Etter forslag fra president Emil Hácha utnevnte den tyske riksprotektoren Konstantin von Neurath Eliáš den 27. april 1939 til statsminister i riksprotektoratet Böhmen-Mähren. Ved siden av var han også innenriksminister. I sin tid som statsminister støttet han på fordekt vis den tsjekkiske motstandsbevegelsen mot Nazi-Tyskland og hadde kontakter med eksilregjeringen og Edvard Beneš i London. I slutten av september 1941 utnevnte Hitler obergruppenführer Reinhard Heydrich til stedfortredende riksprotektor for Böhmen-Mähren, og strengere lover ble innført. Eliáš ble arrestert, stilt for retten og dømt til døden for høyforræderi og landssvik, men henrettelsen ble utsatt.