Men nå er skilpaddene tenåringer, og lengter etter å leve som vanlige menneskelige ungdommer - til Splinters store forferdelse. Når de skal få tak i forsyninger beseirer skilpaddene en gjeng kriminelle, og de oppdager en stjålet moped som tilhører en tenåring ved navn April O'Neil. De avslører seg selv og deres opprinnelse for April. Det viser seg at April er en aspirerende journalist. April forsøker å skrive om en rekke tyverier av TCRI-teknologi, som blir gjennomført av en kriminell kjent som "Superfly". Skilpaddene planlegger å stoppe Superfly og, gjennom Aprils artikler, blir de kjent som offentlig som helter. De møter snart Superfly igjen under Brooklyn Bridge. De oppdager snart at han ikke bare er en mutant selv, men leder også en gjeng mutanter.