Biblioteket bevarer på nahuatl, den viktigste kilden til informasjon om aztekernes liv før spanjolenes erobring. Blant andre velkjente manuskripter i biblioteket kan nevnes de syrianske Rabulla-evangeliene, Codex Amiatinus, som inneholder de tidligste overlevende manuskriptet fra den latinske Vulgatabibelen, Squarcialupi Codex, et viktig tidlig musikalsk manuskript, samt det fragmentariske Erinnapapyruset som inneholder dikt av en venn av Sapfo.