Mario blir stilt for retten, funnet skyldig, og er beordret til å vaske opp hele øya og returnere alle Shine Sprites. Til å hjelpe med vaskingen, finner Mario FLUDD (Flash Liquidizing Ultra Dousing Device), en kraftfull vannkanon ordnet som en ryggsekk. Mario setter ut på hans reise, med et løfte om å renvaske seg og lokalisere den ekte kriminelle, mens han gjeninnfører ro og orden til Isle Delfino.