Handlingen i spillet foregår i et sciencefictionmiljø. I enspillerdelen er en menneskelignende soldat delaktig i «Operation Overlord», som er et desperat forsøk på å beskytte jorda fra utenomjordisk invasjon. Operasjonen går til motangrep på den fiendtlige planeten til «Cybernetic Strogg-sivilisajonen». Mesteparten av de andre soldatene blir enten fanget eller drept så snart de kommer gjennom planetens atmosfære, så det er opp til spilleren å penetrere Strogg-hovedstaden alene og myrde Strogg-lederen Makron.