Paisley ble i 1998 innbudt til Langfredagsavtalen; hans parti DUP trakk seg imidlertid straks da også Gerry Adams og hans Sinn Féin dukket opp. Da avtalen ble fremlagt for folkeavstemning i Nord-Irland (likesom i Irland), oppfordret Paisley til å stemme imot. Men avtalen ble vedtatt godkjent.