Etter at den franske jesuitten Augustin Barruel utga («Erindringer til belysning av jakobinismens historie») i 1797 og 1798, og den skotske professoren John Robison utga («Bevis for en sammensvergelse») i 1797, ble den nedlagte organisasjonen gjenstand for en rekke konspirasjonsteorier. Begge bøkene hevdet at Illuminati eksisterte som en undergrunnsorganisasjon, og stod bak den franske revolusjonen (1789–1799) som et ledd i en større plan om å endre hele verden. Senere har ordenen blitt beskyldt for å stå bak blant annet første og andre verdenskrig, kapitalismen, kommunismen, nasjonalsosialismen, sionismen, aids, FN, Vietnamkrigen, 11. september-angrepene, attentatet mot John F. Kennedy og svært mange andre kriger, organisasjoner, sykdommer og lignende. Ordenen forekommer også ofte i populærkultur som spiller på konspirasjonsteorier, som for eksempel i Dan Browns underholdningsroman fra 2000.