Da de sovjetisk styrkene trakk seg tilbake etter den tyske invasjonen 22. juni drepte NKVD et stort antall fanger (kanskje flere tusen), til dels etter tortur blant annet i Rainiai nær Telšiai. Omtrent 10 % av ofrene for det sovjetiske styret var jødiske. De fleste kommunister og medhjelpere for NKVD var etnisk litauere.