Jakob I fengslet dem på grunn av ekteskapet; han ble satt i Tower of London, og hun i Thomas Perrys hjem i Lambeth. De fikk en viss frihet, og flere brev mellom Arbella og kongen er bevart. Da kongen oppdaget at hun også skrev til Seymour bestemte han at hun skulle sendes til biskop William James av Durham, men da hun hevdet å være syk ble avreisen utsatt.