I 1996 ble Luis Fernández ansatt som ny trener i klubben, og i 1998 ledet han klubben til en sterk andreplass i La Liga, noe som gjorde at de kvalifiserte seg for Mesterligaen. Der ble det imidlertid ingen suksess, og Athletic endte sist i gruppen, med Juventus, Galatasaray og Rosenborg.