Charles Ancillon studerte i Marburg, Genève og Paris og ble 1685 parlamentsadvokat i Metz. Etter opphevelsen av ediktet fra Nantes, noe som innebar fornyede franske forfølgelser av protestanter, emigrerte han sammen med sin far David Ancillon til den brandenburgiske hovedstaden Berlin, der faren døde som prest i byens fransk-reformerte menighet. Kurfyrsten utnevnte Charles Ancillon til dommer i byens franske koloni og i 1691 til gesandt til Sveits og hos markgreven av Baden-Durlach.