Caspar Peucer var sønn av den velstående sorbiske håndsverker Gregor Peucer (født 12. mars 1497; død 25. februar 1560) og hans hustru Ottilie (født Simon; død 5. mai 1540) og allerede på den budissinske rådsskole oppviste han store evner. Deretter foreslo man for faren å sende ham til videre utdannelse, med nok pengemidler til at han kunne gå på høyskole. Faren sendte ham til gymnasiet i Goldberg, der han fikk en fremragende utdannelse hos Valentin Friedland. Friedland foreslo så at han burde fortsette i Wittenberg.