Museet ekspanderte langsommere etter den første verdenskrig, og samlingene fikk ikke mange nye betydelige anskaffelser; unntakene var Georges de La Tours «Saint Thomas» og baron Edmond James de Rothschilds (1845–1934) donasjoner av 4 000 graveringer, 3 000 tegninger og 500 illustrerte bøker. Under den andre verdenskrig fjernet museet det meste av sin kunst og skjulte de mest verdigfulle gjenstandene. Den 27. august 1939, etter to dager med pakking, begynte lastebiler å forlate Paris. Ved den 28. desember hadde museet fjernet det meste av sine gjenstander, unntatt de som var for tunge og mindre betydningsfulle malerier som var etterlatt i kjelleren. «Mona Lisa» var blant de viktige gjenstandene som ble fraktet i trygghet. Tidlig i 1945, etter at Frankrike var blitt frigjort, begynte kunstgjenstandene å bli levert tilbake til Louvre.