I 1527 ble inkariket rammet av en pest som kom nordfra. Man antar at det er sykdommer fra de hvite som spredde seg sørover. Pesten rammet også inkaen Huayna Capac, som døde uten å rekke å utnevne sin etterfølger. Dette førte til en voldsom borgerkrig mellom halvbrødrene Huascar fra Cuzco og Atahualpa fra Quito. I 1532 lyktes det Atahualpa å ta Huascar til fange. På samme tid ankom Conquistadoren Francisco Pizarro det nordlige av Inkariket med 168 mann og 27 hester. Han dro straks til Cajamarca, der han hadde fått høre at inkaen befant seg. Atahualpa var nysgjerrig på de freidige fremmede, og ba sine undersåtter gi dem fritt leide. I Cajamarca møtte heskeren dem med 11,000 ubevæpnede soldater for å høre hva de fremmede ville. Pizarro og hans menn massakrerte store deler av soldatene i et bakholdsangrep og tok inkaen til fange. Atahualpa la merke til spanjolenes gulltørst og tilbød å fylle et rom med gull og sølv mot sin egen frihet. Men da rommet ble fylt ble han likevel garottert (kvelt med tau strammet med en stang) i august 1533. Huascar var i mellomtiden blitt henrettet av Atahualpas menn i frykt for at spanjolene ville befri ham og bruke ham i et maktspill.