Margaret Atwoods foreldre møttes da Carl Edmund Atwood studerte entomologi og Margaret Dorothy Killam studerte for å bli nutrisjonist. Begge var fra Nova Scotia. De fikk tre barn: Harold Leslie i 1937, Margaret i 1939 og Ruth i 1951. I og med farens viktige arbeide for å trygge skogbruket, som styrket Canadas økonomi under andre verdenskrig, da han studerte insekter i nordlige Quebec, reiste familien til villmarken, der de to eldre søsknene vokste opp om somrene. Vintrene ble tilbagt i forskjellige byer. I denne periode ble bøker en av de få fritidssyslene. Søsknene begynte også å tegne egne serier, men hun lærte seg også å padle og svømme, og hun lærte seg å nyte villmarken. Hennes tilnavn var .