Mette Jacobsen startet med å svømme som 6-åring i Nakskov Svømmeklub på Lolland. Hun svømmet i Nakskov inntil hun i 2000 ble ansatt som idrettsambassadør i Farum og skiftet til Farum Svømmeklub. I 2003 skiftet hun til West Swim Esbjerg.