Sommeren 2015 gikk kontrakten med Brøndby ut, og Nielsen ble derfor hentet vederlagsfritt til . Etter en sesong for Nest-Sotra signerte han for . Etter to sesonger for blåtrøyene ønsket Nielsen å finne en klubb på høyere nivå. Han signerte for 13. februar 2018. Den 11. desember 2019 forlenget Nielsen kontrakten med to år. I februar 2021 skrev Nielsen under på en kontrakt ut 2023-sesongen. I juli 2023 forlenget Nielsen kontrakten ytterlige til ut 2025. August 2024 gikk han på utlån til resten av sesongen.