Keppler ble presteviet den 2. august 1874. Han studerte katolsk teologi ved universitetet i Tübingen og tok doktorgrad der i 1883. Samme år ble professor i Det nye testamente i Tübingen, etterfølgende Paul Schanz. Tilsettelsen vakte kritikk idet han viste langt større interesse for homiletikk og kirkekunst enn for nytestamentlig eksegese. I 1889 byttet han om og ble professor i moral- og pastoralteologi. Fra 1894 til 1898 underviste han i moralteologi ved det teologiske fakultet ved Universitetet i Freiburg.