For å utrydde kommunismen og hindre ny oppblomstring etter krigen, ble det våren 1941, som forberedelse til invasjonen, satt opp Einsatzgrupper som skulle «pasifisere» de okkuperte områdene. Einsatzgruppene var politistyrker og Heydrich, for RSHA, signerte 26. mars 1941 en avtale med general Georg Wagner, på vegne av Wehrmacht, om arbeidsdeling og kommandolinjer i de erobrede områdene av Sovjetunionen. Avtalen innebar at Einsatzgruppene var underlagt Wehrmachts kommando nær frontlinjen, mens i områder lenger bak overlatt til sivil administrasjon under rikskommissærer skulle Einsatzgruppene opptre nokså autonomt. Det gikk 6. juni 1941 ut en ordre til invasjonstyrken om at inntrykk var nok for å vurdere om en mistenkt person var skyldig.