Reuchlins karriere som akademiker synes å ha begynt nærmest ved et uhell; han fikk en posisjon ved husholdningen til Karl I, markgreve av Baden, som hoffsanger ettersom han hadde en slik vakker røst, og kort tid etter ble han valgt til å følge unge Frederick, den tredje sønnen av greven, grunnet sine latinkunnskaper, til Universitetet i Paris. Frederick var forutbestemt en karriere i kirken. Den nye forbindelsen varte ikke lenge, men det satte kursen for Reuchlins liv. Han begynte nå å lære seg gresk som det hadde blitt undervist i Paris siden 1470, og han ble snart lederen for de parisiske realistene. Da han ble tvunget til å forlate Paris sammen med grevens sønn, dro han til Universitetet i Basel i 1474 hvor han kunne fortsette sine klassiske studier og han begynte selv å holde forelesninger. Han utga et latinsk leksikon, , ble 1477 og begynte selv å forelese i gresk.