Etter at Algerie oppnådde sin selvstendighet i 1962, ble Boumédiène minister i det sterke forsvarsdepartementet i regjeringen. Han beholdt posisjonen takket være støtte fra den algeriske lederen Ahmed Ben Bella, som Boumédiène hadde støttet ved valg av president. Etter hvert begynte han å tvile på Ben Bellas uberegnelige styresett og ideologiske puritanisme, og styrtet ham 19. juni 1965 i et temmelig blodløst statskupp, og utropte seg til landets leder. Han opphevet konstitusjonen og de politiske innretningene som forgjengeren hadde opprettet, og regjerte som leder for et revolusjonsråd som bestod av hans tilhengere fra krigsårene, da han hadde vært postert i nærheten av Oujda ved grensen til Marokko. Blant dem som inngikk i denne kretsen var Abdelaziz Bouteflika, som har vært landets president siden 1999.