Verden trues av en gruppe kalt Apostlene, et forbrytersyndikat av tidligere agenter som har sprunget ut av restene av Syndikatet. Organisasjonen ble nedkjempet av IMF noen år tidligere, men nå har de gjenoppstått i ny drakt. Gruppen har planlagt å plassere kjernefysiske bomber i Roma, Jerusalem og Mekka, for slik å utrydde alle religioner under mottoet at mennesker trenger maksimal lidelse for å kunne oppleve fred. En av arkitektene bak de spektakulære planene er den tidligere agenten Solomon Lane som all verdens hemmelige tjenester er på jakt etter. Fengslede Solomon Lane, som ledet Syndikatet, blir en brikke i dette spillet. IMF-agenten Ethan Hunt må blir satt på saken, men mot sin vilje får han selskap av CIA-agenten Walker, som kanskje har egne ordre. I tillegg dukker den tidligere MI6-agenten Ilsa opp i en uavklart rolle.