I januar 2001 ble Tumusiime-Mutebile utnevnt til sentralbanksjef i landets sentralbank. Han ble gjenvalgt i 2006 for en ny femårsperiode. Han er kreditert av mange for landets sunne økonomiske politikk som ble vedtatt av Ugandas regjering på oppfordring fra sentralbanken på 1990-tallet og det første tiåret på 2000-tallet.