Motstanden ble ledet an av Onn Jaffar, førsteminister i Johor. I mars 1946 møtte 41 organisasjoner i til en all-malayisk kongress i Kuala Lumpur. I mai ble paraplyorganisasjonen United Malays National Organization (UMNO) stiftet med Onn som leder. UMNO var den første, brede politiske organisasjon for hele Malaya. Partiet krevde at traktatene statene hadde inngått ble opphevet og unionen omgjort. UMNO iverksatte boikott av den britiske koloniforvaltningen. Britene fryktet at motstanden fra malayene skulle utvikle seg i anti-britisk retning og valgte å gå i hemmelige forhandlinger med unionsmotstanderne i UMNO.