Det er til sammen 32 nivåer. Men det finnes også enkelte hemmelige nivåer i spillet som bare kan nås ved å finne alternative utganger fra de vanlige nivåene. Hvis en spiller mister et liv på disse hemmelige nivåene, blir de automatisk returnert til nivået hvor den hemmelige utgangen ble oppdaget. Hver sone har også en spesiell fiende, som må beseires for å få tak i en av de 6 myntene. Hvis spilleren mister alle Marios liv, blir alle de 6 myntene returnert til disse fiendene. I så fall må disse fiendene beseires igjen, for å få tak i myntene en gang til.