Klee var elev av Martin Luthers nære medarbeider Philipp Melanchthon under reformasjonen, og arbeidet senere som lærer og rektor. Klee var rektor i Zwickau i 1548, i Goslar i 1549 og deretter i Wernigerode inntil han i 1558 ble utnevnt til professor i Wittenberg. Han gav ut læreboken for elevene sine.