En gang mellom år 2600 f.Kr. og 2000 f.Kr. synes det som om byen ble i stor grad forlatt. Det var på en tid da sivilisasjonen i Indusdalen var på sin midterste utviklingsstadium. Det har blitt foreslått at beboerne i Mehrgarh utvandret til den fruktbare Indusdalen etterhvert som Balutsjistan ble mer gold og uttørket på grunn av klimatiske endringer.