Spilleren tar på seg rollen som Zagreus, prinsen av underverdenen, som forsøker å komme seg ut og vekk fra faren sin: Hades. Han ønsker å finne moren sin, Persephone, som han aldri har kjent – men som nå befinner seg i den jordiske verden. Oppdraget hans støttes av de olympiske guder, som gir ham gaver for å bekjempe vesener som beskytter utgangen fra underverdenen. Han blir også hjulpet på sin ferd av andre innbyggere i underverdenen, deriblant Sisyphus, Eurydice eller Patroclus. Spillverdenen er delt mellom fire store områder, og hvert område representerer forskjellige regioner i underverdenen: Tartarus, Asphodel, Elysium og Temple of Styx.