Han var president for bispedømmet Romas kommisjon for økumenikk og interreligiøs dialog, og ble i Vatikanet medlem av Kongregasjonen for Troslæren og Kongregasjonen for salig- og helligkåringer. Fisichella var involvert i forfatterskapet av encyklikaen Fides et Ratio (1998) av pave Johannes Paul II.