I kjølvannet av de mange kontroversene knyttet til Kleppe, Hedstrøm og enkelte andre markante innvandringskritikere i partiet innså parti-ledelsen at det måtte ryddes opp i egne rekker dersom partiet skulle ha håp om å få slippe inn i varmen sammen med de andre borgerlige partiene. Et ledd i strategien var å reservere sikre plasser på partiets valglister i henholdsvis Oslo og Hordaland for nestformennene Siv Jensen og Terje Søviknes. Dette innledet en ny periode med interne uenigheter og stridigheter i partiet. 3. desember 2000 ble storingsrepresentant Dag Danielsen og flere andre sentrale aktører i Oslo FrP suspendert eller ekskludert som følge av fraksjonsvirksomhet. Saken ble brakt inn for namsretten som 11. desember fastslo at partiets sanksjoner var lovlige. I februar 2001 meldte Fridtjof Frank Gundersen seg ut av partiet etter å ta tapt nominasjonen i Akershus. Under Hordaland FrP’s årsmøte, 10. februar, stod Cathrin Rustøen frem og hevdet at hun var blitt voldtatt av en sentralt tillitsvalgt i partiet. Rustøen hevdet videre at sju unge kvinner og to unge menn skal ha blitt voldtatt eller seksuelt misbrukt på annen måte av andre tillitsvalgte i partiet. Dette utløste igjen Søviknes-saken som resulterte i at Terje Søviknes måtte trekke seg fra alle nasjonale verv i partiet som følge av at han hadde hatt sex med en 16 år gammel jente i FpU året før. Det vakte ytterligere bestyrtelse da det ble kjent at både Søviknes og Siv Jensen hadde løyet da de ble konfrontert med saken på TV2 programmet Tabloid. Strafferettslig ble saken mot Søviknes senere henlagt som «intet straffbart forhold», men det satte en foreløpig stopper for hans karriere i rikspolitikken. John I. Alvheim overtok Søviknes' posisjon som 2. nestformann.