Egina tilhørte Østromerriket (Det bysantinske rike) etter at Romerriket ble delt i en vestlig og en østlig del i 395. Øya forble bysantinsk i krisetiden på 600- og 700-tallet da det meste av Balkan og det greske fastlandet ble overkjørt av slaviske invasjoner. I henhold til (Το χρονικόν της Μονεμβασίας) fungerte øya som tilfluktssted for flyktninger fra Korint. Øya hadde en blomstringstid tidlig på 800-tallet, hvilket er vist i bygging av kirker, men ble deretter tungt rammet av muslimske angrep med base på Kreta. Ulike hegiografier nedtegner et storstilt angrep rundt 830 som førte til at store deler av befolkningen måtte flykte til det greske fastlandet. I løpet av den samme perioden søkte en del av befolkningen å søke trygget ved å flytte fra kysten og inn i øyas indre hvor bosetningen Palaia Kora ble etablert.