Hojer ble født i Karlum i nærheten av Tønder i hertugdømmet Slesvig, hvor hans far, Johan Hojer (død 1726), var prest. Moren var født Fabricius. Gjennom foreldrene var han knyttet til vidt utbredte slesvigske presteslekter. Etter at det hadde blitt lagt et godt grunnlag i språk og historie, delvis hjemme under farens veiledning, delvis hos morens bror, den lærde presten Vilhad Fabricius i Løjt, dro Hojer i 1706 til pedagogiet i Halle.