Deacon ble født i Cape Town i Sør-Afrika, og studerte geologi og arkeologi ved Universitetet i Cape Town. Han ble uteksaminert i 1955. Han startet sin karriere som geolog og jobbet i Øst- og Vest-Afrika før han begynte å jobbe innen arkeologi som visedirektør for Albany Museum i Grahamstown fra 1963 til 1971. Etter det fikk han økonomisk støtte fra Universitetet i Stellenbosch helt til sin pensjon. I 1974 brukte han et år på å undervise i Universitetet i London. Han fikk sin PhD-grad fra Universitetet i Cape Town i 1974. Han var gjesteprofessor i Universitetet i California, Berkeley i 1986 og gjesteprofessor i Universitetet i Chicago i 1978.