Juana ble født i den lille landsbyen San Miguel Nepantla nær Amecameca de Juárez. Hun var utenomektenskapelig datter av den kreolske Isabel Ramírez de Santillana og den spanske Pedro Manuel de Asbaje y Vargas Machuca. Hun bodde som barn med sin mor hos sin morfar som eide en eiendom i Amecameca.