Breitenburg ligger omkring fire kilometer sørøst for Itzehoe (bydelen ligger sør for Itzehoe) ved elven Stör. Breitenburger ferje fører Landesstraße 116 over Stör. Sør for kommunen løper motorveien A23 fra Hamburg til Itzehoe. Den godt ti km lange Breitenburger Kanal som ble anlagt fra 1875 til 1877, for å transportere torv fra og sement fra en fabrikk i Lägerdorf, går gjennom kommunen.