Etter nellikrevolusjonen vendte Soares tilbake til Portugal. Han ble utenriksminister i de midlertidige regjeringene fra mai 1974 til mars 1975. Han ble dermed involvert i forhandlingene om uavhengighet for Portugals kolonier i Afrika: Angola, Guinea-Bissau, Kapp Verde, Mosambik og São Tomé og Príncipe. Soares gikk ut av regjeringen og protesterte mot kommunistenes innflytelse, blant annet i den sosialistiske pressen.