Den eldste dokumenterte bruk av navnet Ekre, i dativsform og med den tidens skrivemåte, er fra 1333, da Sigurd, Hafthor Thoressöns lensmann, skrev «ek var a Eckru» (=jeg var på Ekra). Navnet tyder på at gården opprinnelig var et åkerbruk som var utskilt fra en annen gård. Oluf Rygh oppgir denne etymologien i fra 1897: «Ekra f., til Græsvæxt gjenlagt Ager, afledet af .» Rygh listet opp flere skrivemåter, som i 1520 og fra 1578.