I Konotop var Täubners tropp til å begynne med uten oppgaver fordi SS brigade nummer 1 ble omdirigert mot Moskva for å forsterke hæren ved slaget om Moskva. De begynte da å gjennomsøke byen og nærliggende landsbyer etter gjenværende jøder. Wehrmacht bisto ved å overlate jøder anklaget for å støtte kommunistene. I den senere rettssaken ble ikke antall drepte i og rundt Konotop redegjort for.