Hans Paus vokste opp i Hjartdal og ble undervist i bl.a. latin av faren Povel Paus, som gikk for å være en lærd og tenksom personlighet. Povel Paus forfattet i 1653 et latinsk minnedikt om sin egen far Peder Povelsson Paus, Hans Paus' farfar. Som ungdom var Hans Paus elev ved latinskolen i Christiania. Fra 1674 studerte han teologi ved Københavns Universitet.