Det finnes en egen jernbanelinje øst i landet som forbinder Choibalsan og den transsibirske jernbanen i Borzja, men denne er stengt for passasjertrafikk etter den mongolske byen Chuluunkhoroot. For innenlandstransport kjøres daglige tog fra Ulan Bator til Darkhan, Sükhbaatar og Erdenet, Zamyn-Üüd, Choir og Sainshand.