Museet ble grunnlagt som en undervisningsressurs for Avdelingen for egyptisk arkeologi og filologi ved University College samtidig som avdelingen ble etablert i 1892. Den opprinnelige samlingen ble donert av forfatteren Amelia Edwards. Den første Edwards professor, William Flinders Petrie utførte mange viktige utgravninger, og i 1913 solgte han sine samlinger av egyptiske antikviteter til University College og omformet museet til en av de ledende samlingene utenfor Egypt. Petrie gravde ut dusinvis av store funnsteder i løpet av karrieren sin, som innbefattet gravplasser fra romersk tid i Hawara, kjent for de vakre mumieportretter i klassisk romersk stil; Amarna, byen til kong Akhnaton, som noen ganger er kalt den første kongen som trodde på en gud; og den første virkelige pyramiden, i Meydum, hvor han oppdaget noen av de første bevisene for mumifisering.