Ved byprivilegiene fra 1425 fikk byen fulle kjøpstadsrettigheter, men innbyggertallet var fortsatt lavt. Det er utvilsomt rett å karakterisere Stavanger som en kirkeby gjennom hele middelalderen og frem til reformasjonen. Derfor ble reformasjonen et hardt slag for Stavanger. Domkirkens gods og eiendommer ble i 1537 ekspropriert. Domkirken ble plyndret og St. Svithuns skrin forsvant. Det er ulike kilde om biskop Hoskuld Hoskuldsson ble henrettet. Stavanger ble i et par år lagt under superintendenten i Bergen.