Perserne ble en del av gresk historie etter at de i 546 f.Kr. erobret lydierne og dermed de greske bystatene i Jonia, som tidligere var under lydierne. Et forsøk i 499 f.Kr. på å gjeninnsette aristokratene i Naxos slo feil, og jonierne gjorde opprør mot perserne. Det ble, fra det greske fastlandet, sendt symbolsk hjelp som ikke forandret det endelige utfallet, persisk seier. Mardonios drev et felttog i Thrakia i 492 f.Kr. for å konsolidere den persiske makten, men han ble stoppet av en storm. En amfibiestyrke under Datis og Artafernes jevnet Eretria med jorden, men den ble beseiret i slaget ved Marathon noen få dager senere av general Miltiades av Athen.