Etter at han pensjonerte seg som manager for Nottingham i mai 1993, hadde han en spalte i fotballmagasinet der han skrev regelmessig. Clough hadde hatt et stort alkoholforbruk siden 1970-tallet, noe som hadde tæret kraftig på leveren hans, og han trengte derfor en levertransplantasjon i januar 2003. Selv om den var vellykket, fikk Clough ikke lenge etter kreft i magen, og han døde 69 år gammel 20. september 2004.