Byen utgjøres av den sørlige spiss av Zamboangahalvøya, den store vestlige utløperen av øya Mindanao. Den er 676 km (365 nautiske mil) nordøst for Kota Kinabalu på Borneo i Malaysia, og 639 km (345 nautiske mil) fra Manado i Indonesia. Den er heller ikke langt fra stedet for den planlagte nye indonesiske hovedstaden på østlige Borneo.