Harald Hegstad er født i Oslo, men vokste opp i Trondheim. Han utdannet seg til Cand. theol ved MF i 1984 og ble ordinert som prest i 1985. Han fikk i 1985 H.M. Kongens gullmedalje som gis til unge fremdragende forskere ved Universitetet i Oslo. Etter et år som feltprest arbeidet han som stipendiat og disputerte til Dr. theol i 1992. I 1993 ble han ansatt som kirkeforsker. Fra 1997 har han undervist ved MF, og etter et opphold som gjesteforsker i USA ble han i 2001 professor i praktisk teologi. Fra 2010 har han vært professor i systematisk teologi.