I løpet av sin tid som biskop av Wollongong fikk Wilson i oppgave å håndtere en påstått kultur med utilstrekkelige reaksjoner på barnemishandling fra presteskap i bispedømmet. Wilsons forgjenger, biskop Murray, var blitt kritisert under offentlige høringer av for ikke å handle på beskyldninger om seksuelle overgrep i bispedømmet og hadde offentlig innrømmet at han ikke visste hvordan han skulle håndtere dem. Ved fremleggelse av funnene fra Wood Commission ga Wilson en formell unnskyldning til ofrene for overgrep fra presteskap i bispedømmet.