Den tredje maktfaktor i det sterkt religiøse buddhistiske samfunnet var nettopp inkarnasjonene, og da særlig ulike inkarnasjoner av Bhutans grunnlegger Shabdrung Ngawang Namgyal som, når de ble anerkjent, ble plassert på «den gylne trone». Inkarnasjonen ble ofte anerkjent mens han var barn, og fikk normalt lite makt i forhold til den som oftest erfarne Je Khenpo.