Franz Zauner begynte å studere filosofi og teologi ved Det pavelige gregorianske universitet i Roma i 1925. I 1929 ble gitt doktorgraden i filosofi, og 1932 i teologi. Etter sin prestevielse 25. oktober 1931 var Zauner kapellan i Mondsee og fra 1934 i Linz i . I 1934 ble han generalprefekt i Collegium Petrinum og var kirkelig administrator der fra 1938 til 1945. Selv om Kollegium Petrinum ble ekspropriert av nasjonalsosialistene, klarte de å forhindre et salg. Ved å leie ut seminaret kunne bispedømmet fortsette å bruke huset.