Øyene har vært bosatt siden førhistorisk tid. Romerne kalte øyene for og de var et travelt skipsfartområde i det andre og første tusenåret f.Kr. Maddalenaøyene har alltid vært strategisk viktige og var årsaken til en strid mellom Republikken Pisa og Republikken Genova på 1200-tallet. Dette førte til at de ble forlatt i lange tider før gjeterne fra Korsika slo seg ned her i lag med de første bosetterne på Sardinia på 1500-tallet. Napoléon Bonaparte, Admiral Nelson og særlig Giuseppe Garibaldi hadde alle historiske bånd til dette området.