Omtrent 60 fuglearter hekket tidligere ved sjøen, men miljøødeleggelsene har redusert antallet til rundt 25. De mest tallrike er sothøne, stokkand og armenermåke. Sevansjøen er en viktig rasteplass for trekkfugler, særlig i tida oktober–desember før isen legger seg. I trekktidene kan en observere fugler som egretthegre, bronseibis, knoppsvane, sangsvane og jomfrutrane.