Da Peter den Store besøker Amsterdam blir Cruys hyret som viseadmiral for å bygge opp den russiske flåte, og han forlater Nederland for godt i 1697. Han blir med til Russland hvor han vil ha en avgjørende rolle som bygger av den Russiske flåten og en viktig stemme ved bygging av St. Petersburg. Resten av sitt liv vil han være i Russisk tjeneste og bli den første Russiske admiralen.