I begynnelsen av krigen brukte tyskerne også overflateskip mot handelsfartøy, et av dem var krysseren «Admiral Graf Spee» som i perioden september-desember 1939 senket 9 allierte handelsskip. I desember ble «Admiral Graf Spee» funnet av den britiske marinen, og etter en kort trefning valgte skipets kaptein å senke skipet den 17. desember 1939. Hjelpeskipet «Altmark» unnslapp imidlertid med over 300 allierte krigsfanger, men ble senere oppbrakt av den britiske marinen i Jøssingfjorden i operasjonen som ble kjent som Altmark-saken.