Den 13. juni 2023 bekreftet at de har inngått kontrakt med Johnsen som hovedtrener. Johnsen klarte ikke redde Aalesund fra nedrykk fra Eliteserien i 2023-sesongen. 18. juni 2024 fikk han sparken som hovedtrener, på dette tidspunktet lå AaFK på sisteplass i OBOS-ligaen etter 13 kamper.