På forhånd hadde amerikanerne samlet sammen eksil-irakere og andre til å administrere Irak, 21. april ankom medlemmene i (CPA) Bagdad sammen med Jay Garner, en tidligere general som skulle være leder for den nye administrasjonen. Garner gjorde en så dårlig jobb at han ble erstattet med Paul Bremer den 11. mai. Bremers administrasjon begynte umiddelbart å si opp flere titusener offentlig ansatte som hadde hatt forbindelse med Baathpartiet, det vil si nesten hele administrasjonen av det irakiske samfunnet, inkludert 15 000 lærere og ledere i helsevesenet. Det samme gjaldt ansatte i militæret og politiet. Resultatet av denne de-baathifiseringen var sammenbrudd i store deler av det irakiske samfunnsmaskineriet, som åpnet opp for det kaos og anarki som skulle komme.