I to perioder virket han i det nordlige Kina for Society for the Propagation of the Gospel. Første periode var fra 1895 til 1900; det kom til sin avslutning på grunn av bokseropprøret. Under dette opprøret måtte Allen søke tilflukt i den britiske legasjon i legasjonsområdet i Beijing. Hans skildringer av denne beleiringen er blant de viktigste kilder for disse begivenheter. Han var kapellan der under meget av den beleiringen som fulgte sommeren 1900.