Regionens sterke økonomiske oppsving hadde ført med seg en kraftig befolkningsvekst. Nedgangstidene som nå fulgte, første til en massiv utvandring. Fujianesere slo seg ned på Taiwan, Filippinene og i deler av det moderne Malaysia og Indonesia. Ming-dynastiets fall førte igjen til innvandring fra andre deler av Kina, men ettersom utvandringen til oversjøiske områder og til Guangdong fremdeles vedvarte, økte ikke folketallet noe særlig. De siste tilhengere av det styrtede Ming-styret angrep i 1650 under Koxinga hollenderne på Taiwan og jagde dem bort fra øya. For å svekke Koxingas Ming-lojalister på Taiwan innførte de nye makthavere i Kina, Qing-dynastiet under Kangxi-keiseren, atter et sjøhandelsforbud. I 1689 ble denne siste Ming-bastionen styrtet og Qing-styret innlemmet Taiwan i keiserriket som del av provinsen Fujian. På denne tiden nådde utvandringen fra Fujian til Taiwan sitt høydepunkt; en stor del av Taiwans befolkning i dag nedstammer fra disse fujianeserne.