Likesom med Hitler er detaljene rundt selvmordet til Goebbels delvis uklare: Tysklands siste rikskansler var alene med sin kone i dødsøyeblikket. De stod enten ved inngangen til Førerbunkeren eller ute i Rikskanselliets hage. Den utbredte forklaringen er at Goebbels og Magda begikk selvmord ved å ta cyanid, men enkelte kilder hevder at Goebbels skjøt seg selv. I henhold til ordre satte personalet i Førerbunkeren fyr på likene til både Magda og Joseph Goebbels. De valgte imidlertid å spare på bensinen slik at legemet til Joseph Goebbels bare var delvis brent og dermed forholdsvis lett gjenkjennelig da sovjetiske militære dagen etter fant likene av familien Goebbels. Obduksjonen som ble foretatt av sovjeterne konkluderte med at både Magda og Joseph Goebbels hadde dødd av forgiftning. En pistol var blitt funnet ved siden av sistnevntes lik, men ingenting ble nevnt i obduksjonsrapporten om at Goebbels hadde skutt seg.