De to rømmer sammen, og Snake kommer seg til kommunikasjonsbasen hvor han forsøker å kontakte hans gamle sjef, Major Zero. I stedet møtes han av sine gamle FOX-kamerater Para-Medic og Sigint, som avslører at Snake og Zero mistenkes for forræderi og at det eneste han kan gjøre for å renvaske sitt navn er å finne og fange lederen av opprøret, Gene. For å gjøre ting verre har Gene overtalt de fleste sovjetiske soldatene ved basen til å gå over til hans side. For å gjennomføre oppdraget sitt, må Snake overtale fiendtlige soldater til å bli med i hans lag for å bekjempe Gene.