Det følgende året, 1874, vendte Frege tilbake til Jena, der han de neste fem årene ga privatundervisning, til han i 1879 fikk ansettelse ved byens universitet. I Jena ble han også den 14. mars 1887 gift med Margarete Katharina Sophia Anna Lieseberg og i 1896 utnevnt til adjungert professor, noe som betød at Frege etter tyve års akademisk arbeid for første gang hadde en fast - om enn relativt beskjeden - inntekt. Hittil hadde han først og fremst vært økonomisk avhengig av sin mor, og i tillegg av honorarer og undervisningstimer på en skole for barn av det høyere borgerskap.