I 1966 gjennomførte venstrefløyen i Ba'athpartiet et statskupp, og Salah Jadid, lederen av Militærkomiteen tok makten som landets de facto leder. Assad ble utnevnt til forsvarsminister og fikk stor innflytelse over regjeringens politikk. Jadids lederskap ble utfordret etter Syrias tap i Seksdagerskrigen i juni 1967 og Israels okkupasjon av Golanhøydene.