På 1970-tallet ga operatøren en farge til hver linje: linje A fikk lyseblå, linje B grønn, linje C lilla, linje D rød og linje E gul. Tidlig på 1990-tallet bestemte dagens operatør, Metrovías, seg for å endre fargeoppsettet. De byttet farger på linje B og D, gjorde linje C gul og linje E lilla. Den nyeste linja, linje H, fikk senere gulfargen.