Under tiden i eksil begynte Beneš tidlig å legge planer for etterkrigstiden, herunder fjerning av sudettyskerne fra landet. I oktober 1939 sendte professor Zdeněk Peška et notat til London med forslag om befolkningsutveksling. Peška anbefalte at alle etnisk tyske borgere som ikke kunne bevise at de hadde vært lojale mot Tsjekkoslovakia skulle fjernes fra landet. Beneš gikk inn for denne planen, men måtte balansere hevnlysten hjemme mot britenes og amerikanernes reservasjoner.