Popper gjorde det tydelig at vitenskap bare er mulig gjennom «utenomvitenskapelige» (og dermed metafysiske) konvensjoner eller overenskomster. Et enkelt eksempel er at vitenskapelig fremskritt forutsetter at utøverne bekjenner seg til sannferdighet – til å dele sine funn med andre, til ikke å skjule hull eller dekke over feil, til ikke å forvrenge motstridende teorier osv. Disse karakteristikkene ved vitenskapelig redelighet kan ikke i sin tur eller testes mot empiriske funn – de er moralske verdier som danner for all vitenskapelig praksis. Popper konkluderte derfor med at vitenskap ikke kan (og ikke bør) være helt verdifri: Nettopp fordi forskning bør unngå å bli blindet av f.eks. religiøse eller politiske verdier, kan den (litt paradoksalt) aldri klare seg uten verdier. Det å støtte opp om meningspluralisme og å avvise ideologisk baserte argumenter i vitenskapen, er i seg selv verdier og en forutsetning for god vitenskapelig praksis.