På slutten av 1980-tallet arbeidet han på Agder distriktshøgskole som førsteamanuensis i fagoversetting. I 1997 ble han ansatt som professor II i nynorsk skriftkultur på Høgskulen i Volda. Han ble Norges første professor i nynorsk skriftkultur, og leder for Ivar Aasen-instituttet. Fra 2003 til 2006 var Walton leder for prosjektet «Det opne språket», finansiert av Norges forskningsråd. Han har også vært leder for to Nordplus-nettverk.