Daniélou anses sammen med dominikanerpateren Yves Congar og jesuittpateren Henri de Lubac som forkjempere av den såkalte , som særlig mellom 1940 og 1950 gjorde seg gjeldende ved å applisere moderne filosofi innen teologien. Blant de emner han beskjeftiget seg med som teolog, var problemet i spenningsfeltet mellom sannhetens uforanderlighet og dens historisitet, forholdet mellom natur og nåde, temaer aktualisert av marxismen, de ikke-kristne religioner og gudserkjennelse. Mange av disse problemstillingene skulle også tematiseres under Annet Vatikankonsil 1963–1965, der Daniélou deltok som en av de teologiske eksperter.