Den første hovedstaden for Nebraskaterritoriet ble Omaha, som ble valgt av fungerende guvernør Thomas B. Cuming. En politisk drakamp oppstod mellom nybyggerne som bodde nord for Platte River, og de som bodde sør for den, og da flere bodde sør om elven ble hovedstaden flyttet dit. Kort etter delstatens dannelse i 1867 ble den besluttet flyttet til Lancaster i Lancaster County lenger sør, og stedet fikk det nye navnet Lincoln.