I 1657 og 1658 ledet de Ruyter aksjoner mot Portugal, og i 1659 hadde han kommandoen over en hjelpeflåte som skulle assistere admiral-løytnant Jacob van Wassenaer Obdam. Van Wassenaer Obdam var blitt sendt til Østersjøen i 1658 for å hjelpe danskene mot den svenske aggresjonen og i tillegg beskytte handelen i Østersjøområdet. 8. november stod det blodige slaget i Øresund som ble vunnet av den nederlandske flåten og København ble befridd. Svenskene var ikke overvunnet, og Staaten-Generaal bestemte seg for å fortsette å støtte danskene. De Ruyter fikk kommandoen over en ny flåte og befridde byen Nyborg på Fyn i 1659. Som takk for dette ble han adlet av kong Frederik III av Danmark, og fikk også rett til å handle med Norge. Han opprettet i 1660 handelskompaniet «Noordkaapse Compagnie» som blant annet drev med hvalfangst frem til 1664.