Etter at dronning Maria I av England til slutt løslot Thomas fra fengselet i august 1553 var han nær 80 år gammel. I over 30 år hadde han vært en av de mektigste menn i England, og han maktet å dø av alderdom. Da han hadde tapt det meste av sin makt ble han tilsynelatende forsont med sin hustru og han døde i sitt hjem i Kenninghal den 25. august 1554. Elizabeth døde selv kun fire år senere, den 30. november 1558. Det er likevel hennes gravstein som hviler ved siden av sin ektemann i kirken i Framlingham, Suffolk, og ikke hans første hustru Anne.