Shillong ligger på et høydedrag nesten 1500 meter over havet. 10 km nord for byen ligger Shillong-toppen som er 1965 meter over havet, og som har gitt navnet til byen. Byen strekker seg ut mellom tre åser på Shillong-platået, Lum Sohpetbneng, Lum Diengiei and Lum Shillong. I khasi-tradisjonen så man på disse som hellige fjell. Det er en liten innsjø nord i byen, Ward's Lake. Den er oppkalt etter William Ward som var britisk Chief Commisioner i delstaten Assam. Den kom til som følge av at en fange i fengselet gravde et hull og fant en kilde. Byen har flere parker, en av disse er Lady Hydai Park med masse blomster. Byen har også en botanisk hage. Det er også flere fosser i området, Crinolene Falls er en av disse. Den ligger om lag 10 km fra sentrum av byen.