Den Bosch spilte i nederlandsk førstedivisjon, som ligger ett hakk under Eresdivisjon som er det øverste nivået. Van Nistelrooy spilte midtbane for Den Bosch, men gikk over til spissrollen mens han spilte for SC Heerenveen i 1997. I 1998, på 22-årsdagen sin, gikk han til PSV Eindhoven for over 40 millioner kroner. Van Nistelrooy besvarte tilliten ved å score 31 mål på 34 kamper i sin første sesong i PSV, og ble kåret til årets spiller i Nederland av spillerne. I sin andre sesong noterte han seg for 29 nye mål.