Fylkesarkivene er i hovedsak fylkeskommunale institusjoner, som regel underlagt fylkeskommunens kulturavdeling, men kan også være direkte underlagt fylkesrådmannen (Oppland). I Aust-Agder og Vestfold er fylkesarkivene slått sammen med museene i fylket og er organisert som interkommunale selskaper, med fylkeskommunen som største eier.