Junibevægelsen vedkjente seg det danske medlemskapet i EU, men motsatte seg en egentlig unionsdannelse, og ønsket å utvikle EU til et mer demokratisk, åpent og transparent samarbeid. Junibevægelsen ønsket generelt å begrense samarbeidet til grenseoverskridende spørsmål, som miljøvern og handel, hvor de til gjengjeld støttet mange EU-initiativ. De anbefalte velgerne å stemme nei ved folkeavstemningene om Edinburgh-avtalen i 1993, om Amsterdam-traktaten i 1998, og om euroen i 2000. De anbefalte også det danske Folketinget å avvise Lisboa-traktaten i 2008.