I middelalderen var Matsuyama en del av det Iyo-Matsuyama domene, et len av Iyo Provins som bestod hovedsakelig av en slott by, som støttet Matusyama Slott. Det var en landsby i nærheten av Dōgo Onsen til øst og en havn mot vest som knyttet Matusyama til det Japanske hovedlandet.