Lite er kjent også om Spensers tid ved universitet, unntatt at han tok sin bachelorgrad i 1572, master i 1576, og forlot Cambridge uten å ha oppnådd et stipendium. En undersøkelse tyder på at helsen hans ikke var god. Det virker som om han skrev poesi i ung alder, og det finnes en del oversatte vers av Francesco Petrarca som stammer fra ham, skrevet sannsynligvis da han forlot skolen som 16- eller 17-åring, og som han selv inkluderte i et bind utgitt i 1591. På Cambridge mottok han litterær stimulans fra den eksentriske forfatteren Gabriel Harvey, som ble hans livslange venn. Harvey er sannsynligvis hyllet som en av skikkelsene i som «Hobbinol». Diktsamlingen kom ut i 1579, tre år etter Cambridge. Hva han gjorde i mellomtiden er ukjent, men kanskje studerte han. Ut ifra hans dikt har det blitt spekulert om han tilbrakte en del tid i Nord-England, hvor han ble forelsket i en kvinne han hyllet under anagrammet «Rosalind», muligens en Rose, datter av selveierbonden Dyneley.