Reformasjonen fikk varende effekt på ideen om et samlet Europa. Ikke bare sto nasjonene mot hverandre på grunn av forskjellige religiøse syn, men noen stater ble revet i stykker av interne religiøse stridigheter, støttet av deres utenlandske fiender. Frankrike led denne skjebnen på 1500-tallet med en serie konflikter kjent som hugenottkrigen, som endte med triumf for Huset Bourbon. England unngikk dette, og slo seg til ro under Elisabeth, med en moderat anglikanisme. Tyskland, delt opp i små fyrstedømmer under det teoretiske rammeverket til det tysk-romerske rike, ble også splittet internt, til tredveårskrigen byttet ut religion for nasjonalisme som drivkraft for europeiske konflikter.