Kerguelen er regna som en av verdens eldste øyer, og ble forma av vulkansk aktivitet for 40 millioner år siden fordi øya ligger over en såkalt . Øyene ligger på Kerguelenplatået, undersjøiske fjell som reiser seg 3 700 m over havbunnen. Kerguelen er ett av tre steder (sammen med Heard- og McDonald-øyene) hvor Kerguelenplatået og den større Kerguelen-Gaussberg-havryggen går over havets overflate. Den vulkanske aktiviteten som har skapt øyene har avtatt i løpet av kvartærperioden.