Calderon ble valgt til president for Real Madrid 2. juli 2006, da han vant med 8 344 stemmer, mens motkandidaten Juan Palacios kom på annenplass med 8 098 stemmer. Etter diskusjoner med klubbens fotballdirektør, Predrag Mijatovic, ansatte han Fabio Capello som klubbens nye manager. Han vurderte også Bernd Schuster, daværende manager for Getafe CF.