En folketelling i desember 1940 viste at landet på denne tiden hadde jødiske borgere. Fra mars til oktober 1942 ble av landets jøder deportert til tilintetgjørelsesleirer (særlig Majdanek, Auschwitz og Sobibór) i Generalguvernementet i det okkuperte Polen. Omkring 300 av disse overlevde. Blant de overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Omkring 6000 flyktet over grensen til Ungarn. Deportasjonene ble utført av den tyskvennlige regjeringen under Jozef Tiso og Vojtech Tuka. Det er unikt for Slovakia at regimet på egen hånd stanset deportasjonen og ikke etterkom press fra Tyskland om videre deportasjoner. Da tyske styrker tok kontroll over landet høsten 1944 ble ytterligere deportert, om lag halvparten av disse overlevde. Det totale tallet på drepte kan være så høyt som . Nesten alle slovakiske dødsofre under krigen var jøder. I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75–80 % av alle dødsofre under andre verdenskrig. Jøder fra Slovakia var blant de første som ble myrdet i Auschwitz og Majdanek.