Den 28. april 1992 inntok opprørerne Kabul og etablerte Den islamske staten Afghanistan. De forskjellige -gruppene begynte raskt å kjempe mot hverandre, noe som utløste en ny blodig borgerkrig. I september 1996 styrtet den sunniislamistiske, pashtunske bevegelsen Taliban det sittende regimet og opprettet Det islamske emiratet Afghanistan. Dette nye regimet ble sittende helt frem til USAs invasjon av Afghanistan som en NATO-aksjon den 7. oktober 2001, til tross for at forskjellige grupper som motsatte seg Taliban samlet seg i «Nordalliansen», som kjempet mot Talibanregimet.