Den 20. april 1938 ble Ettore Felici sendt som apostolisk nuntius tilbake til Jugoslavia. I april 1941 var han i Beograd da Luftwaffe bombarderte byen forut for aksemektenes invasjon - Hitler beordret det som hevnangrep etter et kupp mot regjeringen som hadde inngått en pakt med aksemaktene. Grunnet den militære situsjon ble han kalt tilbake til Statssekreteriatet i Roma.