Som med de andre øyene i Nord-Marianene, så ble Rota solgt til Det tyske riket under den tysk–spanske traktaten av 1899. I første verdenskrig ble øyene okkupert av det japanske imperiet. I 1919 formelt anerkjente League of Nations japansk kontroll under Det japanske stillehavsmandatet. Imidlertid sakket utvikling av Rota akterut som i nærliggende Tinian og Saipan, med bare 1000 japanske innbyggere som kommer ved utgangen av desember 1935, de fleste av dem er ansatt for å dyrke sukkerrør eller sukkerraffinering. Raffineriet var ikke økonomisk, og det ble stengt tre år senere.