Fra 1860 ble det diskutert i Danmark om anvendelsen av panser i krigsskipene, inspirert av byggeprogrammene i Frankrike og England. Etter slaget ved Hampton Roads i mars 1862 var panserskipenes fordeler blitt åpenbare. Det ble derfor besluttet å bygge ferdig «Peder Skram» som en pansret fregatt. I første omgang konsentrerte Orlogsværftet på å gjøre ombyggingen av linjeskipet «Dannebrog» ferdig. Først sommeren 1863 ble byggingen av «Peder Skram» gjenopptatt. Panserplatene ble levert fra England og ble tilvirket hos Baumgarten & Burmeister, som også leverte dampmaskinen. Den var den hittil kraftigste på et dansk krigsskip. Skroget ble utformet slik at det ble et innhakk i pansringen akter, dermed ble det mulig å flytte kanoner fra bredsiden, om det var nødvendig å skyte bakover (se illustrasjon). Skipet ble oppkalt etter sjøhelten admiral Peder Skram. Skipets konstruktør var Otto Fredrik Suenson.