Et tema i arbeidet med bankunionen er også gamle, ubetalte lån (engelsk: Non-performing loans (NPLs)). Bankene har utestående fordringer mot land som lenge har vært misligholdt og neppe vil bli betalt. Et høyt nivå av slike lån kan hindre bankens lønnsomhet og dermed deres evne til nye utlån, særlig til SMB-er. Videre er det innenfor rammen av bankunionen foreslått en forordning om et nytt finansielt produkt, kalt verdipapirer med sikkerhet i statsobligasjoner (Sovereign Bond-Backed Securities, SBBS).