Klagenfurt blir nevnt første gang i skriftlige kilder fra 1192. Området for dagens by var ganske ubetydelig inntil Maximilian I i 1518 skjenket det til stenderne i Kärnten. Overdragelsen og den senere protestantiske reformasjonsbevegelse på 1 500-tallet førte til en oppblomstring for byen. Klagenfurt ble hovedstad i Kärnten og en rekke byggverk som Landhaus og domkirken ble bygget.