Morgans mor er lege, mens faren er kunstner og dekoratør. Colin Morgan gikk på high school i Tyrone, nær Armagh. Etter det ville han studere drama, men den nærmeste skolen han kunne gå på som hadde en dramalinje var i øst-delen av Belfast. Et slikt skolevalg var risikabelt på grunn av at det på den tiden var uroligheter i Nord-Irland mellom katolikker og protestanter. Skolen med dramalinjen lå i et område dominert av protestanter, og Colin Morgans hjemsted er et katolsk område. Han valgte likevel dramalinjen i Tyrone, og like etter at han var ferdig med skolegangen fikk han rollen som Merlin i BBC-serien.