Thomas døde i 1471 og ble opprinnelig begravet tett ved sydveggen til klosterkirkens kor, men hans levninger ble gravd opp og befinner seg nå som relikvier i («Vår kjære frue») Tenhemelopneming-basilikaen i sentrum av Zwolle. Ved inngangen til gravlunden (opprettet i 1399) i Zwolle står en sten reist til hans minne.