I 1601 fant beleiringen av Donegal sted under niårskrigen (1594–1603), hvor de irske jarlene Hugh O'Neill og Hugh Roe O'Donnell la motsetningene tilside og allierte seg mot England. Etter deres flukt fra nær Rathmullan i september 1607, ble festningen og dets landområder beslaglagt av den engelske kronen og gitt til en engelskmann, kaptein Basil Brooke, som en del av den protestatniske bosetningen i Ulster. Kaptein (senere opphøyd til ) Basil Brooke (forfader til vicomteene Brookeborough) ble bevilget festningen rundt 1611, og han fortsatte med å omforme det til et slott og la til en fløy til det i jakobeansk stil. Den nåværende planen for byen ble også lagt ut av Brooke, blant annet et attraktivt bytorg kjent som The Diamond. Torget ble brukt som markedsområde for varer og husdyr, komplett med «trick o the loop»-menn (underholdere gateartister) – ble holdt der frem til slutten av 1950-tallet.