Bocanegra hadde sin debut som landslagsspiller for i FIFA World Youth Championship fra 1999. Bocanegra ble utnevnt til kaptein på det amerikanske landslaget for første gang en amerikansk seier den 2. juni 2007 i en vennskapskamp mot . Denne kampen vant USA med 4-1. Bocanegra var med under hele Gold Cup i 2007.