Ved å holde tilbake den erstatningen som keiserinne Irene hadde avtalt å betale til kalifen Harun al-Rashid, ble Nikeforos tvunget til en krig mot araberne. På grunn av Bardanes’ opprør var Nikeforos tvunget til selv å ta kommandoen i felttoget, og han led et alvorlig nederlag i slaget ved Krasos i Frygia i 805. I 806 ble imperiet invadert av en muslimsk hær på 135.000 soldater. Nikeforos innså at han ikke kunne stå imot de muslimske styrkene, og han aksepterte fred på betingelse av å betale 50.000 solidi umiddelbart og en årlig tributt på 30.000 solidi. Harun al-Rashid døde i 809, og Nikeforos kunne da i stedet rette innsatsen mot Krum, khan av Bulgaria, som truet rikets nordlige grenser og nettopp hadde erobret Serdica (Sofia).