Spilleren skal kontrollere hovedpersonen Link, og utforske en verden for å oppdage nye gjenstander, informasjon og allierte for å hjelpe ham med å redde vennen Tetra og beseire spillets antagonist Bellum. Spilleren må seile mellom forskjellige øyer, samt utforske øyene og deres fangehull til fots. På land kan Link oppdage forskjellige gjenstander, inkludert en bumerang, som spilleren kan benytte videre i spillet. Når Link skal seile mellom de forskjellige øyene, viser spillet også et kart over hele området. For å reise mellom øyer, skal spilleren kontrollere en hjuldamper kalt S.S. Linebeck. Om bord på skipet kan spilleren skyte på motstandere, som angriper skipet, med en kanon.