Etter artium på Nordstrand høyere skole og Befalsskolen for kavaleriet utdannet han seg til sivilingeniør i skipsmaskinteknikk ved NTH. Etter et par år ved Nakskov Skibsværft i Danmark begynte han som konstruktør ved Framnæs Mekaniske Værksted i Sandefjord, hvor han ble teknisk direktør i 1973. I 1986 ble verftet omorganisert til et konsern, og Brunæs ble administrerende direktør i morselskapet Framnæs Industriutvikling. Omstillingen ble svært krevende for verftet. Fra 1988 til 1989 var Brunæs administrerende direktør i ingeniørbedriften Keftech ved gamle Kaldnes Mekaniske Verksted i Tønsberg.