Suhartos regime ble anklaget for omfattende korrupsjon, og han og hans familie ble beskyldt for å ha ulovlig tilegnet seg store formuer. Videre ble hans regjering kritisert for brutal undertrykkelse av uavhengighetsbevegelsene i Øst-Timor og Aceh-regionen, noe som resulterte i mange sivile tap.