Necropolis er restene av det som en gang var Bakersfield. Necropolis er overtatt av ghouler, en følge av eksperimentet som utspant seg i Hvelv 12. Hvelv 12 ble designet av organisasjonen Enclave på en slik måte at døren ikke skulle stenges helt. Dette førte til at beboerne i etterkant av The Great War ble utsatt for store mengder radioaktivitet, noe som så resulterte i at de muterte. Ghoulene deles inn i tre grupper, hvorav den mest tallrike består av de som bor på overflaten. De to andre gruppene er de glødende, som er sterkt radioaktive og utstøtt av deres egne, og de som bor i Necropolis' omfattende kloakknettverk. Det er i denne byen at spilleres karakter finner vannchipen. Dette mens han observerer at byen utsettes for et høyst uvanlig angrep av supermutanter, vesener som kan vise seg å bli en alvorlig trussel mot menneskeheten.