Øya består av to kommuner, Jose Santos Guardiola (oppkalt etter en tidligere president av Honduras) i øst og Roatán i vest, som også inkluderer øygruppen Cayos Cochinos. Den største bosettingen på Rotán er Coxen Hole, som er den viktigste bosetningen i kommunen Roatán. Andre landsbyer er French Harbour, West End, og Oak Ridge (som er den viktigste bosetningen i kommunen Jose Santos Guardiola).