Fra kildeområdene i Jämtlandsfjellene renner Indalsälven ned til Storsjön ved Östersund. Storsjön er det viktigste reguleringsmagasinet for vannet som de mange kraftverkene nedstrøms trenger om vinteren, og elva er en av Sveriges største kraftprodusenter. Det nederste kraftverket, Bergeforsen, ligger knapt en mil fra utløpet i havet. Nedenfor Bergeforsen begynner elvedeltaet, som er Sveriges største kystdelta. Sanddybden ned til fast fjell er opptil Elva munner ut i Klingerfjärden i Timrå.