Paeniu ble første gang innvalgt i Tuvalus nasjonalforsamling 1989, fra valgkretsen Nukulaelae, i et suppleringsvalg. Han utfordret sittende statsminister Tomasi Puapua og vant, og ble dermed landets yngste statsminister i en alder av 33 år. Etter valget i 1993 mistet han flertallet, og fortsatte som opposisjonsleder. Han fikk på nytt flertall ved valget 26. desember 1998, og ble statsminister for andre gang. 27. april 1999 fikk han et mistillitsvotum mot seg, utlyste nyvalg, og gikk av. Han forsatte å representere Nukulaelae i nasjonalforsamling til 2006, da han tapte valget.