De fleste deltakerne kvalifiserte seg ut ifra resultatene fra VM i roing 2015 på Lac d'Aiguebelette i Frankrike. Plassene tildeles den enkelte nasjonale paralympiske komité, ikke til spesifikke utøvere. 16 plasser ble også tildelt ut ifra en siste paralympisk kvalifiseringsregatta i Gavirate i Italia.Italy. Minimum to plasser er reservert til vertslandet Brasil, en av hvert kjønn, men Brasil greide å kvalifisere seg via VM i roing, så disse to plassene ble overført til kvoten som kunne disponere. Russland ble ekskludert fra disse lekene, disse to plassene gikk da til Tyskland og USA, som hadde de raskeste ikke-kvalifiserte utøverne i klassene AS M1x og TA X2x.