I august 1940 kom Wisliceny til Bratislava som rådgiver i jødesaker for regjeringen i Republikken Slovakia (formelt som attaché ved den tyske legasjonen fordi Slovakia var formelt et uavhengig land). Wisliceny var utsending fra SS-lederen Adolf Eichmanns kontor og arbeidet sammen med de tyske diplomatene i Bratislava. Han arbeidet særlig tett med den slovakiske regjeringen og hans assistenter ble utplassert i departementene. Wisliceny var mer opptatt av penger enn av karriere og i Slovakia fikk han rykte på seg om at han lot seg bestikke. Ved rettsoppgjøret etter krigen uttalte Wisliceny at planen var å fjerne jødenes livsgrunnlag og slik skape et sosialt og økonomisk problem som kunne løses ved å deportere jødene. Dieter Wisliceny og statssekretær Ernst von Weizsäcker uttalte etter krigen at det slovakiske regimet var ivrig etter å få deportert jødene. Wisliceny fortalte 1941 den slovakiske regjeringen at dersom jødene ikke ville dra i kuvogner ville de bli kjørt vekk i slaktevogner.