Han var sogneprest i Karasjok 1904, medlem av reinbeitekommisjonen 1909 – 1912, 1916 utnevnt til Statens inspektør for reindriften, 1926 domprost i Tromsø, 1936 sogneprest i Lier, 1951 tilsynsmann for Polhøgda. Nissen skrev om en lang rekke temaer innen samisk historie og samfunnsliv, i tillegg skrev han om andre temaer, slik som norsk karthistorie.