I Wild Card-runden ledet Brady Patriots til seier mot Jacksonville Jaguars med 201 pasningsyards og tre touchdowns, med et sluttresultat på 28–3. Den 14. januar 2006 tapte Patriots 27–13 mot Denver Broncos i INVESCO Field i divisjonsrunden. Brady kastet for 341 yards i kampen, med én touchdown og to interceptions, i sitt første tap i sluttspillet etter ti seiere. Etter sesongslutt ble det avslørt at Brady hadde spilt med idrettsbrokk siden desember. Linebacker Willie McGinest kommenterte det og sa at han visste det, men Brady fortsatte å spille.