Bjørgen vant både 10 km klassisk og 10 km fristil i sesongåpningen på Beitostølen 17. og 19. november. Hun kom ikke videre fra prologen i verdenscupåpningen i Ruka; Bare to norske kvinner gikk videre, og smøresjef Knut Nystad innrømmet smørebom. På del to av «mini-touren», 10 km klassisk, gikk Bjørgen til topps og sikret seg sin 111. verdenscupseier. Deretter fulgte en del renn der Bjørgen havnet utenfor pallen før hun slo til med seier i det siste verdenscuprennet før jul, 10 km jaktstart i Toblach. Hun gikk ut 22 sekunder bak Charlotte Kalla, men tok henne igjen og spurtslo sine norske lagvenninner Ingvild Flugstad Østberg og Heidi Weng. Det var Bjørgens 112. verdenscupseier. Bjørgen valgte i likhet med de foregående sesongene å stå over Tour de Ski. I Norgesmesterskapet på ski 2018 på Gåsbu vant Bjørgen alle de tre individuelle konkurransene: sprint klassisk, 10 km fri og 15 km duatlon. Bjørgen kom dermed opp i 24 norske mesterskap.