GRUB2 ble standard operativsystemlaster. Maskinvareabstraksjonen HAL daemon ble erstattet av programmene , UPower og . Virtualisering ble forbedret gjennom nettskyprogrammene OpenStack og Aeolus Conductor. Ellers inneholdt Fedora 16 nettskyprogrammene Condor Cloud, HekaFS og Pacemaker. Det ble innført et felles brukergrensesnitt for rapportering av problemer i programmer og mekanismer. Unix brukeridentifaktorer og gruppeidentifikatorer ble benyttet for å identifisere opp i mot 999 systemkontoer.