Vilhelm hadde også en strid med den skotske kongen Máel Coluim III, eller Malcolm III, og tvang ham til betale skatt og underkaste seg i 1091, og han overtok grensebyene i Carlisle og Cumbria i 1092. I slaget ved Alnwick den 13. november 1093 ble Malcolm og hans sønn Edvard drept og skottekongens bror Donald overtook den skotske tronen. Vilhelm støttet Malcolms sønn Duncan som klarte å overta den skotske tronen i en kort tid før han ble drept. Edgar av Skottland overtok da tronen og erobret Lothian i 1094 og fikk fjernet Donald i 1097 med Vilhelms støtte. Edgar anerkjente Vilhelms herredømme over Lothian og deltok ved Vilhelms hoff.