Steindachners ry som iktyolog vokste, og i 1868 ble han invitert av Louis Agassiz til å ta en stilling ved Museum of Comparative Zoology ved Harvard University. Steindachner tok del i en ekspedisjon i 1871-1872. I 1874 kom han tilbake til Wien og i 1887 ble han utnevnt til direktør av det zoologiske departementet i Naturhistorisches Museum. I 1898 ble han forfremmet til museumsdirektør.