Trondheimsfjorden har fire hovedterskler. Hovedtersklene er så dype at de generelt ikke hindrer god vannutveksling. Den ytterste danner relativt grunn områder ved Leksa og Storfosna og mellom Hitra og fastlandet. I fjorden er det en terskel ved Agdenes, en ved Tautra og en i Skarnsundet og disse deler fjorden inn i tre bassenger: Bassenget mellom Agdenes og Tautra er Ytterfjorden, mellom Tautra og Skarnsundet er Midtfjorden og Innerfjorden er innenfor Skarnsundet.