Heydrich ville i løpet av fem år etter seier i krigen transportere flere millioner jøder til Madagaskar. Heydrich tok Madagaskarplanen på fullt alvor, og Hans Frank, som var sivil administrator i det okkuperte Polen, var lettet over at jødene ikke ville bli deportert ditt. Ifølge den tyske historikeren Peter Longerich viste Madagaskarplanen en stadig radikalisering innenfor Heydrichs krets, blant annet fordi prosjektet ville innebære enorme dødstall på den ugjestmilde øya. Senhøstes 1940 var det klart at planen ikke var gjennomførbar, fordi den forutsatte seier over, eller fredsavtale med, Storbritannia.