Bruken av enteogener i Europa ble nærmest utryddet med framveksten av post-romersk kristendom og især under de store hekseprosessene i tidlig moderne tid. Europeiske hekser brukte ulike enteogener, inkludert belladonnaurt (), alrune og bulmeurt (). Disse plantene ble brukt til blant annet framstillingen av «flygesalver». I kristne samfunn trodde man gjerne at hekser kunne fly gjennom lufta på sopelimer etter at disse var påført et lag med salve som så igjen ble påført huden. Som en konsekvens måtte enhver tilknytning til disse plantene ha vært ekstremt farlig da det kunne føre til at en ble henrettet som utøver av heksekunster. Inntrengningen av romersk kristendom brakte også med seg slutten på den totusen-årige tradisjonen til de eleusinske mysterier, innvielsesseremonien til Demeter og Persefones kult som involverte bruken av en mulig enteogen substans omtalt som Kykeon. På liknende vis foreligger det bevis for at lystgass eller etylen delvis kan ha spilt en rolle i de visjonene som er kjent hos det tilsvarende langlivede oraklet i Delfi.