EUI er organisert i fire institutter for økonomi, historie, juss, samt statsvitenskap og samfunnsvitenskap. Videre har universitetet et tverrfaglig senter for studier av europeisk integrasjon, Robert Schuman Centre for Advanced Studies, og et Akademi for europeisk rett som konsentrerer seg om EU-rett og menneskerettighetslovgivning.