Etter slaget om Atchoupa fulgte fredsforhandlinger mellom de stridende partene, og en avtale ble signert 3. oktober 1890. Dahomey anerkjente kongedømmet Porto-Novo som et fransk protektorat, og ga fra seg Cotonou til franskmennene, mot å skulle få 20 000 francs årlig for å si fra seg tollrettighetene. Krigen var en stor seier for Frankrike, og en fornedrende, men øyeåpnende erfaring for Dahomey. Kong Behanzin skjønte at hans hær ikke kunne motstå franskmennene uten moderne våpen, så han begynte å kjøpe våpen og ammunisjon fra tyske handelsfolk i Whydah. Våpnene ble til dels betalt med slaver, som nå ble kalt kontraktarbeidere, for å omgå forbudet mot slavehandel. Til tross for fredsavtalen mente begge parter at de nå gikk inn i en periode som var mer en våpenhvile enn en varig fred. Fiendskapet eskalerte frem mot den andre fransk-dahomeiske krigen to år senere.