Zahrtmanns skole var av stor betydning for gruppen som ble kjent under navnet Fynboerne på grunn av sin tilknytning til Fyn. Blant Zahrtmanns studenter var blant annet Peter Hansen, Fritz Syberg, Poul S. Christiansen, Johannes Larsen, Oluf Hartmann, Karl Isakson, Edvard Weie, Harald Giersing og Olaf Rude.