Nesten hele Tyskland ligger innenfor nedbørfeltet til en av de seks store elvene Rhinen, Donau, Elben, Oder, Weser og Ems. Donau er med sine 2845 km fra kilden i Donaueschingen til utløpet i Svartehavet Europas nest lengste elv (etter Volga). De fem andre renner ut enten i Nordsjøen eller i Østersjøen; altså går hovedvannskillet i Europa gjennom Tyskland. Dette vannskillet går fra øst for Oberrheingraben over Schwarzwald og de schwabiske og frankiske alpene.