Kothbauer har bakgrunn fra både banknæringen og offentlig forvaltning, og har også tidligere jobbet i Østerrikes nasjonalbank. Fra 1976 til 1977 jobbet han i Österreichische Länderbank, før han gikk til Nærings- Handels- og industridepartementet, og jobbet der fram til 1978. Deretter jobbet han igjen i Österreichische Länderbank fram til 1984, før han jobbet to nye år i Nærings- Handels- og industridepartementet. Fra 1986 til 1988 jobbet han ved Rikskanselliet (Kanzleramt), som kabinettsjef for Østerrikes kansler.