Samlingene består av objekter fra mer enn 3200 arkeologiske lokaliteter og dekker mer enn 500 000 år av historien på den iberiske halvøy. Museet har den største samlingen av romerske mosaikker I Portugal og en viktig samling av afrikanske etnografiske objekter. Museets samlinger er digitalt tilgjengelig via MatrizNet. venstre|miniatyr|288x288pk|Kvinnelige byste (Julia), 1. -2. århundre E. KR., Romersk periode Samlingens kjerne består av gamle smykker som er oppbevart i Treasures exhibition room, det er en av de viktigste samlingene i sitt slag i Den Iberiske Halvøy.