Det var imidlertid vanskelig å følge opp innsatsen til Scolari. Ny trener ble Carlos Queiroz, som også hadde vært trener i 1991–1993 og ikke lyktes å kvalifisere Portugal. Han startet kvalifiseringen til VM i 2010 bra med 4-0 borte mot Malta. Hjemme mot Danmark ble det en spennende kamp der Portugal ledet 1-0 til de siste 6 minuttene av normal tid. Danmark utliknet etter 84 minutter, Portugal tok ledelsen på straffe to minutter senere og Danmark scoret to mål, ett godt på overtid, og vant 3-2. Portugal fulgte opp med tre 0-0-kamper: Borte mot Sverige, hjemme mot Albania og hjemme mot Sverige. Allerede etter 0-0 mot Albania var folk skeptiske til Queiroz og landslaget.