Massakrene i Litauen foregikk med bistand fra lokale kollaboratører. De første massakrene i Litauen ble til dels motivert av ideologisk antisemittisme, dels var det personlig der noen gjerningsmenn hevnet seg på kjente. Drapene var dels også motivert av grådighet av folk som var ute etter jødenes eiendom. Tyske ledere ønsket å involvere lokale i masseskytingene, dels for å lette arbeidsbyrden for tyske mannskaper og dels for å gjøre lokalbefolkningen medansvarlige. Franz Walter Stahlecker i Einsatzgruppe A ønsket «å etablere som et utvilsomt faktum at den 'frigjorte' befolkningen hadde tatt i bruk de mest alvorlige tiltak mot den bolsjevikiske og jødiske fienden på eget initiativ og uten instrukser fra tyske myndigheter».