Hanssen har hatt styreverv for International Agency for Research on Cancer i Lyon, Senter for medisinske studier i Moskva (Universitetet i Oslo) 1992–97, Sørlandet sykehus HF og har vært styreleder for områdestyret for medisin og helse i Norges forskningsråd 1997–2001. Han har også vært assisterende redaktør 1987–1993 og sjefredaktør 1994–1996 for Scandinavian Journal of Gastroenterology, med utgaver på engelsk, spansk og kinesisk. Han var medlem av utvalget som la fram forslag til helseforskningsloven i 2005.