Mellom sekreta utskottet og rådet fant det ved flere riksdager sted viktige forhandlinger. Allerede i 1719 ble rådet kalt til sekreta utskottet. Denne form for rådføring ble beholdt i 1726 og 1734 ved forandring av utenrikspolitikken. I år 1738 fikk utskottet til og med rettighet til dette i sin instruksjon. Det var en sterk forbindelse mellom regjeringen og utskottet i frihetstidens første periode, når Arvid Horn fungerte både som kanselipresident og som lantmarskalk. Men også senere kunne enkelte medlemmer av rådet bli kalt til sekreta utskottet eller dets underavdelinger. Til og med innen forvaltningen grep utskottet inn gjennom sine foreskrifter til regjeringen og embetsverket og gjennom sine anbefalinger ved besettelse av embeter.