Ifølge Dieter Wisliceny var Madagaskarplanen fortsatt aktuell sommeren 1941, men etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941 ble iverksetting av planen utsatt på ubestemt tid. Med Philippe Pétains Vichy-regime i Frankrike begynte også protester mot planen fra denne kanten. I tillegg ville ikke de internasjonale jødiske organisasjonene finansiere planen fordi den ble betraktet som ren utpressing.