Det finnes nemlig et substrat i finsk-ugrisk som ikke er uralsk. Det før-finsk-ugriske substrat refererer til et vokabular i finsk-ugrisk som er arvet som lånord fra et annet språk. Disse lånordene stammer fra et språk som verken er uralsk eller indoeuropeisk. Eksistensen av dette paleoeuropeiske språket ble påvist av språkforskeren Ante Aikio (f. 1977) i 2004. Språkforskeren Janne Saarikivi (f. 1973) påviste i 2006 at deler av dette vokabularet i snevrere forstand også er tilstede i østersjøfinske språk.