Han bygde opp undervisningen i termodynamikk, herunder varmekraftmaskiner. Han var primus motor ved etableringen av Varmekraftlaboratoriet og var dets leder frem til 1950. Han sluttet som professor i 1951, men fortsatte å forelese ved behov også som pensjonist. Watzinger måtte forlate NTH noen år fordi han som tysk statsborger ble innkalt til krigstjeneste under den 1. verdenskrig, stasjonert i Kiel.