I 1944, i løpet av 2. verdenskrig, havner en amerikansk pilot Hank Marlow og en japansk pilot Gunpei Ikari, på en øy i det sørlige Stillehavet etter at flyene deres krasjer ved øya. Men konfrontasjonen deres blir avbrutt av en gigantisk apekatt. I 1973 planlegger Bill Randa, leder for den amerikanske organisasjonen Monarch, en jakt etter skapninger ved den nylig oppdagede Skull Island. Han rekrutterer en amerikansk militærenhet under kommando av oberstløytnant Preston Packard. Tidligere britisk kaptein James Airrad og fotograf Mason Weaver er også medlem av gruppen.