Magnus omtales som hertug og holdt etter farens død i 1266 Södermanland som len. Forholdet til den eldre broren, kong Valdemar Birgersson, ble snart spent. Hans andre og yngre bror Erik støttet han i striden mot kongen som snart slo ut i fullt opprør etter at Valdemar kom tilbake fra en pilegrimsferd for å gjøre bot til Roma i 1274. Året etter brøt Magnus og Erik helt med Valdemar og søkte støtte hos kong Erik Klipping i Danmark, hvilket han fikk. Støttet av en dansk hær trengte Magnus og Erik inn i Vestergøtland. Med hjelp av 100 leide danske kavalerister (noen kilder sier 700) ble Valdemar beseiret i slaget ved Hova i 1275 og Valdemar ble tvunget til å flykte til Norge hvor kong Magnus Lagabøte styrte. I juli samme år ble det utført en seremoni på Morasteinen hvor Magnus ble tatt til konge. Den 24. mai 1276 ble han kronet i Uppsala. Samme år gifter han seg med Helvig av Holstein som også nedstammet fra Sverkerætten.