Zack, akkompagnert av Tseng, får vite at Genesis og Angeal har forlatt Shinra - og som sådan får Zack og Sephiroth i oppdrag å drepe desertørene. Med hjelp fra Dr. Hollander, en vitenskapsmann med en vendetta mot Shinra, oppretter Genesis en hær av kloner for å angripe Shinra-hovedkvarteret. Etter at styrkene blir beseiret, sporer Zack og Sephiroth opp Hollanders hemmelige laboratorium, men oppdager at Hollander hadde brukt både Genesis og Angeal som en del av «Project G» et forsøk på å lage supersoldater ved hjelp av den utenomjordiske livsformen Jenovas celler.