I 2001 kom Boogerd sterkt tilbake, i løpet av våren vant han Challenge Mallorca, Brabantse Pijl, etapper i Vuelta a Valencia og Tirreno-Adriatico og totalseier i Semana Catalana. Han tok også revansje i Tour de France der han kom på en tiendeplass totalt. Etter touren vant han den første etappen av Rheinland-Pfalz-Rundfahrt. Under verdensmesterskapet i Lisboa samme år syklet han sammen med Erik Dekker i finalen. Han forsøkte å unngå et sprintoppgjør ved å stikke fra hovedfeltet den siste kilometeren før målstreken, men lyktes ikke.