Steinholt var en av de første biskopene i Den norske kirke som tok til orde for at personer i homofile forhold skulle kunne inneha vigslede kirkelige stillinger, noe som kirkens besluttende organer hadde forbudt. Som en reaksjon på dette frasa flere prester i Nord-Hålogaland seg Steinholts tilsyn som biskop. Hans liberale standpunkter førte til at han ble omstridt i mange læstadianske menigheter på 1990-tallet.