Etter at biskop George Henry Guilfoyle gikk av med pensjon, ble McHugh utnevnt til den femte biskop av Camden den 13. mai 1989. Hans innsettelse fant sted i den 20. juni samme år. I løpet av sin ni år lange tid der foretok han en større omorganisering av bispedømmets administrative struktur og autoriserte flytting av bispedømmets hovedkvarter til sentrum av Camden. Han ledet en bispedømmesynode i september 1992. Han var svært dedikert til katolsk utdanning, og opprettet et 63 millioner dollar stort katolsk utdanningsfond for skoler og religiøse utdanningsprogrammer, en fempunktsplan for å animere katolske colleger, og ledet en grasrotinnsats for å støtte skolevalglovgivning i delstatens lovgivning.