Da den britiske suvereniteten over New Zealand var proklamert,ble løytnant Shortland utnevnt forskjellige politiske posisjoner på New Zealand. Shortland ble utnevnt til den første kolonisekretær på New Zealand den 3. mai 1841. Da kaptein William Hobson døde den 10. september 1842, overtok løytnant Shortland til å administreres regjeringen i New Zealand inntil ankomsten av kaptein Robert FitzRoy som overtok disse oppgavene fra og med 31. desember 1843.