Sentraliseringen av makten og utbredt korrupsjon førte til opprør og tapene av Kypros og Kyrenaika gjorde Ptolemaios XII Auletes' styre til et av de mest bedrøvelige i historien til det ptolemeiske kongedømmet. Da Auletes reiste til Roma med datteren Kleopatra grep Kleopatra VI Tryfaena tronen, men døde kort tid etterpå under mistenkelig omstendigheter. Det er antatt, om enn ikke bevist ved historiske kilder, at Berenike IV Epifaneia forgiftet henne for selv å kunne ha tronen alene. Uansett årsak, Berenike styrte alene fram til hennes far kom tilbake i 55 f.Kr. med romerske styrker, erobret Alexandria ved hjelp av den romerske general Aulus Gabinius og tok makten tilbake. Berenike ble fengslet og deretter henrettet kort tid etterpå. Hennes hode ble etter sigende sendt til den kongelige rett på ordre av hennes far. Kleopatra, nå 14 år gammel, ble gjort til medregent og stedfortreder av hennes far, skjønt hennes makt og myndighet på dette tidspunkt var antagelig meget begrenset.