På slutten av 1500-tallet ble Kolahalvøya angrepet av Danmark, som ville hindre handelen med murmanerne. Området ble også angrepet av svensker, som blant annet plyndret og brente flere klostre. I 1585 ble sentrum for den internasjonale handelen flyttet til Arkhangelsk. Myndighetene i Moskva stasjonerte en forsvarsavdeling i Kola, i 1625 omfattet det 500 menn og ni kanoner. I tillegg til festningsby, ble Kola administrasjonssenter for området, som besto av Kolahalvøya (utenom Umba og Varzuga) i tillegg til nordre del av Karelia.