Indridason har mottatt en rekke priser. I to år på rad fikk han Glassnøkkelprisen, og i 2005 vant han den prestisjefulle Gold Dagger Award fra britiske Crime Writers' Association. I 2021 mottok han, på det islandske språkets dag, Jónas Hallgrímsson-prisen for sitt bidrag til det islandske språket.