Den offisielle redegjørelsen dukket opp først så sent som i 1925 da forskeren Leslie Hotson oppdaget likskuemannens rapport om undersøkelsen av Marlowes død som ble holdt to dager senere, fredag den 1. juni 1593. Marlowe hadde tilbrakt hele dagen i et hus i Deptford, eid av enken Eleanor Bull. Der hadde det også vært tre menn sammen med ham, Ingram Frizer, Nicholas Skeres og Robert Poley. Alle tre hadde vært ansatt av den ene eller andre av Walsinghamene. Skeres og Poley hadde bidratt til å snøre inn konspiratorene i Babingtonkomplottet, og Marlowe hadde en krangel med dem om en regning (i dag kjent som «Reckoning», «regnskapet»). De utvekslet «diverse ondskapsfulle ord» mens Frizer satt ved et bord mellom de andre to og Marlowe lå bak ham på en sofa. Marlowe hadde nappet til seg Frizers dolk og såret ham i hodet. I den påfølgende kampen, i henhold til likskuemannens rapport, ble Marlowe stukket over det høyre øyet, noe som drepte ham momentant. Juryen konkluderte med at Frizer hadde handlet i selvforsvar, og i løpet av en måned ble han benådet. Marlowe ble gravlagt i en umerket grav på kirkegård til St. Nicholas i Deptford rett etter det rettslige likskuet den 1. juni 1593.