Zachary Quinto har vært i et forhold med Miles McMillan siden 2013. Han kom ut som homofil etter selvmordet til Jamey Rodemeyer i 2011, som hadde skapt oppsikt i medier. Han uttalte at «å leve med sin legning i all hemmelighet bidrar ikke med at de homofile skal få likestilling i samfunnet». Sommeren 2013 inngikk han et forhold med den amerikanske modellen og kunstneren Miles McMillan.