I noen måneder i 1965 måtte Brian ta en pause fra bandet, fordi han slet med mentale og narkotiske problemer. Han ble da en periode erstattet på konsertene med Glen Campbell, før Bruce Johnston tok over, slik at Brian Wilson kunne fokusere på låtskriving. I 1966 kom albumet , som har blitt stående som et av bandets aller beste album og hvor «Wouldn't It Be Nice» og «God Only Knows» var to av hitene. Tidligere ville ingen amerikanske radiostasjoner spille sanger som nevnte Gud i tittelen, men The Beach Boys var blant de første til å gi ut en slik sang og få den spilt på radio.