I 1992 var det et skisma i den bulgarske ortodokse kirke mellom hovedrynoden (den fremherskende synode) og den alternative synode. I 1994 sluttet Ambrosius seg til den alternative synode og ble ordinert til biskop den 3. april 1994 i Tsjekotina-klosteret av lederen for den skismatiske kirke, metropolitt Pimen Nevrokopski.