I 1968 er Deloris Wilson en ung katolsk skoleelev. I 1992 er den voksne Deloris sanger i Reno, Nevada. En dag blir Deloris vitne til at hennes kjæreste Vince LaRocca henretter en annen person, og Eddie Souther fra politiet plasserer henne i vitnebeskyttelse. Deloris blir sendt til Saint Katherine's Parish, et lite kloster i San Francisco. De gir motvillig med på å gi Deloris husly. Under sin nye identitet «Mary Clarence» sliter Deloris med kloster-livet. En kveld sniker hun seg vekk til en bar, fulgt av de to nonnene Mary Patrick og Mary Robert. De blir oppdaget, og pastor ved klosteret tvinger Deloris til å bli med i kloster-koret. Med sin sang-stemme forvandler Deloris det gamle, slitte koret.