Warham hadde også spilt en tvilsom rolle i nullitetsprosessen. I 1527 hadde han deltatt under den skinnprosessen Wolsey hadde iscenesatt i den hensikt å påvise syndig ekteskapsførsel. I 1530 oppfordret Warham universitetet i Oxford, og angivelig også andre universiteter, til å erklære kong Henriks ekteskap ugyldig.