Walpole, hans yngste bror Thomas, og en engelsk soldat, seilte fra Dunkirk på et fransk skip - delvis et piratskip - med kurs for Skottland fordi de engelske sørkystshavnene var blitt stengt etter utbruddet av pesten. Etter ti stormfulle dager til sjøs ble de satt i land på Flamborough Head i Yorkshire den 4. desember 1593, og de skilte lag med det samme. Walpole ble arrestert på et vertshus i Bridlington; han var blitt forrådt av en annen medreisende fra sjøreisen som har tatt til fange og ville tjene seg penger for å kjøpe seg ut av fengselet. Walpole satt fengslet de neste seksten månedene. Først satt han i York Castle i tre måneder, så fikk «prestejegeren» Richard Topcliffe ham overført til Tower of London i februar 1594. Der ble pater Walpole hardt torturert i timevis, fjorten ganger, men med brede intervaller slik at det ikke av vanvare kostet ham livet. Hans far var ved sviktende helse, og hans gods ville bare tilfalle kronen dersom sønnen ble henrettet for forræderi, så det gjaldt å holde ham i live til dom var felt.