Etter 3.-plass i 2008 var Tromsø IL tilbake i Europacupspill i 2009. TIL slo ut FK Dinamo Minsk etter 0–0 i bortekampen og 4–1 hjemme. I neste runde slo TIL ut NK Slaven Belupo (2–1 og 2–0). I neste runde var Athletic Bilbao motstander. TIL ledet 2–1 i Bilbao, men to raske mål fra Bilbao førte til et knepent 2–3-tap. Hjemmekampen endte 1–1. Bilbao gikk dermed videre med 4–3 sammenlagt.