PAL ble i 1997 hardt rammet av den asiatiske finanskrisen. I en av Filippinenes største konkurser, ble PAL tvunget til å bygge ned sin internasjonale virksomhet ved å fullstendig kutte ned rutene til Europa og Midtøsten, nesten alle innenlands flyreiser, samt redusere størrelsen på flåten og si opp tusenvis av ansatte. Flyselskapet ble satt under offentlig administrasjon i 1998. Etter dette er flyselskapet gradvis bygget opp igjen.