Lonati var fiolinist ved visekongen av Napolis hoff fra 1665 til 1667, hvor han også tok roller i operaer. Deretter arbeidet han ti år som konsertmester og sanger ved Christina av Sveriges hoff i Roma. Her traff han Alessandro Stradella og Lelio Colista. Lonato samarbeidet med Stradella også senere i Genova. I Roma komponerte han tallrike fiolin- og triosonater som ble forbilder for Arcangelo Corelli og Henry Purcell. I likhet med Corelli underviste Lonati den unge Francesco Geminiani. Francesco Maria Veracini betegnet i 1760 Lonati som den mest virtuose fiolinist i sitt århundre.