Etter DDRs sammenbrudd og gjenopprettelsen av Sachsen-Anhalt som egen delstat i oktober 1990 kom flaggspørsmålet opp på nytt. Forbundsrepublikken Tyskland hadde allerede en delstat, Baden-Württemberg, som siden 1953 hadde ført flagg i fargene svart over gult. Derfor ble Sachsen-Anhalts flagg 29. januar 1991 bestemt å være gult over svart. Dette ble deretter nedfelt i delstatsforfatningen av 17. juli 1992, der artikkel 1 omhandler delstatssymbolene.