Da Hitler rykket inn i Østerrike i 1938 flyktet han atter en gang. Han tillbragte elleve måneder i Sveits, i nærheten av Fribourg, og flyttet så til Fiac i Frankrike, i nærheten av Toulouse, og begynte å undervise ved Det katolske universitet i Toulouse. I 1940 invaderte nazistene Frankrike, og von Hildebrand gikk under jorden. Med hjelp av noen franskmenn, blant andre Edmond Michelet, som utviste stor heroisme, og hjelp fra den amerikanske journalisten Varian Fry, kunne han sammen med sin hustru, sønn og svigerdatter flykte til Portugal. Derifra tok de en båt til Brasil, og så videre til New York.