Millar ble kjent som kaptein på det franske laget Cofidis da han vant første etappe i Tour de France 2000 og kjørte i den gule trøya i tre dager. Han mislyktes i å gjenta dette i 2001 på grunn av en velt, og endte på femteplass i prologen i 2002. Under hans forsøk på å vinne prologen i 2003, hoppet kjedet av like før mål. Han beskyldte sportsdirektøren for å prøve å spare noen få gram på å bytte kjedering.