Jødiske slovaker ble utsatt for forfølgelse straks Republikken Slovakia var opprettet i mars 1939. I 1939 ble Vrba utvist fra gymnaset i Bratislava på grunn av jødeforfølgelser fra det antisemittiske og nazivennlige regimet i Republikken Slovakia. Han tok seg da arbeid og fortsatte skolearbeidet på egen hånd blant annet med fagene kjemi, engelsk og russisk.