Hovedstaden Kos ligger på øyas nordøstlige kyst ved odden Skandarion. Stedet har en god havn og en festning som opprinnelig var den greske byens akropolis, senere omgjort til malteserordenens ridderborg. De fremste landsbyene på Kos er Kardamena, Kefalos, Tingaki, Antimachia, Mastihari, Marmari og Pyli. De mindre er Zia, Zipari, Platani, Lagoudi og Asfendiou.