Italia og Tyskland okkuperte Jugoslavia i 1941 (Italia hadde okkupert Albania to år tidligere). Under okkupasjonen ble Albania og Kosovo slått sammen. Etter den italienske kapitulasjonen i 1943 ble Kosovo besatt av tyske styrker. Fra 1943 medvirker kosovoalbanere som partisaner i kamp mot okkupanten. Omkring 100.000 etniske serbere forlot Kosovo til under krigen på grunn av antatt nasjonalistisk terror av albanske grupperinger. Tyske styrker trakk seg ut i oktober 1944 og Titos styrker overtok. Albanske styrker gjorde væpnet motstand og Tito satte i februar 1945 Kosovo under militært styre for å overvinne motstanden.