Etter skisesongen ble Stenerud med på amerikansk fotballagets vårtrening i 1965. Som junior sparket han et 59-yard field goal, en rekord i college football, i en 24–7 hjemmeseier over rivalen Montana. I 2013 fortalte Stenerud at han husket å ha hatt god medvind på sitt lange spark i Bozeman; avsparket etter målet gikk over tribunene. Han ble utpekt til en All-American av som senior i 1966, og ble også All-American i skihopp og mester i Big Sky Conference tre ganger.