Klimaet er temperert, men det er forskjeller mellom den østlige eller sørlige side av stillehavskysten og den vestlige eller nordlige side, kysten langs Japanhavet. Dette kommer blant annet av de mange fjell som strekker seg gjennom Honshū fra den ene ende til den andre, og den varme Kuroshiostrømmen (Japanstrømmen) som fører med seg milde vintre til den østlige og sørlige delen av Honshu.