Ljubijankič debuterte for i 2006, og fikk sitt første landslagsmål i vennskapskampen mot den 28. februar 2006. Han bidro med scoringer i Slovenias VM-kvalifiseringskamper og ble tatt med som én av 23 spillere i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.