Kirken skriver seg tilbake til St. Maron, som levde omkring 400. Kirken fikk sin begynnelse med den klosterordenen han grunnla. På 600-tallet utviklet maronittene seg til en egen kirke, da de var tilhengere dyoteletismen. På 1100-tallet ble båndene mellom Den maronittiske kirke og pavestolen styrket, og den maronittiske kirke fikk stadfestet full kommunion med Roma.