Johannes V ankom Konstantinopel våren 1367 sammen med Amadeus VI av Savoy som egentlig var på korstog og ønsket å ta opp spørsmålet om en kirkelig gjenforening med bysantinerne. Johannes fikk ikke med seg den ortodokse kirke på noen forhandlinger, men han lovte for egen del å anerkjenne pavens overhøyhet. Han ønsket et økumenisk kirkemøte om dette, noe pave Urban ikke var særlig begeistret for. Johannes reiste likevel til paven i 1369 og undertegnet en formell erklæring om underkastelse. Dette gjaldt imidlertid bare ham selv, og ikke den ortodokse kirke. Johannes svekket med dette sin stilling i Konstantinopel.