I 1944 ble ARRs første diesellokomotiver kjøpt inn. Det var to nye universallokomotiver av typen Alco RS-1. Etter andre verdenskrig fikk Alaska Railroad en bevilgning på 100 millioner dollar for rehabilitering og reparasjoner etter intens bruk og lite vedlikehold i krigsårene. Overgangen fra damp til diesel akselererte etter krigen, og den økte trekkraften diesellokomotivene representerte gjorde at vendesløyfene i kunne fjernes ved å øke stigningen på sporet fra 2,2% til 3%. Omleggingen kostet 1 million dollar og ble utført i 1951. I 1953 førte økt konkurranse fra veitrafikk til at passasjertrafikken på strekningen Anchorage - Seward ble lagt ned. I 1962 ble ferger og lektere som frakter jernbanevogner satt inn i rute til Whittier for første gang. Den 27. mars 1964 ble det sørlige Alaska rystet av et svært kraftig jordskjelv. Skjelvet hadde en styrke på 9,2 M, og forårsaket omfattende ødeleggelser på skinnegang og annen infrastruktur. Skadene jernbanen ble påført beløp seg til anslagsvis 30 millioner dollar ifølge ARR. Godstrafikken mellom Anchorage og Fairbanks kom igang igjen 6. april, mens passasjertogene begynte å gå igjen 11. april. Godstrafikken til Whittier kom ikke igang igjen før 20. april.