Kraniet er av anapsid type, og skilpaddene regnes derfor som de siste gjenlevende medlemmene av de anapside krypdyrene. Nyere forskning setter imidlertid spørsmål ved dette, da det er flere ting som tyder på at denne kranieformen har oppstått sekundært, og at de derfor bør plasseres blant de diapside krypdyrene. Se Parareptilia for en nøyere diskusjon.