Johann Baptist Neuhäusler ble presteviet 29. juni 1913. I 1932 ble han medlem av domkapittelet ved den katolske domkirken i München. Han ble saksansvarlig for kirkepolitiske spørsmål i kardinal Faulhabers erkebiskopelige kurie, og kom således i kirkens fremste forsvarslinje mot den nazistiske kirkeforfølgelse.