I mai 1548 ble Elizabeth sendt vekk. Men Seymour søkte fortsatt innflytelse over kongefamilien. Han forsøkte å få den unge kong Edvard til å gi ham en posisjon ved kongens hoff, og etter at Katarina Parr døde i barsel den 5. september 1548 gjorde han på nytt tilnærmelser overfor Elizabeth. Målet hans var nå å gifte seg med Elizabeth. Da kom hans tidligere opptreden overfor kongens halvsøster for dagen, og da hadde både riksforstanderen og kongens råd fått nok. I januar 1549 ble Thomas Seymour arrestert, mistenkt for å ha forbrutt seg mot loven ved å planlegge ekteskap med Elizabeth og derved styrte riksforstanderen. Elizabeth ble nå sendt til Hatfield House i Hertfordshire, bygd under farens regjeringstid, for å bli avhørt på avstand fra Seymour. Hun nektet å innrømme noe som helst. Thomas Seymour ble halshugd den 20. mars 1549.