Bruk av avfall som brensel i en FSF- ovn er riktignok en god del mer komplisert enn bruk av biomasse. Avfallet må forbehandles til såkalt foredlet avfallsbrensel (FAB) og rives opp i mindre biter. Et minimum av ubrennbare materialer kan tilføres i prosessen slik at metall, glass etc. må fjernes mekanisk. Hvis ikke kan dette smelte og tette luftinnførselskanalene i bunn av brennkammeret. En hammermølle knuser/river avfallet i mindre biter. Partikkeldiameteren for FSF-brensel bør være mindre enn 150 mm. Forbehandlingen gjør at brennverdien og brennegenskapene til brenselet stiger, men er et veldig fordyrende ledd i prosessen. Riktignok vil lavere utslipp føre til enklere og billigere metoder for rensing av røykgassen.