Fra 1962 til 1965 ble Andre Vatikankonsil avholdt. Flere av Schillebeeckxs artikler og innlegg skulle øve en innflytelse på konsilets dogmatiske konstitusjoner, de dokumenter som ble utdelt til samtlige konsilsfedre for debatt og godkjenning. I konsilets kjølvann grunnla Schillebeeckx, Chenu, Congar, Karl Rahner og Hans Küng det reformvennlige tidsskriftet .