Som alle andre elver i Eyre-bekkenet når vannet i Thomson aldri fram til havet, men blir absorbert av jordsmonnet eller fordamper i ørkenen. Flommer er relativt vanlig i nedbørfeltet på grunn av regn som følge av sommermonsunen. På grunn av det flate landskapet som elva renner gjennom kan den da bli flere kilometer bred og forårsake store vanskeligheter. Ved Windorah kan elva bli opptil 40 kilometer bred i flomtiden. I de lange tørre periodene renner imidlertid ikke elva i det hele tatt, og blir redusert til en kjede av laguner og kroksjøer (kalt ).