Exeter City FC ble stiftet etter sammenslåingen mellom klubbene Exeter United FC og St. Sidwell's i 1904. Etter en kamp mellom St. Sidwell's og Exeter United i 1904, som St. Sidwell's vant 3-1, og det ble klart at lagene ville slå seg sammen. Det nye laget tok navnet Exeter City FC, og fortsatte å spille på Exeter Uniteds bane, St James Park, hvor laget også spiller i dag.