Midt på 1800-tallet ble atollen rammet av flere katastrofer. Folketallet på Fakaofo ble påvirket av sykloner og tørke. Det var hungersnød mellom 1846 og 1852. Katolske misjonærer tvang i 1852 omkring 500 av innbyggerne til å reise til Uvea. Omkring 90-100 innbyggere var tilbake. Dysenteri tok livet av 64 innbyggere. Peruanske slavehandlere bortførte 140 personer, 54 % av befolkningen, i februar 1863. Etter katastrofene var det omkring 60 personer igjen på Fakaofo. Seks av disse var menn, to av dem tokelauere.