Den lengre av de tre kildeelvene er Jefferson River (328 km), og den oppstår ved foreningen av de to elver Big Hole River of Beaverhead River (hvis øvre løp heter Red Rock River). Red Rock Rivers kilde er dermed Missouris egentlige kilde, og er ca 45 kilometer øst for West Yellowstone i det nordvestlige Wyoming. Red Rock River flyter ned i Clark Canyon-dammen og heter derunder så Beaverhead River. Beaverhead opptar nordøst for byen Twin Bridges den fra vest tilflytende Big Hole River og blir til Jefferson River.