En viktig del av dette arbeidet består i å argumentere for avvikling av statskirkeordningen. Forbundet har ved flere anledninger fått lagt inn i Stortinget forslag til endring av Grunnlovens § 2. Gjennom den personlige oppnevningen av Bente Sandvig, mangeårig fagsjef i Human-Etisk Forbund, ble forbundet representert i Gjønnes-utvalget som utredet forholdet mellom staten og Den norske kirke, og som la fram sin utredning NOU: 2006: 2 for Kultur- og kirkedepartementet i januar 2006.