Gjennom en lang kvalifisering fant det sted flere kontroverser. I den andre kampen i den europeiske play-off-kampen mellom og tok den franske kapteinen Thierry Henry ballen med hånden, før han sendte ballen til en umarkert William Gallas som satte ballen i mål og sendte Frankrike til VM. Irland ville på grunn av dette ha omkamp, men FIFA avviste etterhvert anmodningen. Irland forespurte seg også om å inngå som en enestående 33. VM-deltaker, men de trakk senere dette kravet. Som et resultat av denne dommerfeilen, kunngjorde FIFA at de vurderte å starte med å bruke kamerateknologi eller ekstra assistentdommere for å unngå dette i VM, men de bestemte senere at dette ikke ville bli brukt allerede i 2010.