På Vágar ligger øygruppens to største innsjøer, Sørvágsvatn (3,57 km²) og Fjallavatn (1,03 km²). Grensen mellom øyas to kommuner er trukket gjennom disse to innsjøene, i nordvestlig–sørøstlig retning. Fjallavatn drenerer i havet nordover gjennom en 80 m høy foss i den 1,5 km lange elven Reipsá. Sørvágsvatn drenerer i havet sørover gjennom den 32 m høye Bøsdalafossur. Sørvágsvatn er på det meste 59 m dyp, 6 km lang og 0,8 km bred. Vatnsoyrar i innsjøens nordlige ende er Færøyenes eneste innlandsbygd.