I andre desemberhalvdel i 1939 ble han fordrevet av de sovjetiske styrker fra hjembyen. Han vendte tilbake 16. juli 1941, det vil si etter utbruddet av det tyske angrepet på Sovjetunionen. Senere under andre verdenskrig eskalerte ukrainske nasjonalisters drap av polske sivilister i det østlige Galicja, og da samarbeidet han i 1943-1944 med biskoper fra den ukrainske gresk-katolske kirke, og især erkeepark Andrej Szeptycki og forsøkte - forgjeves - å få slutt på disse mordene.