Mellom 1981 og 1983 ledet Jeffery Australias nasjonale anti-terrorist koordineringslag. I 1985 ble han forfremmet til generalmajor og utnevnt til å lede Hærens 1. divisjon. I 1990 ble han stedfortredende sjefen for den australske generalstaben, og i 1991 ble han utnevnt til assisterende sjef for generalstaben som hadde ansvaret for alt militært materiell.