Pompeius og de fleste i senatet flyktet sørover da de ikke hadde større tiltro til Pompeius' nylig sammensatte tropper. Til tross for at han hadde langt flere soldater enn Cæsars, som kun hadde med seg 13. legion, ville Pompeius ikke gå i kamp. Cæsar forfulgte Pompeius i håp om å ta ham til fange før hans soldater slapp unna, men byttet glapp for ham. Cæsar besluttet da å dra til Spania og etterlot Italia under kontroll av Marcus Antonius, en fjern slektning av ham. Cæsar gjorde en forbausende marsj på kun 27 dager til Spania og beseiret der Pompeius' løytnanter. Han dro deretter rett østover for å utfordre Pompeius i Hellas hvor han i juli 48 f.Kr. i slaget ved Dyrrhachium med nød og neppe unngikk et katastrofalt nederlag. Sammen med Marcus Antonius beseiret han likevel Pompeius helt og holdent i slaget ved Farsalos i nordlige Hellas 9. august 48 f.Kr. i noe som ble et usedvanlig kortvarig slag.