Ifølge Stortingsproposisjon 1 (2004–2005) skal senteret: Samle og formidle kunnskap om sjøfartsmedisin til redere, fartøy, myndigheter og andre brukere, Initiere og utføre forskning Registrere forekomst av sykdom og ulykker til sjøs Gi undervisningsstøtte ved utdanning av sjøfolk Være kontaktpunkt for internasjonalt samarbeid på feltet Drive den operative legerådgivningstjenesten Radio Medico Det siste punktet var noe vagt formulert i det opprinnelige mandatet, men i ble ansvaret for å drive Radio Medico formelt lagt til senteret fra og med 1. januar 2011.