Byen ble grunnlagt i 1693 av engelskmennene, etter at den tidligere hovedstaden Port Royal ble sterkt skadet av et jordskjelv. Kingston har også blitt rammet av et kraftig jordskjelv; 14. januar 1907 forårsaket et skjelv store ødeleggelser og mer enn 1000 mennesker omkom. I 1872 ble byen offisielt administrasjonssete for det britiske kolonistyret, og den beholdt hovedstadsstatusen da Jamaica ble selvstendig i 1962. I tillegg til å være sete for Jamaicas regjering ligger også University of the West Indies, åpnet i 1948, i Kingston.