Job Felix Dobner var sønn av Joseph Dobner, en borger og snekker i Prahas bydel Malá Strana, og hans hustru Marianne Schäffler, en velstående borgerdatter fra Praha, og barnebarn til Michael Dobner fra Haid i Oberpfälzer Wald. Dobners morsmål var tysk. Han lærte latin og tsjekkisk under gymnasieskolegangen.