Den 4. juli 1959 ble nasjonalparken opprettet. Kun 3,3 prosent av Galápagosøyenes landareal ble utelatt, noe som tilsvarer de bebodde områdene på øyene Santa Cruz, San Cristóbal, Floreana og Isabela. I 1971 ble det første parkoppsynet opprettet, og i 1979 ble området erklært som natur-verdensarv for menneskeheten av UNESCO, noe som førte til at parkoppsynet også fikk i oppgave å bevare parken og vokte øyene.