I 1943 reiste Bauer til Sverige for å unngå å bli offer for deportasjonen av jøder fra Danmark til Tyskland. I Sverige arbeidet han for ulike politiske og antinazistiske organisasjoner, og overlevde på stipend fra det sosialvitenskapelige institutt i Stockholm. I Stockholm ble han Willy Brandts medarbeider og sammen grunnla de tidsskriftet . I eksil publiserte han fagbøker om juridiske tema.