I 2012 ble det påvist salmonellasmittede hunder i løpet. Finnmarksløpet har ikke selv gått ut med informasjon om denne potensielt dødelige sykdommen som kan ramme mennesker. Under løpet døde tre hunder, det var i en av disse smitten ble oppdaget. Det vil være rimelig å anta at en stor andel av hundene, deltakere, og personer rundt løpet, er blitt utsatt for salmonellasmitte.