Trekket foregår først og fremst langs kysten av Østersjøen, Skagerrak og Nordsjøen, men også via store elvedaler og over fjelloverganger . Ijäs mfl. (2017) viste at trekket i Finland foregår i et ca. 10 km bredt belte langs kysten. Funn av trollflaggermus på øyer, båter, gass- og oljeinstallasjoner og gjenfunn av ringmerkede dyr har vist at trollflaggermus trekker regelmessig over Nordsjøen .