Han var sønn av personellkapellan i Nord-Aurdal, senere biskop i Tromsø Stift og deretter i Nidaros bispedømme Johannes Nilssøn Skaar (født 15. november 1828 i Vikøy i Kvam, død 13. desember 1904 i Skien) og hans første hustru Cathinka Vilhelmine Pauline Hansen (født 30. desember 1829, død 24. desember 1896). Han ble gift 2. februar 1886 med Marie Elisabeth Olsen (født 11. november 1860) i Gamle Aker kirke. Hun var datter av sorenskriver Thorvald Olsen (født 29. februar 1820, død 28. november 1882) og Marie Severine Blom (født 8. november 1825). De fikk barna Eilif Skaar (f. 1886-d. 1954), Ingerid Skaar (f. 1889) og Johannes Nilssøn Skaar (f. 1891).