Etter at kvinner ble tillatt å være gjester ved universitetsforelesningene, fulgte Stöcker forelesninger i Berlin, i litteraturhistorie, filosofi og nasjonaløkonomi. Hun grunnla samtidig en studentforening for kvinner. I årene 1897 til 1898 bisto hun filosofen Wilhelm Dilthey i arbeidet med en biografi over Friedrich Schleiermacher.