Fra 1921 endret ting seg med spredningen av fascistiske korps i Istria. Som andre prester og biskoper prøvde Pederzolli på alle måter å beskytte de slaviske minoritetene, og av denne grunn ble kalt østerrikse og slavofine av fascistene fra Trentino. Siden det lokale presteskap var direkte involvert i politiske anliggender, ba biskopen om støtte fra Den apostoliske stols diplomatiske organer. Et bevis på dette er memoranda som ble sendt til Statssekretariatet (Vatikanet), så vel som det som ble sendt 7. mars 1921 til sivilkommissæren for Venezia Giulia, Antonio Mosconi, og til statsministeren, Giovanni Giolitti. Videre utarbeidet han den 31. mai 1921 et dokument om de beklagelige innvirkningene som medlemmer av de fascistiske troppers innblanding hadde på den lokale kirkes liv; dette dokumentet var lignende de om ble presentert bare noen få dager tidligere av biskopene av Udine, Antonio Anastasio Rossi, og av Trieste, Angelo Bartolomasi.