Hagen var leder av Arbeiderbevegelsens arkiv for Nord-Norge fra 1979 til 1987. Han tok hovedfag på en historiografisk oppgave om fransk mentalitetshistorie i 1987. Deretter var han arkivar ved Statsarkivet i Tromsø frem til 1994, hvorpå han jobbet som fagreferent for historie og arkeologi ved Universitetsbiblioteket i Tromsø fra 1995 til 2006. Siden 2006 har han vært førsteamanuensis Institutt for historie og religionsvitenskap ved Universitetet i Tromsø. Hagen har vært svært aktiv med å drive forskningsformidling om trolldomsprosessene fra 1590 til 1695 i Nord-Norge og har bidratt med et stor antall populærhistoriske bøker, foredrag og artikler om dette emnet. Han har også arbeidet med utgivelse av historiske arkivkilder, blant annet første trykte utgave av 1600-tallshåndskriftet av Hans H. Lilienskiold. Han har også forsket på hvordan teologisk inspirerert lære om trolldom (demonologi) spredte seg i de kristne land i århundrene rundt reformasjonen. Han har særlig løftet frem betydningen av den franske juristen og demonologen Jean Bodin.