Av hans 17 landskamper for Skottland var kanskje den mest minneverdige da han scoret mot England på Wembley Stadium i debuten i en 3-2-seier, der også Lawrie Reilly scoret. Av Skottlands 22 mann store spillertropp til VM i fotball i 1954 bestemte Skottland seg for å ta med bare 13 av de 22 spillerne til sluttspillet. Johnstone var én av de 13, men måtte trekke seg pga. skade. Blant de som satt hjemme som reserver var spillere som Bobby Combe og Jimmy Binning. George Hamilton var også reserve, men reiste til slutt til VM da Johnstone trakk seg.