Hun skal ha fått fem barn, men av dem overlevde kun to piker. Hertug Georg døde i 1503, og i mangel av en mannlig tronfølger oppsto den landshutske arvefølgekrig (1504–1505). Hedvig døde i Burghausen og ble begravet i det lokale cistercienserklosterets kirke, hvor alle medlemmer av Wittelsbach-dynastiet som døde i denne byen er begravet.