Universitetet ble grunnlagt 5. oktober 1665 av hertug Christian Albrecht av Holstein-Gottorp i tilknytning til Kiel slott. Fra denne tiden, rett etter tredveårskrigen, stammer også ordspråket , «fred er det høyeste gode», i universitetets segl. Dikterne Jens Baggesen, Carsten Hauch og Johan Ludvig Heiberg har vært tilknyttet universitetet som forelesere.