Det er reist en kirke på det sted hvor Paulus etter tradisjonen skal ha helbredet Publius’ far, og etter mange ombygginger har stedet i dag en katedralkirke dedisert Sankt Paulus ved Mdina. Kristendommen spredte seg jevnt på Malta, men utøvelsen av religionen ble gjort i hemmelighet for å unngå forfølgelse. De store katakombene, blant annet ved Mdina, tjente som bønnerom og gravplasser. I årene 305–311 flyktet mange kristne fra Sicilia til Malta, men to år senere gjorde keiser Konstantin den store kristendommen til statsreligion.