Den 21. september 2007 besluttet Chiles høyesterett å utlevere Fujimori til Peru. I april 2009 ble han dømt til 25 års fengsel for flere tilfeller av drap og bortføringer under styresmaktenes kamp mot maoistiske opprørere da Fujimori var president i Peru i 1990-årene. Nærmere 70 000 mennesker mistet livet i konflikten. Fujimori sto selv fast på at han er uskyldig, og han hevdet at tiltalen mot ham var politisk motivert. Fujimoris forsvarsadvokater anket dommen, men anken ble endelig avslått i 2016. Han har også søkt to presidenter tre ganger om å bli benådet, men alle tre søknadene er blitt avslått.