Päts var en av de tre medlemmene av Frelseskomiteen ( eller ) som utstedte den estiske uavhengighetserklæringen den 24. februar 1918. Samme dag ble Päts utnevnt til leder av regjeringsrådet og innenriksminister i den nylig proklamerte republikken Estland. Under den påfølgende tyske okkupasjon ble han arrestert av tyske myndigheter og tilbrakte tiden mellom juni og november i en fangeleir i Polen. Etter hjemkomsten til Estland ble han utnevnt til postene som statsminister og krigsminister i den provisoriske regjeringen, hvilke han holdt inntil 8. mai 1919.