Pasienter som ikke får konvertert atrieflimmeret permanent vil som regel også behandles med medisiner som demper aktiviteten i hjertemuskelen. Dette gjøres for å gi en langsommere hjerterytme som avlaster hjertet, frekvensrekulerende legemiddelbehandling. Det kan også gjøres for å hindre nye anfall med atrieflimmer, profylaktisk behandling. Betablokker er et eksempel på en medikamentgruppe som brukes til begge disse formålene.