Aleksanders reformvirksomhet møtte motstand i adelen og byråkratiet, blant annet etter opprør i Polen i 1863 og mordforsøk på tsaren i 1866. Etter dette stanset en god del av reformene opp og perioden etter 1866 blir omtalt som den reaksjonære perioden i hans regjeringstid. Det var en stadig tautrekking mellom liberale og reaksjonære kretser i byråkratiet, og det ble arbeidet med utkast til en forfatning for landet. Opprøret i Polen i 1863 ble slått hardt ned med 80000 drepte og 70000 deportert til Sibir. Polen ble etter dette strengt overvåket og språket ble forbudt. I Finland ble landdagen innkalt regelmessig, det ble opprettet folkeskoler og innført lokalt selvstyre.