Trapattoni arbeidet i hjemlandet Italia inntil han tok over FC Bayern München, som han ledet frem til gull i Bundesliga i 1997. Trapattoni avløste Dino Zoff som italiensk landslagssjef i 2000, en stilling han hadde inntil sommeren 2004. Etter EM-fiaskoen gikk Trapattoni av for å lede portugisiske Benfica til ligagull i 2005. Sommeren 2005 tok han over Vfb Stuttgart, men måtte forlate jobben etter svake resultater. I 2007 ledet han østerrikske Red Bull Salzburg til ligatittelen, og hadde dermed vunnet ligaen i fire forskjellige land.