Denne ble gjennomført ved en kunngjøring fra Politidepartementet av 20. januar 1942 («Kunngjøring om stempling av legitimasjonskort som tilhører jøder»). Klart framtro Wagner først i oktober 1942 da jødiske menn ble arrestert. Wagner hadde hyppig kontakt med ledelsen av Statspolitiet i Oslo fra 23. oktober 1942. Den 24. november deltok han på et møte med sjefen for det norske Statspolitiet Karl Alfred Marthinsen og andre sentrale personer i Statspolitiet. På dette møtet ble aksjonen mot norske jøder 25. og 26. november 1942 planlagt. Sammen med politiinspektør Knut Rød fra Oslo- og Akeravdelingen av Statspolitiet, ledet han transporten av jøder ut av landet ombord i DS «Donau» 26. november 1942. Etter denne første deportasjonen var Wagner opptatt av å få arrestert og samlet sammen så mange jøder som mulig til en ny deportasjon. Denne fant sted 25. februar 1943 med skipet «Gotenland».