Gagarin tilbragte også mange år i Konstantinopel, der han grunnla , som arbeidet for hgjenforening av den latinske og de greske kirker. Med dette for åye publiserte han: «L'Eglise roumaine», etc. (1865); «Constitution et situation présente de toutes les Eglises de l'Orient» (Paris, 1865); «Les Eglises orientales unies» (1867), alle sammen studier av orientalske kirker.