Den 16. januar 2001 ble Clark utnevnt til hjelpebiskop av Los Angeles og titulærbiskop av Garðar av pave Johannes Paul II. Han ble bispeviet en påfølgende 25. mars av kardinal Roger Mahony, med erkebiskopene William Levada og Justin Rigali som medkonsekratorer. Som hjelpebiskop var han regionalbiskop for.