Sentralbankfunksjonen i Burundi har sammenheng med landets politiske historie. Burundi ble kolonisert på 1800-tallet, og var fra 1884 til 1918 en del av Tysk Østafrika. Under første verdenskrig erobret Storbritannia og Belgia det meste av Tysk Østafrika, og Burundi ble overgitt til Belgia da krigen endte i 1918. Fra 1916 til 1962 var Burundi en del av Ruanda-Urundi, før landet fikk sin uavhengighet fra Belgia 1. juli 1962. Etter dette tok det ca. to år før styresmaktene i Rwanda og Burundi var helt separert fra hverandre.