Flyplassen betjenes av Widerøe, med to daglige avganger til Tromsø og Honningsvåg, samt en daglig avgang til Hammerfest og Vadsø, som alle drives som anbudsruter, subsidiert av Samferdselsdepartementet. Det reiste 23 261 gjennom Mehamn lufthavn i 2019, som betjener hele Lebesby og Gamvik kommuner.