I 1865 hadde Yaqub blitt øverstkommanderende for Kokands hær. Han inntok Kashgar og Yarkand fra kineserne ved å benytte anledningen til å angripe når Kina forøkte å slå ned det muslimske dunganopprøret. I 1867 hadde han fått kontrollen over mesteparten av Østturkestan, inkludert Khotan, Aksu og Kucha, og han gjorde seg selv til hersker over med Kashgar som hovedstad.