I trengselstider under andre verdenskrig fant han bolig til flere mennesker, selv om biskopens palass i Mainz allerede hadde blitt hardt skadet under bombing i august 1942. Siden det i 1945 var fare for at biskopen skulle bli bortført av nasjonalsosialistene, måtte Stohr gå i skjul i det protestantisk pregede Engelstadt mellom Mainz og Bingen, inntil den amerikanske hær rykket inn. Tre dager etter at byen Mainz ble inntatt av amerikanerne, vendte Stohr tilbake til sin bispeby den 24. mars 1945 og begynte å gjenoppbygge kirke og land.