Etter kong Mahendras statskupp i 1960, havnet Ahdikari i fengsel igjen. I løpet av de neste årene gikk kommunistpartiet i oppløsning på grunn av indre splittelser og avskallinger. Angivelig mente han at tilstanden i partiet nå var så dårlig at han måtte ut for enhver pris. Derfor avga han en erklæring om at han ikke skulle motarbeide kongen, men bistå ham på alle vis, og slapp ut av fengselet. Han ble imidlertid fengslet igjen etter kort tid, trolig for brudd på dette løftet. Først i 1968 slapp han ut for godt.