Den mindre høyre elva stammer fra isfelt i en høyde på ca. meter og renner først sørvestover. Når den kommer ned i den brede øst–vestløpende høyfjellsdalen i Wakhankorridoren deler den seg ut i en stor alluvial vifte. Den venstre grenen renner via morenereservoaret Chaqmaqtin inn i den nordøstflytende Aksu (øvre del av elva Bartang). Høyre arm flyter med navnet Wakhan i motsatt retning. Begge renner imidlertid ikke ut i forskjellige hav, men møtes igjen ved Bartangs munning i Pjandzj. Den større venstre kildeelven, Wakhjir, er dannet av smeltevannet fra flere isbreer nær Wakhjirpasset, som er innrammet av nesten meter høye fjellkjeder, og renner i en rett kurs gjennom en høyfjellsdal omkranset av omfattende morener fra siste istids isbreer. Sammen med denne hovedkildeelven har Wakhan en lengde på 220 kilometer.