Villiger er leder for den sveitsiske banken UBS og han er tilknyttet det sveitsiske frie demokratiske parti. Villiger har sittet som president for den sveitsiske konføderasjonen i to omganger, henholdsvis i 1995 og igjen i 2002. I september 2003 annonserte Villiger at han kom til gå av fra sin rolle i det sveitsiske Forbundsrådet, den 31. desember 2003, da hadde han sittet i dette rådet sammenhengende i fjorten år. I 2004 ble Villiger medlem av styret i Nestlé og Swiss Re. Den 4. mars 2009 annonserte UBS AG at Villiger ville bli nominert til å etterfølge Peter Kurér som ny leder for den største banken i Sveits. Villiger er i tillegg medlem av Global Leadership Foundation, en organisasjon som arbeider med å fremme et godt styresett flere steder i verden.