Under krigen gikk de i 1940 inn i den tyskvennlige regjeringen. I maktposisjoner sto de for en hard antisemittisk politikk og gikk aktivt inn i jødeutryddelsene. I slutten av november 1940 drepte jerngardistene 64 høytstående representanter for det gamle regimet for å hevne drapet på Corneliu Codreanu. mini|Medlemmer av Jerngarden som er arrestert av hæren etter opprøret og pogromene Antonescu var den 14. januar 1941 i møte med Hitler i Obersalzberg for å diskutere den stadig mer ustabile situasjonen i Romania og fikk frie hender av ham til å håndtere Jerngarden slik som han fant for godt. Da en tysk major som var stasjonert i Romania ble drept den 19. januar avsatte Antonescu den jerngardevennlige innenriksministeren. Dette førte til demonstrasjoner mot regjeringen organisert av Jerngarden, som ble til et blodig opprør i dagene 21. til 23. januar 1941. Opprørerne besatte offentlige bygninger og skjøt mot de militære som ville jage dem vekk. Opprøret utviklet seg til pogromer i București mot den jødiske befolkningen. Antonescu lot hæren knuse Jerngarden. Under opprøret ble flere hundre medlemmer av Jerngarden drept eller skadet, og medlemmer ble internert. Etter dette gikk Jerngarden i oppløsning, hvor ledelsen enten ble fengslet eller flyktet til Tyskland. Disse ble internert i spesialavdelinger i konsentrasjonsleirene Buchenwald og Dachau. Samtidig offentliggjorde Antonescu at han hadde innledet samarbeid med de såkalte , den fløyen av Jerngarden som hadde vært motstander av lederen Horia Sima, og leder av denne fløyen var Codreanus far Ion Zelea Codreanu. Antonescu prøvde igjen å utvide sitt politiske grunnlag for regjeringen, men hans motstand mot et parlamentarisk system gjorde at han ble avvist.