I august 1524 ble Müntzer en av anførerne av den oppstand som senere ble kjent som Den tyske bondekrigen. Ett av hans kamprop var , alt er felles. Etter flukten fra Allstedt kom han til byen Mühlhausen i Thüringen. Han og hans assistent, den tidligere prest Heinrich Pfeiffer, benyttet seg av spenningene mellom byens håndverkere på den ene side og byrådet på den annen til å skrive de elleve såkalte «Mühlhausen-artiklene», som krevde at det eksisterende byråd ble oppløst og erstattet av et «evig råd» som var basert på den guddommelige rettferdighet og Guds ord.