Den 23. juli 1934 ble Willekens utnevnt til apostolisk vikar i Batavia (kalt Djakarta fra 7. februar 1950) og titulærbiskop av . Hans bispevielse fant sted den 3. oktober 1934, ved biskop Arnoldus Johannes Hubertus Aerts M.S.C., apostolisk vikar av Ny Hollandsk Guinea; medkonsekrerende var biskop Mathias Leonardus Trudon Brans O.F.M.Cap. av Padang, og biskop Heinrich Leven S.V.D., apostolisk vikar av De mindre Sundaøyene.