Tiden som selvstendig stat tok slutt i 1802/03 med sekulariseringen av alle tysk-romerske riksstifter. Prostiet ble avviklet, og dets territorier inngikk først i det nyopprettede kurfyrstedømmet Salzburg, sammen med de tidligere fyrst(erke)bispedømmene Salzburg, Eichstätt og Passau. To år senere ble Salzburg og Berchtesgaden innlemmet i det nye østerrikske keiserriket. I løpet av napoleonskrigene måtte Østerrike avstå Salzburg og Berchtesgaden til Bayern. Etter Wienerkongressen ble Salzburg returnert til Østerrike, mens Berchtesgaden forble hos Bayern.