To istider har satt sine preg på geografien i området. Den første av disse hadde en så tykk iskappe at ingen av Kvæfjords fjell kan ha stukket opp over isen. Denne isen dekket hele fastlandet og de fleste av øyene utenfor, og formet dalfører, fjellvidder og heier. Den andre isen, som var mye mindre, har satt spor etter seg i form av både bunnmorener og sidemorener. Løsavsetningene viser at isen har vært minst 250 meter over det nåværende havnivået, og har beveget seg vestover fra Vågsfjorden, over Kvæfjordeidet, tvers over fjorden og over eider ut mot øyene i vest.