Fra 1237 ble bispedømmet inkorporert i ordensstaten, men biskopen var faktisk også verdslig hersker (dvs. fyrstbiskop) over mesteparten av territoriet sitt (7600 km²). I 1246 ble Saare-Lääne bispedømmet lagt under Rīga erkebispedømme. Saare-Läänes bispesete ble også flyttet flere ganger: i 1251 fra Lihula til Pärnu (tysk ), i 1265 til Haapsalu (), der bispedømmets katedral ble bygget i tilknytning til en bispeborg, og på 1300-tallet til Kuressaare på øya Saaremaa.