Storbritannia aksepterte i juni 1964 forslag for demokratisk selvstyre i Botswana. Regjeringssetet ble flyttet fra Mafeking i Sør-Afrika til nylig etablerte Gaborone i 1965. Grunnloven av 1965 førte til det første valget og til uavhengighet 30. september 1966. Seretse Khama, en leder i uavhengighetsbevegelsen og som hadde legitimt krav på høvdingskapet til Ngwato, ble valgt til den første president, gjenvalgt to ganger og døde i embetet i 1980.