Ingun Montgomery ble fra Universitetet i Uppsala i 1962 og tok doktorgraden ved Universitetet i Bergen i 1971 med en avhandling om «religion og politikk i meningsskiftet mellom kongemakt og presteskap i Sverige 1593–1608». Fra 1972 var hun amanuensis ved samme universitet, og fra 1977 professor ved Universitetet i Uppsala, som den første kvinnelige professoren i teologi ved et nordisk universitet. Fra 1979 var hun professor i kirkehistorie ved Universitetet i Oslo.