Kontreadmiral Spruance var bekymret for et nattlig sammenstøt med japanske overflatestyrker. Han antok også at admiral Yamamoto fremdeles ville invadere Midway, basert delvis på en misledende kontaktrapport fra undervannsbåten «Tambor» (SS-198). Kontreadmiral Spruance la derfor etter hvert om kursen, og trakk sin styrke tilbake mot øst, for så å igjen snu mot fienden rundt midnatt. Yamamoto var bestemt på å fortsette kampen, og sendte sine gjenværende overflatestyrker østover mot de amerikanske hangarskipene. Samtidig avga han en krysserstyrke for å beskyte Midway. Den japanske overflatestyrken fikk ikke kontakt med amerikanerne siden kontreadmiral Spruance hadde beordret retrett. Yamamoto ga derfor ordre om en generell retrett mot vest. Det var gunstig for amerikanerne at kontreadmiral Spruance ikke valgte å fortsette kampen, Yamamotos styrke hadde blant annet slagskipet «Yamato». Et slag om natten, med den japanske flåtens overlegenhet i taktikk, ville gitt en stor mulighet for at kontreadmiral Spruances kryssere hadde blitt overveldet og hans hangarskip senket.