Året etter ble han utnevnt til øverstkommanderende for «Channel fleet», «Kanalflåten», det vil si flåtestyrkene som forsvarte de mer hjemlige farvannene rundt Storbritannia. Han ble siden kritisert for, og er i dag kjent for, å ha den totale ødeleggelsen av den franske flåten i 1809. Gambier nektet å avse kanalflåten til bombardement av de franske skipene, etter at Lord Cochrane hadde jaget hele den franske flåten på grunn utenfor Rochefort.