Selskapet ble grunnlagt i 1929 under navnet «Línea Aeropostal Santiago-Arica». I 1932 forandret det navn til LAN Chile (Línea Aérea Nacional Chile). Selskapet var statlig eid frem til 1989 da selskapet ble privatisert og fikk blant annet SAS inn på eiersiden. I 2000 gikk LAN Chile inn i alliansen OneWorld. Selskapet kjøpte seg inn i LAN Peru i 2002 og etablerte samme år selskapet LAN Ecuador. LAN Chile skiftet navn til LAN Airlines i 2004. I 2005 etablerte LAN datterselskapet LAN Argentina.