Overgrep er et tema som kommer opp fra tid til annen når Jehovas vitner omtales i media. Blant de som har fremmet kritikk av Jehovas vitners håndtering ved seksuelt misbruk av barn, er tidligere medlem av trossamfunnet og grunnlegger av , William Bowen. Det er ikke dokumentert flere overgrep hos Jehovas vitner enn andre steder i samfunnet, men religionspsykolog Hege Kristin Ringnes fremholder det som kritikkverdig at enkeltsaker ikke er blitt meldt videre. Jehovas vitner har i noen tilfeller benyttet tilsvarsretten til å presentere interne retningslinjene i overgrepssaker, som tilsier at «[a]nklager om seksuelle overgrep [umiddelbart] skal meldes til politiet.» Tidligere pressetalsmann for Jehovas vitner i Norge, Tom Frisvold, har i et tilsvar fremholdt at Jehovas vitners retningslinjer for håndtering av overgrep eller mistanke om overgrep, har blitt «forbedret etter hvert som årene har gått, som i resten av samfunnet».