Da han ble behandlet for forskjellige skader utiklet Favre en avhengighet av Vicodin, som ble velkjent etter ett anfall under et sykehusbesøk. Mens NFL etterforsket saken bestemte Favre seg for å selv annonsere det for å unngå rykter rundt hans tilstand. I mai 1996 ble han behandlet for avhengigheten sin i 46 dager. Hadde han valgt å ikke delta i programmet hadde NFL gitt han en bot på $900 000. Favre ledet Packers til sin beste sesong på 30 år i , og vant sin andre MVP-tittel. Laget ledet ligaen i poeng (456) og færrest poeng tillatt (210) som det andre laget i NFLs historie sammen med Dolphins i 1972. Forsvaret satte også en NFL-rekord med færrest touchdowns tillatt i en 16-kampers sesong med 19. Favre kastet for 3 899 yards, satte en personlig rekord på 39 touchdownpasninger (da tredje flest), kun 13 interceptions og en passer rating på 95,8 (tredje høyest i løpet av hans karriere). Green Bay tangerte Broncos for best seriespill i NFL med 13–3, og slo San Francisco 49ers (35–14) og Carolina Panthers (30–13) i Lambeau Field i sluttspillet. Packers nådde Super Bowl XXXI i Louisiana Superdome, en kort kjøretur fra Favres hjemby.