I 1559 falt byen i forfall etter at den voldelige skotske reformasjonen og krigen mellom de tre kongerikene mistet statusen som kirkelig hovedstad i Skottland. Selv Universitetet ved St Andrews vurderte å flytte til Perth rundt 1697 og 1698. Under autorisasjon av biskopen av St. Andrews ble byen gjort til en baroniborg i 1614. Som kongelig burgh ble gitt som et charter av kong Jakob VI i 1620.