Republikken fikk bare leve i 14 år. Selv om Genova ikke hadde noen kontroll over øya, eller kanskje derfor, overlot Genova Korsika til Frankrike som betaling for gammel gjeld i 1768, og franske styrker på 10 000 mann rykket inn på øya for å ta kontroll. I slaget ved Ponte Novo nord på øya ble de korsikanske forsvarsstyrkene beseiret våren 1769,og Korsika kom under fransk styre. Paoli flyktet til London, og etablerte en eksilbevegelse for et fritt Korsika. Under den franske revolusjon dro Paoli tilbake til Korsika i 1790 og ble en sentral person i revolusjonstyret av øya. Han førte administrasjonen i nasjonalistisk retning, noe revolusjonsledelsen i Paris ikke så på med blide øyne. I 1793 ble han dømt til døden . Paoli svarte med å henvende seg til Storbritannia, som var i krig med Frankrike, og ba dem om støtte for sin sak. I 1794 gikk en større britisk styrke i land etter et sjøslag ved Calvi (der admiral Horatio Nelson mistet sitt øye). Til Paolis store skuffelse overtok britene selv styret av øya ved å innsette en britisk guvernør. Paoli gikk igjen i eksil i London, og ble der til sin død i 1807.