Den egentlige grunnleggelsen av byen dateres gjerne til august 1207, da Liverpool fikk charter som havn og ble en valgkrets. Den var først en militærhavn, hvor man utskipet tropper til Irland. Liverpool slott ble bygget på denne tiden; slottet ble fullstendig fjernet i 1726. Byen var liten og ubetydelig i lang tid; i det 16. århundre var det bare omkring 500 innbyggere, og området var underlagt Chester helt til 1650-årene. Under borgerkrigen ble det flere ganger kjempet om byen, blant annet i en 18 dager lang beleiring i 1644.