Pave Eugenius IV lot i 1433 kirken restaurere og knyttet den til det nærliggende klosteret Santi Ciriaco e Nicola. I slutten av 1400-tallet bestemte pave Innocens VIII at en ny kirke skulle bygges. I samband med dette rev man Arcus Novus, som var blitt bygget til keiserne Diokletians og Maximians ære i 293.