Klagges hadde innrettet SS-Hilfspolizei, som ble stilt under Alpers' kommando. Denne politistyrke ble beryktet for sine brutale aksjoner mot blant andre SPD- og KPD-medlemmer. Alpers var sammen med Klagges og Jeckeln ansvarlig for de såkalte Riesebergmordene i juli 1933, da ti KPD-medlemmer ble mishandlet og myrdet. Jeckeln forsikret seg om at mordene ikke ble skikkelig etterforsket. Alpers deltok også i forfølgelsen av den tidligere ministerpresidenten Heinrich Jasper (SPD) samt Matthias Theisen (SPD), som ble myrdet av SS. Alpers forsøkte også å få Braunschweigische Staatsbank under sin kontroll.