Šešelj grunnlag i 1990 Det serbiske fornyelsespartiet, senere omdøpt til Den serbiske tsjetnik-bevegelse. Etter valget i 1990 ble partiet forbudt. I februar 1991 ble han valgt som den første president i Srpska radikalna stranka, det serbiske radikale partiet. Šešelj ble i 1991 valgt som medlem av Representantenes hus i Bosnia-Hercegovina. I valgkampen hadde han tatt til orde for en serbisk samling og krig mot de han kalte Serbias historiske fiender, nemlig den kroatiske, bosniske og albanske del av befolkningen i landet.