El-Masri reiste fra sitt hjem i Tyskland for å dra på ferie i Makedonia ved utgangen av 2003. Han ble anholdt på grensen til Makedonia av makedoniske tjenestemenn den 31. desember 2003, fordi hans navn var identisk (bortsett fra variasjoner i romersk omskrivning) til den mistenkte terroristen Khalid al-Masri.