Lee er blitt kritisert for å innføre visse harde metoder for å undertrykke politisk opposisjon og ytringsfrihet, som å forby offentlige demonstrasjoner uten uttrykkelig polititillatelse, innskrenkning av pressefrihet, bruk av siktelser for ærekrenkelser mot politiske motstandere, som Joshua Benjamin Jeyaretnam, Tang Liang Hong og Chee Soon Juan.