I 1801 tok japanerne offisielt kontroll over øya og innlemmet den i provinsen Ezo (i dag Hokkaidō prefektur). Dette førte raskt til strid med Russland over Urup og resten av Kurilene. Øya ble offisielt russisk territorium i 1855 etter en avtale som fastsatte grensen mellom de to landene langs sundet mellom Urup og Etorofu (Iturup), men Japan kjøpte øya tilbake tjue år senere i bytte for Sakhalin. Det var i denne perioden at øya kom inn under administrasjonen til Hokkaidō prefektur og ainufolket ble drevet bort.