Napoléon Bonaparte åpnet kirken på nytt i 1806, men lot de kongelige levningene bli i massegravene. I løpet av Napoleons eksiltid på Elba beordret restaurasjonen i Frankrike en søkning etter likene til Ludvig XVI og Marie Antoinette. Noen få levninger, noen få beina som antagelig var kongens og en klump av grå materie som inneholdt en kvinnes strømpebånd ble funnet 21. januar 1815, ble ført til klosterkirken i Saint-Denis og gravlagt i krypten. I 1817 ble massegravene åpnet, men det var umulig å skille noen av beinene fra hverandre. Levningene ble derfor plassert i et beinhus i kirkens krypt bak to marmorplater med navnene på de flere hundre medlemmene av de franske kongene og deres familier som hadde ble gravlagt i kirken i årenes løp.