Kristian Schjelderup var sønn av biskop i Kristiansand stift Kristian Vilhelm Koren Schjelderup d.e. (1853–1913) - se Koren-slekten - og Henriette Nikoline Hassel. Han var bror av psykologen Harald Schjelderup (1895–1974). Han vokste opp i Dypvåg. I 1923 tok han doktorgraden på en avhandling om religionens sannhet. Sammen med broren utdannet Schjelderup seg på 1920- og 30-tallet til psykoanalytiker hos Eduard Hitschmann i Wien og Oscar Pfister i Zürich.