Biskop Desiderius av Vienne bekjempet simoni og korrupsjon, og fordømte det han anså som umoral ved hoffet. Brunhilda var uenig, og sammen med biskop Aridius av Lyon sørget hun for at et konsil i Chalon-sur-Saône avsatte ham i 602 eller 603. Desiderius måtte dra i eksil til (latin: , «barbarøya») i elven Saône. Rykter om hans mirakler gjorde at Brunhilda likevel lot ham vende tilbake etter fire år. Men Desiderius fortsatte uforferdet sin kritikk av kongehuset og toppet det med en preken om kyskhet foran Brunhilda og Theoderik. Guvernøren i Vienne skal deretter ha fengslet tolv prester, men angivelig ble de mirakuløst satt fri, noe som imponerte den unge kongen. Han innkalte biskopen til hoffet og fikk følgende råd: «Fjern de ulykksalige kvinnene fra hoffet og gift deg med en prinsesse som er Burgund verdig!» Theoderik giftet seg derfor med en vestgotisk prinsesse. Det likte ikke Brunhilda som fryktet å miste sin makt og skal ha leid tre leiemordere, Beffan, Galifred og Betton, for å hevne seg på Desiderius. Han var på hjemvei fra Chalon da de angrep ham med stokker og steinkasting til han falt av hesten og døde. Mer trolig har dette vært et rovmord på soldatenes eget initiativ, som ikke hadde noe med kongehuset å gjøre.