I 1641 ble en motrevolusjon startet av Den portugisiske inkvisisjonen slått ned under Francisco de Lucena, som henrettet lederne. Også Miguel Luís de Menezes, 2. hertug av Caminha, ble henrettet for å fortsette å støtte de spanske habsburgernes krav på den portugisiske Kronen. Portugal inngikk allianser med Frankrike (1. juni) og Sverige (august). Portugal inngikk også en våpenhvileavtale med Nederlandene, men denne ble bare viktig for den europeiske delen av landene - i kolonirikene deres fortsatte kampen.