Han overga seg til myndighetene i 1991. Escobars krav var at han skulle få bygge sitt eget fengsel (La Catedral), noe han gjorde. Han skulle også bestemme vakter og medfanger selv. Myndighetene måtte holde seg tre kilometer unna fengselet for at avtalen skulle gjelde. Det gikk bra fram til 1992, men da myndighetene fikk mistanke om at han hadde drept to fra sitt eget kartell i fengselet, bestemte de seg for å ta seg inn i fengselet og flytte Escobar til et føderalt fengsel. Da myndighetene slo til mot fengselet klarte Escobar å rømme, og forsvant i jungelen.