I 2009 ble Motzfeldt rammet av en større skandale for å ha misbrukt offentlige midler til private formål. Avisen AG dokumenterte at Motzfeldt helt frem til 2008 hadde latt hjemmestyret betale for blant annet private middager, og at det var hjemmestyret som måtte betale når den tidligere statsministeren inntok store mengder alkohol. Skandalen kulminerte da han kort tid før landstingsvalget den 2. juni 2009 ble nektet ombordstigning på et helikopter i Qaqortoq fordi han var beruset.