Deretter forlot han universitetet og arbeidet noen år som en svært vellykket forretningsmann. I 1855 var han økonomisk uavhengig og vendte tilbake til Universitetet i Berlin som selvfinansiert vitenskapsmann. Blant hans elever var Georg Cantor. I 1861 ble Kronecker medlem av Det prøyssiske vitenskapsakademiet. I 1868 takket han nei til å bli professor i Göttingen. Han ble i Berlin og i 1883 tok han over stillingen til sin tidligere lærer Kummer. Sammen med Weierstrass, Helmholtz, Schroeter og Fuchs ga han ut tidsskriftet Journal für Mathematik som var grunnlagt av Crelle.