Det ble opprinnelig administrert av et grevskapsråd, men i 1986 ble dette avskaffet og makten ble overført til fem distriktsråd. Enkelte tjenester blir drevet felles for hele grevskapet, som politi, brannvesen og kollektivtransport. Noen områder er del av den urbaniserte regionen omkring Liverpool, men allikevel ikke del av Merseyside. Dette gjelder Ellesmere Port and Neston og Halton.