Brees har i etterkant innrømt at 2014-sesongen var den mest frustrerende for ham. Saints avsluttet sesongen 7–9 og nådde ikke sluttspillet. Sesongen begynte med to tap til kampvinnende field goals av motstanderlaget; i uke 1 tapte Saints 37–34 borte mot Atlanta Falcons på overtid, og i uke 2, ett bortetap på 26–24 mot Cleveland Browns, gikk Brees opp til fjerde plass på topplisten for pasningsyards, foran John Elway. Den 19. oktober, borte mot Detroit Lions, tok Brees ledelsen for prosentandel fullførte pasninger i NFLs historie med 66,21%, og forbigikk Chad Pennington. I en 35–32 borteseier mot Pittsburgh Steelers 30. november hadde Brees 257 pasningsyards og fem touchdowns, og ble utpekt til NFC Offensive Player of the Week, hans 20. inkludert hans tid i AFC med Chargers. I en bortekamp mot Chicago Bears i uke 15 forlenget han sin rekke på sesonger på rad med minst 30 touchdownpasninger til syv, og for sesonger på rad med minst 4 000 pasningsyards til ni. Hans rekke for sesonger på rad med 5 000 pasningsyards skulle derimot ta en slutt da han avsluttet sesongen med 4 952, som gav ham en delt førsteplass for flest pasningsyards i sesongen med Steelers' Ben Roethlisberger. Han ble igjen utvalgt til Pro Bowl, sitt syvende på rad og niende totalt, og ble rangert som #30 på NFL Top 100 Players of 2015.