Etter sin tilbakekomst organiserte han FPIs første kongress. Partiet var den gang illegalt. I presidentvalget i 1990 var han eneste kandidat mot sittende Félix Houphouët-Boigny, men fikk bare 18,3% av stemmene. Han var likevel opposisjonens ubestridte leder, og FPI vant valgene til parlamentet og borgermesterembedet i flere av landets byer under kommunevalgene samme år. Gbagbo var opposisjonsleder i parlamentet gjennom hele 1990-tallet. Presidentvalget i 1995, det første etter Houphouët-Boignys død, ble boikottet av opposisjonspartiene og den sittende presidenten, Henri Konan Bédié ble valgt. Før neste presidentvalget fem år senere gjorde de militære opprør og general Robert Guéï ble satt inn som president. I valget i begynnelsen av 2000 ble generalen slått av Gbagbo. I urolighetene som fulgte flyktet Guéï og Gbagbo ble Elfenbenskystens president 26. oktober 2000.