Som et resultat har krigen i stor grad blitt utkjempet av løselig organiserte militsgrupper. Disse utrente og i stor grad udisiplinerte gruppene har i stor grad bidratt til den grove volden i konflikten med flittig bruk av plyndring, voldtekter og etnisk rensing. Det har også gjort fredsavtaler mye vanskeligere å få i stand, da militsene har fortsatt kamphandlingene, trass våpenhvileavtaler mellom hovedaktørene. Disse ukontrollerte militsene og deres allierte i ulike regjeringer har drept mange kongolesere, men enda flere har dødd som følge av sykdommer og sult som har kommet i kjølvannet av krigen.