Hvorvidt Heisenberg helhjertet gikk inn for prosjektet, er en åpen diskusjon. Han fortalte Bohr om det i København i september 1941. Etter møtet sluttet deres tette vennskap. Heisenberg ga etter krigen selv uttrykk for at han hadde moralske skrupler, men Bohr var av den motsatte oppfatning.