I møte med den pågående stillhet fra «de profesjonelle», følte et antall lekfolk med sterke religiøse interesser, som den religiøse forfatteren Andreas Daniel Pedrin (1823–1891) og postkontrolløren og forfatteren Jørgen Christian Theodor Faber (1824–1886), at de måtte ta et offentlig oppgjør med Magnús' synspunkter. I Danmark som helhet hadde Magnús' seneste skrifter provosert fram en utstrakt rekke av reaksjoner. Disse strakte seg fra radikal avvisning til åpen sympati for Magnús og hans budskap. På hans hjemland Island var reaksjonen på Magnús bortimot fullstendig besk og avvisende. Der framprovoserte hans meget omdiskuterte bok om Johannesevangeliet (1863) en heftig strid: ikke bare teologer som Sigurður Melsteð (1819–1895) men også fra de katolske prestene Jean-Baptiste Baudoin (1831–1875) og Bernard Bernard (1821–1895) følte seg presset til å vise sin motstand mot ham. I Sverige, derimot, fant Magnús mer sympati, takket være den «fritenkende prest» Nils Johan Ekdahl (1799–1870), som oversatte to av Magnús' bøker til svensk. Det var ikke tilfeldig at i 1877 kom Magnús' siste utgivelser i svenske aviser og tidsskrifter, mest kjent er tidsskriftet .