Under de politiske vanskene vinteren 1659 gikk det rykter om at Cromwell ville bli kalt tilbake som Lord Protector, men det kom ikke noe ut av dette. I juli 1660 reiste han til Frankrike; han skulle aldri se sin kone igjen. Han gikk under flere pseudonymer, blant annet John Clarke. Etter en tid i Frankrike reiste han rundt i Europe og besøkte flere hoff. I 1680 eller 1681 vendte han hjem til England, og bodde hos handelsmannen Thomas Pengelly i Finchley i Middlesex. Han levde av inntekter fra eiendommen i Hursley.