Den europeiske menneskerettsdomstol (EMD) fastslo i dom av 10. januar 2006 at KRL-faget, slik det var etter ordningen fra 1997, ikke i tilstrekkelig grad tok hensyn til foreldrenes religiøse og filosofiske overbevisning. Norge hadde dermed krenket den europeiske menneskerettighetskonvensjonen, første tilleggsprotokoll art. 1. EMD fant at det var kvalitative forskjeller i undervisningen i kristendom i forhold til de andre delene av faget, og mener derfor at det er uklart hvordan fagets formål: Å fremme forståelse, respekt og dialog, kan nås. På denne bakgrunn konkluderer domstolen med at kristendomselementene i faget er i strid med EMK. Flere av formuleringene som dommen kritiserer i den tidligere lovbestemmelsen, var ikke endret siden 1997. Dommen la til grunn at en obligatorisk opplæring om religioner skal være objektiv, kritisk og pluralistisk. Det innebærer at slik opplæring skal være saklig og upartisk, og at de ulike verdensreligioner og livssyn skal presenteres med respekt.