I 1991, ved oppløsningen av Sovjetunionen, flyttet Taagepera tilbake til Estland. Han ble dekan ved Universitetet i Tartu og ledet etableringen av nye samfunnsvitenskapelige utdannelser. Han var professor fra 1994 til 1998. Taageperas studier av valg og partisystemer er, ikke upåvirket av hans bakgrunn som fysiker, sterkt kvantitativt orientert. Han har også studert estisk historie, politikk og kultur og tatt et mer personlig og normativt ståsted.