Yoshi lever sammen i harmoni på Yoshi's Island, og er i stand til å opprettholde en evig tilstand av glede gjennom de frukt-bærende Super Happy Tree. Baby Bowser blir imidlertid misunnelig på all denne lykken og forvandler hele øya. I tillegg stjeler han også Super Happy Tree, noe som svekker Yoshi og de blir deprimerte. Bowser lykkes med sin onde gjerning, men seks Yoshi-egg klarte likevel å overleve og klekkes. Forvirret over den dystre tilstanden i deres verden, forstår de nye baby Yoshiène at noe var alvorlig galt. Baby Yoshu forsøker derfor å få tak i Super Happy Tree igjen, og gjenopprette lykke på øya. På vei til Baby Bowser og hans slott, må Yoshi komme seg gjennom seks forskjellige områder på øya. Hvert område består av fire kurs hver, og de må til slutt møte Baby Bowser i ett siste oppgjør.