Marduk er den babylonske formen av navnet hans. Antagelig ble Marduk uttalt noe i retningen av Marutuk. Etymologien av navnet er antatt å være avledet fra , «udødelige sønn av Utu» eller «»oksekalven til solguden Utu». Opprinnelsen til Marduks navn kan reflektere en eldre genealogi, eller ha hatt kulturelle bånd til oldtidsbyen Sippar som ble beskyttet av solguden Utu, datert tilbake til 2000-tallet f.Kr.