Brunet vendte så tilbake til Frankrike; han ble evakuert av skipene og så , og skulle for krigsrett i Frankrike. Den nye japanske regjeringen krevde at Brunet skulle straffes for sin virksomhet i boshinkrigen, men hans innsats hadde vunnet folkelig støtte i Frankrike, og kravet ble avslått. Admiral Enomoto, som først var alliert med Brunet, hadde sluttet seg til den keiserlige regjering og ble minister av den keiserlige japanske flåte. Takket være Enomotos innflytelse tilgav den japanske regjeringen Brunet. Han ble tildelt medaljer i mai 1881 og i mars 1885 i den japanske ambassaden i Paris.