Duchovny er en tidligere vegetarianer og bruker kontaktlinser. Han fikk en øyeskade på grunn av en ulykke i forbindelse med basketball-spill i 1987, som medførte en forstørrelse av en av pupillene. Duchovny holder seg i form gjennom en rekke aktiviteter, inkludert svømming, yoga og boksing. Når han påtok seg den noe kropps-avslørende rollen i tv-serien , begynte han å «».