Katedralbygningen som nettopp hadde begynt og biskopens residens ble offer for en brann i 1866. For gjenoppbyggingen dro Bacon på innsamlingsreiser til New York, Boston og Canada. Han vant også over arkitekten Patrick Keeley, hvis sogneprest han hadde vært i Brooklyn. Innvielsen av katedralen i september 1869 av biskopen av Boston, John Joseph Williams, ble spolert av en kraftig storm som ødela spiret, men forårsaket ingen øvrige skader..