Mange av partisanene hadde tjenestegjort i Estland, Latvia og Litauens væpnede styrker før okkupasjonen. Partisanene drev sabotasje og geriljakrigføring mot sovjetarméen og etterretningstjenestene fra sine skjulesteder i skogene. De likviderte også tusenvis av sovjetstatens baltiske kollaboratører.