Fridolin Ambongo Besungu gikk inn i kapusinerordenen den 12. november 1980 og avla sine siste løfter den 4. oktober 1986. Han studerte i hjemlandet og i Roma, hvor han tok grader i moralteologi ved Accademia Alfonsiana. I 1988 ble han presteviet. Han fikk etterhvert følgende stillinger: sogneprest, professor ved Det katolske fakultet i Kinshasa, ordenssuperior og viseprovinsial i den kongolesiske kapusinerprovinsen, president for ASUMA og CONCAU (Regional Associations of Capuchins in Africa) og for «Cri du Pauvre»-komiteen for kapusinerne i Roma.