Aubert påberopte seg å være «politisk nøytral», men tilhørte likevel Venstre-kretsen med menn som Ernst Sars og Bjørnstjerne Bjørnson. Han var sønn av professor L.C.M. Aubert. Han var gift med Martha Johanne Védastine, født Moe, og derved svigersønn av Jørgen Moe og svoger til Molkte Moe.