Med støtte fra blant andre Andrew Carnegie og J.P. Morgan utrustet han i 1890 en ekspedisjon på 30 mann til fjellområder i Mexico. Han hadde flere ekspedisjoner i Mexico og planla deretter å krysse Ny-Guinea. I stedet for å vandre over Ny-Guinea tak han seg inn i det indre av Borneo. Indonesias regjering stilte en dampbåt og militær eskorte til disposisjon. Ifølge Morten Strøksnes var Lumholtz preget av den tids rasistiske verdensbilde, og etterhvert fikk han mer respekt for naturfolkene han besøkte - han beundret deres naturkunnskap og gjestfrihet.