Fra 1962 deltok han på Det andre Vatikankonsil. Kardinal Larraona Saralegui fikk da ry på seg for å være en fast og streng konservativ, og det omdømmet vedvarte også etter konsilet. I motsetning til den progressive fløy, tok det sin tid før den konservative retning blant konsilsfedrene organiserte seg, i .