Skumle Toner handler om søsknene Ida og Erik. Moren deres er død og for å hedre henne, drar deres far til en forlatt kirke hver lørdag for å spille på et orgel. Ida og Erik avskyr dette, men er allikevel nødt å være med. En gang finner de to en dør til en mystisk kjeller inni kirken og der finner barna et noteark stikkende ut av en kiste. De gir det faren for at han skal spille det på orgelet, men da skjer det plutselig noe helt forferdelig med ham. Ida og Erik er nødt til å finne ut av mysteriet for å redde faren sin og oppklare hvem det er som har skrevet de forheksede notene. Har moren deres noe å gjøre med kisten i kjelleren?