Hun vokste delvis opp i USA under andre verdenskrig. Invasjonen i 1940 var dramatisk og hele familien la ut på en strabasiøs flukt til USA. Bestefaren Halvdan Koht var utenriksminister da Norge ble invadert. Flekkøy skrev om dette sammen med tvillingsøsteren Torild i Tidsskrift for Norsk Psykologforening, i artikkelen (1, 2009). I 1945 kom familien tilbake til Norge og slo seg ned på Lysaker i Bærum.