I løpet av 1980-tallet har Black Flags sound, foruten også deres personlighet, utviklet seg på måter som både har blitt hyllet og samtidig frastøtt deres tidligste publikum. Foruten å være sentral i opprettelsen av hardcore punk, var innovative i den første bølgen av punk fra den amerikanske vestkysten og betraktet som den første innflytelsen på punkekulturen i USA og utenfor landets grenser, særlig i Europa. De var blant de første punkegruppene som tok til seg elementer og innflytelse fra tungmetall, men var også åpen til å benytte elementer fra frijazz, breakbeat og samtidens klassiske musikk i sin sound, særlig i Ginns gitarspill, og bandet hadde innimellom både på konserter og på plater rene instrumentale framføringer. De spilte også lengre, langsommere og mer komplekse sanger på en tid da andre band i deres miljø framførte rå, raske sanger med tre akkorder. Som et resultat er Black Flags diskografi langt mer stilistisk variert enn mange av deres samtidige i punkemiljøet.