Ludvig XIV benyttet Bastillen som et fengsel for overklassen i det franske samfunnet som hadde motsatt seg ham eller gjort ham rasende, blant annet etter tilbakekallelsen av ediktet i Fontainebleau som ga franske hugenotter rett til å praktisere sin religion. Fra 1659 og framover fungerte Bastillen hovedsakelig som et statsfengsel; ved 1789 hadde 5 279 fanger passert gjennom dens porter. Det var likevel først under kardinal Richelieu at Bastillen ble et sted der statsfiender forsvant sporløst.