Siden disken med informasjonen ble stjålet av Bryce og ødelagt da han flyktet, og siden Chuck opplever glimt av informasjon fra databasen, som blir aktivert av visse hendelser (slik som ansikter, våpen, klokker og andre ting), blir han tvunget til å bruke denne til å hjelpe regjeringen med å bekjempe kriminelle og internasjonale terrorister. For å beskytte sin nye kunnskap fra familie og venner, for å holde de sikre, blir Casey og Walker tvunget til å etablere en ustødig allianse og hemmelige identiter (Walker blir Chucks kjæreste (de blir sammen på ordentlig senere i serien) og tar en jobb på en lokal restaurant nær Buy More (først Wienerlicious, så Orange Orange i sesong 2) mens Casey får seg en jobb ved Buy More), dog med samme mål, å beskytte Chuck for enhver pris..