Goodell ble født i Jamestown i New York den 19. februar 1959 til senator Charles Ellsworth Goodell fra New York og hans første kone Jean (Rice) Goodell fra Buffalo i New York. Goodell gikk på Bronxville High School, hvor han som senior var kaptein på skolelagene i amerikansk fotball, basketball og baseball og ble utpekt til årets idrettsutøver på skolen. På grunn av skader kunne han ikke spille amerikansk fotball i college. I 1981 ble han uteksaminert fra Washington & Jefferson College i Washington i Pennsylvania med en grad i økonomi.