Kolleks holdning til byens arabiske innbyggere var pragmatisk. Innen få timer etter at han formelt ble hele byens borgermester,sørget ham for at arabiske barn skulle få melk. Noen israelere anså ham som pro-arabisk. Kollek gikk inn for religiøs toleranse og gjorde mange forsøk på å få et godt forhold til araberne. Muslimene fikk fortsatte tilgang til Al-Aqsa-moskeen (og dermed Tempelhøyden) for bønn. Skjønt han var fast på at Jerusalem aldri måtte deles igjen og måtte forbli under israelsk overhøyhet, trodde han på konsesjoner for å kunne nå frem til en endelig løsning.