I sovjettiden ledet Nabiyev det tadsjikiske kommunistpartiet i årene 1982 til 1985. Etter at Tadsjikistan erklærte selvstendighet i 1991 ble han landets president en kort periode fra 23. september til 6. oktober 1991. Han vant så det første presidentvalget i landet. Nabiyev fikk 57 % av stemmene. Han ble ikke sittende lenger enn til 7. september 1992. Valget i 1991 førte til demonstrasjoner fra opposisjonen, som til slutt endte med utbrudd av borgerkrig i mai 1992. Emomali Rakhmon overtok da Nabiev ble tvunget til å gå av.