Prijedor har gitt navnet til Prijedor-massakren, en såkalt etnisk rensing som foregikk under Bosnia-krigen, og som ble utført av serbiske tropper mot den muslimske og kroatiske befolkning. Det fantes fangeleirer i Omarska, Keraterm og Trnopolje. I området rundt byen Prijedor ble ca. 3 300 kroater og bosnjaker myrdet.