På 2000-tallet var Malmö fortsatt blant de bedre uten helt å få det til. I 2003 var laget i cupfinalen for tredje gang, og de tapte for første gang en cupfinale, mot Umeå IK. Umeå var regjerende mestre, og dermed ble Malmö FF kvalifisert til Mesterligaen i fotball for kvinner. Laget kom helt til semifinalen, der de tapte for 1. FFC Frankfurt etter å ha slått ut Kolbotn.