Under presidentvalget i 2004 var han opposisjonens kandidat og kom i første valgomgang på andreplass, bak statsminister Adrian Năstase. I den andre valgomgangen ble han imidlertid valgt til Romanias nye president. Årsaken var trolig at velgere som i første valgomgang hadde stemt på det ungarske minoritetspartiet UDMR og det nasjonalsosialistiske og antisemittiske PRM ga sine stemmer til Băsescu i andre valgomgang.