Nyborg kirke ble innviet til jomfru Maria første pinsedag i 1428 av biskop Navne Jensen Krigebusk. Den eldste del av kirken er de fire vestlige fag, som i begynnelsen av 1400-tallet var avsluttet mot øst av en nord-syd-gående mur. Omkring reformasjonen var det oppført tre sammenbygde kapeller med felles tak på kirkens sydside, og Christian III utvidet kirken på 1550-tallet med et ekstra sideskip mot nord i kirkens fulle lengde. Det store vesttårn og det mindre østtårn sto ferdige ca. 1600. Til det store tårn skjenket Frederik II kvadersten fra de nedlagte Gammelkirke og Hjulby kirke. Frem til 1870 fremsto Vor Frue Kirke som en fem-skipet kirke, hvoretter store deler av sideskipene ble revet ned.