Han var fra 1945 medlem i NKP, og ble etter hvert en av partiets sentrale folk. På 1960-tallet tilhørte han en partiopposisjon med sympati for det kinesiske kommunistpartiets linje. Denne gruppen startet sitt eget tidsskrift, . De organiserte seg i Marxist-Leninistisk Front (MLF), og det kom etter hvert til brudd med NKP. Da MLF tidlig på 1970-tallet ble splittet sto Vaagen i spissen for den fløyen som ønsket samarbeid med MLG og SUF(m-l). Han ble senere aktiv i AKP(m-l). Der satt han i partiets sentralkomite fra 1973 til 1984.