Yasukuni-helligdommen oppstod i 1869 under navnet (東京招魂社) i Chiyoda rett nord for keiserpalasset i den nye hovedstaden Tokyo. Helligdommen skulle minnes alle som falt for keiseren i borgerkrigene. Senere ble dette utvidet til falne i andre konflikter, som Saga-urolighetene i februar 1874 og Taiwan-ekspedisjonen i mai-desember samme år. I 1879 bestemte keiseren at tempelet skulle være , spesiell rikshelligdom, og gav det navnet . Navnet er et sitat fra (en eldgammel kinesisk klassisk tekst fra Vår- og høstannalenes tid). Samtidig ble helligdommen direkte underlagt innenriks-, hær- og marineministeriets felles forvaltning, noe som dengang var uvanlig.