Høyden på landet strekker seg fra høydenivået til Dødehavet på 423 meter nedenfor havnivået til platået til den judeiske ørkenen på rundt 200 meter over havnivået. En-Gedi nasjonalpark omfatter to elver fra kilder som strømmer året rundt: Nahal David og Nahal Arugot. To andre kilder, Shulamit og En-Gedi, strømmer også i det samme området. Til sammen gir kildene rundt 3 millioner kubikkmeter med vann i året. Mye av vannet blir benyttet i jordbruket eller er tappet på flasker.