Filmens handling er lagt rett før Arne Treholts arrestasjon i 1984, og gir en alternativ handling om hvordan «kommandør Arne Treholt» og hans Ninjatropp redder Norge under den kalde krigen. Grupperinger i Norge kalt Stay Behind blir finansiert av CIA og planlegger å gjennomføre en rekke falske terroraksjoner mot norske mål for å opprettholde frykten for krig mot Sovjetunionen. HM Kongens Ninjatropp, under ledelse av kommandør Arne Treholt, har sin base på idylliske Gressholmen ute i Oslofjorden og blir en slags motpol til Stay Behind-grupperingene da de flere ganger redder landet fra krig mot landet fra øst. Treholt har et personlig forhold til Kong Olav, og Ninjatroppen er sammensatt av ulike personligheter med ulike fagfelt.