I Tour de France 2006 vant han prologen og kunne dermed igjen ikle seg gul trøye. Han tapte trøya etter et uhell i spurten på første etappe der han ble truffet av en papphånd og ble sendt til sykehus. Den gule trøya tok han tilbake etter andre etappe. Etter tredje etappe mistet han den igjen. Hushovd vant også den prestisjefylte sisteetappen opp Champs-Élysées, men måtte nøye seg med tredjeplass i poengkonkurransen.