Da Frederik VI kom tilbake fra Holsten ble ansvaret for nederlaget blant annet rettet mot Walterstorff, som ble arrestert og stilt for Overkrigskommisjonen. Dom ble avsagt i november 1808 fikk han noe kritikk, men ble frifunnet. I januar 1809 ble han avskjediget fra begge sine embedsstillinger. Walterstorff flyttet til Frankrike og ble i 1810 han ansatt ved det franske hoffet.