Mot slutten av 1600-tallet, først da øya var underlagt Ming-lojale flyktninger og senere da øya var blitt annektert av Kina og lagt inn under provinsen Fujian, kom det en antikristen bølge, og katolisismen kunne ikke lenger utfolde seg. Den sank hen. Ser man bort fra noen kortere besøk, var det ikke før i 1859 at det igjen kom katolske misjonærer til øya.