Wittfogel tok sin filosofiske doktorgrad ved Johann Wolfgang Goethe-Universität i 1928. Han ble medlem av Tysklands kommunistparti, Kommunistische Partei Deutschlands, i 1920 og var aktivt medlem på 1920-tallet og begynnelsen av 1930-tallet. Mellom 1925 og 1933 var han medlem av Frankfurterskolen som vokste frem rundt Institut für Sozialforschung i Frankfurt. I løpet av denne perioden var han en høylytt kritiker av det tyske nazipartiet NSDAP og da Hitler kom til makten i 1933 så han seg nødt til å forlate Tyskland. Før han kunne dra ble han arrestert og internert i en konsentrasjonsleir, men ble løslatt etter internasjonalt press.