Novakovič fikk sin landslagsdebut for våren 2006, og scoret sine første mål som ekte hat-trick i vennskapskampen mot den 31. mai 2006. Han har siden debuten spilt i underkant av 40 landskamper og scoret 16 mål. Han var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.