For marine økosystemer på sokler forventes det i fremtiden trusler på grunn av ekstremvær og havnivåstigning, noe som forventes å gi fragmentering og tap av habitater. Våtmarker ved kysten kan ha mulige tilbakekoblinger til klima, fordi disse områdene normalt sett opptar og binder karbon. Overgjødsling og forurensning, samt høyere temperaturer i kystnære farvann forventes å gi eutrofiering og gi områder med oksygenunderskudd, noe som skader levende organismer. En annen skadelig virkning fås fra plastsøppel i havet. Med en global oppvarming på 2 °C forventes det at utbredelsen av korallrev vil reduserer mer enn 99 %.