Disse reformene ble møtt med et solid tilbakeslag, delvis ledet av medlemmer av det tradisjonelle etablementet. Mange av disse dannet grupper i et forsøk på å snu Afghanistans avhengighet, noen tok til voldelige aksjoner og saboterte landets industri og infrastruktur. Regjeringen svarte på angrepene med hard hånd ved hjelp av hæren og arresterte, utviste og henrettet mange mujahedin, «hellige muslimske krigere».