Kepel har spesialisert seg på islamistiske bevegelser i samtiden, og har hatt et opphold på tre år ved Centre d’études et de documentation économiques, juridiques et sociales (CEDEJ) i Egypt, der han ledet undersøkelser på bakken for sin doktorgradsavhandling. Den forsvarte han i 1983, og den handlet om de islamistiske bevegelsene i Egypt, og førte til utgivelsen av hans første bok, .