I 1939 rykket Alloa Athletic opp i øverste divisjon for andre gang. Denne gangen ble oppholdet i øverste divisjon enda kortere enn første gang, siden ligaen ble innstilt etter 5 serierunder på grunn av utbruddet av 2. verdenskrig. Alloa Athletic lå på 15.-plass (av 20 lag) da serien ble avbrutt. Da ligaen kom i gang igjen i 1946, ble klubben plassert på nivå 2. Der ble klubben værende helt til ligaen ble omstrukturert til tre divisjoner i 1975, og de rykket ned i nye Second Division (nivå 3).