Europeisk Ungdom er organisert i tre organisatoriske nivåer med sentralledd, fylkeslag og lokallag. Lokallagene er det laveste nivået og omfatter vanligvis en kommune eller var studentlag. Det var ikke lokallag alle steder, men etter at Europeisk Ungdom ble bygget kraftig ut og ble en stor organisasjon under EU-kampen fra 1992 prøvde Europeisk Ungdom å opprettholde fylkeslag i alle fylker for å koordinere aktiviteten, og fylkeslagene hadde større grad av kontinuitet.