Det er to teorier om opphavet til hutuene og tutsiene. Den ene er at de er to forskjellige folkeslag, mens den andre er at de opprinnelig var ett folkeslag, som siden har blitt delt på en kunstig måte gjennom en inndeling i to kaster. Nyere genetiske undersøkelser har vist at tutsier har et større genetisk innslag fra nilosahariske folk (14,9 %) enn hutuer (4,3 %).