Me 261 V1 (BJ+CP) Hadde en Daimler-Benz DB 606A-1/B-1 motor og fem besetningsmedlemmer. Den første flyvningen for Me 261 V1 skjedde den 23. desember 1940. Avgjørelsen om å ta i bruk DB 606–motoren ble et problem siden bare et fåtall av disse var ledige for utviklingsprosjekter. Så gost som samtlige motorer gikk til andre flykonstruksjoner som allerede var i produksjon, som for eksempel Heinkel He 177. Me 261 V1 ble for øvrig bombet istykker i et alliert raid på Lechfeld i Augsburg i 1944, noe som førte til at det ble skrapet.