E6 går gjennom kommunen fra sørvest mot nordøst. Veien forbinder kommunen med Målselv i sør og Storfjord i øst. E8 er hovedvei fra Finland til Tromsø og deler strekningen fra Skibotn til Nordkjosbotn med E6 og går derfra langs Balsfjordens østside mot Tromsø. Balsfjord kommune har to veiforbindelser til Tromsø, E8 og Fylkesvei 858. Fylkesveien tar av fra E6 i Sørkjosen, gjennom Storsteinnes og videre til Malangseidet og inn i Tromsø kommune nordligst på halvøya. Der føres fylkesveien i en undersjøisk tunnel over på Kvaløya som har bruforbindelse til byen Tromsø. Fylkesvei 7892 fører langs vestsiden av halvøya. Fylkesvei 87 går gjennom Tamokdalen lengst øst i kommunen til Øverbygd i Målselv.