Seppuku ble gjennomført ved at samuraien satt i seisa på en pute som lå på et hvitt klede, ikledd hvit kimono. Samuraien tok deretter enten sin tantō (kniv) eller wakizashi (ekstra våpen) og stakk den inn i magen på venstre side og skar over mot høyre. Deretter ville en oppasser normalt avslutte de forferdelige smertene dette førte med seg, ved å halshugge samuraien. De som var ekstra modige kunne imidlertid gjennomføre et tilleggskutt, ved å vri kniven rundt i såret, og føre den tilbake og opp gjennom mellomgulvet. Dette ble ansett som ekstra ærerikt, men de fleste valgte å avslutte livet etter det første kuttet. Da seppuku ble sett som en ærefull avslutning på livet, var det meningen at oppasseren (det blir ennå diskutert om det faktisk var en samurai eller en offisielt, oppsatt bøddel) skulle hugge av hodet og dermed også hjelpe den dømte med å opprettholde sin ære frem til døden. Det ble ansett som svært nedverdigende å vise sine smerter.