Slutten av 2009 endte ikke godt for Cena. Santino Marella kom på banen og tok WWE-tittelen fra han. Etter den kampen lovet Cena at han ikke skulle tape flere kamper før han igjen var WWE-champion. Dette gikk bra helt til aller siste kamp i 2009 da han igjen fikk utfordre Sheamus. Han vant den kampen på grunn av at Sheamus diskvalifiserte seg selv ved å dra ned dommeren, men en tittel kan bare vinnes av pinfall eller overgivelse.