Etter en periode med forsøk på å reformere organisasjonen brøt en fraksjon misfornøyde, venstreorienterte tillitsvalgte med NGS på landsstyremøtet i august 1993, og formet Norsk Elevorganisasjon. NEO skulle være partipolitisk uavhengig, og ha større fokus på elevenes skolehverdag. Tidligere forsøk på å starte nye organisasjoner hadde ikke lykkes, men NEO fikk en god start. Da YLI gikk konkurs i 1994 anbefalte de sine medlemmer å støtte seg til NEO. Samtidig tapte NGS medlemmer. Begge organisasjonene slet med svak økonomi, samtidig som den politiske polariseringen i NGS gradvis forsvant.