Han gikk til messe hver morgen og gjorde tjeneste som ministrant, i likhet med svært mange andre gutter i byen. I 1938 ble han fermet og tok sin avgangseksamen ved gymnaset. Han flyttet sammen med faren til Kraków og begynte å studere ved Det jagellonske universitet, Sentral-Europas nest eldste universitet (etter Prahas), grunnlagt i 1364. Wojtyła studerte polsk språk, litteratur og filosofi. På fritiden deltok han blant annet på dramakurs og skrev poesi. I 1939 ble han med i studentteatret «Studio 38».