Nortons kalvinisme vokste i disse årene, og mot slutten av sin karriere var han blitt en ekstrem fanatiker. Han holdt flere forhør i Tower of London hvor han lot bruke torturinstrumenter som blant annet strekkbenk. Strekkbenken strekte kroppen i fra hverandre inntil leddene gikk løs fra kroppen. Hans harde avstraffelser av katolikker, som deres offisielle sensor fra 1581 og framover, førte til at han fikk kallenavnene «Strekkbenkgeneralen» og «Strekkmester Norton».