Gjennom årene har Klum blitt tildelt et stort antall utmerkelser og stipender for sitt arbeid. Uppsala kommune har tildelt han sin hedersmedalje i gull for sitt enestående arbeide med utgangspunkt i Uppsala. I 2007 ble Mattias Klum utnevnt til av Länsstyrelsen i Uppsala. I 2008 ble han nominert til Young Global Leader av World Economic Forum. Kong Carl XVI Gustaf har tildelt Klum sin medalje i 8. grad med høyblått bånd, for betydningsfull innsats som naturfotograf. To av hans ni bøker har blitt utnevnt til Årets Pandabok i Sverige. Klum er medlem i i WWF – Sverige, samt en Fellow av The Linnean Society of London. Siden 2008 er Klum gjesteforelser ved Uppsala universitet.