De to største bedriftene (målt i omsetning), som har hovedkontor i Tromsø, er SpareBank 1 Nord-Norge og Norges Råfisklag. Forøvrig er selskapene i energikonsernet Troms Kraft betydningsfulle. Industri er av liten betydning for Tromsø, da kun ca. 4 % av arbeidstakerne er ansatt i industrivirksomhet. Romvirksomhet har fått betydelig industriell betydning, blant annet med to bedrifter tilknyttet Kongsberg Gruppen som tar ned satellittdata fra verdensrommet. Macks Ølbryggeri er sannsynligvis byens mest kjente merkevare. Fiskeindustrien har størst betydning og en rekke fiskeribedrifter i blant annet Kaldfjord, på Sommarøy, i Tromvik og i Kvaløyvågen eksporterer torsk, reker og sild for betydelige beløp.