Scheidemann var sønn av David Scheidemann som var organist i Wöhrden og fra 1604 ved i Hamburg, og fikk sannsynligvis den første musikkundervisningen av ham. Fra 1611 til 1614 tok Scheidemann sammen med sin venn Jacob Praetorius et treårig studium Jan Pieterszoon Sweelinck i Amsterdam. Studiet var finansiert av Katharinenkirche og bakgrunnen var at deres framtidig organist skulle gå i lære hos en av tidens aller beste organister.