Den 11. september 2018 ble Gallagher arrestert ved Camp Pendleton, og siktet for blant annet overlagt drap, forsøk på drap, og andre lovbrudd. Fra september 2018 til juli 2019 var han tiltalt ved krigsrett for å ha myrdet en tilfangetatt og såret ISIL-terrorist, og deretter ha fotografert seg selv med liket. Han ble også anklaget for tilfeldig skyting av irakiske sivile. Han ble frikjent på nesten alle tiltalepunktene 2. juli 2019, men ble funnet skyldig i å posere for et bilde med et lik, regnes som det minst alvorlige lovbruddet. Rettssaken inkluderte en uventet erkjennelse fra en sanitetssoldat som hadde fått påtaleimmunitet, og hevdet at han var den som faktisk drepte offeret. Gallagher ble dømt til fire måneders frihetsberøvelse samt degradering fra til . Frihetsstraffen var i sin helhet utholdt i varetekt. Degraderingen ble senere omgjort av president Donald Trump.