I 2000 ble det foreslått å bygge et større kjøpesenter inkludert et fotballstadion i Milton Keynes. Konsortiet ledet av Peter Winkelman forespurte Luton, Wimbledon, Crystal Palace, Barnet og Queens Park Rangers om å flytte dit. Alle disse klubbene spilte på eldre og mindre stadioner i London eller stor-London. 2. august 2001 annonserte klubbformann Charles Koppel at klubben ville flytte til Milton Keynes. Fotballigaen avviste søknaden, men Wimbledon anket til Fotballforbundet. Dette oppnevnte en tre-manns uavhengig komité. 28. mai 2002 ble det klart med to mot én stemmer at klubben kunne flytte. Supporterne til Wimbledon var ikke fornøyde med å flytte 110 km og startet opp fotballklubben AFC Wimbledon. Supporterne til AFC Wimbledon er i dag sterkt kritiske til MK Dons' bruk av navnet "The Dons".