Den 10. juni 2009 ble det offentliggjort at at FOST var blitt satt under etterforskning av Kripos og det var gjennomført ransaking av FOSTs avdeling på Jørstadmoen. Bakgrunnen var angivelig at Forsvarsdepartementet gjennomførte en gjennomgang av direktiv og fullmakter for FOST. Under denne gjennomgangen ble det stilt spørsmål ved lovligheten av FOSTs kontroll av datatrafikk på militære sambandslinjer, da noen av disse gikk til andre sivile statlige etater og avdelinger utenfor FOSTs kontrollmandat. Da detaljer rundt anmeldelsen ikke er gjort offentlig (pr 1. januar 2010), ble fremstillingen av saken videre preget av mediene og deres kilder.