Opplysninger om inventaret i Frederik IIs slottskirke stammer hovedsakelig fra det bevarte inventarium fra 1597, da Peder Mundt ble lensmann på Frederiksborg len og fra 1612, da det kom ny lensmann. Det finnes imidlertid ingen opptegnelser om altertavle, prekestol eller kirkebenker. En del av inventaret ble senere overført til Christian IVs kirke deriblant en døpefont og en oblateske.