I 1788 ble Hans Jonathan sendt til Schimmelmanns husholdning i Danmark, hvor moren var ankommet et par år tidligere. Her hadde han en viss status og ble behandlet godt, inntil herr Schimmelmann døde og enken Henriette Cathrine Schäffer tok over styret av huset i Amaliegade. Hun behandlet Hans Jonathan – som hun kalte mulatten – så dårlig at han i 1801 stakk av hjemmefra. Han lot seg verve som frivillig på et av de danske krigsskipene under slaget på reden, og som takk for innsatsen, fikk han beseglet sin frihet av kronprinsen, hvilket fru Schimmelmann ikke ville godta. Hun gikk til politimesteren med en skriftlig klage, hvori hun også anklaget Hans Jonathan for tyveri. Bevisene var derimot tynne, så Hans Jonathan forble foreløbig en fri mann.