I 2003 vant han Paris–Nice, kun et par dager etter at hans venn og landsmann Andrej Kiviljov døde etter en velt på andre etappe. Nøyaktig 40 dager senere, som er tradisjonell sørgeperiode i Kasakhstan, vant han Amstel Gold Race. Han dediserte begge seire til Kiviljov, og sa ved en anledning at han syklet med . Samme år vant han Sveits rundt og en etappe i Tour de France hvor han sammenlagt ble nr. 3. I denne utgaven av Tour de France angrep han praktisk talt på hver eneste fjelletappe, og det var slik han fikk etappeseieren. Dessverre for Vinokurov fikk han ikke noe særlig hjelp fra lagkameratene i fjellene. Paolo Savoldelli og Cadel Evans hadde slitt med skader mesteparten av sesongen, og Santiago Botero, som i utgangspunktet var tiltenkt kapteinsrollen, var slett ikke i form. Imidlertid syklet Vino så bra at det ikke betydde noe før på den siste skikkelige fjelletappen. Da måtte han slippe opp det nest siste fjellet og 3.-plassen hans i sammendraget kunne gå tapt. Mot slutten av dette fjellet og et stykke opp i det siste fikk han hjelp av Botero og Giuseppe Guerini, men den siste delen måtte han kjøre alene. Likevel klarte han å begrense tidstapet, og forsvarte 3.-plassen, selv om han tapte tid til konkurrentene.