Frederik VI døde den 3. desember 1839 på Amalienborg slott og ble gravlagt i Frederik Vs kapell i Roskilde domkirke. I ettertiden har han blitt kritisert for sin ofte uforståelige fastholdelse av alliansen med Napoleon, som førte til Danmark-Norges oppløsning, og som kunne ha medført opphevelse av Danmarks selvstendighet. Han ble etterfulgt av Christian VIII.