Weiner satt i Representantenes hus mellom 3. januar 1999 og juni 2011 som representant for delstaten New Yorks niende kongressdistrikt, som inkluderer sørlige deler av Brooklyn og Queens. Han stilte til borgermestervalg i New York City i 2005, men vant ikke partiets nominasjon. Han vurderte å stille i 2009, men valgte å ikke gjøre det da det ble klart at Michael Bloomberg kunne stille for en tredje periode.