Den tidlige musikkutdannelsen fikk Zipoli som korgutt i katedralen i Prato. Takket være finansiell hjelp av storhertug Cosimo II de' Medici av Toscana kunne han fra 1707 studere hos organisten Giovanni Maria Casini i Firenze. Året etter ble han organist ved . I 1712 studerte han en tid under Alessandro Scarlatti i Napoli, og til slutt i Roma under Bernardo Pasquini. To av Zipolis oratorier stammer fra denne tidlige perioden: (1712) og (1714). I 1715 fikk han den prestisjefylte stillingen som organist i kirken Il Gesù i Roma. Året etter skrev han sitt mest kjente verk, (1716).