Jordan startet med de samme førerne i 2001-sesongen og byttet til Honda-motorer, det samme som rivalen BAR. Dette medførte en kamp om rettighetene til Hondamotorer. Frentzen forlot Jordan etter halve sesongen var kjørt, trolig etter en serie krangler med lagets sjef, Eddie Jordan. Eddie Jordan hintet selv til at Frentzen ble droppet for at Takuma Sato kunne kjøre for dem i , et forsøk på å tilfredsstille Honda. Frentzen ble erstattet av Ricardo Zonta i Tysklands Grand Prix, og av Jean Alesi resten av sesongen. I all uroen klarte Trulli av og til å ta poeng nok til at Jordan fikk en femteplass i konstruktørmesterskapet.