Kim Yong-chun kom tilbake i 1990-årene, da han ble forfremmet til general. I 1995, etter at O Jin-u døde, ble han forfremmet til visemarskalk, og satt som generalstabssjef 1995–2007. Han ble viseformann i Den nasjonale forsvarskommisjon i 2007, medlem av Den øverste folkeforsamlingen i 2009 og medlem av Arbeiderpartiets politbyrå i 2010.