Motetten var Gomberts favorittform og den musikken som fikk størst innflytelse. Sammen med motettene til Adrian Willaert og Clemens non Papa står Gomberts motetter i en særstilling blant de som ble skrevet av flamske motettekomponister. Stiltrekk som var vanlige hos den foregående generasjon motettekomponiser, som ostinato, kanon, cantus firmus, og doble tekster er uvanlige i Gomberts stil.