Under reformasjonen befalte kongen at landets klostre skulle rives, men Sankt Peters nonner fikk tillatelse til å bli her resten av deres liv. I 1560 ble også nonnene fra Bosø kloster flyttet hertil, og klosteret ble derfor ikke helt lukket før på 1580-tallet. Først i 1606 ble selve klosteret revet mens kirken ble spart ettersom den også var forsamlingskirke for en lokal menighet.