I motsetning til det mange trodde, valgte Guardiola å satse på Gudjohnson. Han spilte en betydelig rolle i klubbens pre-seasons kamper, og scoret to mål i en kamp mot . Han uttalte at han visste at manageren hadde tro på ham, og at han ville bli i klubben. Den 21. september spilte han sin første kamp for sesongen i en kamp Barcelona vant 6-1, mot . Han scoret ikke, men spilte bra og var involvert i de to siste målene. Tre dager senere kom han inn som innbytter igjen, og scoret vinnermålet 3-2, i en kamp mot Real Betis. Gudjohnsen konkurrerte med Seydou Keita om spilletid, og fikk mindre spilletid på slutten av sesongen.