I senatet tjenestegjorde han som ordstyrer i komiteen for revisjon av lover i den 44. kongressen. Etter at han forlot senatet i 1877 ble han utnevnt til kommisjonær for å systematisere og redigere de reviderte statuttene i forfatningen til USA av president Rutherford B. Hayes. Etter denne perioden praktiserte Boutwell internasjonale lover og patentlover både i Boston og i Washington, D.C. I 1884 takket han for øvrig nei til å bli utnevnt til ny finansminister etter å ha blitt forespurt av Chester A. Arthur. I 1898 markerte han seg sterkt som motstander til USAs annektering av Filippinene ved å bli president i den politiske interesseforbundet American Anti-Imperialist League. To år etter var han valgmann for demokratenes presidentkandidat William Jennings Bryan under presidentvalget i USA 1900.