Müller begynte håndballkarrieren i sin lokale klubb Saalfeld. I 2003 meldte hun overgang til , hvor hun fikk sin A-lagsdebut tre år senere. I 2010 flyttet hun til Danmark og klubben . Etter kun én sesong flyttet hun videre til rivalen i 2011. Müller flyttet så til Slovenia og toppklubben , før hun i 2013 var tilbake i .