Under krigen ble Stockhausens mor innlagt med diagnosen sinnssyk og kom hjem som aske i en pappeske. Hans far kom aldri tilbake fra østfronten. Hjembyen Köln ble lagt i grus. Selv begynte han sin militærtjeneste som 16-åring på et sykehus for krigsskadete. «» I krigens siste halvår var han utstasjonert ytterst ved fronten i et feltlasarett med omsorg for pasientene. Under de stadige angrepene hevdet han å høre musikk i brakene fra de ulike typene kanoner.