Under den tyske okkupasjonen var Buhl overbevist om at samarbejdspolitikken var riktig og helt nødvendig, men han ønsket ingen tysk seier, og allerede i november 1942 måtte han gå av etter tysk press og ble etterfulgt av Erik Scavenius. Under den regjeringsløse tiden etter 29. august 1943 fremsto han som den uformelle, men faktiske regjeringslederen, og var den som satt i spissen i forhandlingene med Frihetsrådet om de fremtidige politiske forholdene etter det forventede tyske nederlaget.