Også i Marseille ble han bare én sesong, før han vendte tilbake til moderklubben Nantes i 1988. En overgang han siden angret på, fordi Marseille kom til å dominere fransk fotball i årene som fulgte, samtidig som gjensynet med Nantes ikke ble hva han hadde sett for seg. Han signerte for Nantes med forventning om å spille under sin gamle trener Jean-Claude Suaudeau, men Suaudeau ble erstattet av Miroslav Blažević, som Ayache ikke hadde så høye tanker om.