I 1940, etter utbruddet av andre verdenskrig, ble Litauen okkupert og annektert av Sovjetunionen i overensstemmelse med Molotov–Ribbentrop-pakten. Etter Tysklands angrep på Sovjetunionen i 1941 trakk de sovjetiske styrkene seg tilbake og landet ble okkupert av tyske styrker. Av landets jødiske innbyggere ble minst 95 prosent massakrert under den tyske okkupasjonen, noe som utgjør det største enkeltstående tap av menneskeliv i Litauens historie og et av de verste dødstallene under Holocaust. I Latvia og Litauen ble den jødiske befolkningen nesten totalt utslettet og andelen overlevende var den laveste blant landene berørt av holocaust. Massakrene skjedde i hovedsak før utgangen av 1941. En del jøder deportert fra Tsjekkoslovakia, Tyskland og Østerrike ble drept i Litauen.