Universitetet i Oslo sa opp Nedkvitne i 2009 etter årelange konflikter mellom de ansatte på Historisk institutt, men Nedkvitne anla med støtte fra Forskerforbundet sak mot universitetet for å få avskjeden kjent ugyldig (se Nedkvitne-saken). Lagmannsretten kom i juni 2011 frem til at oppsigelsen var gyldig fordi Nedkvitne hadde unnlatt å stille på møter med dekanen. Saken førte til debatt om akademisk frihet i Norge.