Ekteskapet utviklet seg til en katastrofe. Annie Besant var forfatterinne, og skrev korte fortellinger, barnebøker og artikler. Som gift kvinne hadde hun ikke den legale retten til eiendom, og Frank utnyttet dette ved å frata henne alle pengene som hun tjente. Politisk uenighet gjorde ekteskapet enda mer anstrengt. Annie Besant deltok i gårdsdrengenes kamp for å organisere seg i fagforeninger og å forbedre sine arbeids- og levevilkår. Frank tilhørte det det konservative partiet og tok parti med godseierne og storbondene mot leilendingene. Det anstrengte forholdet tilspisset seg da Annie Besant nektet å delta i nattverden. Hun forlot ektemannen og vendte tilbake til London. Der ble de legalt separert og Annie tok datteren Mabel Besant med seg.