I serien skildres hverdagseventyrene til en ung jente kalt Yotsuba, hvor hun lærer om verdenen rundt seg sammen med faren sin. Serien er humoristisk, og tar utgangspunkt i Yotsubas egen barnslighet og uvitenhet. Flere av figurene i ble først introdusert i mangaen «Try! Try! Try!» i 1998. Navnet på serien kommer av navnene på de individuelle kapitlene i serien, som ofte følger mønsteret «Yotsuba & [noe]». I hvert kapittel opplever Yotsuba noe som har med kapitteltittelen å gjøre.