Kantonen omfatter øyene Baltra, Bartolomé, Marchena, Pinta, Pinzón, Rábida, Seymour Norte, Santa Cruz og Santiago. Det går en passasjerfergeforbindelse mellom øyene Santa Cruz og Baltra, hvor Galápagos' viktigste flyplass ligger. Fra Baltra er det flyforbindelser til Isabela, Puerto Baquerizo Moreno og fastlandet.