Under den tyske bondekrigen ble benediktinerklosteret stormet og delvis ødelagt. Fyrst Wolfgang av Anhalt sekulariserte klosteret i 1525 og omgjorde det til sin residens. Byen fikk byrettigheter i 1543. En festning ble oppført 1551 og i 1582 blir Ballenstein rådhus nevnt første gang. Under tredveårskrigen, i 1626 ble byen stormet og plyndret av Wallensteins tropper.