I mai 1986 ble al-Faruqi og hans kone myrdet i sitt hjem i Wyncote, Pennsylvania av Joseph Louis Young, også kjent som Yusuf Ali. Young tilsto forbrytelsen, ble dømt til døden og døde i fengsel av naturlige årsaker i 1996. Angrepet etterlot også deres datter, Anmar al-Zein, alvorlig skadet, men hun overlevde etter omfattende medisinsk behandling. Ulike teorier er blitt foreslått om motivene bak drapene, inkludert et mislykket innbrudd og politisk motivert attentat.