I 1941 deltok Allon i den britisk-ledede invasjonen av Libanon og Syria. Som kommandant i Palmach var Allon blant annet ansvarlig for ett israelsk raid natten mellom 18. og 19. desember 1947, som fant sted i nærheten av den libanesiske grensen. I angrepet ble flere sivile palestinske hus sprengt, og ett dusin sivile - de fleste kvinner og barn - ble drept.