Han skrev syv bøker om kinesisk historie, seks av dem publisert av University of California Press. Hans første monografi, publisert i 1966 og basert på hans doktoravhandlig, var . fokuserte på den sosiale uorden i Perleflodens delta etter første opiumskrig, og benyttet seg meget av dokumenter beslaglagt av britene fra kontoret til generalguvernøren i Guangdong-Guangxi. Det største av Wakemans verker er som han offentliggjorde i 1985. I 2003 offentliggjorde han om Chiang Kai-sheks beryktede etterretningssjef.