Spider-Man følger sporene, som går ned i kloakkrørene, og finner der Connors' holdested, hvor han har bygget et laboratorium. Han blir der angrepet av the Lizard, men klarer å flykte. Under angrepet finner the Lizard ut at Spider-Mans sanne identitet er Peter, og angriper dermed Midtown High school, skolen til Peter. Der utkjemper de en ny duell, som blir avbrutt av at politimester Stacy og hans menn, som jager Spider-Man. The Lizard forvandler seg tilbake til Connors, som stjeler the Ganali Device, og setter kurs for Oscorp-bygningen, hvor han planlegger å utløse det biologiske angrepet.