Etter løslatelsen i 1898 giftet han seg med den 21 år yngre Kathleen Daly, hvis onkel han hadde møtt i fengselet. De emigrerte til USA sammen, og Clarke engasjerte seg der i Clan na Gael under John Devoy. I 1907 vendte de tilbake til Irland, og Clarke åpnet en tobakksbutikk i Dublin. Han ble igjen aktiv i IRB, som var inne i en fornyelsesprosess under ledelse av personer som Bulmer Hobson og Denis McCullough. Hobson og Sean MacDermott ble Clarkes protegeer.