Maarten Houttuyn må på egen hånd ha skaffet seg store kunnskaper i naturhistorie, medisin og astronomi, og han hadde kjennskap til sju eller åtte språk. I en alder av 27 år begynte å studere ved Universitetet i Leiden. Han giftet seg og fikk en sønn mens han var i Leiden. I 1749 tok han medisinsk doktorgrad.