Tumblety reiste tilbake til Rochester, og flyttet inn hos en eldre kvinnelig slektning, hvis hus også fungerte som hans kontor. Han bodde i Baltimore, Maryland, under 1900-folketellingen, men vendte tilbake til St Louis, hvor han døde i 1903 av hjerte-og karsykdom. Hans legeme ble gravlagt i familiegraven i Rochester kirkegård.