De tidligste innbyggerne i det som nå er Rwanda var twa, en gruppe pygméfolk som bosatte seg i området mellom 8000 f.Kr. og 3000 f.Kr., og som fremdeles er bosatt i landet i dag. Mellom 700 f.Kr. og 1500 e.Kr. migrerte en rekke bantugrupper til Rwanda, og begynte å rydde skog for å drive jordbruk. Det finnes flere teorier om bantuenes opprinnelse: en teori er at de første bosetterne var hutuer, mens tutsiene kom senere og dannet en annen rasegruppe, muligens av kusjittisk opprinnelse. En annen teori er at migrasjonen var langsom og jevn fra naboområdene, og at folkegruppene som migrerte dit hadde stor genetisk likhet med de som allerede hadde etablert seg, og at de integrerte seg i stedet for å ta over det eksisterende samfunnet. Ifølge denne teorien oppstod skillet mellom hutuer og tutsier senere og var ikke et rasemessig skille, men hovedsakelig et klasse- eller kasteskille der tutsiene drev med storfehold mens hutuene drev med jordbruk. Hutuene, tutsiene og twaene i Rwanda deler samme språk (kinyarwanda) og kultur og er sammen ofte omtalt som .