Fra 1942 til 1945 vendte Dulles under andre verdenskrig tilbake til hæren, og ble hentet inn av sjefen for OSS, general William Joseph Donovan, som direktør for Office of Strategic Services (OSS) i Europa, med base i Bern (agentkode 110). Han dekke var rollen som assistent for den amerikanske ambassadør i Sveits.