Fra 1699 samarbeidet han med Sir John Vanbrugh, et samarbeid som ble en uvanlig kreativ kombinasjon av komplementære begavelser. Dette resulterte bl.a. i de store slottsanleggene Castle Howard (1699–21) og Blenheim Palace (1705–1725), som Vanbrugh vanligvis har fått æren for. Hawksmoors berømmelse som selvstendig arkitekt hviler først og fremst på de seks kirkene han tegnet i London etter oppdrag fra en kommisjon oppnevnt av Parlamentet 1711, St Alfege's Church, Greenwich (1712–16), St Anne's, Limehouse (1714–22), Christ Church, Spitalfields (1714–28) St George in the East, Wapping (1714–22), St George's Church, Bloomsbury (1716–30) og St Mary Woolnoth (1716–26).