Etter at han ble avslørt, dømte en militærdomstol i Moskva ham i 2006 til 13 års fengsel for høyforræderi i form av spionasje, og fratok ham alle titler og utmerkelser. I juli 2010 ble han benådet av den russiske president Dmitrij Medvedev, og sammen med tre andre vestspioner (blant dem atomfysikeren Igor Sutjagin) utvekslet mot ti russiske spioner som var blitt arrestert av FBI (blant dem Anna Chapman). Siden da har Skripal bodd i Storbritannia. Skripals familie bestred alle anklager om at han hadde begått noe høyforræderi og kalte bevisene for fabrikkerte.