Karpathos' høyeste punkt er fjellet Lastos, 1 215 meter høyt. Karpathos består av 10 landsbyer. Alle landsbyene har bevart øyas tradisjonelle stil. I sørøst finnes Pigadia (det offisielle navnet er Karpathos) som er hovedstaden og øyas hovedhavn. Byen er omgitt av landsbyene Menetes, Arkasa, Aperi, Volada, Othos, og Pyles. I nord er Mesochori, Spoa og Olympos, som har stor arkitektonisk og folkloristisk interesse. Det er to havner på øya, den nevnte i byen Pigadia og den andre nord på øya ved Olympos kalt for Diafani.