Troms har en lang kyst, med mange tusen øyer langs kysten. En knapp halvpart av Norges største øy, Hinnøya, ligger i Troms. Norges nest største øy Senja ligger også i Troms, Norges femte og sjette største øyer, Kvaløya og Ringvassøya like så. Øvrige større øyer i Troms er Vannøya, Arnøya, Rolla og Andørja. Øya med den største befolkningen er likevel den forholdsvis lille Tromsøya.