Etter noe nøling trådte han frem som motstander av den lutherske bevegelse. Hans første skrifter mot Martin Luther kom i 1520, blant dem . I 1521 traff han den pavelige utsending Aleander under riksdagen i Worms, og de samarbeidet for å bringe Luther tilbake inn i den katolske "fold". Da Luther kom til Riksdagen i april, deltok Cochlaeus i erkebiskop Richard von Greiffenklau av Triers private forhandlinger med Luther i Den tyske ordens hus den 24. april 1521, og senere oppsøkte han Luther alene for å forsøke å få ham til å trekke tilbake sine lærestandpunkter.