Han har tidligere vært kaptein for Steinkjer. Karl Morten Eek var også på prøvespilling i Rosenborg før han skrev under for Bodø/Glimt. Han spilte i en treningskamp for Bodø/Glimt mot Rosenborg i januar 2008 da han var på prøvespill for Bodø/Glimt. Den 19. november 2008 offentliggjorde klubben at Eek hadde signert en kontrakt som varer ut 2011-sesongen.