Thessaloniki ble okkupert av Wehrmacht 9. april 1941 som den første greske byen. Ved begynnelsen av andre verdenskrig bodde det mellom 72 000 og 77 000 jøder i Hellas, av disse om lag 50 000 i Thessaloniki. Forfølgelsen av jødene i Thessaloniki begynte i juli 1942 da menn mellom 18 og 45 ble satt i tvangsarbeid. Mennene måtte stille opp på en plass i sentrum hvor de ble ydmyket offentlig noe som landets naziaviser lovpriste. I løpet av 3-4 måneder døde 12 % av mennene sendt på tvangsarbeid. Høsten 1942 eksproprierte de kommunale myndighetene den jødiske gravplassen med en halv million graver på 350 dekar. Myndighetene satte inn 500 greske arbeidere som fjernet 100 000 gravsteiner og slettet graver i strid med jødisk tro og skikk.