Vannhyasint er i praksis umulig å utrydde når den først har etablert seg i et område, men det finnes ulike metoder for å redusere skadevirkningene. Et viktig første tiltak er å redusere tilførselen av næringsstoffer ved bedre behandling av avløpsvann. Driftsbarrierer kan hindre at planter flyter inn i kritiske områder. Bare små mengder kan fjernes manuelt, og fjerning i stor skala krever maskinelt utstyr. Mekaniske metoder innebærer som regel at planterestene legges på land ved hjelp av liner, skuffer eller transportbånd. På steder der planterester kan synke til bunns uten å skape oksygenmangel, kan man bruke båter med utstyr som knuser plantene. Plantevernmidler som 2,4-D og glyfosat blir mye brukt. Flere arter av snutebiller, mott, nattfly, bladteger, midd og sopp blir brukt til biologisk bekjempelse. Gresshoppen ernærer seg utelukkende av planter i vannhyasintfamilien, og utsetting av den kan bli et effektivt tiltak.