Etter Katherines død besluttet Owens fiender å anklage ham for å ha forbrutt seg mot loven om å gifte seg med enkedronningen. Owen møtte for rådet og frikjente seg fra anklagene og ble løslatt. På reisen tilbake til Wales ble han arrestert og hans besittelser ble beslaglagt. Han forsøkte å rømme fra Newgate fengselet tidlig i 1438. I juli det samme året ble han forflyttet til Windsor Castle utenfor London. Han ble til sist benådet i november samme år. Deretter ble han behandlet bra og var et medlem av kongens husholdning til midten av 1450-tallet. Nedtegnelser viser at ved 1459 ble Owain ap Maredudd i økende grad referert til som Owen Tudor, en anglifisert utgave av hans walisiske navn, og som innlemmet hans bestefars etternavn. Hvorfor dette skjedde er ikke klart. Han levde fram til 1461 da han ble henrettet av yorkistene i kjølvannet av slaget ved Mortimer's Cross i Herefordshire som en del av rosekrigene og hvor han støttet huset Lancaster.