Hudson's Bay Company grunnla handelsstasjonen Rupert House ved elven allerede i 1668, deres første handelsstasjon i Canada. Vassdraget har ikke utbygging av vannkraft, det er inngått avtale om utbygging av vassdraget Eastmain lengre nord mens Rupert-elva inntil videre ikke skal bygges ut (i likhet med de tilgrensende elvene Broadback og Nottaway i sør).