Weishaupt gikk inn i den akademiske verden som sin far, som hadde vært professor i jus, og sin fosterfar. Han fikk en doktorgrad fra universitetet i Ingolstadt i 1768, ble ansatt der i 1772, og utnevnt til professor i kirkerett i 1773. Han var den første på svært lang tid som fikk en stilling i kirkerett uten å være geistlig, noe som skapte mye bråk ved det jesuittdominerte universitetet. Han var kjent som en kranglevoren og temperamentsfull mann, og bidro nok selv til kontroversene.