Disse reformene gjorde at han fikk flere mektige fiender, og hans periode som leder var i stor grad preget av bitter strid mellom liberale og konservative politikere. Gjennom sine militære ferdigheter, var Morazán i stand til å holde et fast grep om makten frem til 1837, da Forbundsrepublikken ble ugjenkallelig knust. Dette ble utnyttet av de konservative lederne, som samlet seg rundt ledelsen til Rafael Carrera som, for å beskytte sine egne interesser, endte opp med å dele opp Mellom-Amerika i fem mindre land.