John Kerrys farsslekt utvandret fra Sudetenland i Böhmen i Østerrike-Ungarn i det nåværende Tsjekkia på begynnelsen av 1900-tallet. Slekten var opprinnelig jøder, men John Kerrys farfar og farmor konverterte til katolisismen før de utvandret. Morsslekten er protestanter av engelsk herkomst. John Kerry er en troende katolikk. Han er gift med Teresa Heinz Kerry, enke etter den republikanske senatoren H. John Heinz III og arving av Heinz-konsernet. Dette er bakgrunn for økenavnet «Ketchup Kerry», som har vært brukt av hans motstandere.