Flagget er basert på flagget som ble heist i den korte selvstendighetsperioden i 1975. Det er basert på partifargene og flagget til frigjøringsbevegelsen FRETILIN. Øst-Timors flagg måtte vike for Indonesias flagg under okkupasjonen fram til 1999. Deretter var Øst-Timor under administrasjon av FN og FN-flagget vaiet over landet. Øst-Timors flagg ble igjen tatt i bruk i 2002. Fra natten til Øst-Timors uavhengighetsdag, 20. mai 2002, ble FNs flagg firt og erstattet av flagget til det uavhengige Øst-Timor.