Magdeburg styres av et (byråd) på 56 medlemmer. Det første valget etter Tysklands gjenforening fant sted 6. mai 1990. Samme år valgte forsamlingen Wilhelm Polte til den første Oberbürgermeister etter gjenforeningen. Fra 1993 er det innført direkte valg av Oberbürgermeister. Lutz Trümper ble valgt som Oberbürgermeister i 2001 og i 2008 gjenvalgt for sju nye år.