I juli 2008 etablerte Dubais regjering selskapet. Selv om Flydubai ikke er en del av The Emirates Group, støttet Emiratene Flydubai i etableringsfasen. Den 14. juli 2008 signerte Flydubai en bestiling hos Boeing på Farnborough Air Show for 50 Boeing 737-800 verd tilsammen 3,74 milliard dollar med opsjon til å endre bestillingen til den større og lengre Boeing 737-900ER etter selskapets behov.