Han ble gift 1713 med Maren Hansdatter Hammer (død 1729). Datter av Hans Larsson Hammer i Skien. De fikk sønnen Hans Christophersen Müller (født1716) som bosatte seg på Skeie i Klepp kommune. Christopher giftet seg for annen gang med Magdalena Cecilia Jonasdatter Schanche (født 1703, død 1748). Hun var datter av Jonas Teofiliusson Schanche, prest i Høyland, og søster til Gabriel Schanche, prost på Jæren. De fikk sønnen Niels Christophersen Müller 1733.