I november 1989 sendte Havel brev til Richard von Weizsäcker der han personlig fordømte fordrivelsen av sudettyskerne som «dypt umoralske» handlinger. Havel mente de hadde moralsk skadet tsjekkerne like mye som de fordrevne. Han ville ikke gå med på at nazistenes større overgrep rettferdiggjorde behandlingen av sudettyskerne. Havel sammenlignet senere overgrepene mot sudettyskerne med Hitlers og Stalins overgrep, og insisterte på at tsjekkerne lot seg konfrontere med denne uhyggelige delen av landets fortid. Havel og forbundspresisdent Weizsäcker utveklset unnskyldninger under statsbesøk i 1990. I 1992 signerte Tsjekkoslovakia og det gjenforente Tyskland en vennskaps- og naboskapsavtale.