For kristendommen ble Gratians regjering en viktig epoke for utviklingen for den moderne kirke, idet den for første gang ble den helt dominerede religion i hele Romerriket. Under Ambrosius' innflytelse forbød Gratian den offentlige dyrkelse av den tradisjonelle hedenske religion. Han fjernet Seiersalteret fra Senatet, trass i protester fra flere medlemmer og konfiskerte dets inntekter. Han inndro vestalinnenes eiendom og fratok dem og de øvrige presteskapene alle deres privilegier. Samtidig nektet han å bære tittelen Pontifex maximus, men overlot den til paven. Til tross for disse tiltak besluttet senatet, som det var blitt tradisjon, likevel a deifisere ham etter hans død.