Til eksilkubanernes store frustrasjon bestemte innvandringsmyndighetene 5. januar 2000 at faren, Juan Miguel González, hadde foreldreretten, og at gutten måtte sendes hjem. Etter en lang rettsprosess og langvarige forhandlinger nektet grandonkelen Lázaro González å utlevere ham, og Elian ble til slutt hentet av amerikansk politi i en dramatisk kommandoaksjon. Eksilmiljøet i USA reagerte med voldsomme gateprotester, mens Elian ble gjenforent med sin far, som var kommet til Washington fra Cuba for å hente ham. Det varte likevel enda noen måneder før USAs høyesterett bestemte at slektningene i USA ikke hadde rett til å søke asyl på guttens vegne og at bare faren kan ta beslutninger på vegne av gutten. Dermed kunne far og sønn reise tilbake til Cuba.