Den 4. juni 2007 meldte Eidsvold Turn og HamKam på sine nettsider at Tom Kristoffersen skulle spille for HamKam da overgangsvinduet åpnet igjen fra og med 1. juli samme år, og han ble da gjenforent med trener Arne Erlandsen, som også var hovedtrener da Kristoffersen spilte for Lillestrøm. Kristoffersen fikk sin seriedebut for HamKam den 11. august 2007 mot Bodø/Glimt. I 2012 ble han igjen gjenforent med trener Erlandsen. Denne gangen for Ull/Kisa hvor han var fast på laget som overrasket positivt med å ende på kvalifiseringsplss til Tippeligaen. I 2013 hadde han tilbud om å fortsette å spille toppfotball, men etter en lang stund i tenkeboksen bestemte han seg for å signere for Lyn som befant seg i 2. divisjon. I Lyn var han tiltenkt en rolle som midtstopper.