Direktoratet ble dannet i år 2000 gjennom en sammenslåing av Strukturdirektoratet og EU-direktoratet. Det hadde ca. 500 ansatte og holdt til i Nyropsgade i København. I 2011 ble det slått sammen med Fiskeridirektoratet og størstedelen av Plantedirektoratet til NaturErhvervstyrelsen.