Tidlig i 1917 ble han på egen forespørsel overført til Wien, til tjeneste ved det keiserlige forsyningsdepot. Schiele fikk her i større grad anledning til å ta opp sin kunstneriske virksomhet og arrangerte utstillinger. I april 1918 ble han overført til forsvarsmuseet i Wien, og fikk her enda større tjenstlige friheter. Han deltok på den 49. Wiener Sezession i byen i 1918, og hadde her hele femti arbeider utstilt. Disse ble alle vist i hovedhallen. Utstillingen var en stor suksess, og prisene på Schieles arbeider steg og han fikk en rekke portrettoppdrag.