Han var sønn av det danske riksrådsmedlemmet Holger Eriksen Rosenkrantz (d. 1496) og Margrethe Bosdatter Flemming (d. 1491). Moren var eneste barn av den norske riksrådsmedlemmet Bo Flemming til Næsøen (i Asker) og fru Sigrid Erlandsdatter til Losne (i Sogn). Otte Rosenkrantz ble herved arving til gods i Norge, på Færøyene og på Shetlandsøyene. Især etter at mormorens søster, fru Inger Erlandsdatter – enke etter riksråd Arild Kane – døde, oppstod arvestridigheter med forskjellige norske og svenske ætter.