Praetorius' far, den lutherske presten Michael Schulteis, var elev av Johann Walter. Etter skoleår i Torgau og Zerbst begynte Praetorius et teologi- og filosofistudium i Frankfurt (Oder). Han mottok ingen formell musikkundervisning, men fikk likevel organistposten ved stedets Marienkirche og holdt denne fra 1587 til 1589. Fra 1592/93 befant han seg etter eget utsagn i Wolfenbüttel, der han snart etter gikk i tjeneste hos hertug Heinrich Julius av Braunschweig-Wolfenbüttel, først som organist ved hertugens hoffkapell og fra 1604 som hoffkapellmester.