Den 14. februar 1998 ble Charles Caruana utnevnt til biskop av bispedømmet Gibraltar av pave Johannes Paul II. Han ble ordinert til biskop den 24. mai 1998 av erkebiskopen av Westminster i England, kardinal George Basil Hume O.S.B.; medkonsekratorer var Michael George Bowen, erkebiskop av Southwark i England, og tidligere biskop av Gibraltar, Bernard Patrick Devlin.