Langt senere skulle inkvisisjonen få en utfordrer i kritikk fra jesuittene, som var heller velvillige til de konverterte jøder, men det var jesuittene som kom dårligst ut av den tvekampen. Da marki Pombal skulle manøvrere seg til å bli den reelle leder av den katolske kirke i Portugal, brukte han inkvisisjonen som et av sine redskaper for å få brent jesuittpateren Malagrida på staken, og jesuittene ble kort etter kastet ut av de portugisiske kolonier og forbudt også i Portugal.