Etter dette startet de koreansk-kinesiske styrkene et motangrep, og admiral I ble gjeninnsatt som sjef for marinen. Han vant så i oktober slaget ved Myeongnyang mot en mye større japansk flåte. På landjorda hadde de allierte styrkene først noe suksess, men tapte siden viktige slag mot japanerne, og klarte ikke å drive dem helt bort. 18. september 1598 døde så Toyotomi Hideyoshi, men rett før det hadde han rukket å beordre en tilbaketrekning fra Korea. Tilbaketrekningen tok tid, siden japanerne ønsket å forlate Korea med mest mulig ære i behold, men var fullført før året var over. Krigens aller siste slag var slaget ved Noryang, hvor den nå gjenoppbyggede koreanske marinen støttet av den kinesiske under Chen Lin ødela store deler av den japanske flåten. Den koreanske krigshelten I Sunsin døde selv i dette siste slaget, etter en militær karriere hvor han aldri hadde tapt et eneste slag.