Fra 1975 til 1979 var Pavel elev ved Jan Žižka militærgymnas. Fra 1979 til 1983 tok han offisersutdanning i Vyškov. Han studerte deretter militær etterretning og hadde kodenavnet «Pávek». Etter kommunistregimets fall i 1989 («Fløyelsrevolusjonen») studerte Pavel ved Defense Intelligence College i USA og Royal Academy of Defense Studies i London. Han har også en grad i internasjonal politikk fra King’s College fra 2006.