Avstøtningsreaksjon er en av de viktigste og mest fryktede komplikasjoner postoperativt. Dette gjelder i det vesentlige fulltykkelsestransplantater, og går i korte trekk ut på autoimmun reaksjon mot donorvevet som i verste fall kan gå til grunne. Viktigste tegn til dette er subakutt visusnedsettelse, ødem i den transplanterte hornhinnen samt flere sjeldnere men patognomoniske tegn som Khodadoust-linje og Krachmer-flekker. I visse tilfeller blir retransplantasjon nødvendig.