Handlingen foregår i en periode etter hendelsene i . Spilleren tar rollen som eventyreren Link, som skal gjenopprette fred i kongeriket Hyrule etter at den onde trollmannen Yuga tar prinsesse Zelda til fange og rømmer til den parallelle verdenen Lorule. Yuga ønsker å kidnappe sju utvalgte individer og bruke kreftene deres til å gjenopplive demonkongen Ganon. I løpet av eventyret mottar Link et magisk armbånd som lar han projisere seg selv inn i vegger som et todimensjonalt bilde. Dette gir Link tilgang til tidligere utilgjengelige områder og lar han reise mellom de to verdenene Hyrule og Lorule.