Mellom 1982 og 1985 startet Mugabe en hemmelig utryddelseskrig mot sine tidligere allierte ZAPU. Tusener – opp mot 20 000 ifølge enkelte kilder – ZAPU-tilhengere ble drept i en operasjon kalt Gukurahundi (shona-ord som betyr «regnet som spyler bort klinten før vår-regnet»). Han fikk hjelp av Nord-Korea til opplæring av soldater som han brukte til å undertrykke den viktigste minoritetsstammen, Ndebele.