Da Frans hørte at et portugisisk skip hadde kommet til Funai (Oita) på Kyushu, bestemte han seg til å benytte anledningen til å dra tilbake til India, for derfra å utvide virksomheten til Kina. Etter to år i Japan overlot han sine konvertitter til pater Cosme de Torres og broder Juan Fernandez, og da han forlot Japan, var det over 2 000 kristne i landet.