I løpet av april hadde MangaDex fått bekreftet at brukerdata hadde blitt lekket, blant annet brukeres e-postadresser, IP-adresser, og passord i hashet form. De arbeidet sammen med nettsiden Have I Been Pwned? for å informere brukere, og oppfordert brukere til å bytte passord. Etter angrepet valgte MangaDex å fullstendig nyskrive nettsidekoden for å bedre sikkerheten. I mellomtiden ble nettsiden stengt ned. Den nye versjonens API ble tilgjengelig for allmenheten 11. mai, mens nettsiden selv ble tilgjengelig 6. juni.