I 1868 ble Skien prestegjeld skilt ut og dannet et eget Skien prosti. Nedre Telemark prosti lå under Agder bispedømme inntil 1941, så under det kortvarige Skien bispedømme 1942-46, deretter tilbake under Agder fra 1947. Fra 1. januar 2005 ble navnet på bispedømmet endret til Agder og Telemark bispedømme. 1. januar 2006 opphørte prostiet og ble delt mellom Aust-Telemark og Vest-Telemark prostier. Seljord prestegjeld ble overført til Vest-Telemark prosti mens øvrige ble lagt til Aust-Telemark prosti. Nedre Telemark prosti bestod av følgende; Holla (og Helgen), Lunde (og Flåbygd) Bø, Sauherad (og Nes), Seljord (Flatdal og Åmotsdal) og Heddal.