E39 starter i havnen der ferjene fra Danmark legger til, og går videre fra hvor E18 slutter/starter, fortsetter så gjennom Kolsdalen, og inn i tunnel med avkjørsel, mens motorveien fortsetter som fylkesvei 456 til Vågsbygd. Fra avkjørselen under Hannevikåsen, fortsetter E39 mot nabokommunene Songdalen og Søgne og videre til Stavanger.