Saltsjöbanan inngår i SLs trafikksystem og opereres fra kl 05 om morgenen til klokken 01 om natten. Toget stopper normalt ved alle stasjonene og vanligvis i 20 minutters intervaller på dagtid på hverdager og vanligvis også om kvelden og i helgene. I rushtrafikken kan det være hyppigere avganger og noen tog er ekspress som ikke stanser ved alle stasjonene.