Katzer ble presteviet for Milwaukee den 21. desember 1866 av biskop John Henni. Han ble utnevnt til som professor i matematikk, filosofi og teologi. I 1867 fikk Katzer med seg foreldrene til USA. De bodde først hos ham på presteseminaret, deretter fulgte de ham senere til Green Bay og Milwaukee til farens død i 1876 og morens død i 1895.