Samme dag som forslaget ble offentliggjort ble det møtt med motstand fra flere organisasjoner og miljøer. Forskerforbundet, Norsk Studentunion og Tekna var sammen med flere utdanningsinstitusjoner ute og kritiserte forslaget om å slå sammen institusjonene. Lederen for Kirke-, utdannings- og forskningskomiteen på Stortinget, Ine Marie Eriksen Søreide kritiserte også forslaget som «lite lurt». Kulturredaktør i Aftenposten, Per Anders Madsen konkluderte: «Stjernø har forlengst proklamert at Norge må ha en nasjonal strategi for høyere utdanning. Vel og bra. Det er ikke like opplagt at tvangsmessige sammenslåinger og fusjoner må være denne strategiens viktigste virkemiddel.» Rektor ved NTNU Torbjørn Digernes uttalte: «Hele det norske høyere utdanningssystemet vil tape på denne løsningen. Jeg forstår godt at høyskolene uttrykker en sånn frykt. Alle som har en egenart, har noe å tape.» Til Morgenbladet uttalte rektor Geir Ellingsrud ved UiO: «Høg­sku­lar og uni­ver­si­tet har uli­ke kul­tu­rar og pro­fi­lar. For­skjel­la­ne er sto­re. Uni­ver­si­te­ta er forskingstunge, høg­sku­la­ne er undervisningstunge. Sa­man­slå­ing vil kun­ne dra nok­re høg­sku­lar opp, men sam­la sett er eg redd fors­kings­de­len vil bli svek­ka.» Redaktør Bjørgulv Braanen i Klassekampen skrev på lederplass: «Vi er langt på vei enig med rektor Sigmund Grønmo ved Universitetet i Bergen i at en generell sammenslåing av ulike institusjonstyper kan få uheldige konsekvenser for den forskningsbaserte undervisningen, som er selve kjernen i universitetet. Det er også høyst usikkert om en slik gigantreform vil løse noen av sektorens grunnleggende problemer.» På lederplass konkluderte Dagsavisen: «For utdanningsinstitusjonene tror vi det er bedre å fokusere på innholdet i utdanningene enn på organiseringen av dem».