Herbert Bednorz var det andre barnet (av syv søsken) til Joseph Bednorz og hans hustru Anna Ruda. Han gikk på barneskolen og gymnasium i Gleiwitz/Gliwice. I 1922 flyttet familien til Katowice. Etter at han ble uteksaminert fra gymnasiet i 1927, gikk han inn på presteseminaret i Krakow og studerte teologi ved Det jagielloniske universitet der.