Kibuishi studerte til en grad i filmstudier ved Universitetet i California, Santa Barbara i 1996. I løpet av tiden han studerte tegnet han illustrasjoner for universitetets studentavis, «Daily Nexus», og det er der hans karriere som illustratør startet. Til tross for at han tidligere tegnet noe i løpet av videregående skole, så begynte karrieren først når han etterhvert begynte å lage tegneserier til studentavisen. Han ble uteksamninert fra Universitetet i California, Santa Barbara i 2000 med en bachelor i filmstudier.