Over 30 år etter Top Gun – den beste av de beste, arbeider kaptein Pete "Maverick" Mitchell som testflyver. Til tross for Mavericks mange prestasjoner og utmerkelser, har gjentatt uregjerlighet og ulydighet mot sine overordnede forhindret ham fra å bli utnevnt til flaggoffiser. Hans venn og tidligere Top Gun-rival, admiral Tom "Iceman" Kazansky, er sjef for USAs stillehavsflåte. Men kontreadmiral Chester "Hammer" Cain planlegger å stenge Mavericks scramjet-program, til fordel for finansiering av droner.