Fiskeværet Bud ved Hustadvika var en stund det største tettstedet mellom Trondhjem og Bjørgvin (Trondheim og Bergen). Dette nøt også det som til slutt skulle bli by godt av. Mellom storgårdene Molde og Reknes vokste nemlig havnen Moldefjæra opp, for det meste basert på handel med trelast til Holland samt sild. I 1604 var Molde ladested under Trondheim. Da Danmark-Norge på 1600-tallet avløste lensordningen med den nye amtsordningen, ble Molde residens for amtmannen i Romsdals amt under Trondheim stiftamt, og grunnlaget for Molde som administrasjonsby ble lagt. I 1705 ble Moldegård amtmannsbolig.