Nicki Bille Nielsen startet sin karriere i førstedivisjonsklubben BK Frem hvor han debuterte i 2005. I 2006 gikk han til Seria A-klubben Reggina hvor han scoret i debuten i den italienske cupen. Han fikk ikke lenge etterpå sin debut i Serie A, men klarte ikke å ta en fast plass på laget. Etter et par låneopphold i de lavere divisjonene i Italia, returnerte han til Danmark og Nordsjælland i 2008. På to år spilte han 58 kamper for den danske Superliga-klubben og scoret 18 mål.