Den 17. februar 1987 ble Magee utnevnt av pave Johannes Paul II til biskop av Cloyne i Irland. Bispevielsen den 17. mars 1987 ble foretatt av Johannes Paul II selv; medkonsektratorer var kurieerkebiskopen Eduardo Martínez Somalo, og biskopen av Dromore, Francis Brooks. Fra juni 1994 til mars 1996 var han apostolisk administrator av Limerick. Fra 1992 til 1997 var han medlem av Bispekongregasjonen i Vatikanet, og han var også formann for den irske bispekonferanses liturgiske kommisjon.