Under andre verdenskrig var det ingen aktivitet i Vestfold Fotballkrets da styret stoppet sin virksomhet. I 1941 ble fotballkretsen tvunget til å overlevere arkivet og sine verdier til okkupasjonsmakten ved Departement for arbeidstjeneste og idrett. Samtidig ble daværende styreleder sendt til Tyskland i arbeidsleir. Ved frigjøringen i mai 1945 startet fotballkretsen virksomheten umiddelbart.