I 1846 ble det innført skuddpremie på kongeørn i Norge, og bestanden gikk kraftig tilbake. Først 6. september 1968 ble arten fredet (etter Jaktloven av 1951), samtidig med havørn. Da var bestanden nede i mellom 344 og 524 hekkende par. To år senere ble også miljøgiften DDT forbudt å bruke her, og siden har bestanden tatt seg opp igjen. I 2007 ble arten fjernet fra Norsk rødliste, som fra da av igjen regner den som . I perioden 2010–2014 ble det kartlagt kongeørnterritorier over hele Norge, hvorav 963 som var okkupert av et hekkende par én eller flere ganger de siste fem årene. Shimmings & Øien (2015) anslo den norske bestanden av kongeørn til mellom og hekkende par.