Pedersen var ansvarlig for den sentralt ledete institusjonen Brente steders regulering (1940–45). Etter krigen ble han fratatt retten til medlemskap i Norske arkitekters landsforbund i 3 år, frem til 1. januar 1949. Tilsvarende straff ble gitt til arkitekter som var medlem i det nazifiserte arkitektforbund eller som hadde utført særlig graverende tilfelle av arbeid for okkupasjonsmakten.