Rundt 1776 hadde stedet fast bosetting; man regner byens grunnlegger for å være forretningsmannen Gideon Putnam (1763–1812), som slo seg ned der i 1789 og bygde det første hotell i Saratoga i 1802. Men den egentlige grunnleggelse av Saratoga Springs fant sted den 9. april 1819. I 1832 kom den formelle bystatus og det var i forbindelse med at den ble tilsluttet Saratoga and Schenectady Railroad. Jernbanen førte til stadig mer tilstrømning særlig etter at Delaware and Hudson Canal Company overtok i1870 og begynte å trafikkere strekningen mellom New York-Saratoga Springs direkte med Empire State Express.