Den 23. mars 1951 ble han apostolisk administrator av erkebispedømmet Kraków. Han ble arrestert mot slutten av 1952, men etter noen måneder løslatt av helsegrunner. Han bispeviet den 28. september 1958 Karol Wojtyła (den senere pave Johannes Paul II) til hjelpebiskop av Kraków og til titularbiskop av Ombi. Det var erkebiskopen selv som hadde anbefalt overfor pave Pius XII at fader Wojtyła burde bli biskop. Denne anbefalingen var øyensynlig så sterk og klar at paven bestemte seg uten en gang å konsultere den polske kirkes primas, Stefan Wyszyński, noe som ellers var det vanlige. Istedet fikk Wyszyński bare en instruks fra Vatikanet om å informere fader Wojtyła om utnevnelsen og anmode ham om å ta den imot. Han forble offisielt erkebiskop av Lwów, selv om han var nektet adgang dit. De polske kommunistiske myndigheter hadde siden kardinal Sapiehas død forhindret at noen ble formelt innsatt som ny erkebiskop av Kraków.