Den 27. oktober 2006 ble Jones lånt ut Colchester United i en måned. Den kriserammede klubben fikk dispensasjon fra FA til å låne spilleren. Jones returnerte igjen til Manchester United i slutten av november 2006. Han ble så lånt ut igjen, denne gang til Barnsley. I mai 2007 returnerte han til Old Trafford og United. Han ble utlånt til Yeovil i august 2007, og returnerte til Old Trafford i desember. 30. juni 2008 ble han frigitt av United etter at han ikke fikk fornyet kontrakt. 4. juli ble han klar for Hartlepool.