På 1500-tallet erobret en arabisk nomadestamme som hevdet å nedstamme fra Muhammads datter, saʿdiene, erobret og forente Marokko. De forhindret Det osmanske rike fra å nå fram til Atlanterhavet og forviste Portugal fra Marokkos vestkyst. Ahmad al-Mansur brakte staten til høyden av sin makt. Han invaderte Songhairiket ved Niger i dagens Mali i 1591 for å ta kontroll over gullhandelen. Denne hadde blitt avledet til vestkysten av Afrika for å kunne handle med europeiske skup, og østover til Tunis. Marokkos hold på Songhai minsket på 1600-tallet. I 1603, etter Ahmads død, ble kongedømmet delt i to sultanater, Fez og Marrakech. Senere ble det gjenforent ved Moulay al-Rashid, grunnlegger av alavitdynastiet (1672–1727). Hans bror og etterfølger Ismail ibn Sharif (1672–1727), forsterket landets enhet ved å importere slaver fra Sudan for å bygge opp militæret.