Det er likevel klimaet som styrer bestandssvingningene hos østmarkmus på Svalbard. I perioder med regn om vinteren kan det isolerende snølaget bli redusert, samtidig som føden blir vanskelig tilgjengelig som følge av ising. I slike perioder kan nesten hele bestanden omkomme. Det er da bare i den høyeste delen av leveområdet (inntil 600 moh.), der nedbøren også i milde vinterperioder faller som snø, at en liten rest av bestanden klarer seg. Disse individene kan imidlertid raskt gi opphav til en ny stor bestand etter kort tid.