Emil Gauguin ble 1880 sendt til Danmark, for å oppdras hos hans mors venninne Fanny Wiehe (1845-1908) enke etter skuespilleren Johan Wiehe (1830-1877), resten av familien Gauguin flyttet til København 1884. Emil Gauguin gikk først i Schneekloths Skole, og deretter, fra 1886 gikk på Sorø Akademi, her tok han studenteksamen 1893. Han var målmann på Akademisk Boldklubs lag som vant datidens viktigste danske turnering, Fodboldturneringene i 1893-94, 1894-95 og 1895-96. Han gikk noen år på Polyteknisk Læreanstalt, tok i 1897 første del av ingeniøreksamen, brøt så av og utvandret i juni 1900 til Bogotá i Colombia. hvor hans onkel, Marie Gauguin de Uribe (1847-1918) bodde. I Columbia var han opptatt med vei- og brobygning. Under et opphold i Danmark indgikk han 1908 ekteskap med Olga von Hedemann (1882-1967) som fulgte ham ut til Columbia og 1916 til USA, men hun og deres felles barn reiste alene til Danmark i 1919. I USA arbeidedet Emil Gauguin som maskiningeniør for et lite mekanisk verksted i Philadelphia. Ved utgangen av 1936 reiste han tilbake til Danmark og ble skilt fra sin hustru. Etter to måneder vendte han tilbake til USA og i 1940 giftet han seg med Priscilla Buntin (1896-1966) i Philadelphia. I 1950 trakk de seg tilbake og flytte tit Florida, hvor han tilbragte de siste fem år av sitt liv. Han døde av lungebetennelse og er sammen med sin andre hustru begravet på Lemon Bay Historical Cemetery i Florida.