Peptidene deles grovt sett inn i , som består av et fåtall aminosyrer, og , som består av mange aminosyrer. Grensen settes ofte ved ca. 50 aminosyrer, eller en molekylvekt på ca. 5000. Polypeptider med flere enn 100 aminosyrer eller en molekylvekt på ca. 10000 kalles oftest for proteiner. Blant oligopeptidene betegnes noen ganger de med svært få aminosyrer etter det nøyaktige antallet – for eksempel inneholder di-, tri-, tetra- og pentapeptider hhv. 2, 3, 4 og 5 aminosyrer. Denne terminologien brukes sjelden for peptider med flere enn 10-12 aminosyrer.