Som 18 år gammel juniorlandslagsspiss ankom Magnusson til i Allsvenskan fra helsingborgklubben Högaborg foran 1981-sesongen. Etter flere gode sesonger for Malmö dro Magnusson utenlands i 1985 til sveitsiske . Han tilbragte bare én sesong med Servette før han ble overtalt til å returnere til Malmö. Han vant et seriemesterskap med Malmö før han igjen dro utenlands i 1987 for et fem år langt opphold hos portugisiske . Magnusson nøt stor suksess i den portugisiske storklubben. Med Benfica ble han seriemester to ganger, og var to ganger tapende finalist i Serievinnercupen.