I 1750-årene vendte han tilbake til Tyskland for å få undervisning i fiolinspill. Etter å ha vært ansatt som fiolinist ved det kongelige kapell i Potsdam sluttet han seg til markgreve Heinrichs kapell i Rheinsberg. Fra 1758 og fram til sin død var Kirnberger komposisjonslærer for Anna Amalie von Preußen og fungerte dessuten som kapellmester og musikkrådgiver ved det prøyssiske hoff. Det var i denne tiden det meste av hans komposisjoner ble skrevet.