Dvergmalle er en nattaktiv bunnfisk. Den holder til på bløt bunn i innsjøer og tjern og kan leve i vann med lite oksygen og høy temperatur. Føden består av mygglarver, vårfluelarver, muslinger, fiskerogn og småfisk. Gytetiden er når vanntemperaturen blir 18–20 °C i juni–juli. Hannen og hunnen bygger sammen en reirgrop, og etter gytingen voktes egg og yngel av hannen.