Som antropolog foretok han feltarbeid blant indianerfolket av ottawagruppen. Skjønt hans ekspertise særlig var indianerne i Sør-Amerika, gjorde han aldri feltarbeid der; det ble istedet desto mer forskning på indianerstammer som talte algonkinske språk, med mange reiser til Great Plains og nordøstre Canada. Dette avfødte et stort antall artikler om algonkinsk kultur, skikk, og religion. Cooper utviklet en teori om at de søramerikanske og de nordamerikanske indianere var «marginale folk» som bar på kulturelle trekk fra prehistorisk tid som var blitt presset til migrasjoner til mindre attråverdige leveområder. Han publiserte denne teoring første gang i bokdorm i 1941: .