I april 1983 ble Izetbegović og tolv andre muslimske aktivister inkludert Melika Salihbegović og Hasan Čengić stilt for retten i Bosnia for en rekke tiltaler, hovedsakelig for «fiendtlige aktivitet inspirert av muslimsk nasjonalisme», «forening med hensikt til fiendtlige aktiviteter» og «fiendtlig propaganda». Spesifikt ble de anklaget for å ha den intensjon å skape et «etnisk rent muslimsk Bosnia og Hercegovina». En påstand som ble først og fremst basert på . Izetbegović ble videre anklaget for å ha organisert en reise til Iran og en muslimsk kongress som skal ha funnet sted der. Alle som ble stilt for retten ble dømt og Izetbegovićs dom var 14 år i fengsel. Dommen ble kritisert og fordømt av mange vestlige menneskerettighets organisasjoner som Amnesty International og Human Rights Watch som påpekte at de tiltalte ikke var mistenkt for å bruke eller å ha hisset til vold. Senere i mai ble straffen redusert til 12 år. Han ble benådet i 1988 da det kommunistiske styre begynte å snuble, men oppholdet hadde allerede gjort store skader på hans helse. Rettssaken hadde også en annen uheldig konsekvens; den ble sett på som en rettssak mot islam som et politisk system og bidro sterkt til den økende paranoia angående muslimer i Jugoslavia som eksisterte blant folk.