Området der Zaprešić idag ligger har vært bebodd siden førhistorisk tid. Arkeologiske funn i form av steinøkser fra yngre steinalder er blitt funnet i nærliggende , kobberøkser fra kobberalderen i og spor etter Hallstattkulturen i . I romertiden passerte hovedveien mellom (dagens Ljubljana) til (dagens Sisak) gjennom området. Zaprešić nevnes imidlertid først i 1094, i samband med grunnleggelsen av bispedømmet Zagreb, da den kroatisk-ungarske kong Ladislaus I forlente området vest og øst for Medvednica til sin rådgiver for å beskytte det nye bispedømmet. På 1400- og 1500-tallet da osmanerne avanserte sørfra, ankom mange flyktinger fra Lika til byen. Det kroatiske og slovenske bondeopprøret i 1573 slo hardt mot byen og en av opprørslederne, , kom fra nærliggende Marija Gorica.