De sivile og motstandsfolkene som ennå var i ly i ghettoen, gjemte seg i ruinene. Tyske tropper brukte hunder for å oppspore gjemmestedene deres, og de brukte røykbomber og tåregass for å tvinge folk ut. I mange tilfeller kom jødene ut av gjemmestedene sine med våpen i hånd og skjøt eller kastet granater mot fienden. Små grupper av opprørere gikk til angrep på tyske patruljer om natten. Men tyskerne led små tap etter de første ti dagene av opprøret. Den 8. mai oppdaget tyskerne hovedkommandoposten til ZOB i Milagata 18. De fleste lederne og dusinvis av partisaner ble drept, mens andre begikk selvmord med cyanid for ikke å falle levende i tyske hender. Mellom de døde var ZOB-kommandant Mordechaj Anielewicz. Nestkommanderende Marek Edelman kom seg unna gjennom kloakkene sammen med en håndfull kamerater. To dager etter gjorde bundisten Szmul Zygielbojm selvmord i London i protest mot manglende vestlig interesse for å hjelpe opprørerne.