I 1998 ble Videla på nytt trukket for retten. Han ble stilt til ansvar for bortadoptering av fengslede opposisjonelles barn og satt i husarrest. Husarresten ble opphevet 10. oktober 2008 og Videla satt i Unidad Penitenciaria 34, et militærfengsel ved utenfor Buenos Aires. Den 22. desember 2010 ble Videla dømt til livsvarig fengsel for dødsfallene til 31 fanger under hans statskupp.