Fuglafjarðar kirkja er sognekirke. Administrativt var sognet Fuglafjørður en del av Eysturoyar prestagjalds kommuna fra innføringen av det lokale selvstyret i 1872. I 1918 ble Leirvík utskilt fra sognet, og Fuglafjørður samtidig opprettet som en egen kommune. Fuglafjørður fikk bystatus etter vedtak i kommunestyret i 1993.