Brady startet -sesongen med 163 pasningsyards, to touchdowns og en interception mot Buffalo Bills da Patriots vant 19–17. I uke 8, mot Minnesota Vikings, hadde han en av sine beste kamper i sesongen med 372 pasningsyards, fire touchdowns og én interceptions da Patriots vant 31&ndash7. Han hadde nok en kamp med fire touchdowns i uke 11, da de vant 35–0 mot Green Bay Packers. Brady ledet Patriots til et sesongresultat på 12–4, og fjerde seed for AFC i sluttspillet. I seriespillet kastet Brady for 3 529 yards med 24 touchdowns. Han var til å begynne med ikke en av spillerne som ble utvalgt til Pro Bowl, men ble tilbudt å spille som en erstatning etter at San Diego Chargers' quarterback Philip Rivers måtte trekke seg. Brady endte opp med å takke nei til invitasjonen.