Kort tid etterpå, da generalmajor Joseph Hooker ble utnevnt til å lede hæren, ble Sumner avløst på sin egen forespørsel. Han var så utnevnt til leder av Department of the Missouri, men han skulle overta ledelsen før den kommende våren. Han reiste til sin datters hjem i Syracuse i New York hvor han fikk et dødelig hjerteinfarkt den 21. mars 1863.