Fram til første verdenskrig var befolkningen på Naissaar hovedsakelig svenskspråklig (estlandssvensker), men øyas nærhet til den estiske hovedstaden gjorde at andelen svenskspråklige minket i takt med innflytting av estlendere. Likevel utgjorde svenskene en tredel av befolkningen på Naissaar i mellomkrigstida, da Estland var selvstendig. I 1934 bodde 450 mennesker på øya. Våren 1940 ble beboerne på øya evakuert da Sovjetunionen okkuperte øya og resten av Estland.