I mars 2009 forsikret organisasjonen tilhengerne om at Favres trøyenummer kom til å bli pensjonert, men ikke før etter 2009-sesongen. I løpet av -sesongen skulle Packers møte Favre, som nylig hadde blitt plukket opp av divisjonsrival Minnesota Vikings i august. Det første møtet kom i uke 4 i en Monday Night Football-kamp som slo flere TV-rekorder. Vikings vant kampen 30–23, hvor Brett Favre kastet 3 TDs, ingen interceptions, og hadde en passer rating på 135. Lagene møttes igjen i uke 8, da Favre igjen ledet Vikings til en seier 38–26 på bortebane. Green Bay avsluttett sesongen sterkt med 7 seiere i 8 kamper, og sikret en plass i sluttspillet som et Wild Card med et sammenlagtresultat på 11–5. Packers var rangert som #2 i forsvar og #6 i nykommere. Rodgers ble også den første quarterbacken i NFLs historie med over 4 000 passing yards i sine to første sesonger som startende QB. Cornerback Charles Woodson vant NFL Defensive Player of the Year med 9 interception, 4 forced fumbles, 3 touchdowns og 74 tackles med 2 sacks. Sesongen ble avsluttet med et tap etter ekstraomganger i Wild Card-runden mot Arizona Cardinals, 51–45.