Schellings tidligere tenkning antar en klar teosofisk karakter og samler seg om den menneskelige frihet og det absolutte eller den upersonlige gud, forholdet mellom menneske og natur, og erkjennelsespotensialet i kunsten. Hans midtre og senere tenkning antar en mer konfesjonell, og stadig mer kompleks teologisk posisjon, og etter hvert en eksplisitt anti-teosofisk innretning; han vektlegger menneskets eksistensielle forhold til den personlige Gud og den virkelige verden.