Egeerhavet var fødested for to av oldtidens store sivilisasjoner – minoerne på Kreta og mykenerne på Peloponnes. Senere utviklet bystatene Athen og Sparta seg sammen med mange andre og dannet den greske sivilisasjonen. Egeerhavet har senere vært befolket av persere, romere, bysantinere, venetianere, seljuktyrkere og osmaner.