I mars 1939 innførte riksprotektoren en lov som skilte mellom borgere av riket (etniske tyskere) og innbyggere av protektoratet (, etniske tsjekkere), senere samme år ble jøder en egen kategori da Nürnberglovene ble innført. Borgere av det tyske riket hadde fulle rettigheter, mens borgere av protektoratet var pålagt restriksjoner. Selv om fullt borgerskap i Tyskland var tiltenkt etniske tyskere var det i praksis valgfrihet: Det var tilstrekkelig å registrere seg med enkelt søknadsskjema, de som ikke ønsket å bli tyske borgere kunne la være å registrere seg. Retningslinjene åpnet for at et lite antall av slavisk eller ungarsk bakgrunn kunne få borgerskap, bare jøder var helt utestengt fra rikstysk borgerskap på grunn av deres «utenlandske blod». I Brno lot en sjettedel av etniske tyskere være å registrere seg. Riksprotektorens administrasjon noterte at man var skuffet over at det ikke var full oppslutning. Etter krigen ble det anslått at opp til 25 % av etniske tyske i protektoratet hadde unnlatt å registrere seg for borgerskap i Tyskland. Alle medlemmer av det sudettyske partiet ble automatisk tyske borgere. Borgere av riket hadde tyngende plikter (blant annet arbeids- og militærtjeneste for unge menn) og ble presset til å delta i rikstyske organisasjoner. I tillegg ble de plaget og boikottet av etniske tsjekkere og noen ble også banket opp. De som banket opp tyskere ble straks sendt til tyske konsentrasjonsleire.