Onoda fortsatte sin kamp ved først å leve i fjellene med tre medsoldater (Yuichi Akatsu, Siochi Shimada og Kinshichi Kozuka). Akatsu overga seg for øvrig til filippinske styrker i 1950, mens Shimada og Kozuka ble drept i trefninger med lokale styrker i henholdsvis 1954 og 1972, noe som gjorde at Onoda ble overlatt til seg selv i fjellene. Han nektet å overgi seg i 29 år og avviste et hvert forsøk på å overbevise ham om at krigen var endelig over. I 1959 ble Onoda erklært offisielt død i hjemlandet Japan.