Etter en opplæring begir spilleren seg på forskjellige oppdrag som Donkey Kong for å redde vennene sine fra kidnapperne og forhindre K. Rools planer. Samtidig som spilleren utforsker spill-verdenen og blant annet gjennomfører puslespill, samler spilleren to typer bananer: vanlige bananer, som har forskjellige farger for hver Donkey Kong-karakter, tildeler spilleren banan-medaljer og kan byttes for å få tilgang til andre områder av kartet. I tillegg til gyldne bananer, hvorav et visst antall bananer kreves for å låse opp hver nye verden i spillet. Hele spillet har veldig mange samleobjekter, men bare 281 objekter kreves for å gjennomføre hele spillet.