Bygningen var en lav lenge. I underetasjen var det seks rekker med binger med plass til 500 stykker kveg. I 1628 blåste den ned, hvoretter kongen lot oppføre en ny bygning med grunnmur og tre etasjer. Den ble omgitt av bastioner og voldgraver, og vannet ble hentet fra Ladegårdsåen og avstikkeren Rosenåen. Den opprinnelige planen om at området rundt Rosenborg slott skulle være ladegård, ble aldri gjennomført, men kong Christians ladegård var et mønsterbruk forut for sin tid, der vognene utenfor kunne kjøre opp foran store luker og tømme kornhøsten inn. Et system av vannrør sørget for drikkevann til dyrene og skyllevann til kloakkrennene deres.