Pękalski signerte for Malmö FF 27. juli 2009, en kontrakt med varighet til 2013. Han debuterte for klubben hjemme mot Örebro SK den 23. mars 2010, etter å ha blitt byttet inn etter drøyt halvspilt andreomgang. I løpet av 2010-sesongen spilte Pękalski seg inn på førstelaget, hvor han som regel spilte sammen med Wílton Figueiredo.