Etter krigen gikk Jacobsen over i sivil skipsfart. I 1946 ble han havefogd i Kristiansand, der han var til 1955. Som havnefogd sto Jacobsen i spissen for moderniserings- og utbyggingsarbeider i Kristiansand havn. I 1955 ble Jacobsen utnevnt til havnesjef i Oslo og også her ledet han arbeidet med å bygge ut og modernisere havnen.