I april 1943 ble Blum deportert til den tyske konsentrasjonsleiren Buchenwald, der han var i avdelingen for høyt rangerte personer til april 1945, da han ble forflyttet til Dachau ved München, og så til Tyrol, fordi allierte styrker nærmet seg. På slutten av krigen gav naziregimet ordre om at han skulle henrettes, men de lokale myndighetene adlød ikke lenger, og han ble reddet av allierte styrker i mai 1945. Broren hans, René Blum, ble derimot myrdet av nazistene i Auschwitz.