Akkurat som sin bror vant Jonathan sin første seniortittel da han var 18 år gammel. Han vant 200 meter ved det belgiske innendørsmesterskapet i Gent i 2006. Hans bror vant 400 meter ved det samme mesterskapet. Senere på året vant han også gull ved det belgiske mesterskapet utendørs. Samme år forbedret han også sin personlige rekord på 400 meter til 46,06, mot 47,50 året før.