Keiser Fredrik I Barbarossa hadde lovet ham hjelp mot hans opprørske undersåtter, men Eugenius III døde i Tivoli den 8. juli 1153, og keiserens hjelp kom derfor aldri. Selv om Romas borgere mislikte pavens kamp for å øke sin verdslige makt, anerkjente de ham som sitt åndelige overhode. Han ble gravlagt i Vatikanet med alle æresbevisninger, og hans grav fikk siden berømmelse som åsted for mirakuløse helbredelser.