De hydrologiske forholdene i vassdragene påvirker også forholdene i sjøområdene utenfor. Norske fjorder er om våren og forsommeren påvirket av ferskvannstilførsel fra vassdrag, spesielt inne i fjordene er dette merkbart. Saltholdighet, strømforhold, tykkelse på brakkvannsslaget og temperatur er de faktorer som er mest påvirket. Dersom en betydelig del av ferskvannstilsiget magasineres, vil det påvirke disse faktorene. Smolten som kommer ut i sjøen på denne tiden av året, vil derfor møte andre forhold enn det som var opprinnelig. Dersom det er høgere saltholdighet, vil dette kunne skape osmotiske problemer for laksesmolten. Videre er det vist at smolten følger strømmene under utvandringen i fjordsystem. Dersom strømmene blir redusert som følge av redusert ferskvannstilførsel, betyr dette redusert utvandringshastighet for smolten. Dette vil igjen bety økt predasjon og muligheter for økt påslag av lakselus. Problemer knyttet til effektene av reguleringer utenfor vassdragene, har hittil vært lite påaktet.