I 1994 tilhørte Hansen den fraksjonen som brøt ut og dannet Det republikanske og konservative folkepartiet (VKRE). Fra 1994 til 1995 var han miljøvernminister i Andres Tarands overgangsregjering, og fra 1996 til 1998 var han partileder i VKRE. VKRE gikk så sammen med sosialdemokratene. Hansen satt i Riigikogu frem til 2003.