Japansk strategisk oppklaring før slaget var også i uorden. En vaktlinje med japanske undervannsbåter var sent ute med å komme i sine posisjoner. Det lot de amerikanske hangarskipene nå sine samlingsposisjoner nordøst av Midway uten å bli oppdaget. Et annet forsøk på rekognosering, var bruk av firemotors Kawanishi H8K flybåt. Planen var å observere Pearl Harbor før slaget og se om de amerikanske hangarskipene var i havn. Det ble forhindret da den japanske undervannsbåten som skulle bunkre flybåten oppdaget at amerikanerne hadde besatt den til da ubebodde atollen French Frigate Shoals de skulle benytte. Japanske styrker var derfor ukjent med de amerikanske hangarskipenes posisjon rett før slaget.