Avdejev ble ferdigutdannet ved Moskvas fysikk-ingeniør-institutt i 1979 som ingeniør-fysiker. Fra 1979 til 1987 arbeidet han som ingeniør for RKK Energia, som er et selskap som utvikler romskip. Derfra ble han utvalgt til å være kosmonaut den 26. mars 1987. Hans grunnleggende trening som kosmonaut foregikk fra desember 1987 til juli 1989. Han trakk seg tilbake som kosmonaut den 14. februar 2003.