Elvene Pamir, Pjandzj og Amu-Darja danner grensen mellom Afghanistan og Tadsjikistan fra Zor Kul-sjøen i øst til helt i vest hvor Amu-Darja renner inn i Usbekistan. Totalt er det i Tadsjikistan flere enn 900 elver med en lengde på over 10 km, noe som utgjør en total lengde på mer enn 28 500 km. De lengste elvene er Amu-Darja-Pjandzj, Zeravshan, Bartang-Murgab-Oksu, Vakhsj og Kofarnihon.