Maalouf ble født i en kristen arabisk familie som det andre av fire barn. Hans foreldre stammet fra fjellandsbyen Ain el Kabou. Maalouf gikk på en franskspråklig jesuittskole, og studerte sosiologi ved Université Saint-Joseph i Beirut. Han arbeidet som direktør for avisen i Beirut frem til utbruddet av borgerkrigen i 1975, da han kom til Paris som flyktning.