Den omkringliggende regionen har tradisjonelt vært kjent for gruvedrift, der utvinning av sølv og kobber er beskrevet tilbake til tidlig i det 16. århundre. Selve landsbyen Špindlerův Mlýn regnes imidlertid for å ha blitt grunnlagt på slutten av det 18. århundre av skogsarbeidere som innvandret fra Schlesien. I 1784 var det oppført fem hytter, en mølle og et skogshus. Møllen tilhørte Špindler-familien, og ble etter hvert et naturlig møtepunkt for naboene. 13. juli 1793 godkjente keiseren av Habsburgmonarkiet, Frans II, etableringen av et prestegjeld og oppføringen av en kirke, som skulle erstatte den forfalne bygningen i Svatý Petr. Siden midten av det 19. århundre har turisme utviklet seg til å bli en viktigere næringsvei, noe som skjøt ytterligere fart i det 20. århundre.