Mendel ble født 20. juli 1822 til en etnisk tysk familie i Heinzendorf bei Odrau i Keiserdømmet Østerrike (nå Hynčice, Tsjekkia). Han fikk navnet Johann Mendel (navnet Gregor skulle han få senere), og ble døpt to dager etter fødselen. Han var sønn av Anton og Rosine (Schwirtlich) Mendel, og hadde to søstre, en eldre (Veronica) og en yngre (Theresia). Familien levde og arbeidet på en gård som familien Mendel hadde eid i minst 130 år.