Innen 1692 var de irske jakobittene slått ned, men Vilhelm fortsatte med krigføring, nå mot franskmennene i Nederland. Maria fortsatte å styre landet, men tok råd fra sin mann. Mens han var i England i kortere perioder var hun ikke innblandet i regjeringsspørsmål i det hele tatt, noe hadde klargjort. Men hun var involvert i alle kirkelige saker som ble bragt til monarken, også når Vilhelm var til stede.