Ved begynnelsen av den andre borgerkrigen i mai 1648 brøt det ut opprør i marinen da Thomas Rainsborough, en av levellerne, ble utnevnt til viseadmiral. Flere krigsskip gikk over til den rojalistiske siden. Warwick ble sendt av sted for å sikre lojaliteten til de gjenværende skipene. I august ledet han et angrep på den rojalistiske flåten kommandert av prinsen av Wales ved utløpet av Thames. Prinsen flyktet mot Nederlandene, og Warwick forfulgte ham. Han blokkerte rojalistene i den nøytrale havnen Hellevoetsluis, og det ble en stillingskrig som varte i flere måneder. I denne tiden var det fire rojalistiske skip som gikk tilbake til parlamentets side. Da Warwick ikke orket å tilbringe vinteren i Nederlandene, trakk han seg ut med hele flåten i november 1648. Tilbaketrekningen gjorde det mulig for rojalistiske skipene å unnslippe til Irland.