Det var stadig uro og opptøyer i Egypt. I 165 f.Kr. brøt det ut opprør, og året etter var det kamper i både Faiyum og Thebais. Fellesstyret førte til jevnlige intriger som var fram til oktober 164 f.Kr. da Filometor og Kleopatra II ble fordrevet av Fyskon. Denne seieren ble kortvarig. Innenfor et år ble han selv fordrevet fra Alexandria av rasende byborgere. Filometor reiste til Roma for å samle støtte fra det romerske senatet. For å gjenopprette freden gjeninnsatte romerne Filometor og Kleopatra II på tronen, og krevde at Fyskon fikk et eget rike. I mai 163 f.Kr. ble de to brødrene under romersk press enige om endre den opprinnelige delingen av riket. Det etterlot Fyskon med eneansvar for Kyrenaika, den østlige kystregionen av Libya.