Hanssons statsmannskunst ble stilt på alvorlige prøver under annen verdenskrig. Utbruddet av krigen førte til borgfred. I lys av Sovjetunionens overfall på Finland ble det i desember 1939 dannet en samlingsregjering som hadde som mål å forhindre at Sverige ble forvandlet til en krigsskueplass. Under krigen fremstod han som en samlende figur i Sverige.