Filmen begynner med at kroppen til Jason Bourne, som har to kulehull i ryggen, flyter i Middelhavet. Han blir plukket opp av en fransk fiskebåt og hjulpet med å få igjen styrken. Bourne husker imidlertid ikke hvem han er, og han vet ingenting om fortiden sin. Et av mannskapet på fiskebåten finner en beskjed som er kirurgisk implementert i kroppen til Bourne mens han gir ham førstehjelp. Beskjeden inneholder detaljer om en sveitsisk bankkonto. Da båten kommer til havn reiser Bourne til Zürich for å finne ut om sin fortid, forhåpentlig fra det som skjuler seg i den mystiske bankkontoen.