Fra 1949 arbeidet han som kokk i Forbundsrepublikken Tyskland. Vesttyske myndigheter arresterte ham i 1959 og stilte ham for retten fem år senere, i Treblinkaprosessen som pågikk fra oktober 1964 til august 1965. Franz ble i 1965 funnet skyldig i medvirkning til mord på minst 700 000 mennesker, hvorav han egenhendig myrdet minst 139 fanger. Han ble dømt til livsvarig fengsel.