Etter å ha fulgt den eldre blekkspruten Craig Cuttlefish inn i et krater, kalt Alterna, dekket med dødelig Fuzzy Ooze, blir spilleren rekruttert av Cuttlefish til New Squidbeak Splatoon som Agent 3 sammen med kjæledyret Salmonid Smallfry. De blir oppsøkt av en gruppe kalt Deep Cut, som leter etter verdifulle skatter i Alterna. De tror at Squidbeak Splatoon er der av samme grunn som dem. Spilleren blir nødt til å utforske Alterna og finne igjen Cuttlefish, som hadde forsvunnet kort tid etter å ha rekruttert spilleren.