Da Mosambik vant uavhengighet fra Portugal i 1975 ble Vieira de Mello leder for UNHCRs arbeid i landet. Han var senere i Peru før han ble utnevnt til høykommissærens spesialutsending i Kambodsja. I årene 1981 til 1983 var Vieira de Mello politisk rådgiver for UNIFIL i Libanon. På 1990-tallet fikk han oppdrag knyttet til rydding av landminer i Kambodsja og Jugoslavia og arbeidet med flyktningproblematikken i Sentral-Afrika.