Thorkildsen avsluttet sesongen sterkt, og vant sin første IAAF World Athletics Final i avskjedsstevnet til legenden Jan Zelezny, samt 2006 Verdenscupen i friidrett i Athen. Rekordkastet på 91,59 meter ga han topplassering på sesongens verdensranking for første gang. Han ble nummer tre i European Athletics Association sin kåring av i Europa, hans hittil beste plassering i kåringen.