Flere større forandringer i forhold til manuset fra pilotepisoden inkluderer: scener hvor Kirk prøver å rekruttere McCoy i en park i San Francisco, en konferanse hvor admiralene diskuterer faren, løytnant Xon, ødeleggelsen av skipet «Aswan», en invasjon av mekaniske sonder på «Enterprise», scener hvor Ilia-sonden prøver å forføre Kirk og Sulu, scener hvor Kirk og Ilia-sonden drar ned til San Francisco for å se på film fra NASAs Voyager-program hos Stjerneflåten.