Lindholm har publisert mer enn 70 fagartikler og -rapporter, samt 150 artikler om populærvitenskapelige emner. Han har utgitt fire bøker, blant annet bøkene (1996), (2012), (2021) og (2022), der innbrakte ham Bokhandelens fagbokpris. ble godt mottatt i pressen og norske fagblader, men møtte kritikk fra professor Glenn-Peter Sætre og arkeolog Håvard Hegdal som mente at Lindholm drev en kritikkverdig sammenblanding av biologi og ideologi. I 2021 utga han fagboka .