Våren 1904 vant Hamilton Academical Division 2, men ble ikke valgt inn i Division 1. To år etter kom de bare på 4.-plass, men denne gangen lyktes de med å bli valgt inn i den øverste divisjonen. (Det eksisterte ikke noe automatisk opp- og nedrykk på den tiden.) De gjorde det ikke spesielt bra i toppdivisjonen, og plasserte seg de fleste sesongene på nedre halvdel av tabellen, selv om de nådde 4.-plass i 1935. De kom til finalen i den skotske FA-cupen i 1911 og 1935, men tapte begge gangene (henholdsvis 0-2 mot Celtic i omkamp etter 0-0 i første kamp, og 1-2 mot Rangers).