Fader Jean Ntagwarara arbeidet så i menighetssjelesorg i to år. I 1978 ble han sendt til Frankrike for videre studier, hvor han i 1983 arbeidet ved Université des sciences humaines de Strasbourg sammen med Bernard Renaud på doktorgradsprosjektet . Etter dette underviste Ntagwarara ved seminaret i Bujumbura. I tillegg var han fra 1985 sjelesørger for i Bujumbura.