Finkelstein studerte ved Binghamton University i New York i 1974, og deretter ved École Pratique des Hautes Études i Paris. Han tok mastergrad i statsvitenskap ved Princeton University i 1980, og tok deretter doktorgraden samme sted med en avhandling om sionisme. I 1984 fikk han stor oppmerksomhet da han avslørte flere feil som forfatteren Joan Peters hadde kommet med i boka , som omhandlet historien til det palestinske flyktningsproblemet. Finkelstein gjennomgikk hver eneste fotnote i Peters' bok, som er et forsvar for staten Israel, og konkluderte med at den var «en monumental forfalskning», en konklusjon som har fått støtte fra en rekke fremtredende akademikere.