Farens familie ble vunnet for den presbyterianske tro, og fire av familiemedlemmene sluttet seg til denne kirken: moren, Josephs to brødre Hyrum Smith og Samuel Harrison, og søsteren Sophronia. Joseph Smith var 14 år og ble meget opprørt av de teologiske stridighetene, men holdt seg i likhet med faren Joseph Smith d.e. utenfor kirkesamfunnene. Allikevel holdt familien sammen i bibellesing og felles bønn. Etter hvert rettet ungguttens oppmerksomhet seg mot metodistene, og Smith skriver at han ønsket til en viss grad å slutte seg til dem.