Cromwells andre mål var åndelige og moralske reformer. Han aktet å gjeninnføre frihet i samvittighetsspørsmål og fremme både utvendig og innvendig gudfryktighet over hele England. I løpet av de første månedene av protektoratet ble en rekke «kontrollører» opprettet for å vurdere hensiktsmessigheten til framtidige sogneprester, og et tilsvarende rekke av «ejektorer» som ble opprettet for å avskjedige prester og lærer som ble ansett som uskikket for sine stillinger. Disse hadde til hensikt å være fortroppen til Cromwells reformer av gudsdyrkelsen i kirkesognene. Dette målet var også i konteksten for å se det konstitusjonelle eksperimentet til generalmajorene som fulgte oppløsningen av det første protektoratdepartementet. Etter et rojalistisk opprør i mars 1655, ledet av sir John Penruddock, delte Cromwell under innflytelse av Lambert England inn i militære distrikter styrt av hærens generalmajorer som var underlagt ham direkte. De 15 generalmajorene og deputerte generalmajorer — som ble kalt for «gudfryktige guvernører» — var sentrale ikke bare for den nasjonale sikkerheten, men for Cromwells korstog for reformere nasjonens moral. Generalene ikke bare ledet de lokale militsstyrkene og sikkerhetskommisjoner, men samlet også inn skatt og sikret støtte for myndighetene i de engelske og walisiske provinsene. Kommisjonærer for å sikre freden til samveldet ble utpekt for å arbeide med dem i hvert fylkte. Mens noen få av disse kommisjonærene var karrierepolitikere, var de fleste nidkjære puritanere som ønsket generalmajorene med åpne armer og omfavnet deres arbeid med stor entusiasme. Imidlertid varte generalmajorene mindre enn et år. Mange fryktet at de truet deres reformarbeid og autoritet. Deres posisjoner ble ytterligere skadet av et skatteforslag av generalmajor John Desborough for skaffe finansiell støtte for deres arbeid, mens det andre protektoratparlamentet — opprettet i september 1656 — ble nedstemt i frykt for en varig militærstat. Til sist greide ikke Cromwell å støtte sine menn, og ofret dem til sine motstandere og de opphørte. Deres aktiviteter mellom november 1655 og september 1656 hadde imidlertid gjenåpnet sårene fra 1640-tallet og økt fiendtligheten til Cromwells styre.