Habsburgerne ble kortvarig avsatt både i 1831 og 1848, men raskt gjeninnsatt på tronen. Etter den fransk-piemontesiske krigen mot Østerrike i 1859 ble hertugen tvunget på flukt. I desember samme år ble Modena slått sammen med Storhertugdømmet Toscana og Hertugdømmet Parma til De forente sentralitalienske provinsene, som igjen ble annektert til Kongeriket Sardinia i mars 1860.