I 1846–1871 var Monrad sogneprest i flere omganger, blant annet i Vester Ulslev på Lolland fra 1846 til 1849. Dette var mens han arbeidet med utformningen av Grunnloven. Han var også biskop for Lolland-Falster Stift fra 1849 til 1854, men ble avsatt etter initiativ av den konservative statsministeren Anders Sandøe Ørsted. Ørsted var en politisk motstander av Monrad. Bakgrunnen for avskjedigelsen var Monrads stadig innsendte petisjoner med kritikk av regjeringen. På dette tidspunkt skal Monrad ha vært oppstemt og uforutsigbar med stadig skiftende meninger. Etter avskjeden ble han tildelt en ledende stilling som skoledirektør.