Som pavelig legat til i Frankrike lyktes han i å overtale pave Klemens VIII til å oppheve ekskommunikasjonen av kong Henrik IV (1553–1610). Som legat engasjerte kardinal Medici fdrg for den kirkelige disiplin som tildels var brutt sammen under religionskrigene i landet, ; det lyktes ham imidlertid ikke å overtale kong Henrik IV til å implementere Tridentinerkonsilets beslutninger i Frankrike. En annen oppgave som tilkom ham som legat, var de diplomatiske samtaler mellom Frankrike og Spania, som den 2. mai 1598 førte til fredtraktaten i Vervins.