Jeltsin er blitt kritisert for sin innsats som president i Russland; en innsats som omfatter flere regjeringskriser og krig i Tsjetsjenia. Den første krigen i Tsjetsjenia (1995–1996) og økonomiske problemer med ukontrollert inflasjon, økende fattigdom og oligarker som beriket seg, undergravde Jeltsins autoritet og grep om makten midt på 1990-tallet. Ved valget til den nye nasjonalforsamlingen i desember 1993 gikk Jeltsins støttepartier sterkt tilbake. Jeltsin senket etter dette farten i de raske reformene ved overgangen til markedsøkonomi. I august 1994 var han i Berlin da de siste russiske styrkene forlot byen som hadde vært okkupert av de allierte etter andre verdenskrig.