Bygging av MOSE ved innløpene krever kompleks logistisk organisering. Portene ligger i et svært ømfintlig miljøområde, så man prøver å unngå inngrep i området rundt så langt det er mulig. Materialer og maskiner transporteres til sjøs for å unngå overbelastning av veisystemet langs kysten. Arbeid blitt utført uten å forstyrre båttrafikken gjennom innløpene til lagunen noe vesentlig.