Moral er et hovedtema i stykket, og stykket er et eksempel på et skuespill hvor det sentrale er dynamikken i de tre hovedpersonenes vesen. Filoktetes selv er preget av et hat til den greske hæren, og til Odyssevs spesielt, siden har var den som besluttet å etterlate den skadde krigeren på en ubebodd øy. Odyssevs er den erfarne krigeren med hærens og fellesskapets mål som sitt mål. Han kan gjerne lyve hvis det tjener nasjonens mål. Neptolemus er den unge, ærlige soldaten som slites mellom Odyssevs’ taktikk og de menneskelige hensyn til den plagede Filoktetes. Neptolemus opptrer først som lojal soldat overfor Odyssevs, og han klarer ved hjelp av Odyssevs lumske plan å få tak i Filoktetes’ våpen. Men tvilen kommer, han ser det umenneskelige i Filoktetes’ fortvilte situasjon. Neptolemus vakler, han forteller Filoktetes sannheten om hvorfor han er kommet, men fortsatt beholder han våpnene. Filoktetes nekter fortsatt standhaftig å bli med til Troja, og Neptolemus står nå fram som den rettskafne helt ved å gi våpnene tilbake til Filoktetes og dessuten å stå ved sitt ord om å ta ham med til Hellas. Først nå, når dramaet tilsynelatende går mot slutten, griper gudene inn. Herakles, som ble opptatt blant gudene etter sin død, viser seg og lover Filoktetes både helbredelse og stor ære om han blir med til Troja. Når gudene befaler, så har den rettskafne intet valg.