Når en 16-bit eller 32-bit exe-fil startes av Windows, startes eksekveringen enten ved NE eller PE. DOS kan ikke kjøre disse filene, og for å forhindre at DOS krasjer om man forsøker å kjøre en eksekverbar fil fra DOS, så starter alle eksekverbare filer med en MZ-del. Denne delen vil typisk skrive ut en beskjed dersom man starter programmet fra DOS.