I begynnelsen av 1983 flyttet Karadžić til Beograd der han begynte å arbeide på et sykehus i Beograd-forstaden Vozdovac. Familien ville ikke flytte fra Sarajevo så Karadžić ukependlet. 1. november 1984 ble Karadžić arrestert og anklaget for at han skulle ha misbrukt sykehusets penger. Pengene ble brukt til bygging av et fritidshus i den bosniske byen Pale i nærheten av Sarajevo. Etter 11 måneder i fengsel slapp han ut på grunn av mangel på bevis.