Som andre spissmus lever arten stort sett solitært, men i paringstiden kan hunnen og hannen leve sammen gjennom drektighetstiden på cirka 27–28 dager og mens ungene er avhengige (i cirka 3–4 uker). Størrelsen på kullet teller normalt unger. I fangenskap kan pygméspissmus leve i opp mot , men vilt sørger gjerne ugler for at eldre dyr ikke får dø en naturlig død. Pygméspissmusa er dessuten på grunn av den minimale størrelsen utsatt for predasjon fra katter, øgler, slanger, fugler og en rekke andre predatorer.