Sesongen 2011/12 startet som den forrige: Bjørgen vant det første verdenscuprennet i 10 km fri foran Charlotte Kalla, men denne gang på Sjusjøen. Dette var hennes 47. seier, hun passerte Bjørn Dæhlie og troner alene på toppen av listen over antall seire i enkeltrenn. En uke senere vant hun både klassisk sprint, 5 km fri og sammenlagt i «mini-touren» i Kuusamo. Bjørgen vant også sesongens tredje distanserenn, 15 km fri i Davos. Bjørgen ble syk og reiste hjem i stedet for å delta i Rogla siste helg før jul.