Ioner fanget i ICR-cellen kan bli eksitert ved å bruke pulsede elektriske felt ved deres resonansfrekvens for å øke deres kinetiske energi. Varigheten og amplituden til pulsen bestemmer den kinetiske energien til ionet. Fordi en kollisjonsgass som er tilstede ved lavt trykk krever lang tid for eksiterte ioner å kollidere med nøytrale molekyler, kan en pulsventil brukes til å innføre en kort kollisjonsgass. Fangede fragmentioner eller deres molekylionreaksjonsprodukter kan bli eksitert for flerstegsmassespektrometri (MS). Hvis eksitasjonen ikke påføres resonansfrekvensen, men med en litt off-resonansfrekvens, vil ionene vekselvis bli eksitert og ueksitert, og tillate flere kollisjoner ved lav kollisjonsenergi. er en CID-teknikk som brukes i Fourier-transform ion syklotron resonans massespektrometer som innebærer å akselerere ionene i syklotron-bevegelse (i en sirkel inne i en ionefelle) i tilstedeværelse av en kollisjonsgass.