Anerio skrev blant annet messer, madrigaler, åndelige dialoger og litanier. Mange av madrigalene hans er monodier inspirert av den florentinske musikkreform. Om madrigalene er fremadskuende, er messene og motettene hans mer konservative og Palestrina-inspirerte, selv om han i motettene tar i bruk den nye generalbassteknikken. En kan finne noe påvirkning fra Lodovico da Viadana i disse stykkene.