Morelos ligger i det meksikanske høylandet, og er fjellrikt. Den høyeste toppen er Popocatépetl, 5452 meter høyt. Den sentrale delen er imidlertid et dalføre rundt hovedstaden Cuernavaca som ligger i ca. 1500 meters høyde. Her er klimaet noe varmere enn i Mexico by, og en del tropiske vekster som ikke gror i Mexico by, finnes her.