Balliol fikk den tvilsomme ære av å være den aller siste skotske monark som ble kronet på den tradisjonelle «Skjebnesteinen». Kong Edvard behandlet nå Skottland som en vasallstat, og ydmyket og underminerte Balliols autoritet gang på gang. Etter press fra adelen gjorde imidlertid Balliol etterhvert opprør, og arbeidet frem en allianse mellom Skottland, Norge og Frankrike, den såkalte Auld-alliansen. Balliol valgte deretter å invadere England i 1296 og startet således det som ble den skotske uavhengighetskrig. Skottene tok Stirling og beleiret deretter festningen Carlisle lengre sør. Edvard slo tilbake ved å plyndre Berwick-upon-Tweed og slakte ned de fleste mannlige innbyggerne. Edvard erobret deretter Edinburgh, Stirling og Roxburgh. Skottene ble beseiret ved Dunbar, og Johan Balliol ble avsatt i Stracathro i nærheten av Montrose. Den engelske kongen rev våpenskjoldet av Balliols våpenkjole, noe som siden ga Balliol det lite smigrende tilnavnet «Toom Tabard» ().