Naval Research Laboratory hadde lenge vært interessert i muligheten for å bruke atomkraft som kraftkilde til krigsskip, og de forsøkte å skape sitt eget atomprosjekt. I mai 1946 besluttet Chester Nimitz, som nå var blitt marinens operasjonssjef, at marinen i stedet skulle arbeide sammen med Manhattanprosjektet. En gruppe marineoffiserer ble stasjonert i Oak Ridge. Den høyeste rangerte var kommandør Hyman G. Rickover, som ble assisterende direktør. De fordypet seg i studiet av atomenergi og la grunnlaget for en atomdrevet marine. En tilsvarende gruppe fra luftvåpenet ankom Oak Ridge i september 1946 med tanke på å utvikle atomdrevne fly. Dette prosjektet – Nuclear Energy for the Propulsion of Aircraft (NEPA) – støtte på enorme tekniske problemer og ble til slutt gitt opp.