Hun var datter av amtmann over Nyborg og Tranekær, senere gehejmeråd, Christian Rosenkrantz til Skovsbo (1672–1736) og Frederikke Louise f. Krag (1696–1766). Nicoline Rosenkrantz ble innskrevet i det adelige jomfrukloster Vallø Kloster (Vallø Stift) ved dets innvielse 14. mai 1738.