Under den andre slesvigske krig tjenestegjorde Conradi som militærlege på dansk side fra mars til juli 1864. Den 15. mars hadde Conradi tilsyn med tre lasaretter i Fredericia. Et av dem lå i en festning som ble bombardert den 20. og 21. mars, og syke og sårede ble overført til Fyn. Conradi tjenestegjorde som lege ved Dybbøl da denne skansen ble stormet 18. april 1864. Som lege transporterte han sårede til København med det norske dampskipet «Nordstjernen». Conradi ledet deretter feltsykehus på Fyn og Jylland.