Hun var datter av sjøhelten Cort Adeler og dennes annen hustru Anna Pelt (1640–1692). Den 24. mai 1683 ble hun i København gift med officeren Adam Frederik Trampe (1650–1704). Giftemålet gjorde Trampe til en rik mann og han kjøpte gårdene Løgismose og Flenstofte, begge på Fyn. Paret hadde også en stor eiendom i Silkegade i København. Kort før sin død ble Trampe utnevnt til riksgreve av keiser Leopold I. Sophie Amalie ble som enke boende på Løgismose, her oppsatte hun i 1726 en sandstensportal som stadig pryder hovedinngangen. Hun døde i 1734 og ble begravet den 21. september samme år i Vor Frue i København.