Til bruk for de unge Holsteinere, hadde Hojer nemlig forfattet sin (Flensburg 1718), et skrift som i flere henseender viser forfatterens fortreffelige evner og sunne dom over historiske personer og begivenheter, men hvor han samtidig uttalte seg med en da uvant dristighet om forskjellige forhold. Dette framprovoserte mye harme, og førte til langvarige ubehageligheter for Hojer. For eksempel opptrådte Ludvig Holberg (under navnet «Poul Rytters») meget skarpt og hånlig mot ham, da han hadde følt seg personlig krenket av Hojers uttalelse om et av hans skrifter. Enda større forargelse vakte Hojers naturrettslige avhandling , som kom ut i 1718 i Tyskland. Siden adskillige påstander i skriftet kunne tolkes som om forfatteren gjorde seg til forsvarer av ekteskap mellom de aller nærmest beslektede, så oppstod det en storm mot ham både hjemme og i utlandet. Ved sin rolige holdning og sin ufortrødne besvarelse av alle innvendinger, lykkes det dog Hojer til slutt å få stormen til å legge seg. Dog ville han vel neppe ha nådd dette resultatet om ikke innflytelsesrike venner hadde tatt ham under sine vinger, og om ikke han selv, med en god samvittighets uforstyrrelige ro, midt under stormen hadde arbeidet videre og skrevet en rekke skrifter om finans, statsøkonomi, historiske skrifter og avhandlinger, alle skrevet til kongen og kronprins Christian. Av disse ble kun (1720) trykt.