Svartkrontraner er aktive sesongflyttere, mer så enn gråkrontraner, og gjør korte trekk i hele utbredelsesområdet i forbindelse med regntiden, tilgangen på reirplasser og mat. Hekketiden tilpasses sesongen og varierer med regnet. Arten hekker parvis solitært, men hviler i sosiale grupper på individer om natten.