Imens hadde Bonaparte fått rede på sakens fakta, og grunnlaget for anklagene ble raskt justert. I stedet for konspirasjonsteorien ble hertugen anklaget for å ha gjort væpnet motstand mot Frankrike i den siste delen av krigen og hatt til hensikt å ta del i den tredje koalisjonen. Generalene gikk raskt ut med en fordømmelse, etter ordre fra Anne Jean Marie René Savary som hadde fått oppdraget med å lede anklagersiden. Savary forhindet all kontakt mellom den anklagede og Napoleon. Hertugen ble skutt i slottets vollgrav, nær en grav som var klargjort for ham.