Aksnes vokste opp i USA og flyttet med familien til Norge i 1978. Hun er datter av Liv Kristin og Kaare Aksnes. Hun har sin utdannelse i musikkvitenskap fra Universitetet i Oslo, hvor hun avla doktorgraden (Dr.art.) med avhandlingen «Perspectives of musical meaning: a study based on selected works by Geirr Tveitt» i 2002. Hun studerte medisin i tre år ved Universitetet i Oslo (1986–1989), men avbrøt denne utdanningen til fordel for musikkstudier. Hun har i tillegg studert musikkterapi gjennom kurs i GIM-terapi (Guided Imagery and Music).