For at DNA-replikasjonen skal komme i gang må dobbelttråden åpnes. Dette gjøres av enzymet En dannes ved startpunktet der dobbelttråden åpnes. For å forhindre at de maternale DNA-trådene i replikasjonsboblen skal inngå nye svake bindinger, festes proteinkomplekser, kalt , på utsiden av hver DNA-tråd. Slik opprettholdes replikasjonsboblens form, og de adskilte DNA-trådene gir enzymmaskineriet for replikasjon plass imellom for elongering og syntese av ny DNA-tråd. Replikasjonsboblen består av to sammen med nydannet dobbelttrådet DNA mellom de to replikasjonsgaflene. Replikasjonsboblen utvider seg i begge retninger av dobbelttråden fra startpunktet til hele DNA-molekylet blir kopiert. I eukaryote celler er det hundrevis eller tusenvis av slike startpunkter der dobbelttråden åpnes i hvert kromosom. I det sirkulære kromosomet i bakterier er det ett startpunkt. På hvert startpunkt der dobbelttråden åpnes, foregår det , nemlig dannelse av nytt DNA. Det er på grunn av den Y-formete strukturen der dobbelttråden åpnes, at dette område kalles for en replikasjonsgaffel.