Arsen og de fleste uorganiske arsenforbindelser (særlig arsenikk) er giftige og kan føre til både akutt og kronisk arsenforgiftning. Arsen utskilles hovedsakelig av nyrene og kan dermed påvises i urinen allerede 2 timer etter inntak, og vil vanligvis være til stede i kroppen fra noen dager til flere uker, avhengig av mengde og hvilken arsenforbindelse det dreier seg om. Selv om arsen er giftig for de fleste levende organismer, er det oppdaget mikroorganismer som har evnen til å erstatte fosfor i biomolekyler som DNA, ATP og lipider med arsen. En påstand som har blitt tilbakevist i senere tid.