EM i fotball 2004 var hans siste store internasjonale turnering siden han nådde pensjonsalderen for FIFA-dommere på 45 år tidlig i 2005. Det italienske fotballforbundet økte pensjonsalderen til 46 år for å kunne bruke Collina enda en sesong. Men dette endte i en stor konflikt mellom Collina og forbundet tidlig i august 2005, som følge av Collinas avgjørelse om å signere en sponsoravtale med Opel. Opel var en av sponsorene til Serie A-klubben AC Milan og dette ble sett på som en interessekonflikt, og Collina ble nektet til å dømme store kamper i Italia. Som svar på dette, leverte Collina inn sin oppsigelse, slik at han kunne avslutte sin karriere. Dommerforbundet i Italia prøvde å avvise hans oppsigelse, men han fastholdt sin beslutning. Han dømte imidlertid Soccer Aid-kampen for veldedighet i mai 2006.