Mens Artyom prøver å finne kuren for Annas sykdom i Novosibirsk, begynner Miller å gå i fotsporene til Kirills far, Oberst Vyacheslav "Slava" Khlebnikov, for å finne sattelittkartet. Et år tidligere hadde Slava jobba som en soldat i Novosibirsks metro mens han oppdro Kirill. Samtidig planla metroens regjering (OSKOM) å evakuere hele metroen, men det var ikke nok anti-strålingsserum til alle beboerne. OSKOM begynte å frata serumet til folk, noe som førte til opprør. En fullskala borgerkrig brøt til slutt ut nede i metroen, som tvang Slava til å beskytte OSKOMs hovedkvarter fra rebellene. General Anatoliy "Tolya" Vinogradov slapp giftig gass ut under kampen, noe som drepte nesten alle som var tilstede på undergrunnsstasjonen. Når Slava konfronterte ham med dette, svarte Tolya med at OSKOMs ledelse allerede hadde tatt alt det gjenværende serumet og var i ferd med å flykte fra Novosibirsk. De hadde bestemt at metroen skulle fylles med gass for å drepe resten av befolkningen. Tolya beordret sine menn om å ødelegge toget til OSKOM før de kunne evakuere, før han selv tok selvmord. Uten noe annet valg, dro Slava ned i en mutant-infisert bunker for å få tak i kartet som ledet til Baikalsjøen. Han fant kartet, men omkom til strålingssyke etter å ha brukt sin siste dose med anti-stråling. I nåtiden finner Miller kroppen hans og kartet. Han forteller Slava at han ikke døde forgjeves og lover å evakuere Kirill fra Novosibirsk før han drar derfra.