Paldiski ble grunnlagt som estlandssvensk fiskerhavn med navnet . På 1700-tallet ble stedet russisk marinebase. I 1762 omdøpte russerne stedet til – , og dagens navn er avledet fra det. Et senere svensk navn på byen er . Stedet fikk byrettigheter i 1783. Som isfri havn var Paldiski lenge viktig for Tallinn og St. Petersburg. I 1870 åpnet Estlands første jernbanelinje mellom Paldiski, Tallinn og Narva, og videre til St. Petersburg (den baltiske jernbane).