Otto III ble kronet til konge 1. juledag 983, tre uker etter farens død. Han ble kronet av Willigis, erkebiskop av Mainz, og av Johannes, erkebiskop av Ravenna. Nyheten om Otto IIs død nådde Tyskland først kort tid etter sønnens kroning. De uløste problemer i det sørlige Italia og den store slaviske oppstanden ved imperiets østgrense gjorde den politiske situasjonen svært ustabil. Med en mindreårig konge hersket full forvirring i imperiet og moren Theophania måtte innta rollen som regent for sin unge sønn.