Det var fortsatt spredte tilfeller utover sommeren og høsten, inntil september 1666. Den 2. og 3. september ble London herjet av den store bybrannen. De tettest befolkede områdene brant ned, og rottene ble enten brent eller rømte. Pesten stoppet dermed opp. Etter brannen ble det lagt planer om å bygge opp byen med bredere gater og et enkelt kloakksystem. Det ble også forbudt med halmtak i byen, ettersom disse var perfekte hjem for rotter. Dette forbudet er bevart i moderne lover, og ved byggingen av Globe Theatre i 1997 måtte det gis en dispensasjon.