I april 2017 ble han USAs jordbruksminister. Perdue har som minister fokusert på å hjelpe nye bønder å komme i gang med jordbruket. I august 2017, meddelte han et mentorprogram for nye jordbrukere. Andre saker behandlet av Perdue er hjelp til landsbygdskooperasjoner og å hjelpe jordbrukere å fungere med mindre regulering og økende eksport.