Bacon ble sammen med andre utnevnt for å undersøke anklagene mot Essex, hans tidligere venn og velgjører. En rekke av Essex' tilhengere bekjente at Essex hadde planlagt et opprør mot dronningen. Bacon ble senere en del av den juridiske team ledet av Attorney General Edward Coke ved Essex' forræderirettssak. Etter henrettelsen beordret Dronningen Bacon til å skrive den offisielle beretningen om rettssaken som senere ble utgitt som etter at Bacons første utkast ble sterkt redigert av Dronningen og hennes ministre.