Protozoene ble i tidligere systematikk inndelt i fire grupper (som ofte ble oppfattet som klasser): dyreflagellater (Zoomastigophora), slimdyr (Rhizopoda), sporedyr (Sporozoa) og flimmerdyr (Ciliophora). Med unntak av flimmerdyrene, som inntar en helhetlig gruppe, er disse gruppene splittet opp og fordelt rundt om i systemet - og mange grupper, særlig de små dyreflagellatene og amøbene, har ennå ikke funnet sin rette plass. Ifølge Mora med flere (2011) fins det cirka 36 400 arter med protozoer.