Europol står ansvarlig overfor Rådet av justis- og innenriksministre. Rådet har ansvar for rettlednings- og kontrollfunksjonene i forhold til Europol. Det utnevner direktøren og visedirektørene og vedtar budsjettet. Rådet er sammensatt av representanter for alle medlemsstatene, og kravet om at alle vedtak må være enstemmige, sikrer demokratisk kontroll med Europol. Europols styre, som består av en representant for hver medlemsstat, har som overordnet oppgave å overvåke organisasjonens virksomhet. Det felles kontrollorganet, som består av to datasikkerhetseksperter fra hver medlemsstat, overvåker innholdet i og bruken av alle personopplysninger som oppbevares av Europol.