Den andre koalisjonskrigen (1799–1802) endte med tap for de keiserlige og allierte styrker. Freden i Lunéville (1801) og freden i Amiens (1802) og Reichsdeputationshauptschluss overførte store deler av Det tyske -romerske rike til de dynastiske stater og sekularisterte kirkelige territorier. De fleste rikssteder forsvant som politiske og juridiske enheter, og befolkningen i disse territorier fikk ny tilhørighet til hertuger og konger. Denne overføringen forstørret særlig Württemberg og Baden. I 1806, etter en vellykket invasjon av Preussen, og seier over Preussen og Russland i de to slagene ved Jena-Auerstedt, dikterte Napoleon freden i Pressburg, hvor keiseren oppløste Det tysk-romerske riket.