I Japan ble D.Gray-man satt på hold to ganger i perioden 2007-2008, først fordi Hoshino ble hardt rammet av norovirus og senere fordi hun fikk en nakkeskade. Serien fortsatte kort tid etter begge hendelsene, men i november 2008 ble hun nødt til å ta en ny pause etter å ha skadet håndleddet. Publikasjonen ble gjenopptatt i mars 2009, men ble satt på hvil igjen den 11. mai. 17. august 2009 kom D.Gray-man tilbake i sesongmagasinet Akamaru Jump, med beskjed om at fra 4. november 2009, vil serien komme månedlig i magasinet Jump Square.