Kirken var sognekirke for de tyske kjøpmennene i Bergen mellom 1408 og 1766. Da ble den overdradd kongen etter at de siste bryggegårdene var blitt solgt. Etter den tid var den kirke for den tyske menigheten i Bergen til den i 1874 ble ordinær sognekirke. På kart fra 1757 kalles den , og på kart fra 1864 er den angitt som . Martinskirken var på 1400-tallet sognekirke for sørlige del av Bryggen/Øvregaten. Menighetene var for en stor del inndelt etter grupper: tyske og norske, og de tyske var inndelt etter kjøpmenn og håndverkere. Nikolaikirken kan ha vært sognekirke for nordmenn som fortsatt bodde i området. Da tyske kjøpmenn etterhvert ble enerådende på Bryggen falt dette sammen med geografisk inndeling. Aslak Bolt lot i 1408 de tyske kjøpmennene overta forvaltningen av Mariakirken (med gods og inntekter) og fikk forslagsrett ved ansettelse av prester. Martinskirken ble ikke gjenreist etter brannen i 1702 og da ble Mariakirken sognekirke for alle tyske kjøpmenn.