Da biskop Gottskálk døde i 1520, ble Jón Arason valgt til hans etterfølger til bispestolen Hólar, men han ble ikke bispeviet før i 1524. Den andre islandske biskopen, Ögmundur Pálsson av Skálholt, hadde motsatt seg Jón meget sterkt og til og med prøvd å arrestere ham i 1522, men Jón jlarte å flykte fra Island på et tysk skip. De to bikopene ble til slutt forlikte i 1525.