Ved indirekte ELISA dekkes en mikrotiterplate med antigen som bindes til bunn og vegger i mikrotitrerplaten. Så skylles det antigenet som ikke har bundet seg til platen bort. Etter dette dråpes prøven på mikrotitrerplaten, og antistoffer i prøven binder til antigenet på platen. Etter inkubasjonen med prøven vaskes atter igjen ubundne komponenter bort. Deretter tilsettes en løsning av et antistoff (såkalt ) som binder spesifikt til antistoffet i prøven. Til dette andre antistoffet, , er det blitt koblet (konjugert) et enzym som kan detekteres, og hermed kan også forekomsten av antistoffer i prøven bestemmes.