Målet med boka var ikke bare å dokumentere forekomsten av variasjon, men også å vise at variasjon er en prosess (heller enn en «feil») og å forklare årsakene og mekanismene til variasjon. Videre var det viktig for Darwin å vise parallellene mellom domestisering eller avl (dvs. seleksjon) og seleksjon, fordi effekten av kunstig seleksjon illustrerer virkningen av evolusjon. Når det gjaldt arv, la Darwin frem sine hypoteser om arvemekanismer («pangenese»-teorien). Siden de sistnevnte har vist seg å være feil, har boka i etterkant ofte blitt oversett. Den inneholder likevel mange viktige innsikter og god empirisk forskning, spesielt Darwins resultater fra flere tiårs dueavl. Darwin dokumenterte også at seleksjon på en bestemt egenskap kan føre til utilsikta endringer i andre egenskaper, et fenomen som i dag er kjent som pleiotropi.