I 1837 søkte Knox om plassen i patologi ved Edinburgh University, men hans kandidatur ble blokkert av elleve eksisterende professorer, som foretrakk å avskaffe stillingen i stedet for å utnevne ham. I 1842 flyttet han til Glasgow og fortsatte en kort tid med disseksjon, men stengte den i 1844. I 1847 fant Royal College of Surgeons of Edinburgh ham skyldig i å ha forfalsket en students sertifikat for deltakelse (en ikke uvanlig praksis i private skoler), og nektet å godta ytterligere sertifikater fra ham. Dette stengte ham effektivt ute fra all undervisning i Skottland. I det samme året ble han utvist fra Royal Society of Edinburgh.