Byen nevnes første gang 1002 under navnet , og var en viktig handelsby i middelalderen. Bautzen lå under den kalde krigen i DDR og var beryktet for sine straffeanstalter. Bautzen I ble brukte som offisielt fengsel og hadde klengenavnet (Den gule elendighet), mens det hemmelige Bautzen II ble brukt for samvittighetsfanger. Bautzen I er fortsatt brukt som fengsel mens Bautzen II har vært et minnested siden 1993.