Sankt Michaelisdonn ble utskilt fra Marnes verdslige sogn som en egen landkommune i 1934. Året etter ble landkommunene Hindorf, Hopen og Westdorf, som før 1934 hadde tilhørt Süderhastedts verdslige sogn, tillagt Sankt Michaelisdonn. Kommunen ble samtidig en amtsfri landkommune. I 1970 ble Sankt Michaelisdonn en vanlig, amtstilhørig landkommune igjen og administrasjonssentrum i Eddelak-Sankt Michaelisdonns amt. I 2008 ble amtet slått sammen med Burg-Süderhastedts amt til Burg-Sankt Michaelisdonns amt.