Det har trolig vært en bosetning der byen nå ligger i alle fall siden 1500-tallet. Ust-Sysolsk (Syssolskoje) ble grunnlagt i 1586. Den ble innvilget bystatus av Katarina den store i 1780, og ble senere hovedstaden i den autonome Komi oblast. Byen har bibeholdt sin stilling som komienes hovedstad siden da, selv om de nå faktisk er i mindretall i byen, på grunn av en stor tilflyttning av etniske russere på 1900-tallet.