Etter den skotske devolusjonen i 1990 ble myndigheten til Scottish Office delt. Mesteparten ble overført til Skottlands regjering eller til andre britiske regjeringsdepartementer, kun en begrenset rolle ble etterlatt til Scotland Office. Fra 3. juni 2003 til 3. oktober 2008 innehadde de som var ministre for Skottland en annen ministerpost samtidig, noe som førte til at Scotland Office ble sett på som et deltidsdepartement.