Krigsårene var svært traumatiske for Tsjikatilo. Under den ukrainske nøden skal diktatoren Stalin ha instruert ukrainske bønder til å overlate hele avlingen til en landsdekkende fordeling. Ukraina ble offer for en usedvanlig kritisk hungersnød, og beretninger om kannibalisme økte drastisk. Tsjikatilos mor fortalte ham at hans bror, Stepan, hadde blitt kidnappet og konsumert av byens innbyggere. Hverken morens påstander eller Stepans eksistens har noen gang blitt bekreftet. Under krigen ble Tsjikatilo vitne til resultatene av Blitzkrieg, som både skremte og opphisset ham. Tsjikatilos far, som hadde vært fanget av tyskerne, returnerte hjem i 1949. Fremfor å bli belønnet for sin innsats i krigen ble han merket som en forræder fordi han hadde overgitt seg da han ble tatt av tyske soldater. Da Tsjikatilo kom i puberteten, oppdaget han at han led av kronisk impotens, noe som forverret hans sosiale angst og selvforakt. Han fortalte senere i politiavhør, etter å ha blitt pågrepet, at episoder i ungdommen, hvor jenter han innledet forhold til, gjorde narr av hans manglende evne til å prestere seksuelt, var en medvirkende årsak til hans senere kriminelle handlinger.