Mellom vidda og den ytre kysten ligger fylkets fem store fjorder, Altafjorden, Porsangen, Laksefjorden, Tanafjorden og Varangerfjorden, med store og vidstrakte halvøyer mellom dem. Fra det viddepregede landskapet på disse halvøyene renner mange mellomstore elver ned mot fjordene. Blant disse er Repparfjordelva, Stabburselva, Børselva, Storelva og Adamselva. Til Varangerfjorden renner også de store elvene Neidenelva og Pasvikelva, som begge har mesteparten av sine nedbørfelt i Finland.