Granskingen av fartøysjefens medisinske status og medisinbruk skapte sterke reaksjoner blant flygere i Widerøe, men kommisjonen var pålagt å granske besetningens medisinske forhold i henhold til de internasjonale reglene for gransking av flyulykker fastsatt av FN-organisasjonen ICAO (International Civil Aviation Organisation), slik at det ville vært en tjenesteforsømmelse å ikke granske disse forholdene. Senere ble det fra noen flygere i Widerøe rettet kritikk mot enkelte utsagn i rapporten. Særlig kritisk var de til beskrivelsen av hvordan bagasje fra fremre bagasjerom kunne ha løsnet og truffet halepartiet. Denne teorien ble senere tilbakevist i granskingsrapporten fra 2005. Det at fartøysjefen var den eneste som ikke ble funnet i eller ved vraket og at kabindøren kanskje hadde åpnet seg i luften, førte til spekulasjoner fra enkelte aktører om at fartøysjefen hadde forsøkt å lukke døren, eller at det var uro fra en av passasjerene som fartøysjefen forsøkte å roe ned, eller at flyet hadde blitt ukontrollerbart med åpen dør. Granskingsrapporten i 2005 viste at en åpen dør ikke ville skape kontrollmessige problemer. At fartøysjefen satt i førersetet da flyet havarerte mot sjøen ble fastslått på grunnlag av analyser av stolen og setebeltene. Senere havarier har vist at det er normalt at fartøysjefen som sitter i venstre sete kastes ut av flyet ved havari med denne flytypen.