Alliance Premier Football League ble grunnlagt i 1979 av de ledende klubbene i Northern Premier League og Southern League. Medlemmene ved grunnleggingen var: AP Leamington Altrincham Bangor City Barnet Barrow Bath City Boston United Gravesend & Northfleet Kettering Town Maidstone United Northwich Victoria Nuneaton Borough Redditch United Scarborough Stafford Rangers Telford United Wealdstone Weymouth Worcester City Yeovil Town Frem til 2004 bestod ligaen av en divisjon, men to regionale divisjoner ble innlemmet i ligaen før 2004-05 sesongen. De nye klubbene ble valgt av en komite og bestod av klubber fra Northern Premier League, Southern League og Isthmian League.