Opprørerne hadde størst suksess i det sørøstlige grevskapet Wexford der styrker først og fremst ledet av den katolske presten John Murphy tok kontroll over grevskapet, men etter en rekke blodige nederlag i slaget ved New Ross, slaget ved Arklow og slaget ved Bunclody forhindret at opprøret spredte seg til utenfor grevskapet. tropper ble til slutt fraktet inn i Wexford og beseiret opprørerne i slaget ved Vinegar Hill den 21. juni. Opprørerne ble spredt i to kolonner gjennom midtlandet, Kilkenny, og til slutt mot Ulster. De siste restene av disse styrkene kjempet videre til deres endelige nederlag 14. juli i slagene ved Knightstown Bog i grevskapet Meath og Ballyboughal i grevskapet Dublin.