Han ble valgt i 1506, «via scrutinii», til den på høsten samme år avdøde biskop Laurens Suurpääs ettertreder. I 1507 ble han ordinert i Uppsala til sitt embede, etter at han hatte utvirket pavens stadfestelse av domkapittelets valg. Den tid Johannes stod i spissen for Åbo stift er minneverdig hovedsakelig ved de tungea hjemsøkelser landet da hadde å utstå av de danske sjørøverflåter som herjet daværande Sveriges kyster. Beryktet er særskilt den danske fribytteren Otte Ruds nattlige overfall på Åbo by den 2. august 1509, da blant annet domkirken ble plyndret for en mengde av sine kostbarheter.