For modellåret 1999 fikk Mustang Fords New Edge-design med skarpere konturer, større hjulbuer og folder i chassiet, mens dens grunnleggende proporsjoner, interiørdesign og chassis forble lik den forrige modellen. Mustangens drivlinje ble videreført for 1999, men dro nytte av nye forbedringer. Standardmotoren 3.8 L V6 hadde et nytt split-port induksjonssystem, og var oppgitt til 1999–2004, i 2001 ble bhp økt til 193. mens Mustang GT-modellenes 4.6 L V8 så en økning i ytelse til (1999–2004), som et resultat av blant annet redesignet head. Det var også tre alternative modeller som ble tilbudt i denne generasjonen: 2001 Bullitt, 2003 og 2004 Mach 1, så vel som den 1999 og 2001, og 2003 og 2004 Cobraen.