I 1717 ble Heinichen kollega med Johann Sebastian Bach ved hoffet til Prins Leopold av Anhalt-Köthen, og senere kapellmester ved det saksiske hoff i Dresden, der lutheraneren Heinichen komponerte mye katolsk kirkemusikk. Heinichen giftet seg i 1721 i Weissenfels. Fødselen av hans eneste barn ble registrert i januar 1723.