Maktkampen mellom de høyere og lavere klassene, som fyrstebiskopene ofte intervenerte i, utviklet seg gjennom de 13. og 14. århundrene, og kulminerte i det 15. århundre da den biskoppelige byen ble plyndret og ødelagt. Under Robert av Thourottes styre (også kjent som Robert av Langres) (1240–1246), hadde St. Juliana syner som ledet henne til å opprette en spesiell høytid til ære for det hellige sakramentet. Etter mye nøling godkjente biskopen idéen hennes, og opprettet et spesielt embete, men døde før han kunne innsette høytiden. Fullføringen av arbeidet ble overlatt til en tidligere dominikansk abbed i Liège, Hugh av Saint-Cher som ble sendt tilbake til Liège av paven. Gjennom sin lovgivning gjorde Hugh høytiden obligatorisk i 1252. John av Troyes, som etter å ha vært prost i Liège, ble valgt til pave som Urban IV, fikk Thomas Aquinas til å opprette et nytt embete og utvidet høytiden Kristi legemsfest til å gjelde for hele kirken. En annen prost fra Liège ble pave under navnet Gregor X; han avsatte biskop Hendrik av Geldern, grev Gerard III av Gelderns sønn, (1247–1274). Fexhe-freden, underskrevet i 1316 under Adolf av La Marcks (1313–1344) styre, regulerte forholdet mellom fyrstebiskopen og hans undersåtter. Likevel fortsatte de indre stridighetene, og Arnold av Hornes (1378–1389) tid som biskop ble preget av den folkelige gruppens triumf. I 1366 ble grevskapet Loon føyd til fyrstbispedømmet av Engelbert van der Marck etter at Ludvig IV av Loon døde, men likevel beholdt grevskapet en stor grad av selvstendighet. For eksempel var det umulig for fyrstbiskopen å forhøye eller kreve skatter på egen hånd, og han var nødt til å erkjenne Loons gamle privilegier da han ble innsatt som fyrstbiskop.