Han avviste tilbud om ansettelse ved universiteterne i Reval 1827, Göttingen 1835, St. Petersburg 1839, Wien 1841, London 1845 og Heidelberg 1851, men kunne hver gang forbedre sin finansielle og ansettelsesmessige situasjon ved nye lønnsforhandlinger. Men da universitetet i München forhørte seg hos Liebig gjennom professor Max von Pettenkofer vedrørende en ansettelse, og da kong Maximilian 1. av Bayern inviterte ham personlig og tilbød seg å bygge et nytt kjemisk institutt med tilhørende embetsbolig, og da kongen ytterligere lovet ham stor frihet til undervisning og forskning, kunne han ikke stå imot: Han aksepterte ansettelsen og underviste i München fra 1852. Her ble han utnevnt til æresmedlem eller korresponderende medlem av mange vitenskapelige foreninger i inn- og utland, og han mottok tallrike æresbevisninger og ordener fra regjerende herskere i hele verden. Den 15. desember 1859 ble han utnevnt til president for det bayerske vitenskapsakademi. Dette embetet beholdt han til sin død. I 1870 ble han gjort til æresborger i byen München.