Humboldtpingviner er monogame og både hekker og lever i kolonier året rundt. Toppene i hekkingen er i mars–april eller september–oktober, avhengig av kolonienes lokalitet. Fuglene graver enten ut en hulgang i sanden eller guanoen, eller de finner en passende bergsprekk eller revne til redet. Hunnen legger to egg i løpet av 2–4 dager. Inkubasjonstiden varer normal i 40–42 dager og begge foreldrene deltar i rugingen. Kyllingene klekker vanligvis med 2 dagers mellomrom og mates av begge foreldrene så snart dundrakten har vokst ut. De forlater sjelden redet før den voksne fjærdraken er på plass, normalt etter cirka 12 uker. Deretter må de klare seg selv.