Saga Frontier 2 har to forskjellige historier som flere ganger krysser hverandre. I tillegg er spillet bygget opp kapittelmessig og ikke flytende, slik at man kan både hoppe i tid og sted utover historien og gå glipp av viktige plotelementer. Den ene historien handler om Gustave XIII av Finney. En ung gutt som er tronarving til et mektig rike. Men som blir landsforvist sammen med moren da livskraften som kongefamillien må ha ikke går gjennom hans blod. Den andre historien handler om en ung gutt ved navn Wil Knights som drar fra sin onkel for å finne ut hva som skjedde med foreldrene hans. Historien går gjennom tre generasjoner, så du vil kontrollere ett titalls karakter gjennom hele spillet.