Etter Kennedys død fullførte Johnson den resterende delen av presidentperioden med mål om å videreføre Kennedys politiske agenda. Han overbeviste Kennedy-administrasjonens sentrale skikkelser, inkludert Robert Kennedy, til å forbli i regjeringen til tross for det anstrengte forholdet mellom dem. Med stor politisk dyktighet fikk Johnson gjennom en rekke reformer, kjent som hans «Great Society-program». Dette inkluderte den banebrytende borgerrettsloven av 1964, som markerte en stor seier for borgerrettsbevegelsen.