Spilleren intar, akkurat som i originalspillet, rollen som Zak McKracken, en frustert tabloidreporter fra San Francisco. Historien begynner natt til 27. Juli 2009: Tilsynelatende på grunn av research til en ny artikkel finner vi Zak som blindpassasjer i et russisk fly, på vei fra Memphis til Zürich. Han våkner av at flyet blir holdt fast i luften av en UFO, mens det tilsynelatende blir bordet av romvesner.