Som nuntius i El Salvador var Emanuele Gerada i fokus for biskop Óscar Romeros første konfrontasjon med det offisielle kirkeledelse. Han hadde gått inn for at biskop Romero skulle bli elevert til leder av erkebispesømmet San Salvador men Gerada skulle senere komme med innvendinger da erkebiskop Romero kanselleerte mange søndagsmesser etter at statsmakten fikk sine folk til å myrde jesuittpateren Rutilio Grande i 1977.