På 1100-tallet begynte den store Saint Front-katedralen å reise seg i Puy-Saint-Front. På samme tid fikk byen en bymur med 28 tårn. I 1240 ble Vesunna og Puy-Saint-Front sammenslått til som samtidig ble hovedstad i grevskapet Périgord. Det gamle Vesunna ble en bydel som kom til å bli kalt og middelalderens Puy-Saint-Front kom til å bli kalt . Dette ble en blomstringstid for byen, ikke minst med båttrafikken på Isle og handelen med Bordeaux. Under hundreårskrigen ble Périgueux militært viktig, ikke minst ettersom grensen mellom engelsk og fransk territorium gikk 50 kilometer sør for byen, ved elven Dordogne. På 1400-tallet fikk byen nye bymurer.