Et brev fra januar 1941 fra Preysing til pave Pius XII viser at han var informert om de trusler og vanskeligheter europeiske jøder var utsatt for, og at han bad om hjelp fra Den hellige stol vedrørende situasjonen. I en preken i mars 1941 gjentok Preysing sin samstemthet med Pius XIIs opposisjon mot drapene av syke og annerledes svake av økonomiske eller eugeniske grunner.