Darwin skrev en populærvitenskapelig beretning om reisen (best kjent som ), som ble svært populær. Han var dessuten redaktør for et flerbindsverk om jordomseilingens vitenskapelige observasjoner. Det som bragte ham stor vitenskapelig anerkjennelse – og grunnla hans ry som forsker – var hans geologiske publikasjoner: Darwin hadde bl.a. forstått at korallrev blir dannet som følge av havbunnens senkning og korallenes vekst. Etter disse publikasjonene holdt han i flere år på med systematiske undersøkelser av rankeføttinger. Han foreslo et helt nytt system for denne gruppen, som allerede antydet de evolusjonære tankene han ruget på.