I januar 1863 hadde det imidlertid brutt ut et opprør i Polen. I oktober samme år ble han bedt av Nikolaj Miljutin om å bidra til myndighetenes håndtering av problemene i Polen, ved å bli medlem av en komité som skulle finne løsningen på det polske "bondeproblemet". Miljutin skulle selv lede denne nye komiteen, og han kjente Samarin fra før, fra arbeidet med å forberede opphevelsen av det russiske livegenskapet. Samarin hadde et slavofilt grunnsyn, men var en varm tilhenger av vestlige samfunn og av jordbruksreformer.