Küng skrev et skarpt angrep på pave Johannes Paul II da han lå på dødsleiet i mars 2005, og aviser i en rekke land offentliggjorde det umiddelbart etter pavens død i april. Han hevdet senere også at kardinal Joseph Ratzinger ville manipulere konklavet til å velge en pave som ville komme til å helligkåre Johannes Paul II og fortsette hans konservative kurs. Küng mente at den katolske kirken trenger en pave «som er prest, ikke mediepave», og som ville fokusere på det Küng kalte kirkens indre problemer. . Küng var overbevist om at Ratzinger ikke ville bli valgt til pave, og uttrykte sin skuffelse da dette likevel skjedde.