I 1966 ble Stewart utnevnt til økonomiminister (). Fra 1966 til 1968 var han . Han ble gjenutnevnt til utenriksminister i 1968, og hadde denne ministerposten frem til 1970. Som utenriksminister forsynte han bl.a. den nigerianske regjeringen med våpen for å knuse uavhengighetsbevegelsen i Biafra.