Idet Snake, Heffner og Dr. Pettrovich beveger seg mot Zanzibarlands fengsel, blir Heffner drept av en missil skutt av Metal Gear D, og Dr. Pettrovich blir fanget av fienden enda en gang. Mannen som styrte Metal Gear D viser seg å være Gray Fox. Bestemt på å avslutte oppdraget, bekjemper Snake Zanzibarlands elitetropp og kommer frem til Dr. Marvs celle. Snake kommer dessverre frem for sent, og finner Dr. Marvs lik og OILIX-data. Holly forteller Snake at han døde etter å ha blitt torturert av Dr. Pettrovich. I tillegg finner han ut at Pettrovich meldte seg selv og sine tjenester frivillig til Zanzibarland for å avslutte arbeidet på Metal Gear-prosjektet som hevn etter å ha blitt avvist av det vitenskapelige fellesskapet etter hendelsene ved Outer Heaven i det første spillet. Når sannheten avsløres forsøker dr. Pettrovich angriper Snake, men dør i kampen.