Jhelum dannes fra en kilde på Verinag, lokalisert helt nederst i Pir Panjal-fjellkjeden som strekker seg i den sørøstre delen av Kashmir. Pir Panjal-fjellkjeden er en del av Himalaya. Elven renner gjennom Kashmirdalen, forbi Srinagar Srinagar og Wular-innsjøen før den går over til Pakistan fra den indisk-kontrollerte Kashmir gjennom en dyp og smal fjellkløft. Kishenganga Neelum-elven, som er den største sideelven til Jhelum, løper sammen med Jhelum ved Muzaffarabad. Det samme gjør den nest største sideelven, Kunhar. Kunhar forbinder pakistansk-kontrollerte Kashmir med resten av Pakistan ved hjelp av Kohalabroen øst for Bakote-sirkelen. Denne elven løper deretter sammen med Poonch-elven, og renner til slutt ut i reservoaret til Mangla-demningen i Mirpur-distriktet. Jhelum går inn i Punjab fra Jhelum-distriktet. Videre renner elven gjennom den flatstrakte, pakistanske Punjab, og deler regionen lokalt i to. Elven munner ut i Chenab ved Trimmu, som ligger i Jhang-distriktet. Chenab løper sammen med Sutlej og danner Panjnad-elven, som til slutt løper sammen med Indus ved Mithankot.