Murene på både kirke og kapell ble renset for tidligere overflatebehandlinger og kapellet kom til å fremstå i sine opprinnelige farver med rød blankmur og grå pilastre. Selve kirken med dens uensartede murer ble pusset rød med malte hvite furer. Ved den samtidige ombyggingen av Roskilde domkirke ble Christian IVs portal fra 1635 til overs og den ble satt på Holmens kirkes østgavl. Dermed overtok østinngangen rollen som den viktigste inngangen fra nordportalen. Vindfanget fra 1836 på sydgavlen ble fjernet og inngangen fikk en portal laget av deler av det gamle murgjerdet. I vestgavlen ble de tre store vinduene som lenge hadde vært delvis tilmuret lukket helt og erstattet av blendinger, som det sees i dag. Endringer i kirkens indre ved denne anledning behandles nedenfor under interiør.