Han var trolig den første paven som ikke publiserte identiteten til in pectore kardinaler før han døde. Blant de kardinaler som ble utnevnt av Pius IVs pontifikat på totalt 5 år, 11 måneder og 14 dager, var Philibert Babou de Bourdaisière 26. februar 1561, Antoine de Créqui Canaples 12. mars 1565, og Annibale Bozzuti 12. mars 1565.