Andre prinser og etterkommere etter Timur dukket imidlertid opp. Uways Mirza, en etterkommer etter Timurs eldste sønn Umar Shaik Mirza I startet et opprør med støtte fra Uzbek-lederen Abu'l Khayr Khan (Abu Sa'ids tidligere allierte), men dette opprøret ble slått ned. En annen av Umar Shaiks etterkommere, Sultan Husayn Bayqara, var også en trussel mot Abu Sa’id. Han hadde inntatt byen Gorgan da Kara Koyunlu-lederen Jahan Shah hadde trukket seg vestover. Selv om han hadde sverget troskap til Abu Sa’id prøvde han å kontrollere større områder. Han okkuperte Mazandaran-provinsen i 1460 og beleiret Herat i 1461. Selv om han ble tvunget tilbake fortsatte han med mindre angrep mot Abu Sa’id. Muhammad Juki som var sønn av Abd al-Latif, sto også bak et opprør i 1462. Han okkuperte byen Shahrukhiyya (sørvest for dagens Tasjkent i Usbekistan) og Abu Sa’id måtte beleire denne byen nesten et år før opprøret ble slått ned i september 1463.