Byen Fredrikstad ble grunnlagt i 1567, etter at Sarpsborg nok en gang var herjet og brent av svenskene tidligere samme år. Sarpsborg ble følgelig nedlagt og byens borgere fikk kongelig tillatelse av Fredrik II til å anlegge en ny by lenger vest, ved munningen av Glomma. Den nye byen fikk navnet etter kongen, og kirkegodset ble i 1575 overdratt den nye kirken i Fredrikstad.