E-Hentai ble opprinnelig startet som en Yahoo! Group-side 1. juli 1999. I 2001 gikk det over til et .net-domene, mens i 2005 gikk det over til et .org-domene, ettersom .net-domenet gikk ut og ble kjøpt av noen andre. 27. mars 2010, som følge av strengere standarder fra reklametilbyderne, kom ikke nettsiden lenger til å dele gallerier med bilder med lolicon, shotacon eller zoofili. 30 000 av nettsidens 150 000 gallerier ble slettet, men senere overført til den nyopprettede søstersiden Exhentai. Tilgang til Exhentai krever at en har en E-hentai-konto. For brukere uten konto viser nettsiden bare et bilde av en trist panda, hvilket ga nettsiden kallenavnet «Sad Panda». I juli 2019, ble begge nettsidene fjernet fra Googles søkeresultater, ettersom Google ikke viser søkeresultater fra nettsider som bryter DMCA-loven.