Under den andre beleiringen hadde den militære situasjonen snudd seg for jakobittene. Hovedarméen til jakobittene ble grundig slått i slaget ved Aughrim i juli 1691 og 4 000 mann ble drept, inklusive kommandanten Marquis de St Ruth og tusenvis flere ble tatt til fange eller deserterte. Galway hadde overgitt seg i juli 1691. De overlevende jakobittene trakk seg tilbake til Limerick, men i motsetning til året før, var moralen nå særdeles lav og de var klare til å overgi seg. På den andre siden hadde forsvarsverkene i Limerick blitt kraftig utbedret siden 1690. Den vilhelminske general Godert de Ginkell beleiret byen og bombarderte den til murene raste sammen. Et vilhelminsk overraskelsesangrep drev de irske forsvarerne fra vollene som forsvarte Thomond-broen og sendte de irske forsvarerne mot Limerick. De franske forsvarerne ved hovedporten nektet å åpne den for de flyktende irene og om lag 800 av dem ble drept eller druknet i Shannonelva.