Navnet og stedet Lille-Fosen står som en motsetning til Stor-Fosna som ligger litt lenger nord i skipsleia. Begge steder har usedvanlig god havn. På et kart fra 1704 er øya Kirklandet avmerket som «Lillefosen». Et diplom fra 1354 omtaler «Fosner kirki» og «Fosnen a Nordmøre» – i middelalderen gikk Nordmøre helt nord til Namdalen og diplomet kan vise til Storfosna ved Ørlandet der det sto en kirke i middelalderen. Det er ikke kjent at Kristiansund hadde kirke i middelalderen. I 1520 ble «Føzen» brukt og Olav Engelbrektssons jordebok har «Ffoszen». «Lille-Fosen» er kjent første gang i 1590, «lille» trolig for å skille fra Storfosna. Fra 1770-årene, etter at stedet hadde blitt by med navnet Kristiansund, het det at «Fosna» var bynavnet slik bøndene uttalte det. «Fosna» som navn på byen var i bruk også på 1800-tallet. «Fosna» er dativ som fortsatt finnes i nordmørsdialektene og som trolig fantes i byen på 1700-tallet.