Saban ble deretter hovedtrener for Western Illinois University i 1957, hvor han brukte kort tid på å bygge opp et vellykket lag. Western Illinois Leathernecks avsluttet 1958-sesongen 6–1–1, og fulgte det opp med en ubeseiret 9–0-sesong i 1959, da Saban også var assistent under Otto Graham i College All-Star Game. Med et sammenlagtresultat på 20–5–1 over tre år som hovedtrener begynte profesjonelle lag å bli interessert i Saban, og Boston Patriots i den nye ligaen American Football League (AFL) ansatte ham som hovedtrener før begynnelsen av ligaens første sesong i 1960.