Plantasjeøkonomien brøt sammen etter 70 år med velstand. Båndene til Europa ble svekket og Brasil ble viktigere. Nedgangen i sukkerindustrien fra 1580 skyldtes både utpining av jorda og skadedyr, men også nederlandske angrep. Samtidig møtte saotomesisk sukker økt konkurranse fra Brasil og Vest-India. Politisk ustabile forhold, med konflikt mellom den lokale eliten, portugisiske embetsmenn og kirken, samt slaveopprør og angrep fra rømte slaver, bidro også til å gjøre forholdene vanskelige.