Den 7. oktober 1988 kl. 10.00 ble den gamle trikoloren heist fra Gediminasåsen i Vilnius. Grunnloven i sovjetrepublikken ble senere endret av Det øverste sovjet i Litauen, men sovjetflaggets forhold 1:2 ble ikke endret, og ble derfor forholdet også på det «nye» flagget. Derfor er dagens flagg ikke i samme forhold som det litauiske flagget fra før andre verdenskrig.