Den 28. juli 1942 ble Brandt utnevnt til generalkommissær for sanitets- og sunnhetsvesenet. I dette vervet sørget han for koordineringen av det sivile og det militære helsevesen. Blant oppgavene var å skaffe sengeplasser til sårede soldater på avlastningssykehus og lasaretter. «Aktion Brandt», oppkalt etter ham, handlet om å stue bort eller avlive pasienter.