Da Portugal etablerte kontakt med Kongo-riket i 1482 fikk São Tomé strategisk betydning. Portugiserne håpet å etablere en nybyggerkoloni som kunne produsere sukker, forsyne fortet São Jorge da Mina på Gullkysten med matvarer og ellers være en trygg havn for skip på veg til og fra India. Det siste ble det ikke noe av, siden øyene lå utenfor de viktigste skipsrutene. Etter at egnede avlinger var introdusert, kunne kolonien i 1510-årene forsyne São Jorge da Mina med matvarer.