Som en av de siste representanter av eneveldet levde han i en urolig tid, hans styre opplevde aldri varig fred. Gjennom hans periode som regent og senere som konge fortsatte europeiske stormakter, som kongedømmet Spania, kongedømmet Frankrike og senere dets etterfølger, det første franske keiserdømme, og Storbritannia (fra 1801, Det forente kongeriket Storbritannia og Nord-Irland) å blande seg inn i portugisiske affærer. Da keiser Napoléon Bonapartes hær invaderte Portugal, ble den kongelige familie tvunget til flykte over Atlanterhavet og til Brasil. I Sør-Amerika måtte han stå over frihetsopprør som reflekterte tilsvarende hendelser i hovedstaden. Han ble tvunget til å vende tilbake til Europa midt i nye konflikter. Hans ekteskap var ikke mindre konfliktfylt da hans hustru, Carlota Joaquina av Spania, jevnlig konspirerte mot sin ektemann i favør av personlige interesser eller de til hennes opprinnelige hjemland Spania. Han tapte Brasil da hans sønn Pedro erklærte uavhengighet, og hans andre sønn Miguel (den senere Miguel I av Portugal) ledet et opprør som hadde til hensikt å avsette ham. I henhold til senere historisk forskning, kan hans død ha vært forsaket av forgiftning med arsenikk.