I det 16. århundre var bygningen i forfall. Under Henrik VIII og Edvard VI, førte loven om oppløsningen av Englands klostre til at interiøret i stor grad ble ødelagt. Kapeller rundt kirken ble solgt og tatt i bruk som butikker, og andre bygninger ble revet for å gi materialer til byggeprosjekter som Somerset House. I 1549 egget radikale protestantiske predikanter en folkemengde til å ødelegge mye av det gjenværende interiøret. Så, i 1561, ble spiret ødelagt av et lynnedslag. Det ble ikke erstattet, og lav- og høykirkelige mente at dette var Guds straff mot motparten.