Thome spilte for den portugisiske klubben Benfica før han kom til engelsk fotball i mars 1998. Hans første engelske klubb var Sheffield Wednesday, og han var i denne klubben fram til desember 1999. Da ble han kjøpt av Chelsea for £2 700 000. Hans tredje engelske klubb ble Sunderland som kjøpte han for £4 500 000 i august 2000. Tre år senere gikk han gratis til Bolton før han i august 2004 gikk til Wigan Athletic.