Rudolf Bahro var den eldste av tre barn av kveglandbruksrådgiveren Max Bahro og hans hustru Irmgard, født Conrad. Familien bodde til 1945 i Niederschlesien, først i Bad Flinsberg, så i nabolandsbyen Gerlachsheim (Landkreis Lauban), der Rudolf gikk på landsbyskolen. Mot slutten av annen verdenskrig ble faren innkalt til militærtjeneste, og havnet i polsk krigsfangenskap. Da østfronten rykket nærmere, ble familien evakuert. Under flukten kom Rudolf bort fra moren og sine søsken, og de døde kort etter av tyfus.