I det samme året 1506 startet Julius II et program for å få malt taket i det sixtinske kapell i Vatikanet. Veggene i kapellet hadde blitt dekorert tjue år tidligere. De laveste av de tre nivåene er malt for se ut som hengende gardiner, og var (og noen gang er fortsatt) hengt med et sett veggtepper formgitt av Rafael. Det midterste nivået inneholder et komplekst system med freskomalerier som illustrerer Jesus Kristus' liv på høyre side og livet til Moses på venstre side. Det var utført av en del av de mest kjente renessansemalerne: Botticelli, Ghirlandaio, Perugino, Pinturicchio, Signorelli og Cosimo Rosselli. Det øverste nivået på veggene inneholdt vinduer og mellom disse er det malte par med illusjonistiske nisjer som representerte de første trettito pavene. Et utkast av Matteo d'Amelia indikerer at taket var malt blått slik som Scrovegni-kapellet og dekorert med gullstjerner, muligens en representasjon av stjernetegnene. Det er sannsynlig at ettersom kapellet var setet for faste møter og for gjennomføringen av pavens messer for en framstående gruppe av kirkens embetsmenn og lekfolk som pavens huskapell var det meningen at disse skulle se dekorasjonene og tolke deres ideologiske betydning. Det var pave Julius' hensikt og forventning at ikonografien i taket ville bli lest med mange lag med betydninger.