Kargilkrigen førte til økt spenning og brutte diplomatiske bånd mellom de to landene, en økning i forsvarsbudsjettet i India, og ga trolig det hindunasjonalistiske partiet BJP økt oppslutning. I Pakistan førte krigen til økonomisk og politisk uro, og i oktober samme år tok hæren og general Pervez Musharraf makten gjennom et statskupp.