Hvert program i portsamlingen installeres fra kildekoden. Hver port sin Makefile henter automatisk applikasjonskildekoden, enten fra en lokal disk, CD-ROM eller ftp, pakker disse ut på systemet, installerer "patches", kompilerer og installerer programmet. Denne metoden kan være tidkrevende, siden kompilering av store programvarer kan ta flere timer, men brukeren får da mulighet til å kunne installere brukertilpassede programmer.