Fjordnavnet Stønnesbotn er trolig sammensatt av et opprinnelig stedsnavn , av stufa f ’stue’ og nes n ’spisst og smalt stykke land som stikker ut i sjøen’ (altså ’et nes der det har stått ei stue’), og botn m ’bunn’. O.Rygh nevner i forbindelse med gårdsnummer 34 Fjordbotn at ”Ligesom i Stønnesbotn findes -botn brugt i Navne paa flere Fjorde paa Senjenøen, der ligesom denne skjærer sig dybt ind og er noget smalere i den ydre end i den indre Del, saaledes Tranøbotn i Tranø og Lysebotn i Lenviken.” (Norske Gaardnavne bind 17, s. 86).