Agøy underviser i historie og idéhistorie ved Universitetet i Sørøst-Norge, og har skrevet en rekke bøker og artikler om blant annet den norsksvenske unionsstriden, fredsbevegelsen, arbeiderbevegelsen og mellomkrigstidens hemmelige militærapparat. Videre har han skrevet og snakket mye om Tolkien og hans bøker, både i inn- og utland.