Han begynte på skrivearbeidet rundt 1552. Det skulle ta ham 27 år og tre større revisjoner å få ferdigstilt første utkast. Li Shizhen konsulterte totalt 993 referanser, blant dem 41 eldre kompendier og 361 andre medisinske verker. Hans kompendier beskrev i detalj totalt 1 892 kinesiske medisiner (1 094 planter, pluss dyr, mineraler og annet) og 11 096 resepter.