Dusørjegerne besluttet å stikke av fra landet, men den 14. september 2006 ble Chapman, sammen med sin sønn Leland Chapman og vennen Tim Chapman, arrestert av U.S. Marshals og fengslet i Honolulu på vegne av den meksikanske regjeringen som prøvde å få dem utlevert for straffeutmåling. Etter å ha tilbrakt en natt i fengselet i Honolulu dukket Chapman opp i en fullpakket rettssal i Honolulu med anklene lenket sammen. De tre mennene ble løslatt mot kausjon og de måtte gå med elektronisk fotlenke. Chapman har utgitt en bestselgende selvbiografi, i 2007. Hans andre bok, ble publisert i 2010. Han var gift 5 ganger og har 12 barn.