En bitter borgerkrig brøt ut som endte med at Alfonso ble tvunget i 1282 til å akseptere Sancho som sin arving framfor de yngre sønnesønnene. Kun byene Sevilla, Murcia og Badajoz forble lojale til ham. Da Alfonso forsøkte å forene nasjonen i et korstog, gikk både hans sønn, adelen og de innlandske maurerne imot ham, og da han allierte seg med sin tidligere fiende, emiren av Marokko, ble han fordømt av sine egne som en fiende av den katolske tro. Han døde beseiret, desillusjonert og forlatt i Sevilla i 1284. Han etterlot et testamente hvor han forsøkte å ekskludere sønnen Sancho. Det var invitasjon til fortsatt borgerkrig.