Karl IV av Alenço (1489 – 1525) var en mann ikke på høyde med hennes eget intellekt, og ikke skaffet han henne et barn, og han døde i 1525 i kampene i Italia. I kraft av sin posisjon beholdt sin manns titler som enke. 22 år senere giftet hun seg med kongen av Navarra, et lite kongedømme i nordlige Spania, Henrik II av Navarra (1503–1555). Kong Ferdinand II av Aragón hadde invadert Navarra i 1512 og Henrik II styrte kun nedre delen av riket. Heller ikke Henrik II delte hennes kulturelle interesser, hverken de litterære, vitenskapelige eller religiøse, men med ham fikk hun en sønn som døde ung, og datteren Johanna III av Navarra (1528–1572), den framtidige mor til kong Henrik IV av Frankrike.