Som finansieringsmekanisme for klimakonvensjonen (UNFCCC) dekker GEF kostnadene ved klimarapportering og støtter GEF u-landas bestrebelser på å innfase fornybar energi og redusere bruken av fossile energikilder. Miljøfondet støtter også programmer som skal minske u-lands sårbarhet overfor klimaendringer, samt tiltak mot skadevirkninger av klimaendringer. GEFs styre forvalter også to spesialfond for klima; SSCF og LDCF. Disse fondene er ikke bundet av GEFs statutter. Det første bruker i hovedsak midler til klimatipasning, mens LDCF er beregnet på de minst utviklede landene.