Bernhard Stein ble født som det åttende av elleve barn til landsbyens skolelærer Nikolaus Stein og hans kone Maria Eva Stein født Kessler i Weiler (ved Ulmen) i Gevenich. Etter barneskolen gikk han først på skole i Mayen fra 1918 til 1921 og deretter på Friedrich-Wilhelms-Gymnasium i Trier fra 1921 til 1923, hvor han ble uteksaminert 19. februar 1923. Deretter gikk han inn på Triers presteseminar, hvor han begynte på sine filosofiske og teologiske studier før han ble sendt til Collegium Germanicum i Roma samme år. Der tok han doktorgraden i filosofi i 1926 og doktorgraden i teologi i 1930.