Svartskogsnegl er nært beslektet med brunskogsnegl og rødskogsnegl Noen forskere anser svartskogsnegl og rødskogsnegl som fargevarianter av samme art og kaller derfor rødskogsnegl for . På Vestlandet er det påvist at svartskogsnegl har gener fra rødskogsnegl. Dette stammer ifølge forskere fra Universitetet i Bergen fra krysninger med den opprinnelige bestanden av rødskogsnegl ved Bergen.