Et mer formelt forhør med fader Garnet fulgte den 13. februar 1606, og dem som var tilstede var Salisbury, Popham, Edward Coke, William Waad, Edward Somerset, 4. jarl av Worcester, Henry Howard, 1, jarl av Northampton og Charles Howard, 1. jarl av Nottingham. De behandlet Garnet med en kunstlet respekt, der de tok av seg hodeplaggene og kalte ham «herr Garnet» men samtidig vitset de om hans forhold til Vaux og hevdet at de var et kjærestepar. Under forhøret erkjente Garnet noen av de anklager som ble opplest for ham, deriblant at han hadde mottatt Catesbys brev den 6. november, men han benektet at han hadde vært delaktig i konspirasjonen og nektet å navngi noen av de mistenkte konspiratorene; Garnet var nemlig relativt overbevist om at han kunne renvaske sitt navn. Under forhøret ble skriftet fremlagt på bordet, et skrift som Garnet selv hadde forfattet, men som det ikke er sikkert at de som forhørte ham kjente til. Dette skrift ble klassifisert som en av de som ble funnet hjemme hos Francis Tresham etter at han var blitt grepet, og de som forhørte fader Garnet hadde svært forskjellige oppfatninger sammenlignet med ham om emnet; de betraktet skriftet som direkte bedragersk.