Han var vara til Stortinget fra Møre og Romsdal fra 1993 til 2009 og møtte fast for Kjell Magne Bondevik mens han var statsminister, senere også i May-Helen Molvær Grimstads permisjon. Aukan satt i Stortingets næringskomité fra 1997 til 2000 og i Stortingets kontroll- og konstitusjonskomité fra 2001 til 2005.