Siden den andre halvdelen av det 16. århundre begynte handelsmenn fra Portugal, Spania, Nederland og England å komme, såvel som kristne misjonærer. I den første delen av det 17. århundre mistenkte shogunatet at katolske misjonærer faktisk var forløpere for en militær erobring fra iberiske myndigheter, og forbød til sist alle relasjoner med europeerne unntatt svært begrenset kontakt med protestantiske nederlandske handelsmenn på øya Dejima ved Nagasaki, selv om kinesiske skip ble tillatt adgang til Nagasaki, og koreanske utsendinger fikk fortsette til hovedstaden. Denne isolasjonen varte i 251 år, inntil kommandør Matthew C. Perry framtvang åpningen av Japan mot Vesten med Kanagawa-avtalen i 1854.