Da frigjøringsbevegelsen FRELIMO overtok makten etter Mosambiks uavhengighet fra kolonimakten Portugal i 1974, var Cardoso blant den minoriteten av den hvite portugisiske befolkningen som ble værende i landet. Han arbeidet i flere år i underordnede stillinger for den regjeringskontrollerte pressen. I 1980 ble han redaktør av AIM, det regjeringskontrollerte nyhetsbyrået. I 1982 satt han fengslet en knapp uke, trolig på grunn av en artikkel om den tiltagende borgerkrigen. Cardoso ble en av rådgiverne for president Samora Machel fram til Machels død i 1986. Frustrert over ledelsen og journalistikken forlot han AIM i 1989 – først for å jobbe som kunstmaler. I 1992 var han med på å etablere det uavhengige media-kooperativet Mediacoop. I 1989 traff han den norske juristen Nina Berg, som han giftet seg med. De fikk to barn.