Alfred Milner ble innsatt som guvernør i Transvaal og Orange River Colony den 4. januar 1901, kort tid før han ble adlet som baron Milner. Samme dag ble Walter Hely-Hutchinson, guvernør i Natal, utnevnt som hans etterfølger som guvernør i Kappkolonien. Embetet som høykommissær i Sør–Afrika ble nå skilt ut fra guvernørembetet i Kapp og assosiert med det i Transvaal, en indikasjon på endrede forhold i Sør–Afrika. Delingen av kolonister som foretrakk boerstatene og de som holdt fast på den britiske forbindelsen ble reflektert, til skade for det offentlige velværet, i partiene i Kapparlamentet. Det ble gjort forslag om å suspendere konstitusjonen, men denne drastiske kursen ble ikke fulgt. Det progressive partiet, navnet ble tatt av de som søkte en permanent bosetning under britisk flagg, mistet sin leder, og Sør–Afrika sin fremste statsmann da Cecil Rhodes døde i mai 1902, få uker før krigen tok slutt.