Men noen straffeforfølgelse ble det ikke noe av. Før så skjedde ankom et skip med kongelig brev om at kongen hadde mottatt meldingen om oppdagelsen av Sydhavet og store verdier i gull og perler fra Balboa. Balboa ble gitt tittelen adelantado av sydhavet og Avila ble beordret til å behandle ham med respekt og rådføre seg med ham i erobringen av landet. Balboa ble satt fri, og Avila innså at det lønte seg for ham å følge opp kongens ordre på alle måter. Han inngikk en allianse med Balboa gjennom et formelt ekteskap mellom Balboa og en av Avilas døtre, som befant seg i Spania, og fikk dermed en svigersønn-svigerfar-relasjon som ble behørig pleiet. Balboa ønsket å ta opp igjen utforskingen av Sydhavet, men guvernøren var svært skeptisk til å slippe sin svigersønn avsted. Han ble fortsatt betraktet som en rival, da han var populær og respektert blant kolonistene. Etter en rekke utsettelser fikk Balboa likevel tillatelse i 1518, og han satte igang med grundige forberedelser og utstyrte en stor ekspedisjon. I San Miguel-bukta etablerte han en egen koloni, bygget flere skuter, og seilte ut til bl.a. Perleøyene,der innbyggerne var mestere i å dykke etter perler. Balboa skaffet seg store rikdommer, mens guvernøren ble mer og mer mistenksom. Balboa ble bedt om å vende tilbake til Santa Maria for å konferere med guvernøren. På veien ble han møtt av en tropp med soldater, ledet av Francisco Pizarro, som hadde ordre om å arrestere ham. Balboa ble ført som fange til Santa Maria, og ble dømt av Enciso for oppvigleri og forsøk på å løsrive seg fra Avila og etablere eget styre på Sydhavskysten, noe Balboa nektet for at han hadde gjort. Balboa ble ført tilbake til hans egen koloni ved Sydhavet, der han ble halshogd i januar 1519, til skrekk og advarsel overfor Balboas følgesvenner.