Christian Thomasius var sønn av filosofen Jakob Thomasius, som blant annet var rektor ved Universitetet i Leipzig. Christian studerte først filosofi ved Universitetet i Leipzig, og ble uteksaminert som magister 25. januar 1672. En forelesning av faren over Hugo Grotius' («Om krigens og fredens rett») og Samuel von Pufendorfs («Åtte bøker om natur og folkerett») inspirerte ham til å forsøke seg på rettsvitenskap, og fra vinteren 1675 studerte han ved Universität Viadrina i Frankfurt. Etter uteksaminering i 1679 gav han jusforelesninger ved Viadrina.