Frederik var forutbestemt til å søke bispeverdigheten og fikk derfor en halvlærd oppdragelse via sin halvbror Christian IIIs tyske hoffprest Andreas Jedicke. Da hertugdømmene skulle deles, ble han forbigått men fikk samtidig lovnad på erkebispedømmet Bremen. Da det ikke lykkedes å skaffe ham dette, fikk han som erstatning et kannikkedømme i Köln.