Under hans tid som ordensgeneral ble stridighetene med jansenistiske teologer mer og mer innbitt og tilspisset, særlig i Frankrike, der den franske vitenskapsmann, filosof og jansenisttilhenger Blaise Pascal ledet angrepene mot jesuittene, jamfør hans skriv fra 1656. Allerede to år tidligere hadde pater Nickel i skriv til sine provinsialer formanet dem til å forhindre i de bøker de publikasjonstillatelse til - dette fornyet han i 1658; «La intet forandres av de forordninger som ble fitt av min forgjenger» (20. april 1658).