Mamerto Natividad studerte ved Ateneo de Manila og ved i Manila. Han sluttet seg til de revolusjonære den 28. august 1896 for å hevne spanjolenes drap på hans far, Mamerto Natividad sr. Han ble satt i fengsel for å ha skutt en spansk dommer som hadde fiket til hans yngre bror. Kort tid etter klarte han å rømme og sluttet seg til general Emilio Aguinaldos revolusjonshær. Han ble den yngste hærfører med generals rang under revolusjonen, og ledet sine tropper i kamp mot spanjolene blant annet i San Rafael i Bulacan og i Tayug i Pangasinan.