I 760 f.Kr. ble kusjittene forvist fra Egypt av assyrerne, som hadde overlegne våpen av jern. Senere ble den administrative hovedstaden flyttet fra Napata til Meroë, og en ny nubisk kultur utviklet seg. I begynnelsen var kulturen i Meroë preget av den egyptiske, men begynte etter hvert å utvikle egne adskilte trekk. Nubia ble et senter for produksjon av jern, og framstilling av tekstiler. Egyptisk hieroglyfisk skrift ble erstattet av meroittisk skrift som var egyptisk i opprinnelsen, men fungerte alfabetisk på et helt annet vis. Løveguden Apedemak ble lagt til den egyptiske gudeverden. Handelsforbindelser med Rødehavet økte, og knyttet Nubia til Middelhavets Hellas. Dets arkitektur og kunst ble også mer særegen med bilder av løver, strutser, sjiraffer og elefanter. Til sist ble Nubias handelsforbindelser brutt ved framveksten av kongeriket Aksum i nordlige Etiopia, og fikk også en miljømessig forvitring ved nedhogst av trær grunnet jernproduksjonen. I 350 e.Kr. sørget kong Ezana av Aksum at Meroë til sist gikk til grunne.