Til tross for at flagget tilhører to adskilte organisasjoner, er det oftere assosiert med EU grunnet organisasjonens større profil og store bruk av symbolet i mange sammenhenger. Flagget har også blitt benyttet for å representere Europa i sportshendelser og som et pro-demokratisk banner utenfor organisasjonen. Det har delvis inspirert andre flagg, blant annet til de andre europeiske organisasjoner og de stater hvor EU har vært tungt involvert, som Bosnia-Hercegovina og Kosovo.