Samtidig førte Portugals avslag til å forplikte seg til den fransk fastlandssperringen, og Spanias unnlatelse av å opprettholde det, til den iberiske krigen og utbruddet av den femte koalisjonskrigen. Franskmennene okkuperte Spania og dannet et spansk klientrike under Joseph Bonaparte. Tungt britisk militær deltagelse på den iberiske halvøy fulgte snart mens en britisk innsats for å erobre Antwerpen mislyktes. Napoleon hadde tilsyn med situasjonen i den iberiske halvøy, beseiret spanjolene og forviste britene fra halvøya. Østerrike, ivrig etter å gjenopprette territorium tapt under krigen mot den tredje koalisjonen, invaderte Frankrikes klientstater i Øst-Europa. Napoleon beseiret den femte koalisjonen ved Wagram i juli 1809.