Sammen med Hendrix, som har vært en enorm inspirasjonskilde, er Frusciante også inspirert av glam rock-artister som David Bowie og T. Rex. Andre viktige inspirasjonskilder Captain Beefheart, The Residents, The Velvet Underground, Neu!, Kraftwerk, Frank Zappa og Robert Johnson. Gitarstilen hans har også blitt inspirert av Greg Ginn, Pat Smear og Joe Strummer. Som ung likte han Led Zeppelin, Public Image Ltd., Siouxsie and the Banshees, The Smiths og senere også Pink Floyds grunnlegger Syd Barrett. Det kan merkes i innspillingene at interessene og inspirasjonskildene hans er i konstant forandring, både som gitarist og musiker; «Jeg henter alltid inpirasjon fra forskjellige former for musikk og spiller gitar sammen med sangene. Jeg går også inn i et prosjekt hvor jeg kombinerer forskjellige nye ideer og stiler». I hans nye soloalbum finner man også elektronisk musikk hovedsakelig inspirert av Depeche Mode, New Order, The Human League, Ekkehard Ehlers, Peter Rehberg og Christian Fennesz. Frusciante har sagt at han synes den beste innspillingsmetoden er å spille alt inn så fort som mulig, ettersom han mener den gode 60-tallsmusikken ble laget slik.