Den 11. november 1932 giftet Rockefeller seg med Blanchette Ferry Hooker, som i 1980 ble utnevnt til leder for det asiatiske Kulturrådet, en stilling hun hadde frem til 1990 og som etablerte Blanchette H. Rockefeller Fellowship Fund i Japan. De hadde en sønn og tre døtre sammen. Rockefeller var også president for familiens selskap Rockefeller Brothers Fund fra dets grunnleggelse i 1940 og frem til 1956. Rockefeller College ved Princeton University ble navngitt i hans ære i 1982. Rockefeller døde i en bilulykke i nærheten av Mount Pleasant, New York, i nærheten av Rockefeller-familiens eiendom den 10. juli 1978.