Det meste av øya ligger nord for polarsirkelen og har midnattssol om sommeren. Gjennomsnittstemperaturen i Iqaluit er −8,5°C, sammenliknet med 5,0°C i Reykjavík som ligger like langt nord. Havet rundt Baffinøya er dekket av drivis nesten hele året, bare i juli-september kan man regne med å finne isfrie områder helt i sør.