Etter å ha avvist forslag om å støtte restaureringen av Karl II på den engelske trone og gjenopprettelse av monarkiet, ble han kalt tilbake til England i juni 1659, rett etter at hans bror ble avsatt. Det gjeninnsatte rumpparlamentet vedtok at Irland skulle bli styrt av kommisjonærer framfor av en enkeltperson. Han adlød denne ordren og gikk av fra sin posisjon i Irland øyeblikkelig. I Irland ble han etterfulgt av Edmund Ludlow. Selv om han mistet en del eiendommer ved restaurasjonen i England, fikk han etter en del forhandlinger beholde de eiendommer han hadde kjøpt i Irland.