I august 1807 innledet britene en mobilisering mot København med 13 linjeskip og 26.000 soldater. De møtte kronprins Frederik VI i Kiel i august 1807 med forgjeves krav om utlevering av den danske krigsflåte. Kronprins Frederik VI fastholdt ved nøytraliteten, og britene valgte da militært angrep på København i september med det påfølgende flåteran i oktober. Engelskmennene kunne da seile bort med 15 linjeskip, 15 fregatter, 7 brigger, 5 korvetter og en rekke andre skip som krigsbytte. Dette ble siste gang danske og norske marinesoldater kjempet sammen militært. Etter tapet av Orlogsflåden i oktober startet Danmark-Norge en storstilet bygging av mindre kanonbåter, en håndfull kanonbrigger, og en intensivering av kaperfarten, for å opprettholde en viss sjømilitær kapasitet. Da en større fransk-spansk hærstyrke i mars 1808 sendt gjennom Danmark for å invadere Sverige via Skåne, mistet Danmark sitt siste større krigsskip - linjeskipet «Prins Christian Frederik», i kamp ved Storebælt. Dermed var Danmark ute av stand til å etterkomme Napoleons krav om å stenge av stredene for britisk marinetrafikk. I september inngikk Russland fred med svenskene, og ga med avtalen i Frederikshamn 17. september 1807 i praksis opp alliansen med Danmark og garantien for dansk kontroll med stredene og Østersjøhandelen. Svenskene sikret samtidig både britisk og russisk støtte til kravet på Norge.