I 1519 grunnla Pedrarias Dávila Panama by og flyttet hovedstaden dit i 1524. Han sendte Gil González Dávila nordover på en oppdagelsesreise og i 1524 sendte han ytterligere en ekspedisjon under ledelse av Francisco Hernández de Córdoba. Dávila var den tredje parten i den opprinnelige utforskingsalliansen mellom Francisco Pizarro og Diego de Almagro som senere førte til oppdagelsen av Peru, men han trakk seg ut mot en mindre kompensasjon. I 1526 ble han erstattet av Pedro de los Ríos som guvernør av Castilla de Oro, og dro da til León i Nicaragua, hvor han ble gjort til guvernør den 1. juli 1527, og bodde her fram til han døde 1531, 91 år gammel.