Lokale innbyggere i Pennsylvania som forsøkte å samarbeide med føderale skattemyndigheter ble også utsatt for trakassering fra andre borgere. De som unnlot å følge disse advarslene risikerte å få låvene sine brent ned, eller destillasjonene deres ødelagt. Den enorme motstanden mot særavgiften fortsatte gjennom hele 1793, i grensefylkene i Appalachia-fjellene. Motstanden forble spesielt hard i det vestlige Pennsylvania. Natt til 22. november 1793 brøt noen seg inn i hjemmet til skatteoppkreveren Benjamin Wells i Fayette County, en av de rikeste mennene i regionen. President George Washington tilbød en belønning for arrestasjonen av overfallsmennene, men til ingen nytte. I tillegg til urolighetene i Fayette-fylket, omringet 30 menn hjemmet til William McCleery (den lokale skatteoppkreveren i Morgantown, Virginia) den 9. august 1794 - som gjengjeldelse for de nye whisky-skattene. McCleery følte seg truet nok av den sinte mobben til å forkle seg, flykte fra hjemmet sitt og svømme over elven til sikkerhet.