Hertha begynte i den nest øverste divisjonen i regionalliga Berlin, men rykket rett opp. Etter at Hertha tok imot en rekke fotballspillere fra Dresden som flyktet fra sosialismen, ble østberlinske lag nektet å spille mot dem. Kort tid etterpå ble DDR-ligaen gjennomført. På 1950-tallet ble Hertha Berlin rival med Tennis Borussia Berlin. Et forsøk på å slå sammen klubbene ble nedstemt med 263 mot 3 stemmer.