I likhet med andre vassdrag i området ble fiskebestandene i Fjordselva negativt påvirket av sur nedbør på siste halvdel av 1900-tallet, spesielt i de høyereliggende deler av nedbørfeltet. Her ble det på 1970- og 1980-tallet registrert reduserte bestander, og i flere vatn var bestanden av ørret helt utdødd. I lavereliggende deler av vassdraget var forholdene bedre, men også her redusert. Undersøkelser i senere år har imidlertid vist en forbedring av forholdene.