Mukherjee ble i 2012 nominert til Indias presidentembete og forlot derfor finansministerposten. I valget møtte han opposisjonskandidaten P. A. Sangma. Mukherjee vant valget. Han ble 25. juli 2012 innsatt som Indias president. Mukherjee etterfulgte Pratibha Patil i presidentembetet.