Som pave strebet Johannes etter å fortsette Nikolaus Is storstilte kirkepolitikk. Han var en dyktig finansmann, administrator og diplomat, og ikke nøyeregnende med midlene, og arbeidet for å befri Italia fra de muslimske sarasenerne og til å gjøre paven til Italias og keiserdømmets fremste hersker. Det førstnevnte mål forsøkte han å nå med keiser Ludvig IIs hjelp, men han klarte ikke å danne noe varig forbund mot sarasenerne, som i år 840 hadde betydelige kolonier i det sørlige Italia og derfor representerte en trussel mot kristenheten; mot slutten av sitt pontifikat ble han til og med nødsaget til å betale dem en betydelig tributt.