Da han begynte å spille amerikansk fotball som junior fant han umiddelbart suksess som running back, og løp 65 yards for en touchdown på hans første løp i high school. Han var ikke spesielt høy, kun , men farten og styrken hans gjorde ham til et av lagets beste spillere. John J. Jefferson High School ble integrert med naboskolen Columbia High School det året; Payton og lagkameratene var opprørt over at deres hovedtrener, Charles L. Boston, hadde blitt gjort til en assistent og Payton boikottet noen av treningsøktene om våren i protest, men var tilbake til høstsesongen. Han ble utvalgt til Mississippis All-State-lag, etter å ha ledet Columbia til et overraskende sesongresultat på 8–2. Hans prestasjoner hjalp i å lette det anspente forholdet til integrasjon i lokalområdet. Tommy Davis, Columbias trener for amerikansk fotball, sa at han alltid kunne stole på Payton når laget trengte å score. Paytons statistikker viste at han ikke overdrev: han scoret i hver eneste kamp han spilte i som junior og senior. Han ble utpekt til All-Conference-laget to år på rad. Payton ledet også Little Dixie Conference i scoring som senior, og ble valgt ut til delstatslaget. I tillegg til amerikansk fotball hadde Payton i snitt 18 poeng per kamp for Columbias basketballag, hoppet tre fjerdedeler av en tomme under 23 fot i lengdehopp, spilte baseball, og fortsatte å spille trommer i korpset.