Pike ble forfremmet til brigadegeneral i 1813. Sammen med general Jacob Brown forlot Pike det nylig befestede rurale militære utposten ved Sackets Harbor ved New Yorks kyst ved Ontariosjøen, for hans siste militære felttog. På denne kampanjen kommanderte Pike angrepstropper på et suksessfullt angrep på York (i dag Toronto) den 27. april 1813. Pike ble drept av flyvende steiner og andre rester da den forlatte britiske garnison sprengte sitt ammunisjonslager mens Pike og hans soldater nærmet seg festningen Fort York. Hans legeme ble ført tilbake sjøvegen til Sackets Harbor hvor han ble gravlagt ved den militære gravlunden.