I investiturstriden mellom kirken og de verdslige makthavere forsvarte han kirken. Da den voldelige og verdslig sinnede aristokrat Manasses I de Gourney som ikke hadde noe åpenbart religiøst kall ble erkebiskop av Reims, måtte Bruno flykte unna ham og forlate Reims. Etter Manasses ble avsatt i 1080, vendte ikke Bruno tilbake til Reims, men inntrådte som benediktiner i abbediet Molesme.