Reisen ble avbrutt ved at Schøning 23. august 1775 ble utnevnt av kongen til geheimarkivar, og således måtte forlate Norge. Han døde 18. juli 1780. Sin store norgeshistorie rakk han ikke å føre lenger enn til året 995. Det var her han introduserte «immigrasjonsteorien», som senere ble videreført av Rudolf Keyser og Peter Andreas Munch. Ifølge denne er nordmenn en egen germansk stamme som kom til Skandinavia østfra, via en nordligere rute enn svensker og dansker, som innvandret sørfra. Det ble av danske forskere i Keysers og Munchs samtid påpekt at immigrasjonsteorien er basert på ren myte.