Da Ham-Kam i 1990 mislykkes i å rykke opp til øverste divisjon, dro Holte sammen med lagkamerat Hallgeir Finbråten videre til for spill i Eliteserien i 1991. Fra sin posisjon i midtforsvaret ble Knut Holte en av lagets bjærebjelker. I mars 1992 ble Holte tatt ut i troppen til en treningssamling med det norske landslaget. Landslagstrener Egil Olsen begrunnet uttaket med at Holte hadde vært Lyns beste spiller hele høstsesongen i 1991. Etter å ha sikret plassen i Eliteserien i 1992 forsøkte Ham-Kam uten hell å hente Holte og Finbråten tilbake fra Lyn. Etter at Lyn rykket ned fra Eliteserien i 1993, forsøkte å sikre seg hans tjenester. Holte takket nei da han fant det sportslig uforsvarlig å kombinere jobb og pendling til Kongsvinger. I stedet signerte han for 1.-divisjonsklubben .