Den første kjente referansen til Halle er i et dokument fra 9. mai 1246 der biskop Engelbert av Osnabrück utveksler kirken i Halle og alle dens eiendommer og skattekrav mot tilsvarende i Rheda. Imidlertid nevnes de to landsbyene Oldendorf og Gartnisch, som idag er en del av byen, tidligere enn dette - allerede i det 11. århundre. På 1500-tallet ble innbyggertallet estimert til 350. Halle fikk bystatus av Wilhelm I av Prøyssen i 1719.