Etter utbruddet av Libanonkrigen i 2006 var «Mistral» det ene av fire franske skip som ble innsatt i . Disse skipene skulle beskytte og om nødvendig evakuere franske statsborgere i Libanon eller Israel. «Mistral» medbrakte 650 soldater og 85 kjøretøyer om bord, inklusiv 5 AMX-10 RC stridsvogner og omkring 20 pansrede personellkjøretøyer og lettpansrede oppklaringskjøretøyer. Man tok også fire helikoptre om bord, og ytterligere to stødte til skipet nær Kreta. Under innsatsen evakuerte «Mistral» 1.375 europeiske flyktninger.