Neergaard ble inn valgt på Folketinget først fra 1887 til 1890 og deretter fra 1892 til 1932. Han tilhørte Moderate Venstre frem til samlingen til partiet Venstre omkring 1910. I 1908 ble han finansminister i Regjeringen J.C. Christensen II. Jens Christian Christensen måtte allerede samme år trekke seg etter Alberti-saken, og Neergaard dannet ny regjering.