Etter overlevering i bøn-tradisjonen ble dzogchen undervist for første gang av mesteren Shenrab Miwoche omtrent f.Kr. i Sentral-Asia. Mesteren underviste Dzogchen for første gang i Tibet. I bøn gjelder dzogchen som den høyeste av ni veier i læresystemet. Bøn-dzogchen ble oppretthold som en selvstendig læresystem til i dag.