For sin innsats på de frie franske styrkers side ble Magrin-Vernerey utnevnt til medlem av Frigjøringsordenen. Han var også innehaver av storkors av Æreslegionen, ble tildelt Croix de guerre 1939–1945, Croix de guerre 1914–1918, Croix de guerre des Théâtres d'opérations extérieures. Han mottok en rekke utenlandske utmerkelser, blant annet storkors av St. Olavs Orden og den norske Deltagermedaljen. Han var kommandørridder av Order of the British Empire og mottok Military Cross, var kommandør av den belgiske Kroneordenen og storoffiser av den marokkanske Alaouite-ordenen og mottok Silver Star og Legion of Merit fra USA.