Waters har siden han begynte å turnere igjen i 1999 vært en aktiv livemusiker, og han var en av de ti høyest innbringende liveartistene i 2010-årene. I 2005 ble Waters med sine tidligere bandkolleger David Gilmour, Richard Wright og Nick Mason på en gjenforening av Pink Floyd under veldedighetskonserten Live 8, som ble Waters første og eneste konsertopptreden med bandet siden 1981. Samme år utga han operaen , som han hadde jobbet med siden 1980-årene. Han turnerte med fra 2010 til 2013, som ble den høyest innbringende konsertturnéen fra en soloartist noensinne. Under én av konsertene i London i 2011 medvirket Gilmour og Mason som gjester. I 2017 ga Waters ut sitt første soloalbum på 25 år, , som i hovedsak fikk gode kritikker.