Perutz var ingen særskilt god elev. Fra 1888 til 1893 gikk han på den kjente Piaristerskolen i Praha, hvor også de jevngamle Kafka-vennene Felix Weltsch og Max Brod gikk. Deretter var Perutz elev ved det tyske statsgymnasiet i Praha, som han ble forvist fra i 1899 på grunn av dårlig oppførsel. Fra 1899 til 1901 gikk han på gymnasiet i Český Krumlov, men også her var hans innsats så dårlig at han ikke fikk lov til å ta eksamen artium. I 1901 flyttet familien til Wien, hvor Perutz gikk på Erzherzog-Rainer-Gymnasium, men forlot skolen i 1902 uten avsluttende eksamen. Deretter jobbet han sannsynligvis en tid i firmaet til sin far.