Kibakis første regjering ble en balanse med en statsråd fra hvert av Kenyas 42 områder. Hans lederstil er veldig lite detaljorientert, mye ulikt sin forgjenger, som forsøkte å kontrollere alt fra sentrum. Kibakis lederstil ga de ulike statsrådene frihet til å styre sine respektive departementer, og introdusere svært nødvendige reformer, men i opposisjonen ble det snakk om at Kibaki-regjeringen var lite villig til å bekjempe korrupsjon. I 2015 stilles de første høy-profilerte personer i Kenya for retten anklaget for korrupsjon (Anglo-Leasing).