Patriark Mikael lå snart etter også i strid med keiser Isak I Komnenos, som hadde beslaglagt en del kirkelig eiendom. Han ble beskyldt for å bruke gamasjer i purpur, noe som det bare tilkom keiseren å gjøre. Kanskje hadde han også forsøkt å hjelpe sin slektning Konstantinos Dukas til keiserverdigheten.