I denne tidsperioden ble San Francisco en magnet for landets motkultur. Beat-generasjonen ga ild til San Francisco-renessansen og samlet seg i North Beach-strøket på 50-tallet. Hippier flokket seg til Haight-Ashbury på 60-tallet og nådde toppen med Summer of Love i 1967. På 1970-tallet ble San Francisco sentrum for homobevegelsen, der The Castro ble et samlingssted for homofile, Harvey Milk ble valgt til bystyret (som første homofile mann til å bli valgt inn til et offentlig verv i USA), og drapene på Harvey Milk og ordfører George Moscone i 1978.