Elsheimer var også en dyktig tegner og etser. I sine grafiske blader lot han landskapsmotivene få en mer fremstående plass enn i maleriene. I Roma, der hans kunst aldri fikk noe virkelig gjennombrudd, kom han likevel til å påvirke andre kunstmalarere. Bland dem var Pieter Lastman, Peter Paul Rubens og senere Claude Lorrain. Gjennom Lastman kom Elsheimer også til å få innvirkning på Rembrandts malerkunst.