Ved rettsoppgjøret etter krigen hevdet Veesenmeyer at da han ankom Budapest var Adolf Eichmann og hans assistenter allerede i gang med å gjennomføre folkemordet på jødene og at han ikke kunne gjøre noe for å stanse dem. Det var Veesenmeyer som gjennom det føyelige Sztójay-regimet sikret de sivile myndighetenes samarbeid, noe som var avgjørende for å gjennomføre deportasjonene til Auschwitz. Veesenmeyer var nøye med å informere Ribbentrop og få hans godkjenning for alle tiltak.