Etter utgivelsen av flyttet Mary og hennes to døtre til Napoli. Til tross for sin høye alder var tanken klar, og hun fulgte fortsatt med på den vitenskapelige utviklingen. I tillegg begynte hun å skrive på sin selvbiografi. Denne ble fullført av datteren Martha to år etter hennes død. I Napoli ble hun introdusert til astronomen Annibale de Gasparis, som holdt oppsyn med Capodimonte austronomiske observatorium. Gradvis ble hun også kjent med andre i Napolis intellektuelle kretser, og hun ble valgt til æresmedlem av den vitenskapelige organisasjonen . Fra huset hun bodde i kunne hun også se direkte mot den aktive vulkanen Vesuv. Hun gikk også opp på selve fjellet, samt tilbrakte tid ved observatoriet som lå like ved krateret. Familien tilbrakte også en del tid i Sorrento, spesielt i sommermånedene.