Da han var 15 år var det en tid han kjedet seg, og reiste gjennom Lykia og Karia. Det var i skogen i Karia, nær Halikarnassos (nå Bodrum i Tyrkia) han møtte najaden Salmakis i kilden hennes. Hun ble grepet av lyst etter Hermafroditos, som var meget vakker, men ung. Hun forsøkte å forføre ham, men ble avvist. Da han trodde hun hadde gått, tok han av seg klærne og gikk ut i den tomme kilden. Salmakis sprang fram fra bak et tre og hoppet ned i kilden med ham. Hun grep tak i gutten, slynget seg om ham, kysset ham heftig og befølte brystet hans. Mens han kjempet for å få henne vekk, påkalte Salmakis gudene og ba om at de aldri skulle skilles. Hennes ønske ble oppfylt, og deres kropper smeltet sammen til et tvekjønnet vesen. Hermafroditos svor i sin skam en ed og forbannet kilden slik at alle som badet i den også skulle bli omskapt. Også hans ønske ble innviglet.