I forkant bad han i desember 2006 Den hellige stol om å få fratre som biskop og bli løst fra sine presteløfter for å kunne bli valgt som president. Kongregasjonen for biskopene fastholdt at han var kleriker, men forbød ham å utøve biskoppelige eller prestelige funksjoner. Det betød at Roma faktisk ikke etterkom det han hadde bedt om, men at blokkeringen av hans utøvelse av geistlige oppgaver gjorde at han etter paraguayansk lov ikke var forhindret fra å bli president. Den paraguayanske forfatningens artikkel 235 forbyr geistlige embedsbærere å være president eller visepresident. I juli 2008 endret Vatikanet imidlertid sin besluning og pave Benedikt XVI innvilget Lugos bønn om å bli laisert.