Alt så ut til å gå rimelig bra i hans neste rolle som episkopal prest (som begynte i 1945, da han var 30 år gammel), til et utenomekteskapelig forhold gjorde at hans unge kone fikk ekteskapet opphevet. Det medførte også at Watts forlot prestetjenesten i 1950. Han brukte nyttårsaften til å bli kjent med Joseph Campbell og hans kone, Jean Erdman og John Cage.