Ulike sosiale og økonomiske grupper ble utsatt mord, fengsling og deportasjon til Sibir grunnet deres økonomiske situasjon, politiske syn, eller tilknytning til det tidligere styret. Det hemmelige politiet slo ned på nasjonalistgrupper og etniske russere og ukrainere ble oppmuntret til å bosette seg i Den moldoviske sovjet-sosialistiske republikk, spesielt Transnistria. På samme tid ble det meste av industrien bygget i Transnistria mens Bessarabia forble et jordbrukssamfunn.