I 1796 ble Quatremère de Quincy dømt til døden, da han skulle ha vært involvert i forberedelsene for et monarkistisk opprør, senere ble han frikjent. Han var medlem av som ble innført under Direktoriet. Igjen deltok han i et monarkistisk opprør, og måtte denne gang gå under jorden. I 1800 ble han utnevnt til generalsekretær for departementet Seines .