De blir forent idet hun dør, men på reisen hjem styrter deres fly på en mystisk øy i Stillehavet. Her blir Walt kidnappet av øyas tidligere innbyggere som blir referert til som «de andre», og Michael tilbringer all sin tid på å få sønnen tilbake. Til sist greier han det og de forlater øya sammen, men skylden over å de mordene han har begått for å oppnå dette, før det fremmedgjøring overfor sønnen og et selvmordsforsøk. Han drar tilbake til øya, men blir drept da en bombe eksploderer. Michael dukker derimot opp igjen som et spøkelse og unnskylder til Hurley (spilt av Jorge García) for å ha drept Libby Smith (spilt av Cynthia Watros).