Laget spilte sin første offisielle landskamp borte mot den 29. juni 1976, en kamp de tapte 0–5. São Tomé og Príncipe deltok for første gang i VM-kvalifisering i 2001, hvor laget spilte to kamper mot , men tapte sammenlagt 2–4 og gikk ikke videre. Siden São Tomé og Príncipe hverken har kvalifisert seg til et sluttspill i Verdensmesterskapet eller Afrikamesterskapet, regnes de derfor for å være et av Afrikas svakere lag i henhold til FIFAs verdensranking.