Etter avsluttet akademiutdanning arbeidet han en tid (ca. 1885–1889) som assistent hos Theophilus Hansen i Wien. Der var han medarbeider på store prosjekter i Wien og Athen, og Christiansborg i København. Etter tiden ved Hansens kontor, arbeidet Bødtker noen år ved tyske arkitektkontorer i Buenos Aires og Rio de Janeiro (1890–1892). Deretter var han i rundt fem år bygningssjef i Petrópolis ved Rio de Janeiro, før han åpnet egen arkitektpraksis i Kristiania i 1896. Han var kommunearkitekt i Aker i perioden 1899–1923.