Historien i spillet finner sted på kontinentet Arcanum, i en steampunk setting. Fortellingen begynner med havariet av luftskipet IFS Zephyr, hvor spillets protagonist er den eneste overlevende. En samtale protagonisten har med en medpassasjer som dør kort tid etter havariet sender spilleren gjennom Arcanum på leting etter svar. Spillet bruker et isometrisk perspektiv og har en åpen spillverden hvor spilleren kan bevege seg rundt uhindret.