Den 7. mars 2009 ble biskop Magee fritatt for sviktende behandling av påstander om seksuelle overgrep mot mindreårige; det skjedde ved at pave Benedikt XVI samme dagen utnevnte biskop Dermot Clifford til apostolisk administrator av Cloyne - det vil si til å overta styringen selv om Magee fortsatt i navnet. Et år etter søkte biskop Magee om aldersbetinget avskjed, og den ble innvilget den 24. mars 2010 av pave Benedikt XVI.