I sin virksomhet som forfatter var Magnús først (det vil si i hans verker fra debuten i 1844 til 1850) meget kritisk og polemisk mot især Martensens spekulative teologi. Etter tolv år uten større utgivelser (fra 1851 til 1863) var han mer og mer kritisk mot de kirkelige dogmer, især mot Jesu Kristi Guddom eller som «Guds sønn» og det om den treenige Gud.