Elvas øverste kilder ligger på norsk side, ved Stuorguoloaivi, rundt 6 kilometer øst-sørøst for Storskog og bare en halv kilometer nord for russegrensa. Herfra renner elva mot sørøst, passerer gjennom Hamborgvatnet og krysser riksgrensa sør for Klovsteinfjell. På russisk side snur elva mot sørvest og renner ned til Vatskherjarvi, som også mottar mindre tilløp fra sør og vest. Vatskherjarvi har utløp mot nord til Langvatn, som er utspring for den norske delen av vassdraget. Fra Langvatn renner Botnelva mot nordøst til munningen ved Tofte, helt innerst i Jarfjorden.