Fylkeshuset ligger på Strandveien i Tromsø sentrum. Hovedbygget ble tegnet av arkitekt Lars Solberg og oppført i 1922 som Troms og Tromsø sykehus. Høyblokka er et tilbygg som ble tegnet av arkitekt Carl Thune-Larsen og oppført i 1964. Frem til 1991 brukte Regionsykehuset i Tromsø (nå Universitetssykehuset Nord-Norge) lokalene. Etter at sykehuset flyttet til nye lokaler på universitetstomten i Tromsø i 1991, ble bygningene pusset opp og i 1994 tatt i bruk av Troms fylkeskommune og Fylkesmannen i Troms.