Mowat er nevnt som kaptein i 1628 og avanserte senere til admiral. I 1630 deltok han i toktet mot Hamburg, og mellom 1631 og 1636 hadde han ansvar for å hindre piratvirksomhet i Nordsjøen. Siste stillinga Axel hadde, før sykdom gjorde slutt på militærkarrièren, var som ansvarlig for marinens skipsverft på Flekkerøy.