Ponty opptrådte på en gjenforeningsturné med Stanley Clarke og Al Di Meola fra juni til oktober 2004 i USA og Canada. I 2005 turnerte han med Trio! med Stanley Clarke og Béla Fleck. I 2006 gjenforente han Jean Luc Ponty & His Band og turnerte i USA, Chile, Venezuela, Vest- og Øst-Europa, Russland, Midtøsten og India, hvor de spilte inn et studioalbum kalt (2007) med gitaristene Allan Holdsworth og Philip Catherine. I april 2012 opptrådte Ponty i en akustisk trio med Clarke og gitaristen Bireli Lagrene på Chatelet Theatre i Paris for å feire fem tiår innen musikk, et sett var med strykeorkester.