Beneš ga navn til de såkalte Beneš-dekretene, som medførte ekspropriasjon av eiendommer tilhørende de tysk- og ungarsktalende minoritetene, inndragelse av statsborgerskap og fordrivelsen av etniske tyskere til Tyskland og Østerrike. Dekretene var 143 midlertidige lover vedtatt av Beneš, under og umiddelbart etter andre verdenskrig i en periode da parlamentet ikke var samlet. Dekretene ble vedtatt av presidenten i samråd med regjeringen og et «råd» av eksilpolitikere («state council» bestående av et bredt spekter politikere) og innebar omfattende endringer i det samfunnet, «a vertiable revolution by decree». Politikken formulert i disse dekretene var i hovedsak basert på det såkalte Košice-programmet (av april 1945) utformet av landets første etterkrigsregjering (Košice ble frigjort av sovjetiske styrker i januar 1945 og fungerte en periode som hovedstad). 98 av 143 dekreter ble utstedt etter at Beneš hadde kommet tilbake fra eksil. Tsjekkoslovakias nye nasjonalforsamling trådte sammen første gang 28. oktober 1945. I løpet av den siste uken før ble 40 dekreter utstedt i stort tempo for å komme parlamentarisk behandling i forkjøpet. Disse dekretene omhandlet en rekke område blant annet symfoniorkesteret, det nye parlamentets arbeidsform, nasjonalisering av fabrikker, tvangsarbeid for dømte kollaboratører og nasjonal ære. Det er omdiskutert hvor involvert Beneš var i utarbeidelsen av dekretene. Selv om at han underskrev dekretene, er det uklart om han var den direkte bakmannen bak dem. Dekretene var blitt utarbeidet og godkjent av majoriteten av den tsjekkoslovakiske eksilregjeringen og de allierte seierherrene. Beneš uttalte i en tale i Brnos rådhus 12. mai 1945: «Vi har sagt det og vi har tatt på oss oppgaven med å fullstendig avvikle det tyske problemet i vår republikk.» Tilsvarende uttalte han gjentatte ganger på forsommeren 1945. Beneš fremholdt at «alle tyskere» var ansvarlige for massakren i Lidice, at tyskerne og madjarene «er vårt indre problem» og at hele det tyske folk var ansvarlig for nazismen. Utvisningen av etniske tyskere var for blant andre Beneš et tiltak for å beskytte Tsjekkoslovakias demokrati og for å rette opp uretten begått mot tsjekkerne siden Slaget på det hvite berg i 1620.