Verdigris-elven blir dannet i nærheten av Madison i Kansas ved konvergens av to korte bekker som har sitt utspring der. Elven renner hovedsakelig sørover gjennom hele kursen sin. Sør for byen Coffeyville, går elven Oklahoma River. Verdigris blir en del av Arkansas River, nær byen Muskogee, ca en kilometer oppstrøms for munningen av Neosho River.