Etter Jacksons død ble Hill forfremmet til generalløytnant og fikk kommandoen over det nyopprettede tredje korpset i Lees hær. Dette ledet han under Gettysburg-felttoget i 1863, høstfelttoget samme år, Overland-felttoget og beleiringen av Petersburg i 1864-65. Han sa en gang at han ikke ønsket å leve og se at Konføderasjonen kollapset, og den 2. april 1865, kun syv dager før Lees kapitulasjon ved Appomattox Court House, ble han drept av en unionssoldat, korporal John W. Mauck fra 138th Pennsylvania, mens han red til fronten av linjene ved Petersburg, fulgt av en enslig stabsoffiser.