Nå var Mikael tydelig helt ute av stand til å styre det smuldrende keiserriket. Han ble avsatt den 13. desember 1349 av Niketas Scholares som han hadde vært nødt til å sette fri fra fengslet. Som ny keiser valgte Niketas og hans tilhengere Mikaels nevø Johannes, sønn av Basileios Megas Komnenos, som var blitt sendt til Trapezunt fra Konstantinopel av keiseren der, Johannes VI Kantakouzenos. Han ankom den 22. desember 1349 og ble kronet under navnet Alexios III Megas Komnenos.