Etter endt karriere gikk Henriksen tilbake til jobben som postbud, før han i 2006 ble ansatt som trener i Rosenborg. 25. oktober 2007 overtok Henriksen som midlertidig hovedtrener etter at Knut Tørum ble løst fra sin kontrakt. I desember 2007 uttalte Knut Torbjørn Eggen at han var aktuell som permanent hovedtrener. Henriksen var hovedtrener frem til Erik Hamrén kom til klubben sommeren 2008. Siden 2008 har Henriksen vært assistenttrener i Rosenborg.