Selve Ellenelva har utspring fra Ellenvatnet (121 moh.) i Øvre Pasvik nasjonalpark, mens vassdragets øverste kildeområder ligger på finsk side av grensa. Fra Ellenvatnet renner elva mot nordøst, gjennom et relativt flatt landskap preget av myr og vidstrakt furuskog. Elva passerer underveis gjennom flere mindre innsjøer, og munner ut i innsjøen Vaggatem (51 moh.). Den eneste større sideelva er Føllelva, som kommer inn fra vest.