I 1980 ble han ordinert til prest. I 1987 ble Valen-Sendstad tvunget til å si opp sin stilling ved Menighetsfakultet fordi han hadde hatt et utenomekteskapelig forhold. «Valen-Sendstad-saken» fikk stor publisitet, og Menighetsfakultetets håndtering av saken ble møtt med sterk kritikk fra flere hold. Senere samme år ble Valen-Sendstad ansatt som høgskolelektor ved Kristiansand lærerhøgskole (senere Høgskolen i Agder).