I 1880-årene ville Lammers fremføre Bachs pasjoner i kirken og fikk nei av Kirkedepartementet som ikke ønsket kirkene som konsertlokale. Først da han anket til kongen fikk han løyve. Den første konsert han ledet i en kirke, var med Messias av Händel 7. mai 1881 og hans nystiftede Korforeningen. Han reiste også rundt og holdt kirkekonserter, der han sammen med Mally fremførte salmer og religiøs folkemusikk, men fikk avslag da de ønsket å fremføre Draumkvedet.