Etter krigen kom Müller til 1. Forstærkningsbataljon samt flere avdelinger og i 1852 til 13. bataljon, der han i 1853 ble major, men han fikk året etter kommando over 1. Bataljon i Rendsborg som oberstløytnant uten ansiennitet (med ansiennitet fra 1857). Ni år tilbrakte med å herde sine københavnske rekrutter, som ikke alltid var greie å lede, ved anstrengende øvelser på ekserserplassen og i terrenget. Han klarte i løpet av kort tid å gjøre bataljonen til Hærens best utdannede avdeling. Her hersket jerndisiplin. Han ble av den grunn allerede i 1850-årene kjent i vide kretser, til og med da han ved sitt studium av taktikken var en av dem som først hadde øye for fordelen ved å lede kompaniene i kolonner. I 1858 ble han Dannebrogsmann.