Utfordringer uten enkle svar har vært realiteten for marinejegerne i skarpe oppdrag. Marinejegerne kan samtidig oppleve å stå i situasjoner hvor de kan utøve stor makt, og for operatørene er det avgjørende å ha kompetanse til å finne løsninger og handle riktig i øyeblikket. Fra 2000-tallet har MJK prioritert akademisk utdanning av marinejegerne med bakgrunn i kravene til oppdragene som er gjennomført i internasjonale operasjoner. Kravene til spesialoperasjonene har også vært preget av intellektuelle krav til ukonvensjonell tenking og MJK har derfor utviklet et eget, operativt rettet akademisk program. Fra 2004 ble det for tidligere instruktører og troppsledelsen ved MJK mulig å gjennomføre Langkurs maritime operasjoner (LMOPS) ved KNM Tordenskjold, Haakonsvern, og deler av denne utdannelsen foregår ved Joint Special Operations University og US Air Force Special Operations School i USA. I 2005 fikk første marinejeger en bachelorutdanning som var skreddersydd for spesiaoperasjoner på Sjøkrigsskolen, dels ved å følge kystjegerlinjen og dels ved flere spesialstyrke-relaterte kurs i USA, og fra 2007 fikk Sjøkrigsskolen egen bachelorutdanning for marinejegerne hvor tredje og siste skoleår i sin helhet er siktet inn på spesialoperasjoner. Intensjonen bak det akademiske programmet er minst todelt: På kortere sikt å utdanne operatører slik at de kan løse de komplekse oppdragene de er satt til å utføre. På lengre sikt å utdanne og danne offiserene til strategisk ukonvensjonell tenkning. Per 2012 hadde MJK såpass mange operatører med høyere utdanning at det påvirket planleggingen av øvelser og operasjoner.