Hans Egede fikk et prestekall i Vågan, hvor ekteskapet med Gjertrud brøt tradisjonen om at den nye presten skulle gifte seg med presteenka. Tida i Vågan gikk med til forberedelser til ektemannens misjonskall om å reise til Grønland. Reisen ble muliggjort blant annet med hjelp fra Gjertruds bror Niels Rasch, som drev handelsfart og fangst. Selv om Gjertrud fra først ikke ønsket at familien med fire små barn skulle legge ut på reisen, var hun den som senere støttet ektemannen da han var motløs, og hun hadde stor lit til Gud.