Etter at jesuittenes generalsuperior pater Louis Martín døde ble Franz Xaver Wernz valgt til dette embedet den 8. september 1906. Samtidig fikk han pater Wladimir Ledóchowski som ordenssekretær. Wernz' tid sammenfalt med modernismekristen i kirken, og som jesuittordenen ble sterkt involvert i.