Etter denne riksrettssaken, som dog ikke var en straffesak, er Paksas' politiske fremtid usikker. Han har forsøkt å delta i et nytt presidentvalg, i første valgomgang den 13. juni 2004, men forsøket endte den 4. mai 2004 med at Seimas i henhold til valgloven forbød ham som avsatt president å delta i presidentvalg for en periode på fem år. Paksas' motstandere vurderer en straffeforfølging av ham.