Manila var en viktig handelssentrum allerede før spanjolene kom. På 1560-tallet ble byen regjert av Rajah Sulaiman, og hadde kontakter med sultanatene Brunei, Ternate og Sulu. En spansk ekspedisjon anført av Martin de Goiti kom og erobret Manila 1570. Samtlige medlemmer av sultanens hoff ble drept. Men uroligheter fortsatte, og først et år etter fullførte Miguel López de Legazpi, Martinde Goiti og Juan de Salcedo erobringen av byen for den spanske krone, og erklærte byen som hovedstad for den spanske koloni Filippinene 24. juni 1571. Enklaven Intramuros, som ligger ved Pasigelvens sørlige bredd ble anlagt med festningsverker for å verne de spanske nybyggerne.