Ved slutten av hver dag må Olimar stoppe alt annet arbeid, og bringe tilbake så mange Pikminer man klarer tilbake til leiren slik at de kan flykte fra planetens nattlige rovdyr. Enhver Pikmin som ikke kommer tilbake til basen før solnedgang, blir spist opp av rovdyr hver natt. På dette tidspunktet skal Olimar skrive en daglig oppdatering til skipsloggen sin. Etter hvert som flere deler gjenvinnes, får romskipet deres tilbake mer av sin funksjonalitet - og kan etter hvert bringe Olimar til opp til fire nye områder på planeten, for å finne de gjenværende delene man trenger.