I 1902 kvalte han den i Kiev utbrutte studentbevegelse ved massearrestasjoner, forvisninger til Sibir og tvangsinnrolleringer av studenter i arméen. Derfor ble han myrdet av den sosialistrevolusjonære aktivist Stepan Balmasjov i Mariinskipalasset. Hans død var et hardt slag for finansminister Sergej Witte, som hadde mottatt viktig politisk støtte fra Sipjagin.