Alikhan Bukeikhanov ble født i en kasakhisk, muslimsk familie 5. mars 1866 i Tokyrauyn Volost i Det russiske keiserdømmet (tsar-riket). Han var sønn av Nurmuhammed Bukeikhanov og sønnesønns sønn av Barak Sultan, tidligere khan (eller sultan) i Orta Juz, et khanat som var dannet i de østlige provinsene av Den gylne hordes rike. Barak Sultan var en direkte etterkommer etter Djengis Khan, noe som ga ham høy status i samfunnet. Bukeikhanov fullførte Omsk Technical School i 1890 og studerte etter det økonomi ved Saint Petersburg Forestry Institute hvor han ble uteksaminert fra det økonomiske fakultet i 1894. Det er antatt at han var influert av de sosialistiske ideene i studietiden.