Ninjutsu-mester Hamato Yoshi (Splinter) bærer sine fire kjæledyr-skilpadder gatelangs på Manhattan, når han møter medlemmer av en fremmed rase kalt Kraang. Under en krangel med romvesenene, blir Yoshi og skilpaddene utsatt for Kraangs kjemikalie, kalt mutagen, som får dem til å gjennomgå store fysiske transformasjoner. Yoshi får egenskapene til en brun rotte, og skilpaddene hans antar menneskelige egenskaper. Yoshi trekker seg tilbake til kloakken under New York City, hvor han oppdrar de fire skilpaddene og gir dem kunnskap om ninjutsu.