På samme tid var det en rekke grekere som nøt en privilegert posisjon i det osmanske statsbyråkratiet. Grekere kontrollerte de religiøse affærene til den gresk-ortodokse kirken gjennom det økumeniske patriarkat av Konstantinopel da de fleste i det høyere presteskapet i den ortodokse kirken var gresk opprinnelse. Som et resultat av det osmanske milletsystemet («trosfellesskapet») hadde hovedsakelig et gresk hierarki av presteskapet kontroll over de ortodokse undersåttene i det muslimske riket («Rum milleti»).