Hoetzsch var sønn av en blikkenslagermester. Han var elev ved Thomasschule i Leipzig og studerte historie, kunsthistorie og nasjonaløkonomi ved Universitetet i Leipzig og Universitetet i München. I 1900 fikk han doktorgraden for en historisk avhandling hos Karl Lamprecht. Fra 1902 hørte han forelesninger i russisk og polsk historie under Theodor Schiemann, og i 1906 ble han habilitert hos Otto Hintze ved Universitetet i Berlin.