I de følgende år oppholdt han seg mest på Gråsten og var især opptatt av problemene med Gottorp og de vanskelige finansielle forhold i det sønderborgske hus, men han ble også rådspurt i alle viktige regjeringssaker. Etter tronskiftet i 1670 og Christoffer Gabels fall ble Ahlefeldt den ledende minister, men da han hadde en sterk ulyst til å delta i regjeringens daglige forretninger, ble han etterhvert fortrengt av Peder Schumacher Griffenfeld.