Johannessen har vært president i Den Europeiske Patologforening, formann i Landsforeningen mot kreft, i Den Nordiske Kreftunion og i Norwegian Cancer Consortium 1999 – 2003 og formann i Polyteknisk Forening 1999-2003. Han var i 12 år allmennhetens representant i Pressens faglige utvalg. Han har vært medlem av tilsettingsutvalget for Nasjonalmuseet, og styremedlem i Henie-Onstad Kunstsenter, Høvikodden. Han har også vært styreleder for Kreftregisteret. Fra 2002 til 2010 var han styreleder for Nationaltheatret.