Fraunhofer fikk i 1989 patent på lagringsformatet og har gjennom firmaet Thomson Consumer Electronics håndhevet dette med hard hånd. I september 1998 sendte de et brev til utviklere av gratisprogrammer som lager MP3-filer med beskjed om at de sitter på patentet og at en lisens er nødvendig for å lage eller distribuere MP3-filer. De fleste brydde seg ikke det ringeste om dette, og det er fremdeles enkelt å finne fri programvare som kan kode MP3-lyd. Et resultat av denne strenge lisenspolitikken var utviklingen av lydformatet Ogg Vorbis som ikke inneholder programvarepatenter. Enkelte GNU/Linux-distribusjoner har fjernet støtte for alt som har med MP3 å gjøre nettopp på grunn av dette.