Lincoln blir først sett sammen med L.J. og Sofia ved en restaurant i Panama. Lincoln blir senere angrepet, og Lincoln dreper mannen. Men dette fører til at han blir arrestert igjen, og utlevert til USA. Han blir deretter gjenforent med Michael. De møter Donald Self, en amerikansk agent, som gir ham (Michael, Sucre, Mahone og Bellick) to muligheter: enten havne tilbake til fengsel, eller hjelpe til med å endelig ta ut The Company forhåpentligvis for godt. De møter også en rekke andre karakterer underveis, blant annet Gretchen og T-Bag. De får senere selskap av FBI-agenten Mahone. Lincoln og Michael får også vite at moren deres, Christina Rose Scofield, fremdeles er i live.