Khan kommer fra en muslimsk familie og vokste opp i New Delhi. I 1991 giftet han seg med hinduen Gauri Khan, i et tradisjonelt hindubryllup. Ifølge Khan, som selv er muslim, verdsetter han også sin hustrus religion og deres barn følger begge religionene. Paret har tre barn; sønnen Aryan (født 1997), datteren Suhana (født 2000) og sønnen AbRam, som ble født i 2013 ved hjelp av en surrogatmor.