Gusenbauers funksjon som partiformann var allerede fra begynnelsen omstridt. Ved nasjonalrådsvalget i 2002 fikk SPÖ bare en fremgang på fire mandater mot ÖVPs 27 mandaters fremgang (på bekostning av FPÖ). Ved nasjonalrådsvalget i 2006 ble SPÖ det største parti i Nasjonalrådet med 35,34 % av stemmene. I januar 2007 ble det dannet en storkoalisjonsregjering med ÖVP, som ble kritisert internt i deler av SPÖ som ikke syntes at SPÖs merkesaker var representert tilstrekkelig i regjeringsprogrammet.