Saksbehandlingen foregår i tre avdelinger: Internal Market Affairs Directorate (med ansvar for det indre marked), Competition & State Aid Directorate (med ansvar for konkurranse og statsstøtte) og Legal & Executive Affairs (som fører saker for EFTA-domstolen og har et veiledende juridisk ansvar). I tillegg finnes en administrativ avdeling. Utenom kollegiet har ESA i mai 2016 totalt 70 ansatte av 16 forskjellige nasjonaliteter.