I 2005, 34 år gammel, tiltrådte han som guvernør i Missouri, etter å ha vunnet guvernørvalget med demokraten Claire McCaskill som motkandidat. Blunts politikk handlet for en stor del om å fremme delstatens næringsliv og en offentlig sparepolitikk. Det republikanske flertallet i delstatsforsamlingen stilte seg bak de fleste av Blunts lovforslag. Blunt stilte, til manges overraskelse, ikke til gjenvalg som guvernør i 2008.