Når fisken har fått en viss størrelse settes den ut i merder i havet. Moderne oppdrettsanlegg kan ofte ha en million individer fordelt på flere merder, og lokaliseringen av anleggene er derfor svært viktig. For å hindre stor lokal forurensning med konsentrasjon av avfallsstoffer, må oppdrettsanlegg ligge på steder med god gjennomstrømming og dybde. Det er dessuten gunstig hvis man får jevnt høye vanntemperaturer, men ikke alt for varmt når temperaturen er høyest på sommeren. For å kunne drive med fiskeoppdrett må man ha en eller flere godkjente lokalitet, og man må ha en konsesjon som bestemmer hvor mange tonn fisk man har lov til å ha i havet. For å hindre spredning av smitte og parasitter er det fastsatt regler for avstand mellom anlegg og brakklegging (dvs. at man i et område lar det gå en tidperiode uten at det er satt ut fisk, for eksempel i to måneder, før oppdrettsfisk settes ut igjen) mellom ulike utsett av fisk.