En annen plan som ble vurdert var kapringen av en rekke flere fly. Da syntes det å ha vært overveiet mål som World Trade Center (New York City), The Pentagon (Arlington i Virginia), United States Capitol (Washington DC), Det Hvite Hus (Washington DC), Sears Tower (Chicago) og U.S. Bank Tower (Los Angeles). I sitt avhør med de filippinske etterforskere forut for Operasjon Bojinka gikk på tverke sa Abdul Hakim Murad av denne delen av planen var blitt lagt til side idet Manila-cellen ikke klarte å rekruttere nok folk til så mange kapringer. Denne planen ble imidlertid grunnlaget for noe mindre anlagte angrepene seks år senere mot World Trade Center og Pentagon.