Etterhvert som ismassene forsvant ble tilførselen av vann til sjøen redusert. Vannføringen over Manytsjsenkningen ble stadig mindre og den ble gradvis oppfylt av sedimenter, og den Aral-kaspiske senkning miste etterhvert sin forbindelse til verdenshavene. I århundrene som fulgte sank vannspeilet i sjøen gradvis som følge av tiltagende oppvarming og fordunsting, og Det kaspiske hav og Aralsjøen ble etter hvert liggende tilbake som separate innsjøer.