Lippestad var den eneste av Quislings statsråder som ble tiltalt for medvirkning til tvangsevakueringen. 9. oktober 1941 ble han utnevnt til stedfortredende styresmann for Finnmark og Troms. I forkant av rettssaken ble anklagene i forbindelse med tvangsevakueringen ansett som de alvorligste, men da rettssaken åpnet, tonet aktor overraskende Lippestads ansvar ned: «Tiltalte skal ikke være syndebukk for tyskernes gjerninger», sa han i retten. Det fremstår som om påtalemyndigheten hadde bestemt seg for å fremstille tvangsevakueringen som en tysk operasjon, der Quisling-regjeringens ansvar var minimalt.