Sten Sture var sønn av Birgitta Stensdotter, kong Karl Knutssons halvsøster, og Gustav Anundsson Sture, riksråd og på Kalmar slott. Sllerede i 1444, da Sten var fire år, døde hans far Gustav. Moren giftet seg på nytt, med riksråden Gustav Karlsson og Sten Sture ble oppfostret formodentlig i deres hjem, dels på Kalmar slott, der stefaren en tid var og dels på Ekholmens gård i Uppland.