I april 1979 ble byen Kampala «befridd» av ugandiske frigjøringsstyrker og tropper fra Tanzania, og Idi Amin ble fordrevet fra Uganda. Etter noen overgangspresidenter vant Obote valget i desember 1980. Yoweri Museveni, på den tiden en høyere offiser i hæren, anklaget Obote for valgfusk og gikk «ut i bushen», det vil si startet en geriljakrig. De nærmeste årene var preget av en brutal borgerkrig som etterhvert førte til en sammenbrudd av regjeringen slik at Museveni kunne overta makten i januar 1986.