Habibullah var en relativt sekulær, reformvennlig hersker som prøvde å modernisere sitt land. Han arbeidet med å få vestlig medisin og annen teknologi til Afghanistan. I 1904 stiftet Habibullah Habiba-skolen samt et militærakademi. Han utga også den ukentlige avisen på persisk, som talte for reformer. Han innførte forskjellige lovreformer og fjernet mange av de hardeste straffene. Andre reformer var bl.a. å avvikle den undertrykkende etterretningsorganisasjonen som hans far innførte.