I 1819 foreslo han for Den hellige kongregasjon for troens utbredelse (som hadde tilsyn med den amerikanske kirke som misjonsområde) en oppdeling av hans store bispedømme. Til slutt ble bispedømmet oppdelt. Med den første avdelingen oppstod bispedømmet Cincinnati. Flaget var den viktigste konsekratoren til det nye bispedømmets første biskop, Edward Dominic Fenwick, O.P. Hans råd ble også søkt av kongregasjonen i internasjonale spørsmål, for eksempel å løse en tvist mellom de kanadiske sulpicianere og erkebiskopen av Quebec.