Da Juhan Parts dannet regjering i 2003, ble Paet kulturminister, og hadde det vervet frem til april 2005, da regjeringen falt ved et mistillitsvotum. I den nye regjeringen under Andrus Ansip ble Paet utenriksminister. Han satt som utenriksminister frem til han ble medlem av Europaparlamentet i 2014.