I desember 2018 kunngjorde CEU at universitetet ville avvikle sin virksomhet i Ungarn, og i stedet flytte til Wien. Flyttingen skyldtes den ungarske regjeringens manglende vilje til å inngå avtalene som krevdes for at CEU skulle fortsette driften i Ungarn, og de nye ungarske lovene om universiteter drevet av utenlandske aktører.