Årene 1996-2001 var Comey stedfortredende sjef hos den føderale påtalemyndighet for delstaten Virginias østre distrikt. I år 1996 ble han stedfortredende spesialadvokat for senator Whitewater-komitéen. Han var også sjefsanklager vedrørende Khobar Towers-bombingen i 1996 i Saudi-Arabia. Samtidig var han professor i rettslære ved University of Richmond.