Etter utbruddet av den annen sino-japanske krig i 1937 flyttet Pekinguniversitetet til Changsha og dannet sammen med andre utflyttede læresteder et midleritidig universitet. I 1938 flyttet det igjen, denne gang til Kunming. Det var først etter annen verdenskrigs avslutning at det kunne komme tilbake til Beijing, i 1946. På den tid hadde universitetet seks fakulteter og et forskningsinstitutt. Studentmassen vokste til 3 000.