Etter frigjøringen av Hellas fra okkupasjonen av Nazi-Tyskland i 1945 var det vanskelige tider for musikere. Vamvakaris' type musikk ble ikke lenger regnet som moteriktig. Han ble også hardt rammet av kraftig leddgikt i hendene, noe som gjorde det vanskelig for ham å spille på instrumentene sine. Den nedgangen i hans musikk varte helt frem til tidlig på 1960-tallet da han fikk en liten oppsving i musikksalget sitt.