Saksun er første gang nevnt skriftlig i omkring år 1400. Bygden er blant de som hevdes å ha blitt utryddet av svartedauden. Sagn forteller om en enslig kvinne som overlevde pesten, og krevde rett på all jord i Saksun på det påfølgende vårtinget i Kollafjørður, og fikk medhold.