Da Maria Is forfølgelse av protestanter begynte flyktet han med et skip fullt av medlemmer av sin kirke til København. De fikk ikke bosette seg der, fordi de nektet å akseptere Confessio Augustana. De reiste derfor videre til Brandenburg. Han fortsatte å interessere seg for reformasjonen i England, og kommuniserte blant annet med John Hooper i forbindelse med gevantstriden.