Knutsen var en av lederne i den norske ml-bevegelsen. Han var medlem av SUFs, senere SUF(m-l)s sentralstyre fra 1968 til 1973. I årene 1971–1973 var han formann i organisasjonen. I den politiske debatten fremholdt han Josef Stalin som et stort forbilde og ble bredt kjent i media under kallenavnet «Stalin-Knutsen». I perioden 1973–1982 var han medlem av sentralkomiteens arbeidsutvalg i AKP(m-l). Han var også partisekretær. Knutsen var forfatter av notatet «Framlegg til fråsegn om homofili» (kort omtalt som «Fråsegna») i 1974, der han beskrev homofili som et seksuelt avvik med røtter i samfunnsmessige og sosiale forhold og som en form for borgelig dekadanse. I 1979 rettet AKP-ledelsen en kraftig «sjølkritikk» mot notatet og beskrev det som reaksjonært; i i 1979 fordømte AKP «fråsegna», som ble beskrevet som «et negativt lærestykke av rang». På landsmøtet i 1981 ble homofile gitt full anerkjennelse. Knutsen brøt med partiet og meldte seg ut i 1982.