I hans unge år var landet preget av strid. I 1192 ble han anerkjent som hersker i Böhmen av den tyske keiseren Henrik VI. Ottokar ble senere avsatt etter å ha deltatt i en konspirasjon mot hohenstaufen-slekten. I 1197 tok han makten tilbake fra sin bror, hertug Vladislav Jindřich, som fikk beholde Mähren. Han benyttet seg av borgerkrigen i Tyskland, til å erklære Böhmen som kongedømme med støtte fra Filip av Schwaben, som trengte tsjekkisk støtte i kampen mot Otto IV.