I 1996 gjennomgikk Hagman en livreddende operasjon idet han fikk transplantert en ny lever. Han gikk offentlig ut og innrømmet at han hadde hatt alkoholproblemer i mange år. Han har fått en stjerne på Hollywood Walk of Fame. I 2006 ble han diagnostisert med kreft, som til slutt førte til hans død på Medical City Dallas Hospital i Dallas i Texas den 23. november 2012. Hagman var aktiv som skuespiller helt fram til sin død.