I 1987 ble Ma'huno sekretær for direktivkomiteen etter at Gusmão trakk seg fra FRETILIN for å være politisk nøytral og ble president for Conselho Nacional de Resistência Maupe (CNRM, paraplyorganisasjonen til den timoreske motstanden, grunnlagt i 1988. Ma'huno ble militærråd i 1988 og i mai 1990 generalsekretær i FRETILIN.