Munch leverte gjennom hele sitt voksne liv bidrag til avisene, først og fremst bokanmeldelser. I de begivenhetsrike årene 1848 og 1849 var han medarbeider i opposisjonsavisen , og fikk dermed anledning til å uttale seg om samtidens politiske spørsmål. Ved utbruddet av den første slesvigske krig i 1848 krevde han at Norge og Sverige skulle gå med i krigen på Danmarks side. Han hadde likevel klare forbehold når det gjaldt skandinavismen. Munch var tilhenger av nordisk kulturelt og vitenskapelig samarbeid, men den politiske skandinavismen avviste han, ettersom dette ville utgjøre en fare for den norske nasjonaliteten. I stedet for skandinavismen foretrakk Munch pangermanismen, en allianse mellom de nordiske statene og Tyskland. Munchs pangermanisme, hans antiskandinavisme og striden med de danske historikerne om innvandringsteorien og «norsk» eller «nordisk» kultur, førte til at han ble betraktet med en viss mistro i Danmark, særlig blant de nasjonalliberale.