Det andre steget er at et selskap som utfører ETOPS-flygninger må få godkjenning for å utføre disse flygningene av luftfartsmyndighetene i landet selskapet hører hjemme. Dette kalles og innbefatter overholdelse av ytterligere tekniske og mannskapsrelaterte krav i tillegg til de allerede eksisterende krav til teknikk og prosedyrer. Piloter og teknisk personell må være spesielt kvalifisert og ha fått opplæring for ETOPS. Et flyselskap med omfattende erfaring rundt langdistanseflygninger kan bli tildelt ETOPS operativ sertifisering umiddelbart, mens andre må demonstrere at de er kvalifisert gjennom en rekke med ETOPS-godkjenningsflygninger.