Misfornøyd med retningen av den bolsjevikiske regjeringen, krevde opprørerne – som Lev Trotskij selv tidligere hadde lovprist som «revolusjonens pryd og stolthet» – en rekke reformer: reduksjon i bolsjevikmakten, nyvalgte (råd) for å også omfatte sosialistiske og anarkistiske grupper, økonomisk frihet for bønder og arbeidere, oppløsning av de byråkratiske regjeringsorganene som ble opprettet under borgerkrigen, og gjenoppretting av borgerrettigheter for arbeiderklassen. Trotskij ville senere hevde at holdningene og den sosiale sammensetningen til sjøfolkene ved Kronstadt hadde endret seg i løpet av borgerkrigen. Han argumenterte også for at den isolerte plasseringen av marinefestningen ville ha gjort det mulig for økonomi å flyte mellom Kronstadt- og emigrantene fra den hvite armé. Trotskij signerte ordren om å knuse opprøret som skisserte en rekke operasjonelle tiltak, herunder også en advarsel til sjømennene om å stoppe opprøret i forkant av et angrep fra den røde armé. Imidlertid deltok han ikke personlig i de militære operasjonene eller undertrykkelsen som ble organisert av Feliks Dzerzjinskij. Ifølge den russiske historikeren Vadim Rogovin hadde arrangørene av Kronstadt-opprøret etablert kontakt med emigrantkretser i Vest-Europa som eksillederen Viktor Tsjernov, som ba om oppløsning av den sovjetiske regjeringen. Stepan Petritchenko selv ville senere forsøke å bli med i den hvite hæren, men ble avvist på grunn av sitt tidligere bolsjevikiske medlemskap.