Japan, representert ved det nasjonale polarforskningsinstituttet NIPR, sluttet seg til organisasjonen i 1996, og det samme året ble ESR innviet. I første omgang hadde denne radaren kun den styrbare 32 m antennen, og en sender som kunne levere en maksimal effekt på ca. 0.5 MW. Japans inntreden i organisasjonen gjorde det mulig å utvide anlegget på Svalbard med ytterligere én antenne, samt å oppgradere senderen til sin maksimale effekt på ca. 1 MW, som ble oppnådd 1. februar 1998. Den nye antenna ble først tatt i bruk 8.–9. oktober 1999, og ble formelt innviet under et møte i EISCAT Council i mai 2000.