De første kirkebyggene i Norge, trolig også i Bergen, var av tre. Bergens første steinkirke var Kristkirken på Holmen. I alt ble 18 steinkirker reist i Bergen i løpet av middelalderen; bare tre av disse står fortsatt (Mariakirken, Korskirken og Domkirken). Domkirken (tidligere kalt Olavskirken) er 150 meter fra Korskirken. Mange av kirkene i Bergen ble trolig reist i årene 1120-1180. Nikolaikirken kan ha blitt reist i tiden 1120-1130 og ble omtalt i forbindelse med hendelser i 1160. Det er kjent 33 kirker fra middelalderen. Mot slutten av middelalderen gikk flere av kirkene i Bergen ut av bruk, trolig gjaldt det Lavranskirken, Peterskirken, Columbakirken (Steinkirken), Nikolaikirken og Mikaelskirken. På 1500-tallet, blant annet i forbindelse med reformasjonen, ble mange kirker nedlagt og en del revet. På slutten av 1500-tallet var fire kirker i bruk i Bergen, to norske og to tyske. Nykirkens gjenreising i 1756 var det første vesentlige sognekirke oppført etter middelalderen.