I 1969 ble Hernes universitetslektor ved Sosiologisk institutt ved Universitetet i Bergen og professor samme sted i 1971. I 1970-årene var han med i forskergruppen for den første Levekårsundersøkelsen. Han ledet den første maktutredningen, som fikk ros for å ta i bruk sin tids mest moderne analyseteknikker for å forstå det norske samfunnet. I 1974–75 var han Fellow ved Center for Advanced Study in the Behaviorial Sciences ved Stanford (Palo Alto).