Eitner studerte i Breslau, men konsentrerte seg framfor alt om selvstudier av musikk. I 1853 slo han seg ned i Berlin hvor han blant annet opptrådte som pianist og skrev klaverstykker og lieder. Han åpnet en musikkskole i 1863, men historikkstudier tok stadig mer av tiden og lærervirksomheten ble tonet ned. I 1868 var han delaktig opprettelsen av og var redaktør av selskapets (1869–1904). Han sto også bak en rekke musikkbiografier og et musikkleksikon over nederlandske komponister. Eitner bidro til 399 artikler i (ADB), nesten alle om musikere.