Auditørkorpset ledes av en , som har en som stedfortreder. Korpset har to avdelinger med etterforskningskapasitet og et juridisk sekretariat. Sekretariatet og den sjællandske avdelingen er plassert på Kastellet i København mens den jyske avdelingen er plassert på Flyvestation Karup. Sekretariatet består av en spesialkonsulent, treturnusfullmektiger, en student samt kontorpersonale. Korpsets avdeling i København består av to auditører, fem auditørfullmektiger og kontorpersonale. Korpsets avdeling i Karup består av en auditør og en spesialkonsulent.