Fra 2000 til 2011 var José Melitón Chávez generalvikar. Dessuten var han 2007 til 2011 atter rektor for og var medlem av Presterådet og konsultorkollegiet i erkebispedømmet. Fra 2012 var José Melitón Chávez biskoppelig vikar for solidaritet og sosiale anliggender og fra 2013 også sogneprest for menigheten .