Bruken av bredspektrede antibiotika som f.eks. clindamycin og cephalosporiner endrer den normale floraen i tykktarmen. Når det angjeldende antibiotika blir gitt, dreper og hemmer den bakteriestammer, som muliggjør oppvekst av bakteriestammer. En av disse er Clostridium difficile. Denne bakterien produserer et toksin som gir den type diaré som er karakteristisk for pseudomembranøs kolitt.