Kircher ble født 2. mai 1602 i Geisa ved Fulda. Fra 1614 til 1618 gikk han på jesuittkollegiet i Fulda, og deretter trådte han inn i denne ordenen. Han studerte filosofi og teologi i Paderborn, men måtte flykte til Köln i 1622 for å unnslippe framrykkende protestantiske tropper. Under denne reisen unngikk han med nød og neppe døden, da han gikk gjennom isen på vei over Rhinen. Senere var han lærer i Heiligenstadt og underviste der i matematikk, hebraisk og syrisk. I 1628 ble han presteviet, og samme år ble han professor i matematikk og etikk ved universitetet i Würzburg.