Han var ordfører i hjembyen Viljandi fra 1992 til 1993 og fylkesguvernør i Viljandi fylke fra 1993 til 2003. I 2003 ble Seeder første gang valgt inn i Estlands riksdag. Han var landbruksminister i to høyreregjeringer fra 2007 til 2014. Han var partileder i Isamaa fra 2017 til 2023, da han trakk seg tilbake av eget ønske.