Etter nesten ti års forsøk i mindre skala med mindre tredetaljer ble den første fasen av konserveringen innledet på «Mary Rose»s skrog i 1994. Under den første fasen som strakk seg til 2003, ble skipet oversprøytet med PEG av lav molekylvekt. Fra 2003 ble PEG med noe høyere molekylvekt brukt for å forsterke overflatens holdbarhet og det fortsatte fram til 2010. Den tredje og siste fasen med kontrollert lufttørring kommer til å vare fra tre til fem år. Slutten på den tredje fasen og deretter den fullstendige konserveringen av «Mary Rose» er satt til senest 2015.