Under andre verdenskrig, den 4. oktober 1944, skulle de allierte bombe ubåtbunkeren Bruno på Laksevåg (se bombingen av Laksevåg). To flybomber slo ned i den søndre halvdelen av Holens skolebygning. Senere slo en bombe rett ned i kjelleren. Der oppholdt to gutteklasser seg og deres lærere. Tragedien endte med at vaktmesteren, to lærere, 67 av skolens 350 elever og mange fra det sivile luftvernet ble drept av bombingen. Et minnesmerke over disse er reist like ved skolen. På steinen står navnet på skolen, og teksten «Til minne om de som omkom på skolen 4. oktober 1944.» Etter dette ble elevene evakuert og spredt rundt omkring, både på andre byskoler og på landet.