Vilgax sender ned en tomromsportal ned på Jorden som sender ut en hær av tomromsvesener og Vilgax roboter. Paradox nekter Ben i å bruke Alien X. Samtidig har Ben mistet mesteparten av romvesene sine. Paradox sender Ben, Gwen og Kevin tilbake i tid og de følger etter Max ut i rommet med Ship for å finne og ødelegge energikulene gjemt på Bens romveseners hjemplaneter for å stoppe Vilgax i å lade tomromprojektoren sin og i å ta over Jorden.