I Windows 2000 og senere, har Diskdefragmentering følgende begrensninger: Defragmenterer ikke filer i papirkurven. Filer som er i bruk kan heller ikke defragmenteres. Kun en stasjon kan analyseres eller defragmenteres om gangen og kun ett vindu kan være åpent om gangen. Kun lokale stasjoner kan defragmenteres, nettverksplasseringer eller flyttbare medier er ikke støttet. GUI-versjonene før Windows Vista kan ikke planlegges. Kommandlinjeverktøyet sinden Windows XP støtter derimot planlegging.