I april 1944 ble familien transportert til Auschwitz og der ble foreldrene drept umiddelbart i gasskamrene. Margit Buchhalter løy om alderen til de tyske vaktene og hevdet at hun av 18 år gammel, og ble så sendt til Kraków (Krakau) der man trengte fanger til å arbeide i gruvene. Tyskerne tatoverte på venstrearmen hennes som identitetsmerke. Etter Kraków ble hun returnert til Auschwitz.