Alle planter og dyr er fredet på Håøya. Det finnes elg og rådyr, mens harestanden er utdødd pga. harepest. Blomsterrikdommen er stor, ikke minst på grunn av urtehagene opprettet av Mariakirka i Oslo på 1400-tallet. Håøya er rik på bergmynte og fennikel den dag i dag, som et resultat av disse urtehagene. Det finnes 24 treslag på øya, deriblant barlind. Det er over 100 sopparter der og et populært sted for soppsanking.