Disse to ekspedisjonene på Østromerrikets territorium, samt forsøket på å etablere seg som Arcadius’ verge, førte til at forholdet mellom øst og vest raskt nærmet seg frysepunktet. Sent i 397 byttet Gildo, kommandanten i Africa lojalitet fra vest til øst. Dette var en svært alvorlig trussel fordi Romas befolkning var helt avhengig av kornleveranser derfra. Stilichos håndtering av denne krisa var rask og effektiv. Gildo lå i krangel med sin bror Mascezel, og da Mascezel flyktet til Honorius’ hoff ble de to sønnene hans likvidert. Stilicho ga Mascezel kommandoen over en liten avdeling elitesoldater. Mascezel slo ned Gildos revolt i løpet av våren 398 og vendte så tilbake til Italia. Han druknet kort tid etter hjemkomsten, ifølge ryktene på Stilichos ordre. Stilicho brukte krisa til å bedre forholdet til det romerske senatet som ble tatt med på viktige beslutninger og han giftet bort datteren Maria til keiser Honorius som nå var i tenårene.