I 2013 gikk Northug ut av landslaget og dannet sitt private lag, sponset av Coop. Northug var syk en periode, og oppladningen til sesongen ble ikke som han ønsket. I Tour de Ski 2013/14 endte han på tredjeplass i sammendraget etter to etappeseire. Northug var nummer fire i mål, men Johannes Dürr ble senere diskvalifisert for doping. I Vinter-OL 2014 i Sotsji endte Northug uten medaljer. Han endte med 10.-, 16.- og 18.-plass individuelt og to fjerdeplasser i lagsprint og 4x10 km stafett. Etter at to russiske utøvere ble diskvalifisert for doping 1. november 2017 så det til at Norge ville rykke opp til 3.-plass på stafetten slik at Northug ville få med seg en bronse fra mesterskapet. Slik gikk det ikke, da Den internasjonale voldgiftsretten for sport opphevet diskvalifikasjonen av de russiske utøverne.