Den pakistanske sikkerhetstjenesten ISI hevdet at organisasjonen Al-Qaida sto bak mordet på Bhutto med henvisning til en påstått telefonssamtale der Al-Qaida lederen Baitullah Mehsud innrømmer å ha hatt ansvaret, og at det var den Al-Qaida-tilknyttede organisasjonen Lashkar-i-Jhangvi som gjennomførte attentatet.