Baader vokste opp med sin mor, Anneliese. Hans far, arkivaren Berndt Baader, forsvant ved Østfronten henimot slutten av andre verdenskrig, og det ble aldri funnet ut av hva som skjedde ham. Baader gjorde i tenårene opprør og valgte blant annet å ikke konfirmere seg og forsøkte å overbevise sin mor å slutte å feire jul. Han var en bråkmaker i skolen og kom senere i klammeri med loven i München. Dette var en av faktorene til at han i begynnelsen av 1960-årene flyttet til Vest-Berlin. Han slapp å gjøre militærtjeneste.