Øyene ble kristnet av kong Olav Tryggvason (år 995). De fikk seg en biskop på 1000-tallet, og fra 1152 hørte han under erkebiskopen i Nidaros. Bispesetet for Orknøyene ble flyttet til Kirkjuvåg (Kirkwall), og der ble det bygd en katedralkirke som står den dag i dag. Den var den største domkirken i erkebispedømmet nest etter Nidarosdomen, og var innvidd til den hellige Magnus orknøyjarl (drept 1115).