Stoltenberg måtte også balansere mellom SV og Senterpartiet i vanskelige saker hvor regjeringspartiene stod langt fra hverandre. Viktige eksempler på dette er kjøpet av kampfly, oljeutvinning i Lofoten, Vesterålen og Senja og kraftkabler gjennom Hardanger, tre saker hvor SV hadde sterke synspunkter og tidvis truet med muligheten for sammenbrudd i regjeringen. Stoltenberg brukte mye tid og ressurser på å finne løsninger som alle tre regjeringspartnere kunne leve med, ofte med stor eksponering av uenighetene i media. Den rødgrønne regjeringen holdt sammen fra dannelsen i 2005 og frem til den tapte flertallet ved valget i 2013, til tross for mange spådommer om dens fall. Regjeringen er Norges lengst sittende koalisjonsregjering – den satt én dag lenger enn Erna Solbergs regjering.