Forholdet til okkupasjonsmakten og NS-regimet var imidlertid ikke problemfritt. Etter 1942 stoppet for eksempel utgivelsen av opp. Okkupasjonsmakten ønsket at fransk tekst i tabellene skulle byttes ut med tysk, noe byrået ikke ville medvirke til. Utgivelse av årboken ble derfor sabotert resten av krigen; først i januar 1946 gav SSB ut en samleutgave for årene 1943-1945. Fra mars 1943 bestemte okkupasjonsmyndighetene at statistikker ikke lenger skulle offentliggjøres, men bare brukes internt i sentraladministrasjonen. Det ble gjort unntak for engrospris- og leveomkostnadsindeksene, som fortsatt ble publisert.