Opplysningstiden og absolutismen under erkehertuginne Maria Teresia og spesielt Josef II bragte en rekke begrensninger for kirkens makt og bl.a. opphevelsen av mange klostre. Protestanter, jøder og ortodokse kunne uhindret utøve religionen sin. Kirkens tidligere maktstilling ble ytterligere begrenset gjennom sekulariseringen av fyrstbispedømmene (Salzburg og Brixen) i 1803 og innføringen av trosfrihet i grunnloven av 1848.