Han ble igjen forfremmet i Peninsula-felttoget i 1862 etter sin innsats i slaget ved Williamsburg, og som generalmajor var Hill en av de fremste og suksessrike kommandantene til Robert E. Lees Army of Northern Virginia. Hills som faktisk var en av de største i hæren, utmerket seg i syvdagersslaget, slaget ved Cedar Mountain, det andre slaget ved Bull Run, slaget ved Antietam og slaget ved Fredericksburg. Hans divisjon var del av Stonewall Jacksons korps. Hill hadde en kort periode kommandoen over hele korpset etter at Jackson ble dødelig såret i slaget ved Chancellorsville, før han selv ble såret.