Boktrykkerkunsten, som var drevet siden begynnelsen av 1500-tallet, blomstret opp med universitetet og Jena ble på 1700-tallet det viktigste boktrykkerstedet etter Leipzig. Universitetet forble etter statsdelingen 1572 under ernestinsk beskyttelse mens byen havnet under hertugdømmet Weimar. I en kort periode (1672–1690) var Jena hovedstad i det selvstendige fyrstedømmet Sachsen-Jena hvis hertuger bodde i det 1471 bygde slottet som bygdes ut 1662. Deres embetsverk skulle delvis finnes i Jena fram til 1809.