Hartvigsen har vært medlem av Academia Borealis, Nord-Norges Vitenskapsakademi, siden akademiet ble grunnlagt i 2001. Han ble i 2016 innvalgt som medlem i Norge Tekniske Vitenskapsakademi (NTVA). Hartvigsen ble i 2024 utnevnt til fellow i The Asia-Pacific Artificial Intelligence Association (AAIA) for sitt arbeid med telemedisin og medisinsk informatikk.