Navnet Danuvius er av indoeuropeisk opprinnelse og avledet av ordroten deHnu som betyr ”elv” og som også forekommer i elvenavn som Rhodanus (Rhône), Don og Dniester. Flere gudenavn har tilsynelatende det samme opphavet, herunder der irske Danu og den walisiske Dôn, men den eventuelle sammenhengen er ikke klar.