I løpet av hans embedstid ble det klart at Stålsett var tilhenger av homofile i vigslede stillinger, og dette ga seg også konkrete utslag i ordinasjoner og utnevnelser. Bispemøtet var allerede splittet i 1995, da Ola Steinholt, Rosemarie Köhn og Sigurd Osberg ønsket å åpne for homofile i vigslede stillinger. Stålsetts praksis brøt både med Kirkemøtets og Bispemøtets vedtak fra 1997, der de fastholdt sitt nei til homofile i vigslede stillinger. Kirkemøtet ba i 1997 biskopene i sin tilsettingspraksis om å legge dette vedtaket til grunn, noe Stålsett valgte å se bort fra. Jens Torstein Olsen ble i 2000 tilsatt som kapellan i Majorstuen menighet i Oslo som den første homofilt samlevende prest, og i 2001 ble Nils Jøran Riedl vigslet til prest i Oslo domkirke. Stålsett uttalte i denne forbindelse: "Ordinasjonen av Riedl innebærer ikke noe nytt, da kirken allerede har prester som lever i homofilt partnerskap". Han viste også til Lærenemndas uttalelse i Dingstad-saken om at uenighet i homofilisaken ikke er kirkesplittende", og uttalte: "Kirkens enhet er ikke truet, den ligger i forkynnelsen av evangeliet og forvaltningen av sakramentene.". Etter sitt møte uttalte Kirkerådet at de beklaget at denne ordinasjonen hadde funnet sted, og at det etter deres oppfatning var klart i strid med vedtaket som var blitt fattet i Kirkemøtet. Stålsett markerte seg i 2003 som en sterk motstander av USAs krigsplaner overfor Irak.