Fra 2008- til og med 2009-sesongen var Dokken trener for Birkebeineren og ledet laget til avdelingsseier i 3. divisjon i 2009. Laget tapte imidlertid kvalifiseringen om opprykk til 2. divisjon. Dokkens engasjement i Birkebeineren ble avsluttet da han gikk fra Odd til Ranheim som spiller. 13. april 2011 ble han imidlertid igjen engasjert som trener for klubben, og førte klubben til opprykk etter at Birkebeineren gikk ubeseiret gjennom serien. Han kombinerte jobben som hovedtrener i Birkebeineren med spill for Sandefjord Fotball. 24. august 2012 ble han hentet til Notodden som ny hovedtrener.