Den «nye» byen ble grunnlagt i 1101. I 1260 underkastet Al-Hilla seg frivillig under mongolene og unngikk dermed de ødeleggelser dom mner gjenstridige byer måtte lide; Hülegü fremmet til og med de sjiittiske høylærde her. Dermed vokste det i middelalderen frem en fremragende lærddomsskole her, med representanter som blant andre Al-Hilli.