I motsetning til den vanlige oppfatningen av ørken så er ikke Negev dekket med sand. Den er snarere sammensatt av brune, steinete, støvete fjell gjennomskåret av wadier (tørre elveleier som livner til etter regn) og dype kratere. Området var faktisk en gang bunnen av et forhistorisk hav, og skall fra havsnegler finnes ennå spredd ut over bakken her.