I og igjen i ble Montana utpekt til NFL Most Valuable Player (MVP) av Associated Press, og kåret Montana til «Sportsman of the Year» i 1990. Fire år tidligere, i , vant Montana NFL Comeback Player of the Year Award. Montana ble utvalgt til åtte Pro Bowl, og ble valgt til All-Pro førstelag av AP i 1987, '89 og '90. Han hadde høyest passer rating i National Football Conference (NFC) fem ganger (, , , og ); og hadde i både 1987 og 1989 høyest passer rating i NFL.