I mai 1916 aksepterte Ewing en invitasjon til å bli Rektor ved Universitetet i Edinburgh som resulterte i at han iverksatte en omfattende serie av effektive reformer og var en post som han innehadde inntil han gikk av med pensjon i 1929. I 1927 holdt han et foredrag til Edinburgh Philosophical Institution som inneholdt den første semi-offisielle offentliggjøring av arbeidet gjort av Room 40. Et hus i Pollock Halls of Residence er navngitt i hans ære.