Nielsen spilte sesongen 2006/2007 for Trondheim Ishockeyklubb, hvor han noterte seg for 15 poeng på 39 kamper i grunnserien og for 6 poeng på 6 kamper i kvalifiseringsserien. Deretter hadde han en kort innhopp hos Rosenborg Ishockeyklubb før han igjen returnerte til Lillehammer Ishockeyklubb og ble gjennom 2007/08- og 2008/09-sesongen.