Den algirske motstanden var i utgangspunktet delt mellom styrkene under Ahmed Bey i Constantine, som styrte på vegne av den osmanske sultanen og som hovedsakelig opererte øst i landet, og de nasjonalistiske kabylene i vest. En fredsavtale med de berberske nasjonalistene under Abd al-Qādir i 1837 gjorde at franskmennene da kunne fokusere på å beseire de osmansklojale styrkene, noe de gjorde i erobringen av Constantine i 1837. Abd al-Qādir fornyet senere sin motstand mot okkupasjonen, men ble i 1842 endelig drevet inn i Marokko av en stor og hardhendt fransk ekspedisjon. Dette førte to år senere til den første fransk-marokkanske krig, hvor Marokko ble beseiret og derfor måtte jage alQādir ut av landet. I 1847 overga al-Qādir seg for siste gang, men i det algirske innlandet fortsatte motstanden ledet av for eksempel kabylen Lalla Fadhma N'Soumer, og Frankrike måtte bruke flere tiår for å kunne pasifisere innlandet og de algirske delene av Sahara. Ikke før i 1902 overga den siste stammesjefen i sørvest, Shayk Bouamama, seg, etter å ha motstått erobringen siden 1882, da praktisk talt hele landet var under fransk kontroll.