Comte ble født i Montpellier. Etter endt skolegang ble han opptatt som student ved École polytechnique i Paris, et lærested tro mot de franske republikanske idealer. I 1816 ble imidlertid École stengt på grunn av reorganisering og studentene ble bedt om å søke igjen om opptak senere. Comte ble dermed nødt til å forlate École for en tid og han fortsatte studiene ved den medisinske skolen i Montpellier. Da École omsider åpnet igjen, lot Comte være å søke om gjenopptak.