Etter freden i Tilsit i juli 1807 ble han samme måned utnevnt til guvernør over hansabyene Hamburg, Bremen og Lübeck, med hovedkvarter i Hamburg. Napoléons ordre var å innordne Nord-Tyskland i kontinentalblokaden ved å sperre havnene for handel med Storbritannia og oppmuntre til handel med Frankrike. Bernadotte skulle hindre britene i å få fotfeste i Danmark og forberede en invasjon av Sverige om landet fikk ytterligere subsidier fra Storbritannia. Han forsto snart at en streng håndheving av blokaden ville bety økonomisk ruin for byene, og innbyggerne var svært takknemlige for hans fleksible praktisering av handelsforbudet. Danmark var et like følsomt spørsmål, det overraskende britiske angrepet på København og konfiskeringen av flåten fant sted knapt en måned etter Bernadottes ankomst til Hamburg. Han hadde hverken disponible tropper eller planer for assistanse til danskene. Etter Danmark-Norges allianse med Frankrike flyttet Bernadotte i oktober 1807 hollandske soldater til Jylland og spanske soldater til Fyn.