Etter at tyskerne trakk seg ut av Vilno og var Kovner med da denne ble frigjort av den sovjetiske Røde armé fra 7 til 13. juli 1944. Da Kovner og partisanene kom til den frigjorte Vilnius begynte de leting etter overlevende jøder samt jødiske dokumenter som hadde med sikte på å sende dem til «Eretz Israel». Han hadde også ambisjon om å forene restene av de jødiske samfunn i Øst-Europe og søke gjengjeldelse overfor tyskerne. Hans planer om hevn førte til at han ble fengslet av britene i Egypt og Palestinamandatet. Etter løslatelse slo han seg ned i en kibbutz sentral i landet. Etter krigen var Kovner aktiv i å hjelpe jøder til Palestina. Dit reiste han selv også og medvirket ved opprettelsen av staten Israel, han var medlem av Haganah, og han deltok i den arabisk-israelske krig i 1948 i Givati-brigaden.