Den frankiske kongen Dagobert I (629-39) prøvde å få Bayern til å kjempe med ham med Samos rike, men det gikk i liten grad, og på 640-tallet erklærte Bayern sin selvstendighet. Dermed ble området delt mellom sønner av de ledende hertugene, og forble delt fram til omternt 719. I denne perioden og et par århundrer senere ble de kristnet av irske og skotske munker. I 788 ble området lagt direkte under Frankerne under Karl den store.