Gamarra var sterkt imot traktaten undertegnet av Santa Cruz og Luis José de Orbegoso som opprettet Perú-Bolivia-konføderasjonen. Han deltok derimot i felttoget for å oppløse dem med chilensk hjelp. Dette førte til slaget ved Yungay og til at Santa Cruz ble styrtet. Gamarra ble så offisielt utnevnt til president av den peruanske kongressen.