Senere frikjenner Høyesterett von Scholten, og han får lov til å beholde sin pensjon. Von Scholten er imidlertid på det tidspunkt en meget syk mann, og han forlater København og flytter ned til sin datter i Hamburg, hvor han dør den 26. januar 1854. Peter von Scholten så aldri mer sitt høyt elskede dansk Vestindien eller Anne Hedegaard. Han ligger begravet på Assistent Kirkegården i København. Hans kiste blir ført tilbake til København, hvor han blir bisatt på Assistens Kirkegård. En av de største avisene i Danmark på det tidspunkt, «Fædrelandet», kommenterer dødsfallet med: , med henvisning til von Scholtens pensjon.