Under okkupasjonen av Nederland under andre verdenskrig organiserte erkebiskop de Jong den katolske kirkemotstanden, med koordinering med kalvinistenes Koeno Gravemeijer. De Jong utstedte for eksempel et forbud utformet av karmelittpater Titus Brandsma mot NSB-annonser (NSB=Nationaal-Socialistische Beweging, Den nasjonalsosialistiske bevegelsen i Nederland) i de romersk-katolske aviser.