Den 30. mars 2006 annonserte en spesialkommisjon satt ned av den estiske regjeringen for å etterforske de hemmelige militære forsendelsene om bord på skipet deler av sine funn. I den offentliggjorte rapporten var kommisjonen nær ved å beskylde svenske myndigheter for å ha gjemt unna beviser og omstendighetene omkring katastrofen. Blant annet la kommisjonen vekt på motsigelsene i vitnemålene og i forklaringene til personer som tok del i etterforskningen i 1994. Den svenske regjeringen nektet flere ganger å tillate intervjuer med vitnene. Ifølge kommisjonen har kontrakten med det private selskapet (Rockwater) som var ansvarlig for dykkerne og deres aktiviteter på vraket i 1994, gjort flere uunnværlige deler som ble funnet av dykkerne inne i skipet utilgjengelig.