Pjotr Kropotkin ble født den 9. desember 1842 av faren, Prins Aleksej Petrovitsj Kropotkin, og moren Jekaterina Nikolajevna Sulima. Selv om han sto ved streng militærdisplin i hjemmet, var ikke farens miltærkarriere særlig vellykket. Han møtte Pjotrs mor i løpet av en militærkampanje i 1832, og de fikk fire barn. Moren hadde et kunstnerisk talent, og likte å lese, men døde av tuberkulose bare fire år etter Pjotrs fødsel.