Seitaridis startet sin profesjonelle karriere med PAS Giannina i 1997, hvor han utmerket seg som en svært god forsvarsspiller. Seitaridis hjalp laget til opprykk til den greske Superligaen sesongen 1999/2000. Han spilte 40 kamper og skåret 5 mål for PAS Giannina FC.