Duisburg spilte kontinuerlig i bundesligaen fra starten i 1963 fram til 1982. Etter nedrykket til 2. Bundesliga i 1982 fulgte et videre nedrykk til den tyske amatørligaen i 1986. Men ikke så galt at det ikke er godt for noe, i det første året som amatørklubb vant Duisburg sin til nå eneste tyske tittel. I 1987 ble MSV Duisburg tyske amatørmestere. I 1989 var de tilbake i det profesjonelle ligasystemet, og spilte fram til 2013 vekselvis i de to øverste divisjonene. I 2013 greide klubben ikke å oppfylle de økonomiske kravene til fornyet profflisens og ble derfor tvangsflyttet ned i 3. Liga. I 2015 rykket klubben opp i 2. Bundesliga, men oppholdet i det profesjonelle ligasystemet varte bare en sesong. Fra høsten 2016 spiller klubben i 3. Liga.