I 1974 ble de to distriktene Kapoeta og Torit i den daværende Ekvatoria-provinsen skilt ut som en egen provins med navnet Øst-Ekvatoria. I april 1994 innførte Sudan et føderalt system og Øst-Ekvatoria ble én av landets 26 delstater. Ved frigjørelsen av Sør-Sudan i 2011 ble Øst-Ekvatoria en delstat i Sør-Sudan.