De ledende polske kommunister som kom til makt mot utgangen av andre verdenskrig arresterte biskop Josaphat Kocylovskyj den 26. juni 1946, og utleverte ham til Sovjetunionen. De bragte biskop Kocylovskyj til Den ukrainske sosialistiske sovjetrepublikk, først til et fengsel i Kiev, deretter til en gulag i Tsjapaivka. Der døde biskop Josaphat Kocylovskyj den 17. november 1947 i en alder av 71 år.