Siden 2013 har St. Lukas diagnostisert og behandlet pasienter med borreliose basert på retningslinjene til organisasjonen International Lyme and Associated Diseases Society (ILADS) hvor Dr. Majdyło også er medlem. Disse retningslinjene er i strid med den vitenskapelige konsensus som danner grunnlaget for offisielt anbefalt behandling i de fleste lands helsevesen. Pasientene får stilt borreliadiagnose gjennom testmetoder som ikke er vitenskapelig anerkjente grunnet høy andel av falske positiver, og ofte hevdes flåttbittet å ha inntruffet langt tilbake i tid eller at pasienten ikke kan huske å ha blitt bitt av flått. De fleste pasienter settes på langvarig antibiotikabehandling, i mange tilfeller for mer enn ett år. Det finnes ikke vitenskapelig dokumentasjon for at dette er mer effektivt enn standard antibiotikabehandling, og er derimot dokumentert å medføre betydelig helsefare. Behandlingen tiltrekker seg i hovedsak pasienter som det offentlige helsevesenet ikke mener har borreliose, eller som har gått gjennom standard behandling for borreliose og mener seg fortsatt syke. Behandlingene frarådes av det offentlige helsevesenet i Polen som for øvrig benytter samme metoder for diagnostikk og behandling som andre vestlige land. Den norske borrelia-spesialisten Per Harald Bjark har karakterisert behandlingen ved St. Lukas som «helt hinsides all etablert og forsvarlig behandling». Også fra polske eksperter har det kommet skarp kritikk av diagnostikk og behandling som utføres av klinikken.