Imidlertid har NLP fått liten aksept i akademiske miljøer innen psykologi og lingvistikk. Systematiske gjennomganger av tilgjengelig vitenskapelig forskning stiller spørsmål ved metodens grunnprinsipper og viser at den ikke gir de lovede resultatene. Kritikken er også rettet mot metodens navn, dens grunnleggende idéer og terminologien som brukes. NLP blir ofte nevnt som et eksempel på pseudovitenskap i undervisning om vitenskapsteori på universitetsnivå. Forskning på kvakksalveri innen psykisk helse, som Norcross et al. (2006), antyder at NLP sannsynligvis er ineffektiv i behandling av atferdsproblemer.