Unstruts kilde er nord i Thüringen nær Dingelstädt. Elven følger først en sørøstlig retning, før den ved Gebesee mottar Gera fra høyre, og vender mot nordøst. Like etter flyter den gjennom den oppdemmede sjøen Stausee Straußfurt, før den lenger nede får tilløp av elvene Helbe og Wipper fra venstre. Ved Artern skifter retningen igjen mot sørøst, og den flyter sammen med Helme fra venstre. Området rundt den lille byen Freyburg har betegnelsen Saale-Unstrut. I dette vindistriktet produseres den musserende vinen Rotkäppchen, sammen med andre vintyper. Unstrut munner ut i Saale, med utsikt til den høye kirken i Naumburg på motsatt bredd.