Fernandes representerte Portugal på U19, U20, U21 og U23-nivå, med totalt 28 landskamper. Før sin internasjonale debut ble han utnevnt til kaptein for U21-laget av trener Rui Jorge. Han scoret fire mål og ga fire assists i Portugals U21-lags kvalifisering til U21-EM 2017, noe som hjalp dem med å kvalifisere seg til U21-EM 2017. I juni deltok Fernandes i U21-EM 2017, der han hjalp Portugal til en gruppespillplassering og scoret et mål mot Serbia i åpningskampen.