Ved folketellingen i 2002 hadde kommunen Encarnación 93 497 innbyggere, hvorav 67 173 i selve byen. I 2012 hadde kommunen vokst til anslagsvis 107 408 innbyggere. Mesteparten av byens befolkning er av blandet spansk og indiansk opphav, men det finnes betydelige minoriteter av tysk og polsk herkomst. Encarnación og omlandet huser landets største minoritet av ukrainsk opphav.