Australske og newzealandske forskerne oppdaget waitahapingvinen i november 2008, da de sammenlignet 500 år gamle beinrester fra et funn ved Marfells Beach (også kjent som Lake Grassmere) i Marlborough, på Sørøya, med prøver fra historiske og prehistoriske skjelletdeler og sammenlignet disse med DNA fra eksisterende pingviner av arten guløyepingvin.