Etterpå var far Joseph John fakultetsmedlem ved i Manchester (New Hampshire) fra 1959 og ble utnevnt til prior for klosteret. Han fungerte også som akademisk dekan for og ble deretter valgt til kansler der i 1972. Munkene i klosteret hans valgte ham til tredje abbed i i Manchester i 1972. Joseph John Gerry hadde embetene som abbed og kansler ved universitetet frem til han ble utnevnt til hjelpebiskop av Manchester i 1986.