Samme år ble det avgjort at Martin Luther ikke skulle avhøres i Roma, men at han i stedet skulle svare for seg i Augsburg foran Cajetan. De møttes første gang 11. oktober 1518. Luther nektet å tilbakekalle noe, og flyktet fra Augsburg og tilbake til Wittenberg. Han klaget på kardinalen til paven, og snart etter, den 28. november 1518 til et allment konsil. Dermed var konflikten mellom Luther og Den hellige stol for alvor i gang. Fra protestantisk side har det hele tiden blitt framholdt at Cajetan under møtet viste sterk moderasjon, og forsøkte å finne fram til en minnelig løsning.