Som en følge av fusjonen mellom NTNU, Høgskolen i Sør-Trøndelag, Høgskolen i Gjøvik (nå: NTNU i Gjøvik) og Høgskolen i Ålesund (nå: NTNU i Ålesund), ble det til dels store endringer i institutt- og fakultetsstrukturen ved NTNU fra 1. januar 2017. Dette berørte i liten grad Institutt for historiske studier, som ble videreført et par år uten større endringer.