Fukuyama selv har senere innrømmet at tesen er ufullstendig, men av en annen grunn enn sine kritikere. I fra 2002 skriver han: «Historiens slutt kan ikke komme før moderne naturvitenskap og teknologi tar slutt.» På det politiske plan spår Fukuyama at menneskehetens kontroll over dens egen utvikling (transhumanismen) vil ha en stor og muligens ødeleggende innvirkning på det liberale demokratiet.