I januar 2002 beordret Sharon at Arafat skulle sperres inne i sin mukata i Ramallah, som følge av en selvmordsbombing i den israelske byen Hadera. USAs president George W. Bush støttet Sharons handling, og hevdet at Arafat var «et hinder for friheten». Arafat fikk først forlate mukataen den 3. mai, etter at intense forhandlinger endte i et forlik: I samme bygg som Arafat befant det seg seks militære personer fra PFLP, inkludert generalsekretæren Ahmed Sadat, som også var innesperret. Disse var ettersøkt av Israel, men skulle etter avtalen slippe både å overføres til Israel eller å holdes i forvaring av PNA. I stedet skulle et britisk-amerikansk sikkerhetsapparat sikre at de ble fengslet i Jeriko. (Mennene ble senere tatt til fange av Israel i en nattoperasjon mot fengselet i 2006. Sammen med et løfte om at Arafat skulle ta en telefon på arabisk til palestinerne for å stoppe angrepene på Israel, ble han sluppet fri. Telefonsamtalen tok han 8. mai, men i likhet med tidligere forsøk ble hans ytringer oversett. I 2003 gikk Arafat av som statsminister etter press fra USA, og ble etterfulgt av Mahmoud Abbas.