De vanligste enchilada-variantene er de følgende: Enchiladas verdes: med grønn saus av grønne tomater. Enchiladas rojas: med rød saus av tomater eller tørre chilier (chile guajillo). Enchiladas suizas: med grønn rømmesaus og toppet med gratinert ost. Enchiladas de mole: badet i mole poblano, og av og til sesamfrø. Enchiladas de frijol (eller enfrijoladas): dekket av bønner. Enchiladas de chilorio: med svinekjøtt. Enchiladas potosinas: av små tortillaer fylt med bønnepuré og chili. Stammer fra San Luis Potosí. Enchiladas mexicanas: med grønn saus, rømme og rød saus, i samme rekkefølge som fargene i Mexicos flagg. Enchiladas norteñas: med saus av tomater og chipotle, med gratinert ost og vanligvis fylt med kylling eller poteter. Enchiladas del suelo: av ustekte tortillaer som dyppes i en rød, sterk og tjukk saus, før de puttes i ovnen og deretter fylles med poteter, ost og rømme. Stammer fra Sinaloa. Encremadas: badet i rømmesaus. Entomatadas tampiqueñas: av små, håndlagde tortillaer badet i tomatsaus toppet med ost, vanligvis servert med tampiqueña-kjøtt. Enchiladas dulces: med søt mole som inneholder piloncillo og rosiner. Stammer fra Colima.