NKVD henrettet også titusenvis av polske politiske fanger i 1940 og 1941, inkludert under Katyn-massakren. NKVD-enheter ble også brukt til å undertrykke den langvarige partisan-konflikten i Ukraina og på Baltikum, som varte til begynnelsen av 1950-tallet. Etter Josef Stalins død i 1953 forhindret den nye sovjetiske lederen Nikita Khrusjtsjov videre NKVD-utrenskninger. Mellom 1950-tallet og 1980-tallet ble tusenvis av tidligere offer rehabilitert og dermed frikjent. Men en del av ofrene og deres pårørende nektet å søke om rehabilitering på grunn av frykt, eller mangel på dokumenter.