Katedralens fundamenter er fra angelsaksisk tid, datert til 907. I 1092 gunnla Hugh Lupus, jarl av Chester et benediktinerkloster på stedet. Det ble viet til stedets skytshelgen, St. Werburga. Klosterkirken ble stadig utvidet inntil 1250, da den stort sett hadde fått dagens form.