Sammen med andre utsendinger fra Shinra skulle han på et rutineoppdrag for å få has på noen monstre som terroriserte byen. De overnattet på den lokale herregården som tilfeldigvis var samme bygning som Hojo anvendte i løpet av store deler av forskningen sin. Sephiroth kom over forskningsarkivene i bygningen, og etter å ha oppdaget sine røtter som forskningseksperiment fikk han det for seg at han var Jenovas «sønn», skapt for å lede arven hennes videre ved å erobre verden. Etter å ha lagt byen i grus dro han til Jenovas lagringsplass like ved i den lokale Mako-reaktoren for å hente sin «mor». Han ble stoppet av Cloud Strife og kastet ned i Mako-strømmen i reaktoren, og ble etter dette antatt å være død. Sannheten var at han overlevde, og fløt gjennom jordens indre til han ble innkapslet i en gigantisk Materia-krystall.