Claus Pavels var sønn av Claus Pavels (død 1769), residerende kapellan i Vanse, og Karen Bolette Andreasdatter Tostrup (se Tostrup (slekt fra Lister)) (1740 Flekkefjord–1813 Bergen) (mor: Anna Jochumsdatter Urbye), som ble gift 2. gang med Jacob Ulrik Hoelfeldt (1736-1812). Selv ble han i 1799 gift med Maren Fasland (1781 Arendal–1865 Modum), datter av en kjøpmann i Arendal. De fikk tre døtre.