Av hans mest kjente verk kan nevnes "Setesdalsloft" malt i 1878 (NM) "Setesdalsstue, Kveste i Valle" malt i 1866 (NM) og "Syrinbusk i Morgensol" malt i 1881 (NM). Blant kjente verk fra Sørlandet kan nevnes "Tidlig vår i Holskogen" fra 1892, flere "Brandbilleder fra Christianssand" malt etter den store bybrannen i Kristiansand i 1892. (4 av disse i SKMU). Det er flere gode landskapsbilder fra området Kristiansand-Søgne-Mandal, bl.a. "Fra Venemyr" malt i 1885. Isaachsen er også kjent for historiske bilder og portretter, samt landskap og folkelivsmotiver fra Setesdal, Kjos og Kristiansand.