Nissen har lenge vært aktiv i Miljøpartiet De Grønne. Fra 1991 var han varamann for Jan Bojer Vindheim til bystyret i Trondheim. Fra 2003 til 2011 hadde han fast plass, og var den siste tiden leder for Kultur-, idrett- og friluftslivskomitéen, samt varamedlem til formannskapet. I april 2011 ble Nissen valgt til nasjonal talsperson for partiet sammen med Hanna Marcussen, et verv han hadde i tre år.