Den første stasjonen i Babelsberg ble åpnet på hovedlinjen i 1862 under navnet som et spesielt stoppested for de kongelige togene til kongen av Preussen, Vilhelm I. Det var vest for den nåværende stasjonen. Fra 1866/1868 stoppet ordinære tog på stasjonen, opprinnelig ved en sideperrong; senere ble den supplert med en andre sideplattform.