I 1521 begynte Latomus å komme i inn i kontroverser mot Luther, noe som var utløst ved at han forsvarte den fordømmelse av Luthers skrifter som kom fra universitetet i Leuven. Latomus fulgte opp med skrifter som skulle begrunne det pavelige primat (1526), om tro, gjerninger og munkeløftene (1530), og senere om ekteskapet, skriftemålet, og om kontroversartikler.