Under den påfølgende rettssak mot astronomene offentliggjorde Yang sine antimisjonærsholdninger i en samling hvis navn (不得已), , , røper en apologetisk tilnærming. Deretter fikk han i oppdrag å overta ledelsen for astronomidirektoratet. Fra april til august 1665 prøvde han å bli løst fra det under henvisning til at han var for gammel og syk. I virkeligheten var det fordi han ikke hadde forstand på astronomiske kalkulasjoner og fordi de øvrige i astronomidirektoratet nektet å hjelpe ham. Trass i sine protester ble han utnevnt til leder for astronomidirektoratet.