Kotsjergins foreldre ble ofre for Stalins terror. Faren ble skutt i 1937, moren satt fengslet i 10 år, mens Eduard ble sendt til et barnehjem for «barn av folkefiender» i Omsk i Sibir. I 1945 flyktet han fra barnehjemmet og brukte seks år på flukten tilbake til Leningrad, der han til slutt ble gjenforent med sin mor. Kotsjergin studerte på Det statlige teaterakademiet i St. Petersburg og har det meste av livet jobbet på teateret, fra 1972 på Tovstonogov Bolsjoj Dramateater i St. Petersburg, som kunstner og scenograf. Han har publisert fortellinger i tidsskrifter siden 1997, før han debuterte som forfatter i bokform med novellesamlingen «Engledukken» (Ангелова кукла, 2003). For den selvbiografiske romanen «Med Stalin som gudfar» (Крещенные крестами, 2009) mottok Kotsjergin litteraturprisen «Natsbest» («Nasjonal bestseller»). Kotsjergin har også mottatt tallrike utmerkelser for sitt kunstneriske arbeid på teateret.