I perioden 1802 til 1819 arbeidet Humboldt som prøyssisk diplomat. Først i Roma fra 1802 til 1812 og så i Wien fra 1812. I Praha i 1813 var han en avgjørende aktør i å få Østerrike til at alliere seg med Preussen og Russland mot Napoleons Frankrike. I 1815 var han i Paris medunderskriver av fredsavtalen mellom Preussen og det beseirede Sachsen, og en aktiv deltager i håndteringen av det postnapoleonske Tyskland. I 1818 deltok han i Aachenkongressen, som avgjorde Frankrikes skjebne etter Napoleon. Imidlertid fikk Preussens tiltagende reaksjonære regjeringer Humboldt til å innstille sitt politiske liv i 1818 for deretter utelukkende å vie seg litteratur og vitenskap.