Ved siden av en karrière i embetsverket var han medlem av Akershus fylkesting 1984–1991, medlem av KrFs skatte- og trygdeutvalg 1986–1989, leder av KrFs programkomité 1986–1991 samt leder av KrFs økonomi- og næringsutvalg 1992–1993. Han tiltrådte stillingen som rådmann i Oppegård kommune i 1994, der han jobbet frem til han i 1997 ble utnevnt til trygdedirektør og sjef for Rikstrygdeverket. Høybråten satt som trygdedirektør i perioden 1.1.1997–18.6.2004, men hadde permisjon fra stillingen mens han var helseminister fra oktober 1997 til mars 2000 og fra oktober 2001 til juni 2004.