Den midtre delen av spillet har tre forskjellige stier. Man kan velge mellom action, lag (Sophia blir med) og tenking. Action inneholder flere slåsskamper, lag inneholder problemer som blir løst ved at man samarbeider og tenking inneholder flere problemer man må tenke ut løsningen på. Når man kommer til Atlantis møtes alle tre stiene og Indy møter også Sophia hvis han valgte å dra alene. Atlantis blir funnet i Egeerhavet (som forventet). Byen er i ruiner, men den har en utenomjordisk stil.