Ntare V returnerte til Burundi i april 1972. Kort tid etterpå startet et hutuopprør mot styresmaktene. 29. april, angivelig på befaling fra president Micombero, ble Ntare henrettet på det kongelige slottet Ibwami i Gitega, men lite er kjent om omstendighetene rundt dette. Hutuopprøret ble slått ned av Micomberos styrker, men rundt 150 000 mennesker, i hovedsak hutuer, ble drept i de påfølgende kampene mellom ulike stammer.