Som leder for utenrikssaker, måtte Pilet-Golaz hele tiden finne en balanse mellom stadig flere og større krav fra det nasjonalsosialistiske Tyskland og de protestene som kom fra de allierte landene i kjølvannet av tyskernes krav. I 1944 forsøkte Pilet-Golaz å forberede Sveits sitt elendige politiske forhold til Sovjetunionen, men dette forsøket mislykkes til de grader og Pilet-Golaz ble svært upopulær i hjemlandet på grunn av dette. Pilet-Golaz mistet deretter all støtte både fra politisk hold og fra den sveitsiske befolkningen etter dette, og han følte seg tvunget til trekke seg fra alle sine politiske verv i desember 1944.