Den første gravleggingen skjedde søndag 15. juli 1849. Tromsø kirkelige fellesråd overtok drifta av kirkegården ca. 1965 og den benyttes ennå av de på søndre Reinøy som har tilhørighet til Tromsøysund sokn. 1. januar 2008 ble Risøya / kirkegårdsøya overført fra Tromsø kommune til Karlsøy kommune.