Lie tok også i 1952 initiativ til norsk utviklingshjelp som en mulighet til utløp for radikalt engasjement. Men uforsonligheten i den nasjonale forsvars- og sikkerhets­politikken ble derimot for mye for mange partifeller, og den innenrikspolitisk orienterte partilederen Einar Gerhardsen tok for åpen scene et oppgjør med Lie på landsmøtet i Arbeiderpartiet i 1967. Det bunnet i frustrasjon over parti­sekretærens motstand mot åpen sikkerhets­politisk debatt i sentralstyret, og hører blant de mest dramatiske øyeblikkene i norsk etterkrigs­politikk. Etter dette oppgjøret var Lie svekket i partiet, og satt kun to år til som partisekretær.