I 2017 kommenterte han at Colin Kaepernick, som var kjent for å ha startet spillerprotesten under nasjonalsangen, "was not worth the distraction" da han ble spurt om hvorfor han ikke var i noen av lagenes spillerstall. Etter at president Donald Trump kommenterte at NFL-spillere som knelte under nasjonalsangen burde få sparken begynte McCoy selv å delta i protesten, blant annet ved å fortsette å strekke ut under nasjonalsangen før en kamp mot Denver Broncos 24. september. McCoy forsvarte sine og lagkameratenes handlinger ved å si at selv om nasjonalsangen og flagget betydde mye for ham og hans lagkamerater kunne han ikke "stand and support something when the leader of this country is acting like a jerk." Bills-spillerne hadde i forkant diskutert hvordan de skulle reagere på Trumps kommentarer.