Kirken ble innviet i mai 1640 selv om det åpenbart manglet mye arbeid. Først i oktober 1641 var det synsforretning over tømrerarbeidet. Hastverket med å få bygningen oppført hadde sine følger. Da man endelig kunne flytte inn i den nåværende kirken i 1696, var den midlertidige så forfallen, at man ikke kunne bruke den til de formål som man opprinnelig hadde planlagt. Den ble brukt som billedhuggerverksted i noen år, inntil den i 1708 ble solgt til nedrivning. I 1709 ble fundamentet også revet og dermed var sporene av Christianhavns første kirke slettet.