Handball Working Committee ble først dannet i Zagreb i 1948 og året etter ble selve HRS dannet i den uavhengige staten Kroatia. Etter andre verdenskrig ble det omdøpt til håndballforbundet i Kroatia og avstod noen makter til det jugoslaviske håndballforbundet. Etter Kroatias uavhengighet fra Jugoslavia representerte det kroatiske håndballforbundet landet igjen. Håndballforbundet ble med i Det europeiske håndballforbundet (EHF) og Det internasjonale håndballforbundet (IHF) i 1992.