I slutten av august 1939 var de fem første Einsatzgrupper klare til å marsjere inn i Polen fra flere kanter. I løpet av september ble nye grupper satt opp. Detaljer om personalet i Einsatzgruppene er ikke fullt ut kjent: De fleste kom fra Sipo og SD i det østlige Tyskland, mens lederne ble utpekt av Heydrich og Himmler. De fem lederne i Einsatzgruppene var nøye utvalgt blant ledende SS-folk. Mannskapet var motivert delvis av å styrke det tredje riket og delvis av å fremme egen karriere. De hadde en klar forestilling om å høre til en elite i en ny epoke. Lederne var godt utdannet (flere hadde doktorgrad) og var ikke sosial utskudd. De fleste hadde vært medlem av høyreorienterte . Den oppfattet Tyskland som offer for et angrep utenfra og innenfra, og anså vold som legitim reaksjon på forestilte trusler. Heydrichs offiserer anså polske intellektuelle og nasjonalister som en mye større trussel enn jødene. I alt var det 16 Einsatzkommandoer med 2700 mann som trålet det okkuperte Polen i løpet av september. Mest intens var aktiviteten i Øvre Schlesien, vestlige Galicja, Poznan-distriktet og Danzig; i disse områdene var det fleste sivile døde.