Lilleøya har vært beskyttet for utbygging og slitasje da området ligger vis-à-vis vestre del av flystripa til den tidligere hovedflyplassen. Området har stor variasjon av vegetasjonstyper innen et svært lite areal (edelløvskog, gran- og furuskog, svartorskog, ulike typer busksamfunn, kalktørreng, kalkbergvegetasjon og ulike typer strandvegetasjon og kulturbetinget vegetasjon). Denne variasjonen av vegetasjonstyper legger grunnlaget for en ekstrem artsrikdom når det gjelder karplanter både i regional og nasjonal sammenheng. Det er registrert fire rødlistede karplanter i området: rognasal, dverggylden, norsk asal og oslosildre.