Kurt Daluege rekrutterte ham i 1942 til sitt juridiske kontor i . Etter drapet på Reinhard Heydrich i 1942 ble Reinefarth med Daluege som var fungerende riksprotektor for Böhmen og Mähren til høsten 1943. Himmler utnevnte ham i januar 1944 til HSSPF for Warthegau og Reinefarth fikk dermed ansvar for anti-partisan arbeid; samtidig ble Reinefarth forfremmet til SS-Gruppenführer og generalløytnant i politiet. Reinefarth hadde ikke utdanning som offiser og var ikke politimann.