Aagaard var innvalgt på Stortinget fra Finnmarkens amt 1836–1838, etter å ha vært suppleant i de tre foregående stortingsperiodene, og satt i Stortingets næringskomité. Han var medlem av Hammerfest bystyre og formannskap 1839–1843, og skjøttet flere andre kommunale verv. I 1844 var han medlem av en kongelig kommisjon om tollforhold i Nord-Norge.