Jason hjelper deretter Rakyat gjennom en rekke oppdrag, som også fører ham til å finne en av vennene hans, Daisy, hos Dr. Earnhardt - en botaniker som studerer øyas flora. Etter at han har returnert en Silver Dragon Knife, en Rakyat-relikvie, blir Jason innviet i stammen av deres prestinne Citra. Jason må gjennomføre en rekke oppdrag, hvor han blant annet redder sin kidnappede kjæreste Liza, og vennene Keith og Oliver - samtidig som han hjelper Rakyat med å ta tilbake øya med hjelp fra Dr. Earnhardt, og Central Intelligence Agency-agent Willis Huntley.