I landslagssammenheng deltok Jakobsen i to VM-sluttspill (USA 1994 og Frankrike 1998). I 1994 ble Jakobsen og Norge slått ut etter de tre innledende kampene. I 1998 gikk Norge videre fra gruppespillet, men ble slått ut av Italia (1–0) i første cup-runde etter mål av Christian Vieri.