Pinto da Costa fikk sin utdannelse i DDR, der avla doktorgrad i økonomi ved Humboldt-Universität zu Berlin. Han var politisk aktiv og ble i 1972 leder for Movimento pela Libertação de São Tomé e Príncipe (MLSTP), som kjempet for uavhengighet for São Tomé og Príncipe fra kolonimakten Portugal. Fra eksil ledet han São Tomé og Príncipe til uavhengighet og ble i 1975 landets første president. Under hans ledelse ble et autoritært ettpartistyre innført. Det ble lagt opp til en radikal sosialistisk politikk. Flerpartisystem ble innført i 1990 og MLSTP beholdt makten med Pinto da Costa som president til 1991, da han ikke stilte til valg som president.