Etter opptøyene flyktet president Bakijev fra hovedstaden i sitt private fly sørover til Osj, mens opposisjonsledere dannet en ny, midlertidig regjering ledet av den tidligere utenriksministeren, Roza Otunbajeva. I det sørlige Kirgisistan nøt Bakijev framdeles stor støtte, og det ble avholdt demonstrasjoner som krevde at han skulle bli gjeninnsatt som statsleder. Den 15. april ble skudd ble avfyrt av ukjente gjerningsmenn under tale holdt for tilhengerne av presidenten i Osj. Samme dag forlot Bakijev landet med fly til Kasakhstan, og senere til Belarus hvor han fikk innvilget politisk asyl. Videre gav han formelt avkall på presidentembetet, samtidig som han tok avstand fra den midlertidige innsatte regjeringen.