Etter Djengis Khans død i 1227 overtok hans sønn Tsjagadai Khan og hans etterkommere som herskere i Bukhara inntil Timur Lenk overtok. Da den marokkanske oppdagelsesreisende Ibn Battuta reiste gjennom regionen rundt 1333 hadde ennå ikke byen blitt fullt gjenoppbygd etter ødeleggelsene. Han bemerket at moskéene, skolene og basarene lå i ruiner og at det ikke var en eneste person som hadde noen religiøs utdanning eller noe ønske om å få det.