Menstruasjonssyklusen er styrt av forskjellige hormoner som dominerer i blodet i ulike deler av syklusen. I den første halvdelen skilles et follikkelstimulerende hormon (FSH) ut fra hypofysen og østrogen fra eggstokkene virker på livmoren. I andre halvdel produserer hypofysen et luteiniserende hormon (LH), og det dannes progesteron i eggstokkene.