Jerusalem ble i 638 erobret av muslimene. Patriark Sofronios forhandlet frem en anerkjennelse av den kristne kirke med kalif Umar ibn al-Khattab, men døde kort tid etter. De muslimske makthaverne ga også tillatelse til at den armenske apostoliske kirke (som av den romerske rikskirken hadde blitt sett på som kjettersk) kunne opprette et bispesete i Jerusalem. De armenske biskopene begynte fra 1311 å føre patriarktittelen. Det fantes altså fra 638 to biskoper av Jerusalem: se liste over armenske patriarker av Jerusalem for de armensk-apostoliske biskopene og patriarkene; se under for de ortodokse patriarkene.