Mot slutten av perioden var landet prega av borgerkrigstilstander, hovedsakelig mellom befolkningsgrupper med opprinnelse på Guadalcanal og Malaita. Regjeringa gjorde forskjellige forsøk på å dempe konflikten. I 1999 erklærte den unntakstilstand og bad om assistanse fra Australia og New Zealand, noe disse landa avslo.