Han ble utnevnt til offiser av Order of the British Empire i 1944. I Syria, tok han det overordnede ansvaret for et sykehus hvor han behandlet mennesker med seksuelt overførbare sykdommer, noe som forårsaket at forekomsten av slike sykdommer blant de lokale soldatene nærmest stoppet opp. Etter at den andre verdenskrig var over bestemte Refshauge seg for å spesialisere seg på obstetrikk og gynekologi og han ble etterhvert utdannet som fødselslege og gynekolog.