Etter studier i Uppsala ble Eisen professor 1873. Han begynte på en avhandling om meitemark, den kom ut i 1870, og han fikk et beundrende brev fra Charles Darwin om denne avhandlingen. Eisner regnes som en av de første Darwinister i Sverige Han emigrerte i 1873 til California, der drev han dels biologisk forskning ved stillehavskysten ned til Guatemala. Dels drev han med frukt- og vindyrking. Årene 1892-1899 var han kurator ved det naturhistoriske museet i San Francisco. Han ga ut flere vitenskapelig arbeider om meitemarken, og drev kromosomforskning og praktisk insektsforskning.