Encarnación ligger på vestbredden av elven Paraná, som danner grensen mot Argentina. På motsatt side av elven ligger Posadas, som det er broforbindelse til. Encarnación ligger 370 km fra Asunción og 280 km fra Ciudad del Este. Encarnación betjenes av Teniente Amin Ayub Gonzalez lufthavn, 12 km utenfor byen.