I 1839 ble Castilla utnevnt til krigsminister og finansminister under Agustín Gamarra. Ramón Castilla kjempet i konføderasjonskrigen, som varte fra 1836 til 1839, hvor han kjempet med de chilenske og argentinske styrkene mot Peru-Bolivia-konføderasjonen. Som finansminister var Castillo ansvarlig for Perus første innbringende bruk av guanoeksport. I mellomtiden hadde president Gamarra planer om å gjeninnlemme Bolivia i Peru, og i 1841 ledet han en invasjonshær til Bolivia. Gamarra endte opp med å bli beseiret og drept av José Balliviáns hær i slaget ved Ingavi, og Peru endte opp uten noen leder. I løpet av året var det forskjellige kamper blant caudilloene, som stadig erklærte seg som presidenter. Manuel Menéndez, da visepresident, tok over presidentembedet, men ble styrta i et statskupp ledet av Juan Crisótomo Torrico i 1842.