Nighy er født og oppvokst i Caterham, Surrey i England der faren drev et bilverksted og moren var sykepleier. På skolen utmerket han seg i engelsk og engelsk litteratur, og var en stor beundrer av Ernest Hemingway. Han ønsket å bli journalist, men hadde ikke gode nok karakterer til utdanningen. Han fikk derimot jobb som bud i . Etter dette dro han til Paris for å skrive sin store roman, men kom ikke lenger enn til tittelen. Da han gikk tom for penger, ble han sendt hjem til England av den britiske ambassaden. Da han kom hjem, foreslo en venninne at han kunne prøve seg som skuespiller. Han begynte dermed på Guildford School of Acting, og har etter dette arbeidet som skuespiller innen teater, radio, fjernsyn og film.