Den 22. september 2005 kunngjorde den estiske statsadvokaten Margus Kurm at etterforskningen som estiske myndigheter hadde utført bekreftet det faktum at militært utstyr befant seg om bord på skipet den 14. og den 20. september 1994 og at Estland ikke hadde noen del i denne «svenske operasjonen». Han hevdet at ingen beviser var funnet som tilsa at slikt utstyr befant seg om bord på skipet katastrofenatten. Til tross for dette fortsetter mistanker å omgi den påståtte svenske aktiviteten. I mars 2006 uttrykte nestlederen for det europeiske parlamentets undersøkelseskommisjon, Evelyn Sepp, oppfatningen om at forslaget om å tildekke vraket med betong som de svenske myndighetene hadde kommet med, kan ha vært et forsøk på å skjule omstendighetene rundt katastrofen. Ifølge Sepp forhindrer Estoniaavtalen av 1995 i realiteten videre grundig (gjenopptagelse av) etterforskning av katastrofen.