Nysa ble grunnlagt i 1223. Fra 1290 til 1810 var den residensby i Wrocław erkebispedømme. I 1342 ble den, sammen med hertugdømmet Nysa, underlagt Kongeriket Böhmen. Etter den første schlesiske krig ble den i 1742 tilhørende kongeriket Preussen, hvor den i 1815 ble en del av provinsen Schlesien og i 1919 en del av provinsen Øvre Schlesien. Byen ble i 1945 innlemmet i Polen.