Da den engelske borgerkrig brøt ut i 1642 ble mange forfalne slott tatt i bruk som provisoriske festninger. Beeston ble tatt av parlamentarianerne under sir William Brereton den 20. februar 1643. Murene ble reparert, og brønnen ble renset. Samme år steg deler av den kongelige irske hæren i land i Chester. Den 13. desember 1643 snek kaptein Thomas Sandford og åtte soldater seg inn i Beeston nattestid og overtalte parlamentarianerstyrken under kaptein Thomas Steele til å overgi seg, til tross for at de hadde en større styrke og gode murer. Steele ble senere stilt for retten og skutt for dette.