Eldste spor etter mennesker i området er rundt 3000 år gamle. Området har bevis på Olmec, Nahua, Toltec og Chichimeca beboelse eller innflytelse. Men etter 1100-tallet var den dominerende kulturen her Purépecha-kulturen helt til spanjolene kom. Byen Comala har før-spanske røtter. Første europeer som ankom området var Bartolomé López i 1527. Området ble evangelisert av fransiskanerne, og de etablerte kapellet i Ajuchitlán. I 1554 ble landsbyene Comala, Suchitlán og Zacualpan offisielt etablert under spansk styre. I 1815 ble det en semi-autonom urfolk-republikk med sin egen guvernør. Det ble en kommune i 1820 med Cayetano Pizarro som den første ordføreren under spansk lov, og igjen i 1857 under det årets grunnlov. Det har bevart denne politiske organisasjonen til i dag.