På Outset Island har det blitt en tradisjon at unge gutter blir kledd i de samme grønne klærne som den legendariske helten når de blir myndige. De vise håper på denne måten å gi dem mot til å kjempe mot ondskap med sverd i hånd. Det er Links bursdag når spillet åpner og vi får se når han mottar den grønne klesdrakten fra sin bestemor. Han får også en bursdagsgave fra søsteren sin: tillatelse til å bruke teleskopet hennes. Med det får han plutselig øye på Helmaroc King, en gigantisk rovfugl, som flyr bærende på en jente i sine klør. Den blir beskutt av et piratskip og mister jenta ned i en skog på øyas fjelltopp. Etter å ha gjort seg fortjent til et sverd, begir Link seg avgårde til skogen for å undersøke, men i mellomtiden blir Aryll kidnappet av Helmaroc i stedet, og slik begynner eventyret.