Som en av de fremste tillitsvalgte i NKP kom han til å stå i spissen for oppgjøret med Peder Furubotn i 1949. Selv om fløyen ble omtalt som Løvlien-fløyen, etter partiformann Emil Løvlien, var det Strand Johansen som sto for de kraftigste angrepene mot «det annet sentrum» i partiet. Ifølge boka av Ørnulf Tofte i Politiets overvåkingstjeneste hadde Strand Johansen møter med KGBs resident Aleksander Alekhin under det interne partioppgjøret i 1949. I 2014 kom det frem at Mitrokhin-arkivet oppgir at de sovjetiske hemmelige tjenester etablerte kontakt med ham i 1945, da Strand Johansen var stortingsrepresentant og medlem av utenrikskomiteen. Arkivet inneholdt ingen detaljer om hva kontakten førte til.