Marie Pedersen var lærer ved folkeskolen i Trondheim i årene 1913-1928. Hun var styrer for hjelpeskolen i Trondheim i perioden 1928-1939. Fra 1939 var hun direktør for Døve-, blinde og åndssvakeskoledirektoratet i Kirke- og undervisningsdepartementet. 1. juni 1951 ble dette direktoratet slått sammen med Direktoratet for skolehjemmene til Direktoratet for spesialskolene, og Marie Pedersen fortsatte som direktør for det nye direktoratet. Hun gikk av etter oppnådd aldersgrense i 1963. Direktoratet ble nedlagt 1. juli 1963, og oppgavene overført til Kontoret for spesialskolene og det nyoppnevnte Spesialskolerådet.