Wenceslas Pantaleon Kirwitzer ble født i Kadaň (tysk: ) i en protestantisk familie med røtter i landsbyen Krbice (tysk: ), og etternavnet gjenspeiler dette (forvansket fra ). Han konverterte til katolisismen i sin ungdom og begynte studier ved jesuittenes akademi i Olomouc. Han hadde særlige talenter innen naturvitenskapene.