Ekteskapet med søsteren Kleopatra II var utelukkende politisk. I 141/140 f.Kr. forførte han og giftet seg med Kleopatra IIs datter Kleopatra III, sin egen niese, uten å skille seg fra Kleopatra II. Sistnevnte ble rasende. Kort etter ble Kleopatra IV født, og deretter Ptolemaios IX Lathyros. I 140/139 f.Kr. var de to Kleopatra, mor og datter, i rivende kranglinger. En innflytelsesrik hoffmann ved navn Galestes forsøkte på et statskupp, men feilet. For å styrke sin posisjon søkte Ptolemaios Fyskon og Kleopatra III støtte hos den innfødte egyptiske befolkningen. En gang rundt 135 f.Kr. ble Kleopatra Selene I og Tryfaena født.