I kjølvannet av beleiringen, ble oberst John Carter utnevnt til kommandant på borgen og nye reparasjoner ble utført. I 1655 besluttet Protektoratet utnevnt av parlamentet at borgen skulle ødelegges slik at den ikke kunne brukes til militære formål. Det såkalte ble sannsynligvis delvis revet ned i den forbindelse. I forbindelse med gjeninnsettelsen av Karl II i 1660, ble Conway tilbakeført til Edward Conway, Jarlen av Conway, men fem år senere bestemte han seg for å fjerne og selge alt gjenværende jern og bly. Arbeidet ble fullført under ledelse av Edward Conways oppsynsmann William Milward, på tross av protester fra de ledende borgere i Conwy, og gjorde borgen til en ruin.