Etter den første republikkens fall, forårsaket av Spanias invasjon, flyttet Mendoza til Granada. I 1813 ble Simón Bolívar president, og Mendoza kom tilbake til Venezuela, der han ble guvernør i provinsen Mérida og en dag senere også guvernør i Caracas. I 1814 invaderte Spania for andre gang, og Mendoza dro i nytt eksil, denne gang til De nederlandske Antiller. Der skrev han en rekke artikler til støtte for uavhengighetsbevegelsen og mot den spanske dominansen. I 1821 vendte han tilbake til Venezuela og ble justisminister.