En måte å klassifisere mutasjoner i gener er påvirkningen på produsert protein: stille mutasjon – mutasjon som ikke fører til endring av aminosyren (protein-byggeblokk) missense-mutasjon – mutasjon som fører til endring av en aminosyre i proteinet nonsense-mutasjon – resulterer i et tidlig stopp-kodon (stopp-kodonet signaliserer slutt av transkripsjon og fører til kortere proteinkjede i proteinet) leseramme-mutasjon (eng. ) – Tre nukleotider koder for en aminosyre. Dersom noen nukleotider er fjernet (eng. ) eller lagt til DNA (eng. ) blir leserammen i genet forskjøvet (med mindre antall nukleotider fjernet eller lagt til er muliplum av 3). Noen av nukleotidene som kodet for en aminosyre hører da til et annet kodon, og dette kan føre til at det ferdige proteinproduktet er helt annerledes enn før mutasjonen.