Den 17. mai 1969 ble han utnevnt til paven til apostolisk nuntius til Malta. Sykdom hindret ham til å reise Malta og tvang ham til å fratre og la seg pensjonere i en alder av 56 år. Hans etterfølger, Giuseppe Mojoli, ble utnevnt til Malta on 14. november 1969; samme dato som erkebiskop Zupi formelt fratrådte.