Den første store politiske begivenhet som skjedde i Mutsuhitos keisertid var den såkalte meijirestaurasjonen. Den japanske keisers makt ble gjenopprettet – og den siste Tokugawa-shōgun fratatt makten – ved opprøret til daimyōen (feudalherren) av Satsuma, Tosa og Chōshū og den derpå følgende boshin-krigen.