Under andre verdenskrig arbeidet han også for å redde erkebispedømmet fra ødeleggelser av krig og for å lindre befolkningens lidelser. Uten å være redd for selv å gå mot diktaturet til ære for forsvaret av menneskets hellige rettigheter, beskyttet han flyktninger og de svake generelt. Av spesiell betydning var hans innsats til fordel for florentinske jøder eller flyktninger i Firenze gjennom opprettelsen av en hemmelig komité hvis ansvar han betrodde presten Don Leto Casini . Den samarbeidet også med klostrene i Assisi ved å fremme produksjonen av falske pass for jødene som gjemte seg i klostrene i den umbriske byen på den tiden. Blant dem som samarbeidet i disse risikable hemmelige operasjoner befant seg også syklisten Gino Bartali, hans personlige venn; i denne forbindelse produserte fjernsynsselskapet RAI i 2006 en fiksjon i to episoder om Gino Bartalis liv, med tittelen , hvor kardinal Dalla Costa ble spilt av skuespilleren Carlo Giuffré.