Som andre medlemmer av Kuiperbeltet antas Pluto å være rester av planetesimaler; en del av den opprinnelige protoplanetariske skiven rundt solen som ikke klarte å vokse sammen til en fullverdig planet. De fleste astronomer er enige i at Plutos posisjon kommer av plutselig vandring på grunn av Neptun tidlig i solsystemets dannelse. Etterhvert som Neptun forflyttet seg utover, nærmet den seg objektene i proto-Kuiperbeltet og satte et av dem i bane rundt seg selv, noe som ble månen Triton, låste andre i baneresonanser, mens andre igjen ble slått ut i kaotiske baner. Objektene i den spredte skiven, en dynamisk ustabil region, overlapper Kuiperbeltet og antas å ha blitt plassert i sine nåværende posisjoner på grunn av vekselvrikning med Neptuns vandrende resonanser.