Etter hvert begynte den folkelige meningen å gå imot Oates. Etter å ha fått minst 15 uskyldige menn henrettet, den siste var Oliver Plunkett, erkebiskop av Armagh, den 1. juli 1681, begynte dommer William Scroggs å avvise anklagene og erklære folk for uskyldige. Kongen begynte å tenke ut mottiltak. Den 31. august 1681 ble Oates bedt om å forlate leiligheten i Whitehall, men han forble fryktløs og anklagende overfor konge, hertugen av York, og bortimot enhver som han anså som en motstander. Han ble til sist arrestert for oppvigleri, dømt til en bot på 100 000 pund og kastet i fengsel.