Klosterkirken har ikke hatt behov for en døpefont, men da den etter reformasjonen ble sognekirke, må den nødvendigvis ha hatt en. Imidlertid er den første fonten som omtales først fra 1609, da den ble skjenket av rådmann P.A. Randulf. Den var opprinnelig plassert i vestenden av nordre sideskip, men måtte flyttes i 1651, da man gjenåpnet døren til Helligåndshuset. Den ble da plassert i østenden av søndre sideskip (hvor kongestolen står i dag), i det tilbyggede stykket av skipet, som må ha vært nytt på dette tidspunkt. Fonten gikk tapt i brannen i 1728.