I 1994 ble Protase Rugambwa sendt til Roma for videre studier. I 1998 mottok han sin doktorgrad i pastoraleologi fra Lateranuniversitetet. Fra 1998 til 1999 var Rugambwa kallsdirektør i bispedømmet Rulenge og leder av pastoralavdelingen. Han var generalvikar for bispedømmet Rulenge fra 2000 til 2002.