John C. Favalora studerte ved i St. Benedict i Louisiana, ved i New Orleans og så ved Det pavelige universitet Gregoriana og ved Pontifical North American College i Roma. Den 20. desember 1961 ble Favalora presteviet for New Orleans av erkebiskop Martin John O'Connor. Deretter var han i rundt 25 år sjelesørger i erkebispedømmet New Orleans.