Kirken forfalt etter hvert, men det er usikkert når den gikk ut av bruk. Hundvåg hørte i 1435 til soknet for Mariakirken i Stavanger. Austbøkirken kan da ha vært nedlagt, eller brukt som annekskirke. Kirken er ikke omtalt i jordeboka Grågås fra ca. 1620, så den må være lagt ned før den tid. Kirken lå i ruiner i 1745. Det finnes flere teorier på hvorfor og når kirken gikk ut av bruk: Det kan ha vært svartedauden. Eller reformasjonen. En annen teori kan være at presten Aslaks støtte til biskop Arne i striden om tiendekornet til Finnøy gjorde at kirken mistet støtte hos bøndene og dermed begynte og forfalle.