Han var sønn av Caspar Cruciger den eldre og hans hustru, den tidligere nonne Elisabeth von Meseritz. Han var Philipp Melanchthons etterfølger ved Universitetet i Wittenberg. I de interlutherske teologiske diskusjoner etter 1570 var han en av de ledende blant dem som senere er blitt kalt filippistene, og ble rammet av deres katastrofe i 1574. Han ble fengslet og så forvist fra kurfyrstedømmet Sachsen i 1576.