Avgrensningen av hva som regnes som mikroorganisme er ikke helt skarp. Begrepet «mikroorganismer» utgjør med andre ord ikke noen naturlig gruppe av arter som er nært beslektet med hverandre. Den er heller en praktisk motivert inndeling, fordi mikroskopiske organismer må undersøkes med andre metoder (f.eks. mikroskop) enn større organismer. Likevel regnes vanligvis ikke flercellede organismer til mikroorganismene, selv om noen av dem er så små at de ikke kan undersøkes uten mikroskop (f.eks. hjuldyr, korsettdyr, Mesozoa, midd, bjørnedyr).