Som eldre mann fikk han under Maria i oppdrag å omgjøre mye av det han hadde bidratt til i tidligere år. Ikke minst var det viktig å vise at dronningen var ektefødt og at hennes mors ekteskap hadde vært gyldig. Maria var også katolikk, og Gardiners prinsipielle innvendinger mot reformasjonen førte til at han ble viktig i gjeninnføringen av katolsk trosliv. Han måtte formelt trekke tilbake det han hadde sagt offentlig om kongens overhøyhet i forhold til kirken. Det har blitt sagt at han skrev en formell tilbaketrekking av , men det er antagelig en misforståelse. Skriftet det siktes til er antagelig hans preken på adventssøndag i 1554, etter at kardinal Reginald Pole hadde gitt riket absolusjon for skisma.