Folkhälsomyndigheten ble opprettet 1. januar 2014 gjennom en sammenslåing av Smittskyddsinstitutet og Statens folkhälsoinstitut. Samtidig ble store deler av Socialstyrelsens arbeid med miljøhelse og miljø- og folkehelserapportering overført. Den 1. juli 2015 tok Folkhälsomyndigheten over det samordnede ansvaret for smittevernområdet, som tidligere ble håndtert av Socialstyrelsen.