Vinteren 1894–95 ble uvanlig kald, og appelsin-avlinger så langt sør som Palm Beach ble rammet av frost. I oktober 1895 inngikk Flagler og Julia Tuttle – en lokal landeier ved Biscayne Bay – en avtale om kjøp av landområder for bygging av en jernbaneterminal og by. , og tilbød FEC gratis land dersom en jernbane til Fort Dallas (ved Biscayne Bay) ble bygget. Dette - kombinert med vissheten om at Fort Dallas ikke hadde vært rammet av vinterfrosten gjorde at Flagler slo til, og i april 1896 rullet det første toget inn på stasjonen i Fort Dallas ved den gode havnen i Biscayne Bay. Flagler sørget for å mudre havnen, bygde vann- og elektrisitetsverk og finansierte stedets første avis: «The Metropolis». Allerede i mai 1896 startet dampskipet «City of Key West» ruteseilinger mellom Biscayne Bay og Key West. Da byen senere på året ble stiftet (amerikansk: Incorporated) ville innbyggerne døpe stedet «Flagler» til ære for FECs president. Flagler avslo høflig, og foreslo i stedet å bruke det indianske navnet på elven som renner gjennom bosettingen: Miama eller Miami.