Driften av anlegget fortsatte også etter oppløsningen av Sovjetunionen i 1991, under beskyttelsen av Samveldet av uavhengige stater. 8. juni 2005 ratifiserte det russiske parlamentet en avtale mellom Russland og Kasakhstan om økt samarbeid om effektiv drift av Bajkonur. Avtalen forlenger også Russlands lån av stasjonen til 2050. Leiesummen er på 115 millioner amerikanske dollar per år.