Hvilke arbeidsoppgaver som inngår i en professor II-stilling kan variere. Sentralt i stillingen er det overordnede målet om å fremme institusjonelt samarbeid med professorens hovedarbeidsgiver, f.eks. gjennom utvikling av felles forskningsprosjekter eller gjennom samarbeid om veiledning og undervisning. Noen stillinger omfatter bare forskning (normalt sett i sammenheng med forskningsoppgaver i hovedstillingen), forskningssamarbeid og annet forskningsrelatert og institusjonelt samarbeid. Andre professor II-stillinger omfatter en blanding av dette og noe undervisning og/eller veiledning (særlig av doktorgradsstipendiater). Faglig miljø-/nettverksbygging, som gjerne er en viktig begrunnelse for stillingen, utgjør også gjerne en viktig del av arbeidsoppgavene. I institusjonelt samarbeid mellom institusjoner er en professor II en nøkkelperson. Særlig ved eksternfinansierte professor II-stillinger er det vanlig at forskning og forskningsrelaterte samt miljøbyggende oppgaver er en viktig del av stillingen, mens internfinansierte professor II-stillinger kan ha mer fokus på undervisning. Ved ekstern finansiering er det i stor grad opp til finansierende institusjon hvilke oppgaver som skal inngå. UiO har uttalt at professor II-stillinger særlig kan opprettes «for å styrke et forskningsmessig samarbeid med annen institusjon (f.eks. Oslo universitetssykehus (OUS) eller forskningsinstitutter). Slike stillinger bør være finansiert av hovedarbeidsgiver». Flere universiteter, bl.a. UiO, har vedtatt å jobbe målrettet for å øke andelen kvinner i professor II-stillinger ved kallelser av kvinner.