Deportasjonssone III i det nordlige Ungarn strakk seg fra Košice til grensen mot Østerrike nord for Budapest og hadde anslagsvis jødiske innbyggere. Deportasjonene ble planlagt i et møte i innenriksdepartementet 25. mai under ledelse av Baky og med sjefene for gendarmeriet/politiet i de berørte distriktene samt tysk SD og SS til stede. Interneringen skulle etter planen begynne 5. juni (samtidig som deportasjonen fra Transilvania skulle være fullført) og deportasjonen skulle foregå fra 11. til 16. juni. Operasjonen ble ledet fra et hovedkvarter satt opp i småbyen Hatvan nord for Budapest. Størst antall jødiske innbyggere hadde Miskolc. Basert på erfaringene fra de to første sonene ga Ferenczy ordre om at deportasjonene skulle skje så raskt som mulig etter at oppsamling i leirer. Det tyske sikkerhetspolitiet skulle ha kommandoene inne i leirene og ha oppsyn med opplasting på tog, mens ungarerne skulle stå for vaktholdet. Syke, gamle og deres familier skulle gå med de tidlige transportene, ikke med de siste som tidligere, ifølge instruksene.