Etter Oliver Cromwells sykdom og død, og etter at hennes sønn Richard Cromwell ble tvunget til å avgå som Lord Protector, ble hun tatt godt vare på av hæren og sammenkalte parlamentet for å sikre henne et egnet underhold. Etter at monarkiet ble gjeninnført var hun redd for at hun måtte flykte til trygghet et annet sted, og hadde da samlet seg en del verdigjenstander, noe som kom statsrådet for øre. Hun fikk dog tillatelse til å reise, etter å ha bedt kongen om «trygg pensjonering» i «nå i hennes gamle alder», og det ble innvilget, men uten å ta med seg noen rikdommer fra sitt tidligere liv. Hun ble ikke plaget av det nye regime og tilbrakte sine siste år i stillhet hvor hun levde sammen med sin svigersønn John Claypoles familie i Northborough i Northamptonshire og fikk tidvis besøk fra sine overlevende barn. Etter en periode av dårlig helse døde hun i Northborough i november 1665 og ble gravlagt i den lokale kirke.