Ordenen oppstod i Jerusalem under navnet Johanitterordenen som en av de tre store ridderordenene i korstogstiden; de to andre var Tempelridderordenen og Den tyske orden. Etter at ridderordenene ble presset ut av Palestina slo ordenen seg ned på Rhodos i 1309 og virket der til de ble drevet ut av den osmanske sultanen Suleimans hær i 1522. Etter Rhodos flakket ordenen rundt om i Europa før den fikk etablere seg på Malta i 1530 etter ordre fra paven og spanskekongen. Som leie for øya skulle ordenen gi kongen en Malteserfalk hvert år på allehelgensdag. Ordenen regjerte på Malta frem til den ble kastet ut av Napoleon i 1798.