Huitfeldt var sønn av lensherre Claus Huitfeldt til Krumstrup og Dorte Joachimsdatter Beck. Han ses først i Norge etter 1580, hvor han nevnes blant norske adelsmenn som lovet å hylle hertug Christian (den senere Christian IV. Mens hans eldre brødre tok opphold i Danmark, overtok Anders Huitfeldt farens to gods i Norge; Ulefos i Holden (Holla) og Halsaa i Mandal.