Pendleton ledet fra juli 1861 av artilleriet i Konføderasjonens Army of the Potomac, og han fortsatte i denne rollen den 14. mars 1862 etter at hæren fikk det nye navnet Army of Northern Virginia. 26. mars ble han forfremmet til brigadegeneral. 3. juli ble Pendleton igjen såret da et muldyr i artilleriet hans sparket ham i foten og muligens brakk et av benene der.