Stygge Krumpen ble født på Skøttrup Hovedgaard (nå Trudsholm) som ligger litt nord for Havndal mellom Randers og Hadsund i Jylland. Han var sønn av Jørgen Krumpen til Skjøtterup og Anne Styggesdatter Rosenkrantz, og ble oppkalt etter morbroren. Han hadde to søstre, Marine og Johanne, og to brødre, Jacob, som døde i 1518, og Otte, som fikk en viktig rolle i den danske historien.