I 1940 spurte president Roosevelt Knudsen om å komme til Washington for å hjelpe til med krigsproduksjonen. I januar 1942 ble Knudsen utnevnt til generalløytnant i U.S. Army, den eneste sivilist noen gang hadde blitt direkte utnevnt til en så høy grad. Han arbeidet som konsulent og problemløser for Krigsdepartementet. Knudsen tjenestegjorde i hæren frem til juni 1945.