De første europeerne kom til området på 1600-tallet, i form av franske pelsjegere. Disse grunnla en rekke handelsstasjoner i området de kalte . Etter syvårskrigen tilfalt området i likhet med hele Ny-Frankrike Storbritannia. Britene grunnla i 1798 befestningen Fort William, som kom til å vokse til en liten by. På 18- og 1900-tallet kom det mange immigranter til området. 10,7 % av befolkningen oppgir å ha finsk bakgrunn, og det hevdes at Thunder Bay med dette er det sted som har den største finske befolkningen utenfor Norden.