Det store slaget ved Lipitsa ble utkjempet i nærheten av byen i 1216. I 1238 ble Jurjev ødelagt av mongolene. Et århundre senere ble den innlemmet i Storfyrstedømmet Moskva. Det viktigste fortidsminnet fra den moskovittiske perioden er det befestede klosteret til Erkeengelen Mikael, opprinnelig grunnlagt på 1200-tallet og som inneholder flere bygninger fra 1600- og 1700-tallet.