Allerede i 1721 ble han implisert i økonomiske uregelmessigheter, men fortsatte som rikskansler. Først i 1724 ble han tvunget til å trekke seg, og han gikk formelt av året etter. Da ble han også funnet skyldig i korrupsjon, etter en tiltale om at han hadde tatt imot mer enn 100 000 pund i bestikkelser, en sum som tilsvarer mange millioner i dagens pundverdi. Han ble ilagt en bot på 30 000 pund og fengslet i Tower of London inntil han hadde gjort opp for seg. Parker var en meget velstående mann, men da mye av hans rikdom kom fra bestikkelsene ble pengene inndratt, og det tok derfor tid før han kunne betale boten. Sine siste år tilbrakte han for det meste på Shirburn Castle, hvor han også er gravlagt.