Navnet Sekken har ikke noe med en sekk å gjøre, men kommer fra norrønt /sæ-kinn/, som betyr noe slikt som «det bratte landet som stiger opp fra sjøen». Denne egentlige betydninga vises også i måten den innfødte lokalbefolkningen uttaler navnet på øya, /sekkjinn/. Sekken er nemlig den bratteste og høgeste øya i Romsdalsfjorden, mens de andre, som Veøya og Bolsøya, er relativt flate.