Da japanerne invaderte Mandsjuria i 1931 begynte de forskjellige fraksjoner i Kuomintang å enes, og under den andre kinesisk-japanske krig forente Li sef medChiang Kai-shek i kampen mot den japanske invasjon og vant blant annet slaget ved Tai'erzhuang (24. mars til 7. april 1938). Etter japanernes nederlag i 1945 ble Li skilt fra sine oppgaver under den påfølgende borgerkrigen. Den 28. april 1948 ble Li valgt til visepresident i Republikken Kina mot Chiang Kai-sheks vilje, idet Chiang hadde støttet en annen kandidat.