McClellans antipati mot emansipasjon la ytterligere press på ham siden han fikk bitter kritikk fra radikale republikanere i regjeringen. Han så på slaveri som en institusjon som ble anerkjent i grunnloven, og krevde føderal beskyttelse der hvor det eksisterte. Hans forfatterskap etter krigen var typisk for mange i nord: «Jeg bekjenner en fordom til fordel for min egen rase og kan ikke lære å like lukten av enten geitebukker eller niggere.» Men i november 1861 skrev han til sin kone, «jeg vil, dersom det lykkes, kaste mitt sverd på vekten for å tvinge frem en forbedring i tilstanden til de stakkars svarte.» Han skrev senere at hadde det vært opp til han å bestemme fredsbetingelsene, ville han insistert på en gradvis avskaffelse av slaveriet som voktet rettighetene til både slaver og herrer som del av enhver avtale. Men han holdt ikke hemmelig sin motstand mot de radikale republikanerne. Han fortalte Ellen at «jeg vil ikke kjempe for abolisjonistene.» Dette plasserte ham med et opplagt handikapp fordi mange politikere som drev regjeringen trodde at han forsøkte å innføre politikken til opposisjonspartiet.