Kong Ferdinand anerkjente Balboas innsats og påla Pedrarias Davila å behandre Balboa med respekt. Davila var nødt til å sette Balboa fri igjen. I stedet bant han Balboa til seg ved formelt å gifte bort sin datter, som befant seg i Spania, til Balboa. Med den nye svigerfar-svigersønn-relasjonen fikk de et tilsynelatende godt forhold til hvernandre. Men Pedrarias ventet tydeligvis fremdeles på en anledning til å få tatt Balboa. Han var fortsatt bekymret for Balboas innflytelse over de gamle kolonistene og hans iver etter å utforske Sydhavet.