Som barn var Joseph Pilates liten og sykelig og led av astma, engelsk syke og giktfeber. Han ble ofte mobbet av andre barn, og å trene opp sin fysiske styrke ble noe av en besettelse. Da han var 14 år hadde han klart å trene seg opp i den grad at han stod modell for tegnere som utarbeidet anatomiske plansjer. Han ble overbevist om at «moderne» livsstil var roten til dårlig helse. Han flyttet til England i 1912 og levde som profesjonell bokser, sirkusartist og lærer i selvforsvar på politiskoler, men ved utbruddet av den første verdenskrig ble han internert sammen med andre tyskere, blant annet på øya Man i Irskesjøen. I denne tiden utviklet han sitt treningsystem som har fått navn etter ham selv.