Ellers hadde ikke forholdene blitt noe bedre i Basel for bildekunstnere siden han reiste til England i 1526, heller tvert om. Læren til Ulrich Zwingli hadde fått fotefeste og i 1528 var det et stort og voldsomt ikonoklastisk opprør der nesten alt av religiøse bilder og skulpturer i Basel ble ødelagt på en eneste dag. De økonomiske nedgangstidene i kjølvannet av reformasjonen gjorde også sitt til at oppdragsstrømmen til Holbein i Basel nær tørket inn. Han reiste tilbake til England, men familien ble værende igjen i Basel denne gangen også.