Penny, som innrømmer å savne Leonard, godtar forespørselen hans om å fornye forholdet deres i «The Beta Test Initiation». Etter at Penny foreslår å ha sex i «The Launch Acceleration» ødelegger Leonard stemningen ved å foreslå at de burde gifte seg med hverandre. Penny sier nei til å gifte seg, men slår ikke opp med ham. I den sjette sesongen forteller Penny til slutt at hun elsker ham. Selv om de begge føler misunnelse når den andre får betydelig oppmerksomhet fra det motsatte kjønn, er Penny trygg i forholdet deres - selv når han reiser på en fire måneder lang ekspedisjon til Nordsjøen i «The Bon Voyage Reaction».