Et er et stoff som angir hvor i et vev ulike celletyper skal være. Det sprer seg fra et spesielt punkt i vevet og det dannes en gradient av stoffet. Stoffet har ulik påvirkning på cellene i vevet avhengig av konsentrasjon. Så ved en viss høy konsentrasjon vil cellene endres på én måte, og ved en lavere konsentrasjon vil de endres på en annen måte, og få en annen skjebne. Altså, ulike konsentrasjoner av morfogenet slår på uttrykkingen av forskjellige gener, og gennettverk i cellene. Et eksempel på hvordan et morfogen virker er hvordan proteinet Sonic Hedgehog virker på hånden i fosterutviklingen. Proteinet blir skilt ut fra vevet som skal bli til lillefingeren, og det er høyest konsentrasjon der. Konsentrasjonen av stoffet blir svakere, og ved en lavere konsentrasjon lenger inn i vevet vil cellene danne det som kommer til å bli ringfingeren, ved en enda lavere konsentrasjon, lenger unna, får vi langfingeren, og så videre.