Boyer ble født som en ("fri farvet") i Saint-Domingue, den franske kolonien som senere ble Haïti, og ble utdannet i Frankrike. Under den haitiske revolusjon kjempet han mot slaveriet sammen med Toussaint L'Ouverture. Senere allierte han seg med André Rigaud, også en farvet, i sistnevntes forsøk på å gjøre opprør mot Toussaint-Louverture for å opprettholde kontrollen i Sør-Saint-Domingue.