I 1912 slo han seg ned i Schwerin i Mecklenburg, og bygget en flyplass med flyverskole i Görries. Under Første verdenskrig konstruerte han flere tusen fly for det tyske forsvaret, først på sin opprinnelige flyplass og senere på Hintenhof i den nåværende Schweriner Bornhövedstraße. Av kjente fly som han konstruerte bør nevnes Fokker Dr.I. Fokker var den eneste flyprodusent som personlig snakket med pilotene ved fronten for å høre deres meninger og ønsker.