Ayatollah Khameneis periode som åndelig leder har vært preget av utallige uenigheter med reformvennlige medlemmer av Majlis i Iran, som under den sjette valgperiode etter den iranske revolusjon har bestridt mange av hans dekreter og beslutninger. Det har blitt lagt ned veto mot mange reformlover, og mange reformister er blitt hindret i å stille til valg av vokterrådet, hvis medlemmer er valgt direkte eller indirekte av Khamenei. I tilfellet med , forberedt av reformistiske medlemmer av parlamentet for å lette presset på pressen, beordret han direkte ordstyreren i parlamentet, Mahdi Karrubi, å fjerne saken fra agendaen til Majlis.