I 1648 bekreftet traktaten av Westfalen at kongedømmet Böhmen ble lagt inn under habsburgernes keiserdømme med sitt sete i Wien. Böhmen mistet da sin faktiske uavhengighet. Tsjekkerne omtaler den påfølgende tiden, fra 1620–1648 og fram til slutten av 1700-tallet, som «den mørke tidsalder». Den er karakterisert av ødeleggelser av utenlandske soldater, fortysking, og økonomisk og politisk nedgang. Med innflytelsen fra utlendinger, hovedsakelig tyskere, ble tysk språk dominerende i administrasjonen og i dannet selskap. Kongedømmet Böhmen og tsjekkerne var blitt redusert til en mindre provins i det habsburgske eneveldet.