Begrepet brukes helst om konflikter innen en trosretning, for eksempel mellom katolske og protestantiske kristne eller mellom sunni- og sjia-muslimer. Enkelte sekteriske konflikter har vært svært blodige, som krigene etter reformasjonen, konflikten i Nord-Irland og flere konflikter mellom islamske grupper i Midtøsten. Mange av konfliktene blir forsterket av at de to gruppene har forskjellige syn i viktige politiske spørsmål.