Den øverste del av Gudenåen har tidligere hatt flere forskjellige navn. Det aller øverste, bekkelignende løpet har hett Hammermølleå, litt lengre nede het elva Stovgårdså, Træden Å, Bredvadå og Vorvadså. Fra og med utløpet fra Mossø het den Sønderå eller bare Den Store Å. Det var først på strekningen nedstrøms fra Silkeborg at elva bar navnet Gudenå, som betyr, «den som er viet til gudene». I Snorres Heimskringla brukes betegnelsen om Randers Fjord, og i Øm Klosters Krønike fra begynnelsen av 1200-tallet heter den ..