Den 6. mai 2002 ble han president av Madagaskar. Han er kjent for sin ultra-liberale økonomiske politikk. Landets økonomiske situasjonen ble forbedret av han, men inflasjonen økte også. Han er kjent for å ha bidratt sterkt til å forbedre landets infrastruktur, veier, havner og flyplasser. Han ble anklaget av kritikerne for å blande sine egne økonomiske interesser med statens interesser. Dette førte til hans fall i 2009. Den 17. mars gjorde hans etterfølger Andry Rajoelina statskupp ved hjelp av en gruppe mytterister i hæren. Ravalomanana har siden levd i eksil i Sør-Afrika.