Ved kgl.res. av 22. september 1859 ble Vaagøe annekssogn fradelt og gjort til eget Frænen prestegjeld. Ved kgl.res. av 16. juni 1877 ble Otterøy sogn opprettet, med kirke på Uglvik. Ved kgl.res. av 5. oktober 1923 ble sognenavnene Aukra og Otterøy endret til Nord-Aukra og Sør-Aukra. Ved kgl.res. av 26. april 1963 ble Mordal krets overført fra Nord-Aukra sogn til Bolsøy sogn i Bolsøy prestegjeld, gjeldende fra 1. januar 1964. Ved kgl.res. av 20. desember 1963 ble det foretatt en rekke grensereguleringer mellom Sandøy, Fjørtoft, Nord- og Sør-Aukra sogn.