Harris mottok sin grader som M.A. og Ph.D. fra Columbia University, henholdsvis 1949 og 1953. Han utførte feltarbeid i Brasil og i portugisisktalende Afrika før han ble medlem av lærerstaben ved Columbia. Han ble til slutt formann av det antropologiske avdelingen ved Columbia. Under studentenes okkupasjon av universitetsområdet i 1968 var Harris blant de få fakultetslederne som sto på studentenes side da de ble truet og banket opp av politiet.