Etter Tunisias selvstendighet tok Masmoudi plass i politbyrået i Neo-Destour og innehadde flere høye verv, som statssekretær for informasjon 1958–1961 og for turisme i 1961. Han måtte senere fratre på grunn av standpunkter som ble ansett avgjørende for rettssaken mot Tahar Ben Ammar og av «personlig innflytelse» fra president Habib Bourguiba.