Strenge tiltak ble fattet mot «det engelske parti» i det skotske aristokrati, og biskopene bestemte seg for strenge prosedyrer også mot dem som fremmet protestantiske tanker. Dette gjorde kong Henrik VIII rasende, og han begynte å legge planer om å få myrdet kardinal Beaton. I løpet av de påfølgende to år, fikk kardinalen styrket den fransk-skotske allianse. I januar 1546 samlet han igjen geistligheten i Saint Andrews, og også denne gangen ble det stilt store pengemidler til rådighet for det nasjonale forsvar mot engelskmennene. To måneder etter sammenkalte han en provinsialsynode for å drøfte den kirkelige reform. Synodens dagsorden ble endret av prosessen mot George Wishart, som forkynte protestantisk lære. Wishard nektet å tilbakekalle sine læreutsagn for domstolen, bestående blant annet av to erkebiskoper og andre kirkeledere. Han ble dømt til døden, og dommen ble fullbyrdet den 28. mars 1546.