Guðnason begynte sin karriere i Keflavik IF før han signerte for Liverpool FC for £150 000 1. desember 1997. Han tilbragte 3 år i England uten spille en eneste seniorkamp for Anfield-klubben. Han returnerte til Island 27. desember 2000. Han hadde et låneopphold i Knattspyrnufélag Reykjavíkur før han returnerte til Keflavik. Han signerte for Fylkir i 2003, men returnerte igjen til Keflavik i 2009.