Den påfølgende underkastelsen av adelsrepublikken Genova reduserte dens rikdom, men klosteret fikk ny blomstring under den osmanske tidsalder da det ble underlagt direkte under patriarken av Konstantinopel, og fikk samtidig betydelig selvstyre. Den reisende Samuel Purchas på slutten av 1500-tallet fortalte at den da hadde rundt 200 munker og at «alene i hele Hellas hadde rettigheten til å bruke kirkeklokker.» I løpet av 1600-tallet minsket antallet munker ytterligere, men forbedret seg i løpet av det neste århundret. Patriarken i Jerusalem, Chrysanthos Notaras, og den franske presten Michel Fourmont, som besøkte klosteret i 1725 og 1729, kommenterte det store antallet munker, kvantiteten av relikvier som ble bevart, og kirkens dekorasjon og skjønnhet.