Allerede før spanjolene helt hadde gitt opp håpet om en gjenerobring av Amerika og før Gran Colombia hadde blitt oppløst etter Bolívars død i 1830, hadde Perú blitt involvert i sin første grensekonflikt, Gran Colombia-Peru-krigen, over kontrollen over Ecuador I 1837 ble Perú-Bolivia-konføderasjonen lagd, men den ble oppløst to år senere grunnet chilensk militærintervensjon.