Til tross for sterk større fra Shah Jahan, som hadde blitt frisk nok fra sin sykdom til å forbli en sterk faktor i maktkampen, ble Dara Shikoh beseiret av sin bror Aurangzeb i slaget ved Samugarh, rundt 13 km fra Agra, den 30. mai 1658. Aurangzeb overtok festningen i Agra og avsatte sin far den 8. juni 1658. Etter nederlaget trakk Dara Shikoh seg fra Agra. Guvernøren i Gujarat hjalp ham å samle en ny hær. Han ble igjen beseiret i slaget ved Deorai (i nærheten av Ajmer) den 11. mars 1659. Han flyktet videre vestover til Sind i hva som er dagens Pakistan og søkte tilflukt hos høvdingen Malik Jiwan (Junaid Khan Barozai), men ble forrådt av høvdingen. Sammen med sin andre sønn Sipihr Shikoh ble Dara Shikoh utlevert til Aurangzebs hær den 10. juni 1659.