Christmas Møller opplevde det tyske angrepet på Danmark den 9. april 1940 som ydmykende. Han ble utpekt til handelsminister i de første samlingsregjeringene under okkupasjonen, men kritiserte den danske samarbeidspolitikken. Han måtte trekke seg som minister i oktober samme år, etter trusler fra tyskerne. Christmas Møller var med på å danne motstandsgruppen Frit Danmark. I 1942 flyktet han til England. Selv om han ble formann for Det danske råd i London og representant for Frihedsrådet, fikk han ikke den innflytelsen han hadde håpet på. Med sine ildfulle radiotaler fra BBC i London ble Christmas Møller likevel et ikon for den danske motstandsbevegelsen.