Michanek ble i 1982 utnevnt til æresdoktor ved Uppsala universitet. I 1980 ble han innvalgt som medlem av Kungliga Vetenskapsakademien. Michanek ble i juni 2004 utnevnt til medlem av den sørafrikanske Ordenen O. R. Tambos følgesvenner for bidrag til oppnåelsen av et demokratisk, fritt, rettferdig og ikke-rasistisk Sør-Afrika.