I 1760 ble Forsskål invitert til å delta i en dansk ekspedisjon til Arabia, sammen med blant annet Carsten Niebuhr. Ekspedisjonen dro først til Egypt der Forsskål studerte arabiske dialekter. I desember 1762 ankom ekspedisjonen det lykkelige Arabia, dagens Jemen. Forsskål arbeidet hardt med å samle inn eksemplarer av planter og dyr, og fant blant annet Bibelens balsamtre, . Han ble syk av malaria og døde i juli 1763.