Den athenske styrken seilte inn i Hellespont, passerte den spartanske basen ved Abydos om natten for å skjule sitt antall og etablerte en base på øya Prokonnesos (dagens Marmaraøya), rett nordvest for Kyzikos. Dagen etter satte de i land Khairias' styrker nær Kyzikos. Den athenske flåten delte seg og 20 skip under Alkibiades seilte mot Kyzikos, mens to andre divisjoner under Therasybolos og Theramenes holdt seg i bakgrunnen. Mindaros så en mulighet til å angripe det som så ut som en svært tallmessig underlegen styrke. Han seilte ut mot dem med hele sin styrke. Alkibiades styrke flyktet, og Mindaros satte etter dem. Da begge styrkene hadde kommet seg godt ut av havnen, snudde Alkibiades for å møte Mindaros, og Thrasybolos og Theramenes dukket opp med sine styrker for å avskjære deres retrett. Mindaros så fellen, flyktet i en åpen retning mot en strand sør for byen hvor Farnabazos hadde sine styrker. Den spartanske flåten led tap i flukten og nådde stranden med athenerne i hælene.