Kingsley ble født i Holne i Devon som den andre sønnen til prost Charles Kingsley og hans hustru Mary. Hans bror, Henry Kingsley, ble også forfatter. Han tilbrakte sin barndom i Clovelly, Devon og Barnack, Northamptonshire, og fikk sin utdannelse ved Helston Grammar School før han begynte studier ved King's College London, og deretter ved Magdalene College ved Universitetet i Cambridge i 1838 og ble uteksaminert i 1842. Han valgte deretter å forfølge en karriere i kirken. Fra 1844 var han rektor ved Eversley i Hampshire, og i 1860 ble han utnevnt til regius professor i moderne historie ved Universitetet i Cambridge.