Blinken arbeidet sammen med sin far i presidentkampanjen til Michael Dukakis i 1988. Han ble ansatt i Clinton-administrasjonen, der han arbeidet som taleskriver for presidenten og senere ved National Security Council. I denne perioden møtte han også sin kone Erin. De to ble viet av to vigselsmenn, en jødisk og en kristen. Under bryllupet takket han alle som hadde stemt på Bill Clinton, for «uten dem ville jeg aldri ha truffet Erin i Det hvite hus».