Med 137 kilometer samlet lengde har Kroatia, etter Moldova og Ukraina, den korteste delen av Donau. Den kroatiske Donau begynner like ovenfor Batina, rett vest for trerikshjørnet mellom Kroatia, Ungarn og Serbia. Grensen følger deretter mer eller mindre elvens løp til den når Ilok og Backa Palanka på serbisk side. Underveis i Kroatia passerer elven naturparken Kopački rit. Drava danner parkens sørlige grense fra Osijek og ca. 20 kilometer til elvens munning ut i Donau. Den viktigste byen langs den kroatiske delen av Donau er Vukovar, som fikk store skader i krigen mot Serbia.