Litauen ble lagt under det sivile styret i Reichskommissariat Ostland fra juli 1941 og Adrian von Renteln ble innsatt som for Litauen. Den tyske administrasjonen av Litauen var delt i fem distrikter med en kommissær i hvert: Hans Hingst (Vilnius by), Horst Wulff (Vilnius omland), Hans Gewecke (Šiauliai), Hans Kramer (Kaunas by) og Karl Lentzen (Kaunas omland). Den tyske administrasjonen besto av 600 tjenestemenn der beslutningene ble tatt, men de ble iverksatt av litauiske tjenestemenn på lavere nivå. Okkupasjonsmakten hadde ikke nok personell til å bemanne administrasjon og var avhengige av lokale tjenestemenn. Hvert litauisk departement ble ledet av en som var litauer. Disse lederne av departementene var stort sett fra det litauiske nasjonalistpartiet, en sterkt høyreorientert og ytterliggående antisemittisk gruppe.