I 1924 møtte Haldane sin fremtidige hustru Charlotte Burghes (født Franken), en ung reporter for magasinet . For at de kunne gifte seg, skilte Charlotte seg fra sin daværende mann Jack Burghes, som forårsaket noe kontrovers. Haldane ble nesten avskjediget fra Cambridge for måten han håndterte sine møter med henne, noe som senere førte til skilsmisse. De giftet seg i 1926, tok ut separasjon i 1942 og ble skilt i 1945.