William gikk først til skole i Tullamore, men i april 1822 emigrerte han fra Irland da han hørte hva for en vanskelig situasjon den katolske kirke i De forente Stater befant seg i. Han hadde innhentet tillatelse fra biskop James Warren Doyle til utreisen, og ankom i Quebec i Canada. Etter sin ankomst ble han avvist av presteseminarene i både erkebispedømmet Quebec og erkebispedømmet Montreal grunnet hans lave alder, men han deiste da sørover og ble til slitt akseptert ved Mount St. Mary's College i Emmitsburg i Maryland. Mens han var ved Mount St. Mary's ble han professor i gresk og latin, og sakristan i 1823.