Dette stanset ikke akkurat kritikken som ble dirigert mot kirken, og i 1517 brøt en tidligere munk, Martin Luther, helt med kirken. Han anklaget dem for korrupsjon, særlig ved salg av avlatsbrev, en betaling for å hindre folk i å lide for lenge etter døden. I tillegg mente han at tro var en privat affære mellom mennesket og Gud, og ikke en sosial affære kontrollert av kirken. Han gikk imot flere sakramenter, og mente at både munke- og nonneordner og sølibat burde avskaffes. Hans følgere, lutheranerne, reagerte til tider svært voldelig mot kirker og geistlige de mente hadde untyttet situasjonen sin grovt til sin fordel. De mente at staten skulle styre kirken, ikke en egen kirke langt unna uten forståelse for andre kulturer og tankesett.