Ved 2001-02 sesongen byttet de navn til Bristol Shoguns da Mitsubishi Motors Corporation inngikk en femårs sponsoravtale. Shogun er navnet på bilmodellen Mitsubishi Pajero i England. Det ble en god sesong og de kom til finalen i sluttspillet, men tapte 28-23 for Gloucester Rugby. Sesongen etter ble preget av hendelser utenfor banen. Eieren Malcocm Pearce annonserte at han ville slutte etter sesongslutt og det gikk rykter at Firoz Kassam skulle kjøpe klubben og flytte den til Oxford og Kassam Stadium. Det gikk også rykter om at de skulle bli slått sammen med lokalrivalen Bath Rugby, men det ble ikke noe av dette. Dette preget det sportslige og klubben rykket ned igjen. Med nye eiere rykket klubben opp igjen i 2004. I juli 2005 gikk avtalen med Mitsubishi ut og klubben endret navnet til Bristol RFC. Laget kom på tredjeplass i ligaen i 2005-06 og kunne delta i den europeiske turneringen Heineken Cup. Neste sesong kom de på niendeplass før de igjen rykket ned i 2009.