Han var tysk helseminister mellom 1992 og 1998. Mellom 1989 og 1992 var han parlamentarisk statssekretær ved nærings- og arbeidsministeriet. Den 6. mai 1992 ble han utnevnt til helseminister i den føderale regjeringen under Helmut Kohl. Han beholdt ministerposten til regjeringen gikk av etter valget i 1998. Fra 2005 til 2008 var han minister for ernæring, landbruk og forbrukerbeskyttelse i Angela Merkels kabinett. Den 27. oktober 2008 ble han valgt til ministerpresident i Bayern. Etter valget i Bayern 2013 ble han gjenvalgt 8. oktober 2013.