I 1990 har Shiragami returnert til Japan og slått sammen noen av Erikas celler i forsøk på å bevare sjelen hennes. Forsker Kazuhito Kirishima og løytnant Goro Gondo fra Japans forsvar ruker Godzilla-cellene for å lage "Anti-Nuclear Energy Bacteria" og håper dette kan brukes som våpen mot Godzilla hvis monsteret kommer tilbake. De forsøker å rekruttere Shiragami for å hjelpe dem, men blir avvist. En eksplosjon fra fjellet Mihara forårsaker jordskjelv over hele området, inkludert Shiragamis hjem.