Kirken, som er bygget av rå kampestein, er oppført under reformasjonen og endret flere ganger, bl.a. i 1640-årene og sist i 1980-årene. Kirkegården er sirkelrund og en av de peneste og mest særpregede i Danmark. Etter reformasjonen har det vært 24 sogneprester på Lyø, men fra 2008 blir sognet betjent fra Faaborg.