Ettersom byen er landets hovedstad, har en rekke idrettsbegivenheter funnet sted i San José, særlig nasjonale arrangementer. Estadio Nacional blir brukt som hjemmebane av og klubblaget Brujas de Escazú; stadionet brukes også til friidrett. Byens baseballag spiller hjemmekampene sine på Estadio Antonio Escarré. De viktigste svømmebassengene befinner seg i La Sabana. I Parque de la Paz er det en velodrom og en ishall. Costaricanere flest er glade i utendørsaktiviteter som jogging og sykling, og San Josés parker blir brukt flittig til dette.