Brønnøysund er oppkalt etter øya Brønnøy, uttalt [brønn'øye] og [bryŋŋ'øya]. Navneformen er nedtegnet 1334, av gammelnorsk som betyr «oppkomme», «kilde». Navnet sikter til at sjøfarende kunne finne drikkevann på disse øyene. Det var altså opprinnelig navn på øya, hvor gården og kirkestedet Brønnøy senere ble lagt. Navneformene og har blitt brukt uavbrutt fra formannskapslovens ikrafttreden i 1838 og fram til i dag. I en fortegnelse fra 1808 brukte postverket navnet . Det var endret til i portofortegnelsen fra 1889, og den 15. desember 1908.