Etter sesongslutt i 2005 mistet klubben så godt som hele sitt mesterlag. Den nyvalgte guvernøren i Arkhangelsk oblast, Nikolaj Kiseljov, besluttet å ikke sponse klubben med så mye penger som den tidligere hadde mottatt. Klubbpresidenten Boris Skrynnik tok dermed med seg 14 spillere og store deler av støtteapparatet til Dinamo Moskva. Vodniks resultater etter dette har naturlig nok ikke vært like sterke.