Henrik Ameln giftet seg i 1906 med Aagot Christensen (1881–1968), datter av kjøpmann Lars Christensen (1844–1903) og Karen Marie Gundersen (1852–1925). Sønnen Henrik Ameln d.y. (1910–1978) ble også dispasjør og høyesterettsadvokat. Sønnedatteren, psykolog Signe Bjelland Ameln (1947–), har vært gift med forfatter Edvard Hoem (1949–). De har sønnen Knut Ameln Hoem (1970–), litteraturkritiker i NRK.