Den andre perioden, som begynte i 1504, varte til 1512, da kameratskapet med Albertinelli ble oppløst. Av hans arbeider i denne tiden kan nevnes hans første etter avbruddet, «S. Bernhards visjon», samt «Gud fader tilbedt av Maria Magdalena og Katarina av Siena» og «Madonna med helgener», begge malt i Lucca i 1509 under innflytelse av reisen til Venezia. For øvrig skilles hans verker i denne perioden etter hvorvidt de ble utført i kompaniskap med Albertinelli eller alene. Fra samme tid stammer også en del fresker i klosteret .