François-Poncet ble trukket urimelig inn i utrenskningen kalt de lange knivers natt idet Hitler, som skulle begrunne drapene, viste til en middag som François-Poncet hadde vært med på sammen med Ernst Röhm og Kurt von Schleicher som bevis på at disse menn hadde konspirert med franskmennene om å styrke den tyske regjering. Bevisene var fabrikkerte, François-Poncet ble ikke nevnty ved navn, og noen åpen beskyldning kom ikke.