I sin ungdom var Bagapsh medlem av det georgiske basketballag og han ble uteksaminert fra det georgiske universitetet for subtropisk landbruk i Sukhumi. I 1972 gjennomførte han sin militærtjeneste før han ble instruktør for den regionale komité for Komsomol i Abkhasia. Etter kommunismens fall begynte Bagapsj som forretningsmann og representant for Abkhasia sin regjeringen i Moskva. Bagapsh ble innsatt som statsminister i Abkhasia den 29. april 1997 og han hadde dette embetet frem til 1999. Bagapsj ble valgt til president i 2005, en stilling han hadde fram til sin død i mai 2011.