Ba'athpartiet tok over makten i Irak ved et kupp i februar 1963 og Saddam kunne vende tilbake til hjemlandet. Partiet var plaget av indre stridigheter og måtte gi fra seg makten i løpet av 8 måneder. Saddam ble arrestert i oktober 1964 sammen med mange av partiets medlemmer og satt i fengsel inntil han greide å flykte i 1967. Etter flukten steg han raskt innen partiorganisasjonen og ble sjef for partiets sikkerhetspoliti.