Josef Alois Kessler kom fra en katolsk familie av etnisk tysk opprinnelse. I 1889, etter å ha studert teologi i Saratov, ble han ordinert til prest. Kessler studerte ved Det keiserlige romersk-katolske teologiske akademi i Sankt Petersburg og ble uteksaminert med en mastergrad i teologi. Han begynte sitt pastorale arbeid som sokneprest i Saratov. I 1892 var han prest i dekanatet Simferopol, i 1895 prest i landsbyen Sulz i nærheten av Nikolajev i Ukraina, fra 1899 til 1903 seminarinspektør i Saratov og fra 1904 domherre i Saratov.