Familiens kår forverret seg etter at faren døde i 1912. Štěpán var junákspeider i barndommen, og begynte ved den erkebiskoppelige høyskole i Kromeriz i Olomouc etter å ha avsluttet barneskolen i 1918. Han ble nødt til å avbryte skolegangen for å ta vare på familiens lille gårdsbruk etter at moren ble rammet av tuberkulose i 1920. Etter en tid kom hun seg.