Lobotka startet sin karriere hos FK AS Trenčín, hvor han fikk sin debut på øverste nivå hjemme mot FK Dukla Banská Bystrica den 4. mars 2012 (2–2). I den påfølgende sesongen ble han lånt ut til Jong Ajax, som også hadde opsjon på kjøp. Hans første kamp for Ajax kom den 13. juli 2013 i en oppkjøringskamp mot RKC Waalwijk, hvor han kom inn som innbytter for Christian Eriksen midtveis i andre omgang. Ajax valgte å ikke benytte seg av opsjon på kjøp, så Lobotka returnerte deretter hjem til AS Trenčín ved sesongslutt.