Marie Stopes var gift to ganger. Hennes første ektemann ble i samtidige avisartikler omtalt som «dr. Gates». Hun opplyste selv at i det første ekteskapet var hun svært ulykkelig, ikke minst fordi hun var totalt uten kunnskaper om seksualitet. Hun tok etter hvert ut skilsmisse, og giftet seg senere med H. V. Roe. Ekteparet Stopes/Roe fikk en sønn som døde under tragiske omstendigheter da han var ganske liten. Rundt 1924 fødte Stopes parets andre sønn.