Warren returnerte i 1880 til England for å bli hovedinstruktør i landmåling ved ingeniørvåpenskolen. Han holdt denne stillingen frem til 1884, men ble avbrutt i 1882 da Admiralty sendte ham til Sinai for å undersøke hva som hadde skjedd med den arkeologiske ekspedisjonen til professor Edward Henry Palmer. Han oppdaget at ekspedisjonsmedlemmene hadde blitt ranet og myrdet, fant restene av dem og førte deres mordere for retten.