Under annen verdenskrig okkuperte japanerne øyene. De kom til Andamanene den 21. mars 1942 og fikk ikke overgitt seg før den 8. oktober 1945. Det var flere uker etter at Japan kapitulerte, men det kom ingen allierte styrker til Andamanene med det samme. Fram til japanerne fikk mistanke om at noen øyboere samarbeidet med britene, var deres styre på øyene mildt. Men det slo over i massakrer, blant annet i Humfreygunj. Et varig og positivt resultat fra denne tiden er at isolasjon og blokade gjorde at øyboerne utviklet jordbruket og ble selvberget på mat.