Hallvard Gunnarssøn var elev ved katedralskolen i Oslo, og ble student ved universitetet i Rostock. Han ble innskrevet i desember 1566 som «Halvardus Gunnari Noruegianus», og tok magistergraden i 1572.» I 1577 ble Hallvard Gunnarssøn lektor i teologi i Oslo. Her nøt han stor anseelse for sine kunnskaper og sin dyktighet som formidler. Hallvard Gunnarssøn var en nær venn av den kjente Oslobispen Jens Nilssøn.