Museet har til oppgave å tilgjengeliggjøre og formidle den danske militære kulturarv fra midten av 1300-tallet og frem til i dag. Dette skjer først og fremst igjennom de permanente utstillinger i de to hovedutstillingshusene – Tøjhusmuseet på Slotsholmen og Orlogsmuseet på Christianshavn – men også gjennom aktuelle særutstillinger samt aktiviteter for barn og unge, for eksempel igjennom museets skoletjeneste og feriearrangementer.