Han ble utnevnt til erkebiskop av Manila den 21. januar 1974 av pave Paul VI, og ble kardinal i 1976. Dette var under president Marcos' stadig mer eneveldige styre. Kardinal Sin var slett ikke blant de første av Filippinenes katolske biskoper som hadde lest faresignalene. Biskopene i noen av nabobispedømmene fortvilte over at kardinalen såpass lenge hadde vennskapelige forbindelser med Marcos-familien. Men da han så fikk et klarere syn for regimets korrupsjon og maktbrynde ble han raskt en av Marcos' mest formidable motstandere.