Den 16. mai 1754 hadde Barhow tilkalt barberen, som årelot ham mot sterke smerter i brystet. Den 50 år gamle teologen døde følgende natt på sitt værelse i Dybensgade i København. Myndighetene hadde mistanke om at Barhows etterlatte papirer kunne inneholde anstøtelige opptegnelser. Sensur var en del av den politiske hverdag, og kongehuset tålte ikke offentlig kritikk av noe slag. Men øvrigheten var også interessert i eventuelle eventuelle etterlatte skrifter som kunne bekrefte Barhows rykte som gullmaker. Boet ble straks etter hans død forseglet, og en undersøkelseskommisjon nedsatt. Astronomen Christian Horrebow (1718–76) og teologiprofessor Johan Christian Kall (1714–75) brukte to år på å gjennomlese papirene, og konkluderte med at de burde kasseres.<ref name="studier">{{Kilde www |url=http://danskestudier.dk/materiale/2000.pdf |tittel=Gud straffe mig ei for min hofmod, sagde Jyden, da fich et par nye tråskorVejviserRegister over nogle af Stadens QuartererReflexioner over Norge og den norske Nation med videreKøbenhavns Veiviser 1748''.