Blant Naitōs viktigste bidrag var erkjennelsen og utforskningen av Tang-Song-overgangen som et viktig vannskille i kinesisk historie. Han fikk frem at de sosiale, politiske, demografiske og økonomiske endringer som fant sted mellom det midlere Tang-dynasti og det tidlige Song-dynasti representerte overgangen mellom de middelalderske og den tidlige moderne perioder innen kinesisk historie.