Etablissementet ligger på en halvøy innerst i Porsangerfjorden, rett nord for kommunesenteret Lakselv. De eldste bygningene ved stasjonen er 4–5 brakker i én etasje oppført på slutten av 1940-tallet. Disse bygningene (kalt «gamle Banak flystasjon») ligger øst for selve stasjonsområdet, på veien til den sivile flyterminalen. Flere av disse bygningene er oppført av plank fra den ekstyske rullebanen. Bygningsmassen på det som idag er Banak flystasjon består av forlegninger, kontorer, hangar, ammunisjonslager m. m. fra 1960- og 70-tallet. Den opprinnelige rullebanen var østvest-orientert. «Spor» av denne ses tydelig i landskapet som et område med sand og lite vegetasjon på tvers av dagens flystripe.