Sedimentene har også avleiret seg i selve elven, slik at elvebunnen, sammen med de stadig høyere dikene som folk har bygget langs breddene, har ført til at elveløpet i lange stykker faktisk har et høyere vannspeil enn mye av de omliggende markene. Dette har gjort landsbygda rundt elva særlig utsatt under flom. Storflom i Huang He har ført til noen av de høyeste dødstall man kjenner fra naturkatastrofer. Storflommen i 1887 kostet mellom 900 000 og 2 000 000 mennesker livet; storflommen i 1931 mellom 1 000 000 og 3 700 000. Det er ikke uten grunn at kineserne også har kalt elven for «Kinas sorg».