Etter at Trondheim og Værnes var besatt, satte de tyske styrkene, med hjelp fra lokale myndigheter, i gang utbedring lufthavnen. Flere tusen sivile nordmenn deltok i arbeidet. Innen noen få uker hadde de bygget en ny rullebane til bruk i felttoget i Nord-Norge. Arbeidet ble igangsatt 24. april mens det fortsatt pågikk kamper i Nord-Trøndelag og sør for Trondheim. Utbyggingen av Værnes var planlagt på forhånd av okkupasjonsmakten og var strategisk viktig for krigføringen og erobringen av Nord-Norge. På grunn av ødelagte veier og broer mellom Oslo og Trondheim ble Værnes også brukt til å fly inn soldater og materiell. I den tyske militære strategien var flyvåpenet sentralt. Mellom Sola og Værnes fantes knapt skikkelige flyplasser, nord for Trondheim var det også dårlig med flyplasser. Værnes ble brukt fra 22. april som utgangspunkt for bombing i Nord-Trøndelag, blant annet ved bombingen av Namsos. Da tunge lastefly begynte å lande i mildværet, viste rullebanen seg å være for bløt. Sivil arbeidskraft til utbyggingen ble skaffet til veie med hjelp fra fylkesmannen og ordføreren i Trondheim. 28. april var en 800 meter lang rullebane av treverk klar til bruk, 1. mai kom Josef Terboven selv for å takke de norske arbeiderne for innsatsen. I mai, mens kampene i Nord-Norge pågikk, var opp mot 200 fly stasjonert på Værnes som var den viktigste flyplassen for invasjonsstyrken. Værnes ble bombet av britiske fly 16., 25. og 28. april, samt 19. mai. Den provisoriske flyplassen på Lade ved Trondheim ble bygget ut samtidig. Jonsvatnet ble også brukt som fremskutt tysk feltflyplass, og opptil 60 tyske fly brukte den improviserte basen. Da våren kom og isen smeltet, gikk minst tre fly gjennom isen og til bunns.