Med bakgrunn i Riksloven for forhindring av avkom med arvelige sykdommer ble han i september 1939, sammen med Philipp Bouhler, utnevnt av Hitler til leder for drapene foretatt av Aktion T4. Dette skjedde som «barmhjertighetsdrap», eutanasi, i NS-drapsanstaltene Hadamar, Schloss Grafeneck, Schloss Hartheim, Sonnenstein, Bernburg og Brandenburg.