Kongeparet forlot De to Sicilier med et fransk skip, for å søke tilflukt hos Paven i Vatikanet. Etter avsettelsen reiste Marie, som var 19 år på det tidspunktet, verden rundt, gjerne sammen med søsteren Mathilde. Hennes livsførsel førte også til skandaler; hun svømte naken i Ostia, røkte sigarillos offentlig, og i Roma forelsket hun seg i en offiser i den pavelige garde, Armand de Lavayss, som gjorde henne gravid. Hun reiste derfor til foreldrehjemmet i Possenhofen, der familierådet besluttet at Marie skulle sendes til et kloster i Augsburg. Der fødte hun en datter, som straks ble overgitt til faren. Hun måtte sverge overfor familien at hun aldri mer ville se Lavayss, noe som gikk sterkt inn på henne.