I oktober 1799 vendte Napoléon Bonaparte tilbake fra Egypt og ble entusiastisk mottatt av de fleste i Frankrike. Men Bernadotte var opprørt over at han hadde forlatt sin styrke uten en ordnet kommandooverføring til general Jean Baptiste Kléber. Han anså det som så klanderverdig at Bonaparte burde stilles for krigsrett og tok det opp med Barras, men ble avvist. Først ti dager etter Bonapartes ankomst dro Bernadotte, etter påtrykk fra Joseph og Désirée, til Bonapartes losji for et første treff etter leksjonen i Campo Formio. Møtet gikk dårlig, og i dagene fremover avviste Bernadotte følere fra Bonaparte om støtte ved et statskupp.