Shaibanid-dynastiet sporer sin opprinnelse generelt til shaibanidene, etterkommere av Djengis Khan gjennom hans barnebarn Shiban. Innen det 15. århundre flyttet en gren av shaibanidene sørover til Transoxiana, hvorfra de etter et århundre med konflikt klarte å utkonkurrere timuridene. Abu'l-Khayr Khan (som ledet Shaibanidene fra år 1428 til 1468) begynte å konsolidere uensartede usbekiske stammer, først i området rundt Tjumen og Tura-elven og så ned i Syr-Darja-regionen. Hans barnebarn Muhammad Shaybani (hersket 1500-1510), som gav navnet sitt Shaibanid-dynastiet, fravristet Samarkand, Bukhara og Herat fra Baburs kontroll og grunnla det kortvarige Shaibanid-dynastiet. Etter hans død i hendene på Shah Ismail I ble han fortløpende fulgt av en onkel, fetter og en bror hvis shaibanid-etterkommere skulle styre Bukhara-khanatet frem til 1598 og Khiva-khanatet frem til 1695.