Okkupasjonsmakten planla at Warszawa skulle ha en liten rolle innenfor Generalguvernementet, og Krakow ble gjort til hovedstad for okkupanten. En tysk arkitekt skisserte en ny byplan for Warszawa med mindre bebygd område. Til forskjell fra Lublin og Krakow ble det ikke anlagt konsentrasjonsleir ved byen, men i 1942 ble det etablert en liten leir, KZ Warschau, i et avstengt kvartal i byen. Byens store jødiske befolkning ble stuet sammen i gettoen opprettet i 1940 (ifølge Norman Davies ble gettoen påbegynt sent i 1939). To store områder i sentrum ble skiltet med «Nur für Deutsche» (bare for tyske) hvor blant annet Gestapo og den sivile administrasjonen holdt til.