I det første halvåret av 1944 deltok fly som var stasjonert i Tyskland og Frankrike i Operasjon Steinbock, et bombeangrep rettet mot britiske mål. På grunn av mangel på drivstoff og den store produksjonen av jagerfly ble så å si alle He 177 tatt ut av aktiv tjeneste i 1944. Et av disse flyene ble sendt til Letov i Praha hvor det ble modifisert til å kunne bære den tyske atombomben (som aldri ble ferdig).