Farmer ble født i Seattle, Washington. Foreldrene var Ernest Melvin Farmer og Lillian Van Ornum Farmer. I 1931, da hun gikk på West Seattle High School, ble hun med i en skrivekonkurranse sponset av Scholastic Magazine. Hun vant da 100 dollar med sitt kontroversielle essay «God Dies». Det var et forsøk fra hennes side på å forsone sin tro på en, i hennes ord, «superfather» Gud med et kaotisk gudløst univers. Som student ved universitetet i Washington, vant hun i 1935 en pris i den venstreorienterte avisen «The Voice of Action». Premien var en tur til Sovjetunionen, som hun foretok til tross for sin mors sterke motvilje. I Sovjetunionen besøkte hun det nyskapende Moskva Kunstteater. Disse to hendelsene skapte beskyldninger om at Farmer var både ateist og kommunist.