Werner Lueben tok sitt eget liv den 28. juli 1944 i sin bolig i Torgau, han ble funnet med sin tjenestepistol ved siden. Wehrmacht tilslørte selvmordet og lot det offisielt hete at han døde under et luftangrep. I Torgau ble det arranger sørgeparade, og høyt profilerte deltok ved begravelsen som var i Halle.