Akademiet ble drevet fram til det ble ødelagt av romeren Lucius Cornelius Sulla i år 84 f.Kr. Nyplatonister fikk gjenoppvekket Akademiet tidlig på 400-tallet e.Kr. og drev det videre fram til 529 da det ble stengt av den bysantinske keiser Justinian I den store som anså det som en trussel for kristendommens utbredelse. Mange intellektuelle fikk sin undervisning ved Akademiet, og en av de mest framtredende og betydningsfulle var Aristoteles.