Paavalijoki har sitt kildeområde i åsene nord for Iijärvi, hvor tilløpselvene Tuolpuoja og Jiekŋajárjohka har utspring. Fra Paavalijärvi renner Paavalijoki mot sørøst. Elva er først relativt stri, med et fall på rundt 30 meter over halvannen kilometer, men renner deretter inn i et myrlendt område med svært lite fall. Etter samløpet med sideelva Selgijävrjuuhâ snur elva mot sørvest til munningen lengst nordvest i Iijärvi.