På 1100-tallet var det igjen en periode av relativ stabilitet og framgang for Nikea. Komnenosiske keiserne Alexios, Johannes og Manuel drev omfattende militære kampanjer for å styrke den bysantinske tilstedeværelsen i Anatolia. Betydelige befestninger ble reist i regionen, særlig av de to sistnevnte keiserne, for å beskytte byen og dens fruktbare omland. Det var også flere militærbaser og kolonier i området, eksempelvis en ved Rhyndakos i Bitynia hvor keiser Johannes tilbrakte et år på å trene opp sine soldater for krigstokt i sørlige Anatolia.