Genomisk DNA kan være enormt og bestå av flere millioner eller milliarder basepar. For å kunne finne det riktige genet trenger man en primer. Dette er korte DNA-fragment på 15-30 basepar som er koplementære til sekvensen man er ute etter og dermed er i stand til å binde til den kodende tråden. I en PCR-reaksjon trengs to primere, kalt primerpar; en i starten på genet (forward primer) og en i slutten (revers primer). Når primerne binder til templatet kan polymerasen syntetisere nytt DNA. Design av primere er viktig for utbyttet av PCR-reaksjonen. Ikke bare må de binde til riktig sekvens, men de må også ha rett smeltetemperatur og lengde for å kunne binde til riktig DNA-sekvens.