Det er i senere tid oppdaget sikkerhetshull i MD5. I mars 2005 publiserte Xiaoyun Wang og Hongbo Yu på Shandong universitet i Kina at de hadde funnet en algoritme som fant to forskjellige 128-bits sekvenser med samme MD5-sjekksum. Det anbefales ikke å bruke MD5 eller SHA-1 dersom bruken er relatert til sikkerhet.