Han debuterte for Derby, og i Premier League, den 7. august 1999 i en kamp mot Leeds United, og han scoret sitt første mål for klubben fra Derbyshire den 11. september 1999 i 2-2 kampen mot Wimbledon. Da 1999/00-sesongen var over hadde Seth Johnson fått bokført 1 ligamål på 36 ligakamper for . Den påfølgende sesongen ble 1 mål på 30 ligakamper før han i første del av 2001/02-sesongen spilte 7 ligakamper for Derby. Den 18. oktober 2001 ble han kjøpt av Leeds United for £7 000 000, og dette beløpet ville øke med £250 000 for hver 15. obligatoriske kamp han spilte for Leeds. Den øvre grensen for salgsummen var £9 000 000 som ville bli oppnådd dersom Johnson spilte minst 120 obligatoriske kamper for Leeds.