Dagens Veracruz ble grunnlagt i 1599. Dette ble etterhvert hovedutskipningshavna for sølvet fra de meksikanske gruvene til Spania. Også rikdommene fra den spanske kolonien Filippinene ble fraktet over Stillehavet til Acapulco, fraktet over land via Mexico by til Veracruz, og så fraktet over Atlanterhavet til Spania. Dette gjorde Veracruz til et attraktivt mål for engelske og franske pirater som herjet i Karibien, og i 1653 og 1712 ble byen plyndret av pirater. For å motvirke truslene ble den store festningen San Juan de Ulúa bygd på en øy i havna i 1565 og utvidet betydelig utover i kolonitida.