Han innledet en storstilt terrorkampanje rettet mot serbere, jøder, sigøynere og kommunistiske kroater. Særlig kampanjen mot serberne grenset til folkemord. Brutaliteten i drapene sjokkerte selv tyskerne og påla italienerne å intervenere overfor Ustasja, da landet fram til 1943 i realiteten var et kondominium under både Tyskland og Italia. Under Pavelic drepte regimet opp mot jøder i Jasenovac og tilknyttede konsentrasjonsleirer. Ytterligere jøder ble overlatt til tyskerne som deporterte dem til Auschwitz.