Mary Leakey ble født Mary Douglas Nicol 6. februar 1913 i London, til Erskine Edward Nicol og Cecilia Marion. Nicolfamilien flyttet fra sted til sted, besøkte mange steder i USA, Italia, og Egypt hvor Erskine malte akvareller som ble solgt i England. Mary utviklet en amatørentusiasme for egyptology under disse turene.