I mars 1799 brøt krigen igjen ut mellom Frankrike og den andre koalisjonen ved Rhinen. Med mangel på tropper og dårlig organisering fra direktoriet gikk krigen dårlig for Bernadotte, tillike ble han syk i begynnelsen av april. Etter noen ukers rekonvalesens i Tyskland returnerte han til Paris i juni 1799 midt i de politiske intrigene rundt direktoriet. Han ble av Paul Barras tilbudt kommando over alle væpnede styrker i Paris. På tross av at han ble rådet av sine adjutanter og Joseph Bonaparte til å støtte statsomveltningen, holdt Bernadotte seg utenfor kuppet 18. juni 1799, som han hadde gjort ved kuppet 4. september 1797.