Tyskland okkuperte Frankrike i juni 1940. Vallat møtte da Philippe Pétain og Vichyregimet, som kollaborerte med Tyskland. Mars 1941 ble Vallat utpekt til generalkommissær for jødiske spørsmål, noe som innebar gjennomføring av de antijødiske lovene stiftet av Pétains regjering. Vallat overvåket ariseringen av den franske økonomien og undervisningssektoren. Adolf Eichmanns representant i Frankrike, Theodor Dannecker, forsøkte å presse Vallat til å innføre antijødiske lover lik de man hadde i Tyskland, samtidig som at initiativet skulle virke å ha kommet fra Vallat og Vichyregimet uten tysk innblanding. Vallat var imidlertid ikke villig å gå tyskernes ærend.