I november 1402 beordret paven biskop Peter av Strängnäs til å gjennomføre en undersøkelse av om anklagene om svindel, forfalskning og brutt kyskhetsløfte var sanne. Da etterforskningen viste at anklagene var sanne, ble Ingegerd formelt fjernet av kirken fra embedet som abbedisse 5. februar 1403.