Da resten av den belgiske regjering gikk i eksil i London forble Paul-Émile Janson i Frankrike, der han slo seg ned i den sørlige og ikke-okkuperte sone. I 1943 marsjerte tyskerne inn, og da ble han funnet i Nice og arrestert. Han ble ført til Fresnes og deretter til den tyske konsentrasjonsleiren Sachsenhausen og så til Buchenwald, og der døde han den 3. mars 1944.