Trettiårskrigen var vendepunktet, for som selvstendig stat var de gottorpske delene av hertugdømmene blitt en potensiell fiende av Danmark, da hertugen, for å oppnå en viss utenrikspolitisk uavhengighet, begynte med å inngå forhandlinger bak kongens rygg. Etter at Sverige med større hell hadde blandet seg inn i trettiårskrigen, ble Holsten innfallsporten da svenskene gjorde invasjon i Jylland i 1643. Da den danske motstanden i Holsten var nedkjempet, kom hertugen virkelig i klemme og valgte å inngå i en tettere allianse med Sverige.