Mange alkymister så sin snitt til å drive med kvakksalveri og pengeforfalskning. For andre var det en intellektuell beskjeftigelse hvor man ikke greide å skille overtro fra vitenskapelig arbeid. Over tid ble praktiserende alkymister bedre på å skille disse. Paracelsus (1493–1541) forkastet læren om de fire elementer, og med bare en helt elementær forståelse av kjemi og medisin, smeltet han sammen alkymi og vitenskap i noe som ble kalt iatrokjemi.