I 1994 satset klubben profesjonelt og fotballaget tok navnet Lyngby FC. I 2001 fikk laget store økonomiske problemer og ble slått konkurs 18. desember 2001. Som en følge av dette måtte de selge mange spillere og da sesongen var slutt ble de degradert til amatørligaen. De tok tilbake sitt gamle navn, , og spilte 2002/03 sesongen på det 4. øverste nivået av dansk fotball. I 2003 rykket klubben opp til 2. divisjon, og to år senere, den 18. juni 2005, var laget klar for dansk 1. divisjon.