Marx og Engels kritiserte programmet punkt for punkt. Marx skrev i et brev at kongressen, om den ikke kunne gå lengre enn Eisenachprogrammet, burde ha «nøyet seg med å slutte en avtale om aksjon mot den felles fiende». Kritikken ble på grunn av den tyske «sosialistloven», som forbød partiet, ikke publisert før 1890–1891, da Marx var død. Kritikken mot Gothaprogrammet slutter med den latinske frasen – «jeg har talt og reddet min sjel».