Viruset spres i blodet og etablerer seg i bukspyttkjertel, lever, milt og nyrer og forårsaker nekroser i den eksokrine delen av bukspyttkjertelen ved en infeksjon hos laks. Viruset ødelegger cellene som produserer fordøyelsesenzymer i bukspyttkjertelen, og til tross for at fisken har god appetitt, vil de avmagres fordi evnen til å fordøye fett og protein reduseres. Det er to virusproteiner som man antar spiller en viktig rolle for IPNV virulens og patogenitet, VP2 og VP5. VP2 er eksponert på utsiden av kapsidet og man antar at det spiller en viktig rolle ved bindingen til vertsceller ved en infeksjon. I all hovedsak er det også VP2 som bærer epitopene. Epitoper er områder på hvor antistoffer kan binde sine respektive bindingseter. Epitopene hos VP2 induserer produksjon av nøytraliserende antistoffer hos vertsorganismen, og dermed med på å bestemme virusets serotype ved immunologiske tester. Forskjeller i aminosyresekvensene i proteinet avgjør om viruset blir høy-virulent eller lav-virulent. Det er TAT-varianten av VP2 som er kjent for å gi høy dødelighet. Dette proteinet har treonin (T), alanin (A) og treonin (T) som aminosyrer på plass nummer 217, 221 og 247. Mens for lavvirulente varianter er det PAT-varianten som gir lav eller ingen dødelighet. VP5 viser seg å motarbeide forsvarsmekanismer som utløser apoptose (programmert celledød) før nekrose i verten. Dette gjør den ved å innvirke på det cellulære genet som koder for ”selvmord” i den tidlige replikasjonsfasen, og kan dermed forsterke reproduksjonen av viruset.