Etter Mexicos uavhengighet i 1810 kom de første forslaga om å opprette kommunestyrer. Dette kom i stand i 1820, og kommunestyret i Atenco, nå selvstendig fra Texcoco, ble etablert 8. oktober samme år. De første åra var imidlertid prega av politisk ustabilitet. Under den meksikanske revolusjonen på begynnelsen av 1900-tallet utgjorde Atenco en del av et område som var under innflytelse av Emiliano Zapata, som hadde hovedkvarteret sitt i Chiautla, og herregårdene i Atenco ble brukt som militærkvarteller.