I ungdomsårene i Egypt var Eli Cohen aktiv i en rekke sionistiske organisasjoner. Da han begynte på sine tekniske studier ble han i 1944 rekruttert av Haganah. Han ble utvist fra universitetet på grunn av sin sionistiske virksomhet, studerte dermed videre i hjemmet på egen hånd og viet seg intensivt til jødenes innvandring til Israel. I januar 1947 meldte Eli seg til tjenestegjøring i den egyptiske hær som et alternativ til å betale det beløp som alle unge jøder var forbliktet til å betale, men han ble erklært ikke tjenestedyktig på grunnlag av tvilsom lojalitet.