Undersøkelser på 1970–1980-tallet konkluderte med at Moldefjorden og Fannefjorden var lite utsatt for forurensing, bortsett fra områdene nær Molde sentrum. Det var ingen forskjell i konsentrasjon av næringssalt i indre og ytre deler av fjorden, og det var god oksygenmetning på alle dybder. Rapporten konkluderte med at det var god utskifting av vannmassene i fjorden. På 1990-tallet ble badevannskvaliteten undersøkt og viste seg å være god bortsett fra i Rørvika. Giftige blåskjell forekommer årlig.