Schjøtt-Pedersen ble født den 3. oktober 1959 i Vardø i Finnmark, som sønn av vaktleder Odd Eirik Schjøtt Pedersen (1925–1993) og ligningssekretær Aslaug Berntine Nilssen (1923–1981). Han har eksamen fra et toårig kurs med handelsfag fra 1977, samt examen artium fra 1978. Han er utdannet cand.mag. med statsvitenskap, sosialøkonomi og offentlig rett fra Universitetet i Oslo fra 1985 og Master of Business Administration fra Copenhagen Business School fra 2015.