Andropov tok mål av seg til å ødelegge dissens i alle dens former og fremholdt at den angivelige kampen for menneskerettighetene var et de imperialistiske grep for å undergrave grunnlaget for sovjetstaten. Den 3. juli 1967 foreslo han opprettetsen av KGBs 5. direktorat, som skulle konsentrere seg om den politiske opposisjon (ideologisk kontraspionasje). I slutten av juli ble direktoratet opprettet og fikk som sitt saksområde alle sovjetiske dissidenter, deriblant Andrej Sakharov og Aleksander Solsjenitsyn. I 1968 gav Andropov ordren «Om statssikkerhetens oppgaver i kampen mot motstanderens ideologiske sabotasje», som gav instrukser om kampen mot dissidentene og deres imperialistiske herrer. Den 29. april 1969 fremla han for Sentralkomiteen for Det sovjetiske kommunistiske parti en detaljert plan om å benytte et antall psykiatriske sykehus i forsvaret om sovjetregjeringen og den sosialistiske orden mot dissidentene. Andropovs forslag om å benytte psykiatrien i kampen mot dissidentene ble iverksatt.