Ptolemaios XII Auletes døde i mars 51 f.Kr. og hans testamente gjorde den 18 år gamle Kleopatra og hennes 10 år gamle bror, Ptolemaios XIII, til medregenter. De første tre årene av deres styre var preget av vanskeligheter grunnet økonomiske vanskeligheter, sult, mangelfull oversvømmelser av Nilen (for jordbruket), og politiske konflikter. Selv om Kleopatra var gift med sin yngre bror, gjorde hun det klar fra begynnelsen at hun slett ikke aktet å dele makten med ham.