Nå begynte han å arbeide for å få slaveriet forbudt innen unionen, og han ble også gjort til ordførende i . I 1787, da han egentlig var gått i pensjon, tok han på seg oppdraget å trekke opp den amerikanske konstitusjon som skulle erstatte konføderasjonsartiklene. Franklin var den eneste som satte sin signatur på alle de tre dokumenter som førte frem til selvstendigheten; den amerikanske uavhengighetserklæring (1776), Parisavtalen (1783) og konstitusjonen. Samme år foreslo noen pastorer i Lancaster at man skulle bygge et nytt college som skulle oppkalles etter Franklin. Franklin donerte 200 pund til bygget av , som i 1853 ble slått sammen med Marshall College og ble .