Mens Calvisius var i Magdeburg klarte han å skrape sammen nok midler til at han i 1579 kunne studere ved Universitetet i Helmstedt. Takket være et stipend fra kurfyrst August I av Sachsen fikk han fra 1580 studere matematikk, kronologi, astronomi og musikk ved Universitetet i Leipzig. Året etter ble han rektor ved koret i Leipzigs .