Der er mange tilfeller hvor Herodot rapporterer flere av de viktigste beretningene om et emne eller en prosess, og så sier sin mening om hvilken han tror er mest sannsynlig, enten fordi han er usikker på sannheten i en hendelse, eller ikke er overbevist av foreliggende fakta. ble ofte kritisert i antikken for metodefeil, unøyaktighet og til og med plagiat. Lukian av Samosata angrep Herodot som løgner i og gikk til og med så langt som å nekte ham plass blant de berømte på . Herodots metoder har blitt sett på i et mer positivt lys av mange moderne historikere og filosofer, særlig de som lette etter et eksempel på et relativt objektivt, historisk forfatterskap. Men med tanke på sensitiviteten i emnet, selve grunnlaget i historiens disiplin, er ikke dette allment akseptert. Angrep har blitt utført av flere forskere i moderne tid, noen få hevder at Herodot overdriver sine reiser og fabrikkerte kildene. Fra Herodot stammer den utbredte misforståelsen at Egypts pyramider ble reist av slaver.