Johannes Heftye (Joh. Tho.) var sønn av handelsmannen Thomas Johannessen (Ths. Joh.) Heftye (1767–1821/7) og Cathrine Tschudi (1773–1807). Faren var en sveitsisk immigrant som i 1818 stiftet familieselskapet . Han var eldre bror til teolog, grosserer og filantrop Henrik Heftye (1804–1864).