Imandra består av tre hoveddeler. I midten ligger Ekostrovskaja Imandra (areal 351 km²), vest for denne ligger Babinskaja Imandra (akkalasamisk: ) (areal 133 km²), mens Khibinskaja Imandra (eller Store Imandra) (areal 328 km²) strekker seg 55 km nordover. Rundt 20 større elver munner ut i innsjøen, som drenerer til Kandalaksjabukta i Kvitsjøen via elva Niva.