I 1882 ble oppløst, og i stedet ble det etablert tre prefekturer (Sapporo, Hakodate og Nemuro). Noen få år etter ble disse avviklet, og i 1886 ble det statlige Hokkaido-agenturet opprettet for å konsolidere øyas infrastruktur. Det ble laget en tiårsplan for systematisk utvikling. Veier, havner og jernbaner ble bygd. Ferjesambandet mellom Honshu og Hokkaido ble opprettet, og urbane områder over hele øya vokste frem.