Kirsten Munk ser likevel ut til å ha foretrukket denne datteren, og det var Sophies opphold hos sin mor på Boller herregård ved Hjørring i 1646 Christian IV ble så arg over. I 1951 ble Sophie enke og holdt seg deretter inne med søsteren Leonora Christina og hennes mann, landsforræderen Corfitz Ulfeldt. Hun bodde hos dem på Barth slott i Pommern i årevis, men i desember 1656 kom hun tilbake til Danmark og bosatte seg på sin mors eiendommer, slik at det var på Boller herregård hun døde.