Ved slutten av krigen satt Oberhauser i en britisk krigsfangeleir i Østerrike og rømte fra leiren til den sovjetiske okkupasjonssonen. I den sovjetiske sonen ble han arrestert og i 1948 stilt for retten i Magdeburg. Oberhauser ble i Magdeburg dømt til 15 års fengsel for medvirkning i T4 og for medlemskap i SS. I forbindelse med et omfattende amnesti ble han i 1956 sluppet fri og returnerte til München der han fikk arbeid som kelner i en ølhall.