Franco og hennes stiftelse har regelmessig blitt utsatt for kritikk. Den har gjerne fremstilt militærkuppet under den spanske borgerkrig som «bevæpnet borgerkrig» og «legitim nasjonal folkereisning». Den fikk ikke desto mindre statstilskudd under regjeringen José María Aznar frem til 2004 av det spanske departement for utdannelse, kultur og sport, med begrunnelsen at stiftelsen ikke var kommersiell og arkiverte Francos private dokumenter. Opposisjonen var uenig i dette.