Dee hadde alt rykte på seg for å kunne snakke urspråket som Adam hadde snakket i Edens hage, språket som englene brukte seg imellom. Dee ble også sagt å forstå fuglenes språk, som Sigurd Fåvnesbane og andre sagnskikkelser. Likevel mislyktes audiensen hos keiser Rudolf. Dee forutsa at keiserens rike ville gå seirende ut av en kamp mot det ottomanske rike, om bare Rudolf ville angre sitt syndige liv. Dette falt ikke i god jord, og Rudolf fikk paret satt under etterforskning. Til sist fikk pavens nuntius, med støtte fra keiserhoffets spanske fraksjon, overbevist Rudolf om at Dee og Kelley burde forvises. Imidlertid ble de værende i Böhmen, ettersom adelsmannen Wilhelm von Rosenberg (Vilem Rozmberk, 1535-92) ga dem husrom på godset sitt i Trebon. Her fortsatte de sine eksperimenter, til Kelley gikk lei av engler og tallkoder, og i 1587 kunngjorde sin avreise. Dee følte seg rent fortapt, særlig da Kelley hevdet at han hadde rådført seg med englene, og at Uriel forlangte at Kelley og Dee skulle være felles om alt, også sine koner. Jane Fromond ble utav seg, men skal ha falt til føye. Dee nevner i sin dagbok at hun ni måneder senere nedkom med en sønn som ble døpt Theodorus Trebonianus, dvs. «Guds gave i Trebon». 1588 var året da, ifølge englenes profetier, kosmos skulle fullstendig restitueres. Men 1588 kom og gikk, og Dee fant ingen annen forklaring enn at det hadde vært snakk om 1688 i stedet. I 1589 sendte dronning Elizabeth bud på Dee, og han så aldri Kelley igjen.