Rognoni ble født inn i en kjent musikerfamilie. Han var først kapellmester hos fyrst Francesco Filiberto av Masserano, fra 1613 i tjeneste hos regenten av Milano og fra 1620 kapellmester i kirka . Rognonis samtidige, forfatteren Girolamo Borsieri, beskrev ham som en fremragende fløytist og fiolinist.