Da nasjonalsosialismen ble en viktig politisk faktor i Tyskland, brukte Mayer prekenene sine til å argumentere mot denne. Han mente det var umulig for en katolikk å være nasjonalsosialist. Nasjonalsosialistene var urolige for den store innflytelsen Mayer hadde, og ville ikke la han tale fritt. 16. mai 1937 ble han derfor ilagt forbud mot å tale offentlig i Tyskland, noe han ignorerte. 5. juni ble han derfor arrestert og fikk etterhvert en dom på seks måneders betinget fengsel. Mayers overordnede i kirken rådet han til å være taus, noe han også var fram til han ble offentlig vanæret av nasjonalsosialistene. Mayer fikk da tillatelse av kirken til å fortsette sin kamp og forkynnelse, noe han gjorde. 5. januar 1938 ble han arrestert igjen, og måtte sone dommen han hadde fått i Landsberg fengsel. I mai ble han så løslatt i et generelt amnesti, men han fikk ikke lenger preke. Han gjenopptok i stedet et arbeid med små diskusjonsgrupper i München, noe som førte til at han ble arrestert igjen, denne gangen under påskudd av et angivelig samarbeid med en rojalistisk bevegelse. I desember 1939 ble han sendt til Sachsenhausen. Her satt han sju måneder på enecelle, og ble så dårlig at nasjonalsosialistene fryktet at han skulle dø og få martyrstatus. Han ble derfor satt fri i august 1940, men ble samme måned internert i benediktinerklosteret Ettal, nær den østerrikske grensen. Han ble der resten av krigen. Kloster Ettal var også et sted Dietrich Bonhoeffer oppholdt seg en periode i krigen.