En av de første sakene den nyopprettede ungdomsfylkingen skulle kjempe for var militærstreiken. Sammen med blant andre den radikale akademikerbevegelsen «Mot Dag» oppfordret VKU landets unge menn til å nekte militærtjeneste. VKU argumenterte for at de borgerlige kreftene i samfunnets fremste våpen for å slå ned arbeiderklassen var nettopp militæret, og at dette derfor måtte boikottes. Flere arbeiderpartipolitikere, blant annet Einar Gerhardsen og Martin Tranmæl, mottok fengselsdommer fordi de hadde oppfordret til streiken som ble ansett som ulovlig av styresmaktene. Einar Gerhardsen ble senere valgt til VKU sin nye formann mens han satt i fengsel. Militærstreiken var ingen politisk suksess ettersom svært få vernepliktige faktisk gjennomførte boikotten, men den bidro til at det nye ungdomsorganet fikk oppmerksomhet i pressen.