Wahlen ble valgt inn til den sveitsiske føderale råd den 11. desember 1958 og han forlot dette embetet den 31. desember 1965. Han var tilknyttet det som i dag heter det sveitsiske folkepartiet. I hans periode i politikken holdt han flere forskjellige stillinger, blant annet i justis-og politidepartementet, finansdepartementet, samt at han var president for den sveitsiske konføderasjonen i 1961. I 1982 mottok han Albert Einstein-medaljen.