Birkebeinerne ble dermed Norges herskere, men måtte stadig kjempe mot ulike opprørsflokker og partier som mente de hadde rett på kongemakten. Den største og mest kjente av birkebeinernes motstandere var baglerne, et opprørsparti reist av Oslo-bispen Nikolas Arnesson i 1196. Baglerne hadde i likhet med de tidligere opprørsgruppene sin hovedtyngde på Østlandet, spesielt i Viken. Samtidig hadde de støtte nedover Skagerakskysten utover Vikens gamle vestgrense ved Ryggjarbit (Breviksfjorden) - baglerne bygde leidangsskip i austre Agder og hadde støtte av høvdingen Nikolas av Lista, mens birkebeinerne under høvding Torgils Fuhund samlet leidang ved Kvinesdal. Baglerne hadde også støtte fra de danske kongene, mens birkebeinerne fra sitt hovedområde i Trøndelag og på Vestlandet, fikk støtte fra medlemmer av kongsslekten Sverige.