Wisaksono mottok den 23. september 1980 av erkebiskopen av Semarang, kardinal Justinus Darmojuwono, den liturgiske beskikkelse til akolytt. Biskopen av Surabaya, Jan Antonius Klooster, ordinerte ham til diakon 23. september 1981 og 21. januar 1982 i Hati Kudus Yesus-katedralen i Surabaya til prest for bispedømmet Surabaya.