Johann Jakob von Mayr ble diakonviet 19. desember 1699 og presteviet 18. desember 1700. Han ble utnevnt til hjelpebiskop i Augsburg og titulærbiskop av den 5. desember 1718, og ble bispeviet 8. januar 1719 av biskop Alexander Sigmund von Pfalz-Neuburg av Augsburg.