Navnet til byen kom via fransk og katalansk fra det arabiske navnet الجزائر (), «øyene», og viser til de fire øyene utenfor kysten av Alger som ble del av fastlandet i 1525. er i seg selv en kortform av det eldre navnet جزائر بني مزغانة (), «Øyene til sønnene av Mazghana», brukt av tidlige kartmakere i middelalderen som al-Idrisi og Yaqut al-Hamawi. Byen ble sannsynligvis gitt navnet av Buluggin ibn Ziri, grunnleggeren av Zirid-dynastiet, til ære for faren Ziri ibn Manad, da Buluggin opprettet den nye byen på ruinene av den tidligere romerske byen Icosium i år 944.