På vei mot Wien vant den franske hær 19. oktober et slag mot en østerriksk hær på mann ved byen Ulm i Bayern. Hæren ble oppildnet av seieren og troppene fortsatte mot øst og inntok Wien i november samme år. Senere i november nådde hæren Brünn (tsjekkisk: Brno) som ligger omtrent 100 kilometer nord for Wien. Napoleon fikk beskjed fra franske speidere om at østerrikerne sammen med en stor russisk hær forberedte et anfall mot ham. Keiseren var godt fornøyd med beskjeden, nå kunne han knuse begge fiendene i et avgjørende slag. Napoleon bestemte seg for å gjennomføre slaget like øst for Brünn. Den franske hæren slo leir på et lite høydedrag mellom to elver. Pratzenhøyden lå øst for Napoleons leir og området var strategisk viktig ettersom man hadde utsikt over området. Napoleon bestemte seg for å overlate høyden til østerrikerne og deres allierte russerne. Selv valgte han å styre det kommende slaget fra en liten høyde ca. 1 km lengre vest som også gav god oversikt over slagfeltet.