Lencaspråk har tradisjonelt vært regna som en egen språkfamilie, selv om enkelt lingvister har forsøkt å koble den med andre språk. På begynnelsen av 2000-tallet påviste Adolfo Constenla Umaña et slektskap med misumalpaspråka, og seinere at lenca-misumalpaspråka sannsynligvis er beslekta med de chibchanske språka.