Handlingsgangen i spillet likner forgjengerne og fokuserer på Mario og Luigi som skal redde prinsesse Peach fra Bowser og lakeiene hans. Det strekker seg over 9 verdener med totalt 85 nivåer, mange av dem med flere utganger som leder til forskjellige ruter og nivåer. legger større vekt på å samle mynter enn andre -spill, med flere unike gjenstander og hjelpemidler dedikert til å produsere store kvanta av mynter. Spillet inkluderer en modus kalt «Coin Rush» som utelukkende fokuserer på å raskt fullføre serier av nivåer mens man samler inn så mange mynter som mulig. Ytterligere Coin Rush-nivåer ble gjort tilgjengelige som betalt innhold kort etter utgivelsen av spillet.