Da Bille tiltrådte, var de mange små len i Nordland og Troms slått sammen. Dette for at staten skulle få større kontroll over nordområdene i en tid med krig, uår og stadige rivaliseringer mellom Danmark-Norge og Sverige. Han var spesielt engasjert med å administrere beskatningen av den samiske befolkningen, befeste norske interesser, og bekjempe svenske skattefogder på norsk territorium. Bille mobiliserte også et omfattende forsvar mot et eventuelt svensk angrep i Nord-Norge under Kalmarkrigen (1611–1613).