Fra 1510 var Niklaus Manuel medlem av storrådet i Bern. Regnskaper for byen Bern viser at han i 1513 fikk flere oppdrag som maler. I 1516 tok han tjeneste som sekretær for krigsherren Albrecht von Stein. Denne førte en hær med leiesoldater som under telttoget mot Milano deltok i krigen på fransk side.