Sophie Amalie anses å ha hatt en del innflytelse over politikken i både ektefellens og sønnens regjeringstid. Hun skal ha støttet krigen mot Sverige i 1657 og samlet tilhengere ved å dele ut belønninger. Hun er kjent for sine konflikter med Corfitz Ulfeldt og Leonora Christina Ulfeldt og for å ha fått Leonora Christina innesperret i Blåtårn. Leonora Christina slapp ikke ut av fangenskapet før etter Sophie Amalies død.