I alt har det eksistert tre varianter av Den japanske røde armé, alle nært forbundet med hverandre. Den første, kalt Røde arméfraksjon (Sekigun-ha), ble stiftet av Takaya Shiomi i 1969 etter en splittelse i organisasjonen Japans kommunistiske liga Shiomi ble imidlertid arrestert bare måneder før gruppen gjennomførte sin første flykapring.