Signaldalelva dannes ved samløpet av Stordalselva og Paraselva, som møtes vest for fjellet Paras (1 419 moh.). Langs dalen finnes flere fossefall, blant annet den kjente Signalnesfossen. I den nedre delen av elva danner den brede meandere før utløpet i fjorden. Ved utbyggingen av Skibotn kraftverk ble vannføringen i elvas øvre del sterkt redusert, særlig i Breidalselva.