Alle helikoptre som benyttes av det franske forsvaret er i stand til å operere fra Mistral-klassen. Den 8. februar 2005 landet et Westland Lynx og et Eurocopter AS 532 Cougar på «Mistral». Den første landingen med et NH90 fant sted den 9. mars 2006. Halvdelen av luftgruppen om bord på Mistral-klassen skal fremtidig bestå av NH90, den andre halvdelen består av Eurocopter Tiger kamphelikoptre. Den 19. april 2007, landet et Aérospatiale Puma, et Eurocopter Ecureuil og et Eurocopter Panther helikopter på «Tonnerre». Den 10. mai 2007 landet et U.S. Navy CH-53 Sea Stallion på skipets forsterkede helipad utenfor Norfolk i USA.