Boeck ble valgt inn som stortingsrepresentant for Kongsberg i 1845 og utdannet seg videre. Han ble lektor i medisin ved Det Kongelige Frederiks Universitet i Kristiania i 1846 samtidig med halvbroren Christian Boeck som var medisinlektor 1828-1840. Wilhelm ble forfremmet til professor i 1851, slik halvbroren ble i 1840. Fra 1850 engasjerte William seg sterkt i å utvikle en kvikksølvfri behandling av syfilis. Teknikken ble kalt og Boeck drev egen hudklinikk med teknikken som oppstod med den franske Joseph Alexandre Auzias-Turenne (1812-1870) som ikke hadde fått tillatelse til å eksperimentere på mennesker. Det antas at Louis Pasteur drog veksler på disse studiene da han på 1880-tallet utviklet vaksiner mot rabies.