I 2000 vant Aristide på nytt presidentvalget med sitt nye parti Fanmi Lavalas, og ble president på ny. Denne gangen ble valget imidlertid heftig anfektet av anklager om valgfusk og rapporter om vold og trusler mot opposisjonen. I februar 2004 ble Aristide under uklare omstendigheter tvunget til å forlate landet, og fløyet direkte til Den sentralafrikanske republikk av US Marines. Han havnet i eksil i Sør-Afrika, hvorfra han fortsatte å hevde sin lovlige rett til presidentembetet. USAs innblanding i Aristides eksil har blitt belyst av Wikileaks dokumenter offentliggjort av Aftenposten.