Under Vatnajökull finnes det flere vulkaner: Öræfajökull i sør, Gjálp og Bárðarbunga i nordvest, Kverkfjöll med to kratere i nord, Grímsvötn i vest, Breiðabunga i sydøst, og Esjufjöll i syd. Mest aktiv av disse er Grímsvötn, som hadde sitt siste utbrudd i 2011. Utbruddene blir ofte fulgt av store flommer i Skeiðará over Skeiðarársandur. En del av breen heter Öræfajökull og der ligger Hvannadalshnjúkur som er Islands høyeste punkt. Öræfajökull har hatt utbrudd to ganger siden Island ble funnet; 1362 og 1727. Allikevel sies den å være Europas nest mest aktive stratovulkan, etter Etna. Gjálp hadde sitt siste utbrudd i 1996 og ble etterfulgt av en katastrofeflom i Skeiðará, som brøt ned broer og veier.