Babalola tok grunnutdannelsen sin i Nigeria, og utmerket seg der som en svært flink elev. Han fikk derfor stipend for å gå på Achimota College i det som i dag er Ghana. Han returnerte til Nigeria med en bachelorgrad i 1946 og begynte å undervise ved Igbobi College. I 1948 fikk han et nytt stipend for en ny bachelorgrad, nå ved Queens' College i Cambridge i England. Han fullførte graden i 1951 og fra 1952 underviste han igjen ved Igbobi College. Der utmerket han seg som en dyktig lærer og administrator og året etter ble han rektor ved skolen, til tross for at han var den yngste i staben og den første afrikaner i stillingen.