Bhutan har stor artsrikdom, og mange arter som er særegne for landet. I alt er 5 000 ulike plantearter registrert. Det er et mål for myndighetene å bevare 60 % av landet skogkledt. En skogkartlegging i 2005 dokumenterte at skogdekningen i dag er 64 %. 26 % av landet er vernet som nasjonalparker og andre vernekategorier.