Hvor navnet Hiskjo kommer fra, er ukjent. En teori er at det kommer fra det norrøne ordet " som er en skinnsekk laget av flådd dyrehud. I denne sammenhengen kan de være de mente "avskåret" eller "kløvet" med referanse til topografien på øyen. En annen teori er at navnet stammer fra det eldre ordet "hissa", "vannsele", og at den gamle formen på navnet "Hiskjo" kan ha vært Hisk eller Hysk.