Byen ble grunnlagt som en sloboda kalt (russisk: Мечетная) i 1764 av gammeltroende som vendte tilbake fra Polen. I 1835 fikk den innvilget byrettigheter og fikk nytt navn, (russisk: Никола́евск), etter den daværende tsaren Nikolai I. I 1918 ble navnet igjen endret, og byen ble oppkalt etter Jemeljan Pugatsjov, lederen for kosakk-opprøret.