Det tidligere filhåndteringssystem kalt , som både var en måte å håndtere filer og starte programmer, ble erstattet av et ikonbasert (hvor man kunne opprette ulike vinduer for ulike programmer) og eget program for å håndtere filer som het . Den gamle utgaven av MS-DOS Executive var dog ikke borte, men lå fortsatt ved som et alternativ. , hvor det var tilgang til systemet som skjerm, printer, mus og lignende, var blitt formet på nytt etter det tilsvarende programmet i Mac OS. Det sentraliserte systeminnstillingene som blant annet en begrenset kontroll over fargeskjemaet for brukergrensesnittet.