I september 1941 ble Heydrich utnevnt til fungerende riksprotektor for Böhmen-Mähren, formelt som stedfortreder for Konstantin von Neurath, med alle fullmakter. Neurath ble satt til side fordi Hitler mente han ikke var hard nok. Heydrich ble praktisk talt diktator for disse okkuperte områdene. Han var fremgansrik som stattholder og følte seg trolig trygg da han slakket av på sikkerheten og kjørte ofte rundt i åpen bil uten livvakter eller annet sikkerhetsoppbud til stede. Heydrich mente at eskorte kunne undergrave tysk prestisje og få tsjekkerne til å tro at han fryktet dem.