Freden i Campo Formio i 18. oktober 1797, en traktat som markerte avslutningen på Napoléon Bonapartes felttog i Italia og anslutningen på den første fase av revolusjonskrigene, avviklet republikken Venezia og belønnet Frankrike med De joniske øyer. En fransk flåte tok kontroll over øyene i 1797. Kefallinia og de andre joniske øyene ble en del av det franske . I 1798 ble Frankrike tvunget til avgi øyene til en kombinert flåte fra Russland og Det osmanske rike. Fra 1799 til 1807 var Kefallinia en del av en septinsulær republikk, formelt underlagt Det osmanske rike, men beskyttet av Russland.