Under hans veiledning vant laget hans igjen ligaen i 2003-2004-sesongen. I 2006 ble han utnevnt til hovedtrener for det slovenske under-15 og U-16 landslaget. Den 3. januar 2007 ble Kek utnevnt til manager for Slovenias landslag, som han førte helt til kvalifiseringen til VM i fotball 2010 etter å ha slått Russland i play-off.