I 1995 giftet Henley seg med Sharon Summerall. De som opptrådte ved bryllupet var Bruce Springsteen, Sting, Billy Joel, John Fogerty, Jackson Browne, Sheryl Crow, Glenn Frey og Tony Bennett. Henley skrev senere sangen «Everything Is Different Now» fra albumet for Sharon. Summerall har blitt diagnostisert med multippel sklerose. De har tre barn sammen, to jenter og en gutt.