Ojdanić ble uteksaminert fra den jugoslaviske krigsskolen i 1964. I 1992 ble han generalmajor, og han deltok deretter i Bosnia-krigen. Utover på 1990-tallet kom Ojdanić stadig høyere i systemet, før han ble leder for den jugoslaviske generalstaben i 1998. Ojdanić hadde denne posisjonen under NATOs bombing av Jugoslavia under Kosovokrigen i 1999. I februar 2000 overtok han posten som forsvarsminister i Slobodan Miloševićs regjering etter Pavle Bulatovićs død. Ojdanić satt i regjeringen frem til oktober da Milošević ble kastet fra makten. I desember 2000 trakk han seg tilbake fra det jugoslaviske forsvaret etter ordre fra den nye presidenten Vojislav Koštunica.