Ahnen må også ha satset på skipsbygging. Skriftlige kilder sier at i 1643 hadde han et såkalt på 120 lester, samt at han også hadde åtte andre skip under bygging. Dette var skip som kunne stilles til Kongens disposisjon. Også her var Ahnens virksomhet større enn blant andre adelsmenn, da det ikke er kjent at adelige fikk bygd noe mer enn ett skip på denne tiden. Både Ahnen og to andre kjente adelige skipseiere fra denne tiden bygget skipene med ønske om tollfrihet og privilegier.