Sesongen endte som en stor skuffelse for klubben, da United tapte på bortemålsregelen i europacupens semifinale mot Bayer Leverkusen. Selv om United ledet ligaen i tre måneder etter januar, endte det med 3.-plass. Igjen var det Fergusons argeste konkurrent Arsène Wenger som vant ligaen, med en ny «The Double», slik som i 1998.