Russisk tilflytting til halvøya fortsatt på 1500-tallet, da nye bosetninger som Kandalaksja og Porja-Guba ble opprettet. Kola ble først nevnt i 1565. På slutten av 1400-tallet ble pomorene og samene tvunget til livegenskap, hovedsakelig av klostrene. Kloster- ekspanderte kraftig på 1600-tallet, men ble avskaffet i 1764, da alle bønder på Kolahalvøya ble statsbønder.