Ma'huno ble flyttet fra sted til sted i 18 måneder før han endelig ble siktet og offisielt arrestert. Han ble torturert flere ganger i varetekt av det indonesiske militæret. I 1995 ble Ma'huno løslatt på grunn av amnestiet som ble proklamert da. I 1996 giftet han seg med Maria Terezinha Viegas i Dare. De fikk tre barn sammen. I sitt første ekteskap var Ma'hunoo gift med avdøde Julieta da Costa. Ma'huno var også etter løslatelsen involvert i motstanden, idet han nå i all hemmelighet rekrutterte unge mennesker.