Det er ingen anerkjente underarter av malayabjørn, men til forskningsbruk skiller man gjerne mellom bjørner som lever på fastlandet og på øyene Borneo og Sumatra. Fastlandsbjørner og øybjørner har imidlertid distinkte forskjeller i kraniet, noe som kan indikere to ulike underarter. Dette nevnes også av IUCN.. I Catalogue of Life nevnes det to underarter.