Ifølge bin Ladens egne uttalelser, akademiske utredninger samt vestlige militær- og sivil etterretningstjenesters analyse, er al-Qaidas mål å etablere et pan-islamsk kalifat (rike) basert på strenge varianter av islamsk shariarett. For å nå dette målet er det nødvendig å bekjempe korrupte regimer som har sviktet islam så vel som vestlig kulturell og økonomisk dominans, og spesielt å bekjempe USA og Israel, «korsfarer-zionist-alliansen». I februar 1998 sendte nettverket ut en oppfordring til alle muslimer om å drepe amerikanske borgere – sivile og militære – og deres allierte i hele verden.