Det finnes ingen store naturlige innsjøer på det portugisiske fastlandet, og de største vannflatene her er kunstige vannreservoar (som Alqueva-dammen på 250 km², den største i Europa). Det er derimot flere laguner i Portugal: I Serra da Estrela ligger Comprida-lagunen og Escura-lagunen som ble dannet av isbreer etter den siste istiden. Pateira de Fermentelos er en liten lagune nær Aveiro Noen av lagunene ligger nær Atlanterhavet, som Albufeira-lagunen (ved Setúbal-halvøya) og Óbidos-lagunen (nær Foz do Arelho, Óbidos). På Asorene er det dannet innsjøer og laguner i de utdødde vulkanene. Lagoa do Fogo og Lagoa das Sete Cidades (to små innsjøer knyttet sammen av et lite sund) er de mest kjente innsjøene på São Miguel.