Den første kvadrupolen (Q1) er forbundet med en kollisjonscelle (q2) og en annen kvadrupole (Q3). Begge firepolene kan brukes i skanning eller statisk modus, avhengig av hvilken type MS/MS-analyse som utføres. Typer av analyser inkluderer produktionskanning, forløperionskanning, valgt reaksjonsovervåking (SRM) (noen ganger referert til som multireaksjonsovervåking (MRM)) og nøytral tapskanning. For eksempel: Når Q1 er i statisk modus (ser på en masse bare som i SIM), og Q3 er i skannemodus, får man et såkalt produktionspektrum (også kalt "dattspektrum"). Fra dette spekteret kan man velge et fremtredende produktion som kan være produktionet for det valgte forløperionet. Paret kalles en "overgang" og danner grunnlaget for SRM. SRM er svært spesifikk og eliminerer praktisk talt matrisebakgrunn.