Meyer deltok i Felttoget i Polen i 1939 som den del av Armégruppe Syd under kommando av generaloberst Gerd von Rundstedt. Han ble her truffet av et skudd i skulderen, men fortsatte å kjempe, og ble for dette tildelt Jernkorset 25. september 1939. Han skal her i den lille byen Modlin utenfor Warszawa ha beordret drap på 50 jøder som represalier, og stilt for krigsrett troppssjefen som nektet å utføre ordren. mini|left|Kurt Meyer, Fritz Witt og Max Wünsche på gårdsplassen i hovedkvarteret i Ardenne-klosteret ved Caen i juni 2944 Videre var han en deltaker slaget om Frankrike, Balkanfelttoget og senere på Østfronten. Han spilte en viktig rolle for tyskerne under Operasjon Barbarossa. Meyers avdeling tok del i operasjonen som en del av Armégruppe Syd. Under hans ledelse okkuperte avdelingen Mariupol og tok en hel sovjetisk divisjon til krigsfanger. Han ble i oktober 1941 syk og måtte returnere til Berlin for rekonvalesens. Han returnerte til aktiv tjeneste i januar 1942, og da han igjen ankom Tyskland mottok han Det tyske kors i gull for sin deltagelse i striden.