Reisens mål var nådd. Men hvordan ekspedisjonen skulle komme seg tilbake til Spania var ikke klarlagt. Del Cano ville fortsette vestover rundt Afrika til Spania. Det andre skipet var i så dårlig stand at det måtte være igjen for å tette lekkasjer. Kapteinen mente det deretter ville være lettere å seile tilbake over Stillehavet via Magellanstredet og tilbake til Spania. De ble enige om å seile hver sin vei. Del Cano satte avsted med 60 mann videre vestover over Indiahavet, rundt Kapp det gode håp og opp langs Vest-Afrikakysten tilbake til Spania. Skipet som snudde seilte ganske langt nordover i forsøk på å finne gunstige vinder og havstrømmer, og kom helt opp til kysten av Japan før de måtte gi opp. Den kontinuerlige motvinden tvang mannskapet til å snu og seile tilbake til Krydderøyene. Denne gangen var de ikke like heldige. De ble oppdaget av portugiserne og tatt til fange. Bare 4 av skipets 55 mann lyktes tilslutt å vende tilbake til Spania i 1525. Del Cano satte kursen mot vest over det sørlige Indiahavet for å unngå portugiserne nord i havet. På Natalkysten i Sør-Afrika gikk de i land for å skaffe forsyninger. Her er det funnet en merkestein satt opp av del Cano. Opp langs Afrikas vestkyst holdt de øynene oppe for å unngå portugisiske skip, og holdt seg godt unna straks de så noen. De nådde Kapp Verde-øyene som det siste stopp før Spania uten å ha blitt avslørt. Men der holdt det på å gå galt. Der utgav de seg for å komme fra Amerika. Men et av mannskapet betalte for drikkevarer på land med en pose krydder, og portugisernes mistenksomhet ble vakt, og mannen ble arrestert. Havnens tollere la opp til en øyeblikkelig inspeksjon av lasten om bord i skuta. Men mannskapet om bord ble varslet og kastet loss før båten med tollere nådde fram, og skipet kom seg unna i siste liten. Del Cano måtte etterlate seg 13 mann som ikke rakk tilbake til skipet i tide.