Flere krav måtte oppfylles for seilasene. Likt antall fartøy måtte passere ut og inn, fartøyene ble kontrollert fra begge sider, og antallet passasjerer måtte være det samme i begge retninger. I flere tilfeller forårsaket krigens hendelser konflikter mellom Sverige og de krigførende, hvilket førte til at trafikken periodevis ble stoppet. Sammenlagt ble det foretatt 459 reiser gjennom Skagerraksperren av 79 fartøy; 10 av fartøyene ble senket. Handelen var viktig for Sveriges forsyningssituasjon i krigsårene, selv om den utgjorde en liten del av landets handel i fredstid.