Historien til Djenné er nært knyttet til Timbuktus historie. Mellom 1400- og 1600-tallet gikk mye av handelen over Sahara med varer som salt, gull og slaver som flyttet inn og ut av Timbuktu gjennom Djenné. Begge byene ble sentre for islamsk lærde. Djennés velstand var avhengig av denne handelen, og da portugiserne etablerte handelsposter på den afrikanske kysten, avtok betydningen av trans-saharaiske handelen og dermed Djenné som gikk inn tid med tilbakegang.<ref name="nytimes">Cotter, Holland (18. april 2012): «A Tribute to Islam, Earthen but Transcendent», The New York TimesKoranenAfrican ArtsDjenné: chef-d'oeuvre architectural'', Amsterdam: Institut Royal des Tropiques, ISBN 978-90-6832-228-6.