Sommerfelt hadde fått løfte om en vitenskapelig stilling ved det nyopprettede Det Kongelige Frederiks Universitet i Kristiania, da han gikk til naturvitenskapen. Han skulle bli «Docent i Oeconomien» som til tross for tittelen, var naturvitenskapelig. Sommerfelt skrev om dette i forordet til sitt verk Den ble også nevnt i en selvbiografi som han leverte til Kungliga Vetenskapsakademien i Stockholm. Ansettelsen ble hindret av unionsoppløsningen i 1814 og av at universitetet kom under en ny administrasjon. Han reiste deretter til Kristiania, der han fortsatte sitt teologiske studium og i 1816 avla teologisk embetseksamen. Den 12. februar 1818 ble han utnevnt til sogneprest i Saltdal.