Tønnesen utførte også utsmykning til kirker, blant annet et marmorkrusifiks til alteret i Årstad kirke (1889) og et sølvkrusifiks til alteret i Sandvikskirken (1890). Tønnesen utførte også en kopi av krusifikset til Årstad kirke i bronse med trekors, som en gave til Ålesund kirke. Et Kristushode i marmor, utført i Paris i 1893, er å finne i Bergen domkirke. Til en engelsk kirke utførte Tønnesen en lesepult, formet som en engel, i marmor.