Året 1794 var et begivenhetsrikt år for den unge prinsesse og hennes familie. I februar 1794 ødela en brann Christiansborg slott, og familien ble tvunget til å flytte til Levetzaus palé, en del av slottsanlegget Amalienborg i bydelen Frederiksstaden i det sentrale København. Og i november, kort tid etter flyttingen, da prinsesse Louise Charlotte var fem år gammel, døde moren hennes, som hadde dårlig helse, i en alder av bare 36 år.