Fra 1880 var han som folkevalgt fra Brest medlem av deputertekammeret og stod der i spissen for det klerikale parti, etter Félix Dupanloup. I alle kirkelige saker stemte Freppel med det rojalistiske og de katolske parti, skjønt i saker der fransk koloniprestisje var involvert, som ved ekspedisjonene til Tunis, Tong-King og Madagaskar (1881, 1883–85), støttet han den til enhver tid sittende regjering. Han forble en lojal rojalist og gikk så langt som å motsette seg pave Leo XIIIs politiske forsoningslinje overfor republikken.