Da kong Olav V døde 17. januar 1991, besteg kronprins Harald tronen som kong Harald V. Kronprinsesse Sonja ble samtidig Norges første dronning på 52 år. Hun ble samtidig den første norskfødte dronningen siden Margrete Skulesdatter på 1200-tallet. Dronning Sonja ledsaget kong Harald da han avla ed til forfatningen i Stortinget 21. januar 1991. For første gang på 69 år var en dronning til stede i Stortingssalen. Senere har dronningen også vært til stede når kongen har lest Trontalen under Stortingets høytidelige åpning. Etter eget ønske ble kongeparet signet i Nidarosdomen i Trondheim 23. juni 1991. Som dronning har hun bidratt til å omforme og nyorganisere kongehusets funksjoner. Under oppussingen av Slottet i Oslo var dronning Sonja en av de viktigste premissleverandørene. Også ved ivaretakelsen og byggingen av andre kongeboliger i Norge har hun spilt en betydelig rolle.