Mercantile ble ikke med i samarbeidsklubben FK Oslo Øst som ble stiftet høsten 1999, og gikk i stedet sammen med Lambertseter IF på nyåret i 2000. I 2005-sesongen rykket klubben ned til fjerde nivå. 26. november 2006 vedtok Mercantiles generalforsamling å fusjonere fotballavdelingen (Mercantile Fotballklubb) med Nordstrand Idrettsforening, og Nordstrand overtok Mercantiles lag i 3. divisjon. Mercantile opphørte dermed som selvstendig fotballklubb, men den opprinnelige klubben med røtter tilbake til 1903, Mercantile Ski- og Fotballklubb, besto. 28. november 2007 vedtok Mercantile Ski- og Fotballklubb å gjenopprette lag i 8. divisjon i Oslo Fotballkrets under Kent Jonas Trinborg og Skjalg Sæthers ledelse. Stallen besto hovedsakelig av studenter fra Universitetet i Oslo og kamerater fra Sarpsborg og omegn. Det første året etter returen til norsk fotball endte Mercantile på sisteplass i 8. divisjon avdeling 3, og poengfangsten tilsa at Mercantile var Norges sjette dårligste lag før 2009-sesongen. 2009-sesongen ble en opptur sammenlignet med debutsesongen, og Mercantile endte på 5.-plass i klubbens andre år etter oppstarten. De blå-hvite fikk inn en rekke forsterkninger før 2010-sesongen og fortsatte framgangen fra året før. Etter en avslutning hvor fire av avdelingens åtte lag var med i opprykkskampen før siste serierunde, var det «Mercan» som rykket opp i 7. divisjon. I 2011 havnet klubben på en 7.-plass i sin 7. divisjonsavdeling, mens den ble nummer 5 i 2012. Med 18 poeng på 18 kamper havnet Mercantile i 2013 på 6.-plass i 7. divisjon avdeling 3, i det som var en midt på treet god sesong for klubben. "Mercan" kopierte 6.-plassen i 2014, etter å ha vunnet de tre siste kampene av sesongen. Med 22 poeng forbedret man fjorårets poengfangst, til tross for at laget var plaget med skader på nøkkelspillere hele sesongen. Før 2015-sesongen fikk klubben inn et par nye spillere, og med en 4.-plass var den igjen på øvre halvdel i divisjonen. Framgangen fortsatte i 2016, og nytt av året var at mangeårig lagleder Christoffer Stensholt trappet ned, mens Thors Sæther tok over. Med flere seire enn tap, samt positiv målforskjell, var dette en god sesong for Mercantile.