Klubben ble grunnlagt under navnet i juli 1968 som følge av en sammenslåing av klubbene og . Klubben har holdt seg fast i de to øverste divisjonen, og på 1990-tallet var klubben mer eller mindre fast representert i Eredivisie. I samme periode fostret Fortuna Sittard flere talenter fra sin egen ungdomsavdeling, blant andre Kevin Hofland, Mark van Bommel og Fernando Ricksen under ledelse av førstelagets trener, Bert van Marwijk. Da van Marwijk i 2000 forlot klubben til fordel for Feyenoord kollapset Fortuna og rykket ned til Eerste divisie.