I juli 1940 ble Stimson som en aldrende mann igjen utnevnt til krigsminister i Krigsdepartementet av president Franklin D. Roosevelt. Valget av den republikanske Stinson ble på tross av den demokratiske Roosevelt-administrasjonen gjort på grunnlag av hans sterke motstand mot nazi-regimet. Det var som krigsminister at Stimson i dagboken sin ti dager før angrepet på Pearl Harbor skrev om «hvordan vi skal manøvrere dem (japaneserne) i posisjon til å fyre av det første skuddet uten å tillate altfor mye fare for oss selv».