Scanlon var motstander av Storbritannias medlemskap i EU. Hans politiske overbevisning førte til at han ble svartelistet av det britiske etterretningsvesenet fra 1966 til 1977, noe som ble avdekket flere år senere. I 1977 ble han forhindret fra å bli formann for britiske skipsbyggere ettersom MI5 rådet at han ikke kunne få tilgang til dokumenter som var markert «konfidensielle». To år senere ble han nektet sikkerhetsklarering for å delta i styret for energiselskapet British Gas. Han ble senere utnevnt likevel etter at hans papirer ble gransket.