Etter å ha blitt medlem av det sovjetiske kommunistpartiet, fortsatte Ginzburg sin suksessrike karriere som pedagog, journalist og administrator. Ginzburg ble anklaget for å delta i en kontrarevolusjonær trotskistisk gruppe som motarbeidet Sovjetunionen og hun ble utestengt fra det sovjetiske kommunistpartiet, den 8. februar 1937. Den 15. februar 1937, ble hun arrestert, anklaget for å delta i kontrarevolusjonær aktivitet og for å skjule denne aktiviteten. Hun ble løslatt fra Gulag-systemet i 1947. Etter Stalins død i 1953 fikk hun lov til å vende tilbake til Moskva. Den 25. juni 1955 fikk hun oppreisning, samtidig som millioner av flere Gulag-fanger frikjent etter å ha blitt feilaktig dømt under Josef Stalins regime, mange posthumt.