Etter det tredje skjelvet oppstod det flere steder i byen mindre branner som, godt hjulpet av en tørr, nordøstlig vind, raskt spredte seg gjennom ruinene og satte fyr på en rekke bygninger som hadde overlevd jordskjelvet. Det kongelige palasset, med et bibliotek som rommet over 70 000 dokumenter, var en av bygningene som tok fyr og brant ned til grunnen. Brannen, som varte i fem dager, gjorde redningsarbeidet svært vanskelig og krevde mange menneskeliv.