I det tadsjikiske presidentvalget i november 1991, som fant sted etter at Tadsjikistan fikk uavhengighet, støttet partiet kandidaturet til opposisjonskandidaten Davlat Khudonazarov. Under borgerkrigen i Tadsjikistan støttet medlemmene av Lali Badakhshan opposisjonen, og i 1993 ble Lali Badakhshan offisielt medlem av Den forente tadsjikiske opposisjonen (UTO).