Hans første opptreden i 3D var i . Her tok han over slottet til Peach og stjal de 120 "Kraftstjernene". Med dem fanget han Peach og hennes Toad-tjenere, samt skapte store verdener i slottets malerier hvor han skjulte stjernene. Samme dag dette skjedde var Mario blitt invitert på kake av prinsessen, og han kastet ikke bort tiden. Mario befridde stjernene og Toadene, og sloss mot Bowser flere ganger i hans søken gjennom slottet. Denne gangen var han ikke like lett å få has på. I overgangen til 3D var Bowser blitt mye større enn Mario, og han måtte slenges inn i bomber for å slås.