I 1898 ble Kuropatkin kalt tilbake til St. Petersburg der han ble utnevnt til krigsminister for den russiske regjeringen. Hans første prioritet var å forbedre kommandostrukturen innenfor den russiske hæren, samt levekårene til de høyere offiserene. Hans reformer inkluderte tiltak for å øke perioden som offiserer var på utplassering. Han forsøkte også å forbedre kvaliteten på offiserene ved å heve treningsprogrammet for kadetter fra to år til tre år, og ved å åpne syv nye kadett-skoler. Han økte også antallet militære trenings-manøvrer.