Influensavaksine er generelt sikker. Hos barn oppstår det feber blant 5-10 %, og det kan oppstå muskelsmerter eller tretthet. I bestemte år har vaksinen forårsaket Guillain Barre-syndrom hos eldre i hyppigheten én til en million. Den bør ikke gis til personer med multiallergi overfor egg eller tidligere versjoner av vaksinen.