Under andre verdenskrig ble fire av de fem hensatte trippellokomotivene ødelagt av bomberfly, mens 4.2033 ble sprengt under en sabotasjeaksjon den 11. juli 1940. Alle lokomotiver unntatt 4.2034 ble reparert og satt inn i tjeneste igjen, mens sistnevnte ble den første utrangerte maskinen av denne typen. Etter andre verdenskrig gikk produksjonen av jernmalm i Kiruna og Malmberget mye opp, noe som førte til at den samlede toglengden måtte økes, og kraftigere lokomotiver ble nødvendig. NSB valgte derfor å bestille åtte nye lokomotiver av typen El 12, samtidig som selskapet satte sammen de ti El 3–maskinene til tre trippelsett med en i reserve.