Mellom 1981 og 1984 var Schmidt-Gertenbachs tilknyttet Stavanger Symfoniorkester i en nyopprettet stilling som «Andre kapellmester». Stillingen var ment å avlaste symfoniorkesterets daværende sjefdirigent Bjørn Woll, som på dette tidspunktet hadde ansvaret for både Stavanger Symfoniorkester og Radioorkesteret. Schmidt-Gertenbach var en populær dirigent i Stavanger, og både orkesteret og Schmidt-Gertenbach ønsket et lengre samarbeid. Men da treårskontrakten utgikk etter 1983-84-sesongen klarte ikke orkesterets styre og Schmidt-Gertenbach å bli enige om vilkårene i en fornyet kontrakt. Av høydepunktene i Schmidt-Gertenbachs periode med Stavanger Symfoniorkester hører Dvořáks fiolinkonsert i a-moll med den da 17 år gamle fiolinisten Frank Peter Zimmermann (1982), Mahlers (1982), som var første gang et verk av Mahler ble oppført i Stavanger, Beethovens , Orffs (1983) og Mahlers (1984).