Tross offisiell anerkjennelse av urfolk har den økonomiske utviklingen, og da særlig krisene på 1980- og 90-tallet, ikke gitt god nok økonomisk, sosial og kulturell utvikling i distriktene der urfolket bor. Tusenvis av urfolk har emigrert til Mexico by og til storbyene ved grensa mot USA. Størstedelen av utvandrerne til USA er også av urfolksopprinnelse. I Chiapas fant jordreformen for en stor del ikke sted, og gamle føydallignende strukturer er til dels fremdeles bevart. Her har det kommet til væpnede sammenstøt (se Chiapas) i januar 1994. På Yucatán-halvøya, derimot, har mange definert maya-kulturen som sin egen og føler at det er deres kulturelle arv. Dette gjelder også i storbyen Mérida.