Schäfer ble professor i middelalderens byggekunst i 1884 ved Den tekniske høyskole i Charlottenburg (Berlin) og 1894-1907 i Karlsruhe. Han utførde blant annet universitetsbygningene i Marburg og privathus i Berlin, restaurerte en del av slottet i Heidelberg (Friedrichsbau 1897-1903) og domkirkenen i Meissen (1903 ff).