Han fortsatte sesongen med seier på sprint i både Otepää og i Lahtis. I Lahtis gikk han også lagsprinten sammen med Emil Iversen, hvor de fikk sjansen til å revansjere fallet som muligens kostet dem gullet i VM i 2017. Lagoppstillingen var endret slik at Klæbo gikk siste etappe, hvor han spurtet fra resten av konkurrentene. I VM på ski 2019 ble Klæbo VM-konge etter tre gull, hvorav en i sprint, lagsprint og på 4 x 10 km stafett. Klæbo fikk selv velge hvilke øvelser han ville gå, og valgte å ikke stille på 15 km og 50 km. På 30 km skiatlon kom han på 30.-plass.