Omstendighetene rundt Bainbridges død er uklare. Etter at han døde under mysteriøse omstendigheter 14. juli 1514,falt mistanken på hans tjener Silvestro Gigli om at han skulle ha forgiftet ham. Richard Pace og John Clerk var blant dem som granske t saken. Gigli tilstod riktignok etterhvert, men han var blitt torturert.