I mars 1944 var Mackensen den første høyere offiser som ble informert av Kurt Mälzer om et partisanangrep i Roma mot SS-politiregimentet «Bozen». Mälzer forlagte en øyeblikkelig arrestasjon og summarisk henrettelse av beboerne i , der angrepet var funnet sted. Mackensen anså dette som eksessivt. Saken ble da løftet opp til Albert Kesselring, som drøftet det med feltmarskalk Wilhelm Keitel. Dette førte til at ordre ble gitt at ti italienere skulle henrettes for hver drept tysker, og følgen av dette ble Ardeatinermassakren. Hærenheter under Mackensens kommando, medregnet noen medlemmer av Bozen-regimentet selv, ville ikke delta i henrettelsene. Det endte med at oppgaven ble utført av SS' sikkerhertsstyrker i Roma, under kommando av Herbert Kappler.