Den 24. april ble et veikart for fred ferdigstilt, og FN gav Sudan og Sør-Sudan tre måneder på å fremforhandle en løsning på konflikten. Den 29. mai startet forhandlingene mellom de to landene under oppsyn av Den afrikanske union, og det ble tatt sikte på å forsøke å løse tvistene som angikk grensesetting og oljeressurser. Samme dag annonserte Sudan at landet hadde trukket sine styrker ut av det omstridte grenseområdet Abyei, noe som ble lovprist av det internasjonale samfunnet. Forhandlingene førte imidlertid ikke frem, og Sudan avslo et sørsudanesisk tilbud om å oppheve unntakstilstanden i grenseområdene og gjenetablere diplomatisk kontakt mellom de to landene - en avgjørelse Khartoum begrunnet med at tilbudet ikke tok opp de viktige sikkerhetsspørsmålene. Mangelen på fremgang førte til kraftige retorikkutbrudd på begge sider, og seniormedlemmet av SPLA Kuol Deim Kuol uttalte at Sør-Sudan ville gjenoppta stridighetene og fjerne sudanesiske styrker fra omstridte områder dersom samtalenes utfall ikke reflekterte Sør-Sudans interesser. Løytnant-generalen uttalte også at «kampen er ikke over», og at «vi er rede til å konfrontere dem». I juni ble det avtalt at direkte forhandlinger skulle finne sted, hvor begge landenes innenriksministre, forsvarsministre og sikkerhetssjefer skulle møtes ansikt til ansikt for å diskutere årsakene til fiendtlighetene, opprørsgruppene i begge land og grensebeskyttelse. Den 7. juli ble partene enige om et rammeverk for utestående saker, inkludert at fremtidige forhandlinger med SPLA-N skulle finne sted.