Den største forskjellen var koordinat.systemet. I Windows var 0,0 koordinatet lokalisert i øvre venstre hjørne, mens PM plasserte 0,0 koordinatet i nederste venstre hjørne. Tegneoperasjoner i Windows ble foretatt gjennom meldinger til , mens PM også hadde et abstraksjons-lag kalt . OS/2 1.x hadde også mer avanserte funksjoner for tegning i ; noen av disse ble inkorporerte i Windows NT. Programmeringsmodellen i PM var også mer standardisert enn i Windows. PM benyttet ikke eksplisitt eksporterte prosedyrer, ei heller de ikke-standardiserte funksjonene for prologer og epiloger som ble benyttet i Windows.