Nå fulgte medisinske studier i Padova, Pisa, Firenze og andre steder. I 1587 ble han utnevnt til livlege for hertug Philip av Slesvig-Holsten-Gottorp på Gottorp slott. Hertugen døde allerede i 1590 og Fincke fikk i 1591 et professorat i matematikk ved Københavns Universitet. I 1602 ble han retorikkprofessor og året etter professor i medisin. Dette professoratet hadde han livet ut og lengre enn noen annen; riktignok holdt han ikke forelesninger etter 1641.