I 1938 oppdager en gruppe arkeologer graven til en farao Ahkmenrah, inkludert en ung Cecil «C.J» Fredericks, som finner «Tablet of Ahkmenrah» men lokalbefolkningen advarer arkeologene om at hvis de fjerner tavlen fra graven, så vil det føre til katastrofe. I nåtidens New York City er Larry Daley fremdeles ansatt som nattevakt ved American Museum of Natural History. Daley og de ansatte klarer å gjenåpne Hayden Planetarium. En neandertaler som ligner på Larry, ved navn Laaa, blir introdusert, og identifiserer Larry som sin far. Ahkmenrah viser Larry at tavlen har fått korrosjon, som får utstillingene ved museumet til å opptre unormalt og forårsake massivt kaos ved planetariumets gjenåpning. Etterpå tilbringer Larry tid sammen med sin sønn Nick, som planlegger å ta et friår fra skolen, og planlegger å holde en fest.