Under en pågående konflikt som nå særlig dreide seg om liturgiske anliggender innen den syromalabarske katolske kirke, og etter en samtale med den apostoliske nuntius i India, søkte kardinal Alencherry om aldersbetinget fratreden fra sitt storerkebispedømmeembede, og det ble innvilget av pave Frans den 7. desember 2023; Han var da 78 år gammel.