Han ble valgt til Folketinget fra Københavns vestre storkrets i 2001, etter å ha blitt nominert i Vesterbro krets og fått 517 personlige stemmer. Med en misforståelse hadde ikke Radikale Venstre benyttet sideordnet nominasjon, noe som førte til at 1. kandidat Lidegaard vant mandatet foran Charlotte Fischer, som fikk 955 personlige stemmer. I perioden 2005–2007 var Lidegaard valgt fra Roskilde amtskrets, etter å ha blitt nominert i Roskilde krets. I 2007 tapte han gjenvalg, idet Radikale Venstres mandat i amtkretsen gikk til Simon Emil Ammitzbøll. I Folketinget var Lidegaard blant annet partiets talsmann i miljøvern-, energi-, samferdsels- og matvarepolitiske saker.