Valg av statsoverhode skjer i henhold til loven om presidentvalg fra 1996. Fra 1996 er presidenten indirekte valgt av Riigikogu. Valgperioden er fem år. Det er bare mulig med to sammenhengende perioder. Det kreves to tredels flertall for å bli valgt. Dersom det etter tre forsøk ikke er to tredels flertall for en kandidat, velger en valgforsamling bestående av medlemmene i Riigikogu og representanter valgt av kommunestyrene presidenten mellom de to som fikk flest stemmer i siste valgomgang i Riigikogu.