Grensen mellom nedbørsfeltene til elvene Nilen og Kongo løper gjennom Rwanda fra nord til sør. Rundt 80 % av landet tilhører nedbørsfeltet til Nilen, mens resten (20 %) tilhører nedbørsfeltet til Kongoelva. De fleste større elver i landet ligger på østsiden av vannskillet mellom Kongo og Nilen. Unntaket er Ruzizi, som munner ut i Tanganyikasjøen. Landets lengste elv er Nyabarongo, som begynner i landets nordvestlige del, renner nordover, østøver og deretter sørøstover før den løper sammen med Ruvubu og danner Kagera, som videre renner nordover langs grensen mot Tanzania. Nyabarongo–Kagera munner omsider ut i Victoriasjøen og danner Nilen. Kilden i Nyungweskogen er blant stedene som kan regnes for å være Nilens fjerneste kilde.