Kommunen ble etablert fra 1. april 1974 som en utløper etter kommunalreformen i 1970 og lå i Københavns amt. Gamle Dragør kommune og Store Magleby kommune ble slått sammen til Dragør kommune. I forbindelse med kommunalreformen i 2007 forble kommunegrensene uforandret tross det lave folketallet, siden Dragør inngikk en forpliktende samarbeidsavtale med Tårnby kommune.