Erik Waaler var medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi fra 1947 og av Selskapet til Vitenskapenes Fremme fra 1952 samt æresmedlem i flere medisinske organisasjoner. Han mottok Fridtjof Nansens belønnelse fra Det Norske Videnskaps-Akademi i 1964 og ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden i 1959 og til kommandør i 1973.