Der er 65 offentlige grunnskoler, ni private grunnskoler og ti religiøse grunnskoler i Bratislava. Til sammen er det rundt 25 821 innskrevne elever. Byens system for videregående utdanning består av 39 videregående skoler med 16 048 elever, 37 spesialiserende videregående skoler med 10 373 elever og 27 yrkesskoler med 8 863 elever (data fra 2007).