Elva har utspring lengst nordøst på Bolsjezemelskaja Tundra, og renner i hovedsakelig nordvestlig retning til munningen i Khajpudyrbukta i Petsjorahavet. Korotaikhas løp er svært svingete med mange meandere. Underveis mottar den flere sideelver, de fleste fra sørhellingen av Paj-Khoj-høydene i nord.