I 1994 ble han kalt til den romerske kurie der han virket i Kongregasjonen for troslæren. I september 2009 utnevnte kardinal William Joseph Levada ham til assisterende sekretær for Den internasjonale teologiske kommisjon. En vesentlig del av hans virke i Troskongregasjonen var behandling av anklager om presters seksuelle misbruk av mindreårige, og biskopers forfeilede behandling av slike tilfeller.