Etter returen fra England, spilte Halle to sesonger til for Lillestrøm, før han avsluttet karrieren som spillende trener for 3.-divisjonslaget Aurskog/Finstadbru i 2004. Fra 2005-sesongen ble Halle assistenttrener i Lillestrøm, men fikk sparken sammen med hovedtrener Uwe Rösler i 2006. Ikke lenge etter ble han assistentrener for Viking med Uwe Rösler som hovedtrener. Her virket han frem til 2009 da han gikk over til fotballklubben Lyn som assistenttrener med Kent Bergersen som hovedtrener. Da denne senere i sesongen fikk sparken på grunn av svake resultater og økonomisk krise i klubben, ble Gunnar Halle ansatt som Lyns hovedtrener, uten at det førte til noen bedring av resultatene. Halle ledet Lyn til nedrykk til Adeccoligaen høsten 2009 og var klubbens hovedtrener i dens første sesong i 1. divisjon på elleve år. Etter at klubben gikk konkurs sommeren 2010 sto Halle uten arbeidsgiver. Høsten 2010 tok han sammen med hovedtrener Uwe Rösler over nedrykkstruede Molde åtte runder før serieslutt, gikk ubeseiret gjennom samtlige og doblet Moldes poengfangst fra 20 til 40.