Etterhvert som ledende tyske politikere sluttet seg til en radikal langsiktig politikk for Polen ble Heydrichs og Himmlers posisjon overfor Wehrmacht styrket. Wehrmacht fortsatte å insistere på sin myndighet, men i praksis hadde SS og politiet fått overtaket i slutten av september 1939. General Walther von Brauchitsch var enig i befolkningsforflytning i stor skala (). Dette innebar at for hver tyskere som flyttet inn skulle to polakker fordrives. For jødene var det skissert et opplegg med ghettoer. General Wilhelm List hadde 22. september tvunget Einsatzgruppe z.b.V. til å trekke seg tilbake; ti dager senere hadde han snudd og sørget for at hans menn ikke kritiserte SS og politiet, og snakket pent om Einsatzgruppenes suksess.