Kommunen er sete for en rekke samiske kultur- og utdanningsinstitusjoner. Den er den kommunen i Norge med størst andel registrerte i Samemanntallet i forhold til innbyggertallet og største reindriftskommune. Kautokeino har vært senter blant annet for Kautokeino-opprøret i 1852 og Alta–Kautokeino-utbyggingen.