Beenhakker startet sin trenerkarriere i det små, som trener for SV Epe og BV Veendam, samt assistent for Go Ahead Eagles. I 1972 fikk han tilbud fra SC Cambuur, som på den tiden lå i nest øverste nivå i Nederland. han var der i tre år før han gikk over til Go Ahead Eagles, hvor han var fra 1975 til 1976. Under hans ledelse endte de på en 13.-plass.