I 2004 tiltro han en kort periode som assistenttrener for Elfsborg for å hjelpe klubben opp fra en sportslig nedtur. I mai 2009 ble det for øvrig offentliggjort at Ingesson led av benmargskreft. Friskmeldt fra kreftsykdommen tok Ingesson over treneransvaret i Elfsborg ut sesongen etter at Jörgen Lennartsson fikk sparken i september 2013 med ti kamper igjen å spille. Påfølgende sesong fortsatte Ingesson som trener hos Elfsborg i spann med nyansatte Jan Mian. Til tross for stadig mer sviktende helse, ledet Klas Ingesson laget inntil 16. oktober 2014. Ingesson gikk bort 29. oktober 2014.