I 1936 ble han forfremmet til SS-Sturmbannführer (tilsvarende major) og arbeidet i avdeling II (statsfiender og gransking av regimefiendtlige ideologier) hvor han i 1937 ble forfremmet til avdelingsleder. Adolf Eichmann var blant hans underodnete der. Under Six' ledelse innledet avdelingen samarbeid med Gestapo om arrestasjoner og rassiaer. Som gjenytelse for godt samarbeid og for informasjon om «internasjonale jøder» fikk han tilgang til Gestapos register over («østjøder») bosatt i Tyskland og over tyske jøder med famlie i Polen og Sovjetunionen..