I mars 1935 var Noonan navigatør på Pan Ams første Sikorsky S-42 clipper i San Francisco-bukta. I april navigerte han den historiske rundtur med China Clipper mellom San Francisco og Honolulu ført av Ed Musick (som prydet omslaget på det året). Noonan ble etterhvert ansvarlig for å legge opp alle Pan Ams clipper-ruter over Stillehavet, deltok i mange av Pan Ams flyvninger til Midwayøyene, Wake Island, Guam, Filippinene og Hongkong. I tillegg til mer moderne navigasjonsutstyr bragte Noonan, som gammel sjømann, alltid med seg en sekstant på disse turer.