Schack–Rathlou ble utnevnt til kammerjunker hos den senere kong Christian 7. i 1755 og højesterettsdommer i 1757. I slutten av 1760-årene var han deputert i finanskollegiet, samtidig med at han satt i generaltollkammeret. Han ble avskjediget da Struensee kom til makten i 1770, siden han var uenig i Struensees reform der finanskollegiet ble koblet sammen med tollkammeret og handelskollegiet.