I 2013 stilte Yameen som presidentkandidat. Etter anklager om valgfusk ble valget 7. september annullert av Høyesterett og ny første valgomgang ble avholdt 9. november, etter å ha blitt utsatt fra den planlagte valgdatoen 19. oktober. Yameen vant presidentvalget i andre valgomgang 16. november med 51,3 % av stemmene, mot 48,6 % for rivalen Mohamed Nasheed.