Han ble berømt som følge av det legendariske slaget ved La Trinidad den 11. november 1827. Siden da og frem til han ble henrettet i 1842, dominerte Morazán både det politiske og militære Sentral-Amerika. Han satt som president i Costa Rica fra april til september 1842, da han ble avsatt gjennom opprør, og han ble henrettet i september samme år.