Flaggpraksisen til åpne registre kan ha betydelige konsekvenser. Ryktet til flaggstatene kan bli påvirket, noe som potensielt kan føre til økonomiske konsekvenser som handelsforbud. I tillegg kompliserer mangelen på åpenhet og ansvarlighet i fartøyeierskap innsatsen for å håndheve regelverk og holde ansvarlige parter ansvarlige i tilfelle ulykker eller miljøkatastrofer.