Hvert år fryser Miljøprøvebanken ned prøver som representerer miljøtilstanden i norsk natur. Lokalitetene i prøvetakingsprogrammet skal være representative for en region eller område. Lokalitetene skal representere områder med antatte diffuse kilder som for eksempel nær bysentra, det skal være noen referansestasjoner og stasjoner som fanger opp eventuell langtransport av miljøgifter, som i Arktis. Prøvetakingsprogrammet er ikke ment å fange opp utslipp fra enkeltstående punktkilder som for eksempel spesifikke industriutslipp.