Begge hennes foreldre tilhørte igbo-folket. Hennes far var brigader i de biafranske styrkene da utbryterstaten Biafra kjempet for sin selvstendighet på 1960-tallet, og familien mistet formuen sin. Etter Biafra-krigen vendte faren tilbake til sin akademiske karriere som professor i matematikk og økonomi. Hennes mor Kamene Okonjo var utdannet lege og sosiologiprofessor. Okonjo-Iweala vokste opp hos sin bestemor, mens foreldrene var i utlandet for å ta sin utdannelse. Hun har seks søsken.