Av finansielle grunner og for å utnytte andre klubbers bedre fasiliteter, fusjonerte de to ganger med andre foreninger. I 1906 forhandlet de seg til en union med «Münchner Sport Club», MSC. Som en del av avtalen frasa fotballspillerne seg svart som en av sine draktfarger til fordel for rødfargen til sine nye kolleger. Dette er fortsatt klubbens farger. Bayern vant sin første tittel som vinner av Bavarialigaen i 1909, som en del av MSC. I 1919 brøt Bayern ut av MSC som hadde større fokus på landhockey og tennis. Dermed sluttet Bayern seg til «Turn- und Sportverein 1890 Jahn München» før de brøt løs i 1923. Klubben har siden vært uavhengig.