Slekten stammer fra kjøpmann i Hamburg Bent Bentsen, hvis sønn Hans Bentsen i Ribe var far til borgermester Bent Hansen Bentsen (død 1622) i Randers, og til rådmann samme sted Hans Hansen Bentsen (1541–1625). Bent Hansen Bentsen var far til dr.med. Niels Benzon (1609–1674), hvis sønn var generalprokurør Niels Benzon (1646–1708), som 15. desember 1679 fikk våpenbrev og ble opptatt i adelstanden. Han var stamfar til 1. adelige linje av 1679. Blant hans barn var deputert Lars Benzon (1687–1741) og stattholder i Norge Jacob Benzon (1688–1775) samt høyesterettsassessor Peder Benzon (1684–1735) til Aggersvold m.fl., som var far til Christian Benzon (1718–1801) til Christiansdal. Dennes sønner var amtmann Jens Benzon (1767–1839) og major Lars Benzon (1763–1823) til Caden, som var far til genealog Frederik Vilhelm Casper Benzon (1791–1832). En yngre sønn av dr.med. Niels Benzon (1609–1674) var Peder Benzon (1652–1701) til Havnø m. m., stamfar til 2. adelige linje av 1679. Han var far til Niels Benzon (1684–1709) til Havnø.