Fra 1618 var han stattholder i Norge, hvortil som alltid hørte lensherreembetet over Akershus. Juel skulle vise seg som en energisk og aktiv stattholder, både på embetets, kronens og egne vegne. At kongen, Christian IV, var opptatt med trettiårskrigen, gjorde sitt til at Juel fikk friere spillerom. Han sørget gjennom garnisonsskatten i 1627 for grunnlaget for en selvstendig forsvarsorganisasjon for Norge, en bondemilits. Et initiativ for sjøforsvar, såkalte defensjonsskip, ble imidlertid avslått av kongen. Juel var også aktiv for å utvide bergverksvirksomheten i Norge, og var den første direktør for Kongsberg Sølvverk. Han sto også i spissen for et privat partisipantskap som i 1628 kjøpte sølvverket av kronen.