Admiral Nimitz hadde én kritisk fordel over de japanske styrkene, amerikanske kryptoanalytikere hadde delvis brutt den japanske marinens kode (benevnt JN-25b av US Navy). Fra tidlig i 1942 hadde amerikanerne dekodet meldinger som sa at det snart ville bli en operasjon mot objektet «AF». Det var opprinnelig ikke kjent hvor AF var, men kommandør Joseph Rochefort og hans stab ved Station HYPO (US Navys signaletteretningsbase på Hawaii) klarte å bekrefte at det var Midway. Det skjedde ved at kommandørkaptein Wilfred Holmes foreslo en felle for japanerne. Basen på Midway ble beordret (via avlyttingssikker sjøkabel) å sende en ukodet radiomelding som meldte at Midways avsaltingsanlegg hadde brutt sammen. Innen det var gått ett døgn fanget kodebryterne opp en japansk melding som slo fast at «AF har lite vann». Ingen japansk radiooperatør som avlyttet meldingen syntes opptatt av at amerikanerne kringkastet ukodet at en viktig marinebase nær den japanske fronten manglet vann, noe som kunne varslet japanske etterretningsoffiserer at det var et forsøk på villedning.