Den største elva er den 1 809 kilometer lange Petsjora, som har kildene sine i den sørøstre delen av republikken, i Ural. Petsjora renner gjennom Komi inn i Nenetsk. Nedslagsfeltet er 322 000 kvadratkilometer, og de viktigste bielvene er Usa og Izjma. I sør finnes også elva Vytsjegda. Vytsjegdas viktigste sideelver er Vym og Sysola, som løper sammen med Vytsjegda i Syktyvkar.