I 1639 var eieren av Dunnottar den syvende jarl Mariscal som samme år deltok på covenantene (fra = ), en religiøs opprørsbevegelse som sto i opposisjon til den etablert episkopale kirken og dermed også mot selveste kongen, den daværende kong Karl I av Skottland. James Graham, 1. marki av Montrose, en tidligere alliert av Mariscal, forsøkte å få Mariscal tilbake til den kongelige folden, men mislyktes. Graham vendte seg da imot sin tidligere venn, angrep festningen og la det øde med brennsette kornåkrene. På samme tid i historien hadde convenantene motsatt seg biskopene i Aberdeen og holdt et viktig møte i det nærliggende festningen Muchalls Castle. Hendelsene ved de to festningene Dunnotar og Muchalls viste seg bli et viktig vendepunkt i den engelske borgerkrigen, og for å presse monarkiet til komme covenantene i møte.