Under marineangrepet på byen Tyr i Fønikia kommanderte han skipene på venstre side. Muligens fikk han denne kommandoen for at Parmenion ikke var tilstede, men det er ingen indikasjoner at han overgått sin tidligere overkommanderende ettersom ved slaget ved Gaugamela den 1. oktober 331 f.Kr. var Krateros igjen underlagt Parmenion. I løpet av dette slaget ledet han igjen falanksen på venstre side.