Utbyggingskostnadene for fastlandsforbindelsen ble delt mellom staten (51 %), fylket og kommunene (11 %) og bompengefinansiering (38 %). Bompengeinnkreving var opprinnelig antatt å finne sted inntil 2012. Et vesentlig større trafikkgrunnlag enn beregnet samt at to av de tre prosjektene ble fullført under budsjett gir prosjektet en bedre økonomi enn forutsatt. Det ble da besluttet å nedlegge bomstasjonene på Dolmøya og Ansnes 31. januar 2003, bomstasjonen på Sandstad sto helt til 20. februar 2010. Bompengeinnkrevingen skjedde av selskapet Hitra Frøya Fastlandssamband.