Under den tyske okkupasjonen ble Kirk som hundretalls andre danske kommunister fengslet uten lov og dom i juni 1941. Han satt 26 måneder dels i Horserødleiren, dels i enecelle i Vestre Fængsel, men klarte å flykte derfra 29. august 1943. Resten av okkupasjonstiden lå han i dekning. Etter frigjøringen i mai 1945 gjenopptok han arbeidet sitt som journalist i kommunistavisen .