Det antas at ordet er avledet fra det sogdanske ordet , , eller , som betyr . Folk har bodd i Isfana siden begynnelsen av det 9. århundret. Byen gjennomgikk betydningsfulle endringer under Sovjetunionen. Selsovjetet (landsbyrådet) i Isfana ble etablert i 1937. I 2001 utstedte presidenten Askar Akajev en resolusjon, som ga stedet bystatus.