Den tidlig moderne tid begynte med kaldere og våtere vær på grunn av den lille istid. Det fortsatte å være kaldere og våtere til begynnelsen av syttenhundretallet, da klimaet sakte begynte og bli bedre. Et resultat av det kaldere klima under den lille istid var oppgivelsen av marginale jorder i større høyder. På lavere høyder skjedde derimot ofte brøyting av ny mark på dårlige jorder. I nesten halvparten av årene i femtenhundretallet ble det nødvendig å importere korn fra Østersjøområdet. På begynnelsen av det sekstenhundretallet var hungersnøden relativt vanlig, med fire sulteperioder mellom 1620 og 1625. I perioden 1513-1707 økte den skotske befolkningen fra en halv til en million innbyggere. Det meste av befolkningen i Skottland, både i lavlandet og høylandet, bodde ikke i landsbyer uten i fermtouns eller clachlans. Etter hvert som befolkningen vokste, ble grendene delt og nye opprettet. Utkantsjorder blev befolket og setrer forvandledes til permanente gårder. Imidlertid skjedde det en sterk urbanisering i Skottland. I 1600 hadde Skottland en større andel av befolkningen som bodde i byer enn den samtida Skandinavia.