Som tradisjonell soldat holdt Blaskowitz sine soldater i faste tøyler hva gjaldt omgang med sivile, og ble forarget over de grusomheter som ble begått av SS og Einsatzgruppen mot polakker og jøder. Mellom november 1939 og februar 1940 skrev han adskillige memoranda til sine overordnede hvor han detaljert beskrev SS' overgrep i Polen, deres effekt på soldater i hæren og den oppsetsige holdning i SS overfor hæren. Hans protester førte imidlertid ikke til fordømmelser av slik adferd, og betød bare at han fikk fiender i form av Hans Frank, Reinhard Heydrich, Heinrich Himmler og Adolf Hitler, mens generalstabssjefen Alfred Jodl avviste dem som naive og unødvendige.