Amenhotep III ble far til to sønner med sin førstehustru Teje. Deres første sønn, kronprins Thutmose, døde før sin far og deres andre sønn, Amenhotep IV, senere kjent som Akhenaton, etterfulgte Amenhotep III på tronen. Han kan også ha vært far til et tredje barn, kalt for Smenkhkare, som senere etterfulgte Akhenaton og i kort tid var farao av Egypt.