En viktig bestanddel av Kustodiet er -skolene i Israel og de palestinske områder, og en hver i Jordan, Libanon og Kypros. Slike skoler finnes blant annet i Nasaret (college), Betlehem (college for gutter, middelskole for jenter), Jerusalem (High School for gutter, middelskole for jenter), Jeriko, Jaffa (atskilte gutte- og pikeskoler) og Ramleh. Disse skolene er åpne for elever fra alle religioner og samfunnslag; slik sitter det i enkelte skoler jøder, kristne og muslimer side ved side i klasserommene. Finansieringen sikres dels av Kustodiets midler, dels av gaver, dels av tilskudd fra stat eller kommune. Der disse midlene ikke strekker til er det nødvendig med skolepenger, selv om man da søker å frita de sosialt svakeste, såsom storparten av elevene i de palestinske områder.