Det er beskrevet en rekke underarter av svartfuru, men den er egentlig ikke mer variabel enn andre furuarter. Det er likevel naturlig å dele den i fem underarter. Adriaterhavet og Podalen danner et gap mellom de to viktigste underartene på over 600 km, og svartfuru mangler i de sørlige Alpene, selv om vekstforholdene der burde være gode. Følgende inndeling følger .