Det er usikkert om hun ble født i Hereford eller i Coal Yard Alley ved Drury Lane i London. Faren hennes antas å ha vært kaptein Thomas Guine; moren hennes var helt sikkert Ellen Gwyn som drev et bordell i Covent Garden. Det er ukjent om Nell hjalp til i sin mors etablissement og kan ha vært en barneprostituert. Ifølge Samuel Pepys vokste Nell opp i et vertshus der hun «». Moren hennes var glad i å drikke og druknet da hun ramlet i vannet i nabolaget sitt i Chelsea.