Etter at nazistene kom til makten i 1933, ble Metzger arrestert flere ganger av Gestapo. Første gangen holdt de ham i tre dager i januar 1934. Neste gang holdt de ham i fire uker, i forbindelse med attentatet mot Hitler i München. Derpå flyttet Metzger fra Meitingen nær Augsburg til Berlin, for å komme på avstand fra dem som var ute etter ham. Han levde og virket i Berlin-menigheten i Wedding fra 1939 til han ble arrestert for siste gang i 1943.