Weidling ble fløyet til Sovjetunionen. Han ble først satt i Butyrkafengselet og så i Lefortovofengselet, begge i Moskva. Den 27. februar 1952 dømte Militærkollegiet i Sovjetunionens Høyesterett ham til 25 års fengsel for krigsforbrytelser i det okkuperte Sovjetunionen.