Hanks var gift med skuespillerinnen Samantha Lewes fra 1978 til 1987. Paret fikk to barn, sønnen Colin Hanks, som også er skuespiller, og datteren Elizabeth Hanks. I 1988 giftet Hanks seg med skuespillerinnen Rita Wilson. Paret har to sønner: Chester Marlon, som spilte en liten rolle som en student i filmen og utgav en rapsingel i 2011, og Truman Theodore.