Etter en samtale med pave Pius XII han ble ordinert til biskop 19. mai 1950 i Roma av kardinal Innitzer uten ytterligere episode; medkonsekratorer var biskopen av Münster, Michael Keller, og kuriebiskop Alois Hudal. Samtidig ble han utnevnt til . Denne funksjon, som senere ble avskaffet i kanonisk lov, gjorde at Jachym ikke ble tildelt kardinal Innitzer som hans utpekte etterfølger, men permanent til selve erkebispedømmet i Wien (derav , dvs. «knyttet til (biskopens) stol»). Han ble dette ogsåo under Innitzers etterfølger, kardinal Franz König.