I likhet med mange andre vassdrag i området ble fiskebestandene i Furdalselva negativt påvirket av sur nedbør, spesielt i tiden 1960-1990. I Furdalsvatnet ble bestanden av ørret sterkt redusert på 1980-tallet mens bestanden av aure ble helt utryddet. I 1993/94 ble det satt ut aure igjen i vatnet for å forsøke å reetablere bestanden. I 1998 viste en undersøkelse at aurebestanden var tynn og at rekrutteringen var variabel. Under prøvefisket ble det også fanget en aure på 8 år, noe som tyder på at vatnet hadde en minimal restbestand også før utsettingene i 1993/94.