Flyktningstrømmene ut av Afghanistan har vært svært omfattende, men har gått i bølger. Rundt fem millioner flyktet under den såkalte Sovjetkrigen, først og fremst til Pakistan og Iran. Ca. to millioner vendte tilbake etter den sovjetiske uttrekningen og regjeringens fall i 1992. Hundretusener ble drevet på ny flukt grunnet kamper mellom mujahedingrupperinger. Deretter forlot et stort antall landet etter Talibans overtakelse i september 1996. Mange har også flyktet under krigen mot USA. UNHCR hevder at i perioden mars 2002 til september 2006 har 4,7 millioner afghanere frivillig vendt hjem fra eksil i nabolandene hvorav UNHCR har gitt assistanse til tilbakevendingen til hjemlandet for 3,6 millioner. Det antas at 2,5 millioner afghanere stadig befinner seg i Pakistan, 1 million i Iran.