I 1650 dro Dryden til Trinity College ved University of Cambridge hvor han opplevde en tilbakevending til det religiøse og politiske etos fra sin barndom. Rektoren ved skolen var puritaner ved navn Thomas Hill som også hadde vært rektor i hans hjemby. Selv om det er liten informasjon om hans første studentår studerte han sannsynligvis standard pensum bestående av klassikerne, retorikk og matematikk. I 1654 fikk han sin filosofigrad (BA) på toppen av listen over eksamenskandidater for det året. I juni samme år døde hans far og etterlot ham noe land som ga en liten inntekt, men ikke til å leve av.