Landskapene i parken består av tre typer. Øverst ligger Altoandino med permanent snødekke over 1 600 meter, deretter skogkledt Andino-Patagónico i de lavereliggende områdene, og til sist patagonisk steppe. Mellom fjellene ligger en rekke innsjøer, hvorav Nahuel Huapi, som parken har navn etter, er den største. Andre innsjøer er Traful, Mascardi, Gutiérrez og Guillelmo.