En annen retning innen protestantismen var kalvinismen. Denne stammer fra den franske reformisten Jean Calvin (1509–1564), som måtte rømme Frankrike til Genève. Han ble den naturlige lederen for en kanton som var opprørsk mot katolisismen, men manglet en ny retning. Calvin trodde på predestinasjon, slik at hva man gjorde i livet ikke påvirket hvor man gikk etterpå. Samtidig, og noe selvmotsigende, mente han at de som viste evne til fromhet og overvinnelse av fristelse viste at de var forutbestemt til å gå til himmelen. Gode gjerninger var dermed både en måte å vise at man endte i himmelen og en måte å prise herren på. Calvins tro, kalvinismen, trodde også på at kirker skulle være fri fra statlig inngripen, i motsetning til både lutheranisme og anglikanisme. Det var først og fremst i Nederland at kalvinismen var uproblematisk. I Frankrike ble følgere kalt hugenotter, og de kom ofte i konflikt med katolikkene, spesielt i 1570-årene og ut århundret. I Skottland fikk den en annen vri, og følgere ble kjent som presbyterianere. Også her var det noe voldsbruk, men overgangen fra katolisisme var gradvis.