Etter reformasjonen ble kirken anneks til Heggen kirke og gården innlemmet i krongodset. Gården ble fogedgård, men gikk videre over i privat eie i 1668. I 1660-årene fikk stavkirken nytt kor og tverrarmer av tømmer. Ombyggingen til korskirke førte til at stavkirkens opprinnelige skip i ettertid utgjorde vestre korsarm. I 1692 ble imidlertid det gamle stavkirkeskipet erstattet av en tømret del. Dermed var siste rest av stavkirken borte.