Ernesto Schiaparelli var fra en fremstående familie av akademikere. Farens hans Luigi Schiaparelli underviste i historie ved Universitetet i Torino. Giovanni Virgilio Schiaparelli, den kjente astronomen, Celestino, arabist, Cesare, pioner innen fotografi Carlo Felice, agronom og Giovanni Battista, en pioner innen industriell kjemi, var blant slektningene hans.