Under den andre verdenskrig deltok Todor Zhivkov i motstandskampen for Bulgaria mot det nasjonalsosialistiske Tyskland. I 1943 var han involvert i organiseringen av en partisan-avdeling i og rundt sitt fødested, og han ble utnevnt til nestkommanderende i partisanenes operasjoner i Sofia og området rundt i løpet av sommeren 1944. Etter 9. september 1944 ble Zhivkov leder for politiet i Sofia, og han var medlem av Narodna Militsiya (People's milits).