AMC ble kjent grunnlovsstridig i saken som tok til 16. januar 2009. Høyesterett fant at endringsloven som opprettet domstolen ikke var gyldig, da den var i strid med den australske grunnlovens kapittel 3. Etter høyesterettsavgjørelsen bestemte regjeringen seg for å gjeninnføre det opprinnelige systemet med individuelle krigsretter, inntil det er blitt gjennomført en grundig vurdering av det militære rettsvesenet.