Elva har utspring fra Storfjellvatnan, som ligger på fylkesgrensa mellom Troms og Finnmark. Herfra renner elv mot øst gjennom Kanasdalen ned til Skalsavatnet (40 moh). Til Skalsavatnet kommer også Iselva, ei stor sideelv som har utspring fra en sørvestlig utløper av Øksfjordjøkelen. Fra Skalsavatnet fortsetter elva videre ned til munningen i bukta Skalsa i Jøkelfjorden.