Spillet starter en natt i Onett, en liten by i Eageland. I et hus bor en ung gutt ved navnet Ness som sover i sengen sin. Men han våkner etter at et metoritt har landet i bakketoppen i nærheten. Da Ness går opp bakken for å sjekke, blokkerer politiet veien, så går han hjem igjen.