Johannes Evangelist Birnhofer var niende og siste barn i en bayersk bondefamilie, fem av søsknene hadde dødd i spedbarnsalder. Foreldrene var Bartholomäus Birndorfer og Gertrude Niedermayer. Johannes arbeidet som knekt på foreldrenes gårdsbruk i Rottal, som han var ment å overta.