Hans prestasjoner på fotballbanen gjorde at Malmö FF la inn et bud på Toivonen, og den 29. desember 2006 ble det offentliggjort at han hadde skrevet under en fireårskontrakt med klubben. Toivonen var tiltenkt rollen som erstatter for Jari Litmanen og etablerte seg raskt på førstelaget. Totalt spilte han 51 seriekamper og scoret 17 mål på to sesonger for Malmö FF, dog uten å vinne noen titler. Han avsluttet for øvrig 2008-sesongen med 14 mål, som plasserte han som nummer fire på toppscorerlisten sammen med Henrik Larsson (Helsingborgs IF) og Charlie Davies (Hammarby IF).