Bowser får skikkelig gjennomgå i . Her har Bønne-heksen Cackletta og hjelperen hennes Fawful stjålet stemmen til Peach og erstattet den med eksplosiver. Han blir frustrert fordi han ikke kan kidnappe henne uten at hun sprenger slottet hans i filler nå, så han tar Mario-brødrene med til Bønnebønne-riket for å finne Cackletta. Underveis blir luftskipet hans angrepet av Fawful og krasjet. Det siste brødrene ser av ham på en stund er at han blir skutt ut av en kanon. Bowser får hukommelsestap og blir funnet av tyven Popple. Han blir adoptert som læregutten "Rookie", og slåss mot Mario-brødrene et par ganger i sin nye karriere. Etter en kort flytur og et hardt fall våkner han opp igjen uten noe minne om de siste hendelser. I det samme øyeblikk kommer Fawful bærende på restene av Cackletta, som fikk dødelige sår i kampen mot brødrene. Fawful sender Cacklettas sjel inn i Bowser, og hun tar kontroll over kroppen hans og blir til Bowletta. Når Cacklettas sjel blir knust av Mario-brødrene, våkner Bowser opp litt etterpå, nok en gang uten aning om hva som skjer. Noen øyeblikk senere eksploderer det flyvende slottet hans som Bowletta hadde tatt over.