Ved disputasen i Leipzig mot Karlstadt og Luther (27. juni–16. juli 1519) forsvarte Eck kirkens lære. Det dreiet seg ikke lenger om avlat, men om pavens makt, om konsilenes ufeilbarlighet og om sakramentene prinsipielt. Luther forkastet at pavens primat er begrunnet i Bibelen (Matt 16,18), og hevdet at de allmenne konsiler kunne ta feil, slik for eksempel konsilet i Konstanz hadde tatt feil i saken mot Jan Hus.