I 2012–13-sesongen har Falla fortsatt å etablere seg i sprinttoppen internasjonalt, og tok i Canmore sin andre verdenscupseier da hun slo amerikanske Kikkan Randall i en tøff spurt. I likhet med den første verdenscupseieren, kom denne i en fristilssprint rett før jul (15. desember 2012). Hun ble også nummer to i sprinten som gikk i Quebec helgen før. Hun slo i tillegg gjennom på distanserenn i verdenscupen, også dette i Canmore, gjennom å bli nummer tre på 10 km klassisk fellesstart, bak polske Justyna Kowalczyk og finske Anne Kyllönen. I Norgesmesterskapet på ski 2013 på Gåsbu i Hamar vant hun sprint klassisk.