Otto Müller var sønn av en lærer. Han ble født i Eckenhagen men bodde senere under oppveksten i Essen og Mülheim an der Ruhr. Etter i 1889 ved Otto Pankok Gymnasium i Mülheim an der Ruhr studerte han katolsk teologi ved Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität i Bonn fra 1889 til 1894.