Den enkle hierarkiske skrivemåten som er satt opp her er en forenkling. De eukaryote rikene er ikke direkte etterkommere av arkebakterier, men komposittorganismer som består av både arkebakterier (også kalt erkebakterier) og ekte bakterier. Organellene mitokondrier og kloroplaster har eget DNA som er bygget slik som bakterie-DNA, mens ribosomer og cellekjernens DNA likner det man finner hos arkebakteriene. I dag regner man med at de eukaryote organismene har blitt til ved endosymbiose mellom en arkebakterie og flere typer ekte bakterier. En del nyere forskning godkjenner ikke splitten mellom arkebakterier og ekte bakterier, og foretrekker å operere med et enkelt bakterierike: Monera.