Etter at revolusjon brøt ut i Frankrike ble han bedt om å danne en kongregasjon for franske anliggender, sammen med kardinalene Vitaliano Borromeo, Leonardo Antonelli, Filippo Campanelli, Guglielmo Pallotta og Gregorio Salviati. Denne undersøkte den situasjon som oppstov ved promulgasjonen av (sivilkonstitusjonen for kleresiet), og tilrådet paven å komme med klare mottiltak. Under franskmennenes første okkupasjon av Roma under den kortlivede romerske republikk ble Albani og hans slektninger truet med fengsel av general Louis-Alexandre Berthier. Kardinal Albani flyktet i februar 1798 fra Roma og skjulte seg i noen tid i klosteret Casamari; derfra dro han i juli 1798 til Napoli. Da de franske styrker inntok Roma, ødela og plyndret de kardinalens villa og beslagla hans eiendom. Albani forble for en tid i Napoli, og tok så imot kardinal Jean-Siffrein Maurys innbydelse til å komme til Venezia.