Phippsøya har fått navn etter den engelske oppdageren Constantine John Phipps, som hadde kommandoen for to fartøyer under en arktisekspedisjon som nådde Svalbard og Sjuøyane i 1773. I Isflakbukta syd på Phippsøya ligger en såkalt , oppført av bergmester Hans Merckoll i 1936. Dette var en av flere nødhytter som dette året ble satt opp på østsiden av Svalbard for å huse mennesker i nød eller tjene som tilfluktssted for eventuelle forliste. Hyttene ble bekostet av statens krisemidler. Nødhytten på Phippsøya er det nordligste bygg på Svalbard og er fredet som prioritert kulturminne.