De nye militære lederne var ikke i stand til holde på popularitet lenge som de hadde fått ved å fjerne Tombalbaye. Malloum viste seg å ikke være i stand til å hanskes med FROLINAT og til sist besluttet at hans eneste sjanse var å inngå et form for samarbeid med opprørerne: i 1978 allierte han seg med opprørlederen Hissène Habré som deretter gikk inn i regjeringen som statsminister.