Bare Chile motsatte seg konføderasjonen. Fra Chile ble det derfor sendt to ekspedisjoner for å gjenopprette den tidligere tilstanden. Men den første såkalte ekspedisjonen mislyktes og måtte kapitulere. Den andre ekspedisjonen steg i land i Ancon og klarte siden å okkupere Lima. Ekspedisjonen fikk en fiendtlig mottakelse av befolkningen og trakk seg da tilbake til Callejón de Huaylas. Marskalk Santa Cruz forsøkte å bekjempe de fiendtlige troppene, men ble beseiret i slaget ved Yungay den 20. januar 1839 og ble tvunget til å flykte fra landet. Føderasjonen mellom landene Peru og Bolivia hadde dermed endt, og den ble til slutt oppløst den 25 august 1839.