Dee sto sprikende mellom vitenskap og magi i en tid hvor skillet mellom disse begynte å bli tydelig. Som en av sin tidsalders mest lærde menn, ble han invitert til å forelese om avansert algebra ved universitetet i Paris da han var tidlig i tyveårene. Dee var en glødende forkjemper for matematikk og en respektert astronom, foruten en ledende ekspert i navigasjon. Han lærte opp mange av dem som foretok Englands oppdagelsesreiser til havs.