Etter terrorangrepet 11. september 2001 fant etterforskere bevis som kunne tyde på at bin Laden var delaktig i planlegging av angrepet. Bin Laden nektet først offentlig å være involvert i angrepet (men hyllet de ansvarlige for angrepet), men kort før det amerikanske presidentvalget i 2004, bekreftet han på et båndopptak at han og Al-Qaida var ansvarlig for angrepet.