I en dansk landsby i 1623 blir en gammel kvinne, kjent som Herlofs Marte, anklaget for å bedrive hekseri. Anne, en ung kvinne, er gift med den eldre lokale pastoren Absalon Pedersson, som er involvert i mange rettssaker mot hekser. De bor i et hus som deles med hans strenge, dominerende mor Meret. Men moren hans godkjenner ikke at Anne, som er mye yngre enn ektemannen hennes, er omtrent på samme alder som sønnen fra sitt første ekteskap. Anne gir Herlofs Marte tilflukt, men Marte blir snart oppdaget i huset - selv om hun antas å ha gjemt seg der uten hjelp fra noen som bor i huset. Herlofs Marte vet at Annes mor, allerede død på tidspunktet for hendelsene i filmen, også var blitt anklaget for hekseri. Men moren hadde blitt spart takket være Absalons inngripen, som hadde som mål å gifte seg med unge Anne.