Det er fem havner og kaianlegg i prefekturet: fire hovedhavner på øya, Same (Sami) og en betydelig havn med forbindelse til Patras og Ithaka. Poros i sør har fergeruter til Kyllini; Argostoli i vest er den største havnen for lokale båter og ferger til Zante og jevnlig til Lixouri; Fiscardo i nord har forbindelser til Lefkas og Ithaka. Det er plass til rundt 100 mindre båter i Argostoli hvor havneanlegget strekker seg rundt 1 km rundt bukta mens Lixouri som er 4 km på andre siden av bukten fra Argostoli på Lixourihalvøya. Det er veiforbindelse til resten av øya, men å benytte bil fra Lixouri til Argostoli innebærer en omvei på 30 km.