Det andre tempelet manglet en del av de tidligere helligdommene som Paktens ark, Urim og Tummim, den hellige olje, den hellige ild, De ti bud, krukken med manna, og Arons stav. Kodesh Hakodashim («Det helligste av det hellige»), det indre helligdom innenfor sakramenthuset og tempelet i Jerusalem, var delt av gardiner framfor murer som ved det første tempelet. Som med sakramenthuset var det i det kun en gullampe på det hellige sted, et bord for skuebrød, og alteret med røkelse fra røkelseskar i gull, og mange andre beholdere av gull som hadde tilhørt Salomos tempel som hadde blitt røvet av babylonerne, men gitt tilbake av Kyros.