Siden 27. juli 2004 har han vært styreformann for JSC Rosneft, som har overtatt den fengslede Mikhail Khodorkovskijs ressurser i Yukos. Khodorovskij har anklaget Setsjin for å ha planlagt hans arrestasjon og plyndringen av oljeselskapet hans: «Den andre så vel som den første saken ble organisert av Sechin. Han iscenesatte den første saken mot meg av grådighet og den andre av feighet».