Elevorganisasjonen er delt opp i elleve fylkeslag (18 fylkeslag før regionreformen i 2020). I hvert fylkeslag er det et fylkesstyre, som styrer Elevorganisasjonen i fylket til daglig. Hver leder av fylkeslaget sitter i landsstyret til Elevorganisasjonen, det øverste organet i organisasjonen mellom to elevting. Det høyeste regionale organet er årsmøtet som ordinært avholdes i april. Årsmøtet bestemmer hvilke saker EO-laget i fylket skal være opptatt av, og velger regionale tillitsvalgte. Fylkesstyret består tradisjonelt sett av en leder, politisk nestleder og organisatorisk nestleder, seks–åtte fylkesstyremedlemmer og en representant fra distriktskomiteen, som har ansvaret for Operasjon Dagsverk i fylket. Elevforsamlinger er det høyeste organet mellom to årsmøter, og skal avholdes minst én gang i perioden.