Det ble på tidlig tidspunkt en hypotese at flaggermus var kilden til viruset. Men det er uklart om det i det hele tatt ble solgt flaggermus på dette markedet. Senere studier førte til hypotesen at skjelldyr kan ha vært mellomverter til viruset, altså mellom flaggermus og mennesker. Dette ville da være analogt med forholdet mellom SARS-CoV og civetter. Fylogenetiske analyser indikerer skjelldyr heller er et potensiell reservoar-vert snarere enn en mellomvert for SARS-CoV-2. Selv om det er vitenskapelig konsensus om ar flaggermus er utgangspunkt for koronavirus, skal SARS-CoV-2 ha oppstått hos et skjelldyr, tatt spranget over til flaggermus, og så fortsatt til mennesker, ifølge fylogenetisk analyse. Derfor er det mer sannsynlig at en spesifikk populasjon av flaggermus var mellomvertstasjonen for SARS-CoV-2, altså ikke et skjelldyr, mens en evolusjonær forløper til flaggermus var urkilden for koronavirus generelt.