Saniteten i Forsvaret har en lang historie som i Marinen strekker seg tilbake til 1400-tallet og i Hæren til 1600-tallet. FSAN ble etablert som en egen enhet på utefronten under den andre verdenskrig. FSAN ble opprettet av Forsvarsdepartementet i London med instruks fra 20. august 1941. Den nye organisasjon som ble ledet av en felles sanitetssjef, oberstløytnant Gunnar Johnson, og under denne sjefslægene for Marinen, Flyvåpenet og Hæren, ble effektiv fra årsskiftet 1941/1942. Gunnar Johnson var sjef inntil professor Johan Holst kom fra Sverige til Storbritannia. Holst tiltrådte som Sjef for FSAN 1. november 1941.