Adamkus er en av de meget få litauiske politikere som aldri har vært beskyldt for korrupsjon, men han har vært anklaget for sin medvirkning til at det amerikanske oljeselskapet Williams International i 1999 fikk overta det da statseide oljeraffineriet Mazeikiu Nafta i praksis helt kostnadsfritt. Mazeikiu Nafta og televerket Lietuvos telekomas ble også privatisert nesten gratis.