Riktig konfigurasjon av brannmurer krever gode evner hos systemadministratoren. Det krever betydelig forståelse for nettverksprotokoller og datasikkerhet. Små feilgrep kan gjøre en brannmur verdiløs som sikkerhetsverktøy. Standard sikkerhetsrutiner foreskriver et "default-deny" (avslå dersom ikke annet er spesifisert) regelsett for brannmuren.