Indonesia ligger på begge sider av ekvator og det meste av landet har tropisk kystklima. Temperaturen er lik hele året og det regner mye. I lavlandet er det svært varmt, mens det i fjellene er kjøligere. Der er gjennomsnittstemperaturen under 20 °C. På De små Sundaøyer, Øst-Java og sørlige del av Sulawesi er det tørketid om vinteren og regntid om sommeren, men i resten av landet er nedbøren ganske jevnt fordelt. Likevel regner det mest sommerstid på sørsiden av øyene og om vinteren på nordsiden. De fleste steder er nedbøren rundt  mm i året, men noen steder er den mye høyere.