I Roma holdt Siri i april 1941 en konferanse i Palazzo Colonna, og blant de deltagende var også slektninger av pave Pius XII . Noen dager etter fikk Siri telefonoppringning fra monsignor Giovanni Battista Montini, den gang i statssekretariatet, og ble informert om at paven ønsket å møte ham. Etter møtet forble paven i konstant kontakt med Siri. I 1943, i Genova, grunnla han, for å bringesjelesørgerisk assistanse til fabrikkene. I motsetning til de franske arbeiderprestene ønsket imidlertid Siri at prestene hans bare skulle være prester, mens de delte de vanskelige øyeblikk i selskap med arbeiderne.