I 1828 utsendte han fra sitt eksil boken med mottoet fra William Shakespeares Hamlet:«Something is rotten in the state of Denmark» på tittelbladet. Boken er en kritikk av eneveldet i Danmark – spesielt med henblikk på behandlingen av Norge som han følte tilknytning til. Dessuten inneholder den en meget detaljert kritisk gjennomgang av trykkefrihetsforordningen av 1799. Boken ble forbudt i Danmark. Den politisk-filosofiske boken som ble utgitt i Christiania i 1826, ble satt på indeks av Vatikanet fordi Heiberg hevdet at fyrstene fikk makten sin fra folket, og ikke Gud, slik de eneveldige fyrstene gjerne påsto.