På grunn av hans standpunkt mot verneplikt hadde han et godt forhold med statsministeren William Lyon Mackenzie King, som ville ha McNaughton utnevnt til den første canadiskfødte generalguvernør. I stedet ble McNaughton forsvarsminister da Ralston ble tvunget til å si opp på grunn av den canadiske vernepliktskrisen i 1944. Men McNaughton ble tilslutt tvunget til å innføre verneplikt likevel. Han ble ikke valgt inn i Parlamentet i 1945 og sa opp forsvarsministerstillingen.