Presidentvalget i 1989 ga seier for Arena-kandidaten Alfredo Cristiani, som fortsatte å beordre alvorlige lovbrudd mot FMLN. I november 1989 igangsatte FMLN et stort angrep mot flere store byer, inkludert hovedstaden. Regjeringshæren måtte kjempe heftig i flere uker før geriljaen ble tvunget til å trekke seg tilbake. Slaget førte til voldsom voldsbruk i San Salvador; 16. november 1989 ble seks jesuittprester myrdet og to kvinner ble henrettet av soldater som gikk inn i private hjem under påskudd av at de hjalp venstreorientert gerilja. Massakren ga omfattende internasjonal dekning av grusomhetene i El Salvador, og førte til internasjonalt press for å starte forhandlinger mellom de stridende partene. Ved krigens slutt i 1992 ble det anslått at 75 000 salvadoranere var drept.