I 1698 kom han tilbage fra utlandet, men han fikk ikke professoratet som han var forespeilet. I 1699 giftet Christen Worm seg med Christine Tistorph (død 18. januar 1729), datter av hans forgjenger ved Nicolai kirke. Samme år ble han hjelpeprest hos Mikkel Henriksen Tistorph ved Nicolai kirke og overtok (i 1701) som sogneprest etter ham. I 1707 ble han prest ved Vor Frue kirke.