Kirken slet under den nylig gjenoppståtte polske stat. Mariavitter ble generelt utskjelt. Kowalski og hans medprester ble ofte trukket for retten. Kowalski selv dukket opp i 20 saker. Blant anklagene var: blasfemi mot Gud, Bibelen, den katolske kirke og sakramentene, deretter svik mot landet, sosialisme, kommunisme, tyveri, svindel. Dette vedvarte i hele mellomkrigstiden.