Fragmentering kan forekomme i ionekilden (in-source fragmentering) der den har blitt brukt med elektronionisering for å hjelpe til med å identifisere molekyler, og nylig (2020) med elektrosprayionisering har det vist seg å gi den samme fordelen ved å legge til rette for molekylær identifikasjon. Før disse eksperimentene ble fragmentering av kildespredning i kilden generelt betraktet som en uønsket effekt. Elektrosprayionisering ved bruk av Enhanced In-Source Fragmentation / Annotation (EISA) har imidlertid vist seg å fremme fragmentering i kilden som skaper fragmentioner som er konsistente med tandem-massespektrometre. Tandem-massespektrometri-generert fragmentering blir vanligvis laget i kollisjonssonen (post-source-fragmentering) av et tandem-massespektrometer. EISA og kollisjonsindusert dissosiasjon (CID) blant andre fysiske hendelser som påvirker ioner, er en del av gassfase-ionekjemi. Noen få forskjellige typer massefragmentering er kollisjonsindusert dissosiasjon (CID) gjennom kollisjon med nøytralt molekyl, overflateindusert dissosiasjon (SID) ved bruk av hurtigbevegende ione kollisjon med en solid overflate, laserindusert dissosiasjon som bruker laser for å indusere ionedannelse, elektron-capture dissosiasjon (ECD) på grunn av fangst av elektroner med lav energi, elektron-transfer dissosiasjon (ETD) gjennom elektronoverføring mellom ioner, negativ elektron-transfer dissosiasjon (NETD), elektron-detachment dissociation (EDD), fotodissosiasjon, spesielt infrarødt multiphoton dissosiasjon (IRMPD) ved bruk av IR-stråling for bombardement og blackbody infrarød strålingsdissosiasjon (BIRD) som bruker IR-stråling i stedet for laser, High-energy C-trap dissociation (HCD), EISA, og charge remote fragmentation.