Retretten gikk relativt rolig for seg frem til krysningen av Bull Run, men den var dårlig håndtert av unionsoffiserene. En unionsvogn tippet over av artilleribeskytning på en bro over Cub Run Creek og skapte panikk i McDowells styrke. Mens soldatene strømmet ukontrollert mot Centreville og kastet sine våpen og utstyr, beordret McDowell oberst Dixon S. Miles' divisjon til å fungere som bakstyrke, men det ble umulig å samle hæren før den var rett utenfor Washington. I uordenen som fulgte ble hundrevis av unionssoldater tatt til fange. En rike eliten fra Washington i nærheten, inkludert kongressmenn og deres familier, forventet en lett unionsseier og hadde kommet på piknik for å se slaget. Da unionshæren ble drevet tilbake i full uorden, ble veiene til Washington blokkert av panikkslagne sivile som forsøkte å flykte i sine vogner.