Kirkene hadde tre skip, inndelt av søyler av tømmerstokker, ofte , skåret med vridd profil for å etterligne i Peterskirken i Roma. Inntil nyere tid fantes det ikke benkerader, så tilhørerne måtte sitte på kne på gulvet. Et utvalg av fine kunstgjenstander pryder kirkene innvendig, deriblant altrene som i noen tilfeller var kledd i gull, sølv og glimmer. Spesielt prekestolene var bemerkelsesverdige med lyst malt tre støttet av sirener. Prekestolen i kirken i San Miguel er dekorert med motiver fra den lokale vegetasjonen.