Jordeierne i Böhmen var også splittet innad, hovedsakelig i religiøse spørsmål. Konflikten i Böhmen ble vanskeliggjort av reformasjonen som spredte seg over Europa og de påfølgende religiøse krigene i sentrale Europa. Husittene sympatiserte med den protestantiske bevegelsen i Tyskland som i 1546 erklærte krig mot den tysk-romerske keiseren Karl V. Hans bror Ferdinand I ønsket å støtte sin bror og da brøt det ut væpnet konflikt mellom kongen og hans undersåtter i Böhmen i 1547, men jordeierne var ikke forente og seiren gikk til kongen som etterpå tok represalier på de tsjekkiske opprørerne. Da Ferdinand selv ble keiser av det tysk-romerske riket etter sin bror forsøkte han å styrke katolisismen i Böhmen ved blant annet å frakte inn jesuittiske misjonærer.