Men den greske seieren ble kortvarig. Interne motsetninger mellom de greske opprørerne kom til overflaten, og to borgerkriger svekket selvstendighetsbevegelsen i årene mellom 1823 og 1825. Det manglende samholdet skyldes store, regionale forskjeller mellom grekerne innenfor samme land. På den ene siden stod de ledende handelsmenn og borgerlige fra de større byene og de maritime sentrene, på den andre siden krigsherrer fra en sosial underklasse oppe i fjellene med tette bånd til bondebefolkningen. Den første borgerkrigen brøt ut mellom de bedre stilte borgere i landet og «kleftes», lederemner som egentlige var krigsherrer med en fortid som banditter, som nektet å gi fra seg sine privilegier. Den andre borgerkrigen dreide seg om det politiske forholdet mellom den maritime Hellas representert av øysamfunnene og de større havnebyene og det landlige Hellas med bondebefolkningen i lite utbygde områder.