Praksisen med å bruke bokstaver i alfabetet for å betegne tall oppsto i den greske byen Miletos, og er derfor kjent som det milesiske systemet. Tidlige eksempler inkluderer inskripsjoner på vaser datert tilbake til det 6. århundre f.Kr. Aristoteles skrev at den pythagoreiske tradisjonen, grunnlagt på 600-tallet f.Kr. av Pythagoras fra Samos, praktiserte isopsefi, den greske forgjengeren til gematria. Pythagoras var samtidig med filosofene Anaximander, Anaximenes og historikeren Hekataios, som bodde i Miletos, på den andre siden av havet fra Samos. Det milesiske systemet var vidt utbredt i løpet av regimet til Aleksander den store (336–323 f.Kr.) og ble adoptert av andre kulturer i den påfølgende hellenistiske perioden. Det ble offisielt tatt i bruk i Egypt under styret til Ptolemaios II Filadelfos (284–246 f.Kr.).