I 1864 fikk han i oppdrag av Napoleon III å hjelpe vindyrkerne mot at vinen ble sur under leggingen. Pasteur viste at en kunne drepe bakterier ved å varme vinen til 57° C. Etter at vinsmakere hadde slått fast at smaken ikke var blitt forringet, kunne en ta i bruk framgangsmåten pasteurisering for å sikre vin mot å bli dårlig. Pasteur tenkte aldri på å pasteurisere melk, men dette er i dag en svært vanlig prosess.