Republikken Venezia ble en maktfaktor i Egeerhavet og landene rundt i middelalderen, og erobret området i 1207. Etter at Konstantinopel og det bysantinske riket bukket under i 1453 for muslimske styrker. Opprettelsen av det osmanske rike og Konstantinopel endret til Istanbul førte til en ny maktfaktor. I 1571 landet en osmansk militærstyrke ved Souda og forårsaket store ødeleggelser i Khaniá-området. Venetianerne befestet Soúdaøya mellom 1570 og 1573, for å beskytte området mot osmanske angripere og pirater. Soudabukten forble imidlertid jevnlig et preget av pirater og ødeleggelse område mellom 1400- og 1600-tallet. Venetianerne klarte å holde på de strategiske øyene i Soudabukten fram til 1715, over tretti år etter Kretas fall til osmanerne. Det er antatt at selve navnet Soúda er avledet fra latinske i betydningen «smalt pass».