Pasienter med overordnet hypotyreose behandles med levotyroksin på samme måte som de som har primær hypotyreose, men doseringen må styres etter den kliniske responsen og serumnivået av fritt T4. Før behandling starter må hypofyse-funksjonen være utredet og glukokortikoid-behandling startet hvis det foreligger ACTH-mangel (sekundær binyrebarksvikt).