Malawi ligger sørøst i Afrika. Great Rift Valley går gjennom landet fra nord til sør. I denne fordypningen ligger Malawisjøen (også kalt Nyasasjøen), den tredje største innsjøen i Afrika som utgjør 20 % av Malawis areal. Shire-elva renner fra den sørlige enden av innsjøen og slutter seg til Zambezi 400 kilometer lenger sør i Mosambik. Øst og vest for riftdalen danner landet høye platåer, vanligvis mellom 900 og 1200 moh. I nord stiger Nyika-høylandet så høyt som 2600 moh. Sør for innsjøen ligger Shire-høylandene med en høyde på 600 til 1600 moh, og som stiger til fjellene Zomba og Mulanje på henholdsvis 2130 og 3048 moh. Lengst sør er høyden bare 60-90 moh.