Opphavet til de mørke flekkene, som primært finnes på den førende halvkulen og nede i kratere, er ikke kjent. Noen forskere har kommet med hypoteser om at de kommer av isvulkaner (tilsvarende til månehav), mens andre mener at nedslag kastet opp mørk materiale begravd under den rene isen (skorpen). For sistnevnte tilfelle må Oberon i det minste være delvis differensiert, med skorpen av is liggende ovenpå det ikke-differensierte indre.