Da Sommerfelt fylte 15 år, ble han sendt til København, hvor han ble student ved Københavns Universitet høsten 1811. Allerede det første året under sin Examen philosophicum gikk han på forelesninger i naturvitenskapelige emner hos professorene Jens Wilken Hornemann (botanikk), Jens Rathke (zoologi) og Gregers Wad (geologi).