Six fortalte at han før 1939 forsøkte å komme seg ut av SS og SD, noe dommerne ikke anså som troverdig i og med at han hadde vært ivrig nazist siden skoledagene. I Smolensk ledet Six , men det er usikkert om han selv ga direkte ordre om massehenrettelser. Dommerne konkluderte med at Six hadde vært medlem av kriminelle organisasjoner som hadde gjennomført massakrer og overgrep mot sivilbefolkningen, og at Six var fullt klar over det kriminelle formålet og aktiviteten til disse organisasjonene og selv medvirket til dette. Dommerne konkluderte med at det ikke var mulig å bevise at Six hadde begått mord. Six irriterte dommerne ved å fremstille som et forskningsprosjekt. Han fikk 20 års fengsel og ble overført til Landsberg fengsel under administrasjon av amerikanske okkupasjonsmyndigheter.