Byen selv, som i dag er hovedstad i Bukhara-regionen (Bukhara «viloyat») i Usbekistan, er omtrent 2500 år gammel. Den ligger langs Silkeveien og har i lang tid vært et sentrum for handel, utdannelse, kultur og religion. Under den muslimske gullalderen som strakte seg fra det 8. til det 13. århundre, var Bukhara det intellektuelle sentrum for den islamske verden. I middelalderen var Bukhara hovedstad i Bukhara-khanatet og var fødestedet til Imam Bukhari.