I 1648 tiltrådte Willum Mechlenburg embetet som krigskommissær i Norge. Fra 1649 til 1653 var han også leder for det militære regnskapsvesen (zahlkommissarius) i Norge. Han var assistensråd i overhoffretten fra 1663 til 1677; overhoffretten var fra 1666 den høyeste domstolen i Norge, og assistensrådene fungerte som dommere.