Damanhurs navn i oldtidens Egypt var , «Horus’ hus», ettersom det var senter for kulten til Horus. Den var også kjent under andre navn, i egyptiske tekster som grunnet tilknytningen til Horus, i greske tekster som , «den mindre byen til Hermes», oversatt til latin av romerne som , for å skille den fra en annen egyptisk by lengre sør, Hermopolis Magna. Et annet gresk navn var Apollonopolis der byen isteden ble assosiert med guden Apollon. Den er i dag kjent ved sitt eldste navn som på koptisk var Ⲡⲓϯⲙⲓⲛ̀ϩⲱⲣ, og som ble gjengitt som ,, som følge av den muslimske erobringen av Egypt.