I 1952 ble Nimeiry uteksaminert fra Sudan Military College. På militærskolen ble han kraftig påvirket av ideene til Gamal Abdel Nassers frie offiserer, som fikk makten i Egypt det samme året. Senere ble han med i Khartoum-garnisonen til de frie offiserene. I 1966 ble Nimeiry uteksaminert fra United States Army Command College som har base i Fort Leavenworth i Kansas i USA.