Horowitz gjorde mange innspillinger fra 1928 og helt fram til like før sin død i 1989. Hans tidligste innspillinger ble gjort for EMI, hvor den mest notable er innspillingen av Rachmaninovs andre pianokonsert med Albert Coates og London symfoniorkester fra 1930, historiens første innspilling av dette verket. I 1940- og 1950-årene gjorde Horowitz innspillinger for RCA Victor. I denne perioden gjorde han sitt første opptak av Tsjajkovskijs første pianokonsert. Etter 1953 gjorde han en rekke anerkjente innspillinger hjemme hos seg selv, av blant annet Skrjabin og Clementi.