Grunnstoffet brukes i produksjonen av saltsyre, til sveising og til reduksjon av metallisk malm. Det blir brukt som rakettdrivstoff. Flytende hydrogen er brukt i kryogenisk forskning, bl.a. superkonduktivitetsforskning. Siden hydrogen er fjorten og en halv gang lettere enn luft, ble det tidligere ofte brukt som løftekraften i ballonger og zeppelinere. Dette ble derimot sterkt innskrenket da Hindenburgkatastrofen viste offentligheten at gassen var alt for farlig til dette formålet. Deuterium, en isotop (hydrogen-2) av hydrogen brukes i kjernereaksjoner som en moderator for å bremse ned nøytroner. Deuteriumsammensetninger brukes også innen kjemi og biologi i studier av isotopeffekter. Tritium (hydrogen-3), som blir produsert i kjernereaktorer, brukes i bygging av hydrogenbomber. Det blir også brukt som en strålingskilde i selvlysende maling. Hydrogen brukes i liten omfang som drivstoff til hydrogendrevne kjøretøy.