I tidsrommet mellom 1890 og 1910 bodde og arbeidet Nesterov for det meste i Kiev eller i St. Petersburg. I disse årene skapte og arbeidet han etter tur med freskommaleriene i Vladimir-katedralen i Kiev og med mosaikken i Oppstodekirken i St. Petersburg. Senere var han opptatt med ikonmaling. Han bosatte seg da i Moskva.