Da den irske borgerkrig brøt ut forsøkte han å gjenopprette orden ved å introdusere strenge virkemidler. I likhet med mange av sine kolleger fryktet han at en langvarig konflikt kunne gi Storbritannia en anledning til å ta tilbake kontrollen over Fristaten. I 1922 og 1923 beordret han henrettelser av 77 republikanske krigsfanger, blant annet Rory O'Conner som hadde vært forlover i O'Higgins' bryllup.