Lars Gule gikk på ungdomsskole og gymnas i Larvik og startet å studere historie, filosofi og samfunnskunnskap ved Universitetet i Bergen våren 1978. Han ble mag. art. i filosofi i 1987, med historie mellomfag og samfunnskunnskap grunnfag som støttefag. Det faglige fokuset var på Midtøsten og islamsk politisk tenkning; tittelen på magistergraden var ««Adlyd Gud, Hans profet og de med autoritet blant dere». En introduksjon til legitimitetsoppfatninger i klassisk islamsk og moderne arabisk politisk tenkning». I 1987 administrerte han ved fagområdet Midtøstens språk og kultur og ved Senter for vitskapsteori, begge ved Universitetet i Bergen. I 1989 ble han knyttet til Chr. Michelsens Institutts (CMIs) menneskerettighetsprogram som doktorgradsstipendiat og en kort periode som administrator. Han arbeidet senere ved Universitetet i Bergen (Senter for utviklingsstudier) som programkoordinator for forskningsprogrammet (1998–2000).