Han var av slekten Tønder som sønn av Christopher Nielsen Tønder og Karen Olufsdatter Schriver. Faren var en dansk embetsmann og offiser fra Tønder bosatt i Norge, og fungerte en periode som fogd på Nordmøre, der Tønder ble født. Moren var datteren av Trondheims borgermester Oluf Jensen Schriver, og hun var selv av dansk herkomst fra Slesvig.