Juan Pardo de Tavera ble først gravlagt i Valladolid, så senere i kirken Hospital de Tavera i Toledo, som han selv hadde etablert - men som fortsatt var uferdig ved hans død. Alonso Berruguete skapte en dyrebar marmorgrav for ham mellom 1551 og 1561, der han er avbildet som en liggende figur (gisant), omgitt av de fire kardinaldydene visdom/klokskap , rettferdighet og mot og moderasjon . Det posthume portrett laget av El Greco rundt 1610 basert på dødsmasken hans kan også sees der.