Alan Stubbs spilte sin første kamp for den 20. august 2005 da de tapte 1-0 for Liverpool i en ligakamp. Den 5. november laget han sitt først mål for Sunderland i en ligakamp mot Arsenal, men oppholdet i klubben fra Tyne and Wear ble ikke noen suksess. Etter bare et halvt år, og 10 ligakamper, returnerte han til Everton den 20. januar 2006. I siste del av 2005/06-sesongen fikk han med seg 14 ligakamper for klubben fra Merseyside, mens han i 2006/07-sesongen scoret 2 mål på 23 ligakamper.