I august 2006 skrev Barnes under på en ny 4-årskontrakt med klubben fra Derbyshire slik at han nå har kontrakt med Derby fram til sommeren 2010. I 2006/07-sesongen startet han de første ligakampene for Derby, men etter å ha fått rødt kort i en kamp mot Sheffield Wednesday den 23. september 2006 forsvant han ut av startoppstillingen for en periode. Foran ligakampen den 1. november 2006 mot Barnsley fikk han igjen tillit fra start, og etter å ha laget begge Derbys mål i denne kampen har han igjen etablert seg i klubbens startoppstilling. Totalt scoret Barnes 8 ligamål på 39 kamper i 2006/07-sesongen.