Hansen fortsatte med forskning på feltet, men valgte på 90-tallet å holde seg i bakgrunnen i den offentlige debatten. Han har seinere igjen blitt aktiv klimapolitisk, og i 2005 og 2006 beskyldte han NASAs administrasjon og Det hvite hus for forsøk på å påvirke hans offentlige uttalelser om årsakene til klimaendringene, og for å redigere klimarelaterte pressemeldinger for å få global oppvarming til å se mindre truende ut.