Raufoss/Vind rykket opp til den nest øverste divisjonen, som da var regionalbasert, i 1992, og etablerte seg der. I 1996 skiftet laget navn til Gjøvik Fotballklubb, som oftest omtalt som Gjøvik FK eller Gjøvik. I 1996 vant de sin pulje, men tapte opprykkskampen mot Verdal. Året etter kom de på andreplass i gruppen. I disse to årene ble laget trent av Leif Tore Linnerud og Ketil Fjæran. Trener for laget fra 1998 var Geir Ottar Lunde. Laget rykket overraskende ned til 2. divisjon i 1998. Etter noen år som middelhavsfarere ble Gjøvik slått sammen med kvinnelaget til Reinsvoll i 2002, og het i to sesonger Gjøvik/Reinsvoll. Tilbake som Gjøvik i 2004 rykket laget ned til tredje divisjon, men rykket rett opp året etter, og havnet midt på treet i 2006. I 2007 greide Gjøvik sin muligens største bragd da de kvalifiserte seg for den nasjonale 1. divisjon. Gjøvik endte imidlertid sist i 1. divisjon, men ettersom serien ble utvidet med to lag, spilte Gjøvik kvalifisering i stedet for å rykke ned. Gjøvik vant sammenlagt de to kvalifiseringskampene mot Eik-Tønsberg, og beholdt plassen i den nest øverste divisjonen. I 2009, på tross av at serien var utvidet med to lag, kom Gjøvik igjen sist.