Den vellykkede aksjonen mot gisseltakerne ble imidlertid snart sterkt kritisert, da det viste seg at minst tre av gisseltakerne (og muligens hele åtte) hadde blitt summarisk skutt av kommandosoldatene etter de overga seg. I 2002 ble saken tatt opp av offentlige anklagere, men Perus høyesterett dømte saken til å ligge under militære domstoler; og soldatene ble der frikjent. Familiene til MRTA gisseltakerne fremmet en klage til den interamerikanske menneskerettighetskommisjonen IACHR, hvor de anklaget den peruanske staten for brudd på menneskerettighetene. IACHR aksepterte saken og har den under vurdering.