Schaathun stiftet Musikkhøgskolens Samtidsensemble og i 1986 samtidsmusikkensemblet Oslo Sinfonietta og var leder for Norsk Komponistforening i perioden 2006-12. Fra 2013 er han professor i komposisjon ved Norges musikkhøgskole. Han skriver også musikkfaglige artikler, musikkomtaler og annet. Schaathun er også grunnlegger av Musikkhøgskolens Samtidsensemble og dets profesjonelle etterfølger Oslo Sinfonietta.