Arbeidet med B-reaktoren, som var den første av seks planlagte reaktorer på 250 MW, ble startet opp 10. oktober 1943. Reaktorene fikk bokstaver fra A–F, hvor B, D og F var de som skulle bygges først da det da ble størst avstand mellom reaktorene. De ble de eneste som ble bygget i forbindelse med Manhattanprosjektet. Rundt 390 tonn stål,  m³ betong,  betongblokker og  betongmurstein gikk med til byggingen av den 36 m høye bygningen. Byggingen av selve reaktoren begynte i februar 1944. Under oppsyn av Compton, Matthias, DuPonts Crawford Greenwalt, Leona Woods og Fermi, som forøvrig satte inn den første staven, ble reaktoren startet 13. september 1944. I løpet av de neste dagene ble 838 uranstaver ført inn og reaktoren ble kritisk. Kort tid etter midnatt 27. september begynte operatørene å fjerne kontrollstavene for å innlede produksjonen. I starten fungerte tilsynelatende alt slik det skulle, men rundt klokka tre begynte effekten å falle, og klokken halv syv på morgenen hadde reaktoren gått i stå. Kjølevannet ble undersøkt for å se om den var lekk eller om der fantes forurensing. Neste dag ble reaktoren startet opp igjen, bare for å igjen gå i stå.