Den nålevende slekten Nissen stammer fra Herman Lorentz (von) Nissens bror, Nicolai (Nicolaus) Nissen til Lerbæk og Rugballegaard (1664–1717), som var kanselliråd fra 1705 og krigskommissær for den danske armé i Skåne 1709–10 (som Danmark da forsøkte å gjenerobre under den store nordiske krig) og i Jylland fra 1711. Nicolai overtok begge farens gods, men skjøtet Lerbæk over til broren Herman Lorentz i 1695. Han bodde først på Lerbæk, siden på Rugballegaard. Han var gift med Elisabeth Sophie (Banner-)Høeg (1669–1739) fra Nord-Jylland, datter av Gregers Ulfstand (Banner-)Høeg til Vang Hovedgård og hans andre ektefelle Birgitte («Birthe») Kaas («Kaas med muren»), som begge tilhørte noen av Danmarks eldste adelsslekter (Birthe Kaas døde da Elisabeth var liten og faren ble gift tredje gang med Anne Cathrine Sehested, en niese av stattholder Hannibal Sehested). Birthe var datter av lensherre over Lister len og oberst Jørgen Kaas fra Fyn, og Elisabeth Sophie Høeg var i tillegg til Banner/Høeg og Kaas etterkommer etter bl.a. slektene Grubbe, Holck, Ulfstand, Krafse, Bille, Gyldenstierne, Reventlow, Skinkel (alle tre), Lykke, Ulfeldt, Brahe, Rosenkrantz og Bjelke; hun var bl.a. etterkommer etter statsmennene Eske Bille og Claus Bille og videre av bl.a. riksrådene Holger Gregersen Ulfstand, Jens Holgersen Ulfstand, Mogens Gyldenstjerne og Jørgen Lykke. Nicolai og Elisabeth Sophie hadde hele 19 barn, men 11 døde som spedbarn. Etter Nicolais død var boet insolvent og enken satt igjen med en stor barneflokk, og Rugballegaard gikk ut av slektens eie gjennom at enken for seg og barna frasa seg arven. Av deres barn var sønnen Nicolai (Nicolaus) (von) Nissen (1692–1772) infanterikaptein i Norge, Christian Ditlev Nissen (1701–1775) var kanselliråd, Gregers Høeg Nissen (1709–1773) var guvernør i den danske kolonien St. Croix i Det karibiske hav og Lorenz Nissen (1713–1765) var plantasjeeier på St. Croix, før han flyttet hjem til Danmark og ble brygger i København. Deres etterslekt er behandlet i det følgende.