Judea er en fjellrik region, deler av den er betraktet som en ørken. Regionen varierer i stor grad i høyde, den stiger til en høyde av 1 020 meter i sør ved Hebron-fjellet, 30 km sørvest for Jerusalem, og synker så mye som til 400 meter under havnivået i den østlige regionen. Det er også stor forskjell i nedbør, fra 400–500 mm i de vestlige høydene, stiger til 600 mm rundt vestlige Jerusalem (i sentrale Judea), faller tilbake til 400 mm i østlige Jerusalem og faller til rundt 100 mm i de østlige delene grunnet effekten med regnskygge (dette er Judeaørkenen). Klimaet beveger seg tilsvarende mellom middelhavsklima i vest og ørkenklima i øst, med en stripe steppeklima i midten. Større urbane områder i regionen er Jerusalem, Betlehem, Gush Etzion, Jeriko og Hebron.