På grunn av den andre koalisjonskrigen dro Schlotterbeck fra Dessau til Wien, hvor han ble ansatt av kunstforleggeren Tranquillo Mollo. Mollo sendte ham i 1803/1804 ut på en «kunstnerisk oppdagelsesreise» til Salzburg, Tirol og Steiermark. En kunstreise nummer to førte ham til St. Pölten, Melk, Enns, Steyr, Eisenerz, Graz og Mariazell. På disse reisene tegnet han frem til 1810 mer enn 100 tegninger.