Det finnes en privat skole i Bodø, St. Eystein katolske skole, som er den eneste katolske skolen i Salten, og den fjerde katolske skolen i Norge. Det er en barne- og ungdomsskole lokalisert i Vestbyen, rett ved St. Eysteins katolske kirke. Den øvrige utdannelsen i byen er drevet av kommune, fylke eller stat. I bydelen Bodøsjøen ligger Alberthaugen ungdomsskole for vanskeligstilt ungdom.