I desember 1521 forlot Müntzer Praha. I mars 1523 ble han prest i byen Allstedt, og i juni samme år giftet han seg med en tidligere nonne, Ottilie von Gerson. I november ble han forhørt av Georg Spalatin og Fredrik III av Sachsen. Luther presset på for å få en privat konfrontasjon med Müntzer i Wittenberg, men Müntzer ville ha en offentlig debatt, og intet skjedde.