I 1745 kom Gunnerus til universitetet i Jena. Her ble han i ti år, og fikk sin magistergrad. Også i Jena ble han medlem av en nystartet frimurerlosje. Han ble i tillegg medlem av det latinske selskapet Societatis Latina Iensesis, og skrev to tekster til selskapets årbok. Det er ikke kjent om han var medlem av noen frimurerlosje etter at han kom til København i 1755.