Han okkuperte nesten uten motstand Kursachsen, hvor han sikret religionsfrihet, men måtte trekke seg tilbake til Bøhmen. Da grep keiser Karl V, hans bror Ferdinand og hertug Alba selv inn. De seiret sammen med Moritz i slaget ved Mühlberg i 1547. Keiseren utnevnte Moritz til ny saksisk kurfyrste, og Moritz sikret seg en stor del av de ernestinske landene og den ernestinske andel av de saksiske sølvminer i Erzgebirge.