Fra 1994 til 2000 var José Cobo Cano kapellan for , og fra 1995 til 2000 også som sogneprest i sognet . Cobo Cano ble så sogneprest i . Fra 2002 til 2015 var han også erkeprest i . Han var også medlem av presterådet i Madrid fra 2000 til 2012 og av den permanente kommisjon for den andre bispedømmesynode fra 2002 til 2005. Fra 2015 var han biskoppelig vikar for Vikariat II, for nordøstdelen av erkebispedømmet Madrid. I tillegg var han fra desember 2015 medlem av bispedømmets pastoralråd og igjen av presterådet i erkebispedømmet Madrid.