Han kom i hardt vær sommeren 2009, da det ble offentlig kjent at han hadde hatt en gift kvinne i staben sin som elskerinne. Saken vokste da det ble kjent at elskerinnens mann, som var en god venn av Ensign, hadde konfrontert senatoren. Etter at Ensign satte inn 96 000 dollar det ikke ble skattet av har han vært i søkelyset til Federal Election Commision og Senatets etikkomite. Etter saken har han vært ganske upopulær i Washington, og han kunngjorde at han ville trekke seg 3. mai 2011. 4. mai skulle det vært en høring i Senatets etikkomite om Ensign.