I 1864 ble Ole, da 29 år gammel, ansatt som styrmann og nestkommanderende på emigrantskipet «Neptunus», eid av onkelen Christopher Blom Paus. Skipet på 43 meter tok 402 passasjerer på den første turen og seilte fra Trondheim til Québec. Kaptein på «Neptunus» var 42 år gamle Herman Ludvigsen fra Gjemsø, og skipet hadde et mannskap på 17. I 1868 tok Ole Paus Ibsen skippereksamen og seilte som skipper på en brigg i et par år.