Som prefekt for denne kongregasjonen ble Joseph Ratzinger i embets medfør knyttet til en rekke av de teologiske kontroversspørsmål som har vært fremme innen katolsk kirkeliv siden 1980-tallet, men også til en rekke av de uttalelser som har hatt sin innretning videre enn teologenes rekker, for eksempel innen samfunnsmoralen. Kardinal Ratzinger forsvarte og bekreftet den katolske lære, inklusive lærer angjeldende prevensjonsmidler både med og uten abortiv effekt, homoseksuell kjønnslig utfoldelse, spørsmål vedrørende den økumeniske dialog med andre kristne kirker og trosretninger (som overfor anglikanere og overfor lutherdommen spesielt om rettferdiggjørelseslæren), og interreligiøs dialog.