Den 27. juli 2008 (siste dagen i Tour de France) ble han tatt for doping (heptaminol). Det skal ha vært etter den 18. etappen mellom Bourg d'Oisans og St. Etienne at testen ble foretatt. Fofonov selv sier at han kjøpte noe på internett uten å fortelle om det til lagets medisinske apparat. Han fikk tre måneders utestengelse.