Philipp von Boeselager ble født i 1917 som den fjerde av åtte barn av Albert Freiherr von Boeselager (1883–1956) og hans kone Maria-Theresia Freiin von Salis-Soglio (1890–1968). Til hans slektninger hørte diplomaten Wilhelm Freiherr von Ketteler, som var en motstander av nasjonalsosialismen. Boeselagers barndomstid var preget av en katolsk oppdragelse, noe som skulle danne basis for hans senere engasjement mot nasjonalsosialismen. I 1936 avsluttet han den private katolske Aloisiuskolleg i Bonn som tilhører jesuittordenen. Samme året gikk han inn i en kavaleriavdeling i Paderborn og begynte å studere på militærskoler i Dresden og Döberitz.