Forskjeller i hjernen eller ryggmargen er den vanligste komplikasjonen som ses hos mennesker med CMN, og kan oppdages ved MR-skanning. Den vanligste forskjellen er å ha unormale pigmentholdige celler innenfor hjernens substans1-3 (ikke i hjernen som kalles meningene). Disse har blitt kalt "intraparenchymal melanose" - som betyr pigmentområder i hjernen stoffet (kjent som parenchyma). Disse kan tenkes som en som å ha moles i hjernens substans, og de er godartede. De er ikke ondartede, og trenger ikke en biopsi (prøve) hvis endringene på MR er typiske1,2. De trenger heller ikke å ha nevrokirurgi (hjernekirurgi). I omtrent halvparten av tilfellene forårsaker de problemer med nevroutvikling, eller med anfall. I den andre halvdelen av tilfeller forårsaker de ikke noen åpenbare problemer på alle2,4. I tillegg synes de ikke å øke risikoen for melanom i barndommen minst.