Han var født inn i en fremstående jødisk familie i New York. Familien hadde tysk bakgrunn. Henry Morgenthau sr. var ambassadør til det ottomanske riket og var der et av de viktigste vitnene til folkemordet på armenerne i 1915. Henry jr besøkte faren i Konstantinopel og ble svært preget av folkemordet i Tyrkia. Henry jr reiste tilbake til USA rett før folkemordet kulminerte i 1915; han kom tilbake til Konstantinopel senere på året etter farens ønske.