Babangida studerte ved en militærskole i India der han ble uteksaminert i 1964. Babangida var sjef for hæren og medlem av Det øverste militære råd (SMC) i administrasjonen til generalmajor Muhammadu Buhari. Babangida skulle senere komme til gjennomføre et ublodig militærkupp mot Buhari og hans regime den 27. august 1985. Etter dette statskuppet lovet Babangida å sette en stopper for de omfattende menneskerettighetsbruddene begått av regjeringen til Buhari, og overlate makten til en sivil regjering i 1990. Babangida styrte over Nigeria etter statskuppet og frem til hans avgang fra president-embetet 27. august 1993 etter hans annullering av valget som ble avholdt den 12. juni samme år. Hans de facto visepresident i denne perioden var Augustus Aikhomu.