Paoli giftet seg aldri, og det er ikke kjent at han skal ha noen etterslekt. Det er lite kjent om hans privatliv, selv om det hevdes at han skal ha hatt en affære med Maria Cosway, samtidig som den britiske politikeren og historikeren Robert Harvey mener han var homoseksuell i sammenheng med omtalen av hvordan Carlo Buonaparte ble Paolis privatsekretær.