I 1985 giftet Niklas Strömstedt seg med Efva Attling, og de fikk to sønner. Paret skilte seg i 1995. Senere ble han samboer med Agneta Sjödin som han fikk en datter med. Paret gikk senere fra hverandre, og siden 16. juli 2011 har han vært gift med Jenny Strömstedt. To av hans barn er Simon og Maja Strömstedt.