Nielsen ble satt i fengsel sommeren 1884 for å sone en straff på 16 år. I fengselet prøvde han to ganger å drepe fengselsbetjenter; muligens fordi han ikke holdt ut å sitte innesperret. Han ble dømt skyldig av underrett, overrett og høyesterett, som alle tre dømte ham til døden.