De protestantiske misjoner satset også stort på skoler, mange av dem fikk vokse seg opp til å bli r rundt eller etter århundreskiftet, og noen ble senere universiteter av amerikansk modell. Denne satsingen avtegnet tegnet seg særlig fra 1880-årene. Disse skolene spilte også sin rolle ved å berede grunnen for overgangen fra et tilstivnet Qing-styre til en moderne republikk. Baptistmisjonæren Timothy Richard tok ledelsen for opprettelse av et universitet for provinsen Shanxi, her var imidlertid det statlige engasjement og styreformen slik at det ikke ble et egentlig kristent universitet. Det begynte på sett og vis i 1844: En skole de amerikanske presbyterianerne startet da i Ningbo vokste, flyttet, og utviklet seg til «Hangchow Christian University». Andre lignende historier gjelder «Fukien Christian University» (Fuzhou 1915), «Ginling College» (Nanjing 1915), «Huachung Christian University» (Wuchang 1924), «Hwa Nan College» (Fuzhou), «Lingnan University» (Guangzhou), «Methodist Nanking University», «St. John's University (Shanghai)», «Shanghai University» (1906), «Shantung Protestant University (Cheeloo)» (1904, etterhvert i Jinan), «Soochow University» (1911), «West China Union University» (1910, etterhvert i Chengdu) og «Yenching University» (Beijing 1919).