Men noen tilbakevendende temaer inkluderer utforskningen av agent Ks opprinnelse, så vel som at J møter individer fra fortiden hans før han begynte ved MIB. I motsetning til film-serien, ligger MIB-hovedkvarteret i det som ser ut som et nedlagt område under LaGuardia lufthavn, i stedet for ved 504 Battery Drive i New York City.