I 1942 fikk han på følelsen at Sovjetunionen ville bryte sammen, og endret da sin holdning. Han ble anti-sovjetisk, utviste sovjetiske rådgivere og henrettet en rekke hankinesiske kommunister som blant annet Mao Zemin, Mao Zedongs bror, i håp om å vinne støtte fra Kuomintang (KMT) for sitt fortsatte styre. Men Sheng undervurderte KMTs mistillit til ham. KMT fjernet ham fra makten i august 1944, delvis for å holde seg inne med Sovjetunionen og få slutt på grensesammenstøtene som fant sted på grensen mellom Xinjiang og Ytre Mongolia i det omstridte og mineralrike fjellområdet Baitik Bogdo.