Den litauiske regjeringen er bekymret for slitasje og nedbryting av miljøet i landet, og har derfor opprettet en rekke nasjonalparker og reservater. Landets flora og fauna har blitt hardt rammet av en nærmest fanatisk drenering av land til jordbruksformål. Andre miljøproblemer har også oppstått som følge av lite miljøvennlig industri, som for eksempel kjernekraftverket i Visaginas øst i Litauen. Dette kjernekraftverket driver fortsatt to reaktorer lik dem som var i drift i Tsjernobyl. Kjemiske fabrikker og andre industrier forurenser fortsatt luften i landet, i tillegg til å tømme avfall i elver og innsjøer. Ifølge beregninger gjort av eksperter er en tredjedel av Litauens areal til enhver tid dekket av forurenset luft. Problemet er størst i og omkring de største byene som Vilnius og Kaunas, men også i andre byer som Jonava, Mažeikiai, Elektrėnai og Naujoji Akmenė.