Bestykningen ombord på skipet ble endret noen ganger mens det var i tjeneste. Det finnes tre bevarte lister over skipets utrustning fra 1514, 1540 og 1546. Arkivmateriale fra arsenalet i Tower er brukt i forbindelse med disse listene for å finne ut hvordan den våpenteknologiske utviklingen hadde vært ombord på «Mary Rose». På den første listen fra 1514 bestod bestykningen av mindre kanoner og våpen for antipersonell, med et lite antall tyngre skyts. De fleste kanonene var montert på selve skipskonstruksjonen fremfor på bevegelige lavetter. Betegnelser på disse typene var , , og steinskyts.