Den 17. juli 2004 leverte han sin avskjed mens kaotiske tilstander holdt på å ta overhånd på Gazastripen. Den palestinske selvstyremyndighets kontorer på Gaza ble brent ned, og væpnede bortførte for en kort tid fire franske hjelpearbeidere, og blant annet politisjefen krevde reformer. Men Arafat mektet å innvilge hans avskjedssøknad. Arafat og Qurei stred om Qureis krav om mer myndighet til å omstrukturere sikkerhetsstyrkene for på redusere de tiltagende uroligheter. President Yasser Arafat erklærte så unntakstilstand på Gaza. Den 27. juli holdt Arafat og Qurei en pressekonferanse etter at de var blitt omforent om en løsning på et kabinettsmøte. Qurei hadde da trukket sin avskjed.