Hovdhaugen blei innvalgt på Stortinget for Bondepartiet fra Oppland i 1958. Han blei gjenvalgt de to neste periodene, først på fellesliste med Venstre, deretter på ei rein senterpartiliste. Tidligere hadde han vært tredje vararepresentant i 1945–1949 og andre vararepresentant i 1954–1957, noe som førte til korte perioder som møtende representant. I alle tre periodene var han medlem av Stortingets kirke- og undervisningskomite. Han var bl.a. saksordfører for opprettinga av Universitetet i Tromsø. I de to siste periodene var han hhv. sekretær og visesekretær i Odelstinget.