Under andre verdenskrig ledet han Bangs arkitektkontor etter Bangs død i 1942. Fra 20. april 1944 og resten av krigen satt Viksjø på Grini. Etter krigen startet han sitt eget arkitektkontor, og vinnerutkastet til regjeringsbygningen ble hans første store oppdrag. Det ble justert flere ganger, bl. a. fordi det bevaringsverdige Empirekvartalet opptok det meste av tomten. Etter en langvarig og opphetet vernedebatt ble en redusert høyblokk oppført i årene 1955-58, og den gamle bebyggelsen revet. «Y-blokken» nord for høyblokken på et «lokk» over Arne Garborgs plass inngikk i Viksjøs utbyggingsplan, men ble ikke oppført før i 1969-70.