Domstolen har ni medlemmer, hvorav fire velges av Representantenes hus i delstaten Føderasjonen Bosnia-Hercegovina og to medlemmer av parlamentet i Republika Srpska. De resterende tre medlemmer velges av presidenten i Den europeiske menneskerettighetsdomstol etter konsultasjoner med Presidentskapet i Bosnia-Hercegovina. Dommerne velges på åremål, fem år av gangen.