Spania innlemmet Portugal i sitt rike i 1580. England og Frankrike satte igang med egen ekspansjon langs Afrikas og Asias kyster. De fleste av Portugals festninger og handelsstasjoner ble erobret, og Spanias drømmer om verdensherredømme falt etterhvert i grus. Spanias okkupasjon av Portugal ble for portugiserne en økonomisk katastrofe, og da Portugal endelig ble selvstendig på nytt i 1640, var det ikke mye igjen av landets tidligere handelsvelde. Noen få posisjoner hadde landet imidlertid fortsatt i Afrika og Asia, i Guinea-Bissau, langs Angola- og Mosambik-kysten, i Goa i India, Macao i Kina og på Timor i Indonesia. Disse områdene beholdt Portugal fram til 1974/1975.