Hans håndtering av covid-19-pandemien var ukonvensjonell. Han var skeptisk til vanlige medisiner, og til vaksiner, og trodde på og gav selv uttrykk for feiloppfatninger, også av konspiratorisk art. Etter den 7. mai 2020 meldte ikke Tanzania inn noen tall på koronasyke til WHO, og den 8. juni 2020 erklærte Magufuli at det ikke lenger fantes noe koronavirus i Tanzania.