I juli 1514 ankom en stor flåte med 17 skip og 1500 mann under ledelse av admiral Pedro Arias de Avila, som var blitt utnevnt til guvernør av Castilla de Oro, navnet kongen hadde gitt landområdene mellom Cabo de Vela og Nombre de dios på Tierra Firme, fastlandet på sørkysten av Karibia. Han var sendt ut av kongen som et resultat av vitnemålet til Enciso, og landet skulle nå erobres og disiplineres under kongelig kontroll. Balboa og kolonistene tok ydmykt imot den kongelige flåte og underkastet seg den nye guvernøren. Den raske underkastelsen gjorde at Balboa på tross av sitt tidligere opprør likevel fikk beholde sin frihet. Men da det ble avslørt at Balboa på et hemmelig sted utenfor kolonien noe senere tok imot et skip med forsterkninger fra Cuba som et ledd i en plan om å organisere en ny ekspedisjon til Sydhavet, ble Balboa arrestert for oppvigleri. Skipet med forsterkninger ble returnert til Cuba, mens Balboa havnet i kasjotten i påvente av en dom.