Elva fører med seg en svært stor sedimentlast, som føres ut på slettelandet og blir liggende som sandbanker i et ustabilt og skiftende elveløp som stadig endrer seg. Etter at elva kommer ut fra fjellene renner den ut over den tørre Turansletta, hvor Amu-Darja mister mye av sin vannføring, både gjennom naturlige prosesser som fordampning og infiltrasjon i bakken, og gjennom avledning av vann til irrigasjon.