Selve byen Prizren led ikke så mye under Kosovo-krigen, men dens omkringliggende kommuner ble sterkt berørt i perioden fra 1998 til 1999. Før krigen anslo Organisasjonen for sikkerhet og samarbeid i Europa (OSSE) at befolkningen i kommunen besto av omtrent 78 % kosovoalbanere, 5 % serbere og 17 % tilhørende andre nasjonale grupper. Under krigen ble de fleste av de albanske innbyggerne enten tvunget eller truet til å forlate byen. Tusus-nabolaget ble hardest rammet, der mellom 25 og 33 personer ble drept, og over hundre hus ble brent ned.