Tropiske stormer påvirker korallene og livet ellers i lagunen. Hyppigere eller sterkere tropiske stormer kan få store konsekvenser for det marine miljøet. Stigende havnivå som følge av klimaendringer er en trussel for først og fremst for de lave øyene, slik som Ouvéa, men også for strender med yngleområder for skilpadder, elveutløp med mangrove og lave kystområder andre steder. Mangroveskogen er truet, særlig i sør ved Nouméa. Mange naturområder er vernet, men dette har hatt liten effekt i å beskytte planteartsmangfoldet.