Gjennom 1980-og 1990-tallet, bodde Binaisa i New York, der han arbeidet som advokat. Senere returnerte han til Uganda, der han levde et rolig liv som pensjonist. Binaisa giftet seg med Tomoko Yamamoto den 26. juli 2004. De hadde møttes gjennom internett. Ekteskapet tok slutt i juli 2005. Binaisa døde i søvne den 5. august 2010. Han var 90 år gammel og hadde hatt slag eller hjerteinfarkt tidligere dette året. Binaisa ble innvilget statsbegravelse av myndighetene i Uganda.