I løpet av 1500-tallet gikk øyboerne over til den protestantiske religionen, og livet ble meget strengere. Den økte bruken av kuler og krutt i krig betydde at festningsverkene på øya måtte ombygges og forbedres. Et nytt festningsanlegg ble bygget for å beskytte St Aubin-bukta. Det nye Elizabeth Castle ble navngitt etter dronningen av Walter Raleigh da han var guvernør. Øyas milits ble reorganisert til hvert sogn som hadde to kanoner hver som vanligvis ble oppbevart i kirken. En av Sankt Peter-kanonene kan fortsatt sees ved enden av Beaumont Hill.