Den katolske kirken i Brooklyn ønsket ikke å la Gottis familie få ha en katolsk begravelse for Gotti. Kirken sa at hans familie kunne få lov til å ha en minnestund først etter at han var begravd. Den katolske kirken hadde tidligere tatt avstand fra å begrave Paul Castellano. Men ulikt Castellano, fikk Gottis familie lov til å begrave ham i et katolsk krematorium. Han ble begravd i Saint John's Cemetrys mausoleum i Queens, rett ved siden av sønnen, Frank Gotti.