Det nøyaktige antall døde er usikkert. Moderne forskere antar at pesten drepte opptil 5000 mennesker daglig i Konstantinopel på pandemiens høydepunkt. Den drepte totalt sett kanskje så mye som 40 prosent av byens befolkning. Pesten fortsatte med å drepe bortimot en fjerdedel av befolkningen i det østlige delen av Middelhavet. Hyppige nye pestbølger fortsatte å herje utetter 500-, 600- og 700-tallet, ofte mer lokalt og mindre farlig. Det er løselig beregnet at pesten drepte kanskje så mye som 100 millioner menneskeliv over hele verden. En del historikere som for eksempel Josiah C. Russell (1958) hevder at det var et befolkningstap på mellom 50 og 60 prosent mellom årene 541 og 700.