På samme tid som den athenske statsmannen Kimon malte Polygnotos et bilde av erobringen av Troja på murene av Stoa Poikile (), og et annet med emne fra ekteskapene til den greske filosofen Leukippos’ døtre i Anakeion, et tempel på Akropolis dedikert til Dioskurene. Det er nevnt av Plutark at historikerne og poeten og maleren Melanthios ga Polygnotos attesten at han malte ikke bare for penger, men også for sin gode følelser for athenerne. I hallen til Akropolis’ inngang ble andre verker av ham utstilt. Det mest betydningsfulle var imidlertid hans freskoer i en bygning reist i Delfi av folket på Knidos. Emnene for disse var besøket til Odyssevs i Hades og erobringen av Troja.