Det første tiåret etter 1990 avholdt Marinejegeravdelingen ved DFS, som tidligere, marinejegerkurset, øvrig grunnutdanning og generalmønstringene av marinejegerne. Denne marinejegeravdelingen bestod frem til 2006 av fem marinejegere (én leder, én hovedinstruktør og tre instruktører), som også evaluerte og reviderte utdanningsprogrammene (MUP-ene) som ble utarbeidet på 1980-tallet. De bisto også med den maritime opplæringen for Hærens fallskjerm- og spesialjegere. MUP-ene dekket fortsatt den grunnleggende marinejegerutdanningen og bred og individuell fordypning innen fagfeltet maritime spesialoperasjoner, og ble gjennomført etter prinsippet . Gjennomføring av MUP 1 til 5 tok på denne tiden minimum 30 måneder, og en kunne etter MUP 5 erklæres operativ marinejeger. Treningsmodellen for marinejegerne ser imidlertid ut til å ha fortsatt som før utover 1990-tallet, da MJK per 1994 utdannet og trente marinejegerne i små grupper for å utføre sine pålagte etterretnings- og stridsoppdrag.