I 2009 ble det tydelig at Pandev ikke kom overens med lagets styreleder, Claudio Lotito. Han ble linket til flere storlag, f. eks Liverpool FC, Juventus, Inter, FK Zenit St. Petersburg og FC Bayern München. Han uttalte senere at han ved et eventuelt klubbskifte bare ville vurdere tilbud fra lag i Serie A. Til tross for at han fikk disse tilbudene allerede i sommeren, ville ikke Lazio og Lotito la han gå før 23. desember 2009. Han fikk da utbetalt 170.000 euro på grunn av den unødvendige krigen han hadde kjempet mot klubben og Lotito. 4. januar 2010 signerte han en femårskontrakt med Inter og ble tildelt nr. 27.