Samlingene har sin opprinnelse i Kongens kunstkammer som ble grunnlagt av Frederik III rundt 1650. Kunstkammeret besto av en stor samling av kunsthåndverk, malerier, etnografiske gjenstander, våpen og oldsaker. På et senere tidspunkt kom kunstkammeret fra Gottorp til og Det kgl. Mønt- og Medaillekabinet. I 1807 ble det opprettet en «kgl. Kommission til Oldsagers Opbevaring» og et Oldnordisk Museum ble åpnet på loftet over Trinitatis kirke i 1819.