Koloniens første bosetning var Little Harbor, Dover, Portsmouth og Exeter. Bosetningen i Exeter ble grunnlagt i 1638 av John Wheelright, en disippel av Anne Hutchinson. Disse stedene ble enige om å forenes i 1639 og i 1641 gikk de med på å slutte seg til Massachusetts-kolonien. Kongen skilte New Hampshire ut i 1679 (som del av kong Karl IIs maktovertagelse), gjenforente den med Massachusetts igjen i 1699 og separerte den for siste gang i 1691, da den ble den kongelige .