Han forbød jesuitterordenen i Portugal og dets kolonier, og konfiskerte dens eiendom i 1759. Hans anti-jesuittiske sentiment hadde funnet næring ikke minst i hans diplomatiske posteringer. I London ble han kjent med de anti-jesuittiske tradisjoner som var fremvokst der i generasjonene etter den engelske reformasjon, med dens forskjellige konspirasjonsteorier. I Wien var han blitt venn med Gerhard van Swieten, en konfidant til Maria Theresa av Østerrike som var blitt en innbitt motstander mot de østerrikske jesuitters innflytelse. Som portugisisk statsminister beskyldte han jesuittene for forræderi og forsøk på kongemord, og han var også motstander av den indianerstat ordenen hadde organisert i Sør-Amerika der guarani-indianerne både var organisert uavhengig av koloniherrene og hindret deres utnyttelse som slaver, og ble til bryderi da Spania og Portugal ville justere sine koloniers grenser.