En større bybrann i Delft i 1536, de kaotiske omstendighetene i forbindelse med reformasjonen og eksplosjonen i Delft i 1624 medførte at en storstilt ombygning og utvidelse av kirken måtte skrinlegges før det var ferdigstilt. De ufullstendige endringene kan ses i at den nordlige transeptarmen adskiller seg markant fra bygningsstilen i den resterende eldre kirken.