Sommeren 2014 åpnet kjeden bokhandelen i Suffolk. Dette var den første Waterstone's-filialen som ikke var merket med Waterstone's fasadeskilt eller på annen måte fremstod som en Waterstone's-bokhandel. I 2015 åpnet den neste "umerkede" Waterstone's-bokhandelen, i East Sussex. I april 2016 åpnet i Hertfordshire som den tredje "logo-frie" Waterstone's-butikken. I februar 2017 ble det reist debatt i britiske medier om hvorvidt kjeden søkte å føre kundene bak lyset med de tre butikkene. Motstanderne av de umerkede filialene fremholdt at de store butikk-kjedene bidrar til å presse frittstående småforretninger ut av drift, blant annet fordi de ikke er i stand til å betale like høye husleier, og at mange kunder boikotter kjedebutikker for å motvirke homogeniseringen av bykjernene. Det ble hevdet at Waterstone's seiler under falsk flagg når de åpner "umerkede" filialer, altså bokhandler som ikke bærer kjedens logo.