I 1914 forsøkte McNary å bli valgt for seksårsperiode som høyesterettsdommer. Embetet var politisk valgt, og han tapte kampen om å bli Det republikanske partis kandidat. Henry L. Benson ble valgt med én stemmes overvekt, etter flere gjenopptellinger og anklager mot Benson om valgfusk. Valgperioden som høyesterettsdommer utløp i 1915, hvoretter han ble valgt til formann i Oregons republikanske parti den 8. juli 1916. Dette skjedde etter flere valgomganger, der McNary ble ansett som en kompromisskandidat mellom progressive og konservative grupperinger. Han ble dermed stående i spissen for valgkampen i Oregon for den republikanske presidentkandidaten Charles Evans Hughes ved valget i 1916. Hughes vant i Oregon, men tapte valget til den sittende presidenten Woodrow Wilson.