Wilkes døde i sitt hjem ved 30 Grosvenor Square, Westminster, London den 26. desember 1797. Årsaken til dødsfallet var en svekkende sykdom som på den tid ble kalt for marasmus. Han ble gravlagt i et hvelv i kirken Grosvenor Chapel i South Audley Street i London den 4. januar 1798.