Åpningen i 2009-sesongen ble bedre enn åpningen på den foregående sesongen for Federer, men han tapte Australian Open-finalen mot Nadal i fem sett. Han fikk deretter sin hevn da han vant Madrid Masters og forhindret Nadal i å ta alle tre masterstitlene på grus i løpet av ett år. Ved å slå svenske Robin Söderling i finalen i French Open fikk han endeleg sin karriere grand slam, og ble bare den sjette mann til å oppnå dette i den moderne era. Han vant også Wimbledon i 2009. Federer vant over Andy Roddick i finalen.