Stiftelsen ledes av et eget hovedstyre, som er overordnet virksomhetsstyrene. Generalsekretær er stiftelsens daglige leder og leder av et hovedkontor. Generalsekretær har ansvar for å iverksette hovedstyrets vedtak, samt å ta initiativ til nye tiltak og prosjekter, samordne tiltak mellom virksomhetene og å være pådriver overfor det offentlige. Signo har egen prest og driver en felles internavis for virksomhetene i stiftelsen.