Muhu oppstod for 440 millioner år siden da klipper av kalkstein steg opp av havet her. Landskapet har derfor en god del fast fjell, den høyeste klippen, , er 21 meter høy. Landskapet er ellers typisk preget av istiden med flate partier og rullestein som brukes i gjerder eller husbygging, særlig i landsbyen Koguva i vest.