På denne tiden gikk det rykter om at Alexios var elskeren til keiserinne Maria Bagrationi, datter av kong Bagrat IV av Georgia, som hadde vært gift med Mikael VII Dukas og senere hans etterfølger Nikeforos III. Hun var kjent for sin skjønnhet. Alexios sørget for at Maria ble værende på slottsområdet. Det ble også antatt at han kan ha vurdert å gifte seg med henne. Men hans mor konsoliderte forbindelsen til Dukas-familien ved å arrangere ekteskap mellom ham og Irene Dukaena, barnebarn av caesar Johannes Dukas, onkel til Mikael VII, som ikke ville ha støttet Alexios uten dette. For å sikre seg fortsatt støtte fra Dukas-familien, gjeninnsatte Alexios Konstantin Dukas, den yngre sønnen til Mikael VII og Maria, som medkeiser. Senere betrodde Alexios ham sin førstefødte datter, Anna, som flyttet inn i slottet Mangana hos hennes forlovede og hans mor.