Bongo ble valgt til visepresident i mars 1967 og ble president da den sittende presidenten døde 28. november 1967. Han avskaffet ettpartistaten i Gabon, men på grunn av omfattende korrupsjon er innbyggernes mulighet til å utøve demokrati sterkt redusert. Han gav etter for folkets ønsker og avholdt frie valg i 1993 og 1998, der han fikk 51,2 % og 66,6 % av stemmene.