I 1856 ble Kekulé ansatt som privatdosent ved universitetet i Heidelberg. I 1858 ble han ansatt som professor ved universitetet i Gent, så i 1867 ble sendt til Bonn, hvor han forble resten av sin karriere som kjemiker. Han baserte sine ideer på forgjengere som Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles Adolphe Wurtz og andre. Kekulé ble rektor formulator av teorien om kjemisk struktur fra 1857 til 1858.