Grytehullsjøer kan være isolerte fra vassdragssystemer og ha stillestående vann. De ligger ofte i moreneområder med sand/silt, har stor grunnvannspåvirkning, en del har også stor vannstandsvariasjon, og noen har dessuten jern- og fosforrikt, stagnerende bunnvann som ikke blandes. Enkelte synes også å være naturlig relativt næringsrike med naturlige algeoppblomstringer. Ofte kan vannet være nesten helt svart og virke grumsete.