Skjellkrypdyr finnes i alle typer terrestriske habitater. De er de viktigste virveldyrene i tropiske ørkener, der de har fordel av den tette huden, og av at de er vekselvarme. Mange lever på marka, mens andre klatrer på steiner og i trær. Det finnes også gravende skjellkrypdyr, og arter som er knyttet til ferskvann. Haviguan finner mat i havet, og tilbringer derfor mye tid under vann. I tropiske kystfarvann i Det indiske hav og Stillehavet lever havslangene. De er enda bedre tilpasset et liv i havet, og de fleste artene kommer aldri på land.