Knøttspissmus veier cirka og måler (snute–halerot) cirka , mens halen i tillegg utgjør cirka . oppgir knøttspissmus som nest minst av alle verdens kjente pattedyrarter, bare pygméspissmusa skal være mindre, men avhengig av hvordan størrelse defineres konkurrerer flaggermusarten om tittelen som verdens minste. På grunn av knøttspissmusas beskjedne størrelse kan voksne eksemplarer bare forveksles med dvergspissmus. Artene kan skjelnes fra hverandre ved at knøttspissmusa har en forholdsvis kortere snute, halen er kortere, tynnere, ikke innsnevret ved roten og mindre behåret. Fargen på ryggen varierer etter årstidene, fra sjokoladebrun om sommeren til lysebrun om vinteren. Buken er lysegrå med skarp grense mot ryggens farge. Undersiden og føttene er lysegrå.