Den største delen av Store Kjerringvatnet ligger like sør for Brynvatnet og øst for Litle Kjerringvatnet, mens en smal arm strekker seg mot sørvest til sør for Litle Kjerringvatnet. Helt vest i denne delen av Store Kjerringvatnet ligger det naturlige utløpet, som går til Botnelva og Sørfjorden. Den største tilløpselva er Svartelva, som munner ut i sørenden av vatnet.