Mowinckel var blitt formann i Bergen Venstreforening i 1899, og samme år ble han også valgt inn i Bergen bystyre. Her ble han sittende i 19 år. I 1902 etterfulgte han Christian Michelsen som ordfører. Han var Bergens ordfører under unionsoppløsningen i 1905 og beholdt vervet til han tok plass på Stortinget i 1907.