I 1877 gikk Kiderlen-Waechter inn i utenrikstjenesten i Det tyske keiserrike. Han arbeidet i København, St. Petersburg og Paris. I 1886 ble han legasjonsråd i den tyske legasjon i Konstantinopel. Han ble i 1888 utnevnt som høytstående embetsmann, en såkalt foretredende råd (Vortragende Rat) i Auswärtiges Amt, det tyske utenriksdepartementet. I departementet gjorde han karrière i avdelingen for orientspørsmål.