Hans far, William Hooper, var en skotsk minister som studerte ved University of Edinburgh før han immigrerte til Massachusetts og hans mor, Mary Dennie, var datter av en godt respektert kjøpmann fra Massachusetts. Opprinnelig støttet Hooper den britiske kolonimakten sin regjering i North Carolina. I hans tid i kongressen ble Hooper sakte, men sikkert en tilhenger av den amerikanske revolusjonen og den påfølgende uavhengighet. I 1787 og 1788 kjempet Hooper for at North Carolina skulle ratifisere den nye amerikanske grunnloven, men Hooper ble syk og døde den 14. oktober 1790, i en alder av 48 år. Han ble stedt til hvile ved den presbyterianske kirkegården i Hillsborough, North Carolina.