Kanalen er tungt trafikkert, som den eneste forbindelsen mellom Mälaren og havet som kan ta skip. De viktigste havnene i Mälaren er Västerås og Köping, som er helt avhengige av Södertälje kanal for transport av industrigods. Store mengder oljeprodukter transporteres også gjennom kanalen på tankbåter, i hovedsak til et depot i Västerås.