I 1933 kom han i konflikt med en av sine underordnede, Roland Freisler, vedrørende den såkalte («raseskam»), knyttet til seksuelle relasjoner mellom «ariere» og «ikke-ariere», som Freisler ville ha kriminalisert umiddelbart. Gürtner påpekte under et møte mange av de praktiske vanskeligheter med Freislers forslag. Men etter to år ble slike forhold kriminalisert i Nürnberglovene.