Til forskjell fra de fleste andre BART-stasjonene, som er enten fullstendig under bakken med kunstig belysning eller på en hevet strekning i naturlig dagslys, er Balboa Park plassert i en nedsenket sjakt med plattformer delvis under bakken. Hovedinngangen til stasjonen ligger på bakkenivå, slik at sollys kan slippe til på plattformene. De opprinnelige arkitektene for stasjonen var Corlett & Spackman og Ernest Born.