Ján Sokol gikk på videregående skole i Topoľčany. Han studerte teologi og filosofi i Bratislava og ble ordinert til katolsk prest av biskop Ambróz Lazík, apostolisk administrator av Trnava, den 23. juni 1957 i det som senere ble erkebispedømmet Bratislava-Trnava. Han var først pastoralt aktiv i Šurany til 1958, og deretter i Levice fra 1958 til 1960. Fra 1960 til 1966 tjenestegjorde han som sogneprest i Bratislava-Nové Mesto, deretter fra 1966 til 1968 i Štúrovo. Fra 1968 til 1970 tjente han som prefekt i presteseminaret i Bratislava. Fra 1970 til 1971 var han sogneprest i Sered, til 1975 som dekan der.