Slutten på rekonstruksjonen markerte tydelig slutten på en kort periode med sivile rettigheter for afroamerikanerne. Innen få år etter rekonstruksjonens slutt, skapte sørstatene et segregert samfunn der hvite og svarte gikk hver sine veier, og med de hvite i sikker politisk kontroll. Nord tillot hvitt herredømme og oppmuntret hvite tidligere konfødererte til å gjenoppta sin normale plass med fulle borgerrettigheter i bytte mot at de hvite ble reintegrert i unionen. Nå som afroamerikanerne hadde fått sin frihet for prisen av 600 000 hvite døde, var der få krav om videre militær intervensjon i sør. Den innledende nervøse agitasjonen for borgerrettigheter ble raskt tonet ned. Mye av borgerrettighetslovene ble kastet av høyesteretten nær slutten av det 19. århundre. I 1883 dømte for eksempel høyesterett (109 US 3 1883) at det 14. tillegget, som etablerte statsborgerskapet til afroamerikanerne, nå kunne brukes på en samling av mennesker som regnes som en, fremfor afroamerikanere. En sørlig-kontrollert kongress stengte seg fra å hindre private forretninger å skille svarte og hvite borgere på offentlige plasser, og kastet dermed borgerrettighetslovene fra 1875. (163 US 537 1896) gikk enda lenger, og gav grunnlaget for statssegregering som lovlig så lenge den sørget for «separate men like» fasiliteter. «Like» ble tolket løst, men denne forordningen gav til slutt en institusjonalisert basis for afroamerikansk politisk mobilisering og organisering i midten av det 20. århundre.