Psykharis’ familie stammet fra Khíos. Etter et kort opphold i Konstantinopel i barndommen, flyttet han til en onkel i Marseille i Frankrike. Han studerte filosofi, filologi og språkvitenskap ved Sorbonne-universitetet i Paris og germanistikk, medievistikk og nygresk filologi i Tyskland. Etter å ha vendt tilbake til Paris ble han professor i nygresk språk. I 1904 ble han Émile Legrands etterfølger som direktør for fakultet for orientalske språk, og beholdt denne stillingen livet ut.