Etter dannelsen beholdt kjernen stort sett varmen som ble akkumulert under akkresjonen og differensieringen – den ble bare sluppet sakte ut i ismantelen som et slags varmebatteri. Mantelen transporterte varmen til overflaten ved konveksjon. Snart begynte radioaktive grunnstoffer i kjernen å varme opp kjernen ytterligere og førte til en økt differensiering; det ble dannet en indre jern–jernsulfid-kjerne og en silikatmantel. Med dette ble Ganymedes et fulldifferensiert legeme. Til sammenligning forårsaket den radioaktive oppvarmingen av den udifferensierte Callisto en konveksjon i det isete indre av månen, som effektivt kjølte den ned og forhindret en storstilt smelting av isen og en rask differensiering. De konvektive bevegelsene i Callisto har bare delvis skilt bergarter og is fra hverandre. I dag fortsetter Ganymedes å avkjøles sakte; varmen fra kjernen og silikatmantelene gjør det mulig for det underjordiske havet å eksistere, mens den sakte avkjølingen av det flytende –-kjernen forårsaker konveksjon og støtter genereringen av et magnetfelt. Den nåværende varmefluksen ut av Ganymedes er sannsynligvis høyere enn den ut av Callisto.