Beboelse av Tel Arad og den øvre festningen ble ikke avsluttet med den babylonske beleiringen. Faktisk i løpet av den persiske tiden på 400- og 300-tallet f.Kr. har bortimot et hundre og annen keramikk blitt skrevet på i arameisk og var hovedsakelig redegjørelser og meddelelser fra de lokale som brakte med seg olje, vin, hvete og lignende til helligdommen. Således har flere citadeller blitt bygget på hverandre og eksisterte inn i hellenistisk og romersk tid. Herodes den store bygget ut den nedre byen med den hensikt å få bygget et større brødbakeri der. Stedet varte fram til romerne ødela Jerusalem og mange jøder flyktet fra det landet som deres hellige skrifter hadde fortalt at Gud hadde gitt dem. Beboerne ved stedet synes helt fordrevet ved år 135 e.Kr. Tel Arad lå deretter i ruiner i rundt 500 år inntil den islamske perioden hvor det tidligere citadellet ble bygget om og omformet av noen muslimske klanfolk i området. Denne perioden varte i rundt 200 år fram til rundt år 861 da den sentrale autoriteten brøt sammen, noe som førte til en tid med utstrakt uro og opprør. Citadellet ble ødelagt og siden ble det ikke bygget nye strukturer på stedet.