I 2001 flyttet Saviola til utlandet for å spille for FC Barcelona som kjøpte ham fra River Plate for 195 millioner kroner. Han fikk spansk statsborgerskap kort tid etter, og ble dermed ikke rammet av den spanske ligaens lov om maksimalt antall på ikke-EU-borgere i hver klubb. Under trener Louis van Gaal scoret han 17 mål i sin første sesong, og endte som tredje beste målscorer i ligaen.