Etter første verdenskrig og Albanias statlige uavhengighet i 1919 oppstod en bevegelse som krevde uavhengighet også på det kirkelige plan. Frem til da hadde biskopene vært grekere, og gudstjeneste ble holdt på gresk. 1921 ble fire greske biskoper utvist, 1922 ble albansk innført som liturgisk språk, og 1929 erklærte den albanske kirka seg for autokefal. Først i 1937 anerkjente den økumeniske patriark autokefalierklæringen. Frem til da måtte kirka derfor få viet sine biskoper av den serbisk-ortodokse kirke.