Fægri var ansatt ved ved Christian Michelsens Institutt (1934–1946), Bergen Museum (1946–1948) og Universitetet i Bergen fra starten i 1948. I mange år var han også formann i Studentersamskipnaden i Bergen (SiB). Han gikk av med pensjon i 1979 men beholdt sitt kontor på Botanisk Institutt ved Universitetet i Bergen inntil sin død.