Endelig orden på flaggforvirringen kom i 5. november 1901 da ble vedtatt. Loven fikk kongelig godkjennelse 24. mars 1902 og ble offentlig proklamert i rettstidende 12. juni samme år. Året etter ble et eget handelsflagg innført, også dette etter britisk mønster, men med sørkorset i form av fire hvite stjerner i flaggets frie ende. Et eget orlogsflagg for New Zealand ble først innført i 1968, inntil da førte landets sjøforsvar Storbritannias orlogsflagg på sine skip.