Aquino-regjeringen viste seg å selv ikke være fri for det som kalles pork barrel-politikk, som ble ansett som forfatningsstridig og årsak til flere korrupsjonsskandaler, og ble beskyldt for særbehandling av sine favoritter. I løpet av sin periode ble Aquino kjent for å omgi seg med pålitelige samarbeidspartnere, som imidlertid tok seg store friheter og passet på å fremme personlige interesser.