På grunn av opprøret til Muhammad Ahmad, som begynte i 1883, ble Ekvatorialprovinsen avskåret fra resten av verden. Året etter marsjerte Karam Allah sydover for å erobre Ekvatorialprovinsen og fange Emin. Emin og hans soldater dro seg tilbake sydover til Wadelai nær Albertsjøen. Selv om kommunikasjonslinjene nordover var brutte, kunne han fortsatt sende brev til Zanzibar med sin venn Wilhelm Junker. Emin var fast bestemt på å bli i Ekvatorialprovinsen, men brevene hans vakte oppstyr i Europa, særlig etter Gordons død.