Industrien gjorde området svært forurenset. Byen er kjent for sin barnekirkegård, der det er gravlagt mange barn med fødselsdefekter eller som har vært psykisk utviklingshemmet. Sumqayit ble i 2006 utpekt som en av jordas ti mest forurensede steder av Blacksmith Institute. Instituttet rapporterte at industriområdet er forurenset med organsike miljøgifter og tungmetaller. Tilfeller av kreft forekommer 51 % hyppigere enn det nasjonale gjennomsnitt. Genetiske mutasjoner og fødselsdefekter er vanlig forekommende.