Etter krigen mot Hizbollah sommeren 2006 ble Olmert kraftig kritisert for sin håndtering av krigen. Til tross for en kraftig massiv militær innsats mot Hizbollah i Libanon holdt rakettene frem med å regne ned over Nord- Israel, og den israelske Winograd-kommitteen konkluderte senere med at krigen ikke bragte noen klar militær seier. Flere krevde Olmerts avgang rett etter at krigen var over. Israelske kommentatorer hevder at det var håndteringen av krigen som la grunnlaget for statsministerens fall. Operasjon Endre kurs 11, og spesielt Slaget om Wadi Saluki, førte til massiv kritikk mot statsministeren. Anklagene hadde sin grobunn i at operasjonen ble ansett som et unødvendig og dårlig planlagt alternativ, og at mange israelske soldater døde som følge av en inkompetent og rotete ledelse. Endre kurs 11 ble kritisert som et panisk og kostbart siste forsøk på å vinne krigen før FNs våpenhvile trådte i kraft. Olmert avviste anklagene om at krigen var mislykket, og hevdet at Israel oppnådde sine politiske målsetninger med kampanjen mot Hizbollah. Han hevdet også at den avsluttende offensiven var et vellykket middel som bidrog til bedre våpenhvilebetingelser. USAs daværende president George W. Bush støttet offentlig Olmerts versjon, men rygget noe i memoarene han utgav i 2010.