Etter at Rosenberg ble utnevnt til leder av det utenrikspolitiske kontoret til NSDAP den 1. april 1933, fikk Schickedanz den høye posisjonen som stabsleder i dette kontoret. Denne posisjonen beholdt Schickedanz til oppløsningen av APA våren 1943. I oppbygningsfasen av APA var Schickedanz viktigere for Rosenberg enn Thilo von Trotha. Schickedanz ledet to av de seks hovedkontorene, nemlig personalavdelingen og hovedavdeling V «Østproblemet». Ernst Piper skrev i 2005: «Dermed var han dels ansvarlig for personalpolitikken, noe som sikret ham en sentral innflytelse på utviklingen, dels for Østområdet, som først var av underordnet betydning for APA’s arbeid, men som på lang sikt naturligvis tilbød den avgjørende perspektiv for den rasistiske ekspansjonismen.» Fram til høsten 1933 ledet Schickedanz også det for APA svært betydningsfulle referatet Øst-Europa. Etterpå ble ledelsen av referatet, som dannet en egen hovedavdeling, overtatt av Georg Leibbrandt.