Arkivet ble opprettet den 25. oktober 1784 ved kongelig resolusjon. Arkivets første direktør var kapteinløytnant Poul de Løvenørn, som selv ledet oppmålingsarbeidet. I 1790 kjøpte Sjøkartarkivet monopol på å fremstille sjøkart. Sjøkartarkivet har foruten å utgi sjøkart over danske, norske, færøyske, islandske og grønlandske farvann, utgitt fyrlister, loshåndbøker m.m. og har siden 1827 utgitt tidsskriftet med opplysninger om sjømerkningens tilstand, farer for seilas med mer.