Mange ostesorter inneholder også annen mikroflora enn melkesyrebakterier. Slik mikroflora skal føre til spesifikke, karakteristiske omdannelser i osten, som overflatevekst, vekst av CO, propionat og acetat. Det er CO som fører til at det danner seg huller i oster av sveitser-type. I alle ostene er smaksutviklingen et resultat av den metabolske aktiviteten til den sekundære floraen. Flere mikroorganismer, herunder bakterier, gjær og mugg, medvirker til ostens modning. Ved å sette inn overflaten til halvfaste oster med muggsoppen oppnår osteprodusenten den typiske, fløyelsaktige overflaten til camembert og brie. Innsprøyting av i osten gir de typiske blåmuggstrukturene i roquefort eller stiltonoster. Setter man overflaten inn med vil man få en orange til rødbrun overflate.