Stabburselva renner igjennom Stabbursdalen i vestre og nordre del av nasjonalparken. Elva er drygt 60 km lang og få større vassdrag i Norge har et så uberørt preg som denne elva. Elva har atlanterhavslaks, sjørøye, sjøørret, brunørret og gjedde, og den er kjent for sine mange fiskeplasser. Innenfor furuskogen snevrer dalen seg sammen til et juv med fossefall. Her er det mange stryk og store blankskurte overløp fra den gangen elva tok smeltevann fra hele indre Finnmark.