E. Thomle var sønn av Erik Iversson Thomle fra Tomle i Nordsinni, Nordre Land, og Anna Sophie Colstrup fra Sjælland. Han ble gift i København med Mette Marie Binneballe (født i København 28. november 1788, død i Christiania 27. februar 1878), datter av skipsfører Rasmus Binneballe og Johanne Steensen.