Alger etterfulgte i 1897 Daniel S. Lamont som krigsminister. Han fikk kritikk for USAs forberedelser forut for den spansk-amerikanske krig 1898 og motstanderne myntet begrepet «Algerism» som et uttrykk for inkompetanse innen administrasjonen. Han fratrådte i 1899 og ble etterfulgt av Elihu Root. Alger svarte senere på kritikken med å skrive boken som utkom i 1901. Særlig ble det lagt ham til last at han utnevnte William R. Shafter som leder for Cuba-ekspedisjonen.