Ved åpningen 19. august 1869 besto Gjertsens skole altså av to avdelinger: den allerede bestående latinskolen for eldre elever, og en helt ny skole organisert etter den nye skoleloven av 1869. Til denne skolen ville Gjertsen oppta elever fra seksårsalderen, som senere kunne velge om de ville gå latinlinjen eller reallinjen. Nytt var det også at undervisningen i de laveste klassene ble besørget av lærerinner. Ved starten hadde skolen 91 elever i den gamle latinskolen og 30 elever i den nye småskolen. I de neste årene kom man i gang med middelskolen, og i skoleåret 1873–1874 hadde skolen i alt 337 elever. Året etter mottok skolen 183 elever fra den nedlagte Nissens Latin- og Realskole. Etterhvert som elevene vokste opp, ble det nye latingymnaset og realgymnaset opprettet i 1876, samtidig som den gamle latinskolen for eldre elever ble nedlagt. De første kandidatene til ble dimittert i 1878. Etter lov av 16. juni 1883 fikk skolen fra 1884 rett til å avholde på linje med offentlige skoler.