Noen aminosyrer har en tendens til å danne α-helikser, dette kan brukes for å predikere sekundærstruktur basert på proteinsekvenser. I mange tilfeller er den tredimensjonale strukturen til proteinkjeden ukjent, og ulike proteinstrukturprediksjon-metoder bruker rekkefølgen og sammensetningen av aminosyrer til å foreslå en tredimensjonal struktur.