EFTAs overvåkningsorgan (ESA) kritiserte i 2006 Mattilsynets kontroll med måten norske pelsdyr avlives på, dyretransport, og slakterier. ESA kritiserte i 2009 Mattilsynets overvåkning av matvarer, særlig fiskeprodukter, som kommer inn i Norge gjennom grensekontrollstasjonene til Mattilsynet. ESA oppdaget blant annet mangelfull veterinærkontroll, manglende oversikt over transittvarer, og dårlig samarbeid mellom Mattilsynet og Tolletaten. ESA kritiserte også Mattilsynet for manglende kontroll med dyrenes helse i norske fjøs.