Rotherham studerte så ved King's College i Cambridge, hvor han ble bachelor i grammatikk, teologi og filosofi. Etter å ha blitt ordinert som prest fikk han flere viktige verv i kirken blant annet som prebendar i Lincoln i 1462 og i Salisbury i 1465. Han ble så utnevnt til biskop av Rochester i 1468, biskop av Lincoln i 1472 og til slutt erkebiskop av York fra 1480 til sin død.