Lymon gifta seg første gang i januar 1964 med Elizabeth Waters, som imidlertid ikke var skilt fra sin tidligere ektefelle da ekteskapet blei inngått. De to fikk dattera Francine, som døde bare få dager etter fødselen. I 1965 hadde Lymon et forhold til Zola Taylor (i gruppa The Platters), og hun hevder at de gifta seg i Mexico i 1965, noe det ikke er framlagt dokumentasjon på. I 1967 inngikk Lymon så ekteskap med skolelæreren Emira Eagle, men han var da ikke lovformelig skilt etter de tidligere giftermåla.