Heraklitos regnes tradisjonelt for å ha virksom i tiden rundt den 69. olympiaden (504–501 f.Kr.), men denne datering kan ganske enkelt være basert på en tidligere beretning som synkroniserer livet hans med styret til persiske Dareios I av Persia. Imidlertid kan denne datoen betraktes som «omtrent nøyaktig» basert på et fragment som refererer til Pytagoras, Xenofanes og Heraklitos som eldre samtidige, og plasserte ham nær slutten av det sjette århundre f.Kr. Ifølge Diogenes Laertios døde Heraklitos dekket av møkk etter at han ikke klarte å kurere seg selv fra vatersott. Men dette kan være for å parodiere hans lære om at for sjeler er det døden å bli vann, og at en tørr sjel er best.