Guløyepingvinen er utsatt for predasjon fra landbaserte rovpattedyr, i sin tid innført av mennesket, som røyskatt, fritte, tamkatt og tamhund. Rotter og pungrotter tar dessuten både egg og kyllinger når anledningen byr seg. I tillegg er arten utsatt for predasjon når den ferdes på sjøen, blant annet av haier, barracudaer og New Zealand-sjøløve.