Sokotra er beskrevet i en gresk kilde fra det første århundre etter Kristus, navigasjonshjelpemiddelet . Den oppdagelsesreisende Tristão da Cunha gikk i land her i 1507 og betraktet dermed øya som portugisisk besittelse. Men allerede i 1511 mistet portugiserne kontrollen til Mahra-sultanen. I løpet av 1600-tallet konverterte øybefolkningen, som i mange århundrer hadde vært kristen, til islam.