Ny direktør for instituttet etter Fischers avgang ble Verschuer. Det betydde en tydelig forandring av arbeidsoppgavene i mer klinisk retning som også omfattet medisinske eksperimenter på mennesker som befant seg i forskjellige konsentrasjonsleirer, fangeleirer og pleiehjem. Han forlangte å få sin tidligere student Josef Mengele som i mellomtiden hadde gått inn i SS, med som en assistent i Berlin. Hans oppgave var å drive disse eksperimentene som en del av den antropologiske forskningen. Dette ble spesielt grusomt etter at den 32 år gamle Mengele i mai 1943 ble beordret til lege i Auschwitz, som nettopp var ombygd fra å være en tvangsarbeidsleir for Industrikonsernet IG-Farben, til en dødsleir for alle mulige kategorier «undermennesker», etnisk, sosialt, medisinsk og kriminologisk. Her kunne han blant annet eksperimentere på tvillinger som fremdeles var av interesse for Versucher. Blod og annet biologisk materiale ble sendt til instituttet i Dahlem for å bli analysert. Dette var instituttets mørkeste time. Men likevel ble utviklingen i denne retningen bejublet av Fischer fra hans pensjonisttilværelse.