Byen ble kjent som åsted for Nag Hammadi-massakren den 7. januar 2010 under den ortodokse julen da 11 koptiske kristne ble drept med skytevåpen av tre menn etter en julemesse foran Nag-Hammadi-katedralen. Totalt ble nitten koptiske kristne angrepet. Som følge av Nag Hammadi-massakren raidet egyptisk politi hjemmene til koptisk-kristne familier i Nag Hammadi den 10. januar 2010, og arresterte 22 unge menn, de fleste tenåringer. De ble overført til fengsel i det avsidesliggende guvernementet Al Wadi al Jadid, men ble aldri formelt anklaget for noe. Den 15. januar 2010 besøkte 29 egyptiske menneskerettighetsaktivister og medlemmer av ulike politiske partier Nag Hammadi for å vise solidaritet med det koptiske samfunnet. Alle ble arrestert av egyptisk politi ved ankomsten på jernbanestasjonen, anklaget for ulovlig demonstrasjoner og spre uro.