Christian Adolf blev født i Sønderborg på Als som fjerde barn og eldste overlevende sønn av hertug Hans Christian av Slesvig-Holsten-Sønderborg og Anna av Delmenhorst. Etter farens død arvet han det lille hertugdømmet Sønderborg som var tynget av gjeld, og som forøktes under morens formynderskap. I 1664 ble det nedsatt en kongelig kommisjon for å utrede forholdene, og etter flere års undersøkelser inndro omsider den kongelige stattholder Frederik Ahlefeldt i 1667 Sønderborg slott og by til kronen, mens godsene ble tildeldt forskjellige kreditorer med innløsningsrett for kronen. En del av dem tilfalt senere hertugen av Augustenborg. Hertug Christian Adolf protesterte forgjeves mot fremferden både innenlands og utenlands; han oppnådde kun å få et livsvarig pengedeputat.