Scheins far, den evangeliske pastoren Hieronymus Schein, døde tidlig og gutten flyttet med sin mor til Dresden. Fra 1608 til 1612 studerte han rettsvitenskap ved Universität Leipzig. Han ser ut til å ha tatt studiene alvorlig og ble uteksaminert, men interessene gikk i retning av diktekunst og musikk, og han begynte å komponere. Han ble musikklærer hos Gottfried von Wolffersdorff i Weißenfels, hvor han lærte Heinrich Schütz å kjenne. I 1615 ble han hoffkapellmester i Weimar, senere fulgte han etter Sethus Calvisius som thomaskantor ved Thomasschule i Leipzig og ble byens musikkdirektør.