Saken ble ført da den nye keiseren, Kangxi ennå bare var et barn, og landet ble styrt av regenten Oboi (Ao Bai). Den 15. april 1665 ble Schall og syv kinesiske astronomer dømt til døden at straffestyret, fem andre kinesere ble også dømt til døden, og andre som var «involvert», blant dem tre andre misjonærer som da var i Beijing – Verbiest, Luigi (Lodovico) Buglio (利類思) og Gabriel de Magalhães (安文思, 字景明, 1609-1677) – skulle piskes og forvises. Den påfølgende dag var det et jordskjelv, og det ble tolket som himmelens motstand mot de urettmessige dommene. Det fortelles også at keiserinne Xiaozhuang (孝莊文皇后), som var blitt pleiet og kurert for en sykdom av Schall, hadde talt hans sak. Den 17. mai ble Schall løslatt likesom alle kineserne, med unntak av fem av dem – alle kinesiske konvertitter – som ble henrettet for valget av en uheldig begravelsesdag for den unge prinsen. Alle katolske kirker i riket ble stengt, misjonærene i landets indre ble beordret til Macao, skjønt alle prestene som bodde i Beijing fikk lov til å forbli der.