Tjue år gammel gikk Šafīq inn i det egyptiske flyvåpenet etter å ha fullført sin utdanning ved det egyptiske flyakademiet. Šafīq tjenestegjorde som jagerpilot og skvadron-, ving- og basekommandant, og han deltok i borgerkrigen i Nord-Jemen, seksdagerskrigen, utmattelseskrigen og jom kippur-krigen. Sin militære karriere endte han som øverstkommanderende for Egypts luftforsvar fra 1996 til 2002 med graden luftmarskalk. I 2002 gikk han inn i landets regjering som minister for sivil luftfart, en stilling han hadde til han ble statsminister.