Justus Gesenius ble født 1601 i Esbeck som sønn av presten Joachim Gesenius. I 1618 begynte han å studere teologi under Georg Calixt i Helmstedt og fikk i 1628 en magistergrad i Jena. Gesenius var fra 1629 til 1636 prest i St. Magnus i Braunschweig. Han kom senere til katedralen i Hildesheim og ble i 1642 i konsistoriumet i Hannover først hoffpredikant og generalsuperintendent for fyrstedømmet Kalenberg-Göttingen og i 1666 også for fyrstedømmet Grubenhagen.