Charles Stoddart kom frem til Bukhara den 17. desember 1838 og ble arrestert fire dager etter. Det er blitt angitt forskjellige mulige grunner for dette. Han skal for eksempel ha ikke steget ned av sin hest inne i palassområdet, ha slått en hoffmann, eller ha trukket sin korde da man ville tvinge ham til å bøye seg ned. De følgende måneder ble han hold i fangenskap, under svært vekslende forhold, blant annet i en .