Ninn-Hansen var justisminister i Poul Schlüters regjeringer fra 1982 til 1989 og formann i Folketingets presidium i noen måneder i 1989. Han gikk av som justisminister på grunn av den såkalte tamilsaken, og i 1993 ble han skarpt kritisert av en offentlig granskningsrapport. Schlüter-regjeringen gikk av som følge av rapporten. I 1995 ble Ninn-Hansen stilt for riksrett og dømt til fire måneders fengsel for brudd på ministeransvarlighetsloven.