Fra første stund var Rafn selskapets sekretær. Denne stillingen la beslag på så mye arbeid at han søkte avskjed fra stillingen ved Landkadettakademiet i 1826; samtidig fikk han tittelen professor. Rafns store arbeidslyst og forretningstalent hadde her rik anledning til å utfolde seg, ikke minst fordi selskapets medlemstall og formue økte raskt. Rafn stod for omfattende korrespondanse, administrerte selskapets finanser, oversatte og utgav sagaene, redigerte selskapets tidsskrifter og skaffet det stadig nye forbindelser og tilskudd. Takket være bidrag fra private og selskaper, ble det opprettet et fond . I 1846 var dette steget til kr. 92 000, og ved Rafns død til kr. 170 000.