I februar 2003 signerte han for de regjerende svenske mestrene Djurgårdens IF som behøvde en erstatter for Stefan Rehn. Johan Arneng dannet deretter en midtbane sammen med Kim Källström og Andreas "Adde" Johansson i sitt første år, og ble seriemester med 58 poeng, 7 poeng foran Hammarby. I august 2004 skåret Arneng mål mot Juventus FC på Råsunda i Champions League-kvalifiseringens siste runde, der Juventus gikk videre med 6-3 sammenlagt.