En betydelig del av Gebers forfatterskap omhandler en filosofisk teori kjent som «vitenskapen om balansen» (arabisk: ), som var rettet mot å redusere alle fenomener (deriblant materielle stoffer og deres elementer) til et system av tiltak og kvantitative proporsjoner. Hans verker inneholder også noen av de eldste bevarte sjiamuslimske imamologiske doktrinene, som Jabir presenterte som stammer fra hans påståtte mester, den sjiamuslimske imam Jaʿfar al-Ṣādiq (død 765).