Horace de Saussure fikk sin tidlige dannelse fra sin far Nicholas Saussure, sin onkel natuforskeren og dikteren Albrecht von Haller og legen Théodore Tronchin. Er studerte naturvitenskaper fra 1754 ved akademiet i Genève, der han i 1759 ble promovert til Dr. phil. I 1762 ble han som 22-åring professor i filosofi ved akademiet.