Baez hadde to søstre, Pauline Thalia Baez Bryan (1938–2016), som også var kjent som Pauline Marden, og Margarita Mimi Baez Fariña (1945–2001), som var bedre kjent som Mimi Fariña. I varierende grad var begge kvinnene også politiske aktivister og musikere som søsteren deres.