Clausewitz ble forfremmet til generalmajor i 1818 og utnevnt til direktør for Kriegsakademie i Berlin, hvor han tjenestegjorde frem til 1830. I løpet av det siste året hans der, brøt det ut flere revolusjoner i Europa, og en krise i Polen medførte snart en annen stor europeisk krig. Clausewitz ble utnevnt til sjef for den eneste hæren som Preussen var i stand til å mobilisere, som raskt ble sendt til den polske grensen. Han døde senere under et utbrudd av kolera i 1831. Historikeren Wilhelm von Schramm antar imidlertid at Clausewitz omkom av hjertesvikt, idet døden inntraff svært plutselig – i løpet av ni timer – og at han forut for dødsfallet hadde vært i karantene og ikke hadde vist tegn til foregående sykdom.