Millán-Astray ble forfremmet til løytnant i 1898 og til kaptein i 1905. Han fungerte som lærer ved Infanteriskolen i Toledo, men i 1912 ba han om overføring til Afrika. Under et opprør mot det spansk styrey kjempet Millán-Astray med stor fremgang og ble i 1914 forfremmet til major. I 1919 begynte han å iverksette prosjektet for å opprette en fremmedlegion, som var godkjent av krigsministeren. Millán Astray ble forfremmet til oberstløytnant og første sjef for (fremmedlegionen) i 1920. Major Franco ble hans nestleder. Millán-Astray ledet legionen i kampene under Rifkrigen og grunnla de seremonier, symboler og ritualer som ville gi legionen en spesiell korpsånd. Dermed gjenopplivet han spanjolens gamle feide med maurerne og fremstilte sine menn først som korsfarere på en utvidet reconquista mot den islamske sivilisasjonen og senere som Spanias reddere fra kommunisme og kapitalistisk liberalisme. I 1924 knuste en kule albuen hans, og den venstre armen måtte bli amputert på grunn av koldbrann. I 1926 traff en kule kinnet hans, og han mistet høyre øye. Han fikk også en ødelagt kjeve og mistet noen tenner. Deretter ble Millán-Astray tildelt (Medalje for lidelse for fedrelandet). Som favoritt av kong Alfonso XIII, ble han forfremmet til oberst i 1924 og brigadegeneral i 1927.