Han vokste opp i en musikalsk familie med en mor som var musikklærer og en far som var mulitiinstrumentalist og komponist. Faren Ilkka Kuusisto har blant annet komponert 17 operaverk, og ledet den finske nasjonaloperaen på 1980- og 1990-tallet. Pekka Kuusistos eldre bror Jaakko Kuusisto er fiolinst, dirigent og komponist.