Fudan kan faktisk spore sin eksistens tilbake til en uenighet mellom Ma Xiangbo (som også hadde trådt ut av ordenen) og ledelsen for Shanghais jesuitter. Ma hadde i 1903 stiftet og blitt leder for det katolske Aurora-instituttet (som etter få år ble universitet). Det ble endringer i skoleledelsen, og i 1905 trakk Ma seg fra presidentvervet ved Aurora-akademiet, og sluttet seg til 128 studenter som hadde stemt imot de endringer som de franske jesuittene hadde innført. De opprettet derfor en ny skole, som etterhvert ble til Fudanuniversitetet.