I Super Bowl møtte Montana Cincinnati Bengals. Montana fullførte 14 av 22 pasninger for 157 yards, med én touchdownpasning og en touchdown på løp. San Francisco vant kampen 26–21, og Montana ble utpekt til Super Bowl MVP, noe han skulle klare to ganger til før han pensjonerte seg. Seieren i Super Bowl gjorde også Montana til en av kun to quarterbacks (sammen med Joe Namath) som har vunnet en nasjonal tittel i college footall og et Super Bowl. Montana, da 25 år og 227 dager, var én dag eldre enn Namath var da han vant sitt første Super Bowl, som gjorde han til den nest yngste quarterbacken til å starte i et Super Bowl.