Etter at han kom tilbake til hjemlandet ble Trstenský først foreleser, og etter å ha fullført habiliteringen med avhandlingen i 2008, ble han førsteamanuensis i bibeleksegese ved det teologiske universitet i Spišská Kapitula i 2015 og ved Det katolske universitet i Ružomberok. I tillegg tok han en doktorgrad i pedagogikk (PaedDr.) fra det pedagogiske fakultetet ved Det katolske universitet i Ružomberok i 2007 med verket og en grad i spesialpedagogikk i 2010.