I 1893 skjedde en stor eksplosjon ombord i skipet Cabo Machichaco og 500 mennesker ble drept. Tidlig på 1900-tallet ble Santander det foretrukne sommerresidens for kong Alfonso XIII som bygde et palass i byen i 1908 for seg og den kongelige familie. Dette gjorde byen svært populær som badeby, og populariteten har holdt seg frem til i dag. Byen ble rammet av en stor brann i 1941. Det brant i to dager. Bare ett menneske, en brannmann, omkom i brannen, men tusenvis ble hjemløse og byen ble kastet inn i kaos. Brannen ødela det meste av byens middelaldersentrum og ødela byens romanske katedral.