Det meste av tidligere Finnøy kommune har et rikt jordsmonn med berggrunn med mye fyllitt, som gjør at øyene har en frodig vegetasjon. I bratte områder står det ofte edelløvskog dominert av ask. En del holmer og skjær er dekket av kystlynghei. Siden de ligger på kysten er klimaet typisk kystklima, med milde, men våte vintre og forholdsvis kjølige somre. Det meste av kommunen, bortsett fra områder på Ombo, blir brukt til jordbruksformål, og lite menneskepåvirkede områder er sjeldne. Likevel har Finnøy et forholdsvis rikt fugleliv, og mange holmer og skjær er vernet som fuglereservater. Et par våtmarksområder med næringsrike vann er også vernet. Av pattedyr finnes rådyr på de fleste av øyene og mange steder også hjort. Elg finnes bare på Ombo. Steinkobbe og nise sees ofte i sjøen rundt øyene, og mink er vanlig langs strandkanten. Oteren var tidligere nokså vanlig men er nå trolig utryddet, mår og rødrev finnes på flere av øyene. Ellers har noen av øyene ganske store bestander av piggsvin og flere arter av flaggermus. På Finnøy finnes det nå store mengder damfrosker etter en innførsel fra Polen for noen år tilbake. Insektlivet er forholdsvis rikt.