Lagos var opprinnelig en jorubaby med Aworifolk og ble kalt Oko. Navnet Lagos fikk byen av de første portugisiske nybyggerne. Mellom 1404 og 1889 var Lagos et viktig knutepunkt for slavehandelen som opphørte etter Storbritannias annektering av byen i 1861. Etter selvstendigheten fra Storbritannia i 1960 ble Lagos hovedstad i Nigeria. Byen vokste kraftig i løpet av 1960- og 1970-tallet.