Den har utspring ved Lulit Bissovárri (549 moh) i Kautokeino kommune, lengst sør på Finnmarksvidda, i de sørvestlige delene av Anárjohka nasjonalpark. Den renner derfra mot nordøst gjennom nasjonalparken, til den svinger mot øst og løper sammen med sideelva Skiehččanjohkka og riksgrensa mot Finland, hvor Lemmenjoki nasjonalpark ligger på motsatt side. Etter Basevuovdi snur elva mot nord, og møter sideelva Goššjohka som kommer inn fra vest. Ved det finske tettstedet Karigasniemi ligger den eneste brua over Anárjohka. Ved grenseovergangen møtes den norske riksvei 92 og den finske Stamvei 92. Ved Raidesuolu, fem kilometer lenger nord, og rundt 10 kilometer øst for Karasjok, løper Anárjohka sammen med Karasjohka, og sammen danner de to elvene hovedelva Tana.