Daniels innser at William Ford var klar over viruset før dette utbruddet. Daniels får vite om militærets plan om å bombe Cedar Creek, ødelegge hele byen og alle dens innbyggere, for å hindre at Motaba sprer seg til en pandemi av gigantiske proporsjoner. Donald McClintock, nå en general, ønsker å skjule virusets eksistens og bruke den som biologisk våpen. For å hindre at Daniels finner en kur, beordrer McClintock ham arrestert som en bærer av viruset. Daniels og Salt stikker av, og skaper et antiserum, men McClintock ønsker fremdeles å ødelegge hele området. De overtaler besetningen på bombeflyet om å detonere bomben over vann og unngå byen. Før McClintock kan beordre en ny bombing, arresterer William Ford ham. Filmen ender med at alle innbyggerne i Cedar Creek blir kurert.