Fare for budsjettoverskridelser i Skatteministeriet gjorde at han satte i verk en spareplan, men embedsverket unnlot å påpeke urealistiske sider ved planen. I 1992 ble det avdekket tilfeller av kreativ bokføring ved at påløpte utgifter ble ført på neste års regnskap. Uregelmessighetene har blitt forklart med embedsverkets frykt for represalier. Saken førte til at Folketingets flertall uttrykte mistillit til Rasmussen, som ble anklaget for å ha gitt Folketinget ufullstendige og feilaktige opplysninger. Han var uenig i anklagen, men gikk av som minister for å skåne resten av regjeringen; det berget i stor grad også hans egen anseelse. Schlüter-regjeringen falt på tamilsaken i januar 1993, og ble avløst av Poul Nyrup Rasmussens sosialdemokratiske regjeringer.