I desember 2005 ble Hansen ansatt som ny hovedtrener for Aalesunds Fotballklubb, der han førte klubben opp til Tippeligaen på første forsøk sammen med assistenttrener Sturla Voll. Før 2008-sesongen tok han igjen over som hovedtrener for GIF Sundsvall, men han fikk senere sparken i oktober 2008 etter at klubben rykket ned fra Allsvenskan.