Balboa fryktet nettopp at Enciso og Nicuesa ville sette igang en prosess mot ham dersom de nådde hjem til Spania,og sendte et eget skip til Santo Domingo med kongens 5.del av de erobrede rikdommene og utsendinger for derfra å reise videre til Spania og tale hans sak og presentere opprørernes versjon av hendelsene. Dette skipet nådde heller ikke frem. Det gikk på grunn på revene utenfor Jamaica etter å ha drevet for langt vest på vei til Santo Domingo. Mannskapet hadde kommet seg ombord i redningsbåter, men var drevet med den sterke strømmen mot vest og havnet på Yucatán-halvøya, der spanjolene ble tatt til fange og straks ofret til gudene på toppen av templene. Bare to spanjoler, Guerrero og Aguilar, lyktes i å rømme, og levde blant mayaene i mange år. Aguilar skulle 8 år senere bli reddet av Hernán Cortés og få betydning som tolk under erobringen av aztekerriket.