Fra 1956 fikk fader Gamber anledning til deltidsstudier og immatrikulerte seg ved universitetet i München. En livstruende sykdom avbrøt dette studiet, og førte til at han i 1957 ble unntatt fra sognetjeneste. Gamber fortsatte sine privatstudier og flyttet til det tidligere Kloster Prüfening ved Regensburg über. Under ledelse av palimpsestforskeren Alban Dold OSB ble det der i det tidligere abbediet grunnlagt og innredet «Liturgiewissenschaftliche Institut Regensburg-Prüfening» av ham, Emmeram von Thurn und Taxis og av Klaus Gambers bror Wolfram Gamber (1909–1987).