Elva har utspring fra en liten isbre vest for Meahccevákkejávri (598 moh.), i fjellområdene på vestsida av indre del av Sørfjorden. Elva renner mot øst gjennom et goldt fjellandskap og passerer gjennom en rekke innsjøer og vatn, hvorav de største er Meahccevákkejávri og Store Rieppevatnet. Fra rundt kote 520 faller elva ut over fjellkanten og danner den rundt 400 meter høye Stordalsfossen, som kan sees på lang avstand og høres fra andre siden av fjorden. Nedenfor fossen går Stordalselva gjennom tynn bjørkeskog, myr og steinur. Elva munner ut i Sørfjorden ved Stordalstrand.