I tillegg til dette tapet var det et problem til. Magellan hadde tidlig på ferden oppdaget at han hadde fått med seg mindre forsyninger enn han hadde bestilt og fått registrert som losset ombord. Han var blitt lurt i Spania. Likevel valgte han å fortsette. 28. november 1520 la han avsted med 200 mann for å krysse Stillehavet. Han regnet med å krysse Stillehavet på noen uker, og satset på at det skulle gå med de begrensede matrasjonene. Men reisen over Stillehavet skulle ta over 100 dager, og mannskapet hadde etter hvert verken mat eller ferskvann igjen. Antonio Pigafetta var en av deltagerne på ekspedisjonen, en italiensk rikmann og eventyrer som betalte for å få bli med. I sin dagbok skriver han at de måtte spise skipskavring som var smuldret opp til mel og var full av mark. Rotter ble så ettertraktet at fangede dyr kunne selges til en halv gull-dukat. De måtte også ty til sagflis og lærbiter bløtt opp i vann. Mange fikk skjørbuk og døde. Før man oppdaget sammenhengen mellom skjørbuk og mangelen på tilgang på frukt og grønnsaker var sykdommen utbredt om bord på langveisfarende skuter.