I 1923 ble Guardini utnevnt til professor i religionsfilosofi ved universitetet i Berlin. Han innehadde denne lærestolen frem til 1939 da han ble tvunget av nazistene til å gå av. Guardini hadde i essayet «Der Heiland» (Frelseren) åpent kritisert nazistenes mytologisering av Jesus, og fremhevet Jesu jødiske herkomst.