Produksjonen av spillet begynte i 2014, med flere av s hovedstab i samme roller som før, blant annet med seriens skaper Yoko Taro som regissør, Yosuke Saito som produsent og Keiichi Okabe som hovedkomponist. Akihiko Yoshida hadde ansvar for figurdesign. Hovedmålet var å lage et -spill i samme ånd som originalen, men med et bedre kampsystem. Ettersom prosjektet var helt nytt for PlatinumGames, traff studioet på flere utfordringer i løpet av utviklingsperioden, blant annet med gameplay og spillets åpne verden. Handlingen ble skrevet av Yoko og viser til flere filosofier, og utforsker blant annet det å finne verdi i det å leve og grunner til hvorfor en kan finne på å drepe.