Internering eller innkvartering av de deporterte i gettoer og leirer ble organisert langs ankomstrutene. Jøder som ikke etterkom ordre, kunne rumenske myndigheter uten videre henrette som spioner. Jødene som befant seg i guvernementet (både deporterte og innfødte), ble ansett både som en sikkerhetsrisiko og en økonomisk belastning.