I Strasbourg påla Fredrik en liten skatt på jødene i Tyskland for å finansiere korstoget. Han satte også jødene under sin beskyttelse og forbød noen å forkynne mot jødene. Det første og andre korstogene i Tyskland hadde vært preget av vold og overgrep mot jødene. Også det tredje korstoget førte til et utbrudd av ekstrem vold mot jødene i England. Fredrik forhindret til en viss grad en gjentakelse av disse hendelsene i Tyskland.