Meyer deltok i Wannseekonferansen i 1942 som Rosenbergs representant og var dermed å regne som en deltaker i Nazitysklands utryddelsespolitikk overfor jøder i Sovjetunionen og Baltikum. Meyer var ansvarlig for avdelingene for politikk, administrasjon og økonomi i de okkuperte deler av Sovjetunionen og Baltikum, og benyttet jødiske slavearbeidere til mange prosjekter.