Szczecin ligger ved Oder, nær dens utløp i Szczecin-lagunen (Zalew Szczeciński/Stettiner Haff), ca. 90 km fra kysten ved Østersjøen. De nærmeste storbyene er Berlin (ca. 110 km) og Poznan (ca. 250 km). Byens nærhet til havet har historisk gjort byen til en typisk havneby, og i dag er de nordlige delene av byen preget av skipsindustri.