Lorenzos sønn Pietro den uheldige klarte raskt å rive ned Medici-styret. Hans feige politikk mot Karl VIII gjorde at byen så seg nødt til å kvitte seg med Mediciene og reetablere et fullt republikansk styre. Folket var dog delt mellom de som støttet Mediciene, og Girolamo Savonarolas tilhengere, som ville reformere myndighetene og gjenforene alle klanfamiliene under en . Det tok derimot ikke lang tid før Mediciene gjentok maktposisjonen da Savonarola ble brent på stake i Piazza della Signoria den 23. mai 1498, på pave Aleksander VIs ordre. Dette er da Michelangelo skapte sin David-statue, som en vokter for florentinsk uavhengighet.