Mens Polen var okkupert av Tyskland under 2. verdenskrig, samarbeidet Krzeptowski med tyskerne, og var blant annet leder for det tyskvennlige Goralische Komitees avdeling i Zakopane. Mot slutten av krigen, etter at Sovjetunionen hadde tatt kontroll over hele Polen, ble han arrestert av NKVD. Etter arrestasjonen skal han ha svelget gift for å ta livet sitt. Han døde på sykehus i Kraków 26. februar 1945.