Hvilken teknologi man velger for et sekvenseringsprosjekt er ofte avhengig av problemstillingen (de-novo sekvensering [sekvensering av noe nytt], resekvensering av et kjent genom, metagenomiske anvendelser osv.), størrelsen av genomet eller delen av genomet som skal bli sekvensert, tids- og pengeressurser, leselengden som trenges for anvendelsen osv.