De fleste flygehunder har store øyne som gjør at de kan orientere seg i halvmørke og i huler. Luktesansen er utmerket. I motsetning til småflaggermusene, bruker flygehundene generelt ikke ekkolokalisering. Unntaket er grotteflygehunder (slekten ), som bruker høyfrekvente klikkelyder for å orientere seg i huler.