I 2005-sesongen rykket Kvik ned fra 2. divisjon, og spilte deretter fem år i 3. divisjon. Klubbens tredje opprykkskvalifisering på fire år endte i et skuffende tap 24. oktober 2009 — da haldenserne røk ut på bortemål mot Vestfold-laget Ørn Horten. I 2010-sesongen ble det imidlertid opprykk. Kvik Halden vant igjen sin 3. divisjonsavdeling, og i opprykkskvalifiseringen slo laget ut Eik-Tønsberg og rykket opp til 2. divisjon. Returen til 2.divisjon endte med 5.-plass i både 2011, 2012 og 2013, en 10.-plass i 2014 og en 3.-plass i 2015. I 2015 spilte Kvik fjerde runde i NM for første gang siden 1937. Etter en omlegging av seriesystemet, rykket klubben i 2016-sesongen igjen ned på fjerde nivå (tredje divisjon). Etter 2018-sesongen rykket Kvik opp til 2. divisjon, etter en 1-2 seier i siste kamp borte mot Vestfossen.