Blockade Strategy Board hadde anbefalt at Ship Island som ligger i gulfen mellom Mobile og New Orleans, skulle tas og bli brukt som base for blokadeskvadronene i vestgulfen. Dette ble enkelt gjort, da den 16. september 1861 ble oppgitt av opprørsstyrken der. De fryktet at de ville bli avskåret fra fastland og forlot øya. Frykten deres var berettiget. Dagen etter ankom USS «Massachusetts» og satte i land føderale tropper for å ta øya. Men nesten umiddelbart etterpå ble øya endret fra base og kullstasjon til en viktigere funksjon. Den ble oppsamlingspunktet for angrepet på Mississippi-fortene Jackson og St. Philip som dekket New Orleans.