På føderalt nivå er Yukon representert i Canadas parlament av ett parlamentsmedlem og en senator som utnevnes av Canadas statsminister. Hele territoriet utgjør et valgdistrikt i Underhuset, parlamentsmedlemmet fra Yukon har siden 2015 vært Larry Bagnell (Labor Party). Yukon har vært representert av fire senatorer i Canadas senat siden stillingen ble opprettet i 1975. Siden 2018 har Pat Duncan, som var Yukons førsteminister mellom 2000 og 2002, hatt stillingen som senator.