Nicolai var en stridbar og polemisk debattant som fikk mange motstandere, ofte kunne varme vennskap ende i et glødende fiendskap, eksempelvis gjaldt dette med Johann Caspar Lavater, Christoph Martin Wieland og Ludwig Tieck. Nicolai sluttet seg til Gotthold Ephraim Lessing, Carl Friedrich Zelter og Moses Mendelssohn, mens Immanuel Kant og Johann Gottlieb Fichte var hans motstandere.