Johan von Cappelen ble i 1657 gift med Bodil (også skrevet: Boel) Ottesdatter (død 1693). Navnene til hennes foreldre er ukjente, men trolig var de norske. Johan og Bodil hadde 6 sønner og 1 datter, men bare 4 sønner overlevde faren: fogden Johan von Cappelen den yngre (1658–1698), Lier, Otto von Cappelen (1659–1742), Bragernes, Ulrich Friderich von Cappelen (1668–1722) Hamburg og deretter i Skien, og Gabriel von Cappelen (1674–1758), Fossesholm. Johan, Ulrich Friderich og Gabriel er stamfedre for hver sin gren av den norske slekten Cappelen.