Prostiet ble opprettet i 1984 under navnet , ved deling av Oslo domprosti, og bestod av prestegjeldene Nordstrand, Holmlia, Manglerud, Bøler, Bekkelaget og Lambertseter. Skiftet navn til i 1986. Sognestrukturen i Søndre Aker ble endret fra 1. januar 2016, da Bekkelaget sogn ble slått sammen med Ormøy, og sognene Klemetsrud og Mortensrud ble slått sammen. Sistnevnte omfatter i tillegg til kirker med de gamle sognenavnene også Bjørndal kirke.