Han ble fratatt sitt domprostembete, sitt lektorat ved Corpus Christi og andre posisjoner, men han overlevde dronningens regime uten å gå i eksil – noe som skaffet ham aggresjon fra de protestanter som var nødtvungent til å forlate landet og som idealiserte deres trosfeller som ble martyrer under dronningen. Parker forsøkte å unngå å bli utnevnt til erkebiskop av Canterbury som dronning Elizabeth I av England hadde utpekt for ham så snart hun ble kronet.