Eukaryoter har celler med flere rom og cellekjerne, og de av dem som har fotosyntese foretar denne i kjernen og ikke i cellemembranen. Algers fotosyntese ga en stadig mer oksygenrik atmosfære, samt et ozonlag som dempet UV-strålingen. Disse prosessene innledes med proterozoikum, og vi vet at den tidlige tredjedelen av dette eonet kjennetegnes av eukaryotenes ankomst og det første flercellede liv midtveis i eonet. Flercellede organismer var kanskje éncellede som slo seg sammen i forsvar. Men virkelig oksygenrik atmosfære fikk vi først for 800-500 millioner år siden. En midlertidig nedising (huron) ga et kaldt klima som ytterligere bidro til å fortrenge stromatolittene fra grunne havområder. Nå oppstod grønnalger i havet, og etterhvert sopp på land. Etter at huron-istiden gikk over for om lag 600 millioner år siden, steg verdenshavene og nå oppstod den frodige ediacara-faunaen hvor flercellede eukaryoters dominans over stromatolittene startet på grunt vann i havet.