Saksun ligger innerst i det som var en fjord, og som dannet en god naturhavn. Utløpet ble tilsandet under et kraftig uvær, «den haarde Kyndelsmesse», i andre halvdel av 1600-tallet. Bekkene Gellingará, Skipá og Dalsá springer ut her, noe som har dannet en poll med ferskvann, Pollurin. Pollurin har en forholdsvis rund form og en diameter på ca. 400 m, er 27 m på det dypeste, og har sandstrender på sør- og vestsiden. Lagunen er tilgjengelig for småbåter på flo sjø.