I 2002 og 2003 ble instituttet slått sammen med andre statlige institusjoner som Medisinsk fødselsregister, Statens helseundersøkelser, Statens rettstoksikologiske institutt, og Avdeling for legemiddelstatistikk og metodologi ved Norsk Medisinaldepot for å samle de fleste statlige ressurser for offentlig forebyggende helseomsorg i en organisatorisk enhet. Det nye instituttet fikk ansvar for alle nasjonale helseregistre, unntatt Kreftregisteret, og for koordinering av all offentlig epidemiologisk datainnsamling i Norge samt ansvar for toksikologi- og rusmiddelforskning.