I februar 1861 ble brigadegeneral David E. Twiggs oppsagt fra hæren for forræderi ved å gå utenom president James Buchanan, og den 12. mars 1861 ble Sumner nominert av den nyinnsatte Lincoln til å erstatte Twiggs som en av bare tre brigadegeneraler i den regulære hæren. Sumner var dermed den første nye unionsgeneralen som ble opprettet på grunn av løsrivelseskrisen. Han ble så sendt for å erstattet brigadegeneral Albert Sidney Johnston som ledet Department of the Pacific i California og deltok derfor ikke i felttogene i krigen i 1861.