De jødiske slovakene var blant annet delt i ortodokse og sionister. Arbeidet med å legge til rette for utvandring til Palestina ga lite resultat. Sionistorganisasjonen ble i 1940 nedlagt av myndighetene og kontorene beslaglagt. Jødiske barn og unge ble utvist fra den offentlige skolen. Jødiske slovaker ble beskyldt for å ha medvirket til tap av territorium til Ungarn. Regimet hadde mål om et jødefritt Slovakia og tilskyndet utvandring og innledet i 1940 en gradvis ghettoisering.