I tråd med Castros ønske, ble den liberale advokaten Manuel Urrutia Lleó utpekt som president, og José Miró Cardona ble statsminister. Castro erklærte seg på sin side som forsvarssjef. Castro hadde likevel stor innflytelse på politikken til Urrutias administrasjon, som styrte gjennom dekreter. Han presset regjeringen implementerte politikk for å bekjempe korrupsjon og bekjempe analfabetisme, og at den forsøkte å fjerne Batista-tilhengere fra maktposisjoner ved å avvise Kongressen og å hindre alle som ble valgt i de riggede valgene i 1954 og 1958 fra fremtidige stillinger. Han presset deretter Urrutia til å innføre et midlertidig forbud mot politiske partier; han fortalte gjentatte ganger Urrutia at flerpartivalg ville bli holdt når det var klart for det. Blant annet på grunn av sin sosiale bakgrunn og politiske utvikling ble Castro i starten ansett av mange som et bindeledd mellom revolusjonens mest radikale og de borgerlig-liberale kreftene, mens hans bror Raúl sammen med Che Guevara ønsket en utvikling i sosialistisk og kommunistisk retning og samarbeid med de sosialistiske stater. Til tross for at Castro gjentatte ganger hadde benektet at han var en kommunist til pressen, arrangerte han i hemmelighet møter med representanter for kommunistpartiet Partido Socialist Popular, hvor hans bror Raúl var medlem, for å diskutere etaberingen av en sosialistisk stat.