Etter forsamlingens oppløsning ble Thouret medlem, og i 1793 president av Cour de cassation. Han ble tatt med i forbudet mot girondistene, hvis politiske standpunkter han delte, og ble giljotinert i Paris under Terrorveldet, på samme dag som Isaac René Guy le Chapelier, som også hadde vært med i den konstituente forsamling, og som Ludvig XVIs sakfører, Guillaume-Chrétien de Lamoignon de Malesherbes.