Selbekk ble landskjent da han som sjefredaktør for 9. januar 2006 trykket faksimiler av tolv karikaturtegninger av den islamske profeten Muhammed fra i Danmark i ytringsfrihetens navn. Mange muslimer følte seg dypt krenket av tegningene, og offentliggjøringen førte til voldsomme protester. Selbekk mottok flere drapstrusler, og det oppstod dramatiske demonstrasjoner, ambassadebranner og drap i den muslimske verden.