Fra 1860 til 1871 var von Düben inspektør ved Karolinska Institutet. I egenskap av professor i anatomi ved den nevnte institusjonen underviste han fra 1861 til 1868 i maleranatomi ved Kungliga Akademien för de fria konsterna. Fra 1861 til 1875 var han lærer i fysiologi og helsevitenskap ved Det høyere lærerinneseminar og fra 1862 til 1866 intendant ved kurstedet Medevi brunn i Motala.