Aalborg ble politisk aktiv i KrFU på 1980-tallet og var i perioden 1990–1992 leder for samme organisasjon. Hun stod for en verdiliberal linje og mente blant annet at KrF burde bli et kristendemokratisk parti, og ikke bare ha appell til kristenkonservative. I 1992 tok hun til orde for en debatt i partiet om homofilt samliv og partnerskapsloven. Reaksjonene fra den konservative fløyen var tildels harde. Svein Alsaker var blant dem som reagerte sterkest mot Aalborgs politiske utspill. Han uttalte at hun ikke lenger hørte hjemme i KrF og at hun burde finne seg et annet parti.