Byen tjente som Etiopias hovedstad fram til Tewodros II av Etiopia flyttet keiserdømmets hovedstad til Magadala samtidig som han ble kronet keiser i 1855. Byen ble plyndret og brent i 1864, deretter herjet på nytt i desember 1866. Muslimske Abdallahi ibn Muhammad fra Sudan angrep og plyndret Gonder da han invaderte Etiopia i juni 1887. Gonder ble herjet på nytt den 23. januar det neste året da muslimer fra Sudan satt bortimot alle kirkene i byen i brann.