François Ponchaud var syvende barn i en familie med åtte barn. Faren var jordbruker og lokalpolitiker, aktiv i Mouvement Républicain Populaire (MRP). Etter å ha tjenestegjort som fallskjermsoldat i Algerie i 28 måneder, valgte François Ponchaud å tre inn i presteseminaret til misjonsordenen Société des Missions Etrangères de Paris (MEP). Han ble bestemt for misjonen i Kambodsja og reiste ut dit fra Marseille den 10. oktober 1965.