Hanry har vært gift med Madonnas søster Melanie Ciccone siden 1985. Det var Henrys hustru som fikk ham til å sende sin sang «Stop» til Madonna. Denne ble omarbeidet og innspilt som «Don't Tell Me» på Madonnas album fra 2000. Henrys egen versjon kom på albumet og ble benyttet i en episode av TV-serien . Madonna og Joe Henry har også spilt inn en duett, «Guilty By Association», foruten å ha samarbeidet på en rekke andre av Madonnas sanger.