Bispedømmet var opprinnelig immediat, men ble i 1621 suffragan under Gniezno erkebispedømme. Fra 1685 omfattet det offisielt også Piltene, byen som hadde vært bispesetet for Kurland bispedømme. Latgale bispedømme ble opphevet i sammenheng med den første polske delingen i 1772 og tilfalt Mogiljov bispedømme.