I 1629 døde om lag 1 000 personer av pestepidemien, som var omtrentlig en fjerdedel av byens befolkning. Fra siste halvdel av 1700-tallet gikk dødeligheten ned med de større pestepedemiene og behovet for en egen pestkirkegård ble mindre. Nykirkegården ble ikke lenger benyttet til begravelser da blant andre Hospitalets kirkegård ellers dekket behovet slik at gravlunden ble endelig nedlagt i 1791. Arealet ble deretter delvis bebygd og etter bybrannen i 1842 ble Asylveita anlagt over den tidligere gravlunden. Nykirkegården lå vest for Prinsens gate og nord for Dronningens gate, med adkomst fra Bondegårdsveita i øst og fra Tyrkrisveita i vest.