Theophilus giftet seg først med Elizabeth Lewis, datter av sir John Lewis, 1. baronett, den 19. februar 1671/2. Hun døde i 1680. Han giftet seg da for andre gang med Mary Frances Fowler, datter av Francis Leveson Fowler, den 8. mai 1690. Med sin første hustru hadde han to sønner og seks døtre, inkludert Thomas (1674–1675), George og Elizabeth. Med sin andre hustru fikk han ytterligere to sønner og fem døtre, blant dem Theophilus, Catherine, Maria og Margaret.