I august 1991 ble Gaines midlertidig lammet av Guillain-Barrés syndrom. Etter to måneder ved sykehus opplevde han på overraskende vis å bli helt frisk igjen, mye takket være sin gode fysiske form som konkurransesvømmer. Han kom seg opp på verdenselitenivå igjen og i en alder av 35 år kvalifiserte han seg som eldste svømmer til OL-uttakningen til Sommer-OL 1996. Han bestemte seg dog for ikke å prøve å kvalifisere seg til lekene, men heller fortsette karrieren som svømmekommentator for NBC.