Kroningene av storfyrsten av Litauen fant sted innenfor katedralens rammer, og den første kirkebygningen på dette stedet ble oppført av kong Mindaugas I av Litauen i 1251 og han fikk utnevnt en biskop. Men ble etter hans død i 1263 ble det omgjort til et hedensk tempel. Under restaureringen av katedralen, ble det avdekket et alter fra et antatt hedensk tempel og originalgulvet som ble lagt under kong Mindaugas på 1900-tallet ble det avdekket rester av en tidlig kvadratisk kirke med tre skip og massive strebepillarer under dagens strukturer. I tillegg har man også lokalisert restene etter katedralen som ble bygget i 1387.