Knudsen har fra 1998 arbeidet i Stockholm, først som forskningschef ved Södertörns högskola (1998–2001), der han ledet arbeidet med å planlegge forskerutdanningen og opprettelsen av forskerskolen BEEGS (Baltic and East European Graduate School), senere som professor i statsvitenskap samme sted. Han ble tilknyttet Utrikespolitiska Institutet i Stockholm som forskningschef fra 2003. Fra 1998-2004 var han for i .