Marjayoun ligger majestetisk på en bakke med Hermonfjellet (arabisk: ) i øst, og med den 1000 år gamle Beaufortborgen (arabisk: ) over Litanielva som ser utover Amelfjellet (arabisk: ) i vest. Fjellkjedene Rihan, Niha og Libanonfjellene ligger i nord og de fruktbare Sahil Marjayounslettene fortsetter inn i dagens Israel mellom den galileiske finger og slettene under Golanhøyden.