Stortinget vedtok å opprette Universitetet i Tromsø 28. mars 1968. I 1969 fikk universitetet et interimsstyre, ledet av Peter F. Hjort. Kong Olav V foretok den offisielle åpningen i 1972 i Tromsø domkirke, og de første studentene begynte studiene sine i leide lokaler. I denne perioden hadde universitetet et aktivt universitetsdemokrati med god deltakelse fra ansatte og studenter. Fiskerikandidatstudiet ble etablert dette første året, og profesjonsstudiet i medisin ble etablert året etter. De første årene var kontorer og undervisning i Tromsø sentrum, og på Nordlysobservatoriet, men i 1978 sto det første permanente bygget på universitetsområdet i Breivika ferdig. Tomten er 1 500 mål. I løpet av de neste ti årene ble det reist flere nye bygg, og studentene fikk tilbud om nye studier. I 2005 ble hele universitetet samlokalisert i Breivika ved Kong Harald Vs åpning av Teorifagbygget. Dette varte helt til sammenslåingen med Høgskolen i Tromsø i 2009.