Da Gillman tok over som hovedtrener for Los Angeles Chargers i den nye ligaen American Football League detn 7. januar 1960 ansatte han Faulkner to uker senere. Laget vant to conference-titler, men tapte i begge tittelkampene mot Houston Oilers. Faulkners forsvar i 1961 var utmerket og Chargers (som da holdt til i San Diego) satte en rekord med 49 interceptions.