Den lokale motstandsbevægelse hadde sporet henne og arbeidet med å få henne likvidert av den såkalte L-gruppen. Men da man var klar til nok et forsøk, var hun ikke lenger i Fredericia, idet Gestapo hadde sendt henne til Tyskland som rekonvalesent. Etter å ha kommet seg efter likvideringsforsøket virket Grethe Bartram i Flensburg inntil hun i mars 1945 ble ansatt hos Gestapo i Kolding, hvor hun var frem til den tyske kapitulasjon. Den 5. mai 1945 var hun i Esbjerg, hvor hun oppholdt seg i Gestapos hovedkvarter da det ble sprengt i luften, og hun ble såret. Hun kom seg raskt og reiste på sykkel til Kolding for å søke hjelp. Men Gestapo var allerede flyktet fra Staldgården. Hun ville forsøke å slippe ut av landet forkledd som Røde Kors-søster, men vernemakten kunne ikke hjelpe med dette; i stedet fikk hun 25 ekstra patroner til den pistol hun hadde fått ved sin ansettelse hos Gestapo i Kolding. Hun flyktet til Brejning, hvor hun ble anholdt 10. mai 1945 av den lokale motstandsbevegelse.