Balboa deltok i Rodrigo de Bastidas´ ekspedisjon til Den Nye Verden 1499-1500. Etter ekspedisjonen gikk han i land i Santo Domingo og etablerte seg som encomendor. Dette gikk dårlig, han endte med stor gjeld, og han fikk dom med forbud mot å forlate øya før gjelden var betalt. Da kaptiein Ojeda dukket opp i Santo Domingo tidlig i 1509 med en flåte for å kolonisere landet på sørkysten av Karibia, fikk han tilbud om å delta, men var forhindret av reiseforbudet.