Etter noen få uker i Paris ble de fleste av dronningens engelske piker beordret hjem. Mary Boleyn fikk imidlertid tillatelse til å bli, antagelig på grunn av sin fars forbindelse til den nye engelske ambassadøren. Den 1. januar 1515 døde kong Ludvig XII og etterlot sin unge dronning som enke etter bare tre måneders ekteskap. Kort etter kongens død giftet hun seg i hemmelighet med Charles Brandon, 1. hertug av Suffolk, og måtte forlate Frankrike i all hast. Thomas Boleyn fjernet datteren Mary fra Maria Tudors tjeneste og fikk henne plassert i husholdningen til den nye dronningen av Frankrike, Claude. I 1517 kom kong Frans I i triumf tilbake fra militær seier i Milano med nye ideer og tyvegods. Hans mest verdifulle bytte var den 65 år gamle Leonardo da Vinci. Om Mary også møtte den italienske geniet, er uvisst. Det ble feilaktig hevdet at han malte et portrett av hennes søster Anne, men ble malt lenge før hun ble født.