Den 14. mars 1685 fikk to menn befaling om i all stillhet foreta undersøkelser om flere forhold under henvisning til et brev fra byfogd Jens Jacobsen. Den 9. mai 1685 fikk Nilsen befaling fra kanselliet om å sende sin erklæring om noen brev «mot ham». Opphavet til striden fremgår av et kongebrev av 22. august 1685 og hang sammen med at Werner Nielsen hadde fradømt byfogden hans stilling. Den 28. juli 1686 fikk Werner Nielsen befaling om å løslate tidligere byfogd i Fredrikstad Jens Jacobsen, slik at Jacobsen kan føre sin sak mot Werner Nielsen i Høyesterett.