I begynnelsen var den spanske interessen for landet ganske liten og det tok litt tid før landet ble kolonisert. I 1564 ble Cartago grunnlagt av spanjolene, og ble den første hovedstaden i landet. Spania tok kontroll over området på 1600-tallet, og gjorde det til den sydligste provinsen i Ny-Spania. Det meste av befolkningen var småbønder som dyrket jord til eget bruk, og ikke godseiere slik som i nabolandene.