I det første årlige Big Ten Championship Game 3. desember kastet Wilson tre touchdownpasninger og ledet Badgers til en 42–39 seier over Michigan State Spartans. Han ble utpekt til kampens Grange-Griffin MVP. I desember 2011 ble Wilson utpekt til tredjelaget for All-American av Yahoo! Sports, og endte opp på niendeplass i avstemningen for Heisman-troféet med 52 poeng.