Også ved log-in til systemet er der sikret med flere lag kryptering. I den SSL-forbindelse som dannes til NemID, sjekkes bruker og adgangkode via en secure remote password-protokoll imellom Java-applet og NemIDs HSM. Med denne protokoll sjekkes at brukeren har det riktige passord, men uten at NemID har det virkelige passord. Som den annen faktor brukes igjen -protokollen til å verifisere engangskoden fra nøkkelkortet.