I 1949 dro ham som medhjelper til Henri Marchal til Angkor, og ble i 1950 konservator ved museet i Phnom Penh. I 1953 ble Boisselier ansvarlig for konserveringsarbeidene i Angkor. I 1955 vendte han interessen mot Thailand og forsket i regionen U Thong vedrørende forhistorien til Dvaravatiperioden. I 1963 utgav han et større verk om utviklingen av statuene i Champa, og arbeidet ved Silpakorn-universitetet i Bangkok.