Zooplankton er små dyr som svømmer dårlig og utgjør tre hovedgrupper, som i Adventfjorden preges av det store tilfanget av ferskvann. Mikrozooplankton (0,01 mm) er i Adventfjorden dominert av larvene til virvelløse bentiske dyr. Mesozooplankton (0,1–1 mm) er dominert av planteetende hoppekreps (). Makrozooplankton (> 1 cm) domineres av planteetende og øvrige arter krill, dyreetende amfipoder (), , planteetende svarte vingesnegler, dyreetende hvite vingesnegler (liten havengel), og fiskelarver. Av disse er krillen med sine 3 cm den største pelagiske planteeteren på Svalbard. Størst er den 20 cm lange rosa kamsneglen , som livnærer seg på sin mindre fetter . Større makrozooplankton utgjør på sin side en viktig matkilde for unge fisk og sjøfugl.