Antanas Smetona ble født i landsbyen Užulėnis, i Taujėnai-distriktet av Ukmergė fylke i Litauen (som da var en del av Keiserriket Russland). Antanas Smetona gikk først på grunnskolen i Taujėnai, og etter å ha bestått avgangseksamen fra Palanga før-gymnasium i 1893, innsendte han sin søknad til bispeseminaret i Kaunas, med håp om å bli en katolsk prest. Forskjellige omstendigheter endret disse planene, og han innmeldte seg på Jelgava Gymnasium i Latvia. Her, sammen med Jonas Jablonskis, Vincas Kudirka og andre, ble han medlem av en hemmelig litauisk studenterorganisasjon. Organisasjonen var nasjonalistisk og anti-tsarisk. I høsten 1896 organiserte han en motstand av studenter mot den obligatoriske deltagelse av den russisk-ortodokse kirke, og ble utvist fra gymnasiet, men ble tillatt å studere ved Gymnasium No. 9 i St. Petersburg.