Ved slutten av 1000-tallet vokste byen meget raskt. Det ble blant annet anlagt ei steinkirke ved St. Olavs gravplass, hvor Nidarosdomen ligger i dag. Det ble også anlagt bro over elva omtrent der hvor dagens Elgeseter bru ligger. I 1219 opplevde Trondheim den første kjente bybrannen, og noen år senere, i 1295, ble store deler av byen lagt i aske av en annen brann.