Opprykket med Stockport gjorde at andre klubber også fikk øynene opp for Jones. Han fikk et tilbud fra Southampton om å trene deres lag som da lå i Premier League. Hans periode som trener ble overskygget av at han i 1999 / 00 sesongen ble arrestert beskyldt for barnemishandling i en tidligere jobb som omsorgsarbeider på slutten av 80-tallet.