Da han kom tilbake til Danmark etter sin første tur til Grønland, skrev han artikler for , publiserte en rekke historier i og tok endelig sin kandidatgrad fra universitetet. Sammen med Knud Rasmussen dro han på foredragsturnéer i Danmark og arbeidet som journalist for . I 1910 samlet han inn gjenstander for danske museer, og 1913–1920 innehadde han stillingen som guvernør for kolonien i Thule. I disse årene levde han sammen med inuitter og forsøkte å leve som dem. Freuchen var svært negativ overfor den kristne misjon. Han så på de kristne misjonærene som noen som tråkket på inuittfolkets tradisjoner uten å forstå dem. I Freuchens bok (1936) avslørte han at han aldri hadde planlagt å bli arktisk oppdager.