Mathijs Siegenbeek hadde tyske reformerte foreldre og ble deres eneste sønn som vokste opp, etter en yngre brors død. Elleve år gammel gikk han på latinskolen i fødebyen, der han fortsatte sin utdannelse i tysk, fransk og engelsk under Richeus van Ommeren (1757–1796). På den måten utviklet han en forkjærlighet for poesi og klassisk litteratur. Etter å ha avsluttet skolgangen med en avhandling om , flyttet han til Athenaeum Illustre i hjembyen i 1790. Her var lærerne Jean Henri van Swinden (fysikk og astronomi), Daniel Wyttenbach (klassisk litteratur) og Diederik Adriaan Walraven (1732–1804; orientalske språk) viktige for hans formasjon.