Det ptolemeiske tidsalders trosforestillinger endret seg lite etter at Egypt ble en romersk provins under Romerriket i år 30 f.Kr. og hvor det ptolemeiske kongene i Alexandria ble erstattet med fjerne romerske keisere i Roma. Kulten til Isis appellerte også til grekere og romere utenfor Egypt, og i hellenistisk form spredte den seg over hele riket. I Egypt selv, da Romerriket ble svekket, forfalt de offisielle templene og uten deres religiøse innflytelse fra sentralt hold ble religion fragmentert og lokalisert. I mellomtiden spredte kristendommen seg over Egypt. På 200- og 300-tallet e.Kr. sørget påbud fra kristne keisere og ikonoklasme fra lokale kristne til ytterligere svekkelse av tradisjonelle trosforestillinger. Mens den beholdt sitt grep blant trofaste egyptere for en tid, begynte egyptisk religion langsomt å svinne hen.