Den 15. desember 1988 ble han utnevnt til biskop av San Marcos av pave Johannes Paul II. Bispeinnvielsen ble gitt av pave Johannes Paul II selv den 15. januar 1989; medkonsekratorer var kurieerkebiskop Edward Idris Cassidy og José Tomás Sánchez, erkebiskop av Nueva Segovia på Filippinene.