I 2021 fremsatte Burkhardt sammen med sin pensjonerte kollega Walter Lang uverifiserte påstander om at obduksjonen av ti avdøde pasienter viste at de hadde dødd av skader forårsaket av vaksiner mot covid-19. Dette ble presentert på en konferanse de selv arrangerte. Samme år publiserte han en rapport sammen med Sucharit Bhakdi hvor det ble hevdet at det i 14 av 15 pasienter som ble obdusert etter å ha dødd etter covid-vaksinasjon ble funnet klare tegn på organsvikt som følge av autoimmun reaksjon. Påstandene har blitt tilbakeviste av andre fagspesialister. Vevsprøvene som Burkhardt hadde analysert var innsendt av pårørende som mistenkte vaksinen som årsak til dødsfall.