I 2012 startet Follo FK et eget fotballakademi. Oppslutningen var stor. Akademiet ledes av Hugo Pereira, tidligere leder av Manchester Uniteds fotballakademi i Lisboa. Klubben rekrutterte flere erfarne trenere til akademiet og til de aldersbestemte lagene i klubben: Rui Barrosso (Sporting Lisboa), Jorge Cordeiro (ex-Benfica) og Tom Dent (ex-Fulham).