Gennadij Zjidko ble uteksaminert fra Tasjkent skole for armerte militære styrker i 1987 og ble deretter troppsjef i en motorisert infanteridivisjon. I 1997 ble han uteksaminert fra Malinovskij militærakademi i Moskva og var deretter fra 2001 sjef for et motorisert infanteriregiment i Dusjanbe i Tadsjikistan.