Etter krigføringen i Amenhoteps niende år kjempet den egyptiske hæren aldri mot Mitanni igjen, og de kongerikene synes å ha kommet fram til en form for fredsavtale. Amenhotep selv nedtegnet at kongene av babylonene, hettittene, og mitannene kom for å inngå fred og betale tributt til ham etter hans niende år, noe som kan være rent skryt. Imidlertid opptrer en annen tekst på murene i Karnak som hevder at fyrstene fra Mitanni kom for å søke fred med Amenhotep, og det kan ikke like enkelt bortforklares. Den voksende makten til hettittene i Anatolia kan til sist ha tvunget Mitanni til å søke en alliert, og at det bestemt ble en gjensidig avtale mellom Egypt og Mitanni på tiden av Amenhoteps etterfølger. Det kan også ha blitt tvunget fram etter Amenhoteps kampanjer for å forhindre ytterligere massedeportasjoner. Uansett når en formell fredsavtale ble inngått, ble en uformell fred opprettholdt mellom Amenhotep og kongen av Mitanni. Deretter konsentrerte Amenhotep seg om innenrikspolitikken, med et mulig unntak. En helligdom for faraos visekonge eller guvernør i Nubia viser at Amenhotep mottok tributt etter krigføring i landet i sør, men det er ikke mulig å plassere en særskilt dato for når det skjedde.