Pave Paul VI utnevnte ham til biskop av Avellaneda den 3. august 1968. Innsettelsen i embedet der fant sted den 5. oktober samme år. På slutten av 1978 ble han sendt av Vatikanet til erkebispedømmet San Salvador som apostolisk visitator i Óscar Romeros tid som erkebiskop der. Etter visitasjonen anbefalte han at en apostolisk administrator ble installert i Romeros erkebispedømme. Ved å gjøre det erklærte han Romero, som var orientert mot frigjøringsteologi, uegnet til å utøve sitt bispeembede. Til syvende og sist ble Romero imidlertid ikke de facto fratatt makten, ettersom han ble myrdet av sentrale miljer innen det salvadoranske militæret i 1980.