Om bord på «Fram» hadde Sverdrup med seg fem vitenskapsmenn og et mannskap på ti. Vitenskapsmennene var Gunnar Isachsen, kartograf; Per Schei, geolog; Herman Georg Simmons, svensk botaniker; Edvard Bay, dansk zoolog og Johan Svendsen, lege. Harpunér Peder Leonard Hendriksen deltok slik som på den første «Fram»-ferden. Besetningen besto ellers av ekspedisjonens nestkommanderende Victor Baumann, styrmann Oluf Raanes, maskinist Karl Olsen, kokken Henrik Lindstrøm, Jacob Nødtvedt, Rudolf Stolz, Ove Braskerud, Ivar Fosheim og Sverre Hassel som senere deltok på Roald Amundsens Sydpolekspedisjon. Svendsen og Braskerud døde på ferden. En mann Sverdrup ønsket å ha med, men som takket nei på grunn av studier, var Herman Smith-Johannsen.