Molekylære pumper feier ut et større område enn mekaniske pumper, og gjør det oftere, noe som gjør dem i stand til mye høyere pumpehastigheter. De gjør dette på bekostning av tetningen mellom vakuumet og eksosen. Siden det ikke er noen tetning, kan et lite trykk på eksosen lett føre til tilbakestrømmning gjennom pumpen. I høyt vakuum har imidlertid trykkgradienter liten effekt på fluidstrømmer, og molekylære pumper kan oppnå sitt fulle potensiale.