Under 1580-tallet ble utdannelsens karakter endret. Årene 1583 til 1587 ble det ansatt seks protestantiske lærere ved skolen, blant annet i gresk og fysikk. Deriblant var Ericus Jacobi Skinnerus, Nicolaus Olai Bothniensis og den senere erkebiskopen Petrus Kenicius, som var professor og underviste i dialektikk.