GC-MS har blitt sett på som en «gullstandard» for rettsmedisinsk identifikasjon fordi den brukes til å utføre en 100% spesifikk test, som positivt identifiserer tilstedeværelsen av et bestemt stoff. En uspesifikk test indikerer bare at noen av flere i en kategori av stoffer er til stede. Selv om en uspesifikk test statistisk kunne antyde stoffets identitet, kan dette føre til falsk positiv identifikasjon. Imidlertid kan de høye temperaturene (300 ℃) som brukes i GC-MS-injeksjonsporten (og ovnen) resultere i termisk nedbrytning av injiserte molekyler, og dermed resultere i måling av nedbrytningsprodukter i stedet for selve molekylet/molekylene. av interesse.