Johan Friedrich Blumenbachs far var gymnasialprofessor Heinrich Blumenbach (1709–1787), og hans mor var Charlotte Eleonore Hedwig Buddeus (1727–1794), aom var en datter ac den gothaiske visekansler Karl Franz Buddeus. Han hadde to søsken: Charlotte Sophie Henriette (død 1802), gift med matematikeren Johann Heinrich Voigt, og Friedrich Wilhelm Carl Ernst (død 1806).