Hos mennesker og de aller fleste pattedyr, med unntak av kloakkdyrene, finner vi et gen ved navn SRY på Y-kromosomet. Det er dette genet som gjør at Y-kromosomet blir kjønnsbestemmende. Om dette genet ikke virker, vil vi få en hunn, til tross for at Y-kromosomet er der. I de fleste tilfeller der barnet blir mannlig, til tross for at han har to X-kromosom og mangler Y-kromosom, har SRY ved en feiltagelse havnet på det ene X-kromosomet – det fra far. Y-kromosomet er ulikt i ulike arter. Det eneste de egentlig har til felles, er det faktum at de bestemmer at organismen blir hannkjønn, og genet som avgjør dette kan være forskjellig fra art til art. Hos pattedyr stammer Y-kromosomet fra det samme kromosomet, og hos disse artene er det derfor likheter, selv om Y-kromosomet varierer både i størrelse og hvilke gen som er til stede. Det er spesielt stor ulikhet mellom Y-kromosomene hos pattedyr i forhold til de andre kromosomene. Dette er fordi det er svært få områder av Y-kromosomet som har overkrysning med X-kromosomet, og evolusjonen av dette kromosomet går dermed raskere, siden mutasjoner kan hope seg opp. Gen som ikke er livsnødvendig, kan bli omgjort til pseudogen, eller få nye funksjoner som da blir spesifikk for hannen, om de ikke er spesielt viktig for forplantningen.