I middelalderen ble metafysikken vanligvis forstått til å bestå av generell og spesiell metafysikk. Den generelle metafysikken var læren om det værende i og for seg (ontologien). Den spesielle metafysikken var læren om konkrete værende enheter: Læren om den naturlige verden og dens tilblivelse (kosmologien), læren om den menneskelige sjel (antropologien) og læren om gud (teologien). Disiplinene som utgjorde den spesielle metafysikken, anses per i dag ikke lenger som del av filosofien, men som selvstendige vitenskaper.