Heinrich Goldschmidt var sønn av fabrikant Salomon Goldschmidt (1823-1902) og Julie von Portheim. Han giftet seg i 1887 med Amelie Kochne (1864-1929). Deres sønn Victor Moritz Goldschmidt ble professor ved Universitetet i Oslo i likhet med sin far. Goldschmidt gikk med pensjon i 1929 samme år som han ble enkemann. Sønnen Victor var da professor i Göttingen. De flyttet dit sammen, tok med seg den norske husholdersken og kjøpte hus. Etter tiltagende antisemittisme etter Hitlers maktovertakelse i 1933 forlot de Tyskland i 1935 og reiste tilbake til Norge. Emigranter fikk bare ta med seg 10 mark ut av landet. I 1942 skulle Victor deporteres til Auschwitz sammen med de andre norske jødene og ble uventet sluppet fri da han var på vei om bord i DS «Donau». Han flyktet deretter til Sverige.