I mars 1994 inngikk bosniske kroater og den bosnisk bosnjakiske regjeringen i Sarajevo en avtale om føderasjon, slik at kampene mellom Bosniske bosnjaker og kroater tok slutt. Etter hvert så NATO seg nødt til å gripe inn, og startet med å bombe serbiske stillinger på oppdrag fra FN. I juli 1995 rykket serbiske styrker inn i Srebrenica, som egentlig var blitt erklært en sikker sone av FN, og drepte 8 000 sivile muslimer. Kroater og bosniske regjeringsstyrker utførte flere offensiver og klarte etter hvert å drive serberne tilbake fra områder som de hadde holdt i flere år. Totalt kostet krigen 100 000 mennesker livet, og rundt 2,5 millioner mennesker fra alle parter ble drevet på flukt.