Han var trolig den mest forhatte kollaboratøren og betraktet som en forræder i de siste årene av det filippinske dynastiet, spesielt etter opprørene fra 1637. Om morgenen den 1. desember 1640 startet en gruppe portugisiske adelsmenn som ønsket å gjenopprette full uavhengighet en revolusjon, umiddelbart støttet av folket i Lisboa. Etter å ha kommet inn i palasset søkte de etter Vasconcelos, men så ingen tegn til ham. De fant han til slutt gjemt i et skap med en pistol. Han ble skutt og drept, og liket ble deretter kastet ut av et vindu.