Landområdet som utgjør staten Djibouti ble sent befolket. Dette skyldes at landet har mye ørken og lite fruktbare områder. Før kolonitiden var det lite bofaste folk der. Det var stort sett nomader som bodde der i korte perioder. Etter hvert kom det afarer til området fra Etiopia og Eritrea, og issaer fra Adal-kongedømmet i sør. Befolkningen ble religiøst påvirket av araberne og folket ble muslimer. Afarene var slik de fortsatt er, organisert i flere forskjellige klaner og sultanater.