Cardoso overtok presidentposten den 1. januar 1995. I hans presidentperiode ble også grunnloven endret slik at presidenten kan stille til gjenvalg for en ny periode. Cardoso vant valget i 1998 og var dermed president frem til utgangen av 2002. Hans presidentperioder fortsatte en politikk som bygget på . Dette innebar blant annet en nedbygging av tollbarrierer, innmelding i frihandelssamarbeidet Mercosul samt at det ikke var tillatt med budsjettunderskudd. Han privatiserte også en del statlige selskap. Cardoso gjorde imidlertid ikke noe markert med korrupsjonen samt de regionale og sosiale ulikhetene som er så fremtredende i Brasil.