Byen vokste på rundt år 1400 ble det satt opp en ny bymur med 20 tårn. I middelalderen var byen begrenset til Stadsholmen, mens Gråmunkeholmen og Helgelandsholmen var egne samfunn. Handelen foregikk særlig med Lübeck og Danzig, og tyskere dominerte borgerskapet. På midten av 1400-tallet hadde Stockholm, som da hadde vokst til en betydelig handelsby, mellom 5000 og 6000 innbyggere, hvorav en tredjedel var tyske. I 1520 var andelen tyskere falt til en femtedel. Etter Slaget ved Brunkeberg 10. oktober 1471 ble byloven endret slik at embeter i byen ble forbeholdt svensker. Stockholms blodbad 8. november 1520 er en annen betydelige historiske hendelser i byen.