Hun ble valgt inn på Stortinget fra Rogaland 1993–2001, begge perioder med sete i Stortingets energi- og miljøkomité. Johnson var statsråd for utviklings- og menneskerettighetssaker i Utenriksdepartementet i Kjell Magne Bondeviks første regjering 1997–2000 og statsråd for utviklingssaker i samme departement i Kjell Magne Bondeviks andre regjering 2001–2005. I perioden 2001–2005 hadde utenriksministeren, Jan Petersen, det konstitusjonelle ansvaret for menneskerettighetssaker, men Johnson hadde et ansvar for å tilrettelegge disse sakene. Fra perioden som politiker huskes hun for historisk høy satsing på bistand og for hennes svært aktive rolle i å få i stand en fredsavtale i Sudan. Hun var en av arkitektene bak Comprehensive Peace Agreement (CPA) for Sudan i 2005.