Selv om Johnson fortsatt trodde på fri utveksling av ideer og ikke var bitter på sin tid i fengsel endret hans utgivelser seg dramatisk. Etter at han ble løslatt utga Johnson svært få politiske verker og ingen av dem var kontroversielle. Andre bokhandlere fulgte hans etter. Hans venn, den unitariske presten Theophilus Lindsey skrev at «Johnsons skjebne avskrekket dem alle». Johnson mistet forfattere etter rettssaken og utga kun 80 bøker i 1799, det minste antallet i hele hans karriere. Han fikk også færre nye forfattere, hans venner som Priestley begynte å klage på at han ikke ivartok deres forretninger, og han ble tvunget til å avslutte utgivelsen av .