Lennon ville ha «The Ballad of John and Yoko» innspilt i en fei og sendte bud på de andre medlemmene i gruppen. Verken George Harrison eller Ringo Starr hadde anledning 14. april 1969. Men Paul McCartney var klar og Lennon, Ono og McCartney møttes først hjemme hos sistnevnte og strukturerte sangen ferdig før de alle tre stilte opp i Abbey Road Studios. En annen som stilte opp, var lydtekniker Geoff Emerick som hadde sagt opp sine plikter for The Beatles cirka ni måneder tidligere grunnet dårlig stemning i studio. På denne innspillingen derimot, var det mer hyggelig. Til tross for mye krangling mellom Lennon og McCartney våren 1969, var altså denne dagen et unntak. De spilte inn elleve tagninger med grunnkomp på åttesporsteipen hvor Lennon spilte akustisk gitar mens han sang. McCartney spilte trommer samtidig. Før tagning 4 fleipet Lennon og sa «øk tempoet litt, Ringo» hvorpå McCartney fleipet tilbake med «skal bli, George». En del tagninger stoppet etter mellomverset (der Lennon synger «Think!!») siden McCartney hadde litt vanskeligheter med en markering nettopp der. Tagning 10 ble riktignok en vellykket gjennomkjøring, men de forsøkte også en tagning til med G-dur som grunnakkord (i stedet for E-dur). På tagning 10 overdubbet Lennon sologitar to ganger. McCartney la på bass, piano og harmonivokal. På siste spor la McCartney på maracas mens Lennon brukte baksiden av sin akustiske gitar som en slags skarptromme på sporadiske steder.