Riksantikvaren forutsatte i konsekvensutredningen at bevaringsforholdene for de kulturlagene som ikke måtte fjernes, ble sikret for fremtiden, og at Klypen ble overdekket som et avbøtende tiltak for tapte kulturlag. I reguleringsplanen vedtok Oslo bystyre at jernbanesporene skulle senkes 0,5 meter lavere ned i Klypen enn JBVs forslag. Det vil si at den i fremtiden overdekte Klypen-skjæringen i mindre grad blir en langstrakt «hoppbakke» gjennom den lavtliggende ruinbyen. Drivkraften for senkingen av sporene var hensynet til middelalderbyen inklusive visjonen av full gjenåpning av Alnaelva fra marka til fjorden innen 2020 (jamfør også vedtatt av Oslo kommune i 2008).