Claus Berg var sønn av biskop Frants Berg i Oslo, og ble etter eget utsagn født i København. Faren satte ham i 1555 i sin fødeby Odense, hvorfra han i 1565 ble student. Mens han gikk i skole i Odense, søkte faren i 1559 om et kannikedømme i Oslo domkirke for ham, hvilket han vel ikke fikk, men derimot løfte om underhold, når han hadde studert og kunne tjene kirken. I 1570 dro han til Rostock og derfra til Wittenberg, Leipzig, Strasbourg og mange andre steder og kom i 1574 tilbake til København og derpå til Norge, hvor han visstnok kort etter fikk et kannikedømme i Hammer og ble sogneprest i Skjee i Vestfold.