Kristoffersen ble valgt til medlem av Europaparlamentet for perioden 1994–1999. Han var tilsluttet Det europeiske folkepartiets gruppe for kristendemokrater og konservative, og han satt i parlamentets utvalg for utenriks-, sikkerhets- og forsvarssaker. Ved valget i 1999 gikk Det Konservative Folkeparti tilbake fra tre til ett mandat, og Kristoffersen ble ikke gjenvalgt.