I midten av 1630-årene oppga han således sine sekulære interesser og tilbrakte resten av livet som sogneprest i det lille prestegjeldet Fugglestone St Peter med landsbyen Bemerton i nærheten av Salisbury. Han var kjent for sin omsorg for sin menighet, kom til de som var syke og skaffet mat og klær for de trengende. Poeten Henry Vaughan beskrev ham som «en strålende helgen og profet». Han ble aldri noen rik mann, og døde tidlig i en alder av kun 39 år av tæring.