Den 4. august 2005 ble han enig med Leeds United om å avslutte kontraktsforholdet, og 17. august 2005 skrev han under på en 1-årskontrakt med Derby County. Totalt spilte Johnson 30 ligakamper og han scoret 3 ligamål for i 2005/06-sesongen, og i løpet av sesongen forlenget han også kontrakten med klubben til sommeren 2007. I den påfølgende sesongen ble det 1 ligamål på 27 kamper, og han spilte også 6 andre obligatoriske kamper for Derby. En av disse var playoff-finalen mot West Bromwich den 28. mai 2007 der han i det 87. spilleminutt ble skadet. Skaden var en medvirkende årsak til at han ikke fikk ny kontrakt med Derby, og han er derfor uten klubb sommeren 2007. Det antas at Seth Johnson skade vil ta omtrent 6 måneder å lege slik at han vil være spilleklar igjen rundt juletider i 2007. Totalt har Seth Johnson spilt 146 obligatoriske kamper for Derby fordelt på 2 perioder.