Etableringen i 1926 var etter initiativ fra ildsjeler i Stavanger Rederiforening, Stavanger Søemandsforening og Stavanger Museum. I 1979 ble Stavanger Sjøfartsmuseum slått sammen med Stavanger Museum, og ble fra 1. juli 2010 en avdeling ved MUST – Museum Stavanger AS ved sammenslåingen av Stavanger Museum og Rogaland Kunstmuseum.