Navnet kommer av norrønt «hǫfuð», som betyr «hode», og sikter til den 47 meter høye på den østre tangen av Hovedøya, hvor det i middelalderen stod et militært vakttårn som voktet innseilingen til Oslo. Uttalen «hovedøya» skyldes påvirkning fra skriftspråket. På eldre kart er navnet skrevet «Huøen», og det bekrefter at den folkelige uttalen tidligere var «huøya», av dialektformen [hu:`ə] for hode.