Da et dansk krigsskip kom til Island i 1541 lot Gisurr den blinde Ögmundur bli overlevert til danskene, som førte ham som fange til Danmark. Gjennom Gisurrs arbeid ble reformasjonen gjennomført i hans stift. Ved hans død i 1548 valgte stiftets prester en luthersk biskop, Marteinn Einarsson. Da Marteinn ble vigslet i Danmark forsøkte Jón Arasson å gjenopprette den romersk-katolske kirken og bryte hirdstyremakten, og var således et par år eneveldig hersker på Island. Men i 1550 ble han sammen med sine to sønner tatt til fange og halshugget. Ved hjelp av danske soldater fikk den nye hirdstyreren Otte Stigssøn bønder og embetsmenn til å sverge troskapsed til den danske kongen, og en evangelisk biskop, Ólafur Hjaltason (død 1569), ble innsatt ved Hólar i 1552.