Av kgl. reskript 1688 fikk fogderiene i Finnmark den særegenhet at de også inkluderte sorenskriverembetet, som i landets øvrige deler var egne embeter. Mot slutten av 1600-tallet ble de to fogderiene slått sammen til Vardøhus fogderi (senere ), slik at hele amtet var kun ett fogderi og ett sorenskriveri. Fogdene holdt vekselvis til i Vardø og Vadsø frem til 1768, deretter i Alta. Ved kgl. resolusjon ble Finmarkens fogderi i 1816 atter delt i to: Vestfinmarkens og Østfinmarkens fogderier, og fogden var i begge også sorenskriver. Videre ble fogderiene i 1853 splittet opp ytterligere, til Alten og Hammerfest fogderier i Vest-Finnmark, Tanen og Varanger fogderier i Øst-Finnmark. Karasjok som tidligere lå under Vestfinmarkens fogderi ble samtidig overført til Tanen. I 1868 ble til sist Vardø fogderi skilt ut fra Varanger, slik at det mot slutten av 1800-tallet var tilsammen fem fogderier i amtet.