Muligens var en slik selverkjennelse grunnen til at han i 1865 returnerte til rent matematiske problemstillinger. I 1868 skrev han ferdig første del av sitt verk om linjegeometri. Da han døde samme år, ble dette fullført av hans student og medarbeider Felix Klein. Plücker hadde da fått Copleymedaljen i 1866 for sine bidrag både til fysikk og matematikk.