Parallelt med en økende serbisk nasjonalisme i Beograd fra slutten av 1980-tallet, økte også den kroatiske nasjonalismen. Etter å ha avholdt folkeavstemning 19. mai 1991, erklærte Kroatia seg som uavhengig stat den 25. juni 1991. Serbia og den jugoslaviske hæren JNA svarte med militær intervensjon for å sikre kontrollen over serbisk-befolkede områder i landet. Det ble ført harde kamper mellom serbiske separatister; militsstyrker støttet av den føderale hæren, og kroatiske styrker. Særlig gjaldt dette i Slavonia i nordøst, hvor byen Vukovar etter å ha blitt beleiret, bombardert og beskutt i 87 døgn nærmest ble helt ødelagt og i Krajina-regionen, områder hvor befolkningen delvis var etniske serbere. I 1991 var 59,7 % av befolkningen i Krajina og Slavonia etniske serbere (331 619 personer i henhold til folketellingen 1991), 30,2 % kroater (168 026) og 10,1 % andre (55 895). Også byen Dubrovnik i sør og andre byer langs Adriaterhavskysten var en tid beleiret og ble bombardert. En egen republikk for serberne i Krajina (og Slavonia), Republika Srpska Krajina – forkortet RSK, ble proklamert den 19. desember 1991, med hovedstad i Knin. På sitt største omfattet RSK 17 028 km², dvs. 1/3 av Kroatias territorium. Rundt 80 000 kroater og muslimer ble fordrevet fra området. Det var våpenhvile fra februar 1992 og FN-styrker (UNPROFOR) ble utplassert i området mens den jugoslaviske hæren JNA ble trukket ut. Serbiske styrker holdt Krajina-området besatt inntil kroatiske styrker i august 1995 rykket inn ("Operasjon Storm", "Operacije Oluja" ledet av Ante Gotovina) og 150-200 000 serberne flyktet eller ble fordrevet. Kirker, landsbyer og kulturminner ble ødelagt og titusener av hjem ble brent. Øst-Slavonia ble inkorporert i Kroatia igjen den 15. januar 1998. Kroatia ble, etter å ha blitt internasjonalt anerkjent, medlem av FN 1992 og av Europarådet i 1996. Landet søkte i 2003 om medlemskap i Den europeiske union (EU) og ble tatt opp som medlem 1. juli 2013. Nasjonalistlederen Franjo Tudjman ( Franjo Tuđman) var landets president fra 1990 fram til sin død 10. desember 1999. I januar 2000 vant en allianse av sosialdemokrater og sosialliberale valget på nytt parlament, og i februar samme år ble Stipe Mesić valgt til president. General Ante Gotovina, anklaget for krigsforbrytelser og ettersøkt av ICTY (International Criminal Tribunal for the Former Yugoslavia) i Haag, ble arrestert på Kanariøyene den 8. desember 2005.