Den 27. april 1994 kunne Sør-Afrika for første gang gå til allmenne valg, et valg som i realiteten stod mellom de Klerk og Nelson Mandela. En ambisiøs valgkamp, der Nasjonalistpartiet frasa seg sin tidligere støtte til apartheid, ledet til en viss framgang som for det meste ble tilskrevet de Klerks profil. Partiet fikk drøyt 20% av stemmene og kunne danne ettpartiregjering i Vestre Kapprovins. På forhånd hadde partene blitt enige om at de Klerk kunne få en post som visepresident samt et antall ministerposter i Mandelas kommende regjering. Dette fordi det aldri var tvil om at Mandelas ANC kom til å vinne et brakvalg, siden den svarte befolkningen i overveldende grad støttet opp om dette partiet. Noen steder skal køene til å stemme for første gang ha vært så lange at det tok tre dager for alle å stemme.