Marek Rutkiewicz startet sin karriere i 2001 hos det franske sykkellaget Cofidis. Sin første gode plassering oppnådde han i Polen rundt i 2002, hvor han ble nummer 3 sammenlagt. Også de neste 2 årene kom han blant de 5 beste. I 2003 ble han nummer 2 i GP de Wallonie, før han i 2004 skiftet til det polske laget Action-ATI. I 2005 ble han nummer 5 i Sachsen-Tour og nummer 8 i Polen rundt som i mellomtiden var blitt et ProTour-ritt. Ett år senere forbedret han seg til en fjerdeplass i rittet. I 2009 ble han nummer 6 sammenlagt og vant klatrekonkurransen i Polen rundt. Rutkiewicz er samboer med mountainbikeutøveren Anna Szafraniec.