Etter utstått læretid kom han til apoteker P. M. Kjellström i Malmö, som synes å ha vært en framstående fagmann med en særlig interesse for kjemi. Under oppholdet i Skåne kom han i kontakt med dosent i kjemi og naturalhistorie ved Lunds universitet, Anders Retzius. I 1768 tok Scheele imot en stilling ved apoteket Korpen i Stockholm, idet han regna et liv i hovedstaden som gunstigere for egen forskning. Etter to år i Stockholm arbeidet han som apoteker i fem år i Uppsala, før han i 1775 kom til Köping.