I 2009 konsentrerte Gené seg fullt og helt om 24-timersløpet og deltok i Le Mans Series bare på 1000 km-løpet på Spa. På grunn av dette roterte førerbesetningene til Peugeot, og han fikk David Brabham og Alexander Wurz som nye teamkolleger. På Spa måtte trioen bryte med tekniske problemer, og endte uten poeng på en 12.-plass. Under 24-timersløpet var det imidlertid ingen slike problemer, og de tre fullførte 382 runder på sin vei til seier. Gené kjørte det siste stintet for teamet og tok 908'eren i mål, en runde foran den andre Peugeoten, til stående ovasjoner fra et henrykt fransk publikum, som fikk se en av sine egne biler sette en stopper for Audis femårige seiersrekke i dette prestisjefylte løpet.