Larsen ble i desember 2016 valgt til sametingspresident. Rådet hun dannet besto av Arbeiderpartiet, Árja og Høyre. Fra desember 2016 til 28. januar 2017 besto rådet av president Vibeke Larsen (Ap), Ronny Wilhelmsen som visepresident (Ap), Mariann Wollmann Magga (Ap), Lars Filip Paulsen (H), Inger Eline Eriksen Fjellgren (Árja). Den 28. januar 2017 meddelte Larsen at hun gikk av som sametingspresident, men innen et døgn hadde hun omgjort denne beslutningen.