Amerikanske luftangrep fra 17. til 19. april ødela en femdel av byen og fem hundre mennesker omkom. En eksplosjon inntraff 31. juli 1945 i et ammunisjonsdepot i bydelen Schönpriesen. Dette førte til en massakre av tysktalende innbyggere. Ifølge opplysninger fra tyske kilder ble mellom 1 000 og 2 700 personer drept, mens det ifølge tsjekkiske opplysninger dreide seg om mellom 40 og 100 personer. Ifølge kildene ble et sted mellom 30 og 700 personer drept. Minst 43, trolig over 100 og kanskje så mange som 200, sudettyskere ble massakrert der under Potsdamkonferansens siste dager. Enkelte kvinner og barn ble kastet i elven Labe, og deretter skutt og drept. Massakren ble utløst av en eksplosjon, angivelig forårsaket av en Werwolf-avdeling. Eksplosjonen drepte 39 mennesker. Etniske tyskere måtte gå med hvite armbind med bokstaven N (for , tysk) og var lette å få øye på. Massakren i Ústí ble trolig utført av soldater, milits og noen sivile. Voldsbruken pågikk et par timer før lokale ledere innførte portforbud. Etter krigen gikk det i de tsjekkiske grenseområdene rykter om tyske terrorgrupper kalt . «Werwolf» fikk skylden for den store eksplosjonen i et ammunisjonslager nord i Ústí og dette ble brukt som påskudd for å angripe de gjenværende etniske tyskere i byen. Avisen kommenterte 2. august hendelsen. Avisen la skylden for eksplosjonen på tyskere og oppfordret til «å rense grenseområdene med jernhånd». Det har blitt spekulert i om Tsjekkoslovakias innenriksdepartement iscenesatte eksplosjonen og massakren. På Edvard Benes-broen i Ústi ble det i 1996 satt opp et minnesmerke over ofrene. Fra våren 1945 til slutten av juli var omkring etniske tyskere fordrevet fra Ústí over grensen til Sachsen.