Ebrahim Raisi så seg selv som en , det vil si nedstammende fra profeten Muhammed, gjennom Husayn ibn Ali-linjen (skjønt også knyttet til linjen Ali ibn al-Husayn Zayn al-’Abidin), og kom fra en persisk klerikerfamilie. Ebrahim Raisi var gift med Jamileh Alamolhoda; hun var forsker og professor ved Shahid Beheshti-universitetet i Teheran. De hadde to døtre.