Siden 1927 hadde fader Müller arbeidet mot nasjonalsosialismen. Han engasjerte seg i planleggingen av det post-nazistiske Tyskland sammen med andre motstandsfolk, som for eksempel de kristne fagforeningsfolk Jakob Kaiser, Bernhard Letterhaus og Nikolaus Gross, som var motivert av sin katolske tro i deres motstand. Man hadde diskrete forbindelser med Kreisauer Kreis rundt pater Alfred Delp. Gruppen i Köln - Kölner Kreis - ble anført av prelat Otto Müller.