Siktelsen medførte også at Jan Reksten trakk seg midlertidig fra sin stilling som sjef for Fellesoperativt hovedkvarter. Det er påstått at det skjedde dagen før han ville fått en ny midlertidig stilling av forsvarsledelsen. Påstander kom om at han var blitt tvunget til å gå av på grunn av faglig uenighet med Forsvarsledelsen, men dette ble avvist. Stortingsrepresentant Carl I. Hagen varslet at han vil kreve en full redegjørelse av Forsvarsdepartementets rolle i Rekstens avgang, i Stortingets kontroll- og konstitusjonskomité.