Johnson opplevde også flere tragedier på det personlige plan. I 1992 druknet hans 13-årige sønn og i 2000 ble han skilt. Etter dette fikk han store økonomiske problemer og levde i en bobil. På samme tid planla han et comeback i OL i Salt Lake City i 2002, men planene fikk en brå slutt da han i 2001 ble alvorlig skadet i en utforkonkurranse i Montana. I ulykken skadet han deler av hjernen og ble pleietrengende. Skadene gikk også utover taleevnen og han fikk også betydelig hukommelsestap.