Muskötunnelen var Sveriges lengste tunnel da den ble åpnet, og også Nordens lengste veitunnel i noen måneder fram til Røldalstunnelen i Norge ble åpnet. (På det tidspunktet fantes det lengre jernbanetunneler i Norge, men ikke i Sverige.) Da tunnelen var ny hadde man store problemer med vannlekkasjer. På det meste lekket 28 000 liter vann i timen inn i tunnelen, men ved hjelp av diverse tetningsmetoder er lekkasjen redusert til liter i timen i dag. Forsvaret har redusert sin aktivitet på Muskö, og tunnelen er derfor mindre viktig for forsvaret i dag enn den var tidligere.