I januar 1997 ble Lucien Favre trener for Yverdon-Sport FC som på den tiden stod i fare for nedrykk fra "Nationalliga B". I 1999 ledet han klubben til opprykk til landets elitedivisjon, "Nationalliga A" (i dag kjent som Sveits Super League). Den følgende sesongen havnet Yverdon-Sport FC på en overraskende 5.-plass på tabellen, som ikke bare viste til Favres gode treneregenskaper, men også er lagets beste plassering til dags dato.