Selv om spillet har et omfattende lydspor spilt av et orkester, så høres kun musikken i mellomsekvenser og under kampene med kolossene. Mens Wander er i tempelet eller underveis mot kolossene, spilles det ikke musikk, de eneste lydene som kan høres kommer fra Wander, Agro og omgivelsene. Den åpne naturen i spillet, i tillegg til mangelen på synlig liv og ingen bakgrunnsmusikk, skaper en atmosfære som forsterker inntrykket at Wander er ensom, på samme måte som det gjøres med Ico i . All musikken i spillet er komponert av Kow Otani.