Byggingen av Betuweruten har fått mye motstand, noen av de fremste har vært: Socialistische Partij (SP) som startet kampanjen (Glem Betuwelinjen) i 1998, en av de fremste personene i denne var Harry van Bommel, medlem av Tweede Kamer. Stiftelsen for Miljøvennlig Mobilitet («Stichting Duurzame Mobiliteit») drev lobbyvirksomhet mot linjen. Stiftelsen la undersøkelser som blant annet var gjort av dr. Michiel Roscam Abbing, prof. dr. Jaap Polak fra SER, RUG, UvA og prof. ir. Albert Pols fra TU Delft. til grunn for lobbyvirksomheten. I 1999 foreslo stiftelsen at arbeidene med Betuweruten burde stoppes så fort som mulig, siden den ikke ville bety noen skåning av miljøet. Dette argumentet bortfalt etter at Riksinstituttet for Folkehelse og Miljø («Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu», RIVM) bekjentggjorde nye oppfatninger i denne sammenheng. At miljøet kunne skånes ved å anlegge linjen, var det viktigste argumentet ved siden av den påståtte økonomiske viktigheten av prosjektet. SDM delfinansierte også nettstedet «Geen.betuwelijn.nu» (Ingen.Betuwelinje.nu). Syv professorer, blant dem Jaap Polak, Albert Pols og Arnold Heertje, uttalte seg offentlig mot byggingen av Betuweruten. Dette gjorde de uten at de var oppfordret til det. Tidligere statssekretær for det nederlandske departementet for offentlige arbeider og vannforvaltning, dr. Michel van Hulten, har gjentatte ganger uttalt seg meget kritisk i forhold til hvilken nytte Betuweruten har. 4. april 1995 ble hans reaksjon på professor Bomhoffs rapport «Met de Spade op de schouder» (Med spaden på skulderen) trykket i avisen NRC. Denne reaksjonen fikk som overskrift (Tall om Betuwelijnen: Tatt ut av luften). I artikkelen brakte van Hulten videre nye argumenter mot Betuweruten, etter hans mening tjener den kun til Tysklands beste. Medlemmer av «foreningen for nederlandske naturmonumenter», en naturbeskyttelsesforening som kjøper og forvalter nederlandske naturområder, som var bosatt i Gelderland ba i 1998 alle andre medlemmer av foreningen om å protestere mot foreningens standpunkt. Foreningen hadde gitt ut en pressemelding om sitt standpunkt i forhold til Betuwerutens nordgren gjennom Achterhoek og Twente. Ifølge meningen til medlemmene i Gelderland ville det være til beste for alle nederlendere om «denne katastrofen kunne stoppes» (). videre viste det seg av samme opprop at ni andre miljøorganisasjoner i Achterhoek var imot planene for nordgrenen. Den tyske mijløorganisasjonen BUND ga i 1999 i et brev til provinsene Gelderland og Overijssel samt Tweede kamer og nederlandske miljøorganisasjoner skarp kritikk mot jernbanelinjen. BUND slo fast at Betuweruten ville bli «en ruin som hadde kostet millioner» fordi det ikke vil komme en passende tilkobling til det tyske jernbanenettet. Frem til slutten av 2006 har nettene ikke blitt koblet sammen, og er ikke planlagt koblet sammen. Det tyske jernbanenettet har ikke kapasitet til å ta imot de planlagte transportene. Dette gjelder for tilknytningen til hovedbanen og sydgrenen. Det foreligger ingen planer for å løse disse problemene, selv om den tyske delstaten Nordrhein-Westfalens tidligere statsminister Clement gjentatte ganger har lovet at problemene skulle løses og tilknytningen skulle være klar i tide. Tilknytningen er nå, i motsetningen til det som ble avtalt i Warnemünde, utsatt til 2015. Gruppen toppfunksjonærer som fordelte milliardene under ulike infrastrukturprosjekter (kalt ICES) vendte seg også mot godslinjen. De forstod at den ville lide tap i det uendelige, som den tidligere generalsekretæren Sweder van Wijnbergen fastslo da han vitnet for Duijvesteinkommisjonen.