Kirkene er hugget direkte ut av klippene, og betegnes derfor som monolittbygninger. Grunnen er en rødlig, vulkansk masse med en mørkt grå basalt i bunnen. I tillegg til de 11 kirkebyggene finnes det flere huler, krypter og en sammenbindende labyrint av tunneler og ganger. Gjennom området renner den kunstige elva Yordannos.