Rakner har i sin forskning beskjeftiget seg med tematikken demokratisering og menneskerettigheter, basert på forskningsopphold og feltarbeid i Zambia, Malawi, Tanzania, Uganda og Namibia. I særdeleshet har hun konsentrert seg om valgprosesser og politisk partiutvikling i det sørlige Afrika, men også politisk økonomi, økonomiske reformer og internasjonale hjelpeorganisasjoners rolle har opptatt henne. Rakner har hatt prosjekter for NORAD, Utenriksdepartementet og Verdensbanken.