Motsvaret til den protestantiske reformasjonen kom ikke før ved valget av pave Paul III i 1534, som erklærte at pavedømmet skulle bli en pådriver for kirkelig reform. Flere reformvillige biskoper blei utnevnt til kardinaler og det blei oppretta kommisjoner som skulle sørge for å omstrukturere hele det kirkelige maktapparatet. Jesuittordenen blei grunnlagt i 1534 av Ignatius av Loyola, og blei stadfesta av pave Paul III i 1540. I 1545 innkalte pave Paul III til det økumeniske konsilet i Trent som hadde til formål å definere katolsk tro i forhold til reformasjonen. Mange av ankepunktene reformatorene hadde mot pavedømmet, som avlatshandel og andre korrupte områder å skaffe penger på, blei imøtegått under konsilet. De reformene som omhandla kirkelig administrasjon blei førende for kirka helt fram til rundt midten av 1900-tallet. Også i lærespørsmål blei konsilet banebrytende, og innleder en fase som kalles motreformasjonen i katolsk kirkehistorie.