I 1531 spredte den kalvinistiske protestantisme seg i området. Cité forble katolsk, mens den nedre bydelen konverterte til protestantismen, noe som førte til en blodig konflikt mellom de to bydelene i Carcassonne. I 1582 ble den nedre bydelen tildelt tittelen av Languedocstatene. Den sterke rivaliseringen fortsatte, med åndelig og politisk makt (biskopen og kongens representanter) i Cité på bakketoppen, og økonomisk makt og velstand i den nedre bydelen.