Aktivitetene til grammatikkskolen og oversetterseminaret opphørte som følge av den polsk-svenske krigen (1601). Deretter ble Tartu svensk – noe som ledet til grunnleggelsen av universitetet i 1632 av Kong Gustav II Adolf av Sverige. I 1721 ble byen en del av det russiske imperiet, noe den fortsatte å være inntil 1918.