I 1949 var Tito og Stalin bitre fiender, og Furubotn og hans folk ble ekskludert fra NKP som «titoister». Det er fremdeles strid blant historikerne om i hvor stor grad dette oppgjøret baserte seg på reelle politiske motsetninger eller om det var snakk om personlige motsetninger. Furubotn var uten tvil en stri personlighet. Det kan likevel være grunn til å tro at nettopp denne striheten gjorde at ledelsen i Moskva mente de ikke kunne stole på at Furubotn holdt seg til den «rette» linjen i denne tiden med sterk konflikt med en annen stridbar kommunistisk motstandsmann, Josip Tito. Blant tilhengerne av Furubotn var det mange unge motstandsfolk som hadde kommet til NKP fra Arbeiderpartiet eller AUF under krigen, og dette bidrog også trolig til en diskusjon blant førkrigskommunistene i partiet med hensyn til lojaliteten til «furubotnikene».