Den første kirken i Stoksund lå på Kjerkholmen, der ble det funnet rester av en gravplass fra middelalderen. Den nåværende kirken ble bygd i 1825 som tømret åttekantkirke, senere betydelig ombygget med korsarmer til korskirkeform. Kirken i Stoksund var i privat eie til 1820 da seks gårdbrukere (på vegne av menigheten) kjøpte kirken for 536 spesidaler, den ble solgt igjen i 1836 og innløst av kommunen i 1877.