Med sin tredje kone, Beryl, fikk han tre barn, Johnny Weissmuller Junior (født 23. september 1940 – døde i juli 2006), Wendy Anne Weissmuller (født 1. juni 1942), og Heidi Elizabeth Weissmuller (født 31. juli 1944 – død 19. november 1962). I 1974 brakk Weissmuller både hofte og ben, noe som markerte begynnelsen på en sviktende helse. På sykehuset fikk han vite at, til tross for hans styrke og livslange daglige trenings-regime med svømming og trening, han hadde et alvorlig hjerteproblem. I 1977 ble Weissmuller rammet av en rekke slag. I 1979 var han innlagt ved Motion Picture & Television Country House og Hospital i Woodland Hills, California i flere uker. Deretter flyttet han sammen med sin siste kone, Maria, til Acapulco i Mexico, hvor hans siste Tarzan-film var spilt inn i 1948.