Da Katipunan ble oppdaget av myndighetene den 19. august 1896, satte det hans liv i fare. Spanjolene arresterte ham i barrio Betis i Bacolor, Pampanga. Han ble bragt til Fort Santiago i Manila, og ble torturert og holdt innesperret der. I samme fengsel oppdaget han til sin forskrekkelse at også Teodoro Plata var blitt arrestert. I februar 1897 ble Diwa tatt ut av cellen, og forberedt på sin henrettelse på Bagumbayan-feltet.Først ble han holdt isolert uten mat og drikke i fire dager. Men det skulle gå annerledes: Da han ble ført ut, var det ikke for å bli skutt. Han ble del av en fangeutveksling mellom spanjolene og de revolusjonære styrker.