Han ble major i 1807 og tjenestegjorde da ved den såkalte Sønnenfjelske Generalkommando, som senere utviklet seg til den norske generalstaben. I 1813 utarbeidet han på oppdrag av stattholder Christian Frederik en forsvarsplan for krig med Sverige, som kom året etter i form av Krigen med Sverige 1814. Sejersted var en overbevist motstander av norsk invasjon i Sverige og ønsket en defensiv strategi. Kampene i 1814 baserte seg på Sejersteds plan. Han deltok ved stormannsmøtet på Eidsvoll (ofte kalt Notabelmøtet) den 16. februar 1814.