Den 7. februar 2018 ble rettighetene til Wilson byttet til New York Yankees, som tildelte ham til deres Double-A affiliate, Somerset Patriots. Wilson var en Yankees-tilhenger i sin barndom og hadde lovet sin avdøde far at han en dag skulle ikle seg lagets uniform. Den 2. mars var Wilson en pinch hitter for Aaron Judge i femte inning mot Atlanta Braves. Det var hans første profesjonelle kamp siden 2011.