Ahbbed-biskopen pådro seg astma under sin isolasjon og ble tatt hånd om av bare én av sine medbrødre, Gregor Giegerich, de siste tre månedene før sin død. Klokken 06.00 den 7. februar 1950 døde Sauer underernært og syk i et fengsel i Pyongyang, bare tre dager før sitt 50-årsjubileum. Kort tid før hans død var han fullstendig avmagret, og han fikk ikke sove på grunn av smertene. To dager før sin død falt han i et metabolsk koma som han aldri våknet fra. Stedet for hans grav er ukjent.