Prisen er oppkalt etter Franz Werfel, en østerriksk forfatter som skildret deportasjonen av armenerne i romanen . Den ble innstiftet i 2003 av menneskerettsorganisasjonen Zentrum gegen Vertreibungen, og deles ut annethvert år, bortsett fra den ekstra prisutdelingen i 2010, i Paulskirken i Frankfurt am Main. Initiativet til prisen ble tatt av Erika Steinbach og Peter Glotz.