Men den 13. juli 2004 ble han arrestert i Paris og utlevert til Tyskland 20. januar 2005. 3. august samme år ble han fritatt for skyld i korrupsjonsanklagen, etter at tidligere kansler Helmut Kohl tok på seg ansvaret for våpenhandelen med Saudi-Arabia. Pfahls ble isteden 12. august dømt for å ha skaffet seg fordeler og for skatteunndragelse til en minimal fengselsstraff på to år og tre måneder. 1. september ble han løslatt, da man tok høyde for tiden han hadde sittet i varetekt siden han ble arrestert i Frankrike.