I resten av krigen blokkerte den allierte flåten København fra sjøen i Øresund. Imidtertid hadde kong Christian III og Johan Rantzau kommet til Sjælland og startet en beleiring av den danske hovedstaden. Beleiringen så flere mindre sjøtrefninger mellom den grevelige-lybske flåten og den allierte flåten. I sommeren 1536 kapitulerte københavnerne til den danske kongen.