Klipper ble utviklet av Kevin O’Connor i 2014. En av de tidlige brukerne var Voron-prosjektet som bygde CoreXY-skrivere med åpen kildekode og åpen maskinvare. Populariteten økte gradvis etterhvert, og i 2024 kom Klipper forhåndsinstallert på 3D-skrivere fra flere produsenter.