Forberedelsene til Prosjekt Nekton begynte allerede med amerikanernes kjøp av batyskafen «Trieste» i november 1958, og påfølgende ombygginger hos NEL i San Diego. Her ble bl.a. flottøren forlenget, kabinen byttet ut med en ny fra Krupp Maskinbau i Tyskland og ballastkapasiteten ble økt betraktelig. Men, det var først den 5. oktober 1959 at prosjektet for alvor startet, da «Trieste» ble lastet ombord på SS «Santa Mariana», og fraktet til den amerikanske marinebasen i Guam, like ved Marianergropen. Så, den 4. november 1959 gjennomførte «Trieste» sitt første dykk på asiatisk side av Stillehavet. Deretter fulgte fem til dykk over en periode på to måneder, før prosjekt Nekton kulminerte i «Trieste»s dykk nr. 65, til bunnen av Marianergropen 23. januar 1960.