Gregor var romer, var sønn av Marcellus av Savelli-familien og hans hustru Honesta. I ung alder ble han innskrevet ved , og ble utsett av pave Sergius I (687 – 701) til subdiakon og (skattmester). I og med det sistnevnte fikk han ansvar for det pavelige bibliotek, og er den første bibliotekaren med dette ansvar som er kjent ved navn.