Hokkoer har av og til blitt gruppert sammen med ovnhøns i gruppen Craciformes, men moderne forskning støtter ikke dette. Den antyder snarere en basal avstamning fra orden hønsefugler (Galliformes). Det er stort sett enighet om inndelingen i de tre underfamiliene Penelopinae, Oreophasinae og Ortalisinae, men det hefter fortsatt uklarheter med rekkefølgen innenfor Cracinae. Det som synes sikkert er at er mest basal, men del Hoyo & Collar (2014) plasserer den som basal i en klade med , mens Hosner, Braun & Kimball (2016) ser den som basal i en klade med og . I sistnevnte undersøkelse reises det dessuten spørsmål om hvorvidt og bør slås sammen.