Den første flyet ble levert 28. november 1967 til Lufthansa og det siste flyet ble levert 2. november 1969. Det ble bare bygget 30 Boeing 737-100 fly, hvorav 29 av disse ble levert til flyselskaper; 22 til Lufthansa, 5 til Malaysia Airlines og 2 til Avianca. Boeings prototype av flyet, ble etter hvert brukt av NASA og ble pensjonert over 30 år etter sin første tur. Flyet er i dag utstilt på Museum of Flight i Seattle. Den aller siste 737-100 ble pensjonert i 2005 og hadde da fløyet for Aero Continente i Peru under registreringen OB-1745.