Werners hovedhypotese, som siden har vist seg feilaktig, var at jordskorpen er dannet gjennom avsetning på havbunnen og ikke gjennom størkning av lavamasser fra jordens indre. Werner mente at et urhav en gang dekte hele jordoverflaten. Dagens landformer og kontinenter mente han kom fram etter at urhavet gradvis trakk seg tilbake. Han forstod ikke opprinnelsen til basalt og avviste at jordas indre var flytende. Werner hadde tross sine motstandere enorm innflytelse, ikke minst på grunn av sine evner som foreleser.