MacDonagh var i april 1916 den siste som kom inn i IRBs militærkomité som planla påskeopprøret. Dermed ble han en av de syv som signerte påskeproklamasjonen. Det er uklart hvorfor han ble tatt med i komitéen så sent; muligens ble han ikke med fra begynnelsen fordi han hadde for kort fartstid i organisasjonen, men da må man spørre seg hvorfor han ble tatt med i det hele tatt. Utover vennskapet med Pearse og Plunkett kan det ha vært hans stilling som kommandant i Dublin, men det var på dette tidspunkt antagelig allerede klart av James Connolly kom til å fungere som øverstkommanderende i Dublin under opprøret.