Misjonærene, som kom i 1826, anslo innbyggertallet til å ligge mellom og . De europeiske misjonærene og andre europeiske besøkende brakte med seg nye sykdommer. Øyboerne lærte også å destillere alkohol fra sjøfolk som slo seg ned på øya. I løpet av få år døde tre firedeler av befolkningen av nye sykdommer. I 1831 ble befolkningen anslått til 600 og i 1836 var det 453 polynesiere igjen på Rapa Iti. Øyboere ble også bortført som slaver av peruanske sjøfolk. I 1864 brakte et peruansk skip med seg kopper og befolkningen ble ytterligere redusert til 120 i 1867.