Jacobsen slet mye med skader før sesongen 2008/09. Hun fikk en vond hælsene etter Sentrumsløpet i april 2008, noe som krevde operasjon, og senere fikk hun vondt i hælsenen i den andre foten. Dette ødela nesten hele førjulssesongen, og hun vurderte å stå over toppsatsing denne sesongen. Den 15. januar 2009 slo hun tilbake og tok NM-gull på 10 km klassisk, et drøyt halvminutt foran sølvvinner Marit Bjørgen. IL Heming vant 3 × 5 km stafett, med Jacobsen på laget. Videre kom hun på femteplass på sprinten og fjerdeplass på 15 km skiathlon, og i NM del 2 fikk hun også sølv på sprintstafetten, sammen med Marte Monrad-Hansen, og hun kom på sjetteplass på 30 km.