Ottos tidlige styre var markert med rekke opprør fra hertugene. I 938 hadde Eberhard, hertug av Bayern, nektet å betale ham hyllest. Otto svarte med å gå til krig to ganger, først i løpet av våren og deretter om høsten 938. Eberhard sto i ledtok med Ottos bror Henrik I av Bayern og deres søster Gerberga av Sachsen sin ektemann Giselbert av Lothringen. Otto beseiret imidlertid denne koalisjonen av motstandere. Eberhard ble forvist fra riket, Henrik flyktet til Vestfrankerriket, og Giselbert ble tatt til fange. Sistnevnte klarte siden å rømme og legge på flukt, men druknet i sitt forsøk på å krysse Rhinen. Berthold, bror av Arnulf, tidligere hertug av Kärnten, ble den nye hertug av Bayern.