Botniabanan trafikkeres kun i lite omfang av godstog. Det meste av godstrafikken mellom Sør-Sverige og øvre Norrland går fremdeles via Stambanan genom övre Norrland. Det går noen få gjennomgående godstog samt godstransporter mellom Örnsköldsvik og papirfabrikken i Husum. I praksis har det blitt en dobbeltsporsfunksjon på strekningen Sundsvall/Ånge-Umeå. Økt godskapasitet var og en av hensiktene med å bygge Botniabanan..