Amu-Darjas vannføring øker fra mars til mai, når snøen smelter på slettene og nedbøren i form av regn øker. Når isen og snøen i høyfjellene smelter i løpet av sommeren får vannføringen igjen ny næring. Fra september til februar avtar vannføringen gradvis, og om vinteren fryser elva helt eller delvis til i de øvre delene. Isen går av elva igjen i februar/mars, og danner ofte isdemninger som noen ganger kan briste plutselig og forårsake oversvømmelser nedstrøms.