Hun deltok på 5 km fristil ved det sveitsiske mesterskapet i langrenn 2013, der hun kom i mål på 2.-plass. bak Liz Stephen. VM på ski 2013 ble arrangert i Val di Fiemme i Italia, og Diggins vant der VM-gull på lagsprinten sammen med Kikkan Randall, 7,8 sekunder foran Sverige. USA kom også på 4.-plass på 4 x 5 km stafett, og individuelt kom hun på 23.-plass på 10 km fristil. Hun startet også på 30 km fellesstart, men fullførte ikke løpet. Hun kom på 21.-plass ved Tour de Ski 2012/13, og i verdenscupen sammenlagt kom hun på 36.-plass med 208 poeng. I US Super Tour-rennene i april ble det én pallplassering; en andreplass på 3,1 km fristil i Tahoe.