I reaksjon mot anarkiet og krigsherreveldet som dominerte landet, og mangelen på pashtunsk representasjon i Kabul-regjeringen, oppstod en bevegelse kalt Taliban. Mange talibanere var blitt utdannet i madrassaer i Pakistan og de var hovedsakelig pashtunere fra landsbygda. Denne gruppen hadde som mål å fjerne krigsherrene, sørge for lov og orden og innføre den strenge islamske sharialoven i landet. Den mottok betydelig støtte fra Pakistan. I 1994 oppnådde den nok styrke til å erobre Kandahar fra en lokal krigsherre, og fortsatte å utvide sin kontroll gjennom Afghanistan; den okkuperte Herat i september 1995, så Kabul i september 1996 og erklærte opprettelsen av Det islamske emiratet Afghanistan (selv om det ikke fantes noen emir). På slutten av 1998 okkuperte Taliban rundt 90% av landet, og begrenset opposisjonen først og fremst til et lite, hovedsakelig tadsjikisk, hjørne i nordøst og i Panjshir-dalen. Forsøk fra FN, prominente afghanere i utlandet og andre interesserte land på å bringe en fredelig løsning til den pågående konflikten endte i ingenting, først og fremst pga. staheten til talibanerne.