Omfattende forskjeller mellom de større gruppenes kroppsbygninger har tidligere også blitt forsøkt forklart med ulike makroevolusjonære teorier. Man antok at kumulative endringer gjennom mutasjoner og naturlig seleksjon ikke kunne være tilstrekkelig, og mente at det måtte finnes «makromutasjoner». Avvikende morfologiske «byggeplaner» ble antatt å oppstå i «forhåpningsfulle monstre» (). I dag har man forstått at det fins ulike typer mutasjoner, bl.a vil mutasjoner i regulerende gener ha en større effekt enn «vanlige» punktmutasjoner. For det andre innebærer mange tilsynelatende kvalitative forskjeller (f.eks. fravær eller tilstedeværelse av komplekse linseøyne) likevel gradvise forskjeller mellom kvantitative egenskaper. I eksemplet med øyet fins alle overganger fra enkle lysømfintlige celler via oceller og enkelt bygde linseøyne til mer komplekse linseøyne med evne til fokusering. Når så mye er sagt, er det langt fra alle slike evolusjonære overganger som er tilfredsstillende forklart.