Til tross for det fortrolige forholdet mellom Christian og Valkendorf kom det etter hvert til konflikt om emner som kirkelig handel, skattefrihet og geistlig domsmyndighet. Valkendorf døde i Roma, trolig av en pest som herjet byen, mens han var på vei for å legge frem sin sak for paven. Valkendorfs gate ved Øya i Trondheim er oppkalt etter han.