Da han forsvant fra sitt fremskutte embete oppstod det rykter om at han var blitt henrettet. Men han hadde sluttet seg til Wehrmacht. Lipperts primære rolle under krigen var fra 1941 å organisere «Propagandaabteilung Südost»s radiopropaganda i Beograd. Her var Soldatensender Belgrad, som kunne nå lyttere så langt nord som Narvik og så langt sør som Kairo.