Flåvatn har sitt hovedtilløp via Fjågesundstraumen fra Kviteseidvatnet, og har utløp gjennom Straumen ved Hogga sluser, på vei mot Eidselva og Norsjø. Innsjøen er inntaksmagasin for Hogga kraftverk, og reguleres sammen med Kviteseidvatn og Bandak som ett sammenhengende magasin.