I 1974 ble han avsatt i et statskupp, som hadde forbindelse til den greske militærjuntaens forsøk på å oppnå forening mellom Hellas og Kypros og som også ledet til at Tyrkia invaderte Kypros og okkuperte den nordlige delen av øyen. Makarios kom imidlertid tilbake som president i desember 1974 og beholdt presidentembetet til han avgikk ved døden i 1977.