I 1523 ble hovedstaden flyttet fra Urbino til Pesaro. Etter at Cesare Borgia hadde hersket over hertugdømmet noen korte år fra 1502 til 1508, falt det inn under den pavelige slekt della Rovere, som beholdt det til 1625, da pave Urban VIII annekterte det til Kirkestaten som (senere ).