Han ble provinsialsuperior i sin presteorden, og senere dens generalsuperior, det vil si dens øverste leder. Han hans sviktende helse og hans forskertrang førte ham til å trekke seg fra sistnevnte verv etter en tid - han ville ikke lenger bo i Roma slik det embedet fordret. Derimot ble han ordenens generalvikar, og flyttet tilbake til Firenze. Selv om han da være nesten blind fortsatte han sin forskning der inntil nå måneder før sin død.