I 1649 ankom Codex Gigas Stockholm, sammen med andre bøker og skrifter som var blitt tatt under svenskenes plyndring av Praha. I katalog over skrifter fra omkring 1560, er Codex Gigas fortegnet som nummer en. Da katalogen var satt opp etter manuskriptenes format, inntok Codex Gigas førsteplassen. Manuskriptet havnet i Dronning Kristinas samlinger, og ble plassert på biblioteket på Stockholms slott. Da hun abdiserte til Roma, tok hun med seg en rekke skrifter og bøker, men Codex Gigas forlot hun på slottet.