Laget spilte sin første offisielle landskamp hjemme mot den 10. juli 2012, en kamp som endte 2–2. Sør-Sudan ble tatt inn som fullverdig medlem av FIFA under deres kongress i mai 2012 som organisasjonens medlem nummer 209. På grunn av at Sør-Sudan per 2013 ikke har fått muligheten til å kvalifisere seg til hverken et sluttspill i Verdensmesterskap eller i Afrikamesterskap, regnes de derfor for å være et av verdens svakere lag i henhold til FIFAs verdensranking.