Som nåværende trafikknutepunkt har byen direkte forbindelser til Østerrike, Ungarn, Tsjekkia og resten av Slovakia. Motorveisystemet har direkte forbindelse med Brno i Tsjekkia, Trnava og andre steder i Slovakia, samt Budapest i Ungarn. A6-motorveien mellom Bratislava og Wien ble åpnet i november 2007. Bratislava Havn gir adgang til Svartehavet via Donau og til Nordsjøen gjennom Main-Donau-kanalen. M. R. Štefánik lufthavn ligger 9 km nordøst for byens sentrum. Lufthavnen betjente i 2007 2 024 000 passasjerer.