Fra Braunschweig ble Arndt i 1608 kalt til pastor og medlem av domkapitlet i Eisleben. Men i 1611 overtok han embetet som generalsuperintendent (jf. Biskop; bokstavelig: overtilsynsmann) i Celle, i fyrstedømmet Lüneburg. I denne stillingen arbeidet han med endringer av den lüneburgske kirkeordning.