På begynnelsen av 1980-årene innledet Barenboim et forhold til pianisten Elena Bashkirova. De fikk to barn sammen, David og Michael, som begge ble født etter du Prés død. Barenboim bestrebet seg på å holde forholdet hemmelig for du Pré. Barenboim og Bashkirova giftet seg i 1988.