Fordi europeiske flaggermus lever av insekter, får de vanskeligheter når vinteren kommer og insektene forsvinner. Derfor går de i dvale. Når de går i dvale, synker pulsen fra omkring 500 slag i minuttet til 4 slag i minuttet. Ved normal aktivitet har flaggermusen en kroppstemperatur opp mot 40 grader Celsius, men når de går i dvale synker temperaturen til nærmere 0 grader. Da må de tære på det oppsparte fettlaget. De kan miste opptil en tredel av den vekten de hadde før dvalen. Derfor er det viktig at de får i seg nok næring i sommerhalvåret. Dvalen varer i cirka måneder. De som går først i dvale er oftest de eldre hunnene, så de voksne hannene, og deretter årets unger. Ungene kommer tilslutt fordi de ikke har rukket å vokse seg ferdig og må legge på seg mer.