Krigen i de vestlige delene av den tidligere republikken hadde blitt avsluttet i 1995 med Dayton-avtalen. Men i Kosovo, sør i staten, ønsket den kosovoalbanske majoriteten uavhengig fra den føderale republikken. Gjennom hele 1990-årene forsøkte ledere for Kosovos albanske majoritet å få uavhengighet gjennom forhandlinger og ikke-voldelige midler. I 1996 etablerte radikale albanere KLA, Kosovos frigjøringshær, som utførte væpnede operasjoner i provinsen. Den jugoslaviske reaksjonen var militær maktbruk mot den sivile befolkningen, noe som fikk mange kosovoalbanere til å flykte fra hjemmene sine.