Rughvete er en polyploid art med 56 kromosomer med genomene (kromosomsettene) fra både rug og hvete. Foreldrene er fra to ulike, men nærstående slekter i grasfamilien. De er oftest lite kryssbare av to grunner. For det første om vindspredd pollen fra rug lander på et hvete-arr, vil det sjelden befrukte på grunn av et gen for sterilitet. For det andre om det en sjelden gang blir avkom, er det sterilt på grunn av ubalanserte kromosomer. Den må derfor få kromosomtallet fordoblet for å bli fertilt.