Fra 22. mars 2012 var kardinal Marx president for (COMECE).; i dette verv ble han i mars 2015 für nok en treårsperiode slik at han satt til mars 2018. Han hadde sittet i COMECE som delegert for Den tyske bispekonferanse siden mars 2006 og hadde fra mars 2009 vørt en av dens visepresidenter. Presidentembedet i COMECE er på maksimalt to perioder. I 2018 ble han etterfulgt av Essens biskop Franz-Josef Overbeck som tysk delegert. Ny president ble erkebiskopen av Luxembourg, Jean-Claude Hollerich, S.J.