Struensee hadde lenge hatt to andre fremtredende motstandere, nemlig enkedronning Juliane Marie og hennes sønn Arveprins Frederik (kongens yngre halvbror). Enkedronningens grunner for fiendskapet var vektige: I tillegg til bitterheten ved å se kongehusets autoritet i hendene på en borgerlig født person, var det nærliggende at det var arveprinsen, som uoffisielt skulle ha blitt tildelt den egentlige makt i riket. Den teologiske professoren Ove Høegh-Guldberg, som i 1764 hadde vært arveprinsens lærer og senere var blitt utnevnt til kabinettsekretær hos ham, var en dyktig politisk begavelse som hjalp enkedronningen med å forberede et kupp.