Izetbegović fortsatte å promotere ideen med et multeetnisk Bosnia, som under forholdene virket som en håpløs strategi. Bosnia-kroatene var skuffet over Sarajevo-regjeringen og samtidig støttet militært og økonomisk av den kroatiske regjeringen og i økende takt forsøkte å etablere sin egen etniske stat «Herceg-Bosnia» i de kroatisk dominerte områdene i Bosnia. Bosnia-kroatene trakk seg ut av Sarajevo regjeringen og kamper brøt ut i 1993. I de fleste områder ble lokale våpenhviler mellom serbere og kroater underskrevet (Kresevo, Vares, Jajce) og i to områder mellom bosnjaker og serbere (Cazin og nær Mostar en liten periode) mens i noen områder fortsatte kroatene og bosnjakne og kjempe mot serberne (bla Maglaj). Krigen i Bosnia var derfor aldri en krig med tre fronter, men hadde tre parter som byttet allianser uendelige mange ganger. I tillegg opprettet Izetbegovićs tidligere kollega Fikret Abdić en «Autonom stat av Vestlige Bosnia» som en opposisjon til Sarajevo regjeringen. Fikret Abdićs faksjon ble til slutt en del av den bosniske hæren. På denne tiden kontrollerte ikke Izetbegovićs regjering mer en ca. 25 % av landet og representerte kun bosnjaker.