Etter hjemkomsten i 1842 utarbeidet han beretningen (seks bind, 1845; nytt opplag i fem bind, 1850). Han ble kaptein 1845 og tok til fange i 1861 til sjøs ved Bahamas to av Sørstatenes kommissærer, som aktet å ta seg til Europa med et britisk postskip. Han mottok takk fra USAs kongress for dette, til tross for at begge fangene ble frigitt etter begjæring fra Storbritannia. Under den amerikanske borgerkrigen ble han forfremmet til flaggkommandør (1862) og inntok blant annet City Point ved James River 28. august 1862. Han ble utnevnt til kontreamiral i 1866, samme år som han tok avskjed.