Den senere middelalderperioden markerte et «kulturelt høydepunkt» med overføringen av Hebridene til kongeriket Skottland og framkomsten av klan MacDonalds herredømme over øyene (Lord of the Isles), opprinnelig sentrert i Finlaggan. I løpet av 1600-tallet ble herredømmet til klan MacDonald svekket, men bedringer i jordbruket og bedre transport førte til en befolkningsøkning som toppet seg på midten av 1800-tallet. Det ble fulgt med en betydelig tvangsflytting og nedgang i befolkning.