På 1100-tallet ble øyene en del av Republikken Novgorod. På 1600-tallet ble de erobret av Sverige i den store urotiden, men Russland gjenerobret de mindre enn hundre år senere. Da Storhertugdømmet Finland ble opprettet tidlig på 1800-tallet som en selvstyrt del av Det russiske rike gjorde Aleksander I av Russland Valaam til en del av Finland. I 1917 ble Valaam en del av det selvstendige Finland, men kom inn under Sovjetunionen etter vinterkrigen og fortsettelseskrigen.