År 40 f.Kr. inntok han Jerusalem med hjelp av partiske styrker under general Barzafarnes, og sendte sin onkel Hyrcanos til Babylon i lenker etter først å ha skåret av ham ørene slik at han ikke lenger kunne være fungere som yppersteprest. I 37 f.Kr. ble Judea gjenerobret av Herodes den store med støtte fra Romerriket. Herodes overleverte Antigonos til Marcus Antonius som fikk ham halshogd.