Knutsen holdt sin debutkonsert i Universitetets Aula i Oslo høsten 1992. I Bergen Filharmoniske orkester var hun i årene 1993–1996 orkesterformann, som første kvinne i denne stillingen. I 1996 flyttet hun til Trondheim og jobbet som daglig leder for TrondheimSolistene, før hun ble ansatt som førsteamanuensis i blåserfag ved Musikkonservatoriet i Trondheim (Institutt for Musikk, NTNU). I perioden 2009-2015 var Trine Knutsen leder ved instituttet. I 2018 og 2019 var hun engasjert som daglig leder for Trondheim Kammermusikkfestival.