Opposisjonen ble utsatt for vilkårlig fengsling, tortur og drap. Stroessner skal ha lyttet på telefon da generalsekretæren i Det paraguyanske kommunistiske parti ble partert med motorsag. Regimet har blitt holdt ansvarlig for 3 400–4 500 dødsfall og tusenvis av politiske fanger og torturofre. Forbrytelsene var lite kjent for omverdenen i samtiden. Forbrytelsene er dokumentert i , som ble funnet i 1992 i en av Asuncións forsteder. Arkivet etter hovedstadspolitiets etterforskningsavdeling (DIPC), som utgjorde sentrum for Stroessners maktapparat, inneholdt to tonn med dokumenter. Arkivet inneholder blant annet loggføringer av alle politiske arrestasjoner, nesten 8 400 personmapper, avhørsnotater samt korrespondanse med utenlandske sikkerhetstjenester.