Han var en av Slobodan Miloševićs håndgangne menn, og var tiltalt for krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten ved Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia. Han overga seg til tribunalet i januar 2003, en måned etter at han var gått av som president, og satt i varetekt i Haag til 2009. Tiltalen mot Milutinović omfattet deportasjon, drap som forbrytelse mot menneskeheten, drap som brudd på krigens lover og «andre umenneskelige handlinger» under krigen i Kosovo. Blant annet ble han gitt han ansvaret for massedrap i Račak, Bela Crkva, Mala Kruša og Velika Kruša, Đakovica, Padalište, Izbica, Vucitrn, Meja, Dubrava, Suva Reka og Kačanik i 1999. Han ble frikjent på alle punkter den 26. februar 2009.