På Linux kan man velge selv, men filsystemet som kalles brukes mest nå for tiden, og regnes som et svært pålitelig filsystem. Dessuten er det vanlig å installere forskjellige deler av Linux på forskjellige partisjoner, slik at man kan ha forskjellige filsystemer etter hva som passer best på den enkelte partisjonen. Ext2 var det vanligste før, det er velprøvd og sikkert. Ulempen med ext2 er at det mangler journalføring, noe som gjør at ext2 må sjekkes grundig hvis det ikke ble avmontert riktig, for eksempel ved strømbrudd. Dermed passer det best til små partisjoner hvor man ikke endrer så mye, for eksempel disketter eller en liten oppstartspartisjon. På disketter er det også vanlig å bruke FAT12, ettersom Windows gjør det.