Den 17. desember 1859 ble slottet herjet av en ødeleggende brann. Slottet ble gjenoppført ved arkitekt Ferdinand Meldahl i årene 1860–84 med økonomisk støtte fra brygger J.C. Jacobsen og senere Carlsbergfondet. Slottskirkens interiør ble bare i mindre grad berørt og står derfor i sin opprinnelige utforming.