En gang mellom 20. og 21. dynasti ble Amenhoteps opprinnelig grav enten plyndret eller bedømt som usikker og tømt. Hans legeme ble flyttet til et tryggere sted, antagelig mer enn en gang. Den ble funnet i det kongelig forråd ved Dayr al-Bahri, skjult med mumier fra tallrike faraoer fra det nye rike, foruten adelige fra 21. dynasti, beliggende rett over gravtempelet til Hatshepsut. Mumien er nå i Det egyptiske museum i Kairo. Hans mumie hadde tilsynelatende ikke blitt plyndret ved 21. dynasti, og prestene som flyttet mumien var omsorgsfulle på å beholde hans gravmaske i kartonasje intakt. På grunn av denne utsøkte ansiktsmasken er Amenhotep den eneste kongelige mumie som ikke har blitt pakket ut og undersøkt av moderne egyptologer.