Via FN hadde Eshkol sendt en melding til Jordans kong Hussein der han advarte Jordan mot å bli med i krigen. Uansett var det for kongen politisk umulig å stille seg utenfor. Jordan ble med i krigen og startet med å skyte artilleri mot vestre deler av Jerusalem og flyvåpenet angrep Netanya i Israel. Det israelske flyvåpenet svarte med angrep på flyplasser i Jordan, Syria og Irak samme dag (5. juni). Jordan fikk ødelagt hele sitt flyvåpen, 24 jagerfly. Den israelske hæren gikk samtidig til angrep nord for Jenin og omringet Jerusalem. Syriske jagerfly gikk til angrep på oljeraffineriet utenfor Haifa.