Jones fikk så den da pensjonerte Bill Parcells til å bli lagets nye headcoach. I den første sesongen under Parcells startet Cowboys sesongen 7-2, og endte sesongen 10-6. De nådde sluttpillet som et wildcard-lag, men tapte i første runde mot Carolina Panthers 29-10. I 2004 gikk Cowboys 6-10, men nådde tredjeplass med et sammenlagtresultat på 9-7 i 2005. I forkant av sesongen plukket de opp Drew Bledsoe som quarterback.