Den 13. juni 1799 nådde Ruffo og hans styrker Napoli, og etter et desperat slag ved Ponte della Maddalena, gikk de inn i byen. I flere uker fortsatte Calabresi og ene å plyndre og massakrere for fote i byen, og Ruffo maktet ikke, selv om han ønsket, å holde de igjen. Derimot hadde ikke rojalistene kontroll over byen, da franskmennene i Castel Sant'Elmo og republikanerne i Castel Nuovo og Castel dell'Ovo fortsatt holdt ut, og fortsatte å bombardere gatene, samtidig som den fransk-spanske flåte kunne ankomme når som helst. Dermed var Ruffo desperat engstelig etter å inngå en avtale med republikanerne for å evakuere festningene, til tross for dronningens ordre om å ikke forhandle med opprørerne. Etter noe forhandling inngikk partene våpenhvile, og ble enige om en kapitulasjon (), hvori festningene skulle evakueres, gislene befridd, og garnisonene frie til å forbli urørt i Napoli eller seile til Toulon.