Under stillehavskrigen under andre verdenskrig ble Malaya, Nord-Borneo, Sarawak og Singapore invadert og okkupert av Japan i over tre år. I denne perioden økte spenningen mellom etniske grupper i landet, og nasjonale følelser ble vekket. Britenes planer i etterkrigstiden om å forene hele Malaya som én kronkoloni strandet på motstand fra de etniske malayene. Malayene ønsket ikke å avsette de lokale fyrstene eller gi statsborgerskap til den kinesiske minoriteten. Den malayiske union ble grunnlagt i 1946 og besto av alle britiske områder i Malaya med unntak av Singapore, men denne ble oppløst allerede i 1948 og ble erstattet av Malayaføderasjonen, som gav makt tilbake til fyrstene under britisk beskyttelse.