Etter hvert som kampene i Ukraina gikk de revolusjonæres vei, utviklet det seg alvorlige samarbeidsproblemer mellom Makhno og Lenin. Lenin ga etterhvert ordre om at Den røde armé skulle behandle Makhnos tilhengere som kriminelle og kontrarevolusjonære. I august 1921 hadde Makhno tapt kontrollen over Ukraina, og han måtte flykte utenlands. Han kom seg etterhvert til Paris, der han fortsatte sin anarkistiske virksomhet fram til sin død i 1934. Makhno ble begravet på Père Lachaise.