CFCS er en del av Forsvarets Efterretningstjeneste som hører under Forsvarsministeriet og senteret består av tre avdelinger og syv seksjoner. De tre avdelingene er «Rådgivning & Tele», «Nettsikkerhet» og «Juridisk & Policy». Under Nettsikkerhet hører blant annet seksjonene MILCERT og GovCERT.