Caraffa ble den 15. januar 1537 utnevnt til kardinalprest av , samt til det samme av San Sisto, San Clemente og Santa Maria in Trastevere, innen han den 17. oktober 1544 ble kardinalbiskop av Albano. Senere ble han tildelt Sabina, Frascati, Porto e Santa Rufina og Ostia.