Eukaryoter har mindre kromosomer plassert i cellekjernen en prokaryote. Når eukaryoten deler seg går den gjennom en rekke faser. I den første fasen minsker cellen og blir mindre, og lager en nøyaktig kopi av hvert andre kromosom, hvorpå enda en vekstfase finner sted, som også virker som en kontrollfase. Til slutt finner den endelige celledelingen sted, hvor cellekjernen brytes ned og cellen trekker to kopier av hvert kromosom ut til hver sin ende av cellen. Deretter dannes en innsnøring midt på cellen, hvoretter den splittes i to datterceller. Dattercellene danner derpå en ny cellekjerne, hvor de plasserer sine kromosomer. Flercellede organismer benytter spesielt en form for celledeling kalt meiose til dannelsen av kjønnsceller, som anvendes ved formering.