Gortyn fortsatte sin vekst under romersk styre og ble hovedstad av den felles romerske provinsen med Kyrenaika, . Fra 300-tallet e.Kr. var den hovedstad for en adskilt provins Kreta. Et av de første kristne kirkene ble bygd i byen og det er levninger av en tidligere viktig katedral som fortsatt kan bli sett. Denne katedralen, dedikert til sankt Titus (en disippel av Paulus), den første biskop av Kreta, ble reist på 500-tallet.