Cronenberg bor i Toronto. Hans syv års ekteskap til Margaret Hindson endte i 1979 og han giftet seg med Caroline Zeifman, produksjonsassistent på Rabid. De har to barn sammen, Caitlin og Brandon. I 1992 boken Cronenberg on Cronenberg, avslørte han at Brood ble inspirert av hendelser som oppstod under oppløsningen av hans første ekteskap, som forårsaket både Cronenberg og hans datter Cassandra mye uro. Karakteren Nola Carveth, mor til avkom, er basert på Cassandras mor. Cronenberg sa at han fant innspillingen av den klimatiske scene, der Nola ble kvalt av mannen sin, for å være «svært tilfredsstillende».