Dee trodde at matematikk (som han forsto mystisk) var sentralt for utviklingen av menneskelig lærling. Dees oppfatning av det sentrale i matematikken gjorde ham langt mer moderne enn Francis Bacon, skjønt en del forskere mener Bacon bevisst bagatelliserte matematikkens rolle i det anti-okkulte miljøet under styret til kong Jakob I. Det bør bli merket at Dees forståelse av matematikkens rolle er radikalt forskjellig fra dagens oppfatning. Dee fremme av matematikk utenfor det akademiske miljø var en varig praktisk gjerning. Hans til Euklid var ment å fremme studiet og anvendelsen av matematikk av de som var uten en akademisk utdannelse, og var meget populært og innflytelsesrikt blant «mekanikere», den nye framvoksende samfunnsklasse av tekniske håndverkere og ingeniører. Dees forord inkluderte demonstrasjoner av matematiske prinsipper som leserne kunne utføre på egen hånd.