Lowe gikk tilbake til Potomac-hæren, nå under general George McClellan med sin nye militære ballong, «Eagle», selv om hans generatorer ikke var klare. Han utførte oppstigninger over Yorktown, da de konfødererte trakk seg tilbake mot Richmond. Lowe fikk bruke en ombygd kulllekter, , som han lastet to nye ballonger og to nye hydrogengassgeneratorer på, som Lowe utførte de første observasjonene over vann med og gjorde til det første hangarskipet noensinne. Lowe utførte den første observasjonen over vann og dermed ble det første hangarskipet. I Lowes offisielle rapport til Secretary of War, uttalte han: ''I have the pleasure of reporting the complete success of the first balloon expedition by water ever attempted for.'’ Lowe gikk inn for å tjene i Peninsula-felttoget i 1862, gjorde observasjoner over Mechanicsville, Hanover County, og det påfølgende slaget ved Seven Pines eller Fair Oaks.