Seksuell seleksjon kan også skape konflikt mellom kjønnene, ofte kalt kjønnskonflikt. Denne oppstår når et trekk som øker reproduksjonssuksessen for det ene kjønnet, kommer på bekostning av det andre kjønnets fitness. For eksempel kan en hanns utholdende kurtiseatferd eller fysiske tvang føre til at hunnens reproduktive suksess (eller overlevelse) reduseres. Slike konflikter kan resultere i en slags "våpenkappløp" mellom kjønnene, der hver part utvikler motmekanismer mot den andres strategier.