Oppkjøringen til sesongen 2008-09 ble blant annet brukt i Sør-Afrika og Nigeria, Carlos Queiroz ble ny manager for og dermed erstattet av reservelagstrener Mike Phelan. Sommeren var også dominert av transfersagaen om Dimitar Berbatov. United fikk til slutt tilslag på Tottenham-spilleren for £30,75 millioner. Sesongen startet med seier i Community Shield på Wembley, etter seier på straffesparkkonkurranse mot Portsmouth FC. Men videre ble det tap i Supercupen mot russiske Zenith St. Petersburg i Monaco. I ligaen ble var Liverpool blitt den sterkeste konkurrenten, og United lå dårlig an etter bare noen måneder. I julen fikk imidlertid Liverpool problemer, mens United startet sin seiersrekke på 11 kamper. Mange mente at laget hadde fått en stor vitamininnsprøytning da klubben vant verdensmesterskapet for klubblag i desember. Dette var en turnering som ble arrangert av FIFA, og som ble spilt i Japan. Denne perioden var for øvrig en stor suksess også defensivt, da keeper Edwin van der Sar ikke slapp inn ligamål på 1311 minutter (ny rekord). Det var med stor selvtillit United tok i mot gullrival Liverpool på Old Trafford 14. mars, og laget tok tidlig ledelsen. Men etterhvert ble Manchester-klubben fullstendig utspilt og tapte 1-4, noe som ble fulgt opp med 0-2 tap mot Fulham en uke senere. United ble tatt igjen av Liverpool i ligaen hvis de tapte poeng i de neste kampene, og de så lenge slik ut, både mot Aston Villa og mot Sunderland. Disse kampene skulle dramatisk nok bli avgjort på overtid av debutanten Federico Macheda, som bare hadde spilt for reservelaget tidligere. Han skulle altså gi United 4 poeng alene. Uten disse poengene ville United tapt ligagullet på målforskjell mot Liverpool. Unggutten hadde imidlertid ikke nok kamper for å få sin egen gullmedalje. I FA-cupen ble United dramatisk slått ut i straffekonkurranse mot Everton i semi-finalen på Wembley, mens Ligacupen ble hentet hjem allerede i mars, etter 4-1 mot Tottenham på samme bane. I Mesterligaen ble det hele sesongen snakket om at ingen tidligere hadde forsvart tittelen. I sluttspillet ble José Mourinhos Inter Milan slått, mens Porto forsvant i kvartfinalen. I semifinalen møtte United for første gang et engelsk lag på engelsk jord, da Arsenal ble slått 1-0 hjemme og 3-1 borte. Igjen var det duket for finale, denne gangen i Roma mot FC Barcelona. Selve kampen ble en skuffelse. United dominerte de første 10 minuttene, men deretter hadde den katalanske klubben kontroll ut kampen, og vant fortjent 2-0.