I likhet med jordbruk har fiske også vært viktig. «Fiskerbonden» er et velbrukt begrep i kulturhistoria. Fiske er imidlertid en næringsvei i tilbakegang. I en periode over ti år fra 1999 gikk antallet yrkesfiskere i Kvæfjord ned med over 60 %. I 2008 var det registrert 11 fulltidsfiskere og 11 deltidsfiskere i kommunen. Tidligere var det en sildoljefabrikk på Borkenes, og det har også blitt eksperimentert med oppdrett av blåskjell. I Gullesfjorden driver Nordlaks Oppdrett AS oppdrett av laks.