Mojaveørkenen som er den høyest beliggende og tørreste av de to ørkenområdene er habitat for Joshua tree, som dominerer det åpne landskapet i ørkenen. På skyggefulle steder vokser også furu, einer og eik. Coloradoørkenen, som ligger lavere enn 910 m, har en annen vegetasjon: yucca, , kreosotbusk (), den kaktuslignende og kaktusen , som noen steder vokser så tett at det kan se ut som plantede hager. , som er den eneste viltvoksende palmearten i California, vokser her.