Stouts andre regjering varte vesentlig lengre enn hans første periode. Regjeringens primære prestasjoner var en reform for den sivile tjenesten og et program som skulle øke antallet videregående skoler i landet. Denne regjeringen organiserte også bygging av Midland jernbanen mellom Canterbury og vestkysten. Økonomien derimot, gikk ikke fullt så bra, med alle forsøkene på å trekke landet ut av en økonomisk depresjon var heller sviktende. Ved valget i 1887 mistet Stout sitt eget sete i parlamentet til fordel for politiker James Allen som vant over ham med tjueni stemmer, Den tidligere statsministeren Harry Atkinson, Stouts gamle rival, var i stand til å danne en ny regjering etter dette valget.