Under Napoleons styre, 1808–1812, ble inkvisisjonen nedlagt. Da Ferdinand VII av Spania kom til makten ble den gjenopprettet. Den 26. juli 1826 ble den siste dødsdommen fra inkvisisjonen eksekvert da skolestyreren Cayetano Ripoli ble garottert i Valencia. Institusjonen ble formelt avskaffet 15. juli 1834.