I 514 f.Kr. ble Hipparkhos myrdet av , «tyrannmorderne», Harmodios og Aristogeiton. Grunnen synes å ha vært en personlig strid, i henhold til Herodot og Thukydid. Hipparkhos skal ha blitt forelsket i Harmodios som allerede var elskeren til Aristogeiton. Ikke bare avviste Harmodios ham, men ydmyket ham ved å fortelle Aristogeiton om hans anslag. Hipparkhos inviterte deretter Harmodios' søster til å delta i festivalen Panathenaia som , «kurvbærer», og deretter offentlig diskvalifisere henne under påskuddet at hun ikke var jomfru, grov fornærmelse mot en athensk kvinnes ære. Harmodios og Aristogeiton organiserte deretter et opprør under Panathenaia, men fikk panikk og angrep Hipparkhos for tidlig. Selv om de drepte Hipparkhos, ble Harmodios drept av hans livvakt, og Aristogeiton ble arrestert, torturert og siden henrettet.