Seth Johnson skrev sin første profesjonelle kontrakt med klubben Crewe Alexandra den 12. juli 1996. Hans spilte sin første kamp for Crewe mot Millwall 21. september 1996, og han scoret sitt første mål for denne klubben i en kamp mot Wrexham 22. april 1997. Totalt ble det 1 mål på 11 ligakamper i 1996/97-sesongen, mens han i den neste sesongen fikk bokført 1 ligamål på 40 ligakamper for . I hans tredje og siste sesong i Crewe fikk han med seg 42 ligakamper og han scoret også 4 ligamål før Derby County kjøpte han for £3 000 000 den 21. mai 1999. Totalt spilte Seth Johnson 103 obligatoriske kamper for Crewe.