Spillet har tre forskjellige slutter, alle avhengige av hvordan man spiller. I den «nøytrale» ruten, hvor man har enten ikke drept noen monstre eller noen, men ikke alle, møter man til slutt Asgore og må sloss mot ham, for så å måtte sloss mot Flowey, som har nå absorbert sjelene til de forrige barna som falt ned i undergrunnen og blitt svært mektig. I den «ekte pasifist»-ruten må man ikke drepe noen monstre, samt at man må oppfylle visse oppdrag og krav gjennom spillet. På slutten må man konfrontere Flowey, som nå viser seg å egentlig være Asriel, sønnen til Asgore og Toriel. Etter det blir barrieren brutt og monstrene er fri.