Han kom på andreplass i Larviksløpet 2016. Haugen deltok i Junior-NM i friidrett 2016, og kom der på sjetteplass på 5000 meter, men han nådde ikke finalen på 800 meter. Han deltok i Världsungdomsspelen 2016, og fikk der sølv på 1500 meter og 3000 meter, i klassen G17. Under Ungdomsmesterskapet i friidrett 2016 fikk han sølv på 3000 meter i G17-klassen, og han vant vant 5 km under Moaløpet i oktober. Han fikk bronse i juniorklassen under NM i terrengløp 2016 lang løype, og ble tatt ut til å delta i Nordisk mesterskap i terrengløp 2016, der han fikk bronse individuelt i juniorklassen og sølv i lagkonkurransen sammen med Stian Aarvik og Birk Nagell Skogland.