På begynnelsen av 1990-tallet utga Aartun en rekke bøker innen runologi og minoisk kultur som ble oppfattet som kontroversielle. I korthet går hans teorier ut på at alle runeinskripsjoner fra vikingtid og eldre, slik som i Osebergfunnet, er skrevet på et semittisk språk, delvis med hieroglyfer og Linear A-tegn, og at innholdet er sterkt erotiske tekster som refererer seg til en orientalsk fruktbarhetskultus. Ut fra dette mener han at Norge ble befolket av semittiske stammer i 2000 f.Kr, og at disse ble så dominerende at språk og kultur var semittisk fram til språket ble erstattet av norrønt rundt år 800 e.Kr, uten å etterlate seg spor. Urnordisk språk (som delvis er rekonstruert ved hjelp av runesteinene) har følgelig aldri eksistert. Videre mener han at også den eldre minoiske kulturen var semittisk, og at han har løst to av skriftforskningens største mysterier, Linear A og Faistos-diskosen. Tesene fremsettes bl.a. i det omfattende tobindsverket , utgitt på det anerkjente akademiske forlaget Harrassowitz Verlag med støtte fra Norges forskningsråd.