Kong João var en samvittighetsfull men noe enkel person, som lot seg lett påvirke av den folkelige klage mot jødene. Prosessen som ledet frem til den endelige godkjenning av en egen portugisisk kongelig inkvisisjon var lang, preget av bestikkelser alle vegne. Tribunalet var populært, og så godt som ødela den portugisiske jødedom. En annen effekt var at den nærmest delte nasjonen i to grupper; spioner og ofre. Utpressing og falske anklager bidro til å undergrave den nasjonale karakter. Den ble et nytt våpen i kongens hånd, som nå dessuten ikke hadde noen balanserende motmakt å forholde seg til etter at , fyrsteforsamlingen, hadde mistet sin makt allerede mot slutten av 1400-tallet.