Den meste kjente av Buxtehudes elever er Nicolaus Bruhns som studerte komposisjon og orgelspill med ham. Bruhns skal ha vært Buxtehudes yndlingselev og i henhold til Matthesons musikkleksikon var Buxtehude det store forbildet til Bruhns. Den sørtyske komponisten Johann Pachelbel dediserte (1699) til Buxtehude.