Praljak gikk på gymnas i Široki Brijeg og tok eksamener i elektroteknikk, filosofi og samfunnsvitenskap ved Universitetet i Zagreb, foruten en eksamen fra Universitetet i Zagrebs dramatiske kunstakademi. Han arbeidet blant annet på et laboratorium på en yrkesskole i Zagreb og regisserte senere teateroppsetninger og fjernsynsserier. Gojko Susak, senere forsvarsminister i Kroatia, var klassekamerat i seks år. Han arbeidet også som frilans teaterleder og regissør innen de jugoslaviske oppløsningskriger.