Høsten 2001 ble de 8 millionene med objekter som utgjorde museets faste utstilling ytterligere utvidet med et tillegg på hele 6 millioner objekter fra Wendorfsamlingen som besto av gjenstander fra egyptisk og sudansk forhistorie. Disse ble donert av professor Fred Wendorf fra Southern Methodist University i Texas og besto av hele samlingen av gjenstander og miljølevninger fra hans utgravninger fra tiden mellom 1963 og 1997. De er underlagt avdelingen for oldtidens Egypt og Sudan.