Gubajdulinas musikk er inspirert av alle former for rituell musikk, men først og fremst kristen og orientalsk mystikk. Komposisjonene befinner seg ofte i spenningsfeltet mellom «notert» improvisasjon og seriell musikk. Tre av musikkens kjennetegn er massive toneklustre, kraftig aksenter, samt hurtige og akselererende vekslinger i halvtones intervaller.