Planleggingen av Operasjon Fortitude ble ledet av London Controlling Section (LCS), en hemmelig organisasjon satt opp for å håndtere de alliertes bedragsstrategi under krigen. Men utførelsen av hver plan ble lagt på øverstkommanderende på de ulike krigsskueplasser, i tilfelle av Fortitude, var dette Supreme Headquarters Allied Expeditionary Force (SHAEF) under General Dwight D. Eisenhower. En spesiell del, Ops (B), ble etablert i SHAEF til å håndtere drift. LCS beholdt ansvar for det som ble kalt «Special Means», bruk av diplomatiske kanaler og dobbeltagenter.