I 1276 ble de fordrevet av den bysantinske flåten. Da Konstantinopel falt for muslimene i 1453 søkte innbyggerne beskyttelse hos republikken Venezia som styrte Skopelos inntil den ble erobret av osmanene ved den fryktede muslimske piraten Hayreddin Barbarossa i 1538 som etterlot, slik hans vane var, herjet, plyndret og bortimot avbefolket.