Elben flyter 370,74 km gjennom Tsjekkia. Den har sitt utspring i Krkonoše (tysk: ) nord i Tsjekkia nær bosetningen Špindlerův Mlýn. Omtrent 1 km fra Elbens kilde ligger den 35–40 m høye fossen Elbenfallet. Elben løper først i en sørøstlig retning, men snur i en vid bue gjennom lavlandet i Böhmen mot nordvest i retning Tyskland. På veien mottar den fra venstre den store bielven Vltava ved Mělník og senere Ohře ved Litoměřice. Videre mot nordvest hever landskapet seg, og elven bryter gjennom Elbsandsteingebirge ved byen Děčín.