Akhundzada antas å ha oppholdt seg i Afghanistan i perioden 2001–2016, men med opprettholdelse av tette bånd til Talibans Quetta-miljø. Etter at han ble elevert til Talibans nestleder i 2015, fikk han på plass et system der hver provins under en skyggeguvernør fikk en kommisjon som skulle etterforske kommandanter og kampstyrker i tilfelle meldinger om overtramp og overgrep, ifølge Mullah Abdul Bari, en Talibankommandant i provinsen Helmand.