Størstedelen av Hovedøya er områdefredet, men inndelt i fire fredningssoner med forskjellig fredningsstatus. (385 dekar) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter historisk natur- og kulturlandskap og geologi. (107 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter natur- og kulturlandskap med sjeldne plantearter. (158 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter artsrik vegetasjon på kalkrik berggrunn og geologi. (56 da) ble fredet den 19. mai 2006 og omfatter artsrik vegetasjon på kalkrik berggrunn og geologi.