I sesongen 1969/1970 gikk Liverpool på et nederlag i FA-Cupen mot Watford FC, og manager Bill Shankly skjønte at han måtte bytte ut store deler av laget sitt. Thompson klarte en stund etter dette å forsvare plassen sin på laget i konkurransen med Steve Heighway, men måtte se plassen sin tapt i finalen i FA-Cupen i sesongen 1970/1971, men han kom inn som innbytter i løpet av kampen. Dette hjalp ikke siden Arsenal vant 2-1 etter ekstraomganger.