Fargene i Panamas flagg knyttes til de to store, historisk dominerende partiene i landet. Det blå og det røde i flagget symboliserer etter dette henholdsvis det konservative partiet og det liberale partiet. Det hvite står for fred mellom partiene, mens den balanserte inndelingen av flaggets felter representerer de jevnlige maktskiftene mellom partiene (rotasjon). Den blå stjernen står for renhet og ærlighet, mens den røde stjernen står for lov og autoritet. Blått og rødt knyttes også til de to havene som vasker Panamas kyster: Atlanterhavet og Stillehavet.