For gjorde han sin debut i 1999 mot . To år senere, i en alder av 31 år, var han det udiskutable førstevalget mellom stengene til Otto Rehhagels mannskap. For Hellas var han sammen med et pottetett forsvar hovedgrunnen til at laget ikke slapp inn et eneste mål i de tre siste kampene av EM 2004, som Hellas til slutt vant. Både i kvalifiseringen til VM 2006 og EM 2008 var Nikopolidis fast for Hellas, og var også kaptein i mange kamper. Etter et dårlig mesterskap i Østerrike og Sveits trakk han seg fra landslagsfotball, stående igjen med 90 kamper for det greske landslaget.