USAs inntreden i andre verdenskrig i desember 1941, brakte en enda større utvidelse og et nytt navn. CIC-enheter var også involvert i å sørge for sikkerhet for Manhattanprosjektet, inkludert tjeneste som kurerer av spaltbart materiale fra Los Alamos, New Mexico til Tinian. De opererte også i 1945 på FNs organisasjonskonferanse i San Francisco, som Alger Hiss ledet som generalsekretær. Mot slutten av andre verdenskrig lyktes CIC-agenter som en del av Operasjon Paperclip å frakte tyske vitenskapsmenn til Nord-Amerika, før sovjeterne fikk tak i disse forskerne. Denne handlingen var med på å bidra til suksessen til det amerikanske rakett-utviklingsprogrammet og Romkappløpet.