I 2003 instruerte han sammen med Morten Henriksen dokumentarfilmen , basert på hans to bøker om Danmark under okkupasjonen 1940–1945, og . Filmen fikk året etter Robertprisen for årets lange dokumentarfilm. For bøkene fikk Knudsen i 2004 DRs Rosenkjærpris. For fikk han dessuten Drassows Legat i 2001, mens han fikk BG Bank-prisen Det Gyldne Bogmærke for i 2006.