Som et bidrag til sine barns musikalske opplæring begynte Bach 22. januar 1720 på for sin eldste sønn, Wilhelm Friedemann. Samlingen inneholder blant annet tostemte og trestemte . , som ble påbegynt i 1722, inneholder en tidlig versjon av Franske suiter. og de seks Partitas og sonater for fiolin foreligger som autografe manuskripter, og derfor kan disse instrumentalverkene med sikkerhet dateres til tiden i Köthen. I tillegg er enkelte fødselsdags- og nyttårskantater bevart. Det regnes som sikkert at Bach må ha skrevet en betraktelig mengde konserter og andre instrumentalverk som nå er tapt. Enkelte er nok bevart i form av senere bearbeidelser, eksempelvis som cembalokonserter eller kantatesatser.