I de muslimske østafrikanske havnebyene hadde han møtt mye fiendtlighet. Bare i Malindi i Øst-Afrika og i den indiske byen Cochin hadde han funnet velvilje. De fire skipene vendte tilbake til Portugal i 1501, med mye rikdommer, men med mistrøstige meldinger om den rådende situasjonen.