Havanna skulle fungere som Spanias hovedhavn i erobringen av den nye verden (Amerika). Den første bebyggelsen kom på vestkysten av Havanna-bukta og er i dag kjent som «Gamle Havanna» (Habana Vieja). Her lå byen i vern fra festningene El Morro i nordøst samt og i vest. På denne måten kunne angrep fra sjørøvere møtes med kryssild fra samtlige tre festningsanlegg.