I april 1999 erklærte han sitt kandidatur i de republikanske primærvalgene foran presidentvalget i 2000. Med hentydning til George W. Bush sa Quayle at «vi vil ikke ha enda en kandidat som trenger arbeidstrening». Blant de som erklærte sin støtte til Quayle, var de tidligere senatorene Mack Mattingly, Dan Coats og Spencer Abraham, de tidligere guvernørene Otis R. Bowen, John H. Sununu og Carroll A. Campbell, daværende guvernør Kirk Fordice og 11 kongressrepresentanter. I en prøvevotering i Iowa i august 1999, det første primærvalget i rekken, fikk Quayle bare 3,9 % stemmene. Quayle var erfaren, men svekket av ettermælet som visepresident. Han trakk seg som kandidat i september 1999, og gav sin støtte til George W. Bush, som også ble valgt til president.