Etter at han forlot universitetet, grunnla Sakaguchi Square Co., Ltd. (nå kjent som Square Enix) sammen med Masafumi Miyamoto i september 1983. Selskapet var en nystartet avdeling av Denyūsha Electric Company. Han fikk deretter jobben som direktør for planlegging og utvikling. De første spillene Square ga ut var ingen suksess. Sakaguchi bestemte seg derfor å lage et siste spill før han trakk seg fra bransjen. Han kalte det derfor . Spillet ble utgitt i Japan for Famicom (kjent internasjonalt som Nintendo Entertainment System) 18. desember 1987. Spillet ble en stor suksess og han bestemte seg for å bli i Square. Han fortsatte å lage oppfølgere og etter i 1991 for Super Famicom (Super Nintendo Entertainment System) fikk han jobben som executive visepresident. Etter (2. april 1994) hadde han mindre direkte innflytelse på spillene i serien. Året etter ble han president i datterselskapet Square USA, Inc. Han jobbet deretter som produksjonsleder for serien så vel som andre spill fra Square, som , og .