En fontene i sentrum av øya er også tørr, og de berømte Big Paint Stars er forsvunnet. Et hvelv dukker opp i fontenen, som inneholder en boks maling. Etter at Mario forsøker å åpne den, blir boksen avslørt for å være Huey - vokteren av fontenen. Huey forklarer at fontenen vanligvis drives av seks Big Paint Stars, som forsyner øya med uendelig maling og farger. Mario går med på å hjelpe Huey med å gjenopprette Big Paint Stars, men kort tid senere blir prinsesse Peach kidnappet av Bowser. Når Mario har gjenvunnet alle de seks store stjernene, oppdager de at Bowser forsøkte å farge skallet sitt i en regnbue-farge ved hjelp av Prisma-fontenen. Men ved et uhell blandet han alle fargene sammen og skapte svart maling, et giftig stoff som besatte ham og forvandlet ham til Black Bowser. Han fortsatte med å tilkalle hæren sin og stjele Big Paint Stars, og tappe all fargen fra Prism Island.