Javasjøen har en gjennomsnittlig dybde på 40-50 meter (maksimalt 67 m., skjønt med en maksimal områdedefinisjon er det større dybder i øst, på inntil 200 m) og omfatter et område på fra 367.000 til 433.000 km², alt etter hvordan det avgrenses i vest og i øst .