Under ski-VM 2013 i Val di Fiemme tok Prevc en individuell sølvmedalje i stor bakke og en individuell bronsemedalje i normalbakken. Han tok sin første pallplassering i verdenscupen 22. mars 2013 i Planica med en 2.-plass, og fulgte opp med en 3.-plass i verdenscupfinalen 24. mars.