Holmen begynte sin karriere som ung fotballspiller i Henning Idrettslag, og i 1991 meldte han overgang til Steinkjer Fotballklubb, hvor han forble i fire år og blant annet spilte sammen med Petter Singsås. I 1995 dro Holmen videre til Hamarkameratene, hvor han fikk kamper i Tippeligaen under trener Peter Engelbrektsson. Året etter ble Holmen med Hamar-laget ned til førstedivisjon før han ved sesongslutt dro videre til Gjøvik-Lyn.