Altona var en egen by i Holstein fram til den 1. april 1937 da den ble innlemmet i storbyen Hamburg. Hertugdømmet Holstein med Altona la under Danmarks konge 1640-1864 (blant annet innenfor «helstaten»). På 1600-1700-tallet var Altona en av de viktigste havnebyene for handel med Bergen. Det opprinnelige grensemerket mellom Altona og Hamburg står fortsatt ved byporten Nobistor på Reeperbahn i St. Pauli.