Boetto døde av hjerteinfarkt i sin erkebiskoppelige residens den 31. januar 1946, i en alder av 74 år. Rekviemmessen ble celebrert fem dager etter, den 4. februar 1946, av biskop Pasquale Righetti i San Lorenzo-katedralen; biskop Giuseppe Siri stod for gravtalen. Boetto ble begravd i domkirkens krypt.