I Paris studerte han under nyklassisisten Jacques-Louis David fra 1811 til 1812. David var da noen og seksti år gammel og hadde allerede sine viktigste verk bak seg, men han var høyt ansett som lærer. Eckersberg ble bedre til å fremstille menneskekroppen og han fulgte mesterens oppfordring om å male etter naturen og antikken. Av arbeider i denne tiden utførte han «Den hellige familie» i 1811, en kopi etter Raphael, «Tegnekunstens opfindelse» 1811, BRANDTS, «Odysseus` hjemkomst» 1812, Den Hirschsprungske Samling, «Udsigt ved Pont Royal fra Quai Voltaire i Paris» 1812, Statens Museum for Kunst, «Udgangen af Bois de Bologne til Longchamps» 1812, Davids Samling, «To hyrder» 1813, Statens Museum for Kunst, «Hagar og Ismael i ørkenen» 1812-1813, Nivaagaards Malerisamling og «Udsigt fra Meudon Slot nær Paris» 1813, Statens Museum for Kunst.