Stedsnavnet Merdø kommer sannsynligvis fra ordet «merd» som er et gammelnorsk ord for ruse (fiskeruse). Navnet viser til havnebassenget innenfor øya. Bassenget har form som en ruse med munningen vestover og bunnen mot øst. Havna har god ankerbunn og er nevnt i alle beskrivelser av norskekysten.