Universitetets historie går tilbake til 1632, da kommunale myndigheter etablerte med Casparus Barlaeus og Gerardus Joannis Vossius som berømte lærere. I 1877 ble Athenaeumet omdannet til universitet og gitt navnet etter byen (da Gemeentelijke Universiteit Amsterdam). En rekke universitetsbygg samt campusen på Roeterseiland ligger i Amsterdam sentrum, med en rekke fakulteter ligger i omkringliggende bydeler. Universitetet er organisert i syv fakulteter: rettsvitenskap, humaniora, medisin, odontologi, realfag, økonomi og næringsliv, adferdsvitenskap og Amsterdam University College (i partnerskap med Vrije Universiteit Amsterdam).