Etter 2. verdenskrig omdannet den sovjetiske militæradministrasjonen vitenskapsakademiet til «Det tyske vitenskapsakademiet» i Berlin, omdøpt til Vitenskapsakademiet i DDR i 1972. På grunn av en belastende historie ble akademiet oppløst etter Tysklands gjenforening. Deler av virksomheten ble innlemmet i andre institusjoner eller overtatt av Vitenskapsakademiet i Berlin-Brandenburg, som ble etablert gjennom en traktat mellom delstatene Berlin og Brandenburg i 1992.