Takets ulike malte elementer tar form som et større dekorasjonsskjema innenfor kapellet. Det inkluderer det store freskomaleriet på helligdommens ene vegg, også gjort av Michelangelo, foruten også en rekke malerier av andre kjente renessansemalere fra slutten av 1400-tallet, som Sandro Botticelli, Domenico Ghirlandaio og Pietro Perugino, og et sett med store veggetepper av Rafael. Til sammen illustrerer det mye av den religiøse læren til den katolske kirke.