Det finnes beretninger fra arabiske skippere som forteller om sjøfolk fra Waqwaq omkring 945 e.Kr.. Det nevnes Waqwaq-øyer både i øst og vest. Det er sannsynlig at Waq-waq refererer til både Indonesia og Madagaskar. Beretningene viser at indonesiske sjøfarere seilte langs kysten av India til Arabia og deretter sørover langs østafrikakysten. De kan ha brukt store kanoer med utriggere. Relieffer på tempelvegger i Borobudur på Java fra 760 e.Kr. viser store skip med to master og seil. Flere forskere mener at øya var ubebodd da de første indoneserne kom til øya. Men sjøfolk hadde kontakt med både afrikanere og arabere, og blodprøver og DNA-analyser viser at kystbefolkningen oftest har mer afrikanske innslett enn innlandsbefolkningen. De eldste spor etter mennesker som arkeologene hittil har avdekket ved kysten, er datert til ca. 400 e.Kr. I Innlandet går dateringer tilbake til 11. århundre. Men innvandrerne kan ha vært der tidligere. Det er også mulig at bantufolk hadde vært der før indoneserne, men det betviles fordi de hadde dårligere fartøy. Imidlertid finner vi bantufolk på naboøyene Komorene.