I februar 2006 fikk kaptein Drogba Elfenbenskysten til deres andre finale i Afrikamesterskapet, og scoret det eneste målet i semifinalen med Nigeria og sette bort den avgjørende spot-kick i posten-binde 12-11 straffesparkkonkurranse kvartal endelige seier over Kamerun. Imidlertid tapte de i finalen til Egypt 4-2 på straffespark etter 0-0, med Drogbas skudd ble stoppet av den egyptisk keeperen Essam El-Hadary i straffespark-konkurransen.