Det øvre templet er det eldste byggverket i Mnajdra-komplekset og er datert til Ggantija-fasen, 3 600-3 200 f.Kr. Det er en bygning med apsider, den sentrale apsidens åpning er blokkert av en lav vegg uten strukturell funksjon. Søylesteinene var dekorert med groper som var boret inn i horisontale rader på den indre overflaten.