Etter utbruddet av andre verdenskrig var han fra oktober 1939 til juni 1941 stabssjef hos HSSPF "Danzig-Vestpreussen". Deretter tilhørte han SS-overavsnittet Weichsel fra november 1940 til november 1942. I tillegg var han byrådsmedlem i Gotenhafen i 1941. Fra juni 1941 til slutten av november 1941 var han aktiv i Einsatzstab Wegener i Norge. Fra begynnelsen av desember 1941 arbeidet han noen måneder i RSHA. Fra april 1942 var han inspektør hos HSSPF Ost. Thier var tiltenkt rollen som SSPF Kaukasus-Kuban, men etableringen av en tjenesteenhet HSSPF Kaukasus under Gerret Korsemann ble imidlertid ikke gjennomført. Fra februar 1943 arbeidet han i flere måneder i Leipzig og Danzig.