Innvendig var kirken innredet som et amfiteater, med et gulv som skrånet opp mot yttermuren. Det var 48 søyler arrangert i tre konsentriske ringer med henholdsvis 24, 12 og 12 søyler, som sammen med 24 pilastre på yttermuren skulle bære loftshvelvingene. Gulv og søyler var understøttet av tønnehvelv båret av et system av radiale murer som skrånet inn mot midten. I 1641 bestemte kongen at de overhvelvede rommene som dermed oppsto under gulvet, skulle ha dører og vinduer i yttermuren. Tanken var antakelig at disse rommene kunne selges eller leies ut som gravkrypter og dermed gi kirken en viktig inntekt.