Han ble i 2020 utnevnt til medlem i Den Norske Nobelkomité, som komiteens yngste faste medlem noensinne. I februar 2024 ble det kunngjort at Watne Frydnes skulle overta som leder av Nobelkomiteen. Han tiltrådte som leder av Nobelkomiteen høsten 2024 som komiteens yngste leder.