Angrepet på kongolesiske tutsi-flyktninger på grensen til Burundi ble betraktet som en prøve på presidentens evne til å opprettholde lov, orden og stabilitet i landet. Ndayizeye lovet en rask gjengjeldelse, og at gjerningsmennene ville bli pågrepet. 21. august 2006 ble Ndayizeye arrestert i Bujumbura på grunn av hans påståtte rolle i et statskupp tidligere samme år. Han benektet anklagene mot ham i retten den 19. desember. Den 15. januar 2007 ble Ndayizeye frikjent sammen med tidligere visepresident Alphonse-Marie Kadege og tre andre tiltalte.