Det er videre grunn til å tro at han også kan ha tegnet Kåfjord kirke, som ble vigslet i 1837. Det fortelles om en skotsk student ved navn William Dawson Hooker som i 1836 besøkte Finnmark. Han fikk i 1837 trykket sin reiseskildring fra turen, og der skriver han at Thomas hadde vist ham en kirke som var under oppbygning. Når den var ferdig, skulle den fraktes 50 miles landveien og 20 miles sjøveien, for å bli reist i Kåfjord. Erland Scheen gjengir dette i forordet til sin utgivelse av Thomas' reisedagbok fra Vestlandet, og tilføyer at det var Thomas selv som hadde tegnet kirken, som var den eneste bygningen som stod igjen etter at den tyske okkupasjonsmakten hadde utslettet Kåfjord som ledd i «den brente jords taktikk» i 1944.