Selv om han var partiløs, ble Condorcet forbundet med girondinerne, for han hadde mange venner blant dem, og de hadde flertall i Nasjonalforsamlingen mens han ledet den. Han ledet konstitusjonskomiteen som utarbeidet det girondinske konstitusjonsprosjektet, som inneholdt en menneskerettighetserklæring og en fremstilling av konstitusjonens prinsipielle grunnlag, foruten selve konstitusjonen. Da montagnardene under Robespierre i 1793 tok makten i Nasjonalkonventet, som hadde erstattet Nasjonalforsamlingen, skrev de sin egen konstitusjon. Condorcet var av prinsipp motstander av dødsstraff, og ønsket derfor ikke kongen henrettet, selv om han mente han burde stilles for retten. Da Marie-Jean Hérault de Séchelles, et annet medlem av konstitusjonskomiteen, skrev et utkast som ble kalt en Montagnard-konstitusjon, reagerte Condorcet med skarp kritikk, og ble anklaget for forræderi. 3. oktober 1793 ble han beordret arrestert.