I første omgang betød emansipasjonserklæringen ikke frihet for de fleste slavene. Utenriksminister William H. Seward sa: «Vi viser vår sympati med slaveriet ved å frigjøre de slaver hvor vi ikke kan nå dem og fastholde dem hvor vi kunne frigi dem.» Hvis en av de opprørske stater var gått tilbake til Unionen innen 1. januar 1863 kunne den ha fortsatt med slaveriet, i hvert fall inntil videre. Proklamasjonen ga kun Lincoln det juridiske grunnlag for å frigjøre slaver i områder som var i opprør, og hadde umiddelbart kun betydning for slaver som allerede befant seg bak Unionens linjer.