I 1842 reiste han tilbake til Honduras og etablerte seg i Comayagua. Etter at general Francisco Ferrera avslo å bli president, valgte forsamlingen i Honduras Lindo til konstitusjonell president, en posisjon han utøvde fra 12. februar 1847 til 4. februar 1848. I løpet av hans tid etablerte Universitetet i Honduras og kunngjorde en ny konstitusjon. I henhold til den nye konstitusjonen ble han valgt til en ny periode som varte til 1. februar 1852.