Når keiser Scolar Visari ble myrdet av ISA-styrker, utløste dette et fullskala-angrep fra Helghan First Army. ISA-sjefer må derfor gjennomføre full tilbaketrekning, og lar tusenvis av deres egne soldater dø på Helghan-planeten. De overlevende må slå seg sammen for å finne veien hjem på egen hånd. Sersjant Tomas Sevchenko og hans gode venn Rico Velasquez forsøker å omgruppe seg sammen med kaptein Jason Narville utenfor det keiserlige palasset.