Byens største arbeidsplasser er UiT Norges arktiske universitet (UiT) og Universitetssykehuset Nord-Norge. Framsenteret ble opprettet 29. september 2010 og huser blant annet Norsk Polarinstitutt, som har sitt hovedsete i Tromsø. Nordlysobservatoriet ble opprettet i 1928, og to bedrifter tilknyttet Kongsberg Gruppen henter ned satellittdata fra verdensrommet på oppdrag fra inn- og utland. Fiskeindustrien har stor betydning. Norges Råfisklag og Norges sjømatråd har sine hovedkvarter i Tromsø. Også SpareBank 1 Nord-Norge har sitt sete i byen. Videre ligger Skatt nord og flere mindre institusjoner i Tromsø.