Allierte og sovjetiske bombeangrep på Königsberg mot slutten av andre verdenskrig ødela store deler av universitetscampus. Albertina ble stengt, og isteden ble det åpnet et russisk lærerinstitutt. I 1967 ble det grunnlagt et statsuniversitet. I 2005 ble det i en felles kunngjøring fra Vladimir Putin og Gerhard Schröder gjort kjent at dette universitetet heretter skulle bære navnet .