I perioden 1962–1966 innvandret Arafat og hans nærmeste venner til Syria – et land med grense til Israel – som nylig hadde gått ut av en union med Nassers Egypt. I Syria var han i stand til å rekruttere medlemmer i større grad, og omsider bygge opp til væpnet kamp mot Israel. Før dette hadde Fatah hatt omtrent 300 medlemmer og ingen soldater. Fatahs slagkraft økte gradvis etter Arafats avgjørelse om å tilby langt høyere lønninger til medlemmer av den palestinske frigjøringshæren (PLA), PLOs militærstyrke, som ble dannet av Den arabiske liga sommeren 1964. Den 31. desember samme året forsøkte al-Assifa, som var Fatahs væpnede enhet på den tiden, å infiltrere Israel. De ble stoppet og holdt igjen av libanesiske sikkerhetsstyrker. Flere forsøk fulgte i ettertid med Fatahs dårlig trente og svakt utrustede krigere. Dette endte i både vellykkede og mislykkede raid, hvorav flere var ledet av Arafat personlig.