Etter publiseringen av Murphy-rapporten om seksuelle overgrep i erkebispedømmet Dublin, kunngjorde han og felt- og hjelpebiskop Eamonn Oliver Walsh i fellesskap på julaften 2009 at de hadde tilbudt sin fratreden til paven og bedt ofrene om unnskyldning. De hadde ikke selv forgrepet seg; det gjaldt om de ikke hadde korrekt håndtert anklager som var innløpt.