Den 19. februar 1937 ble han arrestert og trukket inn i en rettssak mot katolske geistlige og lekfolk i Ordzjonikidze . Siktelsen lød . Den lukkede rettssaken ble gjennomført 1.-2. november 1937, og fader Johannes ble dømt til døden etter Art. 58-6 (Militærtribunalet, Nord-Kaukasus militærdistrikt). Dommen ble bekreftet i Moskva den 7. desember 1937 (Militærkollegiet, Sovjetunionens høyesterett).