Den 27. januar 2009 var Van der Sar svært delaktig da Manchester United satte ny klubb- og Premier League-rekord for antall kamper på rad uten å slippe inn mål. Klubbens 5-0-seier mot West Bromwich Albion betød at laget hadde gått 11 kamper, 1 032 minutter, uten å slippe inn mål. Han slo dermed Petr Čechs gamle rekord fra 2004/05 som lød på 10 kamper, 1 025 minutter. I den påfølgende kampen fire dager senere satte Van der Sar ny rekord for hele det engelske ligasystemet. Han slo da Steve Deaths rekord fra 1979 på 1 103 minutter uten innslupne mål. Nok en kamp uten å slippe inn mål fulgte mot West Ham den 8. februar 2009. Van der Sar forlenget da rekorden til 1 212 minutter uten innslupne mål. Han slo dermed den britiske rekorden satt av Aberdeens Bobby Clark i 1971, som lød på 1 155 minutter. Den 4. mars slapp Van der Sar «endelig» inn mål igjen. Han gjorde en feil som gav Newcastle Uniteds Peter Løvenkrands muligheten til å score 9 minutter ut i oppgjøret. Van der Sar gikk totalt 1 311 minutter uten å slippe inn mål i ligaen. Dette var uten tvil en av grunnene til at United tok sitt 11. ligamesterskap. United vant flere av kampene 1-0, og tok tittelen foran nesen på Liverpool. Med 21 kamper uten innslupne mål, vant han også Barclays Golden Glove for 2008/09-sesongen. Han klarte derimot ikke å vinne sin tredje Champions League-tittel, da United tapte 2-0 mot Barcelona i finalen i Roma den 27. mai 2009.