Han ble i 1856 intendant for den kongelige entomologiske samlingen i Berlin, i 1873 professor i zoologi samme sted og i 1876 professor i zoologi og direktør ved det zoologiske museet i Greifswald. Gerstäcker var en framstående entomolog, som skrev blant annet (1858) og (i Heinrich Georg Bronns "", 1866-93; ikke fullført). Han utga også sammen med Julius Victor Carus (to bind, 1863-75) som på sin tid ble mye benyttet.