Høsten 2006 hadde Hamilton sonet sin straff, og i november 2006 signerte han kontrakt med UCI profflaget Tinkoff Credit Systems. Anklagene om tidligere dopingbruk fortsatte imidlertid, og han ble beskyldt for å ha vært involvert i dopingskandalen Operación Puerto knyttet til den spanske legen Eufemiano Fuentes. 9. mai 2007 ble han suspendert av laget sitt på grunn av disse anklagene. Han fikk siden kontrakt med det amerikanske laget Rock Racing, og ble i 2008 amerikansk mester på landevei.