Elisabeth ble født på Nyborg slott i 1485, fire år etter yndlingsbroren Christian (II). Hun kunne lese og skrive på både dansk og tysk. I 1502 ble hun gift med Joachim I Nestor i et dobbeltbryllup i Brandenburg sammen med hennes onkel, den senere kong Frederik I og Joachims søster Anna av Brandenburg. Bryllupet fant sted, mens Elisabeths mor satt innesperret av beleiring på Stockholms slott.