Blant de institusjoner som hørte under Marineministeriet var Fiskeriinspektionen, Fyr- og Vagervæsenet, Lodsvæsnet, Redningsvæsenet, Søkortarkivet, Meteorologisk Institut, Hirsholmene, Nyboder, Holmens kirke, Christiansø og Søkvæsthuset.