Etter andre verdenskrig ble republikken Tsjekkoslovakia restaurert og kom raskt under sovjetisk innflytelse. Tuka og Tiso ble etter krigen dømt til døden for landsforræderi og henrettet. Mange slovaker, også hans politiske motstandere, opplevde henrettelsen av Tiso som en urimelig straff. Sett fra Böhmen og Mähren var Tiso en quisling. President Edvard Beneš nektet å omgjøre Tisos straff til livsvarig fengsel. Rettssakene ble ansett som et internt anliggende i Tsjekkoslovakia og ikke som en del av det internasjonale rettsoppgjøret. Saken mot Tiso inngikk i et en intens maktkamp i Tsjekkoslovakia etter krigen. Dommen mot Tiso ble av en del betraktet som en tsjekkisk eller kommunistisk hevn. Nasjonalister i Slovakia forsøkte å sabotere rettsoppgjøret mot lederne i Republikken Slovakia. I en konfidensiell uttalelse i 1943 konkluderte Tiso med at deportasjonen av omkring hadde vært svært gunstig for Slovakias økonomi og uttrykte ønske om å rense landet for gjenværende jøder.