Selinunte var den greske kolonien som lå lengst vest på Sicilia, og av denne grunn kom de snart i kontakt med fønikere i vestlige Sicilia og innfødte sicilianere i vest og nordvest på øya. Fønikerne synes ikke først å ha vært i konflikt med dem, men så tidlig som i 580 f.Kr. byen involvert i fiendtligheter med ikke-greske elymere i byen Segesta som hadde grenser som møtte deres egne. Greske innvandrere fra Rhodes og Knidos, som deretter grunnla byen Lipara, støttet ved denne anledningen ikke-greske Segesta, noe som bidro til at de seiret. Men stridene og fiendtlighetene mellom e to byene synes å ha blitt hyppigere, og det er mulig at da Diodorus Siculus snakket om at Segesta var i krig med Lilybaeum (dagens Marsala i 454 f.Kr., var det egentlig Selinunte den byen han mente.