I 1998 prøvde han forgjeves å hindre valget av filmskuespilleren Joseph Estrada til president på grunn av hans tvilsomme livsførsel. Kirken bar ikke begeistret for denne kandidaten som hadde en rekke barn med forskjellige kvinner og var beryktet for fyllefester og gambling. I 2000 hadde den senere president Gloria Macapagal-Arroyo nær kontakt under de begivenheter som ledet opp til det som senere er blitt kalt den andre -oppstanden. I januar 2001 ledet kardinalen store gateprotester som førte til president Estradas fall etter anklager om korrupsjon og vanstyre.