Fra 1992 til 2002 jobbet Czerny ved jesuittenes generalkurie i Roma som sekretær for sosial rettferdighet. I 2002 grunnla han og drev det til 2010. I løpet av disse åtte årene initierte og koordinerte han jesuittordenens arbeid i nesten 30 land i Afrika sør for Sahara for ofre for HIV/Aids, med sjelesorg, utdannelse, helsetjeneste og sosial og åndelig støtte og og motarbeidelse av sosial stigmatisering. I løpet av denne tiden underviste Michael Czerny også ved Hekima University College ved Catholic University of Nairobi. I 2009 refererte han til erfaringen med at kondomer i Afrika stort sett er ineffektive for å forhindre HIV, til tross for erfaringene utenfor Afrika og i identifiserbare undergrupper (f.eks. prostituerte eller homofile menn).