Wooten har også vært medlem av flere fusion og progressive supergrupper, inkludert Bass Extremes (med Steve Bailey, Derico Watson og Oteil Burbridge), Vital Tech Tones (med Scott Henderson og Steve Smith), det indiske jazzfusion bandet PRASANNA og trioen (med Greg Howe og Dennis Chambers). Wooten har også vært på turné med mange andre band, inkludert Dave Matthews Band. Han er for tiden med sin egen sologruppe samt Béla Fleck and the Flecktones.