Da den russisk-japanske krigen brøt ut i 1904, ble Mehmandarov utnevnt til kommandør av 7. artilleri-bataljon i det østlige Sibir. Mehmandarov ble tildelt utmerkelsen St. Georg av fjerde grad for hans militære prestasjoner under krigen mot japanerne. Etter kapitulasjonen av en festning ble hele den russiske garnisonen satt i japansk fangenskap. Da japanerne tillot fangede russiske offiserer å vende hjem i bytte mot å signere en forpliktelse om å ikke å kjempe mer mot Japan, nektet Mehmandarov å signere og han foretrakk å bli værende hos sine soldater i japansk fangenskap.