Hanna Schygulla er datter av Joseph Schygulla og Antonie Mzyk. Hun kom med moren i 1945 som flyktning fra Schlesien til München. Faren kom tilbake fra krigsfangenskap i 1948. Hun gikk på Luisengymnasium i München og bodde deretter et år i Paris som au pair. Fra 1964 studerte hun germanistikk og romanistikk, og tok samtidig undervisning i skuespill i München.