Blant hans skrifter var (1550) og hans kontroversielle arbeider viser til slike emner som oversettelsen av bibelen til morsmålet, polemikk mot Servetus og andre emner. Han utga et stort antall skrifter bestående av teologisk og polemisk art. Tyve av disse er nevnt av John Bale i hans verk . I Alesius’ kontroversielle verker opprettholdt han sitt synergistiske syn på den skotske teologen John Mair. Han viste sin interesse for sitt opprinnelige hjemland ved utgivelsen av et (1544) som hadde uttrykt anerkjennelse av Luther, og et (1559).