En gruppe investorer, inklusive Charles Cobb, som var USAs tidligere ambassadør på Island, kjøpte rettighetene til Pan Americans merkevare etter at selskapet var blitt erklært konkurs. I september 1996, startet Pan Am II flygninger med en Airbus A300 «Clipper Fairwind». Siktemålet var å tilby lav-kostbilletter på langdistanseruter til de viktigste amerikanske byene samt til byer i Det karibiske hav. Det nye selskapet ble ledet av den siste visepresident og operativ sjef i Pan Am, Marty Schugrue, som tidligere hadde innført begrepet bonusreiser («Frequent Flyer program») og også innehatt stillingen som president for American Airlines og senere styremedlem i Eastern Airlines. Etter kort tid sluttet Pan Am II seg sammen med Carnival Airlines, et selskap i økonomiske vansker. Snart skulle det imidlertid vise seg at den raske ekspansjonen og de økonomisle problemene ble en for stor belastning for det nye Pan Am II— som etter bare to års drift måtte erklære seg konkurs, og Am II opphørte i 1998.