Armfelt fortsatte senere sin militære tjeneste ved det russiske og finske regimentet, og tok i 1827 avskjed som kaptein. Samme år ble han ansatt som direktør for Finlands bank. I 1832 ble han fungerende og i 1842 selv ministerstatssekretær for Finland, en stilling han beholdt frem til sin død. Armfelt bidro til å trygge Finlands samfunnsorden gjennom sin medvirkning under sammenkallingen av landdagen i 1863 og utformingen av landdagsordningen i 1869. Han nøt den fulle tillit hos Tsar Nikolaj I og Aleksander II.