Wayans ble født New York, som sønn av Elvira, en husmor og sosialarbeider, og Howell Wayans, en supermarked manager. Hans familie var dypt involvert i trossamfunnet Jehovas vitner og deres religion. Marlon Wayans vokste opp i New York City som den yngste av til sammen ti søsken. Han er broren til Keenen Ivory Wayans og Damon Wayans som også arbeider som skuespillere og forfattere.