Pandit var junior finance professor ved Indiana University Bloomington før han begynte i finansfirmaet Morgan Stanley. Som leder for Morgan Stanleys institutional-securities division fra 1994 til 2000 ledet han selskapet mot utstrakt bruk av elektronisk handel med finansprodukter og var sentral i å bygge opp firmaets meglertjenester som støtter Hedgefond. Pandit ledet Citigroups institutional-securities divisjon fra 2000 inntil mars 2005.