Spillet følger løst handlingen til Star Wars Episode I: Den skjulte trussel, og begynner i det to Jedi skal forsøke å forhandle frem en avtale mellom den korrupte Trade Federation og den kongelige regjeringen på planeten Naboo. Men dette møtet viser seg å være en felle, og de to Jediene må slå seg gjennom en mengde kamp-droider på Trade Federation-skipet. Jediene kommer etter hvert opp til planetens overflate, hvor de må kjempe seg gjennom sumpene som til slutt fører til gatene i Naboos hovedstad: Theed. I den påfølgende konflikten blir Jediene tvunget til å flykte med Naboos dronning Amidala og flere betrodde medlemmer av hoffet hennes.