Ved å bringe tradisjonell mennonittisk teologi for et større publikum, blåste Yoder liv i den teologiske debatten rundt fundamentale kristne emner som ekklesiologi, kristologi og etikk. Yoder avviste tanken fra opplysningstiden om at det fantes en universell, rasjonell etikk. Han argumenterte for at det som er bindende i kristen etikk ikke er bindende for alle. Han forsvarte seg mot anklager om å være usammenhengende og om hykleri ved å argumentere for legitimiteten av moralske doble standarder, og sa at det er bedre for kristne å fokusere på å være kirke i stedet for å forsøke å kombinere dette med det de styrende nødvendigvis må gjøre.