Bekkby har en doktorgrad (dr. scient. i 2001) i GIS-modellering, utbredelse og ressursseleksjon hos steinkobbe (Phoca vitulina) fra Universitetet i Oslo og en postdoktor i habitatmodellering (med fokus på Natura 2000-habitater) fra Kristinebergs Marina Forskningsstation, Göteborgs universitet, Sverige.