Han ble professor ved Columbia University i 1962, og samme sted i 1974. I midten av 1960-årene var han en av få professorer ved Columbia som ikke signerte et opprop som omtalte studentprotestene som utenfor de «akseptable grenser» for sivil ulydighet. Han var svært kritisk til amerikanernes oppførsel i Vietnamkrigen, og oppfordret i 1971 president Richard Nixon til å opprette en kommisjon som kunne granske konflikten. Taylor oppfattet bombingen av Hanoi i 1972 som «meningsløs og umoralsk», og kritiserte sterkt krigsrettssaken mot løytnant William Calley, offiseren som hadde kommando over styrkene som var innblandet i My Lai-massakren, fordi den ikke omfattet høyere offiserer og embetsmenn. Taylor mente Calley ble gjort til syndebukk. I 1972 besøkte han Hanoi sammen med Joan Baez og andre. Baez, Taylor og flere andre amerikanere søkte tilflukt i hotellets bomberom mens amerikanske fly bombet byen julen 1972 under Operasjon Linebacker II. Opptak fra turen med blant annet Taylors stemme utgjør den ene siden av Baez' album utgitt i 1973. Taylor besøkte krigsfangeleirer i Nord-Vietnam.