Hemphill spilte inn over 20 album som leder, ca. 10 album med World Saxophone Quartet og var også med på innspillinger med Björk, Bill Frisell, Anthony Braxton og andre. På slutten av hans levetid tvang dårlig helse Hemphill til å stoppe å spille saksofon, men han fortsatte å skrive musikk til sin død. Hans saksofonsekstett, ledet av Marty Ehrlich, har gitt ut flere album av Hemphills musikk, hvor han ikke selv deltar. Den siste heter innspilt live i Lisboa etter Hemphills død.