Den største innsatsen hos Junkers under Koppenbergs lederskap var utviklingen av jetmotorer for flymaskiner. Allerede i 1938 interesserte han seg for jetmotorer, og i samarbeid med Anselm Franz, bygde han opp en egen avdeling i Dessau. Koppenberg var en av de første som innledet overgangen til jetmotorer i fly.