Minidoka Countys totale areal er 1 976 km² hvorav 9 km² er vann. I 2005 hadde fylket 19 014 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Rupert som også er fylkets største by. Fylket ble grunnlagt i 1913 og har fått sitt navn etter et Sioux-ord som betyr vannkilde.