Luther fikk mye å ta seg av overfor «svermerne» i Wittenberg. Til dem hadde Thomas Müntzer sluttet seg. Disse svermerne påberopte seg at Gud ikke bare har åpenbart seg ved «Skriften alene» (Sola scriptura), men like meget gjennom det «indre lys», det «åndelige ord». Under bondekrigen ble den teologiske striden ytterligere skjerpet.