Under et forsøk på å bringe revolusjonen til Roma ble den franske general Mathurin-Léonard Duphot skutt og drept, hvorpå franskmennene okkuperte Roma den 10. februar 1798 og utropte Den romerske republikk fem dager etter. Fordi paven nektet å underkaste seg det franske styre, ble han tatt til fange og ført fra Roma om natten den 20. februar.