Molde hadde på begynnelsen av 1990-tallet et kvinnefotballag i toppen. Laget spilte sin eneste sesong i Toppserien i 1994-sesongen. Ettersom herrelaget hadde rykket ned, ble dermed ikke Molde det første laget som hadde et lag i den øverste divisjonen for begge kjønn samtidig. Moldes kvinnefotballag ble etter hvert en del av Sportsklubben Træff, men vendte siden tilbake til MFK. I 2020 spiller Moldes A-lag for kvinner i 2. divisjon, avdeling 5.