Thomsen etterlot seg ved sin død i 1865 en innstilling om at Herbsts burde utnevnes til hans etterfølger ved museet for de nordiske oldsaker, men stillingen ble slått sammen med de direktørpostene som Jens Jacob Asmussen Worsaae hadde. Etter Worsaaes død i 1885 ble Herbst konstituert i dennes embetet. Han ble utnevnt av kongen i 1887.