Etter gymnasstudier i Łódź, dro Hirszfeld, som var jøde men etterhvert bestemte seg for å konvertere til katolisismen, til Tyskland for å studere medisin der. I 1902 begynte han ved Universitetet i Würzburg og fortsatte fra 1904 i Berlin, der han i tillegg til medisinen også fulgte forelesninger i filosofi.