Bilproduksjonen ble stoppet ved krigens utbrudd i september 1939, men startet igjen kort tid etter, og produksjon av modellene 12/70, Silver Crest, Speed 25 og 4.3 L fortsatte til et stykke inn i 1940, før den ble stoppet igjen frem til slutten av 1946. Under andre verdenskrig ble bilfabrikken alvorlig skadet i et bombeangrep, men til tross for dette fortsatte Alvis med produksjon av flymotorer (på oppdrag for Rolls-Royce) og annet flyutstyr.