I juli 1941 ble han utnevnt til SS- og politisjef i distriktet Galizien med sete i Lemberg. Sammen med Hauptsturmführer Hans Krüger var Katzmann blant annet ansvarlig for massakrene i Nadwórna og Stanislawow. Den 12. oktober 1941, , ble minst 10 000 jøder drept i Stanislawow.