I 1968 møter Garrison en høytstående figur i Washington D.C. som identifiserer seg selv som "X". Han foreslår en sammensvergelse på de høyeste nivåer av amerikanske myndigheter, og impliserer medlemmer fra blant annet CIA og det militær-industrielle komplekset, Secret Service, FBI og Kennedys visepresident som enten med-konspiratorer eller for å ha motiver for å ha dekket over sannheten om attentatet. X forklarer at presidenten ble drept fordi han ønsket å trekke USA ut av Vietnam-krigen. X oppfordrer Garrison til å fortsette å grave. Noen av Garrisons ansatte begynner å tvile på hans motiver, er uenige i metodene hans, og forlater etterforskningen. I tillegg blir Garrisons ekteskap mer og mer anstrengt når hans kone Liz klager over at han bruker mer tid på saken, enn med hans egen familie.