Etter erkebiskop Karl Eriksen Galens død i 1334, ble valget av etterfølger overlatt til et femmannsutvalg, fem såkalte kompromissarier, hvorav Peder Jensen var den ene. Han ble så valgt til ny erkebiskop, et valg som han først fikk bekreftet hos paven i Avignon to år senere (27. februar 1336). Årsaken til at det trakk ut med bekreftelsen vites ikke, men det er ikke kjent noe som tyder på at det var strid om selve personvalget. Sommeren 1336 var han tilbake i Lund.