Etter regjeringsskiftet i 1784 stod von Krogh fremdeles i høy gunst. Kronprinsen, som hadde lært ham å kjenne under det korte felttoget 1788, lot ham samme år utnevne til kommandant i Trondheim, 1793 til general av infanteriet, 1801 til ridder av Elefantordenen. Han var en av de generalene som både kronprinsen og kongen betrodde seg til og spurte om råd, og ennå 80 år gammel brevvekslet han med kongen. Han fikk avskjed med full gasje 1. januar 1814. Etter Norges adskillelse hedret den svenske regjering ham med Serafimerordenen den 8. september 1815.