Utryddelsen av knølhvalene var en del av historien i filmen . I filmen ankommer en utenomjordisk sonde jorda i det 23. århundre og prøver å kontakte hvalene, som de har oppdaget har vært en intelligent, altså selvbevisst, art, men siden hvalene ble utryddet i det 21. århundre (ifølge Spock), slår sondens forsøk på kommunikasjon feil; stadig kraftigere forsøk fra sonden på å oppnå kontakt blir ødeleggende for jorden. For å forhindre dette må mannskapet på romskipet Enterprise bruke et stjålet klingonsk romskip for å reise tilbake i tid til det 20. århundre og få tak i et par knølhvaler for å kommunisere med sonden og forhindre jordens ødeleggelse.