Pave Johannes var en av de paver som sankt Wilfrid av York appellerte til. Han var blitt forvist (flere ganger) fra sin bispestol, i York. I 704 kom den 70-årige biskop til Roma. Wilfrid påpekte at Pavestolen måtte opptre med fasthet, og bad Johannes om å fornye sine forgjengeres beslutninger. Det var ikke første gang Wilfrid hadde vært i Roma. Han hadde vært der i 654 og 679 var derfor et vitne til hvordan den gradvise omforming av Pavestolen og den kirkelige administrasjon til et gresk-dominert hierarki. Pave Johannes VI sammenkalte en synode av gresktalende biskoper som skulle høre Wilfrids sak; en språklig utfordring som uroet Wilfrid. Ikke desto min dre støttet synoden Wilfrid og gjentilkjente ham hans bispestol, som han så innehadde frem til sin død i 709. Paven sendte ham tilbake til England med brev til kong Æthelred av Mercia og til andre for å sikre at de pavelige beslutninger ble implementert. Det drøyde imidlertid til det påfølgende år innen pavens beslutning ble adlydd.