Samtidig fryktet Allende for manglende lojalitet blant etatene i landets forsvar- og justissektor. Særlig gjaldt dette (landets politietat). Allende forsøkte å få kontroll på situasjonen gjennom å gjennomføre utstrakte reformer i forsvarssektoren, og ved å utnevne general Carlos Prats som ny forsvarsminister og forsvarssjef tidlig i august 1973. Imidlertid måtte Prats fratre sine roller mindre enn tre uker etter hans innsettelse etter en episode der ministeren løsnet skudd mot en sivil bil i trafikken i Santiago. Prats avgang førte til at den langt mer regimekritiske general Augusto Pinochet overtok hans plass som forsvarssjef.