Han reiste tilbake til Tyskland i 1946 for å medvirke ved Legeprosessen. Alexander opptrådte som ekspertvitne blant annet 20. desember 1946 og viste for retten arr og varige men overlevende hadde fått etter eksperimenter. Alexander hadde på forhånd undersøkte skadene nøye og tatt detaljerte notater. Alexander briefet aktoratet om hva som ville bli presentert. De tiltalte var Alexanders tidligere kollegaer fra hans tid i Tyskland.