Han var formann i Nordland Unge Høyre 1997–1998, medlem av Unge Høyres sentralstyre 1998–2002 og 1. nestleder 2000–2002. Pedersen var medlem av Nordland fylkesting 1999–2001, politisk rådgiver for statsråd Kristin Krohn Devold i Forsvarsdepartementet 2001–2004 og statssekretær i samme departement 2004–2005.