HMS «Exeter» var deretter en del av den allierte styrken som forsøkte å forsvare Nederlandsk India mot en japansk invasjon. Hun deltok i slaget om Javasjøen med «Admiral Doormans skvadron» hvor hun ble truffet i et kjelerom og beordret å trekke seg tilbake. Under forsøket på å nå land ble hun avskåret av de japanske krysserne «Nachi» og «Haguro», og ble hardt skadet av kanonild og en torpedo fra jageren «Ikazuchi». Hun sank 1. mars 1942.