Wurzen ligger ved elven Mulde, omkring 25 kilometer øst for Leipzig, ved den eldste langdistanse jernbanestrekningen i Tyskland Leipzig–Dresden og ved Bundesstraße 6. Bundesstraße 107 går vest for byen. I sørøst grenser byen mot naturvernområdet Wermsdorfer Forst. Derifra utspringer elven Mulde på sin vei mot byen. Sør for byen går Bundesautobahn 14 omkring 20 km østover til Grimma.