Litauen ble uavhengig i 1918, men uten landets østlige del (inkludert Vilnius), som lå i det nygrunnlagte Polen. Da den ortodokse kirke i Polen ble autonom i 1921 og autokefal i 1924, ble også del av den polsk-ortodokse kirke, noe eparken av Vilnius imidlertid ikke godtok. I denne perioden, som varte frem til Sovjetunionens anneksjon av Øst-Polen i 1939, fantes det derfor to ortodokse biskoper av Vilnius: en polsk-ortodoks epark med sete i Vilnius og en russisk-ortodoks epark, som flyttet sitt sete til Kaunas. Deretter ble Vilnius igjen et eparki i Moskva-patriarkatet.