Kort tid etter at han gjenopptok sine oppgaver i marinen avslørte Scott sin intensjon om å vende tilbake til Antarktis ovenfor Royal Geographical Society, men informasjonen ble ikke offentliggjort på dette stadiet. Shackleton kom Scott i forkjøpet da han tidlig i 1907 annonserte sine planer om å lede en ekspedisjon med de to målsettingene om å nå både den geografiske og den magnetiske Sydpolen. Under press gikk Shackleton med på ikke å arbeide fra McMurdo-sundet, ettersom Scott hevdet det var hans arbeidsområde. Shackleton var imidlertid tvunget til å bryte dette løftet ettersom han ikke var i stand til å finne et annet trygt landingssted. Hans ekspedisjon var svært vellykket. Fremstøtet mot sør endte ved 88°23', mindre enn 100 geografiske miles fra Sydpolen, og gruppen i nord nådde punktet for den magnetiske Sydpolen. Shackletons avtalebrudd førte imidlertid til en betydelig forverring i forholdet til Scott, som avviste sin tidligere ledsager som en løgner og en kjeltring.