Korrupsjon, særlig blant tjenestemenn på lavere nivå, har vedvart, for eksempel ved utstedelse av tillatelser eller produksjon av identitetsbevis. I 2001 ble det anslått at innbyggerne brukte 0,7 % av inntekten på bestikkelser og dette nivået har vedvart. Senere (2009) ble det rapportert om tiltagende korrupsjon. Etter uavhengigheten har myndighetene innført mange tiltak og lover med sikte på å motarbeide korrupsjon. Tiltak mot korrupsjon var blant annet med sikt på medlemskap i EU. Myndighetene inviterte i 1999 Transparency International til å etablere seg i landet. I 2002 ble den uavhengige etterforskningsenheten lagt direkte under presidenten. I 2009 meldte Transparency International at 30 % av innbyggerne hadde betalt bestikkelser siste 12 måneder. På Transparency Internationals indeks fikk Litauen i 2008 4,6 poeng på en skala fra 0 (fullstendig korrupt) og 10 (korrupsjonsfritt), omtrent som Polen, foran Romania nederst på listen av EU-land. Andre studier av korrupsjon plasserte Litauen (i 2009) i samme kategori som blant andre Russland, Bolivia, Armenia og Venezuela.