I motsetning til tradisjonell arvefølgelov, valgte Arnulf I ikke å dele opp Bayern. I stedet gikk alt til hans eldste sønn Eberhard. Han valgte selv å bryte med Det tysk-romerske rike, noe Keiser Otto ikke tok særlig pent. I tillegg hadde Eberhard problemer med sine brødre, som ikke fikk noe av farsarven. Brødrene svekket hverandre i krig, og Otto beseiret de alle tre relativt lett. Han satte inn deres onkel, Berthold (også omtalt som Bertulf). Berhold vant over ungarerne i 943, og hadde dermed forsvart riket godt. Imidlertid døde han kort tid etter. I stedet for å overlate Bayern til Bertholds sønn, lot han heller sin egen bror, som var gift med datteren av den siste sterke hertugen av Bayern, Arnulf, ta over. Henrik I slet med at Ottos sønn gjorde opprør og at ungarerne angrep store områder i Bayern. Med hjelp av Otto fikk han jaget begge ut og kontrollert området. Henrik Is sønn, Henrik II, utnyttet at Otto I var død til å gjennomføre et opprør mot hans arvtaker Otto II der han erklærte Bayern selvstendig. Dette gikk grusomt for Henrik II, som ble jaget fra området. Etter at Otto II selv døde, fikk han nåde av Otto III. Imidlertid var Hertugdømmet Kärnten skilt ut av Bayern.