Ventilering og avfukting kan noen ganger virke mot hverandre. Avfukting kan være en energieffektiv løsning til rom med lite ventilasjon, mens avfukting på et rom med kontinuerlig utskiftning av luft kan få lav virkningsgrad. For mest mulig effektiv avfukting i et teknisk rom hvor det ikke skal oppholde seg mennesker bør det være overtrykk og minimal ventilasjon, for eksempel avstengte ventiler og så tett rom som mulig. Årsaken til dette er at undertrykk eller ventilasjon ofte vil forårsake at det blir tilført fuktig luft, hvilket vil opprettholde luftfuktigheten og gjøre at avfukteren må arbeide mer. I rom hvor det skal oppholde seg mennesker kan det derfor i en del tilfeller være mer hensiktsmessig å øke ventilasjonen for å få ned fuktigheten i stedet for bruke en avfukter.