I januar 1642 fikk fem parlamentsmedlemmer som kongen ønsket å arrestere asyl i City. Kongen reiste krigsbanneret i Nottingham i august samme år. Under den engelske borgerkrigen tok London parlamentets side. Kongen hadde i begynnelsen overtaket, og vant slaget ved Brentford noen kilometer vest for London. City of London opprettet en provisorisk hær, noe som fikk kongen til å nøle og trekke seg tilbake. Det ble etter dette reist et omfattende nettverk av forsvarsverker rundt London for å beskytte byen mot angrep fra rojalistene. Dette omfattet langt mer enn City, blant annet hele Westminster og Southwark. London ble ikke truet av rojalistene igjen. Citys økonomiske ressurser ble en viktig faktor for parlamentarianerne, som gikk seirende ut av krigen.