Ved krigens slutt mistet Hoel alle sine verv og stillinger. Flere organisasjoner ekskluderte ham som medlem og han mistet også St. Olavs Orden som han fikk tildelt i 1938. Han brukte mye av sin tid etter dommen til å søke oppreisning og forståelse for sin situasjon. Blant annet ga han ut sitt forsvarsskrift i 1951, hvor han redegjorde for sine handlinger under krigen. Han publiserte også en rekke artikler i forskjellige tidsskrift, av både vitenskapelig og politisk karakter.