Eduard Khil ble født 4. september 1934 i Smolensk som sønn av mekanikeren Anatolij Khil og regnskapsføreren Helena. Foreldrene skilte imidlertid lag, og Eduard ble oppdratt av moren. Da barnehagen hans ble bombet under den store fedrelandskrigen (andre verdenskrig), ble han skilt fra moren og evakuert til Bekovo i Penza oblast, der han endte opp i et barnehjem som blant annet manglet mat. Til tross for dette opptrådte Khil regelmessig for sårede soldater på det nærliggende sykehuset. Han ble gjenforent med moren i 1943 da Smolensk ble frigjort fra det nazistiske Tyskland. I 1949 flyttet han til Leningrad der han tok høyskoleeksamen. I 1955 ble Kihl tatt opp ved Leningrad-konservatoriet, der han studerte under Evgeni Olkhovkskij og Zoja Lodij og tok avgangseksamen i 1960. I løpet av studiene opptrådte han i flere større operaroller, blant annet som Figaro i .