Byen ble grunnlagt på begynnelsen av det 17. århundre av Mikołaj Zebrzydowski. De naturlige terrengforholdene ble utnyttet til byggingen av et kapell- og kirkekompleks, som danner et kalvarium, og siden 1700-tallet er Kalwaria Zebrzydowska et valfartssted for katolikker. Det besøkes årlig av 1 million troende, og er blitt besøkt av blant annet Pave Johannes Paul II og Pave Benedikt XVI.