Under inntrykk av de nye våpnenes ødeleggelseskraft og i forventning om et våpenkappløp uttrykte en rekke prosjektdeltakere, deriblant Bohr, Bush og Conant, et synspunkt om at det var nødvendig å komme frem til en avtale om internasjonal kontroll med atomforskning og atomvåpen. Baruch-planen, som ble fremlagt i en tale til det nyetablerte atomenergikommisjonen i juni 1946, foreslo etableringen av en internasjonal myndighet innen atomutvikling, men det førte aldri frem. Etter en intern amerikansk debatt om den fortsatte ledelsen av atomprogrammet, ble den amerikanske atomenergikommisjonen dannet med henblikk på å overta oppgavene til Manhattanprosjektet. Loven sikret sivil kontroll over atomprogrammet og fjernet utvikling, produksjon og kontroll over atomvåpen fra det militære. De militære aspektene ble overtatt av Armed Forces Special Weapons Project (AFSWP). Selv om Manhattanprosjektet ble avsluttet 31. desember 1946, eksisterte Manhattandistriktet frem til 15. august 1947.