Schandorff ville heller opprette en oppdragelsesanstalt for vanskeligstilte barn, bygget på et kristelig fundament. I 1827 opprettet hun Eugenia Stiftelse med støtte fra blant andre kong Karl Johan, og kalte den opp etter dronning Desideria (opprinnelig Eugénie Bernardine Désirée). Huset ble oppført på hjørnet av Teatergaten og Akersgaten, og åpnet i oktober 1827. I 1841 flyttet stiftelsen til et nytt hus i Akersveien, tegnet av stadskonduktør Christian Heinrich Grosch. Hun var lærer og bestyrer ved stiftelsen til sin død i 1848.