Sondene vil bære med seg utstyr som ligner på MESSENGERs, inkludert flere spektrometre som vil studere planeten i flere ulike bølgelengder; infrarød, ultrafiolett, røntgen og gamma. I tillegg til målinger av selve planeten vil BepiColombo undersøke den generelle relativitetsteorien med bedre nøyaktighet.