Holmboe hadde størst betydning som numismatiker. 1830–76 var han bestyrer av universitetet i Christianias myntkabinett. Hans mest kjente verk er «Bibelsk Realordbog» (1868). I 1834 grunnla han , som han utga i seks år. Han var medlem av flere viktige lovkommisjoner som forberedte reformer i det norske undervisningsvesenet. Han deltok også i arbeidet med en ny oversettelse av Det gamle testamente, og oversatte Birgivis islamske lærebok til norsk.