IAEA, som jevnlig inspiserer Irans atomanlegg, har imidlertid flere ganger uttrykt bekymring for at atomprogrammet kan ha en «mulig militær dimensjon», blant annet i en mye omtalt rapport i november 2011. Bekymringen skal bygge på at landet utvikler komponenter som kan være nyttige i utviklingen av atomvåpen, men som riktignok også kan brukes til andre ting. Tidligere direktør i IAEA, Robert Kelley, har kritisert organisasjonen for å male et skrekkbilde av atomprogrammet.