Versjonene 3, 4 og 5 benyttet det journalførende filsystemet ext3 som standard; i versjonene 6 og 7 ble også ext4 en opsjon. I tillegg støttet distribusjonen en rekke filsystemer som ikke fantes i Red Hat Enterprise Linux: Red Hat cluster suite, GFS2, Filesystem in Userspace, OpenAFS, SquashFS og UnionFS.