Øverste militære myndighet i landet ligger hos , for tiden ayatollah Ali Khamenei. Han har myndighet til å erklære krig eller fred samt tilsette og avskjedige sjefene for generalstaben og de forskjellige våpengrenene. Under Revolusjonslederen ligger , som utarbeider føringer for forsvaret og intern sikkerhet. Medlemmer av sikkerhetsrådet er statsministeren, forsvarsministeren, sjefen for generalstaben, sjefen for Pasdaran og to rådgivere utnevnt av Revolusjonslederen. Rådet konsulterer med ministre og sjefene for forsvarsgrenene etter behov.