Kirkpatrick gikk i 1916 på ny i krigstjeneste, og arbeidet med propaganda og etterretning for GHQ Wallinger London. Det siste krigsåret var han stasjonert i Rotterdam i Nederland, der han etterfulgte Sigismund Payne Best. Fra Rotterdam styrte han et spionasjenettverk med belgiske motstandsfolk i det tysk-okkuperte Belgia.