Det regjeringsoppnevnte Hernes-utvalget leverte i 1988 sin innstilling . Der ble tanken om et «Norgesnett» innen høyere utdanning introdusert. Norgesnettet skulle blant annet innebære en rasjonalisering av høyere utdanning og forskning. Gudmund Hernes, som ledet utvalget, ble kirke- og undervisningsminister i 1990, og fortsatte da sitt reformarbeid innen norsk utdanning. En ny universitetslov trådte i kraft samme år. Denne fikk store konsekvenser for Universitetet i Trondheim, som i realiteten fortsatt besto av to selvstendige høyskoler, en medisinsk avdeling og et museum. Den nye loven styrket UNIT på bekostning av enhetene.