Yamaguchi mistet hørselen på hans venstre øre som følge av eksplosjonen i Hiroshima. Han ble også skallet og hans datter forteller at han stadig var svøpt inn i bandasjer nesten sammenhengende til hun fylte 12 år. Til tross for dette, levde Yamaguchi for det meste ett sunt liv. Men sent i livet begynte han å lide av stråling-relaterte plager. Blant annet fikk han grå stær og akutt leukemi.