Tilsvarende memoarer om historikeren Robertson og om Reid ble også forelest ved samme sted, og senere ble utgitt. I 1805 utga Stewart pamfletter som forsvarte matematikeren og fysikeren John Leslie mot anklager om å ikke være rettroende av kirkerådet i Edinburgh. I 1806 mottok han sin pensjon eller avlønning fra avisen tilsvarende £300. Med sjokket av sin unge sønns død gjorde det umulig for ham å fortsette å forelese ble det på hans egen anmodning Thomas Brown den som i 1810 ble utpekt medprofessor. Da Brown døde i 1820 trakk Stewart seg helt fra sin professorstilling som da ble gitt videre til John Wilson, bedre kjent som «Christopher North».