Simon Kjær spilte i de tidlige ungdomsår i Lund IF, som er den lokale fotballklubben i byen Lund, hvor han er oppvokst. Etter å ha vist sitt talent i en tidlig alder, ble Kjær hentet til talentlaget i Horsens, hvor han som andreårs lilleputtspiller ble tatt ut til guttelaget i AC Horsens. Deretter ble han hentet til fotballakademiet i FC Midtjylland, hvor han utviklet seg ytterligere, og etter et par sesonger banken han på døren til en plass på førstelaget.