Etter slaget beholdt Gwon sin stilling, til fredssamtaler mellom Ming-dynastiet og Toyotomi Hideyoshi begynte. Da flyttet han seg til Jeolla-provinsen og ble utnevnt itl , øverstkommanderende for de koreanske styrkene. For en kortere tid ble han fratatt stillingen for hard behandling av dersertører, men allerede det neste året ble han gjeninnsatt. Han beordret den udugelige flåteadmiralen Won Gyun til å angripe japanerne i slaget ved Chilchonryang, som ble en stor japansk seier. Deretter ble admiral I Sun-sin i stand til å beseire den japanske marinen under Tōdō Takatora i slaget ved Myeongnyang. I 1597 tok Gwon del i beleiringen av Ulsan sammen med den kinesiske kommandanten Ma Gui, men den kinesiske øverstkommanderende beordret Gwon til å trekke seg tilbake. Deretter forsøkte Gwon å angripe japanerne i Suncheon, men igjen ble ideen avslått av kineserne.