Etter 2009 og frem til han fylte 67 år hadde han en redusert stilling i NLM. Fra 2009 til 2016 var Hamnøy daglig leder i investeringsselskapet NSP AS. Noen av aksjonærene i NSP AS etablerte en frivillig organisasjon, North South Partnership Aid, en organisasjon med fokus på å hjelpe barn og unge i Etiopia og Kenya som har det vanskelig. Gunnar Hamnøy var daglig leder av NSP Aid fra starten i 2010 og til han ble pensjonist ved utgangen av 2023.