Prostiet hadde sin opprinnelse i Eiðsberg prófastdœmi etablert på 1200-tallet, og omfattet de nordre delene av Smaalenenes amt. Omkring 1560 var det slått sammen med Eystra lutum Osloár prófastdœmi til . Det ble 1749 delt i to ved at de østlige prestegjeldene ble skilt ut som Mellem Borgesyssel prosti. Øvre Borgesyssel prosti ble avviklet i 1973 da de daværende prestegjeldene ble overført til Vestre Borgesyssel prosti og det nye Follo prosti.