Hofmeyr slo seg i 1890 sammen med Cecil Rhodes som ble statsminister i Kappkolonien med støtte fra Bond. Hofmeyrs innflytelse var en mektig faktor i fullføringen av Swaziland–konvensjonen i 1890, i tillegg til å stoppe trekket til Banyailand (Rhodesia) i 1891, en bemerkelsesverdig vridning i politikken han hadde fulgt syv år tidligere. Men de reaksjonære kreftene i Bond ble stadig mer alarmert av Rhodes' imperialisme, og i 1895 trakk Hofmeyr seg fra sitt sete i parlamentet og presidentskapet av Bond. Så kom Jameson-raidet, og i dets etterspill gikk en bølge av nederlandske og anti–britiske følelser som Sør–Afrika ikke hadde sett siden Majubas dager. Igjen ble Hofmeyr Bonds president.