Den 2. februar 2005 utnevnte pave Johannes Paul II ham til prelat for territorialprelaturet São Félix med base i São Félix do Araguaia i delstaten Mato Grosso, og var der etterfølger etter frigjøringsteologen biskop Pedro Casaldáliga Plá. Han ble ordinert til biskop den 16. april 2005 av erkebiskopen av São Paulo, kardinal Paulo Evaristo Arns OFM; medkonsekratorer var Angélico Sândalo Bernardino, biskop av Blumenau, og Heinrich Timmerevers, hjelpebiskop i bispedømmet Münster. I territorialprelaturet engasjerte han seg spesielt i konfliktene mellom de jordløse og store jordeiere, samt for urfolk som xavanteindianerne.