I løpet av karrieren har Baggio spilt for Torino (1989–91), Internazionale (1991–92), Juventus (1992–94), Parma AC (1994–2000), SS Lazio (2000-03 og 2004-05), Blackburn Rovers (2003–04), Ancona (2004). Etter at han gikk til Triestina i Serie B sommeren 2005, brøt han kontrakten på grunn av personlige uoverensstemmelser med treneren Pietro Vierchowod.