Hormonet glukagon fremmer nedbrytingen av glykogen. Glykogen blir primært brutt ned av enzymet glykogen fosforylase. Oppbygningen er temmelig lik oppbygningen til amylopektin, med lange, forgreinede kjeder med sammenbundede glukosemolekyler. En kjede har mellom 33 000 og 60 000 glukoseenheter, og de er bundet sammen med α1 → 4-bindinger.