I april 2000 signerte Sjakhnazarov et brev som uttrykte støtte til den nyvalgte russiske presidenten Vladimir Putins linje i Tsjetsjenia; i forbindelse med Den andre Tsjetsjenia-krigen sendte president Putin russiske styrker inn i Tsjetsjenia, og i 2002 kunne føderale myndigheter sette inn lojale styresmakter i Groznyj..