Det er viktige spørsmål som Johannes refererer fra samtalen mellom Jesus og Nikodemus. Jesus taler om å bli født på ny, og om at det er en fødsel av vann og Ånd, ingen fysisk fødsel. Han viser også til Moses som løftet slangen opp i ørkenen, for at Israels folk skulle bli frelst, og antyder med dette sin egen død på korset. Det er dessuten i denne samtalen at Jesus kommer med utsagnet som siden er blitt kalt Den lille Bibel.