Hovedarsenalet har sin opprinnelse i 1643 da tøyhuset på Akershus ble opprettet. Dette er forløperen til HA. I 1752 ble det av Fredrik II utnevnt en arkelimester på Akershus for å ta vare på datidens forråd av krigsfornødenheter. I 1877 ble Det Norske Hovedarsenal opprettet. HA hadde tilhold på Akershus fram til 1940. Etter krigen flyttet HA til Nyland i Oslo. Som et ledd i utflytting av statlige institusjoner fra Oslo flyttet HA til Hovemoen 1 august 1972. HA ble nedlagt som selvstendig avdeling 31 juli 2004 og en betydelig reduksjon i antall ansatte ble gjennomført.