Bruhns etterlot seg fem barn, som svogeren overtok den faderlige omsorg for. Bruhns eneste sønn studerte senere teologi. Nicolaus' bror Georg overtok posten i Husum, men man kjenner ikke til verken komposisjoner eller historiske hendelser som støtter dette, så etter Nicolaus forsvant musikerfamilien Bruhns ut i historiens mørke.