Da situasjonen tilspisset seg i 1807 ble han utnevnt til kommanderende under general Peymann og sjef for sjøforsvaret. Den engelske overmakten ved slaget om København var stor og den dansk-norske flåtestyrken fikk ikke mye utrettet, men kom fra slaget med æren i behold, tross tapet av flåten. Etter flåtetapet var Steen Bille drivende i arbeidet med å opprette en ny dansk-norsk flåte av mindre kanonbåter.