Attolico ble i 1940 tilbakekalt fra sin post til Italia, og fikk deretter stillingen som ambassadør til Den hellige stol (1940–1942) i Roma. I august 1940 mottok han Statssekreteriatets (Vatikanets «utenriksdepartement») gjentatte offisielle protester mot fascistisk presses angrep (Roberto Farinaccis «Regime Fascista») mot Pavestolen og Pavens person, og meddelte etter noen dager den italienske regjerings offisielle avstandtagen fra presseangrepene. Fascistpressens angrep fortsatte imidlertid etter en tid, og ble gjenstand for nye protester. I april 1941 protesterte Italia mot en påstått distribusjon i 1500 eksemplarer av en antifascistisk brosjyre i Vatikanet. Vatikanet meddelte at man der tvilte sterkt på dette, ville likevel etterforske, og bad Attolici om å vennligst fremskaffe originaldokumentet.