Instituttet ble stiftet i 2000 og holder til i hans fødeby, Larvik. Vestfold fylkeskommune og Larvik kommune har gått foran og bevilget økonomisk støtte til instituttet hvert år siden det ble etablert. Fra 2006 er Thor Heyerdahl instituttet blitt tildelt midler over Statsbudsjettet. Instituttet jobber med lokale, regionale, nasjonale og internasjonale prosjekter.