Ikke-Windows-brukere som prøver å bruke en U3-minnepinne, vil ikke kunne bruke U3-programmene, men kan bruke den til datalagring på vanlig måte. For å kunne fjerne U3-filene (og unngå den unødige partisjonen) må de kjøre et spesielt avinstalleringsprogram, men dette finnes bare for Windows.