Biblioteka Jagiellońska (Det jagellonske bibliotek) er universitetets hovedbibliotek, og et av landets største, med nesten 5,5 millioner bind. Det har en omfattende samling unike middelaldermanuskripter, for eksempel Kopernikus’ , Balthasar Behems eller Bogurodzica fra det 15. århundre. Det har også en stor samling undergrunnslitteratur fra kommunisttiden (1945–1989). Det jagellonske bibliotek ble grunnlagt i 1364, og dets historie har således vært fast knyttet til universitetet.