Den såkalte Dorje Shugden kontroversen oppstod innenfor alle skoler av tibetansk buddhisme, men er mest forbundet med skolen Gelug. Kontroversen dreier seg om hans status av opplysthet, avvik fra tradisjonelle Gelug-lærdommer, hans erstatning for tradisjonelle Gelug-beskyttere, sekteriske funksjoner, og religiøse handlinger utført av vestlige tilhengere av Den Nye Kadampa-tradisjonen.