Arkeologiske utgravninger på stedet begynte i 1910 av det greske arkeologiske selskap og bekreftet med sikkerhet at stedet var Pnyx. Utgravninger i stor skala ble utført til ulike tider mellom 1930 og 1937 av Homer Thompson, først i samarbeid med K. Kourouniotes og senere med Robert Scranton. Det ble avdekket de to store stoaer, reist mellom 330 og 326 f.Kr, et alter for Zevs («Zevs ved agora») reist samtidig, men flyttet i Augustus' regjeringstid, og Zevs helligdom. De fleste av disse byggene ble reist etter Pnyx hadde mistet sin faktiske betydning.