Oppgavene til 3. eskadre fokuserer på Danmarks sikkerhet og velferd til sjøs, konsentrert om sjømilitære oppgaver med særlig fokus på farvannene omkring Danmark, herunder overvåkning, suverenitetshevdelse og myndighetsoppgaver av permanent karakter i det danske nærområde, samt sivilt relaterte samfunnsnyttige maritime oppgaver innenfor hele riksfellesskapet. I praksis er ansvaret svært bredt, og opprettelsen av eskadren samlet en rekke mindre myndigheter under én organisasjon.