Bouwmeester ble draftet som nummer tre i NHL Entry Draft i 2002. Han spilte for Panthers senere det året. Bouwmeester spilte for Team Canada i VM i ishockey 2003 i Finland, og var med på å vinne gullmedalje. Han var også med på Team Canada som i VM i ishockey 2004 vant gullmedalje igjen. I september 2004 spilte Bouwmeester for Team Canada i da de vant World Cup.