Gordon Johnsen tilbrakte sin barndom i New Haven, hvor hans foreldre Martha og Ludvig Johnsen var prestefolk i en dansk-norsk frikirke. Familien flyttet tilbake til Norge og han tok eksamen artium på Kristelig Gymnasium i Oslo i 1924 og ble cand.med. i 1932. Han hadde turnustjeneste i Balsfjord og Tromsø og opprettet så privat praksis i Ringsaker, hvor han traff dr. Einar Lundby. Han valgte å spesialisere seg i psykiatri og etter et par år som reservelege på Fengselssykehuset i Oslo og på Psykiatrisk Klinikk ble han i 1948 overlege ved Avdeling for Nervøse på Lovisenberg Diakonale Sykehus i 1948. Denne stillingen hadde han til han 1. januar 1958 ble overlege ved Modum Bads Nervesanatorium. Ved Modum Bad var Johnsen en av få i Norge som, etter spesialtillatelse fra helsedirektøren, brukte LSD i sin pasientbehandling.