I sluttspillet er det New York Giants som 49ers har møtt flest ganger (åtte). Rivaliseringen stammer fra 80-tallet, da begge lagene gikk gjennom en storhetstid. 49ers under Joe Montana vant de to første møtene i sluttspillet, 38–24 i og 21–10 i , begge i divisjonsrunden og i Candlestick Park, og 49ers vant Super Bowl begge sesongene. Giants fulgte opp med tre strake seiere i sluttspillet, inkludert 49–3 i Giants Stadium i , og 15–13 under NFC Championships i , og ødela med det 49ers' sjanser for å vinne et tredje Super Bowl på rad. Giants vant også sine to første Super Bowls de to sesongene. I var det 49ers som vant, 44–3 i divisjonsrunden.