Etter at hans periode i England var over dro han tilbake til Helsingborgs hvor han var klubbens ungdomstrener i noen måneder, før han i desember 2002 ble tilbudt trenerjobben i den svenske klubben GAIS. Her tilbragte han tiden frem til oktober 2007, da han ble presentert som ny hovedtrener i Malmö FF etter Sören Åkeby, en kontroversiell overgang siden Malmö er en rivaliserende klubb av Nilssons moderklubb Helsingborgs IF.