Den tyske ridderorden var også verdslig hersker over to tredjedeler av bispedømmet. Resten var formelt i biskopen av Samlands besittelse (utgjorde altså et høystift). På det kirkelige plan lå de prøyssiske bispedømmene fra 1255 under Rīga erkebispedømme. Biskopens residens lå i Fischhausen (i dag ), men bispedømmets katedral var domkirken i Königsberg ().