I oktober 2005 delte 14 av PAIGCs 45 parlamentsmedlemmer seg fra partiet. Gomes nektet å trekke seg. Et annet problem var hans anspente forhold til president João Bernardo Vieira, som hadde vært i embetet siden den 1. oktober. Gomes uttalte seg mot Vieira under presidentvalget og hadde støttet sin partikollega Malam Bacai Sanhá. Etter det første møte siden valget ble begge enige om en politisk kohabitasjon. Den 29. oktober 2005 kunngjorde president Vieira sin avskjedigelse av Gomes og hans regjering. Aristides Gomes, en av de 14 parlamentarikerne som året før hadde brutt ut av PAIGC-fraksjonen, ble utnevnt til hans etterfølger den 2. november 2005 og ble tatt i ed umiddelbart.