Grunnstoffene som inngår i kretsløpene finnes i store lagre i den ikke-levende naturen. Av disse er det bare en meget liten del som går inn i kretsløpene i økosystemene. Mange av stoffene finnes i små mengder på jorden eller i en slik form at de ikke så lett kan gå inn i kretsløpene. Stoffkretsløpene er dermed ikke fullstendige. En viktig forskjell mellom stoffkretsløpene og energistrømmene i naturen, er at næring går i kretsløp, mens energi kun strømmer én vei og går over til termisk energi, istedenfor å kunne gjenbrukes på nytt av plantene.