På dette tidspunktet hadde Weishaupt flyktet fra Bayern. Han forlot universitetet i februar, to uker før politi-razziaene startet i hjembyen Ingolstadt, angivelig fordi universitetets bibliotekar nektet å kjøpe to bøker som Weishaupt trengte i undervisningen. Han dro da til den frie riksstaden Regensburg, hvor myndighetene i Bayern ikke hadde myndighet. Regensburg lå midt inne i Bayern, og bayerske myndigheter ville ha ham utlevert. Han dro derfor fra Regensburg til Gotha hvor hertugen Ernst Ludwig gav ham beskyttelse. I denne perioden skrev Weishaupt mange forsvarsskrifter for ordenen. I disse skriftene presenterte han ordenens ideologi, og forsvarte seg mot angrep fra tidligere medlemmer.