Aibugirsjøen, en mindre, sørvestlig del av sjøen ble fraskilt allerede før 1960. Øya Kokaral i nord var før 1960 Aralsjøens største øy, men ble på slutten av 1960-tallet landfast i vest og på slutten av 1989 også i øst, og Aralsjøen ble dermed delt i to separate innsjøer, (eller Lille Aral) og (Store Aral). I 1990 hadde Sør-Aral ennå en overflate på rundt 33 000 km², mens Nord-Aral da lå på 3000 km². En kanal ble gravet for å knytte dem sammen igjen, men kanalen ble tørrlagt i 1999 ettersom de to sjøene fortsatte å krympe.