Etter biskop Salvatore di Pietros bortgang ble pater Hopkins utnevnt til apostolisk vikar i Britisk Honduras og til titulærbiskop av Athribis den 17. august 1899. Han ble bispeviet i i St. Louis i USA av erkebiskop John Joseph Kain den 5. november 1899. Medkonsekrerende var biskop John Joseph Hennessy av Wichita i Kansas, og biskop John Janssen av Belleville i Illinois.