Dødsfallet til Ivans barnløse sønn Fjodor ble etterfulgt av en tid med borgerkriger kjent som den store urotiden (russisk: ) fra 1606 til 1613. Ekstremt kalde somrer fra 1601-03 ødela avlingene, noe som førte til hungersnød og at samfunnet gikk i oppløsning. Styret til Boris Godunov endte i kaos, med borgerkrig i kombinasjon med utenlandske invasjoner. Dette førte til at mange byer ble ødelagt og at flere landområder ble nesten forlatt. Polen-Litauen så da sitt snitt til å invadere Russland, og erobret Moskva. Der ble «Falske Dmitrij» innsatt på tronen, og senere ble også den polske prinsen Władysław IV Vasa innsatt som tsar. Befolkningen i Moskva gjorde opprør mot polakkene, men opprøret ble slått ned og byen ble satt fyr på.