På en steinforhøyning 70 m over havet, på den nordlige del av en naturlig havn, reiste tilflyttede kroater borgen , som i starten kun tjente som forsvarsverk. Der er ingen nøyaktige opplysninger om når borgen ble bygd, men det menes at det var senest i på 800-tallet. Med tiden kom bosteder utenfor borgen, som senere ble til en by. Šibenik nevnes som by første gang den 25. desember 1066 i notater av kong Petar Krešimir IV (1058–1074), som dengang bodde i byen. Etter militær og politisk intervensjon av den ungarske konge Ladislav kom Kroatia inn i et statsfellesskap med Ungarn i 1102. Dermed ble de kroatisk-ungarske kongene herskere over Šibenik.