Det eldste fortidsminnet på øya er imidlertid Cape Clear-steinen, «det mest gåtefulle arkeologiske oppdagelsen på noen av Irlands øyer». Det er stein med inngraveringer av spiraler og zikk-zakk, typisk kjennemerke for den neolittiske sivilisasjonen ved Brú na Bóinne som Newgrange er en del av i grevskapet Meath. Slike særskilte levninger fra den 5000 år gamle kulturen er normalt ikke funnet i Munster, langt mindre på en øy utenfor kysten av grevskapet Cork. Megalittisk kunst finnes hovedsakelig nord og øst i Irland, slik at Cape Clear-steinen er et klart unntak og indikerer en tilstedeværelse av en ganggrav på øya.