Frekvensanalyse brukes i hovedsak mot substitusjonschiffer, det vil si tekst hvor man har byttet ut en bokstav med en annen. Metoden baserer seg på at det innenfor et språk er en ujevn fordeling mellom de forskjellige bokstavene, slik at noen bokstaver opptrer svært hyppig, mens andre opptrer sjeldnere. I norsk og engelsk er den vanligste bokstaven. Det gjør at man kan anta at det tegnet som gjentas oftest, representerer .