Til tross for å være et arkeologisk funnområde, og erklært et verdensarvsted, er det en rekke utfordringer knyttet til bevaring av Joya de Cerén. Byggverkene som er funnet er laget av komprimert jord (uten bindemiddel), og de ødelegges lett av fuktighet, og ikke minst av skifte mellom tørr og fuktig luft, slik klimaet i El Salvador er. Den sammenpressede jorda svekkes gradvis og endrer utseende på grunn av mineralsalter og mikroflora som moser, lav og planter. Også vinderosjon sliter ned byggverkene. Siden midt på 1990-tallet er en forvaltningsplan utviklet i samarbeid mellom Concultura i El Salvador og Getty Conservation Institute of Los Angeles.