Også i Ski var arbeidet med reguleringsplanen kronglete. Det ble fremmet innsigelser blant annet fra Østfold fylkeskommune. Innsigelsene gikk på usikkerheten rundt spørsmålet om Østre linje skulle få planfri tilkopling til Follobanen, en usikkerhet Østfold fylkeskommune og kommunene i Indre Østfold hadde vanskelig for akseptere. 15. januar 2013 meglet fylkesmannen i Oslo og Akershus mellom Jernbaneverket, Ski kommune, Østfold og Akershus fylkeskommuner og syv representanter fra Indre Østfold. Det ble da enighet om tilkopling.