Eckener studerte historie og nasjonaløkonomi og ble kjent med Ferdinand von Zeppelin i Friedrichshafen. Zeppelin ansatte ham som forfatter. Fra 1908 tilhørte han Zeppelinselskapet og overtok i 1910 avdelingen for utvikling av flyteknikk. I 1911 ble han sjef for Under første verdenskrig var han sjef for flåtens luftskipsavdeling. Fra 1920 var han del av ledelsen i Zeppelinselskapet.