Harald Andersen tok examen artium ved Akademisk Kursus i København og ble i 1941 knyttet til Det danske Nationalmuseet. Samtidig begynte han arkeologistudier hos Johannes Brøndsted, som nettopp var blitt professor i forhistorisk arkeologi ved Københavns Universitet. Andersen tok allikevel aldri embedseksamen, men ble flittig benyttet ved flere utgravninger.