Nedslått av vennen Morris’ død i 1896 begynte Burne-Jones’ helse å forverre seg inntil hans egen død 17. juni 1898. Seks dager senere, på intervensjon fra prinsen av Wales, ble det holdt en minnegudstjeneste ved Westminster Abbey. Det var første gangen at en kunstner ble således æret. Burne-Jones ble gravlagt på kirkegården i Rottingdean i nærheten av Brighton som han kjente godt fra 1880 da han kjøpte en feriebolig der.