Clark ble profesjonell senere i 1998 og begynte på Nike Tour, der han vant to turneringer i 2000 for å kvalifisere seg til PGA-touren året etter. Hans første sesong ble avbrutt av en håndleddskade etter kun tre turneringer. Clark gjorde comeback i 2002 og tjente inn nok penger til å beholde spilleretten på PGA-touren.