Hun var ikke med på nominasjonskomiteens innstilling til stortingsvalgliste i 1997. På nominasjonsmøtet ble Carl I. Hagen nominert på 1.-plass uten motkandidat, mens Jensen tapte 2.-plassen til Dag Danielsen med 87 mot 113 stemmer. Hun vant imidlertid voteringen om 3.-plassen mot Sissel Dagslet med 101 mot 95 stemmer. Skjønt partiet kun hadde to mandater på Stortinget fra hovedstaden i perioden 1993–1997, lyktes Fremskrittspartiet å vinne et tredje mandat ved valget i 1997. I perioden 1997–2001 var Jensen fraksjonsleder og sekretær i Stortingets finanskomité, og i 1998 ble hun innvalgt i Fremskrittspartiets sentralstyre. På dette tidspunktet ble hun også nevnt som en aktuell kandidat til partiledelsen og arvtager til Hagen. Året etter ble Siv Jensen og Terje Søviknes valgt til nye nestformenn etter Lodve Solholm og Vidar Kleppe.