Marinene består av fire flåter; Østersjøflåten (hovedkvarter ved Baltijsk), Stillehavsflåten (Vladivostok), Nordflåten (Severomorsk) og Svartehavsflåten (Sevastopol i Ukraina). Det er også Kaliningrad spesialområde, som er under kommando av Østersjøflåten, som har integrerte bakke- og luftstyrker.