Malta fører et handelsflagg som er helt forskjellig fra nasjonalflagget. Handelsflagget består av et rødt felt, helt omgitt av hvite kanter, og på dette et hvitt malteserkors. Orlogsgjøsen kombinerer elementer fra nasjonalflagget og handelsflagget. Den består av Georgskorset i midten av et hvitt felt innrammet av rødt og har fire malteserkors i hvert av hjørnene.