I finnes det 18 forskjellige ferdigheter, «skills», alle med et ferdighetsnivå fra 0 til 200 prosent. Ferdighetene er inndelt i tre hovedkategorier; kampferdigheter («Small Guns», «Big Guns», «Energy Weapons», «Unarmed», «Melee Weapons», «Throwing»), aktive ferdigheter («First Aid», «Doctor», «Sneak», «Lockpick», «Steal», «Traps», «Science», «Repair») og passive ferdigheter («Speech», «Barter», «Gambling», «Outdoorsman»). Ved spillets begynnelse avgjøres verdiene for disse ferdighetene av poengfordelingen i SPECIAL, hvorav de fleste da vil ligge et sted fra 0 til 50 prosent. Hver gang karakteren går opp ett nivå, får man ferdighetspoeng tilsvarende fem poeng pluss det dobbelte av karakterens intelligens. Disse poengene kan så brukes til å forbedre karakterens ferdigheter. Spilleren kan velge å merke tre av de 18 ferdighetene, og disse vil da forbedres dobbelt så raskt som de andre.