Jakon fikk også katolikkenes vrede mot seg. Selv om han var forsiktig med å akseptere katolisismen, passet hans protestantiske undersåtter på at de ikke fikk like rettigheter. I de tidlige årene, da mange av hans undersåtter ikke kjente Jakobs politikk, bare at han hadde en ekstrem protestantisk bakgrunn, var det derfor en del komplott for å fjerne Jakob fra makten, som Bye-komplottet og hovedkomplottet.