Globalt er de fleste gastroenteritter blant barn forårsaket av rotavirus. I voksne dreier det særlig om norovirus og campylobacter. Mere sjeldne årsaker er andre bakterier (og deres toksiner). Smitte skjer ofte som følge av inntak av dårlig tilberedt mat eller kontaminert vann eller via tett kontakt med infiserte individer.