Hun ble først nominert av Det Konservative Folkeparti til Folketinget fra Frederiksværk krets i Københavns amtskrets i 1994, og ble valgt til Folketinget samme år. Året etter ble hun nominert fra Køge krets i Roskilde amtskrets, som hun representerte i Folketinget i perioden 1998–2004. Seeberg kom inn i politikken samtidig med Lene Espersen og Henriette Kjær, og de tre støttespillerne til partileder Hans Engell gikk under økenavnet «Kylle, Pylle og Ryll». Seeberg var de konservatives talskvinne på områder som skatte- og finanspolitikk og utenrikspolitikk. Hun var medlem av Søllerød kommunestyre 2001–2004.