Amundsen startet sin politiske karriere som formann for Harstad FpU fra 1986 til 1990 og fra 1989 til 1990 som formann for Troms FpU. I studietiden fra 1992 til 1994 ble han valgt som styremedlem for Hordaland FpU og fra 2002 til 2004 vært formann for Harstad FrP.