Ni fiskearter forekom naturlig i Eğirdirsjøen. I 1955 ble gjørs satt ut, den tilpasset seg godt, og det ble drevet et omfattende fiske etter arten i perioden 1960–2000. De naturlige forekommende artene karpe og vimme ble også fisket. Samlet fiskefangst var størst i 1979, da det ble tatt 117 tonn karpe, 482 tonn gjørs og 23 tonn vimme. Overfiske, sterk plantevekst og innføring av liten stripefisk til innsjøen i 2003 har ført til reduksjon i fangstene, og gjørs er nå er svært sjelden. En vet ikke hvordan liten stripefisk kom til innsjøen, men den er nå den dominerende arten. Damkaruss, , , og har også etablert seg i innsjøen. Suter og donaulaue ble satt ut, men klarte ikke å danne levedyktige bestander.