Det er to templer ved Ombos, bygget av stein tatt fra steinbrudd i nabolaget ved Hadjar-selseleh. Det mest storslåtte tempelet står på toppen av sandfylt høyde, og i henhold til en bevarte inskripsjoner var det dedikert til Aroeres (Apollon) og andre lokale guddommer æret av soldatene ved stedet. Det andre og mindre tempelet i nordvest var dedikert Isis. Begge har en imponerende arkitektur og fortsatt mange av de strålende fargene som opprinnelig var en del av prakten. De ble reist i ptolemeisk tid, med unntak av døråpningen av sandstein, bygd inn en vegg av murstein. Det var en del av et tidligere tempel bygd av farao Tuthmosis III til ære for krokodilleguden Sobek. Farao er representert ved døråpningen og holder målestokk og meisel, symboler på byggingen av tempelet. Den ptolemeisk andelen av det større tempelet viser et unntak til en ellers universal regel i egyptisk arkitektur: det har ingen (inngangspassasje) eller (en seremoniell portalbygning til helligdommen) foran det, og har et uregelmessig antall søyler hvor alle femten er satt opp i en rekke på tre rader. Av disse søylene står fortsatt tretten av dem. Ettersom det er to hovedinnganger, framstår det som to forent i ett. På gesimsen over den ene åpningen er det en gresk inskripsjon som nedtegner reisningen av tempelet, eller kanskje restaureringen av (den indre helligdommen) av Ptolemaios VI Filometor og hans søsterhustru Kleopatra II, 180-145 f.Kr.