Landet rundt Aralsjøen er i dag sterkt forurenset og menneskene som bor i området lider av mangel på ferskt vann og andre helseproblemer. Fra 1970-tallet av steg antallet luftveissykdommer svært brått, og var per 1999 den viktigste dødsårsaken blant barn i området. Sykdommer som tyfus, paratyfus, hepatitt og tuberkulose spredte seg raskt, og forekomsten av anemi, sykdommer i lever og nyrer, samt allergier og kreft, steg til nivåer som lå høyt over resten av det tidligere Sovjetunionen og dagens Russland. Forekomsten av kreft i spiserøret er den høyeste i verden, og står for 80 % av krefttilfellene i regionen.