Under napoleonskrigene startet byggingen av et omfattende festningssystem. Byggingen ble imidlertid avbrutt under den ungarske oppstanden og revolusjonen 1848–1849, da festningen tjente som en siste skanse for de ungarske revolusjonære. Etter branner og en flere måneder lang beleiring var byen ruinert. I enevoldstiden ble det i byen hovedsakelig foretatt utbygginger for militære formål. Da festningen var ferdig mot slutten av 1870-årene var Komárno et strategisk viktig sted for Østerrike-Ungarn. Byen mistet imidlertid sin økonomiske betydning og dermed også sin betydning blant de øvrige byene i landet.