Handlingen foregår i det fiktive Star Wars-universet. Oppdragene foregår i sin helhet innenfor hendelsene som er fremstilt i filmen . Spilleren styrer Gavyn Sykes, som er løytnant i Naboos kongelige sikkerhetsstyrker. Sykes og de kongelige sikkerhetsstyrkene bekjemper styrker fra the Trade Federation i 15 forskjellige oppdrag som foregår på Naboo eller i rommet rundt planeten. Spillet konkluderes med at spilleren gjenskaper den klimatiske avslutningen fra filmen i det siste oppdraget, hvor man ødelegger the Trade Federations kontrollskip.