Landet er inndelt i sju distrikter, hvorav seks er på São Tomé og ett på Príncipe. Distriktene Água Grande, Cantagalo, Caué, Lembá, Lobata og Mé-Zóchi ligger på São Tomé, mens Pagué ligger på Príncipe. Distriktene har lokalt selvstyre og det velges distriktsråd for tre år om gangen.