I løpet av tiden i Italia bosatte de seg flere steder – i løpet av årene 1840–1845 besøkte de, blant annet, Roma, Firenze, Siena, på landsbygda i nærheten av Albansjøen, Perugia, Venezia, Ferrara, Ravenna og Bologna. Fargene i naturen gjorde at Mary begynte å male igjen. Hun studerte også områdets geologi og fauna, som hun sammenlignet med den hun kjente fra Skottland. Samtidig fortsatte hun å skrive på boken, og dette arbeidet opptok henne mange timer hver dag. Her utførte hun også eksperimenter for det som skulle bli hennes tredje artikkel, om hvordan solspekteret påvirket plantesaft.