Byen Chicago har hedret Paytons minne på flere måter. I 1999 produserte byen et spesialutformet klistermerke som representerte byen som inkluderte Payton. Profitten fra salget av disse, samt de spesielle bilskiltene som produsert av delstaten Illinois, ble gitt til organdonorprogrammer i Illinois. Byen oppkalte også en high school etter ham, Walter Payton College Prep. I september 2007 åpnet University of Illinois at Chicago Medical Center avdelingen Walter Payton Liver Center etter en stor donasjon fra Payton-familien, som var fornøyd med pleien han hadde fått der. Passasjerer på Metras tog har lenge kunnet se "#34 Sweetness" malt på en bro på sørenden av Chicago Union Station.