Johan Ernst Welhaven ble ordinert til prest i 1801, og arbeidet hele sitt yrkesaktive liv ved St. Jørgens kirke, i første omgang som kapellan (1801–07), senere som sogneprest (1808–27). I 1806 giftet han seg med Else Margrethe Cammermeyer (1785–1853). Welhavens svigerfar, Johan Sebastian Cammermeyer (1730–1819), var en dansk kapellan i Korskirken i Bergen. Svigermoren, Maren født Heiberg (1742–1812), var også danskættet og dessuten tante (faster) til den danske dikteren Peter Andreas Heiberg (far til Johan Ludvig Heiberg).