Som mange andre hustruer til danske adelsmenn på 1600-tallet, var hun en myndig og selvstendig dame. På grunn av mannens forpliktelser som riksråd og hans teologiske studier, ble Sophie den som forvaltet familielivet og godsdriften. Rosenholm fungerte som en slags skole for over 50 adelige og borgerlige barn, som under Rosenkrantz utviklet seg til et åndelig kraftsenter. Sophie bidro blant annet som pleie- og matmor.