I 2001 ble Elttør valgt til nestformann i Sjálvstýrisflokkurin, og overtok som formann noen uker senere, da Sámal Petur í Grund trakk seg som følge av den forutgående striden med Helena Dam á Neystabø. Elttør satt som formann frem til 2002. I 2002 var han nær å bli valgt inn på Lagtinget fra Norðoyar.