Blant de 19 bokstavene finner man fire digrafer: <ch>, <ku>, <tz> og <tl>. Digrafene fungerer som de øvrige bokstavene, og representerer enkle fonemer. I og med at en digraf fungerer som én enkelt bokstav, har man forsøkt å unngå å bruke to bokstaver som også brukes i andre fonemer, for å unngå forvirring. Fonemet er ikke summen av /t/ og /s/, og for å markere dette, skrives det ikke som <ts>, men som <tz>, ettersom <z> ikke forekommer alene i alfabetet. Fonemet er heller ikke summen av /k/ og , og man har derfor valgt å skrive det som <ku> (siden ikke forekommer alene i alfabetet). Digrafen <ch> brukes til å skrive fonemet ettersom <c> ikke representerer noe fonem alene. Man fant imidlertid ikke noe annet alternativ enn <tl> for å skrive fonemet , og har altså valgt å bruke denne digrafen selv om den består av to bokstaver som begge representerer et fonem når de står alene. Fonemene og har i tidligere ortografier blitt uttrykt henholdsvis med digrafene <hu> og <sh>, men ettersom disse fonemene kan uttrykkes med enkle bokstaver (<w> og <x>) har man sett dette som en bedre løsning. Saltillo markeres med <h>, mens vokallengde ikke markeres i denne ortografien.