Lengauer ble rammet av kreft tre ganger. Sensommeren 2006 ble han alvorlig syk. Han døde på Boganes sykehjem etter noen ukers sykeleie. Så sent som 20. september 2006, bare en drøy måned før sin død, ga han bort en samling skulpturer til sin eldste sønn Michael Lengauer, under forutsetning av at sønnen skulle gjøre utstillingen tilgjengelig for allmennheten.