På tross av disse tekniske og kommersielle suksessene, begynte Microsoft og Intel raskt å senke Apples markedsandel med henholdsvis operativsystemet Windows 95 og Pentium-prosessoren. Disse førte til betraktelige forbedringer når det gjaldt multimedia-egenskaper og ytelse hos IBM-kompatible PC-er, og brakte Windows enda nærmere Macens grafiske brukergrensesnitt. Som et svar på dette, begynte Apple å lisensiere ut deler av sin teknologi til firmaer som ville lage Macintosh-kloner for å holde på sitt fotfeste innen det såkalte -markedet. Dette førte til at markedsandelen for Macintosh økte noe, men det var på bekostning av Apples bunnlinje. Firmaet gikk med tap i den perioden klonene ble produsert. Som følge av dette stoppet Steve Jobs hele prosjektet da han kom tilbake til Apple i 1997. Selv om maskinene som ble produsert var til fordel for kundene, tapte Apple mye penger på klonemarkedet. Denne beslutningen førte til betydelige økonomiske tap for firmaer som Motorola og Power Computing som hadde lagt ned store ressurser i å etablere sine egne Mac-kompatible produktlinjer.