Kigeli døde av hjertesykdom i en alder av 80 morgenen 16. oktober 2016 på et sykehus Washington, D.C.-området. Kigeli giftet seg aldri på grunn av en regel som forbød ekteskap for konger mens de var ute av landet. Til tross for dette ble det den 9. januar 2017 annonsert at hans nevø, prins Emmanuel Bushayija, ville etterfølge ham som tronpretendent til den rwandiske tronen. Etter Kigelis død ble det avslørt at han hadde minst en datter, Jacqueline Rwivanga. Kigeli ble begravd i Nyanza sør i hjemlandet Rwanda den 15. januar 2017.