Internasjonale observatører har varslet om friksjon mellom de offentlige organer på flere nivåer i Bosnia-Hercegovina. Det gjelder både vertikalt, mellom de føderale organer, og horisontalt, mellom de føderale organer og entitetenes offentlige organer Den såkalte Venezia-kommisjonen, sammensatt av internasjonale eksperter, vurderte i 2005 den føderale ledelse i Bosnia-Hercegovina som en av de svakeste i sitt slag i Europa. Europakommisjonen har uttalt at den manglende harmonisering mellom forskjellige administrative nivåer i landet, er et vesentlig hinder for videre integrasjon av landet med EU.