Det er grunn til å tro at den sivile befolkningen på Farmakonisi er evakuert og erstattet med en militær garnison. Som en følge av denne konflikten de to landene førte det til en kollisjon mellom et tyrkisk kystvaktskip og et tilsvarende gresk kystvaktskip utenfor Farmakonisi i september 2012. Det tyrkiske skipet utfordret gresk territoralfarvann.