Halfdan Sundt var sønn av Peter Ingvart Sundt (1841–1917) og Anna Christiane Salvesen (1844–1906). Faren var konsul i Farsund og av Sundt (slekt). Hans trillingbrødre var juristene Vigleik Trygve Sundt (1873–1948) og Bjarne Sundt (1873–1906).