Cornelius Paus var bl.a. far til prokurator Paul Paus (1697–1768), som var edsvoren fullmektig hos faren og en tid konstituert som sorenskriver, og som var gift med slektningen Martha Christophersdatter Blom. Cornelius Paus var også far til Hedvig Coldevin Paus (1711–1771), som var gift med sin fetter og farens etterfølger Peder Paus. Blant Cornelius Paus' etterkommere er Henrik Ibsen og Ole Paus.