Landet deltok i kvalifiseringen til Afrikamesterskapet i 1998, der de tapte i kvalifiseringen mot Mosambik med klare sifre. Lesotho stilte igjen til Afrikamesterskapet i Afrikamesterskapet i 2000, men tapte da også klart, denne gangen mot Zimbabwe. Deretter har Lesotho vært borte fra Affrikamesterskapet. De var påmeldt i Afrikamesterskapet i 2006, men de trakk seg før noen kamper ble spilt. De spilte imidlertid noen kamper det året i COSAFA Cup, der de i gruppe med Sør-Afrika og Malawi tapte begge kampene.