Han har blitt anklaget for å drive valgfusk under det armenske presidentvalget i 1996, som førte til protester med flere tusentall mennesker. Demonstrantene ble ledet av Vazgen Manukjan, som fikk nest flest stemmer, og var Ter-Petrosians tidligere kollega, som han hadde tidligere utpekt som statsminister og forsvarsminister. Protestene ble håndtert med militærmakt. På grunn av uenigheter med flere andre i den armenske regjeringen, spesielt forsvarsministeren Vazgen Sargsian og statsministeren Robert Kotsjarjan, gikk Ter-Petrosian av 3. februar 1998.