Det andre Christiansborg brant i 1884. Denne gangen klarte slottskirken seg og er eneste rest fra det andre Christiansborg. I 1898–1906 ble det oppført en ny bygning til Det Kongelige Bibliotek etter tegninger av Hans J. Holm og biblioteket flyttet fra sine lokaler i Frederik IIIs gamle kunstkammerbygning til den nye bygningen. I 1920 ble Det Kongelige Biblioteks Have anlagt foran biblioteket og over det området hvor Christian IVs krigshavn tidligere hadde ligget. Et lite basseng midt i haven skal minne om havnen. Det er også murt inn et par gamle fortøyningsringer i muren ved enden av haven.