Historien begynner i 1851. Edgardo Mortara er det sjette barnet i en jødisk familie fra Bologna, en by på den tiden hørte til under Kirkestaten. Men den kristne hushjelpen Anna Morisi tror at Edgardo er syk og døende, og administrerer en kristen dåp i det skjulte - i frykt for at hvis gutten dør kommer han til å havne i limbo, med mindre han blir døpt først. Barnet overlever, men syv år senere forteller Anna hva hun hadde gjort til Pier Feletti, lederen for det bolognesiske avdelingen under Den hellige Inkvisisjonen. Dåpen gjør barnet automatisk katolsk, men pavestatene forbyr en kristen fra å vokse opp hos ikke-kristne foreldre. Feletti bestemmer seg derfor å ta barnet bort fra den biologiske familien hans. Den 24. juni blir Edgardo sendt vekk mot sin vilje og brakt til Roma, hvor han skulle bo i Casa dei Catecumeni - en internatskole for barn.