Fra 1999 var Pakistan et militærdiktatur med president Pervez Musharraf ved makten. Etter terrorangrepet 11. september 2001 har landet stått sentralt i et spenningsfelt med religiøst motiverte aktivister, særlig etter å ha inngått politiske og militære allianser med USA. Musharrafs provestlige politikk var omstridt i Pakistan og ellers i den muslimske verden. Etter urolighetene rundt drapet på Benazir Bhutto og det påfølgende valget i 2008, ble Musharraf truet med riksrett dersom han ikke gikk av frivillig, noe han til slutt gjorde 18. august 2008. I det påfølgende presidentvalget vant Asif Ali Zardari fra Pakistans Folkeparti en overlegen seier.