I 1742 begynte Kratzenstein å studere fysikk og medisin ved universitetet i Halle som på den tiden var meget anerkjent. Han var tidlig blitt interessert i utforskning av elektrisitet og var spesielt opptatt av hvordan den opptrådde i levende organismer. Etter fire år som student mottok han i 1746 doktorgrader både i fysikk og i medisin. Han var da bare 23 år gammel. Etter to år som privatdozent, ble han i 1748 valgt inn i vitenskapsakademiet Leopoldina med sete i samme by.