Rügen har tre nasjonalparker: Jasmund nasjonalpark (3.003 ha) som omfatter 0,3 km² med krittklipper, og Vestpommerske boddenlandskap nasjonalpark (80.500 ha) som omfatter 805 km² av Bodden-lagunene om omkringliggende strandsoner. På Rügen starter også den 2 500 km naturskjønne veistrekningen Deutsche Alleenstraße, som går sørover i flere forgreninger helt til Baden-Württemberg i Sør-Tyskland.