Etter massakren i Wola og raseringen av Gamlebyen fortsatte kampene i september i andre deler av byen holdt av opprørerne. Brutaliteten de foregående ukene styrket polakkenes motstandsvilje, og tyskerne så etter mulighet til å avslutte kampene. Bach-Zelewski fikk 7. september ordre fra Hitler om å behandle Armia Krajowa som regulære styrker. Motstandsfolkene i Czerniakow ga opp 23. september, tyskerne inntok Mokotow 26. september etter et stort angrep, og Zoliborz ble tatt 29. september. Bach-Zelewski la en plan for tømming av byen 30. september, før det var inngått noen kapitulasjonsavtale med motstandsbevegelsen. Kapitulasjonsavtalen ble signert 2. oktober, og tømming av byen begynte 3. oktober. På dette tidspunkt var en god del av byen intakt, mens noen områder var lagt helt i ruiner. Omkring sivile hadde overlevd, og disse ble sendt til transittleir i Pruszków; av disse ble sendt til konsentrasjonsleirer (inkludert Auschwitz) og til tvangsarbeid i Tyskland.