António Pereira de Sousa Caldas var sønn av den portugisiske handelsmann Luís Pereira de Sousa og hans hustru Ana Maria de Sousa. Allerede som åtteåring ble den sykelige men begavede gutten sendt av sine foreldre fra Brasil til en onkel i Lisboa for utdannelse. Da han var 16 begynte han å studere matematikk og kirkerett ved universitetet i Coimbra. Han utviklet her en sterk interesse for samtidens franske filosofi.