Etterhvert oppdaget faren at Mary studerte matematikk i hemmelighet, og forbød det med det samme. Det ble ansett som potensielt skadelig for kvinner å studere abstrakte temaer, ettersom det kunne overanstrenge hjernen. Isteden sendte foreldrene henne tilbake til Edinburgh, for at hun i større grad igjen skulle ta del i byens selskapsliv. Der deltok hun, med den daværende komtessen av Buchan som , på ulike dansetilstelninger og arrangementer. Dette var like etter den franske revolusjon, og dette preget i høy grad også samfunnet i Skottland. Mary valgte imidlertid ikke å engasjere seg i dette, men fokuserte på studiene sine. Utad studerte hun fortsatt kunstmaling med Nasmyth og tok pianotimer. I hemmelighet leste hun likevel også matematikk og klassisk litteratur.