Hans første rådgivere var fyrst Felix Schwarzenberg og grev Stadion, som ville gjennomføre en konstitusjonell helstat med likestilling for alle folkeslag og tidssvarende omdannelse av forvaltning og rettspleie, men uten aktelse for landenes historiske rettigheter. En fellesforfatning på dette grunnlag ble utstedt 4. mars 1849, og snart etter gav seieren ved Novara fred i Italia og gjenopprettet Østerrikes makt her, mens et møte i Warszawa med keiser Nikolaj I gav Franz Joseph en russisk hjelpehær til å undertrykke Ungarns frihetskamp. miniatyr|Franz Joseph I, malt av Eduard Klieber, 1851 Men disse seirer førte regjeringen inn på et strengt militærregimente, og snart oppgav man alle planer om politisk frihet og om oppfyllelse av nasjonalitetenes ønsker. I 1851 ble de frisinnede ministre fjernet, og fra 1. januar 1852 ble eneveldet gjeninnført; et strengt sentraliserings- og fortyskningssystem ble regjeringens program. I 1855 gav konkordatet den katolske kirke ikke bare utstrakt selvstendighet, men også store forrettigheter fremfor andre trossamfunn og viktig innflytelse i staten. Josef IIs politikk overfor kirken ble således oppgitt for at keiseren kunne vinne kirkens støtte overfor sine folk.