I 1871 ledet Hayden en andre større ekspedisjon, nå regjeringsstøttet, til Yellowstone-regionen. Han skrev en sammensatt rapport, som inkluderte store fotografier gjort av William Henry Jackson og malerier av Thomas Moran. Denne rapporten overbeviste Kongressen til å trekke regionen fra offentlig auksjon. 1. mars 1872, underskrev president Ulysses S. Grant et dokument som opprettet Yellowstone nasjonalpark.