I begynnelsen av oktober 2018 forsvant Khashoggi i Tyrkia, og tyrkiske myndigheter mistenkte at han ble bortført eller drept i forbindelse med et besøk i det saudiarabiske konsulatet i Istanbul. Etter først å ha nektet for å ha noe med hans forsvinning å gjøre, innrømmet saudiarabiske myndigheter den 19. oktober 2018 at Khashoggi døde inne i konsulatet i Istanbul. USAs etterretningsdirektør, Avril Haines, frigav den 25. februar 2021 en rapport som pekte mot kronprins Mohammed bin Salman som ansvarlig for mordet. Dette var i tråd med tidligere rapporter fra CIA.