Årstallet for flytting er usikkert og det kan ha skjedd på 1500-tallet og det var trolig en stavkirke på den tiden. På den tiden var kirken anneks til Vågå. Folketallet i Heidal gikk sterkt ned under svartedauden og den lille stavkirken var trolig stor nok. Det ble etterhvert oppført en litt større kirke i laftet tømmer, trolig en av de første laftede kirkene i landet. Materialer fra stavkirken ble gjenbrukt i kor, sakristi og vindfang/våpenhus. Et lite middelaldersk krusifiks av metall laget i Limoges ble tatt vare på. Døpefonten fra stavkirken ble tatt vare på. På 1700-tallet var folketallet så stort at det ble reist en større kirke, kalt , på Heringstad-moen i dalbunnen, og den ble innviet 11. mars 1754.