Selskapets president bestemmer seg deretter for å sende Olimar og Louie for å få tak i flere skatter, og hjelpe til med å betale ned gjelden. Når de kommer tilbake til Pikmins planet, blir Olimar og Louie først separert. Men de gjenforenes etter å ha jobbet sammen med den lokale røde Pikmin-befolkningen i området deres. I prosessen med å finne flest mulig skatter jobber paret med røde Pikmin, sammen med gule og blå Pikminer i forskjellige områder av planeten. De møter også to nye Pimkin-arter som kaptein Olimar aldri hadde møtt før: hvit og lilla Pikmin. Etter å ha funnet nok skatter blir hele gjelden endelig slettet. Men presidenten bestemmer at Olimar og Louie må få tak i enda flere skatter, for å bidra til å styrke selskapets økonomi.