En splittet ungarsk adel valgte etter nederlaget ved Mohács to konger samtidig, den ungarsk-tyske Johan Zápolya (1526–1540) og den østerrikske habsburgeren Ferdinand I (1527–1540). At de rivaliserende monarkene gikk til krig mot hverandre, svekket Ungarn ytterligere i kampen mot tyrkerne. Da tyrkerne erobret den viktige byen Buda i 1541, var Ungarn i praksis delt i tre. Den nordvestlige delen (dagens Slovakia, det vestlige Transdanubia, dagens Burgenland, det vestlige Kroatia og nordøstlige deler av dagens Ungarn) forble under habsburgernes styre og var i begynnelsen uavhengig, men ble etter hvert redusert til en provins under det det tysk-romerske rike. Den østerrikske delen av Ungarn gikk under det uformelle navnet Kongelige Ungarn. De habsburgske keiserne ble også kronet som konger av Ungarn.