Etter seriegullet med Vålerenga ble Bakke hovedtrener for Moss FK i 1. divisjon foran 2006-sesongen. Han ledet laget til en 8.-plass i 1. divisjon i 2006, før det ble 5.-plass i 2007. I august 2008 ble det kjent at Bakke ga seg i Moss etter sesongen og hadde signert kontrakt som assistenttrener i Stabæk fra januar 2009. Kort tid etter ble Bakke og Moss enige om og avslutte arbeidsforholdet med umiddelbar virkning.