I 1937 ble DeBakey ansatt ved Tulanes medisinske fakultet. Han tjente som frivillig soldat under andre verdenskrig, hvor han ble Director of the Surgical Consultants' Division in the United States Army Surgeon General's Office. I løpet av sin tid i militæret foreslo han opprettelsen av en rekke mobile feltsykehus, kalt Mobile Army Surgical Hospital, forkortet «M.A.S.H.». Disse muliggjorde avanserte medisinsk behandling i felten, med god tilgjengelighet for de sårede soldatene.