Den 12. februar 2003 ble Rooney den yngste landslagsspilleren for England i historien, da han debuterte mot i en alder av 17 år og 111 dager. Denne rekorden sto seg til Arsenals Theo Walcott ble byttet inn for England mot 30. mai 2006. Under EM i fotball 2004 i Portugal gjorde Rooney seg for alvor bemerket i landslagssammenheng. Han scoret fire mål på fire kamper for , før han forsvant ut med skade i kvartfinalen mot Portugal.