Bugenhagens fremste styrke lå på det praktiske område. Hans kirkeordninger satte i høyst vesentlig grad sitt preg på den nordtyske lutherdommen. De er gjennomgående sterkt konservative, men ikke uten pragmatiske innslag. Bugenhagen deltok også i tidens teologiske strider og var en av de flittigste medarbeiderne ved det store bibeloversettelsesverket som til slutt ble hele Lutherbibelen.