Det administreres for tiden som en del av den enhetlig myndigheten til Aberdeenshire. Stonehaven har vokst fram fra en fiskelandsby fra jernalderen, nå («gamlebyen»), og utvidet seg innover fra sjøen. Den ble en viktig fiskerihavn på 1800-tallet. Byen har deretter vokst kraftig siden den britiske oljevirksomheten i Nordsjøen tok til. Så sent som på 1500-tallet indikerer gamle kart at byen ble skrevet ulikt som , , og la også til alternativet . Det er uformelt omtalt av lokalbefolkningen som «Stoney».