Han var kjent som en av bare en håndsfull av de katolske biskoper i mellomkrigfstidens Polen som engasjerte seg offentlig mot antisemittismen; hans toleranse over for de galitziske jøder hadde trolig noe å gjøre med at han gjenkjente i dem sine egne erfaringer som del av Polens ukrainske minoritet. Som en følge av sin «moderate» tilnærming til ukrainsk nasjonalisme fikk han merkelapp som ettergivende og som sviker av Organisasjonen av ukrainske nasjonalister (OUN (ukrainsk: Організація українських націоналістів), og det fikk ham til å frykte for sitt liv. Biskop Khomysjyn ble i 1939 arrestert av NKVD, det sovjetiske hemmelige politi, men slapp ut etter en tid.