Hun var datter av Anna Nałkowska (født Šafránek) og Wacław Nałkowski. Moren var lærer og forfatter av geografi-håndbøker. Faren var geograf, lærer og journalist. Zofia fikk sin første skolegang hjemme. Moren lærte henne geografi og tysk, faren – geometri, aritmetikk og logikk. Deretter var hun elev ved en kostskole i Warsawa. Etter grunnskolen fortsatte hun ved et av de hemmelige «flyvende universitetene», som var opprettet for å gi polske ungdommer en utdannelse fri for de styrende myndighetenes ideologi.