Furtwängler har foreslått tre faser for byggingen av helligdommen. Den tidligste av disse er demonstrert av et alter ved den østlige enden og er datert til rundt 700 f.Kr. Også sikkert kjent er en cisterne ved enden av nordøstlige delen og en struktur som er identifisert som et skattekammer øst for (inngangen) av helligdommen. Tempelet tilsvarer disse strukturene er antatt å være de senere templene og er derfor ikke mulig å utgrave. Furtwängler foreslår at dette tempelet er det (hus) som ble referert til på en inskripsjon på stedet fra midten av 600-tallet f.Kr. som forteller at det ble bygget av en prest for Afaia. Han har gitt en hypotese at dette huset for gudinnen (tempelet) ble bygget av steinsokler toppet med en ytre vegg av murstein og et fundament av tre. Toppen av åsen ble noe modifisert for å gjøre den mer jevn ved å kile steiner inn fjellets sprekker.