Han stod overfor og mestert en rekke utfordringer, og ble populær og skattet av store deler av det troende folk. De utfordringer han hadde å håndtere var blant annet følgene av finanspanikken i 1857, og så den amerikanske borgerkrig. Tyske katolikker var avvisende til irske biskoper, og irskfødte preste var uenige med hans avvisning av Fenian Brotherhood: han nektet sakramentene til enhver tilknyttet dette hemmelige selskap. Noen prester mente at han ikke gjord nok for å støtte opp om University of St. Mary of the Lake med dets seminar, det første charterunivesitet i Illinois, på en tid det led under fall av stufdenter og led finansielt.