Mandanene ble opprinnelig delt inn i tretten klaner (bestående av slektskap, vennskap og arbeidsoppgaver), som ble redusert til syv innen 1781, på grunn av nedgang i befolkningen grunnet koppeepidemien. Nitti prosent av befolkningen døde i koppeepidemien 1837—1838. I 1950 overlevde bare fire klaner.