Flere steder i landet er det uro og væpnet opprør. I år 91 f.Kr. er det væpnet oppstand i Thebais, og i 88 f.Kr. er misnøyen så stor i Alexandria at byborgerne forviste ham. Det hevdes at årsaken var at han erstattet sarkofagen til Aleksander den store med en annen av glass for å kunne smelte ned metallkisten for å kunne prege mynter som han igjen kunne betale sine leiesoldater. Muligens var befolkningen også trette av krigen i Judea og økte skatter.