Der gjorde han seg bemerket med en vellykket undertrykkelse av den revolusjonære bevegelse i tiden etter 1905-revolusjonen. Det førte til at tsaren først tok ham som innenriksminister, og i 1906 til statsminister. Etter at han ikke klarte å få dumaen til å samarbeide med hans regjeringsprogram, ble en av hans første embedshandlinger som statsminister å rett og slett oppløse den nettopp valgte Dumaen. Stolypin ønsket med dette å svekke de radikale elementer blant de folkevalgte, elementer som fortsatte å nekte å samarbeide med tsarregjeringen og gikk inn for gjenopptakelsen av de samfunnsomveltende innsatser.