Som følge av beliggenheten på grensen mellom de tektoniske platene Den nordamerikanske kontinentalplate og Den karibiske plate, opplever øyene relativt mange jordskjelv. Tropiske tyfoner og orkaner rammer også øyene, gjerne i orkansesongen mellom juni og november. De amerikanske Jomfruøyer har et tropisk klima med liten temperaturforandring året rundt. Det regner relativt mye i månedene september til november, mens februar og mars er de tørreste.