Fælles Kurs var ikke med i prosessen frem mot dannelsen av Enhedslisten, og prioriterte å vinkle enhetsbestrebelsene sine på 1990-tallet mot Kommunistisk Parti i Danmark og Danmarks Kommunistiske Parti/Marxister-Leninister i tillegg til DKP. Disse forsøkene strandet imidlertid. I 1999 ble Gitte Thomsen valgt til partileder etter Møller Hansen. To år etter valgte partiet å oppløse seg selv og gå inn i DKP og Enhedslisten. På dette tidspunktet var partiet kun representert i bystyret i København.