Benazir Bhutto var datter av den avsatte og henrettede statsministeren Zulfikar Ali Bhutto og parlamentsrepresentanten Begum Nusrat Bhutto som var etnisk kurder fra Kermanshah i Iran, datter av en kurdisk forretningsmann som flyttet til Pakistan i 1970-årene. Familien var sjiamuslimsk, men Benazir Bhutto presenterte seg etterhvert som sunni. Hun utdannet seg blant annet ved Radcliffe College og Harvard University i USA og ved University of Oxford i Storbritannia.