Etter at West Ham avslo et bud fra Manchester City, reagerte waliseren med å forlate treningsfeltet til London-klubben i vilt raseri, noe som bare forsterket historiene i media om at han var på vei bort. Bellamy ble likevel noen dager senere, offisielt klar for City den 19. januar 2009. Han ble kjøpt for en sum tilsvarende 120 millioner kroner. Bellamy ble den andre større signeringen for City i transfer-vinduet i januar 2009, etter Wayne Bridge, og han ble der gjenforent med tidligere Wales- og Blackburn-manager Mark Hughes, nå City-sjef. Bellamy debuterte den 28. januar med et mål mot sin gamle klubb Newcastle United, noe som gjorde han til den femte spilleren i Premier League sin historie som har skåret mål for seks ulike klubber.