Han ble presteviet i 1944. Fra 1944 til 1947 studerte han kirkerett ved det pavelige universitet Gregoriana i Roma, der han fikk lisensiatsgraden og begynte på sitt doktorarbeidet. Frem til 1959 underviste Beyer i moralteologi ved det katolske universitet i Leuven og deretter underviste han i kirkerett i Heverlee.