Potidea var medlem av den første allianse mellom Athen og Delos, men folket gjorde opprør mot Athen i 432 f.Kr. og gikk ut av forbundet i 432-431 f.Kr. med støtte fra Korint og kong Perdikkas II av Makedonia. I 431 f.Kr. ble byen beleiret og underkastet av den athenske hærføreren Kallias II, og grunnet slaget ved Poteidaia i 430 f.Kr. Den ble deretter tvunget til å ta imot bosettere fra Athen. Da peloponneskrigen var over ble Potidea frigjort fra Athens herredømme i 404 f.Kr., men Athen gjenerobret byen i 361 f.Kr. og den mottok sin andre bølge av athenske innflyttere. I 356 f.Kr. ble byen erobret av Filip II av Makedonia som lot byen bli rasert og jevnet med jorden før den ble overlatt til byen Olynthos som lå rundt 10 km unna.