Mellom 1513 og 1798 var de tretten kantoner i edsforbundet. Det fantes også områder som var underlagt én eller flere kantoners fellesadministrasjon. En politisk forsamling for hele edsforbundet eksisterte også, . Kantonenes forhold til den katolske kirke var det viktigste politiske spørsmålet på 1500-tallet. Reformasjonen ble begynnelsen på en lang rekke med stridigheter mellom de katolske og protestantiske kantonene, og det konstitusjonelle spørsmålet forble en kilde til konflikt på sveitsisk område fram til napoleonskrigene.