I 1532 ble gården påtent av danske tropper under angrepet på erkebiskop Olav Engelbrektsson. Etter reformasjonen fungerte den som residens for lensherrene og kaltes da Kongsgården. Fra 1686 disponerte Hæren bygningene. I nyere tid har Erkebispegården blant annet tjent som magasiner for Nidaros domkirkes restaureringsarbeider (NDR), blant annet for NDRs skulptur- og steinsamling fra middelalderen. Middelalderbygningene i nordfløyen ble restaurert fra 1962 til 1975 etter planer av professor og arkitekt Erling Gjone.