Hibernian-manager John Hughes signerte Miller i august 2009. I mars 2011 gav Liam Miller uttrykk for et ønske om å forlenge kontrakten med den skotske hovedstadsklubben, men han kunne ikke komme til enighet med klubben om lønnsbetingelsene i den nye kontrakten. Den 3. juni 2011 ble Miller solgt til den australske toppklubben Perth Glory.