Etter at det franske Direktoriet falt i 1802 kunne Barruel vende tilbake til Frankrike. I hjemlandet begynte han å forfølge prester som hadde akseptert den nye orden i kjølvannet av revolusjonen. Han skrev flere bøker for å forsvare sine meninger. Da Konkordatet (avtalen) ble inngått mellom pave Pius VII og Napoléon Bonaparte skrev Barruel .