I 1890-årene var Høyre delt i synet på unionen med Sverige. Emil Stang og hans tilhengere hadde en kjølig holdning til den, mens Yngvar Nielsen, en venn av kong Oscar II, la vekt på det positive med unionen. Bratlie, som stod på god fot med kronprins Gustaf, helte over på Nielsens side. Kontakten mellom kronprinsen og Bratlie var knyttet via deres felles venn, hoffjegermester og skipsreder Thomas Fearnley. Spesielt når det gjaldt forsvarspolitikken var Fearnley og Bratlie blant dem som anså unionen som en styrke for Norge. Her representerte Bratlie og hans politiske konkurrent og offiserkollega, oberst Georg Stang (forsvarsminister for Venstre 1900–1903), diametralt forskjellige syn. De to hadde diskutert dette temaet siden de gikk sammen på Krigsskolen, men uenigheten handlet egentlig om hva man burde bruke et norsk forsvar til. Bratlie og den unionsvennlige delen av Høyre ønsket en mobil felthær som kunne forsvare Den skandinaviske halvøy sammen med svenske styrker, i motsetning til Stang og Venstres prioritering av å forsvare Norge militært mot et svensk angrep.