I 1998 ble han leder for regjeringen i provinsen Guadalcanal. Det var i løpet av hans periode at systematisk vold brøt ut mellom etniske militser. Militsen Isatabu Freedom Movement bestod av urfolk fra Guadalcanal og Malaita Eagle Force bestod av folk fra det malaitaiske samfunnet på øya. Alebua foreslo at å eie eiendom på Guadalcanal blir forbudt for ikke-urfolk. Forslaget var ønsket av urfolk, og tilsvarende lite ønsket av immigrantene. Forslaget førte til en oppadgående spiral av voldshendelser og minst 25.000 mennesker blir tvunget til å forlate hjemmene eller til og med å forlate øya. Minst seks mennesker blir drept. En unntakstilstand ble erklært, men politiet og den nasjonale regjeringen var overveldet av hendelsene og fikk ikke kontroll. Solomons statsminister Bartholomew Ulufa'alu appellerete til FN som sendte den tidligere fijianske statsministeren Sitiveni Rabuka som mekler. En fredsavtale ble undertegnet mellom de forskjellige fraksjonene 28. juni 1999, og økonomisk kompensasjon ble gitt til ofrene, men Alebua ble snart beskyldt for å ha tilegnet seg en stor del av denne kompensasjonen for egen fortjeneste. Etterhvert gjenopptas volden. 1. januar 2001 overlever Alebua et attentat fra Isatabu Freedom Movement. Minst 6 menn åpnet ild mot ham mens han var i bilen og traff ham i ansiktet, brystet og armen. Han forlot makten i Guadalcanal i 2003 da Regional Assistance Mission til Salomonøyene, ledet av Australia og New Zealand intervenerte for å gjenopprette fred og orden.