I løpet av syv år (1046–1052) tilbakela Nasir en distanse på 19 000 km, og han besøkte Mekka fire ganger der han utførte alle ritualer og skikker som en nidkjær pilegrim. Det var imidlertid Kairo, hovedstaden i Egypt og residensen til fatimidenes kalif-imam Ma'ad al-Mustansir Billah, imamen av ismailittitske sjiamuslimer, som tiltrakk han mest. Billah førte på akkurat det tidspunktet en dødelig krig mot abbaside-kalifen av Bagdad og seldsjukken Toghrul Beg, den store forsvareren av sunniislam. Da Nasir besøkte Kairo lå makten til de egyptiske fatimidene i deres senit; Syria, Hijaz, Afrika og Sicilia adlød al-Mustanirs ordre, og den ytterste orden, sikkerhet og velstand regjerte i Egypt. I Kairo ble han i hovedsak undervist av den fatimidiske («misjonæren») Mu'ayyad fid-Din al-Shirazi og grundig gjennomsyret med de sjia-ismailittitske læresetningene til fatimidene, og deres ankomst i hans hjemland ble heretter den eneste gjenstand i hans liv. Han ble forfremmet til stillingen som «misjonær» og utnevnt til , men den fiendtligheten han møtte med utbredelsen av disse nye religiøse ideene etter hans tilbakekomst i Stor-Khorasan i 1052 og sunnifanatismen tvang ham til slutt til å flykte. Etter mange vandringer fant han en tilflukt i Yamgan (ca. 1060) i fjellene i Badakhshan, der han tilbrakte de siste tiårene av sitt liv som en eremitt. Han klarte å samle et betydelig antall hengivne tilhengere rundt seg, som han overleverte sin lære til for etterfølgende generasjoner.