Det første atlanterhavssystemet var handelen med afrikanere i slaveri til hovedsakelig søramerikanske kolonier underlagt Portugal og Spania. Det utgjorde kun noe mer enn 3 prosent av hele den atlantiske slavehandelen. Den begynte i betydelig skala omtrent fra år 1502 og varte fram til 1580 da Portugal var midlertidig forent med Spania. Mens portugisisk handlet slaver selv benyttet det spanske riket på et system kalt , en juridisk avtale mellom en person og den spanske krone om enerett på handel av et bestemt produkt, og vanligvis hadde betydningen , en overenskomst hvor en annen part fikk rettigheten til å ha monopol på å innføre afrikanske slaver til Spanias amerikanske kolonier. I løpet av den første atlanterhavssystemet var det portugisere som fikk nær monopol på å frakte slaver til Spanias amerikanske kolonier, skjønt en del nederlandske, engelske, spanske og franske handelsskip deltok også i slavehandelen. Etter unionen ble Portugal svekket og landets kolonirike ble angrepet av nederlendere og briter.