Av ukjent grunn ble han snart etter presbyterianer, og begynte på presbyterianernes Western Theological Seminary i Allegheny i Pennsylvania. Etter to år forlot han også prebyterianerne, og trådte inn i Den episkopale kirke og fortsatte teologistudiene ved deres General Theological Seminary. Planen hans om å fullføre de siste to studieårene der ble avkortet da han tilbød seg å reise ut som misjonær til Kina. Han ble diakonviet den 17. juni 1859 i St. George's Church, New York, av biskop William Jones Boone.