Den 19. oktober 1911, mens han fløy en oppvisning i Macon, Georgia, var flyet hans for sent å trekke seg ut av et stup og havarerte. Ely hoppet ut av det havarerte flyet, men brakk nakken, og han døde et par minutter senere. Tilskuere plukket vraket rent på jakt etter suvenirer, inkludert Elys hansker, slips og lue. På det som ville ha vært hans tjuefemte fødselsdag, ble kroppen hans ført tilbake til hans fødeby for begravelse.