På 1500- og 1600-tallet minket villreinflokkene sterkt som følge av økt handel og skattlegging av samene, samtidig som fangst- og jaktmetodene ble mer effektive. Samtidig økte tamreinflokkene, som måtte flyttes rundt på beite etter mønster av villreinens vandringer. Ifølge Knut H. Røed med flere var i denne epoken at samene ble reindriftsnomader. Mye av den genetiske variasjonen fra villreinen forsvant og ble erstattet av nye slik at den nye tamreinen ble ulik den tidligere villreinen i Finnmark. Dette skjedde trolig ved innførsel av en fremmed bestand tamrein til Finnmark blant annet fra Russland og Karelen.