Vattenfalls datterselskap Kraftbyggarna fikk oppdraget med å bygge tunnelen og planla å bore 100 meter i uka med tradisjonelt tunnelbor, med åpning av tunnelen i 1997 som mål. Allerede etter 13 meter kjørte imidlertid boret seg fast, og Kraftbyggarna gikk da over til å bruke dynamitt. Det var imidlertid store problemer med vannlekkasjer, og Kraftbyggarna ga opp i 1995. Vattenfall måtte betale 700 millioner i erstatning til Banverket, og Skanska ble ny entreprenør med november 1999 som ny ferdigdato. Etter å ha prøvd å forhindre lekkasjene med sement og betong tok Skanska i bruk Rhoca-Gil for å tette, et giftig stoff basert på akrylamid. Skanska hevdet likevel at miljøfaren var liten, men etter å ha tettet 100 meter av tunnelen med Rhoca-Gil døde fisken i en bekk over tunnelen, mens kuer ble syke og arbeidere forgiftet. Arbeidet med tunnelen ble derfor stoppet høsten 1997, og kom ikke i gang igjen før i 2003. I mellomtiden var det rettssaker og utredninger. Flere direktører i Skanska og produsenten av Rhoca-Gil fikk bøter på rundt 50 000 kroner, og Skanska fikk en bot på 3 millioner og Banverket på 1,5 millioner.