Ngungunhanes regjeringsperiode varte fram til 28. desember 1895, da han etter lengre tids motstand mot å underkaste seg den portugisiske kolonimakten ble tatt til fange av portugisiske militære styrker. Portugiserne deporterte Ngungunhane til Asorene, der han døde 11 år senere, etter å ha konvertert til katolisismen. Ti år etter Mosambiks frigjøring fra kolonimakten Portugal, ble det i 1985 foretatt en overføring av levningene til Ngungunhane tilbake til Mosambik. Disse var nærmest umulig å identifisere med en rimelig grad av sikkerhet, slik at handlingen må anses som symbolsk.