I 1945 stod naturlig not andre spørsmål enn liturgi i forgrunnen. Det gjaldt praktisk hjelp til sultende og å få i gang gjenoppbyggingen etter krigens ødeleggelser. Innitzer gav sitt presteskap streng instruks om å holde seg borte fra verdslige og politiske spørsmål, og heller sette all sin kraft inn på og sjelesorg. For å støtte opp om gjenoppbyggingen stiftet han et eget erkebiskoppelig byggeembede.