Med en betydelig peloponnesisk flåte opererende i Hellespont, hadde den athenske flåten lite valg enn å følge etter Mindaros, siden den livsviktige handelsruten til Athens kornforsyninger gikk gjennom Hellespont. Thrasybulos fikk kommandoen og ledet flåten til Elaios på tuppen av Gallipoli hvor athenerne tilbrakte fem dager i forberedelser for å utfordre de 86 spartanske skipene ved Abydos med sine 76 skip. Den athenske flåten seilte i kolonner inn i Hellespont, fulgte den nordlige kysten, mens spartanerne satte ut fra Abydos på den sørlige kysten. Da den athenske venstre flanke hadde rundet Cynossema, angrep spartanerne. Deres plan var å utmanøvrere den athenske høyreflanken og fange flåten i Hellespont mens de drev sentrum på land ved Cynossema. Athenernes sentrum ble raskt drevet på land, og den venstre flanken under Thrasyllos opptatt med siracusiske skip og ute av stand til å se resten av flåten rundt det skarpe punktet, var ute av stand til å komme til unnsetning. Imens klarte Thrasybulos til høyre å unngå en omringelse ved å utvide sin linje vestover, men da han gjorde dette, mistet han kontakten med sentrum. Athenerne var delt, en betydelig del av deres flåte var satt ut av spill, og det virket som en spartansk seier var nært forestående.