Ndayishimiye vant presidentvalget I mai 2020 med 68 % av stemmene, men valgresultatet var svært omdiskutert blant annet på grunn av Covid-19-pandemien som rammet landet samtidig. Den avgående president Nkurunziza døde uventet 8. juni 2020. Dødsårsaken ble oppgitt som hjerteattakk, men det er spekulert i om han døde av Covid-19. På grunn av dødsfallet ble innsettelsesseremonien for Ndayishimiye framskyndet med to måneder og han ble innsatt i embedet 18. juni 2020.