I 1993 fikk Pirès sin debut mot Lyon. Det ble med kun to kamper i debutsesongen, men allerede sesongen etter kom han opp i 24 seriekamper. Pirès utviklet seg etterhvert til en nøkkelspiller for Metz, blant annet da de vant den franske ligacupen i 1995/96-sesongen.