Helmer Lundgreen ble utnevnt til ridder av St. Olavs Orden i 1882 og til kommandør av 2. klasse av samme orden i 1891. Han døde i 1892 og ble gravlagt i familiegravstedet ved Nidarosdomen. På graven reiste byen en minnestein i granitt og med bronserelieff, hvor det står «reist av erkjendtlige medborgere». Han testamenterte penger til to legater, ett av dem til sjøfolk i NFDS og deres etterlatte. I 1906 ble Helmer Lundgreens gate på Kalvskinnet oppkalt etter ham.