Innenfor helse- og pleieanstaltene, som var direkte underlagt provinsen, var antallet drepte spesielt høyt innenfor rammene av eutanasiprogrammet , hvor mentalt syke og fysisk funksjonshemmede ble systematisk avlivet. De fleste voksne pasientene i provinsen ble avlivet innenfor tukthuset Brandenburg. Fra februar til oktober 1940 ble omkring 10 000 syke mennesker gasset ihjel innenfor institusjonen. Avlivninger av psykisk funksjonshemmede barn ble også foretatt i Niedermarsberg i Sauerland innenfor provinsialanstalten for barne- og ungdomspsykiatri. Omkring 3 000 pasienter fra Westfalen ble berørt, hvorav ca 1 350 ble avlivet i den psykiatriske anstalten NS-Tötungsanstalt Hadamar. Inkludert senere offer, ble totalt 3 000 pasienter avlivet. Det var først og fremst innenfor den kristent orienterte, diakoniske innretningen at de ansatte, med noen få unntak, greide å forhindre avlivinger av sine pasienter frem til krigens slutt.