Det var imidlertid først under den sassinidiske keiser Khosrau I (531-579), som ble kalt , «den udødelige sjel», og av grekere og romere var kjent som , at Gundishapur ble kjent for sin medisinske vitenskap. Khosrau gav en rekke greske filosofer, syriske kristne, og nestorianere på flukt, asyl under religiøse forfølgelser i Det bysantinske rike. Sassanidene hadde lenge kriget mot romerne og bysantinerne om områdene som nå kalles Irak og Syria, og så på flyktningene som sine naturlige forbundsfeller.