Duchovny skapte kontrovers når det ble kjent at han var årsaken til at filmingen av ble flyttet fra Vancouver, Britisk Columbia til Los Angeles i 1998. Mange beboere i Vancouver ble opprørte over Duchovny på grunn av vitser i showet Conan O'Brien's om byen sitt regnfulle klima; han vitset med at «» Han uttalte også «». I den perioden der gikk på tv, gjorde han flere gjeste-opptredener i kult-serien , der han spilte seg selv, men la til en sterk homoseksuell tiltrekning til Larry Sanders. I den siste episoden av serien, utførte han en minneverdig parodi på Sharon Stone sin berømte naken-scene fra .