I Skien er det åtte naturreservater. Børsesjø (1165 daa), som ligger i Gjerpensdalen, er en av landets rikeste fuglebiotoper. Det er registrert over 230 fuglearter i området rundt innsjøen. De andre naturreservatene er (97 daa), (49 daa), (17 daa), (72 daa), (354 daa), (123643 daa, men ligger bare delvis i Skien) og (60 daa).