Lise Meitner, som hadde flyktet til Sverige, ble spurt om å bidra til prosjektet og avslo fordi hun ikke ville ha noe med bomber å gjøre. Max Born forble i Storbritannia fordi hans kone var kveker og overbeviste ham om ikke å arbeide med våpen. Felix Bloch forlot Los Alamos etter kort tid av uklare grunner. Jozef Rotblat forlot prosjektet i 1944 før atombomben var ferdig etter at det var klart at Tyskland hadde gitt opp sitt program. Noen ledende fysikere sa senere nei til å arbeide med våpen, blant andre Victor Weisskopf, Robert R. Wilson og Philip Morrison. Niels Bohr og Leo Szilard advarte om konsekvensen av atomvåpen blant annet faren for atomvåpenkappløp.