Museet består av fem saler, én i hver etasje. Første etasje har gratis adgang, og inneholder forskjellige smakebiter på hva som fins ellers i museet. I andre etasje befinner den såkalte «jadeteknologisalen» seg, hvor temaet er hvordan og i hvilken kontekst jaden ble formgitt. I tredje etasje er de såkalte «dag og natt-salene», som viser indianernes ulike skikker, samt utstillinger om det biologiske mangfoldet i Costa Rica. Utstillinga i fjerde etasje kalles «minnesalen», og tar for seg indianernes verdensbilde, som omfatter religion, dans, musikk, kjønns- og familieroller og sexualitet. I femte etasje er ikke utstillinga tematisk; den inneholder de nesten 4000 objektene som ikke befinner seg i de øvrige etasjene. Museumsbygninga har også en sal for midlertidige utstillinger, et auditorium, klasserom, kafé, butikk og garderobe.