I første runde av nyvalget, avholdt 28. november 1999, fikk Sanhá nest flest stemmer (23,37%). I den afgjørende annenrunden, avholdt den 6. januar 2000, fikk han kun 28,0% av stemmene, mot Kumba Ialás 72,0%. Militærjuntaen ledet av Asumane Mané støttet hans kandidatur.