Arne ble støttet av erkebiskopen, men hadde også et godt forhold til kong Magnus Lagabøte. I bytte mot Arnes hjelp med å få lovtatt lovboka Járnsíða holdt Magnus seg nøytral i konflikten om de islandske kirkene. Saken ble da tatt opp i Nidaros og lagt under erkebiskop Jon Raudes dom, som resulterte i et knusende nederlag for aristokratene, som sagaen beretter om i detalj. Etter dette begynte de geistlige å appropriere eiendommene som var knyttet til de islandske kirkene.