I 1631 offentliggjorde han sin første bok (). Samme år tvang trettiårskrigen ham til å begi seg til det pavelige universitet i Avignon i Frankrike. I 1633 kalte keiser Ferdinand II ham til habsburgernes hoff i Wien for å bli Johannes Keplers etterfølger som hoffmatematiker. Men dette ble imidlertid omgjort etter påtrykk fra Nicholas-Claude Fabri de Peiresc. Denne sørget i stedet for at Kircher fikk kall til Roma for å virke ved Collegium Romanum. Han mente at der ville hans venn Kircher få bedre tid til sin forskergjerning – blant annet med å finne ut av hieroglyfene.