Etter erobringen av Jerusalem gjennom muslimene i 637 forhandlet Sofronius med kalif Umar ibn al-Khattab for å oppnå en anerkjennelse av den kristne kirke. Han ble vennlig tatt imot av kalifen og oppnådde målet sitt, ved at patriarkatet fikk bestå. Han døde imidlertid kort tid etter (muligens den 11. mars 638) under ukjente omstendigheter.