I Yukon finnes det til sammen 38 arter ferskvannsfisker, og fisk som harr, gjedde og kanadarøye forekommer i vassdrag og innsjøer i territoriet. De store fiskene i Yukon, med unntak av lake og gjedde, er alle en del av laksefamilien. Flere arter av stillehavslaks gyter i elvene i Yukon.