for å ha leid inn så mange som 600 personer fra sitt valgdistrikt, og skaffet dem offentlige jobber. NAB hevdet at Gillani med dette sørget for tap på Rs 30 million årlig. Han ble dømt av en anti-korrupsjonsrett dannet av president Pervez Musharraf og tilbragte nesten seks år i fengsel.