I studietiden ved Trinity College ved University of Cambridge skrev Cowley eposer og komedier som blant annet ble publisert i diktantologier i regi av universitetet (1637, 1640 og 1641). Etter at han hadde tatt mastergraden fikk han, på grunn av sin rojalistiske overbevisning, ikke studere mer ved det parlamentarisk pregede Cambridge. Han flyttet over til University of Oxford, hvor han fullførte versesatiren , som han ga ut anonymt. I 1642 ga han seg i kast med krigseposet , og under den engelske borgerkrigen ble han regnet som den viktigste dikteren som sto på kongens side. Han var med dronning Henrietta Maria i eksil til Frankrike, og fortsatte med å dikte mens han var der. I 1647 kom , en samling kjærlighetsdikt som senere ble et av hans mest leste verk. I 1654 ble han sendt til England på dronningens ordre, for å undersøke tilstanden i landet. Det hele endte med at han ble innesperret i Whitehall. Hans venn, Charles Scarborough, betalte kausjon og fikk ham løslatt.