Den eldste registrerte bosetningen på stedet er at soldatene til Oliver Cromwell bygde trefort i 1654 som en base for britiske tropper for å pasifisere klanen Cameron etter krigene mellom de tre kongedømmene. I tiden etter den ærerike revolusjon da William av Orange overtok den britiske tronen som Vilhelm III av England, ble festningsverket kalt for Fort William da de britiske myndighetene forsterket stedet for å kontrollere skotske klaner i området. Bosetningen som vokste rundt festningen ble kalt Maryburgh, etter Vilhelms hustru, dronning Maria II av England. Denne bosetningen ble senere omdøpt til Gordonsburgh, og deretter Duncansburgh før den ble omdøpt til Fort William, denne gangen etter prins William, hertug av Cumberland. Det har vært forskjellige forslag gjennom årene for å gi nytt navn til byen (for eksempel til Invernevis).