Fra 1952 til 1966 ledet Baaken bispedømmets skoleavdeling i tillegg til sine sedvanlige oppgaver som hjelpebiskop. Som konsilfader deltok han på alle fire sesjoner av Det andre Vatikankonsil. I 1967 ble han utnevnt til katedraldekan i Münster. Under den bispevakansen etter valget av biskop Joseph Höffner til erkebiskop av Köln i 1969, ledet han bispedømmet Münster som kapitularvikar inntil biskop Heinrich Tenhumberg ble utnevnt.