I en sikkerhetspolitisk krise har FLO blant annet et særlig ansvar innen vertslandsstøtte, altså sivil og militær støtte gitt til allierte styrker som opererer på norsk jord. Samtidig skal FLO understøtte norsk styrkeoppbygging og stridsevne. FLO har derfor inngått en rekke langsiktige og strategiske partnerskap med noen av Norges fremste logistikkmiljøer på sivil side, for slik å være i stand til å øke logistikkapasiteten ved behov. I henhold til en studie utført av Forsvarets forskningsinstitutt i 2019 bidrar nettopp denne innrettingen av Forsvarets logistikksystem til at FLOs vertslandsstøtteoppdrag er troverdig.