De dømte ble halshugget på Stortorget i Gamla stan i løpet av de påfølgende tre dagene. Adel og riddere ble henrettet med sverd, borgere med øks, og vanlige folk og fattige ved henging. At det nettopp var så mange adelige som ble henrettet, har stilt andre massakrer, som for eksempel det senere Blodbadet i Rønneby, hvor det stort sett var vanlige folk som ble henrettet, litt i skyggen av hendelsene i Stockholm. Massakrer var ikke ukjente virkemidler for de stridende partene.