Etter «Anschluss» deporterte nazistene Figl til konsentrasjonsleiren Dachau i 1938, hvorfra han ble løslatt i mai 1943. Han arbeidet deretter som ingeniør i oljeindustrien, men ble arrestert på ny i oktober 1944 og bragt til konsentrasjonsleiren Mauthausen-Gusen. I februar 1945 ble han dømt til døden for høyforræderi, og han ble satt i en dødscelle i Wien.