Six og hans menn ankom Smolensk 25. juli 1941 og plyndret der flere kirker. I Smolensk henrettet de omkring 200 personer angivelig fordi de skapte uro i gettoen. Nebe og hovedkvarteret for Einsatzgruppe B kom dit 5. august og Six' gruppe fikk da ordre om følge den fjerde pansergruppen i retning Medyn. Six selv returnerte til Berlin 20. august 1941 (trolig uten godkjenning fra Heydrich). Drapstakten tiltok på denne tiden og ved utgangen av oktober hadde Einsatzgruppe B henrettet 37.000 personer. Emmanuel Jasuik, som Six hadde rekruttert til spesialkommandoen, ledet henrettelsen av 5000 jøder i byen Kleck (Kletsk). Innen januar 1942 hadde Einsatzgruppe B drept over 120.000 mennesker inkludert jøder deportert fra Østerrike og selve Tyskland. ble oppløst i januar 1942. Himmler forfremmet i november 1941 Six til SS-Oberführer for sitt bidrag til Einsatzgruppen.