Under planleggingen av den tyske invasjonen av Sovjetunionen (også kjent som operasjon Barbarossa), ble en rekke ordrer om krigsforbrytelser forberedt. Disse ordrene gikk utover humanitær folkerett, og etablerte regler for oppførsel i krig. Kommissærordren og Barbarossa-dekretet tillot tyske soldater å myrde sivile uten å frykte at den tyske staten senere skulle stille de for retten for krigsforbrytelser. Allerede før invasjonen ble regimekritiske offiserer i Wehrmacht klar over ordren, og forhenværende ambassadør Ulrich von Hassel ble gjort kjent med den, og tok privat kraftig avstand. Den tyske historikeren Felix Römer studerte Wehrmachts iverksettelse av kommisærordren, og la frem sine funn i 2008. Det var den første samlede fremstillingen av hvordan Wehrmachts kampstyrker hadde utført den. Römers forskning viser at over 80 % av tyske divisjoner på østfronten skrev rapporter med detaljer om mord på politiske kommissærer. Sovjetisk statistikk oppgir at 57 608 politiske kommissærer ble drept i kamp, og 47 126 ble meldt savnet, flertallet av de ble myrdet i henhold til ordren.