Prešov eparki ble opprettet ved at de vestlige sognene av det rutensk-katolske eparkiet Mukatsjeve ble skilt ut som eget eparki i 1818. Eparkiet lå den gang i (Østerrike-)Ungarn. Etter første verdenskrig ble bispegrensene etter hvert tilpasset til de nye nasjonalstatene. Prešov eparki ble ansvarlig for hele Tsjekkoslovakia, mens de 21 tidligere sognene som fremdeles lå i Ungarn, ble skilt ut som eksarkatet Miskolc. Sistnevnte regnes nå som ungarsk-katolsk, hører altså til en annen katolsk særkirke. Prešov ble samtidig eksemptert (direkte underlagt paven) og dermed løst fra sin tidligere metropolitt, erkebiskopen av Eger.