Stefan Cichy begynte på presteseminaret i Kraków i 1957. Han ble presteviet den 23. juni 1963 av koadjutorbiskop Herbert Bednorz, og studerte senere ved Det pavelige teologiske fakultet i Krakow fra 1967 til 1971 og deretter ved det katolske teologiske fakultet ved universitetet i Wien, og mottok sin doktorgrad i teologi i 1974.