Brees suksess i college ledet til at det ble forventet at han ble plukket opp midt i eller mot slutten av første runde i NFLs draft i 2001, men der var bekymringer med tanke på hans relativt lille størrelse for en quarterback (), manglende armstyrke og en antagelse at hans suksess ikke kom til å overføres til NFL fra college football. Brees var den andre quarterbacken, bak Michael Vick fra Virginia Tech, til å bli plukket opp i draftet, da han ble valgt av San Diego Chargers som første pick i andre runde, #32 totalt. San Diego hadde originalt første pick i draftet, men byttet det til Atlanta Falcons (som draftet Vick) mot deres pick i femte runde; San Diego brukte det til å plukke opp LaDainian Tomlinson.