Wannsee-konferansen var en viktig hendelse under det pågående massemordet på jødene, mens den grunnleggende beslutningen om å sette i gang og gjennomføre massemordet ble tatt tidligere. Protokollen er et uvurderlig historisk dokument. Den samlede planleggingen av holocaust utenom dette møtet er omstridt i ettertid og lite dokumentert, derfor gir protokollen et sjeldent innblikk i beslutnings- og planleggingsprosessen bak holocaust. Det har vært et inntrykk av at konferansen ble avholdt for å gjøre grunnleggende beslutninger om folkemordet; dette inntrykket er vanskelig å forene med den opparbeidete kunnskapen om forutgående hendelser under holocaust.