Da Kyros den store med utgangspunkt i kongedømmet Anshan beleiret Babylon i 539, kunne han marsjere nærmest uhindret inn i landet uten motstand fra babylonerne. Nabonid overga seg og fikk leve videre i relativ frihet. Enden på hans styre markerer starten på det persiske keiserdømme og avslutningen på jødenes babylonske fangenskap.