Etter at bygningen hadde blitt skadet i et jordskjelv ble den gjenåpnet i 2000 etter å ha blitt renovert og restaurert for 20 millioner dollar. Takket være renovasjonen ble Benakimuseet det eneste i Hellas som viser de besøkende den greske kulturen og historien til fulle. Utstillingen fokuserer ikke på nasjonalisme, men anerkjenner og feirer den innflytelsen utenlandske kulturer har hatt på den greske.