I 1944 grunnla Balthasar sammen med Adrianne von Speyr St. Johannes-instituttet og måtte forlate jesuittordenen i 1950. Det var etter konflikter med de konservative blant jesuittene, etter at han sa at Gud hadde kalt ham til å virke i Johannesfellesskapet. Dermed tapte han sin posisjon og rett til å undervise. Dette innebar at han fortsatt var prest, men var uten kirkelig tilforordning (inkardinasjon).