Det nåværende grevskapet ble opprettet i 1996, men Flintshire har en lengre historie. Grensene for det tradisjonelle og det administrative grevskapet stemmer ikke helt overens. Spesielt gjelder dette eksklaven Maelor Saesneg, som administreres som del av Wrexham, og Prestatyn og Rhyl som er en del av Denbighshire.