Den vestlige delen nord til kystfjellene Baudó dreneres av en rekke mindre elver som renner ut i Stillehavet. I dalen mellom Baudófjellene og Cordillera Occidental renner elva Atrato nordover og ut i Det karibiske hav. De østlige hellingene hører til Caucas nedbørfelt som også drenerer til Det karibiske hav.