Zimbru har spilt i den moldovske toppdivisjonen, Divizia Naţională, siden den ble etablert i 1992. Klubben har til sammen tatt åtte seriemesterskap og seks cupmesterskap, og er den klubben i Moldova med flest sesonger i toppdivisjonen. Zimbru hadde sin største suksess på 1990-tallet, da de blant annet vant sine åtte seriemesterskap. I 1997–98-sesongen tok klubben "The Double" ved å vinne både serien og cupen. Zimbru har spilt i Europiske turneringer opptil flere ganger. I 2014–15-sesongen kom de til play-off-runden til Europaligaen.