Quéretaro spilte også en viktig rolle i den meksikanske uavhengighetsbevegelsen. Det kreolske (=meksikanskfødte hvite) borgerskapet hadde sett seg lei på det spanske vanstyret og de privilegerte peninsulares', spanskfødtes, dominans. I hemmelighet samlet de seg i hjemmet til Doña Josefa Ortiz, kalt La Corregidora). Da konspirasjonen ble oppdaget, fikk hun husarrest, men klarte å advare sine medkonspiratører om faren. En av dem Miguel Hidalgo, utløste så uavhengighetsbevegelsen i Dolores Hidalgo (Delstaten Guanajuato). I 1848 ble Guadalupe Hidalgo-traktaten inngått mellom USA og Mexico, i hvem Mexico avsto California, Nevada, Utah, Arizona, New Mexico, Oregon og deler av Colorado til USA.