I 1932 fikk Elton etablert Bureau of Animal Population ved Oxford (norsk: Avdeling for studier av dyrepopulasjoner), som ble et sentrum for å samle inn data for svingninger i dyrs populasjoner. Samme året ble grunnlagt, med Elton som første redaktør. I 1936 ble han utnevnt til foreleser i dyreøkologi ved Universitetet i Oxford, og Corpus Christi College valgte ham til stillingen senior research fellow. Under andre verdenskrig fikk Bureau of Animal Population i oppdrag fra Agricultural Research Council å finne effektive metoder for kontroll av rotter, mus og harer. Elton startet i den forbindelse et forsøksprosjekt der han studerte individuelle dyrearter i våtmarker og vann. Dette gikk for seg på University of Oxfords eiendom, Wytham. Denne undersøkelsen gikk over 20 år. Eiendommen hadde eng, skog og vann. Etter sin avgang fra universitetet, gjorde han noen undersøkelser i tropisk Amerika.