Slovakia spilte sin første landskamp i februar 1940 i Garmisch-Partenkirchen, der de tapte 0-12 mot Böhmen-Mähren. De representerte da den såkalte Slovakiske republikken, som var en nominelt selvstendig etablert i 1939 ved deling av Tsjekkoslovakia, og som under andre verdenskrig fungerte som en tysk satellittstat frem til 1945. Laget spilte flere landskamper under andre verdenskrig, og i 1945 ble igjen landslaget til Tsjekkoslovakia gjenopprettet.