Etter at Mälkki forlot Ensemble intercontemporain i 2013 gikk hun over i en stilling som første gjestedirigent for Gulbenkian-orkesteret i Lisboa. I september 2014 ble hun som første kvinne utnevnt til sjefdirigent for Helsingfors Filharmoniske Orkester fra og med 2016. I 2016 debuterte hun også på Metropolitan Opera i New York, der hun dirigerte Kaija Saariahos opera .