September måned innledet på mange måter andre og tredje fase i debatten rundt 11. september. Andre fase var rettet mot hvorvidt det i muslimske miljøer i Norge var en utbredt oppfatning at det ikke var muslimske terrorister som stod bak terrorangrepene. Tredje fase var preget av sterke meningsforskjeller mellom stipendiat ved NTNU, Emil André Røyrvik og hans motstandere.