Mens meteoren som Meteor påkalte nærmer seg planeten, fokuserer Shinra på å stoppe våpnene som har begynt med å ødelegge alt de tror er en trussel for planeten. Imens leter de andre etter Cloud og de finner ham i en katatonisk tilstand på en tropisk øy. Våpnene får øya til å dele seg og både Cloud og Tifa faller i livsstrømmen. Der rekonstruerer hun Clouds minner og han finner ut sannheten. Det viser seg at Cloud aldri klarte å bli en del av SOLDIER og at Aeris' kjæreste Zack okkuperte Clouds plass. Tifa, Zack og Cloud kjempet alle mot Sephiroth i reaktoren i Nibelheim. Tifa og Zack ble slått, men Sephiroth og Cloud skadet hverandre. Etter å ha kuttet av hodet til Jenova, som var bevart i reaktoren, blir Sephiroth kastet i livsstrømmen av Cloud. Istedenfor å dø, ble han preservert i mako i Jenovas krater. I et forsøk på å skjule hva som skjedde, utsetter professor Hojo de overlevende for det samme som medlemmene av SOLDIER må gå gjennom for å bli supersoldater. Det viser seg at dette innebærer både makodusj og injeksjoner av celler fra Jenova. Sistnevnte gjorde at Cloud fikk falske minner og trodde han var Zack. Cellene var også grunnen til at Sephiroth kunne styre ham. På grunn av eksperimentene falt alle i koma unntatt Zack. Rundt fem år senere brøt han seg ut av fangenskapet og tok med seg Cloud. Cloud våkner mens de er på flukt fra Shinra. Utenfor Midgar ble Zack skutt og drept av Shinras soldater. Litt etter fant Tifa Cloud, som hadde på seg Zacks uniform, og tok ham med seg hjem. Dette skjedde rett før spillets begynnelse.