Indy drar så til flere av stedene man fikk se i filmen, slik som Venezia hvor ham møter Elsa Schneider. Han finner så sin far, Henry Jones, i Brunwald etter at å ha gått gjennom labyrintaktige korridorer i slottet. Elsas dobbeltspill blir avslørt og hun stikker av med Henrys dagbok. Indy og Henry drar så til Berlin for å få tak i den og de møter Hitler. Deretter drar de til flyplassen hvor de kan dra videre i en zeppeliner eller en dobbeldekker. Det er mange actionscener i spillet, slik som nevekamper og sekvensen fra filmen hvor de flyr fra nazistene i et stjålet fly.