Griffenfeld mislyktes i sitt arbeid for å hindre krig, og i 1675 kom Danmark-Norge i væpnet konflikt med Sverige, den skånske krig. Forskjellige forhandlinger rundt opptakten til krigen og hans franskvennlighet førte blant andre ting til at han ble beskyldt for landsforræderi og majestetsforbrytelse. Den om morgenen ble Griffenfeld arrestert på Københavns slott og brakt som fange til Kastellet.