Det har bodd mennesker i Oaxaca i 11 000 år. Et mer avansert jordbrukssamfunn utviklet seg rundt 1200 før Kristus i sentraldalene i Oaxaca. Her utviklet også zapotek-høykulturen seg i området i tida 900 til 1300. Dette var en av Mesoamerikas viktigste høykulturer, og hadde sitt sentrum i Monte Albán, som fungerte som politisk og seremonielt sentrum.