Bouhler, Göring og andre ledende nazister kom til Berchtesgaden 21. april 1945. Hitler eller Martin Bormann beordret SS til å sette dem i husarrest. Albert Kesselring løslot Göring etter Hitlers selvmord. Bouhler reiste da til leiligheten sin i Schloss Fischhorn ved Zell-am-See. Bouhler var etterlyst av Counter Intelligence Corps og da amerikanske soldater nærmet seg tok han sitt liv der 19. mai 1945.