Som et svar på de proprietære operativsystemene, og på grunn av det Stallman selv omtaler som Symbolics' «destruksjon av hackermiljøet» ved MIT, startet han fri programvare-bevegelsen i 1983. Da ble GNU-prosjektet født, som et åpent operativsystem som skulle gi brukerne full frihet til å bruke, modifisere og distribuere systemet som de ønsket. GNU – et akronym for «GNU is Not Unix» – var som navnet antyder inspirert av det proprietære operativsystemet Unix, selv om Stallman selv hadde liten erfaring med dette systemet. Stallman innså også at GNU måtte ledsages av en rekke verktøy som blant annet en teksteditor og en kompilator om systemet skulle bli en suksess. I januar 1984 sa han derfor opp stillingen ved MIT, men fikk likevel beholde tilgangen til MITs maskiner og andre fasiliteter. Stallman begynte nå å arbeide for fullt med GNU, og den første komponenten som ble klar var GNU Emacs.