Fra tidlig av hadde lederen for de filippinske provinser fungert både som guvernør og dommer. Han hadde også viktige monopolrettigheter innen handelen. Med sleke trefoldige oppgaver er det ikke overraskende at governørene ofte ikke strakk til. De var ofte like lovkyndige og sendte derfor alle viktige saker til to Manila. Dermed oppstod det store forsinkelser. Det kunne noen ganger ta årevis før en rettsløsning kom, og en slik situasjon favoriserte i virkeligheten den sterke part og førte til de svakes undertrykkelse. Clavería bestemte derfor at guvernørene måtte ha i det minste to års erfaring med rettspleie. Videre bestemte han at gunernørene ikke skulle bedrive handel. Dette dekretet ble ikke fullt ut effektivt - det først lenge etter Claverías tid at det kan sies å ha blitt fullt ut implementert i kolonien.