De fleste jødene i Hellas ble deportert til dødsleirene i perioden mars-august 1943, noen også sommeren 1944. Transporten gikk med kuvogner på jernbanen via Serbia, Kroatia og Wien. Deportasjonene ble organisert av Adolf Eichmann og hans medarbeidere i Gestapo. Den italienske okkupasjonsmakten tillot ikke deportasjoner fra sin sone. Deportasjoner i den tidligere italienske sonen fortsatte sommeren 1944 etter at de allierte hadde inntatt Roma.