Mikael sto selv i spissen for den nikeiske gjenerobringen av Konstantinopel 25. juli 1261 etter at byen ble erobret av korsfarerne i 1205 og hadde vært under latinsk styre siden da. Johannes IV oppholdt seg i Nikea under erobringen, og han ble blindet på sin 11-årsdag etter ordre fra Mikael for å gjøre ham uskikket til å inneha keisertittelen. Han ble arrestert og fengslet i en festning i Bitynia. Denne forbrytelsen mot keiseren førte til at patriarken av Konstantinopel, Arsenius Autoreianus, bannlyste Mikael VIII, og det oppsto også et opprør mot Mikael i Nikea.