Apollonia var den ene av fem byer i libyske Pentapolis. Det tidligste nivået fra da byen ble opprettet er i dag nedenfor havnivået grunnet nedsenkning ved jordskjelv, mens det øverste nivået er fra sen bysantinsk-kristen tid og ligger flere meter over havnivået, bygd på de akkumulerte avleiringer av tidligere epoker. Eksistensen av bygninger i havet ble bemerket av Beechey (1827) som gjorde noen grove tegninger, og av Goodchild (1950-tallet). I 1958 og 1959 ledet Nicholas Flemming, den gang student ved Universitetet i Cambridge, en gruppe av andre studenter som trente med dykking og undersøkelser under vann for å kartlegge en større sektor av byen under havet. Resultatene av dette arbeidet ble publisert, komplett med kart og diagrammer av bygninger og bystruktur under vann i referanser sitert nedenfor. Carlo Beltrame og kollegaer har senere framstilt en undersøkelse med undervannsfotografier av en del av bygningene.