Evolusjonært sett er tilstanden uten kjønn den eldste eller opprinnelige. Det har ikke vært enkelt å forklare hvorfor kjønn i det hele tatt har oppstått i evolusjonens løp, og hvorfor – når det først finnes kjønn – akkurat kjønn er det mest vanlige. Faktisk er man fremdeles ikke helt sikker på forklaringen, siden det fins flere motstridende hypoteser. Hypotesen med bredest aksept i dag er at kjønn utviklet seg fordi paringstyper unngår genetisk konflikt mellom celler som smelter sammen: De fleste celler inneholder ekstranukleær DNA (DNA utenfor cellekjernen, f.eks. i mitokondrier eller kloroplaster) og andre elementer som kan skape inkompatibiliteter hvis disse stammer fra forskjellige foreldre. Organismer som tilintetgjorde slike elementer fra én av foreldrene, hadde derfor bedre sjanser på å overleve enn andre. Kjønnet som viderefører sin ekstracellulære DNA til avkommet, kalles «+»-type eller hunnkjønn, mens kjønnet som mister sin ekstracellulære DNA ved befruktningen er «−»-typen og tilsvarer hannkjønnet. Denne forklaringen kan ta høyde for både hvorfor kjønn oppstod, og hvorfor et system med to kjønn er mer stabilt enn med flere kjønn.