Godzilla er en egen naturkraft i Japan. Godzilla Prediction Network (GPN) forsøker å studere monsteret, og forutsi hvor den kommer til å slå til neste gang. I mellomtiden oppdager forskerne fra Crisis Control Intelligence (CCI) et seksti millioner år gammel Uidentifisert flygende objekt i Japangropa. Når CCI forsøker å få tak i objektet for å studere den videre, flyr objektet av seg selv mot Himmelen. Godzilla ankommer kort tid senere en landsby, og slåss deretter mot Japans forsvar.