Konsilet tok sikte på å søke tilbake til kirkens åndelige utgangspunkt og det ble innført reformer som dannelsen av seminarer for å ruste opp og styrke presteutdannelsen, særlig på områder som kirkens åndelige liv og dens teologiske tradisjoner. Videre ble det åndelige liv i ordensvesenet basert på deres utgangspunkter også styrket og nye åndelige bevegelser med fokus på hengivenhet og nære personlige forhold til Kristus utviklet, herunder spanske mystikerne som Ignatius av Loyola, stifteren av Jesuittordenen og de franske åndelige skolene, med blant andre kardinal Pierre de Bérulle.