Det sentrale punkt var, likesom i striden mellom Luther og Zwingli, Kristi legemes realpresens. Ikke minst gnesiolutheranerne mente at denne ikke var tilstrekkelig sikret hos Calvin. Til et hovedpunkt ble den såkalte ubikvitetslære, som man benyttet for å imøtegå Calvins argument at Kristli legeme ikke kunne være tilstede rent stofflig på jorden.