Nuon Chea ble også stilt til ansvar for folkemord på etniske vietnamesere og på den muslimske minoritet, og for tvangsekteskap og voldtekter. I november 2018 fant Røde Khmer-tribunalet ham skyldig etter tiltalen og dømte ham til livsvarig fengsel for folkemord, forbrytelser mot menneskeheten og grove brudd på Genèvekonvensjonene.