Sektorene er inndelt slik: Sektor 1: Juba (Bangladesh) – Ekvatorområdet, som inkluderer delstatene West Equatoria, Bahr Al Jabal og East Equatoria. Sektorhovedkvarter blir samlokalisert med JMCO i JUBA. CJMC og JIU HQ vil også bli lokalisert i Juba. Sektor 2: Wau (Kenya og Kina) – Bahr el Ghazal området, som inkluderer delstatene West Bahr el Ghazal, North Bahr el Ghazal, Warab og Al Buhairat. Sektorhovedkvarter vil bli lagt til WAU. Sektor 3: Malakal (India) – Øvre Nil området, som inkluderer delstatene Jongley, Unity og Øvre Nilen. Sektorhovedkvarter blir lagt til Malakal. Sektor 4: Kadugli (Egypt) – Nubafjellene som skal ha samme grenser som den forhenværende Sørlige Kordofan provinsen når Kordofan var delt inn i to provinser Sektorhovedkvarter blir lagt til Kadugli. Sektor 5: Damazin (Pakistan) – Sørlige Blå Nil, som omfatter delstaten Blå Nil. Sektorhovedkvarter vil bli lagt til Damazin. Sektor 6: Abyei (Zambia) – Abyei området. Sektorhovedkvarter blir lagt til Abyei.