Stassen var delegat til San Francisco-konferansen som etablerte De forente nasjoner i 1945. Det lyktes ham ikke å bli valgt til guvernør i Minnesota, og flyttet etterhvert til Pennsylvania, hvor han var rektor ved University of Pennsylvania 1948–1953. Han forsøkte å bli Det republikanske partis presidentkandidat i 1948, og kom på andreplass etter Earl Warren. Det var imidlertid Thomas E. Dewey, som hadde tapt mot Franklin D. Roosevelt i 1944, som ble valgt på partiets landsmøte. Stassen kom på tredjeplass i avstemningen, etter Dewey og Robert Taft, men foran Warren.