Ved sin død var Paul så forhatt at folkemengden gikk til angrep på hans statue på Kapitol. Den ble halshogd og hodet slengt i Tiberen. Han ble derfor begravd i største hemmelighet i Peterskirkens krypt. Først i 1566, da det hele hadde kommet litt på avstand, ble han gravlagt i familiekapellet i kirken Santa Maria sopra Minerva.