Under den chilenske borgerkrigen i 1891 var «Blanco Encalada» blant styrkene som ble brukt for å beseire President José Manuel Balmaceda. Men dette skulle vise seg å bli skipets siste oppdrag, da «El Blanco» ble – som det første krigsskipet i verden – senket av en selvdrevet torpedo under konflikten den 23. april 1891.