Joseph B. Willigers inntrådte i Missionary Society of St. Joseph of Mill Hill i en alder av 19 år, og etter filosofiske og teologiskestudier ble han presteviet av kardinal Bernard William Griffin den 10. juli 1955. Deretter studerte han kirkerett i Roma. I 1958 dro han til misjonene, og arbeidet med utdanning og pastoralt arbeid i Uganda og Kenya. I 1965 ble han utnevnt til generalvikar for det kenyanske bispedømmet Kisumu av dets biskop Joannes de Reeper MHM.