Etter å ha studert katolsk teologi og filosofi i Kaunas, ble Kondrusiewicz ordinert til prest der den 31. mai 1981. Fra 1981 til 1986 var han kapellan i St. Teresia-kirken og i kapellet til Vår Frue av barmhjertigheten i Vilnius. I 1985 fikk han sitt lisensiat i teologi.