I det høyst forventede Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, ble det markedsført at Solid Snake skulle vende tilbake som hovedpersonen i den høyteknologiske og nyskapende etterføgleren til Metal Gear Solid. I virkeligheten er Solid Snake spillbar i spillets prolog, men blir visstnok drept og erstattet med en ny hovedperson, Raiden, som da er hovedpersonen for resten av spillet. Snake dukker omsider opp senere i spillet som en støttespiller og mentor for Raiden. Kojima har sagt at han ønsket å gi spillerne et nytt perspektiv av Snake ved å vise ham i tredjeperson.