På Stortinget har han vært Arbeiderpartiets førsterepresentant i tre stortingsperioder (1993–1997, 1997–2001 og 2001–2005), og han var parlamentarisk leder for Arbeiderpartiets stortingsgruppe 1993–1996 og 1997–2000. Jagland var medlem av Stortingets Utenrikskomité fra 1993 og ledet komitéen fra 2001 til 2005. Dessuten var han medlem av Lagtinget, Den utvidede utenrikskomiteen samt Forsvarskomiteen. Jagland har også vært leder av Stortingets valgkomité.