Før ligaene ble enige om en sammenslåing i 1966 var AFL en direkte konkurrent med NFL og arrangerte et eget draft. Dette førte til budkriger om de beste spillerne mellom de to lagene, og at de samme spillerne ble valgt i begge draftene. Som en del av avtalen om sammenslåing som ble signert 8. juni 1966 avholdt de to ligaene et felles draft med flere runder. Da AFL og NFL ble offisielt sammenslått i 1970 ble dette det nåværende NFL Draft. AFLs første draft ble avholdt før sesongstart i 1960. Hvert lag fikk ett «territoriepick» hver som lot dem velge en spiller innenfor en gitt region (det lagets territorie). Deretter ble lagene enige om de åtte beste spillerne i hver posisjon, som ble tildelt lagene i tilfeldig rekkefølge (hvert av de åtte lagene fikk en av spillerne), noe som ble gjentatt frem til alle de 53 plassene i spillerstallet var fylt. Fra og med draftet i 1961 begynte AFL, i likhet med NFL, å dele ut picks basert på resultatene fra fjorårets sesong.