I 1818 ble han utnevnt til professor i litteratur ved universitetet i Bonn, og vendte tilbake til filologien, særlig den indiske. Sammen med Wilhelm von Humboldt og Franz Bopp er han en av grunnleggerne av den sammenlignende språkforskningen. Han innførte i Tyskland studiet av den sanskritiske litteraturen og kom derignennom til å virea befruktende på den indiske filologi og den indoeuropeiske språkvitenskap, selv om han også med sin stridbare natur i språkspørsmål kom i konflikt med sin store samtidige Franz Bopp.