Fremgangen stoppet litt opp på hjemmebane på Silverstone, da han kvalifiserte seg kun til en skuffende 6.-plass i Storbritannias Grand Prix. I Tysklands Grand Prix endte han også skuffende på en 5.-plass. Ungarns Grand Prix startet ikke noe bedre, da Button kun kvalifiserte seg til en 8.-plass, og endte på 7.-plass. Samme plass ble det i Europas Grand Prix i Valencia. Button slet hele helgen i Belgias Grand Prix, og greide bare å kvalifisere seg på en 14.-plass. Løpet endte ikke noe bedre, da han ble kjørt på bakfra av Romain Grosjean i enden av Kemmel Straight. Dette ble hans første brutte løp denne sesongen. Han tok derimot en 2.-plass i Italia, og ble verdensmester den 18. oktober 2009 etter å ha tatt en 5.-plass i Brasils Grand Prix. Han endte sesongen med en 3.-plass i Abu Dhabis Grand Prix.