I 1490-årene stormet Muhammad Shaibani gjennom Sentral-Asia og erobret Samarkand, Bukhara, Tasjkent og Andijan mellom 1500 og 1503. En av hans mest iherdige motstandere var Zahir-ud-din Mohammad Babur, en av prinsene i Ferganadalen. Han klarte å innta Samarkand en gang, og gjorde også to andre forsøk. En avgjørende kamp mellom de to fant sted i Sar-i Pul våren 1501 som resulterte i nederlag for Babur.