I forbindelse med at del Ponte i 1999 ble utnevnt som sjefsanklager ved ICTY, ble hun også utnevnt til sjefsanklager ved Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for Rwanda (ICTR), hvor hun avløste Louise Arbour. 15. september 2003 utnevnte Sikkerhetsrådet Hassan Bubacar Jallow som hennes etterfølger, slik at hun kunne konsentrere seg om sakene fra det tidligere Jugoslavia.