Seks måneder etter at han kom til Seattle, begynte Fischer å samarbeide med Edwin G. Krebs. De jobbet med glykogenfosforylase- Krebs og Fischer definerte en rekke reaksjoner som førte til aktivering/inaktivering av dette enzymet som blr utløst av hormoner og kalsium, og under dette arbeidet oppdaget de reversibel proteinfosforylering.