I tillegg til dette har ulike bakterier forskjellig mikroskopisk utseende og deles da gjerne inn i klasser i henhold til fremtoning. En bakterie som er kuleformet eller sirkulær i utseende kalles kokk. Kokker kan igjen grupperes avhengig av om de vokser i par, kjeder eller fire og fire, eller i klaser. En avlang eller sylinderformet bakterie kalles stav. Det finnes også mer sjeldne morfologiske typer spiralformede og filamentære bakterier.