Da andre verdenskrig kom til Norge var Boyesen i gang med jusstudier. Han kom med i illegalt arbeid og var mellommann mellom Norges legasjon i Stockholm og gruppen rundt høyesterettsdommer Ferdinand Schjelderup, slik at det ble etablert kontakt mellom regjeringen i London og (sivilt motstandsarbeid i Norge). Boyesen arbeidet også i fagbevegelsen og var aktiv i motstanden mot nazifisering av Landsorganisasjonen. I januar 1944 måtte han ta seg over til Sverige. Han ble der sekretær ved den norske legasjonen.