I 1843 ble han utvist fra Zürich etter beskyldninger om at han hadde foranlediget kommunistiske aktiviteter. Han drog til Lausanne der han slo seg sammen med Hermann Döleke og Julius Standau, grunnleggerne av det hemmelige Léman-Bund, som tilhørte Junges Deutschland-bevegelsen. Marr ble til slutt leder av dette hemmelige forbundet og vendte seg mer og mer mot ateismen og anarkismen. Han grunnla nok et hemmelig samfunn; Schweierischer Arbeiterbund og redigerte «Blätter der Gegenwart für soziales Leben». I 1845 ble han utvist også fra Lausanne og drog til Hamburg. Der ble han politisk journalist og utgav det satiriske magasinet «Mephistopheles» (1847/48-1852). Han tilhørte venstrefløyen i det radikal-demokratiske partiet og var delgat i Frankfurt-forsamlingen etter revolusjonene i 1848. Etter at revolusjonen mislyktes ble han - som mange andre tidligere revolusjonære - en forkjemper for tysk enhet under prøyssisk lederskap.