Sušice ligger i Svatoborská vrchovina (Svatobor-opplandet), en underenhet av Šumavské podhůří (Böhmerwald-forlandet). Byen ligger i Otava-dalen ved utløpet av Volšovka; nord for Sušice renner Ostružná inn i Otava ved jernbanestasjonen. Sentrum og nedre forstad (Dolní Předmĕstí) er på venstre bredd av elven, øvre forstad (Horní Předmĕstí) på høyre bredd av Otava.