Etter Tysklands anneksjon av Danzig begynte brutale represalier mot den polske sivilbefolkningen. Polakker ble enten arrestert, fordrevet eller myrdet, der massemordet på den polske og kasjubiske intelligensen i skogene ved Piaśnica (rundt 14 000 offer) er et grusomt eksempel. En stor del av den polske befolkningen ble dessuten sendt til de nærliggende konsentrasjonsleirer eller til tvangsarbeid. Allerede siden 1936 hadde det tyske sikkerhetspolitiet observert byens polske miljøer, og samlet inn informasjon som i 1939 ble brukt til å utforme en liste over polakker som skulle arresteres eller henrettes i Operasjon Tannenberg.