Den 4. juni 2006 seiret García over motkandidaten Ollanta Humala, med stemmeandelene 52,8% mot 47,2 % i den andre avgjørende valgomgang. García tiltrådte presidentposten på Perus nasjonaldag den 28. juli. Han var så president frem til 2011, da han ble etterfulgt av Humala.