Den estiske kirken ble hardt rammet av det kommunistiske styret i sovjet-tiden og av andre verdenskrig. Dette har gitt seg synlige utslag blant annet i medlemstall. Kirken hadde ved dannelsen i 1917 920 000 medlemmer, men har i dag rundt 175 000 medlemmer i landet. En folketelling i 1934 viste at omtrent hver tredje ester var lutheraner, mens tallet i 2000 var på 14,8%. Kirken hadde et oppsving i kommunisttiden på 1980-tallet, men i perioden 1990-2000, da det igjen var religionsfrihet i landet, opplevde kirken en kraftig nedgang.