Bortles og Jaguars startet sesongen 3–1. Med under 200 yards i uke 1 og 3, hadde Bortles 377 pasningsyards, fire touchdownpasninger og én interception i uke 2, da Jaguars slo New England Patriots 31–20. I uke 4 hadde han 388 pasningsyards i en 31–12 seier over Jets. Uken etter satte han en personlig rekord med 430 pasningsyards mot Kansas City Chiefs. Han kastet også fire interceptions og ble sacked fem ganger i kampen som endte med tap, 30–14. I uke 7 mot Houston Texans mistet Bortles en fumble på åpningsplayet i hver halvdel. Etter sin andre fumble ble han erstattet med Cody Kessler. Han avsluttet kampen med sine dårligste resultater, 61 pasningsyards på 12 forsøk. Jaguars hadde da ligaens nest beste forsvar, men hadde tapt tre kamper på rad; Bortles delte nest siste plass i ligaen med fire kamper under 200 pasningsyards, han var tredje dårligst med åtte interceptions, og syvende dårligst med fem fumbles. Hovedtrener Doug Marrone valgte allikevel å fortsette med Bortles som starter i uke 8 mot Philadelphia Eagles. Igjen hadde han en fumble på første snap, men spilte gjennom en skulderskade og avsluttet kampen med 286 yards, en touchdown og null interceptions, og ledet Jaguars på tre drives på rad som endte i scoring, men kampen endte allikevel med tap, 18–24. I uke 12 fullførte Bortles 12 av 23 pasninger for 127 yards og én touchdown, samt to interceptions, i et 21–24 tap mot Buffalo Bills. Dagen etter annonserte hovedtrener Doug Marrone at Bortles kom til å sitte på benken til fordel for Cody Kessler i kampen mot Indianapolis Colts i uke 13. Han var rangert som #30 blant kvalifiserte quarterbacks i prosentandel fullførte pasninger, quarterback rating og yards per forsøk, og var bare bedre enn Oaklands Derek Carr med åtte tap. I uke 16 mot Miami Dolphins kom Bortles på banen sent i andre kvarter, før han umiddelbart ble sacked på en tredje down, ble tatt ut av kampen, og kom tilbake sent i tredje kvarter hvor han fullførte fem av seks pasninger for 39 yards og gikk på fire løp for 26 yards. Jaguars vant kampen 17–7. Bortles var igjen starter i sesongfinalen mot Houston Texans, men klarte kun å oppnå 107 yards på 28 forsøk, og kastet en interception. Etter 13 kamper hadde Bortles gått 4–9, og var #22 av 25 spillere med minst 13 kamper i prosentandel fullførte pasninger (60,3%), yards (2 718), yards per kamp (209,1), touchdowns (13) og #23 i passer rating (79,8); med 11 interceptions var han rangert som #15. Hans 357 yards på løp rangerte han som #6 blant quarterbacks.