Himmler støttet Ribbentrop og Luther ble i februar 1943 arrestert og internert i Sachsenhausen der hadde relativt bekvemme soningsforhold fordi han var en prominent fange. Han forsøkte flere ganger å ta sitt liv i fangenskap. I august 1942 hadde han et kraftig angina pectoris som tydet på alvorlig hjertesykdom. Da sovjetiske styrker nærmet seg Berlin ble han sluppet fri og innlagt på sykehus på grunn av sviktende helse. Han døde 13. mai 1945 i Berlin få dager etter kapitulasjonen på grunn av dårlig hjerte eller selvmordsforsøk.