Miguel Ayuso Guixot sluttet seg til Comboni-misjonærene og avla sine løfter den 2. mai 1980 ved . Etter å ha studert filosofi og teologi, ble han ordinert til prest den 20. september 1980. Ayuso tok arabiske og islamske studier (Det pavelige institutt for arabiske og islamske studier - PISAI; Diplom 1982) og tok sin doktorgrad i dogmatikk i 2000 ved det teologiske fakultet i Granada (Facultad de Teología de Granada).