Duesberg mottok anerkjennelse tidlig i sin karriere for sin forskning på onkogener og kreft. Sammen med Peter Vogt oppdaget han at kreftfremkallende virus hos fugler hadde ekstra genetisk materiale sammenlignet med virus som ikke forårsaket kreft, og dannet en hypotese om at denne genetiske forskjellen bidra til utvikling av kreft. Ved en alder av 36 år ble Duesberg gitt tittelen tenure ved University of California, Berkeley, og 49 år gammel ble han valgt inn i National Academy of Sciences. Han mottok utmerkelsen (OIG) fra National Institutes of Health i 1986.