Mens den norske motstanden mot unionen vokste, ble også unionsflagget mindre populært, og det ble en merkesak for Venstre å fjerne unionsmerket i flagget. I 1898 vedtok Stortinget for tredje gang loven om det «rene flagg». Kongen hadde vegret seg for å sanksjonere loven, men måtte bøye seg for Grunnlovens bestemmelse om utsettende veto. Det rene handelsflagget ble heist i 1899, mens orlogsflagget, som etter Grunnloven skulle være et unionsflagg, beholdt unionsmerket frem til 1905.