I 1946 ble det avholdt valg til Berliner Stadtverordnetenversammlung. SPD ble det største partiet med 48,7 %, CDU fulgte med 22,2 % og det sovjettro SED 19,8 %. Sovjetiske myndigheter begynte da å hindre samarbeid i kommandaturaen blant ved hyppig bruk av veto. Situasjonen ble forverret etter møte mellom utenriksministrene i desember 1947 og kommandaturaen sluttet å fungere. Fra januar 1948 innførte sovjetiske myndigheter stadige hindringer for transport mellom de vestlige sonene og Berlin. Passasjertogene sluttet 22. april 1948 og veitrafikken stanset 15. juni. Den sovjetiske delegasjonen trakk seg fra kommandaturaen 1. juli. Den sovjetiske representanten trakk seg fra kontrollrådet 20. mars 1948.