I 1867 vant Mathieu en gullmedalje for vitenskapelig arbeid, men trass i dette ble han igjen og igjen oversett ved ansettelser til offentlige stillinger. Forbigåelsene kan være et resultat av politikk og rådende moteretning i faget, men det kan også være et resultat av at tidsperioden framviste en stor samling svært dyktige matematikere. En stilling han søkte på ved Sorbonne, gikk for eksempel til Émile Picard; i et annet tilfelle gikk stillingen til Henri Poincaré.