Hvis den mobile fasen inneholder løsemidler med høyere protonaffinitet enn vann, finner protonoverføringsreaksjoner sted som fører til protonert løsemiddel med høyere protonaffinitet. For eksempel, når metanoloppløsningsmiddel er til stede, vil klyngeløsningsmiddelionene være CHOH(HO)(CHOH). Fragmentering forekommer normalt ikke inne i APCI-kilden. Hvis en fragmention av en prøve observeres, har termisk nedbrytning funnet sted ved det oppvarmede forstøvergrensesnittet, etterfulgt av ionisering av nedbrytningsproduktene.