I oktober 1945 gjennomførte en gruppe sivile og unge offiserer et kupp som styrtet regjeringen. Kuppet ble ledet av General Isaias Medina Angarita. I en alder av 23 år, ble Pérez utnevnt til den private sekretæren til juntaens president, Rómulo Betancourt, og han ble utnevnt til kabinett-sekretær i 1946. Men, i 1948, da det militære kupp ble satt til side, mot den demokratisk valgte regjeringen til Rómulo Gallegos.