Hans hovedverk som forfatter er de tre diktene «», «» og «». Johannes har også skrevet kommentarer, med samme tittel, til hver av diktene. Dertil er også kommentaren «Oppstigningen til Karmel» knyttet til det første av diktene. Både diktene og kommentarene står sentralt i den spanske litteraturens gullalder og innen den kristne mystikken.