Schavan meddelte under en pressekonferanse 9. februar 2013 som hun holdt sammen med forbundskansler Angela Merkel at hun hadde gått av som minister i den føderale tyske regjeringen. Schavan fastholdt under pressekonferansen at hun ikke aksepterte universitetets beslutning om å frata henne doktorgraden. Imidlertid hadde hun kommet til at det ikke var mulig å opprettholde embetet som forskningsminister samtidig som hun lå i konflikt med sitt tidligere universitet. Schavan gikk til søksmål for å oppheve universitetets avgjørelse, men tapte saken. Dommen ble ikke anket.