Øya blomstret under romersk styre, og de ble betraktet som Municipium, den nest høyeste klassifiseringen av en romersk by, og en Foederata Civitas. De mange romerske oldsaker som er funnet, vitner om en tett forbindelse mellom de maltesiske innbyggerne og Roma. Romerne konstruerte også byen Melita (nå Mdina) på en tidligere punisk festning på øyas høyeste sted. Tilsvarende var Victoria på Gozo et høydedrag som besto av en bygdeborg i bronsealderen, utviklet videre av punere, men ble bygget om til et komplekst Akropolis av romerne.