Behovet for et maritim-medisinsk senter er nevnt i flere stortingsmeldinger og innstillinger, før den aktuelle som i realiteten kan sees på som senterets «stiftelsesdokument». Det ble startet opp interimsdrift ved senteret fra og med 2005 under ledelse av professor Aksel Schreiner, da bevilgningen over statsbudsjettet (kr 200 000 som en engangsbevilgning) ikke tillot at man startet opp noen virksomhet av større omfang. Etter hvert kom senteret inn på budsjettet til Helse Bergen HF og Helse Vest RHF, og fikk de første ansatte i faste stillinger fra 1. juni 2006 da Alf Magne Horneland ble ansatt som leder og Arne Johan Ulven som nestleder og forskningssjef. Senteret har vokst gradvis og er i dag aktivt både i inn- og utland med i alt 13 ansatte, de fleste i deltidsstillinger (i henhold til september 2012).