I 814 ble Rabanus ordinert til prest. kort tid etter, sannsynligvis på grunn av en uenighet med Ratgar, måtte han forlate Fulda for en periode. Denne bortvisningen har lenge blitt forstått som grunnlaget for en pilegrimstur han hadde til Palestina, dette basert på en allusjon i hans kommentar til Josvas bok. Teksten det er snakk om er tatt fra Origens preke xiv . Det er origen som var i Palestina, ikke Rabanus. Han returnerte til Fulda da det ble valgt ny abbed, (Eigil av Fulda) i 817. Da Eigil døde i 822 ble han selv abbed. Han var effektiv og vellykket i denne rollen, fram til han i 842 trakk seg tilbake til naboklosteret i St. Petersberg for å kunne bruke mer tid på litteratur og bønn.