Dandolo var aktiv nok til å delta i en kampanje mot bulgarerne, men døde i 1205. Han ble begravd i Hagia Sofia i Konstantinopel, antakelig i det øvre Østre Galleriet. I det 19. århundre plasserte en italiensk restaureringsgruppe en markør som er synlig den dag i dag, nær den sannsynlige plasseringen for graven hans. Markøren blir ofte tatt for å være den faktiske gravmarkøren for dogens grav, men denne ble sannsynligvis ødelagt da tyrkerne inntok Konstantinopel i 1453.