I tillegg til det som skulle bli hans hovedbeskjeftigelse i livet, studerte han også teologi. Han begynte på seminarstudier en gang før 1476; det året ble han tonsurert i katedralen i Bologna. Selv om han senere gikk over til akademistudier i annen retning forble han aktivt opptatt av teologi hele livet og bidro til to generalkongresser for fransiskanerordenen; en i Bologna i 1494 og en annen i Roma i 1505/1506.