Under Andre verdenskrig ble hele Biržais jødiske befolkning myrdet. Femten jøder ble skutt av tyske soldater på Biržai jødiske kirkegård i juli 1941. Den 8. august 1941 myrdet SS og litauiske medløpere hele byens jødiske befolkning, rundt 2400 mennesker, ved å skyte dem ved en massegrav i en skoglund tre kilometer utenfor byen.