Kjønnskromosomene er et kromosompar der tilstedeværelsen av det ene kromosomet bestemmer kjønnet til organismen. Hos mennesket og de fleste pattedyr har individer av hankjønn to ulike kjønnskromosomer, som derfor kalles X og Y, mens individer av hunkjønn har to like, som kalles X og X. I dette XX/XY-systemet er Y-kromosomet kjønnsbestemmende. Hos fugler og hos noen andre organismer er det motsatt, og dette systemet kalles ZZ/ZW. Der har individer av hankjønn to like, Z og Z, mens individer av hunnkjønn har to ulike, W og Z, og W-kromosomet er det kjønnsbestemmende.