Alternativ spleising er et vanlig fenomen i Eukaryota. Ekson fra pre-mRNA kan kobles sammen på mange måter under spleising: noen ekson kan være utelatt, andre skjøtet med bruk av alternative spleisesteder eller intron kan beholdes. Dette resulterer i ett gen kan kode for flere proteinprodukter (isoformer), ofte med ulike funksjoner. Hos familien av gener kalt neurexiner kan hver pre-mRNA bli spleiset på tusenvis av forskjellige måter, og tusenvis av varianter av proteinet kan dermed bli laget fra en primærtranskripsjon.