Hendelser i tilknytning til reformasjonen skulle bety en dramatisk endring for Norges stilling innenfor unionen. I 1536 ble det norske riksrådet avskaffet under Christian III, som måtte love den danske adelen at Norge skulle opphøre å fungere som eget rike og i stedet bli en dansk provins. Således ble det norske riksstyret med et pennestrøk opphevet og underlagt det danske riksrådet. Denne prosessen ble styrket av reformasjonen, selv om Norge besto som en separat enhet innenfor det tette unionsriket, med egne lover og enkelte separate institusjoner. Norge ble klart tydeligere en underordnet part i unionen og kongene utviste stort sett liten interesse for den nordlige riksdelen Norge. Et unntak var imidlertid Christian IVs sjøreise til Finnmark i 1599, som ble avgjørende for å stagge svenske pretensjoner om en arktisk kyst for sitt rike. Uten denne ekspedisjonen er det trolig at Norge ville hatt sin nordgrense ved Lyngenfjorden.