Negroponte er karrierediplomat og tjenestegjorde i den amerikanske utenrikstjenesten fra 1960 til 1997. Negroponte var USAs ambassadør til FN fra september 2001 til juni 2004 og ambassadør til Irak fra juni 2004 til april 2005. Han ble tatt i ed som USAs første nasjonale etterretningsdirektør 21. april 2005, en stilling han hadde til 2007 da han ble viseutenriksminister i George W. Bushs regjering.