Mot slutten av 1920-tallet syntes Tiso å være forutbestemt til å bli fader Andrej Hlinkas etterfølger som leder av Det slovakiske folkeparti. Dette partiet, også kalt ene, ble grunnlagt av Hlinka i 1913 og krevde Slovakias autonomi innenfor Tsjekkoslovakia. I 1930-årene var det i stedet strid om Hlinkas arvefølge mellom Tiso og partiets radikalere, i sær med den høyreorienterte Karol Sidor. Vojtech Tuka, en annen rival, sonet på den tiden lang fengselsstraff for landsforræderi. I denne kontekst representerte Tiso - som hadde lagt til side meget av sin anti-jødiske retorikk fra sine tidligere journalistår - partiets moderate fløy. Men han holdt fortsatt fast ved partiets slovakiske separatistiske orientering, med sterk katolisisme og stor mistro til tsjekkisk dominans og sosialisme. Da Hlinka døde i 1938 konsoliderte Tiso kontrollen over partiet. I møte med Hitler i Berlin fikk Tiso klar beskjed om at Slovakia hadde valget mellom å bli innlemmet i Ungarn eller bli en uavhengig stat.