Da tyskerne trakk seg tilbake ble flyplassen ødelagt, men den ble i etterkrigsårene gjenoppbygget og rullebanene utvidet til henholdsvis 1 270 og 1 600 meter. I 1963 ble Høybuktmoen lufthavn, sammen med Alta lufthavn og Banak lufthavn i Lakselv, innlemmet i det nasjonale stamrutenettet.