Ponyo og Fujimoto har en krangel, hvor Ponyo nekter å la faren kalle henne med navnet sitt. Hun erklærer sitt ønske om å bli kjent som «Ponyo», og å bli menneske. Ved å bruke sin magi tvinger hun bein og armer til å vokse ut, og begynner å forandre seg til et menneske, en kraft gitt henne av det menneskelige blodet hun inntok da hun slikket Sosukes finger. Men faren hennes tvinger henne til å skifte tilbake til sin sanne form, og forsøker å finne Ponyos mor, Gran Mamare. I mellomtiden bryter Ponyo seg løs fra faren sin ved hjelp av søstrene sine, og bruker uforvarende magien sin for å gjøre seg fullstendig menneskelig. Den enorme mengden magi som hun frigjør i havet forårsaker ubalanse i verden, noe som resulterer i en tsunami.