Den 8. november 2008 utnevnte pave Benedikt XVI ham til apostolisk nuntius til Portugal, der han forble i ti år. I Portugal ble han snart skyteskive for kritikk. Han ble spurt om, men nektet, å redegjøre for sine kriterier for utvelgelsen av nye potensielle kandidater for biskoper, noe Den portugisiske bispekonferanse angivelig skulle ha bedt om. Passagiato ble anklaget av prester for å ta beklagelige avgjørelser. Han skulle ha favorisert biskopskandidater som var «tradisjonalister» og «karriereorienterte», og for å «ikke lytte til folk».