Fornyelsesprosjktet omfatettet ny ballast, sviller og skinner. Skinnene ble byttet ut med skinner 47,46 kg/m sammenhengende sveiset i tre lengder a 12 meter kjøpt fra Sydney Steel Corporation i Sydney, Nova Scotia, Canada. Tilsvarende ble pukkstein til ballast kjøpt fra Martin Marietta Materials i Auld's Cove, Nova Scotia, Bongsviller ble tatt i bruk for å unngå angrep av termitter og andre insekter . Sporet ble i en viss utstrekning rettet ut ved Gatun-sluesen. Linjen er nå enkelpsoret med noen strategiske strkninger med dobbeltspor (near Gamboa and Monte Lirio). Den gamle Miraflores Tunnel utvidet og skinnegangen senket for å tilpasse vogner med to container i høyden. Et verksted for velikehold ble bygget nær Colón.