Mr. Peabody er en begavet antropomorfisk hund som bor i New York City. Han oppdrar sin adopterte menneskesønn, 7 år gamle Sherman, og veileder ham gjennom historien ved hjelp av WABAC, en tidsmaskin. De besøker blant annet Marie Antoinette i Versailles under den franske revolusjonen i 1789. Når de blir tatt til fange blir Peabody nesten sendt til en guillotin for å bli henrettet av Maximilien Robespierre, men han unnslipper så vidt sammen med Sherman gjennom en kloakk i Paris. En dag går Sherman til skolen for hans aller første skoledag. Han havner i en slåsskamp med en jente i klassen som heter Penny Peterson. Peabody blir deretter sendt til rektor Purdy, ettersom Sherman bet Penny i selvforsvar. Han blir også konfrontert av Grunion fra barnevernet, som mistenker at Shermans oppførsel kommer fordi han blir oppdratt av en hund.