Kjetil Rekdal er gift med Ane Guro Skaare, visepresident i NFF. De har to barn. Rekdal har også to barn fra et tidligere ekteskap, blant annet Niklas Rekdal (f. 1995), tidligere fotballspiller i OBOS-ligaen for HamKam. Kjetils yngre bror, Sindre Rekdal (f. 1970) er også tidligere fotballspiller med kamper for Molde FK og belgiske Eendracht Aalst. Sindre Rekdals sønn, Thomas Grevsnes Rekdal, (f. 2001) spiller for Odd.