Samme år kom han tilbake til Trondheim hvor han ble amanuensis hos biskop Johan Ernst Gunnerus. Han kom med i arbeidet med å reorganisere Vitenskapsselskapet og det var han som laget det første utkastet til nye statutter. I desember 1767 ble han utnevnt til Selskapets første bibliotekar, men ble i januar 1768 kalt til sogneprest i Lidemark og Bjæverskov og reiste straks dit.