I 1995 var han med på å stifte Dansk Folkeparti, og regnes som en av strategene bak partiets gjennombrudd. Han begynte i stillingen som sekretariatsleder for Dansk Folkeparti samme år, og ble valgt til Folketinget fra Københavns østre storkrets i 1998. Samme år gikk han inn i partiets hovedstyre. Skaarup var også medlem av Københavns borgerrepresentasjon 1998–2004. I Folketinget har han vært partiets utenriks-, utlendinge-, forsvars- og justispolitiske talsmann. Han var dessuten formann i Folketingets justisutvalg 2005–2011.