Grunnloven av 1992 krevde at det ble opprettet et uavhengig rettsråd (engelsk: General Council of Courts) som står for utnevnelsen av dommere (som deretter formelt blir valgt av parlamentet og presidenten), og som skal sikre deres rettigheter. Rådet består av blant annet høyesteretts formann, forfatningsdomstolens formann, justisministeren og påtalemyndighetenes leder. Landets rettsvesen består av høyesterett, aimag-retter (provinsretter), sum-retter (distriktsretter), retter i bydistrikter og spesialdomstoler. Høyesterett er Mongolias høyeste rettsinnstans, som på forespørsel kan vurdere alle beslutninger tatt av laverestående domstoler (unntatt spesialiserte rettsavgjørelser) og komme med offisielle tolkninger av alle lover, med unntak av grunnloven; grunnloven kan bare tolkes av en egen forfatningsdomstol.