Brunrotter er hovedsakelig aktive om natten. De kan allikevel ofte sees på dagtid innendørs, spesielt på steder der antall dyr er høyt. De liker seg på mørke og skyggefulle områder. Vandringsveier og territorium markeres hyppig med urin. De bruker luktesansen og følsomme værhår/kroppshår for navigasjon.