Cooper Creek har utspring på vestsiden av Great Dividing Range som elva Barcoo, i det sentrale Queensland. Herfra renner den i nordvestlig retning, til den snur mot sørvest etter å ha passert byen Blackall. Den kalles Cooper Creek etter samløpet med Thomson rundt 40 kilometer nord for byen Windorah. Den renner deretter gjennom Strzeleckiørkenen og Tirariørkenen før den munner ut i den nordlige Eyresjøen. Det er imidlertid sjelden at Cooper Creek faktisk rekker fram dit. De fleste årene blir vannet i elva absorbert i bakken, fyller sidekanaler og de mange permanente vannhullene, eller simpelthen bare fordamper uten å nå fram til Eyresjøen. I meget vannrike år klarer den imidlertid å krysse hele Channel Country og rekke fram til sjøen. Sist gang dette skjedde var i 2000.