Som følge av de nye stillingene konsentrerte CPE Bach seg mer om kirkemusikk og vokalverk. Det påfølgende året skapte han oratoriet («Israelittene i ørkenen») og mellom 1769 og 1788 over tjue pasjoner, oratoriet såvel som rundt sytti kantater, litanier, motetter og andre liturgiske stykker. For klaveret skrev han de seks sonatebindene .