Etter at Nasjonalistpartiet tok makten i 1948 trappet Meer opp sin aktivistiske aktivitet. Hun var blant grunnleggerne av Federation of South African Women (FSAW), som blant annet ledet kvinnemarsjen 9. august 1956. Etter Sharpeville-massakren i 1960 ble FSAW og mange andre organisasjoner forbudt, og måtte gå under jorden. I løpet av 1970-tallet ble Meer fengslet uten rettssak for å organisere en politisk kampanje sammen med Steve Biko fra Black Consciousness Movement.