De ytre delene av fylket preges av korte og strie elver, i likhet med mesteparten av den norske kysten mot vest. I forhold til i Nordland blir dog fjordene bredere og lengre, med store halvøyer mellom dem. Spesielt markert er dette i Tromsøområdet, hvor fjordene Malangen, Balsfjorden, Ullsfjorden og Lyngen strekker seg langt inn i landet mellom høye fjell, og danner en vassdragsnatur som man vanligvis finner i mere kystnære strøk.