I 1880-årene gikk Reed inn i U.S. Army Medical Corps og virket frem til 1893 i det amerikanske Vesten. Ved siden av videreutviklet han seg faglig vitenskapelig, blant annet i patologi ved Johns Hopkins University Hospital. I 1893 fikk han et professorat i bakteriologi og klinisk mikrobiologi ved den nettopp etablerte Army Medical School i Washington, D.C.