Som femåring begynte Lukaku i den lokale klubben, Rupel Boom. Etter fire sesonger i Rupel Boom ble Lukaku oppdaget av speidere fra Lierse SK, en belgisk proffklubb, som hadde et godt ungdomsakademi. Han spilte for Lierse fra 2004 til 2006, og scoret 130 mål på 68 kamper i denne perioden. Da Lierse rykket ned fra den belgiske toppdivisjonen i 2006, kjøpte toppklubben Anderlecht ikke mindre enn 13 ungdomsspillere fra Lierse, deriblant Lukaku. Han spilte ytterligere tre år som ungdomsspiller i Anderlecht, og scoret 131 mål på 93 kamper i denne perioden.