Systematikken hos beinfisker har vært utsatt for en del omkalfatringer for å prøve å skape naturlige grupper. En vanlig inndeling er å dele gruppen i to, kjøttfinnefisker og strålefinnefisker, slik at i alle fall én av gruppene utgjør en selvstendig enhet. Siden beinfiskene er den mest artsrike gruppen av virveldyr og har en lang utviklingshistorie bak seg, finnes det svært mange grupper. Mange av gruppene har «gitt opphav» til andre grupper.