Om byene noen gang faktisk eksisterte kan de like gjerne ha blitt ødelagt som et resultat av en naturlig katastrofe. Geologer har bekreftet at det ikke har vært noen vulkansk aktivitet i området i løpet av de siste 4000 årene. Imidlertid er det en mulighet for at byene ble ødelagt som følge av jordskjelv i regionen, særlig hvis byene lå langs en betydelig forkastning, som i Jordandalen, den nordligste forlengelsen av Riftdalen til Rødehavet og Øst-Afrika. Det er imidlertid en mangel på samtidige redegjørelser av seismologisk aktivitet innenfor den nødvendige tidsramme for å bekrefte teorien, om man ikke betegner fortellingen om Sodoma og Gomorra som en metaforisk bevitnelse av det samme.