Utover 1990-tallet førte synkende folketall og ungdomskull til nedgang i aktiviteten i idrettslaget. Det førte til at Strauman etterhvert ble avhengig av spillere fra andre bygder for å stille lag. På slutten av 1990-tallet inngikk Strauman IL en avtale med FK Lofoten som ga straumanspillerne mulighet til å prøve seg hos FK Lofoten, og spilletid i Strauman for FK Lofotens talenter. Siste sesongen til Strauman IL fungerte laget som FK Lofoten 3 og spilte ikke lengre hjemmekampene i Strauman. A-laget ble lagt ned, men gjenoppsto tre sesonger fra 2002 til 2004 i 4. divisjon.