I kampen mot Heracles Almelo scoret Jones et fantastisk mål fra minst 27 meter, og gav dermed NEC en tomålsledelse. I kampen mot FC Groningen scoret han igjen et fantastisk mål, denne gang på et frispark fra 23 meter. I denne kampen imponerte han både trener og publikum med sin utrolige ballkontroll og sine flotte pasninger. Jones mistet ikke ballen én eneste gang og fikk velfortjent utmerkelsen Banens Beste etter kampen. I løpet av den korte tiden i NEC Nijmegen, klarte Jones å havne på andreplass i klubbens Årets spiller-liste. Han fikk 134 poeng og havnet dermed 30 poeng bak den talentfulle spissen Romano Denneboom. Laget endte på 10.-plass i 2006 og Jonah kan kanskje se fram til å spille nok et år i rødt, grønt og svart, NECs farger. Han signerte nemlig nylig en ny treårskontrakt med Manchester United.