Johan Munthe Cappelen var sønn til Christen Johan Cappelen og ektefellen Jessine Munthe. Han tilhørte den såkalte «Drammensgrenen» i den norske slekten Cappelen. Han var gift første gang med Borghild født Aanensen og andre gang med Edith Marie født Heiberg. I første ekteskap hadde han to døtre, den første døde før hun fylte 13 år. I andre ekteskap hadde han også to døtre og den ene, billedkunstneren Bodil Cappelen, var gift første gang med forfatteren Finn Strømsted og andre gang med forfatteren Olav H. Hauge. De tre av Johan Munthe Cappelens døtre som nådde voksen alder, har etterkommere i dag, med bl.a. slektsnavn Thiis, Strømsted og Endresen.