Christian Magnus Falsen kom fra en familie av embetsmenn. Hans forfedre hadde vært jurister med dommerembeter i tre generasjoner. Han var sønn av juristen Enevold de Falsen. Selv ble han også nært tilknyttet det dansk-norske embetsverket etter jusstudier og karriere i København. Etter at faren hadde blitt innblandet i en utroskapsskandale i Christiania, ble han nærmest som straff sendt til Steigen i Nordland som lagmann 23. januar 1789. Far og sønn flyttet fra Engeløya til København i 1791 da faren ble assessor i Højesterett. Christian Magnus gikk på Borgerdydskolen og fra og med 1795 på Det Schouboeske Institut. I 1802 ble han ferdig utdannet jurist ved Universitet.