Da Napoléon Bonaparte avsluttet republikken Venezia i 1797 var Kythira blant de greske øyene som ble lagt inn under det til da mest fjerntliggende franske département, (Egeerhavet). Øya delte skjebne med andre joniske øyer i de urolige tidene under Napoléon, og er fortsatt regnet som en av dem, men i antikken ble den regnet som en del av øygruppen Kykladene.