Nebe ble forfremmet til Gruppenführer og gitt kommanoen av Einsatzgruppe B mellom juni og november 1941. Einsatzgruppe B forlot Warszawa straks etter invasjonen 22. juni 1941 og fulgte bak Armégruppe sentrum med Moskva som mål. Franz Six og hans kommando ankom Minsk 5. juli mens det fortsatt var kamp og Minsk sikret de seg dokumenter og annet etterlatt av NKVD som trakk østover i panikk. Få timer etter innmarsjen i Minsk satte Nebe igang med de første henrettelsene. Alle menn mellom 15 og 45 år ble ble holdt fanget sammen med krigsfangene (ialt 40.000 personer), fra disse ble 2000 kollaboratører plukket ut. Etter fem dager ble omkring 2000 jøder skilt og henrettet i et skogholt, de øvrige sivile ble sluppet fri, og de gjenværende sovjetiske krigsfangene ble henrettet med maskingevær.