Becker var en dyktig kjemiker og apoteker, og han lavet ofte forsøk sammen med sin kollega Thomas Bartholin, som roste ham i sine skrifter. I 1708 overdro han sin sønn Gottfried Becker styringen med apoteket. Johann døde etter lengre tids svakelighet den 17. mai 1711. Han fikk et staselig gravmæle i marmor satt opp etter seg i Sankt Petri Kirkes gravkapeller, hvorunder også etterkommere ble begravet. Enken giftet seg allerede igjen i 1713 med etatsråd .