Under Napoleonskrigene ville ikke Portugal delta i handelsblokaden av Storbritannia. En fransk styrke marsjerte i 1807 gjennom Spania og inntok Portugal. Kongefamilien og sentraladministrasjonen flyktet med britiske skip før den franske styrken nådde Lisboa. Kongefamilien reiste til Brasil der de ble værende til 1821. Rio de Janeiro ble da imperiets hovedstad og Brasil ble snart formelt likestilt med selve Portugal som del av «det forente kongerike Portugal, Brasil og Algarve». Franske styrker trakk seg i 1808 ut av Portugal etter Wellingtons seier. Britiske styrker brukte fra 1808 Portugal som base for krigføring i den iberiske halvøy. Under Wienerkongressen ble Bragança-dynastiet formelt gjeninnsatt. William Beresford, britiske general og øverstkommanderende for Portugals hær, regjerte landet fra 1817. Etter de politiske urolighetene i 1820 kom kongen tilbake fra Brasil i 1821 og et konstitusjonelt monarki erstattet enevelde.