Thutmose II er en av flere kandidater for farao i Andre Mosebok i Den hebraiske Bibelen (Det gamle testamente) som forteller om jødenes utferd fra Egypt, ledet av Moses. Alfred Edersheim har foreslått i sin bok om bibelhistorie at Thutmose II er best kvalifisert for å være farao i fortellingen om utferden fra Egypt (latin: Exodus). Det er basert på det faktum at denne farao hadde en kort, framgangsrikt styre og deretter fikk et brått sammenbrudd med ingen sønn til å etterfølge seg. Hans enke Hatshepsut etterfulgte ham som regent for Thutmose III (som faktisk var sønn og etterfølger av Thutmose II). Edersheim hevder at Thutmose IIs mumie er den eneste mumie av en farao som viser byller og cyster, muligens bevis på pest som i henhold til den bibelske fortelling spredte seg gjennom det egyptiske samfunnet.