Han giftet seg med skuespilleren Amelia Heinle i 1995. Den 10. januar 1996 ble sønnen August Manning Weatherly født i New York City. Paret skilte seg året etter. I 2001 ble Weatherly forlovet med sin -medspiller Jessica Alba, men forlovelsen ble hevet i 2003. I september 2009 giftet Weatherly seg med onkolog Bojana Jankovic.