Man kjenner ikke alle detaljene i Jens Nilssøns liv, men livshistorien hans er likevel bedre kjent enn de fleste 1500-tallsmenneskers i Norge. Han var født i Oslo i 1538 (fødselsdagen er ukjent) som sønn av en dansk mann, Nils Jørgenssøn, og en norsk kvinne, Hilleborg Jonsdatter (død 1578). Faren døde allerede i 1549. Moren tok ham da med til Danmark, hvor han gikk på skole i København og Roskilde. I 1551 var han tilbake i Oslo og fortsatte studiene her, før han i 1554 igjen ble sendt til København for å avslutte skolegangen. Han ble student i 1556 og studerte antakelig ved universitetet i København et par år.