Likevel viser verden seg i 2007 veldig vanskelig for dem: De oppdager at Skynet har sendt en rekke Terminator-roboter tilbake i tid, og motstandsbevegelsen som slåss mot Skynet har også sendt deres egne krigere tilbake i tid. John knytter etter hvert en allianse med Derek Reese, en agent som reiste vekk fra den fremtidige kjernefysiske fremtiden, og viser seg å være Johns onkel. Connor-familien blir snart konfrontert med at de kommer til å møte mange fiender, enten fra deres egen tid eller fra fremtiden, som er opptatt av å forme fremtiden til å passe deres egne formål.