Det er strenge regler for hvilket flagg som skal brukes til sjøs. På sjøen er unionsflagget distinksjonstegn for en Flåteadmiral. Det er derfor forbudt for alle andre å føre Union Jack til sjøs. Andre bruker et av de tre sjøflaggene , som er statsflagg for fartøyer i statlig tjeneste, , som er handelsflagg for handelsskip eller andre sivile fartøyer, eller som er orlogsflagg for skip i den britiske flåten, Royal Navy. Disse sistnevnte benevnes (HMS). Både og kan bære merke for ulike etater, institusjoner eller foreninger.