Han var gift med Sophie Lintrup, datter av amtsfysikus Christian Lintrup. Han hadde den uvanlige idé å gi sine eldste barn navn etter deres plass i søskenflokken: Nina, Tina, Ellef og Tollef. De sønnene som vokste opp var distriktslege i Rendalen og Gloppen Ole Paus (1830–1897), major og krigskommissær i Molde Johan Altenborg Paus (1833–1894), grosserer i Manchester (Ellef) Christopher Paus (1843–1919) og kaptein og jernbaneingeniør Tollef Lintrup Paus (f. 1843); blant hans døtre var Sofie Henriette Paus (1832–1862) og Nina Paus (1839–1866), som begge var gift med skipsreder Hans Hoell på Søndre Brekke; videre hadde han døtrene Louise Johanne Margrethe Hoelfeldt Paus (1835–1908), som var gift med ordfører i Trondheim Christian Hulbert Hielm og som har etterkommere med slektsnavn bl.a. Hielm, Høyer og Blom, og Minda Paus (f. 1848), som var gift med Hans Houens sønn Karl Houen.