Driften av Wikipedia (i form av visning av sider) avhenger av MediaWiki, en egenutviklet, wiki basert på fri programvare og åpen kildekode som er skrevet i PHP, og benytter seg av databasen MySQL. Programvaren har funksjoner som et makrospråk, variabler, et system for transklusjon av maler og redirigering av URLer. MediaWiki er lisensiert under the GNU General Public License (GPL) og benyttes av alle Wikimedias prosjekter, så vel som mange andre wiki prosjekter. Opprinnelig ble Wikipedias sider levert med UseModWiki, skrevet i programmeringsspråket Perl, av Clifford Adams (Phase I), som var avhengig av CamelCase for å lage hyperlenker; det nåværende systemet med doble parenteser ble innført senere. I januar 2002 (Phase II), begynte Wikipedia å kjøres fra en PHP wiki, med en MySQL database; denne programvaren var skreddersydd for Wikipedia av Magnus Manske. Programvaren i fase to ble stadig modifisert for å klare den eksponentielle veksten. I i juli 2002 skiftet Wikipedia til tredje generasjons programvare (Phase III), MediaWiki, opprinnelig skrevet av Lee Daniel Crocker.