Lysosomer bryter ned cellulært avfall, skadde makromolekyler og skadde organceller. v.h.a. en prosess kalt autofagi får lysosomet levert til seg "søppel" til degradering. Næringsstoffer som fett, karbohydrater og proteiner brytes ned til mindre byggesteiner. Også døde og skadede celler i kroppen blir brutt ned i lysosomet før de eventuelt blir byttet ut med nye. Lysosomet er cellens selvødeleggelsesverktøy som ødelegger cellen når den fungerer dårlig og bør skiftes ut. Cellens egne lysosomer vil til slutt bryte ned sine egne enzymer.