Mellom lanseringen av Windows 3.0 i 1990 og OS/2 1.3 i 1991, begynte samarbeidet mellom Microsoft og IBM å vakle. I begynnelsen fortsatte riktignok Microsoft å hevde at OS/2 var fremtidens operativsystem. Microsoft og IBM hadde imidlertid forskjellige visjoner om fremtiden til OS/2: IBM ønsket å videreutvikle OS/2 for x86-arkitekturen og sine egne datamaskiner. Microsoft ønsket et portabelt system som kunne kjøre på andre mikroprosessor-arkitekturer.