Henrik Steffens Hagerup var sønn av Caspar Peter Hagerup (1777–1840) som var by- og rådstueskriver i Kalundborg, senere sorenskriver i Flekkefjord. Moren het Ulrikke Eleonore Steffens (død 1852), søsteren til Henrik Steffens (1773–1845), filosof. Han var bror til forfatterinnene Emma Hagerup (1812–85) og Augusta Hagerup (1814–98).