Et sted i øst hadde burgunderne blitt kristnet av den arianske formen av kristendommen, noe som igjen skulle føre til konflikter med burgunderne og det katolske vestromerriket. Splittelsen ble øyensynlig leget en gang rundt år 500, skjønt en av de siste burgunderkongene, Gundobad, opprettholdt et nært personlig vennskap med Avitus, den katolske biskop av Vienne. Dessuten, Gundobads sønn og etterfølger, Sigismund av Burgund, var selv katolikk, og det er bevis at mange burgunderne hadde konvertert på denne tiden, blant annet mange av kvinnene i den kongelige familien.