Det er en hovedby på øya, kjent som ganske enkelt «havnen Hydra», med 1 900 innbyggere i 2011. Den består av en havn i form av en halvmåne og rundt denne er det sentrert av en rekke restauranter, butikker, markeder og gallerier rettet mot både turister og de lokale hydriotter. Bratte steintrapper leder opp og utover fra havneområdet. De fleste av de lokale beboerne, foruten også feriegjester er lokalisert i disse gatene. Andre mindre landsbyer eller grender på øya er Mandraki (11 beboere), Kamini, Vlychos (19 beboere), Palamidas, Episkopi, og Molos.