Johann Friedrich Agricola skrev selv hovedsakelig vokale verk, som oratorier, kantater, lieder, koralpreludier, forskjellige klaverstykker og italienske operaer. Her dreier det seg både om kirkemusikk og andre musikkformer. Komposisjonene viser en tydelig innflytelse fra Johann Adolf Hasse og Carl Heinrich Graun, og Agricola gjorde seg i større grad bemerket som organist og musikkteoretiker enn som komponist. Hans hovedverk er (på italiensk: ), Berlin 1757, en bearbeidelse av Pier Francesco Tosis .