Det beste resultatet i Norgesmesterskapet var da laget slo SK Brann med 3-0 på hjemmebane i kvartfinalen i cupen i 1959, og ble møtt med hornmusikk og jubel da de kom hjem. Det var Eivind Engseth, Knut Hotvedt og Erik Engsmyr som scoret målene. Det ble 0-2 tap mot Sandefjord Ballklub i semifinalen. Det var flere spillere som la opp etter 1959-sesongen og dette førte til at laget i løpet av en periode endte i 5. divisjon. Men i 1969 kom en ny opptur. Det året slo Greåker i tur og orden ut Østsiden, Vålerengen og Lyn (på selve landskamparenaen) i NM-cupen, før det ble tap etter omkamp mot datidens toppserielag Hødd i 4.runde. Den beste prestasjon av et 5.-divisjonslag i cupen gjennom alle tider. To år senere var Greåker igjen oppe i 3. divisjon. Greåker befinner seg nå (2010) i 5. divisjon, etter at de to år på rad, 2008 og 2009, har vært offer for NFF sin kvoteringspolicy, da andre Østfoldlag i høyere divisjoner har rykket ned.