Utover å utvikle atombombene fikk Manhattanprosjektet i oppgave å samle inn etterretninger om Tysklands atomprogram. Man mente at Japans atomprogram ikke var så langt fremskredet fordi Japan ikke hadde tilgang til større mengder uranmalm, men i starten fryktet man at Tyskland var svært nær å utvikle egne atomvåpen. Etter oppdrag fra Manhattanprosjektet ble det gjennomført bombing og sabotasje mot tungtvannsanlegget i Vemork, som da var okkupert av tyskerne. En liten gruppe ble dannet med folk fra marinens etterretningstjeneste, Manhattanprosjektet og hærens etterretningstjeneste for å undersøke fiendens vitenskapelige fremskritt. Den var ikke begrenset til atomvåpen. Sjefen for hærens etterretningstjeneste, generalmajor George V. Strong, utpekte Boris Pash til å lede enheten som fikk kodenavnet «Alsos», et gresk ord som betyr «grove».