Selv om Thomas av Lancaster ble utstøtt grunnet mordet på Gaveston, klarte han å skaffe seg bort imot total kontroll over regjeringen i tiden etter det engelske nederlaget ved Bannockburn. Han viste seg derimot like udugelig å styre som Edvard, og ble snart upopulær. Pembroke var en av adelen som forsøkte å unngå innbyrdeskrig i årene 1316-1318 fra å bryte ut mellom tilhengerne til Edvard og Lancaster. Han hjalp til med å forhandle Leake-traktaten som ble signert ved Leake i Nottinghamshireden 9. august 1318, og som gjeninnstatte Edvard ved makten. Traktaten hadde til hensikt å forsone partene. Freden varte imidlertid ikke lenge da kongen hadde fått en ny favoritt ved Hugh Despenser den yngre, mye i den samme posisjon som Gaveston. Despensers familie benyttet forbindelsen til albue seg inn for å skaffe seg fordeler og rikdom. Pembrokes forsøk på forsone feilet, og innbyrdeskrig brøt ut i 1321. I 1322 ble Lancaster beseiret i slaget ved Boroughbridge, og tatt til fange. Han ble deretter funnet skyldig og dømt til døden av en gruppe med jarler og magnater, ført ut av festningen Pontefract Castle og halshogd foran en jublende menneskemasse. Pembroke var blant de som var med på å dømme Lancaster. I samme år bidro han til å opprette et hospital for spedalske i Gravesend i nordvestlige Kent.