Ofte trekkes det frem som et argument mot vaksiner at vaksinerte personer har blitt syke. Grunnet komplekse egenskaper ved menneskekroppens immunforsvar er ingen vaksine 100 % effektiv i den grad at alle vaksinerte individer blir immune. I tillegg vil det være individer som ikke tåler vaksinen. Dette er imidlertid en kjent problemstilling og de som ikke blir immune eller kan vaksineres vil da være prisgitt flokkimmuniteten. Det er også noen vaksiner som tas i flere doser for å øke beskyttelsesgraden, og noen vaksiner må gjentas for å opprettholde immunitet. Tidsavgrenset immunitet er ikke noe som er spesielt for vaksiner, det gjelder også gjennomgått sykdom.