All dekorasjon ble fjernet i 1550, under reformasjonen. Etterhvert ble kapellet tatt i bruk som dokumentlager, og da dokumentene ble flyttet til en bygning utenfor Tower i 1857 ble det foreslått at kapellet skulle bli et kleslager for hæren, men det ble i stedet restaurert, og tatt i bruk som kapell igjen. Kapellet har status som Royal Peculiar, og brukes ved spesielle anledninger.