I 2003 ble han innvalgt i Bergen kommunestyre for Ap. I 2010 ble han valgt som leder for Arbeiderpartiet i Bergen. I perioden 2015–2019 var han gruppeleder for Arbeiderpartiets bystyregruppe, frem til han i juni 2019 ble utnevnt som byutviklingsbyråd, en post han hadde frem til etter kommune- og fylkestingsvalget høsten 2019. Da ble han valgt til varaordfører i Bergen for perioden 2019–2023. Da ordfører Marte Mjøs Persen ble innvalgt på Stortinget høsten 2021, ble Bakervik valgt av bystyret til å overta ordførervervet for resten av perioden.