Navnet «San Juan» ble gitt til øyene av den spanske utforskeren Francisco de Eliza som kartla øyene i 1791 og ga dem navnet . Den spanske ekspedisjonen seilte under autoriteten til visekongen av Mexico, Juan Vicente de Güemes Padilla Horcasitas y Aguayo, og Eliza navnga flere steder etter ham, inkludert San Juan-øyene, øyene Orcas (kort for Horcasitas) og Guemes. Den første europeiske oppdageren av hovedøya San Juan ble gjort av en av offiserene, Gonzalo López de Haro, og det er etter ham at Haro-sundet er oppkalt etter. Spanjolene hadde funnet øyene et år tidligere under seilasen til Manuel Quimper på korvetten «Princesa Real», men de forsto ikke da de hadde oppdaget øyer.