Fordi mange ansatte nektet å medvirke til nyordningen måtte Heggstad nærmest alene lede administrasjonen av NTH. Etter okkupasjonsmaktens førerprinsipper fikk han full myndighet. Et mindretall av professorene ved NTH gikk inn for at høyskolen skulle bøye av med henvisning til at «efter Høiskolelovens § 12 pålegger det rektor å dra omsorg for at høiere myndigheters beslutninger blir utført». De øvrige professorene gikk under jorden, og et hemmelig professorråd holdt fra høsten 1943 kontakt med hjemmefrontens ledelse. Disse ledet paroler for blokkering av ledige stillinger ved NTH og deltok i studentenes boikott av undervisningen fra høsten 1944. Høyskolen ble etter dette så godt som øde. Heggstad samarbeidet først og fremst på den administrative siden under krigen. Han trakk seg øyeblikkelig tilbake etter krigens slutt. En kilde sier at han fikk avskjed i nåde den 1. september 1945, en annen kilde sier at han tvert om fikk avskjed i unåde.