Ernakulam Junction Railway Station er hovedjernbanestasjonen i Ernakulam, og er også en av de travleste i Kerala. Den ligger nær byens shoppingsenter på MG Road. The Southern Railway Zone, Indian Railways opererer all jernbanetrafikk i Ernakulam. Det er to stasjoner i Ernakulam, den andre ligger nord i byen, for tog mot Kottayam. Det er også en liten stasjon i Edappally.