På den tiden britene blokkerte franske havner kunne Imlay profittere på å omgå blokaden. Det er på denne tiden han møtte den intellektuelle Mary Wollstonecraft som han sjarmerte. For å beskytte henne fra faren ved å være engelsk i Frankrike da det var krig mellom de to nasjonene, lot han Mary bli registrert ved amerikanske ambassaden som hans hustru, til tross for at de aldri var eller ble gift. Etter at deres datter Fanny var født, fulgte Mary ham til Paris fra Le Havre. Da dro han umiddelbart til London og etterlot Mary og deres nyfødte datter i kaoset i Paris under den franske revolusjonen.