I 1959 ble Unitas utpekt til NFLs MVP av Associated Press (AP) for første gang, og ble også utpekt til United Press Internationals Player of the Year etter å ha ledet NFL i pasningsyards (2 899), touchdownpasninger (32) og fullførte pasninger (193). Han ledet Colts til ligatittelen for andre år på rad med nok en seier over Giants, 31–16.