NIBR ble etablert av Norges Teknisk-Naturvitenskapelige Forskningsråd i 1967. I 1986 ble instituttet en selvstendig stiftelse. NIBR får sin basisbevilgning over Miljødepartementets budsjettpost til miljøvernforskning (sammen med Norsk institutt for vannforskning, NILU, NINA og Bioforsk). Det omfatter instituttets grunnbevilgning og innsats i avtalte programmer.