Ben Jafar ble født i 1940 i Tunis. Han gikk på Sadiki College fra 1950 til 1956, studerte deretter medisin i Frankrike for å bli radiolog. I 1970 vendte han tilbake til Tunis, begynte på University of Tunis' medisinske fakultet og jobbet også på universitetssykehuset. I 1976 var han en av grunnleggerne av et ukentlig meningsmagasin og en organisasjon som utviklet seg til Tunisian Human Rights League (LTDH).