Et stort problem med Afrikamesterskapet er imidlertid at flere landslag trekker seg i siste liten. Senest i 2010-mesterskapet trakk to lag seg fra innledende kvalifisering. Imidlertid har det bare skjedd én gang – i 1998 – at et lag har trukket seg fra mesterskapet etter å ha bli kvalifisert. Mosambik trakk da laget. I tillegg trakk Gabon seg som arrangør i 2006, og trakk også laget, men det fikk ingen innvirkning på antallet lag i mesterskapet, da det skjedde så tidlig at det ble korrigert i andre kvalifiseringsrunde.