Da Christian VI ved sin tronbestigelse avskjediget stemoren Anna Sophies tilhengere og venner, kom Frauen i 1731 i Søren Lintrups sted som kongelig konfessionarius. Samme år ble han medlem av kommisjonen til Universitetets reorganisajson. Den kongelige gunst varte dog ikke lenge, da Frauen forlot sitt tidligere standpunkt og plustelig gikk til angrep på den pietistiske lære. Han ble tre ganger advart via hoffmarskalken, men fortsatte sine prekener mot pietistene til kongen ble vred og han ble avskjediget i 1733 med pensjon. Han flyttet heretter til Helsingør. Da broren, tollembetsmann i København Marcus Frauen døde i 1734, søkte han kongen om igjen å få lov til å komme til København. Ansøkningen ble godkjent, mot at han holdt seg vekk fra hoffet.