Debatten om Furtwänglers forhold til nazistene blusset opp igjen i 1986 i forbindelse med at den tyske musikkhistorikeren Fred Prieberg ga ut (på engelsk i 1991). Elisabeth Furtwängler inviterte Prieberg til å skrive en bok om sin avdøde mann og ga Prieberg full tilgang til sitt private arkiv. Prieberg konkluderte med at Furtwängler samarbeidet med nazistene, men at planen hans var å bidra til å undergrave regimet fra innsiden. Sam Shirakawa ga i 1992 ut som omtalte Furtwängler enda mer fordelaktig. De to bøkene utløste en langvarig debatt i og i . Også Elisabeth Furtwängler, som arbeidet utrettelig for mannens ettermæle, deltok i debatten. Den franske forfatteren Gérard Géfen ga i 2002 ut en mer apologetisk biografi og la til grunn at nazistene brukte Furtwängler som et redskap. Herbert Haffner gir et mer objektivt bilde i sin biografi (2003).