Han innkalte til fjerde Laterankonsil, som i katolsk forstand regnes som det 12. økumeniske konsil. Innocens presederte ved konsilet i 1215, hvor 1.500 kirkelige ledere samlet seg og støttet opp om pavens gregorianske program og konflikter med gjenstridige europeiske konger. Det ble også vedtatt et femte korstog, og utstedt totalt 70 reformdekreter. Biskop Albert av Riga klarte ved dette konsilet også å overbevise paven om at Riga-området var jomfru Marias arveland og nesten like viktig som det hellige land, noe som førte til en strøm av pilegrimer til Rigas Mariakirke og økonomisk oppblomstring for regionen, ikke minst fordi Innocens også ble overtalt til å forby handel i andre av regionens byer.