Kungur ble opprinnelig grunnlagt sytten kilometer oppstrøms fra Irens munning, ved elva Kungurka, i 1648. I 1662 ble byen brent ned av basjkirer. I 1663 ble den gjenoppbygd som en festning på stedet hvor landsbyen Mysovskoje lå. I 1674 motsto festningen en beleiring av Jemeljan Pugatsjovs kosakkhær. På begynnelsen av 1700-tallet begynte det å utvikle seg en lær- og fottøyindustri her, og i 1724 ble det bygget et garveri i byen. Ved midten av århundret var Kungur et av de tettest befolkede områdene i Ural. I 1759 ble administrasjonen for gruveindustrien i Perm-regionen flyttet til Kungur. Bystatus ble innvilget i 1781. På slutten av 1700-tallet var Kungur et viktig senter for transitthandel ved Sibirveien, så vel som senter for lærproduksjon i Perm-provinsen. Tau og linolje fra Kungur var viden kjent. I løpet av 1800-tallet utviklet byen seg til å bli et betydelig kulturelt og industrielt senter.