Han spilte 71 landskamper for Norge (hvorav 10 som kaptein), og scoret 20 mål. På landslaget huskes han for målet borte mot Polen den 13. oktober 1993, der han brukte «Fjørtoft-finten» og ga Norge ledelsen 2–0. Norge kvalifisert seg med det til VM i fotball i 1994 for første gang siden 1938. Fjørtoft var Norges foretrukne spiss i kvalifisering til EM i fotball 1996 hvor han startet alle kampene. Hans siste kamp på landslaget var i september 1996, selv om han var med i spillertroppene også etter dette. Han la opp som spiller i 2002.