Kanalen ble angrepet en rekke ganger under andre verdenskrig på grunn av dens strategiske betydning, og den ble ødelagt av No. 617 Squadron RAF (bedre kjent som ) i september 1944 i et angrep som forårsaket betydelige skader. Selve kanalen ble repartert etter krigens slutt. Den mest kjente bygningen ved Dortmund-Ems-kanalen er skipsheisen Henrichenburg ved Waltrop, som gjorde at skip kunne heves og senkes rundt 14 meter. Denne heisen var i bruk til 1962 og ble senere erstattet av en ny skipsheis og en ny vannlås. I dag huser denne bygningen Westfälisches Industriemuseum.