Etter de hardeste trefningene i april, gikk konflikten tilsynelatende inn i en roligere fase. Konflikten mellom Sudan og opprørsgrupper i Sør-Kordofan og Darfur avtok imidlertid ikke, og den 10. mai uttalte en talsmann fra det sudanesiske militæret at Sudan hadde slått tilbake opprørere fra Sør-Sudan som forsøkte å ta kontroll over et område i Sør-Darfur. Den 28. mai ble Sudan også anklaget av Sør-Sudan for å ta livet av 10 sivile under et bombeangrep, lenge etter tilbaketrekningen fra Heglig. Den 30. mai fant det også ifølge SPLA sted et ganske stort slag i Warguet i Nord-Bahr el Ghazal, hvor det ifølge dem var 64 sudanesiske soldater som mistet livet. Artilleri festet til kjøretøy skal også ha blitt ødelagt under kamphandlingene før det sudanesiske angrepet ble slått tilbake. Angrepet kunne ikke bekreftes av uavhengige kilder. Den 21. juni kom det også til trefninger mellom den sudanesiske hæren og opprørergruppen SPLA-N i El-Fragil like vest for Dilling i Sør-Kordofan, og ifølge SPLA-N ble byen erobret fra de sudanesiske styrkene som også skal ha lidd store tap og etterlatt mye utstyr. Fra sudanesisk hold ble det hevdet av hæren hadde jaget opprørerne ut av området, og at titalls rebeller var blitt drept i kamphandlingene.