I 1162 sto Cremona sammen med imperiet i et angrep på Milano, men i 1167 byttet byen side og gikk inn i . Cremonas hær var med da Barbarossa ble slått i slaget ved Legnano 29. mai 1176. Deltagelsen i var ikke langvarig. I 1213 beseiret Cremona en allianse av Milano, Lodi, Crema, Novara, Como og Brescia. I 1232 allierte Cremona seg med Fredrik II. Han forsøkte å reetablere imperiets herredømme i Nord-Italia. Ved slaget ved Cortenuova var Cremona på den seierrike siden. Fredrik var ofte i byen etter det med sitt hoff. Ghibelliniene tapte i slaget ved Parma og opp mot to tusen fra Cremona ble tatt til fange.