Lee ble profesjonell i 1992 etter at han vant det engelske amatørmesterskapet og har til sammen vunnet fire rankingturneringer, sist Welsh Open i 2006 hvor han slo regjerende verdensmester Shaun Murphy 9–4. Han har holdt seg rundt åttendeplass på verdensrankingen siden 1999 og var sesongen 2000/2001 rangert som nummer fem, som er hans beste plassering. Foran sesongen sesongen 2007/2008 er han rangert som nummer tretten. I januar 2008 spilte han seg frem til finalen i Masters, men tapte 3–10 for Mark Selby.