Selskapet ble opprettet i 1932 av Mac McGee som startet en rute mellom Anchorage og Bristol Bay. Etter flere fusjoner og navneendringer fikk selskapet sitt nåværende navn i 1944. I 1981 ble datterselskapet Horizon Air opprettet for å fly til mindre destinasjoner i Washington, Oregon, Idaho og Montana.