Riveras tid var en farlig periode og under borgerkrig, og han ville unngå å lide samme skjebne erkebiskop Romeros endelikt, men uten å gi avkall på å fordømme urett og krigsforbrytelser på det sterkeste. Kirken under Rivera spilte en rolle med å monitorere fredsprosessen ved siden av FN. I 1989 gjennomlevde erkebiskop Rivera over ett av de mørkeste øyeblikk av borgerkrigen, da jesuittordenens stab ved Universidad Centroamericana «José Simeón Cañas» (UCA) ble massakrert i snikmord som bragte minnene tilbake til tilstandene ved borgrekrigens begynnelse, da erkebiskop Romero ble drept. Rivera sa til Alfredo Cristiani, presidenten av El Salvador, om at han ville ha soldater postert utenfor kirkens kontorer. «Ikke misforstå, det er ikke fordi jeg stoler på soldatene; men hvis jeg blir drept, vil jeg sat det skal være klart hvem som gjorde det».