Striden mellom pavedømmet og konsilet i Basel fortsatte gjennom 1430-årene, og Dufay innså at hans egen posisjon kunne være truet etterhvert som konflikten spredte seg, særlig etter at konsilet i 1439 avsatte pave Eugenius og erstattet ham med motpaven Felix V (hertug Amadeus av Savoie). På denne tiden returnerte Dufay til sitt hjemland, han var fremme i Cambrai i desember samme år. For å bli kannik i Cambrai måtte han ha en juridikum, og dette skaffet han seg i 1437, muligens etter å ha studert ved Universitetet i Torino i 1436. En av de første dokumentene som viser at han er i Cambrai er datert 27. desember 1440 og gjelder mottak av 36 lod vin til en fest for evangelisten Johannes.