Da den sykelige Thutmose II døde var sønnen et barn og for ung til å styre. Hatshepsut ble regent på hans vegne, ikke lenge etter hans medregent og deretter lot hun seg erklære som farao i egen rett, men nektet aldri for Thutmoses kongedømme. Han hadde liten makt over det egyptiske rike mens Hatshepsut satt med makten. Hennes styre var maget framgangsrikt og velstående, og preget av store byggeprosjekter. Thutmose III vokste opp ved det kongelig hoff i Teben. Da Thutmose III nådde velegnet alder, var atletisk og viste dyktighet ble han gitt det formelle ansvar for hæren. I løpet av denne tiden fikk han undervisning i bueskyting, ridning, kamptrening, og kroppsøving. Han fikk også undervisning i taktikk og strategi, foruten annen kunnskap av verdi for ung mann av høy status. Egyptologen James Henry Breasted mener at han antagelig levde blant soldater fra en ung alder for å holde seg unna hoffet og bevise sin nytte for Hatshepsut.