Etterhvert ble han utrygg også i Praha, der han i 1407 tok samme magistergrad. Så flyktet han til Oxford, men måtte snart dra derfra igjen. I 1408 og 1409 var han i Praha, og der vakte hans tydelige tsjekkisk-nasjonale interesser kritisk oppmerksomhet på noen hold. Tidlig i januar 1410 holdt han en forsiktig tale til fordel for Wyclifs filosofiske synspunkter, og dette sklulle blianført mot ham ved Konsilet i Konstanz fire år senere. I mars 1410 ble det utstedt en pavelig bulle mot Wyclifs skrifter. Hieronymus ble deretter beskyldt for å støtte disse, ble fengslet i Wien, men klarte å flykte til Mähren. For dette ble han ekskommunisert av biskopen av Kraków.