I 1867 ble keiser Maximilian arrestert og henrettet av de meksikanske frigjøringsstyrkene etter en 100 dager lang beleiring av byen. I 1917 ble den meksikanske grunnloven som fremdeles gjelder, skrevet i Querétaro. Det nasjonale revolusjonspartiet, nå det Institusjonelle Revolusjonspartiet (PRI), som hadde makten fram til 2000, ble grunnlagt i Querétaro i 1929.