Hagen tjente som Universitetet i Bergens botaniske hage til 1996, og er fortsatt uteavdeling rundt De naturhistoriske samlinger ved Universitetsmuseet i Bergen. En ny og langt større botanisk hage på 70 mål er etablert ved Arboretet og Botanisk hage på Milde, men Muséhagen er bevart intakt og beholdt som en litt enklere botanisk hage i byen.