Marcos ble innvalgt i Representantenes Hus for perioden 1992 til 1995. I 1998 ble han igjen valgt til guvernør i provinsen Ilocos Norte før han i perioden 2007 til 2010 fikk sete i Representantenes Hus. Fra 2010 til 2016 var han senator og representerte nasjonalistpartiet . I 2016 stilte Marcos til valg som uavhengig visepresidentkandidat Ved presidentvalget vant Rodrigo Duterte en klar seier, mens Marcos tapte knepent for Leni Robredo i visepresidentvalget. Opptellingen viste 35,11 % til Robredo mens Marcos fikk 34,47 % av stemmene. Marcos protesterte på valget, men protesten ble avvist fordi en ny opptelling viste ytterligere stemmer for Robredo.