Carl Christian Rafn ble født i 1795 på Brahesborg på Fyn, der faren, Christian Rafn, var meieriforpakter. Etter å ha vært elev ved Odense Katedralskole ble han student ved Københavns Universitet i 1814. Etter bare ett og et halvt års studium avla han juridisk embetseksamen med karakteren laud, samt offiserseksamen med utmerkelse (1816).