Spillet følger i fotsporene til og beholder det enkle gameplay- og kontrollsystemet fra Nintendo 64-spillet. Det er lagt mye vekt på å bruke og kontrollere vinden med en taktstokk kalt «Wind Waker», som brukes til å seile og sveve i lufta. Kritikerne likte likheten til , men klaget ofte på at den enorme mengden med seiling ble for langtekkelig. Trass i dette har spillet mottatt kommersiell og kritisk suksess og er det fjerde av bare seks spill som har fått perfekt score fra det japanske magasinet .