Rundt 1640 ankom nederlendere Ndongo, og Njinga allierte seg med dem. De ville gjerne nedkjempe portugiserne og tok makten over Luanda i 1641. Njinga hadde nå en stor hær. I årene 1641 til 1644 klarte hun å ta tilbake store deler av Ndongo og flyttet hovedstaden og sin store militærleir til Kavanga, i den nordre delen av Ndongos opprinnelige territorium. Hun hersket nå over både Ndongo og Matamba, eller Ndongo-Matamba som tvillingriket er kalt i flere dokumenter. Etter at Luanda var tatt, ble Njingas kongedømme for en tid den mektigste aktøren i regionens slavehandel. I tiden som fulgte foregikk det flere kamper mellom portugiserne på den ene siden og Njingas folk og nederlenderne på den andre. En av de blodigste, og den mest avgjørende for Njinga, var kampen ved Kavanga, Njingas store militærleir, i 1646. Portugiserne angrep, godt hjulpet av slavehandlere. Njinga hadde sine spioner, og angriperne var ventet. Hennes styrker, hjulpet av nederlenderne, forsøkte å lede angriperne slik at hun og hennes folk kunne ta dem i et bakholdsangrep. Dette lyktes ikke, og det endte med at hun måtte flykte østover, uten å få med seg viktige eiendeler. Angriperne gjennomgikk alle bygninger for å plyndre og ta med det som var av verdi. De fant blant annet brev fra Njingas søster Graça, som fortsatt var i portugisisk fangenskap i Luanda. Brevene avslørte at Graça gjennom sine 15 år i portugisisk fangenskap hadde spionert for Njinga og informert henne om portugisernes militæroperasjoner. Straffen for spionasjen var drukning, og i 1647 fikk Njinga vite at Graça var blitt druknet i Kwanza-elven.