I kontrast til et eksotoksin, som produseres av bakterien,for så å skilles ut i løselig form, er endotoksiner en bestanddel av den gram-negativ bakteries egen cellevegg, som først skilles ut, og kan bli toksisk når cellen lyserer. Fordi endotoksiner først frigis når cellen dør, har de som regel lavere toksisk effekt enn eksotoksiner som kan skilles ut kontinuerlig mens cellen vokser. Den er et relativt svakt immunogen. Immunresponsen ikke sterk nok til å nøytralisere toksinet.