I Roma deltok kardinal Beran på frmn siste sesjonsperiode av Annet Vatikankonsil. Der holdt han en tale om alle bekjennelsers samvittighets- og religionsfrihet. I Roma grunnla han «Det tsjekkiske religiøse sentrum Velehrad». Av omtanke til de troende i Praha tilbød han paven flere ganger å tre tilbake, men paven avslo. I 1965 utnevtne paven den i 1949 hemmelig bispeviede František Tomášek til apostolisk administrator av Praha.