Haise fullførte flygertrening hos US Marine Corps i 1954. I 1964 var han ferdig utdannet testflyger ved USAF Aerospace Test Pilot School. I mellomtiden hadde han også fullført en flyingeniørutdannelse. Han begynte hos NASA i 1959 som testflyger, før han ble opptatt som astronaut i 1966. Etter å ha vært satt opp som reservemannskap på to romferder, Apollo 8 og 11, skulle han i april 1970 endelig få sin måneferd med Apollo 13. Som flyger av månelandingsmodulen skulle han lande på månen sammen med Jim Lovell. Slik gikk det ikke, da ferden nesten endte i en katastrofe og måtte avbrytes.