Orlogsflagget skiller seg helt fra nasjonalflagget og handelsflagget. Det består av en hvit duk med de belgiske fargene disponert som et diagonalkors, såkalt andreaskors, som i Belgisk sammenheng er bedre kjent som Burgund-korset og stammer fra tiden da Belgia hørte under hertugene av Burgund. I den øvre trekanten er det plassert korslagte kanoner med en krone over, alt i svart. I den nedre trekanten finnes et svart anker. Den hvite duken symboliserer at Belgias marine etter den andre verdenskrig ble dannet av skip tilhørende den britiske marinen. Den britiske marinens orlogsflagg kalles white ensign. Orlogsflagget ble innført 23. februar 1950 og ble heist første 2. mars samme år. Orlogsflagget er i størrelsesforholdet 2:3.