I 1985 etterfulgte han Eduard Sjevardnadse som førstesekretær. Under Patiasjvili ble de fleste av Sjevardnadses initiativer forlatt. Patiasjvili fjernet noen av Sjevardnadses sentralt nyutnevnte, men kunne ikke avskjedige sin forgjengers mange nyutnevnte på mellomnivå uten å skade partiapparatet vesentlig. Ved å isolere opposisjonsgrupper tvang Patiasjvili reformistiske ledere til underjordisk organisering og konfronterende aktivitet. Mot slutten av 1988 ble den nasjonale bevegelsen mer aktiv. Flere demonstrasjoner og sultestreker ble organisert av de såkalte uformelle politiske organisasjonene. Demonstrantene ble brutalt slått ned av de sovjetiske troppene 9. april 1989, med 21 døde og hundrevis sårede. Begivenheten radikaliserte den georgiske nasjonale frigjøringsbevegelsen og ga liten sjanse til en lokal kommunistisk ledelse for å kontrollere situasjonen i republikken. Patiasjvili ble fjernet fra kontoret og erstattet av den tidligere KGB-sjefen Givi Gumbaridse samme måned.