I krigen som fulgte, fungerte Paine som frivillig assistent for general Greene. Hans store bidrag til den patriotiske sak var de 16 «Crisis»-artiklene utgitt mellom 1776 og 1783, som alle ble undertegnet med pseudonymet «Common Sense». , som ble utgitt 19. desember 1776, mens George Washingtons hær var i ferd med å falle fra hverandre, startet med dette flammende oppropet: «Disse er tider som prøver menns sjeler», og Washington fikk dette flygebladet lest opp for alle soldatene i Valley Forge. Paines hudløse ærlighet kostet ham til slutt posten som sekretær i Komiteen for Utenlandske Affærer i 1779, en plass han hadde holdt siden 1777. Paine ble nødt til å sitere fra hemmelige dokumenter for å dokumentere sine beskyldninger mot et visst kongressmedlem. Feiltagelsen tvunget fram av det etiske dilemmaet kostet Paine hans lønnede plass i komitéen.