AFL hadde regler som skulle sørge for mye scoringer. I senere år hintet Davis mot at han hadde utformet Chargers’ angrep, eller i det minste fortjente noe av æren for det, som ergret Gillman. Laget fant tidlig suksess med divisjonstittelen i AFL Western Division i 1960 og 1961, men tapte mot Houston Oilers i AFL Championship Game begge årene. Med skrantende økonomi på grunn av lave tilskuertall i det massive Los Angeles Coliseum flyttet laget til San Diego i 1961. I 1962 vant laget kun fire av sesongens 14 kamper.