Mange store klubber fra europa ville signere spilleren etter suksessen i Danmark. Sommeren 2004 gikk han til den tyske toppklubben Werder Bremen for en prislapp på 3 millioner Euro. Han spilte 15 kamper og scoret 3 mål for Werder Bremen. Han var utleid til 1. FSV Mainz 05 i 2006. Han scoret 9 mål på 27 kamper og kom innpå som innbytter i 7 kamper. Zidan kom tilbake fra lån og storspilte i semi-finalen i den tyske cupen og ble man off the match og gjorde slik at Werder Bremen kom til finalen.