Fletcher synes å ha kommet inn på Corpus Christi College ved University of Cambridge i 1591 da han var elleve år gammel. Det er ikke klart om han oppnådde en akademisk grad, men det er spor som tyder på at han forbedret seg på en karriere i kirken. Lite er kjent fra hans tid ved universitet, men øyensynlig fulgte han den samme veg som de andre intellektuelle, «the university wits», som begynte universitet før de endte med å arbeide med kommersielt teater i London. I 1606 begynte han å fungere som forfatter for skuespillerensemblet Children of the Queen's Revels som da opptrådte ved Blackfriars Theatre. Rosende vers av Richard Brome i Beaumonts og Fletchers folio av 1647 plasserte Fletcher i selskap med Ben Jonson; en kommentar av Jonson til Drummond bestyrker dette, skjønt det er ikke kjent når dette vennskapet begynte. Ved begynnelsen av hans karriere var hans viktigste tilknytning Francis Beaumont. De to skrev sammen i nær et tiår, først Children og deretter for King's Men. I henhold til en legende som har blitt videreført eller diktet opp av John Aubrey, levde de også sammen i Bankside, delte hverandres klær og hadde «en tøyte mellom seg i huset». Denne huslige ordningen, om det noen gang har eksistert, ble avsluttet da Beaumont giftet seg i 1613, og deres dramasamarbeid ble avsluttet da Beaumont ble syk, antagelig av et slag, det samme året.