Lee kom tidlig i handelslære i Wisconsin og Iowa, og fikk tatt noen kurs ved videregående skoler. Han dro lengre vest, til Dakotaterritoriet, og slo seg ned i Vermillion i det nåværende Sør-Dakota i 1867. I 1869 gikk han i kompaniskap med Charles E. Prentis om en forretningsvirksomhet innen landbruket. De drev blant annet med storfeavl. Lee giftet seg i 1871 med Annie Chappell, som døde i 1918, og deretter i 1920 med Myrtle Sophia Shepard, som overlevde ham. I sitt første ekteskap fikk han en datter som vokste opp, Jessamine (gift Fox).