Det var vanskelig for kvinner å få fast stilling etter studiet. Marie Holst skrev humoristisk i erindringsteksten «Dengang –» at det kanskje var en mulighet å bli haremslege i Tyrkia, eller kanskje hun skulle reise til Argentina, åpne praksis der og tjene seg rik. En tredje mulighet hun så, var å «komme med i krigen», men hun endte med en mer jordnær løsning: Hun reiste til Trondheim og åpnet sin egen legepraksis. Hun kom raskt med i byens legeforening og ble foreningens sekretær. Hun ble brukt som sakkyndig lege i rettssaker, var en tid medlem av tilsynskomiteen for byens kommunale sykehus (1902–1905) og styremedlem for Trondhjems folkebad.