Lemkins interesse for folkemord på jødene begynte under andre verdenskrig da han ble kjent med konsekvensene for Polens jøder inkludert hans egen familie. Hele familien bortsett fra en bror ble drept under holocaust (foreldrene ble trolig gasset til døde i Treblinka). Etter den sovjetiske okkupasjonen av det daværende østlige Polen (Molotov–Ribbentrop-pakten) deporterte okkupasjonsmakten tusenvis og henrettet mange av Lemkins venner. Nazistene (som okkuperte resten av Polen i 1939 og de østlige områdene i 1941) gikk gjennom universitetets arkiver for å finne ut hvem som skulle henrettes. Gjennom sin jødiske oppdragelse var Lemkin godt kjent med den profetiske tradisjonen og med den jødiske der omtanke for de undertrykte står sentralt. Lemkins egne etiske refleksjon var preget av Martin Bubers «jeg og du»-teologi.