Etter at unionen var bragt i stand, trådte han derimot inn i den nye regjeringen. Den 18. november ble han utnevnt av Carl Johan til statsminister og sjef for den norske statsrådsavdelingen i Stockholm. Han inntok aldri noen ledende stilling i regjeringen, men var alltid virksom som megler mellom kongen og finansministeren, grev Wedel, når disse var uenige. Da Wedel gikk ut av regjeringen, søkte også Anker avskjed, og dette ble innvilget fra 1. juli 1822. Han flyttet da tilbake til Bogstad hvor han tilbragte sine siste levedager.