Direktoratet arbeidet for at forurensning, skadelige produkter og avfall ikke skal føre til helseskade, gå ut over trivselen eller skade naturens evne til produksjon og reproduksjon. Klif arbeidet for å redusere utslippene av klimagasser, redusere spredning av helse- og miljøfarlige stoffer, bevare et levende hav- og kystmiljø gjennom helhetlig forvaltning, beskytte livskraftige elver og innsjøer mot uønsket påvirkning, øke gjenvinningen og redusere utslippa fra avfall, og redusere skadevirkningene av luftforurensning og støy. SFT utførte ukentlig overvåking av akutt forurensning fra 1981 til 2004 ved bruk av radarsatellitter og fly, blant annet med LN-SFT flyet som havarerte utenfor Sotra i Hordaland 20. juni 2008.