For å styrke sin makt og sitt handlingsrom erklærte Tombalbaye et forbud av alle politiske partier unntatt PPT i januar 1962, og i april etablerte han et presidentsystem. Da alvorlige opptøyer brøt ut i 1963 N'Djamena og Am Timan, erklærte regjeringen unntakstilstand og oppløste Nasjonalforsamlingen. Som en del av en større kampanje mot virkelige og imaginære politiske motstandere opprettet Tombalbaye også en spesiell straffedomstol. I juni 1964 ga en ny nasjonalforsamling Tombalbaye fullstendig kontroll over alle utnevnelser til PPTs politiske byrå, som da var den eneste kilde til politisk makt. Med PPT, regjeringen og de høyere regjeringsnivåene fylt med lojale mennesker, og med opposisjonsledere i fengsel, i eksil eller fullstendig kooptert, hadde Tombalbaye fullstendig kontroll over landet.