De største innsjøene er Limingen og Tunnsjøen. Innsjøen Tissvassklumptjønnin ble kåret til Norges morsomte stedsnavn av i 2004. I 2004 ble nasjonalparkene Lierne nasjonalpark og Blåfjella-Skjækerfjella nasjonalpark opprettet. I alt finnes det svært mange innsjøer og vassdrag i kommunen, som sammen med nasjonalparkene er attraktive for jegere og fiskere. Innsjøene gjør også at Norges geologiske undersøkelse kunne rapportere at over 50 % av innbyggerne i kommunen hadde drikkevann av tilfredsstillende kvalitet i både 1990 og 1996.