Han begynte i Utenriksdepartementet i 1948 og var stasjonert ved konsulatet i New York City som sekretær, allerede fra 1945. Senere var han attaché og ambassadesekretær ved Norges ambassade i Moskva, Sovjet. Så var han i Paris som ambassadesekretær ved Norges delegasjon til OECD, en sammenslutning av oljeproduserende stater. På 1960-tallet var han blitt byråsjef. Fra 1967 til 1973 var han ministerråd ved Norges ambassade i Bonn, Tyskland, men ble i 1973 beordret til å være handelspolitisk forhandler. Schøyen fikk en St. Olavs Orden og gikk i 1976 på Forsvarets høgskole. Han innledet i 1977 fire år ved Norges ambassade i Singapore som ambassadør for Norge, foruten å bli utnevnt til generalkonsul i byen Bandar Seri Begawan som er hovedstad i sultanatet Brunei. Det ble imidlertid på høsten 1980 kjent at han ble stilt til disposisjon. Etterpå ble han heller underdirektør fra 1981 til 1987, da han flyttet til Hamburg i Vest-Tyskland for å være generalkonsul. Han sluttet i jobben i 1992.