Fordi FLAC er tapsløst, er det godt egnet for digital arkivering av ellers ukomprimert lyd, for eksempel wav-filer eller oppbevaring av favorittplatene. Men i motsetning til wav, støtter FLAC-lagring av metadata, akkurat som kvalitetstapende formater. Selv om filstørrelsen blir mindre enn en tilsvarende ukomprimert lydfil (typisk ca. 50% for musikk), blir den langt større enn i lydformater som komprimerer med kvalitetstap, altså ofrer kvalitet til fordel for sterkere komprimering. Det er ingen god ide å FLAC-komprimere lyd som har vært komprimert av kvalitetstapende kodeker; lydkvaliteten blir nøyaktig like dårlig, og FLAC vil vanligvis komprimere dårligere enn om man hadde tatt den opprinnelige digitale kilden.