Elva starter som flere små bekker i skogsområdene øst for Ørsjøen. De samles i Elgsjøen (168 moh), som er Eljas kilde. Fra østsida av Elgsjøen renner elva først mot sørøst, senere sør-sørvest, og passerer gjennom Lysevannet. Like sør for Lysevannet krysses elva av Østfoldbanen og fylkesvei 101. Elja fortsetter videre i samme retning, gjennom et tynt befolket skogsterreng, med enkelte spredte gårder. Ca. 400 meter før samløpet med Enningdalselva ligger den 46 meter høye Elgåfossen, Østfolds høyeste fossefall.