I desember 1913 fikk han i oppdrag å overta ledelsen av 8. US-infanteribrigade i Presidio i San Francisco. I 1916 fikk han kommandoen over straffeekspedisjonen som ble sendt for å gå fatt i den meksikanske revolusjonære Pancho Villa, som tidligere samme år angrep med 1500 meksikanere over den amerikanske grense i protest mot at USA hadde anerkjent Venustiano Carranzas nydannede regjering. Mens han var i Mexico omkom hans kone og tre døtre i en husbrann; sønnen Warren overlevde den.