Ferskvannsbehandling går ut på å pumpe fisken om bord i brønnbåter fylt med ferskvann. Fisken blir holdt inne i brønnen i fire til åtte timer, før den pumpes tilbake i merden. Ferskvannet forstyrrer den osmotiske balansen til lakselusa, som til slutt fører til lammelse og død hos lusen. Etter tre timer er rundt 90 % av lusen død. Ferskvannsbehandling brukes også for å bekjempe fiskesykdommen Amøbegjellesykdom.