I 1990 ble det åpnet en permanent utstilling på låven. Hvaler Bygdesamling, som hadde sitt utgangspunkt i Vestre Hvaler, slo seg i 1991 sammen med Hvaler Historielag fra Østre Hvaler. Bevisstheten om tilhørigheten til en kystkultur gjorde seg gjeldende relativt sent, og det var først i 1994 at navnet ble endret til Kystmuseet Hvaler. Museumsarbeidet ble drevet av foreningen på frivillig basis frem til museet fikk sin første ansatte i 1999. Dette førte til en gradvis selvstendiggjøring, og for å skille museumsdelen fra den øvrige virksomheten tok foreningen navnet Hvaler Kulturvernforening. Driften ble profesjonalisert ytterligere i 2006 da museet ble en del av det konsoliderte Østfoldmuseet. Foreningen er fortsatt eier av museet, men driften er satt bort til den konsoliderte enheten. I 2010 gjennomgikk museet ytterligere en konsolidering som nå tok navnet Østfoldmuseene.