Historien begynner 100 år etter hendelsene i Armored Core V. Forurensningen som omsluttet store deler av jorden har endelig begynt å avta, og avslører de syv tårnene: 20 kilometer høye strukturer som inneholder eldgammel, svært avansert teknologi. Men det oppstår snart konflikter om hvem som skal få kontroll over disse tårnene, og krigen utkjempes hovedsakelig mellom de tre kreftene Venide, en autokratisk kvasi-føydal stat, Sirius Corporation - en føderasjon av ressursrike bosetninger som har til hensikt å administrere tårnene for å skape velstand for alle mennesker, og Evergreen Family - en organisasjon som oppsto med flyktninger som Frances Batty Curtis ledet ut av byen for et århundre siden. Denne gruppen forsøker nå å gjenopprette jordens naturlige miljø. En fjerde stormakt er The Foundation, en forskningsgruppe som påstår at de er nøytrale under konflikten mellom de tre andre kreftene. Men samtidig forsyner de alle tre styrkene med avanserte våpen.