I det første løpet i 2009 vant Kramer EM på hjemmebane med den største seiersmarginen han har oppnådd i et internasjonalt mesterskap, 1,9 poeng. Sølvvinner Håvard Bøkko snublet på 500 m. Kramer var også suveren i verdenscupløpet rett før VM allround, og vant med fem sekunder, men VM ble likevel jevnere. Kramer ble bare nummer seks på 500 m, bak Bøkko, Hedrick og Fabris, og ble trukket til å gå i et tidligere par enn hovedutfordrerne på 5000 m. Kramer svarte med å gå det raskeste løpet på lavlandsbane noen gang, enda bedre enn i Berlin 2006, og med 6.09,74 var han i ledelsen i sammendraget, 0,28 poeng foran Bøkko.