Under ledelse av Tomislav Ivic endte Paris Saint-Germain 1988/89-sesongen med andreplass på tabellen, tre poeng bak seriemester . Montpellier ønsket Perez tilbake etter låneoppholdet. Perez ønsket imidlertid å bli i hovedstaden, så Paris Saint-Germain benyttet seg av opsjonen om å kjøpe ham etter låneavtalens utløp. De fire sesongene Perez tilbragte hos Paris SG var de beste årene av hans fotballkarriere. Hans landslagskarriere utspant seg over samme periode. Liten av vekst, markerte Perez seg i en offensiv midtbanerolle som en kreativ spiller med solid ballkontroll, lavt tyngdepunkt og en god venstrefot.