Da Pompeius kom til Syria i 63 f.Kr. var det begynnelsen på at romerne ble en dominerende faktor i Judea. Begge brødrene sendte sine delegasjoner til Pompeius, foruten også en tredje fraksjon som ønsket å kvitte seg med hele det hasmoneiske dynastiet. Pompeius lot beslutningen drøye, men synes favoriserte Johannes Hyrkanos II framfor Aristobulos II. Antagelig bedømte han den eldre, svakere broren som en mer føyelig alliert av Romerriket.