Den fire år gamle Fredrik II ble konge over tyskerne. Innocens aksepterte Fredriks krav på tronen først etter at han hadde avstått visse privilegier (De fire kapitler) som Vilhelm I av Sicilia tidligere hadde presset pave Hadrian IV til å innvilge. Innocens innsatte deretter Fredrik som konge av Sicilia i november 1198, og arrangerte det slik at den unge kongen giftet seg med enken etter Emerik av Ungarn i 1209. I 1199 approberte han Den tyske orden som ridderorden.