Kildene sier at han var gjenstand for to etterforskninger. Den første ble foretatt av prefekt Perennius, den annen skjedde tre dager etter og var foretatt av en gruppe jurister og santatoerr, på en rolig og høvisk måte. Apollonius fikk tale ut, med bare fire avbrytelser, og man prøvde å få han til å tone ned det han sa slik at han skulle gå fra fellende dom.