På den aller siste dagen (10. september 2009) av det greske overgangsvinduet, signerte han en 4-års avtale med Panathinaikos FC. Der møtte han igjen spillere som Kostas Katsouranis og Giorgos Karagounis, som han hadde vunnet EM i 2004 sammen med. Seitaridis slet med å etablere seg på grunn av mange skader og manglende form, og var utenfor laget det meste av 2009-10-sesongen. Men den 21. mars 2010 var Seitaridis tilbake på laget i lokaloppgjøret mot rivalelene Olympiakos. Panathinaikos imponerte og avsluttet sesongen positivt ved å vinne The Double.