Langs kysten av USA svømmer en flokk spekkhoggere fredelig, men de blir sporet opp av en gruppe hvalfangere. En av spekkhoggerne har et sett med tre flekker, og denne blir fanget og sendt til Northwest Adventure Park - uten at resten av spekkhoggerens familie klarer å forhindre dette. Flere måneder senere i Portland, Oregon bor den 12 år gamle Jesse, som ble forlatt av sin fremmedgjorte mor seks år tidligere. En kveld bryter han og Perry, en foreldreløs gutt, inn i parken for å vandalisere området. Der møter Jesse spekkhoggeren, som nå har fått navnet Willy. Jesses sosialarbeider Dwight sørger for at han ikke blir straffet, i bytte mot at han rydder opp i graffitien han hadde funnet på ved parken.