Under Napoléon ble Frankrikes offentlige forvaltningssystem modernisert og sterkt sentralisert. Landet ble oppdelt i departementer (fylker). Det ble etablert en ny stilling kalt prefekt. Dette var en representant for statsmakten i hvert departement. Prefektene rådde over et generalråd; en forsamling ansvarlig for departementets budsjett, og dessuten et administrasjonsråd med 3 til 5 medlemmer. Prefektenes oppgave var å følge opp lovgivningen fra sentralmakten og å sørge for at statens lover og direktiver ble fulgt opp overalt i samfunnet. Prefektene rapporterte til Napoléon om stemningen i departementet og ute blant folk. Napoléon utnevnte selv prefektene, som ikke måtte være fra de områdene de skulle virke i. Dette for å hindre korrupsjon og forutinntatthet. I kommunene ble det innført et tilsvarende forvaltningssystem.