I 1617 ble det besluttet å bygge en utstikkerbrygge eller ut i vannet fra byen Helsingør som ligger mot den trange delen av Øresund. Ettersom det er sterk strøm med mye erosjon, ble piren etterhvert vasket bort og glemt. Søsterskipet «Josaphat» ble også senket på det samme stedet som «Gideon» knapt to år senere, for å tjene som fundamenter for piren, blant annet er deres skarpe bauger vendt mot strømmen. De var fylte med stein under arbeidet. I 1967 ble en ferjeterminal utvidet i Helsingør Havn, og vraket av «Gideon» ble oppdaget. Det var ikke annet enn bunnpartiet og store deler av stevnene tilbake. I 1990 skulle ferjeterminalen utvides på nytt, og vrakstedet ble utsatt for omfattende undersøkelser med tre grøfter på tvers av konstruksjonen.