Pytagoras skal ha lagt stor vekt på sjelen og dens evne til å overleve etter døden. Dette er tanker og ideer han kanskje har hentet fra læreren Ferekydes og fra orfisme. Etter døden drar sjelen videre og kan ta bolig i et nytt menneske eller et dyr, gjennom reinkarnasjon. Dette gjør at alt levende må være likeverdig og må behandles med respekt. Følgere av Pytagoras skal ha blitt lovet et godt liv etter døden, basert på et strengt etisk levesett, en grunnleggende tanke han også delte med orfistene.