Forskere har hypoteser om at abnormiteter i struktur og / eller funksjon av visse hjernekoblinger kan ligge til grunn for bipolare og andre stemningslidelser. Noen studier har funnet anatomiske forskjeller på områder som amygdala, prefrontal cortex og hippocampus. Men til tross for 25 års forskning som involverer mer enn 7000 MRI-scanninger, gir studier fortsatt motstridende funn, og det er fortsatt stor debatt omkring nevrologiske funn. To forholdsvis konsekvente funn på abnormalitet som er funnet i en meta-analyse av 98 MR- eller CT-billedstudier er at grupper med bipolar lidelse hadde laterale ventrikler som var i gjennomsnitt 17 % større enn kontrollgruppene, og det var 2,5 ganger større sannsynlighet for å ha dyp hvit substans «hyperintensities». Gitt størrelsen på meta-analysen ble det konkludert med at det relativt lille antallet betydelige funn kanskje var overraskende, og at det kan være genuint begrensede strukturelle endringer ved bipolar lidelse. I tillegg ble det bemerket at gjennomsnittlige assosiasjoner funnet over flere undersøkelser ikke trenger å finnes hos enkeltpersoner.