Marie ble etterlatt som regent av Champagne da Henrik I dro på pilegrimsreise til Det hellige land. Mens hennes ektemann var fraværende døde hennes far og hennes halvbror Filip II August av Frankrike ble konge. Han konfiskerte enkeeiendommene til hans mor Adele (også Maries svigermor) og giftet seg deretter med Isabella av Hainaut, som tidligere hadde vært trolovet med Maries eldste sønn. Dette fikk Marie til å slå seg sammen med misfornøyde aristokrater, blant annet dronning Adele og erkebiskopen av Reims, i en konspirasjon mot kong Filip. Etterhvert bedre forholdet mellom Marie og hennes halvbror. Hennes ektemann kom tilbake fra Det hellige land, men døde bortimot øyeblikkelig. Som enke med fire unge barn overveide Marie å gifte seg med Filip av Flandern, men denne forbindelsen ble avbrutt av ukjente grunner.