Det offisielle utspringet til Isar ligg i Hinteraudalen øst for landsbyen Scharnitz i Karwendelfjellene i Tyrol i Østerrike, med ei høyde på 1 160 m. Isar starter fra elven Lavatsch, som har sin kilde lenger sørøstover, og den bli kalt toppen av Isar. Videre får Isar vann fra Brikkarbach, som har sin kilde ved foten av det høyeste fjellet i Karwendel, Birkkarspitze og Moserkarbach. Mellom Mittenwald og Krün ligger det en demning på Isar. Vannet herfra går inn i innsjøen Walchensee, der en produserer elektrisitet. For å lage mer strøm, og hindre flom, ble det bygd et større reservoar kalt Sylvensteinsee mellom 1954 og 1959. Denne ligger 12 km sør for Lenggries, og har hindret alvorlige flommer i München, blant annet i 1979, 1999 og 2005. 2005 var første året man måtte slippe ut vann fra innsjøen fordi toppkapasiteten var nådd, men en klarte akkurat å unngå flom i München. Etter at elven forlater de bayerske Alpene ved Bad Tölz renner Isar gjennom glasialt morenelandskap og så gjennom München-sletten. Den fortsetter deretter fra Freising mot Donaudalen. Ved munningen ved Donau er elven 312 meter over havet, og har rent ned 848 høydemeter fra utspringet til munningen.