Avskoging i flere hundreår har ødelagt mye av det naturlige dreningssystemet på øya, slik at flere områder ikke lenger har vann året rundt. Et nettverk av elver oppstår om vinteren i Troodos og renner ut fra dem i alle retninger. Elvene Yialias og Pedhieos renner østover over Mesaoria og ut i Famagustabukten. Serraghis renner nordvestover gjennom Morfousletten. Alle elvene på øya tørker så inn om sommeren, og et omfattende system av demninger og vannveier har blitt konstruert for å føre vann til jordbruksområdene.