Da formannskapslovene ble innført i 1837, ble Karlsøy prestegjeld, bestående av de to sognene Karlsøy og Helgøy, egen kommune. Daværende Karlsøy kommune besto av området som i dag (pr. 2012) utgjør kommunen, pluss et område på fastlandet som i dag tilhører Lyngen kommune. Alt 1. januar 1867 ble Sørfjorden, som da var blitt eget sogn, overført til Lyngen. Dette området hadde da 862 innbyggere. 1. september 1886 ble Helgøy sogn utskilt som egen kommune. Ved delingen hadde Helgøy 828 innbyggere og den gjenværende delen av Karlsøy innbyggere.