Etter anmodning fra tronarvingen gjenopptok Czernin sin tjeneste i diplomatiet i oktober 1913 og ble sendt som minister (stasjonssjef) til București i Romania. Utnevnelsen var først kontroversiell i dobbeltmonarkiet, da han var kjent for å være negativ overfor Ungarn, men han klarte å overbevise den ungarske statsministeren István Tisza til å akseptere han. Et intervju med en ungarsk avis i januar 1914 holdt imidlertid på å koste han stillingen, med krav fra Ungarn for hans avgang.