Han var sønn av kirkesanger Arne Haugnesen og Drude Kathrine Marie Daae. Som barn fikk han undervisning av faren, bestemoren og på omgangsskolen. Før konfirmasjonen fikk han noe undervisning av sogneprest Jacob Hveding, og ble i 1835 ansatt som omgangsskolelærer i Lindås. Fra 1838 var han lærer ved den nye, faste skolen på Fedje. Året etter ble han opptatt som elev ved det nyopprettede seminariet på Stord, og gikk ut derfra som første elev i 1841.