En annen direkte effekt av at Trøndelag og Trondheim stadig var utsatt for krigshandlinger var minsket handel over Trondheim, og økt handel over Bergen. Fredrik III tok grep om handelspolitikken, og hanseatene fikk handelsforbud nord for Bergen. Kongemakten tok hånd om norgeshandelen og skatteinntektene herfra, og en betydelig andel ble igjen lagt over de Trondhjemske handelshus.