Pękalski har spilt aldersbestemt landslagsfotball for Sverige. Pękalski, som en følge av sine polske foreldre har dobbelt statsborgerskap, kan være aktuell for landslagsspill for Polen i framtiden. I 2005 ble Pękalski kontaktet av det polske fotballforbundet, men hadde da allerede takket ja til Sverige.