Motstanderne av traktaten trakk seg fra parlamentet, og opprettet en alternativ regjering under de Valera. De startet så en kampanje som førte til utbruddet av den irske borgerkrig. Sommeren 1922 la Collins i praksis ned arbeidet som formann for den provisoriske regjeringen, og viet seg til oppgaven som øverstkommanderende for den nasjonale hæren. Den 22. august 1922 ble han drept i et bakhold i Béal na mBláth i Cork.