Kirken ble restaurert på begynnelsen av 1960-tallet under ledelse av arkitekt Kirsten Wleügel Knutssøn. Restaureringsarbeidet ble ferdigstilt i 1964. I 2019 var Moskenes kirke preget av forfall og hadde et stort behov for reparasjon og vedlikehold. Moskenes kirkelige fellesråd fikk tildelt "Klimaskall-midler" utlyst av Riksantikvaren ifbm. Statsbudsjettet for 2020. Med disse midlene, egenkapital, tilskudd fra Moskenes kirkes venner og lån fra Moskenes kommune, kunne kirken renoveres. Ved 200-års jubileet i november 2021 fremstod kirken skinnende nymalt og flott, etter at råteskader var utbedret, tårn og tak renovert, takrenner og beslag lagt nytt.