I den mest vanlige bruken av begrepet teokrati, hvor noen sivile herskere er identiske med noen ledere av den dominerende religion (for eksempel den bysantinske keiseren som kirkens overhode), politikken er enten identisk eller sterkt influert av prinsippene til en religion (ofte flertallets religion), og styret hevder å herske på vegne av Gud eller en høyere makt, som spesifisert av den lokale religionen. Men, i motsetning til andre styreformer, kan et teokrati være unikt i at det administrative hierarkiet til regjeringen ofte er identisk med det administrative hierarkiet. Dette skiller et teokrati fra styreformer som har en statsreligion eller fra tradisjonelle monarki hvor lederen av staten hevder at vedkommendes autoritet kommer fra Gud.