Fra 1789 til 1799 var Tischbein direktør ved i Napoli. Da franske tropper invaderte byen, slo han seg først ned i Göttingen der han opprettet et tegneakademi for kvinner. Dette drev han sammen med nevøen Wilhelm Unger til 1801. Tilslutt slo han seg ned Eutin der han fra 1808 til sin død arbeidet ved hoffet til den oldenburgske prinsregenten Peter I av Oldenburg.