Mange av Miyazakis filmer tar opp menneskenes forhold til natur og teknologi og konflikten mellom ambisjoner og grådighet. Temaene natur, økologi og forurensning blir berørt i både , og . Figurene er ofte ikke ensidig onde eller gode, men har sammensatte personligheter. Filmene har et pasifistisk preg hvor tilgivelse ofte står i sentrum, og det er sjelden at antagonistene blir utsatt for hevn eller egentlig straffet for sine handlinger. Andre særtrekk er kvinnelige hovedpersoner, kompliserte maskiner og flymaskiner av forskjellig slag.