Macchiarini giftet seg i 1986 med Emanuela Pecchia og de har to barn sammen. I 2013 var paret separert da Macchiarini ble intervjuet av journalisten Benita Alexander som da jobbet for NBC News. De innledet et romantisk forhold, og Macchiarini lovet henne et storslått bryllup hvor de skulle vies av Paven. På gjestelisten skulle blant andre Barack Obama, Bill Clinton og Elton John stå, og Andrea Bocelli skulle synge i seremonien. Det hele viste seg å være en bløff.