Duer kan forurense mat og fôr med avføringen sin, og har potensial til å kunne overføre sykdommer og parasitter. Av helsemessige årsaker bør derfor bestandene kontrolleres. Eksempler er diaréfremkallende bakterier som og . Den blodsugende fuglemidden , som ofte kalles for og , og finnes i reiret til de fleste fugler, også hos duer. Ornitose (papegøyesyke, psittakose) er en bakterieinfeksjon hos fugl som kan overføres mennesker og, i sjeldne tilfeller, gi sykdom. Ved fjerning av dueekskrementer inne i bygninger, eller ved fjerning av store mengder gammel fuglemøkk utendørs, kan folk få i seg sykdomsfremkallende sopp (, ). Dette gjelder spesielt om møkka er tørr og støvete. Ved fjerning av ekskrementer (både etter fugl og flaggermus), er det derfor viktig å beskytte nese og munn for å hindre inhalering av støvet. Heldekkende ansiktsmaske med partikkelfilter som stenger for partikler ned til 0,3 mikron anbefales. Enkle engangs munn- og nesestøvmasker av ettlags papp/papir, som festes med enkel strikk rundt hodet, gir sjelden tilstrekkelig beskyttelse. Om møkka er tørr, kan fukting før fjerning avhjelpe støvproblemet. Ved fjerning av ubebodde fuglereder bør det brukes regntøy og hansker. Man kan også spraye redene med insektgift før fjæring.