Mellomskarv etablerte seg for første gang i Norge i Orrevatnet i Rogaland i 1996 og i Øra i Østfold i 1997. Norge hadde i 2016 en bestand på cirka par, fordelt på 14 kolonier. Den største kolonien utgjør nærmere og holder til ved naturreservatet i Øra, som på grunn av denne bestanden har fått status som IBA. Mellomskarven har også etablert seg i elver og våtmarksområder som er tilknyttet Mjøsa, og i nedre del av Gudbrandsdalslågen har det siden 2014 holdt til en koloni på rundt 350 individer oppstrøms demningen i Hunderfossen. I 2016 var tallene ved Øra og i Gudbrandsdalslågen henholdsvis cirka 700 par og 500 individer, ifølge Jon Opheim ved Norsk Ornitologisk Forening.