Besetningen på ti bestod av to flyvere, fem kabinansatte og tre sikkerhetspersonell. Ifølge EgyptAir hadde kapteinen om bord, Mohammed Shoukair, 6 275 flytimer registrert, av disse var 2 101 timer om bord på Airbus A320, mens andrepiloten Ahmed Assem hadde 2 766 flytimer.