I mai 1944 fikk Burger i oppdrag av Eichmann å fullføre deportasjonene fra den tidligere italienske okkupasjonssonen. Jødiske innbyggere på øyene ble deportert til slutt. På dette tidspunktet hadde de allierte tatt kontroll over Roma. På de joniske øyene protesterte noen tyske militære kommandantene av strategisk grunner og dels av moralske grunner. De 1795 jødene på Korfu ble 8. juni 1944 satt på den tyske marinens lektere og ført mot Athen der de ankom 21. juni og straks deportert til Auschwitz. De lokale greske myndighetene på Korfu annonserte frydefullt at de endelig var kvitt jødene. De 275 jødene på Zakynthos overlevde etter at den tyske kommandanten Paul Berenz unnlot å gjennomføre deportasjonen. Press fra borgermesteren og fra biskop var trolig medvirkende til Berenz' beslutning. De 340 jødene på Kreta ble satt på en tysk båt mot Pireus 7. juni; båten ble senket av britisk marine og alle omkom. Deportasjonen fra Dodekanesene ble gjennomført til slutt.