Leonhart Fuchs på 1500-tallet var en av botanikkens tre grunnleggere, sammen med Otto Brunfels og Hieronymus Bock. Andre viktige bidragsytere til feltet var Valerius Cordus, Konrad Gesner (), Frederik Ruysch og Gaspard Bauhin. I Kina arbeidet legen og farmakolog Li Shizhen på 1500-tallet under Ming-dynastiet, kjent for å ha forfattet farmakopéen . Han utviklet flere metoder for å klassifisere urtekomponenter og medisiner for behandling av ulike sykdommer. Den raske økningen i antall kjente organismer førte til mange forsøk på å klassifisere og organisere arter i taksonomiske grupper, og kulminerte med systemet til den svenske naturforskeren Carl von Linné. Ved å gruppere levende ting i definerte hierarkier og gi dem individuelle navn skapte Linné orden som gjør det lettere å studere den tilsynelatende kaotiske verden i naturen. Linnés er mest kjent for systemet med å navngi og klassifisere planter og dyr – det binomiale systemet som fortsatt brukes i dag.