Allerede før han hadde avsluttet sin stilling i Lincoln, i 1569 eller 1570, fikk han tilbud om jobb som gentleman (=sanger) ved koret i Det Kongelige Kapellet i London, fordi en av de faste medlemmene i dette koret, Robert Parsons, druknet i en tragisk ulykke i River Trent. Her fikk han jobbe under dronning Elisabeth, og i tillegg til å virke som sanger, delte han også organistarbeidet med den betydningsfulle komponisten Thomas Tallis, en nær venn som blir regnet som læreren til Byrd. Gjennom dronningens tillatelse mottok disse to komponistene enerett på utgivelse av musikk i 1575, det første av sitt slag i England, og dette monopolet gjorde selvsagt at deres samarbeid bare ble enda tettere.