Presterødkilen er en grunn fjordarm med store mudderflater ved lavvann. Ilene inneholder områder med sump, fuktige enger, beiter og skog. Ilene ligger vest for Tønsberg sentrum, mens Presterødkilen ligger øst for sentrum. Fylkets nest største elv, Aulielva, renner ut i Semskilen innerst i Byfjorden, og danner et våtmarkssystem med stor internasjonal verneverdi.