Best ble skadet i andre kvarter i kampen mot Oregon State 7. november. Han hoppet over en forsvarer inn i målsonen og ble taklet i luften, og landet så hardt på bakhodet at hjelmen falt av, som resulterte i en hjernerystelse. Etter en forsinkelse på 13 minutter ble Best båret av banen og fraktet til Highland General Hospital i Oakland. Dette var hans andre hoderystelse på to uker, etter at han pådro seg en mindre hoderystelse uken før mot Arizona State. Han ble utskrevet dagen etter, men fikk ikke spilletid ut sesongen. Den 16. desember annonserte hovedtrener Jeff Tedford at Best ikke kom til å spille i Poinsettia Bowl i 2009, og sa at "'to get him back in game-ready form I don't feel like that's something that we can get done to have him ready to play.'" Den 2. januar 2010 annonserte Best at han skulle stå over sitt senior-år og melde seg for NFLs draft.