Connemaraen er omtalt i Irland allerede for 1000 år siden. Da ble den brukt som arbeidshest, og var bondens trofaste arbeidskamerat i århundrer. Gjennom tidene er det også blitt innblandet andre raser, som engelsk fullblod og araber. Hestene som levde fritt på den karrige vestkysten, fikk også innblanding av andre, tyngre heste- og ponniraser. I 1923 ble The Connemara Pony Breeder's Society stiftet, og avlen ble da satt mer i system. Stamboken ble imidlertid ikke lukket for andre raser før i 1964. Den første connemara- ponnien kom til Norge i begynnelsen av 1970-tallet.