Rocket Slime foregår i kongedømmet Slimenia. Hovedstaden, Boingburg, blir i starten av spillet invadert av en mafialignende organisasjon kalt «The Plob». Denne organisasjonen kidnapper alle innbyggerne i byen. Spilleren blir satt i rollen som Rocket, en Slime som ved en feiltagelse ble sluppet fri av kidnapperne, etter å ha svelget en avlang fløyte. Det er Rockets oppgave å redde den andre 100 Slimene, og sette en stopper for planene til The Plob.