Han var hovedsakelig militærlege. Etter å ha jobbet som assistent under Robert Koch fikk Behring tittelen professor i 1893 og ble kort tid etter utnevnt til professor i hygiene i Halle. Han ble deretter professor for hygienelære på det medisinske fakultet ved Universitetet i Marburg. I denne stillingen arbeidet han resten av sitt yrkesliv.