I 1785 ble Estland sammen med Latvia organisert i «dekanatet Riga». Den første offisielle katolske gudstjenesten etter reformasjonen fant sted i 1786, den første kirken ble innviet 1845. Dette var i Tallinn, som fremdeles er bispekirken for Estlands apostoliske administrator. De andre menighetene ble grunnlagt i Tartu (1848), Narva (1907) og Valga (1915).