De to viktigste elvene i provinsen er Etsch (it. ) og Eisack (it. ) som møtes ved Bolzano. Etsch renner fra sin kilde ved Reschenpasset lengst nordvest i Syd-Tirol først østover gjennom . Ved Meran bøyer den av og renner sydøstover gjennom til Bolzano og videre gjennom . Ved Meran munner også Passeier (fra nord) ut i Etschdalen. Eisack renner fra sin kilde ved Brennerpasset sydøstover gjennom . Ved Brixen tar den opp elva Rienz fra Pustertal (i øst) og fortsetter sydvestover gjennom til Bolzano. Wipptal, som fortsetter nord for Brennerpasset til Innsbruck, er en viktig forbindelse mellom Tyskland og Italia.