Nyreproblemene som medfølger Lowe syndrom kalles Fanconis syndrom. Dette innebærer en medfødt defekt i nyrenes tubulusfunksjoner som medfører økt tap av fosfat, natrium, kalium, bikarbonat, aminosyrer og eventuelt glukose gjennom urinen. Dette er stoffer som kroppen, ved friske nyrer, nyttegjør seg av, men pga. defekten, skilles disse ut gjennom urinen. Fanconis syndrom utvikles i slutten av første leveår. Filtrene i nyrene (glomerus) vil rundt tiårsalderen begynne å svikte. Nyresvikten er sen, men progressiv, og vil redusere forventet levealder med 30 til 40 år. Grunnet nyresvikten er det anbefalt å drikke rikelig.