Regionen Zlín ble etablert 1. januar 2000 med basis i den konstitusjonelle lov No. 347 av 3. desember 1997. Regionen ble dannet ved en sammenslåing av deler av Jihomoravský kraj (distriktene Zlín, Kroměříž og Uherské Hradiště) og Severomoravský kraj (distriktet Vsetín).