I løpet av sine mange år i Japan var pater Faurie istand til å reise meget, og samlet inn plantespecimener fra Hokkaido, Kurilene, Karafuto (det sørlige Sakhalin), det nordlige og sentrale Honshu og fra Kyushu, og dessuten kunne han besøke øya Amami-Ôshima nord på Ryukyuøyene og den søndre del av Korea. På Formosa kunne han utforske plantelivet på øyas østkyst. Hans samling oppgikk etterhvert til flere hundretusener herbariespecimen. Storparten av samlingen havnet i Paris, med duplikater i herbariet i Kyotouniversitetet, Kew, British Museum og andre steder.