Arata ble etter sin prestevielse den 9. juni 1906 opptatt i Den hellige stols diplomatiske korps. Hans første postering som ferskt medlem av det diplomatiske korps var til nuntiaturet i Tsjekkoslovakia, nyopprettet ved opprettelsen av den nye statsdannelsen ved oppløsningen av Østerrike-Ungarn. Han ble førstesekretær våren 1921, var i Praha fra juni 1921 til mars 1927, som kritiske år med konflikter med det nye politiske etablissement.