Nildeltaet har et subtropisk klima karakterisert med meget lite regn. Den gjennomsnittlige årlige nedbør er på 100-200 mm, hvor det meste faller i vintermånedene. Måneden med mest nedbør er januar med gjennomsnittlig 18 mm nedbør. Den tørreste er juni med 1 mm nedbør. Deltaets temperaturkurve når i juli-august gjennomsnittlig 30°C, men er målt opp til 48°C. Vintertemperaturen ligger vanligvis mellom 5°C og 10 °C. Kaldest er januar med opptil 12 °C.