Til tross for all forfølgelse, levde Polen videre under okkupasjonen, som en underjordisk stat. Militær motstand ble gjennomført med om lag 300 000 partisaner, hovedsakelig i hjemmearméen(AK, Armia Krajowa) og Bondebataljonene (Bataljony Chłopskie). Hemmelige skoler opp til universitetsnivå fantes i universitetsbyene. Hjelpeorganisasjoner og ulovlig mattilførsel (ofte «svartebørs») var hjelpemidler i den daglige kampen for å overleve. Hjelpeorganisasjonen for jødene, , var viktig for deres overlevelse. De aktive i Żegota var katolikker, folk fra motstandsbevegelsen, samt polske jøder. Jødene kunne klare å overleve ved å gjemme seg for tyskere hos hjelpsomme polakker (som risikerte dødsstraff for seg selv og sin familie). Likevel, jødene risikerte også å bli utsatt for varianter av den polske antisemittismen, som i Jedwabne pogrom, der alle jøder i landsbyen ble overflyttet til en låve som ble tent på.