Selv om partiet ble størst i Lagtinget i 2002, under ledelse av Lisbeth L. Petersen, ble ikke partiet med i noe regjeringssamarbeid. Sambandsflokkurin gikk inn i regjering sammen med Fólkaflokkurin og Javnaðarflokkurin i 2004, med Jóannes Eidesgaard fra Javnaðarflokkurin som statsminister. Kaj Leo Johannesen ble formann i Sambandsflokkurin samme år, men gikk ikke inn i regjeringen. Samarbeidet mellom partiene brøt sammen i 2008. Senere samme år måtte Javnaðarflokkurin allikevel erstatte Miðflokkurin og Tjóðveldi med sine to tidligere samarbeidspartnere, og Kaj Leo Johannesen ble statsminister. Johannesen fortsatte som statsminister i en mindretallsregjering mellom Sambandsflokkurin og Javnaðarflokkurin fra 2011, etter at Fólkaflokkurin brøt ut som følge av uoverensbestemmelser om den økonomiske politikken.