Litauens jøder var første ofre få dager etter invasjonen, deretter jøder i Latvia, Hviterussland og Ukraina. De første ukene ble bare voksne menn drept, ikke kvinner og barn. Senere på sommeren ble også kvinner henrettet, og til slutt ble alle jøder ofre for massehenrettelsene. Da Himmler ikke så noen mulighet for en «territoriell løsning» på jødespørsmålet, ble systematisk massemord på jødene i erobrede områder iverksatt. Raul Hilberg kalte sommeren og høsten for «det første pust» av . Christopher Browning kalte sommer og tidlig høst 1941 for «skjebnesvangre måneder». Matthäus skriver at grensen til folkemord entydig ble krysset da også barna ble henrettet.