I 1880 flyttet Petitjean tilbake til Nagasaki, overbevist om at denne byen var den viktigste for den kirkelige vekst i hans vikariat. Det var da om lag 250 kristne i byen. I det nærliggende Urakami fantes det mer enn 3 000 katolske kristne. Den 31. desember 1882 var det tre prestevielser.