I sesongen 2008–09 gjorde Etuhu sin europeiske debut i andre etappe av UEFA-cupens første runde mot EB/Streymur og spilte 21 minutter etter å ha kommet inn som innbytter, i en 2–0 seier for å sende Manchester City videre til neste runde. I åpningskampen for sesongen 2008–09 startet han hele kampen, i et 4–2-tap mot Aston Villa. I en oppfølgingskamp mot West Ham United, som klubben vant 3–0, pådro Etuhu seg en hamstringskade til tross for at han spilte 13 minutter etter at han kom inn som innbytter. Etter å ha ikke spilt på førstelaget de neste syv månedene, kom han tilbake mot AaB Fodbold i første etappe av UEFA-cupen i 16-delsfinalen, og kom inn som innbytter i det 87. minutt, med 2–0 vinne. I en kamp mot Fulham spilte Kelvin og broren Dickson mot hverandre for første gang, da Manchester City tapte 3–1. På slutten av sesongen 2008–09 fortsatte han med syv opptredener i alle konkurranser.