Etter den kalde krigens slutt gikk organisasjonen inn i en krise da det største medlemmet, det sovjetiske Komsomol forsvant og det oppstod interne stridigheter. Noen ønsket en mer upolitisk struktur, mens andre ville beholde organisasjonen med venstreorientert profil. VDU overlevde krisen mellom 1989 og 1992 og holder i dag fast ved gamle tradisjoner som å arrangere Verdensungdomsfestivalen med jevne mellomrom.