Den øverstkommanderende for hjemmeflåten fikk et ekstra NATO-ansvar som øverstkommanderende av Østlige Atlanerhav (CINCEASTLANT), som en del av den allierte kommando (SACLANT) da NATOs militære kommandostruktur ble etablert i 1953. CINCEASTLANT ble opprettet ved Northwood-hovedkvarteret nordvest i London. Den øverstkommanderende hjemmeflåten flagget likevel i Tyne ved Portsmouth. Under øvelse «Mainbrace» i 1952 kom NATOs marinestyrker for første gang sammen for å øve på forsvaret av Nord-Europa, Danmark og Norge. De resulterende vanskelighetene med Atomenergiloven av 1946 (også referert til som «McMahon Act») forårsaket av potensiell britisk kontroll over den amerikanske marinens angrepsvåpen bevæpnet med atomvåpen førte til innen utgangen av 1952 av opprettelsen av en egen angripsflåte for Atlanterhavet (), direkte ansvarlig overfor sjefen for den amerikanske marinens Atlanterhavsflåte, i hans NATO-posisjon som SACLANT. HMS «Maidstone», et depotskip for ubåter, var flåtens flaggskip i 1956.