Xinjiang er delt inn i 18 enheter på prefekturnivå (2 byprefekturer, fire byer på subprefekturnivå, syv prefekturer og fem autonome prefekturer). Det autonome prefekturet Illi har jurisdiksjon over to andre prefekturer, Altay (阿勒泰地区) og Tacheng (塔城地区). Et større område i sør, Aksai Chin, er under kinesisk kontroll, men anses av India som okkupert område og gjør krav på det som en del av Kashmir.