Isaksen er blant annet kjent for å ha støttet og forsvart innføringen av fraværsgrensen på ti prosent i videregående skole som ble innført i 2016, da han jobbet som kunnskapsminister. Hensikten med fraværsgrensen er å få flere elever til å møte opp på skolen. Hvis en har mer enn ti prosent fravær i et fag vil en ikke få karakter i faget. Det vil bli regnet som gyldig fravær hvis en har dokumentasjon på sykdom fra legen. Flere elevorganisasjoner kritiserte Isaksen og begrunnet det med at det ville gå utover de svakeste elevene på skolen. En av nestlederne i elevorganisasjonen i Oslo mente at det kunne være vanskelig å dokumentere enkelte av grunnene som forårsaket fraværene som psykiske sykdommer og mobbing. Det ble holdt flere demonstrasjoner i Norge i mot innføringen og politiet anslo at det var rundt 1000 demonstranter i Oslo. Isaksen fikk også innsendt 360 spørsmål av elever da han åpnet opp for en spørsmålsrunde rundt grensen.