I 1632 giftet han seg med Anna von Ahlefeldt (d. 1660). De fikk fem barn, inkludert Wilhelm Frederik von Wedel, grunnleggeren av den danske Wedell-Wedellsborg-linjen, og feltmarskalk Gustav Wilhelm von Wedel, grunnleggeren av den norsk-østfrisiske Wedel-Jarlsberg-linjen.