Den tyske okkupasjonsmakten besluttet under evakueringen av Finnmark å brenne ned og ødelegge alt av infrastruktur og hus i 1944-45. Fyrstasjonene ble heller ikke spart. Slettnes fyr hadde da eksistert i bare 40 år, og det meste av bygningsmassen måtte bygges opp på nytt. Av fyrtårnet stod bare de ti nederste jernringene tilbake, etter at fyrstasjonen ble bombardert. Renoveringen ble ferdig høsten 1948 og da hadde fyret fått et enda høyere tårn enn det opprinnelige. Det ble satt inn et linseapparat av 4. orden.