Den 17. juni 1785 overtok han regjeringen som hertug i Mecklenburg. Han innledet sitt styre med å kjøpe de siste landsbyene som var forpaktet til Preussen fri. Med dette gjenforente han i 1789 det hertuglige Fredriks-universitetet, som siden 1760 hadde vært skilt fra Universität Rostock. I 1790-årene øket han sitt hertugdømmes territorium gjennom den såkalte og kjøpet av Wismar med omland fra Sverige.