I begynnelsen av 1990 var Mohamed tilbake i Afghanistan, der han trente sammen med noen av de første medlemmene av al-Qaida i forskjellige teknikker innenfor ukonvensjonell krigføring, inkludert kidnappinger, henrettelser, kapring av fly. Med al-Qaida delte Mohamed mye av sin erfaring fra de amerikanske spesialstyrkene.