Planten inneholder minst to stoffer med medisinsk virkning, petasin og isopetasin. Den er tradisjonelt brukt som muskelavslappende middel og som behandling for pest, utslett, leddgikt, nyre- og gallestein. En studie fra 2004 viser at planten har meget god virkning i behandling av migrene. Andre studier viser at den har like god effekt mot høysnue som vanlige allergimedisiner. Legepestrot inneholder pyrrolizidinalkaloider som er kreftframkallende, mutagene og kan gi alvorlige leverskader. Ubehandlede ekstrakter fra legepestrot må derfor ikke brukes til medisinske formål.