Det er få opptegnelser om Eleanores liv i England før på 1260-tallet da den andre baronenes krig mellom Henrik III og hans baroner delte kongeriket. I løpet av denne tiden støttet Eleanore aktivt Edvards interesser, og bidro til at franske bueskyttere fra hennes mors grevskap Ponthieu kom til England. Hun var i England under hele innbyrdeskrigen, og holdt Windsor Castle for Edvard. Rykter om at hun forsøkte å skaffe leiesoldater fra Castilla for Edvard førte til at adelens leder, Simon de Montfort, 6. jarl av Leicester, beordret at hun ble fjernet fra festningen i juni 1264 etter at den rojalistiske hæren var blitt beseiret i slaget ved Lewes den 14. mai 1264.