I februar 2014 uttalte han seg imot ekteskap mellom personer av samme kjønn, som det skulle stemmes over i en folkeavstemning i 2015 i Irland. I denne sammenheng understreket han imidlertid at mennesker som ikke behandler homofile med kjærlighet krenker Gud, og at deres fremferd dermed er gudsfiendtlig. Erkebiskop Martin fremholdt også at katolikker ikke trenger å adlyde statens lover dersom de strider mot troen.