I tråd med Knudsons to-treffshypotese kreves det ofte flere mutasjoner til for at et tumorsuppressorgen skal miste sin effekt, da det ikke vil være en frisk allel (genvariant) som kan produsere et funksjonelt genprodukt. De fleste tumorsuppressorgener er derfor recessive, i motsetning til onkogener der alleler ofte er dominante. Dersom begge genvarianter er rammet i et tumorsuppressorgen vil genet inaktiveres og genproduktet vil miste sin funksjon. Dette kalles for og resulterer i en såkalt . Eksempler på tumorsuppressorgener som inaktiveres ved slike mutasjoner kan være gener som koder for DNA-reparerende enzymer . "Loss-of-function"-mutasjoner kan eksempelvis oppstå ved delesjoner, punktmutasjoner og ved tap av et kromosomalt område som koder for tumorsuppressorgenet.