I 2001 ble han regional ungdomsprest i Kempten bispedømmeregion og menighetsadministrator for St. Theodor und Alexander i Haldenwang. I 2006 ble han leder for det biskoppelige ungdomskontoret i Augsburg og bispedømmets ungdomsprest. På dette tidspunkt var han også aktiv i menighetsforbundet Ustersbach. I 2012 ble Florian Wörner direktør for det nystiftede instituti for nyevangelisering og sognesjelesorg.