Under den kinesiske borgerkrig deltok Guo som «partiløs» i Det kinesiske folks politisk rådgivende konferanse i arbeidet med å forberede utropelsen av Folkerepublikken Kina høsten 1949. Etter kommunistenes maktovertagelse innehadde han en rekke viktige posisjoner under det nye regime, han var blant annet sjef for det kinesiske vitenskapsakademi. Under 1940- og 1950-tallet arbeidet han intensivt med å representere Kina i den sovjetiske frontorganisasjonen Verdensfredsrådet på forskjellige steder i verden, da han blant annet besøkte Stockholm flere ganger. I 1951 ble han belønnet med Stalins fredspris.