Siden Orjen består av kalkstein har de store nedbørsmengdene dannet karstformasjoner i fjellene (fjellet har blitt porøst), slik at selv om det kommer mye regn og snø i området så renner det ikke ned fra fjellet i elver, men ned i kalksteinen. Mangelen på overflatevann er med stor sannsynlighet den største årsaken til den spredte bosetningen i området. Det finnes flere tørre elvedaler rundt Orjen. Bare en gang i blant fylles disse med vann når snøsmeltingen skjer samtidig med kraftig regn. Flom kan være et problem, og flere karstsletter er kjent for langvarige flomperioder.