Israelske aksjoner mot den palestinske infrastrukturen, blant annet mot politiet, hadde gjort det tilnærmet umulig for Arafat å utøve særlig makt. Han undertrykte Hamas, men bevarte sin håpløse forhandlingsvilje overfor Israel under intifadaen – noe som styrket Hamas' omdømme og malte et bilde av Arafat som svak og ettergiven overfor Israel. Samtidig støttet Arafat stilltiende selv radikale grupper, og angrep på israelsk jord ettersom han opplevde lite samarbeid med israelske ledere, og fredsforhandlingene ikke ledet fram. Han utviklet en utydelig dobbeltposisjon hvor han ble innhentet av historien og av Hamas' attraksjon som like tydelige og uforsonlige som de israelske motpartene. Det var Arafats forhandlingsverk som etter Rabins død forvitret på begge sider av de nye grensene, uten at han selv klarte å frigjøre seg fra forhandlingsveien. Han døde dermed isolert – som forsoningens mann i en tid da få palestinere og israelere ønsket forsoning.