Han leder avdeling for Russland og Eurasia ved Norsk utenrikspolitisk institutt (NUPI). Blakkisrud gjennomførte Forsvarets russiskkurs. Han forsvarte senere doktorgradsavhandlingen sin om utviklingen av russisk føderalisme i perioden 1991–2008. Senere har han blant annet arbeidet med prosjektet «Non-Recognized States in the Post-Sovjet Area» og vært gjesteforsker ved University of California, Berkeley.