Manning sa at selv om han hadde planer om å spille i løpet av 2011-sesongen kom han ikke til å "krangle" med administrasjonen for å holde seg av injured reserve dersom de trengte plassen hans i den aktive spillerstallen. Han begynte å trene på å kaste baller igjen i midten av desember, og lagkameraten Joseph Addai kommenterte at han så kampklar ut. Manning endte opp med å ikke spille noen kamper i sesongen, og Colts gikk 2–14 uten ham; det var kun den tredje sesongen siden Manning var nykommer at Colts vant færre enn ti kamper.