Bill Walsh, tidligere hovedtrener ved Stanford University, ble lagets redning etter et katastrofalt dårlig tiår for 49ers. Walsh, som ble ansatt under offseason i 1978, hadde tidligere jobbet under Paul Brown som offensive coordinator for Cincinnati Bengals, og skulle vise seg å være en ekspert når det kom til drafting, og har også fått deler av æren for populariseringen av , som er basert rundt korte pasninger med et hovedfokus på rushing, som konsekvent kunne plukke opp 6–8 yards per play. Under NFLs draft i 1979 plukket Walsh opp både quarterbacken Joe Montana fra Notre Dame og wide receiver Dwight Clark i tiende runde, to spillere som endte opp med å spille en viktig rolle for laget i den nære fremtiden. Det skulle derimot ta noen år før 49ers under Walsh kunne produsere gode resultater, med svake sesonger i både og .