Japanskættede Francis Fukuyama ble født i bydelen Hyde Park i Chicago. Farfaren flyktet fra den russisk-japanske krig til Los Angeles i 1905, og drev en forretning frem til han ble internert som følge av angrepet på Pearl Harbor under den andre verdenskrig. Faren, Yoshio Fukuyama (1921–1995), unnslapp interneringen, og utdannet seg til protestantisk prest. Han tok deretter doktorgrad i sosiologi ved University of Chicago, hvor han underviste i teologi. Moren, Toshiko Kawata Fukuyama, ble født i Kyoto i Japan som datter av Shiro Kawata, grunnlegger av Det økonomiske fakultet ved Kyotos universitet og første rektor ved Osaka bys universitet. Francis Fukuyama vokste opp som enebarn på Manhattan i New York, hadde liten kontakt med japansk kultur, og lærte aldri japansk. Fra 1967 var familien bosatt i nærheten av Pennsylvania State University.