Biskop Keane ble utnevnt til den første rektor Catholic University of America i 1886. Til å begynne med kombinerte han det med oppgaven som biskop av Richmond, noe som viste seg å bli for sprikende. Den 12. august 1888 gav han avkall på bispedømmet Richmond, og ble to dager etter gjort til titulærbiskop av .