Han fikk vervet som minister for slovakiske anliggender i den tsjekkoslovakiske regjeringen i 1938, en rolle som tok ham bort fra radikalerne i SPP med det resultat at Jozef Tiso kunne vinne kontroll over partiet fremfor ham. Han ble mer og mer på vakt overfor Nazi-Tyskland og avviste Arthur Seyss-Inquarts fremstøt i 1939 om at Slovakia burde erklære uavhengighet, noe som førte til at nazistene konsentrerte sin innsats om å bearbeide Tiso i stedet. Da Slovakias uavhengighet ble erklært, fungerte Sidor som landets innenriksminister i litt over en måneds tid i 1939, før deres press tvang ham ut.