Heen og andre nordlandsfarere var i Lofoten under invasjonen 9. april. Da han kom hjem var huset nedbrent etter bombingen og av isøksen forært av Carl Hall var bare metallet uskadet. Under krigen var Heen aktiv i heimefronten. På eget initiativ laget han kart over tyske militære anlegg i Romsdalen og da han fikk kontakt med motstandsbevegelsen ble det overlevert til rette vedkommende. Heen fikk usynlig blekk slik at han kunne sende beskjeder kamuflert i annen korrespondanse. Han tok også bilder av de tyske anleggene. Blant annet fotograferte han fra toppen av Romsdalshorn og i London ble de imponert over det de antok var flyfoto. Heen hjalp rømte russiske fanger å holde seg i skjul og senere komme seg over fjellet til Valldal der de ble skjult av lokalbefolkningen til krigen var over. Heen hjalp også Sven Sømme, som var på flukt, over fjellet til Eikesdalen og der Sømme tok seg videre til Sverige. Våren 1944 var Heen arrestert i fire uker fordi han hadde hatt kontakt med en rømt polsk fange. Han fikk opplæring i våpenbruk og sabotasje, og lagret en del utstyr. Heen bisto også Joachim Rønneberg og de andre som lå i dekning i Tafjordfjella med mat og andre forsyninger.