Semmelweis døde bare to uker etter innleggelsen i Döbling. Ifølge obduksjonsrapporten var dødsårsaken blodforgiftning etter en mindre sårskade han hadde fått gjennom sitt arbeid kort før innleggelsen. Andre beretninger antyder at han hadde vært i håndgemeng med personalet. Medisinhistorikeren Georg Silló-Seidl har undersøkt kliniske dokumenter i arkivet til og fant ikke dokumentasjon på at Semmelweiss skal ha vært infisert. Da de jordiske restene etter Semmelweiss ble undersøkt i 1963, ble det funnet flere frakturer på hendene, armene og brystkassa hans, noe som stiller obduksjonsrapporten i et underlig lys. Den amerikanske Semmelweis-biografen Sherwin Nuland og andre går ut fra at pleierne i Döbling har slått og sparket Semmelweis.