I januar 1543 brøt kongen våpenhvilen og sendte en ny og større hær inn i opprørenes område. Med propaganda til fordel for kongen prøvde de å få befolkningen over på deres side mot Nils Dacke. Dacke selv hadde blitt overmodig etter sine tidligere suksesser og møtte kongens hær i et avgjørende slag i mars måned. De utdannede soldatene som nå kjempet på sine betingelser knuste bondehæren, og Dacke blev alvorlig såret. Etter nederlaget var opprøret i stort sett over og Dacke ble fredløs. Han klarte å holde seg gjemt i et par måneder. Han ble så skutt (med piler) og drept i 1543 på grensen mellom Småland og Blekinge, den daværende grensen mellom Sverige og Danmark, under et forsøk på å unnslippe kongens leiesoldater. Gustav Vasa skal ha vært ergerlig over at Dacke var blitt drept under flukten, fordi han ønsket at han skulle vært torturert før han ble drept. Dackes lik ble skåret i biter og fremvist offentlig på steder som hadde støttet ham under opprøret. Hans hode ble plassert på en påle på galgebakken i Kalmar. Gustav Vasa beordret utslettelse av hele Dackes familie.