Kommunen Neißeaue ble dannet den 1. juli 1995 gjennom en sammenslåing av de tidligere kommunene Groß Krauscha (med Neu Krauscha), Kaltwasser (med Klein Krauscha) og Zodel. Emmerichswalde ble deretter fraskilt som et egen kommunalt område fra Groß Krauscha. Den 1. januar 1999 ble kommunen Deschka (med Zentendorf) innlemmet i Neißeaue.