I henhold til Herodots var «Amasis partisk til grekerne og blant de gunster som han skjenket dem var at han ga dem byen Naukratis slik at de som ville kunne bosette seg i Egypt». Merk at han benytter betegnelsen «ga dem byen», noe som synes å indikere at det eksisterte en by på stedet før grekerne slo seg ned. Denne gamle byen, eller kanskje mer sannsynlig en bosetning, var uten tvil liten og bebodd av en blanding av innfødte egyptere, grekere og mulig også fønikere. Således synes det som om den byen som ble gitt til grekerne i et charter må ha skjedde i de første årene etter 570 f.Kr.