Etter Sovjetunionens fall kom det frem at miljøproblemene var større enn hva sovjetiske myndigheter hadde innrømmet. Blant stedene med klare miljøutfordringer var Kolahalvøya ved grensen mot Norge. Rundt industribyene Nikel og Montsjegorsk var all skog drept av forurensning, samtidig som også Norden og andre deler av Russland ble rammet av utslippene. I løpet av 1990-tallet ble man i vesten også bekymret over strålingsfare fra kjernefysiske installasjoner, kasserte atomubåter og behandlingen av kjernefysisk avfall og brukt kjernebrennstoff. Tidlig på 1990-tallet ble det også kjent at Sovjetunionen dumpet radioaktivt materiale i Barentshavet og Karahavet, noe som senere ble bekreftet av det russiske parlamentet. «Kursk»-ulykken i 2000 bidro videre til bekymringene i vest.