Han var nasjonalhelt etter krigen mot Mexico og tjenestegjorde som militærguvernør i Mexico by. Han hadde så stor respekt at Whigpartiet kastet sin egen sittende president, Millard Fillmore, for å nominere Scott som presidentkandidat i valget i 1852. Scott tapte for demokraten Franklin Pierce, men forble en populær nasjonal figur. Han ble midlertidig forfremmet til generalløytnant og ble dermed den første amerikaner siden George Washington som hadde denne graden.