Müller begynte sin karriere hos Audi AG på slutten av 1970-tallet, og etter å ha studert datateknikk ved Hochschule für angewandte Wissenschaften München, returnerte han til Audi hvor han jobbet i firmaets IT-avdeling. Han ble på 1990-tallet produktsjef for Audi A3, og fra 1995 ble han ansvarlig for all produktutvikling hos Audi.