Banckert ble født i 1597 eller -99, og trådte i tjeneste for Zeelands admiralitet. Tidlig i karrieren stred han mot kaperne i Dunkerque, og ble i 1624 forfremmet til kaptein. Han ble i zeelands Admiralitets tjeneste frem til 1624 og igjen mellom 1636-'45, mens han var i Det nederlandske vestindiske kompanis (WIC) tjeneste i periodene 1624-1636 og 1645-'47 (for Zeelands kammer). Mens han seilte for WIC foretok han flere seilaser der han brakte nederlandske kolonister til koloniene i Karibia.