Fra 1808 til 1813 kjempet Halkett i den spanske selvstendighetskrigen, bortsett fra i 1809 hvor han deltok i den britiske ekspedisjonen til Walcheren. Han ledet styrker i slaget om Albuera i Carl von Altens uavhengige KGL brigade. Da hans bror ble forfremmet til å lede brigaden tok Hugh Halkett over kommando over The 2nd Light Infantry Battalion. I slaget om Salamanca kjempet hans bataljon i John Hopes 7. divisjon. Under felttoget ved beleiringen av Burgos utmerket han seg i slaget om Venta del Pozo. I 1813 sluttet han seg til den nye hannoveranske arméen. I slaget ved Göhrde ledet han en brigade av tropper fra Hannover i greve Ludwig von Wallmoden-Gimborns armé. I kampene ved Sehested erobret hans styrker en dansk fane.