Gabčík og Kubiš gjemte seg i krypten på St. Cyril og Methodius-katedralen. En forræder i den tsjekkiske motstandsbevegelsen røpet skjulestedet, og kirken ble omringet av SS og Gestapo som prøvde å drive ut mennene ved beskytning, tåregass og ved å sette krypten under vann. Heller enn å overgi seg, skjøt Gabčík og Kubiš seg i krypten 19. juni 1942. I tillegg tilintetgjorde tyskerne en landsby som hevn for drapet, massakren i Lidice. Innbyggerne i Lidice hadde ikke noe med attentatet å gjøre.