Da Anniken Huitfeldt i februar 2008 ble barne- og likestillingsminister, utpekte hun Lotte Grepp Knutsen som sin politiske rådgiver fra samme tid, og fra mars 2009 som statssekretær. Knutsen fulgte med til Kulturdepartementet som statssekretær da Huitfeldt ble kulturminister 20. oktober 2009. Der fikk hun ansvaret for mediesakene, mens statssekretær Lubna Jaffery hadde ansvar for kultursakene. To ganger ble Grepp Knutsen avløst av Roger Solheim i permisjonsperioder. 27. desember 2011 ble Knutsen utnevnt til statssekretær i Helse- og omsorgsdepartementet. 20. april 2012 fikk hun avskjed i nåde.