På 1000-tallet kom det muslimske pogromer (jødeforfølgelser) mot jødene i Spania, i Córdoba i 1011 og i Granada i 1066. Påbud som ga ordre om at synagoger skulle ødelegges fant sted i Egypt, Syria, Irak og Jemen. I områder som Jemen, Marokko og Bagdad ble jøder tidvis tvunget til å konvertere til muslimer eller bli henrettet om de nektet. Almohadene, som hadde tatt kontroll over det meste islamske Iberia ved 1172, overgikk almoravidene i fanatisme, og de truet og straffet dhimmiene meget strengt. Jøder og kristne ble utvist fra Marokko og islamske Spania. I valget mellom død eller konvertering utvandret de fleste jødene. En del, slik som Maimonides og hans familie, flyktet sørover og østover til mer tolerante muslimske land, mens andre dro nordover i håp om å finne en viss trygghet blant de voksende kristne kongedømmene i Europa.