Av større pattedyr i New York finnes det svartbjørn, rødgaupe, kanadisk gaupe, prærieulv, grårev, elg, rødrev og hvithalehjort. Det er rundt 500 000 hjorter i New York, noe som blir sett på som et problem på grunn av kostnadene etter store ødeleggelser av avlinger. Flere av New Yorks pattedyrarter er rovdyr, og det samme er mindre dyr som langhalesnømus og nordlig elveoter. Amerikansk bever er et annet, men mindre, og planteetende pattedyr. Den er New Yorks offisielle delstatspattedyr Det finnes to flaggermusarter i New York, og . I Atlanterhavet, utenfor kysten av New York finnes det spermhval, blåhval og knølhval. Andre små pattedyr i New York er flere ulike musearter, snøskohare, vanlig duskhalekanin, New England-duskhalekanin, skogmurmeldyr, ekorn, bisam og vaskebjørn.