Selv om han i håndfestningen lovet å verne den katolske kirken, innførte Frederik I reell religionsfrihet for lutheranere i Danmark. For eksempel utnevnte han i oktober 1526 Hans Tausen til sin kapellan med tjeneste i Viborg. Den tidligere johanittermunken Tausen hadde vakt oppsikt med sine sterkt lutherske prekener for borgerne, men da bispene klaget til kongen, lød svaret diplomatisk: «» Dette var helt overensstemmende med Martin Luthers tidlige lære om den enkeltes frihet til selv å søke sin vei til Gud.