I 1931 havnet Merton hos sin gudfar Thomas Izod Bennett, som var kirurg i London. I 1933 var han en kortere tid immatrikulert ved universitetet i Cambridge. Så flyttet han til gesteforeldrene i New York, og vinteren 1935 studerte han journalistikk ved Columbia University i New York City. I studietiden skrev han for litteraturtidsskriftet og humortidsskriftet . Han festet, gikk mye på kino og betraktet seg selv som ateist. Han avsluttet studiene i 1939 med mastergrad i engelsk litteratur med et arbeid om dikteren og maleren William Blake.