Neste større sideelv er Innoko, som også er 805 km lang, med utgangspunkt i Kuskowimfjellene i vestre Alaska. Den munner ut i Yukon-elva ved Holy Cross. Elva er vernet i de øverste områdene. Lengre nede får den tilsig av en egen bielv, Iditarod, som er 523 km lang. Totalt nedbørfelt for Innoko River er 6 500 km².