Vespasianus sørget for at Josefus bli gift med en fanget jødisk kvinne, som han senere skilte seg fra. Rundt 71 e.Kr. giftet han seg på nytt med en jødisk kvinne fra Alexandria. De fikk tre sønner, hvor kun Flavius Hyrcanus vokste opp. Rundt 75 e.Kr. giftet han seg med sin fjerde hustru, en gresk-jødisk kvinne fra Kreta, som kom fra en framstående familie. De fikk et lykkelig ekteskap og to sønner, Flavius Justus og Flavius Simonides Agrippa.