Under Grevefeiden var Erik Gyldenstierne en viktig pådriver for at det sønnafjellske rådet tidlig gav sin støtte til Christian III og til sist hyllet ham. Han ble i 1535 sendt med en flåte til Danmark og deltok med Peder Skram i stridighetene mot Hanseatene (Grevefeiden). Han døde i Danmark sommeren 1536, og ble etterfulgt av Peder Hanssøn Litle som høvdsmann og lensherre av Akershus len.