Blant metodene som John of God anvendte var spirituell kirurgi. Dette er en svært kontroversiell form for healing som av skeptikere og faglig helsepersonell betraktes som helsesvindel basert på illusjonistiske triks. Han er arrestert flere ganger og fengslet en gang for å praktisere medisin uten lisens. Brasilianske myndigheter har uttalt at praksisen er ulovlig.