Han var sønn av sogneprest i Sokndal Johan Fritzner, som senere ble forflyttet til Fana utenfor Bergen. Navnet hadde han etter statsminister Otto Thott, som skal ha vært farens velynder. Fritzner ble student fra Bergens katedralskole i 1799. Etter å ha vært huslærer i Leikanger begynte han deretter først å studere teologi ved Københavns universitet, før han gikk over til historie og moderne språk. Etter en tid som lærer i København søkte han tilbake til Norge og ble i 1815 ansatt som adjunkt ved Trondheim katedralskole, hvor han i 1820 avanserte til overlærer. 1833–34 var han mot sin vilje konstituert som skolens rektor. Under den nye rektoren, Fredrik Moltke Bugge, mistrivdes han mer og mer med skolearbeidet. Han tok avskjed som lærer alt i 1838, trolig på grunn av sykdom, og levde siden mange år som ugift pensjonist i Christiania, hvor han hadde mange venner blant sine gamle elever. Han var ofte gjest hos godseier H. H. Brodtkorb på Kjørbo i Sandvika, og tilbragte mye tid med avislesning i leseselskapet Athenæum. Så sent som i 1859, da han var 80 år gammel, ble han spurt om å være eksamenssensor ved , men fraba seg dette vervet.