I Wild Card-runden mot Detroit Lions vant Saints 45–28. Brees hadde 466 pasningsyards og tre touchdowns i kampen. De skulle derimot tape i divisjonsrunden mot San Francisco 49ers, 36–32. I nederlaget hadde Brees 462 pasningsyards, fire touchdownpasninger og to interceptions. Han ble utvalgt til sitt sjette Pro Bowl, og rangert som #2 på NFL Top 100 Players of 2012.