Etikprövningsmyndigheten har cirka 20 ansatte og 500 beslutningstagere. Beslutningene fattes av medlemmer med vitenskapelig kompetanse, men der er også medlemmer som ikke representerer forskning, men som er representanter for almene interesser. Medlemmene er fordelt på de seks regionkontorene. Arbeidet ledes av en direktør som holder til ved hovedkontoret i Uppsala.