Epstein døde som følge av en narkotikaoverdose den 27. august 1967, uken etter at The Beatles var i Wales for å møte den indiske guruen Maharishi Mahesh Yogi. Ved det offentlige likskuet ble dødsfallet offisielt erklært å ha vært et ulykkestilfelle, som resultat av en akkumulert overdose av det sentraldempende medikamentet barbiturat, muligvis i kombinasjon med alkohol.