Klosteret ble grunnlagt av den hellige Saba av Kappadokia i år 483. Klosteret står på motsatt side av de huler hvor den hellige Saba begynte sitt asketiske liv. For øyeblikket huser klosteret kun ti munker mens det på 600-tallet var så mange som 4000 munker. Den gang var det sykehus for spedalske og gjestehus for pilegrimer. Klosteret er ansett som et av de aller eldste fortsatt operative klostre i verden, og fortsatt opprettholder det mange av sine tradisjoner.