Alle skipene som er eid av Fjord Line er registrert i Danmark. De har hjemmehavn i Hirtshals, selv om Fjord Line er et norsk fergeselskap. Unntaket var i april 2020 ble det bestemt at tidligere skipet «MS Oslofjord» skulle seile under norsk flagg (NOR) istedenfor Danske flagget (DIS) noe som ble gjennomført 25. mars 2021.