Mnajdra ble vandalisert den 13. april 2001, da minst tre mennesker utstyrt med brekkjern veltet eller ødela rundt 60 megalitter, og risset graffiti på dem. Angrepet ble kalt for «den verste handling av vandalisme som noengang har blitt begått på øya Malta» av UNESCO. Ødeleggelsene på templene ble i begynnelsen betraktet som uopprettelig, men de ble restaurert ved hjelp av nye teknikker som gjorde det vanskelig å si hvor ødeleggelsene hadde skjedd. Templene ble gjenåpnet for publikum i 2002.