Den kurdiske befolkningen ble under Hussein utsatt for systematisk folkemord. Mange tusen landsbyer ble ødelagt, og innbyggerne ble drept eller tvangsflyttet. Regimet brukte kjemiske våpen mot den kurdiske minoriteten i Nord-Irak. Det mest kjente eksempelet på dette er gassangrepet på Halabja i 1988 der 5000 mennesker ble likvidert av det irakiske flyvåpenet. Så mange som 200.000 kurdere kan ha blitt drept under Saddams anfal-kampanje i 1988.