Fiskeundersøkinger er blitt gjennomført årlig i Aurlandsvassdraget av Norsk institutt for naturforskning (NINA) i perioden 1989–1994, og fra 1995 av Rådgivende Biologer AS. Undersøkingsprogrammet har omfattet kartlegging av ungfisk på et fast stasjonsnett ved elektrofiske, registrering av gytebestanden ved gytefisktellinger, analyse av skjellprøver av voksen fisk fanget i fiskesesongen, og fangststatistikk. I 2001 ble programmet utvidet til å omfatte undersøkinger av antall og tidspunkt for utvandring av laks- og auresmolt. Fra 2002 til 2006 ble det gjort parallelle undersøkinger i naboelva i Flåm som referanse til studiene i Aurlandsvassdraget. Ved full elv er det anadrome elvearealet i Aurlandsvassdraget beregnet til 390 000 m², og arealet i Flåmselva 115 000 m², en forskjell på 3,4 ganger.