Hubertus Knabe er sønn av Wilhelm Knabe, en av grunnleggerne og tidligere leder for partiet De grønne, og hans hustru. Foreldrene flyktet i 1959 med hans tre eldre søsken fra DDR til Forbrundsrepublikken, og kom til Unna, der Hubertus ble født. Han vokste opp i Mülheim an der Ruhr og tok der i 1978.