Bredo Berntsen giftet seg med Bergljot Schønheyder (1880-1964), som i likhet med ham selv var utdannet arkitekt ved Den kongelige tegneskole (senere SHKS). Ekteparet fikk én datter og tre sønner. En av sønnene var Kaare Berntsen, som startet antikvitetsforretning i Oslo.