I andre ekteskap var han gift med Karen Henriksdatter Friis (1625–1695), som tilhørte adelsslekten Friis til Landvik og som var datter av godseier mm. Henrik Jacobsen Friis og Maren Engelsdatter, en datter av lagmann mm. i Skien Engel Jensen og Karen von Ansbach, som igjen var datter av Jørgen von Ansbach. Datteren Ingerid Corneliusdatter Trinepol (1632–1694) var gift med sogneprest i Hjartdal Povel Pedersson Paus (1625–1682), og Cornelius Trinepol er oppkalt blant deres etterkommere frem til vår tid. Cornelius Trinepols mest berømte etterkommer er Henrik Ibsen, hvis mor Marichen Cornelia Martine Altenburg var oppkalt etter Cornelius Trinepol (dvs. etter sin morfar Cornelius Paus, som hadde navnet fra farfaren Cornelius Paus, som hadde navnet fra morfaren Trinepol).