Biskopen av Basel, Jakob Christoph Blarer von Wartensee, flytta sitt bispesete til Porrentruy i Jurafjellene i 1529, etter at Basel blei protestantisk. I 1581 gjenvant bispedømmet Bir-dalen sørvest for Basel. I Appenzell eksisterte begge trosretninger side om side, mer eller mindre fredfullt, helt til lekbrødre fra kapusinerordenen gjorde forsøk på å omvende protestantene. Dette resulterte i en oppdeling av kantonen i 1597: i den katolske Appenzell Innerrhoden, og den protestantiske Auserrhoden. Begge fikk hver sin representant i Tagsatzung.