Han var statssekretær for statsråd Erna Solberg i Kommunal- og regionaldepartementet 2001–2004, og ble deretter statsråd i Arbeids- og administrasjonsdepartementet da Victor Norman gikk av. Departementet ble samme år omdannet til Moderniseringsdepartementet. Sommeren 2005 la Meyer frem stortingsmeldingen «eNorge – det digitale spranget», som krevde at nye offentlige IT-systemer skulle bruke åpne standarder innen 2009, samt at offentlige IT-tjenester skulle kunne brukes av alle.