I 1874 kjøpte den katolske kirke Abelsborg, og i perioden 1881–1885 ble det drevet presteseminar her. På loftet i hovedbygningen var det innredet et kapell kalt , som ble vigslet i 1875 og som fungerte som huskapell for St. Joseph-søstrene fra 1881. I perioden med det katolske kirkes eierskap ble området rundt Abelsborg urbanisert, noe som førte til at eiendommen ble enda mer oppstykket. Etter at den katolske kirke trakk seg ut som eiere i 1912 ble Abelsborg brukt som kontorbygning av Nobø Fabrikker i perioden 1918–1928. I 1950-årene ble Abelsborg kjøpt av Trondheim kommune og benyttet som leiegård, noe som førte til at bygningen forfalt til en så alvorlig grad at den ble revet i 1981.