I 1841 ble fyrvesenet utskilt som en egen organisasjon og senere i 1847 ble også Havnevesenet skilt ut. I 1847 ble et eget direktorat med kun ansvar for vassdrag, innsjøer og kanaler etablert, og dette ble kalt Kanalvesenet. Ansvaret for kanalvesenet var å gjøre elver og innsjøer fremkommelig for tømmerfløting og transport, tørrlegging, samt forebygge flomskader (forbygninger). Jernbanen hørte også til ansvaret for kanaldirektøren. Forbygningsarbeidene bestod i å trygge bebyggelse og dyrket mark, veier og annen infrastruktur, fra flom i elver. Slike tiltak vil innebære å sikre elveskråninger eller bygge flomvern. Å tørrlegge landområder vil si at elver eller innsjøer får senket vannstand for å kunne dyrke marken. Bevilgningene var imidlertid beskjedne så omfanget av arbeidet ble heller ikke stort.