Den opprinnelige strekningen ble bygget i perioden 1900–1915 da Finland var del av Russland, under første verdenskrig var den en del av den eneste jernbaneforbindelsen mellom Tyskland og Russland. Strekningen Morjärv-Kalix er bygget i 1961. Haparandabanen er den eneste svenske jernbanestrekningen som har forbindelse med det finske jernbanenettet. Det finske nettet har en annen sporvidde enn det svenske, den 3 km lange Torneå–Haparanda-banan mellom Haparanda og Torneå er derfor bygget med fire skinner slik at materiell fra begge systemene skal kunne kjøre over grensen.