Han er utdannet ved universitetet i Neuchâtel og tok i 1989 doktorgrad ved Universiteit van Amsterdam. Kottelat er en ledende forsker innen ferskvannsfisker i Sørøst-Asia og Europa. Han har gjennomført mange ekspedisjoner, spesielt i Asia, og har beskrevet mer enn 440 nye arter av fisker. Kottelat er en uavhengig forsker som arbeider fra sitt hjem i Cornol i den sveitsiske kantonen Jura.