Selskapet ble opprettet etter privatiseringen av den britiske jernbanen i 1990-årene. Virgin Trains vant budrundene for to ruter: Ekspresstog på West Coast Main Line (WCML) mellom London Euston og Skottland, som betjenes av Virgin West Coast (VWC) og langdistansetog mellom det sørlige og sørvestlige England og Skottland via Birmingham, som betjenes av Virgin Cross-Country (VXC). De to avdelingene er juridisk og praktisk sett to selskaper, men arbeider under samme varemerke.