Den nøyaktige datoen for etableringen av klostrene er ikke kjent. Ved slutten av 1000-tallet og begynnelsen av 1100-tallet hadde et uutviklet kloster kalt Skete av Stagoi formet seg, sentrert rundt den fortsatt eksisterende kirken til Theotokos («Guds mor»). Ved slutten av 1100-tallet hadde et asketisk samfunnet flokket seg til Meteora. Da de tyrkiske muslimene økte angrepene på Det bysantinske riket på 1300-tallet ble klostrene på halvøya Athos beleiret av tyrkerne. Da munkene hadde hørt om fjellskogen i sentrale Hellas, forlot Athanasius Koinovitis sammen med to andre munker Ivironklosteret på Athos i 1344 for å finne et nytt hjem. De fant de utilgjengelige bergtårnet Meteora som ville tjene som et ideelt tilfluktssted og beskyttelse mot muslimske angrep. De bosatte seg på toppen av et berg kalt Stylos («søyle»). I tiden fra 1356 til 1372 grunnla han det store Meteoronklosteret på den brede berghyllen. Den var perfekt for munker i urolige tider og de hadde fullstendig kontroll over adkomsten til klosteret. Den eneste ankomsten var å klatre en lang stige som munkene kunne trekke opp om de følte seg truet.