Etter utvisningen fra Danmark reiste Du Puy til Paris, men vendte etter kort tid tilbake til Stockholm hvor kong Gustav var blitt avsatt ved et kupp. Édouard Du Puy fikk i 1812 ansettelse ved operaen igjen både som kapellmester og sanger. En av hans glansroller i Stockholm var Figaro i Mozarts Figaros bryllup. Han ble senere medlem av Kungliga Musikaliska Akademien og i 1814 professor samme sted.