Med Venezias fall i 1797 besluttet byens styre å stille byen under den kroatisk-ungarske konge og østerrikske keiser Frans II. Under det østerrikske styre beholdt Šibenik sin status som områdets hovedsete. Da Østerrike ble beseiret av Frankrike, mistet de herredømmet over Dalmatia, som de måtte overgi til franskmennene. Den franske hær kom inn i byen den 18. februar 1806. Etter Napoleons nederlag ved Leipzig begynte den østerrikske armé med erobringen av det sørlige Kroatia, og rykket inn i byen den 1. november 1813.