Fra 32 til 38 var Flaccus prefekt i Egypt, utnevnt av Tiberius. Han bodde i Alexandria som hadde en stor andel av jøder og grekere. Han autoriserte reisningen av keiserstatuer i synagogene under påbudet at keiseren skulle æres som en gud, og da jødene protesterte mot denne uhørte krenkelsen av deres gudshus sendte Flaccus ut et edikt som slo fast at jødene var fremmede og utlendinger i byen. Det førte til at det var en nærmest offisiell tillatelse til å gjøre som man ville med den jødiske befolkningen. Grekerne stormet da jødiske hjem og jagde jødiske familier, mishandlet disse og drepte mange på bestialsk vis. I løpet av disse massakrene fratok Flaccus jødenes romerske statsborgerskap og fikk 38 medlemmer av deres eldre ledere offentlig pisket. Opptøyene mot jødene utviklet seg til den største pogrom, jødeforfølgelse, som er kjent fra antikken.