Den fremgangen Nidar hadde hatt gjennom 1920- og 1930-årene, fikk en brå slutt da Norge ble okkupert 9. april 1940. Råvareimporten stoppet helt opp, og råvarelagrene krympet raskt inn. Sjokolade ble et rasjoneringsprodukt, samtidig som skatten på spisesjokolade ble forhøyet til 60 prosent. I 1942 ble administrasjonen nazifisert etter instruks fra Nasjonal Samling. Året etter stoppet sjokoladeproduksjonen helt opp.