Den opprinnelig foreslåtte ruten ville ha tatt fakkelen gjennom Taipei underveis fra Vietnam til Hongkong. Regjeringen i Taiwan protesterte på dette forslaget, og hevdet at ved denne ruten ville Taiwan være en del av den innenlandske fakkelstafetten, i stedet for den internasjonale. Denne konflikten, så vel som krav om at flagget for Republikken Kina og nasjonalsangen til Republikken Kina skulle skjules langs ruten, gjorde at regjeringen i Taiwan avviste forslaget om at Taiwan skulle være en del av stafetten.