Det enorme dypet og sjøens tropiske beliggenhet forhindrer gjennomstrømning av større vannmasser, noe som gjør at mye av de største dypene består av såkalt fossilt vann og er oksygenfattig. Sjøens nedslagsfelt dekker km² med to større innløpselver og et antall mindre elver og bekker (på grunn av de bratte fjellene som gjør vanntilførselsfeltet lite). Innsjøens utløp er elva Lukuga som munner ut i Lualaba og som da er en del av Kongoelvas vassdrag.