Etter sitt arbeid i utenriksdepartementet gikk han tilbake til sin advokatpraksis, som siden ble et av landets mest etterspurte. I perioden fra 1925 til 1930 deltok Hughes i De forente staters høyesterett over 50 ganger. Fra 1928 til 1930 var han medlem av den faste internasjonale voldgiftsdomstolen i Haag samt dommer for den faste domstol for mellomfolkelig rettspleie. I slutten av februar 1930 ble Hughes utnevnt til høyesterettsjustitiarius av president Herbert Hoover som erstatter for tidligere president William Howard Taft.