Hans tegneserier strekker seg fra sjøromaner, fiksjon fra middelalderen og til framtidsfabel (science fiction). Innholdet karakteriseres ofte av vold og seksualitet hvor den episke fortellingen dreier seg om sterke kvinnelige karakterskikkelser som henholdsvis Isa, Mariotte og Cyann. Bourgeon er kjent for sin ekstremt grundige bakgrunnsforskning; eksempelvis hans seilskip fra 1600-tallet eller hans detaljerte klesdrakter fra 1300-tallet, og har et rykte for omhyggelig historisk nøyaktighet.