Øya har fire distinkte økoregioner. Den Hispaniolan-økoregionen med fuktige skoger dekker omtrent 50% av øya, spesielt de nordlige og østlige delene, hovedsakelig i lavlandet, men strekker seg opp til 2100 meter. Den Hispaniolans tørre skoger-økoregionen okkuperer omtrent 20 % av øya, og ligger i regnskyggen av fjellene i den sørlige og vestlige delen av øya og i Cibao-dalen i sentrum-nord av øya. Hispaniolan-furuskogene okkuperer de fjellrike 15 % av øya, over 850 meters høyde. Den oversvømmede økoregionen for gressletter og savanner i den sørlige sentrale regionen av øya omgir en kjede av innsjøer og laguner der de mest bemerkelsesverdige inkluderer innsjøen Azuei og Trou Caïman på Haiti og den nærliggende innsjøen Enriquillo i Den Dominikanske Republikk, som er ikke bare det laveste punktet på øya, men også det laveste punktet på hele øyen.