Handlingen fortsetter i , hvor G-Man finner Freeman kort tid før eksplosjonen på toppen av Citadel når Freeman. G-Man blir likevel avbrutt av at Vortigauntene dukker opp, og teleporterer dem ned fra toppen av tårnet. Alyx får så kontakt med faren sin og Isaac Kleiner, som har side flyktet fra byen. Kleiner informerer dem at reaktorkjernen er kritisk ustabil og kan eksplodere veldig snart. Eksplosjonen vil jevne hele City 17 med jorden. For å forsinke eksplosjonen må de dra inn igjen til reaktorkjernen for å prøve å stabilisere den, slik at de kan forsikre at flere av byens innbyggere kan evakueres. Mens de er der inne finner de ut av at Combine prøver å fremskynde ekspolosjonen, og bruke ødeleggelsen av Citadel som et rop på hjelp og forsterkninger til Combines hjemdimensjon. Etter dette finner de veien gjennom byen til togstasjonen, og tar det siste toget ut av byen. Combine ødelegger reaktoren kort tid etter og jevner både Citadel og byen med jorden. Det får også toget Freeman og Alyx var på til å spore av.