Lengre nord og øst i New England opprettholdt indianerne sin suverenitet lenger. De innfødte i Maine og New Hampshire, kalt Wabanaki, avviste stadig de engelske kolonistenes forsøk å utøve myndighet. På midten av 1600-tallet var antallet innfødt reduserte merkbart på grunn av smittsomme sykdommer fra Europa. I 1688 var det knapt 7000 europere i Maine og 4000 i New Hampshire, mot 3000 innfødte. Wabanakiene spilte engelske og franske kolonister ut mot hverandre i skiftende allianser. De engelske kolonistene tolket situasjonen som at wabanakiene hadde underordnet seg de engelske kolonistene, en tolkning de innfødte selv var uenig i; wabanakiene betraktet kolonistene som likeverdige undersåtter under den engelske kongen. I 1677 angrep indianerne bosettinger på Maine-kysten og de engelske kolonistene signerte i 1678 en fredsavtale som innebar at underordning under den engelske kongen gjorde de innfødte og kolonistene likeverdige; dette innebar at indianerne hadde suverenitet i sitt område og for sine innbyggere.