Etter sin hjemkomst til Kina i 1880 ble Ma med i Li Hongzhangs sekretariat, og der kom hans kjennskaper innen internasjonal rett til god nytte. Blant andre oppgaver var Ma med på å implementere Qing-regjerinens politikk overfor i Korea i 1880-82 og han tok del i arrestasjonen av Taewŏn'gun. Samme år fremla Ma et utkast til det koreanske flagg, Taeguk, og det ble benyttet og er fremdekes i bruk i som Republikken Koreas flagg. I 1884 ble han involvert i China Merchants' Steam Navigation Company, der han samarbeidet nært med Tong King-sing.