Nygaard var økonomisk rådgiver for Fondet for dansk-norsk samarbeid fra 1991 til han tiltrådte som generalsekretær. Terje Nygaard var den fjerde generalsekretæren i Fondet siden opprettelsen i 1946. Den første var Borghild Hammerich, som sto i brodden for Danskehjelpen under den andre verdenskrig. Nygaard erstattet Per Ivar Vaagland, som var fondets generalsekretær fra 1992.