Enheten har fortsatt sitt hovedkvarter i Wapping, nær Tower Bridge. Den hovedoppgaver er å overvåke Themsen og området langs elven, og å bistå andre enheter i Metropolitan Police Service når de har behov for MSUs spesielle ekspertise. De jobber også i nært samarbeid med andre myndigheter, som Port of London Authority, Kent and Essex Police, Special Branch, tollvesenet, immigrasjonsmyndigheter, London Coastguard, RNLI, brannvesenet og helsemyndigheter.