Gjennom sin mor var hun søsterdatter til den habsburgske keiser Karl V. Sammen med familien flyktet hun til Nederlandene da Christian II ble avsatt fra den danske tronen i 1523. Da moren døde i 1526, ble Christine og hennes to søsken Hans og Dorothea overlatt til grandtanten Margarete, erkehertuginne av Østerrike, som også var stattholder i de habsburgske Nederlandene.