Gjennom en kodet beskjed forklarer Naomi at hun blir tvunget til arbeide for Liquid i Sør-Afrika, og ber Snake om å redde henne. Snake finner henne, og hun forteller at Liquid har planer om å bruke Big Boss' biometriske informasjon som en nøkkel for å få tilgang til the Patriots' AI og ta kontroll over systemet som styrer våpenkontroll, Sons of the Patriots. Etter å ha gjennomført noen tester på Snake, finner hun årsaken til hans hurtige aldring, og i tillegg at FOXDIE-viruset i ham vil mutere i løpet av seks måneder, og at det da vil spre seg som en epidemi og ta livet av mange mennesker. PMC-soldater kidnapper Naomi, og Snake forfølger dem gjennom jungelen. Etter å ha funnet henne igjen, rømmer de fra landet ved hjelp av Drebin og Raiden, og sistnevnte er svært skadet etter å ha slåss mot Vamp. Snake finner en østeuropeisk motstandsgruppe som har både utstyr til å helbrede Raiden og hans kyborg-kropp, og som også har restene av Big Boss. Når han når dem avslører EVA, som leder motstandsgruppen under aliaset "Big Mama", at hun er Snake og Liquids surrogatmor gjennom "Les Enfantes Terribles"-kloningsprosjektet. Liquids tropper angriper Snake og Big Mama, og Snake hjelper henne med å rømme til siden av en elv hvor Big Boss' rester virkelig er gjemt. Liquid avslører at han ikke lenger trenger Big Boss' kropp, og at han allerede har infiltrert systemet ved å bruke hans eget system til å opptre som en trojansk hest. Amerikanske styrker ankommer, men han deaktiverer våpnene deres takket være trojan-viruset. Vamp kaster Big Boss' rester på et bål, og Big Mama kaster seg etter for å redde restene. Snakes forsøk på å redde henne gir ham lettere brannskader. Liquid rømmer og kidnapper Naomi nok en gang, men Dr. Otacons robot kommer seg ombord på båten han rømmer i.