Republikken Makedonia meldte seg ut av Jugoslavia høsten 1991 noen måneder etter Slovenia og Kroatia. I Makedonia var det i utgangspunktet ønske om å bevare Jugoslavia i en eller annen form blant annet fordi områdets kompliserte historie og etniske forhold kunne ha fordel av å tilhøre en større stat. Bulgaria var det første landet som anerkjente Makedonia og det makedonske språket anses der som bulgarsk. Bulgaria ønsket med anerkjennelsen å hindre at Makedonia ble delt mellom Serbia og Hellas slik det gikk rykter om. Republikken Makedonia kom ut av Jugoslavias oppløsning på en fredelig måte, uten å være innblandet i jugoslaviakrigene som involverte de andre utbryterrepublikkene Slovenia, Kroatia og ikke minst Bosnia-Hercegovina. Sanksjonene mot Jugoslavia og flyktningstrømmene var en belastning på Makedonias økonomi. Makedonias BNP var på det laveste i 1995. I 1998 var landets BNP på 71 % av nivået i 1989. Til sammenligning hadde Serbia og Montenegros BNP falt til 50 % av nivået i 1989, mens Slovenias BNP i 1998 var tilbake på samme nivå som 1989.