Da både assyrerne og nubierne forlot landet oppsto et nytt 21. dynasti fra Sais. Det varte fram til 525 f.Kr da Egypt ble invadert av en stor krigsmakt, Perserriket. I motsetningen til assyrerne opprettholdt perserne sitt grep på Egypt inntil 332 f.Kr. da landet ble erobret av gresk-makedonske Aleksander den store. Det var begynnelsen på det ptolemeiske kongedømme og med ny hovedstad i Alexandria som ble den store kulturelle og økonomiske byen i den østlige delen av Middelhavet. I 30 f.Kr. ble ptolemeerne ryddet av vegen ved romerne.