Gjennombruddet kom imidlertid da Faith No More, som var på jakt etter en ny vokalist, oppdaget Patton da gitarist Jim Martin la merke til Mr. Bungle og Patton på en festival. Martin fikk en demo fra Patton, viste den til de andre i Faith No More, og like etter ble Patton rekruttert som vokalist. Med Patton på vokal slo bandet gjennom, og med det ble Mr. Bungle kjent i langt videre kretser enn tidligere. Etter at Mike Patton opptrådte i en Mr. Bungle-skjorte i den beryktede musikkvideoen til Faith No Mores «Epic», ble flere platekompanier nysgjerrige på hva Mr. Bungle var, noe som til slutt resulterte i en platekontrakt med Warner Bros. Records og den selvtitulerte debutplata som kom i 1991. Denne plata inneholder hovedsakelig sanger bandet tidligere hadde gitt ut på sine to siste demoer som ble spilt inn på nytt med jazzeksperimentalisten John Zorn. Plata er også kjennetegnet ved at det ikke er noen klare skiller mellom sangene. I stedet ha bandet samplet lyder fra ulike kilder som fungerer som overgang mellom de ulike sangene.