Den 8. desember 2006 ble Alves ordinert til prest og inkardinert i bispedømmet Díli. Fra 2006 til 2007 og fra 2017 til 2019 var han sogneprest ved Dili-katedralen og fra 2008 til 2011 instruktør ved hovedseminar i Dili. Fra 2009 til 2014 var Alves direktør for bispedømmestiftelsen og administrerende direktør for den nasjonale kommisjon for katolsk utdanning i Øst-Timor ved Den timoresiske biskopskonferanse (CONECTIL), fra 2010 til 2012 sekretær for bispedømmet Díli, fra 2011 til 2014 rektor for bispedømmeseminaret i Dili og direktør for det tilknyttede . Fra 2014 til 2017 studerte han til lisensiat i dogmatisk teologi ved Det pavelige Urbaniana-universitet i Roma.