I 1943 sluttet Beneš seg til den populære ideen om at alle eller de fleste etniske tyskere måtte utvises. Beneš oppmuntret tsjekkoslovaker til å ta igjen mot etniske tyskere på tsjekkisk territorium, dette var ifølge Benjamin Frommer første trinn for å gjenetablere Tsjekkoslovakia som en uavhengig stat. Fordrivelse av etniske tyskere hadde høyeste prioritet hos Beneš og hans regjering. Beneš uttalte i en tale i Brnos rådhus 12. mai 1945: «Vi har sagt det og vi har tatt på oss oppgaven med å fullstendig avvikle det tyske problemet i vår republikk.» Tilsvarende uttalte han gjentatte ganger på forsommeren 1945. Politikere og aviser brukte i 1945 rutinemessig ordet «avvikle» (likvidere) om etniske tyskere. Beneš fremholdt at «alle tyskere» var ansvarlige for massakren i Lidice, at tyskerne og madjarene «er vårt indre problem» og at hele det tyske folk var ansvarlig for nazismen. Utvisningen av etniske tyskere var for blant andre Beneš et tiltak for å beskytte Tsjekkoslovakias demokrati og for å rette opp uretten begått mot tsjekkerne siden Slaget på det hvite berg i 1620. Etter press fra den britiske regjeringen stanset Beneš voldsbruken 16. juli 1945 før Potsdamkonferansen ble innledet 17. juli. Benjamin Frommer mener Beneš-regjeringen har hovedansvaret for voldsbruken og «den ville fordrivelsen» (før Potsdam-konferansen) fordi Benes i okkupasjonstiden lovet «fryktelig gjengjeldelse» mot tyskerne. Ifølge Frommer var fordrivelsen og voldsbruken derfor ikke et resultat av eksplosivt raseri i folket, men målrettet, planlagt og styrt av tsjekkiske ledere. Regjeringen oppfordret til «selvtekt» og gjorde lite for hindre lynsjejustis, ifølge Frommer. Ifølge Keith Lowe var ikke voldsbruken mot sudettyskerne godkjent av de tsjekkoslovakiske myndigheter, som ofte fordømte slike overgrep.