Han ble den hovedansvarlige for utarbeidelsen av det første moderne topografiske kart over Egypt og deler av blant annet Syria. Napoleon ble oppmerksom på Jacotins kvaliteter og gjorde ham med virkning fra 14. september 1800 til sin («personlig Egypt-rådmann»). Han brakk foten og ble svært syk i Egypt; mens han ble pleiet tilbake til helse, ble han kjent med Marie Naydorff, datteren av en kornhandler fra Kairo. Den 7. juli 1801 giftet de seg i Kairo og i desember samme år vendte ekteparet tilbake til Frankrike.