I mars 2012 avslørte Goodell bevis om at spillere og trenere for New Orleans Saints hadde innført et dusørprogram hvor Saints' forsvarsspillere fikk bonuser for å slå spillere på motstanderlag ut av kampen. Daværende defensive coordinator Gregg Williams styrte programmet og opp mot 27 spillere var involvert. Senere samme måned delte Goodell ut noen av de strengeste straffene i NFLs historie. Han suspenderte Williams, som hadde forlatt laget for å bli St. Louis Rams' defensive coordinator, på ubestemt tid (straffen ble løftet før 2013-sesongen). Goodell suspenderte også hovedtrener Sean Payton gjennom hele 2012-sesongen, general manager Mickey Loomis i åtte kamper, og assisterende hovedtrener Joe Vitt i seks kamper. I tillegg fikk Saints en maksbot på $500 000 og måtte frasi seg draft picks i andre runde i 2012 og 2013. Goodell viste at han var svært misfornøyd med at de som var involvert i programmet hadde løyet under to separate etterforskninger utført av ligaen. Det bli ikke lagt ned sanksjoner mot noen av spillerne, og Goodell sa at han ikke kom til å straffe noen spillere før NFLPA hadde fullført sin egen etterforskning av situasjonen.