Utvisningen av de origenistiske munkene brakte Theophilos i konflikt med patriarken i Konstantinopel, som var blitt løftet fra et bispedømme av tredjerangs nivå til et bispedømme med stor keiserlig politisk betydning på grunn av det nærhet til det keiserlige hoff. Allerede etter slutten av den arianske dominans ved hoffet forsøkte patriarkene av Alexandria i 380 å styrke sin innflytelse overfor de konstantinopolitiske biskoper. I år 400 appellerte de forviste munker til den daværende biskop Johannes Chrysostomos, som de håpet på hjelp fra. Biskopen av den keiserlige hovedstad så ut til å få gjennomslag der, fordi Theophilos ble nødsaget å reise til Khalkedon ved Bosporos' bredder i 403 for å svare for sine tiltak. På eikesynoden (såkalt fordi palasset som synoden ble holdt i var bygget helt av eik), var Theophilus i stand til vinne de forsamlede biskoper over til sin side. De fattet en resolusjon om at Johannes Chrysostomos måtte komme seg over til Khalcedon og forklare sitt vennskap med de kjetterste Origenes-munkene. Siden Johannes Chrysostomos ikke innfant seg (Khalkedon ligger bare rett over sundet fra Konstantinopel) ble han erklært avsatt . Siden han ved stin strenghet i mellomtiden også hadde gjort ham upopulær hos keiserinne Eudoxia og en del av presteskapet, ble Chrysostomos forvist av keiser Arcadius.