I middelalderen var stedet et sete for bispesetet av Ross, da kalt for og da kalt for Chanonry, for å være Chanory of Ross. Det var opprinnelig to byer, Chanonry og Rosemarkie, kun 0,8 km unna hverandre. Fortrose skylder sin opprinnelse til beslutningen av biskop Robert på 1200-tallet om å bygge en ny katedral i Ross der. Dette skulle erstatte Church of St Peter i nærliggende Rosemarkie. De to byene ble først politisk forent under Jakob II av Skottland som konstituerte byen i 1455 som en fri burgh til fordel for biskopen av Ross. Den ble underlagt kronen etter reformasjonen i Skottland, og i 1592 ble byene gjenforent under tittelen den kongelige burgh of Fortross, deretter myknet til det nåværende navnet Fortrose. Katedralen ble i stor grad revet på midten av 1600-tallet av Oliver Cromwell for å skaffe byggematerialer til en festning i Inverness. Den hvelvede sørgangen, med klokketårn og et frittliggende kapittelhus (brukt som bomstasjonen til Fortrose etter reformasjonen) gjenstår. Disse fragmentene, selv om de er beskjedne i skala, viser betydelig arkitektonisk raffinement, og er administrert av Historic Scotland (ingen inngangsavgift).