I 1899 solgte han 31 467 bøker for kroner 25 000 til Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab i Trondheim, sammen med en stor mengde kart, brev og 610 manuskript. Salgskontrakten fastslo at samlingen ikke skulle kunne splittes. Det meste ble innlemmet i Gunnerusbiblioteket og ble blant annet et vesentlig bidrag til dets samling av autografer. I dag er samlingen stort sett intakt og går under navnet Thorvald Boecks boksamling med egen håndskriftsamling. Boksamlingen ble katalogisert av Aagaat Daae i Den inneholder blant annet førsteutgave av Saxo Grammaticus fra 1514, Ludvig Holberg-samlingen på tre hundre bind og 4 brev), mye av Henrik Ibsen, Bjørnstjerne Bjørnson (håndskrevne utkast til Ja vi elsker), Henrik Wergeland-samlingen, komplett med hundre bind, samt en del manuskript (utkast til Til min gyldenlak) Boeck var sønn av naturviter og zoolog Christian Boeck (1798–1877), født på Calmeyerløkken og oppvokst i Kristiania i likhet med sine brødre, herunder fiskeforsker Jonas Axel Boeck (1833–1873). Boeck giftet seg i 1866 med Julie Pauline Louise Maschmann (1841–1923), datter av presten Bernt Sverdrup Maschmann. Deres datter Elisabeth (1868–1958) giftet seg i 1889 med arkitekt Herman Backer. Datteren Antoinette Augusta (1871–1939) giftet seg med grosserer Jacob Schram.