Johannes III lyktes i å ekspandere mot Europa og på slutten av sin regjeringstid hadde han kontroll over Tessaloniki og deler av Bulgaria og Epirus. Hans rike omfattet også Egeerhavet hvor han hadde annektert øya Rhodos. Han støttet også opposisjonen mot den venetianske okkupasjonen av Kreta og tok sikte på å gjenskape Det bysantinske rike med utgangspunkt i Nikea.