Etter at hans eldre bror Ptolemaios XIII døde 13. januar 47 f.Kr., ble han utropt til farao og medhersker av deres eldre søster og gjenværende farao Kleopatra VII. Kleopatra giftet seg også med sin nye medhersker, men fortsatte å fungere som elskerinne av den romerske diktator Julius Cæsar. Det er antatt at Ptolemaios hersket kun i navnet, mens Kleopatra beholdt autoriteten for seg selv. 15. mars 44 f.Kr. ble Caesar myrdet i Roma av en gruppe konspiratører hvis mest kjente medlemmer var Marcus Junius Brutus og Gaius Cassius Longinus. Ptolemaios fulgte ham snart i døden. En inskripsjon som viser at han var i live, var datert 26. juli 44 f.Kr. Det er blitt antatt, men forblir usikkert, at Kleopatra forgiftet sin medhersker for å skifte ham ut med Ptolemaios XV Cæsarion, hennes sønn med Caesar som ble utropt til medhersker 2. september 44 f.Kr. og som hans mor ville støtte som etterfølger av sin far.