Nasjonalistpartiet kom til makten under lederskapet til Hertzog i 1924, og Malan ble innenriksminister, utdanningsminister og helseminister, noe han var frem til 1933. Malan var fremtredende i kampanjen i 1925 for å erstatte nederlandsk med afrikaans i konstitusjonen samt å gi Sør–Afrika et eget nasjonalt flagg.