Partiet ble marginalisert og falt ut av Folketinget i 2001. Da partiet gikk ytterligere tilbake ved folketingsvalget i 2005, trådte Mimi Jakobsen tilbake som partileder. I 2007 forsøkte man forgjeves å overtale Naser Khader til å overta ledervervet. I et par måneder før valget i 2007 var partiet representert i Folketinget av Louise Frevert, som hadde brutt med Dansk Folkeparti. Centrum-Demokraterne oppnådde ikke det nødvendige antallet underskrifter for å kunne stille til valg det året. Tidlig i 2008 hadde partiet 320 medlemmer, og et ekstraordinært landsmøte besluttet å nedlegge partiet til fordel for Naser Khaders Ny Alliance med virkning fra 1. februar.