Som vararepresentant til Stortinget for Venstre møtte han opp under riksrådsforhandlingene etter utbruddet av andre verdenskrig i 1940. Som motstandsmann var han aktiv innen den illegale presse, og startet opp hjemmefrontavisen sammen med blant andre Einar Gerhardsen. Han satt arrestert flere ganger i 1941 og 1942, men fortsatte motstandsarbeidet etter at han ble sluppet fri. Han ble regnet som en ledende ideolog innen motstandsarbeidet, og bidro aktivt til formuleringer av programmer og fremtidsplaner. I 1944 ble Christensen Venstres representant i utformingen av de politiske partienes fellesprogram.