Da de seirende mujahedin inntok Kabul for å overta kontrollen over byen og regjeringen, brøt interne kamper ut mellom forskjellige militser som hadde et vanskelig samarbeid under den sovjetiske okkupasjonen. Da deres felles fiende forsvant, kom militsenes klantilhørighet, etniske, religiøse og personlige vansker til overflaten og borgerkrigen fortsatte.