I kontrast til den foregående perioden med økonomisk og demografisk ekspansjon ble 1300-tallet innledet med flere tilbakeslag. Flere perioder med feilslåtte avlinger og hungersnød ble fulgt av den ødeleggende epidemien kalt svartedauden, som tok livet av opp mot halvparten av Europas befolkning. Kristendommen opplevde også flere kriser. Den franske kongen Filip IV flyttet pavedømet fra Roma til Avignon sør i Frankrike mellom 1305 og 1378, noe som gikk under benevningen "det babylonske fangenskapet". På bakgrunn av dette fulgte det vestlige skisma mellom 1378 og 1417 da først to og til slutt tre paver satt samtidig og nektet å si fra seg sine titler. Dette medførte økt lojalitet til den regionale og den nasjonale kirken og man lette stadig oftere etter sekulære løsninger på sosiale problemer. Luthers oppgjør med den katolske kirken i 1517 og dannelsen av protestantismen signaliserte slutten på den gamle ordningen. Den politiske makten begynte å institusjonaliseres i senmiddelalderen, spesielt i stater som England, Frankrike, i kongerikene på Den iberiske halvøy og i Norden. Dette skjedde i høy grad gjennom resultatene av blant annet hundreårskrigen, som trakk opp tydeligere grenser mellom ulike nasjonale interessesfærer.