Han var gift med Beate Axelsdatter Brahe, datter av stattholder i Skåne Axel Axelsen Brahe (d. 1551), og andre gang med Beate Aagesdatter Brahe (d. 1602), datter av ridder og lensherre Aage Brahe. De var foreldre til riksråd Henrik Lykke (1555–1611), Kirsten Jørgensdatter Lykke (ca. 1556–1630) gift med Eiler Grubbe og annen gang med Niels Gyldenstierne, og Ide Jørgensdatter Lykke (1560–1618) gift med Valdemar Parsberg.