Byggingen av en bymessig bosetning, rundt et stort forskningslaboratorium innen høyenergi partikkelfysikk, startet i 1958, og RosAtoms , IHEP (russisk: Институт физики высоких энергий – ) ble åpnet her i 1965. Instituttet er kjent for partikkelakseleratoren U-70, som var den største i verden da den ble startet opp i 1967, og for annen fysikkrelatert forskning. Protvino fikk bystatus i 1989.