Hiss sonet det meste av sin straff i Lewisburg Federal Penitentiary i Pennsylvania. Etter tre år i fengsel ble han løslatt før tiden i november 1954, takket være god oppførsel- Han gikk da tilbake til privatlivet. I 1957 skrev han boken der han nektet for alle anklager. Alger Hiss hevdet til sin død at han var uskyldig.