GUNT, alltid under ledelse av Goukouni, forble en koalisjon av opposisjonelle grupper med intensjoner om å styrte Habré. Libya kom igjen til å spille en avgjørende rolle, med massiv støtte til Goukouni, men GUNT var blitt en stedfortreder for Libya i konflikten. Fra 1983, gjennom en fransk intervensjon i Tsjad, ble mulighetene for å styrte Habré nærmest blokkerte, da Libyas og GUNTs kontrollerte områder var begrenset til nord i Tsjad. Interne stridigheter og problemer med libysk støtte, arrestasjonen av Goukouni inkludert, førte til GUNTs oppløsning i 1986.