Kirschenschläger ble foreldreløs i en alder av 11 år. Han gikk ut fra Bundesaufbaugymnasium i Horn i 1935, og begynte å studere juss ved universitetet i Wien, men etter Adolf Hitlers Anschluss av Østerrike i 1938 måtte han gi opp sine jusstudier. Uten å være med i det nazistiske partiet NSDAP, som han nektet å bli, måtte hans stipend ved universitetet i Wien oppheves og Kirchschläger klarte ikke lenger å finansiere sine studier. Kirchschläger arbeidet derfor en stund som bankfunksjonær.