Et unntak fra den intervensjonistiske linjen finner man i forhold til Vietnamkrigen, hvor det hersket stor uenighet internt i organisasjonen, og hvor det derfor ikke ble publisert analyser over denne i perioden 1964–68. En rekke av CFRs ledende medlemmer deltok imidlertid i andre komiteer som arbeidet for en opptrapping av krigen. Stillheten i CFR ble brutt av redaktøren for Foreign Affairs, som i 1968 viet store seksjoner i tre påfølgende utgaver av bladet til krigen, og som selv uttalte seg skarpt kritisk om denne og den internasjonale isolasjon krigen kunne føre til for USA.