Byen er første gang nevnt i 1253, og slottet ble anlagt her på den tiden, ved et vadested over Vltava, som var en viktig handelsrute i området på denne tiden. I 1302 var byen og slottet eid av adelsfamilien Rosenberg. Keiser Rudolf II av Det tysk-romerske rike kjøpte byen i 1602 og ga den til sønnen Julius d’Austria. Under tredveårskrigen etablerte habsburgerne seg her, og av den grunn ga keiser Ferdinand II av Det tysk-romerske rike byen til hoffsjefen Hans Ulrich von Eggenberg. Året etter ble Eggenberg riksfyrste, og byen ble hertugsete.