I 1985 forlot han den somaliske hæren og ble med i den somaliske opprørsbevegelsen Somali National Movement (SNM) som i 1991 lyktes i å avsette den somaliske diktatoren Mohammed Siad Barre. Muse Bihi deltok aktivt i frigjøringskrigen for Somaliland, før 1990 som militært befal, men etter at Somaliland erklærte seg uavhengig i 1991 gikk han inn i politikken og ble innenriksminister i 1993.