Han gikk på regne- og skriveskole i fødebyen, deretter i Bremen hvor han så var i kjøpmannslære i 7 år hos Cort Koch. Johan von Cappelen kom i 1653 til jernverksforvalter Johan Krefting på Eidsvoll der han ble i 3 år. I 1657 fikk Johan von Cappelen selv stilling som forvalter ved Vik jernverk i Tangen (Stange), senere «malmskriver ved Skiens malmberg», forvalter av Hamar gods og så forvalter ved Bærums Verk til 1665. Han flyttet i 1665 til Bragernes og ble i 1666 forvalter for alle eiendommene i Buskerud og ellers i Sør-Norge, som tilhørte den mektige forretningsmannen Gabriel Marselis, blant annet Fossesholm. Johan von Cappelen ble i 1667 utnevnt av stattholderen Ulrik Fredrik Gyldenløve til fogd i Lier.