Landets helsesystem regnes for å være blant de med høyest kvalitet i Afrika. Helseforsikring ble obligatorisk for alle innbyggere i 2008, og i 2010 var over 90 % av befolkningen dekket. President Kagame gjorde helsevesenet til en av prioriteringene for utviklingsprogrammet «Visjon 2020» (), og økte utgiftene til helsehjelp til 6,5 % av landets bruttonasjonalprodukt i 2013, sammenlignet med 1,9 % i 1996. Rwandiske myndigheter har arbeidet for å styrke lokalsamfunnenes rolle i styring og medfinansiering av helsetjenester gjennom et system med helseforsikringsordninger kjent som eller bare . Rwandas helsevesen driver 499 helsesentre, 476 helsestasjoner som hovedsakelig er involvert i polikliniske programmer som immunisering og familieplanleggingstjenester, samt 36 distriktssykehus.