Vanligvis måles det såkalte bakgrunnsspekteret først (blå). I dette spektrumet sees signaler fra vanndamp og karbondioksidgass og instrumentets optiske deler. Den krumme formen skyldes kaliumbromid som brukes i stråledeleren i interferometeret. HO og CO skyldes at laboranter puster ut disse gassene, og at de finnes naturlig i atmosfæren.