I 2009 sto Fritt Helsevalg bak aksjonen mot svineinfluensavaksinen sammen med blant andre Kjetil Dreyer. På organisasjonens nettsider har det opp gjennom årene blitt markedsført flere alternative behandlingsformer. Noen av disse er anerkjente og i utbredt bruk. Andre av disse har norske myndigheter karakterisert som helseskadelige. Fritt Helsevalg sitt standpunkt (per 2015) er å være nøytral med hensyn til behandlingsmetoder, det vil si å ikke ha noen egen oppfatning om behandlingers virkninger, men ha fokus på enkeltmenneskets rett til selv å kunne velge sin behandlingsform.