Ved utbruddet av første verdenskrig ble han innkalt som kaptein, og i september 1915 forfemmet til major ved en transportenhet. Idet universitetsmiljøet i Würzburg i tiltagende grad miostet sinwe folk, klaget fakuletet i Würzburg til julen 1915 til Krigsministeriet og bad om at Buchner ble dimittert, «slik at ordnede forhold igjen kan inntre ved det kjemiske institutt». Slik ble han dimmitert fra krigstjeneste i mars 1916.