Coposu flyttet til București i 1940, da Nord-Transilvania ble avstått til Ungarn, og under den andre verdenskrig var han et viktig medlem av Det nasjonale bondeparti, som sto i opposisjon til Ion Antonescu og hans regime. I 1937, med bakgrunn i konflikten mellom lederne i PNȚ și og kong Carol II av Romania, ble Coposu arrestert, fordi han hadde visstnok dokumenter på seg som viste at kongen prøvde å trekke Iuliu Maniu inn i rettssaken mot sin nevø Romulus Boilă, en korrupsjonsrettssak som i Romania er kjent som «Skoda-affæren». Corneliu Coposu ble dømt til fengsel i tre måneder og én dag for majestetsfornærmelse. Andre gang satt han arrestert i en kort periode etter den antikommunistiske og prokongelige demonstrasjonen i București den 8. november 1945.