Han falt imidlertid i kongens unåde – muligens på grunn av misforholdet mellom Christian VIs pietisme og Rantzaus egen livsførsel, og ble avskjediget i 1739, samtidig med at embetet ble suspendert. Rantzau kom imidlertid tilbake enda en gang, og satt som stiftamtmann over Fyn fra 1740 til han trakk seg tilbake i 1760. Han ble gravlagt i Gamtofte kirke på Fyn.