Eneas undergikk cellegiftkur da han senere fikk bekreftet at han hadde utviklet kreft. Da cellegiftkuren ikke førte til bedring, bestemte han seg for å reise hjem fra sykehuset, her han senere døde ved sitt hjem grunnet den langvarige sykdommen. Eneas døde kl.14.00, 6. mai 2007 i Laranjeiras et nabolag i den sørlige delen av Rio de Janeiro. Hans lik ble kremmert ved Carmo Memorial Cemetery i Caju, ved kystlinjen i Rio de Janeiro. Hans aske ble spredt utover Guanabara Bay.