I november 1943 ble Schubert beordret av Hauptsturmführer Hans, sannsynligvis etter oppdrag fra Fehlis, til Sonderkommando. Han var ikke medlem av SS, men bar SS-uniform med spesiell tillatelse. Han hadde ingen mulighet til å unndra seg denne ordren. Han forsøkte å unnslippe denne tjenesten ved å henvende seg til sin daværende sjef, Hanke, og Reinhardt, men fikk beskjed om at det var en ordre som måtte følges. Han forsøkte flere ganger å få fritak, men det var først da han ble innlagt på Kriegslazaret i juni 1944 at Reinhardt informerte ham om at han var fritatt for tjeneste i Sonderkommando.