Men med dette som foranledning satte den ungtyrkiske -regjeringen i gang det som skulle bli til folkemordet på armenerne. Under tvangsdeportasjoner mot Den syriske ørken ved Deir ez-Zor omkom særlig i 1916 størstedelen av osmanerrikets armenske befolkning av tørst, sult, sykdom eller ved direkte drap. Det er blitt drøftet blant historikere om dette utfall allerede var det som var planen fra ungtyrkisk side, eller om det begynte som en generelt anti-armensk politikk som så eskalerte steg for steg på grunn av en indre dynamikk slik at resultatet like fullt var et folkemord.