I november 1923 ble Smetona fengslet for noen dager av autoritetene som følge av utgivelsen av en artikkel skrevet av Augustinas Voldemaras i Vairas. Mellom 1923 og 1927 var han amanuensis på Litauens Universitet – først som leder for kunstteori og historie, og senere for avdelingen for filosofi. Han holdt foredrag om etikk, antikk filosofi og holdt foredrag om litauisk lingvistikk. Han ble en høytstående foreleser på universitetet i Vilnius i 1926. I 1932 ble han gitt en filosofiske doktorgrad på Vytautas Magnus Universitet.