I en tiårsperiode fra 1988 jobbet Blekesaune ved Norsk senter for bygdeforskning. Parallelt (1996) forsvarte han avhandlingen «Family Farming in Norway. An analysis of structural changes within farm households between 1975 and 1990». Han ble dermed dr.polit. i sosiologi. Fra 1999 har Blekesaune vært ansatt som førsteamanuensis og senere professor ved Institutt for sosiologi og statsvitenskap (ISS).