Geyl fikk et professorat i nederlandsk historie ved University of London som han hadde fra 1919 til 1935 og professor ved universitetet i Utrecht fra 1936–58. I 1940 skulle Geyl utgi en artikkel om Napoleon. Det hadde blitt skrevet før Nederland ble okkupert av Nazityskland, men da det skulle utgis fryktet forlaget at hovedpersonen skulle bli sammenlignet med Hitler. Høsten 1940 ble Geyl holdt som gissel og sendt til konsentrasjonsleiren Buchenwald i 13 måneder. Frem til februar 1944 ble Geyl sittende i tysk fangenskap.