Troms var ikke berørt av kampene lenger sør og var frem til kapitulasjonen fortsatt fritt område. Kongen og til dels ministrene våget ikke oppholde seg samlet i Tromsø, i stedet skjulte de seg i Målselvdalen, Lyngen, Balsfjord og Storsteinnes. Regjeringen hadde kontrollen over radiosendere i Tromsø, Bodø og Vadsø, senderen i Bodø gikk senere tapt under bombingen. I tiden i Troms overveide kongen og regjeringen både å bli værende i landet og å evakuere sammen med britene. Regjeringen, kongen og kronprinsen reiste 7. juni med britiske marinefartøy til Storbritannia. General Carl Gustav Fleischer reiste sammen med regjeringen, mens general Ruge ble værende og var krigsfange resten av krigen.