Eva Kjer Hansen fortsatte i de to ministerpostene i Anders Fogh Rasmussens andre og tredje regjering 23. november 2007 ble hun utnevnt til minister for fødevarer, landbrug og fiskeri, en post, hun fortsatte på også i begynnelsen av Lars Løkke Rasmussens regjering, men ved en større omrokkering den 23. februar 2010 ble hun avsatt som minister, hvoretter hun overtok posten som formann for Det Udenrigspolitiske Nævn og næstformandskabet i Europaudvalget. Som minister for fødevarer, landbrug og fiskeri støttede Eva Kjer Hansen bl.a. en opphevelse av braklægningsordningen i 2007, argumenterte for at minske EU's landbruksstøtte og gennemførte en ny økologilov.