På grunn av at bygningen trengte en forsterkning av fundamenteringen, ble det i årene 2003–2004 gjennomført en større ombygging som ikke bare rettet opp huset synkende fundament, men også medførte en forsiktig renovering. Hensikten var å skape mer effektive lokaler, bedre ventilasjon og bytte elinstallasjoner. Samtlige overflater ble også reparert. I forbindelse med renoveringen ble verdifulle gustavianske tapeter og malerier stjålet fra møtesalen. Tyvegodset ble i stor grad gjenfunnet samme dag, og tapetene kunne gjenoppsettes på sin plass. Fra mai 2005 er Statens fastighetsverks hovedkontor tilbake i Södra Bankohuset.