Ansporet av drapene av påståtte ofre i 1934 i De lange knivers natt, "legitimerte" drap utført på offentlige ordre, uten rettssak eller anklage, begynte Dohnányi å oppsøke kontakter i de tyske motstandskretser. Han noterte for seg selv regimets forbrytelser, slik at i tilfelle av et sammenbrudd av det Tredje Rike ville han ha bevis for disse forbrytelser. I 1938 da hans kritiske syn på det Nazi-rasistiske politikk ble kjent hadde Martin Bormann overført ham til i Leipzig som rådgiver.