André Jørgensen debuterte i eliteserien for Kristiansand IF, og i 2000 gikk han til Runar Håndball i Sandefjord. I april 2003 gikk turen til den spanske klubben Bidasoa Irún, før han tidlig i 2006 dro til Aalborg. Etter sesongen 2008/2009 gikk han til GOG Svendborg TGI i Svendborg. Da GOG Svendborg TGI ble slått konkurs i januar 2010, ble Jørgensens kontrakt med klubben annullert, og han gikk til ØIF Arendal. Han la opp i 2015.