Callistus Valentine Onaga var femte barn til Vincent og Victoria Onaga. Moren hans var barnebarnet til Chief Chukwuani (død 1930) fra Ozalla i Nigeria. Onaga gikk på i Agbudu fra 1964 til 1972. Han fikk sin videregående utdanning ved i Nsude fra 1973 til 1975. Han tok sin Bachelor of Divinity-grad i teologi fra Det pavelige universitet Urbaniana i Roma i 1987.