Brunfiskeugle legger ett eller to egg, ofte i et gammelt kvistreir til andre fugler eller i en klippehule. Rugetida er opp til 38 dager og ungene flyr etter om lag sju uker. Arten jakter om natta, men kan ofte bli lokalisert av småfugler som mobber den mens den sitter i et tre. Den lever hovedsakelig av fisk og frosker. Ropet er en lavt eller et høyt .