Jonas Kauneckas ble født i en bondefamilie i landsbyen Trajoniškis. Han studerte ved Suntautai barneskole, deretter på skolen i Krinčin og ved Pasvalis ungdomsskole. Han ble uteksaminert fra den hydrotekniske skole i 1959 og arbeidet innen dette felt de følgende årene - 1958 til 1972 - i Taurage og i Alytus.