Det var farfaren som lærte opp Savonarola. I ung alder skrev han i et brev til sin far at han ikke orket det han kalte «italienernes blinde ondskap». Han tok en grad i kunst ved universitetet i Ferrara, og reagerte voldsomt på renessansens påvirkning på kunst, diktning, selve religionen og til og med de øverste geistlige. 24. april 1475 forlot han sin fars hus og sine medisinske studier for å gå inn i dominikanerordenen ved San Domenico-klosteret i Bologna. Skriftstudier var en lidenskap for ham. I 1482 ble han sendt til Firenze som foreleser ved San Marco-klosteret, der han etter hvert ble prior og fikk ord på seg for å være helt uvanlig lærd og leve i streng askese.<ref>[https://www.britannica.com/biography/Girolamo-Savonarola «Savonarola», De Ruina MundiDe Ruina EcclesiaiSan DomenicoSignoriaPiazza della SignoriaArrabiatiSignoria er min skriftefar og pave!''» - innvarsler det Kristus-prinsippet som Martin Luther senere gjorde gjeldende. De to salmene som Savonarola skrev ned i fengselet før sin død, fikk Luther 25 år senere utgitt med et forord der han uttrykte sin glede over en slik demonstrasjon av den rene tro på Guds nåde, uten å vise til gjerninger.