Thomas Selle formidlet kontakt slik at Fabricius fikk begynne på det prestisjefylte i Hamburg, der han fikk undervisning av Selle og Heinrich Scheidemann. Senere studerte Fabricius rettslære i Leipzig og ble advokat, men var også organist ved Nikolaikirche og musikkdirektør ved . Han var den første musikkdirektøren ved Universitetet i Leipzig, og ble værende i byen til sin død.