Kokosøya har flere korte elver og bekker, med utløp i fire bukter, tre av dem på nordsiden (Wafer, Chatham og Weston). De største elvene er Genio og Pittier som renner ut i Waferbukta. Fjellandskapet og det tropiske klimaet gir mer enn 200 fossefall på øya. Øyas jord er generelt sur og eroderer lett ved den høye nedbøren og de bratte skråningene.