Eichmanns spesialkommando var formelt underlagt Otto Winkelmann, Höherer SS- und Polizeiführer (HSSPF) for Ungarn. I jødesaker fikk Eichmann ikke instrukser fra Veesenmayer eller Winkelmann, men direkte fra Himmler og Kaltenbrunner eller fra Heinrich Müller i Gestapo. Eichmann orienterte ikke Veesenmayer eller Winkelmann om ordrene han fikk. Det foregikk tautrekking mellom de tyske representantene i Ungarn og Hitler hadde kort tid etter okkupasjonen holdt et langt møte med Himmler, Ribbentrop og Veesenmayer for å avklare ansvarsforholdene i Ungarn. Veesenmayer var lojal mot den overordnede tyske jødepolitikken, men tok ikke instrukser fra Himmler. Ribbentrop advarte Veesenmayer om at Himmlers Sicherheitsdienst (SD) ville blande seg inn i Veesenmayers ansvarsområde. I stridsspørsmål støttet Veesenmayer seg til instrukser fra utenriksdepartementet og ikke fra Schutzstaffel (SS).