Delingsplanen av 1947 av Palestina vedtatt av FNs medlemsland, trakk grensene slik at Ein Karem skulle tilhøre . I Palestinakrigen 1947/1948–1949 kom kamphandlingene til Ein Karem den 9. juli 1948. Den 10. juli ble de fleste av de gjenværerende innbyggere rømmet – unntatt nonner og munker – , mange hadde allerede reist i april etter senere. Den israelske armé Zahal inntok stedet den 11. juli. Den var en tid i den militære urosone og dermed ubebodd. Men i desember 1948 kom det innbyggere dit igjen - det gjaldt da folk fra Jerusalem som var blitt husløse, og tok inn i de tomme husene i Ein Karem.