Opprinnelig var ferdene nummerert med løpenummer, men fra 1984 ble nummereringen endret til et tall med bokstaver. Første sifferet angir hvilket av oppskytingsprogrammets budsjettår ferden var knyttet til (1981 var budsjettår 1). Andre sifferet angir oppskytingssted; «1» for Kennedy romsenter (KSC) i Florida og «2» for Vandenberg Air Force Base i California. Bokstavene indikerer ferdens nummer i rekken (A=1, B=2 og så videre). 1984 var i budsjettår 4, derfor ble den andre planlagte ferden dette året døpt STS-41B, siden oppskytingen fant sted ved Kennedy romsenter (STS-9 skulle egentlig hett STS-41A, men ferden var allerede kjent som STS-9, og NASA unnlot å omdøpe den for å unngå misforståelser). Da oppskytingene ble gjenopptatt i 1988 etter «Challenger»-ulykken, ble det opprinnelige nummereringssystemet gjeninnført. Nummeret refererer til hvilken rekkefølge ferdene blir lagt inn i planene, ikke i hvilken rekkefølge oppskytingene skjer.