Colban fikk i 1918 avskjed fra Utenriksdepartementet for å tiltre stillingen som direktør i Folkeforbundet. Han arbeidet der i forbundets generalsekratariatet, og var direktør for administrative kommisjoner og arbeidet med spørsmål knyttet til minoritetsbefolkninger. Han satt i denne stillingen til 1927 da han ble direktør i avrustningsavdelingen i Folkeforbundet.