Med i 1803 ble fyrstbispedømmet slått sammen med riksbyen og de tre riksklostrene til kurfyrstedømmet Regensburg. Siden fyrstedømmet ble gitt til Carl Theodor von Dalberg i egenskap som biskop av Regensburg og primas av Tyskland, ble altså fyrstbispedømmet ikke sekularisert. Det var dermed det eneste fyrstbispedømmet som overlevde som en kirkelig stat.