I sin tidlige regjeringstid foretok Shah Rukh regelmessige forflytninger av sine slektninger som var tjenestemenn i riket. Formålet var sannsynligvis å avverge opprør. For eksempel ble Khalil Sultan flyttet fra Samarkand til Rayy, Umar Mirza ble flyttet fra Aserbajdsjan til Astrabad, Iskandar fra Ferghana til Hamadan og derfra videre til Shiraz osv. Tiltakene var imidlertid ikke helt vellykkede og Shah Rukh måtte flere ganger slå ned interne opprør blant timuridene. Iskander Mirza, sønn av Timurs sønn Umar Shaikh Mirza I, gjorde opprør og herjet byene Isfahan og Kerman, og hans bror Bayqara Mirza I, som tidligere hadde stått bak et opprør i Fars, gjorde på nytt opprør i Shiraz. Disse opprørene fortsatte i hele Shah Rukhs regjeringstid. I 1446, i en alder av nesten sytti år, måtte han bruke hæren mot sitt barnebarn Sultan Muhammad bin Baysonqor, som hadde gjort opprør i imperiets vestlige provinser.