I mai 2004 pådro Wieghorst seg en alvorlig kneskade i en kamp mot FC København. Han oppnådde imidlertid enda et comeback i april 2005 og var dermed en del av det mannskapet som vant mesterskapet og cupen i en og samme sesong, også kjent som «The Double». Sommeren 2005 avsluttet Wieghorst sin aktive karriere som fotballspiller. Etter dette ble han assistenttrener for FC Nordsjælland i 2005-06-sesongen. Da Johnny Petersen ble sparket, ble Wieghorst forfremmet til hovedtrener for den etterfølgende sesongen.