Den 11. juli 1938 ble Messerschmitt utpekt til formann og administrerende direktør for Bayerische Flugzeugwerke og firmaet ble omdøpt til Messerschmitt AG. Samme år begynte virksomheten utviklingen av det som med tiden ble til Me 262 og Messerschmitt Me 210, som var planlagt som etterfølger til Bf 110. Me 210 viste seg å være plaget av voldsomme utviklingsproblemer, som kun ble løst ved å utvikle typen til Messerschmitt Me 410, og de resulterende problemer og forsinkelser var igjen ved å skade både Messerschmitts og hans firmas rykte.