Under den kroatisk-bosniske krig kjempet bosnisk-kroatiske og kroatiske styrker mot de bosniske regjeringsstyrkene. Broen ble ødelagt den 9. november, 1993. Den hadde allerede fått skader i et serbisk bombardement i 1992. Både serbiske og kroatiske nasjonalister så på broen og det gamle historiske området rundt som en del av den bosniske og islamittiske kultur, og den var ofte utsatt for bombardementer. Broen ble ødelagt med vilje av de bosnisk-kroatiske styrkene. Broen falt etter tre dagers bombing og ble ødelagt på grunn av dens symbolske betydning. Broen hadde liten militærstrategisk betydning. Broen hadde i 427 år tålt jordskjelv og krig.