Interne uenighet med regjeringen førte til statsminister Habré sendte sine egne styrker mot Malloums nasjonale hær i hovedstaden i februar 1979. Malloum ble forvist fra presidentskapet, men den påfølgende borgerkrigen mellom de 11 fraksjonene som dukket opp, var så vidstrakt at det gjorde den sentrale regjeringen i stor grad irrelevant. Ved dette tidspunkt besluttet andre afrikanske regjeringer å intervenere.