MS «Trollfjord»s hovedmotorer er to stykk 9-sylindrede 4-takts Wärtsilä dieselmotorer, type W 9L 32 med ytelse 8 280 kW totalt. Fremdriften besørges av to Ulstein Aquamaster kompass-thrustere (azimuth pods) som kan dreies 360°, og som dermed eliminerer behovet for ror. Kraftoverføringen er dieselelektrisk hybrid, enten med to vannavkjølte elektromotorer på tilsammen 4 000 kW (ved finmanøvrering og sakte fart) eller mekanisk. Propellbladene er ikke vribare, og ved elektrisk drift blir propellenes omdreiningshastighet regulert ved hjelp av frekvensomformere. I baugen har skipet tre sidepropeller av typen Brunvoll FU-80-LTC-2250 med ytelse 3 x 1 200 kW. MS «Trollfjord» har tre dieseldrevne elektriske generatorer og en nødgenerator. Drivstofforbruket på en rundtur Bergen – Kirkenes – Bergen er omkring 200 tonn. Tankene om bord rommer 287 m³ tungolje, 60 m³ diesel og 250 m³ ferskvann.