Han fikk mange rasende folk med seg på sin side, og den 24. januar 1744 startet oppstanden med drapet på den italienske sognepresten i Jagna, pater Giuseppe Lamberti S.J. Kort tid etter drepte Dagohoy også pater Morales, og oppstanden spredte seg så over hele Bohol. Biskopen av Cebu, Miguel Lino de Espeleta, forsøkte forgjeves å roe ned situasjonen, og spanjolene forsøkte å gjenopprette sitt styre. Men Dahogoy nedkjempet de spansk–filippinske styrkene som ble satt inn mot ham. Han erklærte øyas uavhengighet og etablerte en egen regjering i fjellene, og var i stand til å utøve kontroll med storparten av øya.