Etterhvert kom Alrekstad inn under Nonneseter kloster, og i 1528 ble eiendommen overdradd til Vincens Lunge og innlemmet i Lungegårdsgodset, inntil presten Ole Storm kjøpte den i 1701. Siden den gang har gården hatt ulike eiere, frem til den ble solgt til Bergen kommune i 1898. Dette ble blant annet gjort for å skaffe byen en sikker drikkevannskilde.