Prytz har vært medlem av Namsos kommunestyre og formannskap. Han var statssekretær i Justis- og politidepartementet under statsråd Odd Einar Dørum 2004–2005, Venstres 2. vararepresentant til Stortinget fra Nord-Trøndelag 2005–2009, gruppeleder i Nord-Trøndelag fylkesting 2007–2011 og styremedlem i Helse Midt-Norge 2012–2014.