I 1600-tallets kriger led byen mye og de keiserlige troppers angrep i perioden 1627–29 huskes ennå Wallensteins skanse sør for byen. I 1644 brannskattet svenskene Århus og i perioden 1657–59 ble byen gjentatte ganger beleiret. Tross disse og andre ulykker som pest og store bybranner var Århus gjennom 1600- og 1700-tallet en ganske betydelig handelsby. Foruten i Danmark og Norge, drev byen stor handel med Lübeck, Amsterdam, England, Frankrike og Spania. Midt på 1600-tallet var handelsflåten på om lag 100 skip og kornutførselen til Norge og utlandet var årlig på cirka 20 000 tønner. På begynnelsen av 1700-tallet var utførselen steget til rundt 36 000 tønner. Deretter begynte nedgangstiden i hele Danmark. I 1735 ble det ennå bare drevet en liten handel med Lübeck og Norge og handelsflåten var kun halvparten så stor som den hadde vært, havnen begynte å bli tilsandet og i 1768 var det bare 31 skip igjen. I 1769 var det ca. 3500 innbyggere i Århus.