I 1851 reiste Stockfleth for siste gang til Finnmark. Han ble straks oppfordret til å reise til Kautokeino, der den læstadianske vekkelse hadde ført til åndelig uro. Biskopen håpet at Stockfleth kunne greie å lede vekkelsen inn på et sunnere spor, siden Stockfleth kunne samisk, og alle de åndelig vakte samene kjente bøkene hans. Men i møte med en fremmed kristendom greide han ikke å temme sitt temperament. Han møtte samene i deres forsamling, men da mange i møtet ble grepet av ekstase, gav han seg til å slå rundt seg både med hendene og med stokken sin for å få dem til sans og samling.