Dette skiftet kom til rett tid. Pater Valignano hadde lenge ivret for at Ricci skulle begi seg til et av Kinas viktigste administrative og akademiske sentra, til Nanjing. Etter noen år i Nanchang (siden 1595) og et mislykket besøk til Beijing i 1597 (intrigene blant embedsmenn gjorde at ingen våget å introdusere ham), kom så Ricci til Nanjing, den sørlige hovedstad, i 1599. Han hadde både en strategi, en bakgrunn og en ytre fremtoning som lettet hans mottakelse der. Han var også i mellomtiden (4. august 1597) blitt formelt utnevnt til superior for alle jesuitter som virket i Kinamisjonen. På sett og vis hadde han reelt hatt denne lederrollen helt siden pater Ruggeri hadde reist fra landet.