Hans brødre Anne og Claude ble tatt til fange i 1587 etter slaget ved Coutras og drept i den påfølgende massaker. Som en følge av dette ble François også hertug av Joyeuse. I 1590 gikk tittelen som hertug av Joyeuse videre til en annen av hans yngre brødre, Scipion, som druknet seg selv i elven Tarn etter nederlaget ved Villemur i 1592, og så gikk tittelen til Henri de Joyeuse, den yngste av brødrene, som døde i 1608. Tittelen gikk så til Henris datter Henriette, som hadde giftet seg med Henri de Montpensier i 1597.