Han er likevel best husket for arbeidene han bidro med til utviklingen av infinitesimalregningen på denne tiden. Den var basert på bruk av uendelig små størrelser eller , men fremgangsmåten ble møtt med kritikk fra mange hold. Mest kjent er kanskje diskusjonene med Thomas Hobbes. Wallis ble derfor en omstridt person, men er likevel i ettertid vurdert som en av de største matematikere England hadde på den tiden.