Bindesbøll fikk større innflytelse som designer og kunsthåndverker enn som arkitekt. Han hadde et bredt spekter av interesser og arbeidet med dekorasjon av fasader, boktrykkerkunst/bokomslag, møbelkunst, broderimønstre m.m. Videre tegnet han utkast til sølvtøy, lamper og lysekroner. Han står også bak glassmosaikkvinduer i Viborg domkirke.