I 1831 flyttet Smith og hans tilhengere vestover til Kirtland i Ohio, og de etablerte også en utpost i Independence i Missouri, hvor Smith planla å bygge en by med navnet Sion. I 1833 ble mormonerne forvist av de opprinnelige nybyggerne i Missouri, som var urolige med tanke på mormonsamfunnets raske vekst. Menigheten i Kirtland gikk i oppløsning i 1837 etter at noen av medlemmene holdt Smith ansvarlig for en bankkollaps. Smith reorganiserte de gjenværende medlemmene i det nordlige Missouri, men hans nærvær og politikk skapte spenning med nybyggere som ikke var tilsluttet bevegelsen. Etter en militær konflikt i 1838 ble De siste dagers hellige forvist fra delstaten, og Smith ble satt i fengsel. Han ble løslatt og gjenforent med sine tilhengere i Nauvoo i Illinois, hvor han fungerte som både religiøs og politisk leder. I 1844 vakte Smith og bystyret i Nauvoo sinne hos ikke-mormonere ved å ødelegge en trykkpresse som hadde vært brukt til å trykke , et exposé som var kritisk til Smiths makt, samt hans praktisering av polygami. Under de påfølgende urolighetene ble han fengslet i Carthage i Illinois for forræderi, hvor han ble drept da en pøbelflokk stormet fengselsbygningen.