Kombinert med svartedauden i årene frem mot 1350 og det store vestlige skisma 1378–1417, førte dette til en nedgang for ordenen. Den ble da splittet mellom de konventuelle og de observante. Sistnevnte krevde en streng tolkning av regelen. I 1517 ble det erklært at de observante var den sanne fransiskanerordenen, og de konventuelle ble en egen orden.