I løpet av de følgende årene publiserte han sine eksperimenter med lys og fargeteorien disse resulterte i. Han fikk overveldende positiv respons, men havnet uunngåelig nok i vitenskapelige ordskifter med blant andre Robert Hooke, noe som tvang ham til å gjennomtenke og spisse teoriene sine så langt at han allerede på 1670-tallet hadde formulert flere avsnitt av det som senere ble boken (publisert i 1704). Han skrev også bruddstykker om matematisk analyse i forskjellige notater og brev, blant annet i to brev til Leibniz. Han ble medlem av Royal Society, og ble den andre lucasianske professor i matematikk (etter Isaac Barrow) ved Trinity College i Cambridge.