Ludovico Antonio Muratori kom fra en bondefamilie. Han oppviste stor læreiver allerede i barndommen, noe han forteller om i en selvbiografi fra 1731. Etter sitt grammatikkstudium ved en jesuittskole absolverte han sin ved Universitetet i Modena og tok eksamener der i 1692 i fagene filologi og rettsvitenskap og i 1694 i filosofi.