Til tross for at han hadde sine tilhengere blant nazismens raseteoretikere, var han ikke på linje med dem i («jødespørsmålet») -Fischer bedømte etniske grupper annerledes enn nazistene. Men dette holdt han for det meste for seg selv; han bedrev en selvsensur ved at han i senere utgivelser av fjernet det kapittel der han beskrev de enkelte raser (en beskrivelse som ikke dekket seg med nazistenes hva gjaldt jødene). I 1944 offentliggjorde han sammen med Gerhard Kittel verket , som harmonerte bedre med nazismens oppfatninger.