Han var sønn av sorenskriver og kanselliråd Andreas Bendeke og Amalia Margrethe Rosenkrantz, født Lerche. Han ble født mens faren var sorenskriver i Vang i Hedmark. Bendeke giftet seg i 1807 med Magdalene Cathrine Pihl (1787–1843), datter av presten og opplysningsmannen Abraham Pihl. Han tok artium i Helsingør i 1783, og ble cand.jur. i 1788.