Omvendt var krigen for den motsatte siden en sak for å beholde et protestantisk og engelsk styre i Irland. De fryktet for sine liv og eiendommer om Jakob og hans katolske tilhengere fikk styre Irland. Særlig fryktet de en gjentagelse av det irske opprøret i 1641 som hadde blitt markert med utstrakt drap. Av disse årsakene kjempet protestantene som helhet for Vilhelm. Mange av Vilhelms tropper ved Boyne, inkludert deres svært effektive irregulære kavaleri, var protestanter fra Ulster som kalte seg selv for «inniskillingere» og ble referert til av sine samtidige som «skotsk-irer».