DNA isoleres fra celler. DNA-tråden «klippes» opp med enzymer – restriksjons-enzymer- som bryter tråden ved å gjenkjenne et bestemt mønster (restriksjonssete). DNA bitene som fremkommer, skilles ad ved en elektroforese – et elektrisk spenningsfelt som skiller DNA-fragmentene etter størrelse. Korte DNA biter vandrer raskest gjennom et halvfast medium – en gel – og store DNA-biter vandrer langsommere. Etter separasjon overføres DNA fragmentene til et nylon filter – en prosess som kalles blotting. Filteret legges i en løsning som inneholder et radioaktivt merket DNA-fragment. Dette inneholder deler av det område vi ønsker å undersøke hos pasienten. Det merkede fragmentet («proben») vil feste seg til DNA på filteret. Denne prosessen kalles å hybridisere. Røntgenfilm legges på filteret. Filmen blir svertet der hvor det radioaktive DNA har festet seg.