I krigsårene 1940-45 var Fridtjof Heyerdahl president i Norges Røde Kors. Med sin mangeårige kontakt med tysk industri nøt han stor tillit hos tyske myndigheter. Organisasjonen opplevde en enorm økning i medlemsmassen i tiden under Heyerdahls ledelse. Han arbeidet tett med det tyske Røde Kors, men hadde et mer anstrengt forhold til NS og Innenriksdepartementet. Fridtjof Heyerdahl ble æresmedlem i Røde Kors i 1949.