Aumeier ble arrestert den 11. juni 1945 av den britiske hær og forhørt. Under forhørene benektet han å ha hatt kjennskap til noen gasskamre i Auschwitz, men reviderte senere dette utsagnet. En ung mann mistenkt for landssvik avslørte Aumeier ved at han formidlet fra andre tyske offiserer om hvordan Aumeier hadde medvirket til drap på tusenvis i Auschwitz. Aumeier innrømmet at det hadde foregått massedrap i Auschwitz, men skyldte på sine overordnete Himmler og Rudolf Höß. Etter fengsling på Akershus festning ble han i januar 1946 ført til London for videre avhør. Aumeier ble eskortert til London av Trond Johansen og Ola Evensen. I London innrømmet han til slutt at 18.000 fanger ble drept i hans nærvær.