Som spiller startet han i VfB Ulm, men dro senere til FC Bayern München, hvor han ble i 8 år, fra 1970 til 1978. Han spilte som amatør i Bayern München, for å kunne delta i OL i München i 1972 på . Deretter spilte han for FC Nürnberg fra 1978 til 1979. 1972–1976 spilte han på . Hoeneß hadde en meget suksessrik karriere, og i løpet av 250 kamper i Bundesligaen scoret han 86 mål.