Fra å ha dekket et areal på 28 km² ble innsjøen gjennom fem ulike anledninger fra 1800-tallet til ut i 1930-årene senket til mindre enn 4 km². Hensikten var å skaffe mer dyrkbar mark, men på grunn av de kraftige vårflommene ble ikke åkerlandet brukbart. I 1988 bestemte imidlertid Sveriges regjering at innsjøen skulle restaureres. Dette ble arbeidet ble påbegynt i 1992, og ved ferdigstillingen i 1995 var vannflaten hevet med 85 cm, etter at man hadde anlagt en dam ved utløpet og fylt igjen gamle kanaler. I 1997 ble Hornborgasjön erklært som et av Sveriges største naturreservat, som i dag har Ramsarstatus. Det er tilrettelagt for publikum og fuglekikking på flere steder rundt innsjøen. Det er også mulig å leie skjul for fotografering av fugler på bestemte vilkår.