Hovedmålet i er å jakte på Dark Jedi Komari Vosa. I løpet av spillet blir det avdekket hvorfor Jango Fett ble valgt som det genetiske grunnlaget for Grand Army of the Republic, hvordan Boba Fett, hans klonede "sønn" ble født, og hvordan Jango anskaffet seg Slave I. Spillerne må bekjempe mange sjefer, som Montross og Longo "Two-Guns". Det eksisterer også sidemål, som å samle inn sekundære belønninger, som åpner spesielle bonusobjekter i spillet. Når spilleren gjennomfører et kapittel blir kommediske machinima låst opp.