Jean Gerson var også involvert i den konsiliære bevegelse i forbindelse med skismaet i den katolske kirke fra 1378 og var en av de mest prominente teologer ved konsilet i Konstanz fra 1414. Han var blant dem på konsilet som inntok og opprettholdt den mest energiske holdning mot den flyktede pave Johannes XXIII, og som ivret særlig mot usedelighet innen kleresiet (noe som gav ham tilnavnet ). På Konstanz engasjerte han seg også for fordømmelse og henrettelse av Jan Hus og Hieronymus av Praha. Fransiskaneren Jean Petit hadde forsøkt å rettferdiggjøre mordet på Louis, hertug av Orléans (1407), av en tilhenger av hertug Jean av Burgund (Johann Ohnefurcht) som berettiget tyrannmord. Jean Gerson kritiserte Petits sofistiske argumentasjon. Det gikk da ikke bedre enn at Gerson etter avslutningen av Konstanzkonsilet i 1418 på grunn av beskyldninger fra hertugen av Burgund så seg nødsaget til å flykte til Rattenberg ved Inn. Senere dro han til Melk ved Donau.