I Reformatsen 1589 besto av Værøy hovedsogn og Røst anneks. Presten skulle reise til Røst fire ganger i året og da holde gudstjeneste fire påfølgende søndager. Disse reisene skulle gjøres ved mikkelsmess, påske, pinse og olsok. Sogneinndelingen skal senere være uendret. Ved kgl.res. av 4. juni 1937 ble det tillatt å bygge ny kirke på gården Sørland i Værøy sogn etter arkitekt Harald Sunds plan. Ved kgl.res. av 25. juni 1971 ble Værøy prestegjeld overført fra Lofoten til Bodø domprosti, gjeldende fra 1. september 1971.