Deretter var af Klercker ikke i tjeneste i krigen før Klingspor fikk avskjed i september 1808, hvorpå af Klercker ble utnevnt til øverstkommanderende. Den 19. november 1808 undertegnet af Klercker konvensjonen i Olkijoki med den russiske øverstkommanderende Fredrik Vilhelm von Buxhoevden og krigen på nåværende finsk område var over. Etter den svenske kongen Gustav IV ble avsatt i mars 1809 ble af Klercker fristilt fra sin stilling som øverstkommanderende.