Hans far, som stammet fra Zwolle, var borgermester i Uelsen i grevskapet Bentheim. Etter at Nieuhof i 1640 dro ut som fenrik i Det nederlandske vestindiske kompani til Brasil, tilbragte han sitt liv utenfor Europa. Han reiste i det Ost-Indiske kompanis tjeneste og som privatmann til India, Ceylon, Kina og Indonesia. Bare to ganger, i 1658 og 1671, var han på kortere familiebesøk tilbake i Nederlandene.