I sin første stilling var Bononcini kapellmester i kirkene og i Bologna og var medlem av det prestisjefylte . I 1671 slo han seg ned i Modena, først som hoffiolinist hos hertugenken Laura d'Este og fra 1674 til sin død som domkapellmester. De to sønnene Giovanni Battista Bononcini og Antonio Maria Bononcini var i likhet med sin far kjente komponister.