Jonatan var da blitt mer erfaren i geriljakrigføringen, den fremste taktikken til makkabeerne, og unngikk således å komme i kamp med de regulære styrkene til fienden. En frustrert Bakkhides skal etter sigende ha tatt sitt sinne ut over hellenistene og drept flere av deres ledere. Jonatan og Simon hadde sin leir i et ørkenområde kalt Beth-hogla, hvor de ble beleiret i flere dager av Bacchides. Jonatan oppfattet at Bakkhides angret på å ha dratt ut i ørkenen, og tok kontakt med tilbud om en fredsavtale og utveksling av krigsfanger. Bakkhides gikk med på dette og faktisk tok en ed på å aldri mer gå i krig mot Jonatan. Sammen med sin hær evakuerte han Judea. Den seierrike Jonatan tok da bolig i den gamle byen Mikmas i området til Benjamins stamme. Derfra fortsatte han å rydde landet for «de gudløse og frafalne», noe som antyder en ensporet religiøs ensretning. Den fremste kilden, , sier at med dette «sverdet opphørte i Israel»; og faktisk skjedde det ingenting å rapportere i de neste fem årene, 158-153 f.Kr. Jonatan må ha utnyttet den fredelig tiden godt, for han satt snart med stor makt.