Manning endte på andreplass i avstemningen for MVP bak Seattle Seahawks' running back Shaun Alexander. Han vant Walter Payton Man of the Year Award og var nominert for FedEx Air Player of the Year Award, sammen med Tom Brady og Carson Palmer. Manning ble også utpekt til All-Pros førstelag for tredje år og utvalgt til Pro Bowl; under kampen kastet han én touchdownpasning og tre interceptions da laget hans tapte 23–17.