I 1572 mistet han sin bror i pesten. Etter også å ha mistet to av sine sønner og sin hustru i to nye pestepidemier som hjemsøkte Roma i 1575 og 1580, forberedte Palestrina seg på å la seg prestevie. Man kan vanskelig vurdere om planene om å bli prest var drevet av et religiøst motiv eller var et trekk for å skaffe seg større karrieremuligheter som kirkemusiker, så var kallet ikke sterkere enn at han kunne oppgi dem for å istedet gifte seg med en velberget pelshandlerenke, Virginia Dormoli.