Trass i påstander om valgfusk og politisk vold vant ARENA valget 28. mars 1982 med 19 av 60 plasser og støtte fra 17 politikere fra andre partier. De valgte Álvaro Magaña som midlertidig president og D'Aubuisson som president for den lovgivende forsamling. Juntaens regjering brøt sammen i mai. Han førte så valgkamp for å bli president i 1984, men tapte for José Napoleón Duarte fra det kristeligdemokratiske partiet med 46 mot 54 prosent av stemmene. I 1985 tapte ARENA flertallet i den lovgivende forsamling. Roberto D'Aubuisson gikk av som leder for ARENA og Alfredo Cristiani ble partileder. Ved presidentvalget i 1988 ble han valgt til president.