Forskningsfartøyet FF «Gunnerus», tilhører Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Forskningsfartøyet MK «Gunnerus», tilhørte Trondheim biologiske stasjon mellom 1920 og 1952. Gunnerus gate på Kalvskinnet i Trondheim. Biskop Gunnerus' gate i Oslo. Gunnerusbiblioteket – avdeling av NTNU Universitetsbiblioteket. Gunnerusmedaljen som deles ut av DKNVS. Gunnerusprisen i bærekraft, en internasjonal vitenskapelig pris, som deles ut av DKNVS og NTNU i fellesskap. Planteordenen Gunnerales Plantefamilien Gunnerusbladfamilien (Gunneraceae) Planteslekten . «Biskop Johan Ernst Gunnerus' rom» på Universitetet i Agder, i Henrik Wergelands hus på Campus Kristiansand. Databasen gunnerus.no som blant annet viser bilder, kart og manuskripter fra NTNU Universitetsbibliotekets samlinger.