Keiser Kammu gjorde den til sin hovedstad i 794, da han flyttet det keiserlige hoff dit fra Nagaoka-kyō i samme område, etter anbefaling fra sin rådgiver Wake no Kiyomaro. Den ble modellert etter det kinesiske Tang-dynastiets hovedstad Chang'an (det moderne Xi'an), og forble landets viktigste senter frem til 1185, da samuraiklanen Minamoto tok makten og etablerte Kamakurashogunatet. Perioden 794–1185 kalles Heianperioden i japansk historie.