Weylers politikk sviktet også på grunn av opprøret på Filippinene i 1897 som krevde at mange spanske tropper måtte flyttes fra Cuba til Filippinene. Da den spanske statsministeren Antonio Cánovas del Castillo ble myrdet i juni 1897, mistet Weyler også sin fremste politiske støttespiller i Spania. I desember 1897 sa han derfor opp sin stilling som guvernør på Cuba og vente tilbake til Spania. Her tjente han som krigsminister i tre ulike perioder fram til 1907.