Nord-Makedonia har tre offentlige universiteter. Det eldste og største av disse er St. Kyrill og St. Method-universitetet i Skopje, grunnlagt i 1949. Universitetet har over 36 000 studenter fordelt på 23 fakulteter. St. Klement av Ohrid-universitetet i Bitola ble grunnlagt i 1979 og har 15 000 studenter fordelt på åtte fakulteter. Universitetene i Skopje og Bitola er begge statlige og har makedonsk som hovedspråk. Landets tredje universitet er Statsuniversitetet i Tetovo. Dette var opprinnelig et privat albanskspråklig universitet, grunnlagt i 1994. Inntil 2004 manglet det anerkjennelse fra makedonske myndigheter, men ble gjort til statsuniversitet som del av prosessen for å integrere landets albanske minoritet. Statsuniversitetet i Tetovo har fem fakulteter.