Nicky Weaver ligadebuterte for City i ligaåpningen av 1998-99 sesongen, mot Blackpool, og holdt buret rent (3-0, foran 32 134 tilskuere). Weaver satte ny klubbrekord den sesongen ved å ikke slippe inn mål i 23 kamper (dette kalles «clean sheets» i England). Han ble også en av de store profilene da Manchester City vant Play-off finalen mot Gillingham FC på Wembley, og rykket opp fra 2. divisjon. Weaver reddet en avgjørende straffe. Etter kampen la han ut på en ellevill jubelrunde rundt banen, noe som fortsatt snakkes om blant Citys supportere.