Johan B. Hygen var sønn av domprost Johannes Hygen. Han ble student i 1929 og fra Universitetet i Oslo i 1935. Fra 1939 var han universitetsstipendiat, og fra 1942 dosent i systematisk teologi. Fra 1941 til 1945 var han hjelpeprest på Majorstuen. Han tok doktorgraden i 1948.