Etter å ha passert Sørafrikakysten møtte flåten vind- og strømforhold som gjorde det vanskelig å komme seg nordover langs Østafrikakysten. Flåten ble presset langt til havs og brukte lang tid på å krysse seg innover mot kysten igjen. Her ble Diogo Dias sitt skip skilt fra de andre; skipet ble drevet langt mot nordøst, og Dias oppdaget dermed øya Madagaskar. Diogo er kreditert for å ha gitt øya navnet São Lourenco, ettersom øya ble oppdaget på St. Lavrans dag (10. august 1500.) Øya var imidlertid ikke helt ukjent for europeerne, ettersom øyas eksistens og arabiske navn, “Måneøya”, var blitt rapportert av portugisiske Covilha i 1490.