I mai 1941, under Nazi-Tysklands angrep kalt «Operasjon Merkur», trakk allierte tropper seg tilbake fra Souda-området til Sfakiá sør på øya. Tyskerne okkuperte området fram til 1945. Soúdabuktens allierte krigskirkegård, den viktigste allierte krigskirkegården på øya, utformet av arkitekten Louis de Soissons, ligger i byen Souda.