Han nektet først å delta i det første demokratiske valget i april 1994, men valgte å delta i siste liten, noe som forstyrret prosessen kraftig. Han vant valget i KwaZulu-Natal marginalt. Buthelezi ble valgt til innenriksminister i det første valget etter apartheid, en stilling han fortsatte å holde etter valget i 1999. Han ble utnevnt til fungerende president noen ganger i løpet av denne perioden.