E39 har syv ferjeoverfarter i Norge, alle disse er blant landets 20 mest trafikkerte. Veien har omkring 90 tunneler, og over 6 prosent av veiens samlede lengde er i tunnel. Flere ferjesamband har tidligere blitt erstattet av bruer og tunneler: Rennfast ga i 1992 fastlandsforbindelse til øyene i Boknafjorden og inngår i E39. Nordhordlandsbrua fra 1994 og fjordkryssingene i forbindelse med Krifast fra 1992 omfatter flytebruer, de eneste i Norge. Bømlafjordtunnelen er veiens dypeste punkt med 262,4 meter under havet og var verdens nest dypeste da den åpnet. Når Rogfast etter planen er ferdig rundt 2030, vil veiens dypeste punkt være 390 meter under havet. E39s høyeste punkt er i Romarheimsdalen, der veien går opp i 400 meter over havet.