Eppelmann ble innvalgt i Forbundsdagen for CDU ved det første fellestyske valget 2. desember 1990 og satt i Forbundsdagen til han ikke lenger stilte til valg i 2005. Han var innvalgt som direktekandidat for valgkrets 277 i Brandenburg. I Forbundsdagen var han leder for de to enquête-kommisjonene for bearbeidelse av SED-diktaturet.