I desember 1724 ble den norske matrikkelkommisjonen oppløst uten å ha nådd sitt mål, da det hadde oppstått en sterk uvilje mot den påtenkte omreguleringen av matrikkelvesenet. For Hojer ble saken ikke uten betydning, ikke bare fordi han hadde fått anledning til å legge sin forretningsdyktighet for dagen og hadde blitt godt kjent med norske forhold, men også fordi han hadde fått nære forbindelser med innflytelsesrike menn, særlig overhoffmarskalk og preses i Kommercekollegiet Christian Frederik von Holstein og biskop Bartholomæus Deichman i Christiania. Da Hojer, visstnok etter den sistnevntes forslag, ble utsett til å tre inn som sekretær i «den gehejme kommission», som ble nedsatt samtidig som matrikkelkommisjonen ble oppløst, med mandat å undersøke om flere høytstående embedsmenn hadde tatt imot bestikkelser, var han klok nok til å frasi seg dette utsatte vervet. Han gikk imidlertid ikke arbeidsledig. Hans store historiske arbeid, som stadig skred fremover, var ikke nok sysselsettelse for ham så han inngav seg tid til annen på regjeringens forskjellige forslag. Arbeidet med dette var ikke alt av høy kvalitet, men det viste hvor varmt han interesserte seg for statens og samfunnets vel og hvor langt han var inne i mangfoldige offentlige forhold. Regjeringen gjorde da også bruk av hans innsikt. Uten å ta med de mindre viktige sakene kan man nevne at Hojer i oktober 1726 ble beordret til å tre inn i en kommisjon som skulle undersøke Det danske ostindiske kompanis tilstand og utsikter. Kort etter ble han medlem av en myntkommisjon og ble samtidig utnevnt til justisråd. Da han hadde syslet en del med handelsspørsmål og også interesserte seg for den danske stats frigjøring fra Hamburgs handelsoverherredømme, var det uten tvil kjært for ham da han i 1729 ble utnevnt til kommitteret i Politi- og Kommercekollegiet. Omtrent samtidig fikk han et lenge næret ønske oppfylt da han ble gjort til bibliotekar ved Det Kongelige Bibliotek, en oppgave som i høy grad interesserte ham og han på den korte tiden han hadde dette vervet viste stor iver for boksamlingens ordning og fremvekst.