Han stilte til valg til nasjonalforsamlingen i 2013, men ble ikke innvalgt. I mai 2018 ble han valgt til president i partiet Druk Nyamrup Tshogpa (DNT). Fem måneder senere ble han innvalgt i nasjonalforsamlingen, og hans parti fikk flertall. DNT dannet deretter regjering, og Lotay Tshering etterfulgte Tshering Tobgay fra Folkets demokratiske parti som statsminister. Han ble Bhutans tredje demokratisk valgte statsminister, og den første for partiet DNT.