Colmar ble grunnlagt på 800-tallet. Det var her Karl den Fete holdt en riksdag i 884. Colmar fikk status som fri keiserby i Det hellige tysk-romerske riket i 1226. Under trettiårskrigen ble byen tatt av den svenske hæren i 1632, som holdt byen i to år. Byen ble erobret av Frankrike under Louis XIV i 1697.