Som sjømann seilte Jørgensen på verdenshavene. I 1798 tok han i England hyre på hvalfangeren som brakte han til Kappstaden, der han forlot skipet. Ønsket om å være med på oppdagelsesreiser til sydhavet brakte i stedet Jørgensen ombord på skuter som drev lyssky virksomhet, mest sannsynlig sjørøveri, langs vestkysten av Sør-Amerika. Etter halvannet år i denne virksomheten kom Jørgensen tilbake til Kappstaden, der han i november 1800 ble med et britisk skip som skulle til New South Wales for å utforske kystene av Australia. Jørgensen ble værende på i flere år og steg i gradene. I august 1804 ble han kaptein på seilskuten som skulle til New Zealand, deretter var han styrmann på hvalfangeren og kom til Tahiti. Opplevelsen av de kristne misjonærene medførte religiøs krise og tvil for Jørgensen, en krise som flere år senere skulle resultere i religiøs vekkelse og virke som predikant og forfatter av religiøse skrifter.