Real Academia de Bellas Artes de San Fernando er også et museum og et galleri som innehar en kunstsamlig av malerier fra det 15. til det 20. århundre bestårende av verker fra blant annet: Hans Müelich, Arcimboldo, Giovanni Bellini, Juan de Juanes, Antonio Allegri da Correggio, Luis de Morales, Martin de Vos, Marinus van Reymerswaele, Otto Van Veen, Leandro Bassano, il Cavaliere d'Arpino, Guido Reni, Rubens, Domenichino, Jan Janssens, Giovanni Battista Beinaschi, Bartolomeo Cavarozzi, Daniel Seghers, José de Ribera Andrea Vaccaro, Jacob Jordaens, Pieter Boel, Claudio Coello, Juan Van der Hamen y León, Van Dyck, Pieter Claesz, Antonio de Pereda, Diego Velázquez, Margherita Caffi, Carreño de Miranda, Paul de Vos, Alonso Cano, Zurbarán, Murillo, Francesco Battaglioli, Jean Ranc, Jacopo Amigoni, Agostino Masucci, Fragonard, Corrado Giaquinto, Domenico Tiepolo, Alessandro Magnasco, Pompeo Battoni, Antonio Joli, Luis Paret y Alcázar, Mengs, Goya, Giuseppe Pirovani (et sjeldent ), Joaquín Sorolla, Ignacio Zuloaga, Juan Gris, Pablo Serraóo, Fernando Zobel, Lorenzo Quiros, med flere.