Disraelis første periode som statsminister ble dominert av den debatten om den irske statskirke Church of Ireland. Til tross for at en overveldende majoritet av befolkningen på Irland var katolikker var den protestantiske kirke statskirke og finansiert med direkte beskatning. Et første forsøk fra Disraeli på å forhandle med kardinal Manning om å opprette et katolsk universitet i Dublin slo feil da Gladstone la frem forslag om å skille den irske kirke helt fra staten. Forslaget førte til splittelse i det konservative partiet, mens det gjenforente liberalerne under Gladstones ledelse. Disraelis regjering overlevde til valget i desember 1868, men initiativet var tapt.