Younan har vært aktiv i Midtøstens kirkeråd, der han har hat ulike verv siden 1985, også som president for den protestantiske grupperingen. Han var president for Fellesskapet av Midtøstens evangeliske kirker fra 2004 til 2010, og i hans presidenttid stemte organisasjonen enstemmig for ordinasjon for kvinner. Han er også en av grunnleggerne av det økumeniske ledsagerprogrammet for Israel og Palestina, og har ledet den lokale referansegruppen siden 2002.