ILO har sekretariat i Genève, og ledes av en generaldirektør som velges for fem år av gangen. Den 25. mars 2022 ble Togos tidligere statsminister Gilbert Fossoun Houngbo valgt til ny generaldirektør i ILO. Hans forgjenger Guy Ryder ble valgt til ILOs øverste leder i oktober 2012, og gjenvalgt for en ny femårsperiode i november 2016. Ryder har blant annet bakgrunn fra internasjonalt fagforeningsarbeid.