Habsburg var medlem av det europeiske parlamentet for det østerrikske konservative partiet, ÖVP, mellom 1996 og 1999. Her vakte han oppsikt med mange sterkt konservative utsagn, blant annet sammenlignet han et abortmedikament med dødsstraff. Hans politiske karriere endte etter en pengeskandale knyttet til den paneuropeiske bevegelsen. Etter at han ikke lenger ble nominert som kandidat av ÖVP, grunnla han sin egen liste til EU-valget, Christlich Soziale Allianz.