Dannelsen av formene som utgjør det nye individet kalles morfogenese. De tidlige stadier av regional spesifisering fører ikke til celledifferensiering der cellene utvikler seg til forskjellige celletyper som muskelceller eller blodceller, men grupper av celler blir bestemt til å utvikle seg til en spesifikk del av organismen. Disse delene defineres ved at cellene som uttrykker spesifikke kombinasjoner av transkripsjonsfaktorer.