Som visepresidentkandidat aksepterte han senator Alben W. Barkley fra Kentucky, selv om han hadde ønsket seg høyesterettsdommer William O. Douglas, som avslo. To uker etter landsmøtet utstedte han dekretet som opphevet raseadskillelsen i militæret. Truman tok en betydelig politisk risiko ved å støtte borgerrettigheter på denne måten, og mange demokrater bekymret seg for at dixiekratenes brudd med Det demokratiske parti ville ødelegge det. Guvernør Strom Thurmond i Sør-Carolina erklærte seg som presidentkandidat for dixiekratene, mens fraksjonen Det progressive parti nominerte tidligere visepresident Henry A. Wallace. Dette delte i praksis Det demokratiske parti i tre.