Den 17. september fikk Kaepernick en bot av NFL for upassende språkbruk på banen. Den 9. oktober fikk han nok en bot, på $10 000, for å ha brukt hodetelefoner fra Beats by Dre mens ligaens sponsor var Bose. Under en kamp mot San Diego Chargers løp han for en 90-yard touchdown. The49ers avsluttet sesongen 8–8 og nådde ikke sluttspillet for første gang siden 2010. Kaepernick kastet for 3 369 yards med 19 touchdowns og 10 interceptions. Han hadde 639 yards og én touchdown på løp. Etter sesongen gikk hovedtrener Jim Harbaugh til University of Michigan for å ta samme stilling der.