Freden i Campo Formio oppløste republikken Venezia og belønnet Frankrike med De joniske øyer. General Antoine Gentili ledet en fransk styrke med båter erobret fra Venezia og tok kontroll over Zakynthos den 26. juni 1797. Fra dette året og året etter var øya en del av det franske . En russisk-osmansk flåte erobret øya den 23. oktober 1798 og forviste franskmennene. Fra 1800 og fram til 1807 var øya en del av den septinsulære republikk, formelt underlagt Det osmanske rike, men beskyttet av Russland. I 1800–1801 forsøkte Storbritannia å ta kontroll over De joniske øyer fra Zakynthos etter et opprør, ledet av James Callander Campbell, men dette ble stoppet av fredstraktaten i Amiens. Etter en andre periode med fransk kontroll (1807–1809) som følge av freden i Tilsit, ble øya igjen erobret av Storbritannia den 16. oktober 1809 og ble da en del av det britiske protektoratet De joniske øyers forente stater fra 1815 til 1864.