Johan II Zápolya, den siste ikke-habsburgske konge av Ungarn, flyttet sitt hoff til Alba Iulia i Transilvania, og etter at han abdiserte som konge av Ungarn ble han den første fyrsten av Transilvania. Hans Turda-edikt i 1568 var den første forordning om religionsfrihet i Europas moderne historie. I den påfølgende perioden ble Transilvania styrt av hovedsakelige kalvinistiske ungarske fyrster inntil slutten av 1600-tallet, og protestantismen blomstret i området.