Umiddelbart etter valget gjorde Merkel krav på fraksjonsledervervet i Forbundsdagen, som Friedrich Merz hadde innehatt til da. Hun ville fremstå som opposisjonsleder overfor regjeringen i parlamentet. Merz ønsket imidlertid ikke å gi opp fraksjonsledervervet, og kritiserte Merkel. På det avgjørende styremøtet i CDU skal Stoibers stemme til fordel for Merkel ha gjort utslaget. Forholdet mellom Merz og Merkel hadde allerede tidligere båret preg av konfliktfylt konkurransesituasjon. I november 2002 ble Merkel gjenvalgt som CDU-leder med 746 av 796 stemmer.