Manila ble okkupert av japanske styrker den 2. januar 1942. Etter at amerikanske styrker gikk i land på Luzón begynte de å rykke inn i Manila den 5. februar 1945, under general Douglas MacArthur. Under kampene ble store deler av byen ødelagt. Foruten de japanske byene som ble rammet av atombomber sies det at bare Warszawa ble mer ødelagt. De allierte filippinske og amerikanske styrker nådde ikke frem tidsnok til å kunne forhindre japanernes systematiske herjinger i byen. I løpet av tre uker i februar gjennomførte japanske styrker etter ordre fra Tokyo det som er blitt kalt Manilamassakren, da ca. 111 000 sivilister ble myrdet. De siste japanerne ble drevet ut den 23. februar.