I Gamla stan finnes rester av byens eldste kjente bygninger eller bygningsrester, eksempelvis slottet Tre Kronor som var en borg Birger jarl startet å bygge på midten av 1200-tallet og bygninger på Helgeandsholmen fra slutten av 1200-tallet. Ved utgravinger i den såkalte Riksgropen i 1978 fant man rester etter bymuren, Helligåndshuset og andre hustufter fra 1200-tallet, av alt dette er ingen igjen over jorda.