Edvard og hans bror Richards skjebne etter at de forsvant er forblitt ukjent, men den mest aksepterte teori er at de ble myrdet etter ordre fra onkelen, kong Rikard III. Thomas More skrev at prinsene ble kvalt i sine hodeputer, og hans redegjørelse danner grunnlaget for William Shakespeares drama (skrevet 1593) hvor Tyrrell myrder prinsene etter ordre fra Rikard. Påfølgende nyevaluering av Rikard III har stilt spørsmål ved hans skyld, begynnende med William Cornwallis tidlig på 1600-tallet. I perioden før prinsenes forsvinning ble Edvard jevnlig besøkt av en lege; historikeren David Baldwin utledet at samtidige kan ha trodd at Edvard døde av en sykdom (eller som resultat av forsøket på å helbrede ham). I fravær av gode bevis har en rekke andre teorier blitt fremmet, hvor de mest diskuterte er om de ble myrdet på ordre fra hertugen av Buckingham eller fra Henry Tudor. Imidlertid har Pollard pekt på at disse teoriene er mindre troverdige enn den mest direkte, at guttene ble drept av sin onkel som kontrollerte tilgangen til dem og som derfor var direkte ansvarlig for deres velferd. En alternativ teori er at Perkin Warbeck, som hevdet å være pretendent til tronen, faktisk var Richard av Shrewsbury, hertug av York, som han hevdet, og som rømte til Flandern etter Rikard III nederlag i slaget ved Bosworth og hvor han bodde hos en tante.