Den 15. november 2016 ble kardinal DiNardo valgt til president for USAs konferanse for katolske biskoper og innehadde det vervet i tre år. Hans embetsperiode var blant annet preget av etterdønningene av overgrepsskandalene i den amerikanske kirke. DiNardo selv ble også anklaget for å ha dekket over tilfeller av overgrep. I mars 2019 fikk han et mildt hjerneslag.