Sesongen begynte den 29. august 1999 og varte til 21. mai 2000. Duisburg vant med femten poeng på Frankfurt Potsdam, den (per februar 2010) største avstanden mellom nummer en og to. Sportfreunde Siegen kom på tredjeplass, deres siste topplassering. 1. FC Nürnberg og TuS Niederkirchen rykket ned.