Fedje fikk kirkegård i 1679. Den samme Bastiansen var blant mennene som gjorde opptaket til at Fedje skulle få egen kirkegård, og kirkegården ble vigslet av tidligere nevnte sogneprest Ovenstad 23. april dette året. Før den tid måtte de døde føres over Fedjefjorden til Austrheim, en ferd som var strevsom og ofte farefull. Det var heller ikke egen prest på Fedje, prestene måtte skysses med robåt fra Lindås. Ofte ble preknene avlyste på grunn av dårlig vær ettersom presten ikke kom seg over fjorden. På 1800-talet var kirken i dårlig stand og eieren av kirken, Kahrs, søkte om å få rive kirketårnet så ikke vinden skulle ta det. Det er også noen som mener at Kahrs bygget en ny kirke en gang på 1800-talet, men det finnes ikke historiske kilder som viser dette bortsett fra en kallsbok der det står skrevet om kirken «En vakker liden Træbygning, som opførtes av dens forrige eier major Chr. Karhs». Den gamle kirken kan kanskje bare ha blitt restaurert i stedet. Uansett ble kirken på Fedje revet i 1888 for å gi plass til en ny. De gamle byggematerialene ble benyttet i et handelshus som stod på Stenborg på Fedje.