Den nye rollen til Fredrik påvirket også målet med korstoget. I 1224 krevde planene om å invadere Egypt tilgjengelige og egnede skip som kunne gå inn i Nildeltaet. Nå var hovedvekten en kampanje for å fokusere på Jerusalem, med menn fra Tyskland og finans fra Sicilia. Den tyske kardinal Thomas Olivier av Paderborn, som hadde vært effektiv i å rekruttere til det femte korstoget, deltok i rekrutteringen på nytt og ble til og med med på hærsamlingen i Italia, men det var ikke like vellykket. Hans reduserte rolle ble erstattet av biskop Konrad av Hildesheim. Landgrav Ludwig IV av Thüringen (senere helgenerklært) tok korset i 1226 og inspirerte sammen med hertug Walran av Limburg hundrevis av thüringer og østerrikske riddere til å bli med. De fikk også betydelig støtte fra Köln, Lübeck og Worms. Mange prelater og (en underklasse av riddere i lenssystemet) ble også med, blant dem også vandremunken Freidank, en didaktisk dikter som skrev på middelhøytysk. Antallet og dyktigheten til de tyske korsfarerne ga håp til de som planla og administrerte ekspedisjon.