Elva starter i Kubenskojesjøen i Vologda oblast, og renner derfra i en nordøstlig retning. Sukhona fryser over i månedsskiftet oktober – november og blir under isen til månedsskiftet april – mai. De største byene langs Sukhona er Sokol og Velikij Ustjug. Vologda oblasts administrative senter Vologda ligger ved sideelva Vologda. Sukhona løper sammen med elva Jug i Velikij Ustjug, og danner med det Nordre Dvina.