Henchoz ble først lagt merke til i den tyske klubben Hamburger SV. Etter at han signerte Blackburn Rovers FC i 1997, spilte han to gode sesonger i et lag som hadde dårlige resultater. Etter at Blackburn rykket ned på slutten av 1998/99-sesongen, ble Henchoz kjøpt av en annen Premier League-klubb. Liverpool FC kjøpte han for 3,5 millioner pund.