Randy W. Schekman var sønn av elektroinmgeniøren opf oppfinneren Alfred Schekman og hans hustru Esther (født Bader) Schekman, Sent i 1950-årene flyttet familien fra Minnesota til California, til forstaden Rossmoor i Orange County tett på Long Beach. Han tok sin høyskoleutdannelse ved Western High School i Anaheim i 1966.