I 1982, etter han var ferdig å studere ble han ansatt på fulltid hos HAL Laboratory. Han ble firmaets koordinator for programvareproduksjon i 1983. Noen av spillene han hjalp til med å lage mens han jobbet der var Ballon Fight, EarthBound, og Kirby-spillene. Iwata ble etter hvert president for HAL i 1993.