En liste med differensielt uttrykte gener gir ikke så mye mening i seg selv, og for å kunne tolke listen er det viktig å vite hvilke proteiner genene koder for, og hva funksjonen til disse proteinene er. er ment å skulle hjelpe med dette, men der er fortsatt store utfordringer. Funksjonen til mange proteiner er bare delvis kjent og for andre proteiner kjenner man ikke funksjonen i det hele tatt. Dette fører til at mye av genannotasjonen er mangelfull. Databasene oppdateres hele tiden etterhvert som ny kunnskap blir kjent, så den samme genlisten kan muligens tolkes forskjellig et år etter at den første tolkningen ble gjort. Et annet problem er at forskjellige databaser bruker forskjellige navn for å referere til det samme proteinet. Standardisering av gennavn hjelper til med å adressere dette problemet.