Sverker den yngre var sønn av kong Karl Sverkersson og dronning Kristina Stigsdatter Hvide. Etter at faren Karl Sverkersson ble drept i 1167 av Knut Eriksson på Visingsö ble den tre år gamle Sverker fraktet til Danmark hvor han vokste opp hos sin mors slekt. Ved kong Knut Erikssons død i 1195 ble han som mindreårig tatt til konge uten strid takket være jarl Birger Brosa. Han førte en kirkevennlig politikk og i 1200 stadfestet han under innflytelse av erkebiskop Olof Lambatunga i Uppsala den åndelige frelsen, privilegiebrev for kirken og hans erkebiskop Balerius er det eldste kjente generelle kirkeprivilegiet i Sverige.