Det ble gjennomført en rettssak mot Gojdič og de katolske biskopene Ján Vojtaššák og Michal Buzalka, og da ble han dømt til livsvarig fengsel i januar 1951. Etter år med lidelser i fangenskap, døde Gojdič på sin 72-årsdag av kreft på Leopoldov fengselssykehus.