Gaprindashvili var aktiv i protestene mot president Eduard Shevardnadze i 2002. Hun var da blant de mest fremtredende medlemmene av Folkeforsamlingen, som var en politisk opposisjonsbevegelse som protesterte mot presidentskapet til Mikheil Saakashvili. Hun og folkeforsamlingen var involvert i de georgiske protestene i 2011 .