Follobanen omfatter blant annet den 19,5 km lange Blixtunnelen, som er Nordens lengste jernbanetunnel. Tunnelen har to separate løp, noe som skal gi høy driftsstabilitet og god tilgjengelighet for å drive effektivt vedlikehold. Tunneløpene ble drevet med tunnelboremaskiner i tillegg til sprenging. Follobanen hadde status som «prioritert prosjekt» i Nasjonal transportplan fra 2009. Det var også Norges største samferdselsprosjekt og det eneste med egen post på statsbudsjettet. Kostnadene ble i 2014 anslått til 26 milliarder kroner, og i 2022 var kostnadsrammen steget til 36,8 milliarder kroner. Samtidig med Blixtunnelen ble Roåstunnelen anlagt og Roåstunnelen krysser over Blixtunnelen inne i fjellet med tunnelportel rett øst for Blixtunnelen. Roåstunnelen var ferdig før tunnelboremaskinen nådde frem. Forbindelsesspor øst går gjennom Rosåtunnelen, mens forbindelsespor vest går i dagen. Østfoldbanen ble samtidig omlagt og går over disse tre tunnelløpene. Roåstunnelen er omkring 1 km og består for det meste av betong dekket av løsmasser. De to forbindelsesporene har til hensikt å gi bedre flyt inn og ut av Ski stasjon særlig for godstog med lav hastighet.