Døperen Wilhelm Reublin kom til Waldshut i 1525 etter å ha blitt fordrevet fra Zürich. Reublin døpte i april Hubmaier og tre andre. I de følgende dagene lot flertallet av Waldshuts innbyggere seg døpe (gjendøpe). Waldshut ble med andre ord den første og eneste døper-folkekirke. Denne folkekirkes levetid ble kort. Den blomstret så lenge den var beskyttet av bondekrigen i den for bøndene seierrike fase. Da fyrstene på forsommeren 1525 igjen fikk overtaket, betød det også at de keiserlige myndighetene langsomt, men sikkert kunne ta kvelertak på døper-folkekirken i Waldshut.