I juni 1197 hadde kardinal Giovanni av Santa Prisca-kirken alt overtatt pavens plikter, bortsett fra utnevnelsen av biskoper. Celestin var såpass medtatt av sykdom at han kan ha ønsket å abdisere, og skal ha foreslått kardinal Giovanni av San Paolo som sin etterfølger, men de andre kardinalene avviste anmodningen som ville svekket deres hevdvundne rett til å utpeke den neste paven. Så formelt ble Celestin III sittende som pave frem til sin død i januar 1198. Han var da rundt 92 år gammel.