Johannes Jørgensen giftet seg i 1891 med Amalie Ewald og fikk sju barn med henne. Samlivet mellom ektefellene opphørte i 1913, idet Jørgensen forlot hjemmet. Kort tid etter traff han den franske malerinnen Andrée Carof, som døde i 1933. Jørgensens katolisisme forhindret ham fra å inngå nytt ekteskap så lenge hans hustru Amalie var i live, men da hun døde i 1935, inngikk han i 1937 ekteskap med den østerrikske og førti år yngre Helena Klein.