Det er funnet hundefigurer av leire etter colimakulturen, som dateres til cirka , som (med litt godvilje) viser en lignende hundetype, men å kreditere meksikansk nakenhund lar seg ikke gjøre. Typen var imidlertid vanlige i Mexico når spanjolene invaderte der på 1500-tallet, men den moderne hunderasens historie begynner først på 1950-tallet. Grevinne Lascelles de Premio Real skal sammen med Englands ambassadør Norman Pelham Wright og flere, ha reiste rundt i Mexico og kjøpt opp slike hunder. Disse hundene dannet senere grunnlag for typens første stambokregister. De første hundene ble registrert inn i stamboken 1. mai 1956, men etter cirka 50 år var stamboken fortsatt åpen.