I 1964 gikk ferden videre til Easter Road i Edinburgh. Stein var manager i én sesong for Hibernian FC (1964-1965), før engelske Wolverhampton Wanderers ønsket hans tjenester. Ved en slags budkrig fikk styreformann Kelly i Celtic overtalt ham til å ta over roret på Parkhead. Etter et kort opphold i Leeds United AFC i 1978, ble han samme år, og fram til sin død i 1985. Han ble i 2003 valgt til den beste skotske fotballtrener noensinne i avisen .