Professorer II har som oftest en faglig ledende funksjon eller rolle hos hovedarbeidsgiveren, gjerne som leder for en egen forskningsgruppe, forskningsmiljø eller laboratorium. Noen professorer II har både en faglig og en administrativ lederfunksjon hos hovedarbeidsgiver f.eks. som direktør, klinikksjef, forskningssjef eller lignende (eksempelvis som direktør for Meteorologisk institutt eller direktør for Folkehelseinstituttet). Ved store universitetssykehus er det f.eks. ofte tradisjon å finansiere professor II-stillinger for leger som er klinikksjef eller har andre stillinger i toppledelsen. For universitetene er samarbeidsrelasjonen med en annen institusjon/forskningsmiljø som en professor II bringer med seg like viktig som de konkrete arbeidsoppgavene innenfor bistillingen.