Etter sin reise til USA i mai 1944 reiste major Bong tilbake til Ny-Guinea i september. Da han fikk en stilling i stab, behøvde han ikke lenger å fly kampoppdrag. Men Bong fortsatte å fly fra Tacloban på Leyte, under slaget om Filippinene, og økte sin luft-til-luft-seiersrekke til totalt 40 i desember.