Boyesen meldte seg frivillig til motstandsarbeid den 9. april 1940, samme dag som Tyskland invaderte Norge. Til tross for sin vilje til å bidra, ble han sendt hjem ettersom han var bare 15 år gammel. Kort tid etter gikk han inn i det illegale arbeidet i Milorg, hvor han utførte oppgaver for motstandsbevegelsen.