Ganden var det første klosteret i gelug-skolen og ble grunnlagt av Tsongkhapa selv i 1409. Det har av hevd blitt betraktet som det viktigste setet for gelug-ordenens religiøse og politiske makt. Etter Tsongkhapas død ble hans mumifiserte kropp begravd i en grav, kledd i gull og sølv. Før Tibet ble sammenført med Folkerepublikken Kina hadde klostret over 2 000 munker.