Malaysia ligger i den indomalayiske økosone (biogeografisk region). To tredjedeler av landet er skogkledd, for en stor del av tropisk regnskog og mangrovesumper i lavlandet under 760 moh., men i høylandet eike-, kastanje- og bøketrær, og rododendron. Noen skoger antas å være opptil 130 millioner år gamle.