Spilleren får rollen som Donkey Kong eller hans venner, og får i oppdrag å utforske en øy og samle forskjellige gjenstander for å komme seg gjennom en rekke minispill og gåter. Spillet følger en tradisjonell historie for serien: Kong K. Rool og hans reptil-Kremlings invaderer den idylliske DK-øya og kidnapper Donkey Kongs venner. Reptilene planlegger å bruke deres Blast-O-Matic-våpen, og ødelegge hele øya.