Den 2. februar 1998 (Cebu Pacific rute 387), en DC-9-30, i en rute fra Manila til Cagayan de Oro, krasjet i fjellet Mount Sumagaya. Alle de 104 om bord, døde. Ulykken skyldes piloten. Flyet skulle mellomlande i Tacloban, noe som flyet gjorde sjelden. Pilotene var ikke kjent i området. Den 3. mai 2006 (Cebu Pacific rute 393), en DC-9-30 i en rute fra Davao til Zamboanga. Etter flyet landa, begynte det venstre hjulet på å brenne. Ingen av de 100 passasjerene ble skada. Flyplassen ble stengt i 23 timer etter ulykka.