Reaksjonene enzymet deltar i utføres i det aktive setet. Dette er ofte lommer eller fordypninger i proteinet der substratene binder. I området rundt det aktive setet er gjerne aminosyresekvensen konservert mellom arter som har proteiner med lignende funksjoner. Studier av slike sekvenser, helst på DNA-nivå, bidrar ofte til å finne ut av enzymenes funksjon eller å si noe om evolusjonen av en art og slekstkap mellom dem.