Japans forsvar bruker et kjernefysisk våpen, Super X III, i forsøk på å reversere Godzillas selvødeleggelse. Men nedsmeltingen kan ikke forhindres. I mellomtiden oppdager forskere at våpen som ble brukt mot den opprinnelige Godzilla i 1954, har mutert til en koloni av prekambriske organismer som ligger i dvale. Skapningene kombineres i flere krabbe-lignende skapninger i menneske-størrelse. Etter flere dødelige trefninger mot militæret smelter skapningene, kalt "Destoroyah" sammen til en enkelt samlet form, som deretter forvandles til sin flygende form og forlater området. Miki Saegusa oppdager Little Godzilla - nå kalt Godzilla Junior - som har vokst betydelig som et resultat av ødeleggelsen av Birth Island. Miki får ordre om å lokke Godzilla Junior til Tokyo, i håp om at Godzilla følger etter dem og kan bli drept av Destoroyah.