MacIntosh formuttrykk oppnådde popularitet i tiårene etter hans død. Hans «Bolig for en kunstelsker» ble omsider oppført i Glasgows Bellahouston Park i 1996, og Universitetet i Glasgow (som eier mesteparten av hans akvarellarbeider), bygget opp igjen et rekkehus MacIntosh hadde tegnet og innredet det med hans og hans hustru Margareths arbeider (det er en del av universitetets Hunterian Museum. Bygningen til kunstskolen i Glasgow (nå kalt «MacIntosh-huset») er hyppig referert til som en av Stobritanias fineste bygninger blant arkitekturkritikere. Charles Rennie MacIntosh-selskapet søker å fremme forståelsen for MacIntosh som en betydelig arkitekt, formgiver og kunstner.