Fyrstbiskopene av Passau stod i stadige maktkamper med tre mektige naboer, Bayern i vest, Østerrike i øst og metropolitanerkebiskopen av Salzburg i sør. Mesteparten av Passau bispedømmet hørte til Østerrike. Derfor prøvde de østerrikske erkehertugene å få opprettet egne bispedømmer på sitt territorium. Hvis man ser bort ifra det lille bispedømmet Wien (skilt ut i 1469), lyktes ikke østerrikerne med dette før i 1785. Dette året ble Linz og St. Pölten bispedømme opprettet, slik at Passau bare sto igjen med den bayerske delen av bispedømmet. På den andre siden hadde fyrstbiskopen i 1728 vunnet tautrekningen om den kirkelige uavhengigheten fra Salzburg ved å bli eksemptert, dvs. ved å bli løst fra metropolitanbispedømmet og bli lagt direkte under paven.