I 1965 ble Khama Bechuanalands statsminister, og da Botswana ble uavhengig i 1966, tjente Khama som landets første president helt til han døde i 1980 etter da å ha blitt gjenvalgt tre ganger. Under Seretse Khama gjennomgikk landet rask økonomisk og sosial utvikling. Landet hadde da verdens raskest voksende økonomi. Samtidig opprettholdt han demokratiet, og slo hardt ned på korrupsjon.