Fana prosti ble opprettet ved delingen av Midhordland prosti 1. august 1989, og da Midhordland prosti opphørte som egen kirkelig enhet i 2014, ble også Os og Austevoll sogn overført til prostiet. Da Os og Fusa ble slått sammen til nye Bjørnafjorden kommune, ble også Fusa sogn lagt til prostiet.