Under Sydpol-ekspedisjonen med Amundsen var Johansen den som reddet Amundsen fra den store skandalen, ved å gi ham muligheten til å utføre sin bragd. Roald Amundsen etterlot flere av sine menn da de måtte vende tilbake til «Framheim» under første forsøk mot Sydpolen. Grunnen til retretten var at det viste seg at de dro ut for tidlig, og dette hadde Johansen advart mot, men Amundsen avviste ham. Hver mann måtte klare seg selv tilbake til leiren, og selv om alle overlevde fikk mange frostskader og mange måtte ligge i sengen i flere dager av utmattelse og sykdom. Johansen var den som kom sist tilbake til basen med Kristian Prestrud på slep og reddet dermed livet hans. På grunn av en krangel med Amundsen etter tilbakekomsten, ble Johansen utelatt fra gruppen som skulle dra til Sydpolen. I stedet ble Johansen sendt på en bi-ekspedisjon ledet av Prestrud som Johansen nettopp hadde reddet. Prestrud var dessuten både yngre enn Johansen og sto under ham på den militære rangstigen.