For hans støtte til republikanerne ble han 17. april 1931 utnevnt av republikkens provisoriske regjering til øverstkommanderende for Andalucía. Senere ble han utnevnt til kommandør over soldatene i Marokko og overtok José Sanjurjos stilling i Guardia Civils hoveddirektorat. I 1934 var han en av det radikale republikanerpartiets delegater. I juli 1936 var han kommandøren for en divisjon i Zaragoza, hvor han 19. juli erklærte sin støtte til nasjonalistene. På grunn av hans ansiennitet ble han president for den nasjonale forsvarsjuntaen som 28. juli erklærte Francisco Franco som overhode for regjeringen og generalissimo, selv om Cabanellas var den eneste som var uenig i dette valget. Han var senere hærens sjefsinpektør fram til sin død i 1938.