Når de skulle gi klubben navn, ville grunnleggerne komme så nære «Wimbledon FC» som mulig. Førstevalget deres, «FC Wimbledon», ble avvist av London F.A. «AFC Wimbledon» ble godkjent, da AFC er vanlig i klubbnavn og står gjerne for «Association Football Club». Marc Jones, en av grunnleggerne, påstår på sin side at det ikke står for noen ting. Noen har dog foreslått «A Fan's Club».