Whiskey-opprøret i 1794, da bosettere i Monongahela-dalen vest i Pennsylvania protesterte mot en føderal skatt på brennevin og destillerte drikker, var den første alvorlige testen til den føderale styresmakten. Washington beordret føderale marshaller å utstede domstolsordrer som krevde at skatteprotestantene skulle møte i føderal distriktsdomstol. I august 1794 kom protestantene farlig nær åpent opprør og den 7. august samlet tusenvis av bevæpnede bosettere seg nær Pittsburgh. Washington brukte så militsloven av 1792 for å samle militser fra flere stater. En styrke på 13 000 menn ble organisert, omtrent like stor som hele hæren i revolusjonskrigen. Under den personlige kommandoen til Washington, Hamilton og revolusjonshelten Henry Lee marsjerte hæren til det vestlige Pennsylvania og slo opprøret raskt ned. To ledere av opprøret ble dømt for svik, men ble benådet av Washington. Denne responsen markerte første gang under den nye konstitusjonen som den føderale styresmakten hadde brukt militær styrke for å utøve autoritet over nasjonens innbyggere. Det var også den eneste gangen at en sittende president personlig ledet militæret i felten. Whiskey-skatten ble fjernet i 1802, den hadde aldri blitt samlet inn med særlig suksess.