Han hadde examen artium fra Sorø Akademi fra 1932 og var cand.pharm. fra 1939. Han var først ansatt ved forskjellige apoteker, ved Medicinalcos forsøkslaboratorium 1947–1949 og var landsapoteker på Færøyene 1949–1971. Magnussen var også en tid lærer ved sykepleierskolen ved Dronning Alexandrines hospital i Tórshavn. Han var formann i Collegium Academicum Færoense 1955–1966 og Dansk-Færøsk Samfunds kontaktledd på Færøyene fra 1960.