Kommunen ble skilt ut fra Vågan kommune i 1856, under navnet Gimsøy kommune. Ved opprettelsen hadde Gimsøy kommune 987 innbyggere. 1. januar 1964 ble Gimsøy, Vågan og bykommunen Svolvær slått sammen igjen til nye Vågan kommune. Ved sammenslåingen hadde Gimsøy kommune 1 551 innbyggere.