I 1906 ble Lindequist utnevnt til æresdoktor ved Universität Greifswald. Allerede i 1907 hadde Lindequist blitt utnevnt til understatssekretær i Kolonikontoret i Berlin. 10. juni 1910 etterfulgte han Bernhard Dernburg som statssekretær og dermed leder av kontoret. Han trakk seg 3. november 1911 i protest mot den tysk-franske Marokko-Kongo-traktaten.