Küper ble sendt til Norge i slutten av oktober 1941, og fra 5. november samme år ledet han avdeling IV (Gestapo) ved KdS Tromsø. I Tromsø var det omtrent 30 menn i Sipo-styrken, hvorav 12 tjenestegjorde i Küpers avdeling. Under hans ledelse ble flere nordmenn arrestert og sendt til Grini fangeleir. Küper forlot Tromsø i mai 1944 da han ble overført til Bergen.