Man deler inn de fagocyterte partiklene inn i to hovedgrupper; «egne» partikler som nekrotiske eller apoptotiske celler og eller «fremmede» partikler som for eksempel bakterier. Disse binder dels til ulike reseptorer som alle kan initiere fagocytose. Avhengig av hva som fagocyteres vil dette kunne gi en pro- eller anti-inflammatorisk respons. Den immunologiske og fysiologiske konsekvensen av fagocytosen beror altså på hvilken type celle som fagocyterer, reseptorer som er involvert gjenkjenning og opptak samt hva som fagocyteres. Fagocytose av bakterier vil stimulere til en inflammasjon som vil være gunstig for å bekjempe mikroben ved å tiltrekke seg flere immunceller. På den annen side vil man under normale forhold være helt avhengig av at fagocytose kan foregå uten en sterk immunstimulering.