Pomponazzis ideer fikk en enorm innflytelse etter hans død. Spesielt falt hans teori om at sjelen dør med kroppen i god jord hos 1600-tallets ateister og han ble sett på som en fremmer av intellektuell frihet på en tid da den katolske kirkas dogmer fremdeles var basert på Thomas Aquinas' fortolkninger av Aristoteles. På den annen side beskyldte Pomponazzis mange og innflytelsesrike motstandere ham for å underminere den organiserte religionen, bane veien for lutherdom, materialisme og positivisme.