Yusuke Naora har kalt spillets atmosfære for sterk og mørk. Denne atmosfæren ble laget med effekter han sier er «darkest of darkest». Historien vektlegger realisme mens den også er bygget på myter, legender, religion og filosofi. Disse konseptene kan sees i spillet, slik som navnet Sephiroth, Clouds personlige konflikter, Aeris' død og livsstrømmen. Tetsuya Nomura har forklart at i begynnelsen av utviklingen var det meningen at bare Cloud, Barret og Aeris skulle være i spillet. En av dem skulle også dø. Han følte at Cloud ikke kunne dø på grunn av at historien sentrerte rundt ham og å la Barret dø ble en for stor klisjé. Han var frustrert over at døden ofte ble presentert i fiksjon som en flott og ofte romantisk idé sentrert rundt offer og gjenoppstandelse. Han foreslo derfor at Aeris skulle dø og ikke returnere siden han ikke trodde at spillerne ville forutsi en slik utvikling i historien og at det ville presentere døden som brå, tøff og uomstøtelig. Sakaguchi baserte livsstrømmen på ideer fra kulturer som tror på en usynlig energi som er i alle planeter og livsformer. Kitase ga livsstrømmen sin fremtoning i spillet.