Han var sønn av sakfører Nils Fliflet (1838–1907) og Alhed Marie Petronelle Agersborg (1845–1932). Etter å ha blitt student fra Hamar katedralskole tok han juridisk embetseksamen i 1890 og var deretter fullmektig hos sakfører Bull-Heyerdahl på Toten og ved Østre Toten sorenskriveri. I 1895 reiste han til Paris for å studere internasjonal privatrett ved Sorbonne. Han studerte også ved Universitetet i Zürich. Fra 1893 var han ansatt i Justisdepartementet, hvor han ble utnevnt til byråsjef i 1902.