I slutten av 1999 ble han i stedet utnevnt til biskop av Saltillo, nord i Mexico. I denne regionen var menneskerettighetsbruddene mange og tydelige i samfunnet, og han fortsatte sitt arbeid for menneskerettigheter og etablerte et senter for menneskerettigheter som jobber for å støtte grupper som migranter, kvinner og urbefolkning. Han har også tatt til ordet mot fordommer mot homofile.