Kort tid etter at Surtsey hadde blitt dannet ble det observert sel i området rundt øya. Den begynte etter kort tid å dra opp på svabergene, spesielt på den nordlige landtungen, som vokste ettersom bølgene eroderte øya. Det ble observert forplantning blant seler på øya i 1983, og en gruppe på opp mot 70 seler gjorde øya til sin parringsplass. Gråsel er mer vanlig på øya enn steinkobbe, men begge har etablert seg på øya. Sel tiltrekker seg også spekkhuggere, som ofte er å se i farvannet rundt Vestmannaeyjar-øygruppen, og nå også ofte i farvannet rundt Surtsey.