Vorster trakk seg som statsminister i 1978 etter 12 år som regjeringssjef. Pieter Willem Botha tok over og innførte etter hvert de første reformene i apartheidsystemet. Etter at han trakk seg som statsminister, ble Vorster valgt til president i Sør-Afrika. Perioden som president ble imidlertid veldig kort. Etter Muldergateskandalen, oppkalt etter Dr. Connie Mulder, hvor Vorster og noen av ministrene ble funnet skyldige i å stjele penger for så å investere dem i et fond for å opprette , den eneste store engelskspråklige avisen som støttet Nasjonalistpartiet. Etterforskningen viste at Vorster visste alt om korrupsjonen. Han sa fra seg stillingen som president i skam. Han døde i 1983, 67 år gammel.