I 1810 ble Humboldt-universitetet grunnlagt, og universitetet valgte først å drive sin egen universitetsklinikk. Da dets første medisinske dekanus Christoph Wilhelm Hufeland imidlertid også var en ledende lege ved Charité, knyttet han sykehuset til universitetsvirksomheten, inntil sykehuset og det medisinske fakultetet smeltet sammen.