Arius og hans støttespillere begynte dog snart å gjøre ting vanskeligere for Athanasius. Etter at Konstantin den store i 330 gjorde Konstantinopel til hovedstad mistet patriarkatet Alexandria mye av sin status. Samme år hadde Eusebius av Nikomedia vendt tilbake fra eksil, og han klarte å overtale keiseren til å skrive til Athanasius for å få opphevet ekskommunikasjonen av Arius. Athanasius nektet, og forklarte sin avgjørelse til keiseren med at kirken ikke kunne ha kommunion med en person som angrep Kristi guddom.