Shōko Asahara ble født i byen Yatsushiro i Kumamoto prefektur som fjerde sønn i en fattig familie som hadde ni barn. Han ble blind på sitt venstre øye i ung alder, og var svaksynt på sitt høyre øye. Da han var seks år gammel, begynte Asahara på en spesialskole for svaksynte, der han var kjent for å mobbe sine medelever. Han studerte blant annet akupunktur og massasje, og ble uteksaminert i 1977.