Bulgaria var alliert med Hitlers Tyskland og det bulgarske regimet satte seg mot utlevering av sine egne jødiske borgere. I den østlige delen av gresk Makedonia og i gresk Trakia, som Bulgaria annekterte i 1941, fikk ikke jødene beskyttelse av bulgarske myndigheter. Myndighetene i Sofia trakk et skarp skille mellom jødene i de annekterte områdene og jødene i «det gamle kongedømmet Bulgaria». Fra disse områdene ble det deportert jøder til utryddelsesleirene i mars 1943. Deportasjonene skjedde etter en avtale fremforhandlet av Theodor Dannecker, Adolf Eichmanns utsending i Bulgaria. Eichmann reserverte 26 tog til operasjonen. Transporten gikk til Treblinka der alle ble avlivet. Ofrenes eiendom ble avhendet og salgssummen (fratrukket kostnaden ved transporten til Treblinka) ble satt på en bankkonto. Deportasjoene skjedde etter tysk press samt politiske planer om å skaffe nye områder for bulgarske bosettere. Den bulgarske okkupasjonsmakten deporterte alle jødiske innbyggere fra det østlige Makedonia og fra Trakia i en stor synkronisert operasjon. Klokken 4 om morgenen 3. mars stormet bulgarske soldater og politi alle jødiske boliger i byene Kavala, Sérres, Drama, Xanthi og Komotini. I løpet av formiddagen var alle jødiske innbyggere i bulgarskkontrollert Makedonia inkludert Skopje og Bitola internert. De internerte ble fratatt penger og andre verdisaker. Dannecker noterte at aksjonen ble gjennomført uten særlig reaksjon fra den øvrige befolkningen noe som ifølge Dannecker skyldtes at jødene ikke var særlig assimilert. Ingen deporterte overlevde og detaljene omkring denne massakren er derfor lite kjent. De sefardiske samfunnene i området ble med dette utslettet.