Da krigen opphørte i 404 f.Kr. sto Dodekanesene i stor grad utenfor de større egeisk konfliktene, og sto i en tid fylt av relativ fred og framgang. I 408 f.Kr. hadde de tre byene på Rhodos forent seg til en stat og opprettet en ny by som hovedstad i den nordlige enden av øya, også kalt for Rhodos. Det forente Rhodos ble sterk nok til å dominere regionen det neste århundrene. Andre øyer i Dodekanesene utviklet seg også til betydelige økonomiske og sentrale sentre; mest kjent var Kos som ble stedet for en medisinsk skole opprettet av Hippokrates, «legekunstens far».