Cuarón har også regissert den tredje filmen i den suksessrike -serien, . Cuarón har mottatt en del negativ kritikk blant de mer puristiske Harry Potter-fansene for å «ødelegge» filmen, mest fordi de to første filmene, som ble regissert av Chris Columbus, hadde vært veldig tro mot bøkene, mens Cuaróns film tok seg en del kunstneriske friheter. Filmen er også laget i en mørkere tone enn de forrige filmene, noe som kom som et sjokk for en del fans av serien. Forfatter av bøkene, J.K. Rowling, har imidlertid uttalt at filmen til Cuarón så langt er hennes personlige favoritt blant filmene fra serien, og er også den som fikk best kritikk.