Sesongen 2008/09 kom han på 3.-plass på toppscorerlisten med sine 29 mål bak Eto'o (30 mål), og Diego Forlan (31 mål). Sesongen 2009/10 startet Valencia med en Villa i storform, og han ligger på 3.-plass på toppscorerlisten i La Liga med sine 20 mål, 6 mål bak Lionel Messi som har 26 nettkjenninger per 5. april 2010. I Valencia dannet han ett fryktet angrep sammen med landslagskollega, David Silva, og de to store talentene Juan Mata og Pablo Hernandez.