Kongen av Bhutan, Jigme Dorji Wangchuck, fikk høre om fader Mackey og inviterte han til Bhutan for å hjelpe til med moderniseringen av landet. Med Mackeys ankomst i Bhutan i oktober 1963 ble jesuittene den første katolske misjonsorden som virket i det buddhistiske landet. Ettersom landets grunnlov forbød konversjoner av bhutanske borgere, forsøkte ikke pater Mackey å drive den type misjon.