Han var regnet blant gresk fotballs aller største talenter, til han fikk en karrieretruende skade mot AEK Athen i 2003. Patsatzoglou hadde skadet akillessenen sin et par uker i forveien, men Olympiakos ville ikke gå inn i kampen uten en av sine beste spillere og ga ham injeksjoner. Det skulle vise seg å bli fatalt. En stygg infeksjon satte seg i foten, og Olympiakos måtte klare seg uten 24-åringen resten av sesongen.