Som alle nederlandske kommuner ledes Amsterdam av en borgmester, en oldermand og et kommunalråd. I motsetning til de fleste andre nederlandske kommuner er Amsterdam underinndelt i 15 (bydeler), et system som ble innført på 1980-tallet for å øke det lokale selvstyret. Bydelene er ansvarlige for mange aktiviteter som tidligere ble styrt fra sentralt hold. Fjorten av disse har egne folkevalgte byråder. Den femtende, Westpoort, dekker Amsterdam havn og har svært få innbyggere og ledes derfor av de sentrale kommunale myndighetene. Lokale avgjørelser treffes på bydelsnivå og kun beslutninger som berører hele byen, som for eksempel store infrastrukturprosjekter, treffes av det sentrale byrådet.