I 1039 ledet Duncan en stor skotsk hær sør for å beleire Durham, men hærtoktet endte i katastrofe. Duncan overlevde, men det følgende året ledet han en hær nord og inn i Moray, Macbeths besittelse, tilsynelatende en straffeekspedisjon mot Morey. Han ble drept i et slag ved Bothnagowan, i dag hetende Pitgaveny, i nærheten av Elgin, av en hær fra Morey, ledet av Macbeth, antagelig den 14. august 1040. Det er antatt at han ble gravlagt ved Elgin, før hans levninger siden ble ført til den hellige øya Iona.