Han har blitt tildelt den sørkoreanske Mugunghwa-ordenen og den danske Elefantordenen, og er ridder av 1. klasse av Republikken Italias fortjenstorden. Han ble tildelt æresdoktorgrad ved Koreas nasjonale idrettsuniversitet i Seoul i 1998, Soganguniversitetet i Seoul i 2004, L.N. Gumilevs eurasiske nasjonaluniversitet i Kasakhstan i 2004, Mongolias nasjonaluniversitet i Ulan Bator i 2005, Mokpos nasjonaluniversitet i 2005, Université Paris VII: Denis Diderot i Frankrike i 2011 og Universitetet i Addis Abeba i Etiopia i 2011. Lee har også blitt tildelt en rekke priser for sitt virke.