Hovedelven i parken er Prut. Den har sitt utspring ved foten av Hoverla og renner rundt 50 kilometer gjennom parkens territorium. Pruts tallrike sideelver danner mange stryk og fosser. Ved foten av Sjuryn- og Turkul-fjellene ligger vakre innsjøer som er dannet av isbreer. Generelt blir innsjøene i den subalpine sonen vannfylte på grunn av veksten av spagnum fra kantene til midten, noe som er av stor interesse for forskere.