Mandeerne regner Johannes Døperen som grunnlegger av religionen, i den forstand at mandeerne skal være etterkommere av Johannes' disipler. Etter det store jødiske Bar Kokhba-opprøret 132–135 ble de likesom jødene fordrevet til Babylon. Mandeerne tok med seg den skjulte lære som de sa de fikk av døperen Johannes.