I presidentvalget som ble avholdt 3. mai 2006, som ble boikottet av de fleste opposisjonelle, kom Koumakoye på andreplass med 15,13 % av stemmene, langt etter Déby. 29. mai, kort tid etter det endelige valgresultatet forelå, gratulerte han Déby med valgseieren. I august 2006 ble Koumakoye minister for departementet for regional planlegging, byplanlegging og boliger, en stilling han innehadde inntil han ble utnevnt til statsminister for andre gang i februar 2007.