Nilsen undertegnet kontrakt med den 3. april 2014. Kontrakten løper ut 2016. Nilsen spilte første A-lagskamp for Tromsø IL i 2014. Nilsen fikk sin debut i Europaligaen 3. juli 2014, da Tromsø IL slo estiske FC Santos Tartu 7-0. Han scoret sitt første mål 8. April 2018, i en 4-0 seier mot Ranheim.