Entitetens ordinære domstolssystem er i tre instanser: Høyesterett med 24 dommere, hvorav 10 bosniere, 10 kroater og 4 fra andre folkeslag. Dommerne oppnevnes på samme måte som i forfatningsdomstolen. Kanton-domstoler (). Dommerne i kanton-domstolene foreslås av en kantonskommisjon for dommervalg i samråd med den føderale kommisjon, og oppnevnes av kantonens folkevalgte forsamling. Kommunedomstoler (). Dommerne i disse domstolene foreslås av kantonskommisjonen, og oppnevnes av presidenten i kanton-domstolen i samråd med borgermesteren.