Han ble ordinert til prest den 24. april 1825 av erkebiskop Ambrose Maréchal. Samme år sluttet han seg til sulpicianerne og dro til deres presteseminar i Issy nær Paris, hvor han fortsatte studiene. Da han kom tilbake til USA, ble Eccleston fakultetsmedlem og visepresident ved . I 1829 ble han utnevnt til president for , en stilling han hadde til 1834.