Det er ikke kjent når slottet Nyköpingshus ble reist, men hertug Magnus Ladulås førte der de forhandlinger som innebar at den svenske kronen fikk kontroll over Visby. På slottet satt Valdemar Birgersson som fange og døde der i 1302. I 1317 skjedde det som er blitt kalt for «Nyköpings gjestebud» hvor hertugene Erik Magnusson og Valdemar Magnusson ble tatt til fange av sin bror, kong Birger Magnusson, og senere døde. I Albrekt av Mecklenburgs tid var slottet styrt av den tyske ridderen Raven van Barnekow og senere Bo Jonsson (Grip).