Husdyr er ikke monofyletisk. Blant husdyrene finner vi noen arter klovdyr fra forskjellige slekter, upartåede hovdyr (hest og esel), et par rovdyr og noen fugler. Den felles stamfaren til husdyrene ligger langt tilbake, og alle husdyrenes stamfedre regnes ikke som husdyr. Husdyr er derved en praktisk og administrativ gruppe og ikke en systematisk enhet.