Hans mor døde i 1566, og da gjenopptok han sine prestestudier. Han ble presteviet den 22. juli 1567 av Antonio Altoviti, erkebiskop av Firenze. Han var florentinsk ambassadør i Roma til pave Pius V fra 1569; der gjorde han et meget godt inntrykk på etterfølgeren pave Gregor XIII, som utnevnte ham til biskop av Pistoia i 1573 og erkebiskop av Firenze i 1574.