Hyde Parker ble admiral 14. februar 1799. I 1801 ble han utnevnt til sjef for styrken som skulle bryte opp det nordlige nøytralitetsforbundet, med viseadmiral Horatio Nelson som nestkommanderende. København som var styrkens første mål falt i angrepet på Københavns red 2. april 1801 ved heftige angrep fra Nelsons skvadron, Parker med sine tyngre skip tok lite del i kampene. Ved slagets mest intense fase heiste Parker flaggsignaler for å få Nelson til å trekke seg tilbake, mens Nelson satte kikkerten for sitt blinde øye og utbrøt at «Jeg ser faktisk ikke signalet». Parkers motvilje mot å avansere inn i Østersjøen etter seieren ble senere sterkt kritisert. Kort etter ble han kalt tilbake og Nelson etterfulgte han som sjef for styrken.