Foruten virvelløse dyr består faunaen av seksten fuglearter, en art dvergflaggermus og en art firfisle. En del pattedyr er blitt innført av sjøfolk og andre som har gått i land. I dag finner en geiter, kaniner, katter og noen gnagere på øyene. I tillegg er det en liten koloni av munkeseler der, og denne er hovedgrunnen til at Desertasøyene fra 1990 er regulert som naturreservat. Dette gjelder også havområdet rundt øyene ned til 100 meters dyp. Reservatet er dermed på i alt 82,5 kvadratkilometer. Det er ikke tillatt å gå i land uten løyve.