Kernaghan fikk sin landslagsdebut for i en VM-kvalifiseringskamp mot i september 1992. Han ble tatt i troppen under VM i fotball 1994 av landslagstrener Jack Charlton, men var ubenyttet reserve gjennom hele turneringen og fikk dermed ikke spille noen av Irlands kamper. Kernaghan fikk totalt 26 landskamper og ett mål for Irland frem til 1996.