I er Anakin med på et oppdrag for å redde kansler Palpatine som er fanget av grev Dooku på et av føderasjonens kommandoskip i atmosfæren over planeten Coruscant. Anakin og Obi-Wan møter igjen den onde grev Dooku, men denne gangen tar Anakin hevn. Etter at Obi-Wan ble kastet vekk med kraft kutter han av Dooku begge hendene med lyssabelen sin. Palpatine råder han til å drepe Dooku, men Anakin vet at det er galt. Han gjør det likevel. Kommandoskipet blir ødelagt under et slag, men de greier å lande med restene på Coruscant. Anakin får et bedre vennskap til Palpatine samtidig som han blir mer mistroisk til både jediordnen og Obi-Wan. Han får flere mareritt som forteller at Padmé skal dø. Han forteller det tilslutt til Padmé at hun vil dø, og hun forteller han at hun skal ha barn. Når Palpatine sier at han kan redde Padmé fra døden og jediordnen ikke godtar at Anakin blir jedimaster og Obi-Wan drar på oppdrag for å ta seg av Grievous, blir Anakin i tvil om hva som er den gode siden. Palpatine forteller han at han får mye mer makt hvis han går over til den mørke siden og Anakin skjønner at han er en sith. Han vil ikke drepe Palpatine, men melder han til jedirådet. Mace Windu og noen andre jedier drar for å arrestere Palpatine, men alle blir drept unntatt Windu.