Randall Randy Cunningham / Ninja (uttrykt av Ben Schwartz) er en ny student ved Norrisville High, som blir utpekt av en mystisk kriger for å beskytte skolen og resten av byen. Howard Weinerman (uttrykt av Andrew Caldwell) er Randys beste venn, og den eneste som kjenner hans hemmelige identitet som Ninja. Trollmannen (uttrykt av Tim Curry i Sesong én, og Ben Cross i Sesong to) er en 800 år gammel mester i mørkekunster, som er fast bestemt på å ødelegge sin største fiende: Ninjaen. Hannibal McFist (uttrykt av John DiMaggio) er administrerende direktør for McFist Industries, og en av ninjaens fiender. Willem Viceroy III (uttrykt av Kevin Michael Richardson) er en vitenskapsmann som arbeider for McFist Industries, og er ansvarlig for alle roboter som angriper Ninjaen. Psycho-Bot (uttrykt av Kevin Michael Richardson) er en robot-skorpion skapt av Viceroy, programmert til å kopiere ninjaens bevegelser og følelser. Robo-Apes (uttrykt av John DiMaggio) er to robot-gorillaer skapt av Viceroy, som ofte slippes løs av Hannibal McFist for å angripe Ninjaen. Krackenstein (uttrykt av Fred Tatasciore) er en Frankenstein-robot med 6 armer som forsøker å ødelegge ninjaen. Han var den første roboten som vises i serien Punkbots (uttrykt av Billy Idol i sesong 1, og Robin Atkin Downes i sesong 2) er 3 roboter laget av Viceroy. Ninja-bot er en robot-versjon av Ninjaen.