Kroes var visestatsråd for transport, offentlig arbeid og telekommunikasjoner fra 1977 til 1981, deretter statsråd i samme departement fra 1982 til 1989. I årene 1989 til 1991 arbeidet hun som rådgiver for EU-kommisjonen i transportspørsmål. Fra 1991 til 2000 var Kroes president for Nyenrode-universitetet. Deretter fulgte fire år som aktiv i næringslivet, hovedsakelig som rådgiver og styremedlem for nasjonale og internasjonale selskaper.