Av disse celleorganellene forekommer cellekjerner, endoplasmatisk retikulum, golgiapparat og celleskjelett hos samtlige eukaryoter. Kloroplaster har med sikkerhet ikke vært til stede i eukaryotenes siste felles stamart. Hvordan det forholder seg med mitokondrier og flimmerhår, er fortsatt et åpent spørsmål. Det fins noen få eukaryote organismegrupper som mangler én eller begge av disse organellene (bl.a. Tetramastigota og Microsporidea). Tidligere antok man at dette tydet på at de respektive gruppene har overlevd fra en tid da opprinnelige eukaryoter fremdeles manglet disse organellene. Nå går man derimot ut ifra at disse gruppene ble sekundært forenklet, at de altså stammer fra organismer som har hatt både mitokondrier og flimmerhår. Diameteren på en eukaryot celle ligger stort sett mellom 1 og 100 µm.