I 1999 kom Thomas Ebbesen til ISIS, grunnlagt av Jean-Marie Lehn, ved Universitetet i Strasbourg, som han ledet fra 2004 til 2012. Siden 2005 har han utviklet et nytt forskningsområde ved grensesnittet mellom kvanteelektrodynamikk og fysikalsk kjemi. Hans gruppe demonstrerte for første gang at materialegenskaper ved en slik kjemisk reaktivitet kunne modifiseres ved å koble molekylene til de elektromagnetiske svingningene i et optisk hulrom. For dette arbeidet ble han tildelt Grand Prix 2018 av stiftelsen Maison de la Chimie.