Manilamassakren ble etter krigen betraktet som en av de verste krigsforbrytelser forøvet av japanske styrker. Selv om general Yamashita ikke hadde noen kontroll over styrkene i byen, ble han ikke desto mindre funnet ansvarlig og henrettet. Dommen er omdiskutert, men bygger på at hierarkisk overordede kommandanter må ta del i ansvaret for lavere styrkers krigsforbrytelser.