I 1965 flyttet han til Frankrike for å studere sosiologi ved universitetet i Nanterre ved Paris. Han ble etterhvert en av lederne for studentopprøret i 1968, og kjent under navnet «Dany le Rouge» etter at han hadde foreslått å erstatte den franske trikoloren med en rød fane og på grunn av sin røde hårmanke. Ved en kongress arrangert av motstandere av Vietnam-krigen i Berlin ble han samme år kjent med Rudi Dutschke. Drapet på Benno Ohnesorg og attentatet mot Dutschke var en av årsakene som førte til at Cohn-Bendit organiserte franske studenter til protest. Under de såkalte mai-urolighetene i Paris ble Cohn-Bendit av tabloidpressen fremstilt som opprørets leder og som revolusjonær, og ble utvist fra Frankrike.