Samtidig var FBI-direktør J. Edgar Hoover en betydelig hindring. Hoover var bekymret for at kommunistiske krefter kunne ha innflytelse i borgerrettsbevegelsen, og hans personlige motstand mot Martin Luther King jr. førte til at FBI aktivt overvåket og etterforsket King og andre ledere i bevegelsen. Dette skapte mistillit mellom regjeringen og borgerrettsforkjemperne, til tross for Kennedys offisielle støtte til deres sak.