Peuerbach immatrikulerte først som 23-åring (1446) ved universitetet i Wien. Hans øvreøsterrikske mentor Barucher sørget åpenbart for en gedigen føruniversitetsutdannelse for ham ved en renommert klosterskole, sannsynligvis ved det naturvitenskapelig orienterte Stiftsgymnasium Klosterneuburg. Dette kom han raskt til gode, ettersom han etter bare 20 år, til nyttår 1448, var blitt baccalaureus.