I 1943 måtte han flykte for å unngå arrestasjon og han tok seg over til Storbritannia. Han kom der i tjeneste for Secret Intelligence Service (SIS) og gjennomgikk opplæring i radiotelegrafi, sabotasje og fallskjermhopping. I oktober ble han gitt oppdrag i det okkuperte Norge og ble sluppet ut i fallskjerm over Skjækervatnet. Formålet var å fortsette etterretningen mot «Tirpitz», som da imidlertid var flyttet og ikke vendte tilbake til den tyske marinebasen i Åsenfjorden. Radiostasjonen CAPRICORN-1 ble etablert, men beordret trukket tilbake etter få uker. Baardvik tok seg over til Sverige og fikk derfra i januar og mai 1944 oppdrag med å bringe radiosendere inn til traktene ved Bodø. Senderne, med kodenavn DENEB og GLAUR, ble satt opp og hadde innledningsvis Baardvik som operatør og instruktør, inntil andre kunne overta driften fram til krigens slutt.