Witherspoon studerte ved Haddington Grammar School og mottok sin Master of Arts fra University of Edinburgh i 1739. Han satt som president av College of New Jersey (som i dag heter Princeton University) fra 1768 til 1794. Witherspoon er i slekt med skuespillerinne Reese Witherspoon. Han var en trofast protestant, nasjonalist og tilhenger av republikanisme. Han var gift med Elizabeth Montgomery. De hadde ti barn og fem av disse overlevende barndommen. Han ble tildelt en Master of Arts og doktorgrad i teologi fra University of St Andrews. Han ble professor ved Presbyterian College of New Jersey i Princeton.