Fjelljoen hekker i fjellet, men er ellers å finne langt til havs. Er det dårlig med smågnagere lar den gjerne være å hekke. Det er vanlig med to egg, som ruges ut av begge foreldrene. Ungene tas også vare på av begge foreldrene fram til de klarer seg på egen hånd – cirka 6 uker etter klekking. Fjelljoen er en fryktløs forsvarer av rede og unger.