Programmet eksisterte frem til det ble kjent offentlig i 1971, og dette var årsaken til noe av den hardeste kritikken som kom mot Hoover og FBI. COINTELPRO ble først brukt mot CPUSA og senere mot organisasjoner som Black Panter Party og Martin Luther King jr. sitt SCLC, Ku Klux Klan og andre. Metodene som ble brukt, var infiltrasjon, innbrudd, ulovlig overvåkning, planting av forfalskede dokumenter og ryktespredning om nøkkelmedlemmer av organisasjonene. Noen skribenter har hevdet at COINTELPRO-metodene også inkluderte vold og drap.