PTSs historie begynner tidlig på 1800-tallet, da de mer profesjonsrettede studier ble skilt ifra den mer generelle utdannelse som gis på mange av universitetene i USA. Generalforsamlingen i Den presbyterianske etablerte The Theological Seminary at Princeton i 1812, med støtte fra lederne på det nærliggende høyskolen i New Jersey (i dag Princeton University).