Mokoena fikk sin debut i Rovers 8. januar 2005, mot Cardiff City i FA-Cupen, som innbytter for Barry Ferguson, og ble etter dette fast spiller på førstelaget for resten av sesongen. Senere har han slitt mer med å komme på laget, og har stort sett hatt en rolle som innbytter. Alle skadene Rovers har slitt med i 2006/07 sesongen har imidlertid ført til at han har fått mer spilletid, også fra start. eller som han ofte kalles, blir som oftest brukt som en defensiv midtbanespiller, som vanligvis kommer inn etter pausen og trygger ledelsen med sine primært defensive kvaliteter.