Den femte sesongen hadde premiere i USA den 3. oktober 2008, og sesong-finalen ble sendt 15. mai 2009. Sesong fem åpner tre uker etter finalen i sesong fire. Amerikanske myndigheter velger å henlegge alle anklagene mot Charlie, og han får endelig sikkerhetsklareringen tilbake. Don begynner å utforske jødedommen, og vurderer etter hvert å konvertere. FBI-teamet får også en ny agent, Nikki Betancourt, på laget som ankommer kort tid etter at Megan Reeves har forlatt laget.