Autoimmune sykdommer er ofte vanskelige å diagnostisere fordi symptomene ofte er vage og diffuse i starten. Det kan være en følelse av slitenhet, muskelsmerter, leddsmerter, lett feber som kanskje kommer og går med mer. Man kan være syk én dag og føle seg «frisk» den neste, eller det kan gi seg utslag i kortere og lengre perioder med besvær. Autoimmune sykdommer produserer ofte antistoffer som ellers ikke skal finnes i kroppen. Disse antistoffene er det i mange tilfeller mulig å påvise gjennom blodprøver.