Vinnuflokkurin gikk i 1940 inn i Fólkaflokkurin, hvor Petersen ble nestformann, mens Jóannes Patursson var formann. Petersen var innvalgt på Lagtinget fra Suðurstreymoy 1940–1954 og parlamentarisk leder 1946–1952. Han overtok dessuten formannsvervet i partiet etter Paturssons død i 1946, og beholdt så dette frem til 1951. Petersen var lagtingsformann 1943–1945, 1945–1946 og fra juli til desember 1950. Han var dessuten valgt til Folketinget fra Færøyene 1943–1950. Ved folketingsvalget i 1943 ble han den suverene valgvinner med slagordet , «Over Færøyene skal færøyingene råde». Nominelt var han partiavhengig kandidat. Han fikk 48,2 % av stemmene i 1943, senere 46,2 % i 1945 og 42,7 % i 1947. Fra 1947 boikottet han møtene. Fólkaflokkurin boikottet alle folketingsvalg mellom 1947 og 1957.