Bakkekløver vokser i tørr, kalkholdig jord på tørrenger, bakker og åpen løvskog. I Norge fins den kun naturlig viltvoksende på Hovedøya i Oslofjorden. Bakkekløver hadde en vid utbredelse i den varme bronsealderen, og da den kaldere jernalderen kom, ble klimaet for tøft for den varmekjære planten. Men den klarte å overleve på Hovedøya, for der var klimaet godt nok. Derfor er bakkekløveren isolert fra andre lokaliteter av bakkekløver. Den har også blitt tilfeldig innført til Eidanger for ca. 50 år siden, hvor det fortsatt vokser bakkekløver.