Som professor underviste Matzen i dansk statsrett. Han utga en oversikt over forfatningsrett i tre bind som kom i flere reviderte utgaver. Senere underviste han også i kirkerett og utga en (1889). Etter Johannes Nellemanns avgang i 1875 overtok han undervisningen i rettshistorie. I 1880 ble han utnevnt til ekstraordinær assessor i Høyesterett. Han var universitetets rektor for året 1892–1893.