Neste sesong gikk seriemesterskapet til 1. FC Kaiserslautern, mens Müchen vant cup-pokalen for andre år på rad. Kahn ble igjen utnevnt til ligaens beste keeper. I sesongen 1998/1999 greide derimot Bayern München å vinne ligaen igjen, og samme år tok laget seg til finalen i Mesterligaen. Dette var et av Kahns beste år i Bayern München-drakta. Finalen i Mesterligaen gikk på Camp Nou og motstander var engelske Manchester United. Selv om tyskerne fikk det første målet, scoret motstanderen to. Til tross for finaletapet mottok Kahn tittelen «Verdens beste keeper», valgt fram av The International Federation of Football History and Statistics.