Jeffs' rettssak i Utah, som startet tidlig i september 2007, varte mindre enn en måned, og 25. september 2007 ble han erklært skyldig i to tilfeller av voldtekt. Den 20. november 2007 ble han dømt til fengsel fra 10 år til livstid, og han begynte å sone sin dom ved Utah State Prison. Den 27. juli 2010 ble dommen hans reversert og han ble utlevert til Texas, der han ble funnet skyldig i grove seksuelle overgrep av barn, og 55 år gamle Jeffs ble dømt til livsvarig fengsel.