Navnet Prenzlauer Berg henspiller på Barnimplatået. På 1800-tallet begrenset Berlin seg til Berlin urstrømdal, og derfra fortonet Barnim seg som et «berg», som oftest kalt . Ved opprettelsen av Stor-Berlin i 1920 ble bydelen først kalt Prenzlauer Tor. Da denne byporten allerede hadde vært ikke-eksisterende i femti år, ble bydelen året etter oppkalt etter stigningen nederst i den sentrale gaten og utfartsåren Prenzlauer Allee. Denne gaten går i retning av byen Prenzlau i Uckermark, ca. 90 kilometer i nordøstlig retning. Navnet nevnes første gang i skriftlige kilder fra mai 1826.