I tillegg ble Munk anklaget for å ha vanskjøttet kronens gods, Nedenes kongsgård, mens han brukte energi på å utvikle sitt eget gods, Barbugård. Over flere år hadde han unnlatt å levere lensregnskap og ble funnet skyldig i korrupsjon i stor skala. Anklager om dette hadde fremkommet flere ganger tidligere, og kongen hadde i 1580 – bare noen måneder før adelsbrevet – utstedt arrestordre på ham på bakgrunn av slike anklager. Men det var først nå at kongen tok avstand fra Munk. Den 30. september 1585 kunngjorde kongen at Erik Munk skulle fratas alle sine gods og len, og satt i husarrest på slektsgodset Hjørne i Varberg. Her fortsatte imidlertid Erik Munk som før. Han bemektiget seg Ås kloster som Munk-slekten hadde hatt skjøte på, men som etter reformasjonen var blitt overført til kronen. Kongen beordret derfor i juni 1586 godset tilbakeført til kronen. 6. august 1586 ble det så utstedt arrestordre på Erik Munk som ble ført til Dragsholm slott på Nordsjælland, et statsfengsel for spesielt viktige fanger. En av dem som satt her, men var død like før, var James Hepburn, Maria Stuarts ektemann, jarlen av Bothwell og trolovet med Anna Rustung, datter av den norske admiralen Kristoffer Trondssøn fra Hardanger.