Den 12. mars 1912 begikk hans mor selvmord ved å drukne seg selv i elven Sambre. Det var ikke hennes første forsøk på å ta sitt eget liv; hun hadde gjort mange forsøk i årenes løp, i en slik grad at hennes ektemann Léopold følte seg nødtvungen til å låse henne inne i soverommet. En dag slapp hun unna og var savnet i flere dager. Hennes lik ble senere funnet flere km nedenfor i en sideelv. I henhold til legenden var den 13 år gamle René tilstede da hennes lik ble tatt opp av vannet, men nyere forskning har diskreditert denne fortellingen, som kan ha hatt sin opprinnelse fra familiens barnepleier. Da hans mor ble funnet skal angivelig hennes kjole ha dekket til hennes ansikt, et bilde som det har blitt foreslått var kilden til flere av Magrittes malerier i tiden 1927–1928 av mennesker hvor tøy eller tekstiler gjorde deres ansikter utydelige, inkludert («Elskere»). Etter morens død, flyttet familien til byen Charleroi, hvor sønnen fullførte grunnskolen og tok fatt på høyskolen/gymnaset Athénée med tanke på humaniora. Som 15-åring møtte han også for første gang sin framtidige ektefelle Georgette Berger på en karusell.