På 1500-tallet ble Malabarkysten misjonert av portugisiske jesuitter, og de tomaskristne ble fra 1534 innlemmet i den romersk-katolske kirkens hierarki. Innen 1599 hadde den romersk-katolske kirke opphevet de tidligere strukturene og erstattet dem med det latinske erkebispedømmet Angamaly. Den romersk-katolske kirkens manglende respekt for de lokalene liturgiske særegenhetene førte i 1653 til at de fleste tomaskristne forlot den katolske kirke og valgte på nytt en egen metropolitt. Imidlertid returnerte mange tomaskristne til den katolske kirke i 1662 etter å ha forsonet seg med pave Alexander VII. Dette var opphavet til den syro-malabariske katolske kirke, men også til det tomaskristne skismaet. De resterende tomaskristne inngikk nemlig i 1665 en union med den syrisk-ortodokse kirke, noe som ga opphav til den syrisk-ortodokse kirke av Malankara (og senere til flere «avleggere» fra denne).