Med drapet på sin leder i 1949, Hassan al-Banna, ble brorskapet tvunget til å gå under jorden. De hadde på denne tiden et vist samarbeid med «de frie offiserer» i Egypt - som bestod av Nasser og hans medarbeidere. Begge grupperinger hadde det tilfelles at de kjempet innbitt mot Faruk-regimet, men etter at Nasser kom til makten i 1952 ble situasjonen atter anspent mellom Brorskapet og myndighetene og de ble utsatt for forfølgelse. I 1954 ble brorskapet forbudt.