I februar 1945 ble han stilt for Volksgerichtshof («folkedomstolen»). Imidlertid gikk flyalarmen, og domstolens president Roland Freisler ble drept da han gikk tilbake til rettssalen for å hente dokumenter angående Schlabrendorffs sak. Dette angrepet reddet Schlabrendorffs liv, for han ville helt sikkert blitt dømt til døden om ikke rettssaken hadde blitt avbrutt. De følgende månedene tilbragte han i forskjellige konsentrasjonsleirer, bl.a. Sachsenhausen, Flossenbürg, Dachau og Innsbruck. I begynnelsen av mai ble han befridd av amerikanske tropper.