Etter at hans to forgjengere hadde sviktet, overtok Basileios II et pågående problem i Anatolia der et opprør var i emning, ledet av de to militære lederne Bardas Skleros og Bardas Fokas den yngre. Hovedmotivet til de militære var å opprettholde keisermakten etter Nikeforos II og Johannes Tzimiskes hadde hatt, og å fjerne Basileios fra maktposisjonen. Basileios framviste derimot en del av den hensynsløsheten som skulle bli hans varemerke ved å nedkjempe både Skleros i 979 og Fokas i 989 blant annet med hjelp av georgiske styrker. Forholdet mellom de to generalene var spesielt. Fokas hadde engasjert seg i å slå ned opprøret fra Skleros, men da Fokas senere gjorde opprør returnerte Skleros fra sitt eksil for å støtte sin gamle fiende. Da Fokas døde i kamp overtok Skleros ledelsen i opprøret inntil det ble slått ned i 989 og han måtte overgi seg til Basileios. Skleros fikk leve videre, men han ble blind på slutten av livet. Det er uvisst om han ble blindet – en forholdsvis vanlig avstraffelse i Østromerriket – eller om han ble det på grunn av sykdom.