I 1979 besluttet Bergenske Dampskibsselskab (BDS) å selge sine fire hurtigruteskip til Troms Fylkes Dampskibsselskap (TFDS). MS «Polarlys» fikk med dette nye skorsteinsfarger (en bred hvit stripe med en smal rød over og under) og Tromsø som hjemmehavn. Men hun beholdt navnet og også stjernen i baugen som alle BDS sine skip hadde. 19. november 1981 grunnstøtte hun på Øyaskjæret i nærheten av Sandnessjøen og gikk til Mjellem & Karlsen Verft i Bergen for reparasjon og modernisering. I mars 1982 var skipet ferdig og hadde fått ny hovedmaskin, og toppfarten var nå 17,5 knop. I 1983 ble hun igjen oppgradert ved Mjellem & Karlsen. Nå ble lugarer med toalett installert, noe som reduserte køyekapasiteten til 172. Den 6. juli 1993 ble MS «Polarlys» tatt ut av hurtigrutetrafikk og ble erstattet av MS «Kong Harald».