Kommunen hører inn under Haltdalen prestegjeld som tilhører Gauldal prosti i Nidaros bispedømme. Den norske kirke har tre menigheter (kirkesogn) i Haltdalen prestegjeld: Haltdalen, Ålen og Hessdalen. I Holtålen finnes Ålen kirke, Haltdalen kirke samt Hessdalen kirke. Tidligere lå også Haltdalen stavkirke i kommunen.