En måned etter opptøyene ble Flaccus avsatt av Caligula, ikke for hans overtredelser mot jødene i Alexandria, men snarere for at han var hatet som en venn av Tiberius. Han ble anklaget for forræderi mot Romerriket, sendt i eksil til Andros i Hellas, og henrettet der i år 39.