Fra mars 1947 til juni 1949, var McCloy ansatt som president for Verdensbanken. I 1949 erstattet han Lucius D. Clay, som var den tidligere militære guvernøren for den amerikanske sone i det okkuperte Tyskland, som den amerikanske høykommissær for Tyskland og han holdt denne posisjonen frem til 1952, deretter ledet han etableringen av Forbundsrepublikken Tyskland.