I 1482 ble Herzog overmannet av ottmanske styrker ledet av sin egen sønn Ahmed Hercegović, som aksepterte islam. I Det ottomanske riket ble Hercegovina en provins (sandsjak) i staten Bosnia. Navnet på landet ble endret til Bosnia-Hercegovina i 1853, som et ledd i at landet skulle innlemmes i Østerrike-Ungarn. I 1878 ble Hercegovina okkupert av Østerrike-Ungarn. Både bosnjaker og serbere følte seg kraftig krenket og stod i sammen mot inntrengerne i mindre kamper som endte i 1882.