Fragmentering forårsaket av ETD gjør det mulig å oppnå mer fullstendig informasjon om proteinsekvenser fra ETD-spektre enn fra CID-tandem massespektrometri. Fordi mange peptid-ryggrad c- og z-type ioner oppdages, kan nesten fullstendig sekvensdekning av mange peptider skilles fra ETD-fragmenteringsspektre. Sekvenser av 15-40 aminosyrer ved både N-enden og C-enden av proteinet kan leses ved hjelp av masse-til-ladningsverdier for de enkelt og dobbeltladede ionene. Disse sekvensene, sammen med den målte massen av det intakte proteinet, kan sammenlignes med databaseoppføringer for kjente proteiner og for å avsløre endringer etter translasjon.