Alpene opplevde en rekke istider, der fjellene var dekket av en sammenhengende isbre. Minst sju slike istider har blitt dokumentert for Alpene, og kalles her - (for rundt to millioner år siden), - (770–680 tusen år siden), - (640–540 tusen år siden), - (500–400 tusen år siden), - (480–370 tusen år siden), - (230–130 tusen år siden) og -istiden (115–10 tusen år siden). Istidene har preget Alpenes geomorfologi gjennom glasial erosjon, dvs. isbreene har høvlet bort spisse tinder og skapt rundere former. Også noen av de mest trafikkerte fjellpassene skyldes isbreene: Såkalte transfluenspass oppstår når en isbre «flyter» over en fjellkam. Slike pass er gjerne brede og ikke spesielt bratte, ofte med en liten innsjø ved passhøyden.