Fra 2009 var Sangma aktiv i delstatspolitikken i Meghalaya. I 2012 forlot han Nationalist Congress Party, som ikke ville støtte hans kandidatur til embetet som Indias president. Han stilte som opposisjonens kandidat til presidentvalget, støttet av partiene Bharatiya Janata Party, Biju Janata Dal, All India Anna Dravida Munnetra Kazhagam, Shiromani Akali Dal og Asom Gana Parishad, og møtte Kongresspartiets kandidat, Pranab Mukherjee. Mukherjee vant valget.