Fra 15. april 1973 og inntil han trakk seg tilbake i 1993 ledet avdelingen for nevrokirurgi i Zürich, etter sin tidligere mentor Hugo Krayenbül trakk seg tilbake. Fra 1994 ble han invitert til å jobbe ved University of Arkansas for Medical Sciences i Little Rock, noe ha takket ja til i noen år. I 1999 ble Yaşargil beæret med ærestittelen «Man of the Century 1950–2000» av det vitenskapelige tidsskriftet . Samtidig ble han tildelt «European Association of Neurological Surgeons Medal of Honor».