I 1959 var Popluhár tilbake i Slovan Bratislava, hvor han var med på å vinne tre ganger Tsjekkoslovakiske mesterskap. Ján Popluhár spilte 62 landskamper for det , og han var med på laget som spilte i VM-finalen mot Brasil i 1962. Popluhar var også med på laget som spilte i EM i fotball 1960 og VM i fotball 1958. Helt på tampen av sin karriere spilte han i lavere divisjon i Østerrike, for klubben Slovan Wien. Han la opp som spillende trener i slutten av 1979, 44 år gammel.