Arsenal hadde hatt stor suksess på 1990-tallet og de første årene etter 2000, men kapasiteten på Highbury var begrenset til 38.500 i tiden etter «Taylor-rapporten». Bortimot alle kamper var utsolgte og klubben hadde ikke mulighet til å utnytte potensialet som lå i inntekter fra hjemmekampene. Siden det ikke var mulig å utvide kapasiteten på Highbury, så annonserte Arsenal i 1999, planer for å flytte nedover veien til Ashburton Grove. Byggingen startet i desember 2002 og det nye Emirates Stadium åpnet i juli 2006, klar til sesongen 2006–07. Arsenal startet sesongen sterkt, men med kun fire poeng i november så måtte Wenger innrømme at laget var for langt bak til å kjempe seriøst om ligatittelen. Arsenal endte til slutt på fjerdeplass, med like mange poeng som Liverpool på tredjeplass. Med et lag som i hovedsak bestod av reserve- og juniorspillere, nådde Arsenal ligacupfinalen der de tapte 2-1 for Chelsea. Resultatene var dårligere i de andre konkurransene, utslått i Champions League av PSV Eindhoven 2-1 sammenlagt i åttendedelsfinalen, og tapte omkampen i FA-cupens femte runde mot Blackburn Rovers.