Fortinet ble grunnlagt i 2000 av brødrene Ken og Michael Xie. Selskapets første produkt var FortiGate, en brannmur, som senere ble utvidet til å dekke trådløs tilgangspunkter, sandboxing og meldingssikkerhet (eng: messaging security). I 2004 hadde Fortinet økt finansiering med over 90 millioner dollar. Selskapet ble offentlig i november 2009 og økte 156 millioner dollar i verdi gjennom en børsnotering. I 2016 lanserte Fortinet sin «Security Fabric»-arkitektur som inkluderte integrering og automatisering med andre nettverkssikkerhet enheter og tredjepartsleverandører. Produktet ble senere tilpasset til å omfatte multi-cloud, IoT, og SD-WAN funksjonaliteter.