Etter at Bonaventure Nahimana en kortere tid var studieprefekt ved gutteseminaret i Mugera i 1986, ble han ansvarlig for kallspastoralarbeid i erkebispedømmet Gitega samme år og også kapellan i Mugera i 1987. Fra 1988 til 1993 virket Nahimana som lærer ved gutteseminaret i Mugera. Bonaventure Nahimana var da ansvarlig for katolsk utdanning i erkebispedømmet Gitega før han ble rektor for gutteseminaret i Mugera i 1995.