Babyen, som tenker og oppfører seg som en voksen, forklarer at han er kommet til familien Templeton med et spesielt oppdrag: han skal finne ut hvorfor folk har begynt å bli mer opptatt av hvalper enn av babyer. Templeton-familien ble valgt ut fordi Tims foreldre arbeider for selskapet Puppy Co. Når han har fullført oppdraget, kommer babyen til å reise sin vei. Imidlertid truer babyens sjef med å gi ham sparken hvis han mislykkes med oppdraget. Hvis han får sparken, blir babyen nødt til å bli værende hos Templeton-familien resten av livet, og vokse opp der. Tim og babyen blir enige om å samarbeide for å forhindre at dét skjer.