Hans to siste sesonger for «The Reds» var mye preget av skader, men han spilte godt i de periodene han var skadefri. Gérard Houllier foretrakk Igor Bišćan som midtstopper da Henchoz slet med skader. Han ble satt på benken, og spilte høyreback de få gangene han fikk sjansen.