Adolf Eichmann dro til Ungarn for å overvåke deportasjonen av jøder til dødsleirer i det okkuperte Polen. Eichmann ble positivt overrasket over hvor entusiastiske Sztójays folk var for å iverksette deportasjonen. Statssekretærene László Baky og László Endre hadde ansvaret for aksjonen. Baky skrev til innenriksministeren våren 1944: «Den kongelige ungarske regjering vil snart få landet renser for jøders. Jeg beordrer utrenskningen til å skje region etter region.» Omfang og hastighet på deportasjonen planlagt av Sztójays regjering overgikk ambisjonene hos Eichmann og hans Sonderkommando. Mellom 15. mai og 9. juli 1944 deporterte ungarske myndigheter 437 402 jøder. Raoul Wallenberg kom til Budapest for å redde de siste gjenværende jødene i landet. På 54 dager hadde Ungarn utenom Budapest blitt tømt for jøder. Horthy erstattet i august 1944 Sztójay med den antifascisitiske generalen Géza Lakatos. Under hans regime fikk ungarsk politi ordre om å forhindre at ungarske borgere ble deportert. I september 1944 krysset sovjetiske styrker den ungarske grensen og Horthy inngikk avtale om våpenstillstand med Sovjetunionen. Horthys sønn ble kidnappet av tyskerne for å tvinge Horthy til å oppheve våpenstillstanden. Ferenc Szálasi, fra Pilkorset, ble innsatt som statsminister samtidig som Horthy abdiserte som riksforstander. I samarbeid med SS gjenopptok Szálasi deportasjonen av jøder, spesielt i Budapest. Tusenvis av jøder ble drept av medlemmer av Pilkorset. Gilbert oppgir 200 000 ungarske jøder ble drept i holocaust, andre kilder oppgir 450.000 av i alt 650.000 - 800.000 jødiske innbyggere før krigen.