Etter fotballkarrieren dro han tilbake til Sverige, hvor han var trener i barndomsklubben IFK Värnamo. I 2002 tok han over trenervervet i Halmstads BK etter at Tom Prahl dro til Malmö FF, men Thern klarte ikke å kopiere forgjengerens resultater og forlot vervet etter kun én sesong for å fokusere på familien. Han har i senere vært ekspertkommentator i fotball på TV.