I 1841 kom han med to prester og tre legbrødre til Montana og inn i Bitterroot Valley, og grunnla er misjonsstasjonen , i dag Stevensville, rundt 60 km sør for Missoula. Våren 1842 besøkte misjonærene François-Norbert Blanchet og Modeste Demers i Fort Vancouver. Sammen la de planer for misjonen i Oregon Country. De Smet skulle skaffe finansiering i Europa. Atter krysset han Atlanterhavet, og returnerte først den 31. juli 1844 til Columbiaelven. Med ham ankom fem jesuitter og ordenssøstre av . De Smet mente at uten å vinne fred med blackfeetindianerne ville det ikke være mulig å drive noen fremgangsrik misjon. Derfor bestemte han seg for å reise til denne stammen.