Etter at rosekrigene brøt ut i 1455 forble Cecily værende i deres hjem i Ludlow Castle i Shropshire, selv etter at Richard flyktet til Irland og til det europeiske fastlandet. På samme tid arbeidet hun i smug for saken til huset York. Da parlamentet begynte å diskutere skjebnen til hertugen av York og hans tilhengere i november 1459, reiste Cecily til London for å tale ektemannens sak. En samtidig kommentator uttalte at hun hadde vissnok overbevist kongen om et løfte om benådning om hertugen kunne komme til parlamentet innen åtte dager. Denne anstrengelsen mislykkes, men Cecily greide å forhandle til seg en årlig støtte på 600 pund for å understøtte seg selv og sine barn.