Inge Scholl var det første av seks barn til ekteparet Magdalena og Robert Scholl, hennes søsken var Hans (1918–1943), Elisabeth Hartnagel f. Scholl (1920–2020), Sophie (1921–1943), Werner (1922–1944) og Thilde (1925–1926). Familien var kristent preget og barna ble alle oppdratt i kristen tro, skjønt Inge Scholl engasjerte seg mot farens vilje i ledende funksjoner i Hitler-Jugend-pendenten Bund Deutscher Mädel (BDM).