Magrin-Vernerey forsøkte i sekstenårsalderen å verve seg til Fremmedlegionen, men ble avvist fordi han var for ung. Han begynte i 1912 ved École spéciale militaire de Saint-Cyr, der han var ferdig utdannet i 1914 med grad av fenrik. Under første verdenskrig ble tjenestegjorde han i det 60. infanteriregiment, ble skadet sju ganger, og steg i gradene til han ved krigens slutt var kaptein.