Fiske spiller en viktig rolle i det lokale næringslivet. Ilandført fisk foredles i Vardø, der storparten av fisken fileteres og fryses for eksport. En mindre del eksporteres fersk eller røkt. Vardø har tidligere hatt en rekefabrikk, som ble nedlagt i 2003. Byen har også et mekanisk verksted for fiskerflåten.