Djóni í Geil giftet seg i 1872 med Elisabeth (Bette) Holm, datter av snekker Christen Severin Holm. Hun kom fra en dansk-færøysk slekt der hennes farfar Niels Lassen Holm og farbror Peter Alberg Holm var prester. Blant Djóni og Bettes barn var redaktør Kristin í Geil (Christen Isaksen) og komponist Petur Alberg. Deres sønnesønn Djóni í Geil ble lagtingsmann.