Brian Jones ble født på "the Park Nursing Home" i Cheltenham i Gloucestershire 29. februar 1942. Jones vokste opp i et typisk middelklassehjem med reserverte foreldre, Lewis Blount Jones og Louisa Beatrice Jones (født Simmonds). Foreldrene stammet fra Wales. Da Brian var fire år, fikk han krupp, noe som gav ham astma som varte livet ut. Brian hadde to søstre; Pamela, som ble født 3. oktober 1943 og døde 14. oktober 1945 av leukemi; og Barbara, som ble født 22. august 1946.