I 1945 startet Birkebeineren igjen med fotball. AIF og NFF var nå samme forbund, slik at Birkebeineren nå hadde mulighet til å spille mot alle klubbene. Dette gikk godt, og i 1945 og 1947 kom laget til 3. runde i cupen. Dette er klubbens beste prestasjon under NFF. Birkebeineren hadde også gode sesonger i 1946 til 1948. I 1948 var IBK nær ved å komme opp i hovedserien.