Andrelaget til Fortuna samarbeidet i 2008 med Sportsklubben Guard, og laget vant 3. divisjon avdeling Sunnmøre overlegent. I januar 2009 var det snakk om å slå sammen Guard og Fortuna igjen, men Fortuna stemte nei på det ekstraordinære årsmøtet. I stedet valgte de samarbeid med Aalesunds Fotballklubb, og fikk dermed bruke Color Line Stadion i Toppserien 2009, der de ble sist og rykket ned med bare tre poeng etter 22 kamper. Slinning ga seg som trener etter 2009-sesongen.