Østmarkmus er en nær slektning av markmus og fjellmarkmus, som lever på det norske fastlandet. Tidligere trodde man at "svalbardmusene" tilhørte arten sørmarkmus, og det var først i 1990 at genetiske studier avslørte at det egentlig dreide seg om østmarkmus. Alle de nevnte artene er svært like av utseende og vanskelig å artsbestemme sikkert uten grundige undersøkelser. Østmarkmus har 2n = 54 kromosomer.