I 1996 skrev han under for den italienske toppklubben Internazionale Milano F.C., og i 1999 dro han videre til den tyske klubben 1. FC Kaiserslautern. Deretter fulgte et opphold i England, først to sesonger i Bolton Wanderers FC. Han ble solgt til Blackburn Rovers foran sesongen 2004-05, men forlot klubben etter å ha spilt bare 3 kamper. Deretter signerte Djorkaeff for den amerikanske Major League Soccer-klubben MetroStars, og avsluttet karrieren i Red Bull New York i samme liga. Han la opp 29. oktober 2006 etter at han pådro seg en ankelskade.