I 1750 ble syv misjonsstasjoner overført fra spansk til portugisisk kontroll som en følge av Madridtraktaten. I forbitrelse over at landområdene ble overtatt av portugiserne som hadde vært deres fiender i et helt århundre, innledet de innfødte guarani-stammene et opprør som resulterte i Guaranikrigen. I Europa ble jesuittene anklaget for å støtte opprørerne og ble oppfattet å forsvare indianerne, noe som ble problematisk ettersom jesuittordenen allerede var under sterk kritikk i Europa. I 1758 ble jesuittene anklaget for en sammensvergelse om å drepe kongen av Portugal kjent som Távora-affæren.