Det er flere freda områder i Trollheimen: Innerdalen landskapsvernområde (1967); Trollheimen landskapsvernområde (1 165 km², 1987); Svartåmoen naturreservat i Surnadal og Rindal (12 650 dekar, 1987; utvida 1999); og Minnilldalsmyrene naturreservat i Oppdal og Rennebu (1878 dekar flatmyr, 1990).