Da landet i 1960 var stilt overfor en økonomisk krise, tiltok Menderes seg utvidede fullmakter, noe som økte den politiske motstanden mot ham. Den 2. mai 1960 ble Menderes avsatt i et militærkupp gjennomført av kemalistiske offiserer. Han ble stilt for retten av det nye regimet og dømt til døden. Han forsøkte å begå selvmord, men lykkes ikke, og ble i 1961 henrettet på İmralı.