Landet har fire kommersielle flyplasser. Phnom Penh internasjonale flyplass (Pochentong) i Phnom Penh er den nest største i Kambodsja. Siem Reap internasjonale lufthavn er den største og betjener flest internasjonale flyvninger inn og ut av Kambodsja. De andre flyplassene ligger i Sihanoukville og Battambang. Kambodsjas nasjonale flyselskap Cambodia Angkor Air eies av den kambodsjanske regjeringen (51%) og Vietnam Airlines (49%).