I sesong 3 er han fortsatt president, og har kommet seg etter attentatforsøket. Han er midt i en presidentvalgkamp mot senator John Keeler når dagens begivenheter starter. Han gjør en glimrende jobb som president denne sesongen, men blir tvunget av Keeler til å gå trekke seg fra valgkampen, fordi han har bevis som knytter Palmer indirekte til en drapssak, men hans ekskones død medvirker også til hans valg om å trekke seg.