Ved 1094 ledet Duncan en betydelig hær bestående av leiesoldater, pansrete riddere og infanteri. Mange av disse soldatene kom antagelig fra Northumbria grunnet Duncans familiebånd til Gospatrick. Tidlig på sommeren ledet Duncan sin hær inn i Skottland. Donald III mobiliserte sine egne støttespillere og hær som svar på invasjonen. Den tidlige fasen av krigen skjedde i juni og førte til en seier for Duncan. Donald III ble tvunget til å trekke seg tilbake mot det skotske høylandet. Duncan lot seg bli kronet som konge på det tradisjonelle og seremonielle kroningssted Scone Abbey. Hans støtte og autoritet strakte seg antagelig ikke nord for elven Forth. Hans fortsatte makt var avhengig av tilstedeværelsen av hans normanniske allierte.