I sesongen 2012/13, den 17. november 2012, i en ligakamp mot Wigan Athletic, skåret han sitt aller første mål for klubben, i det 65. minutt, etter å ha blitt brukt som en offensiv venstre midtbanespiller i en ukonvensjonell 3-5-2 formasjon under ledelse av Brendan Rodgers. Han bidro selv med en pasning til Luis Suárez sitt andre mål i samme kamp. I den siste kampen i 2012 skadet Jose seg, da han fikk en avrivning i hamstringmuskelen etter 71 minutter i 3-0 seieren over QPR 30. desember. 17. februar fikk José et mål, da han satte inn 3-0 like etter pause mot Swansea City.