Justisdepartementets begrunnelse for å henlegge Flynn-saken var at FBIs forhør av Flynn ble utført på et illegitimt etterforskningsgrunnlag, samt at utspørringen var urelatert til, og ikke rettferdiggjort av FBIs etterforskning av Flynn. Sammen med henleggelsen offentliggjorde justisdepartementet dokumenter som beskriver flere uregelmessigheter i saken.