Sabans trener i high school hadde selv gått på Indiana University og overtalte Lou til å søke seg inn der. Saban spilte for Indiana Hoosiers fra 1940 av. I 1941 spilte han quarterback. Han spilte også som linebacker og placekicker. Saban ble utnevnt til Associated Press All-Big Ten andrelag som quarterback i 1942. Han var lagkapten i 1942 og ble også utnevnt til lagets MVP. Saban var også en solid kulestøter og vant en Big Ten Conference-konkurranse på Illinois Institute of Technology i 1943 med et kast på 48 fot og 11 1/2 tommer.