På samme tid blomstret mayakulturen i det sørlige Mesoamerika, på Yucatán-halvøya, i Chiapas, samt i Guatemala, Belize og deler av Honduras og El Salvador. Denne kulturen oppsto før Kristi fødsel, og den første store blomstringen skjedde fra 500-tallet. På 800-tallet viste imidlertid mayakulturen tegn til forfall, og mange av byene ble forlatt rundt år 900. Samtidig opplevde Yucatán-halvøya en toltekisk invasjon fra sentrale Mexico. I deler av området fortsatte kulturen imidlertid å blomstre helt fram til ca. 1540.