Gottwalds stalinistiske regime går for å ha vært den mest repressive periode av det kommunistiske diktatur i Tsjekkoslovakia. Mellom 1948 og 1953 ble 178 mennesker henrettet av politiske grunner. Flere andre døde i arbeidsleirer og urangruver, eller ble uten rettergang myrdet av det hemmelige politi StB. Dessuten gikk Gottwald heftig til verks mot religiøse institusjoner og mot – faktiske eller formentlige – rivaler i eget parti.