I løpet av sitt pontifikat kom ved siden av Frankrike og Skottland også Portugal, Aragon, Kastilla, Navarra, Sicilia, Kypros, grevskapet Savoia og deler av Tyskland under den klementinske obediens - det vil si, de holdt seg til motpaven Klemens VI. Johanna I av Napoli var en svak herskerinne som pendlet ustanselig mellom pave og motpave. Til slutt ble hun myrdet av pave Urbans nepote Karl av Durazzo, som ble hennes etterfølger og kalte seg kong Karl III av Napoli. Karl kom så på kant med pave Urban VI. Kongen hadde vegret seg mot pavens ønske om å avstå noen av Napolis vakreste provinser til Kirkestaten – noe som vel var ansett som en motydelse til paven for hans støtte av Karl etter mordet på Johanna. Pavelige styrker angrep da Napoli. Karl avverget angrepet, og ble deretter tilhenger av pave Klemens VII.