Falckenhagen skrev mange verk for lutt solo, som sonater, partitas, koralverkog fuger. I tillegg skrev han kammermusikk som er delvis bevart, som trioer for lutt, cembalo og bass, concerti for fiolin eller obo, lutt og bass, konserter for strykekvartett og lutt. Joachim Domning ved musikkforlaget Trekel har gitt ut Falckenhagens samlede verk som faksimileutgave i tre bind.