Arbeidet i begynnelsen gikk raskt, men størrelsen på storskipet fulgt etter hvert til at det ble tregere. Ved 20. august 1566 ble det meddelt at storskipet som var døpt , var ferdigbygget etter ett og ett halvt års arbeid, og sjøsettingen skulle begynne. Men like etter sjøsettingen begynte «Neptunus» å synke, og ble sittende fast på grunnen. Det skulle ha hendt i månedene august til september 1566. Skipsbyggeren hadde i forveien dratt til Stockholm. Det ble deretter besluttet at skipet skulle berges, repareres og føres til Stockholm.