I 1995 ble han valgt inn i Riigikogu (Estlands riksdag) for Det estiske landsbygdsfolkets parti, som senere ble Estlands folkeunion, på fellesliste med Det estiske samlingspartiet. Reiljan var miljøvernminister i Tiit Vähis og Mart Siimanns regjeringer fra 1995 til 1999. Han ble gjenvalgt til Riigikogu ved valgene i 1999 og 2003.