I 1990 rykket VIF Fotball ned til 1. divisjon etter 14 sesonger i toppdivisjonen. Klubben var også nær ved å rykke ned til 2. divisjon i 1992-sesongen, men klarte å holde seg i den nest øverste divisjonen, etter en kamp mot Eik-Tønsberg på bortebane som endte 3-0. I 1994 returnerte VIF til toppdivisjonen, men rykket ned igjen fra 1996, takket være Stabæk i siste serierunde. I 1997 vant Vålerenga cupen og 1. divisjon og ble igjen forfremmet til Tippeligaen. I løpet av 90-årene var Vålerenga bare noen få sesonger i den øverste divisjonen.