Sainte-Colombe er knapt nevnt i samtidige kilder. Verken hans fulle navn, foreldrenes navn, hans føde- eller dødssted eller nøyaktig fødsels- og dødsdato er kjent med full sikkerhet, men ifølge nyere forskning var fornavnet høyst sannsynlig . Han skal ha bodd en tid i Paris og fått undervisning blant annet av teorbisten og gambisten Nicolas Hotman. I kildene omtales han ofte som Sainte-Colombe («faren») fordi det finnes en annen komponist og gambist med samme navn (ca. 1660–1720) som i samtidige dokumenter opptrer under tilnavnet («sønnen»).