På sommeren 2001 ble McPherson ansatt som spillende assisterende manager for Greenock Morton, som da var under ledelse av Peter Cormack. Da Cormack forlot klubben i mars 2002 tok McPherson over rollen som spillende manager, men fikk kun sitte i jobben i 13 seriekamper da han noe overraskende ble sparket i november samme år og erstattet av John McCormack.