I rangstigen under shogunen kom daimyōene, fyrstene. Fyrstedømmene var i praksis tilnærmet uavhengig og orden ble opprettholdt av krigerklassen, samuraiene. Samuraiene mistet under Tokugawa-shōgunatet sin rett til å eie land, noe som forsterket avhengigheten og lojaliteten ovenfor fyrstene. I motsetning til de tidligere shōgunatene, var Tokugawa-riket basert på et strengt klassehierarki, først opprettet av Toyotomi Hideyoshi. De fire klassens var samuraiene, fulgt av bøndene, håndverkerne og handelsmennene som laveste gruppe. Dette systemet førte til flere opprør, men ingen av dem var noen seriøs trussel mot shogunatet før midten av 1800-tallet.