Etter å ha blitt valgt til biskop av Regensburg den 18. januar 1769 og utnevnt av pave Klemens XIV den 12. juni 1769, ble han ordinert til biskop i Regensburg den 17. september 1769. Denne ordinasjonen ble foretatt av hans bror, biskop Franz Karl Joseph von Fugger-Glött. Utnevnelsen hans hadde også talsmenn blant de bayerske wittelsbacherne.