Berntsen var formann i Oslo Arbeiderparti fra 1976 til 1982. Han ble nestleder i Arbeiderpartiet i 1989. Ved valget av nestleder var det spenning før avstemningen på landsmøtet om den innstilte kandidaten Gunnar Berge eller Berntsen, som var blitt benket, skulle vinne. Det endte med at partiet endret vedtektene slik at det ble to nestledere, og dermed ble begge valgt inn som nestledere. Han gikk av som nestleder i 1992.