Michalsen inngikk i Odilo Globocniks trofaste stab i Generalguvernementet og arbeidet i den sentrale staben ved gjennomføring av Aksjon Reinhardt. Sammen med Hermann Höfle var han særlig virksom under tømming av gettoene i Polen. Han fungerte som Globocniks adjutant og reiste etter arbeidet i det okkuperte Polen sammen med Globocnik til Trieste. Perioden august-oktober 1942 var den mest dødelige under holocaust da nær ble drept daglig i gjennomsnitt. Omkring 25 % av alle drapene under holocaust skjedde i løpet av disse 100 dagene.