Begrepet «manuell behandling» betyr at man i stor grad benytter seg av hendene for å undersøke og behandle problemer i bevegelsesapparatet: Skjelett, rygg, muskler og ledd. De ulike behandlingsmetodene man anvender seg av i naprapatien er ikke unike for naprapatien, men benyttes delvis innenfor andre, beslektede, manuelle behandlingsformer, som eksempelvis utføres av manuellterapeuter, kiropraktorer, fysioterapeuter, leger, osteopater og massasjeterapeuter. Behandlingen retter seg i første omgang inn mot å gjenskape funksjonen i bevegelses- og balanseorganet. Dette gjøres med ulike manuelle teknikker som manipulasjon, mobilisering, triggerpunktbehandling, muskeltøying og massasje.