Papenburg nevnes første gang i 1458 da en prest fra Leer ble skjenket godset Papenburg av biskopen i Münster. I 1629 ble området rundt godset og borgen kjøpt, for å kolonisere myrområdet, såkalt fehnkolonisering. I 1856 ble jernbanen mellom Osnabrück og Emden lagt gjennom Papenburg og i 1860 fikk Papenburg bystatus. I dag (2007) har byen 35 000 innbyggere.