Annibales første jobb i Palazzo Farnese var et lite rom som het . I 1595-97 malte han her historier om Herkules, som passet bra siden rommet også huset en gresk-romersk skulptur av ham. Senere i 1597 ledet han en gruppe malere som malte fresker i taket i den store salongen med temaet . Selv om taket er svært detaljert og samspiller med illusjonistiske elementer, er det rammet inn i en stram renessansedekor, inspirert av blant andre Michelangelos sixtinske kapell og freskene i Villa Farnesina. Hans arbeider her inspirerte den senere strømmen av illusjonisme i barokken, ved blant andre Pietro da Cortona, Giovanni Lanfranco og senere Andrea Pozzo og Giovanni Battista Gaulli.