I 1946 ble Gunder og løperkollegaen Arne Andersson utestengt av det svenske friidrettsforbundet på livstid for brudd på amatørreglementet, siden de gjentatte ganger hadde løpt mot betaling. Utestengningen, som trådte i kraft 17. mars 1946, skapte stor debatt innen den svenske idrettsbevegelsen, og mange anså utestengelsen som urettferdig.