I tillegg til El Niño fines det en rekke andre sykluser i klimasystemet, blant annet den kvasibiennale oscillasjonen og den Nordatlantisk oscillasjon. Dette er eksempler på at klimaet i sin natur er variabelt og kan endres selv om det ikke er noen ekstern pådriv tilstede. En uforstyrret forandring ville være en type naturlig omskifting som El Nino. El Nino har en tendens til å forårsake atmosfærisk oppvarming fordi det transporteres varme fra havet tilbake i atmosfæren. Dette skjer selv om det ikke er noen endring av strålingspådrivet eller annet ekstern pådriv.