Etter at Flora og hennes ektemann kom tilbake til Skottland bosatte de seg på Skye. Hun og ektemannen fikk syv barn, to av dem døtre, og alle sønnene gikk alle inn i den engelske hæren eller marinen. Flora MacDonald døde i Kingsburgh på øya Skye i 1790, 72 år gammel. Hun døde i den samme sengen som Bonnie Prince Charlie hadde sovet i. Og for den saks skyld, også Dr. Johnson. Flere tusener av øyboerne, kanskje så mange som 3000, fulgte henne til graven på gravstedet Kilmuir, rundt 32 km fra Portree. Det er også blitt sagt at 300 tønner med whisky ble drukket.