En kan grovt skille mellom tre nivåer av naturalisme: Ontologisk naturalisme utgår fra at det bare eksisterer naturlige fenomener, dvs. at alt i universet kan reduseres til de fenomener og objekter som naturvitenskapene beskjeftiger seg med. Epistemologisk naturalisme hevder at verden kan forklares ved hjelp av naturvitenskapelige metoder. Metodologisk naturalisme anser naturvitenskapelige metoder som den autoritative standarden for studiet av naturen.