Manninen vant verdenscupen sammenlagt fire ganger (2004, 2005, 2006 og 2007), og han vant 48 seire i enkeltrenn. Til tross for Manninens dominans gjennom flere år, lyktes han ikke med å vinne en individuell medalje i noe mesterskap før VM 2007 da han vant gull i sprintøvelsen. Manninens styrke var først og fremst i langrennssporet, og han hadde en fryktet spurt. Han deltok jevnlig i langrennskonkurranser, også i verdenscupen – vanligvis i sprint. I OL i 2002 ble han nr. 8 i sprintlangrenn.