Kratzenstein markerte seg snart som en engasjert foreleser som tiltrakk seg et stort publikum, både studenter og interesserte personer fra borgerskapet. Forelesningene omhandlet en rekke temaer som strakk seg fra læren om dyr og planter, geologi, fysiologi til kjemi og fysikk. På den tiden var det ofte uklare grenser mellom disse forskjellige disiplinene. De offentlige forelesningene tok han seg betalt for, noe som var vanlig på den tiden. Da han døde, hadde han spart opp 12000 riksdaler som var blitt testamentert til universitetet. Noen år senere gjorde disse midlene det mulig for Hans Christian Ørsted å bygge opp sitt eget laboratorium for fysiske eksperimenter.