I 1497 ankom portugiseren Vasco da Gama Zanzibar. Han var på vei til India etter at veien rundt Afrika var funnet. I 1503 ble Zanzibar angrepet av portugiserne. Zanzibar klarte å samle så mye som 4000 menn i kano på kort varsel, men portugiserne vant enkelt fordi de hadde skytevåpen og kanoner. Zanzibar ble angrepet igjen i 1505, men i 1507 ga portugiserne opp ideen om å bruke øya som mellomstasjon og etablerte sin base Mosambik. På slutten av 1500-tallet kom portugiserne tilbake, og bygget en rekke festningsverk langs kysten og på Zanzibar. Med sin brutale framferd hadde portugiserne ved inngangen til 1700-tallet ødelagt den før så blomstrende handelstrafikken langs Øst-Afrikakysten som Zanzibar hadde vært en del av.