Da Senatet senere gjeninnsatte Stanton, ba Johnson Grant om å nekte å fratre posten til Stanton, og la rettsvesenet løse saken. Grant trådte i stedet til side og pådro seg Johnsons vrede under et regjeringsmøte etterpå for angivelig å ha brutt et løfte om ikke å gjøre det. Grant fornektet at han noen gang hadde lovet noe slikt. Johnsons virkelige frusterasjon var med Grant som hadde tatt de radikales side. Den 14. januar 1868 publiserte aviser som var vennlige til Johnson en serie av artikler i et forsøk på å diskreditere Grant over å ha gitt Krigsdepartementet tilbake til Stanton, hvor de nevnte at Grant hadde vært villedende i saken. Grant forsvarte seg i et skriftlig svar til presidenten, som ble offentlig, som dermed økte Grant sin nasjonale popularitet og kom ut av kontroversen uskadd. Han hadde heller ingen rolle i den etterfølgende riksrettssaken mot Johnson som, delvis, var sentrert rundt Johnsons fjerning av Stanton. Ingen av hovedpersonene i riksretten hadde noen fordel av den.