Den 1. august 1928 trakk Nitsche seg tilbake som direktør ved helse- og forpleiningsanstalten Pirna-Sonnenstein. Også her arbeidet han vitenskapelig med spørsmål som genetikk og kriminalteknikk. Hans viktigste bidrag var kapittelet «Generell behandling og forebygging av psykiske sykdommer» i «håndbok for psykiske lidelser» som var redigert av Oswald Bumke og ble regnet som et standardverk. På dette tidspunktet var han imidlertid motstander av tvangssterilisering.