Trothas hensikt med denne ordren var å utrydde hereroene, og han satte i verk ulike tiltak som for eksempel å forgifte de fleste brønnene som fantes i området, og ved å skyte alle hereroer som nærmet seg de få fremdeles åpne brønnene. Utmattet forsøkte hereroene å ta seg østover til Bechuanaland, men flertallet av dem omkom av sult og tørst, enten i Namibørkenen eller i Kalahariørkenen. I løpet av begynnelsen av 1906 var hereroene stort sett slått, men det pågikk enkelte kamper fram til 1908.