I 1971 ble han valgt til president etter å ha vunnet en folkeavstemning med 98,6 prosent av stemmene. Han ble aller mest kjent for å ha undertegnet Addis Abeba-avtalen der autonomi ble gitt til den ikke-muslimske sørlige regionen i Sudan, noe som førte til en 11 år lang periode med fred og stabilitet til en region som ikke hadde vært vitne til annet enn borgerkrig og kraftig nød sammenhengende helt siden 1955, før Sudans uavhengighet. Nimeiry hadde en mer vestlig-vennlig politikk enn det forgjengerne hans hadde.