Hun var datter av hertug Philip Ernst av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksborg og Christine av Sachsen-Eisenberg, og var abbedisse for Vallø Stift fra 1748 til sin død. Vallø var et kongelig frøkenstift, opprettet av dronning Sophie Magdalene i 1737 med hovedformål om å hjelpe ugifte døtre av adelen. Louise Sophie Frederikke titulerte seg men på Vallø gikk hun under navnet . Hun døde på Vallø den 16. mai 1782, og ble etterfulgt i stillingen av sine niese Sophie Magdalene.