Det var kun en liten del av det italienske marine som valgte å slutte seg til RSI. Denne opprettet Den nasjonale republikanske marinen (Marina Nazionale Repubblicana eller MNR) som utgjorde bare 1/20 av den italienske marinen og besto av fire motortorpedobåter (Motoscafo Armato Silurante eller MAS), to ubåtjagere og enkelte andre lette fartøyer. Det var også fem miniubåter som var stasjonert i Nord-Italia og fem i Romania ved Svartehavet. De fem som var i Nord-Italia valgte å slutte seg til MNR. På grunn av betalingsproblemer ble bare fire av de som var i Svartehavet returnert til RSI.