Den viktigste utfordringen for den nye organisasjonen var å ta kontroll over de mer enn 1 000 fartøyene og å etablere prosedyrer for samarbeid med Storbritannia og USA, sistnevnte var ved Nortraships etablering fremdeles nøytralt. Det var stor mangel på kvalifisert personell, og de som var tilgjengelige var ofte åpenhjertige, bestemte og vant til å arbeide for seg selv. At flere innen staben i Nortraship også hadde sine egne shippinginteresser å ta vare på ble en ytterligere kompliserende faktor i arbeidet.