Etaten var tidligere ledet direkte av Kriminalomsorgens sentrale forvaltning (KSF), som var integrert i Kriminalomsorgsavdelingen i Justis- og beredskapsdepartementet. KSF ble skilt ut fra Kriminalomsorgsavdelingen i 2013 og etablert som selvstendig direktorat i Lillestrøm. Etter omorganiseringen skal departementet kun ivareta oppgavene som faglig sekretariat for politisk ledelse og utføre budsjettarbeid, lovarbeid og overordnet etatsstyring, mens KSF – nå Kriminalomsorgsdirektoratet – som direktorat har fått faglig og administrativt ansvar for Kriminalomsorgen. Kriminalomsorgsdirektoratet har om lag 125 ansatte.