Navnet kommer fra Maria Magdalena församling. Høyden på den nordlige delen av Södermalm har vært bebodd siden 1300-tallet, kanskje allerede da Stockholm ble grunnlagt på 1200-tallet. Opprinnelig omfattet forsamlingen hele Södermalm. Katarina församling kom til på 1600-tallet, Sofia församling på begynnelsen av 1900-tallet og Högalids församling i midten av 1920-årene.