Etter at han kom tilbake til Ukraina fra studiene i Polen hadde han forskjellige pastorale verv, og fungerte som professor, superio og til slutt rektor ved redemptoristenes teologiske institutt i Lviv fra 2005 til 2007. Han fortsatte deretter med studier ved Det pavelige orientalske institutt i Roma og tok der lisensgrad i kirkerett. Den 13. februar 2014 ble fader Bubnij utnevnt til, og den 7. april 2014 konsekrert il biskop av spedømmet som den andre arkebiskopale eksark av det ukrainske katolske erkeebiskopale eksarkat Odesa og titulærbiskop av . På samme tid ble han utnevnt til en arkebiskopal administrator for det nyopprettede ukrainske katolske erkeepiskopale eksarkat Krim. Hovedkonsekrerende var Svjatoslav Sjevtsjuk, overhode for den ukrainske gresk-katolske kirke. Medkonsekranter var erkebiskopen av Lviv, Ihor Vozniak C.Ss.R., og erkebiskopen av Ivano-Frankivsk, Volodymyr Vijtysjyn.