Fra 1980 til 1981 arbeidet Boni for Sentralbanken for de vestafrikanske statene (BCEAO) i Dakar, der han ble assisterende direktør. I 1988 ble han assisterende direktør for profesjonell utvikling ved Det vestafrikanske treningssenteret for bankstudier (, COFEB), også i Dakar. Fra 1992 til 1994 arbeidet han ved kontoret til Benins president, Nicéphore Soglo, med ansvar for penge- og bankpolitikk. I 1994 ble han utnevnt til president for Den vestafrikanske utviklingsbanken (BOAD) i Lomé, Togo. For arbeidet med utvikling i Vest-Afrika ble han hedret som ridder av den franske .