Både Fedora og forgjengeren Red Hat Linux har benyttet seg av vindussystemet X i forskjellige former. Fra den første versjon av Red Hat Linux i 1994, til den første versjon av Fedora i 2003, benyttet distribusjonene XFree86. Dette var en fri implementasjon av vindussystemet X. Under mesteparten av 1990-årene frem til like etter århundreskiftet var dette prosjektet kilden til de fleste innovasjoner innenfor vindussystemet X.