Ubuntu bruker GNOME og GNOME-programmer. Xubuntu bruker Xfce vindusbehandleren som er mindre krevende og således bedre egnet for eldre PC-er. Med Xubuntu medfølger det primært GTK+ programmer som er laget for å bruke færre ressurser i forhold til tilsvarende GNOME programmer. Xubuntu har tilgang til de samme pakkebrønnene som Ubuntu, og kan derfor kjøre de fleste programmene derfra med bare små forskjeller i brukergrensesnittet.