I 1967 utnevnte biskop Janssen ham til biskoppelig vikar for Hannover. Årene 1965–1987 var han Den tyske bispekonferanses tilsynsbiskop for Bundesgrenzschutz. Pachowiak gestaltet Hildesheims bispedømmesynoder av 1968/69 og 1989/90, og var bispedømmeadministrator under sedisvakansen.