Så fortsatte han å legge til nye øyer, blant annet Panay (hvor han etablerte sitt nye hovedkvarter i 1569) og Masbate. Ved bredden av Panayelvens grunnla han Filippinenes andre spanske by; byen heter idag også Panay, og ligger i provinsen Capiz. Til å begynne med var befolkningen der fiendtlig innstilt, men de endret holdning takket være det apostoliske arbeidet til fader Juan de Alba og augustinerne. To av høvdingene, datuene Macabaog og Madidong, konverterte til katolisismen og ble Legazpis venner.