Byen fungerte som hovedstaden i det innflytelsesrike sultanatet i Mogadishu fra det 9. til det 13. århundret; sultanen i Mogadishu kontrollerte gjennom mange århundrer gullhandelen i Det indiske hav. På 1200-tallet ble byen underlagt Ajuran-sultanatet, som var en viktig aktør i middelalderens maritime handel langs Silkeveien.