Pieter Brueghel den yngre var den eldste sønn til den berømte nederlandske maler Pieter Brueghel den eldre fra det 16. århundre, kjent som «Bonde-Brueghel», og Mayken Coecke van Aelst. Hans far døde i 1569, da Pieter den yngre bare var fem år gammel; moren døde i 1578. Sammen med broren Jan Brueghel den eldre, kjent som «Fløyels-Brueghel», og søsteren Marie vokste han opp hos sin bestemor Maria de Bessemers. Bestemoren lærte Peter å male med vannfarger.