Den 15. september 1911 ble den regjeringssete for Moro Province. Under den amerikanske kolonitiden var Zamboanga sete for fire guvernører, blant andre general John J. Pershing. Den bystatus den ble gikk allerede i 1912 ble elevert til den 23. september 1936. Byens «fødselsdag» sammenfaller med , det vil si den katolske liturgiske kalenders årsminnedag for Nuestra Señora del Pilar de Zaragoza, byens skytshelgen, som særlig æres ved mariastatuen innfattet på fasaden av den tykke østre festningsmuren på Fort Pilar.