Navnet Svart september kommer fra sorte september i Jordan, kampene mellom palestinere og jordanere i september 1970. Denne måneden ble kalt «den svarte september» fordi araberne kjempet mot sine egne i stedet for mot israelerne. Ifølge NRK ble organisasjonen opprettet som en reaksjon på at kong Hussain innførte militærstyre i Jordan og utvisning av flere tusen palestinere. Palestinske grupper hadde frem til dette opparbeidet seg en sterk posisjon i Jordan. PLO hadde blitt etablert i 1964 og palestinske flyktninger utgjorde omkring halvparten av befolkningen i Jordan. Kong Hussein følte sin posisjon truet og hans elitestyrker angrep i november 1968 to flyktningleirer i Amman (28 ble drept i kampene). Konflikten mellom kongen og de mest radikale palestinske gruppene ble trappet opp. I 1970 ble Hussein forsøkt drept og 6. september kapret palestinere tre passasjerfly. Ett av flyene ble sprengt i luften. I september 1970 slo kongen hardt til mot disse gruppene i det som var rene krigshandlinger. Trolig ble flere tusen drept i det som var et kraftig tilbakeslag for de palestinske flyktningene i landet. For mange palestinere ble etter dette "de reaksjonære arabiske regimene" en ny fiende i tillegg til Israel.