En måned etter utgivelsen i 1999 begynte Firaxis å jobbe med en utvidelse, . kom 1. november 1999 med syv nye, og mer ekstreme fraksjoner, der to var utenomjordiske som kan vinne spillet ved å bygge en "resonanskommunikator" slik at de får sendt signal til flåten sin som kommer og utsletter alt annet liv på planeten. Nye teknologier, hemmelige prosjekter og byggverker var også med, og spillet ble mindre forutsigbart med Alien Crossfire fordi romvesnene er annerledes og sterkere enn de andre fraksjonene og kommer til planeten litt etter de andre fraksjonene.