Regjeringen anmodet Flyhavarikommisjonen om ny gransking og utvidet sammensetningen av kommisjonen med ytterligere tre uavhengige medlemmer. Denne utvidede granskingskommisjonen la fram sin rapport høsten 1988. I hovedtrekk kom de til de samme konklusjonene angående ulykkesårsaken som kommisjonen fra 1984. Dette gjaldt også fartøysjefens avvik fra de gjeldende, medisinske bestemmelsene for trafikkflygere, men ettersom dette ikke hadde noen direkte innvirkning på havariet, ble dette forholdet forsøkt dempet ned. Den utvidede havarikommisjonen fant ingen bevis for at det hadde vært fremmede jagerfly i nærheten av LN-BNK da det havarerte. Vrakrestene hadde heller ingen indikasjoner på at det hadde skjedd en kollisjon med LN-BNK. NRK sendte høsten 1988 (like før granskingsrapporten ble offentliggjort) to TV-programmer om Mehamn-ulykken. Programmene var produsert av Bjørn Nilsen under tittelen . I disse to TV-programmene ble det igjen hevdet at det hadde vært fremmede jagerfly ved havaristedet da LN-BNK styrtet. I forbindelse med TV-programmene lanserte Bjørn Nilsen boken , i samarbeid med to journalister fra avisen (Oddvar Kristoffersen og J. Ludvig Solvang). De hevdet i boken var at det kunne være hemmelige jagerflyoperasjoner for NATO som hadde forårsaket ulykken ved at det hadde skjedd en kollisjon med et ukjent jagerfly og LN-BNK ved Omgang (). U2-operasjoner den angjeldende dagen ble også beskrevet. TV-programmene og boken førte til økt uro omkring ulykken.