Mot slutten av livet innså Sverre at det var nytteløst å kjempe mot den mektige pave Innocens III, og han rådet sønnen Håkon til å forsone seg med kirken. Etter Sverres død i 1202 klarte Håkon å komme til forlik med erkebiskopen og kirken, selv om striden mellom baglerne og birkebeinerne langt fra tok slutt med forliket. Striden om kirkelige ansettelser endte med at kirken selv fikk styre over eiendommene sine og fikk ansettelsesrett til kirkelige embeter, selv om aristokratiet og bøndene som et kompromiss fikk beholde patronatsretten sin.