Mot slutten av borgerkrigen var Cosgrave nådeløs mot sine gamle venner som hadde kjempet mot Fristaten. Prinsipielt var han motstander av dødsstraff, men ettersom lov og orden var høyt prioritert godkjente han henrettelsene av 77 republikanere mellom november 1922 og mai 1923. Dette var langt mer enn de fjorten IRA-medlemmene som hadde blitt henrettet av britene under uavhengighetskrigen, og mange tilgav aldri Cosgrave for henrettelsene.