De reiste til Nederland, hvor hun levde som Vilhelms gemalinne. Hun var trofast mot sin mann, men ekteskapet var ofte ulykkelig. Tre graviditeter endte i spontanaborter eller dødfødsler, og barnløsheten førte til at hun var ulykkelig i store deler av sitt liv. Hennes livlige natur gjorde henne populær blant nederlenderne. Hennes mann, derimot, var kald og avvisende. Han hadde lenge et utenomekteskapelig forhold til Elizabeth Villiers, en av Marias hoffdamer. Etterhvert ble han mer avslappet i Marias selskap, og ekteskapet fungerte noe bedre.