Etter kong Sverres maktovertakelse i Norge, søkte flere norske bisper beskyttelse i Æbelholt. Vilhelm talte deres sak hos paven, bidro til baglerpartiets opprettelse og sendte etter baglernes fremgang noen av sine kanniker til Konghelle, der de grunnla Kastelle kloster omkring 1196. Fra 1191 oppholdt erkebiskop Eirik Ivarsson fra Nidaros seg hos erkebiskop Absalon i Lund i Skåne. Kardinalen Fidentius fikk i oppdrag å megle i den norske kirkestriden mellom kong Sverre og de norske biskopene. Imidlertid rakk ikke Fidentius lenger enn til Lund; der døde han. Abbed Vilhelm forfattet et skarpt skriv om kardinalens griskhet og forventninger om å bli forsørget av sitt vertskap.