Ebers var 1870-89 full professor i Leipzig. Han har gitt navn til den såkalte Papyrus Ebers, som han kom over under reiser i Egypt og Nubia. Ebers kjøpte papyrusrullen i Egypt i 1872 av en araber som påstod seg å ha funnet den mellom knærne på en mumie fra nekropolen utenfor byen Teben.