Opprinnelig omfattet Bajkalbanen også strekningen videre på østsiden av Bajkalsjøen mellom Sljudjanka og Mysovaja (som i dag heter Babusjkin). Denne delen er fremdeles del av Den transsibirske jernbanen. Endestasjon for dagens trafikk på Bajkalbanen er Sljudjanka II, mellom Sljudjanka I (hovedstasjon for Sljudjanka) og Kultuk.