Malans far var professor i biokjemi ved Universitetet i Pretoria og var parlamentsmedlem fra 1948 til 1966. Malan giftet seg med Magrietha Johanna van der Walt i 1962, paret hadde to sønner og en datter sammen. Magnus Malan døde fredelig i hans eget hjem mandag 18. juli 2011, da han var 81 år gammel. Han etterlot seg sin kone, deres tre barn og ni barnebarn.