De tidligere krigstjenestene til Gates som adjutant var uvurderlige i den nyopprettede hæren, siden han og Charles Lee var de eneste med betydelig erfaring i den britiske regulære hær. Som adjutant, opprettet Gates hærens system for nedtegnelser og ordrer, og han hjalp til med å standardisere regimentene fra de forskjellige koloniene. Mens hans administrative evner var verdifulle, lengtet Gates etter å få kommando i felten. Han hadde blitt forfremmet til generalmajor i juni 1776 og fikk kommandoen over den canadiske avdelingen som erstatning for John Sullivan.