Den 15. april 1945 ble Bergen-Belsen befridd av britiske styrker, som i leiren fant drøyt 10 000 døde og omkring 60 000 overlevende. De ansatte i leiren fikk ordre om å begrave alle likene i massegraver. Weingartner ble pågrepet og forhørt av britisk militærpersonell. Den 17. september ble han og 44 andre tidligere leirvakter stilt for retten i Belsenprosessen i Lüneburg. Den 17. november forkynte domstolen sine dommer: Weingartner og ti andre ble dømt til døden ved henging.