Tony Almeida er med i denne sesongen, og hjelper Jack Bauer. Senere i sesongen ser det ut til at han er en av «the bad guys», men til slutt viser det seg at han har et større prosjekt på gang. Han er nemlig ut etter den øverste personen i denne konspirasjonen, Alan Wilson. Tony vil helst skyte ham, men Jack Bauer kommer i siste liten og får avverget situasjonen. Alan Wilson blir satt i varetekt, og sesongen avslutter som et stort spørsmålstegn.