Eberharter vant sine to første VM-gull i 1991, før han hadde vunnet et eneste renn i verdenscupen. Etter denne uventede suksessen gikk det ikke så bra, han slet blant annet med mange skader. I 1994 kjørte han bare ett verdenscuprenn, og falt ut av den østerrikske landslagstroppen. Først i sesongen 1996/97 begynte han å vende tilbake, først med gode resultater i europacuprenn. 14. mars 1998 kunne han endelig feire sin første verdenscupseier (storslalåm i Crans-Montana).