I Tripuckas to første sesonger på Notre Dame var han reservequarterback bak vinner av Heisman-troféet Johnny Lujack da universitetslaget gikk ubeseiret gjennom 1946- og 1947-sesongene. I 1945 fullførte han kun én pasning for 19 yards og løp to ganger for åtte yards. I 1946 fullførte han én av fem pasninger for 19 yards. Han stod for omtrent en fjerdedel av pasningsforsøkene på Frank Leahys lag i 1947 og fullførte 25 av 44 pasninger for 422 yards, tre touchdowns og en interception og hadde en passer rating på 155,3 i en sesong hvor Irish vant den nasjonale tittelen for andre år på rad. Da Lujack ble uteksaminert tok Tripucka over som starter som senior. Han fullførte 53 av 91 pasninger for 660 yards og satte en universitetsrekord med 11 touchdowns på vei til et sesongresultat på 9–0–1 og Notre Dames tredje ubeseirede sesong på rad. En kamp mot Southern California Trojans som endte uavgjort i sesongfinalen gjorde at Notre Dame falt til andreplass på den nasjonale rangeringen bak Michigan. Han spilte i det årets College All-Star Game.