I den tradisjonelle systematikken finner man mange forsøk på å sammenfatte alle eller noen encellede organismer til systematiske enheter: «» ble innført av Ernst Haeckel for å betegne alle organismer som verken er dyr eller planter. Ifølge dagens forståelse ville dette inkludere både bakterier, arkebakterier og svært mange eukaryote grupper. I eldre tid ble imidlertid bakteriene og encellede alger regnet til plantene. I klassisk systematikk har protista status som et av seks Riker. Tang og andre alger er koloniorganismer og regnes til Protistene. For å skille denne bruken av ordet fra Haeckels, brukes ofte «Protoctista» (se under). «» blir brukt for de eukaryote organismene som verken er flercellede dyr, landplanter eller flercellede sopper. Denne definisjonen er riktignok entydig, men er som «Protista» parafyletisk. Grunnen er bl.a. at både sopp, dyr og planter stammer fra encellede organismer. Krageflagellater er Dyrerikets nærmeste slektninger, grønne alger er Planterikets nærmeste slektninger og mikrosporidier er soppenes søstergruppe. Dessuten omfatter «Protoctista» mange grupper som overhode ikke er encellede i streng forstand, som brun- eller rødalger som er koloniorganismer. «» har lenge betegnet encellede dyr. Men mens flercellede dyr utgjør en naturlig gruppe, gjelder dette ikke for encellede dyr. Blant encellede organismer er skillet mellom planter og dyr veldig uskarp, og går delvis tvers gjennom nært beslektede former. «» eller «» er bakterier i vid forstand, og sammenfatter arkebakterier og ekte bakterier. Også denne grupperingen kan sees på som parafyletisk fordi Eukaryotene er dannet gjennom flere runder med endosymbiose mllom en arkebakterie (vert) og enkte bakterier (endosymbiont).