For å stille diagnosen Crohn henvises pasienter ofte til en røntgenundersøkelse av tynntarmen eller en koloskopi, hvor en spesialist ser opp i tykktarmen ved hjelp av en slange med fiberoptisk kikkert. På røntgenbildene kan man i overgangen fra tynn- til tykktarmen typisk finne et område som er trangt og hovent, typisk for en slik betennelse. Ved koloskopien kan legen ta vevsprøver av betente områder, prøver som senere kan analyseres i mikroskop for å stille diagnosen og for å skille den fra ulcerøs kolitt.