Det har tradisjonelt vært hevdet at svartedauden i hovedsak ble spredd av rotter; at pestsykdommen oppsto blant en populasjon av gnagere i naturen og spredde seg til svarte rotter (). Når disse rottene ble bitt av smittebærende lopper ble de syke og døde, noe som gjorde at loppene gikk over på mennesker som levde i tett nærhet til rottene. Denne teorien er i hovedsak basert på observasjoner av pestutbrudd i Kina på slutten av 1800- og begynnelsen av 1900-tallet. Denne teorien har imidlertid møtt sterk kritikk de siste årene.