I 2007 rykket klubben opp til 2. divisjon etter å ha vunnet 3. divisjon avdeling 22. Lofoten spilte to kvalifiseringskamper mot Innstranden, vinneren av 3. divisjon avdeling 21. 20. oktober 2007 ble det klart at Lofoten spiller 2. divisjonsfotball i 2008, etter å ha slått Innstranden 4–3 over to kamper.