Sibirnattfiol har, som mange orkidéarter, nokså låg toleranse for beite, samtidig som orkideer er populære beiteplanter (og gjerne blir blomsterstanden spist). Dette fører til at beite av både rein og sau er en trussel mot arten i flere områder (Skrede et al. 2018). Skrede et al. (2018) vurderer også tråkk og innsamling, motorisert ferdsel og klimaendringer til å være trusler mot sibirnattfiol (Skrede et al. 2018). Arten er blitt over-samlet til herbarier i tidligere tid, men dette har opphørt. En forekomst ved fjellet Sakkobani i Kåfjorden i Alta ble ødelagt under omlegging av E6 (se også polarmyrsildre Saxifraga hirculus subsp. compacta som samtidig ble utryddet fra Norge i dette området).