I 1689 donerte Eliot 75 acrer (rundt 300 000 m²) land ved Jamaica Plain (i dag et historisk nabolag til Boston) til Eliot School, grunnlagt i 1676. Et av vilkårene for donasjonen var at skolen måtte akseptere både afroamerikanere og indianere som elever, noe som var svært radikalt i den tiden. Skolen eksisterer fremdeles, i nærheten av den opprinnelige adressen, som .