Flaggermus har behov for et varmt og trygt sted å ha sine unger. Det bør være et sted hvor katter og andre rovdyr ikke så lett kommer til, og varmen er viktig fordi ungene da fordøyer raskt, vokser hurtig og får større sjanse til å overleve første vinter. Etterspørselen etter gunstige yngleplasser er stort sett større enn hva som er tilgjengelig, så henges en flaggermusekasse opp et gunstig sted er det store muligheter for å få flaggermus i den. En flaggermus føler seg tryggest når den har klemt seg inn et trangt sted – da er den sikrest på at et større dyr ikke kan ta den. Kassenes utforming tar hensyn til dette ved å ha flate rom som såvidt har plass til dyret.