I 1750 ble Seminarium Fredericianum etablert av biskop Erik Pontoppidan d.y. som et mer sekulært undervisningstilbud til elevene ved Latinskolen. Foruten undervisning i klassisk språk og bibellære fikk guttene ved Seminarium Fredericianum også lære matematikk, fysikk, litteraturhistorie, moralfilosofi, tysk og fransk. Formålet med skolen var å profesjonalisere byens handelsstand. Omkring 1780 ble fagkretsen utvidet med navigasjon og geografi med tanke på handelsstandens behov.