Håkon ble gravlagt for vinteren i St. Magnuskatedralen i Kirkwall. Da våren kom, ble kroppen hans ført tilbake til Norge, og han ble gravlagt i Kristkirken på Holmen i Bergen. Denne kirken ble revet i 1531. Stedet der den sto, på det som i dag er Bergenhus festning, er i dag markert med en minnestein.