Det er inntil 500 meter dypt i havet et stykke utenfor stasjonen, men det måles bare ned til 150-200 meter nær stasjonen hvor vannet er grunt. Normaldybden rundt Eggum er 10-50 meter og kontinentalsokkelen går her noen kilometer ut. Det måles temperatur og salinitet i ulike dybdelag annenhver uke. Overflatetemperaturen er typisk ca 5-6°C om vinteren og 10-12°C om sommeren. Saltholdigheten veksler i overflaten mellom 33 og 35 promille. I lag under 150 meter er temperaturen i juli om lag 6,5°C, og i januar drøyt 7,0°C, mens saltholdigheten er om lag 34-35 hele året. Først på om lag 200 meters dyp når saliniteten stabilt 35.