Om sitt motiv har Ağca gjennom årene ytret seg inkonsekvent, og han har aldri så langt gitt noen informasjon om logistikken bak angrepet. I 2006 kom en italiensk undersøkelseskommisjon frem til at anslaget skjedde etter ønske fra Leonid Bresjnev overfor sin sovjetiske etterretningstjeneste GRU – som la opp det hele i samarbeid med bulgarsk etterretningstjeneste og DDRs Ministerium für Staatssicherheit (Stasi). I sine memoarer fra 2013 hevdet Ağca at han hadde sitt oppdrag fra den iranske Ayatollah Khomeini personlig, med ordene «Du må drepe paven i Allahs navn».