Alteret – også oppført i forskjellige typer sten – har form som en kirkefasade med fem portaler og tre tårn. På det midterste tårnet, ruver et stort kors, som delvis skjuler glassmaleriet av oppstandelsen. Under portalene ses avbildninger av Kristus og de fire evangelister, også malt av Hansen. I sentrum på alterbordet står den syvarmede lysestaken, omgitt av to lysestaker fra Christianskirken. Fra denne kirke stammer også bildet til venstre for koret; Kristi nedleggelse i graven, som er en kopi av Michelangelo Merisi da Caravaggios original som i dag henger i den pavelige malerisamling i Roma. Maleriet ble brukt som alterbilde i Christianskirken. I alteret ligger også nedfelt alterstenen fra den tidligere kirken.