Benigno Aquino III, kalt «Noynoy», var sønn av den tidligere presidenten Corazón Cojuangco Aquino, og den tidligere senatoren Benigno Simeon Aquino, jr. Foreldrene kom fra overklassen i provinsen Tarlac nord for Manila, med pampangeno og kinesiske røtter. Han hadde fire søstre, den yngste, Kris Aquino, ble barnestjerne, skuespiller, programleder og forretningskvinne.