I Los Alamos County, New Mexico, forårsaker en atom-prøve en gigantisk eksplosjon som avslører et eldgammelt apparat begravet langt under ørken-overflaten. I nåtidens Calcutta kontaktes arkeolog og eventyrer Lara Croft av Larson Conway, som arbeider for en velstående forretningskvinne Jacqueline Natla. Natla ønsker å ansette Lara Croft for å finne en mystisk gjenstand kjent som Scion fra graven til Qualopec - en tidligere hersker over Atlantis - i fjell i Peru. Lara oppdager at et annet Scion-stykket gravlagt under et gammelt kloster kalt St. Francis 'Folly i Hellas.