I disse to spillene var Ganon den skjulte siste bossen som var blitt gjenopplivet av Ganons pleiemødre, søstrene Twinrova. Dette skulle de få til ved å forårsake sorg i Labrynna, ødeleggelse i naboriket Holodrum og fortvilelse ved å ofre Prinsesse Zelda. Ritualet blir imidlertid avbrutt når Link redder Zelda og Twinrova ofrer derfor seg selv i stedet, med det resultat at Ganon blir gjenopplivet som et lavintelligent beist, kun oppsatt på ødeleggelse og ute av stand til å erindre noe annet enn raseri.