Bandets comeback-plate, , kom ut i 1998, og ble rimelig godt mottatt. Noen kommersiell suksess var den imidlertid ikke, for bandet hadde ikke lenger noe stort plateselskap i ryggen. Det tyske selskapet SPV tok seg av distribusjonen i Europa, mens CMC ga ut platen i USA. I 2001 ble utgitt, også den med god mottagelse. I 2002 spilte bandet inn en konsertplate, , som også ble utgitt på DVD. Miranda og Rondinelli forlot bandet i 2004 og ble erstattet med Richie Castellano og Jules Radino. Allen Lanier sluttet i bandet i 2006. Castellano byttet til keyboards og gitar, mens Rudy Sarzo som tidligere spilte i bl.a. Whitesnake ble bassist i 2008. Kasim Sulton erstattet Sarzo i 2012, men ble i sin tur erstattet av Danny Miranda som returnerte i 2017. I anledning 40-årsjubiléet for utgivelsen av debuten ble det i oktober 2012 gitt ut en boks med remastrede versjoner av alle platene som ble utgitt av Columbia, i tillegg til rariteter og radioinnspillinger - i alt 17 CD-er. Bandet spilte også to konserter i sin hjemby New York i anledning denne lanseringen, en av dem var en gjenforening av originalbesetningen. Dette ble Allen Laniers aller siste opptreden. Han døde 14. august 2013 av KOLS. Bouchard-brødrene spiller i dag i bandet Blue Coupe sammen med Dennis Dunaway fra det originale Alice Cooper-bandet. I 2019 ble det klart at Blue Öyster Cult har skrevet kontrakt med det italienske plateselskapet Frontiers. I januar 2020 ble konsertplaten utgitt, samt en nyutgivelse av (1994), og gjenutgivelse av de to seneste studioplatene, denne gang også på LP i begrenset opplag. I mars, juni og august fulgte tre nye konsertplater. Den første av disse var viet hele -platen og her gjestet originalmedlem Albert Bouchard på flere låter. Innspillingen var gjort i forbindelse med 40-årsjubileet for deres mest suksessrike studioplate i 2016. Den tredje var viet hele debutplaten og innspilt i 2017 i forbindelse med 45-årsjubileet for denne. Deres første studioalbum på 19 år, , ble utgitt 9. oktober 2020. Platen fikk god mottagelse (77/100 på Metacritic), og nådde listeplasseringer i flere land. En ny konsertplate fulgte før 2020 var omme.