I løpet av de neste årene begynte Napier en utrettelige korrespondanse med britiske myndigheter for å forandre den britiske marinen. Han forsøkte å overtale den etterfølgende sivile administrasjon om behovet for et mer innovativt design på skipene, at de trengte andre taktikker hvis de skulle vinne mer, utviklingen av dampskip, og om å kunne ta i bruk jernmalm som en del av skipets konstruksjon. Dessuten mente han at offiserene ikke fikk riktig og nok trening til å kunne håndtere et skip og de vanlige sjøfolkene på skipene måtte få mer anstendige levevilkår. Napier mente at pisking ombord på skipene burde avskaffes som straffemetode og at sjøfolkene skulle få riktig lønn og mer penger i etterlønn når de gikk av med pensjon. I alt dette var han langt forut for sin tid. Men alle brevene han sendte hadde liten effekt, tvert imot, alle de påfølgende administratorene betraktet Napier som en eksentrisk ordensforstyrrelse.