Under krigen gikk «Nippon Maru 2» i tankfart og ble flere ganger utsatt for ubåtangrep. Ved den japanske landgangen i Sarawaks hovedstad Kuching i desember 1941 ble hun satt i brann av en nederlandsk ubåt. Den 10. oktober 1942 ble hun senket av den amerikanske ubåten USS «Amberjack» utenfor New Ireland i Papua Ny-Guinea. Hun ble senere hevet av japanerne og satt tilbake i tankfart. Den 9. februar 1944 ble hun igjen skadet i et amerikansk ubåtangrep, denne gang fra USS «Bonefish» utenfor kysten av Fransk Indokina. Hun ble omsider senket av en torpedo fra USS «Pintado» 22. august 1944 og ligger ca. 200 nautiske mil sørøst for Shanghai. «Nippon Maru 2» var det største japanske handelsskipet som ble senket av en amerikansk ubåt under andre verdenskrig.