Den 31. juli 1790 giftet kronprins Frederik seg på Gottorp slott med sin kusine Marie Sophie, datter av landgreve Karl av Hessen og Christian VIIs søster Louise. De fikk åtte barn, hvorav seks døde som små. Ingen guttebarn overlevde, kun to døtre: Caroline (1793–1881) og Vilhelmine (1808–1891). Paret fikk ingen barnebarn.