Northern Pacifics linje hadde vært kostnadskrevende å bygge, og i kjølvannet av børskrakket i 1893 gikk selskapet konkurs på nytt. Det ble satt under administrasjon (receivership), og i 1896 ble selskapet reorganisert og omdøpt Northern Pacific Rail. Northern Pacific Railway var gjeldstynget og hadde økonomiske problemer helt til James J. Hill - eieren av Great Northern Railway - kjøpte seg opp og fikk kontroll over selskapet i slutten av 1900. I 1901 kjøpte Northern Pacific og Great Northern i samarbeid opp Chicago, Burlington & Quincy Railroad, og sikret seg dermed tilgang til Chicago som var et viktig transport- og jernbaneknutepunkt. I 1905 ble Spokane, Portland & Seattle Railway stiftet av Northern Pacific og Great Northern. Hensikten var å bygge jernbanelinjer mellom Spokane og Portland (og senere Seattle). Fire jernbaneselskaper var nå kontrollert av en selskapskonstellasjon som ble kalt .