Alfred Deakin ble født i 90 George Street i Fitzroy i Melbourne og begynte på internatskole i Kyneton fire år gammel. I 1864 ble han elev ved Melbourne Grammar School, men var ingen aktiv student før han ble inspirert av J. H. Thompson og skolens rektor John Edward Bromby på slutten av sin skolegang. Da han gikk ut i 1871 begynte han med kveldskurs i jus ved University of Melbourne, samtidig som han jobbet som lærer på dagtid. Han var også et ivrig medlem av universitetets debattklubb.