I 1866 bygget hans bror, William Rockefeller, et annet raffineri i Cleveland og fikk John med som partner. I 1867 ble Henry M. Flagler med som partner, og selskapet Rockefeller, Andrews & Flagler ble opprettet. I 1868 eide selskapet to raffinerier i Cleveland og et datterselskap i New York som drev med markedsføring, og firmaet Rockefeller, Andrews & Flagler hadde på dette tidspunktet den største oljeraffineringsvirksomheten i verden. Rockefeller, Andrews & Flagler ble forgjengeren til Standard Oil Company.