Skandinavisk brunbjørnen inngår i underarten , selv om noen også har forsøkt å klassifisere den som en egen underart kalt . Moderne studier med DNA har imidlertid slått fast at dette er problematisk, fordi likheten til de ulike populasjonene i Europa ikke gir et tilstrekkelig grunnlag for å hevde en egen skandinavisk underart. Skandinavisk brunbjørn har dessuten opphav i to ulike hovedstammer, en vestlig med to ulike stamlinjer fra henholdsvis Den iberiske halvøy og Balkan, og en østlig med kun en stamlinje fra Russland. Begge hovedstammene oppsto trolig for rundt 850 000 år siden.