Systemet er eid av Metroselskabet, som også sto ansvarlig for byggingen av Cityringen. Selskapet tok over for Ørestadsselskabet i 2007, og er eid 50 % av Københavns kommune), 41,7 % av det danske samferdselsdepartementet og 8,3 % av Frederiksberg kommune. Selskapet har så få ansatte som overhodet mulig. Driften og bygging av nye strekninger er sikret ved hjelp av offentlige anbud, mens planlegning og oversikt blir utført ved hjelp av eksterne rådgivere. Kontrakten for å drifte systemet ble gjort med , som avvikler driften gjennom det nyetablerte selskapet Metro Service, et bindeledd mellom dem og Azienda Trasporti Milanesi (ATM). Metro Service har rundt 200 ansatte, hvorav brorparten arbeider som metro-stewarder ombord på togene.