I 1600 døde en sønn, det eneste barnet Gesualdo hadde med sin andre hustru. Hun beskyldte ham for mishandling, tilbrakte mer og mer tid utenfor det isolerte palasset, og d'Este-familien forsøkte å få ordnet en skilsmisse. I de senere årene led Gesualdo av stadig dypere depresjoner, kanskje delvis forårsaket av anger, han hadde for eksempel en tjener med spesialoppgave å gi ham en daglig omgang med pisken. Han døde isolert i familiepalasset i Avellino. Det antas at han led av en form for bipolar lidelse.