I løpet av den første sesongen er det viktigste formålet å beseire Night Master, en mektig fiende. I løpet av den andre sesongen er det tre primære historie-linjer. For det første må Yin og Yang forhindre at noen andre skurker blir kronet som den nye Night Master. For det andre må de forsøke å finne fire onde karakterer, som Yang tror er mestrene til Woo Foo. Den tredje historien handler om Yin og Yang som må slåss mot den originale og gjenfødte Night Master: Eradicus.