Opphavet til Californias flagg ligger i det såkalte Bjørneflaggopprøret mot Mexico som i juni-juli 1846 erklærte California for selvstendig republikk under eget flagg. Opprørsrepublikken heiste eget flagg 14. juni 1846 og dette ble benyttet inntil 9. juli da USAs tropper tok kontroll over California. Flagget som ble heist i hovedstaden Sonoma 14. juni 1846 ble malt av William L. Todd. Bjørnen kom til etter forslag av Henry L. Ford og skal representere grizzly-bjørnen. Originalen gikk tapt under den store bybrannen i San Francisco i 1906 og det var en modifisert tegning som ble gjort til delstatens offisielle flagg 3. februar 1911. Også etter at flagget ble offisielt vedtatt varierte utførelsen av flagget. I 1953 ble det derfor nedfelt nærmere spesifikasjoner om flaggets enkeltheter.