Etter noen småroller som skuespiller, blant annet i den Spike Jonze-regisserte musikkvideoen til Sonic Youths i 1992, bestemte Lee seg for å legge skateboardet på hylla og bli skuespiller, til stor overraskelse for skatemiljøet. Hans første store rolle var i Kevin Smiths , og han ble en god venn av Smith og har siden dukket opp i alle Smiths spillefilmer til og med fra 2006. Og det var Smiths som satte fart på karrieren hans, etter at han ble belønnet med en Independent Spirit Award for rollen som den skaphomsende serietegneren Banky Edwards. Dette førte til flere hovedroller, blant annet i og . I tillegg har han hatt roller i , , og . Han ga også stemme til Syndrome i Pixars .