Berggrunnen består for en stor del av granittiske gneiser som dekker et område mellom Skjerstadfjorden og Lyngen. Området i Rago nasjonalpark er et grunnfjellsvindu inn mot gamle bergarter. Det er lite løsavsetninger, men store mengder stein og flyttblokker. I sør er det noen breområder. Sørøst i nasjonalparken finnes et mindre område med skifer, og innslag av grønnstein, amfibolitt og kalkspatmarmor. Dette er kaledonske bergarter. Generelt er det lite løsmasser, men noen få steder er det et tynt lag av morenedekke.