Fra 1988 til 1989 var McGuckian som lærer ved Clongowes Wood College, og fra 1990 til 1991 fullførte han sine tertiærstudier i Tamil Nadu i India. Han var deretter direktør for Jesuit Communications Center i Dublin. Alexander Aloysius McGuckian avla sine siste løfter den 15. februar 1997. I 1999 ble han redaktør for avisen og i 2009 superior for jesuittene i Belfast. Fra 2012 var McGuckian leder for Living Church Office i bispedømmet Down og Connor, og fra 2015 også konsultor for den jesuittenes irske ordensprovins.