Under okkupasjonen ble Larsen etterlyst av Gestapo da Tyskland invaderte Sovjetunionen. I 1942 var han medstifter av Frit Danmark og den 5. november 1942 ble han tatt og overført til den tyske avdelingen i Vestre Fængsel hvor han ble avhørt i 17 timer – forhørsprotokollen fyller 83 sider. Hva Larsen fortalte er uklart.