Karabatic begynte sin profesjonelle karriere i den franske toppklubben Montpellier HB. Der ble han fransk mester i 2002, 2003, 2004 og 2005. Han har også vunnet Champions League med klubben i 2003. Han spilte for den tyske klubben THW Kiel, og ble tysk mester i 2006, 2007, 2008 og 2009, og vant EHF Champions League i 2007. Sommeren 2009 forlot han Tyskland og kom tilbake til Montpellier HB. Etter sin hjemkomst vant Karabatic den franske ligaen tre ganger (2010, 2011 og 2012). Han hadde et kort opphold i Pays d'Aix Université Club handball (Aix-en-Provence) mellom februar og juni 2013. Fra 2013 til 2015 spilte han for FC Barcelona.