I tillegg til å være en musikkspiller er iPod Classic også en masselagringsenhet, det vil si at filsystemet er tilgjengelig for datamaskinen man kobler den til. Dermed kan filer flyttes til og fra uten spesiell programvare. For at iPod-en skal finne filene og spille dem, må filene være oppført i en databasefil. Filene lagres da i mapper som er skjulte (synlige på Linux) og med navn som foruten endelsen består av 4 tilfeldige små bokstaver (a-z), for eksempel . Metadata som typisk ligger i filene, som artist, tittel, album og sporlister blir ikke borte, og kan brukes til å gjenskape gjenkjennelige filnavn når man skal hente filene tilbake igjen. Filene kan også aksesseres gjennom iTunes.