I en alder av tyve år ble han forfremmet til kaptein, og ble den yngste kapteinen i tjeneste i Royal Navy. Han fikk kommandoen over skipet «Hichinbrooke», og ble sendt for å kjempe mot Spania i Nicaragua. I den tykke skogen med en utrolig hete og mye regn, ble Nelson alvorlig syk av dysenteri. Av to hundrede menn som ble sendt på dette oppdraget, var det bare Nelson og ti andre som overlevde.