Den 11. januar 2008 ble det klart at Škrtel var blitt Liverpool-spiller, og at han hadde signert en kontrakt på 4,5 år. Škrtel ble signert for £6.5 millioner, noe som gjorde ham til den dyreste forsvarsspilleren noensinne kjøpt av Liverpool. Škrtel blir også den første slovaken som spiller for Merseyside-laget. Etter at overgangen var et faktum sa Rafael Benitez om Škrtel, «» Škrtel vil spille med trøye nr 37 for Liverpool, et trøyenummer som tidligere er brukt av Jari Litmanen og Zak Whitbread.