Førstkommende natt – natten før bartolomeusdag 1572 – begynte det forferdelige blodbadet. Byportene ble stengt for å hindre folk i å flykte fra byen. Katolske borgere ble bevæpnet og styrker ble utplassert i bydelene. Morderpøbelen gikk fra hus til hus der hugenotter bodde og drepte menneskene – også barna. Det var en orgie i drap, og etter to dager med myrderier i Paris spredte det seg til provinsene. Til stattholderne var det sendt ut ordre om å drepe alle ledende kalvinister. Admiral Coligny var også blant ofrene, men brudgommen – Henrik av Navarra – ble skånet. Katarina tenkte at hun gjennom ham kunne få kontroll over de hugenotter som måtte overleve. Hugenottene ble etter dette helt rettsløse i Frankrike. Tidligere toleranseedikter ble gjort ugyldige.