Spanjolenes retrett etterlot New Mexico i indianernes hender. Popé fungerte etter dette på mange måter som en despot, der han beordret indianerne til å brenne eller ødelegge kors og andre religiøse symboler, i tillegg til alle andre spor etter den romersk-katolske kirken og spansk kultur. Dette strakte seg også så langt som til å drepe buskap og frukttrær. Han forbød også planting av hvete og bygg. Popé gikk så langt som å befale de indianere som hadde giftet seg i henhold til den katolske kirkens skikker til å oppgi konene sine og ta andre i henhold til de innfødtes gamle tradisjon. Han døde rundt 1688.