Det er først og fremst mudderflatene som er viktig. 31 hekkefuglarter blir regelmessig overvåket, og fem av disse utgjør mer en enn fjerdedel av bestanden i Europa. Den viktigste hekkende fuglen er hettemåke med mer enn 150.000 par, gråmåke med nesten 80.000 fugler, av denne arten hekker mer enn en firedel av den nordvesteuropeiske bestanden i Vadehavet. Andre viktige hekkearter er skjestork (831 hekkende par), avosett (10.170), hvitbrystlo (340), sandterne (56), splitterne (17.172) og dvergterne (1.099). Dverg- og splitterne er kategorisert som sterkt truet på IUCN (verdens naturvernunion) sin rødliste, det samme gjelder jordugle, som innimellom også opptrer ved Vadehavet. Sandterne er kritisk truet, det gjelder også tre ytterligere arter – som Vadehavet riktignok er av mindre betydning for – steinvender, brushane og myrsnipe.