Lønning er kåret til Årets landbruksblogger 2014 og Årets bygdeprofil 2015 av Nationen sine lesere, og ble, som en av veldig få forskere, plassert på Nationen og Bondebladets liste over «de 100 mektigste i norsk landbruk» både i 2015, 2016 og 2017. I 2019 ble Lønning tildelt hedersprisen "Årets meitemark" av organisasjonen Økologisk Norge for sitt arbeid for livet i matjorda og et naturnært landbruk.