Thierry Hupond ble i 2001 nummer tre i junior-klassen av Chrono des Herbiers. I 2005-sesongen ble han etappetoer ved Ronde du Gard og etappetreer ved Giro della Valle d'Aosta. I 2006 vant han en halvetappe ved Tour de la Nouvelle-Caledonie og ble samme dag nummer to på det andre halvetappen. I 2007-sesongen ble han nummer tre på fjerde etappe av Rhône-Alpes Isère Tour. Han fikk senere en plass som stagiaire på det nederlandske profesjonelle kontinentallaget Skil-Shimano, hvor han ved Tour du Poitou-Charentes kom i topp-10 på en etappe og ved Hessen-Rundfahrt kom på annen plass i klatrekonkurransen. Under Paris–Nice 2008 syklet han tredje etappe i fjelltrøyen etter å ha ligget i brudd og samlet alle fjellpoengene på annen etappe. I Tyskland rundt 2008 ble han nummer tre på sjette etappe, og nummer to på syvende.