I mai 1944 ble leiren klargjort for å ta i mot flere hundre tusen jøder fra Ungarn. Fanger i begynte da å vurdere opprør for å få slutt på massedrapene. De regnet ikke med å overleve opprøret. Viljen til opprør ble vokste mens gassingen av ungarerne nærmet seg slutten. Et møte 7. oktober 1944 blant fangene i Sonderkommando ble avslørt og de satte derfor straks i gang opprøret. Etter kamp med SS døde 451 fanger og 3 SS-menn, mens krematorium IV ble ødelagt. ZOW/CMC satte ikke i gang et større opprør etter kampen i Sonderkommando. Utover høsten ble det klart at Auschwitz skulle stenges og ZOW/CMC forsøkte uten hell å opprette forbindelse med de fremrykkende sovjetiske styrkene som ikke var særlig opptatt av å frigjøre leiren.