Vydra fikk åtte kamper for Tsjekkias U19-landslag i perioden 2010 til 2011 og to kamper for Tsjekkias U21-landslag i 2011. Han fikk sin offisielle A-landslagsdebut for i en VM-kvalifiseringskamp borte mot den 8. september 2012. Hans to første scoringer for Tsjekkia kom i samme kvalifisering borte mot den 26. mars 2013 (0–3).