Mustjõgi – 84 km lang sideelv til Gauja nær grensen til Litauen. Mustjõgi (Jägala) – 33 km lang sideelv til Jägalajõgi i nordlige Estland. Mustjõgi (Põltsamaa) – 10 km lang elv som renner ut i innsjøen Endlajärve. Mustjõgi (Tallinn) – 1,8 km lang elv som renner ut i Tallinn.