I rettsoppgjøret som fulgte etter nazistenes kapitulasjon nektet Ilse å bidra til å få sin mann erklært sinnssyk i forsøket på å få ham benådet, og mente det ville være å dolke ham i ryggen. Juni 1947 ble Ilse Hess arrestert og plassert i en interneringsleir i Augsburg-Göggingen, men ble løslatt igjen i mars 1948. Hun tok aldri avstand fra den nazistiske ideologi og beundret Hitler hele livet.