Vikunjaen lever i familiegrupper på 6–10 dyr med et dominerende hanndyr sammen med hunndyr og ungdyr. Flokken hviler på ei høyde over beiteområdet. De lager gjødningshauger på ca. 4 meter i diameter. Paringstida er på høsten, svangerskapstida er på rundt 11 måneder og kalven dier i opp til 10 måneder. Dyra er kjønnsmodne etter 2 år og kan nå en levealder på 15–20 år. Unge hanndyr lever i ungkarsflokker større enn de vanlige familieflokkene. Naturlige predatorer er puma og andesrev. Kondorer dreper normalt ikke selv, men eter åtsel fra døde vikunjaer.