Norsk Tollerforbund er bygget opp med et sentralstyre på syv medlemmer som velges på forbundets landsmøte, som avholdes hvert tredje år. Forbundet består for tiden av syv lokalforeninger, som er bindeleddet mellom medlemmene og forbundets sentrale ledelse. Lokalforeningslederne og 1-2 representanter fra hver av lokalforeningene, samt sentralstyret utgjør landsstyret, og samles 1–2 ganger i året.