Ifølge en av legene, led Arafat av idiopatisk trombocytopenisk purpura (ITP), en kroppstilstand med unormalt få sirkulerende blodplater. Den 3. november falt han i en gradvis dypere koma. De påfølgende dagene hersket det en viss tvil om Arafats helse, med mistanker om at han var rammet av forgiftning eller aids. Ulike kilder spekulerte i om Arafat var komatøs, i en «vegetativ tilstand» eller død, men de palestinske myndighetene og Arafats jordanske lege avviste påstandene om at Arafat var hjernedød og ble holdt kunstig i live.