I Olshammarsgården lå det et stort bibliotek med latinske klassikere som Xenofon, Tacitus, Plutark og andre. Blant svenske forfattere leste han Tegnér, Runeberg og Wallin. I Stockholm bodde familien først på Johannis Östra Kyrkogata og fra 1876 i Karlavägen 7 i Stockholm, like ved Humlegården. Heidenstam gikk på Beskowska skolan. I begynnelse fikk han gode karakterer, men på grunn av dårlig helse gikk det etter hvert mye dårligere på skolen. Verner von Heidenstam var ordblind og hadde hele livet problemer med å stave.