Etter denne skuffelsen måtte Sparta tilbake til første kvalifiseringsrunde foran 2007-08-sesongen. Sparta vant en lett gruppe uten å overbevise, men i gruppe to endte de sist i den sannsynligvis tøffeste gruppen de har vært i. Motstanderne, Brøndby IF, Olympique lyonnais og Kolbotn Idrettslag slo alle Sparta. Imidlertid oppnådde Sparta hederlige resultater; bare Kolbotn slo dem med mer enn ett mål. 2008-09 -sesongen ble kort. Sparta røk ut i første kvalifiseringsrunde på målforskjell etter å ha spilt uavgjort mot vinneren fra Spania. I 2009-10-sesongen ble Sparta Praha direktekvalifisert til sluttspillet. Etter å ha slått Kasakhstans seriemester, røk laget mot Arsenal med 0-5 sammenlagt, noe som bør betegnes som et greit resultat mot en tidligere Mesterliga-vinner.