Etter krigen arbeidet Walker som forfatter og foreleser, og hun støttet kvinner rettigheter frem til sin død i 1919. Hun døde i februar 1919 av naturlige årsaker i en alder av 86 år, og ble gravlagt i Oswego, New York. Hun hadde en vanlig begravelse, men et amerikansk flagg var drapert over kisten hennes, og hun ble gravlagt i sin sorte dress i stedet for en kjole som var vanlig for kvinner på denne tiden. Under andre verdenskrig ble skipet SS «Mary Walker» oppkalt etter henne.