En kvinne i fangenskap som er tvunget til å avle frem mutante barn er ikke i stand til å gi sunt avkom etter å ha fått en dødfødt baby. Kvinnen blir drept av kannibalen Papa Hades, leder for den innavlede mutant-klanen som bor i en kjernefysisk forurenset landsby i New Mexico som blir kalt for Sektor 16. Det amerikanske forsvarsdepartementet sender militæret for å ta igjen kontroll over området, og utrydde alle som var igjen av den mutante klanen. Oberst Lincoln Redding og en trio av forskere arbeider i området for å installere et overvåkningssystem, men de blir raskt angrepet av mutantene.