Epstein var født i en jødisk familie, og hans foreldre eide en møbelbutikk i Liverpool – der Paul McCartneys familie en gang hadde kjøpt et piano. Han ble utdannet ved Wrekin College i Shropshire før han begynte ved teaterskolen Royal Academy of Dramatic Art (RADA) i London, der han gikk sammen med senere berømte skuespillere som Susannah York og Peter O'Toole. Da han hoppet av utdannelsen etter sitt tredje semester, gjorde hans far ham til leder for plateavdelingen i sin nyåpnede musikkforretning North End Music Stores (NEMS) på Great Charlotte Street i Liverpool. Etter en tid ble en andre filial åpnet i Whitechapel 12-14, og Epstein fikk ansvaret for hele virksomheten. Den 3. august 1961 startet Epstein en fast musikkspalte i magasinet .