Baibars ble tvunget til å overgi Latakia til emir Sunkur av Damaskus den 24. juli 1281. Baibars fikk kontroll tilbake over byen etter fallet til Sunkur. I 1287 berørte et jordskjelv byen og skapte store ødeleggelser på festningsverkene, og ødela «Duetårnet», «Kaitårnet» og fyret. Sultanen Qalawun, som alt hadde erobret den store Johanitterborgen Margat, utnyttet situasjonen og sendte emiren Turuntay for å angripe byen. Den 20. april 1287 falt Latakia til Turuntay.