Noen fotosyntetiserende bakterier lever i sjøer og dammer, hvor de benytter seg av hydrogen fra hydrogensulfid i stedet for vann til den kjemiske prosessen. Her er chlorobium og grønnsvovelbakterier. Cyanobakterier lever i ferskvann, sjø, jord og som symbiosepartnere med lav, med en plantelignende fotosyntese.