I 1863 flyttet hun til Portland for å jobbe som lærer. Hun leide seg et hus og håpet å åpne en internatskole. Resten av familien sluttet seg også til henne. Dette prosjektet gikk galt, hovedsakelig fordi faren hennes brukte opp pengene hun skulle bruke på skolen. Hun var i Portland fram til 1866 da hun på oppfordring fra Julian Woods åpnet en katolsk internatskole for jenter i Penola sammen med søstrene sine Annie og Lexi. Denne skolen ble den første katolske friskolen i Australia, hvor elevene fikk undervisning uavhengig av betalingsevne. Første skoleår hadde de rundt femti elever. Skolen hadde en klar brodd mot sekulære skoler, og MacKillop sa at arbeidet med skolen «ble igangsatt av Gud for å ødelegge den verdslige ånden i utdanningen i våre skoler».