Nilsson var blant annet med på å vinne seks seriemesterskap (1990, 1991, 1993, 1994, 1995 og 1996) og ett cupmesterskap (1992) med IFK Göteborg, i tillegg til at han spilte i flere europacupkamper for klubben. Han ble tvunget til å legge opp som aktiv fotballspiller i 2000 som følge av en øyeskade.