Etter andre verdenskrig og delingen av Berlin befant stasjonen seg under grensen mellom sovjetisk sektor og fransk sektor. Da Berlinmuren ble bygget og den østlige transportfriheten opphevet, ble Bernauer Straße en spøkelsesstasjon. Vest-berlinske undergrunnstog passerte gjennom stasjonen, men stoppet ikke. Etter gjenforeningen ble stasjonen ble åpnet for ordinær trafikk igjen 1. juli 1990.