I 1078 gjennomførte Henrik vellykkede felttog i Bayern, men pave Gregor nektet å ekskommunisere Rudolf. I et slag ved Mellrichstadt den 7. august klarte styrkene til Otto av Nordheim å vinne en slags militær seier, men troppene fra Berthold og Welf ble svekket av et bondeopprør mot dem. Rudolf klarte heller ikke å få sakserne med seg på kamper utenfor eget område, og sakserne så med mistenksomhet på Rudolf som ikke selv var sakser. Han var også skuffet over pavens tilbakeholdenhet. For å lønne sine tilhengere ble han tvunget til å gi fra seg store deler av sine landeiendommer. I 1080 bedret situasjonen seg for ham, da han vant et slag ved Flarchheim 27. januar. Den 7. mars ble keiser Henrik igjen ekskommunisert, og paven anerkjente Rudolf som tysk konge.