Med unntak av en andreplass i Allsvenskan 1996, lyktes ikke laget å utmerke seg på 1990-tallet, og de vant heller ikke verken Allsvenskan eller Svenska cupen det tiåret. 1990-tallet endte med nedrykk fra Allsvenskan i 1999. Hans Cavalli-Björkman ble etterfulgt av Bengt Madsen i 1999, og den tidligere spilleren Hasse Borg ble ansatt som sportsdirektør. Disse endringene i klubbdriften, samt framveksten av det unge talentet Zlatan Ibrahimović, førte klubben tilbake til Allsvenskan i 2001. Ibrahimović ble kjent, og var en viktig spiller i klubbens forsøk på å returnere til høyeste nivå i svensk fotball. Han ble solgt til Ajax i 2001, og har senere spilt for klubbene Juventus, Inter, FC Barcelona og AC Milan.