Nissen fortsatte sin reformkamp også etter at han forlot departementet, og utarbeidet «Grundtræk af en plan for Omdannelsen af Almueskolevæsenet paa Landet». Nissen sendte sitt forslag til ny skolelov direkte til Stortinget som alternativ til statsrådens forslag, og det var Nissens forslag som vant frem til slutt.