Henry Morgenthau gikk på City College i New York hvor han skaffet seg en akademisk grad (BA) og senere tok en juridisk eksamen fra Columbia Law School. Han begynte sin karriere som advokat, men skaffet seg samtidig en betydelig formue i kloke investeringer i fast eiendom. Han giftet seg med Josephine Sykes i 1882 og de fikk fire barn sammen: Helen, Alma, Henry Jr. og Ruth. Morgenthau bygget seg en suksessfull karriere som advokat og fungerte som leder av det reformerte jødiske samfunnet i New York.