Emiren hadde knapt trykket ned opprøret ved å vinne et desperat slag, før Abdur Rahman igjen dukket opp i nord. Dette utløste et mytteri blant troppene i nord og væpnede bander samlet seg til hans disposisjon. Etter noe uthaling og sporadiske kamper okkuperte han og hans onkel, Azim Khan Kabul i mars 1866. Emiren Shir Ali marsjerte mot dem fra Kandahar, men i det følgende slaget ved Sheikabad 10. mai, deserterte store deler av hans tropper, og etter hans avgjørende nederlag frigjorde Abdur Rahman sin far, Afzul Khan, fra fengselet i Ghazni og innsatte ham på tronen som emir av Afghanistan.