Etter å ha prestert svakt i fjorårets sluttspill var det usikkerhet rundt Montanas stilling som startende quarterback for laget i forkant av -sesongen, og Walsh byttet flere ganger mellom Montana (som pådro seg en albueskade i første uke) og Young. Etter 11 kamper var det fare for at laget ikke kom til å nå sluttspillet med et serieresultat på 6–5, men etter at Montana hadde komt seg helt fra skaden i uke 1 tok han over som startende quarterback på fulltid, og ledet laget til et sesongresultat på 10–6. I sluttspillet fikk de hevnet seg på Minnesota Vikings i divisjonsrunden, før de slo Chicago Bears 28–3 for NFC-tittelen. I Super Bowl XXIII møtte de nok en gang Cincinnati Bengals, hvor laget avsluttet kampen med et 92 yard drive på like under tre minutter i fjerde kvarter som endte i en touchdownpasning til John Taylor som sikret deres tredje Super Bowl-tittel med et sluttresultat på 20–16.