Selv om evangeliet vanligvis ikke blir forstått som gnostisk, har mange forskere, blant andre Bultmann, hevdet at Johannes-evangeliet har elementer til felles med gnostisismen. Kristen gnostisisme var ikke fullt utviklet før midten av det andre århundret, og de «proto-ortodokse» kristne på denne tiden la mye arbeid i å undersøke og å avvise gnostisismen. Å si at Johannes-evangeliet inneholdt elementer av gnostisisme er å anta at gnostisismen hadde utviklet seg til et nivå som krevde at forfatteren skulle respondere på det. Bultmann, for eksempel, hevdet at åpningstemaet i Johannes-evangeliet, det pre-eksisterende Logos, faktisk var et gnostisk tema. Andre forskere, for eksempel Raymond E. Brown, har hevdet at «det pre-eksisterende Logos»-temaet stammer fra de eldre jødiske skriftene i det åttende kapittel i Ordspråkene, og at det var fullt utviklet som et tema i hellenistisk jødedom av Filon.