I 1822 fikk han utdelt doktorgrad fra Universitetet i Erlangen som konservator og professor. Kun to år senere, i 1824, fikk han tildelt Den bayerske krones fortjenstorden. Fraunhofer ble av denne grunn adlet, og ansett som en av Münchens æresborgere. I likhet med mange andre glassmakere fikk Joseph von Fraunhofer et relativt kort liv, og var bare 39 år da han døde i 1826.