Benedicte Scheel var datter av kommandanten på Oscarsborg festning og senere tollkasserer i Fredrikstad oberstløytnant Henrik Sigvard Scheel (1806–1891) og Karen Rosenberg Vogt (1819–1855). Moren var datter av juristen og embetsmannen Jørgen Herman Vogt som blant annet var Norges "statsminister" fra november 1827 til juli 1828. Moren døde i 1855 i Kristiania, og tapet av moren preget naturlig nok Benedictes oppvekst. Faren giftet seg på nytt i 1860 med morens sju år yngre søster Marie Louise Vogt.