Oksygentilgangen i en innsjø avgjør når og hvor fisk kan oppholde seg. Tropiske innsjøer kan ha mange forskjellige fiskeslag. For eksempel finnes det over 700 fiskearter i Victoriasjøen, Malawisjøen og Tanganyikasjøen. Virvelløse dyr og alger i innsjøer er mindre studert, særlig i tropiske områder. I innsjøer er det hele 14 dyrerekker.