Emser ble snart den mest utrettelige skribenten blant de tidligere motstandere av reformasjonen. Da han hørte at det var folk i Böhmen som hyllet Luther som en "annen Hus", skrev han til Johannes Zack ved erkebispedømmet Prag at bøhmerne burde endre sin holdning til paven og holde fast på at hans primat var nødvendig for å forhindre splittelse. Emser kom også med en forklaring av pavens primat på grunnlag av Bibelen.