I 1967 ble han tiltalt for å ha skutt og drept trafikkbetjenten John Frey i forbindelse med en trafikkontroll. I september 1968 ble han dømt for drapet. Etter flere runder i rettsvesenet ble han frikjent og løslatt. Da Newton satt fengslet organiserte Black Panther Party en kampanje for å få han løslatt som oppnådde stor publisitet.