Etter at Estland ble selvstendig 24. februar 1918 ble flagget offisielt gjort til nasjonalflagg. Beslutningen kom 21. november 1918, og 12. desember 1918 ble flagget for første gang offisielt heist som Estlands nasjonalflagg over tårnet Pikk Hermann i Tallinn. Flagget ble senere regulert i flaggloven av 21. juni 1922. I tillegg til å fastsette nasjonalflaggets størrelsesforhold til 7:11, ble det da også gjort bestemmelser om presidentflagget. Dette fikk riksvåpenet i midten. Flaggloven ga videre anledning til å danne andre flagg ved tillegg av emblemer i nasjonalflagget. Dette ble gjort for postflagget, tollflagget og grensevaktens flagg.