Fobos 2 nådde frem til Mars og samlet inn data om planeten og dens måne Phobos. Rett før den siste delen av oppdraget, da romsonden skulle fly i en høyde av 50 m over overflaten og sette ned to landingsfartøy, en mobil enhet (kjent som "frosk") og en stasjonær plattform, mistet man kontakt med romsonden. 27. mars 1989 ble Fobos-programmet avsluttet siden man ikke lengre kunne få kontakt med Fobos 2.