Gjersjøen får tilrenning fra Kolbotnvannet via Kantorbekken i nordøst, og langs E 18 fra sør kommer Vassflobekken. I sørøst kommer Dalsbekken fra Nærevannet via Midsjøvannet og Rullestadtjernet, samt Tussebekken fra Tussetjern og flere småtjern i Sørmarka. Gjersjøen har avrenning til Bunnefjorden gjennom Gjersjøelva som munner ut like sør for Hvervenbukta. Det er en del forskjellige arter fisk i innsjøen som abbor, gjedde, mort og flere karpearter som brasme, sørv og ørekyt. Gjørs er satt ut og det er også registrert ål og kreps i sjøen. På 1970-tallet ble det meldt observasjon av hork, men bekreftelse på dette er ukjent.