Rustflekkatter lever normalt solitært uten om i paringstiden, som varierer med utbredelsen. Brunsten varer i cirka 5 dager, og hannen forlater deretter hunnen. Hun går drektig i cirka 60–71 dager (litt avhengig av underart) og nedkommer normalt med et kull som består av 1–3 unger, som avvennes etter cirka 40 dager og regnes som forplantningsdyktige cirka 12 måneder gamle (8–12 måneder på Sri Lanka). Det er også kjent at rustflekkatter parer seg med huskatter og får avkom, men det er ukjent om avkommet blir fertilt.