I Sona kommer Lincolns frikjennelse til slutt, når Paul Kellerman bestemmer seg for å vitne mot "The Company". Men brødrenes glede er kortvarig når "the Companys" leder Bill Kim (spilt av Reggie Lee) sporer dem opp i Panama, og får ordre om å drepe en av dem. Når politiet nærmer seg, forsøker Lincoln, Michael og Sara å flykte fra området. Men de blir separert i prosessen. Michael tar på seg skylden for Kims dødsfall og blir sendt til et panamansk fengsel kalt Sona. Uvitende om brorens arrestasjon og fangenskap, fortsetter Lincoln å lete etter Michael og Sara.