Det Pasteur kanskje er mest kjent for er , en teknikk som blant annet er viktig i produksjon av melk. Pasteurisering er en teknikk for å drepe mikroorganismer uten å samtidig ødelegge selve maten. Det var Napoleon III som ba Pasteur om å finne ut av sykdommene som var et stort problem i spesielt vinindustrien. Vin er jo som kjent en viktig vare for Frankrike. Han fant ut at vinsykdommene kom av mikroorganismer. Men ved å varme opp vinen til 55 °C i noen minutter døde organismene. Denne teknikken er i dag også mye brukt i øl og melk.