Anker hadde et bredt yrkesmessig virke. I tillegg til sin embetskarriere ble han ansatt som ulønnet direktør for Det kongelige Møbelmagasin i 1781 da han overtok etter statsbyggmester og arkitekt Georg Erdmann Rosenberg. Anker innehadde stillingen i 30 av de 38 årene møbelmagasinet eksisterte. Han ansatte blant annet arkitekt J.C. Lillie som tegnemester. På slutten av 1780-tallet fikk møbelmagasinet lokaler i Ankerfamiliens bolig Holsteins palé på Kongens Nytorv i København.