Adams var president fra 4. mars 1825 til 4. mars 1829. I løpet av denne tiden arbeidet han med å utvikle det amerikanske systemet, som bestod av et føderalt system av veier, kanaler, broer, fyrtårn og universiteter. Han og Clay satte sammen et nytt parti, Det nasjonalrepublikanske partiet, men det slo aldri til i Statene. Han ble beseiret av Jackson i presidentvalget 1828.