I 1969 ble han utnevnt til sogneprest i sognet Finglas West i erkebispedømmet Dublin, hvor han tjenestegjorde i to år. Etter å ha arbeidet i Dublin og hatt et kort opphold i Roma, hvor Lee studerte ved Det pavelige gregorianske universitet, ble han utnevnt til kansler og professor i filosofi ved Mary Immaculate College - St Patrick's College i Thurles, hvorav han var president fra 1987 til 1993.