Scipione Borghese engasjerte i 1609 Ponzio til å restaurere og bygge om den nedslitte tidligkristne basilikaen San Sebastiano fuori le Mura og blant annet gi den en ny fasade. Året etter tegnet Ponzio Fontana dell'Acqua Paola på Janiculum som oppvisningsfontene for en antikk akvedukt som pave Paul V hadde latt restaurere.