Deportasjoner fra Østerrike begynte på nytt i oktober 1941 etter invasjonen av Sovjetunionen. Transportene gikk først til gettoene i Riga, Minsk og Łódź, og deretter til utryddelsesleirene Sobibór og Auschwitz. Eldre personer ble til dels fraktet til Theresienstadt. Fra sent i 1942 og ut krigen gikk deportasjonene bare til Auschwitz og Theresienstadt. Gettoisering og deportasjon var muliggjort ved opparbeidelse av omfattende kartotek og stadige folketellinger som de jødiske menighetene ble tvunget til å bistå med. Alois Brunner tvang de jødiske menighetene i Wien til å stille med opp mot 500 ordensvakter i forbindelse interneringene. Jøder på vei til deportasjonstogene ble ofte trakassert av Wiens øvrige innbyggere.