I en nøytral tapskanning skanner den første masseanalysatoren alle massene. Den andre masseanalysatoren skanner også, men ved en forskyvning fra den første masseanalysatoren. Denne forskyvningen tilsvarer et nøytralt tap som ofte observeres for denne klassen med forbindelser. I en konstant-nøytral-tap-skanning blir alle forløpere som gjennomgår tapet av en spesifisert felles nøytral overvåket. For å få denne informasjonen blir begge masseanalysatorene skannet samtidig, men med en masseforskyvning som korrelerer med massen til den spesifiserte nøytralen. I likhet med forløper-ion-skanning, er denne teknikken også nyttig i den selektive identifikasjonen av nær beslektet klasse av forbindelser i en blanding.