Frakes ble født den 19. august 1952 i Bellefonte i det sentrale Pennsylvania av Doris J. Yingling og James R. Frakes, Ph.D. Han vokste opp i Bethlehem i Pennsylvania. Han gikk ut i 1970 fra Bethlehem's Liberty High School, der han drev med friidrett og spilte i det kjente Liberty High School Grenadier Band. Frakes fikk graden Bachelors of Fine Arts in Theater Arts ved Pennsylvania State University tidlig på 1970-tallet. Han fortsatte studiene sine ved Harvard University og brukte flere sesonger på å spille teater ved Loeb Drama Center.