Tidligere ble sjøpiggsvinene delt i regulære og irregulære sjøpiggsvin. De regulære var de symmetriske og runde sjøpiggsvinene, mens de irregulære var de flate og potetformede som oftest lever nedgravd i sanden. De irregulære sjøpiggsvinenen har utviklet seg fra regulære forfedre, slik at de regulære sjøpiggsvinene utgjør en parafyletisk gruppe. En alternativ inndeling er å dele sjøpiggsvinene inn i de svært primitive blyantkråkebollene og deres fossile slektninger i underklassen Perischoechinoidea på den ene siden, og alle øvrige sjøpiggsvinene (regulære og irregulære) i underklassen Euechinoidea.