Opprørernes kommandogrupper, , i sørlige Tsjad ble brutt opp av regjeringens massakreringer i 1984. Året etter ble Habré kortvarig forsonet med en del av sine motstandere, blant annet Tsjads demokratiske front (FDT) og Den koordinerende aksjonskomiteen for det demokratiske revolusjonære råd. Goukouni begynte også å samle seg mot Habré, og med hans støtte greide Habré med hell å forvise alle styrker fra Tsjads områder. En våpenhvile mellom Tsjad og Libya ble oppretthold fra 1987 og til 1988, og forhandlinger over de neste årene førte til i 1994 at Den internasjonale domstolen tok beslutning om å gi Tsjad overherredømme over Aouzoustripen, noe som effektivt avsluttet Libyas okkupasjon.