Partiet stilte til valg for første gang ved lagtingsvalget 1940, og fikk 24,7 % av stemmene (6 av 24 mandater), og ble det nest største partiet etter Sambandsflokkurin. Ved lagtingsvalget 1943 vant Fólkaflokkurin i et valgskred med 41,5 % av stemmene (12 av 25 mandater). Ved folketingsvalget 1943 ble Thorstein Petersen den suverene valgvinner under slagordet «Fyri Føroyum skulu Føroyingar ráða», «Over Færøyene skal færøyingene råde». Etter den andre verdenskrigens slutt i 1945 fikk partiet 43,4 % av stemmene (11 av 23 mandater). Thorstein Petersen var lagtingsformann 1943–1945 og 1945–1946, og overtok som partiformann etter Paturssons død i 1946. Ved folkeavstemningen på Færøyene 1946, som tok for seg selvstyrespørsmålet, stemte flertallet for løsrivelse fra Danmark, men avgjørelsen ble overstyrt av Folketinget. Dette ledet allikevel til Hjemmestyreloven i 1948, som mange innen Fólkaflokkurin riktignok var imot, fordi den ikke betydde fullt selvstyre. Ved nyvalget i 1946 forble Fólkaflokkurin største parti, men samhørighetspartiene fikk et knapt flertall.