El Fakiri startet sin spillerkarriere for Lyn, klubben han hadde spilt fotball for i ungdomsårene, der også hans eldre bror Omar og yngre halvbrødre Petter og Jørgen spilte til og med juniornivå. Han debuterte på seniornivå for Lyn 28. mai 1995 i en kamp mot Skeid. I løpet av sin første sesong for klubben fikk han spille elleve kamper totalt. I 1997 ble El Fakiri kåret til Årets Spiller i Lyn. Start-spiller Krister Isaksen ble anklaget for å komme med rasistiske tilrop mot El Fakiri i en seriekamp i mars 1998.