Saken ble en stor belastning for Einar Gerhardsens tredje regjering, og det ble fremmet mistillitsforslag i Stortinget. Ved de borgerlige partienes mistillit til regjeringen fremkom den uttalelsen fra Nils Hønsvald som ga opphav til begrepet «den Hønsvaldske parlamentarisme». Cuba-saken ble totalt behandlet fire ganger i Stortinget, og var ifølge historikeren Francis Sejersted den eneste virkelige dramatiske hendelsen i stortingsperioden 1958–1961. Regjeringen Gerhardsens behandling av Cuba-saken var også en medvirkende faktor til dannelsen av Sosialistisk Folkeparti og for borgerlig samling som førte til John Lyngs regjering i 1963.