Samme år, 1551, møtte han pater Ignatius av Loyola og inntrådte i Societas Jesu. Ikke før i 1551 valgte han å offentlig tilkjennegi sitt medlemskap i ordenen, ettersom han først ville forsørge sine barn og fullgjøre sine regjeringsplikter. Det var i 1551 han ble presteviet. Hans eksempel bidro til at det så inntrådte gange mange unge adelige i ordenen. Gjennom sin karriere ved det spanske hoff ble de Borja rådgiver for en rekke konger og fyrster.