Barbie ble utnevnt til æresoberst i den bolivianske hær; men da det i oktober 1982 ble innsatt en ny, sivil regjering, var det ikke lenger bruk for ham. I januar 1983 ble Barbie tiltalt for svindel, og dagen etter vedtok Bolivias regjering enstemmig å utvise ham. De neste ni dagene ble det diskutert om han skulle utleveres til Vest-Tyskland eller Frankrike. Vest-Tyskland var redd for internasjonal reaksjon om han fikk en mild dom, og takket derfor nei. 4. februar 1983 dro han med fly fra La Paz til Cayenne, hovedstad i Fransk Guyana. I en hangar på flyplassen leste en dommer tiltalen opp for ham. Barbie som trodde han skulle til Tyskland, ble slått fullstendig ut. Dagen etter kom han til Frankrike. Her ble han kjørt til Lyon og indesperret i Fort Montluc, der han hadde torturert og drept så mange.