Negevørkenen har et aral på rundt 12 000 km², mer enn halvparten av Israels totale landområde. Geografisk er det en forlengelse av Sinai-ørkenen. Den har form som et triangel, med Beer Sheva, Dødehavet og de sørlige Judeafjellene som grunnlinje, og toppunkt i landets sørlige ende i Eilat, hvor landet også har kystlinje mot Akababukten. Topografisk er området parallelt med landets andre regioner, med lavland i vest, åser sentralt og Nahal HaArava som sin østlige grense.