Hanestad fikk raskt sparket manager Kjell Tennfjord fra klubbens administrasjon, og konfliktene første også til at hovedtrener Harald Aabrekk søkte permisjon og senere sluttet. Totalt femten personer forsvant fra Branns sportslige og administrative ledelse i løpet av Hanestads opprydning i 1999. Hanestad fungerte som direktør i sportsklubben ut 1999, før han overlot vervet til sin håndplukkede etterfølger Bjørn Dahl. Han fortsatte imidlertid som nestleder i Brann ASA, og ble fra 2002 også ASAets leder. Brann ASA la ned driften våren 2003, etter å ha tapt 80 millioner kroner siden oppstarten i 1997. Spiller- og markedsrettighetene samt ASAets ansatte ble da ført tilbake til Sportsklubben, mens Hanestad selv ikke fikk noen rolle i Branns videre drift.