Mens Buell stod overfor Braggs trussel i Kentucky, var konfødererte operasjoner i det nordlige Mississippi rettet mot å forhindre at Buell ble forsterket av Grant som forberedte sitt kommende Vicksburg-felttog. Halleck hadde reist til Washington, og Grant stod igjen uten innblandinger som kommandant for distriktet Vest-Tennessee. 14. september beveget generalmajor Sterling Price sin konfødererte Army of the West til Iuka, 32 km øst for Corinth. Han hadde tenkt å møte generalmajor Earl Van Dorns Army of the West og operere mot Grant. Men Grant sendte styrker under generalmajorene William S. Rosecrans og Edward Ord for å angripe Price og Van Dorn ved Iuka. Rosecrans vant en mindre seier i slaget ved Iuka (19. september), men dårlig koordinasjon mellom styrkene gjorde at Price klarte å unnslippe fra den tiltenkte knipetangsmanøveren til Unionen.