Ved parlamentsvalget i mai 1997 stilte Johnson som kandidat i kretsen Clwyd South i Wales, men 23 prosent av stemmene holdt kun til andreplass. Ved parlamentsvalget i 2001 stilte han som kandidat i kretsen Henley, og 46 prosent av stemmene holdt til førsteplass og sete i parlamentet. Johnson holdt sin første tale i parlamentet 12. juli 2001. Johnson var skyggeminister for kultur i perioden mai–november 2004. Ved valget i 2005 fikk Johnson mer enn 53 prosent av stemmene i samme krets, noe som holdt til førsteplass og fornyet plass i parlamentet. Johnson var skyggeminister for høyere utdanning i perioden desember 2005–juli 2007. Da Johnson fikk denne posten trakk han seg som redaktør for . Ifølge BBC var dette et krav fra partileder David Cameron.