I 1953 ble det innen Fst/E opprettet en egen avdeling, avdeling II, med ansvar for sikkerhetstjenesten. Sjef for avdelingen ble den daværende sjef for sikkerhetskontoret Jack Helle. Han ble erstattet av Ola Evensen i 1955. I 1960 ble avdeling II oppløst og oppgavene fordelt på de øvrige kontorene. I 1964 ble den gjenopprettet, og fra 20. april 1965 ble Sikkerhetsstaben skilt ut som egen fagstab i Forsvarets Overkommando, med oberst Carl Ruge som sin første sjef.