Kleopatra II giftet seg med sin bror Ptolemaios VIII Fyskon en gang rundt 145 f.Kr. De hadde minst en sønn: Ptolemaios Memfites, født en gang mellom 144 og 142 f.Kr. Han ble myrdet av sin egen far i 130 f.Kr. Ptolemaios Memfites er en uklar skikkelse, og det har blitt hevdet at han er identisk med Ptolemaios VII Neos Filopator, men det er ikke gjennomgående akseptert av alle historikere. Også Ptolemaios VII er en uklar historisk figur, hvilket også gjør identifiseringen vanskelig.