Sykdommen behandles ofte med metronidazol (400 mg hver 8. time). Peroral vancomycin (125 mg hver 6. time) er et alternativ, men på grunn av høye omkostninger foretrekkes metronidazol ved første gangs behandling, og vancomycin ved tilbakefall etter gjennomført behandling (ikke uvanlig). Enkelte ganger kan metronidazol i seg selv gi pseudomembranøs kolitt, i gitt tilfelle er stadig vekk metronidazole en effektiv behandling, i det årsaken til sykdommen ikke er selve preparatet, men heller endringen av bakteriefloraen i tykktarmen som stammet fra forrige runde med antibiotika-behandling.