Vitenskapsjournalisten Leonid Schneider omtaler MDPI som en «billigere og enda mindre selektiv variant av Frontiers». Schneider fremhever at MDPIs eneeier og toppsjef Shu-Kun Lin flere ganger har gitt uttrykk for fordomsfulle og konspiratoriske holdninger; f.eks. har Lin uttalt at «White Lives Matter» og hevdet at Donald Trump «redder rettsstaten» mens Joe Biden «vil ta penger fra hardtarbeidende folk og gi til late folk». MDPI har også publisert flere artikler av forfattere kjent for rasebiologiske synspunkter.