Marinen kontroller også den egyptiske kystvakten. Kystvakten er ansvarlig for beskyttelse av offentlige installasjoner og anlegg langs kysten og patruljering av kystvann for å hindre smugling. Med en styrke på 2 000 personell har den en flåte som består av rundt 35 store patruljebåter (hver mellom 20 og 30 meter i lengde) og 20 mindre patruljebåter fra Bertram-klassen, bygget i USA.