På Senterpartiets landsstyremøte 11. april 2008 opplyste Haga at hun ønsket å gå av som partileder på landsmøtet i 2009. Hun ville heller ikke ta gjenvalg som stortingsrepresentant, men åpnet for å sitte i regjeringen. Haga fattet etter eget utsagn avgjørelse om dette allerede sommeren 2007. Avgangen som partileder ble imidlertid fremskyndet: 19. juni 2008 bekjentgjorde Haga at hun gikk av både som statsråd og som leder for Senterpartiet av helsemessige årsaker, etter å ha fått betydelig kritikk i mediene i forbindelse med en ulovlig oppført brygge på familiens landsted på Stryn og regelbrudd ved utleie av et stabbur hjemme på gården i Ås i Akershus.