De første spekulasjonene om Rasmussens kandidatur som NATOs generalsekretær kom frem da den 12. februar 2009 nevnte den danske statsministeren som mulig kandidat til topposten i NATO. Få dager etter ble spekulasjonene forsterket da den danske politiske kommentatoren Hans Engell den 13. februar uttalte at Rasmussen innen en måned ville bli utnevnt til NATOs generalsekretær. Snart fikk Rasmussens kandidatur oppbakking fra Tyskland, Frankrike, Storbritannia og Italia. Da USA den 21. mars meddelte at de også ville støtte Rasmussen så utnevnelsen til at være på plass. I Norge støttet både statsminister Jens Stoltenberg og Fremskrittspartiet med Siv Jensen i spissen den danske statsministerens kandidatur. Men da det kreves konsensus blant alle medlemslandene i NATO om hvem som skal etterfølge Jaap de Hoop Scheffer i posten som generalsekretær, og alle land dermed har vetomakt, viste det seg å være et problem mellom Rasmussens kandidatur og et av medlemslandene. I Tyrkia uttalte topprådgivere i landets regjeringsparti og statsminister Recep Tayyip Erdoğan at Tyrkia ikke ville akseptere Rasmussen. Dette skulle skyldes hans håndtering av, og hans lave popularitet i den muslimske verden etter, Muhammed-krisen. En annen begrunnelse for den tyrkiske motstanden var at den kurdiske TV-stasjonen Roj, som ifølge Tyrkia er et talerør for terrororganisasjonen PKK, hadde hatt mulighet for å sende fra København selv om Tyrkia siden 2005 hadde krevet TV-stasjonen stengt. Spekulasjonerne om Tyrkias motstand ble dog avvist da Tyrkias president Abdullah Gül ved et pressemøte den 27. mars uttalte: «Vi er ikke imot noen personer, heller ikke Rasmussen, hvis han blir kandidat». Dermed mente mange analytikere at veien var ved å være banet for Rasmussen, som hadde avvist sitt kandidatur gjentatte ganger, men etter Tyrkias aksept av ham endret han sin uttalelse til: «ingen kommentarer».