Mikael ble født rundt 1170 som uekte sønn av Johannes Dukas. Hans besteforeldre på farssiden var Konstantin Angelos og Teodora, datter til keiser Alexios I Komnenos. Mikaels onkel Andronikos var far til de framtidige keiserne Isak II Angelos og Alexios III Angelos. Det er ikke kjent at Mikael selv brukte familienavnet Angelos. Hans fødselsår er ikke kjent, men historikere plasserer hans fødsel omkring 1170. Han nevnes i kildene første gang da hans familie var vertskap for Fredrik I Barbarossa under Det tredje korstog i 1190. Under keiser Isak II rundt 1194-1195 var han guvernør i Mylasa og Melanoudion i Lilleasia. Av ukjent årsak deltok han i en oppstand mot keiser Alexios III sommeren 1201, og han måtte rømme og søke tilflukt hos seldsjukkenes sultan Suleiman II i Rum-sultanatet.