Grunnsteinen til byens første hus ble lagt i 1621 etter ordre fra hertug Frederik III av Slesvig-Holsten-Gottorp. Frederik så under tredveårskrigen en mulighet til å anlegge en by som kunne konkurrere med Hamburg om å være regionens førende handelsby. Han var inspirert av sin onkel og konkurrent kong Christian IV, som i 1617 med lignende motiver, hadde grunnlagt handelsbyen Glückstadt ved Elben. Frederik inviterte hollendere til å bosette seg, spesielt til de forfulgte remonstrantene, og ga dem religions- og tollfrihet i 20 år. Mange av de dem var velstående handelsmenn og håndverkere. Friedrichstadt er dermed et eksempel på en «eksilantby».