Sammen med 17 andre fysikere (Göttinger Achtzehn) gikk han i april 1957 med mot en atombevæpning, etter at Adenauer og hans forsvarsminister Franz Josef Strauß hadde gått inn for at Bundeswehr fikk taktiske atomvåpen fra USA. Heisenberg engasjerte seg også i Tübinger Memorandum i 1961, der man gjentok det samme standpunkt og dessuten bad om at regjeringen skulle anerkjenne Oder-Neisse-grensen.