Den 31. mai 1842 innstiftet Friedrich Wilhelm IV den såkalte fredsklassen av ordenen, , som en orden for vitenskapsmenn og kunstnere som hadde oppnådd utbredt anerkjennelse i sitt felt, likevel slik at teologer var eksplisitt forbudt medlemskap. Kongen var ordenens høye beskytter, men ordenens avdeling for vitenskap og kunst fikk en autonomi som gjorde den til et selvrekrutterende ordensselskap. I motsetning til de fleste kongelige ridder- og fortjenstordener i samtiden, der kongen selv sto for utnevnelse, fikk medlemmene av Pour le Mérite selv frihet til å innvelge nye medlemmer. Ordenssamfunnet fikk også frihet til å velge sin ordenskansler og visekansler. Ordenen fikk én klasse. Naturvitenskapsmannen Alexander von Humboldt var den ledende akademiske kraft ved opprettelse av ordenen. Han var også ordenens første ordenskansler.