Etter Republikkens fall i 1939 gikk han i eksil. Til tross for flere krav om utlevering til Spania, ble han, takket være Mexicos beskyttelse værende i Frankrike. Negrín ble dømt in absentia til 30 års fengsel av Francos Spesialdomstol for frimurere og kommunister til tross for at han ikke var noen av delene. All eiendom han og familien hadde i Spania ble beslaglagt. Faren ble fengslet fordi han var hans far, og døde kort tid etter at han slapp ut av fengsel i 1941. Juan Negrín døde i Paris i 1956.