Nasjonalistbevegelsen ble raskt splittet. Sommeren 1962 ble kløften stadig større mellom eksilregjeringens statsminister Benyousef Ben Khedda og visestatsminister Ahmed Ben Bella. Etter valget til Algeries første nasjonalforsamling i september 1962 ble Ben Bella godkjent som statsminister. I 1963 ble FLN den eneste politiske organisasjonen. Samme år ble Ben Bella valgt til president, men han ble avsatt i et ublodig kupp i juni 1965. Forsvarsministeren, oberst Houari Boumedienne, tok over, og nasjonalforsamlingen ble oppløst. I 1976 ble Boumedienne formelt utnevnt til president etter å ha blitt valgt som den eneste kandidaten. I desember 1978 døde Boumedienne, og hans etterfølgere ble utnevnt på FLN-kongressen i januar 1979. Det ble en kompromisskandidat, valgt etter sterkt påtrykk fra militæret, Benjedid Chadli. Han ble generalsekretær i partiet og valgt til president samme år. Under Boumedienne hadde Algerie framstått som et radikalt, sosialistisk land, men under Chadli slo man inn på en linje med større moderesjon og pragmatisme. Samme år som han ble valgt slapp han flere politiske fanger fri, blant dem den tidligere presidenten Ben Bella.