Den 14. november 1971 ble han kronet til pave og patriark av Alexandria, den 117. i suksesjonen. I egenskap av pave og patriark har Shenouda III utnevnt de første biskopene over Nord-Amerika der det per 2006 er mer enn hundre kirker mot fire i 1971, og likeså de første biskopene over Australia samt grunnlagt de første koptisk-ortodokse kirkene i Sør-Amerika.