Under det første korstog var de splittede seldsjukkstatene generelt sett mer opptatt av å konsolidere sine egne territorier og erobre naboene enn å samarbeide mot korsfarerne. Seldsjukkene beseiret med enkelhet det utrente folkekorstoget i 1096, men de maktet ikke stoppe fremgangen til hæren til det påfølgende fyrstekorstoget, som erobret viktige byer som Nikea (İznik), Iconium (Konya), Caesarea Mazaca (Kayseri), og Antiokia (Antakya) i sitt felttog mot Jerusalem (Al-Quds). I 1099 erobret endelig korsfarerne det hellige land og etablerte de første korsfarerstatene. Seldsjukkene hadde innen denne tid allerede tapt Palestina til fatimidene, som hadde gjenerobret området kort tid før korsfarerne igjen erobret det.