Ved tilbakekomsten til England ble ekspedisjonen kjølig mottatt av det etablerte geografimiljøet i London, som var fornærmet over at den hadde kommet dets egen Discovery-ekspedisjon i forkjøpet. Det ble også ytret kritikk av Borchgrevinks lederegenskaper og det begrensede vitenskapelige utbyttet av ekspedisjonen. Til tross for sin banebrytende virksomhet i Antarktis oppnådde aldri Borchgrevink samme heltestatus som Scott og Shackleton, og Southern Cross- ekspedisjonen ble snart overskygget av dramatikken som omga disse og andre av tidens oppdagelsesreisende. Roald Amundsen anerkjente imidlertid at Borchgrevinks ekspedisjon hadde forsert de største hindrene for å ta seg fram på det antarktiske kontinentet og åpnet opp for påfølgende ekspedisjoner.