Hver enkelt nasjonal koordinerende myndighet har ansvaret for den helhetlige forvaltningen av programmene i mottakerstaten. De programansvarlige utarbeider og forvalter programmene, ofte i samarbeid med en partner fra giverstatene, og de tildeler prosjektmidlene. Prosjektene velges som oftest ut etter at de programansvarlige har foretatt en utlysning.