I løpet av de siste årene av sitt liv var Ortiz de Domínguez involvert i flere radikale politiske grupperinger. Hun nektet alltid å ta imot noen form for belønning for sitt engasjement i uavhengighetsbevegelsen, og hun hevdet at hun bare gjorde sin plikt som patriot. Ortiz de Domínguez døde i 1829 i Mexico by. Hun ble opprinnelig gravlagt i klosteret Santa Catalina de Sena, men senere ble hennes levninger flyttet til Querétaro. Regjeringen i Querétaro har gitt henne tittelen nasjonalhelt av Mexico, og over hele landet er en rekke gater og steder oppkalt etter henne.