Flere trinn er involvert i elektronoverføring dissosiasjon. Vanligvis skilles først en proteinblanding ved hjelp av høyytelses væskekromatografi (HPLC). Deretter multipliserte protonerte forløpermolekyler genereres ved elektrosprayionisering og injiseres i massespektrometeret. (Bare molekyler med en ladning på 2+ eller mer kan brukes i ETD.) For at et elektron skal overføres til de positive forløpermolekylene, genereres radikale anioner og settes i ionefellen med dem. Under ion/ion-reaksjonen overføres et elektron til det positivt ladede proteinet eller peptidet, og forårsaker fragmentering langs peptidrygraden. Til slutt blir de resulterende fragmentene masseanalysert.