Etter den nazistiske maktovertakelse i 1933 fikk han fortsette i sin stilling, trass i at dette til å begynne med ble sterkt kritisert av SA- og NSDAP-medlemmer. Dorpmüller kunne slik bevare Reichsbahns autonomi og skjerme det fra inngripen fra partiinstanser, men omsatte dermed selv den nasjonalsosialistiske opprustnings- og rasepolitikk i Reichsbahn. Slik erstattet Dorpmüller for eksempel nesten alle «ikke-ariske» arbeidskrefter med nasjonalsosialister. Han innførte «Den tyske hilsen» i juni 1933, men måtte etter få uker avskaffe den, ettersom det viste seg til forveksling likt et håndsignal togpersonalet gav i forbindelse av bremseprøver.