Etter at Rogers periode som justisminister gikk ut i januar 1961 dro han tilbake til advokatkontoret, hvor han i 1964 forsvarte i rettssaken New York Times vs Sullivan. Året etter ble han av Lyndon B. Johnson valgt som amerikansk delegat i FN, hvor han senere i 1967 også ble medlem av komiteen for Sørøst-Asia. I januar 1969 ble Rogers utnevnt til utenriksminister under Richard Nixon-administrasjonen, hvor han tjenestegjorde frem til han gikk av i slutten av september 1973. Som utenriksminister skapte han den såkalte Rogers-planen i et forsøk på å skape fred i Midtøsten ved å argumentere for en israelsk tilbaketrekning til grensene før 1967, i bytte mot en arabisk anerkjennelse av Israels rett til å eksistere. Denne planen ble i all hemmelighet underbygget av den nasjonale sikkerhetsrådgiveren Henry Kissinger, som selv utførte politiske samtaler med velsignelse av Nixon.