Árni Magnússon bidro uten tvil til å berge den store norrøne kulturarven, og han har i ettertid blitt hedret mange måter. Han var avbildet på den islandske 100 króna seddelen (nå gått ut av bruk). Utdanningssentre i både København og Reykjavík er navngitt etter ham. Árni Magnússon-instituttet i Reykjavík oppbevarer, behandler og forsker på de manuskriptene han samlet. Han var også personen bak figuren Arnas Arnæus i Halldór Kiljan Laxness' roman (som han fikk Nobelprisen i litteratur for) (islandsk ).