Rettssaken mot Mubarak og hans to sønner, Ala'a og Gamal, samt den tidligere innenriksministeren Habib el-Adly og seks tidligere polititjenestefolk begynte 3. august 2011 i Kairo. Mubarak ble brakt inn i rettssalen på en sykehusseng. Da anklagene om korrupsjon og drap på demonstranter ble lest opp, erklærte han seg ikke skyldig. Mubarak ble etterpå overført til et militærsykehus i utkanten av Kairo i påvente av rettssakens fortsettelse 15. august. Mubarak ble 2. juni 2012 kjent skyldig i medvirkning til drap på demonstranter og ble dømt til livstid i fengsel.