Samvittighetsfrihet forutsetter tankefrihet og er tett forbundet med religionsfrihet og ytringsfrihet. I konflikter mellom plikt og ens indre overbevisning er samvittighetsfrihet muligheten til å følge sin overbevisning. Adgang til å nekte militærtjeneste, reservere seg mot dyreforsøk eller kontroversielle medisinske inngrep, som abort eller omskjæring, eller bruk av sivil ulydighet i protest mot politiske myndigheter er eksempler på bruk av samvittighetsfrihet.