Hegius er mest anerkjent for sin pedagogiske innsats. Han forenklet og forbedret undervisningsmetodene, og fjernet uegnede gamle bøker som hadde vært i bruk i århundrer. Skolen i Deventer økte i ry under hans ledelse, og inspirerte store mengder til innsats som lærere og oppdragere. Skoleplasser for fattige elever ble finansiert av inntektene fra de rikere. Hegius' personlighet gjorde sterkt inntrykk ved dype fromhet, høye moral, ydmykhet og enkelhet. Kort før sin død fordelte han all sin eiendom blant Deventers fattige.