I juni 1940 overtok Lykke, i stortingspresident C.J. Hambros fravær, ledelsen av Stortingets presidentskap. I denne posisjonen deltok han i Riksrådsforhandlingene med de tyske okkupantene inntil rikskommissær Josef Terboven avbrøt forhandlingene og innsatte sine kommissariske statsråder den 25. september. Etter krigen felte Undersøkelseskommisjonen av 1945 en sviende dom over presidentskapets arbeid. Lykke og de andre medlemmene av presidentskapet var bitre over dette, men i ettertid har man sett med større forståelse på at presidentskapet bestod av rettskafne og nasjonalbevisste politikere som befant seg i en situasjon de ikke var blitt forberedt på å takle.