Alkmaionidene fikk komme tilbake til byen i 594 f.Kr. da statsmannen Solon var arkont. Under tyranniet til Peisistratos valgte Megakles å inngå allianse med denne ved å gifte bort datteren sin til ham, men Peisistratos holdt Megakles og alkmaionidene på armlengdes avstand ved å la være å gjøre denne datteren gravid. Megakles bidro således til at Peisistratos ble dømt til landsforvisning. Da Peisistratos kom tilbake og etablerte tyranniet for tredje gang i 546 f.Kr. ble alkmaionidene på sin side forvist. Til tross for dette var deres omdømme og aristokratiske forbindelser store, og Megakles greide å inngå en ny attraktiv allianse ved å gifte seg (for andre eller trede gang) med Agariste, datteren av tyrannen Kleisthenes av Sikyon. Med Agariste fikk han to sønner, Hippokrates og Kleisthenes, sistnevnte den store reformatoren det athenske demokrati. Hippokrates’ datter var Agariste, mor til statsmannen og hærføreren Perikles.