Museene dekker ulike fagområder, som natur-, kultur- og kunsthistorie samt sjøfart og teknologi. MUST forvalter blant annet gjenstander, bilder, fartøyene «Wyvern» og «Anna af Sand» og den ornitologiske stasjonen på Revtangen. Naturhistorisk avdeling ved museet har ansvar for den nasjonale Ringmerkingssentralen, som organiserer all vitenskapelig ringmerking i Norge. MUST har også et fag- og forskningsbibliotek som er åpent for publikum.