I det umiddelbare etterspillet til slaget, måtte de athenske kommandantene bestemme seg for hvilken av flere oppgaver de skulle fokusere på. Konon var fremdeles blokkert ved Mytilene av 50 spartanske skip, og en betydelig aksjon mot de skipene kunne føre til deres ødeleggelse før de fikk muligheten til å slutte seg til restene av flåten til Kallikratidas. Men samtidig var det overlevende fra de 25 athenske skipene som sank eller ble satt ut av drift i slaget i sjøen utenfor Arginusaiøyene. For å ta seg av begge disse oppgavene, bestemte generalene seg for at alle åtte skulle seile med hoveddelen av flåten til Mytilene, hvor de skulle forsøke å unnsette Konon, mens trirarkene Thrasybulos og Theramenes skulle bli igjen med en mindre avdeling for å redde overlevende. Men begge disse oppdragene ble forhindret av den plutselige ankomsten til en storm som drev skipene tilbake til havnen. Den spartanske flåten ved Mytilene unnslapp, og det viste seg vanskelig å redde de druknende sjømennene.