Spilleren har rollen som , leder for Delta Squad, en elitetropp av klonesoldater som består av medlemmene , og . I løpet av introen får man oppleve treningen på hjemplaneten Kamino og møte med Delta Squad-medlemmene for første gang. Det første oppdraget utspiller seg på planeten Geonosis under krigføringen som blir skildret i filmen . Deretter følger et rekognoseringsoppdrag på et av republikkens skip som går under navnet . Det siste oppdraget er på Kashyyyk der hensikten er å redde wookiene fra invasjonsstyrkene til Confederacy of Independent Systems.