Sammen med James Augustus Grant dro Speke i oktober 1860 til Zanzibar. Da de kom til Uganda skilte de midlertidig lag, Speke dro rundt vestsiden av Victoriasjøen (uten å se mye av den) og fant på nordsiden at den fløt ut i Nilen. Han seilte nedover den og ble på veien gjenforenet med Grant. De kom til Gondokoro i sydlige Sudan, der møtte de Samuel Baker med kone. De fortsatte til Khartoum, derfra sendte han et triumferende telegram til London: «The Nile is settled» («Nilen er avgjort»).