Schotte trådte inn i Scheut-misjonærenes orden, og studerte i Leuven og Washington D.C. Han hadde sentrale verv i sin orden, men ble i 1980 tilknyttet Den romerske kurie som sekretær for Den pavelige kommisjon "Iustitia et Pax". Han ble bispeviet og utnevnt til visepresident for "Iustitia et Pax" i 1983, men ble to år etter utnevnt til generalsekretær for Bispesynoden, et koordineringsverv utenfor Den romerske kurie som sådan, men likevel nært tilknyttet Vatikanet.