I 1236 reiste han til Paris for å studere, blant annet under Alexander av Hales. Studiene fortsatte til 1242, og året etter trådte han inn i Fransiskanerordenen. Antagelig var det i forbindelse med inntredenen der han fikk navnet Bonaventura. Selv om han var høyere utdannet enn de fleste munkene omkring seg, var han alltid villig til å adlyde. Han ble dermed raskt regnet som et forbilde på ydmykhet. I flere år underviste han i Paris, og i 1248 ble han presteviet.