Pedersen var en sterk fortaler for georgismen og meldte seg inn i Radikale Venstre i 1920, men gikk i 1928 over til Retsforbundet. Pedersen arbeidet ufortrødent for frihandel og eiendomsskatt og imot planøkonomi. Han var valgt til Folketinget fra Ribe amtskrets 1932–1945 og fra Aalborg amtskrets 1950–1960. Han ledet Retsforbundets riksdagsgruppe 1943–1945 og partiorganisasjon 1946–1948. Pedersens forslag om å oppheve smør- og fettrasjoneringen i 1950 fikk støtte fra Venstre og Det Konservative Folkeparti og felte Hedtoft-regjeringen. Pedersen mente at den etterfølgende Eriksen-regjeringen av Venstre og de konservative var for forsiktig i liberaliseringen av økonomien. I 1957 var Socialdemokratiet og Radikale Venstre avhengige av Retsforbundet for å danne en flertallsregjering. Pedersen ble fiskeriminister i den såkalte trekantregjeringen. Han var begeistret for frihandelen som fulgte med dannelsen av EFTA i 1960, men fikk ikke tilslutning til tollfrihet på fiskeprodukter. I 1960 falt Retsforbundet ut av Folketinget.