Imidlertid mottok Queis aldri noen pavelig approbasjon som biskop av Pomesania. Pave Klemens III ville nemlig heller hatt sin nevø kardinal Nicolò Ridofi i dette embedet. Men det ble også kjent at Queis var luthersk sinnet. Likevel overtok Queis i oktober 1523 den geistlige og verdslige ledelse av det prøyssiske bispedømmet, og befolkningen i Preussen hadde dermed et statsoverhode som var katolikk og en biskop som var luthersk. Både biskopen selv og hertug Albrecht sørget for å gjøre mest mulig ut av denne dualiteten.