I februar 781 gjorde Elpidios, guvernør av Sicilia, opprør med den hensikt å avsette henne og innsette Nikeforos som regent for Konstantin VI. Da Irene fikk høre om sammensvergelsen ble hun rasende og tilkalte Elpidios til Konstantinopel, noe han nektet. For å få ham til underkaste seg fikk hun hans hustru og sønner i den bysantinske hovedstaden arrestert, torturert og fengslet. Året etter sendte hun den bysantinske flåte til Sicilia som beseiret ham, men Elpidios flyktet til Afrika og søkte tilflukt hos de muslimske araberne.