Den andre verdenskrig slo på nytt fast at elven og deltaet er strategisk viktig. Selv om Antwerpen var i allierte hender, okkuperte tyske tropper fremdeles forsterkede posisjoner i deltaet i september 1944. Dermed forhindret de at allierte skip kunne seile til Antwerpen. Under slaget ved Schelde, i Ardenneroffensiven, greide den kanadiske 1. armé å rense området for tyske tropper, slik at konvoier kunne nå Antwerpens havn i november 1944. Under denne offensiven fant heftige kamper sted, blant annet ble dikene bombardert av de allierte, slik at Walcheren ble oversvømmet.