Skills starter mye lavere en i det originale spillet, og de forskjellige skillsene har mer viktighet. Skills som Unarmed, Doctor og Traps ble knapt brukt i Fallout 1, men nå brukes alle til en viss grad. Maksnivået på skill steg fra 200 til 300%. En annen merkbar endring i skills var at man trenger flere skill points for å oppgradere etter at man når 100%, og opp til seks etter 200%. Unarmed ble endret mye, ved å legge til forskjellige typer slag og spark som er avhengige av spillerens nivå og attributer. Flere nye Perks ble lagt til, mens mesteparten av Perks fra Fallout 1 ble beholdt.