Det lyktes Innitzer og episkopatet å beholde det kirkelige rom stort sett intakt, og derutover å yte hjelp til ofre for nazieregimet, særlig jøder. Innitzer opprettet et embede for dem i sitt erkebiskopelige palass i 1940, kalt «Erzbischöfliche Hilfsstelle für nichtarische Katholiken» og klatrte å berget et høyt antall kristne og mosaiske jøder. En del ble gjemt i selve hans egen residens.