Nefertitis opphav er ukjent, bortsett fra at hun hadde en søster som het Mutnedjmet. Hun kan ha vært datter av Ay, Tutankhamon etterfølger, eller kanskje var hun utlending, noe som ville forklare navnet hennes, , «vakker er Atons skjønnheter, den vakre er kommet». Nefertiti og Akhnaton fikk seks døtre; Meritaten, Meketaten, Ankhesenpaaten (senere Ankhesenamun), Neferneferuaten Tasherit, Neferneferure og Setepenre. I løpet av Akhnatons regjeringstid ble det reist flere templer i Karnak i Teben, og ett av dem er innviet til Nefertiti. Her er Nefertiti avbildet på flere relieffer før hun forsvant fra kildene.