Trass i motstand fra faren ble Sjeptytskyj munk i det basilianske kloster i Dobromyl (1888) - han vendte med dette tilbake slektens røtter, til det som ble betraktet som den bondske ukrainske gresk-katolske kirke. Han tok klosternavnet etter apostelen Peters lillebror, Andreas, som tradisjonelt betraktes som grunnlegger at den bysantinske kirke og særdeleshet vernehelgen for dens ukrainske kirkelige forgrening. Han studerte deretter ved jesuittenes seminar i Kraków, og der tok han doktorgrad i teologi i 1894.