I 1800 ble Malta frivillig en del av Det britiske imperiet, men britene var mindre interessert i de maltesiske øyene straks franskmennene var blitt kastet ut. Fredstraktaten i Amiens i 1802 avsluttet fiendskapet mellom Frankrike og Storbritannia, og i avtalen inngikk at Malta skulle leveres tilbake til (den reformerte) malteserordenen under beskyttelse av Kongedømmet de Begge Sicilier og Maltas nøytralitet skulle garanteres av de store maktene. Flertallet av malteserne var dog imot avtalen, men freden ble kortvarig og napoleonskrigene brøt ut på nytt i 1803. Britene forsto raskt at Malta var avgjørende for den britiske flåten i Middelhavet. De byggverk som malteserordenen hadde reist i Vallettas havn gjorde den til en av de mest befestede havner i Europa.