Deler av Kleinknechts musikalske arv regnes som tapt. Det finnes avskrift av stemmer blant annet i Bayerische Staatsbibliothek, Germanisches Nationalmuseum, Badische Landesbibliothek og Bayreuths byarkiv. Videre finnes det originaltrykk fra 1700- og tidlig 1800-tall av enkelte verk. Ca 60 fløytetrioer og -sonater ble trykt i Paris, London og Nürnberg, og fikk videre utbredelse. I andre tredel av 1900-tallet er det sporadisk blitt gitt ut nye opplag.