Da Operasjon Barbarossa ble innledet, fantes det ingen øverstkommanderende for de sovjetiske militære styrker. Denne posisjonen (Glavkom) ble avskaffet under militærreformen i 1920-årene, slik unngikk også Stalin en rival. Men Stavka ble etablert etter den tyske invasjonen i 1941 gjennom et dekret fra Stalin fra 23. juni 1941. Her ble den øverste kommandoen av de tre våpengrenene samlet i «hovedkommandoen for Sovjetunionens væpnede styrker», med ham selv som leder. Stavka besto da foruten Stalin selv av marskalk Semjon Timosjenko, marskalk Georgij Zjukov, utenriksminister Vjatsjeslav Molotov, marskalk Kliment Vorosjilov, marskalk Semjon Budjonnij og admiral Nikolaj Kusnetsov. Stavka ble organisert slik at disse medlemmene hadde ansvaret for spesielle frontavsnitt, i tillegg deltok også medlemmer av den politiske ledelsen.