I 1941 ble Sovjetunionen invadert av Tyskland, og Estland ble raskt okkupert av tyskerne. Tyskerne så på svenskebygdene som en høyverdig kultur og en rekrutteringskilde for Waffen-SS, og rundt 50 estlandssvensker meldte seg til tjeneste på østfronten. Lokale tyske representanter hadde, med sin raseideologi, større forståelse for Sveriges ønske om å ta imot estlandssvenskene. Før tyskerne trakk seg ut av Estland i 1944, fikk estlandssvensker tillatelse til å utvandre til Sverige. Andre tok seg over på egenhånd, i likhet med mange tusen etniske estere. Et ukjent antall flyktningebåter forulykket på Østersjøen. Over estlandssvensker kom seg til Sverige.