Den 9. oktober 1901 ble Sebree forfremmet til kaptein og fikk ordre om å reise til Amerikansk Samoa å ta kommandoen over skipet USS Abarenda og til å være kommandant for United States Naval Station Tutuila. Sebree ble forfremmet til kontreadmiral i 1907 og fikk kommandoen over en skvadron av to skip: hans flaggskip USS Tennessee og USS Washington.