Bøndene på Lista var svært lite villige til å betale kirkeskatten, og derfor måtte Peder Claussøn gjentatte ganger gripe inn, dels selv, dels med øvrighetens hjelp. Som geistlig tilsynsmann hadde han mange vanskeligheter med stridige og løsaktige prester, men etter hvert fikk han også reformert sitt eget presteskap.