Mot slutten av 1980-tallet skiftet silden overvintringsområde til blant annet de indre deler av Ofotfjorden. Oksygennivået i fjorden gir en pekepinn på hvor stor sildebestanden er, og målinger indikerte en nedgang i bestanden i 1996–1997, mens den har holdt seg relativt konstant i ettertid. Denne silden tiltrekker seg hval, primært spekkhogger, som jakter sammen i store flokker som presser fisken mot overflaten. Fjorden er en av de nordligste lokalitetene i verden hvor det er blitt observert hummer. Torsk er vanlig året rundt, mens makrellen er vanlig fra juli til midten av september. Oter, havørn, tjeld og gråhegre er også vanlig rundt fjorden.