Senere i karrieren kom ikke målene like ofte som før. Samarbeidet med den nye stjernen Michael Owen fungerte ikke alltid like bra, og mange mener de to var for like spillertyper. Stadige skader har også en del av skylden for Fowlers formsvikt, og det hevdes også at han ikke tok spesielt godt vare på kroppen sin. Da Liverpool FC vant tre troféer i 2001, (FA-cupen, Ligacupen og UEFA-cupen), tilbragte Fowler store deler av sesongen på benken, og sesongen etter ble han solgt til Leeds United.