Pliskin viser seg senere å være den ekte Solid Snake, som, sammen med Otacon, hjelper Raiden med å finne presidenten. Raiden beveger seg lengre inn i fasilitetene og finner president Johnson, som informerer ham om at Big Shell faktisk bare er en fasade for å skjule en ny Metal Gear. Kjent som «Arsenal Gear», huser den en kraftig AI kjent som "GW", som er i stand til å kontrollere overføringen av digital informasjon. Presidenten påstår også at den demokratiske prosessen for å velge en president er humbug, tull og tøys, og at de som virkelig sitter med makten i USA er en hemmelig organisasjon kalt «the Patriots». Ocelot dreper presidenten kort tid etter avsløringene hans. Raiden beveger seg videre for å deaktivere Arsenal Gear. Snake og en Arsenal Gear-ingeniør, Emma Emmerich (Otacons søster), hjelper Raiden med å laste opp et virus inn i "GW"s kjerne, men opplastningen blir stanset halvveis når Emma blir drept av Vamp. Otacon rømmer med resten av gislene, men Raiden blir fanget.