Althusser vokste opp som katolikk, og sluttet seg i 1937 til den katolske ungdomsbevegelsen i Frankrike. Da Frankrike ble invadert av Tyskland i 1940, meldte han seg til militærtjeneste, og ble kort tid etter arrestert. I fengselet kom han i kontakt med det kommunistiske miljøet og begynte å nærme seg dette. I 1948 sluttet han seg til Frankrikes kommunistiske parti, og samme år fullførte han utdannelsen sin i filosofi ved prestisjefylte École normale supérieure.