Under det tyske angrepet på Norge i 1940 var Michael S. Hansson med i kampene i Østfold i april 1940. Han kom tidlig med i Milorg, hvor han var aktiv i Sentralledelsen (SL) inntil han måtte flykte til Sverige i oktober 1942. I Sverige arbeidet han så ved den norske legasjonens militærkontor inntil frigjøringen i 1945.