Han blir begravet i Paulinerkirken i Leipzig, da kjent som Universitetskirken St. Pauli. Paulinerkirken overlevde den allierte bombingen av Leipzig under andre verdenskrig, men den 30. mai 1968 blir minneplaten og monumentet til Bernhard Ziegler i Paulinerkirken destruert da kirken ble sprengt med dynamitt etter en avgjørelse fra kommunistregiment i Øst-Tyskland og den SED-kontrollerte byadministrasjonen.