Beyer ble tidlig foreldreløs, og da han var 6 år gammel, sendte onkelen ham til Bergen for å begynne på den lærde skole, der han gikk til han var 15 år. Biskop Gjeble Pederssøn, som var Norges første protestantiske biskop, la merke til hans begavelse, og tok ham til seg som sin egen. Gjeble sendte ham til Københavns universitet i 1544, der han bodde hos Sjællands biskop, Peder Palladius, en av Europas fremste teologer på den tiden. Beyer studerte i København i 5 år. I 1549 dro han til Wittenberg, reformasjonens arnested, der han studerte i 2 år hos Filip Melanchton, en av reformasjonens fremste menn. I 1551 tok han magistergraden i København før han dro hjem til Bergen i 1552. Samme år giftet hans seg med Anne Pedersdotter som var fra Trondheim og søster til lagmann Søren Pedersson, som han hadde studert sammen med i København.