Mens Zenon levde i Antiokia med sin familie sympatiserte han med monofysittiske synspunktene til Peter Fullo, patriarken i Antiokia, og støttet ham mot hans motstander, biskop Martyrius av Khalkedon. Zenon tillot at munker fra klostre i nærheten kom til Antiokia som Peter Fullos tilhengere, og overså deres vold mot Martyrius' tilhengere. Martyrius dro til Konstantinopel og bad Leo om hjelp, men da han kom til Antiokia i 470 ble han informert om at Peter Fullo var blitt valgt til biskop, og resignerte. Leo reagerte ved å beordre Peter i landflyktighet og adresserte til Zenon den 1. juni 471 en lov som forbød munker fra å forlate sine klostre og oppmuntre til opprør. I samme tidsrom måtte Zenon også ta seg av et angrep fra makronere, et folkeslag i Kolchis, som angrep romerske Armenia.