Lie ble meget oppbrakt da han kvelden 10. april fikk melding om at Quisling hadde oppnevnt ham som justisminister i Quislings kortvarige kuppregjering 9. april 1940. Lie sammenlignet Quislings kuppregjering med Terijokiregjeringen til Otto Kuusinen og tok avstand fra den. Hans protest mot ministerutnevnelsen ble også offentliggjort i Finnmark Radio kl 23.00 10. april, og gjentatt i senere samtaler med C.J. Hambro i Stockholm, samt til svenske journalister. Det gikk melding om dette ut over Tidningarnas Telegrambyrå 11. april. Han sendte også et telegram til Quisling med denne beskjed. Fiendskapet mellom Lie og Quisling fortsatte under hele okkupasjonen.