I lærer trilogiens heltinne, Lyra Belacqua, og hennes daimon Pantalaimon, om Støv, en merkelig elementærpartikkel som Kirken tror er beviset på arvesynd. Partiklene tiltrekker seg alle mennesker som har nådd eller kommet over puberteten. Fenomenets merkverdige natur har ledet Kirkens forskere til å utføre ondartede eksperimenter med barn. Barna blir kidnappet, blant dem Lyras nære venn Roger. Lyra og hennes daimon reiser derfor nordover til Svalbard, hvor eksperimentene trolig foregår, for å befri Roger og andre kidnappede barn. De lykkes gjennom samarbeid med hekser og (især Jorek, som blir en nær venn av Lyra). Roger blir senere drept av lord Asriel, angivelig Lyras onkel (som senere blir avslørt som hennes far), i et forsøk på å skape en bro til et annet univers. Han lykkes, og far og datter reiser hver for seg inn i det nye universet, begge på jakt etter kilden til Støv.