Christensen var formann i Venstres Ungdom i Sønderjylland 1996–1997, nestformann på landsplan 1997–1999 og formann 1999–2001. Han var valgt til Folketinget fra Sønderjyllands amtskrets 2001–2007, etter å ha blitt nominert fra Tønder og Løgumkloster kretser. Etter forvaltningsreformen i 2007 var han valgt fra Sydjyllands storkrets og nominert fra Aabenraa krets 2007–2015. Christensen var Venstres skatte- og finanspolitiske ordfører, deretter politisk ordfører 2009–2011. Fra mars 2011 til regjeringsskiftet i oktober var han skatteminister. I 2015 tapte han gjenvalg til Folketinget.