Amber City er den aller siste byen på jorden med en atmosfære som mennesker kan puste i. Isan Epel blir fanget av arbeidsgiverne sine, ved Schilman's inc, etter å ha jobbet der i all hemmelighet i to år. Uten noen minner fra fortiden gjemmer hun seg for å unnslippe forfølgerne sine, samtidig som hun forsøker å avsløre innholdet på en mystisk mikro-plate.