Verkets historiske røtter kan trekkes tilbake til 1500-tallet og kongemaktens økende antall eiendommer under denne tiden, blant annet som en følge av reformasjonen og kong Gustav Vasas politikk for å styrke sentralmakten. SFV har for eksempel Vadstena kloster og restene av klosteret i Roma. Spor etter reduksjoner finnes, Biskops-Arnö er Sveriges siste statseide reduksjonsgods. Verket har også bygninger eldre enn 1500-tallet, som middelalderborgen Nyköpingshus og Roggeborgen.