Eggert malte portretter og altertavler, men det er kun ett i hver kategori som med sikkerhet (signert) er hans verk. Resten blir antagelser. Flere av altertavlene har motiver fra de flamske malerne Rubens og Rembrandt. Ofte gjorde teknikken at disse ble speilvendt. Altertavlen i Halsa kirke sies å være av Eggert Munch (1732). Flere votivtavler i Lom stavkirke (fra 1100-tallet) og i Skjåk kirke (innviet i 1752) antas å være laget av ham. I Nordsinni kirke i Nordre Land (innviet 1759, ikke langt fra Lom), viser altertavlen nedtagelsen fra korset (efter Rembrandt), liksom i Ås kirke (Vestre Toten). I Lunde kirke (Nordre Land) (innviet 1769) er motivet . I Fluberg kirke (innviet 1703) i Søndre Land finnes et Rubens-lignende maleri av Eggert Munch, malt mellom 1752 og 1756, i den tiden Peder Aadnes (1739–1792) var hans læregutt. Fra Haldenperioden antar man at altertavlene i Prestebakke kirke ved Halden (innviet 1795) og (malt 1749) i Immanuels kirke (innviet 1833) er malt av Eggert Munch. I Hvaler kirke (1100-tallet) finnes også en av hans altertavler.