Amtmannen var amtets øverste administrative leder. Amtmannsetet var opprinnelig Vardøhus festning, men vekslet siden mellom Vardø, Vadsø og Alta til 1814, da det ble flyttet permanent til Tromsø. Etter amtsdelingen i 1844 var det felles amtmann til 1866. Deretter ble det strid om lokaliseringen av amtmannsetet i Finmarken, inntil amtmannsetet ble lagt permanent til Vadsø i 1894.