I mer enn 5 000 år har Sistanbekkenet vært bebodd av sofistikerte kulturer og er dermed stedet for noen viktige arkeologiske funn. Shahr-e Sukhteh («Den brente byen») bygd i 3100 f.Kr. i nærheten av en nå opptørket sideelv til Helmand-elven, ble forlatt ett tusen år senere, mest sannsynlig på grunn av klimaendringer som endret elvens forløp. Kang og Zaranj i Afghanistan var viktige kulturelle knutepunkter i middelalderen, og er nå dekket av sand. Her er tegn på historiske vanningsanlegg, blant annet kanaler, fortsatt synlige i Dasht-e Margoh- og Chakhansur-områdene, mens andre steder er kanalene fylt med silt og jordbruksområder begravd av skiftende sand. I dag er området tynt befolket.