Denne typen allometri beskriver hvordan størrelsen på et trekk endrer seg med endringer i kroppsstørrelse gjennom utviklingen av et enkelt individ, fra ung til voksen. Et eksempel er hvordan hodestørrelsen til mennesker endrer seg med endringer i kroppsstørrelse, fra nyfødt til voksen. Den ontogenetiske allometrien til hodestørrelse hos oss mennesker er et eksempel på negativ allometri.