Warburg var en brennende tysk patriot, og valgte å forbli i Tyskland etter 1933, til tross for at han var jøde. Han håpet på en bedre fremtid for landet, og var styremedlem i den tyske Riksbanken fra 1933 til 1938, da han ble presset til å selge sin bank og emigrere til USA, hvor han døde i landflyktighet i 1946.