Ifølge valgmyndigheten Conseil Electoral Provisoire i Haiti vant Manigat over ti andre kandidater med 50,29 % av stemmene, men valgoppslutningen var godt under 10 %. Valget ble regnet som udemokratisk av historikere og valgkontrollører. Han ble innsatt i februar 1988, men allerede i juni samme året ble han avsatt av Henri Namphy. Han stilte igjen som presidentkandidat under valget i februar 2006, men fikk bare 12,40 % av stemmene, og kom dermed på andreplass, etter René Préval.