Han ble født i Moskva 1589 som sønn av Boris Godunov og Maria Grigorievna Skuratova-Belskaja, en datter av Malyuta Skuratov. Fjodor vokste opp i det som russerne kaller den store urotiden. Kort tid etter farens død, ble Fjodor og hans mor slått ihjel av tronpretendenten Falske Dmitrij I av Russland. Kun hans søster Xenia ble spart.