I 1493 ble han innskrevet ved Universitetet i Paris som den gangen var det fremste universitet i Europa. Han studerte ved Collège Sainte-Barbe og tok sin filosofiske embetsgrad der i 1495 og fulgt opp med hans master i 1496. Det var mange tankestrømninger i Paris, men han var mest påvirket av de nominalistiske og Empiri|empiriske tilnærmingen til John Buridan, noe hans medstudent skotten Lawrence av Lindores også var. Buridans innflytelse på Nikolaus Kopernikus og Galileo Galilei kan bli sporet gjennom Mairs utgitte verker. Han ble en studentmester («regent») i kunstartene ved Collège de Montaigu i 1496 og begynte å studiet av teologi under den formidable Jan Standonck. Han omgikk lærde og forskere, en del fra hans hjemby som Robert Walterston, og andre fra hans hjemfylke, som David Cranston fra Glasgow som døde i 1512, men hovedsakelig de lysende tenkere i samtiden som Erasmus av Rotterdam, hvis reformistiske entusiasme som han delte, og François Rabelais og Reginald Pole.