Froberger vendte tilbake til Wien i april 1653 for å gjenoppta arbeidet som hofforganist. Den nye keiser Leopold I av Det tysk-romerske rike reduserte i 1657 antallet musikere i Wiens hoffkapell og Frobergers stilling ved hoffet ble droppet. Fra ca. 1662 var han lærer for den musikkelskende hertuginne Sybilla av Montbéliard (1620–1707) og bodde på hennes slott d'Héricourt i det württembergske grevskapet Montbéliard. Froberger døde på slottet etter et slaganfall. Omstendighetene rundt hans død ble beskrevet i et brev fra hertuginnen til Huygens.