Osten kan etter tradisjon lagres i huler slik det har blitt gjort generasjoner tilbake. Hulene som brukes har en temperatur og luftfuktighet som setter sitt preg på osten. Felles for både tradisjonell og industrielt produsert gorgonzola er at ostene blir snudd og muggveksten som er dannet på overflaten blir vasket bort under lagring. Lagring tar fra 3-4 måneder til 1 år avhengig av ostetype.