Siden 1996 har akademiet vært organisert som en del av Kunsthøgskolen i Oslo, og ledes av en dekan. I 2005 ble utdanningsløpet omstrukturert; studentene kunne fra da av studere til en treårig bachelorgrad og eventuelt fortsette med en toårig mastergrad. I 2005 ble det også etablert et nytt Fakultet for visuell kunst, ved at Avdeling Kunstfag (en del av tidligere Statens håndverks- og kunstindustriskole) og Avdeling Kunstakademiet ble slått sammen, med én felles dekan. Denne sammenslåingen var omstridt, og endringen ble gradivs reversert; fra 2011 var akademiet på nytt en selvstendig avdeling under Kunsthøgskolen, og kalles gjerne Kunstakademiet i Oslo.