Bondehæren ble tilintetgjort, og dette ble også et vendepunkt i reformasjonens historie. Bøndene var skuffet over Luther; mange vendte tilbake til den gamle kirken eller flyktet inn i sekter eller såkalte gjendøperbevegelser, selv om tortur og dødsstraff og andre former for straff og stigmatisering førte til at «svermerne» forsvant, selv om de så sent som 1530 fortsatt eksisterte som en reell faktor også i lutherske områder og som derfor fordømmes i sterke ordelag i den lutherske Augsburg-bekjennelse. Med bondekrigen mistet Luther mye av sin popularitet i folkedypet.