Den militære høyskolen tilbyr en bred høyere utdannelse. Noe av undervisningen foretas av fakultetene ved Universitetet i Tartu, Tallinn tekniske universitet og andre høyere institusjoner i Estland. De som har fullført den militære høyskolen har plikttjeneste ved forsvarsgrenene, militsen eller grensevakter eller redningstjenesten. Etter grunnleggende utdannelse kan kadettene spesialisere seg i en av følgende disipliner: Infanteri, logistikk, samband, ingeniørdisipliner, artilleri, luftvern eller grensevakt. Avsluttende diplom deles ut etter en praksisperiode i forsvaret.