FidoNet er underlagt en hierarkisk struktur i henhold til FidoNet kriteriene, med utpekte koordinatorer på hvert nivå for å administrere nodene og for å avgjøre disputter mellom medlemmene. Koordinatorer på nettverksnivå er ansvarlige for å administrer nodene innen deres område, som regel en by eller et geografisk område, for eksempel Østlandet. Koordinatorer på regionsnivå er ansvarlige for å administrere nettverkskoordinatorene innen deres region, som regel på størrelse med en stat eller et mindre land som Norge. Koordinatorer på sone-nivå er ansvarlige for å administrere regionskoordinatorene innen sonen. Verden er delt i seks soner, og sonekoordinatorene velger en internasjonal koordinator, blant seg selv, for FidoNet.