I juni 1950 returneres Belogiannis tilbake til Hellas for å re-etablere Athen og hjelpe til under organiseringen av kommunistpartiet i Hellas (KKE) som hadde blitt erklært ulovlig under borgerkrigen i landet som tok slutt i 1949. Belogiannis ble arrestert den 20. desember 1950 og ble for krigsretten tiltalt for flere lovbrudd, blant annet for å ha vært en del av det ulovlige kommunistpartiet i Hellas (KKE). Han ble også anklaget for å være en forræder, og for overføring av hemmelig informasjon til Sovjetunionen.