Templet ble fortsatt å bygget på eller gjenoppbygges av konger av forskjellige påfølgende dynastier, som vist av murstein og hellige gjenstander med inskripsjonene til kongene fra de ulike dynastier i Ur og Isin. Templet ser ut til å ha lidd alvorlig på en eller annen måte på eller omtrent da elamittene invaderte, som vist fra denne perioden av fragmenter av ødelagte statuer, votivvaser og lignende. Rim-Sin I, kongen av bystaten Larsa, framstilte seg selv som «hyrde for landet Nippur». Med etableringen av det babylonske riket, under Hammurabi, tidlig på 1000-tallet f.Kr., ble det religiøse senteret, så vel som det politiske innflytelsen, overført til Babylon, guddommen Marduk ble herre over gudeverdenen, mange av Enlils attributter ble overført til ham, og Ekur, Enlils tempel, ble til en viss grad forsømt.