Haydn vurderte å slå seg ned for godt og bli engelsk statsborger, men vendte likevel tilbake til Wien. I 1793 kjøpte han et hus i forstaden Gumpendorf syd for Wien. Der skapte han de to oratoriene og , seks messer for Esterházy-familien, som igjen hadde fått en musikkinteressert prins. Haydn komponerte også de to siste av en lang rekke strykekvartetter, blant annet «Keiserkvartetten» og «Kvint-kvartetten». Tross sin høye alder så Haydn framover, og i et brev skrev han: «Hvor mye er det ikke igjen å gjøre i denne herlige kunst!».