I motsetning til de fleste andre RPP-parlamentarikere støtta Thapa kong Gyanendras statskupp 1. februar 2005. Han gikk inn i Gyanendras diktatoriske regjering som innenriksminister, og blei kjent for sitt truende språk mot den demokratiske opposisjonen. Thapa blir også etterforska for å stå bak brutalitet mot demonstranter under det store demokratiopprøret Jana Andolan 2006.