Under Konstans trakk bysantinerne seg helt ut av Egypt i 642, og kalif Uthman anggrep en rekke av øyene i Middelhavet og Egeerhavet. En bysantinsk flåte under admiral Manuel inntok riktignok Alexandria igjen i 645, men etter en musdlimsk seier det påfølgende år måtte de forlate byen. Situasjonen ble komplisert ytterligere ved det vesliges presteskaps voldsomme motstand mot monoteletismen og den dermed forbundne oppstand av eksarken av Kartago, Gregor patrisieren.Sistnevnte falt i kamp mot kalif Uthmans hær, og regionen forble en vasall under kjalifatet frem til utbruddet av borgerkrig, og keiserstyret kunne gjenopprettes der.