I 1634 førte en eksplosjon i kruttfabrikk til at 22 mennesker ble drept og flere bygninger i Valletta ble ødelagt. Det var flere tusen muslimske fanger i Valletta på midten av 1700-tallet, som hadde betydelig frihet til å bevege seg og ta arbeid, selv arbeide som handelsmenn. I 1749 konspirerte muslimske fanger og slaver å drepe stormester Pinto og overta Valletta, men opprøret ble slått ned før det kom i gang da planene hadde lekket ut. Senere under sitt styre forskjønnet Pinto byen med barokkarkitektur, og mange betydningsfulle bygninger som Auberge de Castille ble modellert på nytt eller fullstendig ombygd i ny arkitektonisk stil.