I 1990 ble han medlem av det ungarske parlamentet og fra 1993 leder av Fidesz. Partiet var opprinnelig del av venstreopposisjonen i parlamentet. Senere ble partiet omformet fra en radikal studentorganisasjon til et klart høyreorientert politisk parti under hans ledelse. Da sosialistene vant valget i 1994 angrep han regjeringen fra høyre. I 1995 endret partiet navnet til Fidesz-MPP (unionen av unge demokrater / det ungarske borgerpartiet). Partiet vant parlamentsvalget i 1998 og Orbán ble statsminister. I mars 1999 underskrev han avtalen som gjorde Ungarn til medlem av NATO.