Otto reiste etter krigen først til Innsbruck i den franske okkupasjonssonen i Østerrike. Han forsøkte å få USA til å la være å anerkjenne den nye regjeringen under Karl Renner, som han hevdet var kommunistisk og uten legitimitet fordi den var kommet istand under sovjetisk innflytelse. Et brev fra Renner til Stalin betraktet han som svært mistenkelig. Den gjenopprettede østerrikske republikken utviste Otto i 1946, tross motstand fra franskmennene, og forbød ham å reise inn igjen i landet. Dette skjedde delvis av forfatningsmessige årsaker, da i 1945 forfatningen slik den var i 1929 ble gjeninnført, og dermed også Habsburgerloven av 1919 med status som forfatningslov. Dette skjedde trolig hovedsakelig for å berolige Sovjetunionen, som fryktet en Habsburg-renessanse i Østerrike.