I 1918 fikk hun klippe animasjonsfigurer til Wegeners spillefilm (norsk: ), og i 1919 hjalp han henne å få innpass ved Institut für Kulturforschung (norsk: Institutt for kulturforskning), et eksperimentelt animasjons- og kortfilmstudio ledet av filmskaperen Hans Cürlis. Reiniger fortalte senere at Wegener hadde sagt: «For himmelens skyld, hjelp meg å bli kvitt denne gale silhuett-jenta. Hun lager svært gode silhuetter som roper etter animasjon! Kan dere ikke la henne lage en film med disse silhuettene, på samme måte som man lager tegnefilmer.»miniatyr|Lotte Reiniger ved animasjonsbordet i 1922 Ved Institut für Kulturforschung møtte hun avantgarde-kunstnere, som Berthold Bartosch og kunsthistorikeren Carl Koch, som hun giftet seg med i 1921, og som ble hennes viktigste kreative medarbeider. Den første tiden arbeidet hun sammen med Bartosch på noen undervisningsfilmer om geografi, for å lære animasjonsteknikken. Senere fikk hun ansvaret for flere filmer selv. På denne tiden var animasjonsfilm helt nytt, men interesserte filmskapere begynte å se på teknikken både i Europa, Japan og USA.