I 1946 overtok Nygård-Nilssen riksantikvarembetet etter Harry Fett. Viktige saker i hans embetstid var bevaring og restaurering av og undersøkelser rundt Håkonshallen og Bryggen i Bergen, Akershus slott og Basarene i Oslo, bispegårdene i Trondheim og Hamar, Utstein kloster, Borgund stavkirke og kulturmiljøet på Røros.