I en alder av åtte år fikk Peter sin første lille båt som han brukte all sin tid i, mens skolen ikke interesserte ham. Han ble venn med sjømenn i den lokale havna og lyttet til deres historier fra fjerne land. Han studerte medisin på Københavns Universitet i en periode, men følte ikke at legegjerningen var hans sanne kall. Freuchen gjennomførte sin første tur til Grønland i 1906, og deretter deltok han i en rekke ekspedisjoner mellom 1910 og 1924, ofte i selskap med den berømte polarforsker Knud Rasmussen.