I religiøse emner er Zenon berømt for hans , «Forordningen om unionen», utstedt i 482 for megle mellom de motstridende religiøse synene blant kalkedonsk og eutykianske monofysittisme om Kristus' natur. Førstnevnte erkjente to naturer i Kristus, og sistnevnte kun en. Konsilet i Khalkedon i 451 hadde utstedt den kalkedonske trosbekjennelse og fordømte den monofysittiske posisjon. Monofysittene var fortsatte sterke, særlig i de østlige provinsene i imperiet, og patriarken av Alexandria, Petros III Mongos, var en monofysitt. Å støtte monofysittene var en av de feilgrep som Basiliskos hadde gjort da folket i Konstantinopel var kalkedonske. Samtidig hadde Zenon behov for støtte fra de monofysittiske provinsene Egypt, Syria, Palestina og i Lilleasia. Også patriarken i Konstantinopel, Acacius, var interessert i å redusere avstanden mellom de to posisjonene.