I 1927, etter Jānis Čakstes død, ble han valgt som Latvias president. Som president blandet han seg lite i Saeimas lovarbeide, og han sendte kun én lov tilbake til enda en gjennomgang i Saeimaen, mens Zemgals ofte benyttet sin rett til å gi amnesti. I sin tid som president gav Zemgals amnesti til 648 personer, hvorav 172 mottok fullstendig amnesti.