Martin Synnes er sønn av prost Martin Peder Synnes. Han ble student i 1955 og fra Menighetsfakultetet i 1962. Fra 1959 til 1960 oppholdt han seg ved Universitetet i Tübingen. Han var feltprest ved LKN Nord-Norge fra 1963 til 1966. I 1968 ble han ansatt som lektor i nytestamentlige fag ved Menighetsfakultetet. I 1983 ble han førsteamanuensis. Fra 1983 til 1987 var han prest i Skårer i Lørenskog.