Historisk har imidlertid humanismen i Europa vært nært knyttet til kristendommen, først som en tankeretning innenfor katolisismen, og på 1800-tallet som et protestantisk fundert livssyn. Sent på 1600-tallet oppsto dessuten en fritenkersk tradisjon som langt på vei baserte seg på humanistiske ideer. Religionskritikk og en sterk tiltro til menneskets rasjonelle evne sto her sentralt, samt overbevisningen om at man meget vel kan være et etisk godt menneske uten å tro på noen gud. Fritenkerne var også sterke forkjempere for menneskerettigheter og for tankens frihet. Begrepet human-etikk, som Harald Høffding formulerte i 1880-årene, er myntet på tanken om at etikken er menneskeskapt, og ikke gitt oss av høyere makter.