Både den gamle bygningen - Charlottenborg - og utstillingsbygningen er fredet. Den gamle bygningen på Kongens Nytorv 1 ble fredet i 1918. Fredningen omgfatter det firefløyede anlegget fra 1672 med den sammenbygde bygningen i sydøst, fra ca. 1730, Bertel Thorvaldsens leilighet.