Etter å ha tatt doktorgraden underviste Fetter ved Cornell University, men forlot universitetet raskt, da han ble tilbudt en stilling som professor ved Indiana University. I 1898 forlot han Indiana til fordel for Stanford University, men forlot også det universitetet kun tre år senere, på grunn av en konflikt vedrørende akademisk frihet. Etter å ha forlatt Stanford i 1901, dro Fetter tilbake til Cornell, hvor han ble i ti år.