På vei inn i 2006-sesongen, som junior, var han en klar kandidat for Biletnikoff Award og Heisman Trophy. Selv om han havnet på 10.-plass i avstemningen for Heisman-troféet vant han Biletnikoff-prisen som den beste wide receiveren i college football. Johnson ble utpekt til ACC Player of the Year, var inkludert på All-ACCs førstelag for tredje år på rad, og enstemmig vedtatt til All-Americans førstelag. Han hadde 1 202 yards på 76 mottatte pasninger. Hans 15 touchdowns i 2006 var en ny sesongrekord for Georgia Tech. Mot West Virginia Mountaineers i Toyota Gator Bowl tok Johnson imot ni pasninger for 186 yards og to touchdowns, men Georgia tapte kampen.