Da han kom tilbake fra Mexico, tjenestegjorde Franklin som professor ved West Point i tre år før han hadde oppsynet med byggingen av flere fyrtårn langs atlanterhavskysten i New Hampshire og Maine. Han giftet seg med Anna L. Clarke, fra Washington, DC, i 1852. Paret fikk ingen barn. Han ble i mars 1857 utnevnt til oppsynet med Light House Board og byggeprogrammet i landet.