I oktober 1543 kom patriarken Marco Grimani av Aquileia som pavelig nuntius til det skotske hoff, og innsatte kardinal Beaton som pavelig legat a latere i Skottland. Samtidig, i januar 1544, ble kardinalen kansler, og parlamentet trakk tilbake sin godkjenning av Henrik VIIIs planer om ekteskap mellom prins Edward Tudor og Maria Stuart.