Sommeren 1942 ble Wærner beordret til 332 skvadron. Fra basen Nord-England fløy han en rekke tokt over kontinentet. På tokt sammen med blant andre Finn Thorsager ble han skutt ned i Nord-Frankrike og måtte buklande på et jorde. Han ble tatt hånd om av franske motstandsfolk, og etter et opphold i en dekkleilighet i Paris reiste han via Pyreneene til Spania og videre med skip til England, hvor han ankom i mars 1943.