I 1758 fikk han jobb for Missionskollegiet, eller . Det var et dansk-norsk samarbeid, oppstartet i 1714, som ville at han skulle flytte langt nord, til Salten og Skjerstad for å være misjonær for samene. Han lærte seg sproget deres og laget en ordbok og grammatikk. Etter tre år ble han i 1761 visepastor i Skjerstad og i 1768 prost i Salten prosti. Dette varte bare ett år, for i 1769 ble han sogneprest i Vår Frue kirke (Trondheim), men samarbeidet dårlig med Ole Irgens (biskop) og forflyttet seg til Nykirken i Bergen i 1774. Han hadde da i 1773 tatt en magistergrad i teologi, og fortsatte sin forskning som brakte ham en doktorgrad i teologi fra Københavns Universitet i 1779. Året efter forlot han Bergen da nevnte Irgens plutselig ble biskop i Bjørgvin bispedømme, så Hagerup vendte tilbake til Trondheim og fikk heldigvis jobb som både stiftsprost og sogneprest i Nidarosdomen, hvilket han besatt til sin død i 1797.