Henderson Soga studerte, som sin far, i Skottland. Han fikk grunnskoleutdannelse i Glasgow fra 1870 til 1877. Han studerte ved University of Edinburgh fra 1886 til 1890, og deretter ved fra 1890 til 1893, hvorpå han ble ordinert til prest. Han flyttet til Sør-Afrika med sin skotske kone, og etablerte misjonen ved (nå Transkei). Her var han fra 1893 til 1904.