Den vanlige forklaringen på skipets navn var at det ble oppkalt etter Henrik VIIIs søster Maria Tudor og rosen som var Tudordynastiets emblem. Ifølge historikerne, David Childs, David Loader og Peter Marsden kan ikke denne forklaringen bevises. Det var vanlig på den tiden at skipene fikk fromme navn hentet fra kristendommen, dette i tråd med en vesteuropeisk tradisjon som gikk langt tilbake i historien. Navn som («Guds nåde») og («Hellige Ånd») hadde vært vanlige skipsnavn siden 1400-tallet, og fartøyene i den tidlige Tudorflåten hadde navn som og («De tre strusefjær» – med henvisning til kronprinsens emblem). Jomfru Maria har blitt foreslått som et sannsynlig eponym, hun var dessuten forbundet med rosen som mystisk symbol. Navnet på søsterskipet kan støtte denne antakelsen, ettersom det sannsynlig er oppkalt etter apostelen Peter, den kristne kirkes første apostel og første pave, samt granateplet som inngikk i dronning Katarinas personlige emblem. Ifølge Childs, Loades og Marsden ble de to fartøyene gitt navn som viste til den regjerende kongen og dronningen av England.