Isaksen har hatt en rekke verv i forskjellige styrer og organisasjoner som for eksempel tillitsvalgt ved UiT–Musikkonservatoriet, leder for UiTs førstelektorprogram, medlem i likestillingsutvalget ved UiT, leder for Ny Musikk i Tromsø, styremedlem i Tromsø Mållag, medlem i styringsgruppen for Nordisk nettverk for musikkpedagogisk forskning og i læreplangruppe for programfagene på de studieforberedende utdanningsprogrammene i musikk, dans, drama i Utdanningsdirektoratets 2020 arbeid med fagfornyelsen i videregående skole.