På 400-tallet f.Kr. var de tre poleis på Amorgos, levningene av de gamle byene Minoa, Arkesine og Aigiale, fortsatt virksomme og under beskyttelse av det athenske sjøforbundet. I sjøslaget ved Amorgos i 322 f.Kr. ble den athenske flåten beseiret av makedonerne, som betydde slutten på Athen som en sjømakt.