De aller fleste faraoene var menn, men det var også noen kvinner som påtok seg denne rollen. Det var ikke uvanlig at dronningmødre regjerte i sine sønners navn dersom disse arvet tronen i svært ung alder. Noen dronninger påtok seg også fullt kongelig tittelatur og regjerte i sitt eget navn. Forskerne enes om i hvert fall fire: Nitokris i det 6. dynasti, Sobekneferu i det 12., Hatshepsut i det 18. og Tawosre i det 19. dynasti. I tillegg er det mange som mener at Nefertiti, Akhenatens dronning, også burde føyes til listen.