Den 12. juni 1943 utnevnte pave Pius XII ham til erkebiskop av Santa Fe. Under sin 20 år lange ledelse der, forestod han byggingen av mange kirker og skoler, og fikk bygd opp sekulærpresteskapet. I 1958 skapte han dekret om at ingen katolsk pike fikk opptre i badedrakt i skjønnhetstevlingen Miss New Mexico nasjonal oppsikt og kontrovers; han trakk aldri tilbake forbudet. Han fordømte et «rett-til-arbeid»-lovforslag som ble vurdert av delstatens lovgivende forsamling. Han forbød også katolske -studenter, og beskrev som «hedensk» praksis.