I 1944 ble Johannes Thorau utnevnt til kommandant ved Hamar kretsfengsel. Ved Hamar kretsfengsel ble Thoraus brutalitet enda mer fremtredende. Han deltok aktivt i tortur og mishandling av fanger, ofte sammen med andre tyske og norske kollaboratører. Hans tid ved fengselet var preget av ekstrem brutalitet og vold mot fangene, noe som gjorde ham til en fryktet skikkelse blant de innsatte.