Tjue år etter koloni-krigen har United Colonies og Freestar Collective inngått en anspent fred. Spilleren påtar seg rollen som en gruve-arbeider i verdensrommet som jobber for et selskap kalt Argos Extractors. De har fått et oppdrag av den gåtefulle Constellation, en gruppe galaktiske oppdagere, for å lokalisere en artefakt med merkelig gravitasjon. Men etter å ha fått tak i artefakten, opplever spilleren en visjon som driver dem gjennom tid og rom. Etter å ha forsvart seg under et Crimson Fleet-angrep, reiser spilleren til New Atlantis, hovedstaden i De forente kolonier, for å levere artefakten til Constellation's Lodge. Deretter slutter spilleren seg til Constellation i deres søken etter å finne igjen flere av disse artefaktene.