I 1788 deltok han i agitasjonen som førte til at de franske Estates-General ble sammenkalt. Thouret ble valgt til medlem av Estates-General fra tredjestandforsamlingen i Rouen, og var medvirkende i sammenstillingen av de lokale cahiers de doléances. I den nasjonale konstituente forsamling (fra 17. juni 1789) fikk han ved sin veltalenhet stor innflytelse. Som så mange andre jurister på den tid var han kraftig motstander av presteskapet, og gikk sterkt inn for sekulariseringen av kirkelig eiendom. Han gikk også inn for undertrykkelsen av de kirkelige ordenssamfunn og alle kirkelige privilegier, og bidro aktivt til endringer i det rettslige og administrative system. Han ønsket i særdeleshet en uniform sivilkodeks.