Landet har stort sett fjellandskap og ligger sentralt i De dinariske alper. Den nordøstlige delen av landet strekker seg inn i de sørlige områdene av Den pannoniske slette, mens sørlige deler av landet grenser til Adriaterhavet. Landet har bare 26 km kystlinje rundt byen i Neum i Hercegovina-Neretva kommune, og er innelåst mellom kroatiske landområder og territorialfarvann.