Han i 1993 utnevnt til koadjutor-biskop i bispedømmet My Tho. I 1998 ble han promovert til erkebiskop av Ho Chi Minh-byen. Erkebispestolen hadde vært vakant i fem år siden regjeringen i Hanoi ikke gikk med på Vatikanets utnevnelse av biskop Huynh Van Nghi. Utnevnelsen av biskop Pham var et resultat av forhandlinger mellom Vatikanet og Hanoi i slutten av februar 1998.