Flor hadde et omfattende landøkonomisk forfatterskap, og skrev om forskjellige nyttige emner i tidsskriftene og , samt i innbydelsesskriftene ved Katedralskolen. I tillegg utgav han en rekke folkeopplysningsskrifter for regjeringens og Selskapet for Norges vels regning. Hans mest kjente skrift er trolig (1813) som endog er trykt opp som faksimile (i 1965) og har stor kildeverdi for vitenskapshistorien. Hans reformpedagogiske lærebøker for borgerskolene kom i en rekke opplag frem til 1838. Han er dessuten kjent som forfatteren av den første norske lokalfloraen, (1817), og den første norske læreboken for medisinstudiet, (1819). Det bør også nevnes at Flor var en av hovedmedarbeiderne i arbeidet med Kraft og Nyerups (1820), og at han sammen med dikteren og økonomen Christen Pram samlet og redigerte Bernt Ankers litterære etterlatenskaper for utgivelse (Manuskriptene ble dog aldri trykt). Han var dessuten en av redaktørene bak utgivelsen av Christen Smiths dagbøker fra Kongoekspedisjonen i 1816 (1819).