I ytre del av fjorden (Gulen og Solund) er det en del fiskeoppdrett. Flere av vassdragene er kjent for godt fiske av laks og sjøørret, og fem av elvene er utpekt som nasjonale lakseelver. Lærdalselva har lakseførende strekning og har hatt klart største bestand. Aurlandselva har historisk hatt god fangst av sjøørret. Sognefjorden er blant de viktigste i Norge for anadrome fiskeslag. I fjorden fiskes det særlig norsk vårgytende sild, særlig i de ytre delene, samt en del kystbrisling.