Initiativtaker til organisasjonen var presten Johan Storjohann. Den første kirken i Leith ved Edinburgh i Skottland ble opprettet i 1865. Sigvald Skavlan var en av de første sjømannsprestene. Sjømannskirkene er tilknyttet Den norske kirke. Hovedkontoret ligger i Bergen. Organisasjonen har norske lutherske kirker over store deler av verden.