Den har to kildeelver. Den østlige har sine kilder i Baohua Shan ( betyr «fjell») i fylket Jurong i provinsen Zhejiang, den sørlige i Donglu Shan i fylket Lishui. Begge møtes under Fang Shan i Nanjings bydistrikt Jiangning og derfra renner Qinhuai He over 110 km til den munner ut i Yangzijiang. Den korte delen som renner gjennom selve byen Nanjing kalles gjerne for - det finnes her også en annen arm som er den ytre elv. Bydistriktet Qinhuai i Nanjing er oppkalt etter elven.