Ernest Chantre ble ansatt i 1871 ved det naturhistoriske museet i Lyon, der han var intendant og professor i antropologi fram til 1908. og utførte på oppdrag for den franske staten arkeologiske undersøkelser i blant andre Hellas, Tyrkia, Kaukasus, Lilleasia og Østerrike og forsket dessuten på Rhônedalen samt Dauphinés og Savoies alpedistrikter. Han var aktiv deltaker i de arkeolog- og orientalistkongressene og ble flere ganger utpekt til være sekretær for disse.