I motsetning til de fleste andre fettsyrer kan ikke fytansyre omsettes gjennom β-oksidasjon. I stedet undergår den α-oksidasjon i peroxisomene, hvor den omdannes til pristansyre ved fjerning av et karbonatom. Pristansyre kan så brytes ned gjennom flere runder med β-oksidasjon i peroxisomene, til mellomlange fettsyrer som kan omdannes til karbondioksid og vann i mitokondriene.