I 2010 skrev media om en mangeårig konflikt i den katolske kirke, der det kom frem at den katolske kirke siden midten av 1990-tallet hadde gjennomført en intern prosess mot Pollestad knyttet til påstander om at han skal ha begått «misbruk av voldelig og seksuell art» mot en annen katolsk prest som på tidspunktet for hendelsene var prestestudent. Ifølge medieomtalen hadde prosessen startet i 1996 og var grunnen til at Pollestad ikke lenger hadde sentrale posisjoner i kirken i Norge, og til at han forlot Norge i 2005. Pollestad selv har imøtegått påstanden. Saken ble av media også satt i forbindelse med at Pollestad gjennom sitt forfatterskap ble oppfattet som liberal i synet på homofili. Pollestads kritikere ble beskrevet som tilhørende den konservative fløyen i kirken. Den katolske kirke i Norge opplyste i mars 2019 at Pollestad i 2010 hadde søkt om laisering og om å bli løst fra sitt ordensløfte, at søknaden hadde blitt innvilget av paven i 2015, men at avgjørelsen på grunn av en saksbehandlingsfeil først hadde blitt meddelt Pollestad i oktober 2018.