Fra midten av 100-tallet f.Kr har vi ikke lenger en god oversikt over hvem som var leder for biblioteket. Om ikke før, startet nedgangen for det store, kongelige biblioteket med Ptolemaios VIII, som utropte seg selv til farao og utviste alle greske intellektuelle fra Alexandria. Frem til han døde i 116 f.Kr. er det ukjent hvem som benyttet biblioteket. Det er også ukjent hva som skjedde med bokrullene. Trolig lå biblioteket brakk i flere år.