Otto II fulgte opp sin fars politikk med å gi økt innflytelse til kirken, spesielt klostervesenet og klostrene. Kirken og dens organer fungerte som støtte og stabiliserende faktor i imperiet. For å gjennomføre dette sørget Otto II for å styrke biskopenes juridiske integritet og økonomiske uavhengighet fra den sekulære adelen. Ottonianerne hadde spesiell tilknytning Memleben i Sachsen hvor både Otto IIs far Otto I og bestefar Henrik I av Sachsen hadde dødd. Otto II og hans kone Theophania hevet den åndelige betydningen av byen ved å etablere et benediktinerkloster der: Memlebenklosteret. På kort tid ble Memlebenklosteret et av de rikeste og mest innflytelsesrike av imperiets klostre. Disse tiltakene og den uvanlige størrelsen på klosteret kan indikere at Memleben hadde vært ment som et mausoleum for de ottonianske herskerne.