På kirgisisk betyr en type lite skjelignende redskap som brukes til å gjære hoppe-melk. Byens kan navn kan også komme fra besh kek, som betyr 'fem høvdinger' eller fra besh bik, som på kasakhstansk betyr 'fem fjell'. Enkelte mener også at navnet stammer fra den legendariske helten Bisjkek-Batyr, som bodde i dette området på 1700-tallet..