Etter hjemkomsten fra Liège ble Cosmas kannik ved domkapittelet i Praha. Cosmas ble sekretær hos flere av Prahas biskoper og fulgte dem på deres reiser til utenlandske hoff. Det begynte på slutten av 1091 med at han ledsaget de nyvalgte biskopene, Cosmas av Praha og Andreas av Olmütz, for det kongelige investitur til Mantua. Navnelikheten med Praha-biskopen er tilfeldig; den førte imidlertid til at og flere ganger forveksles i kildene. I 1094 ledsaget Cosmas de samme biskopene også til bispevielse i Mainz.