Johnson var senere økonomisjef i Bydel Romsås 1992-94, administrasjonssjef i Bydel Romsås 1994-97, konsernbudsjettsjef i Byrådsavdeling for finans 1997-2003 og kommunaldirektør i byrådsavdeling for finans- og utvikling i Oslo kommune 2003-08. Hun gikk av som kommunaldirektør i 2008 etter store overskridelser i forbindelse med en IKT-reform i 2006.