Allerede før Khomeini hadde landet ved Teheran, var de første væpnede sammenstøtene i Kurdistan oppstått. Tre uker etter han ankom den iranske hovedstaden, brøt de første kampene ut mellom de kurdiske opposisjonelle og de iranske militære underordnet ledelse fra revolusjonære komiteer. På den kurdiske siden var opposisjonen delt, den islamistiske fraksjonen ledet av Ahmad Muftizadeh, KDPI-partiet ledet av Abdol-Rahman Qasemlu og den radikale fraksjonen ledet av Shaykh Ezz ad Din Husaini. Muftizadeh ville akseptere det nye regimets bestemmelser for Kurdistan, mens de to sistnevnte erklærte at de ønsket en utvidelse av Kurdistan til å inkludere alle områder befolket av kurdere med kurdisk som offisielt språk samt kurdisk dominans i de lokale myndighetene og statsorganene, blant dem sikkerhetsstyrkene, i en autonom republikk. Dette ville ikke Khomeini aksepterte.