I tillegg til sine tre etasjer med faste utstillinger, er Museum of Science & Industry også vert til midlertidige og vandreutstillinger. Spesielle utstillinger avviker fra vanlige utstillinger fordi de varer i fem måneder eller mindre, og krever vanligvis en separat inngangsbillett. Utstillinger på MSI har inkludert , som i hovedak var en visning av gjenstander fra vraket av RMS , i 2000; Gunther von Hagens' , en titt inn i menneskekroppen gjennom bruk av plastinert menneskekropper, i 2005; og sommeren 2006. Tidligere midlertidige utstillinger har inkludert , , og , samt . åpnet 30. april 2009, og forlot museet 29. september 2009. Den 3. versjonen av gjenåpnet i mars 2010 og varte til januar 2011. Utstillingen «Smart Home» hadde tidligere inneholdt tidligere arbeidet til den grønne arkitekten Michelle Kaufmann.