Ettersom store deler av byen var brent ned nesten samtidig med det første Christiansborg, kom det til å ta en del tid før slottets gjenoppbygging kunne begynne. Ruinen, de tilstøtende bygningene og plassene omkring den, ble brukt til mangt og meget i den ødelagte byen – i kjelleren ble det for eksempel opprettet midlertidige boliger. Da bygningsarbeidet endelig begynte, kom det til å ta nærmere 25 år, men den 1. november 1828 var slottet i det minste så ferdig at det kunne innvies. Men kongen utviste ikke den store interessen for slottet. Etter at det brennende slottet måtte evakueres, hadde kongefamilien fått bolig på Amalienborg og der følte de seg vel tilrette. Heller ikke Frederik VI, som formelt ble konge i 1808, eller Christian VIII, som var vokst opp på Amalienborg, hadde lyst til å flytte permanent til Christiansborg. På tross av det gjorde innredningen allikevel slottet til et kongeslott og det ble da også brukt til representasjon og innkvartering av gjester. Det ble først Frederik VII som tok Christiansborg i bruk etter at han ble konge i 1848; blant annet samlet han hoffets administrasjon på slottet. Selv flyttet kongen ofte rundt og brukte mest Christiansborg som vinterresidens.