Azpilcueta var en eksponent for den spanske senskolastikken, også kalt Salamancaskolen. Han var en av denne akademiske strømingens fremste representanter, ved siden av dominikanerne Francisco de Vitoria og Domingo de Soto. Fra 1520-tallet var han medlem av augustinerkorherrenes orden (Canonicorum Regularium Sancti Augustini Confederati, C.R.S.A.).