Kirgiserne innvandret på 1400- og 1500-tallet og blandet seg med den opprinnelige befolkningen. Området rundt Issyk-Kul tilhørte Dzungar-khanatet fra midten av 1600-tallet. Da Qing-dynastiet var på sitt mektigste midt på 1700-tallet, erobret de khanatet slik at området kom under kinesisk kontroll. Fra midten av 1800-tallet økte den russiske innflytelsen, og i 1876 ble området formelt en del av Det russiske keiserdømmet.