Larry Wall, utdannet lingvist, skapte versjon 1.0 mens han jobbet som systemadministrator hos NASA i 1987. Hans formål var å lage et generelt scriptspråk for Unix for å forenkle rapportprosessering. Bruken av Perl nådde nye høyder i den første tiden da World Wide Web tok av rundt 1994, og ble de neste 3-4 årene av mange ansett som en de-facto standard for å lage dynamiske nettsider (webapplikasjoner) med CGI og databasekobling. Med mod_perl for Apache og rammeverk som Catalyst, Mason m.fl. brukes Perl fortsatt til web-programmering selv om andre språk har blitt mer populære.