Greske kolonister fra Knidos i Anatolia under kom til Meligunis (Lipari) i 580 f.Kr. og bosatte seg på stedet for den landsbyen som i dag er kjent som Castello eller la Cittade. Kolonien bekjempet med hell etruskerne for kontrollen over Tyrrenhavet. Alliert med Siracusa på Sicilia på den ved den skjebnesvangre innblandingen fra bystaten Athen i 427 f.Kr. klarte Meligunis å stå imot de athenske angrepene. Kartagiske styrker greide kortvarig å erobre og holde på stedet under deres kamper mot Dionysios I, tyrannen i Siracusa, i 394 f.Kr., men straks de var dratt gikk byen inn i en trekantallianse som omfattet Dionysios’ nye koloni ved Tyndaris. Meligunis hadde en blomstringstid, men i år 304 tok Agathokles av Syrakus byen ved forræderi, og etter sigende skal han plyndret byen, men tapt alt i en storm til sjøs. Mange objekter som er funnet i antikke skipsforlis er i dag oppbevart i Det eoliske museum på Lipari (se nedenfor). Øya ble en kartagisk flåtebase under den første punerkrigen, men falt for romerske styrker i 252-251 f.Kr., og på nytt igjen til Agrippa i Octavians krig mot Pompeius. Under Romerriket ble øya Lipara brukt som et sted for landflyktige og forviste, og et pleiehjem, bad og det hydrotermiske vannene er fortsatt benyttet som en spa.