Han måtte kjempe mot trusselen fra katolske misjonærer som Klosterlasse, fra personer med avvikende oppfatninger, fra personlige uvenner og ikke minst folk som stod i veien for hans karriere og ambisjoner. Han vant over dem som motsatte seg ritualet for djevleutdrivelse ved barnedåp, han fikk avsatt en professor og en biskop for påstått kalvinisme, og kalte kalvinister for «den ukloke fornufts uforskammede lærlinger». Folkene han la seg ut med, tilhørte den lærde eliten, og Resen og regjeringen måtte slite seg gjennom lange diskusjoner for å bli kvitt dem. Ledende skolefolk hadde selv studert ved jesuittenes akademier, og folk som hadde råd, sendte sine barn til jesuittskoler. Resen mistenkte at jesuittene målrettet prøvde «», og lyktes å få gjennom et forbud i 1604 mot å ansette noen i skole og kirke om de var utdannet ved jesuittskoler. Ble noen avslørt som katolikk, ble vedkommende gjort arveløs og fikk fra 1613 ikke bosette seg i Danmark. Innbyggere i København som tilhørte utenlandske kirkesamfunn, ble nødt til å møte frem i Københavns domkirke og sverge på Fremmedartiklene fra 1569. Resen fikk nå oppdraget med å reformere dansk skolevesen for å forbedre det, og hindre «». Da katolikkene nok en gang prøvde å opprette en misjonsstasjon, forordnet kongen dødsstraff for slike misjonærer, og det ble forbudt å søke seg inn ved jesuittskolene på kontinentet.