Dagens kirke erstattet ei eldre kirke fra 1798, som var blitt for liten. Det var særlig behov for en større kirke på grunn av den store mengden fiskere som kom til Lofoten i forbindelse med Lofotfisket i perioden januar til april hvert år. På slutten av 1800-tallet bodde det omkring 5000 mennesker i Vågan. Kabelvåg har vært kirkested i omtrent 900 år, og det første Håløygske kirkehus ble opprinnelig reist av Øystein Magnusson rundt år 1114, trolig i forbindelse med at den daværende kongen deltok i en sak mot Sigurd Ranesson. I 1224 i Håkon Håkonsons saga omtales stedet som Kirkjuvagum (Kirkevåg, vågen med kirke), og kilder fra 1600-tallet omtaler også stedet som Kirkevåg. Kablevåg kan ha vært det første bydannelsen stedet nord for Trondheim. I tillegg til kirken i Kirkevågen kan det ha stått et mindre kapell i «Kapellvågen» som kan ha gitt opphav til navnet Kabelvåg. Fem eller seks kirker har ligget innenfor området til dagens kirke. Ei tidligere kirke ble flyttet til Værøy i 1799.