Sneijder markerte seg umiddelbart i sin nye klubb, da han hjalp laget til 4-0 seier mot naborivalen AC Milan. 20. april 2010 scoret han Inters utligningsmål under Mesterligaen-semifinalens første kamp mot FC Barcelona, en kamp Inter vant 3-1. Sneijder fikk kallenavnet «The Sniper» på grunn av sine presise pasninger og langskudd. 22. mai 2010 vant Inter finalen i Champions League mot Bayern München med 2–0. Begge målene ble scoret av Diego Milito, med målgivende av Sneijder på begge målene.