I 1969 betalte Aberdeen-manager Eddie Turnbull £40.000 for å kjøpe Harper til Aberdeen FC, og i sin første sesong med The Dons hjalp Harper Aberdeen FC til å vinne den skotske FA-cupen for andre gang i klubbens historie. Harper åpnet sin scoringskonto for Aberdeen FC i en treningskamp der Celtic FC ble slått 3-1. Harper fikk snart et rykte som notorisk målscorer, og etter en rekordperiode der han scoret 33 mål på 34 ligakamper i 1971/1972-sesongen, ble han også gjenstand for mye oppmerksomhet fra engelske talentspeidere.