I sin presidenttid beholdt Mubarak et nært diplomatisk forhold til USA, og fredelig forhold til Israel. Til gjengjeld USA gav Egypts regjering økonomisk og militær støtte, noe som var upopulært i store deler av befolkningen. Mubarak forbød flere politiske opposisjonsgrupper, særlig det innflytelsesrike Det muslimske brorskapet. Mubarak ble valgt til president i 1987 og gjenvalgt i 1993, 1999 og 2005, gjennom valg som ikke har vært anerkjent som frie. Mubaraks styre regnes som diktatorisk, siden i alle presidentvalg fram til 2005 kunne velgerne bare stemme ja eller nei til kandidaten som var utpekt av parlamentet. Mubarak har ifølge BBC overlevd seks attentatforsøk.