Juan Subercaseaux Errázuriz stammet fra franske immigranter, både av fransk og av baskisk bakgrunn. Hans oldefar på farssiden, legen Francisco Subercaseaux Breton, kom fra Dax i Aquitaine. Juan Subercaseaux Errázuriz ble født som det fjerde barnet til maleren, diplomaten og politikeren Ramón Subercaseaux Vicuña og hans hustru Amalia Errázuriz Urmeneta, forfatterinne av boken. Hans eldre søsken var maleren og benediktinermunken Pedro Subercaseaux Errázuriz og forretningsmannen og diplomaten Luis Subercaseaux Errázuriz. Han hadde også en yngre bror og to yngre søstre. Juan Subercaseaux Errázuriz vokste opp i en dypt religiøs katolsk familie.