Sprogø er formet av is, hav og mennesker gjennom 15 000 år. De hatteformede bakkene, slik som Fyrtårnsbakken, er formet langs en iskant som for 15-13 000 år siden strakte seg fra Langeland til Halsskov. I senere årtusener utgjorde Sprogø bare et høydedrag inne i et utstrakt fastland, som frem mot 6500 f.Kr. langsomt ble oppslukt av en stor havstigning som dannet Storebælt. Dermed kom Sprogø til å ligge sentralt midt i Storebælt, som base for bosetning og en bekvem mellomstasjon for seilas mellom landsdelene. De tidligste bøndene bosatte seg her omkring 4000 f.Kr. for å drive jordbruk, jakt og fiske, og Sprogø var siden bebodd i mange av Danmarks forhistoriske perioder.