Etterhvert som tiden gikk ble angriperne mer og mer desperate etter en seier. Mot slutten av august forsøkte de å erobre festningen Fort St. Michael med beleiringsmaskiner, men malteserne gravde seg gjennom mur- og steinblokkene og skjøt dem i stykker. På begynnelsen av september da været begynte å endre seg ble det gitt ordre om å erobre Mdina med tanke på å overvintre der, men angriperne mistet motet og snudde. Beleiringen opphørte den 8. september. Det osmanske riket innrømmet nederlag etter å ha tapt kanskje en tredjedel av sine menn i kamp og sykdom. De pakket ned sitt artilleri og forlot øya demoralisert. De gjorde aldri et nytt forsøk og sultanen døde noen få år senere.