Etter uavhengigheten forble Belarus militært avhengig av Russland. Offisersnivået hadde bare 20 % etniske belarusere. I 1993 var forsvarsbudsjettet rundt 3 % BNP. Belarus hadde i sovjet-tiden en betydelig militærindustri og denne ble senere til dels omstilt til sivil produksjon. Sjusjkevitsj satset på alliansefrihet, mens Lukasjenko innledet tett militært og sikkerhetspolitisk samarbeid med Russland. Unionsavtalen mellom de to landene ga Russland rett til å stasjonere styrker på Belarus’ territorium. Belarus deltar i sikkherhetspakten innenfor SUS, men belarusiske styrker skulle ikke brukes utenfor landet.