Bettany ble født i Harlesden i London, som sønn av Thane Bettany, en dramalærer og skuespiller, og Anne Kettle, skolesekretær. Han har en eldre søster, Sarah, og en yngre bror, Matthew, som døde etter et fall da han bare var åtte år gammel. Kort tid etter brorens død dro Bettany hjemmefra for å bo for seg selv i London. Han levde i en liten leiligheten og tjente penger ved å være gatesanger. Etter to år fant han arbeid i et eldrehjem.