Merlini døde i 1797 i Warszawa og ble begravet i katakombene på Powązki-kirkegården i samme by, et anlegg som han selv hadde hatt oppgaven med å utforme. De fleste av hans bygningsverker ble enten ombygde i det nittende århundre eller ødelagt under andre verdenskrig og gjenoppbygd eller restaurert etter 1945.