I et intervju med magasinet Kerrang! avslørte vokalist Dave King at bandets navn stammer fra den irske puben Molly Malone's i Los Angeles. -"Vi pleide å spille der hver mandag kveld, og det føltes som om vi "pisket en død hest" ("flogging a dead horse"), og kalte bandet for Flogging Molly". Bandet begynte med bare Dave King og Bridget Regan som tok strøjobber på irske utesteder. De rekrutterte flere medlemmer frem til besetningen besto av et ensemble på syv personer, slik situasjonen er i dag. De ble signert hos SideOneDummy Records etter en konsertjobb hvor platekompaniets eiere hadde blitt forbløffet over bandets intensitet på scenen.