Iskăr oppstår fra tre elver, (Svarte Iskăr), (Hvite Iskăr) og (som sammen går under navnet ). Kilden til Iskăr regnes som , en av sideelvene til Tsjerni Iskăr. Etter at den har kommet ned fra den nordlige siden av Rila, renner den ut i Iskăr-reservoaret, det største i Bulgaria. Elven renner nær Sofia, og passerer gjennom et juv i Balkanfjellene. Den munner så ut i Donau nær landsbyen Gigen i Pleven oblast. Iskăr er den eneste elven med utspring sør i Bulgaria som renner gjennom Balkanfjellene og ut i Donau.