Pedersen begynte på Sjøkrigsskolen i 1953, og ble uteksaminert i 1957. Han gikk deretter gradene i MTB-våpenet, til han i 1977 tok kommandoen på KNM «Narvik». Deretter var han fra 1982 sjef for Sjøforsvarets kompetansesenter, KNM «Tordenskjold». Han ble kontreadmiral og var sjef for sjøstridskreftene i Sør-Norge fra 1983 til han ble sjef for Sjøforsvarets forsyningskommando i 1986. Fra 1989 til 1992 var han Generalinspektør for Sjøforsvaret, våpengrenens øverste sjef. Han ble i 1992 viseadmiral og beordret til tjeneste i NATOs atlanterhavskommando. Han møtte også for NATOs militærkomité. Pedersen ble pensjonert i 1995.