Han møtte Thor Heyerdahl i New York hvor han ble spurt om å delta i konstruksjonen av Kon-Tiki-flåten og bli med i ekspedisjonen. Ombord på flåten var han nestkommanderende og fikk ansvar for de meteorologiske og hydrografiske målingene. Watzinger spilte en viktig rolle i planleggingen og gjennomføringen av Kon-Tiki-ferden. Han var med på å planlegge og konstruere flåten, og var Thor Heyerdahls nestkommanderende på seilasen over Stillehavet i 1947. Noen år før bodde han i Kristiansund, jobbet på Heide og løp for Norodd.