Naturlig nok vil ikke alle grupperinger la seg like lett presse inn i et slikt system. Enhver systematikk som likestiller store grupper av organismer som klasser, ordner og familier vil nødvendigvis måtte skje med en del tillempinger. Etter hvert som fylogenetikken har begynt å klargjøre detaljene i stamtrærne, ønsker mange å gå bort fra formelle grupper som klasse og orden. I dag blir kategorier brukt i mindre og mindre grad av forskere som jobber med fylogenetikk fordi det ikke finnes noen entydige kriterier for hvilken gruppe som skal få hvilken kategori. I noen tilfeller er dette en vilkårlig overenskomst. Kategoriene i seg selv inneholder ingen informasjon. Det er f.eks. ikke noe trekk som enfrøbladete planter og krypdyr har til felles, som gjør at nettopp de må kalles «klasser» (heller enn f.eks. blomsterplanter og krokodiller). Likevel brukes det grunnleggende systemet fra Linné fortsatt fordi det gir en enkel og god oversikt.