Den 12. februar 2007 brøt det ut brann i skipets prosesseringsanlegg under fangst i Sørishavet. De omfattende skadene medførte at skipet i ti dager var ute av stand til å gå for egen maskin. En person omkom i brannen. New Zealand krevde at skipet måtte taues vekk, spesielt på grunn av nærheten til Kapp Adare og verdens største koloni av hekkende Adeliepingviner. Japans Institute of Cetacean Research (ICR), som administrerer skipet sammen med Kyodo Senpaku Kaisha, nektet å ta imot hjelp fra Greenpeace-skipet MS «Esperanza» som siden 17. februar hadde befunnet seg i nærheten for å overvåke situasjonen. Den 28. februar kunngjorde ICR at de avsluttet sesongens fangst på grunn av ødelagt utstyr, og «Nisshin Maru» returnerte til Japan.