Troughtons helse var aldri fullstendig bra og i senere år nektet han å godta at legen hadde sagt at han hadde utviklet en alvorlig hjertelidelse gjennom for mye arbeid og stress. Han fikk to store hjerteinfarkt i 1978 og 1984, som gjorde at han ikke kunne arbeide på flere måneder. Etter hvert infarkt fortsatte han med en full timeplan og ignorerte legens anbefalinger om å ta det med ro. Troughton fortsatte også å røyke og han nektet å begynne med trening, selv om han fikk dårligere helse. Hans tidlige død ble spådd til kunne å skje som en konsekvens av dette.