I årene 1516–1521 var Kopernikus den økonomiske administrator for Ermland ved Olsztyn-slottet, og slo tilbake mot angrep fra Den tyske orden. Under beleiringen av Olsztyn under krigen mellom Polen og Den tyske orden (1519–1521) ledet Kopernikus den polske kongelige hær i forsvaret av Olsztyn og Ermland. Han deltok senere i fredsforhandlingene med høymester Albrecht av Preussen. Som anerkjennelse tildelte kapittelet ham tittelen «kommissær over Ermland» med ansvaret for den økonomiske gjenoppbyggingen av Ermland.