Fra 1512 kom det portugisiske, nederlandske og britiske handelsmenn til Indonesia. I 1602 ble Det nederlandske ostindiske kompani etablert og var den dominerende europeiske makt i Indonesia til de gikk konkurs i 1799. Nederland opprettet da Nederlandsk India som en koloni. I starten kontrollerte nederlenderne kun mindre deler av dagens Indonesia og var i stadige kriger med lokale herskere. Spesielt krigen mot Aceh-sultanatet var langvarig (1873–1904) og medførte store tap for begge sider; først da fikk Nederland noenlunde kontroll over området som i dag er Indonesia.