Fra 2019 har Rowling kommet med uttalelser om transpersoner som har blitt kritisert for å være transfobiske og hatefulle, og hun er blant annet blitt utsatt for en rekke boikottaksjoner. Blant annet har hovedrolleinnehaverne i Harry Potter-filmene Daniel Radcliffe, Emma Watson og Rupert Grint distansert seg fra Rowling og kritisert henne for uttalelser om transpersoner. Rowlings bok har blitt kritisert for å ha et transfobisk tema. Flere biblioteker og bokhandler har fjernet Rowlings bøker eller problematisert bibliotekenes rolle i tilgjengeliggjøringen av hennes verk i lys av det enkelte har påstått hatefulle ytringer mot transpersoner. Rowlings uttalelser om transpersoner av enkelte blitt beskyldt for å være såkalt «transekskluderende radikalfeminisme». I 2021 ble Rowlings navn fjernet fra en skole etter krav fra elevene, som mente hun symboliserte intoleranse. I 2021 utgav International Lesbian, Gay, Bisexual, Trans and Intersex Association en rapport som uttalte at Rowling har påført LHBT-rettigheter «stor skade» i Storbritannia.