I 1980, mens hans far var president, ble Bongbong utnevnt til viseguvernør i provinsen Ilocos Norte. Han ble guvernør i 1983 og hadde denne stillingen helt til Marcos-familien ble styrtet under oppstanden etter presidentvalget i 1986. I februar 1986 måtte familien flykte til Hawaii. Etter at faren døde i 1989 fikk familien komme tilbake til Filippinene for å imøtegå anklagene som ble rettet mot dem. Marcos og hans mor Imelda har en arrestordre hengende over seg i USA fordi de nekter å godta en dom om å betale 353 millioner USD for brudd på menneskerettighetene under Ferdinand Marcos’ styre.