Økonomien kollapset under konfliktene og inflasjonen var enorm i perioder. Den økonomiske situasjonen var svært ustabil, spesielt i områder hvor kampene var hardest. Krigene var også de blodigste i Europa siden andre verdenskrig og resulterte i totalt omkring 140 000 døde (hvorav i Bosnia) og millioner av flyktninger. De var også de første konfliktene siden andre verdenskrig som ble formelt omtalt som folkemord, og mange av de involverte partene har blitt anklaget og dømt for krigsforbrytelser og folkemord av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia. Begrepet etnisk rensning ble etablert i internasjonal diskurs som resultat av Jugoslavia-krigene.