Kolonien ble styrt etter handelskompaniets regler og de 12 andelseierne utepekte blant annet guvernøren. Borgerlige rettigheter i kolonien forutsatte medlemskap i en av de anerkjente menighetene. Puritanerne i Massachusetts utmerket seg med sin religiøse intoleranse. Kolonien var preget av streng religiøs konformitet og det var vanskelig å være i opposisjon til de dominerende puritanerne. Innvandrere som hadde slått seg ned i området før puritanerne ble tildels forvist. De strenge puritanerne forbød blant annet sport og moro søndager etter kirketid. Puritanerne røykte, drakk og drev sport. Roger Williams kom til Massachusetts i 1631 og kom i opposisjon til Winthrop og hans regime. Williams var den viktigste opposisjonen i Bostons tidlige fase. Williams var kritisk til behandlingen av de innfødte (deres eiendomsrett til jorden mått respekteres mente Wiliams) og ville skille kirke og stat. Konflikten endte med at Williams ble utvist og han etablerte kolonien Rhode Island.