Når Sydney kommer seg, får hun igjen rollen sin i CIA. I sesong 4 har Sydne avdekket et sjokkerende, klassifisert dokument kalt "S.A.B. 47 Project" som skal ha gitt Jack Bristow fullmakt til å henrette Sydneys mor. Sesong 4 blir avsluttet med at Vaughn avslører en sjokkerende hemmelighet: Navnet hans er egentlig ikke Michael Vaughn. Hans første møte med Sydney var egentlig ikke tilfeldig, og at hans troskap ligger ikke fullt og helt hos CIA. Men før han rekker å røpe mer informasjon, krasjer en annen bil inn i deres bil - og sesongen er over. Når sesong fem begynner, blir Vaughn bortført. Sydney får vite at Vaughn er mistenkt for å være en dobbeltagent. Men han kontakter igjen Sydney, og sier at hans virkelige navn er André Michaux. Han avslører at han etterforsker en hemmelig operasjon kjent som Prophet Five, som på et tidspunkt involverte hans egen far. I løpet av sesongen oppdager Sydney at hun er gravid. Vaughn blir senere skutt, og tilsynelatende drept, på ordre fra Prophet Five-agent Gordon Dean.