Johan ble født på Hovøy ved Laukholmen i Brønnøy. Hans far var dampskipslos Hans Andreas Johnsen Nordhuus (1820–1889), som var sønn av stortingsrepresentant for Brønnøy hovedsogn, John Andersen Nordhuus (1785–1863). Johans mor var Kristiane Birgitte Pedersdatter (1818–1890), datter av sjømann og husmann på Indre Torget i Brønnøy; Peder Helgesen (1771–1828).