Selv om filmen har fått stor anerkjennelse i USA og Europa, har «Hotel Rwanda» og Rusesabagins rolle under folkemordet blitt kritisert andre steder - spesielt i Rwanda og nabolandene. Kritikere har blant annet påstått at Rusesabagina tvang flyktninger ved hotellet å betale for hotellrommene og all maten som ble gitt dem. Han skal også ha ødelagt kommunikasjonslinjer til hotellet, som lå rett utenfor hans eget kontor.