Fitzpatrick fikk sin 100. start i uke 12, mot Miami Dolphins. Han kastet for 277 yards og fire touchdowns i kampen, som endte i 38–20 seier for Jets. Uken etter mot New York Giants kastet Fitzpatrick for 390 yards med to touchdowns da Jets vant 23–20 på overtid. Etter 263 yards og tre touchdowns i en 30–8 seier over Tennessee Titans i uke 14 ble han utpekt til AFC Offensive Player of the Week. Under Satudary Night Football fikk Fitzpatrick sin niende seier som kampstarter i sesongen etter å ha kastet for 299 yards, en touchdown og en interception i en 19–16 seier over Dallas Cowboys i uke 5, og sikret dermed sin første vinnende sesong som startende quarterback. Han ble igjen utpekt til AFC Offensive Player of the Week etter å ha ledet Jets på et kampvinnende drive på overtid mot New England Patriots i uke 16. I omkampen mot Bills i sesongfinalen i uke 17 kastet Fitzpatrick for 181 yards og to touchdowns, men kastet også tre interceptions i fjerde kvarter. Jets tapte kampen 17–22, og mistet også sjansen til å nå sluttspillet etter at Steelers vant mot Browns, til tross for å ha avsluttet sesongen 10–6.