Jared var forlovet med skuespilleren Sandra McCoy, som han spilte mot i filmen i 2005. Under en pressekonferanse i 2008 uttalte Padalecki at de hadde brutt forlovelsen. Han giftet seg i 2010 med skuespillerkollega Genevieve Cortese. De møttes på settet til etter at Genevieve hadde en gjesteopptreden i serien som demonen Ruby. Ifølge informasjon fra flere kilder, inkludert Golden Buffalo TV, tjener stjernen $ 125 000 for å ha deltatt i en serie Supernatural.