Wallgren kom inn i Kongressen som en varm tilhenger av president Franklin D. Roosevelts New Deal-politikk. Under den andre verdenskrig satt Wallgren i en komité ledet av daværende senator Harry S. Truman, som avdekket korrupsjon og sløsing med offentlige midler i militæret og rustningsindustrien. Komiteens innsats sparte myndighetene for store summer, og det ble begynnelsen på et langvarig vennskap mellom Wallgren og Truman.