For desinfeksjonsformål er formaldehyd (formalin) og glutaraldehyd hyppig brukt. Bruken er etter hvert noe redusert på grunn av toksisitet og dårlig stabilitet. For mange formål er alkoholer, eventuelt med tilsetninger, de mest egnede desinfeksjonsmidler. Først og fremst brukes etanol eller propanol med fra 50-70% alkoholinnhold. Ofte tilsettes alkoholene f.eks invertsåpe eller klorheksidin (se nedenfor). er overflateaktive forbindelser med en positiv ladet gruppe i den ene enden av et lipofil molekyl. Den positivt ladede gruppen er ofte en kvartær ammoniumgruppe siden denne beholder sin lading også i alkalisk miljø, men den kan også være en pyridiumgruppe. Den lipofile delen kan være en alifatisk hydrokarbonkjede. Effekten av invertsåper motvirkes av såpe, grønnsåpe og anionaktive tensider. Har egenskaper som likner invertsåper, men de er dyre og har derfor begrenset anvendelse. F.eks Triton X-100 virker uten å forstyrres av verken kationaktive eller anionaktive forbindelser og virker mot mikroorganismer med lipidskall (både bakterier og virus). såpe, grønnsåpe og vaskemidler har begrenset virkning på mikroorganismer. er en sterkt bakterisid forbindels enten oppløst i vann eller i alkohol. Virkningen motvirkes av såpe eller anionaktive tensider. En viktig fordel er at den ikke er hudirriterende og er derfor det anbefalte midlet for desinfeksjon av huden. er toksiske, hudirriterende og illeluktende og er derfor knapt i praktisk bruk. er brukt til sårdesinfeksjon, men gir flekker og er stadig mindre brukt. Hydrogenperoksid og pereddiksyre har best virkning i surt miljø, mens man vanligvis ønsker å desinfisere ved svakt alkalisk pH for å få best mulig effekt. Både hydrogenperoksid og pereddiksyre brytes ned relativt raskt, selv med tilsetning av stabilisatorer, og de har derfor svært begrenset lagringstid. Persulfat er vanskelig å bruke. Det leveres som pulver og må løses opp før bruk og bruken er begrenset. f.eks Klorin er et svært effektiv middel med noe alkalisk pH. Den avgir klorlukt, som kan være ubehagelig. Klorin er effektiv mot alle typer mikroorganismer og er det anbefalte desinfeksjonsmidlet for instrumenter og utstyr. Hypokloritt er korrosiv og skal derfor brukes med forsiktighet på følsomme metallobjekter. Den er blekende, noe som er viktig å ta hensyn til ved behandling av tekstiler og ting med farge. Den blekende effekten kan være en fordel i forhold til å fjerne flekker, men er et problem ved desinfeksjon av mønstrede og fargede tekstiler.