Den systematiske utryddelsen av jødene begynte i form av massehenrettelser to dager etter invasjonen 22. juni 1941. Massakrene på sovjetisk område (inkludert de baltiske landene) ble utført av flere som fulgte rett etter fremrykkende tyske militærstyrker (Wehrmacht og Waffen-SS). Omkring halvparten av de jødiske ofrene for Holocaust var polske og 1 million var sovjetiske borgere, og de fleste av disse var drept ved utgangen av 1942. Folkemord på jødene og andre folkegrupper foregikk i hovedsak i området som tilsvarer Polen, Belarus, Ukraina, Litauen og Latvia.