Etter seieren i øst og Cæsarmordernes nederlag forble Lepidus i Roma. Han ble guvernør over de vestlige provinser Hispania og Afrika. På en eller annen måte lyktes det ham lenge å unngå å stå på Octavians eller Antonius' side, men i 36 f.Kr. lyktes det Octavianus å dømme Lepidus etter at hans politikk slo feil. Han ble dømt for opprørstiftelse på Sicilia, og ble tvunget i eksil. Alle hans embeder ble inndratt, unntatt posisjonen som .