De neste fem årene tjenestegjorde Soult i Tyskland under generalene Jean-Baptiste Jourdan, Jean Victor Marie Moreau, Kléber og François Joseph Lefebvre og i 1799 ble han forfremmet til generalmajor (fransk: Général de division) og ble beordret til Sveits. Det var på denne tiden at han la grunnlaget for sitt militære renommé, han utmerket seg i general André Massénas felttog i Sveits, i særdeleshet ved det andre slaget om Zürich. Han fulgte Masséna til Genova og fungerte som hans nestkommanderende ved den langvarige beleiringen av byen, hvor han ledet en uavhengig styrke utenfor bymurene. Han ble såret og tatt som krigsfange ved Monte Cretto den 13. april 1800.