I 888 var flåten gjenoppbygd, og da beordret Ibrahim II et stort tokt mot Calabriakysten. Den bysantinske flåte ble sendt avsted av keiser Leo VI for å konfrontere den, men den ble ødelagt av aghlabidene i slaget ved Milazzo i september 888. De interne spenninger på Sicilia forhindret imidlertid aghlabidene fra å utnytte deres gjenvunne styrke til sjøs. I mars 890 gjenopptok de panormitanske arabiske adelsmenn sitt opprør. Berberne i Agrigento erklærte troskap til Ibrahim II og tok til våpen mot araberne, og snart herjet borgerkrig på øya. I 892 sendte Ibrahim en ny guvernør, Muhammad ibn Fadhl, i spissen for en stor aghlabidehær, og han klarte å innta Palermo og for en kort tid reetablere myndigheten der. Men så vendte kaoset tilbake igjen.