Oslo bispestol eide Malmøya 1398, men før reformasjonen ble den lagt under Olavsklosteret i Tønsberg. Malmøya ble inndratt under kronen omkring 1536, og var krongods i over 100 år. Brunlas lensherre Nils Lange forvaltet bygselretten 1649–1652, deretter Tønsberg len noen år. I 1658 pantsatte kronen Malmøya til kjøpmann Kjell Eriksson i Larvik, og han overdro den til sin svoger, sogneprest i Andebu, Peder Christiansstad. Grev Gyldenløve overtok skjøtet på Malmøya i 1680. Gyldenløve la Malmøya under Residensen i Larvik. Etatsråd F.W. Treschow overtok Malmøya sammen med det øvrige grevskapsgodset i 1835.