Etter at han igjen oppholdt seg en stund utenfor Cádiz, vendte Blake hjemover men døde av gamle sår da skipene fikk øye på Portsmouth. Han ble gravlagt i Westminster Abbey i nærværet av Oliver Cromwell og medlemmer av statsrådet, selv om hans indre organer tidligere ble gravlagt ved St Andrews Church i Plymouth. Etter at monarkiet ble gjeninnsatt på slutten av borgerkrigen, ble liket hans hentet opp og dumpet i en fellesgrav på ordre fra den nye kongen, Karl II.