Den kaldeisk-katolske kirke stammer fra den assyriske kirke i øst, som tidligere også ble kalt . På 1400-tallet oppsto det meningsforskjeller, da den assyriske kirken mente at bare slektninger av den daværende katolikos-patriarken Mar Simon IV kunne inneha dette embetet. Misnøyen med dette økte og førte til et brudd i 1552, da en ulærd gutt ble innsatt som katolikos-patriark og godkjent av paven. Den assyriske kirken ble da delt i to rivaliserende kirker med hver sin katolikos-patriark, en i Alqosh (i dagens nordlige Irak) og en pavelig utsendt patriark i Diyarbakir (i det nåværende østlige Tyrkia).