Hun var datter av Corfitz Eriksen Hardenberg til Skjoldemose og Mette Christiernsdatter Skram. Hennes farbror var Eiler Hardenberg, som var daværende prins Frederiks hoffmester på Malmøhus. I 1557 nevnes Anne blant dronning Dorotheas jomfruer, en stilling hun besatt til dronningens død i oktober 1571. Hun hadde brevvekslet med prins Frederiks søster, kurfyrstinne Anna av Sachsen, samt med sin gode venninne Birgitte Gøye.