I 1205 forsøkte Alexios III å rømme, og søkte beskyttelse hos Mikael I Komnenos Dukas, herskeren i det nyopprettede Despotatet Epirus. Her ble han igjen tatt til fange av Boniface og sendt først til Montferrat og deretter, i 1209, tilbake til Tessalonika. Der ble han frikjøpt av Mikael I som sendte ham til Lilleasia hvor hans svigersønn Teodoros Laskaris holdt stand mot latinerne i Keiserriket Nikea. Her organiserte Alexios III en sammensvergelse mot sin svigersønn fordi han ikke ville anerkjenne Alexios’ autoritet. Alexios skaffet seg støtte hos sultan Kaykhusraw I i Rum-sultanatet, men sultanen ble slått i et slag mot Mikael I i 1211, og Alexios III ble tatt til fange. Han ble satt i et kloster i İznik hvor han døde senere samme år.