I mars 2010 ble det klart at Landsrådet for Norges barne- og ungdomsorganisasjoner (LNU) ikke ville utbetale SOS Rasisme 4,5 millioner kroner som var innvilget organisasjonen i frifondmidler for 2009. Begrunnelsen var sterk tvil om riktigheten av oppgitt antall medlemmer og lokallag for 2008 og om frifondmidlene for 2008 var brukt i henhold til retningslinjene (lokal aktivitet). SOS Rasisme hevder på sin side at dette er feil og mener å ha forklart i detalj hvordan utbetaling videre til lokallag har skjedd og at dette er attestert av ekstern revisor. SOS Rasisme mener videre at organisasjonen har levert korrekte medlemstall.