I løpet av sin tid i Mossad var Zamir med på å gjennomføre Operasjon Guds vrede, den israelske responsen til München-massakren. Etter at den vesttyske regjering nektet å slippe til israelske spesialstyrker under gisselkristen, ble Zamir sendt for å observere tyskernes tiltak. Han var på flybasen Fürstenfeldbruck den natten det feilslåtte redningsforsøket endte med alle ni gjenværende israelske gislers død. Zamir ble intervjuet om hendelsen i 1999 i en samtale med produ senten for , en dokumentar om massakren. Der rettet han sterk kritikk for en helt manglende koordinasjon fra tysk side under redningsforsøket. Han hadde også tidligere fortalt åpent sine meninger, og gjorde det også senere flere ganger.