Under okkupasjonen gikk Hansen inn i motstandskampen. Han ble med i Kompani Linge og fikk oppdrag i det okkuperte Norge. Hansen deltok i Operasjon Carhampton. Han ble kom deretter til Sverige og vendte i januar 1944 tilbake til Norge for å delta i Operasjon Throstle. Operasjonen hadde som mål å bygge opp Milorgs distrikt D11 i Østfold. Hansen virket som instruktør og bidro til å bygge ut organisasjonen på en måte som gjorde ham bemerket.