Garang ble meldt død av FN den 1. august 2005 etter at hans helikopter dagen før hadde havarert på vei tilbake fra nabolandet Uganda. Meldingen om dødsfallet utløste gateopptøyer som kostet omkring 100 mennesker livet i Khartoum; mange nektet å tro at hans død skyldtes en ulykke. Han ble begravet fra den katolske domkirken i Juba i Sør-Sudan den 6. august.