Saint Thomas har et areal på 80 km² og er av vulkansk opprinnelse. Saint John har et areal på 52 km² og kjennetegnes som Saint Thomas også av bakkelandskap. Den største øya, Saint Croix, har et areal på 218 km² og ligger 64 km sør for de andre to. Saint Croix er langt flatere enn både Saint John og Saint Thomas. De amerikanske Jomfruøyers nasjonalpark er 59 km² stor og utgjør 60 % av landarealet på Saint John, i tillegg til hele øya Hassel Island. Nasjonalparken består for det meste av tropisk skog og koralrev. Nasjonalparken har ca. 500 000 besøkende i året.