Hvis avhandlingen godkjennes i første omgang er neste trinn at kandidaten for doktorgraden (doktoranden) må forsvare avhandlingen i et offentlig møte ledet av dekanus for fakultet eller en representant for denne mot (i Norge vanligvis to) fakultetsoppnevnte opponenter. Opponentene er normalt medlemmer i den komiteen som vurderte avhandlingen i første trinn av prosessen og som betraktes som eksperter på i alle fall deler av det som avhandlingen omhandler. Det er også ganske vanlig med et skille i roller mellom de to opponentene, hvor førsteopponenten har som oppgave å se på og eksaminere doktoranden med de overordnete aspektene ved avhandlingen, mens andreopponenten konsentrerer seg om detaljer. Etter at disputasen er avsluttet blir det formelt avgjort om avhandlingen er godkjent og den om aktuelle graden kan tildeles.