Klokken 07:15 beordret Nagumo at reserveflystyrken skulle bli lastet med bomber for mål på land. Bakgrunnen for det var resultatene fra det første angrepet mot Midway, og anbefalingen om en andre angrepsbølge. Lasting av bomber hadde pågått i omtrent 30 minutter da, klokken 07:40, det forsinkede rekognoseringsflyet fra «Tone» meldte at det hadde sett en betydelig amerikansk sjøstridsstyrke i øst. Rekognoseringsflyet unnlot å beskrive styrkens sammensetning. Senere informasjon antyder at admiral Nagumo ikke fikk meldingen om observasjonen før klokken 08:00.