Milan Milutinović vokste opp i en kommunistisk preget familie med dype røtter i Beograd. Faren Aleksandar var sivilingeniør og moren Ljubica (født Jokić) kunsthistoriker. Han studerte til jurist ved Universitetet i Beograd, der han ble kjent med Slobodan Milošević, som han skulle bli en nær venn og medarbeider med. I studietiden ble han aktiv i det kommunistiske ungdomsforbund, og ble medlem av den serbiske avdeling av kommunistpartiet.