Mackintosh deltok første gang i en ekspedisjon til Antarktis som førstestyrmann på Shackletons Nimrod-ekspedisjon (1907–1909) som hadde som hovedformål å nå Sydpolen. Kort etter ankomst i isen fikk han ødelagt sitt høyre øye under lossing av skipet, og han returnerte til New Zealand for å få medisinsk behandling. Han kom tilbake i januar 1908 for å delta i resten av ekspedisjonen. Hans viljestyrke og besluttsomhet imponerte Shackleton og var grunnlaget for utnevnelsen til leder for Rosshavsgruppen i 1914.