På 90-tallet var Jess kantor i Førde Kirke, Holsen Kirke, Haukedalen Kirke og senere Hoff Kirke på Østre Toten (1992–2001). Fra 2001 og frem til sin død var han forbundssekretær for MFO (Musikernes fellesorganisasjon) og la ned et stort arbeid for å bedre arbeidsforholdene til norske organister og kantorer. Gunnar Jess var også redaktør for «Norsk Kirkemusikk».