Med sin første kone, Mette Rud, fikk Niels Trolle fire barn, men bare to nådde voksen alder, Corfitz Trolle (født i 1628) som arvet Skarhult etter sin mor, og Birgitte Trolle (født i 1631). Med sin andre kone, Helle Rosenkrantz, fikk Niels Trolle ti barn, der ni nådde voksen alder. Den yngste sønnen, Arvid Trolle, ble stamfar til den svenske ætten Trolle.