Saemien Sijte ble i 2006 omorganisert til en stiftelse som ledes av et styre på fem medlemmer; stiftelsen ble etablert av Sametinget og foreningen i samarbeid. Foreningen Saemien Sijte har overført bygg og virksomhet til stiftelsen. Foreningen eier fortsatt de museumsgjenstandene som var samlet inn før 2006, men gjenstandene disponeres av museet. Foreningen har eget styre, og velger på sitt årsmøte to av styremedlemmene til museet.