I tidlig middelalder var det betydelige jødiske samfunn i søritalienske byer som Bari og Otranto. Middelalderens italienske jøder frambrakte også betydningsfulle halakahadiske verk som . Det var perioder hvor jødene ble fordrevet, blant annet en fordrivelse fra Trani i 1380, og en kortvarig fordrivelse fra Bologna i 1172. Historien om pavene og deres forhold til jødene begynner med pave Gregor I den store. Han beskyttet ofte jødene mot vold og urettmessig behandling fra myndighetene, og fordømte tvangsdøping, men han rådet også på samme tid å vinne jødene over til kristendommen. En nevø av rabbiner Nathan ben Jehiel av Roma fungerte som eiendomsadministrator for pave Alexander III som selv viste vennskapelige holdninger til jødene ved Tredje Laterankonsil i 1179 hvor han motsatte seg fiendtlige prelater som ville innføre diskriminerende antijødiske lover. Under normannernes styre i sørlige Italia og på Sicilia ble jødene betraktet som likestilte med andre folk, også kristne, og kunne inneha et hvilket som helst yrke, noe særskilte lover forbød i Italia. Pave Innocens III (1198–1216) var en særskilt rasistisk og intolerant pave som truet med å bannlyse de som tillot jøder å ha offentlige posisjoner.