Den 16. februar 2024 rapporterte den russiske fengselsvesenet at Navalnyj var død, angivelig etter å ha mistet bevisstheten etter en spasertur. Ifølge fengselsmyndighetene ble Navalnyj forsøkt gjenopplivet uten resultat. Antony Blinken, USAs utenriksminister, kritiserte straks den russiske regjeringen for å ha forårsaket dødsfallet. President Joe Biden uttalte at president Putin er ansvarlig for dødsfallet. Storbritannias utenriksminister innkalte Russlands ambassadør og uttalte at den britiske regjeringen holder russiske myndigheter ansvarlige. CNNs kommentator skriver at russiske myndigheter åpenbart ikke tok vare på Navalnyj i fangenskap. Utenriksministrene i G7 krevde full redegjørelse for omstendighetene om dødsfallet. Iver B. Neumann tolker dødsfallet som en maktdemonstrasjon fra Putin. Russlands ambassadør til Norge ble kalt inn til utenriksdepartementet i forbindelse med Navalnyjs dødsfall. I april 2024 kom det frem at USAs etterretning mener Putin ikke beordret drap på Navalnyj.