Etter ordinasjonen var han kapellan for menighetene og , begge i Matiguás. Året etter ble han sogneadministrator for menighetene San Isidro og San Dionisio i Matagalpa. Fra 2007 til 2008 var Isidoro del Carmen Mora Ortega sogneprest i sognet i Muymuy. Den 2009 ble han sogneprest for i San Ramón og generalvikar for bispedømmet Matagalpa.