Albertina nøt allerede fra begynnelsen en lovfestet frihet. Universitetet ble tilfluktssted for undertrykte troende fra både tyske og øvrige europeiske land. De første årtiene etter grunnleggelsen forløp stormfullt. Det kom til blant annet den evangeliske dogmestrid. Hertugen hadde mot fakultetets vilje tvunget gjennom ansettelsen av Andreas Osiander på en teologisk lærestol.