Siden 1980-tallet har bruken av DNA-sekvenser for å rekonstruere fylogeni ført til at nye metoder har blitt vanlige, særlig kladistikk. Selv om kladistikk ofte blir forbundet med DNA-analyser, brukes metoden på alle typer data, også på for eksempel anatomiske data fra fossiler. Dette har ført til framveksten av fylogenetisk nomenklatur som klassifiserer organismer utelukkende etter deres posisjon i stamtreet uten å ta hensyn til bygning har blitt vanlig innenfor enkelte fagfelt, særlig innen virveldyrpaleontologi.