Japansk signaletterretning fanget opp økt amerikansk ubåtaktivitet og radiotrafikk, og det var kjent av Yamamoto før slaget. De japanske planene ble ikke endret. Yamamoto som var om bord på slagskipet «Yamato» antok Nagumo hadde mottatt samme informasjon fra Tokyo, og kommuniserte ikke med han over radio, for å unngå å avsløre sin posisjon. Denne informasjonen ble, i motsetning til hva tidligere historie har hevdet, også mottatt av Nagumo før slaget begynte. Av ukjente grunner endret ikke Nagumo sin plan, eller tok ekstra forholdsregler.