Israels fengselsvesen fikk han evaluert psykiatrisk og han ble funnet skikket til å kunne straffes på vanlig vis. Han ble igjen stilt for retten, med rettssak i 2016. Han ble denne gang dømt til livsvarig fengsel. Denne gang ble soningen lagt til Ayalon-fengselet, også det i Ramle. I august 2016 rev Schlissel opp bilder av en annen innsattes døtre på grunn av at de var «usømmelig kledd», og ble deretter slått av den innsatte inntil vakter skilte dem ad. Schlissel ble innlagt på sykehus som følge av julingen han pådro seg, og ble midlertidig plassert på glattcelle som et disiplinærtiltak. Etter at fengselsmyndighetene foretok en evaluering, ble det besluttet å skille ham fra andre innsatte på grunn av hans lettantennelige temperament, og han fikk sin egen celle i et beskyttet område av fengselet. En måned senere ble Schlissel igjen angrepet og måtte legges inn på sykehus etter at en krangel mellom ham og to domfelte gangstere i fengselsgården eskalerte til at gangsterne slo ham inntil vaktene grep inn.