I forhold til andre raser har alaskan klee kai vært bemerkelsesverdig fri for genetiske defekter, men noen helsemessige forhold knyttet til rasen er: Juvenil katarakt Leversykdom Ekstrem skyhet Faktor VII-mangel Livmorbetennelse Luxating Patella Cryptorchids Kardiale forhold, herunder PDA Skjoldbrusksykdom, inkludert autoimmun tyreoiditt Rasen kan lide av andre helsemessige problemer som ennå ikke er oppdaget på grunn av dens relativt unge alder og lille genbase.