Padre Pio ble erklært salig den 2. mai 1999 og tre år senere, erklært hellig av pave Johannes Paul II den 16. juni 2002. Paven hadde tidligere møtt Padre Pio og var svært fascinert av ham. Etter sin død økte Padre Pios folkelige popularitet, også etter hvert utenfor Italias grenser. Under helligkåringen på Petersplassen i Roma var det rekordmange til stede, politiet antok mer enn 300 000 på selve plassen og nedover Via della Conciliazione, i tillegg fulgte 100 000 seremonien på storskjermer utenfor Laterankirken.