Imidlertid kom det først til en dyp krise i bevegelsen da Said overfor sine mest betydelige misjonærer gav seg til kjenne som den etterlengtede mahdi. Så langt var det bare blitt handlet i den skjulte eller tilhyllede syvende imam Muhammad ibn Ismails navn. Dette skifte av den ventede mahdi-figur førte under Hamdan Qarmat til frafall av ismailittene i Irak og i al-Hasa, som deretter ikke anerkjente Saids ledelse (qarmater). Også i Iran ble fatimidene først under kalif Abu Tamin al-Muizz igjen anerkjent som lederne av ismailittene.