Harpers Ferry var en utpost for Nordstatene i opptakten til borgerkrigen. Virginia var et grenseområde som var splittet i tilhørigheten under borgerkrigen – den nordvestlige delen som Harpers Ferry såvidt tilhører støttet i hovedsak Nordstatene og ble av denne grunn skilt ut som en egen delstat etter borgerkrigen: Vest-Virginia. Som grensepost og som livsviktig produksjonssted for våpen og ammunisjon bygget Føderasjonen opp en solid garnison i byen.