Kozani er et transportknutepunkt mellom Sentral-Makedonia, Thessalia og Epirus. Den nærmeste flyplassen er Kozanis nasjonale flyplass, kalt for «Filippos» (etter Filip II av Makedonia), som ligger 4 km fra byen, IATA-kode er KZI. Kozani er lokalisert i nærheten av motorvegen Egnatia som knytter kysten av Det joniske hav med Thessaloniki og den tyrkiske grense.