Kirk beordrer deretter mannskapet til å forlate skipet, og etterlate restene av USS Enterprise på Altamid. Kalara visste at skipet kom til å bli angrepet, og de lurer henne til å avsløre seg selv som Kralls spion. Dr. Leonard McCoy og en skadd Spock leter etter andre overlevende. Krall har til hensikt å angripe United Federation of Planets, ødelegge hele føderasjonen, og igangsette en konflikt over hele galaksen. Men de overlevende fra USS Enterprise forsøker å ta opp jakten på Krall, og forhindre planene hans.