I tillegg til ørken og prærie omfatter parken også et tredje økosystem: den frodige McKittrick Canyon. Om høsten fremstår dalen som en sterk kontrast til den omliggende ørkenen, med sine store lønnetrær i flammende farger. En sti gjennom dalen leder inn til en steinhytte fra 1930-tallet, tidligere fritidshus for petroleumsgeologen Wallace Pratt, som donerte landarealet for at nasjonalparken kunne etableres.