To kvartaler fra Parque Nacional ligger nasjonalmuseet, i det som tidligere var en festning. Museet har utstillinger av ulike epoker av Costa Ricas historie. Nedenfor de imponerende trappetrinna til museet ligger Plaza de la Democracia. Et annet kjent museum er Museo del Oro Precolombino, som befinner seg under Plaza de la Cultura. Dette museet inneholder en stor mengde gullgjenstander fra før den europeiske oppdagelsen. I samme underjordiske lokaler holder myntmuseet til. I en stor bygning nord i byen holder Centro Costarricense de Ciencias y Cultura (det costaricanske vitenskaps- og kulursenteret) til. Senteret huser blant annet nasjonalgalleriet, barnemuseet og nasjonalauditoriet. Museo de Jade Fidel Tristán Castro, rett nord for Parque España, har Amerikas største samling av førkolombinske jadegjenstander. Ved parkens østlige side ligger Centro Cultural de la Cultura, Nasjonalt kultursenter, som er en interessant arkitektonisk bygning i seg selv, og i tillegg inneholder blant annet byens museum for moderne kunst. I parken La Sabana ligger Museo de Arte Costarricense (museet for costaricansk kunst). Museo de Formas, Espacios y Sonidos (museet for former, rom og lyder) holder til i en tidligere stasjonsbygning øst i sentrum.