For sine fortjenester ble Anker i 1809 ridder, senere kommandør og i 1812 kommandør med storkors av Dannebrog. I krigsårene fra 1807 sto han prins Christian August nær og fikk kontakt med svenske politikere gjennom sin svigersønn, grev Herman Wedel Jarlsberg. I 1814 lot han seg bevege av prins Christian Frederik til å delta i stormannsmøtet på Eidsvoll (ofte kalt Notabelmøtet) den 16. februar. Ved valgene til Riksforsamlingen ble han representant for Akershus amt og var senere forsamlingens første president. Han tilhørte her unionspartiet, men spilte for øvrig ingen fremtredende rolle. Resten av året holdt han seg også utenfor de politiske begivenhetene.