Litauens kontakter med ortodoks kristendom går antakelig helt tilbake til 1000-tallet. Selv om den romersk-katolske kirke etter hvert spilte en dominerte rolle i landet, var det alltid innslag av ortodokse kristne. Det første ortodokse bispedømmet som omfattet Litauen ble sannsynligvis allerede grunnlagt i 1316 med setet i datidens litauiske hovedstad Naugardukas (dagens i Kviterussland). Bispedømmet, som var underlagt den økumeniske patriark i Konstantinopel, eksisterte med enkelte avbrekk frem til 1596, da Polen-Litauens ortodokse presteskap slutta seg til den kviterussisk-katolske kirke.