Wara startet sin politiske karriere på begynnelsen av 1980-tallet, først som formann i Vadsø FpU 1982–1984 og Finnmark FpU 1982–1984, noe senere som redaktør i partiavisen 1986–1987 og formann i Fremskrittspartiets Ungdom 1987–1990. Han var finanspolitisk talsmann og medlem av Oslo bystyre 1987–1989. I 1989 ble han valgt inn på Stortinget, og var også nestformann i Fremskrittspartiet 1991–1993. Wara var i flere år ansett som Hagens mest betrodde medarbeider, og var partiets finanspolitiske talsmann på Stortinget. Han ble på begynnelsen av 1990-tallet ansett som favoritt til å overta ledervervet i partiet, etter Carl I. Hagen. Allerede i 1988 ble han beskrevet som en av de fremste ideologer partiet hadde. Wara var en utpreget liberalist mens han var politisk aktiv. Dette kom konkret til uttrykk i en rekke saker, blant annet mente han at innvandring var en berikelse for samfunnet, men var mot at Staten brukte penger på formålet. Han frontet også en mer liberal pornografilovgivning, og ville ha bort den kristne formålsparagrafen i skolen. Han understreket likevel at det arbeidet som utføres i kristelige organisasjoner, er verdifullt. Han mente at antall departementer burde halveres og ville nedlegge uhjelps-, miljøvern-, fiskeri-, landbruks-, olje-, kultur-, forbruker- og kommunaldepartementet. Han tok også til orde for å kutte all statlig uhjelp. Han arbeidet videre for saker som fri matvareimport og likestilling mellom ekteskap og samboerforhold, samt avskaffelse av Statskirken. Han markerte seg også som tilhenger av norsk medlemskap i EF (EU). Flere av disse sakene bidro etterhvert til å synliggjøre en motsetning mellom de liberale og de verdikonservative i partiet.