Amir kom fra en ultraortodoks jødisk familie med opprinnelse fra Jemen. Han tjenestegjorde i en religiøs avdeling i det israelske forsvaret (1988–1991) og kunne dermed kombinere militærtjenesten med studier av Talmud. Han ble beskrevet som en religiøs ekstremist av sine medsoldater. Han var jusstudent da han drepte Rabin.