Da Sebastian var myndig i 1568, og til tross for at ikke hadde en sønn og arving, begynte han å planlegge et korstog mot kongedømmet Fez i Marokko for å dra fordel av borgerkrigen om tronerekkefølgen der. Hans planer ble støttet av antityrkisk-marokkanske fraksjoner. Sebastians onkel, Filip II av Spania, avslo å bli en del av korstoget, men lovte å sende en hærstyrke som støtte, men det skjedde aldri.