Pygmemusa kan variere i farge, men i hovedsak er den rødbrun på ryggen og lys beige eller nærmest hvit i buken. Den blir omkring 45-88 mm lang og veier gjerne 2,5-12 gram (typisk 5-6 g). Halen måler ca. 28-63 mm. Pygmemusa er således trolig mindre en dvergmusa, som ble oppdaget i Norge i 2001.