Pranjić spilte i sin tidlige karriere for flere klubber i hjemlandet, før han i 2005 ble solgt til nederlandske Heerenveen. Han spilte i perioden 2009–2012 for den tyske klubben Bayern München. Etter kortere opphold i portugisiske Sporting CP og spanske Celta Vigo (på lån), kom han i 2013 til Panathinaikos.