Ekstatiske over å møte andre mutanter, knytter skilpaddene seg til Superfly og de andre mutantene. Superfly forklarer at de ble skapt av Baxter Stockman. De forsøker nå å unngå TCRI, og holder nå til på et forlatt skip ved Staten Island. I likhet med skilpaddene ble de angrepet og misforstått av resten av samfunnet, og en forbitret Superfly har stjålet TCRI-teknologi for å mutere alt dyreliv på planeten frem til de kommer til å være den nye dominerende arten, og slavebinde menneskeheten. Skilpaddene forsøker å gripe inn, men Superfly og gjengen slipper unna med utstyret de trenger for å gjennomføre planene deres. Skilpaddene forsøker deretter å finne igjen Superfly, og ødelegge maskinen hans før det er for sent.