Salto ligger nordvest i Uruguay. Departementet grenser til Paysandú i sør, mot Artigas i nord, mot Rivera og Tacuarembó i øst, og mot Argentina i vest. Den vestlige delen av departementet er fjellområder med elver og innsjøer. Salto, hovedstaden, ligger i denne regionen og er det økonomiske senteret i departementet.