I krise- og krigstid overgår den overordnede kontroll av Hjemmeværnet til Forsvarskommandoen. I HJKs ledelse sitter to sjefer, en militært utnevnt generalmajor som har det operative ansvar og kommando samt en politisk utnevnt sjef, , som er ansvarlig for forholdet til offentligheten, verving og markedsføringen av forsvarsgrenen.