Emden huser også det historiske verftet Thyssen Nordseewerke. Verftet ble bygd i 1903 og var lenge den største arbeidsgiveren i byen. Både før og etter verdenskrigene har verftet produsert ubåter og fregatter. Også de norske ubåtene i Ula-klassen og Kobben-Klassen, er blitt produsert i verftet. I fredstid har verftet også produsert ulike transportskip. Nordseewerke har etter den kalde krigen hatt økonomiske problemer. Etter flere konkurser og omstruktureringer, er det i 2018 nytt håp for verftet etter grunnleggelsen av selskapet . Norske Fosen Yards er største andelseier på 51%.