Fra 2000 begynte Lars-Erik ter Jung for alvor sin profesjonelle karriere som dirigent. Han dirigerte alle de norske militærkorpsene en rekke ganger og hadde etter hvert produksjoner med Trondheim Symfoniorkester, Kringkastingsorkesteret, Stavanger Symfoniorkester og Kristiansand Symfoniorkester. I en periode var han hyppig dirigent for Nordnorsk Opera og Symfoniorkester. Også Oslo Filharmonien har benyttet ter Jung som dirignet ved flere anledninger, bl.a. da han ledet verdenspremieren på Jan Erik Mikalsens pianokonsert "Just for You" ved Ultima festivalen høsten 2017, med Ellen Ugelvik som solist. Av andre førstegangsfremførelser fra den senere bør nevnes premieren i 2018 på Magnar Åms nye opera «Kimen», bygget på Tarjei Vesaas roman.