Den politiske, militære og økonomiske støtten fra Sovjetunionen ble avgjørende for republikkens eksistens. I mai 1946 trakk de sovjetiske styrkene seg ut av Iran, og det ble satt i gang mer aktive militære tiltak mot Mahabad-republikken. Utover mai var det flere harde væpnede konflikter. I august dro Qazi Mohammad til Tehran for å fremforhandle en enighet uten å oppnå resultat.