Etter en 19 måneders lang ferd på havet, som startet i Nederlandene, endte han opp i Japan i april 1600. Adams og de overlevende besetningsmedlemmene ble tatt til fange og ført til lensherren Tokugawa Ieyasu som senere samme år skulle bli utnevnt til shogun, det vil si Japans høyeste militære befalingsmann og enevoldshersker.