Brann kom med i kvalifiseringsrundene til Mesterligaen for første gang i historien, etter å ha endt på andreplass i Tippeligaen 2000. Brann trakk det bulgarske laget Levski Sofia i 2. kvalifiseringsrunde, men etter hederlige 0–0 på bortebane røk Brann ut før eventyret begynte med 1–1 på hjemmebane i returkampen. Avansement var Branns eneste reelle mulighet til å betjene den stadig økende gjelden, og i tiden som fulgte ble resultatene svakere i takt med at nøkkelspillere ble solgt. Sommeren 2002 sto Brann ribbet for profiler etter at Harri Ylönen, Svante Samuelsson, Azar Karadas, Raymond Kvisvik og Thorstein Helstad hadde forlatt klubben. Få hadde troen på medalje dette året, men svært få hadde sett for seg kvalifisering mot Sandefjord om retten til å spille i Tippeligaen 2003. Brann beholdt likevel plassen etter 0–0 borte og 2–1 hjemme. Like etter trakk trener Teitur Thordarson seg, og hans erstatter ble den gamle Brann-spilleren og daværende assistenttrener Mons Ivar Mjelde.