Den ble stifet i 2004. Målet for Menneskerettsalliansen var at alle skal ha vern og samme grad av vern mot diskriminering i norsk lov uansett diskrimineringsgrunnlag. På dette tidspunktet eksisterte bare den såkalte Likestillingsloven som kun forbød kjønnsdiskriminering. Menneskerettsalliansen initierte prosessen som førte til felles likestillings- og diskrimineringslov for alle diskrimineringsgrunnlag.. Alliansen arbeidet for å likestille diskrimineringsgrunnlag i norsk lov gjennom lobbyvirksomhet, medieutspill, lovforslag, høringsuttalelser og deltakelse i forskjellige offentlige utvalg. Etter at felles ikestillings- og diskrimineringslov ble vedtatt av Stortinget i 2017, valgte organisasjonen å vedta å legge ned seg selv i 2018 og la ned virksomheten året etter.