Han var valgt til det færøyske Lagtinget fra 1901 til sin død i 1946, det danske Folketinget 1901–1906 og det danske Landstinget 1918–1920 og 1928–1936. Han ble den naturlige lederen i Sjálvstýrisflokkurin, som ble dannet i 1906. Paturssons syn på færøysk selvstyre ble radikalisert med årene, og i 1940 gikk han sammen med Thorstein Petersen om å danne det separatistiske Fólkaflokkurin.