Columba var av kongelig slekt, i O'Neill-klanen. Hans opprinnelige navn var enten (= due) eller (= rødrev). Hans mor Ethne skal ha nedstammet fra kong Cathoair Mór i Leinster. Hans far Fedilmidh var oldebarn av helten Niall Noígiallch (= Njål av de ni gisler). Det ble tidlig bestemt at Columba skulle bli prest, og han ble derfor sendt til en prest for å få en passende oppdragelse. Etter utdannelse i Moville ble han ordinert til diakon, og fortsatte så utdannelsen i Leinster.