Byen ble først nevnt som Donaueschingen i 889. I 1283 ga Rudolf von Habsburg grevskapet Baar og Donaueschingen til Heinrich von Fürstenberg, i tillegg til rettene til å brygge øl. Dette er opphavet til bryggeriet Fürstlich Fürstenbergische Brauerei. I 1488 gikk byen til greven av Fürstenberg. Fra 1700-tallet var Donaueschingen residens for fyrstene av Fürstenberg. I 1806 kom byen inn under Storhertugdømmet Baden og fikk bystatus i 1810. En stor del av byen ble ødelagt av en brann i 1908.