Krangelen gikk så langt at kongen beordret Benstrup arrestert og sendt til Kastellet. Men Benstrup mistet ikke sin motstandsvilje, og etter hvert skulle den såkalte «Konstruktionsfeiden» bli en fagmessig slagmark mellom fagpersoner innenfor skipsbygging. Til slutt var det blitt så komplisert at Danneskiold-Samsøe måtte be kongen om å løslate Benstrup den 26. mai 1739. Men det hendte ikke før Danneskiold-Samsøe hadde sikret seg kontroll over skipsbyggeriet på Nyholmen i januar 1739. Benstrup følte seg forulempet av hele saken, slik at han nektet å vende tilbake til arbeidet som skipskonstruktør for det kongelige verftet.