Anlegget ved Chalk River i Ontario ble bygget for å kunne flytte aktivitetene på Montreal Laboratory ved McGill University vekk fra byområdet. Et nytt anlegg ble bygget ved Deep River sammen med boliger og fasiliteter for gruppens medlemmer. Stedet ble valgt ut fra nærheten til de industrielle omorådene i Ontario og Québec, og fordi det lå i nærheten av en jernbanestasjon ved den store militærbasen Camp Petawawa. Plasseringen ved Ottawa River betød at de fikk tilgang til rikelig med vann. Den første direktøren for det nye laboratoriet var John Cockroft, som senere ble etterfulgt av Bennet Lewis. En forsøksreaktor med betegnelsen ZEEP (‘’zero-energy experimental pile’’) ble den første canadiske atomreaktoren, og den ble også den første som ble tatt i bruk utenfor USA da den ble satt i gang i september 1945. En større reaktor på 10 MW, NRX, ble tegnet under krigen og ferdiggjort og satt i gang i juli 1947.