Fischer var elev av Johann Christian Kittel, som igjen var elev av Johann Sebastian Bach. Fischer etterfulgte Kittel som organist i Predigerkirche, Erfurt, og virket også i Barfüßerkirche som organist. Fra 1816 underviste Fischer ved Lehrerseminar Erfurt Generalbass og Orgel. August Gottfried Ritter, Ludwig Ernst Gebhardi og Eduard Grell var blant hans elever. På grunn av gikt måtte han avslutte sin organistgjerning i 1820.