I perioden mellom 1926 og 1961 hadde hovedlinjen mellom Jacksonville og Miami dobbelspor, men i dag består linjenettet stort sett av enkelspor. Ingen strekninger er elektrifisert. Det flate lavtliggende landskapet kombinert med elver og laguner med båttrafikk gjør at sporet flere steder går over løftebroer. De mest imponerende broene lå på linjen ut mot Key West – kalt «Over-sea Railroad» av Flagler selv – siden store strekninger gikk over åpen sjø. Den lengste broen var 11,2 km (7 miles) inklusiv fyllinger i begge endene. De mange stoppestedene og stasjonene ble nedlagt da passasjertrafikken opphørte i 1968 (Amtrak har passasjertilbud i Fort Lauderdale, West Palm Beach og Miami, men disse togene benytter ikke FECs linjer). FEC har fasiliteter for omlasting av gods og containere i flere havner i tillegg til godsterminaler som drives i samarbeid med andre jernbaneselskaper. Sporet er oppgradert med betongsviller, granittpukk som ballast, og helsveiste stålskinner. Skinnegangen er dimensjonert for tunge aksellaster, og det flate terrenget gjør at det ikke er nødvendig med så mye trekkraft for å dra lange (tunge) tog. Sporet er dimensjonert (og godkjent) for opp mot 100 kilometer i timen (60 mph). FEC samarbeider med andre jernbaneselskaper som er tilknyttet Jacksonville, og tilbyr transport på bane over hele Fastlands-USA (og forsåvidt Canada).