Berner ble født i Christiania og var sønn av venstrepolitiker og kvinnesaksforkjemper Hagbart Berner og Selma Hovind. Han ble cand.med. ved Det Kongelige Frederiks Universitet i 1900 og ble dr.med. samme sted i 1913 på avhandlingen . I 1924 ble han medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi. Han var prosektor ved Rikshospitalets patologisk-anatomiske institutt fra 1908 og ved Ullevål sykehus fra 1926. Fra 1940 til 1943 var han bestyrer av Rikshospitalets patologisk-anatomiske institutt. Han hadde en omfattende vitenskapelig produksjon om ulike patologiske temaer.