Filon benyttet seg av den allegoriske metode for å smelte sammen og harmonisere gresk filosofi og jødedom. Filon fortolket på allegorisk vis og mente at De hellige skrifter skjulte sannheter som bare kunne avdekkes ved hjelp av nøyaktig og rasjonell eksegese og ved hjelp av stoisk filosofi. Hans arbeid ble ikke akseptert av alle. «De ikke bokstavtro sofistene», som han kalte dem, «åpnet nedlatende sine øyne» da han forklarte for dem undrene i hans eksegese. Filons verker ble derimot entusiastisk omfavnet av tidlige kristne, og noen så på ham selv som en kryptisk kristen. Hans konsept av som Guds skapende prinsipp har åpenbart påvirket tidlig kristendom. , Guds Ord, tolket Filon som et halvt selvstendig vesen som Gud meddelte seg med verden.