Elias Hoayek ble født i Helta ved Batroun i det nordlige Libanone. Han studerte ved seminiarkollegiet i Nord-Libanon. Senere gikk han på jesuittenes presteseminar i Ghazir i 1859, der han studerte språk (fransk, arabisk, syrisk, latin, gresk) og filosofi. I 1866 ble han sendt til Roma for å studere teologi ved .