Seks måneder etter hendelsene i The Matrix er Neo og Trinity nå i et romantisk forhold. Morpheus mottar en melding fra kaptein Niobe fra Logos som kommer med et nød-anrop: En hær av Sentinels er på vei og kommer til å være fremme i løpet av 72 timer. Kommandør Lock beordrer alle skipene å returnere til Sion for å forberede seg på angrepet. Men Morpheus ber ett skip om å bli værende for å kontakte Oracle. Neo, Morpheus og Trinity besøker Merovingian, et useriøst Matrix-program med sin egen agenda. Hans kone Persefone, som hevner seg på ektemannen sin for utroskap, fører trioen til Keymaker.