I høymiddelalderen fristet Bingen en vanskelig tilværelse som len under Erkebispedømmet Mainz, og led hardt under bondeopprøret i 1525. I første halvdel av 1300-tallet ble «musetårnet» (Binger Mäuseturm) reist som befestet tollkontor på en liten øy ute i Rhinen. Her ble ifølge sagnet Mainz-biskopen Hatto I drept ved at han under en hungersnød på 900-tallet ble spist opp av mus, derav tårnets navn.