I august det samme året bevise Isabella sin dyktighet som en mektig hersker på egen hånd. Et opprør brøt ut i Segovia og hun red selv ut for å slå det ned da hennes ektefelle var ute i krig et annet sted. På tross av rådene til sine mannlige rådgivere red hun selv inn i byen for å forhandle med opprørerne. Hun fikk gjennomslag og opprøret ble oppløst. To år senere sikret hun på nytt sin posisjon som hersker ved å føde en mannlig arving, sønnen Johan, prins av Asturias, den 30. juni 1478. For mange var tilstedeværelsen av en mannlig arving en legitimering av hennes posisjon som hersker.