Timuridene benyttet seg av det svekkede regimet og invaderte Kara Koyunlus territorium i juli 1421. Iskanders styrker måtte trekke seg tilbake til Kirkuk. Timuridherskeren Shah Rukh rykket fram videre til Aserbajdsjan og Armenia, men de trakk seg tilbake til Khorasan-provinsen etter å ha utnevnt Jalaladdin Ali beg til guvernør. Jalaladdin var sønn av den tidligere Kara Koyunlu-lederen Qara Osman. Etter dette klarte Ispend å gjenerobre byene Nakhchivan og Tabriz Iskander kom etter sin bror og bekjempet ham. Han fikk dermed kontrollen over disse områdene og etablerte seg som hersker i Kara Koyunlu.