I motstandsbevegelsen LAF (), under ledelse av oberst Kazys Škirpa, ble litauisk nasjonalisme og arbeid for nasjonal selvstendighet slått sammen med anti-kommunisme og anti-semittisme. LAF drev også under sovjetisk styre antisemittisk propaganda der de for eksempel i mars 1941 argumenterte for at jødene måtte flykte fra landet sammen med den røde arme. «Jo flere jøder som forlater Litauen, desto lettere vil det senere bli å frigjøre landet helt fra jødene.» Den gjestfrihet som middelalderfyrsten Vytautas den store hadde vist jødene ble trukket tilbake for godt på grunn av jødenes pågående forræderi mot landet, ble det argumentert regelmessig i LAFs publikasjoner.