I løpet av samme århundre ble kirken utvidet i to omganger. Med tilføyelsen av et nordre sideskip (hvor orgelet er plassert i dag) i 1631 og et søndre sideskip (hvor hovedinngangen er i dag) i 1634, skapte Christian IV den korskirken som i dag danner rammen om gudstjenesten. Allerede 60 år senere var imidlertid denne bygningen for liten til menigheten, og under Christian V ble enda et nordre sideskip bygget til.