Thomas ble beseiret i valget for St. Patrick Øst i valget i 1990, men han ble likevel utpekt til å være Junior minister i Arbeidsdepartementet. Deretter ble han utnevnt til minister i departementene for arbeid og turisme. Etter NDC sitt nederlag i det generelle valget i 1999 ble Thomas valgt inn som partileder for NDC i oktober 2000.