Rune Skjærvold begynte håndballkarrieren i Kolstad IL i Trondheim, og fikk sin debut i eliteserien med Stavanger IF da han flyttet til Stavanger i 1995. I 1997 dro han tilbake til moderklubben Heimdal, men dro tilbake til Stavanger etter ett år, og spilte for Viking Håndball. I 2002 dro han til utlandet, til den tyske bundesligaklubben TUSEM Essen. Etter to år dro han tilbake til Heimdal.