Hans sønn, arveprins Johann Leopold (f. 1906 i Coburg, d. 1972 i Grein, Østerrike) giftet seg 1932 ikke standsmessig med den skilte baronesse Feodora von der Horst, og måtte for seg og sine etterkommere frasi seg arverettigheter og tilhørighet til huset Sachsen-Coburg-Gotha i henhold til husets dynastiske lover. I dette ekteskapet fulgte tre barn, bl.a. Ernst Leopold, som senere likevel ble overhode for huset Sachsen-Coburg-Gotha. Carl Eduards andre sønn, Hubertus (f. 1909 i Gotha, d. 1943 i Mosty (Polen)) var barnløs da han falt i annen verdenskrig. Derfor ble den tredje sønnen, prins Friedrich Josias (f. 1918 i Coburg, d. 1998 i Amstetten) overhode for huset Sachsen-Coburg-Gotha i 1954. Carl Eduards eldste datter, prinsesse Sibylla, ble gift i 1932 med prins Gustav Adolf av Sverige. Deres sønn var den senere kong Carl XVI Gustaf av Sverige.