Fra 1. juni 1990 til 7. juli 1993 var Stahl Tysklands riksadvokat. Bekjempelse av venstreekstrem terrorisme var et av områdene som var hans ansvar. Den 26. juni 1993 ble RAF-terroristen Wolfgang Grams skutt av politiet under en arrestasjon i Bad Kleinen, etter at Grams hadde skutt og drept politimannen Michael Newrzella. Etter at to vitner hadde hevdet at politiet forsettlig hadde henrettet Grams på kloss hold mens han lå på bakken, og at politiets versjon av hendelsesforløpet, at Grams hadde begått selvmord, var løgn, gikk innenriksministeren, Rudolf Seiters, av. Stahl måtte gå av av samme grunn, selv om han ikke hadde noe direkte ansvar for politiinnsatsen. Mistanken om at politiet skulle ha drept terroristen ble ikke bekreftet i den påfølgende straffesaken og i en sivil sak. Etter at Stahl gikk av som riksadvokat arbeidet han som advokat i Berlin. Fra slutten av sin embedstid vendte han seg også til nasjonalliberale og høyrekonservative prosjekter.