Denne merkelige geografien ser ut til å ha blitt til fordi Niger egentlig er to forhistoriske elver som er blitt til en. Den øvre Niger rant fra kildeområdene til det nåværende Massina-deltaet, hvor den spredte seg ut i et da langt større endorheisk bekken. Den nedre Niger startet i Adrar des Ifoghas-høydene og rant mot sør til Guineagolfen. En av nedre Nigers tilløpselver eroderte seg etterhvert bakover og fanget inn vannet fra innlandsbekkenet.