I august 2000 ble Mwanawasa valgt som MMDs presidentkandidat til valget i 2001. Han vant valget, som ble avholdt 27. desember 2001, og ble innsatt som president 2. januar 2002. De største opposisjonspartiene hevdet at resultatet måtte kjennes ugyldig, men valget ble godkjent av rettssystemet.