Første mål var VM i 2006. I kvalifiseringen til VM i 2006 kom Spania på andreplass i sin gruppe, og måtte ut i playoffkamper mot . Spania vant 6–2 sammenlagt, og ble dermed kvalifisert for mesterskapet. I gruppespillet vant Spania først mot med overlegne 4-0. Til den kampen ble unge Fernando Torres foretrukket foran Raúl. Etter kampen mot uttalte Aragonés at bare Argentina hadde imponert like mye som Spania. Foran siste kampen, mot allerede utslåtte , stilte Aragonés med spillere som ikke startet i kampen mot Tunisia. Det holdt til 1-0-seier. Spania gikk dermed videre, men møtte Frankrike i åttendedelsfinalen, og gikk rett ut med tap 1–3. I motsetning til tidligere VM, hadde imidlertid folk tro på dette unge laget, og Spania fikk i tillegg til Fair Play-prisen og flere tilhengere ikke minst i Spania. Aragonés hadde hintet om at han skulle slutte om han ikke fikk Spania til topp fire, men skiftet mening, delvis på grunn av innflytelse fra det spanske fotballforbundet.