De fleste beboerne på øynene i denne perioden var kristne, og med et lite antall jøder på Korfu, Zakynthos og enda færre på Kefallinia. Flertallet var gresk-ortodokse kristne, men det var et betydelig antall katolikker grunnet de dominerende århundrene under republikken Venezia, særlig på Korfu, Zakynthos og Kefallinia. Konstitusjonen av 1803 anerkjente den gresk-ortodokse som den dominerende troen, men slo fast at den romersk-katolske tro også var anerkjent og beskyttet. Konstitusjonen ga også i lovbestemmelse som definerte privilegiene til jødene som bodde i republikken.