I 1941 ble Heye forfremmet til viseadmiral. Fra september til november 1942 var han kommanderende admiral for de tyske marinestyrkene i Svartehavet. Fra april 1944 var han admiral for enheten som omfattet miniubåter, marinens kommandostyrker, sprengningsbåter og kampsvømmere (marinejegere). Han fikk Jernkorsets ridderkors 18. januar 1945.