Cantona startet karrieren hos i 1981, hvor han debuterte i oktober 1983. I 1985 laget han alle finalens tre mål da Auxerre vant den nasjonale franske juniorturneringen Coupe Gambardella. Cantona spilte for Auxerre til 1988, og var på utlån til Martigues sesongen 1985-86. I 1988 var han del av det franske U21-landslaget som vant U21-EM. I 1988 ble han kjøpt opp av Olympique de Marseille, hvor han snart ble kjent for sitt hissige temperament. Under en vennskapskamp mot Torpedo Moskva rev han av seg skjorta og kastet den fra seg etter å ha blitt byttet ut. Klubben reagerte med å suspendere ham i en måned. Noen uker senere fornærmet han landslagstreneren på TV.