Heuzey var professor ved École des beaux arts og seinere leder for antikkavdelingen ved Louvre. Heuzey var en av de fremste forskerne som har kommet ut av École d’Athènes. Hans (sammen med arkitekten Daumets) ekspedisjon til Makedonia ga spesielt gode resultater, blant annet oppdagelsen av en storartet gresk villa ved Palatitza (i det sørlige Makedonia) og av et gravrelief ved Farsalos. Heuzey var medlem av Institut de France (1874).