Noen forskere har ment at merckneshornet oppstod i Kina, og at det tilhører en egen utviklingslinje adskilt fra de øvrige -artene i Europa som danner linja – etruskerneshorn – hundsheimneshorn – steppeneshorn. I Deng et al. (2011) plasseres merckneshornet i slekta som . De andre -artene er eldre, fra sein miocen og pliocen. En fylogenetisk studie basert på morfologi fra 2023 viser likevel at merckneshorn hører til midt i som søsterarten til steppeneshorn.