Sykdom kunne i Paracelsus' verdensbilde være Guds straff for onde gjerninger. Disse måtte pasienten sone for i skjærsilden før han kunne gjenvinne helsen. Fenomener vi i dag regner som magi, var noe Paracelsus utforsket for å se om de hadde noen effekt på sykdom. Han gikk god for amuletters undergjørende kraft, og skrev om fingerringer som han hevdet ville stanse selv det voldsomste anfall av epilepsi, om de ble tredd inn på pasientens hjertefingeren. Selve helbredelsen mente han skrev seg fra Gud; leger, medisiner og andre hjelpemidler var bare Guds redskaper. Legen må derfor være et godt og troende menneske; ellers vil hans sjel forstyrres av uriktige svingninger i utakt med «verdenssjelens svingninger».