Kjernebiteren er kjønnsmoden etter et år. Den bygger redet høyt oppe i løvtrærne. Det er kunstferdig flettet av kvister og foret med fine røtter, ull og hår. Den legger 3–6 hvite egg med brune flekker. Eggene er i gjennomsnitt 2,4 cm lange og 1,9 cm. brede, og veier ca. 3,9 gram. Eggets skallvekt er i gjennomsnitt 0,226 gram. Hunnen ruger på eggene i 13–14 dager. Begge foreldrene forer ungene.