På slutten av den tyske okkupasjonen 1944 flyktet mange kunstnere til Sverige eller Finland, og derfra ofte videre til Kontinentet eller Amerika. Noen få vendte også tilbake under ulike tøvær, og Pallas kunstakademi drev uavbrutt undervisning andre verdenskrig. Men etter krigen ble det avløst av Estiske SSR Tartu kunstinstitutt, og etter få år ble Pallas-instituttet oppløst.