Bernstorffs fall 15. september 1770 ga ikke umiddelbart anledning til avskjed av Thott. Men Struensee lot konseillet være full inaktivt. Unntaket var en erklæring som Thott 24. september med sine kolleger avga om hvordan et statsråd best kunne innrettes i en monarkisk stat. Erklæringen provoserte Struensee og han gikk imot de gamle statsrådsmedlemmene. Det varte ikke lengre enn til 10. desember 1770 innen alle konseillets medlemmer ble avskjediget. Pensjon fikk Thott ikke. Hermed opphørte hans virke i samtlige av hans tidligere stillinger. Struensee lot ham allikevel beholde stillingen som skolemester i Herlufsholm.