Til tross for en høy befolkningstetthet, er det naturlige miljøet på øya Likoma stort sett uberørt. Kysten er variert, med steinete bakker, sandbukter og sumper. Det indre av øya er stort sett dekket av gressletter, med et stort antall av baobabtrær (arten ) og mangotrær. Faunaen er for det meste bestående av små krypdyr, amfibier, fugler og en rekke virvelløse dyr, inkludert skorpionedderkopper. Langs kysten ses tidvis krokodiller. Farvannet rundt Likoma, er som vanlig i Malawisjøen, tilholdssted for en rekke ciklider; noen arter, slik som for eksempel , er endemiske til området ved Likoma.