Den tredje satsen er en scherzo i -takt, som skildrer landlig folkedans og fest. Den er i F-dur, og går tilbake til symfoniens hovednøkkel. Satsen er en endret versjon av den vanlige formen for scherzo, ved at trioen vises to ganger i stedet for bare en gang, og det tredje ankomsten til scherzo-temaet blir avkortet. Kanskje for å imøtekomme dette ganske romslige arrangementet, markerte ikke Beethoven de vanlige interne repetisjonene til scherzoen og trioen. Theodor Adorno identifiserer denne scherzoen som modellen for Anton Bruckners scherzosatser.