Den 27. mai 1993 ble Lee utnevnt til biskop av Waterford og Lismore av pave Johannes Paul II. Hans forgjenger Michael Russell ordinerte ham til biskop den 25. juli samme år; medkonsekratorer var erkebiskopen av Cashel og Emly, Dermot Clifford, og den apostoliske nuntius til Irland, erkebiskop Emanuele Gerada. Han var også sekretær for Den irske bispekonferanse fra 1998 til han gikk av i 2013.