Kontaktene og kunnskapen Darwin hadde fått gjennom sine hobbyer førte til at botanikeren og presten John Stevens Henslow anbefalte ham som ulønnet for den unge marinekapteinen og naturforskeren Robert FitzRoy ved hans planlagte jordomseiling med HMS «Beagle». Darwin senior var skeptisk til å slippe sønnen ut på det han anså som enda et ørkesløst foretagende. Darwin beklaget seg til sin onkel, porselensfabrikanten Josiah Wedgwood II, som fikk overtalt faren til å la unge Darwin legge ut på sitt store eventyr.