Arntzen fikk i 2006 Kongens fortjenstmedalje i gull for sin innsats for fredsarbeid på nasjonalt plan. I 2011 ble hun tildelt fortjenstkors med bånd av Forbundsrepublikken Tysklands fortjenstorden, overrakt av Tysklands ambassadør til Norge. I 2012 var hun den første som ble kåret til og vant prisen Årets Ladejarl. I 2022 fikk hun Willy Brandt-prisen for sin personlige innsats for norsk-tyske forbindelser.