Fonemer anses å være grunnlaget for alfabetbaserte skriftsystemer. I slike systemer skal de skriftlige symbolene (grafemene) i prinsippet representere språkets fonemer skriftlig. Men fordi endringer i talespråket ofte ikke er ledsaget av endringer i den etablerte rettskrivningen (samt andre årsaker, blant annet dialektforskjeller og bruken av utenlandske skrivemåter for noen lånord), kan korrespondansen mellom stavemåte og uttale i et gitt språk være svært skjevt. Dette er tilfelle med engelsk, for eksempel. Norsk er noe nærmere samsvar, men også her kan det være noe avstand (for eksempel i ord som ().