Den tyske historikeren Christian Gerlach mener at Wannsee-konferansen var innledningen til utryddelsen av jøder i selve Tyskland og i vest-Europa ellers, og Gerlach mener Wannsee-konferansen henger nært sammen med Hitlers overordnete beslutning om å drepe alle jødene i Europa (en beslutning Hitler ifølge Gerlach tok tidlig i desember 1941). Ifølge Gerlach ble de første tyske jødene deportert østover høsten 1941 før det var tatt en beslutning om å drepe dem. Ifølge Mark Roseman viser Eichmanns rundskriv av 31. januar 1942 angående deportasjoner at Wannsee-konferansen åpnet for massive deportasjoner så snart transportmidlene tillot det.