Etter valget i 1999 fant Reformpartiet tilbake til sine gamle allierte i Isamaa og Det sosialdemokratiske partiet under ledelse av konservative Mart Laar. Regjeringen konsentrerte seg om arbeidet med å få Estland inn i EU og NATO, men Reformpartiet fikk også gjennomslag for å avskaffe selskapsskatten. Etter lokalvalgene i oktober samme år begynte de tre partiene også å samarbeide i Tallinn. I januar 2002 ble regjeringen avløst av en regjering utgått fra Reformpartiet og Senterpartiet, ledet av Siim Kallas.