På skafottet holdt han en kort tale, at han var kommet for å dø og ikke for å rettferdiggjøre seg. Av hensyn til sin familie måtte han først og fremst tilbakevise anklagen om kjetteri. Før henrettelsen sa han derfor: «Jeg tror på lovene fastlagt av den katolske kirke.» Dette var noe enhver moderat protestant kunne si, og hensikten var å skape avstand til gjendøperne som stod bak det skremmende Münster-opprøret som tillot polygami og vold mot enhver som ikke tilhørte gjendøpernes sekt. Cromwell avsluttet med en bønn for kongen og hans sønn, og noe ironisk, «for kongens noble råd». Thomas Wyatt stilte seg demonstrativt helt fremme ved skafottet; Cromwell snudde ham rundt og sa: «Milde Wyatt, be for meg.» Bøddelen skal ha brukt tre hugg for å skille hodet fra kroppen. Etter henrettelsen ble hodet lagt i kokende saltvann og satt på en stake på London Bridge, med ansiktet vendt vekk fra City of London. Den samtidige krønikeskriveren Edward Hall skrev at Cromwell viste stor selvkontroll da bøddelen feilet. Samme dag giftet kong Henrik seg med sin femte kone, Catherine Howard. Dette holdt han likevel hemmelig for befolkningen frem til 8. august.