I en rettssak hvor Englands , sir Thomas Bromley, og regjeringsadvokaten sir John Popham (senere rettspresidenten), presiderte, ble Maria Stuart funnet skyldig i forræderi og dømt til å halshugges. Likevel nølte Elisabeth med å gi den direkte ordren om henrettelse. Hun fryktet konsekvensene, særlig om Marias sønn Jakob av Skottland som hevn skulle inngå en allianse med de katolske stormaktene Frankrike og Spania, og deretter invadere England. Hun var også bekymret for hvordan en henrettelse ville påvirke det kongelige legitimeringsprinsippet «kongedømmet av Guds nåde». Elisabeth spurte Marias siste vokter, Amias Paulet, om han kunne planlegge en form for «uhell» som ville fjerne Maria Stuart. Han nektet fordi han ikke ville tillate en slik «plett på sine etterkommere».