Etter å ha sonet to av de fire månedene han var idømt, ble faren løslatt uten noen forklaring, dog med forbud mot å praktisere sitt yrke. Samtidig var Sophie ferdig med sine åtte ukers arbeidstjeneste.Broren hennes hadde opprinnelig forsøkt å holde henne utenfor Den hvite roses arbeid, men hun insisterte på å delta. I begynnelsen av sommeren deltok også Sophie i produksjonen av Den hvite roses pamfletter, samt distribusjonen av disse. Hun ble arrestert 18. februar 1943, mens hun delte ut den sjette pamfletten på universitetet i München. Hun og hennes bror ble oppdaget av vaktmesteren, og innbragt til Gestapo i München, hvor Sophie Scholl ble forhørt av kriminaloversekretær Robert Mohr. Hun benektet først alt, men etter at broren tilstod valgte hun også å tilstå. Hun og broren forsøkte da å påta seg hele ansvaret og beskytte vennene.