Republikken Novgorod slapp unna redslene under Mongolenes invasjon av Russland, dog ikke på grunn av våpenstyrke, men fordi de mongolske lederne sannsynligvis ikke ønsket å kjøre seg fast i sumpene som omringet byen, og vendte tilbake 100 km fra Novgorod. Selv om de aldri var blitt formelt erobret, begynte republikken å betale skatt til khanene av Den gylne horde. I 1259 førte de mongolske skatteinnkreverne og folketellernes ankomst i byen politiske oppstandelser i byen, som tvang Aleksandr Nevskij til å straffe flere av byens embetsmenn (han skar nesene av dem) for å ha trosset ham som storfyrste av Vladimir (som snart skulle bli khanens skatteinnkrever i Russland) og hans mongolske overherrer. På 1300-tallet assisterte Novgorods pirater (eller usjkujniki), som skapte frykt så langt unna som Kazan og Astrakhan, Novgorods armeer i deres kriger mot Moskva.