Saint-Saëns giftet seg med Marie Truffot i 1875, og ble far til to barn som døde med seks ukers mellomrom i 1881. Han forlot sin kone samme år. De to ble aldri skilt, men levde resten av sitt liv atskilt. Det er blitt antydet at Saint-Saëns skal ha hatt homoseksuelle forhold, men dette har aldri vært påvist.