Aglipay tilhørte folkegruppen ilocano og vokste opp som foreldreløst barn på tobakksplantasjer. Han ble hundset av spanske landeiere tidlig i tenårene og utviklet en sterkt kritisk holdning til Spanias styre på Filippinene. Han dro fra sine hjemtrakter nord i landet til Manila for å studere ved Colegio de San Juan de Letran. Deretter begynte han på det juridiske studium ved dominikanernes universitet Santo Tomás. Men kort tid etter bestemte han for prestetjenesten, og begynte han på presteseminaret i Vigan i provinsen Ilocos Sur i 1883.