Kishi studerte rettsvitenskap ved Tokyo keiserlige universitet (som nå heter Universitetet i Tokyo) og tok avsluttende eksamen i 1920. Deretter hadde han flere stillinger i et departement. I 1935 ble han en av de øverste tjenestemenn som var involvert i industriell utnyttelse av delstaten Manchukuo, hvor han også ble beskyldt for å utnytte kinesiske tvangsarbeidere.