Manhattan er forbundet med de omliggende bydelene, samt New Jersey, via et ganske omfattende bro- og tunnelsystem, deriblant Brooklyn Battery Tunnel, Brooklyn Bridge, Manhattan Bridge, Williamsburg Bridge, Midtown Tunnel, Queensboro Bridge, Triborough Bridge, Alexander Hamilton Bridge, George Washington Bridge, Lincoln Tunnel og Holland Tunnel. I tillegg kommer en del tunneler beregnet for togtrafikk.