Flora Hamliton var datter av baptistpastor Benjamin Brown Hamilton. Hennes bror John Brown Hamilton var Surgeon General of the United States. Hun vokste opp i White Hall, Illinois, og 16 år gammel flyttet hun til Brooklyn, New York hvor hun fikk sangundervisning av Madame Hartell. Hun gikk deretter på Maplewood Institute i Pittsfield, Massachusetts, hvor hun studerte piano og komposisjon hos Benjamin C. Blodgett og sang hos J. I. Lalor.