Byen Puducherry har et areal på 19,46 km². Tettstedet Puducherry strekker seg imidlertid utover byens grenser; det har et areal på 85 km², og dekker byen Ozhukarai og deler av kommunene Ariankuppam og Villiannur. Sammen med disse og flere andre områder danner byen Puducherry distriktet Puducherry. Det 290 km² distriktet er en eksklave i delstaten Tamil Nadu, og er omgitt av distriktene Viluppuram og Cuddalore. Distriktet Puducherry er en av fire i forbundsterritoriet Puducherry, sammen med Karaikal, Mahé og Yanam.