Pendleton tjenestegjorde med Army of Northern Virginia i resten av konflikten og deltok i de store felttogene i 1863 og 1864 på den østlige krigsskueplassen. Pendletons rolle i de to siste årene var for det meste administrativ, og hans aktive kommando var kun av artillerireserven. Gjennom krigen fortsatte han sitt religiøse kall og preket alltid til sine menn. Pendleton overgav seg med Lees hær ved Appomattox Court House den 9. april 1865, og ble løslatt derfra slik at han kunne dra hjem.