Hübner tok i 1974 doktorgraden i økonomi ved Handelshøyskolen i Warszawa. Hun har fra 1971 vært tilknyttet samme institusjon, fra 1992 som professor. Fra 1991 til 1994 var Hübner visedirektør for Institutt for utvikling og strategiske studier i Warszawa. Tidlig i sin karriere hadde Hübner forskningsopphold ved Universidad Autonoma i Madrid og ved University of Sussex. Hübner var i årene 1988 til 1990 Fulbright-stipendiat ved University of California, Berkeley.