Etter at Antonín Novotný ble avsatt og med dette innledet Prahavåren, ble Svoboda 30. mars 1968 valgt til ny president etter anbefaling fra førstesekretæren i kommunistpartiet Alexander Dubček. Han var en akseptabel kandidat både for tsjekkerne og slovakene, og nøt stor folkelig popularitet, både som krigshelt og som offer for Stalins utrenskninger. Som president godtok Svoboda de reformer som Dubček drev igjennom under Prahavåren.