I 2003 var Clijsters i minst semifinale i 20 av 21 turneringer og hun spilte hele femten finaler hvorav hun vant ni. Hun var i to Grand Slam-finaler, French Open og US Open, men tapte begge mot Justine Henin-Hardenne. I 2005 vant hun sin første Grand Slam-tittel da hun i finalen 10. september vant over Mary Pierce med 6-3, 6-1.