Hansen var formann i Venstres Ungdom i Ribe amt 1964–1966, og ble første gang nominert til Folketinget for Venstre fra Sønderborg krets i 1965. Han var valgt til Folketinget fra Ribe amtskrets 1973–2003, etter å ha blitt nominert fra Grindsted krets. Hansen var formann i Venstres folketingsgruppe 1977–1978 og 1982–1998, formann i Folketingets finansutvalg 1986–1988, politisk ordfører for Venstre 1987–1991 og formann for Statsrevisorene 1995–1998. Hansen ble valgt til formann i Folketinget ved loddtrekning mot Birte Weiss i 1998, men ble senere enstemmig gjenvalgt.