I løpet av sesong fem blir maskinen gjeninnsatt i et provisorisk nettverk av datamaskiner i skjul. Men det tar litt tid før programmet fungerer pålitelig igjen, på grunn av skader påført på grunn av strøm-brudd. Samaritan utvikler også en dødelig infeksjon for å tvinge mennesker til å oppgi DNA under vaksinasjon. Dette skal bli brukt til å bestemme hvilke mennesker som skal få leve, eller ikke. Finch stjeler derfor et våpen kalt Ice-9, et virulent datavirus som er i stand til å infisere og ødelegge Samaritan. Selv om dette viruset også kan ødelegge hans egen Maskin, og veldig mye av den globale data-infrastrukturen. Finch ønsker å aktivere Ice-9 innenfor NSA, og dermed til alle data-systemer som NSA er i stand til å nå.