Otomíenes historie går tilbake til tida da byen Teotihuacán blomstret, som de betalte skatt til. I perioder hadde så otomíene sine egne statsdannelser, før i rundt 1399 ble beseiret av -folket, som vi kjenner som aztekerne. Otomíene inngikk i det aztekiske riket, og ble ofte brukt som krigere for både dem og deres fiender, tlaxcalterkerne. Fra 1500-tallet av ble de undertvunget av spanjolene, og flere befestede klostre ble bygget av tiggermunkordner for å sikre kontrollen over deres kjerneområder.