Før europeerne kom, var trolig hele São Tomé skogdekt. De første europeerne merket seg særlig de store -trærne. I den første koloniseringsperioden ble skogen ryddet for å skaffe jord til sukkerplantasjene. Senere ble skogen i lavlandet ryddet til kakaoplantasjer og fjellskogen ble hugget for å gi plass til kaffeplantasjer. Imidlertid ble en del av de store trærne spart, for å skaffe skygge til kaffebuskene og kakaotrærne. Lavlandsskog er bevart i sørvest og sentralt på øya. På São Tomé er det bevart 240 km² med urskog, mens Príncipe har rundt 40 km².