Hans språkbeherskelse førte til at hans overordnede i jesuittordenen sendte ham til Hanoi i Tonkin, der han innyndet seg hos den nordlige keiser, Trinh Trang. Han skjenket keiseren en intrikat klokke og et vakkert illuminert verk om matematikk. Keiseren ble meget sjarmert av misjonnæren, og lot ham bli. Mellom 1627 og 1630 virket han i Tonkin, der han vant mange høytstående personer for kristendommen før han ble nødt til å forlate landet. Pater de Rhodes system for å skrive det vietnamesiske språk med romansk skrift er det system som benyttes den dag i dag . Han lyktes så godt i Tonkin også fordi han, likesom jesuittenes Kinamisjonærer, gjorde den vietnamesiske elite kjent med europeisk vitenskap og teknikk. Ifølge hans egne nedtegnelser holdt han seks misjonsprekener daglig, og døpte 6.700 vietnamesere, hvorav atten adelsfolk. Blant de mange han døpte var det også flere ledende bonser.