Wyszyński deltok fra 1962 til 1965 på alle hovedforsamlingene under det Annet Vatikankonsil og forsøkte å oppnå en større kirkelig vekt på Maria, Jesu mor. Disse bestrebelsene var likevel mislykket. Derimot ble han mot slutten av konsilet kjent for en brevveksling mellom det polske og tyske episkopat, som var av stor betydning for forsoningen mellom polakker og tyskere etter annen verdenskrig og den følgende fordrivelsen. De polske biskopene skrev i sitt brev at de «tilgav og bad om tilgivelse». Kommunistregimet i Folkerepublikken Polen reagerte med forargelse på dette brevet.