Quelprud holdt forelesninger i arvebiologi og raselære ved NS' førerskole på Jessheim, og skrev artikler i partiets teoretiske tidsskrift . Quelprud ble oppfattet som politisk naiv, men hadde likevel status som en slags rasebiologisk ideolog. Da universitetet ble stengt i november 1943, gikk det meste av virksomheten ved instituttet i stå. Quelprud ble frustrert over utviklingen og søkte avskjed som dosent. Han meldte seg ut av NS høsten 1944.