Johannes Henricus Gerardus Jansen var sønn av baker og konditor Andreas Johannes Jansen og hans hustru Maria Anna Mulder. Jansen vokste opp i Friesland sammen med sin eldre søster og følte seg knyttet til denne nederlandske provinsen hele livet. Han gikk først på den prestisjetunge Rolduc internatskole fra 1881 og kirkelige skole i Culemborg fra 1887 før han gikk inn på nær Driebergen i 1887.