Konføderasjonens marine kjempet mot Unionens marine den 8. mars 1862 da panserskipet CSS «Virginia» angrep blokaden. Det virket som hun var ustoppelig mot treskipene, men dagen etter måtte hun kjempe mot det nye krigsskipet USS «Monitor» i Panserskipslaget. Slaget endte uavgjort, men var en strategisk seier for Unionen siden blokaden ble opprettholdt. Konføderasjonen mistet «Virginia» da skipet ble senket for å forhindre at det ble erobret, og Unionen bygget mange kopier av «Monitor». Konføderasjonen forsøkte å skaffe seg krigsskip fra Storbritannia siden de selv manglet teknologien til å bygge effektive krigsskip. Unionens seier i det andre slaget ved Fort Fisher i januar 1865, stengte den siste brukbare havnen i Sørstatene og gjorde i praksis slutt på blokaden.