På 1200-tallet ble det ble bygd en stor gotisk katedral i Cuenca, katedralen står der fremdeles, og er et populær turistmål. I 1706 inntok England byen, og bosatte seg der for en stund før de flyttet igjen. Cuenca har i årenes løp blitt plyndret minst to ganger, senest på begynnelsen 1800-tallet av Frankrike.