Det NS-styrte Innenriksdepartementet oppnevnte Stokstad som ordfører i Trondheim den 1. november 1943. NS’ førerprinsipp var innført i kommuneforvaltningen. Han hadde vervet frem til frigjøringen i 1945. I landssvikoppgjøret ble han dømt til 12 års tvangsarbeid og rettighetstap av Frostating lagmannsrett.