Imidlertid begynte han i 1918 ved Mungret College, et lærested ledet av jesuittene i County Limerick som forberedte unge menn til et kall som prester i misjonene. Normalt skulle studentene være i aldersgruppen 14 til 18 år. Da O'Flaherty begynte, var han noe eldre enn de fleste, omkring tyve år. Colleget tok inn noen eldre dersom de ble akseptert av en biskop som ville betale for dem.