Hovedpunktene mellom Ibn Gabirol og Thomas Aquinas var tre: (1) materiens allmenngyldighet, Aquinas hevdet at åndelige substanser er immateriell; (2) formenes pluralitet (flerhet) i den fysiske eksistens som Aquinas benektet; og (3) den aktive kraften til fysiske vesener, som Gabirol bekreftet. Aquinas fastholdt at Gabirol gjorde feil i å overføre til virkelig eksistens den teoretiske kombinasjonen av slekt og arter, og at han således kom til den feilaktige slutningen at i virkeligheten består alle ting av materie og form som henholdsvis slekt og arter. Ettersom Ibn Gabirol ikke er aristoteliker, var det en feilslutning av Aquinas og andre middelaldertenkere å kritisere Gabirols metafysikk for å være en misforståelse av Aristoteles' lære. Det var svært fjernt for Gabirol å gjøre det som de fleste skolastikere forsøkte å gjøre, det vil si å få teoriene til å stemme overens med Aristoteles.