I henhold til den nye forfatningen dannet kantonene et løst sammensatt statsforbund. Under presset fra de revolusjonære strømningene som rådde i Europa på 1830-tallet, fikk liberalismen fotfeste også i Sveits, spesielt i de tradisjonelt protestantiske kantonene. Kantonene trakk i ulike retninger, økonomisk og konfesjonelt og motsetningene kulminerte i en borgerkrig, , i 1847 mellom de protestantiske og katolske kantonene. Det umiddelbare grunnen var at de syv katolske kantonene to år tidligere hadde brutt ut og dannet et «separatistforbund», . Krigen varte mindre enn en måned, og de mer folkerike protestantiske kantonene gikk av med seieren. Det var mindre enn hundre omkomne, og bortsett fra et lite opprør var dette den siste væpnede konflikten mellom sveitsere.