Che Guevara ble raskt en av de øverste lederne, en , respektert for sitt mot og fryktet for det enkelte har beskrevet som brutalitet. Han var ansvarlig for henrettelsen av mange mennesker som ble funnet skyldig i å være torturister, spioner, desertører eller informanter for Batistas tropper. Fidel Castro krevde imidlertid at de revolusjonære alltid skulle behandle skadde Batista-soldater, sivile og bønder som ikke samarbeidet med fienden, så humant som overhodet mulig.