Hovedskolen ble erstattet med en russiskspråklig (Tsaruniversitetet i Warszawa), med det formål å utdanne russiske militærgarnisoner i Warszawa. Imidlertid var mesteparten av studentene (70 %) polakker. Det russiske universitetet var fra russernes side ment å være et viktig middel for russifiseringen av det polske samfunnet, og tsarmyndighetene brukte av den grunn betraktelig med ressurser for å bygge en ny universitetscampus. Imidlertid oppstod mange polske undergrunnsorganisasjoner, som boikottet de russiske utdanningsinstitusjonene. Etter revolusjonen 1905 hadde andelen polske studenter ved universitetet allerede sunket til under 10 %.