Som et ledd i Daytonavtalen måtte alle mujahediner forlate landet innen 13. januar 1996. I oktober rapporterte UNPROFOR at det stadig var omtrent 700 i Bosnia. De gjenværende mujahedinene ble et hinder for stabiliseringen av regionen, og spesielt kroatene fremhevet dem som et risikomoment. Det var enkelte trefninger rundt Tuzla, og en mujahedin ble drept av britisk UNPROFOR i oktober 1996. Etter dette ble det lagt et stort internasjonalt press på Izetbegović for å bli kvitt de siste mujadedinene. Iran fortsatte å støtte Izetbegović og overførte $500 000 til hans valgkampanje i høsten 1996. Mot slutten av 1996 brøt Bosnia alt samarbeid med Iran.