Tombalbayes strategi om å skape vanskeligheter for FROLINAT var vellykket. Da Gaddafi begynte å kutte i forsyninger av militært utstyr og mat til opprørerne, brøt det ut kamp om de begrensede ressursene mellom FROLINATs første frigjøringshær og FAN (den gang også kjent som ). Den andre frigjøringshæren mistet kontrollen over Ennedi og trakk seg tilbake til Nord-Borkou og Tibesti. I april 1974 slo den imidlertid tilbake ved å ta tre europeere som gisler, blant dem en fransk arkeolog i Bardaï. På dette tidspunkt ble Tombalbayes presidentskap raskt svekket, mens mer oppmerksomhet ble rettet mot virkelige og mistenkte trusler fra regjeringen. I juni 1973 arresterte Tombalbaye Malloum, lederen for PPTs kvinneforening, og mange andre partiledere, hovedsakelig sørfra. Disse ble anklaget for «politisk trolldom» i det som ble kjent som «Black Sheep Conspiracy» på grunn av deres påståtte engasjement i dyreofre. Da Outel Bono, en respektert liberal politiker, ble myrdet i Paris mens han organiserte et nytt politisk parti i august, trodde imidlertid mange at Tombalbays regjering sto bak attentatet. I samme måned bestemte Tombalbaye seg for å erstatte PPT med et nytt parti, Mouvement National pour la Révolution Culturelle et Sociale (MNRCS).