Córdobas historie er helt fra grunnleggelsen i 1618 full av kontraster. Dette året ble byen grunnlagt av «los treinta caballeros», de tretti herrene, for å styrke den spanske kronens nærvær langs veien mellom Mexico by og Veracruz.Området var nemlig hjemsøkt av røverbander av rømte, afrikanske slaver. Siden 30 familieoverhoder undertegnet grunnleggelsen, omtales grunnleggerne som de tretti herrene. I kolonitida blomstret byen som sentrum for et rikt jordbruksområdet. I sluttkampene i uavhengighetskrigen ytte byens innbyggere sterk motstand mot de spanske troppene, og i august 1821 ble , Córdoba-traktaten, inngått mellom Mexicos siste spanske visekonge og opprørsstyrkene, noe som avsluttet kolonistyret og dermed også avsluttet uavhengighetskrigen. Også ved den amerikanske intervensjonen i 1847 og under den meksikanske revolusjonen ble det kjempet om byen.