På midten av 1640-tallet hadde samfunnet av irske, flamske og franske kapere og sjørøvere med base i Wexford en flåte på 200 lasteskip og 21 fregatter med den hensikt å angripe engelske skip mellom Biscayabukten og Østersjøen. I løpet av få år hadde denne flåten doblet seg. Det kunne imidlertid ikke vare. I 1649 landet en parlamentarisk hær under Oliver Cromwell i Dublin og etter noen måneder dro de ut for å erobre Wexford. En hær på 7000 fotsoldater og 2000 kavalerier slo leir nord for byen og sendte en avdeling for å erobre festningen på Rosslare ved munningen av havnen. Dette gjorde det mulig for Cromwells flåte å gå inn i havnen uten motstand. Hæren flyttet sør for byen og bombarderte Wexford Castle. Etter en uke eller så brøt Cromwells tropper forsvaret da festningen overga seg. Kanonene ble vendt mot byen og Cromwells tropper satte i gang et angrep på byens forsvarere. Irske tropper tok oppstilling på torget, men de ble raskt nedslaktet. Cromwell og hans offiserer gjorde ingen forsøk på å holde tilbake soldatene sine, som herjet og plyndret byen. Hundrevis av sivile ble skutt eller druknet da de prøvde å unnslippe blodbadet ved å flykte over elven Slaney.