Som ledd i «krigen mot terror» anklaget amerikanske myndigheter i 2002 Ansar al-Islam for å være bindeledd mellom al-Qaida og Saddam Husseins Baath-regime i Bagdad. Krekar, som fortsatt pendlet mellom Irak og Norge, ble arrestert i Nederland der han satt fire måneder i fengsel før han i januar 2003 vendte tilbake til Norge. Her ble han flere ganger arrestert og avhørt av Politiets sikkerhetstjeneste, som mistenkte Krekar og Ansar al-Islam for å finansiere og organisere terroraksjoner fra Norge. Saken ble overført til Økokrim, som henla den, blant annet av hensyn til vitnenes sikkerhet.