Opprinnelig er syrekulturen i Fontina den naturlig tilstedeværende mikrofloraen i melken. En kombinasjon av stammer som har blitt isolert fra lokale melkekyr i Valle d’Aosta regionen benyttes nå til ysting på større meierier og er DOP godkjent. Melkesyrestammer som er isolert fra lokal melk er hovedsakelig og , , og , fortrinnsvis , men også flere andre stammer har blitt identifisert.