Under en 18 måneders periode hadde Columbia blitt modernisert. Hovedoppgaven ved ferden var å transportere Satcomsatellitten ut i bane rundt jorden. Columbia hadde også med seg mange mindre eksperimenter. Det var utfordringer og forsinkelser ved både letting og landing. For å ikke forsinke STS-51-L, ble den egentlige landingen dyttet to dager frem, men grunnet dårlig vær landet de to dager etter dette. STS-61-C var NASAs første suksessfulle oppdrag før Challenger-katastrofen.