Det ble også hæren som gjorde ende på Direktoriet. Napoleon, som etterhvert hadde oppbygget seg en sterk posisjon som krigshelt, vendte tilbake høsten 1799, opptok kontakt med utilfredse kretser omkring Sieyès som søkte en og styrtet den 9. november samme år Direktoriet ved et militærkupp (Brumairekuppet).