I september 1996 tok Taliban over Kabul og drept den ekspresident Najibullah. Deretter flyttet de hovedstaden til Kandahar. Taliban oppga byen 12. november 2001 på grunn av betydelig amerikansk bombing og Kabul kom under Nordalliansens kontroll. Etter den amerikanske invasjonen av Afghanistan, ble den hovedstad for den afghanske overgangsregjeringen.