For 2006/2007-sesongen fikk han sjansen i Hamburg. Den 6. desember 2006 ble Berisha den første albaner som skåret i gruppespillet av Mesterligaen ved å skåre et mål mot CSKA Moskva på hjemmebane. Han spilte 12 andre kamper for laget denne sesongen, der han kom inn som innbytter 9 ganger.