Standard anbefalt behandling for mildere tilfeller av Babesia er kortvarig behandling med Azhitromyzin og Atovaquone. Kombinasjonen clindamycin og quinine er også benyttet. I de senere år har studier avdekket enkelte tilfeller av resistent Babesia der lengre behandling eller annen behandling er nødvendig. I personer med normalt immunforsvar er 7 til 10 dagers antibiotikabehandling normalt nok. I personer med svekket immunforsvar er minimum 6 ukers behandling ofte nødvendig. Enkelte studier har også antydet at langvarig babesia behandling (6 til 9 uker) kan være nødvendig dersom pasienten har Borrelia burgdorferi samtidig.