Fader Sailer dro så til sin venn Winkelhofer i München, men ble også der utsatt for sine motstandere og dro så til sin venn Beck i Ebersberg. Her hengav seg han seg til det litterære til han i 1799 ble kalt til et professorat i Ingolstadt. I 1800 ble han med hele universitetet flyttet til Landshut hvor han undserviste i pastoralteologi, moralteologi, pedagogikk, homiletikk, liturgi og katekese. Han ble berømt som foreleser og forfatter, og ble stadig kalt til nye oppgaver. Han var på vennskapelig fot med ledende katolikker og protestanter, og ble holdt i ære av sine elever, blant dem kronprins Luswid som senere ble konge av Bayern.