Da dette ble avslørt, ble Balboa straks arrestert for oppvigleri mot guvernøren. Kort tid etter kom det skip fra Spania med melding om at kongen hadde mottatt rapport om Balboas oppdagelse av Sydhavet, som så var blitt tatt i besittelse på vegne av spanskekongen, i tillegg til gull og sølv av stor verdi som Balboa hadde ervervet og sendt til kongen.