Rustflekkatten har fått navn etter de små, rustfargede prikkene som opptrer i linjer langs flankene på den gråbrune pelsen dette dyret bærer. Prikkmønsteret langs flankene er så distinkt at hvert enkelt individ kan identifiseres ut ifra det. Og arten har et like distinkt mønster i skallen og der værhårene på snuten sitter. På undersiden av kroppen og innsiden lemmene har pelsen hvite lignende markeringer. Hodet er lite og rundt og har 2 langsgående lyse striper opp fra innsiden av øynene og til skallen. Kattene på Sri Lanka har noe klarere farger enn populasjonen som lever på fastlandet i India. På fastlandet er grunnfargen enten lysebrun eller gråbrun, mens de to underartene på Sri Lanka gjerne har en mer kanelbrun grunnfarge, men variasjoner dem imellom er uklar.