Margrete trivdes ikke i Pau og i 1582 reiste hun tilbake til Paris. Her tilbrakte hun de neste to årene inntil hun bosatte seg i Nerac. Ved utbruddet av den åttende religionskrigen i 1585 flyktet hun til Agen, et sted som inngikk i hennes personlige len. Her tok hun makten ved et kupp. Etter noen måneder gjorde innbyggerne opprør og Margrete måtte flykte. I 1586 tok broren Henrik III henne til fange og satte henne i fangenskap i borgen Usson i Auvergne. Her tilbrakte hun de neste 18 årene. I denne perioden skrev hun sine memoarer som kom ut etter hennes død.