I 1998/1999-sesongen rykket Deportivo Alavés atter en gang opp igjen til La Liga og til det som skulle bli begynnelsen på en storhetsperiode for klubben. Alavés endte opp på uvanlige høye tabellplasseringer, med blant annet en sjetteplass i 1999/2000-sesongen og en syvendeplass i 2001/2002-sesongen. I 2000/2001-sesongen deltok klubben også i UEFA-cupen 2000/01, hvor de etterhvert spilte seg frem til finale mot Liverpool FC, som de tapte knepent 4–5 på ekstraomganger.