I en scene etter spillets rulletekst, avsløres det at Snake var den som hadde Big Boss' recessive gener, mens Liquid hadde hans dominante gener. Snake har også begrenset tid igjen før FOXDIE-viruset dreper ham. Det viser seg også at Ocelot var en dobbeltagent for USAs president. Hans oppdrag fra presidenten gikk ut på å få tak i Bakers disk som inneholder Metal Gears spesifikasjoner, og levere den til ham. Han skulle også drepe hvem enn som fikk greie på hans virkelige motiver, som var grunnen til at han "tilfeldigvis" drepte den ekte DARPA-sjefen.