Nisja fikk sin debut i Tippeligaen for Viking FK borte mot SK Brann 28. oktober 2007. Hans første mål for klubben kom i samme kamp. Kampen endte forøvrig 5 - 2 til hjemmelaget. I løpet av 2008-sesongen ble det mer spilletid, og Vidar Nisja scoret Vikings mål nummer 900 på hjemmebane i den øverste divisjonen. Målet kom mot Tromsø IL i en 2 - 1 seier, 5. oktober 2008. I 2009-sesongen skuffet klubben sportslig, og endte på en 10.-plass. Trener Uwe Rösler ble november 2009 løst fra sin kontrakt med klubben. Med Åge Hareide som ny trener, ble Nisja etablert som førstelagsspiller. 2010-sesongen ble likevel en skuffelse sportslig, og laget endte på en 9.-plass. 2011-sesongen ble en ny tøff sesong for klubben.. Det ble kun 13 kamper fra start for Nisja, og laget endte på en 11.-plass. Etter en svak sesongstart i 2012, ble trener Hareide avsatt og Kjell Jonevret ble ansatt som ny hovedtrener. Nisja signerte september 2012 en ny kontrakt med klubben, med varighet ut 2015. Nisja ble Vikings toppscorer i Tippeligaen med 7 mål dette året, en tittel han delte sammen med Veton Berisha. Spilleren ble etter sesongslutt også kåret til årets spiller av klubben. 2013-sesongen ble en nedtur for Nisja, kun 7 kamper fra start, og ett mål. I Sesongen etter skuffet laget og endte tilslutt på en 10.-plass, men Nisja ble igjen lagets toppscorer med 9 fulltreffere. Nisja startet 1. serierunde på benken i 2015-sesongen, men ble byttet inn for Björn Daníel Sverrisson som pådro seg en alvorlig kneskade etter 35 minutter. Etter 1 - 4 tap mot Rosenborg BK 25. april, ble Nisja igjen henvist til benken. Kampen mot Mjøndalen i 30. serierunde, 8. november 2015, ble Nisjas siste kamp for klubben. Nisja ble byttet inn etter 45 minutter som erstatter for Anthony J. Soares..