I perioden mellom april 2009 og oktober 2011 ble det opprinnelige skolebygget revet, og en moderne ungdomsskole med et areal på om lag ni tusen kvadratmeter ble reist. I byggeperioden ble undervisningen lagt til lokaler ved Sommerlyst skole på Tromsøya. Skolen har en kapasitet på 540 elever. Tromstun skole oppnådde en andreplass i NRKs spørrekonkurranse i 2021.