Etter sin aktive politiske karrière har han jobbet som konsulent, blant annet med bygging av naturgassrørledning i Østersjøen. I august 2008 ble Lipponen ansatt i gassledningprosjektet Nord Stream. Ansettelsen ble kritisert av flere østeuropeiske land. Polen skal angivelig blokkert Lipponens kandidatur som EUs utenrikspolitiske sjef på grunn av hans bånd til prosjektet. I 2016 ble han tildelt prisen High North Hero for sitt politiske arbeid for å fremme Arktis.