Ønsket DNA-fragment sprøytes inn i en av kjernene før kjønnscellene smelter sammen og danner en zygote, og fosterutviklingen tar til. Den modifiserte eggcellen settes så inn i et hunnindivid, en rugemor eller en donormor, for videre utvikling. Denne prosessen har en del usikkerhet ved seg. For det første er det langt fra alle de modifiserte eggcellene som vil ta opp og uttrykke det overførte DNA-et. For det andre så vet man heller ikke hvor i genomet det nye DNA-fragmentet blir satt inn. Disse problemene løser man ved å ha en høy produksjon av avkom og en positiv seleksjon for dem som uttrykker genet. Det betyr at en del zygoter forkastes. Hos enkelte arter må de fødes før man finner ut hvem av dem som har blitt til fra en modifisert eggcelle, og som da vil uttrykke genet. Dermed er det også enkelte etiske utfordringer knyttet til bruken av mikroinjeksjon.