Han representerte Sør-Afrika i San Francisco i mai 1945 da utkastet til De forente nasjoners pakt ble skrevet. Akkurat som han gjorde i 1919, oppfordret Smuts delegatene til å skape en mektig internasjonal organisasjon som kunne opprettholde freden. Han var fast bestemt på at i motsetning til Folkeforbundet, måtte FN ha tenner. Smuts signerte Paristraktatene som førte til fred i Europa, og han ble dermed den eneste som signerte begge avtalene som gjorde slutt på første og andre verdenskrig.