I 1939 fikk Habicht en stilling i utenriksdepartementet. Som understatssekretær ble han i april 1940 sendt til Norge for å løse opp i flokene rundt Vidkun Quislings statskupp. Habicht ble raskt skeptisk til Quislings evner, og søkte til Høyesterett for å bedre situasjonen. Etter å ha konferert med Joachim von Ribbentrop fikk Habicht og sendemann Curt Bräuer fullmakt til å forhandle med Høyesterett, og mot Quislings vilje ble kupp-regjeringen erstattet med Administrasjonsrådet den 15. april.