Til tross for diplomatiske protester fra nederlenderne (kolonistnaboer på Borneo), spanierne (Filippinene) og regjeringen av Sarawak (de britiskættede de hvite rajaher av familien Brooke som fungerte som lensherrer under sultanen av Brunei), fortsatte North Borneo Chartered Company med å kolonisere og forvalte territoriet. Etterhvert kjøpte selskapet ytterligere land fra sultanen av Brunei, slik at selskapets område i mai 1884 strakk seg hen til den da nye grenseelv Puputan nær Bruneis hovedstad, Bandar Seri Begawan. Selskapet ervervet videre distriktet Padas i november 1884, Kawang-dalen i februar 1885, Mantanani-øyene i april 1885 og ytterligere små Padas-områder i mars 1898.