I 1992 var han en kandidat til å stille til valg som president i Nigeria for det sosialdemokratiske partis (SDP) plattform, og tapte mot M.K.O. Abiola. Abiolas påfølgende valg til president ble opphevet av general Ibrahim Babangida, noe som førte til landets tilbakevenden til militærstyre. I desember 1996 ble Durojaiye arrestert av militærregimet til general Sani Abacha, og satt fengslet i 560 dager og mishandlet under fengselsoppholdet.