Opprinnelsen til en bosetning av noe slag ved Scone er ukjent, selv om den antas å være i tidlig middelalder. Opprinnelsen kan være før-romersk, ettersom det er mange hentydninger på et veletablert og sofistikert jernalderfolk som blomstret i denne delen av Skottland. Direkte bevis mangler imidlertid, og derfor antas Scones historie å begynne i kjølvannet av den romerske utgangen fra skotsk historie. Det kan ha vært en landsby, et religiøst sentrum eller til og med et maktsete basert i Scone fra så tidlig som på 500-tallet e.Kr., og hvor Scone utviklet seg til å bli etbetydningsfullt og fremtredende på 900-tallet som satte spor i de historiske opptegnelsene under sammenslåingen av det piktiske og gæliske folk og riker. Scone spilte på dette tidspunktet en avgjørende rolle i dannelsen og styringen av det gamle kongeriket Skottland. På 900-tallet kom Kenneth MacAlpin østover til Scone, og hadde med seg en hellig relikvie og kroningsstein. Stone of Scone hadde stor betydning for det gamle skotske riket ved å være et symbol på skotsk suverenitet, noe som definerte skottene og deres land som en nasjon. I henhold til deres nasjonale legende var steinen, en plate av sandstein, brukt av den bibelske figuren Jakob som en hodepute da han drømte om en stige som nådde opp til himmelen. Denne steinen ble deretter fraktet til Skottland via Egypt, Spania og Irland. Ettersom steinen ble holdt ved Scone, fikk den navnet, Stone of Scone.