I 1532 ble gården påtent av danske tropper under angrepet på erkebiskop Olav Engelbrektsson. Etter reformasjonen fungerte den som residens for lensherrene og kaltes da Kongsgården. Fra 1660 disponerte Hæren bygningene. I nyere tid har Erkebispegården bl.a. tjent som magasiner for restaureringsarbeidene for Nidarosdomen. Middelalderbygningene i nordfløyen ble restaurert i 1960-årene etter planer av professor og arkitekt Erling Gjone.