Etter reformasjonen ble klosteret omdannet til et adelig jomfrukloster som kirken var knyttet til. I 1596 brant byens sognekirke ned og Maribo domkirke ble derfor felleskirke for byen og jomfruklosteret. Klosteret ble nedlagt i 1621, hvoretter kirken ble sognekirke for byen. I 1803 ble Lolland-Falsters stift opprettet og i 1924 fik kirken predikat av domkirke.