Israel har blitt anklaget av flere menneskerettighetsorganisasjoner for apartheid, deriblant av den israelske menneskerettighetsorganisasjonen B'Tselem og av de internasjonale menneskerettighetsorganisasjonene Amnesty International og Human Rights Watch. I 2022 utga Amnesty International en rapport hvor de beskriver Israels fremferd overfor palestinerne, både i de okkuperte områdene og i Israel ellers, som apartheid. Israel har avvist anklagene og begrunner forskjellsbehandlingen av jøder og palestinere i de okkuperte områdene som en uunngåelig følge av at området har status som okkupert og ikke annektert. De tidligere israelske statsledere Ehud Olmert og Yitzhak Rabin har imidlertid advart mot en situasjon som kan sammenlignes med apartheid dersom Vestbredden på et tidspunkt skulle bli annektert av Israel uten å gi palestinerne fulle borgerrettigheter i Israel.