Retninger innen libertarianismen kan deles opp i to hovedgrener: overnaturlige teorier og vitenskapelige eller naturlige teorier. Overnaturlige teorier antar at ikke-fysisk sinn eller sjel står over fysisk kausalitet slik at fysiske hendelser i hjernen som fører til at handlinger utføres ikke har en fullstendig fysisk forklaring. Denne tilgangen er tilknyttet dualismen og har noen ganger en teologisk motivasjon bak seg.