De påfølgende årene førte Pugatsjov et vandrende liv. Han ble flere ganger arrestert og fengslet som desertør av myndighetene. I 1773, etter å ha frekventert klostrene til de gammeltroende, som hadde betydelig innflytelse på han, erklærte han seg selv som tsar Peter III og organiserte opprøret til Jaik-kosakkene, som etter hvert førte til et vidstrakt opprør i hele regionen ved nedre Volga.