Hans høyere utdannelse var ved universitetene i Thessaloniki og Athen i 1950, og så ett år ved Det økumeniske institutt i Bossey i 1955. Mellom 1960 o g1964 foretok Zizioulas doktorgradsforskning under den ortodokse teolog Georges Florovsky (1893-1979; innehaver av lærestolen for på Harvard og medlem av den ortodokse kirke), og var ved . Han tok doktorgraden i 1965 ved Universitetet i Athen.