Ida Flodin giftet seg med den norske yrkesoffiseren og venstrepolitikeren Ivar Aavatsmark (1864–1947) i Den tyske kirken i Helsingfors i 1898. Ivar og Ida Aavatsmark fikk seks barn sammen, hvorav fem vokste opp. Datteren Fanny Aavatsmark (gift MacTaggart) var journalist og bosatt nesten hele sitt voksne liv i Skottland.