I 1946 ble McNamara ansatt i Ford Motor Company, og på anbefaling fra en oberst arbeidet han under Charles «Tex» Thornton. Thornton hadde lest en artikkel i som rapporterte at selskapet var overmodent for reform. Han var en av ti tidligere WW II offiserer kjent som Whiz Kids, som hjalp selskapet til å gå med overskudd ved å effektivisere selskapets administrasjon ved å implementere moderne planlegging, organisering og kontrollsystemer. Etter å ha startet som leder for planlegging og finansiell analyse, avanserte han raskt gjennom en serie av topplederstillinger.