Guerrero foretok lange reiser i Spania og Portugal i Maximilian II av Det tysk-romerske rikes tjeneste. I forbindelse med bryllupet mellom kong Filip II av Spania og Anna av Østerrike, ledsaget han erkebiskopen av Sevilla til Italia, der han i en privataudiens overrakte pave Gregor XIII sin andre messebok. Guerrero var på ny sammen med erkebiskopen til Roma i 1588. Under reisen fikk han overvåke trykkingen av sin andre bok åndelige sanger, (Venezia). I august 1588 til januar 1589 var han i Det hellige land, en reise han skildret i beretningen (Valencia 1590). Guerrero var plaget av pengeproblemer som domkapitelet hjalp ham ut av, og han tilbrakte resten av sine dager som kapellmester ved katedralen i Sevilla. Han døde formodentlig i en pestepidemi. Guerrero er bisatt i Sevilla-katedralen.