Rådet har videre ansvar for å samordne og fremme Den norske kirkes kontakt med andre kirker i Norge, ved teologiske samtaler og praktisk samarbeid. Kirkemøtet valgte i 2010 Kjetil Aano som Mellomkirkelig råds leder. Da Aano måtte gå ut av rådet i 2014 overtok biskop Erling J. Pettersen, og i 2016 ble Kristine Sandmæl valgt til rådets leder. Sekretariatet inngår i det felles sekretariatet for de sentrale rådene under Kirkemøtet: Kirkerådet, Mellomkirkelig råd og Samisk kirkeråd.