Dyers tid i West Ham har vært sterkt skadeplaget, og det gikk bare ti dager fra han debuterte for klubben mot Birmingham City 18. august 2007 til han pådro seg en alvorlig skade da han ble taklet i en ligacupkamp mot Bristol Rovers. Skaden gjorde at Dyer gikk glipp av hele 2007-08-sesongen. Sommeren 2008 slo Dyer opp skaden sin, og var ute i enda et halvt år og det gikk rykter om at Dyers karriere var over.