Regionen er med sitt tropiske regnskogklima varm og fuktig. Årlig nedbørsmengde er blant de største i verden, og ligger i snitt på rundt 3 000 mm pr. år. Noen områder mottar så mye som 8 000 mm pr. år (Quibdó) . En rekke kortere elver faller ned fra dalsidene av vestfjellene og flyter ut i Stillehavet. Et unntak er elva Atrato med sideelver som renner nord til Det Karibiske hav.