Colmenares fant til slutt Nicuesa og hans flåte i en elendig forfatning i kolonien Nombre de Dios i Mosquito-bukta, og reddet dem fra en sannsynlig undergang ved sin ankomst. Representantene fra Santa Maria framførte sitt budskap, men ble overrasket av Nicuesas uventede respons. Nicuesa var rasende over at kolonistene hadde tatt seg til rette i Darién, og erklærte at alle skattene de hadde samlet seg straks ville bli beslaglagt og kolonistene straffet når han ankom Santa Maria. Med hjelp fra menn som var lei av Nicuesas harde styre,lyktes det utsendingene fra Santa Maria å nå kolonien før Nicuesa for å varsle om det uhellsvangre resultatet av møtet med Dariéns guvernør. Balboa gjorde straks forberedelser, og ved Nicuesas ankomst ble hans flåte nektet innseiling i koloniens havn. Nicuesas flåte var igjen kommet i trøbbel, forsyningene Colmenares hadde reddet Nicuesa med var snart brukt opp, og flåten var avhengig av å få hjelp i Santa Maria. Nicuesa skjønte han ikke hadde annet å gjøre enn å vise ydmykhet og be Balboa om å få slippe inn under de betingelser han måtte kreve. Balboa lot flåten finne nødhavn i Santa Maria mot at Nicuesa ble værende ombord, og mannskapet fikk slippe iland så lenge de var ubevæpnet. Balboa møtte dem med tilbudet om å bli værende i kolonien og erklære Balboa lojalitet, mens de som valgte å følge Nicuesa måtte forlate kolonien med det samme. De aller fleste, også Colmenares, valgte å bli i kolonien, mens Nicuesa og hans lojale menn ble plassert i et dårlig skip og sendt til havs, med Balboas hånlige ønske om lykke på reisen tilbake til Santo Domingo. Skipet kom aldri frem, og ingen vet hvor Nicuesa og hans menn ble av.