Han vendte deretter tilbake til den akademiske verden permanent. Frye tok en lærerstilling ved Habibiya Høyskole i Kabul (1942–44), Harvard (1948–1990), Universitetet i Frankfurt (1959–60), Universitetet i Hamburg (1968–89), Pahlaviuniversitetet i Shiraz (1970–76) og Universitetet i Tadsjikistan (1990–92).