I 1059 ble Melfi offisielt hovedstad i hertugdømmet Puglia. Pave Nikolaus 2. holdt en synode i byen samme år, og det ble holdt en ny synode i 1109. I 1231 utstedte keiser Frederik 2. Melfi-konstitusjonen, som effektiviserte hans makt over imperiet. Han skapte et byråkrati av lønnede embedsmenn, som blant annet oppkrevde skatt hos de lokale, motstrebende lensmennene.