En annen ting Pasteur studerte var virkningen av oksygen på gjærceller. Han demonstrerte også noe en hadde hatt mistanke om, at det fantes bakterier som kunne leve uten oksygen. Han kalte disse , «uten luft», og kalte de som trengte luft . Han oppdaget også Pasteureffekten, der gjæring blir forhindret av oksygentilførsel fordi gjær vokser på ulike måter med og uten luft.