Mustang deles av Gandaki-elva, som har sine kilder i Mustang. Den går mellom fjellene Dhaulagiri (8167 moh, verdens 7. høyeste fjell og Nepals 6. høyeste) i vest og Annapurna (8091 moh, verdens 10. høyeste fjell og Nepals 8. høyeste) i øst, og danner en dyp elvedal. Målt fra de høyeste toppene og ned til bunnen av dalen, er dette den dypeste elvedalen i verden. Mesteparten av befolkninga bor langs elva eller dens tilløp.