Det såkalte Daijōji-manuskriptet har 89 bokruller, og ble satt sammen i 1689 av Manzan Dōhaku. Den bestod av 84 bokruller pluss 5 tilleggsruller, inkludert Bendōwa, Jūundō Shiki og Jikuin Mon, som tidligere ikke hadde blitt bektraktet som en del av Shōbōgenzō. Han ordnet bøkene kronologisk og ikke slik Dōgen hadde gjort, og trodde antagelig at den opprrinnelige rekkefølgen var en senere beslutning som ikke ble tatt av Dōgen selv.