Selv om karosseriet har vært det samme i hele produksjonsperioden finnes det flere utgaver av PT Cruiser, som kjennetegnes ved ulike merker i bagasjelukens nederste, venstre hjørne. Disse inkluderer blant annet , , , , , og . Turbomodellene kjennetegnes med et «2.4L Turbo»-merke i bagasjelukens nederste, høyre hjørne.