Rowḥāni var også viseformann for den fjerde og femte terminen til Irans parlament og var Det øverste nasjonale sikkerhetsråds sekretær fra 1989 til 2005. I denne stillingen ledet han også Irans tidligere team for kjernefysisk forskning og var landets øverste forhandler med EU-3, altså Storbritannia, Frankrike og Tyskland, om Irans atomprogram.