Denne versjonen av spillet ble gitt ut i 1999 og introduserte flere oppdateringer til Age of Empires, sånn som for eksempel porter i steinmurer og -metoden for krigføring. Spillet strekker seg fra middelalderen til tidlig renessanse. har 13 sivilisasjoner, med tilleggspakken blir det 18. inneholder / omhandler også spanjolenes erobring av Mellom-Amerika, Hunernes invasjon av Europa og flere andre klassiske slag.