I oktober 1593 var Lopez både rik og generelt godt respektert. Han eide et hus i Holborn og hadde en sønn som var innrullert ved den prestisjetunge skolen Winchester College. Imidlertid kom et kompleks nett av konspirasjoner mot don António, abbed i Crato, fram i lyset den samme måneden. Som en følge av denne anklaget Robert Devereux, 2. jarl av Essex, en av dronningens yndlinger, Lopez for å konspirere med spanske utsendinger for å forgifte dronningen. Lopez ble arrestert den 1. januar 1594, dømt i februar og henrettet ved hengning, trekking og kvartering i juni samme år.