Den uro som nå var innen kirken, var den egenpåførte; dels overgangsproblemene etter at jesuittordenen ikke fantes mer, der de vedvarende jurisdiksjonskollisjoner på grunn at padroadosystemet og Romas forsøk på å få bukt med det og avskaffe det mer og mer. De to bispedømmene Nanjing og Beijing bestod helt til 1856, da de siste rester ble deler av apostoliske vikariater. Her ble det problemer, som da det i 1780-årene var to apostoliske administratorer utnevnt for ett og samme bispedømme, Beijing; biskop Gottfried Xavier von Laimbeckhofen S.J. utnevnt fra Roma, og pater João d'Espinha utnevnt av portugiserne.