Ladogabekkenet hevet seg sakte som følge av landhevingen etter istiden, og innsjøen trakk seg tilbake, mest i sør. Det har vært hevdet at vannet fra Litorinasjøen, det neste brakkvannsstadiet til Østersjøen, fra tid til annen invaderte Ladoga mellom 7 000 og 5 000 år siden, men dette er ikke bevist. For rundt 5 000 år siden brøt vannet fra innsjøen Saimen gjennom Salpausselkä og dannet et nytt utløp, Vuoksa, som munnet ut i den nordvestre delen av Ladoga og hevet vannstanden i innsjøen med 1–2 m.