Under den kalde krigen var museets objekter delt. De objektene som befant seg i den østlige delen av Berlin ble delvis stilt ut i Bodemuseum. Det egyptiske museet som institusjon befant seg i Vest-Berlin, og fra 1967 til 2005 holdt det til i en bygning ved Charlottenburg-slottet. Etter gjenforeningen ble samlingene også gjenforent, og museet flyttet i 2005 inn i Altes Museum på Museumsinsel. Dets opprinnelige bygning, Neues Museum, har deretter blitt restaurert, og fra 2009 er det egyptiske museet tilbake på sin gamle plass.