Nils Klim-prisen ble etablert som en del av Holbergprisens aktiviteter i 2003 og ble utdelt for første gang i 2004. Bakgrunnen for prisen er fastlagt i tredje paragraf av Holbergprisens statutter, hvor det slås fast at Holbergprisen også skal dele ut en «nordisk pris for yngre forskere». Prisen har i likhet med Holbergprisen som hovedformål å bidra til økt sosial bevissthet om ånds- og sosialvitenskapenes betydning. Som en del av Holberguken i Bergen, arrangeres Nils Klim-seminaret hvert år der prisvinneren presenterer egen forskning på et åpent seminar.