I akutt endokarditt vil man umiddelbart starte med empirisk antibiotikabehandling etter at blodprøvene til blodkulturen er tatt, men før dyrkningssvaret foreligger. Dette involverer som regel intravenøs medisinering med oxacillin og gentamicin inntil man kan starte en mer spesifikk behandling i henhold til svaret på blodkulturen.