Octavius og Lepidus satte i gang en felles operasjon mot Pompeius i Sicilia i 36 f.Kr. Til tross for at Octavius fikk tilbakeslag ble Sextus Pompeius' flåte bortimot fullstendig ødelagt den 3. september av general Agrippa i sjøslaget ved Naulochus. Pompeius flyktet med sine gjenværende styrker østover hvor han til sist ble tatt til fange og henrettet i Miletus i Anatolia av en av Antonius' generaler det påfølgende året. Både Lepidus og Octavius samlet Pompeius' overgitte tropper, dog følte Lepidus seg sterk nok til å kreve Sicilia for seg selv og beordret Octavius til å forlate området. Imidlertid deserterte Lepidus' soldater og gikk over til Octavius ettersom de var trette av krig og fant Octavius' løfter om betaling mer forlokkende. Lepidus overga seg til Octavius og fikk tillatelse til å beholde posisjonen som (overhode av fakultet med prester), men ble kastet ut fra triumviratet. Hans offentlige karriere var dermed avsluttet og han ble forvist til en villa ved fjellet Monte Circeo, rundt 100 km sør for Roma. Hans romerske besittelser ble fordelt mellom Octavius i vest og Antonius i øst. For å beholde freden og stabiliteten i sin del av riket forsikret Octavius Romas borgere om deres rett til eiendom. Denne gangen bosatte han sine avmønstrede soldater utenfor Italia mens han leverte tilbake 30 000 slaver til deres tidligere romerske eiere etter at de tidligere hadde flyktet til Pompeius for å ta plass i hans hær og flåte. For å sikre sin egen trygghet og tryggheten til Livia og Octavia, sørget han straks han kom tilbake til Roma for at senatet begunstiget ham selv, hans hustru, og hans søster tribunal immunitet, eller .