Det ble ikke lenge etter fremkastet alvorlige korrupsjonsanklager mot Temer. Han ble i 2017 mistenkt å ha tatt imot nesten 50 millioner dollar under valgkampanjen i 2014, da han stilte opp som davarænde president Dilma Rousseffs vise-presidentkandidat. Anklagerne nådde ikke frem; det var ikke støtte i parlamentet om noen riksrettssak. Heller ikke i befolkningen var det noen sterk interesse for det.