I det 17. århundre led Det osmanske riket flere nederlag på vestfronten. Det var store kriger stort sett hvert århundre, noe som gjorde at økonomien forverret seg kraftig, og de militære tapene for Bosnia var store. For Bosnia og bosnjakne var det største vendepunktet den store tyrkiske krigen. Den pågikk mellom Det osmanske rike og flere europeiske stormakter som slo seg sammen til en «Hellig Liga». Dette markerte slutten på Det osmanske rikes herredømme over deler av Europa. I starten (1680-tallet) erobret Østerrike stort sett hele det osmanske Ungarn, og sendte titusener av muslimer på flukt til Bosnia. En lignende prosess forekom da Østerrike erobret Lika (en region i Sentral-Kroatia) og Slavonia (historisk region i Øst-Kroatia og Vest-Serbia). Tusener av muslimer flyktet fra disse regionene inn til Bosnia. De som ble igjen ble tvunget til å konvertere til katolisismen. I alt flyktet mer enn 100 000 muslimer inn i Bosnia i denne perioden, mange av dem med en ny følelse av fiendtlighet mot kristne.