Arten jakter i hovedsak andre fugler og småvilt, men den kan også ta større vilt (spesielt lam, kalver, skadde eller syke dyr) og tamdyr (typisk lam og reinkalver, men også skadde og syke individer), på størrelse med rein. Det kan være vanskelig å avgjøre om større dyr er nedlagt av ørna eller funnet som kadaver. Den eter nemlig også åtsler. Det verserer en rekke påstander om at voksne reinsimler har blitt tatt av kongeørn, men dokumentasjonen av disse hendelsene er tynn. At kongeørn tar reinkalver er imidlertid velkjent. miniatyr|En mongolsk mann inspiserer kongeørnen sin før han konkurrerer i en jaktkonkurranse i det nordlige Mongolia Kongeørna stuper ned mot byttet og «slår» det. Under stupet kan farten nå opp i omkring 150 km/t. Anslaget skjer med klørne på de kraftige føttene, og det er bakkloa og den indre framkloa som gjerne penetrerer og dreper, mens de andre klørne gjerne brukes til å gripe fast byttet og løfte det vekk. Angrepet skjer som oftest mot ryggen av byttet, som løftes vekk med hjelp av nedslagsfarten, vinden og vinkelen på vingene. Det hender også at ørna tar bytte den ikke makter å løfte eller drepe i anslaget. Dør ikke byttet, kan ørna finne på å slippe det mot ei berghylle eller en steinur, slik at det enten dør eller blir livstruende skadet, så ørna lande og ete av det. Er byttet for stort til å bli løftet vekk og i live etter anslaget, kan det utspille seg en kamp på liv og død ved anslagspunktet. Ørna eter imidlertid også åtsler. Ofte «stjeler» den også åtsler fra andre fugler, for eksempel kråkefugler. Når ørna har spist seg mett, kan den sette seg til i høyden og iaktta kadaveret. Og om andre prøver å stjele det, kan ørna ta til vingene for å skremme bort inntrengerne.