I januar 2020 støttet CEPI tre prosjekter for å lage en vaksine mot covid-19 forårsaket av viruset SARS-CoV-2. De tre ble drevet av Moderna, Inovio Pharmaceuticals og Universitetet i Queensland. Moderna samarbeidet med The United States National Institutes of Health mens Inovio samarbeidet med et kinesisk firma. CEPI investerte også 8,3 millioner amerikanske dollar i tyske CureVac for å finne en vaksine mot covid-19.