Etter presidentperioden har Muhammed Khatami holdt en lav profil. Foran presidentvalget i 2009 var han en stund kandidat til å stille opp mot Mahmoud Ahmadinejad, men han trakk sitt kandidatur til fordel for Mir Hossein Mousavi. En uke etter valget, der svært mange protesterte mot det angivelige valgfusket og drapene på demonstranter skrev Khatami et brev der han tok avstand fra politikken til prestestyret og Mahmoud Ahmadinejad. I brevet skrev han blant annet: "Folket har talt, og vi må respektere det. Regjeringen kan ikke drepe og fengsle folk bare fordi de sier hva de mener".