Hans far var Jens Sigfrid Hopstock (1825–88) skipsfører og havnefogd. Blant sine søsken var ingeniør Jens Sigfrid Krog Hopstock (1853–1924) som brakte telefonen i Norge (og tannstangbane til Voss), og legen Johan Herman Krohn Hopstock (1854–1911). I 1896 giftet Halfdan seg med Magdalene Jacobine Gulowsen (1870–1963), dattera til oberst Jacob Arnt Nicolai Gulowsen i Kragerø.