Malaysias rettssystem er sekulært og basert på den engelske rettsordningen med innslag av sedvanerett. Domstolene er formelt uavhengige, men det mangler åpenhet rundt dommerutnevnelser. Øst- og Vest-Malaysia har hver sin overrett. Over disse står en felles ankedomstol, så høyesterett. Det finnes en spesialdomstol som behandler saker anlagt av eller mot kongelige. Dødsstraff idømmes for alvorlige forbrytelser som overlagt drap, terror, narkotikasmugling og kidnapping. Det finnes også shariadomstoler, men disse er uavhengige fra de sivile domstolene. Shariadomstolenes jurisdiksjon er begrenset til muslimer i saker som arv, ekteskap, skilsmisse og frafall fra religionen. Homoseksualitet og transseksualitet er forbudt i Malaysia og kan straffes med fengsel inntil 20 år, bøter eller piskeslag av de sivile domstolene.