Knowledge Hubs er Academia Europaeas verktøy for regional virksomhet. AE Bergen Knowledge Hub dekker Norden og Baltikum og har særlig ansvar for tema som: Vitenskapelig rådgivning for politikkutforming, marine og maritime forhold, polare forhold, bærekraft, klima og omstilling i tillegg til den nordiske velferdsmodellen. Universitetet i Bergen er vertskap for Huben (siden 2016). Den nåværende kontrakten mellom AE-Bergen og UiB gjelder frem til 2025. Knowledge Hub ledes av professor Eystein Jansen, tidligere direktør for Bjerknessenteret for klimaforskning.