I 1988 ble han oppnevnt som parlamentspresident, en post han hadde til 1996. Han stilte så til valg og ble innvalgt i parlamentet. I 1997 ble han valgt til generalsekretær i Nationalist Party. Året etter ble han sosialminister og fra 1994 til 1996 var han visestatsminister. Gonzi ble gjenvalgt til parlamentet i 2003 og ble igjen visestatsminister og sosialminister. Den 23. mars 2004 overtok Gonzi statsministerposten. Han kunne så som statsminister lede Gonzi Malta inn som medlem i EU. Han hadde fra 2004 til 2008 også ansvar for finansdepartementet. Gonzi ble gjenvalgt som statsminister i 2008. I 2013 tapte han valget og ble etterfulgt av Joseph Muscat.