Aarøy var halvannen sesong i Rosenborg, men ble ingen suksess. Perioden i Rosenborg var preget av skader og lite spilletid. Foran 2001-sesongen dro Aarøy tilbake til hjembyen og signerte for AaFK, hvor han også spilte noen få kamper høsten 1997. Hans andre periode i AaFK skulle bli betydelig mer vellykket enn den første, og Aarøy ble de neste ti årene en viktig bidragsyter til klubbens sportslige suksess, med nesten hundre mål i serien. I Adeccoligaen 2006 scoret Aarøy tolv mål og hadde tolv målgivende pasninger.