Grunnet sitt påståtte forræderi mot legionen var han upopulær i Praha og slet både med å finne en forlegger og med dårlig helse. 25. august 1921 flyttet han til Lipnice nad Sázavou der han rakk å fullføre ytterligere to bind av Švejk (det fjerde var påbegynt). Han døde 3. januar 1923 av hjertestans.