Lokaliseringen av nytt sykehus har møtt mye kritikk, siden sykehuset ligger over en halv mil fra både jernbanetraseer og det etablerte, høyfrekvente busstilbudet gjennom bybåndet i nedre Glomma. Frykt for gassuhell fra Borregaard i Sarpsborg sentrum er hovedårsaken til lokaliseringen. Prosjektgruppen som så på lokalisering anså det uforsvarlig å anbefale akuttsykehus i et område hvor det ikke kan garanteres for sikkerheten til pasienter, ansatte og pårørende. Da de vurderte 12 tomtealternativer 1990-tallet ble det lagt avgjørende vekt på at Borregaards miljøansvarlige ga uttrykk for at Kalnes i Sarpsborg var ubetinget best i en sammenlikning med Alvim i Sarpsborg (der jernbanen krysser E6) og Årum (et E6-kryss nærmere Sverige enn Alvim). Tomtealternativene Lekevoll og Tofteberg lå imidlertid også i bybåndet, samtidig som de var lenger unna Borregaard. For Tofteberg (en skog midt mellom riksvei 111 og fylkesvei 532 i Fredrikstad) talte det mot at tomten ikke lå ved E6, med lenger gjennomsnittlig kjørelengde for brukerne av sykehuset. Lekevoll, på Grålum i Sarpsborg, ble valgt bort begrunnet med inngrep i fuglereservat og bekymring rundt helikopterstøy i den forbindelse, beslaglegging av store jordbruksområder, begrensede utvidelsesmuligheter med mindre ytterligere høyproduktive jordbruksområder eksproprieres, begrensede muligheter for nødvendig infrastruktur på tomten (areal og topografi).