Siden også svært mange kinesere døde av malaria i det sørlige Kina, eksempelvis på øya Hainan og i Yunnan-provinsen, Guangxi-regionen, og Guangdong-provinsen, klarte Zhou Enlai å få Mao Zedong til å godkjenne et hemmelig forskningsprosjekt for å utvikle malariamedisin. Det ble kalt «Prosjekt 523», etter den dato det ble lansert, 23. mai 1967. Som ledd i dette prosjektet ble Tu Youyou først sendt til øya Hainan, der hun studerte malariapasienter. Mens hun var der, var hennes ektemann blitt forvist til landsbygden, noe som førte til at hennes datter måtte overlates til et småbarnshjem i Beijing.