Etter å ha funnet tilstrekkelige bevis, anklaget myndighetene Aum Shinrikyo for å stå bak angrepet, samt i en rekke andre hendelser. Etter en rettssak som varte i åtte år, ble Ashara dømt til døden den 27. februar 2004. Hans advokater anket dommen og anførte at Asahara var mentalt utilregnelig. Han ble underkastet rettspsykiatriske undersøkelser, og anken ble deretter avvist. Dommen ble stadfestet i 2006. Han ble henrettet ved hengning den 6. juli 2018.