Den 17. desember 1993 kom han for fullt inn i politikken, da han ble utnevnt til statsminister under president Kim. Lee trakk seg imidlertid etter noen måneder den 22. april 1994, frustrert over mangelen på reell makt i den hovedsakelig seremonielle posisjonen som regjeringssjef. I 1996 var Lee valgkampleder for Nytt Korea-parti (tidligere Det demokratisk-liberale parti), hvor han også var partileder fra juli til november 1997. Partiet gikk i november 1997 inn i Det store nasjonalpartiet (i 2012 omdøpt til Ny verden). Fra 1996 var han medlem av Sør-Koreas nasjonalforsamling, valgt på partiets nasjonale valgliste i forholdstallsvalget.