Spillets historie dreier seg om skapninger kjent som Tikis. De forskjellige typene Tikis fyller rollen som antagonister i historien, og erstatter Kremlings fra det tidliger spillet Donkey Kong Country. Spilleren møter også Cranky Kong, som eier butikker over hele øya. Historien begynner når en gruppe ondskapsfulle Tikis kjent som "Tiki Tak Tribe" ankommer Donkey Kong Island etter å ha blitt vekket av et vulkan-utbrudd, og spiller musikk for å hypnotisere dyrene, for det meste elefanter, sebra, sjiraffer og ekorn på øya for å stjele bananer fra Donkey Kong og Diddy Kongs.