I 1933 ble Koppenberg foreslått som generaldirektør og styremedlem for Junkers AG. Som følge av stor suksess med den tremotors Ju 52 flymaskinen, kunne selskapet igjen reise seg. Arbeidsstokken steg fra 750 – 100 000 arbeidere i 1941. I denne sammenheng lyktes det Koppenberg å bygge opp Junkers til å bli en av de mest framgangsrike og vellykkede flyprodusenter.