Hooker ldet sitt korps (nå kalt XX Corps) på kompetent vis i Atlanta-felttoget under Sherman i 1864, men ba om å bli avløst før byen ble tatt på grunn av sin misnøye med forfremmelsen av generalmajor Oliver O. Howard til å lede Army of the Tennessee da generalmajor James B. McPherson døde. Ikke bare hadde Hooker lengre fartstid enn Howard, men han la også en god del av skylden på Howard for sitt nederlag ved Chancellorsville. Howard hadde ledet XI Corps som tok hovedstøyten av Jacksons flankeangrep. Hookers biograf rapporterte at der var tallrike fortellinger som indikerer at Abraham Lincoln forsøkte å overstyre Sherman og oppfordret ham til å la Hooker bli utnevnt til å lede Army of the Tennessee, men Sherman truet med å trekke seg dersom presidenten insisterte. Men på grunn av «opplagte hull» i de offisielle nedtegnelsene fra krigen, kan ikke fortellingen verifiseres.