Handlingen er lagt til en alternativ tidslinje fra Men in Black-filmene. De viktigste forskjellene i serien er at Agent K ikke trakk seg fra byrået, og Agent J blir fremdeles sett på som en nybegynner. Agent L på den annen side er imidlertid medlem av senior-staben i organisasjonen. De aller fleste episodene er frittstående fra hverandre.