Selv om Sobek ble dyrket i Det gamle rike var det først under Mellomriket (ca 2055–1650 f.Kr.) han ble dominerende, mest kjent under kong Amenemhat III i det tolvte dynasti. Han hadde en særlig interesse for regionen Faiyum, en region som var sterkt assosiert med Sobek. Amenemhat og mange av hans dynastiske samtidige var opptatt med byggeprosjekter for å fremme Sobek, prosjekter som ofte ble utført i Faiyum. I denne perioden gjennomgikk Sobek også en betydelig endring: han ble ofte fusjonert med Horus, guden med falkehode som var tilknyttet det guddommelige kongedømme. Det brakte Sobek enda nærmere de egyptiske kongene, og derigjennom ga ham en plass med større betydning i den egyptiske gudeverden. Denne sammensmeltningen med Horus la en finere nivå av kompleksitet til gudens vesen da han ble adoptert i den gudommelige triaden med Horus og hans to foreldre, Osiris og Isis.