I perioden 1694 til 1849 var Vardø tidvis underlagt Vadsø kirke. Moses Sørenssøn var sogneprest til Vardø til sin død i 1687. Han var mye syk, og embedet ble for det meste styrt av hans kapellan i Vadsø, Ludvig Christenssøn Paus. Da Sørenssøn døde, ble Paus sogneprest til Vardø, men han ønsket ikke å flytte dit. Ved kgl.res. av 28. januar 1688 fikk han tillatelse til å betjene sognekallet uten kapellan, mens en kapellan på Vardø betjente Vardø, Kiberg og Makkaur kirker. Da Paus døde i 1707 ble hans sønn Ludvig Christian Ludvigssønn Paus, ved kgl.res. av 18. august 1707, utnevnt som etterfølger til sin far. Det er riktigst å betrakte Paus den yngre som sogneprest til Vadsø prestegjeld, og Vardø som et kapellani under Vadsø. Ved kgl.res av 5. oktober 1771, gikk kapellaniet på Vardø igjen over til å bli et egen sognekall med Peter Borchgrevink som sogneprest i det gjenopprettet Vardø prestegjeld. Da Peter Vogelius Deinboll ble utnevnt til Vadsø i 1816, ble han ganske snart overdratt betjeningen av samtlige kall i Øst-Finnmark, og fra 1819 måtte han bestyre Øst-Finnmark prosti. Ved kgl.res. av 3. desember ble Vardø igjen anneks til Vadsø prestegjeld. Utfordringen ved sognekallet lå ikke i en stor folkemengde, med de lange avstander og den spredte bosetningen.