Inndelingen av protostomiene er fremdeles veldig omdiskutert. Hovedspørsmålet er hva som er den nærmeste slektningen til protostomienes største delgruppe, leddyrene. Ifølge Articulata-hypotesen, som hovedsakelig bygger på morfologiske og ontogenetiske funn, betraktes leddyr og -ormer som søstergrupper. Ifølge Ecdysozoa-hypotesen, som hovedsakelig bygger på genetiske data, er imidlertid rundormer blant leddyrenes nærmeste slektninger. Leddormene kan ifølge sistnevnte hypotese sammenfattes med bl.a. bløt- og mosdyr til Lophotrochozoa.