Vågeng var administrerende direktør i KS fra 2009 til 2013. Hun gikk av med umiddelbar virkning 14. oktober 2013 som følge av en langvarig konflikt med styreleder i KS, Gunn Marit Helgesen. Hun var daglig leder i Statens institutt for forbruksforskning fra 2013 til 2015.