Den høyeste embedsmann i Sørvest-Afrika var administratoren som 1920–1968 ble utnevnt av Sør-Afrika i henhold til folkeforbundsmandatet. Territoriet fortsatte å bli styrt av en administrator, fra 1977 kalt generaladministrator, utnevnt av Sør-Afrikas regjering frem til 1989. Sørvest-Afrika hadde eget regionalt parlament, Sørvest-Afrikas lovgivende forsamling og regionale departementer likt med de sørafrikanske provinser. De innfødte folkegruppers anliggender ble forvaltet av departementet for bantuadministrasjon i Pretoria.