Det tok mesteparten av 20. oktober for Villeneuve å få flåten organisert, og den seilte så i tre kolonner mot Gibraltarstredet i sørøst. Den samme kvelden så man fra skipet «Achille» en styrke på 18 britiske linjeskip som hadde tatt opp forfølgelsen. Flåten begynte å forberede seg på kamp og i løpet av natten ble skipene samlet på en linje. Den neste dagen ble Nelsons flåte på 27 linjeskip og 4 fregatter oppdaget i nordvest, på vei mot dem. Villeneuve beordret igjen tre kolonner, men skiftet raskt mening og gikk tilbake til en linje. Resultatet av vaklingen var en uregelmessig formasjon.