Etter hevningen ble dykkeroperasjonene på vrakstedet innstilt selv om utgravningsutstyret og deler av skipet fremdeles lå på bunnen. Stiftelsens midler ble brukt på arbeidet med å konservere flere titusen gjenstander samt for å bevare skipet. Det var ikke midler for dykking på vrakstedet. I 2002 meddelte det britiske forsvaret at man har planer om bygging av to nye hangarskip av Queen Elizabeth-klassen. Ettersom hangarskipene skulle være meget store, måtte utseilingen fra Portsmouths havn undersøkes for å være sikker på at de kunne seile ut uten hensyn til tidevannet. Det ble planlagt å grave en seilrenne ikke langt fra vrakstedet, og derfor ble utgravningene gjentatt for å hente ut det som var tilbake. Hangarskipene ble noe mindre enn opprinnelig tenkt så utseilingen trenger ikke kunstig inngrep, men arbeidet på vrakstedet fortsatte fram til 2005. Noen av de viktige funnene var den forreste forlengelsen av kjølen, en ti meter lang forstavn, som gir en bedre oppfattelse av skipets opprinnelige profil.