I 1988 ble Sosialdepartementets Ot. Prp. Nr. 49 (1987-88) vedtatt og det ble klart at ansvaret for tjenestene til psykisk utviklingshemmede skulle overføres til kommunene og sentralinstitusjonene ville bli avviklet. Ansvarsreformen skulle bedre og normalisere levekårene for mennesker med psykisk utviklingshemming og arbeidet med reformen ble høyt prioritert på Halsetheimen i 1989/90. Det ble opprettet en styringsgruppe som skulle sørge for ivaretakelse av både beboere og ansatte i prosessen. I 1990 var det 185 beboere på Halsetheimen, de fleste skulle flytte hjem til en av de 49 kommunene de kom fra. Omtrent 600 ansatte fordelt på 400 stillinger ble berørt av avviklingen. Trondheim kommune overtok avviklingsdriften 1. januar 1991, den varte i fem år. I mars 1996 flyttet den siste brukeren ut og Halsetheimen stengte for godt.