Forhåndskontroll og skipningskontroll tar bedriften seg av gjennom sin kontrollør. Driftsmessig hygiene blir ivaretatt gjennom systematisk egenkontroll (EK). Håndbok for egenkontroll (EK) dokumenterer systemet som er utarbeidet i forhold til bl.a.”Forskrift om fiskemel, fiskeolje m.v.” og kontrolleres av inspektører i Mattilsynet.