Det stigende antallet vogntog med handelsfolk, immigranter, nybyggere og tropper belastet naturen på en måte som var svært forstyrrende for de lokale innfødte. Ulike stammer en rekke angrep mot de gjennomreisende på Santa Fe Trail. På 1860-tallet ble kjeden av militærstasjoner forsterket med blant annet Fort Dodge, Fort Aubry samt Camp Nichols som ble etablert av Kit Carson.