Pahuds far var av fransk og sveitsisk bakgrunn og hans mor var fra Frankrike. Pahud er mest kjent for hans repertoar med elementer fra barokk og klassisk fløyte. Pahud ble født inn i en ikke-musikalsk familie og fra han var fire til 22 år gammel, ble Pahud undervist og veiledet av anerkjente fløytister som François Binet, Carlos Bruneel og Aurèle Nicolet. Pahud ble utdannet ved Conservatoire de Paris øfr han beynte i internasjonalt orkester og han sluttet seg til Berlin Philharmonic Orchestra i 1992.