Spillet har fire innstillinger for vanskelighetsgrad, og kan bytte mellom forskjellig vanskelighetsgrad etter hvert enkelt kapittel. Tidligere fullførte kapitler kan også åpnes, og spilles på nytt hvis spilleren ønsker det. Spilleren kan også gå tilbake til tidligere områder for å vedlikeholde og tilpasse «legionene» sine, tilpasse karakteren, eller samhandle med andre Neuron-medlemmer i løpet av spillet.