Da Kyros den store av Persia beseiret Krøsus av Lydia på midten av 500-tallet f.Kr. havnet Miletos under persisk overherredømme. I 499 f.Kr. ble Miletos' sterke mann, tyrannen Aristagoras, leder for det joniske opprøret mot perserne. Den persiske krigsmakten knuste opprøret og straffet Miletos på et slikt vis at hele Hellas skal ha sørget over det. Et år senere skrev den tragiske poeten Frynikhos, en av de tidligste tragiske dramatikere i Athen, dramaet . Athenerne ga forfatteren en bot, ὡς ὑπομνήσας οἰκεῖα κακά, for å ha minnet dem om dette tapet. Miletos ble betraktet som en koloni av Athen og var derfor kjær for moderbyen.