Mens fartøyene ble gjort istand til reisen til Toulon ble alle gislene i festningene bortsett fra fire befridd; den 24. juni 1799 derimot ankom Nelson med sin flåte, og nektet å anerkjenne kapitulasjonen. Ruffo erklærte indignert at med en gang avtalen ble underskrevet – ikke bare av han selv, men også av de russiske og tyrkiske kommandantene, samt den britiske kaptein Edward Foote – måtte den respekteres; da Nelson nektet, kunngjorde Russo at han ikke ville assistere Nelson i å hærta festningene. Den 26. juni 1799 endret Nelson mening, og ga den britiske ministeren sir William Hamilton tillatelse til å informere kardinalen at han (Nelson) ikke ville gjøre noe for å bryte våpenhvilen; mens kapteinene Bell og Troubridge skrev at de hadde Nelsons tillatelse til å kunngjøre at sistnevnte ikke ville motarbeide republikanernes ombordstigning. Selv om kunngjøringene var tvetydige var republikanerne tilfredsstilte, og steg om bord skipene som hadde blitt fremstilt for dem. Men den 28. juni mottok Nelson depesjer fra hoffet (i svar på sine egne utsendinger), som førte til at han fikk fartøyene plassert under hans skips kanoner, og mange av republikanerne ble deretter arrestert. Caracciolo, som ble fanget mens han forsøkte å flykte fra Napoli, ble stilt for en krigsrett ledet av rojalistoffiserer under Nelsons ledelse på admiralens flaggskip, der han ble dømt til døden og hengt ytterst på råen.