Mažeika begynte sin profesjonelle dommerkarriere i 1999 på andre nivå i Litauen (I Lyga) og fikk sin debut på øverste nivå i den påfølgende sesongen. Hans første europacupkamp kom den 21. juni 2008, da han dømte første runde av UEFA Intertoto Cup 2008/09 mellom FC Etzella Ettelbruck og Lokomotivi Tbilisi (0–0). Mažeika har siden dømt flere kamper i UEFA Europa League og UEFA Champions League både i kvalifiseringer, gruppespill og sluttspill.