Amfipolis ble et av hovedstoppestedene langs den makedonske kongevegen, noe som er bevitnet av en milepæl funnet mellom Filippi og Amfipolis som angir distansen til sistnevnte, og senere langs , den romerske hovedveien som krysset de sørlige Balkanfjellene. Bortsett fra festningsvoller i den nedre del av byen (se foto), gymnasion og en rekke godt bevarte freskoer fra en rik villa, er det de eneste levninger fra denne perioden som er synbare. Selv om det er lite som er kjent av byens utforming, moderne kunnskap om dens institusjoner er betydelig bedre grunnet en rik epigrafisk dokumentasjon, inkludert en militær forordning fra Filip V av Makedonia og en såkalt lov fra gymnasion. Etter det endelige seieren til Romerriket over kongeriket Makedonia i et slag i 168 f.Kr., ble Amfipolis hovedstad for den ene av fire minirepublikker, eller , som ble opprettet av romerne ut av Makedonia. Disse ble deretter gradvis underlagt den romerske klientstaten og senere romerske provinsen Trakia.