Schöngarth tiltrådte på en tid da det ytre militære trykk tiltok etter de allertes landgang i Normandie, noe som også utløste økt motstandsarbeid i den nederlandske befolkning. Han reagerte ved å innføre «polske tilstander». I august/september ble 450 motstandskjempere henrettet i KZ Herzogenbusch. Hans underordnede Erich Deppner (da sjef for Abt. IV: Terroristenbekämpfung) fikk oppdraget. Den 11. september 1944 gav han ordre om å slå hardt tilbake: «Wann immer bekannt wird, dass irgendeine illegale Versammlung abgehalten wird oder Widerstandszentren ausgemacht werden können, so sind diese Versammlungen rücksichtslos zu sprengen und die Teilnehmer niederzumachen.» («Niedermachungsbefehl»). Det betød at enhver ansamling av motstandsfolk eller annen ulovlig forsamling skulle møtes med henrettelsaksjoner.