I mai 1549 vendte han igjen tilbake til England. Han ble der den fremste forkjemperen for sveitsisk protestantisme, i opposisjon til lutheranere, katolikker og konservative anglikanere. Han ble kapellan for Edward Seymour, 1. hertug av Somerset, som var Lord Protector mens Edvard I var mindreårig. Han bidro på denne tiden til å bygge opp for nederlendere og franskmenn i Glastonbury og London. Hooper var venn med John a Lasco, og i 1549 var han vitne for anklageren under saken mot biskop Edmund Bonner.