Det var også motstand mot føderasjonen, ledet av All-Malaya Council of Joint Action (AMCJA) der Malayan Democratic Union tilknyttet Det malayiske kommunistpartiet var den ledende kraft. AMCJA fikk tilslutning fra Malayan Indian Congress (MIC), Malay Nationalist Party (MNP) og Pusat Tenaga Raayat (PUTERA). Koalisjonen ble kalt AMCJA-PUTERA og hadde Tan Cheng Lock som leder.