Han ble først postert til Folkeforbundet. Fra 1936 var han kontorsjef for Galeazzo Ciano. Den romerske protokoll av 18. mai 1941 skapte noen italienske territorier mellom Adriaterhavet og Den uavhengige staten Kroatia. I Kroatia ble en stor del av de rundt 30.000 jødiske innbyggerne myrdet. Noen italienere, inkludert Lanza d'Ajeta, motsatte seg deportasjonen av rundt 4000 til 5000 jøder fra områder som var blitt annektert av Italia.