Under andre verdenskrig var det flere tusen norske flyktninger i Stockholm, og man holdt derfor gudstjenester på norsk, med norske prester, hver søndag, men fra krigens slutt i 1945 og fram til 1953 ble det kun holdt norske gudstjenester på 17. mai. Fra 1953 begynte man igjen med jevnlige gudstjenester. Man holdt nå månedlige gudstjenester i Storkyrkans menighetslokaler med presten i sjømannskirken i Göteborg. Året etter ble det valgt et kirkeråd som blant andre hadde representanter fra ambassaden, konsulatet, Dameforeningen og norske foreninger som Det Norske Samfund. I 1954 ble det innen menigheten dannet en Dameforening som skulle arbeide for å stötte menigheten. Den eksisterer fortsatt 2018. I 1958 fikk menigheten juridisk status, og det ble ansatt en norsk prest i Stockholm og menigheten valgte menighetsråd etter norsk mønster. I de første årene var det i tillegg til de valgte medlemmene også medlemmer fra ambassaden, konsulatet og ulike norske foreninger i menighetsrådet.