Som president ledet han et gradvis mer despotisk styre med voldelig undertrykkelse av politisk opposisjon. Mellom 14 000 og 30 000 ble drept i Jeju-opprøret i 1948/1949, mens minst 100 000 antatte kommunister ble myrdet sommeren 1950. Han kom også til å lede Sør-Korea under Koreakrigen, der en USA-ledet FN-styrke intervenerte på Sør-Koreas side og slo tilbake invasjonen fra nord. Etter krigen var Sør-Korea sterkt avhengig av amerikansk nødhjelp.