Allerede samme år, 649, holdt han et konsil i Laterankirken i Roma, der man tok opp monoteletismen og erklærte denne kristologiske læren som vranglære. Denne læren var støttet av keiser Konstans II, og selv om Martin hadde støtte fra biskopene fra Afrika, Spania og England, ble han arrestert sammen med Maximus bekjenneren, som trolig hadde skrevet erklæringen fra konsilet, og ført til Konstantinopel.