Bonthron ble født i Burntisland, Fife. Han spilte for Raith Rovers og Dundee, før han i mai 1903 gikk til Manchester United. Bonthron spilte sammenlagt 134 kamper og scoret tre mål for Manchester United, og bidro til klubbens opprykk til Football League First Division i 1905/06-sesongen. Bonthron var en fysisk spiller, og i sesongen for opprykk var han i sentrum for en serie hendelser etter Manchester Uniteds bortemøte mot Bradford City. Bonthrons behandling av Bradford City-spilleren James Conlin under kampen opprørte hjemmepublikummet, og Bonthron ble angrepet av supportere for hjemmelaget. Supporterne ble tiltalt, og FA sørget for et midlertidig stengt Valley Parade for Bradford City.