Biologisk oseanografi ligner på marinbiologi, men den studerer havets liv fra et annet perspektiv. Biologisk oseanografi tar en nedenfra og opp tilnærming når det gjelder næringsvevet, mens marinbiologi studerer havet fra et ovenfra og ned perspektiv. Biologisk oseanografi fokuserer hovedsakelig på havets økosystem med vekt på plankton: deres mangfold (morfologi, næringskilder, bevegelighet og metabolisme); deres produktivitet og hvordan det spiller en rolle i den globale karbonsyklusen; og deres fordeling (predasjon og livssyklus). Biologisk oseanografi undersøker også rollen til mikrober i næringsvevene, og hvordan mennesker påvirker økosystemene i havene.