Hookers militære karriere tok ikke slutt med hans svake prestasjoner sommeren 1863. Han fikk tilbake sitt rykte som en solid kommandant da han ble overført med XI og XII Corps fra Army of the Potomac vestover for å forsterke Army of the Cumberland rundt Chattanooga. Hooker hadde ledelsen i slaget ved Lookout Mountain og spilte en viktig rolle i generalløytnant Ulysses S. Grants store seier i det tredje slaget ved Chattanooga. Han ble midlertidig generalmjor i den regulære hæren på grunn av hans suksess ved Chattanooga, men han ble skuffet da han oppdaget at Grants offisielle rapport fra slaget krediterte sin venns, William Tecumseh Sherman, bidrag over Hookers.