I 1209 eller 1210 grunnla han fransiskanerordenen (, O.F.M.). Pave Innocens III skal ha gitt Frans muntlig godkjennelse samme år, men tilhengere begynte å flokkes rundt ham allerede året før. I 1221 ble fransiskanerne skriftlige ordensregler refusert. Allerede under det fjerde kirkemøtet i Lateranpalasset i 1215, hvor man blant annet anerkjente opphøyelsen av Fredrik 2. av Hohenstaufen til keiser av det hellige tysk-romerske rike, ble det bestemt at det ikke skulle godkjennes flere klosterordener. Den refuserte ordensregelen , bedre kjent som «den tidligere regelen», ble omarbeidet og finpusset før den ble endelig godkjent. I 1223 ble ordensreglene stadfestet av pave Honorius III. Klosterløftene er fattigdom, kyskhet og lydighet. Frans lot ledelsen av ordenen gå på omgang blant brødrene.