I de Freycinets regjeringstid ble det vedtatt ny lovgivning for kongregasjoner. Utenrikspolitisk tok Freycinet avstand fra å intervenere i Egypt og bidro til avsluttelsen av alliansen med Russland. Som forsvarsminister 1888-93 og 1898-99 drev han gjennom lovstiftningen av treårig verneplikt og utarbeidet en ny militær organisasjonsplan.