Imidlertid forårsaket andre antikristne bølger alvorligere forstyrrelser: Fader Eyraud ble fengslet, og prestene Mabileau og Rigaud ble myrdet i Youyang; prestene Hue og Tay ble drept i Kien-kiang i 1873. Misjonen i Kiang-pe, med dens kristne landsby, ble ødelagt 8. mars 1876. Desflèches ble beskyldt de kinesiske myndigheter i Sichuan for innblanding i kinesiske anliggender, og det gikk brev fra dem i 1877 og 1878 som ba den franske regjering, representert ved Brenier de Montmorand, om å forlate Kina. Biskop Desflèches prøvde å renvaske seg i Roma og Paris, men til slutt ble fader Eugène-Paul Coupat utnevnt til koadjutor for biskop Desflèches i 1882. Han trakk seg tilbake fra embetet den 11. februar 1883, og ble da etterfulgt av Coupat. Den 20. februar 1883 ble han utnevnt av pave Leo XIII til titularerkebiskop av Claudiopolis in Honoriade. Han døde 8. november 1887.