Reformasjonen begynte å spre seg i Danmark fra 1521 og vant frem i en ublodig prosess i løpet av 1530-tallet. Kong Christian III brøt i 1536 endelig med den katolske kirke. De evangelisk-lutherske biskopene ble fra nå av utnevnt av kongen, ikke paven. Bispedømmene (og de fleste klostre) fortsatte å eksistere som Den danske kirkes bispedømmer, men ble av paven betraktet som oppløst. Danmark ble derfor lagt til det apostoliske vikariat i nord.