På midten av 1930-tallet laget Harlan en rekke filmer for den nasjonalsosialistiske regjeringen. For fikk han den nasjonale filmprisen. I 1939 giftet han seg med skuespillerinnen Kristina Söderbaum, som spilte hovedrollen i flere av hans filmer. I 1943 ble han utnevnt til professor i anledning Universum Film AGs 25-årsjubileum.