Et GC-apparat består forenklet sett av en hvor prøven sprøytes inn, en beholder med under trykk, en som prøven vandrer gjennom ved hjelp av bæregassen, og en ved enden av kolonnen. Injeksjonsporten er en gummimembran med en overgang til kolonnen. Kolonnen er et langt, tynt rør som inneholder en fast matriks, oftest av silikater, innsatt med et mikroskopisk lag av kjemikalier som virker inn på prøven. Rundt kolonnen er en beskyttende hinne av glass, metall eller plast. Bæregassen er gjerne helium eller nitrogen.