Floraen i nasjonalparken er vanlig og representativ for området. Rundt breområdet Flatkjølen i sørøst er det kalkrik grunn med rik vegetasjon rundt snøleier og fjellheier, hvor krevende og en del sjeldne arter finnes. Berggrunnen her har stedvise baserike substrater som gir gode forhold for fjellplanter som krever slikt miljø. Vanlige arter en kan finne ved snøleiene er fjellmarikåpe, trefingerurt, musøre og hestesprenge.