Fisk som bærer sykdommer kan spre smitte fra ett oppdrettsanlegg til et annet, eller videreføre sykdom til annen frisk fisk. Derfor må brønnbåter renholdes nøye. Skipene skal minst ha ett automatisk rensesystem, i tillegg til vask med høytrykkspyler og lignende utført av skipets mannskap. Brønnbåters vaskeområder deles inn i to, utvendige overflater og innvendige overflater. Utvendige overflater er de overflatene man har direkte tilgang til, som skipets skrog, dekk og brønner. Innvendige overflater er de overflatene som er vanskelig å komme til, som rør, rister, kanaler og pumper.