Filmen starter med en voldsom måneeksplosjon som får drastiske følger for Klingon-riket. Virkningen av den fatale eksplosjonen blir utredet og konklusjonen er at ozonlaget på deres hjemsted vil opphøre innen 50 år og at deres folk da vil dø. De innser at de ikke lenger er i stand til å føre krig mot Føderasjonen og ser kun en mulighet for å overleve: å inngå fredsavtaler med Føderasjonen som de har vært i krig med i 70 år. Ironisk nok blir admiral James T. Kirk den første utsendte fredsmegleren, men da et Klingon-skip blir angrepet og Enterprise holdes ansvarlig, bryter urolighetene ut igjen. Kirk blir stilt for retten anklaget for mordet på en Klingon-ambassadør som befant seg i skipet. I Klingon-retten blir han idømt livstidsstraff og blir deretter sendt til et fengsel på en øde is-asteroide for å sone sin dom. Kort tid etter blir han evakuert, og det blir etterhvert klart at det står en konspirasjon bak angrepet.