Flyselskapet fikk nytt navn, British European, i juni 2000, det forkortet navnet til Flybe den 18. juli 2002 og reposisjonerte seg som lavprisselskap. Den 3. november 2006 ble det annonsert at det var oppnådd enighet i prinsippet om at Flybe overtok BA Connect med unntak av rutene til London City Airport. Overtagelsen ble gjennomført i mars 2007. Flyselskapet er eid av Rosedale Aviation Holdings (69 %), ansatte i Flybe (16 %) og British Airways (15 %) som en konsekvens av overtagelsen av BA Connect. Selskapet hadde 3 000 ansatte i januar 2008. Ifølge passasjerstatistikk fra National Airworthiness Authority (CAA) for april-mai 2009 er Flybe i dag Storbritannias største flyselskap for innlandsreiser (26 % av det totale antallet passasjerer fra Storbritannia som flyr utenlands i april valgte Flybe, 3 % flere enn de som valgte easyJet). Selskapet fraktet 451 413 innenlandspassasjerer i løpet av april 2009, eksklusive flyvninger som ble operert av Loganair. Det plasserer Flybe på førstplass blant innenlandske reisende i Storbritannia, foran easyJet, British Airways, BMI Group og Ryanair. I løpet av denne perioden ble Flybe også London Gatwicks største, innenlandske operatør. I 2009 mottok direktør Jim French en anerkjennelse i form av CBE for sine tjenester for Storbritannias luftfartsnæring i forbindelse med dronningens fødselsdag.