Da Salome Alexandra døde i 67 f.Kr., etter at hennes nær ti år lange styre hadde klart å sørge for fred i Judea, navnga hun Hyrkanos som etterfølger til kongedømmet. Han var da allerede fungerende religiøse leder og delte også sin mors religiøse synspunkter som var sympatisk innstilt til fariseerne. I kontrast til dette hadde hans far, Alexander Jannaios, støttet den motsatte religiøse sekten, saddukeerne.