Primærvalg ble gjennomført 11. mars 2018. I sentrum-høyre-koalisjonen konkurrerte Duque med Marta Lucía Ramírez og Alejandro Ordóñez om å bli presidentkandidat. Duque vant med 67,74 % av stemmene, mot 25,79 % for Ramírez og 6,45 % for Ordoñez. På venstresiden vant Gustavo Petro, tidligere leder i geriljagruppen M-19, primærvalget.