Ettersom Hjartøya ikke blir nevnt i Aslak Jordebok var ikke øya i erkebiskopen i Nidaros sin besittelse. I Skattematrikkelen fra 1647 er enken Synnøve (Søneue) Jensdatter oppført som eier og bruker av både Indre og Ytre Hjartøya med da hhv. 1 og 3 1/2 våg gammel skyld. Seinere har Indre Hjartøya med 1 1/2 våg gammel skyld kommet over til kirken. Gården ble først i 1907 solgt ved Kongelig skjøte til oppsitterne og har siden vært i privat eie. Ytre Hjartøya kom over på flere eiere og 1 1/2 våg av gården var kommet over til kirken, mens de resterende 2 våg var privat odelsgods med en rekke eiere. Handelsmann Jens Ellingsen på Kjerringøya fikk skjøte på 1 våg 1 pund av odelsgodset i 1843 og på de resterede 2 pund i 1848. Etterfølgeren i Kjerringøya K. Zahl fikk kgl. skjøte på 1 våg av kirkegodset i 1854 og de resterende 1 pund 12 mark (1/2 våg) i 1858. Zahl satt dermed som eier av hele Ytre Hjartøya, men allerede i 1862 solgte han de 2 våg gammelt odelsgods og 1 våg kirkegods til oppsitteren av denne parten (se videre under "Storgården"). Den resterende parten på 1/2 våg ble først solgt fra skifteforvalteren i Zahls dødsbo til oppsitteren i 1918 og ha vært i privat eie siden.