Etter å ha scoret 135 ligamål for Middlesbrough på fire år, ble det vanskelig å ikke ta ut Clough til det engelske landslaget høsten 1959, selv om Middlesbrough spilte i 2. divisjon i denne perioden. Debuten kom endelig i en kamp mot Wales 17. oktober 1959 – en kamp som endte 1–1. Hans andre og siste landskamp ble spilt 11 dager senere mot på Wembley. England tapte 3–2 i denne kampen, og det var nok en av årsakene til at Clough ikke fikk flere sjanser på landslaget.