Som med dens religiøse natur, er den politiske strukturen til den puritanske kolonien ofte misforstått. Embetsmenn ble valgt av samfunnet, men bare hvite menn som var medlemmer av en kongregasjonalistisk kirke kunne stemme. Fra en moderne amerikansk synsvinkel var det puritanske samfunnet på ingen måte et demokrati. Embetsmennene hadde ingen forpliktelser ovenfor «folket», deres funksjon var å tjene Gud ved å overse moralen og den fysiske forbedringen til samfunnet. Men det var ikke et teokrati heller, kongregasjonalistiske prester hadde ingen spesiell makt i styresmakten. På den andre siden, sett fra samtidig europeisk standard, var den ganske politisk liberal, det kan diskuteres om den ikke var mer liberal enn noen annen europeisk makt på den tiden. I den politiske strukturen til det puritanske samfunnet sees både den demokratiske formen og vektleggingen på menneskenes dyd som skulle karakterisere det post-revolusjonære amerikanske samfunnet.