Da Engelschalk II av Pannonia gjorde opprør i 882 mot Aribo, markgreve av Pannonia, og utløste det den såkalte vilhelminerkrigen. Engelschalk fikk han støtte fra Arnulf og aksepterte hans og hans brors underkastelse (brødrene ble kalt «vilhelmerne»). Det ødela Arnulfs forhold til sin onkel Karl den tykke og plasserte ham i krig med Svatopluk av Mähren. Pannonia ble invadert, men Arnulf nektet å gi opp de unge vilhelmerne og han inngikk ikke en fredsavtale med Svatopluk før sent i 885 på en tid da herskeren Svatopluk var blitt lojal til keiseren. Krigen ødela muligens Arnulfs håp om å etterfølge Karl den tykke.