I 1596 ble Praetorius fyrstelig hoffpredikant i Birstein ved Frankfurt am Main. Året etter ble han utnevnt til medlem av heksedomstolen. Under en prosess mot en kvinne protesterte han mot torturen og klarte å få prosessen avsluttet og kvinnen satt fri. Dette er det eneste kjente tilfelle man kjenner til hvor en geistlig krevde at torturen måtte stoppe midt i prosessen og lyktes med det.