Den «harde ioniseringsprosessen» med elektronionisering kan mykgjøres ved avkjøling av molekylene før ioniseringen, noe som resulterer i massespektre som er rikere på informasjon. I denne metoden kalt kald elektronionisering (kald-EI) går molekylene ut av GC-kolonnen, blandet med tilsatt heliumfyllingsgass og utvides til vakuum gjennom en spesialdesignet supersonisk dyse, og danner en supersonisk molekylstråle (SMB). Kollisjoner med gassen ved den ekspanderende supersoniske strålen reduserer den indre vibrasjonsenergien (og rotasjonsenergien) til analytmolekylene, og reduserer dermed graden av fragmentering forårsaket av elektronene under ioniseringsprosessen. Kald-EI massespektre er preget av et rikelig molekylært ion mens det vanlige fragmenteringsmønsteret blir beholdt, og dermed blir kald-EI massespektre kompatible med bibliotekssøkidentifikasjonsteknikker. De forbedrede molekylionene øker identifiseringssannsynlighetene for både kjente og ukjente forbindelser, forsterker isomere massespektrale effekter og muliggjør bruk av isotop overflodanalyse for å belyse elementære formler.