Kort tid etter slaget ved Myloi, giftet han seg med datteren til en fremstående handelsmann fra Athen, og hans virksomhet ble deretter uløselig forbundet med denne byen helt til hans død. Etter at den egyptiske kommandanten Ibrahim Pasha i juni 1826 hadde innvandert og okkupert flere greske byer igjen, så hjalp Makrygiannis å organisere forsvaret av byen Akropolis, og han ble utnevnt til midlertidig kommandant for garnisonen etter dødsfallet til den tidligere kommandanten, Yannis Gouras.