I 1046 fulgte han med sin høyt skattede pave Gregor VI, som var blitt avsatt av synoden i Sutri, i dennes landflyktighet til Köln. To år etter, i 1048, ville keiser Henrik III utnevne til ny pave (Leo IX). Men denne insisterte på - antagelig etter råd fra Hildebrand, å la seg velge til pave av folket og kleresiet.