Selv om det er avdekket redskaper gjort av stein kan hominini ha nådd Kreta så tidlig som 130 000 år siden, men bevis på det første tilstedeværelse av anatomisk moderne mennesker er datert til for 12 000–14 000 år siden. De eldste bevisene på moderne menneskers bosetning på Kreta er levninger fra før-keramisk neolittisk bondesamfunn som er datert til rundt 7 000 f.Kr. Det er lite informasjon om den aller eldste bosetningen før 2600 f.Kr., men det var utvikling av flere mindre bosetninger langs kysten og begynnelsen på begravelser i tholosgraver foruten i grotter rundt om på øya.