Lotusfamiliens klassifikasjon er en av de store overraskelsene som de nyere, genetiske metodene innen plantetaksonomien har frambrakt. Alle nyere undersøkelser plasserer familien sammen med platanfamilien og proteafamilien i ordenen Proteales. Tidligere klassifikasjoner som Takhtajan- og Cronquist-systemene, plasserte lotusfamilien som nære slektninger til nøkkerosefamilien som lotus i stor grad ligner på morfologisk (med unntak av fruktemner/frukt). I tillegg er lotus morfologisk svært ulike proteafamilien (hovedsakelig busker og trær) og platanfamilien (trær). Denne ordenen plasseres blant de basale tofrøbladete og ikke blant de basale blomsterplantene der nøkkerosefamilien plasseres (se APG III-systemet). Den morfologiske likheten mellom nøkkeroser og lotus er altså ett eksempel på konvergent evolusjon og ikke resultat av felles evolusjonær historie.