I 1935 oppstod imidlertid de første meningsforskjellene mellom Thyssen og Hitler. Pogromene mot jødene betød slutten på Thyssens forhåpninger når det gjaldt nasjonalsosialismen, og i 1939 emigrerte han til Sveits, og senere til Frankrike. Hans eiendom i Tyskland ble beslaglagt, og han ble fratatt sitt statsborgerskap.