Hårfargenes genetikk er ikke skikkelig etablert ennå. I henhold til en teori er det minst to genpar som kontrollerer hårfargen. En fenotype (brun/blond) har en dominerende brun allel og recessiv blond allel. En person med en brun allel vil ha brunt hår; en person som ikke brun allel vil bli blond. Det forklarer hvorfor to foreldre med brunt hår kan frambringe et barn med blond hår.