Som middelalderarkeolog har Øye arbeidet i skjæringsfeltet mellom arkeologi og historie, der mye av forskningen har dreid seg om agrarsamfunnet og urbanisering i middelalderen. Hun har utgitt bøker og artikler, særlig knyttet til landskap og materiell kultur både i rurale og urbane kontekster. Flere av studiene innlemmer et kjønnsperspektiv. Hun har siden 1994 vært hovedredaktør for serien Bryggen Papers, og har siden 2000 vært medlem av redaksjonen for bokserien The Northern World, North Europe and the Baltic 400-1400 AD, Economies and Cultures, Brill Academic Publishers.