Den 18. august 2005 ankom paven Tyskland for å delta på den 20. verdensungdomsdagen i Köln. Han møtte president Horst Köhler, kansler Gerhard Schröder, opposisjonsleder Angela Merkel, og besøkte Kölnerdomen. Dagen etter besøkte han synagogen til det jødiske trossamfunnet i Köln for å overbringe et fredsbudskap, og ble dermed den andre pave i historien som har besøkt en synagoge. Det jødiske trossamfunnet i Köln er det eldste i verden nord for Alpene. Paven møtte også representanter for de muslimske og protestantiske trossamfunn i Köln. 21. august ledet han en messe i Marienfeld med omkring en million ungdommer tilstede.