Protektoratet som fulgte samveldet og gikk forut restaureringen kunne ha fortsatt om Oliver Cromwells sønn Richard Cromwell, som ble gjort til Lord Protector ved sin fars død, hadde vært i stand til å videreføre sin fars politikk. Richard Cromwell var ikke uten evner, men han manglet sin fars autoritet og hadde heller ikke farens tillit i hæren. Etter syv måneder ble han fjernet av en fraksjon i hæren, kjent som Wallingford House, den 6. mai 1659 og gjenetablerte rumpparlamentet. Charles Fleetwood ble utpekt til et medlem av komiteen for trygghet og statsrådet, og en av de syv kommisjonærer for hæren. Den 9. juni 1659 ble han nominert som , øverstkommanderende, av hæren. Imidlertid ble hans lederskap underminert av parlamentet som valgte å overse hærens autoritet i en tilsvarende måte til det første sivile parlament etter borgerkrigen. Et rojalistisk opprør var planlagt for 1. august 1659, men det ble forpurret. Imidlertid fikk sir George Booth kontroll over Cheshire og Karl II hadde håpet at med spansk støtte kunne han få til en invasjon, men ingen hjelp kom. Booth holdt Cheshire fram til slutten av august da han ble beseiret av general John Lambert. Underhuset avskjediget John Lambert og andre offiserer, og installerte Fleetwood som sjef for et militært råd under autoriteten til underhusets ordstyrer. Komiteen for trygghet sendte Lambert med en stor hær for å møte George Monck som kommanderte de engelske styrkene i Skottland, og enten forhandle med ham, eller tvinge ham til å komme til en avtale.