Fjorden har innløp mellom Totsholmen i øst og Bardodden på Midtøya i vest. Herfra strekker fjorden seg generelt nordover, men har en rekke viker og oser langs hele lengden, i tillegg til flere små øyer. Like innenfor innløpet ligger Russøya og rett øst for denne igjen ligger deler av tettsteden Moster ved Grindheimvågen. Mosterhamn ligger på andre siden av øyen ved Bømlafjorden. Fra Børøyfjorden kommer en gjennom Tungholmsundet til Håvikosen og Håvikvågen. Fra Håvik innerst i Håvikvågen, stigger Siggjo rett opp til 474 meter over havet. Ved Tungeholmsundet går Røyksundkanalen som fører nesten to kilometer østover til Spyssøysundet og Gassasundet vest for Spyssøya. Vest for Håvik og Siggjo ligger Finnåsvika og innerst i vika ligger grendene Finnås og Sakseid. Fra Sakseid går Kulleseidkanalen ut til Trøytarosen, Vornesosen, Hiskosen og sør for Hiskjo ut mot havet. I Finnåsvika ligger Ulvesøya og sør for denne Børøy, som har en liten grend lengst sør.