Stjørdalshalsen tilhører Stjørdal sogn i Stjørdal prosti i Den norske kirke. Hovedkirke i sognet er middelalderkirken Værnes kirke. Det lenge vært et ønske om en egen bykirke. I 2015 ble Stjørdal kirke i Kimen kulturhus vigslet. Stjørdal, Skatval og Lånke sogn utgjorde tidligere Nedre Stjørdal prestegjeld.