Etter at Tsjekkoslovakia ble besatt av Tyskland, og Slovakia ble organisert som en nominelt selvstendig stat under ledelse av Jozef Tiso, ble Ursíny presset ut av bankledelsen. I 1943 deltok Ursíny i stiftelsen av Det slovakiske nasjonalråd, som i august 1944 startet et opprør mot Tisos regjering og de tyske okkupantene. Han ble da medlem av presidiet i nasjonalrådet og ble kommissær for økonomi og forsyning.