Habitatet utgjøres av tett tropisk regnskog i lavlandet. Javaneshornet trenger vann samt plasser med løs leire. Utenfor paringstiden lever det ensomt og er nattaktiv. Etter drektigheten, som varer rundt 6 måneder, fødes vanligvis et ungdyr. Egget hviler en tid etter befruktningen og derfor er tiden mellom paringen og fødselen bortimot 15 måneder. Ungen dier i bortimot et år og den blir ytterligere to år hos moren. Kjønnsmodenheten skjer for hunndyr etter 5 til 7 år mens det for hanndyr skjer først etter rundt 10 år. Normal livslengde er mellom 35 og 40 år.