Kardinal Macharski ble innlagt på sykehus tidlig sommeren 2016. Pave Frans, som besøkte de katolske verdensungdomsdagene i Kraków i juli 2016, besøkte kardinal Macharski på sykehus i byen den 28. juli, der Macharski lå i koma. Macharski døde fem dager etter, 2. august 2016.