Hanssen ble utdannet lege i 1973, dr.med. i 1980 og er spesialist i indremedisin, gastroenterologi og endokrinologi. Han var først knyttet til Ullevål sykehus, deretter Rikshospitalet fra 1984, etter hvert som sjeflege fra 1992 til 1994 og professor i indremedisin ved Universitetet i Oslo. Ved Rikshospitalet la han grunnlaget for det senere Centre of excellence for behandling av nevroendokrin kreft (ENETS). Han har publisert ca. 200 vitenskapelige arbeider. Han har vært professor II i medisin ved Institutt for samfunnsmedisinske fag, og ved Det psykologiske fakultet, Universitetet i Bergen 2001–14 og fakultetsrådsleder, Det medisinske fakultet, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet 2005–09.