Anthony Kiedis har ved siden av en rekke svært korte affærer og one night stands, også hatt noen langvarige forhold. På midten av 1980-årene var han sammen med Jennifer Bruce, et forhold som visstnok skal ha preget Kiedis dypt. Senere fulgte flere forhold, Ione Skye, Claire Essex, Jaime Rishar og Yoahanna Logan har alle vært Kiedis kjærester. Til hans mange berømte kvinnelige bekjentskaper hører også Madonna, Nina Hagen, Sofia Coppola og Sinéad O'Connor til. Han hadde også et kort forhold til den tyske supermodellen Heidi Klum. I dag lever han et rusfritt liv med yoga og han er veganer.