Percy var eldste sønn av sir Thomas Percy og Eleanor, datter av Guiscard Harbottal. Han var nevø av Henry Percy, 6. jarl av Northumberland, som var Anne Boleyns elsker før hun møtte Henrik VIII. Da han var åtte år gammel ble faren henrettet på Tyburn, den 2. juni 1537, på grunn av hans ledende rolle i Nådens pilegrimsferd. Også han ble regnet som en martyr av mange. Thomas og broren Henry ble tatt fra moren og plassert hos Thomas Tempest.