Bidenkap arbeidet senere som overlege ved hudavdelingen på Rikshospitalet i Christiania 1868-88, og ble konstituert stadsfysikus fra 1867 og utnevnt fra 1869. Svært mye av det offentlige helsearbeidet i siste del av 1800-tallet dreide seg om smittsomme sykdommer, noe som var et særlig problem i de voksende byene. I 1860-årene var smitteforholdene ved viktige sykdommer, f.eks. ved kolera, ennå ikke tilstrekkelig klarlagt. Da Bidenkap tok over som leder av hovedstadens helsearbeid som stadsfysikus i 1867, var man midt oppe i en bitter faglig diskusjon om grunnlaget for hvilke bekjempelsesprinsipper som var de beste. Dette var problematisk, idet myndighetenes programmer for hygieniske tiltak uansett måtte gjennomføres med relativt hård hånd, skulle man lykkes. Og sunnhetskommisjonene hadde ganske vide fullmakter til å iverksette inngripende tiltak med hjemmel i sunnhetsloven av 1860.