Kardinalen ble også krisisert av deler av den kubanske opposisjon i ennland og i ekseil for sin formidlerrolle; man mente han var for ettergivende mot regjeringen. Men i det store og hele hadde han stior støtte for sin kurs. Våren 2012, etter pave Benedikt XVIs Cuba-besøk, ble Ortega utsatt for særlig sterk kritikk fra opposisjonelle, som mente han stod president Raúl Castro for nær. Ortega lovet å fortsette å engasjere seg for de politiske fanger.