I sin periode som legionsjef røk han uklar med ledelsen i Waffen-SS. Den opprinnelige avtalen var at de skulle til Finland for å kjempe på finsk side mot Sovjetunionen, men de ble sendt til Sovjetunionen og Leningrad isteden. Qvist forsøkte å få soldatene trukket tilbake til Norge, men tyskerne truet Qvist med tysk krigsrett for sabotasje.