I 1753 reiste han til Göttingen for å studere orientalske språk og filosofi ved universitet der. I 1756 tok han doktorgraden med en avhandling der han tar kraftig avstand fra wolffianismen. Immanuel Kant var sannsynligvis påvirket av denne avhandlingen. Forsskål dro så tilbake til Uppsala der han i 1759 utgav en pamflett, . Denne kontroversielle pamfletten ble umiddelbart forbudt.