Langs Botniabanan finnes det mange broer og tunneler siden man ønsker svake kurver og begrensede stigninger i det forholdsvis kuperte landskapet. Spesielt ved Höga kusten sør for Örnsköldsvik er landskapet svært kupert, noe som gir behov for mange tunneler. Elvene krever også lange broer. Antallet broer økes også siden man vil ha planfrie krysninger overalt. Noen av landets lengste broer og tunneler finnes langs banen.