Geologisk er dalen svært variert. Gravene er hugget inn i kalkstein, som ligger i mange lag av forskjellig kvalitet. Dette må ha skapt problemer for de som klargjorde gravene, og arkeologene sliter nå med det. Det største problemet er lag av porøs skifer, som utvider seg når den trekker til seg vann under oversvømmelser. Dette har skadet mange av gravene.