Enzymet inngår i organismens beskyttelse mot frie radikaler som ellers kan dannes fra hydrogenperoksid. Nedbrytningen av hydrogenperoksid til oksygengass ser ut til å være en nødvendig tilpasning til en oksygenholdig atmosfære, idet det finnes hos alle aerobe organismer. I hvilken grad katalase spiller en sentral rolle her er imidlertid et åpent spørsmål idet det er kjent tilfeller av såkalt blant mennesker hvor katalasenivået er svært lavt, uten at disse menneskene ser ut til å vise alvorlige sykdomstegn. Det har derfor vært foreslått at de viktigste enzymene for å fjerne HO i pattedyrceller er peroksiredoksiner heller enn katalase. Til støtte for denne teorien kan framføres at mus som er genetisk manipulert slik at de fullstendig mangler katalase framstår som fenotypisk normale.