Under det irske opprøret i 1641, et forsøk på statskupp fra den irske adelen, ble det utført et angrep under den andre beleiringen av Drogheda på byen fra sør, de høye murene ble brutt, og byen ble tatt av Oliver Cromwell 11. september 1649, som en del av Cromwells erobringen av Irland, og det ble åstedet for en massakre på de rojalistiske forsvarerne. Med hans egne ord etter beleiringen av Drogheda: «Da de underkastet seg, ble offiserene deres slått i hodet, og hver tiende mann av soldatene drepte og resten ble sendt til Barbados». Det store antallet krigsfanger, andre irlendere, ble med tvang sendt til Barbados og solgt som slaver.