Både hun og ektemannen var svært omstridt da hun satt ved makten. Ektemannen Asif Zardari spilte en fremstående rolle i begge regjeringsperiodene til Bhutto, og har blitt anklaget for å ha underslått flere millioner dollar av statlige midler. Både Bhutto og Zardari avviste anklagene. Det er blitt hevdet at pengene er saltet ned på hemmelige kontoer rundt om i Europa. Bhutto nektet konsekvent for alle anklagene mot henne, og sa de var politisk motivert.