Ali ble født inn i Darod-klanen, den nest størst klanen i Somalia. Stikk i strid med farens instruksjon og foreldrenes ønsker sørget bestemoren for at hun og søsteren ble rituelt omskåret (da hun var fem år) etter somalisk skikk, en gang foreldrene var bortreist. Omskjæringen var ifølge Ali selv langt mindre omfattende enn vanlig ("much milder") fordi en mann utførte inngrepet som da blir mindre alvorlig. Faren, som var en troende muslim, hadde etter studier i USA forkastet klantankegangen og instruert Alis mor om at døtrene ikke skulle omskjæres. Ali mener selv at omskjæring er praksis fra afrikanske stammer som styrkes av en generell dyrking av jomfruelighet. Hennes far Hirsi Magan Isse (1935-2008) var utdannet lingvist og sosialantropolog i USA, og han var en av de første somaliere som studerte i utlandet. Faren var en ledende dissident under Siad Barres regime i Somalia. Ali ble født for tidlig like etter Barres maktovertakelse da faren ble fengslet. Faren ble fengslet igjen i 1972. Moren Asha reiste som ung på egen hånd for å søke arbeid i Aden og andre steder i Midtøsten, ble etter hvert tiltrukket av den strenge wahhabi-islam som var vanskelig å forene med den mer avslappede islam i Somalia.