Siden bunntråling innebærer sleping av tung redskap langs havbunnen, kan en vanskelig unngå å skade bunnen og livet som finnes der. Særlig er det bekymring omkring virkningen på kaldtvannskorallrevene, som er viktige habitater for et stort antall arter. Det har heldigvis de siste tiårene vært et solid fokus på dette og myndigheter, rederier og utstyrsutviklere sammen med havforskningsinstanser har bidratt til omlegging av fiskeområder og utvikling av redskaper som reduserer miljøskadene på havbunnen betraktelig.