Den ligger på østsiden av Tanganyikasjøen, 773 moh., nær grensen til Burundi. Byen er hovedstad i Kigoma-regionen. Det går ferjer til Bujumbura i Burundi, Mpulungu på sørspissen av sjøen, og til Ujiji som ligger rett sør for Kigoma. Tanganyikabanen går mellom Kigoma via hovedstaden Dodoma og Dar-es-Salaam ved Indiahavet.