Etter en konkurranse ble Cavalli Markuskirkas andreorganist i 1639. Han oppførte sin første opera ved historiens første offentlige operahus, som var grunnlagt to år tidligere. Cavallis andre opera var Gli amori d'Apollo e di Dafne. I 1641 kom med en libretto av Giovanni Francesco Busenello – han hadde også skrevet librettoen til Monteverdis . 1642 starter med , et samarbeid med librettisten Giovanni Faustini (1615–1651) – deres siste felles prosjekt var i 1651, året Faustini døde. I mellomtiden var Cavalli blitt internasjonalt kjent, operaene (Paris, 1646) og (1649) hører til de mest spilte operaene på 1600-tallet. Hans største rival var Antonio Cesti (med ).