Historien starter med at en ung, naken kvinne ved navn Lucy rømmer under merkelige omstendigheter fra en forskningsinstitusjon utenfor kysten av Kanagawa i Japan. På sin rolige spasertur ut gjennom institusjonen, lemlester og slakter Lucy brutalt ned 23 medlemmer av staben og vaktene (13 i mangaen) takket være en mystisk overnaturlig kraft. Idet hun er på vei ut av bygningen blir hun forsøkt drept av et skudd med en anti-tank rifle. Kulen treffer imidlertid skjevt og slår av henne den kraftige metallhjelmen hun bærer rundt hodet. Hun blir slått bevisstløs og faller ned i sjøen.