Antoinette og familien hennes er beskrevet som «ultra-katolsk»; i 1533 hadde hun tilsyn med brenningen av en protestantisk mann som ble fanget og forkynte i byen Wassy. Sønnen hennes, Francis, greve av Guise, ble ansett å være ansvarlig for en anti-protestantisk massakre i Wassy, 1. mars 1562, hvilket er en av de tidligere franske religionskrigene.