Hojer stod i en utstrakt virksomhet som historiograf, bibliotekar og kollegieembedsmann da Frederik 4.s død i oktober 1730 medførte en brå stopp i alt dette. Hojer ble nemlig betraktet av etterfølgeren, Christian 6., som knyttet til dronning Anna Sophies parti, og mistet derfor kort tid etter tronskiftet alle sine offentlige verv, men fikk i det minste en anstendig pensjon. I den nye situasjonen kom Hojers fleksibilitet til uttrykk. Han trakk seg ikke tilbake, men forsøkte med den gang å skaffe seg enn posisjon hos den nye regjeringen. Han leverte i 1731 et utkast til en verdig skildring av Christian 6.s salvingshøytid, og da han etter å ha mistet historiografstillingen ikke lengre hadde i oppgave å fortsette årbøkene over Frederik 4.s regjering, skrev han en sammentrengt, svært innholdsrik og velskrevet skildring av denne konges historie, som han så i håndskrift overrakte Christian 6. med en tilegnelse, datert 31. mars 1732.