I 2000 ble to SED-funksjonærer og tidligere politbyråmedlemmer, Siegfried Lorenz og Hans-Joachim Böhme, tiltalt for drapet på Gueffroy og to andre unge flyktninger, men ble frikjent. Saken kom opp på nytt i 2004, og Lorenz og Böhme ble dømt til betingede fengselsstraffer på 15 måneder hver. Dommeren la vekt på at det hadde gått svært lang tid siden drapene. Dette var den siste straffesaken mot DDR-ledere for drapene ved muren.