Selv om grunnstrukturen i kirka blei bevart, blei det satt i gang utdanningsprogrammer i teologi og apologetikk for prestene. Mange av prestene var dårlig skolerte og kunne ikke latin. I tillegg til etableringa av utdanningsinstitusjoner blei det også trykt opp håndbøker til prestene med praktiske råd om hvordan å være en god prest og sjelesørger. Konsilet tok oppgjør med det som i rennesansen hadde blitt en utbredt praksis, nemlig at biskoper blei utnevnt av politiske årsaker. Konsilet satte også ned foten når det gjaldt biskoper som ikke hadde bosatt seg i sitt eget bispedømme.