Henry Pinckney Northrop var sønn av Claudian Byrd og Hannah Eliza ( Anderson) Northrop. Han gikk på Georgetown College i Washington, D.C. fra 1853 til 1856, og fra 1856 til 1860 fortsatte han skolegangen ved Mount St. Mary's College i Emmitsburg. Northrop studerte deretter katolsk teologi og filosofi ved Pontifical North American College i Roma.