Etter at Perugino hadde fullført sitt arbeid i det sixtinske kapell i 1486, da førti år, forlot han Roma og ved høsten var han tilbake i Firenze. Her figurerer han i en kriminalsak. I juli 1487 hadde han sammen med en annen maler fra Perugia, Aulista di Angelo, blitt dømt på deres egen tilståelse for i desember å ha lagt seg bakhold med stokker på en eller annen (navnet opptrer ikke i rettsprotokollene) i gaten i nærheten av Pietro Maggiore. Peruginos hensikt var overfall og vold, men Aulista ville begå mord. Perugino, skyldig i mindre forbrytelse, fikk ti gullfloriner i bot, og den andre ble forvist fra byen på livstid.