Den nyvunne makten holdt ikke lenge. Da Hans og hans bror Frederiks hærer led et nederlag mot bøndene i Ditmarsken i 1500, benyttet de danskfiendtlige svenske herremenn det til å gjeninnsette Sten Sture som riksforstander i 1501. Året etter måtte Hans' dronning Christine overgi seg til Sten Sture på Stockholms slott og kom i svensk fangenskap. Kong Hans reagerte med å kreve at Lübeck stoppet all handel på Sverige. Da det ikke ble etterkommet, beslagla kongen all lybsk eiendom i Danmark og arresterte lybske kjøpmenn i Danmark. Året etter klarte man ved hjelp av kongens bror Frederik å få lübeckerne til å stoppe handelen og virke som fredsmeklere mot å betale en gammel dansk gjeldspost til hansabyene på gylden. Hans betalte aldri beløpet og Frederik som hadde kausjonert, måtte betale.