Filterkaffe sies å være helsemessig «sunnere» enn kokekaffe på grunn av fettfiltreringen i kaffefilteret. Det er vist i flere studier at kolesterolet øker hos dem som drikker mange kopper kokekaffe per dag. Også med filterkaffe er det påvist en viss kolesteroløkning ved høyt forbruk, men i mindre grad enn ved kokekaffe.