I 764 avsatte hun sin adoptivsønn og fetter og besteg på nytt tronen (forøvrig uten å oppgi sine bufddhistiske nonneløfter), som den 46. keiser av Japan. Hun er mest kjent for sin begunstigelse av sin påståtte elsker, buddhistmunken Dōkyō (道鏡), som hun gav titler og makt. Et orakel ved Usa-helligdommen kom en gang med en uttalelse om at Dōkyō en gang skulle bli keiser, men da Kōken sendte Wake no Kiyomaro (和気清麻呂?) for å bekrefte uttalelsen, ble den trukket tilbake.