Spillet bevarer flere gameplay-aspekter fra . Mange av oppdragene ligner de forrige, og det er forsatt en stor mengde plattformspilling. Flere gjenstander fra det forrige spillet, slik som Warp Gaten, er bevart. Kontrollene for Jak er de samme, men er også utvidet for de nye Mørk Eco- kreftene. Ved å samle opp Mørk Eco kan Jak transformere seg til Dark Jak, som er sterkere i nærkamp. Ved å samle inn Metal Head diamanter, som vinnes ved å slå fiender, og gi dem til Orakelet fra forrige spill, kan Jak oppgradere Dark Jak- kreftene sine.