Hele 43 % av yrkesbefolkningen er sysselsatt innenfor fiskeriene. Værøy er et av landets mest produktive samfunn. Bak hver innbygger ligger en eksportverdi på over en million kroner. Klimaet på Værøy er perfekt for produksjon av tørrfisk med milde vintre og kjølige sommere. Markedene for tørrfisken er først og fremst Italia. Sildefisket er betydelig for Værøy. Dette er en næring som i de siste årene har blomstret opp og blitt viktig for øysamfunnet. Værøy har på få år blitt en av fylkets største landingshavner for denne pelagiske fisken.