Midt på øya ligger saltvannsfjorden Bras d’Or. I tillegg finnes det en rekke sjøer og elver på øya. Cape Breton har siden 1955 hatt fastlandsforbindelse med vei og jernbane over Canso Causeway, et større moloanlegg. Skipstrafikken går gjennom Canso-kanalen i den østre enden av moloanlegget.