Embaló stilte som kandidat ved presidentvalget for partiet Movimento para Alternância Democrática (Bevegelsen for alternativt demokrati, Madem G15) Han fikk 27% av stemmene i første valgomgang og gikk videre til andre runde. Det offisielle valgresultatet viste at Embaló vant andre valgomgang med 54% av stemmene mot en annen tidligere statsminister, Domingos Simões Pereira som fikk 46%. Selv om verken høyesterett eller parlamentet hadde godkjent det organiserte Embaló selv en offisiell innsettelse av seg selv som president på et hotell i Bissau. Flere av politikerne i Guinea-Bissau, inkludert statsminister Aristides Gomes, anklaget Embaló for å gjennomføre statskupp, men den avtroppende presidenten Mário Vaz trådte til side og tillot Embaló å overta makten.