Motstand fra religiøse fundamentalister er en betydelig utfordring i kampen mot smittsomme sykdommer. Taliban har i Pakistan og Afghanistan utlyst fatwa mot poliovaksinen idet de mener vaksinen er en vestlig plan for å sterilisere muslimer. I Pakistan har imidlertid andre islamske ledere og politikere utstedt en motsatt fatwa, altså i vaksinasjonens favør. Taliban har kidnappet, banket opp og drept helsepersonell som har arbeidet med vaksineprogrammene, blant disse lederen for Pakistans vaksineprogram. Til dels har USA bidratt til disse konspirasjonsteoriene ved at de organiserte en falsk vaksinekampanje i et forsøk på å spore opp Osama bin Laden.