I sin andre sesong slo Marino seks sesongrekorder i NFL, inkludert for flest touchdownpasninger (48, slått av Peyton Manning i 2004) og flest pasningsyards (5 084, slått av Drew Brees i 2011), og ble utpekt til NFL Most Valuable Player. Dolphins avsluttet seriespillet 14–2 og sikret hjemmebane i sluttspillet. I divisjonsrunden fikk Dolphins hevn over Seahawks med en 31–10 seier hvor Marino kastet for 262 yards og 3 touchdowns. Uken etter slo Dolphins Pittsburgh Steelers i AFC Championships 45–28. I den kampen satte Marino AFC Championship-rekorder med 421 pasningsyards og 4 touchdowns, til tross for at han kastet sin siste pasning med 11:07 igjen av kampen, som fremdeles står .