Ved ankomst til flyplassen fra Stockholm sentrum, stanser Arlanda Express først ved stasjonen Arlanda Södra, som betjener terminalene 2-4, deretter fortsetter toget til endestasjonen Arlanda Norra, som betjener terminal 5 og hotell- og butikkområdet Sky City. Avstanden mellom disse to stasjonene er rundt 400 meter, blant den korteste på noen toglinjer i Sverige.