Hokkaido nevnes ikke i japanske kilder før omkring 1450, og det var først i 1869 at området formelt ble en del av Japan. Den opprinnelige befolkningen på Hokkaido var aino-folket. Helt fram til begynnelsen av 1800-tallet var aino-befolkningen større enn den japanske; i dag utgjør de ca. 16 000 av en befolkning på over fem millioner. Japanske bosetninger fantes på den sørvestre halvøya allerede på 1600-tallet. Deres nærvær var en kilde til konflikt med ainoene, og i 1669 ble nesten 300 japanske handels- og sjømenn drept i et opprør. Med Meijirestaurasjonen i 1868 ble det startet en mer planmessig kolonisering av øya. Dette ble ansett som nødvendig for Japans utvikling, og også for å styrke Japans nordlige grenser mot Russland. I 1869 ble («Utviklingskommisjonen») etablert, og regjeringen oppfordret bønder, militære og andre til å dra nordover og ta landet i besittelse. Ved hjelp av amerikansk kompetanse ble øyas jordbruk og gruveindustri utviklet.