Det er utvilsomt rett å karakterisere Stavanger som en kirkens by gjennom hele middelalderen og fram til reformasjonen. Derfor ble reformasjonen et hardt slag for Stavanger. Domkirken, biskopen, klosteret og kannikene hadde vært store landeiere. Nedgangstider for byen startet med at folketallet på landbygda sank drastisk. Inntektene til Domkirken og biskopen falt dramatisk på grunn av reduserte leieinntekter. I 1537 ble biskopens og klosternes gods og eiendommer konfiskert av kongen. Kongsgården ble plyndret av Christoffer Trondsen i 1539, St. Svithuns skrin forsvant og biskop Hoskuld Hoskuldsson kan ha blitt henrettet.