Stedet ble undersøkt i tiden 1983 til 1991 som hasteutgravningen grunnet konstruksjonen av Atatürkdemningen nedenfor Samsat. Utgravningene ble utført av en tysk arkeologisk gruppe fra Universitetet i Heidelberg under ledelse av professor Harald Hauptmann. Sammen med tallrike andre arkeologiske funnsteder i nærheten, har Nevalı Çori siden vært oversvømmet av damvannet fra Eufrat og er nå tapt.