De Valette døde av slag den 21. august 1568, 74 år gammel, og fikk ikke oppleve fullførelsen av byen som fikk hans navn. Han ble først gravlagt i kirken Our Lady of the Victories, men hans levninger ble siden flyttet til katedralen Saint John's Co-Cathedral (maltesisk: ) i Valletta sammen med gravene til andre stormestre.