I løpet av de nesten tre årene som Kabul-regjeringen med suksess hadde forsvart seg mot mujahedin-angrep, hadde fraksjoner innen regjeringen også utviklet kvasi-konspirasjonelle forbindelser med motstanden. Selv i løpet av Sovjets krig hadde Kabuls tjenestemenn arrangert våpenhviler, nøytrale soner, gjennomgang på motorveier og til og med pass som lot ubevæpnede mujahedin gå inn i tettsteder og byer. Ettersom borgerkrigen utviklet seg til stillstand i 1989, ble slike avtaler sementert som politiske forståelser. Kamper stoppet nesten opp rundt Kandahar fordi de fleste mujahedin-kommandørene hadde en forståelse med dens provinsielle guvernør. Ahmed Shah Massoud utviklet en avtale med Kabul om å holde den viktige nord-sør-motorveien åpen etter at sovjeterne trakk seg ut. Den største mujahedin-seieren i løpet av borgerkrigen, var erobringen av Khost og ble oppnådd gjennom kollaborasjon med garnisonen. I mars 1990 samarbeidet Gulbuddin Hekmatyar med et kuppforsøk av Khalqieren og forsvarsministeren Shah Nawaz Tanai. Hekmatyars styrker skulle angripe Kabul samtidig. Plottet mislyktes på grunn av feilaktige kommunikasjoner. Tanai unnslapp med helikopter til Pakistan der han ble tatt vell i mot og offentlig akseptert som en alliert av Hekmatyar.