Instituttets historie kan føres tilbake til 1966 da Stein Rokkan tiltrådte som professor i faget med særlig plikt til å undervise i politisk sosiologi. Fagmiljøet fikk status som institutt året etter, og ble bygget opp av blant andre Rokkan, Ørjar Øyen og ekteparet Gudmund og Helga Hernes. Instituttet ble sentralt i utviklingen av norsk samfunnsvitenskap fra 1960-årene. Det var fra etableringen tverrfaglig orientert og rommet fagene sosiologi, statsvitenskap og samfunnsøkonomi. Instituttet har gitt navn til den såkalte «Bergensskolen» innen norsk sosiologi, som er en kvantitativt orientert forskningsmetodikk som bygger på matematiske modeller, store datasett og økonomisk tenkemåte. Den statsvitenskapelige disiplinen sammenlignende politikk ble utviklet ved instituttet av Rokkan og hans medarbeidere, som også var pionérer i bruk av databehandling i samfunnsforskning fra 1960-årene og tok initiativ til NSD. Fagmiljøene for statsvitenskap og økonomi ble etterhvert skilt ut i egne institutter, Institutt for økonomi, Institutt for sammenliknende politikk og Institutt for politikk og forvaltning, mens Senter for kvinne- og kjønnsforskning er en videreføring av det som opprinnelig var et senter ved Sosiologisk institutt. Sosiologisk institutt har tradisjon for empirisk forskning innen temaer som globalisering og globale samfunnsutfordringer (miljø og klima, internasjonal utvikling, konfliktforskning, migrasjon), makt, kjønn, ulikhet, institusjonell endring, livsløp og modernisering.