Olympio prøvde etter hvert å undertrykke sine politiske motstandere og forby konkurrerende partier. Det førte til et kupp 13. januar 1963 der Olympio ble drept. Opposisjonspolitikeren Nicolas Grunitzky returnerte fra sitt eksil og overtok regjeringsansvaret som statsminister (et verv som han hadde også fra 1956 til 1958); han ble valgt til president i mai 1963. Han støttet seg på militæret, men hans maktbasis ble svakere etter hvert, og et nytt kupp 13. januar 1967 førte til at oberstløytnant Étienne Eyadéma (senere Gen. Gnassingbé Eyadéma) ble president. Han etablerte et militærdiktatur og forble president de neste 38 år.