Etter reformasjonen i 1537 ble flere av bykirkene revet, noe som pågikk opp mot 1890-tallet. Blant annet gikk alle kongsgårdskirkene og tre av fem domkirker tapt på denne tiden, selv om rester etter noen slike kirker blir bevart som ruiner. I Bergen forsvant fem kirker i senmiddelalderen og rundt reformasjonen: Martinskirken, Hallvardskirken, Mikaelskirken i Vågsbunnen, Allehelgenskirken og Steinkirken (også kalt Columbakirken). Nikolaikirken, Peterskirken og Laurentiuskirken i Bergen er kjent som ruiner. Apostelkirken i Bergen ble revet rundt 1530. Mesteparten av Kristkirkene på Holmen i Bergen ble revet 1531.