Meagher ble valgt som parlamentsrepresentant for Waterford, den første katolikk valgt til dette på mer enn to hundre år. På 1840-tallet deltok han i kampanjen for å oppheve unionen med Storbritannia og i 1845 var han blant mennene som stiftet bevegelsen Young Ireland, en gruppe som sto for en radikal linje i kampen for irsk hjemmestyre. Meager ble etter hvert tilhenger av irsk selvstendighet.