I 1431 gikk Qara Iskander til angrep på sin bror Abu Said og drepte ham. Han etablerte seg igjen som hersker i dynastiet. Han satte sønnen sin, Yar Ali, til å styre Vanprovinsen. Han styrte brutalt og ila armenerne harde skatter. Etter mange klager ble han tilbakekalt til Iskander, men han valgte å flykte til Shirvan-provinsen (i dagens Aserbajdsjan) hvor han ble tatt til fange og overlevert til timuridene. En rasende Iskander sendte en straffeekspedisjon mot shahen av Shirvan, Khalilullah I, og la Shirvan i grus. Khalilullah ba om assistanse fra Shah Rukh og dro selv til Rayy (i nåværende Iran).