I 1178 var byggingen kommet til tredje etasje. Tårnet begynte da å bli skjevt, ved at sålefundamentet, som ble etablert ca. 3 m under opprinnelig terreng satt seg mer på den ene siden - hvor grunnen var mer kompressibel. Tårnet var således fundamentert feil, som knytter seg til det vi i dag kaller geoteknikk. I 100 år stoppet byggingen mens Pisa var i nesten konstant krig med Genova, Lucca og Firenze. Dette hadde den bivirkning at grunnen stabiliserte seg, ellers hadde tårnet antakelig veltet. I 1198 ble det midlertidig installert klokker i det uferdige byggverket.