Smerlingen er nattaktiv og gjemmer seg under steiner om dagen. Den ernærer seg av bunnlevende smådyr og fiskerogn. Den lever helst i bekker og små elver med rask strøm, men kan også påtreffes i innsjøer med klart vann og stein- eller grusbunn. Rundt Østersjøen finnes den også i svakt brakkvann. Den er temmelig varmekrevende, og vanntemperaturen må komme opp i minst 19 °C om sommeren. Gytetiden er i mars–mai. Hannen vokter eggene til de klekkes.