I juni 1898 dannet Brisson ministerium i en av Dreyfus-sakens uroligste perioder. Han tok - likesom i sin første regjeringsperiode - også på seg en portefølje i tillegg til statsministervervet; han var denne gang også innenriksminister. Hans oppriktighet under løsningen av Dreyfus-saken gjorde ham høyt skattet i befolkningen. Likevel måtte han tre tilbake med sitt ministerium den 1. november 1898.