Flåm er et gammelt kirkested. Første gang man hører om en kirke her er i fra rundt 1340. Dette var sannsynligvis en stavkirke som stod omtrent der dagens kirke står nå. Lenge trodde man at dagens kirke ble bygget i 1667, men nyere forskning viser at den ikke ble reist før i 1670. Byggmesteren, Magne Essen, inngikk en avtale med stiftsskriveren om å rive den gamle stavkirken og bygge en ny kirke på Flåm. Essen bygde ny kirke, men han bygde den på Fretheim ved fjorden i stedet for Flåm. Denne kirken stod ferdig i 1668, men den blåste ned allerede i 1669. Essen fikk da beskjed om å bygge opp kirken på nytt og på riktig plass. Kirken stod ferdig på Flåm i 1670 og den gamle stavkirken ble revet samme år.