Da den engelske borgerkrigen brøt ut i 1642 tok rojalistene under Henry Clifford, den siste jarlen av Cumberland, besittelse av festningen og byen York. Clifford reparerte festningen og styrket murene slik at de kunne støtte kanonstillinger. Baile Hill, som er 6 meter høy og har blitt lagt inn i bymurene, fikk også geværstillinger.