Nidaros har navn etter elven Nidelva som renner igjennom byen. Det er usikkert til hva første ledd, Nid, , innebærer, men «den brusende elva» eller «den rennende elva» er forslått. Det går også igjen i andre navn som Nidarholm og Nidarnes. Niðaróss ble etablert fra minst siste halvdel av 1100-tallet og fram til 1300-tallet var det også det vanlige navnet på byen. Det er antatt at det er en sammensetning av og , sistnevnte hankjønnsord for «elvemunning». Selv på 1700-tallet va navnet Nidaros kjent. Navnet Trondheim(en) peker tilbake tilbake til folket trøndere, norrønt , og representerte opprinnelig hele regionen (Trøndelag), ikke kun byen.