På 1530-tallet samarbeidet Astrakhan med Krim-khanatet og Nogaj-horden i et felttog mot Russland. Senere var Astrakhan innblandet i konflikter mot sine tidligere tatar-allierte. I 1552 ble Kazan erobret av Tsar Ivan IV av Russland, bedre kjent som Ivan den grusomme, og like etter overtok en gruppering som støttet Moskva makten i Astrakhan.