I mellomkrigstiden deltok Jouhaux i nedrustningsforhandlingene i Folkeforbundet, og arbeidet også med sosiale reformer i Frankrike. Han kom under andre verdenskrig i tysk fangenskap. Etter krigen tapte han kampen mot kommunistene om lederskapet i CGT, og deltok deretter i etableringen av en ikke-kommunistisk fagforening.