I kloakken under New York lever fire glade skilpadder. Etter å ha badet i radioaktivitet som nyfødte, har de oppnådd usedvanlig størrelse, de snakker, spiser pizza og har blitt opplært av rotta Splinter i ninjaens edle kampkunst. Og da New York hjemsøkes av en bølge av forbrytelser - iscenesatt av den onde "Foot"-klanen - griper skilpaddene inn. Særlig engasjert blir de når den vakre TV-reporteren April trenger deres hjelp og deres læremester blir kidnappet av "Foot". Storbyen gjenlyder av deres glade kamprop - og midt oppe i tumultene - da de fire står overfor en overmakt på flere hundre - får de hjelp av den idrettsglade Casey Jones. En person som har mere sans for spillets ulovlige sider.