Hannes Schedel var sønn av legeekteparet Franz og Ernerose Schedel. Han studerte humanmedisin ved universitetene i Regensburg og München. Etter studiene arbeidet han et halvt år som assisterende lege ved den onkologiske klinikk hans far hadde grunnlagt. Då gikk hanover, fortsatt innen onkologien, til den radiologiske klinikk og polyklinikk ved LMU München.