Johannes var sønn av grev Johannes I Orsini av Kefallinia og hans kone Maria, datter av despoten Nikeforos I Komnenos Dukas av Epirus og Anna Palaiologina Kantakouzene. Hans eldre bror Nikolas Orsini hadde blitt despot i Epirus i 1318 ved å ta livet av sin onkel Thomas I Komnenos Dukas. I 1323 myrdet Johannes II sin bror Nikolas og etterfulgte ham som hersker i både Kefallinia og Epirus.