Qi Jiguang gjorde seg først fortjent ved sin kamp mot japanske sjørøvere langs Kinas østkyst. For da hans far døde overtok Qi Jiguang kommandoen over Dengzhougarnisonen bare 17 år gammel. Idet hans søsken var enda yngre giftet han seg med fru Wang og lot henne styre de hjemlige anliggendene mens han konsentrerte seg om striden. Ved siden av å bygge opp det maritime forsvaret ved garnisonen tok han og hans styrker etterhvert en stadig vesentligere del av forsvaret av Jizhou (薊州, øst for dagens Beijing) mot mongolske plyndringsangrep i perioden 1548 til 1552.