Ikke alle har vært enige i at Pessebåten er en virkelig båt. Noen har hevdet at funnet kan være noe annet, for eksempel et spisetrau eller lignende for dyr. Danske eksperter stilte spørsmål ved om den lille båten i det hele tatt var sjødyktig, derfor laget arkeologen Jaap Beuker en kopi av båten, som en kanoist (Mark Jan Dielemans) padlet med suksess. At båten skulle være et slags spisetrau blir avvist av de nederlandske arkeologene, som hevder at man i Nederland ikke holdt husdyr for 10 000 år siden.