Førsterekken bestående av Tony Mårtensson−Roman Červenka−Thoresen ville være essensielle for mye av SKAs suksess i starten av sesongen, og Thoresen selv stod for 19 målpoeng (8 mål og 11 assist) på 25 kamper. Men fra november begynte problemene å hope seg opp i takt med at spillerne pådro seg skader. Først var han ute med en leddbåndsskade i tre uker, og kamper etter returen pådro han seg to brudd i høyre fot i en kamp mot Atlant Mytisjtsji den 29. november, hvilket satte ham ut av spill inntil midten av januar. Med skader på spillere som Thoresen og Mårtensson sviktet også resultatene, og selv stjernen Kovaltsjuk var ikke nok for å demme opp for tapet. Den 15. januar 2014 var han endelig tilbake etter skade, og gjenforeningen av Mårtensson−Červenka−Thoresen-rekken viste umiddelbart resultater da SKA slo erkerivalen Dynamo Moskva 6-3, en kamp hvor Thoresen noterte 2 assists og hans rekkekammeratet brøt deres respektive 12- og 14-kampers måltørke. Med sine 105 poeng kom SKA på andreplassen i den vestre avdelingen, og slo ut CSKA Moskva etter 4-0 i kamper i den første runden av Gagarin Cup-sluttspillet. SKA røk dog ut i conference-semifinalen etter å ha tapt 2-4 til Lokomotiv Jaroslavl.