Jonathan dos Santos Ramírez ble født i den mexicanske byen Monterrey i 1990. Han viste tidlig interesse for fotball, noe som ble forsterket ytterligere da hans far, Geraldo Francisco, var en kjent brasiliansk fotballspiller på denne tiden. Moren var fra Mexico, og han var en blanding av to nasjoner. Giovani dos Santos og Éder dos Santos er hans brødre, og spesielt førstnevnte har slått til som fotballspiller i ulike storklubber i Europa.