I 1998 returnerte Vaira Vīķe-Freiberga til Latvia for å lede det latviske institutt, en organisasjon som arbeider for å fremme Latvia i utlandet. Et år senere ble hun valgt til landets president, som første kvinne. Opprinnelig var hun ikke kandidat, men det latviske parlamentet ble ikke enige om en kandidat i første runde. Vaira Vīķe-Freiberga ble derfor valgt som kompromisskandidat, som en høyt respektert person som ikke var tilknyttet noe bestemt parti.