I 2007 mottok Morten Berner Bokkunstprisen for sin mangeårige innsats for å styrke fagene grafisk design og illustrasjon og for å fremme utgivelser av kvalitetsbøker. Han var også mottager av Tegnerforbundets hederspris for arbeidet med innkjøpsordningen for originalillustrasjoner, og Ord & Bildes hederspris for sitt arbeid med forståelsen av sammenhengen mellom ord og bilder i litteraturen.