Hughes ble utnevnt til Hibernian-manager den 8. juni 2009. Han ledet laget til spill i Europaliga-kvalifikasjonen gjennom sin første sesong som manager, siden Hibernian avsluttet på fjerdeplass i SPL. Dårlige resultater i begynnelsen av neste sesong førte imidlertid til at supporterne startet med å bue på sitt eget lag. Hughes forlot klubben etter gjensidig forståelse med klubbstyret mandag 4. oktober 2010 etter et 2–0-tap for St. Johnstone.