Fontanka kaltes for fram til ca 1712–1714 da den fikk det nåværende navnet i samband med at den begynte å forsyne de mange fontenene i Sommerhagen med vann. Frem til midten av 1700-tallet utgjorde den St. Petersburgs søndre grense. Årene 1780-1789 forestod Andrej Kvasov en større regulering av elvekanalen, og det var da den fikk sine karakteristiske granittbanker.