Moczars far var ortodoks belaruser og moren polsk katolikk. I 1937 ble han medlem av det polske kommunistpartiet, som noe tid etter ble oppløst av den kommunistiske internasjonale etter anvisning fra av Stalin. Mellom 1938 og 1939 satt han i fengsel. Etter utbruddet av annen verdenskrig begav han seg til det sovjet-okkuperte Białystok, og begynte å arbeide for de sovjetiske okkupantenes etterretningstjeneste. Senere spilte han en viktig rolle i koordineringen av kommunistiske undergrunnsstyrker i Lublin og Kielce-regionene.