Natur og Ungdoms sentralstyre består av 15 personer valgt av landsmøtet, som har ansvaret for å gjennomføre arbeidsprogram og organisasjonsprogram slik det er vedtatt av landsmøtet. Sentralstyret er organisert i faggrupper som jobber med de ulike miljøpolitiske sakene landsmøtet velger å prioritere. I 2024 er disse sakene omstilling, natur og hav. En stor del av sentralstyrets arbeid handler om å legge til rette for lokal aktivitet i lokallag og fylkeslag, som jobber med lokale miljøsaker.