Navnet har sammenheng med norrønt «hjarsi» – isse, og «hjarni» – hjerne eller hjelm. Trolig kommer det av den hodelignende høyden på øyen. «Hedno» har også med hår eller hårfeste å gjøre. Navnet er blitt skrevet på svært forskjellige måter opp gjennom tidene, mye på grunn av danske embetsmenns usikkerhet om betydningen (Hennø). «Hernar» er den samme formen som ble brukt i gammelnorsk, og er en flertallsform. Idag uttales navnet bl.a. «hedlane» og «hednøyæ».