Henriksen ble cand.theol. fra MFi 1982 og mag.art. i filosofi ved Universitetet i Oslo i 1984. I 1990 tok han doktorgraden i teologi ved Universitetet i Oslo. Fra 1991 til 1994 var han dosent og senere professor i systematisk teologi ved Høgskolen i Volda. Fra 1994 har han vært professor i systematisk teologi ved MF. Fra 2002 har han også vært professor II ved Universitetet i Agder.