Da den hertuglige linjen døde ut i 1609 og hertugdømmet ble delt, gikk ordenen i oppløsning. I 1708 erklærte kurfyrst Johan Vilhelm av Pfalz seg som stormester og ordenen fikk nye statutter. Den gjenopplivede ordenen kom samtidig inn i huset Wittelsbach, der den har forblitt. Etter at Bayern ble omgjort til et kongedømme, var Hubertusordenen en tid fra 1808 til 1858, Bayerns fremste orden. I 1858 bestemte likevel kongen å bryte forbindelsen mellom Hubertusordenen og den bayerske krone, slik at ordenen fortsatte som knyttet til dynastiet.