Den 15. november 2007 ble Bonds tiltalt for perjury og hindring av rettsvesenet, basert på hans vitnemål for en storjury i denne etterforskningen. Rettsaken mot Bonds begynte 21. mars 2011, og han ble dømt for hindring av rettsvesenet 13. april 2011, men denne dommen ble opphevet i 2015.