I 1942 foregikk det deportasjoner av jøder fra stasjonen. Det dreide seg om såkalte «Alterstransporte» der jøder fra Berlin ble sendt til konsentrasjonsleiren Theresienstadt. Disse transportene skjedde som regel om morgenen og jødene ble sendt med 3. klasse-personvogner. Til sammen ble det fra stasjonen sendt 116 tog med over 9600 mennesker. Videre deportasjoner skjedde fra stasjonene Grunewald og Güterbahnhof Moabit. Til sammen ble 50 000 jøder deportert fra Berlin. 27. januar 2008 ble det satt opp et monument bak portalruinen til minne om jødedeportasjonene.