Det dårlige forholdet mellom koreanerne og mandsjuene fortsatte likevel etter invasjonen i 1627, og den koreanske regjeringen ble dominert av antimandsjuiske tjenestemenn som heller sympatiserte med Ming-dynastiet. Da Qīng i 1636 krevde at Joseon skulle underkaste seg som en vasallstat (heller enn å være et likeverdig lang), nektet koreanerne å godkjenne dette. Derfor invaderte mandsjuene Joseon på nytt i 1636-7 med en styrke på 128 000 soldater. Denne invasjonen ble mye mer ødeleggende enn den første. Mandsjuene unngikk å møte styrkene under Im Gyeongeop i kamp, og fortsatte heller rett fram slik at de kunne beleire kongen i Namhansan-festningen. Alle koreanske forsøk på å bryte beleiringen ble beseiret, og den heller symbolske hjelpestyrken Ming prøvde å sende forsvant i en storm da den forsøkte å krysse Gulehavet. Derfor følte koreanerne at de ikke hadde noe annet valg enn å overgi seg og gi etter for mandsjuenes krav, som inkluderte at Joseon skulle bryte forbindelsene med Ming-riket, at riket skulle underkaste seg Qīng og hjelpe mandsjuene i krigen mot Ming, noe de også gjorde, selv om hjelpen deres var minimal.