Det har eksistert eukaryote organismer i mer enn to milliarder år. Deres siste felles stamart var éncellet og hadde altså etter alt å dømme evolvert en cellekjerne og et par med flimmerhår. Videre hadde den tatt opp en purpurbakterie, som etter hvert ble til den organellen som man i dag kjenner som mitokondrium. Ved den samme mekanismen – opptak av frittlevende organismer (endosymbiose) – oppstod senere, og flere ganger uavhengig, kloroplaster. I løpet av årmilliardene har denne gruppen fått flere og flere arter, deriblant mange nokså komplekse og mange flercellede.