Som ung spiller ble han lånt ut til Larisa og Kavala, der han ble toppscorer i gresk andredivisjon. Tilbake i PAOK ble Salpingidis fast på laget i 2002, og ble utnevnt til klubbkaptein som 21-åring. I 2005/06-sesongen ble han toppscorer i den greske toppdivisjonen for PAOK. 16. august 2006 gikk han til Panathinaikos, og 20. august samme år scoret han hattrick i ligadebuten sin for Panathinaikos mot Egaleo. Han var med på å vinne den greske ligaen med Panathinaikos i 2009/10-sesongen.