En ting som hadde stor betydning for Klitmøllers suksess, var at Limfjordens åpning mot Vesterhavet på denne tiden var lukket. Man kunne derfor ikke komme inn i Limfjorden med skip, uten å seile rundt Skagen og inn på den østlige side av Jylland. Det gjorde at spesielt kjøpmennene fra Thisted handlet med skuteskipperne i Klitmøller, men det var også vei mellom Klitmøller og Aalborg, hvilket beskriver litt om den store handel, der foregikk i området. Skutehandelen foregikk flere steder langs den nordvestkysteav Jylland, men viktigst var Klitmøller. Byen hadde sin storhedstid mellom år 1660 og år 1810 og mistet sin store betydning, da havet brøt gjennom ved Agger Tange, og der dermed ble fri passasje for seilas inn Limfjorden.