Magnus ble til sist tvunget til å flykte til Polen, hvor han i 1578 ga avkall på de få besittelser han hadde igjen. Deretter levde han som den polske kongens lensmann i Pilten i Kurland – hvor hans datter Eudoxia ble døpt i 1561 – til sin død den 18. mars 1583, kun 43 år gammel. Enken Marie dro deretter tilbake til Russland hvor hun gikk i kloster sammen med datteren. Magnus lik ble begravet i slottskirken i Pilten. 79 år senere ble det returnert til Danmark, og gjenbegravet i Roskilde domkirke.