Prien steg jevnt i rang fra Fähnrich zur See i 1933 til Oberfähnrich zur See i 1935 Leutnant zur See også i 1935 da Oberleutnant zur See (løytnant) i 1937. Han ble utnevnt til kommandere den nye Type VIIB U-47 på hennes jomfrutur (17. desember 1938) og forfremmet til Kapitänleutnant 1. februar 1939. Prien giftet seg med sin forlovede Ingeborg i 1939.