Hans foreldre var sefardiske jøder. Hans far var født i den marokkanske byen Tetuan og hans mor i Algerie. Benacerraf flyttet til Paris fra Venezuela med sin familie i 1925. Etter at familien reiste tilbake til Venezuela igjen, emigrerte han til USA i 1940. Han ble tildelt sin bachelorgrad ved Columbia University School of General Studies. Han fortsatte med å studere og oppnå snart graden Doctor of Medicine fra Medical College of Virginia. Dette var den eneste av de mange skolene han hadde søkt på, som han var blitt akseptert til.