Etter den protestantiske reformasjonen forble Waterford en katolsk by og deltok i det irske forbundet, ledet fra Kilkenny – en uavhengig katolsk regjering fra 1642 til 1649. Dette ble avsluttet brått av Oliver Cromwell, som etter å ha invadert Irland førte landet brutalt tilbake under engelsk styre; hans svigersønn Henry Ireton tok til slutt Waterford i 1650 etter en stor beleiring. I 1690, under vilhelmskrigen i Irland, ble den jakobittiske irske hæren tvunget til å overgi Waterford i kjølvannet av slaget ved Boyne.