Nissum Bredning er en del av Natura 2000-område 28: , og er både fuglebeskyttelsesområde, habitatområde og ramsarområde. Både Harboøre Tange og Agger Tange ble fredet i 1984 – et område på i alt 2 400 hektar. Et 200 hektar stort område øst for Harboøre, Sønderholme Enge og Plet Enge, ble fredet i 1984 for å beskytte en rekke planter. Ved Gjeller Odde er 90 hektar mellom lagunen Gjeller Sø og fjorden fredet. Ved Toftum Bjerge er 49 hektar fredet ved Åmølle og Gejlgård Bakke.