Fra 1. august til 25. august 1980, satt han som statsminister. Etter valget holdt 10. desember 1980, installerte Muwanga seg selv som leder for valgkommisjonen og erklærte Milton Obote og hans politiske parti Uganda People's Congress som valgvinner. Men valget var omstridt. Yoweri Museveni førte en geriljakrig i protest mot sin tidligere samarbeidspartner, og til slutt ble han innsatt som president.