I uke 6 mot Washington Redskins kom Fitzpatrick igjen på banen etter at Rosen ble tatt ut etter dårlige resultater. Fitzpatrick kastet for 132 yards og en touchdown i kampen. Etter å ha ledet Miami til et touchdown sent i kampen som utlignet til 17–16 forsøkte han en 2-point conversion med en pasning til Kenyan Drake, som mistet ballen, og Redskins endte opp med seieren. Uken etter stilte han igjen til start, denne gangen mot sitt gamle lag Buffalo Bills. Etter å ha ledet Dolphins til en 14–9 ledelse ved halftime kastet han en interception til cornerback Tre'Davious White, og i fjerde kvarter kjempet Bills seg til en 31–21 seier. Fitzpatrick avsluttet kampen med 282 pasningsyards, en touchdownpasning, en interception og en touchdown på løp. I uke 9 mot et annet av sine gamle lag, New York Jets, kastet Fitzpatrick for 288 yards og tre touchdowns og sikret den første seieren i sesongen for Dolphins, 26–18. I uke 13 mot Philadelphia Eagles hadde Fitzpatrick 365 pasningsyards for tre touchdowns og en interception i en 37–31 seier. Han avsluttet kampen mot Cincinnati Bengals i uke 16 med 419 pasningsyards for fire touchdowns og en interception da Dolphins vant 38–35 på overtid. I sesongfinalen mot Patriots kastet han for 320 yards og en touchdown med 15 yards og en touchdown på løp i en 27–24 seier. Fitzpatrick avsluttet sesongen med 3 529 pasningsyards, 20 touchdownpasninger og 13 interceptions, sant 243 yards og fire touchdowns på løp. Han endte opp med å lede laget i yards på løp for 2019-sesongen.