Etter å ha tilbragt rundt tre måneder i Tower ble Garnet lørdag den 3. mai 1606 fastbundet på en treramme og slept på denne med hjelp av tre hester fra Tower til kirkegården ved den vestre delen av Sankt Paulskatedralen (Old St. Paul). Han bar en svart kappe over sine klær og en hatt og hadde på ferden for det meste foldede hender og lukkede øyne. De som var på kirkegården var sheriffen av London, Henry Montagu, 1. earl av Manchester, George Abbot og John Overall.