I mars 2003 ble han også assistenten til Sammy McIlroy som var sjef for , og denne deltidsjobben hadde han fram til oktober 2003. Deretter ble han assistentmanageren til Sammy McIlroy i Stockport County, og da McIlroy sa opp denne jobben i november 2004 ble Lillis midlertidig manager i klubben fram til 18. desember 2004 da Chris Turner overtok som ny manager.