I 1995 møtte Gallagher skuespilleren Patsy Kensit som da var gift med Jim Kerr. Hun skilte seg fra Kerr og giftet seg med Gallagher 7. april 1997. De har en sønn, Francis Lennon, (født 13. september 1999, men kun ett år etter fødselen ble de skilt. Omtrent på denne tiden møtte Gallagher sangeren Nicole Appleton (som før dette hadde hatt et forhold til Robbie Williams) fra gruppen All Saints. De giftet seg i 2000 og fikk sønnen Gene sammen. De ble skilt i 2014. I tillegg har Gallagher en datter, Molly, med sangeren Lisa Moorish.