Giovanni D'Alise tok middelskolen ved seminaret i Acerra og gymnasiet først ved seminaret i Capua og deretter ved seminaret i Benevento. Han studerte filosofi ved det interregionale presteseminar for Campania i Napoli, og tok lisensiatsgrad innen teologi ved det pavelige teologiske fakultet i Sør-Italia (Pontificia facoltà teologica dell'Italia meridionale) i Napoli.