Marwan Barghouti ble plassert på et høysikringsfengsel i den israelske ørkenbyen Beer Sheva, Fra fengselscellen har han fortsatt sitt politiske virke. I juni 2003 bidro han til å forhandle fram en ensidig, kortlivet, våpenhvile. Etter Arafats død stilte Barghouti først som uavhengig presidentkandidat for den palestinske selvstyremyndigheten, men trakk seg til fordel for Fatahs kandidat, Mahmoud Abbas. I kjølvannet brøt han og flere av «den unge garde» ut og dannet i 2005 partiet al-Mustaqbal, men var snart tilbake. Han ble i 2006 gjenvalgt til (PLC). Hamas' brakvalg hadde satt PLC i sjakk, og Barghouti og andre fengslede ledere fra Hamas, PFLP, Islamsk Jihad og DFLP satte opp et rammeverk for framtidig koalisjonsstyre. I 2009 ble Barghouti innvalgt til Fatahs sentralkomité.