Flatø er utdannet cand. mag med statsvitenskap mellomfag og offentlig rett og sosiologi grunnfag fra Universitetet i Oslo (1993). I 1993-94 var han byrådssekretær for helse- og eldre i Oslo kommune, før han fikk en rådgiverstilling for Arbeiderpartiets stortingsgruppe. I 1995-96 var han kontorsjef ved Ullevål sykehus, og fra 1996 til 1997 politisk rådgiver i Helsedepartementet. Han var deretter helse- og sosialdirektør i Akershus fylkeskommune, før han i 2000 ble statssekretær for helseminister Tore Tønne. Sammen med Tønne var Flatø med på å drive igjennom helsereformen. Flatø gikk av som statssekretær i 2001. Fra 2002 til 2004 var han sykehusdirektør ved Lovisenberg, og i 2005 var han stabssjef ved statsministerens kontor under Jens Stoltenberg. Etter et år ved statsministerens kontor gikk Flatø over til å bli direktør for samfunnspolitisk avdeling i arbeidsgiverforeningen NAVO (det som senere ble Spekter), noe han var før han gikk tilbake til direktørjobben ved Lovisenberg.