Wiyot-massakren i 1860 på mellom 80 og 200 indianere, hovedsakelig kvinner og barn, i det fredelige wiyotfolket er godt dokumentert historisk, og ble rapportert i San Francisco og New York av Harte. Da han fungerte som assisterende redaktør for avisen skrev Harte redaksjonelle ledere om drapene mens hans sjef, Stephen G. Whipple, var midlertidig fraværende, og ga Harte lederansvaret for avisen. Harte publiserte en detaljert redegjørelse som fordømte hendelsen: «en mer sjokkerende og opprørende skue har aldri blitt vist for øynene til et kristent og sivilisert folk. Gamle kvinner rynkete og utslitte lå veltet i blod, deres hjerner slått ut og dynket i deres lange grå hår. Småbarn knapt et spenn lange med deres ansikter kløvd av økser og deres kropper fryktelige med sår.» Etter at han publiserte den redaksjonelle lederen ble han truet på livet og ble tvunget til å flykte en måned senere. Harte sa opp jobben og flyttet til San Francisco, hvor et anonymt brev trykket i en avis er blitt tilskrevet ham. Det anklaget at samfunnet i det store og hele ga sin godkjennelse til massakren. I tillegg var det ingen som noen gang ble ført for retten, til tross for bevisene av et planlagt angrep og referanser til bestemte personer, inkludert en rancher ved navn Larabee og andre medlemmer av en uoffisiell milits som kalte seg Humboldt Volunteers. I 1850 var det rundt 2000 av wiyotfolket som bodde i deres tradisjonelle område. Etter 1860 er det beregnet at det var kun rundt 200 igjen.