Etter attentatet på Mohamed Boudiaf ble det iverksatt en etterforskning som Fatiha Boudiaf kritiserte i kraftige ordelag. Dn løytnant i det algeriske militæret ved navn Lembarek Boumaarafi ble dømt for drapet. Som ledd i etterforskningen kom det frem at Boumaarafi hadde radikale islamistiske sympatier. Fatiha Boudiaf mente at attentatet ikke var én enslig fanatikers verk, men en del av en større operasjon. Hun mente at mannen som ble dømt for drapet, var uskyldig.