I mars 2007 var Brnović signert som assisterende manager for Montenegro. I september 2011 ble han utnevnt som hovedtrener etter at Zlatko Kranjčar fikk sparken. Laget kom seg til Euro 2012 playoffs men tapte 0-3 mot Tsjekkia. Den 17. desember i 2015 kom nyheten om at kontrakten til Brnović gikk ut samme året og det var ikke planlagt å forlenge den.