Mellom 1937 og 1945 Fierlinger inneholdt stillingen som envoyé (og senere ambassadør) til Sovjetunionen. I sin periode i Moskva var Fierlinger svært nær kontakt med ledelsen av det tsjekkoslovakiske kommunistpartiet som ble ledet av Klement Gottwald. Dette er tydelig, for eksempel i 1943 da kommunistene i sammen med Fierlinger tilrettela for signeringen av Sovjet-tsjekkoslovakiske fredsavtalen i Moskva 12. desember 1943 av Josef Stalin og Edvard Beneš.