På treningene utviklet han en særegen filosofi. Han mente at siden kamper blir spilt med en ball, ble også nesten all trening utført med ball på grønt gress. Tidligere hadde spillerne gjerne startet treningen med å jogge på hardt underlag fra Anfield til treningsfeltet som oppvarming, og mye av treningen forgikk på sanddyner. Etter Shanklys ankomst tok de buss opp til treningsanlegget, noe som førte til et bedre miljø innad i klubben. Etter treningene tok spillerne bussen tilbake til Anfield, hvor de dusjet og spiste et felles måltid. På denne måten mente Shankly at spillerne ville holde seg skadefrie, og som et resultat av dette vant klubben den øverste ligaen i 1965/66-sesongen med kun 14 brukte spillere.