Knudsen trivdes ikke på Askov, og slo til straks vennen Jens Bek, forstander for høyskolen i Mellerup ved Randersfjorden, oppfordret ham til å bli prest for Mellerups nye grundtvigske valgmenighet og samtidig undervise på høyskolen. Etter seks år der ble han skilt i 1893, en skandale han så vidt reddet seg igjennom uten å miste sitt embete. Men da han i 1896 giftet seg med forstanderens 19 år gamle datter Helga Bek, ble han fordømt. Det var vanskelig å finne en prest som ville vie en fraskilt, og umulig å fortsette som veileder for skolens elever og menigheten i Mellerup. De nygifte måtte flytte til trange kår i Randers, senere til Sjælland der de i senere år så seg råd til å bo i en staselig villa. Innlosjering under dårlige forhold på turnéene svekket helsen hans betydelig, og nyresmerter og gikt plaget ham fortsatt etter at han var blitt en etterspurt forfatter. I 1901 flyttet han og konen til Glostrup, i 1904 til Nyhusene ved Hillerød, 1909 til Birkerød hvor han døde.