I 1870 etablerte han egen arkitektvirksomhet i Kristiania, der han var svært aktiv fram til 1898. Han stod for en rekke villaer og frittstående og tradisjonelle leiegårder, blant annet i Homansbyen, der bare Georg Andreas Bull hadde flere arbeider i utbyggingen av dette området. På 1870- og 1880-tallet var arbeidene ofte preget av den tyske arkitekten Karl Friedrich Schinkel. Eckhoff kunne veksle mellom både et enkelt formspråk og mer gotiske uttrykk.