Under produksjon av harde oster er det vanlig å bruke en syrekultur av melkesyrebakterier. Til emmentalerost vil det være hensiktsmessig å benytte en syrekultur som består av og noen ganger Syrekulturen er homofermentativ og de produserer lite CO. Videre tilsettes propionsyrebakterier til osten . Disse bakterieriene produserer viktige aromakomponenter i osten samt gass (CO) . En uønsket bakterie i osten er er en obligat anaerob bakterie som kan fermentere melkesyre og det anaerobe miljøet i osten er ideelt for vekst. Den viktigste kilden for bakterien er feilaktig fermentert silo. Dette er grunnen til at siloforing ikke er tillatt på de gårdene som leverer melk til produksjon av emmentaler i Sveits. Kontaminasjon av disse bakteriene fra silo til melk er størst på vinteren da det er mest vanlig med silo kontra på sommeren da kyrne beiter utendørs.