Kardinal Quiñones fulgte nøye med på utviklingen av de protestantiske bevegelser i Tyskland. Da pave Paul III overveide å sammenkalle et konsil til Mantova sendte han kardinal Quiñones til Ferdinand I for å fremme prosjektet. Konsilet ble til sist sammenkalt, men til et annet sted, i Trient noe lenger nord. Det var fem år etter Quiñones' død.