Fra 1589 ble det inneledet en periode med konflikter mellom Polen (Rzeczpospolita) og kosakkene. Polakkene begynte å trakassere kosakkene for deres angrep mot tatarene og tyrkerne, som på den tid hadde en fredsavtale med Polen. Kong Sigismund innførte dessuten i 1596 en kirkelig union mellom de katolske og ortodokse kirker der den ortodokse ble tilordnet under paven. Det var ikke alle fornøyd med. Det fulgte en rekke mislykkede kosakkopprør mot det polske styret. Konfliktene munnet i 1648 i et frigjøringskrig mot polske undertrykkelse og førte til at kosakkene i 1654 så deg nødt til å be sine ortodokse trosfrender i Russland om bistand. Resultatet ble en russisk militærintervensjon som i 1667 med freden i Andrusjov førte til Ukrainas deling og i forlengelsen i 1775 helt gjorde slutt på kosakkenes autonomi.