I 1929 reiste Ola Apenes til Mexico, der han ble introdusert for mayaenes kultur og -kulturhistorie. Dette førte til at han i voksen alder begynte å studere meksikansk arkeologi og språk ved siden av ingeniørjobben. I løpet av få år skapte Ola Apenes seg et navn som fremragende ekspert innen mayaforskning både i Mexico og i utlandet, særlig USA. Spesielt opptatt var han av mayaenes tidsregning, og han brukte flere år på å avkode og beskrive kalendersystemet. I november 1937 dannet han sammen med andre forskere Mexicansk Antropologisk Selskap, et eksklusivt forskerselskap. Innen han døde i 1943 fullførte han en arkeologisk kartlegging av Mexico-dalen.