Zardari spilte en fremstående rolle i begge regjeringsperiodene til Bhutto, og ble anklaget for å ha underslått flere millioner dollar av statlige midler. Både Bhutto og Zardari avviste anklagene. Det er blitt hevdet at pengene er saltet ned på hemmelige kontoer rundt om i Europa. Bhutto nektet konsekvent for alle anklagene mot henne, og sa de er politisk motivert. Zardari har tilbrakt 12 år i fengsel i to ulike perioder, henholdsvis 1990–1993 og 1996–2005, men han har imidlertid aldri blitt dømt for korrupsjon.