I 1928 ble Det pavelige Collegium Russicum grunnlagt av pave Pius XI. Dette prosjektet tiltalte D'Herbigny, ettersom hans gamle drøm fra 1911 nå ble virkeliggjort i Roma. Men tidene hadde forandret seg. D'Herbigny begikk også indiskresjoner, og hans mislykkede prosjekter i Russland begynte å bli kjent. I 1931 fratrådte han som rektor for Det pavelige orientalske institutt, og dro i 1933, offisielt av helsegrunner, tilbake til Belgia. Hen han vendte aldri mer tilbake til Roma. I 1934 forlot han kommisjonen , sannsynligvis som følge av at hans forsøk på å gjenopprette et hierarki i Sovjetunionen hadde slått feil.