I middelalderen kan det ha blitt oppbevart i klosterbiblioteker frem til klostrene ble oppløst under Henrik 8. i 1536-40. Laurence Nowell fra Lichfield skal ha erhvervet det og gitt det videre til sir Robert Cotton. I 1700 ga Robert Cottons sønnesønn John Cotton sin farfars bibliotek til offentligheten. Det ble ivaretatt av et utvalg, og Humfrey Wanley omtalte manuskriptet i , 1705. Det var lagret i sir Robert Cottons hus til 1722, så overført til Essex House og videre til Ashburnham House i Westminster som en sikkerhetsforanstaltning. Men natt til 23. oktober 1731 brøt det ut brann der mange manuskripter ble ødelagt, også . Mens manuskriptet i seg selv overlevde, ble sidenes ytterkanter av brent. Det ble ikke gjort noen seriøse forsøk på restaurering før på 1800-tallet, da margene hadde mørnet uopprettelig, og kantene på mange av sidene er nå uleselige. Men i 1787 og 1789 klarte Grímur Jónsson Thorkelin og hans medarbeidere å foreta avskrifter av verket.