Heisenberg ble i 1909 professor ved universitetet i München og utgiver av det av Karl Krumbacher grunblegte . I stor grad takket være Heisenbergs entusiasme, energi og dyktige ledelse var lenge i München med midtpunktet for den av Krumbacher nyoppvekkede bysantinske filologi. Heisenbergs eget vitenskapelige arbeide var verdifullt og mangfordig, såvel innen det bysantinske som det nygreske område.