Den 24. desember 2009 ble kardinal Etchegaray slått overende av en kvinne som angrep paven idet de gikk i prosesjon i midtgangen i Peterskirken før feiringen av julenattsmessen. Kardinalen måtte bringes til sykehus. I oktober 2015 falt han over ende under en messe i Roma, og fikk et brudd i benet.