I 1823 starta en borgerkrig i landet; på den ene sida sto de republikanske byene San José og Alajuela, som ville ha en selvstendig costaricansk stat, og på den andre sida Cartago og Heredia, som ønsket å være en del av det meksikanske imperiet. 5. april 1831 okkuperte josefinerne og alajuelerne daværende hovedstad Cartago, og den republikanske kommandanten Gregorio José Ramírez y Castro beslutta at San José skulle være hovedstad. Denne statusen beholdt byen fram til 1834, da igjen trådte i kraft, og Alajuela ble hovedstad. I 1835, i den såkalte liga-krigen, ble San José angrepet av styrker fra Cartago, men byen klarte å forsvare seg.