Målet for 2006-sesongen var opprykk til Tippeligaen, men selv om Glimt kjempet i toppen hele sesongen, endte de på 5.-plass etter en dårlig høstsesong. Til tross for en sterk stall og mange gode resultater, feilet Glimt ofte på bortebane og tapte avgjørende kamper mot topprivalene. Bodø/Glimt hadde også store økonomiske problemer i 2006, som i verste konsekvens kunne relegere klubben til 2. divisjon. Dette fikk sportslige konsekvenser da Glimt måtte selge to av sine beste spillere til opprykksrival Bryne midt i sesongen. At laget mistet toppscoreren Håvard Sakariassen og kapteinen Cato André Hansen, kan nok ha bidratt til den dårlige høstsesongen.