Nanna Thrane ble født 21. august 1854. Hun var datter av offiser Paul Conrad Clausen Thrane (1818-1861) og Marthe Kristine Thrane, født Schnitler (født 1830). Faren Paul var sønnesønn av Paul Olsen Thrane, kjøpmann og eier av Borregaard Hovedgård. Faren var også fetter av arbeiderlederen Marcus Thrane.