Den 25. desember 40 f.Kr. fødte Kleopatra to tvilling som Antonius var far til: Aleksander Helios og Kleopatra Selene II. Fire år senere besøkte Antonius Alexandria på nytt mens han var på veg til å føre krig mot partierne. Han fornyet sitt vennskap til Kleopatra, og fra dette tidspunktet av var Alexandria hans hjem og base. Han giftet seg med Kleopatra i henhold til egyptisk ritual (et brev sitert hos Suetonius hentyder dette), skjønt han var allerede gift med Octavia Minor, søsteren til hans medtriumvir Octavianus. Antonius og Kleopatra fikk også ytterligere et barn, Ptolemaios Filadelfos.