Débys styre er utfordret av opprørsgrupper gjentatte ganger. I 1992 bidro franske tropper til å slå ned , væpnede grupper som opererte på grensen mot Sudan. I oktober 1993 mislykkes et forsøk på statskupp, ledet av Abbas Koty. I 2005 startet et langvarig væpnet opprør i det østlige Tsjad, som igjen vanskeliggjorde forholdet til Sudan. Ytterligere ett statskupp mot Déby, der presidenten ble direkte angrepet, ble slått ned i mars 2006. Måneden etter forsøkte opprørere å innta hovedstaden, men Débys regjering holdt stand. President Déby brøt deretter forbindelsene med Sudan, som han anklaget for å støtte opprørerne. Til tross for dette ble presidentvalget i 2006 gjennomført og Sudans president var til stede ved innsettelsen av Déby for en ny periode. Opprørerne tok seg i februar 2008 inn i N'Djamena, men etter flere dagers kamp klarte regjeringsstyrker lojale mot Déby å vinne tilbake kontroll.