Kunzru ble født i London og vokste opp i Essex som sønn av en indisk braminsk far og en britisk anglikansk kristen mor. Han fikk sin utdannelse ved Bancroft's School i Essex og studerte engelsk ved Wadham College ved Universitetet i Oxford, fikk deretter en MA i filosofi og litteratur ved Universitetet i Warwick. I tenårene tok han beslutningen om ikke være troende i noen formell religion eller gud og er «motstander av hvordan religion er brukt for å holde orden på folk.» Derimot er han fascinert over UFOer og i ungdommen hadde han ofte innbilt nærkontakt med dem.