Som historiker har Ben-Ami i stor grad støttet de nye historikerne. Dette har han fått skryt for av blant andre Norman Finkelstein, som, på tross av uenighet om det politiske og moralske grunnlaget for Israel og sionismen, berømmer Ben-Ami for stort sett ikke å legge skjul på historiske fakta. Hans siste bok er . Ben-Ami er også visepresident i den spanske menneskerettsorganisasjonen Toledo International Centre for Peace.