Administrerende direktør i det børsnoterte BVB, Hans-Joachim Watzke, klarte å rydde opp i de økonomiske problemene og ble kvitt gjelden på 126 millioner euro. Sportslig gikk det også mye bedre. Som tapende finalist i cupen i 2008, kunne de delta i UEFA-cupen siden cup-mester Bayern München var kvalifisert for Mesterligaen. De tapte kvalifiseringsrunden på straffespark mot Udinese etter 2-2 sammenlagt over to kamper. I serien kom laget på sjetteplass i 2008-09 sesongen og var ubeseiret på hjemmebane. Neste sesong kom de på femteplass og kvalifiserte seg til Europaligaen, men kom på tredjeplass i gruppespillet bak Paris Saint Germain og Sevilla FC og gikk ikke videre til sluttspillet. Klubben hadde hentet inn mange unge, ukjente spillere som Mario Götze, Nuri Şahin, Shinji Kagawa og Robert Lewandowski og de blomstret under Klopps ledelse. Da Bundesligaen tok vinterpause i 2010 ledet BVB tabellen og sikret seg seriegullet 30. april 2011, to runder før slutt.