Under turne i Sørstatene slapp hun ofte ikke inn på restaurenter og det var misnøye med at Shaw og Goodman hadde en svart person med i bandet. På slutten av 1930-endret hun sangstilen og ble mindre jazzpreget. I 1939 spilte hun inn "Strange Fruit", en bitter sang mot mord på svarte i Sørstatene, som ble en av hennes største suksesser. "Strange Fruit" regnes som en tidlig protestsang 20 år før borgerrettsbevegelsen. Hun fremførte sangen første gang på Cafe Society, Greenwich Village i New York der hun arbeidet på den tiden.