Whipple ble født i Urmia i Iran (dengang Persia). Han ble professor i kirurgi ved Columbia University hvor han arbeidet fra 1921 til 1946. Han påbegynte sitt arbeide om prosedyren for fjernelse av bukspyttkjertelen (pancreaticoduodenectomi) i 1935, hans opprinnelige teknikk har siden da blitt modifisert betydelig. I 1940 forkortet han prosedyren til en ett-trinns prosess.