Zakynthos preges redusert grunnvannskvalitet på grunn av forsaltning, store kalksteininnslag og reduksjon av grunnvannsnivået. Kildene til forurensningen skyldes sjøvannsinntrengning på grunn av overforbruk av vann i de kystnære områdene, gjødsel fra landbruket, deponering av ubehandlet avfall og en mangelfull håndtering av kloakk. Dessuten har man sett en kvalitetsreduksjon av overflatevannet som i hovedsak skyldes ukontrollerbare utslipp av ubehandlet avfall fra olivenpressene. I den forbindelse er det etablert et gresk-norsk samarbeid knyttet til vann- og avfallsproblematikken. Samarbeidet kalles Forskningsparken Zakynthos, og formålet er å legge til rette for forskning, undervisning og formidling av kunnskap om vann og biologisk avfall på øya. Partnere i dette samarbeidet er Universitetet for miljø- og biovitenskap (UMB), Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Ιονίων Νήσων (Teknologiske utdannelsesinstitutt for De joniske øyer, TEI), greske myndigheter og næringsliv.