Halonen ble født den 24. desember 1943 i Helsingfors. Hun vokste opp med moren som eneforsørger i arbeiderbydelen Berghäll i Helsingfors, og er utdannet jurist fra Helsingfors universitet 1968. Sin første jobb hadde hun som sosialpolitisk sekretær og generalsekretær i (1969–70). Hun var juridisk saksbehandler i 1970–74 och 1975–79. Året 1974–75 arbeidet hun hos statsminister Kalevi Sorsa.