For omkring fem millioner år siden, mot slutten av den messiniske salinitetskrisen i sen miocen, da Middelhavet var en tørr avgrunn, fløt Nilen forbi Faiyum-nedsekningen (som også var tørr) i en ravine eller dyp dal som var minst 2 400 meter dyp, og der Kairo befinner seg i dag. Da Middelhavet ble fylt med vann ved miocens avslutning, ble Nilen i denne dype dalen en forlengelse av Middelhavet som nådde langt inn i det som i dag er Egypt, bortenfor Aswan. Med tiden ble den dype dalen fylt med slam som Nilen fraktet med seg, og ble til Nildalen slik den ser ut i dag. Da elvebreddene ble tilstrekkelig høye kunne Nilen flyte inn Faiyum-nedsekningen og skape en innsjø som heter Moerissjøen eller Birkat al-Qarun. Den er første gang nevnt i tiden rundt 3000 f.Kr. da farao Narmer (eller Menes) hersket. Det meste av tiden var innsjøen bare fylt da elven var høy. Den ble dekket med bosetninger i den yngre steinalder (neolittisk tid). Byen Krokodilopolis vokste fram på sørsiden der de høyereliggende markene dannet en åsrygg. I dag ligger Moerissjøen ca. 45 meter under havet, og er 240 km² stor saltsjø.