Kommunen Waldhufen ble opprettet den 1. mars 1994 gjennom en sammenslåing av de fire tidligere kommunene Diehsa, Jänkendorf, Nieder Seifersdorf og Thiemendorf. Navnet henspiller på kommunens bosetning i et skogrikt område. Stedet Jänkendorf ble første gang omtalt i 1346 som , Thiemendorf omtales første gang i 1389. Diehsa omtales første gang på 1300-tallet og oppnådde status som handelsby i 1670.