To år etter den mislykkede Helghast-invasjonen av Vekta, blir en ISA-flåte ledet av oberst Jan Templar sendt for å angripe Pyrrhus, hovedstaden i Helghan. Deres mål går ut på å arrestere keiser Scolar Visari på grunn av krigsforbrytelser. Blant ISA-enhetene som deltar i angrepet er Alpha Squad, ledet av Jan Tempars gode venn Ricardo "Rico" Velasquez. Sersjant Tomas "Sev" Sevchenko, en veteran fra en ISA-bataljonen, er hans nestkommanderende. Men de oppdager raskt at Helghast er godt forberedt mot invasjon. De har utviklet nye våpen og utstyr, som ingen fra ISA har sett tidligere.