Det er vanligvis en bestemt pH som fører til størst reaksjonsfart i en enzymkatalysert reaksjon. Den optimale pH-verdien er oftest rundt 7 for de reaksjonene som skjer i kroppen til et menneske. Enzymet pepsin i magesekken virker likevel best ved lav pH, og den optimale pH-verdien er 1,7. Ved store pH-endringer skjer det en denaturering av de fleste enzymer. Pepsin bli denaturert ved pH > 5. De fleste enzymer har optimum pH mellom 4 og 10.