Selv før prototypene av Ar 232 ble fullført i 1941 hadde prosjektet som gjaldt Focke-Wulf Fw 190 byttet motorer til BMW 801A/B, som fikk rykte på seg for å være en pålitelig og solid motor. Produksjonen av BMW 801 viste seg derimot ikke tilfredsstillende nok til å kunne brukes på Ar 232, så man måtte finne et nytt motoralternativ. Til slutt ble motoren BMW Bramo 323 valgt, som også ble brukt på Junkers Ju 352 og som var den eneste virkelige brukbare motoren i produksjon da behovet var tilstede. Derimot hadde produksjonen av de to første prototypene av Ar 232 kommet så langt at et omfattende motorbytte av denne typen ville forsinket programmet ytterligere. Derfor ble de to første versjonene levert med to BMW 801A/B–motorer under betegnelsen mens den tredje prototypen og den ytterligere bestilte versjonen kom med fire BMW Bramo 323–motorer under betegnelsen Firemotorsversjonen hadde forlengede vinger, og et lengre lasterom for å beholde riktig tyngdepunkt.