Mursi vokste opp i en bondefamilie i en landsby i guvernementet Sharqiyah i Egypt. Han studerte ingeniørfag ved Universitetet i Kairo. I 1978 reiste han til USA for videre studier ved University of Southern California hvor han avla en doktorgrad i 1982. Fra 1982 underviste han ved California State University, Northridge, før han i 1985 vendte tilbake til Egypt. Mursi er gift og har fem barn.