Erdelatz ville tilbake til California og takket derfor ja til en stilling som defensive coordinator for San Francisco 49ers i All-America Football Conference i 1948. To år senere var han tilbake med Navy for å ta over som hovedtrener for et lag som kun hadde vunnet fire kamper de siste fem sesongene. Stressnivået hadde en effekt på Erdeletz, som gikk ned i vekt i løpet av det første år.