I 2003 ble Marino innlemmet i College Football Hall of Fame for sin karriere ved University of Pittsburgh. Tidlig i 2004 returnerte Marino til Miami Dolphins som Senior Vice President of Football Operaions, men sa opp stillingen bare tre uker senere da han mente at rollen ikke var av nytte hverken for hans familie eller for organisasjonen. Marino ble utvalgt til Pro Football Hall of Fame i 2005 som en av kun fire Dolphins-spillere som har blitt innlemmet i sitt første gyldige år (Jim Langer, Paul Warfield, Jason Taylor). Han ble innlemmet den 7. august 2005 og ble introdusert av sin eldste sønn, Daniel. I talen sin kastet Dan "one last pass" til sin tidligere lagkamerat Mark Clayton, som satt i publikum.