Hovedøyene i skjærgården er San Andrés og Providencia samt en del mindre øyer i umiddelbar nærhet. I tillegg finnes det åtte atoller som også hører til departementet. Disse er Banco Alicia, Bajo Nuevo, Serranilla, Quita Sueño, Serrana, Roncador, Cayos del Este Sudeste og Cayos de Albuquerque.