Santorini har ingen elver, og det er knapphet på vann. Fram til tidlig på 1990-tallet hadde lokalbefolkningen vannbeholdere på hustakene til regnvann, samlet vann fra små kilder, sammen med innførsel fra andre steder i Hellas. I nyere år har et avsaltingsanlegg gitt rennende vann til de fleste hus. Ettersom regn er sjelden på øya fra midten av våren til ut på høsten, er de fleste planter og buskvekster avhengig av den knappe fuktigheten fra tåken som kommer tidlig om morgenen og som kondenserer på bakken som dugg.