Arnstad var visstnok fristet til å si fra seg ordførervervet ved årsskiftet 1943/1944, men ble oppfordret til å fortsette, sannsynligvis først og fremst av skatvalsbygger i NS. Ved frigjøringen i mai 1945 ble Arnstad avsatt som ordfører av fylkesmannen, og varaordfører Peder J. Arnstad ble konstituert som ordfører ut året. John Arnstad innehadde ingen folkevalgte verv etter dette. I 1947 ble han frikjent fra alle anklager i landssvikoppgjøret.