Normale tanker og følelser forutsetter at vi er våkne og bevisste. Bevissthet er vanskelig å definere, men vi har alle en oppfatning av hva begrepet innebærer. Det kan skilles mellom ulike grader av bevissthet. På det cellulære plan er bevissthet knyttet til aktivitetstilstander i hjernebarkens nevroner. Bevisst tilstand forutsetter at hjernebarken aktiveres, et aktiveringssystem er lokalisert til bestemte kjerner i retikulærsubstansen. Aksoner sprer seg herfra til alle deler av hjernen, nesten som et overrislingsanlegg og aktiviteten samsvarer med de ulike bevissthetsgradene. Virkningen på nevronene i hjernebarken formidles av ulike transmittere, tre av de viktigste er acetylkolin, noradrenalin og serotonin.