Et forsøk i 2000 på å slå AF sammen med YS førte ikke fram. De gjenværende medlemmene av AF vedtok å legge ned organisasjonen i 2001. Et av de siste vedtakene var å bevilge penger til å skrive AFs historie, i form av boken . Flere av de gjenværende medlemsorganisasjonene var blant stifterne av Hovedorganisasjonen for universitets- og høyskoleutdannede i 2001.