Den flyter så etter hvert sørøstover gjennom denne stat og gjennom Sør-Dakota der blant annet Cheyenne River tilfører nye vannmengder fra området rundt Black Hills. Elven fortsetter langs nordre del av det nordlige og østlige Nebraska. Den betydelige venstre sideelven James River tømmer seg i Missouri i dette avsnittet. Elven danner litt lenger nede og danner deretter den naturlige grense mellom South Dakota og Iowa.