Johann Schelle var sønn av kantor og rektor Jonas Schelle. Allerede som syvåring ble Johann diskantsanger i det kongelige saksiske hoffkapellet i Dresden under Heinrich Schütz. På dennes anbefaling ble Schelle i 1657 opptatt som korsanger i hertugens kapell i Wolfenbüttel der Schütz var kapellmester.