Da Spania hadde tapt den spansk-amerikanske krig, begynte Polavieja å overveie et militærkupp., men general Valeriano Weyler og dronningregenten klarte å forhindre det. Polavieja offentliggjorde den 1. september 1898 forslag for reformer av jordbruket, militæret, det regionale og provinsielle styre, og av rettsvesenet. Han anbefalte administrativ desentralisering av Catalonia. I mars 1899 lot han seg noe motvillig utnevne til krigsminister for regjeringen Silvela, men gikk av allerede den 30. september i protest mot finansminister Fernandez Villaverdez kutt i militærbudsjettet. Han hadde heller ikke lykkes å få parlamentet til å få slutt på de spesielle unntak som ble gitt ved innkalling til militærtjeneste. Derimot fikk han til en viss grad innført en politikk som etterhvert fikk bukt med offisersoverskuddet i hæren. Han forordnet at bare halvparten av de offisersstillinger som etterhvert ble ledige, skulle besettes med nyutnevnte.