Han flyttet til Antipolo, en ny i åsene øst for Metri-Manila. Labayen innstilte ikke sitt arbeid for å fremme en spiritualitet som er rotfestet og levd i hver hvert menneskes humanitet, især i de fattige. Under Arroyo-administrasjonen gjorde den utrettelige radikaler i biskop Labayen ham om enn enda mer synlig i nesten ethvert forum der det dreide seg om landets kompliserte problemer. Den 29. november 2007 var Labayen sammen med biskop Antonio Tobias blent dem som ble arrestert for angivelig å ha sluttet seg til mytterister som hadde forskanset seg i kjelleren på et hotell i Makati City etter å ha aksjonert for president Gloria Macapagal-Arroyos fratreden. De to ble løslatt dagen etter.