Med Paristraktaten og slutten av den spansk-amerikanske krig ble Cebu og resten av de filippinske øyer amerikanske territorier, frem til dannelsen av -æraen (1935–46). Den 21. februar 1899 landsatte USS Petrel (PG-2) en styrke på 40 på Cebus strender. Cebus overgang til amerikansk styre skjedde med Luis Flores' underskrift, skjønt andre ledende cebuanos, som general Arcadio Maxilom og Juan Climaco, kjempet videre helt til 1901. Governør W. H. Taft besøkte Cebu 17. april 1901, og utnevnte Julio Llorento til den første privinsialguvernøren der. Juan Climaco ble valgt til dette embedet i januar 1904.