Imidlertid havnet Assyria snart i en rekke brutale indre borgerkriger som skulle forårsake imperiets undergang. Ashur-etil-ilani ble avsatt av en av sine egne generaler, kalt Sin-shumu-lishir i 623 f.Kr., som også plasserte seg selv som konge i Babylon. Etter bare ett år på tronen midt i en kontinuerlig borgerkrig, avsatte Sinsharisjkun (622–612 f.Kr.) ham som hersker over Assyria og Babylonia i 622 f.Kr. Imidlertid ble også han plaget av konstant utholdende borgerkrig i det assyriske hjertelandet. Babylonia utnyttet dette og gjorde opprør under Nabopolassar, en tidligere ukjent (høvding) av muligens kaldeerne, som hadde bosatt seg i det sørøstlige Mesopotamia ca. 850 f.Kr.