Ledelse av ISAF gikk opprinnelig på rotasjon mellom forskjellige land for perioder på seks måneder. Det viste seg imidlertid å være vanskelig å finne land til å lede ISAF, og 11. august 2003 ble ledelsen overlatt til NATO. Dette markerte NATOs første utplassering utenfor Europa og USA. Den samme dagen skrev Nicholas Burns, USAs ambassadør til NATO, i «The Wall Street Journal» at ISAFs mandat burde utvides utover Kabul. Et alternativ han foreslo var å la NATO delta i USA-ledede provinsielle gjenoppbyggingslag som allerede var i gang med å håndheve sikkerheten utenfor Kabul. NATO-talsmannen Mark Laity fastholdt imidlertid at NATO skulle holde seg til ISAFs Kabul-fokuserte mandat.