Fram til moderne tid har Alonissos vært plaget med angrep fra pirater da hele området i Sporadene var ideelle, både for angrep og for å holde seg skjult. Trusselen fra angrep fikk de opprinnelige bosetterne på øya til å oppgi sine hjem ved kysten og trakk innover på øya til små festninger og bygdeborger. Kokkinokastro ble oppgitt av denne grunn, men hadde spilt en betydelig rolle i utviklingen av handelen.