Den 10. desember 2015 signerte Arnór en treårskontrakt for stockholmsklubben Hammarby IF. Han gikk gratis til klubben, selv om han hadde 1 år igjen av kontrakten med Helsingborg. Arnór fikk sin debut for Hammarby den 26. februar 2016, i 0-0-kampen mot Syrianska FC i den Svenska Cupen. En måned seinere scoret Arnór ett spektakulært volleymål i derby-kampen mot AIK i kvartfinalen i Svenska Cupen. Hammarby vant kampen på straffer, etter att keeper Ögmundur Kristinsson scoret på den avgjørende straffen. I hans første sesong for klubben, etablerte Arnór seg som en av de faste i startellevern, og spilte 27 kamper og scoret 4 mål.