Han vendte tilbake til USA og underviste teologi ved bispedømmeseminaret i Rochester. I 1965 ble han kalt til å undervise ved Catholic University of America i Washington, D.C.. På grunn av sin dissens fra den offisielle katolske stillingen om kunstig prevensjon, besluttet universitetets ledelse i 1967 ikke å fornye hans kontrakt, men etter protester fra andre professorer og også fra studenter trakk de beslutningen tilbake. I 1968 undertegnet han sammen med en gruppe teologer et dokument som kritiserte pave Paul VIs encyclika .