Svartflekksmygeren er mye sjeldnere enn slektningen gulflekksmyger. Den er funnet fra Østfold til Målselv i Troms, men ser ut til å mangle helt på Sørlandet og Vestlandet. Den flyr i fuktige lysninger i skogen, langs veikanter, elvebredder og strender i mai – juni. Larven lever på forskjellige gress. Arten er listet som hensynskrevende på den norske rødlisten. Siden forekomstene er såpass få og lokale er den følsom for alle slags inngrep som forandrer lokalitetene.