Arkeologiske utgravninger viser spor av bosetting på stedet fra 2000 f.Kr., som er neolittisk tid. Den eldste skriftlige kilde hvor landsbyens navn fremkommer er et dokument fra 1292, hvor Václav II av Böhmen forlener Holašovice til cistercienserklosteret i Vyšší Brod. Landsbyen forble klosterets eiendom til 1848.