Senere ble Blackcomb forsinket og en mindre utgivelse med kodenavnet «Longhorn» ble planlagt for en 2003-utgivelse. I midten 2003 hadde Longhorn fått noen av funksjonene som opprinnelig var planlagt for Blackcomb, inkludert WinFS og Desktop Window Manager, samt nye versjoner av systemkomponenter bygget på .NET-rammeverket. Etter sommeren 2003 hadde tre store virus (Blaster, Sobig og Welchia) utnyttet feil i Windows-operativsystemet i løpet av en kort tidsperiode. På grunn av dette endret Microsoft sine utviklingsprioriteringer og Longhorn ble satt på pause for å utvikle nye Service Pack-er for Windows XP og Windows Server 2003, som inkluderte et antall nye sikkerhetsfunksjoner. Utviklingen av Longhorn ble også startet på nytt September 2004 som en konsekvens av bekymringer for kvaliteten på koden som ble introdusert i det nye operativsystemet. Resultatet ble at WinFS, Next-Generation Secure Computing Base og andre funksjoner sett i noen Longhorn-bygg ble droppet. Disse så heller aldri dagens lys i det som ble Windows Vista og Windows Server 2008.