Da kongen ikke lenge etter kom til Ribe, fikk Thomissøn dessuten løfte om det første kannikedømme som ble ledig i bispedømmet, et løfte som først ble innfridd tre år senere. I sikker forventning om at kongens anbefaling til universitetet ville bære frukt, oppgav Thomissøn i mars 1561 sitt embete ved Ribe skole og begav seg til København, hvor han pinseaften samme år ble kalt til sogneprest ved Vor Frue Kirke. Kort tid deretter ble han valgt til prost i Sokkelund herred som dengang også omfattet København.