Han ble siden ansatt av Yale som professor og holdt foredrag fra 1971. Han holdt undervisning innen musikkhistorie og etnomusikologi. I perioden 1976-1977 hadde han en kortvarig stilling ved Duke University, der han blant annet hadde hovedansvaret for deres jazzprogram, samtidig ledet han Duke Jazz Ensemble. Ruff var også fakultetsmedlem ved UCLA og Dartmouth.