Produksjonen av Convair 990 begynte i 1961. En interessant forandring sammenlignet med Convair 880 var de ekstra utbulingene på den øvre vingedelen, dette for å øke flyvingens kritiske Mach-nummer og dermed redusere luftmotstanden. Dette gjorde det mulig for den tyngre 990 å ha høyere hastighet enn 880 ved en marsjfart på rundt 0,91 Mach. Egentlig var disse uthevningene ment å være ekstra drivstofftanker, men ved testing viste det seg at den ekstra vekten tankene hadde gjorde at de vibrerte voldsomt. I stedet fikk de en sekundær rolle som drivstofflager i tilfelle feil ved tankene i flykroppen. Flyet hadde også en liten modifisert beskyttet renne på toppen av flyskroget for instrumentale ledninger.