Idet Link og Zelda lander i kommer det en voldsom eksplosjon fra slottet og Ganondorf dukker opp i menneskeskikkelse på en sort hest. I hånden holder han Midnas hjelm som han knuser til biter i hånden. Idet han rir mot Link og Zelda, tilkaller hun Hyrules fire lysånder, som skjenker henne lyspilene. Sammen med Zelda rir Link på Epona mot Ganondorf, som faller av hesten i kamp. Men han reiser seg og møter Link i en siste sverdkamp. Link overvinner ham endelig ved å spidde ham med Mestersverdet. Det siste en ser av Ganondorf er når han står med sverdet igjennom brystet.