Opprinnelsen til kirken finner man i Den katolsk-apostoliske kirke, som var grunnlagt basert på Edward Irvings tanker. Dette kirkesamfunnet utnevnte en gruppe apostler og hevdet at Jesus skulle komme tilbake innen alle av disse var døde. Da dette ikke gikk i oppfyllelse, døde samfunnet etterhvert så å si ut. En gruppe brøt imidlertid med kirken i 1860-årene og utnevnte nye apostler. Dette ble til Den nyapostoliske kirke, som siden fikk fotfeste i en rekke land.