Soile Lautsi la deretter saken fram for Den europeiske menneskerettsdomstol den 27. juli 2006. Den 3. november 2009 erklærte et kammer av den andre seksjon av domstolen at det hadde vært en krenkelse av Den europeiske menneskerettskonvensjon. Denne beslutningen førte til bestyrtelse i Italia. Lautsi uttalte at hun hadde mottatt trusler og ble offer for vandalisme, og klagde på uttalelser fra italienske politikere. Kammeret som besluttet at Italia hadde krenket Artikkel 9 i menneskerettskonvensjonen og Artikkel 2 i den første protokollen av konvensjonen, begrunnet at flertallet av krusifiksets konnotasjoner kan ha en dominerende religiøs mening. Kammeret argumenterte at «negativ» religionsfrihet ikke var begrenset til fravær av religiøse tjenester eller religiøs utdannelse: den var utvidet til praksis og symboler som uttrykte, i særdeleshet eller generelt, til en tro, en religion eller ateisme. Den la til at denne «negative rettighet» fortjente særskilt beskyttelse om det var Staten som uttrykte en tro og dissentere (annerledes tenkende) ble plassert i en situasjon de ikke kunne trekke seg fra uten å gjøre uforholdsmessig anstrengelser og offer.