Etter attentatet mot Muhammed Ali Rajai i 1981 ble Ayatollah Khamenei valgt til president i Iran av et massivt flertall ved valget i oktober 1981, og ble den første geistlige som ble president. Khomeini hadde opprinnelig ønsket å holde geistlige borte fra presidentembetet, men endret syn. Mange så presidentskapet til Khamenei som et tegn på at Iran gikk bort fra ideen om sekulært styre.