Etter et innledende mislykket besøk til ledende leger i Harley Street, besluttet Elizabeth Garrett Anderson seg for å først tilbringe seks måneder som operasjonssykepleier ved Middlesex Hospital i London i 1860. Da det viste seg at hun var en god sykepleier, fikk hun lov til å delta på en poliklinikk 'Choice klinikken', så bli med på sin første operasjon. Hun forsøkte å melde seg på sykehusets Medical School, men ble nektet, men fikk lov til å delta i privatundervisning i latin, gresk og Materia Medica med sykehusets apoteker, mens de fortsatte sitt arbeid som sykepleiere. Hun ansatte også en veileder for å studere anatomi og fysiologi tre kvelder i uken. Til slutt fikk hun lov til å være med i dissekeringsrommet og kjemiforelesningene. Etter hvert ble Garrett Anderson ikke velkommen av de mannlige studentene, og i 1861 fremmet de en klage til skolen mot hennes opptak som medstudent, til tross for støtten hun hadde fra administrasjonen. Hun ble nødt til å forlate Middlesex Hospital, men hun gjorde det med et æresbevis i kjemi og Materia Medica. Elizabeth Garrett Anderson søkte deretter plass på flere medisinske skoler, inkludert Oxford, Cambridge, Glasgow, Edinburgh og Royal College of Surgeons, som alle nektet henne adgang. I mellomtiden hadde hun privat fått sertifikat i anatomi og fysiologi. I 1862 fikk hun endelig adgang til privat studie av Society of Apothecaries. I løpet av de neste tre årene, fortsatte hun kampen om å kvalifisere seg ved å studere privat med diverse professorer, inkludert noen ved University of St Andrews, Edinburgh Royal Maternity og London Hospital Medical School. I 1865 tok hun endelig eksamen og fikk konsesjon fra Society of Apothecaries til å praktisere medisin, som den første kvalifiserte kvinnen i Storbritannia (bortsett fra dr. James Barry som var født jente, men som fremsto som mann fra han var 20 år). På den dagen besto tre av sju kandidater eksamen, Garrett Anderson med de høyeste karakterene. The Society of Apothecaries endret umiddelbart sitt regelverk for å hindre at andre kvinner skulle få lisens. Først i 1876 ble det åpnet for alle til å ta eksamen, uavhengig av kjønn.