Under Den tyske ordens styre ble byen med tiden kjent under navnet . I begynnelsen stagnerte byens utvikling, da de nye herskerne ønsket å redusere dens økonomiske betydning. Med tiden måtte Den tyske orden imidlertid akseptere Danzig som den største og viktigste havneby i området etter Elbing. Byen ble fullverdig medlem av Hansaen i 1361 (og frem til 1669), skjønt handelsmennene fra Danzig ble fratatt alle politiske rettigheter, og fikk handle kun langs Wisła i Polen. I 1361, 1378, 1411 og 1416 gjorde Danzigs befolkning opprør som ble blodig slått ned av Den tyske orden.