Omrisset representerer fortet São Jose de Macapá, anlagt av portugiserne på 1600-tallet til vern mot franskmennene. Delstatshovedstaden Macapá vokste fram der fortet ble anlagt. Fargene grønt, gult, blått og hvitt er fargene i Brasils nasjonalflagg. I tillegg benyttes svart. Den blå fargen symboliserer rettferdighet og himmelen over delstaten. Grønt markerer at delstaten for det meste er dekket av skog, men symboliserer også håp, framtid, kjærlighet frihet og overflod. Gult står for enhet og rikdommene i grunnen. Hvitt symboliserer renhet og fred, men representerer også delstatens vilje til å leve i trygghet og håp om at alle innbyggere skal leve i fellesskap, samt at det ikke skal forekomme splid mellom myndigheter og befolkning. Svart står for de som har falt, enten i krig eller i fred, og som har arbeidet for delstatens beste og for dens utvikling.