Med Saladins erobring av Jerusalem i 1187 mistet patriarken nesten all innflytelse og flyttet sitt sete til festningen Akko. Da også denne ble erobret av mamelukkene i 1291, måtte patriarken forlate Det hellige land og flyktet til Kypros. 1374 anerkjente pave Gregor XI tingenes tilstand og degraderte patriarkatet til et titulært patriarkat. Kirken St. Laurentius utenfor murene i Roma ble Jerusalems patriarkalbasilika.