Den 10. april 1908 trådte Lowzow inn i Gunnar Knudsens første regjering som forsvarsminister, med gjennomførelse av en ny hærordning som arbeidsprogram. Forslaget hans møtte imidlertid stor motstand og ble sterkt endret under Stortingets behandling. Han gikk av som statsråd 20. august 1909.