Etter å ha fullført sin medisinske eksamen i 1855 reiste Mudd tilbake til Charles County der han ble født, for å praktisere medisin. Han giftet seg med sin barndomskjæreste som han etter hvert fikk ni barn sammen med. De fikk fire barn sammen før Mudd sin arrestasjon for drapet på presidenten, og de fikk fem barn til etter at Mudd hadde blitt løslatt fra fengselet etter fire år bak murene.