Francis Hopkinson ble født i 1737 som sønn av Thomas Hopkinson og Mary Johnson. Han ble medlem av første klasse ved College of Philadelphia (i dag Universitetet i Pennsylvania) i 1751, og tok eksamen i 1757, mottok sin mastersgrad i 1760, og doktor i lov (heder) i 1790. Han var sekretær for provinsrådet av Pennsylvanias indianerkommisjon i 1761 som inngikk en avtale med delawareindianere og flere irokeserstammer. I 1763 ble han utpekt til tollsamler for Salem i New Jersey. Hopkinson tilbrakte fra mai 1766 og til august 1747 i England i håp om å bli kommisjonær for toll i Nord-Amerika. Selv om dette ikke ble suksessfullt, tilbrakte han tid med den framtidige statsminister, Frederick North, og hans halvbror, biskopen av Worcester, Brownlow North, og maleren Benjamin West.