Det store orgelet over vestportalen ble bygget første gang i 1403 og har siden vært utvidet og ombygget flere ganger. I 1730 ombygget og endret François Thierry det store orgelet og plasserte det delvis foran rosevinduet i vestfronten. Orgelet har fem rekker av tangenter. Det stor orgelet (kirken har to mindre orgeler) er det største musikkinstrumentet i Frankrike og de 8000 pipene ble demontert og pusset. Orgelet ble ikke særlig skadet av flammene og ble tatt i bruk igjen etter å ha vært plukket fra hverandre og pusset opp. Den største trusselen mot orgelet var blystøv fra det blydekkede taket som brant. Det tok 6 måneder å stemme orgelet etter at det var montert.