Fra 2006 ble han trener i den gamle storklubben, der han overtok roret etter Tom Prahl. Åkeby hadde en svak sesong bak seg i 2007, der laget ble bare nummer ni i Allsvenskan. Fra deler av Malmös supporterskare ble han mobbet med protestbannere under kampene, med krav om hans avgang. Klubben valgte ikke å benytte seg av opsjonen om å forlenge kontrakten hans ut 2008, og Åkeby var fri på markedet igjen. Han ble tidligere i sesongen koblet til både Gif Sundsvall og Landskrona Bois, før det i november 2007 begynte å gå rykter om forbindelser til den norske klubben Aalesund FK gjennom diverse oppslag i norske aviser. Åkeby selv la mye av skylden for Malmö FF sin dårlige sesong på dommerne i Allsvenskan, mens en av hans spillere, Johan Andersson, la all skyld for sesongen på Åkeby selv.