Paul Albert Zipfel studerte filosofi og teologi ved (1955-1957) og Catholic University of America (1957-1961) og ble ordinert til prest den 18. mars 1961 for erkebispedømmet Saint Louis. Han tok en mastergrad i utdanningsvitenskap fra Saint Louis University. Fra 1961 til 1989 arbeidet han i sjelesorgen i erkebispedømmet Saint Louis.