Riket begynte å vakle da Djenghis Khans barnebarn ble uenig om kongerekken skulle gå gjennom hans sønn Ögedei, eller hans andre sønner som Tolui, Tsjagatai, eller Jotsji. Toluis tilhengere vant etter en blodig maktkamp, men uenighetene fortsatte. Etter Möngke Khans bortgang valgte rivaliserende - mongolske råd - forskjellige etterkommere, brødrene Ariq Böke og Kublai Khan, som ikke sloss seg i mellom gjennom Tolui-borgerkrigen, men fortsatte å møte motstand fra Djengis Khans andre etterkommere. Kublai Khan kom seirende ut av maktkampen, men splittelsen fortsatte da Kublai uten hell forsøkte å gjenopprette kontroll over Ögedei- og Tsjatagai-fraksjonene. Det førte til at Kublai Khan formelt sto som den øverste khan av mongolriket som hersker over Mongolia og Kina, mens 3 av hans brødrene styrte hver sin del av riket som khaner i sin egen rett.