Én av Missouris kildeelver, Jefferson River, utspringer i fjellene i det sørvestlige Montana, fire kilometer vest for Elkhorn ved det nordamerikanske kontinentale vannskille mellom Atlanteren og Stillehavet. En annen kildeelv, Madison River, kommer fra Yellowstone nasjonalpark i staten Wyoming. En tredje kildeelv er Gallatin River. De tre forener seg i Missouri Headwaters State Park syv kilometer nordøst for byen Three Forks i Montana og danner der elven Missouri.