Flagget går tilbake til flaggene som ble ført av Republikken Gran Colombia (1819–1831), Ny Granada (1831–1858) og Den grenadinske føderasjonen (1858–1863). Colombias flagg er i grunnformen likt Ecuadors flagg og benytter de samme farger som i Venezuelas flagg. Forklaringen er at alle de tre flaggene har sitt opphav i flagget for Republikken Gran Colombia. På grunn av likheten med Ecuadors flagg, har Colombias handelsflagg og orlogsflagg merker i flagget for å unngå forveksling med nabolandets flagg.