I juni 2007 ble det gjort kjent at forskere fra Universitetet i Bologna hadde identifisert en innsjø i Tunguska-regionen som et mulig nedslagskrater fra hendelsen. De bestrider ikke at Tunguska-legemet eksploderte i luften, men mener at et meterstort fragment overlevde eksplosjonen og traff bakken. Tsjekosjøen er en liten skålformet innsjø rundt 8 kilometer nord-nordvest for hyposenteret. Hypotesen er blitt bestridt av andre spesialister på nedslagskratere. En undersøkelse i 1961 hadde avvist en nyere opprinnelse for Tsjekosjøen, da den viste tilstedeværelse av et mange meter tykt lag av siltavleiringer på innsjøbunnen, noe som indikerer en alder på minst 5000 år, men nyere forskning viser at bare en meter eller så av sedimentlaget på innsjøbunnen er «normal innsjø-sedimentering», en dybde som indikerer en mye yngre innsjø på rundt 100 år. Akustiske ekkoundersøkelser av bunnen på innsjøen viser at den ligger i en konisk formet senkning, som samsvarer med et nedslagskrater. Dessuten peker innsjøens lengdeakse mot episenteret for Tunguska-eksplosjonen, rundt 7 km unna. Magnetiske undersøkelser indikerer også et tett objekt, muligens en meterstor steinklump, under sjøens dypeste punkt, som kan være et meteorittfragment. Arbeid pågår fremdeles ved Tsjekosjøen for å bestemme dens opprinnelse.