Sesong 1 starter med at Veronicas bestevenninne, Lilly Kane (Amanda Seyfried), datter av den rikeste mannen i Neptune, blir drept. På denne tiden er Veronica en av «09-erne» og kjæreste med Lillys bror, Duncan Kane (Teddy Dunn). Veronicas far heter Keith Mars (Enrico Colantoni). Han er sheriff og bruker ikke lang tid på å anklage Lilly og Duncans far, Jake Kane (Kyle Secor), for drapet. Han har på følelsen at Jake og hans kone Celeste (Lisa Thornhill) skjuler noe. Keith mister jobben som sheriff på grunn av beskyldningene mot Jake, og Veronica må ta et valg; hun må velge mellom vennene sine i «09»-gjengen eller faren sin. Hun velger det siste og blir fryst ut av «09-erne». Ingen, bortsett fra Meg Manning og Wallace Fennell, vil snakke med henne. Wallace er den nye vennen hennes og de løser masse oppdrag sammen.