Etter at Eichmann var fengslet i Israel tok Bauer initiativ til rettssak mot Eichmann i Tyskland. Han ønsket Eichmann utlevert til Tyskland, men tyske myndigheter vegret seg mot dette. Ifølge den tyske historikeren Bettina Stangneth ble Simon Wiesenthal kredittert for det som egentlig var Bauers fortjeneste; det var Bauer som formidlet den avgjørende informasjonen som ledet til pågripelsen av om Eichmann.