Hydrogenbindingene som stabiliserer α-heliksen dannes mellom karboksylgruppen i en aminosyre og aminogruppen i aminosyren som ligger fire lenger bort i kjeden, altså aminosyre nummer fem. Aminosyre nummer to danner en tilsvarende hydrogenbinding med aminogruppen i aminosyre nummer seks. Strukturen som dannes er en spiral med mange 'ringer'. Alle aminosyrene som ikke ligger i den første eller siste ringen danner til sammen to hydrogenbindinger siden hver aminosyre har en karboksylgruppe og en aminogruppe. Hydrogenbindingene dannes langs sidene av heliksen og er årsaken til at α-heliksen er meget stabil. Alle sidegruppene til aminosyrene vil stikke ut fra aksen av α-heliksen, omtrent som trappetrinn i en spiraltrapp. Der trappetrinnene er festet i midten vil tilsvare ryggraden, og støttene som går opp til gelenderet er hydrogenbindingene som følger aksen i heliksen (tenk på at støttene går helt til neste etasje i trappen). En runde i en α-heliks tilsvarer en etasje i trappen. Sidekjedene stikker utover fordi det ikke er plass på innsiden av heliksen eller innimellom ryggraden som er bundet med hydrogenbindinger.