Den første Ming-keiseren, Hongwu, eleverte Nanjing i 1368 på nytt til Kinas hovedstad, og kalte byen Yingtian. I løpet av 21 år utbygde ca. 200.000 arbeidere til det som da var verdens største by, med et antatt innbyggertall på nærmere en halv million. Nanjings bymur som fremdeles står i byen, stammer fra denne tiden. Nanjing ble svært velstående. Ved siden av dens tradisjonelle tekstilindustri ble også trykkerier og skipsverft etablert der; Nanjing var verftsbyen for middelalderens største seglskip og hjemmehavn for admiral Zheng Hes skatteflåte. Herfra seile han på sine lange reiser til India, Arabia og Afrika.