Systematikken hos panserpaddene har vært utsatt for mange revisjoner. Panserpaddene er blant de eldste fossilene som ble klassifisert. Mange av gruppene er kjent fra svært fragmentariske funn, og gruppen er spredt ut over mer enn 150 millioner år. De gav også opphav til urreptilene og til de moderne amfibiene i begynnelsen av karbon-tiden, og ettersom forskere bruker formell klassifisering eller kladistisk klassifisering får man svært forskjellige systematikker.