Klubbens sportslige høydepunkter er danmarksmesterskaperne i 1995, 1999 og 2008. I 1995 ble klubben samtidig den første danske deltager i Champions League, hvor det blant annet ble 2-1 seier over Panathinaikos. AaB ble egentlig slått ut i kvalikken av Dynamo Kyiv, men det ukrainske laget ble ekskludert etter en bestikkelsessak. Også etter klubbens tredje mesterskap i 2008, kvalifiserte AaB seg til den prestisjefylte turneringen, da man i to kvalifikasjonsrunder lyktes med å slå ut FK Modrica fra Bosnia-Hercegovina og FBK Kaunas fra Litauen. AaB spilte seg også til UEFA-cupenens gruppespill 2007-2008, da de slo Sampdoria, og ble det første danske laget som slo ut et italiensk lag ut av en europeisk turnering.