Virket som prinsens arkitekt er vanskelig å belyse, i motsetning til malerkunsten som må ha vært betydelig. Han hadde et verksted, hvor Bartholomæus Spitzmacher i 1639 arbeidet som svenn. Han var videre læremester for Bernardo Keilhau og den nederlandske maler Adrian Muiltjes. Kronborgmaleriene viser at Morten under sine studier i Italia har lært av Caracciskolen. En viktig side av hans kunst, var gjengivelsen av stiliserte hester.