Det skulle ikke bli bedre utover sesongen 1989/90. Sommeren 1989 investerte klubben i noen av Englands mest lovende fotballspillere: Paul Ince fra West Ham, Neil Webb fra Nottingham Forest og Gary Pallister fra Middlesbrough FC. Sistnevnte for klubbrekord på £2,3 millioner. Sesongen åpnet med en meget sterk 4–1 seier hjemme mot regjerende ligamester Arsenal. Etter noen kamper var det likevel klart at United skulle slite også denne sesongen. Stjernene var ikke samspilte, og klubben slet på nedre halvdel av ligatabellen. Ferguson beskriver fremdeles 1–5 tapet mot Manchester City 23. september 1989 som det verste øyeblikket i hans managerkarriere på Old Trafford. På hans treårsdag som manager hengte fansen opp en banner på Old Trafford med følgende tekst: «Three years of excuses; Ta-ra Fergie». Dette er ifølge hans bok «Just champions», hans laveste punkt i karrieren. Følelsen var forferdelig, og laget slet skikkelig. I januar begynte FA-cupen, en turnering der klubben hadde gode tradisjoner, blant annet med seier sist i 1985. I tredje runde møtte laget Nottingham Forest. Det endte målløst i første kamp, og de fleste forventet tap i returkampen og at Ferguson skulle få sparken etterpå. United klarte, mot spillets gang, å vinne denne bortekampen 0–1, og kjempet seg videre etter mål av Mark Robins,. I mai endte klubben på 13.-plass i ligaen, men nådde FA-cup-finalen mot Crystal Palace. På et solfylt Wembley Stadium så 80 000 tilskuere at kampen endte 3–3, blant annet etter to mål av Hughes. Omkampen gikk 17. mai, også denne på Wembley, og United vant 1–0 etter mål av Lee A. Martin. Dermed fikk supporterne sitt første trofé på 5 år og kritikken stilnet. I ettertid blir FA-cupseieren ofte regnet som redningen for Fergusons jobb.