NASA har brukt denne basen siden 2001 i en serie av undersjøiske ferder, vanligvis med en varighet av 3 uker eller mere, der astronauter og andre deltar. Deltakerne kalles vanligvis for «aquanauter», og istedenfor «dykking», utføres det «romvandringer» (Extra-vehicular activity – EVA). Grupper med NASA-ansatte og kontraktører lever nede i «Aquarius» så lenge som tre uker av gangen. For NASA, er «Aquarius» er overbevisende analog sammenligning til langvarige bemannede romferder, og NEEMO-aquanautene utsettes for mange av de samme oppgavene og utfordringene under sjøen, som de vil ute i verdensrommet.