Kerner og hans medarbeidere ble den 16. juni 1947 dømt til døden for forbrytelser mot straffelovens § 233, jf. lov nr 14 av 13. desember 1946 – forbrytelser mot norske patrioter. Kerner ble opprinnelig tiltalt for blant annet å ha henrettet en rekke sovjetiske krigsfanger. Grunnlaget for tiltalen var at samtlige av disse drapene var gjennomført uten at det forelå dom eller rettsbehandling. Likevel frifant Høyesterett Kerner på dette punktet, da det var mangelfullt bevisgrunnlag for hvorvidt minstekravene for en lovlig henrettelse var blitt oppfylt. Dødsstraffen ble i 1948 omgjort til livsvarig fengsel. Kerner ble løslatt i oktober 1953 og returnert til Tyskland.