Robert Hanssen ble født i en luthersk familie som bodde i Norwood Park-området. Han var av norsk avstamning. Faren hans, Howard (død 1993), en politimann i Chicago, ble angivelig følelsesmessig brutalt kald mot Robert i barndommen. Hanssen ble uteksaminert fra i 1962 og gikk på i Galesburg i Illinois, hvor han tok en bachelorgrad i kjemi i 1966.