Men da det kom til regjeringens kunnskap, at han og to av hans brødre, som også var prester i Oslo stift, samt et par andre av stiftets prester, hellet mot katolisismen, utgikk det befaling om at de skulle innstevnes til herredagen i Skien 2. august 1613. Her lyktes det biskop Niels Clausen Sinning i Oslo etter tre dagers forhør å bringe dem til bekjennelse, hvorpå de ble dømt til embetsfortapelse og til innen tre døgn å forlate kongens riker og land. Vendte de uten tillatelse tilbake, skulle de ha sitt liv forbrutt. Christoffer Hjort skal ha dødd i Danzig (Gdańsk) i 1616.