I Makaronesia finnes ganske mange av artene på Verdens naturvernunions liste over de 100 mest skadelige invaderende artene i verden: svartrotte, tamkatt, geit, kanin, jordveps, argentinamaur (), bomullsmellus og plantene brasiliansk peppertre, strandfuru, gulltorn, , , og . To av artene på lista, og , forekommer naturlig og skaper ikke problemer i Makaronesia. Virkningene av invaderende arter varierer mellom øygruppene.