Etter den britiske hærs innmarsj ble Burnes politisk agent i Kabul. I løpet av året 1841 kom det til uroligheter, på grunn av Shah Shujas skatteskjerpelser og enkelte britiske offiserers utsvevende levnet, hvorav også Alexander Burnes var en. Afghanske militante angrep britiske utposter, og den 2. november 1841 samlet en stor folkemengde seg foran Burnes' hus. Under sitt forsøk på å flykte, ble han oppdaget og drept. Det ble fortalt at det i mengden var rasende ektemenn og fedre av mange av de afghanske kvinner som Burns hadde forlystet seg med, og at det sannsynligvis var de som drepte ham.