Da Isarnus kom som pavelig nuntius til Danmark, for å forhandle med kongens om Grands frigvelse, støttet Krag ham i hans forsøk på å forsone modstanderne. I 1294 ga han borgerne i København utvidet statsrett, men denne var preget både av kanonisk rett og bispens egne interesser, hvilket skapte en del uro. Som flere andre bisper, var han fiendtlig innstilt overfor fransiskanerordenen, og skal i Roskilde ha forfulgt og sjikanert gråbrødrene.