Lincoln beveget seg sørover med general Washington og ble så sendt til den nordlige avdelingen for å hjelpe til mot generalmajor John Burgoynes felttog. Etter at han kom seg fra en alvorlig skade, ble Lincoln utnevnt til kommandant i den sørlige avdelingen i september 1778. Han mislyktes i å ta tilbake Georgia, ble omringet og tvunget til å overgi Charleston i mai 1780, et av de verste kontinentale nederlagene i krigen. Han ble nektet ære i krigen siden han overgav seg.