Retikulærsubstansen og hjernestammen er hovedansvarlige for kontroll av sympatisk og parasympatisk nerveaktivitet. Begge områdene mottar afferente nervefibre og er kontinuerlig oppdatert på aktiviteten i samtlige sensoriske baner. Efferente forbindelser er også tallrike.Retikulærsubstansen og hjernestammen er dermed i stand til å regulere autonom nerveaktivitet i samsvar med sanseimpulser, både bevisste og ubevisste, og å samordne autonome reaksjoner med motorisk adferd.