Skyene er i stand til å produsere lyn liksom skyene på jorden. Etter at Venera-sondene oppdaget tordenlignende skrall, ble det ført diskusjoner om disse skyldes tordenvær med tilhørende lyn. I 2006–07 oppdaget Venus Express elektromagnetiske elektronbølger, kjennetegnet på lyn. Fenomenet oppstår med ujevne mellomrom, og er typisk for væraktivitet. Lynutladninger skjer minst halvparten så hyppig som på jorden. I 2007 oppdaget Venus Express-sonden at en stor dobbel atmosfærisk virvel finnes ved planetens sydpol.