Bayliss sendte sine beste verker til Royal Society of British Artists og ble innvalgt som medlem i 1865. I 1884 foreslo han Whistler til å bli valgt inn i komiteen, men han kom snart i opposisjon til Whistlers politikk for å modernisere og ekspandere organisasjonen. Whistler ble president i juni 1886, men ble etterfulgt av Bayliss i 1888 som en del av reorganiseringen av organisasjonen da den ble delt mellom de detaljorienterte og de impresjonistiske kunstnerne. Han beholdt denne stillingen fram til sin død i 1906.