Han gjorde seg hatet i Transilvania ved sine grusomheter, fremfor alt av sakserne, hvis rettigheter han forsøkte å innskrenke. Báthory forsøkte å støtte seg enn til tyrkerne, enn på den tysk-romerske keiser, og vant derigjennom ettervert mistro på begge hold. Den tyrkiske sultanen avsatte ham som hersker i Siebenbürgen, og hans rival til makten, Gábor Bethlen, ble valgt istedet av stenderne til fyrste i 1608. Fyrst Siegmund Rákóczi sørget så for at han trakk seg tilbake.