Øyas kystlinje kjennetegnes av en rekke mindre viker, foruten den store Lundarviga. Seksarvågen ytterst på Nordre Eigerøya er nærmest en liten fjord. Øya omgis av en rekke mindre holmer, et par mindre øyer (Skarvøya rett syd for Søre Eigerøya, Løyningsøya vest for Søre Eigerøya) og den store Midbrødøya vest for Nordre Eigerøya. Det høyeste punktet på øya er Varden (131 moh.) på Søre Eigerøya. Nordre Eigerøya er flatere; den når opp i 70 moh. på Vedafjellet. Over hele øya finnes det en rekke mindre vann; de største er Skreddalsvatnet, Smådalsvatnet og Sæstadvatnet.