Skolen var i drift i litt over et halvt år før den 2. verdenskrig brøt ut. Krigen fikk innvirkning på skolens hverdag. I første omgang måtte skolen stenge. Tyskerne overtok den midlertidig som hjelpesykehus. Skolen startet opp igjen den 15. august samme år. Haukeland, Solhaug og Minde skoler ble også lokalisert på Fridalen skole. I 1942 krevde okkupasjonsmakten at lærerne meldte seg inn i det NS-styrte lærersambandet, men mange lærere nektet. Lærernekten førte til at over 1000 lærere ble arrestert og internert, deriblant tre lærere fra Fridalen skole. Skolen ble igjen stengt for en kort periode våren 1942 og rektor Hoprekstad ble løst fra sin stilling. En annen kom inn i hans sted fram til 1945.