Alle biografiske opplysninger om J.J. Walther stammer fra Johann Gottfried Walthers (1732). Ifølge J.G. Walther var J.J. Walther fiolinist ved Medicienes hoff i Firenze mellom 1670 og 1674, og fra 1674 konsertmester ved hoffet i Dresden. I 1680 ble han italiensk sekretær ved det kurfyrstelige hoff i Mainz og fikk en geistlig stilling med tittel «kanonikus».