Etter at egypterne seiret i slaget, benyttet soldatene tid til å plyndre fienden, og fienden kunne derfor rømme til Megiddo Thutmose ble tvunget til å beleire byen, men til sist greide han å erobre den etter en beleiring på sju eller åtte måneder. En beregning har kommet fram til at 8 300 av fienden ble drept og rundt 3 400 ble tatt til fange. Selv skal egypterne ha mistet omtrent halvparten. Denne krigen endret drastisk den politiske situasjonen i Midtøsten. Ved å underlegge seg festningsbyen Megiddo fikk Thutmose kontroll over hele nordlige Kanaan, og syriske fyrster ble tvunget til å sende tributter og sine egne sønn som gisler til Egypt. Fra andre siden av Eufrat sendte assyriske, babylonske og hettittiske konger gaver til Thutmose, noe han selv hevdet å være «tributter» i sine inskripsjoner på veggene i Karnak. Det eneste merkbare fraværet er Mitanni som kom til å bære byrden av de påfølgende egyptiske krigføringene i Levanten.