Under det sovjetiske «tøværet» med glasnost og perestrojka vokste det fram en åpenlys politisk bevegelse for nasjonal selvstendighet. Sovjetunionens sammenbrudd gjorde løsrivelsen mulig. I 1987 var det demonstrasjoner mot utvidelse av fosforittutvinning i landet (i Rakvere-området). Motstanden var motivert delvis av miljøhensyn, delvis av motstand mot den russiske dominansen som fulgte med virksomheten. Det var blant annet planer om å flytte arbeidere fra Kola til gruvene i Estland. Denne form for motstand var ukjent i Sovjetunionen. Fra estisk side ble det også argumentert med miljøproblemer knyttet til utvinning av oljeskifer og brenning av denne i varmekraftverkene i Narva, brenningen gir utslipp av svoveldioksid og store mengder aske som lagres i nærheten. Ett av kraftverkene i Narva dekket alene Estlands strømbehov.