Etter at han kommer tilbake til jordkloden, bruker Optimus energien fra sin "Matrix of Leadership" for å gjenopplive Sentinel Prime fra koma. I mellomtiden blir Sam Witwicky mer og mer frustrert over at han ikke klarer å jobbe videre med Autobots, eller finne seg en annen jobb. Han blir også misunnelig på det nære forholdet mellom hans nye kjæreste, Carly Spencer, og hennes sjef Dylan Gould. Sam får informasjon av en eksentrisk medarbeider Jerry Wang om Arken, før Jerry blir myrdet av en Decepticon Laserbeak.