Under osmansk styre var byen administrativ senter for Bosnisk Eyalet, og de lokale stormennene bygde ut hoveddelen av dagens gatenett. Blant disse bygrunnleggerne var Ferhat-paša Sokolović, som i årene mellom 1566 og 1574 bygget mer enn 200 ulike bygninger, varierende fra butikker, staller, bad og moskeer. Denne ekspansjonen førte til at byen ble et økonomisk senter, etter hvert for hele Bosnia. I 1660 ble byen satt i brann av en østerriksk militæravdeling, men ble raskt bygget opp igjen. Stadige militære trusler fra Østerrike førte til at byen ble forsterket med militære installasjoner, og det ble et militært senter.