Johannes Brun selv var gift to ganger. Det første ekteskapet ble inngått i Bergen i 1851 med skuespiller Louise Larsine Gulbrandsen (Louise Brun) (1830–1866). I 1880 giftet han seg på nytt i Kristiania med Georgine Dorthea (Thea) Schou (1841–1908). Med Louise fikk han sønnen Svend Busch Brun (1861–1916), som ble oppleser og far til offiser og bridgeekspert Johannes Schwartz Brun (1891–1977). I ekteskapet med Thea fikk han datteren Johanne Brun, som ble skuespiller ved Nationaltheatret.