Nikolaisen er utdannet sivilingeniør i maskinteknikk fra NTNU fra 1986 til 1991 og har en mastergrad i prosjekt- og virksomhetsledelse fra BI. Han har jobbet i Statoil på 1990-tallet og vært utbyggingsdirektør i Jernbaneverket fra 2009 til han ble leder i Statsbygg.