Míchel var trener i Rayo Vallecano i en sesong før han jobbet med B-laget og ungdomssatsningen til Real Madrid. Han røk uklar med styret, og dro videre til Getafe CF i 2009. Han ble der i to sesonger, men fikk sparken da laget, som han tidligere hadde reddet fra nedrykk, fortsatt slet nær nedrykksstreken. Míchel tok deretter over Sevilla FC ut 2012.