Selv om han aldri bandt seg til noen akademisk institusjon særlig lenge, hadde han et stipendium i noen år ved Harvard. Han foreleste også for mange college- og universitetsstudenter. Foredragene og bøkene ga ham vidtrekkende innflytelse på den amerikanske intelligentsiaen i 1950- til 1970-årene, men Watts var ofte sett på som en outsider i den akademiske verden. Mens noen høyskole- og universitetsprofessorer fant det han skrev interessant, sa andre ting som; «Han er ikke noen lærd innen østlig filosofi. Han er ikke disiplinert nok. Alan Watts underviser ikke østlig filosofi, han underviser ‘Alan Watts’». Watts bemerket i flere foredrag at "den vitenskapsmann som er interessert i medaljer og priser og ikke interessert i fornøyelsen ved det, lider av forbløffende fortrengelse." Han påpekte dette med et eksempel: "De opprinnelige vitenskapsmenn i historien var menn som eide land, og fordi de var rike hadde de nok fritid til å studere i sitt bibliotek, ikke for vitenskapens fremskritt, men for fornøyelsens skyld." En annen japansk zen-mester, Maezumi Roshi, bemerket imidlertid en gang; «Alan Watts? Han er ikke Zen!», et fullstendig zen-aktig svar som godt kan ha frydet Watts.