I løpet av den engelske borgerkrigen var Merton det eneste fakultet ved University of Oxford som ikke tok parlamentets side. Grunnen for dette var Mertons irritasjon over innblandingen av deres , erkebiskopen av Canterbury. Grunnen til dette var at fakultet ble flyttet til London på begynnelsen av borgerkrigen og dets bygninger ble rekvirert av rojalistene og huset mange fra Karl Is hoff da Oxford ble benyttet som rojalistenes hovedstad. Dette inkluderte også kongens franske hustru, dronning Henrietta Maria, som bodde i eller nær det som i dag kalles for , rommet over buehvelving mellom og .