I 1999 etablerte Sjøberg forskningsgruppen Industriell Systemutvikling ved institutt for informatikk, UiO. Fra 2001 til 2008 var han forskningsdirektør ved Simula Research Laboratory og etablerte og ledet Avdeling for Software Engineering som ble rangert som best i verden for perioden 2004-2008 av tidsskriftet Journal of Systems and Software. Siden 2010 har Sjøberg vært assisterende redaktør av IEEE Transactions on Software Engineering.