SmartLynx Airlines ble grunnlagt i 1992 som LatCharter, et navn det hadde til 2008. I 2006 blei 55 % av aksjene i selskapet kjøpt av Loftleiðir Icelandic fra Island. Smartlynx Airlines ble kjøpt av det nederlandske investeringsfondet Tripod Investment Management i 2016.