Normannisk overherredømme markerte en gradvis endring fra en arabisk-kulturell påvirkning av øyene til en kristen-europeisk, men livet på Malta var preget av religiøs toleranse. Roger I og Roger II bygget og restaurerte kristne kirker på Malta. En betydelig andel av den muslimske befolkningen ble på øyene fram til ut på 1200-tallet, og som på Sicilia gjorde normannerne ingen forsøk på tvangskonvertering. En muslimsk adelsmann, Al-Idrisi, arbeidet ved Roger IIs hoff og skrev en geografibok som ble dedisert til denne, (الكتاب الروجري), det vil si . Med tiden forsvant dog den muslimsk andelen på øyene, muligens da de kom inn under spanjolenes harde styre.