Begrepet fatimid er noen ganger brukt til å definere innbyggerne av kalifatet. Den styrende eliten av staten tilhørte den ismaeliske linjen av sjiaislam. Lederne av dynastiet var også sjiaismaliske imamer, samtidig hadde de påvirkning på ismaeliske muslimer. De var også en del av den av rådgivere sambandet til kalifen, som de stor sett ble sett på av de fleste muslimer, den eneste perioden hvor sjiaimamene og kalifatet var forent siden kalifatet til Ali.