McAliskey ble svært kjent kom ved utbruddet av «The Troubles, en etnisk-nasjonalistisk konflikt som kom til å dominere Nord-Irland i de neste 30 årene. I det meste av den tiden var McAliskey politisk aktiv, og fremmet politisk for en sosialistisk irsk republikk med 32 sammenslåtte grevskap som burde erstatte de to nåværende statene (Nord-Irland og republikken Irland) på øya Irland. Hun var opprinnelig knyttet til partigruppen People's Democracy (PD), men McAliskey ble senere en av grunnleggerne av Irish Republican Socialist Party (IRSP). McAliskey forlot imidlertid partiet etter et år da medlemmene stemte for at dens paramilitære fløy, Irish National Liberation Army, ikke trengte å adlyde den politiske fløyen.