Fra han var 12 til han var 17 år, gikk Isaac på The King's School i Grantham. Da ble han tatt ut av skolen for en periode, fordi moren ønsket at han skulle bli bonde. Dette gikk svært dårlig, og ved en anledning skal han visstnok ha satt fyr på låven under et eksperiment. Til slutt ser det ut til at skolens rektor fikk overtalt Newtons mor til å la sønnen fortsette skolegangen, og da han var 18 år, fullførte han skolen med strålende resultat.