Før Andre Vatikankonsil var de spanske foreløpige innspill ganske beskjedne. Når det gjelder selve Kirken som tema, ble det redusert til en oppfording, ført av Añoveros sammen med Jaca-biskopen Ángel Hidalgo Ibáñez, om at læren om fortjente mer utdyping. Under selve konsilet deltok han i alle de fire sesjoner fra 1962 til 1965. Selv om spanske biskoper som gruppe utgjorde en av de mest konservative blokkene i det samlede hierarki, landet Añoveros opp i konsilets midtfelt, og stilte seg verken på den reformistiske eller den konservative fløy. Hans bidrag til Vaticanum II var moderat.