Den 21. november meldte klubben at den var blitt enig med Steinar Nilsen, og han overtok treneransvaret fra og med 1. januar 2009 Første sesong som trener i SK Brann endte med kvartfinale i cupen og sjetteplass i serien. Han ble imidlertid enig med klubben om å avslutte samarbeidet den 22. mai 2010 etter dårlige resultater i serien, samt et utløsende 0–1 tap mot 2.-divisjonslaget og bynabo FK Fyllingsdalen i cupens andre runde.