I 2001 kom to nye tragedier raskt på. Han hadde tilbrakt mye tid i New York, og ble som de fleste andre i byen sjokkert da terrorangrepet 11. september 2001 inntraff. Etter samtale med Harvey Weinstein, ble han medarrangør for konserten den 20. oktober samme år. Konserten samlet mange stjerner både fra musikken og andre sjangre. Litt over en måned senere døde George Harrison av kreft. Harrison hadde noen dager tidligere blitt transportert til et privathus som McCartney leide, og det var der han døde, skjult for pressen.