Under Araujo's administrasjon, hadde El Salvador fortsatt økonomiske problemer som følge av den store depresjonen. Araujo forsøkte å forbedre økonomien ved å redusere militærets budsjett og beordret noen offiserer å pensjonere seg. De militære protesterte og organiserte et statskupp i desember 1931. Araujo ble avsatt og Hernández Martínez ble erklært som landets fungerende president. I desember 1931 begynte en periode - som skulle var i 48 år - med militært styre i landet.