At Junia var kvinne, har sjelden blitt bestridt blant forskere og teologer. Den første fremstillingen av Junia som mann, ved den mannlige navnformen Junias, kommer fra Aegidius av Roma (ca 1243-1316), og da uten noen forklaring. Det finnes forskere som betrakter dette som et utslag av ortodoksiens fordommer mot kvinnelige predikanter og lærere. Selv Jacques Lefèvre d'Étaples betegnet henne i 1512 som mann, til tross for at han hadde tilgang til den kvinnelige navnformen. I fortsettelsen fram til moderne tid ble Junia som regel skrevet som Junias. Det har blant sin årsak i at de gamle greske tekstene benyttet majuskel (store bokstaver) i motsetningen til senere teksters minuskel (små bokstaver). Skillet mellom mann- og kvinnenavn var avhengig av hvor aksenten ble satt. I de gamle tekstene med majuskler ble det ikke benyttet aksent. Av de 39 moderne bibelutgavene som ble produsert siden Erasmus (1516) har aksenten indikert mannsnavn.