Natt til 28. september 1994 navigerte «Estonia» gjennom det opprørte havet i Østersjøen da hun var på rute fra Tallinn til Stockholm med 989 passasjerer om bord. Været var dårlig, med en vind på 20–25 m/s og 6–10 meter høye bølger. Noen meldte om 15 meter høye bølger og vind på over 30 m/s. I motsetning til andre ferger på ruter i Østersjøen, gikk hun for full fart mot bølgene som følge av forsinkelser ved avgang Tallinn. Rundt etter midnatt kunne en høre to kraftige smell, like etter begynte fergen å få en slagside mot styrbord. Etter bare minutter kantret hun over og sank med akterenden først og med bunnen i været. Av de 989 passasjerene om bord, mistet 852 mennesker livet som følge av forliset, og bare 137 mennesker overlevde katastrofen.