Heydrich ledet RSHA, og dermed Sipo og SD, inntil han ble likvidert av partisaner i 1942. Han ble etterfulgt av Ernst Kaltenbrunner, som tiltrådte 30. januar 1943 og satt til krigens slutt. Etter krigen ble det erklært at SD var en kriminell organisasjon, og medlemmene ble tiltalt som krigsforbrytere.