I januar 1988 avsluttet Fidel Ramos sin aktive militære karriere og ble forsvarsminister etter Juan Ponce Enrile. Dette verv innehadde han til 1991. Under denne tiden gikk han inn for sterkere katastrofeberedskap og for nasjonal sikkerhet og orden. Samtidig hadde han i regjeringskabinettet et særlig ansvar fot den regionale utvikling i det sørvestre Filippinene.