Dette alene er ikke tilstrekkelig for å beskytte Pluto; perturbasjon fra planeter – spesielt Neptun – kan endre aspektene ved Plutos bane – deriblant banepresesjonen – over millioner av år slik at en kollisjon blir mulig. Pluto beskyttes av en 3:2-resonansen med Neptun. For hver tredje runde Neptun går rundt solen, går Pluto to. De to objektene returnerer så til sine opprinnelige posisjoner og syklusen gjentas med 495 års mellomrom (andre objekter i samme resonans kalles plutinoer). I hver 495-års syklus er Neptun over 50° Pluto første gang Pluto er nære perihelium. Ved Plutos andre perihelium vil Neptun ha fullført ytterligere en og en halv rundt, og er derfor 130° Pluto. Den minste avstanden mellom Pluto og Neptun er over 17 AE, og Pluto kommer faktisk nærmere Uranus (11 AE) enn Neptun. Minimumsavstanden mellom Pluto og Neptun inntreffer nær tiden for Plutos aphelium.