Fagfellevurdering er ikke den eneste formen for kvalitetskontroll. Den kommer vanligvis i tillegg til forlagenes (eller oppdragsgivernes) interne kvalitetskontroll. Men mens den sistnevnte tar sikte på administrative (for eksempel opphavsrettslige, lovmessige, markedsføringsmessige) spørsmål, er formålet med fagfellevurdering å vurdere og heve det vitenskapelige nivået på publikasjonen.