Egypt og store deler av Palestina ble kontrollert av de arabiske, sjiamuslimske fatimidene. Deres rike krympet etter seldsjukkenes ankomst. Alexios I rådet korsfarerne til å samarbeide med fatimidene mot sine felles seldsjukk-fiender. Fatimidene ble styrt av kalif al-Mustali, mens den reelle makten lå hos visir al-Afdal Shahanshah. De mistet Jerusalem til seldsjukkene i 1076, men tok byen tilbake fra artukidene i 1098 mens korsfarerne var på vei. I starten regnet ikke fatimidene korsfarerne som noen trussel, men antok at de var sendt av Østromerriket for å ta tilbake Syria, og ville la Palestina være i fred. Derfor sendte de ikke en hær mot korsfarerne før de stod utenfor Jerusalem.