Hōnen samlet en stor skare av både tilhengere og kritikere. Keiser Tsuchimikado sendte ham og hans tilhengere i eksil i 1207 etter en hendelse hvor to av hans disipler var involvert og som medførte forfølgelse fra innflytelsesrike buddhistiske samfunn. I 1211 ble han benådet og fikk returnere til Kyōto, hvor han bodde for en kort tid frem til sin død.