Området hvor det moderne Ulan-Ude ligger har vært befolket siden paleolittisk tid. Mellom 3 f.Kr. og 1 f.Kr. eksisterte det en Xiongnu-ringborgbosetning 15 kilometer fra bykjernen av det nåværende Ulan-Ude. I middelalderen kom området under den mongolske kultursfære. Fra Mongolrikets nedgang til den russiske koloniseringen var territoriet til Ulan-Ude en del av Tüsheet-khanatet.