Verschuer ble i 1940 medlem av Det nasjonalsosialistiske tyske arbeiderparti (NSDAP). To år senere etterfulgte han Eugen Fischer som leder av . Han var dessuten sakkyndig ved forskningsavdelingen for jødespørsmål ved Amt Rosenberg. I mars 1941 var han gjest ved innvielsen av Alfred Rosenbergs i Frankfurt am Main. To år senere ble han hedersprofessor ved Berlins universitet, der han ble medlem det vitenskapelige råd som var innrettet av generalkommissaren for helse- og sykehusvesenet, Karl Brandt.