Det historiske opphavet til teoremet er bare mangelfullt kjent og har vært gjenstand for mye diskusjon. Navnet har teoremet fått fordi mange tradisjonelt har knyttet læresetningen til den greske matematikeren Pytagoras, som levde omkring 500 f.Kr. Det eksisterer imidlertid ikke gode indikasjoner eller bevis for at han eller noen av hans følgesvenner skal ha vært opphavsmann til teoremet. Pytagoreiske tripler og andre former for teoremet har vært kjent i babylonsk, egyptisk, kinesisk og indisk matematikk lenge før pytagoreerne. Kanskje har læresetningen blitt oppdaget flere steder og til flere tider uavhengig av hverandre. Det eldste deduktive bevis vi kjenner, er fra Euklids , skrevet omkring 300 f.Kr. I dag eksisterer det en lang rekke alternative bevis for teoremet.