Den 17. juni 2016 ble det offentliggjort at Abdullahi hadde undertegnet en 4-årskontrakt med den tyske 2. Bundesliga klubben frem til 30. juni 2020. Medier spekulerte i om størrelsen på overgangen lå i underkant av 10 millioner kroner. Sportdirektør i Eintracht, Marc Arnold, uttalte til klubbens nettsider at de så et stort utviklingspotensial i den unge spilleren. Etter å ha imponert i sesongoppkjøringen for Eintracht, var Abdullahi uheldig i siste treningskamp før sesongen startet, og røk menisken i høyre kne. Spilleren mistet dermed flere måneder av sesongen for sin nye klubb. Abdullahi fikk sin debut for klubben 17. desember 2016 i en kamp borte mot Karlsruher SC på Wildparkstadion. Spilleren erstattet Christoffer Nyman etter 65 minutter, i en kamp som endte 0 - 0. Første mål for klubben kom i en kamp mot FC St. Pauli hjemme på Eintracht-Stadion 5. februar 2017. Abdullahi reduserte til 1 - 2 på overtid, noe som også ble sluttresultatet.