Haffner ble tildelt en rekke ordener for sitt virke. Han ble i 1855 av kongen utnevnt til ridder av St. Olavs Orden og forfremmet til kommandør av Karl IV 1. august 1861 «for militair Fortjeneste». Haffner var videre innehaver av storkors av den svenske Sverdordenen og var ridder av den danske Dannebrogordenen.