Formålet med ICPDR er å gjennomføre konvensjonen. Videre er ICPDR valgt som plattform for å gjennomføre vanndirektivet. Organisasjonens mål er å sikre en bærekraftig bruk av vannveier og ferskvannsressurser i hele Donaus nedslagsfelt. ICPDR utarbeider forslag til forbedring av vannkvalitet, utvikler strategier for flomvern og forurensningsvern, fastsetter utslippsnormer og sikrer overholdelse av disse gjennom medlemsstatene.