Samtidig hadde England avsluttet sin krig mot Spania, og til tross for at Morgan tidligere hadde mottatt kongelig støtte for sine handlinger mot spanske interesser ble han arrestert og sendt til England i 1672 for stå ansvarlig som pirat. Hans hell snudde seg igjen ved at kong Karl II av England hørte om hans dåder, og adlet ham i 1674 og lot ham returnerte til Jamaica det påfølgende året for få stillingen som nest-guvernør.