I løpet av 1990-tallet begynte Blondies tidligere arbeid å bli anerkjent av en ny generasjon fans og artister, inkludert Garbage og No Doubt. Chrysalis/EMI Records ga også ut flere samlinger og remiksede versjoner av noen av deres største hits. Harry hadde etter bruddet fortsatt sin solokarriere med moderat suksess og gitt ut album i 1989 og 1993. Valentine hadde flyttet til London og blitt forfatter på heltid under hans virkelige navn, Gary Lachman, hans bok New York Rocker: My Life in the Blank Generation (2002, ISBN 0-283-06367-X) er et memoar fra årene hans med bandet. I 1997 var bandet med på hyllestalbumet å spilte Iggy Pops sang «Ordinary Bummer» under pseudonymet "Adolph's Dog". Nigel Harrison og Frank Infante ønsket ikke at bandet skulle starte opp igjen med navnet Blondie å saksøkte dem uten hell. I 1998 gjenoppsto gruppen med både nytt og gammelt materiale og har siden vært aktive, selv om populariteten ikke er så stor som tidligere. Bandet bestod nå offisielt et fire medlemmer, Harry, Stein, Burke og Destri. miniatyr|Debbie Harry, 2011 Seksten år etter deres forrige album kom albumet i 1999, det nådde nummer tre i UK og nummer atten i USA. Singelen «Maria» som var hentet fra albumet ble en hit og nummer en på UK Singles Chart, bandets sjette britiske nummer en singel. Den tilbrakte 17 uker uten sammenheng på topp 100. I resten av Europa toppet «Maria» listene i Hellas og Spania og var en topp-10-hit i Østerrike, Flandern, Tyskland, Island, Irland, Sverige og Sveits. «Maria» var ikke like populær i Nord-Amerika, og ble nummer 82 på den amerikanske Billboard Hot 100, men nådde topp 20 på Billboard Adult Top 40. Dette førte til at bandet er en av bare to amerikanske musikkartister som nådde nummer en førsteplass på de britiske singellistene på 1970-, 1980- og 1990-tallet (den andre var Michael Jackson som hadde nummer en hits med Jacksons og solo i de samme tiårene).