O'Connell døde av hjerneblødning i Genova i Italia i 1847, på pilegrimsferd til Roma – fengselsoppholdet hadde tæret hardt på ham. Han ble 71 år. Som følge av hans ønske på dødsleiet ble hans hjerte begravet i Roma, mens hans kropp er begravet på Glasnevin Kirkegård i Dublin.