Under okkupasjonen valgte Hatt å slutte seg til den dansktyske forening, muligvis fordi han anså Tyskland for å være et naturlig og uunngåelig bolverk mot den russiske kommunisme. Etter frigjøringen ble han stilt for en tjenestemannsdomstol, og ble avskjediget fra universitetet, allikevel med full pensjon. Han ble faglig mer isolert, men fortsatte allikevel med å utgi flere store arbeider innenfor arkeologien, og oppnådde også den ære å få et festskrift utgitt til seg på sin 75-årsdag i 1959. Han døde 3 måneder seinere.