NordForsk har en grunnbevilgning fra Nordisk ministerråd, og samarbeider med nasjonale forskningsfinansierende institusjoner som Norges forskningsråd, Formas, Finlands Akademi, Rannis, Vetenskapsrådet og Danmarks Frie Forskningsfond om finansiering av forskningsprosjekter. Alle prosjekter som mottar støtte fra NordForsk må ha deltakere fra minst tre land.