I månedene som fulgte, ble flere tusener fanget og ført til Babij Jar for å bli skutt. Det er estimert at over 100 000 beboere fra Kyiv av alle etniske grupper, de fleste sivile, ble drept av nazistene under den andre verdenskrig. En sovjetisk undersøkelseskommisjon ble nedsatt like etter at Kyiv var tilbakeerobret i november 1943, for å undersøke hva som var skjedd. Et kvinnelig vitne, S.B. Berljand, fortalte at hun så førti lastebiler ankomme kløften en septemberdag. Hver lastebil var full av jøder, voksne og barn, og ca femten meter fra kløftens begynnelse gav tyskerne jødene ordre om å kle av seg og løpe langs kanten av kløften, mens de skjøt dem med maskingevær. 4a begikk mordene, hjulpet og oppmuntret av to lokale politibataljoner. Noen av jødene som ble skutt og falt ned i ravinen, var fortsatt i live. Tyskerne kastet likevel jord over. Man kunne se jorden bevege seg, fordi folk fremdeles var i live under den.