Ifølge en lengre artikkel i avisen var Pauss allerede i skoledagene svært interessert i naturfagene, og etter examen artium ved Aars og Voss' skole i 1884 «fulgte det ligesom af sig selv, at han skulde studere Medicin» ved Det Kongelige Frederiks Universitet. Som medisinstudent hadde han den da unge legen Fredrik Gade som lærer i «mikroskopiske Undersøkelser», og fattet interesse for bakteriologien, som var i rivende utvikling. Gade ble en viktig mentor for ham, og «nærede de bedste Forhaabninger om sin unge taknemmelige Elev».