En del av Great Lakes Waterway passerer igjennom sjøen, som er farbar ovenfra fra Wellandkanalen og nedenfra fra St. Lawrence Seaway. Trent-Severn Waterway for fritidsbåter forbinder Ontariosjøen ved Bay of Quinte til Georgian Bay i Huronsjøen og passerer gjennom Simcoesjøen. Rideau Waterway, som også er for fritidsbåter, forbinder Ontariosjøen ved Kingston med Ottawaelven ved Ottawa. Oswegokanalen forbinder sjøen ved Oswego til New York State Canal System, som med utløp til Hudsonelva, Eriesjøen og Champlainsjøen.