Det er mulig at deler av samlingen ble ødelagt av brann. Biblioteksbranner var vanlig, og erstatning av håndskrevne manuskripter var svært vanskelig, kostbart og tidkrevende. Papyrusruller hadde uansett begrenset varighet. Selv om de ble oppbevart i bygninger av stein, gjorde det fuktige klimaet i Alexandria at de vanskelig tålte mer enn et par hundre år. Skulle innholdet i alle rullene fra 200-tallet f.Kr. bevares, krevde det et omfattende kopieringsarbeid, som ikke er nevnt i kildene. Det finnes heller ikke omtaler av et stort, eksisterende bibliotek senere enn før Kristus.