Selv om målet ikke ble nådd, satte kongen stor pris på Gardiners tjenester og ansatte han som sekretær. Han hadde allerede vært erkediakon i Taunton i flere år, og i mars 1529 ble han også erkediakon i Norfolk. To år etter byttet han over til Leicester. I 1530 ble han sendt til Cambridge for å innhente en avgjørelse fra universitetet om ulovligheten i å gifte seg med sin avdøde brors kone; Katarina av Aragón hadde først vært gift med Henriks bror Arthur, prins av Wales.