Hans far var Jean Pierre Chouteau, en av de første som bosatte seg i Saint Louis. Hans mor var Pelagie Kiersereau (1767-1793) En av hans brødre var Pierre Chouteau jr. (som grunnla Fort Pierre i Sør-Dakota). En halvbror (født etter at faren giftet seg med Brigitte Saucier) var François Chouteau, som etablerte en handelspost og ble en av de første nybyggere i Kansas City.