Den 28. januar 2020, med kontrakten hans hos som skulle utløpe om seks måneder, signerte Eriksen en fire og et halvt år lang avtale med Serie A-klubben som ville gi ham €10 millioner per sesong. Han gjorde sin klubbdebut dagen etter, da han kom inn som en innbytter i andre omgang for Alexis Sánchez i en hjemmeseier på 2–1 over Fiorentina i kvartfinalen i Coppa Italia 2019–20. Den 20. februar scoret Eriksen sitt første mål for klubben da han åpnet scoringskontoen i en 2–0 borteseier over Ludogorets Razgrad i Europa League 2019–20. Han scoret sitt første Serie A-mål den 1. juli, i en 6–0 seier mot . Den 21. august spilte Eriksen i Inters 2–3 tap mot i Europa League-finalen 2020 og ble den første spilleren som tapte to påfølgende finaler i de to nåværende store UEFA-konkurransene. Han hadde tidligere tapt Champions League-finalen i 2019 med Tottenham året før.