Thomas Harlan ble lenge behandlet som Harlan-familiens sorte får på grunn av sin standhaftige og offentlige graving i farens skyld. De andre familiemedlemmene foretrakk stort sett å holde dette privat. Thomas Harlan arbeidet med et manuskriptet (aldri fullført) om det ufullstendige rettsoppgjøret og nazistenes innflytelse i etterkrigstidens Tyskland. Bauer og Thomas Harlan brevvekslet hyppig i 1960-årene - 130 brev er bevart og arkivert i Fritz Bauer-instituttet i Frankfurt.