Rajapaksa er utdannet advokat, men har vært rikspolitiker siden 1970. Faren var parlamentsrepresentant for det samme området fra 1947 til 1960. Han var alliert av president Chandrika Kumaratunga, og var fra 1994 til 2001 minister for arbeid og fiske i hennes regjering. I april 2004 ble han utpekt som statsminister. Det var ventet at Kumaratunga skulle velge Lakshman Kadirgamar, en nær rådgiver og tidligere utenriksminister, men han manglet støtte blant folket og var i tillegg en kristen tamil.