Norðoyar er inndelt i et østlig og et vestlig prestegjeld i Fólkakirkjan. Det østre prestegjeldet omfatter sognekirkene Viðareiði, Hvannasund, Svínoy, Hattarvík og Kirkja. Det vestre prestegjeldet omfatter sognekirkene Klaksvík, Árnafjørður, Kunoy, Mikladalur og Húsar. Den 1. januar 2015 var ca. 64 % av befolkningen i hvert av prestegjeldene medlemmer av kirken. Det er et stort frikirkelig innslag i kristenlivet på Norðoyar. Ved folketellingen i 2011 oppgav nesten 40 % befolkningen over 15 år på Norðoyar at de regnet seg til Brøðrasamkoman, som har sine egne lokale forsamlingshus på alle øyene.