I begynnelsen av sin politiske karriere var Flosse motstander av selvstyre, men da selvstyreordningen ble virkelighet, skiftet han standpunkt. Flosse ble tilhenger av franskpolynesisk selvstyre innenfor en ordning med fortsatt nære forbindelser med Frankrike, ikke minst til gaullistiske politikere. Han har vært en pådriver for økt selvstyre. Samtidig har Flosse hatt gode kontakter i fransk politikk og har selv vært representert i riksinstitusjonene. Fra 1986 til 1988 var han statssekretær for stillehavsspørsmål i Frankrikes regjering.