Før han døde i Roma den 31. juli 1556, hadde ordenen fått mer enn 1.600 medlemmer, og var spredd til en rekke land. Dagen før han døde, dikterte han sitt siste brev, og bad om at sekretæren måtte hente paven fordi han var i ferd med å dø. Sekretæren trodde ham ikke, og Ignatius sovnet inn alene på sitt rom samme natt, 65 år gammel.