Han giftet seg med Valborg Bærentsen, datter av kjøpmann, lagtings- og folketingsmann Enok Bærentsen. Hennes bror var Christian Bærentsen, den eneste færøyingen som ble amtmann på Færøyene. Thomas Juul og Valborg Petersen fikk sønnene Aksel og Thorstein Petersen og datteren Marie.