Annelinn ble planlagt som en av sovjettidens mikrorajoner og bygd ut med seks- til nietasjers boligblokker av betongelementer i 1970- og 1980-årene. Mange av tilflytterne kom fra andre deler av Sovjetunionen for å arbeide i industrien eller militæret. Annelinn er fortsatt den bydelen i Tartu med flest russisktalende, men befolkningssammensetningen har blitt mer blandet, og flertallet i bydelen er etniske estere.