Portugal ble et litt større problem. Napoléon hadde lenge stått fast i Spania. Han hadde prøvd å påvirke Spania ved å få både Karl IV og hans sønn Ferdinand til å slutte å kjempe mot hverandre og i stedet overlate tronen til Napoléons bror Joseph Bonaparte. Imidlertid gikk ikke det som ønsket for Napoléon, da resten av Spania foraktet ham. Dette førte til den spanske selvstendighetskrigen, der geriljakrig ble brukt av spanjolene. Britene sendte en ekspedisjon til Portugal for å støtte opprøret. Etter at flere franske generaler overga seg, skapte dette en tro på at Napoléon kunne beseires, og anti-franske bevegelser spredte seg til hele det tysktalende Europa.