Det Günther spesielt ble kritisert for er transittrafikken av soldater og krigsmateriell mellom Norge og Tyskland etter den tyske invasjonen den 9. april 1940. Han ble og kritisert for restriksjoner på trykkefriheten som spesielt rammet Torgny Segerstedts og hans avis Göteborgs Handels- och Sjöfartstidning. Den svenske ambassadøren i Berlin, Arvid Richert var en drivende kraft i disse spørsmålene, da han advarte for konsekvensene hvis Sverige nektet transitering eller uttrykte åpen kritikk mot nazismen.