Duncker tilhørte familien Dunker, en gammel tysk krigerslekt, som allerede på 1600-tallet ble omtalt i Finland. Han ble i 1789 fenrik ved Savolaxbrigaden og deltok i den russisk-svenske krig 1788–1790. Han ble i 1804 kaptein i brigadens jägarregemente, Savolax fotjägarregemente. Under finskekrigen 1808–1809 utmerket Duncker seg blant annet i slaget ved Pulkkila den 2. mai og i slaget ved Virta bro den 27. oktober 1808.