I den tro at de var de eneste overlevende forlot flyktningene 15. september Isleta og satte kursen mot El Paso del Norte. I mellomtiden hadde Popés opprørere beleiret Santa Fe ved å omringe byen og avskjære fortets vannforsyning. New Mexicos guvernør, Antonio de Otermín, var barrikadert i guvernørens palass og varslet en allmenn retrett. 21. august strømmet de gjenværende spanske nybyggerne ut av Santa Fe med kurs mot El Paso del Norte.