I løpet av perioden da han spilte inn sine intervjuer, ble Morton alvorlig skadet av knivstikk da en slåsskamp brøt løs i kneipen i Washington, D.C. der han spilte. Rett ved lå det et sykehus som kun var åpent for hvite, men han måtte fraktes til et sykehus som både var lengre unna og som var dårligere på grunn av hans afroamerikanske hudfarge. Da han lå på sykehuset la legene is på sårene han i flere timer før de tok seg av hans omsider dødelige skader. Han kom seg aldri helt etter skadene og var i ettertid mye syk og fikk lett pusteproblemer. Morton gjorde en ny serie med kommersielle innspillinger i New York, flere fortellende låter fra sine tidligere år som han hadde snakket om i intervjuene fra the Library of Congress.