Einsatzkommandoene 3 ledet av Karl Jäger (i Kaunas og det sentrale Litauen), 9 ledet av Alfred Filberg (i Vilnius med omegn) og 2 i ledet av Eduard Strauch (Siauliai og nordre Litauen) var virksomme i juli 1941. Fra tidlig oktober tok Einsatzkommando 3 over kontrollen med hele Generalkommissiariat Litauen.