Bojans store gjennombrudd kom i 2007 da han var med å vinne Europamesterskapet i fotball U17 med Spania og scoret vinnermålet mot England. 5. juni 2007, 16 år gammel, spilte han sin første kamp for Spanias U21 lag. Han spilte en del kamper for dette laget før den spanske A-landslagsdebuten fant sted da Spania slo Armenia med 4-0 10. september 2008. Bojan kom inn etter 65 minutter som innbytter for Santi Cazorla.