Jonatan Apphus var den yngste av de fem sønnene til Mattatias. Hans far var en , jødisk prest, som er sett på som den som utløste det makkabeernes opprør mot Selevkiderikets Antiokos IV Epifanes. Imidlertid døde Mattatias i 167 f.Kr. mens opprøret var i sin begynnelse. Hans sønner fortsatte kampen, og Jonatan Apphus' eldre brødre var Judas Makkabeus, Eleazar Avaran, Johannes Gaddi, og Simon Thassi. Judas ble snart deres leder.