I det 2-3. århundre f.Kr. kom området under xiongnuenes (hunernes) herredømme, skjønt også det kinesiske da Qin-dynastiet forsøkte å få et fotfeste der. Det viktigste av dagens Xinjiang ble i 104 f.Kr. underkastet han-kineserne da Han-dynastiet ekspanderte kraftig mot vest. Kinesernes store interesse gjaldt særlig kontrollen med de viktige handelsveiene fra Kina gjennom Sentral-Asia og videre vestover (Silkeveien).