Aveling gikk på skole i Taunton i Somerset, og i 1867 begynte han å studere medisin ved University College London og tok eksamen med BSc i 1870. Han begynte deretter å undervise i biologi og forelese i vitenskap ved King's College London, men ble fratatt muligheten til forfremmelse grunnet sin ateisme og venstreradikale synspunkter. Han begynte isteden å undervise i biologi og anatomi ved Royal London Hospital, noe som varte fram til 1882.