I den sydvestlige delen av København hever en kalkformasjon seg ved Carlsberg-forkastningen. De mer sentrale delene av København består for det meste av flatere landskap, i Valby og Brønshøj med mindre hvelvede bakker. To dalsystemer følger disse små bakkekjedene fra nordøst til sydvest. I den ene dalen finner man sjøene (Sortedamssøen, Peblingesøen og Skt. Jørgens sø), i den andre ligger Damhussøen. Disse mindre dalene gjennomskjæres av elvene Harrestrup Å og Ladegårdsåen, den siste løper under Åboulevard og er lukket helt inne i rør. Amager og det meste av den gamle indre by er flatt kystnært land. En del av den indre by, herunder Christianshavn og Islands Brygge, ligger i dag på områder som for 500 år siden var havbunn.