Chung satt to perioder i Sør-Koreas nasjonalforsamling 1996–2004 før han var minister for koreansk gjenforening under president Roh Moo-hyun 2004–2005. Chung var en sterk tilhenger av solskinnspolitikken, som etterhvert skapte folkelig misnøye med presidenten og regjeringen. Han var formann i Vårt åpne parti, forløperen til Det demokratiske partiet, fra januar til mai 2004 og fra februar til juni 2006. Høsten 2007 vant Chung partiets nominasjon med 44 % av stemmene i primærvalget, men tapte selve presidentvalget mot Lee Myung-bak med den største marginen siden demokratiseringen i 1987. Tapet ble i all hovedsak forklart med misnøyen med president Rohs skandaler og økonomiske politikk.