Den 8. mars 1942 kapitulerte Koninklijk Nederlands-Indisch Leger (KNIL - de nederlandske kolonialstyrker) til japanerne. Øyene Kei og Tanimbar ble ikke okkupert før den 30. juli 1942. Biskop Aerts var blitt gitt sjansen til å flykte til Australia, men han ville forbli med den troende menighet, og andre misjonærer tenkte likeså.