De aller fleste av Shanghais 6340,5 km² er flatt, bortsett fra noen få bakker i det sørvestlige hjørnet, med en gjennomsnittlig høyde på 4 moh. Byens beliggenhet på den flate elvesletta har ført til at nye skyskrapere må bygges med dype betongfundamenter for å hindre dem fra å synke ned i myke bakken. Byen har mange elver, kanaler, bekker og innsjøer og er kjent for sine rike vannressurser som en del av Tai Husjøens dreneringsområde.