Under andre verdenskrig ble Peterhof utsatt for omfattende plyndring og ødeleggelse fra de tyske okkupasjonsstyrkene. I likhet med Tsarskoje Selo ble Peterhof inntatt av tyske tropper i 1941 og ble holdt til 1944. I løpet av de få månedene fra krigsutbruddet til de tyske styrkene dukket opp klarte de ansatte bare å berge unna en del av skattene i anleggets palasser og fontener. Det ble gjort et forsøk på å demontere og begrave fonteneskulpturene, men tre fjerdedeler av dem, inkludert alle de største, forble på plass. Peterhof ble i stor grad ødelagt av okkupasjonsstyrkene til den tyske arme etter at beleiringen av Leningrad ble brutt. Mange av fontenene ble ødelagt, og palasset ble delvis sprengt og etterlatt i brann.