Etter sin ordinasjon fikk Antonius ansvaret for gjestfriheten i sitt kloster. I denne funksjonen kom han i 1219 i kontakt med fem fransikanere som var på veg til Marokko for preke for muslimene der. Han ble sterkt tiltrukket til deres enkle liv, og da han i februar 1220 fikk høre at det var funnet restene efter fem fransikanske martyrer i Marokko, mediterte han over deres offer. Han besluttet å arbeide tettere med Gud, og fikk tillatelse til forlate sitt kloster for å bli fransikaner. Sommeren 1220 trakk han på seg fransikanernes drakt og begynte å studere Frans av Assisis skrifter. Der mottok han fornavnet Antonius til ære for den hellige Antonius fra Egypt, da dennes ære var dedikert til den eneboerhytten i Santo António dos Olivais, Coimbra, hvor han bodde.