Ved diakonissehuset i Neuendettelsau hadde hun erfart at diakonissene selv kunne lede sin institusjon og sin virksomhet. Dette mente Rikke Nissen var den riktige måten å organisere driften på, og dette synet holdt hun fast ved, selv om det ikke ble slik hverken i Christiania eller ved de andre norske diakonissehusene som ble etablert i hennes tid. Forstanderinnen Cathinka Guldberg var riktignok ansvarlig for den daglige driften i Christiania, men hun rapporterte til forstanderen, som var prest og altså mann. Rikke Nissen ble Guldbergs stedfortreder, og innordnet seg den gjeldende rangordningen selv om hun mente at den var prinsipielt feil.