John Michael McNamara var sønn av Michael og Margaret ( McNeally) McNamara. Han studerte filosofi og katolsk teologi ved og St. Mary's Seminary i Baltimore. Den 21. juni 1902 ble han presteviet av erkebiskopen av Baltimore, kardinal James Gibbons. McNamara virket deretter i erkebispedømmet Baltimore og i bispedømmet Wilmington før han ble sogneprest for i Washington, D.C. i 1919.