I løpet av de neste 13 årene lå 49ers på en seierprosent rundt .490, med unntak av i og da de gikk henholdsvis 2–12 og 4–10. De ble i denne perioden det første laget i NFL til å brukte en "shotgun"-formasjon, navngitt av lagets hovedtrener Red Hickey i 1960, som var utformet for å gi quarterbacken bedre tid til å kaste en pasning. Den 10. mai 1965 døde Victor Morabito, 45 år gammel. Ifølge lagets årbok fra 1965 var lagets medeiere Mrs. Josephine V. Morabito Fox, Mrs. Jane Morabito, Mrs. O.H. Heintzelman, Lawrence J. Purcell, Mrs. William O'Grady, Albert J. Ruffo, Franklin Mieuli, Frankie Albert, Louis G. Spadia og James Ginella.