Opel trakk seg ut av DTM etter 2005-sesongen og Frentzen gikk til Audi for 2006. Han kom på tredjeplass i det første løpet i sesongen på Hockenheim, og igjen i sesongens åttende løp i Barcelona. Frentzen avsluttet sesongen på syvendeplass, men forlot Audi etter sesongslutt ettersom han hevdet han «ikke fikk noen støtte fra teamet».