Egk var det tredje barnet til Joseph Mayer, som var lærer, og Maria født Buck. Familien flyttet til Augsburg i 1908, der Werner Egk fra 1911 gikk på det humanistiske . Han fikk den første klaverundervisningen i 1912 og fra 1919 til 1920 studerte han ved byens musikkonservatorium. Senere tok han privat sang- og klaverundervisning, og fikk undervisning av Carl Orff i musikkteori, komposisjon og direksjon.