Ved presidentdekret begynte Qurei sin statsministeroppgave den 5. oktober 2003, og en åttemedlems kriseregjering ble tatt i ed den 7. oktober. Imidlertid klarte ikke Qurei å dannet et fullt kabinett på grunn av en disputt med Arafat som pågikk i ti uker om hvem som skulle bli innenriksminister og kontrollere de palestinske sikkerhetsstjenester, og han truet da med sin fratreden. Skjønt Fatahs sentralkomité hadde gått med krisekabinett med Qurei som -statsminister, nektet det Fatah-dominerte PLC å avholde en tillitsavstemning. Krisekabinettets løpetid kom til sin ende den 4. november. men Arafat bad Qurei om å forbli på post trass i deres disputt, og PLC godkjente en ny 24-medlemmers-regjering den 12. november.