Ved årsskiftet 2003-2004 lå klubben med brukket rygg, uten penger, trener Fredheim gikk i protest våren 2003 og ble avløst av Ståle Andersen, og de fleste spillerne forlot klubben etter sesongen. Det lyktes likevel klubbstyret å få til en midlertidig samarbeidsavtale med FC Lyn utpå vinteren 2004, og derifra kom også den nye treneren Geir Midtsian, sammen med en del unge, lovende spillere. Utover i sesongen 2004 ble laget styrket betydelig, og den fine høstsesongen 2004 bar bud om bedre tider for "nye" Oslo Øst. Og oppholdet i 2. divisjon ble kort, for i 2005 vant Oslo Øst sin avdeling i 2. divisjon under Geir Midtsians ledelse, og med små midler rykket de opp i 1. divisjon igjen foran 2006-sesongen. Men Oslo Øst slet hele tiden med dårlig økonomi, og dette var en viktig årsak til at klubben før sesongen 2006 slo seg sammen med Manglerud Star Fotball og valgte å stille under sistnevntes navn.