Arndt fikk kall til å virke på flere andre steder, som prest i Nordhausen i 1594, som superintendent i Schwartzburg i 1597, som prest i Halberstadt i 1605, som prest i Gröningen i 1607, som superintendent i Weissenfels i 1609 og som domprost i Magdeburg og Hamburg. Alle disse stillingene takket han nei til, og virket til sin død som generalsuperintendent i Lüneburg.