Runnö var lenge bebodd og hadde sitt største befolkningsantall i 1885 da 90 personer bodde på øya. Levebrødet til øyas befolkning har vært en kombinasjon av fiske, jordbruk og husdyrhold. I 1931 fikk Runnö telefonforbindelse og i 1954 strømforsyning. På øya finnes to små nabobyer: Norrgården og Sörgården som ikke inngår i naturreservatet. For tiden er Runnö først og fremst bebodd om sommeren, men det drives også fiske fra øya i deler av året.