Fem landsbyer har mista statusen som «Pueblo Mágico», hvorav én har fått den tilbake igjen. I 2009 ble Mexcaltitán, Papantla og Tepoztlán strøket fra lista som følge av at de ikke lenger oppfylte krava. Mexcaltitán var en av de tre første landsbyene som ble tatt opp i programmet i 2001, mens de to andre hadde vært med siden henholdsvis 2006 og 2002. San Miguel de Allende var også en del av programmet, men ble tatt ut i 2009 fordi den ble oppført på UNESCOs verdensarvliste året før. I 2010 ble Tepoztlán den første landsbyen som fikk tilbake statusen som magisk landsby etter å ha mista den. Mier ble fjerna fra programmet en kort periode høsten 2011.