De militære nederlagene førte til omfattende misnøye og det ble forverret av en devaluering av valutaen, noe som gav keiseren tilnavnet («minus en fjerdedel»). Misnøyen førte til to samtidige opprør under generalene Nikeforos Bryennios den eldre og den senere keiser Nikeforos III Botaneiates, henholdsvis på Balkan og i Anatolia. Botaneiates ble støttet av seldsjukkene og han nådde Konstantinopel først. Mikael VII trakk seg fra tronen uten kamp og flyktet til Stoudios-klosteret. Han ble senere metropolitt (biskop) i Efesos og døde i Konstantinopel i 1090.