I 1981 undertegnet han et åpent brev til sveitsiske aviser som hevdet at det var blitt gjort en urett mot professor Hans Küng i 1979, da et dekret fra Vatikanet fratok ham det kirkelige undervisningstillatelse og rett til å kalle seg katolsk teolog på grunn av han fornektelse av pavens ufeilbarlighet. I 1985 grunnla han Herbert Haag-Stiftung (=For frihet i Kirken), og den utdeler Herbert-Haag-prisen. Blant mottakerne ble blant annet Leonardo Boff, Hans Küng og Eugen Drewermann, fem motstandere av biskop Wolfgang Haas av Chur, og den franske biskop Jacques Gaillot.