Året etter begynte Fogerty i den nærliggende skolen, Harding Grammar School. I sin bok forteller han at hans foreldre var alkoholikere og at de skilte seg mens han gikk i tredje eller fjerdeklasse. Senere begynte han på St. Mary's High School, og byttet så til El Cerrito High School der han traff alle senere medlemmer i CCR (Creedence Clearwater Revival) og fikk gitarundervisning av Berkeley Folk Festival produsenten Barry Olivier. John Fogerty's eldre bror, Tom var gitarist i bandet som senere ble CCR. Fogerty tilbrakte sommerferiene i Putah Creek, nær Winters, California, hvilket ble inspirasjon til låten «Green River» med CCR.