Spilleren kan oppdage forskjellige hemmeligheter, i løpet av hele spillet, og kan redusere sin egen størrelse for å komme seg gjennom små rom eller nøkkelhull. Det avsløres også usynlige plattformer eller overflater, men disse plattformene forsvinner sakte og blir usynlige - noe som krever at spilleren husker plasseringen. Spillet finner sted i 1875, ett år etter at Alice blir løslatt fra mentalsykehus. Alice, nå 19 år gammel, bor på et barnehjem i viktoriansk London - under omsorg av Dr. Angus Bumby, en psykiater som bruker hypnose for å hjelpe folk med å glemme deres tidligere minner. Selv om hun mener at hun har det bra, lider Alice fremdeles av hallusinasjoner på grunn av hennes tidligere opplevelser fra Eventyrland.