Disiplineringen av straffangene var hard. Straffanger som ikke ville arbeide eller som nektet å følge ordre ble straffet med pisking, plassert i strengere oppbevaring (fotlenker) eller transportert til en strengere straffekoloni. Straffekoloniene i Port Arthur og Moreton Bay var strengere enn den i Sydney, og den på Norfolk Island var strengest av alle. De straffangene som oppførte seg bra, fikk til slutt en «ticket of leave» som gav dem en viss grad av frihet. De som fullførte sin straff eller ble benådet forble vanligvis i Australia som frie nybyggere og kunne selv motta straffanger som tjenere.