Av landets jødiske innbyggere ble minst 95 prosent massakrert under den tyske okkupasjonen, noe som utgjør det største enkeltstående tap av menneskeliv i Litauens historie. I Latvia og Litauen ble den jødiske befolkningen nesten totalt utslettet og andelen overlevende var den laveste blant landene berørt av holocaust. Innen utgangen av 1941 var 80 prosent av jødene i landet drept. Bortsett fra Latvia hadde ingen land gjennomgått et slikt massedrap allerede i 1941. Den hurtige og grundige utryddelsen av jødiske litauere ville trolig ikke ha vært mulig uten de litauiske drapskommandoene under tysk ledelse. Til sammenligning var drapstakten i 1941 langt lavere i Hviterussland, der tyskerne ikke hadde nok mannskap i form av «patriotiske» innbyggere til å utføre så omfattende massakrer.