Å bygge et fartøy som «Mary Rose» var et omfattende prosjekt. Det krevde store mengder ulike materialer av høy kvalitet. Fremfor alt var det behov for eiketrær til skroget. Mengden tømmer som ble brukt kan bare estimeres ut fra den tredjedelen av skipet som nå eksisterer, men det er anslått at 600 store eiketrær ble felt. Det tilsvarer om lag 16 hektar skog med svære trær. Store eiketrær som tidligere hadde vært vanlig på det europeiske kontinentet og De britiske øyer, var på denne tid begynt å bli sjeldne. Derfor måtte trevirket hentes fra større områder i det sørlige England. De største bevarte trestykker i skipet var av omtrent samme størrelse som stokker funnet i katedraler fra høymiddelalderen. En hudplanke på det ytre skallet av skroget kunne ha en vekt på 300 kilo, og dekksbjelkene under batteridekket kunne veie opp mot 3/4 tonn.