Den sjette sesongen bygger videre på historien som ble avslørt i siste episode av den femte sesongen, som viste at den virkelige Raymond Reddington døde mange år før hendelsen som innleder TV-serien. Mannen som har utgitt seg for å være Raymond Reddington (spilt av James Spader), var en dyktig bedrager. To andre rollefigurer som blir sentrale i sesong 6 er Dr. Hans Koehler (spilt av Kenneth Tigar), som er en mester i å rekonstruere ansikter, og Bastien Moreau, også kalt «Korsikaneren» (spilt av Christopher Lambert).