Klosteret ble grunnlagt av Sankt Bernard av Clairvaux i 1118, bare noen år etter at han forlot klosteret i Cîteaux og grunnla klosteret i Clairvaux. Fontenays kloster ligger i en liten skogkledd dalgang 60 km nordvest for Dijon. Det hadde en sterk utvikling på 1100- og 1200-tallet og innehadde kongelig beskyttelse. Klosteret ble plyndret under hundreårskrigen og hugenottkrigen. Etter en tids stagnasjon ble refektoriet revet av munkene i 1745. Klostret ble stengt under den franske revolusjon og ble brukt som papirfabrikk fram til 1902. I det meste av denne tiden ble det eid av slekten Montgolfier.