I 1997 ble Ferdinand kjøpt av Tottenham, klubben han holdt med som liten, for £6 millioner. Skader ødela store deler av den første sesongen i klubben, men mot slutten dannet han og Jürgen Klinsmann et spisspar, og de to reddet Tottenham fra nedrykk i Premier League. Ferdinand bidro til at Spurs vant Ligacupen i 1999, hvor de slo Leicester City 1-0 i finalen på Wembley. Skader forhindret ham likevel i hans tre første sesonger i London-klubben, og han scoret bare 12 mål i denne perioden.