Gutten lærte å lese på egen hånd og begynte senere på skole i Meisic, der han ble undervist av Guillermo Osmeña fra Cebu. Tondo var et fattig sted, plaget av periodiske epidemier som kolera. For familien var det et hardt liv. Etter at moren døde i 1881 og faren i 1882, begge av tuberkulose, sluttet Bonifacio på skolen for å arbeide på fulltid og brødfø sine fem brødre og søstre, Ciriaco, Procopio, Esperidiona, Troadio og Maxima.