I tidligere århundrer var Årøya handelssted og lensmannssted. På 1950-tallet kjøpte Forsvaret øya, og sivil ferdsel var forbudt på øya fram til 1. juli 2006. I dag er øya avmilitarisert og overtatt av Lyngen kommune, og det meste av øya (unntatt den nordligste delen) er vernet som landskapsvernområde. I verneområdet er det forbudt å gå i land mellom 1. mai og 15. juli.