På tross av manglende støtte til kuppet lå det i Bonapartes interesse å stå på god fot med ledende menn fra ulike deler av landet, og Bernadottes militære og administrative kunnskaper ble derfor benyttet. Bernadotte ble i januar 1800 medlem av det nyskapte statsrådet (fransk: Conseil d'état), en stilling han aktivt fulgte opp i tre måneders tid. Før Bonapartes avreise i mai 1800 til det italienske felttoget ble Bernadotte 18. april 1800 utnevnt til sjef for vestarméen. Med hovedkvarter i Rennes var oppgaven å slå ned opprøret i Vendée og møte eventuelle britiske landstigninger. Bernadotte trodde ved utnevnelsen at oppdraget var viktig. Men selv om britene rett etter ankomsten faktisk forsøkte en landstigning, kom den daglige tjenesten til å bestå i å jage lokale rojalistiske opprørere, kalt «les Chouans». Sentralt sto brødrene Cottereau, og lederen Jean Cottereau fikk tilnavnet «Chouan», avledet av det bretonske ordet for nattugle. Bonaparte instruerte ved avreisen Bernadotte om å overta makten om han skulle falle under felttoget i Italia.