Egyptologen Bob Brier har foreslått at Ai myrdet Tutankhamon for selv kunne overta den egyptiske tronen, en påstand basert på røntgenundersøkelser av mumien i 1968. Han hevdet også at Ankhesenamon, gift med sin halvbror Tutankhamon, og den hettittiske prinsen hun var i ferd med å gifte seg med, også ble myrdet på hans ordre. Denne drapsteorien er ikke allment akseptert av alle forskere, og mer detaljerte computertomografi av mumien som ble gjort av (publisert i slutten av 2005) antyder at Tutankhamon ikke døde fra et slag mot hodet som Brier hadde foreslått. Forskerne i kildesporing (engelsk: ) til presenterte isteden en ny teori om at Tutankhamon døde fra en infeksjon fra en brukket fot ettersom han jevnlig ble framstilt gående med en stokk grunnet ryggmargsbrokk (medfødt utviklingsforstyrrelse), et arvelig trekk i hans familie på farssiden. De beinfragmenter som ble funnet i Tutankhamons hode var skader mest sannsynlig påført post mortem ved Howard Carters innledende undersøkelser av barnefaraoen «ettersom de viste ingen bevis på å ha blitt oversvømmet av balsameringsvæske benyttet for å bevare farao for etterlivet.» Imidlertid hadde Brier uttalt at beinfragmentene i skallen ikke var relevant for om Tutankhamon ble myrdet eller ikke, og mente at skaden kunne ha vært påført av de som mumifiserte ham. De bevis som Brier henviste til er en mørk flekk på nede på baksiden av skallen, noe som kan indikere et slag mot hodet.