McKinlay fikk sin landslagsdebut for i en bortekamp mot i november 1993. Han ble tatt ut i troppen til EM i fotball 1996 av landslagstrener Craig Brown, hvor han kun fikk spille gruppespillkampen mot . Han ble også tatt ut i troppen til VM i fotball 1998, hvor han kom inn som innbytter i Skottlands første gruppespillkamp mot . McKinlay fikk totalt 29 landskamper og laget fire mål for Skottland frem til 1998.