Den portugisiske erobreren Pedro Álvares Cabral gikk i land ved det som i dag er Porto Seguro, og erklærte området som portugisisk territorium i 1500. Byen Salvador ble etablert i 1549, og fungerte som hovedstad for de portugisiske koloniene i Sør-Amerika frem til 1763. Bahia var under nederlandsk kontroll fra mai 1624 til april 1625.