I 2006 begynte også Löwiks sesong med uhell, takket være flere fall mistet han alle konkurransene den våren. På høsten kom han sterkt tilbake, han var nær på å vinne konkurranser og greide å hjelpe lagkameratene til seier et par ganger. Som lønn for strevet ble han satt opp for VM, der han var en av de tre beste nederlenderne sammen med Michael Boogerd og Karsten Kroon.