Perioden innebar en reduksjon av havnivået, enten ved at Pangaea hevet seg eller at havnivået sank. I perm lukket det nye innlandshavet Paleo-Tethys-havet seg mellom Pangaea og Asia, etter hvert førte kontinentaldrift til at det ble avløst av det sørlige innhavet Tethys-havet. Europa hadde et svært salt innlandshav, kalt Zecksteinsjøen. Hele Pangaea-kontinentet var omgitt av kjempehavet Panthalassa. Det er sannsynlig at sammenstøtet av kontinentene kombinert med havnivåsenkingen reduserte utbredelsen av grunne innlandshav så mye at mange marine arter mistet sine biotoper og døde ut. Til gjengjeld ble landdyrene lettere spredd.