Offentlige arbeidsplasser utgjør 50 % av arbeidsplassene. Byens største arbeidsgiver er Universitetssykehuset Nord-Norge, som 2017 hadde ca. 6300 ansatte. Videre finnes Universitetet i Tromsø som 2016 hadde 16 000 studenter og 3400 ansatte. Videre Norsk Polarinstitutt, Troms fylkeskommune, Fylkesmannen i Troms og Finnmark og flere mindre institusjoner.