Det opprinnelige kirkestedet i bygden lå på Kirkjuklettur. Etter reformasjonen holdt broder Andrass, en tidligere katolsk prest, den første lutherske prekenen på Færøyene i Vágur. Den siste kirken på Kirkjuklettur ble oppført i 1853, senere demontert og gjenoppført i Hov i 1939. Grunnsteinen til dagens Vágs kirkja, som ligger midt i bygden, ble lagt i 1927. Kirken ble innviet i 1939.