En del av partiklene som blir bombardert med elektroner i ioniseringskammeret vil også spaltes opp i en eller flere mindre deler. Disse delene vil også akselereres om de er kationiske, og dermed også detekteres av detektoren. Dette er en stor fordel for bruk av massespektrometri, fordi det gjør det mulig å skille flere stoffer fra hverandre, for eksempel stoffer med samme molekylvekt, men med ulik sammensetning og eller struktur. Forskjellige stoffer vil som regel spaltes i forskjellige deler, og vil dermed gi et «fingeravtrykk» på detektoren, som er unikt for dette stoffet; massespektret. Det kan opparbeides bibliotek med massespektrene fra kjente stoffer. Disse bibliotekene kan så brukes til å identifisere ukjente stoffer ut ifra hvilket massespekter de har.