Etter en lysende start på sesongen etter, falt formen gradvis og optimismen ble svekket. Shankly fikk lite penger til kjøp av nye spillere og han var lite villig til å gi unge, lovende talenter sjansen. Dette på grunn av lojaliteten han hadde ovenfor veteranene i klubben, en svakhet som også skulle komme til syne senere som manager for Liverpool. I januar 1954 leverte han sin oppsigelse, og uttalte at mangelen på sportslig satsing i styret var den største årsaken.