Da den amerikanske borgerkrigen brøt ut, sluttet Girard seg til de konfødererte statene som en mellommann for å skaffe kirurgisk og medisinske forsyninger. Etter krigen, ble han værende i Frankrike og begynte på en medisinsk karriere. Under den fransk-tyske krig tjenestegjorde som militærlege og publiserte en viktig avhandling om tyfoidfeber etter beleiringen av Paris. Girard praktiserte som lege inntil ca. 1888. I de påfølgende tre årene, utga han avhandlinger om naturhistorie.