I 1825 tilbød John Barclay ham partnerskap på sin anatomiskole på Surgeon's Square, Edinburgh. For at Knox' foredrag skulle bli anerkjent av Edinburgh College of Surgeons måte Knox få adgang til fellesskapet; en formalitet, men 250 pund var dyrt. På denne tiden var lønnen til de fleste professorstillingene en gave fra byrådet, noe som resulterte i slike uinspirerende lærere som professor i anatomi, Alexander Monro, som underviste mange av elever (inkludert den unge Charles Darwin som tok kurset 1825-1827). Dette skapte etterspørsel etter privatundervisning, og den flamboyante Knox – som var eneansvarlig etter Barclays død i 1826 – hadde flere studenter enn alle de andre privatlærerne til sammen.