For en by av sin størrelse har Åbo et moderat offentlig transportnettverk av bussruter, bussnettverket i sentrum styres og overvåkes av Åbo kollektivtrafikkontor og drives i hovedsak av private selskaper. De regionale bussene drives av private selskaper, viktigst TLO, med svært hyppige avganger spesielt til nabobyene Nådendal, Reso, og Sankt Karins. Jernbanetrafikken til og fra Åbo håndteres av det finske nasjonale selskapet VR, antallet tjenester har falt og bare jernbanen mot Tammerfors og Helsingfors er nå i bruk. Jernbanestasjoner i bruk for passasjertrafikk i dag er Åbo Sentralstation i Pohjola, samt to mindre stasjoner i Kuppis og ved havnen. Det er ingen lokal togtrafikk i øyeblikket, ettersom byens populære trikketjenester ble avviklet i 1972, og de ulike lokale jernbanelinjer til nabobyer og kommuner ble alle avskaffet i løpet av slutten av det 20. århundre. Åbo lufthavn ligger 8 kilometer nord for sentrum av byen, delvis i nabokommunen Rusko. Det er også daglige fergeruter fra havnen i Åbo til Sverige og Åland, som drives av Silja Line, Viking Line og SeaWind Line. Båttrafikken til øygruppene i området håndteres av blant annet SS «Ukkopekka», et gammelt dampskip som cruise på ruten Åbo-Nådendal-Åbo.