Klimaet er arktisk med lang og streng vinter. Sommeren er kort, kald og fuktig. Årlig middeltemperatur er -11,8 °C. Den varmeste måneden er juli med gjennomsnittstemperatur på 0,9 °C. Den kaldeste måeden er mars med -23 °C gjennomsnittlig. Høyeste målte temperatur er 13 °C. Laveste målte temperatur er -54 °C. Gjennomsnittlig årsnedbør er 295 mm. Framherskende vindretning er sydlig med gjennomsnittlig 5,6 m/s. Øya er snødekt fra midten av september til midten av juli. Nagurskaja har midnattssol fra 11. april til 30. august og flere måneder mørketid.