Mausollos invaderte også deler av Jonia og kontrollerte andre på ubestemte tidspunkter i hans regjeringstid. I tillegg til deres nye hovedstad ved Halikarnassos, hadde Mausollos og Artemisia betydelig kontroll over de andre greske byene på kysten av Karia, som Iasos, Miletos og Knidos. En del av denne kontrollen hadde diplomatiske elementer. For eksempel bodde astronomen Eudoksos fra Knidos, som utviklet en kosmisk modell av konsentriske sfærer, ved hoffet til Mausollos og kan ha hjulpet til med å styre politikken til Knidos slik satrapen ønsket. Mausollos’ styre ble håndhevet med brutalitet, skjønt forfatteren Polyainos rapporterte at Mausollos hadde gjort sin bror Idrieus til stedfortreder for å erobre den befestede byen Herakleia ved Latmos. Senere lot han som om han sendte tilbake byens gisler som Idrieus hadde tatt til fange, og etter å ha vunnet bybefolkningens tillit, gikk han i bakhold i byen om natten etter at alle innbyggerne hadde forlatt dens murer for å se på hans militærprosesjon. Hver for seg skrev den samme forfatteren hvordan Mausollos’ søster og kone Artemisia fanget den samme byen ved et lignende bedrag, og distraherte byens befolkning med en religiøs prosesjon av kvinner, evnukker og musikere, i stedet for soldater.