Han var stortingspresident samtidig som Carl Berner 1903–1906, formann i Stortingets landbrukskomité 1904–1906 og Høyres parlamentariske leder 1904–1906. I denne perioden spilte Thorne imidlertid en mer tilbaketrukket rolle, men markerte seg allikevel i konsulatsaken. Han stod fast på statsminister Francis Hagerups forhandlingslinje, altså at løsningen burde søkes igjennom forhandlinger istedenfor en juridisk omtvistelige aksjonslinje. Høsten 1905 ønsket han umiddelbart kongevalg, og han fikk det ærefulle oppdrag av å være ordfører for Stortingets delegasjon til kong Haakon VII og dronning Mauds kroning i Trondhjem i 1906.