Det sørlige Israel er dominert av Negevørkenen, som dekker rundt 12 000 km², mer en halvparten av landets totale areal. Nord i dette området ligger Judeaørkenen, der også Dødehavet ligger, ved grensen til Jordan. Dette er Jordens laveste punkt, 408 meter under havoverflaten. Innlandsområdene er dominert av Judeafjellene på Vestbredden, mens den sentrale og nordlige kystlinja består av fruktbare kystsletter. De nordlige innlandsområdene består av Karmel-fjellkjeden, ved siden av Jisreeldalen og Galilea-åsene. Genesaretsjøen ligger bortenfor dette, og grenser i øst til Golanhøydene, hvor det høyeste punktet under Israels kontroll ligger, Hermonfjellet 2236 meter over havet. Det høyeste punktet innen Israels internasjonale anerkjente territorium er fjellet Har Meron, 1208 meter over havet.