I Reformatsen 1589 er det angitt at kirkene i Vadsø annekskirke antas å være oppført mellom reformasjonen og 1575, og var opprinnelig et anneks til Vardø prestegjeld. Fra 1694 skjedde det et skifte, og inntil 1849 var Vardø tidvis underlagt Vadsø kirke. Moses Sørenssøn var sogneprest til Vardø til sin død i 1687. Han var mye syk, og embedet ble for det meste styrt av hans kapellan i Vadsø, Ludvig Christenssøn Paus. Da Sørenssøn døde, ble Paus sogneprest til Vardø, men han ønsket ikke å flytte dit. Ved kgl.res. av 28. januar 1688 fikk han tillatelse til å betjene sognekallet uten kapellan, mens en kapellan på Vardø betjente Vardø, Kiberg og Makkaur kirker. Da Paus døde i 1707 ble hans sønn Ludvig Christian Ludvigssønn Paus, ved kgl.res. av 18. august 1707, utnevnt som etterfølger til sin far. Det er riktigst å betrakte Paus den yngre som sogneprest til , og Vardø som et kapellani under Vadsø.