Flere samanid-byer ble tapt til en annen tyrkisk gruppe, seldsjukkene, en klan av oghuz (eller ghuzz)-tyrkerne, som levde nord for Amu-Darja. Deres leder, Tughril Beg, snudde sine krigere mot ghaznavidene i Khorasan. Han gikk sørover og så vestover og erobret, men uten å ødelegge, byene i sin vei. I 1055 gav kalifen i Bagdad Tughril Beg kapper, gaver og tittelen «kongen av østen». Under Tughril Begs etterfølger, Malik Shah I (1072–1092), opplevde Iran en kulturell og forskningsmessig renessanse, mye takket være den brilliante iranske visiren Nizam al-Mulk. Disse lederne etablerte skoler i alle større byer. De brakte Abu Hamid Ghazali, en av de største islamske teologer, og andre eminente forskere til seldsjukk-hovedstaden i Bagdad og oppmuntret og støttet deres arbeid.