Alves gikk på seminaret og fakultetet for filosofi og teologi ved Det katolske universitet Widya Mandira i Kupang i Vest-Timor i Indonesia, fra 1995 til 1998, og fra 1999 til 2001 fullførte han et pastoralår ved . Dette ble fulgt fra 2001 til 2004 på i Portugal og studer ved det teologiske fakultet ved Det katolske universitet i Portugal, hvor han fikk en bachelorgrad i teologi. Fra 2004 til 2005 var Alves aktiv i sjelesorg i Turiscai. I 2005 ble han diakon.