Flyvåpendepartementet har sin historie tilbake til 1947 da president Harry S. Truman sanksjonerte en lov som skilte flyvåpenet ut fra armeen som en egen forsvarsgren. Departementet ble formelt etablert 18. september 1947 da høyesterettsjustitiarius Fred M. Vinson tok W. Stuart Symington i ed som den den første flyvåpenministeren.