Hun ble født som Marija Basjkirtseva i Gavrontsij (Gawronzi) ved Dykanka i Poltava-regionen (i dagens Ukraina). Foreldrene, som kom fra de to rike, sørrussiske landadelfamiliene Babanin og Basjkirtsev, skilte seg kort etter de hadde satt to barn til verden. Marija vokste opp sammen med moren på godset til besteforeldrene. Etter opphold i Wien, Baden-Baden, Genève og Paris i årene 1870–72 slo moren, besteforeldrene og en tante seg ned i Nice, og der begynte unge Marija å føre dagbok.