Så tidlig som 2. september 1939 åpnet den første konsentrasjonsleiren utenfor Tyskland i Stutthof konsentrasjonsleir utenfor Danzig/Gdańsk for å ta hånd om fanger fra Operasjon Tannenberg, som også førte til massemord polske intellektuelle (20 000 henrettet). På kort tid internerte eller henrettet tyskerne mesteparten av de polske intellektuelle og folk som var aktive eller hadde noen verv i lokalsamfunn. Et system av konsentrasjonsleirer ble etablert forskjellige steder i Polen. Auschwitz, for eksempel, var en tidlig konsentrasjonsleir for polske intellektuelle. To år etter utbruddet av krigen, i januar 1942 lanserte tyskerne «den endelige løsningen» med mål om å utrydde den jødiske befolkningen. Noen av konsentrasjonsleirene ble tilintetgjørelsesleirer med sikte på industriell effektivitet for å henrette et stort antall mennesker. I Polens sørøstlige deler etablerte man senere under krigen, flere av de mest beryktede dødsleirene som Auschwitz-Birkenau og Treblinka. Det polske folket ble utsatt for forferdelige lidelser gjennom hele krigen. Før Tyskland kapitulerte 7. mai 1945 hadde ca. 6 millioner polakker mistet livet, nesten en av seks innbyggere. Et overveldende flertall av disse var sivile, inkludert rundt 3 millioner polske jøder. I forhold til befolkningstallet ble Polen rammet av flere tap enn noe annet land.