Nygaards familie flyttet i 1877 til Halden der han begynte på latinlinjen. I 1879 var han med å stifte Gymnasiesamfundet Brage. Han tok examen artium i 1883 og examen philosophicum 1884. Etter et avbrutt filologstudium reiste han på en lengre sjøreise årene 1886–87.