Under Den amerikanske borgerkrigen var de fem stammer splittet over spørsmålet om hvilken side de skulle støtte. Choctawerne og chickasawerne kjempet på sydstatenes side, mens de tre andre stammer var internt splittet i spørsmålet. Spesielt ille var det hos cherokeserne, som dels hadde soldater på begge sider i krigen, men som også kom til å utkjempe en intern borgerkrig om spørsmålet – for øvrig en borgerkrig som kom i forlengelse av en annen borgerkrig som var oppstått i forbindelse med flytningen til indianerterritoriet, og som hadde vart fra 1839 til 1846.