Etter å ha vært sammenlagt med Sundhedsministeriet under innenriks- og helseminister Lars Løkke Rasmussen fra 2001 til 2007, ble Indenrigsministeriet i november 2007 nedlagt. Ministeriets områder overgikk deretter til Velfærdsministeriet, som i 2009 skiftet navn til Indenrigs- og Socialministeriet. Indenrigsministeriet ble i 2010 igjen lagt sammen med Sundhedsministeriet og ble til Indenrigs- og Sundhedsministeriet. Ved Helle Thorning-Schmidts regjerings tiltreden 3. oktober 2011 ble Indenrigsministeriet og saksansvaret for økonomi fra Økonomi- og Erhvervsministeriet lagt sammen til Økonomi- og Indenrigsministeriet.