Når brunrotta lever i og rundt bygninger medfører det nesten alltid konflikter med menneskelige interesser, og de kan medføre betydelige økonomiske tap spesielt i bygninger der næringsmidler lagres og produseres. Brunrotta spiser nesten alt mulig, og de vil derfor spise på all slags mat og dyrefôr de kan få tilgang til. Man har derfor et direkte økonomisk tap på grunn av hva de spiser. I tillegg forurenser de mat og området rundt med urin og ekskrementer, noe som direkte kan ødelegge varene. De kan også ødelegge innpakninger for mat og dyrefôr. Brunrotta påfører strukturelle skader på bygninger pga. gnaging og bolbygging. De kan ødelegge vegger, gulv, dører og tak ved å gnage hull i disse. Man ser ofte skader i isolasjonsmaterialer inne i bygninger der det er brunrotter. Videre kan de gjøre stor skade på møbler, klær, gardiner, bøker, malerier og lignende. Det er heller ikke ukjent at de kan gnage på vann- og avløpsrør, og på den måten medføre vannskader. Noe av det alvorligste er at rotter ofte gnager på strømledninger, noe som kan øke risikoen for kortslutning og brann. Datakabler og telefonledninger kan også være spesielt utsatt. Dyr som dør inne i vegger og gulv kan forårsake et betydelig luktproblem.