Etter nedrykket i 1988 klarte klubben ikke å rykke opp igjen, og det resulterte i store politiske kriser på begynnelsen av 90-tallet. Etter én kamp i sesongen 1991/92 bestemte de etniske albanske spillerne seg for å boikotte klubben på grunn av den politiske krisen i landet. De albanske etniske spillerne sa opp profesjonelle kontrakter i Prishtina, og alle albanske spillere i Kosovo dannet sitt eget fotballforbund og en egen liga. Prishtina var da delt i to, de serbiske spillerne fortsatte å spille i klubbens stadion mens de etniske albanske spilte utenfor byen. Det serbiske Prishtina spilte i den jugoslaviske serien frem til 1999. Det etnisk albanske Prishtina stoppet i perioden 1997-1999 sin aktivitet utenfor byen på grunn av borgerkrigen som hadde eskalert.