Phelan tar saken til byens politiledelse, og får dem til å etablere en enhet som skal etterforske Barksdale. Likevel, grunnet dysfunksjonaliteten i politiet, blir enheten bare en fasade som skal tilfredsstille dommeren. Kampen mellom motiverte politioffiserer som er på saken og deres motvillige overordnede er tema gjennom hele sesongen, der innblanding fra sjefene ofte truer med å spolere etterforskningen. Etterforskningsenhetens sjef, Cedric Daniels, fungerer som mellommann mellom enheten og politiets ledelse.