Eleonore ble dårlig på nytt tidlig i 1201. Da det brøt ut krig mellom Johan og Filip erklærte Eleonore sin støtte til Johan og dro fra Fontevrault til sin hovedstad Poitiers for å hindre at hennes sønnesønn Arthur, fiende av Johan, tok kontroll der. Arthur hadde hørt om hennes planer og beleiret sin bestemors festning i Mirabeau. Da Johan hørte om hva hans nevø var i ferd med å gjøre marsjerte han sørover, angrep Arthurs styrker og tok ham til fange. Eleonore dro da tilbake til Fontevrault hvor hun tok sløret som nonne.