Omkring 1730 fikk han en doktorgrad i teologi og satt i tyve år professor i dette fag ved Universität zu Köln (etablert 1388). I 1733 fikk han det ærefulle oppdrag å katalogisere det store universitetsbiblioteket, i likhet med studievennen Henrik Krog som hadde blitt pavens bibliotekar i Roma; Mathias Bagger ble forøvrig bibliotekar i Madrid.