I 1900 ble han ansatt som amtsagronom i landhusholdningsselskapet i Nordre Trondhjems amt (det senere Nord-Trøndelag landbruksselskap). I 1919 fikk landbruksselskapet en fast administrasjon med Eggen som landbrukssekretær (fylkeslandbrukssjef). Eggen nøt stor anseelse blant bøndene og forble i landbruksselskapets tjeneste frem til han avgikk med pensjon i 1949.