Pave Klemens VII døde i 1534, og ble etterfulgt av pave Paul III; Widmannstetter fortsatte som også hans sekretær. Pave Paul II fikk ham i 1541 ordinert til diakon, slik at han under pavemesser kunne fylle rollen som «Diaconus graecus» - det ville under slike messer kunne forekomme elementer til resitasjon på gresk.