Mot slutten av krigen dukket en uenighet opp mellom Azzam og bin Laden om hvordan organisasjonen skulle brukes i fremtiden. Azzam ønsket å bruke pengene og nettverket til å støtte en ren islamsk regjering i Afghanistan etter krigen. Bin Laden, som var sterkt påvirket av egyptiske medlemmer av de Muslimske Brødre ville bruke ressursene til en global jihad. Konflikten kulminerte i 1989 da Azzam ble drept i en bilbombe. Det er antatt at Bin Laden stod bak. Etter Azzams død, tok bin Laden kontroll over MAK og organisasjonen ble innlemmet i al-Qaida.