Svenskene okkuperte og plyndret Konopiště i 1648, og Vrtba-familien kjøpte deretter den falleferdige strukturen. Etter 1725 fikk de det forvandlet til et slott i barokkstil. Vindebroen ble erstattet av en steinbru, og nær østtårnet ble det satt inn en ny inngang i veggen. Porten som pyntet den ble designet av František Maxmilián Kaňka og inneholdt statuer fra verkstedet til Matthias Bernard Braun. I 1746 ble de øvre nivåene av fire av tårnene ødelagt og ett tårn ble fullstendig revet. Under reparasjon av interiøret ble det malt mytologiske og allegoriske fresker i taket i den store salen, og det ble laget marmorpeiser med utskårne dekorasjoner av Lazar Wildmann.