I 1930 fikk Clapham en stilling innenfor botanikk ved University of Oxford. Ved Oxford han jobbet tett sammen med Arthur Tansley. I 1944 forlot han Oxford for å overtal lederstillingen (Chair of Botany) ved University of Sheffield, hvor han ble til sin avgang i 1969. På Sheffield fungerte han som assisterende undervisningsdirektør fra 1954 til 1958, og som undervisningsdirektør fra 1956.