Wine ble startet av Bob Amstadt og Eric Youngdale i 1993 etter diskusjoner på Usenet i comp.os.linux. I begynnelsen søkte det å støtte 16-bit Windows 3.x-applikasjoner, men i dag er fokuset på 32-bits applikasjoner. Prosjektet har blitt ledet av Alexandre Julliard siden 1994.