Kirken skulle etter Strauss' oppfatning ikke blande seg i politikk. «Religion er ikke politikk og omvendt», uttrykte han. Han kritiserte for eksempel erkebiskopen av Köln Joseph Höffner, da han advarte mot utbygging av atomkraft. En av de få kirkelige ledere som Strauss kom godt overens med, var daværende kardinal Joseph Ratzinger.