I 1942 vervet Vergès seg til De frie franske styrker i Liverpool. Etter krigen ble han med i det franske kommunistpartiet, og dro til Paris for å studere jus. Her møtte han første gang Pol Pot, mens han ledet studentorganisasjonen Union internationale des étudiants. De to diskuterte vilkårene for de kolonialiserte folkenes frigjøring og utviklet et livslangt vennskap.