TransMilenio har for tida ni linjer, som identifiseres med hver sin bokstav og farge. Linjene er oppkalt etter endestasjonen, ettersom hver rute er sammensatt av flere linjer og de ulike rutene dermed starter ved endestasjonen til en annen linje enn den den slutter ved. Den eksakte kjøreruta spesifiseres av et tall etter endestasjonens bokstav. Det er heller ikke alle rutenummerne som stopper ved alle stasjonene.