Selskapet ble stiftet 19. mars 2008 med Dubais regjering som samarbeidspartner. Regjeringen er også eier av Emirates Airlines. Det er ellers intet samarbeide mellom de to selskaper, annet enn felles eier. Selv om Flydubai fikk assistanse fra sitt søsterselskap i starten har det drevet alene. Noen toppledere ble overført fra Emirates til Flydubai, men ellers har Flydubai ikke felles personal med Emirates.