I første halvår 1935 arbeidet han ved Krankenanstalt Rudolfstiftung i Wien og deretter (til mars 1936) ved lungesykehuset i Grimmenstein, Niederösterreich. Han begynte deretter i arbeid i Dessau og senere ved de tyske helsemyndighetenes sentrale kontor i Berlin. Eberl tok sin doktorgrad i medisin ved Innsbruck universitet i 1934.