I byen Postoloprty (tysk: ) ble minst 800 etniske tyskere torturert og henrettet 3.–6. juni 1945. Myndighetene i Praha gransket hendelsen i 1947. Granskingen konkluderte med at massakren var utført av hæren med bifall fra lokalbefolkningen, og anbefalte at likene ble gravd opp og brent. Flere massegraver i Postoloprty ble deretter åpnet, 763 døde brent for å fjerne minnet om massakren og dokumentene om saken ble hemmeligstemplet. En tsjekkisk journalist kom ved en tilfeldighet over saken i 1990-årene. I byen Staré Město pod Landštejnem (tysk: ) sør i Böhmen bodde det etter krigen stort sett kvinner, barn og eldre fordi yngre menn enten var døde eller i fangenskap. Innbyggerne i Altstadt ble fratatt verdigjenstander og deretter drevet over grensen til Østerrike. Seks menn, blant annet den lokale lederen av NSDAP, ble holdt tilbake, torturert og henrettet. I Domažlice (tysk: Taus) ble 120 personer henrettet bak jernbanestasjonen og lagt i massegraver. I Horní Moštěnice, nær Přerov, stanset offiseren Karol Pazúr et tog fullt av etnisk tyske. Pazúr og hans menn skjøt og drept 71 menn, 120 kvinner og 74 barn fra toget. Ifølge forfatteren Keith Lowe fordømte regjeringen ofte slik voldsbruk. Lowe skriver at Beneš og hans regjeringen med sin retorikk bidro i liten grad til å legge en demper på volden. Beneš sa i sin første tale i Praha at alle tyskerne fortjente begrenset forakt fra hele menneskeheten. Prokop Drtina, senere justisminister, uttalte at det bare finnes onde og enda ondere tyskere, at tyskerne er et sår i landets legeme og at hele det tyske folk må straffes for forbrytelsene begått under krigen.