Byen ble grunnlagt 16. april 1531 som («Englenes by»). Denne byen var den første europeiske bygrunnleggelsen i Mexico som ikke var bygd på ruinene av en prekolumbiansk by. Hensikten var å utkonkurrere det gamle kultsenteret Cholula. Byens beliggenhet midtveis mellom hovedstaden Mexico og den viktigste havnebyen Veracruz gjorde Puebla til Mexicos nest viktigste by i kolonitida. På 1600-tallet levde forfatterinnen Sor Juana Inés de la Cruz i byen, inntil hun begynte å krangle med byens biskop og måtte forlate byen.