Viruset kan ha sirkulert og utviklet seg i en befolkning som var lite påaktet - kanskje også isolert boende - og med lite sekvensering av smittefunn. Viruset kan ha utviklet seg over lang tid i en enkeltperson, som en pasient med kronisk covid-19, og eventuelt med andre sykdommer. Viruset kan ha utviklet seg i ikke-menneskelige arter, og så til slutt atter funnet veien tilbake til mennesker. Denne siste hypotesen fant noe støtte ved en forskningsrapport (pre-print-publisert) av 24. desember 2021 som ut fra analyser pekte på mus.