For alle scenarier forventes det reduksjon av biodiversitet i ferskvann og omfattende endringer av økosystemer, spesielt i tropene. Økosystemer i ferskvann utgjør bare 0,8 % av jordens overflate, men er tilholdssted for nesten 8 % av verdens beskrevne arter. Dermed utgjør de en stor del av verdens biodiversitet. Med prognosert økning av landarealer for byer, gruvedrift, jordbruksland og intensifiert landbruk forventes økt risiko for forurensning og eutrofiering av vassdrag, med påfølgende konsekvenser for økosystemer.