Instituttet har eksistert siden 15. oktober 1900, og var underlagt Fiskeridirektoratet til 1989. Fra 1989 er Havforskningsinstituttet direkte underlagt Nærings- og fiskeridepartementet. Instituttets virksomhet er konsentrert om havbruk og om økosystemene i Polhavet, Barentshavet, Norskehavet, Nordsjøen og den norske kystsonen. Instituttet gir faglige råd til myndighetene, fiskeri- og oppdrettsnæringen og samfunnet for øvrig.