Etter The Beatles var det første albumet Thomas produserte det selvtitulerte debutalbumet av The Climax Chicago Blues Band. Det var imidlertid med Procol Harum at han fikk et langvarig samarbeid, allerede fra (1970) og de neste tre albumene (fram til 1973). Han jobbet også på med å få til den klassiske delen, og med en rekke andre musikere fra etter Procol Harum-delen, inkludert John Cale, Badfinger og Roxy Music, for sistnevnte produserte han tre album. Til tross for at han hadde jobbet mest med progressiv rock, ble han bedt om å produsere singlene til Sex Pistols, mens Bill Price tok seg av albumsangene. Overgangen ble flytende, men begge bidro mye til albumet. Innimellom punk og progressiv rock, jobbet også Thomas med Wings og Paul McCartney.