Av teateroppsetninger kan særskilt nevnes Henrik Ibsens (1985) og (1995) på Trøndelag Teater samt Shakespeares ved Den Nationale Scene (1987) og David Edgars ved Nationaltheatret (2005). Mærli har dessuten regissert over 20 Ibsen-oppsetninger i blant annet Norge, Sverige, Danmark, Tyskland og Japan. Han var sjef for Trøndelag Teater 1992-1997.