Mogae trakk seg som president som planlagt 1. april 2008, og ga makten over til Khama. Da Khama ble tatt i ed som president i Gaborone, sa han at politikken fra den forrige regjeringen ville bli videreført, og at det ikke ville bli noen større forandringer. Han sa imidlertid at det ville bli noen «endringer i stil», og at han ville gi mer fokus på enkelte områder; han la blant annet vekt på sitt engasjement for demokrati. Han gjorde om mye i regjeringsoppsettet, og utnevnte tidligere utenriksminister Mompati Merafhe som visepresident.