Blomqvist var en rask venstreving, dessverre mye utsatt for skader. Han startet karrieren i hjemmeklubben Tavelsjö og spilte senere i Umeå FC før han fikk sitt gjennombrudd i IFK Göteborg, blant annet med suksess i Mesterligaen. Han fikk etter hvert proffkontrakt med den italienske klubben AC Milan, og gikk derfra til Parma AC, før han ble kjøpt inn som alternativ til Ryan Giggs av Manchester United i 1998. I løpet av Blomqvists tid i Manchester United vant klubben tre ligatitler (1999, 2000 og 2001), en FA Cup-tittel (1999) og en UEFA Champions League-tittel (1999). Blomqvist scoret bare ett mål i løpet av tiden i United.