Israel og USA har påstått at Arafat også var involvert i diplomatattentatene i Khartoum, hvor fem diplomater og ytterligere fem personer ble drept. Et dokument fra Utenriksdepartementet i USA i 1973, som ble frigitt i 2006, konkluderte med at «Khartoum-operasjonen ble planlagt og utført med Yasir Arafats fulle viten og personlige godkjenning». Arafat nektet for all involvering i operasjonen og insisterte på at den ble utført uavhengig av gruppen Sort September. Israel hevdet at Arafat til syvende og sist hadde kontroll over disse organisasjonene, og dermed ikke hadde sluttet med terrorisme.