Etter at Timur Lenk var død i 1405 oppsto det maktendringer blant de omliggende tyrkiske rikene. Kara Yusuf (Qara Yusuf), herskeren i Kara Koyunlu-riket underla seg området rundt dagens Armenia i 1410 og beseiret også flere andre oghuztyrkiske stammer i området. Alexios forsøkte å unngå strid ved å inngå ekteskapsallianser. En av hans døtre ble gift med Kara Yosufs sønn Jihan Shah rundt 1420, og Alexios gikk med på å betale ham samme tributt som han tidligere hadde betalt til Timur. En annen datter var muligens gift med Kara Yülük Osman, herskeren i det rivaliserende riket Ak Koyunlu eller hans sønn Ali bin Kara Yülük. Manuel allierte seg samtidig med kristne naboriker, og hans datter Maria ble I 1428 gift med den bysantinske keiser Johannes VIII Palaiologos.