I tillegg til diktere og forfattere vokste mange persiske forskere og filosofer opp og arbeidet i regionen som i dag utgjør Afghanistan. Mest kjent var Avicenna (Abu Ali Hussein ibn Sina). Ibn Sina, som senere i livet reiste til Isfahan for å åpne en medisinsk skole der, betegnes som «faren til moderne medisin» av noen forskere. George Sarton kalte Ibn Sina «den mest berømte vitenskapsmann innen islam og en av de mest kjente blant alle raser, steder og tider». Hans mest kjente verker er («Boka om healing») og , også kjent som . Ibn Sinas historie fant også veien til samtidig engelsk litteratur gjennom Noah Gordons , nå utgitt på mange språk.