Etter at Schreiber døde, ble Hammerschmidt på ny hans etterfølger, denne gangen som organist i i Zittau der han ble livet ut. Zittau var den gang en rik by og Hammerschmidt ble etterhvert en holden mann som eide flere hus i byen. Han tonesatte salmetekster, bidro med stoff i skolebøker og publiserte årvisse samlinger med egne komposisjoner, gjerne utstyrt med forord av Heinrich Schütz og Johann Rist. Han fikk også eksklusivt privilegium på klaverundervisning i Zittau og fungerte som forvalter i landsbyen Waltersdorf og av skogene rundt.