Mens kongen gikk etter Ulfeldt, forsøkte riksrådet å få has på den neststerkeste av svigersønnene, Hannibal Sehested, gift med kongedatteren Christiane. Siden han ble utnevnt til stattholder for Norge i 1642 hadde han strebet etter økonomisk uavhengighet fra Danmark. Inntektene fra det norske riket kom ikke lenger til Danmark og riksrådet anklaget han for å putte pengene i egen lomme. Frederik var som utgangspunkt ikke ivrig etter å gi slipp på Sehested, ettersom han gjerne så Norges uavhengighet opprettholdt. På den måten kunne han understreke det som han og tidligere konger hadde fastholdt, nemlig at Norge var et arverike i motsetning til valgriket Danmark, noe riksrådet ikke var enig i. På grunn av de klare bevisene og fordi han tilhørte svigersønnenes parti, lot Frederik III ham falle. Som betingelse for at han ikke ble rettsforfulgt måtte Sehested forlate både stattholderstillingen og sin plass i riksrådet. Dessuten måtte han forlate rikene og se sitt store norske gods konfiskert.