I 1997 hadde MJK omtrent 40 marinejegere, som kunne utvides til cirka 160 ved en eventuell mobilisering. Tilsvarende tall fra Hærens Jegerkommando (senere Forsvarets Spesialkommando (FSK)) var på samme tid henholdsvis 90 og 210. Gjennom den kalde krigen var det kun noen meget få froskemenn/marinejegere som gjennomførte Sjøkrigsskolen. I MJK var fokus for videre utvikling ytterligere profesjonalisering og bedre tilgjengelighet på oppdatert materiell. Dette krevde at flere av marinejegerne tok høyere utdanning i Forsvaret (Sjøkrigsskolen) og at kommandoen ble mer selvstendig. Etter kommandoens deltakelse i sin første skarpe, internasjonale operasjon på Balkan iverksatte Forsvarets Overkommando et etterlengtet materiellprosjekt i 1999. Fra 1999 kunne marinejegerne tegne sjuårskontrakter etter fullført marinejegerkurs, som sikret faglig kontinuitet i avdelingen.