Den 14. juli 2016 gikk Juan Jesus til på lån for €2 millioner i låneavgift og en betinget kjøpsforpliktelse på ytterligere €8 millioner dersom visse betingelser ble oppfylt før slutten av låneavtalen. Den 18. august 2021 signerte Juan Jesus for på en ettårsavtale med en opsjon om å forlenge kontrakten for 2022–23-sesongen.