Danmark-Norge var ofte i krig med nettopp Sverige. Og nettopp disse krigene, kombinert med hans politiske og intrigerende evner, styrket Frederik III på bekostning av Adelen. Etter at Sverige hadde okkupert Fyn og Jylland takket være en svært tykk is, var bare København igjen av ikke-okkupert Danmark. Danmark måtte avstår Skåne, Blekinge, Halland, Trøndelag, Romsdal og Nordmøre. I stedet for å rømme, ble Frederik III i byen og var med på å forsvare den. Samtidig ble Sverige kastet ut av Trøndelag, Nordmøre og Romsdal, og norske styrker stoppet Sverige ved Halden. Kongen ble støttet, mens adelen mistet støtte. Da svenskene ble jaget vekk delvis på grunn av en nederlandsk flåte, brukte Frederik III muligheten til å innføre enevelde og dermed fjerne håndfestningen, det vil si adelens kontrakt kongen måtte underskrive. Mens Frederik 3 hadde bygget opp et byråkrati, for det meste av folk han stolte på, var sønnen, Christian V langt fra like dyktig, og det ble derfor til at hans manglende interesse og avhengighet av enkeltpersoner gjorde byråkratiet mindre forutsigbart og dyktig.