Józef Wróbel utnevnt til biskop av Helsinki den 30. november 2000 av pave Johannes Paul II, og ble ordinert til biskop i Johanneskyrkan i Helsingfors den 27. januar 2001 av kardinal Edward Idris Cassidy, som da var leder av Vatikanets råd for fremme av kristen enhet. Medkonsekrerende var erkebiskop Piero Biggio, apostolisk nuntius til Island, Finland, Norge, Sverige og Danmark, og biskop Gerhard Schwenzer, biskop av Oslo.