Sammen med broren Wieland Wagner (1917–1966) drev han festspillene fra starten etter andre verdenskrig (i 1951). De moderniserte, og ikke minst brakte festivalen ut av nazismens skygge og inn i en ny tid. Som instruktør var Wolfgang betydelig mer tradisjonell enn broren, men som leder trakk han store navn til Bayreuth, som instruktøren Patrice Chereau og dirigenter som eksempelvis Carlos Kleiber, Pierre Boulez og Daniel Barenboim.