Katarina den store leste mange av arbeidene hans, og hun anså Radisjtsjovs verker om reformer som bevis på hans revolusjonære radikalisme, og hun beordret kopier av tekstene hans konfiskert og ødelagt. Han ble deretter arrestert og dømt til døden. Denne dommen ble senere omgjort til eksil i Ilimsk i Sibir, men før hans eksil gjennomgikk han både fysisk og psykisk tortur. Radisjtsjov ble løslatt av Katarina den stores etterfølger, Paul I av Russland.