I de første timene av utbruddet evakuerte det islandske sivilforsvaret hele befolkningen på Heimaey, noe det tidligere hadde blitt laget planer for, i tilfelle noe slikt skulle skje. Evakueringen var nødvendig på grunn av at lavastrømmene allerede beveget seg sakte, men sikkert mot den østre delen av byen, og hele øya var truet av muligheten for nedfall av vulkansk aske.