Fra begynnelsen av det trettende århundre hadde shanene begynt å omringe Paganriket fra nord og øst. Mongolene, som tidligere hadde erobret Yunnan, burmesernes tidligere hjemland, startet sine invasjoner av Burma i 1277, og i 1287 inntok de hovedstaden, som førte til slutten på Pagans 250 år lange styre over Irrawaddy-dalen og områdene rundt denne. Kongedømmet ble delt inn i en rekke mindre riket, og det kom til å ta ennå 250 år før riket igjen ble gjenforent, da av Taungoo-dynastiet.