Trening av Kaiten-piloter, som ofte var kadetter fra den japanske marinens flyvåpen, begynte i august 1944. Den første operasjonen var mot amerikanske skip som lå ankret ved øyen Ulithi 20. november samme år. Den japanske styrken som bestod av to moderskip med til sammen åtte Kaiten senket den amerikanske oljetankeren USS «Mississinewa», men med store egne tap. I tillegg til alle Kaiten gikk undervannsbåten I-37 tapt i angrepet. Neste operasjon ble utført 11. januar 1945 mot amerikanske ankringsplasser ved Hollandia, Kossolstredet, Manus og Ulithi. Japanerne mistet 19 Kaiten og undervannsbåten «I48», og undervannsbåten «I56» ble drevet tilbake av amerikanske styrker uten å få sluppet sine Kaiten. Amerikanerne led ingen tap.