Pekkala ble 26. mars 1946 statsminister i Finland. Paasikivi hadde da blitt president og Sovjetunionen blokkerte for Uhro Kekkonen i statsministerposten. Som statsminister forhandlet han om lettelser i fredsbetingelsene med Sovjetunionen og deltok i utarbeidelse av Avtalen om vennskap, samarbeid og bistand. Pekkala satt som statsminister til 29. juli 1948. I 1950 stilte han til presidentvalg, men tapte.