Det finnes imidlertid filtre som er laget for at anaerobe bakterier skal etablere en stabil koloni og slik rense vannet. Valget av filtermedia bestemmer til stor del hvilken type bakterie som vil lage kolonier i filtermassen. F.eks. i noen rør som er laget for å hindre rask gjennomstrømming av vann, vil oksygen være en mangelvare og de anaerobe bakteriene vil trives godt.