Etter Derg-regimets fall abdiserte Merkorios i august 1991 og forlot landet. Etter hans avgang og etter at Tewophilos' levninger var blitt frigitt og begravd, ble Merkorios etterfulgt av Paulos som patriark av Etiopia. I sitt eksil i Kenya hevdet Merkorios imidlertid å ha blitt tvunget til å abdisere, og erklærte derfor sin tidligere abdikasjonen for ugyldig. I 1997 flyttet han til USA. En del av de etiopisk-ortodokse diaspora-meninghetene der antok Merkorios som kirkens rettmessige patriark. I 2007 salvet han 13 biskoper, og dannet dermed en separat etiopisk-ortodoks eksil-synode i USA.