Etter valget i 1945 ble McNeil junior minister i utenriksdepartementet. Gjennom sin posisjon i utenriksdepartementet, ble han tildelt rollen som visepresident i FNs generalforsamling i 1947 og han var leder av den britiske delegasjonen til FNs økonomiske kommisjon for Europa i 1948. Det ble senere avslørt at hans sekretær på den tiden, Guy Burgess, var en sovende sovjetisk agent, men McNeil personlig kom aldri under noen mistanke om kommunistisk virksomhet.