Etter teologistudier ved St. Georgen i Frankfurt og prestevielse 15. mai 1940 i Hildesheimer Dom måtte Pachowiak først ut i krigen som sanitetssoldat for Wehrmacht. Etter hjemkomsten etter krigsfangenskap var han årene 1946–1952 sekretær for biskop Joseph Godehard Machens, deretter stedfortredende leder av Hildesheims presteseminar og fra 1960 leder for det biskoppelige sjelesorgsembede. Fra 1953 til 1958 var han biskoppelig ungdomssjelesørger i gjenoppbyggingsårene etter krigen, og med organisasjonstalent, innlevelsesevne og humor en veileder for mange unge, særlig ved møter på ungdomsskoleringssenteret Burg Wohldenberg.