Aguinaldo måtte flytte regjeringssetet fra sted til sted nordover, ettersom amerikanerne ble mer aggressive. Paterno ble tatt til fange av amerikanske styrker i Benguet 13. november 1899. På denne måten endte hans embetsperiode som Regjeringsrådets president. Aguinaldo untevnte imidlertid ingen etterfølger til Paterno, siden han var opptatt med å flykte fra republikken. Krigsfangen Paterno aksepterte amnestiet som ble innvilget av militærguvernøren, general Arthur MacArthur jr., og han sverget til slutt en troskapsed til USA.