I New York City fant Noguchi et nytt studio i Greenwich Village. Gjennom hele 1940-årene lot Noguchi seg inspirere i skulpturene sine av den surrealistiske bevegelsen. Den best kjente er kanskje , et verk laget av sammensatte stenplater, som ble utstilt første gang i september 1946. I 1947 begynte han et samarbeid med møbelprodusenten Herman Miller fra Zeeland, Michigan. Dette samarbeidet kom til å bli meget fruktbart, og resulterte i flere design som er blitt symboler på den modernistiske stilen, og inkluderer det ikoniske «Noguchi-bordet». Noguchi samarbeidet også med Knoll, og designet møbel og lamper for dem. Gjennom denne perioden fortsatte han sitt engasjement med teatret ved å lage kulisser for Martha Grahams og John Cages og Merce Cunninghams produksjon av . Mot slutten av denne perioden i New York City fikk han også en del oppdrag for å utarbeide offentlige rom, for eksempel takene i Time-Life-hovedkvarteret. I mars 1949 hadde Noguchi sin første énmannsutstilling i New York City siden 1935 i Charles Egan Galleriet. I september 2003 holdt Pace Gallery en utstilling av Noguchis arbeider i deres 57th Street utstillingslokaler. Utstillingen, kalt , viste elleve av hans skulpturer.