Bataljonen var organisert som en infanteribataljon med tre geværkompanier, et støttekompani, et stabskompani og en bataljonsledelse. Bataljonen hadde stående beredskap som del av Brig N i hele denne perioden. Det kom nyutdannede soldater fra infanteriets rekruttskoler i Sør-Norge (Evjemoen, Sessvollmoen og Steinkjersannan) fire ganger i året og bataljonen kunne fokusere utdanning og trening mot beredskapsoppdraget. Fra 1956 fikk bataljonen fast oppdrag om å ha en vakt/ beredskapsstyrke i Skibotn med ett kompani på 3 mnd rotasjonsbasis. Dette oppdraget inngikk som en del av forsvarsplanen for Lyngen linjen. Helligskogen og Brennfjell leir var en viktig del av soldatlivet i 2. bataljon på denne tiden. Oppdraget i Skibotn ble terminert i 1994 som følge av den kalde krigens slutt.