I 1618 kastet rasende tsjekkiske, protestantiske adelsmenn guvernøren og en annen østerriksk adelsmann samt deres sekretær ut av et vindu på slottet, en begivenhet som innledet det böhmiske opprøret, som igjen skulle bli innledningen til tredveårskrigen. Gjennom denne ble slottet ødelagt og røvet ved flere anledninger. Blant annet ble mye av Rudolf IIs kunstsamling beslaglagt av den svenske hæren og sendt til Stockholm i 1648. Den siste større nybygging var ved dronning Maria Teresia på slutten av 1700-tallet.