Milosevic kontrollerte Serbia fra sin stilling som formann for sentralkomiteen, og den 8. mai 1989 overtok han som president over hele Serbia. Den sosialistiske føderale republikken Jugoslavia brøt opp i 1991 / 1992 i en rekke konflikter etter uavhengighetserklæringene til Slovenia og Kroatia 25. juni 1991, og deretter Bosnia-Hercegovina 5. mars 1992. Makedonia forlot den sovjetiske føderasjonen fredelig 25. september 1991. Den jugoslaviske folkehæren forsøkte, men mislyktes, i å forhindre løsrivelsen fra Slovenia under Slovenia-krigen mellom 26. juni og 6. juli 1991. Den største konflikten på denne tiden var Vukovar-slaget mellom den jugoslaviske folkehæren og forskjellige serbiske paramilitære enheter. Etter utbruddet av Bosnia-krigen, traff den jugoslaviske folkehæren seg fullstendig tilbake fra hele Kroatia.