Gjennom historien har byen vært underlagt ulike kongeriker og khanater. Det var uenighet Den demokratiske republikken Aserbajdsjan og Den demokratiske republikken Georgia om Balakəns tilhørighet i årene 1918-1920, inntil begge landene ble okkupert av Den russiske sovjetiske føderative sosialistrepublikk og byen ble en del av Aserbajdsjansk SSR. Balakən fikk i 1965 bystatus etter godkjenning fra aserbajdsjanske myndigheter.