Marianne Thyssen vokste opp som ett av tre barn i en bakerfamilie i Sint-Gillis-Waas. Hun gikk på skole i Wachtebeke og Sint-Niklaas og studerte deretter jus på Katholieke Universiteit Leuven (KUL) hvor hun også var vitenskapelig assistent. Hun har arbeidet som juridisk rådgiver og senere generalsekretær for kristelig forbund for små og mellomstore bedrifter.