Cloud våkner igjen og de må stoppe Sephiroth for å la Holy, Aeris' forsvarstrolldom, stoppe meteoren. Hun kastet trolldommen rett før hun døde, men Sephiroth stopper den fra å virke. Samtidig nærmer våpnene seg Midgar og de må også stoppes. Cloud og de andre klarer å stoppe våpnene, men mange av lederne av Shinra dør. Professor Hojo overlever og de konfronterer og dreper ham etter at han prøver å hjelpe Sephiroth.