På veien over Stillehavet anløp de Guam, der de bunkret opp ferskvann og andre forsyninger. Legazpi kom til Filippinene tidlig i 1565, og ankret opp ved Cebu den 13. februar. Han prøvde først å etablere deg på Cebu, men det gikk ikke i første omgang; den lokale befolkningen var avvisende. Han seilte så til Samar, der han ble mottatt av en vennligsinnet høvding ved navn Urrao. De to inngikk en blodspakt der den 22. februar.