Vegetasjonen i Chiconcuac er typisk for halvtørre regioner, hvor mangelen på vann ikke tillater stort mangfold. På grunn av manglende naturvern og et stadig voksende urbant område er floraen i dag svært fattig. Situasjonen er den samme for faunaen, og de ville dyra er i ferd med å forsvinne fra kommunen; det meste av faunaen utgjøres av husdyr.