Wernz ble novise hos jesuittene i en alder av 14 år, i 1857, i kollegiet i Gorheim ved Sigmaringen. Etter abitur studerte Wernz filosofi fra 1861 til 1864 i Aachen og i Maria Laach. Så var han lærer fra 1864 til 1868 ved jesuittgymnasiet i Feldkirch i Vorarlberg.