Utenfor vollgraven, bak Charlotte Amalies Bastion, ble det under første verdenskrig bygget en sjøflystasjon og her holdt Søværnets Flyvevæsen til frem til 1950, da tjenesten ble overført til det nyopprettede flyvåpenet. Inn på området flyttet deretter en rekke av marinens skoler. Navnet Margretheholm fikk området etter den daværende tronfølger, nåværende dronning Margrethe.