Sajó er 229 kilometer lang, av disse er 110 km i Slovakia. Kilden ligger ved fjellet Stolica i Stolicafjellene (Stolické vrchy), en del av De slovakiske malmfjellene. Elven flyter i en sørvestlig retning i Slovakia. I Ungarn bøyer Sajó av mot sørøst og antar en meandrerende karakter over slettelandet før den munner ut i Tisza ved Tiszaújváros. De største sideelvene er Bódva og Hornád fra høyre, begge med kilder i Slovakia.