Jefferson stilte til valg mot sittende president John Adams med sin tidligere motstander Aaron Burr som visepresidentkandidat og vant overbevisende i valget som også har fått tilnavnet Revolusjonen av 1800. Thomas Jefferson vant ni delstater mot Adams syv delstater, til tross for at han fikk 41 583 stemmer mot Adams 8,623 stemmer. Hermed var Føderalistenes tid for det meste forbi, mens det Demokratiske-Republikanske partiet til Burr og Jefferson skulle komme til dominere De forente stater i en generasjon fremover.