President Edvard Beneš befant seg under det meste av krigen i eksil i London. Beneš fortsatte sin ledelse med grunnlag i vide fullmakter frem til 28. oktober 1945 da den midlertidige nasjonalforsamlingen overtok lovgivningsmyndigheten. Tsjekkoslovakia ble i 1945 gjenopprettet innenfor grensene fra før Münchenavtalen (med unntak av Karpato-Ruthenia som ble overført til Sovjetunionen/Ukraina). På slutten av krigen kontrollerte Sovjetunionen i realiteten store deler av Tsjekkoslovakia med unntak av den vestligste delen av Böhmen som ble befridd av USA.