På misjonsselskapets sommerskole i Orkdal i 1946 og senere på bibelskole i Meldal møtte han Johanne Storflor fra Flora i Hegra. De ble etter hvert et par, og året etter giftet de seg. De fikk fire barn; den eldste sønnen, Odd Jostein Sæter, har vært KrF-politiker, mens Jon Arne Sæter er kjent som naturfotograf. Svogeren Josef Storflor var bonde og kretsformann i indremisjonen.