For å håndtere det kompliserte og kostbare prosjektet ble en ny organisasjon dannet i 1979, der den eldre Mary Rose-komiteen ble erstattet av fondet (Mary Rose-stiftelsen). Samme år ble den tolv meter lange katamaranen «Roger Greenville» som hadde vært benyttet siden 1971, erstattet med et nytt dykkerskip, bergningsskipet «Sleipner», som hadde vært dykkerskip i Sverige for bergingen av regalskipet «Vasa». Størrelsen på arbeidstaben som først var på tolv frivillige som arbeidet fire måneder om året, ble øket til over 50 personer som arbeidet nesten døgnet rundt i ni måneder av året. Dertil deltok over 500 frivillige som dykkere mens en landbasert laboratoriestab på omtrent 70 personer arbeidet med konservering. I fire dykkersoner fra 1979 til 1982 var det over 22 000 dykkertimer ved vrakstedet, tilsammen 11,8 år.