Etter at Hradec Kralove-biskopen Karel Otčenášek hadde trukket seg tilbake fra embedet som biskop av aldersgrunner, utnevnte pave Johannes Paul II biskop Dominik Duka til dennes etterfølger den 6. juni 1998. Biskop Otčenášek ga ham bispevielsen den 26. september samme år; medkonsekratorer var erkebiskop Miloslav Vlk av Praha og den apostoliske nuntius i Tsjekkia, erkebiskop Giovanni Coppa. Fra november 2004 til januar 2008 og i den påfølgende sedisvakans var Duka også apostolisk administrator for bispedømmet Litoměřice.