Den andre boken utgjør en lengre digresjon om Egypts historie som Kyros' etterfølger, Kambyses II, annekterer til riket. De følgende fire bøkene tar for seg den videre veksten til riket under Dareios I, det joniske opprøret og brenningen av Sardis, en handling som athenerne og minst en annen gresk polis deltok i. Den sjette boken beskriver det første persiske streiftoget inn i Hellas, et angrep på de som hjalp jonerne og som hevn for det påfølgende angrepet på Sardis, som endte med persernes nederlag i 490 f.Kr. i slaget ved Marathon, nær Athen.