I 2006 måtte Dekker bryte Tour de France under 3. etappe på grunn av et fall som resulterte i hjernerystelse og skader på ansikt og tenner. Dette førte til at han la opp noen måneder tidligere enn planlagt, noe han offentliggjorde 7. august. Han sa da at han ikke hadde det i seg å kunne gjøre flere comebacks.