Mogensen ble verdensmester i 1993 da han gikk helt til topps på langdistansen under VM i amerikanske West Point i New York. Med denne prestasjonen ble han Danmarks første mannlige verdensmester i orientering. Han tok stafettgull som ankermann for Danmark i verdensmesterskapet 1997. På vinnerlaget deltok han sammen med Torben Skovlyst, Carsten Jørgensen og Chris Terkelsen. Mogensen ble nummer tre i den totale verdenscupen i orientering i 2000. Samme år tok han sin beste plassering fra EM-sammenheng da han ble nummer fire på kortdistansen i ukrainske Truskavets.