Da varslingen ble offentlig kjent i mars 2008, besluttet fengselsleder Liv-Rigmor Eidissen å nekte Karlsen adgang til fengselet. En uke etter utestengelsen ble han av sin arbeidsgiver, Tromsø kommune, suspendert, og fratatt alle oppgaver som fengselslege. I juni 2008 opphevet Kriminalomsorgens sentrale forvaltning utestengelsen med øyeblikkelig virkning.