Den 1. april 2002 trakk den som liberal betraktede biskopen tilbake fra sitt embede. Det skyldtes historiske tilfeller av prestelige seksuelle overgrep mot mindreårige, tilfeller biskopen måtte ha kjent til å lang tid men uten å ha gått til tilstrekkelige tiltak. Det kom for dagen at i et fjernsynsprogram - BBC: «Suing the Pope» - at en fader Seán Fortune hadde misbrukt en rekke barn mens biskop Brendan Comiskey satt på bispestolen. Fortune ver en seriepedofil med manipulativ personlighet, og Comiskey innrømmet han var vanskelig å ha med å gjøre. Fortune begikk selvmord mens han var på kausjon.