I 1992 ble hun i Kenya gift med en somalisk slektning bosatt i Canada. På vei til Canada hoppet hun av i Tyskland og reiste til Nederland der hun søkte asyl under navnet Ayaan Hirsi Ali (i stedet for Ayaan Hirsi Magan), hun oppga også feil fødselsdato. Hun ble skilt fra mannen etter islamsk tradisjon ti år senere. I Nederland arbeidet hun blant annet som vaskehjelp og som oversetter for nederlandske myndigheter. Hun fikk flyktningstatus og opphold i Nederland fire uker etter ankomst. Hun skal ha blitt rådet til å opplyse at hun kom rett fra Somalia, asylsøkere derifra fikk rutinemessig opphold på humanitært grunnlag. Hun ble nederlandsk statsborger i 1997.