Relativt raskt ble det oppnådd enighet med EU om en domstolsordning som ville gjøre EFTA-domstolen til en selvstendig internasjonal organisasjon, frikoblet fra både EF-domstolen og EFTA. Basert på dette forhandlingsresultatet ble EFTA-domstolen opprettet som interimorganisasjon, dommere ble oppnevnt og hovedkvarteravtale ble inngått med Luxembourg. Senere måtte EFTA-landene gå tilbake på forhandlingsresultatet og EFTA-domstolen ble underordnet EF-domstolen. Men i sveitsisk rett er EFTA-domstolen fortsatt en selvstendig interimorganisasjon mens ESA og den faste komite er interimorganer i EFTA.