På tross av islamsk dominans (der sultanen blant annet var regnet som «islams beskytter») hadde riket store ikke-muslimske befolkningsgrupper, spesielt kristne. De religiøse minoritetene fikk i hovedsak beholde troen sin i fred, og gjennom -systemet hadde minoritetene et utstrakt indre selvstyre. Under Mehmet II ble også europeiske jøder invitert til å bosette seg i Istanbul.