Fra den 23. april 1897 var han igjen generalguvernør på Filippinene, og klarte nesten – men ikke helt – å – slå de revolusjonære på slagmarken; i én provins ble 30 000 filippinere drept. I stedet undertegnet han kompromissfredsavtalen i Biak-na-Bato den 14. desember 1897. Pakten innrømmet filippinerne en rekke politiske reformer, og de revolusjonære 800 000 peso i krigsreparasjoner, mot at de dro i landflyktighet. Revolusjonens leder general Emilio Aguinaldo og en rekke andre dro få uker etter til Hongkong.