Etter å ha returnert fra utenlandsreisen i 1816 giftet Eckersberg seg med Elisabeth Cathrine Julie Juel, kalt Julie, samme år, eldste datter av Jens Juel. De fikk seks barn; Emilie Jensine (1817), Hedevig Rosine (1819), Julie Wilhelmine (1820), Jens (1822), Elisabeth Frederike (1824) og Hendrik Julius (1826).