Window Maker har blitt kjent for å ha støtte for dockapper, små dataprogrammer som låser seg på spesielle steder på skrivebordet. Disse programmene kan vise forskjellig informasjon, som hvor mye ressurser man bruker eller hva klokken er, eller de kan utføre spesielle oppgaver. To av de vanligste dockappene er (klokke) og (styringsverktøy for Xmms).