Dagens kirke erstattet en steinkirke fra rundt 1150 som var blitt for liten. Steinkirken i Naustdal var blant de aller siste middelalderkirkene i Norge som ble revet. Korbuen i kleberstein fra gamlekirken ble tatt vare på og står som port i muren rundt kirken og kirkegården, mens altertavlen fra 1675 og prekestolen fra 1671 befinner seg i Bergen Museum.