På grunn av sine spurtegenskaper hadde Northug sine beste resultater i fellesstarter og stafetter. Men i det første rennet i verdenscupen i sesongen 2008/09 satte han ny personlig rekord i individuell start med en tredjeplass på 15 km fristil. Han avgjorde også stafetten i Gällivare, hvor han spurtslo blant annet svenske Marcus Hellner og tyske Axel Teichmann, selv om han ødela trinsen på den ene staven like før oppløpet. Northug imponerte også da han vant 30 km fristil fellesstart i La Clusaz ved å spurtslå sveitsiske Dario Cologna. Han gikk igjen siste etappe for Norge på stafetten dagen etter, og igjen vant han, denne gangen ved å dra fra i siste bakke.