Tiden under nasjonalsosialismen førte til store begrensninger både i hans arbeid og personlige liv. Sønnen Erich, som var medlem av Tysklands sosialistiske arbeiderparti (SAP), ble arrestert i 1934, og dømt til 10 år i fengsel. Erich døde rett etter at denne fengselsperioden var over. Sanders bok ble beslaglagt i 1936 og trykkplatene ødelagt. I 1942 flyttet han til Kuchhausen i Westerwald, der han blant annet kunne få sine viktigste negativer og bilder i sikkerhet fra bombingen. Her bodde han frem til 1963.