Byggingen av komplekset, dedikert til den hellige Frans av Assisi, begynte i 1583. Prosjektet inneholdt 36 kapeller, hvorav bare 20 ble bygget. Fram til 1630 var de for det meste i manneristisk stil, men fra midten av 1600-tallet var det barokk og andre påvirkninger som dominerte. Byggingen ble avsluttet i 1788. Periodens mest kjente malere og skulptører fikk oppdrag her og mange av kunstverkene er av høy kvalitet.