Scheffler kom fra en protestantisk familie, og var opprinnelig lege. Som attenåring skrev han seg inn ved universitetet i Strassburg, der han studerte medisin og jus, men året etter flyttet han til Leiden. Det kan ha vært her han kom i kontakt med dissentere, for ulike religiøse sekter søkte tilflukt i området. Han medga å ha lest atskillige av Jakob Böhmes verker som ble utgitt i Amsterdam, og unnskyldte seg med at «i Nederland kommer man borti all slags ting», men det takket han Gud for, ettersom det var slik han hadde funnet frem til det han holdt for sannhet. Fra Leiden dro han videre til den medisinske læreskolen i Padua, hvor han ble doktor i filosofi og medisin i 1648.