Rettsforhandlingene begynte 11. mars 2008 og disse ble avsluttet i september 2010. Det falt dom 15. april 2011, der Gotovina ble funnet skyldig i syv av åtte tiltalepunkter og dømt til 24 års fengsel. Under behandlingen ved ankedomstolen ble han frikjent i november 2012. Aktoratet meddelte at avgjørelsen ikke vil bli anket videre og frifinnelsen er derfor endelig.