Klubben holdt seg i Landsdelsserien med et nødskrik i perioden 1956-1960, men klubben var svært nære nedrykk alle de nevnte årene. I 1963 ble ligastrukturen i NFF endret, og de forskjellige landsdelsdivisjonene ble nå til 1. divisjon, 2. divisjon og 3. divisjon, hvorav MFK ble plassert i 3. divisjon. Etter flere sesonger med topp og midt-plasseringer i 3. divisjon, ble klubben kronet med et overraskende nedrykk i 1969. Laget røk også ut i første runde av cupen denne sesongen, i det som karakteriseres som Moss FKs dårligste sesong noensinne – i god konkurranse med 1992, 2003 og 2010-sesongene.