Livsmottoet hans var «Nebát se a nekrást» ('Ikke frykt og ikke stjel'). Som filosof var Masaryk en rasjonalist og humanist. Han la vekt på praktisk etikk og ble påvirket av anglosaksisk tankegang, fransk filosofi og i særdeleshet den tyske filosofen Herder. Herder var den såkalte grunnleggeren av nasjonalismen. Masaryk var kritisk til både tysk idealistisk filosofi og marxisme. Han skrev flere bøker, blant annet (1915). Tross av at han ble født katolikk ble han en ikke-praktiserende protestant, påvirket delvis av erklæringen av pavelig ufeilbarlighet i 1870 og hans kone Charlotte.