Operative kostnader vil ofte variere sterkt fra land til land, selv om noen av kostnadene vil være ganske sammenlignbare. Norge skiller ofte mellom variable kostnader og faste kostnader. Variable kostnader kan være drivstoff og vedlikehold, mens faste kostnader kan være oppgradering av fly, drift av skvadronene, simulatorer, materiellslitasje, våpen og personellkostnader. Når Norge mottok de først flyene var driftskostnadene til sammen beregnet til 2.3 milliarder kroner per år, og med utgangspunkt i 9.100 flytimer. Den variable kostnaden for F-35 blir da cirka 1 milliard i året, og cirka 110.000 kroner per flytime (variable kostnader), som er cirka 20% høyere enn for F-16. De variable kostnadene har sunket noe i etterkant da Forsvaret vil bruker simulatorer noe mer og fly noe mindre, samtidig varierer kostandene med oljeprisen og endret dollarkurs.