I 1957 fikk han permisjon for å studere og begynte å studere humaniora ved Hebrew University of Jerusalem. I 1960 ble han sjef for treningsavdelingen i generalstaben og ble forfremmet til generalmajor i oktober 1961. Fra 1962 til 1965 hadde Zamir sin siste militære kommandopost som sjef for tropper i det sørlige Israel.